##maf version=1
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 I 622

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  I 15 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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s panTro2.chrUn  5547561 284 +  58616431 atggaatattattcagccttggaaagggaaattctgtcatatttcaacatgtgtcaatcttaaggatattgtgctaagtgaaagaagccagacacaaagacagatatatcgtgattccatttatatgaggtattgaaagtagccaaacacatggaaacacaagataaaatggtagttgtcagggcctggaggaaacaggaaatctggagttgctgttcaccaggtgtggagtttcagtcaagcaatataaaaacattctagatgtctgctgtacaacaatgtgt
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  25424154 284 + 169801366 atggaatattattcagccttcaaaagggaaattctgtcatatttcaacatgtatcaatcttaaggatattgtgctaagtgaaataagccagacacaaaaacaaatatctcgtgattccatttatatgaggtattgaaagtagccaaacacgtggaaacagaagataaaatggtagtcgtcagggcctggaggaaacaggaaatctggagttgctgttcaccaggtatggagtttcagtcaagcaagataaaaacattctagattgctgctgtacaacaatgtgt
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  5547845 394 +  58616431 atatcattaacaaaatgttctgcaaacttaaacttttgttaagatggtagatttttttgttatgtgtttttTAATTACAaaaatttctgtctgtatttagattacattttagtaaggaaagacaaataagctaataaatggtaatgataaatgctgtaaggatatctagagcaataaaagaagttatgcatatgggagtataattttagatagtgaagatttctgtattcaaatgccacatggaaaaaggactaaggggaatgaggagatgagttatatggaatgcccaagacacagaagaaggcaggcagagaaaataacaaggataaagacactgaagtaaaatcatgctttctatatttcaaaacagcagcaaggacattagtgtgacaga
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66610105 390 -  72422247 atatcattaacaaaatgttctgcaaacttaaaattttgttaagatggtggatttttttgttatgtgtttttTAATTacaaaaatttctgtctgtatttagtttacattttagtaaggaaagacaaataagct----aatggcaatgataaatgctgtaaggatatctacagcaataaaagaagttatggatatgggagtataattttagatagtgaagatttctgtattcaaatgccacatggaaaaaggactaaggggaatgaggagatgagtcatatggaatgcccaagacacagaacaaggcaggcagaaaaaataacaaggataaagacactgaagaaaaatcatgcttgctatatttcaaaacaacagcgaggacactagtgtgacaga
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 I 111
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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s rheMac2.chr7  25427235 282 + 169801366 AAAACATTTGGGACAGTAATGAAGATACCGCAAATGAGTTGTTTTAATATATAATCAAGACAAAGTTATCATCAGAATTATAGGAAAAAAATCCACTAAATTTAGTTTATGAGAAATTCATGATTCATTGTATACCTTGATACTGGGCTTAAAGCAGCAATCCTAATTCTAGATCTACCTTCAAGTCTGGGTCAGAGTTCTCAAATGCTGCCAGTTTCATGTCAGGACTGGCTTAATATTGAAGGTAACTGAGCATTGCTAATATCTGACTGAAGCTGAAAG
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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e rheMac2.chr7  25428455  3 + 169801366 I

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn I 1753 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 I 631

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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e rheMac2.chr7  25428631 631 + 169801366 I
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr7  25428631 631 + 169801366 I
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn I 253 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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s panTro2.chrUn  5555262  86 +  58616431 TTTGtgctgtgggctgaaagtttatatctctccaaaaatcatttattgaaatctaattcccattatgttgctgttaagatgtgagg
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 I 4211
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s panTro2.chrUn  5555348 334 +  58616431 ccaggctggacacagtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggccgaagtggacagatcacgaggtcaggagttcaagaccagtctggccaagatggtaaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagccaggtgtggtggtacacgactgtaatctcagctactcgggaggttgaggcaggagaattgcttgaacctgggaagcagaggttgcagtgagctgagatcgtgccactgcactccagcctgggcaacagagcaagactccatctcaaaaaataaataaataaataaataaataaataaataaataaataaataaag
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn I 4211 C 0
e rheMac2.chr7  25428631 631 + 169801366 I

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr7  25428631 631 + 169801366 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

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s hg19.chr21     9439226    35 + 48129895 GAGGGCAGGAGCGGCAGACTCGGCTGCTAGCTCCA
s panTro2.chrUn   193384    35 + 58616431 GAGGGCGGGAGTGGCAGACTCGGCTGCCAGCTCTA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

a score=-515.000000
s hg19.chr21     9439261    45 + 48129895 CTGGCGTCCTGGCAAGGGCAGCGCCGAGGGGCGCTCCTGGTCCAG
s panTro2.chrUn   193419    45 + 58616431 CTGGCGTCCTGGCAAGGGCAGCGCTGAGGGGTGCTCCTGGTCCAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

a score=1410.000000
s hg19.chr21     9439306    38 + 48129895 CTCTCCTGGCTCGGGGGTTCTTTGCCTAGGCGCCGGCG
s panTro2.chrUn   193464    38 + 58616431 CTCTCCTGGCTCAGGGATTCCTTGCCTAGGCGCCGGCG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

a score=12800.000000
s hg19.chr21     9439344    49 + 48129895 CCCCGGGCTCCCTGCCTCGGCCTCTGTGGCCTGCATAGAGCGGCGCTGC
s panTro2.chrUn   193502    49 + 58616431 CCCCGGGCTCCTTGCATAGGCCCCTGTGGCCTGCATAGAGCGGCGCTTC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

a score=-2420.000000
s hg19.chr21     9439393    19 + 48129895 GCGCAGAGGCGATGGGAGA
s panTro2.chrUn   193551    19 + 58616431 CTGCGGAGGCGATGGGAGA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

a score=31807.000000
s hg19.chr21     9439412    59 + 48129895 GAAGAAGGAGGGTGGTGGCGGGGGTGATGCGGCATTAGCGGAAGGTGGCGCAGGGGCCG
s panTro2.chrUn   193570    59 + 58616431 GAAGAAGGAGGGTGGTGGTGGGGGTGATGCGGCGGCCACGGAGGGTGGCACAGGGGCTG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

a score=126547.000000
s hg19.chr21     9439471   120 + 48129895 CGG-------------------------GCAGCTCCAGAAGCTCATTGGCATCTTCATTGGCAGCCTTCGCTGGCTGGGCACCAAGTGCGCTGTGTCGAACGACCTCACCCAGCAGAAGATACCGACCCTGGAGGTAAGGGGTTC
s panTro2.chrUn   193629   145 + 58616431 CGGCCAGCCGGGCGCTGCAGCAGTGCGGGCAGCTCCGGAAGCTCATCGTCATCTTCATTGGCAGCCTGTGCGGGCTGTGCACCAAGTGCACTGTGTTCAACGACCTCACCCAGCAGGAGATACAGACCCTGCAGGTAAGGGGTTC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

a score=204533.000000
s hg19.chr21     9439591  2424 + 48129895  
s panTro2.chrUn   193774  2442 + 58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66756540 38386 - 72422247 T

a score=106624.000000
s hg19.chr21     9442015 439 + 48129895 GAGAATTCCTGCAACAACAATTCTCAAACTTATTTGTCCAGGGG-ATCTTTTCTTCCACTGAATGTAGTTGGGGAGACATGGCCTTAAGCCTTGAGCAGAGAAAGAGAC----AACTGTTGGCTCACTTACAACCAAGTGTTGTGTTTATGTTTTAGGTTTTTACGAAACTGAGGTGCTGTTTGAGGTTCTAAATGAAATTGGGTGGTTGAAGAGAGGCTGGTGTCCCTGTAGACTTAGCCAGCCATGAGAAGTTGCCTTTTGTTGAAGGAGGTGTTTTACAAAGGGAAATAGGGTGTCTCCTGGGCATCGCATTAGCACTTAAATACATGTATCACtgaaatgaaatgaaatgatgaaatgatgacat-----gaaatggtgaaat--------gaaatgaaataatgaagtgaaatgatgaaatgaaatgatgaaatgatgaaatgaaaagatga
s panTro2.chrUn   196216 446 + 58616431 GAGAATTCCTGCAACAACAATTCTCAAACTTATTTGTCCATGGG-ATCTTTTCTTCCACTGAATGTAGTTGGGCAGACACGGCCTTAAGCCTTGAGCAGAGAAAGAGACAAGAAACTGTTTTCTCACTTACAACCAAGTGTTGTGTTTATGTTTTAGGTTTTTATGAAACTGAGGTGCTGTTTGAGGTTCTAAATGAAATTGGGTGGTTGAAGAGAGGCTGGTATCCCTGTAGACTTAGCCAGCCATGAGAAGTTGCCTTTTGTTGAAGAAGGTGTTTTACAAAGGGAAATAGGGTGTCTCCTGGGCATCGCATTAGCAATTAAATACATGTATCACtgaaatgaaatgaaatgatgagatgatgaaatgaaacgaaatgatgaaatgaa-----gaaatgaaataatgagatgaaatgatg--atgaaatgatgaa---atggaatgatgaaatga
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66718154 452 - 72422247 GAGAACTCCTGCAACAACAGTTCTCAAACTTATTTGTCCAGGGGAATCTTTTCTTCCACTGAACGTAATTGGGGAGACACGGCCTTAAGCCTTGAGCAGAGAAAGAGACAAGAAACTGTTGGCTCACTTACAACCAAGTATTGTGTTTATGTTTTTGGTTTTTATGAAACTGAGGTGCTGTTTGAGGTTCTAAATGAAATTGGGTGGTTGAAGAGAGGCTGGTATCCCTGTAGACTTAGCTAGCCATGAGAGGTTGCCTTTTGTTGAAGGAGGTGCTTTACAAAGGGAAATAGGGTGTCTCCTGGGCATCACATTAGCACTTAAATACATTTATCACtgaaatgaaatgaaatgatgaaatgatgaaat-----gaaatgatgaaataaaatgatgagatgaaatgatgaaatgaaataatgaaatgaaaggatgaaatgatgagatgaaatgatga
i ponAbe2.chrUn T 38386 C 0

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s hg19.chr21     9442454 337 + 48129895 aatgatgaattgaggaaatgatatgaaatgatgaaatgaaaaggtgtaatgaaacgaaatgattaaattaaatgagattaaaagatgaaatgatgagatgaaatcatgagatgaaatgatgagatgaaatgatgaaatgatgaaatggaatgatgaaatgatggtgaaatgaaatgaaaagatgaaatgatgaattgaggaaatgatatgaaatgaaatgaaatgatgaaatgaaatgaaaaggtgtaatgaaacgaaatgattaaatgaaatgagattaaaagatgaaatgatgagatgaaatgaaatcatgagatgaaatgatgagatgaa---gtga
s panTro2.chrUn   196662 300 + 58616431 aatgatgaaatggtgaaatgaaatgaaataatgaagtgaaa---tgaaatg--atgaaatgatgaaatgaattg-----aaaagatgaaatgatgaattgaggaaatgatatgaaatgattaaatgaaatgatgaaatg----aagtgaatgatgaa--------gaa---aaatgaa---attaaatgatgaattgatgaaatgaaatg--atgagatgaacaggtgaaatgaaacgaaaag-----attaaatgaaatgaggagatgaaa--agatgaa---atgaaatgatgagatgaaatgaaatgatgtgatgatgagatgaagtgaaatgatga
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66718606   0 - 72422247 C

a score=101253.000000
s hg19.chr21     9442791 610 + 48129895  
s panTro2.chrUn   196962 659 + 58616431  
i panTro2.chrUn C 0 I 985
s ponAbe2.chrUn 66718606 585 - 72422247  
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0

a score=50067.000000
s hg19.chr21     9443401 355 + 48129895 tgagatgaagtgaaatgacgcaatga---aatgttgagatgaagtgatgaaatgaaatgatgaaatgaaacaatgaaatgaagtgaaatgagatgagatgaaatgatgaattgatgaaatgagatgaaaagatgaaatgatgagatgaaaagatgaaatgatgaaatgatgagatgaaataaaatgagatgatgaaatgagatgaagtgaaatgatgaaatgaaatgaaatgttgagatgaaatgatgaaatgaaatgaaagaatgagatgaaatgataaaatgagatgaaatgaaatgatgaaatgaaaggatgaaatg--atgaaatgaaatgagatgaaatgaggaaatgaaatgat
s panTro2.chrUn   198606 316 + 58616431 tgagatgaagtgaaatgatgaaatgatggaatgatgaaatgcaacaatgagaagaaattatgaaatgaaataatgaaatgaaa-------ggatgaaatgatgagatgaaatgatgaaatgaaatgaaagaatgaaatgataaaatga---gatgaaatgatgaaatgatgaaatgaaaggaa----------gaaatgaaatga--tgaaataaggaaatgagatgaaatg-----atgaaatgatgaaatgaaa----------ggatgaaatgaggaaatgaaatga--tgaaaaga---aatgaaaggatgaaatg--acgaaatgaaatgaaatgatgaaaagaaatgaaataat
i panTro2.chrUn I 985 C 0
s ponAbe2.chrUn 66719191 321 - 72422247 tgaaat--aatgaaatgaggaaatga---aatgatgaaatgaaatgatgaaataa----atgaaatgaaatgatgaattgaaa-----tgaaatgaaatga---gatgaaaagatgaaatgaaatgaaatgatgaaatgaaatgacga---gatgaaaaggtgaaatgatgagatgaagtgaa----------atgatgaaatgaactgaaatgttgagatgaaatgatgaa-----atgaaatgatgaaatgaaatgaaagaatgaaatgaaatgatgagatgaaatga--tgaaatgatgaaatgaaaggattaaatgaaatgaaatg--atgaaatgaggaaatgaaatgaaatgat
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0

a score=1424.000000
s hg19.chr21     9443756 33 + 48129895 gaaat--aatgaaatgatgaaatagatgaa----aAATA
s ponAbe2.chrUn 66719512 39 - 72422247 gaaatgaaatgaaatgaTGAAATAGATGAACCAAAAATA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chrUn   198922 34 + 58616431 gaaat-----gaaatgATGTAATAGATGAACCAAAAATA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=69659.000000
s hg19.chr21     9443789 86 +  48129895 CTTATTCATTTTTTTTCTTGGCATCCTTCTAAGAGTATTTTAGTGTGGTTAATTTCTAAAAATAAGTTGCTATTCAATGGCTATAc
s rheMac2.chr3  73162986 86 + 196418989 CTTATTAATTTTTTTTCTTGGCATCCTTCTAAGAATATTTTAGTTAGACTAATTTCTAAAAACAAATTGCTATTCAATGGCTATAc
i rheMac2.chr3  N 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66719551 86 -  72422247 CTTATTCATTTTTTTTCTTGGCATCCTTCTAAGAGCATTTTAGTGAGGTTAATTTCTAAACCTAAATTGCTGTTCAATGGCTATAG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chrUn   198956 86 +  58616431 CTTATTCACTTTTTTTCTTGGCATCCTTCTAAGAGTATTTTAGTGAGGTTAATTTCTAAAAATAAATTGCTATTCAATGGCTATAc
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=167478.000000
s hg19.chr21     9443875 351 +  48129895 agttggcctttgctccacaggggtttgaactgtgcacgtccacttagcaaaaccaacaattctacatccttatccacaccctgcctatgaaaaggatgaggatgaagacctgtttgatcatctacttccatttaatgattagtaaatatattttccttatgatttgcttttttcttttctctggcatgtttgt---taagaatacagtatataagacatataa--catattaaatatgggttaattgac----tgtgttatttgtaaggcttagagtagtctattagtagttaagttttgggggagtcaaagttatagtggattttctactgtgcaggggggccagcacccc-aacctccg
s rheMac2.chr3  73163072 357 + 196418989 agttggcctttgcacaacaggggtttgaactgtgcaggtccacttagcaaaaccaacaattctacatccttctccacaccctgcccatgaaaa---tgaggatgaagacctttttgatgatctacttccatctaataactagtgaatatattttccttatgattttctttttc-ttttctctggcttatttgtttgtaagaatacagtatataagacatataactcatattaaatgtgtgttaattgactgcttgtgtgatttgcaaggcttacagtgggctcttggtagttacattttggaggagtcaaagttgtagtggattttctatggtgcaagggggccagcacccctaacctccg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66719637 354 -  72422247 agttggcctttgcaccacaggggtttcaactgtgcaggtccacttagcaaaaccaacaattctacatccttctccacaccctgcccatgaaaagggtgaggaggaagacctgtttgatcatctacttccatttaataactagtaaatatattttccttatgattttctttttg-ttttctctggcatgtttgt---taagaatacagtatataagacatataa--catattaaatatgtgttaactgactgcttgtgttatttgtaaggcttaaagtaggctattagtagttaagttttgggggagtcaaagttatagtggattttctactgtgcaggggggccagcacccc-aacctccg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chrUn   199042 350 +  58616431 agttggcctttgcaccacaggggtttgaactgtgcacgtccacttagcaaaaccaacaattctacatccttatccacaccctgcccatgaaaaggatgaggatgaagacctgtttgatcatctacttccatttaataactagtaaatatattttccttatgattttcttttttcttttctctggcatgtttgt---taagaatacagtatataagacatataa--catattaaatatgtgttaattgac----tgtgttatttgtaaggcttacagtaggctattagtagttaagttt-gggggagtcaaagttatagtgtattttctactgtgcaggggggccagcacccc-aacctccg
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=132963.000000
s hg19.chr21     9444226 142 +  48129895 tgttgcttaagggtcaactgTACATGTTATTTCCTTTCCTGTAAGAGAAAAATGATGAGAAGGTCTTTTCTCCAATAAGTGTATTCAAAATGTAGCAGATTTGAAATGTGTTGGCGCCACCATTTTGCGTCTCACTTTGAAA
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66719991 142 -  72422247 tgttgcttaagggtcaactgTACATGTTATTTCCTTTCCTGTAAGAGAAAAATGATGAGACGGTCTTTTCTCCAATAAGTGTATTCAAAATGTAGCAGACTTGAAATGTGTTGGCGCCACCATTTTGCGTCTCACTTTGAAA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73163429 142 + 196418989 tgttgcttaaggttcaactgTACATGTTATTTCCTTTCCTGTAAGAGAAAAATGATGAGAAGTTCTTTTCTCCAGTAAGTGTACTCAAAATGTAGCAGACTTGAAATATGTTGGCTCCACCATTGTGTGTCTCACTTTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn   199534 361 +  58616431 ACTTATTATTTAAAATCGTACTAAAGCCTACCTTACTTTTCCAACCTTAGAAAAAATGTTCCAAAGAAAAGGGGTGAAACCAAGCTACTTTGCCCTGAAATTTGAAATTATCTTTTAAAAATATATATTGACATTAATTACTTCCAAACTAGAGATCAGTTGCATACAAATGGCAGGTCACCCTAATCCACCCTATGATTGCACTTAGATTCATGAGGAATTGTGCCATCTAGAAAGGGCAGAGAGGAGGAATAGAGTGCTCTGCGTCTTGAAATATAAACATGCACATAGCCACATGCTTTGATTCTGT------TGTCACTGTGTACTTACTGCTAGGAAGAGGGCATGTTTGTGTATTTTTATG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66720133 321 -  72422247 ACTTATTATTAAAAATCTTACTAAAGCCTACCTTACTTTTCCAACCTTAGAAAAAATGTTACAAAGAAAAGGGGTGAAACCATGCTAGTTTGCCCTGAAATTTGaaattatcttttaaaaatatatttttacattaattaCTTCCAAAATAGAGATCGGTTGCATACAAATGGCAGGTCACCCTAATCCACCCTATGACTGCACTTAGATTCATGAGGAATTGTGCCATCTAGAAAGGGCAGAGAAGAGG---------------------------------------AGCCACATGCTTTGATTCTGT------TGTCACTGTGTACTTACTGCAAGGAAGAGGGCATGTTT-TCTATTTTTATG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73163571 362 + 196418989 ACTTATTATTAAAAATCATACTAAAGCCTACCTTACTTTCCCAACCTTAGAAAAACTGGTACAAAGAAAAGGGATGGAAACATGCTAGTTTGCACTGAAATTTGAAATTATCTCTCAAAAATATATTTTCAC----TTTACTTCCAAAATGGAGATCAATT-TATACAGATGGCAGGTCACCCTAATCCACCCTATGACTGCACTTAGATTCCTGAGGAATTGTGCCATCTAGAAAGGACAGAGAAGAGGAATAGAATGCTCCGCATCTTGGAATATAAACATGCGCATTGCCACGTGCTTTGATTCTGTTGTCACTGTCACTGTGTACTTACTGCTAGGAAGAGGGCAGATTTGTGTATTTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66720482 56 -  72422247 TAGGCTTTCAGAACCATATAAAGATTT-TTTTCCTTTCAGATATAAACTATCTTGCA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73163961 57 + 196418989 TAGGCTTTCAGAACCATATAAAGATTTGTTTTCCTTTCAGATATAAACTATCTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn   199979 234 +  58616431 TTGTTCTTCTGATCATATGAGGGATAAATTTGCCTAAATATTCTTCAGACCATAATAGTATGTCCATATAAATGCCAGTAGCAAGAGTAGAATCAACCACAACTGCCTTAGTAATTATTTAAAGCATGTCTGCCTATAAGTAATTGGCATTTTATATAATCAAGAATCTTTGATATAATAATCTCTCAACTATTTGAAACACGGCTCACATGtattaattttttaagca-aatat
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66720538 232 -  72422247 TTGTTCTTCTGATCATATGAGGGATAAATTTGCCTAAATATTCTTCAGACCATAATATTATGTCCATATAAATGCCAGTAGTAAGAGTAGAATCAACCACAACTGCCTTTGTAATTATTTAAAGCATGTGTGCCTATAAGTAATTGGCATTTTATATAATCAAGAATCTTTGATATAATAATCTCTCAACTATTTGAAACATGGCTCACATATATTAATTTTGTATGCA-A--AT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73164018 232 + 196418989 TTGTTCTTCTGATCATATGAGGGATAAATTTACGCAAATATTCTTCAGACCATAATATTATGTCCACATAAATGCCAGTAGCAAGAGTAGAATCAACCACAACTGCCTTTGTAATTATTTAAAGCATGTGTGCCTAAAAGCAACTGGCATTTTA-ATAATCAAGAATCTTTGATATAGTAAGTTCTCAACTATTTGAAACATGGCTCATGTGTTTTAATTTTATATGCATA--TT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=898402.000000
s hg19.chr21     9445045 456 +  48129895 ATATATATAATATCAGTGTATATGAAACTAAATTTTCGAGTTTAGAACAGCTTCTTAGAATCCTGACTTAAATGTCTAAAGTAATATTTGACTTAAAAAAATTTAGCACACTGTCACTATGATGaaaaaaattactataaaattatttaaaaaatttttCCACCCTAACATTTAGAATATTCTCACATTCGTGGTTAAAACCTAATGTGATTGTTCTTAGAATTTAGATAAAAAAATGTTCCAGAAAGTTTGAAGAGAAGCACTTTAGTCAATTTTTAGTTGTTGAAGCATGAAGAAATGGCATTTCATTGACATTTTAAAAATTATTCAGATTCCCTCTTTGAATTCAAGTGTTTCAAAGATATCTTATTTTAAAATACCAAAATAGGAATAGAATATGAAGGGCTGGTTATGAGTAATATGATACATATTTATGAGAGGATGAGATTACAATAA
s panTro2.chrUn   200213 454 +  58616431 atatatataatatCAGTGTATATGAAAGTAAATTTTGGACTTTAGAACAGCTTCTTAGAATCCTGACTTAAATGTCTACAGTAATAGTTGGCTTAAAAAAATTTAGCACACTGTCACTATGATGAAAAAAATTACTATAAAA-TATTTAAAACATTGTTCCACCCTAACATTTAGAATATTCTCACACTTGTGGTTAAAATCTATTGTGATTGTTCTTAGAATTTAGAT-AAAAAATGTTCCAGAAAGATTGAAGAGAAGCACTTTAGTCAATTTTTAGTTGTTGAAGCATGAAGAAATGGCATTTCATTGACACTTTAAAAATTATTCAGATTCCCTCTTTGAATTCAAGAGTTTCAAAGATATCTTATTTTAAAATACCAAAATGGGAGTAGAATATGAAGGGCTGGTTATGAGTGATATGATACACATTTATGAGAGGATGAGATTACAATAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66720770 455 -  72422247 ATATATATAATATCATTGTATATGAAACTAAATTTTGGACTTTAGAACAGCTTCTTAGAATCTTGACTTAAATGTCCACAGTAATATTTGACTTAAAAAAATTTAGCACACTGTCACTATGATGAAAAAAATTACTATATGAGTATTTAAAAAATTTTTCCACGCTAACATTTAGAATATTCTCACATTTGTGGTTAAAACCTATTGTGATTGTTCTTAGAATTTAGAA-AACAAATGTTCCAGAAAGTTTGAAGAGAAGCACTTTAGTCAATTTGTATTTGTTGAAGCATGAAGAAATGGCATTTCATTGACATTTTAAAAACTATTCAGATTCCCTCTTTGAATTCAAGTGTTTCAAAGATATCTTATTTTAAAATACCAAAATAAGAATAGAACATGAAGGGCTGGTTATGAGTAATATGATACACTTTTATGAGAGGATGAGATTACAATAA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73164250 455 + 196418989 ATATATATAATGTAATTGTTTATGAAACTAAATTTTGGACTTTAGAACAACTTCCTAGAATCTTGACTTAAATGTCTACAGTAATATTTGACTTAAAAAAATTTAGCACAATGTCACTATGATGAAAAAAGTTACTATAAAATTATTTTTAAAACTTTTCCACCCTGACATTTAGAATATTCTCACATTTGCAGTTAAAACCTATTGTGATTATTCTTAGAATTTAGAT-AAAAAATGTTCCAGAAAGTTTGAAGAGAAGCACTTTAGTCAATTTTTAGTTGTTCAAGCATGAAGAAATGGCATTTCATTGACATTTTAAAAACTATTCAGATTCTCTCTTTGAATTCAAGTGTTTCAAAGATATCTTATTCTAAAATACCAAAATAGGAATAGAATATGAAGGGCCAGTTATGAGTAATATGATACACTTTTATGAGAGGATGAGATTACAATAA
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn I 4 C 0
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i rheMac2.chr3  I 4 C 0
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e ponAbe2.chrUn 66728662 5219 -  72422247 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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e ponAbe2.chrUn 66728662 5219 -  72422247 I

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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e ponAbe2.chrUn 66728662 5219 -  72422247 I

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e ponAbe2.chrUn 66728662 5219 -  72422247 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66728662 5219 -  72422247 I

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i panTro2.chrUn C 0 N 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 15401
e ponAbe2.chrUn 66728662 5219 -  72422247 I

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e rheMac2.chr3  73177816 15401 + 196418989 I
e ponAbe2.chrUn 66728662  5219 -  72422247 I

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s rheMac2.chr3  123240843  307 - 196418989 gtacaatgatggttgccagaagctggggggaggaagaaatgaggaaatattgtttaatgggtacagagtttcagttttacaatatgaaacaagttatagagatggatggtagggatggctgcacaatgttatgactatatttagtaccactgaactatatacttaaaatggtaaacagagtacattttatgt-----gtattttacgacaataaaaaaaTAAAATACCTTAGGAACATTTTCATGAAAGAGTTCACATAAAATTCATTTTAATGCATATGTTTATGCATAGCTTTCTATTTTTCTCTTTTCT
i rheMac2.chr3  n 15401 n 15401
e ponAbe2.chrUn  66728662 5219 -  72422247 I

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e rheMac2.chr3  123241150 15401 - 196418989 n
e ponAbe2.chrUn  66728662  5219 -  72422247 I

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s ponAbe2.chrUn 66733881 454 -  72422247 cagagaagggaatcccctctgtacctccaggatatccagtaaagaccactggaggttcatgccctagtgacagtgctcatttagctccaaattacagatggctctagactaactcaacaaagtttaaagagaagatttaaaacaacaacagaaaaatactcatcctgaagttactgaactgcctgccacaacattgttcaaaggtagccaataaaatctagatattcaatagcataacatcaaagta------cccaaaaaaaaaaaaacctctgacatgcaaagaagccggaaga-atatattattaagatatacattaacatgataaaaataagtcatttataaatgacagagaagaaggaattttcaaggtccttaaagtaa-atatattgtataagtacatatagataaatacatatatatgtcaaattacttaaatgaaaattgaacataggagaaa
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i rheMac2.chr3  I 15401 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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s panTro2.chrUn 51722420 462 -  58616431 GGATTTTGTCTGAgtatgggctaaaaggagaatgtccctttttccttctgaagtttccctgaaaatcactaataggaggcagataaatagtagaaaaagcatacaggtttcttcaatgtgtgtacactggagcccttagaacgaagacccaga-------cacacgatgcgtgcagaagcttatctaccacatgaagtttacagaaagaatgggttcttggatcacaggga-caaaaaaaaaaaaaaatgttatgtgagaaaatgaccctggctagcaacagtggacttattacatagatagaacctcactgggagcagtcctcagagagaatagac------agaaaatgtttctttcagacctttggagacctcagactctcagttaacctttcctagatccagacaagggggcagacttcagagaaagcctggctgcatcaaggcaaattctctacctatgcaaatctcccca
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66739019 462 -  72422247 GGATTTTGTCTGAgtatgggctaaa-ggagaatgtcccttttgccttctgaagtttccctgaaaatcactaataggaggcagataaatagtagaaaaggcatacaggtttctgcaatgtgtgtacactggagcccttagaatggagacccaga-------gacacgatgggtacagaagcttatctaccacatgaagtttacagaaagaatggggtcttggatcacagggaaaaaaaaaaaaaaaaaaagttatgtgagaaaaggaccctagctaccaacagtggacttattacgtcggtgaaacctcactgggagcagtcctcagagagaatagac------agaaaatgtttctttcagacctttggagacctcagactctcagttaacctttcctagatccagacaagggggcagacctcagagaaagcctggctgcatcaaggcagattctctactgatgcaaatctcccca
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73198314 471 + 196418989 GGATTTTGCCTGGgtatgggctaag-ggagaatgtcccttttgccttctgaagattccctgaaaatcactaacaggaggcagataaatagtagaaaaggcttacagattgctgtaatgtgtgtacactggagcccttagaatgaagacccaggacccagccacacggtgggtgcagaagcttatctaccatactgagtttacagaaagaatggggacttggatcacagaaa----aaaaaaaaaaaaagattatgagagaaaaggaccttggctagtaacagtggtcttgttacataggtgaaacttcactgggagtggccctcggagagaacagatagaaaaagaaaatgtttctctcagacctatggaggtctcagactctcagttaacttttcctagatccagacaagggggcagacctcagagaaaacctggctgcatcaaggcagattctctatagatgcaaatctccctg
i rheMac2.chr3  C 0 I 328

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s panTro2.chrUn 51722882 48 -  58616431 agacagctttgcagctaagtttgcatttccagcccttctgaaaagacg
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73199113 47 + 196418989 agacagctttgcagctttttttgcatttccagccc-tctgaatagcca
i rheMac2.chr3  I 328 C 0

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s rheMac2.chr3  73199160 15 + 196418989 ttt-------------------------------gaaatatatcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chrUn 51722930 16 -  58616431 tttt------------------------------gaaatatatcaa
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     9466743 39 +  48129895 ggaaatatatttaggggtaaaatatattagtttccttca
s panTro2.chrUn 51722946 39 -  58616431 ggaaacatatttagggttaaaatatattagtttccttca
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73199175 39 + 196418989 ggaaacatattttggggtaaaatatgttgatttccttca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 66739543  0 -  72422247 C

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s panTro2.chrUn 51722985 233 -  58616431 TACAGCTATAAAACATACAGGAATAATTTCTGTCAATGTCTACTACAAA-TCCAATATAGCAGTAATTATAAAACCCACCAGATATTGAAGAAAAAATATGTAGAGTACATCAATTACAAATGTTGATACTAAAATGCCAAATAAAATAAAAATAATATCCAACAGTATTTGAAACAGTAAGGGAAGAAATTGGCAAAAAAA--TAAAACAAATATCTACCTTGGGGATGAAAGTG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 66739543 223 -  72422247 -------ACAAAAC---CGGGAATAATTTTTGTCAATTTTCACCTCAAATTCCAATA-AGCAGTAATTATAAAACCCACCAGATACTGAAGAAAAAATAAGTAGAGTTCATCACTTACAAATATTGACACTAAAATGCCAAATAAAATAAAAATAATATCCAACAATATTTGAAACAGTAAGACAAGAAATTGACAAAAAAA--TAAAACAAATATCCACCTTGGGGATGAAAGTG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  73199214 232 + 196418989 TACAGCTATAAAACATAAAGAAATAATTTTTGTCAATATCTACTACAGA-Tccaatatagcagtaattataaaatccaccagatattgaagaaaaaatatgtagagtatctcacttacaaatattgatactaaaatgccaaataaaataaaaataatctccgacaatatttgaaacagtaagacaagaaactg-caaaacaa--taaagcaaatatccaccttggggatgaaagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  73199446 194 + 196418989 tgattccaaatttggtaatccaataatattaataatcatattgattagaccaaataaaaaataaataggagattctcagtacatgctaaaatatatttgttaaaaggtaatattcatgtatttaaagattttAAATGCTATAAAGAGTCCAATATTCTATAAACAAAC--GTGTATGTCTATTAGAAGAAAAGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chrUn 51723218 196 -  58616431 TGTTTCCAAATTTGGTAATTCAATAATATTAATAATCATATTGATCAGCCCAAATTAAAAATAAATAGGGGATTCTCAGTACATGCTGAAATATATTTGTTAAAAGGCAATATTCATGTCTTTAAAGGTTTTAAATGCTATAAAGAGTCTGACATTCTATATGCAAACATGTGTATGTCCATTAGAAGAAGAGAGG
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     9467213 209 +  48129895 TCTGATTTTCATATATTACTACATAGAGATAGAGAAGTGGATAGATTAATTTGCATATGCATAGAGAAAGCCTAAAATAGAAATTCACTATCATA-TTAAAGGAATTTTAATTCAACAATAAAATAATTCAAAGGtaaaattttaaatatttttaaCAGGTACattattaatattagataatattt---ataattGTGAAAATATTCAATGCT
s rheMac2.chr3  73199640 200 + 196418989 TCTCATTTTCATATGTTACTACATAGAGATAGAGAAGTGGATAGATTAATTTGCATATGCATAGAGAAAGCATAAAATACAAATTTACTATCATATGTAAAAGAATTTAAATTCAACAATAAAATAATTCAATGGTAAAATTTTAAATATTTT-TACAGTTACATtattaatattagataa---ttataataattgtgaaaata---------
i rheMac2.chr3  C 0 I 47
s ponAbe2.chrUn 66739962 206 -  72422247 CCTAATTTTCATATGTTACTACATAGGGATAGAGAAGTGGATAGATTAAT-------TGCATGGAGAAAGCATAAAATAGAAATTTACTATCATACTTAAAGGAATTTAAATTCAACAATAAAATAATTCAAAGGtaaaattttaaatatttttaaCAGTTCCattattaatattagataatatttataataattGTGAAAATATTCAATGCT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chrUn 51723414 210 -  58616431 CCTGATTTTCATATGTTACTACATAGAGATAGAGAAGTGGATAGATTAATTCGCATATGCATAGAGAAAGCATAAAATAGAAATTTACTATCATA-TTAAAGGAATTTTAATTCAACAATAAAATAATTCAAAGGTAAAATTTTAAATATTTT-AACAGGTACattattaatattagataatattt-taataattGTGAAAATATTCAATACT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 47 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chrUn 51723760 76 -  58616431 taaacatatatatatacacacaca----cgtataacatgtatatatgttatatgggatagatatagatttaacatgttat
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 340 C 0

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s panTro2.chrUn 51808686 60 -  58616431 ATGCCTGCCAAATGTGAACATACAAAAAAACAAATCAGAATGTGCCATTCTGATTTAAAC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 16 N 0

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e panTro2.chrUn 51808923  4 - 58616431 I
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i ponAbe2.chrUn I 25 N 0
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i panTro2.chrUn I 8 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s panTro2.chrUn 51810400 389 - 58616431 AAGCCCTCAGTCTAGTGTTGCTCTTTCCTTCATGCTATTTTTGTTTGTTTCTTTTCTTGTAATCATCTTGGCAATAAAATAATCAGTTTTTTCTTTCTACCTATTAAAGATGTTACCTTAGTTAATTACAGTGGCTTCCTTCAGAATGATAAATGGTCTTTCAAAATGATGTAAAGAGATCTAAATCCGTGTGCTCCAGAAGTTGAATGAAGCTCTGTCTAGCATGGGTGCCAGTGACTCTCCCAGAGTGCTCCATGCAGCTGGCCCCACAGAGTCCCTCTGTGCTGTCATATCACCCACTGCCTTCTGTGAATGAGATATTCTGATTAGAATCCTGGTGGATGCTATTTGAGCCAGTGCCCCCACAACTCCTATGAAAGCCGAGGACC
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s panTro2.chrUn 51810789 127 - 58616431 GCAGGACCCTGAAGACAATCACAGGTCTCTAGACTCACAGCTCATGACCGTCCTCTGCAGACACAGCTTCTCCCCGGATGGCTGAGGGTTGTCATTGTCTGTGTCCTTCCTTGTGCATGACAACAGG
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s panTro2.chr3 203275688 381 - 203962478 ggagtttattaagtagtattaactcagacgatcacagggtcccacagtaggctgtctacaagctgaggagcaaggaaaccagtcccaggcccaaagctgaagaacctggagtccgattttcagcatgggagacagatgtagaatgggaggctaagccagtctagccttttcacatttttctgcctgctttatattctggccacactggccgctgataagattgtgcccacccacactgagggtgggtctgcctttcccagcctactgactcaaatgttaatct-ctttggcaacaccctcacagacacacccaggatcaatactttgcatccttcaatccaatcaggttgacactcagtgttaaacatcccaATGAATATAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 I 179 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60365270 267 + 189746636 TTCTAAATATGCCTGAATTAGGTACAGTACGGACTTGGCAAAAACTCTTTCCAGTCAAGGTGCATACTTAGGTAGAATTTTCTGTTTCAAGAGTGATTGATAAACAGATGGtgcatcagtcaagattctccagagaaaaagaaacaattaaaaatgtgtagacag--------atggatgaatggatggagaaagaggcagagagaaa--gataaatagatttattttaagaaattggtttatgtgagtgcggaggctagtaagtccaaaatctgcg
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s panTro2.chr3 203278188 246 - 203962478 GGGCTGTGCTGAAGTTCGCTGCTGCCACTGGAGCTACTCCTATTGCTGGTCACTTCACTACTGAAATGCTCACTAACCAGATCCAGGCAGCCTTCTGGAAGCCACGGCTTCTGGTTACTGATCTCAGGGCTGACCATCAGCCTCTCACAGAAGCATCTTGTGTTAACCTGACTATCATTACTCTATGAAGCACATATTCTTCTCTGTGCTGTGTGGACATTTTCATCCCATGCAGCAAAAATGTAG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60367568 159 + 189746636 tgaatt-ggggggaggtttctcacatcctgttctcctgatagtcagtggtgctttttcccccttttgctctgctcttctccttgcggctgccatgtgaataaggatgtgcttgcttccccttctgccatgactgtaagtttcctgaggcctccccagcca
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s rheMac2.chr2  60367727 70 + 189746636 tgccaaacagttagttaattagacctctttctttataaattacccagtcttgggcatgtctttattagca----
i rheMac2.chr2 C 0 I 8792
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 I 8792 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9493178 31 +  48129895 CCACAGCTCTAGTTAAGGGCACATTCAGAAT
s panTro2.chr3 203278826 31 - 203962478 ccacagctctagttaagggcaaattcagaat
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9493209 49 +  48129895 TCAAAGCCAGGAGGAGTCCAAGGCCAAAGGCCACTT-CATGACCATTATA
s panTro2.chr3 203278857 50 - 203962478 tcaaagccgggaggagtccaaggccaaaggccactttcatgaccattatA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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s hg19.chr21     9493258 34 +  48129895 ATTCTCCACTCCCAGGCAGTATGGACAGATATAG
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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s panTro2.chr3 203278941 166 - 203962478 AAATTATCCATTGAAAGTTTATGGAGTCAGAGAAATTTCATGAATTTTACAGTTTTTTTTTTAATTTAGTAACTAGCAGGATTTTGTTAAgattaataatttgggctccagagccaactttcctgggttcaaatACACTTATTAAAAATAAATGAGGttatacatt
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69627156 163 + 202140232 AAATTATCCATTGAAAGTTTATGGAGACAGAGAAATTTCATGAATTTTACAGTTTTTATTTT-ATTTAGTAACTAGCAGGATTTTGTTAAgattaataatttgggctccagagccaactttcctgggttcaaatACACTTATTAAAAATAAA--AGGTTATACTGT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9493455 811 +  48129895  
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9494653 68 +  48129895 TTAATAGTCACTACCACTTTAGTATCAATTATACAAGTGCAAAACAAAAACAAAAAATCGTT-----ATTCAA
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s panTro2.chr3 203286265 740 - 203962478  
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69634479 739 + 202140232  
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=-1019.000000
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s panTro2.chr3 203287005 25 - 203962478 ttcattcatttactcgttcattcat
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=27278.000000
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s rheMac2.chr2  60381248 9 + 189746636 tcatttatt
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=161430.000000
s hg19.chr21     9501443 54 +  48129895 CCATAATATTTTCAAGCAAATACTCTCTAGTTTACTGTATGCATTATTTGGCCT
s panTro2.chr3 203287085 54 - 203962478 CCATAATATTTTCAAGGAAATATTCTCTAGTTTACTGTATGCATTATTTGGCCT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=55001.000000
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=256077.000000
s hg19.chr21     9501529 107 +  48129895 ACAGCCTTACTAGCTCCATGATTGTTTAGTGGAATAAGGATGGAACATGGGAGTATGATGTAAAATGGGCTATATCCTTGATATCTCATGagcaccactctggcaca
s rheMac2.chr2  60381389 107 + 189746636 ACAGCCTCACTAGCTCCATGATTGTTTAGTGGAATAAGGATGGAACATGGGAGTATGATGTAAAATGGGCTATATCCTCGATATCTCATGAGCACCACTCTGGCACA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69635384 107 + 202140232 ACAGCCTTACTAGCTCCATGATTGTTTAGTGGAGTAAGGATGGAACATGGGAGTATGATGTAAAATGGGCTATATCCTTGATACTTCATGagcaccactctggcaca
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203287171 106 - 203962478 ACAGCCTTACTAGCTCCATGATTGTTTAGTGGAATAAGGATGGAACATGGGAGTA-GATGTAAAATGGGCTATATCCTTGATACCTCATGAGCACCACTCTGGCACA
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=259708.000000
s hg19.chr21     9501636 240 +  48129895 ggcttctaccagcaagggtatcccagtagcagcagacaggcatgaagtttttcatgatgtgcatctgacagtgataccatgtgatattgataagcaatggcaTTGGCATCTGGAATCTGTCTCACTGGGTTTGGCAGAAGGACCTAGAGACAGTATTAGATTTTTTTCCCAAAAGAGAAAATGGGGTTTTCCAATGattaattgaaaaaaaaatatatatatatataCACACAATAAAAC
s rheMac2.chr2  60381496 227 + 189746636 GGCTTCCACCAGCAAGGGTATCCTAGTAGCAGCAAACAGGCATGAAGTTTTTCATTATGCACATCTGACAGTGATACCATGTGATATCAATAAGCAATGGCACTGGCATCCGAAATCTGTCTCACTGGGTTTGGCAGAAGGACCTAGAGACAGTATTAGATTTGTTTCCCAGAAGAGAAAATGGGGTGTTCCAATGAATAATTGGAAAAAATCtatatctatatata-------------
i rheMac2.chr2 C 0 I 193
s ponAbe2.chr3  69635491 236 + 202140232 ggcttctaccagcaagggtatcccagtagcagcagacaggcatgaagtttttcatgatgtgcatctgaaagtgatatcatgtgatattgataagcaatggcaTTGGCATCTGGAATCTGTCTCACTGGGTTTGGCAGAAGGACCTAGAGACAGTATTAGATTTTTTTCCCAGAAGAGAAAATGGGGTTTTCCAATGattaattgaaaaaaaaatatatatatataCACA----ATAAAAC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203287277 233 - 203962478 GGCTTCTACCAGCAAGGGTATCCCAGTAGCAGCAGACAGGCATGAAGTTTTTCATGATGTGCATCTGACAGTGATACCATGTGATATTGATAAGCAATGGCATTGGCATCTGGAATCTGTCTCACTGGGTTTGGCAGAAGGACCTAGAGACAGTATTAGATTTTTTTCCCAGAAGAGAAAATGGGGTTTTCCAATGATTAATTGAAAAAAAA---TACATATATATACA----ATAAAAC
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=177348.000000
s hg19.chr21     9501876 88 +  48129895 AAAACAGGAGTGACCAGGTACACATCCTATGTTGGCAGAACAGGTGAAAGTGGTTTGGTGTATTTCAAttttaccaaaatgggaacag
s rheMac2.chr2  60381916 88 + 189746636 AAAAGAGGACTGACCAGCTACCCATCCGACGTTGGTAGAACAGGTCAAAGTGGTTTGGTGTTTTTCaattttaccaaaatgggaacag
i rheMac2.chr2 I 193 C 0
s ponAbe2.chr3  69635727 88 + 202140232 AAAACAGGAGTGACCAGGTACACATCCTATGTTGGTAGAACAGGTGAAAGTGGTTTGGTGTATTTCAAttttaccaaaacgggaacag
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203287510 88 - 203962478 AAAACAGGAGTGACCAGGTACACATCCTATGTTGGTAGAACAGGTGAACGTGGTTTGGTGTATTTCaattttaccaaaatgggaacag
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=45623.000000
s hg19.chr21     9501964 80 +  48129895 gctgcctatattattttctat-tttttttctacttaatacatcgtgagcatcttcccatgtcTGTGTCTATTATGGTATGC
s rheMac2.chr2  60382004 81 + 189746636 gctgactatattattttctatgcttttttctacttaatacatcatgagcatcttcccatgtcTGTGTCTATCATGGTATGG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69635815 79 + 202140232 gctgactatattattttcta--tttttttctacttaatacatcatgagcatcttcccatgtcTGTGTCTATTATGGTATGC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203287598 80 - 203962478 gctgactatattattttctat-tttttttctacttaatacatcatgagcatcttcccatgtcTGTGTCTATTATGGTATGC
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=76461.000000
s hg19.chr21     9502044 51 +  48129895 TCATTTTTAAGGGCAAGGAACTTCTTTTTGGTCCAAGCTTCTTTTTCTTCT
s rheMac2.chr2  60382085 51 + 189746636 TCATTTTTAATGGCAAGGAACTTCTTTTTAGTCCAGGCTTCTTTTTCTTCT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69635894 51 + 202140232 TCATTTTTAAGGGCAAGGAACTTCTTTTTGGTCCAGGCTTCTTTTTCTTCT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203287678 48 - 203962478 TCATTTTTAAGGGCAAGGAACTTCTTTTTGGTCCAGGCTT---TTTCTTCT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=3388984.000000
s hg19.chr21     9502095 733 +  48129895  
s rheMac2.chr2  60382136 738 + 189746636  
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69635945 731 + 202140232  
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203287726 731 - 203962478  
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9502828 135 +  48129895 AACAAAGATTGAACTGGCCAGATTAGCAACTCAGAGTTATGCTGATCTTCCAGGCTGGAGGCCTCGCCCAAGATAACATCATGAACATTTTATACCTCCTACAGAATAACAGTACACTTGCAATCTGCCAGACTC
s panTro2.chr3 203288457 133 - 203962478 AACA--GACTGAACTGGCCAGATTAGCAACTCAGAGTTATGCTGATCTTCCAGGCTGGAGGCCTCGCCCAAGATAACATCATGAACATTTTATACCTCCTACAGAATAACAGTATACTTGCAATCTGCCAGACTC
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60382874 134 + 189746636 AACAAAGACTGAACTGGCCAAATTAGCAGCTCAGGGTTATGCTGATCTTCCAGGCTGGAGGCCTTGTCCAAGATAACATCATGAACATTTTCTACCTCCTACAGAACAATAGTACACTTGCAATCTGCCAGAC-A
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9502963 38 +  48129895 TATGACTGAAATGCAGAAACAATAAAACAATCATTAGT
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=165542.000000
s hg19.chr21     9503001 51 +  48129895 AACTCTGATTTTGCCACACGCCTGGGCAGCTCAAATTTCTTGACGGTTATG
s rheMac2.chr2  60383046 50 + 189746636 AACTCTGATTTTACTA-ATGCCTGGGCAGCTCAAATTTCTTGACAGTTATA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69636849 51 + 202140232 AACTCTGATTTTGCCGCACGCCTGGCCAGCTCAAATTTCTTGATGGTTATA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203288628 51 - 203962478 AACTCTGATTTTGCCACACGCCTGGGCAGCTTAAATTTCTTGATGGTTATG
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=45468.000000
s hg19.chr21     9503052 36 +  48129895 ACCCT-AAACATCTGCTTGAACTAATATATACTTTGT
s rheMac2.chr2  60383096 37 + 189746636 ACCCTAAAATATCTACTTGAACTAATATATACTTTGT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69636900 36 + 202140232 ACCCT-AAATATCTGCTTGAACTAATATATACTTTGT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203288679 36 - 203962478 ACCCT-AAACATCTGCTTGAACTAATATATACCTTGT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=117910.000000
s hg19.chr21     9503088 55 +  48129895 TATGCATATCTATTTAAAACATATTTCAATAAACATGCATAGTGAAATATATTAC
s rheMac2.chr2  60383133 55 + 189746636 TATGCATATCTATTTAAAACATATTTTGATAAACATGTATAGTGAAATATATTAT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69636936 55 + 202140232 TATGCATATCTATTTAAAACATATTTCAATAAACATGCATAGTGAAATATATTAT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203288715 55 - 203962478 TATGCATATCTATTTAAAACATATTTCAATAAACATGCATAGTGAAATATATTAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9503143 192 +  48129895 TGTCTGTAGTAAAAGGGAAATCCCAATATATTAATGATGTAATGAACTGTAAAAA-TAATCAATATTGGTTTTTCTGCATGTTGACCAATATATGAACCTATGTTTTATCTTCATTCTCATT-TTTCAGAATAAAAAGCAACATCTATTTAGTACATGCAAATAACTTGTGGGAGTTTTCAAGAATATACAAAT
s rheMac2.chr2  60383188 194 + 189746636 TGTCTGTAATAAAAGGGAAATCCCAATATGTTAACGATGTAATGAACTGTAAAAAGTGATCAATATTGTTTTTTCTGCATGTTGACCAATGTATGGACCTATTTTTTATCTTCATTCTCATTCTTTCAGAATAAAAAGCAACATCTATTTAGTACAAGCAAATAACTTGTGGGAGTTTTCAAGAATATACAAAT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69636991 193 + 202140232 TGTCTGTAGTAAAAGGGAAATCCCAATATGTTAATGATGTAATGAACTGTAAAAA-TAATCAATATTGGTTTTTCTGCATGTTGACCAATGTATGAACCTATGTTTTATCTTCATTCTCATTCTTTCAGAATAAAAAGCAACATCTATTTAGTACATGCAAATAACTTGTGGGAGTTTTCAAGAATATACAAAT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203288770 193 - 203962478 TGTCTGTAGTAAAAGGGAAATCCCAATATGTTAATGATGTAATGAACTGTAAAAA-TAATCAATATTGGTTTTTCTGCATGTTGACCAATGTATGAACCTATGTTTTATCTTCATTCTCATTCTTTCAGAATAAAAAGCAACATCTATTTAGTACATGCAAATAACTTGTGGGAGTTTTCAAGAATATACAAAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=80793.000000
s hg19.chr21     9503335 54 +  48129895 CAAATTAATTTAGAAGCATATCAGACACCCTACCTATGCAAATGGTATT--ATTTC
s rheMac2.chr2  60383382 56 + 189746636 GAAATTAATTTAGAAACATATCAGACACCCTACCTATGCAAATGGTATTACATTGT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69637184 54 + 202140232 CAAATTAATTTAGAAGCATATCAGACACCCTACCTATGCAAATGGTATT--ATTTT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203288963 54 - 203962478 CAAATTAATTTAGAAGCATATCAGACACCCTACCTATGCAAATGGTATT--ATTTT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=203444.000000
s hg19.chr21     9503389 87 +  48129895 GTTAATCTAGTTCTAAACTATATGTTTAACATCATTATACTTCAGGATTATTTTGAATCCTTTTATTTATCAATAATAGAACTTTCT
s rheMac2.chr2  60383438 87 + 189746636 GTTAATCTAGTTCTAAATTATGTGTTTAACATCATTCTACTTCAGAATTATTTTGAATCTTTTTATTTATCAATAATAAAACTTTCT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69637238 87 + 202140232 GTTAATCTAGTTCTAAACTATATGTTTAACATCATTATACTTCAGGATTATTTTGAATCCTTTTATTTATCAATAATAAAACTTTCT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203289017 87 - 203962478 GTTAATCTAGTTCTAAACTATATGTTTAACATCATTATACTTCAGGATTATTTTGAATCCTTTTATTTATCAATAATAAAACTTTCT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=242268.000000
s hg19.chr21     9503476 132 +  48129895 AAGATTTTAAATATAAAATACAAAGCTACCATCTTGAAGTTGTATTTCCTTTATTACATGATAATTAGTTGCATAATTAAAACATGTGGGGTCAAAGGTCAGATATTACAATCCAAGGGATATCACAAAGGA
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203289104 132 - 203962478 AAGATTTTAAATATAAAATACAAAGCTACCATCTTGAAGTTGTATTTCCTTTATTACATGATAATTAGTTGCATAATTAAAACATGTGAGGTCAAAGGTCAGATATTACAATCCAAGGGATATCACAAAGGA
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=624.000000
s hg19.chr21     9503608 31 +  48129895 TATTGTATTTTTTGCCCCAAATACGTATATT
s rheMac2.chr2  60383657 30 + 189746636 TATTGTA-TTTTTACTCCAAATATGTATATT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69637457 31 + 202140232 TATTGTATTTTTTGCACCAAATATGTATATT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=151130.000000
s hg19.chr21     9503639 70 +  48129895 AACAGCAATGGCTGTTACACAGAACATTAAACTAAAAGAGTCAAATGGAAACTGGAATAACATTTGTTGC
s rheMac2.chr2  60383687 70 + 189746636 AACAGCTATGGCTGTTACACAGAACATTAAGCTAAAAGAGTCCAATGGAAATTGGAATAACATTTGTTGC
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69637488 70 + 202140232 AACAGTAATGGCTGTTACACAGAACATTAAGCTAAAAGAGTCAAATGGAAACTGGAATAACATTTGTTGC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203289267 70 - 203962478 AACAGCAATGGCTGTTACACAGAACATTAAGCTAAAAGAGTCAAATGGAAACTGGAATAACATTTGTTGC
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=441744.000000
s hg19.chr21     9503709 238 +  48129895 AAATAATAGGTATAGTGAAATTTCAAGATGATTCTGAAAATATTTTATTTATCTGAACTTATGATAACATATCTGAGTGAATAACT--GAGAGTGCATTCAAGGAAGTAAATAGCTCTATTA-AAACAGTAACCTGATGATGAAGACTCAACATATGAAGACAGTGATATCCGTGGATGCCTTTCAGACACTGTGTTATTCTTTGGTGGTGACTCCATTATTCTTTATGAATAATACAATT
s rheMac2.chr2  60383757 241 + 189746636 AAATAAGAGGTATAGTGAAATTTCAAGATGATTCTGAAAATATTTTATTTATCTGGACTTATGATAACAAATCTTAGAGAATAACTGAGAGAGTGCACTCAAGGAAGTAAATAGCTCTATTAGAAACAGTAACCTGATGATGAAGACTCAACAAATGAAGACAATGATATCCGTGGATGCTTTTCAGACACTCTGTTATTCTTTGGTGGTGACTCCACTATTCTTTATGAATAATACAATT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69637558 238 + 202140232 AAATAATAGGTATAGTGAAATTTCAAGATGATTCTGAAAATATTTTATTTATCTGAACTTATGATAACATATCTTAGTGAATAACT--GAGAGTGCACTCAAGGAAGTAAATAGCTCTATTA-AAACAGTAACCTGATGATGAAGACTCAACAAATGAAGACAGTGATATCTGTGGATGCCTTTCAGACACTGTGTTATTCTTTGGTGGTGACTCCATTATTCTTTATGAATAATACAATT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203289337 238 - 203962478 AAATAATAGGTATAGTGAAATTTCAAGATGATTCTGAAAATATTTTATTTATCTGAACTTATGATAACATATCTGAGTGAATAACT--GAGAGTGCACTCAAGGAAGTAAATAGCTCTATTA-AAACAGTAACCTGATGATGAAGACTCAACAAATGAAGACAGTGATATCTGTGGATGCCTTTCAGACCCTGTGTTATTCTTTGGTGGTGACTCCATTATTCTTTATGAATAATACAATT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=216611.000000
s hg19.chr21     9503947 99 +  48129895 AGTGCAATTTTGAGTCTTTCCATCCTTGCCAATTATCCTAACACTGGAAAATTTTCTGTTTAACACAAAaatactaagaactcatttgagagtatcttc
s rheMac2.chr2  60383998 99 + 189746636 AGTGCAATTTTGAGTCCTTTCATCCCTGCCAATTATCCTAATATTGGAAAATTTTCTGTTTAACACAAAAATATTaagaactcatttgagagtatcttc
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s panTro2.chr3 203297976 94 - 203962478 AGAAGTCCATTAATAGTGGACAAATGTCTACTAAATATAACTTACATAAAAAGAAGTAAGAGATAATAAAACAAATGGGGTGAAACACCAAGAC
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9513093 52 +  48129895 CTTCTGACTAAGCATTGATTTAGAGATCAGTTTTCTCAGCAAAACTGACTTT
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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s panTro2.chr3 203299597 29 - 203962478 ATTACCattattaataaaaatgcatataa
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203300132 108 - 203962478 caccatgtcatttctaccacattttactgatgaagcagtcacagagctaacccaggttcaaagagagaagcaataaaccccatcttt-tatgcagaaagtgagaaagac
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s rheMac2.chr2  60394718 259 + 189746636 attgttgtcgtcattaattacccacaGAC----TAATCTGTATCCTCATTAATGACATTTGTTTAGCTTGATATACTCTTGGCTTTGACAATTAACAAAAATAGAAGAAATAGAAGGAAAAAA-ACAATATGGCATGCAGTAGTCATAATTACATTTTCATTTGTGTTGCTATCCTTGATTACTATACATATAAGAAATTATCTGTCAAGGAAATAAATCATCCTTGTATTGTTTCCAGAGATGAAAATCAATGAGTTTACCTT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203300240 264 - 203962478 attgcagtcatcattaattacccacaGACCATTTAATCTATATCCTCATTAATGATATTTTCTCAGCTTGACATACTCTTGGCTTTGACAATTAACAAAAACAGAAGAAATAGAAGAAAAAAAACCAATATGGTATGCAGTACTCATAATTACATTTTCATTTGTGTTGCTATCCTTGATTACTATACATATAAGAAATTATCTCTCAAGGAAATAAATCATCCTTGTATTGCTTCTGGAGATGAAAATCAATGAGTTTACCTT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9515165 50 +  48129895 AGGAAGGATAGAGAAA--AAATATATATAGAATCAATGTATTTTAACAGTAA
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i ponAbe2.chr3 C 0 I 23
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 I 23 C 0
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i rheMac2.chr2 I 47 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 I 4

a score=58352.000000
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60397627 256 + 189746636 TAGTGCCAAATCAAACTGTGTAGTCTCCAAATTGGGATGCATACAAAAATGATCTGCTGTGGTAGaaataatttataaaaaaaaaatCTGTTTACATTTATCTTATCTCATCAATTTTAGTAGGTATTTTTAAATCATATATTAGAAAAATTGTGTACCtataaataaacaaatatagtactgaagtttacttgttcaaatgttattacttatagagatgtgcatcc-aaaatgtttagaaactactTCCAAACTAT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s panTro2.chr3 203303527 299 - 203962478 CAATAAATGCAATGACTGTCATTTCATTCCTTCATAAAGCCTTTCACTCTCATCTCTTCCTTCTCTTTGCTGATTTTCAAATTCTGAAGCTTCTTTAATGGGATTCCTGTTAGCAAGTTCTCTCCTTTCTGTGTCCTCCATACACAAATGTCTGTGGTTTCTTGATAATTATATTCCATGAATATATTAATCATACCTTTGCTCCTAATTTTATATACAAGTTGGAATCCAGACTAAGCTTTTTTATTTAAAAAAATTACAATCTCAAATCAATAAATGCTTCTGCCATATTTTTCTCT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60398331 44 + 189746636 CTTCCATTTTAGGAATTCCTGTTTGCAGCGTATTGCTATAATTA
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 I 1

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i ponAbe2.chr3 I 1 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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s panTro2.chr3 203308603 276 - 203962478 tatagtaatcaaaattaagaataacagagggaaatagtttgaagagaggaaatgataga----tatttttggccatattaaaattgaggtatctacaggacataccaaAATATCTAACTGAGTAGGAAAAATATTATTCAGAAAGGACATTTGGTTT-ATGAAGAATAAAGACCTATTGGATTAAGTGGAATGTTTTACTTAGAAGTAGTTCCCTACTCTTTTCAGGAATATTATTGGCAATTAATCTCTGACCTCTAAGCCAGTTCACATTAAAAATAAG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69657098 276 + 202140232 tatagtaatcaaaattaagaataatagagggaaatagtttgaagagaggaaatgataga----tatttttggccatattaaaactgaagtatctacaagacataccaaAATATCTAACTGAGTAGGAAAAATATTATTCAGAAAGGACATTTGGTTC-ATGAAGAATAAAGACCTATTGGATTAAGTGGAATGTTTTACTTAAAATTAGTTTCCTACTCTTTTCAGGAATATTATTGGCAATTAATCTCTGACCTCTAAGCCAGTTCACATTAAAAATAAG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60403148 281 + 189746636 tatagcaatcaaaattaagaataatagaggaaaatggtttggagaggggaaatgatagagaggtatttttggccatattaaaattgaggtatctaaagaacataccaaaatatctgattgagtaggAAAAATATTATTCAAAAAGGACATTTGGTTTCATGAAGAACAAAGACCTATTGAATTAAGTGGAAAGTTTTACTTAAAATTAGTTTCCTAGCCCTTTCAGGAATATTATTGGCAATTAATCTCTGACCTGTAAGCCAGTTCACATTAAAAATAAG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=200860.000000
s hg19.chr21     9523209 150 +  48129895 ACCACACCAAAAGACATTTTAGATTGAGAAACTAATGTGAACAATTCATGGGGAGAAAATTGAAATATGGCAATAGTCTATTGTACAGCTGTCTTGAAGGGGAATTTGAAGGCCATAACTGTCGAAGGATTTTCCTAACTTAACAGAAGC
s panTro2.chr3 203308879 149 - 203962478 ACCACGCCAAAAGACATTTTAGATTGAGAAACTAATGTGAACAATTCATGGGGAGAAAATTGAAATATGGCAATAGTCTATTGTACAGCTGTCTTGAAGGGGAATTTGAAGGCCATAACAGTGGAAGGATTTTCCTAACTT-ACAGAAGC
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69657374 149 + 202140232 ACCACACCAAAAGACATTTTAGGTTGAGAAACTAATGTGAACAATTCATGGGGAGAAAATTGAAATATGGCAATAGTCTACTGTACAGCTGTCTTGAAGGGGAGTTTGAAGGCCATAACTATTGAAGGATTTTCCTAACTT-ACAGAAGG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60403429 149 + 189746636 ACCACACCAAAAGACATTTTTGGTTGAGAAACTCATGTGAATAGTTCATGGGGAGAAAATTGAAATATGGCAATAGCCTATCGTACAGCTGTCTTGAAGGGGAATTTAAAGGCCATAACTATTGAAAGATTTTCCTAACTT-ACAGAAGC
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=30024.000000
s hg19.chr21     9523359 24 +  48129895 CTGTGTACACTACCAGAAGA----------------------ACTG
s panTro2.chr3 203309028 46 - 203962478 CTGTGTACACTACCAGAAGAATTGATGTTTGCAGTTCCACCCACTG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69657523 46 + 202140232 CTGTGTACACTACCAGAAAAATTGATGTTTGCAATTCCACCCACTG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60403578 46 + 189746636 CTGTGTACACTACCAGAAGAACTGATGTTTGCAATTCCACCCACTG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=149134.000000
s hg19.chr21     9523383 123 +  48129895 TGTACTTTTTCATGATCAGAGAAATCATTCAGGACAACGCAGTTAGCAAACCATAACTCAAAATCGATAGACCCCCACCCCCCGCATTTTTGTTATTTCATGATAAGATAATGGCAATATATA
s panTro2.chr3 203309074 123 - 203962478 TGTACTTTTTCATGATCAGAGAAATCATTCAGGACAACGCAGTTAGCAAACCATAACTCAAAATCGATAGACCCCCACCCCCCGCATTTTTGTTATTTCATGATAAGATAATGGCAATATATA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69657569 118 + 202140232 TGTACTTTTTCATGATCAGAGAAATCATTCAGGACAACGCAGTTAGCAAACCATAACTCAAAATCAATAGACCCCCCCC-----CACTTTTGTTATTTCATGATAAGATAATGGCAATATATA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60403624 120 + 189746636 TGTACCTCTTCATGATTAGAGAAATCATTCAGGACAATGCAGTTAGCAAATCATAACTCATAGATGATA---CCCACTTCCCTGCATTTTTGTTATTTCATGATAAGATAATGGCAATATATG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=226401.000000
s hg19.chr21     9523506 253 +  48129895 AAATAAGCATAATACTAATAGTATATAAACCATAAAGTAAAATGTTTAACATATATTATTTTATTCAACCCTAAACATACTCTATTATAACTTGGTGAGAAAAGTAGTAATATCTCCATGTTAAATATTAAAGAACCTTAAAACTAGAATAAATGCAAAGAACATGACACATGGTATGGATGACC--TTTTTTTCTGAAAATAGTTTAAATTCCTTTCCCCTATACCAGTATTAGACTGAGAAATGGAGTCACTC
s panTro2.chr3 203309197 253 - 203962478 AAATAAGCATAATACTAATAGTATATAAACCATAAAGTAAAATGTTTAACATATATTATTTTATTCAACCCTAAACATCCTCTATTATAACTTGGTGAGAAAAGTAGTAACATCTCCATGTTAAATATTAAAGAACCTTAAAACTAGAATAAATGCAAAGAACATGACACGTGGTATGGATGACC--TTTTTTTCTGAAAATAGTTTAAATTCCTTTCCCCTATACCAGTATTAGACTGAGAAATGGAGTCTCTC
i panTro2.chr3 C 0 I 383
s ponAbe2.chr3  69657687 253 + 202140232 AAATAAGTGTAATACTAATAGTATATAAACCATAAAGTAAAATGTTTAACATATATTATTTTATTCAACCCTAAACATCCTCTATTATAACTTGGTGAGAAAAGTAGTAACATCTCCATGTTAAATATCAAAGAACCTTAAAACTAGAATAAATGCAAAGAACATGACACGCGGTTTGGATAACC--TTTTTTTCTGAAAATAGTTTAAATTCCTTTCCCCTGTACCAGCATTAGACTGAGAAATGGAGTCTCTC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60403744 255 + 189746636 TAATAAGTATATTAATAATAGTATATAAACCATAAAGTAaaatgtttaacatacattattttatccaaccctaaacatcctctattataacctggtgagaaaagtagcaacatctccatgttaaatattaaagaaactTCAAACTAGAATAAATGCAAAGAACATGACATGCGGTATGGATGATCTTTTTTTTTCTGAAAATAGTTTAAATTCCTTTCCTCTATAAGAGTATTAGACTGAGAAATGGAGTCTCTC
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=189591.000000
s hg19.chr21     9523759 71 +  48129895 CTGAGAACCATCTAAGTACTGGTATATCTGCTTGAATCACAAACACATGATTATAAGGCAAATGTAATCCA
s panTro2.chr3 203309833 71 - 203962478 CTGAGAACCATCTAAGTACTGGTATATCTGCTTGCATCACAAACACATGATTATAAGGCAAATGTAATCCA
i panTro2.chr3 I 383 C 0
s ponAbe2.chr3  69657940 71 + 202140232 CTGAGAACCATCTAAGTACTGGTATATCTGCTTGAATCATAAACACATGATTATAAGGCAAATGTAATCCA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60403999 71 + 189746636 CTGAGAACCATTTAAGTCCTGGTATATCTGCTTGAATCACAAACACATGAGTATAAGGTAAATGTAATCCA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=222546.000000
s hg19.chr21     9523830 60 +  48129895 TATTTATGTTGTT--AAAAAAGATGAAAATCCATAAAATACTGTGATCATATTTAGAGAATT
s panTro2.chr3 203309904 60 - 203962478 TATTTATGTTGTT--AAAAAAGATGAAAATCCATAAAGTACTGTGATCATATTTAGAGAATT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658011 62 + 202140232 TACTTATGTTGTTAAAAAAAAGATGAAAATCCATAAAGTACTGTGATCATATTTAGAGAATT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404070 61 + 189746636 TATTTACGTTCTT-AAAAAAAGATGAAAATCCATAAAGTACTGTGATCATATTTAGAGAATT
i rheMac2.chr2 C 0 M 182

a score=278131.000000
s hg19.chr21     9523890 109 +  48129895 TTCAATCAAATGATTCTGTCAATCCCTAAATATGCTGATAGCAACAAAGAAACAGATGTTTGGTTTTATTCCATTGCCAGTGATATAGGAAAAAAAAAGCTATTAATAA
s ponAbe2.chr3  69658073 108 + 202140232 TTCAATCAAATGATTCTGTCAATTCCTAAATATGCTGATAGCAACAAAGAAACAGATGTTTGGTTTTATTCCATTGCCAGTGATATAGGAAAAGAAA-GCTATTAATAA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203309964 108 - 203962478 TTCAATCAAATGATTCTGTCAATTCCTAAATATGCTGATAGCAACAAAGAAACAGATGTTTGGTTTTATTCCATTGCCAGTGATATAGGAAAAGAAA-GCTATTAATAA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
e rheMac2.chr2  60404131 182 + 189746636 M

a score=138286.000000
s hg19.chr21     9523999 98 +  48129895 GCATAAATTCTACTAAAGTTGAAAGACATGGAATATTCATATAAA-TGGAGTACATTTTACCACTTTTTATACTCAAGAAAATAAcatgaaaaataacg
s panTro2.chr3 203310072 98 - 203962478 GCATAAATTCTACTAAAGTTGAAAGACATGGAATATTCATATAAA-TGGAGTACATTTTACCACTTTTTATACTCAAGAAAATAAcatgaaaaataact
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658181 97 + 202140232 GCATAAATTCTACTAAAGTTG-AAGACATGGAATATTCATATAAG-TGGAGTACATTTTACCACTTTTTATACTCAAGAAAATAAcaagaaaaataact
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404313 99 + 189746636 GCATAAATTCTACTAAAGTTGAAAGACATGGAATATTCATATAAATTGGAGTATATTTCACCACTTTTAATACTCAAGAAAATAAcatgaaaaatgact
i rheMac2.chr2 M 182 C 0

a score=22393.000000
s hg19.chr21     9524097 62 +  48129895 gtacagggtactaggcttaatacccggatagtgaaataatctgtacaacaaactcccatgac
s rheMac2.chr2  60404412 62 + 189746636 atacaaggtagtaggcttaatacctgggtagtgccataatctgtacaacaaacgcccactac
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658278 62 + 202140232 ctgcagggtactaagcttaatacccagatagtgaaataatctgtacaacaaactcccacgac
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203310170 62 - 203962478 gtacagggtactaggcttaatacccggatagtgaaataatctgtacaacaaacccccatgac
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=14664.000000
s hg19.chr21     9524159 35 +  48129895 acaagtttacctctgcaatgaacctgcacatgcac
s panTro2.chr3 203310232 35 - 203962478 acaagtttacctctgcaacgaacctgcacatgcac
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658340 35 + 202140232 acaagtttacctctgcaacgaacctgcacatgcac
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404474 35 + 189746636 acaagcttacctctgcaatgaacctgcacatgcac
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=13119.000000
s hg19.chr21     9524194 38 +  48129895 cccaaacttaaaataaaaattaaaaaagaaaaAAATAG
s rheMac2.chr2  60404509 38 + 189746636 cccaaacttaaaacaaaagttaaaaaagaaaaAAATAG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658375 35 + 202140232 cccaaacttaaaataaaaattaaaaaaaaaaaA---AG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203310267 38 - 203962478 cccaaacctaaaataaaaattaaaaaagaaaaAAATAG
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=9994.000000
s hg19.chr21     9524232 14 +  48129895 TTATATAGTAAAGA
s panTro2.chr3 203310305 14 - 203962478 TTATATAGTAAAGA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658410 14 + 202140232 TTATATAGTAAAGA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404547 14 + 189746636 TTATATAATAAAGA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=58643.000000
s hg19.chr21     9524246 87 +  48129895 AAAAGTAGTAAGTGTCAGTGGGAGACTTCAAAATTACGAACAAAGTAAAAGAGGAACGAGGGTGGGGTGTCAGATCTAAATAAAAGA
s panTro2.chr3 203310319 87 - 203962478 AAAAGTAGTAAGTGTCAGTGGGAGACTTCAAAATTATGAACAAAGTAAAAGAGGAACGAGGGTGGGGTGTCAGATCTAAATAAAAGA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658424 87 + 202140232 AAAAATAGTAAGTTTCAGTGGGAGACTTCAAAATTATGAACAAAGTAAAAGAGGAACGAGGGTGGGATGTCAGATCTAAATAAAAGA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404561 86 + 189746636 AAAAGTAATAAGTGTCAGTGAGAGACTTCAAAATTATTAACAAA-TAAAAGAGGAACAAAGATGGGATGTCAGATCCAAATAAAACA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=611.000000
s hg19.chr21     9524333 59 +  48129895 AATACAAAAAATAATAAAGAAACAACAAAATTTGCCGAAAATATCCATACTAGAGAAAC
s panTro2.chr3 203310406 59 - 203962478 AATACAAAAAATAATAAAGAAACAACAAAATTTGCCAAAAATATCCATACTAGAGAAAC
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658511 59 + 202140232 AATACAAAAAATAATAAAGAAACAACAAAATTTGCCAAAAATATCCATACCAGAGAAAC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404647 59 + 189746636 AACACAAAAAATAATCAAAAATAAACAAAATTTGCCAAAAATATCCATACTAGAGAAAC
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=-2508.000000
s hg19.chr21     9524392 40 +  48129895 TACTTTTTTAATAATCATGAAAAAAGCACGATTATATAAA
s panTro2.chr3 203310465 40 - 203962478 TACTTTTTAAATAATCATGAAAAAAGCATGATTATATAAA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658570 40 + 202140232 TACTTTTTTAATAATCATGAAAAAAACATGATTATATAAA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404706 39 + 189746636 TACTTTTTTAATAATCATGAAAAAAGTA-GATTAAATAAA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=155421.000000
s hg19.chr21     9524432 120 +  48129895 TAAAAG-AAAAAAGCAATGACTACTAAAATAGAATATAAAACAATAAAGAAAACCTGTAGTAAACTAAGAAATTGTTGAGAAAAATATTATTGGTATTTTCAAAAGGCAAAATTGAAGTGG
s panTro2.chr3 203310505 120 - 203962478 TAAAAG-AAAAAAGCAATGACTACTAAAATAGAATATAAAACAATAAAGAAAACCTGTAGTAAACTAAGAAATTGTTGAGAAAAATATTATTGGTATTTTCAAAAGGCAAAATTGAAGTGG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658610 121 + 202140232 TAAAAGAAAAAAAGCAATGACTACTAAAATAGAATATAAAACAATAAAGAAAACCTGTAGTAAACTAAGAAATTGTTGAGAAAAATATTATTGGTATTTTCAAAAGGCAAAATTGAAGTGG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404745 116 + 189746636 TAAAAG-AATA----AATGACTACTAAAATAGAATATAAAACAATAAAGAAAGCCTGTAGTAAACTAAGGAATTGTTGAGAAAAATATTATTGGTATTTTCAAAAGGCAAAATTGAAGTGG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=-7997.000000
s hg19.chr21     9524552 28 +  48129895 CAGTATTAAAAAAGGGTTGTTGCACATT
s panTro2.chr3 203310625 28 - 203962478 CAGTATTAAAAAAGGGTTGTTGCACATT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658731 28 + 202140232 CAATATTAAAAAAGGGTTGTTACACATT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404861 28 + 189746636 CAGGATTAAAAAAGGGTTGTTACACATT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=129694.000000
s hg19.chr21     9524580 69 +  48129895 GTGTATATTTAAAAGGCAAATTAG--AAAAATGGCTTAATTACCTATGTAGCTTATTCCTGCAGAAGAAAC
s panTro2.chr3 203310653 69 - 203962478 GTGTGTATTTAAAAGGCAAATTAG--AAAAATGGCTTAATTACCTATGTAGCTTATTCCTGCAGAAGAAAC
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404889 71 + 189746636 GTGTATATTTAAAAGGCAAATTAGAAAAAAATGGCCTAATTACCTATGTAGCTTATTCCTGCAGAAGAAAC
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=116299.000000
s hg19.chr21     9524649 48 +  48129895 ATACCTCAAAAATAGAATGAGTCAACTCATGGTTAATCAACACATCAG
s panTro2.chr3 203310722 48 - 203962478 ATACCTCAAAAATAGAATGAGTCAACTCATGGCTAATAAATACATCAG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658828 48 + 202140232 ATACCTCAAAAACAGAATGAGTCAACTCATGGTTAATAAATACATCAG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60404960 47 + 189746636 ATACC-CAAAAATAGAATTAGTCAACTCCTGGTTAATAAATATATCAG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=54679.000000
s hg19.chr21     9524697 32 +  48129895 GAGAAACAGGACATTCCAGCAATGAAAGAACC
s panTro2.chr3 203310770 32 - 203962478 GAGAAACAGGACATTCCAGCAATGAAAGAACC
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658876 32 + 202140232 GAGAAACAGGAAATTCCAGCAATGAAAGAACC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405007 32 + 189746636 GAGAAACACGGAATTCCAGCAATGCAAGAAAC
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=183650.000000
s hg19.chr21     9524729 138 +  48129895 ATCATTAAGGAAACAATTGAGGACAAACATCCTGACTAATGAAAAGCCCAATTCTTTGATATCACACACAGCTCAATTCAGGAATGATATTCCAAAAAATAATCAAAGTGCCTTTAGAACTATTACCCATGCTTTTAC
s panTro2.chr3 203310802 138 - 203962478 ATCATTAAGGAAACAATTGAGGACAAACATCCTGACTAATGAAAAGCCCAATTCTTTGATATCGCACACAGCTCAATTCAGGAATGATATTCCAAAAAATAATCAAAGTGCCTTTAGAACTATTACCCATGCTTTTAC
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69658908 137 + 202140232 ATCATTAAGGAAACAATTGAGGACAAACATCCTGACTAATGAAAAGCACAATTCTTTGATATCGCACACAGCTCAATTCAGGAATGATATTCC-AAAAATAATCAAAGTGCCTTTAGAACTATTACCCATGCTTTTAC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405039 138 + 189746636 ATCATTAAGGAAACAATTATGAACAAACACCTTGACTAATGAAAAGCCCAATTCTTGGATATTGCACACAGCTCAATTCAGGAATGATATTCCAAAAAATAATCAAAGTGCCTTTAGACCTATTGCCCATGTTTTTAC
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=23480.000000
s hg19.chr21     9524867 98 +  48129895 TTTCAGAAGGCATTTTGTAGTTACAAAAGAAAGAACAGAGATATTTGTAATTGTATCTATAAGGATGCAAACTGCCCTCTGCCCTAAAATCTTTAATG
s panTro2.chr3 203310940 98 - 203962478 TTTCAGAAGGCATTTTGTAGTTACAAAAGAAAGAACAGAGATATTTGTAATTGTATCTATAAGGATGCAAACTGCCCTCTGCCCTAAAATCTTTAATG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=90387.000000
s hg19.chr21     9524965 80 +  48129895 ACTGTACCACTGCTGTAAATATATGTAAACATACTTTAGACACATGCAAGTTTTTTTGAGGTTATATCAATAACAGGTTT
s panTro2.chr3 203311038 79 - 203962478 ACAGTACCACTGCTGTAAATATATGTAAACATACTTTAGACACACGCAAGTTTTTT-GAGGTTATATCAATAACAGGTTT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405260 79 + 189746636 ACAGTACCACTGCTGTAAATATATGTAAGCATACTTTAGACACATGCAACTTTTTT-GAGGTTATGTCAATAACAGGTTT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=56847.000000
s hg19.chr21     9525045 53 +  48129895 CATATAACAAACTAAAAATAAGCAAAAAAAAA--TGGAAAAAAGGTATGTAACAT
s panTro2.chr3 203311117 54 - 203962478 CATATAACAAACTAAAAATAAGCAAAAAAAAA-ATGGAAAAAGGGTATGTAACAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69659222 55 + 202140232 CATATAACAAACTAAAAATAAGCAAAAAAAAAAATGGAAAAAGGGTATGTAACAT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405339 53 + 189746636 CATATAACAAACTAAAAATCAGAAAAAAAAAA--TGGAAAAAGGGTATGTAACAT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=23051.000000
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s panTro2.chr3 203311171 57 - 203962478 GCATTTACTATAGTTGACATGCAAACTTAGAGTCCCTGCTTTAAAAAATCAACAATG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=59975.000000
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69659334 113 + 202140232 Aggctgggcgtggtggctcactcctataatcccagcactttgggaggccaaggcaggcagatcacttgaggtcagcagttcgagaccagcctggccaatatgttgaaaccgcg
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405449 113 + 189746636 Aggctgggcgtggtggctcacacctataatcccagcactttgggaggccgaggaaggcagatcacttgaggtcagcagtttgagaccagcctggccaatatgtggaaaccgca
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=36040.000000
s hg19.chr21     9525268 62 +  48129895 tctccactaaaaatacaaaaattagccaggtgtggtggcaggggcctgtagtcccagctact
s rheMac2.chr2  60405562 62 + 189746636 tctctactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggcaggggcctgtagtctcagctact
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69659447 62 + 202140232 tctccactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggctggggcctgtagtcccagctact
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203311341 62 - 203962478 tctccactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggcaggggcctgtagtcccagctact
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=62294.000000
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s panTro2.chr3 203311403 119 - 203962478 cgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcagaggttgcagtgagccgagatcacactacacgccactacactccagcctgggcgacagggcgagactccatctccaaa
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69659509 119 + 202140232 cgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacacgggaggcagaggttgcagtgagccgagatcgcaccacatgccactacactccagcctgggcgacagagcaagactccgtctccaaa
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405624 119 + 189746636 cgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcggaggttgcagtgagccgagatcatgccacatgccactacactccagcctgtgtgacagagtaagactccccctccaaa
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9525449 18 +  48129895 aaaaaaaaaaaaa-------------------------CAACT
s panTro2.chr3 203311522 33 - 203962478 aaaaaaaaaaaaa----------aaaaaaaaaaaaaaTCAACT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405743 43 + 189746636 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTTCAGCT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9525467 105 +  48129895 ATGAAGTTCAACAATTGCAAAATGTTTCATCAAAAGAGCTTATCAAGAGAATGAAAAAGAATGTAGCTATTAGAATTTATAAAGCTATAAACTCTATCAGTATAG
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405786 105 + 189746636 ATGAAGTTCAACAATTGCAAACTGTTTAATTAAAAGAGTTTATCAAGAGAATGAAATAGAATATAGCTATTAGAATTTATAAGGCTATGAACTACATCAGTATGG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=41284.000000
s hg19.chr21     9525572 44 +  48129895 AAAAAGATATATTGGAAGAAATAAAACAGTCGGTACTTTTAATG
s panTro2.chr3 203311660 44 - 203962478 AAAAAGATATATTGGAAGAAATAAAACAGTCGGTACTTCTAATG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69659757 44 + 202140232 AAAAAGATATATTGGAAGAAATAAAACAGTTGGTACTTTTAATG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60405935 229 + 189746636 TATTCACTTTTTTCTCCCAATGTATCAAATATTGAATAAAAATATGTATGCAGGAAATATGATGCTATAATCAAATGGATACTCAATAAACACTATCAAAATATTGGGGCTCGAGGTGATAAAAATATGCTGACAGGTCAGTTTGGGACCATGCATAAAATTATTTATGAAAGAGAGAAGCCCTATATTCATTTATTTAAAAAAGATGAATAGACTATGTGCTTAACAA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9525845 149 +  48129895 AATAAACACTGAAAGAAGCCATCTTCATGGAAATACAGGATTATATTGGAAAAAAAA-GTCACAATGCTTTCTTTCCTGATTTATTAAGGAAAATTACAAAGATTTTGGAAAGACTCAATAAAATATATTTACTTCGTT-AAAAAAACACA
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60406164 151 + 189746636 AATAAACACTGAGAGAAGCCAACTTCATGGAAATACAGGATTATATTGGGGGAAAAAAGGCACAATGTTTTCTTTCCTGATTTATTAAGGAAAATTACAAAGATTTTGGAAAGACTCAGtaaaatatatttattttattaaaaaaaataCA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9525994 281 +  48129895 AACCTATGCATACTAATAAGTAGAGAACCTCGGTTGCTGCTTCTGTTGATTACAGAGACTACTGGGATAAGGCAATCAAAACTAAGAAATAGTTTGCCAGTCTCTTGGAAGCCAGAGAAAAAGAAAAACACCAgaaacctagccctgg-aatgtcattgaa----tagctgtaggatagtggcaaggatgtcagcatctgttaacactcgattttctcttctgcaaaaatgaaactattagtattccaccatattgcaattaatatcacttgagctaatgtataca
s panTro2.chr3 203312083 280 - 203962478 AACCTATGCACACTAATAAGGAGAGAACCTCGCTTGCTGCTTCTGTTGATTACGGAGACTACTGGGAGAAGGCAATCAAAACTAAGAAGTAATTTGCCAGTCTCTCGGAAGCCAGAGGAAGAGAAAACCACCAgaaacctagccctgg-aatgtcactgaa----tagctgtaggacagtggcaaggatgtcagcatctgt-aacactcgattttctcttctgcaaaaatgaaactattagtattccaccatattgcaattaatatcacttgagctaatgtataca
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69660180 281 + 202140232 AAGCTATGCATACATATAAGTAGAGAACCTCGGTTGCTGCTTCTGTTGATTACGGAGACTACTGGGATAAGGCAATCAAAACTAAGAAATAATTTGCCAGTCTCTTGGAAGCCAGTGAAAAAGaaaaacaccagaaacctagccctggtaatatcattgaa----tagctgtaggatagtggcaaggacgtcagcatctgt-aacactcgattttctcttctgcaaaaatgaaactattagtattccaccatattgcaattaatatcacttgagctaatgtataca
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60406315 285 + 189746636 AAGCTATGCATACTAACAAGTAGAGAACCTTGGTCGCTGCTTCTGTTGATTACGGAGACTCCTGGGATAAGGCAATCATAATTAAGAAATAATTTGCCAGTCTCTTGGAAGCCAGGGAAAAAGAAAAACACCAGAAACCAAGCCCTGGTAATATCATTGAATAGCTAGCTGTAGGATAGTGGCAAGGATGTCAGCATCTGT-AACATTCTATTTTCTCTTCTCCAAAAATGAAACGATTAGTATTTCACCATATTGCAATTAGTATCACTTGAGCGAATGTATACA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s rheMac2.chr2  60406600 43 + 189746636 AGCAGTTTGAAATCCCAAAGGATTCACATGTAAAATATTGGAT
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203312363 43 - 203962478 aGCAGTATGAAATCCCACAGGATTCACATGTAAAATATTGGAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9526318 187 +  48129895 TTTTTATATTTTAATATGTAAAATGTAAGTTGTTTCTTTTCTCTCTGATACAAAATGCAGTTTTCATTCCACAGTTTCACTCTCATACACTTAATAACTTTTGTTAACGTAACAATACAGTGTGAGAGTTCCTGGGGCTATGCCTGACCCAAAGCAGACACTTAGTAAAATGTCTGTGGAACCTAAA
s panTro2.chr3 203312406 187 - 203962478 TTTTTATATTTTAATATGTAAAATGTAAGTTGTTTCTTTTCTCTCTGATACGAAATGCAGTTTTCATTCCACAGTTTCACTCTCATACACTTAATAACTTTTGTTAACGTAACAGTACAGTGTGAGagttcctggggctatgcctgacccaaagcagacacttagtaaaatgtctgtggaaCCTAAA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69660504 187 + 202140232 TTTTTATATTTTAATATGTAAAATGTAAGTTGTTTCTTTTCTCTCTGATACAAAATGCAGTTTTCATTCCACAGTTTCACTCTCATATACTTAATAACTTTTGTTAACATAACAATACAGTGTGAGAGTTCCTGGTGCTATGCCTGACCCAAAGCAGACACTTAGTAAAATGTCTGTCGAACCTAAA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60406643 187 + 189746636 TTTTTGTATTTTAATATGTAAAATGTAAGTTGTTTCTTTTCTCTCTGATACAAAATGCAGTTTTCATTCCACAATTTCACTCTTAGGTACTTAATAAGTTTTGTTAACATTACAATACAGTGTGAGagttcctggtgctatgcctgacccaaagcacacactcactaaaatgtctgtcgaaCCTAAA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=78970.000000
s hg19.chr21     9526505 61 +  48129895 TTTATTTTAGGATACAATTGGAATCTAAACTAAAAGAGTTTTCAAATTCAGAATCAGGCAT
s panTro2.chr3 203312593 61 - 203962478 TTTATTTTAGGATACAATTGGAATCTAAACTAAAAGAGTTTTCAAATTCAGAATCAGGCAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69660691 61 + 202140232 TTTATTTTAGGATACAATTGGAATCTAAACTAAAAGAGTTTTCAAATTTAGAATCAGGCAT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60406830 60 + 189746636 TTTATTTTAGGATACAATTGGAAACTACAGTAAAAGAGTTTTAAAATT-ATAATCAGGCGT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=323652.000000
s hg19.chr21     9526566 181 +  48129895 ATTTGCTGCAAAGCATTATGGGTCTCATTTCCATTTCCAAATCCACCAAGTCCATCCTTTCACGCATCATGTTACTCAGGGATAAAGCACATCTAAGTGAAACAGAAGTTAAATCTG--CTCTTTCATAACCCAGAGACATTAATTACAATGGAATAGCATGATAAACACCGTGAACGATATG
s panTro2.chr3 203312654 181 - 203962478 ATTTGCTGCAAAGCATTATGGGTCTCATTTCCATTTCCAAATCGGCCAAGTCCATCCTTTCACGCATCATGTTACTCAGGGATAAAGCACATCTAAGTGAAACAGAAGTTAAATCTG--CTCTTTCATAACCCAGAGACATTAATTACAATGGAATAGCATGATAAACACCGTGAACGATATG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69660752 183 + 202140232 ATTTGCTGCAAAGAATTATGGGTCTCATTTCCACTTCCAAATCTCCCAAGTCGATCCTTTCACGCATCATGTTACTCAGGGATAAAGCACATCTAAGCGAAACAGAAGTTAAATCTGCTCTCTTTCATAACCCAGAGACATTAATTACAATGGAATAGCATGATAAACACCATGAACGATAAG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60406890 177 + 189746636 ATTTGCTGCAAAGAATTATGAGTCTCATTTCCATTTCCAAATCCACCAAGTCGATCTTTTCATGCATCATGTTACTCAGGGATAAAGCACATCTAAGAGAAACAGAAGTTAAATCTGCTCTCTTTCATAACCCAGAGACATTAATTACAGCGGAATAGCATGGTAAACACCATAAAC------
i rheMac2.chr2 C 0 I 23

a score=95827.000000
s hg19.chr21     9526747 56 +  48129895 GAGATTAATAGAAAAA-ATATGAAAAGAAAATGACAGCAGCTAGGAAGAAACAAAAA
s rheMac2.chr2  60407090 57 + 189746636 GAGATTAATAGAAAAAAATATGAAAAGAAAATGACAGCAGCTAGGAAGAAACAAAAA
i rheMac2.chr2 I 23 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=59923.000000
s hg19.chr21     9526803 47 +  48129895 GGATGGGTGGAAATAAGGGAGGTTGACCTCCAAAGGGCAAGTAAAGT
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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a score=16770.000000
s hg19.chr21     9526883 43 +  48129895 CATGTGTAATTAATATAGTTTCTGGTGGGGGGTGATGGGAGAA
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a score=252892.000000
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i rheMac2.chr2 C 0 I 166
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203313013 230 - 203962478 ATGGGGATAAAGAAAAGCCCTGAGTAGCAACCTTCTTGCCTGAATTGTGAAGGCAACACGAATACACAGATCACGTCTTGGGAGAAATAAATGTGACCCCTTAAAATTTGCACCATATTATTGAACTCTCTTTGACACGAGTAACCATAGAAGACACAGGTAACACATGGGTTGCTCTTTATGTAGGGCTTTAGC-----AGTCTATTCAGTCTTTTACCATGTGACTACTTTGT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=-11462.000000
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 I 11

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e rheMac2.chr2  60408945   11 + 189746636 I

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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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s panTro2.chr3 203321362 373 - 203962478 ctcttgacagccaaacaaccaggagccagtagaaagaaaactccaagttagaactcacacacgtcagtttcatgaacacagagcagggtagggaagcctgaagagtaatttggaagagcaaaggaaagatgtcGAATGCATAAAgtccactaagtttgggaaacattgggttaaacaaagctaca---taattctcttttctgcaggatttctcagatcctttaaatgtgaatgcaaactataactctccaggaagagggaaaaaatgtgccaagcatgccaaatgtttaaccacacaacCTCCCATTCTTGTAGAACACCTTAACAGACTCTTGTCCCATGTGACACACTC-TAACATTTTCCAATGTTAGTATCT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69669504 302 + 202140232 ctcttgacagccaaacaaccaggagccagtagaaagaaaactccaagttagaactcacacacgtcagtttcatgaacacagagcaaggtagggaaggctgatgagtaatttgg-agagcaaagg-aagatgtcGAATGCATAAAgtccactaagtttgagaaacattgggtt-aacaaagctaca---taattttcttttctgcaggatttctcagatcctttaaATGTG-ATGC-AACTATAA-------------------------------------------------------------------NNNNNNNNNNTTAACAGACTCTTGTCCCATGTGACACACTCTTAACATTTTCCAATGTTAGTATCT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60413648 372 + 189746636 ctcttgatagtcaaacaaccaggagccagtaggaaggaaagctcaagttagaactcacacaggtcagtttcatgaacacagagcagggtagggaaggctgaagagtaatttggaagagcaaaggaaagatgtTGAATGCATTAAgtccactaagtttgggaaacattgggttaaacaaagctacatagtaattttcttttctgcaggatttctcagatcctttaaatgtgaataaaaactataactcctcaggaagagggagaaaatgtgccaagcatgccaaatgtttaaccacacaacCTCCCATTCTTGTAGAATTCCTTAACAGACTCTTGTCCCATGTGGCACACTC-T----TTGGAAAATATTAGTATAT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=117715.000000
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s rheMac2.chr2  60414020 64 + 189746636 TGTAAATATTCAGGGTCAACCCATCTTACCCCAAGTGTTAAATTAATTTTGTCTGAAGAGATGG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69669806 64 + 202140232 TGTAAATATTCAGGGTCAACCCATCATACCCCAAGTATTAAATTAATTTTGCCTGAAGAGTTGG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203321735 64 - 203962478 TGTAAATATTCAGGGTCAACCCATCATACCCCAAGTATTAAATTAATTTTGCCTGAAGAGTTGG
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=185709.000000
s hg19.chr21     9535682 161 +  48129895 TGTCTTAATTGGTAGAATTAGTATATTCCATTTCTCTAG--CCCAAATTGTAGAACTTTCAGAGCTTCAAATAATTCTGGGCATTCCTCTACTCTGATGGGTTCAATCGGCAGATAAAATAATGAAGACATTGAAAAATAAAGTCGCTTGGGCAAAAACGAGA
s rheMac2.chr2  60414084 163 + 189746636 TGGCTTAATTGGTAGAATTCACATATTCCATTTCTCTAGCCCCCAAATTGTAGAACTTTCAGAGCTTCAAATAATTCTGGGCATTCCTCTACTCTGATGGGTTCAATTGGCAGATAAAATAATGAAGACATTGGAAAATAAAGTGGCTTGGACAAAAACGAGA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69669870 161 + 202140232 TGTCTTAATTGGTAGAATTCATATATTCCATTTCTCTAG--CCCAAAATGTAGAATTTTCAGAGCTTCAAATAATTCTGGGCATTCCTCTACTCTGATGGGTTCAATTGGCAGATAAAATAATGAAGACATTGAAAAATAAAGTGGCTTGGGCAAAAATGAGA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203321799 161 - 203962478 TGTCTTAACTGGTAGAATTCATATATTCCATTTCTCTAG--CCCAAATTGTAGAACTTTCAGAGCTTCAAATAATTCTGGGCATTCCTCTACTCTGATGGGTTCAATCGGCAGATAAAATAATGAAGACATTGAAAAATAAAGTGGCTTGGGCAAAAACGAGA
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=105170.000000
s hg19.chr21     9535843 104 +  48129895 GCTATTCCTCTTGCACCAAAATTTAGAATTTTAACATGAGTCTCTAGACTCGGTCTTACAACTTTCCAAACTATCAGGTTTAGAACACAATGGAGTTTTTAAAA
s rheMac2.chr2  60414247 104 + 189746636 GCTATTCCTCTTGCACCAAAATCTAGAATTTTAAAATGAGTCTCTAGACTCGGTCTTACAACTTTCCAAACTATCAGGTTTAGAACATGATGGAGTTTTTAAAA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69670031 104 + 202140232 GCTATTCCTCTTGCACCAAAATTTGGAATTTTAACATGAGTCTCTAGACTCGGTCTTACAACTTTCCAAACTATCAGGTTTAGAACACAATGGAGTTTTTAAAA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203321960 104 - 203962478 GCTATTCCTCTTGCACCAAAATTTAGAATTTTAACATGAGTCTCTAAACTCGGTCTTACAACTTTCCAAACTATCAGGTTTAGAACACAATGGAGTTTTTAAAA
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=1768315.000000
s hg19.chr21     9535947 588 +  48129895  
s panTro2.chr3 203322064 588 - 203962478  
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69670135 588 + 202140232  
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60414351 588 + 189746636  
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=290502.000000
s hg19.chr21     9536535 126 +  48129895 ACTATAGTCCGATTCAGATTCAGATGGTCAGATTGGACTCTAAAGTGGAATTCCTAGTATAATACAGTCTTCACTTCCTTACAATATGGTTCCTGGTTTTTTATCCTTTACGTTGGCACTGTTCAA
s rheMac2.chr2  60414939 126 + 189746636 ACTATAGTCCGATTCGGATTCAGATGGTCAGATTGGACTCTAAGGTGGAATTCTTAGTATAATGCAGTCTTCGCTTCCATACAATGTGGTTCCTGGTTTTTTATCCTTTACCTTGGCACTGTTCAA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69670723 125 + 202140232 ACTATAGTCCGATTCAGATTCAGATGGTCAGACTGGACTCTAAGGTGGAATTCCTAGTATAATACAGTCTTCACTTCCTTATAATGTGGTTCCTGG-TTTTTATCCTTTACCTTGGCACTGTTCAA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203322652 126 - 203962478 ACTATAGACCGATTCAGATTCAGATGGTCAGATTGGACTCTAAGGTGGAATTCCTAGTATAATACAGTCTTCACTTCCTTACAATGTGGTTCCTGGTTTTTTATCCTTTACGTTGGCACTGTTCAA
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9536661 36 +  48129895 GCAGCACATTTTGCCACCATGCAATTATCTTTTGGC
s panTro2.chr3 203322778 36 - 203962478 GCAGCACGTTTTGCCACCATGCAATTATCTTTTGGC
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69670848 36 + 202140232 GCAGCACGTTTTGCCACCACGCAATTATTTTTTGGC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60415065 36 + 189746636 GCAGTACATTTTGCCACCACGCAATTATCTTTTGAC
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=834992.000000
s hg19.chr21     9536697 260 +  48129895 AACCCTGGGCAGTTGTTGTTTGTGGAGAGTGTGTGGTGGCATTGAACACCTACATGCTTATATATACAGGTGGCTGAAGTTAACCAATTATTCAGAGGCAGTTAGATGAATCATGCATTTAAGGACTTGTCTGATTCACATCTCTACCTCATATGTAGAGGATTCTTTTCTCCCCAGTAAAATTTTATGGAGATTTACTATGGAGGGCAGATGTGCTGGTTCTAGCACGACGTGGTGGACTGGAATGGAATCAAAGATGC
s rheMac2.chr2  60415101 259 + 189746636 AACCCAGGGCAGTTGTTGTTTGTGGAGAGTGTGTGGTGGTATTGAACACCTACATGCTTATAAATACAGGTGGCTGAAGTTAACCAATTATTCAGAGGCAGTTAGATGAATCATGTATTTAAGCACTTGTCTGATTCACATCTCTACCTCATATGTAGAGGATTCTTTTCTCCCTAGTAAAATTTTATGGAGATTTACTGTGGAGAGCAGATGTCCTGGTTCTAGCATGACATGGTGGACTGGAATGGAATCAAAGGTG-
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69670884 257 + 202140232 AACCCTGGGCA---GTTGTTTGTGGAGAGTGTGTGGTGGTATTGAACACCTACATGCTTATAAATACAGGTGGCTGAAGTTAACCAATTATTCAGAGGCAGTTAGATGAATCATGCATTTAAGCACTTGTCTGATTCACATCTCTACCTCGTATGTAGAGGATTCTTTTCTCTCCAGAAAAATTTTATGGAGATTTACTATGGAGGGCAGATGTCCTGATTCTAGCATGACATGGTGGACTGGAATGGAATCAAAGGTGC
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203322814 260 - 203962478 AACCCTGGGCAGTTGTTGTTTGTGGAGAGTGTGTGGTGGCATTGAACACCTACATGCTTATATATACAGGTGGCTGAAGTTAACCAATTATTCAGAGGCAGTTAGATGAATCATGCATTTAAGGACTTGTCTGATTCACATCTCTACCTCACATGTAGAGGATTCTTTTCTCCCCAGTGAAATTTTATGGAGATTTACTATGGAGGGAAGATGTCCTGGTTCTAGCACGACGTGGTGGACTGGAATGGAATCAAAGATGC
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21     9536957 202 +  48129895 TCTTCCAATCTTTTAGGTGTAATACATCAGTGTTAACACTCACTCATTCATATAGCAGGGGTAAATAATCAAGAGTGTGGCATCATAGAAGCAGCAAGTCTTGAATTGTGGAGAGTCCTGCTTTTTTGTTGTCATTTTATTTTCAGTTTAGCTGAAAGTACACAGTCTTCCTTGTTTCGAACATTTTCTACTTTATGGCAAT
s panTro2.chr3 203323074 202 - 203962478 TCTTCCAATCTTTTAGGTGTAATACATCAGTGTTAACACTCACTCATTCATATAGCAGGGGTAAATAATCAAGAGTGTGGCATCATAGAAGCAGCAAGTCTTGAATTGTGGAGAGTCCTGCTTTTTTGTTGTCATTTTATTTTCAGTTTAGCTGAAAGTACATAGTCTTCCTTGTTTCGAACATTTTCTACTTTATGGCAAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69671141 198 + 202140232 TCTTCCAATCTTTTAGGTGTAATACATCAGTGTTAA----CACTCATTCATATAGCAGGGGTAAATAATCAAGACTGGGGCATCATAGAAGCAGCAAGTCTTGAATTGTGGAGAGTCCTGCTTTTTTGTTGTCATTTTATTTTCAGTTTAGCTGAAAGTACACAGTCTTCCTTGTTTTGAACATTTTCTACTTCATGGCAAT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60415360 199 + 189746636 TCTTCCAATCTTTTAGGTGTAATACATCAGTCTTAACATTCACTCACTCATATAGCAGAGGTAAATAATCAAGACTGGGTCATCGTAGAAGCAGCAAGTCTTGAATTGTGGAGAGTCCTGCTTTTTTGTTGTCATTTTATTGTCAGTGTAGCTGAAAGTAC--AGTCTTCCTTATTTCAAACGTTTT-TACTTCATGGCAAT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=144460.000000
s hg19.chr21     9537159 70 +  48129895 AGATTAAATTTAATCATGTTTTAGTTCACAAATTGTTTCTTGGTGTATATGTGTTTTTATTTTCCACTAT
s panTro2.chr3 203323276 70 - 203962478 AGATTAAATTTAATCATGTTTTAGTTCACAAATTGTTTCTTGGTGTATATGTGTTTTTATTTTCCACTAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69671339 70 + 202140232 AGATTAAATTTAATCATATTTTAGTTCACAAAGTGTTTCTTGGTGTATATGTGTTTTTATTTTCCACTAT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60415559 70 + 189746636 AGATTACATTTAACCATGTTTTAGTTCACAAATTGTTTTTTGATGTATATGTGCTTTTATTTTCCACTAT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=131799.000000
s hg19.chr21     9537229 135 +  48129895 GTCATTATTCCAAAAGAATCTACTGCTCTTCTGGTTAAATTCGCTTACCAACACTCTTTGCCTCTAAAAAAAAA---GATGAATAACAGAGCCCAATTTGAAATGGCCATCTCTGTTACTCCAATTAACATACTGTAT
s panTro2.chr3 203323346 134 - 203962478 GTCATTATTTCAAAAGAATCTACTGCTCTTCTGGTTAAATTCGCTTACCAACACTCTTTGCCTCT-AAAAAAAA---GATGAATAACAGAGCCAAATTTGAAATGGCCATCTCTGTTACTCCAATTAACATACTGTAT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69671409 134 + 202140232 GTCATTATTTCAAAAGAATCTACTGCTCTTCTGGTTAAATTCACTTACCAACACTCTTTGCCTCT-AAAAAAAA---GATGAATAACAGAGCCAAATTTGAAATGGCCATCTCTGTTACTCCAATTAACATACTGTAT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60415629 137 + 189746636 GTCATTATTTCAAAAGAATCGACTGCTCTTCTGGTTAAATTCGCTTACCAACACTCTTTGCCTTT-AAAAAAAAAATGATGAATAACAGAGCCAAATTTGAAATGGCCATCTCTGTTACTCCAATTAACATGCTGTAT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=1193080.000000
s hg19.chr21     9537364 403 +  48129895 ATACGTGTGTATTGCAAAAAATAACTAGATTTTCCTGGGCTTGGCATCACTAAAATGTCCAAAAAATATCTTATTCCCATGAACATAAACTTCAAAATGTCAACTGCATTTACAATTATGAATAATAGCGAGCTGCCATTCCCAAGGGAAATAATGA---AAGAAATATTTCATAG-T----------TTTTTTAGCAAAAACAAATGATTTGCATGTTTCCACCAAAAGGGAATAAAACCGTTAATATGGAATATCCCTCAGGTCTCCTTTTTGGAAACAAAATTCATAACCACCTGCCATTTGATGAAATCTAATAAATTCCTAATATAGCATACACTCCTCCAAAGTGTTCATTGTTCAAAGAAACTCAAGTGAAAATAAGGTATGAAATCCTTATGTGCACAGAGAGATAAAG
s rheMac2.chr2  60415766 408 + 189746636 ATACATGTGTATTGCAAAAAATAACTAGATTTTCCTGGGCTTGGCATCCCTAAAATGTCCAAAGAATATCTTAGTCCCATGAACCTAAACTTCCGAATGTCAATTGCATTTACAATTATGAATAATAGCGAGCTGCCATTCCCAAGGGAAATAATGAAAGAAGAAATGTTTCATAGAT---------GTTTTTTAGCAAAAACAAATGATTTGCATGTTTCCACCAAAAGGGAATAACACTTTTAATATGGAATATCCCTTTGGTCTCCTTTTTGGAAACAAAATTCATAACCACCTGCCATTTGATGAAATCTAATAAATTCTTAATATAGAATACACTCCTCCAAAGTGTGCATTGTCCAAAGAAACTAAAGTGAAAATAAGGTATTAAATCCTCATATGCACAGAGAGATAAAG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69671543 414 + 202140232 ATACATGTGTATTGCAAAAAATAACTAGATTTTCCTGGGCTTGGCGTCACTAAAATGTCCAAAAAAAATCTTATTCCCATGAACATAAACTTCAAAATGTCAATTGCATTTACAACTATGAATAATAGAGAGCTGCCATTCCCAAGGGAAATAATGA---AAGAAATGTTTCATAGATGTCATAGATGTTTTTCAGCAAAAACAAATGATTTGCATGTTTCCACCAAAAGGGAATAAAACCCTTAATATGGAATATCCCTCAGGTCTCCTTTTTGGAAACAAAATTCATAACCACCTGCCACTTGATGAAATCTAATAAATTCCTAATATAGCATACACTCCTCCAAAGTATTTATTGTTCAAAGAAACTCAAGTGAAAATAAGGTATGAAATCCTCATATGCACAGAGAGATAAAG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203323480 404 - 203962478 ATACATGTGTATTGCAAAAAATAACTAGATTTTCCTGGGCTTGGCATCACTAAAATGTCCAAAAAATATCTTATTCCCATGAACATAAACTTCAAAATGTCAACTGCATTTACAGTTACGAATAATAGCGAGCTGCCATTCCCAAGGGAAATAATGA---AAGAAATGTTTCATAGAT----------TTTTTTAGCAAAAACAAATGATTTGCATGTTTCCACCAAAAGGGAATAAAACCCTTAATATGGAATATCCCTCAGGTCTCCTTTTTGGAAACAAAATTCATAACCACCTGCCATTTGATGAAATCTAATAAATTCCTAATATAGCATACACTCCTCCAAAGTGTTCATTGTTCAAAGAAACTCAAGTGAAAATAAGGTATGAAATCCTCATGTGCACAGAGAGATAAAG
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=107004.000000
s hg19.chr21     9537767 77 +  48129895 ATAAATGCAGCATTTTTAAAATATCTGTTTTTTTCTAGTACAAAGAAAACATATCGGAAATATTAAAGTGAGAATAA
s rheMac2.chr2  60416174 75 + 189746636 ATAAATGCAGCATTTTTAAAATATC--TTTTTTTCTAGTACAAAGAAAACATATCAGAAATATTAAAGTGAGCATAA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69671957 77 + 202140232 ATAAATGCAGCATTTTTAAAATATCTGTTTTTTTCTAGTACAAAGAAAACATATCAGAAATATTAAAGTGAGCATAA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203323884 77 - 203962478 ATAAATGCAGCATTTTTAAAATATCTGTTTTTTTCTAGTACAAAGAAAACATATCGGAAATATTAAAGTGAGCATAA
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=-39452.000000
s hg19.chr21     9537844 15 +  48129895 TTTCATCCCACAGCA
s panTro2.chr3 203323961 15 - 203962478 TTTCATCCCACAGCA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69672034 15 + 202140232 TTTCATCCCACAGCA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60416249 15 + 189746636 TTTCATCCCACAGCA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=18693.000000
s hg19.chr21     9537859 25 +  48129895 ATAGTTTCAACTATACTTTAATTCT
s panTro2.chr3 203323976 25 - 203962478 ATAGTTTCAACTATACTTTAATACT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69672049 25 + 202140232 ATAGTTTCAACTATACTTTAATTCT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60416264 25 + 189746636 ACAGTTTCAACTATACTTTAATTCT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=61483.000000
s hg19.chr21     9537884 54 +  48129895 ACCAGGTAGACTCACACATTTCCTTAATGGGTGTAAAATTTATTAACAACATTT
s panTro2.chr3 203324001 54 - 203962478 ACCAGGTAGACTCATACACTTCCTTAATGGGTGTAAAATTTATTAACAACATTT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69672074 54 + 202140232 ACCAGGTAGACTCACACACTTCCTTAATGGGTGTAAAATTTATTAACAACCTTT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60416289 54 + 189746636 ACCTGGTAGACTCAGACACTTCCTTAATGGGTGTAAACTTTATTAACAACCATT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=43787.000000
s hg19.chr21     9537938 26 +  48129895 TAGTTCTGTTTTTCATAGAGAATACA
s rheMac2.chr2  60416343 26 + 189746636 TAGTTCTGTTTTTCATAGAGAATATG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69672128 26 + 202140232 CAGTTCTGTTTTTCATAGAGAATATA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203324055 26 - 203962478 TAGTTCTGTTTTTCATAGAGAATATG
i panTro2.chr3 C 0 C 0

a score=87389.000000
s hg19.chr21     9537964 67 +  48129895 CATAAACCCTGTGTTTTGATTCATGACATTTTATTCCTATTATTTATCCAAAGGGTAATTAAAATTT
s panTro2.chr3 203324081 67 - 203962478 CATAAACCGTGTGTTTTGATTCATGCCATTTTATTCCTATTATTTATGCAAAGGGTAATTAAAATTT
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69672154 67 + 202140232 CATAAACCCTGTGTTTTGATTCATGCCATTTTATTCCGATTATTTATCCAAAGGGTAATTAAAATTT
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60416369 67 + 189746636 CATAAATCCTGTGTTTTGATTCATGCCATTTTATTCCTATTATTTATCCAAAGTATAATTAAAATTT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=127109.000000
s hg19.chr21     9538031 83 +  48129895 CTTTTTTGATGATGTAGATGGAATATGAAAATAGAAGGGAGGTTATTGACCCATTAAATAGTTAAATGAAAATCACCTTCACA
s panTro2.chr3 203324148 83 - 203962478 CTTTTTTGATGATGTAGATGGAATATGAAAATAGAAGGGAGGTTATTGACCCATTAAATAGTTAAATGAAAATCACCTTCACA
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69672221 82 + 202140232 CTTTTTTGATGATGTAGATGGAATATGAAAATA-AAGGGAGGTTATTGACCCATTAAATAGTTAAATGAAAATCACCTTCACA
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=587882.000000
s hg19.chr21     9538114 487 +  48129895 GATGTTTGGTGGAGAAAAATATGCTATGCATAGAAAAGCTGA---AATGTTTTTCCACAAATGTTAGGCATTGGGCTGAAATTACAATAGCCTTTCATGTCCAGTTTTGTTACAATTCCATTAAGGCAACTGCAGAGATTGGCAAATAGCTGTTACCataggagagtcaccatatgtaatatagtttgtgctagtcattgtgtaagcattttatatacatactctcattgacacatttaacagcctgtgaagttcctattttattcccacctcacatattgagaaactacagctcagagaaacaaagtaaACTGGGTTCCTACTTGAACCTAGTTTTTATGTACTATGCATGGTTTCatatgtttacagatatacatatataaaattttatttat--atata--------atatattatatatataAAATAAA-CCGTAAAGTCAGAAATTTAGAATGAAATTTAATATGACTATAATTTATTTGCTGATTCCAAGATAGG
s panTro2.chr3 203324231 487 - 203962478 GATGTTTGGTGGAGAAAAATATGCTATGCATAGAAAAGCTGA---AATGTTTTTCCACGAATGTTAGGCATTGGGCTGAAATTACAATAGCTTTTCATGTCCAGTTTTGTTACAATTCCATTAAGGCAACTGCAGAGATTGGTAAATAGCTGTTACCataggagagtcaccatatgtaatacagtttgtgctagtcattgtgtaagcattttatatacattctctcattgacacatttaacagcctgtgaagttcctattttattcccacctcacatattgagaaactacagctcagaaaaacaaagtaaACTGAGTTCCTACTTGAACCTAGTTTTTATGTACTATGCATGGTTTCatatgtttactgatatacatatataaaattttatttat--atata--------atatattatatatataAAATAAA-CCGTAAAGTCAGAAATTTAGAATGAAATTTAATATGAGTATAATTTATTTGCTGATTCCAAGATAGG
i panTro2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  69672303 492 + 202140232 GATGTTTGGTGGAGAAAAATATGCTGTGCATAGAAAAGCTGAAATAATGTTTTTCCACAAATATTAGGCATTGAGCTGAAATTACAATAGGCTTTCATGTCCAGTTTTGTTATAATTCCATTAAGGCAACTGCAGAGATTGGTAAATAGCTGTTACTatagaagagtcaccatatgtaatatagtttgtgctagacattgtgtaagcattttatatacattctctcattgacacatttaacagcctgtgaggttcctattttattcccacctcacatattgagaaactacagctcagagaaacaaagtaaACTGAGTTCTTACTTGAACCTAGTTTTTATGTCCTATGCATGGGTTCatatgtttactgatatacatatataaaattttatttatacatata--------atatattatatatataAAATAAA-CCCTAAAGTCAGAAATTTAGAATGAAATTTAATATGAGTATAATTTATTTGCTGATTCCAAGATAGG
i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i panTro2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203325280 248 - 203962478 CCAACAAACCAGAGCAGATGGGGCTCTAAG--TTGTACCAGCCTGTGCCGTTCTTAGGGGGAACAATTTTTGTTCACATCTCTAAATAAAGAGAGTGAGATTTTGGGAAGGATAGTATAATTTAACAAACAACAGAGAGTGTGACCATTCAGACTGCTTTTTCCTGTCAACCACTTG-AATGCAAAACCTGTTTCAGagatgaagcaatagaaagtgttggaagcaagacagatatgagttggaatcccaa
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr3 203325528 99 - 203962478 ccattgccatgggtgaccactaaacctcagcttcctcatcggcagtatggggataaccatagtagcaaacatttctaaaggtaattgtgagaaGTACTT
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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s panTro2.chr3 203325627 86 - 203962478 TTATGAGTGCacaattaatgctgcttctactaccattacaactgctgctattctattactatcagtgcctctattactaTCAGAGC
i panTro2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr2 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr3 C 0 C 0

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s panTro2.chr3 203325767 111 - 203962478 TTTTGCATATTCTCATTGCCTCCCATTTCTACCTTCTCTAACTTATCCTGCAAATCACTACCTAATTATATGTCAATATTCTGTTTTGAACTCTAGGCAAGTGCTTTCTCT
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i ponAbe2.chr3 C 0 C 0
s rheMac2.chr2  60418068 111 + 189746636 TTCTGCATATTCTCATTGCCTCCCATTTCTACCTTCTCTAACTTATCCTGTAAATCGCTACCTAATTATATGTCAATATTCTGTTTTGAACTCTATGCAAGTGCTTTCTCT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

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s panTro2.chr3 203325878 48 - 203962478 ATTTCAATTTTTAAAAAGAAATTCTTGCTCCAAGTCAGTGATTCTCCA
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s panTro2.chr3 203325926 190 - 203962478 CCAGGGATAATTGTAATGTACAGAGGACCTTTAGTAAAGTCTGAAAAAAGCatcttgacccacagaggacatttagcaacatctagacgcactttcggctgtcacaactagaggtgcaggtactattggcatctagagatagaggccagggaagcttctaaacatcctataattcagactcctcttgcct------------
i panTro2.chr3 C 0 N 0
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i ponAbe2.chr3 C 0 N 0
s rheMac2.chr2  60418227 187 + 189746636 CCAGAGATAACTGTAATGTACAGAGGACCTTTAGTAATGTCTGAAAAAAGCatcttgacccacagaggacatttagcaacatctagatgcacttttggctgtcacaactagagggaaaggtactattggcgcttagagatagaggccagggaagcttctaaacatcctataattcagactcctcttg---------------
i rheMac2.chr2 C 0 N 0

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i panTro2.chrUn N 0 C 0

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s panTro2.chrUn 6749442 234 + 58616431 ttcttagatgaccctggccctgcccctgcccttgtccttgccctggcactggccttggacatgtccgtggtcctaaccctggccctgccctggagctgccactgtctttgccctgccctggct-----------------ctggccctgccctggccccagccatagacctgccctggttggtcatgccctaccttaaccctgtgcta-cctgggcctgctccaccctgccctggccctgccctccctttgg--------------------
i panTro2.chrUn C 0 I 1122

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e panTro2.chrUn 6749676 1122 + 58616431 I

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e panTro2.chrUn 6749676 1122 + 58616431 I

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random N 0 C 0

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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 I 9
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr10       C 0 C 0

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i rheMac2.chr10       C 0 C 0

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i rheMac2.chr10       C 0 C 0
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i rheMac2.chr10       C 0 C 0
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i rheMac2.chr10       C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr10       C 0 C 0

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i rheMac2.chr10       C 0 C 0

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i rheMac2.chr10       C 0 C 0
e panTro2.chr9_random  3211952 1600 -  7733331 I

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i rheMac2.chr10       C 0 C 0
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i rheMac2.chr10       C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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e rheMac2.chr10 33914638  2 - 94855758 I

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random   3224526 277 +   6711082 CCCCAGCtttttgttttgaaaaaaattctaacatacagaaaagaacagaatagtgagcacctagattgaataatcattaatgttttgccatatttgcttgatttttctttctacacacacacac--------------acacacacacacacagttttttgccaaatcatttgagagtatggtgcagattttgtgacactcctaaatttataagcttttatctcctaagaataaggacatttttctgcataacatcaataccattattaaacctaagaatccataatatca
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr3        119414604  0 + 196418989 C

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr3        119414604 316 + 196418989 ccacctaatatccagtttattctaaatgaaatttccctaagtgtcccaagaattttttt-ttttttgagacagagtctc-actctgtcacccaggctggagtgcagtggcacgatctcagctcactgcaacctctgcctcccaggttcaagcaattctcctccctcagcctcccaagtagctgggactacaga--cacctgccaccatgcccagctaattttttgtattttagtaaagacagggtttcaccatgttgcccagggtggtctggaactcctgagctcaggcaatctgcccaccttggccactcaaagtgttA
i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr3        119416056 207 + 196418989 -------ACCCTTCAGGCAGTTCAGCCCAGAACAGTCAGCAGAAGACTGTTTCCAGACCCCACCTGCTAGTTACAGATCATCCCTGATAGAGCAGAGAGGGGTGACCAGGTAGTGACTTTACAGTCACTGGAGGCAAAGCCCATTTTTGGACAGTTCAGTGAGGGCTTATAGACAAAAGATTCACAAATGATGGAGTGAGCTGGATGGAGTGTG
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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i rheMac2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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i rheMac2.chr3        C 0 C 0
s panTro2.chr4_random   3231750 108 +   6711082 taatag-----atcatgtagtatgtatccttttcagactggcttctttcacccagcagtatacatttagggttcttctgtgctttttcatggcttgatagctcattttttaaa
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21            9899820 133 +  48129895 ttgcagaataatattccatttgtttgcatgtattgcagtttgtttatccattcttgaattgtctatctctaattgggttgttttgtctttttattacagaattgtaattgttccttatgtacgccagacacaa
s panTro2.chr4_random   3231858 133 +   6711082 ttgcagaataatattccatttgtttgcatgtattgcagtttgtttatccattcttcaattatctatctctaattgggttgttttgtctttttattacagaattgtaattgttccttatgtacaccagacacaa
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr3        119420918 133 + 196418989 ttgctgaataatattccatttgtttgcatgcactgcagtttgtttatccgttcttgaattatacatctctaattgggttactttgtctttttgttactgaattgtaatagtttcttatgtattctaggtagaa
i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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s hg19.chr21            9899953 541 +  48129895  
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i rheMac2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s rheMac2.chr3        119421597 91 + 196418989 tgggatagaattgagagtcagaagtgaacacatacatatataatcaacttatttttgacaagggtgccaagagtattcagtggggaaagaa
i rheMac2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random   3232621 55 +   6711082 gtttgagaactggcacaaggacaactagatatgtaaacatatgcaaaacctggag
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr3        119421688 55 + 196418989 gttcaaaaactggcacagtggcaaccagatatgtaaacatatgcaaaacctggag
i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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s hg19.chr21            9900638 37 +  48129895 taggacctttacccaacaccacatacaaaaactatgg
s panTro2.chr4_random   3232676 37 +   6711082 taggacctttacccaacaccatatacaaaaactatgg
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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s hg19.chr21            9900675 38 +  48129895 atgcaaaaaaagtggatcaaatggatccattttgagct
s panTro2.chr4_random   3232713 37 +   6711082 atgcaaaaaaa-tggatcaaatggatccattttgagct
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr3        119421780 37 + 196418989 atacaaaaaaa-tgcatcaaatgaatccacttttaact
i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random   3232750 123 +   6711082 aatccacgtaaatgtaaggactaaaactataaaatcctgagaagcaaatatacgagtaaattgtcatgaccttgaatttggcaaagttttcttaaatatgagaccagcaacaagaataaaaat
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr3        119421817 123 + 196418989 aatccacataaatgtaagggctaaaactataaaatcctgagaagcagacatagaagtaagttgtcatgaccctggatttggcaaatctttcttaaatatgagaccagaaacaataatacaaat
i rheMac2.chr3        C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random   3232873 167 +   6711082 tgatgaattggacttcatcaaaattaaacatttttgcacttc-aaaggacaccatcaagaaagtgaaaagacaactcacaagatggaagaaaatacttgtaaatcatgtgtAGCACTTTTTGATGATAAACTTGAGGAAGAC------TTTTTTAttttttatttttattatac
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn        11799683 173 +  72422247 tgatgaattggacttcatcaaaattaaacatttttgcacttc-aaaggacaccatcaagaaagtgaaaagataacccacaagatggaagaaaatacttgcaaatcatttatAGCACTTTTTGATGGTAAACTTGAGGAAGACATTTATTTTTTTAttttttgtttttattatac
i ponAbe2.chrUn       N 0 C 0
s rheMac2.chr3        119421940 141 + 196418989 tgatgaattggacttcatcaaaattaaacagttttgcacgtctaaaggacaccatcaagaaa-tgaaaagatagcccacaagttggaagaaaatacttacaaatcatgtatAGCACTTTTTGATGGTAAACTTGAGGAAGAC--------------------------------
i rheMac2.chr3        C 0 I 236

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s ponAbe2.chrUn        11799856 278 +  72422247 tttaagttctagggtacatgtgcacaacgtgcaggtttgttacatacgtatacatgtgccatgttggtgtgctgcacccattaactcctcatttacattaggaatatctcctaatgctatccctccccgctccccccaccgcacgacaggccccggtgtgtgatgttccccatcctgtgtccaagtgttctcattgttcagtttccacctatgagtgagaacatgtggtgtttggttttctgtccttgcgatagtttgctcagagtggtggtttccaT
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random   3233040 276 +   6711082 tttaagttctagggtacatgtgcacaatgtgcaggtttgttacatacgtatacatgtgccatgttggtgcactgcacccactaactcatcatttacataaggtatatctcctaatgctattcctcctccctccccccaccccatgacaggccccggtgtgtgatgttccccatcctgtgtccgagtgttctcattgttcaatttccacctatgagtgagaacatgtggtgtttggttttctgtccttgcgatagtttgctcagaatgatggtttcc--
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr3        119422081 236 + 196418989 I

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr3        119422317 679 + 196418989  
i rheMac2.chr3        I 236 I 307

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s panTro2.chr4_random   3233993 411 +   6711082 GGCTATTTTCTGAAAATACCTCAGTGATGACAAATGAATGACTACCAGCCTCTCATAACATTAGGACTCCAGTTCATCCCTTTGCTCCATAAGTGTGTCTTTTCCTTTTGTATATATTTGCTTTAGTGTAGAAAATAGGTTTTCTTGATTAGAAATCTAAGAAGAATAAATTGAAAACTGGAGATTTTTCTATTGCTTTGGATTACCAAAA-TTAATGTAATTTGGCACTATATCCCTGTGCCATTATTGTCTCTCTGGTAAGTAGATGGTAGGGTTTTGGGTGATTAAATTT--TTTTTCCTATTTTGCTTATTTAATGTGCATATGTTTGTATTAAAAAGGGGAAAATAAATAGGAATGTAGAAGATGTTAACTAATCGTGAAAGTTATTGGGAAGGGTTACCTAATTTaaa
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn        11800815 410 +  72422247 GGCTATTTTCTGAAAATACCTCAGTGATGACAAATAAATGACTACCAGCCTATCGTAACATTAGGACTCCAGTTCATCCCTTTGCTTCATAAGTATGTCTTTTCCTTTTGTATGTATTTGCTTTAGTATAGAAAATAGGTTTTCTTGATTAGAAATCTAAGAAGAATAAATTGAAAACTGGAGATTTTTCTATTGCTTTGGATTACTAAAAGTTAGTGTAATTTGGCAGTATATCCTTGTGCCATTATTG--TTTCTGGTAAGTAGATGGTAGGGCTTTGGGTGATTAAAATT--TTTTTCCTATTTTGCTTATTTAATGGGCATGTGTTTGTATTAAAAAGGGGAAAATAAATAGGAATGTAGAAGATGTTAACTAATTGTGAAAGTTATTGGGAAGGGTTACCTaatttaaa
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr3        119423303 406 + 196418989 GGCTATTTTCTGAAAATAACTCAGTGACGACA----AATGACTACCAGACTATCATAACATTAGGACTCTAGTTCATCCCTTTGCTTCATAAGTATGTCTTTTCCTTTTGTATATATTTGCTTTGGTATAGAAAATAGATTTTCTTGATTAGAAATCTAAGAAGAAGAAATTGAACACTGGAGGTTTTTCTATTTCTTTGAATTACTAAAAGTTAGTGTAATTTGGCAGTATATCCCTATGCCATTATGATCTCTCCAGTAAGTAGACGGTAGGGCTTAGGAAAATAGGAATTTATTTTTCCTATTTTGCTTGTTTAATGGCCATGTGTTTGTATTAAAAA-GGGAAAATAAATAGGAATGTAGAGGATGTTAACTAATCGTGACAGTTATTGGGAAGAGTTACCTAATTT---
i rheMac2.chr3        I 307 n 307

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s hg19.chr21            9902361 565 +  48129895  
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn        11801225 565 +  72422247  
i ponAbe2.chrUn       C 0 T 6525
e rheMac2.chr3        119423709 307 + 196418989 I

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s panTro2.chr4_random   3234969  131 +   6711082 CAGCTCCCTGGAtctgagccttggtttccctacctgtgaaatgggCACCCATGGCAGCTCAGAAGTGTCTGGGAGCATCCCCTGTGGGGGAAGGTGTGGGGGGCTGCTGGGGCACAGTCATGGGGAACCCC
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr3        119423709  307 + 196418989 I
e ponAbe2.chrUn        11801790 6525 +  72422247 T

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s hg19.chr21            9903057 481 +  48129895 AGTCCCCCTCTCCATGTGCTTCCCTCAATGCTCCCTGATGCCAGCAGTCCTGCCCCCGAACAGAAAGGGGCATTCCTGTGAGTTCCTTGTGTGGGGGACTGGTCACAGAGACTCCCCAAGTGCAGGGCAGGGTGGAGGGAGGCTGAGGGGTGGTTGAATGGACAGGAGAAGAGCTCTCTCCAGTCCCTTGGGTCTGGGTGGCCTGGGGAGCATCCATTTGGGCAGGCAGCTGGTGGGGCTGGTGGCTGAGCCACTGTGGCTCGGGGACCCCAGGCCAGGACAGAGTAGGGTGGGCAGGGAGAGCAGAGTGCGAGCATATGGGGCAGGACAG-GTGTCTCCTGGACAGAAAGAGCCCTGGTCACTCATGGCTGCAGCATAGCCATGGCGACAGGAAAGTGCTGCTGTACATTGTGCTCCTGGGGCTGGCTCCCAATGGACACCCAACAGCATCTCCCCCATTGTACTGTGGGATGCTGGCAGT
s ponAbe2.chrUn        11795265 482 +  72422247 AGTCCCCCCCTCCATGTGCTTCCCTCAATGCTCCCTGATGCCAGCAGACCTGCCCCCGAAAAGAGAGGAGCGTTCCTGTGAGTTCCTTGTGTGGGGGATGGGTCACAGAGACTCTCCAAGTGCAGGGCAGGGTGGAGGGAGCCTGAGGGGTGGTTGAATGGTCGGGAGAAGAGCTCTCTCCAGTCCTTCAGGTCTGGGTGGCCTGGGGAGCATCCGTTTGTGCAGGCAGCTGGCGGAGCTGGTGGCTGAGCCACTGTGGCTCAGGGACCCCAGGCCAGGCCAGAGTAGGGTCGGCAGGGAGAGCAGAGGGTGAGTGTACGGGGCAGGACAACGTGTCTCCTGGACAGAAACAGCCCTGGTCACTCATGGCTGCAGCGTAGCCATAGCAACAGGTAAGTGCTGCTGTACATTGTGCCCCTGGGGCTGGCTCCCAATGGACACCCAACAGCATCTGCCCCACTGTACTGTGAGATGCTGGCAGG
i ponAbe2.chrUn       T 6525 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr3        119423709 307 + 196418989 I

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11795747 326 +  72422247 GGTGTTGGGCACTGGGGGAAGAGCCTTGGCAAGCCCTGCCATCCCTGGGCATCAGACCTTGGGCTCCTGGATGCCTGGGCTTATGTGGCCTATTTTTCCCGTGGAAGATGTTTGGGGTGCTCCCACAAAATGGGGAGGGCCCTGGGGAGTCAGGATTGTATTATTAAACGCAGAAAGTCTGGGGTTCCATTTTTAGCACCAGGCAGGCAGCCCGTGAGCCCCAGCCCAGCGGCCAGCCTGTGTGGGAGAGGGGGGAGTGGGGGTCTGAAGGAGTGAGGCTTCTATTACCGCAGGCTCCACTGCAGCCCCCCAGGGTGGCCGATGTG
i ponAbe2.chrUn       C 0 I 6823
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i rheMac2.chr15       n 307 C 0

a score=11866.000000
s hg19.chr21           9903860 27 +  48129895 GGCTGGACAGCGGTCACTGCACCAGGG
s panTro2.chr4_random  3235902 26 +   6711082 GGCTGGACAGCGG-CACTGCGCCAGGG
i panTro2.chr4_random C 0 M 1348
s ponAbe2.chrUn       11802896 27 +  72422247 GGCTGGACAGCGGGCACTGCACCAGGG
i ponAbe2.chrUn       I 6823 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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s hg19.chr21           9903887 1524 +  48129895  
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
e panTro2.chr4_random  3235928 1348 +   6711082 M

a score=6630.000000
s hg19.chr21           9905411   22 +  48129895 GGGTGGCAGGGAGTGAAGCCCC
s ponAbe2.chrUn       11804482   22 +  72422247 GGGTGGCAGGGAGTGAAGCCCC
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3764701   22 - 110119387 GGGTGGCAGGGAGTGAAGTCCC
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
e panTro2.chr4_random  3235928 1348 +   6711082 M

a score=265564.000000
s hg19.chr21           9905433 1105 +  48129895  
s rheMac2.chr15        3764723 1077 - 110119387  
i rheMac2.chr15       C 0 I 7
s ponAbe2.chrUn       11804504 1095 +  72422247  
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
e panTro2.chr4_random  3235928 1348 +   6711082 M

a score=3678.000000
s hg19.chr21           9906538   40 +  48129895 CTGTTCTCAGGCCCCTCTCCCCACACTGGGCCCACACCCC
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
e rheMac2.chr15        3765800    7 - 110119387 I
e panTro2.chr4_random  3235928 1348 +   6711082 M

a score=98981.000000
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s ponAbe2.chrUn       11805639  410 +  72422247 GGAGGGAACTCCATGTACCCCTGCTGATCTGCCCATCTGAGCCTCAGGGGTCCTGGGCACTGA--------GAGCTGGGCTGGGCTGAGCTCGGGTACACACTGTCATTGGGGACAGAGAGGGGATGCTGAAGGGGGCGCTTCTGGGTGGGGCCTGCCTGGAGGATCACCCCAGCAGGTGTACCCAGCAGCCAGACAAGCTTCTAGCAGAGTAAGCGCCCTGTCCACGGGGTTATGTGAGCTGAGGCTGGGGGCCTGGAGGTGCAGGGGGAGGAGTTGGAGAGATGCAGAGGTCCCAAAGATGTCGCAAGGCCCTAAGACCCTGGTGAAGGAATGGAGAAGCCAGCACTGGTGGGGAAGTGGGGAGGGGGAGCTGGATGGCCTGGCTCTGAGCTGGACACATGGTCTGTGCCCACACC
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3765807  417 - 110119387 GAAGGGAGCTCCATGTACCCCTGGCGATCTGTCCATCTGAGCCTCAGGGGTCCTGGGCActgagctgggctggtctgggctgggctgagctgggGTATGCACCGTCATTGGGGACAGAGAGGGGATGCTGAAGCAGGTGCTTCTGGGTGGCGCCTGCCTGGAGGATCACCCCAGCAGGTGCACCCAGCAGCTGGATGAGCCTCTAGTAGAGAAAGTGCCCTGT-CCGGGGGGTATGTGAGCTGAGGCTGGGGGCCTGGAGGTGCAGGGGGAGGAGTTGGGGAGATGCAGAGGTCCGAAAGATGTCCCAAGGCTGTAAGACCCTGGTGAAGGAATGGAAGAGCCAGCACTGGTGGGGAAGCGGGGAGGGGGAGCTGGATGGCCTGGCTCTGGGCTGGACACATGGTCTGCGCCCACACC
i rheMac2.chr15       I 7 C 0
e panTro2.chr4_random  3235928 1348 +   6711082 M

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s rheMac2.chr15        3766224 245 - 110119387 TGAGCTGTGCTGTGGAGCCCCAGTCCCCACCTGGGCACGTCCTGTCCTCTGAGGCACAGGGATTCCTGGTCCTCGGCTCTAACCCCTCATCTCCCACCATTGGGATGATGAGTCCGTAGGCAGAGCCAGCCTCACAGGGGACCCAAAGGCCAGTTCAGACGGACAGCAAGTCAAGGTCCCACTGGG------CACACACACTCCGTGCAGAAAGCTAACGTGCTGTTTGTTTGGGGACTTGGCGGGGAAGC
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11806049 250 +  72422247 TGAGCTGTGCTGTGGAGCCCCAGTCCCCACCTGGGCACTTCCTGTCCTCTGAGGCACAGGGATTCCTGGTCCTGGGCTCTGACCTCTCATCTCCAACTGTTGGGATGATGAGTCCATAGGCACAGCCAGCCTCACAGGGGACCCAAAGGCCAGTTCAGATGGACAGCAACTCGAGGTCCCACCGTGCACACACACACACACACTGTGTAGAAAGCTAACGCGCTGTTTATTTGGGAGATTGG-GGGGAAGC
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3237276 246 +   6711082 TGAGCTGTGCAGTGGAGGCCCAGTCCCCACCCGCCTTTGTCCTGTCCTCTGAGGCACAGGGATTCCTCGCCCTCTTTTCTGACCCCTCATCTCCAACTGTTGGGATGACGAGTCCATAGGCAGAGCCAGCATCACAGGGGACCCAAAGGCCAGTTCAGATGGACAGCAACTGGAGGTCCCACCGGG----CACACACACACACTGTGCAGAAAGCTAACCCACTGTTTATTTGGGGGATTGG-GGGGAAGC
i panTro2.chr4_random M 1348 C 0

a score=165123.000000
s hg19.chr21           9907233 131 +  48129895 ACCGT-GCCGCTGCTCACTGGTAGCCAGCCAGCTGCAGAATGGTGGGGTAGCAAGTACGATGGGCCATGCACTTCTGGCGGTCGATGAAGAGACTGTTGGTCATGGCAGTGACGTCCTTCTCCAGGCTCATG
s panTro2.chr4_random  3237522 131 +   6711082 ACCGT-GCCGCTGCTCACTGGTAGCCAGCCAGTTGCAGGATGGTGGGGTAGCAAGTACGATGGGCCATGCACTTCTGGTGGTCAATGAACAGACTGTTGGTCATGACAGTGACGTCCTTCTCCAGGCTCATG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11806299 131 +  72422247 ACTGT-GCCGCTGCTTACTGGTAGCCAGCCAGCTGCAGGATGGTGGGGTAGCGAGTACGATGGGCCATGCACTTCTGGCGGTCGATGAAGAGACTGTTGGTCAAGGCAGCGATGTCCTTCTCCAGGCTCATG
i ponAbe2.chrUn       C 0 I 142
s rheMac2.chr15        3766469 132 - 110119387 ACCGTGGCAGCGGCTCACTGGTAGCCAGCCAACTGCAGGATGGTGGGGTAGCGAGTACGATGGGCCATGCACTTCTGGCGGTCGATGAAGAGACTGTTGGTCATGGCGGTGATGTCCTTCTCCAGGCTCATG
i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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s hg19.chr21           9907364 55 +  48129895 TGGATGTCCTTGAGGTTGCGCAGGGACTGCTCCGCTTGTAGAAGCTTCTCCCGCA
s rheMac2.chr15        3766601 55 - 110119387 TGGGTGTCCTCGAGGTTGCGCAGGGACTGCTCTGCTTCTAGAAGCTTCTCCCGCA
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11806572 55 +  72422247 TGGGTGTCCTCGAGGTTGCGCAGGGACTGCTCCGCTTCTAGAAGCTTCTCCCGCA
i ponAbe2.chrUn       I 142 C 0
s panTro2.chr4_random  3237653 55 +   6711082 TGGATGTCCTCAAGGTTGCGCAGGGACTGCTCCGCTTGTAGAAGCTTCTCCCACA
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21           9907419 47 +  48129895 GCGCTGTGATGGACTTGTACAGCTCCTCCACCTCACTCACCAGCTTG
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11806627 47 +  72422247 GCGCTGTGAGGGACATGTTCAGCTCCTCCACCTCACTCGCCAGCCTG
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3237708 47 +   6711082 GCGCTGTGATGGACTTGTACAGCTCCTCCACCTCACTCACCAGCTTG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11806674 34 +  72422247 GGGGTG-TTGGGGGGTGTGAGCTGGGGCTGGGGAG
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3237755 35 +   6711082 GGGGTGATGGGGGGGTGTGAGCTGGGGCTGGGGAG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3237790 130 +   6711082 GGAAGAAGTATGCACCTACCGGGGTGGAGGGGACCCAAAACTCCCAATGGGAGCTGGCAGGAGGTCCTGGGAAGATGCCATGAAAGG------------ATCCCACCAGGAAAGCGGCTCTAGGGCAGAGCATAAATTACGT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random  3237920 101 +   6711082 GGGTCCTCCCAGGGAGCGCGGGCCTGAGTGGGAATGAGTGACCCGCGTGCAATCTCGACCCTGGCAGGACAGGACTAG-CCTCAGCCGACCAGGATCAGTTC
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11806838 101 +  72422247 GGGTCCTCCCAGGGAGCGCGGGCCTGAGTGGGAATGAGTGACCCGCGTGCAATCTCGACCCTGGCAGGACAGGACCGG-CCTCAGCCGACCAGGCTCAGTTC
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3766879 100 - 110119387 GGGTCCTCCCAGGGAGCGCGGG--TGAGTGCGAATGAGTGACCCGCATGCGATCTCGACCCGGGCAGGACAGGACTGGCCCTCAGCCCACCAGGCTCGGTTC
i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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s rheMac2.chr15        3766979 325 - 110119387 TTTCCATTCCTGATGTTTAACGGAGGGAGGCCCCCAGTTCCTTGAAGGAGCTGAGGGGCAG----GGAAGAAAGGTACTTAGGCTCAGCAGGGGCCACTGGGCATCCGTTAACAAGGGAAACAAAAGGACGGCCCATCTATGCCTGGAGCCCGAGTGTAGGTCATACTTTCCACCAGAGGTGTGGACAGCACCCTCAGGGCAGCAGGGAACGGCCCTGCCTGGCTTCTCTGACCCTGTGGCCTCCTGGAGCTCACCTTGTCTGCAGGAGCTTCCTCCCGGGAAAATGAGGCAGCACAGGGTGGGGTGAGACCACGTGGGCACAGGTCCC
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11806939 328 +  72422247 GTTCCAGTCCTGATATTTGATGGAAGGAGTC-CCCAGTTCCTTGAAGGAACTGAGAGGCAGGGAAGGAAGAAAGGTACTTAGACTCAGAAGGGGCCACCGGGCATCTGTTAACAAGGGAAACAAAAGGATGGCCCATCTATGTCTCTAGCCCAGGCGTAGGTCATACTTTCCACCAGAGGTGTGGACAGCACCCTCAGGGCAGCAGGGAATGGCTCTGCCTGGCCTCTCTGGCCCTGTGGCCTCCTGGAGCTCACCTTGTCTGAAGGAGCTTCCTCCCGGGAAGATGAGGTAGCACAGGGTGGGGTGAGACCGTGTGCGCACAGGTCCC
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3238021 329 +   6711082 TTTCCATTCCTGATATTTGACGGAAGGAGGCACCCAGTTCCTTGAAGGAACTGAGGGGCAGGGAAGGAAGAAAGGTACTTAGGCTCAGAAGGGGCCACCAGGCATCCGTTAACAAGGGAAACAAAAGGACGGCCCATCTATGCCTGTAGCCCAGGCGTAGGTCATACTTTCCACCAGAGGTGGGGACAGCACCCTCAGGGCAGCAGGGAATGGCCCTCCCTGGCCTCTCTGGCCCCATGGCCTCCAGGAGCTCACCTTGTCTGAAGGAGCTTCCTCCCGGGAAGATGAGGTAGCACAGGGTGGGATGAGACCACGTGGGCACAGGTCCC
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

a score=64364.000000
s hg19.chr21           9908060 154 +  48129895 TGGCACGGGGAGGCCCCCGACCCATGACCTGCCCAGTGTCATGTCTATATCTGTGTGTTTAAGGCGTGCTTGCATGTTGTGTGTGGCCGCAGAGTCTCCCTCCCCTCTCAGCACCTGTGGGGGATGTGTGTGTGGAGA--TTGGAGTGTTTATTGG
s rheMac2.chr15        3767304 145 - 110119387 TGGCACTGGGAGCCCCCC-ACCCATCACCTGCCCAGGGTCATGTCCATGTCTGTGTGTTTAAGGTGTGCTTGC-------GCGTGGCCCCAAAGTCTCCCTCCCCTCTCAGCACCTGCGGGGGATGTGTGTGGGTGG---TTGGGGTGTTTATTGG
i rheMac2.chr15       C 0 I 11
s ponAbe2.chrUn       11807267 154 +  72422247 TGGCACTGGGAGCCCCCCGACCCATGACCTGCCCAGTGTCATGTTTATGTC--TCTGTTTAAGGCATGCTTGCGTGTTGCACGTGGCCCCAAAGTCTCCCTCCCCTCTCAGCACCTGCGGGGGATGTGTGTGGGGGGATGTTGGAGTGTTTATTGG
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3238350 154 +   6711082 TGGCACTGGGAGGCCCCCGACCCATGACCTGCCCAGTGTCATGTCTATATCTGTGTGTTTAAGGCGTGCTTGCGTGTTGCGTGTGGCCGCAAAGTCTCCCTCCCCTCTCAGCACCTGTGGGGGATGTGTGTGTGGAGA--TTGGAGTGTTTATTGG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21           9908214 47 +  48129895 AGAGGGTCGCAGCGAGGAGGTGGATGGGGGCACCTGGGACTGCCTCA
s panTro2.chr4_random  3238504 47 +   6711082 AGAGGGTCGCAGCGAGGAGGTGGACAGGGGCACCTGGGACTGCCTCA
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11807421 47 +  72422247 AGAGAGTCGCAGGGAGGAGGTGGACGGGGCCACCTGGGACTGCCTCA
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3767460 47 - 110119387 AGAGAGTAGCAGGGAGGCGGTGGACCGGGCCACCTGGGACTGCCTCA
i rheMac2.chr15       I 11 C 0

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s hg19.chr21           9908261 44 +  48129895 GAGGCCCAGGCAGTACCTGAACTGGGCTGCATCGCGGCACAGCT
s panTro2.chr4_random  3238551 44 +   6711082 GAGGCCCAGGCAGTACCTGAACTGGGCTGCATCGCGGCACAGCT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11807468 44 +  72422247 GAAGCCCATGCAGCACCTGAACTGGGCTGCTTCTCGGCACAGCT
i ponAbe2.chrUn       C 0 M 861
s rheMac2.chr15        3767507 44 - 110119387 GAGGCACAGGCAGCACCTGAACTGGGCTGCATCGCGGCACAGCT
i rheMac2.chr15       C 0 C 0

a score=79811.000000
s hg19.chr21           9908305  46 +  48129895 GCATGTTGGGCCGGTGTGAGAGCAACTACAGCCGGGTCTGGGCTAT
s panTro2.chr4_random  3238595  46 +   6711082 CCATGTTGGGCCGGTGTGAGAGCAGGTACAGCCGGGTCTGGGCTAC
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3767551  46 - 110119387 CCACGTTGGGCCGGTGTGAGCGCAGGTACAGCCGGGTCTGGGCGAC
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn       11807512 861 +  72422247 M

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11808380 94 +  72422247 GTGCAGAGGTGCCTCCTTGTCCCTGGATGGCCCTGCCTCAGTGCCGCCACGTTGTGCTCCTGATCTGTGATTTCCTGCAGCGTCTGCAGACAGG
i ponAbe2.chrUn       M 861 C 0
s panTro2.chr4_random  3238641 92 +   6711082 GTGCAGAGGTGCCTCCTTGTCCTT-GATGG-CCTCCTTCAGTGCCACCACGTTGTGTTCCTGATCTGTGATTTCCCGCAGCATCTGCAGACAGG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s rheMac2.chr15        3767689 27 - 110119387 ACAGTG-CCCTTGGGCCTGTG-CCCTCAT
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11808474 29 +  72422247 ACAGTGCCCCTTGAGCTTGTGCCCCCCAT
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3238733 28 +   6711082 ACTGTGCCCCTTGGGCCTGTG-CCCCCAT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

a score=50579.000000
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s panTro2.chr4_random  3238761 158 +   6711082 GCCCGGGCATATGGAATGTGGAGACGAGTCTGGTCCTACCCAGGTCCTGGGGCTGTGTCCAGAGGCTGGTCCTGACCAGTGGCCCTGGGGAGGCGTGGATGAGGGGAACAATGTGCACGGGGCCCCCAGCGGGCTCTGG-AGAGTCAGGAAGCCTGTTG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11808503 158 +  72422247 GCCCGGGCATATGGAATGCCGAGACCAGGCTGGTCCTACCCAGGTCCTGGGGCTGTGTCCAGAGGGCAGTCCTGACCAGTGGCCCTGGGGAGGCGTGGATGAGGGGAACAATGTGCATGGGGCCCCCAGTGGGCTCTGG-AGAGTCAGGCAGCCTGTTG
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3767716 157 - 110119387 GCCCGGGCATATGGAATGCCGATACCAGGCTGGTCCTGCCCAGGTCCTGGGGCTGTGTCCAGACGGCAGTCCTGACCAGTGGCCCCAAGGAGGCATGAATGA-AGGAACAATGTGCACGGGG-CCCCAGCGGGCTCTGGAAGAGTCAGGCAGCCTGTTG
i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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s hg19.chr21           9908629 167 +  48129895 TCTCTTAGCTCTGGTCCAAGAACCCCCCATCCTTGGTGGTCACCAGGACCCAAATCCTGCTCAAGGACTGGGGACTCAGAGGTGGTAAAGGCCATGCTGAGGCCCTAGAGTCAGAGCCCTGCCTGCCAGGCCAGGACTCTTGGGGACCTCCCAGGCAGTCAATGCTC
s rheMac2.chr15        3767873 146 - 110119387 CCCCTTAGCTCTGGTCCAAGAA-CTACCATCTTTGGTGGTCACCAGGACCCGAACCCTGCTCAAGGACTGGGCACTCAGAGGCGGTAAAGGCCACGCTGAGACCCTAGA-TCAGAGCCCTGCCTGCCAGGCCAGGACTCTCGGGGACC-------------------
i rheMac2.chr15       C 0 I 15
s ponAbe2.chrUn       11808661 166 +  72422247 TCCCTTAGCTCTGGTCCAAGAA-CCCCCATCCTTGGTGGTCACCAGGACCCTAATCCTGCTCAAGGACTGGGGACTCAGAGGTGGTAAAGGCCACGCTGAGACCCTAGAGTCAGAGCCCTGCCTGCCAGGCCAGGACTCTTGGGGACCTCCCGGGCGGTCAGTGCTC
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3238919 165 +   6711082 TCTCTTAGTTCTGGTCCAAGAA-CCCCCATCCTTGGTGGTCACCAGGACCCAAATCCTGCTCAAGGACTGGGGACTCAGAGGTGGTAAAGGCCATGCTGAGGCCCTAGAGTCAGAGCCTGCCCCTGCAGGCCAGGACTCTTGGGGACCTTCCAGGCAGTC-ATGCTC
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

a score=80998.000000
s hg19.chr21           9908796 229 +  48129895 CCCAGACCAGCTCCTGCCTCCATCCTCCCCACAGCTCCTCCTTCTCAGTCATGGGGGTTGCAACACACTGCGATCATACCCAGTGTCACCTGGTTTTACATAGGTTTACGGAGAGGTGACACTTGCTTCTGGGGTCCCTCGGGATAAGTGGGACAGAGGAGAAAGGTGTTGAGGGCCCAGGCCAGGTGATGAGAGGGGGCAGAGTGGTGGGCAGGCGCCGGAGCCGTCT
s panTro2.chr4_random  3239084 229 +   6711082 CCCAGACCAGCTCCTGCCTCCTTCCTCCCCAGAGCTCCTCCTGCTCAGTCATGGGGGTTGCAACACCCTGCGATCATACCCAGTGTCACCTGGTTTTACATAGGTTTACGGAGAGGTGACACTTGCTTCTGGGGTCCCTCGGGATAAGTGGGACAGAGGAGAAAGGTGTTGTGGGCCCAGGCCAGGTGATGAGAGGGGGCAGAGTGGTGGGCAGGCGCCGGAGCCGTCT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11808827 188 +  72422247 CCCAGACTACCTCCTGCCTCCA-------------TCCTCCTGCTCAGTCATGGGGGTGGCAACACCCGCCGATCATACCTAGTGTCACCTGGTTTTACATAGGTTTCTGGCGAGGTGAC----GCTTCTGGGGTCCCTCGGAATAAGTGGGGCAGAGGAGAAAGGTGTTGAGGGCCCAGGCCAGGTGATGAGAGGGG------------------------GCCGTCT
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3768034 228 - 110119387 ACCAGACCTCCTGCTGCCTCCATCCTCCCCACAGCTCCTCCTGTTTAGTCATGGGGGTGGCAACACCCGTCCATCATACCCAGCTTCGCCTGGTTTTACACAGGTTTACGGAGAGGTGGCACTTGCTTCTGGGGTCCCTCGGGGTAAGTGGGGCAGAGGAGAGCGGTGCTGAAGGCCCAGGCCAGGTGATGCGGGGGG-CAGAGTGGTGGGCAGGCGCGGGAGCCGTCT
i rheMac2.chr15       I 15 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 I 2189

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i panTro2.chr4_random I 2189 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11809568 329 +  72422247 GCCCCCTCTGCAGCACCTCCGGCCCCCGCAGCCCCCCTTCCCTAGTACCCAGCGCCCGCGTCCTCTTTTCGCATCCAGGAGTTTGCGGCGCTCAAGTGGGCGGTGGTCGCGCTCCCTCTGCTGGCCTTGGGCGGAAACGCAATACTGCCGGCCCATGGGTCTGACCCCACCCCACCCTGTCCTGTCTGCCGGCAACCAGGCTGTGCTTGCGCTGGGCACTTGAGGAGGTCTTGCACGCTTGCTCATGCCAGGGGCAGACAGTTGCCCAAGTGCTCTCGGGGGCGAGGGCCTTCGGACCAGGCTGGTGGAAGCAGCGCCGCTGGGGCCCC
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11809958 122 +  72422247 CTCTTGGAAGGTGGTGGAGTGTTTTTTGTAATCGTGCACCTCGGTGCTCTGGCTGTGGTGGCGCCCTTTTTGTAA---TGGTCGATGTTGTAGGCCTCCACC-TGTCCGACCAGTCCATCTCGCAG--------------------------------
i ponAbe2.chrUn       C 0 M 147
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       I 1 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 I 7
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i rheMac2.chr15       C 0 I 12

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       I 7 C 0
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i rheMac2.chr15       I 12 I 32

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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3776367 221 - 110119387 GAGTAACACTTTATTAAAATGCCACTATCTATGTTCTAAC-AAATACCTCAATTTCACAATTAAATGCATGTGGGgagagag--------agggagggagagagagacaggacggaggtggggagagagagagagagaagagagaaaggtatctctggcgtctcttccttttcagatgaagaccccagtcctaacagattagggcctcacccttttgcccccatgttaac
i rheMac2.chr15       I 32 I 301

a score=294868.000000
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s panTro2.chr4_random  3250788 585 +   6711082  
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11817289 587 +  72422247  
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3776889 577 - 110119387  
i rheMac2.chr15       I 301 C 0

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s hg19.chr21           9917916 21 +  48129895 AAGTGAACTGCATAAACATCA
s rheMac2.chr15        3777466 21 - 110119387 AAGTGAGTTGCATAAACACTA
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11817876 21 +  72422247 AAGTGAGCTGCATAAACACTA
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3251373 21 +   6711082 AAGTGAACTGCATAAACACCA
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

a score=1476819.000000
s hg19.chr21           9917937 3008 +  48129895  
s panTro2.chr4_random  3251394 3011 +   6711082  
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11817897 2992 +  72422247  
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3777487 3057 - 110119387  
i rheMac2.chr15       C 0 I 1

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s ponAbe2.chrUn       11820889 310 +  72422247 ggccgggcgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgagacgggcggatcacgaggtcaggaatcgagaccatcctggagaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaaattagccgggcgtggtggcgggcgcctatagtcctagctactgggaggctggggcaggagaatggcgtgaacccgagagggggagcttgcagtgaggcaagatcgcaccactgcattccagcctgggcaaca-agcgagactccgtTCCCCCCACCCCC---------CCCCCAAAAAAAGAAAAACAG
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3254405 319 +   6711082 ggccaggcgcagtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggcagcggtgggaggatcacgaggtcaggaatcgagaccatcctggagaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaaattagccgtgtgtgttggcggacgcctgtagtcccagctactgggaggctggggctggagaatggcataaacccgaggggcggagcttgcagtgagcggagatggcgccactgcattccagcctgggcgacagagcgagactcc-ttgcccccaccgccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTACCG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr15        3780544   1 - 110119387 I

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s rheMac2.chr15        3780545 120 - 110119387 CTTTCCCCAGAATGCTAGCCTGATGGGAACTCCGCCCCATCCATTCCAACCTAGTAAGGATAATTTAGTTTGTATTTTCTGGTCTCACTTCCTT----ACATCTAGTGTTCTTTTTTCGTTTCT
i rheMac2.chr15       I 1 C 0
s ponAbe2.chrUn       11821199 123 +  72422247 -TTTCCCCAGAATGCTAGCCTGATGGGAACTCCACCCCATCCGTTCCAACCTAGTAATGAAAAGTTAGTTTGTCTTTTCTGGTCTCACTTCGTTACACACATCTAGTGTTCTTTTTTTGTTTCT
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3254724 120 +   6711082 CTTTCCCCAGAATGCTAGCCTGATAGGAACTCCACCCCATCCATTCCAACCTAGTAAGAATAGTTTAGTTTGTCTTTTCTGGTCTCACTTCCTG----ACGTCTAATGTTCTTTTTTTGTTTCT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21           9921375 51 +  48129895 GTTATTAAATTTCAGAAGACAAACCCTAGCATTTTCTAAAAGAAATTATTT
s panTro2.chr4_random  3254844 51 +   6711082 GTTATTAAATTTCAGAAGACAAACCTTAGCATTTTCTAAAAGAAATTATTT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3780665 50 - 110119387 GTTATTAAATTTCAGAAGACAAACCTTGGCATTTTCTAAAAGAAATTA-TT
i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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s hg19.chr21           9921426 128 +  48129895 TTTACCTAAATACATTGGACTTTGGTCTTAATTTGAAGGAATAGGATAAGTGGACTTTAAGAGAGCGTTCCTACTCCTTCTCTTCCAGTGGCTGCTCTGGGTCCTTGAAAGAGGGTGTGATGTGAACC
s panTro2.chr4_random  3254895 128 +   6711082 TTTACCTAAATACATTGGACTTTGGTCTTAATTTGAAGGAATAGGATAAGTGGACTTTAAGAGAGCGTTCCTACTCCTTCTCTTCCAGTGGCTGCTCTGGGTCCCTGAAAGAGGGTGTGATGTGAACC
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11821368 123 +  72422247 TTTACCTAAATACATTGGACTTTGGTCTTAATTTGGAGGAATAGGATAAGTGGCCTTTAAGAGAGCGTTCCTACTC---CTCTTCCAGTGGCTGCTCTGGGTCCCTGAA--AGGGTGTGATGTGAAGC
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s rheMac2.chr15        3780715 128 - 110119387 TTTACCTAAATACATTGGACTTTGGTCTTAATTTGAAGGAATAGGATAAGTGGCCTTTAGGAGAGCGTTCCTCCTCCTCCTCTTCCAGTGGCTGCTCTGGGTCCCTGAAGGAGGGTGTGATGTGAACC
i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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s rheMac2.chr15        3780843 124 - 110119387 ATCTGGGTTGTGAAGTGGATTTTGTTGAGCCTGTGTTTTTTAAGCCCATTAGTCCTGCCCGAGGCTGTGTGCTCTGGAATCCTTGGTTTCGCCTCTGGACAACCTTCAGCCAAGTGGTGACGGT
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11821615 75 +  72422247 GAAGAGGGTCCCCCCATCTTCCAGGACGTGTGAGAGTTTGTAGGTGATGAGATGGAGGGGGCACCTTTTAAATCT
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3255147 75 +   6711082 GGAGAGGGTCCCCCCATCTTCCAGGACATGTGAGAGTTTGTAGGTGATGAGATGGAGGGGGCAGCTTTTAAATCT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3255222 491 +   6711082 TCCAGTACCCACCCCCGCTGCTGGCGGTGCTCTCCCCATCGTTCTTGTCCAGGACTCCCATCAGGGTCTC-AATCTCTTCTGTGATGCTCTGACTCACATGCTGGGAGGCCCTTTTACCAATGTAGTCCCTGATGTCCACATCGGCGTCCCATGTCCCCACTAGCAGCTTCACCATCTCCAAGGTACATGGCTGCCAAGTGCAGGGCGGTGTAGC---------TCTGGCCTTGCTGTTCCCAGGCAGCAGAGGCTCGTTGGGGAAGTTGACCAGCATGGCCAGAAGCTCCAGCCTGCAGTGCTAGGTGCCTGCACAGGCAGGTGAGGCTGTGATGAAGCCCAGAGTGGCCAGCAGGCCGGCTGGCACGGGGGCAACCCCCTAAGCTGTCCACTCCCCATCGGAGGCCGAGAGCAGCCAGCCATGCTCCCTGGTCCAGCTCACCCAGCCCCACAGCT---CTC---CTCCGCGGACGGGAAAGCCAGCCCTGCGCCGCCAGAGTCAC
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11822187 14 +  72422247 TCTCCTCTGCGGTG
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn       11822201  65 +  72422247 CCCTCGGAGGAGGAGCTCCCAG---------------------------GCTGCTGCCT-------------------------CCAGGACACACGCTCCTCTTCAGGGGCGGGGCT
i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3255727 116 +   6711082 TCCTCGGAGGAGGAGCTCCCAGACACAGGTTCCTCTTCAAGGGCAGGGCACTG-TGCCTTCCCAAGTCGCTCAAGTTCTGTGTCCCAAAACACAGGTTCCTCTTCAAGGGCAGGGCA
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 I 40
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr15        3781648 40 - 110119387 I

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i rheMac2.chr15       I 40 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3256109 155 +   6711082 GGAGGGGATGGTGAATGCTGCGCTCCGCGTTCACGTGGACGCGGGACAGGTACCAGGGGCGCGGCCTCAGGCGGAGGCCCAGCCAGAACCTCTTCCTGAGATGCAGGTACTGGGCGCCATCGGCGGGGTCCGTGCAGGTGCCACAGCGTTCACCT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

a score=276042.000000
s hg19.chr21           9922781 553 +  48129895  
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

a score=644779.000000
s hg19.chr21           9923334 2522 +  48129895  
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr15        3782607  0 - 110119387 I

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e rheMac2.chr15        3782607   0 - 110119387 I

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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 N 0
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i ponAbe2.chrUn       N 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr15        3782607  0 - 110119387 I

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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       I 355 I 358
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i ponAbe2.chrUn       I 358 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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s panTro2.chr4_random  3320395 305 +   6711082 TGAAAACAACAAGCAgaccaggcacggtggctcaggcctgtaatcccagcactttgggatgccgaggcgggtggatcacctgaggtcgggagttcgagaccaccctgatcaaaacagagaaaccccatctctactaaaaatacaaaattagccgggcgtggtggcaaatgcctgtaataccagctactcaggagctgaggcaggagaattgcttgaacccaggaggtggaggctgcagtgagctgagatcacaccactgtgctctagcctgggcaacaagagcaaaactctgtctcaaaagaaaa
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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s panTro2.chr4_random  3320700 385 +   6711082 aaaataaaaataaaagaacaaGGAAACAAAAGTAACAAGGCTTGACACCAGATGAGCCTGAATCTAAGCAAGAAAAGCCCAGAAGAAATCCCATTTTGGGTAACTGGCTTCATGGTAGTAATGCCATACACATAAGGGAAGAGAAGAGGATGTGGCTTTCACTTCGAATTTTTTGAGCTTAAGGTAAATTTGGATAGCTACAAAGAAGCATTCAACAGAGAGTTAAACCTATGATGGAAAGACTGAAGAGGTCCAAGCTGTAGAGAAACAGGACTGCAAACCACAAAGGGCTCAATCAGTCAAGGAGAACTGCAGGGTGAGATGAATAGGGACCAATGGAACATTTGGATAAGCTGTTGAGAAGAAAGGAGAATTCAGAGAAAAA
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        I 4 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 I 367
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i rheMac2.chr2        I 1 I 158

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i ponAbe2.chr3        I 367 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr2          282728 158 + 189746636 I

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s panTro2.chr4_random  3559865 32 +   6711082 ccatcctcctgcttcagcctcctgagtagctg
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        I 158 C 0

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i rheMac2.chr2        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 I 7

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
s rheMac2.chr2          283283 141 + 189746636 AAAAGTGTAGAGCAGTGTTTCAGGCAGAGGAGTATGTATGCCAATCCGGGGAGCAAGGTAGGTGGAGGCCACTTAAAAGTTCAGGTATGTGATTACA-------------CGTTTCTGTTTAGGTTTCTACTGAGAGGAAATATAACACTCGGT
i rheMac2.chr2        I 7 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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s hg19.chr21          10013500 130 +  48129895 CCCTATTTCTCCTTTGAACCTGTTTTCCCCAACCACACTGAGTTAATAAGCCT-CCTATATACTCTCATACCCTGTTTTAT-----------------CTAAAGAGATTTCCTTTTTCTACTATTATACCCATCTCATTCCTTAATTT
s panTro2.chr4_random  3560566 130 +   6711082 CCCTATTTCTCCTTTCAACCTGTTTTCTCCAACCACACTGAGTTAATAAGCCT-CCTATATACTCTCATAACCTGTTTTAT-----------------CTAAAGAGATTTCCTTTTTCTACTATTATACCCATCTCATTCCCTAATTT
i panTro2.chr4_random C 0 I 1
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i ponAbe2.chr3        C 0 I 950
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i rheMac2.chr2        C 0 I 1

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i rheMac2.chr2        I 1 C 0
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s panTro2.chr4_random  3560697 53 +   6711082 TTTATTCTTATTTCTCACTCTATTTTTTATtcttttaggcacagctcatgtct
i panTro2.chr4_random I 1 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

a score=103760.000000
s hg19.chr21          10014510 158 +  48129895 catcaagac--aaagtaaagctgtagttgccctgggggggtggggaatggggagtcac-ttttaatgggtacaggatttcaattttaaaagacaaaaagaattatggagatgggtggtggtgatgcttgcacaacattgtgaatacatttaatgacaccga
s rheMac2.chr2          284607 159 + 189746636 catcaagacagaaagtaaagcggtagttgccctgggagggcggggaatggggagtcactgtttaatgggtacaggatttcaactttacaaaacaaaa--aattatggacatgggtggtggtgatgcttgcacaacgttgtgaatacatttaataacactga
i rheMac2.chr2        C 0 C 0
s ponAbe2.chr3        42395846 161 + 202140232 CTTCAagacagaaagtaaagctttagttgccctgggagggcaaggaatggggagtcactgtttaatgggtacaggatttcaattttacaagacaaaaagaattatggagatgggtggtggtgatgcttgcacaacattgtgaacacatttaataacactga
i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3561577 161 +   6711082 catcaagacagaaagtaaagctgtagttgccctgggagggcggggaatggggagtcactttttaatgggtacaggatttcaattttacaagacaaaaagaattatggagatgggtggtggcgatgcttgcacaacattgtgaatacatttaatgacactga
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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i rheMac2.chr2        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 I 14683
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random I 14683 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 I 4
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random I 8897 I 1542
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3        C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random  3626645 48 +   6711082 TTTTTCTCTGTCTCTCACACATCTGGGGCGGAATAGCTTAATATATTG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr2          294082 47 + 189746636 TTTTTCTCTGTCTCTCACACATCT-GGGCTGAATAGCTGAATATATTG
i rheMac2.chr2        C 0 C 0
s ponAbe2.chr3        42411035 48 + 202140232 TTTTTCTGTGTCTCTCACACATCTGGGGCTGAATAGCTGAATATGTTG
i ponAbe2.chr3        C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random  3626693 439 +   6711082 TTTAATTTCTACATCAATGATAGTTTAATAGGCATTCATGCAAATCAGTTCTGCTGGGAGTTTATTATCCTACTCCAATAGCAAGTAACGCATTCCTTAAGTTTAGTGTACATATAAATTCTACATGGTAAGTGAAGCTGTCTTTATGAATTGCTGCTATAGAATATACTAGATTGTGTAGGTTTTAATACAGTCCAGGTAACTATCAAGCCTTTGTAATATTTTCAGGAAAGTGATCCTTTCACTTCAGTTTATGGAACTTGGAAAGTTTTCAGTTGCCACCCACTTGTTAGATCATAAACTTAATTCTATGTATCTGAATTTATTTTTCTATTTATAAATTTATCTGGATGTTTTCTCAAAGGTTTCCCAGATTAAAAACCTATGGCTTTGTAAAATTAAAACAGAAGTAATAAGAATTGTGTTAAAAA-CAGAATCA
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr2          294129 439 + 189746636 TTTAATTTCTACATTGATGATAGTTTAATAGGCATTCATGCAAATCAGTTCTGCTGGGAGTTTATTATCCTACTCCAATAACAAGTAATGCATTCCTTAAATTCAGTGTAGGTATAAATTCTACATGGTAAGTGAAGCTGTCTTTATGAATTGCTGCTATAGAATATACTAGATTGTGTAGGTTTTAGTACAATCCAGGTAATTATCAAGCC-TTGTAACATTTTCAGGAAAGTGACCCTTTCACTTCAATTTGTGGGACTTGGAAATTTTTCAGTTGTCACCCACTAGTTAGATCATAAACTTAATTCTATGTATCTGAATTTATTTTTCTATTTATAAATTTATCTGGATACTTTCTCAAAGGTTTCTCAGATTAAAAACCTATGGCTTTGTAAAAGTAAAAGAGAAGTAATAAGAATCGTGTTAAAAAACAGGATCA
i rheMac2.chr2        C 0 C 0
s ponAbe2.chr3        42411083 411 + 202140232 TTTAATTTCTACATCAATGATAGTTTAATAGGCATTCATGCAAATCAGTTCTGCTGGGAGTTTATTATCCTACTCCAATAACAAGTAATGCATTCCTTAAATTTAGTGTAGGTATAAATTCTACATGGAAAGTGAAGCTGTCTTTATGAATTGCTGTTATGGAATATACTAGATTGTGTAGGTTTTAGTACAATCCAGGTAATTATCATGCC-TGGTAATATTTTCA----------------------------GGAACTTGGAAATTTTTCATTTGCCACCCACTAGTTAGATCATAAACTTAATTCTATGTATCTGAATTTATTTTTCTATTTATAAATTTATCTGGATGCTTTCTCAAAGGTTTCCCAGATTAAAAACCTATGGCTTTGTAAAATTAAAACAGAAGTAATAAGAATtctgttaaaaaacagaatca
i ponAbe2.chr3        C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random  3627132 77 +   6711082 ggccaagcatggtggcttatgcctgtaatgccaacacctagggaggccgaggcgggaggatcatttgaggtcagggg
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr2          294568 77 + 189746636 ggccaagcatggtggcttatgcctgtaatgccagcactttgggaggccgaggcgggaggatcatttgaggtcaggag
i rheMac2.chr2        C 0 I 310
s ponAbe2.chr3        42411494 62 + 202140232 ggccaagcatggtggcttatgcctgtaatgccagcccttagggaggccgaggcaggaggatc---------------
i ponAbe2.chr3        C 0 N 0

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s hg19.chr21          10031539 229 +  48129895 ttcaagaccagcctggacaacatggcaaaaccccacatgt-attaaaaaaatacacaaattagctgggcgtggtggtgaatgcctttagtcctagctactcaggaggctaaggcaggagaatagcttgaacttgggaggctgaggttgcagtgagccaagatagagccactgaattccagcctgggtgacagagtgagatcctgtcttaaaaaaaag----------gaaaaaa------gaaaaa
s panTro2.chr4_random  3627209 235 +   6711082 ttcaagaccagcctgggcaacatggcaaaatgccacctgt-attaaaaaaatacacaaattagctgg-cgtagtggtgaatacctttattcctagctactcaggaggctaaggcgggagaatagcttgaacccgggaggctgaggttgcagtgagccaagatagagccactgcattccagcctgggtgagagagtgagatcctgtattaaaaaaaaa---------agaaaaaaagaaaagaaaaa
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr2          294955 246 + 189746636 ttcgagaccagcctggccaacatggcaaaaacccacctctaatttaaaaaatacacaaattagctgggcgtggtggtgaatgtcttcagtcccagctactcagaaggctaaggcaggagaattacttgaacccgggaggctgaggttgcagtgagccaagacagtgccactgcactctggcctgggtgacggagtgagatcctgtctcaaaaaaaacaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaAAGAAAAT
i rheMac2.chr2        I 310 C 0

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s hg19.chr21          10031768 132 +  48129895 gaaaaaa---CAGAATCATACAATGAGAGAGATTGTATAGCCCTTTTAATTGTCCATAATGGATACATTTCTTTTTCTGTGTAATAGTTTATCAGCATGAAAA--------------------------------------AAAAGAGTCACTGAACACTGATAATTTTCTTT
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21          10031900 276 +  48129895 CTCTCTCTCTCTCTCtttttttcctttttttggagatgaagtctcgctctgttgcccaggctggagtgcaatggcaacatctctgttcactgcaaccttcacatcctaggttcaggagattttcctgcctcagcctcccaagtagctgggattccaggtgcaccccgtcatgcctggataaatttttgtattttcagtagagacggggtttcatcatgttggccaggctggtctcaaactcctgacctcaaatgatctgcccgccttagcctccca
s rheMac2.chr2          295334 275 + 189746636 CTGTCTCTCTCt-tttttttttccttttttttgagatgaagtctcgctctgttgcccaggctggagtgcaagggcaacatctctgttcactgcaacctccacatcctgggttcaggtgattctcctgcctcagcctccccagtggcagggattacaggtgtatcccaccatgcctggataagtttttgtatttttagtagagatggggtttcatcatgttggccaggctgatctcgatctcctgagctcaaatgatctgcccgcctcagcctccca
i rheMac2.chr2        C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3627616 276 +   6711082 CTCTCTCTCTCTCtttttttttcctttttttggagatgaagtctcactgtgttgcccaggctggagtgcaatggcaatatctctgttcactgcaaccttcacatcctgggttcaggcgattttcctgcctcagcctcccaagtagctgggattccaggtgcatcccgccatgcctggataagtttttgtattttcagtagagacggggtttcatcatgttggccaggctggtctcaaactcctgacctcaaatgatctgcccgccttagcctccca
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21          10032176 297 +  48129895 aattactggTGATGATTTTCATTTAATGGTGTTCTACAAAGTGAGTTTAGGCAGTGAAAGGGCACAAGTCACCTATAGTTTACCAGAAAGTAGTACCAGTCACCAGCGTTGAAGCATACTCCTAACCCTGGAAAATTTCTTCAGCAGCCAGAATTAATCTCAGATTTTGAGACTGGAGCAAAGACTAATTTGGTATGTGTTCATTTAGATTAGTAAATCTCTATGGTGTTCGAACTGTATAATATCAAATCTAAAATAAGTCAAGAGAGTTAGACAATATCTCATCTCTGAGAAAAT
s rheMac2.chr2          295609 296 + 189746636 aagtgttggTGATGATTTTCATTTAATGGTGTTCTACAAAGTGAGTTTAGGCAGTGAAAGGGCACATGTCATATATAGTTTACCAGAAAGTAGTACTGGTCACCAGCGTAGAAGCATACTCCTAACCCTGGAAAATTTCTTCAGCTCCCAGGATTAATCTCAGATTTTGAGACTGGAGCAAAGACTAATTTGGTATGTGTTCATCCAGATTAGTAAATCTCCATGGTGTTCGAACTGTATAATATCAAATCTAAAATAAGCCAAGAGAGTTGGACAATTTTTCATCTCTCAGAAAA-
i rheMac2.chr2        C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3627892 297 +   6711082 aattgctggTGATGATTTTCATTTAATGGTGTTCTACAAAGTGAGTTTAGGCAATGAAAGCGCACATGTCATCTATAGTTTACCAGAAAGTAGTGCCGGTCACCAGGATTGAAGCATACTCCTAACACTGGAAAATTTCTTCAGCAGCCAGAATTAATCTCAGATTTTGAGACTGGAGCAAAGACTAATTTGGTATGTGTTCATTCAGATTAGTAAATCTCCATGGTGTTCGAACTGTATAATATCAAATCTAAAATAAGTCAAAAGAGTTGAACAATATCTCATCTCTGAGAAAAA
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

a score=40600.000000
s hg19.chr21          10032473 41 +  48129895 AAATGCATTATTTTCAAGAGATTTAAGACTGAATTTAAAAT
s rheMac2.chr2          295905 41 + 189746636 AAATGCATCATTTTCAAGAGATTTAAGATTGAATTTAAAAT
i rheMac2.chr2        C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3628189 41 +   6711082 AAATGCATTATTTTCAACAGATTTAAGACTGAATTTAAAAT
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21          10032514 7 +  48129895 CCAACTG
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i rheMac2.chr2        C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3628230 7 +   6711082 CCAACTG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21          10032521 197 +  48129895 CCTGTTCCAGTGTATGTTTCTCTAGAATATGGCCAAGCCCTACAAATTCTGGATAGTGTCCTCCAAGTTGTGTTTAAGTGATAATTGATAAATCTATGGTTTAGATACATATGGAATTCCACATAACTCTAGCTCCAGCCTTTGCGAGT-AAAAATTGGCAGTGATCATGG-CCTTAATGGAGGCATGTGGTTAATTGG
s rheMac2.chr2          295953 197 + 189746636 CCTATTCCAGTGGATGTTTCTCCAGAATAAGGCCAAGCCCCACAAATTCTGGATAGTGTCCTCCAAGTTGTGTTTAAGTGATAATTGACAGATCTATGGTTTAGATACATATGGAATTCCATATAACTCTAGCTCCAGTCTTTGCAAGT-AAAAATTGGCAGTAATCGTGG-CCTTAGTGGAGGTATGTGGCTAATTGG
i rheMac2.chr2        C 0 C 0
s panTro2.chr4_random  3628237 198 +   6711082 CCTATTCCAGTGTATGTTTCTCTAGAATAAGGCCAAGCCCTACAAATTCTGGATAGTGTCCTCCAAGTTGTGTTTAAGTGATAATTGATAAATCTATGG-TTAGATACATATGGAATTCCATATAACTCTAGCTCCAGCCTTTGTGAATAAAAAATTGGCAGTGATCATGGCCCTTAATGGGGGCATGGGGTTAATTGG
i panTro2.chr4_random C 0 N 0

a score=21323.000000
s hg19.chr21   10032718 56 +  48129895 AATTTTCAGTACCAAAAGTCTTCTTCTTACTAGTTTATCAGGGTACCCTATAATAG
s rheMac2.chr2   296150 48 + 189746636 AATTTTCAGTACCAAAAGTCTTCGTG--------TTATCAGGGTACCCTGTAATGG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=588732.000000
s hg19.chr21   10032774 768 +  48129895  
s rheMac2.chr2   296198 771 + 189746636  
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=26764.000000
s hg19.chr21   10033542 36 +  48129895 TATAACACTACCACAGTTTGTATGGAGATAAAATAA
s rheMac2.chr2   296969 36 + 189746636 TATAACACTACTACAGTTTGTATGGGGATAAAATAA
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=96654.000000
s hg19.chr21   10033578 133 +  48129895 CTCATGGTGAGAAATCCAGTTCTTTAAA-AAATCATTTTACCTTCAATCACTTTTAGGATGTCTATGGTTTTAGAGTAAGGACGAAAATTTATAAACATTTGTTAAATTATGCAACTGTGTTTGAAGATGTTTC
s rheMac2.chr2   297005 134 + 189746636 CTCATGGTGAGAAATCCAGTTCTTTAAAGAAATCATTTTACCTTCAATCACATTTAGGACATCTATGCTTTTAGAGTAAGGATGAAAATTTATAAACATTTGTTAAATTATGCAACTGTTTTTGAAGATGTTTT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=369516.000000
s hg19.chr21   10033711 327 +  48129895 AAAATTACATTTTCCTTATTTTACAACTAGTTTTCATGTATTCACAAACGAGACACATGAGAATTATTAATGCAAAAGCACAGCATATCAACAAAGTTTATAATGTAAATAGTTTAGTTAGGAAAGAATGTAATGAGTGAATTATCAAAGCTATTTTATTGGTTCCTAGATTTACCATAGAAGAAAATAAAGCAGCCTTTTAAAAATTTCTCAGCACTGAGTCCATTTAAGGTCTGTATTGTATGCCGTAAGTTCTAAAAAATGTTATTGCCGGTAAAAATAGGATGCCT--------------ATCTAAAATTGTCTTTTTAAAGGTTCTCTCTTATTCT
s rheMac2.chr2   297139 340 + 189746636 GAAATTACATTTTCCTTATTGTACAACTAGTTTTCATGTATTCACAAATGAGACACACGAGAATTATTAATG-AAAAGCATAGCATATCGACAAAGTTTATAATGTAAATAGTTTCGTTTGGAAAGAATGTAATGAGTGAATTATCAAAGCTATTTTATTGGTTCCCAGATTTACCATAGAAGAAAACAAAGCACCCTTATACAAATTTCTCAGCCCTGAGTCCATTTAAGGTCTATTTTGTATGCCGTAAGTTCTAAAAAATGTTATTGCTGATAAAAATAGAGTGCCTGATAATAAAACACAACCTAAAATTGTCTTTTTAAAGATTCTCTCTTCTTCT
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=97974.000000
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s rheMac2.chr2   297479 217 + 189746636 TCTTCCCTTCCTATGTGCGCACAGAATATTGTAATCGTCTTGACTGCAACACCGTCTCTCTGTCTCAGAGGGTGTACGGTTGTAGAAGGGAGAAAATATTTGTTAATTTTGCTTCCTATAAGGTAAGGTCTCAATGGTTGAAGGTCAGTTAACAAACTTTTTGTTTGTCTTCATACTACTATCTTGGAATTACCAACTGCCTTCTATTTAGATTTTG
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=92897.000000
s hg19.chr21   10034255 326 +  48129895 AATAATGAaagaaaagaactagcatttgttagaacttactgtgttccagaaactttattgatgccatttcttctcattatcacattcattctttcaattagtataatttttttccatcttaatgaggtgggaccagaggttttgtaatatccactaacccactgtggatttcatggattgcaagaggaagaaagcatggtggaactcaggtttctctgattccaaattcacatcctttcATGTCTCCATGAAAAATAGAAAAGATAAATTGGGCTCTATTCTAACAAGAGAAACACAATTTTCCGTCAGTTAAATGAATAATTCTT
s rheMac2.chr2   297696 308 + 189746636 AATAATGAaagaaaagaactagcgtttgttagaacttactgtgttccagaaactttattgattccatttcttctcattatcacattcattctttcaattagtacta-ttttttccatctcaagaaggtgggaccagaggctttgtaatgttcaccaacccactgcagatttcatggcttgcaagaggaagaaaccatggtggaactca-gtttgtctgattccaaattcacattctttcATGTTTCCATGAAAAATAGAAAAGATAAATTGGGCTCTATTCTAACAGGAGAAACATAATTTTCCATCAGA----------------
i rheMac2.chr2 C 0 C 0

a score=-2523.000000
s hg19.chr21   10034581 121 +  48129895 TTTTATTTTATTTTAttttatttttattattatactttaagttttagggtacatgtgcacattgtgcagattagttacatatgtacacatgtgccatgctggtgcgctgcacccaGATACC
e rheMac2.chr2   298004   0 + 189746636 C

a score=106297.000000
s hg19.chr21   10034702 218 +  48129895 TAAATGAATAATTCTTAAACCTCAAAAATAAAAA--GTAGCAAAACCTCAATTCAAGAGTAGACATAAAGGTTGTGACATGGGTGGCAGGGACATATGTCTAGTGACA--GATTTCCTATGCATATCTGACCAAAAATCCCCCTCATGATTTTCAAATCAGATGCTTAACTACATTTAATGAGTTTCCCGAATCATTAATATCAGGCTCTGAAAACAGGATC
s rheMac2.chr2   298004 222 + 189746636 TAAATGAATAATTCTTAAACCTCAAAAATAAAACATGTAGCAAAAGCTCAATTCAAGAGTAGACATAAAGGTTGTGACGTGGGTCGCAGGGACATATGTCTAGTGACATAGGTTTGCTATGCATATCTGACCAAAAATCTCCCTCCTGATTTTCGAATCACATGCACAACTGCATTTAACGAGTTTCATGAATCATTAATATCAGGCTCTGAAAGCAGGATC
i rheMac2.chr2 C 0 n 0

a score=0.000000
s hg19.chr21   10034920 53048 +  48129895  
e rheMac2.chr2   298226     0 + 189746636 n

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s hg19.chr21    10087968 57 +  48129895 tgcaaaaatcctcaataaaatactagcaagccgaatccagcagcaaatcaaaaagct
s ponAbe2.chr3 159717153 57 - 202140232 tgcaaaaatcctcaataaaatactggcaaactgaatccagcagcacatcaaaaagct
i ponAbe2.chr3 N 0 C 0
e rheMac2.chr2    298226  0 + 189746636 I

a score=67553.000000
s hg19.chr21     10088025 286 +  48129895 tatccaccatgatcaaatgggtttcatccctgggatgcaaggctggtacaacatacgcaaatcagtaaacgtaatccatcatataaacagaaccaacgtcaaaaaccac--gattatctcaatagatgcagaaaagccctttgacaaaattcaacaaccttcatgctaaaaactctcaataaattagatattgatgggacgtatctcaaaatattaagagctatttatgacaaacccgcagccaatatcatactgaatgggcaaaacctgaaagcattccctttgaaa
s ponAbe2.chr3  159717210 288 - 202140232 tatccaccatgatcaagtgggcttcatccctgggatgcaaggctggttcaacatatgcaaatcaataaatgtaatccagtatataaacagaacaaaagacaaaaaccacatgattatctcagtagatgcagaaaaggcctttgacaaaattcaagaaccttcatgctaaaaactgtcaataaattaggcattgatgagacgtatctcaaaataataagagctatctatgacaaacccacagccaatatcatatggaatgggcaaaaactggaagcattccctttgaaa
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47384830 286 -  58616431 tatccaccatgatcaaatgggctgcctctgttggatgcaaggcttgtacaacatatgcaaatcaataaacgtaatccatcatataaacagaaccaacgtcaaaaaccac--gattatctcaatagatgcagaaaagccctttgacaaaattcaacagccttcatgctaaaatctctcaataaattagatattgatgggacgtatctcaaaatattaagagctatttataacaatcccacagccaatatcatactgaatgggcaaaacctggaatcattccctttgaaa
i panTro2.chrUn N 0 C 0
e rheMac2.chr2     298226   0 + 189746636 I

a score=18461.000000
s hg19.chr21     10088311 34 +  48129895 aTCTCagttacctttcttttggatatgagtgtga
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=156312.000000
s hg19.chr21     10088345 214 +  48129895 ggaaagagtacctacaaactacccttttagttaaatgccatatacaataaatattaatacctacagtcctcatgttgtacattagagccctcaatttgttaattctacatatctgcaactttgcatccttcgaattctctctctccattttctcttctcacccccagcccctggtaaccactgttttatactctatctctgcatatttaccttt
s panTro2.chrUn  47385150 214 -  58616431 ggaaagagtacctacaaactaccctttcatttaaatgtcatatacaataaatattaatacctacagtactcatgttgtacattagatccctcaatttgttaattctacatatctgtcactttacatccttcgaaatctctatctccattttctcttctcacccccagcccctggtaaccactgttttatactctatctctgtgtatttaacttt
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159717532 214 - 202140232 ggaaagagtacctacaaactacccttttagtaaaatgccaaatacaataaatattaatacctacactcctcatgttgtacattagatccctcaacttgttaattgtacatatctgcaactttgcatcctttgaattctctatctccattttctctcctcaccctcagcccctggaaaccactgtttaataccctatctctgtgtatttaacctt
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189439401 213 - 189746636 ggaaagagtacctacaaactaccc-taaagtaaaatgccaaatacaataaatattaatacctacagtcctcatgttgtacattagatccctcaacttgttcatcctacgtgtctgcaactttgcatcctttgaattccctatctccattttccctcctcacccccagcccctggtaacccctgttttatactctatctctgtgtatttagcttt
i rheMac2.chr2  C 0 C 0

a score=151170.000000
s hg19.chr21     10088559 131 +  48129895 ttGCTGTTTTTGTCCTGAGAAG-TTTATTGGGACTTTCAGCTAGGAGATAATATGTTCTGAGTCTTGATTATCTCAAATTATATCAGGTAAGAAGTTTTACTTGTCTGGAGAGCAGAGAGCAAGTGCATAAT
s panTro2.chrUn  47385364 131 -  58616431 ttGTTGTTTTTGTCCTGAGAAG-TTTGTTGGGACTTTCAGCTAGGAGATAATATGTTCTGAGTCTTGATTATCTCAAATTATAGCAGGTAAGAAGTTTTACTTGTCTGGAGAGCAGAGTGCAAGTGCATAAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159717746 132 - 202140232 ttGTTGTTTTTGTTCTGAGAAACTTTGTTGGGACTTTCAGCTAGGAAATAATATGTTCTGAGTCTTGGGTGTCTCAAATGATAACAGGTAAGAAGTTTTACTTGTCTGGAGAGCAGAGTGCCAGTGCATAAT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189439614 132 - 189746636 ttGTTGTTTTTGTTCTGAGAAGCTTTGTTGGGACTTTCCGCTAGGAAATCATATGTTCTGAGTCTTGGGCATCTCAAGTGAGAGCAGGTTAGAAGTTTTTCTTGTCTGGAGAGCAGAGTGCCAGTGCATCAT
i rheMac2.chr2  C 0 C 0

a score=74620.000000
s hg19.chr21     10088690 37 +  48129895 TTTATGCAGAAGAGGGAATAAAGAGAATTCTCTAATT
s rheMac2.chr2  189439746 37 - 189746636 TCTATGCAGAAAAGGTAACAAAGAGAATTTTCTAATT
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159717878 37 - 202140232 TTTATGCAGAAGAGGGAATAAAGAGAATTCTCTACTT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47385495 37 -  58616431 TTTATGCAGAAGAGGGAATAAAGATAATTCTCTAATT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=60874.000000
s hg19.chr21     10088727 23 +  48129895 AAAATTTGAATCAGAAATATGGT
s rheMac2.chr2  189439783 23 - 189746636 AAAATTTGAATCAGAAATATGGA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159717915 23 - 202140232 AAAATTTGAATCAGAAACATGGC
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47385532 23 -  58616431 AAAATTTGAATCAGAAATATGGC
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=192087.000000
s hg19.chr21     10088750 183 +  48129895 TCATATTTTTATGTACAACAATCTCTAAGGCTTCTTGGAAAGGAACTAGCTGCCTGA-TTTTTTTTCATTTGAATCCTCTAATACATGAAGAGGATGATTCTACCATACCAATCACAAGAATGATATCTGTAGAATCAAAAGTTGAAATCCTATTATCCTAGAAGTTTTTTCAGAAAACTTGAA
s rheMac2.chr2  189439806 181 - 189746636 TCATATTTTTATGTACAACAATCTCTAAGGCTTCTTGGAAAGGAATTAGCTGCCTGA-TTTTTTTTTGTTTGAATCCACTAGTACATGAAGAGGATGATTCTCCCATATCAATCACAAGAATGATGTCTGTAGAATT--GAGTTGAAATCCTATTATCCTAGAACTTTTTTCAGAAAAGTTTAA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159717938 184 - 202140232 TCATATTTTTATGTACAAGAAGCTCTAAGGCTTCTTGGAAAGGAACTAGCTGCCTGATTTTTTTTTCATTTGAATCCACTGATACATGAAGAGGATGATTCTCCCATACCAATAACAAGAATGATATTTGTAGAATCAAAAGTTGAAATCCTATTATCCTAGAACTTTTTTCAGAAAACCTTAA
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47385555 183 -  58616431 TCATATTTTTATGTACAACAATCTCTAAGGCTTCTTGGAAAGGAACTAGCTGCCTGA-TTTTTTTTCATTTGAATCCACTAATACATGAAGAGGATGATTCTACCATACCAATCACAAGAATGATATCTGTAGAATCAAAAGTTGAAATCCTATTATCCTAGAACTTTTTTCAGAAAACTTGAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=227548.000000
s hg19.chr21     10088933 177 +  48129895 CATGTATTGAAATGTCATGCTGGTCATATATGTTACAGCAATGAGGAATTTACTTATTATATACTTTAGCTTTTTAGCCCTTTCCCTGCCCACCAGAAATGTTTCTTTTGAATCCAATTTGGTCCTCAGAGTTTTAGAATGTTAAGGAATGTATAGGGGTATCTTTTTTCTTCTTTT
s rheMac2.chr2  189439987 171 - 189746636 CGTGTATGGAAATGTCGTGCTGGTC--ATATTTGATAGCAATGAGGAATTTACTTATTATGTACTTTAGCTTTTCAGTCCTTTCCCTGCCCACCAGAAATGTTTCTTTTGAATCCAATTTGGTCCTCAGAGTTTAAGAATGTTAAGGCATGTGTAAGGGTTTCTTTTTTTTCC----
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159718122 177 - 202140232 CATGTATTGAAATGTCATGCTGGTCATATATTTGATAGCAATGAGGAATTTACTTATTATATACTTCAGCTTTTTAGCCCTTTCCCTGCCCACCAGAAATGTTTCTTTTGAATCCAATTTGGTCCTCAGAGTTTAAGAATGTTAAGGCATGCATAGGGGTTTCTTTTTTCTTCTTTT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47385738 177 -  58616431 CATGTATTGAAATGTCATGCTGCTCATATATTTTATAGCAATGAGGAATTTACTTATTATATACTTCAGCTTTTTAGCCCTTTCCCTGCCCACCAGAAATGTTTCTTTTGAATCCAATTTTTTCCTCAGAGTTTTAGAATGTTAAGGAATGTATAGGGGTTTCTTTTTTCTTCTTTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=-4831.000000
s hg19.chr21     10089110 33 +  48129895 TTTTTTTTGTCAAGCTATTGTATATTTTTACTT
s rheMac2.chr2  189440158 26 - 189746636 -------TGTCTAGCTATTGCATATTTTTACTT
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159718299 32 - 202140232 TTTTTT-TGTCAAGCTATTGTATATTTTTACTT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47385915 29 -  58616431 TTTTTT----CAAGCTATTGTATATTTTTACTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=14664.000000
s hg19.chr21     10089143 86 +  48129895 TACCTGTTTGGGTATGTAGTTACTATTTGTTTGGACTGTCATACTAG-AAAAAAATTATAGTGAATTTTACATGTATGGAGTCTTCA
s rheMac2.chr2  189440184 86 - 189746636 TATCTGTTTGAACATGTAGTTACTATTTGTTTTGACTCTCATACCAG-AAAAAATTTATAGTGAATTTTACATGTATGGAGTCTTCA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159718331 86 - 202140232 TACCTGTTTGAA-ATGTAGTTACTATTTGTTTGGACTCTCATACCAGAAAAAAAATTATAGTGAATTTTACATGCATGGAGTCTCCA
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47385944 86 -  58616431 TACCTGTTTGGGTATGTAGTTACTATTTGTTTGGACTGTCACACCAG-AAAAAAATTATAGTGAATTTTACATGTACGGAGTCTTCA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=55848.000000
s hg19.chr21     10089229 45 +  48129895 TTAATCTGTATAAACTGACAAGTTTAGAATATCAAAGTCATCACT
s rheMac2.chr2  189440270 45 - 189746636 TTAGTCTGTATAAACTGACAAGTTTAGAATATCAAAGTCAACACT
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159718417 45 - 202140232 TTAATCTGTATAAACTGACAAGTTCAGAATATCAAAGTCAACACT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47386030 45 -  58616431 TTAATCTGTATAAACTGACAAGTTTAGAATATCAAAGTCAACACT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=255644.000000
s hg19.chr21     10089274 121 +  48129895 GTAAAAAATAAAGTGATATTTTATCTGGTCTATCTCCTTGCAAATAAAAGAACAATAAATTCTGTACTATTATGAAATATAAGAGCTTGAAAATTTTTCAAGCGTCTTGTATAGAATGGC-C
s rheMac2.chr2  189440315 122 - 189746636 GTAAGAAATAAAGTGATCCTTTATCTGGTCTATCTCCTTGCAAATAAAAGAACAATAAATTCTGTACTATTATTAAATATATGAGCTTGAAAATTTCTCAAGTGCCTTGTATAAAATGGCAC
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159718462 120 - 202140232 GTAAGAA--AAAGTGATCCTTTATCTGGTCTATCTCCTTGCAAATAAAAGAACAATAAATTCTGTACTATTATGAAATATATGAGCTTGAAAATTTTTCAAGTGCCTTGTATAAAATGGCAC
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47386075 121 -  58616431 GTAAAAAATAAAGTGATATTTTATCTGGTCTATCTCCTTGCAAATAAAGGAACAAAAAATTCTGTACTATTATGAAATATAAGAGCTTGAAAATTTTTCAAGTGCCTTGTATAGAATGGC-C
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=1021748.000000
s hg19.chr21     10089395 377 +  48129895 TTCGAATTCAAGGTATAAACTACAACAAAACACTTTCGAGATCTAGTTTGATTGAAGAGTGCATTCTTACTTATTTATATATTCTCTGCAATTTCTGATTCAAGATAGTCCACAATTCTAAAGGAAAACCAAAATAGAATAATAATTATAAAACAAAATAAAAAGTAATTGAGGAAGATAATTGAGCAACTTATTCTTGACAACTAGCTTTTTAACAAACAGAAAAGTGCACTAAAAATACTGCCTAGTTGTTTAAAGTAGGCTGAGATCTGACTGTATCCCCTGAGTGA----CATAAAGAAAAAACTACCTTTGAGGAAGCACAGTGATTAAATTTAAAAGATTTATTGTTTAACCTCAGGAAGACTTTCAATAACTTT
s rheMac2.chr2  189440437 376 - 189746636 TTTGGATTCAAGGTATAAACTACAACAAAACACTTTCTAGATCTAGTTTGATTGCAGAGCGTATTCTTATTCATTTGTATATTCTCTGCAATTTCTGATTGAAGACACTTCACAATTCTAAAGGAAAACCAAAATAGGAGAATAATTACAAAACAAAACAAAAAGTAATTGAGGAAGATAATTGATCAACTTATTCTCAACAACTAGCTTTTTAACAAACAGAAAAATGCACTAAAAATACTGCCCAGTTGTTTAAAGTAGGCTGAGATCTGACTGTATGCTCTGAGTGT----CAT-AAGAAAAAATTACCTTTGAGGGAGCACAGTGGTTAAATTTAAAAGATTTATTGTTTAACCTCAGGAAGACTTTCAGTAACTTT
i rheMac2.chr2  C 0 I 1707
s ponAbe2.chr3  159718582 381 - 202140232 TTCGAATTCAAGGTATAAACTACAACAAAACACTTTCGAGATCTAGTTTGATTGCAGAGTGCATGCTTACTCATTTATATATTCTCTGCAATTTCTGATTCAAGATATTTCACAATTCTAAAGGAAAACCAAAATAGGATAATAATTACAAAACAAAACAAAAAGTAATTGAGGAAGATAACTGAGCAACTTATTCTCAACAACTAGCTTTTTAACAAACAGAAAAATGCACTAAAAATACTGCCTAGTTGTTTAAAGTAGGCTGAGATCCGACTGTATGCCCTAAGTGAGTGTCATAAAGAAAAAATTACCTTTGATGGAGCACAGTGGTTAAATTTAAAAGATTTATTGTTTAACCTCAGGAAGACTTTCAGTAACTTT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47386196 381 -  58616431 TTCGAATTCAAGGTATAAACTACAACAAAACACTTTCGAGATCTAGTTTGATTGAAGAGTGCATTCTTACTTATTTATATATTCTCTGCAATTTCTGATTCAAGATAGTCCACAATTCTAAAGGAAAACCAAAATAGAATAATAATTACAAAACAAAATAAAAAGTAATTGAGGAAGATAGTTGAGCAACTTATTCTTGACAACTAGCTTTTTAACAAACAGAAAAGTGCACTAAAAATACTACCTAGTTGTTTAAAGTAGGCTGAGATCTGACTGTATCCCCTAAGTGAGTGTCATAAAGAAAAAATTACCTTTGAGGGAGCACAGTGGTTAAATTTAAAAGATTTATTGTTTAACCTCAGGAAGACTTTCAGTAACTTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=415578.000000
s hg19.chr21     10089772  100 +  48129895 TTATAAATTGTATACAGTTAATGGAAGACATGCTAGGCTTCTTGTAAGAATTTATTCCAGATCACTGTGTATAATTAATGGCTTGTCTACATATTTTTTC
s panTro2.chrUn  47386577  100 -  58616431 TTATAAATTGTATACAGTTAATGGAAGACATGCTATGCTTCTTGTAAGAAATTGTTCCAGATCACTGTGTATAATTAATGGTTTGTCTACATATTTTTTC
i panTro2.chrUn C 0 I 194
s ponAbe2.chr3  159718963  100 - 202140232 TTATAAAATGTATACATTTAATGGAAGACACGCTATGCTTCTTATAAGAATTTGTTCCAAGTCACTGTGTATAATTAATGGTTTGTCTACATATTTTTTC
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
e rheMac2.chr2  189440813 1707 - 189746636 I

a score=165623.000000
s hg19.chr21     10089872   44 +  48129895 AATAAAACTGTTCATGAAGAATTTTAAGTATGCACTTTCAGTAA
s ponAbe2.chr3  159719063   44 - 202140232 AATAAAACTGTTCGTGCAGAATTTTAAGTAGGCACTTTCAATAC
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47386871   44 -  58616431 AATAAAACGGTTCATGAAGAATTTTAAGTATGCACTTTCAGTAC
i panTro2.chrUn I 194 C 0
e rheMac2.chr2  189440813 1707 - 189746636 I

a score=658580.000000
s hg19.chr21     10089916 137 +  48129895 CAGAATGGATATATCTTTGTGAAGATACCATTTATGTACCATAACATCCAAAGCATAATGAGGAGATTTTGATACACTGCAGATTTAGAACTGAGTTGGAAAACAAAACTTCAACATACTGTCTTGTCAGCACAAAG
s panTro2.chrUn  47386915 137 -  58616431 CAGAATGAATATATCTTTGTGAAGATACCATTTATGTACCATAACATCCAAAGCATAATGAGGAGATTTTGATACACTGCAGATTTAGAACTGAGTTGGAAAACAAAACTTCAACATATTGTCTTGTCAGCACAAAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159719107 137 - 202140232 CAGAATGAATGTATCTTTGTGAAGATACCATTTATCTACCATAACATCCAAAGCATAATGAGGAGATTTTGATACACTGCAGATTGAGAACTGAGTTGGAAAACAAAACTTCAGGATACTGTCTTGTCAGCACAAAG
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189442520 137 - 189746636 CAGAATGAATGTATCTTTGTGAAGATACCATTTATCTACCATAACATCCAAAGCATAATGAGGAGATTTTGATACACTGCAGATTTAGAACTGAGTTGGAAAACAAAGCTTTGAGATACTGTCTCGTCAGCACAAAG
i rheMac2.chr2  I 1707 T 1100

a score=295064.000000
s hg19.chr21     10090053  105 +  48129895 CAAATAAATTCATCACTGTCAGTTGAGATTTAAATTCACAAACTTATAAGCAATAAAATCAAAGTAATTTTGTTATAAGTTTTTTGACACCAGATTATATGGGGT
s panTro2.chrUn  47387052  105 -  58616431 CAAATAAATTCATCACTGTCAGTTGAGATTTAAATTCACAAACTTATAAGCAATAAAATCAAAGTAATTTTATTGTAAGTTTTTTGACACCAGATTATATGGGGT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159719244  105 - 202140232 CAAATAAATTCATCACTGTAAGTTGAGATTTAAATTCACAAACTTATCAGCAATAAAATCAAAGTAATTTTATTATAAGTTTTTTGACACCAGATTATATGGGGT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
e rheMac2.chr2  189442657 1100 - 189746636 T

a score=223908.000000
s hg19.chr21     10090158  112 +  48129895 AAATAATTTACTTTCTAATCAAGCAATTGATACATATAAACCTGAAATAGAGAGTTTTGCCTTTTAATTAGATACATTGTTACGCAAAGAGTGGTTGAAGCTGCAGTGGAGA
s panTro2.chrUn  47387157  112 -  58616431 AAATAATTTACTTTCTAATCAAGCAATTGATACATATAAACCTGAAATAGAGAGTTTTGCCTTTTAATTAGATACATTGTTACGCAAAGAATGGTTGAAGCTGCAGTTGAGA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159719349  112 - 202140232 AGATAATTTACTTTCTAATCAAGCAATTGATACATATAAACCTGAAATAGAGAGTTTTGCCTTTTAATTAGATACATTGTTAAGCAAAGAATGGTTGAAGCAGCAGTTGAGA
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
e rheMac2.chr2  189442657 1100 - 189746636 T

a score=21055.000000
s hg19.chr21     10090270 31 +  48129895 ATTATCTTTTTCTCTTTTTGCTGTTCTTACA
s panTro2.chrUn  47387269 31 -  58616431 ATTATCTATTTCTCTTTTTGCTGTTCTTACA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189441557 31 - 189746636 ATTATCCTTTTCTCTTTTTGCTGTTCTTACA
i rheMac2.chr2  T 1100 C 0

a score=13145.000000
s hg19.chr21     10090301 26 +  48129895 AGGACAGTTTCTAGAATTCTTTTCAA
s panTro2.chrUn  47387300 26 -  58616431 AGGACAGTTTCCAGAATTGTTTTCAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189441588 26 - 189746636 AGGACACTTTCTAGAATTGTTTTCAA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0

a score=167096.000000
s hg19.chr21     10090327 106 +  48129895 AACAATAGAACAGAAAATTTCACTT----ACTTAATTTAACTTTTGTTAAAGTACTTTGCCAAAATTAGCAAACTATGAAAGGAAAGTTTGCCTTTTCAATATATATGTA
s panTro2.chrUn  47387326 110 -  58616431 AACAATAGAACAGAAAATTTCACTTACTCACTTAATTTAACTTTTGTTAAAGTACTTTGCCAAAATTAGCAAACTATGAAAGGAAAGTTTGCCTTTTCAATATATACGTA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159719518 106 - 202140232 AACAATAGAAAAGAAAATTTCACTT----ACTCAATTTAACTTTTGTTAATGTACTTTGCCAAAATTAGCAAACTATGAAAGGAAAGTTTGCCTTTTCAATATATATGTA
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189441614 106 - 189746636 AACAATAGAACAGAACATTTCACTT----ACTTAATTTAACTTTTGTTAATGTACTGTGCCAAAATTAGCAAACTATGAAAGGAAAGTTTGCCTTTTCAATATATATGTA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0

a score=38737.000000
s hg19.chr21     10090433 75 +  48129895 AGTGGCAAGTAAAAGTTGTTCTTAAATCACGTGATCTCATAGAAATAACATGGGAT-AAAAAGAGTTCtgaaggtg
s panTro2.chrUn  47387436 75 -  58616431 AGTGGCTAGTAAAAGTTGTTCTTAAATCACGTGATCTCATAGAAATAACATGGGAT-AAAAAGAGTTCtgaaggtg
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159719624 76 - 202140232 AGTGGCAAGTAAAAGTTATTCTTAAATCACATGATCTGATAGAAATACCGTGGGATCCAAAAGAGTTCtgaaggtg
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189441720 76 - 189746636 AGTGGTAGGTAAAAGTTGTTCTTAAATCACGTGATCTGATAGAAATAACATGGGATCAAAAAGAGTTCtgaaggtg
i rheMac2.chr2  C 0 C 0

a score=71943.000000
s hg19.chr21     10090508 134 +  48129895 ttcaggaaatgccagtcctaaatgtattgctttggtgtactgattatattgaactgaaaatatttgaaaaataacaactgtgggacatgctttctctgcactccctttACGTTCCTCAAGAGAGATCCTCCAAA
s rheMac2.chr2  189441796 132 - 189746636 ttcaggaaatgccagccctaaatgtattgctttcgtgtactgattacatcaaactgaaaatatgtgaaaaacgacaaatgcgggacat--tttctctgagctctctttaccttcctaaaTAGACATCCTCCAAA
i rheMac2.chr2  C 0 I 587
s ponAbe2.chr3  159719700 131 - 202140232 ttcaggaaatgccagccttaagtggattgctttggtg-actgattccatcgaactgaaaatatttgaaaaacaacaaatgcgggacatgctttctctgcactccctttaccttcctca--agagaccctccaaa
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47387511 134 -  58616431 ttcaggaaatgccagtcctaaatggattgctttggtgtactgattacatcgaactgaaaatagttgaaaaataacaactgcgggaCATGCTTTCTCTGCACTCCCTTTATGTTCCTCAAGAGAGATCCTCCAAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=180142.000000
s hg19.chr21     10090642 52 +  48129895 AGGAATTTTCAATACCAGAATGAATGTATCTTTGTAAAGATACCATTTATCT
s panTro2.chrUn  47387645 52 -  58616431 AGGAACTTTCAATACCAGAATGAATGTATCTTTGTAAAGATACCATTTATCT
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 I 42
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  I 42 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47393939  130 -  58616431 tatttggtcttcctccccggttcacagtacagagctcctaaaa--cttgaaatttcctgatagagatgagaggaccatcctttactagtcataagtccctcttagccatacctgagtttatgctattgacat
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i rheMac2.chr2  C 0 I 144
s panTro2.chrUn  47394069  108 -  58616431 gacatgagtggt-ggctggagacccgtatagcttcagggtgggtgctcgacaccagaaacatgaaggcataactagatggttgaaactgtcagccctctcctccatcac
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

a score=-2917.000000
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s panTro2.chrUn  47394177   43 -  58616431 ctctgaggtgctgggagggtgatacaattatatacttagaggt
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  I 144 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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s rheMac2.chr2  189447519   82 - 189746636 tttgactgttcctgatttgtatcagacagtacatataagcaaaacgctttcttgggttctgtgagccatcctagcacattat
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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s panTro2.chrUn  47394657   25 -  58616431 taatagaactgagagatcaaaatgg
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189447899   25 - 189746636 tcatagaactgagagaacaagatga
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47394708   36 -  58616431 gttgacataaatgacataaactagaattaagacaag
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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s hg19.chr21     10097555   23 +  48129895 agtatgtcaaagagagttacatt
s panTro2.chrUn  47394744   23 -  58616431 agtatgtcaaagagagttacatt
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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s hg19.chr21     10097578   28 +  48129895 gagccagggataaaaatagtcaaTTGAT
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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s hg19.chr21     10097989  261 +  48129895 TGTTTTCAGAGCCTGATATTAATGATTCGTGAAACTCATTAAATGCAGTTATGCATCTGATTTGAAAATCATGAGGGAGATTTTTGGTCAGATATGCATAGCAAATCTATGTCACTAGACATAAGTCCCTTCTACCCATGCCACAACCTTTATGTCTACTCTTGAATTGAGGTTTTGCTAC--GTTTTATTTTTGAGGTTTAAGAATTATTCATTTAACTGTCGGAAAATTGTGTTTCTCTTGTTAGAATAGAGCCCAATTTA
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189448415  263 - 189746636 TGCTTTCAGAGCCTGATATTAATGATTCATGAAACTCGTTAAATGCAGTTGTGCATGTGATTCGAAAATCAGGAGGGAGATTTTTGGTCAGATATGCATAGCAAACCTATGTCACTAGACATATGTCCCTGCGACCCACGTCACAACCTTTATGTCTACTCTTGAATTGAGCTTTTGCTACATGTTTTATTTTTGAGGTTTAAGAATTATTCATTTATCTGATGGAAAATTATGTTTCTCCTGTTAGAATAGAGCCCAATTTA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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s panTro2.chrUn  47395440  264 -  58616431 TCTTTTCTATTTTTCATGGAGACATgaaaggatgtgaatttggaatcagagaaacctgagttccaccatgctttcttcctcttgcaagccatgaaatccacagtgggtgagtggatattacaaaacctctcgtcccaccttattaagatggaaaaaaataatactaattgaaagaatgaatgtgataatgagaagaaatggtatcaataaagtttctggaacacagtaagttctaacaaatgctagttcttttcttTCATTATT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189448678  262 - 189746636 TCTTTTCTATTTTTCATGGAAACATgaaagaatgtgaatttggaatcagacaaa-ctgagttccaccatggtttcttcctcttgcaagccatgaaatctgcagtgggttggtgaacattacaaagcctctggtcccaccttcttgagatgg-aaaaaatagtactaattgaaagaatgaatgtgataatgagaagaaatggaatcaataaagtttctggaacacagtaagttctaacaaacgctagttcttttcttTCATTATT
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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e ponAbe2.chr3  159724127 4548 - 202140232 M

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s hg19.chr21     10098561  517 +  48129895  
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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a score=75160.000000
s hg19.chr21     10099185   39 +  48129895 TGAGTTATTTTATCTCCATACAAACTGTGGTAGTGTTAT
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a score=1243419.000000
s hg19.chr21     10099224  728 +  48129895  
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a score=-6081.000000
s hg19.chr21     10099952   42 +  48129895 AAAAGAAATCAAAACAGACAAGTGGGCAATGAGTTATGGATA
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a score=-22301.000000
s hg19.chr21     10099994   14 +  48129895 CTATTATAGGGTAC
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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a score=36791.000000
s hg19.chr21     10100008   42 +  48129895 CCTGATAAACTAGTAAGAAGACGACTTTTGGTACTGAAAATT
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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a score=220557.000000
s hg19.chr21     10100050  246 +  48129895 CCAATTAACCACATGCCCCCATTAAGGCCATGATCACTGCCAATTTTTACTCACAAAGGCTGGAGCTAGAGTTATATGGAATTCCATATGTATCTAAACCATAGATTTATCAATTATCACTTAAATACAACTTGGAAGACACTATCCAAAATTTGTAGGGCTTGGCCTTATTCTAGAGAAACATACACTGGAATAGGCAGTTGGATTTTAAATTCAGTCTTAAATCTGTTGAAAATAATGCATTTT
s panTro2.chrUn  47397241  246 -  58616431 CCAATTAACCACATGCCCCCATTAAGGCCATGATCACTGCCAATTTTTACTCACAAAGGCTGGAGCTAGAGTTATATGGAATTCCATATGTATCTAAACCATAGATTTATCAATTATCACTTAAACACAACTTGGAGGACACTATCCAGAATTTGTAGGGCTTGGCCTTATTCTAGAGAAACTTACACTGGAATCGGCTGTTGGATTTTAAATTCAGTCTTAAATCTGTTGAAAATAATGCATTTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189450486  246 - 189746636 CCAATTAGCCACATACCTCCACTAAGGCCACGATTACTGCCAATTTTTACTTGCAAAGACTGGAGCTAGAGTTATATGGAATTCCATATGTATCTAAACCATAGATCTGTCAATTATCACTTAAACACAACTTGGAGGACACTATCCAGAATTTGTGGGGCTTGGCCTTATTCTGGAGAAACATCCACTGGAATAGGCAGTTGGATTTTAAATTCAATCTTAAATCTCTTGAAAATGATGCATTTT
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s panTro2.chrUn  47400918 47 -  58616431 aaaatatttGAAGAATAGTAAGAGTGGTGACTACTTTTACACAGGAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189453969 47 - 189746636 AAAATATTTGAAGAATAGTAAGAGTGGTGACTACTTTTACACAGGAA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159730630 47 - 202140232 AAAATACCTGAAGAATAGTAAGAGTGGTGACTACTTTTACACAGGAA
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     10103778 29 +  48129895 TGTTTCAAATAAATTGTTTTTTTCTTGTG
s panTro2.chrUn  47400965 29 -  58616431 TGTTTCAAATAAATTGTTTTTTTCTTGTG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189454016 25 - 189746636 TGCTTTAAATAAATTGTTTTTTTCT----
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159730677 29 - 202140232 TGTTTTAAATAAATTGTTTTTTTCTTGTG
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

a score=362915.000000
s hg19.chr21     10103807 214 +  48129895 CCTTTTAAATTTTGTGATTTGTCAATGAGATGCTGACATGTTTTTAATGAAGCATGCCTTGTAAAATAATAAGTGAATGAAAACTACACAGTAATATTTACATCAACAAAGCTAGAAGAAGACTGTATGTCTCAAGAGGCTCCATCATCTACCCAGTGGCCACTTCACCAAATTAAGATCCAAATACCAAAAAG-AAAAGTAATTAAAATTTGTG
s panTro2.chrUn  47400994 211 -  58616431 CCTTTTAAATTTTGTGATTTGTCAATGAGATGCTGACATATTTTTAATGAAGCATGACTTGTAAAATAATAAGTGAATGAAAACTACACAGTGATATTTACATCAACAAAGCT---AGAAGACTGTATGTCTCAAGAGGCTCCATCATCTACCCAGTGGCCACTTGACCAAATTAAGATCCAAATACCAAAAAG-AAAAGTAATTAAAATTTGTG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189454041 214 - 189746636 CCTTTAAAATTTTGTGATTTGTCAATGTGATGCTGACATATTTTTAATGAAGTATGCCTCATAAAATAATAAGTGAATGAAAAATATACAGTAATATTTACATCAACAAAGCTAGAAGAAGACTGTATGTCCCAAGAGGCTCCATCATCTACCCAGTGGCCACTTAACCAAATTAAGATCCAAATACCAAAAAG-AAAAGCAAATACAATTTGTG
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     10104021 167 +  48129895 TTGTATGCC-TTATAAGACCAAA-CCTATAAAATGAGGGGAAACTTCACAATTACTTGTAATTTGCTCTGTGGAATTGTAACAGATGGATTATAAAGATGATTCCATGATAAACATGTAAATGTGGTTACTACCTTCTGTGCTTTCTTGGTTCATATTTTTATTGTTTT
s panTro2.chrUn  47401205 167 -  58616431 TTGTATGCC-TTATAAGACGAAA-CCTATAAAATGAGGGGAAACTTCACAATTACTTGTAATTTGCTCTGTGGAATTGTAACAGATGGATTATAAAGATGATTCCATGATAAACATCTAAATGTGGTTACTACCTTCTGTGCTTTCTTGGTTCATATTTTTATTGTTTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189454255 167 - 189746636 TCATATGCT-TTACAAGACCAAA-CCCATGAAATGAGGGGAAACTTCACAATTACTTGTAATTTGCTCTGTGGAATTGTGACAGATGGATTGTAAAGATGATTCCATGATAAACATCTAAATGTGGTTACTACCTTCTGTGCTTTCTTGGTTCATATTTTTAACGTTTT
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159730921 169 - 202140232 TTGTATGCCTTTACAAGATCAAACCCTATAAAATGAGGGGAAACTTCACAATTACTTGTAATTTGCACTGTGGAATCGTAACAGATGGATTATAAAGATGATTCCATGATAAATATCTAAATGTGGTTATTACCTTCTGTGCTTTCTTGGTTCATATTTTTATTCTTTT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159731228 114 - 202140232 AAAGGAGAGAGAAATAAATCTTGTAAAGGAATGAAAATTAGAGCTTTCTGGAGACAAAAATTCTTAGAGGACACAAAAGGTAGTTACTGAATTAGATGAAGGTTCTTTTTCAGT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  47401626 40 -  58616431 TTTTCCCAGTTGTTCACCTCTTAGAAGGCACATATTCACA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     10104501 201 +  48129895 AAAAAGAAAATACCTCGGTGTAGTGAGACTGTAATTTCATGAGGGCATTACTGAAGACTCACTTTTTCCAGCATCACTCAGCATGGTATTATGCATGTGTGTAATGTAAAGGAAAGTGAATACGCATTCTTGGATGGGTGATCAAATCGTAATTCCAGAATATAATCAGAAGCTGATTCATTATCCTCTTGAGATTTCACA
s panTro2.chrUn  47401687 201 -  58616431 AAAAAGAAAATACCTCAGTGTAGTGAGACTGTAATTTCATGAGGGCATTACTGAAGACTCACTTTTTCCAGCATCACTCAGCATGGTATTATGCATGTGTGTAATGTAAAGGAAAGTGAATACGCATTCTTGGATGGGTGACCAAATCGTAATTCCAGAATATAATCAGAAGCTGATTCATTATCCTCTTGAGATTTCACA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189454733 197 - 189746636 AGAAAGGAAATACCTCGGTGCAGTGAGACTGTAGTTTCATGAAGGCATTGCTGAAGGCTCACCTCTTCTAGCACCACTCAGCATGGTATTAAGAATGC----AACGTAAAGAAAAGTGAATACACATTCTTGGATGGGTGATCAAATCGTGACTCCAGAATATAATCAGATGCTGATTCATTATCCTCTTGAGATTTCATA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159731403 200 - 202140232 AAAAAGAAAATACATCAGTGTAGTGAGACTGTAATTTCATGAAGGCATTACTGAAGACTCACCTTTTCCAGCATCACTCAGCATGGTATTATGCATGCATGTAATGTAAAGGAAAGTGAATACTCATTCTTGGATGGGTGATCAAATCATGATTCCAGAATAT-ATCAGAAGCTGATTCATTATCCTCTTGAGATTTTACA
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     10104702 73 +  48129895 ATCTTTTCATCAGGAATTAAAATTCAGAAGAGGGTAAATGTATCTAATCAGTTGAAAGTTAAAAATTAgagga
s panTro2.chrUn  47401888 73 -  58616431 ATGTTTCCATCAGGAATTAAAATTCAGAAGAGGGTAAATGTATCTAATCTTTTGAAAGTTAAAAATTAgagga
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189454930 64 - 189746636 ATCTTTGCATCAGGAATTAAAATTCAGAAGAGGGCGAATGTATCTAATCTTTTGAAAGTTAAAA---------
i rheMac2.chr2  C 0 I 1
s ponAbe2.chr3  159731603 73 - 202140232 ATCTTTCCATCAGGAATTAAAATTCAGAAGAGAGTGAATGTATCCAGTCTTTTGAAAGTTAAAAATTAGAGGG
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  47401961 1159 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159731676 1173 - 202140232  
i ponAbe2.chr3  C 0 I 6617
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s panTro2.chrUn  47403120 4888 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr2  189454994    1 - 189746636 I
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr2  189454994    1 - 189746636 I
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

a score=12311.000000
s hg19.chr21     10110893   55 +  48129895 aaaaaaTTAACAGGAGACTTTTATACAGATAAATTTGCTTTGCATCATGATCAGC
s rheMac2.chr2  189454995   33 - 189746636 ------TTAACAGGAGCCTTTTATACAGATAAATTTGCT----------------
i rheMac2.chr2  I 1 I 1
s panTro2.chrUn  47408077   55 -  58616431 aaaaGATTAACAGGAGACTTTTATACAGATAAATTTGCTTTGCATCATGATCAGC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

a score=78549.000000
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s panTro2.chrUn  47408132  107 -  58616431 ACTAAAGAGCATCATAGATTTAAACCATATTTACACAGTTAAAACAAGGTAACCAAATATGCAATATATTATGTAACATTCTACAAGAT-GCTTTCAAACATGCAAAC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  I 1 C 0
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

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s hg19.chr21     10111055   29 +  48129895 TGACCTTTAAAACAATTTTGCATAAAATA
s panTro2.chrUn  47408239   29 -  58616431 TGACCTTTAAAACAATTTTGCATAAAATA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189455166   46 - 189746636 TCATTTTTAGGTAAGAGAAAAGACAGAC--GTGGTTAGGGCAAAGTAT
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

a score=29148.000000
s hg19.chr21     10111195   41 +  48129895 TGGAATTTGAAGTCTTCAAATTTATTTAGATATACGTATCT
s panTro2.chrUn  47408379   41 -  58616431 TGGAATTTGAAGTCTTCAAATTTATTTAGATATATGTATCT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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s panTro2.chrUn  47408420   96 -  58616431 ATATGTATTAATAGAGACATATTTAACTGATTATAAGTTTAGAACATTTATATTTTGAAGATGTCATTCTTT-AAAAATTATTAATATCTACAGGAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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a score=49184.000000
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189455409   71 - 189746636 TGCTGCAGAGATTTTAATTTTAAACACGTATTTTTCACTAACGTGATCAGCATTTATGTTCTATTTCATTA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

a score=209318.000000
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s panTro2.chrUn  47408587  454 -  58616431 AACAGACATTTCAAGATTCTTTTAGAGTTAATTTTTAAAAATTAAGTATCACAAATATTTCTGAAGTACTACCTTAAAAAA----------TAAAACCCTTTCCTAGCTTTTCATATAGTTAAACATTTTCATAATGACTAAAAAGATAAAAATAAATTAACAACCATAATTAAATTAGAATTCTACTTTTTATATAAGATGAAATACTATATAAAATGTCCAGAAAATCTTGTGTTAATGAGGCTGTGCAGCCTGGACATTTGATGTCTCATCTGTGGGAATGTGAACTAACCCAACCATTCTGAATAATTATTGGCTCTGCGTATTAACAGTCTAGAGTCCTGAAACAAGGATCTTAATTCTAAAATAAAATCCTATTCTAAGAATATACCAAGGGTTGATAATCAAGGAAGTTTCAAAGTTATAGAGAAGAACCTTCATCCTAGCATTATATATGTAATCA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189455480  462 - 189746636 AAGAGACATTTCAAGAGCCTTCTAGAATGAATTTTTAGAAATTAAGTATCACAAATATTTCTGAAGTACTACCTAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAACGCTTTCCTGGTTTTTCATGTAGTTAAACATTTTCATAATGACTAAGAAAGTAAAAATAAATTAATGACCACTACTAAATTAGAATTCTACTTTTTATACCAGATGAAATACTGTATAAATCATCCAGAAAATCTAGCATTAATGAGGCTGTGCAGCCGGGACATTTCATGTCCC--TTGTGGGAATGTAAACTAACCTGACCATTCTGAATAATTATTGGCTCTGTGTGTTAACGGACTAGAGTCCTGAAACAAGGATCCTAATTCTAAAATAAAATCCTATTCTAAGAATATGCCAAGGGTTGATAATCAAGGAAGTTTCAAAGTTATAGGGAAGAACCTTCATCCTAGCATTATATATGTAATCA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159732849 6617 - 202140232 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159741591 194 - 202140232 caccaatgctcttagtgaatccctgctgccagccttttatcctaagtgctctcaaaagacccatttaatggaccttcctgaaattgtgctcaggatcaatataaggctcattgatacagcatttttggaactcaccatttgcttatttattaaaCCTGGGATAGTTGCCAGACTTCTATCATCTGAAATCCTCT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47412039 194 -  58616431 caccattgctcttagtgaatccctgctgccagccttttatcctaagtgctctccaaagacccatttaatggatcttcctgaaattgtgctcaggatcaatatgaggctcattgatacagcatttttggaactcaccatttgcttatttattaaacctgggatagttgcccgacttctatcatctgaaatcctct
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s rheMac2.chr2  189459082 150 - 189746636 ccatgactttcaaaattaccaacattggttcCAACATCATTCCTAGAAAACATTTCAGTGGAGTATATTTATCTGACATTTGACCTTATTTACAGCAGTAAGAATCTATGATGATTCCTCCCAAAATAATCCCACAATTACCCATTTTGG
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 I 938
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s rheMac2.chr2  189459232  39 - 189746636 GTCACCTTTGAGGGTCTTATCCTTAATATCAGAAATCTG
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

a score=97211.000000
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47412834  56 -  58616431 GCAGAAATGCTTACCTTGCTTTTATGTCACTAACAAACAATTGTGCCTAGTCATTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

a score=3763.000000
s hg19.chr21     10115680  33 +  48129895 AATTCTAACGCATTTAAGCCATCTAGAGAGTGG
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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s panTro2.chrUn  47413131  11 -  58616431 CTG-TTTTTTTT
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189459995  66 - 189746636 AACAAATGTGTCTGTTTTCCTTGTACACATAGCCATAATATTGTGTTGCTAACTGCCCTCTGGGAA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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s hg19.chr21     10116006 129 +  48129895 CAAAGTCATACCAATCACAAATACATTGCCTAAAGTGGGATGGTTATTACTCTGCTGTGAATTGCACCTCCTATTATGTTTTAAAGATGCTACAAACTTGAGACATTACTATGTAGATGACATTCCCAG
s panTro2.chrUn  47413215 129 -  58616431 TAAAGTCATACCAATCACAAATACATTGCCTAAAGCGGGAGGCTTATTACTCTGCTGTGAATTCCATCTCCTATTATGTTTTAAAGATGCTACAAACTTGAGACATTACTACGTAGATGACATTCCCAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189460061 129 - 189746636 CAAAGTCATACCAATCACAAATACATTGCCTAAAGGGGGAGGCTTATTACTCTGCTGTGAATTCCATCTCCTATTGTGTCTTAAAGATGCTACAAACTTGAGACATTACTATGTAGATGGCATTCCCAG
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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s panTro2.chrUn  47413344 307 -  58616431 CAAA-TCCCCAAACAACACTTAATGAGATTTCAAATACCAGGATCATGAAACAGTAAAAGATATAAGGAAATAAAGAAAAGCACAGTATATGTGTAGAAGGCATTAAAACACAAATTTTTTAATTATGAAT-CATATAATAAGGAATAAGTTTTATTCTAAATGGCAATTAAATCAGAACTACGATACAGGGAATAAAAGTGAATATTAAACCATTGTACCGACAATGACAGAGCCCTTTTTCTGCTGCGTGATGGAATTTAATGTTTACTAAGGAAGAAAAAAATGCAAGATATCTTAAATTTGGTAC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
e ponAbe2.chr3  159741935 938 - 202140232 I

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  I 938 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  47415132 47 -  58616431 ttccccgccctcccaggacaactacagctttactttctgtcttgatg
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159744339 47 - 202140232 ttccttgccctcccagggcaactaaagctttactttctgtctTGAAG
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189461982 47 - 189746636 ttccccgccctcccagggcaactaccgctttactttctgtcttgatg
i rheMac2.chr2  C 0 C 0

a score=-27420.000000
s hg19.chr21     10117972 23 +  48129895 aatCATACAATATCAAATGGAAT
s rheMac2.chr2  189462029 23 - 189746636 aatCATACAGTATCAAATGGAAT
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159744386 23 - 202140232 AGTCATACAATATCAAATGCAGT
i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=4785.000000
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s rheMac2.chr2  189462052 19 - 189746636 TTTTAAGATGTTTAAAATC
i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     10118148 588 +  48129895  
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159744562 573 - 202140232  
i ponAbe2.chr3  C 0 I 965
s panTro2.chrUn  47415355 585 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159746100 95 - 202140232 actgattaggatatacctaattcaagctgggaatatcaaaagaaaaactttttgaaagtcatgagacatgagctgtgcctaaaagaataaaaaat
i ponAbe2.chr3  I 965 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     10118830 175 +  48129895 AGAGTGAGAAATAAGAATAAATAAATTAGGGAATGAGATGGGTATAATAGTAGAAAAAGGAAATCTCTTT-----------------AGATAAAACAGGGTATGAGAGTATATA-GGAGGCTTATTAACTCAGTGTGGTTGGAGAAAACAGGTTGAAAGGAGAAATAGGGGAGAAAGTTACAAACGGAATCAA
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47416035 175 -  58616431 AGAGAGAGAAATAAGAAGAAATAAATTAGGGAATGAGATGGGTATAATAGTAGAAAAAGGAAATCTCTTT-----------------AGATAAAACAGGGTATGAGAGTACATA-GGAGGCTTATTAACTCAGTGTGGTTGGAGAAAACAGGTTGAAAGGAGAAATAGGGGAGAAAGTTACAAAGGGAATCAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     10119030 103 +  48129895 AAATATTGAATACGACCCATAGATCTTGGATAAACCAGTGTTTGGTAGTAGCTTACATA-AAAGGTTGTGACAAAATAACCAGAGATATGTGGAGAAAATAATA
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  47416235 103 -  58616431 AAATATTGAATACGACCCACAGATCTTGGATAACCCAGTGTTTGGTAATAGCTTACATA-AAAAGTTGTGACAAAATAACCAGAGGTATGCGGAGAAAATAATA
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s hg19.chr21     10119133 123 +  48129895 ACTGAGTGTTATATTTCCTCTCAGTAGAAACCT-AAAAAAAAAAA-------------TGTAATCACATA-CTGATCTTTTAACTGACCTCCACTTATCTTGCTGCCTGGATTGGTATATATAGTCCTCTGCCTGAAA
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 I 7

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s hg19.chr21     10119287 63 +  48129895 cactgttactcccaggcatttctgctaacaccagctgagttgtaaggggccctccaggaggcc
s panTro2.chrUn  47416493 63 -  58616431 CACTGTTACACCCAGGCATTTCTGCTAACACCAGCTGAGTTGTAAGGGGCCCTCCAGGAGGCC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  I 7 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr2  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189463638 48 - 189746636 GTAATATAGGGGAGCAGCTTTGATTTTGCCCTTAATCTT-AAAAAGCAA
i rheMac2.chr2  C 0 C 0

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s hg19.chr21     10119618 55 +  48129895 ttagccgggtgtggtggcgggcacctgtagtcccagctactcaggaggctgaagc
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
s rheMac2.chr2  189463686 54 - 189746636 TGAgccgggcgcggtggc-ggcgcctgtggtcccagctcctcgggaggcggaagc
i rheMac2.chr2  C 0 I 168

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s hg19.chr21     10119673  94 +  48129895 agaaggatggtgtgcacctgggaggcggagcttgctgtaagccaaaattgtgccactgcactccagcct-gagtgacagtgt-gagactctgtctc
s panTro2.chrUn  47416879  94 -  58616431 aggggaatggtgtgcacctgggagacagagcttgcagtaagccaaaattgtgccactgccctccagcct-gagtgacagtgc-aagactctgtctc
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr3  159747068  96 - 202140232 aggagaatggtgtgaacctgggaggtgaagcttgcagtgagccaaaatcgtgccactgcactccagcctggggtgacagtgtggagactccgtcct
i ponAbe2.chr3  C 0 I 363
e rheMac2.chr2  189463740 168 - 189746636 I

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i rheMac2.chr2  I 168 I 1
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  I 363 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr3  C 0 C 0
e rheMac2.chr2  189464091   1 - 189746636 I

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e rheMac2.chr2  189464091  1 - 189746636 I

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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
e rheMac2.chr2         189465946 12 - 189746636 I

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i rheMac2.chr2         I 12 C 0

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i panTro2.chrUn        C 0 I 1
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i rheMac2.chr2         C 0 I 1

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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i rheMac2.chr2         C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i panTro2.chrUn        C 0 C 0

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i rheMac2.chr2         C 0 I 499
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i panTro2.chrUn        C 0 C 0

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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i panTro2.chrUn        C 0 C 0

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i rheMac2.chr2         C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i panTro2.chrUn        C 0 I 17

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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0
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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i rheMac2.chr2         C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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s panTro2.chrUn  47479541 353 -  58616431 GATTCAGGCTCATCTGGTGTCA-GCCTTGTTACTTTTGTTTCCTTGttcttttatttttaattttttt-cttttgagacag-gtttcgctcttgttgcccaggctagagcgcagtggtgtgatctcggctcaccgcagcctccacctcccgggttcaagcaattctcctgcctcagctcctgagtagctggtattacaggcatttgccaccacgcccggctaattttgtatttttagtagagacggggtttctctgttttgatcagggtggtctcgaactcccgacctcaggtgatctgcctgccttggcctcccaaaatgctgggattacaggcgtgagccactgtgcctggccT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr2  189480034   0 - 189746636 I

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s panTro2.chrUn  47479894 9154 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 I 186
e rheMac2.chr2  189480034    0 - 189746636 I

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s panTro2.chrUn  47489234 1126 -  58616431  
i panTro2.chrUn I 186 N 0
e rheMac2.chr2  189480034    0 - 189746636 I

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e rheMac2.chr2        189480034    0 - 189746636 I

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i panTro2.chr4_random T 83749 I 86896
e rheMac2.chr2        189480034    0 - 189746636 I

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i panTro2.chr4_random I 86896 C 0
e rheMac2.chr2        189480034    0 - 189746636 I

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       n 0 C 0

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s rheMac2.chr15       108719556 72 + 110119387 CCAGCATGCACCTAAGTCTCCCTGCACCCCAGCTGCCCACCCTGCCTGTTCCCTGGCTTCCTCCATCCTTTG
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random   5172677 88 +   6711082 CAGCCCATAGACTGTGACCATCTCTGCAGCCACTCTGGCCCTTCCTTTACCTTTGTCCTGTCAGAATATCTGAGCAGGATCTCCCAGG
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
s panTro2.chr4_random   5172765 731 +   6711082  
i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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s hg19.chr21           10201467 287 +  48129895 AGCACCCCTTGACCTGGTCACCAGTGCCCCAGCCCATGCTGACCAGACCAGCACTAAGCCCCAGCTGACCAGGTCTCCACTGATCAAGCCCCACAGCCCAGGTTTGCACTGACCAGACACCAAACAACTGGCAGCCAATAGGTCCCCACTCACCAAAACCCCCACTACTAGACCCCACTAATGAGACCCTCTCTAAGCAGACCCCTGCTGACCACTATCCCACTAAATAGTCCTCACTGACCTAG-------------GTCCACGGACCAGGCCCACACTGATCAGGCCCCTCCTAACCA
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr15       108720453 299 + 110119387 AGCACCCCTTGACCTGGTCACCAGTGACCCAGCCCATGCTGACATGGCCACCACTAAGCCCCAGCTGACCAGGTCTCCACTGACAAAGTCCTGCAGCCTAGTTTCACACTGACCAGACATCAAACAAGTGGTTGCTACTAGGTCCCCACTCACCAAGACCCCCATTACTAGATCCC-CTAATGAGACCCTCTctaagcagacccctgctgaccacgcccccaataaataggcctcactgaccaagtcccaactgactagtccactgaccaggcccacactgatcaggggccttctaacca
i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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s panTro2.chr4_random   5173783 61 +   6711082 CACCGGAAATCCAAGCGTcaatgacatgtttcatatggcagaagttggaacaagacagaga
i panTro2.chr4_random C 0 C 0
s rheMac2.chr15       108720752 61 + 110119387 caccagaaggccaagcggcaatgagatatttcatccggcaggagtaggagcaagacagaga
i rheMac2.chr15       C 0 I 16145

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i rheMac2.chr15       I 16145 C 0
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s rheMac2.chr15       108738056 385 + 110119387 GAATATAAAGACATCCACAGCAGGCTTTATCCAGCCAGCTTCTTTGAGACTCTTCACAGGGTTTGAGGTCTACAGCATATAAACTAAAA-TATTCACACTTCAAAA-GCAATAAAATAAGTGG---TATCATTCTTCCAAAAATTACAATGGTAGTGTAGGCATTCATAGCCTGATTTAGTTCATGTTTGCTGCTCTTTCTATTCTATCACCATATTAACTCTTTCCTACACAATTCTGTATTCAGCTGAGTTTCAGTTGAGAACAAAACCATCCTTGTCCTACCACCAATAGCTGGCACTAGCTCTTTGCTAGTGTTATTATTCTGCTGTAGAAACTATCCTTGAACTGGAAACAGTCCACAAAGGAGTATCTAGTCATTCAACACTAT
i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 I 15333
s rheMac2.chr15       108738665 32 + 110119387 TGTATATGGATGATGTCCAGGATTTTGGTCTG
i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random I 15333 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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s hg19.chr21           10204113 60 +  48129895 ATCTGGACCCAGTCATGGACCTGTTAGTGCTGTCTCAGGGACACCAGGTCAACATTCTGG
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 I 293

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       I 293 I 1705

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i rheMac2.chr15       I 1705 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 I 385
e rheMac2.chr15       108747838 1370 + 110119387 I

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr15       108747838 1370 + 110119387 I

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
e rheMac2.chr15       108747838 1370 + 110119387 I

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       I 1370 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 I 312
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       I 312 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 I 22
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random I 398 C 0
e rheMac2.chr15       108752376 22 + 110119387 I

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i rheMac2.chr15       I 22 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr15       C 0 C 0

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i rheMac2.chr15       C 0 n 0
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i panTro2.chr4_random C 0 C 0

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i panTro2.chr4_random C 0 C 0
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i panTro2.chr4_random C 0 N 0
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i ponAbe2.chr9  N 0 C 0
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s ponAbe2.chr9 115014155 3077 - 135191526  
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i rheMac2.chr5 n 0 C 0

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s rheMac2.chr5 124045849 342 + 182086969 TTAGCACAACAGTTTGCATAGGCAACATGACAACTTTCATATGGCCATAGTATAATTTCAGATATTGTTCACATTCTCTGCAACAAAAGAAGCTAAGCTACATTACAGAAAGGAGAAATATGAAAGCAGTATTAGTGAAAGGGAATATCCCAAAAATAGGAAAGCACCCCAATTGGATAGCTATAAAAATTCTAAAAATTATCTTGTGAAAATGTGAAATCCATAGTTTAAAAGTCTTCAAAACAGAGAAAAATAAGACCAAAATTTTATTGATTAAAGTAAATGTTAACTCCAATAAATGAAGAAAATTAGAATGCATTAAGATGTTTTAAAATTATAAAA
i rheMac2.chr5 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9 115017232 340 - 135191526 TTAGCACAACAGTTAGCATAGACAACATGACAACTTTTGTATGGCCATAGTATAGTTTCAGATATTGTTCACATTCTCTGCAACAAAAGAAGCTAAGATACATTACAGAAAGGAG-AATATGAAAGCAGTATTAGTAAAAGGGAATATCCCAACAATAGGAAAGCATCCCAATTGGATATTTATACAAATTCTAAAAATTATCTTGTGAAAATGTGAAATCCATAGTTTAAAGGTCTTCAAAATGGAGAAAATT-AGACTAAAATTTTACTAATTAAAGTAAATGTTAACTCCAATAAATGAGGAGAATTAGAATGCATTAAGGTGTTTCAAAATTATAAAA
i ponAbe2.chr9 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10369358 161 +  48129895 CT----AAAGTAATTTGGAAAAAAATGCGTATCGATAATACTCATTTAAGAAAACATGGTCACGATTTAGTCAAATCTCATCTTTTGTCCCTTGTTTTTGTTTTTAAAAGTTGTAATAATAATTGACATTTACTCAACATTTTCATATATTGAGTAAAACCATAT
s rheMac2.chr5 124046191 149 + 182086969 TTGAATAAAGTAATTTGGAAAAAA-TATGTATTGATACTACTCATTTAAGAAAACATGGTCACAATTTACTCAAATCTCATCTTTTTCTCTTTGTTTTTGTTTTTAAAAGTTGTGataataattgacatttactgaatattttcatatat---------------
i rheMac2.chr5 C 0 I 61
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i ponAbe2.chr9 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10369519 146 +  48129895 ACCA-------------------------------------------------------------------------AACGAAAATTGCATCCTTTATATAAGTAGAGAAATTAGGCTTAAA-TAAATAACAAGTGAGAGGCCATGGTGCCAACCTAGTTTGTCATTTTTCTTTTGAAAATCCTAAGTTATTTGTTGTCAAAATTATCAATATTTTATAT
s rheMac2.chr5 124046401 145 + 182086969 -------------------------------------------------------------------------ATAAAACAAAAATTGCATCCTTTATGTAAGTAGATAAATTATACTTAAAATAAATAACAAGTGAGAGGCCATGGTGCCAACCTCGTTTGTCATTTTTCTTTCAAAAATCCT--GTTATTTATTGTCAAAATTATCAATATTTTATGT
i rheMac2.chr5 I 61 C 0
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i ponAbe2.chr9 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr9 115017957 49 - 135191526 TTTGTTGCTCTTGCAAATAAAGCGTT---------------TCTAATTAAAGATCTTAGGGCTT
i ponAbe2.chr9 C 0 C 0
s rheMac2.chr5 124046546 64 + 182086969 TTTGTTGCTCTTGTAAATAAAGCCTTTCTACTTCAATAATATCTAATTAGAGATCTTAGGGCTT
i rheMac2.chr5 C 0 C 0

a score=66378.000000
s hg19.chr21    10369714 82 +  48129895 CAcatatccttcagatagctggtaaaatgctgc-tttttgctagaagccttctccgccctttctatataacagcaacctctct
s ponAbe2.chr9 115018006 82 - 135191526 CAcatatccttcagatagctggtaaaatgctgc-tttttgctggaagccttctctgccctctctatataacagcaacctctct
i ponAbe2.chr9 C 0 C 0
s rheMac2.chr5 124046610 83 + 182086969 CACATAtccttcagatcgttggtaaaatgctgcttttttgctggaagccttccctgccctctctgtataacagtaacctctct
i rheMac2.chr5 C 0 C 0

a score=29386.000000
s hg19.chr21    10369796 49 +  48129895 tctcagtttcttgtcatctccagtacaccttctggctgcttttctaatt
s rheMac2.chr5 124046693 49 + 182086969 tctcagtttctcgtcatctccggtacaccctctagctgcttttctaatt
i rheMac2.chr5 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9 115018088 49 - 135191526 tctcagtttcttgtcatctccagtacaccttctagctgcttttctaatt
i ponAbe2.chr9 C 0 C 0

a score=155617.000000
s hg19.chr21    10369845 131 +  48129895 ttatttttcccaagcacaacttagcactttactggaagtcatctgttttctgcttcacaaagcaaggacttgtctccgttgtgcccagctctagcctcagggcctagaaaagtactcagcgtgtaatgtgc
s rheMac2.chr5 124046742 131 + 182086969 ttatttttccaaagcataacttagcactttactggaagtcatctgttttctgcttcacaaagcaaggactggtctgtgttgtgcccagctctagcctcagggcctggaaaagtactcagcatgtaatgtgc
i rheMac2.chr5 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9 115018137 131 - 135191526 ttatttttcccaagcacaacttagcacttcactggaagtcatttgttttctgcttcacaaaggaaggacttgtttctgttgtgcccagctctagcctcagggcctagaaaagtactcagcatgtaatgtgc
i ponAbe2.chr9 C 0 C 0

a score=116161.000000
s hg19.chr21    10369976 104 +  48129895 accaaatacatatatattggattaatATTTAAATGCGTATATACTTAGCTGTGAATAAATAGCATCAATATTTGTCTTTTAAATGTTAAAAATATAAAGTGTAT
s rheMac2.chr5 124046873 104 + 182086969 aacaaatacatgtatattggattaatATTTAAATGTGTATACACTTAGTTGTGAATAACTAGCATCGATATTTGCCTTTTGAATGTTAAAAATATAAAGTATAT
i rheMac2.chr5 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9 115018268 104 - 135191526 accaaatacatgtatattggattaatATTTAAATGCGTATATACTTAGCTGTGAATAAATAGCATCAATATTTGTCTTTTAAATGTTAAAAATATAAAGTATAT
i ponAbe2.chr9 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10370080 19 +  48129895 AGCCTTCAAAAGTACACTG
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i rheMac2.chr5 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr9 115018391 206 - 135191526 TACCTAATCAATTTGAAGGTGATGAAGAGGACCCTGAAACAGGAATGGATTCCTAATTCCTAGCAGGGATTTAATGGCCATCACAGAGCAGCCAGATGTTATAAGATAAGGATATAAGATCTGAGAGGCATGGCAGGTAGAAATAGGGCTAACATATATTTTACTTAACATTTTTGAATTGGCTATATTGAAAAAAGTTTAACACA
i ponAbe2.chr9 C 0 C 0
s rheMac2.chr5 124046996 206 + 182086969 TGCATAAACAATTTGAAGGTGATGAAGAGTACCCTGCAACAGGAATGGACTCCTAATTCCTAGCAGGGATTTAATGGCCATCACAGAGCAGCCAGATGTTATAAGATAAGGATATAAGATCTGAGAGGCATGGCAGGTAGAGATAGGCATAACACATATTTTACTTAAAAGTTTTGCATTGGCTATGTTGAAAAAAGTTTAACACA
i rheMac2.chr5 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10370305 61 +  48129895 TGTTACCACAGCAAACACTCTAAAAACTCT--ACTAAGAATTTTGGCTTAGACCAAGGCCAAC
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i rheMac2.chr5 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9 115018597 63 - 135191526 TGTTACCACAGCAAACACTCTAAAAACTCTCTACTAAGAATTTTGGCTTAGACCAAGGCCAAC
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s hg19.chr21           10370366 38 +  48129895 ATTGCTCTGGACATAAAA-TGGCCTTTTACACATGATGA
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random N 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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s panTro2.chr9_random   3409252 146 -   7733331 TCCTATTTTACCTGTTATTTCACTACTAAAGGATTTTTCTACTCTGAGTTCACTTTATCATTCTTTTTTCAGAATTT-TATCTGTGCTTATTTTAAATAAACATGAAAATTACTACCATTTAAGATAAATGTCCTTTTATCTTTCAA
i panTro2.chr9_random C 0 C 0
s ponAbe2.chr9        115018749 146 - 135191526 TCATGTTTTACCTGTTATTTCACTACTAAAGGATTTTTCTACTCTGAGTTCACTTTATCATTCTTTTTTCAGAATTT-TATCTGTGCTTATTTTAAATAAACATGAAAATTACTACCATTTAAGATAAATGTCCTTTTATCTTTCAA
i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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s panTro2.chr9_random   3409398 125 -   7733331 TTATTTTTCCAGAGCAGTGCTTTAAGTATTCATATAATTATGAGAGTTTCTAAAATTTTACATATTTTATAACAGTTCATTCTGTGTGAGTTTTCTTTTAGTTTTTATAAGAAATATCTTGAGAG
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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s rheMac2.chr5        124056949  244 + 182086969 GCTGTTTTCCTACCTTAAAGATTTAGAATTGTAGTGTATTCAAGATATACTTTTTATATCTCaaataatttaatatatt-tatttaGTTGTTGATATAACAAGATATCTGAATACCCCATAATTGAAATTATATGTGGAAATAAATACTTGAAATACTTGCTTCAGTGACATTTGTGGAAGTGTACATATTTAAGTTCAAATTATAGGTAGATGGAACAAAATGATATTGGATTCTTCACTGACT
i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M

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s rheMac2.chr5        124057397   76 + 182086969 ATTAAAATCTAAAAATAGGTGATTAAATATAGCGAGGACATTGACAAGTGTCAGTATACATGAGTAAATATAACTG
i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M

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s rheMac2.chr5        124057585   83 + 182086969 TTTTTGTAAACAAAATGAGCAAGAGGTTATTACACTTCATTCACTGCAAAAAGGTAACACGACATCAAAGATACCTCACAATA
i rheMac2.chr5        C 0 C 0
s ponAbe2.chr9        115029686   82 - 135191526 tttttGTAAACAAAATGAGCAAGAGGTTATTACACTTCATTCACTGCAAAAAGGTAACACTACATCAAAGATAACTCAC-ATA
i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M

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s rheMac2.chr5        124057668  253 + 182086969 CTTGCAGAAATATGGAAGATATttctttctttattttttattaagaaatagggtctcactacattgcccaggttgtagtgcagtgactattcaaaggactcaccccactgctgataagcagaggagttttatcctgctcaatttttgagttgagctggttcaccacaccttaggcaacctggtggtcctcggctccctggaagctaacatattgatgtcaaatttagtgcagtcacttgatcagcatagtgca
i rheMac2.chr5        C 0 C 0
s ponAbe2.chr9        115029768  242 - 135191526 CTTGCAGAAATATGGAAGGTAtttctttctt--ttttttgttaagaaatagggtctcactatgttgcccaggttgtagtgcagtgactattcaaaggactcatcccactattgataagcagaggagttttattctgctcaatttttgagttg---------accactccttaggcaacctggtggtcctctgctccctggaagctaacatattgatgccctccttagtgcagacacttcatcagcatagtgca
i ponAbe2.chr9        C 0 I 5660
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s rheMac2.chr5        124057921   48 + 182086969 tacaacccagaactcctgggctcaagtgttcctcctgcttcagcatcc
i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M
e ponAbe2.chr9        115030010 5660 - 135191526 I

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s rheMac2.chr5        124058003  170 + 182086969 CTGGAAGGTATTTTTAACTACAAATGTTGTTCAGGAGTGACAGAAGCTGGAGAATTGGACTACTTGATGGAGGCTTTGTACAAGCTTAGAACAACAACAACAACAACACTGAAAAGCCAAAAATAATGCTTAATTAACAGTTAACCACCAATAAAAGGAAGCTAGCCATT
i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e panTro2.chr9_random   3414461 3000 -   7733331 M
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e ponAbe2.chr9        115030010 5660 - 135191526 I

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e ponAbe2.chr9        115030010 5660 - 135191526 I

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
e rheMac2.chr5        124068968    0 + 182086969 C
e ponAbe2.chr9        115030010 5660 - 135191526 I

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e ponAbe2.chr9        115030010 5660 - 135191526 I

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s rheMac2.chr5        124069616  338 + 182086969 tctagagggatcatggaaaagaagctgaatttgctgagttttgtcacgtgggcattgtatgcctacgtgattaaccaccaataaaaaacctgggacatcaaagattaaataagctgttctcattgccaagaattaacatgtggttgtatacagcgttactgagagattgaagtgtatctgcatgtgattctactgtgatggtacacttgtaagtttgtgcctggtgtctcctgaacttttgccctgagcacctttttcctttgttgatatgaatctgcatccttttattttaataaaccataaacataagtataattgcttctctgagttctgagagt
i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
e ponAbe2.chr9        115030010 5660 - 135191526 I

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 I 95
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i rheMac2.chr5        I 95 C 0
e ponAbe2.chr9        115030010 5660 - 135191526 I

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
e ponAbe2.chr9        115030010 5660 - 135191526 I

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i rheMac2.chr5        C 0 I 2
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 I 47
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
s panTro2.chr9_random   3448062 131 -   7733331 TATTGATAGCCATTTTGCTCTGACATTTTATACAAAGCTGAATCAGCAACAGTATGACTAAACACAACCAAAAAAGAAAGCTAGAAAGACTATATTAGACACTTACGTGTATGGATCATTATGGTGAGGAC
i panTro2.chr9_random C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        I 47 C 0

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
s rheMac2.chr5        124091133 66 + 182086969 ACTGAAAGTAAGAAAAATTAtatgccagtttgggtttcccaagaatcagacagcaagatggaatta
i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
s ponAbe2.chr9        116107232 229 - 135191526 cacatataagagagtaaccagagaaaacgcctttgaagaataaagagaagatagagcaaaaggaggctgcaagagcctccagatcatgatgcaagcctggcacctcaaaagaagagagagcatgaaagataatctgaaaggaagagcctcagagaagagtgcagatctgagaaattgtcagccagactgaaagagcaccaaagtgaactttgacctttagatgagtcca
i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 I 28

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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i rheMac2.chr5         C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         I 337 C 0
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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0
e ponAbe2.chr21_random   1208623 1095 -   4212913 I

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s hg19.chr21            10418809   89 +  48129895 TTCTTACATTAAATG--AAAAAAA----------------CTGAAAAAGTAGTATTACTTTGTCTTTTAAGTGGCGAGATAGGGTTGATATGATGCTGAAGTACAAA
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random  C 0 M 1332
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0
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i rheMac2.chr5         C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21_random C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 I 173
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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s panTro2.chr9_random   3589739 26 -   7733331 TGTCCTAAGTTGATCTGTACTAATTT
i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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s panTro2.chr9_random   3590842 60 -   7733331 ------Tcttaggaggcccctgagattggtttaatactctgttgtagctgtctcgaaattcttaat
i panTro2.chr9_random I 786 C 0
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i rheMac2.chr5        I 10 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn       C 0 I 2137
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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s rheMac2.chr5        124231107 293 + 182086969 gcctaaagcacttttactattcagctaaggggaagttgaatagaaacatatttaatttcggttcattgaggttaatgtgtttgatttaaagccacttccatgtaaaatgaagttatttctagcagttcagagtatttccactgctcgctccatagattcatccagtgtcatagcagaaagatgcagaggcagagaatgctgtgagacgcatgccatgcagtacttggtaccagaggCTGTAGAGAAGGAAATAAACAGCTACCCTTAACCAAgctctcctttcccctaattct----
i rheMac2.chr5        C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr5        C 0 I 123
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i ponAbe2.chrUn       C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0

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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 I 161
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i rheMac2.chr5        C 0 I 9032

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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i rheMac2.chr5        C 0 C 0

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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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s hg19.chr21           10606172 115 +  48129895 GTCCACCTGAAGCTTGATGTTCACCTGGGGGCTGGGTGTCCACTTGGGGCCCAATATCCACCTGGAGACTAGGTACCCACCTGGGATCTGGTGTTCACTCAAGATTGGTGTTCAG
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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s hg19.chr21           10606311 83 +  48129895 CACGGTGTCTACCTTGGACTGGGTGCTCACCTGGAGCCAGTGTTCACTGGGGGCCTAGTGTGCACCTGAGACTGGGGGATGCA
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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s ponAbe2.chr9        116187765 364 - 135191526 CCAAAGTTATTGTGAATCAGTTTATAAtttattttttgagatagggtgttactctgtcacccaagctcaagtgcagaagcgtgatcttggctcactgcagcctcaaacacctgagctcaagtgatcctcccagcccagcctccttagtacaggtgagtgccaccaaacccagctatttttt-ctctagtttttgtagagattgggtctcactttgttgcccaggctgttctcaaactcctgggctcaagcaatccttctgcctcaacctcccaaacggtgctgggattacaggtttgagccaccgcacctggccAGTTTATAATGTTAATGGCTTTTGGAGCAGGAACCAGTGGGTGCTGCTTCT
i ponAbe2.chr9        C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
s panTro2.chr9_random   3884843 715 -   7733331  
i panTro2.chr9_random C 0 C 0
e rheMac2.chr5        124284911   0 + 182086969 I

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i ponAbe2.chr4        C 0 I 32
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
e rheMac2.chr5        124284911  0 + 182086969 I
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i ponAbe2.chr4        I 32 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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s ponAbe2.chr4        151818938 82 - 198332218 TCCCTGGTACAAATTAGCTTGTTGGAAACTTCAGCAATCACTGACATAAGGATCCCGCTATTAAATAAAACTGATACttttt------------
i ponAbe2.chr4        C 0 I 605
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
e rheMac2.chr5        124284911  0 + 182086969 I

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s ponAbe2.chr4        151819625 495 - 198332218 CAAATAAACAACATTTCATAAAGCaacacaggattttatat-cttcccattccattagatgctattatgctgaattggaacttcattccaacctgtgtcaacattttagggttgaaatagtctaaaatataatctttactgttctcctgttgtgatatctatatatttaatatgttcacattctctgtcttcaccgatattaacaattttaaaaaggaaaagaaagggggctttaggaagaacttcacatcacacgtcagagtaagcatcaaatcaagttgtcatcatcaatttactaataaacccatttaagaaaaagtattcagctggagagcaatgaatcttattgtcttttcatctgatccatatttctccatctgacacat-caaataaccagagagttcttgtaaaatacctcaggtacattgttgaaagtaatttcctgctttcgtgggataaccgaaacataaatgtaaataaggtaggttgaaagttc
i ponAbe2.chr4        I 605 C 0
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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
e rheMac2.chr5        124284911   0 + 182086969 I

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
e rheMac2.chr5        124284911   0 + 182086969 I

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i panTro2.chr9_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
e rheMac2.chr5        124284911   0 + 182086969 I

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s ponAbe2.chr4        151821022 134 - 198332218 ata-----------------------------------tatatgcatattatatatatgtgtgcatgtatatatatgaatatatataGAAAACTGAAAACTGAACACATCTCATATACACCAGATACATGAAGGTGAacacacacacacacatacacacacactcacac
i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
s panTro2.chr9_random   3889817 157 -   7733331 gtgtatatatatgtatattatacatgtgtatgcatgtatatatgtatattatacatgtgtatgcatgtatatatatgaatatatatataAAACTGAAAACTGCACACATCCCATATACACCACATACATGAAAGTGAACACACACACATACAT------------AATC
i panTro2.chr9_random C 0 C 0
e rheMac2.chr5        124284911   0 + 182086969 I

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i panTro2.chr9_random C 0 N 0
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i ponAbe2.chr4        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr4 151823051 466 - 198332218 CTTTTAAAAATTTTAGTGAGCTATAAACCTT-----ATGACTTAACCGAAATACATTGAAAGCCCCTTGTATTTAGACCTACAGGGAGGTGGTTTTGCTTTCTGTACCATAGCACACATAATTGAAGCAAATATATTCCTTCAAACATAATACTCCTACATAATAGAAAGTGTTCTCTGTTTTCTGGATGAAAAGGCATGAGGTCTTGTGTATTAGCAAACTGAAATTATTAACTATAAAAACAGTC-AAAATCAAAGGGGGTCTCATGCATTTATAAGGACATCAAATCAATCAGATTCATCAGG----AAAGAAAACATTCCTCAGAGAGTCTGTTCTCAAGCTGATGTTTCTTCATTGAATTAGATTCTAAACTACCATTTTTGTTGAATCCTCTGTGCTTTCAGAATGCTGAAATGtaaattatttttaatttatgaaagagattatttatttttattttCTCCTATACATT-------------
i ponAbe2.chr4 C 0 I 1
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e rheMac2.chr5 124284911    0 + 182086969 I
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s ponAbe2.chr4 151823664 319 - 198332218 ATTTACATAACCATGCAAAAGGGGAATAGATTAAAATATGCTTATAAATGTCTAAAACCTTAAGTCAGTTTAA------CATAGTATTACAAATCAGGTTTGTGGGTGATATTTTGCCTGCTTCTAGACTTGTGAGCAAGTTATTAAGTTTTAGGTTTCTTATATTTAAAATTCAGAAAGGAAATGATTGGGATTGCACTCAAAGAAAGAGAGGACATTTTGAAACTTC-TTTTTTTTAC-AATATCAGAACATAACATCACATATGTAAAATGGGTTGATGGCTTACGATCAAGTAAAATACCTCAATATCCCACCTTTCAAGATC
i ponAbe2.chr4 I 3 N 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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a score=0.000000
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 M 2146
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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s panTro2.chr15  81702825 37 - 100063422 TGGAGTAGCCTTCCAATTGTGCTGATTTCTTTtttct
i panTro2.chr15 C 0 C 0
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s panTro2.chr15  81711155 62 - 100063422 GGTTGATGAAATGTGTGTGGTGTGTGATGTGAGCGCTTTTTCTTTAACCACGCTGTCCATGT
i panTro2.chr15 C 0 C 0
e rheMac2.chr5  124284911  0 + 182086969 I

a score=45895.000000
s hg19.chr21     10883559 354 +  48129895 TGgatgtgtggtgtgtgtctgtatctgtgtttactctgcttggggttctctgtgattctgggatctgtagttcagtgtctttcacaaaattgggaacattctcaaccattattttttcaaatactttctctgtatctataatttctacttttcagaattaaagtatacatttactacacttttgatattgtttagtttcttcactcttttcctttgcaatttacttgttaaatttctagtgacattttaagtgcatggtttcatttaaaagctgagccagctctaatgagcagtgtgcccaaagattgctcaatgttcatactgcattgcttttgatttctcatgcatttccat
s panTro2.chr15  81711217 352 - 100063422 TGGatgtgtggtgtgtgtctgtgtctgtgtttactctgcttggggttctctg--attctgggatctgtagttcagagtctttcacaaaattgggaacattcttaaccattattttttcaaatactttctctgtatctataatttctacttttcAGAATTAAAGTATACATTTACTACACttttgatattgtttagtttcttcactcttttcctttgcaatttacttgttaaatttctagtgacattttaagtgcatggtttcatttaaaagctgagccagctctaatgaggggtgtgcccaaagattgctcaatgtttatactgcattgcttttgatttctcatgcatttccat
i panTro2.chr15 C 0 C 0
e rheMac2.chr5  124284911   0 + 182086969 I

a score=2604.000000
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s panTro2.chr15  81711569 41 - 100063422 ttgattacttcttagtattttcatctctcagttccctatct
i panTro2.chr15 C 0 C 0
e rheMac2.chr5  124284911  0 + 182086969 I

a score=36295.000000
s hg19.chr21     10883954 137 +  48129895 agtcctgcattatgtccacagtttcttcaagagatttttacatatgaattatagttacattatatatcttatttaattagttataatacctgtatcttttataaatccctttctgattatttctttattgtgacttt
s panTro2.chr15  81711610 137 - 100063422 agtcctgcattatgtccacagtttcttcaagagatttttacatatgaattatagttACATTATATGTCTTATTTAATTAGTTATAATACCTGTATCTTTTATAAATCCCTTTCTGATTATTTCTTTATTGTGACTTT
i panTro2.chr15 C 0 C 0
e rheMac2.chr5  124284911   0 + 182086969 I

a score=4279.000000
s hg19.chr21     10884091 33 +  48129895 ggtatttctcattaatatatgtaataatcgttg
s panTro2.chr15  81711747 33 - 100063422 GGCATTTCTCATTAATATATGTAATAATCGTTG
i panTro2.chr15 C 0 C 0
e rheMac2.chr5  124284911  0 + 182086969 I

a score=18566.000000
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s panTro2.chr15  81711780 40 - 100063422 TTGATAACCAGACATGTTGGGTTTGACAGTTGATACTGGC
i panTro2.chr15 C 0 C 0
e rheMac2.chr5  124284911  0 + 182086969 I

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s hg19.chr21     10884164 479 +  48129895 TTATTTCATTTTATCCATTTTCTGCCTGTATTTGACCACACTTTATCTTTGCCAGGCAATTATTGTGGAAATGTCCGTGAATCTTCTCACAGCTACATTTGACATTTACTTTTGCAGTGGACATCAGAGTTGAAGTCTGTTCT---GTGTCCACCAGAGACTTCAGATGCTCCAGTGATACCTCGTTTTTCTTTCCTGCTTGGCTTTGTCTCATCACCTGTTCCCTCCTCCAGAGAATCTCTTTCAGCTCCTTCAGGTGGGTTAAAATGTTATATTTAACTGACAATAGTGAAATTGGTTGAAGGCAATAGAATAAAGGGAGATTTTGCGACTTTTCCTGGGTCCATATTGTGATCCTGAGTCTGGGTGTGAGCTTTCCAGTGTTTCTGAACTTCCTCCAGATGAGATGTTGGTCTGCGTGTTCTTGCTCTTTTCCTGGGTAGAGTCCTCTTGTTTTCCCCAGTTGTTCCCTCCCACAGCTC
s panTro2.chr15  81711820 482 - 100063422 TTATTTCATTTTATCCATTTTCTGCCTGTATTTGACCACACTTTATCTTTGCCAGGCAATTATTGTGGAAATGTCCGTGAATCTTCTCACAGCTACATTTGACATTTACTTTTGCAGTGGACATCAGAGTTGAAGTCTGTTCTTCTGTGTCCACCAGAGACTTCAGATCCTCCAGTGATACCTTGTTTTTCTTTCCTGCTTGGCTTTGTCTCATCACCTGTTCCCTCCTCCAGAGAATCTCTTTCAGCTCCTTCAGGTGGGTTAAAATGTTATATTTAACTGACAATAGTGAAATTGGTTGAAGGCAATAGAATAAAGGGAGATTTTGCGACTTTTCCTGGGTCCATATTGTGATCCTGAGTCTGGGTGTGAGCTTTCCAGTGTTTCTGAACTTCCTCCAGATGAGATGTTGGTCTGCGTGTTCTTGCTCTTTTCCTGGGTAGAGTCCTCTTGTTTTCCCCAGTTGTTCCCTCCCTCAGCTC
i panTro2.chr15 C 0 C 0
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s panTro2.chr15  81712302 91 - 100063422 CAGTGTTCTCTTTTGGTGTTATCACCTTCCAGATTTGGTGACCTGACATTCAAATTAAGGCTCTGATTAAATAAGAAGGCAGCAAACGTCT
i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
e rheMac2.chr5  124284911  0 + 182086969 I

a score=4520.000000
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s panTro2.chr15  81712433 25 - 100063422 GGAAAACAGCCGCAGCGGCGGGGGC---------------------
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e rheMac2.chr5  124284911  0 + 182086969 I

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i panTro2.chr15 I 930 C 0
e rheMac2.chr5  124284911  0 + 182086969 I
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a score=4299.000000
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s panTro2.chr15  81713427 40 - 100063422 TGGTGGGGGCAAAATCAGCGGGAGCGGGGGCAAAAAACCA
i panTro2.chr15 C 0 C 0
e rheMac2.chr5  124284911  0 + 182086969 I
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i ponAbe2.chrUn I 285 I 150
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s ponAbe2.chrUn   5665582 43 +  72422247 ------GGGGAGCAAAAAGCCGCGGCGGCGGCGGGGAGCAAAAAGCCGC--------
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i panTro2.chr15 I 130 C 0
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s ponAbe2.chrUn   5665802 406 +  72422247 --gggcAAAATAGTGGAAATGGGGTAGAAGGCCGGCACAGCTTGGCATTGCTGGAGTGTGAGGTGATAGGAAAAGTGCAGCCGAAGAC---------AAAAAAAGATGTAAGTAGACTTGACTCCGTGCAGCTAAGAACCCAGATGTTATCTTGAGGGTATTAACTAATAAGCAGTTTAAATCAGAATGGCACATTCTGATTTGTTTTTTGTATGTTCACATTTGGCAGGCATAGATACTGTTTGAAGAGAGGAAAGTCAGTAGATA----TAACAAACTTAAATATGTGCCAAGTCTAGAAAC--GAGACTAGGGGGATAAGGACCTTTCCAAATAAAATGCAAGATTTGAAAACTGATTGGCTGGGGGATGAGGAAAAGGCAGGTCTTTAAGGTCAATCCCTGTTTTGCTTTAAATTGTTA
i ponAbe2.chrUn I 177 C 0
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i rheMac2.chr3  n 0 I 340
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i panTro2.chr15 C 0 C 0

a score=583740.000000
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 340 C 0

a score=238916.000000
s hg19.chr21     10886169 378 +  48129895 gtgaaatccctcctgtggtgtgatatttcgttttCCTTGCT-TTCTGTTAGGACAAGAATGCTTCAGCTCTTAATTTAAAATTATGTTTCTCCCTCCTAGGTTGAGTGAACTTAGAATGCATTCTCTGACATATCCAA--GTTTTTGTTCATATGAATTTGGGGAAAAAAGCATACTTAATTAGCTAAGACTTCTTATTCTAGGCTTGACCCTGTGTTCAACATCTATTGAATTTGTAGTTGCATGGGCTGCTCTCTGACACTGCTTAGTGACCTGGAAGCTATATTAACGTTAGGGGAGGTGGTGTATGAGCATTAGAGGTATCATTGCAAGGAAAGACTTGTCTTATCTCAATTTGTC--TTTTTTTTGCACACAAGAAAG
s rheMac2.chr3  123209838 381 - 196418989 GTGAAATCCCTCCTGTGGTGTGATATTTCATTTTACTTGCTATTTTGTTAGGAAGAGAGTGTGTCAGCTCTTAATTTAAAATTATGTTTCTCCCTCCTATGTTGAGTGAACTTAGAATGCATTCTCTGACTTATCCACATGTTTTTGTTAATATGAATTTAGGGAAAAAAGCATACTTAATTAGCTAAGACTTCTCATTCTAGGCTTGACCCTGTATTTGACATCTTTTGAATTTGTAGTTGCATAGGCTGCTCTCTGACACTGGTTAGTGATCTTGAAGCTATATTTAGGTTAGGGGAGGTGGTGTATGAGAATTAGACGTATCCTTGCAAGGAAAGACTTGTCTTATCCCAATACATC--TTTTTTTTGCACACAACAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 I 244
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i panTro2.chr15 C 0 C 0

a score=369462.000000
s hg19.chr21     10886547 564 +  48129895  
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0

a score=9326.000000
s hg19.chr21     10887111 19 +  48129895 TACGCATAGTGG-TAT---TTCA
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151431.000000
s hg19.chr21     10887130 263 +  48129895 TATGAGAATTTAAGTTACAC-ACTTTTGAAAATTATAATGGAGTCTCTTGGCTGAGCTTTAAAAAAAAATAGCATTTAGACTAAAAAGGGAATTGTT-CCTCTCCT-AAAATCAGAAAGATGTTACAGTAATTCTCCATTCTCTAGAATTATCAGGAAGCACCTTTGTGATGATTTACTTCTGTTCTTGGGAGTGTGAGCCCGTGTAGTCTTGGAACCATCAATTAGAATGATGGCTTTCTGATCCCAAAGTCATTCGTTCTGAAA
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   5668093 264 +  72422247 TATGAGAATTTAAGTTACAC-ACATTTGAAAATTACAAT-GAGTCTCTTGGCTGAGCTTTAAAAAAAAATAGCGTTTAGGCTAAAAAGGGAACTGCTACCTCTCCTAAAAATCAGAAAGACATTACAGTAATTCTCCATTCTCTAAAATTATCAGGAAGCCCCTTTGTGATGATTTACTTTTGCTCTTGGGAGTGTGAGCCTGTGTAGTCGTGGAACCATCAATTAGAATGATGGCTTTCTGATCCCAAAGTCATGCGTTCTGAAA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  123210811 262 - 196418989 TATGAGAAGTT--GTTACACAATTTTTGAAAATTATAATGGAGTCTCTTGACTGAGCTTT-AAAAAAAATAGTGTTTAAGCTAAAAAGGGAACTGCTACCTCTCCT-AAAATCAGAATGATGTTACAATAATTCTCTGTTCTCTAGAATTGCATCGAAGCACTTTTATGATGATTTAATTTTGCTTTTGTGAGTCTGAGCCTGTGTAGTCATGGAACCATCAATTAGAATGATGGCTTTCTGATCCCAAAGTCATTCATTCTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=354992.000000
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  123211073 356 - 196418989 ACAATATTTTTCATAAATTTGAAAGTGAgaagttttgatcttgccattcccaagtaattctcctaataagaggcatcagcatgcttcagtgacagctgtcaccttccagtgctgagagtcatccttgagttctccatttcactccctacactccaatttagctgcagttctcttggccagtcctacgaaatacatccatgacctaacgacttctcaccactcataccactcataccaacagcattctcatctaagtcactaccttttttctctgggattacaatagcctcccaatttgtttgcccacataacatatttattctttacagtgtaccatatatatccctttgaaatgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=471152.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0

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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 433

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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  123215200 433 - 196418989 I

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  123215200 433 - 196418989 I

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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 433 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr15 C 0 N 0
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i rheMac2.chr3  C 0 n 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I
e ponAbe2.chr13  18474840  0 + 117095149 C

a score=56856.000000
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040   0 - 196418989 I

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s panTro2.chr13  18935331 290 + 115868456 TAT----TTTAACTTAATCATCAGCAATAGGAGTTTGAAACCCAGTTGCAGCTGCAGGTCCCACACAACTGAATTCGGTTCCTTGTGCATAGCAGTGTTCGCTGGAGATGCCTGGAGGTCTGAAAGTGTGCCCTTTTATAGGCAGGAATTCTACCAGGATGGGTGTAGCTTGTTTTTTTAAAAGGCTTGGGACTGGATACGATTGCCCAAGAAGACAGTGCAGACAGCGAGGAGGGCTGAGCATGAATGGGACTACCTACCAGCACAAAAAGGGCAGGCAGGAAGGCAGTAAAG
i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13  18475051 294 + 117095149 TATTTTATTTAACTTGATCATCAGCAATAGGAGTTTGAAACCCAATTGCAGCTGCAGGTCCCACACAACTGAATTCGGTTCCTTGTGCATAGCAGTGTTCGCTGGAGATGCCTGGAGGTCTGAATGTGTGCCCTTTTATAGGCAGGAATTCCACCAGGATGGGGatagcttgtttttttaaaaggcttgggactggatacaattgcccaagaagacagtgtagacagcgaggagGGCTGTGCATGAATGGGATGACCTACCAGCACAAAAAGGACAGGGAGGAAGGCAGTAAAG
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040   0 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040   0 - 196418989 I

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 I 476 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

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s hg19.chr21     10898105 419 +  48129895 AAGAAAAACTCATTCACTTATGTGAGGCAAACATCGCATGCAGTCGTACCAACCAACAAAACATGATAAGCTACAAAGAACTACGGTTTTCGCTACTCTCAAAAAGCTACTGAGATTACCAGGTTTTAAGCTTATTTCAAGATTATTTATAGGTGATTCCCCAACTGGGAAGGTCATTTCTGAATTTCTTCTCTTCTAAAATAGATCTAGAAAAATTAACAAACCTTATTCCAGTAAGAAAGTTTGGGATGTACTGCTTCAGCCCCTGTCCTAAGGAAATTATCAAGCCTGGAGGGTGGGGTGCTATCAACTGCCTGCCAACATGTTACCTTCTGGCATCCAGAAGCTTCCCTGTGCCAGATGGAGCCACCAATGTGGGGAGGAGAGCACAAAGAGCAGAGAATCCACAGAAACCATAC
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040   0 - 196418989 I

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040   0 - 196418989 I

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 I 4792 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

a score=56154.000000
s hg19.chr21     10898967 37 +  48129895 AGCACTAGCATTTCTATTTGCACCTGCCTGCAGCCAT
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

a score=110983.000000
s hg19.chr21     10899004 60 +  48129895 TACTACGCTGACCTCTGGAAATGTCACATCAGCTGTTCTTGAGATAAAATACCATTTGCT
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

a score=693057.000000
s hg19.chr21     10899064 121 +  48129895 ATTTTTTTTTTATCTAGGCCCTGTCCCTTTGATGTTAAGTGGTGGAGGGAGTTGGCGGGATTTGCCTCTGGCTTGCGGTATATCTAGTGGATTGTATCAAATCCAGAATTCAAGTTCTTTC
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040   0 - 196418989 I

a score=180605.000000
s hg19.chr21     10899185 30 +  48129895 CATGTCTTGAAAACAGGCAGGATTTATCAG
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

a score=142932.000000
s hg19.chr21     10899215 35 +  48129895 AACTTTTATAAATGTTGTGAAAAATGAAGGTGAAT
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

a score=59996.000000
s hg19.chr21     10899250 48 +  48129895 AAACACCTGTTTTTACAGCATCTAGTATACATCTTAAAATCTGAGAAG
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

a score=-54806.000000
s hg19.chr21     10899298 51 +  48129895 TGAACTTCTCTGTTTTGATTGTAAAAGGAAAGAGAACGGTAACACAGAAAC
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

a score=-17524.000000
s hg19.chr21     10899349 43 +  48129895 TTTGTGTCCCAAATAGAGCACAGATAACTTGTCTATTACTCat
s ponAbe2.chr13  18482048 43 + 117095149 TTTGTGTCCCAAATAGAGCGCAGATACCTTGTCTATTACTCat
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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a score=-10872.000000
s hg19.chr21     10899392 91 +  48129895 agtaatcctcccttaaatttgtataacatgcgaagttttacacagtacttatacctcccttatctaattcaatcttcataaccaccctggg
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13  18937098 89 + 115868456 aataatcctcccttaaatatgtataac--gtgaagttttacaaagtacttatacctcccttatctaattcaatcttcataaccaccctggg
i panTro2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  123216040  0 - 196418989 I

a score=19712.000000
s hg19.chr21     10899483 188 +  48129895 cagtactaatattatAAACCAGTCTCCAACCTCAAGGTTGGTGCTCTTGCCACTGCCCAGGTGAAGCTGCAAAGCTGTGGCCACCTCTGTCTCCATGGTTGCATCTGTCTGGCCGTCTCAGGCCTCAACACTGCCCCATCCATGTACTAAGAGTTAACCAAGCATGGAATTGGGGTATGTTACCTGAG
s ponAbe2.chr13  18482180 188 + 117095149 CAATACTAATACTATAAACCAGTCTCCAACCTCAAGGTTGGTGCTCTTGCCACTGCCCAGGTGAAGCTGCAAAGCTGAGGCCACCTCTGTCTCCCTGGTTGCATCTGTCTGGCCATCTCAGGCCTCAACTCTGCCCCATCCATATGCTAAGAGTTAACCAAGCATGGAATTGAGGTATGTTACCTGAG
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13  18937187 188 + 115868456 cagtactaatactatAAACCAGTCTCCAACCTCAAGGTTGGTGCTCTTGCCATTGCCCAGGTGAAGCTGCAAAGCTGTGGCCACCTCTGTCTCCATGGTTGCCTCTGTCTGGCTGTCTCAGGCCTCAACTCTGCCCCATCCATATACTAAGAGTTAACCAAGCATGGAATTGGGGTATGTTATCTGAG
i panTro2.chr13 C 0 C 0
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a score=25456.000000
s hg19.chr21     10899671 40 +  48129895 CATCAGTCAGTTTTGCCAGGAGACCTGATACTTGTCCTTG
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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a score=80420.000000
s hg19.chr21     10899711 151 +  48129895 TTTCTGTTGGTCTATTTAGGGAAAGCTGGGAATGCGTCCTTCCATGACTTGTTGGTTTTTAGCACTCTTGTCTGGATTTGCATGTGTAAATATACCTGTGCAATGCAGCTGCGTGGGTGTCCCCAAAGGAGGGATTGTTGCAGTCTTTGCT
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s rheMac2.chr10 61250392 362 +  94855758 aaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaATCGGAAAAACAACAACAAACAATgtcgggcagtgtggctcatgtttataatcccagcaggttgcaaggctgaggtggacaggttgcttgagcccaggggtctgaaaccagcctgggcaacatagcaagtctcagcctctacaaaaaataaaaaaaaataaaaaaataaaaaaaattgggggattgcttgagctcaggaggttgaggctgcagtgagccatgatcacgccactgcgctacagcctgggcgacagaatgagaccctggctccaggcaaaaaaaa-aaaaaaaaaaGGAAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18509870 205 + 117095149 ccagcctcgccaacagggtgaaaccctgtctctgctaaaaatacaaaaacaggccatgcgtggtgatgggcacctataatcccagccacttgggaggctggggcaagagaatcgcttgaacccaagaggtcgaggttgcagtgagctgagatcgcaccactgcgttctagtctgggcgacagagcgagactctgtctcaaaaaTT
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 18955024 24 + 115868456 Aaaaacaaaacaaaacaaagcaaa
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 18955048 63 + 115868456 acTCATAGGTTCACAGACTGTTCCTTACCCATTGGGAAATGCTCATTAAA---------------------------GTAACTAACTGCC
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 18956459 266 + 115868456 agttactgagaatattaaatgagatagtgaataaagaactcttagaatagttcagcaaagtctagaatgttgtaaacgctataggataaacatcctggtttctgcaataaacaaattacaagtaataaaaaagggtgagaaatcta-tgaacttagattcttaaaagagacttaggagacacagaaaccaaatgaaatgtgtggactttgtttgaattctgattaaacaaactaaattttcaaagattttaagacaattttggaaac
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18542758 122 + 117095149 ctgggtcccagagatactgattcagtgggtccagggtggggcctaaggtatttttcttcttatatttctagcaagctgtcaagtgatgctgaggtttctagtcagaggaccacattGGCTGA
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 18990112 122 + 115868456 ctgggtcccagagatactgattcagtgggtccagggtggggcctaaggtatttttcttcttatatttctagcaagctgtcaagtgatgctgaggtttctagtcagaggaccacattGGCTGA
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr13 18557996 124 + 117095149 ccccctggtatgaaacaccagcatttctcacagggactactgcaaattcctcctaTATCTATGTAATGAGACTTTGtaatttaaaaataaaataaaatGAAAACCTGCTTTATTTTGTTTGGAG
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19005364 124 + 115868456 ccccctggtatgaaacaccagcatttctcacagggactactgcaaattcctcctaTATCTATGTAATGAGACTTTGtaatttaaaaataaaataaaatGAAAACCTGCTTTATTTTGTTTGGAG
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18558120 39 + 117095149 CAGGGAAAGAAGGAAATGCTTGCCTTGCTTAATCTGTCT
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18558275 192 + 117095149 TCTTTGTTTCCGATCTTTGTTT----AGACACCAACAGCTTACAACCATGGTGAGTTAACTTCCTCTATGGCAGTACTTCCTCTCCAGCATTGACACAAGCTGGAGAATGGTTATACGACTGGGCAAGAAAGAAGCAGAAGAAAAATCTCCCGAATATGTCTGCAGTTCAGACACAAGCCAGTTTAAGAATGTATT
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18558467 61 + 117095149 GTTTCATTACAGTGAGTACATGATAAAATGCCTTCAGGTCAGTGCAACAGGAAGTACTCTA
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61325671 61 +  94855758 GTTTCATTACAGTGAGTACATGATAAAATGCCTTCAGGTCAGTGCAACAGGAAGTACTCTA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10959267 39 +  48129895 GTGAGATTAGAAACAAATAAGAATAAAATCCCAATGAGC
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18558528 39 + 117095149 GTGAGATTAGAAACAAATAAGAATAAAATCCCAATGAGC
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61325732 39 +  94855758 GTGAGATTAGAAACAAATAAGAATAAAATCCCAATGAGC
i rheMac2.chr10 C 0 I 104

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i rheMac2.chr10 I 104 C 0
s ponAbe2.chr13 18558567 72 + 117095149 ATAAGGAGGTCTTTAGTTAGCAAAACATGTTTGCTTTTGCTATCAATACTATTTGCTCATAGGCAAAATCTA
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19005935 72 + 115868456 ATAAAGAGGTCTTTAGTCAGCAAAACATGTTTGCTTTTGCTATCAATACTATTTGCTCATAGGCAAAATCTA
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10959378 138 +  48129895 CAAAATTGGGAATCACACCATATCTAGTAAAAATGAGAAACGTTCACTATTGATGAGTTAAGTAGCATTCTGCATTCCTG---------TTTTTTT---AAAAAAAACTTTTAATGGAATTAATTTCCTCTAAGAATACTTTTTACATTT
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18558639 141 + 117095149 CAAAATTGGGAATCACACCATATCCAGTAAAAATGAGAAACGTTCACTATTGATGAGTTAAGTAGCATTCTGCATTCCTG---------TTTTTTTCAAAAAAAAAACTTTTAATGGAATTAATTTCCTCTAAGAATACTTTTTACATTT
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19006007 138 + 115868456 CAAAATTGGGAATCACACCATATCCAGTAAAAATGAGAAACGTTCACTATTGATGAGTTAAGTAGCATTCTGCATTCCTG---------TTTTTTA---AAAAAAAACTTTTAATGGAATTAATTTCCTCTAAGAATACTTTTTACATTT
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18558780 50 + 117095149 TCAAGCTAGAAGAACATTTATTTCTGAATGGATGGAATTTTTTTTTCAAA
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18558957 94 + 117095149 AGAGATCCATCAGTGGCTCCCTCCTTTCATACTTCAAACTGACTTACTCATATGAAGCAACATTTTCAGCATCTTCAACTTCAAACTTGGAAAG
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=12242.000000
s hg19.chr21    10960026 36 +  48129895 TCTTTTCTCTCTCTGTCTCTTTCtatatatatgcat
s panTro2.chr13 19006657 36 + 115868456 TCTTTTCTCTCTCTGTCCCTTTCtatatatatgtat
i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s rheMac2.chr10 61326640 55 +  94855758 ataaagatatataaaagaatatgtatacagatgtataatatataaataatatgtg
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18559327 55 + 117095149 ataaagatatataaaagaatatgtatacagatatataatatataaataatatgtg
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19006693 55 + 115868456 ataaagatatataaaagaatatgtatacagatatataatatataaataatataGG
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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e rheMac2.chr10 61327616 1029 +  94855758 I

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s rheMac2.chr10 61332351 309 +  94855758 aagaagtctagccttcctcacaatcatttctagcttttggtttaaagtgagagacatgtgattcttcctttcactaggacacttagagaccatcataggcttactaaatggcctactttcaatattgttgtgtctcagggaatagggaggcccaaggagaaggagagagatgggggaatggctagtcagtggagtagtcagaaccaacatatcattgattaggcttgtcgtcttaatatgggcgtggttcgtgttgccccaaaacaattacaatagtaacatcaaagat-----------------cataacagatatgataataa
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18565382 326 + 117095149 aagaagtctagccttcctcacaatcatttctagcttttggtttaaagtgagagccatgtgactcttcctttcactaggacactcagagaccatcataggcttattaaatggcctactttcaatattgttgtgtctcagggaatagggaggcccaaggagaaggagagagatgggggaatggctagtcagtggagcagtcggaacaaacatgtcattgattaggcttgtcatcttaatatggacatggtttgtgttgccccaaaacaattacaatagcaacatcaaagatcactgatcacagatcaccataacacatatgataataa
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19012776 326 + 115868456 aagaagtctagccttcctcacaatcatttctagcttttggtttaaagtgagagccatgtgactcttcctttcactaggacactcagaaaccatcataggcttattaaatggcctactttcaatattgttgtgtctcagggaatagggaggcccaaggagaaggagagagatgggggaatggctagccagtggagcagtcggaacaaacatgtcattgattaggcttgtcaccttaatatgggcatggttcgtgttgccccaaaacaattacaatagtaacatcaaagatcactgatcacagatcaccataacagatatgataataa
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 I 829 C 0
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i ponAbe2.chr13 I 831 C 0
s panTro2.chr13 19015437 148 + 115868456 tggctcatgactgtaaacccagcagtttgggaggctaaggcgggtggatcacgagggcaggagttcaagaccagcctggccaatatagtgaaaccccgcccctaccaaaaatacaaaaaattagtcgggcatggtggcacatgactgc
i panTro2.chr13 I 831 C 0

a score=108188.000000
s hg19.chr21    10967933 87 +  48129895 agtcccagctactcaggaggctgaggcaggaaaatcacttgaacccgggagatggaggttacagtgagccgagatcacgccactgca
s rheMac2.chr10 61335126 87 +  94855758 agtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaacctgggaagtggaggttgcaatgagacgagatcgtgccactgcg
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10968020 55 +  48129895 cgccagcttgggcaacagcgagacttcatctcaaaaaaTA-CAATAATAATAGAAA
s panTro2.chr13 19015672 56 + 115868456 ctccagcttgggcaacagcgagacttcatctcaaaaaaTAATAATAATAATAGAAA
i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18568313 56 + 117095149 ctccagcttgggcaacagcaagacttcatctcaaaaaaTAATAATAATAATAGAAA
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19015728 58 + 115868456 TACATTTTAATTTGCCCATGCGTCCAACGTCCtataaaataaattcttttaaaaattt
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10968133 90 +  48129895 atttattGGCTTAAAAATCAATACTACATACAAAACTCACATGCTATTGCTTAATGAGCAACTACAGAATTCTCACCTAGATGTTTCCTT
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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a score=89041.000000
s hg19.chr21    10968266 114 +  48129895 AATCTCATT-----TTGCAAGGTTTCTTGAGCATTACACTATAATTAACTTGAATCAGGTTTTCCATATTACTTACACCTTTATGATTTATTTCCAGGAGAGGTTTTCACATGACTGGG
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s ponAbe2.chr13 18568560 118 + 117095149 AATCTCATTCA-TTTTGCAAGGTTTCTTGAGCATTACACTATAATTAACTTGAATCAGGTTTTCCATATTACTTACACCTTTATGATTTATTTCCACTAGAGGTTTTCACATGACTGGG
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s rheMac2.chr10 61335457 119 +  94855758 AATCTCATTCATTTTTGCAAATTTTCTTGAGCATTACACTATAATTAACTTGAATCAGGTTTTCCATATTACTTACACCTTTATGATTTATTTCCAGGAGAGGTTTTCACATGACTGGG
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a score=80223.000000
s hg19.chr21    10968380 93 +  48129895 AAAACCCTCCACCACCTCCTTCCTTTCACTGATCATGCTAGTCTCTCCTGCCCATGAGACACAGTGAAGTACCCGCACACCTGAGGAAAGCGG
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s rheMac2.chr10 61335576 93 +  94855758 AAAACCCTTCATCACCTCCTTCCCTTCATTGATCATGCTAGTCTTTCCTGCCCATGAAACACAGTGAAGTACCTGTGCACCTAACGAAAGCGG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=147575.000000
s hg19.chr21    10968473 100 +  48129895 CATCCAATGAGGTGGTGGGTTTGGGCTGGGTCTAGGCACCAACCTCACATGTGGACAGAGCTCTCGAGTGTGTGGGACAAGTCCATGTTCCATTAGCTCC
s panTro2.chr13 19016130 100 + 115868456 CATCCAATGAGGTGGTGGGTTTGGATTGGGTCTAGGCACCAACCTCACATGTGGACAGAGCTCTCGAGGGTGTGGGACAAGTCCACGTTCCATTAGCTCC
i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18568771 100 + 117095149 CATCCAATGAGGTGGTGGGTTTGGGTTGGGTCTAGGCACCAACCTCACATGTGGACAGAGCTCTTGAGGGTGTGGGACAAGTCCACGTTCCATTAGCTCA
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61335669 100 +  94855758 CATCCAACGAGGTGGTGGGTTTGAGTTGGGTCTGGGCACCAACCTCACATGTGGATAGAGCTCTTGAGGGTGTGGGACAAGTCCACATTCCATTAGCTCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=165408.000000
s hg19.chr21    10968573 107 +  48129895 ATTCTTTTTTTCCCAGGGCTTCACTACTCCTTATTGGCTGCTATCTCCTCCATGTTGCAAATAGGATTCTCTCCTTTCTTGGAACACTATGGTAGGGTCTCAAACTC
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18568871 107 + 117095149 GTTCTTTTTTTCCCAGGGCTTCACTACTCCTTATTGGCTGCTGTCTCCTCCATATTGCAAATAGGATTCTCTCCTTTCTTGGAACACTATGGTAGGGTTTCAAACTC
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61335769 107 +  94855758 ATTCTTTTTTTCCCAGGGCTTCACTACTCCTTATTGGCCGCCATCTCCTCCATGTTGCAAATAGGATTCTCTCCTTTCTTGGCACACTATGGTAGGGTCTCAAACTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=-14038.000000
s hg19.chr21    10968680 89 +  48129895 AGGAAACCTGAATCCCTTAAAAAATTGCCTACCAGAAATTGAGGGTGACAAATACACTAACAGGAAGAAGCAGCTCTCCTACGAACTGA
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18568978 89 + 117095149 AGGAAACCTGAATCCCTTAAAAAATTGCCTACTAGAAACTGAGGGTGACAAATACACTAACAGGAAGAAGCAGCTCTCCTACGAACTGA
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=-35826.000000
s hg19.chr21    10968769 53 +  48129895 CCTCCTTATACAACTCCATCAAAAAAAGGTGCAAAGTTATCTACAAATGCTAC
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s panTro2.chr13 19016479 41 + 115868456 AATGAGAAGAATTGGAAACCTTGTT-AAAAAATACTCTGTAT
i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18569120 39 + 117095149 AATG---AGAATTGGAAACCCTGTTAAAAAAACACTCTGTAT
i ponAbe2.chr13 C 0 I 2
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19016617 33 + 115868456 TGACAAAAATGTGTATGGATGAAGATGGATGTA
i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=21813.000000
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=56365.000000
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=0.000000
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a score=2262.000000
s hg19.chr21    10969161 47 +  48129895 ctttgggaggccgaggcgggtggatcatgaggtcaggagattgagac
e rheMac2.chr10 61336351  0 +  94855758 C
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a score=20039.000000
s hg19.chr21    10969208 225 +  48129895 catcctggctaacaaggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaaaaattagctgggcgcggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaagcagagcttgcagtgagccgagattgcgccactgcagtccgcagtccggcctgggcgacagagcgagactccgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaa
e rheMac2.chr10 61336351   0 +  94855758 C
e panTro2.chr13 19016797   0 + 115868456 C
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a score=0.000000
s hg19.chr21    10969433 2 +  48129895 aa
e rheMac2.chr10 61336351 0 +  94855758 C
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e ponAbe2.chr13 18569438 0 + 117095149 C

a score=-692.000000
s hg19.chr21    10969435 32 +  48129895 aaaaaaagaaTACAGTCAGATAGGAGACGCGA
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10969467 67 +  48129895 TTCTAAATTTACTTTTTTGG-AAAATTAGCTTTTATTACTCTAGACAGAAACCAATGAATTCCTATCA
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s ponAbe2.chr13 18569534 235 + 117095149 GAAATCTGAGTCCCATAAAAA-ACTGCTTAGTAGGAACTAAGGGTGGCAAATATACTAACAGGAAGAAGCAACTCTCCTATGACCTGCTCCTTTTTATACAACTCCACCAAAGAAGGATGCAAAGTTACTAAAAAATGCTACAATGAGACGAATTGGAAACTCTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAATCTCCATGGCCATGCAGGCTCCTGAGAGTAAATTCCACAAATGTCCA
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61336432 219 +  94855758 GAAATCTGAGTCCCATAAAAAAACTGCTTACTAGGAACTAAGGGTGACACATACACTAACAGGAGGAAGCAACTCTCCTATGACCTGCTCCTCTTTATACAACTCCACCAAAGAAGGATGCAAAGTTACTAGCAGATGCTACAATGAGAAGAATTGGAAACTCCATTAAAAAAAAAAA-----------TCTATATGCCCAGACAGGCTCCTAAG------TTCCACAAATGTCCA
i rheMac2.chr10 I 1 C 0

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s hg19.chr21    10969759 34 +  48129895 CCAGTCTCCTTTCTCTTTGGTCTATGTTTCCATC
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10969793 31 +  48129895 ATGTGCATGGATTAGTTTGTGTAA---GTGTGTT
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10969824 122 +  48129895 GAAGAGACGTGtggatggatggatgaatggatggatggatgaatggatggatggatggatggatggatgaatggatggatggatggatggatggatggatggGGTATACTTGCTCATGTGCC
s rheMac2.chr10 61336716  97 +  94855758 GAAGAGAAGTGtggatggatggatggaaggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatgga-------------------------tATATTTGCTCATGTGCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19017186  81 + 115868456 GAAGAGAAGTGtggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggat-----------------------------------------ATATTTGCTCATATGCC
i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18569837 101 + 117095149 GAAGAGAAGTGtggatggatagatggacagatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatgggtgggtgTA---------------------TATATTTGCTCATGTGCC
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10969946 128 +  48129895 TGTGTGTGT----ATAGTTCTATGCACACTTATGCTGACGGGTGACTTTA----ACTATTTATTGCTCACCTTTCTTTCGCAGGTGCCTCCTCGGTTGCTCCTTTAAATTCACTTGTCTGTGGACTAGTGGATGAT
s rheMac2.chr10 61336813 133 +  94855758 TGTGTGTGT--TTATAGTTCTATGCACACTTATGCTGATGGATGTCTTTA-TTAACCATTTACTACTTACATATCATTCGTAAGTGTCTCCTCGGTTGCTCCTTTAAATTCATTTGTCTGTGGACTAGCAGATGAT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19017267 136 + 115868456 TGTGTGTGTGTGTATAGTTCTATGCACACTTATGCTGATGGGTGACTTTATTTAACTATTTATTACTTACCTTTCTTTCGCAGGTGCCTCCTCGGTTGTTCCTTTAAATTCGCTTGTCTGTGGACTAGCGGATGAT
i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18569938 134 + 117095149 TGTGTGTGT--GTATAGTTCTGTGCACACTTATGCTGATGGGTGACTTTATTTAACTATTTATTACCCACCTTTCTTTCGCAGGTGCCTCCTCGGTTGCTCCTTTAAATTCATTTGTCTGTGGACTAGCAGATGAC
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10970074 96 +  48129895 AAGAGAAAACAGTCAGAGAGGAGACATAATTCTGAATTTATATTTTGGAAAAATTACCTTTCATTACTCTAGACAGAAACCAATTAATTTCTGACT
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19017403 96 + 115868456 AAGAGAATACAGTCAGAGAGGAGACATAATTCTGAATTTATATTTTGGAAAAATTACCTTTCATTACTCTAGACAGAAACCAATTAACTTCTGACT
i panTro2.chr13 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61336946 96 +  94855758 AAAAGAATACAGTCAGATAGGAGGCATAGTTCTGAAGTTATATTTTGGAAAAAATACCTTTCATTACTCTAGACAGAAAGCAATTAATTTCTGACT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=37252.000000
s hg19.chr21    10970170 50 +  48129895 ATTCATGTGTATAGTACTACTGGAACCTGGAATGTCTTTTCCTCTTTATT
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=61150.000000
s hg19.chr21    10970273 51 +  48129895 AATGCTTCCCGATTTAAGTAAACCTCTTTATTATGACCTCAGTCCCAATGT
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

a score=183620.000000
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

a score=63370.000000
s hg19.chr21    10970407 67 +  48129895 CTTAAAAGGCCCTCCATTAGCTCCTTATGTTCACCCAGCATGGTGGTTTCTCATGTCCCACAAAAAG
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a score=234299.000000
s hg19.chr21    10970474 128 +  48129895 GGTCAGGTAACTAGAGGTCTGACACAGGGGCACAATCC-AATAGGATGGTGATTTTAGGTTTGGAGCACCAGCCTCTGTGGTGGCAGGGTTCTGGAGGGTGGTGAACACCTCCAAGGCTCATAGCTCTG
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18570472 128 + 117095149 GGTCAGGTAACTAGAGGTCTGACACAGGGGCACAATCC-AATAGGACGGTGATTTGAGGTTTGGAGCACCAGCCTCCGTGGTGGCAGAGTTCTGGAGGGTGGAGAACACCTCCAAGGCTCTTAGCTCTG
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

a score=74179.000000
s hg19.chr21    10970602 43 +  48129895 TTGCTTTCTGCTGAAGGCTTCACAGTTCCCCAAGTACTCCTAC
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0

a score=82159.000000
s hg19.chr21    10970645 48 +  48129895 CTCCTCCTCACTCCAAACAGGATTCTCTCTTCCCTGGGCCTACTCTGG
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18572431 175 + 117095149 gttgttgttgttgtttgttttttgagacagagtctcactctgtcacccaagctggagtgcagtggcatgatctcggctcactgcaacctctgcctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccgagtagcagggactacaggcgcccgccaccacacccagctaattt
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19019933 83 + 115868456 tgtatttttagtagagatggggtttcaccatgttggccaggctggccttgaactactgatctcgttatccacctgccctggcc
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18574631 72 + 117095149 CTCTGCAGTACCTGTGGGTGCATGCCTTGATTTAATATGAATGCATATAGGTATATATAAATGGTATATAAT
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19021961 72 + 115868456 CTCTGCAGTACCTGTGGGTGCATGCCTTGATTTAATACGAATGCATATAGGTATATATAAATGGTATATAAT
i panTro2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10974703 45 +  48129895 CGTTTCCTCCCTTGTTCATATATCCTTATATCTATATTGATTTAT
s rheMac2.chr10 61342153 43 +  94855758 TGTTTCCTCCTATGCTCATATATCCTTATATCTGTATTGATTG--
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18574703 45 + 117095149 TGTTTCCTCCCTTGTTCATATATCCTTATATCTATATTGATTTCt
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10974748 13 +  48129895 TTCtttttctttt
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e rheMac2.chr10 61342196  0 +  94855758 C

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s hg19.chr21    10974811 114 +  48129895 agtgcagtggcaggatctcggttcactgcaagctccacctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcacccgccaccacacccggc
s panTro2.chr13 19022137 114 + 115868456 agtgcagtggcgtgatctcagctcactgcaagctctgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcctgagtacctgggactacaggcgcccgccaccacgcccggc
i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 61342196   0 +  94855758 C

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 61342196   0 +  94855758 C

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=38472.000000
s hg19.chr21    10975101 35 +  48129895 CCAGGGTACTGATTTGAATTTAGACTTGGCAGTGC
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s panTro2.chr13 19022432 35 + 115868456 CCAGGGTACTGATTTGAATTTAGACTTGGCAGCGC
i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=20163.000000
s hg19.chr21    10975136 13 +  48129895 TACAGAATTTAA--------------------------------------A
s panTro2.chr13 19022467 13 + 115868456 TACAGAATTTAA--------------------------------------A
i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18575137 13 + 117095149 TACAGAATTTAA--------------------------------------A
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61342264 51 +  94855758 TACAGAATTTAAACatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatata
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=32527.000000
s hg19.chr21    10975149 64 +  48129895 TATATATATGTATCGTCCAACACCAATATGACATTCTGGACTTCACTTTCTGGTTTGAATTACT
s rheMac2.chr10 61342315 64 +  94855758 tatatatatatataGTCCAACACCAATATGACATCCTAGACTTCACTTTCTGGTTTGAATTACT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18575150 64 + 117095149 TATATATATGTATCATCCAACACCAATATGACATCCTAGACTTCACTTTCTGGTTTGAATTACT
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19022480 64 + 115868456 TATATATATGTATCGTCCAACACCAATATGACATCCTAGACTTCACTTTCTGGTTTGAATTACT
i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=-46772.000000
s hg19.chr21    10975213 65 +  48129895 CACAAGCGATGTTTAGTTCTTTACAATTGAATACAGCACAAACTAAGCATTTGATGGTTTACTTT
s rheMac2.chr10 61342379 64 +  94855758 CACAAGTGATGTTTAGTT-GCTACAATTGAATGAAGCACAAAGTAAGCATTTGGTGGTTTACTTT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18575214 65 + 117095149 CACAAGCGATGTTTAGTTCTTTACAATTGAATGAAGCACAAACTAAGCATTTGGTGGTTTACTTT
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19022544 65 + 115868456 CACAAGCGATGTTTAGTTCTTTACAATTGAATGAAGCACAAACTAAGCATTTGGTGGTTTACTTT
i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=89473.000000
s hg19.chr21    10975278 45 +  48129895 ATTTCAAATTCAGCTGCAGTTTCTATATACAAATCCCCTTGACCC
s rheMac2.chr10 61342443 45 +  94855758 AATTCAAATTCAGCTGCAGTTTCTATGTACAAATCCCTTTGACCT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18575279 45 + 117095149 ATTTCAAATTCAGCTGCAGTTTCTATGTACAAATCCCCTTGACCA
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19022609 45 + 115868456 ATTTCAAATGCAGCTGCAGTTTCTACGTACAAATCCCCTTGACCT
i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=-6466.000000
s hg19.chr21    10975323 35 +  48129895 CATCTCATTTCCTGACACTAAAATCCCTTCATGAG
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18575324 35 + 117095149 CATCTCATTTCCTGACACTAAAATCCCTTCATCAG
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19022654 35 + 115868456 CATCTCATTTCCTGACACTAAAATCCCTTCATCAG
i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=82018.000000
s hg19.chr21    10975358 111 +  48129895 TGCCTTGTTTTTGCCATTATAGGTGTCTTCTCTGCTCTCACACAGGGTCAAGAAACTGCCCCATACAATGTGATGATGGGTGTGGGCTTGTAGTGTTAGCCTCACATGGTG
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr13 19022689 111 + 115868456 TGCCTTCTTTTCACCATCATAGGTGTCTTCTCTGCTCTCACACAGGGTCAAGAAACTGCCCCATACAATGTGATGATGGGTGTGGGCTTGTAGTGTTAGCCTCACATGGTG
i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=31159.000000
s hg19.chr21    10975469 56 +  48129895 GTAGAGCTCTGGGTGTGAGGAACCCTGCCAGGGCCATTAGCTCTGTTTG-TTTTCCC
s rheMac2.chr10 61342634 54 +  94855758 GTAGAGCTCTGGGTGTGAGGAACCCTGCCA-GGCCATTAGCTCTGTTA--TTTTCCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18575470 56 + 117095149 GTAGAGCTCTGGGTGTGAGGAACCCTGACAGGGCCATTAGCTCTGTTTT-TTTTCCC
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=49053.000000
s hg19.chr21    10975525 37 +  48129895 TAAGGGCCCCGCTGCTCCCTGTCCACTGCTACTCGCT
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

a score=17595.000000
s hg19.chr21    10975562 30 +  48129895 TGTTGCTCTGCATAGGGTTTTCTTCCCTTG
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr13 18578378 127 + 117095149 gaatatacacttgtaacagatagctgtgtctcagtcaattacagcagctgagcttcagtcaattgcgagtggctgactgattcgaacaagacaaaacatccagctgtaaccagttgtaaccaacaaa
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr13 18578960 157 + 117095149 tcacaaaccaacatgattagatacctgaggaatacaactactgaaaaagaaatacaacaagctgaacaacagcataccaactgtagcaaaactactggaacacactgaccaagattttaaagtaagcatgacaaatattcgtaaggataagaggaca
i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0
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e rheMac2.chr10 61348436   0 +  94855758 C
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i ponAbe2.chr13 C 0 N 0
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i ponAbe2.chr7  N 0 C 0
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s ponAbe2.chr7  149932269 174 + 157549271 gtgtgcctgtggtctccagctacatcagaggctgaggacaggagaattgcctgagctcaggagtgcaaggctgcagtgacccatgattgtgccactgcatgccaacctgggtgacatagtgagaccctAagatagagagagagag-agatacatagatacatagatagacagata--
i ponAbe2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr7  C 0 C 0
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s panTro2.chr7  152756683 35 + 160261443 gacagacagacagacagacagacagacagatacat
i panTro2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr7  C 0 C 0
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s hg19.chr21    10995840 89 +  48129895 AACTCTATATGCACTCAAATCCTTTCATCAATAAAAGGCAATAAGACTCTTATTGAGTAACAATAAGAGGCAATAAGGCTCTTATTGAC
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i rheMac2.chr3 n 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152756989 89 + 160261443 AACTCTATACGCACTCAAATCCTTTCATCAATAAAAGGCAATAAGACTCTTATTGAGTAACAATAAGAGGCAATAAGGCTCTTATTGAC
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10995929 25 +  48129895 TGTAACATTATTTAGGATAGTTCTT
s rheMac2.chr3 189156921 22 + 196418989 TGTAACAT--TTTAGGA-AGCTCTT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=32378.000000
s hg19.chr21    10995954 48 +  48129895 TCCAATAGAAATATCAAGACCAAGGGGTTACataaaaaaaaaaaaa----tt
s panTro2.chr7 152757103 48 + 160261443 TCCAATAGAAATATCAAGACCAAAGGGTTACattaaaaaaaatttt----tt
i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3 189156995 147 + 196418989 TT----AAGTCAGTACTATACCATCATCTCTGCAAGGTAACTGCTCAGAAATAGAGCCTGAGGAATCTTTCCTGATCACAGATCTTTTGGTTTTCCCTTGCCCAGTTCGACTTCTTTGCCGCACCATAAATCCACCAATACCTATCCAAAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149932867 151 + 157549271 ttttttaaGTCAGTACTATACCATCATCTCTGCAAGGTAACTGCTCAGAAATAGAGCCTGAGGAATCTTTTCTGATCACAGATCTTTTGGTTTTCCCTTGCCCAGTTCGACTTCTTTGCCGCACCATAAATCCACCAATACCTATCCAAGA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152757151 148 + 160261443 tt---taaGTCAGTACTATACCATCATCTCTGCAAGGTAACTGCTCGGAAATGGAGCCTGAGGACTCTTTTCTGATCACAGATCTTTTAGTTTTCCCTTGCCCAGTTCGACTTCTTTGCCGCACCATAAATCCACCAATACCTATCCAAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=82600.000000
s hg19.chr21    10996149 36 +  48129895 AAGAAATTGGGTAAACTGATAAATAATTTCTCCCTA
s panTro2.chr7 152757299 36 + 160261443 AAGAAATTAGGTAAACTGATAAATAATTTTTCCCTA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149933018 36 + 157549271 AAGAAATTGGGTAAACTGATAAATAATTTCTCCCTA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189157142 36 + 196418989 AAGAAATTGGGTAAACTGATAAATAATTTCTCCCTA
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a score=87313.000000
s hg19.chr21    10996185 57 +  48129895 CGTTTCCACAGTACACAGGATAAAAATGCTTTATCTTGAATAGTAAGTCATTTTCCA
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s ponAbe2.chr7 149933054 57 + 157549271 CGTTTCCACAGTACACAGGATAAAACTGCTTTATCTTGAATAGTAAGTCATTTTCCA
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s rheMac2.chr3 189157178 57 + 196418989 CATTTCCACAGTACATAGGATAAAACTGCTTTATCTTGAATAGTAAGGCATTTTCCA
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a score=114682.000000
s hg19.chr21    10996242 45 +  48129895 AAATTAAGTCTGTGCTAGTCTAAATAAATAACCTGAGTTTTAGGT
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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s hg19.chr21    10996287 25 +  48129895 AAAATAGAAGTTAAAAACAACCAAA
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a score=56201.000000
s hg19.chr21    10996312 38 +  48129895 A---AAAAAAA--------------------AAGGCAAAGCCACTGTTACCACTTATCAAA
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a score=109138.000000
s hg19.chr21    10996350 61 +  48129895 CAGAATACAAAAAGACCTGTGTGCACTTCCTCTTCTCAACAGTATCAGTGTAAATATCAAA
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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a score=71037.000000
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s rheMac2.chr3 189157491 81 + 196418989 tgcactgcatgatgatgttggtcaacaaaggcctgcatgttaagacagtggtcccataagattataatggagctgaaaaat
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149933346 81 + 157549271 tgcgctgcataatgatgttggtcaacaaacggctgcatgttaaggcagtggtcccataagattatgatggagctgaaaaat
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152757628 81 + 160261443 tgcactgcataatgatgttggtcaacaaagggctgcatgttaaggcagtggtcccataagattataatggagctgaaaaat
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=36590.000000
s hg19.chr21    10996556 43 +  48129895 tcccaccacatacagacatcaccgtagttataacaccgtagca
s panTro2.chr7 152757709 43 + 160261443 tcccaccacatacagacatcaccgtagttataataccgtagca
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149933427 43 + 157549271 tcccaccacatacagacatcaccgtagttctaacaccgtagca
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189157572 43 + 196418989 tcccaccacatagagatatcactgtagttataacactgtagca
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=35806.000000
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s rheMac2.chr3 189157615 48 + 196418989 taattactttattttgtaaaatggatttagggtaccatgcagcctaag
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149933470 48 + 157549271 caattactttatttttttaagtgaatttagcgtaccatacagcctaag
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152757752 48 + 160261443 caattactttatttttttaaatgaatttagcgtaccatacagcctaag
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=88771.000000
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s panTro2.chr7 152757800 110 + 160261443 tgtgtagtaagctataccatctaggtttgtggaagtgcactctatgatgttcacgcaaggatgaaaatgcctaatgatgtatttctctgaacttaagtgatggatgactg
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149933518 110 + 157549271 tgtgtagtaagctataccatctaggtctgtggaagtgcactctatgatgttcacacaaggatgaaaatgcctaatgatgtatttccctgaacttaagtgatggatgactg
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189157663 110 + 196418989 tgtgtagtaagctataccatctaggtttgtggaagtgcactctgtgatgttcacacaaggatgaaaacgcctaatgatgtatttctctgaacttaagtgatggatgactg
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=7315.000000
s hg19.chr21    10996757 98 +  48129895 TGTCTGTATATTAACCGGCTAACTGGTACATTAGCTGGAGGACAGAAGACACAAACTACCTAGATGACACAAATATTCTTTGACTGATATGATTTCAG
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189157830 206 + 196418989 GGGGATGGTGTCCAGTATTCCAAGGTATGAGGGTATTTATACATGGGATACATAGAGCCCTGAggttaagagcatggaatctggagtcagactatgtaattctactcactcactaaatacttctcaatgcctcagttctttcactggttaaaaatgggggtaaggcaaagcagcttctcatacatatgttaaatggacaaataaca
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149933724 206 + 157549271 GGGGACGGTGTCTGTCACTCCAAGGTATGAGGGCATTTATACATGGGACACATAGAGCCCTgtggttaagagcatggaatctggagtcagactatctaattctgcttactcactaaatacttctcaatgcctcagttctttcactggttaaaaatgggggtaaggcaaagcagcttctcatacatatgttaaaaggacaaataaca
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152758006 206 + 160261443 GGGGATGGTGTCTGGTACTCCAAGGTATGAGGGCATTTATACATGGGACACATAGAGCCCTgtgtttaacagcgtggaatctggagtcagactatgtaattctgcttactcactaaatacttctcaatgcctcagttctttcactggttaaaaaagggggtgaggcaaagcagcttctcatacatatgttaaaaggacaaataaca
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149933930 228 + 157549271 taagtgaagtgcttagaatagaggtctggtacacagtcaacactATAAGCTTTTGTGAAATGATATCCCTGTCTAGCAATATACTCCGTGACCTAATGGGTCCCTCAATTAGAAGGTTGACTTCCATGGGAGGCAGAGGAAAAGAAAA--AAAACAGTAAATACAAGTTCCTGGAAGAAATCTGCAATGTCTAAA----AAAGTACACTTATAAGCCTCATGATTAGGAAGAAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152758212 230 + 160261443 taagtgaagtgcttagaataaaggtctggtacacagtcaacactATAAGCTTTTGTGAAATGATATCGCTGTCTAGCAATTTACTCCGTGACCGAATGGGTCCCTCAATTAGAGGGTTGACTTCCATGTGAGGCAGAGGAAAAGAAAAAAAAAACGGTAAATACAAGTTCCTGGAAGAAATCTGCAATGTCTAAA----AAAGTACACTTATAAGCCTCATGATCAGGGAGAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10997285 211 +  48129895 TGAAATCATTTTCATAAAATGATTTAGAAGCAACTCACCGTAGGTCCTTATTATAGATATGACCTATTTAAAAGACAGGTTATCTTTTAAGGTCTCATGGAATACGAATGAAGTAAGAAAGTTCTTCCTTACATATCAAAAGGGATTTAGATCACTCTTACCAATAAAATATAAGCAATAAGAAGCATAAAGATTGTACGAATCCAATTTA
s rheMac2.chr3 189158268 209 + 196418989 TGAAATCATTTTCATAAAATGATTTAGATGCAACTAATCTTAGGTCCTTATTATAGATGTGACCTATTTAAAAGAC--GTTATCTTTCAACGTCTCACAGAATACAAATGAAGTAAGAAAGTTCTTCCTTACATAGCAAAAGGGATTTAGGTCACTCTTACCAATAAAATGTAAGCAATCAGAAGCATAAAGATTGTACCAATCCAATTTA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152758442 211 + 160261443 TGAAATCATTTTCATAAAACGATTTAGAAGCAACTAATCTTAGGTCCTTATTATAGATATGACCTATTTAAAAGACAGGTTATCTTTTAAGGTCTCATGGAATACGAATGAAGTAAGAAAGTTCTTCCTTACATATCAAAAGGGATTTAGATCACTCTTACCAATAAAATATAAGCAATAAGAAGCATAAAGATTGTACGAATCCAATTTA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149934369 48 + 157549271 AAACCTCATTGGTAAACT-GACATTAATAAACTGCCTAAGGAAAGCCTA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152758653 49 + 160261443 AAACCTCATTGGTAAACAAGATATTAATAAACTGCCTAAGGAAAGCCTA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10997544 32 +  48129895 CTCAACACGTGTGAAAAGCGGGaaaaaaaatt
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10997576 77 +  48129895 tta--aataaataCATAAAAGCCTACAACTTCTGTATTGTGACAATTTTAATAATTTTTTCCAATAAGGCAAATAAAAC
s rheMac2.chr3 189158557 79 + 196418989 ttttaaataaataCATAAAAGCCTACAACTTCTGTATTGTGACAATTTCAATAATTTTTTCCAATAAGGCAAATAAAAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149934449 78 + 157549271 ttta-aatatataCATAAAAGCCTACAACTTCTGTATTGTGACAATTTTAATAATTTTTTCCAATAAGGCAAATAAAAC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152758734 78 + 160261443 tttt-aataaataCATAAAAGCCTACAACTTCTGTATTGTGACAATTTTAATAATTTTTTCCAATAAGGCAAATAAAAC
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10997653 48 +  48129895 TGACAGGCAAGACCGCTTTTCTCTCCACTCCTGAGGCAGATAAGAAAT
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i rheMac2.chr3 C 0 I 2
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s panTro2.chr7 152758812 48 + 160261443 TGACAAGCAAGACCGCTTTTCTCTCCACTCCCGAGGCAGATAAGAAAT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10997964 38 +  48129895 AACATTTGGGATAAGGCATTCAATAATGATTCATTGTG
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s ponAbe2.chr7 149934840 38 + 157549271 AACATTTGGGATAAGGCATTCAATGATGATTCATTGGG
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    10998002 138 +  48129895 AAGTATTCACATATTCAAAATAAAGAACTCTAGAGCTAAAAAGTCGTATTCAAATAGTTTAGTTCTTTAATTTATGTGCACATTTTTTTGTTTAGACAGTTCTTAATCCTGAATATTTAATTTTAATTGAAGTCTTCA
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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s hg19.chr21    10998572 135 +  48129895 GTTCTGTTAAGTGCAACCCATTTGCACTTAACAAATTCACTTGCTTTTAATTATGTCTTCAGGTCCAGGTCTCTAGACTAGAACTCTCTTCTGAGCTTCAACCACAGCTATAATTGAATATTACCTAGTTACTGA
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189167250 70 + 196418989 tgcttatatttccatataaaggaatatttgcagccataaaaaaatgaaggacagtaaaaagtagcaaGAC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149943533 70 + 157549271 tgcttatatttccatacaaaggaatatttgcagccataaaaaaatgaagGACAGTAAAAAGTAGTAAGAC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152767760 70 + 160261443 tgcttatatttccatacaaagcaatatttgcagccataaaaaaatgaaggacagTAAATAGTAGTAAGAC
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=7481.000000
s hg19.chr21    11006654 51 +  48129895 AAAAGGAACAAA----atatatatacacacacacacacaaaatatatatatatat
s panTro2.chr7 152767830 55 + 160261443 AAAAGGAACAAAAAATATATATATATacacacacacacaaaatatatatatatat
i panTro2.chr7 C 0 I 18
s ponAbe2.chr7 149943603 34 + 157549271 AAAAGGAATtat----atatatat-----------------atatatatatacat
i ponAbe2.chr7 C 0 I 8
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11006705 63 +  48129895 acacacacatttccttgtacatgcataaaatacatCTGGAAGGTTACACGAGAAACCTCTGAG
s panTro2.chr7 152767903 63 + 160261443 acacacacaTTTCCTTATACATGCATAAAACACATCTGGAAGGTTACACAAGAAACCTCTGAG
i panTro2.chr7 I 18 C 0
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i ponAbe2.chr7 I 8 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11006803 80 +  48129895 GGGAAAGGGAGAGACTTCACTGTTTACCTTTTTATTATTTTCCAATTTTAAATCATTTGAATGTATAACTTGTCTAAAAA
s panTro2.chr7 152768001 80 + 160261443 GGGAAAGGGAGAGACTTCACTGTTTACCTTTTAATTATTTTCCAAGTTTAAATCATTTGAATGTATAACTTGTCTAAAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149943743 79 + 157549271 GGGAAAGGGAGAGACTTCACTGTTTACCTTTTTATTATTTTCCAATTTTAAATCATTTGAATGTATAACTTGTTTAAAA-
i ponAbe2.chr7 C 0 I 2001
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 I 3
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i ponAbe2.chr7 I 2001 C 0
s panTro2.chr7 152768081 286 + 160261443 TCAAATTTTAAAAGCTGAGGGAATTAACATTACAGGAAGTAACAAACCTCAAGGAAGCAGCCACCTTCACCAGATGGACAGTCTACCTCACTCTTCCCACTCTCCAGTAGTTAATGAATGCCAGTCCCCTCCCTCCATTCAGTCTGCCCCACCTGCTGGCCTTCTAGAGCCTCAGTGCAGTCCTATTCCCACACCTCCCAACACATCCATACACTGTGATGGTCGATCTGGGACCACCAGTTGAGAGGAAATGGGTTGTGTTTCCACTCTTGAGACAAACAGAGTG
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189167803 103 + 196418989 TTATTTTCTTGAGGTTTGGGATTTTTTTCTTGCAATAACAGGGTTTCTAGATCCCAGTAGG----TGAGAAAGAGGTATGCTTTTATTGCATAAGGAATTTGTTTCC
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149946216 130 + 157549271 GATACACCAAAGTGATGATGTATGACTTTTCTTAAAGAAGTGGTTATTAGAAGAGTTAAAAATCAATAGAAACAAAAAGTCATAGGTATTGTACCAATACTCCAGGAACATCACAGTTTGGATTCTGTAG
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11007473 66 +  48129895 TCACTTATAGTCAATAACACTTTTCAAACTTTAATTTTAAATTCATCAAGTCTCTCCCTAATGTAA
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 I 303 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11008822 159 +  48129895 tttcatattttgtgaaatgaagcacttcccaaatttaagagactatggaaacctttttcagaca-ttttttaacatccTCAGAAGTGGAAATTCTTGTTAATGCTGATCTGATCAATTCCTCC-AAGTATATGGACTACTTCTTTGCAAACTCCAAGCCCC
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s hg19.chr21    11008981 95 +  48129895 CAAATCAAATTACCTGTTCAACTGTATCTGAAAATCAGTTACATAAAAGCATCAGAAAGTGTTTCTCCCAGCAACATAGACCCAAAACAC---ACTAC
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189171832 73 + 196418989 tgagcccaggaggcagatgttgtagtgagccaagatcgtgccactgcactccaacctgggcaacagagcgaga
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-3380.000000
s hg19.chr21    11010914 28 +  48129895 ccctgtctcccaacc---aaaaaaaaaaaaa
s panTro2.chr7 152772164 27 + 160261443 ccctgtctcccaact----gaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952037 26 + 157549271 ccctgtctcCCATCC-----AAAAAAACAAG
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189171905 31 + 196418989 ccctgtctccccaccaaaaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=10780.000000
s hg19.chr21    11010942 78 +  48129895 aagaaTTCAGCTGGAAAAACCTTATATTTACTTTGATTAAGAAAATGTTTTTAAACCAATACTTTATGATGCACACTG
s panTro2.chr7 152772191 78 + 160261443 aagaaTTCAGCTAGAAAAACCTTATATTTACTTTGATCAAGAAAATGTTTATAAACCAATACTTTATGATGCACACTG
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952063 78 + 157549271 AAGAATTCAGCTAGAAAAACATTATATTTACTTTGATCAAGAAAATGTTTATAAACCAATACTTTATGATGCACACTG
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189171936 78 + 196418989 aaaaaTTCAGCTAGAAAAATGTTACATTTACATCGATCAAGAAAATGTTTATAAACCAATAGTTTATGATGCACACTG
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-16146.000000
s hg19.chr21    11011020 72 +  48129895 GTGAATATGAAGTTATACCTGAAGTAATATTAAATGACAGCTTTTCCATTTCTAGAATGTATGCATCAA---CTA
s panTro2.chr7 152772269 72 + 160261443 GTGAATATGAAGTTATACCTGAAGTAACATTAAATGACAGCTTTTCCATTTCTAGAATGTATGCATCAA---CTA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952141 72 + 157549271 GTGAATATGAAGTTATACCTGAAGTAATATTAAATGACAGCTTTTCCATTTCTAGAATGTATGCATCAA---CTA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189172014 75 + 196418989 GTGAATATGAAGTTATACCTGAAGTAATATCAAATGACAGCTTTTCCATTTCTTGAATGTATGCATCAAGTTCTA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=259445.000000
s hg19.chr21    11011092 182 +  48129895 CCTTAACTTAAACATGGTATTATCCAAGCTCACAGTATCTGAGAAGGTTTGTGTCATTATCTAGCAAACTAAAGTCAAGCCCTCTGTAGTTCCCCACCTGTGATCTTCAAAGATATGGTGCTCCTTGAGATTTCTGTAAGGTAGGTCTGTTCTAAAATGTGTGAAAGGAAGAGAACCCGAAA
s panTro2.chr7 152772341 182 + 160261443 CCTTAACTGAAACATGGTATTATCCAAGCTCACAGTATCTGAGAAGGTTTGTGTCGTTATCTAGCAAACTAAAGTCAAGCCCTCTGTAGTTCCCCACCTGTGATCTTCAAAGATATGGTGCTCCTTGAGATTTCTGTAAGGTAGGTCTGTTCTAAAATGTGTGAAAGGAAGAGAACCTGAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952213 182 + 157549271 CCTTAACTTAAACATGGTATTATCCAAGCTCCCAGTATCTGAGAAGATATATGTCGTTATCTAGCAAACTAAAGTCAAGCCCTCTGTATTTCCCCACCTGTGATCTTCAAAGATATGGTGCTCCTTGAGATTTCTGTAAGGTAGGTCTGTTCTAAAATGTGTGAAAGGAAGAGAACCTGAAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189172089 179 + 196418989 CATTAACTTAAACATGGTATTATCCAAGCTCACAGTATCTGAGAAGGTTTATG---TTATCTAGCAACCTAAAGTCAAGCCCTCTGTATTTCCCCACCTGTGATCTTCAAAGATACGGTGCTCCTTGAGATTTCTGAAAGGTAGGTCTGTTCTAAAATGTGTGAAAGGAAGAGAACCTGAAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=78126.000000
s hg19.chr21    11011274 39 +  48129895 AGGCAAGGTCTAAGAAGATCACTCATTTGGAGATGGCAA
s panTro2.chr7 152772523 39 + 160261443 AGGCAAGGTCTAAGAAGATCACTCATTTGGAAATGGCAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952395 39 + 157549271 AGGCAAGGTCTAAGAAGATCACTCATTTGGAAATGGCAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189172268 39 + 196418989 AGGCAAGGTCTAAGAAGATCACTCATTTGGAAATGGCAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=42831.000000
s hg19.chr21    11011313 30 +  48129895 GGGTCACATC-GGGGTTATCTAAGTCAGTGT
s panTro2.chr7 152772562 31 + 160261443 GGGTCACATCAGGGGTTAACTAAGTCAGTGT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952434 31 + 157549271 GGGTCACATCAGGGGTTATCTAAGTCAGTGT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189172307 31 + 196418989 GGGTCACATCAGGGGTTATCTAAGTTAGTGT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=51238.000000
s hg19.chr21    11011343 55 +  48129895 GATTTACCCTTTGGTAAATCATACACATATTTCAAAAGTTACTTTATATGCTGTA
s rheMac2.chr3 189172338 55 + 196418989 GATTTACCCTTTGGTAAATCATACATATATTTCAAAAGTTACTTTATATGCTTTA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=75592.000000
s hg19.chr21    11011398 31 +  48129895 ATTCTTGCACTA--ATTTCATGGAAAATAAATT
s rheMac2.chr3 189172393 33 + 196418989 ATTCTTGCACACATATTTCATGGAAAATAAATT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952520 33 + 157549271 ATTCTTGCACACATATTTCATGGAAAATAAATT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=2245115.000000
s hg19.chr21    11011429 230 +  48129895 AGTATTACCTCGACTATCATCCATATCACCATCCCTTGAATGTTCTGATTGGATGTCTGGAGGGGTCTGAAGGACGGCCACGCTATTCTGATTTATAATCTTCAATTTCAGTTTTGGTTTTGACAGTTTTCTTCTTGGAACTGTAACTGTGAGGCTCTGTAACTGAGTCATCCCTGATTCAATCAAACACACATCATCCTGGGTATAAGTCTTGGGTGGGTCTAAAATTA
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952553 230 + 157549271 AGTATTACCTCGACTATCATCCATTTCACCATCCCTTGAATGCTCTGATTGGATGTCTGGAGGGGTCTGAAGGACGGCCACGCTATTCTGATTTATAATCTTCAATTTCAATTTTGGTTTTGACCGTTTTCTTCTTGGAACTGTAACTGTGAGGCTCTGTAACTGAGTCATCCCTGATTCAGTCAAACACACACCATCCTGGGTATAAGTCTTGGGTGGGTCTAAAATTA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189172426 230 + 196418989 AGTATTACCTCGACTATCATCCATTTCACCATCCCTTGAATGCTCTGATTGGATGTCTGGAGGGGTCTGAAGGACGGCCACGCTATTCTGATTTATAATCTTCAATTTCAATTTTGGTTTTGACCGTTTTCTTCTTGGAACTGTAACTGTGAGGCTCTGTAACTGAGTCATCCCTGATTCAGTCAAACACACACCATCCTGGGTATAAGTCTTGGGTGGGTCTAAAATTA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-65642.000000
s hg19.chr21    11011659 35 +  48129895 CAAAATCCCAAGAATACAAATTTAAACTTTCATTT
s rheMac2.chr3 189172656 35 + 196418989 CAAAATCCCAAGAATACAAATTTAAACTTTCATTT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=25710.000000
s hg19.chr21    11011694 62 +  48129895 TAAATTTGACTGATTACTGTTCCAAAATACCCATATCAAGGGAATGTGACTGTAGTTCTAGA
s panTro2.chr7 152772946 62 + 160261443 CAAATTTGACTGATTACTGTTCCAAAATACCCATGTCAAGGGAATGTGACTGTAGTTCTAGA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952818 62 + 157549271 TAAATTTGACTGATTACTGTTCCAAAATACCCATGTCAAGGGAATGTGACTGTAGTTCTAGA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189172691 62 + 196418989 TAAATTTGACTGATTACTGTTCCAAAATACCCATGTCAAGGGAATGTGACCGTAGTTCTAGA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-50609.000000
s hg19.chr21    11011756 61 +  48129895 AAACAATTATGTATCTATGAAATGCATGAATAATTAACTTCATGATACCCAATAAAAACTA
s panTro2.chr7 152773008 61 + 160261443 AAGCAATTACGTATCTATGAAATGCATGAATAATTAACTTCATGATACCCAATAAAAACTA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952880 61 + 157549271 AAGCAATTACGTATCTATGAAATGCATGAATAATTAACTTCATGATACCCAATAAAAACTA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189172753 61 + 196418989 AAGCAATTACGTATCTATGAAATGCATGAATAATTAACTTCATGATACCCAATAAAAACTA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-52875.000000
s hg19.chr21    11011817 78 +  48129895 GGAACAATAGGTCAAACTTCCTTGGATTATAGGCAGAAATGTTACATGTTTTTAAAAAATGGTCTTCCTGggctgggt
s panTro2.chr7 152773069 78 + 160261443 TGAACAATAGGTCAAACTTCCTTGGATTACAGGCAGAAAGGTTGCATGTTTTTAAAAAATGGTCTTCCTGggccaggt
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149952941 78 + 157549271 GGAACAATAGGTCAAACTTCCTTGGATTATAGGCAGAAAGGTTGCATGTTTTTAAAAAATGGTCTTCCTGggcctggt
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189172814 78 + 196418989 GGAACAATAGGTCAAACTTTCTGGGATTATAGGCAAAAAGGCTGCATGTTTTTAAAAAATGGTCTTCCTGggccgggt
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=21714.000000
s hg19.chr21    11011895 56 +  48129895 gc-gggggctcatgcctgtaatcccagcactctgggaggccgaggtggcaggcagat
s rheMac2.chr3 189172892 56 + 196418989 gc-gggggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcggcaggcggat
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953019 56 + 157549271 gc-aggggctcatgcctgtaatcccagcactctgggaggccgaggcggcaggcagat
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152773147 57 + 160261443 gcggggggctcatgcctgtaatcccagcactttggggggccgaggcggcaggcagat
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=27741.000000
s hg19.chr21    11011951 58 +  48129895 cacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacagtgaaactctgtctcttcta
s rheMac2.chr3 189172948 58 + 196418989 cacgaggtcaggagatcgagaccatcctggataacacagtgaaaccctgtctcttcta
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953075 58 + 157549271 cacaaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacagtgaaaccccgtctcttcta
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152773204 58 + 160261443 cacgaggtcatgagatcgagaccatgctggctaacacagtgaaaccctgtctcttcta
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=96471.000000
s hg19.chr21    11012009 134 +  48129895 aaaatacaaaaaattagccgggcgtggtggcgggcacctgtaatcccagctatgcgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacccgggaggcggaggttgcagtgagccaagatcgtgccactgcactccag
s panTro2.chr7 152773262 134 + 160261443 aaaatacaaaaaattagccgggcgtggtggcgggcacctgtaatcccagctatgtgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcagaggttgcagtgagccgagattgtgccactgcactccag
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953133 134 + 157549271 aaaatacaaaaaattagccgggcgtggtggcaggcacctgtaatcccagctatgcaggagactgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcggaggttgcagcgagccgagattgtgccactgcactccag
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189173006 134 + 196418989 aaaatacaaaacattagccaggtgtggtggcatgcacctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggtggaggttacagtgagccgagatcatgccactgcactccag
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=18564.000000
s hg19.chr21    11012143 36 +  48129895 cctgggcgacagggcgagactccgtctc----------aaaaaaGT
s rheMac2.chr3 189173140 46 + 196418989 cctgggtgacagggcgagactctgactccaaaaaaaaaaaaaaaGT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953267 36 + 157549271 cctgggcgacagggcgagactccgtctc----------aaaaaaCT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152773396 36 + 160261443 cctgggcgacagggcgagactctgtctc----------aaaaaaGT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=20708.000000
s hg19.chr21    11012179 23 +  48129895 CTTCCTGGCATTTCTTTTTTCAT
s panTro2.chr7 152773432 23 + 160261443 CTTCCTGGAATTTCTATTTTCAT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189173186 23 + 196418989 CTTCCTGCCATTTCTATTTTCAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-25005.000000
s hg19.chr21    11012202 20 +  48129895 GTCCCAATAAAAAGAGTTAG
s rheMac2.chr3 189173209 20 + 196418989 GTCCCAATAAAAAGAGTTAG
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953326 20 + 157549271 GTCCCAATAAAAAGAGTTAG
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=17712.000000
s hg19.chr21    11012222 49 +  48129895 AAGCACTGCAAATAAATGCAATGCTCAGCTAATCCACTATGAGCTTTTT
s panTro2.chr7 152773475 49 + 160261443 AAGCACTACAACTAAATGCAATGCTCAGCTAATCCACTATGAGCTTTTT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953346 49 + 157549271 AAGCACTGCAACTAAATGCAATGCTCAGCTAATCCACTATGAGCTTTTT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189173229 49 + 196418989 AAGCACTGCAACTAAACGCAATGCTCAGCTAATCCACTATGAGCTTTTC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=40057.000000
s hg19.chr21    11012271 80 +  48129895 CCTGGAAAAGATCAAAAGGCAGGGATCTATTTACACAAGAGGAGAGAGAATACTCCAGAAGCTCATCTGGAAAAATCAGA
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s ponAbe2.chr7 149953395 80 + 157549271 CCTAGAAAAGATCAAAAGGCAGGGATCTATTTACATAAGAGAAGAGAGACTACTCCAGAAGCTCATCTGGAAAAATCAGA
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s panTro2.chr7 152773524 80 + 160261443 CATAGAAAAGATCAAAAGGCAGGGATCTATTTACATAAGAGAAGACAGAATACTCCAGAAGCTCATCTGGAAAAATCAGA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=48139.000000
s hg19.chr21    11012351 26 +  48129895 GTATCAACATAATTACTAACAGGGAG
s rheMac2.chr3 189173358 26 + 196418989 GTACCAACATAATTACTAATAGGGAG
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=-29615.000000
s hg19.chr21    11012377 34 +  48129895 AAGTAATAAATAAGTACAAATCCTGCAGATTTAA
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a score=169388.000000
s hg19.chr21    11012411 73 +  48129895 TTTTAAACATACAAAACTGTTGTTCCTTAGAACAATTCCTGTACTATCCAAATGTTTTTGTATCAGGTGCTAT
s rheMac2.chr3 189173418 73 + 196418989 TTTTAAATGTACAAAACTGTTGTTCCTTAGAACAATTCCTGTACTATCCAAATGTTTTTGTATCAGGTGCTAT
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s ponAbe2.chr7 149953535 73 + 157549271 TTTTAAATGTACAAAACTGTTGTTCCTTAGAACAATTCCTGTACTATCCAAATGTTTTTGTATCAGGTGCTAT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=-60563.000000
s hg19.chr21    11012484 61 +  48129895 TAAATACAAGTATTCAAAAGAATGACTGTTTAATAAGAATATCATATTAATCACCATACTA
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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a score=-73454.000000
s hg19.chr21    11012545 113 +  48129895 GGCttattaattattttaaaaaattaaGAGATTGAATTAATTCTAAAAGAAATCTGCTTGCTAACTAGGCCGTATTTTCTGCTAACTGATAATTAAGCACAGTAATATATCAA
s rheMac2.chr3 189173552 108 + 196418989 AGTTT----ATTATTTT-AAAAATTAAGACATTGAATTAATTCTAAAACAAATCTGTTTGCTAACTAGGCCATATTTTCTGCTAACTGATAATTAAGCACAGTAATATATCAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152773798 112 + 160261443 GGCttattaattatttt-aaaaattaaGAGACTGAATTAATTCTAAAAGAAATCTGTTTGCCAACTAGGCCGTGTTTTCTGCTAACTGATAATTAAGCACAGTAATATATCAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=79046.000000
s hg19.chr21    11012658 22 +  48129895 TGAAACCAAAGCAAGTATGGCA
s panTro2.chr7 152773910 22 + 160261443 TGAAACTAAAGCAAGTATGGCA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953781 22 + 157549271 TGAAACCAAAGCAAGTATGGCA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189173660 22 + 196418989 TGAATCCAAAGCAAGTATGGCA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=176897.000000
s hg19.chr21    11012680 66 +  48129895 TTAATGGTTATTCTAAGAGCTGTTATTTTTATTGCCAACTTGCTGAAATTTATAGGAATACTGCCC
s panTro2.chr7 152773932 66 + 160261443 TTAATGGTTATTCTAAGAGCTGTTATTTTTGTTGCCTACTTGCTGAAATTTATAGGAATACTGCCC
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953803 66 + 157549271 TTAATGGTTATTCTAAGAGCTGTTATTTTTGTTGCCAACTTGCTGAAATTTATAGGAATACTGCCC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189173682 66 + 196418989 TTAATGGTTATTCTAAGAGCTGTTATTTTTGTTGCCAACTTGCTGAAATTTATAGGAGTACTGCCC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-30543.000000
s hg19.chr21    11012746 75 +  48129895 CAGTAAAGCTGGATGACATTTTATATATCATTGTGGAAATGATTACCAACATTATGGAATTTGGATAGAACACCC
s rheMac2.chr3 189173748 75 + 196418989 CAGTAAAGCTGGACGACATTTTATGTATCATTGTGGAAATGATTACCAACATGAAGGAATTTGGATAGAACACCC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953869 75 + 157549271 CAGTAAAGCTGGATGACATTTTATATATCATTGTGGAAATGATTACCAACATTACGGAATTTGGATAGAACACCC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152773998 75 + 160261443 CAGTAAAGCTGGATGACATTTTATATATCATTGTGGAAATGATTACCAACATTACAGAATTTGGATAGAACACCC
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=-190499.000000
s hg19.chr21    11012821 55 +  48129895 ATATGATTGAAGCAGATTTTAGAAGTGGTAAGCCAATTATGTAAAAATTAAGCAA
s panTro2.chr7 152774073 55 + 160261443 ATATGATTGAAGCAGGTTTGACAAGTGGTAAGCCAATTATGTAAAAATTAAGCAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953944 55 + 157549271 ATATGATTGAAGCAGGTTTGACAAGTGGTAAGCCAATTATGTAAAAATTAAGCAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189173823 55 + 196418989 ATATGATTGAAGCAGGTTTGACGAGTGGTAAGCCAATTATGTAAAAATTAAGCAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=19906.000000
s hg19.chr21    11012876 37 +  48129895 AGTAAATTAATTAAATTAAGTAAAGCATTTCAAATTT
s rheMac2.chr3 189173878 37 + 196418989 AGTAAATTAATTAAATTACGTAAAGCATTTCAAATTT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149953999 32 + 157549271 AGTAAATTAATT-----AAGTAAAGCATTTCAAATTT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152774128 37 + 160261443 AGTAAATTAATTAAATCAAGTAAAGCATTTCAAATTT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=574493.000000
s hg19.chr21    11012913 59 +  48129895 TACCTAGCTTTTTTACTTTTGTGACAATTTGTGCTACAAGTGAAGATCCACAGCAGTCT
s rheMac2.chr3 189173915 59 + 196418989 TACCTAGCTCTTTTACTTTTGTGACAATTTGTGCTACAAGTGAAGATTCACAGCAGTCT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954031 59 + 157549271 TACCTAGCTCTTTTACTTTTGTGACAATTTGTGCTACAAGTGAAGATTCACAGCAGTCT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152774165 59 + 160261443 TACCTAGCTCTTTTACTTTTGTGACAATTTGTGCTACAAGTGAAGATTCACAGCAGTCT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=128498.000000
s hg19.chr21    11012972 29 +  48129895 GAGGAAGGCACTGAAATGAAAAAAAAAAA
s rheMac2.chr3 189173974 27 + 196418989 GAGGAAGGCACTGAAACG--AAAAAAAAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954090 28 + 157549271 GAGGAAGGCACTGAAACG-AAAAAAAAAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152774224 27 + 160261443 GAGGAAGGCACTGAAACG--AAAAAAAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=20597.000000
s hg19.chr21    11013001 46 +  48129895 AATCCAGGTAATTCTTTTCAGAAAAGGTAAAGTGTATTTACATACT
s rheMac2.chr3 189174001 46 + 196418989 AATCCAGGTAATTCTTTTCAGAAAAAGTAAAGTGTATTTAAATACT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954118 46 + 157549271 AATCCAGGTAATTCTTTTCAGAAAAGGTAAAGTGTATTTAAATACT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152774251 46 + 160261443 AATCCAGGTAATTCTTTTCAGAAAAGGTAAAGTGTATTTAAATACT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=6089.000000
s hg19.chr21    11013047 31 +  48129895 TATATATGATTAAAATTTCTGTTTCTATAGT
s rheMac2.chr3 189174047 29 + 196418989 TATATATGATTAAAATT--TGTTTCTATACT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954164 31 + 157549271 TATATATGATTAAAATTTCTGTTTCTATACT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152774297 29 + 160261443 TATATATGATTAAAATT--TGTTTCTATACT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=-56786.000000
s hg19.chr21    11013078 58 +  48129895 CATTTTATTAAAATAAATGTTTGAACACTAAAGTTAAAAGCACTTTTTAAAGCAACAA
s panTro2.chr7 152774326 58 + 160261443 CATTTTATTAAAATAAATGTTTGAACACTAAAGTTAAAAGTGCTTTTTAAAGCAACAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954195 58 + 157549271 CATTTTATTAAAATAAATGTTTGAACACTAAAGTTAAAAGTGCTTTTTAAAGCAACAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174076 58 + 196418989 CATTTTATTAAAATAAATGTTTGAACACTAAAGTTAAAAGTGGTTTTTAAAGCAACAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-199426.000000
s hg19.chr21    11013136 89 +  48129895 CAAAACAAGAAGTGATGAAGGAAATACTCAAGTCATGGAGGAAAACCTGGCTAAGAAAGAATCAACACATTGGATTTTGACATATTGTC
s panTro2.chr7 152774384 89 + 160261443 CAAAACAAGAAGTGATGAAGGAAATACTCAAGTCATGGAGGAAAACCTGGCTAAGAAAGAATCAACATATTGGATTCTGACATATTGTC
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954253 85 + 157549271 CAAAACAAGAAGTGATGAACGAAAT----AAGTCATGGAGGAAACCCTGGCTAAGAAAGAATCAACATACTGGATTTTGACATATTGTC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174134 89 + 196418989 CAAAACAAGAAGTGGTGAAGGAAATACTCAAGTCATGGAGGAAAACCTGGCTAAGAAAGAATCAATATATTGGATTTTGACATATTGTC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=12528.000000
s hg19.chr21    11013225 45 +  48129895 AATAACTACAAGATCATGTTCCTTGGAAGCAAAATTATAGTTTAC
s panTro2.chr7 152774473 45 + 160261443 AGTAACTACAAGATCATGTTTCTTGGGAGCAAAATTATAGTTTAC
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954338 45 + 157549271 AATAACTACAAGATCATGTTCCTTGGAAGCAAAATTATAGTTTAC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174223 45 + 196418989 AATAACTACAAGATCATGTTCCCTGGAAGCAAAATTATAGTTTAC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-17893.000000
s hg19.chr21    11013270 45 +  48129895 ATCTAAAGTATATGCTTTTTATTGTTTCATGTAAATTGTTTTATA
s panTro2.chr7 152774518 45 + 160261443 ATCTAAAGTATATGCTTTTTATTGTTTCATGTAAATTGTTTTATA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954383 45 + 157549271 ATCTAAAGTATATGCTTTTTATTGTTTCATGTAAATTGTTTTATA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174268 45 + 196418989 ATCTAAAGTATATGCTTTTTATTGTTTCATGTCAATTGTTTTATT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-124703.000000
s hg19.chr21    11013315 77 +  48129895 ACAAGTTGTGATAAGTCATGTATAACCAACAATAATATTTTTCATAAAATACTTGTCAAAGTAAGTTTCACAAAGAC
s rheMac2.chr3 189174313 77 + 196418989 AAAAGTTGTGATAAGTCATGTGTAACCAAAAGTAATATTTTTTGTAAAATACTTGTCAAAGTAAGTTTCACAAAGAC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954428 77 + 157549271 ACAAGTTGTGATAAGTCATGTATAACCAAAAATAATATTTTTCATAAAATACTTGTCAAAGTAAGTTTCACAAAGAC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152774563 68 + 160261443 ACAAGTTGCGGTAAGTCATGTATAACCAAAAATAATATTTTTCA---------TGTCAAAGTAAGTTTCACAAAGAC
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11013392 33 +  48129895 AAAAT-AGAGTAGAGCTAAGCTAATTCATTGGTT
s panTro2.chr7 152774631 34 + 160261443 AAAATAAGAGTAGAGCTAAGCTAATTCATTGATT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954505 33 + 157549271 AAAAT-AGAGTAGAGCTAAGCTAATTCATTGGTT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174390 33 + 196418989 AAAAT-AGAGTATAGCTAAGCTAATTCATTGGTT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-82946.000000
s hg19.chr21    11013425 37 +  48129895 ATGGACAGTAAGGTGCAAGAGAGTGGTACAAGAGTGC
s panTro2.chr7 152774665 37 + 160261443 GTGGACAGTAAGGTGCAAGTGAGTGGTACAAGAGTGC
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954538 37 + 157549271 ACGGACAGTAAGGTGCAAGTGAGTGGTACAAGAGTGC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174423 37 + 196418989 ATGGACAGTAAGGTGCAAGTGAGTGGTACAACAGTGC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-12468.000000
s hg19.chr21    11013462 23 +  48129895 AGACTCACAGTTTAAATTATTCT
s rheMac2.chr3 189174460 23 + 196418989 AGACTCACAGTTTAAATTATTCT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954575 23 + 157549271 AGACTCACAGTTTAAATTATTCT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152774702 23 + 160261443 AGACTCACAGTTTAAATTATTCT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=967695.000000
s hg19.chr21    11013485 128 +  48129895 GTTACCATTAGATGCAGGCATATAGGGTCTGCACATGTTACAATCAAAACCAATGTCTGCTACATTTTCCACTTCTTCCTCAGTATTTAAGTTCTGACGAACTGCATGCATCCATCTAAAAAGACCAT
s panTro2.chr7 152774725 128 + 160261443 CTTACCATTAGACGCAGGCATATAGGGTCTGCACATGCTACAATCAAAACCAATGTCTGCTACATTTTCCACTTCTTCCTCAGTATTTAAGTTCTGACAAACTGCATGCATCCATCTAAAAAGACCAT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954598 128 + 157549271 CTTACCATTAGACGCAGGCATATAGGGTCTGCACATGCTACAATCAAAACCAATGTCTGCTACATTTTCCACTTCTTCCTCAGTATTTAAGTTCTGACAAACTGCATGCATCCATCTAAAAAGACCAT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174483 128 + 196418989 CTTACCATTAGACGCAGGCATATAGGGTCTGCACATGCTACAATCAAAACCAATGTCTGCTACATTTTCCACTTCTTCCTCAGTATTTAAGTTTTGACAAACTGCATGCATCCATCTAAAAAGACCAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-7973.000000
s hg19.chr21    11013613 28 +  48129895 ATTTGTACATTTTTTTTTAAAAATGGAA
s rheMac2.chr3 189174611 28 + 196418989 ATTTGTACATGTTTTTTAAAAAATGGAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954726 28 + 157549271 ATTTGTACATTTTTTTAAAAAAATGGAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152774853 28 + 160261443 ATTTGTACATTTTTTAAAAAAAATGGAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=52214.000000
s hg19.chr21    11013641 27 +  48129895 TATACTGAGAACTGCTACCTTTTAAAA
s rheMac2.chr3 189174639 27 + 196418989 TATACTGAGAACTGCTACCTTTTAAAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=1301.000000
s hg19.chr21    11013668 27 +  48129895 CCTGTAACACTG--AGTCTTCAAACTTAA
s panTro2.chr7 152774908 27 + 160261443 CCTGTAACACTG--AGTCTTCAAACTTAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174666 29 + 196418989 CCTGTAACACTGACAGTCTTCAAACTTAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=273868.000000
s hg19.chr21    11013695 188 +  48129895 AAGCCCTAAGCCTCACATGCTCCTCCTACCTTGCCCTTTTCTCCTAACTATCCCTAGTAACAGAAAAACTTTCATAGAGCTAAGGAGGAAATAAAAAGGAATGAGAACAACTATTAGAGAGGAAGCAAAGCACATTACATAAGGAAGCTAATTATTTTATCATCATATATTAAATATTTCAAAGACAG
s panTro2.chr7 152774935 188 + 160261443 AAGCCCTAAGCCTCACATGCTCCTCCTACCTTCCCCTTTTCTCCTAACTATCTCTATTAACAGAAAAACTTTCATACAGCTAAGAAGGAAATAAAAAGGAATGAGAACAACTATTAGAGAGGAAGCAAAGCACATTACATAAGGAAGCTAATTATTTTATCATCATATATTAAATATTTCAAAGACAG
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954808 188 + 157549271 AAGCCCTAAGCCTCACATGCTCCTCCTACCTTGCCCTTTTCTCCTAACTATCCCTATTAACAGAAAAACTTTCCTAGAGCTAAGAAGGAAATAAAAAGGAATGAGAACAACTATTAGAGAGGAAGCAAAGCACATTACATAAGGAAGCTAATTATTTTATCATCATATATTAAATATTTCAAAGACAG
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174695 186 + 196418989 AAGCCCTAAGCCTCACATGCTCCTCCTACCTTGCCCTTTTCTCCTAACTATCCCTATTAACAG-AAAACTTTCATAGCGCTAAGAAGGAAAT-AAAAGGAGTAAGAACAACTATTAGAGAGGAAGCAAAGCACATTACATAAGGAAGCCAATTATTTTATCATCATATATTAAATATTTCAAAGACAG
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=102466.000000
s hg19.chr21    11013883 231 +  48129895 CAAGGAAGCTAGTTAGGGCAAACACAAAGGTATTCAGAAA-ACTGCAAATGGCAGTGCTAGCATATATGGGCTCCAGGCAATGCATCTCACTTGAAGTAGACATATCTCATGGAAAGCGATGTTGAATGGTAATTGGGAAATAAAGTAAAAAGTTGTCTTGCAATGGAACAGATAATTAGTAGCCAGAGTCCCAAGAATACTGTACTACTGATAAAATAATACTAT------CAATAT
s panTro2.chr7 152775123 234 + 160261443 CAAGGAAGCTAGTTAGGGCAAACACAAAGGTATTCAGAAA-ACTGCAAATGGCAGTGCTAGCATATATGTGCTCCAGGTAATGCATCTAACTTGAAGTAGACATATCTCATGGAAAGCAATGTTGAATGGTAATCGGGAAATTAAGTAAAAAGTTGTCTTGCAATGGAACAAATAATTAGTAGCCAGAGTCCCAAGAATACTGTACTACTGATAAAATAATACTAT---TAATAATAT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149954996 229 + 157549271 CAAGGAAGCTAGTTAGGGCAAACACAAAGGTATTCAGAAA-ACTGCAAATGGCAGTGCTAACATATATGT--TCCAGATAATGCATCTAATTTGAAGTAGACATATCTCACGTAAAGCAATGTTGAATGGTAATTGGGAAAGT------AAAGTTGTCCTGCAATGGAACAAATAATTAGTAGCCAGAGTCCCAAGAATACTGTACTACTGataaaataatactattaataataatat
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189174881 238 + 196418989 CAAGGAAGCTAGTTAGAGCAAACAGGAAGGTATTCAGAAATATTGCAAATGGCAGTGCTAGCATATATGTGCTCCATGCAATGCATCTAATTTGAAGTAGATATATCTCATGTAAAGCAATGTTGAATGGTAATTGGGAAATAAAGTAAAAAGTTGTCTGGCATTGGAACAAAGAATTAGTAGGCAGAGTCCCAAGAATACTGTACTACTGATGAAATAATACTATTAATAATAATAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=15696.000000
s hg19.chr21    11014114 36 +  48129895 ATGTTCACTGCTTAACTTCT-AAAGAGTACAACAATA
s panTro2.chr7 152775357 36 + 160261443 GTGTTCACTTCTTAACTTCT-AAAGAGTACAACAACA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955225 33 + 157549271 atGTTCACTGCTTAACTTCT-AAAGAGT---ACAATA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175119 37 + 196418989 ATGTTCACTGCTTAACTTCTAAAAGAGTACAACAATA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=33975.000000
s hg19.chr21    11014150 21 +  48129895 TACCAATGAAAGCAAGGAAAC
s panTro2.chr7 152775393 21 + 160261443 TACCAATGAAAGCAAGAAAAC
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955258 21 + 157549271 TACCAATGAAAGCAAGGAAAC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175156 21 + 196418989 TACTAATGAAAGCAACGAAAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=324593.000000
s hg19.chr21    11014171 206 +  48129895 ATTCTTGATTTTGAAATTCCACATAATTACGTAGGGAGGGCAGAAGGTGCTATCTAATACCTAGATATCTAGTATCTAGAGCTTTAAGAGAAAGTGGTTTAAGGAGAACAGAAAGTGTTAGATA-TTTTTATAATCAATTAAAAGATTCAGAAACCCTTCATAAGAAACGGCATAGATGAAGGCAATAATTCTCCATCTAATTTCAA
s panTro2.chr7 152775414 207 + 160261443 ATTCTTTATTATGAAATTCCACATAATTACGTAGGGAGGGCAGAAGGTGCTATCTAATATCTAGATATCTAGTATCTAGAGCTTTAAGAAAAAGTGGTTTAAGGAGAACAGAATGTGTTAGATATTTTTTATAATCTATTAGAAGATTCAGAAACCCTTCATAAGAAACGGCATAGATGAAGGCAATAATTCTCCATCTAATTTCAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175177 207 + 196418989 ATTCTTGATTTTGAAATTCCACATAATTACGTAGGGCAGGCAGAAGGTGGTATCTAATATCTAGATATCTAGTATTTAGAGCTTTAAGAAAAAGTGGTTTAAGGAGAACAGAATGTGTTAGATATTCTTCATAATTTATTGAAAGATTCAGAAACCTTCCATAAGAAATGGCATAGATGAAGGCAATAATTCTCCATCTAATTTCAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=79802.000000
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s panTro2.chr7 152775621 55 + 160261443 GGGATTCCTAAACCCTCAAAAAGGCCTAAATTAAAAATCTTTAGTCTTGGGCATg
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955486 55 + 157549271 GGGATTCCTAAACCCTGAAAAACGCCTAAATTAAAAATCTTTAGTCTTgggcgga
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175384 55 + 196418989 GGGATTTCTAAACCCTCAAAAAGGCCTAAATTAAAAATCTTTAGTCTTggccaga
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=23993.000000
s hg19.chr21    11014432 53 +  48129895 cacagtggctcacgcctataatcataaaactttgggaggctgaggcgggcaga
s rheMac2.chr3 189175439 53 + 196418989 agcagtggctcacgcctgtaatcacaacactttgggaggccgaggtgggtgga
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955541 53 + 157549271 cacagtggctcacgcctataatcataaaactttgggaggctgaggcaggcgga
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152775676 52 + 160261443 cacagtggctcacacctataatcataaaactttgggaggctgaggcgggc-gg
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=15258.000000
s hg19.chr21    11014485 42 +  48129895 tcacaag---gtcaaaagatggagaccatcctggccaccatggtg
s panTro2.chr7 152775728 45 + 160261443 tcaaaagatagtcaaaagatggagaccatcctggccaacatggtg
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955594 42 + 157549271 tcacaag---gtcaaaagatggagaccatcctggccaacatcgtg
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175492 42 + 196418989 tcacaag---gtcaaaagatcgagaccatcctggccaacatggtg
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=18561.000000
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955636 31 + 157549271 aaaccctgtctctactaaaaatacaaaaatt
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175534 31 + 196418989 aaaccccatctctactaaaaatacaaaaatt
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=46900.000000
s hg19.chr21    11014558 98 +  48129895 agctgggcatggtggcatgcacctgtagtcccagctactccggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccaggaggtggaggtggagtttgcagtg
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152775804 98 + 160261443 agctgggcgcggtggcatgcacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccaggaggcggaggtggaggttgcagtg
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11014656 56 +  48129895 agccaagatagcgctgctgcactccagcctggcgacagaacaagactctgtctcta
s panTro2.chr7 152775902 56 + 160261443 agccaagatagcgccactgcactccagcctggcgacagagcaagactctgtctcta
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955765 56 + 157549271 aaccaagacagtgccactgcactccagcctggcgacagagcaagtctctgtctcta
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175657 56 + 196418989 agccgagatcgtgccactgcactccagtctggcgacagagcgagactcggtctcta
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11014712 37 +  48129895 aaTTTAaaaacaaaacaaaacaaaac------aaaacaaaacT
s panTro2.chr7 152775958 27 + 160261443 aattta----------aaaacaaagc------aaaacaaaaCT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955821 33 + 157549271 aattta----------aaaacaaaacaaacaaaaaaaaaaaCT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175713 33 + 196418989 aattaa----------aaaacaaaacaaaacaaaaaaaTAACT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=-4761.000000
s hg19.chr21    11014749 55 +  48129895 TTAGTCTGGAGTTGAGAATTCAAAACAGGAAATCAATTCTGTAAGATTCTAGGTG
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955854 55 + 157549271 TTAGTCTGGAGTTGAGAATTCAAAACAGGAAATCACTTCTATAAGTTTCTAGGTG
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175746 55 + 196418989 TTAGTCTGGAATTGAGAATTCAAAACAGGAAATCACTTCTGTAAGTTTCTAGGTG
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11014804 38 +  48129895 ACTAAAAATCTACAAGGCAAAAAGTTCTGTACCTAAAA
s panTro2.chr7 152776040 38 + 160261443 ACTAAAAATCTACAAGGCAAAAAGTTCTGTACCTAAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955909 38 + 157549271 ACTAAAAATCTACATGGCAAAAAGTTCTGTACCTAAAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175801 38 + 196418989 ACTAAAAATCTACAAAGCAAAAAGTTCTGTACCTAAAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11014842 67 +  48129895 CTTGTGATTAAGGAAAAGCTATTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTACATTTCAAAGAGAAAAGCT
s rheMac2.chr3 189175839 61 + 196418989 CTTATGATAAAGGAAAAGCTATTTTCC------ATTTTCTTTTTGCTACATTTCAAAGAGAAAAGCT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149955947 65 + 157549271 CTTGTGATTAAGGAAAAGCTATTTTCC--ATTTTTTTTTTTTTTGCTACATTTCAAAGAGAAAAGCT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152776078 64 + 160261443 CTTGTGATTAAGGAAAAGCTATTTTCC---ATTTTTTTTTTTTTGCTACATTTCAAAGAGAAAAGCT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11014909 21 +  48129895 TTAAAAAGATGAAAAAACAGC
s panTro2.chr7 152776142 21 + 160261443 TTAAAAAGATGAAAAAATAGC
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149956012 21 + 157549271 TTAAAAAGATGAAAAAATAGC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189175900 21 + 196418989 TTAAAAAGATGAAAAAATAGC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11014930 184 +  48129895 ACAATACCTATCACATTGTCTACATTGCAGAATAAGATCTTCTTCTCTATAGTTTCAATAGCAGACTGGACAGGAAGATAAGCTTGCACAAGGAGCGCACTGTGTGTAATTGTTCTGCCATTCACATCTTAGACCTGCAGATGTTGCTCCACAGTGTCTGCACCAAACACACCTGAAATCCAAA
s rheMac2.chr3 189175921 184 + 196418989 ACAATACCTATCACATTGTCTACATTGCAGAATAAGATCTTCTTCTCTATAGTTTCGATAGCAGACTGGACAGGAAGATAAGCTTGCACAAGGAGCGCACTGTGTGTAATTGTTCTGCCATTCACATCTTAGACCTGCAGATGTTGCTCCACAGTGTCTGCACCAAACACACCTGAAATCCAAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149956033 184 + 157549271 ACAATACCTATCACATTGTCTACATTGCAGAATAAGATCTTCTTCTCTATAGTTTCGATAGCAGACTGGACAGGAAGATAAGCTTGCACAAGGAGCGCACTGTGTGTAATTGTTCTGCCATTCACATCTTAGACCTGCAGATGTTGCTCCACAGTGTCTGCACCAAACACACCTGAAATCCAAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152776163 184 + 160261443 ACAATACCTATCACATTGTCTACATTGCAGAATAAGATCTTCTTCTCTATAGTTTCGATAGCAGACTGGACAGGAAGATAAGCTTGCACAAGGAGCGCACTGTGTGTAATTGTTCTGCCATTCACATCTTAGACCTGCAGATGTTGCTCCACAGTGTCTGCACCAAACACACCTGAAATCCAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s panTro2.chr7 152776347 35 + 160261443 TCCCCCCGAAAAGTCTCAATTTTATTTTCTTAGTT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11015149 17 +  48129895 ATTCAGTAACTGTAATT
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189176219 60 + 196418989 TTAGTGATATCTATCATAGCATACGTGTATTATTCAATTAAATAGATGTGGCTAATTTTT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11015289 14 +  48129895 AAAAACTAAAGTGG
s rheMac2.chr3 189176279 14 + 196418989 AAAAACTAAAGTGG
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149956406 34 + 157549271 TATGAGAAAGTTCTGAACTTGAAAGACTAACAAG
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11015337 18 +  48129895 GCAAACAAACCCTAGAGA
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11015355 215 +  48129895 ACCATTTGCACTTCACTTCCAGCCTCCTTTGGGAACTGTCTGCAATGGAGGGTCTAGGCAGTAGGTGTGATAACTTATGTCACAATCATCACACAGCAGGAGTCTTCCTGGGTCAGTTGCCTTCCCACAGGCCTCACAAACAGTGCACTCAAGACACCTCCAACCTTTGCTAAGAACCACTTTAGTGATCTGTAAAAGAAACAACCAATCCATGT
s rheMac2.chr3 189176345 210 + 196418989 ACCATTTG-----CACTTCCAGCCTCCTTTGGGAACTGTCTGCAATGGAGGGTCTAGGCAGTAGGTGTGATAACTTATGTCACAATCATCACACAGCAGGAGTCTTCCTGGGTCAGTTGCCTTCCCACAGGCCTCACACACAGTGCACTCAAGACACCTCCAACCTTTGCTAAGAACCACTTTAGTGATCTGTAAAAGAAACAACCAATCCATGT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149956458 210 + 157549271 ACCATTTG-----CACTTCCAGCCTCCTTTGGGAACTGTCTGCAATGGAGGGTCTAGGCAGTAGGTGTGATAACTTATGTCACAATCATCACACAGCAGGAGTCTTCCTGGGTCAGTTGCCTTCCCACAGGCCTCACACACAGTGCACTCAAGACACCTCCAACCTTTGCTAAGAACCACTTTAGTGATCTGTAAAAGAAACAACCAATCCATGT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152776588 210 + 160261443 ACCATTTG-----CACTTCCAGCCTCCTTTGGGAACTGTCTGCAATGGAGGGTCTAGGCAGTAGGTGTGATAACTTATGTCACAATCATCACACAGCAGGAGTCTTCCTGGGTCAGTTGCCTTCCCACAGGCCTCACACACAGTGCACTCAAGACACCTCCAACCTTTGCTAAGAACCACTTTAGTGATCTGTAAAAGAAACAACCAATCCATGT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11015617 57 +  48129895 ATGGTGCTTATGTACCTAGAAGCAG-AAAGGGGcaatcaactaacatttattgagcac
s rheMac2.chr3 189176602 58 + 196418989 ATGGTGCTTATGTACCTAGAAGCAGAAAAGAGGCAATCaactaacatttattgagcac
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149956715 55 + 157549271 aCGGTGCTTATGTACCTAGAAGCAGAAAAGAGGCA---aactaacatttattgagcac
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11015674 103 +  48129895 ctacggaggcccaatactgggttgggCATGTTCATACACGCTTTTAGGAGCCTACTGAGCAGAGTAATAGACAATGGCACATATTTTAATGCCTTTTTAAAGT
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11015777 75 +  48129895 CCACATAATTACCTTATGCTGTACATTTAATGTCCACTATATTTATAGATATAGTGACCAGATTTTAAAGAAATC
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 I 304

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 I 304 C 0

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a score=150381.000000
s hg19.chr21    11020519 154 +  48129895 AGCTAAACCTAAAATCTTTGTGAATAGTATAAATTGTCTTTTAAATTAAATGCATATATTTTTATGTTTTACTTTTTCAAGACAAAAGCAGGATATTAGTACAATATAAGATTTATAGAGGAGCAAATTTCTTGAGATAGGAAACCCTTAAAAG
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s panTro2.chr7 152783440 89 + 160261443 GAAACAAAATAAAGCTCTGAACTAGAAGCTGTAGAAGAAGACAAGGAGGGCACTGCCAAAATCATAAAATACAATCCTCTTTCTTTAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149963285 89 + 157549271 GAAACAAAATAAAGCTCTGAACTAGAAGTTGTAGAAGAAGACAAGGAGAGCACTGCCAAAATCATAAAATACAATCCTCTTTCTTTAAA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189183486 89 + 196418989 GAAACAAAATAAAGCTCTGAACTAGAAGTTGTAGAAGAAGACAAGGAGGACAGTGCCAAAATCATAAAATACAATCCTCTTTCTTTAAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=182271.000000
s hg19.chr21    11022272 148 +  48129895 AAGCTTACAATCGAAGCCTGGAAAGAC--AGTTGAAACACAACAGGTTATGTTCAAGGTCAAAACATAACACAACTGAATTACTTTTCTTGAGGAACAACTGAAAGAAGATTAACCAgctgggtgtggtggctcatgcctataatcttag
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149963374 150 + 157549271 AAGCTTACAACCTAAGCCTGGAAAGACAGAGTTGAAACACAACAGGTTATGTTCAAGGTCAAAACATAAAACAACTGAATTACTTTTCTTGAGGAACAACTGAAAGAAGATTAACCagctgggtgtggtggctcatgcctataatcttag
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189183575 150 + 196418989 AAGCTTACAACCTAAGCCTGGAAAGACAGAGTTGAAACACAACAGGTTATGTTCAAGGTCAAAACATAAAACAATAGAATTACTTTTCTTGAGGAACAACTGAAAGAAGATTAACCagctgggtgtggtggctcatgtctataatcctag
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=53386.000000
s hg19.chr21    11022420 48 +  48129895 cactttgggaggctaaagtgggtggattgcttgagctcaggagttcga
s rheMac2.chr3 189183725 48 + 196418989 cactttaggaggctgaagtgggtggatcgcttgagctcaggagttcaa
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149963524 39 + 157549271 cactttgggaggctaaagtgggtggatcgcttgagctca---------
i ponAbe2.chr7 C 0 M 521
s panTro2.chr7 152783679 48 + 160261443 cactttgggaggctaaagtgggtggatcgcttgagctcaggagctcga
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11022468 236 +  48129895 gaccagcctgggcaacatggtgaaatcctgtctctaccaaaaatacaaaaaacagccgagcatggtggcacacgcctgtagtctcagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccaggaggcagaggttacagtgagccaagattatgccactccactacaggctgggtgacagagcgagaccctgtctcccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGGAAGGAAGTTTGG
s panTro2.chr7 152783727 230 + 160261443 gaccagcctaggcaacacggtgaaatcctgtctctaccaaaaatacaaaaaacagccaagcgtgggggcacacgcctgtagtctcagctactcaggaggctgaggcagaagaatcacttgaacccaggaggcagaggttacagtgagccaagattacgccactgcactccagcctgggtgacagagcgagaccctgtctc------aaaaaaaaaaaaagaaGGAAGGAAGTTTGG
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189183773 215 + 196418989 gaccagcctgggcaacgtggtgaaatcccgtctctaccaaaaatacaaaaaatagccaagcgtggtggcacatgcctgtagtctcagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccgggaggcagaggttacagtgagccaagattacaccatggcactccagcctgggtgacagagcaagaccctatctccaaaaaaaaaaaaaa---------------------
i rheMac2.chr3 C 0 I 114
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s panTro2.chr7 152783957  58 + 160261443 TTGGTTAACTAAACAGAAGGACTACATCTCAGTATTTTTCAATACAAATATATTTAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189184102  52 + 196418989 ------AACTAAATAGAAGGACTACATCTCAGTATTTTTCAAAACAAATACATTTAAA
i rheMac2.chr3 I 114 C 0
e ponAbe2.chr7 149963563 521 + 157549271 M

a score=18049.000000
s hg19.chr21    11022762 100 +  48129895 AGCAGtttttttggtt-----tttttttgtttgtttttgagacagtctctccctatgtcacccaggctggagtgcaatggtgcaatcttggctcactgcaagctc
s panTro2.chr7 152784015 105 + 160261443 AGCAgtttttttgtttgtttgtttgtttgtttgtttttgagacggagtctcactatgtcgcccaggctggagtgcagtggtgcaatctcggctcagtgcaagctc
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189184154  86 + 196418989 AGCAGtttttttggtt-----------------tttttgagacag--tctcgctctgtcccccaggctggagtgcagtggcgcgatctccgctcactgcaagctc
i rheMac2.chr3 C 0 I 16
e ponAbe2.chr7 149963563 521 + 157549271 M

a score=5593.000000
s hg19.chr21    11022862  58 +  48129895 tgtctcccaggttcacggcattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacag
s panTro2.chr7 152784120  58 + 160261443 tgtctcccaggttcacggcattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacag
i panTro2.chr7 C 0 C 0
e rheMac2.chr3 189184240  16 + 196418989 I
e ponAbe2.chr7 149963563 521 + 157549271 M

a score=29653.000000
s hg19.chr21    11022920 138 +  48129895 gcgcctgccaccatgcccggctaa-ttttttgtatttttagtagagatggggtttcaccatgttggccaggatgccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatccgcccacctcggcctcccaaagggctgggatt
s rheMac2.chr3 189184256 131 + 196418989 gcgcctgccaccacgcccggctaatttttttgtatttttagtagaaatggggttttaccatgcta--------gccaggatggtttcgatctcctgacacggtgatccgcccgccttggcctgccaaagtgctgggatt
i rheMac2.chr3 I 16 C 0
s panTro2.chr7 152784178 130 + 160261443 gtgcctgccaccatgcctggctaa-ttttttgtatttttagtagagatgaggtttcaccatgtta--------gccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatctgcccacctcagcctcccaaagtgctgggatt
i panTro2.chr7 C 0 C 0
e ponAbe2.chr7 149963563 521 + 157549271 M

a score=65272.000000
s hg19.chr21    11023058 111 +  48129895 acaggcatgagccaccgtgcccagccTAAAAGCAGTTTTAATGGA-TAGTACTAATGCTTTA--TAAGAGCAATTTATAG-TCATATGAACCCTAATGACTACAAGTGTTAATAA
s rheMac2.chr3 189184387  95 + 196418989 acaggcatgagccaccgcgctcggTGTAAAAGCAGTTTTAATGGA-CAGTACTAATGCTTTA--TAAGAGCAATTTACAG-TCATATGAACCC----------------TAATAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152784308 111 + 160261443 acaggcatgagccaccgcacccagccTAAAGGCAGTTTTAATGGA-TAGTACTAACGCTTTA--TAAGAGCAATTTATAG-TCATATGAACCCTAATGACTACAAGTGTTAATAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149964096  83 + 157549271 -------------------------------GCAGTTTTAATGGATTAGTACTAATGCTTTAACAAGGAGCAATTTATGGTTCATATG-ACCCTAATGACTACAAGTGTTAATAA
i ponAbe2.chr7 M 521 C 0

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s panTro2.chr7 152784419 437 + 160261443 TG-CCaatattcatcattagggagtaagtaaagcaatgacaaat-ccaaacattagaaaattacgcaacattttaaaagtagggaggtagaaacttgtatagactgccatgaaagaaattatc-aaaagacattgttgagtgaaaaaataaattgcagaacagtatTTGAGGTATAGCACTATAATATAAAAACATGCAAAGTCATTATATGTAGTCTATGGGCATATATAAtaggttgaatcataagaaattgctgcttttcatcagttcagaaataatattggcaatttcatatggatcaacctaaTATATAAATATACCAAACTGATAACAAGGAAATAAGAAGGACTGAGGAGTTAGTAATGGTAAATTCTGATCTACCTATAAT-GCTTTAATTTTTTTAATAGAGAAAATGTATTGATGTGTTACATGCATAGTA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149964179 440 + 157549271 TGCCCaatattcatcattagggagtaagtaaagcaatgacaaatcccaaacattagaaaattatgcaacattttaaaagtagggaggtagaaacttgtatagactcccatgaaagaaattatg-aaaagacattgttgagtgaaaaaataaattgcagaacagtatgtgaggtatAGCACTATAATATAAAAACATGCAAAGTCATTATACGTAGTCTATGGGCACATATAAtaggttgaatcataagaaattgctgctttttatcagttcagaaataatattggcaatttcatatggatcaacctaaTATATAAATATACCAAACTGGTAACAGGGAAATAAGAAGGACTGAGGAGTTAGTAATGGTAAATTCTGATCTACCTATAACTGCTTTAATTTTTTTAATAGAGAAAATGTATTGATGTGTTATATGCATAGCA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 I 1
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i panTro2.chr7 C 0 I 1

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149975595 278 + 157549271 ggctgggtgcggtggctcacccctgtaaatcccagcactttgggaggacaaggcgggtggatcacctgaggtcaggagtttgagaccagcctaaccaatatggcaaaacaccgtctctactaaaaatataaaaaaaattagccaggtgtgttgacgtgcgcctgtagtccccactactcaggaggctgagacaagagaactgcttgagccagggaggcagaggctgcagtgaagcgaggttcgtgccacaactccagcctgggcgacaaagcaagact
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s panTro2.chr7 152800149 264 + 160261443 TGATGTTTCCAGCAGAGGAACTAAGAGCTGAAGGGTAATTATGCAGCATGTCATGCGAAGGCAAGTCTGAAGAAGGTGTTGGGGAGGAAGACGCATCTGCCTTGCTTATGTCTGCTGATGATGAAAATGATGACTCTGTCTCAGATGATAACTTTATAGATTTGCTTCCTTGGTATGAAACATCTTTCACACAACCCTCAATTGTAGGAGTCATTTCAGAGTCCATCAATCCAGTAGAAAGTTCAGAATTTTCTTTCTGTTCCT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149980427 264 + 157549271 TGATGTTTCCAGCAGAGGAACTAAGAGCTGAAGGGTAATTATGCAGCATGTCATGCGAAGGCAAGTCTGAAGAAGGTGTTGGGGAGGAAGACACATCTGCCTTGCTTATGTCTGCTGATGATGAAAATGACGACTCTGTCTCAGATGATAACTTTATAGATTTGCCTCCTTGGTATGAAACATCTTTCACACAACGCTCAATTGTAGGAGTCATTTCAGAGTCCATCAATCCACTAGAAAGTTCAGAATTTTCTTTCTGTTCCT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189200423 264 + 196418989 TGATGTTTCCAGCAGAGGAACTAAGAGCTGAAGGGTAATTGTGCAGCATGTCATGCAAAGGCAAGTCTGAAGAAGGTGTTGGGGAGGAAGACACATCTGCCTTGCTTATGTCTGCTGATGATGAAAATGATGACTCTGTCTCAGATGATAACTTTATAGATTTGTCTCCTTGGTATGAAACATCTTTCACACAACTCTCAATTGTAGGAGTCATTTCAGAGTCCATCAATCCAGTAGAAAGTTCAGAATTTTCTTTCTGTTCCT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=1419355.000000
s hg19.chr21    11039090 433 +  48129895 TTTCTCCTTGTAGCCTTTCTATAACCAACTGTTCCTCAGGACATAATGAAGTGCTTTCCTCATGTGGGGACACTAAGGTTTCTAGTGGAAGAGTGACAGATTCAATGACAAATTTTGGAGGCCTTGATTCTTCTTTGGATACCACTGTTTTAGGTTCCTCTAACAACTGCAGTTGCTCTTGCTGCACAGTGATCTGGTGTGTAACGACTTCAATGTTTTCTGTCACTTCCATTTTATCTTCAATTTGATCTTCGCCACAAATATGCTTCACTTCAGAAGACATTTTCATTTCTTCACTATCAGCCTCATTAGAAATCTGTTTTTCCAATTCGGTATTCACTGTATGTTGGGATGATATTACAAAATTCAGAACATTTGTTATGGTAATGTACAAACAAATTTTAAATTTTCTAACTATAGATATATAAAACAT
s panTro2.chr7 152800413 433 + 160261443 TTTCTCCTTGTAGCCTTTCTATAACCAACTGTTCCTCAGGACATAATGAAGTACTTTCCTCATGTGGGGACACTAAGGTTTCTAGTGGAAGAGTGACAGATTCCATGACTAATTTTGGAGGCCTTGATTCTTCTCTGGATACCACTGTTTTAGGTTCCTCTAACAACTGCAGTTGTTCTTGCTGCACAGTGATCTGGTGTGTAACGACTTCAATGTTTTCTGTCACTTCCATTTTATCTTCAATTTGATCTTCGCCACAAATATGCTTCACTTCAGAAGACATTTTCAGGTCTTCACTATCAACTTCATTAGAAATCTGTTTTTCCAATTCAGTATTCACTGTATGTTGGGATGATACTACAAAATTCAGAACATTTGTTATGGCAATGTACAAACAAATTTTAAATTTTCTAACTATAGATACATAAAACAT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149980691 433 + 157549271 TTTCTCCTTGTAGCCTTTCTATAACCAACTGTTCCTCAGGACATAATGAAGTACTTTCCTCATTTGGGGACACTAAGGTTTCCAGTGGAAGAGTGACAGATTCAATGACTAATTTTGGAGGCCTTGATTCTTCTTTGGATACCACTGTTTTAGGTTCCTCTAACAACTGCAGTTGCTCTTGCTGCACAATGATCTGGTGCGTAACGACTTCAATGTTTTCTGTCACTTCCATTTTATCTTCAATTTGATCTTCGCCACAAATATGCTTCACTTCAGAAGACATTTTCATCTCTTCACTATCAACTTCATTAGAAATCTGTTTTTCCAATTCAGTATTCACTGTATGTTGGGATGATACTACAAAATTCAGAACATTTGTTATGGTAATGTACAAACAAATTTTAAATTTTCTAACTATAGATATATAAAACAT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189200687 429 + 196418989 TTTCTCCTTGTAGTCTTTCTATAACCAACTGTTCCTCAGGACATAGTGAAATACTTCCCTCATGTGGGGACACTAAGGTTTCCAGTGGAAGAGTGACAGATTCAATGACTAATTTTGGAGGCCCCGATTCTTCTTTGGATACCACTGTTTTAGGTTCCTCTAACAACTGCAGttcctcttgctgcacaatgatctggtgtgtaacgacttcaatgttttctgtcacttccattttatcttccatttgatcttcgccacaaatatgcttcacTTCAGAAGACGTTTTCATTTCTTCACTATCAACTTCATTAGAAATCTGTTTTTCCAATTCGGTATTCATTTTATGTTGGGATGATACTACAAAATTCAGAACATTTGTTACGGTAATGT----ACAAATTTTAAATTTTCTAACTATAGATATATAAAACAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11039523 177 +  48129895 TTGGCTACACTAGAACTTAAATCAGAAGGTATTCATCAAAGCAGACAATTATTAAGTGAATGAAAGCCAAAGTACACAAGGATTTATGGATTAGAATCAGCCATACACCAGAAAACCTAATGAAAAC---ATGTTTTACAACACAAGTACTTCCAAATGGATTGAAAATtacacaggaaa
s panTro2.chr7 152800846 180 + 160261443 TTGGCTACACTAGAACTTAAATCAGAAGGTATTCATCAAAGCAGACAATTATTAAGTGAATGAAAGCCAAAGTACACAAGGATTTATGGATTAGAATCAGCCACACACCAGAAAACCTAATGAAAACATTATGTTTTACAACTTAAGGACTTCCAAATGGATTGAAAATTACACAGGAAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981124 180 + 157549271 TTGGCTACACTAGAACTTAAATCAGAAGGTATTCATCAAAGCAGACAATTATTAAGTGAATGAAAGCCAAAGTACACAAGGATTTATGGATTAGAATCAGCCACATACCAGAAAACCTAACAAAAACATTATGTTTTACAACTTAAGTACTTCCAAATGGATTGAAAATtacacaggaaa
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189201116 169 + 196418989 TTTGCTACACTAGAACTTAAATCAGAAGGTATTCATCAAAGCAGGCAATTATTAAGTGAATGAAAGCCAAAGTACACAAGGATTTATGGATTAGAATCAGCCCCACAC-----------ATGAAAACATGATGTTTTACAATTTAAGTACTTCCAAAAGGACTGAAAATTATACAGGAAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11039700 66 +  48129895 agttctcatactcattttttagttaagaaaatgaggatcaatcatgttatgtgaggtacctaagTT
s panTro2.chr7 152801026 66 + 160261443 AGTTCTCATACTCATTTTTTAGTTAAGAAAATGAGTATCAATCATGTTATGTGAGGTACCTAAGTT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981304 66 + 157549271 agttctcatactcattttttagttaagaaaatgaggatcaatcatgttatgtgaggtacctaagTT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189201285 66 + 196418989 AGTTCTCATACTCATTTTTTAGTTAAGAAAATGAGGATCAATCATGTTATGTGAGATACCTAAGTT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=108468.000000
s hg19.chr21    11039766 141 +  48129895 AAAAAGTAAAGACTGATCTAGAATGTGTAGGCATTTTCTAATAGTAGATACCCAGATGCGACAAAGTTACTATAGACTCAAAAGCACAGACAGAAAAGATTTGCTAACCACCAATATTTATTTTGCTTAACCATACCTGCC
s rheMac2.chr3 189201351 141 + 196418989 AAAAAGTAAAGACTGACCTAGAATGTGAAGGCATTTTCTAATAGCAGATACCCAGATGTAACAAAGTTACTATAGACTCAAAAGCACAGACAGAAAAGATTTACTAACCACCAATATTTATTTTGCTTAACCATACCTGCC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981370 136 + 157549271 AA-----AAAGACTGATCTAGAATGTGTAGGCATTTTCTAATAGTAGATACCCAGATGTAACAAAGTTACTATAGACTCAAAAGCACAGACAGAAAAGATTTACTAACCACCAACATTTATTTTGCTTAACCATACCTGCC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152801092 141 + 160261443 AAAAAGTAAAGACTGATCTAGAATGTGTAGGCATTTTCTAATAGTAGATACCCAGATGTAACAAAGTTACTATAGACTCAAAAGCACAGACAGAAAAGATTTACTAACCACCAATATTTATTTTGCTTAACCATACCTGCC
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=171548.000000
s hg19.chr21    11039907 85 +  48129895 AACCTAGCCAAAATATTCTTTGGATATAATCGTTGTTCTTCATCATTGTCTGTAAATTAAAAGACTAATCTCAGGAAATCTATAA
s panTro2.chr7 152801233 85 + 160261443 AACCTACCCAAAATATTCTTTGGATATAATCCTTGTTCTTCATCACTGTCTATAAATTAAAAGACTAATCTCAGGAAATCTATAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981506 85 + 157549271 AACCTACCCAAAATATTCTTTGGATATAATCCTTGTTCTTCATCATTGTCTATAAATTAAAAGACTAATCTCAGGAAATCTATGA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s panTro2.chr7 152801318 22 + 160261443 ACTTAGATATCAG-AAACATAGT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189201575 23 + 196418989 ACTTAGATATCAGAAAATACAGT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s panTro2.chr7 152801340  53 + 160261443 CA----CTGGTAAATTTTAAATCAGGATACCAGTATGTTAAACCTTTAATTC------------------------------------------------------------------------------------------AATCT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981613  53 + 157549271 CA----CTGGTAAATTTTAAATCAGGATACCAGTATGTTAAACCTTTAACTC------------------------------------------------------------------------------------------AATCT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189201598 147 + 196418989 CACTGGCTGGTAAATTTTAAATGAGGATACCAGCATGTTAAACCTTTAAGTCAATCTTGCTTAAACGTTAGAGGTGCAACTGACATGAGCTATAAGTGGTTCTATAAAGTAGGACTGCTGAAGATAAAAAGCATTTATTCCAAATCT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11040067 28 +  48129895 CATCAAGGTAATTTTTAAGTTATAGTAA
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189201745 28 + 196418989 CATCAAGGTAATTTTTAAGTTATAGTAA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=58746.000000
s hg19.chr21    11040095 51 +  48129895 AAAGACACTGCTAGCCTCATTTACCAATCAGTGACTAAAATTTATCTAT-TT
s rheMac2.chr3 189201773 49 + 196418989 AAAGACACTACCATCCTCATTTACCAATCAGTGACTAAAATTTATCTAT---
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981694 52 + 157549271 AAAGACACTGCTAGCCTCATTTACCAATCAGTGACTAAAATTTATCTATGGt
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152801421 52 + 160261443 AAAGACACTGCTAGCCTCATTTACCAATCAGTGACTAAAATTTATCTATGtt
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189201822 40 + 196418989 ------Gttctttttttttt----gaaacagggtctcactctgtcaccca
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981746 48 + 157549271 ttttttctttttttttttttgg--gaaacagggtctcactctgtgaccca
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152801473 50 + 160261443 cttttttttttttttttttttttcgaaacagggtctcactctgtgaccca
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=36909.000000
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s rheMac2.chr3 189201862 45 + 196418989 agctggagtgcagtagcacaaacatggctcactgcagcctcaacc
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981794 45 + 157549271 aactggagtgcagtagcacaaacatggctcactgcagcctcaacc
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152801523 45 + 160261443 agctggagtagagtagcacaaacatggctcactgcagcctcaacc
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=69272.000000
s hg19.chr21    11040240 87 +  48129895 tcctgggctcaagtggtcctcccacctcagcctcccaagctgctgggactgcaggcatgtgtcaccatgcccagatactttttttgt
s rheMac2.chr3 189201907 82 + 196418989 tcctgggctcaagtgatcttcccaccttagcctcccaagcagctgggactacaggcatgtgtcaccatgcccagatactttt-----
i rheMac2.chr3 C 0 I 180
s ponAbe2.chr7 149981839 87 + 157549271 tcctgggctaaagtggtcctcccacctcagcctcccaagctgctgggactgcaggcatgtgtcaccatgcccagatactttttttat
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152801568 87 + 160261443 tcctgggctcaagtggtcctcctacctcagcctcccaagctgctgggactgcacgcatgtgtcaacatccccagatactttttttat
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s panTro2.chr7 152801655 42 + 160261443 ttttgtagagacagggtctcactatatcgcccaggcCTATAC
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149981926 42 + 157549271 ttttgtagagacagggtctcactatattgcccaggcCTATAT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189202169 42 + 196418989 ttttgtagagacagggtctcactatattgcccaggCCTATAC
i rheMac2.chr3 I 180 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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s hg19.chr21    11040453 47 +  48129895 AACTACCAAATAACAGATCTGATAGTACAAAATATTTTTAATCATGA
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i ponAbe2.chr7 C 0 I 6426
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i rheMac2.chr3 C 0 I 5440

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s hg19.chr21    11040723   17 +  48129895 ctctataccctcagtGT
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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s hg19.chr21    11048038 163 +  48129895 ctgtgtcactaaacaacttagactaaagctctctgagtttcaggtataaaacgggaataataaacattactg-tgagaattaaatgtaatgcaggttcaagtgcttagaatgtctattaagcaattaaatgctgaataaTTATTTCAAAAGACGAATCTTGTCA
s rheMac2.chr3 189215108 163 + 196418989 ctgtgtcactgaacaacttagactaaagctctctgagtttcaggtataaaacgggaataaaaaagattactg-tgagaattaaacgtaatgcaggttcaagtgcttagaatgtctattaagcaattaaatgctgaataaTTATTTCAAAATACAAACCTTGTCA
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152816004 115 + 160261443 GATTTTTGACTA-TAATCACTTTCAGATACTATGATTTTAAATTCAAGAGGAGGGGAAAAGAAACAA-CAGGGAAAGCAAGAAGAGCTGAGAGAGGAATCTCCGAATGAAATCTGGG
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189215485 48 + 196418989 GGATAAATAGAAGTCAACAGGAAGATGGGTCAGTTGGCCTCCAGTTAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11048502 417 +  48129895 atctcttcagctacatgcaaagatcttggaggacaagtactcttccttcaagctcttttaatccttcccaagaaactgagtgcagatacaaggtatcgaataaatgtttactgaatATTTTATCTAATTTTTACCAAAATATGAAGGTACATAGTCCTATTTATGTCATGTAACTCTAAGATATTGACGCTTATTTCTTATAAAACTAAATAATAAAAACAGACTGATCATGGCAGTTGGGCATAATTCTTGCTGGTTACAACAAAAATTCTCAGCCTGTAAATGAAGATGCTGGTAACATCCCCAAATTATCATGCTCATTAGAATCATGGGGGTGCAAGCGGAAATCACAGAAAAGACTGGAGAAATGACCAAGAGATGAAATACAATAGGAAAAGATAACCCCCTTACAAATTT
s panTro2.chr7 152816205 417 + 160261443 ATCTCTTCAGCTACATGGAAAGATCTTGGAGGACAAGTACTCTTCCTTCAAGTTCTTTTAATCCTTCCCAAGAAACTGAGCGCAGATATAAGGTATCGAATAAATGTTTACTGAATATTTTATCTAATTTTTACCAAAATATGGAGGTACATAGTCCTATTTATGTCACGTAACTCTAAGATACTGACGTTTATTTCTTATCAAACTAAATAATAAAAACAGACTGATCATGGCAGTTGGGCATAATTCTTGCTGGTTACAACAAAAATTCTCAGCCTGTAAATGAAGATACTGGTAACATCCCCAAATTATCATGCTCATTAGAATCATGGGGGTGCAAGCGGAAATCACAGAAAAGACTGGAGAAATGACCAAGAGATGAAATACCATAGGAAAAGATAACCCCCTTACAAATTT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149996525 417 + 157549271 atctcttcagctacatggaaagatcttggaggacaagtactcttccttcaagttcttttaatccttcccaagaaactgaatgcagatacaaggtatcgaataaatgtttactgaatATTTTATCTAATTTTTACCAAAATATGAAGGTACATAGTCCTATTTATGTCACATAACTCTAAGATATTGACGCTTATTTCTTATCAAACTAAATAATAAAAACAGACTGATCATGGCAGTTGGGCATAATTCTTGCTGGTTACAACAAAAATTCTCAGCCTATAAATGAAGATGCTGGTAACATCCCCAAATTATCATGCTCATTAGAATCATGGGGGTGCAAGCGAAAATCACAGAAAAGACTGGAGAAATGACCAAGAGATGAAATACAATAGGAAAAGATAACCCCCTTACAAATTT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152816622 131 + 160261443 GTAAATGCCACATATTTCGTTTTGGAATTATGCTGACCAGGATCTACTCAAGGTGGCTTTTAGAGAGATGCAGATGTACATTAAAATAATAGTAGAAATTGTCCTTCCTGGAATGGAAATTCAAACACATG
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152816753 56 + 160261443 ACTGATTTTTTGGCTCAACTC-TAATTCTTCTACTTCTGTAGTTAGACGTTTAAATC
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11049106 56 +  48129895 CTATCACATCCCCTCCCCGGTGCCCCTGAAGACAAGCTACTTTATTCTTCTCATGC
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 149997129 56 + 157549271 CTATTAAATCTCCTCCCCAGTACCCCTTAAGAAAAGCTACTTTATTCTTCTAATGC
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152816809 53 + 160261443 CTATTAAATCTCCTCCCCAGTACCCCTTAAGAAAAACTACTTTATTCTTCT---GT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189216311  86 + 196418989 ATTAAAATCAGTTTTGTTTAAACTTCTTTCAAAATAATATAAATGTTA----------------------------------------------------------ATATCCAGTAATGTTTTAAAGTATGATGAAGTCACTCT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189216397 106 + 196418989 GAATGAATATAGCTAAAATATGAACAACCTTTATTATACTACACAAACCTTTAGCACCTATTAATAGGATCCCTCTTAAACTCAATACACAGCTTTGAATTGAAAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189216503 211 + 196418989 TAAAACTTACTTGCAGTTCTGGCACACTTTGCACTCAGGACATTGCCAACCTGCACGTTTTAATGGAGTAACCGCTATATCCAGGCACATTCCATGATAGTGCTGACCACAAGTAGTACAAAAGAACTGATCTAAGAGGTCTCCCGGGCTGTCGCACACTGCACAGTTTGCATCTTCCTTTGCTATAATTAACAGTAAAACAATGAAATTA
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11049668 53 +  48129895 TTTTTCTGACTACACAGTAAAATCATTTGAAAGGATTTGCATCATGAACCTTT
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11050120 27 +  48129895 TTCAAATCACATAAGGGCTTTTTTTTG
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 I 300

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s ponAbe2.chr7 150002262 251 + 157549271 AGGAGAAAAGAGAGAGGAAACAAAATGATCATCTTTAGAGAAGGTCATTTCCTAAGAGACAGCTGTAAAAAGAGAAGAGATAAATAAAAAAGACAAAAACATCGAGCTTAAATTAGAACAGAGCTTATCACAGATCCTAAAACTTGATGAAACTATTGCTTAAGAAAGTCCAGACAACACATAAGAATAAAAGCATTGGTGAACAGCAACAAAAGTCAAAACAGCTGTCATACAATGTGAATTTAAGAAGG
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s panTro2.chr7 152821825 251 + 160261443 AGGAGAAAAGTGAGAGGAAACAAAATGATCATCTTTAGAGAAGGTCATTTCCTAAAAGACAGCCGTAAAAAGAGAAGAGATAAATAAAAAAGACAAAAACATTGAGCTTAAATTAGAACAGAGCTTATCACAGATCCTTAAACTTGATGAAACTATTGCTTAAGAAAGTCCAGACAACACATAAGAATAAAAGCATTGGTGAACAGCAACAAAAGTCAAAATAGCTGTCATACAGTGTGAATTTAAGAAGG
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=74641.000000
s hg19.chr21    11054493 23 +  48129895 ACCAAATCAGCATTGCTTTCTAA
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s hg19.chr21    11054516 147 +  48129895 TTTCCATCACACCCTATCATCTGCCAATTTTCATCACTGGCAGGACACTGGGCTG---AGTGATTTGTCTATAAAAGAGAATCTCTGGAAAGAAAAAATAAATCACGGATGTCATCCAAAGAGGCTAGACCGTATCATTGGCAGGTAGAT
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189221898 147 + 196418989 TTTCCACCAAACCCTATCATCTGCCAATTTTCATTACTGGCAGGACACTGTGCTG---GGTGATTTGCCTATGAAAGGGAATCTCTGGAAAGAAAAAATAAATCATGGATGTCATTCAAAGAGGCTAGACCATATCATTGGCAGATAGAT
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s hg19.chr21    11054663 140 +  48129895 AAGAAAGGTCAGAGGACTGACAGAATTTAGGGTAAAAGAAAAGCAGCAGGACTTAATGTCAAGAAATACAAAGATAACCAAAGAAAAGAGGCTGGAGTTAAAGCTTAAGTGAAGTAAAAGGAATTAAAGCTAAATGATGA
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i rheMac2.chr3 C 0 I 31
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i ponAbe2.chr7 C 0 I 1
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i panTro2.chr7 C 0 I 1

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i panTro2.chr7 I 1 C 0
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i ponAbe2.chr7 I 1 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
e rheMac2.chr3 189222302  31 + 196418989 I

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
e rheMac2.chr3 189222302  31 + 196418989 I

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152824815 180 + 160261443 TAGACTAACTGTATTTGAGATTAGTTTAAGCCTGGGGTAGCTATACTTACGTTTCACAGACCTGGAGAAGATAGGAAAAAA-GCTTTTATTAACATTGCTAAGGAACAGGTAAAAGCTAACATTAGGTAACTAAGAGGTGACATAAAAAAGATTGAATAAAATATCATGGAGGTTTCATAA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=27934.000000
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11058399 16 +  48129895 AAAAACTCT--GTACATC
s rheMac2.chr3 189224843 18 + 196418989 AAAAACTCTCTGTATATC
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 I 4
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s hg19.chr21    11058554 45 +  48129895 TATATTTTCAAAAATAAATTGTGAAGCATTTTTGAAAC-AAAACCT
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i rheMac2.chr3 I 4 C 0
s ponAbe2.chr7 150007204 44 + 157549271 TATATTTTCAAAAATAAATTTTGAAGCATTTTTGAAG--GAAACCT
i ponAbe2.chr7 M 451 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11058599 23 +  48129895 AAAGA-TTTTTTTTTAAAGCAAAT
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11058949 40 +  48129895 CACAG-AAATAAGCCCCAAACAAGAGGGGCAGTCTAGGGCA
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 I 948 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189323354 40 + 196418989 GTGCTCAAAAGTCCATATGGGTGCCTATAACATACCAAAT
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150120978 40 + 157549271 CTGCTCAAAAGTCCATATGGTTGCCTGTAACATACCAAAT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152937425 40 + 160261443 CTGCTCAAAAGTCCATATGGTTGCCTGTAACATACCAAAT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=370281.000000
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150121018 107 + 157549271 AAGAACCTAATTCCTAAAGCTTGACATTCAAATCCTTTTTT---CAACTAGCTACAATCCACTTTTCCAACTCTTTTTTCCACTGCTCTCCCTCAGGAGTAGCCTTTTTT
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152937465 107 + 160261443 AAGAACCTAATTCCTAAAGCTTGACATTCAAATCCTTTTTT---CAACTAGCTACAATCCACTTTTCCAACTCTTTTTTCCACTGCTCTCCCTCAGGAGTAGCCTTTTTT
i panTro2.chr7 C 0 C 0

a score=329778.000000
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152937572 92 + 160261443 AGCAAAATGACTTATTCTGAGATACATAAACAACCTTTCCAGATCAGAGACATCAAAAGCCATTCAGGCTTCATTGAGACAAAAGATACGCA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11083099 191 +  48129895 TTCAACTCAGAATAACAGTAAGGAATCAACTTATAGGGAAACCAGATCTAGCCATGTTCTTTAAATATGAGAGATAACCCCGTTGGCTCATGCCACTGTCCTTATTTATAACAGCCCCTATTTGCCTTTCTACTTCTCTGAACTCATTATCCTTCAAATCTACAATCTTTTCAAAAACCCAAACACAGAGT
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189323786 229 + 196418989 CATCTCAGTCACCACTACGTGCCCTTCCCCTACCCTACCCAATGCCGGTGGCTTTCAGGTCATTTATTTTGCAATAAACTTGTCATCTCAACTTTACTGGTTCTCTTTTAGATTCAGACGGCTAAGATTATGATAGATTCATTAGTAAGCTGAATGGGGAAGAAAGGGATATTTACATTCCCAGGCCAATTTTCAATGCTTTTTGGAAGATTCTGTTAAATTCACaatt
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150121408 229 + 157549271 CACCTCAGTCACCACTACCTGCCCTTCCCCTACCCCATCCAATACCTGTGGCTTTCAGGTCATTTATTTTGCAATAAACTTGTCATCTCAATTTTACTGGTTCTCTTTTAGATTCAGACAGCTGAGATTATGATAGATCCATTAGTAAGCTGAATGGGGAAGAAAAGGATATTTACATTCCCAGGCCAATTTTCAATGCTTTTTGGAAGATTCTGTTaaattcacaatt
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152937855 229 + 160261443 CACCTCAGTCACCACTACCTGCCCTTCCCCCACCCCACCCAATGCCTGTGGCTTTCAGGTCATTTATTTTGCAATAAACTTGTCATCTCAATTTTACTGGTTCTCTTTTAGATTCAGACAGCTGAGATTATGATAGATTCATTAGTAAGCTGAATGGGGAAGAAAAGGATATTTACATTCCCAGGCCAATTTTCAATGCTTTTTGGAAGATTCTGTTAAATTCacaatt
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11083519 86 +  48129895 tccagaactggcaaggaataggtaaatatatacactcata-tattactgttaagagtataaattggtataattatcctacagtgata
s panTro2.chr7 152938084 86 + 160261443 tccagaactggcaaggaataggtaaatatatacactcata-tattactggtaagagtataaattggtataattatcctaaagtgata
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150121637 86 + 157549271 tccagaactggcaaggaataggtaaatatatacactcata-tattactggtaagagtataaattggtataattatcctacagtgata
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189324015 87 + 196418989 tccagaactggcaaggaataggtaaatacatacactcatattattactggtaaaagtataaattggtataattatcctatagtgata
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

a score=175944.000000
s hg19.chr21    11083605 77 +  48129895 tctgccaacattgaaagtccttaaaatctgtataccctttggcctaggaattcaacttgaaaatttatcataagtaa
s panTro2.chr7 152938170 77 + 160261443 tctgccaacattgaaagtctttaaaatctgtatactctttggcctaggaattcaacttgaaaatttatcatgagtaa
i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150121723 77 + 157549271 tctgccaacattgaaagtctttaaaatctgtataccctttggcctaggaattcaacttgaaaatttatcatgagtaa
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s rheMac2.chr3 189324102 67 + 196418989 tctgccaacattg----------aaatctgtatatcctttggcctaggaattcaacttggaaattcatcatgagtaa
i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11083682 180 +  48129895 attataaaatgtacaaaggtttaactataaagacacgcatctctgcattgtttctaactctaaaagattgagggggaggggaaaatcccttgtccaataaaaaaagactattccatgaatcatttatttaagtaatgtaatactctgcaactactaaaaTCCTATAGTATCATGGTTATT
s panTro2.chr7 152938247 178 + 160261443 attataaaatgtacaaaggtttaactat--agacactcatctctgcattgtttctaactctcaaagattgaggcggaggggaaaattccttgtccaataaaaaaagactattccatgaatcatttatttaagtaatgtaatactctgcaactactaaaaTCCTATAGTATCATGGTTATT
i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11083994 34 +  48129895 tgtttgtgtgtttgtgtgtgtgtatgcatgcatg
s rheMac2.chr3 189324477 30 + 196418989 ----TTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgcatg
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150122150 123 + 157549271 TAAATAAAATATACCTCTAAGTCTTTGTAACCTTAAGATGGTGGGGCAAAATATTTTTATTTTCTGTTGTTCATTATTTAAAATTTAGCTATATTAAATTTTTTCTGATTTAGTAAACATACA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152938588 123 + 160261443 TAAATAAAATATACCTCTAAGTCTTTGTAACCTTAAGATGGTGGGGCAAAATATTTTTATTTTCTGTTGTTGATTATTTAAAATTTAGCTACATTAAATTTTTTCTGATTTAGTAAACATACA
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150122273 34 + 157549271 TAAGGCCTATTTATAGTTGAATGGCAGTCTTACA
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11084412 37 +  48129895 CATGTTACGGGAACTAGTTTGTATGTGCGGGGCACAG
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150122536 37 + 157549271 CATGCTATGGGAACTAGTTTGTATGTGCGGGGCACAA
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11084449 80 +  48129895 AGCATACACTTAGATAAGAAGGGGGTCATAAAACCAGAAAGGCAATAAATAGAATgttatgagcatgaactctagatgca
s rheMac2.chr3 189324931 79 + 196418989 AGCACACAC-TAGATAAGAAGGAGGTCATAAAACCAGAAAGGCAATAAATAGAATGTTATGAGCATGAACTCCAGATGCA
i rheMac2.chr3 C 0 I 8
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
s panTro2.chr7 152939009 80 + 160261443 AGCATACACTTAGATAAGAAGAGGGTCATAAAACCAGAAAGGCAATAAATAGAATgttatgagcatgaactctagatgca
i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s hg19.chr21    11084529 155 +  48129895 aactgttcaggttcaatcccacctctgcttcttactacatttattaccttaagcaagtcacttaacttctccctgccgtttctgccacatctgtataacggggataacagaccctaccttagagggttgtcacgctaatgaattctgagaatagt
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
e rheMac2.chr3 189325010   8 + 196418989 I

a score=80557.000000
s hg19.chr21    11084684 78 +  48129895 ccctggtactacagttaagtgctcattagttgtCCACACTCATCATCGTCATTACTCCCATTACTATGAAGTGAAGAG
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150122808 78 + 157549271 gcctggtactacagttaagtgctcattaggtgtCCACATTCATCATCGTCATTACTCCTATTACTATGATGTGACAAG
i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
e rheMac2.chr3 189325010  8 + 196418989 I

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s hg19.chr21    11084762 137 +  48129895 TTGTGCTGCTAGGACGGGAGCAGCAACTTTTCAACACCAATCGC-TTTTTTAGATGGCCTCCTTTCTAGCCTTGTTAGTTGCCCAAATTCTG--AAAAAAACAAGAACTAAGACTCTAGAAGGAGATCCGAGAGGCAGAC
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
s ponAbe2.chr7 150122886 137 + 157549271 TTGTGCTGCTAGGACGGGAGCAGCAACTTTTCAACACCAATCACTTTTTTTAGATGGCCTCCTTTCTAGCC-TGTTAGTTGCCCAAATTCTG--AAAAAAACAAGAACTAAGACTCTAGAAGGAGATCCGAGAGGCAGAC
i ponAbe2.chr7 C 0 I 106
e rheMac2.chr3 189325010   8 + 196418989 I

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s hg19.chr21    11084899 38 +  48129895 gtgtgtctc------------------tgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtaggtgc
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i ponAbe2.chr7 I 106 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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a score=153301.000000
s hg19.chr21    11084937 161 +  48129895 gtgtgcatgtAGACGAAGGAGGAATCAGGAGTAATGCCAAGAATGAGAATCAAATCTGTATAAGCAGTTCAGAAAAGGGGCATCATGAGTCGCTCTTCTCAGTGCTGCCCCAAGGGTTCCACAGTTTGCTCCTTCCAtcattcacttggataaaacctttc
s panTro2.chr7 152939517 157 + 160261443 gtgtgcatgtAGATGAAGGAGGAATCAGGAGTAATGCCAAGAGTGAG----AAATCTGTATAAGCAGTTCAGAAAAGGGGCATCATGAGTCACTCTCCTCAGTGCTGCCCCAAGAGTTCCACAGTTTGTTCCttacatcattcacttggataaaacctttc
i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3 189330043 347 + 196418989 GTAAAAAtacgcagccataaaaaaagaatggaatcatgtcctttgcagcaacatggatggagctggaggctacattgtttttcatgcttcatcctaaaagaagtaactcagaaccagaaaatcaaataccacatggtctcacttgtaagtgggagctgaacaatgagcacacgtgcacataaagatggaagtaatagactagagattccaaaatagaaggtagaagaggag--------gttgaaaactacctattgggtactagggtcagtatttggatgatgggtgcactagaaggccaaacctcggcattacataatctagccatgtaacaaacctgcacaggtaccccctg
i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 I 132 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3 C 0 I 5
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i ponAbe2.chr7 I 15 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr7 C 0 I 5578

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s rheMac2.chr3 189335898 252 + 196418989 ttctgtcactcaggctggagtgcagtggcaccatctcggctcactgcaacctccgcctcctgggttcaagtgattctcct-gccttggcttcccgagtagctgggattacaggtgcctaccaacatgccaggctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcaccctgttggccaggctagtctcaaactcctgacctcaagtgatccgcctgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtga
i rheMac2.chr3 C 0 I 5964
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i panTro2.chr7 I 5578 C 0

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i panTro2.chr7 C 0 C 0
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i panTro2.chr9  C 0 I 434
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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s ponAbe2.chrUn  65496204 63 -  72422247 TAAGATTAAGTGGGGCCGCACGGCCAGACAGGCCCTCCTCCTGAGGCCGGGCGGGCTGCGCAA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr9   42826629 63 + 138509991 TAAGATTAAGTGGGGCCGCACGGCCAGACAGGCCCTCCTCCTGAGGCCGGGCAGGCTGCGCGC
i panTro2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

a score=96803.000000
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=22703.000000
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s ponAbe2.chrUn  65496404 50 -  72422247 CTCGCGGTGCAGGCGCGCTGCTAGTGGCCTTGCGAGGCTCACTGAGTCTG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

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i panTro2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  65496454 104 -  72422247 AGAGGTCGGAGGCTGCGAGTGTCGCTGGTGAAGGCTGTGGTGGACCCGGCCGGATCGCGGATTCTGGGCTAGATCGCAGATttgggatcgtggct-ggggattgg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

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s ponAbe2.chrUn  65496558 18 -  72422247 atcgcggattgggggt-------------------tg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

a score=32841.000000
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr9   42827021 70 + 138509991 gatcggggatttggggctggattggggatttggggctgggttggggGCAGTGAAAAGGTG----ACAGGGAGTT
i panTro2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

a score=31927.000000
s hg19.chr21     11107114 38 +  48129895 GCCGCGGCTCAGGAGCCGGTGGTTGGGAGTCTGAGAAg
s panTro2.chr9   42827091 38 + 138509991 GCCGCGGCTCAGGAGCCGGTGGTCGGGTGTCTGAGAAg
i panTro2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  65496650 38 -  72422247 GCCGCGGCTCAGGAGCCGGTAGGTGGGTGTCTGAGAAg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

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s hg19.chr21     11107152 158 +  48129895 attgcaggcgcccgccaccacgcccagctaatttttgta-tttttagtagacacggggtttcactgtgttggccaggctggtctcaaactcctgacctcgtgatcttcccgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgcaccc
s panTro2.chr9   42827129 158 + 138509991 actacaggcgcccgccaccacgcccagctaatgtttgta-tttttagtagagacggggtttcaccgtgttggccaggctggtctcaaactcctgacctcgtgatctgcccgcttcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcgccc
i panTro2.chr9  C 0 N 0
s ponAbe2.chrUn  65496688 159 -  72422247 attacaggcgcacgccaccacgcccagctaatttttgtattttttagtagagacggggtttcgccctgttggccaggctggtctcaaactcctgacctcgtgatctacccgccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcgccc
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

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s hg19.chr21     11107310 91 +  48129895 ggccTTATCACTATTATTATGGttttttttgggtttttttgttgttgtttgttttctttgttttttgttgttgttgttgttgttgttgttg
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

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s hg19.chr21     11107401 121 +  48129895 ttttttgagacggagtctcgctctgtc-cccaggctggagtacagtgg-cgtgatctcggctcactgcaagctctgcctccccggttcacgccattctcctgcctcagcctcctgagtagctg
s ponAbe2.chrUn  65496891 122 -  72422247 ttttttgagacggagtctcgctctgtcgcccatgctggagtacagtgg-cgcgatctcggctcactgcaagctccgcctccagggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctg
i ponAbe2.chrUn C 0 N 0
s panTro2.chr22  42119836 123 +  50165558 ttttttgagatggagtctcgctctgtcacccaggctggagtgcagtgggcgtgatctcggctcactgcaagctctgcctcccgggttcacaccattctcctgcctcagcctcccaagtagctg
i panTro2.chr22 N 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=54508.000000
s hg19.chr21     11107522 122 +  48129895 ggactacaggcacccaccaccacgcccggctaattttttgtatttttagtagaaacggggtttcaccatgttaaccaggatggtctcgatcttgtgatccatccgcctcggcctcccaaagt
s panTro2.chr22  42119959 122 +  50165558 ggactacaggcgcctgccaccatacccggctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtcttgatttcatgatccatctgcctcggcctcccaaagt
i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22 N 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

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s ponAbe2.chr22  38348493 160 +  46535552 gctgggattacaggcgtgagccaccgcgcccagccgagcccaggagtttgaaaccagcctgggcaacatggcaaaaccccatctctacaaaaaatacaaaaaaattagccgggcatggtggcacatgtctgtagttctagctactcaggaggctgaagtg
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
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a score=164149.000000
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s panTro2.chr22  42120288 338 +  50165558 gtgccactgcactccagcctaggtgatggagtaagaccctgtctcaagaaaaaaaaaataaaTCAATCAAAACGGCttctcccaggaaggcatacgaatggccaataagcacatgaaaagatactcaacatcatcagctgtcagaaaaaatgcaaatcaaaaccataatgagatactacttcaGgggagcagtggttcacgtttgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggccaattgcttgaggccaagagttcaagaccagcctgggtaacatggtgagaccctgtcgctacaaaaaaataaaaaattagcagccaggcacggtggctcat
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s ponAbe2.chr22  38348694 335 +  46535552 gtgccactgcagtccagcctaggtggtggagtaagaccctgtctcaagagaaaaaaaaaaaa---atcaaaaCGGtttctcccaggaaagtatacgaatggccaataaggacataaaaagctactcaacatcattagctgtcagaaaatatgcaaatcaaaaccataatgagataccacttcaGgggagcagtggttcacatttgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggccaattgcttgaggccaggagttcaaaaccaacctgggcaacatggtgagaccctgtcgctacaaaaaaataaaaaattagcagccgggcatggtggctcat
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=355622.000000
s hg19.chr21     11108193 739 +  48129895  
s panTro2.chr22  42120626 702 +  50165558  
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s ponAbe2.chr22  38349029 700 +  46535552  
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=13568.000000
s hg19.chr21     11108932 22 +  48129895 acagagcaagattctgtctcaa
s ponAbe2.chr22  38349729 22 +  46535552 acagagcaagactccgtctcaa
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
s panTro2.chr22  42121328 22 +  50165558 acagagcaagactccgtctcaa
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

a score=403195.000000
s hg19.chr21     11108954 815 +  48129895  
s panTro2.chr22  42121350 812 +  50165558  
i panTro2.chr22 C 0 I 302
s ponAbe2.chr22  38349751 790 +  46535552  
i ponAbe2.chr22 C 0 I 283
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=9110.000000
s hg19.chr21     11109769  36 +  48129895 ggggagGGGAGATCAGGTGAGTTAAACTGGATTTGG
s panTro2.chr22  42122464  36 +  50165558 GGGGAGGGGAGATTAGGTGAGTTAAACTGGAATTGT
i panTro2.chr22 I 302 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I
e ponAbe2.chr22  38350541 283 +  46535552 I

a score=131659.000000
s hg19.chr21     11109805 246 +  48129895 GGGGGAATGTTGGCCAAGTGGCAGGCAGGGTGGGCCTGGGCCTGAGGGAA-GCCATGGACCCCTAGACTTGTTCCTGCTGACAGAGTGCCAGTGGCTGGGCAGGAGCATGAGCAAGGTGGGTTTGCATCTGTCACTGGAGGAGCGCTCCGAATGCTTCTCAGGACAAAAGCAGGAGGCTGCCATTGTTCACAGGATGTGAGATCTAATATGGTTCAGGCTGGGGCAAATCAGTGAAGATCAAAATCC
s ponAbe2.chr22  38350824 246 +  46535552 GGGGGAATGTTGGCCAAATGGCAGGCAGGGTGGGCCTGGGCCTGAGGGAACGCCATGG-CCCCTGGATTTGTTCCTGCTGACAGAGCGCCAGCGGCCGTGCAGAAGCATGAGCAAGGTGGGTTTGCATCTGTCACTGGAGGAGCGCTCCGAATGCTTCTCAGGACAAAAGCAGGAGGCCGCCATTATTCACAGGATGTGAGATCTAATATGGTTCAGGCTGGGGCAAATCAGTGAAGATCAAAATCC
i ponAbe2.chr22 I 283 C 0
s panTro2.chr22  42122500 247 +  50165558 GGGGGAATGTTGGCCAAGTGGCAGGCAGGGTGGGCCTGGGCCTGAGGGAACGCCATGGGCCCCTAGACTTGTTCCTGCTGACAGAGCGCCAGCGGCCGGGCAGGAGCATGAGCAAGGTGGGTTTGCATCTGTCACTGGAGGAGCGCTCCGAATGCTTCTCAGGACAAAAGCAGGAGGCCGCCATTGTTCACAGGATGTGAGATCTAATATGGTTCAGGCTGGGGCAAATCAGTGAAGATCAAAATCC
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=95891.000000
s hg19.chr21     11110051 139 +  48129895 CTCATCTTCCACAATGAGGGACTAGAATCAAAGGTGGATGTGCTCCCGCCTGCTCACAAAGGGTCCTCACATGCCCCAGGGCCCTCCGCTGGGGCACAGTCCACATTAGGCGACACACAAACAGCCTGAGGGTGCCCAG
s ponAbe2.chr22  38351070 139 +  46535552 CTCACCTTCCACAATGAGGGACTGGAATCAAAGGTGGATGTGCTCCCGCCTGCTCACAAAGGGTCCTCACGTGCCCCAGGGCCCTCCGCTGGGGCACAGTTCACATTAGGCGACACACAAACAGCCTGAGGGTGCCCAG
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
s panTro2.chr22  42122747 139 +  50165558 CTCGTTTTCCACAATGAGAGACTGGAATCAAAGGTGGATGTGCTCCCACCTGCTCACAAAGGGTCCTCACGTGCCCCAGGGCCCTCCGCTGGGGCACAGTTCACATTAGGTGACACATAAACAGCCTGAGGGTGCCCAG
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=51795.000000
s hg19.chr21     11110190 115 +  48129895 TCACTGAGCAGCCCCAGACGCTGTGCCGTTACCGGCAGGCAGGGCCCTGCAGGAGACCTTCGCCTGCCCGGACCAGAGAGGCTGCAGGGGTGCTGTGGGGAGAGGGCCAGATGGC
s panTro2.chr22  42122886  98 +  50165558 TC-----------------GCTGTGCCGTTACCAGCAGGCAGGGCCCTGCAGGAGACCTTGGCCTCCCCAGACCACAGGGGCTGCAGGGCTGCTGCGGGGAGAGGGCCAGGCGGC
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s ponAbe2.chr22  38351209 115 +  46535552 TCACTGAGCAGCCCCAGTCGCTGTGCCGTTACTGGCAGGCAGGGCCCTGCAGGAGACCTTGGCCTCCCCAGACCACAGGGGCTGCAGGGCTGCTGTGGGGAGAGGGCCAGGCGGC
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=15861.000000
s hg19.chr21     11110305 29 +  48129895 CGCAACACAGCTGGGAATGGCTCCAGAGG
s ponAbe2.chr22  38351324 29 +  46535552 CGCAGCACAGCTGGGAATGGCTCCAGAGG
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
s panTro2.chr22  42122984 29 +  50165558 CGCAGCACAGCTGGGAATGGCTCCAGAGG
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

a score=181800.000000
s hg19.chr21     11110334 347 +  48129895 GGAGGGTGGAGAGTGCGCTGGCCCCTGGGAGGACTCAGAGAGGAGTTGCGTGTGTTTGGCGCTTGTGGACATGGTGTGTGGCAGTGTGAGCCAACAGGCCAACGGGCGGCAAGCATAGGAGGCTTTATGGATCCCCCTGAAGAACCACTGTGTGGAGGGGAAATGGCCCCCTGCGAGGAAAGTCCTAGCAGCCGGTGGAGCGCAACCAGATGCGGGCCCAGACTGATGGGGTCTCCATGGGAGCCCAGGTGGGAGGTGGAGGAG---AAGGGAGACAGTGAGAAGGTTGTCACCAGGCCCTCACTAATACCCAGGGAGAAGCCCGTGTGCAAAGGAGGTGAAGGATAGtg
s ponAbe2.chr22  38351353 350 +  46535552 GGAGGGTGGAGAGTGCGCTGGCCCCTGGGGGGACTCAGAGAGGAGTTGCGTGTGTTTGGCACTGGTGGACATGGTGTGTGGCAGTGTGAGCCAACAGGCCAATGGGCGGCAAGCATAGGAGGCTTTATGGAGGGCCCTGAAGAACCACTGTGTGGAGGGGAAATGGCCCCCTGTGAGGAAAGTCCCAGCAGGCGGTGGAGCGCAACCAGATGCGGGTCCAGACTGATGGGGTCTCCATGGCAACACAGGTGGGAGGTGGAGGAGGAGAAGGGAGACAGTGAGAAGGTTGTCACCAGGCCCTCACTAATACCCGGGGAGCAGCCCATGTGCAAAGGAGGTGAAGGATAGTC
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
s panTro2.chr22  42123013 350 +  50165558 GGAGGGTGGAGAGTGCGCTGGCCCCTGGGGGCACTCAGAGAGGAGCTGCGTGTGTTTGGCACTGGTGGACATGATGTGTGGCAGTGTGAGCCAACAGGCCAATGGGTGGCAAGCATAGGAGGCTTTATGGAGCGCCCTGAAGAACCACTGTGTGGAGGGGAAATGGCCCCCTGTGAGGAAAGTCCTAGCAGCTGGTGGAGCGCAACCAGATGCGGGTCCAGACTGATGGGGTCTCCATGGCAGCCCAGGTGGGAGGCGGAGGAGGAGAAGGGAGACAGTGAGAAGGTTGTCACCAGGCCCTCACTAATACCCGGGGAGCAGCCCGTGTGCAAAGGAGGTGAAGGATGGTG
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=4112.000000
s hg19.chr21     11110681 35 +  48129895 gtttggtttggtttggtttggtttggtttggtttg
s panTro2.chr22  42123363 20 +  50165558 Gttttcttttgttttgtttg---------------
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s ponAbe2.chr22  38351703 20 +  46535552 GTTTGGttttgttttgtttg---------------
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

a score=410189.000000
s hg19.chr21     11110716 814 +  48129895  
s ponAbe2.chr22  38351723 791 +  46535552  
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
s panTro2.chr22  42123383 799 +  50165558  
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=107683.000000
s hg19.chr21     11111530 175 +  48129895 GGTGGAAGAGCTGGGAACAGTTAACAGGGTGTCTTTCACCTCTGTGTGTAGGAGCCGAGGTGGAGCCGCCAGCTGTTCAAAGGATGCCCCCTCCTGGGGGGTAAGAGGGCTCGCCAGAGCCAGTGAGGTGGGTGGGCAGGGTCCCTGTGCAGTGACACTGGTTGTTCCTGAGGCA
s ponAbe2.chr22  38352514 175 +  46535552 GGTGGAAGAGCTGGCAACAGTTAACAGGGTGTCTTTCACCTCTGTGTGTAGGAGCCGAGGTGGAGCTGCCAGCTGTGCAGAGGACGCCCCCTCCTGGGGGGTAAGAGGGCTCGCCAGAGCCAGCGAGGCGGGTGGGCAGGGTCCCTGTGCGGTGGTACTGGTTGTTTCTGAGGCA
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
s panTro2.chr22  42124182 175 +  50165558 GGTGGAAGAGCTGGGAACAGTTAACGGGGTGTCTTTCACTTCTGTGTGTAGGAGCCGGGGTGGAGCTGCCAGCTGTGCAGAGGACGCCCCCTCCTGGGAGGTAAGAGGGCTCGCCAGAGCCAGCGAGGCGGGCGGGCAGGGTCCCTGTGCGGTGGTACTGGTTGTTTCTGAGGCA
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

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s ponAbe2.chr22  38352689 272 +  46535552 AACAGAGCTCCC-----CCttttttttttgagacagagtttcgctcttattgcccaggcttgagtgtaatggcgccatctcggctttccacaacctccgcctcctgggttcaagcgattctcctgcctcagcctccaggctaatttttgtatttttagtagagatgaagtttcaccatgttggccaagctagtctcgaactcctgacctcagatgatccacccttctcggcctcccaaagtgctgggattacacccatgagccaccgcgcccggccA
i ponAbe2.chr22 C 0 M 385
s panTro2.chr22  42124357 276 +  50165558 AACAGAACTCCCCTCC-ttttttttttttgagacggagttttgctcttattgcccaggcttgagtgtaatggcgccatctcggctctccgcaacctccgcctcctgggttcaagcgattctcctgcctcagcctccaggctaatttttgtatttttagtagagatgaggtttcaccatgttggccaagctggtctcgaactcctgacctcagatgatccaccctcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgcgcccagccA
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

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s panTro2.chr22  42124633 290 +  50165558 CAGAACtccccattttatacagtgggaaacaaaggtgcaacgaccccagggacaggcttgggaaacagctaataaacagcagagccaggccacaaggccaagtctgactCGGGGATCTCCATCCCACACCCGCCATCAACAGCAAACACATTAAAACTAAACCCCACggctgggcgcagtggctcacacctgtattcccagcactctgggaggctgaggcaggcggatcacctaaagctgggagtttgagaccagcctagccaacatggtgaagccccatctctactaaa
i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I
e ponAbe2.chr22  38352961 385 +  46535552 M

a score=87518.000000
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s panTro2.chr22  42124923 184 +  50165558 aatacaaaaattagccgggcatggtggtgtacacctgtaatcccagctacttgggaagctgaggcacgagaatcacttcaacccgggaggcagagattgcagtgagctgaggttgcgccactgcactccagcctgctgggcgacagagcaagactctgtctcaa-aaacaaaac-aaaacaaaa-------ca
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s ponAbe2.chr22  38353346 192 +  46535552 aatacaacaattagccaggcatggtggtgtacatctgtaatcccagctacttgggaagctgaggcacgagaatcacttcaacccgggaggcagagattgcagtgagctgaggtcgcgccactgcactccagcctgctgggcgacagagcgagattctgtctcaa-aaacaaaacaaaaacaaaaaaagaacaa
i ponAbe2.chr22 M 385 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

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i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

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i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
s panTro2.chr22  42125179 33 +  50165558 CACCAACTGTAGTTTATTTGGAGTCCAGCCAAG
i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
s ponAbe2.chr22  38353643 36 +  46535552 TACCATTTGTATATATGTTCCTCTTACTTTCTATTC
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
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a score=131940.000000
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i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
s panTro2.chr22  42125219 267 +  50165558 -------TGTGTTGAAAAGACCTATTTTTCCCTAATTGGCAGTGAAACACCATTAAATATATGTACTC--ATATACACACACACAATATGGCATGTACACTTGACACACGTCCATGCATGGGCACTGAGAGAGCTTGGGCAAGTCAGGGAAGACCCTTATCTGAAGGACATACCCTTGGTGCCATTTGGGAGAACAAACTCCTGTTACTAGCATCGCAACAAAAACAGGTGGCAAGCTTTAAAGATAAACTCAAGACAGCGAGTGAAACTTCAGCA
i panTro2.chr22 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr22  38353953 346 +  46535552 AATACGTGTTAATACGACCATGAGTAAAAGGCCCTTCCTggccgggcgcggtggctcacgtctgtaatttcagcactttgggaggcggaggtgggaggatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacacggtgaaa-ccccgtctccactaaaaatacaaaaattagttaggcgtggtggcaggcgcctgtaattccacctccttgggaggctgagccaggagaatcgcctgatcccaggaggtggaggttgcagtgagcctagattgtgccattgcactccagcctgggtgttaagagtgaaactccacctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

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i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=31161.000000
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

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i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I
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a score=20232.000000
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22 I 16 C 0
e rheMac2.chr3  189342825  0 + 196418989 I

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i ponAbe2.chr22 C 0 N 0
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i panTro2.chr22 C 0 N 0
e rheMac2.chr3  189342825   0 + 196418989 I

a score=23305.000000
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e rheMac2.chr3 189342825   0 + 196418989 I

a score=175261.000000
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i panTro2.chrX N 0 I 9084
e rheMac2.chr3 189342825   0 + 196418989 I

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e panTro2.chrX    747701 9084 + 155361357 I

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i panTro2.chrX I 9084 C 0
e rheMac2.chr3 189342825  0 + 196418989 I

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s panTro2.chrX    756806 293 + 155361357 cctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcgggcagatcacgacgtcaggagatcgaggccatcctggctaacacagtgaaaccccgtctctcctaaaaatacaaaaaaattagccaggcatggtggcgggcacctgtagtcccagctactcgggagcctgaggcaggagaatggtgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatggagccactgcactccagcctgggtgacagagcgagactctgtttcaaaaacataaataaataaataaataaTGGGGG
i panTro2.chrX C 0 C 0
e rheMac2.chr3 189342825   0 + 196418989 I

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s hg19.chr21    11116956 929 +  48129895  
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i panTro2.chrX C 0 C 0

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s panTro2.chrX    758049 184 + 155361357 ataagatggatagatacataagagatacataggatggata-gatagataggtagatagaataagatggatgatagatagatagatagatagaataagatggatgatag----ataga--tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataggatagatgatgggtagatggatagatgga
i panTro2.chrX C 0 C 0
e rheMac2.chr3 158241405 317 - 196418989 I

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s panTro2.chrX    758233 499 + 155361357 tagatagacaggatagat-gatagatagataatagatagatagatggaATAAATATCATATAACTGCATAAATAAATGTATGGAAATAAGCaaataatcatgacttcaataagatggaagtttgcttctctctgatatgataggaggccagaacaaggggtccaagttgttgtacagattcaagatgtgagacatcctccatgttgtgcctccaccattttagtatgtgactttctactcatggttcaatatggtgacatggtctccagccctcacatctccattgcagctagcagcaaaaggagagggaagagttcacattcacttttttaagaagttaaggagatttttacggtcttaatacattcctacttacttcccatgagctcaaagttcatcatacagtcacacagagctgcaagggagtctaggaaaaacagtctGAAAAAGTAGAGGTGGACAGCTTCTCAGGGATCCCCCAAGTTCTGGTCACTCTCTCA
i panTro2.chrX C 0 C 0
s rheMac2.chr3 158241722 495 - 196418989 tagatagata-gatagatagatagatagata---gatagatagatggaAAAAATATCATGCAACTGCATAAACAAACGTATGAaaa-aaacaaatattaatgactgaaataagatggaagtttgtttctctgtgctacgataggaggccagaacaagtggtcctggtggttgtacagattcaagatgtcaggcatcctccatattgttgctccacaattttaatatgtgactttctactcatggttcaatatggtgatgtggtctccagccctcacatctccattgcagctagtagtaaaaggagaaggaagagttcacattcacttttttaagaaattaaagagatttttatggtcttaatacattcctacttacttttcatgagctcaaagttcatcatacagtcacacagagctgcaagggagtctaggaaaaacaatctCAAAAAGTAGAGGTGGACAGCTTCTCAGGGATCCCCCAAGTTCTGGTCACTCTCTCA
i rheMac2.chr3 I 317 C 0

a score=111022.000000
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s panTro2.chrX    758732 236 + 155361357 ACTCTCTGCTTCTCTCTGTGTTCCAGACTAGATTCTCTTGGAAAAAGTCTTGGAAGATAGGATGG-AAAAAAAAATCCAGCTGCTGAGGCTATAGATTTAGAGTCTGAGCTTCTCCCACC-TTCTCTCAGTCTTTGCTGATCAAATTCAAGGGAAGGGTTAATTAGCCTGTCTTGCACCATATGTCTATCTCTGGGATAATCTCTGCACCTGAGAAAGGCTGGCTTCTCAGAACAGAT
i panTro2.chrX C 0 C 0
s rheMac2.chr3 158242217 234 - 196418989 ACTCTCTG-TTCTCTCTGTGTTCCAGGCTAGATTCTCTTGAAAAAAGACTTGGAACATAGGATGG-AAAAAAAAGTCCAGCTGCTGCAGCTATAGATTCCCAGTCTGAGCTTCTCCCACC--CCCTTCAGTCTTTGCTGATCAAATTCAAGGGAAGGGTTAACTAGGCTGTCTTGCACCCTGTGTCTATCTCTGGGATAATCTCCGCACCTGAGAAAGGCAGGATTCTCAGAGAAGAT
i rheMac2.chr3 C 0 M 942

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i panTro2.chrX C 0 C 0
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s panTro2.chrX    759224  65 + 155361357 CCAGTCATGTCCACATTTATGCTTATACATATTAAATAGGTCTAAATGTGTTTAGACCTATTACC
i panTro2.chrX C 0 C 0
e rheMac2.chr3 158242451 942 - 196418989 M

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s panTro2.chrX    759289 167 + 155361357 TTGGAACCCATGCATAGGATGGATCAGAAGGGATGGCACTGAAGGTGGAAGCCTGGAGCCTCTGGCATGGGATGGATGGTGGTAATGGAATCTTTGAACCTGGAGCATGGAGTGGGAAGGAAGAAGTGAGAAGGCATTCAAAGTCACCAGTAAggctgggcaccatg
i panTro2.chrX C 0 C 0
e rheMac2.chr3 158242451 942 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 N 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158242451 942 - 196418989 M

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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  M 942 C 0

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s panTro2.chrX     759729 2382 + 155361357  
i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  158243455 2383 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrX     762159 178 + 155361357 gataaggatgtgggcatctttgggacc----attattctgtctaccacaTgaggattaggaagtggatgtcttggaatccattattcggcctaccccaT-gggattagaatgtggacatctttagggccattatactgtctacctcacggggattaggatgtgg---acatctttagggccattat
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13262736 186 +  48394510 AACGATGACATAGACATCTTTGAAGCCATTAATTACTTTGTCTACCACATAAGGATGAGGACGTGGATATCTTTGGCACTATCATGCTGTCGACTACAcgaagataaggatgtgggcatctttagggccattatgctgtctaccacaTGGGGATTAGGATGTTGGTAACATCTTTAGGGTCATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  158245885 175 - 196418989 gattaggatgtgagcatttttggggcc----attattctgtctcccacatg-ggattaggacgtgagcatctt-ggggccattgttttgtctaccacat-gggattaggatgtggacatctttggggccattattctgtctcccacat-gagattaggacgtgg---acatctttgaggccattat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11122192 30 +  48129895 tctgtctatcacaTgaggattaggacgtgg
s panTro2.chrX     762337 30 + 155361357 tctgtctaccacaTggggaataggatgttg
i panTro2.chrX  C 0 I 3
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  158246060 30 - 196418989 tctgtctaccacttgggaattatgatgtgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11122222 63 +  48129895 acatctttggggccattattctgtctgccacaTgggattaggacatggacatatttgaggcca
s ponAbe2.chr21  13262951 45 +  48394510 atatctttggggccattattctgtttcccacaTgggattaggacg------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  158246153 283 - 196418989 ttattttgtctcccacatgg-gattagaatgtggacatctttgaggccattattctgtctcccacatg-ggattaggacgtggacatctttgaggccattattctgtctaccacttgggaattatgatgtggacatctttgaggccactattccgtctgccacatgggattaggacgtggacatctttggggctattattttgtctcccacatgggattagaatgtggacatctttgggaccattattctgtctgccacat-gggattaggacgtggacatctttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrX  I 3 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=-123.000000
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e rheMac2.chr3  158246892 0 - 196418989 C
e panTro2.chrX     762951 0 + 155361357 C
e ponAbe2.chr21  13263366 0 +  48394510 C

a score=0.000000
s hg19.chr21     11123319 30 +  48129895 AAAAGAAAGATAACAACCAAAAAACAACAA
e rheMac2.chr3  158246892  0 - 196418989 C
e panTro2.chrX     762951  0 + 155361357 C
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s hg19.chr21     11123349 75 +  48129895 AAAAGTAAATTCCAAAATTTCTATATCACATTACAAATTCACATGCCACCCACGAAGAATACATTTGCAAAATAA
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13263366 75 +  48394510 AAAAGTAAATTTCAAAATTGCTATATCACGTTACAAATTCACATGCCACCCGTGAACAGTACATTTGCAAAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11123424 50 +  48129895 ATGATGTCTTGAGACGAAATGAGTTTTCAATGAAGATTTTAGAGACTCtt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0

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s panTro2.chrX     763935 114 + 155361357 tttcc--ccttccccatccccttccacttccccttccccttcctcctccttctcctcctcctcctccccttcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttctt
i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11124372 36 +  48129895 cttcttcttcttcttcttcttctccttctccttctc
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=39393.000000
s hg19.chr21     11124937   163 +  48129895 AGGTCCCAGGCTGCTAAGACAATCTCGAATTCTCTCAACACCCCACAGCTTGTCAATACTGGAGGTATTCTGGTGATTTTTTTT-----TTTTGGAAAGTGGCTATTTATATATCACAAGGTTTCTTGATTACAAAAGCAGTCAACTggccaggcgcagtggctcatg
s panTro2.chrX     764617   165 + 155361357 AGGTCCCAGGCTGCTAAGACAATCTCGAATTCTCTCAACACCCCACAGCTTGTCAATACTGGAGATATTCTGGTGATTTTTTTTG---GGGGGGGGAAGTGGCTGTTTATATATCACAAGGTTTCTTGATTATAAAAACAGTCAACTAGGcaggcacagtggctcatg
i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i panTro2.chrX  C 0 I 271
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s hg19.chr21     11125228   392 +  48129895 catccttttttatggctgcatagtattccatgcatacatggcacattttctttaagggtgcatgttgggaggagggaaaggatcagaaaaaaataacttattgtgtacaaagctttgtacctgggtgacaaaataatctgtacaacaaacccctatgacatgagtttacctatataacaaacccacacatgtacccctagacctaaataaaagtgtttttgtttgtttgtgtttttgtttttgttGTGTTTGTATGTTtgtaatcccaactacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacccgggaggtgtaggttgcagtgatcagagatcgctccagccttggtgacagagtgagactccatctccaaaaaaaaaaccaaaaaac
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     764910   271 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13265277   235 +  48394510 I

a score=695789.000000
s hg19.chr21     11125620  1393 +  48129895  
s panTro2.chrX     765181  1392 + 155361357  
i panTro2.chrX  I 271 C 0
s ponAbe2.chr21  13265512  1387 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 I 235 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=18000.000000
s hg19.chr21     11127013    61 +  48129895 TAGAAGAAGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGGCGATG
s ponAbe2.chr21  13266899    61 +  48394510 TAGAAGACGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     766573    58 + 155361357 TAGAAGATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACC---
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-1547.000000
s hg19.chr21     11127074    26 +  48129895 CTGGAGCTTCTAGTGGGTGGACGATG
s ponAbe2.chr21  13266960    26 +  48394510 CTGGAGCTTCTGGTGAGTGGACCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 25
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766631     0 + 155361357 C

a score=-12312.000000
s hg19.chr21     11127100    32 +  48129895 CTGAATCTTCTGGTGGGTGGACTATGGTGGAG
s ponAbe2.chr21  13267011    32 +  48394510 GTGGAGCTTCTGGTGGGTGGATTATGCTGGAG
i ponAbe2.chr21 I 25 C 0
s panTro2.chrX     766631     8 + 155361357 ------------------------TGGTGGAG
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-17592.000000
s hg19.chr21     11127132    29 +  48129895 CTTCTGGTGGGTAAATAATGTTGGAGCTT
s panTro2.chrX     766639    29 + 155361357 CTTCTGGTGGGTAAATAATGCTGGAGCTT
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13267043    21 +  48394510 CTTCTGGTGGGTAAATCATGC--------
i ponAbe2.chr21 C 0 T 70
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-32021.000000
s hg19.chr21     11127161    34 +  48129895 CTGGTGAGTAGACCATGGTGGAGCTTCTGGTGGA
s panTro2.chrX     766668    34 + 155361357 CTGGTGAGTAGACCAGGGTGGAGCTTCTGGTCGG
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13266994    34 +  48394510 CTGGTGGGTAGACCAGGGTGGAGCTTCTGGTGGG
i ponAbe2.chr21 T 70 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-13608.000000
s hg19.chr21     11127195    26 +  48129895 TAAATTATGCTGGAGCTACTCATGGG
s panTro2.chrX     766702     9 + 155361357 TAAATTATG-----------------
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13267028    26 +  48394510 TGGATTATGCTGGAGCTTCTGGTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-16680.000000
s hg19.chr21     11127221    43 +  48129895 TAAATCATGCTGGAGCTTCTGGTAGGTGGACCATGCTGGGGCT
s ponAbe2.chr21  13267054    43 +  48394510 TAAATCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766711     0 + 155361357 C

a score=-58731.000000
s hg19.chr21     11127264    73 +  48129895 TCTGGTGGGTGAACCATACTGGAGCTTCTGGTAGGTGGACCATGGTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTG
s ponAbe2.chr21  13267097    72 +  48394510 TCTGGTGGGTAAACCATGCTG-AGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 51
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766711     0 + 155361357 C

a score=-16824.000000
s hg19.chr21     11127337    23 +  48129895 GGGCTTCTGGTGGGT-------------------------GAACCATA
s ponAbe2.chr21  13267220    48 +  48394510 GAGCTTCTGGTGGGTAAACCATGCTGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATG
i ponAbe2.chr21 I 51 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766711     0 + 155361357 C

a score=-56847.000000
s hg19.chr21     11127360    48 +  48129895 CTGGAGCTTCTGGTAGGTGGACCATGGTGGAGCTTCTGGTGGGTAGAC
s ponAbe2.chr21  13267268    24 +  48394510 CTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCA------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 T 105
s panTro2.chrX     766711    48 + 155361357 CTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATAGTGGAGCTTCTGGTGGGTGGAT
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-52866.000000
s hg19.chr21     11127408    53 +  48129895 CATGGTGGAGCTTCTGGTGGGTGGAGCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGGTAAAT
s panTro2.chrX     766759    47 + 155361357 CATGCTGGAGTTTCTGGTGGGTGGACCATGGTGGAGCTTCTGATGGG------
i panTro2.chrX  C 0 I 193
s ponAbe2.chr21  13267187    26 +  48394510 CATGGTGGAGCTTCTGGTGGGTG---------------------------AAC
i ponAbe2.chr21 T 105 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-19983.000000
s hg19.chr21     11127461    33 +  48129895 CATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTAAATCATGCTG
s ponAbe2.chr21  13267213    33 +  48394510 CATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTAAACCATGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 155
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766806   193 + 155361357 I

a score=-40757.000000
s hg19.chr21     11127494    50 +  48129895 GAGCTTCTGGTGAGTAGACCACGGTGGAGCTTCTGGTGGATAAATTATGC
s ponAbe2.chr21  13267401    50 +  48394510 GAGCTTCTGGTGGGTGGACCATAGTGGAGCTTCTGGTGGGTAAATTATGC
i ponAbe2.chr21 I 155 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766806   193 + 155361357 I

a score=-69291.000000
s hg19.chr21     11127544    97 +  48129895 TGGCGCTTCTCGTGGGTAAATCATGCTGCAACTTCTGGTGGGTAAATCATGCTGGAGCTTCTGGTGAGTAGACCACGGTGGAGCTTCTGGTGGATAA
s ponAbe2.chr21  13267451    97 +  48394510 TGGAGCTTCTGGTGGGTGGATCATGGTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGTTGGAGCTTCTGGTGGGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 T 517
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766806   193 + 155361357 I

a score=-81091.000000
s hg19.chr21     11127641    87 +  48129895 ATTATGCTGGAGCTTCTCGTGGGTAAATCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTCATGGGTAAATCATGCTG
s ponAbe2.chr21  13267031    87 +  48394510 ATTATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTAAATCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTAAACCATGCTG
i ponAbe2.chr21 T 517 I 128
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766806   193 + 155361357 I

a score=-41684.000000
s hg19.chr21     11127728    64 +  48129895 GAGCTTCTGGTGGGTGGATCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGATCATGCTCGAGCTTCTGGTG
s ponAbe2.chr21  13267246    63 +  48394510 -AGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTG
i ponAbe2.chr21 I 128 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766806   193 + 155361357 I

a score=-91648.000000
s hg19.chr21     11127792    66 +  48129895 GATGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGGTGGAGCTTCTGGTGAGTAGACCATGGTG
s ponAbe2.chr21  13267309    66 +  48394510 GGTGGACCATAGTGGAGCTTCTGATGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTAGGTGGACCATGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     766806   193 + 155361357 I

a score=-44356.000000
s hg19.chr21     11127858    77 +  48129895 GGAGCTTCTTGGAGGTAAATTATGCTGGAGCTTCTGATGGGTGGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGG
s ponAbe2.chr21  13267375    76 +  48394510 -GAGTTTCTGGGGTGTAAATTATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATAGTGGAGCTTCTGGTGGGTAAATTATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     766999    77 + 155361357 GGAGCTTCTGGGGGGTAAATTATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGAGCATAGTGGAGCTTCTGATGGGTGGACCATGC
i panTro2.chrX  I 193 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-43312.000000
s hg19.chr21     11127935    58 +  48129895 TGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGGTGGAGCTTCTGGTGGGTAAATTATGCTGGAGC
s ponAbe2.chr21  13267451    58 +  48394510 TGGAGCTTCTGGTGGGTGGATCATGGTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGCTGGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     767076    38 + 155361357 TGGAGTTTTTGGTGGGTGGACCATGGTGGAGCTTCTGA--------------------
i panTro2.chrX  C 0 I 17
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-63390.000000
s hg19.chr21     11127993   100 +  48129895 TTCTGGTGGGTGGACCATGTTGGAACCTCTGGTGGGTGGATCATGCTGAAGCTTCTGGTGGGTAAATCATGCTGAAGCTTCTGGTGGGTAAATCATGCTG
s ponAbe2.chr21  13267509   100 +  48394510 TTCTGGTGGGTGGACCATGTTGGAGCTTCTGGTGGGTGGGCCATGCTGGAACTTCTGGTGGGTGGATCATGGTGGAGCTTCTGGTTGGTGGACCATGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 T 156
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     767114    17 + 155361357 I

a score=-6598.000000
s hg19.chr21     11128093    41 +  48129895 GAACCTCTGGTGGGTAAATCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGT
s ponAbe2.chr21  13267453    41 +  48394510 GAGCTTCTGGTGGGTGGATCATGGTGGAGCTTCTGGTGGGT
i ponAbe2.chr21 T 156 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     767114    17 + 155361357 I

a score=-67545.000000
s hg19.chr21     11128134    51 +  48129895 AAATTATGTTGGAGCCTCTGGTGGGTAAATCATGCTGAAGCTTCTGGTGGG
s ponAbe2.chr21  13267494    51 +  48394510 GGACCATGCTGGAGCTTCTGGTGGGTGGACCATGTTGGAGCTTCTGGTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 64
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     767114    17 + 155361357 I

a score=-49942.000000
s hg19.chr21     11128185    65 +  48129895 TAAATCATGCTAGAGCCTCTGGTGGGTAAATCATGCTGGAGCCTCTGGTGGGTAAATCATGCTGG
s ponAbe2.chr21  13267609    53 +  48394510 ------------GAGCTTCTGGTGGGTGGATCATGGTGGAGCTTCTGGTGGGTGGGCCATGCTGG
i ponAbe2.chr21 I 64 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     767114    17 + 155361357 I

a score=-18995.000000
s hg19.chr21     11128250    28 +  48129895 AGCCTCTGGTGGGTAAATCATGCTGGAG
s panTro2.chrX     767131    28 + 155361357 AGCTTCTGGTGGGTAAATCATTCTGGAG
i panTro2.chrX  I 17 C 0
s ponAbe2.chr21  13267662    28 +  48394510 AACTTCTGGTGGGTAAATCATGCTGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=-3951.000000
s hg19.chr21     11128278    35 +  48129895 CCTCTGGTGGGTGGGGTATCCACACACCTGTGGGT
s ponAbe2.chr21  13267690    35 +  48394510 CCTCTGGTGGGTGGGGTATCCACACACCTATGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     767159    35 + 155361357 CCTCTGGTGGGTGGGGTATCCACATACCTGTGGAT
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=9960.000000
s hg19.chr21     11128313    33 +  48129895 GCCAATTGATAGTGGGGACTTCACCCCATGTCC
s ponAbe2.chr21  13267725    33 +  48394510 GCCCATTGATAGTGGGGACTTCACCCCATGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     767194    33 + 155361357 GCCCATAGATAGCGGGGACTTCACCCCATGTTC
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=12962.000000
s hg19.chr21     11128346    49 +  48129895 CAGAATCCT--------GCAAGGAGGCCACATGCCCCATAAATTCTTTCCAGTAAGT
s ponAbe2.chr21  13267758    49 +  48394510 CAGAAACCT--------GCAAGGAGGCCACGTGCCCCGTACATTCTTTCCGGTGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     767227    57 + 155361357 CAGAAACCTGCAAAGAGGCAAGGAGGCCACGCGCCCCATACATTCTTTCCGGCGACT
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=53264.000000
s hg19.chr21     11128395   101 +  48129895 TAATACGTCCACAGCACGCTGTGCGTTCCCCCAAAAATGACATCGGCCAATTACACTTTCAAATCACATGCCTTCCTGATGGGCAAAACTGGAAATGTGAA
s ponAbe2.chr21  13267807   101 +  48394510 TAATACATCCACAGCACGCTGTGCATTTCCCCAAAAATGACATCAGCCAGTTACACTTTCAAATCAAATGCCTTCCTGATGGGCGAAACTGGAAATGTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     767284   101 + 155361357 TAATACGCCCACAGCACGCTGTGTGTTTCCCCAAAAATGACATCGGCCAATTACACTTTCAAATCAAATGCCTTCCCGATGGGCGAAACTGGAAATGTGAA
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=95436.000000
s hg19.chr21     11128496   190 +  48129895 CACACTTTAATCCTCAGATAATGTAATGGTTTACATCTGGGGCTCTTCAGGCAGCCCATGGCTGGTTCACGTTGCTCCCTTCCAATAAATGTTTTGCAGTATGTGTCTTGTTTAATAACGATTTAAACATGGAAAATAAATGCTTTCCTCTTAGGCGTCCACCTGTCTATCACCCGGAGTCTGGGAGGAC
s ponAbe2.chr21  13267908   189 +  48394510 AACACTTTAATTCTCGGATAATGTAATGGTTTGCAGCTGGGGCTCTTCAGGGAGCCCACGACTCGTTCACGTTGCTCCCTTCCAAGAAATG-CTTGCAGTATGTGTCTTATTTAATAACGATTTAAACACGGAAAATAAATGCTTTCCTCTTAGGCGTCCACCTGTCTATCACCCAGAGTCTGCGAGGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     767385   189 + 155361357 AACACTTTAATTCTCGGATAATGTAATGGTTTACATCTGGGGCTCTTCAGGCAGCCCACGGCTCGTTCACGTTGCTCCCTTCCAAGAAATG-TTTGCAGTATGTGTCTTGTTTAATAACGATTTAAACACGTAAAATAAATGCTTTCCTCTTAGGCGTCCACCTGTCTATCACCCAGAGTCTGGGAGGAC
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=26644.000000
s hg19.chr21     11128686    54 +  48129895 GGCCCTTCTTTTCAACGGCATTCGCCAAGCCAGTCTCCATGAATCA-CTGACAGA
s panTro2.chrX     767574    55 + 155361357 GGCCCTTCTTTTCAATGGCATTCTCCAAGCCAGTCTCCATGAATCATTTGACAAA
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13268097    54 +  48394510 GGCCCTTCTTTTCAATGTCATTCGCCAAGCAAGTCTCCGTGAATCA-TTGACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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s panTro2.chrX     767629    23 + 155361357 AACCTCTAACGGTTTCCTTTTTT------------------------
i panTro2.chrX  C 0 I 774
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     767652   774 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13268197     0 +  48394510 C

a score=100.000000
s hg19.chr21     11128823     1 +  48129895 c
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     767652   774 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13268197     0 +  48394510 C

a score=0.000000
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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     767652   774 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13268197     0 +  48394510 C

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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     767652   774 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13268197     0 +  48394510 C

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i panTro2.chrX  I 774 I 1957
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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s ponAbe2.chr21  13268961   173 +  48394510 -ttttttttgagacagactgtcactttgttgcccaggctggagtgcaatggtgcaatctcagctcaccgcaacctccgcctcccaggttcaagcaatcctcacccctcagcttcccaagtagctgggattacaggtgtgcaccagcacatctagctaatttaaaaaaaaaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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s ponAbe2.chr21  13269608    47 +  48394510 ATAAATAACCTAAGGCATTTTTTTCGGTGTTTGCTGTGGCAGTAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 M 758
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13269655   758 +  48394510 M

a score=0.000000
s hg19.chr21     11130887    10 +  48129895 ctaagtctcc
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13269655   758 +  48394510 M

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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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e ponAbe2.chr21  13269655   758 +  48394510 M

a score=0.000000
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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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e ponAbe2.chr21  13269655   758 +  48394510 M

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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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a score=0.000000
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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13269655   758 +  48394510 M

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s hg19.chr21     11132610   203 +  48129895 acgcctgtcatcccagcactttgggaggccgaggcagatggatcac--gagttcaggagatcgagaccatcctggctaacatggtgaaaccccatctccactaaaaaaaaaaatacaaaaaattagcctggtgtggtggcacgtgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatggcttgaacctgggaggtgg
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i ponAbe2.chr21 M 758 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I

a score=18830.000000
s hg19.chr21     11132813    81 +  48129895 aggttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactacagcctgggcaagagaatgagactccgtctcaaaaataaataaata
s ponAbe2.chr21  13270619    81 +  48394510 aggttgcggtgagtcaagattgtgccactgcactccagcctgggcgagacagtgagactgcgtctcaaaaataaataaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I

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s hg19.chr21     11132894    55 +  48129895 acaataaaTAATTAATAAACACAGTGGAGATTCCA--AACCCGCCAAGACTAGGCTG
s ponAbe2.chr21  13270700    57 +  48394510 acaataaaaaataaaTAAACACAGCGGAGATGCCACAAGCCCACCAAGACTACGCCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I

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s hg19.chr21     11132949    51 +  48129895 TTCCTCCTCGGGGAACATGTGGGCAGAGGCTGAACTGGGAAGGCCCCAAGA
s ponAbe2.chr21  13270757    51 +  48394510 TTCCTCCTCGGGGAACACATGGGCAGAGGCTGAACCGGGAAGGCCCCCAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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a score=54439.000000
s hg19.chr21     11133000   263 +  48129895 CGTTGCAGGGTGAGTAATTTCCGAGCGTGCAATTATAAAGAACCGGAGTGCAACAGCTCCCCAAGGCACCCCCGGATTCCTGCAGCATGCACGTAATTGCAGCCAGACAGTAACCTCGCTGTGGCCTGTGTCCCAGCCCTAACCCTGCACCCCGCTTGGCACTCCCACATATGGGACAATTTTCCCAGCTGATTGCTGGAAACTGATGAAGGGAAGTTATGTGGCCTCTTGTGACGGGCGGCCCCACAGCTGCTCTGGTTgga
s ponAbe2.chr21  13270808   263 +  48394510 CATTGCCGGGTGAGTAATTTCCGAGCGTGCAATTATAAAGAACCGGAGTGCAACAGCTCCCCAAGGCACCCCCGGATTCCCGCAGTGTGCCCATAATTGCAGCCAGACAGTAACCTCGCTGTGGCCTGTGTCCCAGCCCTAACCCCGCACCCCGCTTGGCGCTCCCACATATGGGACAATTTTCCAAGCTGATTGCTGGAAACTGATGAAGGGAAGTTATGTGGCCTCTTGTGACGGGCGGTCCCACAGCTGCTCTGGTCGga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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a score=2179.000000
s hg19.chr21     11133263    32 +  48129895 gagagagagagagagagagagagagagagaga
s ponAbe2.chr21  13271071    31 +  48394510 aagagagagagag-gagagagagagacagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 I 649
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I

a score=4435.000000
s hg19.chr21     11133295    76 +  48129895 gagacaggggagagagagagagtgggggagagagatagagacagggaagagagagagacagagaggggagagagag
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13271102   649 +  48394510 I

a score=0.000000
s hg19.chr21     11133371    25 +  48129895 gggggcagagatatagagacaggga
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13271102   649 +  48394510 I

a score=748.000000
s hg19.chr21     11133396    29 +  48129895 agagagagagagagagacagagaggggag
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     769044  1957 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13271102   649 +  48394510 I

a score=0.000000
s hg19.chr21     11133425   281 +  48129895 agagagagagatggggggagagagggagacagagggggaaagagagaggggagagagagaaaggggggagagaaagagacagaggggagaggggggagagagacagaggggggagagagagagacagaggggggagagagagagacgggagagggaggggagagagagagacgggagagggaggggagagagagagagacacagacagagagataggggagagagagacgggagagagggaggagagagagagacagagacagggagagagagagagagag
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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s ponAbe2.chr21  13271751    97 +  48394510 gagaaagacagagaggagagagagagaaaaaggagagagagaggg----------gagagagacagagac---agacagagagaggggagagagagagaga-ggggagag----a
i ponAbe2.chr21 I 649 C 0
s panTro2.chrX     771001    98 + 155361357 -----------------gagagagagagggtggagagagagacagagagagagtggagagagagagaaaggggagagagagagacagaggagagagagagacagagagagacaga
i panTro2.chrX  I 1957 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=26914.000000
s hg19.chr21     11133811    47 +  48129895 gagagagaCAGCTCTCCTGGAAGATATTTTCTCTCTGTTCCAATTCC
s ponAbe2.chr21  13271848    47 +  48394510 gagagagCGAGCTCACCGGGAAGATATTTTCTCTCTGCTCCAATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     771099    43 + 155361357 gagagagaga----CCCTGGAAGTTATTTTCTCTGTGCTCCAATTCC
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=53174.000000
s hg19.chr21     11133858   108 +  48129895 AGGGCATCTTTTGGAAGAAAAGGGATGACACTGGTGGTTTTGCGGAAGGTCAGTGCCAGAGTTGAGGAAGA------TGTCATTTTGGCAACTCATTGTCGAGTTCTCCAAAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

a score=431715.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 403
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13273484   403 +  48394510 I

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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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i panTro2.chrX  C 0 I 393
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 602
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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i panTro2.chrX  I 393 I 714
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e panTro2.chrX     775091   714 + 155361357 I
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i panTro2.chrX  I 714 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158247946 19966 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13275192   602 +  48394510 I

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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 602 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 I 318
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrX  I 318 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 19966 I 81

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  158268125 222 - 196418989 G--GCGTTTGATGTTAAGGCAGAGGCCACCTGGGTCAGCCTTGTCACCAGATGACGTTTTCACACCAGTCCGCAAAGCAGTAGATCTGGAAAATCTGACCTCCAGGGTTTTAGATCTCGGCTTCGAAAAATAGACATTCCAAAAAATCTGAAGTGTTTAAGCGACTATTACT----------------------------------CCCAAATTGAAATGGGAGAGGAGATGATTAGACGGATTCTCCAGACGCTTAC
i rheMac2.chr3  I 81 C 0
s ponAbe2.chr21  13276328 205 +  48394510 G--GCGTTTGATGTTAAGGCAGGGGCCACCTGGGTCGGCC-TGTCATCGAATGACGTTTTCACACCAGTCCCCAAAGCAGGAGATCTGGAAAATCTGACATCCAAGGTTTTAGATCTTGGCTTAGAAAAATAGACATTCCAAGATGCCTGAAGTGTTTAAGTGGCTATTGCTAATTGGATAGTGTT--------------------------------------------------GACGTATTCTCCAGACGCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11140876 11 +  48129895 AAACACAATTA
s panTro2.chrX     778071 11 + 155361357 AAAAACAATTA
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13276533 11 +  48394510 AAAGACAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  158268347 11 - 196418989 AAAAACCATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11140887 42 +  48129895 TGTGTGTGCGTGTGTGTGTGGAGAGAGAGAGAGAGAAAGGTA
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i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13276544 40 +  48394510 TGTGTGTGCGTGTGTGTGTGGAAAGAGAGATAG--AAAGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11140929 542 +  48129895  
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i panTro2.chrX  C 0 I 665
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11141471  56 +  48129895 ATTACATAAATGATAGagataggtagataaatatatgacagatatatagagagata
s ponAbe2.chr21  13277087  54 +  48394510 attacataaatgatagagataggtagataaatatatgac--atatatagagagata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  158268931  52 - 196418989 ATTACATAAATGATAGaga----tagataaatatatgacagatatatggagagata
i rheMac2.chr3  C 0 I 882
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
e rheMac2.chr3  158268983 882 - 196418989 I
e panTro2.chrX     778629 665 + 155361357 I

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i panTro2.chrX  I 665 C 0
e rheMac2.chr3  158268983 882 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13277910   8 +  48394510 I

a score=17810.000000
s hg19.chr21     11142928 229 +  48129895 gatggatgatagatgatggatatatagtagatgatagatagatagtagagagatgataggtagatagacagctagctagccagacagatagatgataggtagatagttgatacataggttatagattcaatagataaatacatagatagataatacattagatggatggatagatagatgtatagatagatagctggatagagagatagctacagggatagatgatagg
s panTro2.chrX     779885 221 + 155361357 gatggatgatagatgatggatatatagttaatgatagatag----tagagagatgataggtagacagacagctagctagccagacagatagatgataggtagataattgatacatagattatagattcaatagataaatacatagatagataatacattagatggatagataggtagatagatagataggtaagtggataga----tagttacagggatagatgatagg
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158268983 882 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13277910   8 +  48394510 I

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s rheMac2.chr3  158269865 79 - 196418989 taggtagataattgatacctagactatagattcaataggtaaatccatagata-gataatacattagatggatggataga
i rheMac2.chr3  I 882 C 0
s panTro2.chrX     780106 71 + 155361357 tagatagataactgatacatagattatagattcaatagataaataca-------cata-tagat-agatggatagatagg
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13277910  8 +  48394510 I

a score=4860.000000
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s rheMac2.chr3  158269944 36 - 196418989 --------tagatggatagatagatagctacagggatagatgat---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 I 25

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s rheMac2.chr3  158269980 60 - 196418989 -agatagataattgatacatagatgatagattcaatagataaatacatatatagat----agatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13277965 65 +  48394510 tagacagacaattgatacatagattatagattcaatagataaatacacatatagatagatggatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     11143341 355 +  48129895 ----gatggatggatggatgatagatgatggatatatagtagatga-tagat-gattgatagatagatgatagatgttagatagattatatataaatagatcaataggtcgatagatgatagatgggtaatagatagacagaAACTCCCCAGTCTGCCTAAGATATTTTCTGTTATTTTATAAGACATAACCCTCATGAGTTCTTTTGTATCTGCTGCTGCTGTTATTCTGAAAATAGTGTAAAGTTTTGGAGTTTCAGGTACAAGAGGACCCTGCAGATATCAGCCACCTGCTTTTCCCTCCCTTCCTGGGGATGTTCGGTTCTGCCTAACACGCACTCTCTGGTACATCCCTGTGGGTC
s rheMac2.chr3  158270040 315 - 196418989 gctagatggatggatgatagatagatgagggatacatagcagatga-tagat-gattga----tagatgatagatgttagatagattatagataaatagatccataggtcgatagatgatagatgggtaatagacagacagaAACTCTCCAG------------------------------------AACCCTCATGCA-TCTCTTGTATCTGCTGCTGCTGTTATTCTGAAG--AGTCTTAAGTTTTGGAATTTCAGGTACAAGAGGACCCTGCAGATATCGGCCACCTGCTTTTCCCTCCCTTCCTGGGGAGGTTCAGTTCGGCCTCACACCCACTCACTTGTACCT-CCTGTGGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13278030 355 +  48394510 ----gatggatggatggatgatagatgatggatatatagtagatga-tagat-gattgataggtagatgatagatgttagatagattatatacaaatagatcaataggtcgatagatgataaatgggtaatagatagatagaAACTCCCCAGTCTATCTAAGATATTTTCTGTTATTTTATAAGACATAACCCTCATGAGTTCTTTTGTATCTGCTGCTGCTGTTATTCTGAAAACAGTCTTAAGTTTTGGAGTTTCAGGTACAAGAGGACCCTGCAGATATCCGCCACCTGCTTTTCCCTCCCTTCCTGGGGAGGTTTGGTTCTGCCTCACACGCACTCACTCCTACATCCCTGTGGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     780218 357 + 155361357 ----gattgatagatagatgatagatgttagatagattatagataaatagatcaatagatcgatagatgatagatgttagatagattatatataaatagatcaataggtcgatagatgatagatgggtaatagatagacagaAACTCCCTAGTCTGCCTAAGATATTTTCTGTTATTTTATAAGACATAACCCTCATGAGTTCTTTTCTATCTGCTGCTGCTGTTATTCTGAAAATAGTGTAAAGTTTTGGAGTTTCAGGTACAAGAGGACCCTGCAGATACCAGCCATCTGCTTTTCCCTCCCTTCCTGGGGAGGTTCGGTTCTGCCTCGCACGCACTCACTGGTACATCCCTGTGGGTC
i panTro2.chrX  I 25 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrX  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11143894 22 +  48129895 GCCAGAGGCAACCTCAAAACGC
s panTro2.chrX     780773 22 + 155361357 GACAGAGGCAACCTCGAAAGGC
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13278521  2 +  48394510 --------------------GC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  158270535 22 - 196418989 GCCAGAGGCAACCTCAAAATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11143916 37 +  48129895 ATGGGCCCTGCTTCCCTCTTCTCAGAAATGAGGAGAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13278523 37 +  48394510 ATGGGCCCTGCTTCCCTCTTCTCAGAAACGAGGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     780795 37 + 155361357 ATGGGCCCTGCTTCCCACTCCTCAGAAACGAGGAGAG
i panTro2.chrX  C 0 C 0

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s hg19.chr21     11143953 41 +  48129895 CCTCTGGTAGAGATGACTTTTGGGGGCTCGTGGGGTCGGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1545
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  13278601 123 +  48394510 CGAGGTGGGTGTCTGGGGCTGAGCTGGGATCCGGCTCTCAGGACCCTGTTTACAGTTCAGGTTGTCTGTGCCCGAGCAGATCCTGGGCTGTTGAATCATGGTAGACAAACTGCAGAATGATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chrX     780861 309 + 155361357 TTTGGGGTGAAACCTCAGGCTCTGTTCACTCACTGGCATTGTCAAACCACACCTGCAAAGAGCTGGCAAACTATTCCCTAAGCACAGAAATCCTCACGCTTATCT-GAGGCCATTCTGAGCCCTGCAGGTAGCTAGGGAGAGAGCCATAAGGTATTTCTTGTGGCAGGGGCGGGGGGCCCTCTCTGGCATTCTCAGGGCTG-CCCCCAGGACCTGGAATCAAGCAGGAGAGACTAGGACATC-ATCTAGAGAAGGCTTCCTCTCCATGAGGCCGTGGAGTCCGGCCCCGGCGGAGAATAAACTCCTTAATAC
i panTro2.chrX  I 18 C 0
s ponAbe2.chr21  13278724 310 +  48394510 TTTGGGGTGAAACCTCAGGCTCTGTTCACTCACTGGCGTCGTCAAACCACACCTGCAAACAGCTGGCGAACTATTCCCTAAGCACGGAAATCCTCATGGTTACCT-GGGGTCGTTCTGAGCCCTGCAGGTGTCCAGGGAGAGAGTCATAAGGTATTTCTTGTGGCAGGGGTTGGGGGCCCTCTCCGGCATTCTCAGGGCTGTCCCCCAGGACCTGGAATCAAGCAGAAGAGAGAAGCACATA-ACGTAGAGAAGGCTTCCTCTCCGTGAGCCCGTGGAGTCCGGCCCTGGCGGAAAATAAACTTCTTAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1005
s rheMac2.chr3  158272291 304 - 196418989 TTTGGGGTGAAACCCCAGGGTCTGTTCGCTCACTGGCATCGGCAAAGCGCACCTGCAAAGAGCCGGTCAACTATTCCCTAAGCACGGAAATCCTCATGCTTATCTGGGGGTAATTCCGGGCCCTGCAGGTGGTTAGG--GAGAGTCAGAAGATATGTCTTGGGGTGG-----GGGGGCCCATCACGGCATTCCCGGGGCTG-CCGGCAGGACCTGGAATCAAGCAGGAGACAGAAGGACATACCCCTAGAAGAGGTTTCCTCTCCGTGAGGCCGTGGAGTCCGGTCCCGGTGGAAAATAAACTTCTTAATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175301.000000
s hg19.chr21     11144426  340 +  48129895 GATTGAGATCAACAGACAGGGCTTTTCTCTGTGATACATTTAAGCAAATTGAATGCAATTACCTCAATTGAATTCAGAGCAAGGCCTGCCCTGACCTTCC-CTGAAGC--GTTCTGCCCACTTGGAGAGCAGGCTGGGGCACACATGACATCATCTGGACAATTTGCACATATTTATACAATTTGTCATGATGCGGTCTGCACAGGCTAGAGGCTGCGAGGTTTGCCTCCAGCACCGCTGTGAAATCAGGCCTGTGAAAATCACGTGCTGGACATATCTCTTGTGTGTGCTATTTACTTCGAATTCAAGTGTACCTAGTCACTAGTGGGGGGAGTGGGGTGGA
s panTro2.chrX     781170  304 + 155361357 GATTGAGATCAACAGACCGGGCTTTTCTCTGTGATACATTTAAGCAAATTGAATGTAATTACCTCAATTGAATTCAGAGCAAGGCCTACCCTGACCTTCCGCTGAAGC--GTTCTGCGCACTTGGGGAGCAGGCTGGGGCACACATGACATCATTTGGACAATTTGCACGTATTTATACAATTTGTCATTATTCCATCTGTACAGGCTGGAGGCTGCGAGGTTTGCCTCCAGCACCGCTGTGAAATGAGGCCTGTGAGAATGACGTGCTGGACATACCTCTTGTGTGTGATATGTACTTCGAATTC-------------------------------------
i panTro2.chrX  C 0 I 1761
s rheMac2.chr3  158272595  287 - 196418989 GATTGAGATCAACAGAT-GGGCGTTTCTCCGTGATAAATTTAAGCAAATTGAACGTAATTACCTCAATTGAATTCAGACCAAGCCCTGCCCTGACCTTCCGCTGAAGCATATTCTGCCCGCTTGGGGAGGAGGCC--GGCGCACGTGACATGATTTGGACAATTTGCACATATTTATACAATTTGTCGTGATTCCGTCTGTACAGGCTGGAGGCGGCGAGGTTTGCCTCCAGCCCCCCTGTGAAATCAGGCATATGAGAATCACGTGCTGGACATACCTCTTGTGTGTGC-----------------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 708
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a score=17514.000000
s hg19.chr21     11144766   61 +  48129895 tgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGCGGGCAGAAGATGCAAATCCGTTGAT
e rheMac2.chr3  158272882  708 - 196418989 I
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a score=49857.000000
s hg19.chr21     11144827  204 +  48129895 ACAAATCAACAAGCAATATTATGGTATAAGGGAGGGAAATAAAGCCAGCAGGTGCTATAATACATGT---------------CAAAAAAAAATCTGTTTTATGCTTATGCCACTGTAAGACAACAGACAGCTGTGTAGAGGTGTGGCTTCAGCGACTGCCGAGGAAGGGTTATTTGTGGGTACAGCCATGGGATGTCAGAGGTGTCTCTATTCTGACCT
s rheMac2.chr3  158273590  219 - 196418989 acaagccaacaagcaatgttATGATATAAGGGAGGGAAATAAAGCCAGCAGGTGCTATAATACATATAACAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAATCTGTTCTATGCTCATGCCACTGTAAGACGACGGACAGCTGTGTACACGTGTGACTCCACCAACTGCCGAGGAAGGGTTATTTGCAGGTACAGCCACGGGATGTCAGAGGTCTCTCTATTTTGACCT
i rheMac2.chr3  I 708 C 0
e panTro2.chrX     781474 1761 + 155361357 I
e ponAbe2.chr21  13279034 1005 +  48394510 I

a score=204852.000000
s hg19.chr21     11145031  497 +  48129895 CAGGCACTGAGGTCCTGCCCACGAATGGCGTGGTAGTGTGGGGA-ATATCCGAAGGAAAACAGAGAGGTGTCTGGATGATCTGTTTTGTTGC-AGGAAGCAAACCAGCATGATGCAGGCAGCCTGAACTGAGAAAAGGAGGTTTCCGGATTTCCAAAGACACACTGAGTTCGCTGACATGTATCAGGGAGAAAAGCTCATTCAGAGATCTCCGCTGTATTACAAATTTTAATTTCTCCTGGCGTGGGAGTTCACAGCAGCCTTATGGA-GGGAAATTCCTCCAAGCCTGCGTGTCATAAACTGAACTACAGGGTTTAGGGTCCTCAGGCTGCCCAGGGATGCTGGAGGTCCACAGGTCAACTGCAGGGAGATGGATTCCCCAAATGAGCAAGAGGGTTCTGATGCTCAGGAAATAGATTAGTAGCTCCAGGCAGGTGTGGCTTCATGACCGTAAGGAAATGGAAGCAAAGAGTTGTTGGGCATGTAGAACTTTCATTTCT
s rheMac2.chr3  158273809  457 - 196418989 CAGGCACCCAGGTCCTGCCTGCAAATGGCGTGGTAACGTGGGGGAATATTCGAAGGAAAACAGACAGGTGTCCGGATGGTCTGTTTTGTTGCAAGGAAGCGAACCAGCATGACGCAGG-----------------------------------------CACACCGAGTTCGCTGACACGTACCAGAGAGAAGAGCCCATTCATGGATCTCCGTCGTATTGCGAAGTTTAATTTCTCCTGGCGTGGGCGTGCACAGCAGCCTGGCGGA-GGCAAA-TCCTCGTAACCTGCGTGTCATAGATTGTGTTACAGGTTTTAGGGTCCTCGAGCCGCCCGGGGATGCTGGAGGTCCACAGGCCAATCTCAGGCAGAGAGAATTCCCAAATGAGCAGGAGGCTTCCGGCGCTCAGGAAACAGATTTGGAGCTCTGGGCAGGGGCGGCTTCACGATTGTAAGGAAATGGAGACAAACAGTGGTTGGGCATGCGGTACTTTTATTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 62
s ponAbe2.chr21  13280039  488 +  48394510 CAGGCACTGAGGTCCTGCCCGCAAATGGCGTGGTGACGTGGGGATATATTCGAAGGAAGGCAGAGAGGTGTCTGGATGGTCTGTTTTGATGC-AGCA----------TATGATGCAGGCAGCCTGAACTGAGAAAAGGAGGTTTCCAGATTTCCAAAGACACACTGAGTTGGCTGACATGTATCAGGGAGAAAAGTTCATTCAGGGATCTCCGCTGTATTACGAAGTTTCATTTCTCCTGGCGTGGGGGTCCACAGCAGCCTCGTGGAGGGGAAATTCCTCCCAGCCAGCATGTCATAAACTGAGCTACA-GGCTTAGGGTCCTCAGGCTGCCCAGGGATGCTGAAGGTCCACAGGCCAACTGCAGGGACAGGGATTCCCCAAATGAGCAAGAGGGTTCCGGTGCTCAGGAAATAGATTAGTACCTCCGGGCAGGTGTGGCTTCACGACCGTAAGGAAATGGACGCAAAGAGTTGCTGGGTATGTAGAACTTTTATTTCT
i ponAbe2.chr21 I 1005 C 0
e panTro2.chrX     781474 1761 + 155361357 I

a score=10509.000000
s hg19.chr21     11145528   49 +  48129895 TGCACATTTATTCAGAGACAGAGCATATGCATTTTTGGTAGAAA--------ATTCA
s ponAbe2.chr21  13280527   57 +  48394510 TGCACATTTATTCAGAGACACAGCATATGCATTTTTGTTGGAAGTACGTCTCATGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158274266   62 - 196418989 I
e panTro2.chrX     781474 1761 + 155361357 I

a score=18636.000000
s hg19.chr21     11145577 50 +  48129895 ATATTGCTGTTGATCTCAAATTCAAGTGTAGCTGGGCACACATGCATACA
s ponAbe2.chr21  13280584 43 +  48394510 ATATTGCTGTTGATCTCGAAGTCAAGTGTAGCTGGGCACGCAT-------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     783235 49 + 155361357 ATACTGCTGTTTATCTCGAATTCA-CTGTACCTGGGCACGCATGCATACT
i panTro2.chrX  I 1761 C 0
e rheMac2.chr3  158274266 62 - 196418989 I

a score=34126.000000
s hg19.chr21     11145627 66 +  48129895 GCTGTTAACCTTGAATTCAAGCGTACCTGGGC------------TGCTGTTTACTTTGAATTCAAGTGTATCTGGGCA
s panTro2.chrX     783284 78 + 155361357 GCTGTTCACCTTGAATTCAAGTGTACCTGGGCATGCATCCATACTGCTGCTCACCTCGAATTCAAGTGTACCTGGGCA
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13280627 40 +  48394510 -CTGTTC-------------------------------------TGCTGTTCACCTTGAAGTCAAGTGTACCTGAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  158274328 66 - 196418989 GCTGTTTACCTCGGATTCAAGTGTCCCTGGGC------------TGCCGTTTATGTAGAATTCAAGGGTATCTGGGCA
i rheMac2.chr3  I 62 I 13

a score=14709.000000
s hg19.chr21     11145693 50 +  48129895 TGCATGCATACTGCTGTTCACCTCGAATTCAAGTGTAGCTGAGCACACAT
s ponAbe2.chr21  13280667 28 +  48394510 CGCATCCGTGCTGCTGTTTACCTTGAAT----------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrX     783362 50 + 155361357 TGCATCCATACTGCTGTTCACCTCAAATTCAAGTGTACCTGGGCATGCAT
i panTro2.chrX  C 0 C 0
e rheMac2.chr3  158274394 13 - 196418989 I

a score=46808.000000
s hg19.chr21     11145743 136 +  48129895 CTGTTCTCCTGTTTATCTCGAATTCAAGTGTTATCTGGGCATGCCT-CGTGCTGCTGTTCACCTTGAAATCAAGTGTACCTGAGCACGCATCTGTTCTGCTGTTTATCTCGAATTCAAGTGTATCTGGGCATGCATC-
s panTro2.chrX     783412  91 + 155361357 CCATACTGCTGTTTATCTCGAAT----------------------------------------------TCAAGTGTACCTGGGCACGCATCTGTTCTGCTGTTTATCTCGAATTCAAGTGTACCTGGGCATGCATC-
i panTro2.chrX  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  13280695  68 +  48394510 ---------------------------------------------------------------------TCAGGTGTACCTGAGCAGGCATCTGTTCTGCTGTTTATGTAGAATTCAAGTGTACCTGGGCACGCATG-
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  158274407 137 - 196418989 CTGTTCTACTGTTTATCTGGAATTCAAGTG-TACCTGGGCACACATGCATACTGCTGTTCCCCTCGAATGCAAGAGGacctgagcacacatctgttctgctgtgtatgtagaattcaagtgtacctgggcatgcatcc
i rheMac2.chr3  I 13 C 0

a score=14367.000000
s hg19.chr21     11145879 44 +  48129895 GTGCTGATGTTTACCTCGAACTCAAGTGTAGCTGGGCACACATC
s ponAbe2.chr21  13280764 44 +  48394510 ATACTGCTGTTCACCTCGAATTCAAGTGTACCTGAGCACACATC
i ponAbe2.chr21 I 1 I 1
s rheMac2.chr3  158274544 35 - 196418989 gttccactgtttatctcgatttcaagtgtacctga---------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e panTro2.chrX     783503  1 + 155361357 I

a score=93394.000000
s hg19.chr21     11145923 152 +  48129895 GTGCTGCCGTTCACCTTGAATTCAAGTGTACCTGAGCATGCATCCATACTGCTGTTTATCTCAAATTCAAGTGTACATGGGCACGCATCTTTTCTGCTGTTTATCTCGAATTCAAGTGTAGCTGGGCACGCATGCATACTGCTGTTCACCTC
s rheMac2.chr3  158274579 149 - 196418989 --gctgctgtttatgtagaattcaagtgtatctgaacacatatctgttctgctgtttatgtagaattcaagtgtacctgggcatgcatccgttccactgtttatctcaaattcaagtgtagctgggcacacgtgcatactgctgttcacct-
i rheMac2.chr3  C 0 I 1194
s ponAbe2.chr21  13280809 152 +  48394510 ATACTGCTGTTTATGTAGAATTCAAGTGTACCTGGGCACACATCCATACTGCTGTTTACCTGGAATTCAAGTGTACCTGAGCACACATCTGTTCTGCTGTTTATCTTGAGTTAAAGTAGAGCTGAGCACGCATCTGTTCTACCATTTATCTC
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s panTro2.chrX     783504 152 + 155361357 GTTCTGCTGTTTATCTCGAATTCAAGTGTACCTGGGCATGCATGCATACTGCTGTTCACCTCGAATTCAAGCGTACCTGGGCATGCATCCATACTGCTGTTCACCTCGAATTCAAGTGTACCTGGGCATGTATCCATACTGCTGTTCACCTC
i panTro2.chrX  I 1 C 0

a score=86121.000000
s hg19.chr21     11146075 107 +  48129895 GAATTCAAGTGTACCTGAGCACGCATCTGTTTTGCTGTTTATCTCCAACTCAAATGTACCTGAGCATGCATCTGTTCTGCTGTTTACCTCGAATTCCACTGTACCTG
s panTro2.chrX     783656 107 + 155361357 GAATTCAAGTGTACCTGGGCACGCATCTGTTCTGCTGTTTATCTCCAACTCAAATGTACCTGAGCGTGCAACTGTTCTGCTGTTTACCTCGAATTCCACTGTACCTG
i panTro2.chrX  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13280961 107 +  48394510 GAATTCAAGTGTACCTGAGCACACATCTGTTCTGCTGTTTATCTCCAACTCAAATATACCTGAGCACGCATCTGTTCTACCATTTATCTCGAATTCAAGTGTACCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 N 0
s rheMac2.chr3  158275922 107 - 196418989 gaattcaagtgtatctgagctTGTCTCTGTTCTGCTGTTTATCTCCCACTCAGATGTACCCGAGCGTGCATCTGTTCTGCTGTTTACCTCGAATTCAAGTCTACTTG
i rheMac2.chr3  I 1194 C 0

a score=16477.000000
s hg19.chr21    11146182 36 +  48129895 GGTAGGCATGCCATACTTTTATTGGTTAACTAGAGC
s rheMac2.chr3 158276029 36 - 196418989 GGTACGCATACTGTACTTTTATTAGTTAACTGGAGC
i rheMac2.chr3 C 0 I 102
s panTro2.chrX    783763 36 + 155361357 GGTACGCATGCCGTACTTTGATTGGTTAACTAGAGC
i panTro2.chrX C 0 C 0

a score=22767.000000
s hg19.chr21    11146218  90 +  48129895 AATTTGTAAAGCAAACTATCATCATTTTCCCCAAGTTGTAACCCTTGGCAAATCATTTCCCCGAAGTTTCAACTTTGTTGAAATGGAAGC
s panTro2.chrX    783799  90 + 155361357 GATTTGAAAAGCAAACGATCATTATTTTCCCCAAGTTGTAAGCCTTGGCAAATCATTTCCCCCAAGTTTCAACTTTGTTCAAATGGAAGC
i panTro2.chrX C 0 C 0
e rheMac2.chr3 158276065 102 - 196418989 I

a score=29216.000000
s hg19.chr21    11146308 62 +  48129895 TAAGAAATTCCACACAATGTATATATTCCTGGTAAAGTTTGCCCAGTACCTGAGCCAACACC
s panTro2.chrX    783889 62 + 155361357 TAAGAAATTCCACACCATGTATATATTCCTTGTAAAGTTTGCCCAGTACCTGAGCCAGCACC
i panTro2.chrX C 0 C 0
s rheMac2.chr3 158276167 54 - 196418989 TAAGAAATTCCACACGATGTATATATTCCTGGTAAAGTTTGCCCAGTACCTGAG--------
i rheMac2.chr3 I 102 I 56

a score=66873.000000
s hg19.chr21    11146370 147 +  48129895 TAGGGAGGTAAGAGCAGACAGTGGAGGTTGGGGTACAGACAGATTTGGGTGACCCAGACCAAATCTGATCTTCTAGAACCAACAAATCCCACAGAGACAGGACAAATTGGCCTGTTTGGGGCCAGCATCCTGCGGGATCCCAGACGC
s rheMac2.chr3 158276277 147 - 196418989 TAGGGAGGTCAGCTCAGACAGTGGAGGGTGGGGTGCAGACGGATCGGGGCGACCCAGACCAAATCCGATCTCCTGGAACCAAGAGATGCCACAGAGACAGGACACATCGGCCCGACGGGGGCCGGTTTGCTGCGGGATCCCGGACGC
i rheMac2.chr3 I 56 n 56
s panTro2.chrX    783951 147 + 155361357 TAGGGACGGAAGGGCAGACAGTGGAGGTTGGGGTGCACACAGATTTGGGTGACCCAGACCAAATCTGATCTCCTAGAACCAAGAGATCCCACAGAGACAGGACAAATTGGCCTGTTTGGGGCCGGCGTGCTGCGGGATCCCAGACGC
i panTro2.chrX C 0 N 0

a score=720432.000000
s hg19.chr21    11146517 832 + 48129895  
s ponAbe2.chrUn  2226077 829 + 72422247  
i ponAbe2.chrUn N 0 C 0
s panTro2.chr22 15876064 833 + 50165558  
i panTro2.chr22 N 0 C 0
s rheMac2.chr10 61516799 828 + 94855758  
i rheMac2.chr10 n 56 C 0

a score=30519.000000
s hg19.chr21    11147349 66 + 48129895 ATTAtttttatttttattttgagacagggtctcagtctgttacccaggctggagtgcagtgacgtg
s ponAbe2.chrUn  2226906 60 + 72422247 A------TTAtttttattttgagacagggtctcagcttgttgcccaggctggagtgcagtgacgcg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr22 15876897 66 + 50165558 ATTAtttttatttttactttgagacagggtctcagtctgttgcccaggctggagtgcagtgacgtg
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61517627 66 + 94855758 ATTAtttttatttttatgttgagacagagtctcaatctgttgcccaggctggagtgcagtggcgtg
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=333366.000000
s hg19.chr21    11147415 405 + 48129895 atctcagctcactgcagcctcgacatcccagactcaagcaatcttcccacctcagcctcccaagtagttgggattacagacatgtgccacagcactccactaatttttttctatttttgtagagacaggatcttgttatgtttcccaggctggtctgtaactcatacactcaagtaatcagcccatctgggtctcccaaagtgctgggattacaggcttcagccacaatgcccagccTAAAATGTCTTTTTGATAGAGTGATTTTGAAGATTAAGCAGGCTAGTGGGTCAAGCACGTAGTACAACATTTGAAGCCCAAAGGCAGGGAGTGTGAGCCCC---AGGTGGTGGTGGGGGGGATGAAAGGAGAAGCAGGAGGCAATGGGGAATGAGACACTTGAGACTGGAA
s rheMac2.chr10 61517693 406 + 94855758 atctcagctcaccgcagcctggacttcacaggctcaagcgatcctcccatctcagcctcccaagtagttgggattacacacatgtgccacagcaccccactag-ttttttctgtgtttgtagagacagcatcttgctatgttgcccaggctggtctgtaactcatacactcaagtagtcagaccatctgggtctcccaaagtgctgggattacaggcatcaaccacaatgcccagccTAGAATGTCTTCTAGATAGAGTGATTTTGAAGATTAAGCAGGCTAGTGAGTCAAGCACGTAGTACAACATTTGAAGCCCAAAAGCAGGGAGTGTGAGCCCCTGGCGGTGGTGGTGGTGGAGGTGAAAGGAGAAACAGGAAGCAATGGGGAA-GAGACACTTGGGACTGGAG
i rheMac2.chr10 C 0 I 323
s ponAbe2.chrUn  2226966 404 + 72422247 atctcagctcactgcagcctcgacatcctaggctcaagcaatcttcccacctcagcctcccaagtagttgggattacagacatgtgccacagcactccactaatttttttctatttttgtagagacaggatcttgttatgttgcccaggctagtctgtaactcatacactcaagtaatcagcccatctgggtctcccaaagtgctgggattgcaggcatcagccacaatgcccagccTTAAATGTCTTTTTGATAGAGTGATTTTGAAGATTAAGCAGGCTAGTGGGTCAAGCACATAGTACAGCATTTGAAACCCAAAGGCAGGGAGTGTGAGCCCC---AGGTGGCGGTGGTGGGGACAAAAGGAGAAGCAGGAAGCAATAGGGAA-GAGACACTTGAGACTGGAA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr22 15876963 405 + 50165558 atctcagctcactgcagcctcgacatcccaggctcaagcaatcttcccacctcagcttcccaagtagttgggattgcagacatgcgccacagcactccactaatttttttctatttttgtagagacaggatcttgttatgtttcccaggctggtctgtaactcatacactcaagtaatcagcccatctgggtctcccaaactgctgggattacaggcttcagccacaatgcccagccTAAAATATCTTTTTGATAGAGTGATTTTGAAGATTAAGCAGGCTAGTGGGTCAAGCACGTAGTACAACATTTGAAGCCCAAAGGCAGGGAGTGTGAGCCCC---AGGTGGTGGTGGCAGGGATGAAAGGAGAAGCAGGAGGCAATGGGGAATGAGACACTTGAGACTGGAA
i panTro2.chr22 C 0 C 0

a score=110462.000000
s hg19.chr21    11147820 116 + 48129895 CTCAGGGCTCTTCAGAGAGAGAAGCTTCCAGGTCCTGGAGAAGGGGCAAGGCCCATGCGAGTCCCCTGAACGCTCAAAAGGAAGGGCCAGGTTTCCCTGACACAGAGGGCTCCGTG
s rheMac2.chr10 61518422 116 + 94855758 CTCAGGGCTCTTCAGGGATAGAAGCTTCCAGGTCCTGGAGAAGGGGCGAGACCCGTGAGAGTCCCCTGGAGGCTCAAAAGGAAGGGCCAGGCTTCCCTGACACAGTGGGCTCCATG
i rheMac2.chr10 I 323 C 0
s ponAbe2.chrUn  2227370 116 + 72422247 CTCAGGGCTCTTCAGGGAGAGAAGCTTCCAGGTCCTGGAGAAGGGGCGAGACCCATGCGAGTCTCCTGGATGCTCAAAAGGAAGGGCCAGGTTTCCCTGACACAGTGGGCTCCATG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr22 15877368 116 + 50165558 CTCAGGGCTCTTCAGAGAGAGAAGCTTCCAGGTCCTGGAGAAGGGGCAAGACCCATGCGAGTCCCCTGGACGCTCAAAAGGAAGGGCCAGGTTTCCCTGACACGGTGGGCTCCGTG
i panTro2.chr22 C 0 C 0

a score=46246.000000
s hg19.chr21    11147936 42 + 48129895 GTCTCCTCCCCTCCTTTTCACCTCAGGAGGGAGGGAAAGAGG
s panTro2.chr22 15877484 42 + 50165558 GTCTCCTCCCCTCCTTTTCACCTCAGGAGGGAGGGAAAGAGG
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  2227486 42 + 72422247 GCCTCCTCCTCTCCTTTTCACCTCAGAAGGGAGGGAAAGAGG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61518538 40 + 94855758 GCCTCCTCCCCTCCTTTTCACCTCAGGAGGGAGGGAA--AGG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=214930.000000
s hg19.chr21    11147978 265 + 48129895 GGAAGAGAAGGTCCTGCAGAGGAGGCAGGATGGCCGGTTGAGGGGGGCC-TTGGGCGCTTTTTCCCAAGGGCTGCCT-CTGCGGCTGCCCCAGGGGCTTCCTTGAACAAGAATTCCCTGCTCTCCCGCTGAGAGCCAGGGTGGGTCCTCTGTCCCTCACCATGAAGTTCAATGAGTATTGGAGAGTCCGCATGAGGTGAAGGGGCTTCAGCCCAACCACTGGTCCCTGCTGCACTCACTCCTCAAAAAGGACCACCAGCTGCCTGAT
s panTro2.chr22 15877526 266 + 50165558 GAAAGAGAAGGTCCTGCAGAGGAGGCAGGATGGCCGGTTGAGGGGGGCC-TTGGGCGCTTTTTCCCAAGGGCTGCCTCCTAGCGCTGCCCCAGGGGCTTCCTTGAACGAGAATTCCCTGCTCTCCCGCTGAGAGCCAGGGTGGGTCCTCTGTCCCTCCCCATGAAATTCAATGAGTATTGGAGAGTCTGCATAAGGTGAAGGGGCTTCAGCCCAACCACTGGTACATGCTGCACTCACTCTTCAAGAAGGACCACCAGCTGCCTGAT
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  2227528 264 + 72422247 GGAAGAGAAGGTCCTGCGGAGGAGGCAGGATGGCTGGTCAAGGGGGGCCTTTGGGCACTTTTTCCCAAGGGCTGCCTCCTGCGGCTGTCCCAGGGGCTTCCTTGAACAAGGACTCCCTGCTCTCCCACTGAGAGCCAGGGTGGGTCCTCTGTCCCTCACCATGAAGTTCAATGAGTATTGGACAGTCCGCATGAGGCAAAGGGGCTTCAGCCCAACCTCTGGTCCCTGCTGCACTCACTCTTC---AAGGACCACCAGCTACCTGAT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61518578 265 + 94855758 GGAAGAGAAGGTCCTGCAGAGGAGGCAGGATGGCCGGTCGAGGGGGGCC-TTGGGCGCTTTGTCCC-AGGGCTGCCTCCTGCGGCTGCCCCAGGGGCGTCCTTGAACAAGGACTCCCTGCTTTCCCGCTGAGAGACAGGGTGGGTCCCCTGTCCCTCACCATGAAGTTCAATGAGTATTGGAGAGTCCGCATGAGGCCAAGGGGCTTCAGCCCAACCGCTAGTCCCTGCTGCACTCACTCTTCAAGAAGGGCCACCAGCTGTCTGAT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=113531.000000
s hg19.chr21    11148243 135 + 48129895 GGTGAGCATGGAGCAGGTCTGAGTGGACCAGACTAGGGCCAAgaaacacaccaaaattgaaacacaaagaaatacaaaacatgaacagaccaataacaaataatgagaacaaagctgtaataaaaagtctcccag
s panTro2.chr22 15877792 135 + 50165558 GGTGAGCATGGAGCAGGTCTGAGTGGACCAGACTAGGGCCAAGAaacacaccaaaattgaaacacaaagaaatacaaaacatgaacagaccaataacaaataatgagatcaaagctgtaattaaaagtcccccag
i panTro2.chr22 C 0 I 3894
s ponAbe2.chrUn  2227792 135 + 72422247 GGTGAGCATGGAGCAGGTCTGAGTGGGCCAGACTAGGGCCAAGAaacacaccaaaattgaaacacaaagaaatacaaaacatgaacagaccaataacaaataatgagatcatagctgtaataaaaagtctcccag
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61518843 131 + 94855758 GGAGAGCATGGAGCAGGTCTGAGTGGGCCAGACTAGCACCAAGAaacacaccaaaattgaaacatgaagaaatacaacacatgaacagaccaataac----aatgagatcaaagctgtaataaaacgtctcgcag
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=53718.000000
s hg19.chr21    11148378  103 + 48129895 aaaagaaaagccccaatattctatggcttcactactgaattctaacaaatatttaaagaactaacaccaatcctactgaaactattccacaaaatacagatgg
s rheMac2.chr10 61518974  102 + 94855758 taaagaaaag-cccagtattctatggctttactactgaactctaacaaacatttaaagaactaacaccaattctactgaaactagtccacaaaatagagatgg
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  2227927  102 + 72422247 taaagaaaag-cccaatattctatggcttcactactgaattctaacaaacatttaaagaactaacaccaatcctactgaaactattccacaaaatagagatgg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

a score=1474459.000000
s hg19.chr21    11148481 2927 + 48129895  
s rheMac2.chr10 61519076 2929 + 94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  2228029 3019 + 72422247  
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

a score=40142.000000
s hg19.chr21    11151408   43 + 48129895 AAATGTGATATAATAATCAGGTATGGTTTTGCTGGGGTATATA
s ponAbe2.chrUn  2231048   43 + 72422247 AAATGTGATATAATAATCAGGTATGGTTTTGCTGGGGTGTATA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61522005   43 + 94855758 AAATGTGATATAATAATCAGGTATGGTTTTGCTGGGATATATA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

a score=303390.000000
s hg19.chr21    11151451  316 + 48129895 TTACATTGTTGTATTTTGCCTAGTCTGTAGGATTAGGGGGAATAGCTGTGGTAAATTCCCACAGAGGCAGTTGCAAAACTCCCTACACTTCTCTCTCCCATTTGCACTTTAGTTTGTTAAAATCTGCTAAAGCTGTTTCTAATTCACTACTTTGTAGcactctttggctttgttttggaggactagtaaatcagttagctgatattggtttgaaaaccctgaatcataggtcttaagcattatttggaattccttggcaaacctaaggtgtcttgagtcagatcaggaaatccAAACATCAGAGCACTTAATTCTG
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr10 61522363  177 + 94855758 M
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

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i rheMac2.chr10 M 177 C 0
e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 I 1
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i rheMac2.chr10 I 1 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

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e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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s hg19.chr21    11153524   50 + 48129895 AAGAGATTTGCTTGCCAATAGGAGCCGCATAAGAGTGTACTCAAGAAGAA
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

a score=25013.000000
s hg19.chr21    11153658   70 + 48129895 AACTGAGGAAAGCACACAGTTCTTGGCACCAAAAAATTAAAAGATATTGAGATATTATAAAAGTACAATT
s ponAbe2.chrUn  2233225   70 + 72422247 AACTGAGGAAAGCACATAGTTCTTGGCACCAAAAAATTAAAAGATATTGAGATATTATAAAAGTACAATT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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a score=8099.000000
s hg19.chr21    11153728   17 + 48129895 CACATGTTTTATTTAAA
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e panTro2.chr22 15877927 3894 + 50165558 I

a score=56318.000000
s hg19.chr21    11153745  133 + 48129895 TCAGAAAGAAAATTATGTGCTTTTTGTATAATTTAATTGATTACAAAGAAATAATTTTTAGAAAATTTTATCACCAACTTGTTAAAAATAGATGGCACTTCCATTGAAACTTTTGCAGAATATTGATGATTCT
s rheMac2.chr10 61524287  133 + 94855758 TCAGAAAGAAAGTTATGTGCTTTTTGTATAATTTAATTGATTATGAAGAAATAATTTTTAGAAAATTTTATCACCAACTTGTTAAAAATAGATGGCACTTCCATTGAAACTTTTGCAGAATATTGACAGCTCT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  2233312  133 + 72422247 TCAGAAAGAAAATTATGTGCTTTTTGTATAATTTAATGGATTACAAAGAAATAATTTTTAGAAAATTTTATCACCAACTTGTTAAAAATAGATGGCGCTTCCATTGAAACGTTTGCAGAATATTGATGATTCC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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a score=75431.000000
s hg19.chr21    11153878   84 + 48129895 TTTATCAGATCTGATTAGCACCAGAGGACTGACAGTGGCATAGGCATTGACCACAAACTTGTGGACACCATAGGTGACAGGGCC
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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a score=329764.000000
s hg19.chr21    11153962  263 + 48129895 AATTACCCATAACAGCATTGTGGATGATGAGAGGATGAAGTCCACTGAGTACATCAGCACAAAGGAATTCACCAGCATCAGGATGGTCTTGGTGGCCATTTTCACTAGAGAAGTCCTTAATATAAGGCTGCTGCTGTGAAAGTGCTGGGAGTGCCTCTGATGCCTGGACAAAAGAATGACCATGTATACACTTGAGAGCAGCGTGATTCCTATGAAGAAGGCATCTCTGGATAATGACAGCATAAGAAATAGCGTCCTGATGA
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 I 41
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i panTro2.chr22 C 0 C 0

a score=740337.000000
s hg19.chr21    11167555 1476 + 48129895  
s rheMac2.chr10 61558017 1453 + 94855758  
i rheMac2.chr10 I 41 C 0
s panTro2.chr22 15894116 1462 + 50165558  
i panTro2.chr22 C 0 C 0

a score=82886.000000
s hg19.chr21    11169031 114 + 48129895 TCCCTTGGGTGTCACAGAGACCGATGCGGGTCCCGCTCCCCGGGAAGGAGTGGGTCTGGGTCCAGTCCGCAGGATCCCCTCGCGGATGCTGACGCTGAATGGAGTTGAGGTGGG
s panTro2.chr22 15895578 114 + 50165558 TCCCGTGGGTGTCACAGAGACCGATACCGGTCCCGCTCCCCGGGAAGGAGTGGGTCTGGGTCCAGTCCGTAGGACCCCCTCGCGGATGCTGACGCGGAATGGAGTTGAGGTGGG
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61559470 114 + 94855758 TTCCGTGGGTGTCACAGAGACGGATGCGGGTCCCTCTCCCTGGGAATGGGTAGGTCTGGGTCCAGTCCGCAGGACCCCCTCGCGAGTGCTGACGCAGAATGGAGTTGAGGTCGG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=297663.000000
s hg19.chr21    11169145 559 + 48129895  
s rheMac2.chr10 61559584 559 + 94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr22 15895692 559 + 50165558  
i panTro2.chr22 C 0 C 0

a score=43282.000000
s hg19.chr21    11169704 55 + 48129895 CAGCATGCAGGCCCCGACGGAAGCCGAGACTGCGCTTCGTGCGAGGCCCGGGCAG
s rheMac2.chr10 61560143 55 + 94855758 CAGCGTGCAGGCCCCTACGGAAGCCGAGACTGCGCTTCGTGCGAGGCCCGGGCAC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr22 15896251 55 + 50165558 CAGCATGCAGGCCCCGACGGAAGCCGAGACTGCGCTTCGTGCGAGGCCCGGGCAG
i panTro2.chr22 C 0 C 0

a score=66223.000000
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61560198 161 + 94855758 CAGCGGCGGCGTGGTCAGAGCGAGCCTCGCAGAAGCTGCGGTGGTTTCCGTgtgttggtggaggaacaggcaggtgttggtggaggaacaggcagATCTCGGCGGTAAGTGACGGGGGATGAACCCCACTGGGAACCCTCTGGGTCTCCCTGCTCCTTCCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=101013.000000
s hg19.chr21    11169898 145 + 48129895 GGCCGCTCCCTGCTTTCGGGCCCTCACTTCTAAGTGGGCATCTGGGCCCGAGTCGTCAGCGTTGGGGCGGTTGTGGGATCCGGGCCTCGGCAGCGTCCACACCCCCGCCGGGAAGGCTATGCCCCTGTCCGACCCACGTCCAGCC
s panTro2.chr22 15896442 145 + 50165558 GGCCGCTCCCTGCTTTCGGGCCCTGACTTCTAAGTGGGCATCTGGGCCCGAGTCGTCAGCGTCGGGGCGGTTGTGGGATCCTGGCCTCGGCAGCGTCCACACCCCCGCCGGGAAGGCTATGCCCCTGTCCGACCCGCGTCCAGCC
i panTro2.chr22 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 61560359 145 + 94855758 GGCCGCTCCCTGCTTTCGGGCCCTGACTTCTTCGTGGGCATCTGGGCCCGAGTCTTCAGCGCGGGGGCGGTTGTGGGATCCTGGCCGCTGCAGCGTCCGCACCCCGGCCGGGAAGGCTGTGCCCCTGTGCGACCCGCGACCGGCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=137692.000000
s hg19.chr21    11170043 275 + 48129895 TATAGGAGCGCCCTGGCCCAGAGCCGGCGGTGAAGCGCTGGA-CTGGGTCCCTCCGAGCCCCACGGGCCTCTGAGCTGGGGTCTAGGGTTATTTTTTATGCCTCAGGACCTTTAGAAAGAGACCTCGCTAGAGCAGGGGACATCTGtagtttcaattctttgaggagtttccagctatttaactgttttccatggtgtgtaccctaattttcatttccacctacagtgtatgagttcccctttctccaaaaccaaacccccattccaattt------gtttt
s rheMac2.chr10 61560504 281 + 94855758 TATGGGAACGCCCTGGCCCAGAGCCTGCGGTGAAGCGCTGGACCCGGGTCCCTCCGAGCCCCACGGGCCTCTGAGCTGGAGTCTAGGGTTATTTTTGATGCCTCAGGGTCTTTAGAAAGAGACCtcgctagagcggggaacagctgtagtttcaattcttggaggagtctccagctatttagctgtttcccatggtgtgtaccctaattttcatttccacatacagtgtatgaattcccctttctccaaaaccacacccccattccaatttttgggggttt-
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr22 15896587 275 + 50165558 TATAGGAGCGCCCTGTCCCAGAGCCGGCGGCGAAGCTCTGGA-CTGGGTCCCTCCGAGCCCCACGGGCCTCTGAGCTGGGGCCTAGGGTTATTTTTTATGCCTCGGCACCTTTAGAAAGAGACCtcgctggagcaggggacatctgtagtttcagttctttgaggagtttccagctatttagctgttttccatggtgtgtaccctaattttcatttccacctacagtgtatgagctcccctttctccaaaaccaaacccccattccaattt------gtttt
i panTro2.chr22 C 0 I 1839

a score=368855.000000
s hg19.chr21    11170318 734 + 48129895  
s panTro2.chr22 15898701 754 + 50165558  
i panTro2.chr22 I 1839 N 0
s rheMac2.chr10 61560785 760 + 94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=134499.000000
s hg19.chr21    11171052 576 + 48129895  
s rheMac2.chr10 61561545 558 + 94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 n 0

a score=70559.000000
s hg19.chr21    11171628 770 + 48129895  
e rheMac2.chr10 61562103   0 + 94855758 I

a score=8249.000000
s hg19.chr21    11172398 46 + 48129895 acaaatatctactcaggttatttgcccaattttggtctggttattt
e rheMac2.chr10 61562103  0 + 94855758 I

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s hg19.chr21    11172444 2725 + 48129895  
e rheMac2.chr10 61562103    0 + 94855758 I

a score=67604.000000
s hg19.chr21           11175169 216 + 48129895 TCTAGAAGTAGATCTTTACAGATGAGAACCTGGAACTGGTTTGCTGACCCGTTTTAGTCGGAATGAATTCCTGACCTTCTTGTCAGGAGGAGACAGAAACCTGATCATCTGTAGTGTACGGTGGTATCGTGATTACTTAAATCATCAAATGTGGTTATTGGGAATGATGTGTTTTTTCAAGTGGTATATGAGAGGTAAAATTGCTATTGTAGTTGA
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i ponAbe2.chr22_random N 0 C 0
e rheMac2.chr10        61562103   0 + 94855758 I

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s hg19.chr21           11175385 78 + 48129895 CTGTTGCAGTTATAATTTTGTCAACATGGTCTGTAAGAGTGCAATGGAGTCggcccggcgtggtggctcacgcctgta
s ponAbe2.chr22_random   230317 77 -  3584796 CTGTTGCAGTTATAATATTATCAACATGGTCAGTAAGGGTGCAATGGAGTCGG-CAGGTTcggtggctcacgcctgta
i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
e rheMac2.chr10        61562103  0 + 94855758 I

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s hg19.chr21           11175463 4111 + 48129895  
s ponAbe2.chr22_random   230394 4133 -  3584796  
i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i panTro2.chrUn        N 0 C 0
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s ponAbe2.chr22_random   234527 48 -  3584796 GATTGAGATATTTTTCTCTTTACTTTTGAATAGtttgt-ttttgttttt
i ponAbe2.chr22_random C 0 I 6
s panTro2.chrUn        11005563 49 - 58616431 GATTGACATATTTTTTTCTTTACTTTTGAATAGTTGGAttttttttttt
i panTro2.chrUn        C 0 C 0
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s panTro2.chrUn        11005612 64 - 58616431 caagacagagtctcactctgtcacccaggctggagtgcagtggcgcgatctcagctcactgcaa
i panTro2.chrUn        C 0 C 0
s ponAbe2.chr22_random   234581 64 -  3584796 tgagatgaagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcactgcaa
i ponAbe2.chr22_random I 6 C 0
e rheMac2.chr10        61562103  0 + 94855758 I

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i ponAbe2.chr22_random C 0 I 310
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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
e rheMac2.chr10        61562103   0 + 94855758 I

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i panTro2.chrUn        C 0 C 0
s ponAbe2.chr22_random   235055 130 -  3584796 atatttttagtcgagattggatttcactgtattagccaccatgttcttgatctcctgacctcgtgatccgcccgccttggccttccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccacgcccggcGGAGG
i ponAbe2.chr22_random I 310 C 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i panTro2.chrUn        C 0 N 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
e rheMac2.chr10        61562103   0 + 94855758 I

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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
e rheMac2.chr10        61562103  0 + 94855758 I

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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr22_random C 0 C 0
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i panTro2.chr22 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b N 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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s rheMac2.chr9  38688680 36 + 133323859 atcagactccatagtaagaagtcagacaaaccaata
i rheMac2.chr9  I 54 C 0
s ponAbe2.chr2b  3200037 36 + 135000294 atcaaactccatagtgagaattcaaacaacacaata
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr18  1453095 35 +  77261746 -TCAaactccatggtgagaagtcaaacaacacaata
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14380068 953 +  48129895  
s panTro2.chr18  1453130 948 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr9  38688716 962 + 133323859  
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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s rheMac2.chr9  38690172 86 + 133323859 -------ATGTG-TTGTCTTTTTCAGGGAGTTCTTATGCAACTTACTTTACCCCCAACTAATTGGTATCATTCAAATCTAATTTTATAATTTTA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr18  1454570 94 +  77261746 ACATGACACATGATTGCCTTTTTCAGGGAGTTCTTATGTAAAATATTTTATCCCCAACTAGTTGGTATCATTCAAATCAAATTTTGTAATTTTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr9  38690258 342 + 133323859 CTCTGTATTAGGATGCAgttttataatttccaaagcacctttatgcgtatttttc-tcaaataaatcctacagccactgcatgagatactcataggtgagaatgttatccccattttacaactgagcaagcagggtccaagatttgttaacttTTCAGAGCTGAAGTTTGGTCCACTATTTTATGTCATCAACCTTTGATTTGCTGTGCTCTTCCCACCACTTTAGAAAAGAATTCACCAAAG-TTGTTACATATACTACAACTAATTTA--T-TTTTTTCTCTCTGCATGGAAACAGAAACAATGGTGGTTATGTATAATATATGGAGTATCTACTGATTATTTTG---------
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b  3201605 344 + 135000294 ctctgtattaggacacagttttataatttccaaagcatctttacacatatttttt-tcaaataaatcctacagcaactgtgtgagatactcaaaggtgagaatattatccccattttacaactgagcaagcagactccaagaTTTGTTAACTTTTTAGAGCTGAAGTTTAGTCCGCTATTTTATGTTATCAACCTTTGATTTGTTGTGCTATACCCACCAATTTACAAAAGAATTTACCCAAGGTTGTAACatataatacaattaattaatttattttttCTCTCCACTTGAAAACAGAAACAGTGGTGAT-----------TATGGAGTATCTACTGATTATTTTGCTGGGACAA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr18  1454664 343 +  77261746 CTCTGTATTAGGATGCAgttttataatgtccaaagcatctttacgcatattttttctcaaataaatcctacagcaactgtgtgacatactcaaaggtgagaatattatccccattttacaactgagcaagcagaCTTCAAGATTTGTTAACTTTTTAGAGCTGAAGTTTAGTCCACTATTTTATGTTATCAACCTTTGATTTGCTGTGCTATACCTACCAATTTAGAAAAGAATTTACCCAAGATTGtaatatataattcaattaattta-tt-ttttttCTCTCCGCTTGAAAACAGAAACAGTGGTGAT-----------TATGGAGTATCTACTGATTATTTTGCTGGGACAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b  3201949 284 + 135000294 GTTGATGTCACTGAATTTATAAATTGAACTGAACTGATAACCTCAGTTACTTTGCCAAAATTCCTTCTTTTAATATTACATAAACTGTAGAATGCAGAAGAGGCACTTTTAATTTCTAATTTTTTAAGTAG------AGAAAGACTCAACACTTCCTTTTAGGCTCACACATAAAATTTCTGTTTGATACATCACCAGCGATTGTG--TTTCAGCATGTATGTAAATGCAGCTTTCTGAATAGGCAAACTTACAGGAAATATGGAATATCATTGTATTTACATACAGCAGTA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14382235 792 +  48129895  
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i rheMac2.chr9  C 0 I 3
s ponAbe2.chr2b  3202233 797 + 135000294  
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr18  1455290 795 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr2b  3203030 312 + 135000294 GTTGTTGTTGTTGttt------tttgagacagagtctcactctatcacccaggctggagtacagtggcgtgatcttggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctcctgcctcaacctcccgagtagctgggattacaggcacctgccaccatgcccggctaattttttgtatttttagtggagacagggtttcaccctgttagccaggatgatctctatctcctgatctcatgatccgcccgcctctgcctcccaaagtgctgggattataggcacgagctaccgcgccctgccAGCTAATTTGAT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr18  1456085 317 +  77261746 gttgttgttgttgttgttgttttttgagacagagtctcgctctatcgcccaggctggagtgcagtggcgtgatcttggctcactacaagctccacctcccgggttcacgccattctcctgcctcaacctcctgagtagctgggattacaggcacctgccaccatgcccggctaattttttgtattttcagtggagacagggtttcaccctgttagccaggatgatctagatctcctgatctcatgatccgcccgcctcagcctcccaaagtgctggcattataggcgtgagccaccgcgcccTACCCGCTAATTTGA-
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr9  38691686   3 + 133323859 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b  3203342 381 + 135000294 TTTTTTAACTCTTAAATTCTACCACTTTCCTTACTCGCTTTCTAATGAAAATTGATGGAGAAAATAAACTGA----AAATATCAAAATTCTAAACATTACACTATTTTGAGATTCTAAAATTATTGGCTTTTGGTGTTCACTGATTCATGTCGGATTTTTAGTAGCATAATCAAGTCTTTTGTTGGCAAT-GGTATAGAGTGCAAAATGCAAAGCGATTTGCCATGGTGTAGATGCTCACTGTATGCCCCTGCATCTAAAGAGATACTATTCTCCAACATAAATCAGACATATAGAAAATACTTACAGCACTGAAAATATGAACTATGGCATAGAAATACATTAAATTAGCTAAATGACATCCCTAATAAAAATCTGAATCTggcc
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr9  38691689 378 + 133323859 TTTTTTAACTCTT-AATTCTACCCCTTTCCTTACTAATTTTCTAATGAAAATTGATGGGGAAAATAAATAAACCCTAAATATCACAATACTAAAAATTGCACTATTTTGAGATTGTAAAATTATTGGCTTTTGGTGTTCATTGATTCATGTCTGGTTTTTAGTAGGATTATCAAACTTTGTTTTGGCAATGGGTATAGAGTGCAAAACGCAAAGCCATTTGCCATGGTGTAGATGCTCACGGTATGCTCCTGCATCTGAAGAGATACTGTTCTCCAACATAAATCAGGCATATAGGAAATACTTATAGCACAGAAAATATGAACTATGGCAGAAAAATACATTAAATTAGCTGAATGACATCCCTAATAAAAATCTGAA-------
i rheMac2.chr9  I 3 C 0

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s hg19.chr21    14383719 283 +  48129895 gggcacggtggctcacgcctgtaatctcagcactttgggaggccgaggcaggcagttcacctgaggtt---agttcgagaccagccaggccaacatggtctgcaaaaaaaatacagaaattagctgggcatggtggcaggcacctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagagtcacttgaaccagggaggcggaggttgcaatgagctgagattgtgccattgcactccagcctgtgtgacaagagcaaaactccatctc---------aaaaaaaaaaaaaaaaa
s panTro2.chr18  1456783 292 +  77261746 gggcacggtggctcacgcctgtaatcccagcactttggggggccgaggcaggcggatcacctgaggtt---agttcgagaccagccaggccaacatggtctgcaaaaaaaatacagaaattagctgggcccggtggcaggcacctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagagtcacttgaaccagggaggcggaggttgcaatgagctgagattgtgccattgcactccagcctgtgtgagaagagcaaaactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b  3203723 287 + 135000294 gggcacggtggctcactcctgtaatcccagcactttgggaggccaagacaggtggataacctgaggttaggagtttgagaccagccaggccaacatggtctactagaaaaatacagaaattagctgggcattgtggcaggtgcctgtaatcccagctatttgggaggctgaggcaggagaatcacttgaaccagggaggcagatgttgcaatgagctgagattgtgccattgcactccagcctgtgcaacaagagcaaaacaccgtctc--------caaaaaaaaaaaaaaaaa
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr9  38692067   0 + 133323859 C

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b  3204010 153 + 135000294 gaaTCTATTCTAAAACTGGGAATTTTATGTTTAAGTAGATTCACTTAATTTTTTCCTATAATCTCCTGGGACAAATAAATGTTTTCAACAGTTGCGCTTAACAAATTGAAGAATCAGAAGGAGAAACAACATTATTAATAATTACTTCCGGag
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0

a score=41742.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 n 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 I 3
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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s panTro2.chr18   1474502   277 +  77261746 gacagagtctggctctgtctcccaggctggagtacagtggtatgatctcggctcactgcaggctccgcctccgggttcacgccattctcctgcctcagcctccggagtagctgggactacaggcacccgccaccacacccggctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctcaccacgtgatctgcccgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccggctcggcc
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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s panTro2.chr18   1475981   244 +  77261746 -----Tttttgttttgttttgttttgttttttgaacagagtatccctgtgtcaccaggctggagtgcagtggtgcgatcttggctcactgcaacctctgcctcctgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcctgaatagatgagactacaggcatgcaccatgacgcccagctagtttttgta-ttttagtagagatggggtttcaccatggtggccatgatggtctcgatctcttgacctcctca
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 I 2797
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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i panTro2.chr18 I 1936 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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s panTro2.chr18   1482685   348 +  77261746 ttttgtttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgtagccaggatggtctccatctcctgaccttctgatctgcccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcacccggcctgcatttgttaaaaaacaaagaatctcacagcacaaagagtgtcacttaatatatgcaaattttaaaaaaacaacaacaacaaagtaggtgttctggggatcctgggatggaatgcagaatgtgatagaaaatctaaagtactacaaatgtataaagccacttcactctagggagtgggaaaaacgtgctgacataagcatcttagaaaatgg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105756684 11622 - 106505843 I
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s panTro2.chr18   1483033  306 +  77261746 atgggccttctgtggtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggccaaggtgggtggatcacctgaggctgggagtttgagaccagcctggccaaattggtgaaaccccatctctactaaaaagacaaaaattagctgggcgtgatggcgggtgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggaaaatcgcttgaacctgggaagtagaggttgcagtgagccgaggtcacgccactgcactccagcctcagcctgggcaagaagagcaaaactccatcttaaaaaagaaaaaga
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105768306  300 - 106505843 ATGGGCCTTCCTTggtggctcacacctgtaatccctgcactttgggagtccaaggagggcggatcacctgaggctgggagtttgagaccagcctggccaaaatggtgaaaccccgtctctactaaaaacacaaaaattagctggacatggtggcgggtgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagctgagatcatgccactgcactc------cagcctgggcaagaagagcaaaactccatcttaaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr12 I 11622 I 15
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s hg19.chr21     14407989 729 +  48129895  
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i rheMac2.chr12 I 15 I 28
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i ponAbe2.chrUn I 2797 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105769375 767 - 106505843  
i rheMac2.chr12 I 28 C 0

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s hg19.chr21     14409421 682 +  48129895  
s panTro2.chr18   1484769 682 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105770142 681 - 106505843  
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14410103 125 +  48129895 TTGAGGAGGGGCCAGGAGCGGCTCTGTCAAGCAGGCCATGTGGCAGGGAGCCCCCCACGTTCCGCTGTAAGGAGCCCTGCCAGCCCGATAGCGCCTCAGTAGCAGGTGCCACCTGCACGCCGTGC
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3526551 125 +  72422247 TTGAGGAGTGGCCAGGGGCGGCTCTGTCAAGCAGGCCGTGTGATAGGGAGCCCCCTACGTTCCGCTCCAGGGAGCCCCGCCAGCCCGACAGCGCCTCAGTGGCAGGTGCCACCTGCACGCGGTGC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14410228 49 +  48129895 TGGGCGAAGCGCAGCCAGGGCGGTTTCCTGCCTCGCGTGCCTCCCAGGT
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=274967.000000
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s panTro2.chr18   1485624 456 +  77261746 CTGCTGAGTTGCGCATGCGCTGTTGCCTAACGGTTCTGCTCAGCTGCCTAACGGTTCTGCTCAGCTGCCTAACGGTTCTGCTCAGCTGCCTAACGGTTCTGCTCAGCTGCCTAACGGTTCTGCTCAGCTGCCTGACGGTTTTGCGCAGCCATTTTCTCCCGGGAGAGGCTGAAGTGCCCAAAAGCTTGG-CCGACTGAGATTTCTAGTCGTGTCAgggcgggtgcagggactgaagaagggcgaggg------cgagcggcggggactggggaagggcgagcggcggggactggggaagggcgagcggcggggactggggaagggcgagcagcgggaggcacgggcTCTCTCTAGCAGGTGGCTGCAGCCATGAAGAGGCTCTGTGCCGCCGCTGTCAAGGGCCAGACGGGCCCAGTGCGCCCAAGCCCCTTCAGTCAGCTGGTCTACACCAACAACGACTCT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3526725 352 +  72422247 CTGCTGAGTTGCGCATGTGCTGTTGCCTAACGGCTCTGCTCAGCTGCCTAAAGGTTCTGCTCAGCTGCCTAACGGTT---------------------------------------------------------------TTGTGTAGCCAGTTTCTCCCGGGAGAAGCTGGAGTGTCCAAAAGCTTGGCCCGACTGCGATTTCTACTGGTGTCAgggcgggtgcggggactgaagaagggcgagggcgagggcgagcggcggggactggggaagggcgagt------------------------------------------------agcgggaggcacgggcTGTCTCTAGCAGGTGGCCGCAGCCATGGAGAGGCTCTCTGCCGCCGCTGTCAAGGGCGAGACGGGCTCGGAGCGCCCGAGCCCCTTCAGTCAGCTGGTCTACACCAACAGCGACTCT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105770995 367 - 106505843 CTGCTGAGCTGCGCATGCGCTgctgcctaaaggcgctgctcagctgcctaacggttctgctcagctgcctaacggttctgctcagctacctaacggtt------------------------------------------ttgctcagcCAGTTTCTCCCGGGAGAGGCTGGAGTGTCCAAAAGCTTGGCCCAACTGCCATTTCTCCTGGTGTCggggcgggtgcggggacagaagaagggcgaggg------cgagcggcgaggactggggaagggccagc------------------------------------------------agcaggaggcgcgggcTCTCTCTAACAGGTGGCCGCAGTCATGAAGAGACTCTCTGCTGCCGCTGTCAAGGGCGAGACGGGCCCGGAGCGCCCGAGCCCCTTCAGTCAGCTGGTCTACACCAACAACGACTCT
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1486080 141 +  77261746 GACGTGATTCACCATGGGGATCTCAGGAAGATCCACAAAGCTGCCTCCC-GGGCCAAGCCTGGAAGCTGGAGAGGATGATGAAGAAGACGACAATGGACCTGAACATAAGAGATGCGAAGAAGAGGTACCAGGCCCTGCCTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=34473.000000
s hg19.chr21     14410762 44 +  48129895 AGCCGGGGCTGCAGGAGGAGGAGGAGGCTGTGGGAGGATCGCCC
s rheMac2.chr12 105771504 44 - 106505843 AGCCCGGGCTGCAGGAGAAGGTGGCGGCTGTGGGAGGATCGCCC
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3527219 44 +  72422247 AGCCAGGGCTGCAGGAGGAAGAGGTGGCTGTGGGAGGATCGCCC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1486221 44 +  77261746 AGCCGGGGCTGCAGGAGGAGGAGGAGGCTGTGGGAGGATCGCCC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=65666.000000
s hg19.chr21     14410806 101 +  48129895 CTTCAGAGTGGGGGCTGGGGGTCCTGGGGACGAGGGGAGCAGGTGGAGGAGTGGTGGGCAGCGGGGCGGCCGTCCTGGCCCC-GAGGTCTTGATTTTCTTCC
s rheMac2.chr12 105771548 102 - 106505843 CTTCAGAGTGGGGGCTGGGGGGCCTGGAGACAAGGGGAGCAGGTGGAGGAGTGGCGGGCGGCGGGGCGGCCGTCCTGGGCCCCAGGGTCTAGGCCTTCTTTC
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3527263 102 +  72422247 CTTCAGAGTGGGGGCTGGGAGGCCTGGGGACGAGGGGAGCAGGTGGAGGAGTGGCGGGCGACCGGGCGGCCGTCCTGGGCCCCGAGGTCTAGGCCTTCTTCC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1486265 102 +  77261746 CTTCAGAGTGGGGGCTGGGGGTCCTGGGGACGAGGGGAGCAGGTGGAGGAGTGGCGGGCAGCAGGGCGGCCGTCCTGGCCCCCGAGGTCTTGATCTTCTTCC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=386461.000000
s hg19.chr21     14410907 333 +  48129895 CGGGAAGGCCCCCCAGGCCTTGGATGGGGGAGCCCTGCAGGGCAGAGGGCCCAGGCCACCTTAAAATCAACCCCAAACTTTAGTTAGCTGCTTTCTCCTTCACTCCCACTTCCTCTCACAGAGCACTGTGTAGAGAATTTTAAAGTGATTTAACTTACAAAATTAAGTACATACAGGGTTTTACTTTTAATGTACAGGTTTTAAAAGATAATGTTAGATACATTATGAAATGGTGCATAATGAAATAATTCCCATAATATATTAACTTCTTGGCTAAAAATTTTTTGGATAAAGTCCAGTAACCATTTCAATATCAATGAATGTCTATGTAAA
s panTro2.chr18   1486367 333 +  77261746 CGGTAAGGCCCGCCAGGCCTTGGATGGGGGCGCCCTGCAGGGCGGAGGGCCCAGGCCACCTTAAAATCAACCCCAAACTTTAGTTAGCTGCTTTCTCCTTCACTCCCACTTCCTCTCACAGAGCACTGTGTAGAGAATTTTAAAGTGATTTAACTTACAAAATTAAGTACATACAGGGTTTTACTTTTAATGTACAGGTTTTAAAAGATAATGTTAGATACATTATGAAATGGTGCATAATGAAATAATTCCCATAATATATTAACTTCTTGGCTAAAAATTTTTTGGATAAAGTCCAGTATCCATTTCAATATCAATGAATGTCTATGTAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3527365 329 +  72422247 CGGGCAATTCCCCCAGGCCTGGGATGGGGGCGCCCTGCAGGGCGGAGGGCCCAGGCCACCTTAAAATCAACCCCAAACT----TTAGCTGCTTTCTCCTTCACTCCCACTTCCTCTTACAGAGCACTGTGCAGAGAATTTTAAAGTGATTTAACTTACAAAATTAAGTACATACAGGGTTTTACTTTTAATGTACAGGTTTTAAAATATAGTGTTAGATACATTATGAAATGGTGCATAATGAAATAATTCCCATAATATATTAACTTCTTGGCTAAAAATTTTTTGGATAAAGTCCAGTATCCATTTCAATATCAATGAATGTCTATGTAAA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105771650 328 - 106505843 CAGGCAGGACCCCCAGGTCTGGGATTGGGGCGCCCTGCAGGGCGGAGGGCCCAGGGCACCTTAAAATCAACCCCAAACA----CTCTCTGCTTTCTCCTTCACT-CCACTTCCTCTCACAGAGCACTGTTTAGAGGATTTTAAAGAGATTTAACTCACAAAATTAAGTGCATACAGGGTTTTAATTTTAATATACAGGTTTTAAAAGATAATGTTAGATACATTATGAAATGGTGCATAATGAAACAATTCCCATAATACATTAACTTTTTGGCTAAAAATTTTGTGGATAAAGTCCAGTATCCATTTTGATATCAATAAATGTCTATATAAA
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=235311.000000
s hg19.chr21     14411240 158 +  48129895 TATATTCTTTGCTGAGGGACCTTAGAAGGTAACTTTGAGGtgggaagatggtttatgttttcgaatttaagaagactcatttttctgaagatgcaagttctttatcagttttacataaaccaaataaagttatcaacgttttaacatttttaaaatta
s panTro2.chr18   1486700 158 +  77261746 TACATTCTTTGCTGAGGGACCTTAGAAGGTAACTTTGAGGTGGGAAGATGGTTTATGTTTTCGAATTTAAGAAGACTCATTTTTCTGAAGATGCAAGTTCTTTATCACTTTTACATAAACCAAATAAAGTTATCAACGTTTTAACATTTTTAAAATTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3527694 158 +  72422247 TGTATTCTTTGCTGAGGGACCTTAGAAGGTAACTTTGAGGTGGGAAGATGGTTTATGTTTTCGAATTTAAGAAGACTCATTTTTCTCAAGATGCAAGTTCTTTATCAGTTTTACATAAACCAAATAAAGCTATCAACGTTTTAAAATTTTTAAAATTA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105771978 158 - 106505843 TATATTCTTTGCTGAGGGGCCTTAGAAGGAAACTTTGAGGGGGGAAGATGGTTTATGTTTTCGAATTTAAGACGACTCATTTTTCTCAAGATGCAAGCTCTTTATCAGTTTTACATAAACGAAATAAAGTTATCAACGTTTTAACATTTTTAAAATCA
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=142184.000000
s hg19.chr21     14411398 108 +  48129895 cacacgctgtcttttactattgtgatgacatttaacaaattttgtaacggagtagaaaagtcttgcccttctagatttcaaaatgtgctattaatttgcacaaaatgg
s panTro2.chr18   1486858 108 +  77261746 CACACGCTGTCTTTTACTATTGTGATGACATTTAACAAATTTTGTAACGGAGTAGAAAAGTCTTGCCCTTCTAGATTTCAAAATGTGCTATTAATTTGCACAAAATGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3527852 108 +  72422247 CACACGCTGTCTTTTACTATTGTGATGACATTTAAAAAATTTTGTAACGGAGTAGAAAAGTCTTGCCCTTCTAGATTTCAAAATGTGCTATTAATTTGCACAAAATGG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105772136 108 - 106505843 CACATGCTGTCTTTTACTATTGTGATGACATTTTTAAAATTTTGTAACGGAGTAGAAAAGTCTTGCCCTTCTAGATATCAAAATGTGCTATTAATTTGCACAAAATGG
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=40099.000000
s hg19.chr21     14411506 54 +  48129895 gccatggccaggcgcggtggatcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccg--------------------------------------
s panTro2.chr18   1486966 54 +  77261746 GCCATggccaggcgcagtggatcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccg--------------------------------------
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3527960 54 +  72422247 GCCACggccaggcgcggtggatcatgcctgtaatcccagcactttgggaggctg--------------------------------------
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105772244 92 - 106505843 GCCATggcagggcgcagtggctcacgcctataatcccagcactttgggagaccgaggtgggcggatcatgaggtcaggagatccagagaccg
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=62129.000000
s hg19.chr21     14411560 89 +  48129895 aggtgggtggatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggctaacacggtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggtgtggtg
s rheMac2.chr12 105772336 89 - 106505843 aggtgggcggatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggctaacaaggtctctaccgaaaatacaaaaaggtagccgggcgtggtg
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3528014 89 +  72422247 aggtgggtggatcacgaggtcaggagatggagaccatcctgggtaacactgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcgtggtg
i ponAbe2.chrUn C 0 I 687
s panTro2.chr18   1487020 89 +  77261746 aggtgggtggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcgtggtg
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=98514.000000
s hg19.chr21     14411649 149 +  48129895 gtgggcgcctgtagtccccagctaattgggaggctgagtcaggagaaatggtgtgaacctggaaggcagagcttggagtgagccgagatcgcaccactgcactccagcctgggtgacagagcgagactccgtctcaaaataataataaa
s rheMac2.chr12 105772425 142 - 106505843 gcgggcgcctgtagtccc-agctactcgggaggctgaggcgggag-aatggcatgaacccaggaggcggagcttgcagtgagctgagatagcaccactgcactccagcctgggggacagagcgagactccgtctcaaaa----aataa-
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3528790 137 +  72422247 gtgggtgcctgtagtccc-agctactcgggaggctgaggcaggag-aatggtgtgaaccagggaggcagagcttggagtgagccgagaccgcaccactgcactccagcctgggtgacagagcgagactccgtctcaaaa----------
i ponAbe2.chrUn I 687 I 25
s panTro2.chr18   1487109 147 +  77261746 gtgggcgcctgtagtccc-agctacttgggaggctgagtcaggagaaatggtgtgaacctggaaggcagagcttggagtgagccgagatcgcaccactacactccagcctgggtgacagagcgagactccgtctcaaaataataataa-
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=14078.000000
s hg19.chr21     14411798 53 +  48129895 taaataaataaataaataaataaaatttgaaaaagaaaaaaaaaaaaaGggcc
s ponAbe2.chrUn   3528952 49 +  72422247 taaataaatacgtaaataaataaaATTTGAAAAA----AAAAAAAAAAGggcc
i ponAbe2.chrUn I 25 C 0
s rheMac2.chr12 105772567 45 - 106505843 -aataaaataaataaataaataaaattaaaaaaa-------aaaaataGagcc
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s panTro2.chr18   1487256 36 +  77261746 --------taaataaatgaataaaatttgaaaaa---------aaaaaGggcc
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=10259.000000
s hg19.chr21     14411851 23 +  48129895 agacgtgttggctcatgcctgta
s panTro2.chr18   1487292 23 +  77261746 agacgtggtggctcatgcctgta
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3529001 23 +  72422247 gggcgtgatggctcacgccttta
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105772612 23 - 106505843 gggcgcagtggctaacgcctgta
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=113931.000000
s hg19.chr21     14411874 262 +  48129895 gtcccag--------cacttcaggtggccgaggtgggtggatcacctgaggtcaggagttcaagactagcctggccaatatagtgaaaccccaactctacaaaaatacaaaaattagccaggcacgatgtcgggagcctgtaagcccatctactcgggaggctgaggagg------gagaatcgcttgaaactgggaggcggaggttgcagtgagctgagattccatcactgcactccagcctgggcgac--agtgagactctgtctcaa------------------aaataaat
s rheMac2.chr12 105772635 287 - 106505843 gtcccagaatcccaacactttgggcggccgaggcgag---------tgaggtcaggagttcaagactagcctggccaatatggtgaaaccccaactctacaaaaatataaaaattagccaggcacaatgtcaggtgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcggaggcgagagaatcgcttgaaactgggaggtggaggttgcagtgagccgagatcctaccactgcactccagcctgggcaatagagtgagactgtgtcAAaaataaataaataaataaataaataaat
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3529024 252 +  72422247 gtcccag--------cacttcgggcggctgaggtgggtggatcacctgaggtcaggagttcaagactagtctggccaatatggcaaaaccccgactc--------cacaaaaattagccgggcacgatgtcggaagcctgtaatcccatctacttgggaggctgaggagg------gagaatcgtttgaaactgggaggcagaggttgcagtgagctgagatcccaccactgcactccagcctgggcgacagagtgagactctgtctcaa----------------------aaat
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1487315 262 +  77261746 gtcccag--------cactttgggtggccgaggcaggtggatcacctgaggtcaggagtttaagactagcctggccaatatagtgaaaccccaactctacaaaaatacaaaaattagccaggcacgatgtcgggagcctgtaagcccatctgctcgggaggctaaggagg------gagagtcgcttgaaactgggaggcggaggttgcagtgagctgagatcccatcactgcactccagcctgggcgac--agtgagactctgtctcaa------------------aaataaat
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=283625.000000
s hg19.chr21     14412136 183 +  48129895 aaataaatcacaaattatttgataacagctgaaaagacaggtaaatgaatacaacacagtagaaaa-ccagaaacacccaaatatctaagaattcagaatttgataatgctcacactttatactagtagggaaagaattagtttcataagtgaaatgcctgc-tttttggagaaaactagatttt
s rheMac2.chr12 105772922 185 - 106505843 aaataaatCACAAATTGTTTGATAACAGCTGAAAAGACAGGTAAATGAATACAGCAGAATAGAAAATCCAGAAACACCTAAATATCTAAGAATTTAGAACTTGATAATGCTCACACTTTATACTAGTAGGAAGAGAATTAGTTTCATAACGGAAATGCCTGCTTTTTTGGAGAAAACTAGATTTT
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3529276 184 +  72422247 aaataaaTCACAAATTGTTTGATAACAGCTGAAAagacaggtaaatgaatacaacagaatagaaaatccagaaacacccaaatatctaagaatttagaacttgataatgctcacactgtatactagtagggaaagaattagtttCATAAGTGAAATGCCTGC-TTTTTGGAGCAAACTAGATTTT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1487577 184 +  77261746 aaataaaTCACAAATTATTTGATAACAGCTgaaaagacaggtaaatgaatacaacacagtagaaaatccagaaacactcaaatatctaagaattcagaatttgataatgctcacactttatactagtagggaaagaattagtttcataagtgaaatgcctgc-tttttggagaaaactagatttt
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=540672.000000
s hg19.chr21     14412319 524 +  48129895  
s panTro2.chr18   1487761 515 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3529460 516 +  72422247  
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105773107 517 - 106505843  
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=15269.000000
s hg19.chr21     14412843 27 +  48129895 TGTGAGGATAAAGAGCAGTGATATTTA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3529976 27 +  72422247 TGTGAGGATAAAGAGCAGTGATATTTA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105773624 27 - 106505843 TGTGAGGATAAAGAGCAGTAATATTTA
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=96479.000000
s hg19.chr21     14412870 75 +  48129895 TACTACTGTTTAAAGTTTAAGTTGCAGATAACTTTTCAAATAGACAATTTGGTGGTAAGTACCATATTATTAAGA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3530003 72 +  72422247 TACTGCTGTTTAAAGTTTAAGTTGCAGATAACTTTTCAAATAGACAATTTGGTGGTAAGTACCATATTATT---A
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105773651 75 - 106505843 TACTGCTGTTTAAAGTTTAAATTGCAGATGACTTTTCAAATAGGCAATTTGGTGGTAAATACCATATTATTAAGA
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=118210.000000
s hg19.chr21     14412945 119 +  48129895 AGAATCCATATAATGACTTTTATAAATACATTTCAGTGAATTTACAGCATGGGATAATATGTGACCACTGAAGGTAGAAATATGTAGAGAAGTAGGTGACATTTGAAAATGTATTTTGG
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3530075 119 +  72422247 AGAATCCATATAATGGCTTTTATAAATACATTTCAGTGAATTTATAGCATGGGATAATATGTGACCACTGAAGGTAGAAATATATAGAGAAGTAGGTGACATTTGAAAATGTATTTTGG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1488378 119 +  77261746 AGAATCCATATAATGACTTTTATAAATATATTTCAGTGAATTTACAGCATGGGGTAATATGTGACCACTGAAGGTAGAAATATGTAGAGAACTAGGTGACATTTGAAAATGTATTTTGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=56408.000000
s hg19.chr21     14413064 48 +  48129895 TGTATCAAGTGAGGGTAAAGTTCAGTTTCATTATACATACACACAGAC
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=124111.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=128512.000000
s hg19.chr21     14413241 103 +  48129895 AAAGTTTATTATTAATGAAATAATTTTTGGGAAGAGCAGGAATAT-AATTTTGCACCAATAAAAATAATTTCTCACTTTCCatattttaattattattttttGT
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=53954.000000
s hg19.chr21     14413344 49 +  48129895 GGATTAGTATATTCTGTGAACTTTTAGCATCTTCAAAAGACAATCTTTT
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s panTro2.chr18   1488833 167 +  77261746 TACCTGTGCTTGTTGATTTACATATACATCTTATTAGGCACATATTTTTATTATATATAGATTTCTTACATATATGTCAATAATTATAGATTAATTAGTGTAGttttattattaagaaaataaaatagaaaatataaatGCTTTATTTATAGCAGTTTTTTTAAGGT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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s panTro2.chr18   1489000 279 +  77261746 ATTGAACTTCTCAACTGTATTTATCCTTTTAATCAATTTATCACATGTAAGCTGAATGCCTATTATGTAGAAGATACATTAACTCTCAAGATCCTTTCATCCTTAAAAATTTCACATTTACCTGCTCAGCCTTAGCAAAGTGAGAGATTTAAAGTTGGAGTACTAGGAATGAATCTCAATTGAAGCTTTTCCTCTCATCTTTAAAATAAAAACACTTCTGAAGTAAGAAACTAGTAAAAGATAACTACCAACCACGATTTTGGAAATTTATAACAGCTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 M 233
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 I 3
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i rheMac2.chr12 I 3 C 0
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i ponAbe2.chrUn M 233 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 I 4 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3533494 312 +  72422247 ttttcttttttcttttctttttttttttttttt-------gagacagagcctcactctgtcaccaggctggagggcagtggcatgatctcggctcactgcaacctctgcctccctggctcaagtgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggat-gcaggcgtgtgccaccacgcccagctacattttttgtatttttagcagagatgaggtttcgtcatgttgaccaaggtggtctcgatctcctgaccttgtgatctgcccaccttggcc-ctcaaagtgctgggattacaggcatgaaccaccttccctggcc
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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s rheMac2.chr12 105777410 62 - 106505843 TTTTATACTGAATTTCTAATAGCTGAGATAAAATCCTATTGTCTGGTAATAGGATAAAACCC--
i rheMac2.chr12 C 0 I 1088
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 I 63
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i ponAbe2.chrUn C 0 I 45
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i panTro2.chr18 C 0 I 31

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i ponAbe2.chrUn I 45 C 0
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i rheMac2.chr12 I 63 C 0
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i panTro2.chr18 I 31 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105783944 62 - 106505843 ATCAGTTTATCCaatttaatgaattaatatatttataaata----ttgttacaaattataaaataG
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 I 5
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i ponAbe2.chrUn C 0 I 24

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105784121   5 - 106505843 I
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i rheMac2.chr12 I 5 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn I 24 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0

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s rheMac2.chr12 105785403 101 - 106505843 AACAGAATTTCCT-AAATATGTTCTTTATTCATTTATCTACTTGTCCACTTAACAAATAACTGTCAGGTATCTTTAAGGTACTAAGCATCTttcttgttatt
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1498748 101 +  77261746 AACAGAATTTCCT-AACTATGTTTTCTATTTGTTTATCCACTTGTCCACTTAACAAATAACTGTCAGGTATCTTTAAGGTACTAAGCATCTttcttgttatt
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14423457 50 +  48129895 atcattgtcattttttattatttactactttattaagttactaagcattt
s panTro2.chr18   1498849 50 +  77261746 atcattgtcattttttattatttactactttattaaagtactaagcattt
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3708639 50 +  72422247 ATCATTGTCATTTTTTATTATTTACTACTTTATTAAGGTACTAAGCATTT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105785504 50 - 106505843 atcattgtcagtttttattatttactactttattaagatattaagcattt
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14423507 136 +  48129895 ttcttgttattatcatcttttttattattTACTACTTTATTTAGTGCTTACTCTGTGCCAGAACCCCTTTGGGAGCTTATAACTATCACTTATTATGTCATTACCATATTCAGTATGTGTCAGACATTTTATATCC
s rheMac2.chr12 105785554 136 - 106505843 ttcttgttattatcatcttttttattattTACTACTTTATTTAGTGCTTACTCTGTGCCAGAACCCCTTTGGGAGCTTATAATTGTCACTTATTATGTTGTTACCATATTCAGTATGTGTCAGACATTTTATATCC
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3708689 125 +  72422247 TTCTTGTTATCATCT--TTTTCTAATATTTACTACTTTAGTG---------TTTGTGCCAGAACCCCTTTGGGAGCTTATAATTATCACTTATTATGTCATTACCATATTCAGTATGTGTCAGACATTTTATATCC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr12 105785690 35 - 106505843 AACGTGAAGAATTAAAGCTTTAAAAAGTCTGGTAG
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3708814 35 +  72422247 AAGGTGAACAATTAAAGCTTTAAAAAGTTTGGTAG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1499035 35 +  77261746 AACGTGAAGAATTAAAGCTTTAAAAAGTTTGGTAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14423678 68 +  48129895 TGTccaggagcggtgactcactcctgtaatcctagcactttggaaggccaaagcgggcggattgcttg
s panTro2.chr18   1499070 68 +  77261746 TGTccaggagcggtgactcactcctgtaatcttagcactttggaaggccaaagcgggcggattgcttg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3708849 68 +  72422247 TGTccaggagtggttgctcactcctgtaatcctagcattttgggaggccaaggtggatgaattgcttg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105785725 68 - 106505843 TGTccaggagcggtggctcactcctgtaatcctagaactttgggaggccaagtcggacggattgcttg
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14423746 252 +  48129895 agcacaggagtttgggaccaccctgactaacatggtgaaatcccatctctactaaatacaaaaaattagctgggcctgggtggcatgcatatgtaataccagctacatgggaagctgaggtaggagaatttcatgaacccaggaggcggaggttgcagtgatctgctgagatcgtgccactgcactccagcctgggcaacagagcgaggctcttgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGGAGAAA
s panTro2.chr18   1499138 246 +  77261746 agcacaggagtttgggaccaccctgactaacatggtgaaatcccatctctactaaatacaaaaaattagctgggcctgggtggcatgcatatgtaataccagctacatgggaggctgaggtaggagaatttcatgaacccaggaggcggaggttgcagtgagctgctgagatcgtgccactgcactccatcctgggcaacagagtgaggctcttgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa------ggagaaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3708917 228 +  72422247 agctcgggagttttggaccagcctgactaacatggtgaaa-cccgtctctactacgtacgaaaaattagcctggcgt-gatggcgtgcgcctgtgatcccagctacctgggaggctgaggtaggagaatcgcttgaaccctggaggtggaggttgcagtga---gctgagatcgtgccactgcactccagcctgggcgagggagcaagactc-cgtctcaaaaaaaaagaaaaa------------------
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105785793 249 - 106505843 agctcaggagtttgggaccaccctgactaacatggtgaaatcccatctctactaaattcaaaaaattatctggacctgggtagcgtgcatatgtaatcccagctacatggaaggctgaggtaggagaatctcgtgaacccaggaggtggatgttgcagtgatctgctgagatagtgccactgcactccagcttggatgacagaatgagacgc-cgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa--aaaaagaaTTA
i rheMac2.chr12 C 0 C 0

a score=72935.000000
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s rheMac2.chr12 105786042 124 - 106505843 ACAAAAGTTTGGTAGTATTTAAGGAAGGAAAACTGAATGAGTAGAAGTTTGCCAGGTAAAGAGTCAGAAGGATGATATTTAGCAGAAGGAAAATTTATCCAGAC--TGTTTTTAGCAGAAGGAACA
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3709145 116 +  72422247 -------TTTGGTAGTATTTAAGGAAAGCATGCAGAATGAGTAGAAGTTTGCCAGGTAAAGAGTCAGAAGGATGATATTT---AGAAGGAAAATTTAACCAGATTGTGTGTTTGGCAGAAGGAACA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1499384 126 +  77261746 aCAAAAGTTTGGTAGTATTTAAGGAAAGCAAGCTGAATGAGTAGAAGTTTTCCAGGTAAAGAGTCAGAAGGATGATATTTAGCAGAAGGAAAATTTAACCAGACTGTGTGTTTGGCAGAAGGAACA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=35741.000000
s hg19.chr21     14424124 81 +  48129895 TCTGAAGGAACACCTGACGAGGCTGCACCCTTGGCGGAAAGAACACCTGACACGGCTGAAAGCTTGGTGGAAAGAACACCT
s rheMac2.chr12 105786166 81 - 106505843 TCTGAAGGAACACCTGAGGAGGCTGCATCCTTGGCGGAAAGAATACCTGACAAGGCTAAATGCTCGGTGGAAAGAACACCT
i rheMac2.chr12 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3709261 80 +  72422247 TCTGAAGGAACGCCTGACGAGTCTGAACCCTTGGCGGAAAGAA-GCCTGAGCAGGCTGAACGCTTGGTGGAGGGAACACCT
i ponAbe2.chrUn C 0 I 8
s panTro2.chr18   1499510 81 +  77261746 TGTGAAGGAACACCTGATGAGGCTGCACCCTTGGCGGAAAGAACACCTGACACGGCTGAAAGCTTGGTGGAAAGAATACCT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=941777.000000
s hg19.chr21     14424205 3770 +  48129895  
s rheMac2.chr12 105786247 3772 - 106505843  
i rheMac2.chr12 C 0 I 13
s panTro2.chr18   1499591 3778 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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s hg19.chr21     14427975 996 +  48129895  
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr12 105790032 998 - 106505843  
i rheMac2.chr12 I 13 n 13
e ponAbe2.chrUn   3709341   8 +  72422247 I

a score=356396.000000
s hg19.chr21     14428971 3929 +  48129895  
s panTro2.chr18   1504368 3950 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I
e ponAbe2.chrUn   3709341    8 +  72422247 I

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s panTro2.chr18   1508318 139 +  77261746 TGCACCCTTGGTGGAGGGAACATCTGACGAAGTTCAATGTTTGGGGAAAGCAATATCTGGAAAGATTGAACAGTCAGCAGGAGAAACACCTAGGAAAATTACAAGGCCTGTGAAAGAAACATCTGAGAAATTTGCATGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3709349 139 +  72422247 TGCACCCTTGGTGGAGGGAACATCTGACAAAATTCAATGTTTGGGGAAAGCGACATCTGGAAATACTGAACAGTCAGCAGAAGAAACACCTAGGAAAATTAAGAGGCCTGCAAAAGAAATATCTGAGAAATTTGCATGG
i ponAbe2.chrUn I 8 I 714
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I
e ponAbe2.chrUn   3709488 714 +  72422247 I

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s panTro2.chr18   1508541 374 +  77261746 AAAATTGAAGTTTTGGAAGAAGGAACATCTAAGATGATCATCAAGATCTAAGATATCCTACAAAA-AAACAGCTACAAAAGCAAGTACAAATGGTAAGATGCTTGAGTGAACTTTGTAGAGTTTATTGGCACTTTGGGTTCCCTAATGGAAATAGTGTGGTATGGGAGTAGTCGGGAATGGCTTGAATGTCTAGATAATGCAAGCTTAGGCAACACATTTTAATAGTGTAGAAATGAGTAGATCTTATTCTGTAGGCCCTGGAAAAATTCCCAAAATAGTTCTGGCTGTAAATAATAGATGAACTAACTAACAATTGCTAAAACCATAGAAACCAAAGTTGTTTTGGTGGTACAGGGATGTTATAGGATCTCACT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   3710202 358 +  72422247 AAAACTGAAGTTTTGGAAGAAGGAACATCTAAGATGGTAA------------ACGTCCTACAAAAGAAACATCTACAAAAGCAAGTACATATGGTAAGATGCTTGAGTGAACGTTGTAGGGTTTATTGGCACTTCGGGTTCCCAAGTGGAAATAGTGTGATATGGGAGTAGTTGGGAATGACTTGAATATCTAGACAAGGCAAGCTTAGGCAACACTTTTTAATAATATAGAAATGAGTAGACCTTATCCTGCAGGCCCT-GAAAAATCCTCACAATACTTCTGGCTGTAAATACTGGATG----AACAAACAGTGGTTAAAAACATAGGAACGAAAGTTGTTTTGGTGGTACAGGGATATCATAGGATCACACt
i ponAbe2.chrUn I 714 n 714
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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s hg19.chr21     14433486  29 +  48129895 CACCCCCCC-----ATTATTAGTTGTGCTATTGG
s panTro2.chr18   1508915  34 +  77261746 CCCCCCCCCCCCCCATTATTTgttgtgctattgg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I
e ponAbe2.chrUn   3710560 714 +  72422247 I

a score=37612.000000
s hg19.chr21     14433515 206 +  48129895 CAGTGTTTTGTTCATGTCTCCTTTCTTGGTTGGCTAATTAgcaacagctccaatcatcatgctatctcaagacaatatctgaaggctgggagggctgcttttgttcacatttttttttaatggga-gaaaacttggaagctttcagtaatcttcctgtaacattttattggctggattataccacatgcttatttctataccaatca
s panTro2.chr18   1508949 207 +  77261746 cagtgttttgttcatgtctcctttcttggttggctaattagcaacagctccaatcatcatgctatctcaagacaatatctgaaggctgggagggctgcttttgttcactttttttttaaataggaagaaaacttggaagctttcagtaatcttcctgtaacattttattggctggattataccacatgcttatttctataccaatca
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I
e ponAbe2.chrUn   3710560 714 +  72422247 I

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s hg19.chr21     14433721 247 +  48129895 ctaggaaagcaaatgtaattactgtgattagcttacaataatGATTTTTCTTTTAAGATGGGATGGGTGT-AATGGAATAATAAATATCTAAATGAGCATGTGTTTCTGCAGCAATAAAGAAT-AAATAATGACTATGCATAGGAAGCCAGCAATGTTTTCTGCAGGAATTCAGTGGAAAAGTTTGAGCAGGGGAGTCACAAGATTAGATTTGAGTATCAGGGCATTCTGGTCATGGTATAAAGcagag
s panTro2.chr18   1509156 247 +  77261746 ctaggaaagcaaatgtaattactgtgattagcttacaataatgatttttcttttaagatgggatgggggT-AATGGAATAATAAATATCTAAATGAGCATGTGTTTCTGCAGCAATAAAGAAT-AAATAATGACTATGCATAGGAAGCCAGCAATGTTTTCTGCAGGAATTCAGTGGAAAAGTTTGAGCAGGGGAGTCACAAGATTAGATTTGAGTATCAGGGCATTCTGGTCATGGTATAAAGcagag
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b I 40781 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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s panTro2.chr18   1509403 188 +  77261746 attggcaaacttttcctgtaaagtgccagatagcgaatatgttgggccatgtggtctctattacagctattcaactctgccatt-tagagtgaaaggagtcatagata--atgtatgggcaaagaggcatgattgtactccaataaaagtttgtataaaaaaccatttagaaagctgaatttggcctgtgg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

a score=421299.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  62492024 492 -  72422247 GTCAGGAAGCAGAGATATCAGGGAATTGGGACTATGTCTTTATGATAgatatggttaggctttgtgtgcccccatctcatcttgaattataattccccaggtgctaagggagacacctggtgggaagtgattggatcatggggggcagtctcccctatgctgttcttgtgatactgagtgaattctcatgagatctgatggttttataaatggcggttttctctgcacacacatacatgttctttctcctgctgccatgtaagaaggtccagtttgcttctcatttgccttttgccatgattgtaagtttcctgaggactccccagttataaggaactatgagtcaatttaacctttttgctttataaattacccagtcttgggaagatttttattgcagtgtgagaatggactaatacagtaaattggtattggtagagttgagtactgctataaagatacccagcaatgtaatagtgactttgggtctgg
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i ponAbe2.chrUn I 146 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I
e ponAbe2.chrUn  62497790   0 -  72422247 C

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  62497790 525 -  72422247  
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

a score=128946.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 I 2 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr18   1540124 311 +  77261746 CACACATTATGTTAAttttttttttttttttttgagatgaggtctcgctctgtcatcaggctggaatgcagttgtgcaatctcagctcactgcaacctctgcctcctgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcctgaatggctaggtcaacaggtgcatgccaccatgcccagctaatttttgtatttttagtagagatggggtttcaccatatgggccaggaaggtctcaacttcttgacctagtgattctcccacctcagcctcccaaagtgctgggattataggtgtgagccaccacacACAGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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s ponAbe2.chr14  18478899 2653 + 108868599  
i ponAbe2.chr14 I 41 C 0
e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I
e panTro2.chrUn  50412097  495 -  58616431 I

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s panTro2.chrUn  50412592 329 -  58616431 agtgttctgaaaccttatgtgagggacaaacactcagaacccagcagcagtgttctggaatcctatgtgatggacaaatacccagaacccatccactgtcttctggaatcctctctgagggacaaacattcagacacttgcagaagtgttctggaatcctatgtgagggacaaacactcagcaaccaggagcagtgctctgaaatcctttgtaagggaaaaacaaacagaatccagtagcagggttctggaatcctttctgagggaaaaacattcagaccctcttagcagtgttctggaatcctatgtgtggg----acattcagaccctcgt
i panTro2.chrUn I 495 C 0
s ponAbe2.chr14  18481552 326 + 108868599 tgtgttctggaatcctatcggagggacaaacattgagacactcgtagaagtgctctggaatcctatgtgaagggcaagcactcagaaagaatctgcagtgctctggaatcctttgtgagggacaaataaagagaacccagtagcagtgttatggaatattttctgagggaataacattcagacactcgtagcagtgttctggaagcctaagtgagggacaaatactcagaacccagcagcaatgttctggaatcctatgtgagcgaaaaacattcagaacttcatagcagtgttctggaatcctatgtgagagacaaacactcaga-------
i ponAbe2.chr14 C 0 I 7
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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s panTro2.chrUn  50412921 523 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr14  18481885 523 + 108868599  
i ponAbe2.chr14 I 7 I 273
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

a score=14267.000000
s hg19.chr21     14500771 270 +  48129895 ttcacagaagtgatctggaatcctatgtgtgcaacaaacactaaataaccagcagcagtgctctggaatcctttgtgagggacaaacaaacagaaaccagcagcagtgttctggaagtctttgtgagggaagaacattcagaccctcgtagcagtgttctggaatcctacgtgcgggacaatcactcagaagccagcagcactgttctggaatcctatgtgaaggacaaatattcagaacccagaatcaatg-----gattcctaagtgaaggat
s panTro2.chrUn  50413444 275 -  58616431 tcagaagcagtgttctggaatcctttgtgatggacaaacaaacagagcccagcagccatgtactggaatcctatttgacagacaaacactcagaactcagaagcagtgttctggaatcctttgtgagggacaaacattcagaacctcgtagcagtgttctggaatcgtatgtgcgggacaaacactttgaacctagcagttaggtactggaatcccatgtgagggacaaacactcagaacccagcagcagtgttctggaatcctatgtgagtgac
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I
e ponAbe2.chr14  18482408 273 + 108868599 I

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i panTro2.chrUn C 0 I 85
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i ponAbe2.chr14 I 273 C 0
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I
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e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 I 14 I 15
e rheMac2.chr12 105791030  13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I

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e rheMac2.chr12 105791030   13 - 106505843 I

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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50422861 84 -  58616431 ataataaaaTTAAATAAAATAAAAAAGCAAAATATACACTAATACAGATTAACCAACTAAAAAAAA--GTAGAGAAAGGTCATTTA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr12 105791030 13 - 106505843 I

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i rheMac2.chr3  n 13 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14513910   7 +  48129895 TAGACTC
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s hg19.chr21    14513917 838 +  48129895  
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  73196532 287 + 196418989 GT----------AGCTACTCTTTATCTGCAAAGAATTGATGTTCTCATTTAATGATTAAATAAGAATATTAACCATTAATACAGTAAAAATGTATATTTTGTAATATTTCTCCATGG----ATGCT-----TTAGTTTAATTATACCAATATAATGTGTACATTTTAACCATTTACTACAGCTCTCAATCTTACTTT-TCTCCTGTATTTGAATTTATGCTAATACAGTCCTACGGCTAAAAAGGATTATATAAACTTACTTACATTTTTACTAGTAGTCTGGTGTCattttaaattatgtaattaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
s panTro2.chrUn 50427801 285 -  58616431 GTGCCTGT----AGCTACTCTTTACCTT-----------TGTTCTCAGGTAATGATTA------GATATTAACAATTAATTCAGT-AAAATGTATGTTTTGCAATATTTCTCCATGTTATCATGCTTTAAATTAGTTGAATCATGCCCCTATAATGTGTACATTTTAACCTTTGACTATAGGTCTCAATCTTACTTTGGTTCCTGTATTTGAATTTATGCTAATAAAGTCCTACAGCTAAAAAGGATTATATAAACTTATCTACATTTTTACTAGTATTCTGGTGTCATTTTAAATTATGTAATGAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 N 0
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i ponAbe2.chr16 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3         C 0 n 0
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i ponAbe2.chr16        C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random N 0 I 2047

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i ponAbe2.chr21        C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21        C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 C 0
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i rheMac2.chr3         C 0 C 0

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i rheMac2.chr3         I 1048 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21        C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr3         C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21        C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 C 0

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i rheMac2.chr3         C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21        C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21        C 0 C 0
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i rheMac2.chr3         C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21        C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 C 0

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i panTro2.chr18_random C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177647641 106 - 196418989 AAACACATTAAAATAATTTGGCATGGGAAACGTTTCATCTCTTTTAAATTTAACTATTATAAGAAAGAAGAGCATTTTAAAG---ATGTTAATTTCAATCAACAATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50765688 65 -  58616431 GCATTTCCTTAGTTTTATCACATAAAAGCAAACACGTCTCCAttttc-----tttctttttttttttttt
i panTro2.chrUn C 0 I 6
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
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i rheMac2.chr3  C 0 I 27

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s panTro2.chrUn  50765759 42 -  58616431 GGTGTTCACCTGGTATTTACCTCTACATTTCTAAATAACtgt
i panTro2.chrUn I 6 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
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i rheMac2.chr3  I 27 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177647998 128 - 196418989 gcaaaggagggttaacccaatagttgagattgctcaaaccttccacattcccaataaatacctattttctggactagtccctggctggttcatagaagtttaagcactgggCTTCTCAGAGTCATGAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28495550 414 +  48394510 TTGGGTGACATGGGGTTTAGTATGCAATCGTCTTGTGTCCATTAACACACCTCTTTCACCATAAAACAGGTTTCTTTGCCTGTGAATATATAATACAGGGTCCCATGTCAATACATCTGTGAATAATACTATCCTTAAGTAGTAGTATGGTCCTAGCCATTGTTAGCAAGAAAAGCAAATTTTACATGAGCCTTACTcaaaaccaactgctcccttttttggaatgatcctaaatgctcaacttgcaaccaagtggctgattggcctccccatagaacagtgtcccgttgaggtcatggtttctgatgatgacaggatggatattctgcagccacaatagaaacccggatgagagggagcctatgctgttgGCTTGCCAGCAGCCACCTTGGCTACCTCCACTATGAGCGCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50767071 305 -  58616431 ctaataaatatttgaatagaaaggcattattgtgtttcccccttcagtctgttaccaacggattatacacttttgtccagtcaactttctacgtggatacccattcttcaggagcctaagcatcaaaatagacagttccccttgggtcattgggtcttcatttctgaaggctcctgtgtcatgtaaaaaattgattaaataaattgctatccttttctcttgttaatctctgtcttttgttacaggagtgtcagccatga-cttatgatgtgtgaagaaagatatctcacacctttctaccccttc
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177649671 147 - 196418989 TTTATGTCTTTCTTTAATCTTATGGATGAAATTATATCCATGTGAACGTCTAGGATGAAATCTGTTTTCTGATGCATCCCTTACAAATATAAGGATATTTAAACAAATATTTAAGGCAgagtatctcagaggagactgttttggaca
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177650170 52 - 196418989 aagtccattca--tacaaactgttcatggtggtggagacaacatggctgacaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=84201.000000
s hg19.chr21     14573864 54 +  48129895 atctaaaatatttactctctggctctttatagaagaaatttgctgacccctTGT
s panTro2.chrUn  50768044 54 -  58616431 atctaaaatatttactctctggctctttatagaaaaaatttgctgacccctTGT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28497488 54 +  48394510 gtctaaaatatttactctctggctctttatagaaaaactttgctgacccttTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177650222 54 - 196418989 gtctaaaatatttactctctggctctttacagaaaaactttgctgattcctTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=191643.000000
s hg19.chr21     14573918 211 +  48129895 CTAAATTATAGCAAGTATGAAATCCTCTGTCATCAGCAATGGCATAGAAGGCAGCATAGGAATTTTTAAATTTGCCCTTGAATTATATCATAAGCCTTATGTTTGAGGTCGTATTTTTGCAAAGTGCTGAGCACCCCTGTCCTACAATGAGGAGGGCCCACTTTCCTTTCTCAATTGGTCTGTCTTATAACATTTAGGAAGAGACTCACAG
s panTro2.chrUn  50768098 211 -  58616431 CTAAATTATAGCAAGTATGAAATCCTCTATCATCAGCAATGGCATAGAAGGCAGCATATCAATTTTTAAATTTGCCCTTGAATTATATTGTAAGCCTTATGTTTGAGGTCCTATTTTTGCAAACTGCTGAGTACCCCTGTCCTATAATGAGGAGGGACAACTTTCCTTTCTCAATTGGTCTGTCTTATAACATTTACGAAGAGACTCATAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177650276 203 - 196418989 CTAAATTATAGCAAGTATAAAATCCTCTATCACCAGCAATGGCATAGAAGACAGCACAGGATTTTTTAAATTTGCCCTTGAATTCTATCGTAAGCCTTATGTTTGAGGTCCTACTTTTGC-AAGTGCTGAGCTCCCCTGTCCTAAAATGAGGAGTGCCCACTTTCCTTTCTCAGTTGGTCTGAGTTATAGCATTTACGAAGAGA-------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28497753 142 +  48394510 TCTCTCTGTGGCCTTGTATTCTTGGCTAATATCCT-TTTTT------TTCTTCCTGGAGTACTCTCTACTCTGTCCTAGA-TTTCCAACTGTTTATCTGAAGTAGTGGTGTCAGCCTCTGCAATGCTTTCTGTTCTACAGTGTGTAGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177650479 148 - 196418989 -CTCTCTGTGGCCTTGTATTCTTGGCTGATACCCC-TTTTTTATTTCTTCTCCCTGGAGTACTTTCTACTCTGTCTTAGAGTTTCTGACTGTTTATCTGAAGGAGTGGTGTCAGCCTCTGCAATGCTTTCTGTTCTACAGGGTGTAGGGg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50768448 37 -  58616431 Cttt----attttattttttttttttttgagacaagagttt
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28497895 27 +  48394510 Cttt-------------tttttttttttgagacagg-gttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177650627 40 - 196418989 ttttttttgttttgttttgttttgttttgagacagg-gttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14574300 49 +  48129895 cacttccttgcccatgctggaacacagtggcatgataatggctcactgc
s panTro2.chrUn  50768485 49 -  58616431 cacttccttgcccatgctggaacacagtggcatgataatggctcactgc
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28497922 49 +  48394510 cacttctttgcccatgctggaacacagtggcatgataatggctcactgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177650667 49 - 196418989 tgcttccttgcccaggctggagctcaatggcgtgataatggctcactgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35393.000000
s hg19.chr21     14574349 110 +  48129895 agccttgacctcctagtcccaaactaatcatccca--acagcctcccaagtagctgggactacaggtacacaccatcatgcctggctaacttttgaactgttttgtagaaaa
s panTro2.chrUn  50768534 110 -  58616431 agccttgacctcctagtcccaaactaatcatccca--acagcctcccaagtagctgggactacaggtacacaccatcaggcctggctaacttttgaactgttttgtagagaa
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28497971 110 +  48394510 agccttgacctcctagtcccaaactaatcatccca--acagcctcccaagtagctgggactacaggtacacaccatcatgcctggctaacttttgaactgttttgtagagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177650716 112 - 196418989 agccttgacctcctacacccaaactaatcatcccaacacagcctcccaagtagctgggactacaggtacacaccatcatgcctggctaatttttgaattgttgtgtagagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36618.000000
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s rheMac2.chr3  177650828 111 - 196418989 agttt-cccatgttgcctaggctggtcacgaactcccaacctcaagcgatccaacctgcctcagccttccaaagcactgagattacaggcatgaaccacagtgcccagctGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28498081 112 +  48394510 ggtttccccattttgcctaggctggtcatgaactcccggcctcaagccatccaacccacctcagccttccaaagcactgagattacaggcatgagccacagtgcccagctGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50768644 112 -  58616431 gtttaccccattttgcctaggctggtcatgaactcccggcctcaagccatccaacccacctcagccttccaaagcactgagatcacaggcatgagcctcagtgcccagccGA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50768756 176 -  58616431 GTGTAGGGTCTTGATCCTCTGGTCTGTCCCACCTTGTCTTCTTTTGCTACAAGTAATTAGACAAAGTTCTAAGGTACAACAGGGGTGCTGAGTCTAGTTTGTTTAAAGATATTATTCAGTTCCTATGAAAAGATCCATGAGTGTGTAGGTTGGTTTTTAGTACAGCCTTGACAAGT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28498193 176 +  48394510 GTGTAGGGTCTTGATCCTCTGGTCTGTCCCACCTTGTCTTCTTTTGCTACAAGTAATTAGACAAAGTTCTAAGGTACAACAGGGATGCTGAGTCTAGTTTGTTTAAAGATATTATTCAGTTCCTATGAAAAGATCCATGAGTGTGTAGCTTGGTTTTTAGTACAGCCTTGACAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177650939 172 - 196418989 GTGTAGGGTCTTGATCCTCTGGTCTATCCCATCTTGTCTTCTTTTGCTCCAAG----TAGACAAAGTTCTAAGGTACAAAAGGGATGCTGAGTCTAGTTTGTTTAAAGATATTATTCAGTTCCTATAAAAAGACCCATGAGTGTGTAGCTTGGTTTTTAGTACAACCTTGACAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=357798.000000
s hg19.chr21     14574747 164 +  48129895 TAATCCAGTAGAGAAACCTGCATGCAAATGTGATTTCTGATTATAGCCTTGGCTACTT-ATGCAGTTTTTGGTGTTACTGAGTTTTTTTAAACAACTTTCCAATTTCAC--AGGCTTACCCAAGGGTATGATCAATGAAAACCAC-AGCTTCTTTGTTAGTTGTAAAG
s panTro2.chrUn  50768932 164 -  58616431 TAATCCAGTAGAGAAACCTGCATGCAAATGTGATTTCTGATTATAGCCTTGGCTACTT-ATGCAGTTTTTGGTGTTACTGAATTTTTTTAAACAACTTTCCAATTTCAC--AGGCTTACCCAAGGGTAGGATCAATGAAAACCAC-AGCTTCTTTGTTAGTTGTAAAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28498369 167 +  48394510 TCATCCAGTAGAGAAACCTGCATGCAAATGTGATTTCTGATTATAGCCTTGGCTACTTAACGCAGTTTTTGGTG-TACTCAATTTTTTTAAACAACTTTCCAATTTCACTTGGATTGACCCAAGGGTATGATCAATGAAAACCACGAGCTTCTTTGTTAGTTGTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 M 228
s rheMac2.chr3  177651111 162 - 196418989 TAATCCAGTAGAGAAACCTACAT--AAATGTGATTTCCGATAACAGCCTTGGGTACTT-ACGCAGTTTTTAGTGTTACTGAATTTTTTAAAACAACTTTCCAATTTCAC--AGGCTTACCCAAGGGTATGATCAATGAAAACCAC-AGCTTCTTTGTTAGTTGTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153691.000000
s hg19.chr21     14574911 140 +  48129895 GACTCAGAAGTCAGTGACGGCTGTTATTGACTCACTCATAAACAGCACATTAAGGAAAAGGAAGTTGAACAGTCATCTACAGTTGTAAAAGGAGCACAAATAGTCTCTGTTTAACTTTTTTTTCTTTTTATATGTGGCCC
s panTro2.chrUn  50769096 139 -  58616431 GACTCAGAAGTCAGTGATGGCTGTTATTGACTCACTCATAAACAGCACATTAAGGAAAAGGAAGTTGAACAGTCGTCTACAGTTGTAAAAGGAGCATAAATAGTCTCTGTTTA-TTTTTTTTTCTGTTTATATGTGGCCC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28498536 228 +  48394510 M

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s hg19.chr21     14575051 58 +  48129895 GTCTAACAATTCTATCATGATCATCATCAATCATTATCATCCTCCTCAACAAAGCTCT
s ponAbe2.chr21  28498764 49 +  48394510 ---------TTCTATCATGATCATTGTCAATCATTATCATCCTCCTCAACAAAGCTCT
i ponAbe2.chr21 M 228 C 0
s rheMac2.chr3  177651412 58 - 196418989 GTCTAACAATTCTATCACGATCATCATCAGTCATTATCATCCTCCTCAACAAAGCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50769235 55 -  58616431 ATCTAACAATTCTATCATGATCATCATCAATCACTATCATCCTC---AACAAAGCTCT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=133541.000000
s hg19.chr21     14575109 244 +  48129895 AATTTTATTTAGTTTCAGAAAAATTTAAGCTGATGGCAGTTCAATCCCTTTGAATATCTGTGATTGAGAT---ATTGTTCTTTAATTGTGAAGCCTCCTTTAGattaatattaat-aaaatatttatataaattttgatgattttataaatGTAGTCTTGACAGAATGATATGATCTCAATCACAGAATAGTATTTGTGAGAAACCAATGCTACCTCATTCGGTAACTTGAACTTATATAGTTATTGG
s panTro2.chrUn  50769290 244 -  58616431 AATTTTATTTAGTTTCAGAAAAATTTAAGCTGATGGCAGTTCAATCCCTTTGAAC--CTG-GATTGAGATCATATTGTTCTTTAATTGTGAAGCCTCCTTTAGattaatattaat-aaaatatttatataaattttgatgattttataaatGTAGTCTTGACAGAATGATATGATCTCAATCACAGAATAGTATTTGTGAGAAACCAATGCTACCTCATTCGGTAACTTGAAATTATATAGTTATTGG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177651470 237 - 196418989 AATTTTAGTTAGTTTCAGAAAAATTTAAGCTGATGGCAGTTCAATCCCTTTGAAG--CTGCGATTGAGATCATATTGTTCC----TTGTGAAGCCTCTTTTAGATTAATGttaataaaaatatttatataaattttgatgattttataaatGTAGTCTTGACAGAATGATATGATCTCAATCACAGAATAGTATTTGTGAGAAACCAATGCTATCTCATTTGGTAACT-----TTATATAGTTACTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28498813 245 +  48394510 AATTTTATTTAGTTTCAGAAAAATTTAAGCTGACGGCAGTTCAATCCCTTTGAAC--TTGTGATTGAGATCATATTGTTCTTTCATTGTGAAGCCTCCTTTAGattaatattaat-aaaatatttatataaattttGATGATTTTACAAATGCAGTCTTGACAGAATGATATGATCTCAATCACAGAATAGTATTTGTGAGAAACCAATGCTACCTCATTCGGTAACTTTACCTTATATAGTTATTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=-22749.000000
s hg19.chr21     14575353 70 +  48129895 CTGTTTAGTTTTTCTTCTTCATGATAAAACAAAACATAGTAATCAGATTTACAAACCTAGTAATCAGATT
s panTro2.chrUn  50769534 49 -  58616431 CTGTTTAGTTTTTCTTCTTCATGATAAAACAAAACATAGTAATCAGATT---------------------
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28499058 68 +  48394510 CTGTTTAGTTTTTCTTCTTCATGATAAAACAAAAC--AGTAATCAGATTTACAAACCTAGTAATCAGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177651707 70 - 196418989 CTGTTTAGTTTTTCTTCTTCATGATAAAACAAAACATAGTAATCAGATTTACAAACCTAGTAATCAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14575423 28 +  48129895 ACGAGATTATTCAACTCAAATATATACA
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28499126 28 +  48394510 ACGAGATTACTCAACTCAAATATATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177651777 28 - 196418989 ACGAGATTATTCAACTCAAATATATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331025.000000
s hg19.chr21     14575451 255 +  48129895 ATATAATTGTACTACAAGAGCTGTTTGTACAAACATTTTCACTAACATCACCAGAATTGAGAAATATGTATAGTAATGTAT--ATTTTTTATTAGATAGTTTAATTCCAGCCAAGTATCAAGCCATTTCCATAATCTGACATACTAGCTAAGGAAAAATAATGAGGCCACTCAAAAGTCTCTTTTTCTAGTTGTCTCAGTAGCTTCGATGTGATAAGCATGAAAAAACATGAATTGCTAAACCAAATT--TTAAAAAAA
s panTro2.chrUn  50769611 252 -  58616431 ATATAATTGTACTACAAGAGCTGTTTGTACAAACATTTTCACTAACATCACCAGAATTGAGAAATATGTATAGTAATGTAT--ATTTTTTATTAGATAGTTTAAT---GGCCAAGTATCAAGCCATTTCCATAATCTGACATACTAGCTAAGGGAAAATAATGAGGCCACTCAAAAGTTTCTTTTTCTAGTTGTCTCAGTAGCTTGGATGTGATAAGCATGAAAAAACATGAATTGCTAAACCAAATT--TTAAAAAAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28499154 255 +  48394510 ATATAATTGTACTACAAGAGCTGTTTGTACAAACATTTTCACTAACATCACCAGAATTGAGAAACATGTAGAGTAATGTAT--ATTTTTTATTAGATAGTTTAACTCCAGCCAAGTATCAAGCCGTTTCCATAATCTGACATACTAGCTAAGGGAAAATAATGAGGCCACTCAGAAGTTTCTTTTTCTAGTTGTCTCAGTAGCTTGGATGTGATAAGCATCAAAATACATGAATTGCTAAACCAAATT--TTAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177651805 259 - 196418989 ATATAATTGTATTACAAGAGTTGTTTGTACAAACATTTTCACTAACATCACCAGAATTGAGAAATATGTAATGTAATGTATACATTTTTTATTAGATAGTTTAATTACAGCCCAGTATCAAGTGGTTTCCATAATCTGACATACTAGCTAAGAGAAAATAATGAGGCCACTCAGAAGTTTCTTTTTCCAGTTGTCTCAGTAGCCTGGATGTGATAAGCATGAAAAAACATGAATTGCTAAACCAAATTAAAAAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154013.000000
s hg19.chr21     14575706 85 +  48129895 TTTCTGAAACTATATAACACTTCTGAGAGGGCTGCAGATTTGTTAGTAGGTTGTTTTTCAGTCTGAAAAAAATGATTAAATATTT
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28499494 257 +  48394510 CTGCTGGAATGGAACATTTCAGTCATAACAAAATATAAACTCTAAGGAAGCTAATACTAATATTGTTTGTTAAAATCCTTTTGTATTCTTTGCTTTTCATGGAGGGAGAGAGTTAAGTTACAAGGGAATGGTGAACCACAACAAATGAAAAGTCGTTTTGTGAGTAGTGTACTTTTGCATTGCTGTATTTCGAAAGG-TTGCAAAAAAATAAA-----TGAAAAAGAATGTCAATTATTTTTCTCTAAAATTGTGCCTAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177652148 256 - 196418989 CTGCTGGAATGGAAGATTTCAGGCATAACAAAATGTAAACTCTAAGGAAACCAAATCTAATATTGTTTGTTAAAATCTTTTTGTATGCTTTGCTTTTCCTGGAGGGAGAGAGTTAAGTTACAAGGGAATGGTGAACCACAGCAAAGGAAAAGTCGTTTTGTGAGTAGTGTGCCTCTGCACTGCTGTGTTTGGAAAGGTTTGC--AAAGAAAAA-----TGAAAAAGAATGTCaattatttttatctaattttttttctaatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-41849.000000
s hg19.chr21     14576048 142 +  48129895 TGTTATATGATATTAAATTAACT---GTTTAAAGAGAATACATAGTATGCAAAATACTTCACACTTCACACATATCATTTTTAATTGAATTGTT-AAAAAAATAAGCACAATTGCCTCTGTTTCACCAATGATTAAATTAAGATGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177652404 133 - 196418989 tgtt-----atattaaattaattaatGTTTAAAGAGAATACATACTATGCAAAATACTT-------CACACATATCATTTTTAACTGAATCATT-AAAAAAACAAGAACAATTGCCCCTGTTTCACCAATGATTAAATTAAGATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204297.000000
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101823.000000
s hg19.chr21     14576378 31 +  48129895 ATTAGTGTATTTCCACAATATATAACATAAT
s panTro2.chrUn  50770532 31 -  58616431 ATTAGTGTATTTCCACAATATATAACATAAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28500085 31 +  48394510 ATTAGTGTATTTCCACAATATATAACATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177652725 31 - 196418989 ATTAGTGCATTTCCACAATATATAACATAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141694.000000
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s panTro2.chrUn  50770563 55 -  58616431 GCTAAAAAAGAAATTTGGTATTTTCAGTTTCCTTTAAATTTTCTGACCTGATTTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50770618 52 -  58616431 ATTTTATAAACGATTTGCATTTACCAGAATGTTATAAACTCGGTAATTATGT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1802605.000000
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s panTro2.chrUn  50770670 288 -  58616431 TTTGGTTCAGTGTTTTTTACCTGCCATCTACATTACATAAAAATCATTTCTGTAAAAGGAAGCAGATGTTAATGAGCAAGCTACACAGAAATTTTCATCTCACACTTAACAATGGATATTATTGTTCTTATAATTTTCACTTCTCAGTCATAAGACATCCCTCTGTGGTTGTCATAATTGGTCTAATGAATTTCTTAAAATAAATGAAAGTCTAATTTGATCCGGTGCCCATGAACAATCCACTCATTCAAATCTAAATCACTGACCTGATTTGAAGATGAATCATGC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28500223 285 +  48394510 TTTGGTTCAGTGTTTTTTACCTGCCATCTACATTACATAAAAA-AATTTCTGTAAAAGGAAGCAGATTTTAATGAGCAAGCT--ACAGAAATTTTCATCTCACACTTAACAATGGATATTATTGTTCTTATAATTTGCACTTCTCAGTCATAAGACATCCCTCTGTGGTTGTCATAATTGGTCTAATGAATTTCTTAAAATAAATGAAAGTCTAATTTGATCCGGTGCCCATGAACAATCCACTCATTCAAATCTAAATCACTGACCTGATTTGAAGACGAATCATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1488
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1460122.000000
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s panTro2.chrUn  50770958 340 -  58616431 CAAAATAAAGTCATGCTTTCCTATTAAGTGTGTTGCCTCAGTGCAAGCTTTTGAATGGCTTGTTCTTAAGGTTTGAAGTGGGGATTTCCAGTGACAAAGAAACACAATTTGATCTCATAACCCTAGACGCCCAGACTTATTTTAAATGATAGAGACTTAAGATTGAGAGAAAATCTGAGTCATCATCCAGTTCAGTATTTTTCACTTAGTGGAAAAGGTACTGGTCACCTTGGGTTTGAACAGTTTAGCAACATTGCAGGATCTTCTACAGATGCATACATAAGCATTTGAACAAATTCTCTAGGTAGGCAAAGATCATTGCAGCCGAATGTCTAATGAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28501996 340 +  48394510 CAAAATGAAGTCATGCTTTCCTATTAAGTGTGTTGCCTCAGTGCAAGCTTTTGAATGGCTTGTTCTTAAGGTTTGAAGTGGGGATTTCCAGTGACAAAGAAACACAATTTGATCTCATAACCTTAGACATCCAGACTTATTTTAAATGATAGAGACTTAAGATTGAGAGAAAATCTGAGTCATCATCCAGTTCAGTATTTTTCACTTAGTGGGAAATGTACTGGTCACCTTGGGTTTGAACAATTCAGCAACATAGCAGGATCTTTTACAGATGCATACATAAGCATTTGAACAAATTCTCTAGGTAGGCAAAGATCATTGCAGCCGAATGTCTGATGAT
i ponAbe2.chr21 I 1488 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8801.000000
s hg19.chr21     14577144 57 +  48129895 CTTTATCGCAGAGTTATCTATCCAATGTTCCAGGGTAAATGTTCTATTATTAACATT
s panTro2.chrUn  50771298 57 -  58616431 CTTTATCGCAGAGTTATCTATCCAATGTTCCAGGGTAAATGTTCTATTATTAACATT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28502336 57 +  48394510 CTTTATCGCAGAGTTATCTATCCAATGTTCCAGGGTAAATGTTCTATTATTAACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177653491 57 - 196418989 CTTTATCGCAGAGTTTTCTATCCAATGCTCCAGGGTAAATGTTCTATTACTAACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83111.000000
s hg19.chr21     14577201  99 +  48129895 CCTGAGGAAATACATTCATGGATATATATGTTTAT-TATATTATTTAACTACTATTTCAAATCTATATCAAGACTGGTCTTAACATTTCTAAAATAGGTA
s panTro2.chrUn  50771355  99 -  58616431 CCTGAGGAAATACATTCATGGATATATATGTTTAG-TGTATTATTTAACTACTATTTCAAATCTATATCAAGACTGGTCTTAACATTTCTAAAACAGGTA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177653548 100 - 196418989 CCTGAGAAAATTTATTCATGGATATATATGTTTAACTATATTATTTAACTACTATTTCAAATCTATGTCAAGACTGGTCTTAACATTTCTAAAATAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14577300 43 +  48129895 ACTATATCAACATCATAAAAAATGCTGCCACATTT-TTTTCGAG
s rheMac2.chr3  177653648 44 - 196418989 ACTATATCAACATCATAAAAAATGCTGCCACATTTGTTTTTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28502493 43 +  48394510 ACTATATCAACATCATAAGAAATGCTGCCACATTT-TTTTCGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50771454 43 -  58616431 ACTATATCAACATCATAAAAAATGCTGCCACATTT-TTTTCGAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     14577343 136 +  48129895 AAAGAAATACTCTCTATACATATTGTTAAACCTTTCTGCATTAG-----------AACTAAAGACCGTGAAAAGAAGAACAGTTTTTATTGTGTTAAGACACTGATTGCTGGTTAGGAAAGAAtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
s panTro2.chrUn  50771497 136 -  58616431 AAAGAAATACTTTCTATACATAGTGTTAAATCTTTCTGCATTAG-----------AACTAAAGACCGTGAAAAGAAGAACAGTTTTTATTGTGTTAAGACACTGATTGCTGGTTAGGAAAGAAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
i panTro2.chrUn C 0 I 1068
s ponAbe2.chr21  28502536 132 +  48394510 AAAGAAATACTCTCTATACATAGTGTTAAATCTTTCTGCATTAG-----------AACTAAAGACTGTGAAAAGAAGAACAGTTTTTATTGTGTTAAGATGTTGATTGCTGGTTAGGAAAGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177653692 147 - 196418989 AAAGAAATACTCTCTATACATAGTGTTAAATTTTTCTGCATTAGACCTAAACCAAAACTAAAGACTATGAAAAGAAGAACAGTTTTTATTGTGCTAAGACACTGATTGCTGGTTAAGAAAGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177653839 100 - 196418989 tgtgtatgtgtgtCAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAAAAGCAGGGGAAGCTTGTAATGCATAATCAAATAGTAAGGCTATGAGAGATTTATCCCAGATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28502668  98 +  48394510 tgtgtgtgtgtgtCAGAGAGAC--AGAGAGAGAGAAAAGCAGGGGAAGCTTGTAATGCATAATCAAATAGTAAGGTTATGAGAGATTTATCCCAGATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50772701  98 -  58616431 tgtgtgtgtgtgtCAGAGAGAC--AGAGAGAGAGAAAAGCAGGGGAAGCTTGTAATACATAATCAAATAGTAACGTTATGAGAGATTTATCCCAGATTAT
i panTro2.chrUn I 1068 C 0

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s hg19.chr21     14577577 181 +  48129895 CTATAATTTTCATTGGTCCCTGAATGGTGGAGGAAAGGTAAAAATATCTTTAATTCCAGATTTCATCTTTGGCCACCAACAAAGGGGCATCACTTAATCCTATTGGTTTTAAATACCAATGAACTAGTGTAAAAGATAAGGATTCGTAAATTATTTCACTCATTCATTGAACTAGAAAATG
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i rheMac2.chr3  C 0 I 12803
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 15123
s panTro2.chrUn  50772799 159 -  58616431 CTATAATTTTCATTGGTCCCTGAATGGTGCAGGAAAGGTAAAAATATCTTTAATTCCAGATTTCATCTTTGGCCACCAACAAAGGGGCATCACTTAATCCTATCGGTTTTAAATACCAATGAACTAGTGTAAAAGATGAGGATTCGTAAATTATTTCAC----------------------
i panTro2.chrUn C 0 I 15110

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s hg19.chr21     14577758    24 +  48129895 AACTAGAAAAGAAAATTGAAAAGA
s ponAbe2.chr21  19876459    22 -  48394510 AACTAGAAAAGAAAATTGAAA--A
i ponAbe2.chr21 n 15123 C 0
s panTro2.chrUn   7828363    24 +  58616431 AACTAGAAAAGAAAATTGAAAAGA
i panTro2.chrUn n 15110 C 0
e rheMac2.chr3  177654100 12803 - 196418989 I

a score=23203.000000
s hg19.chr21     14577782    32 +  48129895 GAATGCAGAATGGCACTTACTCAAATAGTTTT
s ponAbe2.chr21  19876481    32 -  48394510 GAATGCAGAATGGCACTTACTCAAATAGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn   7828387    32 +  58616431 GAATGCAGAATGGCACTTACTCAAATAGTTTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177654100 12803 - 196418989 I

a score=86157.000000
s hg19.chr21     14577814   140 +  48129895 GATGATTTCTGCTTCACTGGCTGATTTTGTAGTGGGTGGCTGGAAATTACAGTGGGATCTTTAAATAAGTTTAGAGTCATATCTCTGACTTACCCTGAGTAATTTTTGACCCAGTAAAGCTGTTTTTTTTTGGTAGGCTT
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  19876513   139 -  48394510 GATGATTTCTGCTTCACTGGCTGATTTTGTAGTGGGTGGCTGGAAATTACAGTGGAATCTTTAAATAAGTTTAGAGTCATATCTCTGACTTACCCTGAGTAATTTTTGACCCAGTAATGCTG-TTTTTTTTGGTAGGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177654100 12803 - 196418989 I

a score=38961.000000
s hg19.chr21     14577954   104 +  48129895 AAAAATTCCACTGAGATTCTTCAGTCACCCACTCAACCACTTCCAAATGAATCTGAAAAACAGAAATCATCAAAACTAGTAGAATAAATGCTGCTCTGTTTTAA
s panTro2.chrUn   7828558   104 +  58616431 AAAAATTCCACTGAGATTCTTCAGTCACCCACTCACCCACTTCCAAATGAATCAGAAAAACAGAAATCATCAAAACCAGTAGAATAAATGTTGCTCTGTTTTAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177654100 12803 - 196418989 I

a score=224349.000000
s hg19.chr21     14578058   788 +  48129895  
s panTro2.chrUn   7828662   783 +  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  19876756   788 -  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177654100 12803 - 196418989 I

a score=8174.000000
s hg19.chr21     14578846    20 +  48129895 tatgtaaaatatatgaacta
s ponAbe2.chr21  19877544    20 -  48394510 tatgtaaaatatatgaacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn   7829445    20 +  58616431 tatgtaaaatatatgaacta
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177654100 12803 - 196418989 I

a score=105677.000000
s hg19.chr21     14578866   377 +  48129895 caatgcaataatttaaaaaaagcagattaagccataggcaaaggacttgaatagacatttagcc--aaaaaaaaaccatacaaatagccaacaggtatatgaaaaatatgataatcatcatcactaatcagcagggcaatgaaaatcaaaaccacaatattttcacctcaaaactgttgagatggctattatttttaaaaaatgcattgataaggatatagagaagttggaacatttctgtactgttggtgggaatataaaatggtgcaactgctgcagaaaacattaagaaggtctctcaaaaaaataaaaatagaactaccatgtgatccagcattcccagtttggggtatatataataattaaaaccaagatcttg
s ponAbe2.chr21  19877564   376 -  48394510 caatgcaataatttaaaaaaagcagattaagccataggcaaaggacttgaatagaaatttagccccctaaaaaaaacatacaaatagtcaacaggtatatgaaaaatatgataatcatcatcactaatcagcagggcaatgaaaatcaaaaccacaatattttcaccttaaacctgttaagatggctattatttttaaaaaatgcattgataaggatatagagaagttggaacttttctgtagtgttggtgggaatataaaatggtgcaactgctacagaaaacatt---aaggtctctcaaaaaaataaaaatagaactactatgtgatccagcattcccagtttggtgtatatataataattagaaccaagatcttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn   7829465   377 +  58616431 caatgcaataattt-aaaaaagcagatcaagccataggcaaaggacttgaatagacatttagcc-aaaaaaaaaaaaatacaaatagccagcaggtatatgaaaaatatgataatcatcatcactaatcagcagggcaatgaaaatcaaaaccacaatattttcacctcaaacctgttaagatggctatgatttttaaaaaattcattgataaggatatagagaagttgaaacttttctgtactgttggtgggaatataaaatggtgcaactgctacagaaaacattaagaaggtctctcaaaaaaataaaaatagaactaccatgtgatccagcattcgcagtttggggtatatataataattaaaaccaagatcttg
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177654100 12803 - 196418989 I

a score=183358.000000
s hg19.chr21    14579243 332 +  48129895 aataagtatctccactcccctgttcactgtagcattattcacatgagccaagatataaaaacaacctaaatctccatcaatagataaatggataaagaaaatgtgtctgtatgtgcaatggaatattatacagacttacaaaa-aaagaaatcctgttataggtgacaaaatggattaacctgaaggacattatgctaagtgaaacaagccagtcacagaaggacaaatgctgcttgactccatttatacgaaatatctaaaatcatcaaactcagaaacagagcagaatagtggttatcaaggactgtggagaaaggaaatgagaggttgct
s rheMac2.chr3  18752094 333 + 196418989 AATAAGtatctgcactcccgtgttcactgtagaattattgagaagagccaagatataaaaacaacctaaatctccatcaatagataaattgataaagaaaatgtgtctgcacatgcaatagaatattatacagacttacaaaagaaataaatcctgttataggtgacaaaatggattaaactgaaggacaatatactaagtgaaataagccaggcacagaaggacaaatgctgcatgactccctttatacgaaatatctaaaatcgtcaaactcagaaacagagtagaatagtggttatcaaggactgcggagaaaggaaatgagaggttgct
i rheMac2.chr3  n 12803 C 0
s ponAbe2.chr21 19877940 333 -  48394510 aataagtatctgcactcccctgttcactgtagcattattcacatgagccaagatataaaaacaacctaaatctccatcaatagataaatggataaagaaaatgtgtctgcatgtgcaatggaatattatacagacttacaaaagaaagaaatcctgttataggtgacaaaatggattaaccttaaggacattatgctaagtgaaacaagccagtcacagaaggacaaatgctgcttgactccatttatacgaaatatctaaaatcgtcaaactcagaaacagagcggaatagtggttatcaaggactgtggagaaaggaaatgagaggttgct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=77218.000000
s hg19.chr21    14579575 143 +  48129895 acttaatgtgtaccaagtttcaattatgcaagataaataagacctagagatctactgcataacatcgtgcctatagttaacaatactatactatgcattcgaaaagttgACAGTATGTCTTAACACAATATAGACAAAC-AAAA
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14579718 54 +  48129895 TATTTTCTTTGGCAGATTCACattttattatttgattttaattgaaatatctta
s panTro2.chrUn  7830318 54 +  58616431 TATTTTCTTTGGCAGATTCACattttattatttgattttaattgaaatatctta
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 19878416 54 -  48394510 TATTTTCTTTGGCAGATTCGCATTTTATTATTTGATTTTAATTGAAATATCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  18752564 54 + 196418989 TATTTTCTTTGGCACAGTCACATGttattatttgattttaattgaaatatctta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12026.000000
s hg19.chr21    14579772 44 +  48129895 atttcaaata------------------------ttttattaaGTGCTTTGTTTGTGTCAAAAAACTT
s rheMac2.chr3  18752618 40 + 196418989 atttcaaata------------------------ttttattaaGTGCTTTGTTTGTGTCAAAAA----
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21 19878470 68 -  48394510 ATTTCAAATATAGTGCTTCAAATATAGCACTAATTTCAAATAAGTGCTTTGTTTGTGTCAAAAAACtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  7830372 44 +  58616431 atttcaaata------------------------ttttattaaGTGCTTTGTTTGTGTCAAAAAACtt
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=67085.000000
s hg19.chr21    14579816 312 +  48129895 TCtttcttttttttttttttttttttttttgagatggagtctggctctgttgcccaggctggagtgctgtggcgcgatctcagctcactgcaagctctgcctcccgggttcatgccattctcctgcctcagcctcccgggtagctgggactacaggcgcccaccaccacgcctggctaatttttttgtatttttagtagagatgggttttcacagtgttagctaggatggtctcaatcttctgaccttgtgatccgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcaccaggcT
s ponAbe2.chr21 19878538 279 -  48394510 tc---------ttctttttttttttcttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgccgtggcgtgatctcagctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccgttctcctgc-----------------------ctacaggcgcccgccaccacgcctggctaacttttttgtatttttagtagagacggggtttcactgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccg-ccgcatcggccttccaaagtgctgggattacaggcgtgagccatcgcgcccggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  7830416 300 +  58616431 tc-----------tttttttttttttttttgagatggagtctggctctgttgcccaggctggagtgcagtggcgtgatctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacaccattctcctgcctcagcctccagggtagctgggactacaggcgcccaccaccacgcctggctaatttttttgtatttttagtagagatgggttttcacagtgttagccaggatggtctcaatcttctgacctcgttatccgcccgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcttgagccaccgcacctggc-
i panTro2.chrUn C 0 I 5
e rheMac2.chr3  18752658   1 + 196418989 I

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s ponAbe2.chr21 19878817 194 -  48394510 AAAACCTTTCTTAATAGAGACAGAAAGATGCTATGTAACATCCATTGATTATTCCTAATAGGTAAATTAATGACTTTTAAAAATGATTTACAC----TAAGCAGTAAAAATACTGGCCAAAATTTTTATAATTTTGCATACTTTT--TTCTTTTTAATTCAATAAGTATTTAAAATTAGCTTCTGCATGTAGAAACAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  18752659 194 + 196418989 ------TTTCTTAATAGAGACAGAAAGATGCTATGTAACATCCATTGATTAATCCTAATAGGCAAATTAGTGACTTTTAAAAATGATTTACACTATTTAAGCAGTAAAAATACTGGCTAAAATTTTTACAATTTTGCATACTTTTTCTTCTTTTTAATTCAATAAGTATTTAAAATTAGCATCTGCATGTAAAAACAAAA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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s panTro2.chrUn  7830721 65 +  58616431 CACAATTATTCTTAAAAACAATCATCTAACAAGCAAATCTCCATTTTTAGTTAAATTGAGGCTTC
i panTro2.chrUn I 5 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14580610 116 +  48129895 ccggctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgttttagccgggatggtctcaatctcctgacctcgtgatccgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattac
e rheMac2.chr3  18752958   0 + 196418989 C
e panTro2.chrUn  7830830   0 +  58616431 C
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a score=0.000000
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  18752958 305 + 196418989 -TACAATGCTTTAGCCATATAGTGAAACCTTAGTAAATGTTCAGGTTTCTTTCCAACAAATCAACAAATACAAGTATAAAGGcattcaagaaatgtaactcatcatgtacattgacttaaatcacttcatttttattaagtaaagttcattcaagaaatataactcatcatgtgcattgacttaaatcactttgtttttattaactaaagttAACTTAGCTAGCTAGTCTTTTACATACTGTGAATACTTAATATTAATTATTCAATGATATTTCATTTAAATCACTGTTAACAAATTGAGATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 19879360 431 -  48394510 GTCAGGCTGTCCATTTTAAAAACAGTAACTGCTGTAATAAAATATTAATCTGAGTTGGAGACTCCAAGAGGACAAAGAACATTAGAATATATACAAGTGATTTAAAAGTAACAAGCATGCATTTGTTCCTGAGCACATCTGTACTTTGAAGCTTCTGCTACTCAGTATTGTGTGGAACTAAAACATACTTTCCACTTATAAATGGAATAGGAGACCTGACACAATCCTTATACACATTTTAGCCTGGAAATGTGCTAGTTTCATGTTTTCCATTTCCTCTGACCTTTTCCCTTCCATCAGAACTATAAATGGTGAACAGTATGCTTATTTGTATTTGTTTTACTGTTTGAGGCTTTTTGATTTTCAGGGAAACTCATTTTGTGCATTACTTTTTAAGGCAAAATTAAGGAATATGTTTTGATGAGAC-AGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 19879791 148 -  48394510 AGGTATAATTAAAGGAAATAAATGAGTTTAATTAAGGGATTTTA-GGATTTCAAAATCAAGAAGAGAAGAAACTAGGAGAACATAAAAATAATAAATAAATCAGCAAATAAAAATTCCCAGACACTTCTTTGAGAGTGTTTACATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 453
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s rheMac2.chr3  18764782 104 + 196418989 GGGAATCTTGGTGAAGGAATTTTGCAAACAACATCAAATTTCAGAATCTGGTTTTATAAATTGTTGACAAGATTCTGGCCAGTTTCAGACATTTGAAAGCTTTG--------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 n 0

a score=0.000000
s hg19.chr21    14593399 9 +  48129895 TGAATTCAC
e rheMac2.chr3  18764886 0 + 196418989 n
e panTro2.chrUn  7843469 0 +  58616431 n
e ponAbe2.chr21 19891582 0 -  48394510 n

a score=57498.000000
s hg19.chr21    14593408 173 +  48129895 TTCATTCATTGAAGTAAAGAATAAGCATTGAATATGACTTTGTGTGATTTTATGGTTCTTAAGTTGTGTCCAATTTCAGAAAAGAAAAAATAAGTCTCTTTCCTGATGTACTTCATGCTGCTTTGATGACCACTGCCTTGGTTTATGCATTTTTCTTCATATGAATTTCAGCA
s panTro2.chrUn 50788068 173 -  58616431 TTCATTCATTGAAGTAAAGAATAAGCATTGAATATAACTTCGTGTGATTTTAAGGTTCTTAAGTGGTGTCCAATTTCAGAAAAGAAAAAATAAGTCTCTTTCCTGATGTACTTCATGCTGCTTTGATGACCACTGCCTTGGTTTTTGCATTTTTCTTCATATGAATTTCAGCA
i panTro2.chrUn I 15110 C 0
s ponAbe2.chr21 28518050 173 +  48394510 TTCATTCATTGAAGTGAAGAATAAGCACTGAATATAACTTCGTGTGATTTTATGGTTCTTAAATGGTGTCCAATTTCAGAAAAGAAAAAATAAGTCTCTTTCCTGATGTACTTCATGCTGCTTTGATGACCACTGCCTTGGTTTATGCATTTTTCTTCATATGAATTTCAGCA
i ponAbe2.chr21 I 15123 C 0
e rheMac2.chr3  18764886   0 + 196418989 I

a score=6845.000000
s hg19.chr21    14593581 54 +  48129895 GTGACCTTTTTATGGATATGTTGTTATTATTAGTAGTAGTAGTATCATCACtta
s ponAbe2.chr21 28518223 54 +  48394510 GTGACCTTTTTATGGGTATGTTATTATTAGTAGTAATAGTAGTATCATCAtttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn 50788241 51 -  58616431 GTGACCTTTTTATGGGTATGTTATTATTATTAGTAGTAGTA---TCATCAttta
i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  18764886  0 + 196418989 I

a score=170538.000000
s hg19.chr21     14593635 279 +  48129895 agacggagttttgatcttgtttcccaggctggagtgcaatggtgtgatcttggctcactgcaacctccacctgccgggttcaagtgattctcctgctgcagcctccctagcagttgggattacaggtgcccaccaccacgcccagctaaatttttgtagttttaatagagactgggtttcactatgttgaccaggctggtctcaaactcctaacctcaggtgatccacccacctcatcctcccaaagtgctgggattacaggcgtaggccaccacCCAG
s panTro2.chrUn  50788292 279 -  58616431 agacggagttttgatcttgtttcccaggctggagtgcaatggtgtgatctcggctcactgcaacctccacctcccaggttcaagtgattctcctgcctcagcctctgtagcagttgggattacaggtgcccaccaccacgcccagctaaatttttgtagttttaatagagactgggtttcactatgttggccaggctggtctcaaactcctaacctcaggtgatccacccacctcatcctcccaaagtgctgggattacaggcgtaggccaccacccct
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28518277 279 +  48394510 agatggagttttgctcttgtttcccaggctagagtgcaatggagtgatctcagctcacagcaacctccacctcctgggttcaagtgattctcccgcctcagcctccctagcagttgagattacaggtgcccaccaccacacccagctaaatttttgtagttttagtagagactgggtttcactatgttggccaggctgatctcaaactcctaacctcaggtgatccacccacctcatcctcccaaagtgctgggattacaggcgtaggccaccacgcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177666903 279 - 196418989 agatggagtttcgctcttgtttcccacgttggagtgcaatggtgtgatctcagctcactgcaacctctgcctccccggttcaagtgattctcctgcctcagccttcctagcagttgggattacaggcgtgcaccaccatgcccagataattttttgtagctttagtagagactgggtttcactatgttggccaggctggtctcgaactcctgacctcaggtgatccacccacctcatcctcccaaagtgctgggattacaggcataggccaccgtgcct
i rheMac2.chr3  I 12803 C 0

a score=36403.000000
s hg19.chr21     14593914 70 +  48129895 GGCTTATGGGTCCATTATTAACAGTTGCTTTATATTTCCATTTTTCAGTCAAATAAGGACTTACTATTCG
s rheMac2.chr3  177667182 70 - 196418989 agctTATGGGTCCATTATTAGCAGTTGCTTTATATTTCTATTTTTCAGTCAAATAAGGACGTACTATTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28518556 70 +  48394510 ggctTGTGGGTCCATTATTAACAGTTGCTTTATATTTCTATTTTTCAGTCAAATAAGGACTTACTATTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50788571 70 -  58616431 ggctTATGGGTCCATTATTAACAGTTACTTTATATTTCCATTTTTCAGTCAAATAAGGACTTACTATTCA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=187728.000000
s hg19.chr21     14593984 324 +  48129895 ACAAGCATTGTTTACATATGTAAACatatatatataaattaaaattCTAAGCAATGTTcacacacatgcatacacacataaacatacacatacacacacatatacacactgagaacgtactatccaccaggaatggtcctaattgacataccaaagatatataaaaattaagttgatcttcacaacaatcaaatgggtgggtaccattattatcctattatgtggatgagtaaagaaactggactcagagagataacttgctcaagtttgcacagctattgaaagagatttgcctgatttcaaacccagttaggcttattcTTC
s panTro2.chrUn  50788641 322 -  58616431 ACAAGCATTGTTTACATATGtaaa--tatatatataaattaaaattCTAAGCAATATTcacacacatgcatacacacataaacacacacatacacacacacatacacactgagaatgtactatccaccaggaatggtcctaattgacataccaaagatatataaaaattaagttgatcttcacaacaatcaaatgggtgggtaccattattatcctattatgtggatgagtaaagaaactggactcagagagataatttgctcaagtttgcacagctattgaaagagatttgcctgatttcaaacccagttaggcttattcTTC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28518626 309 +  48394510 ACAAGCATTGTTTATATATGTAAA--TATATGTATAAATTAAAATTCTAAGCAATGTTtacacacatgcatacacacataa------------acacacacatacaCactgagaacgtactatccaccaggaatggtcctaattgacataccaaagaaatataaaaattaagttgatcttcagaacaatcaaatgggggggtaacattattatccta-tatgtggatgagtaaagaaactggactcagagagatcatttgctcaagtttgcacagctactgaaagagatttgcctgatttcaaacccagttaggcttgttcTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177667252 313 - 196418989 ACAAGCATTGTTTATATATGTAAA--TATATGTGTAAACTAAAATTCTAAGCAATTTTTacacacatgcatacacacacaaacac--------acacacacaTAAACactgagaatgtactatccaccaggaatggtcctaattaacataccaaagatatataaaaattaagttgatcttcacaacaatcaaatgggtgggtaccattattatcctattatatggatgagtaaagaaactggactcagagagataacttgctcaagttagcacagctattgaaagaga-gtgcctgatttccaacccagttaggcttattcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=92639.000000
s hg19.chr21     14594308 110 +  48129895 ATCTTAGGCACTACATAGGTAAGTTGTGTGTACAAATATTGGCATTGTTTTAAATTGCAAATAATTAGCGAATTGATCTGAAATTAGCCAAACGGTTTGAAAATTAATAT
s rheMac2.chr3  177667565 110 - 196418989 atcttaggtactatacAGGTAAGTTTTGTGTACAAATATTGGCATTGTTTTAAATTGCAAATAATTAGCAAATTGATCTGAAATTAGCCAAATGGTTTGAAAATTAATAc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28518935 110 +  48394510 ATCTTAGGCACTACATAGGTAAGTTTTGTGTACAAATATTGGCATTGTTTTAAATTGCGAATAATTAGCGAATTGATCTGAAATTAGCCAAACTGTTTGAAAATTAATAc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50788963 110 -  58616431 ATCTTAGGCACTACATAGGTAAGTTTTGTGTACAAATATTGTCATTGTTTTAAATTGCAAATAATTAGCGAATTGATCTGAAGTTAGCCAAACGGTTTGAAAATTAATAc
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=25596.000000
s hg19.chr21     14594418 47 +  48129895 aggataagtatccttcatctgaaatgctaaggaacggaagtgttttg
s rheMac2.chr3  177667675 47 - 196418989 aggataggtatccttaatctgaaatgctaaggaacagaagtgttttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28519045 47 +  48394510 aggataagtatccttaatctgaaatgctaaggaacagaagtgttttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50789073 47 -  58616431 aggataagtatccttaatctgaaatgctaaggaacagaagtattttg
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=90148.000000
s hg19.chr21     14594465 179 +  48129895 gattttagggttttttggattttgaaatatttgcattattctgtttgagcatccc---------------aaatctgaaatactttaagcattttactcagcattttgtttgagcatcacttcaatactcaaaagttttaaactgagcattcagaattaccaattttcaaatctaggatgttcaacctgTATCT
s rheMac2.chr3  177667722 194 - 196418989 gattttagggttttttggattttgaaatatttgcattattctgtttgagcatcccaaatctgaaaattcaaaatctgaaatacaataagcattttgctcagcattttgtttgcgcatcatgtcaatattcaaaagttttaagttcagcattcagaattacaaattttcaaatctaggatgttcaacctATATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28519092 179 +  48394510 gattttagggttttttggattttgaaatatttgcattattctgtttgagcatccc---------------aaatctgaaatactttaaacattttactcagcattttgtttgagcatcacttcaatactcaaaagtgttaaactgagcattcagaattacaaattttcaaatctaggatgttcaacctgTATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50789120 179 -  58616431 gattttagggatttttggattttgaaatatttgcattattctgtttgagcatccc---------------aaatctgaaatactttaagcattttactcagcattttgtttgagcatcacttcaatactcaaaagttttaaactgagcattcagaattacaaattttcaaatctaggatgttcaacctATATCT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=29665.000000
s hg19.chr21     14594644 46 +  48129895 CAGTATGATATATTCAAATTTTACAATATTTGCTGGCTACAAATAC
s panTro2.chrUn  50789299 46 -  58616431 CAGTATGATATATTCAAATTTTACAATATTTGCTGGCTACAAATAC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28519271 46 +  48394510 CAGTATAATATATCCAAATTTTACAATATTTGCTGGCTACAAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177667916 46 - 196418989 CAATAAGATATATTCACATTTTACAATATTTGCTGGCTACAAATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50789345 176 -  58616431 AATACAAAACATTATGTTCAATCCAAAACATTCTGTGTTGAAAAATATTTAATATTCTAGAG--TATTAAAAATAATGTTACAACAATCAGTAAAAAAATTACACTATATATGAATGCTGAATGAGTCTAAAATACCAATGATAAAACAAAATATTTAAATTGGTTAACTCCCATTAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28519317 170 +  48394510 AAAAC--------ATGTTCAATCCAAAACATTCTGTGTTGAAAAATATTTGATATTCTAGAGAGTATTAAAAATAATGTTATACCAATCAGTAAAAAAATTACACTATATATGAATGCTGAATGAGTCTAAAATACCAATGATAAAACAAAATATTTAAATTGGTTAACTCCCATTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177667962 178 - 196418989 AATACAAAACATTATGTTCAATCCAAAGCATTATATATTGAAAAATATTTAATATTCTAGAGAGTATTAAAAATAATGTTATAACAATTAGTAAAAAAATAACACTATATATGAATGCTGAATGAGTCTAAAATACCAATGATAACACAAAATATTTGAATTGGTTAACTCCCACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177668140 215 - 196418989 AACTGTGGTTGTggttgggcgcagtggctcatgcttgtaatcctagcactttgggaggctgaactggctggatcacctgaggtcaagagttcacgaccatcctggtcaacatggcaaaaccctgtctctactaaaaatataaaaagtagccaggcatggtggcgtgcacctgtattcccacccactcaggaggctgaggcgggaggatcacttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50789521 215 -  58616431 AACTGTGGTTGTggctgggcgcagtggctcatgcctgtaatcctagcactttgggaggccaagttgggtggatcacctgaggtcaggagtttatgaccatcctggccaacatggcaaaaccctgtctctactaaaaatataaaaattagtcaggcatggtagcatgcacctgtagtcccacctacccaggaggctgaggcaggaggatcacttga
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=23768.000000
s hg19.chr21     14595083 117 +  48129895 tcctgggaagtggaggttgcagtgagctgagaccacaccactgcattccacattccagcctgagcaacaaggtgagactccatctaaaaaaaaaaCAAaaacaaa--------------caaacaaacaaa
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28519702  87 +  48394510 tcctgggaggtggagggtgcagtgagctgagaccacatcactg-------cattccagcctgggcaaaaaggtgagactccatctgaaaaa-------------------------------------aaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177668355  98 - 196418989 acctgggaggtggaggttgcggtgagccgagacaacaccactg-------cattccagcctaggcaacaaggcaagactccatctttaagaaaaacaacaac--------------------------aac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=9378.000000
s hg19.chr21     14595200 35 +  48129895 aaaacTGTGGGTGATTTATTTTTTCACTTTCCTTT
s rheMac2.chr3  177668453 35 - 196418989 aaaaCTGTGGGTGATTTATTTCTTTACTTTTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50789867 35 -  58616431 aaAACTGTGGGTGATTTATTTTTTCACTTTCCTTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     14595235 54 +  48129895 TGGATAGGACACACTAGAAATACTGAGGTTGGTAATGAAAAGATAAACTTTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     14595289 75 +  48129895 ACAGCG-TTTTTTCTTGGGAAGACAGCTCAGAGTAGGGAACTCTGAGCAACACATATGTAAAACCATAGACTTGA-------T
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50790031 133 -  58616431 AAAATTTTCATCATGCTCTTCACCATTTCACCTGTCATCCACCTAATATTGTTCTAGAAGGAATATGTAATGAATGATTGAACTTTCCTTTGCATATTTGTACCCACCATTGTTTCTAAGAAATAAAGCCATG
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50790164 436 -  58616431 TTGCAGCAACTAACTAATTAAAGA----GAATGAATGACAAGGATTTCTAGAAAGGA-TGTTTCCAAATCTCTGCATATAAGC-AAAGTGCCTGCCTAGGTTTCTTTGTGATTCTCTTGGTATACATGAATTCAGAAGGTGGTAAGTCTTTTATTATCTAGTTATATCATAAAAATGGTAGAATACTTCATAAGATTTAAATGTCTAAATGCACAGAATATGCTTTTAAATTAATTATCCTCACATGACAGTTGGGGGAATATCCAGTAAAATTCTTGGAAACCAAAATTCTTACACAGCAGTTCGAGAAATGAAATAGAAAAGTGCTGTGAAAGAGAGTAGCAAATGGAACATGTGCCAAATGGGCTTAAAATGAGGGTCTAAGTCAACATATTTTACGCCAGAATTTTCTCCTCACCACATTTCTTCTCATTCTGGTCAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=403823.000000
s hg19.chr21     14595931 459 +  48129895 TGGCAGTCTGTGACAACAATACTTCCTGAAAATGTGTTGCAGCTGTAGAGTAATTCCATAGCAGATTTATTTTCCTTTGGCACTTTTTGTAATTGGCATTGAGGAAACATACAAGAATTATTCCTTATCTTTTTTATGTTGGCAAGTTTCATATTGTTTAAACAATTTTTTTAGTTGTGTAAAATATCATTTGGTAGAATATTAGAAGATGTTTGGGCTTTCAAGTTTGTTGATTTGAGTCAGAGGTATATTGACCAGTTTTAGCACAAGATAGAATTTAATTATCTTGGCTACTTAGGAAAAAATACACACAGAGATGCATACACACAGACAAGCAAATATCTTCAATAGTATAATATCTAATGTATATGTTTTCCTTAGAGCCTTAACTGAAACATACATGCTAAATTTTATACAGATATTTTATCTCAATATACACAAGTTACATATGTGGATATA
s rheMac2.chr3  177669189 455 - 196418989 TGGCAGTCTGTGACAACAATACTTCCTGAAAATGTGTTGCAGCTGTAGAGTAATTCCATGGCAGATTTATTTTTCTTTGGCACCTTTTGTAATTGGCATTGAGGAAACATACAAGAATTATTCCTTATCTTTTTTATGTTGGCAAGTTTTATATTGTTTAAACGATTTTTTTAGTTGTGTAAAATATCATTTTGTAGAATATTAGAAGAAGTTTGGGCTTTCAAGTTTGTTGATTTGAGTCAGAGGTATATTGACCAGTTTTAACACAAGATAGAATTTAATTATCTTGGCTACTTAGGAAAAAATACACAAAGAGATA---ACACACAGACAAGCAAATATCTTCAATAGTATAATATTTAATGTGTATGTTTTCCTTAGAGCCTTAACTGAAATATACATGCTAAATTTTATATGGATA-TTTATCTCAATATACACAAGTTACATATGTGGATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28520524 459 +  48394510 TGGCAGTCTGTGACAACAATACTTCCTGAAAATGTGTTGCAGCTGTAGAGTAATTCCATAGCAGATTTATTTTCCTTTGGCACTTTTTGTAATTGGCATTGAGGAAACATACAAGAATTATTCCTTATCTTTTTTATGTTGGCAAGTTTTATATTGTTTAAACGATTTTTTTAGTTGTGTAACATATCATTTGGTAGAATATTAGAAGAAGTTTGGGCTTTCAAGTTTGTTGATTTGAGTCAGAGGTATATCGACCAGTTTTAGCACAAGATAGAATTTAATTATCTTGGCTACTTAGGAAAAAGTACACACAGAGATACATACACACAGACAAGCAAATATCTTCAATAGTATAATATCTAATGTATATGTTTTCCTTAGAGCCTTAACTGAGACATACATGCTAAATGTTATACAGATACTTTATCTCAATATACACAAGTTACATATGTGGATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50790600 459 -  58616431 TGGCAGTCTGTGACAACAGTACTTCCTGAAAATGTGTTGCAGCTGTAGAGTAATTCCATAGCAGATTTATTTTCCTTTGGCACTTTTTGTAATTGGCATTGAGGAAACATACAAGAATTATTCCTTATCTTTTTTAGGTTGGTAAGTTTTATATTGTTTAAACGATTTTTTTAGTTGTGTAAAATATCATTTGGTAGAATATTAGAAGACGTTTGGGCTTTCAAGTTTGTTGATTTGAGTCAGAGGTATATTGACCAGTTTTAGCACAAGATAGAATTTAATTATCTTGGCTACTTAGGAAAAAATACACACAGAGATACATACACACAGACAAGCAAATATCTTCAATAGTATAATATCTAATGTATATGTTTTCCTTAGAGCCTTAACTGAAACATACATGCTAAATTGTATACAGATATTTTATCTCAATATACACAAGTTACATATGTGGATATA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=34810.000000
s hg19.chr21     14596390 39 +  48129895 ATATGAAGTTGAAAATCCTGAAGATAATCATATGTGATG
s panTro2.chrUn  50791059 39 -  58616431 ATATGAAGTTGAAAATCCTGAAGATAACCATATGTGATG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28520983 39 +  48394510 ATATGAAGTTGAAAATCCTGAAGATAACCATATGTGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177669644 39 - 196418989 ACATGAAGTTGAAAATCCTGAAGATAACCGTATGTGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=77209.000000
s hg19.chr21     14596429 107 +  48129895 AGTTTACTGTTAAGATCAGAAAATATGAATGTTCTGAACTCCACAAAAACTTGGCAAATATAATTAT-----AAAAAACGCAAAAATATTCAAAAGTGTATTTACTAAACCT
s panTro2.chrUn  50791098 107 -  58616431 AGTTTACTGTTAAGATCAGAAAATATGAATGTTCTGAACTCCACAAAAACTTGGCAAATATAATTAC-----AAAAAACGCAAAAATATTCAAAAGTGTATTTACTAAACTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28521022 107 +  48394510 AGTTTATTGTTAAGATCAGAAAATACGAATGTTCTGAACTCCACAAAAACTTGGCAAATATAATTAC-----AAAAAACACAAAAATGTTCAAAAGTGTATTTAATAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177669683 112 - 196418989 AGTTTATTGTTAAGATCAGAAAATATGAATGTTCTGAACTCCACAAAAACTTGGCAAATATAATTACAAAAAAAAAAACGCAAAAATATCCAAAAGTGTATTTACTAAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73523.000000
s hg19.chr21     14596536 120 +  48129895 ----GTATTACTGTTGTTTTTAttctttttattgatatatatcatagttgtatatattttggggctacatgggatagtttgatacatgtatgtaatatgaaatgatcaaatcagggttactggg
s panTro2.chrUn  50791205 124 -  58616431 GTTAGTATTACTGTTGTTTTTAttctttttattgatatatatcatagttgtatatattttggggctacatgggatagtttgatacatgtatgtaatatgaaatgatcaaatcagggttactggg
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28521129 123 +  48394510 -TTAGTATTACTGTTGTTTTTAttctttttattgatatatatcatagttgcatatattttaggggtacatgggatagtttcatacatgtatgtaatgtgaaatgatcaaatcagggttactggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177669795 124 - 196418989 TTTAGTATGACTGTTGGTTGTAttctttttattgatatatatcatagttgtgtatatttgggggctacatgggatagtttggtacatgcatgtaatgtgaaatgatcaaatcaggattactggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1716919.000000
s hg19.chr21     14596656 3505 +  48129895  
s rheMac2.chr3  177669919 3390 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28521252 3468 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 I 5676
s panTro2.chrUn  50791329 3471 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=365747.000000
s hg19.chr21     14600161 1464 +  48129895  
s panTro2.chrUn  50794800 1461 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 I 13196
s rheMac2.chr3  177673309 1462 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 9116
e ponAbe2.chr21  28524720 5676 +  48394510 I

a score=739429.000000
s hg19.chr21     14601625 2838 +  48129895  
s ponAbe2.chr21  28530396 2810 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 I 5676 C 0
s panTro2.chr21  27748026 2850 +  46489110  
i panTro2.chr21 n 13196 C 0
e rheMac2.chr3  177674771 9116 - 196418989 I

a score=355411.000000
s hg19.chr21     14604463 696 +  48129895  
s rheMac2.chr3  177683887 681 - 196418989  
i rheMac2.chr3  I 9116 C 0
s ponAbe2.chr21  28533206 696 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27750876 693 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=51620.000000
s hg19.chr21     14605159 68 +  48129895 agcactgagatttctaaggctggtattttaaagaggttgaggtaaccctagggacatggtccaggatt
s panTro2.chr21  27751569 66 +  46489110 Agc--tgagatttctaaggctggtattttaaaggggttgaggtaaccctagggacatggtccaggatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28533902 68 +  48394510 agcactgagatttctaaggctggtattttaaaggggttgagataaccctagggacatggtccaggatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177684568 60 - 196418989 agcactgagatttctaaggctggcattttaaaggggatgaggtagtcctagggacatggt--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 19

a score=35399.000000
s hg19.chr21     14605227 58 +  48129895 accatggctagagtgtgatcaagttttggtgtgctgggttgaa-cagagACTTTTTCAG
s panTro2.chr21  27751635 58 +  46489110 accatggctagagtgtgatcaagttttggtgtgctgggttgaa-cagagacttttgcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28533970 58 +  48394510 accatggctagagtgtgatcaagttttggtgtgctgggttgaa-cagagactttcgcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177684647 58 - 196418989 acca-ggctagagtgtgatcaagttttggtgtgctgggtggaattagagacttttgcag
i rheMac2.chr3  I 19 C 0

a score=163325.000000
s hg19.chr21     14605285 147 +  48129895 TTCTCACCCAGTTCCCATTATACTAAAGTTTACTGTACTTATCTACCAACTTGTTGACTTTCTTGTCCAACTTAACACTTGGAGTGTTAAGTTTGCAGAAGCATCTGGAACTCCAAATAGTCTTTGAGGAATTTTCTTTCTACTGAT
s rheMac2.chr3  177684705 147 - 196418989 ttctcaCCAAGTTCCTATTATACTAAAGTTTACTGTACTCATCTACCAACTTGTTGACTTTCTTGTCTAACTTAACATTTGGAGTGTTAAGTTTATAGAAGCATCTGGAACCCCAAATATTCTTTGAGGAATTTTCTTTCTATTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534028 147 +  48394510 ttctcaCCCAGTTCCCATTATACTAAAGTTTACTGTACTTATCTACCAACTTGTTGACTTTCTTGTCCAGCTTAATACTTGGAGTGTTAAGATTGCAGAAGCATTTGGAACCCCAAATATTCCTTGAGGAATTTTCTTTCTACTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27751693 147 +  46489110 ttctcaCTCAGTTCCCATTATACTAAAGTTTACTGTACTTATCTACCAACTTGTTGACTTTCTTGTCCAACTTAACACTTGGAGTGTTAAGACTGCAGAAGCATCTGGAACCCCAAATATTCTTTGAGGAATTTTCTTTGTACTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=268327.000000
s hg19.chr21     14605432 188 +  48129895 ACAGTCTGTA-TATCTGGTGTACCCACCTACTATAGGTTGTGTTTCACAGGGATCATGTGGGTTTTTAGGGGCATAGAGCTGAAAGTGGGCTCAAGTACAGAGAGTCACTATTTATAGCCTCAAACCATTGTTTCCTTGTTAGATGTAAGATTTTTCCTTATGTGTTTATTTACAGACTCCTTCCTCAT
s panTro2.chr21  27751840 189 +  46489110 ACAGTCTGTAATATCTGGTGTACCCACCTACTATAGGTTGTGTTTCACAGGGATCACGTGGGTTTTTAGGGGCATATAGCTGAAAGTGGACTCAAGTACAGAGAGTCACTATTTGTAGCCTCAAACCATTGTTTCCTTCTTAGATGTAAGATTTTTCCTTATGTGTTTATTTACAGACTCCTTCCTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534175 187 +  48394510 ACAGTCTGTAATATCTGGTGTACCCCCCTACTATAGGTTGTGTTTCACAGGGATCATGTGGGTTTTTAGGGGCATATAGCTGAAAGTGGACTCAAGTACAGAGAGTCACTATTTGTAGCCTCAAACCATTGTTTCCTTC-TAGATGTAAGATTTTTCCTTATCTGTTTATTTACAGACTCCTTCCTCA-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177684852 189 - 196418989 ACAGTCTGTAATATCTGGTATAGCCACCTACTATAGGTTGTGTTTCACAGGGATCATGTTGGTTTTTAGGGGCATATAGTTGGAAGTGGACTCAAGTACAGAGAGTCACTATTTGTATCCTCAAACCATTGTTTCCTTCTTAGATGTAAGATTTTTCCTAATGTGTTTATTTATAGACTCCTTCCTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=10690.000000
s hg19.chr21     14605620 76 +  48129895 TTTTTTTTCCTTAGGAAATTTCTAACTTTTTTT-----ACCTTCCATGCTTTCTATTGGATGCATTCCtttgtttattt-tt
s panTro2.chr21  27752029 78 +  46489110 TTTTTTTTCCTTAGGAAATTTCTAACTTTTTTTT----ACCTTCCATGCTTGTTATTGAATGCATTCCTTTATTTACTTAtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534362 78 +  48394510 TTTTTTTTCCTTAGGAAATCTCTAGCTTTTTTTT----ACCTTCCATGCTTTCTATTGAATGCATTCCTTTATTTATTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177685041 82 - 196418989 TTTTTTTTCCTTAGGAAATTTCTAACTTTTTTTTTTTAACCTTCCATGCTTTCTATTGAatttattcctttatttatttatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12283.000000
s hg19.chr21     14605696 100 +  48129895 t------------------------------ttaatattattttagttttttgagacggggtctcactctgttgcccaggctggggggcattggcgcaattttgtctcactgcaagctctacctccc-agt
s panTro2.chr21  27752107 100 +  46489110 t------------------------------tttattttagtttagttttttgagacggggtctcactctgttgcccaggctggagtgcagtggtgcaattttggctcactgcaagttctacctccc-ggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534440  99 +  48394510 T------------------------------TTTAGTTTAGTTTAGttttttgagatggggtctcactctgttg-ccaggctggagtgcagtggtgcaattttggctcactgcaagctctacctccc-ggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177685123 131 - 196418989 tatttatttagttagttagttagttagttagtttagtttagtttagttttttgagatggagtctcactctgtggcccaggctagagtgcagtggtgcgatctcggctcactgcaagctttgccccatgggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31020.000000
s hg19.chr21     14605796 85 +  48129895 tcatgccattctcctgtctcagcctcctgagtagctgggactacaggcacccaccactatgc----ttaattttctgtatttttagtag
s panTro2.chr21  27752207 85 +  46489110 tcacgccattctcctgtctcagcctcctgagtagctgggactacaggcgcccaccattacgc----ttaattttttgtatttttagtag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534539 85 +  48394510 tcacgccattctcctgtctcagcctcctgagtagctgggactacaggcacccaacattacgc----ttaattttttgtatttttagtag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177685254 89 - 196418989 tcacgccattctcctgcctcagccttctgagtagctgggactacaggtgcccgctaccacgcccggctaattttttgtatttttagtac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22340.000000
s hg19.chr21     14605881 64 +  48129895 aggtggggtttcaccatcttggccaggatggtttcaatctcctgacctcgtgatcca-cccgcct
s rheMac2.chr3  177685343 64 - 196418989 agacggggtttcaccatgttggccaggatagtttcaatctcctgaccttgtgatctg-cctgcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534624 65 +  48394510 agatggggtttcatcatcttggccaggatggtttcaatctcctgaccttgtgatccgccccacct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27752292 64 +  46489110 agatggggtttcaccatcttggccaggatggtttcaatctcctgacctcgtgatcca-cccgcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4319.000000
s hg19.chr21     14605945 26 +  48129895 gggcctcccaaagtgcaaggattaca
s panTro2.chr21  27752356 26 +  46489110 gggcctcccaaagtgctgggattaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534689 26 +  48394510 gggcctgccaaagtgctgggattaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177685407 26 - 196418989 gggcctcccaaagttttgggattaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164710.000000
s hg19.chr21     14605971 207 +  48129895 ggcataag---ccaccgggcccagccACATTCCTTTATTTCTATCAGACAGACCACTGTATGTTAGAAAGAACCTTAATTTTGGATAAGATTTTTACCTTTCATGGGCTAAAAGTCTCCATTAAAGAAAATTAATAGATAAATATATTAACATCTTGGTATTAGTTTATTTGAACCTGAGCTCATACTTGATCAGTGTTTTCAGCAATAT
s rheMac2.chr3  177685433 207 - 196418989 ggcgttag---ccactgtgcttggctACATTACTTTATTTCTATCAGACAGATCACTGTATGCTAGAAAGAACCTTAATTTTGGATAATATTTTTACCTTTCATGGGCTAAAATTCTCCATTAAAGAAAATTGATGGATAAATGTATTAACATCTTGGTATTAGTTTATTTGAAACTGAGCTCAAGCTCAATCAGTGTTTTCAGCAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534715 210 +  48394510 ggcgtgagccaccaccatgcccagccACATTCCTTTATTTCTATCAGATAGATCACTGTATGTTAGAAAGAACTTTAATTTTGGATAAGATTTTTACCTTTCATGGGCTAAAAGTCTCCATTAAAGAAAATTAATAGATAAATATGTTAACATCTTGGTATTAGTTTATTTGAACCTGAGCTCATACTCAATCAGTGTTTTCAGCAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27752382 207 +  46489110 ggcgtgag---ccaccgtgcccagccACATTCCTTTATTTCTATCAGGCAGATCAGTGTATGTTAGAAAGAACCTTAATTTTGGATAAGATTTTTACCTTTCATGGGCTAAAAGTCTCCATTAAAGAAAATTAATAGATAAATATGTTAACATCTTGGTATTAGTTTATTTGAACCTGAGCTCATACTCAATCAGTGTTTTCAGCAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42114.000000
s hg19.chr21     14606178 83 +  48129895 TTAATTCTGCTTTTGTAGGTTTCACATTCTACTTGCAAAATAATGGATGATTATTACCTTATTATTATGATGATGTTTGTGAG
s panTro2.chr21  27752589 82 +  46489110 TTAATTCTGTTTTT-TAGGTTTCACATTCTACTTGCAAAATAATGGATGATTATTACCTTTTTATTATGATGATGTTTGTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28534925 83 +  48394510 TTAATTCTGCTTTTATAGGTTTCACATTCTACTTGCAAAATAATGGATGATTATTACCTTATTATTATGATGATGTTTGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177685640 83 - 196418989 TTAATTCTGCTTTTGTAGGTTTCACATTCTAGTTGCAGAATAATGGATGATTATTAACTTATTATTATGACGATGTTTGTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70411.000000
s hg19.chr21     14606261 91 +  48129895 TGAATTTTCAGGCATTTTTATTGGAATTTGTGATCACATTGAGAGCCATAAAACATTTTACATTTTTCAGATAGAAATAATAGTACAGggc
s panTro2.chr21  27752671 91 +  46489110 TGAATTTTCAGGCATTCTTATTGGAATTTGTGATCACATTGAGAGCCATAAAATATTTTACATTTTTCAGATAGAAGTAATAGTACGGggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28535008 91 +  48394510 TGAATTTTCGGGCATTTTTATTGGAATTTGTGATCACATTGAGAGCCATGAAACATTTTACATTTTTCAGATAGAAATAATAGTACGGggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177685723 91 - 196418989 TGAATTTTCAGGCATTTTTATTGGAATTTGTGATCACATTGAGAGCCATAAATCATTTTACATTTTTCAGATAGAAATAATAGTAGGGggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=25283.000000
s hg19.chr21     14606352 81 +  48129895 tgggtgccatggctcatgcttgtaatcccagctctttgggaggccaagatgggcggatcacctgaggtcaggagttcaaga
s panTro2.chr21  27752762 81 +  46489110 tgggtgcagtggctcacgcttgtaatcccagttctttgggaggccaagatgggcggatcgcctgaggtcaggagttcaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28535099 81 +  48394510 tgggtgcagtggctcacgcttgtaatcccagctctttgggaggccaagatgggcggatcacctgaggtcaggagttcaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177685814 81 - 196418989 cgggtgcagtggctcacgcttgtaatcccagcacttggggaggccaagatgggtcgatcacctgaggtcaggagttcaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=47655.000000
s hg19.chr21     14606433 102 +  48129895 ccagcctccccaacatggtgaagccctatctctactaaaaatacaaaaattaaccaggcatggtggcgcacacttgtagtcccagctactagcaaggctgaa
s panTro2.chr21  27752843 102 +  46489110 ccagcctccccaacatggtgaagccctatctctgctaaaaatagaaaaattaaccaggcatggtggcgcatgcttgtagtcccagctactagcaaggctgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28535180 102 +  48394510 ccagcctccccaacatggtgaagccctatctctactaaaaatacaaaaattaaccaggcatggtggtgcacgcttgtagtcccagctactagcgaggctgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177685895 102 - 196418989 ccagcctccccaacatgatgaagccctatctctactaaaaatacaaaaattaaccaggcgtggtggcacacgcttatagccccagctactagggaggctgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13779.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28535587 109 +  48394510 ATTCTTATTTAGATGAACCTCATTCAAATAGTTAATATTTAACATATTTTCTTCAGGAATTTTTATTAGCAATGAGAATGTTAATTGAGGATGGCTGGGCTT---------ATATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177686287 109 - 196418989 ATTCTTATTTAGATGAACCTCATTCAAATAGTTAATATTTAACATGTTTTCTTCAGGACTTTTTATTATCAATGAGAATGTTAATTGAGGATGGCTGGGCTT---------ATACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28535696 40 +  48394510 GTAAGAATTATACCCTTTTATTGAATATTTAAACTAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177686399 40 - 196418989 GTAAGGATCGTACCCTTTTATTGAATATTTAAACTAAGTT
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

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s panTro2.chr21  27753403 274 +  46489110 TAAGTATATATAAAAGAACAGATATTGCAACATGTTTCTGGTATTAATTTCCAAAAAACTTTTTTATACGTGAAATTATGAAATGGTACTTCCTATAGTCTAGTACTAAAAAT-----AAAGTCTTTTATCATTCTTACTGCATAAAAATGCTTTAGTGCGTATTGTTAAGAAGAATAAACCAATCCACTTTAGTTTCCTTATCCCTGTGACTCATTTACGCACTTGATATTTCTCAGTGTAGCCCTACAACAATGTCTTTAAATTATGTAATTTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28535736 275 +  48394510 TAAGTATATATAAAAGATCAGATATTGCAACATGTTTCTGGTATTAATTTCCAAAAAACTTTTTTATACGTGAAAATATGAAATGGTACTTCCTATAGTCTAGTACTAAAAAT-TAAAAAAGTCTTTTATCATTCTTACTGCATAAAAATGCTTTAGTGCGTATTGTT---AAGAATAAACCAATCCACTTTAGTTTTCTTATCCCTGTGACTCATTTATGCACTTGATATTTCTCAGTGTAGCCCTACAACAATGTCTTTAAATTATGTAGTTTTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177686439 264 - 196418989 TAAGTATATATAAAAGATCAGATATTGCAACATGTTTCTGGTATTAATTTCCAAAACACTTTTTTGTACGTGAAATTATGAAATGTTACTT-CTATAGTCTAATATT-----TTTAAAAAAGTCTTTTACCGTTCTTACTGCATAAAAATGCTTTAGTGCGTATT------AAGAATAAACCAATCCACTTTAGTTTTCTTATCCCTATGACTTATTTATACACTTGCTATTTCTCAGTGTAGCCCTACAAC---GTCTTTAAATTATGTAATTTTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177686703 338 - 196418989 TAAATTCAAC---AGGAATCTAAAAGTTGACTCTCAGCATTTTCTTTGCCTTCCTCATTTTGTGGTTGATTGTGGCCTACATAATTTCCCTGAAATGAGTCAGGTTCCTTCCAAACAGTTTAGGATTCCAAGCACTCTGTAGAGGCTGCTGCTCAATACTTGTTCTTTGCTCA-TTCTACTGCCaatatatttttttataaaaatGAACCACATTTTTTGGCCAATAATAATATATTTGCTATAAAGGTTATATTGCAAATTTCACTAGGTTCCATAAATAACCTTATCATCACCATTGCTGTTTCTCTAAATAAATATATGCACGAAAATTGTGTAGAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  177687041 218 - 196418989 AGAAAGTTTTAAAATATTAATTATGTATATAGAAAGTTCCAATTGATATCTAGCAAAAACATGAGTAATTTTTCAGTTTCATTCACCTAGTGTGCAAACTAGGGTCAATCATAATGGAAAAAAAAAAAAAAAACCTCCCCCAAAACAACTACAGCTTCATTTTTCTCGTCTTCTCTGTAATGAAGGCTCCAAG-TTGCCACAG-ATGGTAATAATAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28536353 213 +  48394510 AGAAACTTTTAAAACATTAATTATGTATATAGAAAGTTCCAATTGATATCTAGCAAAAACATGAATAATTTTTCAGTTTCATTCACCTAGTGTGCAAACTAGGATCAATCATAATGAAAAAAAAA-------CCCTCCCCCAAAACAGCTACAGCTTCATTTTTCTCGTCTTCTCTGTAATGAAGGCTCCAAGCTTGACACAGAATGGTAATAATAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 21334
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28557900 369 +  48394510 GGCCAGTTCTGAGAGCTGCCAACTGCGTCATCCTGACCCCTTTCAACACACCTCATCTGAAACGATAACTATAATTCCCGTCCTACATTACACTCTGCTGTAGTGCCACACATCTTTTAAAAGTATTAAGGAAACCATTCAGAGAGCATTATTGGAAAATAAGAGAGGGCAACTATTCTGGTCAACCAAGTAATGAGTTTTAATACTTCCCAGCAGTTACCTAAAATCCCAGCTGATTTCAAAGACTTTAACAGGTAAAAGGGAAAAGGTTCAATGGCAGAGTGGGGATGGGCTGGGGAGAAATCCTTTAGAGCTAATATGTTATCTGGCAGTGTTATCTTCCTCCACTTTTATCTGCAGTATTTCAAC-------------
i ponAbe2.chr21 I 21334 T 21106
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177687641 161 - 196418989 TTGTAGTGTTGGAGAAAGCGCCCACTGTTTGAACTTTTTTTCTTTTAGGAGAAACATCCATATAAAGCTCTTT-GTAGATTAAGCAATTCAATTTTATACATAGAGAATGCCTAATGGGCCAAAAAAATTCTATTCCACCTAAAGCTATACCataattaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 320
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i ponAbe2.chr21 T 21106 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 320 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27754945  99 +  46489110 TTTCAATGTTGAAGTAAAATCCTACAGCCTATCATGTGAATTTATACAAATCATGTATGTAGTATGTAGGG---TTTTTT-CTTTTTCAAATTAAGAATATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=144077.000000
s hg19.chr21     14608622 101 +  48129895 GAAAATACAAAACAAAATTTTATTTATTATTCATTATTTCAGATCTGCAGTAAACAGAATCCTGCTCAGATAATTTGAGAAATTTTTCAAGTAAGAGT----ATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28537600 105 +  48394510 GAAAATACAAAACAAAATTGCATTTATTATTCATTATTTCAGTTCTGCAGTAAACAGAATCCTGCTCAGATAATTTGAGAAATTTTTCAAGTAAGAGTATGAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=188331.000000
s hg19.chr21     14608723 164 +  48129895 AATGaacgaatgtcgagacatctagagattagcagctgtgggaagtcattgccagctctaagctgaagagcaaaggaggtaatagcactacaggatctgaagagtaatagagccttaaggtagtggtcttcctcattggaactgcagtcattgaaggtatcaac
s rheMac2.chr3  177688494 163 - 196418989 aatgaatgaatgttgagacatctagagattagcagctgtgggtagtcattgccagccctaagttgaagagcaaaggcggtaatagcagtacaggatttgaagagtaa-agagctgtgaggtagtggtcttcctcattggaaccacagtcattgaaggtactgac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28537705 164 +  48394510 AATGaatgaatgttgagacatctagagattagcagctgtgggaagtcattgccagctctaagctgaagagcaaaggaggtaatagcactacaggatctgaagagtaatagagccttaaggtagtggtcttcctcattggaactgcagtcattgaaggtatcgac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27755145 164 +  46489110 AATGaacaaatgttgagacatctagagattagcagctgtgggaagtcattgccagctctaagctgaagagcaaaggaggtaatagcactacaggatctgaagagtaatagagccttaaggtagtggtcttcctcattggaactgcagtcattgaaggtatcgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177688657 209 - 196418989 cactgacagaaaatgctgccaaatatgatagggagtagggaacaaataccccaaccttccctcttgcccagtgattggcgtgctatttctccccattgcctgaacccagcagtctgaagccaaatggaaagaaagtcagtaacacaatccaagggagtcagcctctcagaacagaaaaaagaacatggaaagactaaggcttgattgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  28538320 633 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177689646 154 - 196418989 actaatataATCAGTAACTAGGAGTGAACCTCATTTCAGATATTTTTCTGTGGATATACAC--ACGGAAAAACagaaagacaaagagaaactttttattagtaaaaaatgagactgtactatataaagctattatagtaaaatgaatgaat----ttatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  27756463 128 +  46489110 ttactttaatttataagaataaaatatctgaaataaa----------ggagttcaaataaatgtttccttaccacagtgctgttttatattttaaaacaacctaaagtttagaaaatattttactcagattaaaagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 26

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  177691602 194 - 196418989 GCACTTCAAGTATATAGAAAGAGATCTCAAAAGActcagccttacattgctcataacttcatttcaatgacttagatgaaaaacctcctgaacattttttatcaattttatgcatgccccaaatcataagggaatgtatatattaattagatgatgagatggggatgcaactatgtcatggcaagctaaagaaa
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27762543 125 +  46489110 AAAAAAA--ATGTTTGCCCCTGTGAGACATCGATGCATCAATAGTGCTTCATTATAATGACAGCTTCCAGCCACAGTATTTTTCCACATTTTTTTAGTTCTATGTTCTCTTAAAACTAGTCTACCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177695835 173 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  28545707 309 +  48394510 ggctgggcatggttgctcatgcctgtaatcctagcactttgggaagccaagggcaggtggatcacaaggtccagagatcgagaccatcctggctaacactgtgaaactccgtctctattaaaagtacaaaaaattagccgggtgtggtggggggggggcgcctgtagtcccagctactccagaggctgaggcaggagaatggtgtgaacccaggaggcagagcttgcagtgagccaagatcgtgcca-tgcactccagcctgggtaaaagagcaagactacatctcaaaaaaaaaaagaaaaaaaaaaC-----C
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27762668 311 +  46489110 ggccgggcatggtggctctcgcctgtaatcccagcactttgggaagccaagggcaggcggatcacaatgttgggagatcaagaccatcctggctaacactgtgaaaccccgtttctactaaaaatacaaaacattaactgggcgtggtgggggg----cgcctgtagtcccagctacttgggaggcagaggcaggagaatggcctgaacccgggaggcagagcttgcagtgagctgagatcgcaccactgcactccagcctgggcgacagagcaagactccgtctcaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177695835 173 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27762979  32 +  46489110 TAGTCTACCTCTTCCCTTAGAAACTTTGCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177695835 173 - 196418989 I

a score=18645.000000
s hg19.chr21     14616593  35 +  48129895 ATTTAACAACTtgtgttagagagaataatagcctc
s panTro2.chr21  27763011  35 +  46489110 ATTTAACAACTtgtgttagagagaataatagcctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28546048  35 +  48394510 ATTTAACAGCTtgtgttagagagaataacggcctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177695835 173 - 196418989 I

a score=73212.000000
s hg19.chr21     14616628 123 +  48129895 ccaaaaatgcctatgatttagtcaccagaatctattcatctgttaccttacatggaaagcagtactttgtgggtgctattaaattcttgagatggaacaattattctggattatctagataga
s panTro2.chr21  27763046 123 +  46489110 ccaaaaatgcctatgacttagtcaccagaatctattcatctgttaccttacacggaaagcaggactttgtgggtgctattaaattcttgagatgggacaattattctggattatctagataga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28546083 123 +  48394510 ccaaaaatgcctatgacttagtcaccagaatctattcatctgttaccttacatggaaagcaggactttgtgggtgctattaaattcttgagatggaacaattattctggattatctagataga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177695835 173 - 196418989 I

a score=267602.000000
s hg19.chr21     14616751 407 +  48129895 ta-caacctaatgatataatctctttagagcaggaaatctttcctagctgggccagagagcaagatgagacaggaaaaagaaaagagtttcaaagagtgagagggacaagctttgatgttgctagctttgcagatggacgaatagggtgaaaggtgaggaatataggtggttccaggaggtggaaatggccctcacttgagagacagccaaaagatgggagcctctaccctacaccactaaggatatgtactcagccaacagcctaaatgaggaaacaggttttttctagagccttctgagaagaatacagcctgcttgaaacctttgctggattttggataatacatttatgttgttcaagtcattaaattgactgtaatttgttattgcacaatagaaacctaata
s ponAbe2.chr21  28546206 405 +  48394510 ca-caatctaatgatataatctctttagagcaggaaatctttcctagctgggccagagagcaagatgagacaggaaaaagcaaagagtttcaaaaagtgagagggacaagctttgatgttgctagctttgcagatgaaagaatagggtgaaaggtgaggaatataggtggttccaggagctggaaagagccctcacttgaga--gagccaaaagatgggagcctccaccctacaccactaagtatatgtactcagccaacagcctaaatgaggaaacaagctttttctagggcctcctgagaagaatacagcctgcttgaaacctttgctggattttggataatacatttgtgttgttcaagtcattaacttgactgtaatttgttattgcacaatagaaacctaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27763169 406 +  46489110 taacaatctaatgatataatctctttagagcaggaaatctttcctagctgggccagagagcaagatgagacaggaaaaaggaaggagtttcaaagagtgagagggacaagctttaatgttgctagctttgcagatggaagaatagggtgaaaggtgaggaatataggtggttccaggagctggaaatggccctcacttgaga--cagccaaaagatgggagcctccaccctacaccactaaggatatgtactcacccgacagcctaaatgaggaaacaggctttttctagagcctcctgagaaggatacagcctgcttgaaacctttgctggattttggataatacatttgtgttgttcaagtcattaaattgactgtaatttgttattgcacaatagaaacctaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177695835 173 - 196418989 I

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s hg19.chr21     14617158 105 +  48129895 AACAGTctgggcgcagtacctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaaacgggtggatcacctgaggtcaggagtttgagaccagcctggccaacgtg
s panTro2.chr21  27763575 105 +  46489110 AACAggcctgtcacggtagctcacgcctgcaatcccagcactttgggaggccgaaatgggcggatcacctgaggtcaggagtttgataccagcctggccaacatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177695835 173 - 196418989 I

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s hg19.chr21     14617263 191 +  48129895 gtgaaacgccgtctctgctaaaaatac-aaaaattagctgggcatggt-ggcgggtgcctgtaatcccaactactcaggaggctgaggctggagattggtgtgaacctgggaggtggaggttgcagtgagccgaggtcacgccattgtactacagcctgagtgacaggagaaaaactccatctcaaaa-aaaag
s panTro2.chr21  27763680 191 +  46489110 gtgaaacgccatctctgctaaaaatac-aaaaattaactgggcatggt-ggtggacgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagattggcatgaacctgggaggtggaggttgcagggagccgaggtcacgccatcgtactacagcctgagtgacaagagcaaaactccatctcaaaa-aagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28546716 191 +  48394510 gtgaaatgccgtctctgctaaaaatac-aaaaattagctgggcttcgt-ggcgggtacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggctggagattggcgtgaacctgggaggtggaggtggcagtgagccgaggtcacgccattgtactacagcctgagcgacaagagcaaaactccatctcaaaa-aaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177696008 194 - 196418989 gtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaattagctgggcatggtgggcgggtgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcacaggaatcatttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaaggtcacaccattgtactacagcctgagcgacaagagcgaaactccatctcaaaaTAaaag
i rheMac2.chr3  I 173 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28546907 58 +  48394510 aaaga----aagaggaagaaagaaaG--AAAGAGAGAGAGACAGAaagcaagcaagcaagcaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27763871 58 +  46489110 aacga----ggaagaaagaaaaaaag--aaagagagagagacagaaagaaagcaagcaagcaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14617516 51 +  48129895 aaagaaagaaagaaagaaagaaa-aaagaaagaaagagagaaagagagaaag
s rheMac2.chr3  177696262 38 - 196418989 ----aaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaGCGAG----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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e ponAbe2.chr21  28546965  0 +  48394510 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27763929 71 +  46489110 ------------------CTAATAAACACCATAACAATGCTTCTTTCTCTGAATTCATTTAGAACTTGCTAAGCATCCTAATGTAGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177696452 78 - 196418989 TTTATTTGGGTCTATTGGTTCAAGGGTTCTAGTATTAAAGTCACACAGTGATTAGTGAAAGCCACACTATAC---TATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28547304 251 +  48394510 ATAAAATATGCATTAACTTTAAGTAAAAAGAGGTATAAATGTAATGTTACTATGTATTTCATTTCTTGAATAACATATGAAAGACTTTTTTAAAGTCATATTTAAGCTAAGACAATTTTCTTTAAAATAGCTCTGTTAAATTTTGGACAAAATGTCTTTGGCTTTCTCTCATTCttcattttctttttcattttctttttTCATCTATCCTAAGTACAGAAGTCACAAA----ACAGCATAAAATATTTATTGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  27765313 78 +  46489110 TATGGAGTGGCTGAGCTGTTAGCAGCAGAAGGCTATCCTAATGACAAACATACAACCAAAAGCCCCGGACAAGCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28548369 77 +  48394510 TATGCAGTGGCTGAGCTGTTAGCAGCAGAAGGCTATCCTAATGACAAACATACAA-CAAAAGCCCCAGACAAGCAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177697694 78 - 196418989 TATGGAGTGGCTGAGCTGTTAGCAGCAGAAGGCTATCCTAATGACAAACATACAACCATAAGCCCCAGACAAGCAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14619065 25 +  48129895 TGTTGCACACAGGGCA----------Atgtgtgtg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177697772 35 - 196418989 TGTTGCACATAGGGCAgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  27765412 42 +  46489110 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgCTTGCATATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28548465 42 +  48394510 tgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtatgCTTGCATATATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177697807 41 - 196418989 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgC-TGCATATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3248712.000000
s hg19.chr21     14619283 457 +  48129895 TGAGCTAGCCTTTCAATGGGCCACAATAACTTTAC-TTCCAGGAAACAGCATCAGGTCAACAAATTACTTGTTTGTGGTCTGTTTGTTTTCTCAGGTCTGGATTTTCTTTGATCTTGGGTAAGCTCAAACTAATTTGGAATAAAATGAAAACAGTTCTCTGCTTCCCCACCTTTAATCAGTAATGCCCCTGACTGTTTTAATTAGAAGCAAAAGAACAGTTCTCTGTCAACTCAAGGCAAAGGACATGCAGTCCTGCCGTGGCAGAGGGAGTTGGATCCCAGGGTGGAAAGCAAGGCAATATGAAATAATGTTTGGCCCTATTTTCTTAGGGAAAAAGAGGAAGGTTTTGCTTCTCTCTAGTTTAAGTTACAGCACACCCTTTCCTCTTTATTTTTT------GTAACTTCTCTTCTACCGTCCAGTAATTCTTCCAACCCTGCCTCTGTTCCCAATTGGTACT
s rheMac2.chr3  177698000 463 - 196418989 TGAGCTAGCCTTTCAAAGGTCCACAATAACTTTAC-TTTCAGGAAATAGCATCAGGTCAACAAATTACTTGTTTGTGGTCTGTTTGTTTTCTCAGGTCTGGATTTTCTTTGATCTTGGGTAAGCTCAAACTAATTTGGAATAAAATGAAAACAGCTCTCTGCTTCCCCACCTTTAATCAGTAATGCCCCTGACTGTTTTAATTAGAAGCAAAAGAACAGTTCTCTGTCAACTCGAGGCAAAGGACACGCAGTCCTGCCGTGGCAGAGGGAGTTGGATCCCAGGGTGGAAAGCAAGGCAATATGAAATAATGTTTGGCCCTATTTTCTGAGGGCAAAAGAGTAAGGTTTTGCTTCATTCTAGTTTAAGTTACAGCACACCCTTTCCTCCTTTTTTTTTTTTTAAATTACTTCTCTTCTACCCTCCAGTAATTCTTCCAACCCTGCCTCTGTTCCCAGTTGGTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28548658 458 +  48394510 TGAGCTAGCCTTTCAACGGGCCACAATAACTTTACTTTCCAGGAAATAGCATCAGGTCAACAAATTACTTGTTTGTGGTCTGTTTGTTTTCTCAGGTCTGGATTTTCTTTGATCTTGGGTAAGCTCAAACTAATTTGGAATAAAATGAAAACAGTTCTCTGCTTCCCTACCTTTAATCAGTAATGCCCCTGACTGTTTTAATTAGAAGCAAAAGAACAGTTCTCTGTCAACTCAAGGCAAAGGACACGCAGTCCTGCCATGGCAGAGGGAGTTGGATCCCAGGCTGGAAAGCAAGGCAATATGAAATAATGTTTGGCCCTATTTTCTTAGGGAAAAAGAGTAAGGTTTTGCTTCACTCTAGTTTAAGTTACAGCACACCCTTTCCTCTTTATTTTTT------GTTACTTCTCTTCTACCGTCCAGTAATTCTTCCAACCCTGCCTCTGTTCCCAATTGGTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27765605 457 +  46489110 TGAGCTAGCCTTTCAACGGGCCACAATAACTTTAC-TTCCAGGAAATAGCATCAGGTCAACAAATTACTTGTTTGTGGTCTGTTTGTTTTCTCAGGTCTGGATTTTCTTTGATCTTGGGTAAGCTCAAACTAATTTGGAATAAAATGAAAACAGTTCTCTGCTTCCCCACCTTTAATCAGTAATGCCCCTGACTGTTTTAATTAGAAGCAAAAGAACGGTTCTCTGTCAACTCAAGGCAAAGGACATGCAGTCCTGCCGTGGCAGAGGGAGTTGGATCCCAGGGTGGAAAGCAAGGCAATATGAAATAATGTTTGGCCCTATTTTCTTAGGGAAAAAGAGTAAGGTTTTGCTTCACTCTAGTTTAAGTTACAGCACACCCTTTCCTCTTTATTTTTT------GTTACTTCTCTTCTACCATCCAGTAATTCTTCCAACCCTGCCTCTGTTCCCAGTTGGTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14619740 28 +  48129895 GTAAGGCACTGGCATTTTCCACAGGAGA
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s panTro2.chr21  27766062 27 +  46489110 GTAAGGCACTGGCATTTTCCA-AGGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=382244.000000
s hg19.chr21     14619768 100 +  48129895 ATCTTGATTATAATCCTTCAATCAACTTGCTGAGTTAAGCATATGCTTTCATCAAAAACTATATAAAACCTGTGTGGCAAAGACTGATACCTTTTGTTCT
s rheMac2.chr3  177698491 100 - 196418989 GTCTTGATTATAATCCTTCAATCACCTTGCTGAGTTAAGCATTTGCTTTCATCAAAAACCATATAAAACCTGTGTGGCAAAGACTTAAACCTTTTGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549144 100 +  48394510 ATCTTGATTACAATCCTTCAATCAACTTGCTGAATTAAGCATATGCTTTCATCAAAAACTATATAAAACCTGTGTGGCAAAGACTGATACCTTTTGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27766089 100 +  46489110 ATCTTGACTATAATCCTTCAATCAACTTGCTGAGTTAAGCATACGCTTTCATCAAAAACTGTATAAAACCTGTGTGGCAAAGACTGATACCTTTTGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=211965.000000
s hg19.chr21     14619868 101 +  48129895 TTGGTTGGAATCAAAGTGTATACAACTTTAAACCATCTTTTATGAAACCAGCACTTTTATTTCTCCTTATCATTTCTCTTCAGTAGGACTGCTATAAATTA
s rheMac2.chr3  177698591  98 - 196418989 TTGGTTGGAATCAAAGTATATACAACTTTAAACCATCTTTTATGAAACCAGCACTTCTATTTCTCCTT---ATTTCTCTTCGCTAGGACAGCTATAAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549244 101 +  48394510 TTGGTTGGAATCAAAGTGTATACAACTTTAAACCATCTTTTATGAAACCAGCACTTTTATTTCTCCTTATCATTTCTCTTCAGTAGGACTGCTATAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27766189  98 +  46489110 TTGGGTGGAATCAAAGTGTATAC---TTTAAACCATCTTTTATGAAACCAGAACTTTTATTTCTCCTTATCATTTCTCTTCAGTAGGACTGCTATAAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=143102.000000
s hg19.chr21     14619969 37 +  48129895 GACATAGCAGCTCTTGTTTTTATTAAACAGCACATTA
s panTro2.chr21  27766287 37 +  46489110 GACATAGCAGCTCTTGTTTTTATTAAACAGCACATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549345 36 +  48394510 GACATAGCAGC-CTTGTTTTTATTAAACAGCACATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177698689 37 - 196418989 GACATAGCAGCTCTTGTTTTCATTAAACAGCACATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=207028.000000
s hg19.chr21     14620006 56 +  48129895 CTGAGACAATTTATTCAAAATGCAAGATTTCATAAGCTGGACCAGTAGCTTCAAAA
s panTro2.chr21  27766324 56 +  46489110 CTGAGACAATTTATTCAAAATGCAAGATTTCATAAGCTGGACCAGTAGCTTCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549381 56 +  48394510 CTGAGACAATTTATTCAAAATGCAAGATTTCATAAGCTGGACCAGTAGCTTCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177698726 55 - 196418989 CTGAGACAATGTATTTAAATTGCAAGATTTCATAAGCTGGACCAGTAGCTTC-AAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88631.000000
s hg19.chr21     14620062 39 +  48129895 GGGTGAATACAGGCTTTAGAATTTGGTACCCTTACACAA
s panTro2.chr21  27766380 39 +  46489110 GGGTGAATACAGGTTTTAGAATTTGGTACCCTTACACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549437 39 +  48394510 GGGTGAATACAGGTTTTAGAATTTGGTACCCTTACACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177698781 39 - 196418989 GGGTGAATACAGGTTTTAGAATTTGGTACCCTTACACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-39987.000000
s hg19.chr21     14620101 14 +  48129895 CACAAATCTATAAT
s panTro2.chr21  27766419 14 +  46489110 CACAAATCTATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549476 14 +  48394510 CACAAACCTATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177698820 14 - 196418989 CACAAACCTATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1014300.000000
s hg19.chr21     14620115 304 +  48129895 GTTTTCATGTAACTATATAGAAGTGCGTTTTTGTTAATATCATTTCTTCATTTTGGTTAGTGTTTCTTCTTCACTTCCTTATGAATTATGCATAAGTGAGAAAACAAGCCTTTTTTCATGTACAATGATCCTATTTTCCTGAACAGAACCCTGGCTGAACAGTATTAAAATTCAGGTTCCAAAATGAGCCAGTGGTAGAGAAGAAATAGAGTGGAAATTTAACACATCCATTTATTATACACTTTAAAATGCAACAGGGACAGATGCCTCATGATGTTTCTCCTCAGCTGTGATCACTTTCTCT
s panTro2.chr21  27766433 304 +  46489110 GTTTTCATGTAACTATATAGAAGTGCATTTTTGTTAATATCATTTCCTCTTTTTGGTTAGTGTTTCTTCTTCACTTCCTTATGAATTATGCGTAAGTGAGAAAACAAGCCTTTTTTCTTGTACAATGATCCTGTTTTCCTGAACAGAACCTTGGCTGAACGGTATTAAAATTCAGGTTCCAAAATGAGCCAGCGGTAGAGAAGAAATAGAGTGGAAATTTAACACATCCATTTATTATACACTGCAAAATGCAACAGGGACAGATGCCTCATGATATTTCTCCTCAGCTGTGATCACTTTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549490 304 +  48394510 GTTTTCATGTAACTGTATAGAAGTGCATTTTTGTTAATATCATTTCCTCGTTTTGGTTAGTGTTTCTTCTTCACTTCCTTATGAATTATACATAAGTGAGAAAACAAGCCTTTTTTCATGTACAATGATCCTATTTTCCTGAACAGAACCCTAGCTGAACAGTATTAAAATTCAGGTTTCAAAATAAGCCAGTGGTAGAGAAGAAATAGAGTGGAAATTTAACACATCCATTTATTATACACTGCAAAATGCAACAGGGACAGATGCCTCATGATGTTTCTCCTCAGCTGTGATCACTTTCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177698834 300 - 196418989 GTTTTCATGTAACTATATAGAAGTACATTTTTGTTAATATCATTTCCTTGTTTTGGTTAGTGTTTCTTCTTCA----CTTATGAATTACACATAAGTGAGAAAACAAGCCTTTTTTCATGTACAATGATCCTATTTTCCTGAACAGAACCCTGGCTGAACAGTATTAAAATTCAGGTTCTAAAACGAGTCAGTGGTAGAGAAGAAATAGGGTGGAAATTTAACGCATCCATTTATTATACACTGCAAAATGCAACCGGGACAGATGCCTCATGATGTTTCTCCTCCATTGTGATAACTTTCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35360.000000
s hg19.chr21     14620419 32 +  48129895 ACAATGTTGAACTAGTGGCTCTCGCTCTAGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549794 32 +  48394510 ACAATGTTGAACTAGTGGCTCTTGCTCTAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177699134 32 - 196418989 ACAATGTTGAACTAGTGGCTCTTGCTCTAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=459886.000000
s hg19.chr21     14620451 156 +  48129895 ACTATCTGGACAATTACCTGCAGCTTGGAGTCATTACGGAGATGATCGTCAAGGAACTGGCTCA--TGGGTTACACTCACTGCTCTGTTCCTAACTTCCTGTGTAAA------CAACTCTGGAGCttaaatttttcttatctatattataaaaatatgtaaata
s panTro2.chr21  27766769 158 +  46489110 ACTATCTGGACAATTACCTGCAGCTTGGAGTCATTACGGAGATGATCTTCAAGGAACTGGCTCACTTGGGTTACACTCACTGCTCTGTTCCTAACTTCCTGTGTAAA------TAACTCTGGAGCTTAAACTTTTCTTATCtatattataaaaatatgtaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549826 158 +  48394510 ACTATCTGGACAATTACCTGCAGCTTGGAGTCATTACGGAGATGATCGTCAAGGAACTGGCTCACTTGGGTTACACTCACTGCTCTGTTCCTAACTTTCCTGTTAAA------CAACTCTGGAGCttaaatttttcttatctatattataaaaatatgtaaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177699166 162 - 196418989 ACTATCTGGACACCTACCTACAGCTTGGAGTCATTATGGAGATGCCAGTCAAGGAACTGGCTCatttgggttatactcactgctctcttcctaatttcctgtgtaaatttaagcaactc--aAGCttaaatttttcttatctatattataaaaatatgtaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=208660.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28549984 110 +  48394510 atttctaaaatttagaaaagttacataattttaattCTAAATGTAACTGACAGATGGTGAAATTTCTCCCTTTTTTGGCAACACCTTTTTTTAAAGTTTAGAATAGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27766927 109 +  46489110 atttctaatatttagaaaagttatataattttaattCTAAATGTAACTGACAGATGGCAGAATTTCTCCCTTTTTTGGCAACA-CTGTTTTTAAAGTTTAGAATAGAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177699438 57 - 196418989 TTTGGTCATCTCAATCACTGCGTCTCTCTACCCCTGGTATCAGCATGTTTAAGTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28550094 57 +  48394510 TTTGGTCATCTCAATCACTGCATCTCTCTACCCCTGGTATCAGCATGTTTAAGTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  27767093 58 +  46489110 CCGAACACTGTACACACCATGAAATTCTACAAGAAGATATTATGTAAATGAGCCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28550151 57 +  48394510 CCGAACACTATACACGCCATGAAATTCTACAAGAAGATATTATGTAAA-GAGCCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 31561
s panTro2.chr21  27767637 82 +  46489110 AAAACAGGGACAATT-GTATTTATCTTTTGTAAAATCAAGCTTATAAGAATATGTCTCAGGGCCACAGTTAATAAAATATCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  28582341 104 +  48394510 TTT-GTTTTCTTGAGAACCACAATGAAGGTATTAGTGTAAAGGGTCATCCATAGATGCCCTACGGAGTCAACAGCACAATTGAGCTCTTGCGGCTTCTGTTACAA
i ponAbe2.chr21 I 31561 C 0
s panTro2.chr21  27767719 105 +  46489110 TTTTGTTTTCTTGAGAACCACAATGAAGATATTAGTGTAAAAGGTCATCCATAGATGCCCTACGGAGTTAACAGCACAATTGAGCTCTTGCTGCTTCTGTTACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28582445 88 +  48394510 GAGTGCTTCAAACACACCATTCAACTGATAGAATCTATTGGACCTTGTTAGAGTGCCTCACCCCATTCTTGCAACAGTTCCTAGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27767824 88 +  46489110 GAGTGCTTCAAACACACCATTCAACTGATCACATCTATTAGACCTTGTTAGAGTCCCTCACCCCATTCTTCCAACAGTTCTCAGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=33989.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28582607 91 +  48394510 TGGAGGAAGCCTCTCAAGAAGTGAGACACATGCACTTTCTAgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatattattattattat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177700412 259 - 196418989 tattattattatta-ttTTgatggagtctcggtctgtcgcccaggctggagtacagctgcttgatctcttgactcactgcaacctctgcctcttgggttcaagtgatgctcccacctcagcctcccaagtagctgggattacagacacctgccatcatgtccagctaatttttgtatttttgtggtgacaggtttttgccatgttgg-ccaggctggtcttgaacttctgacctcaggtgatctgcctgtcttggcctccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 239
s panTro2.chr21  27768042 260 +  46489110 tattattattattattTTTgacagagtctcgctctgttgcccaggctggagtgcagctggttgatctttcggctcactgcaacctccacctcttgggttcaagtgattctcccacctcagcctcctgagtagatgggactacaggcacctaccatcatgcccagctaatttttgtatttttttggagacaggttttcaccatgttgg-ccagactggtcttgaacttctgacctcaggtgatctgcccgtctcagcctccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  27768302  73 +  46489110 aaagtgccggggttataggtgtgagccaccacacccggctGACACATACACTTTCTAGATTGttatttattta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177700671  73 - 196418989 aaagtgctggggttataggcatgagccaccacacccggccGACACATACACTTTACAGATTGTTATATAtttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28582958 239 +  48394510 M

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s rheMac2.chr3  177700744 118 - 196418989 ttt--------gtttgtttgtttttgagacag--tcttgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcacaatcttggttgactgcaacctctgctgcccaggttcaagcaattctcccacctcagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 M 239 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177701174 109 - 196418989 CAgtgtttttaaattgttctctaaaaagcacatccctgcctgattttctttccatgtgttctgttgattactgagaaagaaatgtcaaagtcttcaaatgtaatagtgg-----------------
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a score=558.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=22200.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177701395 189 - 196418989 ccaaagtcccttgtgtcattcttatgcctttgcatcctcacagcttagctcccacttatgagtgagaatatatgatgtttggtttttccatccctgagttacatcacttagaataataatctccagttctatccaacttgcttgcaaatgccgttaatggattcctttttatgactgagtTTGTTTTAG
i rheMac2.chr3  M 112 C 0

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s hg19.chr21     14622974 34 +  48129895 TTTTCCTTTCAGTTTATCCAGTTTTGGCTTTAT-T
s panTro2.chr21  27769314 35 +  46489110 TTTTCCTTTCAGTTTATTCAGTTTTGGCTTTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28584123 35 +  48394510 ttttcctttcagttttttcagtttcggctttatgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177701584 35 - 196418989 TCTTCCTTTCAGTTTATTCAGTTTTGGCTTTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177701619 133 - 196418989 ATTTTTTTTAGTTTGTTTGtttttgttattgtagtaaaatatatattatataaaatgtatcactttaactattttaagtataacgtccaatagtattaaatacatttgtaatgtcatgcaaccatcaccacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  27769504 1604 +  46489110  
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s rheMac2.chr3  177701778 1635 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 4

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s panTro2.chr21  27771108 192 +  46489110 aaaaggcaatccacagaataggagaaaatatttgcgaatgaaatatctgataagagattaataaccaaaatacacacagacctcctaaaactcaacaa---caaaaacaaacaagtctatttaaaaatgggcaagagaataaatatacatttctccaaagaatatacaactggcTttagtattggcttcaaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28587249 195 +  48394510 aaaaggcaatccacagaataggagaaaatatttgcaattcaaatatctgataagagattaataaccaaaatacacacagacctcctaaaactcaacaacaactaaaacaaacaagtctatttaaaaatgggcaaaagaataaatatacatttctccaaagaatatacaactggcTttagtattggcttcaaaata
i ponAbe2.chr21 I 1332 C 0
s rheMac2.chr3  177703417 195 - 196418989 aaaaggcaatccacagaatggaagaaaatatttgcaaatgagatacctgataagagattgataaccaaaatatgcacagaattcctaaaactcaacagcaacaaaaacaaacaagtctatttaaaaataggcaaaagaatgaatatacatttctccaaagaatatacaactggcTttagtattggcttcaaaata
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

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s hg19.chr21     14625015 291 +  48129895 gtattttgaagctctactattagatacatatacaattaggatttttatctcttcttggcaacttgaccctttgatttttatgtaatatctctcattgttccttttaaatttctctgctctgaaatatgctttgataatcatttagtcacttcagctttctcttcattagtgtttccatggtatccttttccctatccttttatttttaacttatttatatcattacataaagtaacactttatggaaaggatatatttgatttttttatttatttggtccattctgacaat
s rheMac2.chr3  177703612 287 - 196418989 gtattttgaagctctactattagatacacacacaattagaatttttatctcttcttggcaaattgactctttgatttttatgtaatatctctcattggtccttttacatttctctgctctgaaatatgctttaatattcatttagtcacttcaggttttttctcattagtgtttccatggtatatctttctctatccttttatttttaacttatttatattattacataaagtaacattttatagaaaggatgtgtttga-ttttttatttattttgtccattctaac---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27771300 289 +  46489110 gtattttgaagctctactattagatacatatacaattagggtttttatctcttcttggcaacttgaccctttgatttttatgtaatatctctcattgttccttttaaatttctctgctctgaaatatgctttgataatcacttagtcacttcag--ttctcttcattagtgtttccctggtatccctttccctatccttttatttttaacttatttatatcattacataaagtaacattttatagaaaggatacatttgatttttttatttatttggtccattctgacaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177703899   0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27771889 347 +  46489110 tgcccagccgacaatgtctgtattttacttggtttgtgtagccatttacatttaatgtaaatattggtattttgaattatgcctaccactctatcatgtatgtttactttttcttccctttgc-tttatttttctgtttccccttccctgtcttcttttgttatttgaacattttCagtttaaccaagtttgagttttgctgctgctacttcttttatttactgcaggcttcgtattgttttacaggaccattgccttgtgctcaaaggggtggctgaagtgccagagatttttggttttctgttctttgtttt--------------tttgttttttttcttagtgtttgtgatgtacttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177703899 347 - 196418989 ------------aatgtctgtattttacttggtttgtgtagccatttatgtttaatgtaaatattggtatttggaattatgcctaccactctatcatatatgtttactttttcttccctttgcttttatttttctatttccccttccctgccttc-tttGTTATTTGAACATTTTCagtttaaccaagtttgggttttgctgctgctacttcttttacttagtgcaggcttcatattgttttacaggactattgccttgtactcaaaggggtggctgaagtgccagaga--cttggttttCTGTTGTTTGTTTTGTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTtctttcttagtgttcgtgatccacctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27773990 413 +  46489110 CTGTGCGGgggtctttcccgcagaccctgacccaatgatagatgaataacatacactgaaacagatattctgcttgtcagtctagctaaggatctgcgcccctcacagacaccaaggaaggtgctgtaaagagttggcagccacagccttgactagctggcctggctggcatttattcagcacacattaaacgacaaaggctttgagtcaacacgcctgtgggtaattaacctggtcacacccactctggagagggccatcttgcctgccaatgattaaaggttagtcttaggaccacatgagtaaacaagctatttagataaactattctacattcttttgtacccgcaccctaagctctctggctcctgaaaacagactctggctgccttcagccaaactacctgaagcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24335.000000
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s panTro2.chr21  27774403 43 +  46489110 tgcaaaacttcccggctttccaagaaggtttgcttttttctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28590543 43 +  48394510 tgcaaaactccccagctttccaagaaggtttgcttttttctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177706403 43 - 196418989 tgcaaaactccgcggctttccaagaaggtttgcttttttctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28590586 35 +  48394510 tcctatcatttcttctgccatcctgactgaacccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12222.000000
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s panTro2.chr21  27774481 21 +  46489110 tacaCTTCTATTACAACTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177706481 21 - 196418989 cataCTTCTATTACAACTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28590642 172 +  48394510 TTTAAGGTAATATATAACAATCAAACTAGAATCCAAACAACTATAATCTTAAGCTAATGTACAAAGAGAGGGGACATTTACAATTTTTTT-CATGGATAGCCAATCAATAAATCATCTCAACTCGTGTCAATAGAGGCTTAGTTCAATTTTCCACACCTCATAGATACTCGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27774502 173 +  46489110 TTTAAGGTAATATATAACAATCAAACTAGAATCCAAACAACTATAATCTTAAACTAATGTACAAAGAGAGGGGACATTTACAATCTTTTTTCATGGATAGCCAATCAATAAATCATCTCAACTCGTGTCAATAGAGGCTTAGTTCAATTTTCCACACCTCATAGATACTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177706674 334 - 196418989 ATGTAATATCATCAAGTTGCAAATATTCATATAGAGGGTTGTTTATGCTCACTGGACTATATTTAGGCAAGAAAAAATGTCTTGAAAAATGTTATAAACCATTTAAACAATGTGTAGAGGAATAAAATGACATTATCCACTAATGTTTACTTTAACATAAAATTAGATTAACTAGAACATCCTGTTTCCAAAGAAATTCACTCAGTAATGGTTT--------TATAATAACAAGAATTAGAAATATTTATGAAAGTTTCTTCTCAGAAGGTCACTGAAttttcatctatgtaacttaagttattcctccaagatccctatgaagtaggaaaatgttttatct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28590814 334 +  48394510 ACATAATATCATCAAGTTGCAAATATTCATATAGAGGGTTGTTTATGCTCACTGGACTATGTTTAGGCAAGAAAAAATGTCTTGAGAAATTTTATAAACCATTTAAGCAATGTGTACAGGAATAAAATGACATTATCCACTAATGTTTAGTTTAACATAAAATTAGATTAACTAGAACATCCTATTCCCAAAGAAATTCAGTCAGTAATGGTTT--------TATAATAACAAGAATTAGAAATATTTATGAAAATTTCTTCTGAGAACGTCACTGAAttttcatctgtgtaacttaagttattcctccaagatccctatgaagtaggaaaatgttttatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27774675 339 +  46489110 ACATAATATCATCAAGTTGCAAATATTCATATAGAGGGTTGTTTATGCTCACTGGACTACGTTTAGGCAAGAAAAAATGTCTTGAGAAATTTTATAAACCATTTAAGCAATGTGTACAGGAATAAAATGACATTATCCACTAATGTTTAGTTTAACATAAAATTAGAATAACTAGAACATCCTATTCCCAAAGAAATGCAGTCAGTAATGGTTTAATGGTTTTATAATAACAAGAATTAGAAAT--TTATGAAAATTTCTTCTGAGAACGTCACTGAATTTTCATCTGCGtaacttaagttattcctcca-gatccctatgaagtaggaaaatgttttatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177707008 58 - 196418989 tcaccacatgacaaagtacatgagcagttaagtatcttaccacaggATATTTTGGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27775014 58 +  46489110 tcaccacatgacaaagtacacgagtagttaagtatcttaccacaggATATTTTGGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=33490.000000
s hg19.chr21     14628774 32 +  48129895 AAAACAACATAATTCTATTTGTTCAGACATTT
s rheMac2.chr3  177707066 32 - 196418989 AAAACAACATAATCCTATTTGTTCAGATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=177213.000000
s hg19.chr21     14628806 86 +  48129895 ACATTTGAATTAATTTACAAATGCATGTAATAAACCAGCTAAGTCATTTTTATAACTCT--GAAAATCCCAAGACTACA--GTGCATTTA
s rheMac2.chr3  177707098 90 - 196418989 ACATTTGAATTAATTTACACATGCATGTAATAAACCATCTAAGTCATTTTTATAACTCTTTAAAAATCCCAAGAGTGCACAATGCCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28591238 90 +  48394510 ACATTTGAATTAATTTACAAATGCATGTAATAAACCATCTAAGTCATTTTTATAACTCTTTAAAAATCCCAAGAGTACACAGTGCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27775104 90 +  46489110 ACATTTGAATTAATTTACAAATGCATGTAATAAACCATCTAAGTCATTTTTATAACTCTTTAAAAATCCCAAGAGTACACAGTGCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177707257 140 - 196418989 TGTACAATTGTGCATACTTATCAGATA-TAACTCTTTCCTTAATCTTTAATAAACTTCATTTTAGAAAATACCTAGCCTCCATCTTTCTTCTTTCAATTGGATCCTTAACTTTATTTTCAGATATAATTGCCTTATGAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28591401 141 +  48394510 TGTATAATTGTGCACACTTATCAGGGATTAACTCTTTCCTTAATCTTTAATAAACTTCATCTTAGAAAATACCTAGCCCCCATCTTTCTTCTTTCAACTGCATCCTTAACTTTACTTTCAGTTATAAGTGCCTTATGAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27775267 141 +  46489110 CGTGTAATTGTGCACACTTATCAGGGATTAACTCTCTCCTTAATCTTTAATAAACTTCATCTTAGAAAATACCTAGCCCGCATCTTTCTTCTTTCAACTGTATCCTTAACTTTATTTTCAGATATAAGTGCCTTATGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=176041.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  177707517 34 - 196418989 ACACAATATATTTTGGACAGCTACAATGCTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14629326 66 +  48129895 TGCAGTGCTAATAACTGCTTTAATCCTTTAGATTTCTTTTAGCCAAAAACAGAGTGATGAGTTCCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27775694 190 +  46489110 CTATACTTAGTCTGTAACTTTGTTTAATATTCTTTCAATAAACTTTTAAGAAATAATCTTAATTTTGAATGTGTTGGTTGTTTTCTAACTCAAGTACGTTGAATAAGTTACGAACAAATACCAGCCCTTTAGCTAAATAATAGACATCTTTCTGGAAAGTGACACTGTTTCCTTCCTCTAAAGATAAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28592012 203 +  48394510 AAAATAATGCATTGAATGTTACACCAAATACCTTACTAAAGAGTTTTACAGAGATATTTCCtgatgtcatagggagggcttcagcttctataataaagaagaatttggttaaaattctaagtttacttagtcaaatgtgtgacctggatccgtgagtctctttccttatctatagggtagggattataatgtatcattttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177707873 203 - 196418989 AAAATAATGCATTGAATGTTACACCAAATACTTTACTAAAGAGTTTTACGGAGATATTTCCtgatgccatagggaggccttcagcttctataataaagaagaatttggttaaaattctaagtttacttagtcaaatgtgtgatctggatctgtgagtctctttcctcatctataggatagggattataatgtatcattttaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63235.000000
s hg19.chr21     14629785 65 +  48129895 ggtagttgtcaagaaccaatgttttaaatatttaaaTAGCCCTATAGAGAACGTGGAGCTTCATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14629850 120 +  48129895 AA--AGAGAAAATATTTCTTTCTTTGTTTTCTATGCCTATAGACTACTCAGACATTGAGTTTATGTATATTTTGTACTTACTATTGAATCACACACTGGCTCATTGCGATATCATTATATCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14629970 39 +  48129895 GAAAGAAGAGACACTAGGAGATAGGGGTAGAGAGAAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 5

a score=-8329.000000
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s panTro2.chr21  27776311 22 +  46489110 AAGGAAtttttttttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177708302  5 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  27776333 293 +  46489110 ttttttttttttgagacggagtctcgccctgtggcccaggctggagtgcgctggcaagatctcagctcactgcaagctctgcctcccaggttcacgccattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcgtccgccaccacgcctggctaattttttgtatttttagtagatacgggatttcaccatgttagccaggatggtctccatgtcctgacctcgtgatctgcccaccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccatgcccagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28592445 293 +  48394510 ttttttttttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgcactggcgcgatctcggctcactgcaagctctgcttcccaggttcacgccattctcctgcctcaggctgccgagtagctgggactacaggtgcccgccaccatgcctggctaattttttgtatttttagtagagatgggatttcaccatgttagccaggatggactcgatctcctgacctcgtgatctgcccgccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccacgcccagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  28592738 30 +  48394510 AAAAGGAATTTTTAATGTTCaataaaataa
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
s rheMac2.chr3  177708307 24 - 196418989 ------AATTTTTAATGTTCAATAAATTAA
i rheMac2.chr3  I 5 I 1

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s panTro2.chr21  27776659 54 +  46489110 aaaaaataCTCTGTTTCCAAGCCCTGTTTTCTAATAGATCACACCTACACTTTT
i panTro2.chr21 I 3 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177708446 71 - 196418989 tggacaattattttaatctttgctgaaacatttccagtgataggTGTAGAACCTCCaattttatttataca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27776773 71 +  46489110 tagacaattattttaatctttgctgaaacatttctagtgataggTGTGGAACCTCCaattttatttataga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27777026 132 +  46489110 TCACTCCTTGCAGCCTTGGTGAGACTCTCTTGGTGGCCTGTGATTGGAGTGACCAGAAGTTAACACTCTATCCCTTGTATAGTCATGATTCCAGGGGCTGGCACAAGAACAAAGCAAAACCATTCTCGGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 11079
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8732
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i panTro2.chr21 C 0 I 8316

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i panTro2.chr21 I 8316 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 8732 C 0
e rheMac2.chr3  177708938 11079 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177708938 11079 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  28604744   338 +  48394510 GGACTTTTCATTAAgacttcgctcacatgcctggtctcttaatggggcagttaaaggctggcctctgattaatgggcttctgtctctctaaatgtagtctcacagcctttccataaagtccccttagcagaaaagtcagactaccctttgagtgtatacagactgcattgcagcttaggtcttctatatatcaaagcagaaactgcaaatcctctttgaagctagatctgaaactggcataacatcattttctctacattcaactgattaaaggcatcacaggtcagtctagttcaagaagaggaaatagttcaaatcttttactggaagattgtgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177708938 11079 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  177708938 11079 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  28606030   228 +  48394510 ctgcaatgaacaatgacatgaagatatctttctgacatgttgatttcacttcctttagatatatacttagtaagtaaatagctgcaacatatagtaattctagttttaattttttgaggatcctctatattgtttttcatagtgggtgcactaatttacattcctaccaacagtatgcaaagattaccttttctccacagccgcacctattgttatcattcatcttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27789505   228 +  46489110 ctgcaatgaacaatgacgtgaagatatctttctgatatgttgatttcacttcctttagatatacacttagtaagtaaatagctgcaacatatagtaattctatttttaattttttgaggatcctctatattgtttttcatagtgggtgcactaatttacattcctaccaacaatgtgcaaagattacattttctccacagccgcacctattgttatcattcatcttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177708938 11079 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 11079 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28607102 159 +  48394510 CAGTCATTTCTGCTTAGCTTCATTTATGCTCATGGTCTCATCATCCACCTCTAGAATGTTTTTAAAATCCTTAATACATTGATGATATTTCTTATTTCTCTTCTCA---TCTGCATTTTATTTCACAGGGCTCTGTGATGATTGTGTGTGTATAGCTAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27790575 158 +  46489110 CAGTCATTTCTGCTCAGCTTCATTTATGCTCATGGTCTCATCATCCACCTCTAGAATGTTTT-AAAATCCTTCATACATTGATGGTATTTCTTATTTCTCTTCTCA---TCTGCATTTTATTTCACAGGGCTCTGTGATGATTGTGTGTGTATAGCTAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=302798.000000
s hg19.chr21     14636069 111 +  48129895 TCCTGTGCAATAGGTTTTATGTATGCATTTTCTGAATTACAACCATGAGAATACTGGAGCCAAGATAATGGGATCCAAAATTGAGAAATCTCAATTCACATTGTTTTGGAT
s panTro2.chr21  27790733 111 +  46489110 TCCTGTGCAATAGGTTTTATGTATGCATTTTCTGAATTACAACCATGAGAATACTGGAGCCAAGATAATGGGATCCAAAATTGACAAATCTCAATTCACATCGTTTTGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28607261 111 +  48394510 TCCTGTGCAATAGGTTTTATGTATGCATTTTCTGAATTACAACCATGAGAATACTGGAGCCAAGATAATGGGATCCAAAATTGACAAATCTCAATTCACATCATTTTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177721016 111 - 196418989 TCTGGTGCAATAGGTTTTATGTATGCCTTTTCTGAATTGCAGCCATGAGAATACTGGAGCCAAGATAACGGGGTCCAAAATTGGCAAATCTCAATTCACATTGTTTTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233675.000000
s hg19.chr21     14636180 185 +  48129895 TCCTTAAAAGGAAAGGACTTACTAAATGTTAGTAGTCTGTACACAATATTTATGCACGATTTGCTAGTTTTGAATTACAGAGAATGGCAGTCAAAAAAGAGGAACATAATCTGTTTGCTATTTTGGTTTCTTCaaatatatgttaaaaattttaaatgaacattctaatgataaaatattttaat
s panTro2.chr21  27790844 185 +  46489110 TCCTTAAAAGGAAAGGACTTAATAAATGTTAGTAATCTGTACACAATATTTATGCACAATTTGCTAGTTTTGAATTATAGAGAATGGCAGTCAAAAAAGGGGAACATAATCTGTTCGTTATTTTGGTTTCTTCaaatatatgttaaaaattttaaatgaacattctaatgataaaatattttaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28607372 185 +  48394510 TCCTTAAAAGGAAAGGACTTAATAAATGTTAGTAGTCTGTACACAATATTTATGCACGATTTGCTAGTTTTGAATTATAGAGAATGGCAGTCAAAAAAGGGGAACATAATCTGTTTGTTATTTTGGTTTCTTCaaatatatgttaaaaattttaaatgaacattctaatgataaaatattttaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177721127 184 - 196418989 TCCTTAAAAGGAAAGGACTTAATAAATGTTAGCATTCTATACACAATATTTATGCACTATTTGTTAGTTTTGAGTTATAGAGAATGGCAGTC-AGAAAGGGGAACGTAATCTGTTTGTTATTTTGGTTTCTTCAAATACATGTTAAAAATTTTAAATGAACATTATAATGATAAGATATTTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=560653.000000
s hg19.chr21     14636365 179 +  48129895 tttaGAAGAGTGTTTTCTTGGGACTTTTaggccctataatgtctcttggaattcaaaagcttttgcataacaatgttttgatgagtttaagtataaatgtaaataaaaaa---ataaggattaaattttctttgacacac--gtgaaaagtttgagaaaaaacatgtttggcaCATATGGTCTA
s panTro2.chr21  27791029 183 +  46489110 tttaGAAGAGTGTTTTCTTGGGACTTTTaggccctataatgtctcttggaattcaaaagcttttgcataataatgttttgatgagtttaggtgtaaatgtaaataaaaaa-taataaggattaaattttctttgacacatatgtgaaaattttgagaaaaaacatgtctggcacatatgttctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28607557 181 +  48394510 tttaGAAGAGTGTTTTCTTGGGACTTTTAGGCCCTATACTGTCtcttggaattcaaaagcttttgcataacaatgttttgatgagtttaagtgcaagtgtaaataaaaaa---ataaggattaaattttctttgacacacatgtgaaaattttgagaaaaaacatgtttggcacatatgcTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177721311 180 - 196418989 TTTAGAAGAGTGTTTTCTTGGGACCTTTaggccctataatgtttcttggaattcaaaa-ctcatgcataacaatattttgatgagtttaagtataaatgtaaataaaaacataataagaattaaattttctttga-acac--gtgaaaattttgagaaaaaacatgtttggcacatatgcTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14636544 89 +  48129895 GAGTCAGCAAAACAGGAACTATCAGCAACTTATCCCAAAGTAGTTCACAAAACACAAAATCCACAATAAAAGGTTATCCAATTCCCCCC
s panTro2.chr21  27791212 89 +  46489110 gAGTCAGCAAAACAGGAACTATGAGCAAATTGTCCCAAAGTAGTTCACAAAACACAAAATCCACAAGAAAAGGATATCCAATTCCCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28607738 89 +  48394510 GAGTCAGCAAAACAGGAACTATTAGCAAATTGTCCCAAAGTAGTTCACAAAACACAAAATCCACAAGAAAAGGGTATCCAATTCCCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  177721491 89 - 196418989 GAGTCAGCAAACCAGGAACTATGAGCATATTGTCCCAAAGTAGTTCATAAAACACAAAATTCACAAGAAAAGGGTATCCAATCCCCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=116959.000000
s hg19.chr21     14636633 200 +  48129895 ACAAAAAAGAGGCCAAACATGTGTATTGTTAAATTAACAGAGGTAGATCCATATATTTTATTTGTTTCCTTGGGAATATAGAATGTCTTAAAAGTTGAATCTCAATAAATCAGTTTTATGCAGTGTTCTGATATGTTATATTCATTTTGCT-TCTAAAACCTTCTAGAATCCTGTATAAGACTAGTTAACCAATTGGGAAC
s panTro2.chr21  27791301 198 +  46489110 GCAAAAAAGAGGACAAAC--GTGTACTACTAAATTAACAGAGGTAGATCCATATATTTTATTTGTTTCCTTGGGAATATAGAATGTCTTAAAAGTTGAATCTCAATAAATCAGTTTTATGCAGTGTTCTGATATGTTATACTCATTTTGCT-TCTAAAACCTTCTAGAATCCTGTATAAGACTAGTTAACCAATTGGGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28607828 200 +  48394510 GCAAAAAAGAGGACAAACATGTGTATTATTAAATTAACAGAGGTAGATCCATATATTTTATTTGTTTCCTTGGGAATATAGAATGTCTTAAAAGTTGAATCTCAATAAATCAGTTTTATGCAGTGTTCTGATATGTTATACTCATTTTGCT-TCTAAAACCTTCTAGAATCCTGTATAAGACTAGTTAACCAATTGGGAAC
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  177721580 193 - 196418989 --ATAAAAGAGGCCAAACATGTATATTATTAA--TAACAACAGTAAATCCGTATAC----TTTGTTTCCTTGGAAATATAGAGTATCTTACAAGTTGAATCTCAATTAACCAGTTTTATGCAATGTTCTGATATATTATACTCATTTTCCTAAAAAAAAACTTCGAGAATCCTGTATAAGACCAGTTAACCAATTGGGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72441.000000
s hg19.chr21     14636833 53 +  48129895 AATGTTAGCAAATATTTCcacacacacacacacacacacacacacatgcacac
s panTro2.chr21  27791499 53 +  46489110 AATGTTAGCAAATATTTCcacacacacacacacacacacacacacacacacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28608028 53 +  48394510 AATGTTAGCAAATATTTacacacacgcacacacacacacacacacacacacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177721773 49 - 196418989 AGTGTTAGTAAATGTTTacacacacagacacacacacacacaaacacac----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-15330.000000
s hg19.chr21     14636886 21 +  48129895 acacacaG----AGATGACCAGAAT
s panTro2.chr21  27791552 25 +  46489110 acacacacgcacaGATGGCCAGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28608081 21 +  48394510 acacacac----aGATGGCCAGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177721822 13 - 196418989 ------------aGAAGGCCAGAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=379357.000000
s hg19.chr21     14636907 213 +  48129895 TTTGCTTAAACATCTTTCTATTGCAGTCAAAACTATTCCTTCGTAGAG-AAACTAATGTGTATATTTTTAATAACAGGTTTATATTATTGAAATGACTGTCACACATGCTGACCCAGATGCTGTGGGGACAATAGCAGTCCTACAGTTGTACAGAAATTAGAAAGGAATGAAATATTTGATATCAAATATGAACTTGGTTGTACTTGTTGTTGC
s panTro2.chr21  27791577 210 +  46489110 TTTGCTTAAACATCTTTCTATTGCAGTCAGAACTATTCCTTCGTAGAG-AAACTAATGTGTATATTTTTAATAACAGGTTTATATTATTGAAATGACTGTCACACATGCTGACCCAGATGCTGTGGGGACAATAGCAGTCCTACAGTTGTACAGAATTTAGAAAGGAATGAAATATTTTATATCAAATATGAACTTGGTTGTACTTGTTG---C
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28608102 214 +  48394510 TTTGCTTAAACATCTTTCTATTGCAGTCAGAACTATTTCTTCATAGAGAAAACTAATGTGTATATTTTTAATAACAGGTTTATATTATTGAAATGATTGTCACACATGCTGACCCAGATGCTGTGGGGACAACAGCAGTCCTACAGTTGTACAGAATTTAGAAAGGAATGAAATATTTGATATCAAACATGAACTTGGTTGTACTTGTTGTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177721835 212 - 196418989 TTTGCTTAAATGTCTTTCTATTGCAGTCAGAACTATTCCTTAATCGAG-AAACTCGTGTGTATATTTTTAATAACAGGTTTATATTCTTGAAATGACTGTCACACA-GCTGAGCCAGATGCCATGGGGACAATATCAGTTCTACAGTTGTACAGAATTTAGAAAGGAAAGAAATATTTGCTATCAAACATGAACTTGGTTGTACTTGTTGTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405368.000000
s hg19.chr21     14637120 131 +  48129895 AATAGATGAACTTAATTTGAAGCCAAAAGTGTATTTCAATTCCCTTATTTCCTAACACAAAGTAAAAGAGGCAGATAGATACTGTCATATAAGAACAAGATTGACCAAAATGGTCTTAACCAGAAGGGTTA
s panTro2.chr21  27791787 131 +  46489110 AATAGATGAACTTAATTTAAAGCCAAAAGCATATTTCAATTCCCTTATTTCCTAACACAAAGTAAAAGAGGCAGATGGATACTGTCATATAAGAACAAGTTTGACCAAAATGGTCTTAACTGGAAGGTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28608316 126 +  48394510 AATAGATGAACTTA-----AAGCCAAAAGTGTATTTCAATTCCCTTATTTCCTAACACAAAGTAAAAGAGGCAGATGGATACTGTCATATAAGAACAAGTTTGACCAAAATGGTCTTAATCAGAAGGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177722047 131 - 196418989 AATAGATGAACTTAATTTAAAGCCAAAAGTGCATTTCAATTCCCTTATTTCCTAACACAAAATAAAAGAGGCAGATGGATACTGTCATATAAGAACAAGTTTGACCAACATGGTCTTAACCGGAAGGTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=267188.000000
s hg19.chr21     14637251 72 +  48129895 TGATAGTAAATTAAATTAAATGTAAACAACCAAATGAAACTGAATGTTCTGCCAGAAGCAGCAAAAATATAT
s panTro2.chr21  27791918 72 +  46489110 TGATAATAAATTAAATTAAATGTAAACAACCAAATGAAACTAAATGTTCTGCCAGAAGCAGCAAAAATATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28608442 72 +  48394510 TGATAATAAATTAAATTAAATGTAAACAACCAAATGAAACTGAATGTTCTGCCAGAAGCAGCAAAAATATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177722178 72 - 196418989 TGATAATAAATTAAATTAAATGTAAACAACCAAATGAAACAGAATGTTCTGCCAGAAGCAGCAAAAATATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=478429.000000
s hg19.chr21     14637323 331 +  48129895 CTCAGAGTAATAAACCATAACATCTTCAGGAAAGTTCCCAGGGCAATAGTTTTAATTCTCCCAGCAGGTACTACCTATATTATAATAAAGGGTTATTTTCTAGCATGAAGTTTATAATTTGTAACTGCTAATGAATCAGGTTATATTTGCCAGTTTCATCCAGTAAgttgctgttgttgttgctgttgctgttcttgttattTTATGAACATAGCATTGGAGAGAGAAGTTAGAAAATGGGTGCTTATGACTAAAACACATTTTAAGGTCAGTTCACTTCAAGACAGCAAAATGGATTCAAGATCTTCTTTAAAATGAAGAATtgttttag
s panTro2.chr21  27791990 320 +  46489110 CTCAGAGTAATAAACCATAACATCTTCAGGAAAGTTCCCAGGGAAACAGTCTTAATTCTCTCAGCAGGTACTACCTATATTA-----AAGGGTTTTTTTCTAGCATGAAGTTTATAATTTGTAACTGCTAATGAATCAGATTATATTTGCCAGGTTCATCCAGTAAATTGCTGTTGTTGTTGCTGTT------CTTGTTATTTTATGAACATAGCATTGGAGAGAGAAGTTAGAAAATGGGTGCTTATGACCAAAACACATTTTAAGGTCAGTTCACTTCAAGACAGCAAAATGGATTCAAGATCTTCTTTAAAATGAGGAATtattttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28608514 331 +  48394510 CTCAGAGTAATAAACCATAACATCTTCAGGAAAGTTCCCAGGGAAATAGTCTTAATTCTCTCAGCAGGTACTACCTATATTATAATAAAGGGTTATTTTCTAGCATGAAGTTTATAATTTGTAACTGCTAATGAATCAGATTATATTTGCCAGGTTCGTCCAATAAAttgctgttgttgttgctgttgctattcttgttattTTATGAACATAGCATTGGAGAGAGAAGTTAGAAAATGGGTGCTTATGACTAAAACACATTTGAAGGTTAGTTCACTTCAAGACAGCAAAATGGATTCAAGATCTTCTTTAAAATGAGGAATtgttttag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177722250 323 - 196418989 CT--GAGTAATAAACTATAACGTCTTCAGGAAAGTTCCCAGGGAAATAGTCTTAACTCTCTCAGCAGAGACTACCTATATTATAATAATGGGTTTTTTCCTAGCATGAAGTTTATAATTTGTAACTGCTAATGAATCAGATTCTTTTTGCCAGATTCATCCAGTAAAttgttgttgctgttgttgtt------cttgttattTTATGAACACAGCATTGGAGAGAGAAGTTAGAAAGTGGGTGCTTACGACCAAAACACATTTTAAGGTCAGTTCACTTAAAGACAGCAAAAAGGATTCAAGATCTTCTTTAAAATGAGGAATCGTTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 M 134

a score=64547.000000
s hg19.chr21     14637654 265 +  48129895 tctgctttgctgttgctatgacagaatacctgagactg---------aaaagaagagaaatttattt----gagttctaaaaaaaaaaaaaaaatagtcgaagttccaggggctcatatctggtgagggccttcttgctgcatcatcc-----aagaaggcagaagggaaagaaaggatataagagcgaaaatgcaaaagagggccaagcttgcttttataacaagcccactcttgcaatgattaacccattcctgtgagaccaacattaatccattgatgag
s panTro2.chr21  27792310 274 +  46489110 tctgctttgctgttgctacagcaggatacctgagactgggtagtttaaaaagaggagaaatttatttcttagagttctaaaaaaaaaa--------gtcgaagttccaggggctcatatctggtgagggccttcttgc-gcctcatcccatggaagaaggcagaagggaaagaaaggatgtaagagtgaaaatgcaaaagagggccaagcttgctttcataacaagcccactcttgcaataattaacccattcctgtgagaccaacattaatccattgatgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28608845 274 +  48394510 tctgctttgctgttgctatagcagaatacctgagattgggtagtttaaaaagaagagaaatttgtttcttagagttctaaaaaaaaat--------gtcgaaggtccaggggctcatatctggtgagggccttcttgc-gcatcatcccatggaagaaggcagaagggaaagaaaggacgtaagagtgaaaatgcaaaagagggccaagcttgcttttataacaagcccactcttgcaataattaacccattcctgtgagaccaacattaatccattgatgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177722573 134 - 196418989 M

a score=61045.000000
s hg19.chr21     14637919 115 +  48129895 gtctctgccctcatgacctaatcacttcttactagaccctactttccaataccgttgcattaggggttaagcttctaacacatgaattatgggagagacattcaaaccatagcaG
s rheMac2.chr3  177722707 115 - 196418989 GTCTCTgccctcatgacctaatcacttcttactagaccctaccttccaacactgttgcattaggggttaagtttctaacacatgaattatgggagagacattcaaaccatagcaG
i rheMac2.chr3  M 134 C 0
s ponAbe2.chr21  28609119 115 +  48394510 gtctctgccctcatgacctaatcacttcctgctagaccctactttccaactctgctgcattaggggttaagtttctaacacatgaattatgggagagacattcaaaccatagcaG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27792584 115 +  46489110 gtctctgccgtcatgacctaatcacttcctactagaccctactttccaaccctgttgcattaggggttaagtttctaacacatgaattatgggagagacattcaaaccatagcaG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42528.000000
s hg19.chr21     14638034 37 +  48129895 GAGTCTCTTTTTCTAATTATTGCCGATTTTCAAAAGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=212289.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=232771.000000
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s rheMac2.chr3  177723021 221 - 196418989 tcctgtgttggggctcaggaatcattaatttgtagagTCACGTTTGGAAGCTACTGCCTTCAAAGATATAGAAAGGAGGGAATTATCTATTACTTTTCCTCAGGATCTTTTCTGAATTTG-ACATATTTGGGGTAGGACAAACATCACATATCTTCAAGGGAGAATTATAGTATAAACATCATGAACAGGTGCCTGCCCAAGATTGTTCTCTCCTGCCTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=156322.000000
s hg19.chr21     14638462 144 +  48129895 TTTACTTGATGCTACTTATAATCCAGATGCTTATGCAAAGATGCTTGTGGGTTTAGGAACCATTTATAGAGAACAAAGAGAAagaactaatatatagagaatacattatgcatcagatacttattacttttatgtaccttatat
s rheMac2.chr3  177723242 143 - 196418989 TTTACTTGATGCTACTTGTAGTTCAGATGCTTATGCAAAGATGCTTATGGGTTTAGGAACCATTTGCAGAGAACAAAGAGAAAGAACTAATAGATACAGAATAAATTATGCATGAGAtacttattac-tttaggtaccttatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14638606 140 +  48129895 aagtaaaacctc-catcacacatactacaatgcaccattagtattactcacattgtacaaatgaggatttcaacggagagaa---tgagacattcaaactaggccatgaggcatgcaaatggcacagctgggattcaaacttag
s rheMac2.chr3  177723385 144 - 196418989 aagtaaaacctctcatcacacatactagaatgcatcattagtattattcacattgtatgaatgaggatttcaatggagagaagaatgagacatttgaactaggtcataaggcatgcaaatggcacagctgggattcaaacttag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28609807 143 +  48394510 aagtaaaacctc-catcacacatactagaatgcatcatttgtattattcacattgtacgaatgaggatttcaacggagagaagaatgagacattcaaactaggccatgaggcatgcaaatggcacagctgggattcaaacttag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27793260 143 +  46489110 aagtaaaacctc-catcacacatactggaatgcatcattagtattattcacattgtacgaatgaggatttcaacggagagaagaatgagacattcaaactaggccatgaggcatgcaaatggcacagctaggattcaaacttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=34745.000000
s hg19.chr21     14638746 179 +  48129895 ctccaactcttccaaaAATAGCAGGAGAGACAGAATCTGTTTGATTTCTTTTACCTTTCAATATCTACAATATGAATATACTGGTCAAATATAATGAAACTTCATTTATTAGATACAGTTGGGGGAGAGACAGGCAGATCTTTTCTAATACACTGGGAAATCTGAAATATGTGTTCACC
s rheMac2.chr3  177723529 179 - 196418989 ctcCAACTCTTCTAAAAATAGCAGGAGAATCAAAATCTCTTTCAGGTCTTTTACCTTTCAATATCTACAATATGAATATACTGGTCAAATATAATGAAATCTCATTTATTAGATACAGTTGGGGGAGAGACAGGCATATCTTTTCTTATACATTGAGAAATCTGAAATATGTGATCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28609950 174 +  48394510 ctccaactcttccaaaAATAGCAGGAGAGTTAGAATCTGTTTCATTTCTTTTACCTTTCAATATCTACAATATGAATATACTGGTCAAATATAATGAAACTTCATTTATTAGATACA-----GGGAGAGACAGGCATATCTTTTCTAATACATTGGGAAATCTGAAATATGTGATCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27793403 179 +  46489110 ctccaactcttccaaaAATAGCAGGAGAGTCAGAATCTGTTTCATTTCTTTTACCTTTCAATATCTGCAATATGAATATACTGGTCAAATATAATGAAACTTCATTTATTAGATACAGTTGGGGGAGAGACAGGCATATCTTTTCTAATACATTGGGAAATCTGAAATATGTGATCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14638925 46 +  48129895 GGAATAAGAGATCTGCATGATACCACAGTCTCCATCTGATGTAGTT
s rheMac2.chr3  177723708 46 - 196418989 AGAATAAGGGATCTGCATGATACCACAGTCTCCATCTGATGTAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=87130.000000
s hg19.chr21     14638971 59 +  48129895 TAATTTTAGGAAATGTATGATCAATGTGTCAATGTTCTGATTCTCTCTTATTATGAATT
s rheMac2.chr3  177723754 59 - 196418989 TAATTTTAGGAAATGTATGATCAATATGTCAATGTTCTGATTCTCTCTTATTATGAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28610170 59 +  48394510 TAATTTTAGGAAATGTATGATCAATGTGTCAATGTTCTGATTCTCTCTTATTATGAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=53719.000000
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s rheMac2.chr3  177723813 79 - 196418989 TATCAGAGTATTAATAGTTGAATCATTAAAATCCTAAGCCTTGATTTAGCATCTTGTACTTATTACTAGCTTATAGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27793687 79 +  46489110 TATCATAGTATTAATAGTTGAATCATTAAAATCCTAAGCCTTGATTTAGCATCTTGTATTTATTAATTGCTTTTAGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=139909.000000
s hg19.chr21     14639109 133 +  48129895 ATTTCAAGAAAGCAAAGTGCTTCATTTATTGAAGAAAATCTACAAAACAGTTATTTTTTAAAATTGAAGATTGCAAAATTGTTAAATATAT-AATATAGTTGTTGCCTTTATTTGCTTCTTCCATAAATGTGAT
s rheMac2.chr3  177723892 131 - 196418989 ATTTCAAGAA---AAAGCGCGTCATTTATTGAAGAAAATCTACAAAACAGTTATTTTTAAAAACTGAAGATTGCAAAATTGTTAAATATATAAACATAGTTGTTGCCTTTATTTACTTCTTCCATAAATATGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27793766 133 +  46489110 ATTTCAAGAAAGCAAAGTGCTTCATTTATTGAAGAAAATCTACAAAACAGTTATTTTTTAAAATTGAAGATTGCAAAATTGTTAAATATAT-AATATAGTTGTTACCTTTATTTGCTTCTTCCATAAATGTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177724023 61 - 196418989 TTTTATGAGATGTTTCACAAAAAAAAATTCTGGAATTTGAAGCAAAGCACTATTTGTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28610441 59 +  48394510 TTTTATGAGATGTTTCAT--AAAAATATTCTGGAATTTGAAGCAAAGCACTATATGTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27793899 59 +  46489110 TTTTATGAGATGTTTCAT--AAAAATATTCTGGAATTCAAAGCAAATCACTATACATAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=126556.000000
s hg19.chr21     14639299 158 +  48129895 TTACAAGCAAGTGGAAGGCAAGATGTTTCAATAGTTTTGTACTCAGCCATTTATGACCAACTCCAACGGTCATTGCAATCTTGGCATTTCAGAGAAAAGGAAAATGTTTCTGTCCATACTGGCCCTTTACTTTTTCTAGTCATTTATTCAACAACATT
s rheMac2.chr3  177724084 156 - 196418989 TTACAAGCAGGTGGAAGGCAAGATGGTTCAATACTTTTGTACTCAGACATTCATGACCAACTCCAATGGTCATTGCAATCTTGGTATTTCACAGAAAAGGAAAGTGTTTCTGTCCATACTGGCCCTTTAC-TTTTCTAGTTATTTATTCAACAACAT-
i rheMac2.chr3  C 0 I 10
s ponAbe2.chr21  28610500 157 +  48394510 TTACAAGCAAGTGGAAGGCAAGATGTTTCAATAGTTTTGTACTCAGCCATTTATGACCAACTCCAACGGTCATTGCAATCTTGGCATTTCAGAGAAAAGGAAAATGTTTCTGTCCATACCAGCCCTTTACTTTTTCCAGTCATTTATTCAACAACAT-
i ponAbe2.chr21 C 0 I 10
s panTro2.chr21  27793958 157 +  46489110 TTACAAGCAAGTGGAAGGCAAGATGTTTCAACAGTTTTGTACTCAGCCATTTATGACCAACTCCAACGGTCATTGCAATCTTGGCATTTCAGAGAAAACGAAAATGTTTCTGTCCATACTGGCCCTTTACTTTTTCTAGTCATTTATTCAACAACAT-
i panTro2.chr21 C 0 I 10

a score=-15375.000000
s hg19.chr21     14639457 18 +  48129895 GAACAAGTTGTTCAATGT
e rheMac2.chr3  177724240 10 - 196418989 I
e panTro2.chr21  27794115 10 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  28610657 10 +  48394510 I

a score=15610.000000
s hg19.chr21     14639475 48 +  48129895 TGATGAACATTGTTAATTAAACATTGAACAAGTAGCTATTGGCTTACT
s panTro2.chr21  27794125 39 +  46489110 ---------CTGTTAATTAAACATTGAACAAGTAGCTATTGGCTTACT
i panTro2.chr21 I 10 C 0
s ponAbe2.chr21  28610667 39 +  48394510 ---------CTGTTAATTAAACATTGAACAAGTAGCTATTGGCTTACT
i ponAbe2.chr21 I 10 C 0
s rheMac2.chr3  177724250 39 - 196418989 ---------CTGTTAATTCAACATTGAACAAGTAGCTATTGGTTTACT
i rheMac2.chr3  I 10 C 0

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s panTro2.chr21  27794164 244 +  46489110 TGG-AAAAAGCCTGGGGGTCAACTTTACACACTGGACTTCTATAAATTCTGTGAAAAGAAAAATCAGATCTCATTTATTTTAAGCTCAATTTCATCAATCACAGGGTCTGGCATGAAACTAAGGCTCTTCTAACACTCGGTAAATAAATGAGCAAGTGTGCTGGTGGGTCCTTCTGTGAATGGTATTTTTTTTCTATTCATTCTATTTATTCCACTCTTCA-CAATTCCCGAAGAAGAGACGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28610706 244 +  48394510 TGG-AAAAAGCCTGGAGGTCAACTTTACACACTGGACTTCTATAAATTCTGTGAAAAGAAAAATCAGATCTCATTTATTTTAAGCTCAATTTCATCAATCACAGGGTCTGGCATGAAACTAAGGCTCTTCTAACACTAGGTAAATAAATGAGCAAGTGTGCTGGTGGGTCCTTCTGTGAATGGTATTTTTTTTCTATTCTTTCTATATATTCCACTCTTCA-CAATTCCCAAACAAGAGACGTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177724289 246 - 196418989 TGGAAAAAAGCCTCAAGGTCAACTTTACACACTGGACTTCTATAAATTCTGTGAAAAGAAAAATCAGATCTCATTTATTTTAAGCTCAATTTCATCAATCACAGGGTCTGGCGTGAAACTAAGGCTCTTCTAACACTCAGTAAATGAATGAGCAAGTGTGCTGGTGGGTCCTTCTGTGAATGGTATTTTTTTTCTATTCATTCTGTATATTCCACTCCTCACCAATTCCCAAACAAGAGACGTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177724535 43 - 196418989 TTCCCCCTTTCGAATGAGTCAATGCAATGAGACATCACTTTAT
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s ponAbe2.chr21  28610950 43 +  48394510 TTCTCCCTTTTGAATGAGTCAATGCAATGAGATATCACTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27794408 43 +  46489110 TTCTCCCTTTTGAATGAGTCAATGCAATGAGATATCACTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=111175.000000
s hg19.chr21     14639810 53 +  48129895 AAAATAACCTTGAAGACAAATTTAAATGTTCTTTCTTTTAAAATGTAGATATC
s rheMac2.chr3  177724579 53 - 196418989 AAAATAACCTTGAAGACAAATTTAAATGTTCTTTCTTTTAAAATGTAGCTATC
i rheMac2.chr3  I 1 I 2
s ponAbe2.chr21  28610993 53 +  48394510 AAAATAACCTTGAAGACAAATTTAAATGTTCTTTCTTTTAAAATGTAGATATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27794451 53 +  46489110 AAAATAACCTTGAAGACAAATTTAAATGTTCTTTCTATTAAAATGTAGATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=17911.000000
s hg19.chr21     14639863 62 +  48129895 ggccaggcacggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggtgggcggatc
s panTro2.chr21  27794504 62 +  46489110 ggccaggcgcagtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggtgggcggatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28611046 62 +  48394510 ggccaggcgcggtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggctgaggtgggcagatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177724632  2 - 196418989 I

a score=51083.000000
s hg19.chr21     14639925 202 +  48129895 acgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacgatgaaacctcgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcatagtggcgggcgcctgtagtcccagctactcgggaggctgggtcaggagaattgcgtgaaccctggaggcggagcttgcagtgagccgagattgcgccactgcactccagcctgggcgaca
s ponAbe2.chr21  28611108 202 +  48394510 acgaggtcaggagatcgaaaccatcctggctaacacgatgaaactccgtctctactaaaaacacaaaaaattagtcaggcgtggtggcgggcgcccgtagtcccagctactcaagaggctgaggcaggagaattgcgtgaaccccggagacggtgcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27794566 202 +  46489110 acgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacatcctgaaaccccgtctctactaaaaacacaaaaagttagtcaggcatggtggcgggcgcctgtagtcccagctacccgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaaccccagagacggagcttgcagtgaaccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177724632   2 - 196418989 I

a score=-4226.000000
s hg19.chr21     14640127 73 +  48129895 cagtgagactccatctcaaataaataaataaataaataaataaataaataaat---aaataaataaaAACTAAAAA
s panTro2.chr21  27794768 63 +  46489110 gagcgagactccgtctca---aaataaataaataaataaataaataaataaat----aataaat------taaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177724632  2 - 196418989 I

a score=8258.000000
s hg19.chr21     14640200 21 +  48129895 ATTAAAATGTAGATATCACAG
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i panTro2.chr21 C 0 I 1
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a score=256578.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27794853 125 +  46489110 GGAAAAAAAGGGCAGTATGAAAAGTCCTAGGCCCTTCAGATGAAAATGAGGATAAGATAATATGAAATACCTGAACAACTTGCTTTTTCAATGGGGACATAATCACATCATAAGATGCAGATGTG-
i panTro2.chr21 I 1 I 1

a score=101049.000000
s hg19.chr21     14640347 28 +  48129895 TTTCAGTTGTTGTTTTGGTTTTTGACAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177724760 28 - 196418989 TTTCGGTTGTTGTTTTGGCTTTTGACAT
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e panTro2.chr21  27794978  1 +  46489110 I

a score=72570.000000
s hg19.chr21     14640375 48 +  48129895 GTGCAAAGAACACACAGGCACCAGGTAAAATAACCATAACTGCTACTT
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i panTro2.chr21 I 1 I 21372
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i ponAbe2.chr21 C 0 T 46618
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a score=25793.000000
s hg19.chr21     14640423 23 +  48129895 AATATAAACAAATCCATTTTCTG
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i ponAbe2.chr21 T 46618 C 0
s panTro2.chrUn  50809457 23 -  58616431 AATATAAACAAATCCATTTTCTG
i panTro2.chrUn I 13196 C 0

a score=223840.000000
s hg19.chr21     14640446 122 +  48129895 TCTCTTCTTCCTTTAATTACATTATTATCCATTGGTCAAAGCAATATGAACCAATTCTAGTAGAAATTACATTGAAAGCTCCAATGAAATGGGATTTTCTTGGGAGTCACCCAATAAATAGA
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s panTro2.chrUn  50809480 122 -  58616431 TCTATTCTTCCTTTAATTACATTATTATCCATTGGTCAAAGCAATATGAACCAATTCTAGTAGAAATTACACTGAAAGCTCCAATGAAATAGGATTTTCTTGGGAGTCACTCAAGAAATAGA
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a score=47173.000000
s hg19.chr21     14640568 36 +  48129895 TTTTCTGAGCAGAGGTTTACACTTATGTATGGTACT
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s ponAbe2.chr21  28565119 36 +  48394510 TTCTCTGAGCAGAGGTTTACACTTATGTATGGTACT
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a score=172548.000000
s hg19.chr21     14640604 74 +  48129895 AATAAAGATTATCTGCAATAAGATTGGCAATGACAAATTGCCTACTATAGTAATAGTTTCATTATATAGAATTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28567164 194 +  48394510 TTATAAATCA----ttttttttcctagacagggtctgactctgttgcccaggctggagtgcagtggtaagatc-tcggctcactgctacctctacctcctgggttcaagcaattctcctagcctcagcctcccgagtagtggggactctggagcacgccaccattcctggcctg--atatatatattttagtagag--acaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  28567845 30 +  48394510 -----TTACAGGGGAGGCAAGCAAGAAACACATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50812337 30 -  58616431 -----TTACAGGGGAAGCAAGCCAGAAACACATTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177733952 35 - 196418989 CCCTATTACAGGGGAAACAAGCAAGAAACACATTT
i rheMac2.chr3  T 68 C 0

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s rheMac2.chr3  177733987 33 - 196418989 TGTTCTTGTGAAAGACTTAATGGGAGGAAAAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177734027 29 - 196418989 ---------GAAAGCCCTAATCTGACCTTCAAACAAAA
i rheMac2.chr3  I 7 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50812736 104 -  58616431 AGCTGGACTCTATATAAATTCTAACATTTCAATATATTTTACATTGCCTGTATCTTGAAATAATACTTTAGCTACTGAGGATTGTCATTTATTGATAAGGCTAT
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s rheMac2.chr3  177734448 38 - 196418989 ATCTGATATAGGAACTTACACTATTAAAAAAAACAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28568338 37 +  48394510 ATCTGATTTAGGAACTTGGACTATTAAAAAAA-TAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50812840 38 -  58616431 CTCTGATTTAGGAACTTAGACTATTAAAAAAAATAGAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28568375 41 +  48394510 GAAATGTTGAGCTGAAAAAAATATAAACTTTTCTCAAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     14644010 302 +  48129895 AATATGTCCATTTGATTGACTACCTGGTTTCACTTTATTCAAAAGACAATTATTTTCTATAAATCTATATATGTTTGTAATTTATATGAAAGCTTTAGAAAATAATTTATACTGATTATATATAAGTAGCTACAGTGttaaaatttctattatattattttactttttaaaataatttGTATCTGATTTATGGTGTCCAAGACTTAAGATGAGAATTTAGTGAATTATATTTATGTCATACAGAAAAGCAAAAAAGATAAATATATAAATAAATGATAAGATATAAGATATTCTAGTCATgg
s rheMac2.chr3  177734527 292 - 196418989 AAGATGTCCATTTGATTGACTACATGGTTTCACCTTATTCAAAGGACAATGATTTTCTATTAATCTATGTAAGTTTGTAATTTATATGAAAATTTTAGAAAATAATTTGTACTGATCATATATAAGTAGCTACAGTGTTAACATTTCTATTATATTATTTTACTGTTTAAAATAATTTGTATCTGATTTACGGTGTCCACAACTTAAGATGAGAATTTAGTGAATTATATTTATCTCATTCAGAACAGCAAAAA--------ATATAAATAAATGATGGCATAT--GATTTTCTAGTCATgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28568416 297 +  48394510 AATATGTCCATTTGATTGACTATATGGTTTCACTTTATTCAAAGGACAATTATTTTCTATAAATCTATGTATGTTAGTAATTTATATGAAAGTTTTAGAAAATAATTTATACTGATCATATATAAGTAGCTACAGTGttaaaatttctattatattattttactttttaaaataatttGTATCTGATTTATGGTGTGCAAGACT-----TGAGAATTTGGTGAATTATATTTATGTCATACAGAACAGCAAAAAAGATAAATATAAAAATAAATGATGAGATATAAGATATTCTAGTCACgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50812919 300 -  58616431 AATATGTCCATTTGATCGACTACCTGGTTTCACTTTATTCAAAGGACAATTATTTTCTATAAATCTATAT--GTTTGTAATTTATATGAAAGTTTTAGAAAATAATTTATATTGATCATATATAAGTAGCTACAGTGttaaaatttctattatattattttactttttaaaataatttGTATCTGATTTATCGTGTCCAAGACTTATAATGAGAATTTAGTGAATTATATTTATGTCATACAGAACAGCAAAAAAGATAAATATATAAATAAATGATAAGATATAAGATATTCTAGTCATga
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=29382.000000
s hg19.chr21     14644312 69 +  48129895 ctgggcatggtggctcatgcctataataccagcacttcgggaggccaaggcggttggatcacctgaggt
s panTro2.chrUn  50813219 69 -  58616431 ctgggcacggtggctcatgcctataataccagcacttcgggaggccaaggtgggtggatcacctgaggt
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28568713 69 +  48394510 ctgggtgcggtggctcacgcctggaataccagcacttccagaggctgaggcggttggatcacctgaggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177734819 69 - 196418989 ctgggcatggtgactcctgtctataataccagcactttgggaggccaaggcggttggatcacctgaggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=29548.000000
s hg19.chr21     14644381 57 +  48129895 cgggagttcgagaccagcctgaccaacatggtgaaactccgtctctactaaaaatac
s rheMac2.chr3  177734888 57 - 196418989 caggagttcaagaccagcctggccatcatggtgaaaccccatctctactaaaaatac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177734945 90 - 196418989 aaaaattacccaggcatggtggcagatgcctgtaatcccagctactcaggaggctgagacaggagaatcacttgaacctgggaggtggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     14644772 46 +  48129895 GAATGTGTTAATAAACCTTTCTGAAGCCATCTTAGTTAATGGCCAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28569222 104 +  48394510 tcagaagtagaatctgaacacaagatttgagagcaag---aacaataaagaagttctgccaaaagaaaccactcagaaagtgtaggaaacacaactggaaaaaacaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  28569708 170 +  48394510 CAC---CTACCCCAGAACCATTCACCACTGCTAACAACAACCACCATCACTGACACAACCACCTGTAGCTCTCTTACCCTTTGCTGATTTAGCCTGATATTATTAAAGTGTTTACCTTTACACTATGCACTTTTAACTATTAGAATGATTATTGGTTTTAGCCAGCCATATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50814209 169 -  58616431 CAC---CTACCCCAGAACCATTcaccactgct-acaaccaccaccattactgacaccaccaccTGTAGCTCTCTTACCCTTTGCTGATTTAGCCTGATATTATTAAAGCATTTACCTTTACACTATGCACTTTTAACTCTTAGAATGATTACTGGTTTTAGCCAGCCATATAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=174866.000000
s hg19.chr21     14645469 133 +  48129895 ATGGCATTTTCCTTCACAGTGGTTAGTTTAGAAGTTAGCAAGAAACTTAATCTTCTTGATTTTTCAAGGAAAATGTATCCATATTTTCCACCCTAAT-----AAAAAAAAACTGCACAGAAGAAAATATTCTTCATGA
s rheMac2.chr3  177735992 132 - 196418989 ATGGCGTTTTCTTTCACAGTGGTTAGTTTAGAAGTTAGCAAGAAACTTAATCCTCTTGATTTTTCAGGGAAAATGTGTCCACATTTTCCA-CCTAAT-----AAAAAAAAACTGCACAGCAGAAAATATTCTTCACGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28569878 138 +  48394510 ATGGCATTTTCCTTCACAGTGGTTAGTTTAGAAGTTAGCAAGACACTTAATCCTCTTGATTTTTCAGGGAAAATGTATCCACATTTTCCACCCTAATTAAAAAAAAAAAAACTGCACAGAAGAAAATATTCTTCATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50814378 132 -  58616431 ATGGCATTTTCCTTCACAGTGGTTAGTTTAGAAGTTAGCAAGAAACTTAATCTTCTTGATTTTTCAAGGAAAATGTATCCACATTTTCCCTCCTACT-----AAAAAAAA-CTGCACAGAAGAAAATATTCTTCATGA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=225930.000000
s hg19.chr21     14645602 244 +  48129895 CAACATCACTATGCCTGCATGCATTGACAGAAATTACTAAGGTCATGTTGCCATCATAAGTGGCAACAAAATAGACAGTCTATAGATAGCAAAGTAAATCATGGAAAGCCACAAAGGTTTGGGTGAGACTTCTGGGCCACTGTAACCTCCACAGAGCTGGATTTTTATTAAGCAAATAAAAAA-ACTAAATAGTTGTCAGTTGGGTCTTCTGTGTTAGAAAATGCATTTTTATTAATATaataat
s rheMac2.chr3  177736124 245 - 196418989 CAACATCATTATGCCTGCATGCATTGACAGAAATTACTAAGGCCATATTGCCATCAAAAGTGGCAATAAAAAATACAGTCTGTAGGTAGCAAAGTAAATCATGGAAAACCACAAAGGTTTGGGTGAGATTTCTGGGCCACTGTAACCTCCCCAGAGCTGGATTTCTATTAGGCAAATAAAAAATACTAAATAATTGTCAATTGGGTCTTCTGTGTTAGCAAAAGCATTTTTATTAATGTaataat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28570016 244 +  48394510 CAACAGCATTATGCCTGCATGCATTGACAGAAATTACTAAGGTCATGTTGCCATCATAAGTGGCAACAAAATATACAGTCTGTAGATAGCAAAGTAAATCATGGAAAGCCACAAAGATTTGGGTAAGATTTCTGGGCCACTGTAACCTCCCCAGAGCTGGATTTTTATTAAGCAAATAAAAAA-ACTAAATAATTGTCAGTTGGGTCTTCTGTGTTAGCAAATGCatttttattaatataataat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50814510 244 -  58616431 CAACATCATTATGCCTGCATGCATTGACAGAAATTACTAAGGCCATGTTGCCATCATAAGTGGCAACAAAATATACAGTCTATAGATAGCAAAGTAAATCATGGAAAGCCACAAAGGTTTGGGTGAGACTTCTGGGCCACTGTAACCTCCGCAGAGCTGGATTTTTATTAAGCAAATAAAAAA-ACTAAATAATTGTCAGTTGGGTCTTCTGTGTTAGCAAATGCATTTTTATTAATATaataat
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=7988.000000
s hg19.chr21     14645846 61 +  48129895 agctctcaagctattggcctttataaagagcttacaatgtgccagctatatttataagtac
s rheMac2.chr3  177736369 61 - 196418989 agctatcaagctattggactttataaagagcctacaatgtgccagctatatttagaagtac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28570260 61 +  48394510 aGCTATCAAGCTATTGGCCtttataaagagcccacaatgtgccagctatatttataagtag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50814754 61 -  58616431 agctatcaagctattggcctttataaagagcctacaatgtgccagctatatttataagtac
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=189304.000000
s hg19.chr21     14645907 75 +  48129895 tttacatatatcaattcattCTGGTGAAAGAGAACACATCCCACAGCTACTAATAAATATCATAATTGTCACATA
s rheMac2.chr3  177736430 75 - 196418989 tttatatatatcaattcattCTGGTGAAAGAGAACACATCCCATAGCTGCTAATAAATATCATAATTGTCACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28570321 75 +  48394510 tttacacatatcaattcattCTGGTGAAAGAGAACACATCCCATAGCTGCTAATAAATATCATAATTGTCACATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50814815 75 -  58616431 tttacatatatcaattcattCTGGTGAAAGAGAACACATCCCAAAGCTGCTAATAAATATCATAATTGTCACATA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=70272.000000
s hg19.chr21     14645982 105 +  48129895 TAATCAAGTTATTTGGCTCGTATTGAAGACGTTAAAATTATGTTGTGTTGCTCACTGAAGTTACTATACATTATCACTACTACTTCCAGCAAAAACTATAGGGAG
s rheMac2.chr3  177736505 103 - 196418989 TAGTCAAGGTATTTGGCT--TATTGAAAACATTCAAATTACGTTGTGTTGCTCACTAAAGTTACTATACATTATCACTACTGCTTCCAGCAAAAACTATAGCGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28570396 105 +  48394510 TAATCAAGATATTTGGCTTTTATTGAAAACGTTCATATTATGTTGTGTTGCTCACTAAAGTTACTATACATTATCACTACTATTTCCAGCAAAAACTATAGGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50814890 102 -  58616431 TAACCA---TATTTGGCTCCTATTGAAAATGTTCAAATTATGTTGTGTTGCTCACTGAAGTTACTATAAATTATCACTACTACTTCCAGCAAAAACTATAGGGAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=177659.000000
s hg19.chr21     14646087 235 +  48129895 GAAACAGCAGA----------TTATGTTTAAGTAATGTAAATAGCCATCTTAGTAAAATACTTACATAATATGTGTTTTTGATTTTCTTAATAATAGTCTTGTGCAGAAAAACATT-TTATAATTTATAAGAATACTAAATTAACTATTGAAAACATTTGTATGTCTTTTTTTATCTCCTATATTTTTCCAGGCAATATTAGCAGAATACTACCCACAAAGTTTTCTAAGCCATATCAAACATATC
s rheMac2.chr3  177736608 245 - 196418989 GAAACAGCAGATTATATGATTTTATGTTTAAGTAATGTAAATAGCCATCTTAATAAAATAATTACATAACATGTCTTTTTGATTTTCTTAATAATCATCTTGTGCAGAAAAAAAGTATTATAATTTATAAGAATACTAAACTAACTATTGAAAACATTTGTATGTCGTTTTTCATCTCCTATATTTTTCTAGGCAATATTAGCAGAACACTACCCAGAAAGATTTCCAGGCCATATC-AACATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  28570501 235 +  48394510 GAAACAGCAGA----------TTATGTTTAAGTAATGTAAATAGCCATCTTAGTAAAATACTTACATAATATGTGTTTTTTATTTTCTTAATAATAGTCTTGTGCAGAAAAACTTT-GTATAATTTATAAGAATACTAAACTAACTATTGAAAACATTTGTATATCTTTTTTCATCTCGTATATTTTTCCAGGCAATATTAGCAGAATACTACCCAGAAAGTTTTCTAAGCCATATCAAACATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 52143
s panTro2.chrUn  50814992 234 -  58616431 GAAACAGCAGA----------TTATGTTTAAGTAATGTAAATAGCCATCTTAGTAAAATACTTACATAATATGTGTTTTTGATTTTCTTAATAATAGTCTTGTGCAGAAAAACTTT-TTATAATTTATAAGAATACTAAACTAACTATTGAAAACATTTGTATGTCTTTTTTCATCTCCTATATTTTTCCAGGCAATATTAGCAGAATACTACCCACAAAGTTT-CTAAGCCATATCAAACATATC
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=17478.000000
s hg19.chr21     14646322 45 +  48129895 AATATGTTTGTGAAATCAAAGCACAAAAATTCAAATTTCTGATAT
s panTro2.chrUn  50815226 43 -  58616431 AAT--GCTTGTGAAATCAAAGCACAAAAATGCAAATTTCTGATAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28622879 45 +  48394510 AATATGTTTGTGAAATCAAAGCACAAAAATTCAAATTTCTGATAT
i ponAbe2.chr21 I 52143 C 0
s rheMac2.chr3  177736854 44 - 196418989 AATATGTTTGTGAAATC-AAGCACAAAAATTCAAATTTCTGGTAT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=-47000.000000
s hg19.chr21     14646367 22 +  48129895 TTAATATATAAAGTGTATCTAT
s panTro2.chrUn  50815269 22 -  58616431 TTAATATATAAAGTGTATCTAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28622924 22 +  48394510 TTAATATACAAAGTATATCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177736898 22 - 196418989 GTAATGTAAAAAGTGTATCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-58905.000000
s hg19.chr21     14646389 61 +  48129895 ACAATTTATAATTTGATAAATTTTACATGCTTATTCTTTCTCTGAATGTATTACATAATTA
s panTro2.chrUn  50815291 61 -  58616431 ACAATTTATAATTTGATAAATTTTACATGCTTATTCTTTCTCTGAATGTATTACATAATTA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28622946 61 +  48394510 ACAATTTATAATTTGATAAATTGTACATGCTTATTCTTTCTCTGAATGTATTACATAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177736920 61 - 196418989 ACAATTTATAATTTGATAAATTTTACATGCTTATTCTTTCTCTGAATGTATTACATAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-13537.000000
s hg19.chr21     14646450 21 +  48129895 CATGAGATAAATTAACTCATA
s panTro2.chrUn  50815352 21 -  58616431 CATGAGATATATTAACTCATA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623007 21 +  48394510 CATGAGATATATTGGCTCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177736981 21 - 196418989 CATGAGATATATTGACTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=37280.000000
s hg19.chr21     14646471 26 +  48129895 TGCTATAATACTTCATTTAAGGATAG
s panTro2.chrUn  50815373 26 -  58616431 TGCTATAATACTTCATTTAAGAATAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623028 26 +  48394510 TGCTATAATATTTCATTTAAGAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177737002 26 - 196418989 GGCTATAATATTTCATTTAAGAATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20338.000000
s hg19.chr21     14646497 18 +  48129895 TGTCCTCTTCAAAATTGA
s panTro2.chrUn  50815399 18 -  58616431 TGTCCTCTTCAAAATCGA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623054 18 +  48394510 TGTCCTCTTCAAAATCGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177737028 18 - 196418989 TGTCCTCTTCAAAATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=326029.000000
s hg19.chr21     14646515 187 +  48129895 TTTGGGGATACTTACAGCTTGATTTAGCTCAACTGAATAAATGAAAATCTTAGCAGTTTCATTGTTGCTACATCCAATGAGAAAAACTATCCAGTATGGTACCTTTGCCTGCTATTATTCTTCTCTATTTATCTTTATTAGTATTCTAGAGTTATTAAGAATAGATTATAATTGAAATACGAGAAGT
s panTro2.chrUn  50815417 187 -  58616431 TTTGGGAATACTTACAGCTTGATTTGGCTCAACTGAATAAATGAAAATCTTAGAAGTTTCATTGTTGTTAGATCCAATGAGAAAAACTATCCAGTATGGTACCTTTGCCTGCTATTATTCTTCTCTATTTATCTTTATTAGTATTCTAGAGTTATTAAGAATAGATTATAATTGAAATACGAGAAGT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623072 187 +  48394510 TTTGGGAATACTTAAAGCTTGATTTAGCTCAGCTGAATAAATGAAAATCTTAGAAGGGTCATTGTTGCTAGATCCAATGAGAAAAACTATCCAGTATGGTACCTTTGCCTGCTATTGTTCTTCTCTATTTATCTTTATTAGTATTCTAGAATTATTAAGAATAGATTATAGTTGAAATACGAGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177737046 187 - 196418989 TTTAGGAATACTTAAAGCTTGATTTACCTCAACCAAATAAATGAAAATCTTAGCAGTGTCATTGTTGCTAGATCCAATAAGAAAAACTATCCAGTCTGGTACCTTTGGCTGCTGTTATTCTTCTCTATTTATCTTTATTAGTATTCTAGAGTTATTAAGAATAGATTATAGTTGAAATACGAGAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78994.000000
s hg19.chr21     14646702 31 +  48129895 CCTGGGAAAA-CTTCATGGGCAGCCACCTAAC
s panTro2.chrUn  50815604 31 -  58616431 CCTGGGAAAA-CTTCATGGGCAGCCACCTAAC
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623259 31 +  48394510 CCTGGGAAAA-CTTCATGGGCAGCCACCTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177737233 32 - 196418989 CCTGGGAAAAGCTTCATGGGCAGACACCTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=9044.000000
s hg19.chr21     14646733 26 +  48129895 CACTTTTTTTATATTCTACCGGA-ACT
s panTro2.chrUn  50815635 26 -  58616431 CACTTTTTTTATATTCTACCGGA-ACT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623290 26 +  48394510 CACTTTTTTTATATTCTACTAAA-ACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177737265 26 - 196418989 CAC-TTTTTTATATTCTTCCTGAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=675.000000
s hg19.chr21     14646759 25 +  48129895 GGCTTTAAGGAAGAACAATCAAAGT
s panTro2.chrUn  50815661 25 -  58616431 GGCTTTAAGGAAGAACAATCAGAGT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623316 25 +  48394510 GGCTTTAAGGAAGAACAATCAGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177737291 25 - 196418989 GGCTTTAAGGAAGAACAATCAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=18675.000000
s hg19.chr21     14646784 70 +  48129895 ACATACTTTAATTACAAGCAGAAGAACAGAGTAACTTTAG------GATATTCAAT-TTTTTTAAATTCTAGTCTTT
s panTro2.chrUn  50815686 76 -  58616431 ACATACTTTAATTACAAGCAGAAGAACAGAGTAACTTTAACTTTATGATATTCAAT-TTTTTTAAATTCTAATCTTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623341 77 +  48394510 ACATACTTTAATTATAGGCATAAGAACAGAGTAACTTTAACTTTACGATATTCAAGATTTTTTTTATTCTAATCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177737316 39 - 196418989 ACATACTTTAATTAGAGGTGGAAGAACAGAGTAACTTTA--------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1034

a score=21302.000000
s hg19.chr21     14646854 50 +  48129895 ATGTGACCCTGCAAATTTGAATTCAggctgggtgtggtggctcacgcctg
s panTro2.chrUn  50815762 50 -  58616431 ATGTGACCCTGCAAATTTGAATTCAggctgggtgtggtggctcatgcctg
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623418 50 +  48394510 ATGTGACCCTGCAAATTTGAACTCAggctgggtgtggtggctcacgcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177738389 50 - 196418989 ATGTGACCCTGGAAATGTGAATTCAggctgagtgtggtggctcatgcctg
i rheMac2.chr3  I 1034 C 0

a score=72768.000000
s hg19.chr21     14646904 92 +  48129895 taatcccagcactttaggaagcccaggtgggtggatcccctgaggtcaggaattcaagaccaacctggtcaacatggcgaaaccctgtctct
s rheMac2.chr3  177738439 92 - 196418989 taattccagcactttaggaagcccaggtgggtggatcccctaaggtcacgagttcaagaccaacctggtcaacatggtgaaaccctgtctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623468 92 +  48394510 taatcccagcactttaggaagcccaggtgggtggatcccctgaggtcagcagttcaagaccaacctggtcaacatggtgaaaccctgtctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50815812 92 -  58616431 taatcccagcactttaggaagcccaggtgggtggatcccctgaggtcaggaattcaagaccaacctcgtcaacatggcgaaaccctgtctct
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=90076.000000
s hg19.chr21     14646996 101 +  48129895 attaaaaatgcaaaaattagctgggcacagtggcacgtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggaggatcacttgaacatgggaggcagag
s rheMac2.chr3  177738531 101 - 196418989 attaaaaatacaaaaattagttgggtgcggtggcatgtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggaggatcacttgaacatgggaggcagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623560 101 +  48394510 attaaaaatacaaaaattagctgggagctgtggcgtgtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggaggatcacttgaacatgggaggcagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50815904 101 -  58616431 attaaaaatgcaaaaattagctgggcatggtggcacgtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggaggatcacttgaacatgggaggcagag
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=27290.000000
s hg19.chr21     14647097 59 +  48129895 attgcagtgagctcagatcatgccactgcactccagcctgggaaacagagcaagactcc
s panTro2.chrUn  50816005 59 -  58616431 attgcagtgagctcagatcatgccactgcactccagcctgggaaacagagcgagactcc
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623661 59 +  48394510 attgcagtgagctcagatcatgccaccgcactccagcctgggaagcagagtgagactcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177738632 55 - 196418989 attgcagtgagctcagatcacgccattgcactccagcctgggaaacag----agattcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1555.000000
s hg19.chr21     14647156 17 +  48129895 atctcaaaaaaaaaaa------G
s rheMac2.chr3  177738687 23 - 196418989 atctcaaaaaaaaaaaaaaaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623720 15 +  48394510 atct--aaaaaaaaaa------g
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50816064 18 -  58616431 atctcaaaaaaaaaaa-----ag
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=62373.000000
s hg19.chr21     14647173 115 +  48129895 TAAGataaaataaataaataaataaaGTAAATTCATCTTTCTGAGAGTTAAAGCTAATGTCtataaatttttattgataattaataatatttatCTGTGACTTCATAAAGAGTTA
s panTro2.chrUn  50816082 115 -  58616431 taaaataaaataaaTAAATAAATAAAGTAAATTCATCTTTCTGAGAGTTAAAGCTAATGTCtataaatttttattgataattaataatatttatCTGTGACTTCATAAAGAGTTA
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623735 115 +  48394510 taaaataaaataaaTAAGTAAATAAAGTGAATTCATCTTTCTGAAAGTTAAAGCCAATGTCTATAAATTTTGATTGATAATTAATAATATTTATCTGTGACTTCATAAAGAGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177738710 115 - 196418989 taaaataaaaTAAATAAATAAATAAAGTGAATTCATCCTTCTGAGAGTTAAAGCTAATGTCTGTAAATTTTGATTGATAATTAATAATATTTATCTGTGACTTCATAAAGAGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83592.000000
s hg19.chr21     14647288 132 +  48129895 AAGGATGAATATAAAAGAATATGATTGCCTTAGTGTGTGAATCTCATGTGGTAAGCACACTTGACAAATGTTAGATCCTCTCAGTTA-TTTTTTTCTTTGTGACTCAGAGCCCACAGTAGGTGGAAATACCAA
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623850 133 +  48394510 AAGGATGAATATAAAAGAATATGATTGCCTTAGTGTGTGAATCTCATGTGGTAAGCACACTTGATAAATGTTAGATACTGTCAATTATTTTTTTTCTTTGTGACTCAGAGCCCACAGTAGGTGGAAATACCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28623983 42 +  48394510 TACCAAATTACCCTACGGAGACTAAAAACAGGACTAAAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177738956 42 - 196418989 TTCCAAATTACCCTATTGAGACTAAAAATAGGACTAAAGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177739104 116 - 196418989 AAAAGATAAATGTTTAAATAAATGTTATTATATATGTTTATCCAAAATACTCGAGGACAGAGTAGAACTTTCACAGAGGAGGAATTTTCCCAAGGTGGTAAAGTGCAGTGTGCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14647684 310 +  48129895 GCAAAGGGCTGCAGGTTCAGTAGCATAGAAGGGCTAAACAGTGGTGAGAGTGTTGAACATTCTCGTGTAGCTGACACATAAATTGTAAATGGGATGTGAGACAATAAAAGCAAAGGGTAGGCTTTGAAAGTGAGGGCCAAACTTCAAAAATCTTGTATGAAATAAGATAATAATTAATAATAATGGTTGACATACAGATTTCAAATGGCACTCCAAGGCACTATGTCTTGGAGTATCAAATTTAGTTTAAGACTGAGAGTAGGATTATACGAGTAGGAGATGCATCATATTCACATGAAAATAAAGAGAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28624246 310 +  48394510 GCAGAGGGCTGCAGGGACAGTAGTATAGACGGGCTAAACAGTGGTGAGAGTGTTGAACATTCTCGCGTAGCTGACACATAAACTGTTAATGGGATGTGAGACAAGAAAAGCAAAGGCCAGGCTTTGAAAGTGAGGGCCAAACTTCAAAAATCTTGTATGaaataaaataataattaataaCAATGGTTGACATACGGATTTCAAATGGCACTCCAAGGCACTATGTCTTGGAGTATCAAATTTAGTTTAAGATTGAGAGTAGGATTATATGAGTAGGAGATGCATCATATTCACATGAAAATAAAGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50816593 310 -  58616431 GCAGAGGGCTGCAGGGACAGTAGCATAGAAGGGCTAAACAGTGGTGAGAGTGTTGAACATTCTCGTGTAGCTGAAACATAAACTGTAAATGGGATGTGAGACAAGAAAAGCAGAGGCTAGGCTTTGAAAGTGAGGGCCAAACTTCAAAAATCTTGTATGaaataaaataaaaattaataataatGGTTGACATATGGATTTCAAATGGCACTCCAAGGCACTATGTCTTGGAGTATCAAATATAGTTCAAGATTGAGAGTAGGATTATATGAGTAGGAGATGCATCATATTCACATGAAAATAAAGAGAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177739528 68 - 196418989 ACACTGAGGAACAGAAAGAGAAATTAACTTGAAAAGTTAGTATGAGACTTCAGAGAATTGTAAGTACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14648058 31 +  48129895 ACAGTTATAGAaggtaatcatcacccttact
s rheMac2.chr3  177739596 31 - 196418989 ACAACTATAGAAGGCAATCATCACCTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s hg19.chr21     14648089 234 +  48129895 gataaatgaaaaaactaaatttcgatggtcaagataattttcccaggattatgtaacagacaagtcagagaatgggaaatttacctatctaagctttgttttttccaaaacgctgcactgAATGTTAAGAAAATAAATTTTTAGACAAAAGTAGCAAGTCATTTGAGCATTTAAAATAGCTAAAAGCTACAATcacacagacacacat----acacacacacacacaT-CCAACAACAA
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28624651 232 +  48394510 gataagtgaagaaactcaatttagatggtcaagataattttcccaggattatgtaactgacaagtcagagcatgggaaatttacctatctaagctttgttttttccaaaacgctgcactaTATGTTAAGAAAATAAATTTTTAGACAAAAGTAGCAAGTCATTTGAGCATTTAAAATAGCTAAAAGCTACAATcacacagacacacat------acacacacacacaT-CCAACAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177739627 233 - 196418989 GATAAATGAAGAAATTAAATTTAGGTGATCAAGATAATTTTCCCAGGATTATGTAACTGACAAGTCAGAAAATGGGAAATTTACTTATCTAAACCTTGTTTTTTCTAAAACAATCTACTATATATTAAGAAAATAAATTTTTAGACAAAAGTAGCAAGTCATTTGAGCATTTAAAATAGCTAAAAGCTACAATCAGacacacacacac------acacacacacacaTCCCCACAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28624883 114 +  48394510 GGAAGGTAGAGGTATTCTGGCATTTGAAATTATCCTAGTAAGAAATGATAAAGGTCTGAAATACTGTAGAATTATTTCCCTTTACTGTCAGAGGCTAAATTGATCTTGGAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50817236 114 -  58616431 GGAAGGTAGAGGTATTTTGGCATTTGAAATTATCCTAGTAAGAAATGATAAAGGTCTGAAATAGTGTAGAATTATTTCCCTTTACTGTCAGAGGCTAAATTGATCTTGGAAACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50817377 146 -  58616431 CATTATTAAGTGTTTATAAGGTATATGTGAATAAATCACATAGTTACTTTTAAAGGTAACTCATGCTGGTGAAAAGATATGGAGAGGCAAAAAAGCCAATGTTTTAAAGTTTTAATATATTTTTAAGTGTATGAAGCAACCAATTT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 T 52151
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177740144 268 - 196418989 ATTTTGATATAATCAGTGGTGAAAGTAATGCCATCAAGCATTAGTGGAGGCTTTTAATTAGAATCATGTGCTATGTAAAGCTGTTGGACAGAGTTTAAAGGATCAGAATGTTGGAGGATAT-AAAAAAAATGGCAAATGCCCAGTTGCTTTTGTAAGCGGTTTTAAATTAAAGCAGCAAACCTTTTAAAGCATCACACAGTGGGCAGAATGAAAATGAAAGCTAATTAACCTGAATTATTTTTCAGTTGTACAGCTTTGCAATAATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28573017 269 +  48394510 ATTTTGATATAATCAGTGGTGAAAGTAATGCCATCAAGCATTCGTGGAGGCTTTTAATTAGAATCATGTGCTATGTAAAGCTGTTGGACAGAGTTTAAAGGATCAGAATGTTGGAGGATATAAAAAAAAATGGCAAATAGCCAGTTGCTTTTGTAAGGGATTTTAAATTAAAGCAGCAAACCTTTTAAAGCATCACACAGTGGGCAAAATGAAAATGAAAGCTAATTAACCTGAATTATTTTTCAGTTGTACAATTTTGCAATAATCTT
i ponAbe2.chr21 T 52151 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28573286 181 +  48394510 CCATGGAGTTCATGACCAGAGGATGTCTAGACCTTGAGAAGTATT---------------TGAAGAAGGGGTGAAGGTAGGAGCCAAGGCAACCATCTGAAACAGCTGGCCTGCCT----GGACATGTCTGAGCCAGATGTCCACTTCTGGTCCAGGGTTAGAATTATGTATAAAATCAGGTACTGGGAACAATTTATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 52273
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177740597 38 - 196418989 ATGTTAAAAAGTTGTGTGTGTATGAATGGATGTATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 52273 I 10
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177740635  5 - 196418989 TGTGT------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 10 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50818076 175 -  58616431 agatactttgatagcatgtttcaaaagccttaaaattcatatcattttacacattatttcaattcttactaatttatattaaagatatcattagagtgaatatgagtatttattaccatactgtttattgacattttatttataataataaaacattccaataattttaattgtt
i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 485
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177741062 391 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 I 485 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177741912 171 - 196418989 CTTTCTAAACATCTAAAGAATGTGTCAAGCATaaagattagtctatctcattgaagtatggagaagtaactagagagtagagaggttagtggggaggctaattaataggttgtcatgtcagtacaagtgagaggacaagtctagcttgcactaggatgctgacatcagaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1022868.000000
s hg19.chr21     14652687 740 +  48129895  
s rheMac2.chr3  177742083 738 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28577284 734 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 I 51840
s panTro2.chrUn  50821574 739 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=54100.000000
s hg19.chr21     14653427 44 +  48129895 CTGAATTGCACCTTTCCTAAAAAATATAATGACCTTTGTGTTTG
s rheMac2.chr3  177742821 44 - 196418989 CTGAATTTCACCTTTCCTAAAAAATATAATAACCTTTGTGTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28629858 42 +  48394510 CTGAATTGCACC-TTCCTAAAAAATATAAT-ACCTTTGTGTTTG
i ponAbe2.chr21 I 51840 C 0
s panTro2.chrUn  50822313 44 -  58616431 CTGAATTGCACCTTTCCTAAAAAATATAATGACCTTTGTGTTTG
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=56955.000000
s hg19.chr21     14653471 36 +  48129895 TGTGTGAAAGTAATGTATAAATTCCTGGAGTTAAAA
s rheMac2.chr3  177742865 36 - 196418989 TGTGTGAAAGTGATGTATAAATTCCTGGAATTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28629900 36 +  48394510 TGTGTGAAAGTAATGTATAAATTCCTGGAGTTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50822357 36 -  58616431 TGTGTGAAAGTAATGTATAAATTCCTGGAGTTAAAA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=203786.000000
s hg19.chr21     14653507 205 +  48129895 GAAACTAACAAAAAAGAAGTAATTCAATCTGGGAAATCAAAAGCTGATGTATATGTGTGTGGATAAGTGTGGAGTGACAGGAGTTAGAAGTAGGGGAGGCATATCCGCATCTGTGGAAAGGGACTTCCAGTCATATCAATTGAAGGAAAGTTTGGAGGAAAGCTTTGGAGCTCTATTCCTGTCTTTTGATATTAACTTAAGAGGA
s rheMac2.chr3  177742901 203 - 196418989 CAAACTAACAAAAAGTAAGTAATTCAATCTGAGAAATCAAAAGCTGATGTATATGTGTGTGGGTAAGTGTGGAGTGATGGAAGTTAGAAGTAGGGGAGGCGTATCAGCATCTGTGGAAAGGGACTTCCAGTCATATCAATTGAAGGAAAGTTTGGAGGAAAGCTTTGGAGCTCTATTCCTGTCTCTTGATATTAACTT--GAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28629936 203 +  48394510 CAAACTAAC-AAAAAGAAGTAATTCAATCTGGGAAATCAAAC-CTGATGTATATGTGTGTGGGTAAGTGCGGAGTGACAGGAGTTAGAAGTAGGGGAGGCGTATCAGCATCTGTGGAAAGGGACTTCCAGTTATATCAATTGAAGGAAAGTTTGGAGGAAAGCTTTGGAGCTCTATTCCTGTCTTTTGATACTAACTTAAGAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50822393 203 -  58616431 CAAACTAACAAAAAAAAAGTAATTCAATCTGGGAAATCAAAAGCTGATGTATA--TGTGTGGATAAGTGTGGAGTGACAGGAGTTAGAAGTAGGGGAGGCATATCAGCATCTGTGGAAAGGGACTTCCAGTCATATCAATTGAAGGAAAGTTTGGAAGAAAGCTTTGGAGCTCTATTCCTGTCTTTTGATATTAACTTGAGAGGA
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=31671.000000
s hg19.chr21     14653712 31 +  48129895 TTATTGCCCTTCCATTCATTACGGAAATCCT
s panTro2.chrUn  50822596 31 -  58616431 TTATTGCCCTTCCATTCATTACGGAAATCCT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28630139 31 +  48394510 TAATTGCCCTTCCATTCATTATGGAAATCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177743104 31 - 196418989 TAATTGCCCTTTCATTCATTATGGAAATCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177411.000000
s hg19.chr21     14653743 189 +  48129895 AAGCAAGAGGCCAGGTTGCTCAATGATACTGAGTAAAACTAGGACAGCATAGTAACATTAATGTATTAATGTAGTAAGGAGCTGATACCAACCACACCAGAATAATAAGTTTTCCTTCTGTGAGTTTTCCTTTCCATCCCATTATCCTTTCAATCTCAAAGATAATGGAGTGGAAGGGGGGAAGCTAAG
s rheMac2.chr3  177743135 189 - 196418989 AAGCAAGAGGCTAGGTTGCTGAAGGATACTGAGTAAAACTAAGACAGCATAATAACATTAATGTATCAGTGTAGTAAGGAGCTGACACCGACCACACCAGAATAACAAGTTTTCCTTCTGTGAGTTTTCCTTTCCATCCCATTATCCTTTCAGTCTCAAAGATAATGGGGTGGAGCAGGGGAAGCTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28630170 189 +  48394510 AAACAAGAGGCCAGGTTGCTCAATGATACTGAGTAAAACTAGGACAGCATAATAACATTAATACCTTAATGTAGTAAGGAGCTGATACCAACCATACGAGAATAACAAGTTTTCCTTCTGTGAGTTTTCCTTTCCTTCCCATTATCCTTTCAATCTCAAAGATAATGGGATGGAGGGGGGGAAGCTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50822627 189 -  58616431 AAGCAAGAGGCCAGGTTGCTCAATGATACTGAGTAAAACTAGGACAGCATAATAACATTAATGTATTAATGTAGTAAGGAGCTGATACCAACCACACCAGAATAACAAGTTTTCCTTCTGTGAGTTTTCCTTTCCATCCCGTTATCCTTTCAATCTCAAAGATAATGGAGTGGAAGGGGGGAAGCTAAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=336877.000000
s hg19.chr21     14653932 298 +  48129895 AAGATATTCTCCTCTCTCAGTCTGGTCCCAGGGAGGAAAAACTTTTGATATTTGTATGTATGGGGTCTTCTCTGATACAGTA-TATagaaaagagcaagaaaagctgaggtaggtataaagattaaatgaacagcattgcagttgccacagtaatgtcagccactcccataaggaattctagagccctttagagatatcactaattgaggccagggagccaggcctttgaatgctgcaatgaccaattattgtacaccaatcactggacacagagaaagagatgggatagttcccttag
s rheMac2.chr3  177743324 298 - 196418989 AAGATATTCTCCTCTCTCAGTCTGGTCCCAGGGAGGAAACACTTTTGATATTTGTATGTATGGGGTCCTCTCTGATACAGTA-TCTAGAAAAGAGCAAGTAAAGCTAGGGTAGGTATAAAGATTAAATGAACAGCATTGCAGTTGCCACAGTAATGTCAGCCAGTCCCAAAAGGAATTCTAGAGCCCTTTAGAGATATCACTAATTGAGACCAGGGAGTCAGGCCTTTGAATGCAGCAATGACCAATTATTGGACACCAATCACTGGACACAGGGAAAGAGATGGGACAGTTCCCTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28630359 260 +  48394510 AAGATATTCTCCTCTCTCAGTTGGGTCCCAGGGAGGAAAAACTTTTGATATTTGTATGTATGGGGTCTTCTCTGATACAGTATTCTAGAAAAGAGCAAGAAAAGCTGAGGTAGGTATAAAGATTAAATGAACAGCATTGCAGTTGCCACAGTAGTGTCAGCCAGTCCCAAAAGGAATTCTAGAGCCCTTTAGAGATATCACTAATTGAGACCAGGGAGCCAGG---------------------------------------ACTGGACACAGGGAAAGAGATGGGATAGTTCCCTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50822816 298 -  58616431 AAGATATTCTCCTCTCTCAGTCTGGTCCCAGGGAGGAAAAACTTTTGATATTTATATATATGGGGTCTTCTCTGATACAGTA-TCTAGAAAAGAGCAAGAAAAGCTGAGGTAGGTATAAAGATTAAATGAACAGCATTGCAGTTGCCACAGTAATGTCAGCCACTCCCATAAGGAATTCTAGAGCCCTTTAGAGATATCACTAATTGAGACCAGGGAGCCAGGCCTTTGAATGCTGCAATGACCAATTATTGGACATCAATCACTGGACACAGGGAAAGAGATGGGATAGTTCCCTTAG
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=162493.000000
s hg19.chr21     14654230 164 +  48129895 gttgagatcaatttctgacaagggatgcaggcaacactgccagtagataagaaaataagggcccccatcctgaaggatgacataaacagcacctcaTTATAACCAATACATTTTCTTTCAGGTTACTCTTTTCTTTCAAAGAAATGTAAGGTGAGTATtgtcca
s rheMac2.chr3  177743622 164 - 196418989 GTTGAGAACAATTTCTGACAAGGGATGCAGGCAACACTGCCGGTAGCTAAGAAAATAAGAGCCCCCATCCTGAAGGATGACATAAACTGCACCTCATAATAACCACTACATTTTCTTTCAGGTTACTCTTTTCTTTTAAAGAAATGTAAGGTGAGTATtgtcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28630619 164 +  48394510 GTTGAGAACAATTTCTGACAAGGGATGCAGGCAACACTGCCAGTAGGTAAGAAAATAAGGGCCCCCATCCTGAAGGATGACATAAACAGCACCTCATTATAACCACTACATTTTCTTTCAGGTTACTCTTTTCTTTCAAAGAAATGTAAGGTGAGTATtatcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50823114 164 -  58616431 GTTGAGAACAATTTCTGACAAGGGATGCAGGCAACACTGCCAGTAGGTAAGAAAATAAGGGCCCCCATCCCGAAGGATGACATAAACAGCACCTCATTATAACCACTACATTTTCTTTCAGGTTACTCTTTTCTTTCAAAGAAATGTAAGGTGAGTATtgtcca
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=687195.000000
s hg19.chr21     14654394 1410 +  48129895  
s rheMac2.chr3  177743786 1420 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28630783 1398 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 M 640
s panTro2.chrUn  50823278 1408 -  58616431  
i panTro2.chrUn C 0 C 0

a score=99289.000000
s hg19.chr21     14655804 405 +  48129895 tagaggcttggaa---------gtatgggtgggtagggagaagttggctaagtcatacaaaattacagctagatatgaggaataagttctagtgctctatagcactgtagggagaatatagttaaaagtagtttattatatattttt--aaaagctagaagagagaatttcgaatgttccccaaactgttatgagtatgctaattatctttatttatcttgattaccttaattggatcattacacattgtacccgtgtattgaaatatcactagatgccagaaatattatttaggttggtgcaaaagtaattgtggttttgggctgtgaattttaaatcattataactaggctcaaacacatctttattaatcaaaataggagtcattataatcaacacatttttgccaacaaaaa
s panTro2.chrUn  50824686 415 -  58616431 tagaggcttggaagtatagggggtatgggtgggtagggagaagttggctaagtcatacaaaattacagctagatatgaggaataagttctagtgctctatagcactgcagggagaatatagttaaaagtagtttattatatattttt-gaaaagctagaagagagaatttcaaatgttccccaaactgttatgagtatgctaattatctttatttatcttgattaccttaattggatcattacacattgtacccatgtattgaaatatcactagatgccataaatatgATttaggttggtgcaaaagtaattgtggttttgggctgtgaattttaaatcattataactaggcttaaacacatctttattaaccaaaataggagtcattataatcaacacatttttgccaacaaaaa
i panTro2.chrUn C 0 I 4
s rheMac2.chr3  177745206 416 - 196418989 tagaggcttggaagtgtagcgggtatgggaggatagggagaagttggctaaatgatacaaaattacagctagatatgaggagtaagttctagtgctctatagcactgtaaggagaatatagttaaaagtagtttattatatattttttgaaaagccagaagagagaagtttgaatgttccaaaaactgttatgaatatgctaattatctttattaatcttgattaccttaattggattattacacattgtacacatgtattgaaatatcactagatgccacaaatacgtattaggttggtgcaaaagtaattgcgacctggggctatgaattgaaaatcattataattaggcttgaacatatctttattaatcaaagtaggagccattataatcaacacatttttgtcaacaagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28632181 640 +  48394510 M

a score=62273.000000
s hg19.chr21     14656209 236 +  48129895 attagtttgcttattcctgtagcataaaaatatgtgcttcggaattcgacaaactcttggaaagcattttctgcatcctgctggttgtgggagaattttccctgcaaaaagttgtcgacatgcttgaagaagtggtagttggttggagggaggtaaggtgaatatggcagaaaaggcaaagctttgtagcccaattcgttcaacttttgaagcattggttgtgcaacatgtggtca
s panTro2.chr21  27816390 236 +  46489110 ataagtttgcttattcctgtagcataaaaatatgtgcttcgggattcgacaaactcttggaaagcattttctgcatcctgctggttgtggaagcattttccctgcaaaaagttgtcgagatgcttgaagaagtggtagttggttggagggaggtaaggtgaatatggtggaaaaggcaaagctttgtagcccaattcgttcaacttttgaagcgttggttgtgtaacatgtggtca
i panTro2.chr21 I 21372 C 0
s rheMac2.chr3  177745622 236 - 196418989 ataagtttgtttattgttgtagcataaaaatatgtgcttcaggattcgacaaactcttggaaagcattttctgtatcttgctggttgtggaagcattttccctgcaaaaagttgtcgagatgcttgaagaagtggtagttggttggagggagataaggtgaatatggcggaaaaggcaaagctttgtagcccaattcgttcaacttttgaagcgttggttgtgcaacatgtggtca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28632181 640 +  48394510 M

a score=362566.000000
s hg19.chr21     14656445 746 +  48129895  
s rheMac2.chr3  177745858 752 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28632828 747 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 M 640 C 0
s panTro2.chr21  27816626 748 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=17926.000000
s hg19.chr21     14657191 50 +  48129895 taaaataaatatcaaacaaacagcaagtaataagtcattagcaagaaaac
s panTro2.chr21  27817374 50 +  46489110 taaaataaatatcgaacaaacagcaagtaataagtcgttagcaagaaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28633575 50 +  48394510 taaaataaatagcaaacaaacagcaagtaataagtaattagcaagaaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177746610 46 - 196418989 taaaataaacataaaacaaacagcaagtaataagtcattagccaga----
i rheMac2.chr3  C 0 I 15

a score=65089.000000
s hg19.chr21     14657241 140 +  48129895 atgaagc-aaaaaatgcccattaaaacactatataacataagcacattaatttaagaatgtattccaatatcaaatggcaaattccaacagtgaaaaagccgcaattacgtttgcaccaacataataaaattattacatgt
s panTro2.chr21  27817424 140 +  46489110 ataaagc-aaaaaatgcccattaaaacactatgtaacataaccacattaatttaagaatgtattccaatatcaaatggcaaattccaacagtgaaaaagccgcaattacatttgcaccaacataatataattattatgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28633625 129 +  48394510 ataaagc-aaaaaatgcccattaaaacactgtataacataaccacattaatttaagaatgtattccaatatcaaatggcaaattccaacagtgaaaaagccacaattacgtttgcaccaacataaTA-----------TGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177746671 141 - 196418989 gtaaagcaaaaaaatgcccattaaaacactgtataacataaccacatttatttaacaatgtattccaatattgaatggcaaattccaacagtgaaaaagccgtaattatgtttgcaccaacataatacaattattatgtgt
i rheMac2.chr3  I 15 C 0

a score=45520.000000
s hg19.chr21     14657381 81 +  48129895 caactaaaaataaGTGAAAAAATATGAATAGAATTAACAAGAGTTATCCTTTGCAGAAACCAATTCTATTCTATGAACTGT
s rheMac2.chr3  177746812 81 - 196418989 caactaaaaataaGTGAGAAAATATGAATAGAATTAACAATAGCTATCCTTTGCAGAAACCAATTCTATTCTATGAACTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28633754 81 +  48394510 CAACTAAAAATAAGTGAAAAAATATGAATAGAATTAACAAGAGTTATCCTTTGCAGAAACCAATTCTATTCTATGAACTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27817564 81 +  46489110 caactaaaaataaGTGAAAAAATATGAATAGAATTAACAAGAGTTCTCCTTTGCAGAAACCAATTCTATTCTATGAACTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=53694.000000
s hg19.chr21     14657462 81 +  48129895 CAAATATGATCAACATATCCTTCACATCTACGTTCAAATCAAAGGTAGAGAACAGTTCATTGATGTGTTATGATAAGAATA
s rheMac2.chr3  177746893 81 - 196418989 CAAATACGATCAACATGTCCTTCACACCAGCGTTCAAATCAAAGGCAGGGAAAAGTTCATTGATGTGTTCTGATAAGAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28633835 81 +  48394510 CAAATATGATCAACATATCCTTCACACCTACGTTCAAATCAAAGGTAGGGAACAGTTCATTGATGTGTTCTGATAAGAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27817645 81 +  46489110 CAAATATGATCAACATATCCTTCACACCTACGTTCAAATCAAAGGTAGGGAACAGTTCATTGATGTGTTCTGATAAGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=177969.000000
s hg19.chr21     14657543 257 +  48129895 AGACTTATAGGTGGATTTGCAAACTTTGGGGAGTCATTCATGATGAGTGTAAACAAAATTTATTATCTTTGATGAGCATTCAAACCAAGATACACACAATTCATAAAACATGACTAGCTTTTAAAATTCCCTTATTGGCTGCAATGGTTGTTTCTTTTAAATACACAAAAGGGGCCTGGTGAGATCTGAAACACCTGGGTGACAGTGGCATCAATCAAATGTCTCTTTCATCCATTTCTTTACCCTGATGTAAGAAA
s rheMac2.chr3  177746974 254 - 196418989 AGACTTACAGGTGGATTTGCAAACTTTGGGGAGTCATTCATGATGAGTGTAAACAAAACTTGTTATCTTTGATGAGCATTCAAACCAAG--ACACACAATTCATGAAACATGACTAGCTTTTAAAATTCCCTCATTGGCTGCAATGGCTGTTTCTTTTAAATAAG-AAAAGGGACCTGGTGAGATCTGAAACACCTGGGTGACAGTGGCATCAATCAAATGTCTCTTTCATCCATTTCTTTACCCCGATGTAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=11922.000000
s hg19.chr21     14657800 39 +  48129895 TCTAGACGCTTGCAAAACGTTCCCTTTAACAAGATGAAC
s panTro2.chr21  27817983 39 +  46489110 TCTAGACGCTTGCAAAATGATCCCTTTAACAAGATGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28634173 39 +  48394510 TCTAGATGCTTGCAAAATGTTCCCTTTAACAAGATGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177747228 39 - 196418989 TCTAGATGCTTGCAAAAAGTTCCCTTTAACAGGATGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=11458.000000
s hg19.chr21     14657839 27 +  48129895 CACATTTGTCTGTAACTACAGTAATAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149684.000000
s hg19.chr21     14657866 181 +  48129895 TTTATTCAGAAATTCATGcccctaacatctgtggggctcgggacaggaaatcaaatgtaagtctgcataccatatgtctaaatacttaaaagttaataaatcaacctaaaaacccattaaatatattctattcttctacattgaccaatatagctttataatgatcatgtgcagatatgtg
s panTro2.chr21  27818049 180 +  46489110 TTTATTCAGAAATTCATGcccctaacatttgtgggactcaggacaggaaatcaaatgtaagcctgcataccatatgtctaaattcttaaaagtta-taaatcaacctaaaaacccattaaatatattctattcttctacattgaccaatgtagctttataatgatcatgtgcaaatatgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=116684.000000
s hg19.chr21     14658047 76 +  48129895 taaagctaccattttcaatctaagaacatctgcaaaatatcaaataccactgaattttattattgttgttcatgtc
s rheMac2.chr3  177747474 76 - 196418989 tgaagctaccattttcaatctaagaacatctggaaaatatcaaataccactgaactttattattgttgttcatgtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28634419 76 +  48394510 gaaagctaccattttcaatctaagaacatctgcaaaatatcaaataccactgaattttattattgttgttcatgtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27818229 76 +  46489110 aaaagctaccattttcaatctaagaacatctgcaaaatatcaaataccactgaattttattattgtcgttcatgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=110502.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=446808.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=164029.000000
s hg19.chr21     14658335 80 +  48129895 CACTATTTTTACTTCAGTATCAATGATGAAGTCATTGCAAAAGCAAGAAAAGGATAATGTCAACCAGGGCAAACACAAAA
s rheMac2.chr3  177747762 80 - 196418989 CACTATTTTTACTTCAGTATTAATGATGAAGTCATTGCAAAAGCAAGAAAAGGATAATGTCAACCAGGGCAAATACAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=38678.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=90838.000000
s hg19.chr21     14658559 84 +  48129895 ATCAAATAAGCAGTTTAAAATAATAAGCCCAGATCTTATTTATTAAAATTTATGGGCCA-TTTTTCACCAGGAAAAGGGAAGAAT
s rheMac2.chr3  177747988 85 - 196418989 ATCAAATAAGCAGGGTAAAATAATAAGCTCAGATCTTATTTATTAAAATTTATGGACCATTTTTTCACCAGGAAAAGTGAAGAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27818743 84 +  46489110 ATCAAATAAGCAGTTTAAAATAATAAGCCCAGATCTTGTTTATTAAAATTTATGGGCCA-TTTTTCACCAGGAAAAGTGAAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=60130.000000
s hg19.chr21     14658643 43 +  48129895 CTTCTGAACAGCCTTGTATACATCAGACAAAATATGCATAATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14658794 28 +  48129895 CCTGATATCTGATTAAGTACGCTCCACT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=48294.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27819047 405 +  46489110 GTTTAAAATG-TTTTTTTCTCTTTGGACAATCACATTGTACCCACCTCTCCTAAAGAATTTCCCACTTTAAGACCCAATATTCCAATACAAAGGGTACACAGATGTAAGGCCATGTAGAGAAAAGTTAAAAATAAAAACTACAGAATCTGGTACAGCTGGGGATAATTAGTGAAAAACAAGTTTTTGCCAGAAATAAAAGGAAGTTGGGTAGACAAATTTTTCTTTAGCCAGGTTTTGGAAGATTCATGGAAAGAGAACATATTTACAACCCCACCCCTTCTCTTCTATTCCATAGAATCTAGCAAAA----AAACCTCCATCATATAATACTTC-----------------------------------------TTTTTAATACAACTTGGTTGATTCAAATAACATTTGAAAAATCAATCAATTTTGAGGTTCTCTATATCTTTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=78644.000000
s hg19.chr21     14659270 47 +  48129895 ACCAATCCTGAAGCTTGAACATGCTGTTTGAAGACT-AGAGCAATCCC
s rheMac2.chr3  177748743 47 - 196418989 ACCAATCCTGAAGCTTAAACATGCTGTTTGGAGACCCAGAGCAGT-CC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28635643 48 +  48394510 ACCAATCCTGAAGCTTGAACATGCTGTTTGAAGACCCAGAACAATCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27819452 48 +  46489110 ACCAATCCTGAAGCTTGAACATGCTGCTTGAAGACCCAGAGCAATCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=318601.000000
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s rheMac2.chr3  177748790 224 - 196418989 TTCCAAATGTCTGTATCATTTGTAACCTTTTATTTCCTGTACTTGAATGCTAGTGTCTGATAGTGGAAGATTACTATTTTACAAATACTATTTCACGTATTTTCCTTTAGAAGCAAATCTTCCTCTGGGTTATGAATTTAATGACATGATGTTGCTTTCATAAAACCAAACTTTCTAGCAAGATttcattcaatttaataaacagtaatcagcatctgctgtgt
i rheMac2.chr3  C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  28635691 215 +  48394510 TTCCAAATGTCTGTATCA---------TTTTATTTTCTGTACTTGAATGCTAGTGTCTGATAGTGCAAGATTACTATTTTACAAATACTACTTCACGTATTTTCCTTTAGAAGCAAATCTTCTTCTGGGTTATGAATTTAATGACACGATGTTGCTTTAATAAAACGAAACTTTCTATCAAGATttcactcagtttaatacacagtaatcagcatctgctctgt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s panTro2.chr21  27819500 215 +  46489110 TTCCAAATGTCTGTATCA---------TTTTATTTTCTGTACTTGAATGCTAGTGTCTGATAGTGCAAGATTACTATTTTACAAATACTACTTCACGTATTTTCCTTCAGAAGCAAATCTTTTTCTGGGTTGTGAATTTAATGACATGATGTTGCTTTCATAAAACCAAACTTTCTATCAAGATttcatttaatttaatacacagtaatcagcatctgctctgt
i panTro2.chr21 C 0 I 2

a score=-5469.000000
s hg19.chr21     14659532 8 +  48129895 cagatagt
s rheMac2.chr3  177749016 8 - 196418989 caaatagt
i rheMac2.chr3  I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  28635908 8 +  48394510 cagacagt
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s panTro2.chr21  27819717 8 +  46489110 cagatagt
i panTro2.chr21 I 2 C 0

a score=-5621.000000
s hg19.chr21     14659540 28 +  48129895 tatgtggggatacacgtctttccacata
s rheMac2.chr3  177749024 28 - 196418989 tatgtggggatacaaatctttctacata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28635916 28 +  48394510 tatgtggggatacaaatctttccacata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27819725 28 +  46489110 tatgtggggatacaaatctttccacgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=96920.000000
s hg19.chr21     14659568 66 +  48129895 agactcagtttctaccctcaagtcccttgcagtctagctaagtaagaagacaCAGGCTGTGTTTCC
s rheMac2.chr3  177749052 66 - 196418989 agattcagtttctagcctcgagtcccttgcagtctagttaagtaagcagacacagacTGTGTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28635944 66 +  48394510 agactcagtttccagcctcaagtcccttgcagtctagctaagtaagaagacaCAGGCTGTGTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27819753 66 +  46489110 agactcagtttctagcctcaagtcccttgcagtctagctaagtaagaagacACAGGCTGTGTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=138270.000000
s hg19.chr21     14659634 85 +  48129895 CCTTGATGATTAAAATGTTCCATGGGCTGGGAATTCTGTGCCCTAGATGTTGTCAGCACTTGATTTCTATCATTCAACAAGATTC
s rheMac2.chr3  177749118 83 - 196418989 CCTTGATGATTAAAATGTTCCATGGGCTGCGAATTCTGTGCACTAGACGTTGTCTGCACTTGATTTCTATCATTCAACAGGAT--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28636010 83 +  48394510 ACTTGATGATTAAAATGTTCCATGGGCTGGGAATTCTGTGCACTAGATGTTCTCTGCACTTGATTTCTATCATTCAACAAGAT--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27819819 80 +  46489110 CCTTGATGATTAAAACGTTCCATGGGCTGGGAATTCTGTGCACTAGACGT---CTGCACTTGATTTCTATCATTCAACAAGAT--
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=46870.000000
s hg19.chr21     14659719 63 +  48129895 ATTCAACTTTTTTTAAATTGGTGAACTGAAAATACTTCCAATTGTATATTTCCTTTCTGTTCT
s rheMac2.chr3  177749201 57 - 196418989 ----A--TTTTTTTAAATTGGCGAGCTGAAAACACTTCCAATTGTATATTTCATTTCTGCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28636093 59 +  48394510 ----ACTTTTTTTTAAATTGGTGAACTGAAAATACTTCCAATTGTATATTTCCTTTCTGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27819899 59 +  46489110 ----ACTTTTTTTTAAATTGGTGAACTGAAAATACTTCCAATTGTATGTTTCCTTTCTGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=131255.000000
s hg19.chr21     14659782 99 +  48129895 CATTGCAAAAGTATTCAATCAATGAGGAAATTAATCATAATGAGGAAACTGATTGAATATAATGGCATAGCtataaatttatataaaaatatatttttt
s rheMac2.chr3  177749258 98 - 196418989 CATTGCAAAAGTATGCAATCAATGAGGAAATTAATCATAATGAGGAAACTGATTGAATATAATGACATAGCTATACatttatataaaaatata-tcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1224277.000000
s hg19.chr21     14659881 754 +  48129895  
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a score=31193.000000
s hg19.chr21     14660664 42 +  48129895 ATTATTTTTACTCCAGCAGTGATAATGGAAACAGACTCCATT
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e rheMac2.chr3  177750447 8974 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28642931 400 +  48394510 TGTAACTCAACTGCTCTCAATATAATTAGATTTTGATTGAAATACAAAGAGAAAATTGTATTCTGTTAACtttgatttcc-tttttcttctgttcagcctacctctcactactcctccctttgctcattcttctagaaacacactggcttgtgaaccatttcttaaccatgccaggtttgcttccaacccaggcttttgaatttgctgttttcttttacctggaaccattcttcccataattattcccatggctcatttcctcgtttctttcaggactggactcaaatgtcacctgcttagagaagacttatttgacttactacttaagttttcccattttctagcattccttatcttcttttcctgctttatttttttctatagcacttacaaccatcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177761226 361 - 196418989 TGTAACTCAACTGCTCTCAATATAATTAGATTTTGATTGAAATACACTGAGAAAATTGTATTCTGTtaacttggatttccttttttcttctgctcagcctacctcttattactcctccctttgcttattcttctagaaacacagtggcttgtgaaccatttcttaaccatgccaggtatgcttccaacccatac--------ttgctgttttcttttgcatggaaccattcttcccatcattattaccatggctcatttccttgtttccttcag-------------------------------gacttatttgacttactacttaagtttt-ccattttctagcattcctgatcttcttttcctgttttatttttttctatagcagttacaaccatcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137012.000000
s hg19.chr21     14666965 89 +  48129895 gtggattttaatatacatctcccctagcccatgacaagaagaaaactacaggaagacaagtatgtttgtgaatttcgtttactactata
s panTro2.chr21  27827068 89 +  46489110 gtggattttaatatacatctcccctagcccatgacagaaagaaaactacaggaagacaggtatgtttgtgaattttgtttactactata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643331 89 +  48394510 gtggattttaatatacatctcccttcacccatgacagaaagaaaactacaggaagacaggtatgtttgtgaattttgtttactactata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177761587 89 - 196418989 gtggattttaatatacatctcccctcacccatgacagaaagaaaactacaggaagacaggtatgtttgttaattttgtttactactata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=52116.000000
s hg19.chr21     14667054 37 +  48129895 cctccagaacctagaacaatgcctaacacgtaagaga
s panTro2.chr21  27827157 37 +  46489110 cctccagaacctagaacaatgcctaacacataggaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643420 37 +  48394510 cctccagaacctagaacaatgcctaacacataagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177761676 37 - 196418989 cctccagaacctagaacaatgtctaacacataagaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=15848.000000
s hg19.chr21     14667091 38 +  48129895 cactcaatgagggtgggtgcagtggctcacacctgtaa
s rheMac2.chr3  177761713 38 - 196418989 cactcaatgaggctggatgcggtggctcatgcctgtaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643457 38 +  48394510 cactcaatgaggctgggtgcagtggctcacacctgtaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827194 38 +  46489110 cactcaatgaggctgggtgcagtggctcacacctgtaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=21925.000000
s hg19.chr21     14667129 52 +  48129895 tccttgcactttgggaggctgaggtgggtggatcacaaggtcaagagatcga
s rheMac2.chr3  177761751 52 - 196418989 tcctcgcactttgggaggctgaggtgggcagatcacaagatcaagagatcga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643495 51 +  48394510 tccttgcactttgggaggct-aggtgggtggatcacaaggtcaagagatcga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827232 52 +  46489110 tccttgcactttgggaggctgaggtgggtggatcacaaggtcaagagatcga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8951.000000
s hg19.chr21     14667181 24 +  48129895 gaccatcctggtcaacatggtgaa
s rheMac2.chr3  177761803 24 - 196418989 gaccatcctggccaacatggtgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643546 24 +  48394510 gaccatcctgttcaatatggtgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827284 24 +  46489110 gaccatcctggtcaacatagtgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=16606.000000
s hg19.chr21     14667205 31 +  48129895 accccgtctctactaaaaatacaaaaattag
s rheMac2.chr3  177761827 31 - 196418989 accccgtctctactaaaaatacaaaaattag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643570 31 +  48394510 accccgtctctactaaaactacaaaaattag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827308 31 +  46489110 accccatctctactaaaaatacaaaaattag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42479.000000
s hg19.chr21     14667236 86 +  48129895 ctgggcgtggtggcatgcgcctgtagtctcagctacttagggggctgaggcaggagaatcgcttgaacctgggagtctgaggttgc
s rheMac2.chr3  177761858 84 - 196418989 ccaggcttggtggcacgtgc--atagtctcagctactcgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacctgggagttggaggttgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643601 86 +  48394510 ctgggcgtggtggcacgcgcctgtagtctcagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaacctgggagtctgaggttgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827339 86 +  46489110 ctgggcgtggtggcacgtgcctgtagtctcagctactcaggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacctgggagtctgaggttgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=15848.000000
s hg19.chr21     14667322 44 +  48129895 agtgagctgag-tcatgccactgtgctccagcctggtgacagagc
s panTro2.chr21  27827425 44 +  46489110 agtgagccgag-tcatgccactgtgctccagcctggtgacagagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643687 44 +  48394510 agtgagctgag-tcgtgccactgtgctccagcctggtgacagagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177761942 45 - 196418989 agtgagccgagatcgttccactatgctccaggctggtgacagagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12103.000000
s hg19.chr21     14667366 48 +  48129895 gagacttcatctccaaaaaacaaaaaaGGATACTCAGTGAGTACTTGT
s panTro2.chr21  27827469 48 +  46489110 gagacttcgtctccaaaaaacaaaaaaGGATACTCAGTGAGTACTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643731 48 +  48394510 gagacttcatttccaaaaaacaaaaaagtatactcagtgagtatttgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177761987 48 - 196418989 aagacttcgtctcaaaaaaacaaaaaaggatactcaatgagtatttgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54784.000000
s hg19.chr21     14667414 23 +  48129895 TAGATGAATGCATGAATGTCAGG
s rheMac2.chr3  177762035 23 - 196418989 tagatgaatgcatGAATGTCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643779 23 +  48394510 tagatgaatgcatGAATGTCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827517 23 +  46489110 TAGATGAATGCATGAATGTCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=487822.000000
s hg19.chr21     14667437 238 +  48129895 AAAGCCTAATTGCCATTACTCATTCTATTGCTATATATAAGGCAATGATAATTTATTTGGCTCATCCAGAAAGCTTTAGCAAGACTGATAACAACCCCCAGGGAAGAACTCATGAACTCCATACTGCCCAACAAAATCTTTTTCTTGGCTTCTCCTT---TTTTGTCACTCCTCCTCTTTTGCTTTCCTCCACCCTATGCTACCTCCTAATAAAATTCCTTGCTTGAATTCTGTCCAATGC
s rheMac2.chr3  177762058 238 - 196418989 AAAGCCTAATCGCCATTACTCATTGTATTGCTATATATAAGGCAATGATAATTTCTTTGGCTCATCCAGAAAGCTTTAGCAAGACTGGTAACAATCCCCAGAGAAAAATTCATGAACTCCATACTGCCTTACAAAATCCTTTTCTTGGCTTCTCCTTCTTTTTTGTCACTCCTCTTC---GGCTTTTCTCTTCCCTGTGCTACCTCCTAATAAAATTCCTTGCTTGAATGCTGTCCAATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28643802 241 +  48394510 AAAGCCTAATCACCATTACTCATTCTATTGCTCTATATAAGGCAATGATAATTTATTTGGCTCATCCAGAAAGCTTTAGCAAGAATGATAACAACCCCCAGGGAAGAACTCATGAACTCCATACTGCCCAACAAAATCTTTTTCTTGGCCTCTCCTTCTTTTTTGTCACTCCTCCTCTTTTGCTTTTCTCCACCCTATGCCACCTCCTAATAAAATTCCTTGCTTGAATTCTGTCCAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827540 241 +  46489110 AAAGCCTAATCACCATTACTCATTCTATTGCTATATATAAGGCAATGATAATTTATATTGCTCATCCAGAAAGCTTTAGCAAGACTGATAACAACCCCCAGGGAAGAACTCATGAACTCCATACTGCCCAACAAAATCTTTTTCTTGGCTTCTCCTTCTTTTTTGTCACTCCTCCTCTTTTGCTTTTCTCCACCCTATGCTACCTCCTAATAAAATTCCTTGCTTGAATTCTGTCCAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=90285.000000
s hg19.chr21     14667675 46 +  48129895 AAGGCTCACAAAAATAAGTTAAACAGATCTTTCCAGACAACGAGTG
s rheMac2.chr3  177762296 46 - 196418989 AAGGCTCACAAAAATAAGTTAAACAGATCTTTCCAGACAACTAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644043 46 +  48394510 AAGACTCACAAAAATAAGTTAAACAGATCTTTCCAGACAACTAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827781 46 +  46489110 AAGGCTCACAAAAATAAGTTAAACAGATCTTTCCAGACAACTAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=54258.000000
s hg19.chr21     14667721 25 +  48129895 TTTTCTACTATCCTGGAATTTCACT
s rheMac2.chr3  177762342 25 - 196418989 TTTTCTACTATCCTAGAATTTCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644089 25 +  48394510 TTTTCTAGTATCCTGGAATTTCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827827 25 +  46489110 ATTTATACTATCCTGGAATTTCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=100131.000000
s hg19.chr21     14667746 134 +  48129895 GCAATACAGTACATTTCGATCACACTACCTTTTAATGAAATCTTTA-------------CCCTGAATACTCAAAAAGTCATCTTCTGTATGAGCATGTCTGCTTTTAGTAGACATAAATGGCTAGCCTCTGTGACTGTTTTCTTTTT
s rheMac2.chr3  177762367 147 - 196418989 GCAATACAGTATATTTCTATCACACTACCTTTGAATGAAATCTTTATCCTCCTGTAGGCTCCTGAATATTCAAAAAGTCATCTTCTCTATGAGTATGTCTGCTTTGAGTAGAAATAAATGACCAGCCTCTGTGACTATTTTCTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644114 134 +  48394510 GCAATACAGTACATTTCTATCACACTACCTTTTAATGAAATCTTTA-------------CCCTGAAAACTCAAAAAGTCATCTTCTGTATGAGCATGTCTGCTTTTAGTAGACATAAATGGCTAGCCTCTGTGACTGTTTTCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827852 134 +  46489110 GCAATACAGTACATTTCTATCACACTACCTTTTAATGAAATCTTTA-------------CCCCGAATACTCAAAAAGTCATCTTCTGTATGAGCATGTCTGCTTTTAGTAGACATAAATGGCTAGCCTCTGTGACTGTTTTCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8376.000000
s hg19.chr21     14667880 59 +  48129895 AACAATGAAAGAAGAAACAAACACAATGGACAATTATTAAACAATGGACAATTGATTA--------------------------G
s rheMac2.chr3  177762514 85 - 196418989 AACAATAAAAGAAGAAACAAATGCAATGGACAATTATTAGACAACGGACAACTGATTACAATTAAACAATGGACAATTTATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644248 84 +  48394510 AACAATAAAAGAAGAAACAAACACAATGGACAATTATTAAACAATGGGCAATTGATTACAATTACACAATGGACAATTGA-TTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27827986 84 +  46489110 AACAATAAAAGAAGAAACAAACACAATGGACAATTATTAAACAATGGACAATTGATTACAATTAAACAATGGACAATTGA-TTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61648.000000
s hg19.chr21     14667939 25 +  48129895 AAAAAGCTCGCTTGCTAACTGAGTA
s panTro2.chr21  27828070 25 +  46489110 AGAAAGCTCGCTTGCTAACTGAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644332 25 +  48394510 AAAAAGCTCACTTGCTAACTGAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177762599 25 - 196418989 AAAAAGCTCGCTTGCTAACTCAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=14404.000000
s hg19.chr21     14667964 27 +  48129895 ATTCTTTGACACACAGTTTTCATCTCA
s panTro2.chr21  27828095 27 +  46489110 ATTCTTTGACACACAGTTTTCATCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644357 27 +  48394510 ATTCCGTGACACACAGTTTTCATCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177762624 27 - 196418989 ATTCTATGACACACAGTTTTCATCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75123.000000
s hg19.chr21     14667991 70 +  48129895 TTTTATTATGTTAAAAAATAGAATAACA--ATAATACAGTAAAACCCTGTTTTGAGGCACCATTATAGTATA
s panTro2.chr21  27828122 70 +  46489110 TTTTATTATGTTAAAAAATAGAATAACA--ATAATACAGTAAAACCCTGTTTTGAGGCACCATTATAGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644384 70 +  48394510 TTTTATTATGTTAAAAAATAGAATAACA--ATAATACAGTAAAACCCTGTTTTGAGGCACCATTCTAGTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177762651 72 - 196418989 TTTTATTATGTTAAAAAATAGAATAACACGATAACACAGTAAAACCCTGTTTTGAGGCATCACTATAGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=428228.000000
s hg19.chr21     14668061 294 +  48129895 ATTATGGATTTAGTTATACAGCCCACCACCTCATATCCCTGATGTATCATATAGCTCAGCATATTACACAATTCATCAAGGGTAAAAATTATTTTTCCCAATCTAGGCTTAATTATATATTGAGTATGCTGCTGAAAAGTTTCCCCTACCATTATCTCTTCTCAGCATAAGGGGGACAGTGTCTGTACATTGAGAAGTTATTGGTATTGCTATTATTTTTAGCAACCTATCATCATGCACCCTCGGGGGTGAAAACATAAGTTAACAGAGATGATAAGGGACCCTTACACGTAC
s panTro2.chr21  27828192 294 +  46489110 ATTATGGATTTAGTTATACGGCCCACCACCTCATATCCCTGATGTATCATATAGCTCAGCATATTACACAATTCATCAAGGGTAAAAATTATTTTTCCCAATCTAGGCTTAATTATATATTGAGTATGCCGCTGAAAAGTTTCCCCTACCATTATCTCTTCTCAGCATAAGGGGGACAGTGTCTGTACATTGAGAAGTTATTGGTATTGCTATTATTTTTAGCAACCTATCATCATGCACCCTCGGGGGTGAAAACATAAGTTAACAGAGATGATAAGGGACCCTTACACATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644454 294 +  48394510 ATTATGGATTGAGTTACACGGCCCACCACCTCATATCCCTGATGTATCATATAGCTCAGCATATTACATAATTCGTCAAGGGTAAAAATTATTTTTCCCAATCTAGGCTTAATTATGTATTGACTATGAGGCTGAAAAGTTTCCCCTACCATTATCTCTTCTCAGCATAAGGGGGACAGTGTCTGTACATTGAGAAGTTATTGGTATTGCTATTATTTTTAGTAACCTATCACCATGCACCCTCGGAGGTGAAAACATAAGTTAACAGAGATGATAAGGGACCCTTCCATGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177762723 293 - 196418989 ATTATGGATTTAGTTATATGGCCCACTACCTCATATCCCCGATGTATCATATAGCTCAGCATATTACACAATTCGTCAAGGGTAAAAATTATTTTTCCCAATCTAGGCTTAATTATATATTGAGTATGCCACTGAAAAG-TTCCCCTACCATCATCTGTTCTCAGCATAAGGGGGACAGTGTTTGTACATTGAGAAGTTATTGGTATTGCTATTATTTTTAGCAACCTATCATCATGCACCCTCGGAGGTGAAAACGTAAGTTGACAGAGATGACAAGGGACCCTTCCATGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=180880.000000
s hg19.chr21     14668355 146 +  48129895 AGAAGAAGCAGA--GTGTCTGGAGCTATATATACTCAAGAGCTATGAATTACTTCAAGAGAATCCAATATGTACTAAGCAAAATTTAAAATTAAACTGCTCACTGCAATTTCAACAGTTGTAAAGTAATGTCCCCtgtattcgtcaat
s panTro2.chr21  27828486 146 +  46489110 AGAAGAAGCAGA--GTGTCTGGAGCTACATACACTCAAGAGCTACGAATTACTTCAAGAGAATCCAATATGTACTAAGCAAAATTTAAAATTGAACTGCTCACTGCAATTTCAACAGTTGTAAAGTAATGTCCCCtgtattcatccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644748 148 +  48394510 AGAAGAAGCAGAGTGTGTGTGGAGCTCCATATACTCAAGAGCTATGAATTACTTCAAGAGAATCCAATATGTACTAAGCAAAATTTAAAATTGAACTGCTCACTGCAATTTCAACAGTTGTAAAGTAATGTCCCCtgtattcatccat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177763016 148 - 196418989 AGAAAGAGCAGAGTGTCTGTGGAGCTACATATACTCAAGAGCTATGAATTACTTCAAGAGAATCCAATATGTACTAAGCAAAATTTAAAATTGAACTGTTCACTGCAATGTCAACAGTTGTAAAGTAATGTCCCCCAtattcatccat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201995.000000
s hg19.chr21     14668501 288 +  48129895 tttcatgctgctgataaagacatacccgagactaggcaacttacaaaagaaaaaggtttaattggacttacagttccacatggctggggaagcctcacaatcatggtggaaggcaaggaggatcaagtcacatcttacgtggatggcagcaagcaaaaaagagag----cttgtgcaaggaaactcccatttttaaaaaccatcagattttgtgagactcatttactatcaggagaacagtgcgggaaagacccacccccaaaagtcaatcacctcccaccgggttccttcc
s panTro2.chr21  27828632 292 +  46489110 tttcatgctgctgataaagatatacctgagactaggcaacttacaaaagaaaaaggtttaattggacttacagttccacgtgactggggaagcctcacaatcatggtggaaggcaaggaggatcaagtcacatcttacgtggatggcagcaagcaaaaaagagagagagcttgtgcaaggaaactcccatttttaaaaaccatcagattttgtgagactcattcactatcaggagaacagtgcaggaaagacccgcccccataagtcaatcacctcccaccgggttccttcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28644896 290 +  48394510 tttcacgctgctgacaaagacatacccgagactaggcaatttacaaaagaaaaagg--taattggactcacagttccacatggctggggaagtctcacaatcacggaggaaggcaaggaggatcaagtcacatcttacgtggatggcagcaagcaaaaaagagagagagcttgtgcaaggaaactcccatttttaaaaaccgtcagattttgtgagactcattcactatcaggagaacagtgcaggaaagacccgcccccataagtcaatcacctcccaccgggttccttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177763164 288 - 196418989 ttttacgctgctgataaaggcaaacctgagactaggcaacttacaaaagaaaaaggtttaactggactcgcagttccatgtgcctggggaggtctcacaatctccccacaaagcaaggaggagcaagtcacatcttacatggatggcggcaagcaaaaaagagag----cttatgcagagtaactcccattttaaaaaaccatcagatttcatgagacttaatcactacccagagaacagtgcaggaaagaccctcccccataagtcaatcacctcccactgggttcctccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=53222.000000
s hg19.chr21     14668789 72 +  48129895 aggacatgtgggaattgtgggtgttacaagtcaagatgagatttgggagggaacacaaccaaagcatatcaT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 I 1 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28646365 121 +  48394510 AATCCCTTATTTGTAACCATGAAAGAAACTATATGTTTTTATTTTCTTTTTTT-TCACCAACTCAAAATGCAAATACACACACTCATACACTTAAATTTAGTAAAGAGAAAACAATGATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27830099 122 +  46489110 AATCCGTTATTTGTAACCATGGAAGAAACTATATGTTTTTATTTTCTTTTTTTGTCACCAACTCAAAATGCAAATACACACACTCATAGACTTAAATTTAGTAAAGAGAAAACAATGATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28646486 53 +  48394510 AATGGATTGCAGCTCAAATATCTACACATTTCTCATGACCCTAAATAATTTGC--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27830221 55 +  46489110 AATGGATTGCAGCTCAAATATCTACACATTTCTCAGGACCCTAAATAATTTGCGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28646539  0 +  48394510 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28646539  0 +  48394510 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 69
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  28647861  9 +  48394510 GGTGCACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177766097 69 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177766097  69 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 69 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27832044 75 +  46489110 ATTCCTATGTTGAGCTGCTAACATCGATCTGTTTGAAAGTCTCTTTTTGTGCATTTACACACAAGTTCTTAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177766274 60 - 196418989 -------AGAAGGAAAGAAAGAAAAGAAAATAGTATGTGGAAAAGCCAGGTCGAGTTTATTCCATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177766363 30 - 196418989 GAGAGGAAGG---GTTTT-----------------------------GTTGTTGATGATGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177767043 42 - 196418989 TCCTCTTTACCTCGGGTACTTGCATACATGCTCCTTTGGCAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28649106 127 +  48394510 ATGTTTCCCTCTATAAAAAAAATTAAGTCGTAAAATATGTTAATGACATCATTGAGGTAGATAAAGAGGAGCAAAGAAAACCAAGAAATTTCACATGATACATTTTGAATTTAGCAAAATGTGGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14672963 16 +  48129895 TACTAGGAAACA---ATCA
s rheMac2.chr3  177767210 19 - 196418989 TACTAGGAAACATCAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28649252 75 +  48394510 AATGTAGATGAAAATCAAATTCATTCCATATTTCTCCCCAGGAAATAATGATTAATAAGTGAGTGAGCTTTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27833144 75 +  46489110 AACGTAGATGAAAATCAAATTCATTCCATATTTCTCCCCAGGAAATAATGATTAATAAGTGAGTGAGCTTTGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27833219 74 +  46489110 TCAAACAAACTTTGGTTAATGAGGAAAATACAAGCTTTGACTGTAGGCAATGGTCTTGACATATATTTTTTT-CC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28649401 198 +  48394510 TCATTTCTGGAATAACTCTTGACTCATGATTCATTGATGGGATACCTATGAATGAATAGTTGCATAATAGTGAAGAGATTGTGTGTGTATTTTGAAGCCTTTCATTTTCTTCTGTCTTCCCTGATTAGTCATGTCCATTATCCAGCTAGCTCTAAAATTCACATCCTAA-TGCTCATTAGTTTAGTTTAGTGAAAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177767378 185 - 196418989 TCATTTCTGGAATAACTCTTGCCTCATGATTCATTGG--------------ATGAATAGTTGCATAATGGTGAGGAGATTGTGTGTATATTTTGAAGACTTTCATTTTCTTTTGTCTTCCCTGATTAGTCATGTCCATTATCCAGCTAGCTCTAAAACTCACATCCTAGTTGCTCATTAGTTTAGTTTAGTGAAAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148192.000000
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s panTro2.chr21  27833492 163 +  46489110 ATTTAAAAATTATTATTCCACCTTTAAAAAATCTAATAGCCATTATGGTTGAAGGATAAAACCACTAAGCATTATATTTAAGAAACATAAAAATCATATTTAATATAGTGGGAAATACTTCAAACTAGAAACAGCGTATATGAGAGATTTGTTTAAAACTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177767563 163 - 196418989 ATTTAAAAATTATTATTCTACCTTTAAAAAATCTAATAGCCATTATGATCGAAGGATAAAACCACTAAACATTATATTTAAGAAACATAAAAATCATATTTAATATAGTGGGAAATATTTCAAACTGGAAATGGCATAGATGAGAGATTTGTTTAAAACTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14673491  85 +  48129895 ATATACTATGAAAGTACAAATGCCAAGCAGCAAAACTTGTTTAAAAGTCAGTAT--------------------TATTATA---------------------------------------------TTTGAATAAAAATTCTTTGATAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27833655  85 +  46489110 ATATACTATGAAAGTATAAATGCCAAGCAGCAAAACTTGTTTAAAAGTCAGtat--------------------tattata---------------------------------------------tttgaataaaaattatttgataat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14673576 221 +  48129895 TACTAAGCAAATTTCATCAAATGGGTTTTTAGCAATTTAAAAAAAGGAATGCAATTTGAAAATTCTCACTACATTTTAAATGTAGACATTTATGGGCAAGCATTAATCATAAATATCAACAAGTTACAAAAAAAAGCC------------------------GCACAATTTTATTGCATGAAAATTTGTTTTATGCAC--------ATATCTCTTATGATATATATTCAGAGCACAAATAAGGATAAGTATCT
s panTro2.chr21  27833740 220 +  46489110 taCTAAGCAAATTTCATATAATGGGTTTTTAGCAATTTAAAAAAAGGAATGCAATTTGAAAATTCTCACTACATTTTAAATGTACACATTTATGGGCAAGCATTAATCATAAATATCAACAAGTTACAAAAAAA-GCC------------------------GCACAATTTTATTGCATGAAAATTTGTTTTATGCAC--------ATATTTCTTATGATATATATTCAGAGCACAAATAAGCATAAGCATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177767876 228 - 196418989 TACATAGCAAATTTCACAAAATGGGTTTTTAGCAATTTAAAAAAAGTAATGCAATTGGAAAATCCTCACTACATTTTAAATGTAGACATTTATGGGCAAGTATTAATCAAAAATATCAACAAGTTACAAAAAAA-GCC------------------------GCACAATTTTATTGTATGAAAATTTGTTTTATGCACACATTATAATATTTCTTATAATATATATTCAGAGCACAAATAAGCATAGATATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27834107 56 +  46489110 ATTCTacatgcacacacacac--attttaaatacccacacacacacacacataaacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177768302 14 - 196418989 acacacacacac----------------gc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27834494 39 +  46489110 TCTCCTCTGAGCATCGCCATCCTGCAGTTTTCTGAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27834720 99 +  46489110 GACACCTGAATAGATTGGCACTGGTTTCTATTTCCTGGACCCCAGCGACACACACTCAGTTCTTCAAAGCATCCTCTCACTGTGGTCCCCAAAGCATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14674644 112 +  48129895 TCTGACATCATCCTTCTACCAGGGGTGGGTTAGGAAGTAGAAAGCATCCACTTCTTTCCACCTCCTGTTAGGCAGACAACTATCTTCACGGAAAACAGTACTTACAAATTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177768942 102 - 196418989 TCTCACATCATCCTTCTACCAGGGGTGGATTAAGAAGTAGAAAGTATCCACTTCTTTCCACTTCCTGTTAGGCATA----------CATGGAAAACAGTACCTACAAATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27834931 192 +  46489110 GCAAATCTAGCAGATGATATTCTAGTACTTCTGTATAAAATATATGCATAAAATCTAGTTTTTGCCTGAGAGTGAAAATAATGGATAATATCCATTGTAACCACCCATTAGACAGAAAAATAGGTCGATATAGCAATCTACACATatagataga--------cagatacatagatatgtagatatatagatTATAGGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=339650.000000
s hg19.chr21     14674980 421 +  48129895 gatatgacttggatctgcccaaatctcatatctaattttagtccccattgttggaggtggagcctggttggaggtgtttggatcatggggatggatttctcataaatgttttatcaccatccccttggtggtgtccttgtgatagtgagtgagttcttgtgagatgtggttgtttagaagtatgtggcacctctcccccgcccccacccccactctctttctctcttgctcctgttctcaccatgtaatgtgcttgctccctatttgccttccattgtgattggaagcttcctgaggcttccccagaaacagaggtcattgtgcttcctatacagcctgcagaactatgaacctattcaatctcttttctttataaattactcagtctcagttacgtatttatagcaatgcaagaacagcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177769276 421 - 196418989 gatatgacttggatctgcccaaatctcatgtctaattttagtcaccattgttggaggtggagcctggttggaggtgtttggatcatggggatggatttctcataaatgttttatcaccatccccttggtggtgtccttgtgatagtgaacgagttcttgtgagatccggttgtttagaagtatgtggcacctctcccccacccccacccccactacctctctctcttgctcctgttctcaccatgtaatgtgcttgctccctatttgccttccattgtgattagaagcttcctgaggcttccccagaagcagaagccactgcgcttcctatacagcctgcagaaccatgagccaattcaacctcttttccttataaattactcagtctcagttatgtatttatagcaatgcaagaacagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177769764 29 - 196418989 AACAATGCTTCATTACAAAAAATGGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 5
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 12
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  27835676 52 +  46489110 TTTACATTTTATGTGTTTTATTCATGATAAATGAAATGTGCTTTATTCATGA----
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 5 C 0
e ponAbe2.chr21  28651825 12 +  48394510 I

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s hg19.chr21     14675553 78 +  48129895 TTTATGTGCTTTATTCATTACAAATGAAAACTTGTTCTTTTCGTTTGTTCTTTTTATCATGAATAAAGCACATAAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14675631 20 +  48129895 GTACCTTTC---------------ACGTTTACATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     14675651 56 +  48129895 GCAGGCCCTTTTATTCCTCTCCTGCCCTTAACCTCCCCAAACATATACATCAATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14675707 34 +  48129895 AGAAAAGAGAAAGAGAAATGAATTAGCAGTGAGC
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a score=196002.000000
s hg19.chr21     14675741 74 +  48129895 AGTAAGTGGAAAAGAT-ACAAGTTTTTT-CATGGCCAAGTCTAAAGTCATTTTGAGTTAATTAAACACAAGCTACT
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a score=105684.000000
s hg19.chr21     14675815 45 +  48129895 ACTAAGCCAATAGAGGACATATTAAGTCTTTAAAAATATTAATTG
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a score=418836.000000
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s panTro2.chr21  27836031 181 +  46489110 TGATTTTTCTACACTAGACTTCTGTTGCTTGATTTCTCATTCATGACTAAAATTGTTAGACCTGTTAAAATATAAAAACGCTTGGGAAAAGAATCCCAAAACAATTGCCCCTGGAAAGTTGCCATCTTCCCTGGAAGTTTCCAGTGAGCTGAGTTATTCTCATTGCAGCACGAAGGACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28652160 181 +  48394510 TGATTTTTCTACACTAGATTTCTGTTGCTTGATTTCTCATTCATGACTAAAATTGTTAGACCTGTTAAAATATAAAAACACTTGGGAAAAGAATCCCAAAACAATTGCTCCTGAAAAGTTGCCATCTTCCCTGGAAGTTTCCAGTGAGCTGAGTTATTCTCATTGCAGCATGAAGGACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177770151 181 - 196418989 TGATTTTTCTACACTAGATTTCTGTTGCTTGATTTCTCATTCATGACTAAAATTGTTAGACCTGTTAAAATATGAAAACACTTGGGAAAAGAATCCCAAAACAATTGCTCCTGAAAAGTTACCATCTTCCCTGGAAGTTTCCAGTGAGTTGAGTTATTCTCATTGCAGCACGAAGGACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1455073.000000
s hg19.chr21     14676041 431 +  48129895 TAGACCCATAGTATCATTCCTTCTGTTTGTCTTTGCATTATCATTTTCCAGTCTATGGCATACAGCAACTATTCAAATGTTTTTTGGATACCTTCATTAGCTATGGCTTCCAAACTTTTGGTTAAAATAGTAAGCTAAGCTGAGCAAGCAACATTTTGGCCTTTTCATCTTATTGGGCACACTGGTCATTTATTGCCCCTCCCCCACTCTATTCCTCTGGCACCAGCGCCAAGCATTCCCTGGATGGGGATTTGGCTGTCTGGCTAGTGGCCACTTCACTGCATGCCACACATCTGTGCCCTTGGAATCTGAGGCCTTGTCTTCATTTTAGGGCACTAGAAATATTTCTGCCAAAACTCCAAAAGTTGTTTCtttcttttctattcttctc-tttttttcctcctttttcttttctcttttccttcttttTT
s panTro2.chr21  27836212 431 +  46489110 TAGACCCACAGTATCATTCCTTCTGTTTGTCTTTGCATTCTCATTTTCCAGGCTATTGCATACAGCAACTATTCAAACGTTTTTTGGATACCTTCATTAGCTATGGCTTCCAAACTTTTGGTTAAAATAGTAAGCTGAGCTGAGCAAGCAACATTTTGGCCTTTTCATTTTATTGGGCACACTGGTCATTTATTGCCCCTCCCCCACTCTATTCCCCTGGCACCAGCGCCGAGCATTCCCTGGATGGGGATTTGGCTGTCTGGCTAGTGGCCACTTCACTGCATGCCACACATCTGTGCCCTTGGAATCTGAGGCCTTGTCTTCATTTTAGGGCACTAGAAATATTTCTGCCAAAACTCCAAAAGTTGtttctttcttttctattcttctc-tttttttcctcctttttcttttctcttttccttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28652341 416 +  48394510 TAGACCCACAGTATCATTCCTTCTGTTTGTCTTTCCATTCTTGTTTTCCAGACTATTGCATACAGCAACTATTCAAACGTTTTTTGGATACCTTCATTAGCTATGGCTTCCAAACGTTTGGTTAAAATAGTAAGCTAAGCTGAGCAAGCAATATTTTTGCCTTTTCATTTTATTGGGCACACTGGTCATTTATTGCCTCTCCCCCACTCTATTCCCCTAGCACCAGCACCGAGCATTCCCTGGGTGGGGATTTGGCTGTCTGGCT------------ACTGCATGCCACACATCTGTGCCCTTGGAATCTGAGACCTTGTCTTCATTTTAGGGCACTAGAAATATTTCTGCCAAAACTCCAAAAGTTGTTTCtttcttttctattcttctc-ttttttccctcctttttcttttctctttttttttttt---
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177770332 432 - 196418989 TAGACCCACAGTATCAATCCTTCTGTTTGTCTTTCCATTCTCATTTTCCAGGCTATTGCATGCAGCAACAATTCAAACGTTTTTGGGATACCTTCATTAGCTATGGCTTCCAAACGTTTGGTTAAAATAGTAAGCTAAGCTGACCAAGCAACATTTTGGCCTTTTCGTTTTATTGGGCACACTGGTCATTTATTGCCCCTCCCCCACTCTATTCCCCGAGCACCAGCGCCGAGCATTCCCTGGATGGGGATTTGGCTGTCTGGCTAGTGGCCACTTCACTGCCTGCCACACATCTGTGCCCTTGGAATCGGGGGCCTTCTCTTCATTTTAGGGCACTAGAAATATTTCTGCCAAAACTCCGAAAGTTGTTTCtttcttttctattcttctcttttttttcctcctttttcttttctctttttcttttttTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=294354.000000
s hg19.chr21     14676472 204 +  48129895 AAA----AAATTTCTGAGAACAATATAAGCTACACATACATTTGATGGTCAACAGCTGACACTACTAGGAaacatatgtgtaagagtagatttcaaaggccttaatgcatctcccagctccatctctgactctgtaatgttgtagaagtcacttaaatctctcatcccctgtcgacttaactacaaaatgagaccagttatagaattg
s panTro2.chr21  27836643 208 +  46489110 tttttttAAATTTCTGAGAACAATATAAGCTACACATACATTTGATGGTCAACAGCTGACACTACTAGGAaacatatgtgtaagagtagatttcaaaggccttaatgcatctcctagctccatctctgactctataatgttgtagaagtcacttaaatctctcatcccctgtcgacttaactacaaaatgagaccagttatagaattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28652757 200 +  48394510 --------AATTTCTGAGAACAATATAAGCTACACATACATTTGATGGTCAACAGCTGACACTACTAGGAAACATATGTGTAAGAGTAGATTTCAaaggccttaatgcatctcctagctccatctctgactctataatgttgcagaagtcgcttaaatctctcatcccctgtcgacttaactacaaaatgagaccagttacagaattg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177770764 201 - 196418989 -------GAATTTCTGAGAACAATATAAACTACACACACATTTGATTGTCAACAGCTGACACTACTAGGAAACATATGTGTAAGAGTATATTTCAAAGGCCTTAATGCATCTCCTAGCTCCATCTCTGACTCTATAGTGTTGTAGAAGTCGCTTAAATCTCTCATCCCCTGTCAACTTAACTGCCAAATGAGACCAGTTATAGAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175340.000000
s hg19.chr21     14676676 125 +  48129895 tgtgagaggagaaaatagttgatatagatggaagagctttgaagattCTGCACTCTCGCATATGCATTGTATTAGTATTACT-ATTAGGTCAGATGGACCCTCATCTATGACTGACCAAGATGTTG
s panTro2.chr21  27836851 126 +  46489110 tgtgagaggagaaaacagttgatatagatggaagagctttgaaAATTCTGCACTCTTGCATATGTATTGTATTAGTATTACTCATTAGGTCAGATGGACCCTCATCTATAACTGACCAAGATGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28652957 125 +  48394510 tgtgagaggagaaaatggttgatatagatggaatagctttgaaaattCTGCACTCCTGCATATGCATTGTATTAATATTACT-ATTAGGTCAGATGGACCCTCATCTATGACTGACCGAGATGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177770965 125 - 196418989 TGTGAGAGGAGAAAATAGTTGATATAGATGGAAGAGCTTTGGAAATTCTGCACTCTCACATATGCATTGTATTAGTATTAAT-ATTAAGTCAGATGGCCCCTCATCTATGACTGACCAAGATGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3398943.000000
s hg19.chr21     14676801 815 +  48129895  
s panTro2.chr21  27836977 815 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28653082 815 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177771090 808 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=186119.000000
s hg19.chr21     14677616 65 +  48129895 GGGGGAGTTGCATGGCTGTTTTTGTTGCTGTAGACTTGATATAGGCAGAGAACAAGCAGAAAATT
s panTro2.chr21  27837792 65 +  46489110 GGGGGAGTTGCATGGCTGTTTTTGTTGCTGTAGACTTGATATAGGCAGAGAACAAGCAGAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28653897 65 +  48394510 GGGGGAGTTGCATGGCTGTTTTTGTTGCTGTAGACTTGATATAGGCAGAGAACAAGCAGAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177771898 65 - 196418989 GGGGGTGTTGCATGGCTGTTTTTGTTGCTGGGGACTTGATATAGGCAGAGAATAAGCAGAAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101663.000000
s hg19.chr21     14677681 55 +  48129895 ATTTAGAATATCCAGTGGAATCCATCATTATATTTTTGAGACTATTAATTAGCCA
s panTro2.chr21  27837857 55 +  46489110 ATTTAGAATACCCAGTGGAATCCATCATTATATTTTTGAGACTATTAATTAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28653962 55 +  48394510 ATTTAGAATATCCAGTGGAATCTGTCATTATATTTTTGAGACTATTAATTAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177771963 55 - 196418989 ATTTAGAATATCCAGTGGAATCCATCATTATCTTTTTGAGACTATTAATTAGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129424.000000
s hg19.chr21     14677736 57 +  48129895 AAGATTGTAAAATTATTTTCTAGCAATACCAGTTAAATGAAGTAGAAAAGTTAAATG
s panTro2.chr21  27837912 57 +  46489110 AAGATTGTAAAAGTATTTTCTAGCAATACCAGTTAAATGAAGTAGAAAAGTTAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28654017 57 +  48394510 AAGATTGTAAAAGTATTTTCTAGCAATGCCAGTTAAATGAAGTAGAAAAGTTAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177772018 57 - 196418989 AAGATTGTAAAAGTATTTTCTAGCAATACTAGTTAAATGAAGTAGAAAAGTTAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78474.000000
s hg19.chr21     14677793 31 +  48129895 AAGGCTAAAAGCCCACACAATGCTATCATGC
s panTro2.chr21  27837969 31 +  46489110 AAGGCTAAAAGCCCACACAATGCTATCGTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28654074 31 +  48394510 AAGGCTAAAAGTCCACACAATGCTATCATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177772075 31 - 196418989 AAGGCTAAAAGCCCACACAATGCTATCATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=18064.000000
s hg19.chr21     14677824 38 +  48129895 TCTAAGTATTGTTCTCAATTATTGGAAGTACATATATT
s panTro2.chr21  27838000 38 +  46489110 TCTAAGGATTGTTCTCAATTATTGGAAGTACATACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28654105 38 +  48394510 TCTAAGTATTGTTCTCAATTATTGGAAGTACATATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177772106 38 - 196418989 TCTAAGAATTGTTCTCAATTATTGGAAGTACATATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=18648.000000
s hg19.chr21     14677862 17 +  48129895 ATAGAAGCTCAGTATGT
s panTro2.chr21  27838038 17 +  46489110 ATAGAAGCTCAGTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28654143 17 +  48394510 ATAGAAGCTCAGTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177772144 17 - 196418989 ATAGAAGCTCAGTATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=337840.000000
s hg19.chr21     14677879 226 +  48129895 ATTTCCTAATGAACTGCTTCATGTGAATTATTTCATGCCATAATCTTATCCTTTCCTATACTTTGGCAACTGTTGAGAGGCTAGAAAAGACTGTATT-----ATTTATTCTGAGGCCAAAATATAATCATACTTGGGTAAAAGATACTAGATGTTCATCCACTGAACATTTATTACAGCAAATTTTCATAATCCATAACACTTAGGATGTTTACATCTAATTTTTATCTTG
s panTro2.chr21  27838055 226 +  46489110 ATTTCCTAATGAACTGCTTCATGTGAATTATTTCATGCCATAATCTTATCCTTTCCTATACTTTGGCAACTGTTGAGAGGCTGGAAAAGACTGTATT-----ATTTATTCTGAGGCCAAAATATAATCATACTTGGGTAAAAGATACTAGATGTTCATTCACTGAACATTTATTACAGCAAATTTTCATAATCCATAACACTTAGGATGTTTACATCTAATTTTTATCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28654160 204 +  48394510 ATTTCCTAATGAACTGCTTCACGTGAATTATTTCATGCCACAATCTTATCCTTTCCTATACTTTGGCAACTGTTGAGAGGCTGGAAAAGACTGTATT-----ATTTATTCTGAGGCCAAAATATAATCATACTTGGGGAAAAGATACTAGATGTTCATCCACTGAACATTTATTACCGCAAATTTTCATAATCCATAACACTTAGGATG----------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 M 251
s rheMac2.chr3  177772161 231 - 196418989 ATTTCCAAATGAACTGCTTCACGTGAATTATTTCATGCCATAATCTTATCCTTTCCTACACTTTGGCAACTGTGGAGAGGCTGGAAAAGACTGTATTATTTAATTTATTCTGAGGTCAAAATATAATTATACTTGGGTAAAAGGTATTAGATGTTCATCCACTGAATATTTATTACAGCAAATTTTCATACTCCGTAAAACATAGGATATTTACATCTAACTTTTATCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30021.000000
s hg19.chr21     14678105  60 +  48129895 ATTGAATTCAGCATTAATAAATATGAATTTTTTTCACTAAAATATTATTTGGGCTATGAA
s rheMac2.chr3  177772392  60 - 196418989 ATTGAATTCAGCATTAATAAATATGAATTTTCTTCACTGAAATATTATTTGGGCTGTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  27838281  60 +  46489110 ATTGAATTCAGCATTAATTAATTTGAATTTTTTTCACTAAAATATTATTTGGCCTATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28654364 251 +  48394510 M

a score=81536.000000
s hg19.chr21     14678165  55 +  48129895 TATCCTGGCAAAAATCACCCACATAAGACTAGGTTTTTATCAATTTATAAACGAA
s rheMac2.chr3  177772452  54 - 196418989 TATTCTGGCAAAAACCACCCAAATGAGACTAGGTTTTTATCAACTTAT-AATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  27838341  55 +  46489110 TATCCTGGCAAAAACCACCCACACAAGACAAGGTTTTTATCAATTTATAAACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28654364 251 +  48394510 M

a score=-8963.000000
s hg19.chr21     14678220  44 +  48129895 TAGGTTGATTTTGAAAAAGTTATCTTTTTAAGTATCTACAAGGA
s rheMac2.chr3  177772506  44 - 196418989 TAGGTTGATTTTGAAAAACTTATCTTTTTAACTATCTACAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  27838396  44 +  46489110 TAAGTTGATTTTGAAAAAGTTATCTTTTTAAGTATCTACAAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  28654364 251 +  48394510 M

a score=-29013.000000
s hg19.chr21     14678264  43 +  48129895 ATTTAGAAAATGCAAAATATCTTATAAATTTGCATTTATAAGA
s panTro2.chr21  27838440  32 +  46489110 ATTTAGAAAATGCAAAATATCTTATAAATTTG-----------
i panTro2.chr21 C 0 I 27
s rheMac2.chr3  177772550  32 - 196418989 ATTTAGAAAATGCAAAATATCTTATTAATTTG-----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 28
e ponAbe2.chr21  28654364 251 +  48394510 M

a score=-47629.000000
s hg19.chr21    14678307 32 +  48129895 TATATGCCTTTGAAATTTATTGAGCTCTGAAA
s rheMac2.chr3  18645111 32 + 196418989 TATATGCCTTTGAAATTGACTGAGCACTGAAA
i rheMac2.chr3  n 28 C 0
s ponAbe2.chr21 19738636 32 -  48394510 TATATGCCTTTGAAGTTTATTGAGCTCTGAAA
i ponAbe2.chr21 n 0 C 0
s panTro2.chr21 18649340 32 -  46489110 TATATGCCTTTGAAATGTATTGAGCTCTGAAA
i panTro2.chr21 n 27 C 0

a score=-8818.000000
s hg19.chr21    14678339 49 +  48129895 TGTCTTGTTCACTAAATGGCCTAGAGATAATTCTCCATGATTAAAAAGT
s panTro2.chr21 18649372 40 -  46489110 TGTCTTGTTCACTAAATGGCCTAGAGATAATTCTCCATGA---------
i panTro2.chr21 C 0 T 21748
s ponAbe2.chr21 19738668 40 -  48394510 TGTCTTGTTCACTAAATGGCCTAGAGATAATTCTCCATGA---------
i ponAbe2.chr21 C 0 n 0
s rheMac2.chr3  18645143 40 + 196418989 TGTCTTGTTCACTAAATGGCCTAGAGATGATTCTCCATGA---------
i rheMac2.chr3  C 0 n 0

a score=236392.000000
s hg19.chr21     14678388 115 +  48129895 TTCTTTCTACAGGAAACTTTTTCAG-AATATGAATCAATAAAATAAATAAAAAGTGTTTATTTCTGTATCTTATGTAGAAATTATTACTAAGGTAGGAATGAATCCTCTCTTAACA
s rheMac2.chr3  177772610 114 - 196418989 -TCTTTCTACAGGAAACTTTTTCAG-AATATGAATCAATAAAATAAATAAAAAGTGTTTACTTCTGTATCTTACATAGAAATTATTACTAAGGTAGGAATGAATCCTCTCTTAATA
i rheMac2.chr3  I 28 C 0
s panTro2.chr21  27838499 115 +  46489110 CTCTTTCTACAGGAAACTTTTTCAG-AATATGAATCAATAAAATAAATAAAAAGTGTTTACTTCTGTATCTTATGTAGAAATTATTACTAAGGTAGGAATGAATCCTCTCTTAATA
i panTro2.chr21 I 27 C 0
s ponAbe2.chr21  28654615 102 +  48394510 --------------AACTTTTTCAGAAATATGAATCAATAAAATAAATAAAAAGTGTTTACTTCTGTATCTTATGTAGAAATTATTACTAAGGTAGGAATGAATCCTCTCTTAATA
i ponAbe2.chr21 M 251 C 0

a score=244774.000000
s hg19.chr21     14678503 128 +  48129895 GTCTATACAATCACTTTATTCAATCACTTATATATTTACCAAGAAAACTACAAATCTTATACTTTGTATATAGGAAAGACTGTTAAAGTATGAGATATACCCATATTGTAATTTATTTAAGAAAACAT
s rheMac2.chr3  177772724 124 - 196418989 GTCCATACAATCACTTCTTTCAATCACTTATATATTTACCAAGAAAACTACAAATCTTATACTTTGTATATATGAAAGACTGTTAAAGTATGAGATATACCCATATTGT----TATTTAAGAAAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  27838614 128 +  46489110 GTCCATACAATCACTTTATTCAATCACTTATATATTTACCAGGAAAACTACAAATCTTATACTTTGTATATAGGAAAGACTGTTAAAGTATGAGATACACCCATATTGTAATCTATTTAAGAAAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28654717 128 +  48394510 GTCCATACAATCACTTTATTTAATCACTTATATATTTACCAAGAAAACTACAAATCTTATACTTTGTATATATGAAAGACTGTTAAAGTATGAGTTATACCCATATTGTAATTTATTTAAGAAAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=59160.000000
s hg19.chr21     14678631 35 +  48129895 AACTAAATTATGAAAAAATAATCAACTTTGTGATA
s rheMac2.chr3  177772848 35 - 196418989 AACTAAATTATGAAAAAATAATCAACTTTGTGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  27838742 35 +  46489110 AACTAAATTATGAAAAAATAATCAACTTTGTGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28654845 35 +  48394510 AACTAAATTATGAAAAAATAATCAACTTTGTGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=156228.000000
s hg19.chr21     14678666 105 +  48129895 TTGCCCTATGTAAAATTTCTTCTACTTCACAGTCTATATACTACAGCTTCTCTATAAAAAATTCTCTCAGCTCTTCAAGATCTTACCTACAAATAAAAATATCTC
s rheMac2.chr3  177772883 103 - 196418989 TTGCCCTATGTAAAATTTCTTCCACTTCACAGTCTATAGACTACAGCTTCTCTATAAAAAA--CTCTAAGCTCTTCACGATCTTACCTACAAATAAAAATATCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  27838777 105 +  46489110 TTGCCGTACGTAAAATTTCTTCTACTTCACGTTCTATATAATACAGCTTCTCTATGAAAAACTCTCTCAGCTCTTCAAGATCTTACCTACAAATAAAAATATCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28654880 104 +  48394510 CTGCCCTATGTAAAATTTCTTCTACTTCACAGTCTATATACTACAGCTTCTCTATAAAAAACTCTCTCAGCTCTTCAAGATCTTACCTACAAATAAAAAT-TCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=124912.000000
s hg19.chr21     14678771 84 +  48129895 TACATTCATCATTATTTTTTTCCTATTACCTAAAATGAAATTATTCTCTGGAAATTTTGCTCTTAATACGCCTTCCTTACTAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 T 3720
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  T 3720 I 5
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 5 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 3551

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 3551 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  27844046 184 +  46489110 TGAAGATCTGAGTAAAATAAATCAGTAACTAGGAGAGAAGAAACAAGACAGTAGGAAACAAGGGGCCAAGACGTAAGTTAGGTGTGGAGTACCCAGTAGCTCTGTCAAAGTGGGTCAGTAACTGTGCAGGTCACTGTAGAAAATGTTGACTTCAACTTCCTCTTTAAAATCC-TTCTGGAATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177778128 258 - 196418989 TATGGATAGAAATTTGTTTTCTTCCCCAGATATGTTTGATTTGTGTCTTAAG-TTAAATCCTTTAGATATTTTGGTACCATAAACAGGAGTGCAGTTAGTACAGTGTATTTCGTAGACAATAGAAAACAGTGAGTATATTTTGCAAACCTAAGAAACTGTATTATAAAGTTTAGTGGGACTTGTGTATCCACCACATCTAAGTCTACTTAATAAAGATATAATTTGACACTACAGATGCTATGTAAGATATATAGTTC-------------T
i rheMac2.chr3  C 0 I 5
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  27844539 298 +  46489110 ttttttttttttttgagacaaagtcttgctctgttgcccaggctggagtgcagtggcttgatctcggctcactgcaagctccacctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggtgcccgccaccacgcccagctaaatttttttgta-ttttttagtagagacggggttgcaccatgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatccacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgtgcctggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 229
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 5 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177779321  97 - 196418989 -AAAAAAAAGGTTTTCTCaggaaacccttgtgtattgttggtgggaatgtaaattggtacagccataatggaaagaaggatggaggtttctcaaaaaa------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 687

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 687 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28663743 276 +  48394510 GGAAAATAATAATGCGGGGATTATTCTTAAAAGGGATTCTGGAAGTGGCTTCTTCAATTAAATATATTCAAAACTCATTCCCGCTTACTACACGTATCAAAGAGGAATTGAAAATGTGTGTGATTCCCACTGAATAATTTTCCTTTTGTATGACTTGACATTACTATCTTTGTGGAGTGGCTGAGGAATGTCTCCTTCTTGCCTTTGCCTTCAAAGGCTCTGCCAATGTGAAGTACAGGAGAGAGAGGCAAGAGCAGGGCCCACTAGTGGAATCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177782276 48 - 196418989 TAAAGCATAAGAAAACAAGACCCCAACGTGTCAGCTGCAGAACCACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 2666
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i panTro2.chr21 I 2659 C 0
s ponAbe2.chr21  28667091   70 +  48394510 aagtcttcttctcagtaatggtaaatactctctatggccatatcatcctgaacatgcacaatctcgttaa
i ponAbe2.chr21 I 2666 C 0
e rheMac2.chr3  177782370 2585 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  177782370 2585 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 2585 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 T 21748 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28667862 65 +  48394510 gagagaaagaaaaagcaaggagaagaatacagtgagttttaagagtctgacctgtaaatggcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14688734 75 +  48129895 tatttttccttcccacatttcaacaactactgctcagtctcatgactaatctatctgcaaagAGATAAATTCAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  18628015 82 -  46489110 GCTTGTTTGTTTGCTGGtttgagacagagtcatgctctgtcacccaggctggaatgcagtggtgcgatctcggctcactgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28668162 82 +  48394510 GCTTGCTTGTTTGCTGGtttgagacagagtcgtgctctgccacccaggctggagtgcagtggtgtgatctcggctcactgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177785771 76 - 196418989 GCTTGTTTGTTTG------TAtgagagagtctcgctctgtcacccaggctggagtgaagtggtgcagtctcagctcactgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14689047 70 +  48129895 agctccacctcatgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggtgccca
s rheMac2.chr3  177785847 70 - 196418989 agctctacctcatgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggattacatgtgccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  18628097 70 -  46489110 agccccacctcatgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggtgccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  18628167 149 -  46489110 gcactacgcctggctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcaccatgttggccaggctagtctcaaactcctgacctcaagtgatctgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccactgcgcccggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28668314 149 +  48394510 gcactacgcctggctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcaccatgttggccaggctagtctcaaactcctgacctcaagtgatccgcccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccactgcgcccggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177786065 107 - 196418989 cCAACACTGTTTTTTA-AATGcccctggacacaaagctcaactgcatagtttgcttttcttaaagttaggtgaagtcaggcaattgagctgttagacaagaaaatgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28668463 107 +  48394510 cCAATCCTGTTATTTT-AATGcccctggacacccagctcaactgcatgttttgcttttcttaaagttaggtgaagtcaggcaatggagcttttagacaagaaaatgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  18628316 107 -  46489110 cCAATcctgttttttt-aatgcccctggacacccagctcaactgcatgttttgcttttcttaaagttaggtgaagtcaggcaatggagcttttagacaagaaaatgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177786614 328 - 196418989 ttgcttcttgttttcatatataattgtttatgggaatatagccacagctatttatttatagatttagagaggaggagctgtgtctatgctataacaggagagttcagtagttgcaacagagaaactgtatgatctacaaacagtatttactatctggccctttacagaaacagtttgccaaTGTTTGTTct---------------agaatgtaaactccaagaaagtaaaatctttgtctctttagtttgctgttatataccctgcattagaacagtgtccgttccattgcaggtgttcatttaatatttgttaaatacataaatGAATGAGTGAATGAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28669431 69 +  48394510 aaaatcagacaaacaaaaatcaaccattgcatgtgattaagttaaagatcttgacctaaaagattagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177787016 65 - 196418989 aaaatcagacaa----aaatcaatcattgcatgtgattaagttaaagatcttgacctaaaagattatcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153689.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177787335 147 - 196418989 tccagaactgtgaaagaataaattttctgttgtttaagccaccaagtttccagtaatttgttacagaggcagcaggaaaccaacacaCAGAAGACAGTGACTTAAAACTACTTCTAATTCCAAGATAATGCTCAAAATGCTCATGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50834491 443 -  58616431 ATCACAAGAATTTTATTTACAGGAATTTAAGGTGGAAACATATACCTTTTGGGGAGTAAATCATAACTAAAAAC--ATGATTAATGTGCTCATTTTGAACAATATTATCAAATAGTTTCCTCAATGAATCATAAAAATCATCAAATATGTACATGATTTGAAAAATCTTGAAAACTAAGAAAGTTGAAATATGTAAAAAGTAAATTAATTTCATAGTCTACCTTTATAGATAAAACATCAATAGCTAATATTAAACTATAAGCattattattaaaatataaacattaatagaaaatttaaaattaaatttaaaaattaattaatttCTTTATGTCTTCCTATTTCATACTTAAAAGGTTTCTTATTCTAGCCTAAATGGTGTATCACAAACTGCAAATTACAATACTTGATGTTTTAATGCACCAtgtcggtgggtagggggcaa
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  177799081 41 - 196418989 gaggagagagggagagcattaggacaaatacctaattcatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28690676 41 +  48394510 agggagagaggaagagcattaggacaaataactaatgcatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50834934 41 -  58616431 ggggagagagaaagagcattaggacaaatacctaatgcatg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28690717 128 +  48394510 cgaggcttaaaacctacatgacagtttgttaggttcagcaaaccaccatggcacatgtatacctatgtaacaaacccgcctgttctgcacatgtatcccagaacttaaagtaaaatttaaaataagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chrUn  50834975 128 -  58616431 cgaggcttaaaacctacatgacagtttgttaggttcagcaaaccaccatggcacatgtatacctatgtaacaaacctccatgttctgcacacatatcccagaacttaaagtaaaacttaaaataagaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50835384 57 -  58616431 TTTTGTTTTTCAAAAAC--atatatgcatatgtgtatgtgtgtatgtatatgtgtatAT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  28691127 58 +  48394510 TTTTGTTTTTCAAAAACTtatatatgcatatgtgtatgtgtgtatgtatatgtgtat-T
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  177799532 57 - 196418989 TTTTGTTTTTCAAAAAC--atacatgcatacgtgtatgtgtgtatgtatatgtgtatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chrUn  50835567 22 -  58616431 GATGTTATATTATTTACTTCCT
i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chrUn C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15        N 0 C 0
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i ponAbe2.chr15        C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15        C 0 C 0
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i rheMac2.chr7         C 0 C 0

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i ponAbe2.chr15        C 0 C 0
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i rheMac2.chr7         C 0 C 0

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i ponAbe2.chr15        C 0 C 0
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i rheMac2.chr7         C 0 C 0
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i rheMac2.chr7         C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15        C 0 C 0
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i panTro2.chr18_random C 0 N 0

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i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46018436 198 +  99152023 GGTATTGCTAAAAGGATGTTTCCAAAAATCTTGTATATAAGATAGCAACAGTGATTGATGATGACACTGTACTTCATCTTTCTTGCCACAAAATAACATTTTATAATTCCTCAAAGTAAAATTGAAAAATCTTTAAGTTTTTTTCAAGTAACATAATCTATCTTTGTATAATTCATATTTGGGAATATGGCTTTTAAT
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27824399 198 + 169801366 GGTATTGCTAAAAGGATGTTTCCAAAAATCTTGTATATAAAATAGCAACAGTGATTGATGATAATACTGTACTTCATCTCACTCGCCACAAAATAACATTTTATAATTCCTCAAAGTAAAATTGAGAAATCTTTAAGTTTTTTTCAAGTAACATAATCTATCTTTGTATAATTCATATTTGGGAATATGGCTTTTAAT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1565130 196 +  77261746 AATGTTCTTCCCACAAATAATCATGT-TTTTTTCCTACGGTTACAGCATTAAACTCTATTTTAAGTTGTTTTTGaattttattgttttgttatttaagtttattttatttat----aaaaaaCCTTAATAAGCTGTATCTGTTTCATATGCTTTTAATTTTAAAGGAATAACAAAACTGTCTGGCTCAACTGCAAGTTTCC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27824597 201 + 169801366 AATGTTCTTCCCACAAATAATCATGCTTTTTTTCCTATGGTTACAGCATTAAACTCTATTTTAAGTTGTTTTTGAACTTTATTGTTTTGTTATTTAAGTTTATGTTATTTATAAAAAAAAAACCTTAATAAGCTCTATCTGTTTCATATGCTTTTAATTTTAAAGGAATAACAAAACTGTCTGGCTCAACTGCAAGTTTCC
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=470246.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46018834 166 +  99152023 CTCCCCTTTGTGACTGACACTAAGTCTAGCACACAGCACTTGGGCCAGCAAATCCTGGAAGGCAGACAAAAATGAGAGCCTGAAGCAATGCTTACAATAGATGTCTCACACAGAACAATACAAATATGTAAAAAATCTTTCACCACATATTCTTGCCAATTAATTG
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46019000 110 +  99152023 GATCATGTAAGTAAAATAATTACAAATATAAGTATTTACAGGATTTTAAAGTTAGAATATATTTGAATGCATGGGTAGAAAAGTATCATATTTTAAAACTATGTGTATTT
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27824964 110 + 169801366 GATCATATAAGTGAAATCATTACAAATATAAGTATTTACACGATTTTAAAGTTAGAATATATTTGAATGCATGAGTAGAAAAGTATCATATTTTTAAACTATGTGTATTT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46019110 68 +  99152023 AAATTTAGTAATTTTCTAATCTCTAGAAATCTCTGCTGTTCAAAAGATGGCAGCACTGAAAGTTGTTT
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1565602 68 +  77261746 AAATTTAGTAATTTTGTAATCTTTAGAAATCTCTCCTGTTCAAAAGGTGGCAGCACTGAAAGTTGTTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=82046.000000
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr7  27825179 333 + 169801366 AGATACAGTTAGGAATAAGGGGCCCTGAAT---GTCATGAGGGCTTGAGGTCAGCCGACAGATGACAGGATTATTACAAAGATGAATTTCCACTTCAAAAGTCTTTCATTGGCAGATCTTGGTAGCACTTTATATGTTCACCAATGGGAGGTCAATATTTATCTAACTTAAAAGGTATGCTAACCATTGTGGTTTTAATTTCAAAATATTTGTCATTCAAGTCCCTTTACATGAACA----GTATTTGGTAATACATTTATAGATGAGAGTTATAAGAAAAGATTAGGTCAACA-----AAAACAATAGATTCATTTGATTTTCCTGTGGTTCATCTACATGACC
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46019215 335 +  99152023 AGATACAGTTAGGAATAAGGGGCCCTGAATGTCGTCATGAAGGCTTGAGGTCAGCCTACAGATAACAGGATTATTACAAAGACGAATTTCCACTTCAAAAGTCTTTCATTGGCAGATCTTGGTAGTACTTTATATGTTCACCAATGGAAGGTCAACATTTATCTAATTTAAAAGGTATGCTAACCATTGTGGTTTTAATTTCAAAATATTTGTCATTCAAGTCCCTTTACATAAATA----GTATTTGGTAATACATTTATAGATGAGAGTTATATGAAAAGGCTAGGTCACA------AAAACAATAGATTCATTTAATTTTCCTGTGCCTTACCTATACGACC
i ponAbe2.chr15 C 0 M 620
s panTro2.chr18  1565706 342 +  77261746 AGATACAGTTAGGAATAAGGGGCCCTGAAT---GTCATGAAGGCTTGAGGTCAGCCTACTGATAACAGGATTATTACAAAGATGAATTTCCACTTCCAAAGTCTTTCATAGGCAGATCTTGGTGCCACTTTATATGTTCACCAATGGGAGGTCAACATTTATCTAATTTAAAAGGTTTGCTAACCATTGTGGTTTTAATTTCAAAATATTTGTCATTCAAGTCCCTTTACATAAATAAATAGTATTTGGTAATACATTTATAGATGAGAGTTATATGAAAAGGCTAGGTCAACGTCAACAAAACAATAGATTCATTTAATTTTCCTGTGGTTGACTTATATGACC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14724736 176 +  48129895 AGGATGCAGAAAACTAGAAAGAACTGTCCTTCCTCAGATATACTCCTGGGAGAGAGCATGAATGGTATTCTGAACTATCACCTGTTTCAAGGACTTTGCTAGCTAGGTTTTGAAATCAGGCTTCAGTAAC----TGTAGTCTtgtgagcatattgagggcagaggaggacttagtctttc
s panTro2.chr18  1566048 176 +  77261746 AGGATGTAGAAAACTAGAAAGAACTGTTCTTCCTCAGATATACTCCTGGGAGAGAGCATGAATGGTATTCTGAACTATCACCTGATTCAAGGACTTTGCTAGCTAGGTTTTGAGATCAGGCTTCAGTAAC----TGTAGTCTTGTGAGCATATTGAGGGCAGAGGAGGACTTAGTCTTTC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27825512 180 + 169801366 AGGATGTAGGAAATTAGAAAGAACTGCCCTTCCTCAGATATACTCTTGGGAGAGAGCATGAATGGTATTCTGAACTATCACCTGATCCAAGGACTTTGCTAGCTAGGTTTTGAGGTCAGGCTTCAGTAACTGTTTGTAGTCTtgcgagcatactgagggcagaggaggactttgtttttc
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
e ponAbe2.chr15 46019550 620 +  99152023 M

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s hg19.chr21    14724912 136 +  48129895 atatgtgtttccttagtgcctaccagactatctgttcataatcagttttcagtgtgaattcattgaatgTTTATAGACAAAAGAAAATACATAATAAAACTAATCTTCA--TTTTGAAAGGGTAAAACATGACTACAC
s panTro2.chr18  1566224 136 +  77261746 ATATGTGTTTCCTTAGTGCCTAGCAGACTATCTGTTTATAATCAGTTTTCAGTGTGAATTCATTGAATGTTTATAGACAAAAGAAAATACATAATAAAACTAATCTTCA--TTTTAAAAGGGTAAAACATGACAACAC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46020170 136 +  99152023 ATATGGGTTTCGTTAGTGCCTAGCAGACTATCTGTTCATAATCAGTTTTCAGTGTGAATTCATTGAATGTTTATAGATGAAAGAAAATACATAATAAAACTAATCTTCA--TTTTAAAAGGGTAAATCATGACTATAC
i ponAbe2.chr15 M 620 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46020306 75 +  99152023 AGAAATTTAAATAGAAATAGTGTATATACATATAAAATACAAGCTATGTTAGGACCAAATGCTCTTTGTCTATGG
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1566435 299 +  77261746 AGTTATACTTCCATCAAATTACATAGCAATGCTGAATTAGGCAAAACCAACATTTAGTAGTAAATCCATTCCTGGTAGTGTAAGTCACCTAAAAAAGACTTCTAGAAATATGTACTTTAATTATTTGTTTTTCTCCTATTTTTAAATTTATTATGCAAATTTTAGAAAATAAAATTTGCTCCAGTTACACACACTtagaattctagaatcttaaaactgtaaggggcctccatccctcttactcatttgtagtctaggagattgagactttgatacacctaaggtcatgcagctgggta
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46020381 299 +  99152023 AGTTATACTTCCATCAAATTACATAGCAATGCTGAATTAGGCAAAACCACTATTTAGTGGTAAATCCATTCCTGGTAGTATAAGTCACCTAAAAAAGACTTCTAGAAACATGTACTTTAATTATTTGTTTTTCTCCTATTTTTAAATTTATTATGCAAATTTTAGAAAATAAAATTTGTTCCAGTTACACACACTtagaattctagaatcttaaaactgtaaggggtctccatccctcttactcatttgtagtctaggaaattgagattttgatacacctaatgtcatgcagctgggta
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27825905 295 + 169801366 AGTTATAGTTCCATTAAATTATATAGCAATGCTGATTTAGGCAAAACCAATATTTAGTGGTAAATCCATTCCTGGTAGTATAAGTCACCTAAAAAAGATTTTTAGAAACATGTACTTTAATTA----TTTTTCTCCTATTTTTAAATTTATTATGCAAATTTTACAAAATAAAATTTGCTTTAGTTACACACACTtagaattctagaatcttaaaactgtaaggggtctccatccctcttactcatttgtagtctaggaaactgagattttgatacacctaaagtcatgcagctggata
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1567043 328 +  77261746 TTTAAAAATGTTCTTTGAAAGATAAAATTAAATACATGAGTTTCTAACAATTAGAAAGGAAAAAATTAAAATATGAAATGATAACAAAAGTAAACAGAAGATACTTTCAAAGCAGTGAACAAAACATTTTGACATAAGCCataatataaattataatataaaaatataaaaaCCATAGTATAAATTGTCAGCCTTTGAGTTGGCTGCAAATTCAATTTAATGACAGAAGAGAAGGGATGCTGGAGGTAAATTCTTAGGGTTTCTATCTAATAGAGTTTGCTCTTCTGGTTCTCTAGATTGCCAAAGAACATAAAGATGTACG-GGGGAC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46020990 326 +  99152023 TTTAAAAATGTTCTTTGAAAGATAAAATTAAATACATGAGTTTCTAACAATTAGAAAGGAAAAAATTAAAATATGAA---ATAACAAAAGTTAACAAAAGATACTTTCAAAGCAGTGAACAAAACATTTTGACATAAGCCataatataaattataatataaaaatataaaaatCATAGTATAAATTGTCAGCCTTTGAGTTGGCTACAAATTCAATTTAATGACACAAGAGAAAGGATGATGGAGGTAAATTCTTTGGGTTTCTGTCTCATAGAGTTTGCTCTTCTGGTTCTCTAGACTGCCAAAGAACATAAAGATGTATGAGGGGAC
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=358624.000000
s hg19.chr21    14726525 198 +  48129895 ccaatcagaaTACATCACTGATATATCGAAATGGATGCAGGCCACTGTGACTAACTTGTGGGTATCATTTCTATGATCACCTTAAAGCAGAGTTGGGAAAATGTCTATTAACTGGTCTCTCTGGTTTGAATTCTCAATATGTATCTTAATATGAAATAGCTCATTAAAACTTCATGTGTAACTATTTCAGCACTGTTG
s panTro2.chr18  1567841 198 +  77261746 CCAATCAGAATACATCACTGATATATTGAAATGGATGCAGGCCACTGTGACTAACTTGTGGGTATCATTTCTATGATCACCTTAAAACCGAGTTGGGAAAATATCTATTAACTGGTCTCTCTGGTTTGAATTCTCAATATGTAACTTAATATGAAATAGCTCATTAAAACTTCATGTGTAACTATTTCAGCATTGTTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46021785 198 +  99152023 ccaatcagaaTACATCACTGATATATCGAAATGGATGCAGGCCACTATGACTAACTTGTGGGTATCATTTCTATGATCACTCTAAAACAGAATTGGGAAAATATCTATTAACTGGTCTCTCTGGTTTGAATTCTCAATATGTACCTTAATATGAAATAGCTCATTAAAACTTCATGTGTAACTATTTCAGCATTGTTG
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27827296 198 + 169801366 CCAATCAGAATACATCACTGATCTACCAAAACGGAGGCAGGCCACTAGGACTAACTTGTGGGTATCATTCCTATGATCACCCTAAAACAGAGTTGGGAAAATATCTATTAACTTGTCTCCCTGGTTTGAATTCTCAATATGTATCTTAATATGAAATAGCTCATTAAAACTTCATGTGTAACTATTTCAGCATTGTTG
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=571360.000000
s hg19.chr21    14726723 396 +  48129895 TCAGCTACTCTTTATTCCACTTCTGTACAGTATTTATTCAACCAAGCTGCTGCTTTCAGTGAAGGTCACTTGTTCCTTCAGGGACACATATACTCCCACCTATCCTTTAATTTTGAATGGTTTGTCAAGAAAATTTACTTTCTCTTGAGTTGAAAAGACTTGACAGGAAGCAAGAAATAATACAGTCCTAGCCTCTTTCCAGTAACATCTGATTTCTCCATTCTCAAACTACACTTCTCAGGGAACCAGATATTTACTCTCATCTGGGAAGATGTCGCTTATGTTTTCCTTTTACTTCCTGGTTTTCATGTGGTTGCATTTTCCAAATTCTTATCATTGAATTTATGAGAGCCTATCCAAATTTATTTTCTTTCATTTATATTCTAATAATTGAAA
s panTro2.chr18  1568039 396 +  77261746 TCAGCTACTCTTTATTCCACTTCTGTACAGTATTTATTCAACCAAGCTGCTGCTTTCAATGAAGGTCACTTGTTCCTTCAGGGACACATATACTCCCACCTATCCTTTAATTTTGAATGGTTTGTCAAGAAAATTTACTTTCTCTTGAGTTGAAAAGACTTGACAGGAAGCAAGAAATAATACAGTCCTAGCCTCTTTCCAGTAACATCTGATTTCTCCATTCTCAAACTACACTTCTCAGGGAACCAGATATTTACTCTCATCTGGGAAGATGCCTCTTATGTTTTCCTTTTACTTCCTGTTTATCATGTGGTTGCATTTTCCAAATTCTTATCATTGAATTTATGAGAGCCTATCCAAATTTATTTTCTTTCATTTATATTCTAATAATTGAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46021983 395 +  99152023 TCAGCTACTCTTTATTCCACTTCTGTACAGTATTTATTCAACCAAGCTGCTGCTTTCAATGAAGGTCACTTGTTCCTTCAGGGACACATATACTCCCACCTATCCTTTAATTTTGAATGGTTTGTCAAGAAAATTTACTTTCTCTTGAGTTGAAAAGACTTGACAGGAAGCAAGAAATAATATAGTCCTAGCCTCTTTCTAGTAACATCTGATTTTTCCATTCTCAAACTACACATCTCAGGGAACCAGATATTTACTCTCATCTGGGAAAATGCCTTTTTCTGTTTCCTTTTACTTCCTGGTTATCATGTGGTTGCATTTTCCAAATTCTTATCATTGAATTTATGAGAGCCTATCCAAATTTA-TTTCTTTCATTTATATTCTAATAATTGAAA
i ponAbe2.chr15 C 0 I 486
s rheMac2.chr7  27827494 391 + 169801366 TCAG-----CTTTATTCCACTTCTGTACAGTATTTATTTAACCACGCTGCTGCTTTCAGTGAAGGTCACTTGTTCCTTCAGGGACACATATACACCCACCTACCCTTTAATTTTGAATGGTTTGTTGAGAAAATTTACTTTCTCTTGAGTTGAAAAGACTTGACAGGAAGCAAGAAATAATACAGTCCTAGCCTCTTTCCAGTAACATCTGATTTCTCCATTTTCAAACTATACTTCTCAGGGAACCAGATATTTACTCTCGTCTGGGAAAACGCCTCTTATGTTTTCCTTTTACTTCCTGGTTATCATGTGGTTGCATTTTCCAAATCCTTATCATTGAATTTATGAGAGCCTACCCAAATGTATTTTCTTTCATTTATATTCTAATAATTGAAA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=104959.000000
s hg19.chr21    14727119 85 +  48129895 TGTGAGATGAAAATAACATTTCACTTATGAAAAACCCTTCTCTTATTGAATCC-TTCCAtgtggtagttatctattgctgtgtaac
s panTro2.chr18  1568435 85 +  77261746 TGTGAGATGAAAATAACATTTCACTTATGAAAAACCCTTCTCTTGGTGAATCC-TTCCAtgtggtagttatctattgctgtgtaac
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46022864 86 +  99152023 TGTGAGATGAAAATAACATTTCACTTATGAAAAACCTTTCTCTTGATGAATCCTTTCCAtgtgttagttatctattgctgtgtaac
i ponAbe2.chr15 I 486 C 0
s rheMac2.chr7  27827885 85 + 169801366 TGTGAGATGAGAATAACATTTCACTTATGAAAAACCCTTCTCTTGATGAATCC-TTCCACgtgttagttatctattgctgtgtaac
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=521227.000000
s hg19.chr21    14727204 358 +  48129895 aaattaaaacttaatggcttgaaacaaatatttgttttctcatagtttatgtggctcaggagcctggacatggttcagcacagtgtttttggtcagaattcctcatgagg-tgcaatcaaggtgtagcccagagctgtagtcatctatctcaatattcaactcagaaagggatccaccttagatcctcactggctgttatcaggacctatcacttccttaccacatggacctctccatagcactgcttacaatattacagtctgtttcccacggagcaagaaatc--agagtgtgagataaagtacccaaaatggaagccacaggtttgtttgtttgttttaatatatataacctagtttc
s panTro2.chr18  1568520 358 +  77261746 aaattaaaacttaatggcttgaaacaaatatttgttttctcatagtttatgtggctcaggagcctggacatggttcagcacagtgtttttggtcagaattcctcatgagg-tgcaatcaaggtgtagaccagggctgtagtcatctatctcaatattcaactcagaaagggatccaccttagatcctcactggctgttatcaggacctatcacttccttaccacatggacctctccatagcactgcttacaatattacagtctgtttcccacggagcaagaaatc--agagtgtgagataaaatacccaaaatgtaagccacaggtttgtttgtttgttttaatatatataacctagtttc
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46022950 361 +  99152023 aaattaaaacttaatggcttgaaacaaatatttgttttctcatagtttatgtggctcaggagcctgggcatggttcagcacagtgtttttggtcagaattcctcatgaggctgcaatcaaggtgtagaccagggctgtagtcatctatctcaatattcaactcagaaagggatccaccttagatcctcactggctgttatcaggacctatcacttccttaccacatggacctctccatagcactgcttacaacattacagtctgtttcccacagagcaagaaatcagagagtgtaagataaagtacccaaaatggaagccacaggtttgtttgtttgttttaatatatataacctagtttc
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27827970 352 + 169801366 aaattaaaacttaatggcttgaaacaaatatttgttttctcatagtttatgtggctcaggaacctgggcatggttcagcacagtgtttttggtcagaattcctcatgaggctgcaatcaaggtgtcgaccagggctgtagtcatctacctcaatattcaactcagaaagggatccaccttagatcctcactggctgttgtcaggacctatcacttccttaccatgtggacctctccacagcactgcttacaacattacagtctgtttcccacagagcaagaaatcagagagtgtgagataaagtacccaaaatggaagccacaggtttg---------tttaacatatataacctagttcc
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=258519.000000
s hg19.chr21    14727562 159 +  48129895 aaaagtgatgttacctctgcctacactcatgaggagggtattatacaaaggcatacataccagaaagcagggatcactggaagccattttacaggctgcctaATCCAAGTCATAAACTAGATGtttttaatgtcactgccataaactgggattctacag
s panTro2.chr18  1568878 159 +  77261746 aaaagtgatgttacctctgcctacactcatgaggagggtattatacaaaggcatacataccagaaagcagggattactggaagccactttacaggctgcctaATCCAAGTCATAAACTAGATGTTTTTAATGTCACTGCCATAAACTGGGATTCTACAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46023311 159 +  99152023 aaaagtgatgttacctccgcctacactcataaggagggtattatacaagggcatacataccagaaagcagcgatcactggaagccattttacaggctgcctaATCCAAGTCATAAACTAGATGtttttaatgtcactgccataaactgggattctacag
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27828322 159 + 169801366 aaaactgatgttacctctgcctacactcatgaggagggtattatacaagggcatacacaccagaaggcggggatcactggaagccattttacaggctgcctaATCCAAGTCATAAACTAGATGTTTTTAATGTCACTGCCATAAGCTGGGATTCTACAG
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=5861.000000
s hg19.chr21    14727721 11 +  48129895 ggtctaatgag
s panTro2.chr18  1569037 11 +  77261746 GGTCTAATAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46023470 11 +  99152023 ggtctaataag
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27828481 11 + 169801366 GGTCTAATAAG
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=322568.000000
s hg19.chr21    14727732 182 +  48129895 agtaattcatggctttcaGTGGGGATCCATTCAGCAGAGAAAGAGATGAAATATGTATATTCTCTGTGGAAACATTCTTGATTCTTCCTTGAAGGATACTGCGTGGTCCATTCCTACACAGGATAATTAAGAAAAGGTTTGAAC--CAATCTGGACTTCCTATTAGCCTGAGATGTGGCTACTT
s panTro2.chr18  1569048 182 +  77261746 AGTAATTCATGGCTTTCAGTGGGGATCCATTCAGCAGAGAAAGAAATGAAATATGTATATCCTCTGTGGAAACATTCTTGATTCTTCCTTGAAGGATACTGCGTGGTCCATTCCTACACAGGATAATTAAGAAAATGTTTGAAC--CAATCTGGACTTCCTATTAGCCTGAGATGTGGCTACTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46023481 182 +  99152023 actaattcatggctttcaGTGGGCATCCATTCAGCAGAGAAAGAGATGAAATATGTATATTCCCTGTGGAAACATTCTTGATTCTTTCTTGAGGGATACTGCGTGGTCCATTCCTACACAGGATAATTAAGAAAAGGTTTGAAC--CAATCTGGACTTCCTATTAGCCTGAGATGTGGCTACTT
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27828492 184 + 169801366 CGTAATTCATGGCTTTCAGTGGAGATCCATTCAGCAGAGAAAGAGATGAAATATGTATATTCTCTGTGGAAACATTCTTGATTCTTCCTTGAGGGATACTGCGTGGTCCATTCCTACACAGGATAATTAAGAAAAGGTTTGAACCACAGTCTGGACTTCCTATTAGCCTGAGATGTGCCTACTT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=434113.000000
s hg19.chr21    14727914 180 +  48129895 AGAACTTCCAATGAAGCTGGAAAACTAACAATATGCCTTTGCCTCCACATGAAGCAAATTACCCTGCCATCAGACTCAACATGAAGATAATCCTCCCTTTGGCTGCCCTACCTCAAGAGAATAAGATCATAGATTCCAGCTGGAATTCCTCTGGGCCATAGAGTGTTTTGTTCTAGATGC
s panTro2.chr18  1569230 180 +  77261746 AGAACTCCCAATGTAGCTGGAAAACTAACAATATGCCTTTGCCTCCACATGAAGCAAATTACCCTGCCATCAGACTCAACATGAAGATAATCCTCCCTTTGGCTGCCCTACCTCAAGAGAATAAGATCATAGATGACAGCTGGAATTCCTCTGGGCCATAGAGTGTTTTGTTCTAGATGC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46023663 180 +  99152023 AGAACTCCCAATGTAGCTGGAAAACTAACAATATCCCTTTGCCTCCACATGAAGCAAATTACCCTGCCATCAGACTCAATGTGAAGATAATCCTCCCTGTAGCTGCCCTACCTCAAGAGAATAAGATCATAGAGGCCAGCTGGAATTCCTCTGGGCCATAGAGTGTTTTGTTCTAGATGC
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27828676 180 + 169801366 AGAACTCCCAATGTAGCTGAAAAACTAACAATATCCCTTTGCCTTCACATGAAGCAAATTACCCTGCCATCAGACTCAATGTGAAGATAATCCTCCCTTTAGCTGCCCTGCCTCAAGAGAATAAGATCATAGATGCCAGCTGGAATTCCTTTGGGCCATAGAGTGTTTTGTTCTACACAA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=127547.000000
s hg19.chr21    14728094 52 +  48129895 TGAAGGCAATCAGCCACCATTTACCCAAGACCGTCTGAGAATAAGACCTAAA
s panTro2.chr18  1569410 52 +  77261746 TGAAGGCAATCAGCCACCATTTACCCAAGACCATCTGAGAATAAGACCTAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46023843 52 +  99152023 TGAAGGCAATCAGCCACCATTTACCCAAGACCATCTGAGAATAAGACCTAAA
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27828856 52 + 169801366 TGAAGGCAATAAGCCACAATTTACCCAAGACCATCTGAGAACAAGACCTAAA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=75696.000000
s hg19.chr21    14728146 62 +  48129895 AAGACTTGAAAACAATTGATTTCAATGGTAGGTACACACTGGTATCCCCTGTTCCGTATATA
s panTro2.chr18  1569462 62 +  77261746 AAGACTTGAAAACAATTGATTTCAATGGTAGGTACACACTGGTATCCCCTGTTCCATATATA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr15 46023895 62 +  99152023 AAGACTTGAAAACAATTGATTTCAATGGTAGGTACACACTGGTATCCCCTGTTCTCtatata
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  27828908 62 + 169801366 AAGACTTGAAAACAATTGATTTCAATGGTAGGTGCACACTGGTATCCCCTGTTCtatatata
i rheMac2.chr7  C 0 I 213

a score=-17629.000000
s hg19.chr21    14728208  67 +  48129895 TCTATAGATATATAGATATA--------AACAGAACAGGAGatatacatatatatatatatatatatatatagag
s ponAbe2.chr15 46023957  73 +  99152023 tctatagatatatagatatatagatatttatagaacaggag--atacatatatatatatagagagagagagagag
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1569524  59 +  77261746 TCTATAGATATATAGATATA--------TACAGAACAGGAG--------ATATATATATGAagagagagagagac
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  27828970 213 + 169801366 I

a score=3240.000000
s hg19.chr21    14728275 36 +  48129895 agagagagagagag----agagagacagagagagagaaag
s rheMac2.chr7  27829183 36 + 169801366 agagagagagagag----aaagagagagagagacagagag
i rheMac2.chr7  I 213 C 0
s ponAbe2.chr15 46024030 40 +  99152023 agagacagagacagagagagagaaagagagagagagacag
i ponAbe2.chr15 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1569583 36 +  77261746 agagacagagagag----agagagacagagacagagaaag
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=617045.000000
s hg19.chr21    14728311 387 +  48129895 agagagagag--agagagagagagagaCAcctaggccccaactcaggccaattacatcagtgtatatgacaggtggcccatgcagtggtattttaaaaattccccagaagattctaatgtgcctctgcagttgagaactaATTAGGTAAATGCAAACAACAACAAAAACC-AAAAAACCTCTTCAGAAACTATGCCTGCTTCTTCATCTTTGTCTCTTCTTTAAACACCTTGAAAGGCCTTATTCCCTCCCAGCCCTTCCTGCCCCTAGGTTTTCCTAGATGCCTCCATATTTTCTGCTATGCACAACTGGGGCTCACAGGAAATGTAGGCACTAGAAAGAGAGTTACAATTGTTTTTGCATCAGAATGATTATGGAACAgaaaagggca
s rheMac2.chr7  27829219 376 + 169801366 tgagacagag--agagaaagagagagagagTTaggccccaacgcaggccagttacatcagtgtatatgagaggcggcccatgcagtggtatttttaaaattccccagcagattctaatgtgcctctgcagttgagaactaATTAGATAAATACAAACAACAACAAAAACCAAAAAAACCTCTTCTGAAACTATGCCTGCTTCTTCATATTTGTCTCTTCTTTAAACACCTTGAAAGGCCTTATACCCTCCCAGTCCCTCCCGCCCCTAGGTTTTCCTAGATGCCTCTGTATTTTCTGCTATTCACCACTGGGGCTCACAGGAAATGCACACACTAGAAAGAGAGCTACAATTGTTTTTGCATCAGAGTGATTATGGAA------------
i rheMac2.chr7  C 0 n 0
s ponAbe2.chr15 46024070 375 +  99152023 agacagagac--agagagagagagagagacctaggccccaacgcaggccaattacatcagtgtatatgacaggtggcccatgcagtggtattttaaaaattccccagaagattctaatgtgcctctgcagttgagaactaATTAGGTAAATGCAAACAACAACAAAAACC-AAAAAACCTCTTCAGAAACTATGCCTGCTTCTTCATTTTTGTCTCTTCTTTAAACATCTTGAAAGGCCTTATTCCCTCCCAGCCCCTCCTGCCCCTAGGTTTTCCTAGATGCCTCCATATTTTCTGCTATTCATAACTGGGGCTCACAGGAAATGTAGACACTAGAAAGAGAGTTACAACTGTTTTTGCATCAGAATGATTATGGAA------------
i ponAbe2.chr15 C 0 N 0
s panTro2.chr18  1569619 389 +  77261746 agagagagagacagagagagagagagacacctagaccccaactcaggccaattacatcagtgtatatgacaggcggcccatgcagtggtattttaaaaattccccagaagattctaatgtgcctctgtagttgagaactaATTAGGTAAATGCAAACAACAACAAAAACC-AAAAAACCTCTTCAGAAACTATGCCTGCTTCTTCATCTTTGTCTCTTCTTTAAACACCTTGAAAAGCCTTATTCCCTCCCAACCCTTCCTGCCCCTATGTTTTCCTAGATGCCTCCGTATTTTCTGCTATGCACAACTGGGGCTCACAGGAAATGTAGGCACTAGAAAGAGAGTTACAACTGTTTTTGCATCAGAATGATTATggaatagaaaaaggca
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=6672.000000
s hg19.chr21    14728698 69 +  48129895 tttcatgcaaatggacaccaaaagccagcagcagtagctattctcatatgagacaaaacaaactttaaa
s panTro2.chr18  1570008 69 +  77261746 tttcatgcaaatggacaccaaaagcgagcagcagtagctattctcatatgagacaaaacaaactttaaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  27829595  0 + 169801366 I

a score=160485.000000
s hg19.chr21    14728767 1805 +  48129895  
s panTro2.chr18  1570077 1798 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 I 871
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a score=190811.000000
s hg19.chr21    14730572 2224 +  48129895  
s panTro2.chr18  1572746 2148 +  77261746  
i panTro2.chr18 I 871 C 0
e rheMac2.chr7  27829595    0 + 169801366 I

a score=270002.000000
s hg19.chr21    14732796 599 +  48129895  
s ponAbe2.chrUn 65475709 578 -  72422247  
i ponAbe2.chrUn N 0 C 0
s rheMac2.chr6    214311 567 - 178205221  
i rheMac2.chr6  n 0 I 135
s panTro2.chr18  1574894 599 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=75025.000000
s hg19.chr21    14733395 143 +  48129895 TTCTCTGTGTTGCATTTAGCCAGGCCCTCATTTCTAACCACAGGGTAGAAAATCAAGTTAACAAAGACCGTGTTTTGTCCTTCTATTTCCATACGGACGTCATGTTTCACACCTGCACTCCTGTCTGCTCGGTTCCACAAAGG
s panTro2.chr18  1575493 143 +  77261746 TTCTCTGTGTTGCATTTAGCCAGGCCCTCATTTCTAACCACAGGGTAGATAATCAAGTTAACAAAGACCGTGTTTTGTCCTTCTATTTCCATATGGACGTCATGTTTCACACCTGCACTCCTGTCTGCTCGGTTCCACAAAGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 65476287 143 -  72422247 TTCTCTGTGTTCCATTTAGCCAGGCCCTCATTTCTAACCACAGGGTAGATAATCAAGTTAACAAAGACTGTGTTTTGTCCTTCTATTTCCATATGGACGTCATGTTTCACACCTGCACTCCTGTCTGCTCGGTTCCACAAAGG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr6    215013 143 - 178205221 ttccctgtgttccattcagccaggccctcacttctcaccacagggcagataatcaagttgaCAAAGACTGTGTTTTGTCCTTCTATGTCCATATGGACGTCATGTTCCACACCTGCACTCATGTCTGCTCGGTTCCACAAAGG
i rheMac2.chr6  I 135 C 0

a score=54871.000000
s hg19.chr21    14733538 111 +  48129895 GAGAGTAACCACTGAGTGCATTTTAAATGTTCTTTGACTGCTTGCGTTTTCAAAAGCACAGCACACGAGCATCTCGGTCAAGATGAGCTGGTAGGACCTCTCCTGACACCC
s rheMac2.chr6    215156 111 - 178205221 GAGAATACCCACTGAGTGAATTTTAAATGTTCTTGCGCTGCTTGTGTTTTCCAAAGCACAGCATACGAGCATCTTGGTCAGGATGAGCTGGTAGGACCTCTCCTGACACCC
i rheMac2.chr6  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 65476430 110 -  72422247 GAGAGTATCCACTGAGTGCATTTTAAATGTT-TTGCACTGTTTGCGTTTTCAAAAGCACAGCACACGAGCATCTCGGTCAAGATGAGCTGGTAGGACCTCTCCTGACACCC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1575636 111 +  77261746 GAGAGTAACCACTGAGTGCATTTTAAATGTTCTTTGACTGCTTGCATTTTCAAAAGCACAGCACACGAGCATCTTGGTCAAGATGAGCTGCTAGGACCTCTCCTGACACCC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=898090.000000
s hg19.chr21    14733649 1786 +  48129895  
s panTro2.chr18  1575747 1753 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 65476540 1798 -  72422247  
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i rheMac2.chr6  C 0 C 0

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i rheMac2.chr6  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr6  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr6  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr6    218103 705 - 178205221  
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr6    219117 137 - 178205221 aaaaGTTTAATTAAATGTCTACATAATGGAAAGTTATGTAAACATCATTAATTGTTAAGTTTGATGTTCATAAAAATTGTATTACACTTAAAAACAATTTGTTCCTTAGAATTACTCACTTTGAAAGGGATTTCAAA
i rheMac2.chr6  I 309 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr6  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr6  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr6  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr6  C 0 I 136
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr6  I 136 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr6  C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1582594 197 +  77261746 ------ctgtgggtcagggtgtgagggtgagggtgtgccagtgtgggtgggggtgtgtgggtaggggtgTGCAGGTGAGGgtgtgtgggtgagggtgtgtgggtaggggtgtgtgggtgagcgtgtgtgggtgagcgtgtgtgggtgagggtgtgtgggtgagggtgtgcgggtgagggtgtgtgGTTGAGGGTGCGTgggtg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr6  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr6  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14741969 79 +  48129895 aTAAGATGGGAAAGCTATGTTCCTAACATTTTTCAAATGATAGTTCATACTAAAGAATGTTACCAATACTAATGCACAA
s rheMac2.chr6    223718 79 - 178205221 ataaTATGGGAAAGCTATGTTGTTAACATTTTTCAAATGATAATTCATACTAAAAAAAGTTACCAATACTAATGCGCAA
i rheMac2.chr6  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 65484588 69 -  72422247 ataaGATGGGAAAGCTATGTTCTTAACATTTTTCAAATGATAACTCATAC----------TACCAATACTAATGCACAA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1584046 79 +  77261746 aTAAGATGGGAAAGCTATGTTCCTAACATTTTTCAAATGATAATTCATACTAAAGAATGTTACCAATACTAATGCACAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=123881.000000
s hg19.chr21    14742048 260 +  48129895 AGCATTTTATAACTTTTAGACTATTAATAAAAGGTAAGACATGAAAACTGAAGTATTTGTAATCATGCTTAATACTGGAAGTTCCTATACCTGCAATGTAGCAGCTAATTATACAAAAATTTAATAAATGACAAAATAAAATTTTGCAAACAGATTTGTAAAAACCAGAAAGATATTTGTATTGGCAATTAATGTAACataattaaaaataatttattatGGTCATCTGCTAAATGCTAATTAATGTAAAATGTTAAAAG
s panTro2.chr18  1584125 256 +  77261746 AGCATTTTATAAATTTTAGACTATTAATAAA----AAGACATGAAAACTGAAGTATTTGTAATCATGCTTAATATTGGAAGTTCCTATACCTGCAATGTAGCAGCTAATTATACAAAAATTTAATAAATGACAAAATAAAATTTTGCAAACAGATTGGTAAAAACCAGAAAGAAACTTGTATTGGCAATTAACATAACATAATTAAAAATAATTTGTTATGGTCATCTGCTAAATGCTAATTAATGTAAAATGTTAAAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 65484657 255 -  72422247 AGCATTTTATAAGTTTTAGACTATTAATAAA----AAGACACGAAAACTGAAGTATTTGTAATCATGCTTAATATTGGAAGTTCCTATACCTGCAATGTAGCAACTAATTATACAAAAA-TTAATAAATGACAAAATAAAATTCTGCAAACAGATTTGTAATAACCAGAAAGAAATCTGTATGGGCAATTAATGTAACATAATTAAAAATAATGTGTTATGGTCATCTGCTAAATGCTAATTAATGTAAAATGTTAAAAG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr6    223797 254 - 178205221 AGCATTTCATAAG-TTTAGACTATTAATAAA----AAGACATGAAAACTGAAGTATTTGTAATCACGCTTAATATTAGAAGTTCCTATACCTGCAATGTAGCAACTAATTATACAAAAATTTAATAAATGACAAAATAAAATTTTACAAACAGATTTGTAATAATCAGAAAGAAATCTGAATTGGCAATTAATGTAACATAATT-CAAATAATTTGTTATGGTCATCTGCTAAATGCTAATTCATATAAAACATTAAAAG
i rheMac2.chr6  C 0 C 0

a score=22886.000000
s hg19.chr21    14742308 38 +  48129895 ATTATTTTAATTATGACATCTTAACTTTTAATGGCttt
s rheMac2.chr6    224051 38 - 178205221 ATTATCTTAATTATGACATCttaatttttaatagtttt
i rheMac2.chr6  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 65484912 34 -  72422247 ATTATTTCAATTATGACATCT----TTTTAACGGCttt
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1584381 38 +  77261746 ATTATTTTAATTATGACATCTTAACTTTTAATGGCttt
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=1079007.000000
s hg19.chr21    14742346 2254 +  48129895  
s panTro2.chr18  1584419 2264 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 65484946 2247 -  72422247  
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr6    224089 2251 - 178205221  
i rheMac2.chr6  C 0 I 17

a score=345138.000000
s hg19.chr21    14744600 756 +  48129895  
s panTro2.chr18  1586683 756 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 65487193 744 -  72422247  
i ponAbe2.chrUn C 0 N 0
s rheMac2.chr6    226357 739 - 178205221  
i rheMac2.chr6  I 17 n 17

a score=104431.000000
s hg19.chr21    14745356 1182 +  48129895  
s panTro2.chr18  1587439 1242 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 I 5860
e rheMac2.chr6    227096   17 - 178205221 I

a score=0.000000
s hg19.chr21    14746538  587 +  48129895  
e rheMac2.chr6    227096   17 - 178205221 I
e panTro2.chr18  1588681 5860 +  77261746 I

a score=100.000000
s hg19.chr21    14747125    1 +  48129895 g
e rheMac2.chr6    227096   17 - 178205221 I
e panTro2.chr18  1588681 5860 +  77261746 I

a score=0.000000
s hg19.chr21    14747126  359 +  48129895 gggagatgaaggagcaaaagaggatgatgagagcgggagatggaaaaaaggctggccagggtgagggagaaaagacggtggggaaaagttttggggtagatgggtggggaaaacggaagtaagcggtaaagtatagaaggctttgcaaaaaggcagtggggaaaaatggtggggaaaaagttttgaggtagatggaggaagaaaaagggtggtgagagagggagccaaagatggtcagggaaaaTATtcctgttactgattttttaatactcttccactctgctcagaaaaaataactgatatgatttcaGGGTTTTtttgttttggtttggtttggtttggttttttgagacggagtc
e rheMac2.chr6    227096   17 - 178205221 I
e panTro2.chr18  1588681 5860 +  77261746 I

a score=182.000000
s hg19.chr21    14747485    2 +  48129895 tt
e rheMac2.chr6    227096   17 - 178205221 I
e panTro2.chr18  1588681 5860 +  77261746 I

a score=0.000000
s hg19.chr21    14747487 3755 +  48129895  
e rheMac2.chr6    227096   17 - 178205221 I
e panTro2.chr18  1588681 5860 +  77261746 I

a score=82922.000000
s hg19.chr21    14751242 1285 +  48129895  
s panTro2.chr18  1594541 1319 +  77261746  
i panTro2.chr18 I 5860 I 84
e rheMac2.chr6    227096   17 - 178205221 I

a score=0.000000
s hg19.chr21    14752527 83 +  48129895 acgacacacaatctgggaactgaggggcgcctctgcctggctgcgccatctgggaagtgaagagcgcctctgcccagctgccc
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I
e panTro2.chr18  1595860 84 +  77261746 I

a score=14465.000000
s hg19.chr21    14752610 215 +  48129895 cgtctgggaggtgaggagCgcctctgcctgacctccgccccatctgggaattggggagtgccatttctcagccgccccatctgggaagtgaggagcacctttctctggctgccaatcatctgggaggtgagaagcgcctcttcacggatgacacaccatctgggaagtgaggagcacctctgcctggccgccccatctgggaagtgaggagcacc
s panTro2.chr18  1595944 215 +  77261746 CATCTGGGAGGTGAGGAGCGCCTATGCGCGGATGACACACAATCTGGGAAGTGAGGAGAACCTCTGCCCAGCTGCCCTGTCTGGGAGGTGAGGAGCGCCTCTGCCCGGCTGCCCATCATCTGGGAGGTGAGGAGCACCTCTGCACGGATGACACACCATCTGAGAAGTGAAGAGAGCCTCTGCCCGGCCGCCCCATCTGGGATGTGAGGAGCACC
i panTro2.chr18 I 84 I 16
e rheMac2.chr6    227096  17 - 178205221 I

a score=0.000000
s hg19.chr21    14752825 14 +  48129895 tcttcctggtctcc
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I
e panTro2.chr18  1596159 16 +  77261746 I

a score=93758.000000
s hg19.chr21    14752839 1231 +  48129895  
s panTro2.chr18  1596175 1239 +  77261746  
i panTro2.chr18 I 16 C 0
e rheMac2.chr6    227096   17 - 178205221 I

a score=-1003.000000
s hg19.chr21    14754070 14 +  48129895 gtg--tgtTCGTGGAT
s panTro2.chr18  1597414 16 +  77261746 gtgcgtgtttgtgGAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=42462.000000
s hg19.chr21    14754084 468 +  48129895 AGTTTCTCCTAGCTAACCATAAGACAGGAACTTGGAGTCTTGGGACAGGAAGAGAGAAAAGAGGGGAGAA-GTATCCTGAACCAAGTATAGAGTTGTCAATCTCTTAACTAGAAGGTTCAATAGTTGGGATTTATTTCCACAAAACAAGGAAATTTGTGTTTTTATAAGTACATAAAAGTGTTCCTGTCTGTCTAGGCTTGTACTTAAATGGGAGACTATAAACTCTATTGTCCAGTATTTTACTGAAAACTGTGTATGACACTCTACAGTCCATTGTGACATTCCTACAGCCAAGAAAAATAACTGAAAACACTGAACGTGTCAGGGATCCATGATAAGGATTCATTTCTGGAGCAAAGACTGGTCTTGTGAAGAAAGGACCTGTCCCCTTCTCATGCATGGGATTCTACCCCCATCCCACACACCAGAAGCACTGCCAGGACATCTCTGCACTATGCTGTGAAGTGG
s panTro2.chr18  1597430 469 +  77261746 AGTTTCTCCTAGCTAACCATAAGACAGGAACTTGGAGTCTTGGGACAGGAAGAGAGAAAAGAGGGGAGAAAGTATCCTGAACCAAGTATAGGGTTGTCAATCTGTTAACTAGAAGGTTCAATAGTTGGGATTTATTTCCACAAGACAAGGAAATTTGTGTTTTTATAAGTATATAAAAGTGTTCCTGTCTGTCTAGGCTTGTACTTAAATGGGAGACTATAAACTCTATTGTCCAGTATTTTACTGAAAACTATGTATGACACTCTACAGTCCACTGTGACATTCCTACAGCCAAGAAAAATAACTGAAAACACTGAACGTGTCAGGGATTCATGATAAGGATTCATTTCTGGAGCAAAGACTGGTCTCGTGAAGAAAGGACCTGTCCCCTTCTCATGCATGGGATTCTACCCCCATCCCACACACCAGAAGCACTGCCAGGACATCTCTGCCCTATGCTGTGAGGTGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096  17 - 178205221 I

a score=-135.000000
s hg19.chr21    14754552 15 +  48129895 GTGGTTTAGGGTACC
s panTro2.chr18  1597899 15 +  77261746 GTGGTTTAGGGTACC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=3497.000000
s hg19.chr21    14754567 21 +  48129895 ATTGTTATATGACTTTTATCA
s panTro2.chr18  1597914 21 +  77261746 ATTGTTATATGACTTTTATCA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=7589.000000
s hg19.chr21    14754588 84 +  48129895 TTTTAGTTCTGTACATCCTATCTTGGGAAGTAAATTTTTGGTTATTTCTTTTCATTTTGCCTTTTCTTCTTGTTTAACTTTAAA
s panTro2.chr18  1597935 84 +  77261746 TTTTAGTTCTGTACATCCTATCCTGGGAAGTAAATTTTTGGTTATTTCTTTTCATTTTACCTTTTCTTCTTGTTTAACTTTAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=3010.000000
s hg19.chr21    14754672 28 +  48129895 ATGGAAAAAGAAGCAAATGTTCACAATA
s panTro2.chr18  1598019 28 +  77261746 ATGGAAAAAGAAGCAAATGTTCACAATA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=-2033.000000
s hg19.chr21    14754700 26 +  48129895 AACTTTACTGTTTAATCTGAAAAAAA
s panTro2.chr18  1598047 26 +  77261746 AACTTTACTGTTTAATCTGAAAAAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=110290.000000
s hg19.chr21    14754726 114 +  48129895 AAGAAAAACATTGCAGAATGACAGCCACAGTTTTAAAAATAAGCACATTATAAAGATAATAAAATTGTAATAAAACTAATTATAATGAACATATAAAAGAAGTCTTCCCGTGGA
s panTro2.chr18  1598073 114 +  77261746 AAGAAAAACATTGCAGAATGACAGCCACAGTTTTAAAAATAAGCACattataaaaataataaaattgtaataaaactaattataatGAACATATAAAAGAAGTTTTCCCATGGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89630251 111 - 133410057 AAGAAAAACATTGCAGAATTATAGCCACAGTTTTAAAAATAAGCACATTATA---ATGATAAAATTGTAATACAACAAATTATAATGAACATATAAAAGATGTCTCCCCATGGA
i ponAbe2.chr10 N 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096  17 - 178205221 I

a score=303373.000000
s hg19.chr21    14754840 172 +  48129895 TAGTAGTATCATAAAACAATTTATATTATTTAACCAGTTATAGACTCACTGTTGGCATGTTACATTTAACACACACTTGACTTTTGATTTGAAATCATTTCCTCATTAAATCCTGTATCTCACCTTTGAGATTAATGTGATAATGTGATGTAGCCTCTATTGATGCCTCAGA
s panTro2.chr18  1598187 172 +  77261746 TATTAGTATCATAAAACAATTTATATTATTTAACCAGTTATAGACTCACTGTTGGCATGTTACATTTAACACACACTTGACTTTTGATTTGAAACCATTTCCTCATTAAATCCTGTATCTCACCTTTGAGATTAATGTGATAATGTGATGTAGCCTCTATTGATGCCTCAGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89630362 172 - 133410057 GATTAGTATCATAAAACAGTTTATATTATTTCACCAGCTATAGATTCACTGTTGGCATGTTACCTTTAATACATACTTGACTTTCAATTCAAAATCATTTCTTCATTAAATCCTGTACCTCAACTTTGAGATTAATGTGGTAATGTGATGCAGCTTCTAGTGAAGCCTCAGA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096  17 - 178205221 I

a score=-30611.000000
s hg19.chr21    14755012 35 +  48129895 GAGTGAGAACGTGATGTAACCTTTAGTGAAGCCTC
s panTro2.chr18  1598359 35 +  77261746 GAGTGAGAATGTGATGTAACCTCTAGTGAAGCCTC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89630534  3 - 133410057 --------------------------------CAC
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=73477.000000
s hg19.chr21    14755047 32 +  48129895 ACACTGTTTATTAAGATCAGCCAATTTTTTTT
s panTro2.chr18  1598394 32 +  77261746 ACACTGTTTTTTAAGATCAGCCAATTTTTTTT
i panTro2.chr18 C 0 I 225
s ponAbe2.chr10 89630537 32 - 133410057 ACATTGTTTATTGAGATCAGCCAATTTTTTTT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=94023.000000
s hg19.chr21    14755079 79 +  48129895 GAAGTTGTCTCACAATGACCTGACAAGACATTTTTTTGAT---TTTGTGAATCATCTTATCAAATTAACAATATTTACTTTC
s ponAbe2.chr10 89630569 73 - 133410057 GATGTTGTCTCACAGTGACCTGACAAGACATGTTTGTTATTGATTTGTA---------ATCAAATTAACAATATTTACTTTC
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1598651 79 +  77261746 GAAGTTGTCTCACAATGACCTGACAAGACATGTTTTTGAT---TTTGTAAATCATCTTATCAAATTAACAATATTTACTTTC
i panTro2.chr18 I 225 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=178463.000000
s hg19.chr21    14755158 204 +  48129895 AAAAATATCCCCAAATATATTGATTCAGTTTATTTTCTTCATTTGTGCACATTGCTGCTTGTTAGTGAATTTACTTAAGGACACAAGAAGGTGCAATCTTTCTGCCAAATTGGTACTGTCTTACTAGACACAAGATTCATCTCACTAGTAATTTTTTCCCTTAATGAATCTGTAGTTCTTCACAACTTACTGAAGTCTCAAAAA
s ponAbe2.chr10 89630642 202 - 133410057 AAAAA-ATCCCCAAATATATTGGTTCAGCTTATTTTCTTTATGTGTACACATTCCTGCTTATTACTGAATCCACTTAAGGACACAAGAAGGTATTATCTTCCTGCCAAACTGGTACTCTCTTACTAGACACCAGATTCATCCCACTAGTCA-TTTGTCCCGTAATGAATCTGTAATGCTTCACAACTTACTGAAGTCTCAAGAA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1598730 204 +  77261746 AAAAGTATCCCCAAATATATTGATTCAGTTTATTTTCTTCATTTGTGCACATTGCTGCTTGTTAGTGAATTTACTTAAGGACACAAGAAGGTGTAATCTTTCTGCCAAATTGGTACTGTCTTACTAGACACAAGATTCATCCCACTAGTAATTTTTTCCCTTAATGAATCTGTAATTCTTCACAACTTACTGAAGTCTCAAAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096  17 - 178205221 I

a score=37118.000000
s hg19.chr21    14755362 39 +  48129895 AAAAA--------GGCAGGACTAGTGGTGGTAAATTCTACACAGTGG
s ponAbe2.chr10 89630844 42 - 133410057 AATATGTG-----GGCAGGACTAGTGGTGGTAAATTCTATGCTGTGG
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1598934 47 +  77261746 AAAAAAAAAAAACGGCAGGACTAGTGGTGGTAAATTCTACACAGTGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=152936.000000
s hg19.chr21    14755401 108 +  48129895 AATTCTTTCCTTCTTCTGTATTAGAAGCACAAATCAACATCAAAGTTCCTCACATATtcaatcacctgctgaaaattttccaatagatttttatctcagaataaaagt
s ponAbe2.chr10 89630886 107 - 133410057 AATGCTTTCCTTCTTTTTTATT-GAAGCACAAATCAACATCAAAGTTCCTCACATACtcaatcacctggtgaaatttttccaacaggtttctatctcagaataaaagt
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1598981 108 +  77261746 AATTCTTTCTTTCTTCTGTATTAGAAGCACAAATCAACATCAAAGTTCCTCACATATtcaatcacctgctgaaatttttccaatagatttttatctcagaataaaagt
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096  17 - 178205221 I

a score=-15729.000000
s hg19.chr21    14755509 24 +  48129895 aattttatttcaaa--ctttacaggc
s ponAbe2.chr10 89630993 26 - 133410057 atttttgtttcaaaggctttagaggc
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1599089 24 +  77261746 atttttatttcgaa--ctttacaggc
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr6    227096 17 - 178205221 I

a score=340901.000000
s hg19.chr21    14755533 228 +  48129895 ccttggtaacctggtctccacatccctcctgacctcagctcctatgtttctctcctctactcacttcTTTTGTACTATACATGAACCCTGCCACCCCTTATGAATTGAAAAATGGGGATCCAATGCAAAGCTAATAAATCACAGATAGCTACAATCATCTTTCTGTGGGACAAAGTTCTATCCACATGATAGTTTTTGAGCCTTGAAATAGAAATTATGAGCAAATGA
s ponAbe2.chr10 89631019 228 - 133410057 cctaggtaacctggtctccacatccctcctgacctcagctgctaagtttctctcctctactcactTTTTTTGTACTATACATGAACCCTGCCACCCCCTATGAATTGACAAATGGGGATCCAATGCAAAGCTAATAAATCACACATAGCTACAATGATCTTTCTCTGGGACAAAGTTCTATCCACATGACAGTCTTTGAGCCTTGAAATAGAAATTATGAGCAAATTA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1599113 228 +  77261746 ccttggtaacctggtctccacatccctcctgacctcagctcctgtgtttctctcctctactcacttcTTTTGTACTATACATGAACCCTGCCACCCCTTATGAATTGAAAAATGGGGATCCAATGCAAAGCTAATAAATCACAGATAGCTACAATCATCTTTCTGTGGGACAAAGTTCTATCCACATGATAGTTTCTGAGCCTTGAAATAGAAATTATGAGCAAATGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37534815 210 + 133323859 ------------GGTCTCCACATCCTTTCTGACCTCAGCTGCTATGTTTCTCTCCTCTACTCACTTCTTTTGTACTATACATGAACCCTGCCACCTCTCATGAGTTGAAAAATGGGGATCCAAGGCAAAGCTAATAAATCACAGATAGCCACAATGATCTTTCTCTGGGACAAAGTTCTATTCACA------TCTCTGAGCCTTGAAATAGAAATTATGAGCAAATTA
i rheMac2.chr9  n 17 C 0

a score=215474.000000
s hg19.chr21    14755761 124 +  48129895 TTTGTAACAATATTCAAAATAAATTATGAATACCAGTGGGGTGATTAAATCAAATTTGATATTGCTAAAATCCACTACATTTGTCCTAAGGTATTATTTAACAAAACACAGATGCCTTTAAAAA
s ponAbe2.chr10 89631247 124 - 133410057 TTTGTAACAATATTCAAAGTAAATTATAAATACAAGTGGGATGATTAAATCAAATTTGATATTGCTAAAATTCACTACATTTGTCCTAAGCTATTATTTAATAAAACACAGATGCCTTTAAAAA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1599341 124 +  77261746 TTTGTAACAATATTCAAAATAAATTATGAATACCAGTGGGGTGATTAAATCAAATTTGATATTGCTAAAATCCACTACATTTGTCCTAAGGTATTATTTAACAAAACACAGATGCCTTTAAAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37535025 124 + 133323859 TTTGTAACAATATTCAAAATAAATTATAAATACCAGCGGGGTGATTAAATCAAATTTGATATTGCTAAAATTCACTACATTTGTCCTAAGATATTATTTAACAAAACGCAGATGCCTTTAAAAA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=178908.000000
s hg19.chr21    14755885 83 +  48129895 ATTGAG--GTTTTAACAATACATAATTTCAGATTCAAATATGTTCAGA-TTAAGTCAAATTGACATAAATGAAAATAAAATTCTAC
s rheMac2.chr9  37535149 85 + 133323859 ATTGAGAGGTTATAACAATACATAATTTGAGATTCAAATATGTTCAGA-TTAAGTCAAATTGACATAAATGAAAATAAAATTCTAC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89631371 86 - 133410057 ATTAAGTTGTCATAACAGTACATAATTTGCGATTCAGATATGTTCAGATTTAAGTCAAATTGGCATAAACGAAAATAAAATTCTAC
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1599465 85 +  77261746 ATTGAGAAGTTTTAAAAATACATAATTTCAAATTCAAATATGTTCAGA-TTAAGTCAAATTGACATAAATGAAAATAAAATTCTAC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=40381.000000
s hg19.chr21    14755968 48 +  48129895 CAACTAAAATATATAAAAAGCTACT-AAAAAAGTGTTATTACAAGATGC
s rheMac2.chr9  37535234 47 + 133323859 CAACTAAAATATATAGAAAGGTACT--CAAAAGTATTATTACAAGATGC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89631457 49 - 133410057 CAACTAAAATATACAAAAAGCTACTGAAAAAAGTAGTATTACAAGATGC
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1599550 48 +  77261746 CAACTAAAATATATAAAAAGCTACT-AAAAACGTGTTATTACAAGATGC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=42404.000000
s hg19.chr21    14756016 53 +  48129895 AGAAATGTACACTTCAAAATATACTTCAAATACACTTCTGTTCCTCTGGAAAA
s rheMac2.chr9  37535281 53 + 133323859 AGAAATGTACACTTCAAAATATATTTCAAATACACTTCAATTCCTCTGGAAAA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89631506 53 - 133410057 AGAAATGTACACTTCAAAATATACTTCAAATACACTTCAGTTCCTCTGGAAAA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1599598 53 +  77261746 AGAAATGTACACTTCAAAATATACTTCAAATACACTTATGTTCCTCTGGAAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=230281.000000
s hg19.chr21    14756069 153 +  48129895 TTTAGAATTAACTGTCAATGTAAATTGCTGAACTGAATCTTAATTTCAAAATACTAATTGCTGATATGGGCATTCCCATTTTTCTGCTTCATTGTAGTCAAAAAATGTGGCCACAAAGAGACATTAAAACCTTTATTTCAGCAGTATAAGCCA
s panTro2.chr18  1599651 153 +  77261746 TTTAGAATTAACTGTCAATGTAAATTGCTGAACTGAATCTTAATTTCAAAATACTAATTGCTGATATGGGCATTCCCATTTTTCTGCTTCATTGTAGTCAAAAAATGTGGCCACAAAGAGACATTAAAACCTTTATTTCAGCAGTATAAGCCA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89631559 144 - 133410057 TTTAGAATTAACTGTC-----AAATTGTTGAATTGAATCTTAATTTCAAAATACTCATTACTGATATGGGCATTCCCATTTATCTGCTTCATTGTGGTCATAAAATGTGGCCACAA----ATATTAAAACCTTTATTTCAGCAGTATAAGCTA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37535334 151 + 133323859 TTTAGAATTAACTGTCAAAGTAAATTGCTGAATTGAATCTTAATTTCAAAATACTAATTGCTG--ATGGGCATTCCCATTTATCTGCTTCATTGTGGTCATAAAATGTGGCCACAAAGAGACATTAAAAACTTTATTTCAGCAGTATAAACCA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=212547.000000
s hg19.chr21    14756222 135 +  48129895 ATGTCATTAATGTTAATCTATTAAAAATCTTTAACTTAAACTCTTATAATTTCATCAGTGACACAATGCCTTTACTCAAAGTAAAACGTCTCTTAGCTTTCA-----ATTTGGTGGAAATGAGGCATGTTTCTAAGCTGA
s panTro2.chr18  1599804 140 +  77261746 ATGTCATTAATGTTAATCTATTAAAAATCTTTAACTTAAACTCTTATAATTTCATCAGTGACACAATGCCTTTACTCAAAGTAAAACGTCTCTTAGCTTTCACTTTCATTTGGTGGAAATGAGGCATGTTTCTAAGCTGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89631703 139 - 133410057 ATGTCATTAATG-TAATCTATTAAAAACCTTTAACTTAAATTCTTAAAATTTCATAAGTGACACAATGTCTTCACTTAAAGTAAAACATCTCTGAGCCTTAACTTGCATTTGGTGGAAATAAGCCATGTTTCTAAGCTGA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37535485 140 + 133323859 ATGTCATTAATGTTAATCTATTAAAAATCTTTAACTTAAACTCATAAAAGTTCATCAGTGACACAATGTCTTTACTCAAAGTAAAACATCTCTCAGCTTTCACTTTCATTTGGTGGAAATGAGGCATGTTTCTAAGCTGA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=10509.000000
s hg19.chr21    14756357 39 +  48129895 TATAGTAAGTACATTTATCATCtatttatacatatatat
s panTro2.chr18  1599944 39 +  77261746 TATAGTAAGTACATTCATCATCtatttatacatatatat
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89631842 25 - 133410057 CATAGTAAATATATTTATTATCTAT--------------
i ponAbe2.chr10 C 0 I 45
s rheMac2.chr9  37535625 39 + 133323859 TATAGTAAGTACATTTATCATCTATTTATACATATATAT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=-1657.000000
s hg19.chr21    14756396 22 +  48129895 atacacacatatatatgtgtgt
s rheMac2.chr9  37535664  3 + 133323859 ATG-------------------
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1599983  3 +  77261746 ata-------------------
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89631867 45 - 133410057 I

a score=1855.000000
s hg19.chr21    14756418 60 +  48129895 atatatatatacacacacatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
e rheMac2.chr9  37535667  0 + 133323859 C
e panTro2.chr18  1599986  0 +  77261746 C
e ponAbe2.chr10 89631867 45 - 133410057 I

a score=18804.000000
s hg19.chr21    14756478 43 +  48129895 gtatatatatatattcaactaGATTCAGCATTTAGCCAAGGCC
s rheMac2.chr9  37535667 28 + 133323859 ---------------CAACTAGATTCAGCATTTAGCCAAGGCC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1599986 36 +  77261746 -------tatatatTCAACTAGATTCAGCATTTAGCCAAGGCC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89631867 45 - 133410057 I

a score=72460.000000
s hg19.chr21    14756521 43 +  48129895 ATTTTCTTTCAGGAAGGTTGAAAAGTATTTATATTTTTTGATA
s rheMac2.chr9  37535695 43 + 133323859 ATTTTCTTTCAGGAAGGTTGAAAAGTATTTACATTTTTTGATA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89631912 30 - 133410057 ATTTTCTTTCAGGAAGGTTGAAAAATATTT-------------
i ponAbe2.chr10 I 45 I 262
s panTro2.chr18  1600022 43 +  77261746 ATTTTCTTTCAGGAAGGTTGAAAAGTATTTATATTTTTTGATA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=265948.000000
s hg19.chr21    14756564 95 +  48129895 CTTACTTCTCTTTCTGCTTTCTCTTTTTCATATTGATCTATACATTCTTTTAAATGGTTACCATAATTGAATACCTCCTCATTTTTCTCTTTT----AG
s panTro2.chr18  1600065 95 +  77261746 CTTACTTCTCTTTCTGCTTTCTCTTTTTCATATTGATCTATACGTTCTTTTAAATGGTTACCATAATTGAATACCTCCTCATTTTTCTCTTTT----AG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37535738 97 + 133323859 CTTACTTCTGTTTCTGCTTTCTCTTTTTCACATTGATCTGTACATTCTTTTAAATGGTTACCGTAATTAAAT-CCTCCTCATTTTTCTCTTTTAGG-AG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89632204 95 - 133410057 --TACTTCTCTTTCAGCTTTCT-GTTTTCATATTGGTATAAACATTC-TTTAAATGGTTACAGTCATTAAATATCTCCTCATTTTTCTCTTTTGGGAGG
i ponAbe2.chr10 I 262 C 0

a score=-8437.000000
s hg19.chr21    14756659 25 +  48129895 ATGACGTTGCATTTTCGTCTCAGGA
s rheMac2.chr9  37535835 25 + 133323859 ATGATGTTGCATTTTCTTCTCAAGA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89632299 25 - 133410057 GTGATGTTGCTTTTTCCTCTCAAAA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1600160 25 +  77261746 ATGACGTTGCATTTTCATCTCAGGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=2661961.000000
s hg19.chr21    14756684 824 +  48129895  
s rheMac2.chr9  37535860 821 + 133323859  
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89632324 808 - 133410057  
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1600185 822 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=357044.000000
s hg19.chr21    14757508 242 +  48129895 TAGCACTCAGTAAAATGGCATATCATAGTTCCTCTGAAATTAAAGAATAACTTGTACGTTTATACAATGAAAGGGTTTTTATAAGTAGGTATCAGTTGAAGAACCATTGAATCAAAACTTCAAATGCTATAGAGCATAAATTCCC-CAAAGTTCAAACATTTATTTGGAGACAACGAATTCATGAAAGTAAAAGAGAAATGACTAGAGAATTTTTAAGAGCCTCAGAATTG----AAAAAAAAACTT
s rheMac2.chr9  37536681 240 + 133323859 TAGCACTCAATAAAATGGCATATCATAGTTCCTCTGAAATTAAAGAATAACTTGTACCTTCATATAATGAAAGGGCTTTTATAAATAGGTATTGGTTGAGGAACCATTGAATCAAAACCTCAAATACTATACAGCATGAATTCCCTCAAAGTTCAAACATTTATTTGGAGACAATGAATTCATGACAGTAAAAAAGAAATGACTAGAGAATTTTTAAGAGCCTCAGAATTG----GAAAAAAAA---
i rheMac2.chr9  C 0 I 263
s ponAbe2.chr10 89633132 235 - 133410057 TAGCACTCAATAAAATGAGATATCATGGTTCCTC-----TTAAAGAATAATTTGTACATTTATACACTGAAAGGGTTTCTGTAAGTAGGTATCAGTTGAAGAACCATTGAATCAAAACTTCAAATGCTATAGAGCATAAATTCCT-CAAAGTTCAAACATTTATTTGAACACAATGAATTCATGAAAGTAAAAAAGAAATGACTAGAGAATTTTTAAGAGCTTAAGAATTG------AAACAAACTT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1601007 246 +  77261746 TAGCACTCAATAAAATGGCATATCATAGTTCCTCTGAAATTAAAGAATAACTTGTACGTTTATACAATGAAAGGGTTTTTATAAGTAGGTATCAGTTGAAGAACCATTGAATCAAAACTTCAAATGCTATAGAGCATAAATTCCC-CAAAGTTCAAACATTTATTTGGAGACAACGAATTCATGAAAGTAAAAGAGAAATGACTAGAGAATTTTTAAGAGCCTCAGAATTGAAAAAAAAAAAAACTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=-356.000000
s hg19.chr21    14757750  30 +  48129895 TCCCTGAATTACAACAAGCTCAAAAGCATA
s ponAbe2.chr10 89633367  30 - 133410057 TCCCTGGATTACAACACATGGAAAAGCATA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1601253  30 +  77261746 TCCCTGAATTACAACAAGCTCAAAAGCATA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr9  37536921 263 + 133323859 I

a score=13269.000000
s hg19.chr21    14757780  37 +  48129895 AAATAAAAGATTAATCAATTTGACTACATACGAAAAT
s ponAbe2.chr10 89633397  37 - 133410057 AAATAAAAGATTAATCACTTTGACTACATACAAAAAT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1601283  37 +  77261746 AAATAAAAGATTAATCAATCTGACTACATACGAAAAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr9  37536921 263 + 133323859 I

a score=2310.000000
s hg19.chr21    14757817  50 +  48129895 TGGGTTTACACTCTGATGTCTAACCTATACAAGATCCCATACTAAGAGCC
s ponAbe2.chr10 89633434  50 - 133410057 TTGATTTACACCCTGATGTCTAACCTATACAAGACCCCATACTAGGAGCC
i ponAbe2.chr10 C 0 I 880
s panTro2.chr18  1601320  50 +  77261746 TGGGTTTACACTCTGATGTCTAACCTATACAAGATCCCATACTAAGAGCC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr9  37536921 263 + 133323859 I

a score=186641.000000
s hg19.chr21    14757867 162 +  48129895 TTAGTGCTACATATATTTAGACAGATAAAATTTCTGGAAGCTCTTTCAGTTCCTTTTTCCTGAGAATATTCTCTAGATATTCTGTTTTTCTAAAAAATATAGTTAATTGTGAGAATTATATTTATGAATGTTTGATAAGTTGAGACATTGTAACAAGCACTT
s rheMac2.chr9  37537184 162 + 133323859 TTAGTGCTGCATATATTTAGACAGATACAATTTCTGGAAGCTTTTTCAGTTCCTTTTTCCTGAGAATATTCTCTAGATATTTTACTTTTTAAAGAAACATAGTTAATTTTAAGAATTATATTTATGAATATTTGATAAGTTGAGACATTGTAACAAGCACTT
i rheMac2.chr9  I 263 C 0
s ponAbe2.chr10 89634364 150 - 133410057 TTAGTGCTGTATATATTTAGACAGATAAAATTTCCCAAGGCCCTTTCATTTCCTTTTT-CTGAGACTATTCTTTAGATACTCtatttttt---aaaata----taattttaagaattatatttataaa----ttatGAGTTGAGACATTGTAACAAGCACTT
i ponAbe2.chr10 I 880 C 0
s panTro2.chr18  1601370 162 +  77261746 TTAGTGCTGCATATATTTAGACAGATAATATTTCTGGAAGCTCTTTCAGTTCCTTTTTCCTGAGAATATACTCTAGATATTCTGTTTTTCTAAAAAATATAGTTAATTGTAAGAATTATATCTATGAATGTTTGATAAGTTGAGACATTGTAACAAACACTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=41602.000000
s hg19.chr21    14758029 46 +  48129895 TTAGTTATCACAATTCTGAAAGGAAAAGATTAAAAATATAATCAAG
s rheMac2.chr9  37537346 46 + 133323859 TTAGTTTTCACAATTCAGCAAGGAAAAGATTAAAAATATAAACAAG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89634514 46 - 133410057 TTAGTTATCACAATTGTGAAAGGAAAAGACTAAAAATATAAACAAG
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1601532 46 +  77261746 TTAGTTATCACAATTCTGAAAGGAAAAGATTAAAAATATAATCAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=53612.000000
s hg19.chr21    14758075 56 +  48129895 TTGTAGGATTTTCTCCAAGTCTTCTGAGTCTACATCCAGGACTTCTCCACCAAATC
s panTro2.chr18  1601578 56 +  77261746 TTGTAAGATTTTCTCCAAGTCTTCTGAGTCTACATCCAGGACTTCTCCACCAAATC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37537392 56 + 133323859 TTGTAGGATTTTCTCCAAGCCTTCTGAGTCTGCATCCAGGACTTCTTCACCAAATC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

a score=31513.000000
s hg19.chr21    14758131 40 +  48129895 TCAGTTAATTCTACTGGGTAAATATGTAAATATAAAAGAA
s panTro2.chr18  1601634 40 +  77261746 TCAGTTAATTCTACTGGGTAAATATGTAAATATAAAAGAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37537448 40 + 133323859 TCAGTTAATTTTACTGGGCAAATATGTAAATACAAAAGAA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

a score=287063.000000
s hg19.chr21    14758171 259 +  48129895 GTCTTCTATCTCAAAACAAAAGTGGTAAAGAAGATAAAATCTAGACAGCCCTACTTAGAAAACCATGAGCTTATTTACTACTACACTAACTTTTGCTTCCTCTTGATAATGTTTGAGTCAGTATTAAATGTTAACTAGGAAAAATACACTAAACTATGTTGCTAGGAATAAAATACTTACCAATAAATTATCACTAAGTATATGGTAGGGATTATCATTATTTTCAAAAGCTCTTTGTACTGAAATAAGATACTATTTG
s panTro2.chr18  1601674 259 +  77261746 GTCTTCTATTTCAAAACAAAATTGGTAAAGAAGATAAAATCTAGAGAGCCCTACTTAGAAAACCATGAGCTTATTTACTATGACACTAACTTTTGCTTCCTCTTGATAATGTTTGAGTCAGTATTAAATGTTAACTAGGAAAAATACACTAAACTATGTTGCTAGGAATAAAATACTTACCAATAAATTATCACTAAGTATATGGTAGGGATTATCATTATTTTCAAAAGCTCTTTGTACTGAAATAAGATACTATTTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37537488 256 + 133323859 GTCTTCTATTTCAAAACAAAAGTGGTAAAGAAGATACAATCTAGAGAGCCCTACTTAGAATACTATGAGCTTATTTACTATGACAATAACTTTTG---CCTCTTGATAATGTTTGAGTCAGTATTAAATGTTAACTTGGAAAAATACACTAAACTATGTTGCTAGGAACAAAATTCTTACCAATAAATTATCACTAAGTATATGGTAGGGATTATCATTATTTTCAAAAGCTCTTTGTACTGAAATAAGATACTATTTG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89634560   0 - 133410057 C

a score=47495.000000
s hg19.chr21    14758430 86 +  48129895 CATGCCATAATTTATAATAAATAACTGTAGCTACAAAAGTTATAGTTAATTTTAAGACAATACTTTTGTTTGATTTAGACCTGAAT
s rheMac2.chr9  37537744 82 + 133323859 GATGCCATAATTTCTAATAAATAACTGTAGCTACAAATGTCATAGTTAATTTTAAGACAATATTTTCCTTCA----GGACCTGAAT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1601933 86 +  77261746 CATGCCATAATTTATAATAAATAACTGTAGCTACAAAAGTCATAGTTAATTTTAAGACAATACTTTTGTTTGATTTAGACCTGAAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

a score=30275.000000
s hg19.chr21    14758516 36 +  48129895 AACACATACTAAATCAAAGGGATGTTAAAAGTAATA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37537826 36 + 133323859 AATACATACTAAATCAAAGGGATATTAAAAGTAATA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  I 15 C 0
e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

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e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 I 122 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89634560   0 - 133410057 C

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

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e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89634560  0 - 133410057 C

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 I 5664

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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  I 5664 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr10 C 0 I 388
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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e ponAbe2.chr10 89634935 388 - 133410057 I

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e ponAbe2.chr10 89634935 388 - 133410057 I

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e ponAbe2.chr10 89634935 388 - 133410057 I

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e ponAbe2.chr10 89634935 388 - 133410057 I

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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e ponAbe2.chr10 89634935 388 - 133410057 I

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e ponAbe2.chr10 89634935 388 - 133410057 I

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a score=-53860.000000
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s hg19.chr21    14767731  29 +  48129895 AATTATATACACGCATGGCTGTGCAAATA
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a score=-5935.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1612831 220 +  77261746 GAAACATCTAACATGTGACAGACACATATTTGCAGACTTTTCTTCACCTTAGAATAATAAGGATGACGATGACATTGGTGGTTACCCCACTTTCTGCATCCTAGTCATTCTAGGTTGTTAAGAACAAAATGATGAACAAATATGGTCCActgccctctctgttcagaatgtcttcctcctagactttcatatggcatactcctcatctttgagatgggag
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=44931.000000
s hg19.chr21    14771860 91 +  48129895 AAAAACATACTTTGTATCTGTCAAATCATATGCACTATCCTGGGAGAAGCAGAAAATATACATGGAAGATACATTCTGGCTTATGTTCAAG
s panTro2.chr18  1615295 91 +  77261746 AAAAACATACTTTGTATCTGTCAAATCATACGCACTATCCTGGGAGAAGCAGAAAATATACATGGAAGATAGATTCTGGCTTATGTTCAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570223 87 + 133323859 A----CACACATTGTATCTATCAAATCATAGGCACTATTCTGGGAGAAGCAGAAAATATCCATGGAAGATAGATTCTAGCCTATATTCAAG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=48937.000000
s hg19.chr21    14771951 37 +  48129895 AAATGGTAGAGATATGTGAAAACAAATAAGAACA-AAA
s panTro2.chr18  1615386 38 +  77261746 AAATGGTAGAGATATGTGAAAACAAATAAGAACAGAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570310 38 + 133323859 AAATGGTAGAGATATGTGAAAACAAATAAGAACACAAA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=167642.000000
s hg19.chr21    14771988 152 +  48129895 AGTAAAATTCACCAGTTCTACAATTTAAGTCAATAAAATACATAAGGGCACAAAGGAGAGAAAAATCAGTTTTACCTGAAAAGCTTAGAAAATGCTGCCATAATGGGGCCATATTgggaaggacagacaaagtgcagagtcaggatacaaag
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89638454 148 - 133410057 AGTATAATTCACCAGTTCTACAATTTAAGTCAATATAATACATAAGGGCACAAAGGAGAGAACAATCAATTTTACCTAAAAAGCATAGAAAATGCTGCCATAATGGGGCCATATTTGGAAGgaca----aagtgcagagtcaggatacaaag
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570348 152 + 133323859 AGTATACTTCACCAGTTCTACAATTTAAGTCATTAAAATACATAAGGGCAAAAAGGAGAGAAAAATCAGTTTTACCTGAAAAGCATAGAAAATGCTGCCATAATGGGGCCATATTTGGAAGGAcagacaaagtgcagagtcaggatacaaag
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=129037.000000
s hg19.chr21    14772140 145 +  48129895 actctaggtgcaatagcatgtgcaaaataataaggcatgaaacaacatggccactgagggatgccagagtgatgtggtaaaactggaacacagtcagagcaaatgagttaaagagataaaatgagaccaaaccatataagatatg
s panTro2.chr18  1615576 145 +  77261746 actctaggtgcaatagcatgtgcaaaataataaggcatgaaacaacatggccactgagggatgccagagtgatgtggtaaaactggaacacagtcagagcaaatgagttaaagagataaaatgagaccaaaccatataagatatg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89638602 140 - 133410057 actctaagtgcaatagcatgtgcaaaataataaggcatgaaacaacatggcaactgaggggtgccaaagtgatgtcgtaaaactggaaca----cagaggaaa-gagatgaagagataaaatggggccaaaccatgtaagatatg
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570500 145 + 133323859 actcttggtgcaatagcatgtgcaaaataataaggcatgaaacaacatggcaactgagggatgccaaagttatgtggtaaaactggaacacagtcagaggaaatgaattgaagagataaaatggggccaaaccatatacgatata
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=154024.000000
s hg19.chr21    14772285 85 +  48129895 tatcacgctagaatgtgaacttaccccttcatgtaatgggtatccactcaatatgcagatgagttacatcattacaagtatattt
s panTro2.chr18  1615721 85 +  77261746 tatcacgctagaatgtgaacttagcccttcaagtaatgggtatccactcaatatgcagatgagttacatcactacaagtatattt
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89638742 85 - 133410057 tgtcacgctagaatgtgaacttacccctccgtgtaatgggtatccactcaatatgcagatgagttacatcattacaaatatattt
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570645 85 + 133323859 tgtcacactagaatgtgaaattaccccttcctgtaacgggtatccactcaatatgcagatgagttacatcattacaaatatattt
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=4695.000000
s hg19.chr21    14772370 72 +  48129895 cagaaaggtgacccttccagtgatgtaa----agatgaacatggggagatggggcaaaactagaaaggagtacttc
s panTro2.chr18  1615806 72 +  77261746 tagaaaggtgacccttccagtgatgtaa----agatgaacatggggagatggggtaaaactagaaaggagtacttc
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89638827 76 - 133410057 tagaaagctgacccttccagcgatgtaaagatagatgaacatggggagatggggcaaaactagaaaggagtacttc
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570730 72 + 133323859 tagaaaggtgacccttcaagcggtgtaa----agacgaacatggggagatggggcaaaagtagaaAGGAGTACTTC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=36966.000000
s hg19.chr21    14772442 73 +  48129895 aaaattataggtagagagttaattatggTAATAAGATATGGAAAATTATAAGAAGGCAGAAAATACAAAATTA
s panTro2.chr18  1615878 73 +  77261746 aaaattataggtagagagttaattatggTAATAAGATATGGAAAATTATAAGAAGGCAGAAAATACAAAATTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89638903 73 - 133410057 aaaattataggtagagagttaattatggTAATAAGATATGGAAAATTATAAGAAAGTAGAAAATACAAAATTA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570802 72 + 133323859 AAAATTATAGGTAGAGAGTTAATTATGGTAATAAGATATGGAAAATT-TAAAAAGGTAGATAATGCAAAATTT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89638976 41 - 133410057 GGTGTGTGACTGGATGGGTGACATGGAGAAGGGTTGAAGTT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570874 41 + 133323859 GGTGTGTGACTGGATTGGTGACCTGGAGGAGAGTTGAAGTG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639017 97 - 133410057 TACGATGTGGGGGAGGGTTGAAGTGCAGGTTTAAGTGCTTGAGTGTTTCACCGCTACTTCCTAGGTGTTATTTCCTATGATGGGGAAACCAGATGAC
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37570915 97 + 133323859 CAGGATGTGGGGGACAGTTGAAGTGCCAGTTGAAGTGCTGGGGCATTTCATGGCTACTTCCTAGGTGTTATTTACTAGGATGGGGAAACCAGATGAC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14772653 36 +  48129895 AGAGTAGATTACaaagagtcagaaaagagtca-gaaa
s rheMac2.chr9  37571012 37 + 133323859 AGAGTAGATTACAACGGGTCAGAAAAAAGTCAGGAAA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1616089 36 +  77261746 AGAGTAGATCACaaagagtcagaaaagagtca-gaaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=36995.000000
s hg19.chr21    14772689 45 +  48129895 aAAAT-AAAATAATGTTTTCAGTTTGAGACCTATAAGATTTGAGGC
s panTro2.chr18  1616125 46 +  77261746 aAAATAAAAATGATGTTTCCAGTTTGAGACCTATAAGATTTGAGGC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639151 46 - 133410057 AGAATAAAAATGATGCTTTCAGTTTGAGACCTATAAGATTTGGGGC
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37571049 46 + 133323859 AAAATAAAAATGATGTTTTCAGTTTGAGACCTATAAGATTTTAGGC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=96533.000000
s hg19.chr21    14772734 133 +  48129895 ATCCATGGGGCTTAGAAGAAAGATCTGGATAAAGACATTTGGAGTATGAGTAGATGACCTACATGAGGAAAATTACATAGTGATTAGAAAATAAATATTTGTAAGATAGACTAAATGGGTAGAATTAAGCAAC
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639197 129 - 133410057 ACCCAAGGGACTTGGAAGAAAGATCTGGATAAATACATTTGGAGTATGAGTAGATGACCTACATGAGGAAAATTACATAGTGATAAGAAGATAAATA----TAAGATAGGCTAAATGGGTAGAATTAAGTAAC
i ponAbe2.chr10 C 0 I 341
s rheMac2.chr9  37571095 129 + 133323859 ATCCAAGGAGCTTGGAAGAAATATCTGGATAAATACATTTGGAGTATGAGTAGATTACCTACATGAGGAAAATTACATAGTGATGAGAAAATAAATATTTGTAAGATAGACTAAATGGGTAGAATTAAC----
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14772867  44 +  48129895 ACAAATCTATGCAGACTGCTGAAATTTTGAAAATGAAATCAAA-G
s panTro2.chr18  1616304  44 +  77261746 ACAAATCTATGCAGACTGCTGAAATTTTGAAAATGAAATCAAA-G
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37571224  45 + 133323859 ACAGATCTATGCAGACTGCTGAAATTTTGAAAATGAAATCAAAGG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89639326 341 - 133410057 I

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s hg19.chr21    14772911 51 +  48129895 GAGAGAGAAAAACATGGGATTAAGTTTCTCAGTTATATATTTCCAAATTTA
s panTro2.chr18  1616348 49 +  77261746 GAGAGAGAAAAAC--GGGATTAAGTTTCTCAGTTATATATTTCCAAATTTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639667 51 - 133410057 GAGAGACAAAAACATGGGATTAAGTTTCTCAGTTATATATTTCCAAATTTG
i ponAbe2.chr10 I 341 C 0
s rheMac2.chr9  37571269 51 + 133323859 GAGAGAGAAAAACATGGGTTTAAATCTCTCAGttatatattttcaaattta
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=51625.000000
s hg19.chr21    14772962 35 +  48129895 TTTCAAGaatataattttatttatataggtaaata
s panTro2.chr18  1616397 35 +  77261746 TTTCAAGaatataattttatttatataggtaaata
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639718 35 - 133410057 TTTCAAGaaaataattttatttatataggtaaata
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37571320 33 + 133323859 tttcaagaatataattttatttatataGGTAAA--
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=64034.000000
s hg19.chr21    14772997 45 +  48129895 tttatttCTGAAATATTTTTTGCAATATGCATCTTTGAATTGAAT
s panTro2.chr18  1616432 45 +  77261746 tttatttCTGAAATATTTTTTGCTATATGCATCTTTGAATTGAAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639753 44 - 133410057 tttatttCTGAAATA-TTATTGCAATATGCATCTTTGAATTGAAT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37571353 42 + 133323859 --TATTTCTGAAATA-TTATTGCAATATGCATCTTTGAATTGAAT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=30406.000000
s hg19.chr21    14773042 27 +  48129895 GAAAACATTTAATTCTAAAACAACAAG
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=22403.000000
s hg19.chr21    14773069 25 +  48129895 ATTCTGCAAAATGACCTTTATAAA----A
s panTro2.chr18  1616504 25 +  77261746 ATTCTGCAAAATGACCTTTATAAA----A
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639824 29 - 133410057 ATTCTGCAAAAGGACCTTTATAAAAATTA
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37571419 25 + 133323859 ATTCTACAAAACGACCTTTATAAA----A
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=2529.000000
s hg19.chr21    14773094 13 +  48129895 ACCTTGAAATTTT
s panTro2.chr18  1616529 13 +  77261746 ACCTTGAAATTTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639853 13 - 133410057 ACTTTGAAATTTT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37571444 13 + 133323859 ACCTTGCAATttt
i rheMac2.chr9  C 0 I 1377

a score=30666.000000
s hg19.chr21    14773107 22 +  48129895 TAACTGTACAAGAGAAATGCTT
s rheMac2.chr9  37572834 22 + 133323859 taaTTGTACAAGAGAAATACTT
i rheMac2.chr9  I 1377 C 0
s ponAbe2.chr10 89639866 22 - 133410057 TAATTGTACAAGAGAAATGCTT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1616542 22 +  77261746 TAATTGTACAAGAGAAATCCTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=39120.000000
s hg19.chr21    14773129 29 +  48129895 ACC----CATAGAATTATAAGGCATTTTTAAGT
s rheMac2.chr9  37572856 29 + 133323859 ACC----CATAGAATTATGAGGCATTTTTAAGT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89639888 33 - 133410057 ACCTAATTATAGAATTATGAGGCATTTTTAAGT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1616564 29 +  77261746 ACC----CACAGAATTATAAGGCATTTTTAAGT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=186712.000000
s hg19.chr21    14773158 137 +  48129895 ACTACTATAAAGTGAGATAGAAATGTGAAA--CTGTTTTAAAATTCACATGCTTTTCTTATGCTCCTGCAAACAAGATAATGCTAGCTCAAATTGCCTATTTACACCATATAGGATGGTAGTTTAAAACTGGAGAAAAG
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a score=113758.000000
s hg19.chr21    14773295 176 +  48129895 ATCTCATATAAAGAAAATTAAGCAACAATTATTCAAGTTGATGATTTAATAGTTTTTACGTATATCTATGATTGTCAAGTAGAATTCAGTATTCACAGGAGAAGTGAAGAAAGAAACT-AAAAAGTTCAAGTCAACAAGATTCCTGAGTTTTAGAAATAAACAAATATATGTGCAAG
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a score=66196.000000
s hg19.chr21    14773471 128 +  48129895 GTGTAATAGTTATGAAGACTAAAGTTAATAAGGCTTCCTGGAAAAAATATAAAATATCCCCATTGCAAGAGATATTTTTAAGTGTAAAAAGTATTCTTCCAATGATAAGTTTGTTTACTCTGTTA--AAT
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s ponAbe2.chr10 89640231 122 - 133410057 GTTTAATAATTATGAAGACTA--------AAGGCTTCCTGGAAATAATATAAAATATCCCGATTGCAAGAGATATTTTTAAGAGTAAAAAAAATTCTTCCAATGATAAGTTTGTTTACTCTGTTAACAAT
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=20120.000000
s hg19.chr21    14773599 45 +  48129895 CTTCCCTTACGTATGATTCTATGATAATAGGTACTTTACTTTAAA
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i rheMac2.chr9  C 0 I 4
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i ponAbe2.chr10 C 0 I 4
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1617584 51 +  77261746 ttttttgttgacacactataaatg--tac--gttttgggggtacatattatcact
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89641142 52 - 133410057 ttttttgttcacacaatataaatgtatat--gttttgagggtacatattataac-
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1617635 143 +  77261746 taatacattcacataatcaaatccgaataattgagatattaatcaccttaagtatttatctttcctttatgctagaaacattcaaattattctctaccaggtattttaaagagtacaacaaattgctcctacctatactcgtc
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 I 8
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  I 86 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1619552 90 +  77261746 CTATTTACTACATATCTCTGTTTTATTG-TCTTCTTATTTACGACATATTTTCTCAAGATAACGCACGTTAATTTATGCATTCtaaatatt
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89643461 66 - 133410057 CACTGGCATGCCTTAATAATACAGACTCTGAGAAAGAGAATTTACATTTCTAAATTTCTACAATTA-----
i ponAbe2.chr10 C 0 I 342
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89643869 64 - 133410057 aaaattagagataaggtctcactatgttgcccacactggtctcaaactcttgggctgaagcaat
i ponAbe2.chr10 I 342 C 0
s rheMac2.chr9  37576254 64 + 133323859 AAAAttagagataaggtctcgctatgttgcccacactggtctcaaactcttgggttcaaggaat
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 I 143
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 I 383 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14780050 105 +  48129895 TGAAATAATCCATCTATAGGATTTACCTGGTATTGCATATGAAACAAAAGCCTATGTCTTGTGGCCACAGCTAAGTAAGATCTGCTCTAAAAACG---GCGATAAAAA
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 I 3416 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89651113 58 - 133410057 gggcatgatggcacatgcctgtaatcccaactacttgggaaggggaggcaggaggatc
i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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s panTro2.chr18  1625132 221 +  77261746 ctgctgtcatacc---aaaatcattaaaacagaagacatctgcgaccaaatgtgtggaggattttctccaccaacaaataagcaatgaattctgtagcaaaaaacagctgactgtcctctatttaattccaaaactgtctatctagaaatagtctcagatcccacagactgagtgctcagtctcacaagacttccctcacacaccagttgcaaATCTGGGTCTC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89651701 224 - 133410057 ctgctgtcacaccacaacaatcatcaaaacagaagacttctgcgaccaaatgtgtggaggatttcctccaccaacaagtaagcaaccaattctgtagcagaaaccagttggttgtcctttatttaattccaacactgtctatctagaaatagtctcagatcccacaggctgagggctcagtctcacaagactgccctcccataacagttgcaaatctgggtctc
i ponAbe2.chr10 C 0 I 577
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 I 36

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  I 36 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr9  37581652 325 + 133323859 ACCCTTAGGTTTTGACAATTCTGGAAAAACGCTGGCACGTGTACTCCCCAGTCTAGACAGTTTCCCAGACCCTGTGTATGTATCCTGCTTTAGTTGCAAAAACTTAGGTAGGATCTTGGGAGATTTCTTCTTGGACACCAGAAATATTAACAACATTAACAGTATACCTAACAACTCTAAAATAATTATTTCGAACAGACTGCCACTGCAGAACTTGTAAGTTAAATCCAATTGACTTTTCAGTTATAATCTTACTGCTTGAAATTCTCACACTTAAAAGAAATTAGCAacatcattttctctgactcctctcctacttttcatt
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr18  1626137 324 +  77261746 ACCCTTAGGTTTTGACAATTCTGGAAAAATGCTGGCATGTGTACTCCCCAGTCTAGACAATTTCCTAGACCCTGTGTATATATACTGCTTTAGTTGCAAAAAGTTAGGTAGGATCTTGGGAGATTTCCTCTTGGATGCCAGAAATATTAACCACATCAAAATTATACCTAACAACTCTAAAATAATTCTTTTGAACAGATTACCACTGAAGAACTTGTAAGTTAAATCCAATTGACTTTTCAGTTATAATCTTACTGC-TGAAATTTTCATATTTAAAAGAAATTTGCAacatcactttctctgactcctctcctacttttcatt
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr9  37581977 249 + 133323859 agccactgctcagtctccattaccaagtcctgtgactctgtgaaatgttgatactcccaggattttgtcaatggctttcttcctattctacatcttctgcatcatggataagctcattgagatctgtggctttgcctaataattataatgaaattattccaagcctacatcttcaaccagagttctatctccagctagaaatacttgtaatccaattacctactgaaaatatcccacaggagggtttca
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89653860 356 - 133410057 ctgctggtctgtcccatgactgtttgctcttctcTGTTAACCTGACAATTTCCTACTTCTTCCCCATGGGCATTGTAAATGCTTGTGCACAATCTGGAAACTTATGAATGACCTCCTTCCCCATGGGCATTGTAAATGCTTGTGCACAATCTGGAAACTTATGAATGACCTGAGATTGTATCTGTCCCCTAGCTTTTTAAACTCAATAATCACTAAACCATATTCACTGTACCTCTTTTCTGCCTTTGCTTTATCTTTCCAGTGCCATTGGAAATACAAAC-----TATTTTATATTTATATTGCCTAGTTAGACATGGCCCCTTAACTGATGGCTTTCACAGGGAAAAAGAAACCCTACC
i ponAbe2.chr10 C 0 I 748
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89654216 748 - 133410057 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e ponAbe2.chr10 89654216 748 - 133410057 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr10 89654964 309 - 133410057 cctaacatatttcctatctggcactttacaagaaaagtttgccaatctctgCCTTATACCATGACCAGTATGCCCTGATACTCAAATCTAATCTTGTGACTCCCTTGCTTAAACTTTTCCAATGAATCCCTGCAGAAGACATTGCTGGCTTCCTATACATAGACATTA----TTCTTTCTTGCTGCAGAAACACAGGCTTATTTAGATATTCATTATTCCACTACccccatcccatct-caaaaagagaaatcattattctaagctaatcacagtaattacatttgctttcctagtgactggtttagaaatgag
i ponAbe2.chr10 I 748 N 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14786488 83 +  48129895 GCTAATGGTAGAATGCTATGACATATTATTAAAGAAACACATCAGAATCACTTATGTCAATATACTACAAGTAGCTATTATGT
s panTro2.chr18  1630251 83 +  77261746 GCTAATGGTAGAATGCTATGACATATTATTAAAGAAACACATCAGAATCACTTATGTCAATATACTACAAGTAGCTATTATGT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37585740 83 + 133323859 GCTAACGGCAAAATGCAGTGGCATATGGTTAAGAAAACACATGAGAATCATTTATGTCAAAATACTACAAGTAGCTATCATGT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37585823 86 + 133323859 TCTTCAATTTGTCCTGCAATTTAGGAATTGCAAATTTGCGATGAGGGTTCAAAGGTACAATTCACTTATCATTGC-----ATGTTCTAAAT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14786662 54 +  48129895 TCATCAGCATAAATACT-ACTTATAGaataaaagtttataaatatatttattttt
s panTro2.chr18  1630425 54 +  77261746 TCATCAGCATAAATACT-ACTTATAGaataaaagtttataaatatatttattttt
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37585909 54 + 133323859 TTATCAGCATAAATATTCACTTATAGaataaaagttaataaataaattta-tttt
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37585963 119 + 133323859 GTACCTCTGTGAAATACGATTATTTTTACATTTATGGGGTTCTCTAGTTTAGTCCTCTTAAAATTTCTTGATCCACTTATACAAAAAGGTCAATATGTACCCATCAACGAACTAATCCA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14786835 294 +  48129895 GTccaggtgccatggctcatgcctgtaactccagaaccttggaagcctgaagagggcggatctctcgaggccaggagttccaaagcagcctggccaaaatagcgaaaccctgtctccacaaaaaatacaaaaatcatccaggtatggtggcacatgcctgtaaccccagctacttgggagccggagctgtgagaatcacttgaacccaggaggcccaggtggcagtgagtcaagatcatgccactgcactccagcctggatgacagagtgaga--ctgtctcaacaaaagaaaaaa
s panTro2.chr18  1630598 296 +  77261746 GTccaggtgccatggctcatgcctgtaactccagaaccttggaagcccgaagagggcggatctctcaaggccaggagttccaaagcagcctggccaaaatagcaaaaccctgtctccacaaaaaatacaaaaatcatccaggtatggtggcacatgcctgtaaccccagctacttgggagccggagctgtgagaatcacttgaacccaggaggcagaggtggcagtgagtcaagatcatgccactgcactccagcctggatgacagagtgagactctgtctcaacaaaagaaaaaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37586082 296 + 133323859 ggcccggtgcagtggctcatgcctgtaattccagcactttggaagactgaggagggtggatgtctcaaggccaggagttgcaaaccagtctggccaaaataggaaaaccctgtctccacaaaaaatacaaaaatcaaccaggtatggtgacacatgccaggaacccaagctacttgggagcctgagctatgagcatcacttgaacctaggaagcggaggttgcagtgagccaagatcatgctaccacactccagcccggatgacagagcgagactctgtctcaaaaaaagaaaaaa
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr9  37586378   0 + 133323859 C

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s panTro2.chr18  1633748 253 +  77261746 cgcatattctcactcataggtgggaattgaacaatgagatcacatggacacaggaaggggaatatcacactctggggactgttgtggggtggggggaggggggagggatagcattaggagatatacgtaatgctagatgacgagttggtgggtgcagcgcaccagcatggcacatgtatacatatgtaactaacctgcacaatgtgcacatgtaccctaaaacttaaagtataataaaaaaaagaaaaAAAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14790390 940 +  48129895  
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i rheMac2.chr9  C 0 I 8208

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s hg19.chr21    14791330 124 +  48129895 ctgtgaatccttgcattttAAGTACTTCACTTTTAATTTCTAATGTAGCGTGAAGTAAGACATACACTTAAACAAAGCCTTGTTGACATCTGTAATTATATTTATGTTGCTTTTGAGTCATCAT
s rheMac2.chr9  37595708 124 + 133323859 CTTTGCATACCTGTATATTAAATACTGCACTTTTAATTTCTAATATAGCATGAAGCAGGACATACACTTAAACAAAGGCTTGTTGGCATCTGTAATTATACTTATGTTGCTTTTGAATCATCAT
i rheMac2.chr9  I 8208 C 0
s panTro2.chr18  1635102 124 +  77261746 CTGTGAATCCTTGCATTTTAAGTACTTCACTTTTAATTTCTAATATAGCGTGAAGTAAGACATACACTTAAACAAAGCCTTGTTGACATCTGTAATTATATTTATGTTGCTTTTGAGTCATCAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=8133.000000
s hg19.chr21    14791454 26 +  48129895 GAAGAGAGTCTAATTAAACGTAGTGC
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s panTro2.chr18  1635252 97 +  77261746 AAAGTAAAAATGCACAGTCAGAAATGTTTTCTTTATTTttttattttaatattattatactttaagtttgagggtacatgtgcacaatgtgcaggtt
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e rheMac2.chr9  37595858 64 + 133323859 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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s hg19.chr21    14792270 115 +  48129895 AAATCTTGAAATAAATGAAAAACGAGCTAATCGCTGAACAAAAAAATAAAAAATCGCTGTGGAATGACAAGAACATTCTACAAACATTTATATGTGGTTTTTGCAAAAAGTGTTA
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s hg19.chr21    14792385 249 +  48129895 ATGCCAATGTGTATATGCTGAGTGATGAGGAGATAAGTGATCTTGAATCAGAGGAGCAACTCGTGACACTGAGAAAATAAATGCAAAAGCTGAACGTAGAATGCTACACCATGTGTCTTTAATGCAACACATTATAATAATTTATATCATTACATTACAAACATTCATCATGTTCTTTAATACGTCCTGTCACTGAGAAGGTAAAAAGTTTGGAGGAGAGTTCAGCTGAATGTAGAACTGACATCTCAG
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14792634 338 +  48129895 CAGTGAAAGTGTTATGAATTGATCAGCTTGGATAAATACTTAGAGAATAATACTAAATATAAATATCCACTAATTTTCATACCCATATGGTATAACGGTATGCCAACATTTTTGTAATTTGTAGCTTAGCCATCTCAATATTCCTTGATCCACTCATGGAGAAAGATGTACAAAACTCATCAGGAATAGCAAATATAATAAGCTTTCAATATTGATATATTTGTTTTAAATTTAGTTGCAACAGACTTATTAAATATTAATAACATTTTCTATGTTAAAATCAGTACAATACCTATGAATAAGAACAATTTAGGTATTCAAGCAATAAATTCAGAATT
s rheMac2.chr9  37587531 333 + 133323859 CAGTGAAATTGTTATGAATTGATCAGCTTGGATATATACTTAGAGAATAATACTCAATATAAATATTCACTGATTTTCATACCCAGATGGTATAATGGTATGTCAACATTTTTGTAATTTGTAGCTTAGCCATCTCAATATTTCTTGATCCACTCATGGAGGAAGATGTACAAAACTCATCAGGAATAGCAAATAC-----GCTTTCAATATTGACATATTTGTTTCAAATTTAGTTGCAACAGACTTCTTAAATATTAATAACATTTTCTATATTAACATCAGTGCAGTACCTACGTATAACAACTATTTAAGTATTCAAGTAAAACATTCTGAATT
i rheMac2.chr9  T 9016 I 3
s panTro2.chr18  1636406 337 +  77261746 CAGTGAAAGTGTTATGAATTGATCAGCTTGGACATATACTTGCAGCATAATACTAAATATAAATATTCATTGATTTTCATACCCGTATGCTACAATAGTAT-CCAACATTTTTGTAATTTCTAGCTTTGCTATCTCAATATTTCTTGATCCACTCGTGGAGGAAGATGTACAAACCTCATCAGGAACAGCAAATTTAATTAGCCCTCAATATTGATGTATTTGTTATAAATTTAGTTGCAACAGACTTATTAAATATTAACAACATTTTCTAGGTTAAAATCAGTAAAATACCTATGAATAACAACAATTTAAGTATTCAAGTCATAAATTCAGAATT
i panTro2.chr18 C 0 I 528

a score=9731.000000
s hg19.chr21    14792972 32 +  48129895 TTTTTTCTTCTTCTCTGGCTAAAAACATACTC
s rheMac2.chr9  37587867 32 + 133323859 TTTCCTCTTCTTCTCTGGCTAAAAATGTACTC
i rheMac2.chr9  I 3 C 0
s panTro2.chr18  1637271 32 +  77261746 TTTCTTCTTCTCCCCTAACTAAAAACATACTC
i panTro2.chr18 I 528 C 0

a score=11005.000000
s hg19.chr21    14793004 49 +  48129895 AAAAGTAAGAGCAACATAACGCTTTCTCCTAA-CCTTTTCTGTCTTGACC
s rheMac2.chr9  37587899 50 + 133323859 AAAAATAAGAGCAACATAATGCTTTCTCCTGACCCTTTTCTGTCTTCACC
i rheMac2.chr9  C 0 I 5
s panTro2.chr18  1637303 50 +  77261746 AAAAATAGGAGCACCATAATGCTTTCTCCTGACCCTTTTCTGTCCTGACC
i panTro2.chr18 C 0 I 66

a score=0.000000
s hg19.chr21    14793053 60 +  48129895 CGTTATCCAATTACTCTTCTTCCACATTTCTCCCATGAAAGGCCTCTCCTCTTGACCCTC
e rheMac2.chr9  37587949  5 + 133323859 I
e panTro2.chr18  1637353 66 +  77261746 I

a score=4207.000000
s hg19.chr21    14793113 63 +  48129895 TATCCAATTACTCTTTTTCCACATTTTTCCCATGAAAGGACTCTCCTcttgctactcggtctg
s rheMac2.chr9  37587954 63 + 133323859 TATCCGATTGCTCTTCCTCCACATTTCTCCCACGAAAGGCCTCTCCTCTtgctactcagagca
i rheMac2.chr9  I 5 C 0
e panTro2.chr18  1637353 66 +  77261746 I

a score=16781.000000
s hg19.chr21    14793176 67 +  48129895 aggtccaaggaccaccagcatcagcatcgcctgacaacttactaaaaatgcagaatccctagtcggc
s rheMac2.chr9  37588017 67 + 133323859 aggtccaaggacaaccagcatcagcatcgcctgagaacttattaaaaatgcagaatcccaagtcggc
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1637419 67 +  77261746 aggtccaaggaccaccagcaacagcatcacctgacaacttactaaaaatgcagaatcccaagtcggc
i panTro2.chr18 I 66 C 0

a score=19561.000000
s hg19.chr21    14793243 78 +  48129895 tgaatcacagtgtgaattattaacaaggttttcagatgattttctaaagtttgaaaaCTTATGGTCTATACGGAGTGT
s rheMac2.chr9  37588084 78 + 133323859 tgaatcacagtgtgaattgttaacaaggtttccagctgattTTCTAACGTCTGAAAACTTCTGGTCTATACGGAGAGT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1637486 78 +  77261746 tgaatcacagtgtgaattgttaacaaggttttcagatgattttctaaagtttgaaaaCTTATGGTCTATACGGAGTGT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=565.000000
s hg19.chr21    14793321 16 +  48129895 ATATGACGAATTATAT
s panTro2.chr18  1637564 16 +  77261746 ACATGACAAATTATAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37588162 16 + 133323859 ATGTGACAAATTACAT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=9856.000000
s hg19.chr21    14793337 53 +  48129895 ACATGTGAGGCCGTGCATATATGCTTATTCTCAACTATTGCAAATAGAACACA
s rheMac2.chr9  37588178 53 + 133323859 ACACGTGTGGCCGTGCATATATGCTTATTCTCACCTACTGCAAATACAACACA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1637580 53 +  77261746 ACATGTGTGGCCGTGCATATATGCTTATTCTCAACTATTGCAAATAGAACACA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=24941.000000
s hg19.chr21    14793390 82 +  48129895 GCTCTCCATGGTCAGCTGCTTCCATCCCTAATGGCTTCCCACCAGTGAGAAAGACAGGAAGAGTCAGAATATTTTTGCTGTA
s rheMac2.chr9  37588231 82 + 133323859 GCTCTCCATGGTCAGGTGCTTCCATCCCTAATGGCTTCCCACCAGTGAGAAAGACAGGAAGGGTCACAATATTTTTAAGCTA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1637633 82 +  77261746 GCTCTCCATGGTCAGCTGCTTCCATCCCCAATGTCTTCCCACCAGTGAGAAAGACAGGAAGAGTCAGAATATTTTTGCTGTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=48420.000000
s hg19.chr21    14793472 197 +  48129895 ATTCTCTGGTATGTTTTGGCACTAGAAAGTCACTTTATATTCTTCCCAAATTTCTAACCATACCCGATCTTTTCCTAAAGAATCATTTCATTTTACCATCCTCCATTATA-TAAACCTGCCTCTTGTTCCTTCCCGTCCTCTCTGTACTCTCTGTCTTTCTCGATCTTCATTTCCTCTTTTACTACTTTCTCCTTTCT
s panTro2.chr18  1637715 197 +  77261746 ATTCTCTGGTATGTTTTGGCACGAGAAAGTCACTTTATATTCTTCCCAAATTTCTAACCATACCCGATCTTTTCGTAAAGAATCATTTCATTTTACCATCCTCCATTATA-TAAACCTGCCTCTTGTTCCTTCCCATCCTCTCTGTACTCTCTGTCTTTCTCGGTCTTCATTTCCTCTTTTACTACTTTCTTCTTTCT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37588313 198 + 133323859 ATTCTCTGGTAAGGTCTGGTACTAGAAGGTCACTTTACATTCTTCCCAAATTTCTAACCATACCCGATCTTTTCCTAAAGAATCATTTCATTTTACCGTCCTCCATTATATTAAACCTGCTTCTTGTTCCTTCCTGTACTCTGTGTACCGTCTGTCTTTCTCAGTCTTCATTTCCTCTTTTACTACTGTCTTCTTTCT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=127737.000000
s hg19.chr21    14793669 419 +  48129895 TATTTTCTCATTTTCCTCAGCTCTTGGAATACCTTGAATTCAAACTAATAATTCAGTTCCTTTCCAGCACTCTCAATGTAGTCTGCTGCCAACACATGATAAGACATGTAACTTATCACCATTTCACTTCTCTTTTTTTCCATGCTTTGCATTCAGGAGGTAATTTTCTTCAGCTATTAGGGGATATCCCTCCTCATCAGTTCAGAGAAACATTTGGTCAAATGACTTTTTAAATAAAATATGGTTCTTACCTTCTAATTTTCCACTTAAGGTATCAAATTCTTTTTGATGTGTAGCCTTGGGTAAACACACATCATTCTGTAAGAGAGTCTCAAGGAAACTCTGTTAAAAGTAGTATCAATAAATAATTTCAATGGAGAAATCCCAATAATGAAGAGTATCAAAAGTTCCTACTTAAA
s rheMac2.chr9  37588511 419 + 133323859 TATTTTCTCATTTTCCTCAGGTCTTGGAATATCTTGAATTCAAACTAATAATTCAGATCCCTTTCAGCGCTCTCAATGTAGTCTGTTACCAACACCTGATAAGACGTACAACTTATCACCATTTCACTTCTCTTCTTTCCCATGCTTTGCATTTAGGAGGTGATTTTCTTTGGCTATTAGGGGATATTCCTCCTCATCAGTTTAGAGAAATATTTGGTCAAATGAAATTTTAAGTAAAAAATGGTTCTTACCTCTTAATTTTCCACTTATTGTAACAAATTCTTTTCGATGTGTAGCCTTGGGTAAACACTCATCATTCTGTAAAAGATTCTCAAGGAAATTCTGTTAAAAGTAATATCAATAAATAATTTCAATGGAGAAATCCCAATAATGAAGAGTATCAAAATTTCCTAATTAAA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1637912 418 +  77261746 TATTTTCTCATTTTCCTCAGGTCTTGGAATACCTTGAATTCAAACTAATAATTCAGTTCCTTTTCAGCACTCTCAATATAGTCTGTTGCCAACACCTGATAAGACGTATAACTTATCACCATTTCATTTCTC-TTTTTTCCGTGCTTTGCATTAAGGAGGTAATTTTCTTCAGCTATTAGAGGATATCCTTCCTCATCAGTTTACATAAATATTTGGTCAAATGACTTTTTAAATAAAAAATGGCTCTTACCTTCTAATTTTCCACTTAAGGTATCAAATTCTTTTTGATGTGTAGCCTTGGGTAAATACACATCCTTCTGTGAAACAGTCTCACAGAGACTCTGTTAAAAGTAATATCAATAAATAATTTCAAAGGAAAAATCCTAGTAATGAAGAGTATCAAAATTTCCTAACTAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14794088 96 +  48129895 ATCTTTTCTAAAAACACAGTTTCCTACTTTACAAACAATTCGACTTAAGAGCAGACATGTGTTGAAACCCAAAACATTCTGATAGAAAACCTCACA
s rheMac2.chr9  37588930 96 + 133323859 ATCTTTTGGAAGAACACAGTTTCCTACTTTACAAGCAATTCGACTTAAGAGCAGACGTGTGTTGAAACCCAAAACATTTTGATAGAAAACCTCACG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1638330 83 +  77261746 ATCTTTTTTAAAAACACAATTTCCTAGTTTGCAAACAATTCGACTTAAGAGCAGACACGTATAGAAAACCAAAACATTTTGAT-------------
i panTro2.chr18 C 0 I 3129

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s hg19.chr21    14794184 225 +  48129895 TAACACTCTCCACATCAA-CT----TACCTTTACGTTCATGAGGCTATTAACTTGGTTACTGAGCAGGAAAAACAAATCACACTCACGAAAGAATTCACTCGTGCATATTTCAGAAAGTAACTCTCTTAAAAATATCTAACTTGTGTTGTAGTCCTCATTAAAAGTAAATATGCCATTTCAAACAAAATACAATACACTTGCTACTAGCCATAACACATACTGCATTAAA
s panTro2.chr18  1641542 226 +  77261746 TAACTCTCTCTACATCAAGCT----TATCTTTACATTCATGTGGCCATCAACTTGGTTACTGAGCAGGAAAAGCAAATCATGTTCATGAAAAAATTCACACGTGCATATTTCAAAAAATATCTCTCTTAAAAATATCTAACTTATGTTGTAGTCCTCATCAAAAATAAATATGACATTTCAAACTAAATACAATACATTTGCTTCTTGCCATGACACATACAGCATTAAA
i panTro2.chr18 I 3129 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=116622.000000
s hg19.chr21    14794409 219 +  48129895 CATTTAAAATATTCATGATCATAGAATTGTTTAGTGTTAAAAATGATGCATGCCGTGAGGAGAACTTTTAGAGTCTGTCATGTAATGCATGCACGGAATGTTTAAAAAGCTGCTTTATTTTGGTAAACAGGGGCTTAAAACAAGCAACATGTTTTTGACAAAATTTATGCTGATAGAAAAAGTGCTTGAAGAGAATGTAAATGCAGTAAGAAAA-GAAAT
s panTro2.chr18  1641768 213 +  77261746 CATTTAAAATATTCATGGACATAGAACTGTTTATTGTTAAAAATGATGCCTGTCTT-----GAACTTTTAGAGTCTGTCATATAGTGTATGCACAGAATGCTGAAAAAGCTGCTTTATTTCAGTAAACAGGGGCTTAAAATAAGCAACATGTTTTTGACAAAATCTATGGTGATAGAAAAAGTGCTTGAATAGAACGTAAATGCAGTAAGAAAA--AAAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=12597.000000
s hg19.chr21    14794628 54 +  48129895 TATGTCATGTCTAAATGAAAGCCAACAAATATTAAAGTCTTTTTGTCTGACGAC
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37589476 54 + 133323859 TATGTCATGTCTAAACGAAAGCAAACAAATATTAAAATCTTTTTGTCTGATGAC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=24823.000000
s hg19.chr21    14794682 90 +  48129895 AAATCAGATAAAATCTACTTGTCTACTGACTTCCACCCTTTGCTCTTACCACCAGGCAGCAGCTGCTTGTTTCTAAGAGGTCAGATATTT
s rheMac2.chr9  37589530 90 + 133323859 AAATCAGATAAAATCTACTTGTCTATTGACTTCCACCCTTTGCTGTTACCACCAGGCAGCAGCTGCTTATTTCTAAGAGGTCACACATTG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1642035 87 +  77261746 AAATCAGATAAAATCTACCTGTCTACCGACTTCAACCCTTTGCTGTTACCACCAGGCAGCAGCTGCTTGTTTCTAAGAGGTCAGATA---
i panTro2.chr18 C 0 I 146

a score=40559.000000
s hg19.chr21    14794772 115 +  48129895 TCCATGTCTTTCCACAGTTGTGACCTTAAAATACATCACTATTATTTCACGCTCATGCTGCTGCAGCTTGACTGCCTGCCACAAAGGGACTCGAGGAGTTCTACTTGTGAAAATA
s rheMac2.chr9  37589620 114 + 133323859 TCCACGTCTTTCCACAGCTGTGACCTTAAAATACATCACTATTATTTGACGCTCATGCTGCTGCAGCTTGACTGCCTGCCATAAAGGGACTCGAGGAGTTCT-TTTGTGAAAATA
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1642268 111 +  77261746 TCCATGTCTTTCCACAGTTGTGACCTTAAAACACATCACTATTATTTCATGCTGATGCTGCTGCAGCTTGACTGCC----ATAAAGGGACTCAAGGAGTTCTATTTGTGAAAATA
i panTro2.chr18 I 146 I 2

a score=64104.000000
s hg19.chr21    14794887 215 +  48129895 ATTTATATTTTTCAAAAGATTACTCAACCAATACTCTTGTTACTGTAGTCCCACAAGGTTTCCTAGTCCTCATGCTCCTCTTTCTCCTGAAATGTTCCCTCAGATCTATACTGAACAATACAGAAATGTCAATATATTCAAGTCCCAGGCATTAACTTTTCAGGTCCCAACTTTTACAATACTGCAGTTTAAACTGTCTCTCTATGAATCCAGTT
s rheMac2.chr9  37589734 213 + 133323859 ATTTATATTTTTCAAAAGACCATTCAACCAATATTCTTGTTATTATAGTCCCACAAGGTTTCCTATTCCTCACACTTTTCTTTCTCCTGAAATGTT-CCTCAGGTCTACACTGAACAAGAAAGAAATGTCAATATG-TCAAGTCCCCGCCATTAACTTTTCAGGTCCCAGCTCTTACAATACTGCAGTTTAAACTGTCTCTCTATGAATCCAATT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1642381 215 +  77261746 ATTTATATTTTTCAATAGACTGCTCAACCAATACTCTTGTTATTATATTCCCACAAGGTTTCCTATTCCTCATGCTTTTCTTTCTCCTGAAATGTCCCCTCAGATCTATACTGAACAATAAAGATATATCAATACGTTCAAGTCCCAGGCATTAACTTTTCAGGTCCCAACTTTTGCAATACTGCAGTTTAAAGTGTCTCTCCATGAATCCAGTT
i panTro2.chr18 I 2 C 0

a score=2638.000000
s hg19.chr21    14795102 43 +  48129895 AGAACTTTTGCACATC----TAGATACACCACAGAATCATAAATTTG
s panTro2.chr18  1642596 43 +  77261746 AGAACTTTTGTACATC----TAGATATAAGACAGAATCATGTATTTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr9  37589947 47 + 133323859 AGAACTTTTGTACATCTAGATAGATATACCACAGAATCATAAATTTG
i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=9132.000000
s hg19.chr21    14795145 30 +  48129895 CCCACAGCTGGACTCAGTGTAATTCTTTCG
s panTro2.chr18  1642639 30 +  77261746 CCCATAGCTGGACTCAGTGTAATTCTTTTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=127607.000000
s hg19.chr21    14795175 224 +  48129895 CTTTTAGACAAACTTGCTTCAGATCCCATGTGAATTTCTAGTGACTTCTAAGCCTTATTTTTTACACTATACCACACCGGCTTCTTAAATTAAGCCTACAAATTAGCAGAATTTCACTATGAAGCAGTCA--------------------TCTATTAAGCGTATTCTGAAAAATATC-GAAAATAATTTGGGAGTGACATATGCAGAGGTGAGAAAATAAAGTCTAAGCCTCTGCTTTTATGTTT
s rheMac2.chr9  37590024 244 + 133323859 CTTTTAGACAAACTTATTTCAGATCCCACGTGAATTTCTCGTGGCTTCTAAGCCTTGTTTTTTACACTATAGCACACTGGCTTCTTAAGTTAATCCTAGATATTAGGAGAATTTCACTACGAAGCAGTAATCTACTTAGCACATAGATTCTCCATTAAGCGTATTCTGAAAAATATC-AAACATAATTTGGGGGTGACATAGGCAGAGGTGAGAAAATAAAGTCTAAGCCTCTGATTTTACGTTT
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1642669 245 +  77261746 CTTTTAGACAAATGTACTTCAGATCCCATGTGAATTTCTAGTGAATTCTAAGCCTTATTTTTTACACTATACCACACCAGCTTCTTAAATGAATCCTACAAATTCACAGAATTTCACCATGAAGCAGTAATCTACTTAGCACATATATTCTCTATTAAGCATATTCTGAAAAATATCAAAAAATAATTTGGGGGTGACATATGCAGAGGTGAGAAAATAAAGTCTAAGCATCTGATTTTATATTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=151508.000000
s hg19.chr21    14795399 203 +  48129895 TTGTATCATGCAATACTAGTATTAAAGAAAATTAATAATACACAGTACCTCAAAATCCCAAGAATGTTCTTCATCGTCCTATTGCTTGGATTCTGATTGGAACATCTGAGCTATAAAAGGTTAATCACAGATACATTCATGAGAACATTTCTCTACTATAAACTTTAAAAACATATATAAATCTACTTTCATTCACGAATCTG
s panTro2.chr18  1642914 203 +  77261746 TCATATCATGCAATACTAATATTAAAAAAAATCAATAACACATCGTACCTCAGAATCCCAAGAATTTTCTTCATCGTCCTTTTGTTTGGATTCTGATGGCAACATCTGAGCTATAAAAGGTTAATCACAGATGTATTCATGAGAACATTTCTCTACTATAAATTTTAAAAACATATACAAATCTACTTTCATTCACGAATCTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

a score=38527.000000
s hg19.chr21    14795602 209 +  48129895 CGGT-TATTCCTCTGTAGCCCGTATATTCTTTTTGTTGATTACAATCACTACTTCTATAGTCAATCCGTTAGAATTGAAATCTAAAAAAATCGGAAAATTAACATTGTATCATTCGTTAGAATGCAGAAAAATAGAAATTTGACTAACTCCTA-GAATTATTTCTTCACAAAGCAGTCATATCCTCTTCTCCCGTGAAACACAGTGTGTCC
s rheMac2.chr9  37590471 206 + 133323859 AGGTGTTTTCCTCCGTAAACAGTATATTCTTTTTGTCGATTACTGTCACTACTTCTATAGTCAATCCGTTAGAATTGAAATCT-AAAAAGACTGAAAATTAACA---TATCATTCACTACAAGGCAGAAAAAAGGAAATTTGACTAACTCGTATGCATT-TTTCTTCACGAAGCAGTCATATCGTCTTCTCCCGTGAAACACAGCAAGTTC
i rheMac2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1643117 205 +  77261746 TAGT-TTTTCCTCTGTAGCCCGTATATTCTTTTTGTCGATTACAGTGACTACTTCTATAGTCACTCCATCAGAATTGAAATCT-AAAAAGTCTGAAAATTAACATTAT----TTCATTAGAATGAAGAAAAATAGAAATTTGACTAACTTGTATGAGTTATTTCTTCACAAAGCGATCATATCCTCTTCTCCTGTAAAACACAGTGTGGCC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=49478.000000
s hg19.chr21    14795811 180 +  48129895 TATACTTGCTGTTCATTCAGAAAACTTTAATTACCTATCATCTCTCACTTCTTTGTAAATTTTTATTTTCTAGTATTACTTAGTTTGATTGACTCTGCAATCTCTATTACACAGTTCTTCAAAAAAGATGATTTATCAACGAACAAGATTTTTTAGGGATATTAACTTTCTGATGTTAGT
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 I 46002
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0

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s rheMac2.chr9  37591952   317 + 133323859 aatattggtcacttctagACAATAAGTGGGACTAGTGTAAAAAAGACTCTGGggccgggtgtggtggctcacgcctgtaaaaccagcactttgggaggccgaggtgggcggaacaccaggtcagcagatcgagaccaatcgggctaacatggtgaaaccccgtctcccctagaaaatacaaaaaattagccggacgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactccggaggctgaggcaggagaatgccgtgaacccgggaggcggagcttacagtgagccgagatcccgccactgctccccagcctgggccaga
i rheMac2.chr9  C 0 I 43
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a score=0.000000
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e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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i rheMac2.chr9  I 43 C 0
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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i rheMac2.chr9  C 0 T 532
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

a score=0.000000
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e rheMac2.chr9  37593698   532 + 133323859 T
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

a score=13.000000
s hg19.chr21    14798817     7 +  48129895 ATGTCAA
e rheMac2.chr9  37593698   532 + 133323859 T
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

a score=0.000000
s hg19.chr21    14798824   865 +  48129895  
e rheMac2.chr9  37593698   532 + 133323859 T
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

a score=-1149.000000
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i rheMac2.chr9  T 532 C 0
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

a score=93086.000000
s hg19.chr21    14799748   272 +  48129895 TCTCAAACATAAATACTAACATTTGCATTATTTGTATCAAATTTTCCCATCAAATTTTCTAAAGAAAACAACATTGGGAATAAAAGG-CTCTCGGCATTTCAAATAGTTTAATATTCTTAATTCCAGATTAAAATTTAAATTACAAAATTTACCTGCTTTGAGTGTTTCTCTGTCCTTTAATTCTAAGGCTTTATTTGGAAGAGAAACTTTCCTTCCACAGGTAGGCTAAATGGGTTTGGAAACACAAAAATTAATAGATAATGTATACTTCA
s rheMac2.chr9  37593207   273 + 133323859 TCTCAAACATAAATACTAGCATTGGCAGTATTTGTACCAAGATTTCCCGTCAAATTTTGAAAAGAAAACAACACTGGGAATAAAAGGGCTCTCAGCATTTCAAATATTTTAATATTCTTCTTTCCAGAGTAAAATTAAAATTACAAAATTTACCTGCTTTGACTGTTTCTCTGTCCTTCAATTCTAAGGCTTTATTTGGATTAGCAGCTTTCATTCCACCGGTAGGCTAAATGGGTTTGGaaataaaataattaatatataatgtatacttca
i rheMac2.chr9  C 0 I 218
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

a score=-332.000000
s hg19.chr21    14800020    44 +  48129895 AATATATGTAGTTAATATTCAAGATAGAAATATAAAAGTAATTA
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e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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e rheMac2.chr9  37593480   218 + 133323859 I
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s hg19.chr21    14800164    73 +  48129895 GTGAATATGAAGATGAATCCTCATGCTTTGATTGAAAAGGGATTACACTAGGTTTTGGGGTCTTTTGGGTTTC
e rheMac2.chr9  37593480   218 + 133323859 I
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

a score=1639.000000
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i rheMac2.chr9  I 218 C 0
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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i rheMac2.chr9  C 0 C 0
e panTro2.chr18  1644594 46002 +  77261746 I

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s rheMac2.chr9  37594281   289 + 133323859 cccggtgcagcggctcatgcctgtaattccagcattttggaaggccgaggagggcggatctctcgaggccaggagttccaaaccagcctggccaaaatagcgaaa-cctgtctccac-aaaaatacaaaaatcagccaggtatcgtggcacatgcctggaacccaagccactcgggggcctgagctacgggaatcacttgaacccaggaggcggaggttgcagttagccaagatcatgccactgcactccagcctggatgacagagcgagattctgtctcaacaaaaagaa
i rheMac2.chr9  C 0 I 23
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s hg19.chr21    14801108   142 +  48129895 aaaCACCTGATATGAAAGTATCAAAAACTAGACGTCAATTTCCAGAGACTTTTTACATATCATTAACCTGCATATTTCAATGTTAGAATAATGGTTATTGAAAATAACAGTTTTATTGTTCAAGGAATGAATTCTACAATTG
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i rheMac2.chr9  I 23 C 0
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s rheMac2.chr9  37594735   320 + 133323859 CTTTG--TCGCTAAAATTTATTCTATTTGTTGTACCATATGAGTTGTTAAACTACCGTTATGAAAAAGCTCTTATGAAACACTTAGCTTCAAGAAAAAACAGACGTTTCTTTCACATAGAAATATATC-CCTTTCATCAAATCATACTAATAAAATAGGCTTAATCTCTCAGTTTTCTCTACTTTTACATTTTTCAGTATGACATACCTTAATATATTTAAAAATACCACTTATACATGTTGTTTCCCTTGAGAGATGATTGATCATCTCTCAATTAAGGCACTTCA-GGGATATTAACCCTCTAAAACACACCAAATTTATGT
i rheMac2.chr9  C 0 n 0
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s hg19.chr21    14801569    18 +  48129895 GCAAGCATCCTTATGTTA
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i panTro2.chr18 I 46002 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60249712 34 - 72422247 gaggctgagatgagaggatcacttgtgcctggga
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr17 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr17 C 0 I 1992

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i panTro2.chr18 C 0 I 1386
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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s ponAbe2.chrUn 60250860  341 - 72422247 tgggcatggtggcacacgtctgtattcccagctatttgggagactgaggtgggaggattgcttgagcccaggagtttgaggctgcaataagccatgatcatgtcactatactgcagcctgggcgacagagcaagattctgtctgtaaaaaggaaagaaaaGggctgggtgcggtggctcatgcttgtaatctcagcattttgggacgccgaggtgggtgaatcatctgaggtcaggagttcgagaacagcctggccaacatggtgaaaccctttctctactaaaaattacaaaaattagccaggcatggtggcggattcttgtaaATCTACTTGTAAATCC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 I 1386 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr17 I 1992 I 4

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60251537 1153 - 72422247  
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i rheMac2.chr17 I 4 C 0

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i ponAbe2.chrUn I 333 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14816358 177 + 48129895 TATGT-Aggctgggtgtggtggctcatgccttcaattctagtactttgggaggccaaggcaagcaaatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcatggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaatgtagctgtgtgtggtggtgggcacctgtagttccagc
s panTro2.chr18  1706718 177 + 77261746 TATGT-Aggctgggtgtggtggctcatgcctgcaattctagtactttgggaggccaaggcaagcaaatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcatggccaacatggtgataccccgtctctactaaaaatacaaaaatgtagctgggtgtggtggtgggcacctgtagttccagc
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60260930 177 - 72422247 TATGTAAggctgggtgtggtggctcatgcctgaaattctagtactttgggaggccaaggcaagcaaatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcgtggccaacatagtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaatgtagttgggtgtggtggtgggca-ctgtagttccagc
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr17   122241 177 + 94452569 TATCT-Aggctgggagtagtggctcatgcctgcaattctagtactttgggaggccgaggcaagcaaatcatctgaggtcaggagttcaagaccagcatggccaacatggtgagaccacgtctctactaaaaatacaaaaatgtagctgggtatggtggcacatacctgtagttccagc
i rheMac2.chr17 C 0 C 0

a score=39962.000000
s hg19.chr21    14816535 132 + 48129895 tactcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccctaaggcagagcttgcgggtgagccgagattgtaccactgcactccagccggggcgacacagcaagact--gtctcaaacaacaacaacaacaacaa
s rheMac2.chr17   122418 113 + 94452569 tacttgggaggctgaggcaggagaatggcatgaaccccagaggcggagcttggag-tgaacagagatcgtgccactgcactccagcctgggtgacagagcaagact--gtctcaaa------------------
i rheMac2.chr17 C 0 I 322
s ponAbe2.chrUn 60261107 124 - 72422247 tactcgggaggctgaggcaggataatggcgtgaacccccaaggcagagcttgcgg-tgagccgatatcgcaccactgcactccagttggggcgacagaacaagact--gtctcaaaaaaaaa-------aaaaa
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1706895 122 + 77261746 tactcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccccaaggcagagcttgcgg-tgagccgagatcgcaccactgcactccagctggggcgacagagcaagactctgtctcaaaaaaaaa-----------a
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=132150.000000
s hg19.chr21    14816667 272 + 48129895 AAAAAAACTGAAAACATTAATGTAAGCGTAGTAAACTaag----gaataaatttttgtgacaattgacagcagatgagaatgactatagttaacaacaatgcattgtacattccaaattagttagaagagaggacttgaaatcataaatactcaaggtgatggacaccccaactactctcacttcatcatgacacagatgatacatataacaaatatcacagttaccctataaaaacctacaaatGTATGAACTAAAA-GGTTAAATCCAAAAAAAG
s panTro2.chr18  1707017 277 + 77261746 aaaaCAACTGAAAACATTAATGTAAGCGTAGTAAACTAAGTaaggaataaatttttgtgacaaatgacagcagattagaatgactatagttaacaacaatgcattgtacattccaaattagttagaagagaggacttgaaatcataaatactcaaggtgatggacaccccaactactctgacttgatcatgacacagatgatacatataacaaatatcacagtcaccctataaaaacctacaaatgtatgaactaaaaaGGTTAAATCCAAAAAAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60261231 275 - 72422247 aaaaaaCCTAAAAACATTAATGTAAGGGTAGTAAACTAAGTaaggaataaatttttgtgacaattgacagcagattagaatgactatagttaacaacaatgcattgtacattccaaattagttagaagagaagacttgaaatcataaatactcaaggtgatggacaccccaactactctgacttgatcatgacacagatgatacatataacaaatat--cagttaccctaaaaaaacctacaaatgtatgaattaaaaaGGTTAAATCCAAAAAAAG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr17   122853 276 + 94452569 aaaaaaactaaaaaCGTTAATGTAAG-GTAGTAAACTAAATaaggaatcaatttttgtgacaattgacagcagattagaatgactatagttaacaacaatgcattgtacattccaaattagttagaagacagaacttgaaatcatgaatagtcaaggttatagacaccccagctactctgacttgatcataccacagatgatacatacaacaaatatcacagttaccctataaatatgtacaaatgtatgaattaaaaaGGTTAAATCCAAAAAAAG
i rheMac2.chr17 I 322 C 0

a score=31509.000000
s hg19.chr21    14816939 64 + 48129895 TCTTGTAAGTTGCAGAAAAGTAGACTGTAGCAACTGTACGTATTTTCTTCCTTTCCTGCTATGA
s panTro2.chr18  1707294 64 + 77261746 TCTTGTAAGTTGCAGAAAAGTAGACTGTAGCAACTGTACGTGTTTTCTTCCTTTCCTGCTATGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60261506 64 - 72422247 TCTTGTAAGTTGCAGAAAAGTAGACTGTAGCAACTGTACGTATTTTCTTCCTTTCCTGCTATGA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr17   123129 63 + 94452569 TCTTGGAagttgcagaaacataggctgtagcaactatacgtattttcttccttt-ctgttatga
i rheMac2.chr17 C 0 C 0

a score=78668.000000
s hg19.chr21    14817003 156 + 48129895 ATGTGTTTGTATGCAGATTATGTATTTGCATATATTAACTATTCCCTTCTTCTATGC-GCAGTATTTTACAGAAGTTTTATTGGAGGTTTCTTTTCCATTTGTCCATTAGACTAGAGATTACTCAAATAGGTTAGGATTGAATT--AAGAGTAAGTGAT
s rheMac2.chr17   123192 156 + 94452569 atgtgtttgtATGCAGATTATGTATTTGCATATATTAACTATTCCCTTCTTTTGT---GCAGTATTTTACAGAAGTTTTATTGGAGGTTTCTTTTCCATTTGTCCATTAAACTAGAGATTACTCAAATAGGTTAGGATTGAATTTGAAGAGTACGTGGT
i rheMac2.chr17 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60261570 159 - 72422247 ATGTGTTTGTATGCAGATTATGCATTTGCATATATTAACTATTCCCTTCTTCTATGCAGCAGTATTTTACAGAAGTTTTATTGGAGGTTTCTTTTCCATTTGTCCATTAGACTAGAGATTACTCAAATAGGTTAGGATTGAATTTGAAGAGTAAGTGAT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1707358 158 + 77261746 ATGTGTTTGTATGCAGATTATGTATTTGCATATATTAACTATTCCCTTCTTCTATGC-GCAGTATTTTACAGAAGTTTTATTGGAGGTTTCTTTTCCATTTGTCCATTAGACTAGAGATTACTCAAATAGGTTAGGATAGAATTTGAAGAGTAAGTGAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=16743.000000
s hg19.chr21    14817159 40 + 48129895 ACGCCTCATGACTAGATAGTCAGTCTCCCAGAGATGGGTG
s rheMac2.chr17   123348 36 + 94452569 ACGTCTCATGAC----AAGTCAGTCTCGCAGAGATAGGTG
i rheMac2.chr17 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60261729 40 - 72422247 ATGCCTCATGACTAGATAGTCAGTCTCCCAGAGATGGGTG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1707516 40 + 77261746 ACACCTCATGACTAGTCAGTCAGTCTCCCAGAGATGGGTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=17856.000000
s hg19.chr21    14817199 35 + 48129895 TGGCTGTTGGAACACTACGTCTCCTCATTTTGAGC
s panTro2.chr18  1707556 35 + 77261746 TGGCTGTTGGAACACTACGTCTCCTCATTTTGAGC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60261769 35 - 72422247 TGGCTGTTGGAACACTACATCTCCTCATTTTGAGC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr17   123384 35 + 94452569 TGGTTGTTGGAACACTATATCCCCTCATTTTGAGT
i rheMac2.chr17 C 0 C 0

a score=54944.000000
s hg19.chr21    14817234 97 + 48129895 AGATGGTAAAAACTGATTTCTTTGTAGGAAGTTGCACTCTGTTGGATGGAACAGTTGTGCTGTTGTACAGAAAGTCAAATGTGCAGGGAAGGGTGTG
s panTro2.chr18  1707591 97 + 77261746 AGATGGTAAAAATTGATTTCTTTGTAGGAAGTTGTACTCTGTTGGATGGAACAGTTGTGTTGTTGTACAGAAAGTCAAATGTGCAGGGAAGGGTGTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 60261804 97 - 72422247 AGATGGTAAAAATTGATTTCTTTGTAGGAAGTTGCACTCTGTTGGATGGAACAGTTGTGTTGTTGTACAGAAAGTCAAATGTGCAGGGAAGGGTGTG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr17   123419 94 + 94452569 AGATGGTAAAAAGTGATTTATCTGTAGGAAGTTGCACTTTGTTGGATGGAACAGTTG---TGTTGTACAGAAAGTCACATGTGCAGGGAAGGGTGTG
i rheMac2.chr17 C 0 I 49346

a score=61226.000000
s hg19.chr21     14817331 105 +  48129895 TATATTTCCTGAGTAGCCA--GAGGGCAGCCAGGGCTAGCCATTAA-AGCTGATGTCTCTTAGTTGCAAGCCCACCCTCTGGGTTTCTGGTGAAGCTTGAGCTCTGCA
s rheMac2.chr3  161904564 108 - 196418989 TATATTTCCTGAGTAGCCAAAGAGGGTAGCCGTGGCTAGCCATCAACAGCTGATGTCTCTCAGCTGCAAACCCATCCTCTGGGTTTGTGTTGAAGCTTGCGCTCTGCA
i rheMac2.chr3  n 49346 C 0
s ponAbe2.chrUn  60261901 107 -  72422247 TATATTTCCTGCGTAGCCAAAGAGGGTAGCCAGGgctagccattaa-agccgctgtctcttagttgcaaacccatcctctgggtttctggtgaagcttgagctctgca
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1707688 107 +  77261746 TATATTTCCCGAGTAGCCAAAGAGGGTAGCCAGGGCTAGCCATTAA-AGCTGATGTCTCTTAGTTGCAAACCCATCCTCTGGGTTTCTGGTGAAGCTTGAGCTCCGCA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=40093.000000
s hg19.chr21     14817436 69 +  48129895 CA-GCAACTGGCTTTGCGTGAGTCTCTACCACAAGAACACACTATGCGGAGACAATAGGCTAGAGAAGGG
s panTro2.chr18   1707795 70 +  77261746 CAAGCAACTGGCTTTGTGTGAGTCTCTACCACAAGAACACACTATGCGGAGACAATAGGCTAGAGAAGGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60262008 69 -  72422247 ca-gcaactggctttgtgtgagtctctgccacaagaacacactatgtggagacaataggctagagaaggg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161904672 69 - 196418989 CA-GCAACTGGCTTTGTGTGAGTCTCTGCCACAAGAACACACTATGTGGAGACAACAGGCCAGAGAAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=96440.000000
s hg19.chr21     14817505 162 +  48129895 GAAGGGATCTGTGCCTTCTTTTTGTCTCCTTGTCTGCACCCTAATCCCATCAAGGTCACTCCTTGGTACCGTCATTCAGCCTGGTGAATGAAGGCCCTCCAATAACAAGATATGTGTCTGGTTGACAATGTCTCTGACACTACCGACAGCTTCACTATGCCC
s panTro2.chr18   1707865 162 +  77261746 GAAGGGATCTGTGCCTTCTTTTTGTCTCCTTGTCTGCACCCTAATCCCATCAAGGTCACTCTTCGGTACCTTCATTCAGCCTGCTGAACGAAGGCCCTCCAATAACAAGATATGTGTCTGGTTGACAATGTCTCTGACACTACCGACAGCTTCACTATGCCC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60262077 159 -  72422247 gaagggatctgtgccttctttttgtctccttgtctgcaccgtaatcccatcaaggtcactccTTGGTACCTTCATTCAGCCTG-TGAATGAA-ACCCTCCAATAACAAGATATGTGTCTGGTTGACAG-GCCTCTGACACTACCGACAGCTTCACTATGCCC
i ponAbe2.chrUn C 0 I 227
s rheMac2.chr3  161904741 162 - 196418989 AGAGGGATCTGTGCCTTCTTTTTGTCTCCTTGTCTGCACCCTAATCCCATCAAGGTCACTCCTTGGTACCCTCATTCTGCCTGGTGAAGGAAGGCCCTCCAATAACAAGATATGCGTCTGGTTGGCAATGCCTCTGACACTACCGACAGCTTCACTATGCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=41384.000000
s hg19.chr21     14817667  93 +  48129895 CAAAGCCGCCAGTGCCAACCACACAGTATCCCACCTCCAAAGTCAAAATGAGAGTGGGTGCAGTGGCAGCCATGACCTAGATTTGTTCCTTAG
s panTro2.chr18   1708027  93 +  77261746 CAAAGCCGCCAGTGCCAACCACACAGTATCCCACCTCCAAAGTCAAAATGAGAGTGGGTGCAGTGGCAGCCATGACCTAGATTTGTTCCTTAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161904903  93 - 196418989 CAAAGCTGCCAGTGCCAGCCACACAGTATCCCAACTCCAAAGTCAAAAGGAGAGTGGGCGCAGTGGCAGCCATGGCCTAGACTTGTTCCTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn  60262236 227 -  72422247 I

a score=16931.000000
s hg19.chr21     14817760 34 +  48129895 ACACCTTAGTGTTCTAATTTTTGGCggaaggcca
s panTro2.chr18   1708120 34 +  77261746 ACACCTTAGCGTTCTAATTTTTGGAggaaggcca
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60262463 34 -  72422247 ACACTTTAGTGTTCTAATTTTGGGGggaaggaca
i ponAbe2.chrUn I 227 C 0
s rheMac2.chr3  161904996 34 - 196418989 ACACCTTAGTattctagttttttggaagaggcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129432.000000
s hg19.chr21     14817794 253 +  48129895 aggcaggtggatcatttgaggtcagaagtacaagaccagcctggccaacatggtgaaacccagtcgctactaaaaatacaaaacttatctgggcatggt-------------aatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaacctgggagacgacggttgcagtgagctgagatcaaaccactgcactctagcctgggcaataaagtgagacttcatttcaaaacaaaacaaaaaaTAATAATACTTCTATGG
s rheMac2.chr3  161905030 266 - 196418989 gggcaggtggatcatttgaggtcagaagtacgagtccagcctggccaacatggtgaaacccagcctctactaaaaatataaaacttatctgggcatggtggcactcacctgtaatcccacctactcaggaggctgaggcaggacaatcacttggacctgggagacgaaggttgccctgagctgagattgcaccactgcactctagcctgcgcaacaaagtgagagtttgtttcaaaacaaaacaaaaaaTAATAATACTTCTATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60262497 266 -  72422247 aggcaggtggatcatttgaggtcagaagtacgagagcagcctggccaacatggtgaaacccagtctctactaaaaatacaaaacttatctgggcatggtggcactcacctgtaatcccggctactcaggaggctgaggcaggagaagcacttgaacctgggagacgaaggttgcagtgagctgagatcgaaccgctgcactctagcctgggcaacaaagtgagacttcgtttcaaaacaaaacaaaaaaTAATAATGCTTCCATGG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1708154 263 +  77261746 aggcaggtggatcatttgaggtcagaagtacgagaccagccttgccaacatggtgaaacccagtcgctactaaaaatacaaaacttatctgggcatggtggcactcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaacctgggagacgaaggttgcagtgagctgagatcaaaccactgcactctagcctgggcaacaaagtgagacttcatttcaaaacaaaacaaaaaaTAATA---CTTCTATGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=22217.000000
s hg19.chr21     14818047 28 +  48129895 TTTCTTGCAGCTCTCCCAAAATACATTT
s panTro2.chr18   1708417 28 +  77261746 TTTCTTGCAGCTCTCCCAAAATACATTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60262763 28 -  72422247 TTTCTTGCAGCTCTCCCAAAATACATTT
i ponAbe2.chrUn C 0 I 280
s rheMac2.chr3  161905296 28 - 196418989 TTTCTTGCAGCTCTCCCAAAATACACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=11760.000000
s hg19.chr21     14818075 13 +  48129895 ACATACATAAAAG
s panTro2.chr18   1708445 13 +  77261746 ACATACATAAAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60263071 13 -  72422247 acatacataaaag
i ponAbe2.chrUn I 280 C 0
s rheMac2.chr3  161905324 13 - 196418989 ACATACATAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36319.000000
s hg19.chr21     14818088 39 +  48129895 CTCATTCACATACATGCACACACACACATTATCACAGCT
s panTro2.chr18   1708458 39 +  77261746 CTCATTCACAAACATGCACACACACACATTATCACAGCT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60263084 39 -  72422247 ctcatttacatacatgcacacacacacaTGATCACAGCT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161905337 39 - 196418989 CTCATTCACATGCATGCACACACTCATGTTATCACAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=314396.000000
s hg19.chr21     14818127 349 +  48129895 CTTCCCCTCTCCCCAACAATTCATTCCAGATGCCATTAGATGGTGCTAAGTGTGGCAGGTGATTGCCCCGGGAAGCACAGCAAGATGAGAAGGTTTAGGAGGAGCAAGAGAAGTTGCCAAGGGCCTGGGCAGACAGAGGCAGATGAGGGGCAGGCAAGGTGGTAACAGCCTACCAAAGAGTGTCCCATGTGAGTAAAGGACATGGGCTGAGCAGCAGGAGGCTCAATGGTGGCACTAGTACACAAGATAAATACTGGGTAAATGATGAAATAAATCAGTAGGTTGAGAATATCTGGGTGGCATGGTTCTATG----AAAGCATTGTAAATAGGAaaagaaagaaagaaagaaa
s panTro2.chr18   1708497 337 +  77261746 CTTCCCCTCTCCCCAACAATTCATTCCAGATGTCATTAGATGGTGCTAAGTGTGGCAGGTGATTGTCCCAGGAAGCACAGCAAGATGAGAAGGTTTAGGAGGAGCAGGAGAATTTGCCAAGGGCCTGGGCAGACAGAGGCAGATGAGGGGCAGGCAAGGTGGTAACAGCCCACCAAAGAGTGTCCCATGTGAGTAAAGGACATGGGCTGAGCAGCGGGAGGCTCAATGGTGGCACTAGTACACAAGATAAATACTGGGTAAATGATGAAATAAATCAATAGGCTGAGAATATCTGGGTGGCATGGTTCTATG----AAAGCATTGTAAATAGGAAAAGAAA------------
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60263123 337 -  72422247 CTTCCCCTCTCCCCAACAATTCATTCCAGATGCCATTAGATGGTGCTAAGTGTGGCAGGTGATTGCCCCGGGAAGCACAGCAAGATGAGAAGGTTTAGGAGGAGCAGGAGAAGTTGCCAAGGGCCTGGGCAGACAGAGGCAGATGAGGGGCAGGCAAGGTGATAACAGCCCACCAAGGAGTGTCCCATGTGAGTAAAGGACATGGGTTGAGCAGCGGGAGGCTCAATGGTGGCACTAGTACACAAGATAAatactgggtaaatgatgaaataaatcaataggctgagaatatctgggtggcatggttctatg----aaagaattataaataggaaaagaaa------------
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161905376 338 - 196418989 CTTCCTCCCTCCCCAGCAATTCATTCCAGATGCCATTACATGGTGCTAAGTGTGGCAGGTGGTTGCCCTGGGAAGCACAGCAGGATGAGAAGGTTCAGAAGGAGC---AGAAGTTGCCAAGGCCCTGGACAGACAGAGGCAGATGAGGGGCAGGCAAGGTGGTAACAGCCCACCAAGGAATGTCCCATGTGAGTAAAGGACACGGGTCAAGCAGCGGGAGGCTCAATGGTGGCACTAGTACACAAGACAAACACTGGGGAAATGATGGAATAAATCAACAGGCTGAGAATATCTGAGTGGTATGGTTCTATGAAATAAAGAATTATAAATAGGAAAAGAAA------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=53730.000000
s hg19.chr21     14818476 73 +  48129895 caaacaaacaaacaagcaaacaaacaaacCCAAGCCCTGGATGTTAAGAACAGAAGCGAAGATACAGGTACGA
s panTro2.chr18   1708834 57 +  77261746 ----------------CAAACAAACAAACCCAAGCCCTGGATGTTAAGAACAGAAGTGAAGATACAGGTATGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60263460 61 -  72422247 ------------caaacaaaccaaccaacccaagccctggatgttaagaacagaagtgaagatacaggtatga
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161905714 57 - 196418989 ----------------CAAACAAACAAAAACAAGCCCTGGATGTTAAGAACAGAAGTGAAGATACAGGTATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=55953.000000
s hg19.chr21     14818549 68 +  48129895 GCTTTTGGCCTTCAACATGTGTAAGTACACAGACAAATACAGATGTAAATGTGTGCATGCACACGATG
s panTro2.chr18   1708891 68 +  77261746 GCTTTTGGCCTTCAACATGTGTAAGTACACAGACAAATACAGATGTAAATGTGTGCATGCACACGATG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60263521 68 -  72422247 gcctttggccttcaacatgtgtaagtacacagataaatacagatgtaaatgtgtgcatgcaCAcaatg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161905771 68 - 196418989 GCTTTTGGCCTTCAACCTGTGTAAGAACACAGATGAATACAGATGTAAACGTGCGCATGCACACGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200995.000000
s hg19.chr21     14818617 166 +  48129895 ATtttccttattgtgctgactgtattgtggttacacaggccaatgtccttgtttgtaaaaattacacgtggaagtagctgagagatagggcattgtgctggcaacttactgtcaaatagtacaggaaaaaGTTTATTGCACCATCTACATGGATGCTTTCTGGAGT
s panTro2.chr18   1708959 166 +  77261746 ATtttccttatcgtgctgactgtattgtggttacacaggccaatgtccttgtttgtaaaaattacacatggaagtagctgagagatagggcattgtgctggcaacttactgtcaaatagtacaggaaaaaGTTTATTGTACCATCTACATGGATGCTTTCTGGGGT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161905839 166 - 196418989 ATtttccttactgtgctgactgtattgtggttacacaggccaatgtccttgtttataaaaattacacatggaagtagctgagagatagggcattgtgctggcaacttactgtcaaatagtacaggaaaaaGTTTATTGCACCATGTACATGGATGCTTTCTGGCGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  161906005 55 - 196418989 CTTTCTGTTAGCTTGAAATTGTTTCAAACTGTAACTGATTTTACAACAAGAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14819888 159 +  48129895 ATATTAAGGATTTCTGCTGCTTTTTCATGAGATACCTAGATGATACATTATTTCTAGTTAGTTCAATAATATGAGAAAATGAATTAAGATTTTTTATAAAATTATCCTGTGTTTCTGGATAAATCCTAAATCTGAAATTCACTGTAGAATATAAAtttt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  161907279 160 - 196418989 tattttttaaagacagaatcttgctcttttgcccaggctggagtgcaatggtgtaatcctagctcacttcagcctccaattcctgaacccaagtgaccctcttgcctcagcttcctgagtagctgaggtgaccgacatgcaccaccacacctgtctaatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14820207 133 +  48129895 tttgta-ttttgatagaggtggggttttgccatgttgcccaggctggtctctaactccttggttccagcaatccacatgccacagcctgccaaagtgctgagactataggcatgagtcatcacactgagccATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  60265186 134 -  72422247 tttgtattttttatagaggtggggttttgccatgctacccaggctagtctttaactccttggctccagcaatccactcgccacagcctgccaaagtgctgagactatagacatgagtcatcacacTGAACCATG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1712091 144 +  77261746 tcaatcagggacttatattgaggctatataaaaaactcttatgactcaac----aaaagacaaacccaattttaaaatgggaagagtatctaaatagacattactccaaaaaatatttgtaaatgaccaataagcacattgaaagata
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  161909526 234 - 196418989 agaagacagtaagttggtagcgatgtggagaatctgaacgctcataatgcgctgctggaatataaaatggtacagccacctgggaaaacaactggtcagcttcttaaaagttcagtgcaaatgtaccctattcctggaaattatactcctaggtatacatacaa-----gagatattcaggtatatgtccagacaaaaacttgctcaagtatggtcactgcagcattattcataacagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 23 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr18   1715100 128 +  77261746 gtcaagtgaagtggctcacacttataatcccaccaccttgggaggctgaggcagaattgcttgagcccaggatttcaagaccagcttgagcaacatagaaacaacctatccctacaaaaaaagataaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   4137794 120 +  72422247 gtc----gaggtggctcacactt-taatcccaccactttgggaggctgaggcagaactgcttgagcccagcatttcaagatcagtttgagcaacatagaaacaacccatccctacaaaaaaa---aga
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161911258 128 - 196418989 GTAAAATGAggtggcccacacttataatcccaccactttgggaggctgaagtagaattgcttgagcccaggattttaagaccagcttgagcaacatagaaacaacctatccctacataaaaagataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14824886 172 +  48129895 taaaattaggtgtggtggtgcatatctgtagtcctagctactctggaggctgaagcaagaggattgcttgagtccaggaatttaaggttacgatgagctataattttaccactgcactccagtctgggtcacaaaaagagaccctgtgttt--------aaaaaaaaaGTCAGGGGGAAG
s panTro2.chr18   1715228 173 +  77261746 taaaattaggtgtggtggtgcatatctgtagtcctagctactctggaggctgaagcaagaagattgcttgagtccaggaatttaaggttacgatgagctataattttaccactgcactccagtctgggtcacaaaaagagaccctgtgttt-------aaaaaaaaaaGGCAGGGGGAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   4144200 143 +  72422247 tattttttaatgttataactagaaagttttaaatcatgtgaatgactcgctttatatttagttctatttaataacactTTACTAAATCCCAGAAAAGGGCTCAGAATTCTACTGAAGAATTTCTACAACTTCCTCATGAACCT
i ponAbe2.chrUn I 5793 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 210 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  161917432 2731 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  161917432 2731 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr18   1722881 246 +  77261746 TCaatattttaaaaaaatattttattataaaCAGAACAGCATTTCATCTCTAAATTTTTATTTAACATTAA-AGTCACAAATTTTGCCTGGTTTTATGATCACAAGGCAGAAACAAGTCATTCATAAAATAACAATATA-TAACCACCAACCATTCTAAAATTTCTTTAAGGAGATAATTTTATAAAGTTCTTAAAACATTTTTTTAAATGCACTAATAAGAAAACAAAACAGATGgccaagcacagt
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   4154122 247 +  72422247 TCAATATTTGAAGAAATTATTTTATTATCAACAGAACAGCATCTCATCTCTAAATTTTTATTTAACATTAACAGTCACAAATTTTGGCTGGTTTTATGATCACAAGGCAGAAACAAGTCATTCATAAAATAAGAATATA-TAACCACCAACCATTCTAAAATGTCTTTAAGGAGAAAATTTTATAAAGTTCTTGAAACATTTTTTTAACTGCCCTAATAAGaaaacaaaaaagatggctaggcacagt
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161921345 247 - 196418989 TCAATATTTTAAAAAATGATTTTATTATCAACAGAACCGCATTTCATCTCCAAATTTTTATTTAACATTTACAGTCACAAAGTTTGGCTGATTTTATGATATCAAGGAAGAAACAAGTCATTCATAAAACAACAATAGATTAATAACAAACCATTCTGAAATTTCTTTAGGGAGataattttataaagttttaaaaactttttttt-aatGCCCTAATAAGaaaacaaaaaagatggtcaagcacagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14832767 137 +  48129895 tgctcaagcctgtaatctgagcactatgggaggctgaggcaggaaagtcacttgaacc--cgaggtcaaggctgcactgagctatgatcatgccactgccctccatcctaaaagagtcagatcctgtctcaaaaaaatg
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i panTro2.chr18 C 0 I 2
s ponAbe2.chrUn   4154369 139 +  72422247 tgctcaagcctataatctgagcactttgggaggctgaggcaggaaggtcacttgaacccaagaggtcaagggtgcaccgagctatgatcatgccactgccctccatcctaaaagagtcagatcctatctcaaaaaaaTG
i ponAbe2.chrUn C 0 I 1
s rheMac2.chr3  161921592 139 - 196418989 tgctcaagcctataatctgagcactttgggagactgaggcaggaaggtcacttgaacccaagaggtcaaggctgcactgagctatgagcatgccactgccctccattcggaaagagtcagatcctgtctcaaaaaaatg
i rheMac2.chr3  C 0 I 7

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s hg19.chr21     14832904 71 +  48129895 aaaaaaaGCATCCACAAACTTTGTCACACAGAGTTCTGTGAGGTTAAGCACCACCTAAATACTTTTCAACC
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i rheMac2.chr3  I 7 C 0
s ponAbe2.chrUn   4154509 70 +  72422247 AATGAAAGCATCCACAAACTATGTCACACAGAGCTCTGTGAGGTTAAGCACTACCT-AATACTTTTCAACC
i ponAbe2.chrUn I 1 C 0
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s hg19.chr21     14832975 73 +  48129895 ACTTAAGAGGAGGAAAATGCATA----CTCCTGCTTAAAACATTTACATTTAATATGTCGGAAAACACCTAAggcca
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161921806 77 - 196418989 ACTTAAGAGGAGGATAATGCATAGCTCCTCCTGCTTAAAATGTTTACATTTAATATGTCAGAAAATACCTAAGgccg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=71226.000000
s hg19.chr21     14833048 137 +  48129895 tgcatggtggctcatacctgtaatcccaacactttgggaagccaagacaggacaattgcttgaacctaggagtttaagacaaacctgggcaacataaagaaaccctgtctcta-caaaaaaGCTTAAAAATTAGCTAg
s rheMac2.chr3  161921883 138 - 196418989 tgcatggtggctcatacctgtaatctcaacactttgggaagccaaggcaggacaactgcttgagcccaggagtttaagacaaacctgggcaacataaagaaaccctgtttctattaaaaaagcttaaaaattagcTAg
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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s hg19.chr21     14833410 11 +  48129895 gccatg-----------------------------------------------------aAAAA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   4155057 32 +  72422247 aaaaaaaaaagttaaaagaaaaaaaagaaaaT
i ponAbe2.chrUn I 47 C 0
e rheMac2.chr3  161922250 84 - 196418989 I

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s ponAbe2.chrUn   4155089 306 +  72422247 ACCTAAGCTTGATAC--------ttttttttgagacggagtcttgctctgtcacccgggctggagtgcggtggcgcaatctcggctcactgcaagctccaacttctgggttcataccattctcctgcctgagcctcctgagtagctgggactacaagcacccaccaccacaccaggctaa-tttttttgtatttttagtaaagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcaatctcttgacctcgtgatctgcctgccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccatgcctggccA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  161922250  84 - 196418989 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 84 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   4155581 143 +  72422247 gcggtggctctcacctgcaatcccagcaatttgggaggcccaggcagacagatcacttgagctcaggacttttaagacaaaacttgccaacattatgaaaccctatctttagcaaaaatacaaaaattagctgagtgttgtgg
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1724364 116 +  77261746 gcggtggctctcacctgtaatcccagcaatttgggaggcca--------------------------a-gtttaagacaagccttgccaacattgtgaaaccccatctttagcaaaaatacaaaaattggctgagtgtggtgg
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14834085 31 +  48129895 cacacat-tgcagtcccagctactggaaaggc
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn   4155724 32 +  72422247 cacacatctgcagtcccagctactagaaaggc
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  161922681  96 - 196418989 tgtcaggagaatcacttgagcctgggaggcggaggttgcagtgagctaagatcgcaccactgcactccacccttggtgacacagtgagactccatc-------
i rheMac2.chr3  C 0 I 34
s ponAbe2.chrUn   4155756 103 +  72422247 tgtcaggagaatcacttgagcctgggaggcagaggttgcagtaagctaagatcataccactgcactccacccggggtgacagagtgagactccacctaaacaa
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1724512 103 +  77261746 tgtcaggagaatcacttgagcctgggaggcagaggttgcagtgagctaagatcgcaccactgcactccaccttgggtgacagagtgagattccggaaaaaaaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14834219 59 +  48129895 aaaagaaaaagaaaCATAAACAGCTAACACTAAACAATTTAGAAAGAGGTGGTTAATGC
s ponAbe2.chrUn   4155859 53 +  72422247 aa---aaaaaG---CATAAACAGCTAACACTAAACAATTTAGAAAGAGGTGGTTAATGC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18   1724615 56 +  77261746 aa---aaaaagaaaCACAAACAGCTAACACTAAACAATTTAGAAAGAGGTGGTTAATGC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  161922811 43 - 196418989 ----------------TAAACAGCTAACACTAAACAATTTAGAAAGAGGTGGTTAACGC
i rheMac2.chr3  I 34 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  161922882 42 - 196418989 CAGATACACAATAGTAAAGATGCCATCACGACCCCAAATTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14835210 42 +  48129895 TGGAGAGAAGTTTCTCTTCTTACTGTGAAAATAGATCACCGG
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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s hg19.chr21     14835252 40 +  48129895 CACCAAGAAACAAGTAAGACGATTTATATTACAGCATATT
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  161924086 218 - 196418989 acaatccaacaactccctttcagggtatatacccaaaagaactgagagcaaggactcaaacaggtatttgtacattcatgttcacagcaacattattcacagtggccaaaaagtacaaccaaccctaaggcccatcaataggtaaatggataaacaaaatgtgatacacacacatacatggaatattattcagctgcataaagtaaacaacgattctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  161927755   0 - 196418989 I

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i panTro2.chr18 M 492 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  161927755  0 - 196418989 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr3  161927755   0 - 196418989 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 I 8957 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr17 C 0 C 0

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i rheMac2.chr17 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr17 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr17 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr17 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr17 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14879715  289 + 48129895 tatatatgtatattgcagttgttgtaaaagggattaagttcttgatttgattctcagcttgattgttgttggtgtatagcagtgctaatgatttgtgtatattgatgttttgtgtcctgaaacttaagtgaatttatcagatctaggagctctttagatgagtctttagagttatctagatacacaattatatcattggaaatcagtgacagtttgacctcctctttactgacttggatgccctttctttctttc------atctgattgctctggctaggacttccagaactaa
s rheMac2.chr17   185903  286 + 94452569 ----tatatatatggcaattgttggaaaagggattaagttgttgatttgattctcagcttggttgttgctggtatatagcagtgctgatgatttgtgtacattgat-ttttgcatcctgaaacttaactgaatttatcacatctaggagctctttagataagtcttcagagttatctagatat--aataatatcattagaaatcagtgacagtttgacctcctctttactgatttggatgccctttctttctttc--ttttgtctgattgctctggctaggacttccagaactat
i rheMac2.chr17 I 88 C 0
s ponAbe2.chrUn  4201700  283 + 72422247 ------------ttgcagttgttgtaaaagggattaagttcttgatttgattctcagcttggttgttgttggtgtatagcagtactaatgatttgtgtatattgattttttatgtcctgaaacttaactgaatttatcagatctaggagctctttagatgagtctttagagttatctagatatacaattacatcattggaaatcggtgacagtttgacctcctctttactgacttggatgccctttctttctttcttttttgtctgactactctggctaggacttccagaactat
i ponAbe2.chrUn I 8 C 0
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s panTro2.chr18  1780933 333 + 77261746 ggttaatagatgtggtgagtgggcatcatattctaa-ggggaatgcttttcaacttttccctgttcagtctgatg----ttggctgtgggtttgttatagatggcttgtatca--------tatgccccttctatgccaattttgctgaagattttaaccataaagggattctgaattttgccaaatgctttttctgtgtctattgagatgatcatataatttttgtttttaattatgtttatgtgatgtatcacatttatgacttgtatatgttaacccttccctgcatacctggtataaaccccacttgaAATCTTTAgattatgaatttggctgttctttttt
i panTro2.chr18 I 2580 C 0
s ponAbe2.chrUn  4201983 342 + 72422247 ggttaatagatgtggtgagtgggcatcatattctcaggtggaatgcttttaaactttgccctgttcagtatgatg----ttggctgtgggtttgttatggatggttcgtatcaccttgaggtatgccccttctacgccaattttgctgagaattttaaccataaagggattctgaattttgccaaatgctttttctgtgtctattgagatgatcatataatttttgtttttaattatgtttatgtggtgtatcacatttatgacttgtgtacgttaaaccatccctgcatccctggtataaaccccacttgaAATCTTTAgattatgaatttggctgttctttttt
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr17   186189 345 + 94452569 gattaatagatgtggtgagcaggcatcatattcttagggggaatggttttaaacttttccctattcagtatgatgttgattgactgtgggtttgttatagatggcttgtatcaccttgaagtaggccccttctatgccaattttgctgaggattttaatcataaagggattctgaattttgccaaatgctttttctgtgtctattgagatgatcatgtaatttttgtttttaattatgtttatgtgatgtatcacatttatgacttgtatatgttaaaccatccctgcatctctggtataaaacccacttgaaatcgttagattatgaatttggctgttc-tttct
i rheMac2.chr17 C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1781266 516 + 77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr17 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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s panTro2.chr18  1782980 509 + 77261746 ataaattgttccattgcaaaaagacatgcacgcatatgttccttgcagcactattcacaatagcaaatacatggaattaatccaaatgcccatcaatgatagactggataaagaaaatgtggtacatatacaccatggaataccaagcagccacaaaaaaaaaaaaaaaatgagataatgtcctttgcagggacatggatgcagttggaggtcattattctaagcaaactaaagcagcaacagaaaaccaaatactgcatgttctcacttttaagtggaagctaaatgatgagaacatggacacatagagaggaacaacacacactggggcctatcagagagtggagggttgggggagggagagaagccggaaacataactaacagatactaggcttaatacctgcgtgatgaaataacctgtacaatcagcccccataatgcacgtttacttatgtaacaaacctgcgtatcttacacatgtaccccaatcaaaaaatagaggtttaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4204337 496 + 72422247 ataaattgttctattgcaaagacacat----gcgtatgttcctcgcagcactattcacaatagcaaatacatggaattaatccaaatgcccatcaatgatagactggataaagaaaatgtggtacatatacatcatggaatatcatgcagccacaaaaaaa---------tgagataatgtcctttgcagggacatggatggagttggaggtcattattctaagcaaactaaagcaggaacagaaaaccaaatactgcatgttctcacttttaagtggaagctaattgatgagaacacggacacatagagaggaacaacacacactggggcctatcagagaatggagggttgggggagggagagaagcaggaaacataactaacggatactaggcttaatacctgggtgatgaaataatctgtacaatcaacccccataatgcatgtttacttatgtaacaaacctgcatatcttacacatgtaccccaatctaaaaatagaagtttaa
i ponAbe2.chrUn I 309 C 0
s rheMac2.chr17   188223 503 + 94452569 acaaattgttctactacaaagatacatgcatgcatatgttccttgcagcactattcacaatagcaaacacaaggaattaatccaaatgcccaccaatgatagactggataaagaaaatgtggtacatatacatcatggaataccatgcagccacaaagaaaaaa------tgagataatgtcctttgcaaggacatggatggagttggaggtcattattccaagcaaactaaagcaggaacagaaaaccaaatactgcatgttctcacttttaagtggaagctaaatgatgagaacacggacacatagagaggaacaacacagactggggcccatcagatgatgaagggttgggggagagagagaagcaggaaatataactaacggacactaggcttaatacctgggagatgaaataatctgtacaatcaaccctcataatgcacgtttacttatgtaacaaacctgcgtatcttacacatgtaccccgatctaaaaatagaagtttaa
i rheMac2.chr17 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr17 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 I 283
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr17 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn I 283 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr17 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr17 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr17 C 0 I 839

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 I 192
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr17 I 12 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 I 4487 C 0
s ponAbe2.chrUn  4212180 39 + 72422247 agagggggtaaagagggtggtgagcaggagggacaaaag
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr17   194920 39 + 94452569 ggagtgggaaaagagggtggtgagcaggaggggcaaaag
i rheMac2.chr17 C 0 C 0

a score=32816.000000
s hg19.chr21    14889434 50 + 48129895 agggtggcaag-tagagggagacaaggttttgccaaaagaccgtaaggaaa
s panTro2.chr18  1793689 50 + 77261746 agggtggccag-tagagggagacacggttttgccacaagaccctacggaaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4212219 50 + 72422247 agggtggcaag-cagagggagacaaggttttgccaaaagaccgtgaggaaa
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr17   194959 51 + 94452569 aggatggcaagtcggagagagacaaggttttgccaaaagaccatgaggaaa
i rheMac2.chr17 C 0 C 0

a score=31683.000000
s hg19.chr21    14889484 41 + 48129895 agacagtggggagagaaaagtttttcggtacatggaggggg
s panTro2.chr18  1793739 41 + 77261746 agaccgtggggagagaaaagtttttcgctccgcggaggggg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4212269 41 + 72422247 agacagtggggagagaaaagtttttcggtacattgaggtgg
i ponAbe2.chrUn C 0 I 27
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i rheMac2.chr17 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14889525 286 + 48129895 aaaagag---------------------------agtggcaagcgggagaacgaaaaagaggatggcgagtgggagggagacaaggttttgtgaaaaa--gatgggtagaaaagacagatgatggggaaagaaaagat--agacggtgggtaaaatgtgggtagatgcagcgggaaaagagggtggcaattgggaggataaaagagggtggcgagagggaggagggaa--agag--ttgggaaaaagacgatggg--gaaaatagttttggggtagatggagggcaaaaggaggat-ggtaaggatagaggaaagaagagggcg
s panTro2.chr18  1793780 315 + 77261746 aaaagagcgtggccacccgcagaggggaagagagggtggccagcgggagaaccaaaaagaggatggcgagtgggagggagacaaggttttgtgaaaagatggtgggccgaaaagaccgatgatggggaaagaaaagat--agaccgtgggtaaaatgtgggtagatgccgccggaaaagagggtggcaatcgggaggataaaagagggtggcgagagggaggagggaa--agag--ttgggaaaaagaccctggg--gaaaatagttttggggtagatggagggccaaaggaggat-ggtaaggatagaggaaagaagagggcg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4212337 288 + 72422247 aaaagag---------------------------ggtggcaagcgggagaaggaaaaagaggatggcgagtcggagggagacaaggttttgtgaaaagatggtaggcagaaaagacaga---tggggaaagaaaagac--agacggtgggtaaaatgtgggtagatgcagggggaaaagagggtggcaagtgggaggagaaaagagggtggcgagagggaggagggaaagagag--tcgggaaaaagacgatggggagaaaacagttttggggtagatggagggcaaaaggaggat-ggtaaggatagaggaaagaagagggc-
i ponAbe2.chrUn I 27 I 338
s rheMac2.chr17   195051 266 + 94452569 ------------------------------------------------------aaaagagggtggcaactgggagggaggcagggttttgccaaaagacagtgggcagaaaagacagatggtggggaaagaaaagacagagacggtgggtaaaaagcgggtagatgcagtgggaaaagagggtggcaagtgggaggagaaaagagtgtggtgaaagggagcggggaa--agaggtttgggaaaaagacgatggg--gaaaatagttttggggcagatggagggcaaaaagaggatgggtaaggattaaggaaagaagagggcg
i rheMac2.chr17 C 0 n 0

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s hg19.chr21    14889811  74 + 48129895 ttttt-gggtagatggaggttggaaaagcgggtggcgagcagcaggaatggggagaaggcttt-gggaaaatatga
s panTro2.chr18  1794095  76 + 77261746 ttttttgggtagatggaggttggaaaagcgggtggcgagcagccggaatggggagaaggcttttgggaaaatatga
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317   0 + 94452569 I
e ponAbe2.chrUn  4212625 338 + 72422247 I

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s hg19.chr21    14889885 184 + 48129895 gggaaaagtttttggg-tagatgg------------------------------------------------------------------------------ttggcgaaaagggtggtgagcaggagagtagagaaggctttgcgaaatgacagtggggaaaaatagtgggagaaatgttttggggtagat----gaagagaaagggtggcgagagggagggggccaaaggtggttgagaaaagaaggtgggggacaaagtttttg
s panTro2.chr18  1794171 262 + 77261746 gggaaaagtttttggg-tagatggaggaaccaaaggggaacgagagccgaagggagaaaaagagggtatcccctgaggggggaaaagtttttgggtagatggttggcgaaaagggtggtgagccggagagtagagaaggctttgcgaaatgacagtggggaaaaatagtgggaaaaatgttttggggtagat----gaagaaaaagggtggcgagagggagggggccaaaggtggttgagaaaagaaggttggggacaaagtttttg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4212963 188 + 72422247 gggaaaagtttttgggttagatgg------------------------------------------------------------------------------atggcg-aaagggtggtgagcaggagagtagagaaggctttgtgaaatgacagtggggaaaaatagtgggaaaaaagttttggggtagatggaggaagaaaaagggtggcgagagggagggggccaaaagtggttgagaaaagaaggtgggggacaaagtttttg
i ponAbe2.chrUn I 338 I 26
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317   0 + 94452569 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317   0 + 94452569 I

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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a score=14017.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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s ponAbe2.chrUn  4222279 108 + 72422247 GACAGAAACAGAGACAGGCCTGCCTGTCTCCACACTGAACTTCTGCCCAGAGATCCAGATTGACACAGCAGACAAGGAGCTAGAACAAGGAGATGTTACCACCTCTGT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1803582 108 + 77261746 GACAGAAACAGAGACAGTCCTGCCTGTCTCCACACTGAACTTCTGCCCAGAGATACAGATTGACATAGCAGACAAGGAGATAGAACAAGGAGAAGTTACCACCTCTGT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=-7863.000000
s hg19.chr21    14899317 114 + 48129895 TACAGCTTTGCTGGAGGGGCTGGAAAAGACCTGCTCCTCACGGCCCTCATGCTTAGAGAAGGATCTCACCAATGATGTGACCTACCTTGATCCTAGTCTGCTACCAGTTCAGTT
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317   0 + 94452569 I

a score=222996.000000
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1803799 171 + 77261746 CTGCTTTCCTCCTCTTCACCTGGTCCTCTCAGCTCAGCCACCTTCAGCTTTGAGCCCCTAAGCAGTCCAGATGGCCCAGTTGTCATCCAGAACCTTCATATCACTGGCACCATTACAGCCCGAGAGCACAGTGGCACCGGATTGCACCCATGCACACGCTATACTGTGAAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=-29525.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=111448.000000
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=155933.000000
s hg19.chr21    14899729 108 + 48129895 CATTAAAAATGTGAAGGGTTCTAAAAAGCTCTTTCCAGATCTTCCATTTGGAAAACATAGACAGTGACAGAGTAGAAGCCCGAAAGAGCCTCCTATAATAATTCCTGA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4222797 106 + 72422247 CATTAAAAATGTGAAGGTTCCTAAAAAGCTCGCTCCAGATCTTCCATTTGG-AAACATGGACAGTGACAGAGTAGAGGCCCGTAAGAGCCT-CTAGAATAATTCCTGA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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a score=216086.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4222903 126 + 72422247 AGCAACTGTGTGCCATTCCGGAGATCGCTAACAGTGAGGAGGTGCAGGAGTTTCTTGCTGTGAACACAGATGCTCGCATTTCCTTTGTCAAGAAACCATTTATGGTCTCTAGAATAGAGAAGATGG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4223029 132 + 72422247 TGGTGAGTGCCATTGTGGACACCTTGAAGACAGCGTTTCCTTGCTCTGAATCCCAGAGCCCCACAGAGGAGCTGAGTGAGGCTGAGACTGAAAGCAAGTCCCATACAGAAGGCAAGAAGGCTGGCAAGTCCA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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a score=7138.000000
s hg19.chr21    14900095 27 + 48129895 GGCTGAGGTTCTCATCCAGTAAAATTT
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=9664.000000
s hg19.chr21    14900122 28 + 48129895 CGCCAGCATTAAGTGTGACTGAAGCACA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=15456.000000
s hg19.chr21    14900150 40 + 48129895 AGACACGATTCTTTATTGTCTCCAGGAAGGCAATGTGGAG
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4223216 40 + 72422247 AGACAAGATTCTTTATTGTCTCCAGGAAGGCAATGTGGAG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=22149.000000
s hg19.chr21    14900190 64 + 48129895 TCCAAGACCCTATCCATGTCTGGGATGGAATCTTTTATTGAAAAACAGACAAAGTTACTGGAGG
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4223256 62 + 72422247 TCCAAGACCCTATCCATGTCTGGGATGGAATCTTTTATTGAAAAACAGAC--AGTTACTGGAGA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=50869.000000
s hg19.chr21    14900254 109 + 48129895 TGCAGCCAACAGAAGCCCCAGAAAAAGATCCTGAACAACTTCCCAAAGGACATGTGGACAGTTGCTTGTCAGATGCAGCTGTGCCAGCCCAAGATCCCAGCAACAGCGA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317   0 + 94452569 I

a score=188746.000000
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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s hg19.chr21    14900496 7 + 48129895 AGGTGGC
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317 0 + 94452569 I

a score=23419.000000
s hg19.chr21    14900503 49 + 48129895 TAGAGGTGCAGGTAGCTAATTTAACAAGTCCACAGTGCTGGGTGCAGTA
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1804871 49 + 77261746 TAGAGGGGCAGGTAGCTAATTTAACAAGTCCACAGTGCTGGGTGCAGTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=77774.000000
s hg19.chr21    14900552 134 + 48129895 CCTCTGGCTTCTTCAGGAGTCCATCTGGCCTGGTGGAGTTTTGCCTAAGTTTCCACGGCCTGTAAGGACCCAGGAGCAGAAACTGGCTGCTGAGAAACAGGCTTTGCAGAGCCTAATGGGAGTCTTCCCAGATC
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317   0 + 94452569 I

a score=13011.000000
s hg19.chr21    14900686 36 + 48129895 TCATAGTAGAAATTCTTGGGGTGAACAAATGCCAGC
s ponAbe2.chrUn  4223749 36 + 72422247 TCCTAGTAGAATTTCTTGGGGTGAACAAATGCCAGC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1805054 36 + 77261746 TCATAGTAGAAATTCTTGGGGTGAACAAATGCCAGC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=9854.000000
s hg19.chr21    14900722 35 + 48129895 TGAATGTTTAGTCTTGGAGTCACTACAACAACCAC
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4223785 35 + 72422247 TGAGCGTCTAGTCTTGGAGTCACAACAACAACCAC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=43905.000000
s hg19.chr21    14900757 80 + 48129895 TCATCAACAGGCATTTGATTTACTGCCTTGGGGACATTATCCTGGAATTCTTGGATCTCAGTGCCTCTGTTGAGGAGTCC
s ponAbe2.chrUn  4223820 80 + 72422247 TCATCAACAGGCATTTGATTTACTGCCTTGGGGACATTATCCTGGAATTCTTGGATCTCAGTGCTTCTGTTGAGGAGTCC
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1805125 80 + 77261746 TCATCAACAGGCATTTGATTTACTGCCTTGGGGACATTATCCTGGAATTCTTGGATCTCAGTGCCTCTGTTGAGGAGTCT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=14650.000000
s hg19.chr21    14900837 49 + 48129895 GCTGCTACCACCTCTGCTTAAGATACCCCAGGCAGCCCTAAGAGGATGG
s ponAbe2.chrUn  4223900 49 + 72422247 GCTGCTACCACCTCTGCTTCAGGTACCCCAGGCAGCCCTAAGAGGATGG
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1805205 49 + 77261746 GCTGCTACCACCTCTGCTTAAGATACCCCAGGCAGCCCTAAGAGGATGG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=12728.000000
s hg19.chr21    14900886 53 + 48129895 GTGTCTCCTCATAGTTGGTTATTCCCGCATCCTTCCCAGGTCAGGGAAGTAGA
s ponAbe2.chrUn  4223949 53 + 72422247 GTGTCTCCTCTTAGCTGGATATTCCCGCATCCATCCCAGGTCAGGGAAGTAGA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1805254 51 + 77261746 GTGTCTCCTCATAGCTGGTTATTCCCGCATCCTTCCCAGGTCAGGGAAGT--A
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=303655.000000
s hg19.chr21    14900939 1149 + 48129895  
s panTro2.chr18  1805305 1148 + 77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4224002 1149 + 72422247  
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a score=17928.000000
s hg19.chr21    14902088 52 + 48129895 GGTATATATTAAGTACACATGAATAGCTGGCAAAAAGGTGTCAGAGATGTTA
s ponAbe2.chrUn  4225151 52 + 72422247 GGTATGTATTAAATACATGTGAATAGCTGGCAAAAAGGTGTCAGGGATGCTA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1806453 52 + 77261746 GGTATATATTAAATACACATGAACAGCTGGCAAAAAGGTGTCAGAGATGTTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317  0 + 94452569 I

a score=562642.000000
s hg19.chr21    14902140 2179 + 48129895  
s ponAbe2.chrUn  4225203 2171 + 72422247  
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s panTro2.chr18  1806505 2171 + 77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr17   195317    0 + 94452569 I

a score=54757.000000
s hg19.chr21    14904319 112 + 48129895 TTGTGCATTTTATATGATATTTATACCATTATTTTACTTTGGGTTCTCTCATTTAAAATTATAACCAAAGTTACACTGTTATTCATGTTTTGTGCTATGCATTTAATATTTT
s panTro2.chr18  1808676 111 + 77261746 TTGTGCATTTTATATGATATTTATACCATTATTTTACTTTGGGTTCTCTCATTTAAAGTTATAACCAAAGTTACACTGTTATTCATTTTTTGTGCTA-GCATTTAATATTTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4227374 112 + 72422247 TTGTGCATTTTATATGATATTTATACCGTTATTTTACTTTGGGTTCTCTCATTTAAAGTTATAACCAAAGTTACACTGTTATTCATTTTTTGTGCTATGCATTTAATATTTT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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a score=282380.000000
s hg19.chr21    14904431 617 + 48129895  
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s ponAbe2.chrUn  4227486 613 + 72422247  
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a score=6682.000000
s hg19.chr21    14905048 41 + 48129895 ctgtctcaaatgcatacatacatacatacataaacacatac
s ponAbe2.chrUn  4228099 29 + 72422247 ccatctcaaatacatacatacat------------acatac
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=29878.000000
s hg19.chr21    14905089 59 + 48129895 atCTGTCCATTACAATATTTTAGAGATGTGAAAAAAAGTTGCATAACTGGTGACTTGAA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=84043.000000
s hg19.chr21    14905148 320 + 48129895 TATCTATGTTTTTTTGTAAGCTCTACTAATACATTGAGAGTAGTTATTCAAGGAATAAAACAATGAAGAGTTAATGCTAATTTTATGTTCACATAGAAAGTATTAGTAGCAGAAAGCGATTTCATCTCAGAGAAAAAGGAAATTCTTACATAACATAATGAATGATGCAACCAGGATACAAGAAATTATAACATTATTTTTGTATTTGTCCAAACGTTATTTGAAAATCCTCAGTGCACATACTTTAAGAATTAGGGTTAAggccgggcttagtggctcacgcctgtaatcccagcactttgagagactgaggtgggtgg
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4228187 318 + 72422247 TATCTGTG-TTTTTTGTAAGCTCTACTAGTACATTAAGAGTAGTTATTCAAGGAATAAAACAATGAAGAATTAATGCTACTTTTATGTTCACATAGAAAGTATTAGTAGCAGAAAGCGATTTCATCTCAGAGAAAAAGGAAA-TCTTACATAACATAATAAATAATGCAACCAGGATACAAGAAATTATAACATTATTTTTGTATTTGTCCAAACGTTATTTGAAAATCCTCAGTGCACATACTTTAAGAATTAGGTTTAAggctgagcttagtggctcacgcctgtaatcccagcactttgagagactgaggtgagtgg
i ponAbe2.chrUn C 0 I 29610
e rheMac2.chr17   195317   0 + 94452569 I

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s rheMac2.chr7  82569315 2607 + 169801366  
i rheMac2.chr7  n 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4258115 2597 +  72422247  
i ponAbe2.chrUn I 29610 C 0
s panTro2.chr18  1809821 2596 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 M 624

a score=94526.000000
s hg19.chr21    14908064 397 +  48129895 ttgctcagaggttgatatcagccagagtcttgctgcattcttcttctgggcttcaacttcttcgcgtggttactccaacaggtcctcacttctctatattttccattcaaaacttgttcattcactggtaactttgatctttctgagaagagctggcatgtaatttccccagtcagcttgaaaaaaaaaAAAAActttttgttttcagaatgtatacatttatcactataaattttctccttagtactgcttttgctgtatcccattagttttggtatgctgtgttgtcattttcattagtctgtaaatattttctaatttctactgtggtttcttctttaatcaactgatggtgtaagagtgtgtttaatttccacgattttgtcagttttccagt
s ponAbe2.chrUn  4260712 393 +  72422247 ttgctcagaggttgatatcagccagagtcttgctgcattcttcttctgggctgcagcttcttcccgtggttactccaacaggtcctcacttctctatattttccattcaaaccttgttcattcactggtaactttgatctttctgagaagagctggcatgtaatttccctagtcagcttgaaaaaaaaaA----ctttttgtttttagaatgtatacatttatcactataaattttctccttagtactgcttttactgtatcccattagttttggtatgctgtgttgtcattttcattagtctctaaatattttcaaatttccactgtggtttcttctttaattaactgatggtgttagagtgtatttaatttccatgattttgtcagttttccagt
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82571922 392 + 169801366 ttgctcagaggttgatatcagccagagtcttgctgcattcttcttctgtgccacagcttcttcctgtgggcactccaacaggtcctctcttctctacacttttcattcaaaacttgctcattcactggtaactttgatctttctgagaagagctg----gtaatttcccttgtcagcttcaaaacaaaaA-TAActttttgtttttagaatgtacacagttatcactataaattttctccttagtactgcttttgctgtatcccatcagttttggtatgttgtgttgtcgttttcattagtctctaaatatttcctaatttccactgtggtttctcctttaatcaattgatggtttaaaagcatagttaatttccacaattttgtcaattttccagt
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
e panTro2.chr18  1812417 624 +  77261746 M

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i panTro2.chr18 M 624 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=541724.000000
s hg19.chr21    14909632 1110 +  48129895  
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82573486 1091 + 169801366  
i rheMac2.chr7  C 0 I 8

a score=1734376.000000
s hg19.chr21    14910742 3342 +  48129895  
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82574585 3398 + 169801366  
i rheMac2.chr7  I 8 C 0

a score=75031.000000
s hg19.chr21    14914084 87 +  48129895 acgaccaattggaggcatctgtgtgtaatcaatctggatactttggaatggccttaagcctggactccttcccccaaagggtaatct
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82577983 87 + 169801366 acgaccaattggaggcatctctgtgtgatcaatctggatagtttggaatggccttaagcctggactccttcccccaaggtgtaatct
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=145367.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4266830 172 +  72422247 tttactaagcaactgtctgtaacctgtttggccagag----------tataaattcctatgcacccataaactctgaggactgcgtcacacgtggcttggggcccacaatgggtcccttgatgcagttggaacaagagctcccttataaggggcttggataacatttctctctgatctagca
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82578070 182 + 169801366 tttactaagcaactgtctgtaacccatttggccagggtataaattcctataaattcctatgcactcataaactctgaggactgcgtcacacatggcttggggcccacaatgggtcccttgatgcagctggaacaagatttcccttataaggggcttggataacatttctctctcatctagca
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=236585.000000
s hg19.chr21    14914343 297 +  48129895 atatccattttccttctaaattctctttagcacctatttttattagtttttagaccaaagaaagccaaacaccattttatatttgacaatgcttcctgtatgattttataccagataagctaaatttcacctttatattagtgtgccattaatgttaaactcaattttaataaaaccttgtaggcatatttatccaattttaatgtctgaccataaggt-aagatttttatagactctttttaagcctttataatttttgttaaagaacaggttagtgctttaagaaaaacccgtcgt
s rheMac2.chr7  82578252 298 + 169801366 atgtccattttccttctaaattctctttagcacctatttttattagtttttagaccaaagaaagccaaacaccattttatatttgacaatgcttcctgtgtgattttataccagataagctaaatttcacctttatattagtgtgccattaatgttaaactcaatttttataaaaccttgtaggcatatttatccaattttaatgtctgaccataaggtaaaaatttttatagactctttctaagcctttataatttttgttaaagaacagtttagtgctttaagaaaaacccattgt
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=41703.000000
s hg19.chr21    14914640 62 +  48129895 gcttttattttaatgtccagtttacagaaaaactgTACCAGTCAGCCTGAGCTCCTGTTATC
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82578612 89 + 169801366 TGAGTAACTTCGCGAGGAACTTGGGTACCCTCTTTAGTGAAAATCATAATATTCGGAGGCTTTTTTGCATACTAGGAATAGGAAAAAGT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82579003 126 + 169801366 taccacatttcttgttgtacaatGTTAACTCAGTTGTAATTAGTACTAGTACCACAATATATCATGTGTTTTATGCATAAAATTAGAATATGCAAAAATATTGTAAAATTTTGGAAG---CATATTATT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14915222 48 +  48129895 GTAAAATGTTTTACTACGTTTTTATACTTACTTTTTTTACTTATACTT
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4267880 46 +  72422247 GTAAAAAGTTTTACTGTGTTTTTACACTT--TTTTTTTACTCATACTT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=34906.000000
s hg19.chr21    14915270 43 +  48129895 TTTTGTATTTAATTTTTTT------CTTAAATGCTAATGCACATTTGTT
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14916529 71 +  48129895 TTTACTTTGTTTCTAGGAAAAGAACGTTTCTTATGACTACAGAAACCTGACCAAGCTTCTGATACCGACTC
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14916797 100 +  48129895 GGCCTTCACCATGCTTACAGAGGAGCTATTCCTAACTGTAACAAGTATTACAGTGTAGGAGACAACCAAGAGGAGAAAGGAACTCAGAGAAAGAAAGCCA
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr18  1821374 100 +  77261746 GGCCTTCACCATGCTTACAGAGGAGCGATTCCTAACTGTAACAAGTATTACAGTGTAGGAGACAACCAAGGGGAGAAAGGAACTCAGAGAAAGAAAGCCA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=288778.000000
s hg19.chr21    14916897 80 +  48129895 CTATCTGCAACTATTAGTAGGCTGACAACATAAGTGTCTATGCAGGCTAACTTGGTCACTAGAGGAAGGTCACAGAAAAA
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82581106 79 + 169801366 CTATCTGCAACTATTAGTAGGCTGACAACATAAGTGTCTGTGCAGGCTAACTTGGTCACTAGAGGAAGGTCACAG-AAAA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=1084073.000000
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s ponAbe2.chrUn  4269626 331 +  72422247 AACCATCTACATTATTAGGACCACAAAATGGCAGATTAACAGTGAATGCCAACTGGCTGGTGGTATGGATGAAGCCCACAAACCAGGAAATGAGGATGAGCACAATACATACACAGTGGCTCATGATTGTCATGTAGTGGAGAGGTTTGCATATAGCAACATAACTTTT----GCCATGGAAACTAGGAGCACCATTTCACTGCCAGTGAAGAGATGAACAAAGAAAATCTGGGCCAGGCAGGCATCAAAAGAAATAGTCTTGTGCTCAACCAGAAAGTCTGCAATCATTTTAGGGGTGGCAAAAGAGGCAACACGTACGTCTATTAAATGACAG
i ponAbe2.chrUn C 0 I 10
s rheMac2.chr7  82581185 334 + 169801366 AACTATCTACCTTATTAGGACCACAAAATGGCAGGTTAACAGTGAATGCTAACTGGCTGGTAGTATGGATGAAGCCCACAAACCAGGAAATGAGGACGAGCACAACACATACGCGGCGGCTCATGATCGTCATGTAGTGGAGAGGTTTGCATATAGCAACATAACGGTCATAGGCCATGGAAACTAGGAGCACCATTTCACTGCCAGTGAAGAGATGAACAAAGAAAATCTGGGCCAGGCAGGCATCAAAAGAAATAGTCTTGCGCTCAACCAGGGAGTCTGCAATCATTTTAGGGGTAGCAAAAGAGGCAACACATACGTCTA-TAAATGACAG
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=432226.000000
s hg19.chr21    14917311 119 +  48129895 GTTGGCAAGCAGAAAGTACATGGGGGTGTGAAGGCGGGAATCTGAGGTCACAGTGAGGATGATGAGAAAGTTGCCCAACAGAATTGCTAGATAAAGTAGTGAAAATATAAGAAACAAGA
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s panTro2.chr18  1821888 119 +  77261746 GTTTGCAAGCAGAAAGTACATGGGGGTGTGAAGGCGGGAATTTGAGGTCACAGTGAGGATGATGAGAAAGTTGCCCAACAGAATTGCTAGATAAAGTAGTGAAAATATAAGAAACAAGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn  4269957  10 +  72422247 I

a score=11928.000000
s hg19.chr21    14917430 25 +  48129895 AAGGTTGGAGCTCCCTTGAACTAGA
s rheMac2.chr7  82581638 25 + 169801366 AAGGTTGGAGCTCTCTTGAACTAGA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1822007 25 +  77261746 AAGGTTGGAGCTCCCTTGAACTAGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn  4269957 10 +  72422247 I

a score=13525.000000
s hg19.chr21    14917455 52 +  48129895 CAGTCCCAGCAACACAAATTCTGTCACCCAAGAATGATTTGTCTCATTCATT
s rheMac2.chr7  82581663 52 + 169801366 CAGTCCCAGCAATACAAATTCTGTCACCCGAGAATGATTTGTCTCATTCATT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1822032 52 +  77261746 CAGTCCCAGCAACACAAATTATGTCACCCAAGAACGATTTGTCTCATTCATT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=1347.000000
s hg19.chr21    14917507 28 +  48129895 GAATTTTGGAAGGGACTTAATTTCAGCT
s panTro2.chr18  1822084 28 +  77261746 GAATTTTGGAAGGGACTTAATTTCAGCT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82581715 27 + 169801366 G-ATTTTGGAAGGGACTTAGTTTCAGTT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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a score=48581.000000
s hg19.chr21    14917535 36 +  48129895 ACATGAATAGGAGAGAAACAGAGATCAGTTAATGAA
s rheMac2.chr7  82581742 36 + 169801366 GCCTGAATAGGAGAGAAACAGAGGTCAGTTAATGAA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s panTro2.chr18  1822112 36 +  77261746 ACATGAATAGGAGAGAAACAGAGATCAGTTAATGAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=-55967.000000
s hg19.chr21    14917571 59 +  48129895 GTGAGCATGGGTTTGGTTTTCTAATTACACTTAAACTTTTCAGAATTCCAATTCCTATT
s rheMac2.chr7  82581778 59 + 169801366 GTGAGCATGGGTTTGATGTTCCAATTACACTTAAACTTTTCAGAATTGCAATTCCTATT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=-65280.000000
s hg19.chr21    14917630 48 +  48129895 CCTATGTATGTGTCTGGGTTTTCATGAGTTATTACAAGTTATA---------CAGCT
s rheMac2.chr7  82581837 57 + 169801366 CCTATTTATGTGTCTGGGTTTTCATGAGTTATTACAAATTATACAGCTAATGCAGCT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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s panTro2.chr21 13645973 141 +  46489110 ttccctcaaggatcttagtcttgtgttgcatgtagactaatgcttaaacacaatgtagtggtatattttatccagttttcttgttg----cttatgaagggaaattaaatccagtagtacctcatggctggaagtggaagttcat------------------------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=0.000000
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s ponAbe2.chrUn  4277263 2026 +  72422247  
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr21 13646114 2039 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  82590079 2042 + 169801366 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  I 2042 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14929779 514 +  48129895  
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s rheMac2.chr7  82594618 255 + 169801366 AAGAAAGTATtcaagatagactcctagaaatacaattatcagctcatgaatatggacataatttgataaatacagcaaattgctttataaaagttgtTCAGTAATTTTTGACCAAATAGAGCTTCCATGTTTTCAAATTTTCA-GTCTTATTTAGTAATATCCTTTTGTTTTACTCTTTATTAATCTAATAGGAGTTCATTTTTATTTTCTATTAGATT--TTTTTTTGCTACTTTTGTTTTCtatttatatatattt
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr7  82594873 111 + 169801366 aaaaatattCTACTCATAATGTTTGACTCACAAAACTTTATAAGTAATAAAATAAGTTCGAGAGAGAGCATTAAGTTCTAAAAACATATATAATGGGTAAGCGAACATATG------
i rheMac2.chr7  C 0 I 6994
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13650926 52 +  46489110 TATGATGAGATTGATTTAGTTATCTTGCAGTGATATGTAACCAGTAATTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82601978 52 + 169801366 TATGACGAGATTGATTTAGTTATCTTGCAGTGATATGTGACCAATAattact
i rheMac2.chr7  I 6994 C 0

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s rheMac2.chr7  82602030 46 + 169801366 ttattatccttacaaagctataaagtagatactattacaatcctca
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr21 13651081 87 +  46489110 GTAGTCTGAAGGTTTGAATGCACAAAGAACATACGTTTAACTGCTATATATTGCTTAAATAAGGATCTGATTGCGGAAAACCTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14931260 37 +  48129895 CTAAGGATGTCTACCTGGTCtttaaaataa------attttta
s rheMac2.chr7  82602220 30 + 169801366 CTAAGGATGTCTACCTGGTCATTAAAATAA-------------
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr21 13651168 37 +  46489110 CTAAGGATGTCTACCTGGTCtttaaaataa------attttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=38925.000000
s hg19.chr21    14931297 106 +  48129895 ttagtattattattattttaagagacagggtcttgctctgtcactcaggctgtagtgcaactatgtgatcatggctcacagcagccttgacctcctggcctcaagt
s panTro2.chr21 13651205 106 +  46489110 ttagtattattattattttaagagacagggtcttgctctatcactcaggctgtagtgcaactatgtgatcacggctcacggcagccttgacctcctggcctcaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82602250  93 + 169801366 -----CTTATTGTTATTTTAAgagacagagtcttgctctatcactcaggctgtagggcaactatgtgatcatggctcactgcagcctgga--------ccccaagt
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4283458 470 +  72422247 ATATAAAAATAGCTTGCTTTGGGATATTGTGGAAACATATCCCATTAGAGCTGTAGAAGGACTTAGGAAATCTACAGAGAAGAGCAGGCGACAAAGACAAAAGTAAATGTTGTGACACAGAGTGAGTGCCCAGGAAATTTGATGAGCCTAATTGAGGAAAGGAGCCCAATCGTCAGCccagactgatagaccacgtttcttcttcacatcttctctttaattttcacaggcatttcagttcttctgtttccaaatctagtcctcctttagtctcccttaacccaggtaatggcatttgtcttcctgcagtggtttcagccagaaacttcactccttccattttctcactcccac-------------------------------------ctccatcaaagctttctattacaatttcccttgtctaaaccttcCCTTTCTTTCTCCTTAAATGTTTCAAAGGGCTTCTAATAATCTCCAACTCTCTGCACTGA--TTTTTTTCCGGT
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14935885 215 +  48129895 tcaacaatttctgaccatctacttgtctctccaggccaagagtaataaagcttcctgctggttctggtgttaggatgcctcaTTTAATCCTGCCAAGATTTTTATAGATAGTTGATTCTCATATTATGTTGAAAACCTTTGCCAAATAGGTTTTATGTTTTCTTCTGTGGCCTTGACTAATACACTTCTTGACCCATTGTAATGGGTCTGCTTCT
s rheMac2.chr7  82606971 215 + 169801366 tcatcagtttctaaccctcttcttgtctcttcaggcaaagagtaatgaagtttcctgctggttctggtgataggatgcctcaTTTAATCCTGCCAATATTTTTATAGATAGCTGATCCTCATATTATATTGAAAACCATTGCCAAATATGTTTGATGTTTCCTTCTGTGACCTTGACTAATACACTTCTTGACCCATTGTAATGGGTCCGCTTCC
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4287011 215 +  72422247 tcaacaatttctaaccctctacttgtctcttcaggccaagagtaataaagtttcctgctggttctggtggtaggatgcttcaTTTAATCCTGCCAAGATTTTTATAGATAGTTGATTCTCATATTATATTGAAAACCTTTGCCAAATATGTTATATGTTTTCTTCTGTGACCTTGACTAATACACTTCTTGACCCATTGTAATGGGTCCGCTTCT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr21 13657057 215 +  46489110 tcaacaatttctaaccctctacttgtctctccaggtcaagagtaataaagcttcctgctggttctgctggtaggatgcctcaTTTAATCCTGCCAAGATTTTTATAGATAGTTGATTCTCATATTATATTGAAAACCTTTGCCAAATAGGTTTTATGTTTTCTTCTGTGGCCTTGACTAATACACTTCTTGACCCATTGTAATGGGTCTGCTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=306466.000000
s hg19.chr21    14936100 392 +  48129895 TGCTCAACACTTACAAAAATGTGACCCACCAAGCTATTTCACTAAATAAATGGCTTCTGGTTTTAGGGGGAATTTTGTCATTCTCCTGTGAGAAGGTGTTAAAGGTACTTTTTTTTTTAATAGCATGCTTTTTTTTTCTGTATATTTTTCTAtatattcaattacctactgagcatctccacttgttttcatatgcacacttcaaattcattatggacaatattcaacttatctttcccttATGTAACAATTCATAAAGACA-TTTTTTAAATGAATGAACTCCTGGAGTTGTGTATTGTCTTGCTAGCTCCTCAAGCAAGAAAATTTTACACCAATTTTGTTTCTCCCTTACAGTCAAATGTAGTCAAGTAATAGGCATTATCTATATAATA
s rheMac2.chr7  82607186 382 + 169801366 TGCTCAACACTTACAAAAATGTGACCCACCAAGCTATTTCACTAAATAAATGGCCTCTGGTTTTAGGGGAAATTTTGTCATTCTCCTGTGAGAAGGTGCTAAAAGTA---TTTTTTTTAATAACATGT---TTTTTTCTTTATATTTTTCTATATATTCAATTACCTACTGAGTATCTCCACTTGTTTTTATATGCACACTTCAAATTCATTATGGGGAATATTCAACTTATCTTTCCCATATATGACAAATAATAAAGATATTTTTTTAAATGAATGAACTCCTGGAGTTGTGTATTGTCTTGCTAGCTCCTCAAGCAAGAAAATTTTGCACCAATTTTGTTTCTCCCTTACCTTCAAATGTAGTCAATTAACAGGAATTATCTATA-----
i rheMac2.chr7  C 0 I 79597
s ponAbe2.chrUn  4287226 385 +  72422247 TGCTCAACACTTACAAAAATGTGACCCACCAAGCTATTTCACTAAATAAATGGCTTCTGGTTTTAGGGGGAATTTTGTCATTCTCCTGTGAGAAGGTGCTAAAAGTAGTTTTTTTTAAAATAGCATGc---ttttttctg--tatttttttatatattcaattacctactgagcatctccacttgttttcatatgcacacttcaaattcattatggacaatattcaatgtatctttcccttATATAACAAATCATAAAGACA-TTTTTTAAATGAATGAACTCCTGGAGTTGTGTATTGTCTTGCTAGCTCCTCAAGCAAGAAAATTTTGCACCAATTTTGTTTCTCCCTTACCGTCAAATGTAGTCAAGTAATAGGCATTATCTATATAA--
i ponAbe2.chrUn C 0 I 761
s panTro2.chr21 13657272 388 +  46489110 TGCTCAACACTTACAAAAATGTGACCCACCAAGCTATTTCACTAAATAAATGGCTTCTGGTTTTAGGGGGAATTTTGTCATTCTCCTGTGAGAAGGTGTTAAAGGTAC-TTTTTTTTTAATAGCATGC-TTTTTTTTCTGTATATTTTTCTAtatattcaactacctactgagcatctccacttgttttcatatgcacacttcaaattcactatggacaatattcaacttatctttcccttatgtaacaattcataaagaca-ttttttaaatgaatgaactcctggagttgtgtattgtcttgctagctcctcaagcaagaaaattttgcaccaattttgtttctcccttaccgtcaaatgtagtcaagtaacaggcattatctatataa--
i panTro2.chr21 C 0 I 754

a score=11098.000000
s hg19.chr21    14936492    34 +  48129895 ttacctatgtaacaaacccgcacatgtacctctg
s panTro2.chr21 13658414    34 +  46489110 ttacctatgtaacaaacccgcacatgtacctctg
i panTro2.chr21 I 754 C 0
s ponAbe2.chrUn  4288372    34 +  72422247 ttacctatgtaacaaacctgcacatgtacctctg
i ponAbe2.chrUn I 761 C 0
e rheMac2.chr7  82607568 79597 + 169801366 I

a score=889085.000000
s hg19.chr21    14936526  3361 +  48129895  
s panTro2.chr21 13658448  3361 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4288406  3334 +  72422247  
i ponAbe2.chrUn C 0 I 17
e rheMac2.chr7  82607568 79597 + 169801366 I

a score=326892.000000
s hg19.chr21    14939887  3608 +  48129895  
s panTro2.chr21 13661809  3615 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  82607568 79597 + 169801366 I
e ponAbe2.chrUn  4291740    17 +  72422247 I

a score=24069.000000
s hg19.chr21    14943495   115 +  48129895 attGCTAAATGCACTAGTTAACCTTAATAGCTTAAAATATTTTCTACATATATACAGACATACAGAAATGTGTAT-----TATATATATACAGAAAAAAATGTTTTTCTAAAATTATATT
s panTro2.chr21 13665424   119 +  46489110 attGCTAAATGCACTAGTTAACTTTAATAGCTTAAAATATTTTCtacatatatacagatatacagaaatgtgtatatatatatatatataCAG-GAAAAATGTTTTTCTAAAATTATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn  4291757   104 +  72422247 atTGCTAAATGCACTAGTTAACTTTAATAGCTTAAAATATTTTCTAAATATATACAGAAGTGTA----------------TATATATATACAGAAAAAAATGTTTTTCTAAAAATATATT
i ponAbe2.chrUn I 17 N 0
e rheMac2.chr7  82607568 79597 + 169801366 I

a score=47367.000000
s hg19.chr21    14943610   518 +  48129895  
s panTro2.chr21 13665543   518 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 I 4995
e rheMac2.chr7  82607568 79597 + 169801366 I

a score=232387.000000
s hg19.chr21    14944128  2572 +  48129895  
s panTro2.chr21 13671056  2589 +  46489110  
i panTro2.chr21 I 4995 C 0
e rheMac2.chr7  82607568 79597 + 169801366 I

a score=98680.000000
s hg19.chr21    14946700 403 +  48129895 ACTgccttgtctagggagatggcagcagagatgaagagacataaattaagtcagtatatatttttaaaataggaggactatttagtggattgtatggagtagtggatgagaaaaaagggggaatcaaAATTGTGAATTTATTAATAGCTAACTATTTATTTGACTGCATCCATTTTTCCTCTCATTCTAC-CTCCAATTTCTTCTCTTTGTACCTCAGACTCATCTTCCTTCTTTGATGACAAGGGCTCTAAAGTGAGTCACCTAAACTGCAGTCTGAGGAGGAGTCAAGGGTACTGCAAATGTGAGAGCCAGATTCAGATACTGGCATGTGGAACAAGTTGAAGAATGGCTAATCTGACGTTCTGTATTTATCCAGAAATTTTAACTAGGCTCCATGAGTAAG
s panTro2.chr21 13673645 403 +  46489110 ACTgccttgtctagggagatggcagcagagatgaagagacataaattaagtcaatatatatttttaaaataggaggactatttagtggattgtatggaatagtggatgagaaaaaagggggaatcaaAATTGTGAATTTATTAATAGCTAACTATTTATTTGACTGCAGCCATTTTTCCTCTCATTCTAC-CTCCAATTTCTTCTCTTTGTGCCTCTGACTCATCTTCCTTCTTTAATGACAAGGGCTCTAAAGTGAGTCACCTAAACTGCAGTCTGAGGAGGAGTGAAGGGTACTGCAAATGTGAGAGCCATATTCAGATACTGGCATGTGGAACAAGTTGAAGAATGGCTAATCTGACGTGCTGTATTTATCCAGAAATTTTAACTAGGCTCCATGAGTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82687165 399 + 169801366 ACTGCCTTATctagggagatggcagcagagatgaagagacataaatgaagtcaatatatattattaaaataggaggactatttagtggattgtatagggtagtagatgagaaaaaa--gggaatcaaAATTGTGAATATATTAATAGCTAATTATTTATTTGACTACATCCATTTTCCCTCTCCTTCTACTCTCCAGTTTATTCTCTTTGTACCTCTGACTCATCTTCCTTCTTTGAAGACAAGAGCTCTCGAGTGAGTCACCTAAAGTGCAGTCT---GAGGAGTCAAGGGTACTGCAAATGTGAGAGCCATATTCAGATACTGGCATGTGTAACATGTCGAAGAATGGCTAATCTGACATGCTGTATTTATGCAGAAATGTTAACTAGGATCCATGAGTAAG
i rheMac2.chr7  I 79597 C 0

a score=76399.000000
s hg19.chr21    14947103 163 +  48129895 GCTTTGAGGG------CACAGTTCAGGGCTTAGCTGATTCCCCCCAAATGAGCTCTACTACCAGAAATTCCCTGGTAGAGAT----TATTTATTCTCCAGCTTTAGGGCTT---TTATTAGATGAAATGTCTTACTTCATGCTTTAATTTTATGGTTCTATTTTTAACAATTTCCT
s panTro2.chr21 13674048 163 +  46489110 GCTTTGAGGG------CACAGTTCAGGGCTTAGCTGATTCCCCCCAAATGAACTCTACTACCAGAAATTCCCCAGTAGAGAT----TATTTATTCTCCAGCTTTAGGGATT---TTATTAGATGAAATGTCTTACTTCATGCTTTAATTTTATAGTTCTATTTTTAACAATTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82687564 175 + 169801366 GCTTTGAGGGCACAGTCACAGTTCAGGGCTTAACTG-TTTCCCCAGAATGTGTTCTAATACCATAAATTCTCTAGTAGAGATTAGGTATTTATTCTCCAGCTTTAGGGCTTCACTAGTCAGATGAAATGTCTTACTTCATGCTTTAATTTTATGGTTCTATTTTTAACAATTTCCT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14947266 224 +  48129895 GAACAGTACATTCTACCATGTCTCAAAATAAACAATTTGTTATATTTTTATAAATCTGGACAAAGTCTGCCTTGTTTATTAACGTGTTTTTAAAAAATTCAATAGATAACTATTAAGTCATTTACTTCTCAGTTAATTTATAGAAG-----ACAGCATTTCCATTAGTATCTTTTGAATAGGTAAGAGATGAAGGACAAAATACTTTAGA-CTTTTAAACTATGTTTATT
s rheMac2.chr7  82687739 230 + 169801366 GAACAGTACATTCTACCATGTCTCAAAATAAGCAATTTCTTATATTTTTATAAATCTGGACAAAGTCTGTCTTGTACATTAATGTGTTTTTTAAAAATTCAATAGATAACTATTAAGTCATTTATTTCTCAGTTGATATATATAAGAACTTAAAGCATTTCCATGACTATTTTTTGAATGGGTAAAAGATGAGGGACAAAATACTGCAGGTTTTTTTAACCATGTTTATT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s panTro2.chr21 13674211 224 +  46489110 GAACAGTACATTCTACCATGTCTCAAAATAAACAATTTGTTATATTTTTATAAATCTGGACAAAGTCTGCCTTGTTTATTAACGTGTTTTTAAAAAATTCAATAGATAAATATTAAGTCATTTACTTCTCAGTTAATTTATAGAAG-----ACAGCATTTCCATTACTATCTTTTGAATAGGTAAGAGATGAAGGACAAAATACTTCAGA-CTTTTAAACTATGTTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=80699.000000
s hg19.chr21    14947490 241 +  48129895 TTATTTAAAATCATTGCTGTGAAAAAAAAACAA-------GACATTGACCTATTGAACATAGTGTATTA-----TTTTTCCTTTTATGCAATCTTGGCATATTCTTCAATTCAAAATAAGAAACCCCAAAAGTATATAATACTTCTTTGGAAAAATATGCAAAGGCCAACACATACAAAGGACAATGCTAGCTACAGAAATGCGTCAAAGACTAATAATAATTGACAAAAATCCAGTATTTTAACAATAATTA
s rheMac2.chr7  82687969 242 + 169801366 TTATTTAAAATCATTGTTGT-AGAAAAAAACAA-------GACATTGACCTATAAAACATAGTGTATTTATTATTTTTCCCTTTTATGCAATCTTGGAATATACTTCAATTCAAAATAAGAAACCCTAAAAG--TATAATACTTCTTTGGAAACATatacaaaggccaatgcatacaaaggacaatgcTAACTACAGAAGTGCATCAAAGACTAACGATAATTGATAAAAATCCAGTATTTTAACAATAATT-
i rheMac2.chr7  C 0 M 496
s panTro2.chr21 13674435 252 +  46489110 TTATTTAAAATCATTGCTGTGAAAAAAAAACAAAAAACAAGACATTGACCTATTGAACATAGTGTATTAATTA-TTTTTCCTTTTATGCAATCTTGGCATATTCTTCAATTCAAAATAAGAAACCCCAAAAGCATATAATACTTCTTTGGAAAAATATGCAAAGGCCAACACATACAAAGGACAATGCTAGCTACAGAAATGCATCAAAGACTAATAATAATTGACAAAAATCCAGTATTTTAACAATAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=17216.000000
s hg19.chr21    14947731 180 +  48129895 ATACCAGGTAAATTGATACATCCTATTACAGTATGAAATTCTGCCATTTAATTTCAAGTAAGAACCCTTATTTCCATTCTAGTACCTGCTGTCTTATGCATGTTTAACACAACAACAACAATAATATAAGTagttagcatatattaaagcattaacgaacaccaagcattgttaaatata
s panTro2.chr21 13674687 180 +  46489110 ATACTAGGTAAATTGATACATCCTATTACAGTGTGAAATTCTGCCATTTAATTTCAAGTAAGAACCCTTATTTCCATTCTAGTACCTGCTGTCTTATGCATGTTTAACACAACAGCAACAataatataagtagttggtatatattaaagcattaacgaacaccaagcattgttaaatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  82688211 496 + 169801366 M

a score=34656.000000
s hg19.chr21    14947911 171 +  48129895 ttacatgtatttttgcttaattttcacaacattactaatggttaaatattattaccacattttgtagggcaaaaaactgaggcttagaaacattgaaaaaaacttgctcaacgttgcaaaacaagaaatttgtgacaCTGGAATTGACATCTACAAGGGACTGATGTAACT
s panTro2.chr21 13674867 171 +  46489110 ttacatgtatttttgcttaattttcacaacattactaatggttaaatattattacaacattttgtaggtaaaaaaactgaggcttagaaacattgaaaaaaacttgctcaacattgcaaaacaagaaatttgtgacactggaattgaCATCTACAAGGGACTGATGTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  82688211 496 + 169801366 M

a score=69222.000000
s hg19.chr21    14948082 151 +  48129895 AATTGCTGGATACATGTCCCTCAAAGACAC-AGAAACAGAtcttgtattctagtggatctccggcacccagtgagggcctgaaacagagtacatgtccaacaaataattattgaaGTAAAGATTGACATTTCAGGAGCAGAGATTAATATTC
s panTro2.chr21 13675038 151 +  46489110 AATTGCTGGATACATGTCCCTCAAAGACAC-AGAAACAGAtcttgtattctagtggatctctggcacccagtgagggcctgaaacagagtacatgtccaacaaataattattgaaGTAAAGATTGACATTTCAGGAGCAGAGATTAATATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82688707 152 + 169801366 AATTGCTGGATACATGTCCCTCAACGACAAGAGAAACAGATCTTGTATTTTAGTGGATCTCCAGCATCCAGCAAGGACCTGAAACAGAGTAGATGTTCAACAAATACTTATTGAACTAAAGATTGACATTTCAGGAGCAGAGATTTATATTC
i rheMac2.chr7  M 496 C 0

a score=41513.000000
s hg19.chr21    14948233 72 +  48129895 AAAAACAAAGATGAGAATTTTGGCAGAAAAGTCAAAATGAGGTAAAAGTACATTTCCACCTTAAC-TTTTTTT
s rheMac2.chr7  82688859 72 + 169801366 AAAAACAAAGATGAGAATTTGGGCAGGAAGGTGGGAATGAGGCAAAAGTACATTTCCATTTTAACCTTTTTT-
i rheMac2.chr7  C 0 I 51
s panTro2.chr21 13675189 73 +  46489110 AAAAACAAAGATGAGAATTTTGGCAGAAAAGTCAAAATGAGGTAAAAGTACATTTCCACCTTAACCTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=9470.000000
s hg19.chr21    14948305 42 +  48129895 AATTTGCTTAGCTGACATAAGGAAGAGTTTATAATTTGTTTG
s panTro2.chr21 13675262 41 +  46489110 TATTTGCTTAGCTGACATAAGGAAGAGTTTATAATTTGTTT-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  82688931 51 + 169801366 I

a score=277656.000000
s hg19.chr21    14948347 3182 +  48129895  
s panTro2.chr21 13675303 3143 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  82688931   51 + 169801366 I

a score=35620.000000
s hg19.chr21    14951529 70 +  48129895 GTTAAAATGAACTAGTGTTTCCAATTTAAAATGTGGTTTTCTATCTGGCTCCAACACTACATTTCTTCAT
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i rheMac2.chr7  I 51 C 0
s panTro2.chr21 13678446 70 +  46489110 GTTAAAATGAACTAGTGTTTCAAATTTAAAATGTGGTTTTCTATCTAGCTCCAACACTACATTTCTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=87862.000000
s hg19.chr21    14951599 334 +  48129895 AAGCTTCTGCACATTATTTAATGTTAAATATTTGGATTGGAGGTTGTGTTGAAGCATGTTTTACAATTATCTTGGACTTTTAAGTGGCAAAACTATTAATGCCATTTCTTTCTTTGCAAGGCAAAGTC--ATGTTTTTCTTATGCTACTCGCTGTTCAAATCTATGATGACTGATTGCTTCCGGAACTCTTCTTATATACATCAGTCATTTTAAGTAGACACATTTTTATCAGTATATCAAAATACCATGCAATCTAACCTAGTTTTGTCAC----CCCAACCATATTAGTGATGGAAAACTGGAAAACGTTCTATTCGTTTTTCTGTCATATGTC-TTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82689052 341 + 169801366 AAGCTTCTGCACATTATTTAATGTTAAATATTTGGCTTGGAGATTGTGTTGAAGCATGTTTTACAATTATCTTGGACTTTTAAGTGGCAAAACTGTTAATGCCATTTCTTTCTTTGCAAGGCAAAGTCTTGTGTTTTGCTCATGCTACTCACTGTTCAAATCTACGATAACTGATTGCTTCCAGAACTCTTTTTATATATGTCAGTTATTTTAAGTAGACACATTTTTATCCGTATATCAAGATACCATGCAATCTAACCTAGTTTTGTCACCCCACCCAACCATACTACTAATGAAAAACTGGAAAATGTTCTATTAGTTTTTCCGTCATATGTCTTTAA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=76087.000000
s hg19.chr21    14951933 96 +  48129895 CAAGCTGCAGTCTTAGAGACATGCTAAAACTAGAATATCGAATTTAACCTGCTAGTGACTTTTTTTGAAAGAAGTTATTCTTCAAAGGCATACTAC
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8861.000000
s hg19.chr21    14952029 36 +  48129895 TTTAATATAAGATGTATTTTGGGAAGAAGTTTTAGG
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-6765.000000
s hg19.chr21    14952065 90 +  48129895 AAAATAGAAATGACATTTTTAGAACCCATTCTGTATTACTTTCCAT-AAAGCAGTCATGACAAATATTTAATTTACCTTTTACAATATttt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82689525 90 + 169801366 GAAATAGAAATGACATTTTTAGATTCCATTCTGTA-TACTTCCCATAAAAAAAGTTATGATAAATATTTAATTTACCTTTTACAGTCTttt
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

a score=27573.000000
s hg19.chr21    14952155 64 +  48129895 tagagatgaaaaagggagagaggtaaagtgaatccccagggataatacaactaggaaatgacag
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s panTro2.chr21 13679072 64 +  46489110 tagagatgaaaaagggagagaggtaaagtgaatccccagggataatacaactaggaaatgacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=7572.000000
s hg19.chr21    14952219 67 +  48129895 aatcaagatttaattccagggtccatgtttgtctacagaaatgtctttgccccttacagtgGTTCAG
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82689890 60 + 169801366 ATGCTCTATATTTCTTAAATTC-TTTTTTCCTTTCTTTCCACAGGTTATATTATGTTGAAA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 67405865 426 -  72422247 TTCAGCCAGATTTTGAAAGC----CAGATTTGAGTAGTTTACGGTCTATGATTTAAACTTTACAAATTATTATTTGATTATTTGCTATATTAATTATGAAGTGTGATAGTAGTATAAACACCTATTAAGAAACTGTATTGTTAAATTTCTGAATCTTTGAACTGTTCTCTTATTTTCAAAGTTGACACAGAACTCAAACAACTGAACCCCTTAAATCAAGATTGTTGAACATTACCTAAAACAATCTCTTCACAGTATAAATTTTCCCATAAAACTATTTCCAGTGTTAT----------ACTTGTTTTGTCCTACACTGCTAATTACAGTTCTAAATTAATCTAAACACCATCAGAGTACCACAAGGCTGTACAGAATGGGAATATTCCGGATTAGAAAACAGGAGATTCATATTTTATCTCAGGATTCTTTAAGTAGT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr21 13679548 427 +  46489110 TTCAGCCTGATTTTGAAAGCCAGTCAGATTTGAGTAGTTTACTGTCTATGATTTAAACTTTACAAATTATTATTTGATTATTTACTATATTAATTATGAAGGGTGATAGTGGTATAAACACCTA---AGAAACTGTATTGTTAAATTTCTGAATCTTTGAACTGTTCTCTTATTTTCAGTGTTGACACAGAACTCAAACAACTGAACCCCTTAAATCAAGATTGTTGAACATTAACTAAAAGAATCTCTTCACAGTATAAATTTTCCCATAAAACTATTTCCAGTGTTAT----------ACTTGTTTTGTCCTACACTGCTAATTATACTTCTAAATTAATCTAAACACCATCAGAGTACCACAAGGCTGTACAGAATGGGAGTATTCTGGATTAGAAAACAGGAGATTCATATTTTATCTCAGGCTTCTTTAATTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14953056 73 +  48129895 cttaatccgaggtatgtttgtaggatccagaggtctatgaagtcctgaatttatgttcacaattttgattata
s panTro2.chr21 13679975 73 +  46489110 CTTAATCCGAGGTATGTTTGTAGGATCCAGAGGTCTATGAAGTCCTGAATTTATGTTCACAATTTTGATGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 67406291 73 -  72422247 CTTAATCCAAGGTATGTTTGTAGGATCCAGAGGTTTATGAAGTCCTGAATTTATGTTCACAATTTTGATGATA
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82690518 73 + 169801366 CTTAATCTGAGGTATGTTTGTAGGATCCAGAGGTCTATGAAGTCCTGAATTTATATTCACAATTTTGATGATA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 I 1

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s hg19.chr21    14954435 11 +  48129895 CTAGATTCCAA
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s hg19.chr21    14954462 47 +  48129895 TAAACGTTTTTGGGGGGACTCACTTAACAGTTGCTACCAGATATAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 I 1

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s rheMac2.chr7  82693969 103 + 169801366 AAAAGGATTATAGCGATTGTTCTGTTGCAGCAACTTTCAGAGTCCAGTTAGAAGTGGAAAAATAATAATGGG-AAAAAATCTGATTCattttaaaaaaatttta
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 67411547 103 -  72422247 AGAAGGATTATAGCAATTGTTCTGTTGCAGCAACTTTCAGAGTCCAGTTAGAAGTGGAAAAATAAAAATGGGAAAAAAATCTGGTTCatttt-taaaaatttta
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 I 10
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn I 10 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 67412084 294 -  72422247 ctgggtgcggtggctcacgcctataatcccagcactttgagaggctgaggtgggtggatcacgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaacatggtgaaatcccatctctactgaaaataaaaaaatttgccgggcgtggtggtgcatgcctgtattcccagctactcgggaggctgaggcaggaaagttgtttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaagatggtgctattgcactctagcatggatgacagagctagactccatctc--------aaaaaaaagaaaaaTT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82694600 300 + 169801366 ccaggtgcagtggctcatgcctataatcccagcactttgagaggccgaggtgggtggatcatgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaacatggtgaaatcccatctctactaaaaacttaaaaattagctgggcgtggtggtatgtgcctgtattcccagctactcaggaggctgaggcaggagagttgtttgaacctgggaggcagaggttacagtgagccgagatggcaccattgcactccagcctggatggcagagctagactccaactc--aaaaagaaaaaaaagaaaaaTT
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82695246 97 + 169801366 TTGCATTTTTCATATGAAAATGGCACAAGTTCCTTTTACATTAAATGCATTGAAAATCCTCAGCTTCACACATTTGAATATTTCTATTTTACTGACA
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    14957984 32 +  48129895 GATTTAAACATACACATAAGTTTATATTTATA
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr21 13685365 237 +  46489110 GACCCAACTTTTCACGGAGTTGCAACAAGAACTGTGAAGTGTGTCTTTGCTATTTAAAGTGGGAATGCACACCTGTGATGTAGCAATGTTCATTGGAGAAAAGCACAACTGGGACTGGCCTAGGAGAAGAAAACATTGAAGCAGTCAATTACAGAGCATATGGGGAAT-AAAAATTACTCCTTTAGTTATGGAAATATTCCCATATTTATGCCCCAGTTTTCAAAATCCAACAATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82696075 116 + 169801366 AAAATTATTCTTTTAGGCTAAGGCAATTTGTCTCCAACAAATACTTGCTTACTGGAAGTTGCATATTAAAGGAAGAATCATGCATTACAGTTTCTGACAATACATTTAAAAATTAG
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s rheMac2.chr7  82696191 136 + 169801366 CACAAACTAATACCAATAGCTATTTCGAGGGATAGGTAAATCCTAGAA---AGGGGGATATTGGAAAGTCCAACATAACCAGGGGAAGTGAAGAGAGGTACTATGGAGTACCTTAGACGAATAGTGtaaaaattaaatt
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 67413665 136 -  72422247 CACAAACTAATACTGATAGCTGTTTCAAGGGATAGGTGAATCATAGAA---AGGGGGACGCTGGAAAGTCCAACATAGCCAGGAGAAGAGAAGACGGGTAGTATGGAGTACCTTAGACGAATAGTGTAAAAATTAAATT
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
s panTro2.chr21 13685718 139 +  46489110 CACAAACTAATACTGATAGCTGTTTCGAGGGATAGGTGAATCATAGAAAGGAGGGGGATGTTGGAAAGTCCAACATAGCCAGGAGGAGAGAAGAGAGGTAGTATGGAGTACCTTAGACGAATAGTGTAAAAATTAAATT
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s hg19.chr21    14958935 284 +  48129895 ataaaaataaaCTTTAAACATTCAGTTCAATGCTTACTACAAGGAAAGTACTTAATAAAATATAGTAGAAATAATAGCAGGGATGTTTATAATAATTATCATTATTTTTGAAGTGTTCATAATGGATTATCCAGGAAGAT-ACAGATGTGGATTCACAACCCAAAACCATAAGCCAAGGGTCTTGCCATATTTACCTGCAGGTCAATGATTTATCT-GTGGCTTGCTCTCTAAGCACGACTTGTTTCCCAAATACCTGAAAGACTGAACTCTTCACAACTGTCAT-------------A
s panTro2.chr21 13685857 284 +  46489110 ATAGAAATAAACTTTAAACATTCAGTTCAATGCTTACTACAAGGAAAGTACTTAATAAAATATAGTAGAAATAATAGCAGGGATGTTTATAATAATTATCATCATTTTTGAAGTGTTCATAATGGATTATCCAGGAAGAT-ACAGATGTGGATACACAACCCAAAACCATAAGCCAAGGGTCTTGCCATATTTACCTGCAGGTCAATCATTTATCT-GTGGCTTGCTCTCTAAGCACGACTTGTTTCCCAAATACCTCAAAGACTGAACTCTTCACAACTGTCAT-------------A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 67413801 284 -  72422247 ACAGAAATAAACTTTAAACATTCAGTTCAACGCTTACTACAAGGAAAGT-CTTAATAAAATATAGTAGAAATAATAGCAGAGATGTTTATAATAATTATCATTATTTTTGAAGTGTTCATAATGGATTATCCAGGAAGAT-ACAGATGTGGATTCACAACCTAAAACCATAAGCCAAGGGTCTTGCCATATTTGCCTGCAGGTCAATCATTTATTTAGAGGCTTGCTCTCTAAGCACAACTTGTTTCCCAAATACCTCAAAGACTGAACTCTTCACAACTGTCAT-------------A
i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13686325 205 +  46489110 TCTagttgtcccttggtatccatagaagattggttccaggacccccgctgataccaaaatccatggatgttcaaatccctgagttaaaatggcatgatatttgtacacaatctaaacacatcctcccatatactttaaatcatcttagattacttacgatgcctaatacaatataaatgctatgtaactagttgttatactgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 67414269 205 -  72422247 TCTagttgtcccttggtatccacagaagattggttccaggatccctgctgataccaaaatccaaggatgctcaaatccctgagttaaaatggcatgatatttttatacaatctaaacacatactcccatatactttaaatcatcttagattacttgtgatgcctaatacaatataaatgctatgtaactagttgttatactgtat
i ponAbe2.chrUn C 0 I 502
s rheMac2.chr7  82696810 205 + 169801366 TCTagttgtcccttgatatccacagaagattagttccaggacccctactgataccaaaatccatggatgctcaaatccctgggttaaaatggcatgatatttgtgtacaatctaaacacatcctcccatatactttaaatcatcttagatcacttgtgatgcctaatacaatataaatgctatgtaactagttgctatacggtat
i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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s hg19.chr21    14959608  69 +  48129895 cactttctgaatttgtattatttgtattgttttttattaatattttggatccgctattggttgaatcca
s panTro2.chr21 13686530  69 +  46489110 cactttctgaatttgtattatttgtattgttttttattaatattttggatccgctattggttgaatccg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr7  82697015  64 + 169801366 tgctttctaaatttgtattattt-tattgttttttattaatattttggatccacta----ttgaatcca
i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
s panTro2.chr21 13686599  34 +  46489110 agaatatggaacccacagaaaaagagggctagct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 67414474 502 -  72422247 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 67414474 502 -  72422247 I

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e ponAbe2.chrUn 67414474 502 -  72422247 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0
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i rheMac2.chr7  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13696452 42 +  46489110 AAACCagccaggtgcagtggctcacgcctgtaatcccagcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr7  82727658  0 + 169801366 I

a score=40299.000000
s hg19.chr21     14969626 156 +  48129895 tctgggaggccaaggtgggtggatcacctgaggtcgggagttcgagaccagcctggccagcatggtgaaacctcatctctaccaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtggcacgcacctgtaacctcagctacttgagaagctgaggtaagag
s rheMac2.chr3  162082722 156 - 196418989 tctgggaggccaaggtgggtgaatcacctgaggttgggagttcgagaccagcctgaccgacatggtgaaatctcatgtctaccaaaagtacaaaaattaggtgggcatggtggcacgtacctgtaacctcagctactggagcagctgaggtgagaa
i rheMac2.chr3  n 0 C 0
s panTro2.chr21  13696494 156 +  46489110 tctgggaggccaaggtgggtggatcacctgaggtcgggagttcgagaccagcctggccagcatggtgaaacctcatctctaccaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggcacgcacctgtaacctcagctacttgagaagctgaggtaagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8213.000000
s hg19.chr21     14969782 45 +  48129895 aatcacttgaacttgggaggcggtgcttgcagtaagccgagattg
s rheMac2.chr3  162082878 45 - 196418989 aatcgctagagcctgggaggcggaggttgcagtaagccgaggttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13696650 45 +  46489110 aatctcttgaacctgggaggcggtgcttgcagtaagccgaggttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2241.000000
s hg19.chr21     14969827 23 +  48129895 cactactgcactccagcctgggt
s panTro2.chr21  13696695 23 +  46489110 cactactgcactccagcctgggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162082923 23 - 196418989 tgccactgcattccaagctgggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12776.000000
s hg19.chr21     14969850 61 +  48129895 gacagagtgagactccacctcagtc---aaaaaa--------aaaaaatgaaaatagaaaaaaCCGACAGAC
s panTro2.chr21  13696718 64 +  46489110 gacagagtgagactccacctcagtcaaaaaaaaa--------aaaaaatgaaaatagaaaaaACCAACAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162082946 72 - 196418989 gacagagtgagactccacctgagacaaaaaaaaaaagaaaagaaaagaagaaaaTAGAAAAAAACGGCAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=29394.000000
s hg19.chr21     14969911 66 +  48129895 ACTAAAAGCTAAGAAAATAGTGTGTTCATTTTGGAATCTAATTCAAAATTCATTATAATGAATTTT
s panTro2.chr21  13696782 66 +  46489110 ACTAAAAGCTAAGAAAATAGTGTGTTCATTTTGGAATCTAATTCAAAATTCATTATAATGAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162083018 66 - 196418989 ACTAAAAGCTAAGAAAATAGTGTGTTCATTTTGGAATCAAATTTAAAATTCATTATAATGTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=647197.000000
s hg19.chr21     14969977 1698 +  48129895  
s rheMac2.chr3  162083084 1726 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 971
s panTro2.chr21  13696848 1697 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=25764.000000
s hg19.chr21     14971675 78 +  48129895 CTGATGGCCCCGCCACTCAGCTAACCCATCCACGCTTGAAATGATAAATAGACAAGTGCATTGAAAATTGTAAGTGTG
s panTro2.chr21  13698545 78 +  46489110 CTGATGGCCCCGCCACTCAGCTAACCCATCCACGCATGAAATGATAAATAGACAAGTGCATTGAAAATTGTAAGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162085781 78 - 196418989 CTGATGGCCTGGCCACTCAATTACCCCATCCACACAGGAAATAATAAATAGAAAAGTGCATTGAAAATTGTAAGTGTG
i rheMac2.chr3  I 971 C 0

a score=212048.000000
s hg19.chr21     14971753 614 +  48129895  
s rheMac2.chr3  162085859 607 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13698623 611 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=816.000000
s hg19.chr21     14972367 55 +  48129895 ACAGAAATTTC---ATGTCTTTTTTATTTTATAGCTATAAACATAGAGTTATAAAATC
s rheMac2.chr3  162086466 58 - 196418989 ACAGAAATTTCATAATGTCTTTTTTCTTTTATAGCTGTAAATGTAGAGTTATAAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13699234 55 +  46489110 ACAGAAATTTC---ATGTCTTTTTTATTTTATAGCTATAAACATAGAGTTATAAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=18699.000000
s hg19.chr21     14972422 58 +  48129895 TAAATACAGACAAGCCTACCCAGTGTTTGATTATATTCAATGATGTTTAAAAGTAATA
s rheMac2.chr3  162086524 44 - 196418989 TAAATACAGACAAGCCTACCCAGTGTTTGATTACATTCAATGAT--------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 307
s panTro2.chr21  13699289 58 +  46489110 TAAATACAGACAAGCCTACCCAGTGTTTGATTATATTCAATGATGTTTAAAAGTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=165579.000000
s hg19.chr21     14972480 416 +  48129895 GCCTCTCTTTTGTTCTTACTGGGAACATTATCATTAGCACAGTGCTTCATACAGGCTCTTATTACTTCTATCTCCCATTGTTATGATTGGCAAAGCACAAAGCCATACTCAACTAGGAATACTTGGGCACATTGCAGCATTTATCACAGGGTGGACTGGATACTGAGTTTCTTAATTTATAAATTTTTCTTTCCAATGCAAAATTTGTGAAGGCTTAATGTTGGAAAAATGTCTGAATGGCTATAAATTCCCTTCCTAATTCCCTCCCCTCAATGCATACCTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTGGCTCATTCTTAGAACTGTAGCTGTTCTTGAATCTTTGATGGGTTGAAGCTAATCCACATTCAGATTTTACAATCTCATATAATTGCCAAAATTCTACCCTTCAAAACACTTG
s panTro2.chr21  13699347 416 +  46489110 GCCTCTATTTTGTTCTTACTTGGAACATTATCATTAGCACAGTGCTTCATGCAGGCTCTTATTACTTCTATCTCCCATTGTTATGATTGGCAAAGCACAAAGCCATACTCCACTAGGAATGCTTGGGCACATTGCAGCATTTATCACAGGGTGGACTGGATACTGAGTTTCTTAATTTATAATTTTTTCTTTCCAATGCAAAATTCGTGAAGGCTTAATGTTGGAAAAATGTCTGAATGGCCATAAATTCCCTTCCTAATTCCCTCCCCTCAAGGCATACCTGTTTTTTTGGGGGTTTTTTTTGGCTCATTCTTAGAACTGTAGCTGTTCTTGAATCTTTGATGGGTTGAAGCTAATCCACATTCAGATTTTACAATCTCATATAATTGCCAAAATTCTACCCTTCAAAACACTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162086875 415 - 196418989 GCCTCTCTTTTGTTCTTACTGGGAACATTATCATTAGCACAGTGCTGCATGCAGGCTCCTCTTACTTCTATCACCCATTGCTGTGATTGGCAAAGCACAAAGCTATACTCAAATAGGAATGCTTGGGCACATTGCAGCACTTATCCTAGGGTGGACTGGATACTGAGTCTCTTAATTTATAAACCTTTCTCTCAAATGCACAATTCGTGAACACTTAATGTTGGGAAAATGTCTGAATGGCTATAAATTCCCTTCCTAATTCCCT-CCCTCAATGCATACCCAttttttttttttttttttttGGCTCATTCTGAGAACTGTAGCTGTTCTTAAATCTTTCATGGGTTGAAGATAATCCACATTTGTATTTTTCAATCTGATATAATTGACAAAATTCTACCCTTCAAAACACTTG
i rheMac2.chr3  I 307 C 0

a score=211331.000000
s hg19.chr21     14972896 601 +  48129895  
s rheMac2.chr3  162087290 600 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13699763 610 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=20362.000000
s hg19.chr21     14973497 57 +  48129895 acta----tgttccagactttactaagaactttatctgcaacactttatttaatgctcatc
s panTro2.chr21  13700373 57 +  46489110 acta----tgttccagactttactaagaactttatctgcaacattttatttaatgctcatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162087890 61 - 196418989 actaactgtgttctagactttactaagaactttatctgcaacatttcatttaatgctcatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190809.000000
s hg19.chr21     14973554 649 +  48129895  
s rheMac2.chr3  162087951 627 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13700430 649 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24512.000000
s hg19.chr21     14974203 144 +  48129895 ggaggctga-gcaggagaatggcatgaacccaggaagtggagcttgcagcaagctaagatcacaccactgcactccagcctgggtgacagagtgagactctgtctcaaaaaa---------------aaaagaaaaTGACTGTTTATGCATACCCAGCCG
s rheMac2.chr3  162088578 142 - 196418989 ggaggctgaggcaggagaatggtgtgcacctgggaggcggagcttgcagtgagctgagattgcgccactgcactccagt------------------ctTCATCTCAAaaataaataaataaataaacaaaATAAAAGATTACATATATATACCCAGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13701079 154 +  46489110 ggaggctga-gcaggagaatggcatgaacccaggaagcggagcttgcagcaagctaagatcacaccgctgcactccagcctgggtgacagagtgagactctgtctcaaaaaaaaa-----aaaaaagaaaagaaaaTGACTGTTTATGCATACCCAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=127869.000000
s hg19.chr21     14974347 346 +  48129895 GTGTTTAAAACAATCCACCCATACAACTAACAGACATCTTCTATCACAATTTTATGATGGTTTTGCTAAAGAGTGGCAAAATATACTCAGAAACCAAATTAGCTGATTTCGTTAAACCCATTCTTCTTAATGTCAGAAGCCCTTACTCCATGTTTTCAAAATTCATGATATTGTAAGGATTGTGAAAAAATTCGAAAGCAAATTAAGGTAGTCAAAGGAAAAGTGTTTACAAAAATGTTACTAGCACAACAATCCATCTACAAAAATGTGAACATATTTTAATAACCTTGAACATGGCAAGAAGAGTTGCAATATAAAAAGAGATTTACATGTACAAAAGCTGAGG
s panTro2.chr21  13701233 345 +  46489110 GTGTTTAAAACAATCCACCCATACAACTAACAGACATCTTCTATCACAATTTTATGATGGTTTTGCTAAAGAGTGGCAAAATATACTCAGAAACCAAATTAGCTGATTTTGTTAAACCCATTCTTCTTAATGTCAGAAGCCCTTATTCCATGTTTTCAAAATTCATGATATTGTAAGGATTGTG-AAAAATTCGAAAGCAAATTAAGGTAGTCAAAGGAAAAGTGTTTACAAAAATGTTACTAGCACAACAATCCATCTACAAAAATGCGAACATATTTTAATAACCTTGAACATGGCAAGAAGAGTTGCAATATAAAAAGAGATTTACATGTACAAAAGCTGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162088720 318 - 196418989 GCATTTAAAACAATCCATCCATACAACTAACAGACATCTTCTATCACAATTTTATGG----TTTGCTAAAGAGTGGCAAAATATACTCAGAAACCAAATTGGTTGTTTTCATTAAACCCATTCTTCTTAA----------------TCCATGTTTTCAAAATTCATGATATGGTAATGATTATGAAAAAATATGAAAGCAAATTAAACTAGTCAAAGGGAAAGTGTTTACAAAAATGTTATTAGCAAAA--------CTACAAAAATATGAACATATTTTAATAACCTTGAATATAGCAGGAAGAGTTGTAATATAAAATGAGATTTACATGTACAAAAGCTGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=21598.000000
s hg19.chr21     14974693 53 +  48129895 GAAAAAGTTTCAGCTTCAAGCATTAACGTTTTAGTTCATAAATCTGAAGGAAA
s panTro2.chr21  13701578 53 +  46489110 GAAAAAGTTTCAGCTTCAAGCATTAACGTTTTAGTTCATAAATCTGAAGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162089038 53 - 196418989 GAAAACATTTCAGCTTCAGGCATTAACATCTTAGTTCATAAATCTGAAGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=14568.000000
s hg19.chr21     14974746 45 +  48129895 ATAAAGAGAAAATAAAGGCATTAAGAGATATGAAACAATGTAAA--A
s panTro2.chr21  13701631 47 +  46489110 ATAAAGAGAAAATAAAGGTATTAAGAGATATGAAACAATGTAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162089091 47 - 196418989 ATAAAGACAAAATAAAGACATTAAGAGATATGAAAAAATATATAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30009.000000
s hg19.chr21     14974791 69 +  48129895 ATGAATATTTCTTTTATGAATCCTTGTGAATATATGACAGTATACAAGCTACAGAAAACTAGTTTACTg
s panTro2.chr21  13701678 69 +  46489110 ATGAATATTTCTTTTATGAATCCTTGTGAATATATGACAGTATACAAGCTACAGAAAACTAGTTTACTg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162089138 67 - 196418989 ATAAATATTTCTTTTATGAATCCTTGTGAATATATGACAGCATACAAGCTACAGAAAACCAGTTTAC--
i rheMac2.chr3  C 0 I 1590

a score=55761.000000
s hg19.chr21     14974860 261 +  48129895 ggcggatcacgaggtcaggagatctagaccatcctggctaacacggcgaaaccctcttctctact-aaaaaatac-aaaaaattagccaggagtggtggcgggcacctgtagtcccagctactagtggggctgaggcaggagaatggtgtgaacccgggagtcagaggttgcggtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacagagagagactcggtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaagaaaAA
s rheMac2.chr3  162090795 245 - 196418989 ggcagatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccc-cgtctctactaaaaaaatac-aaaaaactagccgggcgaggtggtgggcgcttgtagtcccagctactcgggaggctgagacagaagactggtgtgaatctgggaggtggagtttgcagtgagccaagattgcgccactgcacaccaccctgggtgacagagacagactctatctc----------------aaaaaagaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  I 1590 C 0
s panTro2.chr21  13701747 261 +  46489110 ggcggatcacgaggtcaggagatctagaccatcctggctaacacggcgaaaccctcttctctact-aaaaaatacaaaaaaattagccaggagtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactagcggggctgaggcaggagaatggtgtgaacccgggaggcagaggttgcggtgagccgagattgcaccactgcactccagcctgggcgacagagagagactcggtctc-aaaaaaaaaaaaaagaaaaaagaaagaaaaA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=82054.000000
s hg19.chr21     14975121 211 +  48129895 AGAAAACAGATAAAGGACAAGCAAATAGAGAGGGGGAAAGCAGCCACCACCGTAATTTGAACAGTAAAACTGAGAGGAACTTTGAAGTGGAAAGGAGTGTAGTCTTTATTTCATCCTTGGGGATTTGTCAGGGCTGGAGGATGCACACAACAAATAAATAATTTAGAGTGCTCTGAAATATGGTCAGACAGCATATGCCTTGCAGTTATGT
s panTro2.chr21  13702008 211 +  46489110 AGAAAACAGATAAAGGACAAGCAAATAGAGAGGGGGAAAGCAGCCACCACCGTAATTTGAACAGTAAAACTGAGAGGAACTTTGAAGTGGAAAGGAGTGTAGTCTTTATTTCATCCTTGGGGATTTGTCAGGGCTGGAGGATGCACACAACAAATAAATAATTTAGAGTGCTCTGAAATATGGTCAGACAGCATATGCCTTGCAGTTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12387.000000
s hg19.chr21     14975332 69 +  48129895 CTACACTTTGTGCTTGATCCAAGCATACATATTATTGGGGCAATATCTGACTGATACCTTTTAAacaca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 341

a score=2665.000000
s hg19.chr21     14975401  53 +  48129895 c-----------cacacacacacacacacacacacacacaATGTTTTATAGAAAATATATCTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162091320 341 - 196418989 I

a score=158559.000000
s hg19.chr21     14975454 406 +  48129895 GCCTGGCTACATTTCCAGAGTGCCCCATTTCTCTTGGTTCAAATTTCCGTCTAGAAATCAAGTTAAATCTTTGGGATGACACTAATGTTGTAAAGGTGCTGCATAAAAATAAGATTTTTTAAAGTAGATAAACCATTCAATAATTTTCTACAGCAGGTGAATGACAGAAGCATTGACCTGAAATTTCACAATGGACTCCAGTGAGAATTCCCTGCAATCATGTCTCTTTTCCCATTTGTTAAGTACAACCACAGTACTACAACCACAGCCACAACTACACCAACACGATTTCCTCACATGATCAGCTGTACTTTCCTGCTCTAGTCCAAGATCTTCCAGCCATGCCTTCCTACAGCACTCTACAGcaagggtcagcaaacattttctaaaatgagccagat----agtCA
s panTro2.chr21  13702352 410 +  46489110 GCCTGGCTACATTTCCAGAGTGTCCCATTTCTCTTGGTTCAAATTTCCATCTAGAAATCAAGTTAAATCTTTGGGATGACACTAATGTTGTAAAGGTGCTGCATAAAAATAAGATTTTTTAAAGTAGATAAGCCATTGAATAATTTTCTACAGCAGGTGAGTGACAGAAGCATCGACCTCAAATTTCACAATGGACTCCAGTGAGAATTCCCTGCAATCATGTCTCTTTTCCCATTTGTTAAGTACAACCACAGTACTACAACCACAGCCACAACTACACCAACACGATTTCCTCACATGATCAGCTGTACTTTCCTGCTCTAGTCCAACATCTTCCAGCCATGCCTTCCTACAGCACTCTACAGcaagggtcagcaaacattttctaaaatgagccagatagtaagtCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 341 I 9

a score=18727.000000
s hg19.chr21     14975860 81 +  48129895 GGACTGGGAAAGGCTTTGATAAATGAGAGAGAACGAGTGACTACACAGCCGGGAGGAGTGTGAAAACAGAAAAAGGACAAg
s panTro2.chr21  13702762 81 +  46489110 GGACTGGGAAAGGCTGTGATAAATGAGAGAGAATGAGTGACTACACAGCCGGGAGGAGTGTGAAAACAGAAAAAGGACAAg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162092063  9 - 196418989 I

a score=32972.000000
s hg19.chr21     14975941 362 +  48129895 gccgggcgcggtggctcacgcctgtaatcccagaactttgggaggccgaggcgggtgaatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggctaacacagtgaaacccctgtctctactaaaaatataaaaaattagtcaggtgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcatgaacccgggaggcagagcttgcagtgagccgagatcccaccactgcactccagcctgggccacagagagagactccgtctc----aaaaaaaaaaagaaaaaagaaaagaataaagaaaaCAGATAAAGGACAAGCAAATAGAGAGGGGGAAAGCAGCCACCACCG
s panTro2.chr21  13702843 366 +  46489110 gccgggcacggtggctcacgcctgtaatcccagaactttgggaggccgaggcgggtgaatcacgagatcaggagattgagaccatcctggctaacacagtgaaacccccgtctctactaaaaatataaaaaattagtcaggtgtggtggcgggcacctgtagtcccagctacgcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggcagagcttgcagtgagccgagatcccaccactgcactccagcctgggccacagagagagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaaagaaaaaagaaaagaaGAAAGAAAACAGATAAAGGACAAGCAAATAGAGAGGGGGAAAGCAGCCACCACCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162092063   9 - 196418989 I

a score=172872.000000
s hg19.chr21     14976303 461 +  48129895 TAAttcaagttttatgtgccgtaatgtcgctctcaactgctcacctctgctaatgtggagcaaaagcagcaataggcaatatgtaatcagagatatggctgtcttcttcagtgaaacttaataaaaagtggcagcaggctagatttggcttgtgggctatagtttgtcaaACTATGATGGAACGTTTAAAATTTCCCTGGTTACTTTAACTGCAAAAGTGAGTCTTGCATGTTATATTTTACCTCTTCCAGCAGGGCATACAGAGAGGAGCTAGTCAGAACACTTCTTTTTGACATTTATATACTGAGAAGTATACCAGTGTGTTACTACAGTACATCATGGAGAGTATTCTATCCTTTCCTTTCAGTTCTCATCTTTTGTCCTAGATTAATAGAGAACATCAAGTACTGTTTTCGGACAGAAAAACTAACAAGCCACCTAAACCCAGTCTTTCTGGCCTC
s rheMac2.chr3  162092072 455 - 196418989 ------aagttttatgtgctgtaatgtctctctcaactggtcacctctaccaatgtagagcaaaagcagcagtaggcaatatagactgacagatatggctgacttcttcagtgaaacttaataaaaagtggcagcaggctagatttggcttatggggtatagtttgtcaatccACGATGGAATGCTTACAATGTCCATGGTTACTTTAACTGCAAAAGTGAGTCTTGCCTGTTACATTTTACCTCTTCCAGCAGGGCATACAGAGAGGAGCAAGTTAGAACACTTCTTCTTGACATTTATATACTCAGAAGTATACTGCTGTGTTACTACAGTACATCATAGATAGTATTCTGTCCTATCCTTTTGGTTCTCATCTTTTGTCCTAGATTAATAGAGAACATCAAGTACCGTTTTCAGATAGAAAAATTAACAAGCCACTTAGAATCACTTTTTCCTGCCTC
i rheMac2.chr3  I 9 C 0
s panTro2.chr21  13703209 461 +  46489110 TAAttcaagttttatgtgctgtaatgtcgctctcaactgctcacctctgctaatgtggagcaaaagcagcaataggcaatatgtaatgagagatatggctgtcttcttcagtgaaacttaataaaaagtggcagcaggctagatttggcttatgggctatagtttgtcaaaccatgATGGAACGTTTAAAATTTCCCTGGTTACTTTAACTGCAAAAGTGAGTCTTGCATGTTATATTTTACCTCTTCCAGCAGGGCATACAGAGAGGAGCTAGTCAGAACACTTCTTTTTGACATTTATATACTAAGAAGTATACCGGTGTGTTACTACAGTACATCATGGAGAGTATTCTATCCTTTCCTTTCAGTTCTCATCTTTTGTCCTAGATTAATAGAGAACATCAAGTACTGTTTTCGGACAGAAAAACTAACAAGCCACCTAAACCCAGTCTTTCTGGCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=83133.000000
s hg19.chr21     14976764 214 +  48129895 TTAACATTAATGTTGAACTTTCCTTATGCACGGTCAACAAAGATGCTTCAACACTTCTGTAAGCTTCTCCAATCAGACATTGTGTTTCATTTTATCATCTGC-AAAAAGCAGGGGAAAGAGTTTCCAATTTtgtattggttatcaactgcagcataacaaaccaccccacaactcagaa-aaataatcatttatcctctcagctcaagtatctgga
s rheMac2.chr3  162092527 216 - 196418989 TTAACATTAGTTTTGAACTTTTCTTATGCACAGACAGCAAAGAAGCTTCAACACTTCTGTAAGCTTCTCCTATCAGACATTGTGATTCATTTCGTTATCTGCAAAAAAGCAAGAGAAAGAGTTTACAATTTTGTGTTGGTTATCAACTGCAGCATCACAAACCACCCCACAACTCAAAACAAATATTCATTTATCCTTTCAGCTCAAGTATCTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13703670 214 +  46489110 TTAACATTAATGTTGAACTTTCCTTATGCACGGTCAGCAAAGATGCTTCAACACTTCTGTAAGCTTCTCCAATCAGACATTGTGTTTCATTTTGTCATCTGC-AAAAAGCAGAGGAAAGAGTTTCCAATTTtgtattggttatcaactgcagcataacaaaccaccccacaactcagaa-aaataatcatttatcctctcagctcaagtatctgGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8976.000000
s hg19.chr21     14976978 23 +  48129895 aACATCTAAGACCAAGTTGATCT
s rheMac2.chr3  162092743 23 - 196418989 AACATCTAAGACCAAGTTGATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13703884 23 +  46489110 AACATCTAAGACCAAATTGATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=10672.000000
s hg19.chr21     14977001 52 +  48129895 AGGTTGAAACTAGTTGGGCTTCCCTGAACTTGCACTTCTGCAGTTTACTGAC
s rheMac2.chr3  162092766 52 - 196418989 ATGTTGAACCTAGTTGGGTTTGACTGAACTTGTGCTTCTGCAGTTTACTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13703907 52 +  46489110 AGGTTGAAACTAGTTGGGCTTCACTGAACTTGCACTTCTGCAGTTTACTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=34051.000000
s hg19.chr21     14977053 95 +  48129895 TGGAGGGAGTTTTATTATTTACTGGCTTGCATTGGGCAAATTATCTAACGAGGATCTGCACCACCTTTCTTCAATCTTCCTGGAAACAAGAGACT
s rheMac2.chr3  162092818 95 - 196418989 TGGAGGGAGCTCTATTCTTTACTGACTTGCATTGGGCAAATTATCTAATGAGGATCTGCACCACCTTTCTTTCGTCTTCCTGCAACCAAGAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13703959 95 +  46489110 TGGAGGGAGTTTTATTATTTACTGGCTTGCATTGGGCAAATTATCTAACGAGGATCTGCACCACCTTTCTTTCATCTTCCTGGAAACAAGAGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=11862.000000
s hg19.chr21     14977148 28 +  48129895 AGCTGAGATATGTTTGTCTCATGGTAGT
s rheMac2.chr3  162092913 28 - 196418989 AGCTGAGATATGTTTGTCTCATGGTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13704054 28 +  46489110 AGCTGAGATATGTTTGTCTCATGGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=188337.000000
s hg19.chr21     14977176 501 +  48129895 GAAAGAGGCACAAATCAAGTGTAATtatgcaaactccatttaagcctttgcttttgtaatgcctgccaaagttccactggtcaaagcaagccccaggagtaaacctaggtcaccaagccatagtagaaagacactacacgtggagcggattcagagaagtgtgAACATTTTAGTCAGATGTGCAACCTCTCTAAGACTGGCACAAAGGTGAGTGTCAGTAAAAGCCCAGCTTAATTCCAGCTACCTGATGTTCAGTtcagtttttcagctgtaaagaagagaagatgatgcctaccacagaagatcatttgtgcaattacaaggattaaataagaatatgagaaatgtgtgaagtgcctaatacaaagttaattggtaaatgttCTATATTTTTCATATACTCTTGGGCTTGAAAACAGATTAATTCTAAGCTTTCTAATATTATTCTGTCATAATTGCATAGTTTAGTGGGCCTATCAGCATGTATAAGCAAATGTTAAT
s rheMac2.chr3  162092941 501 - 196418989 GAAAGAGGCACAAATCAAGTCTAATTATGCAAAATCCATTTAAGTCTTTGCTTATGTAATGCCTGCTGAAGTTTCACTGGTCAAAGCAAGCCCCAGGAGTAAACATAGGACACCAAGCCGTAGTAGAAGGACACTACATATGGAGTGGATTCACAGAAGTGTGAACATTTTATTCAGATGTGCGATCTCCCAAAGACTGGCACAAAGGTGGGGGTCAGTAAAAGCCCAGCTTAATTCCagctacttaatgttgagttcagtttttcagctgttaagaagagaagatgatgcctacaacagaagatcattagtgcgattacaaggattaaataagaatatgagaaatgtgtgaagtgcctaatacCAAGTTAATTGGTAAATGTTCTATAGTTTTCATAGAATCTTGGTCTTGAAAACAGATTAATTCTAAGCTTTTTAATATTATTTGGTCATAACTGCATAATTTAGTGGACTTATCAGCATATATAAGCAAATGTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13704082 501 +  46489110 GAAAGAGGCACAAATcaagtctaattatgcaaactccatttaagcctttgcttttgtaatgcctgccaaagttccactggtcaaagcaagccccaggagtaaacctgggtcaCCAAGCCATAGTAGAAAGACACCACACGTGGAGCGGATTTAGAGAAGTGTGAACATTTTAGTCAGATGTGCAACCTCTCTAAGACTAGCACAAAGGTGAGTGTCAGTAAAAGCCCAGCTTAATTCCAGCTACCTGATGTTCAGTtcagtttttcagttgtaaagaagagaagatgatgcctaccacagaagatcatttgtgcaattacaaggattaaataagaatatgagaaatgtgtgaagtgcctaatacaaagttaattggtaaatgttCTATATTTTTCATATACTCTTGGGCTTGAAAACAGATTAATTCTAAGCTTTTTAATATTATTCTGTCATAATTGCATAGTTTAGTGGGCCTATCAGCATGTATAAGCAAATGTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=227526.000000
s hg19.chr21     14977677 941 +  48129895  
s rheMac2.chr3  162093442 964 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 2088
s panTro2.chr21  13704583 947 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=145894.000000
s hg19.chr21     14978618 1598 +  48129895  
s panTro2.chr21  13705530 1606 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162094406 2088 - 196418989 I

a score=0.000000
s hg19.chr21     14980216  407 +  48129895 atccttacagaccttgaagacatgaaaatgataaaggaatgtcatgaacaactccactcacatacatttgacaacttggggaaaatgggccaatttcatgaaaagcagaaaccaccacaaaactcacccaatctaaaataggtaatttaatagccctaaaatgtaaggacatttaatttctaattttaaagactcctgaaggagaaatctccaggacaaaatggttttactaaagaattttatgtactgcttaaagaattgacaccaatacacacaatcttttctgaaaatagagaatctttcccaattcattttatgaagctaacattactctgatatcaaaatagtacaaaaaagtaaactatagcctggtaattctcttgaacatggatacaccagttcttaac
e rheMac2.chr3  162094406 2088 - 196418989 I
e panTro2.chr21  13707136    0 +  46489110 C

a score=21402.000000
s hg19.chr21     14980623  250 +  48129895 aacattagcagtagcactcagcgatgtacacaaagaattacacatcatgtcccagtgacgtttactccagtgactgcaCACCTAGACATTCATCCCACTGAAATAAAAACTTTTTTTTTGCACTTGTAATTGGCTTCCCCTCTGCTTTTGTTGGCAAGAGCAGGTCGGTGTCCCAGGcttagaatccatttttctctctttctctccatctgtctctctgtctccgtctctgtctttgtctct----ccctctc
s panTro2.chr21  13707136  250 +  46489110 aacattagcagtagaactcagcaatgtacacaaagaattacacagcatgtcccagtgacgtttactccagtgactgcaCACCTAGACATTCATCCCACTGAAATAAAAACTTTTTTTTTGCACTTGTAATTGGCTTCCCCTCTGCTTTTGTTGGCAAGAGCAGGTCGGTGTCCCAGGCTTAGAATCCATTTTtctctct----ctccgtctgtctctctgtctccatctctgtctttgtctctgtctctctctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162094406 2088 - 196418989 I

a score=23533.000000
s hg19.chr21     14980873   89 +  48129895 tctctctttttttgacagagccttgctttgtcgcccaggttgcagtgatgcgatctcgg-ctcactgcaagctccgcctcccgggttcac
s panTro2.chr21  13707386   90 +  46489110 tCtttctttttttgacagagtcttgctttgtcgcccaggttgcagtgatgcgatctcgggctcactgcaagctccagctcccgggttcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162094406 2088 - 196418989 I

a score=9530.000000
s hg19.chr21     14980962  107 +  48129895 gccattctcctgcctc------ccgagtagctgggactacaggcgcccaccaccatgcccgctagtattttgtatttttagtagagatgaggtttcaccgtgttagccaggat
s panTro2.chr21  13707476  113 +  46489110 gccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccaccactatgcccgctagtattttgtatttttagtagagatgaggtttcaccgtgttagccaggat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162094406 2088 - 196418989 I

a score=82907.000000
s hg19.chr21     14981069 356 +  48129895 ggtctttatctcctgaccttatgatccgcccgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccacagtgcccggccAGAATGCATTTTTCCTCCCACACCAAAGCACCTGCAGTATGGGTGAAGCAGCCTGGAGCCTGGCTGCATAAGCCTGCACAGCAGGAGGGTCCCAGCAGGAGGGTCGAGGTGCCACTGCCTGGGTCCAGCTCACAGGCTACCAGGGAGGCTCCGATCTGGCTCCCTGGTGCTGGCAGTGTACTGTTCCCAGGATCTGCATGTGGGGG-TGCCTTCCTGCATCTCCCCATCAGTGGTAGGTGCTCCTCCCAGCCGCCTCTTTCAGGCCTGGAGAC
s panTro2.chr21  13707589 356 +  46489110 ggtctttatctcctgaccttatgatccgcccgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccacagtgcctggccAGAATGCATTTTTCCTCCCACACCAAAGCACCTGCAGTATGGGTGAAGCAGCCTGGAGCCTGGCTGCATAAGCCTGCACAGCAGGAGGGTCCCAGCAGGAGAGTCGAGGTGCCACTGCCAGGGTCCAGCTCACAGGCTGCCAGGGAGGCTCCGATCTGGCTCCCTGGTGCTGGCAGTGTCCTGTTCCCAGGATCTGCACGTGGGGG-TGCCTTCCTGCATCTCCCCATCAGTGGTAGGTGCTCCTCCCAGCCCCCTCTTGCAGGCCTGGAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162096494 355 - 196418989 ggtcttgatctccttacctcgtgatctgcccgcctcagcttcccaaagtgctaggattacaggcgtcagcctccgcgaccagccAGAATTCATTTTTCCT-CCACATCAAAGCACCTGCCATATGGGTGAAGCAGCCTGGAGCCTGGCTGCATAAGCCTGCACAGCTGGAGGGTCCCAGCAGGAGGATCGAGGTGCCCGTGCCCGGGTCCAGCTCAGAGGCTGCCA-GGAGGTACTGGTCTGGCTCGCTGGTGCTGGCAGTGTCCTGTTCCCAGGATGTGCACATGGGGGTTGTTTTCTTGCATCTCCCCATCGGTGGTACGTGCTCCTTCAGAACTCCTCTGGTAGGGCTGGAGAC
i rheMac2.chr3  I 2088 C 0

a score=151905.000000
s hg19.chr21     14981425 344 +  48129895 AGCGGCCTGCACCTCAACCCTACTGCATGCCAGTGAAGCGAAGCACCCCGGGCCAGAAGCCCCACAGCTGTTGGCCCTGGTTTGGACACCAGGCAGGGGGCACCACAGCAGGAGCTAGCAGCCCAGCCCCGATTCTGTGGCCCCGAGTGCCCCGTTGCTGATGGCCCTGTGTTCTGGGCACGGACCAAGGAGGAGCAGGTGTGGAAGGCGCCTCACGCAGGCCCTGGGCTCCGTGGGCGTCTTGTGCTCGGAGATTTTGAGGCCATTTGCATCCAGCTTCGCCAACCAGAGCTCTAAGCTGCAGCGGCGGCCACCCGCAACAGCACCACCACTAGTGTCTTGGG
s rheMac2.chr3  162096849 344 - 196418989 AGCGGCCTGCACCTCAACCCTACTGCATGCCAGTGAAGCGAAGCACCCCGGGCCAGAAGCCCCACAGCTGTTGACCCTGGCTTGAGCACCAGGCAGGGGTCACCAGAGCAGGAGCTGGCCGCCCAGCCCTGATTCTGTGGCCCTGAGAGCCCAGTCGCTGATGGTCCTGTGTTCAGGGTGTGGACCAAGGAGGAGCAGGTGTCGAAGGTGCCTCAGGCAGGCCCTAGGCTCCTTGGGCGTCTTGTGCTCAGCGATTTTGAGGCCATTTGCATCCAGCTCTGCCATCCCGAGCTCTGAGCTGCAGCAGCGTTCACCCACAATAGCACCACTACTAGAGTCctggg
i rheMac2.chr3  C 0 I 4
s ponAbe2.chr2b   3913377 336 + 135000294 AGCGGCCTGCACCGTGACCCTATTGCATGTCAGGGGAGCAGAGCCCCCCAGGCCAGAAGCCCCACATCTGTTGGCCCTGGCTTGGACACTGGGCAGGGGGCACCGGGGCAGGAGCTGGCCG--------TGATCCTGTGGCCCCAAATGCCCCCTCGCTGATGGCCTCGTGTTTTGGGTGGGGAGCAAAGAGGAGCAGCTGTCCAAGGCACCTCAGGCAGGCGCTGGGCTCCGTGGGCATCTTGTGCTCCGCGATTTTGAGGCCATTTGCAGCTAGCTCCGCCAGCCCCAGCTCCGAGCTGCAGCCGCTGCCACGCACAACAGCACCGCCAGGAGTGTCCTGGG
i ponAbe2.chr2b N 0 C 0
s panTro2.chr21  13707945 344 +  46489110 AGCGGCCTGCACCTCAACCCTACTGCACGCCAGTGAAGCGAAACACCCCGGGCCAGAAGCCCCACAGCTGTTGGCGCTGGTTTGGACACCAGGCAGGGGGCACCACAGCAGGAGCTAGCAGCCCAGCCCCGATTCTGTGGACCCGAGTGCCCCGTTGCTGATGGCCCTGTGTTCTGGGTGCGGACCAAGGAGGAGCAGGTGTGGAAGGCGCCTCAGGCAGGCCCTGGGCTCCGTGGGCGTCTTGTGCTCGGAGATTTTGAGGCCATTTGCATCCAGCTCCGCCAACCAGAGCTCTAAGCTGCAGCGGCGGCCACCCGCAACAGTGCCACCACTAGTGTCTTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=43378.000000
s hg19.chr21     14981769 205 +  48129895 GGCTTTCTTCAGAGGAGGCTGTCAGCATCCTCGAGTTCCAGGCGCTCTAGCCCCAGTCCTGCTTCAAGAGGC-TTTTTCCCACCACAGGCTTCTCCTCAGTGGCCAGAAAGCTGGGTCAACTCCCATGAACTTTGCCAGTAACGCAAGGCTGTCACTGACATTTGTGGCGCCAAGACTTGCGCACGCGGATTGCACACATCGGCCA
s ponAbe2.chr2b   3913713 202 + 135000294 GGCTTTCTTCAGAGGAGGCTGTCAGCATCCTCAGGTTCCAGCCGCT-TAGCCCCAGTGCTGCTTCAAGAGGCTTTTTTTTCACCAGAGGCTT---CTCAATGGCCTGAAAGCTCCGCAGACTCCCACGAAGTTTGCCGGGAACACAAGGCTGTCAGTGACATTCGTGGCGCCAAGACTTAAACACGCGGGTTGCACGCATCGGCCA
i ponAbe2.chr2b C 0 I 749
s panTro2.chr21  13708289 193 +  46489110 GGCTTTCTTCAGAGGAGGCTGTCAGCATCCTCGAGTTCCAGGCGCTCTAGCCCCAGTCCTGCTTCAAGAGGT-TTTTTCCCACCACAGGCTTCTCCTCAGTGGCCAGAAAGCTGGGCCAACTCCCATGAACTTTG------------GGCTGTCACTGACATTTGTGGCGCCAAGACTTGCGCACGCGGATTGCACACATCGGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162097193   4 - 196418989 I

a score=8651.000000
s hg19.chr21     14981974 151 +  48129895 CTTCCTGCACCACGTGCAATGacgcgcgcacgcctcacgcgcacgccgcataacgtctgaggcgcgcacgcctcacgcgcgccccgcacgcgcgcccgcctcacgcgcgccccgcacgcacATGACGGCTTGGCTTACCTGTAATGGGTGC
s panTro2.chr21  13708482 112 +  46489110 CTTCCTGCACCACGTGCAATGACACGCGCACGCCTCACGCGCACGCCGCATAACGTCTGAGGC---------------------------------------ACGCGCGCCCCGCACGCGCATAACGGCTTGGCTTACCTGTAACGGGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162097193   4 - 196418989 I
e ponAbe2.chr2b   3913915 749 + 135000294 I

a score=54289.000000
s hg19.chr21     14982125 249 +  48129895 GCTTCGCTTTGCGTTCCTCGCTTGGCCTTGCGTTCCTAGCTTGGCTTGGC-GTTAGTCGCTTTGCCTGGTGTTTCTTGCTTGGATTGGCGTTTTCTCCCTCGCATTCCTTTGCTGGGCCTGAATTTTTCTCTGCTGGGTTTGGCATTCCCTTGACTGGGCTGGGTGTTTCCTTCGGAGG-GGGGGCTTGGCCTTTCCTGGGGTGGGCCTGGGGTCCCCCTGGTGGGCGTGGGCTTTCCCCGGGTGGGTGTG
s panTro2.chr21  13708594 250 +  46489110 gcttcgctttgcgttcctcgcttggccttgcgttcctagcttggcttggctgttagtcgctttgcctggtgtttcttgcttggattggcgtttcctccctcgcattcctttgctgggcttgaccttttctctgctgggtttggcattcccttgACTGGGCTGGGTGTTTCCTTGGGAGG-GGGGGCTTGACCTTTCCTGGGGTGGGCGTGGGGTCCCCCTGGTGGGCGTGGGCTTTCCCCGGGTGGGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162097197 230 - 196418989 gcttggctttgccttcctagcttggcttggcgttggtagattggcttggc-cttagtcgctttgcctggagtttcttgcttggattggcatttcctcccttgcattcctttgctgggcttgatgttttctttgctgggtttggcattcccttgactgggctgggTGTTTCCTTGGGGGTCGGGGGCTTGGTCTTTTCTGAGGTGGGCATAGGGTC--------------------TCTCTGGGTGGGTGTG
i rheMac2.chr3  I 4 C 0
e ponAbe2.chr2b   3913915 749 + 135000294 I

a score=71138.000000
s hg19.chr21     14982374 160 +  48129895 GGTTTTCCCTGGGTGGGGTG-GGCTGGGCTCCCT-TGCTGGGGTTGGCA-AGTTTTGGCTGGGATTGACCTTTCTCTTCAAACAGATTGGAAACCCAAGGTTTCCTGCTAGTTGGTGAAACTGGTTGGTAGACGCGATCTGTTCGCTACTACCGGCCTCCCCT
s rheMac2.chr3  162097427 160 - 196418989 GGTTTTCCCTGGGTGGGGTG-GACTGGGCTCCCC-AGCTGAGGTTGGCA-GGTTTTGATTGGGATTGACCTTTCTCTTAGAGCAGATTGGAAACCCAGAGTTTCCTGCTAGTTGTTGAAAATGGTTGGTAGACGTGATCTGCTCGCTGCTACCAGCCTCCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3914664 153 + 135000294 GGTTTTCCCTAGGTGAGGTGAGATTGGGCTCCCCATGCTGGGGTTGGCAGGGTTTTGGCTGGGGATGACTTTTCTCTTCAAACAGATTGGAAA----------CCTGCTAGTTGGTGAAACTGGTTGGTAGACGCGATCTGCTGGCTACTACCGGCTTCCCCT
i ponAbe2.chr2b I 749 C 0
s panTro2.chr21  13708844 160 +  46489110 GGTTTTCCCTGGGTGGGGTG-GGCTGGGCTCCCT-TGCTGGGGTTAGCA-AGTTTTGGCTGGGATTGACCTTTCTCTTCAAACAGATTGGAAACCCAGGGTTTCCTGCTAGTTGGTGAAACTGGTTGGTAGACGCGATCTGTTCGCTACTACCGGCCTCCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=50591.000000
s hg19.chr21     14982534 94 +  48129895 GGCTGTTAAAAGCAGATGGTGGCTGAGGTTTGTTCAATGCCCACTGCCTCTACTGTGAAGAAGCCATTTGATCTCAGGAGCAAGATGGGCAAGT
s panTro2.chr21  13709004 94 +  46489110 GGCTGTTAAAAGCAGATGGTGGCTGAGGTTTGTTCAATGCCCGCTGCCTCTGCTGTGAAGAAGCCATTTGATCTCAGGAGCAAGATGGGCAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3914817 94 + 135000294 GGCTGTTAAAAGCAGATGGTGGCTGAGGTTGGTTCAATGCCAGCTGCCTCCTTTGTGAAGAAGCCACTTGGTCTCCGAAGCAAGATGGGCAAGT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162097587 72 - 196418989 GGCTGTTAAAAGCAGATGGTGGCGGAGGTTTGTTCAATGCCTGCTGCCTCCTCTATGAAGAAGCCATTTGGT----------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=52076.000000
s hg19.chr21     14982628 200 +  48129895 GGTGCCACCACCGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAACATGGGCACTTCTGGAGACCACGACGACTCCTTTATGAAGATGCTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGTTGCCGCCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCACGAGCAACGTGGGCACTTCTGGAGACCATGAAAACTCCTTTATGAAGATG
s panTro2.chr21  13709098 200 +  46489110 GGTGCCACCACCGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAACATGGGCACTTCTGGAGACCACGACGACTCCTTTATGAAGACGCTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGTTGCCACCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCACGAGCAATGTGGGCACTTCTGGAGGCCATGACAACTCCTTTATGAAGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3914911 200 + 135000294 GGTGCCGCCACTCCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAACGTGGGCACTTCTGGAGACCACGACGACTCCTCTATGAAGACACTCAGAAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCCGCCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGAAGCGGCAAGAGCAACGTGGGCACTTCTGGAGACCACGACGACTCCTCTATGAAGACA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162097659   0 - 196418989 C

a score=41151.000000
s hg19.chr21     14982828 70 +  48129895 CTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCTGTCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAACG
s panTro2.chr21  13709298 70 +  46489110 CTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCTGTCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3915111 70 + 135000294 CTCAGAAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCTGCCACTGCCTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAACG
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162097659 70 - 196418989 CTCAGGAACAAGATGGGCAAGTGGTGCTGCCACTGCTTCCCCTGCTACAGCGGGAGCGGCAAGAGCGACG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=9507.000000
s hg19.chr21     14982898 26 +  48129895 TGGGCGCTTGGGGAGACTACGACCAC
s rheMac2.chr3  162097729 26 - 196418989 TGGGCACTTGGGAAGACTACCATTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3915181 26 + 135000294 TGGGCGCTTGGGGAGACTACGACGAC
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13709368 26 +  46489110 TGGGCACTTGGGGAGACTACGACGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61065.000000
s hg19.chr21     14982924 239 +  48129895 AGCGCCTTCATGGAGCCGAGGTACCACATCCGTCGAGAAGATCTGGACAAGCTCCACAGAGCTGCCTGGTGGGGTAAAGTCCCCAGAAAGGATCTCATCGTCATGCTCAGGGACACTGACATGAACAAGAGGGACAAGGAAAAGAGGTAACCGGGCCTGGGATGGGAGGAGG-CAGGACATGGGGGGATGATGGGGACATACCCTCCTGGCGCAGGGAGGGAGGAGCCAGGCTTTCTCTT
s panTro2.chr21  13709394 239 +  46489110 AGCGCCTTCATAGAGCCAAGGTACCACGTCCGTCGAGAAGATCTGGACAAGCTCCACAGAGCTGCCTGGTGGGGTAAAGTCCCCAGAAAGGATCTCATCGTCATGCTCAGGGACACTGACATGAACAAGAGGGACAAGCAAAACAGGTAACCGGGCCTGGGATGGGAGGAGG-CGGGACATGGGGGGATGATGGGGACATACCCTCCTGGCACAGGGAGGGAGGAGCCAGGCTTTCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3915207 238 + 135000294 AGCGCCTTCATGGAGCCCAGGTACAACGTCCGTCGAGAAGATGTGAACAAGCTCCACAGAGCTGCCTGGTGGGGTAAAGTCCCCAGAAAGGATCTCGTCGTCATGCTCAGGGACACTGACGTGAACAAGAAGGACAAGCAAAAGAGGTAACCAGGCCTGGGCTGGGAGGAGG-TGGGACGTGGGGGGATGATGGGGACATACTCTCCTGGTGGGGGAGGAGGGGCACCTGGCTTTCTC-A
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162097755 209 - 196418989 AGCACCTTCATGGAGCCCAGGTACAACATCCGTCAAGAAGATCTGGACAAGCTACACAGAGCTGCCTGATGGGGTAAAGTCCCCAGAAAGGAT---ATCATCATGCTCAAGGGCAGTGACGTGAACAAGAGGGACAAGCAAAAGAGGTAACTGGGCCTGGGCTGGGAGAAGGCCAGGATGTGAAGGGATGATGGAGACATACCCTCCTGGTG----------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 26

a score=47381.000000
s hg19.chr21     14983163 158 +  48129895 CCTCCGCAGGCCCCACACCACCCTGGGTGTGGAAACCTCAGAGAGGTCAGGGCCCAGGTCCCTTTATAAACAGCGACACAA----AAAGTTTTAGCTGATTTCCAATCCAATTACAATTTCCCTTATAGAACACTAATAGACTGTTTTAAAGTGATTTAACT
s rheMac2.chr3  162097990 161 - 196418989 CCTCCACAGACCTCACACTTCCCTGGGTGTGGAAACCTCAGAGAGGACAGGGCACAGG-CCCTTTATGAACAGCAACACAAAAACAAAACTTTAGCTGATTTCCAATCCAATTATAATTTCTCTTATAGAACACTAATAGACTGTTTTAAAGTGATTTAACT
i rheMac2.chr3  I 26 C 0
s ponAbe2.chr2b   3915445 162 + 135000294 CCTCCGCAGGCCTCACACCACCCTGGATGTGGAAACCTCAGAGAGGTCAGGGCACAGGCCCCTTTATGAGCAGCAACACAAAAACAAAACTTTAGCTGATTTCCAATAAAATTATAATTTCCCTTGTAGAACACTAATAGACTGTTTTAAAGTGATTTAACT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13709633 162 +  46489110 CCTCCGCAGGCCCCACACCACCCTGGGCGTGGAAACCTCAGAGAGGTCAGGGCCCAGGTCCCTTTATAAACAGCAACACAAAAACAAAACTTTAGCTGATTTCCAATCCAATTATAATTTCCCTTATAGAACACTAATAGACGGTTTTAAAGTGATTTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=94941.000000
s hg19.chr21     14983321 169 +  48129895 CGCAAAATTAAGTCGATGCAGCAGATTATTTTTAATGTACACATTTTAAAACAATGTTCTGTACACTATAGAAAGGTGTATATTGAGAACT-------AAGTCCCATAATATATCAACTTCTGGGCTAAATATCTTTCAAATAAAATCCAATATGGATTTTATATCGATGTAC-CCC
s panTro2.chr21  13709795 170 +  46489110 CGCAAAATTAAGTCGATGCAGCAGATTATTTTTAATGTACACATTTTAAAACAATGTTCTATACACTATAGAAAGGTGTATATTGAGAACT-------AAGTCCCATAATATATCAACTTCTGGGCTAAATATTTTTCAAATAAAATCCAATATGGATTTTATATCGATGTGTACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3915607 173 + 135000294 CACAAAATT--GTCGATGCAGCAGATTATTTTTAATCTACAGATTTTAAAACAATGTTCTATACATTATAGAAAAGTGTGTATTGAGAACTAAGAATGAAGCCCCATAACACATCAAATTCAGGGCTAAATATTCTTCAAATAAAATCCAGTATGGATTTTATATCAATGTA--CAC
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162098151 168 - 196418989 CACAAAATTAAGTCAATGCAACAGATTATTTTTAATGTACACATTTTAAAACAATGTCCTATACATTATAGAAAGGTGTATATTTAGAACT-------AAGTCCCATAATGTATCAACTTCTGGGCTAAATATTTTTCAAATAAAATCCAACATGGGTTTTATGTTGCTGTA--CCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110858.000000
s hg19.chr21     14983490 99 +  48129895 TATGTAAATACGTTCTTTACTGAGTAACCTTAAAAGGAAACTGAAATGGGAAGTATGGTTCATATCTTTGAATAGGAAGGTTCGTTTTTCTTAAGATGT
s rheMac2.chr3  162098319 99 - 196418989 TACGTAAATACGTTCTTTACTAAGGAACTGTAAAAGGAAACTGAAATGGGAAGTATGGTTCATGTCCTTGAATAGGAAGATTCGTTTTTCTGGACATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3915780 98 + 135000294 TATGTAAATATGTTCTTTACTGAGGAACCTTAGAAGGAAACTGAAATGGGAAG-ATGGTTCCTGTGCTTGAATAGGAAGATTGAATTTTCTTAAGATGT
i ponAbe2.chr2b C 0 I 317
s panTro2.chr21  13709965 99 +  46489110 TATGTAAATACGTTCTTTACTGAGTAATCTTAAAAGGAAACTGAAATGGGAAGTATGGTTCATATCTTTGAATAGGAAGGTTCATTTTTCTTAAGATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=36981.000000
s hg19.chr21     14983589 54 +  48129895 GAGCTTTTTCTGTGTTTATCACTTTTACATAAGCCAAATAAAAATAGCAAAGTC
s panTro2.chr21  13710064 54 +  46489110 GAGCTTTTTCTGTGTTTATCACTTTTACATAAGCCAAATAAAAATAGCAAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3916195 52 + 135000294 GAGCTTTTTC--TGTTTATCACTTTTACCTAAGCCAAATAAAAATAGCAAAGTT
i ponAbe2.chr2b I 317 C 0
s rheMac2.chr3  162098418 54 - 196418989 GAGCTTTTTCTGTGTTTATCACTTTTATGTAAGCCAAATAAAAATAGCAAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-2542.000000
s hg19.chr21     14983643 70 +  48129895 TTAGTGTCTTTAAATTGCACATGATGTATTTTATCATTGTGATAAATTGATTTTTTTTaacagaatggaa
s panTro2.chr21  13710118 67 +  46489110 TTAGTGTCTTTAAATTGCAC---ATGTATTTTATCATTGTGATAAATTGATTTTTTGTaacagaatggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3916247 70 + 135000294 TTAGCGTTTTTAAATTACACATGCTGTCTTTTATTATTGTGATAAATTAATTTTTTGTAACAGAATGGAA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162098472 70 - 196418989 TTAGCGTTTTTAAATTGCACATGCTGCATTTTATTATTGTGATAAATTAATTTTGTGCAACAGAATGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=412219.000000
s hg19.chr21     14983713 319 +  48129895 aaagacttgcttttccagatatcaaaatgtgcatgt--gttatttccacaaattgtttactaacagctgaaaagatataaatgaacagaacagaataggaaatccagaaatacccaaatatatgtaagaatttagcacttgataatggtgatgtttcatattggtaaaacaaggtgaattattcataaatta-----aatgcatgctgcttggagaaaactacctagatttttatgtcacaaaaataagttcctggagtatagattaaaaattttaaagatacaaaaggagaaaagtaccagaagaaaacacaaatgcctatttat
s panTro2.chr21  13710185 319 +  46489110 aaagacttgcttttccagatatcaaaatgtgcgtgt--gttatttccacaaattgtttactaacagctgaaaagacataaatgaacagaacagaataggaaatccagaaatacccaaatatatgtaagaatttagcacttgataatggtgatgtttcatattggtgaaacaaagtgaattattcataaatta-----aatgcatgctgtttggagaaaactacctagatttttatgtcacaaaaataagttcctggagtatagattaaaaatttaaaagatacaaaaggagaaaagtaccagaagaaaacacaaatgcctatttat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3916317 305 + 135000294 AAAGGCTTGCTTTTCCAGATATCAAAATGTGCGTGTTATTTATTTCCACAAATTGTTTACTAACAGCTGAAAAGACATCAATGAATGGAACACAATAGGAAATTTAGAAATACCCAGATATATGTAAGAATTTAGCACTTGATAATGGTGATGTTTTTTATTATTTAAAAAAGATGGATTGTTCATAATTCA--------------TGTTTGGAGAAAACTAGCTAGATTTTTATGTCACAAAAATA-------GGAGTATAGATTAAAAAATTTAAATATACAAGAAGAGAAACATACCAGAAGAAAACACAAATTCCtattttt
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162098542 323 - 196418989 AAAGACTTGCTTTTTCAGACGTCAAAATGTGCATGT--GCTATTTCTACAAATTGTTCACTAACAGCTGAAAAGACATCAATAAATAGAACAGAATAGGAAATCCAGAAGTACCCAAATACATGTAAGAATTTATCACTTGATAGTGGTGATGGTTCATATTGTT-AAACAAGATGAATTATTCATCAATGCTGAATAATTCATGCTGTTTGAAGAAAACCAGCTAGATTTTTATGTCCCAAAAATAAGTTCCTGGAGTATTGATTAAAAATTTTAAATATACGAAAGGAGAAAAGTACCAGAAGAAAACACAAATGCCTATTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-21800.000000
s hg19.chr21     14984032 45 +  48129895 atgTGAAAA--------TAtttatttatttttctgagacagactctcactcca
s panTro2.chr21  13710504 45 +  46489110 atgTGCAAG--------TAtttatttatttttctgagacagactctcactcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3916622 24 + 135000294 ttatatata--------tatatacttattttt---------------------
i ponAbe2.chr2b C 0 I 8
s rheMac2.chr3  162098865 53 - 196418989 ATATGCAAAtatttatttatttatttatttttctgagacagagtctcactctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111049.000000
s hg19.chr21     14984077 247 +  48129895 tagcccaggctggagtgcagtggtgcaatatcagctcactacaacctctggttcct-ggttcaagtaattctctgcctcagcctaccaagtagctgggattacaggcacccaccaccatgcctggctaatt-ttttgtgttcttaatcaagacgggatttcaccatctttgccaggctggtcttgaactcctgtccttgtgatccacccacctcagcctcccaaagtgctgagattacagtcatgagcc
s rheMac2.chr3  162098918 248 - 196418989 ttgtccaggctggagtgcactggcacaatgtcggcccactacaacttctgcctcttaggttcaagcagttctctacctcagcctacagagtagctgggattacaggcgcccacgaccacacctggctaatt-ttttgtatttttaatagagacagcatttcaccatcttggccaggctggtcttgaattcctgtccttgtgatccacccaccttggcctcccaaagtgctgagattagaggcctgagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3916654 249 + 135000294 ttgcccaggctggagtgcagtggtgtgatctcgcctcactgcaacctctgcctcctaggttcaaaaaattctctgtttcagcctactgagtagctgggattacaggcgccagccactacgcctggctaattgctttgtatttttagtagagatggggtttcaccatcttggccaggcaggtctcgaactcctgtcctcgtgatccacccaccttggcctcccaaagtgctggggttacaggcgtgagcc
i ponAbe2.chr2b I 8 C 0
s panTro2.chr21  13710549 247 +  46489110 tagcccaggctggagtgcagtggtgcaatatcagctcactacaacctctggttcct-ggttcaagtaattctctgcctcagcctaccaagtagctgggattacaggcacccaccaccatgcctggctaatt-ttttgtgttcttaatcaagacgggatttcaccatctttgccaggctggtcttgaactcctgtccttgtgatccacccacctcagcctcccaaagtgctgagattacagtcatgagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=10790.000000
s hg19.chr21     14984324 31 +  48129895 actgaaaccggcATATATATGCAGATATAAT
s panTro2.chr21  13710796 31 +  46489110 actgaaaccggcATATATATGCAGATATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3916903 31 + 135000294 accgtgcctggccTATATTTGCAGATATAAT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162099166 31 - 196418989 actgaacccagccTAAATATGCAAATATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=45874.000000
s hg19.chr21     14984355 55 +  48129895 AAAATAAGCTCAATTTAAAATTGGGCAAGGTAC-TTTTTTGCATGTCTACCAGTGA
s rheMac2.chr3  162099197 55 - 196418989 AAAATAAGCTCAATTTAAACTTGGGCAAGGTAC-TTTTTTGCATATGTACCAGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3916934 56 + 135000294 AAAATAAGCTCATTTTAAAATTGGGCAAAGTACTTTTTTTGCATGTCTACCAGTGA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13710827 55 +  46489110 AAAATAAGCTCAATTTAAAATTGGGCAAGGTAC-TTTTTTGCATGTCTACCAGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=38474.000000
s hg19.chr21     14984410 57 +  48129895 CCTGTGCACATAGGAAAAC--AGCATTCCTGCTAAGAGAAGGAATTTAAGTTAGAAGAG
s rheMac2.chr3  162099252 59 - 196418989 CCTGTGCACATAGGAAAACGTAGTGTTCCTGGTAAGAGAAGAAATTTAAGTTAGAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3916990 59 + 135000294 CCTATGCACATAGGAAAAGATAGCGTTCCTGGTAGAAGAAAGAATTTAAGTTAGAAGAG
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13710882 59 +  46489110 CCTGTGCACATAGGAAAACATAGCATTCCTGCTAAGAGAAGGAATTGAAGTTAGAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=29630.000000
s hg19.chr21     14984467 43 +  48129895 GAATGAAAGACTATTTTCTGTTTAAGTTAGAAGAGGAATGAAA
s panTro2.chr21  13710941 43 +  46489110 GAATGAAAGACTATTTTCTGTTTAAGTTAGAAGAGGAATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3917049 43 + 135000294 GAATGAAATACTGTTTTCTATTTAAGTTAGAAGAGGAATGAAA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162099311 43 - 196418989 GAATGAAATACTGTTTTCTATTTAAGTTAGAAGAGAAATGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132104.000000
s hg19.chr21     14984510 317 +  48129895 ggccagccatggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaagtggatcacgaggtcaggagtttgatactagcctggccagcatggtgaaa-cccgtttctactaaaaatacaaagaattagctgggcatggtggcatgcacctgtaatcctagctactcaggaggctgaggcaggagaattgcttgaaccagggagacggaggttgcagtgagctgagattgcaccactacactccag-ctgggtgatggagtgagactccatctcaaaaaaataaataaataaaaataaataaataaataTAA
s panTro2.chr21  13710984 318 +  46489110 ggccagccatggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggtggatcacgaggtcaggagtttgatactagcctggccagcatggtgaaa-cccgtttctactaaaaatacaaagaattagctgggcatggtggcatgcacctgtaatcctagctactcaggaggctgaggcaggagaattgcttgaaccagggagacggaggttgcagtgagctgagattgcaccactacactccagcctgggtgatggagtgaaactccatctcaaaaaaataaataaataaaaataaataaataaataTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3917092 298 + 135000294 ggccgggtgcagtggcttatgcctgttatcccagcacttgaggaggctgaggcaggtggatcatgaagtcaggggtttgagaccagcctggccagtgtggtgaaatcccatctctactgaaaatacaaaaaagtagctgggcatggtggcatgcacctgtaatcctagctactcaggaggctgaagcaagagaattgcttgaaccagggaggtggaggttgcagtgagccgagatcgcgccactacattccagccttggtgatagagtgagactccatctcaacaaaaaaaaaaaa---------------------aa
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162099354 307 - 196418989 ggctggctgtggtggcttacatctgtaatgccagcattttgggaggccaaggcaggtggatcacaagatcaggagtttgagactagcctggccatcatgatgaaaacatgtctctactaaaaatacaaagaattagccaggcatggtggcatgcacctgtaatctccgctactcaggaggccaagggtggagaattgcttaaaccagggaggcagaggttgcagtgagccaagattgagccaatgcattccagcctgggtgatagagtcagattccatctcaaaaaaataaaacaa---------ataagtaaa---aa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310942.000000
s hg19.chr21     14984827 415 +  48129895 AGGAATGAAATACTGTTTTCTGTCCACAAAGTTTGTGAGGGTGAAGAACAGTGGTACTTATATACTTGCTGAAAGTTTAAGTTGCTGCGACTTTTCAAATAGACACTTTGATGGTAAGAACCATATTTTTAAAATGTGTATGCCTTTTACCCATCTATTCCATTATACTGAAATATCTATATGAAACAGACACAGCTGTTTTTCTTAGTATTGCTTAAAATAGCCATGT-ATTGAGAAGAACTCATATAAAGATGTTAtaaacaaatttcagtgcatccataggatggaataatatgtaaccattGAGGGTGTCAGTAGATACAGAGATATGTCGGCATGCAAAGATGTACTTTGCTATATCAAGTGAG--AAAAAATCAGTTTGTTATACATATACACAAACAGAATCTGCTCTTGT
s rheMac2.chr3  162099661 417 - 196418989 CGGAGTGAAATATTGTTTTCTATCCACAAAgtttgtgagggtaaagaacagtggtacttacactgttgttgaaagtttaagttgctgcaacttttcaaatagacaatttggtggtaagaatcatattttaaaaatatgtgtgccttttacccatcaattccCATATACTGAAATATCTGTATGAAACGGACACATCCGTTTTTCTTAGTATTGCTTAAAATAGCAGTGT-ATTGAGAAGAACTCATATAAAGATTTTATGAACAAATTTCAGTGCATGAATAAGATGGAATAATGTGTAACCATTGAGGGTGTCAGTAGACACAGAGATATGTTGGCATGCAAAAATGTAGTTTGCTATATCAAGTGAGAAAAAAAATCATTTTGTTACACATATACACAAACAGAGTCTGCCCTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3917390 414 + 135000294 aGGAATGAAATACTGTTTTCTATCCACAAAGTTTGTGAGGATGAAGAACAGTGGTACTTATATAGTTGTTTAAAGTTTAAGTTGCTGCAGCTTTTCAAACAGACACTTTAGTGGTAAGAACCACATTTTAAAACTGTG-ATGCTTTTTACTCATCAATTCCATGATACTGAAATATCTTTACCAAGTAGATGT--CTGTTTTTCTTAGTATTGCTTAAAATAGCAGTGTAATTTAGAAGAGCCCATATAAAGATTTCATGAAGAAATTTCAGTGCATCCGTAGGATGGAATAATATGTAACTATTGAGGGTGTCAGTAGATACAGAGATATGTCGACATGCAAAGATGTACTTTGCTATATCAAGTGAG-AAAAAAATCAGTTTGTTACACATATACATGAACAGAATCTGCTCTTGT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13711302 415 +  46489110 AGGAATGAAATACTGTTTTCTGTCCACAAAGTTTGTGAGGGTGAAGAACAGTGGTACTTACATACTTGCTGAAAGTTTAAGTTGCTGCGACTTTTCAAATAGACACTTTGATGGTAAGAACCACATTTTTAAAATGTGTATGCCTTTTACCCATCTATTCCATTATACTGAAATATCTATATGAAACAGACACAGCTGTTTTTCTTAGTATTGCTTAAAATAGCCATGT-ATTGAGAAGAACTCATATAAAGATTTTATGAACAAATTTCAGTGCATCCATAGGATGGAATAATATGTAACCATTGAGGGTGTCAGTAGATACAGAGATATGTCGGCATGCAGAGATGTACTTTGCTATATCGAGTGAG--AAAAAATCAGTTTGTTATACATATACACAAACAGAATCTGCTCTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=37410.000000
s hg19.chr21     14985242 54 +  48129895 GTTAGCTGGAAATATGTGGAAAATATAATCAAACTTATTTCTGGGGATTTGTAA
s rheMac2.chr3  162100078 54 - 196418989 GTTAGCTGAGAATATGTAGAAAATATAATCAAACTTATTTCTGGGGATTTGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3917804 54 + 135000294 GTTAGCTGAAAATATGTAGAAAATATAATCAAACTTGTTTCTGGGGATTTGTAA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=76784.000000
s hg19.chr21     14985296 85 +  48129895 GTGAAGTTTTTCCCTTTCTCTTATCTGTGATTTCTGCAATGAACATCTGAAAAGTTTTAGTTAAGTTTCATTAGTAATGAAAT-AA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  13714163 225 +  46489110 ATTTTGAATTCCTAGGACTTATAATTTGTTTTTGGTCTAATACTGACAGGCCGTACAATGCCAGGAAGATGAATGTGTGTTAATGTTGCTGGAACATGGCGCTGATCAAAATATTCCAGATGAGTATGGAAATACCGCTCTACACTATGCTGTCTACAATGAAGATAAATTAATGGCCAAAGCACTGCTCTTATATGGTGCTGATATTGAATCAAAAAACAAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=52975.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13714725 75 +  46489110 ACATTAAAACTCCAAGAAAACTTAAACATGTTTCAGTGAATAGTAATCCTGCTACTTTGGCAAATTCCTAAA-AAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  13714944 35 +  46489110 CCATGAAGAGGTT-----------TTTGTGTGGGTGTGTGTGTGT-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     14988661 32 +  48129895 AATGTATTGGG--AACCCTTGAGTAGAAGGAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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a score=303040.000000
s hg19.chr21     14988693 209 +  48129895 ACAAGTAATTAACCAACTTAGTATCCTATTCTGGTAGAAATGGCCAATTAGAGTCTCAACTCTGCTTTCAATTCTAGAATGTCTTGATGGGAAGGTGGGAGATAAGGGGCTTATAAGTAAAAAGATCAGGTTGGATTTTGAGTTTACTAGACCTTGTTCTACTCTTACCGGGGAAAATTTTGTGGTGTTTTCAGCAAATGAATCTCTCT
s rheMac2.chr3  162103528 209 - 196418989 AAAGGTAATTAACCGATTTATTATCCTATTCTGGTAGGAATGGCCAATTAGAGTCTCAACTCTGCTTTCAACTTTAGAATGTCTTGATGGGAAGGTGGGAGATAAGGGGTTTATAAGTAAAAAGATCAGGTTGGATTTTGAGTTTACTAGACCTTGTACTACTCTTACTGGGGAAAATTACGTGGTGTTGTCAGCAAATGAGTCCCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3921258 201 + 135000294 TCAAGTAATTAACTGACTTAGTATCCTATTCTGGTAGAAATGGCCAATTAGAGTCTCAGCTCTGCTTTCGAATCTAGAGTGTCTGGATGGGAAGGTGGAAGATAA-------ATAAGTAACAAGATCAAGTT-GATTTTGAGTTGACTAGACCCTGTTCTTCTCTTACCAGGGAAAATCATGTGGTGTTTTCAGCAAATGTGTCTCTCT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13715180 209 +  46489110 ACAAGTAATTAACCAACTTAGTATCCTATTCTGGTAGAAATGGCCAATTAGAGTCTCAACTCTGCTTTCAATTCTAGAATGTCTTGATGGGAAGGTGGGAGATAAGGGGCTTATAAGTAAAAAGATCAGGTTGGATTTTGAGTTTACTAGACCTTGTTCTACTCTTACCGGGGAAAATTTTGTGGTGTTTTCAGCAAATGAGTCTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=296447.000000
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s rheMac2.chr3  162103737 234 - 196418989 CCTACTATTTCCTCTTTTTGGCCAAACCTTCGAATGATAAAGGGAATCAGTTATGTGGATGAGAGATGAGACTGAAGT-ATTGTCTATTGCACTAGCTTCCAGCTACAGTTGTGCATTCCAGTTACCTCAGGAAAGTTTTTAAATAATCTGCAAGCCTAGGTTTTCCCCTGAAGAATTCGATAGAGTAAGCCTAATAAAGCCTGGATATGTATGTTTAAAAATGTTTCCTTGAAg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13715389 235 +  46489110 TCTACTCTTTCCTCTTTTTGGCCAAGTCCTCAAATGATAAAGGGAATTGTTTATGTGGATGAGAGATGAGACTGAAATAATTGTCTATTGcactagcttccagctagagttgtgcattccagttacctcaggaaaaattttaaataatcttcaagtctaggttttcccctgaagattttgatagagtaagtctaataaagcctggatatgtatgtttaaaaatgtttccTTGAAg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     14989137 90 +  48129895 ccaggcatggtggtgcatggctgtagtcccagctgctagggaggctgaggtgggaggattgcttgagcttaggagttctagtctagcctg
s rheMac2.chr3  162103971 90 - 196418989 ccaggcatggtagtgcatgactgcagtgccagctgctaggaaggctgaggtgggaggattgcttgagctcaggagttcgagtctagcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13715624 90 +  46489110 ccagtcatggtggtgcatggctgtagtcccagctgctagggaggctgaggtgggaggattgcttgagcttaggagttctagtctagcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8461.000000
s hg19.chr21     14989227 43 +  48129895 gtcaacataatgagaccctgtctct---------------------aacaacaacaacaacaaa
s panTro2.chr21  13715714 46 +  46489110 gtcaacataatgagaccctgtctctaa------------------caacaacaacaacaacaaA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3921783 58 + 135000294 gtcaacataatgagaccgtgtctctaac------gacaacaacagcaacaataacaacaacaaT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162104061 64 - 196418989 gtcatcacaatgagacccggtctctcacaataaaaacaacaacaacaacaaaaacaaaaacaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14989270 33 +  48129895 TTTCTCAAAATCCGGATACACTCCTGCTT---AACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=116102.000000
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13715793 73 +  46489110 ACTGAATACATAAGTGTAATATGTAAATTCTTATATGTCAGAAACTTCAGGTATTTCTAGAAGAGTTGGAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  13715989 181 +  46489110 gatcaccacagccttgacgtccctaagctctggtggtcctccaatct---gtttttgtat------------tttttttttttagtagagatgaggtttttgccatgtttctcaggctgatcttgaactcctgggctcaagtgaatcacccacctcaggctcccaaaatgctaagattacaggtgtgagccaccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162104922 216 - 196418989 AAAATCAGGATGGCAGGTTTAAACACTAAAAACCATGGAGTTA--------------------------------------------------------------------------------AAAATTAAATACAAATAGATTTTAAATGAATAAATGTTGGAAAAATTCTTGAAACGCACAGTATGAGTATTAATAGCAATTTTTATTGCACGTTGGAGCTTGAACTTTTGGTAAAATATATGAAGCCAaagaaacattttacatgcaaattcttgctttatacacaacaattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     14990338 59 +  48129895 gatacagcccctgccctcaagaagctttttgtttaaatg--aaaagaaaaaTCATCCAAAA
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 20

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3924216 65 + 135000294 ggtTATTGGCACCATTAACTGAAACTCCTATGATTACTATTCTTACCA-TATTATTAATATT-ACTG
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162106484 64 - 196418989 GCTTGTTGGCATTATTAACTGAAATTCCTATG---ACTTGTCTTACCATTTTTATTAATATTAACTG
i rheMac2.chr3  I 20 C 0

a score=99753.000000
s hg19.chr21     14992071 81 +  48129895 CTTTCAGCATGCAGAGAGCTCTTATTTTTCTTACCCCCTAGCTAATTTTCTATTACAGCATATCAGTTTAGGGAAGCTGTG
s panTro2.chr21  13718198 81 +  46489110 CTTTCAGCATGCAGAGAGCTCTTATTTATCTTAGCCCCTAGCTAATTTTCTATTACAGCATATCAGTCTAGGGAAGCTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3924281 81 + 135000294 CTTTCAGCATGCAGAGAGCTCTTAGTTCTCTTACCCACTAGCTGATTTTGTATTATAGCATATCAGTCTAGGGAAGCTGTG
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162106548 81 - 196418989 CTTTCAGCATGCAGAGAGCCCTTATTTATCTTACCCCCTAGCTGATTTTCTATTACAGCATATCAGCCTAGGGAAGCTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136717.000000
s hg19.chr21     14992152 77 +  48129895 ACAAAATCTTCACTTAAATCTTTGTCCACTTCAGATAAGTGGCCCTAGCATTGTTTCTTGCCCATCAAAGGACTTTA
s panTro2.chr21  13718279 77 +  46489110 ACAAAATCTTCACTTAAATCTTTGTCCACTTCAGATAAGTGGCCCTAGCATTGTTTCTTGCCCATCAAAGGACTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3924362 77 + 135000294 ATGAAATCTTCACTTAAATCTTTGTCCACTTCAGATAAGTGGCCCTAACATTATTTCTTGCCCATCAAAGGACTTTA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162106629 77 - 196418989 ACAAAATCTTCACTTAAATCTTTGTCCACTTCAGACAAGTGGCCCTAGCATTGTTTCTTGCCTATCAAAGGATATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=587221.000000
s hg19.chr21     14992229 421 +  48129895 AATTAGTAGCTTCTGCTATGCAATACCCCACTGAGATAAGAGGTTTCCTTTTTGTCCTTTCCTTTTAACCTTGGTGGTATTTTACAAAGATGAACTCTTGAGCACCCAAGATGCTTCTGTCTTTTAGTGCATGTAAATGTTTGATTCTGCAT-GGACAGGCAAGATGTTAAATTGGTAAAGTATATCAAATTAGCTTTTAAAATAACTTTATTACAGTTCCTAAAGGAGAAATTATCTCTGTAATTTTAGAACTGCCCTCATACTTGCTGTATGTTGTGGATCAGCAAGTATAGTCAATCTTCTACTTGAGCAAAATGTTGATGTATCTTCTCAAGATCTATCTGGACAGACGGCCAGAGAGTATGCTGTTTCTAGTCATCATCATGTGTAAGTGTTTACATGAAAAGGCTAGTTAATGCTA
s rheMac2.chr3  162106706 420 - 196418989 AATTAGTAGCTTCTACTATGCAATACCCCACTGAGATAAGAGGTTTCCTTTTTGTCCCTTCCTTTTAACCTTGGTGGTATTTTACAAGGATGAGCACTGGAGCACCCAAGATGCTTATGTCTTTTAGCACATGTAAATGTTTGATTCTGCATGGGATAAGGAAGATTTTAAATTGGTAAAGCATATCAAATTAGATTTTAAAATAACTTTATTACAGTTCCTAAGAGAGAAACTA--TCTGTCATTTTAGAACCACTCTCATACTTGCTGTACTTTGTGGATCAGCAAGTATAGCCAGCCTTCTACTTGAGCAAAATATCGATGTATCCTCTCAAGATCTATCTGGACAGATGACCAGAGAGCATGCTGTTTCTAGTCATCATAATGTGTAAGTGTTTACATTGAAAGGCTAGTTAATGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3924439 408 + 135000294 AATTAGTAGCTTCTGCTATGCAATACCCCACTGAGATAAGAGGGGTTTTTTTTCT-CTTTCCTTTTAACCTTTGTGGTATTTTACAAAGATGAACACTTGAGCACTGAAGATGCTTATGTCTTTTAGTGCATGTAAATGTTTGATTCTGCAT-GGACAGGCAAGATGTGAAATTGGTAAAGTATATCAAATTAGCTTTTGAAATAACTTCATTACAGTTCC------------TGTCTCTGTCATTTTAGAACTGCCCTCATACTTGCTGTGTGTTGTGGATCAGCAAGTATAGTCAGCCTTCTACTTGAGCAGAATATTGATGTATCTTCTCAAGACCTATCTGGACAGGCGGCCAGAGACTATGCTGTTTCTAGTCATCATAATGTGTAAGTGTTTACATTAAAAGGCTAGTTAATGCTA
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13718356 421 +  46489110 AATTAGTAGCTTCTGCTATGCAATACCCCACTGAGATAAGAGGTTTCCTTTTTGTCCCTTCCTTTTAACCTTGGTGGTATTTTACAAAGATGAACTCTTGAGCACCCAAGATGCTTATGTCTTTTAGCGCATGTAAATGTTTGATTCTGCAT-GGACAGGCAAGATGTTAAATTGGTAAAGTATATCAAATTAGCTTTTAAAATAACTTTATTACAGTTCCTAAAGGAGAAATTATCTCTGTAATTTTAGAACTGCCCTCATACTTGCTGTATGTTGTGGATCAGCAAGTATAGTCAATCTTCTACTTGAGCAAAATGTTGATGTATCTTCTCAAGATCTATCTGGACAGACGGCCAGAGAGTATGCTGTTTCTAGTCATCATCATGTGTAAGTGTTTACATGAAAAGGCTAGTTAATGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=26113.000000
s hg19.chr21     14992650 35 +  48129895 AATTGAGGTTTAAAATAATTATAACAATTGCATCT
s rheMac2.chr3  162107126 34 - 196418989 AATTGAGGTTT-AAATAATTATAACAATTACATCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 6645
s ponAbe2.chr2b   3924847 35 + 135000294 AATTCAGGTTTAAAATAATTATAACAGTTGCATCT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13718777 35 +  46489110 AATTGAGGTTTAAAATAATTATAACAATTGTATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=206392.000000
s hg19.chr21     14992685  225 +  48129895 TACATATCAGGTGAGATGTCATAGTTTGGTTCAGGTAGTTTTAGATTGGCCGTGAGTTAGTCCCCTGCATCAGCCAGAAATCAGACAAAAAGCAAGACAAGTTAGAAGTACCAATGGGTGCAGGATTCTTTACCTCAGGACTTTTAAGACCTTTATCCTTAGAGATCCCAATATTGTTCATTTCATCCAAGTATAACACCTATGCATGGGATAAAAAAGAGTAtc
s ponAbe2.chr2b   3924882  225 + 135000294 TACATATCAGGTGAGATGTCATAGTTTGGTTCAGGTAGTTTTCAAGTGGCAGTGAGTTAGTCCCCTGCGTCAGCCAGAAATCAGACAAAAAGCAAGACAAGTTAGAAGTACCAATGGGTGCAGGATTCTTTATCTCAGGACTTTTAAGACCTTTATCCTTAGAGATCCCAACATTGTTCATTTGATCCAAGTGTAGCACCTATGCATGGGATAAAaaatagtgtc
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13718812  225 +  46489110 TACATATCAGGTGAGATGTCATAGTTTGGTTCAGGTAGTTTTAGAGTGGCAGTGAGTTAGTCCCCTGCATCAGCCAGAAATCAGACAAAAAGCAAGACAAGTTAGAAGTACCAATAGGTGCAGGATTCTTTACCTCAGGACTTTTAAGACCTTTATCCTTAGAGATCCCAATATTGTTCATTTCATCCAAGTATAACACCTATGCATGGGATAAAAAAGAGTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=70914.000000
s hg19.chr21     14992910   67 +  48129895 acatctttgatttttctgattagttatttgggtcttgaaatgtccagtttagcagaaagtcttgtac
s ponAbe2.chr2b   3925107   67 + 135000294 acatctttgatttttctgattagttatttgggtcttgaaatgtccagtttagcagaaagtcttgtac
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13719037   67 +  46489110 ACATCTTTGATTTTTCTGATTAGTTATTTGGGTCTTGAAATGTCCAGTTTAGCAGAAAGCCTTGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=33264.000000
s hg19.chr21     14992977   59 +  48129895 tgtcttctggggactatcttctacatactccttgaatttttcaagaaccaaaggggttc
s panTro2.chr21  13719104   59 +  46489110 TGTCTTCTGGGGACTATCTCCTACATACTCCTTGAATTTTTCAAGAACCAAAGGGGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3925174   59 + 135000294 tgtcttctggggactatgtcctacatactccttgaatttttcaagaaccgaaggggttc
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=110315.000000
s hg19.chr21     14993036  130 +  48129895 actaaatccaaggaagacagtcccttttatcaagtcagaaggaggagaaaaaaaaggacattccaatcattctgttgtttccattgtttctgttgctgcattgttgccactcaaactggttctgctgcct
s panTro2.chr21  13719163  129 +  46489110 ACTAAATCCAAGGAAGTCAGTCCCTTTTATCAAGTCAGAAGGAGGAGAAAAAAA-GGACATTCCAATCATTCTGTTGTTTCCATTGTTTCTGTTGCTGCATTGTTGCCACTCAAACTGGTTCTGCTGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3925233  128 + 135000294 actaaatccaaggaagacagtcccttttatcaagtcagaaggaggagaaaaaaa--gacattgcaatcattctgttgtttccgttgattctgttgctgcattgttgccactcaaactggtcctgcTGCCT
i ponAbe2.chr2b C 0 I 15
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=37320.000000
s hg19.chr21     14993166   37 +  48129895 ggtaattgttgacctttgacaccaagatgcccttact
s panTro2.chr21  13719292   37 +  46489110 GGTAATTGTTGACCTTTGACGCCAAGATGCCCTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I
e ponAbe2.chr2b   3925361   15 + 135000294 I

a score=35975.000000
s hg19.chr21     14993203   58 +  48129895 gattcagatcccTCAAGTCTTCATGGGGATTCATACAGTGACTTTGAAGTTACAACAT
s panTro2.chr21  13719329   58 +  46489110 GATTCAGATCCCTCAAGTCTTCATGGGGATTCATACAGTGACTTTGAAGTTACAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3925376   58 + 135000294 GATTCAGATCCCTCAAGTCTTCATGGCGATTCATACAGTGACTTTGAAGTTACAACGT
i ponAbe2.chr2b I 15 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=387510.000000
s hg19.chr21     14993261  344 +  48129895 TTTTTTTTAGTTCCCTTACCTATGCTTATATGCTCAGCCATTGTTCCCAAAGCACCAGCACCCTGCTCTGGCCGCTGGGCATCCTGACTTTATCCGCACACAAAGTGAGCAAATTGACCCTTCCTCCTGTATTCAGAACCTAATGTGGAACCCACATCTTAGCCAAGAATTAGCTGAGACCTTCATGGTAAGAGATCCTTTGAGGCCGTTGTTGGTCTTTTCTCTAGCAGATATTAGGTGGGCTTGTTCTAAAGGGTCAGAGGGGTTCAAATAATGTGGCAGAAAGAGATCAGTGTTTGTTTCTTCTTCTTTGCTACCAGATCTATACTGTGAGGCACCTTTAT
s panTro2.chr21  13719387  341 +  46489110 TTTTT---AGTTCCCTTACCTATGCTTATATGCTCAGCCATTGTTCCCAAAGCACCAGCACCCTGCTCTGGCCGCTGGGCATCCTGACTTTATCCGCACACAAAGTGAGCAAATTGACCCTTCCTTCTGTATTCAGAACCTAATGTGGAACCCACATCTTAGCCAAGAATTAGCTGAGACCTTCATGGTAAGAGATCCTTTCAGGCCGTTGTTGGTCTTTTCTCTAGCAGGTATTAGGTGGGCTTGTTATAAAGGGTCAGAGGGGTTCAAATAATGTGGCAGAAAGAGATCAGTGTTTGTTTCCTCTTCTTTGCTACCAGATCTACACTGTGAGGCACCTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3925434  338 + 135000294 TTTTT---AGTTCCCATACCTATGCTTATATGCTCAGCCATTGTTCCCAGAGCAGCAGCCCCCTGCTCTGGCTGCTGGGCATCCTGACTTTATCTGCACACAAAGTGAGCAAATTGACCCTT-CTCCCATATTCAGAACCTAATGTGGAACCCACATCTTAGCCGAGAATTAGCTGAGACCTTCATGATAAGAGATCCTTTGAGGCCGTTGTTGGTCTTTTCTCTAGTAGATATTAGGTAGGCTTTTTCTAAAGCATCAGAGGGGTTCAAATGATGTGGCAGAAAGAGATCA--GTTTGTTTCTTCTTCTTTGCTACCAGATCTGTACTGTGAGGCACCTTTAT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=37447.000000
s hg19.chr21     14993605   58 +  48129895 ATCCTGTGTAGAACCTTAGGCAGTAGAAAGTCCCATATGAGCCTTCCCC-AAGCAGTGG
s panTro2.chr21  13719728   58 +  46489110 ATCCTGTGTAGAACCTTAGGCAGTAGAAAGTCCCATATGAGCCTTCCCC-AGGCAGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3925772   59 + 135000294 ATCCTGTATAGAACTTTGGGCAGTAGAAAGTCTCATATGAACCTTCCCCTGAGCAGTGG
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=142205.000000
s hg19.chr21     14993663  180 +  48129895 CTCCCAGCTGTGGTTGGCCCCTTGAGTGATCTGATTTACATGATAATGAAAATCGTCCAAGCTACTTCCATCTCTAGCTCAAGATTTTAAAATATTATCAAATTGTACCTCACAGGAAGCCATTGAAGAGAATTCTCAGAATCTCAAGTAGGTTAAGTAAGTAGTGATGAGTCACGGACA
s panTro2.chr21  13719786  180 +  46489110 CTCCCAACTGTGGTTGGCCCCTTGAGTGATCTGATTTACATGATAATGAAAATCGTCCAAGCTACTTCCATCTCTAGCTCAAGATTTTAAAATATTTTCAAATTGTACCTCACAGGAAGCCATTGAAGAGAATTCTCAGAATCTCAAGTAGGTTAAGTAAGTAGTGATGAGTCATGGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3925831  158 + 135000294 CCCCCAGCTGTGGTTGGTCCCTTGAGTGATCTGATTTACATGATAATGAAAATCGTCCAAGCTACTTCCATCTCTAGCTCAAGATTTTAAAGTATTTTCAAATTCTAGCTCACAGGAAGCCATTGAAGAGAATTCTCAGAATCTCAAGTAGTTTAGTT----------------------
i ponAbe2.chr2b C 0 I 9
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=37307.000000
s hg19.chr21     14993843   56 +  48129895 AGAGCCAAGCCTTGTCCATGACTCGTCACAAATCATGTGTAAAAGTAGGGCTTTgt
s panTro2.chr21  13719966   56 +  46489110 AGAGCCAAGCCTTGTCCATGACTCATCACAAATCATGTGTAAAAGTAGGGCTTTTt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3925998   56 + 135000294 AGAGCCAAGCCTTGTCCATGACTCATCACTAATCATGTGTAAAAGCAGGGCTTTgt
i ponAbe2.chr2b I 9 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=12822.000000
s hg19.chr21     14993899   61 +  48129895 gcctgctttggcggcacatatcctaaaattggaacaatacagagaaagttagcatggcttc
s panTro2.chr21  13720022   61 +  46489110 gcctgctttggcggcacatatcctaaaattggaacaatacagagaaagttagcatggcttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3926054   61 + 135000294 tcttgcttgggtggcacatatcctaaaattggaacaacacggagaaagttagcatggcttc
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=21084.000000
s hg19.chr21     14993960   46 +  48129895 tgcataaggaggcagcacaactctttgaggcattccatattttGTG
s ponAbe2.chr2b   3926115   46 + 135000294 tgcataaggaggcagcacaaatctttgaagcattccatattttGTG
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13720083   46 +  46489110 tgaataaggaggcagcacaactctttgaagcattccatattttGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=71098.000000
s hg19.chr21     14994006  252 +  48129895 CAGTCACTGGAAGATCATTTCACTATCTGCTGACTAGCTCTAAGGAAACAGTGTGAATCAAAGCAAAATGGGTGCCACCAAAATATCGAAA-TGTGATTTGTGCTGCAAAAATAGTCATGGAAGATGGTCTGTGAGATGATTTAGAGCTGAATAATGTGTTCGGTGCAAAATATATTA--AGTATGTATGTCAAAAATTAGAGAATGTCAATTTGCAGCTTCTTCATGAAAACTGAAAAAAAATAAAAGTAGAGT
s panTro2.chr21  13720129  254 +  46489110 CAGTCACTGGAAGATCATTTCACTATTTGCTGACTAGCTCTAAGGAAACAGTGTGAATCAAAGCAAAATAGGTGCCACCAAAATATCGAAA-TGTGATTTGTGCTGCAAAAATAGTCATGGAAGATGGTCTGTGAGGTGATTTAGAGCTGAATAATGTGTTCAGTGCAAAATATATTATAAGTATGTACGTCAAAAATTAGAGAATGTCAATTTGCAGCTTCTTCATGAAAACTGAAAAAAAATAAAAGTAGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3926161  254 + 135000294 CAGTCACTGGAAGGTCATTTGACTATTTGCTGACTAGCTCTAAGGAAACAGTGTGAATCAAAGCAAAATGGGTGCCACCAAAATATTGAAATTGTGATTTGTGCTGCAAAAATAGTCATGTAAGATGGTCTGTGAGATGACTTAGAGCTGAATAACGTGTTCGGTGCAAAATATATTGTTAGTATGTATGTCAAAAATTAGAGAATGTCAGCTTGCAACTTCTTCGTGGAAACT-AAAAAAAATAAAAGTAGACT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=138387.000000
s hg19.chr21     14994258   98 +  48129895 TTTGGTCTCCCATGTCAGCTGGAATTGAACATCAATATAAAGCATTATCCTAACAAACATCTGCTGGCTCAGAGTTTGAGTCTGTAGAGAAGGATCAT
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13720383   98 +  46489110 TTTGGTCTCCCATGTCAGCTGGAATTGAACATCAATATAAAGCATTATCCTAACAAACATCTGCTGGCTCAGAGTTTGAGTCTGTAGAGAAGGATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=72463.000000
s hg19.chr21     14994356   56 +  48129895 TGCTCCAAGCCAGGTCTTAACATCCATTGGTTTTTCTGCCCTTAGCACAACAAATT
s panTro2.chr21  13720481   56 +  46489110 TGCTCCAAGCCAGGTCTTAACATCCATTGGTTTTTCTGCCCTTAGCACAACAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3926513   52 + 135000294 TGGTCCAAACCGGGTCTTAACATCCATTGGTTTTTCTGCCCTTGGTGT----GATT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=58088.000000
s hg19.chr21     14994412   63 +  48129895 GGTCAACTCCGTAATAGTGGACAATCACATTATCTACTTTAATGAGAGATTTATGAAAAAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3926565   63 + 135000294 GATCAACTCCGTAATAGTGGACAATCACATTGTCTACTTTAATGAGATATGTATGAATAAATT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=281447.000000
s hg19.chr21     14994475  225 +  48129895 TAGTTACAAACTATGACACAGTTGAGATGCCCTGAATTATAAGCCATAAGGAGTAGGACAACTAAGAAGCAAAATTAGGACTTAATAACATTTTCTGAAAACTACAGCATTTGCATATTAGAACCTGTGAACAAAATACACATGGGGTTTTATTTGGGATTCCAAGATAATTTTAGTCATAAAGTTTAGGAACAGATTATTCCATTGctttactatttctctgag
s panTro2.chr21  13720600  225 +  46489110 TAGTTACAAACTATGACACAGTTGAGATGCCCTGAATTATAAGCCATAAGGAGTAGGACAACTAAGAAGCAAAATTAGGACTTAATAACATTTTCTGAAAACTACAGCATTTGCATATTAGAACCTATGAACAAAATACACATGGGGTTTTATCTGGGATTCCAAGATAATTTTAGTCATAAAGTTTAGGAACAGATTATTCCATTGCTTCACTATTTCTctgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b   3926628  225 + 135000294 TAGTTACAAACTATGACGTAGTTGAGATGCCCTGAATTATAAGCCATAAGGAGTAGGACAACTAAGAAGCAAAATTAGGACTTAATGACATTTTCTGAAAGCTACAAGATTTGCATATTAGAACCTATGAACAAAATACACATTGGGTTTTATTTGGGATTCCAAGATAATTTTAGTCATAAAGTTTAGGAACAGATTCTTCCATTGCTTTACTATTTCTctcag
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

a score=34072.000000
s hg19.chr21     14994700   38 +  48129895 catttaaaaaatgttaccttgttaaatatttgtaacaa
s panTro2.chr21  13720825   38 +  46489110 catttaaaaaatgttaccttgttaaatctttataacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b I 4204 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 I 5
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 I 316
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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s hg19.chr21     14998648   67 +  48129895 CAAA-CAAATATTAAGTGATTTATTATAATTTCTATGACTTATTATAGAATTGACTTTCCAAGTGTTC
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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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s hg19.chr21     14998715   30 +  48129895 ATGAGAATTATTGAGAATTTGCTACATAGT
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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 I 1
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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b I 13508 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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s hg19.chr21     15008901   93 +  48129895 CAAACAAAATCATTACTAATAAAAATTGCTATCTTTGAAATATAAATAATGACATTTTGATATTTTAAAAGTAAGGATACACCCCCCCC-CCAa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 I 121
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162107160 6645 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162113805 59 - 196418989 ----------TTGTCTATAAAATACAGAGGAATCAAGAATATAAGTGGAAAGTGTTTCCAAAAAATAAA---------------------
i rheMac2.chr3  I 6645 M 1477

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13737295   66 +  46489110 caggggtttccaatccccaggccacagaccagtaccagtccctggcctgttaggacctgggccaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162113864 1477 - 196418989 M

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s hg19.chr21     15011234  458 +  48129895 cagcaagaggttagtggtagg-gagcaagtgaagcttcatctgtttacagccactctctgtcactcacattaccttctgagctcctcctcctgtcagatcagcggtgacatt-agattgtcataggagtgtgacttgaaccctattgcaagctgctcatgcatgggatataggttgttcactccttatgagaatctattg-ctttctgatctgtcaccatctcctgtcacccctagatgagaccatctagttgcaggaaaacaagctgagggctcccactgattctacatgatggcgagttatataattatttcattatatattagtaataatagaaatgaagtgcacaatgtatgtaatgtgcttgaatcatcctggaaccatcccccacctcaggtccatggaaaaattatcttccacaaaactagtccctggtgccaaCATGACTGTGAGAGCAGGTT
s ponAbe2.chr2b   3961859  459 + 135000294 cagcatgaggttagaggcaggtgagcaagtgaagcttcatctgtttacagtcactctctgtcactcgcattaccgcccgagctcctcctcctgtcagatcagcggtggcattaagattgtcct--gagtgtgacctgaaccctgttgtaagttgctcatgcaggggatataggttgttcactccttatgagaatcgaatgcctttatgatctgtcaccatcttccgtcacccctaaatgggaccatctagttgcaggaaaacaagctcagggctcccactgattctacatttttgtgagttatataatcatttcattatatattaataataatagaaataaagtgcacaatgaatgtaatgtacttgaatcgtcctggaaccatcccccatctcaggttcctggaaaaattatcttccacaaaaccagtccctggtgccagcatggttggggacACCTGGT
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162113864 1477 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162113864 1477 - 196418989 M

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s hg19.chr21     15011838   54 +  48129895 TGAACAAAATGATACCCGGAAACAACTTTCTGAAGAACAGAACACTGGAATATC
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e rheMac2.chr3  162113864 1477 - 196418989 M

a score=214101.000000
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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s hg19.chr21     15011997   49 +  48129895 TATATATTTTTAAAAAGCTTTATTTTGGAAGGTATAAAGGATTTTTAAA
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s hg19.chr21     15012046   55 +  48129895 TCACATATATACACACgtgtgtgtgtgtgtatatatatgtgtgtgtgtATATATA
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15012101   44 +  48129895 TacacacacacacacacacacCCTGTATATCCTTGGTCATATAT
s ponAbe2.chr2b   3962693   23 + 135000294 ---------------------tctatatatcctttgtcatatat
i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13738218   42 +  46489110 tatatatatacacacacaC--CCTGTATATCCTTGGTCATGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162113864 1477 - 196418989 M

a score=237141.000000
s hg19.chr21     15012145  225 +  48129895 TTATATATGTACATATAGGATAAAACCATGTTCTTAATTCAACTGCATTTGCCTGCAACAGTCGAGTAGTGACCTTCACAATGGCCTCAATCCAAAGGAAAAGCATTTGATATTTTTCATAAGAATTGATTATCTTTCCAATATCAAAAATAAGTTTTGCTACTAACAACAGATTTGCTAGTTTTGGGACATTAGTTCTTTTTAAAATATTAATAGAGAAGTCAG
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13738260  225 +  46489110 CTATATATGTACATATAGGATAAAGCCATGTTCTTAATTCAACTACATTTGCCTGCAACAGTCGAGTAGTGACCTTAACAATGGCATCAATCCAAAGGAAAAGCATTTGATATTTTTCATAAGAATTGATTATCTTTCCAATATCAAAAATAAGTTTTGCTACTAACAACAGATTTGCTAGTTTGGGGACATTAGTTCTTTTTAAAATATTAATAGAGAAGTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162113864 1477 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162113864 1477 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162115341 83 - 196418989 ---CAAAGAGCTTTGAAAATAATGACATGCCAAGATATACATTTAGTCATAATTTATTGATAAATATTTTGTTCTCAGAGAAATAG
i rheMac2.chr3  M 1477 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
s panTro2.chr21  13738693 114 +  46489110 TTCAGTATGTTTCCCCTATTTCACACTTACTACTATAATGTTTCAAACATTATAAAGAGGAAAAAAAAGTTATTGCAATGGCAAATAATCTCATGATTTCTAAGAAAAGCCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15012692 30 +  48129895 TAAGTTATATCTTATTTACCATTTGTATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  162115677 36 - 196418989 TATACACgtgtgtgtgtgtgtgtgt------------gtgtgtgtgtA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  13738952 46 +  46489110 TATATACgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt--gtgtgtgtgtA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 134
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15013603 60 +  48129895 AGAAGAAATCATGATATGTCATTCTATTGAGTGCTAACTAAAAGTTCCCTTTGTTTACTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr2b C 0 I 1748
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i ponAbe2.chr2b I 1748 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1163320.000000
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s panTro2.chr21 13741915 417 +  46489110 cgtttgtgtagagcagttgtgcggtgctgaggattcacttTTGAGAGAGTTCTCCTCTGAgacctgatctct----gctgggcagtcttgcacatgagatggggctggtctgacctcagcaccccttagtctgcttgcctctcccaggaccccagccaggccacacctgcttagagggcactttcgggtgcccacaccatagcttctgtacaagcggaccgtgcctgatcagtggagagctgcagcaaggtgacctctacagccacgcactagcctgcacattacctctccatactgcagccctttatatggaaacttcctacatcactttgctgtgtgtgtttacacaggtgggttttgttgtacttgccctaacagcatatgggaatgcagcacacaccccaacccacaccaactgcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr2b  3967921 421 + 135000294 tgtttgtgtagagcagctgtgctgtgctgggggttcacttTTGAGAGAGTTCTCCTCTGAgacctgatctctggaggctgggcagtcttgcacttgagatggggccagtctgatctcagcactccttagtctgcttgcctctcccagggccccagcctggccacacctgcttacagggcactctcggatgcccacaccatagcttccatgctagtggaccgtaccatatcagtggagagctgcagcaaggtggcccctacagccacgcatcagcctgcacattgcctctccatacggcagccctttatatggaaacttcctacatcactttgctgtgtgtgtttacacaggtgggttttgctgtacttgccctgacagcacacgggagtgcagcacacacccCAACCCACGTCAACTGCCA
i ponAbe2.chr2b C 0 N 0
s rheMac2.chr10 59017142 413 +  94855758 tgtttgtgtagagcagttgtgctgtgctg-gggttcacttttgagagagttctcc---aagacctgatctct----gctgggcagttttgcacatcaggtggggctggtctgacctcagcaccccttagtcagcttgccactcccaggaccccagccaggccatacctgcttacaggacactcttgggtgcacacactatagcttctgtaccagtggaccgtgcctgattagtggagagctgcaacaaggtggcccctacagccatgaaccagcctgcacatcacctctccatacggcagctctttatatgggaacttctcacatccctttgctgtgtgtgtttacacaggtgggtttttctgtacttgccctgacagcacatgggagtgcagcacacaccccaacccacaccaactgcca
i rheMac2.chr10 n 0 C 0

a score=740948.000000
s hg19.chr21    15016218 3054 + 48129895  
s panTro2.chr21 13742332 3059 + 46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59017555 3062 + 94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 I 791

a score=86096.000000
s hg19.chr21    15019272 962 + 48129895  
s panTro2.chr21 13745391 956 + 46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59020617 791 + 94855758 I

a score=180609.000000
s hg19.chr21    15020234 761 +  48129895  
s ponAbe2.chr14 18618345 759 + 108868599  
i ponAbe2.chr14 N 0 C 0
s panTro2.chr21 13746347 758 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59020617 791 +  94855758 I

a score=107111.000000
s hg19.chr21    15020995 236 +  48129895 aaaacaagcaatggggaaaggattccttattcaataaatggtgttaggaaaactggctagccatatgcagaaaactgaaactgggccacttccttacactttatacaaaaattaacttaagatggattgaagagttaaacttaagacctaaaaccataaaaaacctagaagaaaacctaggccaccaaactcaggaGAAATGTACTTGTAGTGAAATGCATGGTACAAACACACAT
s panTro2.chr21 13747105 236 +  46489110 aaaacaagcaatggggaaaggattccttattcaataaatggtgttaggaaaactggctagccatatgcagaaaactgaaactgggccacttccttacactttatacaaaaattaacttaagatggattgaagagttaaacttaagacctaaaaccataaaaaccctagaagaaaacctaggccaccaaactcaggaGAAATGTACTTGTAGTGAAATGCATGGTACAAAGACACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18619104 233 + 108868599 aaagtaagcactggggaaaggattcgctatttaataaatggtgttaggaaaactggctagccatatgcagaaaaccgaaactgggccacttccttacactttatacaaacattaacttaagaaggataaaagagttaaac-taagacctaaaagcaaaaaaa--ctagaagaaaacataggcCACCAACCTCAGGGGAAATGTACTTGTAGTGAAATGCATGGTACAAACACGCAT
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59021408 232 +  94855758 aaaacaagcaatggggaaaggattccctgttcaataaatggtgttgggaaaactggccagccgtatgcagaaaactgaaactgggccattccctt--acttaatacaaaaattaacttaagatggattaaggagttaatg-caagatctaaaaccataaaaaacctagaagaaaacctaggccaccaaccat-ggagaaaggtacTTTCAGTGAAATGCATGGTACAAACACACAC
i rheMac2.chr10 I 791 C 0

a score=109874.000000
s hg19.chr21    15021231 152 +  48129895 TCCCTGCTTCCTTAAGTGGATGAGGTTGGAGGCTGGTCCACCTGCTCCAGGTGGATCCTTGCAGAGATGGCCGGTTGCTCTTTGAGCCAGCTTGGCCTTGCCTGGCATGCACAAGCCTCAGTGCAACAACTGTGTTACAAATGGAGCCACAC
s panTro2.chr21 13747341 152 +  46489110 TCCCTGCTTCCTTAAGTGGGTGAGGTTGGTGGCTGGTCCACCTGCTCCAGGTGGATCCTTGCAGGGGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGCCAGCTTGGCCTTGCCTGGCATGCACAAGCCTCAGTGCAACAACTGTGCTACAAATGGAGCCACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18619337 152 + 108868599 TCCCTGCTTCCTTGAGTGGGTGAGGTTGGTGGCTGGTCCATCTGCTCCAGGCGGACCCTTACAGAGGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGGCAGCTTGGCCTTGCCTGGCATGCACAAGCTTCAGTGCAACAACTGTCCTATAAATGGAGCCACAT
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59021640 152 +  94855758 TCCCTGCTTCCCTGAGTGGGTCAGGTTGGCGAGTGGTCCACCTGCTCCAGGTGGATCCCTGCAGACATGGCTGGCTTCTCTTTGACCCAGCTTGCCCTTGATTGGCATGCACAAGCCTCAGTGAAACAACTGTGCTTCAAATGGAGCCGCAC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=162066.000000
s hg19.chr21    15021383 375 +  48129895 AGA--AAATGACCAGCAGGCTCAGTAGCAGGGTGTACATTGCCTTTGGGGCTCCAGTCCATGCCTCAGGGCTCATATGGCACTTTGGGCTTCTTGGTTGCCAAGAGGCAGATCACAGGCCATCTTGTGGAGGACTTTATGTTCAAGTGCAGAAAGCAGCCAGGATTACAACCTAGGGGACTCAGGCTTCTGTGACCCTGGCCAGACTTAGAATTTGGTCCCAGGCATGACACGCTCACTCAGAGCAGCGTGTCAGTACCTGGGGCCTGTGCATGCCAGGCAAAGCCAAGCTGGCTAAAAGAGCAACCAGACACCTCTGCAAGGGTGTGCCTAGAGCAGTTGGACCAGCCACCAATCTCACCCCCTCAACGAAGCCAG
s panTro2.chr21 13747493 375 +  46489110 AGA--AAATGACCAGCAGGCTCAGGAGCAGGGTGTACACTGCCTTTGGGGCTCCAGTTCATCCCTCAGGGCTCATATGGCACTTTGGGCTTCTTGGTTGCCAAGAGGCAGATCACAGGCCATCTTGTGGAGGACTTTATGTTCAAGTGCAGAAAGCAGCCAGGATTACAACCTAGGGGACTCAGGCTTCTGTGACCCTGGCCAGACTTAGAATTTGGTCCCAGGCATGACACGCTCACTCAGAGCAGCGTGTCAGTACCTGGGGCCTGTGCATGCCAGGCAAAGCCAAGCTGGCTCAAAGAGCAACCAGACACCTCTGCAAGGGTGTGGCTAGAGCAGTTGGACCAGCCACCAATCTCACCCCCTCAACGAAGCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18619489 374 + 108868599 AGAGGAAATGAGCAGCAGGCTTAGGACCAGGGTGTGCACTGCCTTTGGGGCTCCAGTCCGTGCCTCACGGATGGTATGGCACTGCGAGCTTCTTGGTTACCAAGAGGCAGACCGCAGGCCGTTTTGAGAAGGACTTCATGCTCAAGTGCAGAAAGCAGCCAGGATTATCATCTAGGGTACTTGTCCTTCTGTGGCCCTGGCCAGACTTAGAATTGTGGCCAATGCAGGACAAGCTCACTTGGAGCAGTGTGGCAGTACCTCGGGCCTGTGTGTGCCAGGCAAGGCCAAGCTGGCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCTGCAAGGGTGCGCCTGGACCAGTTGGTCCAGCCACAAACCTCGCTCAGCCGATGAAGT---
i ponAbe2.chr14 C 0 I 703
e rheMac2.chr10 59021792   0 +  94855758 C

a score=37453.000000
s hg19.chr21    15021758 82 +  48129895 GATGGCCAGGTTCCCACAGCCTGAGTGGCTGCCACCTGATGGCTGATGGAGCAGAGGCCTGAGGAAAAGCAGATGGCACTGG
s panTro2.chr21 13747868 82 +  46489110 GATGGCCAGGTTCCCACAGCCTGAGTGGCTGCCACCTGATGGCTGATGGAGCAGAGGCCGGAGGAAAAGCAGATGGCACTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18620566 82 + 108868599 GATGGCCTGGTTCCCACAGCCCGAGTGGCTGCCACGTGATGGCTGATAGAGCAGAGGCCTTAGGAAAAGCAAATGGCCCTGT
i ponAbe2.chr14 I 703 C 0
e rheMac2.chr10 59021792  0 +  94855758 C

a score=301759.000000
s hg19.chr21    15021840 693 +  48129895  
s panTro2.chr21 13747950 693 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18620648 673 + 108868599  
i ponAbe2.chr14 C 0 I 15
e rheMac2.chr10 59021792   0 +  94855758 C

a score=56846.000000
s hg19.chr21    15022533 127 +  48129895 TTGGTGGCTGCTCCACCGGCTCCTGGCACACGCTTGCAGAGGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGCCAGCTTGGCCTTGCCTGGCATACACAAGCCTCATTGCAACATCTGTGCTAGGTATGGAGTCACAG
s ponAbe2.chr14 18621336 127 + 108868599 TTGGTGACTGGTGTACCTGCTCCTGGCACACCGTTGCAGAGGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGCCAGCTTGGCCTTGCCCGGCATGCACAATCTTCAGTGCAACAACTGTGCTACAAATGGAGCCACAT
i ponAbe2.chr14 I 15 C 0
s panTro2.chr21 13748643 127 +  46489110 TTGGTGGCTGCTTCACCGGCTCCTGGCCCACGCTTGCAGAGGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGCCGGCTTGGCCTTGCCTGGCATACACAAGCCTCAGTGCAACATCTGTGCTAGGTATGGAGTCACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59021792   0 +  94855758 C

a score=29768.000000
s hg19.chr21    15022660 40 +  48129895 AGAGGAAATGAGCAGCAGGCTCAGGAGCAGGGTGTGCGCT
s panTro2.chr21 13748770 40 +  46489110 AGAGGAAATGAGCAGCAGGCTCAGGAGCAGGGTGTGCGCT
i panTro2.chr21 C 0 I 1912
s ponAbe2.chr14 18621463 37 + 108868599 A---GAAATGAGCAGCAGGCTCAGGAGCAGGGTGTGCACT
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59021792 40 +  94855758 AGAGAAAAAGAGCAGCAGGCTCAGGAGCATGGTGTGAGCT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=108011.000000
s hg19.chr21    15022700 164 +  48129895 GCCTTTGGGGCTCCAGTCCATGCCTCAGGGCTCGTGTGGCACTGTGGGCTTCTTCGTTGCCAAGATGCAGACCACAGGCCATCTTGAGGAGGACTTTATGTTCAAATGCAGAAAACAGCCAGTATCACCACCCAGGGG-CTCTGCCTTCTGTGGCCCTGGCCAGA
s panTro2.chr21 13750722 164 +  46489110 GCCTTTGGGGCTCCAGTCCATGCCTCAGGGCTCGTGTGGCACTGTGGGCTTCTTCGTTGCCAAGATGCAGACCACAGGCCATCTTGAGGAGGACTTTATGTTCAAATGCAGAAAGCAGCCAGTATTACCACCCAGGGG-CTCTGCCTTCTGTGGCCCTGGCCAGA
i panTro2.chr21 I 1912 C 0
s ponAbe2.chr14 18621500 165 + 108868599 GCGTTTGGGGCTCCAGTCTATGCCTCAGGCATCATATGGCACTGCGGGCTTCTTGTTTGCCAAGAGGCAGACCACAGGCCGTCTTGAGGAGGACTTTATGTTCAAGTGCAGAAAGCAGCCAGGATTGCCCCCTAGGGCACTCGGCATTCTGTGGCCCCGGCCAGA
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59021832 135 +  94855758 GCCTTTGGGGCTCCAGTCCATCCCTCAGGGCTCATATGGCACTACAGGCTTCTTGGTTGTCAAGAGGCAGACCACAGGCCATCTTGAGGATGACTTTAGGTTGAAGTGCAGAAAGCAGCCAGGATTTCCACCCAG------------------------------
i rheMac2.chr10 C 0 M 19788

a score=45383.000000
s hg19.chr21    15022864   200 +  48129895 TTTAGAATTTGGCCCCAGGCAGGGCAACCTCACTCGGAGCAGTGTGTCAGTAGCTGGGGCCTGTGCATGCCAGGCAAGGCCAAGGTGGCTCGAAGAGCAACCAGCCACCTCTGCAAGGGTGCACCTGGAGCAGGTGGAGCAGCCACCAACCTCACCCACTCAAGGAAGTAGGGATGGCCAGGTTCCCACAGCCTGCATGT
s panTro2.chr21 13750886   200 +  46489110 CTTAGAATTTGGCCCCAGGCAGGACAAGCTCACTCAGAGCAGTGTGTCAGTAGCTGGAGCCTGTGCATGCCAGGCAAGGCCAAGCTGGCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCTGCAAGGGTGCACCAGGAGCAGGTGGAGCAGCCACCAACCTCACCCACTCAAGGAAGTAGGGATGGCCAGGTTCCCACAGCCTCCATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18621665   200 + 108868599 CTTAGAATTTGTGTCAAGGCAGGAGAAGCTCACTCGGAGCAGCGTGTTACTACCTGGGGCCTGTGCATGCCAGGCAAGGCCAAGCTGGCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCTGCAAGGGTGCACCTGGACCAGTTGGACCAGCCACCAACCTCACCCACTTTCGGAAGCAGGGACGGCCAGGTTTAAACTGCTTGATTGG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M

a score=18881.000000
s hg19.chr21    15023064    54 +  48129895 CTGCCTCCTGATGGCTGATGGAGCAGAGGCCTGAGGAAAAGCAGATGGCACTGG
s panTro2.chr21 13751086    54 +  46489110 CTGCGTCCTGATGGCTGATGGAGCAGAGGCCTGAGGAAAAGCAGATGGCACCGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18621865    40 + 108868599 CTGCCACCTGATGGCTGATGGATATGAGGCCTGAGGAAAA--------------
i ponAbe2.chr14 C 0 I 1637
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M

a score=108282.000000
s hg19.chr21    15023118   253 +  48129895 GGCTCTACCTCTAGGGTAGAAGAACTGATGTACCCTGACTGGCTGCGAGTGAGGTTGGTGGCTGGTCCACCTGCTCCTGGCACACCCTTGCAGAGGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGCCAGCTTGGCCTTACCCAGCATGCACAAGCCTCAGTACATCAACTGTGCTACAAATGGAGCCACACAGAGAAAACAGAGCAGCAGGCTCAGGAGCAGGGTGTGTGCTGCGTTTGGGGCTCCAGTCAATGCCTTGGGGC
s panTro2.chr21 13751140   253 +  46489110 GGCTCTACCTCTTGGGTAGAAGAAGTGATGTACACCGACCGGCTGTGAATGAGGTTGGTGGCTGGTCCACCTGCTCCTGGCACACCCTTGCAGAGGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGCCAGCTTGGCCTTACCCAGCATGCACAAGCCTCAGTACAACAACTGTGCTACAAATGGAGCCACACAGAGAAAACAGAGCAGCAGGCTCAGGAGCAGGGTGTGTGCTGCATTTGGGGCTCCAGTCAATGCCTCGGGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18623542   251 + 108868599 GGCCCTACCTTTAGGGCAGAAGAACGGATGTACCATGTCCGGCAGTGAGGGTGTTTGGTGGCTGGTCCACCTGCTCCTGGCCCAGCCTTGCAGAGGTGGCTGGTTGTTCTTTGAGCCAGCTTTGCCTTGCTCGTCATACACAA-TTTCAGTGCAACTACTGTGCTGCAAACGGAGCCACAGAGAGGAAA-CGAGCAGCAGGCTCAGGAGCAGGGTGTGCGCTGCCTTCCGGGCTCCAATTCATGCCTCAGGGT
i ponAbe2.chr14 I 1637 C 0
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M

a score=168559.000000
s hg19.chr21    15023371   384 +  48129895 TAGTATGGCTCTGTGGGCTTCTTGGTTGCAAAGAGGCAGACCACACGCCATCTTGAGGAGGACTTTATGTTCAAGTGCAGAAAGCAGCCAGGATTACCACCCAGGGGACTCTGCCTTCTGTGGCCCTGACTGGACTTAGAATTTGGCCTAATACAGGACAAGCTCACTCAGAGCAGCATCTCAGTAGCTGGAGCCTGTGCATGCCAGTCAAGGCCAAGCTGTCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCCGCAAGGGTGTGCCTGGAGAAGATGTAGCAGCCATCAAACTGACCCACACAAGGAAGCACGGATGGCCAGGTTCCAACAGTCTGACTGGCTGCCACCTGGAGACTGATGGAGCAGAGGCCTGAGGAAAAGCAGATGGCA
s panTro2.chr21 13751393   384 +  46489110 TAGTATGGCTCTGTGGGCTTCTTGGTTGCAAAGAGGCAGACCACAGGCCATCTTGAGGAGGACTTTATGTTCAAGTGCAGAAAGCAGCCAGGATTACCACCCAGGGGACTCTGCCTTCTGTGGCCCTGACTGGACTTAGAATTTGGCCTAATGCAGGACAAGCTCACTCAGAGCAGCATGTCAGTAGCTGGAGCCTGTGCATGCCAGTCAAGGCCAAGCTGTCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCCGCAAGGGTGTGCCTGGAGCAGATGTAGCAGCCATCAAACTGACCCACACAAGGAAGCACGGATGGCCAGGTTCCAACAGTCTGAGTGGCTGCCACCTGGAGACTGATGGAGCAGAGGCCTGAGGAAAAGCAGATGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18623793   382 + 108868599 TCCTATGGCACTGCACGATTCTTGGTTGCCAAGAGGCCAACCACAGGCCATCTTGAGAAGGACTTTATGTTCCACTGCAGAAAGCAGCCAGGATTACCATCCAGGGGACTTGGCCTTCTGTGGCCCTGGCCAGCCCTAGAATTTGTGCCAAGGCAGGAGCAGCTCACTCGGAGCAGCGTGTTAGTACCTCAGGCCTGTGCATTGCAGGCAAGGCCAAACTGGCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCTGCAGGGGTGCGCCTGGAGGAGGTGGACCAGCCACCAACCTCACCCAGTCAAGGAAGT--GGATGGCCAGGTTCCCACAGCCCGAGTGGCTGCCACCCGATGGCTGATGGAGCAAAGGCCTTAGGAAAAGCATATGGCC
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M

a score=13654.000000
s hg19.chr21    15023755    65 +  48129895 CTGGGGCCCAACCTCTATGGGAGAAGAACTGATGTGCCCCAACCGGCAGCGAGTGAGTTTAGTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18624175    65 + 108868599 CTGTGGCCCTACCTTTATGGTAGAAGAACTGATGTTCCATGTCCTGCAGCGAGTGAGGTTGGTGG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M

a score=143338.000000
s hg19.chr21    15023820   311 +  48129895 CTGCTCCACCGGCTCCTGGCACACCCTTGCGGAGGTGGCTGGGTACTCTTTGAGCCAGCTTGGCTTCGCTCGGTATGCACAAGCCTCAGTGCAACAACTGTGCTACAAATGGAGCCACAGAGAGGAAATGAGCAGCAGGATCAGGAGCATGGTGTGCACTGCCTTT-GAGGCTCCAGTCCATGTCTCAGGGCTCATATGGCACTGCGGGCTTCTTCATTGCCAAGGGGCAGACCACAGGTCGTCTTGAAGAGGACTTTGTGTTCAAATGCAGAAAGCAGCCAGCATTACCACCCAGGGGACTCTGCCTTCTG
s ponAbe2.chr14 18624240   312 + 108868599 CTGTTCCACCGGCTCCTGGCACACCCTTGCAGAGGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGCCTTCTTAGCCTTGCCCAGCATGCACAAGCCTCAGTGCAACTACTGTGCTACAAATGGAGCCATATAGGGGAAACGAGCAGCAGTCTCAGGAGCAAGGTGTACGCTGCCTTTGGGGGCTCCAGTCCATGCCTCAAGGGTCATATGTCACTGCGGGCTTCTTGGTTGCCAAGAGGCAGACCACAGGCCGTCTTGAGAAGGACTTGATGTTCAAGTGCAGAAAGCAGCCAGGATTACCACCCTCGGGACTCTGCCTTCTT
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13751842   311 +  46489110 CTGCTCCACCGGCTCCTGGCACACCCTTGCGGAGGTGGCTGGTTCCTCTTTGAGCCAGCTTGGCTTCGCTCGGCATGCACAAGCCTCAGTGCAACAACTGTGCTACAAATGGAGCCACAGAGAGGAAATGAGCAGCAGGATCAGGAGCACGGTGTGCACTGCCTTT-GGGGCTCCAGTCCATGCCTCAGGGCACATATGGCACTGTGGGCTTCTTCATTGCCAAGAGGCAGACCACAGGTCGTCTTGAGGAGGACTTTGTGTTCAAATGCAGAAAGCAGCCAGCATTACCACCTAGGGGACTCTGCCTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M

a score=173181.000000
s hg19.chr21    15024131   297 +  48129895 TGGACCTGACCAGACTTAGAATTTGGGCCAAGGCAGGACAAGCTCACTCAGAGGAGCGTGTCAGTAGCTGGGGCCTCTGCATGCCAGGCAAGGCCAAGCCGGCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTTTGCAGGGGTGCACCGGGAGCAGGTGGAGCAGCCACCAACCTCGGCTACTCAAGGAAGCAAGGATAGGCAGGTTCCCACAGCCTGTGTGGCTGCCTCCTGATGGCTGATGGAGCAGAGGCCTCAGGAAGAGCAGATGGCACTGGGGCCCTACCTCTAGGGTAGAAGAACTGAT
s panTro2.chr21 13752153   297 +  46489110 CGGACCTGACCAGACTTAGAATTTGGGCCAAGGCAGGACAAGCTCACTCAGAGGAGCGTGTCAGTAGCTGGGGCCTCTGCATGCTAGGCAAGGCCAAGCTGGCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTTTGCAGGGGTGCACCGGGAGCAGATGGAGCAGCCACCAACCTCGGCTACTCAAGGAAGCAAGGATAGGCAGGTTCCCACAGCCTGTGTGGCTGCCTCCTGATGGCTAATGGAGCAGAGGCCTCAGGAAAAGCAGATGGCACTGGGGCCCTACCTCTAGGGTAGAAGAACTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18624552   296 + 108868599 TGGCCCTGGCCAAACTTAGAATTTGGCCCTAGACAGGATAAGCTCACTTGGGGTAGCGTGTCCGTAGCTGGGGTCTGTGCATGCCAGGCAAGGCCAAGCTGGCTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCTGTAAGGGCGTGCCTAGAGCAGGTGGAGCAGCCACCAG-CTCACCCACTCCAGGAAGCTGGGGTAGCCAGGTTCCCACGGCCTGAGTGGGTGCCACCTAATGGCTGATGAAGCAGAGGCCTTAGGAAAACCAGATGGCACTGTGGCCCTACCTTTATGGTAGAAGAGCTGAT
i ponAbe2.chr14 C 0 I 286
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M

a score=23137.000000
s hg19.chr21    15024428   108 +  48129895 GTGCCGTGTCTGGCAGGCAGCGAGTGAGGTTGGTGGCTGGTCTACCTGCTCCTGTCACACCCTTGCAGAAGTGGCTGGTTGCTCTTTGAGCCAGCTTGTCCTTGCCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59021967 19788 +  94855758 M

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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59046292 192 +  94855758 TTGGCAGAAGGTGTCCGACATTTGATGTTTCACCAGCAGTGAGGCTGAAAAGTGACAGCAATAGAGAAACACATCAGGCTTTCCGCAACAAAGATGACCTTCCCTTCTTCAAACCTCAGCAATCTCCAAGTTCCACAAAGGACTCAGGACAAGATGACTGAGCTGGAGTAGTCGGCCCAGGAAATGCAGGCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e ponAbe2.chr14 18635794  21 + 108868599 I

a score=26447.000000
s hg19.chr21    15036594 100 +  48129895 CGGAGTGGGTCACCTCCTTAGGGCAGGCCCAGGCTTGTCCTGGCTGCCCCGGCGCCTTTCTC----CTCCCACCCAATGCAGGGGACCCCACAAACTCGGCTGT
s panTro2.chr21 13764626 104 +  46489110 CGGAGTGGGTCACCTCCTTAGGGCAGGCCCAGGCTTGTCCTGGCTGCCCGGGCGCCTTTCTCCTCACTCCCACCCAATGCAGGGGACCCCACAAACTCGGCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59046484 104 +  94855758 CAGAGCGGGTCACCTCCTTAGGGCAGGCCCAGGCTTGTCCTGGCTGCCCGGGTGCTTTTCTCCTCACTCCCACCCAATGCAGGGGACCCCACAAACTCAGTTGT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e ponAbe2.chr14 18635794  21 + 108868599 I

a score=12217.000000
s hg19.chr21    15036694 52 +  48129895 TGGGGCTCCCTGCTCCTCCCTCCACAGAAGCCACCTCCTGCCCTCCAAGCTG
s rheMac2.chr10 59046588 51 +  94855758 AGGGGCTCCCTGCACCTCCCTCCACAGGAACCACCTCCTGCCCGCCAAGCT-
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13764730 52 +  46489110 TGGGGCTCCCTGCTCCTCCCTCCACAGAAGCCATCTTCTGCCCTCCAAGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr14 18635794 21 + 108868599 I

a score=20985.000000
s hg19.chr21    15036746 45 +  48129895 GGGGTCTCCTGGGGCGTCCTGGGCTGAGAGGGAAAGACGCCAGCT
s rheMac2.chr10 59046639 45 +  94855758 GGGGCCTTCTGGGGCGTCCTGGGCTGAGAGGGCAAGGTGCCAGCT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18635815 45 + 108868599 GGGGCCTCCTGAGGCGTCCTGGGCTGAGAGGGAAAGATGCCAGCT
i ponAbe2.chr14 I 21 C 0
s panTro2.chr21 13764782 45 +  46489110 GGGGTCTCCTGGGGCGTCCTGGGCTGAGAGGGAAAGACGCCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=14584.000000
s hg19.chr21    15036791 36 +  48129895 CCGCAAGCCAGGAAGGGAACACCGCCACATTGTTAC
s rheMac2.chr10 59046684 36 +  94855758 CTGCACGCTGAGGAAGGAACACCGCTACACTGTTAC
i rheMac2.chr10 C 0 I 501
s ponAbe2.chr14 18635860 34 + 108868599 CCGCAAGCCAGGGAGGGAACACCGC--CGTTGTTAC
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13764827 36 +  46489110 CCGCAAGCCGGGAAGGGAACACCGCCACATTGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6967.000000
s hg19.chr21    15036827  92 +  48129895 ACGCACACACCACCACACTG--------------TCACATGTACAGACACACGGAGACATTACcacacggacacaccgtcacatg--------gacacactggcacattcacat
s ponAbe2.chr14 18635894 114 + 108868599 ACGGACACACCGCcacatggacacacgaccagactcacatgtacagacacacggagacattaccacatggacacaccgtcacacggtcacacagacacactggcatagtcacat
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13764863  92 +  46489110 ACGGACACACCACCACACTG--------------TCACATGTACAGACACACGGAGACATTACCACACGGACACACCGTCACATG--------Gacacactggcacattcacat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59046720 501 +  94855758 I

a score=38305.000000
s hg19.chr21    15036919 268 +  48129895 ggacggacacacagacatacggagaaatccacacggacacaccaccacactatcacagggacacacagacacacggagacat---------------------------------------cacatggacacaccaccacactatcacagggacacacagacacacaAGAGACATCACTACACTGTcacatggacacaccatcacaggaacacacaaacacactgccacatggacactgccacacacagacacaccgccacactgtcacatggacacacctccacactgtcagacaccaccacacag
s ponAbe2.chr14 18636008 302 + 108868599 ggacggacacacagacatatggagaaat-cacacagacacactaccacactatcacagggacacacagacacacGGAGACATCACCACACTGTCAAATAGACAGACACACGGAGACATCACCACATGGACACACCATCACACTACCACAGGGACACACAGACACACAAGAGACATCACCACACTGTcacatggacacaccatcacacacacgaacacacacactgccacatgaacactgccacacacagacacgccgccacactgtcacatggacacaccttcacactgtc--acactaccacac--
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13764955 213 +  46489110 ggacggacacacagacatacggagaaatccacacggacacaccaccacactatcacagggacacacag----------------------------------------------------------------------------------------------acacaagagacatcactacactgtcacatggacacaccatcacgcgaacacacaaacacactgccacatggacactgccacacacagacacaCCGCCACACTGTCAGATGGACACACCTCCACACTGTCAGACTCCACCACACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59046720 501 +  94855758 I

a score=110881.000000
s hg19.chr21    15037187 210 +  48129895 acactgccatgtggacacaaggacacacag--acattgtcacatggatac----acacacTGTCACACGGAGACATCACCATGCAGATACATGAACACACCACCACATGGACATAGCACCACACAGACACTCTGCCAC------------------------------ACGGACACACCACCACACAGACACACCACCACGCTGCCACACAGAGACACCACCACATCGTTGCCACATTTTCATGTG
s panTro2.chr21 13765168 211 +  46489110 ACAATGCCATGTGGacacaaggacacacag--acattgtcacatggatacacaaacacactgtcacacggagacatcaccatgcagatacatgaacacaccaccacatggacatagcaccacacagacactctgccac------------------------------acggaca---caccacacagacacaccaccacgctgccacacagagacacCACCACATCGTTGCCACATTTTCATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18636310 232 + 108868599 acactgccatgtggacacaaggacacacag--acgctgtcacacagatacac--aaacacTGTCACATGGAGACATCACCATGCAGAT--------ACACCACCACATGGACATAGCACCACACAGACACTCTGCTGCTCCTACATGGATACACCACCACACGGAAATGCGGACACACTGCCACACAGACACACCACCACGCTGCCACAC--AGACACCACCACATCGTTGCCACACTTTCATGTG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59047221 240 +  94855758 ACACTGCCACATGGacacaaggacacacagacacattgtcacacggatacataaacacactgtcacacggagacatcaccacgcagatatatgaacacaccacgacatggacacagcaccacacagacactctgccac------acggacacaccaccacacagaaatgcggacacactgccacacagacacaccaccacgctgccacatggacacaccaccacATCGTTGCCACACTTTCATGTG
i rheMac2.chr10 I 501 C 0

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s hg19.chr21    15037397 73 +  48129895 TCAGCTGGCGGTGTGGGCCCCACGACTCTGAGCTCTAATAGATAAATTACTTAGGCATATAGTGAAGGCAAAA
s panTro2.chr21 13765379 73 +  46489110 TCAGCTGGCGGTGTGGGCCCCACGACTCTGGGCTCTAATAGAGAAATTACTTAGGCATATAGTGAAGGCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 I 2
s ponAbe2.chr14 18636542 73 + 108868599 TCAGCTGGCGGTGTGGGCCCCACAACTCTGGGCTCTAATGGAGAAATTACTTGGGCATATAGCGAAGGCAAAA
i ponAbe2.chr14 C 0 I 2
s rheMac2.chr10 59047461 73 +  94855758 TCACCTGGCTGTGTGGGCCCCATGACTCTGGGCTCTAATAGAGAAATTACTTAGGCAGATAGTGAAGGCAAAA
i rheMac2.chr10 C 0 I 3

a score=14010.000000
s hg19.chr21    15037470 71 +  48129895 ttttttttttctgaggcgtagtctcgctctgtcccccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcact
s panTro2.chr21 13765454 71 +  46489110 ttttttttttctgaggcgtagtctcgctctgtcccccaggctggactgcagtggcgcgatctcggctcact
i panTro2.chr21 I 2 C 0
s ponAbe2.chr14 18636617 71 + 108868599 ttttttttttctgagacgtagtctcgctctgtcccccaggctggagtgcagtggcccgatctccgctcact
i ponAbe2.chr14 I 2 C 0
e rheMac2.chr10 59047534  3 +  94855758 I

a score=31256.000000
s hg19.chr21    15037541 60 +  48129895 gcaagctccgcctcccgggttcacgccactctcccgcctcagcctcccgagtagctggga
s ponAbe2.chr14 18636688 60 + 108868599 gcaagctccgcctcccgggttcacgccactctcccgcctcagcctccgaagtagctggga
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13765525 60 +  46489110 gcaagctccgcctcccgggttcacgccactctcccgcctcagcctcccaagtagctggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59047534  3 +  94855758 I

a score=16953.000000
s hg19.chr21    15037601 58 +  48129895 ctacaggagcccgccaccaagcccggccaccttttgggtgtttttagtacagacgggg
s ponAbe2.chr14 18636748 46 + 108868599 ctacaggcacccacca------------actttttgtgtgttcttagtagagacgggg
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13765585 58 +  46489110 ctacaggagcccgccaccaagcccggccgccttttgagtgtttttagtacagacgggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59047534  3 +  94855758 I

a score=60048.000000
s hg19.chr21    15037659 114 +  48129895 tttcaccttgctagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatctgcccgccttggcctcccaaagtgctgggactacaggtgtgagccaccgcgcctggccAAGAATTTC
s ponAbe2.chr14 18636794 114 + 108868599 tttcaccttgctagccaggatggtcttgatctcctgacctcatgatccacccaccttggcctcccaaagtgttgagactacaggcgtgagccaccgcgcccggccAAGAATTTC
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13765643 114 +  46489110 tttcaccttgctagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatctgcctaccttggcctcccaaagtgctgggactataggtgtgagccaccgcgcctggccAAGAATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59047534   3 +  94855758 I

a score=82756.000000
s hg19.chr21    15037773  99 +  48129895 TTTCCATCTCCTGTGTTATTGCTTTGGCAGTGGAAATGCGCGTGGCCTCT--AGAGTGGGTCCCAAGGTCATGAAGGCCTGTAAGGTGGAGGGCAAGGTCT
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i rheMac2.chr10 I 3 C 0
s ponAbe2.chr14 18636908 100 + 108868599 TTT-TATCTCCTGTGTCATTGCTTTGGCAGTGGAAACCCACGTGGCCTCTAAAGAGTGGGTCCCAAGGTCATGAAGGCCTGGGGGGTGGAGGGCAAGGTCT
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13765757  99 +  46489110 TTTCCATCTCCTGTGTCATTGCTTTGGCAGTGGAAATGCGCGTGGCCTCT--AGAGTGGGTCCCAAGGTCATGAAGGCCTGTAAGGTGGAGGGCAAGGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59047638 23 +  94855758 CTCTTTCCAGTCTGGAATGGAGG---------------------
i rheMac2.chr10 C 0 I 30

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s hg19.chr21    15037916 383 +  48129895 TGCATGTCCTCCTCGCGGCAGGCCCCTGAGGACCTTTATCCTCCTGAGCCGCAAATGTCCCTCAGGGGTGTCTAAAGCGCTGGGTGGGG--------CCCTTATAGGCCTTACGAGCTCTGGCCAATTAGTGGTCCGTAAAACGCAGAGGTGAACACCATAGAACCACAGGTCCAGGAGAATTTT-GCAAAAGCTCTGAGGATGCCCTTTTTTAT-TCTCCCACTGCAAAATTGTTTTAAAAAGCAAAAAATCCAGCAATGTCCGGGGAAAGTCAATACTGAGTGTCAGCGCGGGATGCTGCCGCTGATACGGTCCCGGCGTCCTGGCCGAAAGTGGCCTCCTCGGGGACCGC---------------ATCTCCGCGCACCATGGCAGCAAACGCCAGCGGTTTGTGG
s panTro2.chr21 13765900 398 +  46489110 TGCATGTCCTCCTCGCGGCAGGCCCCTGAGGACCTTTATCCTCCTGAGCCGCGAATGTCCCTCAGGGGTGTCTAAAGCGCTGGGTTAGG--------CCCTTATAGGCCTTAGGAGCTCTGGCCAATTAGTGGTCCGTAAAACGCAGAGGTGAACACCACAGAACCACAGGTCCAGGAGAATTTT-GCAAAAGCCCTGAGGATGCCCTTTTTTGT-TCTCCCACTGCAAAATTGTTTTAAAAAGCAAAAAATCCAGCAATGTCCGGGGAAAGTCAATACTGAGTGTCAGCGCGGGATGCTGCCGCTGATACGATCCCGGCGTCCTGGCCGAAAGTGGCCTCCTCGGGGACCGCATCTCCGCGCACCATATCTCCGCGCACCATGGCAGCAAACGCCAGCGGTTTGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18637052 389 + 108868599 TGCATGTCCTCCTCGCAGCAGGCCCCTGAGGACCTTTATCCTCCTGAGCCGCGAATGTCCCTCAGGGGTGTCTAAAGCGCCCGGTGGGGCAGGGGGACCCCTATAGGCCTTAGGAGCTCTGGCAAATTAGTGGTCAGTAAAACGCAGAGGTGAACACCATAGAACAACAGGTCCAGGAGAATTTT-GCAAAAGCTCTGAGGATGCCCTTTTTTTTCCCTCCCACTGCAAAATTGTTTTAAAAAGGAAAAAATCCAGCAATGTCTGGGGAAAGTCAATACTGAGTGTCAGCGCGGGATGCTGTCGCTGATAAGATCCCGGCGTCCTGGCCGAAAGTGG---CCTCGGGGACCGC---------------ATCTCCGCGCACCATGTCAGCAAACGCCAGCGGTTTGTGG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59047691 389 +  94855758 TGCACGTCCTCCCGGCAGCAGGCCCCTGAGGACTTTTATCCTCCTGAGCCACGGGGGTCCATCAGAGGTGTCTAAAGCACCGGGTGGGGCAGGGAGACCCTTATAGGCCTTAGGAGCTCTGGCCAATTAGTGGTCAGTGAAACGCAGAGGTGAACACCATAGAACCACAGGTCCAGGAGAATTTTCGCAAAAGCTCTGAGGATGCTCTTTTTTGT-TCTCCCACTGCAAAATTCTTTTAAAAAGGAAAAAATCCAGCAACGTGCGGGGAAAGTCAATACTGAGCGTCAGCGCGGGATGCTGTGGCTGAGGTGATCCCGGTGTCCTGGCCGAAAGTGG---CTTCGGGGACCGC---------------ATCTCCGTGCACCATGGCAGCAAACGCCATCGGTTTGTGG
i rheMac2.chr10 I 30 C 0

a score=55472.000000
s hg19.chr21    15038299 69 +  48129895 GCGGATGGTGTCCCCGTGGCCATCCCCGCTCCTGAGTGCGGAAGGACAGACAGGAG---------CGGGGACTTCTGG
s panTro2.chr21 13766298 69 +  46489110 GCTGATGGTGTCCCTGTGGCCATCCCCGCTCCTGAGTGCGGAAGGACAGGCAGGAG---------CGGGGACTTCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18637441 78 + 108868599 GCGGATGGCGTCCCTGCGGCCATCCCCGCTCCTGAGTGCGGAAGGACAGACAGGAGCGGGGACTTCGGGGACTTCTGG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=122704.000000
s hg19.chr21    15038368 148 +  48129895 GTGTTCCTGGTGTCAGCCAGCTTGACGCCGTTGTTCCTCCTGGAAATCCGGGATTTGGAGAAGCACCTGGTTCCTGATGGAGGCCGTGGGCCTCTTGGTCCCCGCTTACCAGGCAGCGGCGCCAGCCTAGTTCTCAGCCCCGTCCCTG
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18637519 148 + 108868599 GTGTTCCTGGTGTCAGCCAGCTTGACGCCCTTGCTCCTCCTTGAAGTCCGGGATTTGGAGAAGCACCTGGTTCCTGATGGAGGCCGTGGGCCTCTTGGTTCCCGCTTACCAGGCAGCGGCGCCAGCCTAGTTCTCAGCCCCGCCCCGG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13766367 148 +  46489110 GTGTTCCTGGTGTCAGCCAGCTTGACGCCGTTGTTCCTCCTGGAAATCCGGGATTTGGAGAAGCACCTGGTTCCTGATGGAGGCCGTGGGCCTCTTGGTGCCCGCTTACCAGGCAGCGGCGCCAGCCTAGTTCTCAGCCCCACCCCCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=250989.000000
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s rheMac2.chr10 59048292 372 +  94855758 ----------CCTTCCATCAGACCAAAGACTTTCTG--AAACTGCCCTTCTTGGGGCCTGGAGGCAGCATCCTGGGCCT-CCCTGGGGCCTGC-GCGCTGGCAGCAGCTCCAGGTTGAAGTCGCCTTCGGTCCACAGCGCGGGGCGCTGGAGGTCCCTGAGCCCAGCGTGGGGAGTCCAATCCACAGGTGCCGGTCCCCG--------------GGTGCCTGCCGCAGTCTCAAAA-CACCTGGAGGTGACATCCAGGAGCGCCACCGCGCCACCAGCAGGGAGACACAGGGCGAGGCGAGCCCCTTAAGGCGGCCGAGGAAGAAGCAGAAGGCCAGGAAGGCTCCCCAGAGCT-GATGTGATCTCAGGCCGCGCGCCCTGACCGAGTTCCTGGTCTCTGGC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18637667 393 + 108868599 ATGGGCGCCGCCTTCCATCACGCCAAAGGCTTTCCG--AAACTGCCCTTCTTGGGGCCGGGAAGCAG-ATCCTGGGCCT-CCCTGGGCCCTGTGGCGCTCACAGCAGCTCCACGTTGAGGTCGCCTGCAGCCCTCACCGCGGAGCGCTGGAGGTCCCTGAGCCCGGCGTGGGGAGGCCAATCCGCAGGTGCCGGGCGCTGGGTGCTGGGCGCCGGGTGCCGGCCGCAGTCTCAAAAGCGCCTGGAGGTGCCATCCAGGAGCACCACCGCGCCGCCCGCAGGGAGACCCACGGCGAGGCGCGCCCCCTAAGGCGGCCAAGGAAGAAGCAGAAGGACAGGAAGGCGCCCCAGAGCT-----CGATCTCAGGCCGCGAGCACCGACCAAGTTCCTGGTCTCTGGG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13766515 387 +  46489110 ATGGGCGCCGCCTTCCATCAGGCCAAAGACTTTCCTCCAAACTGCCCTTCTTGGGGCGGGGAAGCAGCATCCTGGGCCTCCCCTGGGGCCTGTGGCACTGGCAGCAGCTCCACGTTGAGGTCGCCTGCAGCCCGCACCGCGGAGCACTGGAGGTCCCTGAGCCCGGTCTGGGGAGGCCAATCCGCAGGTGCCTGGTGCCC--------------GGTGCCTGCCGCAGTCTCAAAAGCGCCTGGAGATGACATCCAGGAGCACCACTGCACCACCCGCAGGGAGACCCACAGCGAGGCGTGCCCCCTAAAGCGGCCAAGGAAGAAGCAGAAGGATAGGAAGGCA-CCCAGAGCTTGGGGTGATCTCAGGCCGCGCGCCCCGACCAAGTTCCTGGTCTCCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=237663.000000
s hg19.chr21    15038903 505 +  48129895  
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59048664   0 +  94855758 C

a score=640424.000000
s hg19.chr21    15039408 834 +  48129895  
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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s hg19.chr21    15045361   116 +  48129895 GTGATAAAAAAATGTTCCTACTTGTTAATATGCCACAGCTTTTACAAGGTCAGCAAAAAGAGATTATCCCATAATATAAGCTGATGGCCGAAATTATCTGCCTTACTTTAGTTACT
s panTro2.chr21 13773385   116 +  46489110 GTGATAAAAAAATGTTCCTACTTGTTAATATGCCACAGCTTTTACAAGGTCAGCAAAAAGAGATTATCCCATAATATAAGCTGATGGCCAAAATTATCTGCCTTACTTTAGTTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=478717.000000
s hg19.chr21    15045477  1897 +  48129895  
s panTro2.chr21 13773501  1897 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=80995.000000
s hg19.chr21    15047374   894 +  48129895  
s panTro2.chr21 13775398   891 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=11375.000000
s hg19.chr21    15048268    95 +  48129895 CGAGGCGCGGGGAGCCTAGGACCTGGAGCGAGAGCCGCCTACCTGCAGCCGCCGCCCACGGCACGGCAGCCATCATGGCGTTCCTGCTGCGCTTC
s panTro2.chr21 13776289    95 +  46489110 CGAGGCGCGGGGAGCCTAGGACCTGGAGCGAGAGTCGCCTGCCTGCAGCCGCCGCCCACGGCACAGCAGCCACCATGGCGCTCTTGCTGCGCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=14244.000000
s hg19.chr21    15048363    76 +  48129895 GTGCTCCTGTGCGGAGTCGCGGATTTCACCAGAAGTTTGAGTATCACTACTCCTGAGCAGATGATTGAAAAAGCCA
s panTro2.chr21 13776384    76 +  46489110 GTGCTCCTGTGCAGAGTCGCGGATTTCATCAGAGGTTGGAGTATCACTACTCCTGAGCAGATGATTGAAAAAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=19008.000000
s hg19.chr21    15048439    65 +  48129895 AAGGGGAAACTACCTATCTGCCATGCAAA-TTATGCTTAGTCCTGAAGACCAGGGACCACTGGACA
s panTro2.chr21 13776460    66 +  46489110 AAGGGGAAACTACCTATCTGCCATGCAAATTTACGCTGAGTCCTGAAGACCAGGGACCACTGGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=1554.000000
s hg19.chr21    15048504    46 +  48129895 TTGAGTGGCTGATATCACCAGCTGATAATCAGAAGATGGATCAAGT
s panTro2.chr21 13776526    46 +  46489110 TCGAGTGGCTGATATCACCAGCTGATAATCAGAAGGTGGATCAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=218346.000000
s hg19.chr21    15048550   212 +  48129895 GATGATTTTATATTCTGGAAACAAAATTTATGATGATTACTATCCAGAACTGAAAGGCCGAGTACATTTTAAGAGAAATGATCTCAAATCTGGTGATGCTTCAATAAATGTAACGAATTTACAGCTGTCAGATATTGGCACAGATCAGTGCAAAGTGAAAAAAGCTCCTGGTGTTGCAAAT---AAGATTCAGCTGGTAGTTCTTGTTAAGCCTT
s panTro2.chr21 13776572   215 +  46489110 GGTTATTTTATATTCTGGAAACAAAATTTATGATGATTACTATCCAGAATTGAAAGGCCGAGTACATTTTAAGAGTAATGATCTCAAATCTGGTGATGCATCAATAAATGTACTGAATTTACAGCTGTCAGATATTGGCACAGATCAGTGCAAAGTGAAAAAAGCTCCTGGTGTTGCAAATAAGAAGATTCAGCTGGTAGTTCTTGGTAAGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=-1596.000000
s hg19.chr21    15048762    27 +  48129895 CAGGTACAAGATGTTATGTTGATGGAT
s panTro2.chr21 13776787    27 +  46489110 CAGGTACAAGATGTTATGTTGATGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
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a score=16635.000000
s hg19.chr21    15048789    80 +  48129895 CAGAAGAAATTGGAAGTGACTTTAAACTAAAATGTGAACCAAAAGAAGGTTCACTTCCATTACAGTATGAGTGGCAAAAA
s panTro2.chr21 13776814    80 +  46489110 CAGAAGAAATTGGAAGTGACTTTAAACTAAAATGTGAACCAAAAGAAGGTTCACTTCCATTACAGTATGAGTGGCAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
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a score=22669.000000
s hg19.chr21    15048869   164 +  48129895 TTGTCTGACTCACAGAAAATGCCCACTTCATGGTTAGCAGAAATGACTTCATCTGTTATATCTGTAAAAAAAATGCTTCTTCTGAGTACTCTGGGACATACAGCTGTACATCAGAAACGGAGTGGGCTCTGATCAGTGCCTGTTGCGTGTAAACGTTGTCCCTC
s panTro2.chr21 13776894   164 +  46489110 TTGTCTGACTCACAGAAAATGCCCACTTCATGGTTAGCAGAAATGACTTCATCTGTTATATCTGTAAAAAAAATGCTTCTTCTGAGTACTCTGGGACATACAGCTGTACATCAGAAACGGAGTGGGCTCTGATCAGTGCCTGTTGCGTGTAAACGTTGTCCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=25823.000000
s hg19.chr21    15049033    79 +  48129895 CTTCAAATAAAGCTGGACTAATTGCAGGAGCCATTATAGGAACTTTGCTTGCTCTAGTGCTCATTGGTCTTATCATCTT
s panTro2.chr21 13777058    79 +  46489110 CTTCAAATAAAGCTGGACTAATTGCAGGAGCCATTATAGGAACTTTGCTTGCTCTAGTGCTCATTGGTCTTATCATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
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a score=17097.000000
s hg19.chr21    15049112    54 +  48129895 TTGCTGTCGTAAAAAGCGCAGAGAAGAAAAATACGAAAAGTAAGTTCATCACGA
s panTro2.chr21 13777137    54 +  46489110 TTGCTGTCGTAAAAAGCACAGAGAAGAAAAATATGAAAAGTAAGTTCATCACGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
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a score=310814.000000
s hg19.chr21    15049166   280 +  48129895 TATCAGGGAAGATGTGCCGCCTCCAAAGAGCCGTACATCCGCTGCCAGAAGCTGCATAGGCAGTAATCATTCATCCCTGGGATCCATGTCTCCTTCCAACATGGAAGGATATTCCAAGACTCAGTATAAACAAGTACCGAGGGAAGACTTTGAACGCACTCCTCAGAGTCCGACTCTCCCACCTGCTAAGGTAGCTGCCCCTAATCTAAGTCGAATGGGCGTGATTCCTGTGATGATTCCCGCACAGAGCAAGGATGGGTCTATAGTATAGAGCCTCCAT
s panTro2.chr21 13777191   280 +  46489110 TATCAGGGAAGATGTGCCACCTCCAAAGAGCCATACGTCCACTGCCAGAAGCTGCACAGGCAGTAATCATTCATCCCTGGGATCCATGTCTCCTTCCAACATGGAAGGATATTCCAAGACTCAGTATAAACAAGTACCGAGTGAAGACTTTGAACGCACTCCTCAGAGTCCGACTCTCCCACCTGCTAAGGTAGCTGCCCCTAATCTAAGTCGAATGGGCGTGATTCCTGTGATGATTCCCGCACAGAGCAAGGATGGGTCTATAGTATAGATCCTCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=33358.000000
s hg19.chr21    15049446   408 +  48129895 ACGTCTCATCTGTGCTCTCCGTGTTCCTTTCCTTTTTTGATATATGAAAACCTATTCTGGTCTAAATTTTGTTACTAGCCTCAAAATGTATCCAAAAATAAGTTAATCAGGAGCTGTAAGGaatatatttttttaaatttttCTTTGGTTATATCGAAATAGTTACAGGCATTAAAGTTAGTAAAGACAAGTTTACCATCTGAAAAAGCTGGATTTTCTTTAAGAGGTTGATTATAAAGGTTTCTAAATTTATCAGTACCTAAGTAAGATGTAGCACTTTGAATATGAAATCATAAGTGAAGACATTGGTGAACTTACTTGCATACCAAGTTGATACTTGAGTAACCATCTGAAAGTGGTACTTGATAATTTTTACCGTTATTTTTAGGATGTGTATCTCATTTATTT
s panTro2.chr21 13777471   408 +  46489110 ACGTCTCATCTGTGCTCTCTGTGTTCCGTTCCTTTTTTGATATATGAAAACCTATTCTGGTCTAAATTTTGTTACTAGCCTCAAAATGTATCCAAAAATAAGTTAATCAGGAGCTGTAAGGaatatattttttaaaatttttCTTTGGTTATATCGAAATAGTTACAGGCATTAAAGTTAGTAAAGACAAGTTTACCATCTGAAAAAGCTGGATTTTCTTTAAGAGGTAGATTATAAAGGTTTCTAAATTTATCAGTACCTAAGTAAGATGTAGCACTTTGAATATGAAATCATAAGTGAAGACATTGGTGAACTTACTTGCATACCAAGTTGATACTTGAGTAACCATCTGAAAGCGGTACTTGTTAATTTTTACCATTATTTTTAGGATGTGTATCTCATTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=152135.000000
s hg19.chr21    15049854  1678 +  48129895  
s panTro2.chr21 13777879  1676 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59054077 36212 +  94855758 I
e ponAbe2.chr14 18643371  3000 + 108868599 M

a score=158524.000000
s hg19.chr21    15051532  338 +  48129895 aagattttctgtatcttaagattatattttcagaaaacagaaacaatcttacctcttccttccctatatggatttcttttatttctttgtcttgtgtaattgatctggctaggcaattacacataatgttTTCAGCATTTGTAATTTTACATCAAATCCATCCATTGTAACACATTGATTGCTACTTTTCAACTTGTAAACCTGGACATTTGTCACTACTCTTCCTCCAGTACAGGAGTCCATGGCGCGGTGTGGGCCCTGCTGTGCCACAGTCCAGGGCACGGCTGGGCGCAGGTTCTCTCCTGCAAGAGTCCGCGGCTCTGCAGAGCAAGAGTTCT
s panTro2.chr21 13779555  338 +  46489110 aagattttctgtatcttaagattatattttcagaaaacagaaacaatcttacctcttccttccctttatggatttcttttatttctttgtcttgtgtaattgatctggctaggcaattacacataatgttTTCAGCATTTGTAATTTTACATCAAATCCATCCATTGTAACACATTGATTGCTACTTTTCAACTTGTAAACCTGGACATTTATTACTACTCTTCCTCCAGTACAGGAGTCCATGGCGCGGTGTGGGCCCTACTGTGCCACAGTCCAGGGCACGGCTGGGCGGAGGTTCTCTCCTGCAAGAGTCTGCGGCTCTGCAGAGCAAGAGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59090289  337 +  94855758 aagatgttctctatcttaagattatattttcagaaaacagaaacaatcttacctcttccttccctatatggatttattttatttctttgtcttgtgtaattgttctggctaggCAATTACACATAATGTTTTCAGCATTTGTAATTTTACATCAAATCCATTCATTGTAACACATTGATTGCTACTTTTCAACTAGTAAACCTGGACATTTATCACTACTCTTCCCCCAGTACAGGAGTCCATGACGTGGTGTGGGCCCTACTGGGCCACAGTCCAGGGCA-GGCTTGATGGAGGTTCTCTCCTGCAAGAGTCCGCGGCTCTGTGGAGGAAGAGTTCT
i rheMac2.chr10 I 36212 C 0
e ponAbe2.chr14 18643371 3000 + 108868599 M

a score=33385.000000
s hg19.chr21    15051870  139 +  48129895 CCAGTGCCTTAGTCCAGGGTGAGGCAGGGGTGAGGCTCCTTCAGTAGCTCAGTCCAGGACGCAGCCCTGCGAGGGTCCTCCTGTGCAGGAGTACACGATGCTG-CGGGGTCCTACTGTGCCTTAGTCCAGGACGCCAGGG
s panTro2.chr21 13779893  139 +  46489110 CCATTGCCTTAGTCCAGGGTGAGGCAGGGGTGAGGCTCCTTCAGTAGCTCAGTCCAGGGCACAGCCCTACGAGGGTCCTCCTGTGCAGGAGTACACGATGCTG-CGGGGTCCTACTGTGCCTTAGTCCAGGACGCCAGGG
i panTro2.chr21 C 0 I 14
s rheMac2.chr10 59090626  136 +  94855758 CCAGTGCCTTAGTCCAGGGTGAGGCAGGGGTGGGGCTCCTTCAGTAGCTCAGTCCAGTGCGCTGCCCTGCAAGGGTCCTCCTGTGCAGGAGTACACAATGCGGCCGGAGTCCTACTGTGCCTTAGTCCAGGACGCC----
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e ponAbe2.chr14 18643371 3000 + 108868599 M

a score=2855.000000
s hg19.chr21    15052009  222 +  48129895 GGCTGGGTCCTCTGCTGCCATAGTCCAGGGCGCGAGGGGCTGGGTCCTCTGGTGCCATAGTCCATGACGCAGGGAGGCTGGGTCCTCTGGTGCCATAGTCCAGGATGCGAGGGGCTGGGTCCTCTGCTGCCATAGTCCAGGGCCCGAGGGGGCTGGGTCCTCTGGTGCCTTAGTCCATGACGCAGGGAGGCTGGGTCCTCTGCTGCCATAGTCCAGGATGCG
e rheMac2.chr10 59090762    0 +  94855758 C
e panTro2.chr21 13780032   14 +  46489110 I
e ponAbe2.chr14 18643371 3000 + 108868599 M

a score=2790.000000
s hg19.chr21    15052231   92 +  48129895 AGGGGCTGGGTCCTCTGCTGCCATAGTCCAGGGCGCGAGGGGCTGGGTCCTCTGGTGCCATAGTCCATGACGCAGGGAGGCTGGGTCCTCTG
e rheMac2.chr10 59090762    0 +  94855758 C
e panTro2.chr21 13780032   14 +  46489110 I
e ponAbe2.chr14 18643371 3000 + 108868599 M

a score=8082.000000
s hg19.chr21    15052323   58 +  48129895 GTGCCATAGTCCAGGATGCGAGGGGCTGGGTCCTCTGGCGCCATAGTCCAAGACGCCA
s panTro2.chr21 13780046   58 +  46489110 GTGCCATAGTCCAGGATGCGAGGGGCTGGGTCCTCTGGCGCCATAGTCCAGGACGCCA
i panTro2.chr21 I 14 C 0
e rheMac2.chr10 59090762    0 +  94855758 C
e ponAbe2.chr14 18643371 3000 + 108868599 M

a score=37624.000000
s hg19.chr21    15052381  127 +  48129895 GGGGGCTGGGTCCTCTGGTGCCTTAGTCCCGGTCGCGGGGAGCTGGGTCCTCTGGTGCCATAGTCCAGGGTGCGGTGGAACAGGAGTCCTGCGGAGCAGTAGTCCAGGGCGCGCTGGGGCGTGGATC
s rheMac2.chr10 59090762  127 +  94855758 GGGTGCTGGGTCCTCCGGTGCTGTTGTCCAGGGCGCGGGGAGCTGGGTTCTCTGATGCCATAGTCCAGGGCGCAGCGGACACGGAGTCCTGTGGCGCAGTAGTCCAGGGCGCGCTGGACTGTGGATC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13780104  127 +  46489110 GGGGGCTGGGTCCTCTGGTGCCTTAGTCCCGGTCGCGGGGAGCTGGGTCCTCTGGTGCCATAGTCCAGGGTGCGGTGGAACAGGAGTCCTGCGGAGCAGTAGTCCAGGGAGCGCTGGGGCGTGGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr14 18643371 3000 + 108868599 M

a score=103319.000000
s hg19.chr21    15052508 264 +  48129895 CTCAGGTGCCACAGTCCAGAGCGCGACAGGGCGGGATTCCTGCCTTGCTATATCCAAGGTGCAGCGGGGCGGGGGTTCTCTTGTTCAGGAGTCCAGGACGTGGC------AGAGCCGGAGTCCTCCGTGTAGGAGTCCTCCGGTGCTGGAGTCCAGAGCACAGTGAGGCTGGGTCCTCCCGTGCCATAGTGTAGGGCATGGCGGGACAGGGATCCTGCCCTGCGATAGTCCAGTGCTTGAGTCCGCAGTAAGGCAATGGTCCTCCAATGC
s panTro2.chr21 13780231 264 +  46489110 CTCAGGTGCCACAATCCAGAGCGCGACAGGGCGGGATTCCTGCCTTGCTATATCCAAGGTGTAGCGGGGCGGGGGTTCTCTTGTGCAGGAGTCCAGGACATGGC------AGAGCCGGAGTCCTCCGTGTAGGAGTCCTCCGGTGCTGGAGTCCAGAGCACAGTGAGGCTGGGTCCTCCCGTGCCATAGTGTAGGGCATGGCGGGACAGGGATCCTGCCCTGCGATAGTCCAGTGCTTGAGTCCGCAGTAAGGCAATGGTCCTCCAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59090889 270 +  94855758 CTCAGGTGCCACAGTGCAGAGCGCCACAGGGCGGAATTCCTGCCTTGCTATATCCAGGGTGCAGCCGGGCGGGGGTTCTCTTGTGCAGGAGTGCAGGATGGGACTGTGTAGGAGCGGGAGTCCTGCGTGTAGGAGTCCTGGGGTGTTGGAGTCCAGAGCGCAGTGAGGCTGGGTACTCTCGTGCCATAGAGTAGGGCATGGCGGGACAGGGATCCTGCCCTGAGATAGTCCAGTGCTTGAGTCCACAGTAATGCAATGGTCCTCCAATAC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18646391 245 + 108868599 -------------------AGCACGACAGGGCGGGATTCCTGCCTTGCTATATCCAGGGTGCAGCGGTGCGGGGACTGTCTTTTACAGGAGTCCAGGACGTGGC------AAAACGGAAGTCCTCCGTGTAGGAGTCCTCCGGTGCTGGAGTCCAGAGCGCAGTGAGGCTGGGTCCTCCCGTGCCATAATGTAGGGTATGGAGGGACAGGGATCCTGCCGTGCAATAGTCCAGTGCCTGAGTCTGCAGTAAGGCAATGGTCCTCCAATGC
i ponAbe2.chr14 M 3000 C 0

a score=118585.000000
s hg19.chr21    15052772 303 +  48129895 TGGAGTTCACGGCGTTGTGGGGTCGGGGTCCTTTGGTGACTTAGTCCAGGGCGTACCAGGGCGGGGGTCCACAGTTGCCATAGTGAGGATCTTGGAGGAAGGTGGTTCCTGCCTTGCTGTAGTCCGGGGAGCAGGGGGCAGGGGTCCTCTCTTGTCAGAGTCTCTGGCGCggggtgggggtggaggtgggggtTTTCCTATGCGATAGCCCACGGGTCGGTGAAGCCGGGTCCTCCCGTGCCTTTGTCCAGGGCGCAGGGGGGCGAGGGTCTTCGGTGGTGGAGTCCGCGGAGCGGCAGGACG
s panTro2.chr21 13780495 300 +  46489110 TG---TTCACGGCGTTGTGGGGTCGGGGTCCTTGGGTGATTTAGTCCAGGGCGTACCAGGGCGGGGGTCCACAGTTGCCATAGTGAGGGTCCTGGAGGAGGGTGGTTCCTGCCTTGCTGTAGTCCGGGGAGCAGGGGGCAGGGGTCCTCTCTTCTCAGAGTCTCTGGCGCggggtgggggtggaggtgggggtTTTCCTATGCGATAGCCCACGGGTCGGTGAAGCCGGGTCCTCCCATGCCTTTGTCCAGGGCGCAGGGGGGCGGGGGTCTTCGGTGGTGGAGTCCGCGGAGCGGCAGGACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18646636 301 + 108868599 TGGAGTTCACAGCGTGGTGGGGTCACAGTCCTTCAGTGACTTAGTCCATGG-GTACCAGGGCGGGGGTCCACAGTTGCCATAGTGAGGACCTGGGAGGAGTGTGGTTCCTGCCTTGCTGTAGTCTGGGGAGCAGGGGGCAGGGGTCCTCTCTTGTCAGAGTCTCTGGCGTGAGGTGGGGGTGG-GGTGGGAGTTTTCCTATGCCATAGCCCACGGGGCGGTGAGGCCAGGTCCTTGCTTGCCTTTGTCCTGGGCGCAGGGGGGCAAGGGTCTTCGGTGGTGGAGTCCGCGGAGCGGCAGGACG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59091159 295 +  94855758 TGGAGTTCACGGCGTGGTGGGGTCGGGGTCATTGCCTGACTTAGTTCAGGGCATACCAGGGCAGGGGTCCACAGTTGCCACAGTAGGGACCTCCGAGGAGTGTGGTTCCTGCCTTGCTGTAGTCGGGGGAGCAGGGGGCAGGAGTCCTCTCTTGTCAGAGTCTCTGGCAC--------AGTGGGGCTGGGGGTTTTCCTATGCGATAGCCCACGGGGCGGTGAGGCTGGATCATCCCGTGCCTTTGTCCAAGGCGCAGGGGGGCCAGGGTCTTCGGTGGTGAAGTCCATGGAGCGACGGGATT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=17651.000000
s hg19.chr21    15053075 55 +  48129895 GGGGTCCTCCAGTGCCATATTCCAGGGCGCGGCGGAGTGGGGGACCTGTCCTGCA
s panTro2.chr21 13780795 55 +  46489110 GGGGTCCTCCAGTGCCATATTCCAGGGCGTGGCGGAGTGGGGGACCTGTCCTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18646937 55 + 108868599 GGGGTCCTCCAGTGCCATATTCCAGGGCACAGCGGAGTGGGGGACCTGTCCTGCA
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59091454  0 +  94855758 C

a score=35925.000000
s hg19.chr21    15053130 128 +  48129895 GTGGTCCAGGGCATGTGGGAGTGGT-----------------------------------------------------------------------------GGTCCTGCTGTGCCTCAGTCCAGTGCGCGGTGGGACGGCGGTCCTGCTGTGCTGTAGTGCAGGACGCGGTGGCGCAGGGGTAGTCCAGAGAGCGCCGTGGCAG
s ponAbe2.chr14 18646992 205 + 108868599 GTGGTCCAGGGCATGCGGGAGTGGTGGTCCTCCTGTGCCATCGTCCAACGCGCGGCGGGGAGGGGGTCACCTCGTCCTGCAGTCTACCACGCACGAGACCCCGGTCCTGCTGTGCCTCAGTCCAGTGCGCAGTGGGACGGCAGTCCTGCTGTGCTGTAGTGCAGGATGCGGTGGGGCATCAGTAGCCCAGAGAGCGCCGTGGCAG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13780850 128 +  46489110 GTGGTCCAGGGCATGTGGGAGTGGT-----------------------------------------------------------------------------GGTCCTGCTGTGCCTCAGTCCAGTGCGCGGTGGGACGGCGGTCCTGCTGTGCTGTGGTGCAGGACGCGGTGGCGCAGGGCTAGTCCAGAGAGCGCCGTGGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59091454   0 +  94855758 C

a score=17127.000000
s hg19.chr21    15053258 22 +  48129895 GGGGTCCTCCAGTGCTGGAATC
s panTro2.chr21 13780978 22 +  46489110 GGGGTCCTCCAGTGCTGGAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18647197 22 + 108868599 GGGGTCCTCCACTGCTGGAATA
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59091454 22 +  94855758 GGGGTCCTCCAGTGCTGGAATA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=471983.000000
s hg19.chr21    15053280 678 +  48129895  
s panTro2.chr21 13781000 677 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18647219 666 + 108868599  
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59091476 672 +  94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 I 49

a score=59896.000000
s hg19.chr21    15053958 131 +  48129895 TGAGCCGCGGGAGAGGTCCTTCAGTAGCACAGTCTAGCGCACGGCGTTGCAGGTGTCCTCCAGTGCCTGAGGCCACGGCAGGTCGCGGGTCCCACTGTGCTCTAGTTCAGGGCGGAGTGGGTCTGAGGTCT
s ponAbe2.chr14 18647885 130 + 108868599 GGAGCCGGGGGAGAGGTCCTTCAGTAGCATAGTCTAGCGCGTGGTGTTGCAGG-GTCCTCCAGTGCCTGAGGCCAGGGTCGGTCGCGGGTCCCAGTGTACTCTCGTTCAGGGTGGAGCAGGTCTGAGGTCT
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13781677 131 +  46489110 TGAGCCGCGGGAGAGGTCCTTCAGTAGCATAGTCTAGCGCACGGCGTTGCAGGTGTCCTCCAGTGCCTGAGGCCACGGCAGGTCGCGGGTCCCACTGTGCTCTAGTTCAGGGCGGAGCGGGTCTGAGGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59092148  49 +  94855758 I

a score=27191.000000
s hg19.chr21    15054089 55 +  48129895 TCTCCTGCCTCAGTCTAGGGCGCTGGAGAGCGGGGATCCTCTGGTACCGGAGTCA
s ponAbe2.chr14 18648015 52 + 108868599 T---CTGCTTCAGTCTAGGGCGCTGGAGAGCGGGGGTCCTCTGGTGCCAGAGTCC
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13781808 55 +  46489110 TCTCCTGCCTCAGTCTAGGGCGCTGGAGAGCGGGGATCCTCTGGTGCCAGAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59092148 49 +  94855758 I

a score=76691.000000
s hg19.chr21    15054144 110 +  48129895 ATGGATCCACGGGTCCGGGTCCTCCCATGTTTTAGCCCCGGGAGGGGAGAGGCGGGGGTCTTCCTTTGCCCTAGTCCAAGGCATTGTGAGGCCCCGCTCCTGCATTCTTA
s panTro2.chr21 13781863 110 +  46489110 ATGGATCCACGGGTCCGGGTCCTCCCATGTCTTAGCCCCGGGAGGGGAGAGGCGGGGGTCCTCCTTTGCCCTAGTCCAAGGCATTGTGAGGCCCCGCTCCTGCATTCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18648067 104 + 108868599 ATGGAGCCATGGGTCGGGGTCCTCCCATGTCTTAGCCCAGGACGGGGAGAGGCGGAGATCCTCCTTTGCCCTAATCCAAGGCATTGTGAGGCCCCGCTCCTGCA------
i ponAbe2.chr14 C 0 I 5
s rheMac2.chr10 59092197 110 +  94855758 ATGGAGCCACCGGTCGGGGTCCTCCCGTGTTTTAGCCTAGGGCTGGGAGAGGACGGGGTCCTCCTTTGCCCTAGTCCAAGGCATTGTGAGGCCCGACTCCTAAACACTTA
i rheMac2.chr10 I 49 C 0

a score=163851.000000
s hg19.chr21    15054254 193 +  48129895 ACTGTCTGTGCCTCTGCCGCCGCGGGGTAAAACTGCACCATCTCAGGCAAGCCTAACAGAGCAGCTGTCCTTAAAAGATTCCCAGTTGAGTGTCGTTCGGAGCAGGCCTGAGAAGTGTGCCCTTAGTTGGCTTCAAGGGCTCTGGGCAGTGTTTAAGGAATCCAGCTGACCTCAGTTACTCCAAGCCCTTTTC
s rheMac2.chr10 59092307 192 +  94855758 -CTGCCTGTGCCACTACCGCGGCGGGGGAAAACTACACCATCTCAGGCAAGCCTAACAGAGCAGCTGTCCTTGAAAGATTCCCAGTTGAGCGTGGCTTGGAGAAGGCCTGAGAAGTGTGCCCTTAGATGGCTTCAAGGGCTCTGAGCAGTGTTTAAGGAATCCAGCTGACCTCAGTTACTCCAAGCCCTTTTC
i rheMac2.chr10 C 0 I 192
s ponAbe2.chr14 18648176 193 + 108868599 GCGGTCTGTGCCTCTACCGCCGCGGGGGAAAACTGCACCATCCCCGGCAAGCCTAACACAGCAGCGGTCCTTAAAAGATTCCCAGTTGAGTGTGGTTTGGAGCAGACCTGAGAAGTGTGCCCTTAGATGGCTTCAAGGGCTCTGAGTATTGTTTAAGGAATCCAGCTGACCTCAGTTACTCCAAGCCCTTTTC
i ponAbe2.chr14 I 5 I 193
s panTro2.chr21 13781973 193 +  46489110 ACTGTCTGTGCCTCTGCCGCCGCGGGGGAAAACTGCACCATCTCAGGCAAGCCTAACAGAGCAGCTGTCCTTAAAAGATTCCCAGTTGAGTGTGGTTCGGAGCAGGCCTGAGAAGTGCGCCCTTAGATGGCTTCAAGGGCTCTGGGCAGTGTTTAAGGAATCCAGCTGACCTCAGTTACTCCAAGCCCTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 I 188

a score=81962.000000
s hg19.chr21    15054447 110 +  48129895 CACTTGTTTTCTTCAGGCCTCCTTTCTTTGTGCCAGCATC---AATGGGTTTTTGGTTAAAGTTTTCAGCAGCTGCCTGCAGTTCCATTTTTCTTACCAGGTAAGAGACATAG
s rheMac2.chr10 59092691 100 +  94855758 ------TTTTCTACAGCCCTCCTTTCTTTGTGCCAACATC---TTTGGGTTTCCGGTTAAAGTTTTCAGCAGCTGCATGCAGCTCCATTTTTCTTACCAGGTAAGAGAC----
i rheMac2.chr10 I 192 I 56
s ponAbe2.chr14 18648562 106 + 108868599 ----TGTTTTCTTCAGGCCTCCTTTCTTTGTGCGAACATC---TTTGGGTTTCTGGTTAAAGTTTTCAGCAGCTGCATGAAGTTCCATTTTTCTTACCAGGTAAGAGACATAG
i ponAbe2.chr14 I 193 C 0
s panTro2.chr21 13782354 113 +  46489110 CACTTGTTTTCTTCAGGCCTCCTTTCTTTGTGCCAGCATCTTTAACCAGTTTTTGGTTAAAGTTTTCAGCAGCTGCATGCAGTTCCATTTTTCTTACCAGGTAAGAGACAAAG
i panTro2.chr21 I 188 C 0

a score=619176.000000
s hg19.chr21    15054557 741 +  48129895  
s panTro2.chr21 13782467 741 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18648668 740 + 108868599  
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59092847 741 +  94855758  
i rheMac2.chr10 I 56 C 0

a score=62879.000000
s hg19.chr21    15055298 142 +  48129895 TGTGCTCTAATAAGCTCAGTGTTGAGAGGAACAAGTTTTCATTCCAGCTTTCTCAAAAACTCCCTTTGTGACTTTAGACATAATAATAATAACACTACCTAGGTAGTGAACACCTC--TGCCAAGAAATATcatgatcattacc
s panTro2.chr21 13783208 139 +  46489110 TGTGCTCTAATAAGCTCAGTgttgggaggaacaagttttcattccagctttctcaaaaactccctttgtgactttagacaTAATAATAataacactacctaggtagtgaacacctc--tgccaagaaatat---gatcattgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18649408 144 + 108868599 TGTGCACTAATAAGctcagagttgagagaaacaagttttcattccagctttctcgtaaactccctttgtgactttaaacaTCATAATAATAACACTACCTAGGTAATAAATACCTctgtgtcaagaagtatcatgatcattgcc
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59093588 141 +  94855758 TGTGCTCTAATAAGCTCAGAACTGAGAGAAACAAGTTTTCTTTCCATCTTTCTTAAAAACTCCCTTTGTGACTTTAGACATaataataat---actgcctgggtagtgaacacctctgtgccaaaaagtatgatgatcgttgcc
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=157666.000000
s hg19.chr21    15055440 185 +  48129895 tgagttgtaattctcacagtagtcctgcaggacagctgctgttactgcttattatgcagatgggcaacctgaggctcagatggagttaagtggcttaattggtagcaacagagccaggatttgaacccagggctgcctgatcaccaaaTAAAATTGTACTCAACATGATGcacttaacttttctg
s panTro2.chr21 13783347 185 +  46489110 tgagttgtaattctcacagtagtcctgcaggacagctgctgttactgcttattacacagatgggcaacctgaggctcagatggagttaagtggcttaagtggtagcaacagagccaggatttgaacccagggctgcctgatcaccaaataaaattgtactcaacacgatgcacttaacttttctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18649552 185 + 108868599 tgagttgtagttctcacagtagtcctacaggatagctgctattactgattatgacacagatgggcaacctgaggctcagatggagttaagtggcttaattggtagcagtagagccaggatttgaacccagggctgcctgatcaccaaaTAAAATTGTATTCAACATGATGcacttaacttttctg
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59093729 185 +  94855758 tgagctgtaattctcaccatagtcctgcaggagagctgctattactgcttattacacagatgggcagcctgaggctcagatggagttaagtggcttaattggtagcaatagagacaggatttgaccccagggctgcctgatcaccaaaCAAAATTGTATTCAACATGATGCACTTAACACTTCTG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=192269.000000
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s ponAbe2.chr14 18649737 372 + 108868599 gcctcatttctctcacctgtaaaaATGCAGGTTTCAGATGTTTGTAATATTTTACCTGTGGTTGAAAGAGTTACCAGCCCTTCCTCGATGACCCATGGTAAGACCCATGAGCCTTTGAATATAATTATAGAAAACATTTGTAGAGGGATAGAGAGAGACAAGATCATGCCTCCTTCGATAACGTCAAATTTTCAGTGCATGAAGCCATACATAGTGCAGTTTTCTAGCTTCCCTTTCACAAATGGTGTTGAAGAAAGTAAATAAAGCAACTCAGCTATCACTGCGAATGCAGTAGAAGTAATCAAGTCCAGTGCTGGGAGGTAGTTGTCATGATATTTCAACATGGACACCAGGATCACAGTCAATGACTAT
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 59093914   0 +  94855758 C

a score=126068.000000
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18650109 150 + 108868599 GCCCTCCCTTGAAGATGGTGGCTTGCCTCTCTTTCTGTAAGCAAATGTCATGTCATAACAGT----AATAATTACAAGTAATGT-CCCATCTACTTCTATACTGCCTTTGAAATATTATTTTAGATCTGCCAAAATAAATTGCAAACTCATTAAC
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13783904 155 +  46489110 GCCCTCCCTTGAAGATGGTGGCTTGCCTCTCTTTCTGGAAGCAAATGTCATGTCATAACAATATTAAACAATTATAAGTAATGTCCCCATCTTCTTCTACACTGCCTTTGAATTATTATTTTAGATCTGCCAAAATAAATTGCAAACTCATTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=10682.000000
s hg19.chr21    15056152 28 +  48129895 AAGAAAG------GGGGGGTGCATGCATCCTTGC
s panTro2.chr21 13784059 27 +  46489110 AAGAAAG------GGGGG-TGCATGCATCCCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18650259 34 + 108868599 AAGAAAGTGGGGTGGGGGGTGCATTCATCCCTGC
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59094068 27 +  94855758 AAGAAA-------GGAGGTTGCACGCATCCCTGC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=378355.000000
s hg19.chr21    15056180 470 +  48129895 CTTCCCGAGTAGTC-TATTCACCCAAAGACAAAAGGGTGACCAGCCTCCATCTGGGATATTCAAAGACACAGTCACCTTGCCATGCAGCCTGAGGC-----------CAATCCCCTTTTTAAGAAGCTTGTTAGATGAGCTCCTTAAACATACAACCACAAAGGAAAAGCACAGCTGGTGTGAGCGAGGCTGATAAAATGGGCATTTTGTCTGCTTCAAGGTTAGAATGCAACTTGTCTATCAAAATGTGGTTATCTGACCTCCACAATGCTGCAGTCCAGCTAAATCATGCAAATATTCATCCACCATTTACTATGGATAAAACAATAATGTGCTGTGGGGAATCCAATTacacacacacacacaaaagtgcacacacacatgcatgcacacacacTGCTCCTGCTGTCTCAGAGGTTCCAGGCTGGCAAGGAAGAAGTGCAAACATTAGTAGGTAAGTCCACTAGCAGGAGGAATGTGAT
s panTro2.chr21 13784086 481 +  46489110 CTTCCTGAGTAGTC-TATTCACCCAAAGACAAAAGGGTGACCAGCCTCCATCTGGGATATTCAAAGACACAGTCACCCTGCCATGCAGCCTGAGGCTGGTGAAGGTCCAATCCCCTTTTTAAGAAGCTTGTTGGATGAGCTCCTTAAACATACAACCACAAAGGAAAAGCACAGCTGGTGTGAGCGAGGCTGATAAGATGGGCATTTTGTCTGCTTCAAGGTTAGAATGCAACTTGTCTATCAAAATGTGGTTATCTGACCTCCACAATGCTGCAGTCCAGCTAAATCGTGCAAATATTCATCCACCATTTACTATGGATAAAACAATAATGTGCTGTGGGGAATCCAATTacacacacacacacaaaagtgcacacacacatgcatgcacacacacTGCTCCTGCTGTCTCAGAGGTTCCAGGCTGGCAAGGAAGAAGTGCAAACATTAGTAGGTAAGTCCACTAGCATGAGGAATGTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18650293 480 + 108868599 CTTCCTGAGTAGTCTTATTCACCCAAAGACAAAAGGATGACCAGCCTCCATCTGGGATATTCAAAGGCACAGTCACCCTGCCATGCAGCCTGAGGCTGGCAAAGGGCCAATCCCCTTTTTAAGAAGCTTGTTGGATGAGCTCTTTAAACATACAACCACAAAGGAAAGGCACAGCCAGTGTGAGGGAGGCTGATAAGATGGGCATTTTGTTTGCTTCAAGGTTAGAATGCAACTTCTCTATCGAAATGTGGTTATCTGACCTCCACAATGCTGCAGTCCAGCTAAATCCTGCAAATATTCATCCACCATTTACTATGGATAAAACAATAATGTGCTGTGGGGAATCCTATT--ACACACACACAAGAAAGTGCACACACACATGCGTACACACACACTGCTCCTGCTGCCTCAGAGCTTCCAGGGTGGCAAGGAGGAAGTGCAAACATTAGTAGGTAAGTCTGCTGCCAGGAAGAATATGAT
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59094095 454 +  94855758 CTTCCTGAGTAGTC-TATTCACTCAAAGACTAAAGGATGACCAGCCTCCAGCTGGGATATTCAAAGACACAGTCACCCTGCCATGCAGCCTGAGGCTGGTGAACATCCAATCCCCTTTTTAAGAAGCTTTTGGCATGAGCTCTTCAAACGTACAACCACAAAGGAAAGGCACAGCCGGTGTAAGTGAGGCTGATAAGATGGGCATTTTGTCTGCTTCAAGGTTAGAATCCAACCTGTCTATC-AAATGTGGTTATCTGACCTTCACAGTGCTGTAGTCCAGCTAAGGCCTGCAAATTTTCCTCCACCATTTACTATGGATGAAACAATAATGTGCTGTGGGGAATCCAGTTACA--------------------CACACACATGCATGCACACACACTGCTCCTGCTGTCTCAGAGCTTCTAGGCTGGCAAGGAGGAGGTGCAAACACTAGTAGGTAAGTCCACTACCAGTACGAA------
i rheMac2.chr10 C 0 I 17

a score=549667.000000
s hg19.chr21    15056650 724 +  48129895  
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i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
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a score=418786.000000
s hg19.chr21    15057374 462 +  48129895 TTGAGTAGTAGACTCCAGGGTTCAATAGTGAGCAAACATGCACAGAATTTCTTCTCTAGTGGAGCTGAGAGTCTAACAGAAAGAGCTGACATTAGTCACAGAATTATGTAATAAGGGAAAGTTCAGCAGACCCAGGGGTACTACAAGAGCCTGGGAAGGCGGACTGACCCCAAGAGGGAGGCAGGAAAGGTTGCCCCC----AGGAAGTAGCACTTGAGCTACAATCAGGGAGAAAACTAGGCAAAGACACAGCATTCAGGAGAAGGTAGAAGCTGGCCCAtgaggatggtggtgtggagaggtgaaccaatacccaggt-cttggatttattgttgagctgctgaattaaccagtgctggctctctcccaacctctgcacttctt-ttttgcaaggttatatatttttttatttaaaagctagtatgagttgggatctgttgcttTTCTGAGACCCCATCCTGTGAG
s rheMac2.chr10 59095209 466 +  94855758 ttgggtggtcgactccagggttcaatagtgagcaa-tatgcacagaatttattccctagtggagctttgagtccaacagaaagaggtgacgttattcacggaattatgtaataaggggaagtgcagcagacccaggtgtgctgcaagagcctgggaagatggactgaccccaagagggaggcaggaaaggctagccccaggaaggaagcagcacttgagctaaaatcagggagaacactaggGAAAGACACAGCATTCAGGAGGAAGTAGAAGCTGGCCCAtgaggatggtggtgtggagaggtgcaccaatacccaggtccttggatttattgttgagctgctgaactaaccaatgttggctcttgcccaacctctgcacttcttgttttgcaagattataca-ttttttatttaaaagctagtatgagttgggatctgttgcttTTCTAACGCCCCGTCCTGTGAG
i rheMac2.chr10 C 0 M 5718
s ponAbe2.chr14 18651491 462 + 108868599 ttgcatggtagactccagggttcaataatgatcaaaaatgcacagaatttattccctagtggagtttagaatctagcagaaagagctgacattagtcacaaaattatgtaataagggaaaatgcagcagacccaggggtgctacaagagcctgtgaaggcagactgaccccaagacagaggcaggaaaggctgccccc----aggaagcagcaattgagccaaaatcagggagaaaactaggCAAAG--ACAGTATTCAGGAGGAGGTAGAAGCTGGCCCAtgagggcagtggcgtggagaggtgaaccaatacccaggtccttggatttattgttgagctgctgaatgaaccagggctggctcttgcccaacctctgcacttcttgtttcacaaggttataaatttttttatttaaaagctagtatgagttgggatctgttgcttTTCTGAGACCCCATCCTGTGAG
i ponAbe2.chr14 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13785303 463 +  46489110 ttgagtagtagactccagggttcaatagtgagcaagaatgcacagaatttcttctctagtggagctgagagtctaacagaaagaggtgatGTTAGTCACAGAATTATGTAATAAGGGAAAGTTCAGCAGACCCAGGGGTGCTACAAGAGCCTGGGAAGGTGGACTGACCCCAAGAGAGAGGCAGGAAAGATTGCCCCC----AGGAAGTAGCACTTGAGCTAAAATCAGGGAGGAAACTAGGCAAAGACACAGCATTCAGgagaaggtagaagctggcccatgaggatggtagtgtggagaggtgaacaaatacccaggt-cttggatttattgttgagctggtaaattaaccagtgctggctctctcccaacctctgcacttcttgttttacaaggttatatatttttttatttaaaagctagtatgagttgggatctgttgcttTTCTGAGATCCCATCCTGTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=322210.000000
s hg19.chr21    15057836  561 +  48129895  
s panTro2.chr21 13785766  561 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18651953  529 + 108868599  
i ponAbe2.chr14 C 0 I 151
e rheMac2.chr10 59095675 5718 +  94855758 M

a score=27764.000000
s hg19.chr21    15058397   43 +  48129895 GGCAATCCCTATGGGTATAGTCATATCCC-AAGAGTCCTGGGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18652633   44 + 108868599 GGCAATCCCTATGGGTATAGTCATATCCCAAAGAGTCCTGGGTA
i ponAbe2.chr14 I 151 C 0
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a score=1023615.000000
s hg19.chr21    15058440 1991 +  48129895  
s panTro2.chr21 13786370 1992 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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s hg19.chr21    15081188 55 +  48129895 CCGCTGTGATTCAAAGTGCCCTAACACCTTCCTCTTCCCTACAGGCTGTGATAGG
s rheMac2.chr10 59115147 55 +  94855758 CCGCTGTCATTCAAAGTGCCCTAACACCTTCCTCTCCCCTGCAAGTTGTGATAGG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13809085 48 +  46489110 CCGCTGTGATTCAAAGTGCCCTAACAC-------TTCCCTACAGGTTGTGATAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr14 18663435  0 + 108868599 C

a score=49394.000000
s hg19.chr21    15081243 95 +  48129895 AGGGTGCTCTGGGTCACTGAAGAAGGGGAGTCATAAAGGAGCAGAGGCCCCACGTCGTGAGTGCCATCTCTCCTTGAGTGTGGCCTCTTGTTCTA
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13809133 95 +  46489110 AGGGTGCTCTGGGTCACTGAGGAAGGGGAGTCATAAAGGAGCAGAGGCCCCGCGTCGTGAGTGCCATCTGACCTTGAATGTGGCCTCTTGTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr14 18663435  0 + 108868599 C

a score=941393.000000
s hg19.chr21    15081338 1131 +  48129895  
s panTro2.chr21 13809228 1134 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr14 18663435 1122 + 108868599  
i ponAbe2.chr14 C 0 N 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15082501 136 + 48129895 TCTCTTTGTTCTACATTAACAGGTCAGGAGAAGTATGGATGGGGAGGCTG-GAAAAGGGGCATCCTTCCCCATGCGGTCCCCAGAGCCACCTTCTCCAAGCAGGACTTGGGGAACAACCTCCTCCATCCAGGACCTA
s panTro2.chr21 13810394 136 + 46489110 TCTCTTTGTTCCACATTAACAGGTCAGGAGAAGTATGGATGGGGAGGCTG-GAAAAGGGGCATCCTTCCCCATGCGGTCCCCAGAGCCACCTTCTCCAAGCAGGACTTGGGGAACATCCTCCTCCATCCAGGACCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 11779207 136 + 72422247 TCTCTTTGTTCTACACTAACAGGTCAGGATAAGTATGGATGGGGAGGCTG-GAAAAGGGGCATCCTTCCCCATGCGGTCCCCAGAGCCATCTTCTCCAAGCAGGACTTGAGGAACATCCTTCTCCATCCAGGACCTA
i ponAbe2.chrUn C 0 I 408
s rheMac2.chr10 59116473 117 + 94855758 TCTCTTTGTTCTACATTAACAGGTCAGGATAAGTATGAATGGGGAGGCTGAAAAAAGGGGTATCCTTGCCCACGTGGTCCCCAGAGCCATATTCTCCAATCGGGATTTGGGGAACAT--------------------
i rheMac2.chr10 C 0 I 964

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s panTro2.chr21 13810530 608 + 46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 11779751 608 + 72422247  
i ponAbe2.chrUn I 408 I 8
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i rheMac2.chr10 I 964 C 0

a score=2886920.000000
s hg19.chr21    15083244 3606 + 48129895  
s panTro2.chr21 13811138 3609 + 46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 11780367 3620 + 72422247  
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13814747 252 + 46489110 ACAGCACACACATGCTCCTGGGAGCTTCAGACCCAGCAGTGTGGCTCAGGTGCCAGGTCAGGATGTGGGAGGACACAGTGTCTGCATGAATCTGTCACCTTTGCTAGCTGCCTTGTCCCACCAGGTAGAAGATGTGGCAATTGGAGCACAGCAGTAGGAAGCCCAGTGTCCCCCAACCTTCCACATCATACCCAGGACCTCTGAGGTGCATCTATATCCTGCACATCTAGGCTCTGAAAAGCAGGAGGTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59121828 252 + 94855758 ACAGCACACACACGCTCCTGAGAGCTTCAGACCCAGCAGTGTGGCTCAGGTGCCAGGTCCGGATGTGGGAGGACACCGTGTCCAGGTGAATCTATCACCTTTGCTAGCTGCCTTGTTTCACCAGGTAGAAGATGTGGCAATGAGAGCATTGTAGCAGGAAGTCCAGTGTCCCCCAACCTTCCACATCACACCCAGGACCTCTGAGGTGCATCTATATCCTGCACATCTGGGCTCTGAAAAGCAGGAGGTCCT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
e ponAbe2.chrUn 11783987   4 + 72422247 I

a score=482383.000000
s hg19.chr21    15087102 582 + 48129895  
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i rheMac2.chr10 C 0 I 551
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i ponAbe2.chrUn I 4 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=90801.000000
s hg19.chr21    15087684 108 + 48129895 CTCCCTTCACCTCTGAAAAACCAAACAGGATGCTTCTGTTCCTGGAAACGTGAATGCCCTTCGTGTGTTTTTTACTTTGACTAGAAACTCATCTGCAGCTGAAATATA
s panTro2.chr21 13815582 108 + 46489110 CTCCCTTCACCTCTGAAGAACCAAACAGGATGCTTCTGTTCCTGGAAACGTGAATGCCCTTCGTGTGTTTTTTACTTTGACTAGAAACTCATCTGCAACTGAAATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chrUn 11784570 108 + 72422247 CTCCCTTCACCGCTGAAAAACCAGACAGGATGCTTCTGTTCCTGGAAATGTGAATGCCCTTCGTGTGATTTTTACTTTGACTAGAAACTCATCTGCAACCAAAATAta
i ponAbe2.chrUn C 0 N 0
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i rheMac2.chr10 M 1630924 C 0

a score=496957.000000
s hg19.chr21    15087792 963 + 48129895  
s panTro2.chr21 13815690 963 + 46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 35603834 960 - 94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 n 0

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s hg19.chr21    15088755 77 + 48129895 GGATTCTTAGTTCCACAGGCCTCATGTCTATAGTTGCAGTAAGCAAGACTGAACT----CAGCCATGCTCACCTGCAGACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 59123212 81 + 94855758 GGATTCTTAGTTCCACAGACCTCGTGTCTACAGTTGCGGTAAGCAAGACTGAACTCAGCCAGCCACGCTCACCTGCAGACA
i rheMac2.chr10 I 551 C 0

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s hg19.chr21    15088832 385 + 48129895 CTGAGATGCTTGCTAGGAGGCTGTGGGGTGGAATACAAGACACGAGGGCTGACAAGGATGGGAAGAGCATCCCTTTCCTGGCTAGGG---------GCCTTGGCCAATTCAAAAATAGATAACATGGGGTCTCAGAGCTCCTGAGGCAAGAGCTACGTAGGCATTCAGAGATACCTGGATGATGGCATTGTCTTCAGTAGAACCTTGAAAAAGCACCAGGGACTCCCAGGCAACTTAGCTTAAATCTGTCTTGAGTAGAGCTGGTCTTTGGGATCTCCATCAAGTGGGTGATGCCTTTACCACCATGATAGCACATTATAAAGTTGGCCTTGCTAGCAGCAGGGACAGGCCTGATGTCACTGATCCTGAGGCAAGCATCTTATAAACCCATATA
s rheMac2.chr10 59123293 393 + 94855758 CTGAGATGTTTGCCAGGAGGCTGTGGAGTGGAATACAAGACACGAATGCTGACAAGGATGGGAAGAGCCTCCCTTTCCTGGCTGGGGGGAGGGGGAGACTTGGCCAATTCAAAAATAGATAACAGAAGGTCTCAGAGCTCCTGAGGCAAGAGCTACTTAGGCATTCAGAGATACTTGGATGATGGCATTGTCTTCATTAGAACCCTGAAAAAGCACCAGAGACTCCCAGGCAACTTAGCTTAAATCTCTCTTGAATAGAGCTAGTCTTTGAGATCTTCATCAAGTGGAGGA-GCCTTCACCACCGTGACAGCACATAATAAAGTCGGCCTTGTTAGCAGCAGGGACAGGCCTGATGTCACTGATCCTGAGGCAGGAATCTTGTAAGCCCATATA
i rheMac2.chr10 C 0 N 0
s panTro2.chr21 13816730 385 + 46489110 CTGAGATGCTTGTTAGGAGGCTGTGGGGTGGAATACAAGACACGAGGGCTGACAAGGATGGGAAGAGCATCCCTTTCCTGGCTAGGG---------GCCTTGGCCAATTCAAAAATAGATAACATGGGGTCTCAGAGCTCCTGAGGCAAGAGCTACGTAGGCATTCAGAGATACCTGGATGATGGCATTGTCTTCAGTAGAACCTTGAAAAAGCACCAGGGACTCCCAGGCAACTTAGCTTAAATCTGTCTTGAGTAGAGCTGGTCTTTGGGATCTCCATCAAGTGGGTGATGCTTTTACCACCATGATAGCACATTATAAAGTTGGCCTTGCTAGCAGCAGGGACAGGCCTGATGTCACTGATCCTGAGGCAAGCATCTTATAAACCCATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15089217 148 + 48129895 ATTTAATTTTGCAAAGGCTCAAGCTCATCACTGAGATCATCCTTTGTATGATGATCCATGAGGCCACCGTGAACAGCATGGATGGACCCAGGCCATGGAGGGGCCCTCTTCATCCTGGATGAGGAGCCCACAGTGGCCATTGCCCCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=246010.000000
s hg19.chr21    15089365 902 + 48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=9000.000000
s hg19.chr21    15090267 26 + 48129895 GTCCTAGAATGTTGTTGGTGGTTGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=228365.000000
s hg19.chr21    15090293 875 + 48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=33591.000000
s hg19.chr21    15091168 142 + 48129895 AATCTCTATAGCAAGCATTCAGAGCTCTTTGGATTAGACATCAGTGGCTGCAGTAATGTTACCTGAGAAACCCACACACTTTCTGAACACTGGCATGAGTATCCTTTCCTTTCGGTCCACTATATATGGAAAAACACTTTCA
s panTro2.chr21 13819069 140 + 46489110 AA--TCTATAGCAAGCATTCAGAGCTCTTTGGATTAGAGATCAGTGGCTGCAGTAATGTTACCTGAGAAACCCACACACTTTCTGAACACTGGCATGAGTTTCCTTTCCTTTCGGGCCACTATATGTGGAAAAACACTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=11670.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=240411.000000
s hg19.chr21    15091345 871 + 48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=69652.000000
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s panTro2.chr21 13820115 251 + 46489110 CCTGCCTGGACTCCCAGCCTCACAGCACAGCACCACAGCCTGGACTGCCCTCTGCCTGATACTTGCTTGGTTTGGAACTTTACTCCATCAAAGCATCCAAATAAAAATATGTAGACTCCCCACCCTATCCCATCTGCTATAGGGTTCTAATTCCCCCACAGACATCCCATCACAGTGCTTTCCCCCATGACGGGGGACTCCTGAGCTGGACTCCATCCCTCCCCTACCAGAAAAGCACAGGTGCTGTGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1114911.000000
s hg19.chr21    15092467 4154 + 48129895  
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s hg19.chr21    15096621 346 + 48129895 ATTACGGTGTTATTTCTCCGGTAGAAATTTTGCTTGGTGTATGGCACTTCCGGACCCATAAGATGATGTCAGTTGTATTTTGGGCTGGAAAAATTATGTCAAAATTATGGGGTAGATTTTATGGACACATTAATAGACTCCCCTGGAGTTTGATAATCTCACTTGTGAGTTTTGGACATGAACTACTATTACATATTGATGTTCGAATGTCGTTTCCAGACCCAGACCTAAATTCTTACTGTTCTAGTATCTTGATATCCACTTTGTTTTCTGACATCTATTTTTCCACAACCCAAACAAACAAAACCCCAAAACCATATACTTTTCCAGTTGAGGTTCAACTTTC
s panTro2.chr21 13824517 346 + 46489110 ATTACAGTGTTATTTCTCCGGTAGAAATTTTGCTTGATGTATGGCACTTCCGGACTCATAAGATGATGTCAGTTGTATTTTGGGCTGGAAAAATTATGTCAAAATTATGGGGTAGATTTTATGGCCACATTAATAGACTCCCCTGGAGTTTGATAATCTCACTTGTGAGTTTTGGACATGAACTACTATTACATATTGATGTTCGAATGTCGTTTCCAGACCCAGACCTAAATTCTTACTGTTCTAGTATCTTGATATCCACTTTGTTTTCTGACATCTATTTTTCCACAACCCAAACAAACAAAACCCCAAAACCATATACTTTTCCAGTTGAGGTTCAACTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=28515.000000
s hg19.chr21    15096967 104 + 48129895 TCACAGTAAATCCCTGCCCATCTGGGATTACAGGAGTAATAGCAACACAGTGTGTGTTTATAGATAGCAGCAATAATACATTTATtatatataatataataaat
s panTro2.chr21 13824863 104 + 46489110 TCACAGTAAATCCCTGCCCATCTGGGATTACAGGAGTAATAGCAACACAATGTGTGTTTATAGATAGCAGCaataatacatttattatatgtaatataataaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8261.000000
s hg19.chr21    15097071 151 + 48129895 gtattaatattatatatttgtatatatacaaatatatataattacatatatttattaaatat---ataAGTAAAA----ATTTATtatatataaattttaatttatatataaaattacatatatagtaatatgtattgaaatacatattactataaat
s panTro2.chr21 13824967 125 + 46489110 gtattaatattatatatttgtatatatacaaatatatataattacatatatttattaaatatataATAAATAAAATTTtatttattatatataaattttaatttatatataaaattacatatata---------------------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=75487.000000
s hg19.chr21    15097222 287 + 48129895 gtaatatgtattgaaatacatattactataaatgtaatatgtatttcatttgtgtatatgtcaatatacacaaatGGAAGCAATGACTACGTAATAAGTGCTAAGTCttttttgttcttgttgttttgagatcaagtgtcactcttgtttcccaggctggagtgcaatggtgcaatctcggctactgcaaccactgctgcccgagttcaatcgattctcccctcagcctcccaagtagctgggattacaggtgtgtgccaccacacccggctaatttttgtattttt
s panTro2.chr21 13825092 287 + 46489110 gtaatatgtattgaaatacatattactataaatgtaatatgtatttcatttgtgtatatgtcaatatacacaaatGGAAGCAATGACTATGTAATAAGTGCTAAGACttttttgttcttgttgttttgagatgaagtgtcactcttgtttcccaggctggagtgcaatggtgcaatctcggctactgcaaccactgctgcccgcgttcaatcgattctcccctcagcctcccaagtagctgggattacaggtgtgtgccaccacacccggctaatttttgtattttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15097509 711 +  48129895  
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i ponAbe2.chr18 N 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23822982 705 - 138028943  
i rheMac2.chr13 N 0 C 0

a score=1217809.000000
s hg19.chr21    15098220 2280 +  48129895  
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s hg19.chr21    15100500 4920 +  48129895  
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s hg19.chr21    15105420  240 +  48129895 aataaaaaaaaCAAATTTAGTGGACAAAGTGAGTAGCTA-TCTTTTCTGCTTTCATCTCACTAAACCTAG----TTTAATAATCAGATTGCAATAACATAATAAATTTTATAGTAAGATTGTATGTAATTACCTATATATTGGAAGACAAGGGAAAATTTATAACTGTGAGTGCTGATGAAGCTAACATATTACCTGCATTTTGAAGTGTGAATGAACATTCAACAGG-----------------AATGCACTTATTTCATG
s panTro2.chr21 13833290  256 +  46489110 aataaaaataagaAATTTAGTGG--AAAGTGAGTAGCTATTTTTTTCTGCTTTCATCTCACTAAATCTAG----TTTAATAATCAGATTGCAATAACATAATAAATTTTATAGTAAGATTGTATATAATTACCTATATATTGGAAGACAAGAGAAAAGTTATAACTGTGAGTGCTGATGAAGCTAACATTTTACCTGCATTTTGAAGTGTGAATGAACATTCAACAGGAAAAAAGGGCAGAAAAAAATGCACTTATTTCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23823687  236 - 138028943 -------------------------AAAGTGAGTAGCTA-TGTTTTCTGCTTTCATCTCACGAAATCTAGTTTATTTAATAATCAGATTGCAATAACATAATAAATTCTATAGTAAGATTGTATATAATTAGCTATATATTGGAAGAGGAAGAAAAAGTTGTAACAGTGATTGCTGATGAAGCTAACATCTTCCCTGCATTTTGAAGTGTGAATAAACATTCAGCAGGAAGAAAAGGCAGAAAAAAATGTACTTATTTCATG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 I 6169
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s rheMac2.chr13 23827723 270 - 138028943 tgaggggcctgtgtgctaaagcttttattggactccaaggtattacctaggtgggtttccatgggagttcaaattttcgagttcaaagcagcaagctgttgcaagttctatgtggccacactattaccgagaggttgtcgctgcagcatattggtgcagtctgtgggggatggaggagtcagtggggtaagccaataggtgatatatagctatcccatagggaaggtggtcaacagggggcaatcgtataaggcagatatctggattgac
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17440483 267 +  94050890 tgagggacctgtgtgctaaagcttttattggagtccagggtattatctaggtgggtttccatgggagttctaatttgtgagtttaa---agcaagctgttccaagtcctatgtggccacgctgttaccgagaggtggtcgctgcagcatatctgtgcagtctatgggggatggaggagtcagcggggtaagccaatagatgatatctaactgttccttagggaaggtggtcaacagtgggcaattgtataagggagatatctggattgac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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s rheMac2.chr13 23828951 197 - 138028943 CCTTGTTTTAATAACAATAaatcttgttgttgttatttaataacaatcttgttattgttatttaataacaatAAATATTTAGAGAATATGCTGTAGCATATTCTCTAAATATAATTTACTCATGATAATAATTAATCAACATTACAGAAGAAAGCTATAAATGTAAGGTGataatataacataaaatatatacttat
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15111953 281 +  48129895 AAACATTTAGTGTAAATGTGCATATAAAAGGAGAAAAAAGGAAATACATTAAGATGATAATACTGTAGGTAGGTAGGGAGATTTTGGTAGTTTACTTTTTCACATATTCCAAAATATTTAATTACTATTTTATAACTTACATAAATTGTAGAATAACTTCTCTTGTTTAGTAACAGCATAGAGAGGGGTAAAACTGGCAGAAATGGATATGTTTGATCAATGTTGATCCTTCAAACTACAGTGATCCACTTCTGAGAAC-AGGGACTCATATTTAATGAGGG
s rheMac2.chr13 23829246 273 - 138028943 AAACATTTAGTGTAAATGTGCATATAAAATGAGAAAAA--GAAAAACATTAAAATGATAGTACTGTAGGTAGGTAGGGGGATTGTGGTGGTTTAATTTTTCACATATTCCAAAATCTTTAATTACTATTTTATAAGTTACATAAATTGTAGAATAACTTTTCTTGTTTAGTAACAGCATAAAGGAGAGTAAAACTGGCAGAAATGGGTATGTTTGATCAATGTTGATCCTTCAAACTATAGTGATCCACTTCTGAGAACGAGGAGCTCACGTTT-------G
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17441908 281 +  94050890 AAACATTTAGTGTAAATGTGCATATAAAAGGAGAAAAAAGGAAATACATTAAGATGATAATACTGTAAGTAGGTAGGGAGATTGTGGTAGTCTACTTTTTCACATATTCCAAAATATTTAATTACTATTTTATAACTTACATAAATTGTAGAATAACTTCTCTGGTTTAGTAACAGCACAGAGAGGAGTAAAACTGGCAGAAATGGATACGTTTGATCAATGTTGATCCTTCAAACTACAGTGATCCACTTCTGAGAAC-AGGGACTCACATTTAATGAGGG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13838517 281 +  46489110 AAACATTTAGTGTAAATGTGCATATAAAAGGAGAAAAAAGGAAATACATTAAGATGATAATACTGTAGGTAGGTAGGGAGATTGTGGTAGTTTACTTTTTCACATATTCCAAAATATTTAATTACTATTTTATAACTTACATAAATTGTAGAATAACTTCTCTTGTTTAGTAACAGCATAGAGAGGGGTAAAACTGGCAGAAATGGATATGTTTGATCAATGTTGATCCTTCAAACTACAGTGATCCACTTCTGAGAAC-AGGGACTCATATTTAATGAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=208479.000000
s hg19.chr21    15112234 155 +  48129895 AGTAAGCCAGGTTCTTACAGAGCGTGAGATTCAGCTTCTCCTGTCATGAGATGGGGTCAGGCTCTGGGCCAGGAGAGCAATGGCCAGCTTTGGAAGCTATATCTCAGGTCACATTCAAAAGCACACATTTCCAACTCTTTTCCCAACGCTGCTTT
s rheMac2.chr13 23829519 155 - 138028943 AGCAAGCCAGGTTCTTACAGAGCGTGAGATTCAGCTTCTCCTGTCATGAAGCGAGGTCAGGCTCTGGGCCAGGAGAGCATTGGTCAGCTTTGGAAACCATATCTCAGGTCACATTCAAAAGCACACATTTCCAAGTCTTTTCCCAACACTGCTTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17442189 155 +  94050890 AGTAAGCCAGGTTCTTACAGAGCCTGAGATTCAGCTTCTCCTGTCATGAGATGGGGTCAGGCTCTGGGCCAGGAGAGCAATGGCCAGCTTTGGAAGCTATATCTCAGGTCACATTCAAAAGCACGCCTTTCCAATTCTTTTCCCAACACTGCTTT
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13838798 155 +  46489110 AGTAAGCCAGGTTCTTACAGAGCGTGAGATTCAGCTTCTGCTGTCATGAGATGGGGTCAGGCTCTGGGCCAGGAGAGCAATGGCCAGCTTTGGAAGCTATATCTCAGGTCACATTCAAAAGCACACATTTCCAACTCTTTTTCCAATGCTGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr13 23829674 189 - 138028943 TGTCACATTAGAATGAAATTTGCCCTCTGAGTTGAAATATTCTATAAAAAACACAAATCTGCTTAAGTTAAAATTTAAAGTTAGCTTCTCTGACAGCCAGGATGTGAAGAGACAGTAAAGAGATTCCGACTTTTGGCATTGTCAGCAGTTTCCCCTGACAGTGGAGCTCTGTCTTCCTGCAACCTGCAG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17442344 189 +  94050890 TGTCACATTAGAATGAAATTTGCCCTCTGAGTCGAAATATTCTATAAAAAACACAATCTTGCTTAAGTTAAAATTTAAAGTTAGCTTGTCTGACAGCTGGGATGTAAAGAGACAGTGAAAGGATTCTGACTTTTGGCATTGTCAGCAGTTTCCCTTGAGAGTGGAGCCCTGTCTTCCTGCAACCTGCAG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13838953 189 +  46489110 TGTCACATTAGAATGAAATTTGCCCTCTGTGTTGAAATATTCTATAAAAAACACAATCTTGCTTAAGTTAAAATTTAAAGTTAGCTTGTCTGACAGCTGGGATGTAAAGAGACAGTGAAAGGATTCTGACTTTTGGCATTGTCAGCAGTTTCCCTTGAGAGTGGAGCCCTGTCTTTCTGCAACCTGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15112578 329 +  48129895 CTCTCGCTTTCCTGCTGTGACTGAGCCAGTGGGATCGTCGGCCAGGAGAGGGC-GCCTCACTCAGTGAGACATAAATCCAAC-GCACCCTATGAGGGCACTAGGAAGGTGAAACGCAATCCTCACCTACACTTGCTCTGCTCTCTGCCGTTTCAGCATTCCACCTTAGGGCGTCAGGCTTAACTTTGCAGGTGTTAAATCTCCGTGTGTCCATGAAACACTTCAAGTACTATTTCAGCAGCTTGGAGAAATCCCAAACACAAGTCAGGAAGTTATCTCCGTCAGAGGCTTGCCGCCTCACCCCTGCATGGCTCTCAGAGAAAGCTTCCTTT
s panTro2.chr21 13839142 330 +  46489110 CTCTCGCTTTCCTGCTGTGACTGAGCCAGTGGGATCGTCGGCCAGGAGAGGGA-GCCTCACTCAGTGAGACATAAATTCAACAGCACCCTATGAGGGCACTAGGAAGGTGAAACGCAATCCTCACCTACACTTGCTCTGCTCTCTGCCATTTCAGCATTCCACCTTAGGGCGTCAGGCTTAACTTTGCAGGTGTTAAATCTCCGTGTCTCCATGAAACACTTCAAGTACTATTTCAGCAGCTTGGAGAAATCCCAAACATAAGTCAGGAAGTTATCTCCATCAGAGGCTTGCCGCCTCACCCCTGCATGGCTCTCAGAGAAAGCTTCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17442533 330 +  94050890 CTCTCGCTTTCCTGCTGTGACTGAGCCAGTGGGATCGTCGGCCAGGAGAGGGC-GCCTCACTCAGTCAGACATAAATCCAACAGCGCCCTACGAGGGCACTAGGAAGGTGAAACGCAATCCTCACCTACACTTGCTCTGCTCTCTGCGGTTTCAGCATTCCACCTTAGGGCGTCAGGCTTAACTTTGCAGGTGTTAAATCTCCGTGTGTCTGTGAAACACTTCAAGTACTATTTCAGCAGCTTGGAGAAATCCCAAACACAAGTCAGGAAGTTATCTCCGTCAGAGGCTTGCCGCCTCACCCCTGCGTGGCTCTCAGAGAAAGCTTCCTTT
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23829863 331 - 138028943 CTCTCGCTTTCCTGCTGTGACTGAGCCAGTGGGATCATTGGCCAGGAGAGGGCGGCCTCACCCAGTGAGACATAAATCCAGACGCGCCCTATGAAAGCACTAGGAAGGTGAAATGCAATCATCACCTACACTTGCTCTGCTTTCTGCGGTTTCAGCATTCCACCTTAGAGCGTCAGGCTTAACTTTGGAGGTGTTAAATTTCCATGTGTCCGTGAAACACGGCAAGTACTATTTCAGCAGCTTGGAGAGATCCCAAACACAAGTCAGAAAGTTACCTCCGTCAGAGGCTTGCCGCCTCACCCCTGCATGGGTATCAGAAAAAGCTTCCTTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15112907 150 +  48129895 CTGTAAGACACATTCCAATCATCACACTGTGGCTAAAAGGCTAAATATAGGAGAGACATTTGCCAAGATATAGCAAAGCCGATGTTGGTTTGCCTAGGCAATTTGATAAATGATGATTGTGTGCAGGTGGTGCCTAAATAGACCATAGAC
s panTro2.chr21 13839472 150 +  46489110 CTGTAAGACACATTCCAATCATCACACTGTGGCTAAAAGGCTAAATATAGGAGAGACATTTGCCCAGATATAGCAAAGCCGATGTTGGTTTGCCTAGGCAATTTTATAAATGATGATTGTGTGCAGGTGTTGCCTAAATAGACCATAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17442863 150 +  94050890 CTGTAAGACACATTCCAATCATCGCACTGTGGCTAAAAGGCCAAATATCGGAGAGACATTTGCCCAGATATAGCAAAGCCGATGCTGGTTTGCCTAGGCAATTTGATAAATGATGATTGTGTGCAGGTGTTGGCTAAATAGACCATAGAC
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23830194 149 - 138028943 CTGCAACACACATTCCAATCATCACACCGTGGCTAAAAGGCCAAATATAGGAGAGACATTTGCCCAGATATAGCAAAGCTGATGTTGGTTTGCCTAGGCAATTTTATAAATGATGATTGTGTGCAGGTGTTGGATAAATAG-CCGTAGAC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15113057 49 +  48129895 TACATATTAAGATAACTTATGAGGTCTGCTGGAGAGAATGGGAAAGTGG
s rheMac2.chr13 23830343 49 - 138028943 TACATACTAAGATAACTTCTGAGGTCTGTTGGAAAGAACGGGAAAGTGG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17443013 49 +  94050890 TACATATTACGATAACTTATGAGGTCTGCTGGAGAGAATGGGAAAGTGG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13839622 49 +  46489110 TACATATTAAGATAACTTATGAGGTCTGCTGGAGAGAATGGGAAAGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15113106 171 +  48129895 GTGTGTGTGGATGTTTGGCACAGCCTGGGGCTATGGCTATAAGAACCTGAGTCTAGGATTTGCCATAGAATATTCTGTGAGCAAAAAAGACACCTACTTCTCAGTTATAATCCTCATAAGaatttttataatattttttaagctgtgcaatccacagctgtgtaa--ctgaga
s panTro2.chr21 13839671 171 +  46489110 GTGTGTGTGGATGTTTGGCACAGCCTGGGGCTATGGCTATAAGAACCTGAGTCTAGGATTTGCCATAGAATATTCTGTGAGCAAAAAAGACATCTACTTCTCAGTTATAATCCTCATAAGaatttttataatattttttaagctgtgcaatccacagctgtgtaa--ctgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17443062 171 +  94050890 GTGTGTGTGGATGTTTGGCACAGCTTGGGGCTATGGCTATAAGAACCTGAGTCTAGGATTTGCCATAGAATATTTTGTGAGCAAAAAAGACACCTACTTCTCAGTTATCATCCTTATAAGaatttttataatattttttaagttgtgcaatccacagctgtgtaa--ctgaga
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23830392 173 - 138028943 GTGTGTGTGGATGTTTGGCACAGCTTGGGGCTATGGCTATAAGAACCTGAGTCTATAATTTGCTACAGAATATTCTGTGAGCAAAAAAGACACCTACTTCTCAGTTATAATTCTCATTAGGATTTTTGTAACTTTTTTTAAGCTGTGAAATCCACagctgtgtaactctgaga
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15113277 28 +  48129895 aaaatcacttaacctgtctgaacctagg
s rheMac2.chr13 23830565 28 - 138028943 aaaatcaattaacctgtctgaacctcgg
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17443233 28 +  94050890 caaatcacttaacctgtctgaacctagg
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13839842 28 +  46489110 aaaatcaattaacccgtctgaacctagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=266494.000000
s hg19.chr21    15113305 102 +  48129895 tttcctcaAATATATTCAGTCTGCACTCCCAGGACCTCACTTTAAGAGAAACCTGAATCTCTTGAGCACGAGCATGTGGATGGGTGTTATTCCCTTCCTGCA
s rheMac2.chr13 23830593 102 - 138028943 tttcctcaAATATATTCAGTCTGCACTCCCAGGACCTCACTTTAAGAGAAACCTGAATCTCTTGAGCACAAGCATTTGGATGGGTGTTATTCCTTTCCTGCA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17443261 102 +  94050890 tttcctcaAATATATTCAGTCTGCACTCCCAGGACCTCACTTTAAGAGAAACCTGAATCTCTTGAGCACGAGCATTTGGATGGGTGTTATTCCCTTCCTGCA
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13839870 102 +  46489110 tttcctcaAATATATTCAGTCTGCACTCCCAGGACCTCACTTTAAGAGAAACCTGAATCTCTTGAGCACGAGCATTTGGATGGGTGTTATTCCCTTCCTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15113407 51 +  48129895 CACCTTCTGTGCTTCAAAGAGAGAACTTATGTAACCTTTTTCCTCATGTAT
s rheMac2.chr13 23830695 51 - 138028943 CACCTGCTGTGTTTCAAGTAGAGAACTGATGTAACCTTTTTCCTCATGTAT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=227105.000000
s hg19.chr21    15113458 96 +  48129895 CCCTGCTTTGAAACCTGTAAATTTCTATCTTTCTCTGCCCCTTTCTGACTTC-TTTTATTATTATTTTCAACCTCATCGATTTCTTCAAATTACTTT
s rheMac2.chr13 23830746 97 - 138028943 CCCTGCTTTGAAATCTGTAAATTTCTATCTTGCTCTACCCCTTTCTGATTTCTTTTTATTATTATTTTCAACTTCATCGATTCCTTCAAACTACTTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17443414 96 +  94050890 CCCTGCCTTGAAACCTGTAAATTTCTATCTTTCTCTGCCCCTTTCTGACTTC-TTTTATTATTAGTTTCAACCTCATCGATTTCTTCAAACTACTTT
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=250019.000000
s hg19.chr21    15113554 118 +  48129895 CCATCCACTAAATATTTCTAATGAGCCCTGTACATTTTTCTGTACCACTGTGGAAAAAAAGTAAAATAATTTCTG-TCTTAACAAAGGATTGCCGCACCCATCTGGCATTAAAAGGAAG
s panTro2.chr21 13840119 118 +  46489110 CCACCCACTAAATATTTCTAATGAGCCCTGTACATTTTTCTGTACCACTGTGAAAAAAAAGTAAAATAATTTCTG-TCTTAACAAAGGATTGCCGCACCCATCTAGCATTAAAAGGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17443510 117 +  94050890 CCATCCACTAAATATTTTTAATGAGCCCTGTACATTTTTCTGTACCACTGTGGAAAAAAAGT-AAATAATTTCTG-TCTTAACAAAGGATTGCCGCACCCATCTAACATTAAAAGGAAG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23830843 118 - 138028943 CCATCCACTAAATATTTCTAATGAGCCCCGTAAATTTTTCTTTACCGCTGTGG-AAAAATGTAAAATATTTTTTGTTCTCAACAAAGGACTGCCAACCCCATCTAGCATTAAAAGGAAG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=297380.000000
s hg19.chr21    15113672 213 +  48129895 AAGAAAAAGCGGGACACATTAAAAACAATAAGCGTTGATTTCTCTGGCTGTACCTACAGACCTGTTACTGTGAGGCCTTTAATCCATCTTCACCGCCGCTTTCTTCCCTTGC-TTTGTCTTTTAAAGTTTCAGGGGACTGTCACAAACAGGGTCTTACTCAGGGCCTCCTGCTGCTGCTCTGTGGCCTTGTTGAGCCCGTGGGGCTGGTTCCTG
s rheMac2.chr13 23830961 209 - 138028943 AAGAAAAAGTGTGACACATTAAAAACAATAAGCACTGATTTCTCTGGCTCTACTTACAGATCTGTTTTTGTGAGGCCTTTTGTCCATCTTCACCGCCG----CTTCTCTTGCATTTGTCCTTTAAAGTTTCAAGGGACTCT-ACAAATAGGGTCTTACTCAGGGCCTCCTGCTGCTGCTGTTTGGCATTGCTGAGCCCGTGGGGCTCGTTCCTG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17443627 213 +  94050890 AAGAAAAAGCGGGACACATTAAAAACAATAAGACTTGATTTCTCTGGCTCTACCTACAGACCTGTTACTGTGAGGCCTTTAGTCCATCTTCACTGCCACTTTCTTCCTTTGC-TTTGTCTTTTAAAGTTTCAGGGGACTCTCACAAACAGGGTCTTACTCAGGGCCTCCTGCTGCTGCTCTGTGGCCTTGTTGAGCCTGTGGGGCTGGTTCCTG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13840237 212 +  46489110 AAGAAAAAGCGGGACACATTAAAAACAATAAGCGTTGATTTCTCTGGCTCTACCTACAGACCTGTTACTGTGAGGCCTTTAATCCATCTTCACCGCCGCTTTCTTCCCTTGC-TTTGTCTTTTAAAGTTTCAGGGGACTGTCACAAACAGGGTCTTACTCAGGGCCTCCTGC-GCTGCTCTGTGGCCTTGTTGAGCCCGTGGGGCTGGTTCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=261812.000000
s hg19.chr21    15113885 160 +  48129895 TGGCTCCTCCTGGCCAGTTGTCCACCGCAGGTGCCATGGATCCAAGAATTACCTCTGCTGGGCACCTCCCTCCCACACAATGGCACCCTGCTTCCAGGACATGCTGAGTCCTATCTCAAGGCATTCTTGGTCTTCCCTCAATGTTGCAGAGTAATATTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23831170 160 - 138028943 TGGCTCCTGCTGGCCAGTTGTCCACTGCAGGTGCCACGGATCCAAGAATTACCTCTGCTGGGCACCTCCGTCTCACACAATGGCACCCTGATTCCAGGACATGCTAAGTCCCATCTCAAGGCATTCTTGGTCTTCCCTCAATGTTCAAGAGTAATATTGT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=179138.000000
s hg19.chr21    15114045 136 +  48129895 TTTATCTAGAACATTCCTGTGTTGAAGCTCAGTAAATGTCAGCACAAGTAGGCAAAAGTGTATTGCTTTGGGTGGTAAACTTTCTCCATGCTCTCcccggaccccttcttatccactttaccagccatgtgaatgc
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17444000 136 +  94050890 TTAATCTAGAACATTCCTGTGTTGGAGCTCAGTAAATGTCAGCACAAGTAAGCAAAAGTGTAATGCTTTGGGTAGTAAACTTTCTCCATGCTCTCCCCGGACCCCTTCTTatccactttaccagccatgtgcatgc
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13840609 136 +  46489110 TTTATCTAGAACATTCCTGTGTTGAAGCTCAGTAAATGTCAGCACAAGTAGGCAAAAGTGTATTGCTTTGGGTGGTAAACTTTCTCCATGCTCTCCCCGGACCCCTTCTTATCCACTTTACCAGCCATGTGAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=254628.000000
s hg19.chr21    15114181 176 +  48129895 atcctatagcttctctgtgctttgttccaaatggcctgcccctgtgaccttcttcagaggctgaccatgggccagtccctccctccc--agagagagcctggaatgcctggtagtgtagt----tctagggaagcctatagccaatgactgtgcaagattctgaaagcctgactccctttcc
s panTro2.chr21 13840745 176 +  46489110 ATCCTATAGCTTCTCTGTGCTTTGTTCCAAATGGCCTGCCCCTGTGACCTTCTTCAGAGGCTGACCATGGGCCAGTCCATCCCTCCC--AGAGAGATCCTGGAATGCCTGGTAGTGTAGT----TCTAgggaagcctatagccaatgactgtgcaagattctgaaagcctgactcactttcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17444136 176 +  94050890 atcctgtagcttctctgtgctttgttccaaatggcctgcccctgtaaccttcttcagaggctgaccatgggccagtccatccctccc--agagacagcctggaatgcctggtagtgtaga----tctagggaagcctatagccaatgactgtgcaagattctgaaagcctgactccctttcc
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23831466 182 - 138028943 ATCCTGTAGCTTCTCTGTGCTTTGTTCCAAATGGCTTGCTCCTGTGACCTTCTTCAGAGGCTGACCTTGGGCCAGTCCAACCCTCCCAAAGAGAGAGCCTGGAATGCCTGGTACTGTAGATCTGTCTAgggaagcatatagccaatgactacgcaagattctgaaagcctgattccctttcc
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=218879.000000
s hg19.chr21    15114357 105 +  48129895 tcaaaatggggcaaattctgacataatttatggtctagagctcccc-aaagatctggctaaggccagggagttggctaaaattgtgcctttctctgttcttcattt
s rheMac2.chr13 23831648 106 - 138028943 tcaaaatggggcaaattctgacataatttatggtctagagctccccaaaagatctggctaaggccagggagttggctaaaattgtgcctttctctgttcttcattt
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=166376.000000
s hg19.chr21    15114462 99 +  48129895 ccttttctcttgtgttcttctcctggcccttaataaataccctgttcatgatctgtgtctcagagttggcttctggagGTCCAGCCTTAGGTATTTGGT
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23835935 37 - 138028943 TGCCTAAGAACTGCACAGAGGGTTAAAACGCCCCATT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=49902.000000
s hg19.chr21    15116910 45 +  48129895 ctcccagctccatgcagagatccttaaagacagtcccagttgcgg
s panTro2.chr21 13843483 45 +  46489110 CTCCCAGCTCCATGCAGAGATCCTTAAAGACAGTCCCAGTTGCgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17446863 45 +  94050890 CTCCCAGCTCCATGCAGAGATCCTTAAAGACAGTCCCAGTTGCgg
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23835972 45 - 138028943 CTTCCAGCTCTGTGCAGATATCCTTAAAGACAGTCCCAGCTGTgg
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=210910.000000
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s panTro2.chr21 13843528 285 +  46489110 ccgggtgtggtggctcatgcctgttatcccagcactttggaaggctgaggcaggcggatcaagaggtcaggagttcaagaccagcctggccaatatagtgaaacctcatctctactaaaaatacaaaaattagccaggtttggtggcaggtgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaagcaggaggattgcttgaacccaggaggcagaggttgcagtaagctgagatcacgccactgcattccagcctgggttacagaggaagactcagtctc-----------aaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17446908 271 +  94050890 ccgggtgcggtggctcatgcatgtaatcccagcactttggaaggccgaggcaggcagatcaagaggtcaggatttcgagatcagcctggccaatagagtgaaacctcatctctactaaaaatacaaaaattagccaggtttggtggcaggtgcctgtaatcccagctactcaggaggctaaaacaggaggattgcttgaacccaggaggcagagtttgcagtgagctgagatcatgccactgcattccagcctgggtga------------cagtctc-------------aaaaa
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23836017 273 - 138028943 tcaggtgtggtggctcactcctgtaatcccagaactttgggaggtcaaggcaggtggatcaagaggtcagaagttcgagactaacctggccaatataatgaaaccccgtctctactaaaaatacaaacattagccgagtttggtggcagttgcctgtaatcccagctact-------------caggtggatcgtttgaacccaggagggggaggctgcagggagttgagacctcgccactgcactccggc----------gagcaagactcagactcaggggggaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s rheMac2.chr13 23836290 460 - 138028943 aaGACAGTCTCAGTTGCAGGCCTTCAGAAGCAAAGCAGAAAGCAGCTGGAAGAGGCTTACAGAAAGAGCAAAAGGAATGCAGGGTATC--TGTGTGGTGTCAACAGTGCTCACTATTACTGTGAAtgaatatctgagtccccccaaaattcatatattgaagcctaatccccaagttgttgatatttggaggtggggccttggggaggtgactaggtcatgagcgtgaaaccctcatagatgtgatttctgcctttacaagaaaagatgatctccctctctccaccatctaaggatacaagatgacagctgtctgcaaatcaggaggtgggtcttcgccagtcacggagtctgctgaca-cctgatcctggact-tcctaggctccagaactccagaaatcaatctctgttgtttaaatcactcagtctatggtatctcgttaaagcagcccaaactgactaag
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17447179 459 +  94050890 aaagaaaTCTCAGTTGCAGGCCTTCGGAAGCAAAGCACAAAGCAGCTTGAAGAGGCTTACAGAAAGAGCAAGAGGAATGCCGGGTATCTGTGTGTGGTGTCAACAGTGCTCACTATTACTGTGAAtgaatatctgtgtcccgccaaaatttatatattgaagtgtaacccccaagttgatgatatttggaggtggagccttggggaggtgattaggtcgtgagtgtggagacctc-taggtgtgattcctgcccttataagaaaagat-atct--ctctctccaccatctaaggatacaagaagacagctgtctgcaaaccaggaagggggtcttcgccagtcacagagtctgctgacatccggaccctggact-tcctaggctccagaactccagaaatcaatctctgttgtttaaatcactcagtctatggtgtcttgttatagcagcccaaactgactgag
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13843813 454 +  46489110 aaaaaaGTCTCAGTTGCAGGCCTTCGGAAGCAAAGCACAAAGCAGCTGGAAGAGGCTTACAGAAAGAGCAC-AAGAATGTGGGGTATCTGTGTGTGCTGTCAACAGTG----CTATTACTGTGAAtgaatatctgtgtccccccaaaattcatatattgaagcctaacccccaagttgatgatatttggaggtggggccttggggaggtgattaggtcatgagtgtggagccctcataggtgtgattcctgcctttataagaaaagatgatct--ctctctccgccatctaaggatacaagaagacagc-atctgcaaaccaggaagggggtcttcaccagtcac--agtctgctgacaccctgaccctggactatcttaggctccagaactccagaaatcaatctctgttgtttaaatccctcagtctatgatatcttgttatagcagcccaaactgactaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13844267 34 +  46489110 acaATTATACATGTCAAAATCCTTTCTAATCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17447638 34 +  94050890 acaATTACACATGTCAAAATCCTTTCTAATCTGT
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23836750 34 - 138028943 aAAATTATACATGTCAAAATCCTTTCTAATCTGG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=204337.000000
s hg19.chr21    15117728 77 +  48129895 GGATCTGGGCTTTGCAACTTTGCATGTCTCACAGCCAGCAGAGGATTCTATTATTAATGGTAATCCATGTCAAATTT
s rheMac2.chr13 23836784 77 - 138028943 GGGTCTCAGCTTTGTGACTTTGCGTGTCTCACAGCCAGCAGAGGATTGTATTATTAATGGTAATCCATGTTGAATTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13844301 77 +  46489110 GGATCTGGGCTTTGCAACTTTGCATGTCTCACAGCCAGCAGAGGATTCTATTATTAATGGTAATCCATGTCGAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15117805 18 +  48129895 AATACT------ATAAGAATTTTT
s panTro2.chr21 13844378 18 +  46489110 AATACT------ATAAGAATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17447749 18 +  94050890 AATACT------GTAAGAATTTTT
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23836861 24 - 138028943 AATACTAATACCATAAGAATTTTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15117823 269 +  48129895 CATAAAATCAATTTGTTTTTAACCTTTTGGCTATCAAACTAGTTGTAATTTGAAATCCAAGACAATTAAATCTTTGTAAAATGTGGGTCTTTTTGTAAGATGACTTTAACCACAGAGAAAATGTAAAATTTTAGGAAGGGTAAGACATGTAGTTAGCACTGAGATTACTATGTGAGGCCTAATGTTATCTATGTGTAAGGCAATCATCAGTGTTACATTTCATTAGAAAGATGGCTTTTAAAAAACAACTAGCgccaaggtgggcagat
s panTro2.chr21 13844396 269 +  46489110 CATAAAATCAATTTGTTTTTAACCTTTTGGCTATCAAACTAGTTGTAATTTGAAATCCAAGACAATTAAATCTTTGTAAAATGTGGGTCTTTTTGTAAGATGACTTTAACCACAGAGAAAATGTAAAATTTTAGGAAGGGTAAGACATGTAGTTAGCACTGAGATTACTCTGTGAGGCCTAATGTTATCTATGTGTAAGGCAATCATCAGTGTTACATTTCATGAGAAAGATGGCTTTTAAAAAACAACTAGCAccaaggtgggcagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17447767 268 +  94050890 CATAAAATCAATTTGTTTTTAA-CTTTTGACTATCAAACTAGTTGTGATTTGAAATCCAAGACAATTAAATCTTTGTAAAATGTGGGTCTTTTTGTAAGATGACTTTAACCACAGAGAAAATGTAAAATTTTAGAAAGCATAAGGCATGTAGTTGGCACTGAGATTACTATGTGAGGCCTAATGTCATCTATGTGTAAGGCAATCATCAGTGTTACATTTCATTAGAAAGATGGTTTTTAAAAAACAACTAGCgccaaggtgggcagat
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23836885 268 - 138028943 CATAAAATCAATTTGTTTTTAATCATTTGACTATCAAACTAGTTGTGATTTGAAATCCAAGACAATTAAATTTTTGTAAAATTTGGGTCTTTTTGTAAGATGACTTTAACCACAGAGAAAATGTAAAATTTTAGAAGGTGTAAGAC-TGTAGTTAGCACTGAGATTAGTATGTAAGGTCTAATGTCATCTATGTGTAGGGCAATCATCAGTGTTACACTTCATTAGAAAGATTGCTTTTAAAAAACAACCAGCgcctaggcagatggat
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17448035 153 +  94050890 cacctgaggtcaggagttcgagaccagcttgcccaacatggtgaaaccccatctttattaaaaatac-aaaaaattaggtgggtgtggtggcagatgcctgtaattccagctacttgggaggctgaggcaggagactcgcttgaacccagaagg
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23837153 144 - 138028943 cacgtgaggtcaggagttcgagatcagcctgcccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatac-aaaaaactagctgggtgtggtggcagacacctgcaatcccagctacgtgggaggctgaggcaggaaaatcgcttgaa---------
i rheMac2.chr13 C 0 I 18

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s hg19.chr21    15118246 94 +  48129895 cagaggttgcagtgagccgagattgctcgactgtactccagcctgggtgacaagagtgaaactctgttaaaaaacaaaaaaaagaa-aaaagaaa
s panTro2.chr21 13844819 94 +  46489110 cagaggttgcagtgagccgagattgctcgactgtactccagcctgggcgacaagagtgaaactctgttaaaaaaaaaaaaaaagaa-aaaagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17448188 95 +  94050890 cagaggttgcagtgagccaagattgctcaactgtactccagcctgggcagcaagagtgaaactccattaaaaaaaagaaaagaaaattaaagaaa
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23837315 73 - 138028943 cggagattgcagtgagctgagatcgcacaactgcactccagcctgggcgacaagagtaaaactctgtcaaaaa----------------------
i rheMac2.chr13 I 18 I 21

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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23837409 76 - 138028943 ---AGCCAGCTTCACAATGGAGGCAGTTCTATAATTTGTTGGGATTTTGGAACGGCAGTGAGCTACATATCTTTTCTTT
i rheMac2.chr13 I 21 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23837485 22 - 138028943 CATGTTCTAACATATAGAAGAC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17448384 184 +  94050890 AAACTAAGTCTTTGTATATTGGCTAACTCAGCAGAACAGTCTGTGGGAGATTATACTGATCTTGAATACACAGTGTACACGTATTGGATATTGATGCATAATTTGGGTCTAATTTCTTGTCATATCTAAATACCCATAAACATTTAGAATGGTTTAAATGTACAGGCTCAGAATGACTTTAATA
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23837507 184 - 138028943 AAACTAAGTCTTTGTATGTTGGCTAACTCAGCAGGACAGTCTGTGGGAGATTATATTGATCTTTAATACATAGTGTACCCATATTGGATATTGATGCATAATTTGGGTCTAACTTCTTCTCATATCTAAATACCTGTAAACATTTAGAATGAGTTAAATGTATAGGCTCAGAATGACTTTAATA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13845198 110 +  46489110 GGGCCtttaaaatttatatttatatatttaaataaCTGCTGATGGCACTGTTGTTTATAATATTAGGTTTCTTGCTGACCTCTCAGAATTATCCTTAGAGCCTGAGACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=456981.000000
s hg19.chr21    15118735 533 +  48129895  
s rheMac2.chr13 23837801 533 - 138028943  
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=52517.000000
s hg19.chr21    15119268 34 +  48129895 TGTCACAGATTCTTTGAATTTCCTCAATGGTTCt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=682015.000000
s hg19.chr21    15119302 806 +  48129895  
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s hg19.chr21    15120108 134 +  48129895 tgcctgccttctgtccatttcaGTTCAAGACAGTTTGTGCAATTTGGAAACAGCCAGATCTAAACAGTGTAAAATCTGGATAGTCAGGCAGAATAAGGCTGG-AAAAAATATATAATTATATAGAATAAAGCTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23839172 135 - 138028943 tgcccgccttctgtccatatcaGTCAAAGACAGTCGGTGCAATTTGGAAGCAGCCAAATCTAAACAGTGTAAAATCTGAATAGTCAGGCAGAATAAGATTGGAAAAAAATACATAGTTATATAGAATAAAGCTGA
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s hg19.chr21    15120242 23 +  48129895 AAAAATTCGCTGAGTAATACTCT
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a score=77745.000000
s hg19.chr21    15120265 42 +  48129895 GTGTGTGCACCTACATGCACATGTAACAAAGTGATAATTTCT
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a score=243761.000000
s hg19.chr21    15120307 138 +  48129895 ATTTCCTTAGATGTTTCAAAATGTATCTTGAACATATGACAAATATTTAATGTTTTCTgggtgactacattgaagcccaccactcacttgggacagaaaagtcattttttggtgtgtgattatacttgctatcttatg
s rheMac2.chr13 23839372 138 - 138028943 ATTTCCTTAGATGTCTCAAAATGTGTCTTGAACATATGACAAATAGTCAATGTTCTCTGGGTGACTGCACTGAAGCCCACCACTCACATGGCACACAAATGTCATTTTTTGGTGTGTGATTATACTTGCCATCTTATA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17450252 138 +  94050890 ATTTCCTTAGATGTTTCAAAATGTATCTTGAACATATGACAAATATTTAATGTTTTCTGGGTGACTACATTGAAGCCCACACCTCACTTGGGTCAGAAAAGTCATTTTTTGCTGTGTGATTATACTTGCTATCTTATG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=507255.000000
s hg19.chr21    15120445 184 +  48129895 gtcacaactTTT-AATACTACATAGAAGCATTAATATTTTTATTTTTCC-TTTAGATCCTTCACTGAATTCAACCCAGTCTACTCAACAGTTCACCAAGAGTCTTGCTATCTCCAATTTCAGGATATGCTTTCCATCACCAATACCCAGGTTAATGGACACTCCTCAACCCTTTGTCAGTCCCTGC
s rheMac2.chr13 23839510 186 - 138028943 ATCACAACTTTTAAATACTACATAGAAGCATTAATGTTTTTATTTTTCCTTTTAGATCCTTCACTGAAATCAACCCAATCTGCTCAACAATTCACCAAGGGTCTTGCTATCTCCAATTTCAGGATACATTTTTCATCACCAATATTCAGGTTAACGGACACTCCTCAACCCTTTGTCAGTCCCTGC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17450390 186 +  94050890 GTCACAACTTTTAAATACTACATAGAAGCATTAATATTTTTATTTTTCCTTTTAGATCCTTCACTGAATTCAACCCAGTCTGCTCAACAATTCACCAAGGGTCTTGCTATCTCCAATTTCAGGATATGTTTTCCATCACCAATACCCAGGTTAATGGACACTCCTCAACCCTTTGTCAGTCCCTGC
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847011 184 +  46489110 GTCGCAACTTTT-AATACTACATAGAAGCATTAATATTTTTATTTTTCC-TTTAGATCCTTCACTGAATTCAACCCAGTCTACTCAACAGTTCACCAAGAGTCTTGCTATCTCCAATTTCAGGATATGCTTTCCATCACCAATACCCAGGTTAATGGACACTCCTCAACCCTTTGTCAGTCCCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=604227.000000
s hg19.chr21    15120629 180 +  48129895 CCAGTGTTGCCTTTGAGACTGAACTCTGGACAGCCTTTCCATGTTCTCTTTTCTGTAAAAAGGAGACTTTTTATTTCTGGCAGCACTTGCCTAGGAGATAGCAAAGTTAAATGTTGTGTTTCATCACAATCAGTCTCAACTAACTAAAACTAATTAAACACTAGGGATTTTGAGTAACCC
s rheMac2.chr13 23839696 176 - 138028943 CCAGGGTCGCTTTTGAGACTGAACTCTGGACTGCCCTTCCATGTTCTCTTTTCTGTAAAAAGGAGACTTTTCATTTCTGGAAGCA----CCTAGGAGACAGCAAAGTTAAACATTGTGTTTCATCACAATCAGTCTTAACTAGCTAAAACTAATTAAACACTAGGAATTTTGAGTAACCC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17450576 180 +  94050890 CCAGCATTGCCTTTGAGACTGAACTCTGGACGGCCTTTCCATGTTCTCTTTTCTGTAAAAAGGAGACTTTTTATTTCTGGCAGCACTTGCCTAGGAGATAGCAAAGTTAAATGTTGTGTTTCATCACAGTCAGTTTTAACTAACTAAAACTAATTAAACACTAGGGATTTTGAGTAACCC
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847195 180 +  46489110 CCAGTGTTGCCTTTGAGACTGAACTCTGGACAGCCTTTCCATGTTCTCTTTTATGTAAAAAGGAGACTTTTTATTTCTGGCAGCACTTGCCTAGGAGATAGCAAAGTTAAATGTTGTGTTTCATCACAATCAGTCTCAACTAACTAAAACTAATTAAACAGTAGGGATTTTGAGTAACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=271587.000000
s hg19.chr21    15120809 137 +  48129895 ACCTACCCTCACTAGACCCTTTCTTTATCTAACTGAAGATGTTCATGATCAAGAAGCAAGAGGCTGTCTCA-----------CAGATCTCAGCCTTGTATGAAAGGTAGTTCTCAGTGCTTAATTAGCACCAGCAGCATGGCCCTACA
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17450756 148 +  94050890 ACCTACCCTCACTAGACCCTTTCTGGGTCTAACTGAAGATGTTCATGATCAAGAAGCAAGAGGCTGTTTCAGCTCTCATGTACAAATCTCAGCCTTGTATGAAAGGTAGTTCTCAGTGCTTAATTAGCACCAGCAGCATGGCCTTACA
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847375 148 +  46489110 ACCTACCCTCACTAGACCCTTTCTTGATCTAACTGAAGATGTTCATGATCAAGAAGCAAGAGGCTGTTTCAGCTCTCATGTACAGATCTCAGCCTTGTATAAAAGGTAGTTCTCAGTGCTTAATTAGCACCAGCAGCATGGCCCTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=65973.000000
s hg19.chr21    15120946 29 +  48129895 CTTCATAGCATTTAAAACCTTCAGTTTTG
s rheMac2.chr13 23840020 29 - 138028943 CTTCGTAGCATTTAAAACCTTGAGTTTTG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=67660.000000
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847552 44 +  46489110 CCCTTAGGTCCACCTATGCAGTTGTCCCCTAATAAGCTCAGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15121019 36 +  48129895 AGCTCCAGGCCACCCCTGGCTCTGTGGCCCATGGTT
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847596 36 +  46489110 AGCTCCAGGCCACCCCTGGCTCTGTGGCCCATGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=127397.000000
s hg19.chr21    15121055 50 +  48129895 TTTGTATTATTCTTTGTCATCTCTAATTAGCCTCTTCTGCCTCACCACTA
s rheMac2.chr13 23840129 50 - 138028943 TTTGTATTTGTCTTTGTCATCTCTAATTACCCTCTTCTGCCTCACCACTA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847632 50 +  46489110 TTTGTATTATTCTTTGTCATCTCTAATTAGCCTCTTCTGCCTCACCACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=135846.000000
s hg19.chr21    15121105 65 +  48129895 CTTAATTATTTATCCTTCTCAGAACTTCTGGCGTGTATTGTACTATATTTTACTTTTAAAATATG
s rheMac2.chr13 23840179 65 - 138028943 CTTAATTATTTATCCTTCTCAGAACCTCTGGAGTGTATTGTACTATATTTTCCTTTTAAAATATG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451063 65 +  94050890 CTTAAGTATTTATCCTTCTCAGAGCTTCTGGAGTGTATTGTACTATATTTTACTTTTAAAATATG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847682 65 +  46489110 CTTAATTATTTATCCTTCTTAGAACTTCTGGCGTGTATTGTACTATATTTTACTTTAAAAATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=260687.000000
s hg19.chr21    15121170 152 +  48129895 TTGCCAGTGTTCTCAGTTTGTCATTTATATGACATGTTCCATGACAAAGTACAT-CCCTAATACAAAGCCTTAAGCAATCTCATTAAGGACAGATTGCTGATATCTAATTTCTTTTCCCATTCCTAGAGGcagtggtcttcaaagtgtggcct
s rheMac2.chr13 23840244 153 - 138028943 TTGCCAGTGTTCTTAGTTTGTCATTTATATGACATTTTCTATGGCAAAGTACATCCCCTAATACAAAACCTTAAGCAACCTCATTAAGGGCAGATTGCTGATATCTAATTTATTTTCCCATTCCTAGAGGcggtggtcttcaatgtgtggcct
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451128 152 +  94050890 TTGCCAGTGTTCTCAGTTTGTCATTTATATGACATGTTCCATGACAAAGTCCAT-CCCTAATACAAAGCCTTAAGCAATCTCATTAAGGACAGATTGCTGATATCTAATTTCTTTTCCCATTCCTAGAGGcagtggtcttcaaagtgtggcct
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847747 152 +  46489110 TTGCCAGTGTTCTCAGTTTGTCATTTCTATGACATGTTCCATGACAAAGTACAT-CCCTAATACAAAGCCTTAAGCAATCTCATTAAGGACAGATTGCTGATATCTAATTTCTTTTCCCATTCCTAGAGGcagtggtcttcaaagtgtggcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=511857.000000
s hg19.chr21    15121322 244 +  48129895 ccagacagcaatatcaatatcatctgggaatttgctagaaatgtaaattcccaagtcccagctcaaactcaatgaatcagaaactctgggtgtggggcccagcagtccttcaggtgtttctaaccacatattcaaatttgacaatcattTACTCAGGGTCTCACCCTTGGTAGTATCTTAATAAATGCCTGTTAGGTTGACTCTGATAAGTCTTTCTCTCAAGCCATCTTAAAAAGCATGGAAT
s rheMac2.chr13 23840397 244 - 138028943 ccagacagcaatatcaatatcatctgggaatttgctagaaatgtaaattctcaagccacagctcaaactcaatgaattagaaactcggggtgtggggctcagcagtcCTTCAGGTGTTTCTAACCACATATTCAAATTTGGCAATCATTTACTCAGGATATTATCCCTGGTAGTGTCTTAATAAATGCCTATTGGGTTGACTCTGATAATCCTTTCTCTCAAGCTGTCTTAAAAAGAGGGGAAT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451280 243 +  94050890 ccagacagcaatatcaatatcatctgggaatttgctagaaatgtaaattctgaaatcccagctcaaactcaatgaatcagaaactctgggtgtggggcccagcagtccttcaggtgtttctaaccacatattcaaatttgacaatcattTACTCAGGGTCTCGCCCCTGGTAGTGTCTTAATAAATGCCTGTTAGGTTGACTCTGATAACCCTTTCTCTCAAGCCATCTTAAAAAA-AGGGAAT
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13847899 244 +  46489110 ccagacagcaatatcaatatcatctgggaatttgctagaaatgtaaattctcaagtcccagctcaaactcaatgaatcagaaactctgggtgtggggcccagcagtccttcaggtgtttctaaccacatattcaaatttgacaatcattTACTCGGGGTCTCACCCTTGGTAGTATTTTAATAAATGCCTGTTAGGTTGACTCTGATAAGTCTTTCTCTCAAGCCATCTTAAAAAGCATGGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61433.000000
s hg19.chr21    15121566 24 +  48129895 CCAAAAATTCCAGGAAGAAATGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23840641 24 - 138028943 CCAAAAATTCCAGAAAGAAATGAG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15121590 130 +  48129895 AAAAAATGTTACAAAGAATGAAGTAGGGATTTTAGGTTTATGAGCAATTAGAGGGAACCGAGTCTTCACAAAGAAACACAATATCCTGATTTCCTGTCTCATGCTTGATTTTCCTACATTGTCTCACCTC
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451547 130 +  94050890 GAAAAAAGTTACAAAGAATAAAGTGGGGATTTTAGGTTTATGAGCAATTAGAGCGAACTGAGTCTTCACAAAGAAACACAATATCCTGATTTCCTATCTCATGCTTGATTTTCCTACATTGTCTCACCTG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13848167 130 +  46489110 GAAAAATGTTACAAAGAATGAAGTAGGGATTTTAGGTTTATGAGCAATTAGAGGGAACCGAGTCTTCACAAAGAAACACAATATCCTGATTTCCTATCTCATGCTTGATTTTCCTACATTATCTCACCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15121720 38 +  48129895 AGCTGCGTGATTCCATGTATCTCACTAACCCTTCTGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451677 38 +  94050890 AGCTGCGTGATTCCGTGTATCTCGCTAACCCTTCTGTT
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23840794 38 - 138028943 AGCTGCGTGATTCCATGTATCTTGCTAACCCTTCTGTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15121758 97 +  48129895 TGCCTTCTGTAAGGTTACATGTAGATTCTGAGAAAATTCTTTTTCAACTTTCTATCTCTTATTCCCATTTCACTCTATGTCTTCACAGAAAATTATC
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451715 97 +  94050890 TGCCTTCTGTAAGGTTACATGTGGATTCTGAGAAAATTCTTTTTCAATTTTCTATCTCTTACTCCCATTTCAGTCTATATCTTCACAGAAAATTATC
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13848335 97 +  46489110 TGCCTTCTGTAAGGTTACATGTAGATTCTGAGAAAATTCTTTTTCAACTTTCTACCTCTTATTCCCATTTCACTCTATGTCTTCACAGAAAATTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=319448.000000
s hg19.chr21    15121855 147 +  48129895 ACTGCAAAGCTGAGCGGTTTCTGGAGAATCTTGGCTCATTCACTGAATTCTTTGGGAAGGGCTGCTTCCCTTTGCACATCTTCACTAAACTTGGACCTTTTTGATGACTCTCATTTTTTATCACCACCATAGTCCTTAGATGTCCAG
s rheMac2.chr13 23840929 147 - 138028943 ACTGCAAAGCTGAGCAGTTTCTGTAGAATCTTGGTTCATTCACCGAAGTTTTCAGCAAGGGCTTGTTCGCTTTGCACAGCTTCACTAAACTTGGAGCTTTTTGATGACTCTCATTTTCTATCACCACCATAGTCTTTAGATGTTCAG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451812 147 +  94050890 ACTGCAAAGCTGAGCGGTTTCTGGAGAATCTTGGCACATTCACTGAATTTTTCGGGAAGGGCTGGTTCCCTTTGTGCATCTTCACTAAACTTGGACCTTTTTGATGACTCTCATTTTCTATCACCATCATAGTCTTTAGATGTCCAG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13848432 147 +  46489110 ACTGCAAAGCTGAGCAGTTTCTGGAGAATCTTGGCTCATTCACTGAATTCTTCGGGAAGGGCTGCTTCCCTTTGCACATCTTCACTAAACTTGGACCTTTTTGATGACTCTCATTTTCTATCACCACCATAGTCTTTAGATGTCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15122002 32 +  48129895 TGGAGCAGGGAAACTGATGGTTTTCTGCACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451959 32 +  94050890 TGAAGCAGGGAAACTGATGGTTTCCTGCACAG
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23841076 32 - 138028943 TGGAGCAGGGAACCATTAGGTTCCCCACACAG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15122034 101 +  48129895 GTTGCTCGGGGCAAAGATGGAAGTTGGAAGTAAGGAAAAGCATGGAGTTGGAATTGTATGCTGAATGCTGAAGCAAAAGAGTACTCAACGTCTCTATGGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17451991 101 +  94050890 GTTGCTCGGGGAAAAGATGGAAGTTGGAAGTAAGGAAAAGCATGCAGTTGGAATTGGATGCTGAATGCTGAAGCAAAAGAGTACTCAACGTCACTATGGTT
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23841108 100 - 138028943 GTTGCTTGGGGCAAAGATGGAAGTTGGAAGT-AGGAAAAGCGTGGAGTTGGAATTGGATGATGAATGCTGAAGCAAAAGAGGACTCAACGTCTCTATGGTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=283432.000000
s hg19.chr21    15122135 122 +  48129895 TTGCTTTGTGCTGGGCCTTCCTAAACCT-TGTGAACACCTGGTAAATGTTCATTTGATTATGTCAAGCTCTTTGGAGCAGTAGCTTTCAACCCTGATTAGGATGTCAGAATCCTTTGGAAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17452092 122 +  94050890 TTGCTTTGTGCTGGGCCTTCCTAAACCT-TGTGAACACCTGATAAATGTTCATTTGATTATGTCAAGCTCTTTGGAGCAGTGGCTTTCAACCCTGATTAGGATGTCAGAATCCTTTGGAAGAA
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23841208 123 - 138028943 TTGCTTTGTGCTGGGCCTTCCTAAGTCTACGTGAGCACCTGATAATTGTTCATTTGATTATGTCGAGCTCTTCGGAGCAGTGGCTCTCAACCCTGATTAGGATGTCAGAATCCTTTGGAAGAA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15122257 80 +  48129895 TTTTTT--Aaaaatctatgggcatggaacccatccatcagtatttttaaaaatttcccaggtggtttccatgagtagctaag
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17452214 80 +  94050890 TTTTTT--Aaaaatctatgggcatggaacccatccatcagtatttttaaaaatttcccaggtggtttccatgagtagctaag
i ponAbe2.chr18 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13848834 80 +  46489110 TTTTTt--taaaatctatgggcatggaacccatccatcggtatttttaaaaatttcccaggtggtttccatgagtagctaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15122337 257 +  48129895 gttgagaaccGTGGTTTTGGATTTCCCACTTGATGATTTTAAACCATAACATCACTTTGCCTATTTTTCTAAATATTCCTCTTTCT-ACAGTCAGCTTTCAAAAGTCAGACTACAACTGAATCAAAGAATTATACAAGAAAGGGGAAACTGAGCCATCCTTCAGCAACTCCAGGA-ACAAATCAAGGTACATATAATGATGGGGTAGTAAATGCTAATACCGTCTATCTTCTTCCCTTGTATCTATCCCTGTTTTTGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr18 17452294 257 +  94050890 gttgagaaccaTGGTTTTGGATTTCCCACTTGATGGTTGTAAACCATAACATCACTTTGCCTATTTTTCTAAATATTCCTCTTTCT-ACAGTCAGCTTTCAAAAGTCAGACTACAACTGGATCAAAGAATTACACAAGAAAAGGGAAACTGAGCCATCCTTCAGCAACTCCAGGA-ACAAATCAAGGTACATATAATGATGGGGTAGTAAATGCTAATACCATCTATCTCCTTCCCTTGTATTTATCCCTGTTTTTGTT
i ponAbe2.chr18 C 0 N 0
s rheMac2.chr13 23841412 259 - 138028943 tttgagaaccaTGGTTTTGGATTTCCCAATTGAAGATTGTAAACCATGACATCACTTTGCCTATTTTTCTAAATATTCATctttctaaaagtgagctttcaaaagtgagACTACAACTGGATCAAAGAATTACACAAGAAAAGGGAAACTGAGCCATTCTTCAGCAATTCCAGGAGAAAAATCAAGGTCCATACAATGATGGGGTAGTAAATGCTAATACCGTCTATCTCCTTCCCTTGAATTTATCCCTGGTTTCCCC
i rheMac2.chr13 C 0 I 8

a score=129228.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 I 8 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23849757 134 - 138028943 ctgattaaagaacaaagcagacatgattgccgaggagTCTCTCAGATGAGTTCACGTTGATCACTGTAGTCTATTGTTTCACAATAACTCATTCCAAAGCAAgctgcatattggattcacctgggatcttttaa
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13857384 50 +  46489110 gatataccaattcctgggtgccacctgcagagattctgttgtaatcactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13387867 50 +  48394510 gatacaccgattcctgggtcccacctgcagagattctgctgtaatcactc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23849891 50 - 138028943 gttatactgattcctgggtcccacctgcagagattctgttgtaatcactc
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13387917 80 +  48394510 aggagtctgacatcagcatccagatttcaaaggttcccc-aagtgattctaaagcatcctgaagatcaagaaccactgacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23849941 80 - 138028943 aggagtctgacatcagcatgcagatttcaaaagttcccc-aagtgattttaaagagtcttgaagatcaagaaccattgACC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13857791 120 +  46489110 CTACCTGACTCTGGGAACTATCggttggagcaaaagtaattgcacttttagccattaaaattgatgtcaaaaaccacaaattacttttgcaccagcctaaTAAAACTTGTTACTCCATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13388273 119 +  48394510 CTACCTGACTCTGGAAACTATCggttggagcaaaagtaattgcactttttg-cattaaaattgatgtcaaaaaccacaaattacttttgcaccagcctaaTAAAACTTCTCACTCCATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23850296 120 - 138028943 CTACCTGACTCTGTGAACTAtaggttggtgcaaaggtaattgcagtttttgccattaaaattgatgtaaaaaaccgcaaattacttttgcaccaacctaaTAAAACTTCTCACTCCATCA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s rheMac2.chr13 23850455 24 - 138028943 CAATTTTCCTTTAGCATGGACTAC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13857950 24 +  46489110 CCATTTTCCTTTAGCATGGACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 I 338
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 I 338 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13858716 149 +  46489110 TCCAGCCCTATCTGTGCACTCTGCAGTACCTCTGCTCAGAAGGTGCCAATGGGGGAAATGCTAGATAGATAATTTGGCTTGAGCATAGAGTGTGAGGGAAGGACACATACTGAAAATAGGAAGGAGAATGAGAAACCTGAATCAAGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15132275 35 +  48129895 CAGCCTAACAAATATTAGGCCTTTGAATTATAAAG
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13389342 35 +  48394510 CAGCCTAACAAATATTAGGCTTTTGAATTATAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15132310 185 +  48129895 CAGGCATATTGTATGGCTTTAGAAAATTACAAGATCATAAAGATGAGCAAATAAGACTAGAAAATTATGACTTTGGGACCTTGTGTCTGAAGTAAATGGAGAGGCACTTTGGGGAGTGGCAGGCAATGAAAACACATCTACCACCTGAG---ATGACTCACAGAAATTCAAAACAGCCTCTTTTTTTT
s rheMac2.chr13 23851740 188 - 138028943 CAGGCATATGGTATGGCTTTAGAAAATGACAAGATAACAAAGAAGAGCAAGTAAGACTAGAAAATTGTGACTTTGGGATCTTGTGTCTGAAATAAATAGAGAGACACTTTGGGGAGTGGCAGGCAATGAAGACACATCTACCGTCTGAGGAGGTGACTCAGAGAAATTCAAAAGAGGtttttgttttt
i rheMac2.chr13 C 0 I 18
s ponAbe2.chr21 13389377 188 +  48394510 CAGAAATATGGTATGGCTTTAGAAAATTACAAGACAATAAAGATGAGCAAATAAGACTAGAAAATTACGACTTTGGGACCTTGTGTCTGAAGTAAATGGAGAGGCACTTTGGGGAGTGGCAGGCAACGAAAACACATCTACCACCTGAGGAGATGACTCAGAGAAATTCAAAACAGCCTCTTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13858900 188 +  46489110 CAGGCATATGGTATGGCTTTAGAAAATTACAAGATCATAAAGAAGAGCAAATAAGACTAGAAAATTATGACTTTGGGACCTTGTGTCTGAAGTAAATGGAGAGGCACTTTGGGGAGTGGCAGGCAATGAAAACACATCTACCACCTGAGGAGATGACTCACAGAAATTCAAAACAGCCTCTTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=432018.000000
s hg19.chr21    15132495 149 +  48129895 AAGTCCAATTCAAATATAGTCAAGTGAGGGAGGGTACATCATTTATTCTCAACTCACTGTGTTTAGTTTCTTAAAAGATGGCCGAATTGTAAAAAAA-GTTTTTGAATGGGGCAGTTCTAGTGTCAGTTGTTCTCTCTTTTCCTTTTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 I 18 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 6175 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 I 224

a score=137702.000000
s hg19.chr21    15133132 50 +  48129895 TGAGAAATGTTCACAACTAGCAGTATTAACAGACATGCTGGCAGTGAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 I 224 C 0

a score=107828.000000
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a score=-15801.000000
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e rheMac2.chr13 23854437  0 - 138028943 C

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a score=10673.000000
s hg19.chr21    15135433 49 +  48129895 GGTGTGCGCAGCCTCAGGGGGCTCCGTGCTGCATCTTCTCCCCTGAGGT
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a score=5070.000000
s hg19.chr21    15135482 30 +  48129895 ACTGAACGGGGAATCTTACCAAAGCTGCTG
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a score=9649.000000
s hg19.chr21    15135512 25 +  48129895 TCCCACCAGCCGGGAAGCTGCCATG
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a score=271111.000000
s hg19.chr21    15135537 102 +  48129895 GAAGCCTTGGAATTGCTGGGATCTACCTATGTGGATAAGAAACGAGATCTGCTTGGGGCCCTTAAACACTGGAGGCGGGCCATGGAGCTGCGTCACCAGGGG
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a score=310086.000000
s hg19.chr21    15135639 120 +  48129895 GGTGAGTACCTGCCCAAACTGGAGCCCCCACAGCTGGTCCTGGCCTATGACTATTCCAGGGAGGTCAACACCACCGAGGAGCTGGAGGCGCTGATCACCGACGCCGATGAGATGCGTATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=2771043.000000
s hg19.chr21    15135759 908 +  48129895  
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a score=437.000000
s hg19.chr21    15136667 51 +  48129895 CTGCACCCTCACCTCTCCCCTCTCCTGCTGAGACGGGGGAAATCAGGCTGG
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a score=25830.000000
s hg19.chr21    15136718 35 +  48129895 GGTATAGCAGATGCTCGTTCTTGCCTCCTTCAGGC
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a score=761619.000000
s hg19.chr21    15136753 1449 +  48129895  
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i ponAbe2.chr21 I 9 C 0
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a score=751393.000000
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23856187 211 - 138028943 aggttgagcatttctaatcaaaaaatctgaaattcacattttttgaatgctgaaacgatgctcaaaggtcatgctcaaaaggaaatgctcattaaagcttttcagatttcagatttttgaatttgggatatcaaccagtaagtttaatgaaaatattgaagattttttaaaaaatccaaaacacatcttatcccaagagttttggataagg
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15140984 193 +  48129895 CCAAACAGATGGATGCAGTACAAGACAATTTATCCTTACAAGAAAGATAGCAAATTGGAATTAGGAATATTTGTCATTTCAGAGG---GTCCAAGACAATGGTCCAGGATCCAGGACTGGGGAATCCCTTCCTGAGGACGATGACAGGTAA-AAAAAAGGATCAAGCTGAA---------------GCTCAAAAATCAGACTTGGGTGCCGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr13 23857178 212 - 138028943 CCAAACAGATGGATGCAGTATGAGACAATTCATCCTTACAAGAAGGATAGCAAATTGAAATTAGAAATATTTGGCGTTTCAGAGGAGGGTCCCAGACAATGGTCCAGGATCCAGGACTGGGGTACCCTTTCCTGAGGGCAATGACACGTAACAAAAAAGAATCAAGCTGAGGAATCAGATTTGGGTGCTCAGGAATCAGACTTGGGTGACTG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15141177 157 +  48129895 GAG---AGGAGACTAAGGAACAGACTGAGATCCACTTACCAGAGCCAGGGTATTGTCTCTGCATAAGCTCAGAGACAAAG--AAAAATGATGAAACCACAGCTGGCAGACACGTAGTCATGTAAATCTCCTTAGCATCATTGCAGGATTCGTGCTGAAAGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23857390 162 - 138028943 GAGAGCAGGAGACTAAGTAACAGACTGAGATCCACTTAGCAGAACCAGGGTGTTTTCTCGGCATTAGCTCAGAGACAAAGAAAAAAATGATGAAACCACAGCTTGTAGACATGTAGTCATGTACATCTCCTTAGCATCATTTCAGGATTTGTGCTGAAAGTT
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s hg19.chr21    15141334 274 +  48129895 GAGGCAATGGTGAAGCTGCAGGAGGGCTGTAGGTGGTCATAGCTCAGGAAGGAAGGGTCTTTCAGAGACTAGAAACTAGGTCTGAGCTAAAACATTTGCAATCTTGGATTTCTTTGGGGATGTTCATTCTACTAACAAACCAACACCAATTTAATTTCCTGATGTTTATTTTGGGAGGTTTACAAGAATTAATTTCCTTGGAACTGATTTTTTTAAACATCCATTATAGAAAATTCTTTTTCTCACTTGTGAACACCTCTGAAAAAGAAGTATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13868641 50 +  46489110 GCAAAAGCAACATGAGAGGATTTTGGAGAGCGAGGTTGCCCGATGTGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23858295 325 - 138028943 TCAGTTTATAATGTTGGGATTATTTAATGTATCTTCCAGAAATCATTTTGTGAACTAACACGTAACTGTAATCTATCATTTTATATAACTCCCTTGACTTTGTCCCACAGCGCTCCCTCTTTGT------GTTCCATAAATGTAATGCACAATATGTGAAGAGAAAATTAAAATTCCCTTTTTTTCTACTTGCAGACTTCCAGACATTTCCTGAAACCTTAAACTCTTACT-------------------GATTCATTAAACTATCCCCATTCCACTTTTCTAAGCAGCAagtagctctcaatgtgtagtcctcagatgggcagcatccactggaaaagtgctagaaatg
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13869012 289 +  46489110 cacattctcaggcctcacccaagatctgctgaatcagaagctctgggatggaacccaacaacctgcattttaacaagccctccagatgactctgaagcatgctccatactgacaactaatgCAATGCATTATGGTAAATTTGCCCACCCACCCTCTGGCAAAAATAACATCTAATTGCATTTCCTTTTTAGTTTGATGAGTACTTATCTCGGTATCTTTTAATTCACCTGATGTTTCTGTTGGTAACAAAACCAACAAAAACGTTGTAAATTTGGTACGCTGAAATGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13405649 289 +  48394510 cacattctcaggcctcacccaagatctgctgaatcagaagctctggggtgaaacccaacaacctgcattttaacaagccctccagatgactctgaagcatgctCCATACTGACAACTAATGCAATGCATTATGCTAAATTTGCCCACCCACCCTCTGGCAAAAGTAACATCTAATTGCATTTACTTTTTAGTTTGATGAGTACTTATCTTGGTATCTTTTAATTCACCTGATGTTTCTGTTGGTAACAAAACCAACAAAAACGTTGTAAGTTTGGTACACTGAAATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23858620 280 - 138028943 cacattctcgggcctcaccccagatctgctgaaac---agctctggggtgggacccgacaacctacattttaacaagccctccagatgactctgaagcatgctcaagactgagaa------GACTGCATTATGGTAAATTTACCCACCTACCCTCGGGCAAAAATAATGTGGAATTGCATTTACTTTTTAGTTTGATGAGTACTTATCTTGGTGTCTTTTAATTCACCTGATGTTTCCGTTGGTAACAAAACCAACAAAAACATTGTAAATTTGGTATACTGAAATACA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15142690 113 +  48129895 AAATAAGAGTGAAGGAGAGGACACTGGTAGTgaaatcaacaactataaagcagtttggggaaattcagtttagggacaggcattatatctcaaaaatccagtgagcatcacat
s panTro2.chr21 13869301 111 +  46489110 AAATAAGAGTGAAGGAGAGGACACTGGTAGTGAAATCAACAACTATAAAGCAGTTTGGGGAAATTCAGTTTAGGGACAGGCATTATATC--AAAAATCCAGTGAGCATCACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13405938 113 +  48394510 AAATAAGAGTGAAGGAGAGGACACTGGTAGTGAAATCAACAACTATAAagcagtttggggcaattcagtttagggacaggcattatatctcaaaaacccagtgagcatcacat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23858900 113 - 138028943 AAATAAGAGTGAAGGAGAGAACATAGGTAGTGAAATCAACTACTATAAAGTAGTTTGGGGCAATTCAGTTTAGAGACAAGCATTATACCTCAAAAACCCAATGAGCATCACAT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15142803 81 +  48129895 tataaaagcacggctccaaaggtgacgatttcatgtgaggacccttcagtcacaaacagaggattagctcacgttcattat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23859527 135 - 138028943 AATGCAAACTTCAAAACTTTTGCCTCATCCTGAATGAGGCCTCATAACAAGCACTCCAGATGACTCTGTACCAGTGGAAGTACTGGTACCTCAGTATCAGTAGAAGTCTGATTTCATATTCGATGAGTATTTGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=135048.000000
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a score=657177.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13872988 113 +  46489110 ataataggaaaaaccagaggctggtgggggaagagagtatacaggaaccccatatattttgctcacattttctgaaaacctaaaactggtctaaaaatcaaagtctattaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13409630 111 +  48394510 ataataggaaaaaccagaggctggtgggggaagagagtatacaggaaccccatatattttgctcacatttcctgtaaacctaaaactggtctaaaaatc--agtctattaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr13 23863680 91 - 138028943 gtgt----agcattgagatcatcgacaatgttgactaaaacagttttaatggagagataacaacaaaaggctgaacagtgtgccctgaagagagg
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13410675 95 +  48394510 gtgttagcagcattgaggtcatcgacgatgttgactaaaacagttttggtgaagagatgacaacaaaaacctgaacagagtgtactgatgagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13874038 95 +  46489110 gtgttagtagcattgaggtcatcgacgatgttgactaaaacagttttggtggagagatgacaacaaaagcctgaacagagtgcactgaagagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15147536  84 +  48129895 aga----agagaggagagaaatttgattctgcatatacataaaactctttcaaggtctt---ttagaaagaggaaggaagataga--------------aagaga
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13410770  97 +  48394510 aga----agagaggagacaaatttgattctgcaaatacataaaactatttcaagggcttcttttagaaagaggaaggaagataga----gagagagagagagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13874133  85 +  46489110 aga----agagaggagagaaatttgattcttcatatacataaaactatttcaaggtcttcttttagaaacaggaaagaagataga----------------gaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23864153 494 - 138028943 TGGCAATTCATCTAAGATCAGCAACTTTTTTCCTCTGTTTGAATTTGTTGATTTGGAAATTATTTTTCTGGCTCTGCAACTGAATCATCATTTGCTCTACCAGTTTTTCTAAAGTTTCACATGCTGATGCTAGTTAAGAAAGAATACATTTTAGCCTGCCAACTTCTGCTTACCAATGAGGATCTAAAAATGTGTTCAAAGGTAATTTGAACAGACTCTTTCAAGATAGTGCATCTTTTACTAGATCCGCAGAACAGTAAATATAACTTGATAATCACGCCAAACATTTCTTTGCATTGTAAAATTGAATTGGCAGCTTTGCATAATAAAGGGATAAAATTATGAACCACACAAGATTTGCCTGAAACTTGATGGTTCAGGCTCAAAACTCTCTACTGAATACTCTTGTGCTTGCTTTTGTATTTATCCGTTTTCATGTAACTGCTTACAGCAGACATTTCttttttaaatcttttttcaaaaaaataaatttt--------------
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23864647    0 - 138028943 C

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr13 23865830 109 - 138028943 aaa--aTGTGTAGCCTTC-CTACAGTTTGTAATGCATTTCGGAAGGAAAGAGGAAAAAAGAACGAGTGTGTCCTATGTCCTGATCATGTGTTTtacttgtttgctctgaaag
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15159306 152 +  48129895 gttgagcatggtgactcacacctataatcccaacactttgggaggctgaggtgggaagatcacttgaggccaagagttcaagaccaacctgtgcaagagagtgagaccttatctctacaaaaactttaaaaaattaaccaagcatggtggtg
s rheMac2.chr13 23873301 152 - 138028943 gttgagcatggtgactcacacctacgatcccaacactttgagaggctaaggtgggaagatcacttgaggccaagagttcaagaccaacctgggcaagagagtgagaccctgtctctacaaaaactttaaaaaattaaccaggcatggtggtg
i rheMac2.chr13 C 0 I 429
s ponAbe2.chr21 13422925 152 +  48394510 gttgagcatggtggctcatacctacaatcccaacactttggggggctgaggtgggaagatcacttgaggccaacagttcaagaccaacctgggcaagagagtgagaccctatctctacaaaaactttaaaaaattaaccaggcatggtggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13885926 152 +  46489110 gttgagcatggtgactcatacctataatcccaacactttgggaggctgaggtgggaagatcacttgaggccaagagttcaagaccaacctgggcaagaaagtgagaccctatctctacaaaaactttaaaaaattaaccaggcatagtggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=89402.000000
s hg19.chr21    15159458 177 +  48129895 gatgcctgtagacccagctactcaggaggcagaggtgggaggatagtttgaggccaggagttcaaggctgcaatgagctataatcatgccactgcactccagcctgggcaacagagtgagaacctgtctcaggaagaagaaaaagagaaggaaggaaggaaggaa----aaaaagaaagaa
s panTro2.chr21 13886078 181 +  46489110 gatgcctgtagacccagctactcaggaggcagaggtgggaggatagtttgaggccaggagttcaaggctgcaatgagctataattatgccactgcactccagcctgggcaacggagtgagaacttgtctcagtaagaagaaaaagagaaGGAAGgaaggaaggaaggaaaaaaagaaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13423077 181 +  48394510 gatgcctgtagacccagctactcagaaggcagaggtgggaggacagtctgaggccaggagttcaaggctgcagtgagctataatcatgccactgcactccagcctgggcaacaaagtgagaacctgtctcaggaagaagaaaaagagaaggaaggaaggaaggagagagagagagaaagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23873453 429 - 138028943 I

a score=7568.000000
s hg19.chr21    15159635  29 +  48129895 aaaagagaaagagaaaagaaagaaaggaa
s ponAbe2.chr21 13423258   3 +  48394510 aga--------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13886259  29 +  46489110 aaaagagaaagagaaaagaaagaaagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23873453 429 - 138028943 I

a score=8190.000000
s hg19.chr21    15159664  24 +  48129895 gaaaggaaggaaggaaggaagaaa
s panTro2.chr21 13886288  20 +  46489110 gaaagaaagaaagaaag----aaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23873453 429 - 138028943 I
e ponAbe2.chr21 13423261   0 +  48394510 C

a score=13465.000000
s hg19.chr21    15159688  65 +  48129895 gaaaaaaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaagaaaaaaagaaagagagag
s panTro2.chr21 13886308  39 +  46489110 gaaaaaaaagaaa---------------agaaagaaagaggga-----------gggagagaggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23873453 429 - 138028943 I
e ponAbe2.chr21 13423261   0 +  48394510 C

a score=45949.000000
s hg19.chr21    15159753  72 +  48129895 aagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagagaaagaagaaagaaag
s ponAbe2.chr21 13423261  71 +  48394510 aagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaaaagaaa-aagcaagcaag
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
s panTro2.chr21 13886347  69 +  46489110 tggaaggaaggaaggagagaaagaaagagagaaagaaa---agaaagaaagagaaagaagaaagaaagaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23873453 429 - 138028943 I

a score=45973.000000
s hg19.chr21    15159825 22 +  48129895 agatgaaATTTCAGAGTACGTT
s rheMac2.chr13 23873882 22 - 138028943 AGATGAAATTTCAGAGTACATT
i rheMac2.chr13 I 429 C 0
s ponAbe2.chr21 13423336 22 +  48394510 AGATGAAATTTCAGAGTATGTT
i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s panTro2.chr21 13886416 22 +  46489110 aGACGAAATTTCAGAGTACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15159847 152 +  48129895 GCTACTTTGAATTGAGTTGTGCATTGGGAAGCATCAGTCTCCCAGGGAGGGACAGAGAGCTGATAAGGTAGCATGCATTCTCCCAAATCTGTCCCACCCAGGGAATAATGTGCTAGATTTTTCTGACATGCTTCTGGAGGGTGAAAATGCTA
s panTro2.chr21 13886438 152 +  46489110 GCTGCTTTGAATTGAGTTGTGCATTGGGAAGCATCAGTCTCCCAGGAAGGGACAGAGAGCTAATAAGGTAGCATGCATTCTCCCAAATCTGTCCCACCCAGGGAATAATGTGCTAGATTTTTCTGACATGCTTCTGGAGGGTGAGAATGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13423358 152 +  48394510 GCTGCTTTGAATTGAGTTGTGCATTGGGAAGCATCAGTCTCCCAGGGAGGGACAGAGAGCTGATAAGGTAGCATGTATTCTCCCAAATTTGTCCCACCCAGGGAATAATGTGCTACATTTTTCTGACATGTTCCTGGAGGGTGATAATGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23873904 152 - 138028943 GTTGCTTTGAATTGAGTTGTGCATTGGGAAGCATCAGTCTCCCAGGGAGGAACAGCAAGCTGATAAGGTAGCATGCATTCTTCAAAATCTGTCCCACCCAGAGAATAATGTCCTAGATTTTTCTGACATGTTTCTGGAGGGTGATAATGCTG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15159999 41 +  48129895 AAAGTCCCTCGCAGAATCATTTCCCATTACTAAATTCACCT
s panTro2.chr21 13886590 30 +  46489110 GAAGTCCCTCGCAGAATCATTTCCCATTAC-----------
i panTro2.chr21 C 0 I 22
s ponAbe2.chr21 13423510 41 +  48394510 AAAGTCCCTCGCAGAATCATTTCCCATTACTAAATTCACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23874056 41 - 138028943 AAAGTCCCTCGCAGAATCATTTCCCATTACTAAATTCACCT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13886642 114 +  46489110 GGTGTATTACATCTCAGGAATGAAATTTTTCAATTAAGTCTTTCCCTTGTTTTTGTTGTGTTGTAACTACTTTAGGATGACTGTTCTACTTAGAGCTGGAAtcttagtccattt
i panTro2.chr21 I 22 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23874097 114 - 138028943 GCTTTATTACATCTCAGGAATGAAATTTTTCAATTAAGTCTTGCCATTGTTTTTGTTGGGTTGTAACTACTTCAGGATGACTGCCCTACTTAGGGATGGtatcttagtccattt
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15160154 54 +  48129895 aggctgttacagaaatttttgttacaaaaataccataaactgggtaggttataa
s panTro2.chr21 13886756 54 +  46489110 aggctgttacagaaatttttgttacaaaaataccataaactgggtaggttataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13423664 54 +  48394510 gggctgttacagaaatttttgttagaaaaataccataaactgggtagcttataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23874211 54 - 138028943 gcgctgttacaaaaatttttgttacaaaaataccataaacagggtagtttataa
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15160208 32 +  48129895 acaacataaatttatttctttcagtactagag
s panTro2.chr21 13886810 32 +  46489110 acaacataaatttatttcttacagtactagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13423718 32 +  48394510 acaacataaatttatttcttacagtactagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23874265 32 - 138028943 agaacataaatttatttcttacagtactagag
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15160240 50 +  48129895 gcttggaaagctgagattaagtcactatcagaatcagtatctggtgagac
s panTro2.chr21 13886842 50 +  46489110 gcttggaaagctgagattaagtcactatcagaatcggtatctggtgaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23874297 50 - 138028943 gctcagaaggttgagattaagtcactatcagcatcgttatctggtgaggc
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13886892 57 +  46489110 c--gtttcctgattcaca-gacaatggctgtcttctcgctgtgtcttctcctgcaattga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23874406 134 - 138028943 tttctcttgcaatgaatctcttttgcatctctttaataagagcactaatctcattcaccgattcatgaatcactaatcacttatgaaagaccccatttcctaataccatcatattgggaattagaatttcaata
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13424018 40 +  48394510 TGATGGTTTGATGACCTAATTCTCATGGTGGTTTTAACCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13887345 310 +  46489110 cttttctttttttttttttttt-------gagatggagtttcacttttgttgcccaggctggagtgcaacggcccaatttcagctcactgcaa--tccacctctggggttcaagcaattctcctggctcagcctcctgagtagctgggagtacaggcatgcgccaccatgaccccatgaccggctaattttgta------tttttagtagagacggggtttctccatgttggtcaggctggtcttgaactcctgacctcaggtgatccacctgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgtgcccggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 I 15
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 I 121

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s panTro2.chr21 13887904 173 +  46489110 gatggagttttgctcttgtcgcccaggctggagtgcaatggtgtgatcttggctcactgcaacctctgcctcccggattcaagtgattctcctacctcagtctcctgagtagctgggattacaggcacttgccaccatgcccagctaatttttgtatttttagtagagacggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13424493 173 +  48394510 gacagagttttactcttgtcacccaggctggagtacaatggtgcgatctcagctcactgcaatctccgcctcccgggttcaagtgatttgcctacctcagtctcccaagtagctgggattacaggcatgtgccaccaggtccagctaatttttgtatttttagtagaggtggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23875333 121 - 138028943 I

a score=42232.000000
s hg19.chr21    15161460 94 +  48129895 gtttcaccatgttggccaagcttgtctcaatctcttaacctcatgatctgcccgccttggtctcccaaa--gtgctgggattacaggcgtgagcca
s rheMac2.chr13 23875454 94 - 138028943 gtttcaccttgttcgccaggatggtctcaatctcttgacctcatgatctgcctgccttggcctcccaaa--gtgctgggattactggcgtgagcca
i rheMac2.chr13 I 121 C 0
s ponAbe2.chr21 13424666 81 +  48394510 gtttcacca-------------tgtctcaatctcttgacctcatgatctgcctgctttgccctcccaaa--gtgctgggattacaggcatgagcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13888077 96 +  46489110 gtttcaccatgttggccaggcttgtctcaatctcttaacctcatgatcttcctgccttggcctcccaaaaagttctgggattacagatgtgagcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=16358.000000
s hg19.chr21    15161554 40 +  48129895 ctgcgcccagccCCTGTCCAACTTTTAT---TTCATTTTCATC
s rheMac2.chr13 23875548 43 - 138028943 ctgcgcctggccGCAGTCCAACTTTTATTTCTTCATTTAAATC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13424747 40 +  48394510 ctgtgcccagccCTGGTCCAACTTTTAT---TTCATTTTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13888173 40 +  46489110 ctacgcccagccCCAGTCCAACTTTTAT---TTCATTTTCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=112639.000000
s hg19.chr21    15161594 33 +  48129895 TTTCCTAATCCAGCCTTGTGTTGGAAGCTTCTT
s panTro2.chr21 13888213 33 +  46489110 TTTCCTAATCCAGCCTTGTGTTGGAAGCTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13424787 33 +  48394510 TCTCCTAATCCAGCCTTGTGTTGGAAGCTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23875591 33 - 138028943 TTTCCTAATCCAGCCTTGTGTCGGAAGCTTCTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15161627 35 +  48129895 CAGACTAAACCAAGAAAACCTTAGGTCTTCATGTT
s rheMac2.chr13 23875624 35 - 138028943 CAGATTAAGCCAAGTACACCTTAGGTCTTCATGTT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13424820 35 +  48394510 CAGACTAAGCCAAGAAAACCTTAGGTCTTCATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13888246 35 +  46489110 CAGATTAAACCAAGAAAACCTTAGGTCTTCATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15161662 49 +  48129895 CATATGGGGACTTTAATGttgatatggtgtttgtacactttaaaatatt
s rheMac2.chr13 23875659 49 - 138028943 CATATGGGGACCTtaatattgatatggtgcttgtacactttaaaatatt
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13424855 48 +  48394510 CATAT-GGGAccttaatattgatatggtgtttgtacactttaaactatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13888281 49 +  46489110 CATATGGGGACTTTAATGTTGATATGGTgtttgtacactttaaaatatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=126877.000000
s hg19.chr21    15161711 72 +  48129895 tccacatatgttaaccttgtggtgattctctgaggcatgacagatactattttccttgtttcatagaagaca
s panTro2.chr21 13888330 72 +  46489110 tccacatgtgttaaccttgtggtgattctctgaggcatgacagatactattttccttgtttcatagaagaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13424903 72 +  48394510 tccacatatgttaactttgtggtgattctctgaggcatgacaggtactattttccttgtttcatagaagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23875708 72 - 138028943 tccatatatgttaaccttgtggtgattctctgaggcatgacagatactattttccttgtttcatagaagaga
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13424975 39 +  48394510 aaactcgaattacagagaggtgaagtgaccaccctgagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23876048 112 - 138028943 TTCCTGAAGTAAGTGAGTGCCCTACAGAGTTAGATGCCAAGCTGAGTTGCAGTCATGGGTTATTTATTGCCAATCTGGCATCACCAACACTCCCTTCTAAGGGTTCCTCTGT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23876160 101 - 138028943 CTTTCAGAGaagttgggagctatatttgtagaattcccttccccgtatgcttacaagttgattgaccaagaagtcccttcccttgctgaagatttggaagg
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 13888882 120 +  46489110 ctgaaacgaaTGACAGGCTAAAGGGGGTTAGAGGCAGAAATGTGGACAGCCATGAGATTCTAAGAGGCTCCACCAGAAAGCCACT-CCTTCATCACTGCAGACTGTGATGGTTGAAGAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 M 248

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s ponAbe2.chr21 13425576 166 +  48394510 ATATCTAGAAGTTCAAGGACAATGGACAATGAACAGGAAACTGTTCAGCTGGGAGCTGAGGCTGAGGTTGTCCACCgtggcttggttgacctcagcttcctccagtcttccagtggttatataggcttcttgacatctgcattaaacctttttagtttggattatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23876382 248 - 138028943 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23876382 248 - 138028943 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23876382 248 - 138028943 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 M 248 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 I 3678

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23880491 107 - 138028943 -------CATCATCATCATCATCATTTGCTATACACTTGATAGGTTATAAACACTACAGTAACATGTTCTCAAAGAAGTAATTGtcctttcaacaattttgtgaggtacatatg
i rheMac2.chr13 I 3678 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23880950  0 - 138028943 C

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 I 1290

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s ponAbe2.chr21 13427722  439 +  48394510 agatgagccagtttatcgatctgagtgtttcaataaactgggtgccagctgatccatcaagtgcagggtctgcaaaatatctcaagcactgatcttaggagcagtttagggaggatcagaatcttgtagcctccagctgcatgactcctaaaccataatttctaattttgtggctaatttgttagtctcacaaaggcagtctagtccccaggcaagaaggaggtttgttttgagaaaggggtgttaacttctttgttttacactataaagtaagtttctcccaaagttagttcaccctacacccaggaatgaacaaggacagcttggaggttagaagcagatggagttggttaggtcagatctctttctcagttataattttgcaatagctgtttcagtgtcttcatctat-aaaacagggctaataagaattatacctc
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23881816 1290 - 138028943 I
e ponAbe2.chr21 13428161    2 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23881816 1290 - 138028943 I
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a score=22784.000000
s hg19.chr21    15165462  105 +  48129895 CCAGGGCAGCGGGCATGCCACAACTCCTCGGGACACATGTGTGGGCCAAGTAGACAGCACCAGCCCCTCAAGGACCATGGCCTGAGCCTGGTGGACGCCCTTCCC
s panTro2.chr21 13892099  105 +  46489110 CCAGGGCAGCGGGCTTGCCACAACTCCTCGGGACACACGTGTGGGCCAAGTAGACAGCGCCGGCCCCTCAGAGACCATGGCCTGAGCCTGGTGGACGCCCTTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23881816 1290 - 138028943 I
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a score=12025.000000
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s panTro2.chr21 13892204   40 +  46489110 TCTGGTCGGTTGTGGGGCTCAATAAATGGCTCTGTGAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=39926.000000
s hg19.chr21    15165607  151 +  48129895 TCCCCTGCACCCCCAGGGCCATTCCCATGAGCTGCTCCCTGATTCACAGGGCTGGGCCCACCCTGGGACAGCTGCCCCCGCTCTCCTCAGGACAACAAGCCACATCCCTCCACTGGGGGCCCCAGCCCCCACGCAGTCAGGGTGTACCGTG
s panTro2.chr21 13892244  151 +  46489110 TCCCCTGCACCCCCAGGGCCGTTCCCATGAGCTGCTCCCTGATTCACAGGGCTGCCCCCCCCCCGGGACAGCTGCCCCCGCTCTCCTCAGGACAACAAGCCACATCCCTCCACTGGGGGCCCCAGCCCCCACGCAGTCAGGGTGGACCGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23881816 1290 - 138028943 I
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a score=53672.000000
s hg19.chr21    15165758  198 +  48129895 CACAGGGTTCATAGGGACTGCAGTTGTGGAGGCCCCAAGTCCGTCCCTGAGCAGGCACTGGTGCCGCCAAGATAGTCTCCTGGCTGTGTTGGAAAGGAATTGTGCCTGGGTGTGGCCCCAGCTGTGCCACCAGCCGCCCTGATTTGCTTCAGCCTCGGTTCCTGCTGCGACCCTGGTGGGATCCAGAAGCACTGAGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23881816 1290 - 138028943 I
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a score=203329.000000
s hg19.chr21    15165956  759 +  48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=192827.000000
s hg19.chr21    15166715  358 +  48129895 GCCTGCTCAGGGTTCATAGCCCCAGCAGCCCTGCCAAGGCTGCCTGGAGAGTGGGTGGCCGAGGCGAGTTGGAGCCTGCGTCCCTTCTGTTCAGTGTCCTGGCCCTTCCCTGACACGAGCAGACACGGCATCCACAGAGACAGCCTGGACACCCTCCAAGGCCCCAGCCGATGGGACAGACAGGCGTACAGGAGCCACAGGCAGCAGATCCCATGCTCTCTCAGCCGGGGCCGGCTTGGCTGCCCAGCCCCAGCTCCTTAGAGAACGGGCTTCTGGCTTCAGAGGAGCTGGTCACAAACCAATGCTTGCGACAAAACCATTTTTGTGGTAGAGCGAGTGTTGGGAACAACGTCTGTGG
s panTro2.chr21 13893351  358 +  46489110 GCCTGCTCAGGGTTCATAGCCCCAGCAGCCCCGCCAAGGCTGCCTGGAGAGTGGGTGGCCGAGGCGAGTTGGAGCCTGTGTCCCTTCTGTTCAGTGTCCTGGCCCTTTCCTGACACGAGCAGACATGGCATCCACAGAGACAGCCTGGACATCCTCCAAGGCCCCGGCCGATGGGACAGACAGGCGTACAGGAGCCACAGGCAGCAGATCCCATGCTCTCTCAGCCAGGGCCAGCTTGGCTGCCCAGCCCCAGCTCCTTAGAAAACGGGCTTCTGGCTTCAGAGGAGCTGGTCACAAACCAATGCTTGCGACAAAACCATTTTTGTGGTAGAGCGAGTGTTGGGAACAATGTCTGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23881816 1290 - 138028943 I
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23881816 1290 - 138028943 I
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a score=174865.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 2 I 386
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i rheMac2.chr13 I 1290 C 0

a score=-57789.000000
s hg19.chr21    15167607  39 +  48129895 ATTAGTTAGCtttttttttttttttttttttttttGGTA
s panTro2.chr21 13894243  29 +  46489110 ATTAGTCAGCTTTTTTTTTTTTTTT----------GGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23883223  16 - 138028943 ATTAGTTAGCTTTTTT-----------------------
i rheMac2.chr13 C 0 I 13
e ponAbe2.chr21 13428259 386 +  48394510 I

a score=120829.000000
s hg19.chr21    15167646  58 +  48129895 ATAAGCTTGGGTATTGACCCTAAGGAATGTTTTGCACTTAAGGTAGAGTTTGCCTATA
s rheMac2.chr13 23883252  56 - 138028943 ATAATCTTGGGTGCTGACCCTAAGGAATCTTTTGCAC-TAAGGCAGAGTTCGCATAT-
i rheMac2.chr13 I 13 I 304
s panTro2.chr21 13894272  58 +  46489110 ATAAGCTTGGGTGTTGACCCTAAGGAATCTTTTGCACTTAAGGTAGAGTTTGCCTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13428259 386 +  48394510 I

a score=172021.000000
s hg19.chr21    15167704  76 +  48129895 AAAATCCAGCCTGTACATTTTGAGAAAAGGGATATCAGACACTTGATTAGCTCTATGTGGTCTTTGTATCAGAAAT
s panTro2.chr21 13894330  76 +  46489110 AAAATCCAGCCTGTACATTTTGAGAAAAGGGATATCACACACTTGATTAGCTCTATGTGGTCTTTGTATCAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23883612  76 - 138028943 aaaaTCCAGCCTGTACATTTTGAGAAAAGGGATATCACACACTTGATTAGCTCTGCACGGTCTTTGTATCAGAAAT
i rheMac2.chr13 I 304 I 1
e ponAbe2.chr21 13428259 386 +  48394510 I

a score=307503.000000
s hg19.chr21    15167780 124 +  48129895 TAaacaccagctgttgtaagagataaagcctgacatctcagtggcttaac---aaaaagagatgtttatttttcataatgtaaaattcaatCTGCAACAAGGATTAGGGTGAGAGTGGGATCTATGG
s rheMac2.chr13 23883689 127 - 138028943 TAaacactaactgttgtaagagataaagcctgacatctcaatggcttaacaaaaaaaaaagacatttatttttcatcatgtaaaattcaatCTGCAACAAGGATTGGGGCAAGAGTAGGACCTATGG
i rheMac2.chr13 I 1 C 0
s ponAbe2.chr21 13428645 124 +  48394510 TAAGCActagctgttgtaagagacaaagcctgatatctcagtggcttaac---aaaaagagatgtttatttttcatcatgtaaaattcaatCTGCAACAAGGATTAGGGTGACAGTGGGATCTATGG
i ponAbe2.chr21 I 386 C 0
s panTro2.chr21 13894406 124 +  46489110 TAaacaccagctgttgtaagagataaagcctgacatctcagtggcttaac---aaaaagagatgtttatttttcataatgtaaaattcaatCTGCAACAAGGATTAGGGCGAGAGTGGGATCTATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=219728.000000
s hg19.chr21    15167904 150 +  48129895 Ttgtattagtctgcttaggctgccataacaaaat-accatagactgtttggcttaaaaaacaaagcatttttaaatcacagttctggaggctagaaattcaagattaagatgctgtcagggttgatgtctagtgagggctcttttcctcgc
s rheMac2.chr13 23883816 129 - 138028943 Ttgtatcagtctgctcaggctgccatcacaaaataaccatagactgtttggcttaaacaaca---cattttaaaatcacagttctggaggctagaaagccaagattaagatgctgtcagggttgttgtctag-------------------
i rheMac2.chr13 C 0 I 7
s ponAbe2.chr21 13428769 150 +  48394510 Ttgtattagtctgctcaggctgccataacaaaat-accatagactgtttggcttaaaaaacaaaacattttaaaatcacagttctggaggctagaaattcaagattaagatgctgtcagggttggtgtctagttaaggctcttttcctcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13894530 150 +  46489110 Ttgtattagtctgcttaggctgccataacaaaat-accatagactgtttggcttaaaaaacaaagcatttttaaattgcagttctggaggctagaaattcaagattaagatgctgtcagggttgatgtctagtgagggctcttttcctcgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=519520.000000
s hg19.chr21    15168054 1096 +  48129895  
s panTro2.chr21 13894680 1063 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13428919 1067 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 23883945    7 - 138028943 I

a score=63492.000000
s hg19.chr21    15169150 68 +  48129895 tctagctcatagatggcctccttctcactatgccctcacatcttctttcctctgtgCTCTCAATGCTG
s rheMac2.chr13 23883952 55 - 138028943 -------------tggcctccttctcaccatgctctcacatCATCTTTCCTGTGTGCTCTCAGTGCTA
i rheMac2.chr13 I 7 C 0
s panTro2.chr21 13895743 68 +  46489110 cctagctcatagatggcttccttctcactatgccctcacatcttcttacctctgtgCTCTCAATGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13429986 68 +  48394510 cctcactcacagatggcctccttctcactatgccctcacatcttctttcctttgtgCTCTCAAAGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=26409.000000
s hg19.chr21    15169218 57 +  48129895 GGCAGGGGGAGAGAGAGCATGCTCTGGTCTTTCTTCTACTTATAAGGAGAAGAGGAG
s ponAbe2.chr21 13430054 40 +  48394510 GG-----------------GGCTCTGGTCTTTCTTCTACTTATAAGCAGAAGAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13895811 57 +  46489110 GGCAGGGGGAGAGACAGCATGCTCTGGTCTTTCTTCTACTTATAAGGAGAAGAGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23884007 57 - 138028943 GGCAGGGGGAGAGACAGCATGCTCTGGTCTGTCTTCTACTTATAAGGAGAAGAGGAG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=440687.000000
s hg19.chr21    15169275 224 +  48129895 AGAAGGGtctacatagtctttcagagattgaggctgaaagaggatccaccattttcagcatggagcttctgggatctccctgagtgtcaatattcagtagcaagtgaagagaaagaattgtacacaggagggtaagtggctgaggtcagtaatcacttctgcccacttcccacaggctgaatgcagttgcatgccacctaactgcaagggagactgggaaacac
s rheMac2.chr13 23884064 224 - 138028943 AGAAGGGTTTAGAGagtctttcagagatccaggctgaaagaggatccgccattttcagcatggagcttctgggatcttcctgaatgtcaataatcagcagcaagtgaagagaaagaattgtacacaggagggtaagtggccaaggtgagtaatcacttctgcccacttcccactggctgaatgcagttgtatgccacctaactgcaagggagattgggaaatgc
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13430094 224 +  48394510 AGAAGGGtctacatagtctttcagagattgaggctgaaagaggatccaccattttcagcatggagcttctgggatctctctgagtgtcaatattcagtagcaagtgaagagaaagaattgtacacaggagggtaagtggccaaggtcagtaatcacttctgcccacttcccactggctgaatgcagttgcatgccacctaactgcaagggagactgggaaacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13895868 224 +  46489110 AGAAGGGtctacatagtctttcagagattgaggctgaaaggggatccaccattttcagcatggagcttctgggatctccctgagtgtcaatattcagtagcaagtgaagagaaagaattgtacacaggagggtaagtggctgaggtcagtaatcacttcttcccacttcccacaggctgaatgcagttgcatgccacctaactgcaagggagactgggaaacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=12012.000000
s hg19.chr21    15169499 60 +  48129895 tgcctacagtgtggaaagaaataaatcttgtgaataactagctaTTGAATAGTTCTATTG
s rheMac2.chr13 23884288 60 - 138028943 tatctacagtgtggaaggaaataaattttgtgaataactagctaTTGAATAGTCCTATTG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13430318 60 +  48394510 tccctacagtgtggaaggaaataaatcttgtgaataactagctaTTGAATAGTCCTATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896092 60 +  46489110 tgcctacagtgtggaaagaaataaatcttgtgaataactagctaTTGAATAGTTCTGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=270538.000000
s hg19.chr21    15169559 153 +  48129895 AATCTTCCTCACAGTCCTTGGACCTCCTAG-------GGGAAAAAAAGTGCACCTTTTCTTAACTCTTCCAGAGTGTTCTCTAGTTCATGCTAC-TTCAAGTTCTTTCCCCAAACTTTTCTCACCTATGTTTTCCTATGGGGCTATCTGACTCAG----TTCATG
s rheMac2.chr13 23884348 160 - 138028943 AATCTTCCTCACAGTCCATGGA-CTCCTAGATATAAGGGGGAAAAAAGTGCACCTTTTCTTAACTCTTCCAGAGTGTTCTCTAGTTCATGCTACTTTCAAGTTCTTTCCCCAAGATTTTCTCACC--TGTTTGCCTATGGGGCTATGTGACTT-GAAAGTTCAT-
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13430378 165 +  48394510 AATCTTCCTCACAGTCCTTGGACCTCCTAGACATCAGGGGAAAAAAAGTGCACCTTTTCTTAGCTCTTCCAGAGTGTTCTCTAGTTCATGCTACTTTCAAGTTCTTTCCCCAAACTTTTCTCACCTATGTTTTCCTATGGGGCTATCTGACTCAGGAAGTTCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896152 164 +  46489110 AATCTTCCTCACAGTCCTTGGACCTCCTAGACATAAGGGGAAAAAAAGTGCACCTTTTCTTAACTCTTCCAGAGTGTTCTCTAGTTCATGCTAC-TTCAAGTTCTTTCCCCAAACTTTTCTCACCTATGTTTTCCTATAGGGCTATCTGACTCAGGAAGTTCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=183737.000000
s hg19.chr21    15169712 114 +  48129895 GGCAATGTGTTCCTATAAAGAAGAAGGAGTGTAGGGCCACCTTCAGCTTATGTTTTAGCTCTAGAGGATGAGAGAAGAGCCAACGTGTGTCAGTTTGAGGATGGATGTACAGTG
s rheMac2.chr13 23884508 107 - 138028943 GGCAATGTGTTCCTAT------GAAGGAGTGTAGGGCCACTTTTGGTTTATGTTTTAGCTCTAGAGGATGAAGGAAGAGCCAACATGTGTCAGTTTGAGGATGGATGTACAA-G
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13430543 111 +  48394510 GGCAATGTGTTCCTATA---AAGAAAGAGTGTAGGGCCACCTTTGGCTTATGTTTTAGCTCTAGAGGATGAGGGAAGAGCCAACGTGTGTCAGTTTGAGGATGGATGTACAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896316 114 +  46489110 GGCAATGTGTTCCTATAAAGAAGAAGGAGTGTAGGGCCACCTTCAGCTTATGTTTTAGCTCTAGAGGATGAGGGAAGAGCCAACGTGTGTCAGTTTGAGGATGGATGTACAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=282625.000000
s hg19.chr21    15169826 153 +  48129895 AGTAGTGAGGGGCTTTTTCCACCTTGAATGCATGAGAGCTCTTGAGCCCCTCCCACTGCATTTTCAGAGTCACCAGATCTGTGCATGATATCTCTGCTTATACAAGAAAAGAGTCCCTGTGATTGCTCTGTATTTTCTGTCATGGTAAGAATG
s rheMac2.chr13 23884615 153 - 138028943 AACCATGAGGGGCGTTTTCCACCTTGAACGCATGAGCGCTCTTGAGACCCTCCCACTGCACATTCAGAGTTACCAGATTTGTGCATGATATCTCTGCACATACAAGAAAAGAGTTCCTTTGATTGCTCCATATTTTCTGTCATGGTAAAAATG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13430654 153 +  48394510 AGTAGTGAGGAGCTTTTTCCACCTTGAACACATGAGAGCTCTTGAGGCCCTTCCATTGCACATTCAGAGTCACCAGATTTGTGCATGATATCTCTGCTTATACAAGAAAAGAGTCCCTGTGATTGCTCCATATTTTCTGTCATGGTAAGAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896430 153 +  46489110 AGTAGTGAGGGGCTTTTTCCACCTTGAATGCATGAGAGCTCTTGAGCCCCTCCCACTGCACATTCAGAGTCACCAGATCTGTGCATGATATCTCTGCTTATACAAGAAAAGAGTCCCTGTGATTGCTCCATATTTTCTGTCATGGTAAGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=98748.000000
s hg19.chr21    15169979 36 +  48129895 AAGAGCAAGAGAGCTAGGATAAGGCCCTAGAAAAAG
s rheMac2.chr13 23884768 31 - 138028943 AAGAGCAAGAGAGC-----TAAGGCCCTAGGAAAAG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13430807 36 +  48394510 AAGAGCAAGAGAGCTAGGATAAGGCCCTAGAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896583 36 +  46489110 AAGAGCAAGAGAGCTAGGATACGGCCCTAGAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=63468.000000
s hg19.chr21    15170015 40 +  48129895 GCAATGGCAAAGCTCAGATAAATGCCTTTCACCCCTACCA
s rheMac2.chr13 23884799 40 - 138028943 GCAATGGCAAAGCACAGATATGTGCCTCTCACCCCTGCCA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13430843 33 +  48394510 GTAATGGCAAAGCACAGATACATG-------CCCCTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896619 40 +  46489110 GCAATGGCAAAGCTCAAATAAATGCCTTTCACCCCTACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=353849.000000
s hg19.chr21    15170055 166 +  48129895 CTATCTCTCCAGAAAACCCCATGTAAACCTTGAGCACACTGCAAAGTCATTG---GACAGGTTTC--TCTCCAGCAAGAAAGCCCCATGCC-CCCTGCCAGTTCACTGGGGCCTCTCAGGCACCATTCTCAACATGAGCTATTGGTTGGGTCTGGTATGTAGGGGAGCTGCC
s rheMac2.chr13 23884839 172 - 138028943 CTATCTTTCCAGAAAATCCCATGTAAACCTTGAGCACACTGCAAAGTCATGGTTTGGAAGGTTTCTTTCTCTAGTGAGAAATCTCCATGCCACCCTGCCAGTTCACTGGGGCCTCTCAGGCACCATTCTCAGCATGAGCTATTGGTTGGGTCAGGTATGTAGGGGAGCTGCC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13430876 167 +  48394510 CTATCTTTCCAGAAAACCCCATGTAAACCTTGAGCATACAGCAAAGTCATTG---GACAGGTTTCCTTCTCCAGCAAGAAAGCCCCATGCC-CCCTGCCAGTTCACTGGGGCCCCTCAGGCACCATTCTCAGCATGAGCTATTGGTTGGGTCAGGTATGTA-GGGAGCTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896659 166 +  46489110 CTATCTTTCCAGAAAACCCCATGTAAACCTTGAGCACACTGCAAAGTCATTG---GACAGGTTTC--TCTCCAGCAAGAAAGCCCCATGCC-CCCTGCCAGTTCACTGGGGCCTCTCAGGCACCATTCTCAACATGAGCTATTGGTTGGGTCTGGTATGTAGGGGAGCTGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=25733.000000
s hg19.chr21    15170221 52 +  48129895 AGTGCCACTGAAGTCACGTGATAATTGTGGTCTCCTGGCCAGGAAGCAGCTG
s rheMac2.chr13 23885011 52 - 138028943 AGTGCCACTGACGTCATGGGATAATTGTGGGCTCCTGGCCAGGAAGCAGCTA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13431043 52 +  48394510 AGTGCCACTGAAGTCATGTGATAATTGTGGTCTCCTGGCCAGGGAGCAGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896825 52 +  46489110 AGTGCCACTGAAGTCACATGATAATTGTGGTCTCCTGGCCAGGAAGCAGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=226139.000000
s hg19.chr21    15170273 100 +  48129895 ATCTAGCTTGGGGACAGGGCAGGCAGGATGTGCCATTGATTCCCTTGTGAGAAATTCCTAAGAATCTACTCTCCATCTGCAATTAATTCTCCCAGGAGAA
s rheMac2.chr13 23885063 100 - 138028943 ATCTAGTTTGGGGACAGGGTGAGCAGGATGTGCCATTGATTCCCTTATGAGAAATTCCTAAGAACCTACTCTCCATCTGCAGTTAATTCTACCAGGAGAA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13431095 100 +  48394510 ATCTAGCTTGAGGACAGGGCAGGCAGCATGTGCCATTGATTCCCTTGTGAGAAATTTCTAAGAACCTACTCTCCATCTGCAGTTAATTCTCCCAGGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896877 100 +  46489110 ATCTAGCTTGGGGACAGGGCGGGCAGGATGTGCCATTGATTCCCTTGTGAGAAATTCCTAAGAACCTACTCTCCATCTGCAGTTAATTCTCCCAGGAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=63676.000000
s hg19.chr21    15170373 36 +  48129895 TTAAGAGATTTTTTTTT----CTCTTTTCTAAAGGGAACA
s rheMac2.chr13 23885163 40 - 138028943 TTAAGGGATTTTTTTTTCTCTCTCTTCTCTAAAGGGAACA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13431195 37 +  48394510 TTAAGGGATTTTTTTTT---TCTCTTCTCTAAAGGGAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13896977 37 +  46489110 TTAAGAGATTTTTTTTT---TCTCTTCTCTAAAGGGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2185547.000000
s hg19.chr21    15170409 637 +  48129895  
s rheMac2.chr13 23885203 639 - 138028943  
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13431232 613 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13897014 635 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=89897.000000
s hg19.chr21    15171046 37 +  48129895 TTTAGGCATCACTGTATTCTCTCATTGTGTAATATAT
s rheMac2.chr13 23885842 37 - 138028943 TTTAGGTATCACTGTATTCTCTCATTGTGTCATGTAT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13431845 37 +  48394510 TTTAGGCATCACTGTATTCTCTCATTGTGTCATGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13897649 37 +  46489110 TTTAGGCATCACTGTATTCTCTCATTGTTTCATGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1750.000000
s hg19.chr21    15171083 35 +  48129895 ATATTAAGAGCTAAATAAATGTCTGTTTCATTGAA
s rheMac2.chr13 23885879 20 - 138028943 ATATTAAGAGCTAAATAAAT---------------
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13431882 20 +  48394510 ATATTAAGAGCTAAATAAAT---------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13897686 35 +  46489110 ATATTAAGAGCTAAATAAATGTCTGTTTCATTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39747.000000
s hg19.chr21    15171118 31 +  48129895 GGTAAGAGCTAAATAAATGTCTGTTTCATTG
s panTro2.chr21 13897721 27 +  46489110 TGTAAGAGCTAAAT----GTCTGTTTCATCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13431902 13 +  48394510 ------------------GTCTGTTTCATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23885899 13 - 138028943 ------------------GTCTGTTTCATTG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

a score=342901.000000
s hg19.chr21    15171149 165 +  48129895 AATAGTTCAGCTCTGCTTTCACCTCTTCTAATTAAACCAACACCACATGCCACTTGCTACCTCCTGAACAATTACTACTTTTGTGTTTCTTCATTTATCCAACAAACAGCTCCAAAGATGGAACATTCAACTCTAACATAAACCCTGCTGCTTCCAGGGGCTCTG
s rheMac2.chr13 23885912 163 - 138028943 AATAGTTCAGCTCTGCTCTCACCTCTCCTAATTAAACCAACACCACATGCCACTTGCTACCTCCTGAAGAATCATTATTTT--TGTTTCTTCATTTCTCCAACAAACAGCTCCAAAGATGTAACGTTCAGCTCTAACATTAACCCTGTTGCTTCTAGAGGCTCTG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13431915 164 +  48394510 AATAGTTCAGCTCTGCTCTCACCTCTCCTAATTAGACTAAAACCACATGCCACTTGCTACCTCCTGAACAATTATTATTTTTGTGTTTCTTCATTTATCCAACAAACAGCTCCAAAGATGGAACATTCAACTCT-ACATAAACCCTATTACTTCCAGAGGCTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13897748 165 +  46489110 AATAGTTCAGCTCTGCTCTCACCTCTTCTAATTAAACCAGCACCACATGCCACTTGCTACCTCCTGAACAATTACTACTTTTGTGTTTCTTCATTTATCCAACAAACAGCTCCAAAGATGGAACATTCAACTCTAACATAAATCCTGTTGCTTCCAGGGGCTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=406643.000000
s hg19.chr21    15171314 302 +  48129895 CGCCCATCCCCTTGTTATGCTACACTGACATTTAGACCTACTAGAAGGTAA----CTGTTTTTCATTTATGTGTCCTTACAAGTCCCAATAAGAGTCCCTGAAGAAAAAAGGTACATTGCATACCCAACATCAATTACATTTATCTTCCCTCATATGCAAAGCATCGTATGTTTCCACATTCAAGAAGC----AAACTCATGAGTCATCAtgggaacaccatgacttttagattcagactgatctatattcatatgtggaactgattccacattacatgtctagctgtaaaactgggagtaatgtatgta
s rheMac2.chr13 23886075 306 - 138028943 CACCCATCTCTCTGTTATGCCACAGTGACATTTAGACCTACTAGATGACAATCCTTTGTTCTTCCTTTTTGTCTCCTTACAGGTCCCAATAAGAGTCCCTGAAGACAAAAGGCACATTGCATACCCAACATCGATTACATTTATCTTCCTTCATACACAAAGCGTCATATGTTTCCACATTCAAGAAACAAAGAAACTCATAAGTCATCAtgggaagaacatgatatttagattcagactgatctatatgcaaatgtgaaactaatttcacattacatgtccagctgtaaaactgggagta----aagta
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13432079 298 +  48394510 CGCCCATCCCCTTGTTATGCCACACTGACATTTAGACCTACTAGAAGATAA----CTCTTTTTCATTTATGTGTCCTTACAGGTCCCAACAGGAGTCCCTGAAGAAAAAAGGTACATTGCATACACAACATCGATTACATTTATCTTCCTTCATACACAAAGCATCGTATGTTTCTACATTCAAGAAAC----AAACTCATGAGTCATCAtgggaacaccatgacttttagattcagaccgatctatattcaaatgtggaaatgattccacattacttgtctagctgtaaaactgggagta----atgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13897913 302 +  46489110 CGCCCATCCCCTTGTTATGCTACACCGACATTTAGACCTACTAGAAGGTAA----CTGTTTTTCATTTATGTGTCCTTACAGGTCCCAATAAGAGTCCCTGAAGAAAATAGGTACATTGCATACCCAACATCAATTACATTTATCTTCCTTCATATGCAAAGCATCGCATGTTTCCACATTCAAGAAAC----AAACTCATGAGTCATTAtgggaacaccatgacttttagattcagactgatctatattcaaatgtggaactgattccacattacatgtctagctgtaaaactgggagtaatgtatgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=433434.000000
s hg19.chr21    15171616 433 +  48129895 tatgacctttgtagatctgtttttttcatcggaataatagcaatatttagcttgcaggtttgttctgggaattcaatgagatgacacacatgcagtgGGGCTGCAAATGTACTGATGTTGGAGTCAAAATGTGGGAAAAACAGGGGCCTTTTAGTGTTCTATATGCAGACTAGTCTTTGTAGACTTGCACTCCCATTGATAGTGGAGGCAGTCGTGCGATCTTGGTTTGATCTAGTAATTGACATGtcatttagttaacacaatctgttttagatgcttttcagactttcagattctgtctcctactcctgaacttccctggaatgacaccaagttgtatgaggggtttactgtgtccttgtgatagtggggagaaaaaaaattcagatcatgtggaatccttagatgccctctatgcccagctgtggacagg
s panTro2.chr21 13898215 433 +  46489110 tatgacctttgtagatctgtttttttcatcagaataatagcaatacttaccttgcaggtttgttctgagaattcaatgagatgacacacatgcagtgGGGCTGCAAATGTACTGATGTTAGAGTCAAAATGTGGGAAAAACAGGGGCCTTTTAGTGTTTTATATGCAGACTAGTCTTTGTAGACTTGCACCCCCATTGATAGTGGAGGCAGTCGTGCGATCTTGGTTTGATCTAGTAATTGACATGTCATTTAGTTAACACAATCTGTTTTAGATGCTTTTCAGACTTTCAGATTCTCTCTCCTACTCCTGAACTTCCCTGGAATGACACCAAGTTGTATGAGGGGTTTACTGTGTCCTTGTGATAGTGGAGAGAAAAAAAATTCAGATCATGTGGAATCTTTAGATGCCCTCTATGCCCAGCTGTGGACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13432377 433 +  48394510 tatgacctttgaagatctgtttttttcattggaataataagaatacttaccttgcagttttattcttggaattcaatgagatgacacacatgcagtgGGGCTGTAAATGTACTGATGTTAGAGTCAAAATGTGGGAAAAACAGGGGCCTTTTAGTGTTCTATGTGTAGACTAGTCTTTGTAGACTTGCACCCCCATTGATAGTGGAGGcagtcgtgcgatcttggtttgatctagtaattgacatgtcatttagttaacataatctgttttagatgtttttccgactttcagattctctctcctactcctggacttccctggaatgacaccaagttgtatgaggggtttactgtgtccttgtgatagcggagagaaaaaaaaatcagatcatgtggaatcctcagatgccctctatgcccagctgtggacagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23886381 412 - 138028943 tatgacctctttggatctgtttttttcattggagtaataggaatacttaccttgcaggtttgatctgggaattcaatgaaatgacacacgtgcagtgGAGCTGCAAATGTACTCATGTTAGAGTC-AAATGCGGGAGAAACAGGGGCCTTTTAGAGTTCTATATGTAGACTAGTCTTTGTAAACCTGCACCCCCATTGATAGTGGAGGCAGTCGTGTGATCTTGGTTTGATCTAGTAATTGACATGTCATTTAGTTAACAGAATCTGTTTTAGATGCTTTTCAGACTTTCAGATTCTCT-------------------CTGGAATGACACCAAGGTGTATGAGGGGTTTGCTCTGTCCTTGTGATAGTGGAGAGAAAAAAAA-TCAGATTAAGCGGTGTTCTCAGATGCCCTCTATGCCCAGCTGTGGACAGA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15172049 102 +  48129895 ctggtccacctctccttgtctgaggattgctgagctctgtctagctctgcctatccttttggagtgaagctttggcttcctggagtccaaggtttcaggcat
s rheMac2.chr13 23886793 102 - 138028943 CCGGTCGACCTCTCCTTGTCTGAGGACTGCTGAGCTCTGCCTGGCTCTGCGTATCCTTTTGGAGTGAAGCTTTGGCTTCCTGGAATCCAAGGTTTCAGACAT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13432810 102 +  48394510 ctgatccacctctccttgtctgaggattgctgagctctgcctagctctgcctatccttttggagtgaagctttggcttcctggaatccaaggtttcaggcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13898648 102 +  46489110 CTGGTCCACCTCTCCTTGTCTGAGGATTGCTGAGCTCTGTCTAGCTCTGCCTATCCTTTTGGAGTGAAGCTTTGGCTTCCTGGAATCCAAGGTTTCAGGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15172151 296 +  48129895 ttgtgtgtattcaggtccacccccactttatcctatccactctgaccccaagcttctgaca-gttgcccactcctttctcaacacttccacatcccttctggagcatttgggaaatcttaaatccctgtcataacaagtgcagacaatggagag--ccagggctccatagtggactcaccacctgaacccattctgcagtcttcccacagaattgctctggagccatgatggatctggcatccagctgaaggcacaaattgttctaggggcctgcagactctgccttggaaaataatct
s rheMac2.chr13 23886895 297 - 138028943 TTGTGTGTATTCAAGTCCACCCTCACTTTATCCTATCCACTCTGACTCCAGGCCTCTGACAGGTTGCCTACTCCTTTCTCGACATTTCCGCATCCCTTCTGGAGCATTTGGGAAATCTTAAATCCCTGTCATAACAACTGTAGACAACGGAGAG--CCAGAGCTTCATTGTGGACTCATCACCTGAACCTATTCTGCAGTCTTCCCGCAGAATTGCTCTGGAGCCAGAATGGATCTGGCACCTGGCTGAAGGCACAAGTTGTTCTAGGTGCCTGCAGGCTCTGCCTTGGAAAATAATCT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13432912 294 +  48394510 ttgtgtgtattccagtccaccctcactttatcctattga--ctgaccccaagcctctgaca-gttgcccattcctttctcaacacttccacatcccctctggagcatttgggaaatcttaaacccctgtcataacaagtgcagacaatggagag--ccagggttctatcgtggactcatcacctgaacccattctgcagtcttaccacagaattgctctggagccacgatggatctggcatccagctgaagacccaggttgttctaggggcctgcagactctgccttggaaaataatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13898750 298 +  46489110 TTGTGTGTATTCAAGTCCACCCCCACTTTATCCTATCCACTCTGACCCCAAGCTTCTGACA-GTTGCCCACTCCTTTCTCAACACTTCCACATCCCTTCTGGAGCATTTGGGAAACCTTAAATCCCTGTCATAACAAGTGCAGACAATGGAGAGAGCCAGGGCTTCATCGTGGACTCACCATCTGAACCCATTCTGCAGTCTTCCCACAGAATTGCTCTGGAGCCATGATGGATCTGGCATCCCGCTGAAGGCACAAGTTGTTTTAGGGGCCTGCAGACTCTGCCTTGGAAAATAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15172447 78 +  48129895 actcctctgatattagtgtattgcccca----tacttctatgttcctaaaagac--ttttgcatttgatgtatgattcttatgt
s rheMac2.chr13 23887192 84 - 138028943 ACTCCTCTGATATTTGTGTATTGCTCCGTACTTACTTCTATGTTTGTAAAAGACATTTTCGCATTTGATGTATGATTCTTATGT
i rheMac2.chr13 C 0 I 8
s ponAbe2.chr21 13433206 82 +  48394510 actcctctgatatatatgtattgccccatacttacttctatgttcctaaaAGAC--TTTTGCATTTGATATATGATTCTTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13899048 78 +  46489110 ACTCCTCTGATATTAGTGTATTGCCCCA----TACTTCTATGTTCCTAAAAGAC--TTTTGCATTTGATGTATGATTCTTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15172525 178 +  48129895 gggaataggac-ctttttgttctactttttttttttctgcctccattatctgacaggatggtaaggggtaagctttcctgttactttcccttcctgtctgaatgcaactgtcctatatcatttgctactca-ttcctctaagattgcagtctcaaagttcagtccaaatgatgaaattgg
s panTro2.chr21 13899126 177 +  46489110 GGGAATAGGAAACTTTTTGTTCTACTTTTTTTTT--CTGCCTCTATTATCTGACAGGATGGGAAGGGGTAAGCTTTCCTGTTACTTTCCCTTCCTGTCTGAATGCAACTGTCCTATATCATTTGCTCCTCA-TTCCTCTAAGATTTCAGTCTCAAAGTTCAGCCCAAATGATGAAATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23887284 179 - 138028943 GGGAATAAGAACCTTTTTGTTCTACTTTTTTTTT-TCTGCCTCCATTATCTGACAGGATGGGAAGGGGTAAGCTTTTCTGTTAGTTTCCCTTCCTGTCTGAATGCAACTGTCCTATATCATTTTCTCCTCATTTCTTTTAAGATTTCAGTCTCAAAGTTCAGCCCAAATGATGAAATTGG
i rheMac2.chr13 I 8 C 0
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s hg19.chr21    15172703 366 +  48129895 ctgtatcttggtttattctggctactacaacaaactaccatagactgggtagcttataaaaaacagaaatgtatttctcacctttctcaagtctgggaagtctaagatgaaggcaccagcaaattccatgtctgctga-ggcctgttttctggttcatagacggtgctttctcactgtgtcctcacattggtggaagaggcgagggcttttccttgagtacctcataagggcactaatcccattcatgtggatctgcccccatgacctaatcacctccctaagtcttcaccctctgataccatcaccataggagttaaaatttcaacat-acaaattctgagaaggcagaaacagtcagaccctagca
s rheMac2.chr13 23887463 367 - 138028943 CTAtatcttagtttattccagctactagaacaaaataccatagaatgggtagcttataaaaaacaaaaatttatttctcaccgttctgaagtctgggaagtccaagatgaaggcaccagcaaattccatgtctgctgagggcctgttttctggttcatagttggtgccttctcactgtgtcctcaca-tggcagaagaggtgagggctttctcttgagtgacttataagggcactaatcccattcatgtggatctgcacccatgacctaatcagctccctaagtcttcaccttctgataccatcaccttaggagttaaaatttcaacataaaaaattctgaggaggcagaaacagtcagaccctaaca
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13899303 366 +  46489110 CTGtatcttggtttattctggctactacaacaaactaccatagactgggtagcttataaaaaacagaaacgtatttctaaccgttctcaagtctgggaagtctaagatgaaggcaccagcaaattccatgtctgctga-ggcctgttttctggttcatagatggtgctttctcactgtgtcctcacattggtggaagaggcgagggcttttccttgagtgcctcataagggcactaatcccattcaagtggatctgcctccatgacctaatcacctccctaagtcttcaccctctgataccatcaccttaggagttaaaatttcaatat-acaaattctgagaaggcagaaacagtcagaccctagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13433288   0 +  48394510 C

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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a score=87162.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23888049 35 - 138028943 TTGGGCTCATTCTATCCATTCCACAGTCTATAGGC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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s panTro2.chr21 13899919 380 +  46489110 TGAACTCTGCTAAACCTATGTGATTAAATAAAGACATCTGTAAAAGTCTTAATGATGGTCACACTACAAAGCTCTTTGAGTAACTAATCCCAATGTTAGCCAGCAATGAGTCTTAGGGAAGTTCTTCACATTGACCTGGATTCCAAATACCTAATAAAAAAGAGCAAGTGTCAAACTCAGAGTGTGTGTCTCTCTCTTCCTGTTTATTTGTGAACGGCTTTTAGTGAATAGGAAAAGAACAAAAAGTATAAATGCAGCTTGTCCACCACAACAATGTGCTTTTTCAACTTTTAG----CTAAGACATAAAAA-GTTATAATTTCACTACTTTTTATATAAACATAACTGCATATTTTCACAGCTTTGCTTTAAGACTTAAGCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 23888084 385 - 138028943 TGAACTCTGCTAAACCTAGCTGATTAAATAAAGACATCCGTAAAAGTCTTAATGATGGTCACACTACAAAGCTCTTTGAGTAACTAATCCCAGTGTTAGCCAGCAATGTGTCTTAGGGAAGTTCTTCACATTGACCTGGAATCCAAATACCTAATGAAAAAGAGCAAGTATCAAACTCGGAGTATGTGTCTCTCTCTTCCTGTTTATTTGTGAATAACTTTTAGTGATTAGGAAAATAACAAAAACTATAAATGCAGCCTGTCAACCACAACAATGTACCTTTTCAACTTTTGGCTGATCAAGACATGAAAAGGTTATTATTTCACTACTTTTTATATAAACATAACTGCATATTTTCACAGCTTTGCTTTAAGACTTAAGCTCC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 N 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr13 95747279 473 + 138028943 tattattaaatatatattaaatataaatgttatagaatttagcacctctatctcccagtctctgggagaggttaggaa-ttaacttgcctaagccttaatcagtaaacacttctggcctagccacgttgaccatcctctctcctaacatcatccagtacatttcagaagctcatgcaaaactctcccaccttttgtttcaacagaTACATCAACTGATACAATTATACAATAATTGTATAAGATGATATTAGACTTAATCTCACAATCACACTCAGCTTGATTACTAACCCTTCTCCTACATCTTGCTCAACTAAATTTATCTACATTTTCTACGAATTGAATAGCTTAGAAACATATGTTGTCTATGTATTATAGTGTAAGTTATTGTAATATAGAAATACGGAAGTTCTGTAACGCCCATTTTCTGCCTAGGAAATACCAATATTTTTTGAGCATGGCAAGTGTTTCCAAGC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 60207
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13461314 60207 +  48394510 I

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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13931964    89 +  46489110 TGATGACAGAGAAAGAATGATATTTTGCTCCCCAATCtaattttcaaattaaattttaaacaaagttaataaagttaaataaatttaaC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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s hg19.chr21    15206063    20 +  48129895 CCACAGAACCTGGATTTACT
s panTro2.chr21 13932681    20 +  46489110 CCACAGAACCTGGATTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 95752470    20 + 138028943 CCACAGAATCTGGATTCACC
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13461314 60207 +  48394510 I

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s hg19.chr21    15206083    24 +  48129895 ACAAAGAGACTGTAGAGTTTATCA
s panTro2.chr21 13932701    24 +  46489110 ACCAAGAGACTGTAGAGTTTATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 95752490    24 + 138028943 TCCAAGGGACTGTATAGTTTATCA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13461314 60207 +  48394510 I

a score=24651.000000
s hg19.chr21    15206107    36 +  48129895 AAAAGAAGATTAACAGGAATAAGAGTTCTTGCTGTC
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13461314 60207 +  48394510 I

a score=47250.000000
s hg19.chr21    15206143    43 +  48129895 TAGGGAATATATCATCTTCTTTGGGTAATGCCTATTAATGCTC
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13932761    43 +  46489110 TAGGGAATATATCATCTTCTTTGGGTAATGCCTATTAATGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=481.000000
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s hg19.chr21    15206210   118 +  48129895 GTTTGTAAccagttcacaatgacagaagtagcttctactagaaattaaatatattagttctttcattgagtaactattgctacaagaatatatttgctgaataaactaacatgcttat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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a score=248306.000000
s hg19.chr21    15206424   260 +  48129895 TGGAAAAGCCTGGCTCTAGGTCTCAGGAAGCAATCTGGTTGATTATGTGTTTTCAGTGTGTAGTCATAATACAACTGTATATCAGTAGTGTACATTAGACACTTTATACACTCTACATATATTTTCTCATTTGATCCTTCAATACATGAATAATATAGGAAATAGACTTGAATTTAACTGCTCCAGTAAGGTCAAAGACCAAAAACCTCATTACAATGCCTACATTAGAGAttcttcttccaattaaaataaagttacca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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a score=74351.000000
s hg19.chr21    15206684    95 +  48129895 agggcaattgctcc-tgccataacgagaagacattggatgaacttaaa--attttttttt---tgtttaaagccatcaaaacactatgggcctaaagttac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13938635    45 +  46489110 AGTAAGGAACATG-AAAAAAGCCTCAGTGTTGCCTCAGACTCATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13939292    29 +  46489110 ATATCCATTATTCTCATCTTCTTCACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13939321    36 +  46489110 GGGAGCATAGATTTATCTTTTACAAGGAGCACAGTT
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21 13939887   218 +  46489110 CTCTGCTTGCTGCTCTCTGGAAATAGGATGAAATGCCCTGAGTCCAGTTTAGCACCTTGAAGACCATTGGAATGATGGTCCCAACAACACAATCTTCAATATACAAGATTTCTCACTCCCCAATGGCATGTTGGGTATCCATGGCTGCCCTGGACTATTTCTGGACTTGTTTCATAAAACTAACCCCTAGTAGAACTAAGAAACAATTTTAGGAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 95759897   217 + 138028943 TTCTGCTCGCTACTCTCTGGAAATAGGATGAAATGCCCAGAGTCAGGTTAAGCGACTTGAAGACCCTTGGAATGATGGTCCCAACAACAAAACCTTCAATATACAAGATTTCTAACTCCTTAAAGGCATGTTGGGTATCCATGGCTGCCCGGGACTCTTTCTGGACTTGTTTCATGAAACTAAGACTTAATAGAAGTAGGAAAC-ATTTTAGAAGTGA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13461314 60207 +  48394510 I

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s hg19.chr21    15213454    30 +  48129895 TACTTATAATAAATTAAATGATAAACCTAA
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s panTro2.chr21 13940105    30 +  46489110 TACTTATAATAAATTAAATGATAAACCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21    15213484    34 +  48129895 AAATGAATAAAACATATTATAAAAATAAGGAGAA
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21    15213518   120 +  48129895 TAGACAAAATGGGCTTGCAGATGCTGACTGGCCACACATCCTTGGTGCTCACCCCCATGGATGCCTCACCAACTGTGACACTTGGAGAGCTGGCAGCCATCACTCAAGAAATCAGAACAC
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i rheMac2.chr13 C 0 M 13708
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21    15213638    97 +  48129895 AGTGGCCTCTACCACAGCATCAGGGAACAAAAACTAAGCCTGTCAGCTCTCAAGAAACATACTTATGTGTATGTATATATATATGACATAAATTCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21 13940545   149 +  46489110 AAGAGGAGAACAGAgagagcttaccatatgtgccagtcactgggctgagtgctgtgcctaaaggatcccacttgatgcttgaaataaccctgcaagatCAAACTAAAAactcatacacactcacacacac----tcacacatacacacacatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=20099.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21 13960869    42 +  46489110 atagggacacacaggaaaaccatatAAttctgaccctgatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21 13960911   427 +  46489110 tccagaatctcatgtccttatcacagagcaaaataccatcatgacttctcaaaagtttgcaaaagtcttaactcattc-----------caaatgtaaaaaattca--gtctcatctgagacaaggccacagtcccttctgtctatgagtccctgaatttaaaacggagttcttttctttcaaggtacaatgatggtagagacattgtgtaagctttctcagtccaaagggaagaaatttcccagaaaaataacacaaatgggcctacaggcccagtgcaagtccaaaacctagcgggacagtattcactcagtctctcagctccaaaatcatcaagagaactcactatcatgggaacagcattaaggagagcgtgtttatccatttgtgaaacatctgcccccaaccctcatctttcagtcccacccacaaAATAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 21 I 1741
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s panTro2.chr21 13962642   234 +  46489110 ttcatgtgagaccttctaagcctggtggtcactgtccatgcttatgtcacctgctcaattataactatttaacaagtctctacactgatccaaacttttcctcatcttcctgtcttcttccaagacctccaaactctccaacctctggccattacacacttcttaacctgcttctacattttcagctacatgtgtcacagcctggcaatgt---ggtaaaagaagaaaagtccattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1741 I 37
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 95760298 13708 + 138028943 M
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i ponAbe2.chr21 I 37 T 34795
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s panTro2.chr21 13963727   474 +  46489110 gcaacagtcaggaatacaattcaccaagagtttttgtagggaaacacagtcaaaccatattattctgaccctaaaacccccacatctcatgtccttctcacacagaaaaatacaaacatgccttttcaaaagtttccaaaagccttaactcattccagcagtaactcaaatgtagtaagttcaagtctcatccaagacaaggctgcaatctcttctgcctatgagtccctgaatgtaaaagacaattcttttctttcaagttacagtgatggcacaggcactgggtaagctttctcaatccaaagggaagattttcccagaaaaataacacaattgggacacaggtccaatccgagtccaaaacccagcaggacagcattCATTTAtcatgagaactcactatcgcacagaccgcattaaggtgatagtatttaaccatgtgtgaaggatctgccacccaaccccatgtttcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr13 95760298 13708 + 138028943 M
e ponAbe2.chr21 13526120 34795 +  48394510 T

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s panTro2.chr21 13964201   354 +  46489110 cctcacccacaccatgaacccccattctcccacaTCCACCTTCCAACCCCCattctctaccatgattaaatcaccttctaccaagtcccacatttgacattccccattacaattccacatgagttttggaaggcacacagagccaaatcatattattctccccttggtccccaacctcatgaacttcttattctgaaaaatataatgatgtgttctctaaggtcccccaatgtctgaactcattccagcatttactcaaatgtccaTTTGTGAAGGATCCA-CCCTCACCCCTCCATTTCAGCCACAAATGCACCACAATCCCCCAACACTCCCCACCCACCTATAGCCCCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21 13964555   471 +  46489110 CTCCACACCACCCCCAGCATCCACCCTCCAT---GCTccaccatgattaaatcaccttccaccagcccccacctttaacatttcccattaaaattccacatgagttttggtagagacacagagccaaaacatattattctgcccctgttcccccaaatctcatgtcttttccatattgcaaaatgcaatgatgccttccctagagtcccctaaatctcaacttattccagcctttactcaaatatccaaagcccaaagtctcttctgagacaaggctgcagtcccttctgccctgagactctgaaatacacagcaaattaactacttccaaggtacaatgactgtactggcattggttaagcattcccagccaaaaagaagaaatttgccagaaagaagcacaaaacacagatgggacttacaaaccccctgcaagtcaaaagcccagcaggccagtca-tccatcatacaccac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 T 34795 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 I 8
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e ponAbe2.chr21 13497002 5639 +  48394510 T

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 I 8 I 2082
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 I 13 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21 14019040  320 +  46489110 catattattctgtccctggtcccccaatgttcatgtctttctcacattgcaaaatgcaacgatgccttccctagagtctctcaaatcttaactcattccagcatttactcaaatgcccaaagcccagagtattatctgagacaagtctacactcccttctgcccatgagccactgatttataaagcaagtttaccacttccaaggta-aatgattgtacaggcaacgggtaagcattcccaggcaacagaaaaaaagaaaattgctagaaagaagcacaaaacacagatgggactcataggatacacaagtgtccaaaacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 95778547  318 + 138028943 catattattctgtccctggtcccccaaatctcatgtctttctcacattgcaaaatacaatgatgccttctgtatagtcccccaaatcttaactcattccagcatttactcaaatgtccaaagcccaaagtcttatctgagacaagtctgcagtcccttctgcccatgagccactgaattataaagcaagttaactacttccaaggtacaatgattacacaggcaatgggtaagcattcccagctgatagaaaac---aaaatttctagaaagaagcacaaaacacagatgggactcataggataaataaatgtgcaaaatc
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13530658 2060 +  48394510 T

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s hg19.chr21    15274072 1520 +  48129895  
s rheMac2.chr13 95778865 1525 + 138028943  
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13528598 1511 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 T 2060 C 0
s panTro2.chr21 14019360 1517 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15275592 758 +  48129895  
s panTro2.chr21 14020877 762 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13530109 757 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 95780390 765 + 138028943  
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15276350 335 +  48129895 gcatataaagaagccctgtgctaatagccaagacaaaggaaaaaaggccttgaagacatttcacagctcctcTCTGCAGTTCTAATTATCTGTATTAttgtaaataaaagaggtgtaatttactcatagttctgcaagctgtgaaggaagcatagtgtcttctgtttctgggaggaatcaggaagcctcctcattatatcagaaagccaagggaaaatgagatgcctcctaaagcaggagcaggaggaagacagagtgaggaaagaggttccacagcctgttaaggaatcagatctcatgagaactcactcactatcaggaggtgatggtccttt
s panTro2.chr21 14021639 335 +  46489110 gcatataaagaagccctgtgctaatagccaacacaaagggaaaaaggccttgaagacatttcacagctcctcTCTGCAGTTCTAATTATCTGCATTAttgtaaataaaagaggtgtaattgactcatggttctgcaagctgtgaaggaagcatagtgtcttctgtttctgggaggaatcaggaagcctcctcattatatcagaaagccaagggaaaatgagatgactcctaaagcaggagcaggaggaagacagagtgaggaaagaggttccacagcctgttaaggaatcagatctcatgagaactcactcactatcaggaggtgatggtccttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13530866 323 +  48394510 gcatataaagaagccctgtgctaatagccaagacaaagggaaaagggccttgaagacatttcacagctcctgtctgcagttcTAATTTTCTGTATTAttgtaaataaaagaggtgtaattgattcatggttctgcaagctgtgaaggaagcatagtgtcttctgtttttgggaggaatcaggaagcctcctaattatatcagaaagccaagggacaatgagatgcctcctaaagcaggagtaggaggaaggcagagtgaggagagaggttccacagcctgttaaacaaccagacctcatgagaactcactcactctcaggagg------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 5
s rheMac2.chr13 95781155 325 + 138028943 gcatacaaaaaagccctgtgctaatagccaagacaaaggggaaaaggccttgaagacatctcacagctcctcttggcagTTTTACTTTTCTTTATTAttgtaaataaaagaggtttaattgactcatgattctgcaagcagtgaaggaagcttagtgtcttttgtttctggaaggaatcaggaagcctcctaattatatcataaagccaagggacgatgagatgtctcctaaggcaggagtaggaggaacacaaaatgaggacagaggttccacagcctgttaaacaaccagatcacatgagcactcactcactctcaggacagc----------
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15276685 1118 +  48129895  
s panTro2.chr21 14021974 1118 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 5 C 0
s rheMac2.chr13 95781480 1131 + 138028943  
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15277803 92 +  48129895 AAAGTGGTATTATCATTTTTCCAAAAGTTACAGCGGTAGTTTAGGCATTCATAGCATGATTTAGTTCACATTTGCTACCGTTTCTATTCTAT
s rheMac2.chr13 95782611 89 + 138028943 AAAGTGGTATT---ATTCTTCCAAAAGTTACAATGGTAGTTTAGGCATTCATAGCATGATTTAATTCATGTTTGCTACTGTTTCTATTGTAT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13532310 92 +  48394510 AAAGTGGTATTATCATTCTTCCAAAAGTTACAGTGGTAGTGTAGGCATTCATAGCATGATTTAGTTCACGTTTGCTACTGTTTCTATTCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14023092 92 +  46489110 AAAGTGGTATTATCATTTTTCCAAAAGTTACAGCGGTAGTTTAGGCATTCATAGCATGATTTAGTTCATATTTGCTACCGTTTCTATTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=70088.000000
s hg19.chr21    15277895 166 +  48129895 CACCATATTAACTGTTTCCTATACAATTCTGTATTCAGCTGGATTTCAGTTGAGCACAAAACCATCCTTGT-------------------ACTAGCTCTTTG--TTAGTGTTATTATTCTGCTGTAGAAAGTATCCTTGAACTGGAAACAGTCCACGATGGAGTATCGAGTCATTCAACACTATCAA
s panTro2.chr21 14023184 166 +  46489110 CACCATATTAACTGTTTCCTATACAATTCTGTATTCAGCTGGATTTCAGTTGAGCACAAAACCATCCTTGT-------------------ACTAGCTCTTTG--CTAGTGTTATTATTCTGCTGTAGAAAGTATCCTTGAACTGGAAACAGTCCACGATGGAGTATCGAGTCATTCAACACTCTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13532402 166 +  48394510 CACCATATTAACTGTTTCTTATACAATTCTGTATTCAGCTCGATTTCAGTTAAGCCCAAAACCATCCTTGA-------------------ACTAGCTCTTTG--CTAGTGTTATTAATCTGCTGTAGAAAGTATCCTTGAACTGGAAACAGTCCACAATTGAGTATCGAGTCATTCAACACTATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 95782700 186 + 138028943 CATCATATTAACTGTTTCCTACACAATTCTGTATTCACCTGGATTTCAGTTGATCACAAAACCATCCTTGTGCTACCACCGATAGCGTGCACTAGCTCTTTGCTCTAGTGTTATTATTCT-CTGTAGAATGAATCCTTGAACTGGAAGCAGTCCACGATCGAGTATCTAGTCATTCAACACTATCAA
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15278061 28 +  48129895 TTCCTGGGTGACTTTTTGAAAAAGTAGT
s rheMac2.chr13 95782886 28 + 138028943 TTCCTGGGTGGCATTTTGAAAAAACAGT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13532568 28 +  48394510 TTCCTGGGTGACTTTTTGAAAAAGTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14023350 28 +  46489110 TTCCTGGGTGACTTTTTGAAAAAGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15278089 136 +  48129895 ATCTCTTGTTGCAAGAAATGCTGCATCTGTGAGTCCATGTCTCTCACTGGAATTGGATGGAAGTGGTGAATTTCAGCCAAAGTGGCCAAAGAAATCCTGTTCCTGTGATTCTGACATCATCAGCCTCTGCACCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr13 95782914 136 + 138028943 ATCTTTTGCTGCAAGAAATGCAGCATCTGTGAGTCCATGTCTCTCACTGGAATTGGATGAAAGTGGTGAATTTCAGCCAAAGTAGCCAAAGAAATCCTGTTCCTGCGATTCTGACGTCATCAGCCTCTGCACCTCT
i rheMac2.chr13 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15278225 57 +  48129895 ATATTCCCTTCTGCCACTTGTTGTTTGCTCTCCGTGACTTTAGTAAGAGCTTCCTTG
s rheMac2.chr13 95783050 57 + 138028943 GTCTTCACTTCTGTCACATATTGCTGGCTCTCCGTGACTTTGGTAAGAGCGTCCTTG
i rheMac2.chr13 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=425144.000000
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s panTro2.chr21 14023571 191 +  46489110 TGTACGTGGACGATGTCCAGGATGTTGGTCTGGTGTCCCTGAGACAGCACTAACAGGTCCATGGCTGGGTCCAGGTCCTGCCTGGACTGATTGGCAAAGACCTCACAGACAGTGTGGAAGGCATCTATACTGAAGTGAATGGCCTGGTCCAGCTCCAAGGCCTGGCTGAGGCTGAAGAAGAACTGGCAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr13 C 0 N 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13532980 30 +  48394510 TTCTGATGCTCTTTCTTAAAGCCTGTCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 19
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i rheMac2.chr3  N 0 I 20

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s hg19.chr21     15278503 27 +  48129895 ACTCATTGGCTGTGAAGTTGAGCTGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13533029 27 +  48394510 ACTCATTGGCTGTGAAGTTGAGCTGAG
i ponAbe2.chr21 I 19 I 884
s rheMac2.chr3  162165237 27 - 196418989 ACTCATTGGCTGTGAAGTTGAGCTGAG
i rheMac2.chr3  I 20 C 0

a score=144864.000000
s hg19.chr21     15278530  96 +  48129895 TGCCCTGTTGTCCATCTTCTTGGTGAAGCACTTGAAGCCGTCAATCTTGCTCTCCCACTCCTAAAGGTT--GAGTGTCGCCCTGGGGGTGGGCTCAGG
s panTro2.chr21  14023819  96 +  46489110 TGCCCTGTTGTCCATCTTCTTGGTGAAGCACTTGAAGCCATCAATCTTGCTCTCCCACTCCTAAAGGTT--GAGTGTTGCCCTGGGGGTGGGCTCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162165264  95 - 196418989 ---TGGAAAGTCCACCTTCTTAGTGAAGCACTTGAAGCTGTCCATCTTGCTCTCCCATTCCTAAAGTTTCAGTGTGTCACCCAGGGGGTGGACTCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13533056 884 +  48394510 I

a score=379921.000000
s hg19.chr21     15278626 136 +  48129895 GTCAGGAAGAATCTGGCACTCACCAACTCATCCTTCTCAGCCTTCCTCTTGCCCTGTCTCCAGGCTGTCTCTTCAGTGCTGGTGGGGCGCATCAGGAAGTGACAAAAAATGTGGCACTGTGCCTGCATCCAGAAGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14023915 136 +  46489110 GCCAGGAAGAATCTGGCACTCACCAACTCATCCTTCTCAGCCTTCCTCTTGCCCTGTCTCCAGGCTGTCTCTTCAGTGCTGGTGGGGCGCATCAGGAAGTGACAAAAAATGTGGCACTGTGCCTGCATCCAGAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13533056 884 +  48394510 I

a score=118121.000000
s hg19.chr21     15278762  62 +  48129895 TGGCCGTGTGGTTCATCCACCAGATTGGGCCCTTTCTGCACTTGAACATAGACCCCACTTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14024051  62 +  46489110 TGGCCGTGTGGTTCATCCACCAGATTGGGCCCTTTCTGCACTTGAACATATACCCCACTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13533056 884 +  48394510 I

a score=7500.000000
s hg19.chr21     15278824  25 +  48129895 CCATAGATGCCTTCCACACTGTCAG
s rheMac2.chr3  162165548  25 - 196418989 CCACAGATGCCTTCCACACTGGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14024113  25 +  46489110 CCATAGATGCCTTCCACACTGTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13533056 884 +  48394510 I

a score=91100.000000
s hg19.chr21     15278849 107 +  48129895 TGAGCTCTTTGCCAATCAGCCCAGGCAGGACCTGGACCCAGTCATGGACCTGTTAATGCTGTCTCAGGGACACCAGGCCAACACCCTGGACATCATCCACATACCCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14024138 107 +  46489110 TGAGCTCTTTGCCAATCAGCCCAGGCAGGACCTGGACCCAGTCATGGACCTGTTAATGCTGTCTCAGGGACACCAGGCCAACATCCTGGACATCATCCACATATCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13533056 884 +  48394510 I

a score=33237.000000
s hg19.chr21     15278956 138 +  48129895 AGTAATCTCTTACCA-AGTCCTTCTCAAGATGGCCTGTGGTCTGCCTCTTGGCATCCAAGAAGCCCACAGTGCTGTAGAAGCCCTGATGCATGGAATGGAGCCCCAAAGGCAGCACACACCCCGCTCCTGAGCCTACTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14024245 139 +  46489110 AGTAAGCTCTTACCAGAGTCCTTCTCAAGATGGCCTGTGGTCTGCCTCTTGGCATCCAAGAAGCCCACAGTGCTGTAGAAGCCCTGATGCATGGAATGGAGCCCCAAAGGCAGCACACACCCCGCTCCTGAGCCTGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13533056 884 +  48394510 I

a score=72407.000000
s hg19.chr21     15279094 278 +  48129895 CTCATTTCCTCTATGTGGCTCCATTTGCAGCACATTTGTTGCACTGAGGCCTGTGCATGCCAGGCAAGGCCAAGCTGACTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCTGCAAGGGTGTGCCAGGAGCCGGTGGACCAGCCACCAACCTTACTCCCTGCCAGTCAGGGTAAATCAGTTATTGTGCCCTGGAGGTAGAGCCCCAGTGCCATCCGCTTTTCCTCAGGCCTCCACTCCATCAGCTGTCAGGTGGTGGTAACTCAGGCTGTGGGAACCTGGCCATCCCT
s rheMac2.chr3  162165819 278 - 196418989 CTCATTTCCTCTATGTGGCTCCATTTGCAGCACATTTGTTGCACTGAGGTCTGTGCATGCCAGGCAAGACCAAGCTGGTTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCTGCAAAGGTGTACCAGCAGGAAGTGGACCAGCCACCAACCTCACTCACTGCCAGTCAGGGTAAATCAGTTATTCTGCCCTGGAGGTAGGGCCCCAGAACCGTCTGCTTTTCCTCAGGCCTCCACTCCATCAACTGACAGGTGGTGGTCACTCACACTGTGGGAACCTGGCCATCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 184
s panTro2.chr21  14024384 278 +  46489110 CTCATTTCCTCTATGTGGCTCCATTTGCAGCACATTTGTTGCACTGAGGCCTGTGCATGCCAGGCAAGGCCAAGCTGACTCAAAGAGCAACCAGCCACCTCTGCAAGGGTGTGCCAGGGGCCAGTGGACCAGCCACCAACCTTACTCCCTGCCAGTCAGGGTAAATCAGTTATTCTGCCCTGGAGGTAGAGCCCCAGTGCCATCTGCTTTTCCTCAGGCCTCCACTCCATCAGCTGTCAGGTGGTGGTAACTCAGGCTGTGGGAACCTGGCCATCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=4980.000000
s hg19.chr21     15279372  53 +  48129895 GTTTCCTTTAAGTGGGGGAGGTTGGTGGCTGGTCCACCTGCTCCTGGCACACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162166097 184 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13533056 884 +  48394510 I

a score=51320.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162166097 184 - 196418989 I

a score=459400.000000
s hg19.chr21     15279631 942 +  48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31609.000000
s hg19.chr21     15280573  46 +  48129895 TTAGAG--------------------------------------------------------TGGGGATGCAGACAGAGGAGGGGCACTGCATAATGCTGAG
s panTro2.chr21  14025864  46 +  46489110 TTAGAG--------------------------------------------------------TGGGGATGCAGACAGACGAGAGGCACTGCATAATGCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13535120  94 +  48394510 TTAGAGC--------CTCTACAGGTTCTCCCCAATCTCTGCCCTCCCCACCCATGGTGGTCTTGGGGATGCAGAGAGAGGAGGGGCACCCGGTAGAGCAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162167212 102 - 196418989 TTAGAGCATTAGAGTCTCTACAGGTGCTTCCTAGTCTCTGCCCTCCCCACCCATGGTGGTCCTGGGGATGCAGACAGAGGAGAGGCAGTGGGTAGAGCAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=52752.000000
s hg19.chr21     15280619 106 +  48129895 AGGGCTGGCACCCTCTCTAGGTGGAACACTGGTCATTTGTAAAGTTGTAGGTCTGCCAAGCAGTATTGCATTCAACACATCTTCTCACTTTCTCTTTCCAGCCACC
s panTro2.chr21  14025910 106 +  46489110 AGGGCTGGCACCCTCTCTAGGTGGAACACAGGTCATTTGTAAAGTTGTAGGTCTGCCAAGCAGTATTGGATTCAACACATCTTCTCACCTTCTCTTTCCAGCCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13535214 106 +  48394510 AAGGCTGGCACCCTCTCTAGGTGGAACACAGGTCATGTGTAAAGTTGTAGGTCTGCCAAGCAGTGCCAGATTCAACACATCTTCTCACCTTCTCTTTCCAGCCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162167314 106 - 196418989 AGGGCTGGCACCCTCTCTAGGTGGAACATAGATTATTTGTAAAGTTGCAGGTCTGCCAAATAGTACTTGATTCAACACATCTTCTCACCTTCTCTTTCTGGCCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=42794.000000
s hg19.chr21     15280725 90 +  48129895 CTCCAGGGTGCCCTGACTCACCTTCCCTGCAGATGGAGGT---GAGGCTCCACAGACAAACCCCCTACCTGAGGTCACACAGTGGCCAGCGGG
s panTro2.chr21  14026016 90 +  46489110 CTCCAGGGTGCCCTGACTCACCTTCCCTGAAGATGGACAT---GAGGCTCCACAGACAAACCCCCTACCTGAGGTCACACAGTGGCCAGCGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13535320 92 +  48394510 CTCCAGGGTGCCCTGACTCACCTTCCCTGCAGATGGAGGCAAGGAGGCTCCACAGACAAACCCCCTGCCTGAGGTCACACAGTGGCCAGC-TG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162167420 93 - 196418989 CTCCAGGGTGCCCTGACTCACCTTCCTTGCAGATGGAGACAAGGAGGATCCACAGACAAACCCCCTGCCTGAGGTCACATAGTGGCCAGTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=87281.000000
s hg19.chr21     15280815 192 +  48129895 CCAGG----TACTGACCAACCGCcgctgaccaggttcccagtgatgaggcccctaatgaccactcctccattgaccaggtcccactgatcaagtccccactgaccatgtcttcctaaccaggccCGCAGTTAATAGGCCTCATGGGCCGGACTCCACTGACCAATTTTCCACTGACCTGGTCCCCAGTGACAAGAC
s rheMac2.chr3  162167513 191 - 196418989 CCAGGTTCCTACTGACCAGCCACCCCTGATCAGGTTCCCATTGATGAGGCCCCTCATGACCACTCCTCCATTGACCAGTTCCCACTGACCAAGTCCCCACTCACCATGACTTCCTAACCAGACCCGCACTTAATAGGCCTCATGGGCCAGACCCCACTGACCAATTTACAACTGACCTGGTCCCCACT-----GCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13535412 184 +  48394510 CCAGGTTCCTACTGACCAGCTGCCCctgaccaggttcccactgatgaggcccctaatgaccactcctccattgaccaagtcccactgaccaagtccccactgacCATGT-------ACCACGCCCGcacttaaaaggcctcatggaccagaccccactgaccaatttcccactgacctggtccccact-----gcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14026106 192 +  46489110 CCAGG----TACTGACCAACCGCcgctgaccaggttcccagtgatgaggcccctaatgaccactcctccattgaccaggtcccactgatcaagtccccactgaccatgtcttcctaaccaggccCGCACTTAATAGGCCTCATGGGCCGGACTCCACTGACCAATTTTCCACTGACCTGGTCCCCAGTGACAAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=81994.000000
s hg19.chr21     15281007 162 +  48129895 CAGGTTTCCACTGACAAGACCACTATTTACCAGGTTGCTGCTCACCCGACCCCCCACTGAACAATTCTCCATGGATGAGTCCCCAGCTGACCAAG-CCACCTCTGACCAGGCCCTCACTGACCAGGCTCCAAGCCACCAAGGCCTCAC-ACTGACCAGGCCCCT
s rheMac2.chr3  162167704 161 - 196418989 CAGGCTCCCACTGACAAGACCACAATTTACAAGGTTGCTGCTCACCTGA-CCCCCACTGAACAATTCTCCATGGATCAGTCTCCAGCTGACCAAG-CCCCGTCTGACCAGGCCCTCACTGAACACGCTCCAAGGCACTAAGGCCCCAC-ACTGACTAGACCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13535596 162 +  48394510 caggttcccactgacaagaccacaacttaccaggttgctactcacctgaacccccactg-acaaTTCTCCATGGATCAGTCCCCAGCTGACTGAGCCCCCCTCTGACCAGG-CCTCACTGACCAGACTCCAAGCCACTAAAGCCCCACAACTGAGCAGGCCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 M 1313
s panTro2.chr21  14026298 162 +  46489110 CAGGTTTCCACTGACAAGACCACTATTTACCAGGTTGCTGCTCACCTGACCCCCCACTGAACAATTCTCCATGGATGAGTCCCCAGCTGACCAAG-CCACCTCTGACCAGGCCCTCACTGACCAGGCTCCAAGCCACCAAGGCCCCAC-ACTGACCAGGCCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=68505.000000
s hg19.chr21     15281169  276 +  48129895 GGTATACTGTATATGCCCCACCAACCAGTTTTTCATTGTTTATGTTCCAACCAATCAGGCCCcactaataaggccaccactgactaggtccccccactgaccaggcttccaatgactaggtcaacaggtccccactgatgaggcctTTACTGAGGAGCCCACCACTAACCAGGCGCCTGCTGATGAGGTCCCAAAT-ACTAGGTCCTGATGACCAGGTCACCTCTGACCATGGTCCACTGACCAGGCCCCTGAGCAGCCGTGCTCAAAGTCTTATTA
s rheMac2.chr3  162167865  276 - 196418989 AGTATACTGTATAGGCCCCACCAACCAGTTCTTcattgtttaggatccaactgatcaggcccc-ctaataaggccaccactgaccagatccccccactgaccaagcttccaatgactaggtcaacaggtccccactgttgaggcctttactgaggaggccatcactaaccaggatcctgctgatcaggtcccagctgactaggtcctgatgaccaggtcatctctgacCATGGTCCACTGACCAGACCCCTGAGCAGCAGTGCTCAAAGTCTCATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14026460  277 +  46489110 GGTATACTGTATATGCCCCACCAACCAGTTTTTCATTGTTTATGTTCCAACCAATCAGGCCAcactaataaggccaccactgactaggtccccccactgaccaggcttctaatgactaggtcaccaggtccccactgatgaggcctttactgaggagcccaccactaaccaggcgcctgctgatgaggtcccaaatgactaggtcctgatgaccaggtcacctctgaccatggtccactgaccaggccCCTGAGCAGCCGTGCTCAAAGTCTTATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13535758 1313 +  48394510 M

a score=10781.000000
s hg19.chr21     15281445   35 +  48129895 CAATGTCCCCCTCAGCTCACAGACCCTCCCTCCCT
s rheMac2.chr3  162168141   35 - 196418989 CAATGTCCCCATCAGCTCACAGACCCTCTCTCCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14026737   35 +  46489110 CAATGTCCCCCTCAGCTCACAGACCCTCCCTCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13535758 1313 +  48394510 M

a score=151814.000000
s hg19.chr21     15281480  675 +  48129895  
s rheMac2.chr3  162168176  620 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14026772  667 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13535758 1313 +  48394510 M

a score=46528.000000
s hg19.chr21     15282155  196 +  48129895 agcatcagaatcatgagcttt-ccttctcccttatttattggttttatttctccatgtagaccaaagaagagaataagaaaataatcatctggcaaccatcatagtaataattgttcaaacacaagtcatccatgaaatgctaaatctagtgggttctgaggagtaaccagatatttacagagcctcaaagtatctc
s panTro2.chr21  14027439  196 +  46489110 agcatcagaatCATGAGCTTT-CCTTCTCCCATATTTATTGGTTTTATTTCTCCatgtagaacaaagaagagaataagaaaataatcatctggcaaccatcatagtaataattgttcaaacacaagtcatccatgaaatgctaaatctagtgggttctgaggagtaaccagatatttacagagcctcaaagtatctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162168796  196 - 196418989 agcaccagaatCATGAGCTTTCCCTTCGCCCTTATTTATTGGTTTTATTTCTCCatgtagaacaaagaagag-gtaagaaaataatcatctggcaaccaccgtagtaagaatttttcaaacacaagccatccatgaaatgctaaatctagtgggttctgaggagtaaccagatatttacagggtctcaaagtatctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13535758 1313 +  48394510 M

a score=9663.000000
s hg19.chr21     15282351   31 +  48129895 catacaaaatatggttgaactacaaaaacaa
s panTro2.chr21  14027635   31 +  46489110 catacaaaatatggttgaactacagaaacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13535758 1313 +  48394510 M

a score=-814.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=28630.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=33199.000000
s hg19.chr21     15282524   70 +  48129895 TGATATTTGGGCAATTTGAGTATGTCAAACTAAATAATACTTGTTTTCATTTGCAAGATCCACTTAAAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14027808   70 +  46489110 TGATATTTGGGCAATTTGAGTATGTCAAACTCAATAATACTTGTTTTTATTTGCAAGATCCACTTAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=29121.000000
s hg19.chr21     15282594   96 +  48129895 TTAAGGAGGCT---AAAAAACATCATTTAAAATACCCTATAAATTATCATCGTACATATGATACAAAAATATCCTACTTCAGTAAATATTGTAATGTTA
s rheMac2.chr3  162169232   99 - 196418989 TTAAGGAGGCTAAAAAAAAAAATCATTTAAAATACCCTATAAATTATCATCATATACATGATACAAAAATATCCTACTTCAGTAAATATTGTAATGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 N 0
s panTro2.chr21  14027878   96 +  46489110 TTAAGGAGGCT---AAAAAACATCATTTAAAATACCCTATAAATTATCATCGTACATATGATACAAAAATATCCTACTTCAGTAAATATTGTAATGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13535758 1313 +  48394510 M

a score=38427.000000
s hg19.chr21    15282690   55 + 48129895 TATATTTTATGAGAAACAATTAAAA----TGTGTAAATAGCCCAGTAATAAAGTTTTAT
s panTro2.chr21 14027974   55 + 46489110 TATATTTTATGAGAAACAATTAAAA----TGTGTAAATAACCCAGTAATAAAGTTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60924038   59 + 94855758 AATATTTTATGAGAAACAATTAAAAATGTTCTGTAAATAGCGCAGTAATAAAGTTTTAT
i rheMac2.chr10 N 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13535758 1313 + 48394510 M

a score=86147.000000
s hg19.chr21    15282745   31 + 48129895 AATCTTTTAAATCATACAATTTTTCCTTAAA
s panTro2.chr21 14028029   31 + 46489110 AATCTTTTAAATCATACAATTTTTCCTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60924097   31 + 94855758 AATCTTTTAAATCGTACAGTTTTTCCTTAAG
i rheMac2.chr10 C 0 I 300
e ponAbe2.chr21 13535758 1313 + 48394510 M

a score=215351.000000
s hg19.chr21    15282776  114 + 48129895 ACTTTATGGCTAAATATTCTCTTCATTAGATGTGGCTTACCAGTGGATTCTAGAGAAGAAAATAGATGGGAGCAAGTGTCCAACACAGCAACAGCTAGAAAGAAAAATAAAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60924428  114 + 94855758 ACTTCATGGTTAAATATTCTCTTCATTAGATGTGGCTTACCAATGGATTCTAGAGAAAAAAGTAGACGGGAGCAAGTGTCCAACACAGCAACAGCTGGAAAGAAACAGAAAGAA
i rheMac2.chr10 I 300 C 0
e ponAbe2.chr21 13535758 1313 + 48394510 M

a score=47469.000000
s hg19.chr21    15282890  103 + 48129895 TTATGTCCTTTACCTAAAGCACTTCAGTTAACTAAATGTGAGTTTAAAAACTAAAGAGTTGTGAACTTTATCAGAGTTTATAAGTATGAGAAATATGTATGTA
s panTro2.chr21 14028174  103 + 46489110 TTACATCCTTTACCTAAAGCACTTCAGTTAACTAAATGTGAGTTTAAAAACTAAAGAGTTGTGAACTTTATCAGAGTTTTTAAGTATGAGAAATATGTATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60924542  103 + 94855758 TTTTGTTCTTTACCTAGAACACTTCAGTTAACTAAGTGTGAGTTAGAAAACTAAAGAACTGAGAACTTTATCAGAGTTAATAAGAATGAGAAATATGTATGTA
i rheMac2.chr10 C 0 M 20
e ponAbe2.chr21 13535758 1313 + 48394510 M

a score=28294.000000
s hg19.chr21    15282993   38 + 48129895 CATTTACAATACAAAATTACTATTTAATAATTTACACA
s panTro2.chr21 14028277   38 + 46489110 CATTTACAATACAAAATTACTATTTAATAATTTACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60924645   20 + 94855758 M
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a score=41905.000000
s hg19.chr21    15283031 110 + 48129895 TGGCATTAATTCTAATTGTGTTTAAATATCAGAGCT-TTTTCATTCttcattcatgtaatcaacagccatgtgccaaggtactagaaccagcactgtaattacaagaggaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21    15283141 47 + 48129895 gatggtgtggtccacctctcaacagt-catatgcta-taacctaaaaaa
s rheMac2.chr10 60924665 49 + 94855758 GATGGTATGGTCCACCTCTCAACAGTCCATATGCTATTAACCTAAAAAA
i rheMac2.chr10 M 20 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14028425 46 + 46489110 GATGGCATGGTCCACCTCTCAACAGT-CATAAGCTA-TAACCT-AAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1116638.000000
s hg19.chr21    15283188 960 + 48129895  
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=60726.000000
s hg19.chr21    15284148 66 + 48129895 TATCATTTACAAAATGTGGCCTTTAGTATTTTTAGTGACTAGACATAACTTGAAGTTTGCTTAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=70197.000000
s hg19.chr21    15284214 38 + 48129895 AGAAAAATAATCACATAAATAAAGTAAAATTTCTACTT
s rheMac2.chr10 60925751 38 + 94855758 AGAAAAATAATCACATAAATAAAGTAAAATTTCTACTT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13538252 38 + 48394510 AGAAAAATAATCACATAAATAAAGTAAAATTTCTACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=41918.000000
s hg19.chr21    15284252 35 + 48129895 ATTTTAAGTTTAGATAACAGAGGATGTATATGTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=78174.000000
s hg19.chr21    15284287 102 + 48129895 AATGCTGTTTAGAGTAATCGGACAAAAATACAGTTAATATTGATCTATTGCATATACATGATTTTAGAAAGGTAGTGTTTTATTAGTACAAAGGTTAAACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13538325 102 + 48394510 AATGCTGTTTAGAGTAATCGGACAAAAATACAGTTAATATTGGTCTACTGCATATACATGATTTTAGAAAGGTAGTGTTTTATTAGTACAAAGGTTAAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60925824 102 + 94855758 AATGCTGTTTAGAGTAATCTGACAAAAATACAGTTAATATTGGTCTACTGAATATACATGATTTTAGAAAGGTAGTGTTTTATTAGTACAAAGGTTAAACGA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=47256.000000
s hg19.chr21    15284389 89 + 48129895 Tggccaggcatggtggctcatacctgtaatcccagcacttggggaggccaaagcaggcagatcacaaggtcaggagatcgtgaccatcc
s panTro2.chr21 14029672 89 + 46489110 Tggccaggcatggtggctcatacctgtaatcccagcacttggggaggccaaagcaggcagatcacaaggtcaggagatcgtgaccatcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13538427 89 + 48394510 Tggccaggcatggtgactcatgcctgtaatcccagcacttggggaggccaatgcaggcagatcacgaggtcaggagatcgagaccatcc
i ponAbe2.chr21 C 0 M 30000
s rheMac2.chr10 60925926 89 + 94855758 Tggccaggcatggtggctcatgcctgtaatcccagcacttggggaggccaaggcaggcagatcacgagatcaggagagcgagaccatcc
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=90349.000000
s hg19.chr21    15284478 203 +  48129895 tggcctacatggggaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtgatgcgaacctgtagtcccagctacttgggaggctaaggcaggagaattgcttgaagccaggaaatggaggttgcagtgagccaagactgcaccactgcactccagcctggtgac--ggtgagaccttgtctc----aaaaaaaaaaaa-aa
s rheMac2.chr10 60926015 203 +  94855758 tggcaaacacggggaaaccccagttctactaaaaatacaaaaattagctgggtgtggtgacacacacct---gtcccagctacttgggaggctaaggcaggagaattgcttgaaaccaggaagtggagattgcagtgagccaagattgcaccactatactccagcctggcgacagagtgagaccctgtctc----aaaaaaaaaaaatta
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44792342 199 - 135191526 tggccaacatggggaaacaccatctctactaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtgacacacacct---gtccca-------gggaggctaaggcaggagaattgcttgaagtcaggaggtggaggttgcagtgagccaagattgcaccacagcactccagcctggcgacagagtgagaccctgactcaaaaaaaaaaaaaaaa-aa
i ponAbe2.chr9  n 0 C 0
s panTro2.chr21 14029761 203 +  46489110 cggcctacatggggaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtgatgcgaacctgtagtcacagctacttgggaggctaaggcaggagaattgcttgaagccaggagatggaggttgcagtgagccaagactgcaccactgcactccagcctggtgac--ggtgagaccttgtctc----aaaaaaaaaaaa-aa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=92956.000000
s hg19.chr21    15284681 106 +  48129895 aaaGATTAAGTAATTAAAGCCATCTTTTGCAATGAATGCATTGCTTTGAAATTCTTAG-AAAACTCTGCCCTTTATAAAAGTTTAATCCATTTTTTACTTCAATAAA
s panTro2.chr21 14029964 106 +  46489110 aaaGATTAAGTAATTAAAGCCATCTTTTGCAATGAATGCATTGCTTTGAAATTCTTAG-AAAACTCTGCCCTTTATAAAAGTTTAATCCATTTTTTACTTCAATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44792541 107 - 135191526 aaaaaTTAAATAATTAAAGTCATCTTTTGCAATGAATGCATTGCTTCGAAATTCTTAGCAAAATTCTGCCCTTTATAAAAGTTTAATCCATTTTTTACTTCAATAAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60926218 102 +  94855758 aaaaaTTAAA----TAAAGTCATCTTTTGCAATGAATACATTGCTTTGAAATTCTTAGCAAAACTCTGCCCTTTAT-AAAGTTTAATCCATGTTTTACTTCAATAAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=13958.000000
s hg19.chr21    15284787 58 +  48129895 TTTTATCTTAAAAAGAAATTTCTATTCTCTACTTATAGTAAACTTTTC----------TTTCTTT---TTt
s panTro2.chr21 14030070 58 +  46489110 TTTTATCTTAAAAAGAAATTTCTATTCTCTACTTATAGTAAACTTTTC----------TTTTTCT---TTt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44792648 68 - 135191526 TTTTATCTTAAAATGAAACTTCTATTCTCTACTTATAGTAAACTTTTTTTATAGTAAATTTTTCT---TGt
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60926320 70 +  94855758 TTTTATCTTAAAAAGAAATTTCTATTCTCTACTCATAGCAAACTTTTT-TATAGTAAATTTTTCTTTCTtt
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=331511.000000
s hg19.chr21    15284845 662 +  48129895  
s rheMac2.chr10 60926390 660 +  94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44792716 660 - 135191526  
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14030128 662 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=9749.000000
s hg19.chr21    15285507 24 +  48129895 tttatt-tatttatttatttatttt
s panTro2.chr21 14030790 24 +  46489110 tttatt-tatttatttatttatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44793376 25 - 135191526 ttttttaaatttttttatgttttta
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60927050 22 +  94855758 tttttt---ttttttttttttttgt
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=102529.000000
s hg19.chr21    15285531 220 +  48129895 actttttaacaaaagtcattctgactggtgtgaaatggtatctcactgatgttttgtttggcatttttc---tgattagcaatggtaagcatttgtta--atgtttgttggccacttacatgtgttattttgagaagagtctgttcatgtcctttgcccatttttaatggtgttatttattttttgcttgttgatttgtttaggtctcttatagattctggataa
s panTro2.chr21 14030814 220 +  46489110 actttttaacaaaagtcattccgactggtgtgaaatggtatctcactgatgttttgtttggcatttttc---tgattagcaatggtaagcatttgtta--atgtttgttggccacttacatgtgttattttgagaagtgtctgttcatgtcctttgcccatgtttaatggtgttatttattttttgcttgttgatttgtttaggtctcttatagattctggataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44793401 222 - 135191526 actttttaacaaaagtcattctgatttgtatgaaatggtatctcactgatgttttgtcttgcatttttctaatgattagcaatggtaagcatttttt---atgcttgtgggccacttacatgtgttattttgagaagtgtctgttcatgtcctttgcccatttttactggtgttgtttattttttgcttgttgatttgtttaggtctcttatggattctggataa
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60927072 208 +  94855758 acttttaaacaaaagtcattctg----gtgtgaaatggtatctcactgatg-------------ttttctgatgattagcaatggtaagcatttgttaatatgtttgtcagccacttacatgtgttattttgagaagtgtctgttcatgttctttgcccatttttactggtgttatttattttttgcttgttgatttgtttaggtctcttatggattctggataA
i rheMac2.chr10 C 0 M 1113

a score=55179.000000
s hg19.chr21    15285751  235 +  48129895 taggataatatgcatttgctatacccatagtttgtgaatattttcttccattctttaggctgtctgtttaatcccgtgatagtttctcgtgctgtgc---agctctttagctaaattagatcacacttgtcaatttttgttattcttgcaattgcttttgaggacttagccata----aattgacaaatatgatgtctagaagagtatttcctaggttttcttccaggatttttatagCCAG
s panTro2.chr21 14031034  235 +  46489110 taggataatacgcatttgctatacccatagtttgtgaatattttcttccattctttaggctgtctgtttaatcccgtgataatttctcgtgctgtgc---agctctttagctaaattagatcacacttctcaatttgtgttattcttgcaattgcttttgaggacttagccata----aattgacaaatatgatgtctagaagagtatttcctaggttttcttccaggatttttatagtcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44793623  233 - 135191526 tagga--------gtttgctgtatccataatttgtgaatattttcttccattctttaggctgtctgttaaat-ccgtgatagtttctcatgctgtgcagaagctctttagcttaattagatcacatttgtcaatttttgttacgcttgcaattgcttttgaggacttagtcataaattaattgacaagtatgatgtccagaagagtatttcctaggttttcttccaggatttttatagtcag
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M

a score=12175.000000
s hg19.chr21    15285986   25 +  48129895 AAGATGTACTCTTATGTAAGAAAAG
s ponAbe2.chr9  44793856   25 - 135191526 aggATGTACTCTTATGTAAGAAAAG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14031269   25 +  46489110 aagATGTACTCTTATGTAGGAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M

a score=78565.000000
s hg19.chr21    15286011  312 +  48129895 CACAAGCC----tttttttttttttttttttttttgagacggagtctccatcacccaggctatagtgcagtggtatgatcttggcttactgcaacctctgtctcctgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcctgagtatctgagattacacatgcctgccaacatgccttgctaatttttgtatttttactagagacaggtttcatcatgttgaccaggctgatctcaaactcctgacctcaggtgattcacctgccttggcctccccaaattttgggattacaagtgtgagccaccacgcctggccAAGC
s panTro2.chr21 14031294  316 +  46489110 CACAAGCCtttttttttttttttttttttttttttgagacggagtctccatcacccaggctatagtgcaatggtatgatcttggcttactgcaacctctgtctcctgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcctgagtatctgagattacacatgcctgccaacatgccttgctaatttttgtattttcactagagacaggtttcatcatgttgaccaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgattcacctgcctcggcctccccaaattttgggattacaagtgtgagccactgcgcctggccAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44793881  305 - 135191526 CACAAAAC-----------ttttttttttttttttgagatggaatctccatcatccaggctatagtgcagtggtatgatcttggctcactgcaacctctgtctcctgggttcaagtgactctcctgcctcagcctcccaagtatctgagattacacatgactgccaacatgccttgctaatttttgtatttttagtagagacaggtttcatcgtgttggccaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgatccgcctgccttggcctcccaaaatgttgggattacaagtgtcagccactgcacctggccAAGC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M

a score=42581.000000
s hg19.chr21    15286323   42 +  48129895 ACAAAGCTTTTAACATAAAAATGGAAATGAACATTTTAGTGT
s ponAbe2.chr9  44794186   42 - 135191526 ACAAAGCTTTTAACATAAAAATGGAAATGAACATTTTAGTGT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14031610   42 +  46489110 ACAAAGCTTTTAACATAAAAATGGAAATGAACATTTTAGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M

a score=36144.000000
s hg19.chr21    15286365   26 +  48129895 TTGGTTTAATTCATAAAATGCAATTA
s panTro2.chr21 14031652   26 +  46489110 TTGGTTTAATTCATAAAATGCAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44794228   26 - 135191526 TTTGTGTAATTCATAAAATGCAATTA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M

a score=75087.000000
s hg19.chr21    15286391   73 +  48129895 TTTTGGATTCTCCTAAATAATAAACATCCATATGT--GGTAAAGTGTTTGGATGCCAATCATTCAGTTGTGATTA
s panTro2.chr21 14031678   73 +  46489110 TTTTGGATTCTCCTAAATAATAAACATCCATATGT--GGTAAAGTGTTTGGATGCCAATCATTCAGTTGTGATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44794254   75 - 135191526 TTTTGGATTCTACTATATAATAAACATCCATATGTGGGGTAAAGTGTTTGGATGCCAATCATTCAGTTGTGATTA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M

a score=-4546.000000
s hg19.chr21    15286464   37 +  48129895 TGGGTGGGAAGAGTTGAGATGGTGCAAATAAACtttt
s panTro2.chr21 14031751   37 +  46489110 TGGGTGGGAAGAGTTGAGATGGTGCAAATAAACtttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44794329   37 - 135191526 TGGATGAGAAGAGTTGAGATGGTGCAAATAAACTTTT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M

a score=38435.000000
s hg19.chr21    15286501  158 +  48129895 tt-ctaattttttattttcaagacggagtctttccctgttacccaggctggagtgcagtggtgcaatctcagctc-ctgcaacctctgtctcccaggttcaagcaattctctgcctcagccttcctagtagctgggattacaggtgcccgccaccacacc
s panTro2.chr21 14031788  158 +  46489110 tt-ttaattttttattttcaagacggagtctttccctgttacccaggctggagtgcagtggtgcgatctcagctc-ctgcaacctctgtctcccaggttcaagcaattctctgcctcagcctccctagtagctgggattacaggtgcccaccaccacacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44794366  160 - 135191526 TCAAAAAttttttattttcaagacggagtcttgccctgtcacccaggctgtagtgcagtggcacaaactctgctcaccgcaacctctgcctcccgggttcaagcaattctctgcctcagcctccctagtagctgggattacaggtgcccaccaccacacc
i ponAbe2.chr9  C 0 I 588
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M

a score=13453.000000
s hg19.chr21    15286659  149 +  48129895 tggcttttttttttttttttttttgtacttttagtagagacggggtttcaccatcttggccaggctggtcttgaacttctgacctcgtgacattcctgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgcacctgCC
s panTro2.chr21 14031946  146 +  46489110 tggc---tttttttttttttttttgtacttttagtagagacggggtttcaccatcttggccaggctggtcttgaacttctgacctcgtgacattcctgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgcacctgCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M
e ponAbe2.chr9  44794526  588 - 135191526 I

a score=11889.000000
s hg19.chr21    15286808   24 +  48129895 TGGTGCAAAGAAACTTTAAAAGTG
s panTro2.chr21 14032092   24 +  46489110 TGGTGCAAAGAAACATTAAAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M
e ponAbe2.chr9  44794526  588 - 135191526 I

a score=24791.000000
s hg19.chr21    15286832  107 +  48129895 ACAAGggccgggtgcggtggctcatcctgtaatcccagcactttgagaggctgaggcaggcagatcacaaggtcaggagttcaagaagagcctggccaatatggtga
s panTro2.chr21 14032116  107 +  46489110 ACATGggccgggtgcggtggctcatcctgtaatcccagcactttgagaggctgaggcaggcagatcacaaggtcaggagttcaagaagagcctggccaatatggtga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60927280 1113 +  94855758 M
e ponAbe2.chr9  44794526  588 - 135191526 I

a score=48536.000000
s hg19.chr21    15286939 107 +  48129895 aaccctgtctctactaaaaatacaaaccttagctgggtgtaatggtgggtgcttgtagtctcagctacttgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccgggag
s panTro2.chr21 14032223 107 +  46489110 aaccctgtctctactgaaaatacaaacattagctgggtgtaatggtgggtgcttgtagtctcagctacttgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccgggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 M 1113 C 0
e ponAbe2.chr9  44794526 588 - 135191526 I

a score=52846.000000
s hg19.chr21    15287046 81 +  48129895 gtggaggttgcagtgagtggagatggcaccacaacactccagcctgggtgacagagtgagacactgcctc--------aaaaaaaagaa
s panTro2.chr21 14032330 81 +  46489110 gtggaggttgcagtgagtggagatggcaccacgacactccagcctgggtgacagagtgagacactgcctc--------aaaaaaaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44795114 89 - 135191526 gtgggggttgcattgagctaagagggcgccacgacactccagcctgggtgacagagtgagacactgcctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
i ponAbe2.chr9  I 588 C 0
s rheMac2.chr10 60928500 87 +  94855758 gtggaggttgcagtgagccaagatggtgccac-acactccagcctgggtgacagagtgagacactgcctc-caaaaaaaaaaaaaaaaG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=58484.000000
s hg19.chr21    15287127 57 +  48129895 agaaaaaTGTGGTATGAACCACAGCCAAACTACAATCAATTAGAGAGTAAGCCAAAG
s panTro2.chr21 14032411 57 +  46489110 aaaaaaaTGTGGTATGAACCACAGCTAAACTACAATCAATTAGAGAGTAAGCCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44795203 57 - 135191526 aaaaaaaTGTGGTGTGAACCACAGATAAACTACAATCAATTAGAGAGTAAGCCAAAG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60928587 57 +  94855758 AGAGAGAGGCGGTGTGAACCACAGCTAAACTATGATCAGTTAGAAAGTAAGCCAAAG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=44429.000000
s hg19.chr21    15287184 33 +  48129895 TATCTCAAAGTATATCATCAGTTATAAGGCAAT
s panTro2.chr21 14032468 33 +  46489110 TATCTCAAAGTATATCATCAGTTATAAGGCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44795260 33 - 135191526 CATCTCAAAGTATATCGTCAGTTATCAGGCAAT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60928644 33 +  94855758 CATCTCAAAGTATATCATCAGTTATCAGGCAAT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=81275.000000
s hg19.chr21    15287217 55 +  48129895 AACATGCAATTTCTAAAACCTAACTTAAATGCAGCTTTTAAAGACATTTTAAACA
s panTro2.chr21 14032501 55 +  46489110 AACATGCAATTTCTAAAACCTAACTTAAATGCAGCTTTTAAAGATATTTTAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44795293 55 - 135191526 AACATGCAATTTCTAAAACCTAACTTAAATGCAGCTTTTAAATAAATTTTAAATG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60928677 55 +  94855758 AACATGCTATTTCTAAAACCTAACTTAAATGCAGATTTTAAAGACATTTTAAACA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=-19213.000000
s hg19.chr21    15287272 36 +  48129895 TGTCAGTTTAGTCACATTTATTGAATAAAGTTAGCA
s panTro2.chr21 14032556 36 +  46489110 TGTCAGTTTAGTCACATTTATTGAATAAAGTTAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44795348 36 - 135191526 TGTCAGTTTAGTCACATTTATTGAATAAAGTTAGCA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=53689.000000
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s panTro2.chr21 14032592 94 +  46489110 AATGGATATCTCTCAAAAATGAGAGCTCCAGGGAATTAAAAAATGTAAAGTTCCCATTTCCTTTCTGTGTTAACACAGCTAATTATGATCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=939142.000000
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s panTro2.chr21 14032686 561 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44795465 557 - 135191526  
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s panTro2.chr21 14033373 98 +  46489110 aagggtaacaacatgggaaaaggaatatgttgatttgcttgattataagaaccacttcactagaaataattatatcaaaacatcatgttgtgctcctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796148 98 - 135191526 aagggtaataatgtgggaaaatgaatatgttgatttgcttgattataagaaccacttcactagaagtaattatatcaaaacatcatgttgtactcctt
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796328 68 - 135191526 GTACATTTCACCCATTATCTAGGAACGATTAAACATTTGGCACTGAGGAATAATTCAGAGCAACAACT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=55604.000000
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s panTro2.chr21 14033621 66 +  46489110 CCTAGGGGAGAACTAGATTGTTTGGTTGTTGATCAAAAAGAACTAAAGCATCTCTGAAGGCAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796396 66 - 135191526 CCTAGGGGAGAACTAGATTGTCTGGTTGGGGACCAAAAAGAACTAAAGCATCTCTGAAGGCAATTA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60929792 61 +  94855758 CCT-GGGGAGAACTAGATTGGCTGGT----GATCAAAAAGAACTGAAGCATCTCTGAAGGCAATTA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15288399 90 +  48129895 GCCCCCAGCACTGTGACCAAGGCACTGGAGGTGGGGCTTGTTCTTTTTGCCTTCCACACACCCCTTCAGACTGAACAAGGTGTTATTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796462 90 - 135191526 GCTCCCAGCACTGTGACCAACGCACTGGAGGTGGGGCTTGTTCTTTCTGCCTTCCACACACCCCTTCAGGCTGAACAAGGTGTTATTTTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=52729.000000
s hg19.chr21    15288489 54 +  48129895 TAACCGCTTTGTGAATTACACTTCTTTAAATTCCTGTGATAATTATTCCCTATT
s panTro2.chr21 14033777 54 +  46489110 TAACCGCTTTGTGAATTACACTTCTTTAAATTCCTGTGATAATTATTCCCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796552 54 - 135191526 TAACCACTTTGTGAATTACACTTCTTTAAATTCCTGTGATAATTATTCCCTATT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=10388.000000
s hg19.chr21    15288543 62 +  48129895 TCATAAGGATGCCTTTCTATAACATCTTGAATATGTTACACAGGTAGTCTTTCTTGAGGCAC
s panTro2.chr21 14033831 62 +  46489110 TCATAAGGATGCCTTTCTATAACATCTTGAATATGTTACACAGGTAGTCTTTCTTGAGGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796606 62 - 135191526 TCACAAGGATGCCTTTCTGTAACATCTTGAAAATGTTACAAAAATAGTCTTTCTTGAGGCAC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=46014.000000
s hg19.chr21    15288605 29 +  48129895 CCTCTAGTCATAATACTAAAGATCACAAT
s panTro2.chr21 14033893 29 +  46489110 CCTCTAGTCATAATACTAAAGATCACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15288634 62 +  48129895 TAAAAACGATTGTGCCCAGAGTAGCAGTACCACTTGACACTTTGGGTTTAGGTCGTGATCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796697 62 - 135191526 CAAAAACGATTGTGCCCAGAGTAGCAGTACCACTTGACACTTTCGGTTTAGGTTGTGATCTA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60930088 62 +  94855758 CAAAAACAATCGTGCCCAGAGTAGCAGTACCACTTGACACTTTGGGTTTAGGTTGTGATCTA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15288696 127 +  48129895 CTGAAAAATAAACT-----CATTAATATTACTATTTAGGGAAATTCTGACAAGTAATTTAAAA-CAAGATCACTTTATTAATTATAAAGCTTCAAAAATACTTAGT-AAAAAAACTTACAGA-----TTAACTACAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796759 131 - 135191526 CTGAAAAATAAATTAAACGCATTAATATTTCTATTTAGGGAAATTCTGACAAGTAATTTTATA--ATGATCACTTTATTAATTATAAAGCTTCAAAAATACTTATT-AAAAAAACTAACAGA-----TTAGCTACATGA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60930150 139 +  94855758 CCaaaaattaaattaaaatcattaatatttCTATTTAGGGAAATTCTGACAAGTAATCTTATAACAAGATCACTTTATTAATTATAAAACTTCAAAAATACTTAGTGAAAAAAACTAACAGATCAGGTTAACTACATGA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15288823 72 +  48129895 GACTTTTCAGGAGAAAAAAGCCATACAAAAGC--AAAAAAAAAAAAAAAATGAGAGGAGAGACAGAAACTATCC
s panTro2.chr21 14034111 73 +  46489110 GACTTTTCAGGGGAAAAAAGCCATACAAAAGC-AAAAAAAAAAAAAAAAATGAGAGGAGAGACAGAAACTATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796890 70 - 135191526 GACTTTTCAGGGGAAAAAAGCCACACAAAAGC----AAAAAAAAAAAAAATTAGAGGAGAGACAGAAACTATCC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60930289 74 +  94855758 GACTTTTCAGGGGAAAAAAGCCATACAAAAGCAAAAAAAACAAAAAAAAGTGAGAGGAGAGACAGAAACTATCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15288895 61 +  48129895 TTGAATAACATTTTAAAGGTAAGATTACTTACTAACATTATTTTCCAAAATTACATTGTCA
s panTro2.chr21 14034184 61 +  46489110 TTGAATAACATTTTAAAAGTAAGATTACTTACTAACATTATTTTCCAAAATTACATTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44796960 61 - 135191526 TTGACTAACATTTTAAAGGTAAGATTATTTACTAACATTATTTTCCAAAATTACATTGTCA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15288956 194 +  48129895 AATTAGCATTGACTTCCTACTAATATCCTGAAGCCATCTCACTAAAAATTATGCTTTCAAAACAAATTATTGAGCTGAATTCATTTTCTATAAGTGTATGTTTGGACTTACTTCGTTAATTTTTTTGACATGGAATTGTTAGCTTTCAATGCTACTGCAAAGGCTTCCTTGTATTCTTCTAATTTGGTTGTAAC
s panTro2.chr21 14034245 194 +  46489110 AATTAGCATTGACTTCCTACTAATATCCAGAAGCCATCTCACTAAAAATTATGCTTTCAAAACAAATTAATGAGCTGAATTCATTTTCTATGAGTGTATGTTTGGACTTACTTCGTTAATTTTTTTGACATGGAATTGTTAGCTTTCAATGCTGCTGCAAAGCCTTCCTTGTATTCTTCTAATTTGGTTGTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44797021 185 - 135191526 AATTAGCATTCACTTCCTACTTATATCCTG---------TTTTGAAAATTATGCTTTCAAAACAAATTAATGAGTTTAATTCATTTTCTATGAGTGTATGTTTTGACTTACTTCGTTAATTTTTTTAACATGGAATTGTTAGCTTTCAAAGCTACTGCAAAGTCTTCCTTATATTCTTCTAATTCAGTTGTAAC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=526819.000000
s hg19.chr21    15289150 175 +  48129895 CTCTTCATAAGTAGTTTTCATTTTGGAGAATTTACATTCCACATCTTTAAGTGTGAGTTCCTTCTTATTTAGTGAAGCCGTATTACCCTTGTTTAACTGCTCTAATTGTTTTTCATATTGTGTTTATTTCTAAAACAAATGAAAAGAATATATTTTTAAAACAATTATAACCTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44797206 174 - 135191526 CTCTTCATAAGCAGTTTCCATTTTGGAGAATTTACGTTCCACATCTTTAAGTGTGAGTTTCTTCTTATTTAGTGAAGCCATATGATCCTTGTTTAACTGCTCTAATTGTTTTTCATATTGTGCTTGTTTCTAAAACAAATGAAAAGAATACACTTTTAAAACAATTACAATCTA-
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60930618 174 +  94855758 CTCTTTATAAGCAGTCTTCATTTCGGAGAATTTACATTCCGCATCTTTAAGCTCGACTTTCTTCTTATTTAGTGAAGTCATATTATCCTTATTTAACTGCTCTAATTGTTTTTCATACTGTGCTT-TCCCTAAAACAAATGAAAAGAATACACTTTTAAAACAATTATAACCTAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=97672.000000
s hg19.chr21    15289325 95 +  48129895 TTATTATATGTTTGTTGCCTTTCATTTTGAGCCAGTGATTCAAAGAGCAATTTTGAATATGTTAAAAAAAGAGGCTGAAGCTTAAAATGTTTATC
s panTro2.chr21 14034614 95 +  46489110 TTATTATATGTTTGTTGCCTTTCATTTTGAGCCAGTGATTCAAAGAGCAATTTTGAATATGTTAAAAAAAGAGGCTGAAGCTTAAAATGTTTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44797380 90 - 135191526 -----ATATGTTTGTTGCCTTTCATTTTGAGTCAGTGATTCAAAGAGCAATTTTGAATATGTTAAAAAAAGAGGCTGAAGCTTAAAATGTTTATC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60930792 93 +  94855758 TTATG--ATGTTTGTTGCCTTTCACTTTGAGTCAGTGATTCAAAGAGCAATTTTGAACATGTTAAAAAAAGAGGCTGAAGCTTAAAATGTTTATC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=24869.000000
s hg19.chr21    15289420 68 +  48129895 AGCAGTATCAAAACTAATAACTGAATTCAGAATCAAGTCTGATTTATAAAAATTTGAAACCATAATTA
s panTro2.chr21 14034709 68 +  46489110 AGCAGTATCAAAACTAATAACTGAATTCAGAATCAAGTCTGATTTATAAAAATTTGAAATCATAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=53428.000000
s hg19.chr21    15289488 65 +  48129895 TGTTAGTATTAATGTAATCTGGTCGTATAAAAAGCAATAGAATCCATTCATAATTTTAAAAAGTG
s panTro2.chr21 14034777 64 +  46489110 TGTTAGTATTAATGTAATCTGGTCGTATAAAAAGCAATAGAAT-CATTCATAATTTTAAAAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44797538 65 - 135191526 CGTTAGTATTAATGTAATCTGGTCATATAAAAAGTAATAGAATCCATTCAAAATTTTAAAAAGTG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60930953 61 +  94855758 TGTTAGTATTAATGTAATCTGGTCATATAAA----AATAGAATCCATTCATAATTTTAAAAAGTG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=-112155.000000
s hg19.chr21    15289553 40 +  48129895 ATCAATGAACAAAGTAGCTTAAGACCAATTCAAAAGTATC
s panTro2.chr21 14034841 40 +  46489110 ATCAACGAACAAAGTAGCTTAAGACCAATTCAAAAGTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=59994.000000
s hg19.chr21    15289593 71 +  48129895 ACATAATTTCTAAATCACAACTTTTTCTTATGCCAACTGGTCTTAATCATCAAATGACTCCATAGTAAGAA
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=77453.000000
s hg19.chr21    15289664 123 +  48129895 TCATTACTCTGAAAGATTGATTTTGTT---ATAATAATGGAAATTTAAATATTTAAAAGAAAAAACAGATGCCATTTTTTTTTCTAAAACTCTACAAAGCAAATTGCTACAAGAGAGGCAGAGGAA
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60931124   0 +  94855758 C

a score=415151.000000
s hg19.chr21    15289787 222 +  48129895 ACACAATATACACATATCCAAAATATAATTTGCAGTGAAATAAAGGAAAGCACATTACAGATAAACTTACCTGATTTAAAAAACTAACCTGTAAATGGATTTCTTCTAATTTTTCTACTGCCGTCATTGCCCTTTCATCTAGCTCCGATTTATATTCTTGTAGTTTACTAAGTTCTACCATATTGTCTTCCATATGTGTCTTAAGATTTAATATTTCTTCTT
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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e ponAbe2.chr9  44809804 793 - 135191526 I

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e ponAbe2.chr9  44809804 793 - 135191526 I

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14048144 237 +  46489110 GGCAATGACTATGTATGTACTACAATGTAAATAGCACCTCCTGGATGGAATAGTACATAACTGACATGACCAGC--AGAGAGGCTAAAGACACTGAGCTGAAAACCCTG-GACTCTATTGCTAAACCAAGGCTCCTGAATCCGTTCCCTCTGAGCAACTGCTGCTGTGGTGCTGCCTTCACAAGCACTCTGTGGAGCACTGAGATTGAGGGGCTGTGCTATCTGTCATCAGACAAGCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 n 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44811684 39 - 135191526 GCCATGT-AAAATTAAAGACTAAGTTTTTCTGCACAGACT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=165317.000000
s hg19.chr21    15303219 192 +  48129895 GGACAACAATTCCTAACACATAAGGTCAGTGAGAGTCAGAACAGTCAGAGAAAGCTTCATAAAAACAAAAAAATTGTCTGCCAGGTCTGAACGAATGAGACTAGATGAACAGAAACTGAGAAGGCAGAAAGGATAGCATGAGCAAGACAAGTGCTGAAATCTGCCCAATTAACTCTGAGGATAAAGTCCAAT
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44811723 188 - 135191526 AGACAACAATTGCTAACACATAAGGTCAATGAGAGTCAGAACAGTCAGAGAAAGCTTCATGAAAACAAAAAAAT----TGCCAGGTCTGAATGAATGAGGCCAGATGAACAGAAACTGAGAAGGCAGAAAGGATAGCATGAGCAAGACAAGTGCTGAAATCTGCCCAATTAACTCTGAGGATAAAGTCCAAT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60942019 190 +  94855758 AGACAACAATTGCTAACACATAAGGTCAATGAGAGTCAGAACAGTCAGAGAAAGCTTCAGGAAAACAAAAAAATTGTCTGACAGGTCTGAATGAATGAGGCTAGATAAAC--AAACTAAGAAGGCAGAAAGGCTAGCATGAGCAAGACAAGTGCTGATATCTGCCCAATTAACTCTGAGGATAAAGTCCAAG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44811911 157 - 135191526 GGcaaggaaataaaaacgcgtgtccacatgataacctgtaagtgaatgtttgcagcagaatttttcataatagctaaaaagtggaaactaacctagaggtccatcaactgatgaatgaatggaaaaccagtatagccatggaatagaatatcattta
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60942209 156 +  94855758 AGCagggaaataaaaacacatgttcacatagtaacctgtaagtgaatgctcgcagcagcatttttcataatagctaaaaagtggaaactaacctaaaggtccatcaactgatgaatgaatggaaaacaagtatagccatgcaataca-tatcattta
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=158646.000000
s hg19.chr21    15303567 158 +  48129895 actataacaagaaataaactaccaatgtgtgctaaaacatgcatgaattctgaaaacattaagctaagtgaaaaagccagtcacaaaggactatgtattgtctaactctatgtatatgaaatatgcagaacaggcaaacctacggagacaaaagtaga
s panTro2.chr18  2247015 158 +  77261746 actataacaagaaataaactaccaatgtgtgctaaaacatgcatgaattctgaaaacattaagctaagtgaaaaagccagtcacaaaggactatgtattgtctaactctatgtatatgaaatatgcagaacagacaaacctatggagacaaaagtaga
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44812068 158 - 135191526 actataagaagaagtaaactgccaatgtgtgctaaaacacgcatgaattctgaaaacattaagctaagtgaaaaagccagtcataaaggactacatattgtataactctatgtatatgaaatatgcagaacaggcaaacctatggagacaaaagtaga
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60942365 158 +  94855758 actataagaagaaataaactatcaatgtgtgctaaaacatgcatgaattctggaaacattatgctaagtgaaaaagccagtcacaaaggacgacatattgtagaactctatgtatgtgaaatatgcaaaacaggcaaacctatggagacaaaggtaga
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15303915 31 +  48129895 CCAATGACAGGATCAAGAT-AATTTTCTCAGC
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44812448 118 - 135191526 TCTCAATTTTTGATGTACATACTATATCAGATCTAAATATTTCTACACTTTTATAGTATATTTTAAATAAAAGGTAAATAAAGAAAATGCCTAACTTTTCAAATAGTTTGTAAATTAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60942745 114 +  94855758 TCTCAATTTTTGATGTACATACTATATCAGATCTAAGTATTTCTACACTTTTATAGTATATTTTAAATAAAAG----ATAAAGAGAATGCCTAACTTTTCAAATAGTTTGTAAATTAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44812873 336 - 135191526 AAAATGGTAGAACAAAAGTCACAATAT--AAAAAAAAGTACATTATAAAGATAGTAAAATGGAAATAATTAATTATAATGAAAATACAAAATCAAGCTTCTGCCAAAAATAGTATCCTAAAACATGTTATATAATTCAACCAGCTACAGAATAACTGTCGACATGTTAAATTCCATACTTACTTGACTTTCCACTTGAAATAATTTCTTCTCTGAGGCCTGTGTCTCATCCAAATTAATGTG---ACATGATGTACCTTCCAGTGGAGACTCTAACATAGTTAATTTTTTAAGAGAATCAGCCACTTCTTGTTGAAGTTGTCTCAAAACCACCTGATAAAA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=-1045.000000
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 I 264 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44818800 177 - 135191526 GAATTTTCCAAAATTTCAAAAAGGGCTCTTCTCTATTTTGTG-TTTTATTCCCACCCACTC--TGCTATCTGATATAAATGTTTATGCTATCTGACTGGCAGAAACGGAGAAATAAAAAGACACAGGCATAACATATGTCTTCTGTCTTTACCACCTGGATTTTACATGAAATAGCCAGA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2257406 180 +  77261746 GAATTTTCCAAAATTTTAAAAAGGCCGCTTCTCCATTTTGTGCTTTTATTCCCATCCACTCTTTGCTATCTGACATAAATGTTTATGCTATCTGACTGGCAGAAACAGAGAAATAAAAAGACACAGGCATAACATATGTCTTCTGTCTTTACCACCTGGATTTTACATGAAATAGCCTGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=432734.000000
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s rheMac2.chr10 60949547 353 +  94855758 TTAAGAGGATGTGACCTTGTAGGGCTTCGGGAACAGTAAAGAAGCTTAAAGAAGCTTTCCCTTTTCTGCACTAAGCTATTCTTTTCCCCACTGCCTTTCA----TGTCTCTTTTGTTTTTTCATTT---GAATCCTGGGATATCAAAAAAGTAAAGGTGCTCTCTGAACTATGGGAACGAAAGTTTGCCACAACACAAAAAGCAGAGTGACATTGCTGACCTTCTAGTGCAGAATTCTGGAAAACAAGACGCTTCCCAGATTTCACATTCAATTACCACAAAAGTTTATAGGTGGAAAACATATGGTACAGTTACCTACTTTAGCCCCATTATCTACTGCTAATGGGAGTCAAACCAATC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44818977 341 - 135191526 TAAAGAGGATGTGACCTTGTAGGGCTTCAGGAACAG----------AAAAGAAGCTTTCCCTTTTCTGCACTAAGCTGTTCTTTTTCCCACTGCTTTTTA------TCTCTCTTTTTTTTTTCTTT---GAATCCTGGGATATCAAAAAAGTAAAGGTGCTCCCTGAACTACGGGAACAAAAGTTTGCCACAACACAAGAAGCAGAGTGAAACTGCTGAGTTTCTAGTGTAGAATTCTGGAAAATGAGATGCTTCCCAGATTTCACATTCAATTACCACAAAAGTTTATAGGTGGAAAACATATGGTACAGTTACCTACTTTAGCCCCATTATCCACTGATAATGGGAGTCAAACCAACC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2257586 350 +  77261746 TTAAGAGGATGTGACTTTGTAGGGCTTCAGGAACAG----------TAAAGAAGTTTTCCCTTTTCTGCACTAAGCTATTCTTTTCCCCAGTGCCTTATCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAATCCTGGGATATCAAAAAAGTAAAGGTTCTCCCTGAACTATGGGAACCAAAGTTTGCCGCAACACAAGAAGCAGAGTGAAACTGCTGAGTTTCTAGTGCAGAATTCTGGAAAACGAGATGCTTCCCAGATTTCACATTCTATTACCACAAAAGTTTATAGGTGGAAAACATATGATACAGTTACCTACTTTAGCCCCACTATCTACTGATAATGGGAGTCAAACCAACC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=380410.000000
s hg19.chr21    15314053 231 +  48129895 AAGACATATTAAATGTTTCATCCAGAGCTCTTGAGGTGG---------------CATTCCCTAGTATTTCATGGCACCAAATAACATGATACAATTCCATATTGCTGAATTACATAAATTACCAGATAAATTTATCAAATTAGTCAGATATATTAAAAGTCTAACTTAAGCAAAGCAATTTAATGCCTCAGAGGGTGGAAAAAGGCCTCATCTGCTTTCACTTTGAAAGAAGAAAATCTCTGGATT
s rheMac2.chr10 60949900 226 +  94855758 AAGACATATTCAGTGTTTCATCCAAAGCTCCTAAGGTGG---------------CATTCCCTAGCATTTCATGGCACCAAATAATATGATACAATTTCATACTCCTGAATTACATAAATTACCAGATAAATTTATCAAATT----AGATATATTAAAAGTCTAACTGAAGCAAAGCAATTTAATGCCCCAGAGGGTGGAAAAAGGCCTCATCTGCTTT-ACTTTGAAAGAAGTAAAACTCCAGATT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44819318 245 - 135191526 AAGACATATTAAATGTTTCATCCAAAGTTCCTAAGGTGGAATGAAATGAAATGAAATGCCCTAGCATTTCATGGCACCAAATAACATGATACAATTCCATATTGCTGAATTACATAAATTACCAGATAAATTTATCAAATTATTCAGATATATTAAAAGTCTAACTTCAGCAAAGCAATTTAATGCCTCAGAGGGTAGAAAAAGGCCTCATCTGCTTT-ACTTTGGAAGAAGTAAATTTCTAGATT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2257936 231 +  77261746 AAGACATATTAAATGTTTCATCCAGAGCTCTTGAGGTGG---------------CATTCCCTAGCATTTCGTGGCACCAAATAACATGATACAATTCCATATTGCTGAATTACATAAATTACCAGATAAATTTATCAAATTAGTCAGATATATTAAAAGTCTAACTTAAGCAAAGCAATTTAATGCCTCAGAGGGTGGAAAAAGGCCTCATCTGCTTTTACTTTGAAAGAAGAAAATCTCTAGGTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44819563 27 - 135191526 TTTGTCTATCTTTAGAACACAATGTAC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2258167 27 +  77261746 TTTGTCTATCTTTAGAACACAATGTAC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=195989.000000
s hg19.chr21    15314311 131 +  48129895 AGAACTCAACTTTCTA-TAAAGAGTCAAAGGCTAAATTTTTGGCTAAGAAATTATGCTTCTTACGTGAT-AAAAATCATACATGCCAAAACTTACCATACTTTATTAAACAACATAATGT-AAGGTCTGATTCA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44819590 134 - 135191526 AGAACTCAACTTTCTACTAAAGAGTCAAATGCTAAATTTTTGGATGAGAAGTTATGCTTCTTATATGATAAAAAATCATACATGTCAAAACTTACCATACTTTATTAAACAACATAATATAAAGGTCTGATTCA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60950153 133 +  94855758 AGAACTCAACTTTCTACTAAAGAGTCAAATGCTAAATTTTGGGTTGAGAAGTTATGCTTCTTATATGAT-AAAAATCATACATGTCAAAACTTACCATATTTTATTAAACAACATAATATAAAGGTCTGATTCA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44819724 25 - 135191526 ACAGAAATATTGGAGAGTGGGAATT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=25017.000000
s hg19.chr21    15314467 25 +  48129895 TTTTAAAATATGTGGAAGTATATAT
s rheMac2.chr10 60950311 25 +  94855758 TTTTAAAGTATGTGGAAATATATAT
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=103244.000000
s hg19.chr21    15314492 176 +  48129895 TTGTTTTC-AAAATATTGGAAATAACCATGATGGGACTATAAGTTCAAACAGTTTGAGCTAAGCAGATAAACTTG--TGCATGAAAACACATTAAACAGACTCATTTGGCTGGGAATATCCATTGCAACTCTCAAGGCTAGACGTGTTTTTGTGGCTCATCTCAGTCATTGCTTCCCTC
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2258553 84 +  77261746 CCATTGTATTACCATTCTATCATTAAACAAATGTAATTCATCTCTAAATGAATACAGAAAAAAC-AATCTAGAATCCAGAGCTTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=176750.000000
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44820037 158 - 135191526 TTTCTTTAGCAATTTCTTTAAGTTGATCTGGTTCAGAAGGTCACATGGTATATGGCTGAATTAGTTTCCCAGCCCATATGCCACTTGGAAGACTGAGAGTGAGACTTAGGTTGATTAATGAACAAACATTATGAGAACATTCTCCAGAACTGTTATTT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2258637 158 +  77261746 TTTCTTTAGCAATTTCTTTATGTTGATCTGGTTCAGAAGGTCACATGGTATATGGCTGAATTAGTTTCCCAGCTCATATGCCACTTGGAAGACTGATAGGAAGACTTAGGTTGATTAATGAACAAACATTATGAGAACATTCTCCAGAACCATTATTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=119574.000000
s hg19.chr21    15314910 134 +  48129895 AGATAGCAAAACTAATCTACTTTGACACATAATTACACATTTAGATAACCCCACTGTAACTGTACACATGAGATTTTCTTGAATAGAAAATCTGACTGAATCAAATAATTGATAAAGAGAAAAA--AGAAGCAGCA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44820195 136 - 135191526 AGATAGCAGAACTCATCTACTTTGACACATAATTACACATTTAGAAAACCCCACTGTAACTATACACATGAGATTTTCTTGAATAGAAAATTAGACTGAATCGAATAATTGATAAAGAGAAAAAAGAGAAGCAGTG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60950755 135 +  94855758 AGATAGGAGAACTAATCTACTTTGACACATAATTACACATTTAGATAACCCC-CTGTAACTGTACACATGAGATTTTCTTGAATAGAAAATTAGACTGAATCAAATAATTGATAAAGAGAAAAAAGGGAAGCAGCA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=36556.000000
s hg19.chr21    15315044 29 +  48129895 AGTGAACCTCTGTCTTTTTGAAGTTGGAC
s panTro2.chr18  2258927 29 +  77261746 AGTGAACCTCTGTCTTTTTGAAGTTGGAC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44820331 29 - 135191526 AGTGAACCTCTGTCTTTTTGAAGTTGAAC
i ponAbe2.chr9  C 0 I 2
s rheMac2.chr10 60950890 29 +  94855758 AGTGAACCTCTGTATTTCCGAAGTTGAAC
i rheMac2.chr10 C 0 I 2

a score=77541.000000
s hg19.chr21    15315073 50 +  48129895 TTCCTTTCTCCAAAGCTAGGAACTCTACTGGTAACATG-CTACCTCATTCt
s rheMac2.chr10 60950921 51 +  94855758 TCTCTTTCTCCAAAGCCAGGAACTCAACTTGTAACATGCCTACCTCATTCT
i rheMac2.chr10 I 2 C 0
s ponAbe2.chr9  44820362 51 - 135191526 TCTCTTTCTTCAAAGCCAGGAACTCTAGTTGTAACATGCCTACCTCATTCT
i ponAbe2.chr9  I 2 C 0
s panTro2.chr18  2258956 49 +  77261746 TTTCTTACTCCAAAGCTAGGAACTCTACTGGTA-CATG-CTACCTCATTCt
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=-25890.000000
s hg19.chr21    15315123 85 +  48129895 tttttactattattatacttaaagttctggtacatgtgcacaacgtgcaggtttgttacatatgtatacatgtgccatgttggtg
s panTro2.chr18  2259005 85 +  77261746 tttttattattattatactttaagttctggtacatgtgcacaacatgcaggtttgttacatatgtatacatgtgccatgttggtg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44820413  3 - 135191526 ----------------------------------------------------------------------------------AAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15315208 693 +  48129895  
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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a score=321797.000000
s hg19.chr21    15315901 246 +  48129895 GTTCGTCCCTCTTTAGAGTTACTATGTAGAAGCTCTTCCTCAGGGCAAGCAGTAATTTTGGAGTTTTCAAAACTTTTACCAATATTCAGCTTGAACTTGCTTGTAATGAATTTTAAAGAAAGTCATGAATATACAGATAGATTCCCTTTATCACAATTCTTACCCAGTTCTGGTTCTTGAGGCTTTTCTTTTTTT-TTTTTTGGCAGGTGCAAAA-AGGAAAACAAATTTGCTTGTTTTGTTTCTCAG
s panTro2.chr18  2259842 247 +  77261746 CTTTGTCCCTCATTAGAGTTACTATGTAGAAGCTCTTCCTCAGGGCAAGCAGTAATTTTGGAGTTTTCAAAACTTTAACCAATATTCAGCTTGAACTTGTTTGTAATGAATTTTAAAGAAAGTCGTGAATATACAGATAGATTCCCTTTTTCACAATTCTCACCCAGTTCTGGTTCTTGAGACTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGGCAGGTGCAAAA-TGGAAAACAAATTTGCTTGTTTTGTTTCTCAG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44821108 240 - 135191526 GTTCGTCCCTTTTTAGAGTTACTATGTAGGAGCTCTTCCTCAGGGCAAGCAGTAATTTTGGAGTTTTCAAAACTTTCACCAATATTCAGCTTGAGCTTCCTTGTAATGAATTTTAAAGGAAGTCCTGAATATACAGGTATATTCCGTTTATCACAATTCTTACCCAGTTCTGGTTCTTGAGACATTTTTTATCCC--------ACAGGTGCAAAAGTGGAAAACTAATTTGCTTGTTTGGTTTCTCAG
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s rheMac2.chr10 60951654 239 +  94855758 GTTCATCCCTCTTTATAGTTACTATGTAGGAGCTCTTCCTCAGGGCAAGGAGTAATTTGGGAGTTTTCAAAACTGTCACCAATATTCAGCTTAAACTTGTTTGTAATGAATTTTAAAGGAAGTCCCGAATATACAGATATATTCCCTTTATCACAATTCCTACCCAGTTCTGGTTCCTGAGAAATTTTTTTTCCA---------CAGGTGCACAAGTGGAAAACTAATTTGCTTGTTTTGTTTCTCAG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s rheMac2.chr10 60951960 238 +  94855758 AAAAT-----AAATTTAACTGTGAAACTTAATCTATGTGTTGCTACTCTTAAATTATGGGATTGTAACTAAAAAGTGAAATATAATTTGCCTTGGCTTAACATAGGAGAAAAACATGAATCGGCAAGCTGAAACTCTCAGTGTTTGTTTGGACTAAACTT-----ATTATGTGTTAAATCTACCAGAAATGAATTCAAAGATGATATGTGGTATTATAAAAGCTTCCTCTCTTAAAAAGATGTTACCT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44821415 245 - 135191526 AAAATAATTAAAATTTAACTGTGAAAC--AATCTATGTGTTGCTACTCTTAAATTATGGGATTGTAACTAAAAAGTGAAAAATAATTTGCCATGGCTTAACATAGGACAGAAACATGAACCAGCAAACTG-AACTCTCAGTGTTTGTTTGGACTAAACTTAATTCATTATGTGTTAAATCTACCAGAAATGAAATCAAAGATGATATGTAGAATTATAAAAGCTTCCTCTGTTAAAAAGATTTTACCT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=29651.000000
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a score=114567.000000
s hg19.chr21    15316507  98 +  48129895 AAGATTA----ACTAGAGACTAGGCAAACACTAAATTATTAAGAGCCAAACTGAACAACAATAAGAAAGAGAAGCAAAATTTTAAATTCTAATTCAAATGAT
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=12361.000000
s hg19.chr21    15316605 44 +  48129895 ATACTATGATAGTGTTATGTATCTAAATAGATTTTCTGCTCATA
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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s panTro2.chr18  2262527 124 +  77261746 GCAGAGGGCAGGAAAGGGTGAGCACGTGCCAGGCAGCAACAAGAGAGGGAGAGAAGCCTCCAAGAGAGTACGTATTTCTCTACAAAAGAGGAATGGTGAGGGGGCAATTACCAGCAGCTGAGTA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44823732 124 - 135191526 GCAGAGGGCAGGAAAGGGTAAGCACATGCCAGGAAGCAATAAGAGAGGGAGAGAAGCCTCCAAGAGCATATGTATTTCTCTACAAAAGAGGAACGGTAAGGTGGGCATTACCAGCAGCTCAGTA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60954300 124 +  94855758 GCAGAGGGCAGGAAAGGATGAGCACATGCCACGCAGCACCAAGAGAGGGAGAGAAGCCTCCAAGAGCATGTGTATTTCTCTGCAAAAGAGGAATGGTGAGAGGGGCATTACCAGCAGCTCAGTA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=78978.000000
s hg19.chr21    15318709 61 +  48129895 ATTCCAGAGAAAAAGGCAGATGGGGAAAGGGCTACGGATGGAGATTTGGGCAGAAATCAGt
s panTro2.chr18  2262651 61 +  77261746 ATTCCAGAGAAAAAGGCAGATGGGGAAAGGGCTACGGATGGAGATTTGGGCAGAAATCAGt
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44823856 61 - 135191526 ATTCCAGAGAAAAAGGCAGATGGGGAAAGGGCTAGAGATGGAGATTTGGACAGAAGTCAGt
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60954424 61 +  94855758 ATTCCAGAGAAAAAGGCAGATGGGGAAAGGGCTACGGATGGAGATTTGGGCAGAAGTCAGC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=69610.000000
s hg19.chr21    15318770 182 +  48129895 ttccttttcttttctttttttgggacaaggtcttactctgtctcccagactggagcacagtggcatgaacttggctcactgcaacctggtctcctgggttcaagtaattctcctgcctcagcctcccgagtagctgacattacaggtgcgtgccaccaccacctgctattttttgta-tttta
s rheMac2.chr10 60954485 183 +  94855758 ttctttttcttttctttttttgagacaaggtcttactctgtctcccagactgcagtgcagtggcatgatctcggctcactgcaacccggcctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaaagagctgagattaccggcgggtgccagtaccacctgctaatttttgtattttta
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44823917 183 - 135191526 ttctttttcttttctttttttgagacaaggtctttctctgtctcccagactggagtgcagtggcatgaccttggctcaccacaacccaacctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctccagaatagctgagattacaggtgcatgccagtaccacctgctaatttttgtattttta
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2262712 182 +  77261746 ttccttttcttttctttttttgggacaaggtcttactctgtctcccagactggagcacagtggcatgaccttggctcactgcaacccggtctcctgggttcaagtaattctcctgcctcagcctcccgagtagctgagattacaggtgcgtgccaccaccacttgctattttttgta-tttta
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=48717.000000
s hg19.chr21    15318952 95 +  48129895 ttagagatggggtttcaccttgttggccaggctggtcttgaactcctgacctcaaatgatccatctgcctcagcctcccaaagtgctgggatcac
s panTro2.chr18  2262894 95 +  77261746 ttagagatggggtttcaccttgttggccaggctggtcttgaactcctgacctcaaatgatccacctgcctcagcctcacaaagtgctgggatcac
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824100 95 - 135191526 gtagagatggggtttcaccatgttggccaggctggtcttgaactcctgacctcaaatgatccagccgcctcagcctcccaaagtgctgggattac
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60954668 95 +  94855758 gtagagatggggttccaccatgttggccaggctggtctcgaactcctgacctcaaatcgtccacctgcctcagcctcccaaagtgctgggattac
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=19226.000000
s hg19.chr21    15319047 32 +  48129895 agacatgagccaccatgcccaaccCAGAAGTC
s rheMac2.chr10 60954763 32 +  94855758 agacatgagccaccgtgcccaaccCAGAAGTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824195 32 - 135191526 agacatgagccactgtgcccaactCAGAAGTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2262989 32 +  77261746 agacatgagccaccttgcccaaccCAGAAGTC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=66850.000000
s hg19.chr21    15319079 75 +  48129895 AGTTTCTGAAATCTTTATATAAAGCTTTAAGGTGCTTGGACATTAGGTATTCAGGAGTGGTTCATGGATCTATTT
s panTro2.chr18  2263021 75 +  77261746 AGTTTCTGAAATCCTTATATAAAGCTTTAAGATGCTTGGACATTAGGTATTCAGGAGTGGTTCATGGATCTATTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824227 75 - 135191526 AGTTTCTGAATGCCTTATATAAACCTTTAAGATGCTTGGACATTAGGTATTCAGGAGTGGTTCACAGATGTATTT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60954795 75 +  94855758 AGTTTCTGAAAGCCTTATATAAACCTTTAATATGCTTGGACATTAGGTATTCAGGAGTGGTTCACAGATCTATTT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=368723.000000
s hg19.chr21    15319154 304 +  48129895 ACATTAGAGATAATTAACTCTAAATACTGTGAGGAGCATAAAATTCTGAGGCATATAAATAAATGAACAAAGATAAAATATAAGGCAATGTTGCAAAGATGATGCAGGCCTGAGGAGATGTTTTCAGAAATATTTAGGATATAGGTATCAGTGGCCATTATAAGAATGAATTTTTATTGAATGAATAAATGTATATATCCAGGTCCCTGGAGAAATACACTCTGCTCATTACTTTACAAATTTTATCAAATGAGAAGTAAGATAATATACATAAACTGTTTCAGTTACTTGTATTTACTTTACA
s rheMac2.chr10 60954870 304 +  94855758 ACATTAGAGATAATTAACTCTAAATACTGTGAGGAGCATAAAATTCTGAGGCATATAAATAAATGAACAAAGATAAAACATAAGGCAATGTTGCAAAGATGATGCAGGTCTGAGGAGATGTTTTTAGAAATATTTAGAATATAAGTATCAGTGGCCATTATAAGAATGAATTTTTATTGAATGAATAAATATATATATCTGGGTCCCCAAAGAAATACATGCTGCTCATTACTTTACAAAAATTATCAAATGAGAAGTAAAATAACACACATAAACTGTTTCAGTTACTTGTATTTACTTGATA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824302 302 - 135191526 GCATTAGAGATAATTAACTCTAAATAC--TGAGGAGCATAAAATTCTGAGGCACATAAATAAATGAACAAAGATAAAATATAAGGCAATGTTGCAAAGATGATGCAGGCCTGAGAAGATGTTTTTAGAAATATTTAGAATATAAGTATCAGTGGCCATTATAAGAATGAATTTGTATTGAATGAATAAATGTACGTATCTGGGTCCCTGGAGAAATACATTCTGCTCATTACTTTACAAAAGTTATCAAATGAGAAGTAAAATAATATACATAAACTGTTTCAGTTACTTGTATTTACTTTATA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2263096 304 +  77261746 ACATTAGAGATAATTAACTCTAAATACTGTGAGGAGCATAAAATTCTGAGACATATAAATAAATGAACAAAGATAAAATATAAGGCAATGTTGCAAAGATGATGCAGGCCTGGGGAGATGTTTTCAGAAATATTTAGGATACAAGTATCAGTGGCCATTATAAGAATGAATTTTTATTGAATGAATAAATGTATATATCCAGGTCCCTGGAGAAATACACTCTGCTCATTACTTTACAAATTTTATCAAACGAGAAGTAAGATAATATAAATAAGCTGTCTCAGTTACTTGTATTTACTTTACA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=-7166.000000
s hg19.chr21    15319458 58 +  48129895 CTTTTTCTGTTTCAGTTTTACTGTGCCAAGGAAATGCATTTGGGTTTTGTGGTGGTGG
s rheMac2.chr10 60955174 58 +  94855758 CTTTTTCTGTTTCAGTTTTACTGTGCCAAGAAAATGCATTTGGGTTTTGTGGTGGTGG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824604 51 - 135191526 CTTTTTCTGTTTCAGCTTTACTGTGCCAAGAAAATGCATTTGGGTtt-------gttg
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2263400 58 +  77261746 CTTTTTCTGTTTCAGTTTTACTGTGCCAAGGAAATGCATTTGGGTTttgtggtggttg
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=33111.000000
s hg19.chr21    15319516 102 +  48129895 TTGTTGT---CATTGTTGTTAttttttgagatggagtttcactcttcctgtccaggctgaagtacagtggtatgatctcagctcaccacaacctctgcttcccag
s rheMac2.chr10 60955232 102 +  94855758 TGGTCAT---GGTTGTTGCTGTTGTTAgagatggagtttcactcttgctgcccaggctgaagtgcaatggtgcgatctcagctcaccgcaacctctgcctctcga
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824655 102 - 135191526 ttgttgt---tgttgttgttgttgtttgagatggaatatcactcttgctgcccaggctgaagtgcaatggtgcgatctcagctcaccacaacctctgcctctcgg
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2263458 105 +  77261746 ttgttgttgtcgctgttgttgttttttgagatggaatttcactcttcctgcccaggctgaagtacagtggtatgatctcagctcaccacaacctctgcttcccag
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=16572.000000
s hg19.chr21    15319618 34 +  48129895 gttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagt
s panTro2.chr18  2263563 34 +  77261746 gttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagt
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824757 34 - 135191526 attcaagctattctcctgcctcagcctcctgagt
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60955334 34 +  94855758 gttcaagctattctcctgcctcagcctcccgagt
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=56042.000000
s hg19.chr21    15319652 168 +  48129895 aactggaattacaggtatttgccaccatgaacagctaattttgtgtttttagtagagatgggtttt-ccatgttggtcaggctggtctcaaactcccaatctcaggttatccacccgcctcagcctcccaaagtgctgggattacag----------------------gcacaaaccacggcccccagcc
s rheMac2.chr10 60955368 191 +  94855758 aactgggattacaggcatgtgccatcatgcccagctacatttgtatttttagtagagatgggttactccatgttggtcaggatggtctcaaactcccaaactcaggttatctgcccacctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcacaagccaccacgcccagccgcacaagccaccacgcccagcc
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824791 169 - 135191526 aactgggattacaggcatgtgccaccatgcccagttacttttgtatttttagtagagatgggttactccatgttggtcaggatggtctcaaactcccagcctcaggttatccacctgcctcggcctcccaaagtgctgggattacag----------------------gcatgagccaccactcctggcc
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2263597 169 +  77261746 agctggaattacaggtatttgccaccatgaacagctaattttgtgtttttagtagagatgggtttttccatgttggtcaggctggtctcaaactcccaatctcaggttatccacccacctcagcctcccaaagtgctgggattacag----------------------gcacgagccaccgcgcccagcc
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=67277.000000
s hg19.chr21    15319820 45 +  48129895 ACATATGGGGATTTTGTTTCAAAAGTTCTGTTTCCTGTATCTACC
s panTro2.chr18  2263766 45 +  77261746 ACATATGGGGATTTTGTTTTAAAAGTTATGTTTCCTGGATCTACC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44824960 45 - 135191526 ACATTTGGGGATTTTGTTTTAAAAGTTCTGCTTCCTGGATCTACC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60955559 45 +  94855758 ACATTTGGGGATTTTGTTTTAAAAGTTCTGCTTGCTGGATCTACG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=100540.000000
s hg19.chr21    15319865 32 +  48129895 AAGCTCATGAGAAAATAGAAGCAAACAAGTCA
s rheMac2.chr10 60955604 32 +  94855758 AAGCTCATGAGAAAATAGAAGCAAATAAGTCA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44825005 32 - 135191526 AAGCTCATGAGAAAATAGAAGCAAACAAGTCA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2263811 32 +  77261746 AAGCTCATGAGAAAATAGAAGCAAACAAGTCA
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=117189.000000
s hg19.chr21    15319897 73 +  48129895 TTTGCATAGGTAAGAAACTTTGGATTTATAGCTTGTCATCACTACTCTAGAAGATTATCATCATGTTTTATAA
s panTro2.chr18  2263843 73 +  77261746 TTTGCATAGGTAAGAAACTTTGGATTTCTAGCTTGTCATCACTACTCTAGAAGATTATCATCATGTTTTATAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44825037 73 - 135191526 TTTGCATATGTAAGAAACCTTGGATTTATAGCTTGTTATCACCACTCTAGAAGATTATCATCATGTTTTGCAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60955636 73 +  94855758 TTTGCATAGGTAAGAAACTTTAGATTTATGGCTTGTCATCACTACTCTAGAAGATTACCATAAGGTTTTATAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=25674.000000
s hg19.chr21    15319970 30 +  48129895 AACAAAATGTTAATTCTAGACATAAGGGGA
s panTro2.chr18  2263916 30 +  77261746 AACAAAGTGCTAATTCTAGACATAAGGGGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=64817.000000
s hg19.chr21    15320000 76 +  48129895 AAAAGAAATTAAAACTATAGGGGTGGGGGAAAAATATTGCATAATTTATTACTGTTGACCTGATCATATGACTGAT
s panTro2.chr18  2263946 76 +  77261746 AAAAGAAATTAAAACTGTAGGGGTGGGGGGAAAATATTGCATAATTTATTACTGTTGACCTCATCATATGACTGAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44825140 73 - 135191526 AAAAGAAATTAAAACTATAGGGGT---GAAAAAATATTGCATAGTTTATTACTGTTCACCTGATCATATGACGGAT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60955739 73 +  94855758 AAAAGAAATTAAAACTATAGGAGT---GAAAAAATAATGCATAATTTATTACTGTTCACCTGATCATATGACTGAT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=104439.000000
s hg19.chr21    15320076 86 +  48129895 TAAGGGCACTGAATTTAACTTGTATGTGAAGTAGACCCCACATTAGCTGCAGTTAATCAGTAGACCAGGTGTTCTAGCAGAATTAA
s panTro2.chr18  2264022 86 +  77261746 TAAGGGCACTGCATTTAACTTGTATGTGAAGTAGACCCCATATTAGCTGCAGTTAATCAGTAGACCAGGTGTTCTAGCAGAATTAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44825213 86 - 135191526 TAAGGGCACTGAATTTAACTTGTATGTAAAGTAGACCCCATAGTAGCTGCAGTTAATCAATAGACTGAGTGTTCTAGCACAATTAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60955812 85 +  94855758 TAAAGGCACTGAATTTAACTTGTATGTAAAGTAGACCCCATAGT-TCTGCAGTTAATCAACAGACTGTGTGTTCTAGCAGAATTAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=21812.000000
s hg19.chr21    15320162 30 +  48129895 ATTTGATGCTCCTGTGTTATCTTTAAATGA
s panTro2.chr18  2264108 30 +  77261746 ATTTGATGCTCCTGTGTTATCTTTAAATGA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44825299 30 - 135191526 ATTTGATGCTCATGTGTTATCTTTAAATGA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60955897 30 +  94855758 ATTTGATGCTCATGTGTTATCTTGAAACGA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=37346.000000
s hg19.chr21    15320192 38 +  48129895 CACAGCTCTTCT-AAAACCCATACTCCTAGTGTATGATT
s panTro2.chr18  2264138 39 +  77261746 CACAGCTCTTCTGAAAACCCGTACTCACAGTGCATGATT
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44825329 39 - 135191526 TACAGCTCTGCTGAAAACCCATACTCCTAGTGCATGATT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60955927 39 +  94855758 TACAGCTCTGATGAAAACCCGTATTCCTAGTGCATGATT
i rheMac2.chr10 C 0 I 4

a score=72434.000000
s hg19.chr21    15320230 73 +  48129895 ATCCATTAAGACAAGGTGATGGAATGTGTGAATACAGCTGAGGAGACACCACAAGGCAAATGCTCAATGGTTC
s rheMac2.chr10 60955970 73 +  94855758 ATCCATTAAGACAAGGTGATGGAATGTGTGAGTACAGCCAAGGAGACACTACAAGGCAAATGCTCAATGGTTC
i rheMac2.chr10 I 4 C 0
s ponAbe2.chr9  44825368 73 - 135191526 ATCCATTAAGACAAGGTGATGGAATGTGTGAGTACAGCTGAGGAGACATCACAAGGCAAATGCTCAATGGTTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2264177 73 +  77261746 ATCCATTAAGACAAGGTGATGGAATGTGTGAATACAGCTGAGGAGACACCACAAGGCAAATGCTCAATGGTTC
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=24692.000000
s hg19.chr21    15320303 31 +  48129895 CCATTAATATTGGGAAAATCAACACTATAAA
s panTro2.chr18  2264250 31 +  77261746 CCATTAATATTGGGAAAATCAACACTATAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44825441 31 - 135191526 CCATTAATATTGGGAAAATCAACACTATAAT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=97266.000000
s hg19.chr21    15320334 111 +  48129895 ACAGAAATCCATAGGCATTATTTAATATTTGGTTTTGGAAGGTATTTTTAGTGACACTGCATACAGTTGTACTGAATAATTGCAAAATTAGAGATGTAAAAATAAAACAAA
s panTro2.chr18  2264281 111 +  77261746 ACAGAAAGCCATAGGCATTATTTAATATTTGGTTTTGGAAGGTATTTTTAGTGACATTGCATACAGTTGTACTGAATAATTGCAAAATTAGAGATGTAAAAATGAAACAAA
i panTro2.chr18 C 0 C 0
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a score=373924.000000
s hg19.chr21    15320445 245 +  48129895 GGCACATTGTGTTTGAGTAGGGAATCTGTAGATGTCTAGCTGTTTTTCCCATCCTGTCCCAAAATTCTAAATATAATCATGGTACCCACACTCAAATTTATGTTAAATAACAACCTCAATGAAATTACTCTTTCTCTTCATTCTCTTTGTTATTTATATGTTGCTTTCCTTAAGGGAAGAATACAAATGCCTTGCTAAGAAGCATTCTGTTTGGTTGTAGGCTGCATAAGGGGAGTAAACACAAA
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15321487  95 +  48129895 AAACTGATATAATCTTCCCTCAATGCATGAATACCTTCAGAATTC----------------ACATAGACCAAAGAATTGTATAAAATATAATAGTCTTAAAGATCTTATTT
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2265434  95 +  77261746 AAACTGATATAATCTTCCCTCAATGCATGAATACCTTCAGAATTC----------------ACACAGACCAGAGAATTGTATAAAATATAATAGCCTTAAAAATCTTATTT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr18  2265529 76 +  77261746 GTAGCTggcacagtggctcctgcctgtaatcccagcacattggcaagccgaggtgggcagatcacctgaggtcagg
i panTro2.chr18 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60957318  0 +  94855758 C

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44827055 97 - 135191526 ATAAAAATATGTCTGTGTTCACACTAGATCTGAAGCATACACAATGCCGTGAGACAGGAAAGAAATATATTTAACAAGTTATATTCCTGGTTTCTGT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 I 10
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i panTro2.chr18 C 0 C 0

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i panTro2.chr18 C 0 C 0
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s panTro2.chr18  2270308 74 +  77261746 AACAAATAACTTTTTAAATAAAATACGGTTCTCACCTTCTCCTTTTCCATTGACTATTCTGTTTCCTTTTCCAT
i panTro2.chr18 C 0 C 0

a score=77856.000000
s hg19.chr21    15326425  99 +  48129895 GGGAAGGTCCACGTAAAGGCTCTGACACTTTCTTGGGGACACACTGCTAAGGTAGTATCAAGAATTAGTTTCCATTTT-AAAATTATAATGAGTTGCATC
s panTro2.chr18  2270382  99 +  77261746 GGGAAGGTCCACGTAAAGGCTCTGACACTTTCTCGGGGACACACTGCTAAGGTAATATCAAGAATTAGTTTCCATTTT-AAAATTATAATGAGTTGCATC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44831260 100 - 135191526 GGGAAGGTCCAGGTAAAGGCTCTGACACTTTCTCGGGGACACGCTGCTAAGGCAATATCAAGAATTAGTTTCCATTTTAAAAATTATAATGAGTTGCATC
i ponAbe2.chr9  C 0 I 2186
s rheMac2.chr10 60961751 100 +  94855758 GGGAAAGTCCAGGTAAAGGCTCTGACACTTTCTCGGGGACACACTGCTAAGGTAATATCAAGAAAAAGTTTCCATTTTAAAAATTATAATAAGTTGCATC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=22712.000000
s hg19.chr21    15326524 31 +  48129895 AAGAGTTTCTTGTCAATCTCtttttatgaaa
s panTro2.chr18  2270481 31 +  77261746 AAGACTTTCTTATCAATCTCtttttatgaaa
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44833546 31 - 135191526 AAGAGTTTCTTATCAATCTCtttttatgaaa
i ponAbe2.chr9  I 2186 C 0
s rheMac2.chr10 60961851 31 +  94855758 AAGAGTTTCTTATCAATCTCtttttatgaaa
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=280565.000000
s hg19.chr21    15326555 591 +  48129895  
s panTro2.chr18  2270512 591 +  77261746  
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44833577 588 - 135191526  
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60961882 604 +  94855758  
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=-345.000000
s hg19.chr21    15327146 35 +  48129895 accctgactcCCCAAAAATATCAATTTAAAATGTG
s panTro2.chr18  2271103 35 +  77261746 accctgactcCCCAAAAATATCAATTTAAAATGTG
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44834165 35 - 135191526 accctgactccacaaaaaTTTCAATTTAAAATGTG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60962486 35 +  94855758 accctgactccacaaaaaTTTCGACTTAAAATGTG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=68740.000000
s hg19.chr21    15327181 91 +  48129895 AGAATGAAGAGAGATACAAACAAAAAAGAAGCCTAATTGGTCAACGAAATATGAGCTTAAGCCAAGAAAGAAAAGAAACAACATGAAGTAC
s panTro2.chr18  2271138 91 +  77261746 AGAATGAAGAGACATACAAACAAAAAAGAAGCCTAATTGGTCAATGAAATATGAGCTTAAGCCAAGAAAGAAAAGAAACAACATGAAGTAC
i panTro2.chr18 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44834200 91 - 135191526 AGAACGAAGGAAGATACAAAAAAAAAACAAACCTAATTGGTCAATGAAATATGAGCTTAAGCCAAGAAAGAAAAGAAACAACATGAAGTAC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60962521 91 +  94855758 AGAAAGAAGGGAGATACAAACAAAAAACAAGCCTAACTGGTCAATGAAACATGAGCTTAAGCCAAGAAAGAAAATAAACAACATGAAATAC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=-8115.000000
s hg19.chr21    15327272 49 +  48129895 AATAAAGTACATGGGGAAATAGATCTATAACAGAGCTTTTTGGTCTTTC
s panTro2.chr18  2271229 49 +  77261746 AATAAAGTACATGGGGAAATAGATCTATAACAGAGCCTTTTGGTCTTTC
i panTro2.chr18 C 0 n 0
s ponAbe2.chr9  44834291 49 - 135191526 AATAAAGTACATGGAGAAATAGATCTATAACAGAGCATTTTAGTCTTTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60962612 49 +  94855758 AATAAAGTAAATGGAGAAACAGATCTATAACAGAGCCTTTTGGTCTTTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=67337.000000
s hg19.chr21    15327321 68 +  48129895 ATATCCCTGATAATACTAATTAATATTTATGCTACAATTAGTTTTTTGTAAGTACTTCTGTGATAGAG
s ponAbe2.chr9  44834340 66 - 135191526 ATGTCCCTAATAATACTAATTAATATTTATGCTACAATTAG--TTTTGTAAGTACTTCTGTGATAGAG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60962661 68 +  94855758 ATATCCCtaataatattaattaatatttatGCTACAATTAGTTTTTTGTAAGTACTTCTGTGATAGAG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14048669 50 +  46489110 ------------------attaatatttatGCTACAATTAGTTTTTTGTAAGTACTTCTGTGATAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=132991.000000
s hg19.chr21    15327389 108 +  48129895 TTTATTACTATAAGACATTCAATTAGCTAAATATGGTCAACTACCACTACCTGAAAGAACATTATTATAACAGAGAGAGAAAACTGGAACTTTCCATCAATGTTCCAC
s panTro2.chr21 14048719 108 +  46489110 TTTATTACTATAAGACGTTCAATTAGCTAAATATGGTCAACTACCACTACCTGAAAGAACATTATTATAACAGAGAGAGAAAACTGGAACTTTCCATCAACGTTCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44834406 104 - 135191526 TTTATTACTGTAAGACATTCAATTACTTAAATATGGTCATCTATCACTACCTGAAAGAACATTATTACCACAGAGAGAGAAACCTGGAACTT----TCAACTTTCCAC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60962729 104 +  94855758 TTTATTACTCTAAGACATTCAATTACTTAAATATGGTCATCTACCACTACCTGAAAGAATATTACTATAACAAAGAGAGAAACCTGGAACTT----TCAACTTTCCAC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=14278.000000
s hg19.chr21    15327497 62 +  48129895 CCAGAAAAAGAA-TTTGTCACCAGAATTCTAAAGAGTGATGTATGGcagacacatgaaaaaat
s panTro2.chr21 14048827 62 +  46489110 CCAGAAAAAGAA-TTGGTCACCAGAATTCTAAAGAGTAATGTATGGcagacacatgaaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44834510 35 - 135191526 CTAGAAAAAGAATTTGGTCACCAGACTTCTAAAGA----------------------------
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60962833 37 +  94855758 CTAGAAAAAGAA-CTGGTCACCAAAATTCTAAAGAGTC-------------------------
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=70910.000000
s hg19.chr21    15327559 763 +  48129895  
s panTro2.chr21 14048889 763 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60962870   0 +  94855758 C
e ponAbe2.chr9  44834545   0 - 135191526 C

a score=58395.000000
s hg19.chr21    15328322 72 +  48129895 TAAAAGGTAATGTATGGCTTGAAAAGGTATATTTAATAGAATGTGAGTTGGGACTAATAAAAAGCTTAAGAA
s panTro2.chr21 14049652 72 +  46489110 TAAAAGGTAATGTATGGCTTGAAAAGGTATATTTAATAGAATGTGAGTTGGGACTAATAAAAAGCTTAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60962870 63 +  94855758 ---------ATGTATGGCTTGAAAAGGTAAATTTCATAGAACATGAGTTGGGGCTAATAAAAAGCACAAGAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44834545 66 - 135191526 ------GTAATGTATGGCTTGAAAAGGTATATTTAATAGAACATGAGTTGGGGCTAATAAAAAGTATAAGAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=156350.000000
s hg19.chr21    15328394 167 +  48129895 ATGTTAATCAAAAATCTCAATGTTAAGATTCCAGTTCAATGATACTAGAAAATATATTGTAACCCTCTTTGCTACTGATGACCTATTTCTAATTTATTTCCTTTTTAATTATGGCATAATTTTTCAACATAACACATCAAAACTTATATGCCCttaaatattaaaaa
s ponAbe2.chr9  44834611 167 - 135191526 ATGTTAATCTAAAATCACAATGTTAAGATTCCAGTTGAATGATACTAGAAAATACATTGTAATCCTCTTTGCTACTGATGACATATTTCTAATTTATTTCCTTTTTATTTATGGCATAATTTCTCAACATAACACATCAAAACTTATACACCCTTAAATATTAAAAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14049724 167 +  46489110 ATGTTAATCTAAAATCTCAATGTTAAGATTCCAGTTCAATGATACTAGAAAATATATTGTAACCCTCTTTGCTACTGATGACCTATTTCTAATTTATTTCCTTTTTAATTATGGCATAATTTCTCAACATAACACATCAAAACTTATATGCCCttaaatattaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60962933 167 +  94855758 ATGTTTATCTAAAATCACAATGTTAAGATTCCAGTTGAATGATACTTGAAAATACATTGTAATCCTCATTGCTACTGATGACCTATTTCTAATTTATTTCCTTTTTATGTATGGCATAATTTCTCAACATAACACATCAAAACTTACACATTCTTAAATATTAAAAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=113205.000000
s hg19.chr21    15328561 131 +  48129895 ataatacaaatgtaagcaatattttaaatacaatatttaattGTTAGATACATTAGGTATATTATATTACTTATAACATTCCATTATATAAAAATTCATTTGTGTATTTATTCAGATTAAACAACTATTAA
s ponAbe2.chr9  44834778 126 - 135191526 ATAACACACATGTAAGCAATATTTTA-----AATATTTAATCATTAGATATATGAGGTATATTATATTACTTATAACATTCCATTATATAAAAATTCATTTGTCTATTTATTCAGCTTAAACAACTATTAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14049891 131 +  46489110 ataatacaaatgtaagcaatattttaaatacaatatttaattGTTAGATACATTAGGTATATTATATTACTTATAACATTCCATTATATAAAAATTCATTTGTGTATTTATTCAGATTAAACAACTATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60963100 122 +  94855758 ATAATGCAAATGTAAGCAATATTTTA-----GAAGTTTAATCATTAGATACATGAGGTATATTATATTACTTATAACCTTGCACTATATAAAAATTCATTTG----TCTATTCAGATTAAGCAACTATTAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=51479.000000
s hg19.chr21    15328692 115 +  48129895 GGCTGAAtgtctcatgcctgtaaccccagcactttgagaggctgaggcgggcagaacacttgagcccaacag-ttaaagaccagcctgggcaacaaggcaaaaccctgtct---------ctaca
s rheMac2.chr10 60963222 124 +  94855758 GGCTGAAtgtctcatgccagtaaccccagcactttgagagactgaggcagacagaacacttgagcccaacag-ttaaagatcagcctgggcaacaaggcaaaaccctgtctctacaaaaactaca
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14050022 115 +  46489110 GGCTGAAtgtctcatgcctgtaaccccagcactttgagaggctgaggtgggcagaacacttgagcccaacag-ttaaagaccagcctgggcaacaaggcaaaaccctgtct---------ctaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44834904 116 - 135191526 GGCTGAAtgtctcatgcctgtaaccccagcactttgaaaggctgaggcaggcagaacacttgagcccagcagataaaagaccagtctgggcaacaaggcaaaactctgtct---------ctaca
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=77678.000000
s hg19.chr21    15328807 164 +  48129895 aaactcagccgagcatggtgacacaggtctatggtgacatagctctattgtttcaactacttggatggctgaagtgtgaggatctcctgagcccaggaaatggagatcggagtgagccaagatctcaccagtgccctccagcctgggtgacagagtgaaacccc
s ponAbe2.chr9  44835020 164 - 135191526 aaactcagctgagcatggtgacacaggtctatggtgacatagctctattgtttcaactacttggatggctgaggtgtgaggatcacctgagcccaggaaatggagattggagtgagccaagatcttaccagtgcactccagcctgggttacagagtgaatcccc
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14050137 164 +  46489110 aaactcagccgagcatggtgacacaggtctatggtgacatagctctattgtttcaactacttggatggctgaagtgtgaggatctcctgagcccaggaaatggagatcggagtgagccaagatctcaccagtgccctccagcctggatgacagagtgaaacccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60963346 148 +  94855758 aaaatcagccaagcatggtgacacaggtctaca----------------gtcccaactacttgggtggctgaggtgtgaggatcacctgagcccaggaaatggagattggagtgagccaagatcttaccactgcactccagcctgggttacagagtgaatcccc
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=192914.000000
s hg19.chr21    15328971 203 +  48129895 atctcaaaaaaCAACAAGTAAAATGTTTCTTACATGGAAGACTGTATTCTAGGTACTCCAGGATACACACAAATATGTTTACTGACCTCCAGTAGCCTATAGTATGCAGGAGCTTCCAATGATTATTTAAACAACTAAATAGAAAACCTTCTGACATTCAAAATTTCAGAATAGGATATAAGGACTTTGAGTGG-----TTAtttta------t
s ponAbe2.chr9  44835184 207 - 135191526 atctcaaaaaacaagaaTTAAAATGTTTCTTA-ATGGAAGACTGTATTCTAGGAACTCCAGGATACACACAAATATGTTTACTGACCTCCAGTAGCTCATGGTATGCAGGAGCTTCCAATGATTATTTAAACAACTAAATATAAAAACTTCTGAAACTCGAAATTTCAGAATGTGATATAAGGACTTTGAGTGGTTAttttatttta------t
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14050301 203 +  46489110 atctcaaaaaaCAACAAGTAAAATGCTTCTTACATGGAAGACTGTATTCTAGGTACTCCAGGATACACACAAATATGTTTACTGACCTCCAGTAGCCTATAGTATGCAGGAGCTTCCAATGATTATTTAAACAACTAAATAGAAAACCTTCTGACATTCAAAATTTCAGGATAGGATATAAGGACTTTGAGTGG-----TTAtttta------t
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60963494 205 +  94855758 atctcaaaaaaCAACAATTAAAATGCTTCTTACATGGAAGACTGTATTCTATGTACTCCAGGATACATGCAAATATGTTTACTGACCTCCAGTAGCTCATGGTATTCAGGAGTTTCCAATGA----TTAAACAACTAAACATAAAAACTTCTGAAACTCAAAATTTCAGAATGTGATATAAGGACTTTGAGTGG-----TTAttttatttcatt
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=124692.000000
s hg19.chr21    15329174 312 +  48129895 tttttaagatgtagtctttctctgtcacccaggttggagtgcaatggtgcgatcttggctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagcgattctcccaccgtggcctcctgagcagctgggattacaggcatgcaccatcacgcctggttaatttttgtgcttctttttttttttttttttttttttttttttttagagacggtttcaccatgttggccaggctgatcttgaactcctgacctcaggtgatctacccacctcagcctccaaaagtgctgggattacaggtgtgagccaccatgcccagcc
s ponAbe2.chr9  44835391 264 - 135191526 tttttaagatgtagtcttgctctgtcacccaggctggagtgcaatggtgcaatcttggctcacagcaacctccgcctcccaggttcaagcgattctcccacctcggt-----------------------------gccatcatgcccggctaatttttgtg------------------ttttttcttttttttggagacaaggtttcaccacattggccaggctgatctcgaactcctgacctcaggtgatcc-cccacctcggcctcccaaagtgctggaattacaggcgtgagccaccacgccAGATG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14050504 312 +  46489110 tttttaagatgtagtctttctctgtcacccaggttggagtgcaatggtgcgatcttggctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagcgattctcccaccgtggtctcctgagcagctgggattacaggcatgcagcatcatgcctggttaatttttgtgcttctttttttttttttttttttttttttttttagagacagggtttcaccacgttggccaggctgatcttgaactcctgacctcaggtgatctgcccacctcagcctccaaaagtgctgggattacaggtgtgagccaccacgcccagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60963699 296 +  94855758 tttttaagatgtagtctggctgtgtcaccctggatggagtgcaatggtgcaatcttggcttgctgcaacctccgcctcccgggttcaagcgattctccctcctcagtctcctgagcagctgagagtacaggcacgtgccatcatgcccagctaagttttgtg----------------ttttttctttttttttttgagacaagctttcaccatgttggccagactgatctcaaactcctgacctcaggtgattcccccacctcggccttccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcgcctggcc
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=25469.000000
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14050816 43 +  46489110 AAGTAAATATTTTAAATAAACTATAATGACAAAATTATGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=153425.000000
s hg19.chr21    15329529 97 +  48129895 T-AAAGTCTTACCATATTGGTATTAAGAGTCTCTGCTTCTAGAACTGGTTATTTGCAGCAAAATACATGTTATTCAATTAGATGAAGTGTTTTATATA
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60964038 98 +  94855758 TAAAAGTCTTACCATATTGGTATTACAAGTCTCTGCTTCTAGAACTGTTTATTTGCAGCAAAATACATGTTATTCAATTAGATGAAGTGTTTTATATA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15329626 26 +  48129895 AACTCTTCATGGACAACTCATAAAAC
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=64957.000000
s hg19.chr21    15329652 79 +  48129895 ACACAAAAATCCCTTTGCAATACAAATTTTGAGAACATAAATTTAAATTTCTACGTTTCCACAATTTATATTTTTAAAT
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14050982 79 +  46489110 ACACAAAAATCCCTTTGCAATACAAATTTTGAGAACATAAATTTAAATTTCTACGTTTCCACAATTTATATTTTTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60964162 79 +  94855758 ACACAAAAATCCCTTTGCGATACAAATTTTGAGAGCATAAATTTAAATTTTTACATTTCCACAAtttgtatttttaaga
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=49328.000000
s hg19.chr21    15329731 103 +  48129895 CAGATACAgtcttgttatgttgcccaggctgttctcaaattcctgggatcaagcaatcttcctgcatcaaactcccaagtagcagggactacaggtgtacacc
s rheMac2.chr10 60964241 101 +  94855758 cagat--agtcttgttatgttgcccaggcttttctcaaactcctgggctcaagcaatcttcctgactcaaacttccaagtagcagggaccacaagtctacacc
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051061 103 +  46489110 CAGATACAgtcttgttatgttgcccaggctgttctcaaactcctgggatcaagcaatcttcctgcatcaaactcccaagtagcagggtctacaggtgtacacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=-5082.000000
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051164 28 +  46489110 accacactcagcTA--TTTTTCTACAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=97562.000000
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s ponAbe2.chr9  44836031 51 - 135191526 TTAATATTATTTCA-TCTCACTACAGAACCAATAATATAAGTAGAGAAACAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051192 52 +  46489110 TTAATATTATTTTAGTCTCACTACAGAACCAGTAATATAAGTAGAGAAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s rheMac2.chr10 60964424 56 +  94855758 TCTCTCCTAAAAACTGTATGATACCAAAATTGTAAGTTTCCAAGGAAAAAAAAGCT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051244 54 +  46489110 TCTCTCCTAAAAACTATATGATACCGAAATAATAAGTTTCCAAG--AACAAAAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15330180 55 +  48129895 ATTTTCCTGTCACTACTTATTTTCCAGTTCATTTTTTTT--CAGCTCCTAACCTGTC
s ponAbe2.chr9  44836347 51 - 135191526 ATTTTCCTGTCACTACTTATTTTCCAGTTCATTTTTTT---CAGCTCC---CCCGTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051510 57 +  46489110 ATTTTCCTGTCACTACTTATTTTCCAGTTCATTTTTTTTTTCAGCTCCTACCCTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60964691 54 +  94855758 ATTTTCCTGTCACTACTTACTTTCCAGTTCATTTTTTT---CAGCTCACACCCTGTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15330235 50 +  48129895 ACAGTACTTATCAATCTTTGTTAGTTACCAAAGTTAAACACATTTTTTCA
s ponAbe2.chr9  44836398 46 - 135191526 ACAGTACTCATCAATCTTTGTTAGTTACCAAAGTTAA----ATTTTTTGA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051567 50 +  46489110 ACAGTACTTATCAATCTTTGTTAGTTACCAAAGTTAAACACATTTTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60964745 50 +  94855758 ACAGGACTTATCAATCTTTGTTAGTTACCAAAGTTAAACAAATGTTTTGA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15330285 83 +  48129895 ATCAACTAGCCATATATATGTTTTTCTCTGACCCACTTTCCATTACCACCATAAAACAATGAAAGGTAAACCACTGCTAAGTT
s rheMac2.chr10 60964795 83 +  94855758 ATCAACTAGCCACATGTATGTTTTTCTCTGACCAACTTTCCATTACCACCATAAAACTATGATAGGTATACCACTGCTAAGTT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051617 83 +  46489110 ATCAACTAGCCATATATATGTTTTTCTCTGACCCACTTTCCATTACCACCATAAAACAATGACAGGTAAACCACTGCTAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44836444 79 - 135191526 ATCAACTAGCCATATGTATGTTTTTCTCTA----ACTTTCCATTACCACCATAAAACAATGATAGGTATACCACTGCTAAGTT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=351812.000000
s hg19.chr21    15330368 188 +  48129895 TGAAAAGTAAATACTATGCAAAACTACATTCAGAGTGAGAAAATTAATTTTACAAGAGACCACTTTACCTTAGCAGCAATACTCAAGACTTTGTCATCCAATGCAGGCAATAAATCCACACACAGTTCATGGAAAATGCTTCAGAGCAAAAATACACAATGAAAATGAGCAAGTTGATTTCTTTACAA
s ponAbe2.chr9  44836523 188 - 135191526 TTAAAAGTAAATACTATGCAAAACTACATTCAGAGTGAGAAAATTAATTTTACAAGAGACCACTTTACCTTAGTAGCAACAGTCAAGTCTTCGTTATCTGATGGAGGCAATGAATCCACACACAGTTCATGGAAAATGCTTGAGAGTAAAAATACACAATGAAAATGAGCAAGTTGATTTCTTTACAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051700 188 +  46489110 TAAAAAGTAAATACTATACAAAACTACATTCAGAGTGAGAAAATTAATTTTACAAGAGACCACTTTACCTTAGCAGCAATACTCAAGACTTTGTCATCCAATGCAGGCAATAAATCCACACACAGATCATGGAAAATGCTTGAGAGCAAAAATACACAATGAAAATGAGCAAGTTGATTTCTTTACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60964878 186 +  94855758 TTAAAAGTAAATACTACGCAAAACTGGATTCAGAGTGAAAAA--TAATTTTACAAGAGACCACTTTACCTTAGTAGCAACACTCAAGTCTTCATCATCCGATGCAGGCAATGAATCTACACACAGATCACGGAAAATGCTTGAGAGCAAAAACGTACAATGAAAATGAGCAAGTTGATTTCTTTACAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15330556 49 +  48129895 -TTTTTTAACTGTCAGTTTATATCCAGCTTCCCCCTCAAAAAAGGAAAGA
s rheMac2.chr10 60965064 50 +  94855758 TTTTTTTAAATGCCAGTTTGTATCCAGCTTCCCCCTCAAAAAAGGAAACC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051888 49 +  46489110 -TTTTTTAACTGTCAGTTTATATCCAGCTTCCCCCTCAAAAAAGGAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44836711 50 - 135191526 TTTTTTTAACTGCCAGTTTATATCCAGCTTCCCCCTCAAAAAAGGAAAAC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

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s hg19.chr21    15330605 61 +  48129895 ATAATCTGGGGAAAGGTCAGTGATCTATATATTAAATTATGATTCTTGATATAATTAAAAT
s ponAbe2.chr9  44836761 61 - 135191526 ATAATCTGGGGAAAGGTCAGTGATCTACATATTAAATTATGATTCTTGATATAATTAAAAT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14051937 61 +  46489110 ATAATCTGGGGAAAGGTCAGTGATCTATATATTAAATTATGATTCTTGATATAATTAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965114 61 +  94855758 ATAACCTGGGGAAAGGTCAGTGATCTACATATTAAATAATGATTCTTGATATAATTAAAAT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15330666 26 +  48129895 ATGTCCTCTGTTCTAAAAATAGATTT
s ponAbe2.chr9  44836822 23 - 135191526 ATGTCCTCTGTTGTAAA---AGATTT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15330692 96 +  48129895 TAGTTACATATTTCTGCCTCCACCTGTCTAAATCTATAAAATATTCAATGAAAACTAACCTTCAGCTTCATAACGAATAGTGACAGTCAATATATT
s ponAbe2.chr9  44836845 96 - 135191526 TAGTTACGTATTTCTGCCTCCACCTGTCTAAATCTATAAAATATTCAATGAAAACTGACCTTGAGCTCTATAACAAATAGTGACAGTCAATATATT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052024 96 +  46489110 TAGTTACATATTTCTGCCTCCACCTGTCTAAATCTATAAAATATTCAATGAAAACTAACCTTCAGCTTCATAACAAATAGTGACAGTCAATATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965198 96 +  94855758 TAGTTACCTATTTCTGCCTCCACCTGTCTAAATCTATAAAATATTCAATGAAAACTGACCTTGAGTTCTATAACAAATAGTGACAGTCAATATGTT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15330788 42 +  48129895 GGCAGAGTCTAACAATAATTTGCCCTCACAAATTATCTGTCC
s ponAbe2.chr9  44836941 42 - 135191526 GGCAGAACCTGACAACAATTTACCCTCACAAATTATCTGTCC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052120 42 +  46489110 GGCAGAGCCTAACAATAATTTGCCCTCACAAATTATCTGTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965294 42 +  94855758 GGCAGAGCCTGACAATAATTTACCCTCACAAATTATCTCTCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=206750.000000
s hg19.chr21    15330830 148 +  48129895 TGAAGCTGAACTTAAAACTCAATTAATGGACGACATAAATTCTGTTACCTAAACTGGAAGAAAATTGATGACCTAAAACAAGGTAGAAAGATCCAGTGTCTCTTTTCCATGATCTATCTCTGGTTAAAAGACTAATCAGCATCACTTC
s ponAbe2.chr9  44836983 148 - 135191526 TGAAACTGAACTTAAAATTCAATTAATGGATGACATAAATTTTGTTACCTAATCTGGAAGAAAACTGATGTCCTAAAACAAGGTAGAGAGATCCACTGTGTCTTTTCCATGATCTATCTCTGGTTAAAAGACTAATCTGCTTCACTTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052162 148 +  46489110 TGAAGCTGAACTTAAAACTCAATTAATGGATGACATAAATTCTGTTACCTAAACTGGAAGAAAATTGATGACCTAAAACAAGGTAGAAAGATCCAGTGTCTCTTTTCCATGATCTATCTCTGGTTAAAAGACTAATCAGCATCACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965336 148 +  94855758 TGTAGCTGAACTTAAAATTCAGTTAATGGGTGACATACATTTTGTTATCTAATCTGGAAGAAAACCGATGACCTAAAACAAGGTAGACAGATCCACTGTCTCTTGTCCATGATCTACCTCTGGTTAAAAGACTAATCTGCATCACTTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=77011.000000
s hg19.chr21    15330978 35 +  48129895 AAAATGGCAGTCTTGATTCCTCAACATGGAACCCA
s ponAbe2.chr9  44837131 35 - 135191526 AAAATGGCAGTCTTGATTCTTCAGCATGGAACCCA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052310 35 +  46489110 AAAATGGCAGTCTTGATTCCTCAACATGGAACCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965484 35 +  94855758 AAAATGGCAGTCTTGAGTCCTCAGCAAGGAAACCA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=-1848.000000
s hg19.chr21    15331013 18 +  48129895 CTTACGAATGTCCTATTG
s ponAbe2.chr9  44837166 18 - 135191526 CTTAGGAAGGTCCTATTG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052345 18 +  46489110 CTTACGAATGTCCTATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965519 18 +  94855758 CTTAAGAAGGTCATATTG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=49656.000000
s hg19.chr21    15331031 41 +  48129895 CT-----TTGCCCTAAATTGGTACAGGAAATCCCATGCAATATTTG
s ponAbe2.chr9  44837184 46 - 135191526 CTTTCCCTTGCCCTAAATCACTACAGGGAATCCCCTGCAATATTTT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052363 41 +  46489110 CT-----TTGCCCTAAATCGGTACAGGAAATCCCATGCAATATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=116193.000000
s hg19.chr21    15331072 80 +  48129895 AAAGGTATGAAAGCCACATGTACAAAAATCAAATAACAAAGGTGTATGTTCTTATTGAGAATACTTTTCCCAGaaatatt
s ponAbe2.chr9  44837230 80 - 135191526 AAATGTGTGAAAGCTAAATGTACAAAAGTCAGATAACAAAGGTGTATGTTCTTATTGAGAATACTTTTCCCAGAAAGATT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052404 80 +  46489110 AAAGGTATGAAAGCCACATGTACAAAAATCAAATAACAAAGGTGTATGTTCTTATTGAGAATACTTTTCCCAGAAAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965583 80 +  94855758 AAATGTATGAAAGCTAAATGTACAAAAATCAAATAATGAAGGTGTATGTTCTTACTGAGAATACTTTGCCCAGAAAGACT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=71221.000000
s hg19.chr21    15331152 38 +  48129895 aaaatattaacaattataaaatCCCATTATTTTCACTC
s ponAbe2.chr9  44837310 38 - 135191526 AAAACATTAACAATTATAAAATCCCATTATTTTCACTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052484 38 +  46489110 AAAATATTAACAATTATAAAATCCCATTATTTTCACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965663 38 +  94855758 AAAACATTAACAATAATAAAATTCCATTATTTCTACTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=90835.000000
s hg19.chr21    15331190 48 +  48129895 TATAGGTCCTACTTTATTCAGGTCCACATAAACTAGCAAGCCCTTAAA
s ponAbe2.chr9  44837348 48 - 135191526 TATAGGACCTACCTTATTCAGCTCCACATAAACTAGCAAGCCCTTAAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052522 47 +  46489110 TATAGGTCCTACTT-ATTCAGGTACACATAAACTAGCAAGCCCTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=21133.000000
s hg19.chr21    15331238 26 +  48129895 AGTTTTCATAGGCACTCAGACACCCA
s ponAbe2.chr9  44837396 26 - 135191526 AATTTTCATAGGCACTCAGACACCCA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052569 26 +  46489110 AGTTTTCATAGGCACTCAGACACCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=168341.000000
s hg19.chr21    15331264 129 +  48129895 AGGAGAGAGACTGCCAGAAAAACAGAGTCCTGGTAGTTGTACCTCTATTTCCCTAAGTACTATCTAAGTATCTGTCTTCCTATGGGCTCCCACTTCCAGATTCTACTTCTGCAGGGCTCCACAGAAGTC
s ponAbe2.chr9  44837422 127 - 135191526 AGGAGAGAGAATGCTGGAAAA--AGAGTCCTGATAGTTGTACCTCTATTTCCCTAAGTACTATCTAAGTATATTCCTTCCTATGGGCTCCCACTTCCAGATTCCACTTCTGCAGGGCTCCACAGAAGTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052595 129 +  46489110 AGGAGAGAGACTGCCAGAAAAACAGAGTCCTGGTAGTTGTACCTCTATTTCCCTAAGTACTATCTAAGTATCTGTCTTCCTATGGGCTCCCACTTCCAGATTCTACTTCTGCAGGGCTCCACAGAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60965775 129 +  94855758 AGGAGAGAGCCTGCTGGAAAAACAGAGTCCTGCTAGTTGTGCCTCTATTTCCCTAAGTACTATCTAAATATCTGTCTTCCTATGGGCTCCTGCTTCCAGATTCCACTTCTGCAAGGCTCCACAGAAGTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=65120.000000
s hg19.chr21    15331393 84 +  48129895 TCCAATCTTCAAATCTTCAGCCTATGAAAGCACAGATTCCGGAAAGGATGGCCTCAAATGACCAGGAGTAGGAGCCCTCTATAA
s rheMac2.chr10 60965904 84 +  94855758 TCCAATCTTCAAATATTCAGTCTATGAAAGCACAGATTCCTGAAAGGATGGCCTCAAATGACCAAGTGTAGGAGCCCTCTATAT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052724 84 +  46489110 TCCAATCTTCAAATCTTCAGCCTATGAAAGCACAGATTCCTGAAAGGATGGCCTCAAATGACCAGGAGTAGGAGCCCTCTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=60943.000000
s hg19.chr21    15331477 48 +  48129895 CCCTGCTCCTGAAAAATAAGCCAACTGGACTCTCCATCACCTGCACCC
s ponAbe2.chr9  44837613 48 - 135191526 CCCTGCTCCTAAAAAACAAGCTAACTGGAGTCTTCATCACCTGCCCCC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052808 48 +  46489110 CCCTGCTCCTGAAAAACAAGCCAACTGGACTCTCCATCACCTGCACCC
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=139406.000000
s hg19.chr21    15331525 116 +  48129895 AGCATAGACACACTACCAACTACCCAACTGAACTCCATGACTGGTTTGCCAGCCAATCATGCCCCTGACCCAGCCTACATGGACATGGGAAGGATATCAGTGAATCGGGAACAGAG
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052856 116 +  46489110 AGCATAGACACACTACCAACTACCCAACTGAACTCCATGACTGGTTTGCCAGCCAATCATGCCCCTGACCCAGCCTACATGGACATGGGAAGGACATCAGTGAATCGGGAACAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60966036 116 +  94855758 AGCACAGACACACTACCAAAGTCCCAACTGAACTCCACGAATGATTTGCCAGACAATCATGCCCCTGATCCAGCCTCCATGAACAAAGGAAGGACATCAGTGAATTGGGAAAAGAG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=35267.000000
s hg19.chr21    15331641 39 +  48129895 GCAGAGGTGAAGAGGCCACCTGTCCTGGGCCACACATCT
s ponAbe2.chr9  44837777 38 - 135191526 GCAGAGGTGAGGAAA-CACCTGCCCTGTGCCACAGACCT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14052972 39 +  46489110 GCAGAGGTGAAGAGGCCACCTGTCCTGGGCCACACATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60966152 39 +  94855758 GCAGAGGTGAGGAGACCACCTGTCCTGGGCCACAGATCT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=275868.000000
s hg19.chr21    15331680 214 +  48129895 ATGTAGTCCAGCAATCTCCAGCCCCTTAGTACTCCAAGGGCTCTAAGCCACCCCTCTGAAAGTCAGGACAGAAGTAGATGACACCACATTTCTATCTGCTGTAGACACTCCTCCCAGTGTCTCAAAATGTTTTAGCATCTTTCGGTAAAATTCTT-CAAGTTTGTCAGTCCTTGAT----TTAAAAAAAAGGAGCAAACTTTTTAGAGCTCCCTTGAAC
s ponAbe2.chr9  44837815 216 - 135191526 ATGTAGTTCAGCAATCTCCAGCCCCTTAGTACTCCAGGGGCTCTAAGCCACCCCTCTGTAAGTCAGGATGGAAGTAGATGATACCACATTTCTATCTGCTGTAGACACTCCTCCCAGTGTCTCAAAATGTTTTAGCATCTTTCAGTAAAAATCTT-CAAGTTTGTCAGTCCTTGATAA--ATAAAAAAAAGCAGCAAATTTTTTAGAGCTCCCTTGAAC
i ponAbe2.chr9  C 0 I 69
s panTro2.chr21 14053011 214 +  46489110 ATGTAGTCCAGCAATCTCCAGCCCCTTAGTACTCCAAGGGCTCTAAGCCACCCCTCTGAAAGTCAGGACAGAAGTAGATGACACCACATTTCTATCTGCTGTAGACACTCTTCCCAGTGTCTCAAAATGTTTTAGCATCTTTCGGTAAAATTCTT-CAAGTTTGTCAGTCCTTGAT----TTAAAAAAAAGGAGCAAACTTTTTAGAGCTCCCTTGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60966191 218 +  94855758 GTGTAGTTCAGCAGTCTCCAGTCCCTTAGTATTCCAGGGGCTCTACGGCACCCCTCTGTAAGTCAGGATGGAAGTAGATGATGCCACATTTCTATCTGCTGTAGACACTCCTCCCAGTGTCTCAAAATGTTTTAGCATCTTTCAGTAAAAATCTTCCAAGTTTGTCAGTCCTTGATAAATAAAAAAAAAAGCAGCAAATTTTTTAGAGCTCCTTTGAA-
i rheMac2.chr10 C 0 I 72

a score=45453.000000
s hg19.chr21    15331894 66 +  48129895 TCTTTATCAAACTTCTCATAAACCCTAATATTTTGATCTCTTATTGAAGAGTCCATACTCCTATCC
s panTro2.chr21 14053225 66 +  46489110 TCTTTATCAAACTTCTCATAAACCCTAATATTTTGATCTCTTATTGAAGAGTCCATACTCCTATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60966409 72 +  94855758 I
e ponAbe2.chr9  44838031 69 - 135191526 I

a score=613348.000000
s hg19.chr21    15331960 566 +  48129895  
s ponAbe2.chr9  44838100 577 - 135191526  
i ponAbe2.chr9  I 69 C 0
s panTro2.chr21 14053291 566 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60966481 565 +  94855758  
i rheMac2.chr10 I 72 C 0

a score=160282.000000
s hg19.chr21    15332526 159 +  48129895 AAATGATTTCTCTCTAAGACTTGCCTAAACTTGCTTTTGTAAAACTTACAGTCCTATGGACAAAGCTAAGTCAGATCTGCCCTAAAGCCTTTGATGGTAAAAATAAGATACTGGCTACCACTGAAATTGTCAAATTTATTAGGACAAACTCTTCGACTA
s ponAbe2.chr9  44838677 155 - 135191526 AAATAATT----TCTAAGACTTGCCTATACTTGCTTTTGTAAAACTTACAGTCCTATGGCCAAAGCTAAGTCAGATCTGCCCTAAAGCCTTTGATGGTAAAAATAAGATACTGGTTACCACTGAAATTGTCAAATTTATTAGGACAAACTCTTGGACTA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14053857 159 +  46489110 AAATGATTTCTCTCTAAGACTTGCCTAAACTTGCTTTTGTAAAACTTACAGTCCTATGGACAAAGCTAAGTCAGATCTGCCCTAAAGCCTTTGATGGTAAAAATAAGATACTGGCTACCACTGAAATTGTCAAATTTATTAGGACAAACTCTTCGACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60967046 155 +  94855758 AAATAATT----TCTAAGGCTTGCCTAAATTTGATTTTGTAAAACTTACAGTCCTATGGCCATAGCTAAGTAAGATCTGCCCTAAAGCCTTTGATGGTAAAAATAAGATACTGGTTACCACTGAAATTGTCAAATTTATCAGGACAAACTCTTGGACTA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=48707.000000
s hg19.chr21    15332685 109 +  48129895 ACCACATTTCTAACAAT-ACTTTAAATGAGAGTTTAAGGTATTTAAGGTATTTAAACTCTCATTAATTTAGAGATTAATTAAATTAATGAATCTGATTAATCTGATTCAG
s ponAbe2.chr9  44838832 100 - 135191526 ACCACA-TTCTAACGATAACCTTAAATGAGA---------CTTTAAGGTATTTAAACTCTCATTAATTTAGACATTAATCAAATTAATGAAGCTGATTAACCTGATTCAG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054016 109 +  46489110 ACCACATTTCTAACAAT-ACTTTAAATGAGAGTTTAAGGTATTTAAGGTATTTAAACTCTCATTAATTTAGAGATTAATTAAATTAATGAATCTGATTAATCTGATTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60967201  96 +  94855758 ACCACA-TTCTAATGATAACCTTAAATGAGA---------GTTGAAGGTATTTAAACTCTCATTAATTTAGACATT----AAATTAATGAATCTGATTAATCTGATTCAG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=275336.000000
s hg19.chr21    15332794 193 +  48129895 ACCTATACCTTGATCCAAGTGCTGCACGGATGTCTACCAATCTAtgctgaggagcaagagaagggatttggaagccaggcaggctgacggtcaaactgtaggccagctgctttgttaactatgagtttataaggcaattaatcaactgctgtaatccatagttgtttatt---taataaacagtaggttataggaa
s ponAbe2.chr9  44838932 194 - 135191526 ACCTATACCTTGATCCAAGTGCTGCACAGATGTCTATCAATCTAtgccgaggagcaagagaagggatttggaaggcaggcaggctgacgatcaaa--gtgggccagctactttgttaactatgggatcatgagccaattaatcaactgctttaatccatagttgtttatttaataataaacagtaggttataggaa
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054125 193 +  46489110 ACCTATACCTTCATCCAAGTGCTGCACGGATGTCTACCAATCTAtgctgaggagcaagagaagggatttggaagccaggcaggctgacggtcaaactgtaggccagctgctttgttaactatgagtttataaggcaattaatcaactgctctaatccatagttgtttatt---taataaacagtaggttataggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60967297 191 +  94855758 ACGTATACCTTGATCCAAGGGCTACACAGATGTCTATCAATCTATGCTGAGGAGCaagagaagggatttggaaggcaggcaggttgatgatcaaa--gtgggccagcgactttgttaactatgggatcatgagccaattaatcaactgctctaatccatagttgtttatt---taataaacagtagcttatagaaa
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=68736.000000
s hg19.chr21    15332987 53 +  48129895 cacagatgttgtgatggctttatgagatgataaatgcatagaagatattagga
s rheMac2.chr10 60967488 53 +  94855758 cacagatgttgtgatggctttataagatgataaatgcatagaccataacagga
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054318 53 +  46489110 cacagatgttgtgatggctttatgagatgataaatgcatagaagatattagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44839126 53 - 135191526 cagagatgttgtgatggctttatgagatgataaatgcatagaacatattagga
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=404958.000000
s hg19.chr21    15333040 191 +  48129895 tgtctagcccagaatacaacactcaacagatattagttTCTTCCATCTATATTTTCTTAGTTAACATAATTTTTTAAATCTATAAAATCCTG----ACTGCAGACTCATCAGAACTTCCAACATCTATTAAAGAAAAAGGTAGAATGCATTTTAAATCAATAATAAATGCACAGAATATTAAAAGCATAACAATg
s rheMac2.chr10 60967541 194 +  94855758 tgtccagcccagactatgacactcaacagatactagttTCTTCCATCTATATTTCCTTAGTTAACATAATTTTT-AAATCTATAAAATCCTATCTGACTGCAGATTCATCAGAACTTCCAACATCTATTAAAGAAAAAGGCAAAATGCATTTTAAATCAATCATAAATATACAGAATATTAAAAGCAAAAAAATg
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054371 191 +  46489110 tgtctagcccagaatacaacactcaacagatattagttTCTTCCATCTATATTTTCTTAGTTAACATAATTTTTTAAATCTATAAAATCCTG----ACTGCAGACTCATCAGAACTTCCAACATCTATTAAAGAAAAAGGTAGAATGCATTTTAAATCAATAATAAATGTACAGAATATTAAAAGCATAAGAATg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44839179 195 - 135191526 tgtctagcccagaatacaacactcaacagatattagttTCTTCCATCTATGTTTCCCTAGTTAACATAATTTTTAAAATCTATAAAATCCTACCTCACTGCAGATTCATCAGAACTTCCAACATCTATTAAATAAAAAGGCAAAATGCATTTTAAATCAATAATAAATGTACAGAATATTAAAAGCATAAGAATg
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=20919.000000
s hg19.chr21    15333231 39 +  48129895 cacagtgatgcatgcctgtaatccaaactgcttgggagg
s rheMac2.chr10 60967735 39 +  94855758 catagtgatgcatgcctgtaatcaaaactacttgggagg
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054562 39 +  46489110 cacagtgatgcatgcctgtaatccaaactacttgggagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44839374 39 - 135191526 cacagtgatgcatgcctgtaatccaaactacttgggagg
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=12888.000000
s hg19.chr21    15333270 41 +  48129895 atgaggcaggaggatcacttgaggaatctagaagtttgaga
s rheMac2.chr10 60967774 41 +  94855758 ctgaggcaggaggatcacttgaggaacccagaagtttgaga
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054601 41 +  46489110 atgaggcaggaggatcacttgaggaatctagaagtttgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44839413 41 - 135191526 ctgaggcaggaggatcacttgaggagcccagaagtttgaga
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=37340.000000
s hg19.chr21    15333311 119 +  48129895 ccagcttgggaaacatagtaagacactaccttcataaaaaaaaaTTGTGCACACTTGTGTGTATGCTTTAGATCCTGTTTTTGTTGTTGGTG--GTGGTGGTGGTTTTGTTTTGGTTTGTT
s ponAbe2.chr9  44839454 120 - 135191526 ccagcttgggaaacacagaaagactctaccttcataaaaaaaa-TTGTGCACACTTGTGTGTATGCTTTAGATCCtgtttttgttgttgttgttgttgtttttgttttgttttggtttgtt
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054642 118 +  46489110 ccagcttgggaaacatagtaagacactaccttcataaaaaaaa-TTGTGCACACTTGTGTGTATGCTTTAGATCCTGTTTTTGTTGTTGTTG--GTGGTGGCGGTTTTGTTTTGGTTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60967815 107 +  94855758 ccagcttgggaaacatagcaagactctaccttcattaaaaaaa-TTGTGCACACTTGTGTGTATGCTTTAGATCCTGTTGTTGTTG-TGTTG------------TTTTGGTTTGGTTTGTT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=220384.000000
s hg19.chr21    15333430 217 +  48129895 TTTTAAAAGCATAAGACTGATGCTTTGTTACAAATAATTCCTTTGGGAGCATGCCTGGGACCTTATTAGAATTAACATTAATTTTACCTATTGGTAGGTAATTCATGCAGTAAGAACT----CTTCCCTTTGTATTTATTAGATGCAAAGAAGAATAACTTTATTAAAATTTGGTATCTACAAGTGAACTGCAGTTTACAAGTCATCCTAGCCAAACCCTA
s ponAbe2.chr9  44839574 220 - 135191526 tttTTAAAGCATAAGACTGATGCTTTGTTACAAAGAATTTCTTTGGGAGCATGCCTGGGACCTTATTAGAATTAACATTAATTATACCTATTGGTAGGTAATTAATGCAGTAAGAACTG-TACTTTTCTTTGTTTTTATTAAATGCAAAGAAGAATAAATTTATTAAAATTTGGTATCTACAAGTAAACTGCAGTATACAAGTCATCCTAGCCAAACTCTA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054760 217 +  46489110 TTTTAAAAGCATAAGACTGATGCTTTGTTACAAATAATTCCTTTGGGAGCATGCCTGGGACCTTATTAGAATTAACATTAATTTTACCTATTGGTAGGTAATTCATGCAGTAAGAACT----CTTCCCTTTGTATTTATTAGATGCAAAGAAGAATAACTTTATTAAAATTTGGTATCTACAAGTGAAGTGCAGTATACAAGTCATCCTAGCCAAACCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60967922 221 +  94855758 TTTGTAAAGCACATGACTGATGCTTTGTTACAAAGAATTCCTTTGGGAGCATACCTGGGACCTTATTAGAATTAACATTAATTATACCTATTGGTAGGTAATTAATGCATTAAGAACTGTTACTTCCCTTTGTATTTATTAAAAGCAAAGAAGAATAAATTTATTAAAATTTGGTATCTACAAGTAAACTGCAGTATACAAGTCATCCTAGTCAAACCCTA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=39224.000000
s hg19.chr21    15333647 39 +  48129895 TGAGATTGAGTAAAGATGTTATTGTTAGCAGAACAGGTG
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14054977 39 +  46489110 TGAGATTGAGTAAAGATGTTATTGTTAGCAGAACAGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44839794 39 - 135191526 TGAGATTGAGTAAAAATGGTATTGTTAGCAGAACAGGTG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=29643.000000
s hg19.chr21    15333686 30 +  48129895 TGATGAGTCAACAGTGTCAAAGAGAATGAT
s rheMac2.chr10 60968182 30 +  94855758 TGATGAGTCAACAGTGTCAAAGAGCATGAT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14055016 30 +  46489110 TGATGAGTCAACAGTGTCAAAGAGAATGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44839833 30 - 135191526 TGATGAGTCAACAGTGTCAAAGAGCATGAT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=20825.000000
s hg19.chr21    15333716 49 +  48129895 TTCTGGACCAAAATATGAGGAGCAGTTAAAACAGAGGATACAGTAGTAC
s rheMac2.chr10 60968212 49 +  94855758 ATCTGGACCAAAACATGAGAGGCAGTTAAAACAGAGTATACAGTAGTAC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14055046 49 +  46489110 TTCTGGACCAAAATATGAGGAGCAGTTAAAACAGAGGATACAGTAGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44839863 49 - 135191526 TTTTGGACCAAAATATGAGGGGCTGTTAAAACAGAGTATACAGTAGTAC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=22427.000000
s hg19.chr21    15333765 69 +  48129895 CCCTTATCCACTAtatgtgagcaaagacatacttgacatgtttttctctgctctcacaccacagcaaca
s rheMac2.chr10 60968261 69 +  94855758 CCCTTATCCACTATATGTGCAGAAAGACATACTTGACATGGttttgtctgctgtcacgccacagcaaca
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14055095 69 +  46489110 CCCTTATCCACTATATGTGAGGAAAGACATACTTGAcatgtttttctctgctctcacgccacagcaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44839912 69 - 135191526 CCGTTATCCACTATATGTGCAGAAAGACATACTTGAcatgtttttctctgctgtcatgccacagcaaca
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=13686.000000
s hg19.chr21    15333834 64 +  48129895 atcatcaacaaagaaggcttctgtgaccaaatgtgtggagag-ttttccccaccaacaagcaagc
s ponAbe2.chr9  44839981 65 - 135191526 atcatcaacaaaggaggcttctgtgaccaaatgtgtggagagtttttccccaccaacaagcaaga
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14055164 64 +  46489110 atcatcaacaaagaagacttctgtgaccaaatgtgtggagag-ttttccccaccaacaagcaagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60968330 65 +  94855758 atcatcaacagagaaggcttctgtgaccaaatgtgtggagagtttttccccaccaacaaacaagc
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=29534.000000
s hg19.chr21    15333898 109 +  48129895 aatcattcctgctgatggcacaattcaattctcacaccctatcttcagattacatcag-----atTtaatttataaattaaactttatcatagatatgtatgtataggaaaaaa
s ponAbe2.chr9  44840046 114 - 135191526 aatcattcctgctgatgacacaattcaatactcacaccctatctgctgataacgtcagattcAATTtaatttataaattaaactctatcatagatatgtatgtataggaaaaaa
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14055228 109 +  46489110 aatcattcctgctgatggcacaattcaattctcacaccctatcttcagattacatcag-----atTtaatttataaatgaaactttatcatagatatgtatgtataggaaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60968395 114 +  94855758 aatcatttctgctgatgacacaattcaattttcacactctatctgcagataacatcagatTTATTTtaatttataaattaaagtttatcctagatacatatgtgtaggaaaaaa
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=15198.000000
s hg19.chr21    15334007 47 +  48129895 cagtttgtgattcagtactattcatggtttcttgcatccactggggg
s rheMac2.chr10 60968509 47 +  94855758 cagtttgtgattcagtactactcgtagttccatgcatccactggggg
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14055337 47 +  46489110 cagtttgtgattcagtactattcatggtttcttgcatccactggggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44840160 47 - 135191526 cagtttgtgattcagtactattcgtggttccatgcatccactgggag
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=14102.000000
s hg19.chr21    15334054 35 +  48129895 tcttggaatgtatctcccacaattaagggggaact
s rheMac2.chr10 60968556 35 +  94855758 cgttggaatgtatctcctacagttaagggggaact
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14055384 35 +  46489110 tcttggaatgtatctcccacagttaagggggaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44840207 35 - 135191526 tcatggaatatatctcccacagttaagggggaact
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=165174.000000
s hg19.chr21    15334089 90 +  48129895 actgCACTTATTTTGTTATAACACAACACAGCCTCTCTAGCTCTTCAGTTCAAACTGTTCAGTTTAGGATAAAACACCCTATCACCAGAA
s ponAbe2.chr9  44840242 90 - 135191526 actgCACTTATTTTGTTATCACACAAGACAGCCTCTCTAGCTCTTCAGTTAAAACTGCTCAGTTTAGGGTAAAACACCCTATCACCAGAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14055419 90 +  46489110 actgCACTTATTTTGTTATAACACAACACAGCCTCTCTAGCTCTTCAGTTCAAACTGTTCAGTTTAGGATAAAACCCCCTATCACCAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60968591 90 +  94855758 actgTACTTATTTTGTTATAACACAACACAGCCTCTCTAGCTCTTCAGTTCAAACTGTTCAGTTTAGGATAAAACACCCTATCACCAGAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=-599.000000
s hg19.chr21    15334179 23 +  48129895 GCCAGGAAAACATAGGAATCAGA
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s ponAbe2.chr9  44840332 23 - 135191526 GCCAGCAAAACATAGGAATCAGA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

a score=45385.000000
s hg19.chr21    15334202 62 +  48129895 CCAGAAACAGGAATCCTTGCAAAAACTTTCCAGCTGCCAGTGGAGAAGATCTCAAGAGAGAT
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 I 25

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s hg19.chr21    15335920 300 +  48129895 atggccgggcacagtggcttatgcctgtaatcctagcactttgggaggccaaggtgggtggatcacctgaggtcaggaattccagaccagcctgaccaacatggtgaaaccccgtctctactaaatacaaaagattagccaggcatggtggtgcatgcctggtagtcccaggtacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacccgggaggtggaggtggcagtgagccaagattctgtcattgtactgcagcctgggcaac-agagcaaaactctgtctcaaaaaaataataaata
s rheMac2.chr10 60970470 293 +  94855758 ATggccaggtgcagtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcgggtggatcacctgaggtcaggagtttgagaccagactgaccaacatggtgaaacctcgtctctactaaatacaaaaaattagccgagcatggtggtgtatgcctg-tagtcccaggtacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccaggagatggaggttacaatgagctgacattgtgtcattgcactgcagcctgggcaacaaaagctaaattctgtctcaaaa-----ataaa--
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  I 25 I 1734
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15336220 223 +  48129895 aataaaaaat-aaaGATATTCACTGAACCTGTTATGATGATATATTTAAGCAAGACACCGTGACCCTAAAAATTAGAGATCATTGAAGACCAAAGTAACAGCATGTGGTCATTATATTTCTCAAATTGAAGTATATGaaatatataaaataaataaatttaattGCATGCTTAGGTAAGAAAATATTGATAAAAATGATTGAATACTTTATCTTATAATCATAG
s panTro2.chr21 14057552 223 +  46489110 aataaaaaat-aaaGATATTCACTGAACCTGTTATGATGATATATTTAAGCAAGACACAGTGACCCTAAAAATTAGAGATCATTGAAGACCAAAGTAACAGCATGTGGTCATTATATTTCTCAAATTGAAGTATATGaaatatataaaataaataaatttaattGCATGCTTAGGTAAGAAAATATTGATAAAAATGATTGAATATTTTATCTTATAATTCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44844124 207 - 135191526 AATAAAAAATAAAAGATATTCACTGAACCTGTT---ATGATATATTTAAGCAAGACACAGTGACCCTAAAAATTAGAGATCATTGAAGACCAAAGT---AGCATGTGGTCAT--AATTTTGCAAATTGAAGtatatataatatataaaataaataaatttaattGCATGCATAGGCAAGAAAATATTGAT-AAAATGATTGAATATTTTATCTTAT--------
i ponAbe2.chr9  I 1734 I 16
s rheMac2.chr10 60970763 206 +  94855758 aacaaaaaataaaGGATATTCACTGAACCTGTTGTTATAATATATTTAAGCAAGACACTGTGACCCTAAAAATTAGAGATAATTGAAGACCAAAGTAACAGCATGTGGTCAT--TATTTCACAAATTGAAGaatatatgat-----aaataaataaatttaattGCATGCATAGGTAAGAAAATATTGAT-AAAATGATTGAATATTTTATCTT----------
i rheMac2.chr10 C 0 I 17

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s hg19.chr21    15336443 67 +  48129895 AGGGATTTAGCACAATATGAAAACTAGATTATTCATGTAATCAAAATAAAATACAATTTTTATTCTA
s panTro2.chr21 14057775 67 +  46489110 AGGGATTTAGCACAATATGAAAACTAGATTATTCATGTAATCAAAATAAAATACAATTTTTATTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60970986 67 +  94855758 ACGGATTTAGCACAATATGAAAACTAGATTATTCATGTAATCAAAATAAAAGACCATTTTTATTCTA
i rheMac2.chr10 I 17 M 285
s ponAbe2.chr9  44844347 66 - 135191526 -GGGATTTAGCACAATATGAAAACTAGATTATTCATGTAATCAAAATAAAAGACAATTTTTATTCTA
i ponAbe2.chr9  I 16 C 0

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s ponAbe2.chr9  44844413 428 - 135191526 ATTTTAACTCAGAAATTATTATGCTTATTT-----AACAATTTTACTGAAAGATTAATGAGTTAAAAAGGACAGATTATAATTACCTAATATTGCTATGGTAACTTACATACAAATACCTGTTAGTCACCAAAAGTCAAAAAAGCAACTAGCATTACAACTTAAGATGGATCATACAACAGAAACTAGTACCAAGTTACCTTATCTTATAATATTGAGTGCTATTAAAATGAAATTTTAAAACAACACCAAAAATTAAGTCGGGGTTACAAGTGTtgtgcagaaaagatttcatatagcaggcaagagactgccatccttaggaaggcctgcatgcaaggctggcccttggctggtgtttaggaaattggaattgggagggtttccaccattccctgagaagagtggctcactgtgtctaaagtgtttataga
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14057842 432 +  46489110 ATTTTAACTCAGAAATTATTATGCTTATTTAATTCAACAATTTTACTGAAAGCTTAATGAGATAAAAAGGACAGATTATAATTACCTAACATTGCTATGGTAACTTATATACAAATACCTGTTAGTCACCAAAAGTC-AAAAAGTAACCAGCATTGCAACTTAAGATGGATCATACAACAGAAATTAGTACCAAGTTACCTTATCttataatattatgtgttattaaaataaaattttaaaaCAACACCAAAAATTAAATTGGGGCCATAAGCATtgtgcagaaaagatttcatatagcaggaaagagactgccatccttagaaaggcctgcatgcaaggctggcccttggctggtgttaaggaaattggaattgggagggtttccaccattccctgagaagagtggctcactgtgtcttaagtgtttataga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44844841 415 - 135191526 aacagcgtgcttagtctgaacagctgctttccttgtaagagtctggaatttgggtacttgtgagggagagtaacctccatagaaaaacttgggcacttag-tctctaatgagactctggtactggtagacatcactgcacatatgttgtcaaaatgtgagcctgggagaattaagcagatcctgggaactccacaggagagaactcctggaggcttgtgcctggttccctccagaattgaccac-atgcacctttttcctctactaattttgcttgtcccctttcttatactcaattaaagatctgagtatgactatttgctgagtcctgtgagtccttctagtgaaccaccaaacctgggggtggtcttgggaaaccttgacacaAATGCATTGTGTAAGATTTTTATTACATTGA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 I 7

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i rheMac2.chr10 I 7 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14061693  33 +  46489110 AT----------------------------------------------------------------------------CTGATTAAAATAGATTACCTAATTGTCTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=100054.000000
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s rheMac2.chr10 60974842 56 +  94855758 ATCACTGAGCTCATCAATCACACCAAGGGCAGAAAACTAATAGGTATCAAAACTT-G
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44848320 56 - 135191526 ATCACTGAGCTCATCAATCACACCAAGGGCAGAAAACTAATAGGTATCAAAACCT-G
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14061726 57 +  46489110 ATCACTGAGCTCATCAATCACACCAAAGGCAGAAAACTAATAGGTGTCAAAACCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=163591.000000
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr10 60975031 332 +  94855758 CATGAAGGAAACACAAGCTGACATCTTCTCATTCCCAAGACATGTACTAACAACATGTAACATTCCCTTACTACTCAACTCTTTTCTCATTTCAGAGATCACCGTACATCATTAGTTTCATACTGATAATCACAATTTCAATATTGGGTGTCTCCTGTTTTGATTTCACTCACACTACTTCCTTGGAGCTACTCAACAAACAGTCAAATGACCTTCCTGGGGCTATGCaaaatatggaatgctttctgaatttgtgtgccatccttaggcagcaaccatgcttatctgctctgtattgacctaattttaaaatatgtactgcggaaacaagt
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14061913 332 +  46489110 CATGAAGGAAATGCAAGTTGACATTTTGTCATTTCCAAGACATGTAGTAGCAACAAGTAACATCCCCTTATTACTCAGCTCTGTTCTCATTTCAGAGATCACCTTACATCAATAGTTTTATAGTGATAATCACAATTTCAATATTGGGTGTCTTCTGTTTTGGTTTCACTCACACTGCTTCCTTGGAGCTACTCAACAAATAGTCAAATGACCTTCCCGGGACTATGCaaaatatggaatgctttctgaatttgtgtgccatccctaggcagcagccatgcttacctgctctgtattgatccaatttttaaatatgtgctgctgaaacaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14062245 126 +  46489110 acAAAGCCCTGTTTGATACATGGATACTCATGAGTTATGGATGAGGCTTAGCCCTGTTAAATCCAACTCACTG-ACTTTAGATTCAGAGAATTTTATTGAATGGCTTCCTGTGAGGTAGaattttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15341040 86 +  48129895 aatatatttaaaaCTCCTGGAAGAGTTGTGATTAGCCCAGGAGATTTTCATTATCATAGAGACACATTACTTGAGGGGCCAATTGC
s rheMac2.chr10 60975490 86 +  94855758 AACATATTTAAAACTTGAGAAAGAGTTGCGATTAGCCTAGGAGATTTTCATTATTATAAAGACACACTACTTGACGGGCCAACTGC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14062371 86 +  46489110 aatatatttaaaaCTCCTGGAAGAGTTGTGATTAGCCCAGGAGATTTTCATTATCATAGAGACACATTACTTGAGGGGCCAATTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44849052 388 - 135191526 AAGCTGGTTCCCACTACTCGGTGGAAAGATAACATGGAACCTTCTGCTCTCTAACCAAAGCAGCTGCACAGGATATAAAAAAGCCTCAAGGTACAGATCTGATAGCAAAAGGGAAAGAGAACTCTGATCTCTTCCTGCAACGTTTTTTGAACATCCCTGACTGTTGAGAACAATCCCAACTAATATTGGTTAAAGAA-AAACAAACATGGCTCTCAAAGGATAACATACCATGAAGGCCTAGGCTAAGTCTAGCTAGGAGGTGGGCTCCAAATAAGGTTTTTAGTGTAGGGTAAGCATCAACTTGCTCAATATTTGTGTGGGTAAAGCTAGGAGGCCTAGATGCCAGAGTAGGGTGCTGGGAACAATGACTGAGCACGAGTACATAAAC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14062457 389 +  46489110 AAGTTGGTTCCCACTACTCGGTGGAAAGATAACATGGAACCTTCTGCTATCTAACCAAAGCTGCTCCACAGGATGTAAAACAGCCTCAAGGTACAGATCTGATAGCAAAAGAGAAAGGGAACCCTAATCTCTTCCTGCAACATTATTTGAACATCCCTGACTGTTGAGAGCAATCCCAACTAATATTGGTTAAAGAACAGACAATCACGGGTCTCATAGGATAACTTACCATGAATGCCTAGGCTAAGTCTAGCTAAGATGTGGGCTCCAAATAAGGTTTTTAGTGTAGGGTGAGGATCAACTTGCTCGATATTTGTGTGGGTAAAGCTAGGAGGCCTAGCTGCCAGATCAGGGTGCTGGGAACAATGACTGAGCATAAGTACATAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr10 60975965 230 +  94855758 TAACAAACACTGTAGCTTTGAACTCTATGTATGAATCACCACGAAAACTGAGGGGTCTGAATCAGTGATGGCATTCTGGTGGCAAAGGTCAATCATTATCAGATTGTAGGACCAGTTACAATGGCAACAATACAGCAAGTGAGTCCGATCATTCTGGAGACAACAGAATGATTAGAATGGCCTTTTT-CCCCTTCTTCTGACTTGTGAAGAAAGGTTGCCTTCCTCGGACT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14062846 224 +  46489110 TAATAAACCCCGTAGCTTTGAACTCTATGTATGAATCACCACAAAAACTGAGGGGTCTGAATGAATGAAGGCATCCTGGTGGCAAAGGTCAATCATTATCAGATTGCAGGACTGGTTACAATGGCAAAAATACAGGAATTGAGTCCA-------TGGAAACAACAGAATGATCAGAATGGCCTTTTTCCCCCTTCTTCTGACTTGTAAAGAAAGATTGCCTTCCTTGGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14063070 126 +  46489110 TAGGAAACCCCTTAGCTTCTTGGAAAATCCAAAGAAGGAAGACACAGGAGATAGCCCCAGGGGAAAATACTAGATTTTCTGCTAAATTGGACATTTCAAGACCCGATAACTAATTAGAAAAGTCAg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15342134 90 +  48129895 ACTTCTGCTTGATTTCTGGCTAAAAGGTAGACTAACTCATTGCTATTTCAAACCATCTGAACAAAACTAGGAACTCTCACCTAATGTATA
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a score=255796.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44850270 352 - 135191526 CACATGTCTTGAGTGAAGACATTAATATTTTGCTTAAGAAGGATGTTGACAATACCTGGTGAGTCATAGTGCACAGCAAACATGAGCACTGACCTAAAATGACAAAGAAATAACTCCACTCAAGAACTTTAATAAAGACTTTTTTAAAAAGCTAGTTTAATACACTTTACCAATTTAATATCTGCCTGTCAGTGTAGACGTAATAACCATTTGCATGTACTAGCTTGGGTCTATAAGCATCTAGGGTGCTCAAGTGTTCATCTTTGTAAATTATCACCAAGGCTAAAAGAAAGGGACAACAGGGAAGCCTCTTGTCCCACTGGGCTATGACATAATACAAGTTGCTAACTTA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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a score=44061.000000
s hg19.chr21    15342690  33 +  48129895 TAGTCCTTTGATAGCCAAGAAACTGTGCTGAGG
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a score=70638.000000
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i rheMac2.chr10 M 254 C 0

a score=45492.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 I 657

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 I 14
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 I 14 I 40

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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 I 40 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr10 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24157.000000
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s rheMac2.chr10 60985316 71 +  94855758 aaaGGA-----------ACATAATGAATTCCCTATAAAATGAAAACATACTTTTCATCTGAATATATATATATAATAAAGAC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=26564.000000
s hg19.chr21    15350983 39 +  48129895 aatatttttCAAGTAAGCTCTCTTTTGTT------ATTTTTTTTC
s rheMac2.chr10 60985387 45 +  94855758 AATATTTTTCACATAAGCTCTCTTTCATTTCGTTAATTTGTCTTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44859175 45 - 135191526 aatatttttCAAGTAAGCTCTCTTTTATTTTGCTAACTTTTTTTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14072294 39 +  46489110 aatatttttCAAGTAAGCTCTCTTTTGTT------ATTTTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=36628.000000
s hg19.chr21    15351022 45 +  48129895 TGAAACACAGGCAGTTTTAATTTTTAGTTTGCTAAATCAACCTTC
s rheMac2.chr10 60985432 45 +  94855758 CGAAACACAGGCAGTTTTAATTTTTAGTTTGCTAAATCAACCTTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44859220 45 - 135191526 TGAAACACAGGCAGTTTTAATTTTTAGTTTGCTAAATCAACCTTC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14072333 45 +  46489110 TGAAACACAGGCAGTTTTAATTTTTAGTTTGCTAAATCAACCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8325.000000
s hg19.chr21    15351067 29 +  48129895 AGAATGCCTGCTTATGAGGTCATTCTTAG
s panTro2.chr21 14072378 29 +  46489110 AGAATGTCTGCTTATGAGGTCATTCTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=28653.000000
s hg19.chr21    15351096 41 +  48129895 GAAGGCTTTTGTCAACATAAAGTGTACCTGTAAAATAAGCG
s panTro2.chr21 14072407 41 +  46489110 GAAGGCTTTTGTCAACATAAAGTGTACCTGTAAAATAAGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44859294 41 - 135191526 GAAGGCGTTTGTCAACATAAAATGTACTTGTAAAATAAGCA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
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i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=124679.000000
s hg19.chr21    15351137 159 +  48129895 TTTGTGTTTTCTTCCGGTACTTTACTCATTTTCATATGTAAAAATTTCAATCTGTATTCCATCAGGAACTCATGTTTGTGACATAAAATTTCATTAGTTTTCTTCAAACAGCAGACATTTTTTCGTTAATAATTCATCCTTTCGTACTCATTAATCCTT
s rheMac2.chr10 60985547 156 +  94855758 TTTGTGTTTTCT---GGTACTTTACTAATTTGCATATGTAAAAAATTCAATCTGCATTCCATCAGGAACTCATGCTTGTGACATAAAATTTCATTAGTTTTCTTCAAACAGCAGGCATTTTTTCATTAATAATTCATCCTTTCCTACTCATCAATCTTT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44859335 159 - 135191526 TTTGTGTTTTCTTCTGGTACTTTACTCATTTGCATATGTAAAAATTTCAATCTGTATTAAATCCGGAACTCATGTTTGTGACATAAAATTTCATTCGTTTTCTTCAAACAGCAGGTATTTTTTCATTAATAATTCATCCTTTCCTACTCATCAATCCTT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14072448 158 +  46489110 TTTGTGTTTTCTTCCGGTACTTTACTCATTTTCATATGTAAAAATTTCAATCTGTATTCCATCAGGAACTCATGCTTGTGACATAAAATTTCATTAGTTTTCTTCAAACAGCAGAC-TTTTTTTATTAATAATTCATCCTTTCGTACTCATTAATCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=146677.000000
s hg19.chr21    15351296 156 +  48129895 ACGTATATCTTACATAATTTCAGTGTTTCTGGGTTGCCTATTCTGTTCTATGCGTT----TGTCTTTTCAGCTGTTAGTAAACAATTAATTGTAGAAATTAATAGCACATTTTGATATCTAGAGGAGCAAGTGTTTTTTCACTCCATTATGAAATTTTT-T
s rheMac2.chr10 60985703 152 +  94855758 ACTTCTATCTTACACAATTTCAGTGTTTCTGGGTTTCCTACTCTGTTCCATGCGTT----TGTCTTTTCAGCTGTCAGTAAACGATTTATTGTCGAAATT-ACAGCACATTTTGCTATCTAGAG----AAGTGTTTTTTCACTCCATTATGAGATTTTTAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44859494 160 - 135191526 ATGTATATCTTACATAATTTCAGtgtttctgggtttcctattctgttccatgcgtttatctgtcttttcagctgttagtaaacaattaattgtagaaattaatagcacatattgatatctagaggagcaagtGTTTCTTCACTCCATTATGAGATTTTT-T
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14072606 156 +  46489110 ACGTATATCTTACATAATTTCAGTGTTTCTGGGTTGCCTATTCTGTTCTATGCGTT----TGTCTTTTCACCTGTTAGTCAACAATTAATTGTAGAAATTAATAGCACATTTTGATATCTAGAGGAGCAAGTGTTTTTTCACTCCATTATGAAATTTTT-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=77597.000000
s hg19.chr21    15351452 62 +  48129895 AAAATGTCATCACAATAGCGAAAGACAGGAGGTGTAATACAAAAATCTTAAAACCTTGATAT
s panTro2.chr21 14072762 62 +  46489110 TAAATGTCATCACAGTAGTGAAAGACAGCAGGTGTCATACAAAAATCTTAAAACCTTGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44859654 62 - 135191526 AAAATGTCATCACAATAGTGAAAGACAGCAGGTGTCACACAAAAATATTAAAACCTTGATAT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60985855 62 +  94855758 AAAATGTCCTCACAATAGTGAAAGACAGCAGGTGTCATACAAAAATATTAAAACCTTGATAT
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=153308.000000
s hg19.chr21    15351514 302 +  48129895 TTTCATTCGGTCTATGTAAAACTGATTAACACAGAAAGAGCTCACATTTTGAG-GAAAATGTGCCTTCCCATTCAAGAACACAGAAGCCACCTCCCACTTCCAAGTTTCTCTCTAAGAACCTTCAGTAAAGAACCTACCTACACAGGGGGATACGGATGTAAAACGGACAGTTTTATCTGAGAACTTTTCGCCTACTGAAAATAACTCACGGTATTTTTGACAGGGGAATGAGTTCTCTCATTAGGCACCTCCTATAATGTATATAAACCATGTTTTAAACGTGTACGTTAAAATTAACAACA
s rheMac2.chr10 60985917 302 +  94855758 TTTCATTGGGTCTATGTAAAATTGATAAACACAGAAAGGGCTCACATTTTGAG-AAAAATGTGCCTTCCCATTCAAGAACACAGAACCCACCTCCCACTTTCAAGCTTCTCTCTAAGAAACTTCAGTAAAGAACCTACCTACACAGGTGGATACGGCTGTAAAACGGTCAGTTTTATCTGAGAACTTTTCACCTACTGAAAATAACTCACAGTATTTTTGATAGGGGAATGAGTTTTCTCATTAGGCACCTCCTATAATGTACATAAACCATGTTTTAAAGGAGTTCGTTAAAAATAACACCA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44859716 303 - 135191526 TTTCATTCGGTCTGTGTAAAATTGATAAACACAGAAAGAGCTTACATTTTGAGAAAAAATGTGCCTTCCCATTCAAGAACACAGAACCCACCTCCTACTTCCAAGTTTCTCTCTAAGAACCTTCAGTAAAGAACCTACCTACACAGGTGGATACGGAAGTAAAACGGACAGTTTTATCTGAGAACTTTTCGCCTACTGAAAATAACTCACGGTATTTTTGATAGGGGAATGAGTTCTCTCATTAGGCACCTCCTATAATGTATATAAACCATGTGTTAAACGTGTACTTTAAAAATAACAACA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14072824 302 +  46489110 TTTCATTCGGTCTATGTAAAATTGATAAACACAGAAAGAGCTCACATTTTGGG-GAAAATGTGCCTTCCCATTCAAGAACACAGAACCCACCTCCCACTTCCAAGTTTCTCTCTAAGAACCTTCAGTAAAGAACCTACCTACACAGGGGGATACGGATGTAAAACGGACAGTTTTATCTGAGAACTTTTCGCCTACTGAAAATAACTCACGGTATTTTTGATAGGGGAATGAGTTCTCTCATTAGGCACCTCCTATAATGTATATAAACCATGTTTTAAACGTGTACGTTAAAATTAACAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-14425.000000
s hg19.chr21    15351816 145 +  48129895 C--TATATGCTTAACTTTGTGAGTTAAATCACTCAAATTCTCCA---------------------------------------CCAACTGCTCCAGCCAGGGAATTATGAGGGATGGAAAACAGCTGAGGGTCCGTTTGGCTCCGCCGCTCAGAGGGTGCCCGGCGACCTCCAAGGCCCCCGTCCC
s rheMac2.chr10 60986219 140 +  94855758 ---TATATGCTTAACTTTGTGAGTTAAATCACTCAAATTCTCCA---------------------------------------C---CTACTCCAGCCAGGGAATTATGAGGGATGGAAAACAGCTGAGGGCCTGTTTGGCTCCGCCACTGGGAGGGTGCCCGGCGCCCTCCAACG-CCCAGTCCC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44860019 185 - 135191526 CTGTATATGCTTAACTTTGTGAGTTAAATCACTCAAATTCTCCAACTGCTCCTTAACTTTGTGAGTTAAATCACTCAAATTCTCCAACTGCTCCAGCCAGGGAATTATGAGGGATGGAAAACAGCTGACAGTCCGTTTGGCTCTGCCGCTCCGAGGGCGCCCGGCGCCCTGCAAGG-CCCAGTCCC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14073126 145 +  46489110 C--TATATGCTTAACTTTGTGAGTTAAATCACTCAAATTCTCCA---------------------------------------CCAACTGCTCCAGCCAGGGAATTATGAGGGATGGAAAACAGCTGAGGGTCCGTTTGGCTCCGCCGCTCAGAGGGTGCCCGGCGACCTCCAAGGCCCCCGTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-37910.000000
s hg19.chr21    15351961 15 +  48129895 AGGGGCTGCCGGAAA
s panTro2.chr21 14073271 15 +  46489110 AGGGGCTGCCGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44860204 15 - 135191526 AGGGGCTGCGGGGAA
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60986359 15 +  94855758 AGGGGCTGCGGGGAA
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=152076.000000
s hg19.chr21    15351976 176 +  48129895 GCCGGACCTGGGGACCCCCTGCCACCCCGGGCTGAGCCCCCGCTACCTGTGCTGCTTGTCCAGGGCGTCCAGGTCTCCGCTCCTGCGCGCCAGACAGCGCTCCATCTCCGCGGCGTCGCCCTTGACAGCTGCCTTGTGGATCTTCTGCAGTTCCGAGTACCGGATTCGGTACCCGG
s rheMac2.chr10 60986374 176 +  94855758 GCCGGGCCTGGGGCCCCCCTCCAACCCGGGGCTGAGCCCCTACTACCTGTGCTGCTTGTCCAGGGCGTCCAGGTGTCCGCTCCTGCGGGCCAGGCAGCGCTCCACCTCCGCCGCGTCACCCTTGACAGCCGCCCTGTGGATCTTCTGCAGTTTGGCCTCCCAGACTCGGTACCCTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44860219 176 - 135191526 GCCGGGCCTGGGGACCCCCTCCCACCCCAGGCTGAGCCCCCGCTACCTGTGCTGCTTGTCCAGGGCGTCCAGGTCTCCGCTTCTGCGCGCCAGGCAGCGCTCCACCTCTGCGGCGTCGCCTTTGACAGCCGCCCTGTGGATCTTCTGCAGTTCGGAGTCCCGGATTCGGTATCCGG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14073286 176 +  46489110 GCCGGACCTGGGGACCCCCTGCCACCCCGGGCTGAGCCCCCGCTACCTGTGCTGCTTGTCCAGGGCGTCCAGGTCTCCGCTCCTGCGCGCCAGACAGCGCTCCACCTCCGTGGCGTCGCCCTTGACAGCTGCCTTGTGGATCTTCTGCAGTTCCGAGTACCGGATTCGGTACCCGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-7271.000000
s hg19.chr21    15352152 11 +  48129895 AACCCGTGTAC
s rheMac2.chr10 60986550 11 +  94855758 AACCCGTGTAG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44860395 11 - 135191526 AACCCGTGTAG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14073462 11 +  46489110 AACCCGTGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=47939.000000
s hg19.chr21    15352163 67 +  48129895 AGGTGGTCTATGGTGCCCAGGACCGTCTGGCCCCTGTGGCTCCTGAAGCCGAACAACTTCATGGTGG
s rheMac2.chr10 60986561 67 +  94855758 TCGTGGTCTATGGAGCCCAGGACCGTCTGGCGCCTGCGGCTCCTGAAGCTGAACAACCTCATGGTGG
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44860406 67 - 135191526 ACGTGGTCTATGGAGCCCTGGGCAGTCTGGCCCCTGCGGCTCCCGAAGCCGAATAACTTCATAGTGG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14073473 67 +  46489110 ACGTGGTCTATGGAGCCCAGGACCGTCTGGCCCCTGCGGCTCCCGAAGCCGAACAACTTCATGGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=16358.000000
s hg19.chr21    15352230 31 +  48129895 TGACTTCTCAGACTCCCAACCAACTGCTCTT
s panTro2.chr21 14073540 31 +  46489110 TTACTTCTCAGACTCCCAACCACCTGCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44860473 31 - 135191526 TGACTTCTCAGACCCCCAACCACCGGCTCTT
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60986628 31 +  94855758 TGACTTCTCAGACCCCCAACCACCGGCTCTC
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=21163.000000
s hg19.chr21    15352261 61 +  48129895 GAGAGGAGGCAGCTCCCTGTCACCTTTTCACCTCCCC---GCCCCTGCCCCCGCCGACCCAG-------------------CC
s panTro2.chr21 14073571 78 +  46489110 GAGAGGAGGCAGCTCCCTGTCACCTTTTCACCTCCC-----CCCCCGCCCCCGCCGACCCAGCCCCAAATCCCCTATCCAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44860504 63 - 135191526 GAGCGGGGGCAGCT-CCTGTCACCTTTTCACCACCCCCCTCCCCCGACCCCGGCCGACCCAG-------------------CC
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60986659 79 +  94855758 GAGCGGGGGCAGCTTCCTGTCACCTTTTCACCAGGA----GCCCCTGCCCCCGCCGACCCAGCCCCAAATCCCCTatccaacc
i rheMac2.chr10 C 0 C 0

a score=13541.000000
s hg19.chr21    15352322 30 +  48129895 CCAAATCCCCTATCCAACCCCAAATCCGCA
s rheMac2.chr10 60986738 29 +  94855758 ccaagt-cccgatccaactccaaatccgcg
i rheMac2.chr10 C 0 C 0
s ponAbe2.chr9  44860567 30 - 135191526 CCAAATCCCCTATCCAACCCCAAATCCCCG
i ponAbe2.chr9  C 0 C 0
s panTro2.chr21 14073649 30 +  46489110 CCAAATCCCCTATCCAACCCCAAATCCGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=107038.000000
s hg19.chr21    15352352 218 +  48129895 ATCCAACCCCCAATCGGCGATCCCAAATCTATTATCTAATCCAAAATCCGCGATCCAGCCCGGTCCACCACAGCCTTCAGCAGCGACACTCGCAGCCTCCGACCTCTCAGACCGAGTGAGCCTCGCAAAGCCTTTGGGCGCGCGCCTGCACCGCGGTGGCCGCCCGGCTCCCGGAAGTCGCTCGGAGGCGGCACGCACTGGCAGGTGGGGCTGCAGCT
s rheMac2.chr10 60986767 217 +  94855758 atgcaacccccagtccgcgatcACAAATCTATGATATACTCCAAAATCCGCGATCCAGCCCGGTCCACCACAGCCTTCAGCAGGGACACTCGCAGCCTCCGACCTCTCAGACCAAGTGAGCTTCGCAAAGCCGTTGGGCGCGCGCCTTCACCGCGGTGGCCGCT-GGCTCCCGGAAGTCACTCACAGGTGGCCCGCGCGAGCAGGTGGGGCTGCAGCT
i rheMac2.chr10 C 0 I 1764
s ponAbe2.chr9  44860597 218 - 135191526 ATCCAACCCCTAATCCGCGATCCGAAATCTATGATCTACTCCACAATCCGCGATCCAGCCTGGTCCACCACAGCCTTCAGCAGCGACACTCGCAGCCTCCGACCTCTCAGACCGAGTGAGCCTCGCAAAGCCGCTGGGCGCGCGCCTGCACCGCAGTTGCCGCCAGGCTCCCGGAAGCCGCTCCCTGGCGGCGCGCGCCAGCAGGTGGGGCTGCAGCT
i ponAbe2.chr9  C 0 n 0
s panTro2.chr21 14073679 218 +  46489110 ATCCAACCCCCAATCGGCGATCCCAAATCTATTATCTAATCCAAAATCCGCGATCCAGCCCGGTCCACCACAGCCTTCAGCAGCGACACTCGCAGCCTCCGACCTCTCAGACCGAGTGAGCCTCGCAAAGCCGTTGGGCGCGCGCCTGCACCGCGGTGGCCGCCCGGCTCCCGGAAGTCGCTCGGAGGCGGCACGCGCTGGCAGGTGGGGCTGCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4721.000000
s hg19.chr21    15352570   51 +  48129895 GCGAGAGGGGGCGGGCCTGGGAACCACCGCGGGTGTGCGGGCCTTGCCATT
s panTro2.chr21 14073897   51 +  46489110 GCGAGAGGGGGCGGGCCTGGGAACCACCGCGGGTATGCGGACCTTGCCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr10 60986984 1764 +  94855758 I
e ponAbe2.chr9  44860815    0 - 135191526 I

a score=252086.000000
s hg19.chr21    15352621 1189 +  48129895  
s panTro2.chr21 14073948 1198 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr10 60988748 1132 +  94855758  
i rheMac2.chr10 I 1764 N 0
e ponAbe2.chr9  44860815    0 - 135191526 I

a score=52792.000000
s hg19.chr21    15353810 588 +  48129895  
s panTro2.chr21 14075146 577 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=484508.000000
s hg19.chr21    15354398 2063 +  48129895  
s panTro2.chr21 14075723 2067 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815    0 - 135191526 I

a score=19642.000000
s hg19.chr21    15356461 43 +  48129895 CTCTCCCTGGACTCCACACTCCAGAGGGCAACCTACTCTTGCT
s panTro2.chr21 14077790 43 +  46489110 CTCTCCCTGGACTCCACACTCCAGAGGGCAACCTACTCTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=39091.000000
s hg19.chr21    15356504 194 +  48129895 CATACTGGAGCGTGGCAGACACACAGTGTTTCTGTGGAAATCCTGAGCATGGCAGAGCCCCCATACCCACCGTGGTTCCTGGGCCCATGCACTCTGAGTCTGTGCCACAGAGACTGCCTGGCACCCCCCAGTATGGAGTAGCAGACACCACTGAGGACAGGGCCCTGTATGTGGAGGCATCCGGAACAGGAAGT
s panTro2.chr21 14077833 192 +  46489110 CATACTGGAGCGCGGCAG--ACGCAGTGTTTCTGTGGAAATCCTGAGCATGTCAGAGCCCCTACACCCACTGTGGTTCCTGGGCCCATGCACTCTGGGTCTGTGCCACAGAGACTGCCTGGCACCCCCCAGTATGGAGTAGCAGACACCACTGGGGACAGGTCCCTGTACATGGAGGCATCCGGAACAGGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=9191.000000
s hg19.chr21    15356698 34 +  48129895 GGCACCTGGGTGCAGAGGGTTGGCTGGGTCTGAG
s panTro2.chr21 14078025 34 +  46489110 GGCACCTGGGTGCAGAGGGTTGGCTGGGTCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=120418.000000
s hg19.chr21    15356732 283 +  48129895 TTTCTGCTGCTCCTGCTTCCCGAGGAGTGCAGCCCAGGTGGGCCCAGCAGTTCCTGTGGAGTGAGGAGCCAGGCACTGTGGTGTCTCCAGCACCCACCCCAGGTCCCGGTTTCTGGCCAGCTTGGGCCAAAAGGAGAGGCTGGACTTTGAAGGGTGGCTGTGAGTGCCTTCACTGAAACTGGCCCCTGCCACCCAGTGGCTGGCATGACAAAGTGAGGCTCTGACGCTACCACCCCTTGCATCTTCCtctaggattttctggctttgccctcccagctgctcc
s panTro2.chr21 14078059 283 +  46489110 TTTCTGCTGCTCCTGCTCCCCGAGGAGTGCAGCCCGAGTGGGCCCAGCAGTTCCTGTGGAGTGGGGAGCCAGGCACTATGGTGTCTCCAGCACCCACCCCAGGCCCCAGTTTCTGGCCAGCTCGGGCCAAAAGGAGAGTCTGGACTTTGAAGGGTGGGTGTGAGTGCCTTCACTGAAACTGGCCCCTGCCACCCAGTGGCTGGCATGACAAAGTGAGGCTCTGACGCTACCACCCCTTGCATCTTCCtctaggattttctggctttgccctcccagctgctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=14784.000000
s hg19.chr21    15357015 60 +  48129895 gtgccaggaggaggaggagacacctggagcctgcaacaccacagctcgcttctctgtggg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

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e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

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e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e ponAbe2.chr9  44860815    0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

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e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

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s panTro2.chr21 14093891 261 +  46489110 agtgcagtgacatgatcttggcttactgcaccctccacctcctgggttcaagcaatactcctgcctcagcctccctagtagctgagactacaggtgtgcaccaccatgcctgtgtaatttttgtcttcttggtagagacaggggctttaccacattggtcaggctggtcttaaactcctgacctcaagaaattcacctgcctcagcttcccaaagtgctgggattacaggcatgagccactgcgcctggctgtgtcaccac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=12107.000000
s hg19.chr21    15371731 121 +  48129895 tttcctatatttagtaatttggtgttctttctctctgtctctctttatttattttttggttaatcgaactaactagagttttctcaactttttcagagaatcagcttctggttttgtaatt
s panTro2.chr21 14094152 121 +  46489110 tttcctatatttagtaatttggtgttctttctctctgtctctctttatttattttttggttaatcgaactagctagagttttctcaactttttcaaagaatcagcttctggttttttaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=165899.000000
s hg19.chr21    15371852 527 +  48129895  
s panTro2.chr21 14094273 530 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=11218.000000
s hg19.chr21    15372379 26 +  48129895 TACATGTAGGTGGAGATGTGAGATAT
s panTro2.chr21 14094803 26 +  46489110 TACATGTAGGTGGAGATGTGAGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=85353.000000
s hg19.chr21    15372405 271 +  48129895 TCATTTAGGAGAAAAGCCAAGGGAAGAAATTTGTTAATGAACTGTAAAGAGGGGTTGACATTCACAAGAATATGTAATTTTTAAAAAAAAAACAAATTTAGAGCGATAGAACAGCCTTGAATATATTCTTATTTAGAAGGCTGAAGTTTGAATATAGCCTGGAGTGTTAGAAAAGGATGGAACAGTTTATCATAGACCAGAGCCAAGAGAGTATAATATTTAGATTTTAAATATCAAAAAGAAGATATGATCAGCTGAATTCAAAGTTGAA
s panTro2.chr21 14094829 271 +  46489110 TCATTTAGGAGAAAAGCCAGGGGAAGAAATTTATTAATGAACTGTAAAGAGGGGTTGACATTCACAAGAATATGTAATTTTTTTTTGAGAAACAAATTTAGAGCGATAGAACAGCCTTGAATATATTCTTATTTAGAAAGCTGAAGTTTGAATATAGCCTGGAGTGTTAGAAAAGGATGGAACAGTTTATCATAGACCAGAGCCAAGAGAGTATAATATTTAGATTTTAAATATCAAAAAGAAGATATGATCAGCTGAATTCAAAGTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=3064.000000
s hg19.chr21    15372676 43 +  48129895 GCCTAggcatggtggctcatgcctgtaatcccagcactttggg
s panTro2.chr21 14095100 43 +  46489110 GCCTAggcatggtggctcatgcctgtaatcccagcactttggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=3612.000000
s hg19.chr21    15372719 27 +  48129895 aggctgaggcagaaggatcacttgagc
s panTro2.chr21 14095143 27 +  46489110 agggtgaggcagaaggatcacttgagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=5862.000000
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s panTro2.chr21 14095170 71 +  46489110 ccaggggttcaagaccaggctggctaacatggcgaaaccctgtctctactaaaaatataaaaattagccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=6707.000000
s hg19.chr21    15372816 47 +  48129895 gcctggtggcaggcgcctgtgatcccagctactctggaggctgaggc
s panTro2.chr21 14095241 47 +  46489110 gcctggtggcaggcgcctgtgatcccagctactctggaggctgaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=6287.000000
s hg19.chr21    15372863 71 +  48129895 gggagaatcgcttaaccccaggaggcagaggttgcaaagagctgagatggtgcctctgcactccagcctgg-
s panTro2.chr21 14095288 72 +  46489110 gggagaatcgcttgaccccaggaggcagaggttgcaaagagctgagatggtgcctctgcactccagcctggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=1550.000000
s hg19.chr21    15372934 48 +  48129895 tgacagaggaagactccatctcagaaaaaaaaaaaaaaaaaaGTTCAA
s panTro2.chr21 14095360 47 +  46489110 tgacagaggaagactccatcttagaaaaaaaaaaaaaaaaa-GTTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=12270.000000
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s panTro2.chr21 14095407 114 +  46489110 AAAACAGCTCCCTTGTTTGGGAAGGACTGTTTTTGATATACCCTTAAAAATTCAATAAAGAAAATAGAAAATAAAAGTTTTTTTTAATTTGAGAAACATTTAAATGATGACCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=2083.000000
s hg19.chr21    15373096 47 +  48129895 TACTTAAATTATGAAATTGAAAACCAGAAATATAAATTATGCACTCT
s panTro2.chr21 14095521 47 +  46489110 TACTTAAATTATGAAATTGGAAACCAGAAATATAAATTATGCACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=15390.000000
s hg19.chr21    15373143 65 +  48129895 TTATAGTATGAGTTTTAGAGGTTGTTAATTTGCTATCATATTAGGTAAATCTGGAATAGAAGAAA
s panTro2.chr21 14095568 65 +  46489110 ATATAGTATGAGTTTTAGAGGTTGTTAATTTGCTATCATATTAGGTAAATCTGGAATAGAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=5143.000000
s hg19.chr21    15373208 31 +  48129895 CTTCATATATTATCTTATTGCTATATTTGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=384426.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=62934.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=29808.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=-24211.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=-10084.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=-2139.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=100778.000000
s hg19.chr21    15374241 71 +  48129895 GCAGAATTCACATTCTACATTTCACTATGTGCTGGTAAATTCACTCCATCAAATCATCACCAATGTAAGTC
s panTro2.chr21 14096666 71 +  46489110 GCAGAATTCACATTCTACATTTCACTATGTGCTGGTAAATTCACTCCATCAAATCATCACCAATGTAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=13470.000000
s hg19.chr21    15374312 121 +  48129895 CAATAGGCATTGCTAAACTACTAAAAAAAAAAATTTCATTATTTTCTTTGCATATTTCTTTTTACGAAACGCGCTCTTGGTTTTCAAAAAGGTTCTGAATTTAGATGTACGGAATAGGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=10583.000000
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s panTro2.chr21 14096857 36 +  46489110 ATTTCTCCACGGTGATTATATTTGATAATTGATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=63004.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

a score=38878.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815   0 - 135191526 I

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s panTro2.chr21 14097193 83 +  46489110 TATTTGATGGTACTTTAAAACCTTTTGATCttaaatttattcatattgtaaaatttcatttttcttaaaataaaatattaaCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr9  44860815  0 - 135191526 I

a score=91144.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 M 30000 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13569035 272 + 48394510 TAGCACTTATTACTTAGTCATTGCTTCCATATTTGTGtacattgctattggtcccataaattgatacatttcttgtagtcttttcagaaccctatttggcaggagctatacaaacatttcattttttttgtacaaataattcaatttctatgactttaaaaatgttatgaatataactcaaaaggaaaaagctgcacacataggtacttattgctcttgattataataggagaatattagaagaactttactaggaggagaatgggttaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21    15380811 52 + 48129895 TCAGTTCTGTTGGGCAGACTTCTGTGGAGACCCTACCAGGCATCAGCATGTA
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s hg19.chr21    15380863 30 + 48129895 GCACAAGAGATAGTCCCTGCTGGGGGCAGT
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s hg19.chr21    15380893 121 + 48129895 TGGTGACTCCGGAGCTGGTGCTCCGAAGCCATTAGCGCTGCCAAGCTCCTTGCAGCTCATGGAGTCCTGCCTGGGTGTAGGCAGTCCTGGCCGTGTGCCAGCTTTGCTCTGCATTCAGGTG
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s hg19.chr21    15381040 148 + 48129895 GGTGTGAGACTTCATAGCACAAGTCTCAGGGAAACAGGTAGCACCCTGTTTCTTAAGAGCACAGTGGGTTAGGTGGACACAGGCACACCACATGTGTGGCAGAGGCGGGCCCAGCCATGGCCCCTCCTCCCTATACCGGTACAAAGTG
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s panTro2.chr21 14104859 86 + 46489110 AGAGATCTGATGAGTGACATGCTGGGCGGGGTCTGGGAGCCCTGGGCTGGGCAGGGTCTGGGGCGCTGGGCTGGCTCACACACCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13577479 86 + 48394510 AGAGATCTGATGAGTGACATGCTGGGCAGGGTCTGGGAGCCCTGGGCTGGGCAGGGTCTGGGGTGCTGGGCTGGCTCACACACCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21 13578084 45 + 48394510 cctgcctccctccctccctccctccgtccctccttccctcccAGG
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s panTro2.chr21 14105457 45 + 46489110 cctgcctccctccctccgtccctccttccctccttccttcccAGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14105502 104 + 46489110 CCTTCTCTGACTACCAGATCCAGCAGATGACGGCCAACTTTGTGGATCAGTTTGGCTTCAATGATGAGGAGTTTGCAGACCATGACAACAACATCAAGTGAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15383202 21 + 48129895 CACTTGGATGCCCCCTGCACG
s ponAbe2.chr21 13578233 21 + 48394510 CACTTGGATGCCCCCTGCACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14105606 21 + 46489110 CACTTGGATGCCCCCTGCACG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21 13578353 33 + 48394510 AGGCCCCCGGTGAGCACCAGGGGAGGAGCACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14105758 38 + 46489110 AGGCCTCAGATGAGCACCGGGGGAGGAGTCCTGAGGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-31435.000000
s hg19.chr21    15383393 33 + 48129895 CCAGATGAGCACCAGGGGAGGAGCACTGAGGCC
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e panTro2.chr21 14105823  0 + 46489110 C
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a score=-59120.000000
s hg19.chr21    15383517 35 + 48129895 CTGAGGCCCCAGACGAGCACCGGGGGAGGAGCGCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e panTro2.chr21 14105823  0 + 46489110 C

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s hg19.chr21    15383552 63 + 48129895 GAGGC-CCCAGATGAGCACCGGGGGAGGAGCGCCGAGG-CCCCAGATGAGCAGTGGGGGAGGAGC
s panTro2.chr21 14105823 63 + 46489110 GAGGC-CCCAGATGAGCACCGGGGGAGGAGCGCCGAGG-CCCCAGATGAGCAGTGGGGGAGGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=-100819.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14105886 44 + 46489110 ACCGAGGCCCCCAGATGAGCAGTGGGCGGGGCAGGGAGCGCCGA
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a score=-24397.000000
s hg19.chr21    15383659 21 + 48129895 GGCCATCCCCCTTGCTCTTGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=102714.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14105951 73 + 46489110 AGCGCCCCATTTGACAGGATCGCGGAGATCAACTTCAACATCAACACTGACGAGGACAGTGTGAGCGAGCGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4942.000000
s hg19.chr21    15383753 41 + 48129895 GCTGTGCGGGGTCATGCAGGCACCCTGTTCCCAGGCAGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15383794 78 + 48129895 AGGCCGCGCCCATGGCTCGGTCTGTGGTGGGCCTGTGCGGTGGGGCTGGGAGAGGCCCCTCTGTGGAGCTAGGAACAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14106065 78 + 46489110 AGGCCGCGCCCATGGCTCTGTCTGTCGTGGGCCTGTGCGGTGGGGCTGGGAGAGGCCCCTCTGTGGAGCTAGGAACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6818.000000
s hg19.chr21    15383872 75 + 48129895 TCGCTTTTCTTGACCCTCCCCATCATGCCCTCCAGCCCATGGCGCCCACATCCTGAACTAAGCCCCTCTGGGAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13578841 75 + 48394510 TCGCTTTTCTTGACCCTCCCCATCATGCCCTCTAGCCCATGGCGCCCACATCCTGAACTAAGCCCCTCTGGGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=12130.000000
s hg19.chr21    15383947 51 + 48129895 CCTGTGGGGAGAGCGCCTCCTGTCTCCCCCAGACCCTCTGGAAACTGACCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=163195.000000
s hg19.chr21    15383998 140 + 48129895 TGGCGTTTTACTCTGCAGCCCAGCGCGGCTCTGAGGCCTGCTGCAGCGACCGCATCCAGCACTTTGATGAGAACGAGGACATCTCGGAGGACAGCGACACTTGCTGTGCTGCCCAGGTGAAGGCCAGAGCCAGGTGCGGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14106269 140 + 46489110 TGGCGTTTTACTCTGCAGCCCAGCGCAGCTCTGAGGCCTGCTGCAGCGACCGCATCCAGCACTTTGATGAGAACGAGGACATCTCGGAGGACAGCGACACTTGCTGTGCTGCCCAGGTGAAGGCCAGAGCCAGGTGCGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=19821.000000
s hg19.chr21    15384138 56 + 48129895 GCCTGCCCATCCCCCCAAAGCCTCTGCCGAGGAGGTGCAGCCCCCAGAACACCCGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=43690.000000
s hg19.chr21    15384194 132 + 48129895 CAGATGCCCAGACGCCCTGCTGTTTGTTATGCCGGCTCGCAGAGCAAGCACACCGGTCCTGCAAGCACTGGCGCCCAACGCAGCGGGTGACCCTCAGGAGCTCGGAGCTGAGGCCTGGAGCGACTCGTGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13579163 132 + 48394510 CAGATGCCCAGACACCCTGCTGTTTGTTATGCTGGCTCGCAGAGCAAGCACACCCGTCCTGCAAGCACTGGGGCCCAATGCAGTGGGTGACCCTCAGGAGCCCAGAGCTGAGGCCTGGAGCAACTCGTGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=18321.000000
s hg19.chr21    15384326 44 + 48129895 CTCACTCAGGGCATTCTGTGCTCACCCTCAGCCTGGAGCCTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=18072.000000
s hg19.chr21    15384370 44 + 48129895 GCTGTCACTGACCCTCAGTGTTAGGCATCTGTCCTGGGCCACCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14106641 44 + 46489110 ACTGTCACTGACCCTCAGTGTTAGGCATCTGTCCTGGGCCACCA
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s hg19.chr21    15384414 124 + 48129895 GGCATCTGACTCTGCATCTCCCCGAGGTTTGGAGCCCCCCATGCTTCAGAAAGCTGCTCAAAGAATGGCCCGGAGTGCGGAGGCCAGGATGGGAAGGCGAGCTTGGAAGCAGACCATGATGCGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=20723.000000
s hg19.chr21    15384538 73 + 48129895 CTGGGGCAGGTG-CCCCCTAGACCCTGGAAAGAACAAAGCCCCTCCTCTGGAGGGTGACTCAGAAGGTGGTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=9723.000000
s hg19.chr21    15384611 33 + 48129895 GTGGGGCAGGGGCCGGGGATGTGTGTGTTGGGG
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s ponAbe2.chr21 13579649 50 + 48394510 CTTCATTTGGAGCTGAGGCATTTGGGACTCACTGTGGCCCGAAACCCGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14106950 50 + 46489110 CTTCATTTGGAGCTGAGGCATTTGGGGCTCACTGTGGCCTGAAACCTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14107000 39 + 46489110 TCTCCAGCTCTTTCCCAGCCATCCTGAGTAGGGGTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21 13579738 524 + 48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14107039 527 + 46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14107566 79 + 46489110 GAGGCCTAGGGGCCCTCAGGCGCCTGACTGAGCCCCAGGTCATGGAGGGCAGTGGCATTGCCTCCACACTATCAGCGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15385374 45 + 48129895 AGTCCTGCTGGAGGCCTAGGGGCCCTCAGGTGCCTGACTGAGCCC
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s panTro2.chr21 14107645 45 + 46489110 AGCCCTGCTGGAGGCCTAGGGGCCCTCAGGTGCCTGACTGAGCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=18372.000000
s hg19.chr21    15385419 43 + 48129895 TGGATCATGGAGGGTAGTGGCATCGCCTCCACACTGTCAGTGT
s ponAbe2.chr21 13580297 43 + 48394510 CAGGTCATGGAGGGCAGTGGCATCGCCTCCACACTATCAGCGT
i ponAbe2.chr21 T 89 T 89
s panTro2.chr21 14107690 43 + 46489110 TGGATCATGGAGGGTAGTGGCATCGCCTCCACACTGTCAGCGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 T 89 C 0
s panTro2.chr21 14107733 108 + 46489110 CAGCCCTGCTGGAGGCCTGGGGGCCCTCAGGCGCCTGACTCAGCCCCGGATCATGGAGGGCAGTGGCATCACCTCCACACTGTCAGTGTCAGCCCTGCTGGAGGCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15385570 82 + 48129895 GGGGCCCTCAGGCGCCTGGCTGAGCCCCAGTTCACACACCCCATGGATGTTGGCAGCTTGTCAGGACCCTCGAGCTGTCCCC
s panTro2.chr21 14107841 82 + 46489110 GGGGCCCTCAGGCGCCTGGCTGAGCCCCGGTTCACACGCCCCATGGATGTTGGCAGCTTGTCAGGACCCTCGAGCTGTCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13580359 82 + 48394510 GGGGCCCTCAGGCGCCTGGCTGAGCCCGAGTTCACACGCCCCATGGATGTTGGCAGCTTGTCAGGACCCTCGAGCTGTCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14107923 120 + 46489110 TGTTATTCTCTGAGGTGCTGAGGGGCACTGCCTGGGCCTCCCTCCTGGAGCAGCCCCATGTTCCTGTCAACCTCTGTGGGGCCCCCGGTGGGGGGTGCGCTGCCTCCCCTTTGCCTGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15385772 38 + 48129895 CACCCCAGACAGGCCTGCCCTCACCTGGCCACTGTGTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14108043 38 + 46489110 CACCCCAGACAGGCCTGCCCTCACCTGGCCACTGTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15385810 185 + 48129895 TCTCACCCAGCAGACACCATATGGATGACAGTGTTTGATAAGCCAGCAAACTCGACGCCCATAGCCCCAGGAGTGGTGAGGGACA-GGGTTCCAGCGTGTGGGCAGCTGGCACCTCAGCTCCAGAGGAGAAAGGCTGGGCCAGTTCACCGAATTCCAGCCTTTCTGCTGGTAACAAATGCATTGGC
s ponAbe2.chr21 13580599 186 + 48394510 TCTCCCCCAGCAGGCGCCATGTGGATGGCAGTGTTTGATGAGCCAGCGAACTCGATGCCCATAGCCCCGGGAGTGGTGAGGGACATGGGTCCCAGCGTGTGGGCAGCTGGCACCTCAGCTCCAGAGGAGAAAGGCTGGGCCAGTTCACTGAATTCCAGCCTTTCTGCTGGTAACAAATGCATTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14108081 186 + 46489110 TCTCACCCAGCAGACACCATATGGATGACAGTGTTTGATAAGCCAGCAAACTCGACGCCCATAGCCCCAGGAGTGGTGAGGGACATGGGTTCCAGTGTGTGGGCAGCTGGCACCTCAGCTCCAGAGGAGAAAGGCTGGGCCAGTTCACCGAATTCCAGCCTTTCTGCTGGTAACAAATGCATTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-11703.000000
s hg19.chr21    15385995 69 + 48129895 AGGAGGGGGCCGTGTCAGGAAGTGCCTTCCAGGGTCAGGAGGTGCCCGTCCTCCGGGACTGACCCTGTC
s panTro2.chr21 14108267 69 + 46489110 AGGAGGGGGCCGTGTCAGGAAGTGCCTGTCAGGGTCAGGAGGTGCCCGTCCCCCGGGACTGACCCTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13580785 69 + 48394510 AGGAGGGGGCTGTGTCAGGAAGTGCCTGTCAGGGTCAGGAGGCGCCCGTCCCCCGGGAATGACCCTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15386064 73 + 48129895 CTCGTCCTTGTCTGTAGCTCCGAGTCAGGGCCCAGGTGCAGCTCTCTGATGGACACAAAACACAGCCAGGCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13580854 73 + 48394510 CTCGTCCTTGTCTGTAGCTCTGAGTCAGGGCCCAGGTGCAGCTCTCTGATGGACATAGAACACAGCCAGGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15386137 56 + 48129895 AGGCAGCCAGAGCCAAGGCCTCGAGAAAGCCTGTGAGTAGCAGCAGTGCAGGCGGC
s ponAbe2.chr21 13580927 56 + 48394510 AGGCAGCCAGAGCCAAGACTTCGAAAAAGCCTGTGAGTAGCAGCAGTGCAGGCGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15386193 52 + 48129895 ACCCAGCCTCCTGCAGAGGCCTAGCCTTGCCCAGTTTAAGGCCTGAGGCCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13580983 52 + 48394510 ACCCAGCCTCCTACAGAGGCCTAGCCTTGCCCAGTTTAAGGCCTGAGGCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=83061.000000
s hg19.chr21    15386245 157 + 48129895 CTGGCCCCCCTCCTTGGGGTCAGTGGGAGGAGGTGGCCAGGACCCTGCATGCTGCTAGGTCTCTTGTGACATTGGGGTTTGATACAGCAGTGGGACTGGAGCAGCCACGTGCAGATGGGGAG-------GCCCCCAGAGGGGAGGCAGCAAGGCCATTGGGCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13581035 164 + 48394510 CTGGCACCCCTCCTTGGGGTCAGTGGGAGGAGGTGGCCAGGGCCCCGCATGCTGCTAGGTCTCTGGTGACATTGGGGTTTGATACAGCAGTGGGACTGGAGCAGCCACGTGCAGATGGGGAGGCCCCCAGCCTCCTGAGGGGTGGCGGCAAGGCCATTGGGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    15386402 108 + 48129895 GCCCTGAGCCCCGTCTGAGCAGGTGGCACAGCCCAGGTCTGTACCCTTGATTCTAGACAGCAGCACCAGGACCCCAGCATTGAGATGTGTGTGGGTGGGTTGTTGGCA
s panTro2.chr21 14108674 108 + 46489110 GCCCTGAGCCCCGTCTGAGCAGGTGGCACAGCCCAGGTCTGTACCCTTGGTTCTAGACAGCAGCACCAGGACCCCAGCATTGAGATGTGTGTGGGTGGGTTGCTGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13581199 108 + 48394510 GCCCTGAGCCCCGTCTGAGCAGGTGGTACAGCCCAGGTCTGCACCCTTGGTTCTAGACAGCAGCACCGGGACCCCAGCATTGAGATGTGTTTGGATGGGTTGTTGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=22702.000000
s hg19.chr21    15386510 42 + 48129895 GGAAGCCATTCTGGGGCCTGATCAGAGCCCCTGGCCCCCAGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14108782 42 + 46489110 GGAAGCCATTCTGGGGCCTGATCAGAGCCCCTGGCCCCCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=65995.000000
s hg19.chr21    15386552 136 + 48129895 CCCCTAGTCAGGCCGAGAGGCTCCCCCAGACAAGGCTGAGAGCTCCAGGCGAGCGACAGCTGGCTTCCAACACTGGTGTCCCCGGTGCTTGAAGGAGCTGTGGCAGGACCACACAAGGCAGAGCGGGCCCCTTCCT
s ponAbe2.chr21 13581349 136 + 48394510 CCCCTAGTAAGGCCCAGAGGCTCCCCCAGACAAGGCTGAGAGCTCCAGGCGAGCGACAGCTGGCTCCCAACACTGGTGTCCCCGGTGCTTGAAGGAGCTGTGGCAGGACCACACAAGGCAGAGCGGGCCCCTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14108824 136 + 46489110 CCCCTAGTCAGGCCGAGAGGCTCCCCCAGACAAGGCTGAGAGCTCCAGGCGAGCGACAGCTGGCTTCCAACACTGGTGTCCCCGGTGCTTGAAGGAGCTGTGGCAGGACCACACAAGGCAGAGCGGGCCCCTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=64454.000000
s hg19.chr21    15386688 130 + 48129895 GAGCCTCTGCGTCCTCATGTGAGACCAGGGCACATTGCCCTGTATCATGGGGGAGGCAACAGTGTTGCTTGTGTGGAGACCACATGGAAGGTGTGTGAGCCTGTTAGCCTCGTCATGCGGTTTCCACACA
s panTro2.chr21 14108960 130 + 46489110 GAGCCTCTGCGTCCTCATGTGAGACCAGGGCACATTGCCCTGTATCATGGAGGAGGCAACAGTGTTGCTTGTGTGGAGACCACATGGAAGGTGTGTGAGCCTGTTAGCCTCGTCATGCGGTTTCCACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13581485 130 + 48394510 GAGCCTCTGCATCTTCATGTGAAACCAGGGCACATTGCCCTGTATCATGGGGGAGGCAACAGTGTTGCTTGTGTGGAGACCACATGGAAGGTGTGTGAGCCTGTTTGCCTCGTCATGCGGTTTCCACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=10493.000000
s hg19.chr21    15386818 24 + 48129895 GGTACACGTGTGCAGGCGACAGGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14109090 24 + 46489110 GGTACACATGTGCAGGCAACAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=22537.000000
s hg19.chr21    15386842 42 + 48129895 TGCATGTGAGAGGGCTACACGTAAGGGATCCCTATGGCCGGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14109114 42 + 46489110 TGCATGTGAGAGGGCTACACATAAGGGATCCCTATGGCCGGG
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a score=24809.000000
s hg19.chr21    15386884 50 + 48129895 GTTGCCACACCCTGTGGCCCCTCCTGCCTCACTGGACAGCACAGGCCTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=24974.000000
s hg19.chr21    15386934 46 + 48129895 TACTCTGCAGTCAGCCCAGCTTCTCCATGTACCTCCGTGTACCTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=67240.000000
s hg19.chr21    15386980 95 + 48129895 GTGTGTGTCACCAGGAAGGCCCCCCTGCTGGCCTCTGACAGCAGCTCCTGTGGGGGCTCCGACAGCGATACATGACGACCAGAAGGCAGTGAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13581777 95 + 48394510 GTGTGTGTCACCAGGAAGGCCCCCCTGCTGGCCTCTGACAGCAGCTCCTGTGGGGGCTCCGACAGCGATAGATGACGACCAGAAGGCAGTGAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=30995.000000
s hg19.chr21    15387075 42 + 48129895 CCATGGATGCTGTGAACACCCGTCCGGGCTAGGAGGCCCCCC
s panTro2.chr21 14109347 42 + 46489110 CCATGGATGCTGTGAACACGTGTCCGGGCTGGGAGGCCCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=30425.000000
s hg19.chr21    15387117 47 + 48129895 GCCCCCGCTGCCCACAGTGGCCAGGACAGAGGAGGCTGTCAGCAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=33426.000000
s hg19.chr21    15387164 60 + 48129895 GTGTGGGGCGTCGGGGGTAGGTGGGCAGGCCTGCCTGGGTGCAAAGGCTGCGGCTTCCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=21479.000000
s hg19.chr21    15387224 34 + 48129895 GCTCTGTCCCCAGCTCTTAGCTCCCTTGGGAGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=30970.000000
s hg19.chr21    15387258  99 + 48129895 GGCTGAGGCCAG---------------------------------------------------------------------GCCAGGGTTCTTCTCCACACTGCTTCCCCGATGGCCCCGTGACCCCTTACAGGCTGGCTCGGGGTGGTCATGCCCACGCATTTAAAT
s panTro2.chr21 14109530  99 + 46489110 GGCTGAGGCCGG---------------------------------------------------------------------GCCAGGGGTCTTCTCCACACTGCTTCCCCGATGGCCCCGTGACCCCTTACAGGCTGGCTCGGGGTGGTCATGCCCATGCATTTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13582051 168 + 48394510 GGCTGAGGCCAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCAGAGGTCTTCTCCACACTGCTTCCCCGATGGCCCTGTGACCCTTTAGAGGCTGGCTCAGGGTGGTCATGCCCACGCATTTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=7248.000000
s hg19.chr21    15387357 33 + 48129895 AGAGGCAGGATGGGAGGAGTGTGAGGGCTTCCT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14109629 33 + 46489110 AGAGGCGGGATGGGAGGAGTGTGGGGGCTTCCT
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a score=158313.000000
s hg19.chr21    15387390 290 + 48129895 TCTTGGACAGAACATCTGTGTTCTCTGTTGTGAGTGGTTAAGACAAGAAGACAGGGCCTGGATGTCCCAGACAGTCCCCCAGGGACTTGGTGGGGGCAGCCCCTACCCCAGACCCCAGTTAGAGAGAACAGCCCAGCTCTTGGGGCTCTGGGCCTGGCTGAGCCGCCTGGGATCTGGGTACCCTGGAGGTCGGGGAGGGGCACAGACTTTAAGTCCAGCAGGTAAGCAGGCATCTGTGGAGCTCATGCAGACCTCGCCTGCTGCTCCCCTTCCATGGGAGGCCTA-GATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 33386
s panTro2.chr21  14169919   279 +  46489110 ccattatctgcagataaccattcttctttggagc----gaca-ggctgtctcagctagcctctggcagttggtagaaaccaaacgcccaaccgtggggccacgaagttatcatgtgagctcagccactcgtcacacactcggcgtaagtgggtgtgcacagcagcactccagggtgacacggaagtgctgtggaccggattgggtccaaacagatcctgaagcgcaagtaagttccacgagaaagtggcccaaatgcccatggtacccagtcAAGAAATGAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=631905.000000
s hg19.chr21     15452732  2721 +  48129895  
s panTro2.chr21  14170198  2743 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=7641.000000
s hg19.chr21     15455453    82 +  48129895 CATCTGtttgtgatagggtctcactctgtctgtcgcccaggctggagtgcagtgacaccatcacggctcacggcagcctcaa
s panTro2.chr21  14172941    82 +  46489110 CGTCTGtttgtgacagggtctcactctgtctgtcgcccaggctggagtgcagtgacaccatcacggctcacggcagcctcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=154525.000000
s hg19.chr21     15455535   708 +  48129895  
s panTro2.chr21  14173023   667 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=62582.000000
s hg19.chr21     15456243   266 +  48129895 TGACCAGAGTTATCTGTTCTACTTTAGAAATCCCAAGTTGACCGTCAAGTCCAACGCTCGCTGCAGACATCTAGTGGACCCGGCGCTCGCGGACGGAAGCGGACAGACCTAGTTGGATCCTTATCCCACCAATCTGGCCCACCTTTGCTGCCATCTAACTCCGCTGACCGGCCCACCGTTCCTCCACTGTTCGCTGGTTGACCCGGGCAGCGGAGAGAGGAGGTAAGGCACAAGGGCAGTGACTGGCTCATGTCCCATTCCCGCGC
s panTro2.chr21  14173690   266 +  46489110 TGACCAGAGTTATCTGTTCTACTTTAGAAATCCCAAGTTGACGGTCAAGTCCAACGCTCGCCGCAGACATCTAGTGGACCCGGCGCTCACGGACGGAAGTGGACAGACCCAGCTGGATCTTTATCACACCAAGCTGGCCCACCTTTGCTGCCATCTAACTCCGCTGACCAGCCCACCGTTCCTCCACTGTCCGCTGGTTGACCCGGGCAGCGGAGAGAGGAGGTAAGGCACAAGGGCAGTGACTGGCTCATGTCCCATTCCCTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=48286.000000
s hg19.chr21     15456509   119 +  48129895 ACCTGGGGTGGGGAGAGGGGCCCAACGGCCACCACCGGGCATGCGTGAACACTACCGGGACAGGAACCGCAGGGGCACACCCTCCAACACCCAAGCGTCAGCCATTCTCAACAGGCTCC
s panTro2.chr21  14173956   119 +  46489110 GCCTGGGGTGGGGAGGGGGGCCCAACGGCCACCACCGGGCATGCGTGAACACTACTGGGACAGGAACCGCAGGGGCACACCCTCCAACACCCAAGCGTCAGCCATTCTCAACAGGCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=134366.000000
s hg19.chr21     15456628   542 +  48129895  
s panTro2.chr21  14174075   534 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=28495.000000
s hg19.chr21     15457170   128 +  48129895 cgccggttcccggtgcacagcgggacatgccccgcgcggggcggagtggcccgccagctgggaccgcagaggaccgcctttccgaggccaaaaaacgctccgcggcgctgccaaatcgttcctcctcg
s panTro2.chr21  14174609   128 +  46489110 cgccggttcccggtgcacagcgggacatgcccggcgcagggcggagtggcccgcccgccgggacagcagaggaccgcctttccgaggccaaaaaacgctccgcggcgctgccaaatcattcctccttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=51006.000000
s hg19.chr21     15457298   214 +  48129895 gcgggattctgacttagagtcgttcagtcataatcccacatatggtagctttaccccattggctcctcagccaaggacatacaccaaatgtctgaacctggggttcctctcctactgagcaggattaccatggcagcaacgcatgggcagcaacacatggggaacacacacagtaaaactaacacgtctcacatgagtctaaccataatgcttt
s panTro2.chr21  14174737   213 +  46489110 gcgggattctgacttagagtcgttcagtcataatcccacatatggtagctttaccccattggctcctcagccaaggacatacaccaaatgtctgaacctggggttcctctcctactgagcaggattaccatggcagcaacgcatgggcagcaacacatggggaacacacac-gtaaaactaacacgtctcacatgagtctaaCCATAATGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 I 205
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=26494.000000
s hg19.chr21     15457512   328 +  48129895 ccaaggcatgcacaccgctcgcgggtgaatccattccagtttgccttgccctttgcaaagaaaagagaactctccaggtgcggtggctggtgcctgtaatcccaacaatttgggaggctgaggagggcggatcacctgagatcaggagttcaagatcagcttggccaacatagtgaaaccctttctctacaaaaatacaaaaattagccgggcatgatggtgggtgcctgtaatcccagctacccaggttgctgaggtgggagaatcgcttgaacctgggaggcggaggttgcagtgggccgagatggcgccattgcactccagccta
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=7790.000000
s hg19.chr21     15457840    52 +  48129895 ggcaacaagagcgaaaatacgtctcaaaaaaataaataaaataaaaaaGATA
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=21399.000000
s hg19.chr21     15457892   275 +  48129895 CAAATAATTAGATGGgctctattgcccaggctggagtgcagtggcttgatttctgcgacaacctccacctcccgggttcaagtgattctcctgcctctgcctcccaagtagctgggactacaggcgtgcatgccaccacacccggctaatttttgtatttttagtagaaacggggtttcaccacgttgaccaggctggtcttgaactcctgacctcaagcaatctgcttgccttagcctcccaaagtgctgggattacaggagtgagccactgca
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=34703.000000
s hg19.chr21     15458167   122 +  48129895 cccggccTATGTGTTTGCTTTTTAAGTCTCTCTTTCTAGGGTCATGAGAATTCTTATTAATTTCACTTAGAGCTCCTTGAGAGAAAAGCCTCTATTATTGTCATTGTAACAGTAAAAAAAAA
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=-4843.000000
s hg19.chr21     15458289    15 +  48129895 GTAGAGCtttttttt
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=23271.000000
s hg19.chr21     15458304   282 +  48129895 ttttttcttttgggacagagtttcgctcttattgcccagactggagtgcaatggccggatctcagctcactgcaacctctgcctcccaggttcaagcgattctcctgcctcggcctcccaagtagctgggattacaggcatgtgccaccacgcgtggctaattttgtgtttttagtagagacaggatttcaccatgttggtcagtctgttctggaactcctgacctcaggtgatccacctgccttggcatcccaaagtgctgggatcatgggcgtgagccac
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=118210.000000
s hg19.chr21     15458586   417 +  48129895 cacacgtggcTCCCAAGAACTCTTCAAATGCACCTAGTGTCACAAGAACAGATAGTAAAACTGTATCTGAAAAAGTGGCTTATGCTGGGAAACTTTTGGTGGATTTGGGGAAACTTAGGGCAAATTTTAAACATGAGGACTTTTGTCAGATCACCTACATTCCTTGGATTCTATGTGGGTTTGTCGCAGATGCTTGATGTGACAAATTACACGGTTTCTATCACTTCATTTGATCAGCCTCCCATTGACTTTCAGCCAAGTCCTGCAGAATTGCTTCTCAGATTGTATCTTTCCTCAAGACAAAGATGTTTTTCATAGTGTTTCTCTAACTTCTCCCTTTTGTGGCTATTAATTTATACTTACATGTTTTTCAACTCCTTATTTTTGTTTTCTCTTTGTGAAAGCTTTTAACCTGTG
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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a score=15034.000000
s hg19.chr21     15459003    32 +  48129895 CTATTCTTGAGGGAAATACTGATGCATATCTA
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=138580.000000
s hg19.chr21     15459035   424 +  48129895 AACTTTAAGGGTGTTTTCCACCCTGGCTGCAGACACTTGGTGAGTAATTTTTCAGGTGATGGGAAAACCCATCATCATGAGAATGTAGCAAATTTCATTTTGCAGTAACTGTTAAAATTGTAGCCATGGTGCTCAGTAAAAGAGGACCTTCCCCCTGTAGGTGTTTGGGGAGGAGTGAAGTCCTGTCCTCCATTTTGTTAGTAACCTGCTTGTGGATGGGGTATTGTCACCCAGAAAGGAAAGAGATACGATGGTATGCAGTTACAGGGAGCCGGGGAAAGAGCAAGACAAAAAAATTCCCTCATGTCTTCAATGCAGAGCCGGCATTTAGACCTCTACTCCAGGCAGGGCCCACAAATCTCTGGCAGCCGTGAGCACCTGTTTTGCTTTTGCCTTCTTCCTGTTGGCAATTTTGGTTTTTGGG
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=1709.000000
s hg19.chr21     15459459    38 +  48129895 ttttttttttgttaagacagagtctcactccatcaccg
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=0.000000
s hg19.chr21     15459497   151 +  48129895 ggctggagtgcagtggtgcgatctcggctcactgcagcctctgcctcccaggttcaagtgatcctcttgtctcagcctcccaattagctgggactacaggtgcgcatcaccacggacagctaatttttgtatttttagtagagatggggtt
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=445.000000
s hg19.chr21     15459648    84 +  48129895 tcgctacactgcccaggctgatctcgactcctgatctcaagtgatctgcccacctcagcctttcaaagtgctgggattacaggt
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=0.000000
s hg19.chr21     15459732     8 +  48129895 gtgagtca
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=0.000000
s hg19.chr21     15459740    13 +  48129895 tcgtgccctgccT
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
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a score=0.000000
s hg19.chr21     15459753    14 +  48129895 GTTGACAATTTGAG
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
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a score=6377.000000
s hg19.chr21     15459767    40 +  48129895 GGGCATGTAAAATGTCTGCAGGCTTTTCAGCCAGAAAAAC
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14174950   205 +  46489110 I
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a score=21474.000000
s hg19.chr21     15459807    74 +  48129895 ACAGAAGACTGTGTTATGTGGCTTCTCCATTCTCCCTCTTTCTCTGCTCTCCTAAATATTAAAGGGTTCTCCTT
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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a score=28473.000000
s hg19.chr21     15459881   219 +  48129895 TTCCCAAGCCCAGTGGAAAAGCCTCAGGAAGCATGGCGGTATCAGAAACATCCAAAGGGATCCCATCAAGTAATTCCAAATCACTCTCATTCACCCCATTGGAAGTTTCTGCCATCCTGTCTGCCCTGGAGGCTTCCTAATGCAGGCAGATAATATCCTTGGTGTGCTATTAGGCTGGAAGACTCCCTCATCTTTGCTCTTCTGTTTGAGAAAAAAAAA
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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a score=0.000000
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e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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s hg19.chr21     15460790   304 +  48129895 ttttaATAAATGAATAGAATTCATCACCTAACTTCTAAAGCTACTTCTCCCGATGAAAGTCCGGGCACTTAGGAGTCAACAGTGGTGTATTGAGTGTATGACTCTTGCTCACAGGTGCTTCTCTTCTGTCCCACGGCAGGCGGCACCAACAGAAGGCTTCTGCAAAGCTGAGAGCTCCTTTTACCCATGGATCAGGAGCAGAGTTTGCAGCTACACTGTCAGGCTGTGTTTGGATGTTAGCAGTTAGTTTAGCTTTGCGTCTTCAGAGCAATTGTTCTTAGCTACTTaaaaaaagaaaagaaaa
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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a score=0.000000
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e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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a score=324052.000000
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e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 I 205 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162847328 33386 - 196418989 I
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s rheMac2.chr3  162880714    79 - 196418989 ccagacatggtggcttccccctgtcataccagctcctcaggagactaaggcacgaagatctcttgagaccagagagcta
i rheMac2.chr3  I 33386 C 0
s panTro2.chr21  14177401    79 +  46489110 ctggccatggtggcttgcacctatagtaccagctgctcaggaggctgaggcaggaggatctcttgagcccagagagtta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

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s hg19.chr21     15467332    96 +  48129895 ggggctacagtgagctatgatcacgccactgcactccagcctgggtgacagagcaagaccctgtctctaaaaaaata--aataaaaGTAAATAAAAAG
s panTro2.chr21  14177480    96 +  46489110 gaggctacagtgaactatgatcacgccactgcactccagcctgggtgacagagcaagaccctgtctctaaaaaaata--aataaaagtaaataaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14177576   186 +  46489110 GAACCCTGGGCTCCACATGAGAGATTCAAATTCATTTGCTTTAGCACAGGGTCATGGAATCTGTCCCAGCATCCTAAAAGCTGCCTCAGTGAGTTAACA-AAAGGACTGGTATTGAAAGAGCTGTCAACAAGCTGTGACAAAGAGAAGCCTCCTCTGTGAGGCAGGGAAGTGGGGCCAAATAACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162880891   187 - 196418989 gaaccctgggccccacctgagagattcaaattcgtttgctttagcacagggccatggaatctgtcccagcatcataaaagctacctcagtgaGTTAAGAGGAAGGATTGGCATTGAAAGAGCTGTCAACAAGCTGTGACAAAGAGAAAGCTCCTCTGTCAGGCAGGGAAGTGGAGTCAAATAACAGG
i rheMac2.chr3  C 0 I 79
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s panTro2.chr21  14177762    87 +  46489110 GGGGtttttgtttgtttttgcttttttttttttttttttttttGTGGAGGAGGAGAGGAGCTGATTTAGGACAGCTAAAATGGTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162881078    79 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162881078    79 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=97728.000000
s hg19.chr21     15467711   348 +  48129895 tctagggaagtttgagaccgtgaaactgtggcagcctcagcaggtgcttctgtgggctttctccagctctc--agcagggtggagtcaggagcagagaaggcagttggtgggatgacccgaagttggggtttcatcagagaggaggagcaggaggacagggtgtaaggcagatcaaggAGTGTTACTAAGGGGCTCAGGTCCTAGACAGTGGGCCTAGCAGGTAGGCAGTGAGGGTCGTGAAGGATGGGGTAGATGCATGACAAGAGGCCCTGAAAACCAGGGGAATTTGGCAACAACAGAGCCCTGGCAGTCCCAGGAGGGGAGCAGGTCTAACAGGAACACCCTTGCA
s panTro2.chr21  14177864   350 +  46489110 TCTAGGGAAGCTTGAGACCGTGAAACTGTGGCAGCCTCAGCAGGTGCTTCTGTGGGCTTTCTCCAGCTCTCTCAGCAGGGTGGAGTCAGGAGCAGAGAAGGCATTTGGTGGGATGACCCGAAGTTGGGGTTTCATCAGAGAGGAGGAGCAGGAGGACAGGGTGTAAGGCAGATCAAGGAGTGTTACTAAGGGGCTCAGGTCCTAGACAGTGGGCCTAGCAGGTAGGCAATGAGGGTCGTGAGGGATGGGGAAGATGCATGACAAGAGGCCCTGAAAACCAGGGGAATTTGGCAACACCAGAGCCCTGGCAGTCCCAGGAGGGGAGCAGGTCTAACAGGAACACCCTTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  162881078    79 - 196418989 I
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s hg19.chr21     15468059   853 +  48129895  
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a score=148246.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  162881980   166 - 196418989 GCAGCCCACTTGAACCTGGGTCTTCCTCAGATGATCTCCACATCAGtacttgtcagcattcatgtgcacagaaatcacctgtgcaacttttgaaaatgcagattcagacttagtggctagggtggagcctctcgatctatgtgtctaacaagcccc-cagtgacgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=31007.000000
s hg19.chr21     15469079    49 +  48129895 CGTGGTCATCAGATGGTCCTAGTTCCACACTCGGACGAGATATTTAGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14179234    49 +  46489110 cgtggtcatcagatggtcctagttccacacttggaCGAGATATTTAGAG
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a score=32885.000000
s hg19.chr21     15469128    44 +  48129895 CCTGTAAAATAGCTACTCCCCTATCCAGTGTTTGAGTCCCAGAC
s rheMac2.chr3  162882195    44 - 196418989 CCTATAAAATAGTTGCTCCCCTATCCAGTGTTTGACCCTCAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=164221.000000
s hg19.chr21     15469172   244 +  48129895 TTCTGGATTATGCTAGCACTCAGATGCTTCTGGGACAGGACGCTTCCTGttcatcttgggtcaacacgtcagagagaccttcctgtattgagctgagatctgcctacgtagggctcaccttcacctggcctacttctgggccttggattctacgtagcaggcttaaggccttagaaagtggctggcatgtcccccaggtattttcttcaggcaaaacctgccaggtcctctggctattattttt
s rheMac2.chr3  162882239   200 - 196418989 TTCTGGATTCTGccagcactcagatacttctgggacaggatgcttactgttcatcttgggtcaacatgtcagaaagaccttcctgtattgagctgagaactggctacctagtgcaagccttcacctcacctacttctgagccttggatccTATTTTTCGC-CTTAAGGCCTTAGAAAGTGGCTGGCATGTCCCCCAAGTAT-------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 N 0
s panTro2.chr21  14179327   244 +  46489110 TTCTGGATTCTGCCAGCACTCAGATGCTTCTGGGACAGGACGCTTCCTGttcatcttgggtcaacacgtcagagagaccttcctgtattgagctgagatctgcctacgtagggctcaccttcacctggcctacttctgggccttggattctacatagcacgcttaaggccttagaaagtggctggcatatcccccaggtattttcttcaggcaaaacctgccaggtcctctggctattattttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13601263 30000 +  48394510 M

a score=36673.000000
s hg19.chr21    15469416   130 + 48129895 taattttttttagagacagggtctcaccatgttgccatgctggtctcaaactcctgggcttaagtgatcctcctgcctcaggctcccaaaatactgaaattacaggcataagccaccATAACTGGTCTTG
s panTro2.chr21 14179571   130 + 46489110 taatgttttttagagacagggtctcaccatgttgccatgctggtctcaaactcctgggcttaagtgatcctcctgcctcaggctcccaaaatactgaaattacaggcataagccaccATAACTGGTCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21 13601263 30000 + 48394510 M

a score=18426.000000
s hg19.chr21    15469546    47 + 48129895 GCTATTCTTCTTATGCTATAGTTTGGTTATTCTGGTCATTTCCTTC-t
s panTro2.chr21 14179701    48 + 46489110 GCTATTCTTCTTATGCTATAGTTTGGTTATTCTGGTCATTTCCTTCtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=6712.000000
s hg19.chr21    15469593    31 + 48129895 tttttatttttatttttattttttttttaga
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a score=9160.000000
s hg19.chr21    15469624    37 + 48129895 tggagtctcactcttgtcacccaggctggagcgcaat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21 13634556 216 + 48394510 tgagaccagcctggccaaaatggtgaaacccggtctctactaaaaatacaatcagctgggtgtggtagctcatgcctgtaatcccagctactcagggggctgaggcaggagaatagctagaacccaggaggtggaggttgcagtgaacagagatcgtgccattgcactccagcttgggcgactgagcaagactccatctcaaaaaaagaaaaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  N 0 I 945

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s ponAbe2.chr21  13637828 102 +  48394510 TTTGTTATTTAATTACACCAGCCCTCATTCTGAAAAAAGACTAGATGCAGGGATTAATAGCTAGTGCTTTGATTTTACTTGTAAAATGTATTTTCTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163621184 945 - 196418989 I

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s hg19.chr21     15478234 336 +  48129895 tgagaggccaaggcagatggatcacaagatcatgagtttgagactagcctggccaacatagtgaaactccgtctccactaaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagccaggcatggtggtgggcgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaactgcttcaacctgggaggtggaggtagcagtgagctgagatcgtgccactgcactccagcctgggtgacagtgtgagactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
s ponAbe2.chr21  13638015 281 +  48394510 tgagaggccaaggcaggtggatcacaaggtcatgagttcgagactagcctggccaacatagtgaaactccatctccactaaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaaaaa-aagccaggcatggtggtgggtgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaattgcttcaatctgggaggtggaggtagcagtgagctgagatcgtgccactgcactccag-ctgggcgacagtgtgagactccatctcaaaaaaaTta-----------------------------------------------------tatatatatatatatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163621184 945 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13639144 23 +  48394510 TGTTAtaaattgtgtccccacaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14189303 23 +  46489110 TGTTAtaaattgtgtccccacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15479452 115 +  48129895 aaattcatattttaaaactctaacccctagttcctcagaatgtgactatacttggagatagggcccttcagtgggtaatgaagtcaaaatgagactgctagagtgggccctaatc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15479800 91 +  48129895 ggaaacttagaatcatggcagaaggggaagcaggcacctttttcacaagtggcaggagacagaagtgtgaagtgtgagcacaggaaaactg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15479891 101 +  48129895 tcacttttaaaaccatcagattgtatgagactcactcactatcacaagaacagtatgggagaaacagcccccataatgcaatcacctctcaccaggttcct
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14190151 75 +  46489110 TGAGAGAGAGCTCAACACTAGAAATTACTGGACTGAACAGGGGAATTAGAGAATGCTAAGAACATTTAGATTATG
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s ponAbe2.chr21  13640068 59 +  48394510 ATTTTGAATGTGATCATTTGTAAATCAAGTAAAC----AACACATACTGAACTTAGGGGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14190370 125 +  46489110 ttggcctctatctcttggcttcttcatctgcagagataatatggctagctgcatatggtttccataaggattaaataaattaatatgtataaagcatttaaactgttccaggaacacagtgatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=211231.000000
s hg19.chr21     15480621 87 +  48129895 acataagagttagctatCTTCTTATTATTGTCATTATGAACAAACACTGCTCAAAATACTTTATTAAAAGCAATTTTCACAAAAATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14190495 87 +  46489110 acataagagttagctatCTTCTTATTATTGTCATTATGAACAGACACTGCTCAGAATACTTTATTAAAAGCAATTTTCACAAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=528641.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163624355 120 - 196418989 CAAAGCCATTATTTACAAATGACT-AAAAATGATGCCAAGTAGATGATTATATAAGTGTATATGTTTACTAGGTTCACATTAATGCAAGTGATTTTTCCAAATGAAAATTTACAAATAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-218763.000000
s hg19.chr21     15480937 37 +  48129895 TAGTGTGTTCATTTATTTTACTACTGAGGTAGAATGG
s panTro2.chr21  14190814 37 +  46489110 TAGTGTGCTCATTTATTTTACTACTGAGGTAGAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13640652 37 +  48394510 TAGTGTGTTCATTTATTTTACTACTGAGGTAGAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163624475 13 - 196418989 TAATGTGTTCATT------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 25

a score=-9539.000000
s hg19.chr21     15480974 29 +  48129895 TTCTGTTGAAAACAGTGAATTGAAGTATT
s panTro2.chr21  14190851 29 +  46489110 TTCTGTTGAAAACAGTGAATTGAAGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13640689 29 +  48394510 TTCTGTTGAAAACAGTGAATTGAAGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 25 C 0

a score=25543.000000
s hg19.chr21     15481003 26 +  48129895 CACTAAACTTGCCTATTTTTCAAAAG
s panTro2.chr21  14190880 26 +  46489110 CACTAAACTTGCCCATTTTTCAAAAG
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s ponAbe2.chr21  13640718 26 +  48394510 CACTAAACTTGCCTATTTTTCAAAAG
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s rheMac2.chr3  163624537 26 - 196418989 CACTAAACTTGCCTATTTTTCAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-125484.000000
s hg19.chr21     15481029 20 +  48129895 GCATTTATTCATTATTAATA
s panTro2.chr21  14190906 20 +  46489110 GCatttattcattattaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13640744 20 +  48394510 GCATTTATTCATTATTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163624563 17 - 196418989 ACATTTATTCATTATTA---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=271525.000000
s hg19.chr21     15481049 43 +  48129895 AATAATTAAGGTAAACAGTCAATGATAAGTATTAAATTGAGGA
s rheMac2.chr3  163624580 32 - 196418989 ----------GTAAATAGTCAATGATAAGTATTAAA-TGAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13640764 42 +  48394510 AATAATTAAGGTAAACAGTCAATGATAAGTA-TAAATTGAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14190926 43 +  46489110 aataattaaaGTAAACAGTCAATGATAAGTATTAAATTGAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=142281.000000
s hg19.chr21     15481092 22 +  48129895 AGCAGAAAAAGTAAACAGAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=340667.000000
s hg19.chr21     15481114 29 +  48129895 AAACAACTTTCAGAATATATTTGGAATGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163644177 115 - 196418989 GCCTATGTATCAACTCTGGATTTCTATTTCTTAAAC----TAATAGAGAGGATAGCTCATAGATTTGTTGCAAGGACTGAAAAAAATAGCATTTGTAATGTAGTATACACTAATTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13659944 114 +  48394510 gcctatgtatcaactctggatttctatttcttaaac----taatagagaggatacctcatagatttgttgcaaggactg-aaAAAATAGCATTTGTAATGTAGTAGACACTAATTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14210642 118 +  46489110 gcctgtgtatcaactctggatttctatttcttaaactaattaatagagaggatacctcatagatttgttgcaaggactg-aaAAAATAGCATTTGTAATGTAGTAGACACCAATGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13660058 69 +  48394510 GTTTCCACTGTTACTCATCTAGAAAGCAGTTCATTAATATAAAATAATCATCAAGGATATATCCTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=43681.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15501003 38 +  48129895 TCATCCAAAGCATGCATGTTGGAGAAAACTGAAAATTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14210930 113 +  46489110 CTTGCTTACATATTAGTTCTCTATAGGAAATAATTAAATTCACTTTGGGGCAGATAACTCTAAAGATAAATTCTACTTTCAGAGATAAAATTGCAATCAATGCCGATTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13660393 146 +  48394510 TCTCCTGGGTGAGAGTATTGATCATTGTAGTTCTCAGAGTGAGAAGGGTAGCAGAAGTGAATAAAGAGTTTCAACAAGAAGTTTAGAAAGTAGTCATAGTACAAATTTTCCAAGAATCTGGGAGTATTTATATAGTTAGAGAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163644627 145 - 196418989 TCTCCTGGGTGAGAGTATTGATCATTGTAGTTCTCAGACTGAGAAGGGTAGAAGAAGTGAATAAAGAGTTTGAACAAGATGTTTAGAAAGTAGTAATAATAT-ATTTTTTCAAGAATCTAGGAGTATTTATATAGTTAGAAAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15501741 18 +  48129895 AACTATAATTGTGTCCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13660948 132 +  48394510 CAAGAGTTAG--------TGAAAATATATGTGTTGTAATTTTCAGGATTTCAAACTAAAAAATGTTTAATTAAGATGTGTACCCAATTATACAATTACCATCTAGAATTATGTCATAACAACTTTTAGGCAAACTAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14211648 134 +  46489110 CAACAGTTAGTGAAAATATGAAA--ATATGTGTTGTAATTTTCAGGATTTCAAACTAAAAAATTC----TTAAGATGTGTACCCAATTATACAATTACCACCTAGAATTATGTCATAACAACTTCTAGGCAAACTAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15501885 25 +  48129895 GAGAATCatttattttaattatttg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13661080 25 +  48394510 GAGAATCatttattttaattatttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14211782 25 +  46489110 GAGAATCatttattttaattatttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15501910 81 +  48129895 tattttaaaattCTTATGTAATATAACTGCAGAAAAAA--ATTAATAAAAACAGTTTGATGTCATGGAAGAATGAAGTCAGAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13661105 81 +  48394510 tattttaaaattCTTAGGTAATATAACTGCAGAAAAAA--AATTAATAAAACAGTTTGATGTCATGGAAGAATGAAGTCAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14211807 81 +  46489110 tattttaaaattCTTATGTAATATAACTGCAGAAAAAA--ATTAATAAAAACAGTTTGATGTCATGGAAGAATGAAGTCAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=327907.000000
s hg19.chr21     15501991 140 +  48129895 AAAAGAAAAAAATAACAATTTTAAAAGTCGATTGTGAATTAAAATATTCCTTAATATGATAGGTAAAATGCTGATTTTTAAAAAA-ACCTAAGTATAATAATCTATTTGTTCAATAATGACTCTAATTGttttttttttta
s rheMac2.chr3  163645421 136 - 196418989 AAAAG-AAAAAATCATAATTTTAAAAGTTGATTGTGAATTAAAATATCCCTTAAT---ATAAGTAAAATGTTGATTTTTTAAAAATACCTAAGTATAATAATCTTTATTTTCAATAATGACTCTAATTGTATTTTTTTTT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13661186 140 +  48394510 AAAAGAAAAAAATAACAATTTTAAAAGTTGATTGTGAATTAAAATATCCCTTAATATGATAGGTAAAATGCTGACTTTCAAAAAATACCTAAGTATAATAATCTTTTTGTTCAATAATGACTCTAATTGTATTTTTTTTA-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15502131 78 +  48129895 aaaaaaaaaaaaGCTTATTTCTCACCTTCCTTAAACAATTTGATTCTTCTCAAGTGAGGCACAACTCACACAACATAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13661326 72 +  48394510 ------AAAAAAGCTTATTTCTCACCTGCCTTAAACAACTTGATTCTTCTCAAGTGAGGCACAACTCACACAACGTAG
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s hg19.chr21     15502209 65 +  48129895 AAAAACATACATATGGTACTCTCACTGTTGATTTTGTTTGAAGTTCCTGTTCCTTATTTGTATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=439604.000000
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s rheMac2.chr3  163645953 144 - 196418989 cctgtaaccccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgtgtgaacccgggatgcagaggttgcagtgagccgaggttgtgctattgtactccagcctgggcaacagtgcaagactctgtctaagaaaaagagagagaggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14212427 140 +  46489110 cctgtaaccccagctgtttgggaggctgaggcaggagaatcgtgtgaacccgggatgcggaagttgcagtgagccgagattgtgctattgcactccagcccaggcaacagtgcaagactctgtcta----agagagagagagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13661868 33 +  48394510 agag-----aCAAAAGTGAAATATGAAAGATTTTAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14212600 313 +  46489110 Tctgtgccctgcccttggaccaagttcaagttgaca-tgct---atcaccaccacctcgccaaggaaggatgaggaaaccaggctctctctgctctgtatatctaggataatacccactaccatgctatgggctgctgaaagaccaagacttgaacagactgcactgcccacagtttcttgctcattcagca-----------cacctgagtagagcaccgccctctctggtcacaagcccacacctagcatcattttgagagtttagtgatatgctgtgcctgacccttgggacaagtttgaggagatgcagctgcagctgccaacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 201

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163646684 201 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163646684 201 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 201 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14220726 35 +  46489110 ATTTTGGTATCCatataaattttattaattttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163653833 129 - 196418989 ATCAAGATATTTTTATAAGAAAAAGTCACTTAATTTTCTCCATTTATGGaatatttatatatttattatatatttGGAAAATATTGTCCTTAGCCATTATTATGTTGTGATAATTCTGCAATTTTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13672980 106 +  48394510 TTTAACTCAGCCATCTTTCTTTTAACTGCAATCAGTTGTCCCATCATCTCACTCTTCACCCATTCTTACATGGATTTTtgttttcttaaataccattgagaacact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163667428 106 - 196418989 ttaaactcagtcaaccttcttttaacggcaatcagttgtctcatcatctcactcttcatcagttcttatatggatttttgttttgttaaataccattgagaacact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=339150.000000
s hg19.chr21     15513823 92 +  48129895 gagcaatgctttatggaactttcttctgtttcctgttataaatcttttaaaaagtcaaccttatttctaaatcttgattgttataccttttc
s panTro2.chr21  14223694 92 +  46489110 GAGCAATGCTTTATGGAACTTTCTCCTGTTTCCTGTTATAAATCTTTTAAAAAGTCAACCTTATTTCTAAATCTTGATTGTTATACCTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13673086 91 +  48394510 gagcaatgctttatggaactttcttctgtttcctgttacacatcttttaaaaagtcaa-cttatttgtaaatcttgattgttataccttttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163667534 92 - 196418989 gagcaatgctttatggaactttcttctgtttcctgttataaatcttttaaaaagtcaaccatatttctaaatcttgattgttatgctttttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163667626 36 - 196418989 ttcttgcattgctatgctgcattaggcctcattttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=121778.000000
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s rheMac2.chr3  163667662 54 - 196418989 ttgttgttttgttgtgtttttcctgttcacttctgcttaaatgatgaaagtggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13673213 54 +  48394510 ttgttgttttgttgtgtttttcctgtccacttctgcttaaatgatgaaagtggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=557287.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=374338.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=197338.000000
s hg19.chr21     15514220 41 +  48129895 CAGGGAGAAAACTTCATCCCTGGATAATATAAATTCTTTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=317200.000000
s hg19.chr21     15514261 77 +  48129895 ATTTAAATCCCAGGAAGAAAGCATGCACTACAACTTCTAGACATCTCTAATTATACTCCAACTTTACATTTAGAAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13673523 77 +  48394510 ATTTAAATCCCAGGAAGAAAGCATGCACTACAACTTCTAGACATCTCTATTTATACTCCAACTTTACATTTAGAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163667972 77 - 196418989 ATTTAAATCCCAGGAAGAAAGCATGCACTATAACTTCTAGACATCTCTATTTATACTCCAACTTTACATTTAGAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15514338 43 +  48129895 TATTAATAAGGCAACAAGGGGACAACAACCCCTGTTACAATGA
s panTro2.chr21  14224209 43 +  46489110 TATTAATAAGGCAACAAGGGGACAACAACCCCTATTACAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13673600 43 +  48394510 TATTAATAAGGCAACTAGGGGACAACAACCCCTGTTACAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163668049 43 - 196418989 TTTTAATAAGGCAACTAGGGAACAACAACCCCTGTTACAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405846.000000
s hg19.chr21     15514381 94 +  48129895 TGC-AAAACTCCTGGCCCCTTTACAGCCTAGCCTTAGTGGACTACAAATATAATTTCTATTCTTATGTTTAGTGGAGGCTTTGCATCTTCAAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163668092 94 - 196418989 TGC-AAAACTCCTGGCCCCTTTACAGCCTAGCCTTAGTAGACTACAAATATAATTTCCATTCTTATGTGTAGTGGAGGCTTTGTATCTTCAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=144667.000000
s hg19.chr21     15514475 128 +  48129895 AACAgtcgggggttgggggactaggggagggatagcattaggagaaatacctaatgtagatgacaggttgatgggtgcagcaaaccaccatcgtacatgtatacctatgtaacaaacctgcacattct
s panTro2.chr21  14224346 120 +  46489110 AACAgtcgggggttgggggactaggggagggatagcattaggagaaatacctaatgtagatgacaggttgatgggtgcagcaaaccaccatcg--------tacctatgtaacaaacctgcacattct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13673738 128 +  48394510 AATAgtcgggggttgggggactaggggagggatagcattaggagaaatacataatgtagatgacaggttgatgggtgcagaaaaccaccatcgtacatgtatacctatgtaacaaacctgcacattct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163668186 128 - 196418989 AATAgtcagggcttggggggctagggaagggatagcattaggagaaatacctaatgtagatgacaggttgatgggtgcagcaaaccaccatcgtatgtgcatacctatgtaacaaacctgcacgttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=35448.000000
s hg19.chr21     15514603 40 +  48129895 gcacatgtatcccaaaacttaaagtataattaaaaaaTAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14224466 40 +  46489110 gcacatgtatcccaaaacttaaagtataattaaaaaaTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=38031.000000
s hg19.chr21     15514643 22 +  48129895 AATAAATTGAAATAACATTGAA
s panTro2.chr21  14224506 22 +  46489110 AATAAATTGAAATAACATTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13673906 22 +  48394510 AATAAATTGAAATAACATTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163668354 22 - 196418989 AACAAATTGAAACAACATTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165954.000000
s hg19.chr21     15514665 127 +  48129895 TAAATAAATGAATACATAAACTAACCTAAAGGAAATAAACAAAAATGTCAGCATATTAGGTCAATGGCTTAATTATAGATTATAATAATtatgtattatataagtatatttatagattatagataat
s panTro2.chr21  14224528 127 +  46489110 TAAATAAATGAATACATAAACTAACCTAAAGGAAATAAACAAAAATGTCAGCATATTAGGTCAATGGCTTAATTATAGATTATAATAATtatgtattatataagtatatttatagattatagataat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13673928 127 +  48394510 TAAATAAATGAATACATAAACTAACCTAAAGGAAATAAACAAAAATGTCAGCATATTAGGTCAATGGCTTAATTATAGATTATAATAATtatgtattatataagtatagttatagattatagataat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163668376 127 - 196418989 TAAATAAATGAATACATAAACTAACCTAAAGGAAATAAGCAAAAATATCAGCATATTAGGTCAATGGTTTAATTATAGATTATAATAATTGTGTATTATATAAGTATAGTTATAGATTATAGATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 13

a score=68094.000000
s hg19.chr21     15514792 108 +  48129895 atattatatatatattttgttgttgttgttgagacagtgtcctgctctgttgctcaggctggagtgcagtggcacaattatggctcactgcagccttgacctccaggc
s panTro2.chr21  14224655 105 +  46489110 agattatatatata---tatttttgttgttgagacagtgtcctgctctgttgctcaggctggagtgcagtggcacaattatggctcactgcagccttgacctccaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13674055 100 +  48394510 agattttatatata---tatatt-----ttgagacagtgtcctgctctgttgctcaggctggagtgcaatggcacaattatggctcactgcagccttgacctccaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163668503  13 - 196418989 I

a score=250922.000000
s hg19.chr21     15514900 222 +  48129895 tcaagtgattttcccacctcagcctccttagcagctgggactacaggcacgcaccatcatgcatggctaattttttaaattttttgtagagataggattttgccttgttgcccacgctggtctcaaactcttggcctctagtgatcctcccgacttggcctctgaaaatgctgggattacaggcgtgagccaccactcttggccaatttgtatacttataat
s panTro2.chr21  14224760 222 +  46489110 tcaagtgattttcccacctcagcctccttagcacctgggactacaggcacacaccatcgtgcatggctaattttttaaattttttgtagagataggattttgccttgttgcccaggctggtctcaaactcttggcctcaagtgatcctcccgacttggcctctgaaaatgctgggattacaggcgtgagccaccactcttggccaatttgtatacttataat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13674155 222 +  48394510 tcaagtgattttcccacctcagcctccttagcagctgggactacaggcacacaccaccgcgcaaggctaattttttaaattttttgtagagataggattttgccttgttgcccaggctggtctcaaactcttggcttcaagtgatcctcccgacttggcctccgaaaatgctgggattacaagcgtaagccaccactcttggccaatttatatacttataat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163668503  13 - 196418989 I

a score=352254.000000
s hg19.chr21     15515122 282 +  48129895 ttagattttatatttatactataattagtatattaacttacacttatatttgataaatattttaatatctatCAACTCAATTATTTGCATTATCTGTCCTAGGAAGTACTTTCCTGACATCAAGTTCCCTAAGATGTGAACTTTAATCAGCATGCTACTTGAATTTTAATCAGAATCATAGAGTAAAAATTGCCCTGGAAGAGTGTTTTATAGAAACTCTAGAAAAACCCAGCGAAATATGCCTACTCCACAATTGTATTTGCTGTTCTAATGACCAGATAA
s ponAbe2.chr21  13674377 282 +  48394510 ttagattttatatttatactataattagtatattaacttacacttatatttgatatatattttaatatctatCAACTCAATTATTTGCATTATCTGTCCTAGGAAGTACTTTCCTGACGTCAAGTTCCCTAAGATGTGAACTTCAATCAGCATGCTACTTGAATTTTAATCAGAATCATAGAGTAAAAATTGCTCTGGAAGAGTGTTTTATAGAAACTCTAGAAAAACCCAGTGAAATATGCCTACTCCACAACTGTATATGCTGTTCTAATGACCAGATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14224982 282 +  46489110 ttagattttatatttatactataATTAGTATATTAACTTACACTTATATTCGATAAATATTTTAATATCTATCAACTCAATTATTTGCATTATCTGTCCTAGGAAGTACTTTCCTGACATCAAGTTCCCTAAGATGTGAACTTTAATCAGCATGCTACTTGAATTTTAATCAGAATCATAGAGTAAAAATTGCCCTGGAAGAGTGTTTTATAGAAACTCTAGAAAAACCCAGCGAAATATGCCTACTCCATAATTGTATTTGCTGTTCTAATGACCAGATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163668503  13 - 196418989 I

a score=102106.000000
s hg19.chr21     15515404 86 +  48129895 TGGAATCCCCAAATACAGTAGCCCTTTACCATTAAAAGTATTAGATGTTTTGGAAAAGAGAGAGTGATGAGAAGCAAAAATAACAA
s ponAbe2.chr21  13674659 86 +  48394510 TGGAATCCCCAAATACAGTAGCCCTTTACCATTAAAAGTATTAGATGTTTTGGAAAAGAGAGAGTGATAAGAAGCAAAAATAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14225264 86 +  46489110 TGGAATCCCCAAATACAGTAGCCCTTTACCATTAAAAGTATTAGATGTTTTGGAAAAGAGAGAGTGATGAGAAGCAAAAATAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163668503 13 - 196418989 I

a score=247829.000000
s hg19.chr21     15515490 37 +  48129895 TAATAATAACAGATACAGAGATTAGTTGAAGATTGAA
s ponAbe2.chr21  13674745 37 +  48394510 TAATAATAATAGATACAGAGATTAGCTGAAGATTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14225350 37 +  46489110 TAATAATAACAGATACAGAGATTAGTTGAAGATTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163668503 13 - 196418989 I

a score=-55393.000000
s hg19.chr21     15515527 57 +  48129895 AATCTTACAGCTCTAGTCCTTCAAGGCATGATCCCTCCCCACTATATACTTTCATAG
s panTro2.chr21  14225387 57 +  46489110 AATCTTACAGCTCTAGTCCTTCAAGGCATGATCCCTCCCCACTATATACTTTCATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13674782 57 +  48394510 AATCTTACAGGTCTAGTCCTTTAAGGCATGATCTCTCCCCACTATATACTTTCATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163668503 13 - 196418989 I

a score=109234.000000
s hg19.chr21     15515584 24 +  48129895 GGAATGATATTGCTAATGTTCCTG
s panTro2.chr21  14225444 24 +  46489110 GGAATGATATTGCTAATGTTCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13674839 24 +  48394510 GGAATGATGTTGCTAATGTTCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163668503 13 - 196418989 I

a score=141155.000000
s hg19.chr21     15515608 28 +  48129895 CCGAAAATGTTCAGATATTTTGGCATTT
s panTro2.chr21  14225468 28 +  46489110 CCGAAAATGTTCAGATATTTTGGCGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13674863 28 +  48394510 CCAAAAATGTTCAGATATTTTGGTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163668503 13 - 196418989 I

a score=224045.000000
s hg19.chr21     15515636 45 +  48129895 TCAAAGGCAAGGAACAATACAATTACTCCTAGATTTTTGCCATTA
s panTro2.chr21  14225496 45 +  46489110 TCAAAGGCAAGGAACAATACAATTACTCCTAGATTTTTGCCATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13674891 45 +  48394510 TCAAAGGCAAGGAACGATACAATTACTCTTAGATTTTTGCCATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163668516 45 - 196418989 TCAAAGGCATGGAACAATACAATTACTCCTAGATTTTTGCCATTT
i rheMac2.chr3  I 13 C 0

a score=461794.000000
s hg19.chr21     15515681 59 +  48129895 TAGCAACATCTGATTTATTGACTTTTCAGTAACTAAATAATATCACACCAAAAGTTATA
s rheMac2.chr3  163668561 59 - 196418989 TAGTGACATCTGATTTACTGACTTTTCAGTAACTAAATAGTATCACAACAAAAGTTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13674936 59 +  48394510 TAGCGACATCTGATTTACTGACTTTTCAGTAACTTAATAATCTCACACCAAAAGTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14225541 59 +  46489110 TAGCGACATCTGATTTATTGACTTTTCAGTAACTAAATAATATCACACCAAAAGTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-70126.000000
s hg19.chr21     15515740 19 +  48129895 AAATGACTTCCCAACTCTC
s rheMac2.chr3  163668620 19 - 196418989 AAATGACTTCCCAACTCTC
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a score=436793.000000
s hg19.chr21     15515759 41 +  48129895 TTCTGTTGATATAGACCCCACCTAAATGtatattattatca
s rheMac2.chr3  163668639 41 - 196418989 TTCTATTGATACAGGCCTCATCTAAATGtatattattatca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=534241.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13675158 67 +  48394510 GAGAAATAAAGAGGAAGCACCACAGTCAACTAAAAAAGAGAGATTCCCAGCAATCTACACACCCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163668783 67 - 196418989 GAGAAATAAAGAGGAAGCACCACAGTCAACTAAAAAAAAGAGATTCCCAACAATCTACACACCCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=434243.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14225830 91 +  46489110 TTTATAGGCTCTCAGCTGATGCTTAGTGTTTGGACAACTCATACATGCAGATTGACAGATGACCAACTTATAAAAGAGATTTTTAATAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14225921 33 +  46489110 CTTAATGATTTCACAGGGTGTTGTCAATGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=244912.000000
s hg19.chr21     15516094 43 +  48129895 TATGGATTCTTCTACAGCAAACATGTACATCTATATCATGTGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=268704.000000
s hg19.chr21     15516137 45 +  48129895 AACAAGGATAGTGGGAAAACCTCTGATTGTGAGGACGTAGAACTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163669017 41 - 196418989 AACAAGGATAGTGGGAAAACCTC----TGTGAGGATGTAGAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15516182 71 +  48129895 AGAAGAGCATATGAAATGTCATAAGAAAAACACTTCTGGAGCATGTCGTCTTCAAGAAAATGGTGCCCAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13675437 71 +  48394510 AGAAGAGCATATTAAACGTGATTAAAAAAACACTTCTGGAGCATGTTGTCTTCAAGAAAGTGGTGCCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14226042 71 +  46489110 AGAAGAGCATATGAAATGTCATAAGAAAAACACTTCTGGAGCATGTCGTCTTGAAGAAAATGGTATCCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=273648.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15516342 61 +  48129895 AAGTGTCAGCTTCTCCTCACACCTTTATAGTAGACATCTGAGAACCTCACTCCTGTCAGCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13675597 61 +  48394510 AAGTGTCAGCTTCTCCTCCTGCCTTTATAGTAGACATCTGAGAACCTAACCCCTGTCAGTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=150043.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13675936 21 +  48394510 TTACTT-T-----ATCTTTATTGTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=297814.000000
s hg19.chr21     15516707 48 +  48129895 TGTGAAATGATTGTGTGTATTTTTTCTTTGATTAGACAATGAGATTCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13675957 48 +  48394510 TATGAAATGATTGTGTGTGTTTTTTCTTTGATTAGACAATGAGATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-228848.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=437113.000000
s hg19.chr21     15516785 97 +  48129895 TTTATACCTTTTTGAGATTCTAATATTTATGTAAAATATAGTCTGAAATACACAATAAACAGATATTTGAATACATGAATTTTTAAACCATTACTTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=178781.000000
s hg19.chr21     15516882 28 +  48129895 AGAAACCAATATTTTCAAGTTTAAAAGA
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a score=291416.000000
s hg19.chr21     15516910 29 +  48129895 TAACATGTTGAAATCAAAATTTAATTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=831200.000000
s hg19.chr21     15517091 58 +  48129895 CTTGAAGTTTATAAAATGGTTTGTTCTTTCTAGAGAGAAAATTTGATACACGCAGCAT
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a score=179010.000000
s hg19.chr21     15517149 51 +  48129895 ATTAATAATTTGAAACATAACTCAATTCTAAAATCAATATAATCCTAATAA
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a score=54178.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=156568.000000
s hg19.chr21     15523669 46 +  48129895 TATGTACTC-AGGTCCAAGGTCCATCGCACATTAATTTAGTTAATTA
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a score=375325.000000
s hg19.chr21     15523715 63 +  48129895 GTTAATTTATGTACTGTAACTACCTATACTGTGACAGCAGTAAATGTTGGAAATACCAACCAT
s panTro2.chr21  14233595 63 +  46489110 GTTAATTTATGTACTGTAACTACCTATACTGTGACAGCAGTAAATGTTGGAAATACCAACCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13682959 63 +  48394510 GTTAATTCATGTACTGTAACTACCTATACTGTGACAGCAGTAAATGTTGGAAATACCAACCGT
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a score=311640.000000
s hg19.chr21     15523778 55 +  48129895 GCTTCCTGAAACCCTAATGTGTTCAATAACCAGTCAAAACTTAAGCCAAATTGCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13683022 55 +  48394510 GCTTCCTGAAACCCTAATGTGTTCAATAACCAGTCAAAACTTAAGCCAAATTGCT
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a score=48124.000000
s hg19.chr21     15523833 40 +  48129895 CTGTCTATCCACAACAAAATACACTTTTATATTTCTTTTA
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s ponAbe2.chr21  13683077 39 +  48394510 CTGTCTATCCACAACAAAATACACTTTTATATTT-TTTTA
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s rheMac2.chr3  163676723 37 - 196418989 ---TCTATCCACAACAAAATACACTTTGATATTTCTTTTA
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a score=746223.000000
s hg19.chr21     15523873 96 +  48129895 ATCACTAGATATGGTGTCTGTGAGCCTTTTGAAAATCGTTTCATCATTTAATGGCTAGTTAGAAGTCTAGCACAGCAGGTTGGAAACCACAACTAT
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a score=290695.000000
s hg19.chr21     15523969 50 +  48129895 ATGGTAGTGTGCCCGTTTATATCATTCTTTTATTTAAG-AAAAAAATAATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14234751 85 +  46489110 ACTTACTCATAAAGCCTTGGCTCTTCAATCATTCCAAGCTGATTTAATAATTTAAATGAAAACGAGCCATCCATCATAGTTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15525187 35 +  48129895 TTGTCAATTTTTGACTACTCTTAAACATGAGAGAT
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a score=537697.000000
s hg19.chr21     15525222 80 +  48129895 GAAAAAGCCTGCCAGCCAGTAATGGGTATGGTGAAGTATTGAACAAATAGATCCTAAATACTGGCTTGTCTGAAAAACAA
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a score=173826.000000
s hg19.chr21     15525302 37 +  48129895 AAACTTTTCAGAAATTAGGCCAATTAAGCAACTTTTA
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a score=-7151.000000
s hg19.chr21     15525339 6 +  48129895 CTTTTC
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a score=305002.000000
s hg19.chr21     15525345 28 +  48129895 AATAGCAGATCTAAGGTGAATATGGTAA
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a score=1027301.000000
s hg19.chr21     15525373 86 +  48129895 GATTTCTTAATTATCTGATTAATAGTACCAGCTATTGCTTGCCAAACGTAAGTCCTAATTTCACTGGCTGTTCCAGAATGACTGTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678317 86 - 196418989 GATTTCTTAATTATCTGATTAATAGTACCAGCTATTGCTTGCCAAACGTAATTCCTAATTTCACTGGCTGTTCAAGAATGACTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-142757.000000
s hg19.chr21     15525459  6 +  48129895 AA-----TATA
s panTro2.chr21  14235322  6 +  46489110 AA-----TATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684698  5 +  48394510 AA------ATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678403 11 - 196418989 AAATATATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=287174.000000
s hg19.chr21     15525465 29 +  48129895 TATATAAGGTAAGGTCATAGCAGTTCTTA
s panTro2.chr21  14235328 29 +  46489110 TATATAAGGTAAGGTCATAGCAGTTCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684703 29 +  48394510 TATATAAGGTAAGTTCATAGCAGTTCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678414 29 - 196418989 TATATAAGGTAAGTTCATAGCAGTTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401990.000000
s hg19.chr21     15525494 64 +  48129895 TTCAAATTGCCTTTACTAAACTTTGGTAGAGTATATCTTGCACAGGAAAGGATGCTGAACTCAC
s panTro2.chr21  14235357 64 +  46489110 TTCAAATTGCCTTTACTAAACTTTGGTAGAGTATATCTTGCACAGGAAAGGATGCTGAACTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684732 64 +  48394510 TTCAAATTGCCTTTACTAAACTTTGGTAGAGTATATCTTTCACAGGCAAGGATGCTGAACTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678443 64 - 196418989 TTCAAATTGCCTTTACTAAACTTTGGTATAGTATGTCTTTCACAGGCAAGGATGCTGAACTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=56451.000000
s hg19.chr21     15525558 71 +  48129895 TTCTATATATTGCCAGGCCTGTACAGGAAATTTTGACTACAGGAGTTATCCCAAGTTTTGTGCACCCCCCT
s panTro2.chr21  14235421 71 +  46489110 TTCTACATATTGCCAGGCCTGTACAGGAAATTTTGACTACAGGAGTTATCCCAAGTTTTGTGCACCCCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684796 71 +  48394510 TTCTATATATTGCCAGGCCTGTACAGGAAATTTGGACTATAGGAGTTATCCCAAGTTTGGTGCACCCCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678507 71 - 196418989 TTCTATATGTTGCCAGGCCTGTACAGGAAATTTTGACTATGGGAGTTATCCCAAGTTTGGTGCACCCACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-69831.000000
s hg19.chr21     15525629 21 +  48129895 TCTAGAACAGAACGGATTTAT
s panTro2.chr21  14235492 21 +  46489110 TCTAGAACAGAACGGATTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684867 21 +  48394510 TCTAGAACAGAACGGATTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678578 21 - 196418989 CCTAGAACACAATGGATTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-70219.000000
s hg19.chr21     15525650 15 +  48129895 AATTGGATTTTCCCC
s panTro2.chr21  14235513 15 +  46489110 AATTGGATTTTCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684888 15 +  48394510 AATTGGATTTTCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678599 15 - 196418989 AATTGGATTTTCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248664.000000
s hg19.chr21     15525665 39 +  48129895 ATTTCTGACACAAGAGGTATAAGGAAACACTTCTCACTT
s panTro2.chr21  14235528 39 +  46489110 ATTTCTGACACAAGAGGTATAAGGAAACACTTCTCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684903 39 +  48394510 ATTTCTGACACAAGAGGTACAAGGAAACACTTCTCACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678614 39 - 196418989 ATTTCTGACATAAGAGGTATAAATAAGCACTTCTCACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=221620.000000
s hg19.chr21     15525704 27 +  48129895 TGAAGTTACCTCACAGCCTTAGGCAAA
s panTro2.chr21  14235567 27 +  46489110 TGAAGTTACTTCACGGCCTTAGGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684942 27 +  48394510 TGAAGTTACTTCACAGCCTTAGGCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678653 27 - 196418989 TGAAGTTACTTCACAGCCTTAGGCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=535520.000000
s hg19.chr21     15525731 102 +  48129895 GTACTTTGATTCACCTTGCCCATATAAATGGGCATTCAGACTTGCTCAGATTATTTCTGACAGCACAGAATATTGAGATGTTACAGATTAAGCCaccctccc
s panTro2.chr21  14235594 102 +  46489110 GTACTTTGATTCACCTTGCCCATAAAAATGGGCATTCAGACTTGCTCAGATTATTTCTGACAGCATAGAATATTGAGATGTTACAGATTAAGCCaccctccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13684969 102 +  48394510 GTACTTTCATTCACCTTGCCCATAAAAATGGGCATTCAGACTTGTTCAGATTATTTCTGACAGCATAGAATATTGAGATGTTACAGATTAAGCCaccctccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678680 102 - 196418989 GTACTTTGATTCACCTTGCCCATAAAAATGGGCATTCAGGCTTGCTCAGATGATTTCTGACAGCATAGAATATTGAGATGTTACAGGTTAAGCCaccctccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=219807.000000
s hg19.chr21     15525833 75 +  48129895 actataaatacatggaaatgctaggtgtacaatccatgtttcaatatgcaaccaagctctgaagaaggaagggga
s panTro2.chr21  14235696 75 +  46489110 actataaatacatggaaatgctaggtgtacaacccatgtttcaatatgcaaccaagctctgaagaaggaaggcga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685071 75 +  48394510 actataagtacatggaaatgctaggtgtacaatccatgtttcaatatacaaccaagctcagaagaaggaagggga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678782 74 - 196418989 actataagtacatgaaaatgctacgtgtacaatccatgtttcaatatgcaaccaa-ctcagaagaaggaagggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151686.000000
s hg19.chr21     15525908 49 +  48129895 agtgtcagaaagcagaaacaaagagaaattaaagccaaggccagaagaa
s panTro2.chr21  14235771 49 +  46489110 agtgtcagaaagcagaaacaaagagaaattaaagccaaggccagaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685146 49 +  48394510 agtgtcagaaagcagaagcaaagagaaattaaagccaaggccagaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678856 49 - 196418989 agtgtcagaaagcagaaacaaagagaaattagcaccaaggccagaagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=528608.000000
s hg19.chr21     15525957 106 +  48129895 ctgaagccctggacccctctgggacttcagagcctgttgtagcatgaagatggaggctgaagtgtcaacctccatgcaggaacaggagaaatgatgctaaaggaca
s panTro2.chr21  14235820 106 +  46489110 ctgaagccctggacccctctgggacttcagagcctgttgtagcatgaagatggaggctgaagtgtcaacctccatgcaggaacaggagaaatgatgctaaaggaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685195 106 +  48394510 ctgaagccctggacccctctgggacttcagagcctgttgtagcacgaagatggaggctgaagtgtcaacctccatgcaggagcaggagacgtgatcctaaaggaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163678905 106 - 196418989 ctgaagccctggacccctctgggacttcagagcctgttgtggcacaaagatggaggctgagctgtcaacctccatgcaggaacaggagacatgatgttaaaggaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=290836.000000
s hg19.chr21     15526063 67 +  48129895 aagctgaaatggaggtccctgcacagagccataaacctcataattgaaattccctgacccatcattg
s panTro2.chr21  14235926 67 +  46489110 aagctgaaatggaggtccctgcacagagccataaacctcataattgaaattccctgacccatcattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685301 67 +  48394510 aagctgaaatggaggtccctgcacagagccataaacctcataattgaaatcccctgacccatcattg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679011 67 - 196418989 aagctgaaatggagctccctgcacagagccatgaaccttataattgaaattccctgacccaccattg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172101.000000
s hg19.chr21     15526130 35 +  48129895 aaagaggaactaggaaaattcttcctaTTTTTTCA
s panTro2.chr21  14235993 35 +  46489110 aaagaggaactaggaaaattcttcctaTTTTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685368 34 +  48394510 aaagaggaactaggaaaa-tCTTTCTGTTTTTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679078 35 - 196418989 aaagaggaactaggaaaattcttcctacTTTTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=126594.000000
s hg19.chr21     15526165 55 +  48129895 GTCTGGGTCTTACGTGAAAACATAAATTGTTTCTTGAGATTAAATAAAACTCCAG
s panTro2.chr21  14236028 55 +  46489110 GTCTGGGTCTTACGTGAAAACATAAATTGTTTCTTGAGATTAAATAAAACTCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685402 55 +  48394510 GTCTGGGTCTTACGTGAAAACATAAATTGTTTCTTGAGATTAAATAAAACTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679113 55 - 196418989 GTGTGAGTCTTAGGTGAAAACATAAATTGTTTCTTGAGATTAAATAAAACTCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=507550.000000
s hg19.chr21     15526220 130 +  48129895 AAAACATGAAATTTAAGTTTACACTATTTATATGTTGAAAGACCCCCACAAATTTACATTAAAATGCTTCAGGATTGTGGTAATATGGTTCTGAAAAAAGAAAATCTGACTTGCTCTGAAGGGGAACTTT
s panTro2.chr21  14236083 130 +  46489110 AAAACATGAAATTTAAGTTTACACTATTTATATGTTGAAAGACCCCCACAAATTTACATTAAAATGCTTCAGGATTGTGGTAATATGGTTCTGAAAAAAGAAAATCTGACTTGCTCTGAAGGGGAACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685457 130 +  48394510 GAAACATGAAATTTAAGTTTACACTAGTTATATGTTGAAAGACCCCCACAAATTTACATTAAAATGCTTCAGGATTGTGGTAATATGGTTCTGAAAAAAGAAAATCTGACTTGTTCTGAAGGGGAACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679168 130 - 196418989 GAAACATGAAATTTAAGTTTACACTAGTTACATGTTAAAAGACTCCCACAAATTTACATTAAAATGCTTCAGGATTGTGGTAATATGGTTCTGAAAAAAGAAAATCTGACTTGCTCTGAAGGGGAACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=438203.000000
s hg19.chr21     15526350 92 +  48129895 GAAGAAGAGCTGATTTCTGAGAGTTTTTTATATCAAAGATAGACATGAATCTCTATTTTGAAGTAGCACAAATAGGttttttttaattaatt
s panTro2.chr21  14236213 91 +  46489110 GAAGAAGAGCTGATTTCTGAGAGTTTTTTATATCAAAGATAGACATGAATCTCTATTTTGAAGTAGCACAAATAGGtttttttt-attaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685587 90 +  48394510 GAAGAAGAGCTGATTTCTGAGAGTTTTCTATATCAAAGATAGACATGAATCTCTATTTTGAAATAGCACAAATAG-TTTTTTTT-ATTAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679298 91 - 196418989 GAAGAAGAGCTGATTTCTGAGAGTTTTCTATATCAAAGATAGACATGAATCTCTATTTTGAAATAGCACAAATAGtttttttaa-attaatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206961.000000
s hg19.chr21     15526442 42 +  48129895 tttaatCCAGACTTG-ACAAACCACTGAGACTGGAAAATAACA
s rheMac2.chr3  163679389 43 - 196418989 tttaatCCAGACTCGAACAAACCATTGAGACTGGAAAATAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685677 43 +  48394510 TTTaatccagacttgaacaaaccattgagactggaaaataaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14236304 42 +  46489110 tttaatCCAGACTTG-ACAAACCATTGAGACTGGAAAATAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=49822.000000
s hg19.chr21     15526484 89 +  48129895 ATATAAAAAAATAAATCAATGAATACATTCAGTCTGATGAAATGATAGATTATCTTCACAGAAAAATTAGATAGAAGATAAATGAAAAA
s rheMac2.chr3  163679432 89 - 196418989 ATATAAAAAAATAAATCAATGAATACATTCAGTCTGATGAAATGATAGATTATCTTCATGGAAAAATTAGATTGAAGATAAATGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685720 86 +  48394510 atataaaaa---aaatcaatgaatacattcagtctgatgaaatgatagattatcttcatggaaaaattagattgaagataaatgaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14236346 89 +  46489110 ATATAAAAAAATAAATCAATGAATACATTCAGTCTGATGAAATGATAGATTATCTTCACAGAAAAATTAGATAGAAGATAAATGAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=566071.000000
s hg19.chr21     15526573 147 +  48129895 AAGTGTATCTgaaaacaagagaagtcgtattttcaatgtgctgagcatataaactttcaatatagaattctgtcctaaactatcttttcatttctgactgagggaaggataaggacattttcaggaaagacaa----------------------aaaaagaaaaagac
s rheMac2.chr3  163679521 168 - 196418989 AA-TGTATCTgaaaacaagagaattcatattttcaatgtgctgagcatataaactttcaatatagaattctgtcctaaactatcttttcattcctgagtgagggaaggataaggacattttcaggaaaggcaaaaaaAAAAAGAAAAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685806 147 +  48394510 aagtgtgtctgaaaacaagagaattcgtattttcaatgtgctgagcatataaactttcaatatagaattctgtcctaaactatcttttcattcctgactgagagaaggataaggacattttcaggaaagacaa----------------------aaaaagaaaaagac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14236435 147 +  46489110 AAGTGTATCTgaaaacaagagaagtcgtattttcaatgtgctgagcatataaactttcaatatagaattctgtcctaaactatcttttcatttctgactgagggaaggataaggacattttcaggaaagacaa----------------------aaaaagaaaaagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=139902.000000
s hg19.chr21     15526720 28 +  48129895 tgagaaagactactattgaaaagctact
s panTro2.chr21  14236582 28 +  46489110 tgagaaagactactattgaaaagctact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685953 28 +  48394510 taagaaagacggctattgaaaagctact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679689 28 - 196418989 TGAGAGAGACTACTATTGAAAAGCTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=398847.000000
s hg19.chr21     15526748 89 +  48129895 actaggatatacttcagcaagaaaaacgttaaaaccagaaggaaggagttgaaggagggaataagacaaaatgtagaaaactgaaattg
s panTro2.chr21  14236610 89 +  46489110 actaggatatacttcagcaaggaaaacgttaaaaccagaaagaaggagttgaaggaggggataagacaaaatgtagaaaactgaaattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13685981 88 +  48394510 actaggatatacttcagcaagaaaaacgttaaacccagaaggaaggagttgaaggaggg-ataagacaaaatgtagaaaactgaaattg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679717 89 - 196418989 ACTAGGATATACCTCGGCAAGAAAATAGTTAAACCCAGAAGGAAGGAGTTGAATGAAAGGATAAGACAAAACGTAGACAACTGAAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199722.000000
s hg19.chr21     15526837 51 +  48129895 gtaaatataaggAAGTATTTGATGATACtatttataattaatatgtattat
s panTro2.chr21  14236699 51 +  46489110 gtaaatataaggAAGTATTTGATGATACtatttataattaatatgtattat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13686069 51 +  48394510 gtaaatataaggaagtatttgatgatactatttataattaatatgtatcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679806 51 - 196418989 GTAAATATAAGGAAGTATTTGATGATACtatttataattaatatgtattat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=272671.000000
s hg19.chr21     15526888 57 +  48129895 taaatGAGAAATGGAAGGAAAATACTACAGGATATAATATTGAAGATAGAAAAGAAG
s panTro2.chr21  14236750 57 +  46489110 taaatGAGAAATGGAAGGAAAACACTACAGGATATAATATTGAAGATAGAAAAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13686120 57 +  48394510 taaataagaaatggaagtaaaatactacatgatgtaatattgaagatagaaaagaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163679857 57 - 196418989 taaatGAGAAATGGAAGTAAAATACTACAGGATATAATATTGAAGATAGAAAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=541041.000000
s hg19.chr21     15526945 227 +  48129895 AATAAAGATTCTAAGGCTCTCTGAGGCAACTTGTAGCTGTGACAGAGTCTGATAAAATAGTCTGTGAAGCAAGATCCATATTCATGTATAAATGCATAAAAAGCAAAAAAATAAGTTAGTCGCTGAGAAAATATGAT-GTCCCAAAAGTTTTATGCATCTAAAAATCACGGCCTTGGAATATCTAAAGCCAACACCTAAAcagaggaactgcccgctaaaataaaagt
s panTro2.chr21  14236807 227 +  46489110 AATAAAGATTCTAAGGCTCTCTGAGGCAACTTGTAGCTGTGACAGAGTCTGATAAAATAGTCTGTGAAGCAAGATCCATATTCATGTATAAATGCATAAAAAGCAAAAAAATAAGTTAGTCGCTGAGAAAATATGAT-GTCCCGAAAGTTTTACGCATCTAAAAATCACGGCCTTGGAATATCTAAAGCCAACACCTAAAcaggggaactgcccgctaaaataaaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13686177 226 +  48394510 aataaagattctaaggctctCTGAGGCAACTTGTAGCTGTGACAGAGTCTGATAAAATAGTTTGTGAAGCAAGATCCATATTCATGTATAAATGCATAAAAAGCAAAAAAA-AAGTTAGTCGCTGAGAAAATATGAT-GTCCCGAAAGTTTTATGCATCTAAAAATCACAGCCTTAGAATATCTAAAGCCAACACCTAAAcaggggaactgcctgctaaaataaatgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 I 9 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163686598 1571 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13696078 129 +  48394510 TTATGTGGATTTTTTTCTCTATAATTTCCTATTGGCAGGTTTAACTTATCAGAAGTAGCAATACTTAACTGCTTTTAGCAGG-TTTATCCATTTAGAAGGTGTG--------AACCATGTTTCATGTCTACTTGCTGA
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s rheMac2.chr3  163689729 138 - 196418989 ttaTGCGGATTTTTTTCTCTATAATTTCCTATTGGCAGGTTTTAGTTATCAGAGGTAGCAATACTGAACTGCTCTTAGCAAGCTTTATCCATTTAGAAGGTGTGAACCATGTAACCATGTTTCATGTCTACTTGCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15537119 45 +  48129895 TAGCAAATGAGAAGCTAACCATGGCTCACACCTCTTCACTTGTTC
s panTro2.chr21  14246685 45 +  46489110 TAGCAAATGAGAAGCTAACCATGGCTCACACCTCTTCACTTGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13696207 45 +  48394510 TAGCAAATGAGAAGCTAACCATGGCTCACACCTCTTCACTTGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163689867 45 - 196418989 TAGCAAATAAGAAGCTAACCATGGCTCATACCTCTTCACTTGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=56826.000000
s hg19.chr21     15537164 16 +  48129895 CTAAAATCTCAAAAAA
s panTro2.chr21  14246730 16 +  46489110 CTAAAACCTCAAAAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163689912 16 - 196418989 CTAAGACCTCCAAAAA
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a score=-165688.000000
s hg19.chr21     15537180 24 +  48129895 ACAAAAA----------------------------AACCTCAGTGTTGCCAA
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a score=382165.000000
s hg19.chr21     15537270 55 +  48129895 AGGAACAAGAATCATTATAAAGCCATCTAATCTGCCCACTACACTGAACATAAAA
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a score=114674.000000
s hg19.chr21     15537325 26 +  48129895 AGGCAGTTGATCATGTTCTTCTCTTT
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a score=-241814.000000
s hg19.chr21     15537351 59 +  48129895 AAATATATTAAAAATGTTTAGTAGGGAATGAAATATTTACTCTGTACCACATCTCTACA
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a score=118158.000000
s hg19.chr21     15537410 54 +  48129895 GATGATTTTTCCATAAAATGGTCATGTATTAACAAGTAAACAGAGTGCACAGTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163690180 78 - 196418989 I

a score=485098.000000
s hg19.chr21     15537464 73 +  48129895 TAGCTTCCAGCAGAAAATACTAACAATTATGTTATTCATATTAAATAAGAATGATAGTAACTATAATAATCTC
s ponAbe2.chr21  13696550 71 +  48394510 TAGCTTCCAGCAGAAAATACTACCAATTATGTTATTCATATTAAATATGAATGATAGTAACTATAATAA--TC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14247035 73 +  46489110 TAGCTTCCAGCAGAAAATACTAATGATTATGTTATTCATATTCAATAAGAATGATAGTAACTATAGTAATCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163690180 78 - 196418989 I

a score=1259006.000000
s hg19.chr21     15537537 48 +  48129895 TCTTACCCAGCCGAGGACATGATTTTTCCTTAAAACAGTCACAGTCCA
s panTro2.chr21  14247108 48 +  46489110 TCTTACCCAGCCGAGGACATGATTTTTCCTTAAAACAGTCACAGTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13696621 48 +  48394510 TCTTACCTAGCTGAGGACATGATTTTTCCTTAAAACAGTCACAGTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163690180 78 - 196418989 I

a score=2811745.000000
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s panTro2.chr21  14247156 78 +  46489110 CACATAAGCTAGTCTTGTAATCTTTGTATGAACGACAAGGAAATGAAATAAAATTGCAGTTTGTTTCTAAAGATGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13696669 78 +  48394510 TACATAAGCTAGCCGTGTAATCTTTGTATGAAGGACAAGGAAATGAAATAAAATTGCAGTTTGTTTCTAAAGATGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163690258 76 - 196418989 --CATAAGCTAGTCTTGTAATCTTTGTATGAATGACAAGGAAATGAAATAAAATTGCAGTTTGTTTCCAAAGATGCCA
i rheMac2.chr3  I 78 C 0

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s hg19.chr21     15537663 51 +  48129895 TGAACAAGTGAACTGCTCTCTGGTGGTTGCATTTAATGAATTGAATTCCTT
s panTro2.chr21  14247234 51 +  46489110 TGAACAAGTGAACTGCTCTCTGGTGGTTGCATTTAATGAATTGAATTCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13696747 51 +  48394510 TGAACAAGTGAACTGCTCTCTGGTGGTTGCATTTAATGAATTTCATTCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163690334 51 - 196418989 TGAACAAGTGAACTGCTCTCTCGTGGTTGCATTTAATGAATTTAATTCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=268224.000000
s hg19.chr21     15537714 110 +  48129895 AAGGGTTAAAAAAAAAA---CAAAGAACTGTAGATGTATTAAGCCATGTTCAAGTACATTTAAAAACAAAGTAAAGATGAAGTTTTGCTAAATACTATGTACCTTATGAATAT
s panTro2.chr21  14247285 109 +  46489110 AAGGGTTAAAAAAAAA----CAAAGAACTGTAGATGTATTAAGCCATGTTCAAGTACATTTAAAAACAAAGTAAAGATGAAGTTTTGCTAAATACTATGTACCTTATGAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13696798 113 +  48394510 AAGGATTAAAAAAAAAAAAGCAAAGAACTGTAGATGTGTTAAGCCATGTTCAAGTACATTTAAAAACAAAGTAAAGATGAAGTTTTGCTAAATACTATGTACCTTATGAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163690385 112 - 196418989 AAGAGTTAAAAAAAAAAAG-CAAAGAACTGTAGATGTATTAATCCATGTTCAAGTACATTTAAAAACAAAGTAAAGATGAAGTTTTGCTAAATACTATGTACCTTATGAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=126380.000000
s hg19.chr21     15537824 45 +  48129895 TACTGACTATAATACACAGTTTTATGTCAAACCACTAAACAAATA
s panTro2.chr21  14247394 45 +  46489110 TACTGACTATAATAAACAGTTTTATGTCAAACCACTAAACAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13696911 45 +  48394510 TACTGACTATAATACACAGTTTTATGTCAAACCACTAAACAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163690497 43 - 196418989 TACTGACTATAAT--ACAGTTTTATGTCAAACCACTAAACAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107192.000000
s hg19.chr21     15537869 37 +  48129895 GTACCAATGAAAACTTAAATTTAGTATGTCTTTTGCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13696956 37 +  48394510 GTACCAATGAAAACTTAAATTTAGTATGTCTTTTGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=216846.000000
s hg19.chr21     15537906 51 +  48129895 TGAGATTTATAATGAATTTTTAAAGTAATAATTAACATAGCAAAAATGTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14247476 51 +  46489110 TGAGatttataataaatttttaaagtaataattaaCACAGCAAAAATGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-100696.000000
s hg19.chr21     15537957 27 +  48129895 CATTTCAGTGTTTCACAAGCTCTACAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697044 27 +  48394510 CATTTCAGTGTTTCACATGCTCTACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-92734.000000
s hg19.chr21     15537984 29 +  48129895 AGTGCTACTATACTTAATAACTAGTGTAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=561858.000000
s hg19.chr21     15538013 76 +  48129895 ACATCTTTTCCTTCTAATACTGCACTCCTAACATTTCCACCTAATGACAAAGATGACCATGAAACCAGCTGACCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697100 76 +  48394510 ACATCTTTTCCTTCTAATCCTGCACTCTTAACATTTCCACCTAATGACAAAGATGACCATGAAACCAGCTGACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14247583 76 +  46489110 ACATCTTTTCCTTCTAATCCTGCACTCCTAACATTTCCACCTAATGACAAAGATGACCATGAAACCAGCTGACCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15538089 87 +  48129895 AAAACTTTATTACCTTCCTTTTCTTTTCCAACC------------TTGCACATCCTCCTCCTTTTCACCAAACTTCTTTAGCTACAGTGCCCTTTGGTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15538176 45 +  48129895 ACGTGTTATTTGACCAGTTGCCGTTGTGGACCTAAGAACATTTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697320 210 +  48394510 TGCAATGGCTCTGATGTGAGCCAAATTCCACACCTGGGGAAGTTGCTCAGCTATCTTTATGTACAGAACAATCAAGTGTCAAGAGTTTTTAAATTTGTCTTTGTACAGTAATATTGTGATGGTTAAAATTAAATCCTGAGATCAAAGTAGTATCTGATACTTTGTATTATGATACTTGAGCTACGTGTGCTTCCT--CAGTGACTTACAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14247803 198 +  46489110 TGCAATGGCTCTGATGTGAGCCAAATTCCAGACCTGGGGAAGTTGCTCAGCTATCTTTATGTACAGAACAATCAAGTGTCAAGAGTTTTTAAAATTGTCTTTGTACAGTAATATGGTGATGGTTAAGATTAAATCCTGAGATCAAAGTTGTATT------------ATATGATACTTGAGCTACATGTGCTTCCT--CAATGACTTATGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15538419 30 +  48129895 TCTCCTAATGTTTAAAATGATGGaataaaa
s panTro2.chr21  14248001 30 +  46489110 TCTCCTAATGTTTAAAATGATGaaataaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697530 30 +  48394510 TCTCCTAATGTTTACAATGATGAACTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691104 30 - 196418989 TCTCCTAATGTTCAAAATGATGAACtaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-83775.000000
s hg19.chr21     15538449 21 +  48129895 ttattaaaaatataatataaG
s panTro2.chr21  14248031 21 +  46489110 ttattaaaaatataatataaG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697560 16 +  48394510 TTATTAAA-----AATATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691134 21 - 196418989 ttattaaaaatataatataaG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=812921.000000
s hg19.chr21     15538470 77 +  48129895 AGGTCTCATCCATGACCTAATGGATGTCTACTGGTAACCTTTATGAACTAAGCATGGTCAAATTAAACCATTGTTAA
s panTro2.chr21  14248052 77 +  46489110 AGGTCTCATCCATGACCTAATGGATGTCTACTGGTAACCTTTATGAACTAAGCATGGTCAAATTAAACCATTGTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697576 77 +  48394510 AGGTCTCATCCATGACCAAATGGATGTCTACTGGTAACCTTTATGAACTAAGCATGGTCAAATTAAACCATTGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691155 77 - 196418989 AGGTCTCATCCACGACCAAATGGACGTCTACTGGTAACCTTTATGAACTAAGCATGGTCAAATTAAACCACTGTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=125375.000000
s hg19.chr21     15538547 80 +  48129895 CCAATGACTCTCCTGAGTCATGGGCAATGATGATGAAATCAAAACACTGCCTACAGATTAAGAGGGGAAAAGTAAGTTAT
s rheMac2.chr3  163691232 79 - 196418989 CCAATAACTCTCCTGAGTCATGGGCAATGGTGATGAAATCAAAACACTGCCTACAGATGAAGAGGGG-AAAGTAAGTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697653 80 +  48394510 CCAATAACTCTCCTGAGTCATGGGCAATGATGATGAGATCAAAACACTGCCTACAGATTAAGAGGGGAAAAGTAAGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14248129 80 +  46489110 CCAATAACTCTCCTGAGTCATGGGCAATGATGATGAAATCAAAACACTGCCTACAGATTAAGAGGGGAAAAGTAAGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=186445.000000
s hg19.chr21     15538627 34 +  48129895 TTTCTTTCATCATTTCGAATATTATGTAGTTCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1172868.000000
s hg19.chr21     15538661 50 +  48129895 TCAAAAATACTGTCAGTATACCTGAGAAAATTGATTTAGGACAGCCAGGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15538711 73 +  48129895 TGTTTATTTCCTCCATTTGGATAAAAATCTATATGTCCCAAGGGCTCTTGAATGCCTAAACCTGAGAAGAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163691395 73 - 196418989 TGTTTCCTTCCTCCATTTGGATAAAAATCTATATGTCCCAAGGGCTCTCGAATGCCTAAACCTGAGAAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-30678.000000
s hg19.chr21     15538784 5 +  48129895 GCACC
s panTro2.chr21  14248366 5 +  46489110 GCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697890 5 +  48394510 GCACC
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s rheMac2.chr3  163691468 4 - 196418989 GCA-C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=724389.000000
s hg19.chr21     15538789 87 +  48129895 CAAGAATCACAACATGTATATAATCAGGTGAGTATCTTGCATAAAACAAAATAGCCTATAAAATCCATTGAAAGTTACTCTTTAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13697895 87 +  48394510 CAAGAATCATAACGTGTATATAATCAGGTGAGTATCTTGCATAAAACAAAATATCCTATAAAATCCATTGAAAGTTACTCTTTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691472 87 - 196418989 CAAGGATCATCATGTGTATATAATTGGGTGACTAGCTTGCACAAAACAAAATATCCTATAAAATCCATTCAAAGTTATTCTTTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=46527.000000
s hg19.chr21     15538876 12 +  48129895 ATTAGAATTGAA
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a score=-131053.000000
s hg19.chr21     15538888 29 +  48129895 AATAAGTGCTGTTTTTATAAAGATAAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-123372.000000
s hg19.chr21     15538917 8 +  48129895 TTTCTTCT
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s ponAbe2.chr21  13698023 8 +  48394510 TTTCTTCT
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a score=603988.000000
s hg19.chr21     15538925 52 +  48129895 ATAATTCCTTCATGAAAAGTATATTTCATTAATTTAATATATTTGCCAGTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-99237.000000
s hg19.chr21     15538977 68 +  48129895 GCAGTTTACTATCGGTCAGTCACAGTTTTTTGTGGTATGACCGCATAAGTGAAAAAAGAAATAgagag
s panTro2.chr21  14248559 65 +  46489110 GCAGTTTACTATCAGTCAGTCA---TTTTTTGTGGTATGACCGCATAAGTGAAAAAAGAAATAgagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698083 59 +  48394510 ccagttcactatgggtcagtcacagttttttgtggtatgaacgcataagtgaaaaaaga---------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691657 59 - 196418989 ccagtttactatgggtcagtcacagttttttgtggtatgaacacataagtgaaaaaaga---------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4652.000000
s hg19.chr21     15539045 42 +  48129895 ggcagccaagatggccgaataggaagagctccagtcttcagc
s panTro2.chr21  14248624 42 +  46489110 ggcagccaagatggccgaataggaagagctccggtcttcagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163691716  0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  13698142  0 +  48394510 C

a score=498631.000000
s hg19.chr21     15539087 5475 +  48129895  
s panTro2.chr21  14248666 5471 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163691716    0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  13698142    0 +  48394510 C

a score=172629.000000
s hg19.chr21     15544562 631 +  48129895  
s panTro2.chr21  14254137 631 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163691716   0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  13698142   0 +  48394510 C

a score=65169.000000
s hg19.chr21     15545193 83 +  48129895 aaaaTAAAATAAAAagaaaaaagaa-tagagcaaaattccttgcagtcgaaaatactttatagtggaaggaaaccataataaac
s panTro2.chr21  14254768 84 +  46489110 aaaaTAAAAAAAAAAGAAAAAAGaaatagagcaaaattccttgcagtcaaaaatactttatagtggaaggaaaccataataaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691716 60 - 196418989 ------------------------aatagagcaaaatgacttgcagtgacaaatactttatagtggaaggaaaccataataaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698142 60 +  48394510 ------------------------aatagagcaaaattccttgcagtcgaaaatactttatagtggaaggaaaccataataaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=372315.000000
s hg19.chr21     15545276 56 +  48129895 aagtaaatacagagtatgtgaaataataataagtgctatggagaacagttaagtag
s panTro2.chr21  14254852 56 +  46489110 aagtaaatacagagtatgtgaaataataataagtgctatggagaacagttaagtag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698202 56 +  48394510 aagtaaatacagagtatgtcaaataataataagcgctatggagaacagttaagcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691776 56 - 196418989 aagtaaatacagagtatgtcaaacaataatacgtgctacggagaacagttcagtag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=114826.000000
s hg19.chr21     15545332 30 +  48129895 aacaagaggacaggaagggtctagtgaggg
s panTro2.chr21  14254908 30 +  46489110 aacaagaggacaggaagggtctagtgaggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698258 30 +  48394510 aacaagaggacaggaagggtatagtgaggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691832 30 - 196418989 aacaagaggacaggaagggtctagtgaggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=394239.000000
s hg19.chr21     15545362 164 +  48129895 tggtagttgcatgtttaagttatttggtttaggaatttgccacttgaagaagttggagtggagcacaaatgtgaaggatgtgaggcggtgaccccagtggatatttgtgcgaatacgctcggcgaagaagccagcgtggctgaagtctaatgtgtaagagggag
s panTro2.chr21  14254938 164 +  46489110 tggtagttgcatgtttaagttatttggtttaggaatttgccacttgaagaagttggagtggagcacaaatgtgaaggatgtgaggcggtgaccccagtggatatttgtgtgaatacgctcggcgaagaagccagcgtggctgaagtctaatgtgtaagagggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698288 164 +  48394510 tggtagctgcatgtttaagttatttggtttaggaatttgccacttgaagaagttggagtggagcaaaaatgtgaaggatgtgaggcagtgagccccgtggatatttgtgtgaatacgctcggggaagaagccagcgtggctgaagcctaatgtgtaagagggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163691862 164 - 196418989 tggtagttgcatgtttaagttatttggttaaggaatttgctacttgaagaaggtggagtggagcaaaaatgtgaaggatgtgaggcggtgagcccagtggatatttgtgtgaatatgctcgaggaagaagccagcgtggctgaagcctaatgtgtaacagggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1200477.000000
s hg19.chr21     15545526 177 +  48129895 cttcggagcaaaggaagccaagtcctacagatccttttcgatcagtgtgatgatttgctttcactttTGGTCATAATTTCTAAGACCTGCTGGTGCTGGATTCACTAACTGGAAAAAAATCTAACAACTAAGTTGC--CTTGGCTGGAGCAGTTTGAGTCAGAGTGACATGAAACACAT
s panTro2.chr21  14255102 176 +  46489110 cttcggagcaaaggaagccaagtcctacagatccttttcgatcagtgtgatgatttgctttcactttTGGTCATAATTTCTAAGACCTGCTGGTGCTGGATTCACTAACTGGAAAAAA-TCTAACAACTAAGCTGC--CTTGGCTGGAGCAGTTTGAGTCAGAGTGACATGAAACACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698452 176 +  48394510 cttcggagcaaaggaagccaagtcctacagagccttttcgatcagtgtgatgatttgctttcactttgggtCATAATTTCTAAGACCTGCTGGTGCTGGATTCACTAACTGGAAAAAA-TCTAAAAGCTAAGATGC--CTTGGCTGGAGCAGTTTGAGTCAGAGTGACATGAAACACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163692026 179 - 196418989 cttcggagcaaaggaagccaagtcctacagagccttttcaatcagtgtgatgatttgctttcactttgggtCATAATTTTTAAGATCTGCTGGTGCTGGATGCACTAACTGGAAAAAAATCTAAAAACTAAGCTGCCTCTCAGCTGGAGCAGTTTGAGTCAGAGTGACATGAAACTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204593.000000
s hg19.chr21     15545703 24 +  48129895 AGCTTTGATTCAAGGGTTTATGTA
s panTro2.chr21  14255278 24 +  46489110 AGCTTTGATTCAAGGATTTATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698628 24 +  48394510 AGCTTTGATTCAAGGGTTTATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400042.000000
s hg19.chr21     15545727 53 +  48129895 GCCCTGTAGATCATTGGACCACTGGTGAATGTACAGATTCTGAGCCCATTACC
s panTro2.chr21  14255302 53 +  46489110 GCCCTGTAGATCATTGGACCACTGGTGAATGTACAGATTCTGAGCCCATTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698652 53 +  48394510 GCCCTGTAGATCATTGGACCACTGGTGAATGTACAGATTCTGAGCCCATTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163692229 53 - 196418989 GCCCTGTAGATCATTGGGGCACCGGCGAATGTACTGATTCTGAGCCTGTTACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235430.000000
s hg19.chr21     15545780 75 +  48129895 GGCATATAACTCAGAGAAGCCTTAACAGTGAAAAGGGCTAGCAAGCTCAGAATACTCAGGACTGTGATTTGATAC
s panTro2.chr21  14255355 75 +  46489110 AGCATATAACTCAGAGAAGCCTTAACAATGAAAAGGGCTAGCAAGCTCAGAATACTCAGGACTGTGATTTGATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698705 75 +  48394510 AGCATATAACTCAGAGAAGCCTTAACAGTGAAAAGGGCTAGCAAGCTTAGAATACTCAGGACTGTGATTTGATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163692282 75 - 196418989 AGCATATAACTCAGAGAAGCCTTAACAGTGAAAAGGGCTAGCAAGCCCAGAATACTCAGGACTGTGATTTGATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=284082.000000
s hg19.chr21     15545855 21 +  48129895 AAAATTGTGTTGCTAAATAAG
s panTro2.chr21  14255430 21 +  46489110 AAAATTGTGTTGCCAAATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698780 21 +  48394510 AAAATTGTGTTGCTAAATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163692357 21 - 196418989 AAAATTGTGCTGCCATATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1157974.000000
s hg19.chr21     15545876 148 +  48129895 ATAACAATGCTTTAATCTGGGGCACAAAAGATTTCCTACAACACAGTGAACTCATGAAAGACATCAGTAATAGATTTAGCATAAAACAAAGATAAATAGATGGTTCTGACAGTAAGGGTTTAGATGCTGCAACCTGACTTAGTTCTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698801 148 +  48394510 ATTACAATGCTTTCATCTGAGGCACAAAAGATTTCCTACAACACAGTGAACTCATGAAAGACATCAGTAATAGATTTAGCATAAAACAAAGATAAATAGATGGTTCTGACAGTAAGGGTTTAGATGCTGCAACTTGACTTAGTTCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163692378 148 - 196418989 ATTACAATGCTTTAATCTGGGGCACAAAAGATTTCCTACAACACAGTGAACTCATGAAAGAGATCAGTCATAGATTTAGTATAAAACAAAGATAAATAGATGATTCTGACAATAAGGGTTTAGATGCTGCAACTCGACTTAGTTCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184173.000000
s hg19.chr21     15546024 108 +  48129895 GATGTAACAGAACCTCTAATGAGTTGTTAGTAGCACATGAGAACACTGGGCATGTACACTGAGGCTGGAGGGAGGGGAGAAGAGCACTATTTAATGGGTAAGGAAAGA
s panTro2.chr21  14255599 108 +  46489110 GATGTAACAGAACCTCTAATGAGTTGTTAGTAGCACATGAGAACACTGGGCATGTACACTGAGGCTGGAGAGAGGGGAGAAGAGCACTATTTAATGGGTAAGGAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13698949 108 +  48394510 GATGTAACAGAACCTCTAATGAGTTGTTAGTAGCACATGAGAACACTGGGCATGTACACTGAGGCTGGGGAGAGGGGAGATGAGCACTATTTAATGGGTAAGGAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163692526  77 - 196418989 GATGTAACAGAACCTCTGATGAGTTGTTAGTAGCACGTTAGAACACTGGGCATGTACACTGAGGCTGGGGAGAGGGG-------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

a score=362253.000000
s hg19.chr21     15546132 67 +  48129895 CAAAGGACAATGTAGATGACTTCATGACAGGTCCCTAGAATTCAGGAAAGCTTGATTGGGACAATGG
s ponAbe2.chr21  13699057 58 +  48394510 CAAACGACAATGTAGATGACTTCATGACAGGTCCCTAGAACTCAGGAAAGC---------ATATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14255707 58 +  46489110 CAAAGGACAATGTAGATGACTTCATGACAGGTCCCTAGAATTCAGGAAAGC---------ATATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163692603  3 - 196418989 I

a score=401586.000000
s hg19.chr21     15546199 119 +  48129895 TGACTTGATTGGGACAATGGTGAGGGTATGCTAGCCAGTCTGTCTTAAAATCCCATCATCTTCTTAGCCTGTGAAATTCACGCAAGGAAGGGCATGCTTCCTAAATAAGACCAAAAAGT
s ponAbe2.chr21  13699115 119 +  48394510 TGACTTGATTGGGACAATGGTGAGGGTATGCTAGCCAGTCTGTCTTAAAATCCCATCATCTTCTCAGCCTGTGAAATTTAAGCAAGGAAGGGCATGCTTCCCAAATAAGACCAAAAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14255765 119 +  46489110 TGACTTGATTGGGACAATGGCAAGGGTATGCTAGCCAGTCTGTCTTAAAATCCCATCATCTTCTTAGCCTGTGAAATTTACGCAAGGAAGGGCATGCTTCCTAAATAAGACCAAAAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163692603   3 - 196418989 I

a score=-160670.000000
s hg19.chr21     15546318 31 +  48129895 TTTTAAAACAAG--AAAAAAATTTAACAGGGTC
s rheMac2.chr3  163692606 33 - 196418989 TTTAAAAACAAGAAAAAAAAAATTAACAGTGTT
i rheMac2.chr3  I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  13699234 31 +  48394510 TTTTAAAACAAG--AAAAAAATTTAACAGTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14255884 31 +  46489110 TTTTAAAACAAG--AAAAAAATTTAACAGTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=630853.000000
s hg19.chr21     15546349 59 +  48129895 AGAGATTTGTGAAATTTCCTCATATATGAACTCGACATGGAGTTCCAAGACTAGGGGTT
s rheMac2.chr3  163692639 59 - 196418989 AGAGATCTGTGAAATTTCCTCATATTTGAACTCCACATGGATTTCCAAGACTAGGGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13699265 59 +  48394510 AGAGATTTGTGAAATTTCCTCATATATGAACTCGACATGGAGTTCCAAGACTACGGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=309270.000000
s hg19.chr21     15546408 52 +  48129895 TCCAGTTTGGAACTGTCATTTTCTCCAACCTGCCACTGAAGGAGACTCAAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14255974 52 +  46489110 TCCAGTTTGGAACTGTCATTTTCTCCAATCTGCCACTGAAGGAGATTCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=673487.000000
s hg19.chr21     15546460 81 +  48129895 CAACAGGACTGCTTAGGAATCAGGAGGGA-TAAAAGAAATTTGTCATTAACTTTGAAGCAGCCCTTGATTCAGGCATGTCAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=799087.000000
s hg19.chr21     15546541 80 +  48129895 TTCCCTTTTATCAGATTGGGTGGGGG---GCAGCTTGGTCTGCTTAGATCATTCATTCTCTTGGTTTCAAGAAGGGTGGGGAG
s rheMac2.chr3  163692832 79 - 196418989 TTCCCTTTTATCAGATG-GGTGGGGG---GCAGCTTGGTCTGTTTAGATCATTCATTCTCTTGGTTTCAAGAAGGGTGGGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13699456 83 +  48394510 TTCCCTTTTATCAGATGGGGTGGGGGGCAGCAGCTTGGTCTGCTTAGATCATTCATTCTCTTGGTTTCAAGAAGGGTGGGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14256107 80 +  46489110 TTCCCTTTTATCAGATGCGGTAGGGG---GCAGCTTGGTCTGCTTAGATCATTCATTCTCTCGGTTTCAAGAAGGGTGGGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=305485.000000
s hg19.chr21     15546621 34 +  48129895 AGCAGCTATGACtttttaattttccttttattgt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14256187 34 +  46489110 AGCAGCTATGACTTTTTAATTttccttttattgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=70456.000000
s hg19.chr21     15546655 25 +  48129895 aaaatataagacacatgcagaaaaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=368155.000000
s hg19.chr21     15546680 80 +  48129895 gaacattaaacataaatctataggctaattaattattataaagcaaacagccatggggctaccacactaatgtaaagaaa
s rheMac2.chr3  163692970 76 - 196418989 gaacattcaacgtaaatctataggc----taattattataaagcaaacagccatggggctaccacactcatgtaaagaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13699598 79 +  48394510 gaacattaaacataaa-ctataggctaattaattattataaagcaaacagccatggggctaccacattaatgtaaagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=133180.000000
s hg19.chr21     15546760 104 +  48129895 tagcacctgggagctcccagtgtgcccttacccagccacaagtgtctctctgtcccctaatcgctaacccatcattttttttt-aaataaaatcatctgttgttt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  163694498 1653 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163694498 1653 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163694498 1653 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14261364 20 +  46489110 TATAAGACAATCCAAGACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13704728 20 +  48394510 TATAAGACAATCCAAGGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163697680 20 - 196418989 TATAAGAAAATCCAAAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=720110.000000
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s panTro2.chr21  14261384 82 +  46489110 TTCATTAGGATAAGTCAAAAATGCAAACAAAAATAATAAAAAGTATGAAGAGCTAAGTCAAAAGGCCATAGGCAGAATTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13704748 82 +  48394510 TTCATTAGGATAAGTCAAAAATGCAAACAAAAATAATAAAAAGTATGAAGAGCTAAATCAAAAGGCCATAGGCAGAATTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163697700 82 - 196418989 TTCATTAGGATAAGTAAAAAATACAAACAAAAATAATAAGAAGTATGAAGAACTAAGTCAAAAGGCCATAGGCAGAATTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-16833.000000
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s panTro2.chr21  14261466 63 +  46489110 GTTAGtgttgcaggaagtcagggaccccgaatagagggaccggctggagccgcagcagaggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13704830 63 +  48394510 GTTAGtgttgcaggaagtcagggaccccaaatggagggaccggctggagccacggcggaacaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163697782 63 - 196418989 GTTAGtgttgtgggaagtcagggaccccaaatggagggaccggctggagccgtggcagaggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=537630.000000
s hg19.chr21     15551957 643 +  48129895  
s panTro2.chr21  14261529 643 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163697845 637 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=32267.000000
s hg19.chr21     15552600 67 +  48129895 atatttctgctttttgccctttgaagcatgtgatctttgtacctactccctgttcttacaccccctt
s panTro2.chr21  14262172 67 +  46489110 gtatttctgctttttgccctttgaagcatgtgatctttgtacctactccctgttcttacaccccctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13705535 67 +  48394510 gtatttctgctttttgccctttgaagcatgtgatctttgtacctactccctgttcttacaccccctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163698482 58 - 196418989 gtagttctgctttttgccctttgaagcatgtgatctttgtacctactccctgttctta---------
i rheMac2.chr3  C 0 I 309

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s hg19.chr21     15552667 139 +  48129895 ccctttttaaaacccttaataaaaacttgctggtctgagactcaagcgggcattgtggtcctactgatatgtgatgtcacccctggtggaccagctgtaaaattcctctctttgtactgtctctctttatttctcagct
s rheMac2.chr3  163698849 139 - 196418989 ccctttttaaaacccttaataaaaacttgctggtttgaggttcaggcgggcatcatagtcctaccgacatgtgatgtcacccccggcagaccagctgtaaaattcctctcattatactgtctctctttatttctcagcc
i rheMac2.chr3  I 309 C 0
s ponAbe2.chr21  13705602 135 +  48394510 ccttttttaaaacccttaataaaaacttgctggtctgagactcaagtgtgcatcgtggtcacactgatatgtgatgtcacccccggcagaccagctgtaaaattcctctctttatactgtctc----tatttctcagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14262239 139 +  46489110 ccctttttaaaacccttaataaaaacttgctggtctgagactcaagcgggcattgtggtcctaccgatatgtgatgtcacccctggtggaccagctgtaaaattcctctctttatactgtctctctttatttctcagct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=55633.000000
s hg19.chr21     15552806 62 +  48129895 ggccgacacttatggaaaatagaaagaacctacattgaaatatcgggggtgggttcccccaa
s panTro2.chr21  14262378 62 +  46489110 ggccgacacttatggaaaatagaaagaacctacattgaaatattgggggtgggttcccccaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13705737 62 +  48394510 ggccgacacttatggaaaatagaaagaacctacgttgaaatattgggggtgagttcccccaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163698988 62 - 196418989 ggccgacacttatggaaaatagaaagaacttacgttgaaatattgggggtgggttctcccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=131750.000000
s hg19.chr21     15552868 32 +  48129895 taAGTTAGAGTTTCAGAAAAAATTCAGACAAG
s rheMac2.chr3  163699050 32 - 196418989 taAGTTAGAGTTTCAGAAAAAATTCAGACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13705799 28 +  48394510 ta----AGAGTTTCAGAAAAAATTCAGACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14262440 32 +  46489110 taAGTTAGAGTTTCAGAAGAAATTCAGACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=295038.000000
s hg19.chr21     15552900 58 +  48129895 GGACTACACATTAATTGGCCAATAGATGTGTTTTATGTGGATGTGCCAAGCTGATATA
s rheMac2.chr3  163699082 58 - 196418989 AGATTACAGATTAATTGGCCAATAGGTGTATTGTATGTGGATGTGCCAAGCTGATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13705827 58 +  48394510 GGACTACAAATTAGTTGGCCAATAGGTGTGTTGTATGTGGATGTACCAAGCTGATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14262472 58 +  46489110 GGACTACACATTAATTGGCCAATAGATGTGTTTTATGTGGATGTGCCAAGCTGATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=107280.000000
s hg19.chr21     15552958 25 +  48129895 AAGAGTTAGAGATAAT-AAGACATGA
s panTro2.chr21  14262530 25 +  46489110 AAGAGTTAGAGATAAT-AAGACATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-24923.000000
s hg19.chr21     15552983 17 +  48129895 GAGGTTTGGATAACACT
s panTro2.chr21  14262555 17 +  46489110 GAGGTTTGGATAACACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13705911 17 +  48394510 GAGGTTTGGATAACACT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  163699166 17 - 196418989 GAGGTTTGGATAACACT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=262350.000000
s hg19.chr21     15553000 58 +  48129895 AAACTATGACTTCTTTGGTTTTGACTGCTTATAGAAGTAGGTGAACCTAGATTCCAAA
s panTro2.chr21  14262572 58 +  46489110 AAACTATGACTTCTTTGGTTTTGACTGCTTATAGAAGTAGGTGAACCTAGATTCCAAA
i panTro2.chr21 C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  13705929 58 +  48394510 AAACTATGAATTCTTTGGTTTTGACTGCTTATAGAAGTAGGTGAACCTAGATTCCAAA
i ponAbe2.chr21 I 1 I 1
s rheMac2.chr3  163699184 58 - 196418989 CAACTATGACTCCTTTGGTTTTGACTGCTTATAGAAGTAGGTGAACATAGATTCCAAA
i rheMac2.chr3  I 1 I 1

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s hg19.chr21     15553058 66 +  48129895 AAGGAGCAGAATTGTTACCAGTGGAGTCTCAGTCTATTGACATGTAGTCATGGTGGTTGAAAAATT
s panTro2.chr21  14262631 66 +  46489110 AAGGAGCAGAATTGTTACCACTGGAGTCTCAATCTATTGACATGTAGTCATGGGGGTTGAAAAATT
i panTro2.chr21 I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  13705988 66 +  48394510 AAGGAGCAGAATTGTTACCACTGGAGTCTCAATCTATTGACATGTAGTCATGGGGGTTGAAAAATT
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  163699243 66 - 196418989 AAGGAGCAGAATTGTTACCACTGGAGTCTCAGTCTATTGACATGTAGTCATGGGGGTTGAAAAATT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s hg19.chr21     15553124 45 +  48129895 GCATCTATGGCATTTACGTATCT----------------------------CACACACAGACACATAAACCCA
s panTro2.chr21  14262697 45 +  46489110 GCATCTATGGCATTTACGTATCT----------------------------CACACACAGACACATAAACCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13706054 45 +  48394510 GCATCTATGGCATTTACGTATCT----------------------------CATACACAGACACATAAACCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163699309 73 - 196418989 GCGTCTATGGCATTTACGTATTTcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=131695.000000
s hg19.chr21     15553169 32 +  48129895 AGTAT--------AGATCACCACAAGATAAATTCAGAGGA
s rheMac2.chr3  163699382 40 - 196418989 AGTATGGTAGTATAGATTACCACAAGATTAATTCAGAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61648.000000
s hg19.chr21     15553201 11 +  48129895 GCAATCTTAGT
s panTro2.chr21  14262782 11 +  46489110 GCAATCTTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=58190.000000
s hg19.chr21     15553212 44 +  48129895 GTCACTGCCCTTGTCTCTATCTTACCACCATATCCTCTCCTGAT
s panTro2.chr21  14262793 44 +  46489110 GTCACTGCCCTTGTCTCTATCTTAGCACCATACCCTCTCCTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1682930.000000
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s panTro2.chr21  14262837 241 +  46489110 TCGGTTTATAagaataatatactggttaagtgcatcatctggaatcaaaacatatgatttcaaattctgactctgccatttactgaccttacaacctttattctagtttcctcaactgtaaagggaatgatagttgttatctatctaatggaaatttagtagaattcactaattaattcatacaagcactcaaaacactgcctaatgtataggaagtgctcagtaaatattagtATCAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13706194 241 +  48394510 TTGGTTTATAagaataatatactggttaagtgcatcatctggaatcaaaacatatgatttcaaattctgactctgccacttactgaccttacaacctttattctagtttcctcaactgtaaagggaatgatagttgttatttatctaatggaaatttaatagaattcactaattaattcatacaagctctcaaaacactgcctaatgtataggaagtgctcagtaaatattagtATCAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163699477 241 - 196418989 TCAGTTTATAagaataatatactggttaagtgcatcatctggaatcaaaacatatgatttcaaattctgactctgccacttactgaccttacaacctttattctggcttcctcaactgtaaagggaatgatagttgttatctatctaatggaaatttagtaggattcactaattaattcatacaagcactcaaaacactgcctaatgtataggaagtgctcaataaatattagtATCAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=194962.000000
s hg19.chr21     15553497 31 +  48129895 AATTCAAATcaggaaaggcacgaggacagtc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=230647.000000
s hg19.chr21     15553528 44 +  48129895 tgtttcttaaaagtgtctgttcaattgtactctggccaaaaatc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14263153 130 +  46489110 CAATACCCTGTTAGAGATTTTCAGCTAAGATAA-TTAAAAACAATAGAAAAATTATTTCCTTACATTTAAGGAAGACTATTCTTTATTTGTGGCTGAAATGCTGTGTTCAGTTCTAGTTGATATATATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=180873.000000
s hg19.chr21     15553739 32 +  48129895 catcaggaacatTAAACATGGGGGAAAATGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163699993 106 - 196418989 ATCAAATCAATAAAACTGTCAACAGCATGAACAGAATGAACTCTTCGTTATTTATTTCAGTGTTTTAGGATGACATGACACATCTTGAAACCTGAAGGAGGCAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=228691.000000
s hg19.chr21     15553877 50 +  48129895 TGAAGTCAAAGAGTGCCATTTGACAATGCAGGAAATCACTAACCCTAAGA
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a score=6697.000000
s hg19.chr21     15553927 16 +  48129895 AATATTGCTTGGGAAA
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a score=12282.000000
s hg19.chr21     15553943 12 +  48129895 TATTATCATTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14264479 168 +  46489110 cagagagccaaatcatgagtgaactcccattcacaattgcttcaaaaataataaaatacctaggaatccaacttacaagggatgtgaaggacctcttcaaggagaactacaaaccactgctcaatgaaataaaagaggatacaaacaaatggcattcacaattgcttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14264647 1707 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163701087    0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  13707804    0 +  48394510 C

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s hg19.chr21     15556777 68 +  48129895 cctaaaacttaaagtataataataataaaatttaaaaaaaatttaaataaaaCTGAAAAATTCCTAGA
s panTro2.chr21  14266354 67 +  46489110 cctaaaacttaaagtataataataataaaatttaaaaaaattttaaataaaaCTGAAAAATTCCTAG-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163701087  0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  13707804  0 +  48394510 C

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s hg19.chr21     15556845 68 +  48129895 AAAAAAGTAAAATATAATGTTTTTCATTTCAAAAACCTCTATTATCCCCATTTTATTTAACCCACTTG
s panTro2.chr21  14266421 68 +  46489110 AAAAAAGTAAAATATAATGTTTTTCATTTCAAAAACCTCTATTATCCCCATTTTATTTAACCCACTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163701087 65 - 196418989 ---AAAGTAAAATATAATGTTTTTCATTTCAAACACCTCTATTATCCCCATTTTATTTAACCCACTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15556913 74 +  48129895 ACTGAATGAGACAGAATCATCTATCTTCCTATAAATCATTCTGATATAGAACCTCCATGTTTGGTGGCCTTTTA
s panTro2.chr21  14266489 74 +  46489110 ACTGAATGAGACAGAATCATCTATCTTCCTATAAATCATTCTGATATAGAACCTCCATGTTTGGTGGCCTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163701152 74 - 196418989 ACTGAATGAGACAGAATCATCTATCTTCCTATAAATTATTCTGATGTAGAACTTCCATGTTTGGTGGCCTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13707869 74 +  48394510 ACTGAATGAGACAGAATCACCTATCTTCCTATAAATTATTCTGATGTAGAACCTCCATGTTTGGTGGCCTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15556987 30 +  48129895 GTACCTGATGATTGCCTGGTATTT-GGGCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=210940.000000
s hg19.chr21     15557017 58 +  48129895 TTCAAGCTAGACTAATATGTGTAAACACAATTTAAAGTACAAATTGAGCAAGTGTGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13707974 58 +  48394510 TTCAAACTAGACTAATATGTGTAAACACAATTTAAAGTACAAATTGAGAAAGTGTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=210770.000000
s hg19.chr21     15557075 47 +  48129895 TTTGGAAAGAGAATGAGCTTTAAGCACTAGGGAACTTTGTATAAGTA
s panTro2.chr21  14266651 47 +  46489110 TTTGGAAAGAGAATGGGCTTTAAGCACTAGGGAACTTTGTATAAGTA
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a score=590537.000000
s hg19.chr21     15557122 116 +  48129895 AATCCTGGCTAAACTGCTATTTCTTGACCCTCCTACATTCATTCAGTTAATTTGTTTTCACACATATTTGATAACATTAAAACTAATCAGAGTAAGTAAGGGTATGCATAAGGTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     15557896 48 +  48129895 CACTAAATTTTAAGCAAAGTggctggccacagtggctcatgcctgtaa
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s panTro2.chr21  14267520 46 +  46489110 tccaagtactttggaaggccgaggcaggcagattacttgaggtcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13708899 46 +  48394510 tccaagtactttggaaggccgaggcgggcagattacttgaggtcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163702174 46 - 196418989 tccaagcactttggaaggccgaggtgggcagatttcttgaggtcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67146.000000
s hg19.chr21     15557990 86 +  48129895 gagttagagaccagtctggccaacatggtgaaaccctgtctctacttaaaaaaaacaaaaattagccggtgtggtagtgagtgggc
s rheMac2.chr3  163702220 81 - 196418989 gagatcgagaccagtctggccaacatggtgaaacactgtctcta-ttaagaaaaacaaaaattagctggtgtggt----agcaggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13708945 82 +  48394510 gagttagagaccagtctggccaacatggtgaaaccctgtctctacttaaaaaaaaaaaaaattagccggtgtggt----agcaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14267566 82 +  46489110 gagttagagaccagtctggccaacatggtgaaaccctgtctctacttaaaaaaaacaaaaattagccggtgtggt----agtgggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163702301 106 - 196418989 gcctttaatcccagctactcgggaggctgaggcaggcgaatcacttgagcccagaaggcagaggttgcagtgagccaagattgtaccactgcactccagcctgggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13709027 106 +  48394510 acctgtaatcccacctactcggaaggctgaggcaggagaatcacttgagcccaggaagcagaggttgcagtgagccgagattgcaccactgcactccagcctgggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14267648 106 +  46489110 acctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttaagcccacgaagcagaggttgcagtgagccgagatcgcaccactgcactgcagcctgggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39557.000000
s hg19.chr21     15558182 34 +  48129895 aacagagcgagactctgtctc--------aaaaaaaaaaaaa
s panTro2.chr21  14267754 42 +  46489110 aacagagcgagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13709133 37 +  48394510 aacagagcgagactctgtctc-----aaaaaaaaaaaaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163702407 34 - 196418989 aacagagtgagactctgtctc--------aaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 323

a score=165140.000000
s hg19.chr21     15558216 25 +  48129895 TTAGCAAAGTAACTTCTGATACTTA
s rheMac2.chr3  163702764 25 - 196418989 TTAGCAAAGTAACTTCTGAGACTTA
i rheMac2.chr3  I 323 C 0
s ponAbe2.chr21  13709170 25 +  48394510 TTAGCAAAGTAACTTCTGATACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14267796 25 +  46489110 TTAGCAAAGTAACTTCTGATACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-40795.000000
s hg19.chr21     15558241 32 +  48129895 AAAGTATGCTAAAGCaataattttataaaaat
s panTro2.chr21  14267821 32 +  46489110 AAAGTATGCTAAAGCaataattttataaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13709195 32 +  48394510 AAAGGATGCTAAAGCaataattttataaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163702789 32 - 196418989 AAAGTATGCTAAAGCaataattttataaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1680998.000000
s hg19.chr21     15558273 54 +  48129895 aattttaCCTGTTATTCTTCCAAGTTGACCATGAAATATCTTTCCAACAAATCC
s panTro2.chr21  14267853 54 +  46489110 aattttaCCTGTTATTCTTCCAAGTTGACCATGAAATATCTTTCCAACAAATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13709227 54 +  48394510 aattttaCCTGTTATTCTTCCAAGTTGACCATGAAATATCTTTCCAACAAATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163702821 54 - 196418989 aattttaCCTGTTATTCTTCCAAGTTGACCATTAAATATCTTTCCAACAAATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2447137.000000
s hg19.chr21     15558327 74 +  48129895 ACTGATATGAGCCCCTAAGCTCACACCTATGAAATGAAAATTGTCAAGAGATGCACCATGCTTCTGCAATTAAA
s panTro2.chr21  14267907 74 +  46489110 ACTGATATGAGCCCCTAAGCTAACACCTATGAAATGAAAATTGTCAAGAGATGCACCATGCTTCTGCAATTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13709281 74 +  48394510 ACTGATATGAGCCCCTAAGCTCACACCTATGAAATGAAAATTGTCAAGAGATGCACCATGCTTCTGCAATTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163702875 74 - 196418989 ACTGATATGAGCCCCTAGGCTCATACCTATGAAATGAAAATTGTCAAGAGATGCACCATGCTTCTGCAATTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83205.000000
s hg19.chr21     15558401 16 +  48129895 GAGAAAGGCAATATTA
s panTro2.chr21  14267981 16 +  46489110 GAGAAAGGCAATATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13709355 11 +  48394510 AAGG-----AATATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=197711.000000
s hg19.chr21     15558417 26 +  48129895 CAGTATTCATTTCAAGTAATAACAAA
s panTro2.chr21  14267997 26 +  46489110 CAGTATTCATTTCAAGTAATAACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13709366 26 +  48394510 CGGTATTCATTTCAAGTAATAACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=62859.000000
s hg19.chr21     15558443 32 +  48129895 TCATGCCCCCCTCATATATCGACATTTCAAAA
s panTro2.chr21  14268023 32 +  46489110 TCATGCCCCCCTCATATATCAACATTTCAAAA
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a score=257792.000000
s hg19.chr21     15558475 33 +  48129895 TTCATTA-TTTTTCTGGCTTGATTCATTTTGGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 335
s panTro2.chr21  14270245 60 +  46489110 gcagatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaacctcgtct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=13839.000000
s hg19.chr21     15560721  14 +  48129895 ctactaaaaataca
s panTro2.chr21  14270305  14 +  46489110 ctactaaaaataca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163705247  14 - 196418989 ctactaaaaataca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13711652 335 +  48394510 I

a score=145223.000000
s hg19.chr21     15560735 101 +  48129895 aaaattagct-gggcattgtggtgggca-ccagtaatcccagctactcgggtggctgatgca-ggagtatcacttgaccctgggaggtgcaggctgcagtgagc
s rheMac2.chr3  163705261  88 - 196418989 aaaattagct-gggcattgtggtgggca-cctgtaatcccagctactca--------------ggaaaaccacttgaacttgggaggtataggctgcagtgagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 335 C 0
s panTro2.chr21  14270319 101 +  46489110 aaaattagct-gggcattgtggtgggca-ccagtaatcccagctactcgggtggctgatgca-ggagtatcacttgaccctgggaggtgcaggctgcagtgagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=36114.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=59424.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163705376 49 - 196418989 gggtgacagagtgagactctgtctcaaaaaaa-aaagaaaaaaaaaaaGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13712162 69 +  48394510 A-TTTTTCTTTACTTTTACCAATTCACACTTGATTATATGCAAATATTTTAGCCATATATTTTAAAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14270495 69 +  46489110 A-TTTTTCTTTACTTTTACCAATTCACACTCGATTATATGCAAATATTTTAGCCGTATATTTTAAAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163705495 38 - 196418989 ACTTTAAGAATGTAATAATTGTAAAGTTTATTTCCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163705595 28 - 196418989 AAGatttttaaataaaacataataacta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14270664 28 +  46489110 AAGatttttaaataaaacctaataatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-167442.000000
s hg19.chr21     15561109 31 +  48129895 ctaaattttaatataatgttttaaaaataaC
s panTro2.chr21  14270692 31 +  46489110 ctaaattttaatataatgttttaaaaataaC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14270723 64 +  46489110 ACAGGATATGTCTAGGTATAGAATTATTCATTTAGGCAGACAAAGAAAAGATGGCTGCATACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13712390 64 +  48394510 ACAGGATATGTCTAGGTACAGAATTATTCATTTAGGCAGACAAAGAAAAGATGGCTGCATACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163705654 64 - 196418989 ACAAGATATTTCTAGGTATGGAATTATTCATTTAGGCAGACAAAGAAAAGATGGCTGCATACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15561204 10 +  48129895 TGGTATATCA
s rheMac2.chr3  163705718 10 - 196418989 TAGTATATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163705804 27 - 196418989 -TATATTGTATAGCATGTATAATACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13712705 308 +  48394510 CTACAATTACATTCATGTCTTCTTCATTCAGCAAAATCCTTAGGAAGTTCTGAAGCCATGATGGGACGGAGCCTACTAGTCTGTATCCATGAATAAGCCAGACTGTTTTCTTTTGTGTGTTGAAATTAACATTAAGTGAGTTATTGCGTTCAAACAGTGGCTCAGCACAGTTTAGGTTGTTCCTTGTATACATCATCAGAATGGTCTCTATTTTTGGAATAAATAAATCTCTGAAGGAATCCTTTACACTTAGCTGAGAGAATTCAAGGCATGGTCTTTTATTCTCTGAAATAAGAAAATGTCAGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13713043 67 +  48394510 GTTGCTATTGCAAAGAACAGAATTAAATGTGGAGGATAGGGAGGGTTTCATTTCATGAGCCCTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163706286 66 - 196418989 GTTGCTGTTGCAAAGAACAAAATTAAATGTGGAGTGT-GGGAAGACTTCATTTCATTAGCCCTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15561860 29 +  48129895 CATAATTTACTGAGCAACTGCAATGTTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 3 C 0

a score=306399.000000
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a score=-61812.000000
s hg19.chr21     15562082 25 +  48129895 ACAAAAGTTTTACAGAGTAGTCCTT
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a score=-104436.000000
s hg19.chr21     15562107 52 +  48129895 GTACAATAAGCATTAGCATAAAATATATTTAACTTGTCTAGTCATCAATACA
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a score=-5609.000000
s hg19.chr21     15562159 13 +  48129895 AAACAATAAAGTA
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a score=-43334.000000
s hg19.chr21     15562172 8 +  48129895 ATATTTTC
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a score=-418145.000000
s hg19.chr21     15562180 25 +  48129895 CCCataaaatttaaaatgtttcaaa
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e rheMac2.chr3  163707934 1154 - 196418989 I
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14279164 75 +  46489110 taaagaaggtctgggttatatcgaaccagaggtgtggaagggattaattgcaaaaagctaactaacttttaaggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13720916 75 +  48394510 taaagaaggtctgggttatatcaaaccagaggtatagaagggattaattgcaaaaagctaactaacttttaaggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163714075 71 - 196418989 taaagaaggtatgggttatatagaaccagaggtgtggaagggattaattgcaaaaag----ctaaattttaaggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14279594 123 +  46489110 aggagaacctatctcaaCAACAACAACAACAAATAATCAAAGTACATTTAAATGTGTGTACATTTTATTGTATTTATAGTAAACATCAATAAAATTAGTTTTAAAAAACTTATAGTAAAGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163714772 54 - 196418989 GTCATTCCGACCCATACAACAATCTAAAGGCAAAATTCCCAAATCACAAAAATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14279923 131 +  46489110 CAGAGCATAAGAACaaaaaattaatttatactattttaaatataagttaaagtagaaatataatttattaaaataaCATAATGCTTTTTTATTTTATGCCAATTGGAATCATCATACTAATGATAAAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 9041
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14285640 120 +  46489110 acatcacacactggggcctgttgtggggtgtgggttggggggagggatagcattaggagatatacctaatgttacatgacaa----------------gttaatgggtgcagcacaccaacatggcacatgtatac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13733350 120 +  48394510 atatcacacaccggggcctgttgtggggtgggggtagggaggagggatagcattaggagatatacctaatgttaaatgacga----------------gttaatgagtgcagcacaccaacatggcacatgtatac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163719168 412 - 196418989 I

a score=14379.000000
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s panTro2.chr21  14285760  66 +  46489110 atatgtaactaacctgcacgttgtgcacatgtaccctaaaacttaaaatataataaaaaaagaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13733470  65 +  48394510 atgtttaacaaacctgcgtgttgtgcacatgtaccct-aaacttaaaatataataaaaaaataaaG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163719168 412 - 196418989 I

a score=281187.000000
s hg19.chr21     15576183 294 +  48129895 aaagaaa----atgtggtacatatacaccatggaatactatgcagccttaaaaatgaatgagatcatagccttcacagggacacgaatggagctaaaggccattatccttagcaaattaacacagaaacagaaaaccaaatgccacatgttctcacttctaagtgggagctaaatgctgaaatcacatggacacatgggggagaacaacacacactgggccctgtttgtgggggttatggggagcgagagcatcaggaagaatatctaatggatgctaggcttaataTGTGTACTGGT
s rheMac2.chr3  163719580 294 - 196418989 aaagaaa----atgtggtacacatacaccatggaatactatgcagccttaaaaatgaatgagatcatagccttcgcagggacatgaatggagctaaaggccattatccttagcaaattaacacagaaacagaaaaccaaatgccacatgttctcacttttaagtgggagctaaacgctgagatcacatggacacatgggggagaacaacacacactgggccttgttcatgggggttaggggcagcgacagcaccaggaagaatagctaatggatgctaggcttaatacgtgcagtggt
i rheMac2.chr3  I 412 C 0
s ponAbe2.chr21  13733535 298 +  48394510 AAAGaaagaaaatgtggtacatacacaccatggaatactatgcagccttaaaaatgaatgagatcatagccttcgcagggacatgaatggagctaaaggccattatccttagcaaattaacacagaaacagaaaaccaaatgccacatgttctcacttccaagtgggagctaaatgctgagatcacatagacacatgggggagaacaacacacactgggccctgtttgtgggggttagggggagcgagagcatcaggaagaatagctaatggatgctaggcttaataTGTGTACTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14285826 298 +  46489110 aaagaaagaaaatgtggtacatatacaccatggaatactatgcagccttaaaaatgaatgagattatagccttcacagggacacgaatggagctaaaggccattatccttagcaaattaacacagaaacagaaaaccaaatgccacatgttctcacttctaagtgagagctaaatgctgaaatcacatggacacatggggcagaacaacacacactgggccctgtttgtgggggttacggggagcaagagcatcaggaagaatagctaatggatgctaggcttaataTGTGTACTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=163746.000000
s hg19.chr21     15576477 103 +  48129895 ATAAATAAATGTAGTGGTATTTAATTCAAAAATTTTCAGTTATATGATATAATCAATTACTATTTTTTGAAGGATGAGTGGGTTTAAGCCGGTTTAAACTAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13733833 103 +  48394510 ATAAATAAATGTAGTGGTATTTAATTCAAAAATTTTCAGTTATATGATATAATCAATTCCTATTTTTTGAAGCGTGAGTGGGTTTAAGCTGGTTTAAACTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14286262 152 +  46489110 AAGAGGTAGAAGGGTTTGGGAGGAGAGAGagaaaagaaggaaaagaaaacagaaagaagaggaaaagagaaaagaggaaaaaatgaaaaaagaaaTTTTTAAAAATACAGTACTgaaatacaccatgattgaatataagcattaatatcatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13733975 152 +  48394510 AAGAGGTAGAAGGGTTGGGGAGGAGAGAGagaaaagaaggaaaagagaacagaaagaagaggaaaagaaaaaagaggaaaaaatgaaaaaagaaaTTTTTAAAAATATAGTACTGAAATACACCATGACTGAACATAAGCATTAATATCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163720009 152 - 196418989 AAGATGTGGAAAGATTGGGGAGGAGAGAGagaaaagaaggaaaagaaaacagaaagaagaggaaaagagaaaaaaggaaaaaatgaaaaaagaaaTTTTTAAAAATACAGTACTGAAATACATCATGATTGAATATAAGCATTAATATCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 I 2
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  163720161 52 - 196418989 AAGTAAGTTCTGCTCAAATTAATGTATATCTGCAGTGCAATTCTAAAATAAC
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

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s panTro2.chr21  14286468 62 +  46489110 CTCAGTACGATAACTAAGGAGAGGCAGAAAGTGTATAAGAAAAATAAATGACATTTTGAAGA
i panTro2.chr21 I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  13734181 62 +  48394510 CTCAATACAATAACTAAGGAGAGGCAGAAAGTGTATAAGAAAAATAAATGACATTTTGAAGA
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  163720215 62 - 196418989 CTCAATACTATAACTAAGGAGAGGCAGAAAGTGTATAAGAAAAATAAATGATATTTTGAAGA
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163720309 82 - 196418989 AATAAACCAATTAAAAAGAGGCCTGTGAAACAGAACCAAAAATTGATAGACAGTTTAATGAAATAGAATGGGGACACCCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14286748 101 +  46489110 AAAGTATTCCACATaaaagtaaaattatatgaactagaagaatgatacagttaatatatatatgatctcagattgaagaataatttttcagcataaaaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15577192 65 +  48129895 aaggaagaaaccaggaagccaatagatttcatagcacatacatttaaaacatctgtacataaaga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163721070 1217 - 196418989 I

a score=91272.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-24314.000000
s hg19.chr21     15577841   34 +  48129895 AACACATGTATATATTTGTGCACATACCTCCCCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163721070 1217 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1217 C 0

a score=154253.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14292556 130 +  46489110 AAATGTCAACTTATTAAacaaacacatgcacacacacacgtacacacacaGAAGTTTTCTTAATAGTAATGTTTGTTATAATTAGTACCAATAATC-TAACATATTTTTATCCCATTATATCATAACATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15583044 53 +  48129895 TTTATCCCAGAATACAGACCACACTATTTTATATGCaatttttaaagataaat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13744467 53 +  48394510 TTTATCCCAGAATACAGACCACACTATTTTATATGCaatttttaaagataaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14292686 53 +  46489110 TTTATCCCAGAATACAGACCACACTATTTTATATGCaatttttaaagataaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=688870.000000
s hg19.chr21     15583156 29 +  48129895 ATACTCTCATTTGGAATCTGAGAAAAGCA
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s hg19.chr21     15583185 31 +  48129895 AAAACAGCACTCAATTCACCAAAAAGGAAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163727540 116 - 196418989 TCCGTAACTCACTGAGGTTTCTTTTTGGTAGGATCGTCACAGGCTGGCAGGTTCTACTGTAAAAGTTCACTGATTTTTGCTCCTCCCTCTTGGTTGAAAAGGTGAGGTAGTTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1356951.000000
s hg19.chr21     15583332 82 +  48129895 TTCTCCCACTTTAGCTTGTGGTTGTGGGAAGGATTTTTAAGTCACAGGCTCTGTAATAAGTCACAAACAAACCTTCAGCTAC
s panTro2.chr21  14292974 82 +  46489110 TTCTCCCACTTTAGCTTGTGGTTGTGGGAAGGATTTTTAAGTCACAGGCTCTGTAATAAGTCACAAACAAACCTTCAGCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13744755 82 +  48394510 TTCTCCCATTTTAGCTTGTGGTTGTGGGAAGGATTTTTAAGTCACAGGCTCTGTAATAAGTCACAAACAAACCTTCAGCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163727656 82 - 196418989 TTCTCCCATTTTAGCTTGTGGTTGTGGGAAGGATTTTTAAGTCACAGGCTCTGTAATAAGTCACAAACAAACCTTCAGCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1962199.000000
s hg19.chr21     15583414 72 +  48129895 ACAAGTTGAATTTAAGGGAATGATAAATCTAATTACATCTTTCTGTATTCCTTTTAACCTCAGGATTTCAGA
s panTro2.chr21  14293056 72 +  46489110 ACAAGTTGAATTTAAGGGAATGATAAATCTAATTACATCTTTCTGTATTCCTTTTAACCTCAGGATTTCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13744837 72 +  48394510 ACAAGTTGAATTTAAGGGAATGATAAATCTAATTACATCTTTTTGTATTCCTTTTAACCTCAGGATTTCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163727738 71 - 196418989 ACAAGTTGAATTTAAGGGAATGATAAATCTAATTACATCTTTCTGTA-TCCTTTTAACCTCAGGATTTCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2209719.000000
s hg19.chr21     15583486 91 +  48129895 AGCGGTCAGGAAAA-TATGCAAATGTGATGTTAGAAAATGCTAGAAATGGAAAGAGTCAGAAAAAGTTGTGGTTTATATTCACTTTGACTAC
s panTro2.chr21  14293128 92 +  46489110 AGCGGTCAGGAAAAATATGCAAATGTGATGTTAGAAAATGCTAGAAATGGAAAGAGTCAGAAAAAGTTGTGGTTTATATTCACTTTGACTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13744909 92 +  48394510 AGCGGTCAGGAAAAATATGAGAATGTGATGTTAGAAAATGCTAGAAATGGAAAGAGTCAGAAAAAATTGTGGTTTATATTCGCTTTGACTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163727809 92 - 196418989 AGTGGTCAGGAAAAATATGCAAATGTGATGTTAGAAAATGCTAGAAATGGAAAGAGTCAGAAAAAGTTGTGGTTTATATTCACTTTGATTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1879275.000000
s hg19.chr21     15583577 126 +  48129895 AAACTAAGATATCTTTATATACCATAAATCAATAATGAAAGCCATATCCATTAAGCTCTTTCAAGTATAAAAGATGAGCTTTTCATATTTATGTTATTTTACATCCCCAAAGCAGGGGCTATTTTA
s panTro2.chr21  14293220 126 +  46489110 AAACTAAGATATATTTATATACCATAAATCAATAATGAAAGCCATATCCATCAAGCTCTTTCAAGTATAAAAGATGAGCTTTTCATATTTATGTTATTTTACATCCCCAAAGCAGGGGCTATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745001 126 +  48394510 AAACTAAGATATCTTTATATACCATAAATCAATAATGAAATCCATATCCATCAAGCTCTTTCAAGTATAAAATATGAGCTTTTCATATTTATGTTATTGTACATCCCCAAAGCAGGGGCTATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163727901 126 - 196418989 AAACTAAGATATCTTTATATACCATAAATCAGTAATGAAATCCATATCCACCAAGCTCTGTCAAGTATAAAATATGAGCTTTTCATATTTATGTTATTTTACATCCCCAAAGCAGAGGCTATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=677117.000000
s hg19.chr21     15583703 136 +  48129895 ACATTCAAAATTTTGGCTCATCACTTGAGGCTAAAAGGTGaaaattataaaaaaaaaa-gtatttaatatGATGACCATTTTAAAATTAGCATACATTTTCTTTTTACATGTTTACTTAATTATCTTCTTTTCTTA---G
s panTro2.chr21  14293346 140 +  46489110 ACATTCAAAATTTTGGCTCATCACTTGAGGCTAAAAGGTGAAAATTATAAAAAAAAAAAGTCTTTAATATGATGACCATTTTAAAATTAGCATATATTTTCTTTTTACATGTTTACTTAATTACCTTCTTTTCTTACCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745127 140 +  48394510 ACATTCAAAATTTTGGCTCATCACTTGAGGCTAAAAGGTGAAAATTATCAAAAAAAAAAGTCTTTAATATGATGACCATTTTAAAATTAGCATACATTTTCTTTTTACATGTTTACTGAATTATCTTCTTTTCTTACCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728027 139 - 196418989 AAATTCAAAATTTTGGCTCATCACTTGAGGCTAAAAGGTGAAAATTATATTAAAAAAA-GTCTTTAATATGATGACCATTTTAAAATTAGCGTGCATTTTCTTTTTACATGTTTACATAATTATCTTCTTTTCTTACCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245509.000000
s hg19.chr21     15583839 41 +  48129895 CAATGGAC-TTTAGTAAGCAAGAAAAATTGGGAGTTGTTCTA
s panTro2.chr21  14293486 41 +  46489110 CAATGGAC-TTTAGTAAGCAAGAAAAATTGGGAGTTGTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745267 41 +  48394510 CAATGGAC-TTTAGTAAGAAAGAAAAATTGGGAGTTGTTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728166 42 - 196418989 CAGTGGACTTTTAGTAAGCAAGAAAAATTGGGAGTTGTTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=775840.000000
s hg19.chr21     15583880 73 +  48129895 AGTACATAAATTGAAAGtttaaaaattaa-ttcatttttaaaaaattCAAGTTTCTCTAAAGTTCCAAAAATAC
s panTro2.chr21  14293527 74 +  46489110 AGTACATAAATTGAAAGtttaaaaattaaattcattttttaaaaaatCAAGTTTCTCTAAAGTTCCAAAAATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745308 74 +  48394510 AGTACATAAATTGCAAGtttaaaaattaaattcattttaaaaaaattCAAGTTTCTCTAAAGTTCCAAAAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728208 74 - 196418989 AGTACGTAAATTACAAGTTTAAAAATTAAATTCATTTTTCAAAAATTCAAGTTTCTCTAAAGCTCCAAAAGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=263386.000000
s hg19.chr21     15583953 25 +  48129895 AGTAAGAACAGAAGTGTTTTTTGTA
s panTro2.chr21  14293601 25 +  46489110 AGTAAGAACAGAAGTGTTGTTTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745382 25 +  48394510 AGTAAGAACAGAAGTGTTTTTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728282 25 - 196418989 AGTAAGAACAGGAGTGTTTTTTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417845.000000
s hg19.chr21     15583978 74 +  48129895 TGTTATAAATCTGCAGAAACTAATCTGAGGTCTGGGGAAGTATTTGAGAAAATTCACAAACAAAATGAAGTATT
s panTro2.chr21  14293626 74 +  46489110 TGTTATAAATCTGCAGAAACTAATCTGAGGTCTGGGGAAGTATTTGAGAAAATTCACAAACAAAATGAAGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745407 74 +  48394510 TGTCATAAATCTGCAGAAACTAATCTGAGGTCTGGGGAAGTATTTGAGAAAATTCACAAACAAAATGAGGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728307 74 - 196418989 TGTTATAAATCTGCATAAACTAATCTGAGGTCTGGGGAAGTATTTGAGAAAATTCACAAACAAAATGAGGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377434.000000
s hg19.chr21     15584052 53 +  48129895 AGTTTAAAAA-AATCACAAACATTTAACTGCTGAGGAAGTTCCATCATTATTTT
s panTro2.chr21  14293700 53 +  46489110 AGTTTAAAAA-AATCACAAACATTTAACTGCTGAGGAAGTTCCATCATTATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745481 53 +  48394510 AGTTTTAAAA-AATCATGAACATTTAACTGCTGAGGAAGTTCCATCATTATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728381 54 - 196418989 AGTTTAAAAATAATCACGAAAATTTAACTGCTGAGGAAATTCCATCATTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=42938.000000
s hg19.chr21     15584105 45 +  48129895 GAACTGTCTGATCTCTGGGTGTTTTACATGAGATTTCCATTTTTT
s rheMac2.chr3  163728435 45 - 196418989 GAACCGTTTGATCTCTGGGTGTTTTACACGAGATTTCCATTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745534 45 +  48394510 GAACTGTTTGATCTCTGGGTGTTTTACATGAGATTTCCATTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14293753 45 +  46489110 GAACTATCTGATCTCTGGGTGTTTTACATGAGATTTCCATTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=330886.000000
s hg19.chr21     15584150 78 +  48129895 AAAAAATACCACCACTACAATTTGTTTGAAGACCAAAAATAATCTAGGTCCTTCCACAGCACTTAGCTGTAAGAACTG
s rheMac2.chr3  163728480 78 - 196418989 AAACAATATCACCACTACAATTTGTTTGGAGACCAAAACTAATCTAGGTCCTTCCACAGCGCTTAGCTGTAAGAGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745579 76 +  48394510 AAGAAATACCACCACTACAATTTGTTTGAAGACCAAAAATAACCTA-GTCCTTCCACAGCACTTAGCTGTAAG-ACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14293798 78 +  46489110 AAAAAATACCACCACTACAATTTGTTTGAAGACCAAAAATAATCTAGGTCCTTCCACAGCACTTAGCTGTAAGAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=170599.000000
s hg19.chr21     15584228 29 +  48129895 CACCTCTCTAACAAAGATATAAATAAGCC
s panTro2.chr21  14293876 25 +  46489110 CACCT----AACAAAGATATAAATAAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745655 29 +  48394510 CACCTCTCTAACAAAGATATAAATAAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728558 29 - 196418989 CACCTCTCTAACAAAGATGTAAATAAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190957.000000
s hg19.chr21     15584257 48 +  48129895 ACATCATTTCAGAATATGGGAAGAAAGATAATGTGTCATACATCCTAG
s panTro2.chr21  14293901 48 +  46489110 ACATCATTTCAGAATATGGGAAGAAAGATAATGTGTCATACATCCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745684 44 +  48394510 ACATCATTTCAG-ATGTGGGA--GAAGAT-ACGTGTCATACATCCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728587 48 - 196418989 ACATCATTTCAGAATATGGGAAGAAAGATAATGTGTCGTACCTCCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-181529.000000
s hg19.chr21     15584305 25 +  48129895 AACAAATTTTTCCTAACAAATTTTA
s panTro2.chr21  14293949 25 +  46489110 AACAAATTTTTCCTAACAAATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745728 21 +  48394510 AACAAATTTTCC----TACAGTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728635 25 - 196418989 AACAAATTTTTCCTAACAAGCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108052.000000
s hg19.chr21     15584330 39 +  48129895 CTTAATAAATTAAAATACAAATCTTTCCTCCTTCACTTA
s panTro2.chr21  14293974 39 +  46489110 CTTAATAAATTAAAATACAAATCTTTCCTCCTTCACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745749 39 +  48394510 CTTGATAAATTAAAATACAAATCTTTCCTCCTTCACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728660 39 - 196418989 CTTAATAAATTAAAATACAAATCTTTCCTCCGTCACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=216446.000000
s hg19.chr21     15584369 41 +  48129895 TAATTTCCTTTTCTCTTTGTGCTTTCAATGTGGCATTATAA
s panTro2.chr21  14294013 41 +  46489110 TAATTTCCTTTTTTCTTTGTGCTTTCAATGTGGCATTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745788 12 +  48394510 TAATTCCCTTTT-----------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 71
s rheMac2.chr3  163728699 36 - 196418989 TAATTTCCTTTTTTCTTTGTGCTTTCGACGCAG-----TAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=195719.000000
s hg19.chr21     15584410 25 +  48129895 TATGACTCTTGCACATTTACTTTCA
s panTro2.chr21  14294054 25 +  46489110 TATGACTCTTGCACATTTACTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728735 25 - 196418989 TATGAGTCTTGCACATTTACTTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13745800 71 +  48394510 I

a score=225393.000000
s hg19.chr21     15584435 48 +  48129895 TCTTTAT---------GAGTTCATACTGAAAAATACTGGCATATCAGGCAGTATAAT
s panTro2.chr21  14294079 48 +  46489110 TCTTTAC---------GAGTTCATACTGAAAAATACTGGCATATCAGGCAGTATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728760 57 - 196418989 TCTTTACAATTCTAAAGAGTTCATACTGAAAAATACTGGCATATCAGGCAGTATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13745800 71 +  48394510 I

a score=31860.000000
s hg19.chr21     15584483 30 +  48129895 ATAGAGTTTCAAAATTAAAAATCATGCTTC
s panTro2.chr21  14294127 28 +  46489110 ATAG--TTTCAAAATTAAAAATCATGCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728817 30 - 196418989 ACAGAGTTTCAAAATTTAAAATTATGCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13745800 71 +  48394510 I

a score=652051.000000
s hg19.chr21     15584513 113 +  48129895 TTCATTATCATGTATTTTGCCTACTGCCAATATGAGAAAGATGAGGTTATTAATGTTCATTGCATTAAATAGGAAAATATTGGGGGATGACAAAGTTACAAAATGCCAATAGT
s panTro2.chr21  14294155 113 +  46489110 TTCATTATCGTGTATTTTGCCTACTGCCAATATGAGAAAGATGAGGTTATTAATGTTCATTGCATTAAATAGGAAAATATTGGGGGATGACAAAGTTACAAAATGCCAATAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728847 113 - 196418989 TTCATTATCATGTATTTTACATACTGCTAATATGAGAAAGATGAGGTTATTAATGTTTATTGCCTTAAACAGGAAAATATTGGGGGATGACAAAGTTACAAAATTCCAATAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13745800  71 +  48394510 I

a score=-23092.000000
s hg19.chr21     15584626 19 +  48129895 TTAGTAAGAC--AATCTATTT
s panTro2.chr21  14294268 19 +  46489110 TTAGTAAGAC--AATCTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728960 21 - 196418989 TTAGTAAGACATAATCTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13745800 71 +  48394510 I

a score=62896.000000
s hg19.chr21     15584645 21 +  48129895 GAGCACTTGTTTAGTCCTCCT
s panTro2.chr21  14294287 21 +  46489110 GAGCACTTGTTTAGTCCTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163728981 21 - 196418989 AAGCACTTGTTTAGTCCTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13745800 71 +  48394510 I

a score=100757.000000
s hg19.chr21     15584666 89 +  48129895 TGGATATAAAAAATGATTGTAAGTAGCTTACATACACACTTACAATGTAAACATTAACTCAAAGGGGATGTTCatgatgatgatgtgat
s panTro2.chr21  14294308 89 +  46489110 TGGATATAAAAAATGATTGTAAGTAGCTTACATACACACTTACAATGTAAACATTAACTCAAAGGGGATGTTCatgatgatgatgtgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745871 89 +  48394510 TGGATATAAAAAATGATTGTAAGTAGCTTACATACTTAATTACAATGTAAACATTAACTCAAAGGGGATGTTCatgatgatgatgtgat
i ponAbe2.chr21 I 71 C 0
s rheMac2.chr3  163729002 87 - 196418989 TGGATATAAAAAATGATTGTAAGTAGCTTACATACACACTCACAA--TAAACATTAACTCAAAGGGGATGTTCatgatgatgatgtgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297626.000000
s hg19.chr21     15584755 51 +  48129895 gatgatgatgaagatTTaaaatttattgagccctatgtatcaggcgttctt
s panTro2.chr21  14294397 51 +  46489110 gatgatgatgaagatTTaaaatttattgagccctatgtaccaggcgttctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13745960 51 +  48394510 gatgatgatgaagatTTaaaatttattgagccctatgcaccagtcgttctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163729089 51 - 196418989 gatgacgatgaagatTTaaaatttattgagtcctatgcaccaggcgttctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35487.000000
s hg19.chr21     15584806 41 +  48129895 caagcactttacaagtGAGTTAATTAGTGTTT---GAGATGGAA
s panTro2.chr21  14294448 44 +  46489110 caagcactttacaagtGAGTTAATTAGTGTTTATTGAGATGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163729140 44 - 196418989 caagcactttacaagtaagttaattAGTGTTTATTGAGATAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=157327.000000
s hg19.chr21     15584847 50 +  48129895 AATCATTGTTTATCACAATATATTTTGTCACAACCTTTTATTAATTTGTC
s panTro2.chr21  14294492 50 +  46489110 AATcattgtttatcacaatatattttgtcacaaccttttattaatttgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13746105 22 +  48394510 AATGTGTCAAAATGTTTAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 87 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15585397 41 +  48129895 TTTTACTTTATTTCCttaaattttaacaatatttatttata
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163729944 118 - 196418989 gttccatttcagttgttcattcatttatgc---ttttattaactacctattgatttccaggcacagactttgttgttggggatacaaagtaaaGACGTTCATTTATTTAATCttaattatt
i rheMac2.chr3  I 33 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13747670 118 +  48394510 AAATGAAGAAAGGCTAGCTCTTTATAGAGTGTTACATGTATTTAACTCATTAAAACCTGATATATGACTAATGGTCCAGTAAATACTGAAAGTGAAGTGAATTATTTTTAACCTACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163730734 115 - 196418989 AAATGAAGAAAGGCTAGCTCTTTATAGAGTGTTACATGTATTTAACCCATTAAAACCTGATAAATGACTAACGGTCCAGTAAATACTGAAAGTGAAGTGAATTATTTTTAAC---CTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14296196 54 +  46489110 CTAGATTTATTACCATGCATGCATTCAATATGAGTTAAGAAACAGAACATGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13747788 54 +  48394510 CTAGATTTATTACCACGCATGCATTCAATATGAGTTAAGAAACACAACATGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=908101.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13747842 132 +  48394510 ACATTAGAAAAATTATATATTGAGATCATATTCTGAAAAAATTGCTAACTACAGGAGCTGACTTTCAGAGCTTATAATATTAACTAAGTACTCTAGAATTATAAGCACTATAAACTTATGTATGGCCAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163730903 132 - 196418989 ACATTAGAAAAATGATATATTGAGATCATATTCTGAGAAAATTGTTAACTACAGGAGCTGACTTTCAGAGTTCATAATATTAACTAAGTACTCTAGAATTATAAGCACTATAAACTTATGTACAGCTAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75252.000000
s hg19.chr21     15586743 29 +  48129895 AGGATATTATAACACCAAAATTATGCACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13747974 29 +  48394510 AGGATATTATAACACCAAAATTATGCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731035 29 - 196418989 AGGATATTAGAACACCAAAATTATGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=294299.000000
s hg19.chr21     15586772 39 +  48129895 TTTGTAGACAAAGAAGGATGCAAATTTCAATAGAACAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731064 39 - 196418989 TTTGTAGACAAATAAGGATGCAAATTTCAATAGAACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15586811 59 +  48129895 ATAATATGAACATTAATTACAAGTGTAGTTAAAGGTTTGTAGCATACGCACTCATATAC
s panTro2.chr21  14296450 59 +  46489110 ATAATATGAACATTAATTACAAGTGTAGTTAAAGGTTTGTAGCATACGCACTCATATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748042 59 +  48394510 ATAATATGAACATTAATTACAAGTGTAATTAAAGGTTTGTAGCACACGCACTCATATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731103 59 - 196418989 ATAATATGAACATTAATTACAAGTGTAGTTAAAGGTTTGTAGCATACACACTCATATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=211957.000000
s hg19.chr21     15586870 66 +  48129895 ATGCAATGGTTTAAACTGAAACCTGAAGATACAGCTTGCATATAAGAAGTGTCTGAGGGGAATTCA
s panTro2.chr21  14296509 66 +  46489110 ATGCAATGGTTTAAACTGAAACCTGAAGATACAGCTTGCATATAAGAAGTGTCTGAGGGGAATTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748101 66 +  48394510 ATGCAATGGTTTAAAGTGAAACCTGAAGATACAGCTTGCATTTAAGAAGTGTCTGAGGGGAATTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731162 66 - 196418989 ATGCAGTGGTTTAAAGTGAAACCTGAAGATAGAGCTCCCATATAAGAAATGTCTGAGGTGAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=288148.000000
s hg19.chr21     15586936 63 +  48129895 AGGAGGAAATATGTTGCTTTGATGAGATTTATGAAGTAAATGAATACAAATAAATCAAGAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748167 63 +  48394510 AGGAGGAAATATGTTGGTTTGATAAGATTTATGAAGTAAATGAATACAAATAAATCAAGAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731228 63 - 196418989 AGGAAGAAATCTGTTGGTTTGATAAGATTTATGAAGCAAATGAATACTAATAAATCGAGAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=610841.000000
s hg19.chr21     15586999 87 +  48129895 CTACACATAACAGAGACTTGCAAGTATCCATTCATTTGATCAACATATATTTATTTGCCTACAATATGAGTGTTTCCTTAACTCCTT
s panTro2.chr21  14296638 87 +  46489110 CTACACATAACAGAGACTTGCAAGTATCCATTCATTTGATCAACATATATTTATTTGCCTACAATATGAGTGTTTCCTTAACTCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15587086 111 +  48129895 CTTACTGTACCGCAACTCTACTGATGATAGAGGAAAGAAAAAGGAAAAAAAAAAATGGAGACAGGACTTATATCAGTTGAAGGTAACTACTGAAGTTACTAGCATTTATAT
s panTro2.chr21  14296725 109 +  46489110 CTTACTGTACCGCAACTCTACTGATGATAGAGGAAAGAAAAAGGAAAAAAAAA--TGGAGACAGGACTTATATCAGTTGAAGGTAACTACTGAAGTTACTAGCATTCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748317 109 +  48394510 CTTACTGTACCACAACTCTACTGATGATAGAGGAAAGAAAAAGGAAAAAAAAA--TGGAGACAGGACTTATATCAGTTGAAGGTAACTACTGAAGTTACTAGCATTTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731378 108 - 196418989 CTTACTGTACCACAACTATACTGATGATA-AGCAAAGAAAAAGGAAAAAAAAA--TGGAGACAGGACTTATATCAGTTGAAGGTAACTACCGAAGTCACTAGCATTTATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165409.000000
s hg19.chr21     15587197 63 +  48129895 TATATTTGTGAGGGTAGAAAGGCTGTCTCTCCCAAAGTATAAGCTTTAGGAGGTCAGACTTTT
s panTro2.chr21  14296834 63 +  46489110 TATATTGGTGAGGGTAGAAAGGCTGTCTCTCCCAAAGTATAAGCTTTAGGAGGTCAGACTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748426 63 +  48394510 TATATTTGTGAGGGTAGAAAGGCTGTCTCTCCCAAAATATAAGCTTTAGGAGGTCAGATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15587260 36 +  48129895 ATATTTCCCTTTGTTTTCCAAGAATTAAGCATTCAG
s rheMac2.chr3  163731549 36 - 196418989 ATATTTACCTTTGTTTTCCATGAATTAAGCATTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748489 36 +  48394510 ATATTTCCCTTTGTTTTCCAAGAATTAAGCATTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14296897 36 +  46489110 ATATTTCCCTTTGTTTTCCAAGAATTAAGCATTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=216195.000000
s hg19.chr21     15587296 30 +  48129895 AAAATACCTATTAAATGAAGTAACTATatt
s panTro2.chr21  14296933 30 +  46489110 AAAATACCTATTAAATGAAGTAACTATatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731585 30 - 196418989 AAAATACCTATTAAATGAAGTAACTATatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=468153.000000
s hg19.chr21     15587326 64 +  48129895 tagtccaatccattccttaagaaacagaatccgaattccaaagagaaattacttgttcaaagta
s panTro2.chr21  14296963 64 +  46489110 tagtccaatccattccttaagaaacagaatccgaattccaaagagaaattacttgttcaaagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748554 64 +  48394510 tagtccaatccattccttaagaaacagaatctgaattccaaagagaaattacttgttcaaagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731615 64 - 196418989 tagtccaatccattccttaagaaacagaatccgaattccaaagagaaatcacttgttcaaagta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=558429.000000
s hg19.chr21     15587390 77 +  48129895 ataaaactatgtaatgtcagagatcaattagaaattaggatttcctaaAATGTGTACCTTTTCATTAGAAAAGATGA
s panTro2.chr21  14297027 77 +  46489110 ataaaactatgtaacgtcagagatcaattagaaattaggatttcctaaAATGTGTACCTTTTCATTAGAAAAGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748618 77 +  48394510 ataaaactatgtaatgtcagagatcaattagaaattaggatttcctaaaatgtgtgccttttcATTAGAAAAGATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731679 77 - 196418989 ataaaactatgtaatgtcagagatcaattagaaattaggatttcctaaAATGTGTACCTTTTCATTAGAAAAGATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=237681.000000
s hg19.chr21     15587467 39 +  48129895 CTTTTTTTGGTCCATCAACCAGATAAAAGCATGCTTCCT
s panTro2.chr21  14297104 39 +  46489110 CTTTTTTTGGTCCATCAACCAGATAAAAGCATGCTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748695 39 +  48394510 CTTTTTTTGGTCCATCGACCAGACAAAAGCATGCCTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731756 39 - 196418989 CTTTTGTTGGTCCATCGACCAGATAAAAGCATGCTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=617517.000000
s hg19.chr21     15587506 116 +  48129895 CAATTCAAAATGAAATTTTATCACGATGCCAAACTAAAGGTCAAATAATGTTCTGATCACCTATATGATATTCATGAGATGATCTCAAGGTCCTATGTAGACGTATGGTAGCTTCA
s panTro2.chr21  14297143 116 +  46489110 CAATTCAAAATGAAATTTTATCACGATGCCAAACTAAAGGTCAAATAATGTTCTGATCACCTATATGATATTCATGGGATGATCTCAAGGTCCTATGTAGACGTATGGTAGCTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748734 116 +  48394510 CAATTCGAAATGAAATTTTATCACGATGCCAAACTAAAGGCCAAATAATGTTCTGATTACCTATATGATATTCATGGGATGATCTCAAGGTCCTATGTAGACGTATGATAGCTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731795 116 - 196418989 CAATTCAAAATGAAATTTTATCACGATGCGAAACTAAAGGTCAAATAATGTTTTGATTACCTATATGATATTCATGGGATGATCTCAAGGTCCTATGTAGACGTATGGTAGCTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=336621.000000
s hg19.chr21     15587622 42 +  48129895 GAAAGGAAGCCAAGTTAACAGTTGACAGCTGATTTATCAAAG
s panTro2.chr21  14297259 42 +  46489110 GAAAGGAAGCCAAGTTAACAGTTGACAGTTGATTTATCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748850 42 +  48394510 GAAAGGAAGCCAAGTTAACAGTTGACAGTTGATTTATCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163731911 42 - 196418989 GAAAGGAAACCAAGTTAACAGTTGGCAGTTGATTTATCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251115.000000
s hg19.chr21     15587664 72 +  48129895 TATTGAGATTCTAAGTTTTCTTTCTCCTTTCTTGTAATTTTATTGTTCATAAGACTTTTATTAAAAACAAAA
s rheMac2.chr3  163731953 71 - 196418989 TACTGAGATTCTAAGGTTTCTCTCTCCTTTCTTGTAATTTTATTGTTCTTAAGACTTTTATTAAAAAC-AAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748892 72 +  48394510 TACTGAGATTCTAAGTTTTCTTTCTCCTTTCTTGTGATTTTACTGTTCATAAGACTTTTATTAAAAACAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14297301 72 +  46489110 TATTGAGATTCTAAGTTTTCTTTCTCCTTTCTTGTAATTTTATTGTTCATAAGACTTTTATTAAAAACAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=216753.000000
s hg19.chr21     15587736 45 +  48129895 ATTATCCCCAAGAAAGAACTAAGCCTTTAGCCTGGTACACCATAT
s rheMac2.chr3  163732024 45 - 196418989 ATTATCCCCAAGAAAGAACTAAGCCTCTAGCCTGGTACACCATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13748964 45 +  48394510 ATTATCCCCAAGAAAGAACTAAACCTTTAGCCTGGTACACCATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14297373 45 +  46489110 ATTATCCCCAAGAAAGAACTAAGCCTTTAGCCTGGTACACCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=57034.000000
s hg19.chr21     15587781 20 +  48129895 ACAAAGTATAGCCCTGAAAC
s rheMac2.chr3  163732069 20 - 196418989 ACAAAGTATAGCCCTGAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13749009 20 +  48394510 ACAAAGTATAGCCCTGAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14297418 20 +  46489110 ACGAAGTAAAGCCCTGAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=89717.000000
s hg19.chr21     15587801 29 +  48129895 AAAGTACAGCCGTTGGATCCTGACACAAA
s rheMac2.chr3  163732089  9 - 196418989 AAAGCACAG--------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13749029 29 +  48394510 GAAGTGCAGCCATTCGATCCTGACACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14297438 29 +  46489110 AAAGTACAGCCGTTGGATCCTGACACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=174356.000000
s hg19.chr21     15587830 29 +  48129895 CCCTAGCTGCCATCCTCAAAAATTCTGGC
s rheMac2.chr3  163732098 27 - 196418989 CCCCAGCTGCCATCCTCAAAAA--CTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13749058 29 +  48394510 CCCCAGCTGCCATCCTCAAAAATTCTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14297467 29 +  46489110 CCCTAGCTGCCATCCTCAAAAATTCTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-65080.000000
s hg19.chr21     15587859 33 +  48129895 TTAGACACAAAACTGGCTCACTCTCACCAGTAT
s panTro2.chr21  14297496 33 +  46489110 TTAGACACAAAACTGGCTCACTCTCACCAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13749087 33 +  48394510 TTAGACACAAAACTGGCTCGCTCTCACCAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163732125 33 - 196418989 TTAGACACAAAACTTGCTCAGTCTCACCAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=64431.000000
s hg19.chr21     15587892 21 +  48129895 ATCCCTTGGTATTTGCTTTCT
s panTro2.chr21  14297529 21 +  46489110 ATCCCTTGGTATTTGCTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13749120 21 +  48394510 ATCCCTTGGTATTCGCTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163732158 21 - 196418989 ATCCCTTGGTATTCGCTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=319236.000000
s hg19.chr21     15587913 49 +  48129895 CAAGTTCCTTTTGGAGTCCACTTAAAACCTCTGCGACCAGTTTCAAAAA
s panTro2.chr21  14297550 49 +  46489110 CAAGTTCCTTTTGGAGTCCACTTAAAACCTCTGCGACCAGTTTCAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13749141 49 +  48394510 CAAGTTCCTTTTGGAGTCCACTTCAAACCTCTGTGACCAGTTTCAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163732179 49 - 196418989 CAAGTTCCTTTTGGAGTCCACTTAAAACCTCTGTGACCAGTTTCAAAAA
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a score=542935.000000
s hg19.chr21     15587962 71 +  48129895 CTCATCTAGGGAGCACTTTCTAGGAAAATAAACTTTAATTCTAGTTTTCTGTTGTATCCACATCCATGCAA
s panTro2.chr21  14297599 71 +  46489110 CTCATCTAGGGAGCACTTTCTAGGAAAATAAACTTTAATTCTAGTTTTCTGTTGTATCCACATCCATGCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     15588362 41 +  48129895 CGCTGGGGGCGTGGCCCTGGAGCCATGCCTcgcccccagcg
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s hg19.chr21     15588422 84 +  48129895 ccgcccccTCACCCAGGCGGCGCCGTAAAGCCGGAGAAGGGGCGGGGTCTCAGCTCCTACTTCATTCTACGGCCGAGACCGGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  13749735 68 +  48394510 GATGTTCCCTGCTCAGGAGGAGGCCGACAGGACCGTATTTGTGGGGAATTTAGAGGCCCGAGTTCGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14298173 68 +  46489110 GATGTTCCCTGCTCAGGAGGAGGCCGACAGGACCGTGTTTGTTGGGAATTTAGAGGCCCGAGTTCGGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163732920 150 - 196418989 GCATAGCGCGCACCTGGACCACCCGGAGCCCGGCCCCCTTCCGCCCCATCCTGAGCAGGGGTTTTAATTTGGTTTCGCTTTGGCGCACCTGTCTCCAGGTGAGCTGCTGGGGAGTGAAGTGATGGAGCATTCCGCCGTCCCCATTCCCGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13749884 149 +  48394510 ACATAGCGCGCACCTGGACCACCCGGAGCCCGGCCCCCTTCCGCCCCATCCTGAGCAGGGGTTTTAATTTACTTTCCCCTTGGCGCACCTGTCTCCAGGTGAGCGGCTGGGGAGTGAAATGAGGGAGCGTTCC-CCATCCCCATCCGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14298321 149 +  46489110 ACATAGCGCGCACCTGGACCACCCGGAGCCCGGCCCCCTTCCGTCCCATCCTGAGCAGGGGTTTTAATTTCGTTTCCTCTTGGCGCACCTGTCTCCAGGTGAGCGGCTGGGGAGTGAAATGAGGGCGCGTTCC-CCATCCCCATCCGCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15588803 19 +  48129895 TGCAGAGTCCTGGGGTTGG
s rheMac2.chr3  163733070 19 - 196418989 TGCAGAGTCCTGGGGGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15588822 129 +  48129895 GCAGGGACGTGGTTCCTTCAACCCCCGTTTCTGATTAAGGGCTTCCCAGAGGCTGCCTGGGCCTCGGGTGTGCGCGGGCAGAACCGAAAACAGCCTGGTCACTGTTCTCCGTCAAGTAGTAAGCACGCC
s rheMac2.chr3  163733089 125 - 196418989 GCAGGGACGGGGTTCCCTCAACCCCGGTTTCTGATTAAGGGCTTTCAAGAGGCTGCCTGGGCCTCGGGTGTGCTCAGGCAGAACCGAAAACCGCCTGGTCACTGTTC---GTCTACTAGTAAGCACG-C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750052 129 +  48394510 GCAGGGACGGGGTTCCCTCAACCCCCGTTTCTGATTAAGGGCTTCCCAGAGGCTGCCTGGGCCTCGGGTGTGCTCGGGCAGAACCGAAAACAGCCTGGTCACTGTTCTCCGTCAAGTAGTAAGCACGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14298489 129 +  46489110 GTAGGGACGTGGTTCCTTCAACCCCCGTTTCTGATTAAGGGCTTCCCAGAGGCTGCCTGGGCCTCGGGTGTGCGCGGGCAGAACCGAAAACAGCCTGGTCACTGTTCTCTGTCAAGTAGTAAGCACGCC
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a score=22301.000000
s hg19.chr21     15588951 87 +  48129895 TGACATCCCCCAAAAGGAGAGGGGTCGCTTTTATAATGTTTCCTTTTACACCTTGCTCCTTCCTTCAAGCCCTTTTATGCGGACAGT
s rheMac2.chr3  163733214 87 - 196418989 TGACATCCCGCAAAAGGAGAGAGGTCGCTTTTATAATGTTTCCTTTTACACCTTGCTTCTTCCTTCAAGTCCTTTTATGCGGAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750181 87 +  48394510 TGACATCCCCTAAAAGGAGAGGGGTCGCTTTTATAATGTTTCCTTTTACACCTTGCTCCTTCCTTTAAGCCCTTTTATGCGGAGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14298618 87 +  46489110 TGACATCCCCCAAAAGGAGAGGGGTCGCTTTTATAATGTTTCCTTTTACACCTTGCTCCTTCCTTCAAGCCCTTTTATGCGGACAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=592781.000000
s hg19.chr21     15589038 87 +  48129895 ATTTTTATTCCAGCATGAAAAGTGAGATTTGAGATGATTTGGCAGCCAACTTACCGTGACTGTGACCAGGTGATTCCCTGGACAAGG
s panTro2.chr21  14298705 87 +  46489110 ATTTTTATTCCAGCATGAAAAGTGAGATTTGAGATGATTTGGCAGCCAACTTACCGTGACTGTGACCAGGTGATTCCCTGGACAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750268 87 +  48394510 ATTTTTATTCCAGCATGAAAAGTGAGATTTGAGATGATTTGGCAGCCAACTTACCGTGACTGGGACCAGGTGATTCCCTGGCCAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733301 86 - 196418989 ATTTTTATTCCAGCATGAGAAGTGAGATTTGAGATGATTT-GCAGCCAACTTACCGTGACTGTGATCAGTTGGTTCCCTGGCCAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=406779.000000
s hg19.chr21     15589125 50 +  48129895 CCCTTTAATTCATACCAAGAGGACCTTCGGAAACTTTGAGATCTGGTACC
s panTro2.chr21  14298792 50 +  46489110 CCCTTTAATTCATACCAAGAGGACCTTCGGAAACTTTGAGACCTGGTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750355 50 +  48394510 TCTTTTAATTCGTACCAAAAGGACCTTCGGAAACTTTGAGACCTGGTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733387 50 - 196418989 CCCTTTCATTTATGCCAAGAGGACCTTCAGAAACTTTGAGACCTCGTACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-169596.000000
s hg19.chr21     15589175 53 +  48129895 TCTAGGATTAAGCCTGCTGTGTCCTGTATACACGCTCACTTATCGTATTGTCC
s panTro2.chr21  14298842 53 +  46489110 TCTAGGATTAAGCCTGCTGTGTCCTGTATACACGCTCACTTATCGTATTGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750405 53 +  48394510 TCTAGGATTAAGCCTGCTGTGTCCTGTATACACGCTCACTTATCATATTGTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733437 53 - 196418989 TCTAGGATTAAGCCTGCTGTGTCCTGTGTACACGCTCACTTACCGTATTGTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=362215.000000
s hg19.chr21     15589228 30 +  48129895 TATACAGCTAGGTATCACTTGCCAAAAAGA
s panTro2.chr21  14298895 30 +  46489110 TATACAGCTAGGTATCACTTGCCAAAAAGA
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s ponAbe2.chr21  13750458 30 +  48394510 TATACAGCTAGGTCTCACTTCCCAAAAAGA
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a score=250427.000000
s hg19.chr21     15589258 21 +  48129895 TACACTCATTCAGCCATTCCC
s panTro2.chr21  14298925 21 +  46489110 TACACTCATTCAGCCATTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750488 21 +  48394510 TACCCTCATTCAGCCATTCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733520 21 - 196418989 TACCGTCATTCAGCCATTCCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=440643.000000
s hg19.chr21     15589279 48 +  48129895 CTAACCGTGTAATGATCCGGAATTACGGGGCAAATACT---GAGGGTGCTG
s panTro2.chr21  14298946 48 +  46489110 CTAACCGTGTAATGATCCGGAATTACGGGGCAAATACT---GAGGGTGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750509 48 +  48394510 CTAACCGTGTAATGATCCGGAATTACGGGGCAAATACT---GAGGGTGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733541 47 - 196418989 CTAACCGTGTAATGATCGGGAATTAC----CAAATACTAAGGAGGGTGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=81152.000000
s hg19.chr21     15589327 39 +  48129895 GGAAAACAAATTGACGAGACATCCTTTTATCTTCCTAAC
s panTro2.chr21  14298994 39 +  46489110 GGAAAACAAATTGACGAGACATCCTTTTACCTTCCTAAC
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s ponAbe2.chr21  13750557 39 +  48394510 GGAATACAAATTGAAGAGACACCCTTTCATCTTCCTAAC
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a score=289470.000000
s hg19.chr21     15589366 83 +  48129895 AGGGAGAACTTAAAATTACAATGTTTACGATAATCTAtaaaaagagaaggg-acatagatagaaaagtggttccgcgtgcgaac
s panTro2.chr21  14299033 84 +  46489110 AGGGAGAACTTAAAATTACAATGTTTAGGATAATCTATAAAAAGAGAAGGGGACATAGATAGAAAAGtggttccgagtgcgaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750596 84 +  48394510 AGGGAGAACTTAAAATTACAATGTTTAGGATAATCTAtaaaaagggaaggggacatagatagaaaagtggttccgagtgcgagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733627 69 - 196418989 AGGGAGAACTTAAAATTACAG---------------ATAAAAagtgaagaggacatagatagaaaagtggttccgagtgcgagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1098615.000000
s hg19.chr21     15589449 102 +  48129895 tctgaggtcagcagtgtgactctgagcctgtcaatgaattcctcagtgcttcagtttccttatatgtcaaaagagagtagtagtatctgcagtataatgtgg
s panTro2.chr21  14299117 102 +  46489110 tctgaggtcagcggtgtgactctgagcctgtcaatgaattcctcagtgcttcagtttccttatatgtcaaaagagagtagtagtatctgcagtataatgtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750680 102 +  48394510 tctgaggtcagcagtgtgactctgagcctgtcaatgaattcctcagtgcctcagtttccttatatgtcaaaagagagtagtcgtatctgcagtataatgtag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733696 102 - 196418989 tctgaggtcagcagtgtgactttgagcctgtcaatgaattcctcagtgcctctgtttccttatatgtcaaaagagagtaataggatctgcagtataatgtgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-25465.000000
s hg19.chr21     15589551 41 +  48129895 ctatcggaatatgtggcctaatggtaaaatggctacagctg
s panTro2.chr21  14299219 41 +  46489110 ctatcggaatatgtggcctaatggtaaaatggctacagctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750782 41 +  48394510 ctgtcggaatatgtggcctaatggtaaaatggctacagctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733798 41 - 196418989 ctgtcggaatagatggcctaatggtaaaatgGCTACAGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=-229594.000000
s hg19.chr21     15589592  8 +  48129895 agtc-----------------------------------------------------------------------------tagc
s rheMac2.chr3  163733841 85 - 196418989 AGTCATTTTAACTCATTTATGAGTGatatattcatttatcactcattatatattcatttatcactcatATACTCATTATGATAGC
i rheMac2.chr3  I 2 I 7
s ponAbe2.chr21  13750823  8 +  48394510 agtc-----------------------------------------------------------------------------tagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14299260  8 +  46489110 agtc-----------------------------------------------------------------------------tagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-303810.000000
s hg19.chr21     15589600 57 +  48129895 acTCGCTGTTTGCTACCGCTACTACTGCTAATGGTACTGCTGTTATTATTAGTAATA
s panTro2.chr21  14299268 57 +  46489110 acTCGCTGTTTGCTACCGCTACTACTGCTAATGGTACTGCTGTTATTATTAGTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750831 57 +  48394510 gcTCACTGTTTGCTACCGCTACTACTGCTAATGGTACTGCTGTTATTATTAGTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733933 54 - 196418989 ACTCACTGTTTGCTACCGCTACTACTGCTAGTGGTACTGCTGTTA---TTAGTGATA
i rheMac2.chr3  I 7 C 0

a score=177591.000000
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s panTro2.chr21  14299325 34 +  46489110 ATACTAACATCAAGAGAAATCAATAGTTACTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750888 34 +  48394510 ATACTAACATCCAGAGAAATCAATAGTTACTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163733987 34 - 196418989 AGACTAACATCAAGAGAAATCAATAGTTACTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=798830.000000
s hg19.chr21     15589691 86 +  48129895 TCCTATCAGAATAAGGGAAAGTTCCGAGGGAGGCAATTACAGAACTAAATTTTCAGGATTGAATGGGTCAAAGGGGTCCTTTATTT
s panTro2.chr21  14299359 85 +  46489110 TCCTATCAGAATAAGGGAAAGTTCCGAGGGAGGCAATTACAGAACTAAATTTTCAGGATTGAATGGGTCAAAGGGGTCCTT-ATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13750922 86 +  48394510 TCCTATCAGAATAAGGGAAAGTTCCGAGGGAGGCAATTGCAGAACTAAACTTTCAGGACTGAATGGGTCAAAGGGGTCCTTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163734021 82 - 196418989 TCCTATCAGAATAAGAGAAGGTTCCGAGGGAGTCGTTTGCAGAACTAAATTTTCAGGATTGAATGGGTCATACGGGTT----ATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15589777 48 +  48129895 GGTTGTGAAAGGACTTACTTTTGTCTCGAAACTTAACTAAAGCAACCC
s panTro2.chr21  14299444 48 +  46489110 GGTTGTGAAAGGACTTACTTTTGTCTCGAAACTTAACTAAAGCAACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13751008 44 +  48394510 GGTTGTGAAAGG----ACTTTTGTCTCTAAACTTAACTAAAGCAACCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163734103 46 - 196418989 GGTTGTGAAAGGACTTACTTTTGTCTCTAAAC--AACTAAAGCAACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235564.000000
s hg19.chr21     15589825 70 +  48129895 TCTTTTAATTGTAGATACAATTTGGTAGAGAGGGTTCTTTCCAGGAATACAGTTTCCTTTCCTGGACGTA
s panTro2.chr21  14299492 70 +  46489110 TCTTTTAATTATAGATACAATTTGGTAGAGAGGGTTCTTTCCAGGAATACAGTTTCCTTTCCTGGACGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13751052 70 +  48394510 TCTTTTAATTACAGATAAAATTTGGTAGAGAGGGTTCTTTCCAGGAATACAGTTTCCTTTCCTGGACGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163734149 70 - 196418989 TCTTTTGATTATAGATACAATTTGGTAGAGAGGGTTCTTTCCAGAAATGCAGTTTCCTTTCCTGGACGta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15589895 67 +  48129895 AA--ACTTTTTTATTATTTGAAAAATATTATTGATTTTAAGACTTTTAGGTTCATCCTTTTAATTCATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13751122 62 +  48394510 AA--ACTTTTTTATTATTTGAAAAATATTATTGATATTAAGACTTTTAGTTTCATCCTTTT-----ATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163734219 69 - 196418989 aattttttttttattatttGAAAACTATTTTTGATTTTAAGACTTTCAGGTTCATCCTTTTAATTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-19359.000000
s hg19.chr21     15589962 58 +  48129895 TTTTTAAACTTGCCTCCTTTTTTATGAACTCTAATCCATATCTGTTTTTTCATTCAGT
s panTro2.chr21  14299629 58 +  46489110 TTTTTAAACTTGCCTCCTTTTTTATGAACTCTAATCCATATCTGTTTTTTCATTCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13751184 56 +  48394510 TTTTTAAACTTCCCTCCTTTTTTATGAA--CTAATCCATGTCTGTTTTTTCATTCCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163734288 58 - 196418989 TTTGTAAATGTGTCTCCTTTTTTATCAGCTCTAATCCATGTCAGTTTTTTCATTCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15590020 8 +  48129895 ATCATTTA
s panTro2.chr21  14299687 8 +  46489110 ATCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15590028 137 +  48129895 AAACTTACTATATTAAGTTAAAAAAAACAACAACAAAAACCGAAAGAAATATAAAGTAAACTTAGAGTTATTTTTCTCCAGAAGACTTCTTTCACTTTGAGCCTCCAAAAAAAGGAGAGTGGAAGACTGGGGTGGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13751248 136 +  48394510 AAACTTACTATATTAAGTTAAAAAAAA-AACACCAAAAACCGAAAGAAATATAAAGTAAACTTAGAGTTGTTTTCCTCCAGAAGACTTCTTTCACTTTGAGCCTCCAAAAAAAGGAGAGTGGAAGACTGGGGTGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163734354 137 - 196418989 AAACTTACTATATTAAGTTAAAAAAAAAAAAACCAAAAACCGAAAGAAATATAAAGTAAACTTAGAGTTGTTTTTCTCCAGAAGACTTCTTTCACTCTGAGCCTCAAAAAAAAGGAAAGTGGAAGACTAGGGTGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-129310.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=217847.000000
s hg19.chr21     15590273 52 +  48129895 TTCCACCTAAGCaaaatataaattttatttaataGATCAGGTAAGAAGCATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13751487 48 +  48394510 TTCCACCTAAGCaaaatataaattttattta----atCAGGGAAGAAGCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14299940 52 +  46489110 TTCCACCTAAGCaaaatataaattttatttaataGATCAGGTAAGAAGCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=76419.000000
s hg19.chr21     15590325 19 +  48129895 AGTTCTTATTTTTGTCTAG
s rheMac2.chr3  163734651 19 - 196418989 AGTTCTTATTTTTGTCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=246844.000000
s hg19.chr21     15590344 101 +  48129895 GTATTGAAAGGAATTGCCAAAGTGGAGTTTCTCTTCCACTTTAGACTT-CAACACCCAGCAAAACTTGACAACTATCACACTATGTATTTCATTGTGATTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163734670 102 - 196418989 ATATTGAAAGGAATTGCCAAAGTGGAATTTCTTTTCCACTTTAGGCTTCCAACACCCAGCAAAACTTGACAACTATCACACTATGTATTTCATTGTGGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1740.000000
s hg19.chr21     15590445 17 +  48129895 AAAAATACTGTAAGATA
s panTro2.chr21  14300112 17 +  46489110 AAAAATACTGTAAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=270535.000000
s hg19.chr21     15590462 59 +  48129895 GTGTGATTGTTGCTAAAAGTAAGTCTTCATGTTGACTTTTATCTTTACAAATGCTTTGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15590521 66 +  48129895 AT-ATCTAAATTTATGTCAAAATTCAAATCACGTAAGCATGTTCTGTCCCATAGTGATTACATCTAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-147115.000000
s hg19.chr21     15590587 43 +  48129895 TTAATATCTGTATAAAAATCACCAATTTTATTGGTT---TTTATAT
s panTro2.chr21  14300255 43 +  46489110 TTAATATCTGTATAAAAATCACCAATTTTATTGGTT---TTTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13751797 43 +  48394510 TTAATATCTGTATAAAAATCACCAGTTTTATTGGTT---TTTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-16616.000000
s hg19.chr21     15590630 24 +  48129895 TACAGTATATTTATCCTTTTACTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=149387.000000
s hg19.chr21     15590654 66 +  48129895 TTTTCTTTCAAATTTCTGATTATACTTGGAAATGAGAAAATCAGATTTATTATCATTACACTTTTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=34603.000000
s hg19.chr21     15590720 28 +  48129895 ATACTAGAGTTGAGATTTAGAGAAAATA
s panTro2.chr21  14300388 28 +  46489110 ATACTAGAGTTGAGATTTAGAGAAAATA
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s ponAbe2.chr21  13751930 28 +  48394510 ATACTAGAGTTGAAATTTAGAGAAAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=443539.000000
s hg19.chr21     15590748 30 +  48129895 TGGTGAATTCAGTTTCAAATATGTTGAGAT
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s ponAbe2.chr21  13751958 30 +  48394510 TAATGAATTCAGTTTCAAATATGTTGAGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=482640.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15591707 87 +  48129895 GAAAATACAAAGAAAGTGTGAGGAAGTGTAATATTTATTATTAGAAAGATACATTATTAGCAGAGCTACATAAAGATATTGCTAACA
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s hg19.chr21     15591794 13 +  48129895 CATTTCTTTAGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163736112 13 - 196418989 CATTTCTTTAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-37017.000000
s hg19.chr21     15591807 21 +  48129895 TAAAGTTGAATTTACTTATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13753015 21 +  48394510 TAAAGTTGAATTTACTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=340116.000000
s hg19.chr21     15591828 22 +  48129895 GAGTATAAAAAAAATCTTTGGA
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s hg19.chr21     15591850 21 +  48129895 TTTATGAGAAAATAATTTTTA
s panTro2.chr21  14301518 21 +  46489110 TTTATGAGAAAATAATTTTTA
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s ponAbe2.chr21  13753057 21 +  48394510 TTTATGAGAAAATAATTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=8710498.000000
s hg19.chr21     15591871 191 +  48129895 AGTTTCTTATAGGCGGGGCCACTAACCAAAGTGACTATATGCAAAGACAGAGAAGGAAAGCCAAAGTCTTTTGGATTTGTCTGCTTTAAACACCCAGAATCGGTGTCTTATGCCATAGCTTTGCTGAATGGAATTCGTTTATATGGAAGACCAATTAACGTGCAGTATCGATTTGGTAGGTCCTGTCACTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13753078 191 +  48394510 AGTTTCTTATAGGCGGGGCCACTAACCAAAGTGACTATATGCAAAGACAGAGAAGGAAAGCCAAAGTCTTTTGGATTTGTCTGCTTTAAACACCCAGAATCGGTGTCTTATGCCATAGCTTTGCTGAATGGAATTCGTTTATATGGAAGACCAATTAACGTGCAGTATCGATTTGGTAGGTCCTGTCACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14301539 191 +  46489110 AGTTTCTTATAGGCGGGGCCACTTACCAAAGTGACTATATGCAAAGACAGAGAAGGAAAGCCAAAGTCTTTTGGATTTGTCTGCTTTAAACACCCAGAATCGGTGTCTTATGCCATAGCTTTGCTGAATGGAATTCGTTTATATGGAAGACCAATTAACGTGCAGTATCGATTTGGTAGGTCCTGTCACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-329168.000000
s hg19.chr21     15592062 22 +  48129895 ATTAATCTTCAAAGTGTTTTGT
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a score=657292.000000
s hg19.chr21     15592084 55 +  48129895 GGTTGGTACTATTCTCAGAGTTGTAAGCAATTTGTTTCCTATGTAGTATAAGACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=166362.000000
s hg19.chr21     15593494 45 +  48129895 TTTTAAAAATATTTCTCATCAAAGGTAAAGCAAATATATTTTTAT
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s hg19.chr21     15593539 21 +  48129895 GCCAAGAGGAGTTTTTATATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13754789 71 +  48394510 CTAGGATAAAATTAAGGAATATCTTTTTT--CCGAGCCCATGAAAAGTGATAGAAAATATTCTCATTTAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163737938 72 - 196418989 ATAGGATAAAATTAAGGAATATTTGTTTTT-CTGAGCCCATGAAAAGTGATAGAAAATATTTTCATTTAAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14303332 70 +  46489110 TCAGTCTTAATATTTTCAGTAGTAGGGGGTAGAGACTTATATTTGTAGTTTTTT----ATAGTTttctacatgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13754860 69 +  48394510 TCAGTCTTAATATTTTCAGTAGTAGGGGGTAGAGActtatatttgtag-ttttt----atagttttctacatgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163738010 74 - 196418989 TCAGTCTTAATATTTTCAGTAGTAGGGGATAGAGACTTACATTTGTAGTTTTTTTTAAATAGTTTTCCACATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=901997.000000
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s panTro2.chr21  14303402 73 +  46489110 ttttcatagctgttaaatcatttaagcatacaagatttcatcatggatcacagggatactgttatttatattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13754929 73 +  48394510 ttttcatagctgttaaatcatttaagcatacaagatttcatcatggatcacagagatactgttatttatattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13755002 167 +  48394510 tatatttgagtaaatggagttgcaaaagttaaccagttcttaaggtcacaggatgataaagtgctagctttgaaactaagccttctgacattaagccATTCAATTAATTATTTTACTTTTTGAAATAACTTCTCTGTGTTAATTTTCAAACTCTTCTAGAATTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163738384 108 - 196418989 GAGGTCATGAAACTGAAAGGCTCCCACACTAAATGAAAATGTTCAAATTACACTTTTTTTTTACATCCATTCTAAAAACAATGAAAAGCAAGAAGAAAGATATCGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14304063 70 +  46489110 CTTTGCATTCTCTTTGCATTTCTTCT--TTTTTTTAATGTTTGGCTTCATCATGCTCTCTGGTACTGTCCGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14304133 66 +  46489110 TTAACTTACACAGGCTGATAGAATAGGTCAGGGTATATTATGTTCCGatatatcatatagatgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15594533 94 +  48129895 gatatagatagagatctatatctatatatagaggagaggaatagatatactctattcagagtagacatatagatctatgtatctctatatagat
s rheMac2.chr3  163738885 90 - 196418989 gatgtagat----atctatatctatatatagaggagagaaatagatatactctattcagagtagagatatagatctacatacctctatatagat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13755714 94 +  48394510 gatatagatagatatctatatctatatatagaggagaggaatagatatactctattcagagtagagatatagatctatgtatctctatatagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14304199 94 +  46489110 gatatagatagagatctatatctatatatagaggagaggaatagatatactctattcagagtagacatatagatctatgtatctctatatagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15594627 38 +  48129895 acttatatataGAGAGAGAAGTATAGCTCTACTAGCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13755808 38 +  48394510 atttatatataGAGAGAGAAGTATAGCTCTACTAGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163738975 36 - 196418989 a-ttatatataGAGAGAGAAGTATTGCTCTACTAGCT-
i rheMac2.chr3  C 0 I 28

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s panTro2.chr21  14304331 21 +  46489110 CATTTCTAATGTTTATCATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13755846 21 +  48394510 CATTTCTAATGTTTATCATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163739011 28 - 196418989 I

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s hg19.chr21     15594686 9 +  48129895 TAACAGTAT
s ponAbe2.chr21  13755867 9 +  48394510 TAACAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14304352 9 +  46489110 TAACAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163739039 2 - 196418989 -------AT
i rheMac2.chr3  I 28 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13755876 166 +  48394510 GAGTGTCATCCATACCGCTTTTTTC-CTTGTCTTCTTTAGCAGAACTGAGTATTCTCAAGTAAACTAACAATAGCTGACCCTCCTATCCCTTTTAGTTATATCAACCCTCTGAACATAGGAGAGTGGCCCCTTGGGACTGTCAAATAGCCAGATTTATCTTTCAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163739041 166 - 196418989 GTATATCGTCCATACTGCTTTTTTT-CTTGTCTTCTTTGGCAGAAGTGAATATTCTCAAGTAAACTAACAATAGCTGACCCTTTTATCCCTTTGTGTTATATCAACCCTCTGAACATAGGAGAGTGGCCCCTCGGGACTGTCAAATATGCAGGGTTACCTTTCAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=201706.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=116769.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14305034 61 +  46489110 GGAAGAGAAAAGACTAGATGGGCACTAGAATATAGCAGTCAAACTCTGGTATTTTCTAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13756548 61 +  48394510 GGAAGAGAAAAGACTAGATGGGCACTAGAATATAGCAGTCAAACTCTGGTATTTTCTAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14305390 265 +  46489110 gctgtaacaaagtaccgcgaacagagtacttaagcaatagctattcatagtctcatagttctgaaggctagacatccaagataaaggtgtcagcagcattgtttctttatgagagctatcagaaataatctgtttcat------------gcttctggtggtttgatgtcaatctttggtatttttcagcctgtagaagcattaccaagatctccacctttatcttcacatggtgttcttcctgtgggtaaccatactgtagtttgaatgtgtccct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13756904 277 +  48394510 gctgtaacaaagtatcacaaacagagtacttaagcaatagctattcattgtctcatagttgtgaaggctagacatccaagaaaaaggtgtcagcagcattgtttctttatgagagctatcagaaataatctgtttcatgcctctcccctagcttctggtggtttgatgtcaatctttggtatttttcagcctgtagaagcattaccaagatctccacctttatcttcacatggtgttcttcctgtgGGTAACCGtactgtagtttgaatgtgtccct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163740082 272 - 196418989 gctgtaacaaagtat----gacagagtacttgagcaatagctgttcattgtctcatagttctgaaggctagacatccaagataaaggtgtcagcagcattgtttccttatgagagctatcagaaatcatctgtgtcatgcctctccctcagcttctggtggtttgatgtcagtcgttggtgtttttcagcttgtagaagcattgccaagagat-cacctttatcttcacatggcattcttcctgtgggcttctgtactgtagtttgaatgtggccct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15595987 60 +  48129895 caaaagttcatatgttgaaattttggtccccagtgcagcagtgttgagatgtgggacctt
s panTro2.chr21  14305655 60 +  46489110 caaaagttcatatgttgaaattttggtccccagtgcagcagtgttgagatgtgggacctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13757181 60 +  48394510 caaaagttcatatgttgaaattttggtccccaatgcagcagtgttgagatgtgggacctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163740354 60 - 196418989 caaaagttcatatgttgaaattttggtccccagtgccgcagtgtggagacgggggacctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=176300.000000
s hg19.chr21     15596047 111 +  48129895 tgggaggtgattgggtcatgaaggctatgccctcatgtatattttaattcattaatggattattggattaattggttattgaggaagtgggtttgttatcacaagtagatc
s rheMac2.chr3  163740414 111 - 196418989 tgggaggtgactgggtcatgaaggctctgccctcatgtatattttaattcattcatggattattggattaattggttattgaggaaatgggtttgttatcacaagtagatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13757241 111 +  48394510 tgggaggtgattgggtcatgaaggctatgccctcatgtatattttaattcattaatggattattggattaattggttattgaggaagtgggtttgttatcacaagtagatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14305715 111 +  46489110 tgggaggtgattgggtcatgaaggctatgccctcatgtatattttaattcattaatggattattggattaattggttattgaggaagtgggtttgttatcacaagtagatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=332688.000000
s hg19.chr21     15596158 223 +  48129895 tgttgtaaaagccagtttggccatctctcgtgagctcctcctgcctgtgatgacttctgccatgttataacatagtagagctcaccagaagctaaccataaccaccttcaccagaagccacctgatcttggactctccagcctgaagaaccatgagccgaaatacatctcttttcttcataaca-aacagagtacctgtttgttata-----------taataccagtttgttat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13757352 235 +  48394510 tgttgtaaaagccagtttggccatctctcgtgagctcctcctgcctgtgatgacttctgccatgttataacacagtatagctcaccagaagctaaccataaccaccttcaccagaagccacctgatcttggactctccagcctgaagaaccatgagccgaaataaatctcttttctttgttatataatataataccagtttgttatattattgttatataataccagtttgttat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14305826 206 +  46489110 tgttgtaaaagccagtttggccatctctcgtgagctcctcctgcctgtgatgacttctgccatgttataacatagtagagctcaccagaagctaaccataaccaccttcaccagaagccacctgatcttggactctccagcctgaagaaccatgagccgaaatacatctcttttcttcataaca-aacagagtacctgtttgttata----------------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14306032 44 +  46489110 -acaaacaggtattgtgttataacaacagaaaatggactaaaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13757587 45 +  48394510 aacaaacaggtattgtgttataacaacagaaaatggactaaaaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163740748 45 - 196418989 aacaaacaggtattgtgttgtaacaacagaaaatggactaaaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14306076 62 +  46489110 gtctgtcttcaaatttcccctttttaatcaggatgccactcatattgtattaggcacccatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=367425.000000
s hg19.chr21     15596536 82 +  48129895 ttttccaaataaggtaacattctgagatactgggatttaggactttaacagctgaattttggggagacatgtcagcccatca
s rheMac2.chr3  163740902 74 - 196418989 ttttccaaataaggtaacattctgatatactggggtttaggact--------taaattttggggagacatgtcagcccatCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13757742 82 +  48394510 ttttccaaataaggtaacattctgagatactgggatttaggactttaacagctgaattttggggagacatgtcagcccatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14306186 82 +  46489110 ttttccaaataaggtaacattctgagatactgggatttaggactttaacagctgaattttggggagacatgtcagcccatca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=329484.000000
s hg19.chr21     15596618 50 +  48129895 caCTTCTGAATTTACATGTGATTCCTCTATGCAGACAACTTTGCATCCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163740976 50 - 196418989 GACTTCCAAATTTACATGTGGTTCCCCTATGCAGACAACTTTGCATCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70517.000000
s hg19.chr21     15596668 16 +  48129895 TGAGGAAAGATAGTGG
s panTro2.chr21  14306318 16 +  46489110 TGAGGAAAGATAGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13757874 16 +  48394510 TGAGGAAAAGTAGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163741026 16 - 196418989 TGAGGAAAGACAGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 I 1568

a score=525501.000000
s hg19.chr21     15596684 59 +  48129895 TTTTTCTTAAGAGAAAATGACATTTGTAATAGGAATTTTAAGATTTTATTACTTCTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13757890 59 +  48394510 TTTTTCTTAAGAGAAAATGACATTTGTAATAGGAATTTTAAGATTTTATTACTTCTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1568 C 0

a score=3246682.000000
s hg19.chr21     15596743 128 +  48129895 TTCATCTCCTCAAAGGAATGAAGAAATGTTGGTGGGCAGATCTTCCTTTCCCATGCAGTATTTTCCAATTAATAATACTTCTTTACCTCAAGAATATTTTCTCTTTCAGAAGATGGTAAGTTTAATAT
s panTro2.chr21  14306393 128 +  46489110 TTCATCTCCTCAAAGGAATGAAGAAATGGTGGTGGGCAGATCTTCCTTTCCCATGCAGTATTTTCCAATTAATAATACTTCTTTACCTCAAGAATATTTTCTCTTTCAGAAGATGGTAAGTTTAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13757949 128 +  48394510 TTCATCTCCTCAAAGGAATGAAGAAATGGTGGTGGGCAGATCTTCCTTTCCCATGCAGTATTTTCCAATTAATAATACTTCTTTACCTCAAGAATATTTTCTCTTTCAGAAGATGGTAAGTTTAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163742669 128 - 196418989 TTCATGTCCTCAAAGGAATGAAGAAATGGTGGTGGGCAGATCTTCCTTTCCCATGCAGTGTTTACCAATTCATAATACTTCTTTACCTCAAGAATATTTTCCCTTTCAGAAGATGGTAAGCTTAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=317296.000000
s hg19.chr21     15596871 36 +  48129895 GCATTTTATTTAGTATATAATATGATACAAACTATG
s panTro2.chr21  14306521 36 +  46489110 GCATTTTATTCAGTATATAATATGATACAAACTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13758077 36 +  48394510 GCATTTTATTCAGTATATAATATGATACAAACTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163742797 36 - 196418989 GCATTTTATTCAGTGTATAATATGATACAAACTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218812.000000
s hg19.chr21     15596907 39 +  48129895 AAGAACATAAAGGCTATTTGTAACATATGGTGCCCAAAT
s panTro2.chr21  14306557 39 +  46489110 AAGAACATAAAGGCTATTTGTAACATGTGGTGCCCAAAT
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s ponAbe2.chr21  13758113 39 +  48394510 AAGAACATAAAGGCTATTTGTAACATATGGTGCCCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163742833 39 - 196418989 AAGAACATGAAGACTGTTTGTAACATACGGTGCCCAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=219308.000000
s hg19.chr21     15596946 30 +  48129895 CTAAACTGGGATGAAGGCACAAGATGTCCC
s panTro2.chr21  14306596 30 +  46489110 CTAAACTGGGATGAAGGCACAAGATGTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13758152 30 +  48394510 CTAAACTGGGATGAAGGCACAAGATGTCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163742872 30 - 196418989 CTAAACTGGGATGAAGGCACAAGATGTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22927.000000
s hg19.chr21     15596976 4 +  48129895 AGCA
s panTro2.chr21  14306626 4 +  46489110 AGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13758182 4 +  48394510 AGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163742902 4 - 196418989 AGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-28.000000
s hg19.chr21     15596980 27 +  48129895 CTGTCCTCCAGTGGTGTCCTGGCCTAA
s panTro2.chr21  14306630 27 +  46489110 CTGTCCTCCAGTGGTGTCCTGGCCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13758186 27 +  48394510 CTGTCCTCCAGTGGTGTCCTGGCCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163742906 27 - 196418989 CTGTCCTCCAGTGCTGTCCTGCCCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=240154.000000
s hg19.chr21     15597007 50 +  48129895 CACCATCATCCTAAATTTCAGTTCTAATGCCTTAGCAAATGGCCAGGGTG
s panTro2.chr21  14306657 50 +  46489110 CACCATCATCCTAAATTTCAGTTCTAATGCCTTAGCAAATGGCCAGGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13758213 50 +  48394510 CACCATCATCCTAAATTTCACTTCTAATGCCTTAGCAAATGGCCAGGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163742933 50 - 196418989 CACCATCATCCTAAATTTCACTTCTAACGCCTTAGCAAATGGCCACGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=161496.000000
s hg19.chr21     15597057 34 +  48129895 TCAACAGAAAAGGGATGGACGGCAGTGACGACAT
s panTro2.chr21  14306707 34 +  46489110 TCAACAGAAAAGGGATGGACGGCAGTGACGACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13758263 34 +  48394510 TCAACAGAAAAGGGATGGATGGCAGTGATGACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163742983 34 - 196418989 TCAACAGAAAAGGGGTGGATGGCAGTGACGACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=195210.000000
s hg19.chr21     15597091 68 +  48129895 ACTGCAGTCCAAGTGAAATTTGAGTAGAGAGTTCTAATGTAAATGACTATTTTAAAAGACGTTTGCAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14307286 54 +  46489110 T---AGCAATGAAGATTCTCAATTGGTCGAGTAAACTAAATTATTTCCAGAGACTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163743648 127 - 196418989 cataaataagaaattgaagtccagggt--ttaatcaacagtcccaagattttcagcttgttagtgacaggtgtaggactaacccaggtcttctgactcacatactgttattttttgcaAATACCCAACG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 3

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i rheMac2.chr3  I 3 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14309835 93 +  46489110 ATGAAACCGACTTTTGGATCATTCCCTTTTTATACCATTGTGTATTTATAGGGATACCTTCCTCTTCTCACATATTAATTGTATGTCATTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15600293 113 +  48129895 ATCAGTTGGCTATGTCAGTGTGTATTATTCACCTCTTTTGCTAGCAAGGTTTGAGATGCTATATTAAC--ATTTAAATCATGAAAATGAGCAAGTAAATAGAATAATATTTTATT
s rheMac2.chr3  163746198 115 - 196418989 ATAAGTTGGCTATGTCAGTGTGTATTATTCACCTCTTTTGCTAGCAAGGTTTGAGATGATATATTAACATATATAAATCATGAAAATGAGCATGTAAATAGAATAATATTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13761504 108 +  48394510 ATCAGTTGGCTATGTCAGTGTGTATTATTCACCTCTTTCGCTAGCTAGGTTTGAGATGATATATTAAC--ATTTAAATTGTGAAAATGAGCAAGTAAATAGAATAA-----TATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14309928 113 +  46489110 ATCAGTTGGCTATGTCAGTGTGTATTATTCACCTCTTTTGCTAGCAAGGTTTGAGATGCTATATTAAC--ATTTAAATCATGAAAATGAGCGAGTAAATAGAATAATATTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=581963.000000
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s rheMac2.chr3  163746313 63 - 196418989 AATGTATGATATGTAATACTTATTGTCTAAATCAAGTTTCCTATTTTTGGtttatttatttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13761612 63 +  48394510 AATGTATGATATGTAATACTTATTGTCTAAATCAAGTTTCCTATTTTTGGCTAATTTATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14310041 63 +  46489110 AATGTATGATATGTAATACTTATTGTCTAAATCAAGTTTCCTATTTTTGGTTTATTTATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-293190.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14310104 10 +  46489110 GAAGAAAAA--A
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-184429.000000
s hg19.chr21     15600481 12 +  48129895 A--------ATTATTTGGGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=351919.000000
s hg19.chr21     15600493 41 +  48129895 ATTTTTGTTTATAGCTCATTACAAACTAGAGTGATGAATAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13761703 41 +  48394510 ATTTTTGTTTATAGCTCATTACAAACTAGAGTGATGAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=485228.000000
s hg19.chr21     15600534 31 +  48129895 ATATATTTACTAAAGCTAATTGAAAGAGTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=326554.000000
s hg19.chr21     15600565 46 +  48129895 TGCAACTCAGTTGGGAATTAACCACTCAATTCAATAGTAAAAGCCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13761775 46 +  48394510 TGCAACTCAATTGGGAATTAACCACTCAATTCAATAGTAAAAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14310198 46 +  46489110 TGTAACTCAGTTGGGAATTAACCACTCAATTCAATAGTAAAAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14310244 66 +  46489110 TGCTTGGATGTTTCTTTTGCATGTTGCCTAGCattttatagatatttattatttaaaaaaataaaG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13761821 66 +  48394510 TGCTTGGATGTTTCTTTTGCATGTTGCCTAGCattttatagatatttattatttaaaaaaataaaG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163746526 66 - 196418989 TGCTTGGATGTTTCTTTTGCATGTTGCCTAGTATTTTACAGatatttattatttaaaaaaaaaaaG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=454777.000000
s hg19.chr21     15600677 71 +  48129895 ATATGTTTTTAATGAAGAGAGTAACTGAATTTTAATCTTGGTTACAAATATATAATATAGTGAAGTTTGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13761887 71 +  48394510 ATATGTTTTTAATGAAGAGAGTAACTGAATTTTAATCTTGGTTATAAATATATAATATAGTGAAGTTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163746592 71 - 196418989 ATATGTTTTTAATGAAGGGAGTAACTGAATTTTAATCTTGGTTATAAATATATAATATAGTGATGTTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=202089.000000
s hg19.chr21     15600748 82 +  48129895 ACATAAATATTAGTTTATTTCTATCTAATCAAAATGAAAAACTAAATTTTGCTTTATGTAGCtgatatggtttgggtctgtg
s panTro2.chr21  14310381 82 +  46489110 ACATAAATATTAGTTTATTTCTATCTAATCAAAATGAAAAACTAAATTTTGCTTTATGTAGCtgatatggtttgggtctgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13761958 82 +  48394510 ACATAAATATTAGTCTATTTCTACCTAATCAAAATGAAAAACTAAATTTTGCTTTATGTAGCtgatatggtttggctctgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163746663 79 - 196418989 ACATAAATATTAGTCTATTTCTATCTAATCAAAATGCAAAAC--AATTTTCCTTT-TGTAGCtgatacggtttggctctgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=681959.000000
s hg19.chr21     15600830 563 +  48129895  
s panTro2.chr21  14310463 563 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15601393 1552 +  48129895  
s panTro2.chr21  14311026 1553 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13762600 1555 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163747302 1561 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163748863 229 - 196418989 tcccccatgctgttctcatgataacgagtgagtctcaggagatctgatggttttgtaagcatctggcatttccctgctggtattcactccatcgtgctgccttgggaagaaggtgcctgcttcttctttgccttccaccatcatcgtaagtttcctgaggcctccccagcagggcagaacagtgagtcaattaaacctctttcttttataaattacccagtctcaggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13764384 29 +  48394510 tttcttcatagcagcataagaacagacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=505833.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15603712 34 +  48129895 ACAATCCTATTAAATTTTAACTTACCAGTGTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15603856 24 +  48129895 AAGCTTGGAATTTGAGA----AAAAAAT
s panTro2.chr21  14313491 24 +  46489110 AAGCTTGGAATTTGAGA----AAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13765070 24 +  48394510 AAGCTTGGAATTTGAGA----ACAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=138539.000000
s hg19.chr21     15603996 21 +  48129895 CAAACAATCCCTTGAAATTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=151684.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14313650 66 +  46489110 ATGAAGTGACTAATCCTGAGTTATTGTTTCAAATGTGTACCTGTTTATACAAGGGTATCACCTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=92253.000000
s hg19.chr21     15604083 10 +  48129895 AAATCTCAAC
s panTro2.chr21  14313716 10 +  46489110 AAATCTCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=9865.000000
s hg19.chr21     15604093 25 +  48129895 ATTAAATGAAA-TTTTATAAGCAATT
s panTro2.chr21  14313726 25 +  46489110 ATTAAATGAAA-TTTTATAAGCAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163750010 26 - 196418989 ATTAAACGAAATTTTTATAAGCAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248226.000000
s hg19.chr21     15604118 43 +  48129895 TGTTGTAACATGATTATTATAAAATTCTGATATAACATTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13765333 43 +  48394510 TTTTGTAACATGATTATTATAAAATTCTGATATGACATTTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163750036 43 - 196418989 TGTTGTAGCATGATTATTATAAAATTCTGATATAACATTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-186611.000000
s hg19.chr21     15604161 78 +  48129895 ATTACCTGTTTAGAGTTTAAAGAGAGAAAAGGAGTTAAGAATAATTACATTTTCATTAGCATTGTCCGGGTGCAAAAA
s panTro2.chr21  14313794 78 +  46489110 ATTACCTGTTTAGAGTTTAAAGAGAGAAAAGGAGTTAAGAATTATTACATTTTCATTAGCATTGTCCAGGTGCAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13765376 78 +  48394510 GTTACCTGTTTAGAGTTTAAAGAGAGAAAAGGAGTTAAGAATTATTACATTTTCATTAGCATTGTCCAGGTGCAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163750079 78 - 196418989 GTTACCTGTTTAGAGTTTAAAGAGAGAAAAAGAGTTCAGAATTATTACATTTTTATTAGCATTATCCAGGTGAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=32530.000000
s hg19.chr21     15604239 30 +  48129895 CTTCTAACACTATcttcaaatctttttctc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13765454 30 +  48394510 CTTCTAACACTATcttcaaatctttttctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163750157 30 - 196418989 CTTCTAACACTATGTTCACATCTTTTTCtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=418795.000000
s hg19.chr21     15604269 50 +  48129895 cattgccttctgaacatacccac-ttgggtatctcattagcactgcaaatt
s panTro2.chr21  14313902 50 +  46489110 cattgccttctgaacatacccac-ttgggtatctcattagcactgcaaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13765484 51 +  48394510 cattgccttctgaacatacccactttgggtatctcattagcactgcaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163750187 50 - 196418989 cattgccttctgaacatacccac-ttgggtatctcattagcactgcaaatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=264907.000000
s hg19.chr21     15604319 58 +  48129895 caacattttcgattgctaatttttctccctaaatatttatttgttttctcagctttag
s panTro2.chr21  14313952 58 +  46489110 caacattttctattgctaatttttctccctaaatatttatttgttttctcagctttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=220772.000000
s hg19.chr21     15604377 54 +  48129895 ccaatgtttcactattgaccatttgctcaagTATAGTGACG---CTTCAATGACCTT
s panTro2.chr21  14314010 57 +  46489110 ccaatgtttcactattgaccatttgctcaagTATAGTGACGTTGCTTCAATGACCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309828.000000
s hg19.chr21     15604431 54 +  48129895 CAGAGAGCTGTTTCAGTCCTTCCTGGACTACTTGCATGCTTCCAACAAAATGAA
s panTro2.chr21  14314067 54 +  46489110 CAGAGAGCTGTTTCAGTCCTTCCTGGACTACTTGCATGCTTCCAACAAAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13765650 54 +  48394510 CAAAGAGCTGTGTCAGTCCTTCCTGGACTACTTGCATGCTTCCAACAAAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1093443.000000
s hg19.chr21     15604485 156 +  48129895 GCACTCTTGATGTCAGTCACTCAAATAAATGGAAATGGGCCCATTTACTAGGAATGTTAACAGAATAAAAAGATAGACGTGACACCAGTTGCTTCAGTCCATCTCCATTTACTTGCTTAAGGCCTGGCCATATTTCTCACAGTTGATATGGCGCAG
s rheMac2.chr3  163750406 156 - 196418989 GCACTCTTGATGTTAGTCACTCAAATAAATGGAAATGGGCCCATTTACTGGGAATGTTAACAGAATAAAAAGATAGACGTGACACCAGTTGCTTCAGTCCATCTCCATGTACTTGCTTAAGGGCTGGGCATATTTCTCATGGTGGATATGGTTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13765704 156 +  48394510 GCACTCTTGATGTCAGTCACTCAAATAAATGGAAATGGGCCCATTTACTAGGAATGCTAACAGAATAAAAAGATAGACGTGACACCAGTTGCTTCAGTCCATCTCCATTTACTTACTTAAGGCCTGGCCATGTTTCTCATGGTTGATATGGCGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14314121 156 +  46489110 GCACTCTTGATGTCAGTCACTCAAATAAATGGAAATGGGCCCATTTACTAGGAATGTTAACAGAATAAAAAGATAGACGTGACACCAGTTGCTTCAGTCCATCTCCATTTACTTGCTTAAGGCCTGGCCATATTTCTCACAGTTGATATGGCGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=678096.000000
s hg19.chr21     15604641 179 +  48129895 GGCACATGTTTAAATGGCTGTTCTTGTAGGATGGTTTGACTGTTGGATTCCTCATCTTCCCTCTCCTTAGGAAGG-AAGGTTACAGTAGTACTGTTGGCTCCTGGAATATAGATTCATAAAGAACTAATGGAGTATCATCTCCCACTGCTCTTGTGTGTGGTCAAAGTTCAGATCCTTTA
s rheMac2.chr3  163750562 179 - 196418989 GGCACATGTTTAAATGGCTGTTCTTGTAGGATGGTTTGGCTGTTGGATTCCTCATCTTCCCTCTCCTTAGGAAGGTAAGGTTACAGTAGTACTGTTGGCTCCTGGAATATAGATTCATAAAGAACTAATGGAGTATCATCT-CCACTGCTCTTGTGTGTGGTCAAAGTTCAGATCCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13765860 179 +  48394510 GGCACATGTTTAAATGGCTGTTCTTGTAGGATGGTTTGGCTGTTGGGTTCCTCATCTTCCCTCTCCTTAGGAAGG-AAGGTTACAGTAGTACTGTTGGCTCCTGGAATATAGATTCATAAAGAACTAATGGAGTATCATCTCCCACTGCTCTTGTGTGTGGTCAAAGTTCAGATCCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14314277 179 +  46489110 GGCACATGTTTAAATGGCTGTTCTTGTAGGATGGTTTGACTGTTGGATTCCTCATCTTCCCTCTCCTTAGGAAGG-AAGGTTACAGTAGTACTGTTGGCTCCTGGAATATAGATTCATAAAGAACTAATGGAGTATCATCTCCCACTGCTCTTGTGTGTGGTCAAAGTTCAGATCCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=388141.000000
s hg19.chr21     15604820 47 +  48129895 CAGTTTCCACATTCTACCTCTATTTCTACTCATCCTAGTAAAGCCAG
s rheMac2.chr3  163750741 47 - 196418989 CAGTTTCCACATTCTATCTCTATTTCTATTCATCCTAGTAAAGCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13766039 47 +  48394510 CAGTTTCCACATTCTACCTCTATTTCTACTCATCCTAGTAAAGCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14314456 47 +  46489110 CAGTTTCCACATTCTACCTCTATTTCTACTCATCCTAGTAAAGCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=544349.000000
s hg19.chr21     15604867 104 +  48129895 TTACTTCAGAAATTAGTCTGTCTCTCATTAATTAACTCCTCATTAAGAAAAGTCAACTAATAGCCTGGGCTTGATTTGGGGGAAAATGAGCACTAATATATAAA
s rheMac2.chr3  163750788 104 - 196418989 TTACTTCAGACATAAGTCCATCTCTCATTAATTTAATCCTCATTAAGAAAAGTCAACTAATAGCCCAGGCTTGATTTTGGGGAAAATGAGCACTAATATATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13766086 104 +  48394510 TTACTTCAGAAATTAGTCTGTCTCTCATTAATTTACTCCTCATTAAGAAAAGTCAACTAATAGCCTGGGCTTGATTTTGGGGAAAATGAGCACTAATATATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14314503 104 +  46489110 TTACTTCAGAAATTAGTCTGTCTCTCATTAATTTACTCCTCATTAAGAAAAGTCAACTAATAGCCTGGGCTTGATTTTGGGGAAAATGAGCACTAATATATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=94205.000000
s hg19.chr21     15604971 51 +  48129895 TCTCT--GGAAATCTTATTTTACTTTACAAAACTCAAAAAGCTTTTTTTTTTT
s rheMac2.chr3  163750892 47 - 196418989 TCTCT------GCCTTATTTTACTTTACAGAACTCAAAAAGCtttgtttgttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13766190 52 +  48394510 TCTCTATGGAAATCTTATTTTACTTTACAAAACTC-AAAAGCTTTTTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14314607 53 +  46489110 TCTCTATGGAAATCTTATTTTACTTTACAAAACTCAAAAAGCTTTTTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1129647.000000
s hg19.chr21     15605022 193 +  48129895 TTTT-------TAACAAAGGATACTATTTGCTTCCACACCTCAAGCCCAGGTGAGTTCAGTGAGTACGGTTTCTCCAATTTGCCCTGAGATTTGCTGAGGTACTTGGTGAAGATTTTATTTTGCCTAGTCAAAATGAGTTCTAAAAAGTTACAAAATGCCCCAGCTGTGGGCTAAGTTTATTTATTCAC-ATCAATCATTC
s rheMac2.chr3  163750939 201 - 196418989 gtttgtttgtttAACAAAGGATACTATTTGCTTCCACACCTCAAGCCCAGGTAAGTTCAGTGAGTACGGTTTTTCCAATTTGCCCTGACATTTGTTGAGGTAGTTGGTGAAGATTCTATTTTGCCTGGTCAAAATGAGTTCTAAAAAGTCACAAAATGCCCCAGCTGTGGGCTAAGTTTATTTATTCACAATCAATCATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13766242 192 +  48394510 CTTT-------TAACAAAGGATACTATTTGCTTCCATACCTCAAGCCCAGGTAAGTTCAGTGAGTACAGTTTCTCCAGTTTGCCCTGAGATTTGCTGAGGTACTTGGTGAAGATTCTATTTTGCCTGGACAAAATGAGTTCTAAAAAGTCACAAAATGCCCCAGCTGTGAGCTAAG--TATTTATTCACAATCAATCATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14314660 192 +  46489110 GTTT--------AACAAAGGATACTATTTGCTTCCACACCTCAAGCCCAGGTGAGTTCAGTGAGTACAGTTTCTCCAATTTGCCCTGAGATTTGCTGAGGTACTTGGTGAAGATTTTATTTTGCCTAGTCAAAATGAGTTCTAAAAAGTCACAAAATGCCCCAGCTGTGGGCTAAGTTTATTTATTCAC-ATCAATCATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=175799.000000
s hg19.chr21     15605215 25 +  48129895 CCAACCCACAAAAATTACCTCATGT
s rheMac2.chr3  163751140 25 - 196418989 CCAACCCACAAAAATTACCTCATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13766434 25 +  48394510 CCAACCCACAAAAATTACCTCATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14314852 25 +  46489110 CCAACCCACAAAAATTACCTCATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=170840.000000
s hg19.chr21     15605240 37 +  48129895 ACATGCAGAACCTGCCATAGCAAGTAAAGGCAAGCAA
s panTro2.chr21  14314877 37 +  46489110 ACATGCAGAACCTGCCATAGCAAGTAAAGGCAAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13766459 37 +  48394510 ACCTGCAGAACCTGCTGTAGCAAGTAAAGGCAAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163751165 37 - 196418989 ACATGCAGAACCTACCATAGCAAGCAAAGGCAAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=592903.000000
s hg19.chr21     15605277 93 +  48129895 TCTATTATCTGGTTCCAGGTGAAATTTTCTTTTGAGCTTCTAATACCAACTTCGCACCAGCAGGTTATATAAGGATTGACGAAAACACATACA
s rheMac2.chr3  163751202 93 - 196418989 TCTCTTATCTGGTTCCTGGTAAAATTTTCTTTTGAGCTTCTAATACCATCTTCATACCAACAGGTTATATGCAGATTGACAAAAACACACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14314914 93 +  46489110 TCTATTATCTGGTTCCAGGTGAAATTTTCTTTTGAGCTTCTAATACCAACCTCGCACCAGCAGGTTATATAAGGATTGACGAAAACACATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=252321.000000
s hg19.chr21     15605370 40 +  48129895 TACTTATATTGTAATTGGATAACATAACCAGTATATAAAG
s rheMac2.chr3  163751295 40 - 196418989 TACTTACATTGTAATTAGATAATATAACCAGTATATAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13766589 40 +  48394510 TACTTACATTGTAATTAGATAACATAACCAGTACATAAAG
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s panTro2.chr21  14315007 40 +  46489110 TACTTATATTGTAATTAGATAACATAACCAGTATATAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=150307.000000
s hg19.chr21     15605410 24 +  48129895 ATGCAAACTAATGTACTCTCTGTG
s rheMac2.chr3  163751335 24 - 196418989 ATGCAAATTAATGTACTCTCTGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14315901 128 +  46489110 AAGTAAAATGGCTTGCTGCTTGCTAGTTACCACTCCATCGCCTTGAGAATAtatgggcttgagatatggcagtacagaaaaaaag----------ataaaaatccctgctctcatggaactcatattctatcaagaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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s hg19.chr21     15606461 41 +  48129895 gagga---aatgcagggaaagctttagggattacagagccaaag
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i panTro2.chr21 I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14317008 269 +  46489110 ccaggtgcagtggctcacgcctgtaatcccagaaatttgggaggctgaggcaggtggatcacttgagctcaggagttcaaggccagcctggccagcacggtgaaactccatctctacaaaaaaatatagaaagtatctgggcatgatggctcatgcctgtattctcagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttcaacccgggaggtggatgtcacagtgagccgagattgcgtcactgaactccagcctgggcaacagagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769016 269 +  48394510 ccaggtgcagtggctcatgcctgtaatcccagaaatttgggaggctgaggtgggcggatcacttgagctcaggagttcaaggccagcctggccagcatggtgaaactccatctctacaaaaaaatatagaaattatctgggcatggtggctcgtgcctgtattctcagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttcaacccaggaggtggatgttgcagtgagccgagattgcgtcactgaactccagcctgggcaacagagtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163753227 269 - 196418989 ccaggtgcagtgtctcatgcctataatcccagaactttgggaagctgaggtgggtgggtcacttcagctcaggagttcaaggccagcctggccagcatggtgaaactctatctctacaaaaaaatatagaaattatctgggcgtgctgggtcttgcctgtattctcagctacttgggaggctgaggtaggagaatcacttcaacccaggagatggatgttgcagtgagccgagattgtgtcactgcactccagcctgggcaacagagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103073.000000
s hg19.chr21     15607652  94 +  48129895 agaatcagtcaaaaaaaaaaaga---------gagagagagagagaattgaccattaaatttagccatgatccttgatctaagacattttgaatgtcttgatt
s panTro2.chr21  14317277 103 +  46489110 agaatcagtcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagagagagagagagaattgaccattaaatttagccatgatccttgatctaagacattttgaatgtcctgatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769285  98 +  48394510 agaatcagtcaaaaaaaaaaaaa-----aaaaaaaaaagagagagaattgaccattaaatttagccatgatccttgatctaagacattttgaatgtcttgatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163753496  95 - 196418989 aaaatcagtctcaaaaaaaaaaa--------aaaaaaaaaaagagaattgaccattaaatttagccacgatccttgatctaagacattttgaatgtcttgatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=128421.000000
s hg19.chr21     15607746 63 +  48129895 ctgacaaaagcatgattggagttatttcaagtgagaatagaagtaaataaggggaagactgca
s panTro2.chr21  14317380 63 +  46489110 ctgacaaaagcatgattggagttatttcaagtgagaatagaagtaaataaggggaagactgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769383 63 +  48394510 ctgacaaaagcatgattggagttatttcaagtgagaatagaagtaaataaggggaagactgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163753591 62 - 196418989 ctgacaacagcatgattggagttattt-aagtgagaatagaagtaaataaggggaagactgcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=97247.000000
s hg19.chr21     15607809 31 +  48129895 aaaaggagataacttactcaaatgtcctgtt
s panTro2.chr21  14317443 31 +  46489110 aaaaggagataacttactcaaatgtcctgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769446 31 +  48394510 aaaaggagataacttactcacatgtcttgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163753653 31 - 196418989 aaaaggaggtaacttactcaaatgtcttgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=270048.000000
s hg19.chr21     15607840 88 +  48129895 gtgaagtggtgcagagaagtagtaccataactcaaaaaggataaatgatcaagaaagatttttgGTGGGTTTGTTTAATCAAAGACCT
s panTro2.chr21  14317474 88 +  46489110 gtgaagtggtgcagagaagtagtaccataactcaaagaggataaatgatcaagaaagatttttgGTGGGTTTGTTTAATCAAAGACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769477 88 +  48394510 gtgaagtggtgcagagaagtagtaccataactcaaagaagataaatgatcgagaaagatttttgGTGGGTTTGTTTAATCAAATACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163753684 88 - 196418989 gtgaagtggtgcagagaagtagtaccataactcaaacaggataaatgatcaagaaagatttttgGTAGGTTTGTTTAATCAAAGAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=114040.000000
s hg19.chr21     15607928 67 +  48129895 AAAGAATTTCTAAAATGTAGTGGTTTATTTTTTCATTCTCTGTGATTAAACAGTTTTTAAAAAATTA
s rheMac2.chr3  163753772 67 - 196418989 AAAGAAGTTCTAATATCTTGTGGTTTATTTTTTCATTCCCTGTGATTTTATAGTTTTTAAAAAATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769565 67 +  48394510 AAAGAATTTCTAAAATTTAGTGGTTTATTTTTTCATTCTCTGTGATTAAACAGTTTTTTAAAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14317562 67 +  46489110 AAAGAATTTCTAAAATGTAGTGGTTTATTTTTTCATTCTCTGTGATTAAACAGTTTTTTAAAAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=328835.000000
s hg19.chr21     15607995 87 +  48129895 TTTACATTTGTTGTAATTGGATTTTTGGAGGAAGAAGAGTTAAAACTGTCTGGTTTTCATATGTCATGTTTAAAAAGAAGTTCTGTG
s panTro2.chr21  14317629 87 +  46489110 TTTACATTTGTTGTAATTGGATTTTTGGAGGAAGAGGAGTTAAAACTGTGTGTTTTTCATATGTCATGTTTAAAAAGAAGTTCTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769632 87 +  48394510 TTTACATTTGTGGTAATTGGATTTTTGGAGGAAGAGGAGTTAAAACTGTCTGCTTTTCATATGTCATGTTTAAAAAGAAGTTCTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163753839 87 - 196418989 TTTATATTTGTTGTAATTGGATTTTTGGAGGAAGAGGAGTTGAAACTGTCTGGTTTTCATATGTCATGTTTAAAAAGAAGTTCTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68663.000000
s hg19.chr21     15608082 34 +  48129895 TACTTATTCACTTGTTTTTAAAATCCTTTTTATT
s panTro2.chr21  14317716 34 +  46489110 TACTTATTCACTTGTTTTTAAAATCCTTTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769719 34 +  48394510 TACTTATTCACTTGTTTTTAAAATCCTTTTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163753926 34 - 196418989 TACTTATTCACTTGTTTTTAAAATCCTTTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150709.000000
s hg19.chr21     15608116 44 +  48129895 AAGGTCTTAAGAAAATTAACTGTTTGTTTTTTGTGTATGTTTCA
s rheMac2.chr3  163753960 44 - 196418989 AAGGTCTTAAGAAAATTAACTGTTTGTTCTTTGTGTATGTTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769753 44 +  48394510 AAGGTCTTAAGAAAATTAACTGTTTGTTTTTTGCGTATGTTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14317750 44 +  46489110 AAGGTCTTAAGAAAATTAACTGTTTGTTTTTTGTGTATGTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=138116.000000
s hg19.chr21     15608160 42 +  48129895 CAAAATTTTCCAGTTTGCTTTTTGTTTTCTTTCAAGAACAGA
s rheMac2.chr3  163754004 42 - 196418989 CAAAATTTTCCAGTTTGCTTTTTGTTTTCTTTCAAGAACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769797 42 +  48394510 CAAAATTTTCCAGTTTGCTTTTCGTTTTCTTTCAAGAACAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14317794 42 +  46489110 CAAAATTTTCCAGTTTGCTTTTTGTTTTCTTTCAAGAACAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=474275.000000
s hg19.chr21     15608202 256 +  48129895 AGAGTTTAATTTTCATATCATTAATATGTAGTCAAACATCAGTGTTTTTTATGGTTTCTAGGTTTTTATAATTATGCTTAGAAAACTCTTTTACAATCAAAAA-TTAAGGGAAAACATCAATTATGTTTTCTCTTAGaattttattacttttaatat------taaatattGGATCATGGAGTATTGCATTAGGATATAAGGAGGTAAAATCTTTAGATTTTAAAAAGTACAACTGAAGCAATTTTGAGTTTGTTTTTCATTT
s rheMac2.chr3  163754046 262 - 196418989 AGAGTTTAATTTTCATACAATGAATATGTAGTGAAACATCAGTGTTTTTTATGGTTTCTGGGTTTTTATAATTATGCTTGGAAAACTCTTCTATAATCAAAAA-TTAAGGCAAAATATCAATTATGTTTTCttttataattttattacttttaatattaagtataaatattGGATCATGGACTACTGCATTAAGATATAAAGAAGTAAAATCTTTAGATTTCAAAAAGTACAACTTCAGCAATTTTGAATTTGTTTTTCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13769839 256 +  48394510 AGAGTTTAATTTTCATATCATTAATATGTAGTCAAACATCAGTGTTTTTTATGGTTTCTAGGTTTTTATAATTATGCTTAGAAAACTCTTTTACAATCAAAAA-TTAAGGGAAAACATCAATTATGTTTTCTCTTAGAATTTTATTACTTTTAATAT------TACATATTGGATCATGGACTATTGCATTAGGATATAAGGAGGTAAAATCTTTAGATTTTAAAAAGTACAACTTAAGCAATTTTGAATTTGTTTTTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14317836 257 +  46489110 AGAGTTTAATTTTCATATCATTAATATGTAGTCAAACATCAGTGTTTTTTATGGTTTCTAGGTTTTTATAATTATGCTTAGAAAACTCTTTTACAATCAAAAAATTAAGGGAAAACATCAATTATGTTTTCTGTTAGaattttattacttttaatat------taaatattGGATCATGGAGTATTGCATTAGGATATAAGGAGGTAAAATGTTTAGATTTTAAAAAGGACAACTGAAGCAATTTTGAGTTTGTTTTTCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=309830.000000
s hg19.chr21     15608458 149 +  48129895 GTTTGTTTTTCCGAACACCTGCTTGAAGGCTTATTACACCAAAATACGTAATTATATTCTGACTTTAGGTAATCCTGCAGAAGATGcagtcctgatgaaagaagtgaatattccaactaacttaatttattcccacctcagccattgga
s rheMac2.chr3  163754308 149 - 196418989 GTTTGTTTTCCCGGATGCCTGCTTGAAGGCTTATTACACCAAAATAAGTAATTATATTCTGATTTTAGGTAATCCTGCAGAGGATGCAGTCTTGGCGAAAGAAGTGAATATTCCAACTGACTTAATTTATTCCCACCTCAGCCATTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13770095 149 +  48394510 GTTTGTTTTTCCGAACGCCTGCTTGAAGGCTTATTACACCAAAATACGTAATTATATTCTGACTTTAGGTAATCCTGCAGAAGATGcagtcctgatgaaagaagtgaatattccaattaacttaatttattcccacctcagccattgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14318093 149 +  46489110 GTTTGTTTTTCCGAACACCTGCTTGAAGGCTTATTACACCAAAATACGTAATTATATTCTGACTTTAGGTAATCCTGCAGAAGATGCAGTCCTGATGAAAGAAGTGAATATTCCAACTAACTTAATTTATTCCCACCTCAGCCATTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=759966.000000
s hg19.chr21     15608607 319 +  48129895 atggaagtttgaagcagaaagtaagttgaagtaaagaaggttttaccttagctgagttcgtagaatgagatgccagccttctgcaTAGAACACATACCACACTCAGTAAGGGGTTCCAGTGAAGCAGATTCCATTTCCACCTGAGGTAACA--GTAAGTTTTATGCAGATGGTCACATTAAACTCGAATTTAGAAGAATTAGTGGTATTTTGAAACATCCAGAGTGAGAAGACTATTTAAATGGCCAGTTTAGAGGCAGAAAAATAAAAGGCATAATACAAACATGGAAAATAATATTGGGGGAATTTAAAGAATTTAAGT
s rheMac2.chr3  163754457 321 - 196418989 ACAGGAGTTTGAAGCAGAAAGTAAGTTGAAGTAAAGAAGGTTTTACCTTATCTGAGTTCATAGAATGAGATGCCAGCCTTCTACATAGTATACATACCGCACTCAGTAAGGGGTTCCAGTAAAGCAGATTCCGTTTCCACCTGAGGTAACAAAGTAAGTTTTATGCAGGTGGTCACATTAAACTTGAATGTAGACAAATTAGTGGTATTTTGAAACATCCGGAGTGAGGAGATTATTTAAATGACCAGTTTAGAGGCAGAAAAATAAAAGGCATAACACAAACATGGAAAATAATATTGGGGGAATTCAAGGAATTTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 I 254
s ponAbe2.chr21  13770244 319 +  48394510 atgggagtttgaagcagaaagtaagttgaagtaaagaaggttttaccttagctgagttcgtagaatgagatgccagccttctgcaTAGAACACATACCACACTCAGGAAGGGGTTCCAGTGAAGCAGATTCCATTTCCACCTGAGGTAACAAAGTAAGTTTTAT--AGGTGGCCACATTAAACTCGAATTTAGAAGAATTAGTGGTATTTTAAAATATCCAGAGTAAGGAGATTATTTAAATGGCCAGTTTAGAGGCAGAAAAATAAAAGGCATAATACAAACATGGAAAATAATATTGGGGGAATTTAAAGAATTTAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14318242 320 +  46489110 ATGGAAGTTTGAAGCAGAAAGTAAGTTGAAGTAAAGAAGGTTTTACCTTAGCTGAGTTCGTAGAATGAGATGCCAGCCTTCTGCATAGAACACATACCACACTCAGTAAGGGGTTCCAGTGAAGCAGATTCCATTTCCACCTGAGGTAACAAAGTAAGTTTTATGAAGATGGTCACATTAAACTCGAATTTAGAAGAATTGGTGGTATTTTGAAACATCCAGAGTGAGAAGATTATTTAAATGGCCAGTTTAGAGGCAGAAAAA-AAAAGGCATAATACAAACATGGAAAATAATATTGGGGGAATTTAAAGAATTTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=98443.000000
s hg19.chr21     15608926 36 +  48129895 AAGACATGGTTAAAGACATTTTGAAATGTGAAAGCC
s panTro2.chr21  14318562 36 +  46489110 AAGACATGGTTAAAGACATTTTGAAATGTGAAAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13770563 36 +  48394510 AAGATATGGTTAAAGACATTTTGAAATGTGAAAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163755032 36 - 196418989 aaGATATGGTTAAAGACATTTTGAAATGTGAAAGCC
i rheMac2.chr3  I 254 C 0

a score=77282.000000
s hg19.chr21     15608962 31 +  48129895 AACTAAATAGAATTTAGGCAAGAAAAATCTG
s panTro2.chr21  14318598 31 +  46489110 AACTAAATAGAATTTAAGCAAGAAAAATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13770599 31 +  48394510 AACTAAATAAAATTTAAGCAAGAAAAATCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163755068 31 - 196418989 AACTAAATAAAATTTAAGTAAGAAAAATCTg
i rheMac2.chr3  C 0 I 498

a score=704543.000000
s hg19.chr21     15608993 311 +  48129895 AAGAAATATGACACACTTTAAAATAATGTAAGAAATTTGGCTGCTATCATTAATTTTTTTAATAGATGAGTGAGTCTCTAAGGAAAGTCAACTGTCAGCGTTTTGCAAGGAGCAAGACTTTCTGAAAATGACCCAGGTTATCTGCTCTTGACAAAGAAATAGCTGAAATGAGGATTTT-CTCCCACTTCTCCTAGCCAGGAAAGTAAAATCCAAGCCCAATTTCCAATGGAACAAGAGGCTTCCACAGTTCTACCCACAAGAAGTGGGGACTGAAACTTCCCATGTGCCCAGGCTCTTCACGTTCAAGGCAG
s ponAbe2.chr21  13770630 310 +  48394510 AAGAAATATGATATACTTCAAAATAATGTAAGAAATTTGGCTGCTATCATTAATTTTTTTAATAGATGAGTGACTCTCTAAGGAAAGTAAACTGTCAGCTTTTTGCAAGGAGCAAGACTTTCTGAAAATGACCCAGG-TGTCTGTTCTTGACAAAGAAATAGCTGAAATGAGGATTTT-CTCCCACTTCTCCTAGCCAGGAAAGTAAAATCCAAGCCCAATTTCCAATGGAACAAGAGGCTTCCTCAGTTCTACCCACAAGAAGTGGGGACTGAAACTTCCCATGTGACCAGGGTCTTCACATTCAAGGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14318629 308 +  46489110 AA----TATGACACACTTTAAAATAATGTAAGAAATTTGGCTGCTATCATTAATTTTTTTAATAGATGAGTGAGTCTCTAAGGAAAGTCAACTGTCAGCTTTTTGCAAGGAGCAAGACTTTCTGAAAATGACCCAGGTTATCTGCTCTTGACAAAGAAATAGCTGAAATGAGGATTTTTCTCCCACTTCTCCTAGCCAGGAAAGTAAAATCCAAGCCCAATTTCCAATGGAACAAGAGGCTTCCACAGTTCTACCCACAAGAAGTGGGGACTGAAACTTCCCATGTGCCCAGGGTCTTCACGTTCAAGGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163755099 498 - 196418989 I

a score=400209.000000
s hg19.chr21     15609304 113 +  48129895 TAGTGGCCTCTACAACAGCACACAAACCCACAAGCACACAGCTTCAGCACGCTTCTCTGAGGGAATAAATGGAGAATGGTAAACTGTGCCTTATCTTGTCTTGCTCTAAACTT
s rheMac2.chr3  163755597 113 - 196418989 TAGTGGCCTCTGCAATAGCACACAAACCCATAAGCACACAGCTTCAGCAAGCTTCTCTGAGGGAATAAATGGAGAATGGGAAACTGTGCCTTATCTTGTCTTGCTCTAAACTT
i rheMac2.chr3  I 498 C 0
s ponAbe2.chr21  13770940 113 +  48394510 TAGTGACCTCTACAACAGCACACAAACCCACAAGCACACAGCTTCAGCACACTTCTCTGAGGGAATAAATGGAGAATGGTAAACTGTGCCTTATCTTGTCTTGCTCTAAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14318937 113 +  46489110 TAGTGGCCTCTACAACAGCACACAAACCCACAAGCACACAGCTTCAGCACGCTTCTCTCAGGGAATAAATGGAGAATGGTAAACTGCGCCTTATCTTGTCTTGCTCTAAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=114714.000000
s hg19.chr21     15609417 35 +  48129895 CTCCACTGAAGTCTATTCTTTAACCCATCTATACG
s rheMac2.chr3  163755710 35 - 196418989 CTCCAGTGAAGTCTATTCTTTAACCCATCTGTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771053 35 +  48394510 CTCCAATGAAGTCTATTCTTTAACCCATGTATACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14319050 35 +  46489110 CTCCACTGAAGTCTATTCTTTAACCCATCTATACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=243105.000000
s hg19.chr21     15609452 90 +  48129895 ATGGTAAGAAATTTATGCCGAGTCCTGTTGTAAGACAAGTGGTGATTCCAAAGGGACCCATCTTACAGGACATCAAACTATAAGAAACAA
s rheMac2.chr3  163755745 90 - 196418989 ATGGTAAGAAGTTTATGCTGGGTCCTGTTGTAAGACAAGTGGTGATTCCAAAGGGACCCATCTTACAGGACATCTGATTATAAGAAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771088 90 +  48394510 ATGGTAAGAAATTTATGCCGAGTCCTGTTGTAAGACAAGTGGTGATTCCAAAGGGACCCATCTTACAGGACATCAAATCATAAGAAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14319085 90 +  46489110 ATGGTAAGAAATTTATGCCGAGTCCTGTTGTAAGACAAGTGGTGATTCCAAAGGGACCCATCTTACAGGACATCAAACTATAAGAAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=149883.000000
s hg19.chr21     15609542 47 +  48129895 GTGTTTGAAACCATGGACACAAAAAATTAATGGATCTCTTTTTCAAA
s panTro2.chr21  14319175 47 +  46489110 GTGTTTGAAATCATGGACACAAAAAATTAATGGATCTCTTTTTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771178 47 +  48394510 GTGTTTGAAACCATGGACACAAGAAATTAATGGATCTCTTTTTCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163755835 47 - 196418989 GTGTTTGAAACCATGGACAAAAAAAATTAATGGATCTCTTTTTCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100100.000000
s hg19.chr21     15609589 40 +  48129895 CTGTGGATCTATGGAGCTATAATTTGTTTTTCTTAATAAA
s panTro2.chr21  14319222 40 +  46489110 CTGTGGATGTATGGAGCTATAATTTGTTTTTCTTAATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771225 39 +  48394510 -TGTGGATCTATGGAGCTATAATTTGTTTTTCTTCATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163755882 40 - 196418989 CTGTGGATCTGTGGAGCTATAATTTGTTTTTCTTAATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=281290.000000
s hg19.chr21     15609629 42 +  48129895 GATGCAAATCAGAACAGCCATTTGCTGCAATTTCCACCTTTC
s panTro2.chr21  14319262 42 +  46489110 GATGCAAATCAGAACAGCAATTTGCTGCAATTTCCACCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771264 42 +  48394510 GATGCAAATCAGAACAGCCATTTGCTGCAATTTCCACCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163755922 42 - 196418989 GATGCAAATCAGAACAGCCATTTGCTGCAATTTCCAGCTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=252806.000000
s hg19.chr21     15609671 31 +  48129895 AAATAAATGCATACAAGTAAAACCTGATTAA
s rheMac2.chr3  163755964 31 - 196418989 AAATAAATGCATACAAGTAAAACCTGATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771306 31 +  48394510 AAATAAATGCATACAAGTAAAACCTGATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14319304 31 +  46489110 AAATAAATGCATACAAGTAAAACCTGATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=335056.000000
s hg19.chr21     15609702 42 +  48129895 AATAAATATCACATTCAGAAAACAGCAATATAAGAAGCTCCA
s panTro2.chr21  14319335 42 +  46489110 AATAAATATCACATTCAGAAAACAGCAATATAAGAAGCTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771337 42 +  48394510 AATAAATATCACATTCAGAAAACAACAATATAAGAAACTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163755995 42 - 196418989 AATAAATATCACATTCAGAAAATAACAATATAAGAAGCTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464116.000000
s hg19.chr21     15609744 37 +  48129895 AAAGATCAGCCTGTGAATTTTACATGGAAATGGAATA
s panTro2.chr21  14319377 37 +  46489110 AAAGATCAGCCTGTGAATTTTACATGGAAATGGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771379 37 +  48394510 AAAGATCAGCCTGTGAATTTTACATGAAAATGGAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756037 37 - 196418989 AAAGATCGGCCTGTGAATTTTACATGAAAATGGAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=554984.000000
s hg19.chr21     15609781 39 +  48129895 GGGGAAGTTACAGGTCATTACTTTGATGAAAATCCCAGA
s panTro2.chr21  14319414 39 +  46489110 GGGGAAGTTACAGGTCATTACTTTGATGAAAATCCCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771416 39 +  48394510 GGGGAAGTTACAGGTCATTACTTTGATGAAAATTCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756074 39 - 196418989 GGGGAAGTTACAGGCCATTACTTTGATGAAAATCTCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=800136.000000
s hg19.chr21     15609820 105 +  48129895 TCTATTTTTCCAGCAAACTGGGTCCACCTCCACCTTCTACCCACAGAACATCCAGCCACCTACACACTAGGTTCTTCCCCCTCACCAAGTCCATCCAAGTAGAAC
s panTro2.chr21  14319453 105 +  46489110 TCTATTTTTCCAGCAAACTGGGTCCACCTCCACCTTCTACCCACAGAACATCCAGCCACCTACACACTAGCTTCTTCCCCCTCACCAAGTCCATCCAAGTAGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771455 105 +  48394510 CCTGTTTTTCCAGCAAACTGGGTCCACCTCCACCTTCTACCCATAGAACATCCAGCCACCTACACGCTAGCTTCTTCCCCCTCACCAAGTCCATCCAAGTAGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756113 105 - 196418989 CCTCTTTTTCCAGCAAACTGGGTCCACCTCCACCTTCTACCCAGAGAATATCCAGCCACCTACACACTAGCTTCTTCCCCCTCACCAAGTCCATCCAAGTAGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1585803.000000
s hg19.chr21     15609925 102 +  48129895 TTAGCCAGTCATTCTGATCCACTGCACCCTAGGAGTAATTGAGAACCATATGAAAAAAATGTGTGCAGGATACCATAATGTTCTTTTCTGAAGAACATTAAA
s panTro2.chr21  14319558 102 +  46489110 TTAGCCAGTCATTCTGATCCACTGCACCCTAGGAGTAATTGAGAACCATATGAAAAAAATGTGTGCAGGATACCATAATGTTCTTTTCTGAAGAACATTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771560 102 +  48394510 TTAGCCAGTCATTCTGATCCACTGCACCCTAGGAGTAATTGAGAACCATATGAAAAAAATGTGTGCCGGATACCATAATGTACTTTTCTGAAGAACATTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756218 102 - 196418989 TTAGCCAGTCATTCTGATCCACTGTACCCTAGGAGTAATTGAGAACCACATGAAAAAAATGTATGCAGGATACCATAGTGTACTTTTCTGAAGAACATTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=750716.000000
s hg19.chr21     15610027 56 +  48129895 GATAAATTCACTGAACTGTATCAAAGAACTAAATTTTCAGGCAATGGTATGAAAAT
s panTro2.chr21  14319660 56 +  46489110 GATAAATTCATTGAACTGTATCAAAGAACTAACTTTTCAGGCAATGGTATGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771662 56 +  48394510 GCTAAATTCACTGAACTGTATCAAAGAACAAAATTTTCAGGCAATAGTATGAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756320 56 - 196418989 GATGAATTCACTGAACTGTGTCAAAGAACTAAATTTTCAGGCAATAGTATGAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=453680.000000
s hg19.chr21     15610083  89 +  48129895 AATATTAATCAAGCTTTCTTTGTTTACTGC-------------AAAGTTCATTACTCTATTTTGGGAGTAGGAAAGtgaatgaatgaatgaatgaatgaatg
s panTro2.chr21  14319716  99 +  46489110 AATATTAATCAAGCTTTCTTTGTTTACTGCTGAGTAATTGAGTAACGTTCATTACTCTATTTTGGGAGTAGGAAAGtgaatgaatgaatgaatgaatga---
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771718 102 +  48394510 AATATTAATCAAGCTTTCTTTGTTTACTGCTGAGTAATTGAGTAACGTTCATTACTCAATTTTGGGAGTAGGAAAGtgaatgaatgaatgaatgaatgaatg
i ponAbe2.chr21 C 0 I 12
s rheMac2.chr3  163756376  86 - 196418989 AATATTAATCAAGTTTTCTTTGCTTACTGCTGAGTAATTGAGTAACATTTATTACTAGATTTTGGGAGTAGGAAAGTGAATGAATG----------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=620242.000000
s hg19.chr21     15610172 74 +  48129895 aGGGACTAAGCTGTAAGAGGTTAATAATCACAATAACTACTATTTATTCAGGCTATTGCACTCCAAACATTAGC
s panTro2.chr21  14319815 73 +  46489110 -GGGACTAAGCTGTAAGAGGTTAATAATCACAATAACTACTATTTATTCAGGCTATTGCACTCCAAACATTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771832 74 +  48394510 aGAGACTAAGCTGTAAGAGGTTAATAATCACAATAACTACTATTTATTCAGGCTATTGCACTCCAAACATTAGC
i ponAbe2.chr21 I 12 C 0
s rheMac2.chr3  163756462 74 - 196418989 AGGGACTAAGCTGTAAGAGGTTAATAATCACAGTAACTACTATTTATTCAGGCTATTGCATTCCAAATATTAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=208610.000000
s hg19.chr21     15610246 25 +  48129895 CTTGAGAATAACACCATAGGgatga
s panTro2.chr21  14319888 25 +  46489110 CTTGAGAATAACACCATAGGGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771906 25 +  48394510 CTTGAGAATAACACCAtagagatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756536 25 - 196418989 CTTGAGAATAACACCGTAGAGATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277871.000000
s hg19.chr21     15610271 26 +  48129895 ggaaattgcagttcagttgcccaaaa
s panTro2.chr21  14319913 26 +  46489110 GGAAATTGCAGTTCAGTTGCCCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771931 26 +  48394510 ggaaattgcagttcagttgcccaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756561 25 - 196418989 GGAAATTGCAGTTCAATTGCCC-AAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=158113.000000
s hg19.chr21     15610297 30 +  48129895 acacacatctttttttatcaaagaaaagct
s rheMac2.chr3  163756586 30 - 196418989 ACACACATCTTTTTTCATCAAAGAAAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771957 30 +  48394510 acacacatctttttttatcaaagaaaagct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14319939 30 +  46489110 ACACACATCTTTTTTTATCAAAGAAAAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=922625.000000
s hg19.chr21     15610327 95 +  48129895 agaatacaaatcttgtgggactcgttccagtgtccttaatatttattaccacactgATGGTACTAAGGATCTACTTGCAGGGTCTACAATAACTG
s panTro2.chr21  14319969 95 +  46489110 AGAATACAAATCTTGTGGGACTCGTTCCAGTGTCCTTAATATTTATTACCACACTGATGGTACTAAGGATCTACTTGCAGGGTCTACAATAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13771987 95 +  48394510 agaatacaaatcttgtgggacttgttccagcgcccttaatatttattaccacactgGTGGTACTAAGGATTTACCTGCAGGGTCTACAATAGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756616 95 - 196418989 AGAATACAAATCTTGTGGAACTCGTTCCAGCGCCCTTAATATTTATTACCACGTTGGTGGTACTAAAGATTTACCTGCAGGGTCTACAATAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218315.000000
s hg19.chr21     15610422 35 +  48129895 GAAAGTGATTTCAAATGAAAATTTGCTTAACAGAA
s panTro2.chr21  14320064 35 +  46489110 GAAAGTGATTTCAAATGAAAATTTGCTTAACAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772082 23 +  48394510 GAAA------------GAAAATTTGCTTAACAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756711 35 - 196418989 GAAAGTGATTTCAAATGAAAATTTGCTTAGCAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200798.000000
s hg19.chr21     15610457 33 +  48129895 ATGATGATTAGCTCTTGCTAGAACTGATTTCAT
s panTro2.chr21  14320099 33 +  46489110 ATGATGATTAGCTCTTGCTAGAACTGATTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772105 33 +  48394510 ATGATAATTAACTCTTGCTAGAACTGATTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756746 33 - 196418989 ATGATGATTAGCCCTTGCTAGAACTGATTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111845.000000
s hg19.chr21     15610490 23 +  48129895 TGTTACCAGTCTCCTAGATATAA
s panTro2.chr21  14320132 23 +  46489110 TGTTACCAGTCTCCTAGATATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772138 23 +  48394510 TGTCACTAGTCTCCTAGATATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756779 23 - 196418989 TGTCACTAGTCTCCTAGATATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=10092.000000
s hg19.chr21     15610513 19 +  48129895 TCTAATCCTTAGATATAGA
s rheMac2.chr3  163756802 16 - 196418989 TCCTGGGCCTAC---TAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772161 16 +  48394510 TCCTGGGCCTAC---TAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14320155 16 +  46489110 TCCTGGGCCTAC---TAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=858230.000000
s hg19.chr21     15610532 98 +  48129895 CTAAGGATGAAGCTCTATGTAAATATTCTGCCTTAGCTTAATGTAAATTTCAGATCTATTAAACTTACTTCAGGAAAATGAAATGGAGGCTTTCCTAT
s rheMac2.chr3  163756818 98 - 196418989 CTAAGGATGAAGCTCTATGTAAATATTCTGCCTTAGCTTAGTGTAAATATCAGATCTATTAAACTTACTTCAGGAAAATGAAATGGAGGCTTTCCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772177 98 +  48394510 CTAAGGATGAAGCTCTATGTAAATATTCTGGCTTAGCTTAGTGTAAATTTCAGATCTGTTAAACTTACTTCAGGAAAATGAAATGGAGGCTTTCCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14320171 98 +  46489110 CTAAGGATGAAGCTCTATGTAAATATTCTGCCTTAGCTTAATGTAAATTTCAGATCTATTAAACTTACTTCAGGAAAATGAAGTGGAGGCTTTCCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=315165.000000
s hg19.chr21     15610630 28 +  48129895 AATATTCTGTGCAAGAGAACCATTTTAT
s panTro2.chr21  14320269 28 +  46489110 AATATTCTGTGCAAGAGAACCATTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772275 28 +  48394510 AATATTCTGTGCAAGAGAACCATTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756916 28 - 196418989 AATATTCTGTGCAAGAGAACCATTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=396227.000000
s hg19.chr21     15610658 70 +  48129895 GATAAAACTGCTTTTTTATTCTTTGACCACTTAAATTGTCCTACTTTAGCTTTTTATTTCTCCAAGTTTC
s panTro2.chr21  14320297 70 +  46489110 GATAAAACTGCTTTTTTATTCTTTGACCACTTAAATTGTCCTACTTTAGCTTTTTATTTCTCCAAGTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772303 69 +  48394510 GATAGAACTGCTTTTTTATTCTTTGACTACCTAAATTGTCCTACTTT-GCTCTTTATTTCTCCAAGTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163756944 70 - 196418989 GATAAAACTGCATTTTTATTCTTTGACCACCTAAATTATCCTACTTTAGCTCTTTATTTCCCCAAGTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-99468.000000
s hg19.chr21     15610728 25 +  48129895 AATAATATTCACTATTTAGAAAATA
s panTro2.chr21  14320367 25 +  46489110 AATAATATTCACTATTTAGAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772372 25 +  48394510 AATAACATTCACTATTTAGAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757014 25 - 196418989 AATAATATTCACTATTTAGAAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-112461.000000
s hg19.chr21     15610753 57 +  48129895 CGTTTTCTTGACAAAATATGCACTATTTAGAAAATATAGGTACCAGAAATTTTTTA-A
s panTro2.chr21  14320392 57 +  46489110 CGTTTTCTTGACAAAATATGCACTATTTAGAAAATATAGATACTGGAAATTTTTTA-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772397 57 +  48394510 TGTTTTCTTGATATAATATGCACTATTTAGAAAATACAGATACAGGAAATTTTTTT-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757039 58 - 196418989 TGTTTTCTTGATATAATATGCACTATTTAGAAAATATAGACACAGGAAATTTTTTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22331.000000
s hg19.chr21     15610810 27 +  48129895 AAAAACTAATGAAGTGAGTGTGTGCTT
s panTro2.chr21  14320449 27 +  46489110 AAAAACTAATGAAGTGAGTGTGTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772454 27 +  48394510 AAAAACTAATGAAGTGAGTGTGTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757097 27 - 196418989 CAAAACGAATGAAGTGATTGTGTGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-71749.000000
s hg19.chr21     15610837 30 +  48129895 AAGAAAAGAAGTATCGTACCCAAACAAAAC
s panTro2.chr21  14320476 30 +  46489110 AAGAAAAGAAGTATCGTACCCAAACAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772481 30 +  48394510 AAGAAAAGAAGTATCATACCCAAACAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757124 30 - 196418989 AGGAAAAGAAGTACCATACCAAAGCAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=62203.000000
s hg19.chr21     15610867 74 +  48129895 AATGCAAGTAAATTTTGAATGCAGAAA-AACCTACCTTTTACAAAGATGAATGACAATGAAATGTCACCTTCTTA
s panTro2.chr21  14320506 74 +  46489110 AATGCAAATAAATTTTGAATGCAGAAA-AACCTACCTTTTACAAAGATGAATGATAATGAAATGTCACCTTCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772511 74 +  48394510 AATGCAAATAAATTTTGAATGCAAAAA-AACCTACCTTTTACAAAGATGAATGACAATGAAATGTCACCTTCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757154 75 - 196418989 AATGCAAATACATTTTGAATGCAAAAATAACCTACATTTTACAAAGATGAATGACAATGAAATGTCACCGTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=378014.000000
s hg19.chr21     15610941 93 +  48129895 ACTATTTTTATGTACTTCACTTTTTTGTTTTTGCTTCATTCAATTTTTATTGAATCAAACTTTAAGCAAACTTGCTTAACGAAATCTGAAATT
s panTro2.chr21  14320580 93 +  46489110 ACTATTTTTATGTACTTCACTTTTTTGTTTTTGCTTCATTCAATTTTTATTGAATCAAACTTTAAGCAAACTTGCTTAATGAAATCTGAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772585 93 +  48394510 ACTATTTTTATGTACTTCACTTTTTTGTTTTTGCTTCATTCAATTTTTATTGAATCAAACTTCAAGCAAACTTGCTTAATGAAATCTGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757229 93 - 196418989 ACTATTTTTAAATACTTCACCTTTTTGTTTTTGCTTGATTCCATTTTTATTGAATCAAACTTTAAGCAAACTTGCTTAAAGAAATCTGAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=205122.000000
s hg19.chr21     15611034 37 +  48129895 GGGGAGTGACTGTATTGAAATTTGAAAGAAAGCTACA
s panTro2.chr21  14320673 37 +  46489110 GGGGAGTGACTGTATTGAAATTTGAAAGAAAGCTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772678 37 +  48394510 GGGGAGTGACTGTATTGAAATTTGAAAGAAAGCTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757322 18 - 196418989 GAGGAGTGACTGTATTAA-------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=121835.000000
s hg19.chr21     15611071 60 +  48129895 ATGTAAGGCAGGGTTGTTGCCCAgagagcctagcagctgcctgacaagacacctgacaag
s panTro2.chr21  14320710 60 +  46489110 ATGTAAGGCAGGGTTGTTGTCCAGAGAGCCTAGCAGCTGCCTGACAAGACACCTGACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772715 60 +  48394510 ATGTAAGGCAGGGTTATTGCCCAGCGAGCCTAGCAgctgcctgacaagacacctgacaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757340 35 - 196418989 -------------------------GAGCCTAGCAGTTGCCTGACAAGACACCTGACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=660370.000000
s hg19.chr21     15611131 101 +  48129895 ctggaattgttgaattcagcagggttcagggtctagtctttcattttgaagttcaggagcctgattatatctgcacatcTATTATGGATTGCTTCACATTA
s panTro2.chr21  14320770 101 +  46489110 CTGGAATTGTTGAATTCAGCAGGGTTCAGGGCCTAGTCTTTCATTTTGAAGTTCAGGAGCCTGATTATATCTGCACATCTATTATGGATTGCTTCACATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772775 101 +  48394510 ttggaattgttgaattcagcagagttcagggcctagtctttcattttgaagttcagaagcctggttatatctgcacatcTATTATGGATTGCTTCACATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757375 101 - 196418989 TTGGAATTGCTGAATTCAGCATGGTTCAGGGACTAGTCTTTCATTTTGAAGTTCAGAAATCTGATTATATCTGCACATCTATTATGGATTGCTTCACATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248484.000000
s hg19.chr21     15611232 27 +  48129895 AATAATCTCATTTACAAACCAATCCCT
s panTro2.chr21  14320871 27 +  46489110 AATAATCTCATTTACAAACCAATCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772876 27 +  48394510 AATAATCTCATTTACAAACCAATCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757476 27 - 196418989 AATAATCTCATTTACAAACCAATCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190224.000000
s hg19.chr21     15611259 34 +  48129895 CTCTCACCATGATTGACATTATAACAACCATTTT
s panTro2.chr21  14320898 34 +  46489110 CTCTCACCATGATTGACATTATAACAACCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772903 34 +  48394510 CTCTCACCATGATCGACATTATAACAACCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757503 34 - 196418989 CTCTCACCATGATCGACATTATAACAACCATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309637.000000
s hg19.chr21     15611293 51 +  48129895 GATTAAAGGATACAACTTCTTTAGGTCACATATTTCTAAAGTAGCTAAGCA
s panTro2.chr21  14320932 51 +  46489110 GATTAAAGGATACAACTTCTTTAGGTCACATATTTCTAAAGTAGCTAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772937 51 +  48394510 GATTAAAGGCTACAACTACTTTAGGTCACATATTTCTAAAGTAGCTAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757537 51 - 196418989 GATTAAAGGACACAACTTCTTTAGGTCACATATTTCTAAAGTAGCTAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=391621.000000
s hg19.chr21     15611344 64 +  48129895 TACATGACCCACAACAGGCTAGTCTTCCTTGTGATCTTCCTCTTCTAGCCAAAAGTGATAAGTC
s panTro2.chr21  14320983 64 +  46489110 TACATGACCCACAACAGGCTAGTCTTCCTTGTGATCTTCCTCTTCTAGCCAAAAGTGATAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13772988 64 +  48394510 TACATGACCCACATCAGGCTAGTCTTCCTTGCAATCTTCCTCTTCTAGCCAAAAGTGATAAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757588 64 - 196418989 TACATGACCCACATCAGACTAGTCTTCCTTGCAATCTTCCTCTTCTAGCCAAAAGTGATACGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=500210.000000
s hg19.chr21     15611408 66 +  48129895 AGTACTGGTGCTCAATCCAAAGTAGGCCAATCATGGTTGATTCTGCTGGAAAATACAAAAGAGAAA
s panTro2.chr21  14321047 66 +  46489110 AGTATTGGTGCTCAATCCAAAGTAGGCCAATCATGGTTGCTTCTGCTGGAAAATACAAAAGAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773052 66 +  48394510 AGTATTGGTGCTCAATCCAAAGTGGGCCAATCATGGTTGGCTCTGCTGGAAAATACAAAAGAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757652 66 - 196418989 AGTGTTGGTGCTCAATCCAAAGTGGGCCAATCATGGTTGATTCTGCTGGAAAACACAAAAGAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 6

a score=275019.000000
s hg19.chr21     15611474 26 +  48129895 GAGTAGCTATATTCAGAAAATGTAAA
s panTro2.chr21  14321113 26 +  46489110 GAGTAGCTATATTCAGAAAATGTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773118 26 +  48394510 GAGTAGCTATATTCAGAAAATGTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757724 26 - 196418989 GAGTGGCTGTATTCAGAAAATGTAAA
i rheMac2.chr3  I 6 C 0

a score=257071.000000
s hg19.chr21     15611500 55 +  48129895 TCTAAGGGCTGTCTGTAGCCATGTTTTCATCTTGTGGATAAATGAAACATGAAGT
s panTro2.chr21  14321139 55 +  46489110 TCTAAGGGCTGTCTGTAGCCATGTTTTCATCTTGTGGATAAATGAAACATGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773144 55 +  48394510 TCTAAGGGCTGTCTGTAGCCATGTTTTCATCTTGTGGATAAATGAAACATGAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163757750 55 - 196418989 TCTAAGAGCTGTCTGTAGCCATATTTTCATCTTGTGGATAAATGAAACATGAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=540978.000000
s hg19.chr21     15611555 96 +  48129895 CCTTTACAGAATATATTAACATTAATCTGCAGAGAAAGCAGGAAAAAAGAAAATAATAAAGGCATGTGAGACTTCCTAAGACCTAGTAGTTTTACA
s rheMac2.chr3  163757805 96 - 196418989 CCTTTACAGAATATATTAACATTGATATTCAGAGAAAGCAGGAAAAAAGAAAATAATAAAGGCATCTGAGACTTCCTTAGACCTCGTAGTTTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773199 96 +  48394510 CCTTTACAGAATATATTAACATTGATATGCAGAGAAAGCAGGAAAAAAGAAAATAATAAAGGCATCTGAGACTTCCTAAGACCTAGTAGTTTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14321194 96 +  46489110 CCTTTACAGAATATATTAACATTAATCTGCAGAGAAAGCAGGAAAAAAGAAAATAATAAAGGCATGTGAGACTTCCTAAGACCTAGTAGTTTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=451497.000000
s hg19.chr21     15611651 48 +  48129895 ATATGTTCCCTCTTTTCGCTTAGGTATTTGATTTGGATTCTAAGTAAT
s rheMac2.chr3  163757901 48 - 196418989 ATTCGTTCCCTCTTTTTGCTTAGGTATTTGAATTGGATCCTAAGTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773295 48 +  48394510 ATACGTTCGCTCTTTTTGCTTAGGTATTTGATTTGGATTCTAAGTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14321290 48 +  46489110 ATATGTTCCCTCTTTTCGCTTAGGTATTTGATTTGGATTCTAAGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=459499.000000
s hg19.chr21     15611699 79 +  48129895 ACACTCTTTAATACAAATATTTTTTGTAAAGTAAAAATCATAGATCTAGCTGGTAGAGATCTCTCTGTTAAAATCTGAA
s rheMac2.chr3  163757949 79 - 196418989 ACACTCTTTAATACAAATATTTTTTGTAAAGTAAAAATCATAAATCTAGCTGGTAGAGATCTCTCTGTTAAAATCTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773343 79 +  48394510 ACACTCTTTAATACAAATTTTTTTTGTAAAGTAAAAATCATAGATCTAGCTGGTAGAGATCTCTCTGTTAAAATCTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14321338 79 +  46489110 ACACTCTTTAATACAAATATTTTTTGTAAAGTAAAAATCATAGATCTAGCTGGTAGAGATCTCTCTGTTAAAATCTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=190441.000000
s hg19.chr21     15611778 53 +  48129895 TTCCGTCACTTCTAATCTTTTACTTAGAGGAAGTTGCTTAATAGTGCTTGTCT
s panTro2.chr21  14321417 53 +  46489110 TTCCGTCACTTCTAATCTTTTACTTAGAGGAAGTTGCTTAATAGTGCTTGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773422 53 +  48394510 TTCCGTCACTTCTAATCTTTTACTTAGAGGAAGTTGCTTAATAGTGCTTGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758028 53 - 196418989 TTCCGTCACTTCTAATCTTTTACTTAGAGGAAGTTGCTTAATAGTGCTTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331417.000000
s hg19.chr21     15611831 40 +  48129895 GGgttttctcttcagaatgattgtggtaatttacatttct
s panTro2.chr21  14321470 40 +  46489110 GGgttttctcttcagaatgattgtggtaatttacatttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773475 40 +  48394510 GGGTtttctcttcagaatgattatggtaatttacatttct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758081 40 - 196418989 GGGTtttctcttcagaatgattatggtaatttacatttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-24775.000000
s hg19.chr21     15611871 14 +  48129895 accagctgtttatg
s panTro2.chr21  14321510 14 +  46489110 accagctgtttatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773515 14 +  48394510 accagctgtttgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758121 14 - 196418989 accagctgtttatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-20361.000000
s hg19.chr21     15611885 4 +  48129895 agat
s panTro2.chr21  14321524 4 +  46489110 agat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773529 4 +  48394510 agat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758135 4 - 196418989 agat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292028.000000
s hg19.chr21     15611889 34 +  48129895 attttccaacagtttcaccctcactagatattta
s panTro2.chr21  14321528 34 +  46489110 attttccaacagttttaccctcactagatattta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773533 34 +  48394510 attttccaacagttttaccctcactagatattta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758139 34 - 196418989 attttccaacagttttaccctcactggatattta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=234330.000000
s hg19.chr21     15611923 35 +  48129895 atgtctttaatatttgctaatcaccaatctaataa
s panTro2.chr21  14321562 35 +  46489110 atgtctttaatatttgctaatcaccaatctaataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773567 35 +  48394510 atgtctttaatatttgctaatcaccaatctaataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758173 35 - 196418989 acgtctttaatatttgctaatcaccaatctaataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=117875.000000
s hg19.chr21     15611958 26 +  48129895 atgtgCTACTTTGTTGATACTTACAT
s panTro2.chr21  14321597 26 +  46489110 atgtgCTACTTTGTTGATACTTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773602 26 +  48394510 atgtgctatgttgttgatacttacat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758208 26 - 196418989 gtgTGCTACTTTGTTGATATTTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=393280.000000
s hg19.chr21     15611984 134 +  48129895 TTTCATATGCTTTATTATAAAATAACACA-----TATGAGGAAAAGAaggttgaattttttttcttgtttattaatcatttcctgattcatgtgaattaaattcttggtacattcttcctattaggggctcatgttttt
s panTro2.chr21  14321623 134 +  46489110 TTTCATATGCTTTATTATAAAATAACACA-----TATGAGGAAAAGAaggttgaattttttttcttgtttattaatcatttcctgattcatgtgaattaaattcttggtccattcttcctattaggggctcatgttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773628 133 +  48394510 tttcatatgctttattataaaataacaca-----tatgaggaaaagaaggttgaa-tttttttcttgtttattaatcatttcctgattcatgtgaattaaattcttggtccattcttcctattaggggctcatgttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758234 137 - 196418989 TTTCATATGCCTTATTATAAAATAATGGAAATTTTCTGAGGAAAATAAGGTTGA--TTTTTTTCTTGTTTATTAATCATTTCCTGATTCATGTGAATTAAATTCTTGGTCCATTCTTCCTATTAGGGGCTCATGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-3601.000000
s hg19.chr21     15612118 17 +  48129895 ctaaattatttttaaga
s panTro2.chr21  14321757 17 +  46489110 ctaaattatttttaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773761 17 +  48394510 ctaaattatttttaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758371 17 - 196418989 CTTAATTACTTTTAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136204.000000
s hg19.chr21     15612135 40 +  48129895 ggtccttatatagcagaagtaacaactattggtatctgta
s panTro2.chr21  14321774 40 +  46489110 ggtccttatatagcagaagtaacaactattggtatctgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773778 40 +  48394510 ggtctttatatagcaggagtaacaactattagcatctgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758388 40 - 196418989 GGTCCTTATATAGAAAGAGCAACAATTATTGGCATCTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=273646.000000
s hg19.chr21     15612175 37 +  48129895 atttttgcaaatatagtttccctgtttgtcacttgct
s rheMac2.chr3  163758428 37 - 196418989 ATTTTTGCAGGTACAGTTTTCCTGTTTGTCATTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773818 37 +  48394510 atttttgcaaatatagtttccctgtttgtcacttgct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14321814 37 +  46489110 atttttgcaaatatagtttccctgtttgtcacttgct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=239891.000000
s hg19.chr21     15612212 45 +  48129895 ttctattttgttcagatatctttgagctggagaatttacagtgtg
s rheMac2.chr3  163758465 45 - 196418989 TTCTGTTTTGTTCAGATATCTTTGAGCTGGAGAATTTACAGTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773855 45 +  48394510 ttctattttgttcagatatctttgagctggagaatttacagtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14321851 45 +  46489110 ttctattttgttcagatatctttgagctggagaatttacagtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=88647.000000
s hg19.chr21     15612257 56 +  48129895 tactcaagcctaag-------tctgttttctctgttatggtgtatgccttgtttgat-tttctc
s rheMac2.chr3  163758510 64 - 196418989 TACTCAAGTCTAGGTCTGTTTTCTGTTTTCTCTATTTTGGTGTATGCCTTGTTTGATCTTTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773900 56 +  48394510 tactcaagcctaaa-------tctgttttctctattttggtgtatgccttgtttgat-tttctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14321896 56 +  46489110 tactcaagcctaag-------tctgttttctctgttttggtgtatgccttgtttgat-tttctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=716205.000000
s hg19.chr21     15612313 71 +  48129895 aggaaggctttttattattaaattatgcgactatttctagcttttcctctggcatgttatttcatctttca
s rheMac2.chr3  163758574 71 - 196418989 AGGAAGGCTTTTTATTATTAAATTATGTGACTATttctagcttttcctctggcatgttatttcatctttca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13773956 71 +  48394510 aggaaggctttttattattaaattatgtgagtatttctagcttttcctctggcatgttatttcatctttca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14321952 71 +  46489110 aggaaggctttttattattaaattatgcgactatttctagcttttcctctggcatgttatttcatctttca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=466322.000000
s hg19.chr21     15612384 43 +  48129895 catttaaatgtttaatctacctagaattaatgttattgtgtgg
s panTro2.chr21  14322023 43 +  46489110 catttaaatgtttaatctacctagaattaatgttattgtgtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13774027 43 +  48394510 catttgaatgtttaatctacctagaattaatgttattgtgtgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163758645 43 - 196418989 catgtaaatgtttaatctacctagaattaatgtttttgtgtgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2637984.000000
s hg19.chr21     15612427 304 +  48129895 tataagttaagggtctaTCCTCCTCTATGCTCCAGTTGGTTAAAGTAACTCTTCAGCTGTATAGTAAATCCTTACTTGTTTGTGTCTCGGTGTTTTTTATTCTAATCCATTCAACTATCTGGTTTTACAAT---ACTGCATTGTTTTAATTACTCTAGCTTCCAAATAATGTACTATTTCCATAGGCTTTTTCATTTCCATAAAACATTTAAACTAATAAAGTTTTGTTGCAATTAAAATGTGTTTTTCTGCTTGTTTTATTTGATTGATGTAAAATACTTTAAATTCAATAACTTCTTACCAATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13775342 124 +  48394510 gatggagcttccatgaatgagattactgtccttataagaagagatataagagagcttatttcctctctctttctgatctccaccatgtgaaaatataaggctgtcatctgcaaaccaggaagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14323920 104 +  46489110 TTATGTATCTATACAATGAGCACTGATTGCCTGGTATTAAATAGCCCTAACATTCTGTCAGAGCTGAAACCAGA-----------------------------------------TTCTTACAATAGACTTGGCAATGCTAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265996.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13776151 53 +  48394510 AATGtagccaaaatatggaatcaacctaagtgtccatgaatggatgaatgaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163760804 53 - 196418989 AATGtagccaaaatatggaatcaaccttagcgtccatgaatggctgaatgaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26398.000000
s hg19.chr21     15614553 24 +  48129895 aaagaaaatgtggtatatatgcac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163760881 104 - 196418989 tcacacacacatgcacaatggaatgttattcaaccataacatagaaagaaatgctatttaaaacaacatggatgagcctggaagacactatattaaatgaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163760985 355 - 196418989 aaccaggcacagaaagaaaaatactgcatgatctcacttctgtgtggaatctaaaagttaaactcatagaagtgaagagtaggatgggggttaccaggggtcacagtgatgggggtatagaggagaaatgaaaaaagattggtcaaattgtacatacacagtttcagttaagatcttcactcaagatctattgtacaacatgatgactacagttaatactaacgtactgaatacttgaaaattgcttacagagtagattttaagtgttttcagcacaaaata----taggtacatgtggtgatggatatgttacgtggcttgatttaatcattccacaatgtgtacatatatcaaaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13776731 99 +  48394510 AGACTTGGGGATGAATTAACTCTCCTCTAAGAAATCACATACATTTTCAgtgattttgtactgtgtgaatataactaagctagtgctacattttccaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163761490 160 - 196418989 attatcttctctgtaatttcaggccaggaccacccatatgagaaatggtaattggaacacggccccaaagcagccaccattgggttttatagttgtgtgtacggcatcaggcagtgttgcagcgcaaagaactttgttactggtctgctggctcacattg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14324821 158 +  46489110 attctcttctttgtaatttcaggccagggccacccataggagaaacgataattggaa--cggccccaaagcagccaccactaggctttatagttctatgcagggcatcaggcagtattgcagcgcaaagaactttgttactggtctgctggctcatgttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15615345 194 +  48129895 ttggtgtgggtcaggaggcaagcccacagagcctccacatcccgtggatctcccagtttagcttttctgagtcctgaagcaggcatgtgtacagttctgtagtaaacacagcagctacgcatacaaatcactcacatcatcatggttggatattttgagaagtgggtatggtttccagtttgtcctAGGTCA--CT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13776989 196 +  48394510 ttggtgtgggtcagcaggcaagcccacagtgcctccacatctcgtggatctcctggtttagcttttctgagtcctgaagcaggcatgtgtacagttctgtagtaaacacaggagctacgcatacaaatcactcacatcatcatggttggatattttgagaagtgggtatggtttccagtttgtcctaggtcactct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14324979 194 +  46489110 ttggtgtgggtcagcaggcaagcccacagcgcctccacatcccgtggatctcccggtttagcttttctgagtcctgaagcaggcatgtgtacagttctgtagtaaacacagcagctacgcatacaaatcactcacataatcatggttggatattttgagaagtgggtatggtttccagtttgtcctAGGTCA--CT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163761846 43 - 196418989 AATCACACgtgtgtgtgtgtgtttgtgtg------------tgtgtgtgtgtgtg
i rheMac2.chr3  C 0 I 285
s ponAbe2.chr21  13777185 55 +  48394510 gatcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14325173 42 +  46489110 GATCACgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg------------tgtgtgtgtgtgt-
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=929695.000000
s hg19.chr21     15615582 253 +  48129895 tTTCCACTTCTGGCCCTATTGATCTATAGCAACTTCAGGCTGCCCACCAAATGCAGTGGTAACATTCTTCTATGATTCGTCTACCCTATATTAAATCCTGATTCCTTATCATTCATGGTAAGTCTTCTTCCCTGGTTGTAACCTATAAAGTTGggtgcctggaatgaaggtgttaccacaacaaaaaccc-aagcccattggctctgggacaagatagcaagaagaagatgaaaaggacttgagaagaccttta
s ponAbe2.chr21  13777240 253 +  48394510 tttccacttctggccctattgatctatagcaacttcaggctgaccaccaaatgcAGTGGTAACATTCTTCTGTGATTTGTCTACCCTATATTAAATCCTGATTCCTTATCACTCATGGTAAGTCTTCTTCCCTGGTTGTAACCTATAAAGTTGggtgcctggaatgaaggtgttaccacaacaaaaaccc-aagcccattggctctgggagaagatagcaagaagaagatgaaaaggacttgagaagaccttca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14325215 252 +  46489110 -ttccacttctggccctattgatctatagcaacttcaggctgaccaccaaatgcAGTGGTAACATTCTTCTATGATTCGTCTACCCTACATTAAATCCTGATTCCTTATCACTCATGGTAAGTCTTCTTCCCTGGTTGTAACCTATAAAGTTGggtgcctggaatgaaggtgttaccacaacaaaaaccc-aagcccattggctctgggacaagatagcaagaagaagatgaaaaggacttgagaagaccttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 285 C 0

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s panTro2.chr21  14325467 132 +  46489110 aagctggaaggggcttcacgagacaatgaggatgccaaaaatattgaggatattgttattggaaagttcagtcacacagctccctgttgtaatatggaaattaaataggatatctagcacactttttgattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13777493 132 +  48394510 aagctggaaggggcttcacgagacaatgaggatgccaaaaatattgaggatattgttattggaaagttcggtcacacagctccctgttgtaatatggaaattaaataggatctctagcacactttttgattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163762409 132 - 196418989 aagctggaaggggcttcatgagacaatgaggatgctaaaaacattgaggatatggttattggaaagtttggtcacaaagctccctgttgtaatacggaaattaaataggatatctagcaaatttttttattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15615967 66 +  48129895 agttggagagctttgcagacagaataagaaaaatgcccccaggctttttctagcttcctgtaatta
s panTro2.chr21  14325599 65 +  46489110 agttggagagctttgcagacagaataagaaaaatgcccccaggctttt-ctagcttcctgtaatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13777625 66 +  48394510 agttggagagctttgcagacagaataagaaaaatgccaccgggctttttctagcttcctgtaatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163762541 66 - 196418989 agttggagagctttgcagacagaatgagaaaaatgccaccaggctttttctagcttcctgtaatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14325664 72 +  46489110 agtacaacattggttgggggagagaggctaggaaagaaagagagaaactgttccattttaatttatatttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163762607 72 - 196418989 agtacaacattggttgggggagagaggctaggaaagaaagagagaaactgttccattttaatttgtatttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=607219.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13777763 114 +  48394510 ggaatttagaagaaatataaaggacccagagactgttgggtttgaaaagaaaatgttttttcatccccagttattgcaagcaaaa-attctca-----aaaagaaacagcttcagcaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163762679 119 - 196418989 ggaatttagaagaaatataaagggcccagaaattgctggg-ttgaaaagaaaacgttttttcatccccagttattgcaagcaaaagattctccaaaagaaaggaaacaacttcagcaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401831.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13777877 100 +  48394510 ataaaatccagcacactaaaagaaactcaggataaaaatcacaagtatatggctgctataaatccctttgttgagacctcaaaaaCTGTAAGGAtgaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163762798 100 - 196418989 ataaaatccagcacactaaaagaaactgaggataaaaatcacaagtatgtggttgctataaatccctttgttgagacctcaaaaactgtaaggATTaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15616387 71 +  48129895 agctatttgattgcaaaacatggccattctgtgtggaggaggacccagaggtcagaatcaatagcacagaa
s panTro2.chr21  14326018 71 +  46489110 agctatttgattgcaaaacatggccattctgtgtggaggaggacccagaggtcagaatcaatagcacagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13778040 71 +  48394510 AGCTGTTTGATTGGAaaacatggccgttctgtgtggaggaggacccagaggtcagaatcaatagcacagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163763032 268 - 196418989 ggcaggagcaagaaacgaggggaatcatttgcaggaagcagacctcttcccaaccctgaatgtcagaattactaatgaccaataacagccagtgcatctgcattcccttcacttttgaactggagcttctactgcacttacctttcttcatctcaccattgtgtggaggtagaaagagtctttttagttcacagcttatgagatacaggggaaccagggccaactggccagaacacctcatccatacctggatctgaattagatgata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13778111 267 +  48394510 ggcagtagcaagaaacaaggggaatcatttccaggaagcggacctgttcccaaccctgaatgtcagaattactaatgaccaataacagcc-gtgcctctgtattccctccacttgtgaactggagtttctactgcacttacctttcttcatctcaccattgtgtggaggtagaaaaagtcttttcagtttacagcttatcagatacaaaggaaccagggccaattggccagatcacctcttccatacctggatctgaattagatgata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14326356 64 +  46489110 gccccttgaaacctggcctaagaatggtgctataatgcaatgagaacttcacaaggctcatggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14326640 324 +  46489110 tgtcttggaatacttgcctttgtagtcttgagtcttcacataagaagtacaattatcttgctagaaggaccatttggagaagttctaagactacatggacagggaaaa-agcccagatgagcccaaccttccaacaattcctgctatggctaggcctgtgagtgaacccgttttggatctctgaatcagctcaccagctgaatattaccacatgatgcccatcaacatcacagggagcaaatcataagatataatttttttttgtttgtgt--aaataaataaggcttggggtaatttactacactgaaatagataactgaaaTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15617537 80 +  48129895 aactttggaatccaataattggaagccatttgtatttcatacccagatacatccccctcccaagctttatcagcaataat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163764922 16 - 196418989 AAAAACCTTTCATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=114893.000000
s hg19.chr21     15618371 31 +  48129895 GATTACTTGGGAGTTCCTtccaaagggacat
s panTro2.chr21  14327992 31 +  46489110 GATTACTTGCGAGTTCCTtccaaagggacat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=157348.000000
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s panTro2.chr21  14328023 27 +  46489110 gtgtgtaatgacaagacatccctttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-6790.000000
s hg19.chr21     15618429 19 +  48129895 ttggtctccatgctttctt
s panTro2.chr21  14328050 19 +  46489110 ttggtctccatgctttctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14328069 179 +  46489110 cagcaggggtcaaggagagctccatatctctgtgttctggtgagagactcaccactctctcttctcccaactctaacccctgtgctcaaagcttcttcatcactatttcccttaagaccattaagatcaatcttattatgctgtttgtctttatttacctcaaccactactaaaaacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13780100 179 +  48394510 cagcaggtgtcaaggagagccccatatctctgtgttctggtgagagactcaccactctctcttctcccaatgctaacccctgtgcgcaaagcttcttcctcactattttccttaagaccattaagatcaattttattatgctgtttgtctttatttacctcaaccactactaaaaacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163765015 179 - 196418989 cagcaggggtcaaggagagctccatatctccgtgctctggtgagagactcaccactctctcttctcccaactccaacccctgtactcaaagctgcttcctcaatattttccttaagaccattaagatcaatcttattatgctgtttgtctttatttacctcaatcgctactaaaaacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=355400.000000
s hg19.chr21     15618627 64 +  48129895 aggtcatccctcatttcccataccataggcaccattaggtatgtgaacatccctatgcagattt
s panTro2.chr21  14328248 64 +  46489110 aggtcatccctcatttcccataccataggcaccattaggtatgtgaacatccctatgcagattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13780279 63 +  48394510 aggtcatccctcatttcccataccataggcaccattaggtatgtgaacatccctatgcaga-tt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118709.000000
s hg19.chr21     15618691 19 +  48129895 catatcccacccgttccca
s panTro2.chr21  14328312 19 +  46489110 catatcccacccgttccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235892.000000
s hg19.chr21     15618710 34 +  48129895 ttttggagcttttctgctatgttttatgaactca
s panTro2.chr21  14328331 34 +  46489110 ttttggagcttttctgctatgttttatgaactca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=520910.000000
s hg19.chr21     15618744 77 +  48129895 cagtcattcaacagcaaaatcctctgtgtccttaacttattttcttaccttcctagtctgaaactagattctctcct
s panTro2.chr21  14328365 77 +  46489110 cagtcattcaacagcaaaatcctctgtgtccttaacttattttcttaccttcctagtctgaaactagattctctcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163765387 104 - 196418989 aaagacacttgttccctggcagctttcttgagtagtaattgttttctcttctaccctcctcatacaacttggcctggaggagagatagttacctctttgctcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=761335.000000
s hg19.chr21     15618925 123 +  48129895 cattgctacttccagatcatgctccttcttccctgccattgcgatatattactatcaccagccatgcctcctcattgtaccattcatagtgctctcatgtcttgaatttaacacctggctcac
s panTro2.chr21  14328546 123 +  46489110 cattgctacttccagatcatgctccttcttccctgccattgcgatatattactatcaccagccatgcctcctcattgtaccattcatagtgctctcatgtcttgaatttaacacctggctcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163765491 123 - 196418989 cattgctacttccagatcatgctccttcttccccaccattgtgatatgttactatcaccagccatgcctccttattgtaccattcatagtgctctcatgtcttgaatttaacacctggctcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=436867.000000
s hg19.chr21     15619048 76 +  48129895 tgtcagtcttttcaacactgttcctgccaaaattctcagtgatttcaagtataagacctagttgatccttccaaat
s panTro2.chr21  14328669 76 +  46489110 tgtcagtcttttcaacactgttcctgccaaaattctcagtgatttcaagtataagacctagttgatccttccaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13780699 76 +  48394510 tgtcagtcttttcaacactgttccttccaaaattctcagtgatttcaagtataagacctagttgatccttccaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163765614 76 - 196418989 tgtcagtcttttcaacactgttcctgccaaaattctcagtgatttcaagtgtaagacctagttgatccttccaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=262451.000000
s hg19.chr21     15619124 68 +  48129895 cactggatctttgatttcctaaacttttctctaatgatttcaactcttaccctatctaatacattcac
s panTro2.chr21  14328745 68 +  46489110 cactggacctttgatttcctaaacttttctctaatgatttcaactcttaccctacctaatacattcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13780775 68 +  48394510 cactggacctttgatttcctaaacttttctctaatgatttcaactcttaccctacctaatacattcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163765690 68 - 196418989 cactggacctttgatttcctaaacttttctctagtgatttcaactcttacccgacctaatacattcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1250633.000000
s hg19.chr21     15619192 240 +  48129895 tttcatcattgtatgtaa-gacttggccccatcaacaaaaaatgcaacttctccatatttaaatttcaagaatcccactcttcgctgaccacctcctatttttccaCTAACAGATATGGACAAGAACAAGACAGAGTTTGTGAGAGCTGATATGATCATGTTTTAAACCCTAGGCTAAGGCAGCCTAAAGAAACTGCATTTCATAAAATTGTTTTATTACTTTATTTTCAGAAATTTGAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13780843 239 +  48394510 tttcatcattgtatgtaa-gacttggccccatcaa-aaaaaatgcaacttctccatatttaaatttcaagaatcccactcttcgctgaccacctcctatttttccaCTAACAGATATGGACAAGAACAAGATAGAGTTTGTGAGAGCTGATATGATCATGTTTTAAACCCTAGGCCAAGGCAGCCTAAAGAAACTGCATTTTATAAAATTGTTTTATTACTTTATTTTCAGAAATTTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163765758 241 - 196418989 tttcatcattgtatgtaatgatttggccccatcaataaaaaatgcaacttctccatatttaaatttcaagaatcccattcttcgctgaccacctcctgtttttccaCTACCAGATATAGACAAGAACAAGATAGAGATTGTGAGAGCTGATATGATCATGTTTTAAACCCTTAGCTAAGGCAGCCTAAAGAAACCACATTTCATAAAATTGTTTTACTACTTTATTTTCAGAAATTTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=341545.000000
s hg19.chr21     15619432 62 +  48129895 ATTTTTCACCTCTGTGTGTAATACTATATTAGACATCTTTGTGCAAATTGTTGATTTGTGTA
s panTro2.chr21  14329053 62 +  46489110 ATTTTTCACCTCTGTGTGTAATACTATATTAGACATCTTTGTGCAAATTGTTGATTTGTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163765999 62 - 196418989 ATTTTTCACCTCTGTGTATAATACTATACTAGACATCTTTGTGCAAATTGTTGATTGGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=563633.000000
s hg19.chr21     15619494 69 +  48129895 TGTATTACATAACAACATACATCTCCAAGAGTTAATGGATGCAGAAGGATTCATTTTAGTACTCCTAGT
s panTro2.chr21  14329115 69 +  46489110 TGTATTACATAACAACATACATCTCCAAGAGTTAATGGATGCAGAAGGATACATTTTAGTACTCCTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13781144 69 +  48394510 TGTATTATATAACAACTTACATCTCCAAGAGTTAATGGATGCAGAAGGATTCATTTTAGTACTCCTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163766061 69 - 196418989 TGTATTATCCAACAACATACATCTCCAAGAGTTAAAGGATTCAGAAGGATTCATGTTAGCACTCCCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=372442.000000
s hg19.chr21     15619563 77 +  48129895 ATATTATTTGAAAGTGGTTAGCTGGTTAGCTTTGATCTAAAGAGTTATGATTATGATGAGTGCTGGAGAGATAAAAT
s panTro2.chr21  14329184 69 +  46489110 ATATTATTTGAAAGTGGTTAGCT--------TTGATCTAAAGAGTTATGATTATGATGAGTGCTGGAGAGATAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13781213 69 +  48394510 ATATTATTTGAAAGTGGTTAGCT--------TTGATCTAAAGAGTTATGATTATGATGAGTGCTGGAGAGATAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163766130 69 - 196418989 ATATTAGTTGAAAGTGATTAGCT--------TTGATCTAAAGAATTATGATTATTATGAGTGCTGCAGAGATAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=604357.000000
s hg19.chr21     15619640 104 +  48129895 ACTTATTTTTCCCTCTATAATTCAGTATTGTTTGAACTTTTAAATAAGAACCATCATATATGAGTCAGTTATGTAACTAAAAGCTTTCAGTTTTGAAAATAGCA
s panTro2.chr21  14329253 104 +  46489110 ACTTATTTTTCCCTCTATAATTCAGTATTGTTTGAACTTTTAAATAAGAACCATCATATATGAGTCAGTTATGTAACTAAAAGCTTTCAGTTTTAAAAATAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13781282 104 +  48394510 TCTTATTTTTGCCTCTATAATTCAGTATTGTTTGAACTTTTAAATAAGAACCATCATATATGAGTCAGTTATGTAACTAAAAGCTTTTAGTTTTAAAAATAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163766199 104 - 196418989 ACTTATTTTTCCCTCTATAATTCAGTATTGTTTGAACTTTTAAAGAAGAACCATCATATATGAGTCAGTTATGTAACTAAAAACTTTTAGTTTTAAAAATAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201061.000000
s hg19.chr21     15619744 29 +  48129895 AGTAATATTAACCAGTGATTCACAAAAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13781386 29 +  48394510 AGTAACATTAACCAGTGATTCACAAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14329357 29 +  46489110 AGTAACATTAACCAGTGATTCACAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=552765.000000
s hg19.chr21     15619773 77 +  48129895 AAAAAAAA-CTATCAATGGATATATAAGAAAAAATGTCCCAAAGATGAAGTCTGAAGCCAGTATGAATATTCTTTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=261583.000000
s hg19.chr21     15619850 49 +  48129895 TCTTTGTATCAAATTAATTATTCTACCTTCATAATTTTAGAATTTTTCT
s panTro2.chr21  14329464 49 +  46489110 TCTTTGTATCAAATTAATTATTCTACCTTCATAATTTTAGAATTTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-65450.000000
s hg19.chr21     15619899 7 +  48129895 CAATACT
s panTro2.chr21  14329513 7 +  46489110 CAATACT
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a score=34288.000000
s hg19.chr21     15619906 23 +  48129895 tgtattagtttgtcctcgcactg
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s rheMac2.chr3  163766489 64 - 196418989 ctataaataagtatcaaaaactgagtaatatataaagaaaataggtgtaa-tggctaatggttcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163766746 35 - 196418989 caagggaggatgttgctaaaccattcagaagaaat--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163766781 94 - 196418989 cacgctcatgatccaatcccctcccaccaggccccacctccaacagtggggattacaatccaacctgagatttgggtagggacacagatccaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13781956 165 +  48394510 ccctatcaATACTATTGCCATCTTATTTATAGAATATTGAAAATGTGACATTCTTCTCATTGATTTTACCTGAAATACACTTCATTCTTCTAAACTGGCCTTTTTTTCCACTTATGGGGTACACAAAA--ACTCTTTTTCTCATCCATCTCTTTTTAAATTACATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14329926 167 +  46489110 ccctatcaATACTATTGCCATCTTATTTATAGAATATTTAAAATGTGACATTCTTCTCATTGATTTTACCTGAAATACACTTCATTCTTCTAAATTGGCCTTTTTTTCCACTTATGGGATATACAAAAACACTCTTTTTCTCATCCATCTCTTTTTAAATTACATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14330093 20 +  46489110 TATTCACTTTCATACCAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14330144 159 +  46489110 TAATTAATGTTGAAGCATCTTGTGTCCTGAAGAGAATAATAAACATGCTCATTACTACATTTCTTAAAGTAAGTATTTTTGGAATTTGCCTCTTCTCCGAAATATCATGATTTGTTCTCTGTTGCTGTATAATACATTTTAATATTCCCTCTTTTAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163767093 159 - 196418989 TAATTAATGTTGAAGCATCTTGTGTCCTGAAGAGAATAATAAACATGCTCATTACTACATTTCTTAAAGTAAATATTTTTGGAGTTTGCCTCTTTTCTGAAACATCATGATTTGTTCTCTGTTGCTGTATAATACATTTTAATATTCCCTCTTTTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163767252 137 - 196418989 GTACACTCATTCCTAAATGAGGAGAACTCTCCCAGATGCAGTGTTTATCCAGTTACATGAAGTGAGGAGTGAGTTTATGTCCATTGCATTTCAACTGGGGTACAAATCCTCTTCTTACCTGGAATCAGAGGGATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=698673.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=191234.000000
s hg19.chr21     15621291 161 +  48129895 gttgtgggaagtcagggaccccaaacagggggacgggctggagctgtggcagaggaaacataaattgtgaagatttcatggacgtttatcatttctctaataatactcttataatttcttacgcc--tcttactttaatctcttaatcctgttatcttcgtaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163767856 162 - 196418989 gttgtgggaagtcagggaccccgaatggagggagcagctggagctgtggt-gatgaaacataaattatgaagatttcatggacatttatcacttctcttaaaatactcttataatttcttatgcctgtcttactttaatctcttaatcctgttatcttcataa
i rheMac2.chr3  C 0 I 46

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163768018 46 - 196418989 I

a score=57708.000000
s hg19.chr21     15621485 213 +  48129895 tttacttttgggataatttgaaaacaaaatcagtctttgtatggtatttttcccccacctgcttggtttgatttttgtttattttatatctcatgaacaaaagtgttatttaataacttcttgccattttaagaacatgactgtaattaatttgcttcactcagcttctaagataaccactagtataaacagaataaaataaaactcacaaat
s ponAbe2.chr21  13783129 213 +  48394510 tttacttttgggataatttgaaaacaaaatcaatctttgtatggtatttttcccccacctgcttggtttgatttttgtttattttatatctcatgattaaaagtgttatttcataacttcttgccattttaagaacatgactgtaattaatttgcttcactcagcttctaagataaccactagtagaaacagaataaaataaaattcacaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14331030 213 +  46489110 tttacttttgggataatttgaaaacaaaatcagtctttgtatggtatttttcccccacctgcttggtttgatttttgtttattttatatctcatgaacaaaagtgttatttaataacttcttgccattttaagaacatgactgtaattaatttgcttcactcagcttctaagataaccactagtataaacagaataaaataaaactcacaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163768018  46 - 196418989 I

a score=380570.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13783342 454 +  48394510 tgtacaaattgattgtaaaacatgtgtgtttgaacaatatgaaatctgattgtaaaacatgtgtgtctgaacaatataaaatcagtgcaccttgaaaaagaacagaataacagtgattttagggaacaagggaagataaccgtaaggtctgactgcctgcggggttgggc-aaaagagccatatttttcttcttgcagagagcctataaatggatgtgaaagtaggagagatatcactaaattcttctcctagcaaggaatattaaatattaagaccctaagaaaataattgcattccttgtgggaggtctataaatggctgctctgggagtgtctgtcctatgtgtttgagataaggactgagatacaccctggtctcctgcagtaccctcagggttattagggtgcggaaaacagaatcccgccctggtaaatttgaggtcagaccagttctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 46 C 0

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s rheMac2.chr3  163768515 438 - 196418989 tgctcttgaaccctgttttctgttatttaagatgtttatcaagacaatacatgcacagctgaacatagaccctcttcagtaattctaattttg--------------------------ccctttgccttgtgatctttgctggacccttatcaggagttcctgattttgaccttgccctgtttcctcagaagcatgtgatctttgctctgccttttgccctttgaagcatgtgatctttgtgacctactcactgctcgtacatcccctccccttttggaatccctaatgaaaacttgctggttttgcggctcaggtgggcatcatggacctaccaacatgtgatgtcacccctggcggtccagctgtaaaattcctctgtttgtactctttctctttatttctcagactggcagacacttaggaaaaatagaaagaatctacattgaaatattgagggtgggt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14331698 463 +  46489110 tgctctcgaaccctgttttctgttg-ttatgatgtttatcaagaaaatacatgcacagctgaacatagaccctcatcagtaattctaattttgccctttgctttgtgatcttgttttcaccctttgccttgtgatctttgctggacccttatcaggagttcctgattttgtccttgccctatttcctcagaagcatgtgatctttgctctgccttttgccctttgaagcatgtgatctttgtgacctactccctgttcgtacactccttccccttttggaatccctaataaaaacttgctggtgttgcggctcaggtggccatcacagacctaccaatgtgtgatgtcacccctggtggcccagctgtaaaattcctttctctgtactgtttctctttatttctcaggccagctgacacttaggggaaatagaaagaacctatgttgaaatattgggggcaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13784259 49 +  48394510 ttcccgataGATGGCTTGCTGTTTCCCACAGCTGAACTCATTGGCCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=324835.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163769104 170 - 196418989 TAGAAGCTGAGTGAAGCAAATTAATTACAGTCATGTTCTTAAAATGACAAGAAGTTATTAAATAACACTTTTATTCGTGAGTTATAAAATAAACAAAAATCAAACCAAGCAGGTGGGGGAAAAATGCCATACAAAGATTGATTTTGTTTTCAAATTATCTCAAAAGTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163769980 315 - 196418989 CCAATACAATTTGCATAATTTTACATGTAAAGTGGGAAACAATGATTTATCCCCATGTTGGGGCTAAAGTACTAAGATTGTCCTAAGTACCATGTAAATGCTTAGTAAATATGATTTTCCCTCTAGACCACAAGAATTATGGCACATTTATTTCAAGAGTTCTATTTGTACTTATGAGAGCGCACATGGAAATAGACCAATATTCTGTCAATACAAACACTGAAAAGCAAAGCTTTGTTCCCCAAGAATGAGAAAAGACTTAACACAGCAGCATGGTTTAACAGCTTGCAATGTTAACAAAAGGACATGCTACGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163770295 177 - 196418989 TATGTTCAGCTCTCCATATCTCCATGCCTGTGTTTATCCATTGAATCAAATAATTGATATCATCCTTTAATTCAAGTTATTTGTGCAAGAATCTATTTTAATATTTCTTTACCCTGTAGAAAACAGGATTAGAAGAGGACTATACCTTATTTCCTCAATTTTTAAGTCCATTATCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241424.000000
s hg19.chr21     15624116 55 +  48129895 ACTAGCATATTCAGATTGTGAAGGAAAAGTTGCTATAATGTGATACAGCAGGAAC
s panTro2.chr21  14333667 55 +  46489110 ACTAGCATATTCAGATTGTGAAGGAAAAGTTGCTATAATGTGATACAGCAGGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=614325.000000
s hg19.chr21     15624171 98 +  48129895 AGTGAGTTAAAATTCTTCCTAGCAAATCCAAGGCAACTATATTCACATCCTAGAGTGCAGTGATGATGGACATAACTAGATATTCGGTGTTCAACATA
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s ponAbe2.chr21  13785831 98 +  48394510 AGTGAATTAAAATTCTTCCTAGCAAATCCAAGGCAACTATATTCATATCCTAGAGTGCAGTGATGATGGACATAACTAGATATTCAGTGTTCAACATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14333722 98 +  46489110 AGTGAGTTAAAATTCTTCCTAGCAAATCCAAGGCAACTATATTCATATCCTAGAGTGCAGTGATGATGGACATAACTAGATATTCGGTGTTCAACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=332868.000000
s hg19.chr21     15624269 43 +  48129895 TCATTTTACTTTATTCTACAGTTTTATCTATGCAAAGACAATG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=325193.000000
s hg19.chr21     15624312 46 +  48129895 TTCGTGTTCTGACTTATCATCTCCTCTGCTACCATGGAGACACCAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1051038.000000
s hg19.chr21     15624358 142 +  48129895 TGTTTAAAATACTTTACAAAATTCATTTTTGCAGTGAGAAATAG--AAGAGCAATATATGTTTTACATGTGTCTGAGAATTGTTATATTATAATCCTGCAGCTTTCTGAAAGACAAATAGCAGTTGATAAATACAGAATGGTTA
s rheMac2.chr3  163770705 144 - 196418989 TGTTTAAAACACTTTCCAGAATTTGTTTTTGCAGTGAGAAATAGAAAAGAGCAATATATGTTTTACATGTGTCTGAGAATTGTTATATTATAATCCTGCAGCTTTCTGAAGGACAAATAGCAGTTGATAAATACAGAATCATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13786018 142 +  48394510 TGTTTAAAATACTTTACAAAATTCATTTTTGCAGTGAGAAATAG--AAGAGCAATATATGTTTTACATGTGTCTGAGAATTGTTATACTATAATCCTGCAGCTTTCTGAAAGACAAATAGCAGTTGATAAATACAGAATGGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=492955.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163771305 217 - 196418989 cacttaatcatggggatatattctgagacatgtgtcattaggtgatttagttgttgtaccaacatcacagagtgtacttacacaaacctaggtagaatgactaactaccaacctaggctctatggtatagcttattgttcctaggctaccaccctgtacagcacatgactgttctgaataccacaggcaactgtaacacagtggtatctgtgtattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14334726 24 +  46489110 aaacatatctaaacataaaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     15625703 52 +  48129895 GTTCCATTAAATAAATAAAACAACAACAACAAGAACCTTAGTAGAGCTCCTT
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s panTro2.chr21  14335305 276 +  46489110 TATAAATGATTTCTTCTACTATACAAAACAGGGTGAATCACTGTGAAATGTGGCCAGGTTAATTAATCAAAAAGAAGATGCTTTTATTTGATATTGTTCATTGACAGAA--TTTTTTTTTCAGAGAAGCCACTTTTGCAAAATATGTAGGAAAAATACTTAATATAATTATAATTCCTTAAGAACTTAAATACATTTCAAAAATATTATCTAAAAATGTGCTACAACTAGCTTAGTCTATTTCTAGTGAAGTGTTAAAAAAAGAATTAAAGAATTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13787413 276 +  48394510 TATAAATGATTTCTTCTACTACACAAAACAGAGTGAATCACTGTGAAATGTGGCCAGGTTAATTAATCAAAAGGAAGATGTTTGTATTTGATACCGTTCATTGACAGAA--TTTTTTTTTCAGAAAAGCCACTTTTGCAAAATATGTAGGAAAAATACTTAATATAATTCTAATTCCTCAAGAACTTAAATACATTTCAAAAATATTATCTAAAAATGTGCTACAACTAGCTTAGTCTATTTCTAGTGAAGTGTTAAAAAAAGAATTaaagaattaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163772095 271 - 196418989 TTTAAATGATTTCTTCTACTACACAAAACAGGATGAATCACTGTGAAATGTGGCCAGGTTAATTAATCAAAAGGAAGATGTTTTTATTTGATTTTGTTCATTGATAGAATTTTTTTTTTTCAGAAAAGCCACTTTTGCAAAATATGTAGAAAAAATACTTAATATAATTATAATTCCTCAAGAACTTAAATACATTTAAAAAATATTATCTAAAAATTTGCTACAACTAGCTTAGTCTATTTCTAGTGAAGTGTTAAAAA-------AAAGAATTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163772366 47 - 196418989 CTTGAAAACTAGCATCTGTGTTTTCA---AGTAAAATCTTTGTTTAGAAA
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a score=492903.000000
s hg19.chr21     15626081 41 +  48129895 aataccttgaaaagccactagagggcaataattagcgaaaa
s panTro2.chr21  14335631 41 +  46489110 AATACCTTGAAAAGCCACTAGAGGGCAATAATTAGTGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13787739 41 +  48394510 aataccttgaaaagccactagagggcaatgattagcgaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=122918.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=482261.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=342020.000000
s hg19.chr21     15626311 36 +  48129895 tgcagcaatatcaacctagactgtctgtccagagca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788005 69 +  48394510 tcagtaaagttagcaatgccagcaaaggccttctgtgaatagggtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgcgtgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14335895 45 +  46489110 CCAGTAAAGTCAGCAATGCCAGCAAAGGCCTTCTGTGAATAGG------------------------gt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=114108.000000
s hg19.chr21     15626402 48 +  48129895 gtgtgtgtgtgtgtgtgtg-----tgtgtgtgtgtgtgtgtgtTGACAATAAG
s rheMac2.chr3  163772726 53 - 196418989 gtgtgtgggtgtgggtgtgggtcttgtgtgtatgtgtgtgtgtTGACAATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788074 48 +  48394510 gtgtgcgcgcgcgtgtgtg-----tgcgcgcgtgtgtgtgtgttgacaataag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14335940 48 +  46489110 gtgtgtgtgtgtgtgtgtg-----tgtgtgtgtgtgtgtgtgtTGACAATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=51609.000000
s hg19.chr21     15626450 21 +  48129895 GAAACCTCTGGAGTCGGTATT
s rheMac2.chr3  163772779 21 - 196418989 GAAGCCTCTGGAGTCGGCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788122 21 +  48394510 gaaacctctggagtcgctatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14335988 21 +  46489110 GAAACCTCTGGAGTCGGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=450899.000000
s hg19.chr21     15626471 70 +  48129895 TGAGTAAACAATGTTTGGAACAGTGCCAATATATTACTTGTCTtaacttagtagaagcaagagtttgaaa
s rheMac2.chr3  163772800 70 - 196418989 TGAGTAAACAATGTTTGGAACAGTGCTAATATATTATTTGTATTAACTTAGTAGAAGCAAGAGTTTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788143 70 +  48394510 tgagtaaacaatgttcggaacagtgctaatacattgctggtattaacttagtagaagcaagagtttgaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14336009 70 +  46489110 TGAGTAAACAATGTTTGGAACAGTGCCAATATATTACTTGTCTTAACTTAGTAGAAGCAAGAGTTTGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1051641.000000
s hg19.chr21     15626541 189 +  48129895 gtaaagatggctatggcaatgactatattgagtactcctagaaatcttggagatgccttttaatttttcacaagacatgaatttagggtttgaaccaatcttgtgatcttaagtggcaggAACAGTTTAGCTATCACAAATTGTAGATTAAACACAAATACACAGAACACTCCTTAATTATTGAGGAAA
s panTro2.chr21  14336079 189 +  46489110 GTAAAGATGGCTATGGCAATGACTATATTGAGTACTCCTAGAAATCTTGGAGATGCCTTTAAATTTTTCACAAGACATGAATTTAGGGTTTGAACCAATCTTGTGATCTTAAGTGGCAGGAACAGTTCAGCTATCACAAATTGTAGATTAAACACAAATACACAGAACACTCCTTAATTATTGAGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788213 189 +  48394510 ataaagatggctatggcaatgactatattgagtattcctagaaatcttggagatgcccttaaatttttcacaagacatgaatttagggtttgaaccaatcttgtgatcttaagtggcaggaagagtttagctATCACAAATTGTAGATTAAACACAAATACACAGAACACTCCTTAATTATTGAGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163772870 189 - 196418989 ATAAAGATGGCTATGGCAATGACTATACTGAGTATTCCTAGAAATCTTGGAGATACCCTTGAAGTTTTCACAAGACATGAATTTAGGGTTTGAACTAATCTCGTGATCTTAAGTGGCAGGAAGAGTGTAGCTATCACAAATTGTAGATTAAACACAAATACACACAACACTCCTTAATTATTGAGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=365918.000000
s hg19.chr21     15626730 59 +  48129895 AGATTAGCACAGGGCTTTTAAGGGGTTGCTGGTTCACAGTGGCAGATAAAACAGTCATA
s panTro2.chr21  14336268 59 +  46489110 AGATTAGCACAGGGCTTTTAAGGGGTTGCTGGTTCACAGTGGCAGATAAAACAGTCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788402 59 +  48394510 AGATTAGCACAGGGCTTTTAAGGGGTTGCTGGTTCACAGTGGCACATAAAACAGTCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773059 59 - 196418989 AGATTAGCACAGGGCTTTTACAGGGTTGCTGGTTCACAGCGGCAGATAAAACAGTCGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67309.000000
s hg19.chr21     15626789 69 +  48129895 TGCATACACACATATATAAGGCAAATTTTGGCATAAAAAACAACACATATACATGCTTTATTTTTGGCa
s panTro2.chr21  14336327 69 +  46489110 TGCATACACACATATATAAGGCAAATTTTGGCATAAAAAACAACACGTATACATGCTTTATTTTTGGCa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788461 69 +  48394510 TACATACACACATACATAAGGCAAATTTTGGCATACAAAACAACAGGTATACATGCTTTATTTTTGGCa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773118 69 - 196418989 TACATACATACATATATAAGGCAAAATTTGGCATACAAAACAACAGGTATACATGCTTTATTTCTGGCa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-4056.000000
s hg19.chr21     15626858 34 +  48129895 tatatatgtataggtgtgtgtacgtgtgtgcgtc
s panTro2.chr21  14336396 34 +  46489110 tatatatgtataggtgtgtgtacgtgtgtgcgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788530 34 +  48394510 tatatatgtatatgtgtgtgtatgtgtgtgtatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773187 26 - 196418989 tatatatgtatatgtgtgggtgtata--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 27

a score=-44240.000000
s hg19.chr21     15626892 35 +  48129895 atatatataatatatatatatgtTGTTTCATATGC
s panTro2.chr21  14336430 35 +  46489110 atatatataatatatatatatgtTGTTTCATATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788564 33 +  48394510 atatatata--atatacatatGTTGTTTCATATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773240 27 - 196418989 --------gatatagatatGTGTTGTTTCATATGC
i rheMac2.chr3  I 27 C 0

a score=691421.000000
s hg19.chr21     15626927 178 +  48129895 CAAAAATCAGGCATATAAAACAATAGGAAGTCCCAGAAGAAAGAAGAGCCCAGTACATTTATGTAATACGCTGTTCCTAAAAGTGGGGGCAGCAATAAAAGTACTCTAGACCCAGAGTTTGCAGATATCAGGAATAAGGAAGTATCCAGGAGCAACTGCCAGTGTGATCTGTTATGTT
s panTro2.chr21  14336465 178 +  46489110 CAAAAATCAGGCATATAAAACAATAGGAAGTCCCAGAAGAAAGAAGAGCCCAGTACATTTATGTAATACACTGTTCCTAAAAGTGGGGGCAGCAATAAAAGTACTCTAGACCCAGAGTTTGCAGATATCAGGAATAAGGAAGTATCCAGGAGCAACTGCCAGTGTGATCTGTTATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788597 178 +  48394510 CAAAAATAAGGCATATAAAACAATAGGAAGTCCCAGAAGAAAGAAGAGCCCAGTACATTTATGTAATACACTGTTCCTAAAAGTGGGGGCAGCAATAAAAGTACTCTAGACCCAGAGTCTGCAGATACCAGGAATAAGAAAGTATCCAGGAGCAACTGCCAGTGTGATCTGTTATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773267 178 - 196418989 CAAAAATAAGGCATATGAAACAATAGGAAGTCCCAGAAGAAAGAAGAGCCCAGTACATTTCTGGAATACACTGTTCCTAAAAGTGGGGGCAGCAATAAAGGTACTCTAGACCCAGAGTTTGCAGATATCAGGAATAAGGAAGTATACAGGAGCAACTGCCAGTGTGATCTGTTGGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=159791.000000
s hg19.chr21     15627105 54 +  48129895 ATTTGCAGAAGGATCCCCTGGGCTGGTTTTCCTCTGCCCATCTCCTGTGGGATC
s panTro2.chr21  14336643 54 +  46489110 ATTTGCAGAAGGATCCCCTGGGCTGGTTTTCCTCTGCCCATCTCCTGTGGGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788775 54 +  48394510 ATTTGCAGAAGGATCCCCTGGGCTGGTTTTCCTCTGCCCATCTCCTGTGGGGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773445 54 - 196418989 ATTTGCAGAAGGATTCCCTGGGCTGATTTTCCTCTGCCCATCTCCTGTGGGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=104101.000000
s hg19.chr21     15627159 21 +  48129895 CTCCTGTGGGGAGCAGCACCA
s rheMac2.chr3  163773499 21 - 196418989 CTCCTGTGGGCAGCAGCACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788829 21 +  48394510 CTCCTGTGGGGAGCAGCACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 12
s panTro2.chr21  14336697 21 +  46489110 CTCCTGTGGGGAGCAGCACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=110581.000000
s hg19.chr21     15627180 39 +  48129895 AGGCGCTAGAACTCCAGGTGGATCTGCAAGAAGTGCATC
s panTro2.chr21  14336718 39 +  46489110 AGGCGCTAGAACTCCAGGTGGATCTGCAAGAAGTGCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773520 39 - 196418989 AGGCTCTAGAACTCCAGGTGGATCTGCAAGAAGTGCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13788850 12 +  48394510 I

a score=255281.000000
s hg19.chr21     15627219 78 +  48129895 ACACTTACCACTGACCTTAGCAGGTGTTCTTTGTTTTTATTCCATTTATATTTACATTTTTATGATAGAAAACTATAC
s panTro2.chr21  14336757 78 +  46489110 ACACTTACCACTGACTTTAGCTAGTGTTCTTTGTTTTTATTCCATTTCTACTTACATTTTTATGATAGAAAACTATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773559 77 - 196418989 ACACTTACCAATGAGTTTAGCTAGTGTCCTTTGTTTCTATTCCATTTATATTTACA-TTTTATGATAGAAAACTATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13788850 12 +  48394510 I

a score=197897.000000
s hg19.chr21     15627297 97 +  48129895 TATTTGAATATCAATATTGTTACTAATTCTAGGGATGTGGACCAAACAGATAAATGTAATCAAAATGGTTTCATTTTATAAAATttattttttattt
s panTro2.chr21  14336835 97 +  46489110 TATTTGAATATCAATATTGTTACTAATTCTAGGGATGTGGACCAAACAGATAAATGTAATCAAAATGGTTTCATTTTACAAAATTTCttttttattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163773636 97 - 196418989 TATTTACATATCACTATTGTTGCTAATTCTAGAGATATGGATCAAACAGATAAATGTAATCAAAATGGTTTCATTTTATAAAATTTCttatttattt
i rheMac2.chr3  C 0 I 1643
e ponAbe2.chr21  13788850 12 +  48394510 I

a score=219722.000000
s hg19.chr21     15627394  279 +  48129895 ctaagtcaatcattttaataggtatgtactggtatcttactgtggttttaatttacattttcctaatgaataacaatgttgaatatcttttcatggcttttttgccacctgaatatattttcattggtctgttcaactcatttaaaaaaattggttgtttgtattcttagtattgggttttgagagaattctttttatattctggatataagtccattataagatgtgtaatttgcagatattttctcctagctggtgcttgtcttttcattctcttaa
s panTro2.chr21  14336932  278 +  46489110 ttaagtcaatca-tttaataggtatgtactggtatcttactgtggttttaatttacattttcctaatgaataatgatgttgaatatcttttcatggctttcttgccacctgaatatattttcattggtctgttcaactcatttaaaaaaattggttgtttgtattcttagtattgggttttgagagaattctttttatattctggatataagtcctttataagatgtgtaatttgcagatattttctcctagctggtgcttgtcttttcattctcttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13788862  278 +  48394510 ttaaatcaatcattttaacaggtatgtactggtatcttactgtggctttaagttacattttcctaatgaataatgatgtcgaatatcttttcatggcttt-ttgccacctgaatatattttcattggtctgttcaactcatttaaaaaaattggttgtttgtattcttagtattgggttttgagagaattctttttgtattctggctataagtcctttataagatgtgtaatttgcagatattttctcctagctgttgcttgtcttttcattctcttaa
i ponAbe2.chr21 I 12 C 0
e rheMac2.chr3  163773733 1643 - 196418989 I

a score=71306.000000
s hg19.chr21     15627673  161 +  48129895 catgttgtttgaagagcagaagttttgaattttacgaagtctaacatcaaCttttttctttaacttttattttagcttcccaggtacatgtggaggat-ctcagttttgttacgtaggtaaatatgtgccatggtggtttaccgcacagaacaacccagcac
s panTro2.chr21  14337210  161 +  46489110 cgtgttgtttgaagagcagaagttttgaattttacgaagtctaacatcaaCttttttctttaacttttattttagcttcccaggtacatgtggaggat-ctcagttttgttatgtaggtaaatatgtgccatggtggtttactacacagaacaacccatcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13789140  162 +  48394510 cgtgttgtttgaagagcagaagttttgaattttacgaagtctaacatcaaCttttttctttaacttttattttagcttcccaggtacatgtggaggatgctcagttttgttacgtaggtaaacatgtgccatggcggtttactgcacagaacaacccatcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163773733 1643 - 196418989 I

a score=119555.000000
s hg19.chr21     15627834  246 +  48129895 ctagctatttagctcagcatccataagctattctccctgatgctctccctcccgccatccacccaagacaggccccaatgtgtgttgttccccaccatgtgtccatatgttctcatctttcagctcccacttacaagtgagaacacatggtgtgtggttttctgttcctgcattagtttgctgaggagaatgtcttccagctccatccatgtccctacaaaggacatgatctcattcctttttatg
s panTro2.chr21  14337371  246 +  46489110 ctcgctatttagctcagcatccgtaagctattctccctgatgctctccctccctccatccacccaagacaggccccaatgtgtgttgttccccaccatgtgtccatatgttctcatctttcagctcccacttacaagtgagaacacatggtgtgtggttttctgttcctgcattagtttgctgaggagaatgtcttccagctccatccatgtccctgcaaaggacatgatctcattcctttttatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13789302  246 +  48394510 ctagctatttagctcagcatccataagctattctccctgatgctctccctccctccatccacccaagacaggccccaatgtgtgttgttccccaccatgtgtccatatgttctcatctttcagctcccacttataagtgagaacacacggtgtgtggttttctgttcctgcattagtttgctgaggagaatgtcttccagctccatccatggccctgcaaaggacatgatctcattcctttttatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163773733 1643 - 196418989 I

a score=258083.000000
s hg19.chr21     15628080  320 +  48129895 gctggatagtattccatggtgtatatgcgccacattttctttatccagtctatcattgatgggcatttaggtcgttaccatgtctttgctattgtggatagtgctgccgtgaacataatcatgcatgtgtctttataatagattgatttatattcctttgggcatatatccagtaatgggtttgctgggtcaaatggta-ttctgcttctagat-ttagaggaatcatcacactgtctttcagaatggttgaactagtttacattcccaccaacagtgtaaaggtgttcctttttctccacaacgttgtcagcatctgctac
s ponAbe2.chr21  13789548  322 +  48394510 gctgggtagtattccatagtgtatatgtgccacattttctttatccagtctatcattgatgggcatttaggttgataccatgtctttgctattgtggatacggctgcagtgaacataatcatgcatgtatctttataatagattgatttatattcctttgggtatatatccagtaatgggtttgctgggtcaaatggtatttctgcttctagatctcagaggaatcaccacactgtctttcagaatggttgaactagtttacattcccaccaacagcgtaaaggtgttcctttttctccacaacattgtcagcatctgttgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14337617  320 +  46489110 gctggatagtattccatggtgtatatgcgccacattttctttatccagtctatcattgatgggcatttaggttgatatcatgtctttgctattgtggatagtgctgctgtgaacataatcatgcatgtatctttataatagattgatttatattcctttgggtatatatccagtaatggatttgctgggtcaaatggta-ttctgcttctagat-taagaggaatcatcacactgtctttcagaatggttgaactagtttacattcccaccaacagggtaaaggtgttcctttttctccacaacgttgtcagcatctgttac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163773733 1643 - 196418989 I

a score=189906.000000
s hg19.chr21     15628400 113 +  48129895 ttcttaacAAaaatggttgtaggtgtgtggccttatttcccagttctctattctggtccattggtctatatgtctgtttttgcaccagtaccatgctgttttggttactgcag
s panTro2.chr21  14337937 113 +  46489110 ttcttaacAAagatggttgtaggtgtgtggccttatttccgagttctctattctggtccattggtctatatgtctgtttttgcaccagtaccatgctgttttggttactgcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13789870 113 +  48394510 ttcttaacAAagatggttgtaggtgtgtggccttatttccgagttctctattctggtccactggtctatacgtctgtttttgcaccactaccatgctgttttggttactgcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163775376 113 - 196418989 ttcttaaTAAagatggttgcaggtgtgtggccttatttccgagttctccattctggcccattggtctaagtgtctgtttttgcaccaataccatgctgttttggttactgtag
i rheMac2.chr3  I 1643 C 0

a score=659302.000000
s hg19.chr21     15628513 145 +  48129895 ccttCACTTTACAAAATTTCTAACATATCTGAAGGGTTGCTAACTTCTCTTACAAGTTAGGGAAGTCAGTATACCATAAAGCACTTGGGTGATACTTTGTGCATTCCCTTAGAGAACTATTTCCTTAGAAATCCGAACCCTGTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  13789983 145 +  48394510 ccttCACTTTACAAAATTTCTAACATATCTAAAGGGTTACTAACTTCTCTTACAAGTTAGGGAAGTCAGTATACCATAAAGCACTTGGGTGATACTTTGTGCATTCCCTTAGAGAACCATTTCCTTAGAAATCAGAAGCCTATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14338050 145 +  46489110 ccttCACTTTACAAAATTTCTGACATATCTGAAGGGTTGCTAACTTCTCTTACAAGTTAGGGAAGTCAGTATACCATAAAGCACTTGGGTGATACTTTGTGCATTCCCTTAGAGAACTATTTCCTTAGAAATCCGAAGCCTATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=117521.000000
s hg19.chr21     15628658 39 +  48129895 CTGAGTCAGGGTAATTCTCTGTCACCTTGAAACTCACTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13790128 39 +  48394510 CTGAGTCGGGGTAATTCTCTGTCACCTTGAAACTCACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=305312.000000
s hg19.chr21     15628697 126 +  48129895 TTGGGTTCATTGTGATTCTGCATTCTGTCCCATTTCATGGCTTCCTAGGAAGAAAATATAAACTGGTTACTAATAGGCCTAGGGGGGAGTCCAAGAGTAGTGTTTGGTTTTGGAGGAATTCGC----------ttt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14340639 185 +  46489110 CTAGGTATGTTCTTTGAGTTCTAGTCCCCTTTTCTCTCTCATTATGGGTCTAGTTTAGCTTCTGAATACTCAAACACTCTTTGTATCTTGAAGTTTTAGCACTCAGCCATCTTGTCCTCTGTTGTTTCTTAGAGCTAACTCTGTTATCTGAGTCACAA---Tccatctctacaaaaaatacaaaaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13792263 185 +  48394510 CTAGGTATGTTGTTTGAGTTCCAGTCCCCTTTTCTCTCTCATTATGGGTCTAGTTTAGCTTCTGAATACTCAAACACCCTTTGTATCTTGAAGTTTTAGCACTCAGCCAGCTTGTCCTCTGTTGTTTCTTAGAGCTAACTCTGTTATCTGAGTCACAA---Tccatctctacaaaaaatacaaaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15630984 86 +  48129895 agtcaggcgtggtggtgcgtgcctgcagtggtggtgcatgccagctacttgtggagttgaggtgggaggatcacttgagcctgaga
s panTro2.chr21  14340824 86 +  46489110 agtcaggcgtggtggtgcgtgcctgcagtggtggtgcatgccagctacttgtggagttgaggtgggaggatcacttgagcctgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13792448 86 +  48394510 agtcaggagtggtggtacgtgcctgtagtggtggtgcatgccagctacttgtggagttgaggtgggaggatcacttgaacctgaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163777942 86 - 196418989 agtcaggcgtggtggtgcgtgcctgtagtggtggtacgtgccagctacttgtggagttgaggtgggaggatcactggagcctgaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15631070  98 +  48129895 gatcgaggctgcagtgagccattttcaccccactgcactccagcctgggtgataaaaagagagctcctgtctccaaaacaaaacaaaacaaa-----------------------------------ca----aaaa
s panTro2.chr21  14340910  94 +  46489110 gatcgaggctgcagtgagccattttcaccccactgcactccagcctgggtgataaaaagagagctcctgtctccaaaacaaaacaaaacaaa-------------------------------------------aA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13792534 103 +  48394510 gatcgaggctgcagtgagccattttcaccccactgcactccagcctgggtgataaaaagacagatcctgtctccaaaacaaaacaaaacaaa----------------------------------acaaaacaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14341004 67 +  46489110 AACAGTCCAACTACcaactatatgtgacttacaataaaccatctaatggaaaaggaaaggtatactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13792637 67 +  48394510 AACAATCCAACTACcaactatatgtgacttacagtaaaccaactaatggaaaaggaaaggtatactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163778232 120 - 196418989 aaatactgaaagtaacaacatacaaaatcatacaccatgcaaacataaaccaaacaaacaaaatctggtataactttattaatagcaggaaatagaga-tttaaagcaaacattattacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13792704 116 +  48394510 aaatattgaaagc-accaaatacaaaatcacacaccatgcaaacataaac----caaacaaaagctggtataactttattaatatcaggaaatagagactttaaagcaaacattattacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=450670.000000
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s rheMac2.chr3  163778352 106 - 196418989 acatgataaagaggacacttgaaaataaatgaagattcaattcactagtttgaaataaatttaatgttgtgtgtacttcatatcatattctcaaaacacataaagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13792820 106 +  48394510 acatgataaagagggcacttgaaaataatcgacgattcaattcactagtttgaaataaatttaatgttgtgtgtacttcatatcatattctcaaaacacataaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13793341 24 +  48394510 gcagagttaaggaattatgtcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14341737 22 +  46489110 gaccTAATGttcccaagatttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13793365 22 +  48394510 gaccTAATGttcccaagatttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=119412.000000
s hg19.chr21     15632112 45 +  48129895 gatatggattgctactacaaaaagcgctgaaatagaagtaggtct
s rheMac2.chr3  163779107 45 - 196418989 gatagcgattgctactacaaaaagggcttccaaagaagtagatct
i rheMac2.chr3  C 0 I 40
s ponAbe2.chr21  13793576 45 +  48394510 gatatggattgctactacaaaaagtgcttaaatagaagtaggtct
i ponAbe2.chr21 C 0 I 38
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15632157 14 +  48129895 aatccaCAGTGAGT
s panTro2.chr21  14341993 14 +  46489110 aatccaCAGTGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 38 C 0
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i rheMac2.chr3  I 40 C 0

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s hg19.chr21     15632171 58 +  48129895 TGGTTGTTATTTAATCTGTCCAGTAGATGGTGCCAAAGTAATATTCGTAGATGATTAG
s rheMac2.chr3  163779206 58 - 196418989 TGGTTGTTATTTAATGTGTCCAGTAGATGGTGCCAAAGTAACATTCGTAGATGATTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13793673 57 +  48394510 TGGTTGTTGTTTAATGTGTCCAGTAGATGGTGCCAAAGTAACATTCGTAGATGA-TAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14342007 58 +  46489110 TGGTTGTTATTTAATGTGTCCAGTAGATGGTGCCAAAGTAACATTCGTAGATGATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=45214.000000
s hg19.chr21     15632229 56 +  48129895 GCATTCTCACAGGCTATTCCAAGATGAAGATTTGTTCCCACAGCCAACCATCCTTT
s rheMac2.chr3  163779264 53 - 196418989 GCAGTCTCACAGGCTATTCCAAGAT---GATTTGTTCCCACAGCCAGCCATCCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=121690.000000
s hg19.chr21     15632285 25 +  48129895 TTTGCCTTGGAAAGGTGAAGTCTAC
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s ponAbe2.chr21  13793786 25 +  48394510 TTTGCCTTGGAAAGGTGAAGTCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163779317 25 - 196418989 TTTGCCTTGGAAAGGTGAAGTCTGC
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a score=1840351.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163779342 216 - 196418989 ATTTGCAATTGCTAATGCCAGCTGGACAGCCCCCTGCCTATATATTGAAACTGGATGGTATTGCTTGTTTTACTTTTGGTATTGAAAGAACAAAGGTCAAACCATTATCTTAGAGCTTTTATAGCCCTTTACTGATAAGTTTTTATGAAATCATAAAATAAACATAGTCTGAAACTAAATCGGAAAGTGTTGTGAACACGAAGGCAAAAATTTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1021702.000000
s hg19.chr21     15632526 140 +  48129895 GTCATATATCATATTTTTAATTTTAGAGGCTATTTGAAAGGTGTGCTCTATTTTAAATTCACACTACATACACTGTTTTTTCCCAGTGTTAGCCTTCAATCCTAAACAAGAGCACTTGTTAAGTACTGTTTGATCTTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13794027 137 +  48394510 GTCATAGATCATATTTTTAATTTTAGAGGCTATTTGAAAGGTGTG--CTATTTTAAATTCACACTACATACACTGTTTTTTCCTAGTGTTAGCTTTTAATCCTAAACAAGAGCACTTGTTAAGTA-TGTTTGATCTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163779558 131 - 196418989 GTCATATATCATATTTTTAATTTTAGAAGTTATTTGAAAGGTGTGCTGTGTTTTAAATTCACACTACACACACTGTTTTTTCCTAGTGTTATTCTTTAATCCTAAACAAGAGCACCC---------TGTTTGATCTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=125637.000000
s hg19.chr21     15632666 35 +  48129895 TAGAGGCTGTTCCATCAGCTGAATAGTCAAGACGC
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s ponAbe2.chr21  13794164 35 +  48394510 TAGAGGCTGTTCCATCAGCTGAATAGACAAGATGC
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a score=409319.000000
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a score=454254.000000
s hg19.chr21     15632741 101 +  48129895 TAAAAATCATTTGCTAAGCAAAGTAGAAGAAAAGTCAAAACATAAAAGGATTTAATTGTTTTtggcaaaatggttgagagcacagactctggagagaaaaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 314
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14346458 122 +  46489110 TTGTTTTTTTTTtttttggatattcactttttctctgcaacgtccctgcacacataatactaaaaattaagaaacgtac-------attctttttctcctgttaactttaatgttttcagtttatttca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13798035 125 +  48394510 ttttttttttt----ttggatattcactttttctctgcaatgtccctgcacacatattactaaaaactaagaaacgtacattctttattctttttctcctgttaactttaccgttttcagtttatttca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163784006 114 - 196418989 ttctttttttt------gggtattcactttttctctgcaatgt--atgcacacataatactaaaaactaagaaacgtac-------attctttttctcctgttaacttttctgttttcagtttatttca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15636731 53 +  48129895 cagcctc-gctatcaaacctacgagggtagagaaggaaagtctttcctcccTCT
s panTro2.chr21  14346580 54 +  46489110 cagcctcagctatcaaacctacgagggtagagaaggaaagtcttccctcccTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14346634 48 +  46489110 AACTctttttcagtgagtccttccctgaccaccatatacaaattgtg---a
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14346682 191 +  46489110 cattacccatattcctatccctcttctcttcattattcttcttaacactacttattgtcatgtgacatcaaaacctttcattatttggatgtgtattgtctgttccccaaacacactagaatatacatttta---tgttggagggatttttcttcctctgttttttctttccagcacttcccataatgcctacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14351772 85 +  46489110 CTTCTAGAATGTGGTATTTGAATGGAACAAAGCGGCATGCAGTAGTCAGAAACCATAGGTGAGGACTGCATAGCCTCGCATGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803335 85 +  48394510 CCTCTAGAATGTGGTATTTGCGTGGAACAAAGCAGCATGCAGTAGTCAGAAACCATAGGTGAGGACTGCATAGCCTCGCATGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163789314 85 - 196418989 CCTCTAGAATGTGGTATTTGAATGGAGCAAAGCAGCATGCAGTAGTGAGAAACAATAGGTGAGGACTGCATAGCCTCGCATGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15642007 49 +  48129895 AAGGTGCCTTACAAATAATGTCATTTTTTAAAATGTGGGAAGAGGGGGG
s panTro2.chr21  14351857 49 +  46489110 AAGGTGCCTTACAAATAATGTCATTTTTTAAAATGTGGGAAGAGGGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803420 46 +  48394510 AAGGTGCCTTACAAATAATGTCATTTTTAAAAATGTGGGAAGAGGG---
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132979.000000
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s panTro2.chr21  14351972 102 +  46489110 ACatggtttgaatgtctgtcgcctccaaaattcatgttgaaatctaattgccactttaacagtattaagaagtgggatcttttatttttttttttt--------gaaacg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803530  97 +  48394510 ACatggtttgaatgtctgtcccttccaaaattcatgttgaaatctaatgtccactttaacagtattaagaagtgggatctctttttttttt-------------gaaatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163789513 100 - 196418989 Atatggtttgaatgtctgtcccctccaaaattcatattgaaatctaattgccactttaacagtattaagaagtaggatcttttttttttttttttt----------aatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15642232 56 +  48129895 gagtcttgctctatcatcctggctggagtgcggtggctcaatctcagctcactgca
s panTro2.chr21  14352074 56 +  46489110 gagtcttgctctatcatcctggctggagtgcagtggctcaatctcagctcactgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803627 56 +  48394510 gagtcttgctctatcatcctggctggagtgcagtggcgcaatctcagcccactgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163789613 56 - 196418989 gaggcctgctctgtcatcctggctggagcgcagtggctcaatctcagctcactgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=125892.000000
s hg19.chr21     15642288 104 +  48129895 acctccgccttccgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaagagcccatcaccatgcccgcctaattttggtatttttagta
s panTro2.chr21  14352130 104 +  46489110 acctccgccttccgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaagagcccatcaccatgcccggctaatttttgtatttttagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803683 104 +  48394510 acctccacctcccaggttcaagagattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaagagcccatcaccatgcccagctaatttttgtatttttagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163789669 104 - 196418989 acctccgcctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagcagggactacaggagcctgtcaccatgcctggctaatttttgtatttttagta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=45925.000000
s hg19.chr21     15642392 47 +  48129895 gaaatggggtttcaccatattggccaggctgttctcttactcctgac
s panTro2.chr21  14352234 47 +  46489110 gaaacggggtttcaccatattggccaggctgttctcttactcctgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803787 47 +  48394510 gaaacggggtttcaccatattggccaggctattctcttactcctgac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15642439 25 +  48129895 cttgtgatccccccacctcggcctc
s panTro2.chr21  14352281 25 +  46489110 cttgtgatccccccacctcggcctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803834 25 +  48394510 cttgtgatccccccacctcggcctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=25289.000000
s hg19.chr21     15642464 52 +  48129895 ccaaaatgctgggattacaggcatgagccactacg-cccagccaagaaatgag
s rheMac2.chr3  163789845 52 - 196418989 ccgaaatgctgggattacaggcatgagccactaca-tccagccaagaagtgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803859 53 +  48394510 ccaaaatgctgggattacaggcgtgagccactacgccccagccaagaagtgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14352306 52 +  46489110 ccaaaatgctgggattacaggcatgagccactacg-cccagccaagaaatgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=501642.000000
s hg19.chr21     15642516 305 +  48129895 atctttaaaagtgattaggccgtgagggttgggtggaattaatgtcattataaaagggcaagttacaccccattttgtcttttttcctcctaccttccaccatgtgaaaacatggtgtggtgttcctcccctcctgaggatgcagtgttcaaggtaccatcttaaaatcagaatcaccaaaccaatagtgccttcgtgttggccttcacagcctccagaactgtgagccaaagaatctctgtttataaattaccaagtttgtggtattctgttgtagtagcaaaaaatagaccaagacaTCATAT
s rheMac2.chr3  163789897 300 - 196418989 atctttaaaagtgattaggccgtgagggttgggtggaatttatgccattataaaagggcaagttacaccccagtttgtcttttttcctcctaccttccaccatgtgaaaaca-----cggtgttcctcccctcctgaggatgcagtgttcgaggtaccatcttaaaatcagaatcaccaaaccatgagtgccttcatgttagccttcacagcctccagaactgtgagccaaagaatccctgtttataaattacctagtttgtggtattctgttacagtagcgaaaaatgaaccaagacaCCATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13803912 300 +  48394510 atctttaaaagtgattaagccgtgagggttgggtggaattaatgtcattataaaagggcaagttacaccccattttgtcttttttcctcctaccttccaccatgtgaaaaca-----cggtgttcctccccttctgaggatgcagcgttcaaggtaccatcttaaaatcagaatcaccaaaccaatagtgccttcatgttggccttcacagcctccagaactgtgagccaaagaatctctgtttataaattaccgattttgtggtattctgttgtagtagcaaaaaatagaccaagataTCATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14352358 305 +  46489110 atctttaaaagtgattaggccgtgagggttgggtggaattaatgtcattataaaagggcaagttacaccccattttgtcttttttcctcctaccttccaccacgtgaaaacatggtgtggtgttcctcccctcctgaggatgcagtgttcaagataccatcttaaaatcagaatcaccaaaccaatagtgccttcgtgttggccttcacagcctccagaactgtgagccaaagaatctctgtttataaattaccaagtttgtggtattctgttgtagtagcaaaaaatagaccaagacaTCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15642821 102 +  48129895 AAGAAGAAATTTTTTTTTCCTTAGGTTCACAATACTTAAAGAGACGAGGAATAGGAAGAACAAATCTCACAGGGAATATGCTTGATAGATGAGGTACATTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163790197  98 - 196418989 AAG----AATTTTTTTCCCCTTAGGTTCATAATGCTTAAAGAGACAGAGAATAGGAAGAACAAATCTCACAGGGAATACGCTTGATAGATGAGGTACATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15642923 161 +  48129895 CTACACGGTGAGTGAATTCCAAAATTACTGAAGTCTAATGGGTCAATTAGGATGGAAGCAGGCCTCTGTAGAAAGTAAAGTCTAGTTAAAATTTGAGGTATATATTTACATAAGTGGTTCTCAGGTGAGACTGTCATGACTGACAAAGCAGAGATCTTAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=289831.000000
s hg19.chr21     15643084 189 +  48129895 TTACAGGCAAGGTGACTGGTGTTGGCAGGGCTTCAGAGATTAGCTCAAAGGCTAACAGGGTGCAGCTCTGTCAGGGCGGAGGGCTCAGTCTTCCGAGAAGCAGCTGACAGTGTAGCCCTGGGTCAGCATATGTAGGGAGGTAGCTCACAGAGTGTAGACTACCATGTTCTAAGCTCTCAGATTGTGTGT
s panTro2.chr21  14352926 189 +  46489110 TTACAGGCAAGGTGACTGGTGTTGGCAGGGTTTCAGAGATTAGCTCAAAGGCTAACAGGGTGCAGCTCTGTCAGGGCGGAGGGCTCAGTCTTCCGAGAAGCAGCTGACAGTGTAGCCCTGGGTCAGCATATGTAGGGAAGTAGCTCACAGAGTGTAGACTACCATGTTCTAAGCTCTCAGATtgtgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13804474 185 +  48394510 TTACAGGCAAGGTGACTGGTGTTGGCAGGGCTTCAGAGATTAGCTCAAAGGCTAACAGGGTACGG--CTGTCAAGGCTGAGGGCTCAGTCTTCCGAGAAGCAGCTGACAGGGTAGCCCTGAGTCAGCATATGTAGGGAGGTAGCTCGCAGA--GTAGACTACCATGGTCTAAGCTCTCAGATTGTGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163790456 179 - 196418989 TTAGAGGCAAGGTGACTGGTGCT-----GGGTTCAGAGATTAGCTCAAAGGC-----AGGTGTGGCTCTGTCAAAACTGAGGGCTCAGTCTTCCGAGAAGCAGCTGACAGTGTAGCCCTGAGTCAGCATGTGTAGGGAGGTGGCTCACAGAGTGTAGACTACATGGTCTTAAGCTTTCAGATtgtgtgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-51576.000000
s hg19.chr21     15643273 66 +  48129895 GTGTGtatat--------atatatatatatatacacatatgtgtgtgtgtgtgtatatatatata-atataCaat
s panTro2.chr21  14353115 74 +  46489110 gtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatacacatatatgtgtgtgtgtgtgtATATATATA-ATATACaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13804659 65 +  48394510 GTGTGTGtat--------atatatatctatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatctatatatataca--
i ponAbe2.chr21 C 0 I 74
s rheMac2.chr3  163790635  6 - 196418989 gtatgt---------------------------------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 56

a score=-3282.000000
s hg19.chr21     15643339 32 +  48129895 atcatgtattggtagtttgaaatattagttcc
s panTro2.chr21  14353189 32 +  46489110 atcatgtattggtagttcgaaatattagttcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163790641 56 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13804724 74 +  48394510 I

a score=139313.000000
s hg19.chr21     15643371 140 +  48129895 ctgagttataaatatcttccaaatgCCAAATATATATATATAGAAGTCCAGTGGTTGAAATCAGTAACTCACAGATGGGGTATGATAAGGCTAAGGTGTGGTGTCACATTCCTGAGGGCAGGGGAAGATCACTCCAAGTT
s panTro2.chr21  14353221 138 +  46489110 ctgagttataaatatcttccaaatgCCAAATATATATATA--GAAGTCCAGTGGTTGAAATCAGTAACTCACAGATGGGGTATGATAAGGCTAAGGCGTGGTGTCACATTCCTGAGGGCAGGGGAAGATCACTCCAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163790697  98 - 196418989 ------------------------------------------GAAGTCCAGTAGTTGAAATCAGTAACTCACATATGGTGTATGATAAGGCTAAGGCGTGGTGTCACATTCCTGAGGGCAGGGGAAGATCACTCCAAGTT
i rheMac2.chr3  I 56 C 0
s ponAbe2.chr21  13804798 112 +  48394510 --------------------------tatatatatatata--GAAGTCCAGTGGTTGAAATCAGTAACTCACAGATGGGGTATGATAAGGCTAAGGCGTGCTGTCACATTCCTGAGGGCAGGGGAAGATCACTCCAAGTT
i ponAbe2.chr21 I 74 C 0

a score=99663.000000
s hg19.chr21     15643511 87 +  48129895 CTCACATATGGAGTAGGATAAGACGTCACATTTTTGAGAGGCTGAGGAAATACACTTCAAGTTCTTATCACAGCAAAACATATATCG
s rheMac2.chr3  163790795 87 - 196418989 CTCACATATGGAGTAGGATAAGACGTCACATTTTTGAGAGGCTGAGGAAATACACTTCAAGTTCTTATCACAGCAAAACATACATCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13804910 87 +  48394510 CTCACATATGGAGTAGGATAAGACGTCACATTTTTGAGAGGCTGAGGAAATACACTTCAAGTGCTTATCACAGCAAAACATATATCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=103142.000000
s hg19.chr21     15643598 48 +  48129895 CTCACATAGCAGAGTACATGTTTGGAATCATTTCAAAGCTACATGACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13804997 48 +  48394510 CTCACATAGCAGAGTACATGTTTGGAATCATTTCAAAGCTACATGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=315738.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=376537.000000
s hg19.chr21     15643705 44 +  48129895 CACATAAAACAGCACCATATATTTTCAAGGATAAACAAGTATCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=167295.000000
s hg19.chr21     15643749 30 +  48129895 CAATAAATTTGTAGAAGGTGAATTGGAAAG
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a score=293971.000000
s hg19.chr21     15643779 98 +  48129895 ATACTTACTAGTTGC-TCCAGACGACTTCTGTTGGGGAAAATAAATGGACTAGAAAATAAGCAGATGAAAAATATAAACAAAATAGAAAGGCCCTTCAC
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a score=23855.000000
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s panTro2.chr21  14353752 58 +  46489110 CTGAATATT---GTTAATTTAATTTTTATACCAAAGTTAGCAAGAACAATGAAAATCACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13805304 61 +  48394510 CTGAATAATATTGTTAATTTAATTTTTATACCAAAATTAGCAAGAACAATGAAAATAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791189 61 - 196418989 CTGaataatattgttaatttaatttttatatCAAAGTTAGCAAGAACAATGAAAATTACGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=46613.000000
s hg19.chr21     15643965 44 +  48129895 CTACCC-AATCTCCCACCCCTCATAAAAACATAACCTACAATTGT
s panTro2.chr21  14353810 44 +  46489110 CTACCC-AATCTCCCACCCCTCATAGAAACATAACCTACAGTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13805365 44 +  48394510 CTACCC-AATCTCCCACCCCTCATAAAAACATAACCTACAATTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791250 45 - 196418989 CTACCCAAATTTCCCACCCCTCATAAAAACATAGCCTACAATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14353854 87 +  46489110 CTTGAAGAAAGAGATTCTCCTCTCTCTGCCATAGTGACAGGTATATGCCCAACTAACTGTGGAAAA----CAGTTCTTTCTTTCAACCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791295 91 - 196418989 CTTGAAGAAAGAGATTCTTCTGTCTCTGCCATGGTGACAGGGATATGCCCAACTAACCGTGGAAAACAGTCAGCTCCTCGTTTCAACTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13805500 27 +  48394510 CTCATCAGCCTCAGCAG------TCTGTTTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791386 32 - 196418989 CTCATCAGCCTCA-CAGTCTGACTCTGTTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-48553.000000
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s panTro2.chr21  14353967 19 +  46489110 AGGCTCTCCTCCGCCAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791418 19 - 196418989 AGGCTCTCCTCCACCAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15644141 39 +  48129895 AGAAAGGATGACGTGCCATACCTGCAAAACTTATACAGC
s panTro2.chr21  14353986 39 +  46489110 AGAAAGGATGACGTGCCATACCTGCAAAACTTATACAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13805546 39 +  48394510 AGAAAAGATGACGTGCCATATCTGCAAAACTTATACAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791437 39 - 196418989 AGAAAGGATGACATGCCATACCTGCAAAACTTGTACAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-34593.000000
s hg19.chr21     15644180 10 +  48129895 ATCAACAGAA
s panTro2.chr21  14354025 10 +  46489110 ATCAACAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791476 10 - 196418989 ATCAACAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15644190 41 +  48129895 TGAATCTTTCCAACAAGCCGAAACATTGAGTATTGTGGCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13805595 41 +  48394510 TGAATCTTTCCAACAAGCCGAAACATTGACTATTGTGGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791486 41 - 196418989 TGAATCTTTCCAACAAGCCAAAACATTGACTATTGTGGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15644231 30 +  48129895 AGAATATGCCCCACCCATTACTCAATCTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791527 30 - 196418989 AGAATATGTCCCGCCCATTACTAAATCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15644261 85 +  48129895 ATATCCTTTTATTCCACCGTCTCATGATTTTCTTTTTCCTGGAAAACAAAAGTATTTCTTTCATAGCCCAGCTAGCACGATAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13805666 85 +  48394510 ATATCCTTTTATTCCACCATCTCATGATTTTCTTTTTCCTGGAAAACAAAAGTATTTCTTTCATAGTTGAGCTAGCACAATAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791557 85 - 196418989 ATATCCTTTTATTCCACCTTCTCATGATTTTCTTTTTCCTGGGAAACAAAAGTATTTCTTTCATAGTCCAGCTAGCATGATACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=501612.000000
s hg19.chr21     15644346 77 +  48129895 CAGCGAGTCAGAATTCTAGCTTTGTTGTAAGGTTTTGCGAATATCTGATCCTCTTATTTTGTACTTTTCTATTTCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791642 77 - 196418989 CAGCGAGTCAGAATTCTAGCTTTGTTGTAAGGTTTCGTGAATGTCCGATCCTCTTATTTTGTACTTTTCTATTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15644423 85 +  48129895 AGGCAAATCTGAGTATTTCACCCAGTTTTCCTTAACTAGGCATTGAAAACTCAGTTTTTTTCTTACAAACCTTCATGTCTTCCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791719 84 - 196418989 AGGTAAATCTGAGTATTTCACCCAGTTTTCCTTAACTAGGCATTGAAAACTCAG-TTTTTTCTTACAGACCTTCATGTCTTCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13805913 25 +  48394510 CTCATCTGCACAGTCTTATCTTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791803 25 - 196418989 CTCATTTGCACAGCCTTATCTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=304100.000000
s hg19.chr21     15644533 40 +  48129895 CCTCCTATAAAATGGAGAAACTTGACATTAAAACGTAATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163791868 121 - 196418989 TTTATTACATTTTGAGGGATTCCCAGATAATTTTTTCCCCAATCTCCTTAGGTAGGGACTTCTTTACTATAGTCGCCACACACATCTATTACCCTCCCCAACTTCTACACAATTTTGGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15644693 35 +  48129895 GCATTCCTCCCTTCTCCCACCAATCAAGGAGCCAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=222690.000000
s hg19.chr21     15644728 43 +  48129895 GTATCTCTACCGAGCTGAGTAACTGTAGAAATCTTTCTGCTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163792024 43 - 196418989 GTATCTCTACCGAGCTGAGTAAATGTAGAAATCTTACTACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=972337.000000
s hg19.chr21     15644771 84 +  48129895 CAGTTTCTAGCACCAGCATTACCTGAGGGGACTGATTCCTAGAGGTCAAAGACAAATGCTGGGTTTGGTGCCTGCGTTGTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13806174 84 +  48394510 CAGTTTCTAGCACCAGCATTACCTGAGGGGATTGATTCCTAGAGGTCAAAGACAAATGCTGGGTTTGGTGCCTGCATTGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163792067 84 - 196418989 CAGTTGCTAGCACCCACATTACCTGAGGGGACTGATTCCTAGAGGTCAAAGACAAATGCTGGGTTTGGTGCCTGAGTTGGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=387733.000000
s hg19.chr21     15644855 74 +  48129895 AGGCTTCTTTTTCTTCCTGGCTTCCTCCTCCCT-GCACAGGTTCAAAGTTGTTTCTTTCCTCATAACTGTATCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13806258 74 +  48394510 AGGCTTCTTTTTCTTCCTGGCTTCCTCCTCCCT-GCACAGGTTCAAAGTTGTTTCTTTCCTCATAACTCTATCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163792151 75 - 196418989 AGGCTTCATTTTCTTCCTGGCTTCCTCCTCCCTGGCACAGGTTCAAAGTTGTTTCTTTCCTCATAACTATATCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=718973.000000
s hg19.chr21     15644929 113 +  48129895 AAAAAGCAAGGCCCATTCTACTAGAAGACCTTGTATTTTCCGTGGAGAATCCACAGAGTGAGTAGTTTGAAAGTGCGGATAGGAGGAGGGCTCTTCAGGCTGTGGCTGCTGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163792226 113 - 196418989 AAAAAGCAAGGCCCATTCTACTAGAAGACCTTGTATTTTCCGTGGAGAATCTACAGAGTGAGCAGTTTGAAAGTGCAGATAGGAGGAGGGTTCTTCAGGCTGTGGCTGCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=213464.000000
s hg19.chr21     15645042 76 +  48129895 TGAGAGCGAGGTGTTCCCAAATTGGTGCACACATTTGTGGAAATGAGACAAAGTTTCTAAGTCCTGAGCTGCACCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163792339 76 - 196418989 TGAGAGCGAGGTATTCCCAAATTGGTGCACGTATTTGTGGAAAGGAGACAAAGTTTCTGATTCTTGAGCTGCACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=85678.000000
s hg19.chr21     15645118 26 +  48129895 TTAATTCTTCACACACATGTTGATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=494380.000000
s hg19.chr21     15645144 61 +  48129895 TTAAAGTTAAACCTACAACTTCCTCCTTGCATAGGGCCAAACAAGCATGGTATTAAGAGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13806547 61 +  48394510 TTAAAGTTAAACCTACAACTTCCTCCTTGCATAGGGCCAAACAAGCATGGTATTAAGAGAG
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s rheMac2.chr3  163792440 61 - 196418989 TTAAAGTTAAACCTACAACCACTTCCTTGCCTAGGGTCAAGCAAGCATGGTATGAAGAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=525361.000000
s hg19.chr21     15645205 87 +  48129895 GAAGAC----GAATAGTGTTCTAAACATTTCCCAGGACTTCAGTTCCATAAGGTATCATCTGGTCGAATTCTTATGTAGAAGTTGTCTGGT
s panTro2.chr21  14355050 91 +  46489110 GAAGACAAATGAATAGTGTTCTAAACATTTCCCAGGACTTCAGTTCCATAAGGTATCATCTGGTCGAATTCTTATGTGGAAGTTGTCTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163792501 91 - 196418989 GAAGACAAATGAATTGTTTTCCAAACATTCCCCAGGACTTCAGTTCCATAAGGTATCATCTGGTCGAATTCGTCTGTGGAAGTTGTCTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=169981.000000
s hg19.chr21     15645292 46 +  48129895 TCCTCAGTTTCACCCATTCTATGGCCAGCCCAGACTTCCCCAGGTA
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s ponAbe2.chr21  13806699 46 +  48394510 TCCTCAGTTTTACCCATTCTATGGCCAGCCCAGACTTCCCCAGGTA
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a score=303714.000000
s hg19.chr21     15645338 68 +  48129895 GGATTTATGCCCCTTCTTCCAGAAAGCAGGACTTCTCCTGTCCTAAATCCTTCATTCTCTCCATCTAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=491214.000000
s hg19.chr21     15645406 82 +  48129895 CAGTCAAATAAATCCCAGGAAATACACGGAGTGTTCCTTGTCCTGAAGTATAATACCCATCCTTGTAATATACTACATGGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13807445 133 +  48394510 AGGAAATGGAAAGGGGAAAACTACTGAGTCAAGTGCAAACTCCCCGCCAGGCAGAGAGCAGCTGACTCCATAGAACCGTCCCTCCCCGTCTCCCTCCACACCTTCGCTCCTCTGGGCCCAACCCCACTCCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163793468 133 - 196418989 AGGAAATGGAAAGGAGAGAACTACTGAGTCAAGCGCAAACTCCCCACCAGGCAGAGAGCAGCCCACTATATACAACTGTCCTTGTCCGGCTCCCTCCGCACAATCCCTCGTTTGGGCCCAACCCCATTCCACC
i rheMac2.chr3  I 141 I 6

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14356019 32 +  46489110 AGCACCCCGCCCCAGGCGCACAGGCTAGGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163793601  6 - 196418989 I

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s hg19.chr21     15646202 37 +  48129895 GGAAGGCAAGGACTAAGGTGAAAGCTGACTGCCCGCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14356051  1 +  46489110 G------------------------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163793601  6 - 196418989 I

a score=-63067.000000
s hg19.chr21     15646239 34 +  48129895 CCGCCCCAGGCGCACTGGGTAGGACTGAAAGGCA
s rheMac2.chr3  163793607 34 - 196418989 CCGCACCAGGCGCACTGGCTGGGACCGACAGGCC
i rheMac2.chr3  I 6 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14356052  7 +  46489110 ---------------------------AAAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=166100.000000
s hg19.chr21     15646273 114 +  48129895 GGGACTAAGGTGACAGCTGACTCTGCCGGGGCGGAGTGCGTGTCCTCCCACCGTG-CTGGCGCTGAACTGACTGTCCGCTGCCAAGGGAAGTGACAGCCGCAGCCGGGCTCTCAG
s panTro2.chr21  14356059 114 +  46489110 GGGACTAAGGTGACAGCTGACTCTGCCGGGGCGGAGTGCGTGTCCTCCCACCGTG-CTGGCGCTGAACTGACTGTCCGCTGCCAAGGGAAGTGACAGCCGCAGCCAGGCTCTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13807618 114 +  48394510 GGGACTAAAGTGACAGCTGACTCTGCCGGGGCGGAGTGCGTGTCCTCCCACCGTG-CTGGCGATGAACTGACAGTCCGCGGCCAAGGAAAGTGACAGCCGCAGCCAGGCTCTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163793641 113 - 196418989 GGGACTAAGTTGACAGTTGACTCTGCC-GGGCGGAGTGCGTGTCCTCCCACCGTGCCTTTCGCTGAGCTGACAGTCCGCTGCCAGGGAAAGTGACAGCCGCAGCC-GGCTCGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=430251.000000
s hg19.chr21     15646387 62 +  48129895 CCAGCGGCCAGGCGCCCCGCGGACCATGCTCTCCAGTACGCAGAACGCGGGCGGCTCCTATC
s panTro2.chr21  14356173 62 +  46489110 CCAGCGGCCGGGCGCCCCGCGGACCATGCTCTCCAGTACGCAGAACTCGGGCGGCTCCTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13807732 62 +  48394510 CCAGCGGCCGGGCGCCCCGCGGACCATGCTCTCCAGTCCGCGGAACTGGGGCGGCTCCTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=941438.000000
s hg19.chr21     15646449 245 +  48129895 AGCGGGTCCGCGGGGCG-CTTGATACACAGGTAAAGTTCTCTGGTCCTTAGGGGAGAGGAGAGGCGGGTCGTGGGGACCACTGTGGGTGCAGGAGTGGAAGTGGGGAGAGGTGAGTCCTCGAACCCTGAACGTGGACGGACGAGCCCTTGTTTCAGTAGCCAACACACACGGGACAGACAGACCGGCGTACACACTCAATCCTCAGAGCAGAGATCAGAGATCAGGGTAGGTGCAACTTGAACCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13807794 245 +  48394510 AGCGGGTCCGCGGGGAC-CTTGATGCACAGGTAAAGTTCTCTGGTCCTTAGGGGAGACGAGAGGCGGGTCGTGGGGACTACTGTGGGTGCAGGAGTGGAAGTGGGGAGAGGTGAGTCCTCGAACCCTGAATGTGGACTGACGAGCCCTTGTTTCAGTAGCCATCACACACGGGACAGACAGACGCGCGTACACACTCAATCCTGAGAGCAGAGAGCAGACATCAGGGCGGGTGCAACTTGAACCAG
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s rheMac2.chr3  163793816 235 - 196418989 AGCGGGTCCGCGGGGGG-CTTGATGCGCAGGTAAAGTTCTCTGGTTCTTAGGGGAGAGGAGAGGCGGGTCGTGGGG-CCACTGTGGGTGCGGGAGTGGAAGTGGGGAGAGGTGAGTCCTCGAACCCTGGATGTGGACTGACAAGCCCTTGTTTGAGTAGCCATCACACACGGGACAGACCGACCCGCATACACACTCAATCCTGGAAGCAGAGATCAGAGATCAGGGTG---------TGAACCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201106.000000
s hg19.chr21     15646694 42 +  48129895 AGGAGCTCAGTCTTGGTAGGGCTGGAGGAGAGGAAGAGGCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=483414.000000
s hg19.chr21     15646736 150 +  48129895 CTTTGTTTGAAGAGATAAGTAACTCCCCCATAAGCAGAAAGCGTGGATGGGCCTGTCATCGCTGAAGGAACACAGGTTGGAGCAGAATTCTACTACCATTGAGTGATCCCATTAAAACCGCAGAGCATTGGGGATTAATAACACTCAGTG
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s rheMac2.chr3  163794093 150 - 196418989 ATTTGTTTGAAGAGATAAGTAACTCCCCCATAAACAGAAAGGATGGGTGGACCTGTCATCGCTGAAGGGACACAGGTTGGAGGGGAATTCTACAACCACTGAGTGATCCCATTAAAACCGCAGAGCACTGGGGATTAATAATACTCAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331448.000000
s hg19.chr21     15646886 53 +  48129895 TGGATTTTGGGACCCAGGTCTGGGGCAAATCCAGAAACTTCAGACACTTAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=280146.000000
s hg19.chr21     15646939 62 +  48129895 GTGCTCTCCTCTGGCGCACTATAACTCATGCTTCTACAATGGGAGTCACGTGCTAAGGCGGT
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a score=239255.000000
s hg19.chr21     15647001 70 +  48129895 AGTCAGAGAAATGAGCCCTACAGTTGTTGTGTATTAGCAACAATTCCCCTAACAAAAGTTCCATTTGTTT
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a score=286255.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163794792 102 - 196418989 GAATTTGTAGTTGAAAAATTATAAAACACAATTTTGTCACCCCAAATTCTAGTCGATTCTTCCTCTAGTATTCAAACAC----TGTTTCCTTGATTATTATTCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13808900 128 +  48394510 TTTGATAGCCTTCATAGATCAGGAATCCACTTAAACAAGGTTGAAAATACTCATTTTAATTTCATTCTCTATTTGTTATTTCTATGACACCAATTTTTTAAAAAAGTTGATGGTagccaggcacagtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163794894 125 - 196418989 TTTGACAGCCTTCATA---CAGGAATCCGCTTAAACAAGGTTGAAAATATTCATTTTAATTTCATTCTGTATTTGTTATTTCTATGATGTCAAATTTTTTAAAAAGTTGATGGTagccaagcacagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163795019 77 - 196418989 gctcacgcctgtaatcccagcactctgggaggccaggcatagaggcacactcatgtagtcccagctacttgg--agggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13809105 93 +  48394510 ctgaggtagaaggattacttgagcttgggagattgaggctgcagtgagccatgttcgctccacttcactgaagcctgggcaacacagtgagac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15648179 79 +  48129895 tagtttctgtcttccagcgacactaaatctagtaagagagaAGCACCTTCCAGGAAATAATGAGAGAGTTGGGTAATAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15648304 91 +  48129895 CCCTGAGGAGTATGTTAAAGTTGCTCTGGTAATACAGAACGTGTTTCAGAGCCTTGGACTGGAGTGAGAGGACAGAAATTACAAAAGACAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13810194 32 +  48394510 ccgtctccactacaaatacaaaaattagcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163796228 74 - 196418989 gcctagtggcagacgcgtgtaattccagctattcaggaggctgaggcaggagagtcgcgtgaacctgggaggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=36903.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163796678 58 - 196418989 TTCCTCTGCCATAATCCAGAAGTAACAGGACCTCCATTCTAGTGAAAATTACTCTTAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163796921 146 - 196418989 TAGAAAGATGATAAATATTTAATGGAGAAGATGGGAGTAAATTAGAACATTCGAAGATACTCAGAATTGTCATGTTCTATTTTTCTGCATACAAATTAGTATATGCAATATATAATCAACTCAATGAGATCCATAATATGAATTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14359496 199 +  46489110 ATAATTATGAATGTATTGAAAAGTCATTTGCACATTCTTGGTGCTTGGTAAGGATTAACTCCCTTCATCAGACttttttttttttttttt-----------------------taaaCCTGGCTGCTATTCCTTCTGGGAAGGAAAGTATAGTTGGACTTTACTGTGCTTCAGCATAAGATACCTGGTTCACATCTAAGGAGGCTATGCACCAGAAAATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=189864.000000
s hg19.chr21     15649907 23 +  48129895 AAGGGCGTCACATAAGATGCTTT
s rheMac2.chr3  163797260 23 - 196418989 AAGGGCATCATATAAGATGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=561622.000000
s hg19.chr21     15649930 107 +  48129895 CACATGAAAAAATGGTCCTAGAGGGAATGTTAAACCAAGTACCGAGTTCTTAGTCTGCTAAAGTAGCCATCTGCAGTAGCTTTGcaaggcttaggtgcctcaaacaa
s rheMac2.chr3  163797283 104 - 196418989 CACATGAAAAAATGGTCCTAGAAGGAATGTTAAACCAAATACTGATGTCTCAGTCTGCTAAAATAGCCATCTGCAGTAGCTTTGCAAGGCTTAGGTGCCTAA---AA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13811278 107 +  48394510 CACATGAAAAAATGGTCCTAGAGGGAATGTTAAACCAAATACTGAGTTCTTAGTCTGCTAAAGTAGCCATCTGCAGTAGCTTTGcaaggcttaggtgcctaaaacaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14359718 107 +  46489110 CACATGAAAAAACGGTCCTAGAGGGAATGTTAAACCAAGTACTGAGTTCTTAGTCTGCTAAAGTAGCCACCTGCAGTAGCTTTGCAAGGCTTAGGTGCCTCAGACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=378968.000000
s hg19.chr21     15650037 51 +  48129895 caaccatgctatttagttaattattctttgggtcagttggattgtgtcctg
s panTro2.chr21  14359825 51 +  46489110 CAACCATGCTATTTAGTTAATTATTCTTTGGGTCAGTTGGATTGTGTCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13811385 51 +  48394510 caaccatgttatttagttcattattctctgggtcagttggattgtatcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163797387 51 - 196418989 CAACCATGTTACTTAGTTCATTATTCTTTGTGTCAATTGGATTGTGTCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163797438 49 - 196418989 GTTTGGGTCAGTTTGGCCGGTAACTCCTGCATTCTCTTATGCATAGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13811436 49 +  48394510 gtttgggtcagtttggcggataactcctgcactcttttatgcataggat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14359876 49 +  46489110 GTTTGGGTCAGTTTGACGGATAACTCCTGCGCTCTTTTATGCATAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=255868.000000
s hg19.chr21     15650207 38 +  48129895 aggcagataatctagaaccacgttattcctatatctgg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=122071.000000
s hg19.chr21     15650245 21 +  48129895 cagttttcaagctattggcct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15650266 141 +  48129895 ggtaatagaccatcagatgagtgccttagttctcctccacatgatctgtcatccttcagcagcctagctccagctcagtcacatggtgcactcagtgtcctaagcgcagcaggagccaaagcattaaggcttcttgaggct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13811614 125 +  48394510 ggtaatagacc----------------agttctcctccatgtgatctgtcatccttcagcagcctagctccagctcagtcacatggtgcactcagtgttctaagcacagcaggaaccaaagcattaaggctttttgaggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15650407 53 +  48129895 tagaa---------tttcaatgtcactcctgttgtatttctatgaccaaaacaagacacaat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163798489 197 - 196418989 TAAAATGCAAAGAGATTGATGCTGACTATAAAAACATAAAATGGTTGTTTTTGAGACATCTCTTTTTAAACCTCTTTTCTCTTAGTTAAACCAATATAGTAAATGGGAAAACTTTATGGAAATGTTATAACCCACCCCAAAATAACATGTAATTGTGACAAATATGTAATTATGTATATAATTTTAAAAATATGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15651330 63 +  48129895 ACACACACAGAAGTATACCAAATAACTATGATATTCTC----TTTTCTATTTTTCAGAAAAAGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13812672 63 +  48394510 ACACACACAGAAGTACACCAAATAACTATGATATTCTC----TTTTCTATTTTTCAGAAACAGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163798686 67 - 196418989 ACACATATAGAAGTACACTAGAGAACTATTACATTCTCTTATTTTTCTATTTTTCAGAAAAAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15651393 56 +  48129895 CTATCTTTAGCAATTTAGATGC-TTACATTTATCTtatatatacatatacatatata
s panTro2.chr21  14361180 56 +  46489110 CTATCTTTAGCAATTTAAATAC-TTACATTTATCTtatatatacatatacatatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13812735 57 +  48394510 CTGTCTTTAGCATTTAAAATGCTTTACATTTATCTtatatatacatatacatatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163798753 57 - 196418989 CTATCTTTAGCAATTTAAATGCTTTACATTTATCTtatatatacatagacatatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14361236 22 +  46489110 atacatatgtgtatacatTATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163798832 81 - 196418989 catatatattataCTGTCATATAATTGTATTAATTGTAAATAGCCAATATGGGCTATTAAGTTCAATGAACTGTCCCTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14361258 72 +  46489110 CAC-----TTATACTGTCATATAATTGTGTTAA-TGTAAATAGACAATATGGGC---TAAGTCCAAAGAACTGTCCCACtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15651543  8 +  48129895 tatgtgt--------------a
s panTro2.chr21  14361330  8 +  46489110 tatgtgt--------------a
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-116667.000000
s hg19.chr21     15651551 37 +  48129895 catatatatgtatatgtatgtatattgtatatgtata
s panTro2.chr21  14361338 37 +  46489110 catatatatgtatatgtatgtatattgtatatgtgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13812908 36 +  48394510 catatatatgtatatgtacgtatatt-tatatgtata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163798935 37 - 196418989 cacatatatgtatatgtacgtatgttgtatatgtata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15651588 39 +  48129895 ta-tgtatACAAATACATATAATTGTAAATTTACAGTTCT
s rheMac2.chr3  163798972 40 - 196418989 tattgtatacaaatacatataATTGCAAATTTACAGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13812944 40 +  48394510 tattgtatacaaatacatataATTGTAAATTTACAGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14361375 39 +  46489110 ta-tgtatACAAATACATATAATTGTAAATTTACAGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-296447.000000
s hg19.chr21     15651627 58 +  48129895 AAAATCT----CTCTATGTATGTATATGTACATATACATACAATTTTCCTTCCCAACATGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13812984 62 +  48394510 AAAATCTCTCTCTCTATGTATGTATACGTACATGTACATACAATTTTCCTTTCCAACATGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163799070 91 - 196418989 TTATTGCTACACACACCATCGCCATGTTGAGGGAAATCTTGAAATTCCTCTAGTCCAACCACCATACAAGAATATCTTCACTTAACTATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163799220 16 - 196418989 ACTTTTCTGACAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=264663.000000
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s hg19.chr21     15651876 107 +  48129895 atttaCTTTATACACTACTCTCTATATTTTTTCTTTTCAGAAATGCAGTCCAGAGAAAAGTGCCTCATTTTTCAGTAAAGTGACATATTCCTGGTTTAGCAGGTAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15651983 26 +  48129895 AATTTTACTAATATATTTGTAGTGTA
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s hg19.chr21     15652060 11 +  48129895 CAAAGTGAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14364318 32 +  46489110 actgtcaagaaaggagaaaaataaagtggtca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15654571 162 +  48129895 atagggccaaatactgcaaaggggtgaattaaaataataactaaatattctccattaaatttggcaacatgaagatcactggggagtttttcaaagcaattgaagtagaAAATGTATATACTTGTGAGCAAATACTTGGGCAGAAGGGGTTAAATTGTGATA
s rheMac2.chr3  163800967 162 - 196418989 atagggccaaatactgaaaaggagtaaattaaaataataacaaaatattctccattaaatttgtcaacatgaagatcattggggagctttttaaagcaattgaagtagaAAATGTATATACTTGTGAGCAAATACTTGGGCAGAAGGGATTAAATTGTGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13815932 162 +  48394510 atagggccaaatactgaaaaggggtaaattaaaataataactaaatattctccattatatttgtcaacatgaagatcattggggagttttttaaagcagttgaagtagaAAATGTATATACTTGTGAGCAAATACTTGGGCAGAAGGGGTTAAATTGTGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15654982 285 +  48129895 ggcgcggtggcgcacacctgtaatcccagcactttgggaggcctaggcgggcgcatcgtgaggtcaggagatggagaccatcctggctaacacagtgaaaccccgtctccccaaaaaaatatataaaaaatgagctgggtgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacctgggaggcggagctggcagtgagctgagatcgcgccactgcactccagccagggcgacagagcgagactccatctcaaaaa-a
s rheMac2.chr3  163801377 257 - 196418989 ggcgcggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcgggcggatcatgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaa---tacaaaaaattagctggaagtggtggc-ggcgcctgtggtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcgggaacccgggaggcagagcttgcagtgagcggagatcgcgccactgcac-------------------------tccGTCTCAAaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14364762 285 +  46489110 ggcgcggtggcgcacacctgtaatcccagcactttggaaggcctaggcgggcgcatcgtgaggtcaggagatggagaccatcctggctaacacagtgaaaccccgtctccccaaaaaaatgtataaaaaatgagccgggtgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggtggagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactccatctcaaaaa-a
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15655267 23 +  48129895 aataaacaaataaaaataaaaaa
s panTro2.chr21  14365047 23 +  46489110 aataaacaaataaaaataaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15655290 74 +  48129895 taaaaaatTCTAGTCTCATTTTAAATCCATAGGTATCACAGAATTTAAGTAATGCaaataaaattaattttaaa
s panTro2.chr21  14365070 74 +  46489110 TAAAAAATTCTAGTCTCATTTTAAATCCATAGGTATCACAGAATTTAAGTAATGCaaataaaattaattttaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13816630 74 +  48394510 TAAAAAATTCCAATCTCATTTTAAAGCCATAGGTATCACAGAATTTAAGTAATGCaaataaaattaattttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163801657 74 - 196418989 taaaAAATTCCAGTCTCATTTTAAAGTCATAGGTATCACAGAATTTAAGTAATGCaaataaaattaattttaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15655364 102 +  48129895 taaatGTAGTTTTAAACTTTGATTATCAAACTATAAAAACTATATGCATATGTATTAAATATTGCAAACATTATTTTAGCATTCCTA----AAGACGCTGAAATTA
s panTro2.chr21  14365144 102 +  46489110 taaatGTAGTTTTAAAGTTTGATTATCAAACTATAAAAACTATATGCATATGTGTTAAATATTGCAAACATTATTTTAGCATTCCTA----AAGACGCTTAAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163801731 102 - 196418989 taaatGTAGTTTTAAAGTTTGATTATCAAGCTATAAAACCTATATGCATATATGTTAAATATTGCAAACATTATTTTAGCATTCCTG----AAGAAGCTGAAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14365305 30 +  46489110 AATCCATATCTTAAGTCAATCAAACAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13817072 101 +  48394510 ATCAAGCT----CTGTGAATATCACATTTATTTTCT-GTTTAATTTGAATATATTTCTGTTTAAATTGAATATTTGTATCAGAATTAGATACAATATATTTTCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163801922  81 - 196418989 ATCAAGCTCTAACTGTGAATATCACATTTATTTTCTAGTTTAATTTGAATA-------------------------TCTCAGAATTAGATATGAAATATTTTCAGA
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s panTro2.chr21  14365411 42 +  46489110 GGATGTTGTTATCCAGAACTGTCATTGGCATGGATCTAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13817173 42 +  48394510 GGATGTTGTTATCCAGAACTGTCATTGGCATGAATCTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163802003 42 - 196418989 GAATGTTGTTATCCAGAACTGTCATTGGCATGAATCTAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=670634.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=652737.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=2438638.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15656070 84 +  48129895 GATACACTATTCAATATGTCCTTTTTCTCACATACTAAAAAAATTTGTACATTAAACAACTTTCTCCCAACCTATAATTTTTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163802442 83 - 196418989 GATACACTATTCAATATGTCCTTTTTCTCACATATT-AAAAAATTTGTACATTAAACAACTTTCTCCCATCCTATAATTTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72531.000000
s hg19.chr21     15656154 57 +  48129895 CCAGATTGATTTCTTTCCTTTTCCCATAACATAATACCTCTTTCCAGAAATGGTTtt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163802525 42 - 196418989 CCGGATTGCTTTCTTTCCTTTTCCCATAACATAATACCTCTT---------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163802567  0 - 196418989 C

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s panTro2.chr21  14366078 81 +  46489110 ctccgccttccgggttcacgccattctcctgcctcggcctcccgagtagctgggactacaggcatccgccactacacccgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13818047 81 +  48394510 ctcctcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggtgcccgccaccacgcccgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163802567  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163802567  0 - 196418989 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=164002.000000
s hg19.chr21     15657104 38 +  48129895 CACTGTCTGCTTTTTGCTAAGTTAGCCCTGGTTTATTT
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s rheMac2.chr3  163803292 58 - 196418989 ACTAGTCTCTGAAGTTCTTAATGTTTAACTGCCTGTAAAAATGAGAAATTAATCCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=225515.000000
s hg19.chr21     15657218 54 +  48129895 tctgccagctttggggagttgtgagaatcaaattcattgatgtgaatgtccttt
s rheMac2.chr3  163803350 54 - 196418989 TCTGCCCGCTTTGGGGAGTTGTGAGAATCAAATTCATTGATGTGAATGTCCTTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61473.000000
s hg19.chr21     15657272 19 +  48129895 gaaaaGAAACATCATTCTA
s panTro2.chr21  14367053 19 +  46489110 GAAAAGAAACATCATTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163803732 19 - 196418989 gaaaagaaaCATCATTCTA
i rheMac2.chr3  I 328 C 0

a score=540012.000000
s hg19.chr21     15657291 88 +  48129895 AAAATATGAGATACATGTGTAAACTGTATTATCGTTTTAGGAATAAAGCCCACAGGTTGATGGGACCTAGTATGTGTTACACATTTCA
s panTro2.chr21  14367072 88 +  46489110 AAAATATGAGATACATGTGTAAACTGTATTATCGTTTTAGGAATAAAGCCCACAGGTTGATGGGACCTAGTATGTGTTACACATTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13819038 88 +  48394510 AAAATATGAGATACATGTGTAAACTGTGTTATCATTTTAGGAATAAAGCCCACAGGTTGATGGGACCTAGTACGTGTTACACATTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163803751 88 - 196418989 AAAATACGAGATACATGTGTAAACTTTATTATCATTTTAGGAATAAAGCCCACAGGTTGATGGGACCTAGTATGTGTTATACATTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=291404.000000
s hg19.chr21     15657379 103 +  48129895 CTTACTGAGAGGGCCAACTCTGGGTCCTCATTGTTTCCCAAAAAGCTGCCTCAACATTTGATTTAAATAAATACCACTTCGTTATCACTTCCTTGCTTATTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=35128.000000
s hg19.chr21     15657482 37 +  48129895 TTTTCCAAACTCTTGTGTGGGAAGGTAAGGCCAGCCA
s panTro2.chr21  14367263 37 +  46489110 TTTTCCAAACTCTTGTGTGGGAAGGTAAGGCCAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13819229 37 +  48394510 TTTTCCAAACTCTTGTGTGGGAAGGTAAGGCCAGCCA
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a score=-141808.000000
s hg19.chr21     15657519 21 +  48129895 TGTGATCAGAGTCTGTTAGAA
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a score=234603.000000
s hg19.chr21     15657540 61 +  48129895 GAGAGCAAAAGATAGTGGAGGGGAACACACATCTGGGAAAAAAGTCAAGGTAGTTAAACCA
s panTro2.chr21  14367321 61 +  46489110 GATAGCAAAAGATAGTGGAGGGGAACACACATCTGGGAAAAAAGTCAAGGTAGTTAAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13819287 61 +  48394510 GAGAGCAAAAGATAGTGGAGGGGAACACACATTTGGGAAAAAAGTCAAGGTAGTTAAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163804000 61 - 196418989 GAGAGCAAAAGATGGTGGAGGGGAGCACACATCTGGGAAAAAAGTCAAGGTAGTTAAACCA
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a score=279515.000000
s hg19.chr21     15657601 26 +  48129895 CTAAGCCATGAGAGTCACAATCAAGT
s rheMac2.chr3  163804061 26 - 196418989 CTAATCCATGAAAGTCACAATCAAGT
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s ponAbe2.chr21  13819348 26 +  48394510 CTAAGCCATGAGAGTCACAATCAAGT
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s panTro2.chr21  14367382 26 +  46489110 CTAAGCCATGAGAGTCACAATCAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=7622161.000000
s hg19.chr21     15657627 251 +  48129895 CAGCTTAAGTGTCACTTTTAGATGCTGCATTATTTGGGGACTCAGCATGAAAGCAAGAGGTCACTTTTCCCTGAACCGAAACCTCTGAGTTTTGCACAGTTCTAACTCAAAATGCTGAGGCAGTAAATGTTATTAAAAATGCTTTTCTAAAAGTCAATGCAGTCTTATTTTGAAAATGAATATTTATTTTCTGGAATGAAATAGAACTTAATATGACAAGAAAGTAGTTTATTGCTTAATATGTTTTTAAA
s panTro2.chr21  14367408 251 +  46489110 CAGCTTAAGTGTCACTTTTAGATGCTGCATTATTTGGGGACTCAGCATGAAAGCAAGAGGTCACTTTTCCCTGAACCGAAACCGCTGAGTTTTGCACAGTTCTAACTCAAAATGCTGAGGCAGTAAATGTTATTAAAAATGCTTTTCTAAAAGTCAATGCAGTCTTATTTTGAAAATGAATATTTATTTCATGGAATGAAATAGAACTTAATATGACAAGAAAGTAGTTTATTGCTTAATATGTTTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13819374 251 +  48394510 CAGCTTAAGTGTCACTTTTAGATGCTGCATTATTTGGGGACTCAGCATGAAAGCAGGAGGTCACTTTTCCCTGAACTGAAACCGCTGAGTTTTGCACAGTTCTAACTCAAAATGCTGAGGCAGTAAATGTTATTAAAAATGCTTTTCTAAAAGTCAATGCAGTCTTATTTTGAAAATGAATATTTATTTTATGGAATGAAATAGAACTTTATATGACACGAAAGTAGTTTATTGCTTAATATGTTTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163804087 251 - 196418989 CAGCTTCAGTGTCACTTTTAGATGCTGCATTATTTGGGGACTCAGCATGAAAGCAAGAGGTCACTTTTCCCTGAACCAAAACCGCTGAGTTTTGCACAGTTCTAACTCAAAATGCTGAGGCAGTAAATGTTATTAAAAATGCTTTTCTAAAAGTCAATGCAGTCTTATTTTGAAAATGAATATTTATTTTATGGAATGAAGTAGAACTTAATATGACATGAAAGTAGTTTGTTGCTTAATATGTTTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1889916.000000
s hg19.chr21     15657878 78 +  48129895 AGTGCACTGCAGGAAAATGTCCAGCATATTTGAGCCAACAGAAACATGATTACGGAAAATCCCTTCTTATTACATTTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=609166.000000
s hg19.chr21     15657956 41 +  48129895 AACCTTTTTGTTAGATATGAATTGTGGTAAGATATTATGTA
s panTro2.chr21  14367737 41 +  46489110 AACATTTTTGTTAGATATGAATTGTGGTAAGATATTATGTA
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a score=782223.000000
s hg19.chr21     15657997 62 +  48129895 TTATACTAAAAGTAAAATAAAATCTAGTGGAATCTTTTGTTACCATAGGGTTTAAATTCATC
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a score=669874.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15658974 42 +  48129895 aatgagagtaccaggactggtttagatcaattataattcata
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15659016 98 +  48129895 actctgtggctAAAATAAGACCTTACCATGAGTTCAAGAGATTTTCAACTGAAGAAATATCAGATCCCTGTTAGCAGAAAGACGGTAGAGCAGAGCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163805476 92 - 196418989 actctgtggctaaaataagacctgaccatgagttcaagagatttgcaactgaagaaatatcagatccctgttagcagaaagatggtagaGC------A
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13820856 123 +  48394510 GAGCCGTGGGTAAGTACAATTCATTCTCTCCCACAGTAACTTCTGTGGTAAAACTACACTATGCATCTTGTTTGCCTCCCAGTTTAGACCCATTGTTCTTGCATAATTATTTGCAGCGTCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163805568 122 - 196418989 GAGCTGTAGGTAAGTGCAATTCGTTCTCTC-CACAGTAACTTCTGTGGTAAAACTACGCTATGCATCTTGTTTCCCTCCCAGTTTAGATCCACCGTTCTTGCATAATTATTCCCAGTGTCAGC
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s ponAbe2.chr21  13820979 84 +  48394510 TGGGATAAGCTCATTGAATGGAGGAGGGTGGAAAAACTAAGAGGCTGgtggagacttgccttgcttcttaaggcatcaactcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15659321 34 +  48129895 aaactgcactctcacattggctcatattctgttg
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14369303 66 +  46489110 CAATTTGGGTACTTGAGTGGTAAGGGTAATATTCTACTGGGAAAATTTGCTATATAAATTTT---------------------AATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=977086.000000
s hg19.chr21     15659596 87 +  48129895 GGTACATTTCCCAAATATAAGATGAATAAATGAAGTCAGTGTTTCACTGAATAATTGGATGTCTAAACAGCATTTATAAAAACTATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=390483.000000
s hg19.chr21     15659683 35 +  48129895 AATGATTATTGCACATTATTGACCTCCAGGATAAA
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a score=626992.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14369499 62 +  46489110 ACTGTATGA--TTTGTTTAAACACATAATCTAGTCATTGTATTTTAATCAATAAAATAATGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=413358.000000
s hg19.chr21     15659780 62 +  48129895 AAATCAAAGAAAGTAATAAATGTATGACAATTTATTTTTAACTAGATTATTTGTTTTGCTGT
s panTro2.chr21  14369561 62 +  46489110 AAATCAAAGAAAGTAATAAATGTATGACAATTTATTTTTAACTAGATTATTTGTTTTGCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13821522 62 +  48394510 AAATCAAAGAAAGAAATAAATGTACGACAATTTATTTTTAACTAGATTATTTGTTTTGCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806253 62 - 196418989 AAATCAAAGAAAGAAGTAAATGCATGACAATTTCTTTTTAACTAGATTATTTGTTTTACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1761625.000000
s hg19.chr21     15659842 73 +  48129895 CTTGTTTACCTTACTTTTTCATCTTTAGAGTAATTACTTTAGGCTATAAGAGACCTTTGGAAAGAGAGGATCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13821584 73 +  48394510 CTTGTTTACCTTACTTTTTCATCTTTAGAGTAATTACTTTAGGCTATAAGAGACCTTTGGAAAGAGAGGATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806315 73 - 196418989 CTTGTTTGCCTTACTTTTTCATCTTTAGAGTAATTACTTTAGGCTATAAGAGACCTTTGGAAAGAGAGGATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3224482.000000
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s rheMac2.chr3  163806388 112 - 196418989 TTTTGAACTAAATGAAAGTGATTCTTCCTACACTGTGTGCCCTACCTTTGAAAAACAATGGAGAAAGGAAGTTTTAAGGAATCAAGAGAGGCAAAAAGTAAAGGTAATTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13821657 112 +  48394510 TTTTGAACTGAGGGAAAGTGATTCCTCCTACACTGTGTGTCCCATCTTTGAAAAACAATGGAGAAAGGAAGTTTTAAGGAATCAAGAGAGGCAAAAAGTAAAGGTAATTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14369696 112 +  46489110 TTTTGAACTAAAGGAAAGTGATTCCTTCTGCACTGTGTGTCCCATCTTTGAAAAACAATGGAGAAAGGAAGTTTTAAGGAATCAAGAGAGGCAAAAAGTAAAGGTAATTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-74380.000000
s hg19.chr21     15660027 16 +  48129895 TATGAAGTTCTATAAA
s rheMac2.chr3  163806500 16 - 196418989 TACAAAGTTCTATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13821769 16 +  48394510 TACAAAGTTCTATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14369808 16 +  46489110 TATGAAGTTCTATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=348440.000000
s hg19.chr21     15660043 59 +  48129895 CTCCTGAAGTGATTACTGCCTGACAACTAGATAAAGCTTTTTTCAAGTATGAGATACTA
s panTro2.chr21  14369824 59 +  46489110 CTCCTGAAGTAATTACTGCCTGACAACTAGATAAAGCTTTTTTCAAGTATGAGATACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13821785 59 +  48394510 ATCCTGAAGTAATTACTGCCTGAAAACTAGATAAAGCTTTTTTCAAGTATGAGATACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806516 59 - 196418989 ATCCTGAAGTAATCACTACCTGCAAACTAGATAAAGCTATTTTCAAGTATGAGATACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39544.000000
s hg19.chr21     15660102 18 +  48129895 TTATTAATATCGAAATTT
s panTro2.chr21  14369883 18 +  46489110 TTATTAATATCGAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806575 18 - 196418989 TTATTAATATCAAAATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=650105.000000
s hg19.chr21     15660120 113 +  48129895 GTAAAATGTGTGAAATGACAATCTATTTTTATAAGCATAATTTGTTGCTATTGCAGCCCATTTCTGTCTTCAAACTACTCAACATTCCTTCTCTTTAATGTTCAGGAGCAAAT
s panTro2.chr21  14369901 113 +  46489110 GTAAAATGTGTGAAATGACAATCTATTTTTATAAGCATAATTTGTTGCTATTGCAGCCCATTTCTGTCTTCAAACTACTCAACATTCCGTCTCTTTAATGTTCAGGAGCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13821862 113 +  48394510 GTAAAACGTGTGAAATGACAATCTATTTTTATAAGCATAATTTGTTGCTATTGCGGCCCATTTCTGCCTTCAAACTACTCAACAATCCTTCTCTTTAATGTTCAGGAGCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806593 110 - 196418989 CTAAAA--GGTGAAATGACAATCTA-CTTTATAAGCATAATTCATTGCTATTGCAGTCCACTTCTGTCTTCAAACTACTCAACACTGCTTCTCTTTAATGTTCAGTAGCACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12038.000000
s hg19.chr21     15660233 37 +  48129895 GTGTTGATATGCATGTATATATCTTTGGCTCCTTACC
s panTro2.chr21  14370014 37 +  46489110 GTGTTGATATGCATGTATATATCTTTGGCTCCTTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13821975 37 +  48394510 GTGTTGATATGCATGTATATATCTTTGGCTCCTTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806703 37 - 196418989 GTGTTGATATGCATGCATATATCTTTGGCTCCTTACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199863.000000
s hg19.chr21     15660270 27 +  48129895 AGTGGTGACAAAGATAGCTTCTGTATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13822012 27 +  48394510 AGTGGTGACAAAGATAGCTTCTGTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806740 27 - 196418989 AGCGGTGACAAAGATAGCTTCTGTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83571.000000
s hg19.chr21     15660297  97 +  48129895 TCAGAGCATCATGTCTATTGGTCAAAGCAAATTATATGGTGGCCAAAATTGAAGTTTATGGGAGCAGGAGCAGACACTCCACCTCTAGCAT--------CATATG
s panTro2.chr21  14370078  97 +  46489110 TCAGAGCATCATGTCTATTGGTCAAAGCAAATTATATGGTGGCCAAAATTGAAGTTTATGGGAGCAGGAGCAGACACTCCACCTCTAGCAT--------CATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13822039  97 +  48394510 TCAGAGCATCATGTCTATTGGTCAAAGCAAATTATATGGTGGCCAAAATTAAAGTTTATGGGAGCAGGGGCAGACACTCCACCTCTAGCAT--------CATATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806767 105 - 196418989 TCAGAGCATCATGTCTATTGGTCAAAGCAAATTATATGGTGGCCAAAATTAAAGTTTATGGGAGCAGGGGCAGACACTCCACCTCTAGCATCATATATGCATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15660394 23 +  48129895 CATATATATTATTTTCAGACTTC
s rheMac2.chr3  163806872 23 - 196418989 CGTATATATTATTTTCAGACTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13822136 23 +  48394510 CATATATATTATTTTCAGACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14370175 23 +  46489110 CATATATATTATTTTCAGACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=156768.000000
s hg19.chr21     15660417 19 +  48129895 TCCAAAAGAAAATATAATT
s panTro2.chr21  14370198 19 +  46489110 TCCAAAAGAAAATATAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13822159 19 +  48394510 TCCAAAAGAAAATATAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806895 19 - 196418989 TCCAAAAGAAAATATAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68889.000000
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s panTro2.chr21  14370217 23 +  46489110 TGGAAATAAAAACTGTATTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806914 23 - 196418989 TGGAGATAAAAACTGTATTTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=556886.000000
s hg19.chr21     15660514 85 +  48129895 TCCCTTTATGCCATGTGGTATAAGTAACACCACCTACCATCTCAATGATATGGGTCATAATTTCAAGTTTAACTGATTTATTCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163806992 85 - 196418989 CCCTTTTATGCCACGTGGTATGAGTAACACCACCTACCATCTCAATGATGTGGGTCATAATTTCAAGTTTAACTGATTGATTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163807077 22 - 196418989 TTCTTATTAACTTATTGTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-51537.000000
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s panTro2.chr21  14370402 43 +  46489110 AGAGCAATATTGTTAATTGTATAATTAGTTTAGTTATGTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13822363 42 +  48394510 AGAGC-ACATTGTTAATTGTATAATTAGTTTAGTTATATTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163807099 42 - 196418989 AGAGC-ACATTGTTAATTGTATCATCTGTTTAGATAGATTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=578371.000000
s hg19.chr21     15660664 86 +  48129895 TTTTATTAATATTAGTTGTGTCCAATTTTCTCATTGTGTCTATTTTCTTTAGTTATGTAGGTATCTTGTTATAAAGAGGCACATAT
s rheMac2.chr3  163807141 86 - 196418989 TTTTATTAATATTAGTTGTGTCCAATTTTCTCATTGTTTCTATTTTCTTTAATTATGTAGGCATCTTTTTATATTGAGGCACATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14370445 86 +  46489110 TTTTATTAATATTAGTTGTGTCCAATTTTCTCATTGTTTCCATTTTCTTCAATTATGTAGGTATCTTGTTATAAAGAGGCACATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1329429.000000
s hg19.chr21     15660750 53 +  48129895 CAAGAAACCATCTCTACTCTATGCATTGTGGAACACCTTTAAATCCATCCTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13822491 53 +  48394510 CAAGAAACCATCTCTACTCTATGCATTGTGGAACACCTTTAAATCCATCCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163807227 53 - 196418989 CAAGAAACCATCTCTACTCTATGCATTGTGGAACACCTTTAAGTCTGTCCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1851460.000000
s hg19.chr21     15660803 84 +  48129895 TTCAAGTTGCCTTATTCAAAGTGTTTGCTGATATTTTGTCCTTCACTAGCCCACTCATAATGAAGTAAGTTAAAGTCTGGTGGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163807280 84 - 196418989 TTCAAGTTGCCTTATTCAAAGTGTTTGCTGACATTCTGTCCTTCACTAGCCCACTCATAATGAAGTAAGTTAAAGTCTGGTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=381107.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=789201.000000
s hg19.chr21     15661005 82 +  48129895 GGTTATCTACAATATAAATGGGAATTAGGATAATATAGTCAATATCTAATAAAGTCAACCCTGTACTAAGCACTGCTCTAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-283921.000000
s hg19.chr21     15661087 26 +  48129895 ATCTTATATTAATTTtattaagcaag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13822828 26 +  48394510 ATCTTATATTAATTTtattaagcaag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137765.000000
s hg19.chr21     15661113 35 +  48129895 ggttcgccagagaaacagaaccaataggatatata
s panTro2.chr21  14370894 35 +  46489110 ggttcgccagagaaacagaaccaataggatatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118356.000000
s hg19.chr21     15661148 46 +  48129895 agcccaaataagaggggatttattatgggaattggctctcgcaatt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14370975 300 +  46489110 atggaggccaagaagtcccacagtcttccatttgcaagctagagactcaggaaagacagtggcataatgcagtctgagtccaaaggccaggtaaccttgagttctgacgtccacgggcaggagaaggtggatatttcagctccaggaaagagagctaattcactctctctttaccttcttgttctatccaggccctcaacaaattggatgaggcactatgccctgggatcatccttactcagtctactgattcaaatgctaatctcttccagaaacagcctcacagacacacccagacat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163808351 83 - 196418989 tacacacacacaATTACTATGCATAACATATATAAACATATATTATTATTACCTAACATATGTATATTTCTGTGTATCTCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13824028 97 +  48394510 attctaggtcgactgtggggacagaac-aaaaatcaaaacaaaaaacctgctctgatgacactcagaggggagagatgaaagtcaaacaaatgaataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163808771 98 - 196418989 gttctaggtcgactgtggggacagaacaaaaaatcaaaacaaagaaccagctctgatgacatttagaggggagagatgaaagtcaaacaaatgaataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13824181 150 +  48394510 agtctgaggagttagaaattaccgttttatgtaaggtaattatgaaagacattggtgataaggtgacatttggtcaaagttctgaaggaagttaggaaggaagccaagaaaatatctattgtgattaaaggtaacaggaagggcaaaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14377082 55 +  46489110 TTTTAAATTTAACACTATTTTCAGTCGCATTGATGCAGTTTTAAAAAGGTGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829292 55 +  48394510 TTTTAAAGATAACATTATTTTCAGTCACATTGATTCAGTTTAAAAAGGGTGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163813971 46 - 196418989 ttttaaattaaatattattttCAGTTACATTGATGCAGTT---------TAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=197287.000000
s hg19.chr21     15663212 37 +  48129895 CATGCTTAAAATATTATTACCAGTGAACATCAGGCAC
s panTro2.chr21  14377137 37 +  46489110 CATGCTTAAAATATTATTACCAGTGAACATCAGGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829347 37 +  48394510 CAAGCTTAAAATATTATTACCAGTGTACATCAAGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814017 37 - 196418989 CATGCTTAAAATATTATTACCAATGAACATCAGGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=347540.000000
s hg19.chr21     15663249 50 +  48129895 TCTGAGTTTTAGACAATGTTTATAGTTGAGGGACTATCAGCCGAGATACT
s panTro2.chr21  14377174 50 +  46489110 TCTGAGTTTTAGACAATGTTTATAGTTGAGGGACTATCAGCCAAGATACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829384 50 +  48394510 TCTGAGTTTTAGACAATGTTTATAGTTGAGGGACTATCAGCCAAGATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814054 50 - 196418989 TCTGAGTTTTAGACAACGTTTATAGTTGAGGGACTATCAGCCAAGATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=729178.000000
s hg19.chr21     15663299 97 +  48129895 TGTAATTAGAACCATCCCCACTGTTTTTCTGCTCCCCAGCATTGGCCCTAATCATCCTGATCATGCTGTCACAAACTTAAGAGGAAATAAGGAAAAG
s panTro2.chr21  14377224 97 +  46489110 TGTAATTAGAACCATCCCCACTGTTTTTCTGCTCCCCAGCATTGGCCCTAATCATCCTGATCATGCTGTCACAAACTTAAGAGGAAATAAGGAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829434 97 +  48394510 TGTAATTAGAACCATCCCCACTGTTTTTCTGCACCCTAGCATTGGCCCTAATCATACTGATCATGCTGTCACAAACTTAAGAGGAAATAAGGAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814104 97 - 196418989 TGTAATTAGAACCATCCCCACCGTTTTTCTGCACCCCAGGATAGACCCTAATCATCCTGATCATGCTGTCACAAACTTAAGAGGAAATAAGGAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177749.000000
s hg19.chr21     15663396 24 +  48129895 GAGAGAAAAAAGAAATTGGTTATG
s panTro2.chr21  14377321 24 +  46489110 GAGAGAAAAAAGAAATTGGTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829531 24 +  48394510 TAGAGAAAAAAGAAATTGGTTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814201 24 - 196418989 CAGAGAAAAAAGAAATTGGTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214298.000000
s hg19.chr21     15663420 29 +  48129895 AATAAAAGTGACAATAAAACATGAGATAT
s panTro2.chr21  14377345 29 +  46489110 AATAAAAGTGACAATAAAACATGAGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829555 29 +  48394510 AATAAAAGTGACAATAAAACATGAGATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814225 29 - 196418989 GATAAAAGTGAAAATAAAACATGAGATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5359.000000
s hg19.chr21     15663449 25 +  48129895 AAATCAAGCTT---------AAAAAA--AAAAAGCA
s rheMac2.chr3  163814254 34 - 196418989 AAATCAAGCtttttttttaaaaaaaa--aaaaGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829584 27 +  48394510 AAATCAAGCTT---------AAAAAAAAAAAAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14377374 20 +  46489110 AAATCAAGCTT---------AAAAAA-------GCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-73866.000000
s hg19.chr21     15663474 16 +  48129895 GCACCTGTGGGCCATA
s panTro2.chr21  14377394 16 +  46489110 GCACCTGTAAGCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829611 16 +  48394510 GCACCTGTGTGCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814288 16 - 196418989 GCACCTGTGTGACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=583357.000000
s hg19.chr21     15663490 76 +  48129895 CTAAAAGATCCCCTACTTACGTTCTGGTTGTCATGTTTCCCTGTATTTGATAAAACACATAATTTTGAG-AAAAATA
s panTro2.chr21  14377410 76 +  46489110 CTAAAAGATCCCCTACTTACGTTCTGGTTGTCATGTTTCCCTGTATTTGATAAAACACATAATTTTGAG-AAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829627 77 +  48394510 CTAAAAGATCCCCTACTTATGTTCTGGTTGTCCTGTTTCCCTGTATTTGATAAAACACATAATTTTGAGAAAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814304 75 - 196418989 CGTAAA-ATCCCTTCCTTACGTTCTGGTTGTCATGTTTCCCTGTATTTGATAAAACACATAATTTTGAG-AAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227902.000000
s hg19.chr21     15663566 74 +  48129895 AAGTTTTAAATGTATCTATGTCTCGACTTTTCTGATGAAGTTATACCAGAAAAGTTAATTATTTGATGGGCCTG
s panTro2.chr21  14377486 74 +  46489110 AAGTTTTAAATGTATCTATGTCTCGACTTTTCTGATGAAGTTATACCAGAAAAGTTAATTATTTGATGGGCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829704 74 +  48394510 AAGTTTTAAATGTATCTATGTCTCGACTTTTCTGATGAAGTTATCCCAGAAAAGTTAATTATTTGATGGGCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814379 74 - 196418989 TGGTTTTACATGTATCTATGTCTCAACTTTTCTGATGAGGTTATACCAGAAAAGTTAATTATTTGATGGGCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=254576.000000
s hg19.chr21     15663640 33 +  48129895 CCATGTGAAAACCAGAAAATAACCTCGTACTCA
s panTro2.chr21  14377560 33 +  46489110 CCATGTGAAAACCAGAAAATAACCTCGTACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829778 33 +  48394510 CCATGTGAAAACCAGAAAATAACCTCGTACTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814453 33 - 196418989 CCATGTGAAAACCAGAAAATCACCTCGTACTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-30693.000000
s hg19.chr21     15663673 20 +  48129895 CAAGCCAGTGGAAGGGATTC
s panTro2.chr21  14377593 20 +  46489110 CAAGCCAGTGGAAGGGATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829811 20 +  48394510 CAAGCCAGTGGAAGGGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814486 20 - 196418989 CAAGCCAGTGGAAGGGATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-251852.000000
s hg19.chr21     15663693 11 +  48129895 CTGATTTTACT
s panTro2.chr21  14377613 11 +  46489110 CTGATTTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829831 11 +  48394510 CTGATTTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814506 11 - 196418989 CTGATTTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=360473.000000
s hg19.chr21     15663704 138 +  48129895 AAAAAAAAAAAAA--------------AAAAAGAGAGGGCGGGGACAAATATCAAATTAAGCAAGTAAAGAAAAAGAACAGGTAAGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt------gtgtAACACTTTGACAATACTAAACTCTCATAAGCATTTAAC-ACT
s rheMac2.chr3  163814517 140 - 196418989 TAAAAAAAAAAAG-----------------TGGGGGACGGGGGGACAAATACCAAATTAAGCAAGTAGAGAAAAAGAACAGGTAGGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt--gtgtgtgtAACATTTTGACAGTGCTAAACTCTCATAAGCATTTAACTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13829842 158 +  48394510 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGAGGGGGCAGGGACAAGTATCAAATTAAGCAAGTAGAGAAAAAGAACAGGTAGGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtATAACATTTCGACAATACTAAACTCTCATAAGCATTTAAT-GCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14377624 129 +  46489110 AAAAAAAAAAAAA-------------------GAGAGGGCGGGGACAAATATCAAATTAAGCAAGTAAAGAAAAAGAACAGGTAGGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt----------AACACTTTGACAATACTAAACTCTCATAAGCATTTAAC-ACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=749091.000000
s hg19.chr21     15663842 55 +  48129895 TCAGATGTTTAACATTTCTGCCCCTTTCTCAATTTTTATGACGTGCAGGCAAATT
s panTro2.chr21  14377753 55 +  46489110 TCAGATGTTTAACATTTCTGCCCCTTTCTCAATTTTTATGACGTGCAGGCAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830000 55 +  48394510 TCAGATGTTTAATATTTCTGCCCTTTTCTCAATTTTTATGACATGCAGGCAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814657 55 - 196418989 TCAGATGTTTAACATTTCTTACCCATTCTCAATTTTTATGACATTCAGGCAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=434812.000000
s hg19.chr21     15663897 22 +  48129895 ATCATTTTCTGTGAACACAGCT
s panTro2.chr21  14377808 22 +  46489110 ATCATTTTCTGTGAACACAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830055 22 +  48394510 ATCATTTTCTGTGAACACAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814712 22 - 196418989 ATCATTTTCTGTGAACACAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3796435.000000
s hg19.chr21     15663919 181 +  48129895 CAGATTTTGGCTGGAATGGCTATGGCTATGCAGTGGCACTTCTTGTTGTAGTCTTTTTGCAAACTCTGATTCTTCAGCAATATCAACGTTTTAACATGCTCACCTCAGCAAAAGTTAAGACAGCTGTAAATGGACTGATCTACAAAAAGGTAAAAATTCCAAGGAATCCCCATTCCTGGGT
s panTro2.chr21  14377830 181 +  46489110 CAGATTTTGGCTGGAATGGCTATGGCTATGCAGTGGCACTTCTTGTTGTAGTCTTTTTGCAAACTCTGATTCTTCAGCAATATCAACGTTTTAACATGCTCACCTCAGCAAAAGTTAAGACAGCTGTAAATGGACTGATCTACAAAAAGGTAAAAATTCCAACGAATCCCCATTCCTGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830077 181 +  48394510 CAGATATTGGCTGGAATGGCTATGGCTATGCAGTGGCACTTTTTGTTGTAGTCTTTTTGCAAACTCTGATTCTTCAGCAATATCAACGTTTTAACATGCTCACCTCAGCAAAAGTTAAGACAGCTGTAAATGGACTGATCTACAAAAAGGTAAAAATTCCAAGGAATCCCTGTTTCTGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814734 181 - 196418989 CAGATTTTGGCTGGAATGGCTACGGCTATGCAATGGCACTTTTTGTTGTAGTCTTTCTGCAAACTCTGATTCTTCAGCGATATCAATGTTTTAACATGCTCACCTCAGCAAAAGTTAAAACAGCTGTAAATGGACTGATCTACAAAAAGGTAAAAATTCCAAGGAATTCCCATTTCTAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164283.000000
s hg19.chr21     15664100 38 +  48129895 GGACTACTCCCTTATGTGCTTTAAAATAAGGGGGCTAG
s panTro2.chr21  14378011 38 +  46489110 GGACTACTCCCTTATGTGCTTTAAAATAAGGGGACTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830258 38 +  48394510 GGACTACTCCCTTATGTGCTTTAAAATAAGGGGACTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814915 38 - 196418989 GGACTACTCCCTTATGTGCTTTAAAATAAGGGGACTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=99239.000000
s hg19.chr21     15664138 25 +  48129895 AAAAATAGGGGAGTATATCAAAAAG
s panTro2.chr21  14378049 25 +  46489110 AAAAATAGGGGAGTATATCAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830296 25 +  48394510 AAAAATAGGGGAGTATATCAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814953 25 - 196418989 AAAAATAGGGGAGTATATAAAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148998.000000
s hg19.chr21     15664163 30 +  48129895 TCCTTAGGAAATCCTTTGTATATACATTTG
s panTro2.chr21  14378074 30 +  46489110 TCCTTAGGAAATCCTTTGTATATACATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830321 30 +  48394510 TCCTTAGGAAATCCTTTGTATATACATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163814978 30 - 196418989 TCCTTAGGAAACCCTTTGTATATACATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=276972.000000
s hg19.chr21     15664193 21 +  48129895 TTTTGCTTTAAAAGAACTTTG
s panTro2.chr21  14378104 21 +  46489110 TTTTGCTTTAAAAGAACTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830351 21 +  48394510 TTTTGCTTTAAAAGAACTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163815008 21 - 196418989 TTTTGTTTTAAAAGAACTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3608.000000
s hg19.chr21     15664214 41 +  48129895 GCTCATCGATACTGGTTGCATTAATTTCTCTTTAGTACATG
s panTro2.chr21  14378125 41 +  46489110 GCTCATCGATACTGGTTGCATTAATTTCTCTTTAGTGCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830372 41 +  48394510 GCTTATCGATATTGGTTGCATTAATTTCTCTTTAGTGCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
s rheMac2.chr3  163815029 41 - 196418989 ACTCATGGATATCAGTTGCATTAATTTCTCTTTAGTGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 I 21

a score=-86425.000000
s hg19.chr21     15664255 17 +  48129895 Ttctctctctctctttc
s rheMac2.chr3  163815091 17 - 196418989 ctctctctctctctttc
i rheMac2.chr3  I 21 I 8
s ponAbe2.chr21  13830417 17 +  48394510 ctctctctctctctttc
i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s panTro2.chr21  14378166 17 +  46489110 Ttctctctctctctttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=294270.000000
s hg19.chr21     15664272 51 +  48129895 tctctctctGGTCTTTACAACTTCTAGTCAGCCCTAATCCATTACATTAAA
s rheMac2.chr3  163815116 51 - 196418989 tctctctctGGTCTTTACAAATTCTAATCAGCCCTAATCCATTAAATTAAA
i rheMac2.chr3  I 8 I 1
s ponAbe2.chr21  13830434 51 +  48394510 tctctctctGGTCTTTACAACTTCTAGTCAGCCCTAATCCATTACATTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14378183 51 +  46489110 tctctctctGGTCTTTACAACTTCTAGTCAGCCCTAATCCATTACATTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=213121.000000
s hg19.chr21     15664323 39 +  48129895 GATAATCTTTGTTTAATCTTATGCCACCTAACTGCTACT
s panTro2.chr21  14378234 39 +  46489110 GATAATCTTTGTTTAATCTTATGCCACCTAACTGCTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830485 39 +  48394510 GATAATCTTTGTTTAATCTTATGCCACCTAACTGCTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163815168 39 - 196418989 GATAATCTTTGTTTACTCTTATGCCACCTAACTGCTGCT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=646600.000000
s hg19.chr21     15664362 115 +  48129895 CACAAAGTGAGTGGAATTGAATATTTTCATGGTTTTCTATATGTATGCATCAATAAAAGCTCTCCTTTTCACAATATTATTTTCAGTCTTCATATTACCTTTTCCTTTCTCCTCT
s panTro2.chr21  14378273 115 +  46489110 CACAAAGTGAGTGGAATTGAATATTTTCATGGTTTTCTATATGTGTGCATCAATAAAAGCTCTCCTTTTCACAATACTATTTTCAGTCTTCATATTACCTTTTCCTTTCTCCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830524 115 +  48394510 CACAAAGTGAGTGGAATTGAATATTTTCATGCTTTTCTATATGTATGCATCAATAAAAGCTCTCCTTTTCACAATATTATTTTCAGTCTTCATATTACCTTTTCCTTTCTCCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163815207 115 - 196418989 CACAAAGTGAATGGAATTGAATATTTTCATGGTTTTCTGTATGTATGCATCAATAAAAGCTCTTCTTTTCACAATATTATTTTTAATCTTCATATTACCTTTTTCTTTCTCCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-190625.000000
s hg19.chr21     15664477 79 +  48129895 GGGAACTTCATTTTTATGCAATAAAGTCACTCATTTTTATACTGTCATTCCCCATTTCTCTCTTATTCTAAGTCCTGCC
s panTro2.chr21  14378388 79 +  46489110 GGGAACTTCATTTTTATGCAATAAAGTCACTCATTTTTATACTGTCATTCTCCGTTTCTCTCTTATTCTAAGTCCTGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830639 79 +  48394510 GTGAACTTCATGTTTATGCAATAAAGTCATTCATTTTTATACTGTCATTCTCCGTTTCTCTTTTATTCTAAGTCCTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163815322 79 - 196418989 GTGAACTTCATTTTTGGGCAATAAAGTCATTCATTTTTATACAGTCATTCTCCATTGCTCTTTTATTCTAAGTCCTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=220148.000000
s hg19.chr21     15664556 58 +  48129895 TCCCAAAGTTGGCTGATCTTTATTCCTGGCATAACCCTAAAGTTTAATTAGTCCTTT-------------T
s panTro2.chr21  14378467 58 +  46489110 TCCCAAAGTTGGCTGATCTTTATTCCTGGCATAACCCTAAAGTTTAATTAGTCCTTT-------------T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13830789 46 +  48394510 TTTAAACACTACCTCTTTACCACGCAGGGTCTTTTATTTACAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14379384 89 +  46489110 GAGTGAATGTAgaagcataaaatgtggagcacggatcactttcagagcaataaaccactctgtgtgatagtataatcgtgaatgtatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163820082 134 - 196418989 TAAACAAATCTAAAACTTGGATAGAAGTTTAAA-TAACAGTTTCTTAGAAAAAGTGATTAGGTAACAAATGACCTGGTTAATTTTCATTTTGATTGAAGAGTACTTAGAAGCTTCTAAACTTTTAACATTGTTTT-----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163820216   0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163820594 324 - 196418989 gtattatcttaatacattttaagtttaaaatgcatttattgttaactataggtgcaatatattacagcagatctctaatgcttattcgtcctggttaactaaaactttgtacctgttgagtactaactttccagttttcccttgcccccaccacccttggaaccaccattccagtctttgattttatgaaattgaccattttagatacctcatataagcgaactcatccagtatttatttttctgtgtctagcttatttcccttagcataacatcttaaggtatatccatatggtctcatattgcagaattgtcttcttttttt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 I 47 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 47 C 0
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i rheMac2.chr3  I 47 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14385961 121 +  46489110 CTTGAGTTAACAATCACCATCTCGCTAATTATATAGAGAGAGTTACAAATGGAAGTCATCCAATTTTATCATTTacttattcactcaaccagtattgaacaagcatgtatcttatgtcagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13838215 121 +  48394510 CTTGAGTTAACAATCACCATCTCGTTAATTATATAGAGAGAGTTATAAATGGAAGTCATCCAATTTTATCATTTacttattcactcaaccagtattgaacaagcatgtatcctatgtcagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 14 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14387618 96 +  46489110 agaaaaGAAAATATGCCTTTAAATCACACACATAATACTAGTGGTATTAAATTGCACACAGAATATGATGC--ATTAGCTTGT-AATGCATTCTTCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13839906 96 +  48394510 agaaaagaaaaTATGCCTTTAAATCACACACATAATACTATTGGTATTAAATCGCACACAGAATATGACGG--ATTAGCTTGT-AATGCATTCTTCGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163824348 97 - 196418989 agaaaagaaaaTATGTCTTTAAATCACACAC--GATATTATTAGTATAAAATCTCACACAGAATATGATGGATATTAGCTCGTAAAAGCATTCTTCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-11188.000000
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s panTro2.chr21  14387714 49 +  46489110 AGATATACAAATACTTATGACAT-----ATAAAGTGCCAATGTTAATGGAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13840002 49 +  48394510 AGATATACAAATACTTATGACAT-----ATAGAGTGCCAATGTTAATGGAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163824445 54 - 196418989 AGATATACAAATACTTATGACATATAACATAAAGTGCCAATGTTAATGGAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163824499 65 - 196418989 ACACTTAAGAAACGATACTCAAACAAGtataaaatatt---ataattgttaaatatttgaataaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13840051 68 +  48394510 ACACTTAAGAAATGATACCCAAACAAGtataaaatattatgataattgttaaatatttgaataaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14387763 66 +  46489110 ACAC--AAGAAATGATACCCAAACAAGtataaaatattatgataattgttaaatatttgaataaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-86038.000000
s hg19.chr21     15673930 36 +  48129895 aCAATTGCATAACATTTATAAAAAGAAGAGGAAGGG
s panTro2.chr21  14387829 36 +  46489110 aCAATTGCATAACATTTATAAAAAGAAGAGGAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13840119 36 +  48394510 aCAATTGCATAACATTTATAAAAAGAAGAGGAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163824564 36 - 196418989 aCAATTGCATAACATTTATATAAAGAAAAGGAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=231471.000000
s hg19.chr21     15673966  97 +  48129895 TATTTGAAAATATACATTTTAATTATTCTAATTCCCAAAGAACAAATAAAATTTATAGAGAGCCTTATTTTTATTCTTGTGACACTTC-----TAAGTATGT
s panTro2.chr21  14387865  97 +  46489110 TATTTGAAAATATACGTTTTAAATATTCTAATTCCCAAAGAACAAATAACATTTATAGAGAGGCTTATTTTTATTCTTGTGACACTTC-----TAAGTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13840155  97 +  48394510 TATTTGAAAATATACATTTTAATTATTCTAATTCCCAAAGAACAAATAAAATTTATAGACTGCCTTATTTTTATTCTTGTGATACTTC-----TAAGTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163824600 102 - 196418989 TATTTGAAAATATACATTTTAATTATTCTAATTCCCAAAGAACAAATAAAATTTATAGAGAGCCTTATTTTTATTCTTGTGACACTTCTGTTATAAGTACGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15674063 9 +  48129895 ACATAAACA
s panTro2.chr21  14387962 9 +  46489110 ATATAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163824702 9 - 196418989 ATATAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=482139.000000
s hg19.chr21     15674072 105 +  48129895 GTTAATGGAGTTTTTAGAAATGTGTTCTATTTTAGTAGGATGTGGGTGttattttattattca-ttttaaacaaattaggtttaaataaa---tatattttCTACTATT
s panTro2.chr21  14387971 105 +  46489110 GTTAATGGAGTTTTTAGAAATGTGTTCTATTTTAGTAGGATGTGGGTGttattttattattca-ttttaaacaaattatgtttaaataaa---tatattttCTACTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13840261 109 +  48394510 GTTAATGGAATTTTTAGAAATGTGTTCTATTTTAGTAGGATGTGGGTGttattttattattcagttttaaacaaattatgtttaaataaatattatattttCTACTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163824711 104 - 196418989 GTTAATGGAGTTTTTAGAAATGTGTTCTATCTTAGTAGAATGTGGGTG-----TTATTATTCAATTTTAAACAAATTATGTTTAAATACGTATTATATTTTCTACTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141111.000000
s hg19.chr21     15674177 52 +  48129895 CTACTGTTCGCCTGTTGGCTATGCTCAAGTTACCTATTTATAACTATCTTCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13840370 52 +  48394510 CTACTGTTCTCCTGTTGGCTATTTTCAAGTTACCTATTTATAACTGTCTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14388076 52 +  46489110 CTACTGTTCGCCTGTTGGCTATGCTCAAGTTACCTATTTATAACTATCTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=133327.000000
s hg19.chr21     15674229 51 +  48129895 AACATTGTCAGTAGAATAATGTATAAATATTGTAAGATGCTTTTCTCCATT
s rheMac2.chr3  163824867 51 - 196418989 AACACTGTCAATAGAATAATGTATAAATATTGTAAGATGCTTTTCTCCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13840422 51 +  48394510 AACATTGTCAGTAGAATAATGTATAAATATTGTAAGATGCTTTTCTCCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 302
s panTro2.chr21  14388128 51 +  46489110 AACATTGTCAGTATAATAATGTATAAATATTGTAAGATGCTTTTCTCCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=135971.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=304447.000000
s hg19.chr21     15674324 57 +  48129895 AGCTGTGGACATATCAGTAAAAGTATTACCGATTTTGTCAAATATTCTTTTATCTCC
s panTro2.chr21  14388223 57 +  46489110 AGCTGTGGACATATCAGTAAAAGTATTACCGATTTTGTCAAATATTCTTTTATCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13840819 57 +  48394510 AGCTGTGGGCATATCAGTAAAAGTATTACCAATTTTGTCAAATATTCTTTTATTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1373803.000000
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s panTro2.chr21  14388280 90 +  46489110 TTTCCATTAAATAGGAAAGCCAAAGAAAGAACAAAGATAAACAGATAAAACTACTCAAAGAAATCCTACATGGAATTAAGGTAGTATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=260817.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163825127 61 - 196418989 ATTTTGAGCATAGTAACACAGAGGAAGTTTGTAGTGTTCTCAGTATCTCAGAGTGATGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15674551 15 +  48129895 GATAATAATTGTTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163825188 15 - 196418989 GATAATAATTGTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15674566 139 +  48129895 CAGAAAATTTCAGATTTCAGATATTGTAGGAATTCTTATCACTAAAATAACATTTAAATGCAAAGCCAAATAAAATGCAGCCA-TTTCTTTTTGTTTCTCACACAAGTAAACACAAATATCCTAAAAGTCACAACATATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13841061 140 +  48394510 CAGAAAATTTCAGATTTCAGATATTGTAGGAATTCTTATCACTAAAATAACATTTAAATGCAAAGCCAAATAAAATGCAGCCATTTTCTTTTTGTTTCTCACACAAGTAAACACAAATATCCCAAAAGTCACAACATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163825203 140 - 196418989 CAGAAAATTTCAGATTTCAGATATTACAGGAATTCTTATCACTAAAATAACATTTAAATGCAAAGTCAAATAAAATGCAGCCATTTTCTTTTTGTTTCTCACACAAGTGAACACAAATATCCTAAAAGTCACAAAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13841201 43 +  48394510 ACTTATTTTAAGGTATTATGTTGAAAAGATGAGATGAAGCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=424626.000000
s hg19.chr21     15674748 62 +  48129895 CAAGAGTGGTAATAATACATCCATCAGTGTAAAGGCAGATTTATATAGTGGAAGTGATGAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13841244 62 +  48394510 CAGGAGCGGTAATAAGACATCCATCAGTGTAAAGGCAGATTTATATAAGGGAAGTGATAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=373921.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=757165.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=914946.000000
s hg19.chr21     15674998 170 +  48129895 tattaaatattttctatgcatcaaatgctgtgcttattactttatatgtgtttcctcatggaattcttataaacctcaagaagaagatttcgcatttccattttattaactaggaaacaaagacactgagcagttaagggtcaggtctgaatttacagaaccagtgagag
s rheMac2.chr3  163825636 170 - 196418989 tattaaatattttccatgcatcaaatgctgtgcttattcctttatatgtgtttcctcatggaattcttataaacctcaagaaaaagatttcccatttctatcttattaactaggaaaccaagacactgagcagttaagggtcaggtttaaatttacagaaccagtgagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13841494 166 +  48394510 tattaaatattttctatgcatcaaatgctgtgcttattacttta----tgtttcctcgtagaattcttataaacctcaaggagaagatttcccatttccattttattaactaggaaacaaagacactgagcagttaagggtcaggtctaaatttacagaaccagtgagAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14388897 170 +  46489110 tattaaatattttctatgcatcaaatgctgtgcttattactttatatgtgtttcctcatggaattcttataaacctcaagaagaagatttcccatttgcattttattaactaggaaacaaagatactgagcagttaagggtcaggtctgaatttacagaaccagtgagAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-63200.000000
s hg19.chr21     15675168 40 +  48129895 tgtattagagttctccacagaaagagaatcaatagatttc
s rheMac2.chr3  163825806 40 - 196418989 tgtattagagttctccacagaaacagaatcaatagatttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13841660 40 +  48394510 TGTAttagagttctccacagaaggataatcaatagatttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=46476.000000
s hg19.chr21     15675208 21 +  48129895 atatagagagatatagatata
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15675229 134 +  48129895 gagaaatatgaagagagatttaagaaactggctcatctgattgtgggggcaggcaagtgtaatatctgtagaacaggtgggtaaacagaaaactctagcagaagttgatgctgcaatcttgaatctgaaggcaa
s panTro2.chr21  14389128 134 +  46489110 gagaaatatgaagagagatttaagaaactggctcatctgattgtgggggcaggcaagtgtaatatctgtagaacaggtgggtaaatggaaaattctagcaaaagttgatgctgcaatcttgaatccgaaggcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13841721 134 +  48394510 cagaaatatgaagagagatttaagaaactggctcatctgactgtgggggcaggcaagtgtaatatctgtagaacaggtgggcaaacagaaaattatagcagaagttgatgctgaaatcttgaatctgaaggcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163825867 134 - 196418989 cagaaatatgaagagagatttaagaaactggctcatctgattgtaggggcaggcaagtgtaatatctgtagaacaggtgggcaaaccgaaaattctagcagaagttgatgctgctatcttgaatctgaaggcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=352604.000000
s hg19.chr21     15675363 114 +  48129895 tctggaagcagaattccttccccactgaggaacctcagccttttctcttaaggctgtcaactgatttgataaggcccactcatataacagagggcaatctgtctaactcagagt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13841855 114 +  48394510 tctggaagcagaattccttccccactgaggaacctcagtcttttctcttaaggctgtgaactgatttgataaggcccactcatataacagagagtaatctgtctaactcagagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826001 114 - 196418989 tctggaggcagaattccttccccactgaggaacctcagcgttttctcttaaggctttcgactgatttgataaggtccactcatataacagagggtcatctgtctaactcagagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=194056.000000
s hg19.chr21     15675477 87 +  48129895 ttaactgattgaaaagctaacagcatctaagaaataccttcacagaaacatctagactcctgtttgaacaaataactgggccccata
s panTro2.chr21  14389376 87 +  46489110 ttaactgattgaaaatctaacagcatctaagaaataccttcacagaaacatctagactcctgtttgaacaaacaactgggccccata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13841969 87 +  48394510 ttaactgattgaaaagctaacagcatctaagaaataccttcacagaaacatctagactcctgtttgaacaaacaacagggccccata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826115 87 - 196418989 ttaactgattgaaatgctaacagcatctaagaaataccttcacagaaatatctagactcctgtttgaacaaacaactgggccccata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=34757.000000
s hg19.chr21     15675564 31 +  48129895 gccagtcaagcagtcacataaaattaagcat
s panTro2.chr21  14389463 31 +  46489110 gccagtcaagcagtcacataaaattaagcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842056 31 +  48394510 tccagtcaagaagtcacataaaattaagcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826202 31 - 196418989 gccagtcaagcagtcacataaaattaagcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=48142.000000
s hg19.chr21     15675595 93 +  48129895 TGTggccaggcgcagtggctcatgcctgtaatcccagcacttggggagaccaaggcatgtagatcacctgagatcaggagttcgagaccagcc
s rheMac2.chr3  163826233 93 - 196418989 gacagctgggcacggtggcttaagcctataatcccagcacttagggaggccaaggtgtgcagatcacctgaggtcaggaattcgagaccagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842087 93 +  48394510 TGCggccgggtgcagtggctcatgcctgtaatcccagcacttggggagaccaaggcatgtagatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14389494 93 +  46489110 TGTggccgggcgcagtggctcatgcttgtaatcccagcacttggggagaccaaggcatgtagatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=91549.000000
s hg19.chr21     15675688 102 +  48129895 tgggcaacatggagaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaatagctgggcctggtggctcatgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggtaggag
s panTro2.chr21  14389587 102 +  46489110 tgggcaacatggagaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaatagctgggcatggtggctcatgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggtaggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842180 102 +  48394510 tgggcaacatggagaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaatagctgggtgtggtggctcatgcctgtaatcccagctacttgggatgctgaggtaggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826326 102 - 196418989 tggccaacgtggagaaaccccgtctctactaaaaatacgaaaatagctgggcatggtggctcatgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=40666.000000
s hg19.chr21     15675790 62 +  48129895 aatcgcttgaaccagggaggtggaggttgcagtgagctgagatcacgccattgcactccagc
s panTro2.chr21  14389689 62 +  46489110 aatcgcttgaaccagggaggtggaggttgcagtgagctgagatcacgccattgcactccagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842282 62 +  48394510 aatcgcttgaaccagggaggtggaggttgcagtgggctgagatcatgccattgcactctagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826428 62 - 196418989 aatcgcttgaactggggaggtggaggttgccgtgagctaagatcatgccattgcactccaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26354.000000
s hg19.chr21     15675852 35 +  48129895 ctgggcaacaagagcaaaactccacctcaaaaaaa
s rheMac2.chr3  163826490 33 - 196418989 ctgggcaacaagagcaaaactccatctcaaaaa--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842344 33 +  48394510 ctgggcaacaagagcaaaactccacctcaaaaa--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14389751 33 +  46489110 ctgggcaacaagagcaaaactccacctcaaaaa--
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-32187.000000
s hg19.chr21     15675887 38 +  48129895 aaaaaaataaaataaaataaaataaaataaaataaaat
s ponAbe2.chr21  13842377 18 +  48394510 -------------------ataaaaaataaaa-ataaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14389784 16 +  46489110 ----------------------taaaataaaataaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826523 12 - 196418989 -------------------------aaagaaa-aaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=425650.000000
s hg19.chr21     15675925 105 +  48129895 aaaataagcatcgcatagcgctggaatttgaatgtaagtcaattcactctaaagTGT-TTGCAATAAGCCAGTGTAAGATCCTATTTCCCCAAATTTTCTGTCTCA
s panTro2.chr21  14389800 105 +  46489110 aaaataaGCATCGCATAGAGCTGGAATTTGAATGTAAGTCAATTCACTCTAAAGTGT-TTGCAATAAGCCAGTGTAAGATCCTATTTCCCCAAATTTTCTGTCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842395 105 +  48394510 aaaaTAAGCATCGCATAGAGCTGGAATTTGAATGTAAGTCAATTCACTCTAAAGTGT-TTGCAATAAGCCAGTGTAGGATCCTATTTCCCCACATTTTCTGTCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826535 106 - 196418989 aaagtaagcatcgcatagagctggaatttgaatgtaagtcaattcactctaaagTTTAATGCAATAAGCCAGTGTAGGATCCTATTTCCCCACATTTTCTGTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=592918.000000
s hg19.chr21     15676030 47 +  48129895 GAAAATAGTTTACAATCTTAAAACACTAATCAGCTT-CAGAGAATGGC
s rheMac2.chr3  163826641 48 - 196418989 GAAAATAGTTGACAATCTCAAAACGCTAATCAGCTTTCAGAGAATGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842500 48 +  48394510 GAAAATAGTTTACAATCTCAAAACACTAATCAGCTTTCAGAGAATGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14389905 48 +  46489110 GAAAATAGTTTACAATCTCAAAACACTAATCAGCTTTCAGAGAATGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=404557.000000
s hg19.chr21     15676077 35 +  48129895 TTGAAGTACCAAAACATCTGTCGTAAAGAAACTAG
s panTro2.chr21  14389953 35 +  46489110 TTGAAGTACCAAAACATCTGTCGTAAAGAAACTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842548 35 +  48394510 TTGAAGTCCCAAAACATCTATCGTGAAGAAACTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826689 35 - 196418989 TTGAAGTCCCAAAACATCTGTCGTGGAGAAACTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-61600.000000
s hg19.chr21     15676112 10 +  48129895 AAAGGCAGGG
s panTro2.chr21  14389988 10 +  46489110 AAAGGCAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842583 10 +  48394510 AAAGGCAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826724 10 - 196418989 AATGGCAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=341936.000000
s hg19.chr21     15676122 32 +  48129895 AGAAGAGTTTAGCTATAAAGAAAAAGGTAATA
s panTro2.chr21  14389998 32 +  46489110 AGAAGAGTTTAGCTATAAAGAAAAAGGTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842593 32 +  48394510 AGAAGAGTTTAGCTATAAAGAAAAAGGTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826734 32 - 196418989 AGAAGAGTTTAGCTATAAAGAAAAAGGTAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1278197.000000
s hg19.chr21     15676154 210 +  48129895 GGTAGAAGTGAGAGTTGG-TCAGCAGGAAGAGTGACAGAACTGAGCTAGACGGAAACTGTCTATGGAGTTCTATGGAGTTCGTGCCTTACAGCTGGGATGTTGCCAGAGTCTGGCTCAGAAATAAGCTATTGGAGGTGGTGGAGACATAAGACTGGGGAATGGTCATTCCCTCCTTCTGCTCCGCTCCCACCCCCAAAATACCGCAATTT-A
s panTro2.chr21  14390030 211 +  46489110 GGCAGAAGTGAGAGTTGGGTCAGCAGGAAGAGTGACAGAACTGAGCTAGACAGAAACTGTCTATGGAGTTCTATGGAGTTCGTGCCTTACAGCTGGGATGTTGCCAGAGTCTGGCTCAGAAATAAGCTATTGGGGGTGGTGGAGACATAAGGCTGGGGAATGGTCATTCCCTCCTTCTGCTCTGCTCCCACCCCCAAAATACCGCAATTT-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842625 212 +  48394510 GACAGAAGTGAGAGTTGGGTCAGCAGGAAGAGTGACAGAACTGAGCTAGATGGAAACTGTCTATGGAGTTCTATGGAGTTCGTGCCTTACAGCTGGGATGCTGCCAGAGTCTGGCTCAGAAATAAGCTATTGGGGGTGGTGGAGACATAAAGCTGGGGAATGGTCATTCCCTCCTTCTGCTCTGCTCCCACCCCCAAAATACCTCAATTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163826766 207 - 196418989 GACAGAAGTGAGAGTTGGATCAGCAGGAAGAGTGACAGAAGTGAGCTAGACAGAAGCTGTCTATGGAGTTCTATGGAGTTCGTGCCTTACAGCTGGGATGTTGCCAGAGTCTGGCTCGGAAATAAGTTACTGGGGGTGGTGGGGACATAAGGCTGGG---TGGTCATTCCCTCCTTCTGCTCTGCT-CCACCCCCAAAATACCACAATTT-A
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=216096.000000
s hg19.chr21     15676364 118 +  48129895 AGAAAATATTCTGATTCAGTCAAAGTGGAAGCAATTTAGTTTTCTTTATGGTTGTACCATCATTTTTTATCTTCACGATtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtttgtttgtatg
s rheMac2.chr3  163826973 110 - 196418989 AGAAAATATTCTGATTCAGTCTAAGTGGAAGCAATGCAATTTTCTTCATGGTTGTACCATCATTTTTTATCCTCACAATTTTGTGTGTGTGTGT--------GTTACTTGTTTGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842837 112 +  48394510 GGAAAATATTCTGATTCAGTCAAAGTGGAAGCAATTTAGTTTTCTTTATGGTTGTACGATCATTTTTTATCTTCAAAATTTTGTGTGTGTGTGT------GTGTTATTTGTTTCTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14390241 108 +  46489110 AGAAAATATTCTGATTCAGTCAAAGTGGAAGCAATTTAGTTTTCTTTATGGTTGTACCATCATTTTTTATCTTCACGATTGTGTGTGTGTGTGT----------TATTTGTTTGTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-755.000000
s hg19.chr21     15676482 14 +  48129895 tgtgAGTTTTTTTC
s panTro2.chr21  14390349 14 +  46489110 TGTCCATTTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842949 14 +  48394510 TGTGTATTTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163827083 14 - 196418989 TGTGCATTTTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36416.000000
s hg19.chr21     15676496 42 +  48129895 TTCTATGATATAGATTGGCAGATCATTATCGTGTGACTCA-TT
s rheMac2.chr3  163827097 40 - 196418989 TTCTATGATATAGATTGTCAGATAATTAT--TGTGACTCA-TT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13842963 43 +  48394510 TTCTATGATATAGATTGTCAGATCATTATCATGTGACCCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14390363 42 +  46489110 TTCTATGATATAGATTGTCAGATCATTATCGTGTGACTCA-TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1576469.000000
s hg19.chr21     15676538 55 +  48129895 TACAGATCCTCAAACTTTATGCA-TGGGAACCCTCCTATAAAAATAAGATTATCAA
s rheMac2.chr3  163827137 55 - 196418989 TACAGATCCTCAAACTTTATGCA-TGGGAACCCTCTTATAAAAATAAGATTATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843006 55 +  48394510 TACAGATCCTCAAACTTTATGCA-TGGGAACCCTTCTATAAAAATAAGATTATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14390405 56 +  46489110 TACAGATCCTCAAACTTTATGCAATGGGAACCTTCCTATAAAAATAAGATTATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2208867.000000
s hg19.chr21     15676593 97 +  48129895 AATTCGAGATCAGGAATTGGAATTTCAAAAATCAGCTAGGTATCTTACTGTATTTTCCATGTTGACATTAACCTGCATTCCATTCTTGGTGAGTGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843061 97 +  48394510 AATTCGAGATCAGGAATTGGAATTTCAAAAATCAGCTAGGTATCTTACTGTATTTTCCATGTTGACATTAACCTGCATTCCATTCTTGGTGAGTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163827192 97 - 196418989 AATTCGAGATCAGGAATTGGAATTTCAAAAATCAGCCAGGTATCTTACTGTATTTTCCATGCTGACATTAACTTGCATTCCATTCTTGGTAAGTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=591697.000000
s hg19.chr21     15676690 60 +  48129895 TGTCATATTTCCTGTTTTGATTTTCAAATCTGATTTACAGATTTACCTCCAAATTACTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843158 60 +  48394510 TGTCATATTTCCTGTTTTGATTTTCAAATCTGATTTACAGATTTACCTCCAAATTACTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=178618.000000
s hg19.chr21     15676750 49 +  48129895 GAATTAAGATGTATAAAGTTAAATATTATGTATCTGAATTAAAATTGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843218 49 +  48394510 GAATTAAGATGTATAAAGTTAAATATTATGTATCTGAATTAAAATTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163827349 49 - 196418989 GAATTAAGATGTATAAAGTTAAATATTATGTATCTGAATTAAAATTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=223629.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-44844.000000
s hg19.chr21     15676855 18 +  48129895 AAAATACTGTATG-TGTTT
s panTro2.chr21  14390723 18 +  46489110 AAAATACTGTATG-TGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843323 18 +  48394510 AGAATACTGTATG-TGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163827455 19 - 196418989 AAAATACTGTATGTTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=94358.000000
s hg19.chr21     15676873 41 +  48129895 TCATTGGTCTGTATTTTTTAAACACAATAAGATTTACTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=369558.000000
s hg19.chr21     15676914 36 +  48129895 CTGTAAATTTCTCAGAGATTTTTCATATATGCCTAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843382 36 +  48394510 CTGTAAATTTCTCAGAGATTTTTCATATATGCCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14390782 36 +  46489110 CTGTAAATTTCTCAGAGATTTTTCATATATGCCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=509217.000000
s hg19.chr21     15676950 50 +  48129895 ATCTCTTAAAAATATAATCTACATTTCAGAGTTTCATTCCAGTTTTAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843418 50 +  48394510 ATCTCTTAAAAATATAATCTACATTTCAGAGTTTCATTCCAGTTTTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=94580.000000
s hg19.chr21     15677000 24 +  48129895 CTTGATATGTATGACTGATTCCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14390892 73 +  46489110 TTAAGCAGACTCAAAGGGCATATTATATGGAGATGAGaagagaagcaacatttattgagttgttactgaatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843492 73 +  48394510 TTAAACGGACTCAAAGGGCATATTATACGGAGATGAGaagagaagcaacatttattgagttgttactgaatgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163827623 73 - 196418989 TTAAGCAGACTCAAAGGGCACATTATATGGAGGTGAGaagagaagcaacatttattgcgttgttactgaatgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14390965 36 +  46489110 cagggaagttacatacattgcc-ttatttcaatctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163827696 37 - 196418989 caggaaagttacatacattgcctttttttcaatctcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=430976.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=667440.000000
s hg19.chr21     15677166 75 +  48129895 gatgaaatggaagtccagagtagttggaaacatcctcaaagttataaaattggtatttagaggcaaaTTGACATG
s panTro2.chr21  14391034 75 +  46489110 gatgaaatggaagtccagagcagttggaaacatcctcaaagttataaaattagtaTTTAGAGGCGAATTGACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163827766 75 - 196418989 gacaaaatggaagtccagagtagttggaaacatcctcaaagttacaaaattagtatttagaggcgaactgacatG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15677241 141 +  48129895 AAGTGACATTATTCTCTTTC--TATTACACCA--TAAACATTGGGAATCCCATGCTATTTTAACTAGAATATAAATTGccttgggatatgaagccatgggcaaaagccaaaggaaaagcaagccacatataaccggagcatcagt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163827984 124 - 196418989 TTGAATCAAAGTTGCCACTCTATGTAGataattaattttttttaatttCAACAAAAGTGAGTCTTATGGAAGCAAATGCAATATTTACATTTGGAATACTTTGGTAAAACCATCCAAGATGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13843852 124 +  48394510 tttaatcaaagttgccactctatgttgataattaatttttttgtatttcaacaaacgtgagtattatggaagtgaatgcaatatttacatTTGGAATATGTTGGTAAAACCATCCAAGATGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14391250 123 +  46489110 TTTAATCAAAGTTGCCACTCTATGTTGATAATTAATTTTTT-GTATGTCAGCAAACGTGAGTATTATGGAAGTGAATGCAATATTTACATTTGGAATACATTGGTAAGACCATTCAAGATGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163828108 68 - 196418989 TTGCTTAAGCCAGGACTATATATATGATAGTTAAGTCCATTCGCATGCATGAATGATTTTTTTCTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15677573 31 +  48129895 TTTTCTAGATGAAACTTATAAGAACGAATAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163828277 23 - 196418989 ATATATGTCAGAATGTATGCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15677743 49 +  48129895 ACTGGTTTACAATGTAAATGGGAATAATAACTGTGGTAAGAATATAACA
s rheMac2.chr3  163828347 48 - 196418989 ACTGGTTTACAATATAAATGGTAATAATAACTGTGGTAAGGGTATAAC-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13844214 48 +  48394510 ACTGGTTTACAATGTAAATGGGAATAATAACTGTGGTAAGAATATAAC-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14391608 49 +  46489110 ACTGGTTTACAATGTAAATGGGAATAATAACTGTGGTAAGAATATAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=86387.000000
s hg19.chr21     15677792 22 +  48129895 TGTCTTACAAGAAAAGCGCTGG
s panTro2.chr21  14391657 22 +  46489110 TGTCTTACAAGAAAAGTGCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13844262 21 +  48394510 -GTCTTACAAGAAAAGCGCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163828395 21 - 196418989 -ATCTTAAAAGAAAAACGCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15677814 34 +  48129895 ACCACATGGTCTCAAGGATGTCATTGTCCGAGAT
s ponAbe2.chr21  13844283 34 +  48394510 ACCACATGGTCTCAAGGATGTCATTGTCCAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163828416  0 - 196418989 C

a score=70174.000000
s hg19.chr21     15677848 27 +  48129895 ACATGAGTTTATGACCCTTACTAAAAT
s panTro2.chr21  14391713 27 +  46489110 ACATGAGTTTATGACCCTTACTAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13844317 27 +  48394510 ACATGAGTTTATGACCCGTACTAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163828416  0 - 196418989 C

a score=347108.000000
s hg19.chr21     15677875 42 +  48129895 ATATTTTATGTTCTTCAGCAAGAGTACTAAATTTCAGGAAAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14391740 42 +  46489110 ATATTTTATGTTCTTCAGCAAGAGTACTAAATTTCAGGAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163828416  0 - 196418989 C

a score=55232.000000
s hg19.chr21     15677917 47 +  48129895 AAACACAATTATTTAGATTTTATTTTCTAATTTTGGGGACTGTAACT
s rheMac2.chr3  163828416 47 - 196418989 AAACAAAATTATTTAGATTTTATTTTCTAATTTTGGGGACTGTAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13844386 47 +  48394510 AAACACAATTATTTAGATTTTATTTTCTAATTTTGAGGACTGTAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14391782 47 +  46489110 AAACACAATTATTTAGATTTTATTTTCTAATTTTGGGGACTGTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-211474.000000
s hg19.chr21     15677964 12 +  48129895 AATAATGTT---ATC
s rheMac2.chr3  163828463 12 - 196418989 AATAATGTT---ATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13844433 15 +  48394510 AATAATGTTGTTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14391829 15 +  46489110 AATAATGTTGTTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15677976 28 +  48129895 AGTAGAAATTTGAAGAAA-----ATAACACATC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13844448 28 +  48394510 AGTAGAAATTTGAAGAAA-----ATAACACATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=856997.000000
s hg19.chr21     15678004 42 +  48129895 TCTATTTTTTAGGTGTCCCTGGCAACCTTGTGTGTCTATTTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2502670.000000
s hg19.chr21     15678046 81 +  48129895 TTACTGGATGAAGGAAACATTTTAACAGCCACTAAAGTGTTCACATCGATGTCTTTGTTTAATATTTTAAGGATTCCTCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163828550 81 - 196418989 TTACTGGATGAAGGAAACATTTTAACAGCCACTAAAGTGTTCACATCTATGTCTTTGTTTAATATTTTAAGGATTCCTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=859376.000000
s hg19.chr21     15678127 50 +  48129895 TTTGAGTTACCAACCGTGATCTCAGCTGTGGTCCAGGTACATACAGAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=51200.000000
s hg19.chr21     15678177 13 +  48129895 CCTTAAACTAGGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-374853.000000
s hg19.chr21     15678190 72 +  48129895 ATTATTCCTTTACTGGAGTCTATGGTTTGTGACattttatttctttgtctttttaattttattttatttcac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=307650.000000
s hg19.chr21     15678262 43 +  48129895 tttatGTAGTTGTTTAACACTGCATTCAAAATTAGTTTTCCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=51601.000000
s hg19.chr21     15678305 14 +  48129895 AATTAAGGAATAAT
s panTro2.chr21  14392173 14 +  46489110 AATTAATGAATAAT
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a score=283835.000000
s hg19.chr21     15678319 56 +  48129895 AGAGAACATTATAGAATAAAAA-GAATCATGTCTTCCTTGCTTGTGCTTTTTTTCCA
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a score=-23770.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=17390.000000
s hg19.chr21     15681140 16 +  48129895 ATTTTGGAAGGGTAGG
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a score=24254.000000
s hg19.chr21     15681156 6 +  48129895 TGTTTG
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s hg19.chr21     15681210 21 +  48129895 ATACAGTGACTTATCTAGGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163831789 16 - 196418989 TCTCCCTTTCTTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1124507.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=488270.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=269250.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=817786.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=318527.000000
s hg19.chr21     15681585 20 +  48129895 ATGGGTAGATTAATGACAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=2448168.000000
s hg19.chr21     15681605 102 +  48129895 ATTCTGTTCTCCAAATACTTCAGCAAATCATTTATAAATGCTTATGGTAATTGTTTGATGATATTAACTGAATTGCAACCAATTATAGAGAAAAGAATGTGA
s rheMac2.chr3  163832123 102 - 196418989 ATTCTGTTCTCCAAATACTTCAGCAAATCATTTGTAAATGCTTATGGTAATTGTTTGATGATATTAACTGAATTGCAACCAATTATAGAGAAATGAATGTGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15681707 39 +  48129895 TTTATATTGTAATTTGATTAGGTTTCTATGTATTATTCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=379084.000000
s hg19.chr21     15681930 30 +  48129895 ATAAGAATAAGAATTGAACAAGTTCTTAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=302256.000000
s hg19.chr21     15681960 52 +  48129895 CAGCTTTCTCTTTTTGAAACAGTAGACTACCCGGTGAGTTTTTCCTTACGTG
s panTro2.chr21  14395841 52 +  46489110 CAGCTTTCTCTTTTTGAAACAGTAGACTACCCAATGAGTTTTTCCTTACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163832478 52 - 196418989 CAGCTCTCTCTTTTTGAAACAGTAGACTACCCAATGAACTTTTCCTTAGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15682012 140 +  48129895 TAATCAACTCTTAGGTAAAATAC-TAAGTAGCCCA-TCTTTTCTTCTTACCTGTGACAAGATGAATAAGCTCTGTGTATCCTGAGATCAGTATCTCTTCACTCTGTTATTTTTTCTTTCCTCTCTGGGAAAAATCAACTCTA
s panTro2.chr21  14395893 141 +  46489110 TAATCAGCTCTTAGGTAAAATAC-TAAGTAGCCCAATCTTTTCTTCTTACCTGTGACAAGATGAATAAGCTCTGTGTATCCTGAGATCAGTATCTCTTCACTCTCTTATTTTTTCTTTCCTCTCTGGGAAAAATCAACTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13848486 141 +  48394510 TAATCAACTCTTAGGTAAAATAC-TAAGTAGCCCAATCTTTTCTTCTTACCTGTGACAAGATGAATAAGCTCTATGTATCCTGAGATCAGTATCTCTTCACTCTCTTATTTTTTCTTTACTCTCTGGGAAAAATCAACTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163832530 141 - 196418989 TAATCAACTCTTAGGTAAAACACTTAAGTAGCTCAATCTTTCCTTCTTACCTGTGACAAGATGAACAAGCTCTATGTAT-CTGAGATCAGCATCTCTTCACTGTATTATTTTTTCTTTCCTCTCTGGGAAAAATCAACTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1842.000000
s hg19.chr21     15682152 29 +  48129895 ACTCCTTTTATTTTTCCTCATATATTTCT
s panTro2.chr21  14396034 29 +  46489110 ACTCCTTTTATTTTTCCTCATATATTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13848627 29 +  48394510 ACTCCTTTTATTTTTCCTCGTATATTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163832671 29 - 196418989 ACTCCTTTTATTTTTCCTCACATCTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218398.000000
s hg19.chr21     15682181 47 +  48129895 TTATACTCTTACATCTTTCCTGATTCCAGTCCTTTAGTGACTAAATT
s panTro2.chr21  14396063 47 +  46489110 TTATACTCTTATATCTTTCCTGATTCCAGTCCTTTGGTGACTAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13848656 47 +  48394510 TTATACCCTTATATCTTTCCTGATTCCAGTCCTTTGGTGACTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163832700 46 - 196418989 TTCTACCTTTATATCTTTCCTGATTCCAGTCCTTTGGTGACT-ATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=605717.000000
s hg19.chr21     15682228 79 +  48129895 TTTGTTATTCTCTTTTATCTCGGCATGACCGTTACCTAGTCTAGGGCCAAATATGATTCCTATGACTTTTTCTAATAAA
s panTro2.chr21  14396110 79 +  46489110 TTTGTTATTCTCTTTTATCTCGGCATGACTGTTACCTAGTCTAGGGCCAAATATGATTCCTATGACTTTTTCTAATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13848703 79 +  48394510 TTTGTTATTCTTTTTTATCTCGGCATGACTGTTACCTAGTCTAGGGCCAAATATGATTCCTATGACTTTTTCTAATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163832746 79 - 196418989 TTTGTTATTCTTTTTTATCTCGGCATGACTGTTACCTAGTCTAGGGCCAAATATGATTCCTGTGACTTTTTCTGATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297283.000000
s hg19.chr21     15682307 45 +  48129895 ATTGCACTTAATGAACACCACTATTTTTAAGCCTTAAATATACTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13848782 45 +  48394510 ATTGCACTTAATGAACACCACTATTTTTAAACCTTAAATATACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=692689.000000
s hg19.chr21     15682352 77 +  48129895 TCTTTGTAGCACTATGCTGTTTGTAGCAATTGCAATTAGCCATTTCTCTGCAGTTCAAGATAGCTGTACCTTTTACT
s panTro2.chr21  14396234 77 +  46489110 TCTTTGTAGCACTATGCTGTTTGTAGCAATTGCAATTAGCCATTTCTCTGCAGTTCAAGATAGCTGTACCTTTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13848827 75 +  48394510 TC--TGTAGCACTATGCTGTTTGTAGCAATTGCAATTAGCCATTTCTCTGCAGTTCAAGATAGCTGTACCTTTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163832870 77 - 196418989 TCTTTGTAGCACTATGCTGTTTGTAGCAATTGCAATTAGCCATTTCTCTGCAGTTCAGGATAGCTGTACCTTTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1378746.000000
s hg19.chr21     15682429 162 +  48129895 TGGGTGTACATTACAAACATAATGAGTGTCatattaattttatttttatttaG-TTTTTTCAGCTATTttcactaagcagttactgagcccatgctatgtacctagcactttctgccagagaagtaaacgtgaataagatatgcccctcttctttcaaaagtc
s panTro2.chr21  14396311 162 +  46489110 TGGGTGTACATTACAAACATAATGAGTGTCatattaattttatttttatttaG-TTTTTTCAGCTATTttcactaagcaattactgagcccatgctatgtacctagcactttctgccagagaagtaaacgtgaataagatatgcccctcttctttcaaaggtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13848902 162 +  48394510 TGGGTGTACATTACAAACATAATGAGTGTCatattaattttatttttatttaG-TTTTTTCAGCTATTttcattaagcaattactgagcccatgctatgtgcctagcactttctgccagagaagtaaacgtgaataagatatgcccctcttctttcaaaggtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163832947 148 - 196418989 TGGGTGTACATTACAAACATAATAAGTGTCATATTAATTTCATTTTTATTTAGTTTTTTTCAGCTA-TTTCACTAAGGAATTACTGAGCctatgctatg--------------tgccagagaagtaaacgtgaataagatatgcccctcttctttcaaaggtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=278959.000000
s hg19.chr21     15682591 35 +  48129895 atagtctagtgagggaaatgcaataatcaattata
s panTro2.chr21  14396473 35 +  46489110 atagtctagtcagggaaatgcaataatcaattata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13849064 35 +  48394510 atagtctagtgacggaaacaccataatcaattata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163833095 35 - 196418989 atagtgtagtgagggaaataCCATAATCAATGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111087.000000
s hg19.chr21     15682626 52 +  48129895 aaaaggtctaaatcagatataaaaaatgaattaaagc-aaaaaaacaacaaat
s panTro2.chr21  14396508 52 +  46489110 aAAAGGTCTAAATCAGATATAAAAAATGAATTAAAGC-AAGAAAACAACAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13849099 53 +  48394510 aaaaagtctaaatcagatataaaaaatgaattaaagcttaaaaaacaaccaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163833130 53 - 196418989 AAAAGGTCTAAATCAGATATGAAAAATGAATTGAGGCATAAAAAACAACAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=267447.000000
s hg19.chr21     15682678 44 +  48129895 tctgcttcgaagagttcgaaaaagaatctgagaggag----gtcgctc
s panTro2.chr21  14396560 48 +  46489110 TCTGCTTCAAAGAGTTCGAAAAAGAATCTGAGAGGAGACCAGTCGCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163833183 44 - 196418989 TCTGCTTCAAAGAGCTCGAAAAAGAATCCAAAAGGAG----GTCGCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15682722 32 +  48129895 tttatctgatcttgaaaaataattagaaattg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15683072 36 +  48129895 AAGTAAAAAGATATTATCTGTTTTTATAACTGGTCA
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s hg19.chr21     15683108 69 +  48129895 TTGGCCTTCAGGAAGATTTTGACCTGGATAAATGGCAGGATTTGAAGTATCACACTCTGAATTATTTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163833682 65 - 196418989 CCAAATACTTTTTATTCAGAATTTATATCATCCTGATTATCTCTATTGAAGTAAAATTAACATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163833747 36 - 196418989 TAGTGGCATTTTCAAAGTGCTTTTGTGTGCACTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15683278 42 +  48129895 TATTTTTCGGTTTTTCAGATGATTACTTTTTTGAGGCATATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-125890.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199107.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13850005 34 +  48394510 AATGTTTTCATTTGTATGTGAAAGGAAATAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15683567 81 +  48129895 AAAAGAACATTTACATCTCTGTGAAAATTGATCAACTCTTTTTCAACTGTTTTAATACCAATGAAAGGCCATACCTCTTAA
s rheMac2.chr3  163834072 30 - 196418989 AAGCGAACATTTACATCTCTATGAAAATTG---------------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14397453 81 +  46489110 AAAAGAACATTTACATCTCTATGAAAATTGATCAACTCTTTTTCAACTGTTTTAATACCAATAAAAGGCCAATACTCTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163834102 148 - 196418989 ---------TAGTTTCTGTTTTCTCATGTTCTTCAGTCTCTTCTCCTTTGTTTTTCATCCTGTGCACTGCTCAACTTGTTTAATACATAGCAAGTATTCAAAATATCGACCACTCACATGCTGATTTAATATGCAATTCAAAGCACAGTTTAGATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13850120 157 +  48394510 TGTAGTATTTAGTTTCTGTTTTCTCATGTTCTTCAGTCTCTTCTCCTTTGTTTTTTATCCTCTGCACTGCTCAACTTGCTTAATACATAGCAAATATTGAAAATATCAATCAGTCACGTGCTGATTTAATATGCAATTCAAAGCAAAGTTTAGATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14397534 157 +  46489110 TGTAGTATTTAGTTTCTGTTTTCTCATGTTCTTCAATCTCTTCTCCTTTGTTTTTTATCCTCTGCACTGCTCAACTTGCTTAATACATAGCAAATATTGAAAATATCTATCAGTCATGTGCTGACTTAATATGCAATTCAAAGCAAAGTTTAGATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=577482.000000
s hg19.chr21     15683805 29 +  48129895 TTCACTTCACAAGGCAATTTGATAACAAT
s panTro2.chr21  14397691 29 +  46489110 TTCACTTCACAAGGCAATTTGAGAACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163834250 29 - 196418989 TTCACTTCACAAGGCAATTTGAGAACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=723763.000000
s hg19.chr21     15683834 31 +  48129895 TCCTTTTGTGTTCAAGATcaggtcagatcag
s panTro2.chr21  14397720 31 +  46489110 TCCTTTTGTGTTCAAGATCAGGTCAGATCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13850306 31 +  48394510 TCCTTTTGTGTTCAAGATcaggtcagatcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2377737.000000
s hg19.chr21     15683865 117 +  48129895 aattatattgtttttgatcaaaagccattctgtgtcttacatactcaacaaagaagaattataagttaatctttCACCTTTAAAGTAGTAGGTAGAAATCAAAAGGCTAATAATGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13850337 117 +  48394510 aattatattgtttttgatcaaaagccattctgtgtcttacatactcaacaaagaagaattataagttcatctttgacctttaaagtggtaggtagaaatcaaaaGGCTAATAATGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163834310 117 - 196418989 AACTATCTTGTTTTTGATCAAAAGCCATTCTGTGTCTTACATACTCAACAAAGAAGAATTACAAGTTAATCTTTGATCTTTAAAGTAGCAGGTAGAAATCAAAAGGCTAATAATGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1974509.000000
s hg19.chr21     15683982 151 +  48129895 TGCACATGTGTGTATATCAGAAAGTACTTTAAGTGTCTGGTATTGTTACAGAGTGTGGAGTACTTAAAATACTAAATCAATGTTTGGATTGAGTCCATGGGGCAGATTGAAAGGTAGGCCACTAGTGCAAATACTGTGGGTTCTTTTTCTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13850454 151 +  48394510 TGCACATGTGTGTATATCAGAAAGTACTTTAAGTGTCTGGTATTGTTACAGAATGTGGAGCACTTAAAATACTAAATCAATGTTTGGATTGAGTCCATGGGGCAGATTGAAAGGTAGGCCACTAGTGCAAATACTGTGGGTTCTTTTTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14397868 149 +  46489110 TGCACATGTGTGTATATCAGAAAGTACTTTAAGTGTCTGGTATTGTTA--GAGTGTGGAGTACTTAAAATACTAAATCAATGTTTGGATTGAGTCCATGGGGCAGATTGAAAGGTAGGCCACTAGTGCAAATACTGTGGGTTCTTTTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=568721.000000
s hg19.chr21     15684133 63 +  48129895 GAAAAGAAGGGTTAGTTGAGAAGATATTTTATGCAGCAGACTGTCATATATTTAAAAATCATT
s panTro2.chr21  14398017 63 +  46489110 GAAAAGAAGGGTTAGTTGAGAAGATATTTTATGCAGCAGACTGTCATATATTTAAAAATCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88074.000000
s hg19.chr21     15684196 24 +  48129895 TCAAGGTATAAAATCATAAAAAAT
s panTro2.chr21  14398080 24 +  46489110 TCAAGGTATAAAATCATAAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13850668 24 +  48394510 TCAAGGTATAAAATCATAAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2361
s rheMac2.chr3  163834641 24 - 196418989 TCAAGGTATAAAATCATAAAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-8233.000000
s hg19.chr21     15684220 40 +  48129895 AAATTTGGGATCAGTGGTTAATGTGTAACACACGGAGATT
s panTro2.chr21  14398104 40 +  46489110 AAATTTGGGATCAGTGGTTAATATATAACACACGGAGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853053 40 +  48394510 AAATTTGGGATCAGTGGTTAATGTATAACACACGGAGATT
i ponAbe2.chr21 I 2361 C 0
s rheMac2.chr3  163834665 40 - 196418989 AAATTTGGGAGCAGTGGTTAATGTATAATACACGGAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=91679.000000
s hg19.chr21     15684260 41 +  48129895 TGCCACCCAGATCCTCCTATTAGTTAAGACTTCTACAAGTC
s panTro2.chr21  14398144 41 +  46489110 TGCCACCCAGATCCTCCTATTAGTTAAGACTCCTACAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853093 41 +  48394510 TGCCACCGAGATCCTCCTATTAGTTAAGACTTCTACAAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163834705 41 - 196418989 TGCCACCCAGATCCTCCTACTAGTTAGGACTTCTACAAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63640.000000
s hg19.chr21     15684301 31 +  48129895 CCAGCTGTGGGAGTATGAACAGGAAGTCATC
s panTro2.chr21  14398185 31 +  46489110 CCAGCTGTGGGAGTATGAACAGGAAGTCATC
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s ponAbe2.chr21  13853134 31 +  48394510 CCAGCTGTGGGAGTATGAACAGGAAGTCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163834746 31 - 196418989 CCAGCTGTGGGAGTATGAACAGGAAGTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=33831.000000
s hg19.chr21     15684332 50 +  48129895 TCCTTCAAGGTTGGCCTGGACTTCAGATAGTGACCTgtcccagggtccca
s panTro2.chr21  14398216 50 +  46489110 TCCTTCAAGGTTGGCCTGGACTTCAGATAGTGGCCTGTCCCAGGGTCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853165 50 +  48394510 TCCTTCAAGGTTGGCCTGGACTTCAGGTAGTGGCCTGTCCCAGGGTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163834777 50 - 196418989 TCCTTCAAGGTTGGCCTGGACTTCAGATAGTGGCCTGTCCCAGGGTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=97817.000000
s hg19.chr21     15684382 103 +  48129895 cttttgctcagcctgacttgggacagctctgatgaccagttctcttccatggcactctggaggattggccaaagctttcttggttctgtatcacatctgcatc
s rheMac2.chr3  163834827 103 - 196418989 CTTTTGctcagcctgacttgggacagctctgatgaccaattctcttccatggctctccggaggattggccaaagttttcttggttctgcatcacatccgcatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853215 103 +  48394510 CTTTTGctcagcctgacttgggacagctctgatgaccaattctcttccagggcactctggaggattggccaaagctttcttggttctgcatcacatctgcatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398266 103 +  46489110 CTTTTGctcagcctgacttgggacagctctgatgaccaattctcttccatggcactctggaggattggccaaagctttcttggttctgtatcacatctgcatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=408421.000000
s hg19.chr21     15684485 91 +  48129895 tgtggcttctccctctgcctaatcttccctcttcctttccttccacaggggttgatcccaaataaacaacttgagccccaaaatctgattc
s panTro2.chr21  14398369 91 +  46489110 tgtggcttctccctctgcctaatcttccctcttcctttccttccacaggggttgatcccaaATAAACAACTTGAGCCCCAAAATCTGATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853318 91 +  48394510 tgtggcttctccctctgcctaatcttccctcttcctttccttccacaggggttgatcccaaataaacaacttgggccccaatatctgattc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163834930 91 - 196418989 tgtggcttctccctctgcctaatcttccctcctcctttccttccacaggggttgatcccaaacaaacaacttggaccccaaaatctgattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=601770.000000
s hg19.chr21     15684576 73 +  48129895 agtgttatagactgaattgtgttcccccaaaattcatatgttgaagttctaattcccagtacctcagaatgtg
s rheMac2.chr3  163835021 73 - 196418989 agtgttacagactgaattgtgttcccccaaaattcatgtgttgaagttctaattcccagtacctcagaatgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853409 73 +  48394510 agtgttatagactgaattgtgttcccccaaaattcatatgttgaagttctaattcccagtacctcagaatgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398460 73 +  46489110 AGtgttatagactgaattgtgttcccccaaaattcatatgttgaagttctaattcccagtacctcagaatgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=278000.000000
s hg19.chr21     15684649 54 +  48129895 actgtatttggacacaaggtctctaaagagctagttaagttaaaataacctcat
s rheMac2.chr3  163835094 54 - 196418989 actgtatttggacacagggtctttaaagagctagttaagttaaaacaagttcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853482 54 +  48394510 actgtatttggacacaaggtctttaaagagctagttaacttaaaataagctcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398533 54 +  46489110 actgtatttggacacaaggtctctaaagagctagttaagttaaaataagctcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=113373.000000
s hg19.chr21     15684703 53 +  48129895 taaggtgggttctaattcaatatcactggtgtccttataagaggaattagcat
s rheMac2.chr3  163835148 53 - 196418989 taaggtgggtcctaattcagtatcactggtgtccttataagaggaattaggac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853536 53 +  48394510 taaggtgtattctaattcaatatcactggtgtccttataagaggaattagcgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398587 53 +  46489110 taaggtgggttctaactcaatatcactggtgtccttataagaggaattagcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=165061.000000
s hg19.chr21     15684756 79 +  48129895 acacacacacacacacaca--------------------aagagggagagagagagagaccatgtgaaacacaagaaaattacaatcatcaacaagctg
s rheMac2.chr3  163835201 99 - 196418989 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacggagagagagagaccatgtgaaacacgagaaaattacaatcatcaacaagctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853589 97 +  48394510 gcacacacacacacacaca--cacacacacacacacacacagagggagagagagagacaccatgtgaaacacgagaaaattacaatcatcaacaagctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398640 83 +  46489110 acacacacacacacacaca----------------cacaaagagggagagagagagagaccatgtgaaacacaagaaaattacaatcatcaacaagctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=334786.000000
s hg19.chr21     15684835 60 +  48129895 aagagagtagcctcagtagaaatcaaccttgctaacacctgatttcggacttctagcctc
s panTro2.chr21  14398723 60 +  46489110 aagagagtagcctcagtagaaatcaaccttgctaacacctgatttcggacttctagcctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853686 60 +  48394510 aagagagtggcctcagaagaaatcaaccttgctaacacctgatttcggacttctagcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835300 60 - 196418989 aagagagtggcctcagtagaaatcaaccttgctaacacctgatttcaaacatctagcctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=308760.000000
s hg19.chr21     15684895 42 +  48129895 cagaattgtgagaataaatttccattgtttaagccacccagt
s panTro2.chr21  14398783 38 +  46489110 cagaattgtgagaatacatttccattgtttaagcca----gt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853746 42 +  48394510 cagaattgtgagaataaatttccattgtttaagccacccatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835360 42 - 196418989 cagaattgtgagaataaatttccattgtttaagccacccagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=125615.000000
s hg19.chr21     15684937 41 +  48129895 ccatggtatgttgttattgcagctctagcaaactaccacac
s rheMac2.chr3  163835402 41 - 196418989 ccatggtatgttgttattgcaactctagcaaactaacacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853788 41 +  48394510 ccatggtatgttgttactgcagctctagcaaactaccacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398821 41 +  46489110 ccatggtatgttgttattgcagctctagcaaactaccacaC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=148082.000000
s hg19.chr21     15684978 14 +  48129895 tctgcatctgcttc
s rheMac2.chr3  163835443 14 - 196418989 tcagcatctgcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853829 14 +  48394510 tctgcatctgcttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398862 14 +  46489110 TCTGCATCTGCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=394908.000000
s hg19.chr21     15684992 61 +  48129895 cagagaataccactagagacaGATAACTTAGATAGAAGCTACAGTGAAAGTAAATAAGAAG
s rheMac2.chr3  163835457 61 - 196418989 cagagaaTACCACTTTAGACAGATAATTGAGATAGAAGCTACAGTGAAAGTAAATAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853843 61 +  48394510 cagagaataccactagagacaGATAACTTAGATAGAAGCTATAGTGAAAGTAAATAAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398876 61 +  46489110 CAGAGAATACCACTAGAGACAGATAACTTAGATAGAAGCTACAGTGAAAGTAAATAAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=110008.000000
s hg19.chr21     15685053 11 +  48129895 CACAAAGTAAC
s rheMac2.chr3  163835518 11 - 196418989 CACAAAGTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853904 11 +  48394510 CACAAAGTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398937 11 +  46489110 CACAAAGTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-228251.000000
s hg19.chr21     15685064 34 +  48129895 TCATTTGGAGGAAATTCCAATAAAAC--ATAAAATA
s panTro2.chr21  14398948 34 +  46489110 TCATTTAGAGGAAATTCCAATAAAAC--ATAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853915 36 +  48394510 TCATTTGGAGGAAATTCCAATAAAACATATAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835529 36 - 196418989 TCATTTGGAGGAAATTCCAGTAAAACATATAAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-193716.000000
s hg19.chr21     15685098 22 +  48129895 TGGTGCCATGATCtatataatt
s rheMac2.chr3  163835565 22 - 196418989 TGGTGCCATGATCTATGTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853951 22 +  48394510 TGGTGCCATGATCtatataatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14398982 22 +  46489110 TGGTGCCATGATCtatataatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-792259.000000
s hg19.chr21     15685120 42 +  48129895 atatttatctatattaaattttttatttctattttaaaGCTA
s panTro2.chr21  14399004 42 +  46489110 atatttatctatattaatttttttatttctattttaaaGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13853973 42 +  48394510 atatttatctatattaaattttttGTTTCTATTTTAAAGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835587 42 - 196418989 ATATGTATCCATATTAAATTTTTTCTTTCTGTTTTAAAACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67632.000000
s hg19.chr21     15685162 52 +  48129895 AAGAAGGCAAAACCATGAGTTAAATATGTTCCTTTACTATGGAGCATGCAAC
s rheMac2.chr3  163835629 52 - 196418989 AAGAAGGCAAAACTATGGACTAAATATGTTCCTTTACTGTGATGCATGCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854015 52 +  48394510 AAGAAGGCAAAACCATGAACTAAATATGTTCCTTTACTATGGAGCATGCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14399046 52 +  46489110 AAGAAGGCAAAACCATGAACTAAATATGTTCCTTTACTATGGAGCATGCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=69621.000000
s hg19.chr21     15685214 15 +  48129895 TTCTCCTTTTCTCTA
s rheMac2.chr3  163835681 15 - 196418989 TTCTCCTTTTCTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854067 15 +  48394510 TTCTCGTTTTCTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14399098 15 +  46489110 TTCTCCTTTTCTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-129021.000000
s hg19.chr21     15685229 8 +  48129895 GTTAAGAA
s rheMac2.chr3  163835696 8 - 196418989 GTTAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854082 8 +  48394510 TTTAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14399113 8 +  46489110 GTTAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-59542.000000
s hg19.chr21     15685237 12 +  48129895 TTTTTTTTTAAC
s panTro2.chr21  14399121 12 +  46489110 TTTTTTTTTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854090 12 +  48394510 TTTTTTTTTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835704 11 - 196418989 -TTTTTTTTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2111304.000000
s hg19.chr21     15685249 57 +  48129895 CTCTTTCTTTTTTAGGGCTCTGTGGCTTATGTTTCTCAGCAGGCCTGGATTCAGAAT
s rheMac2.chr3  163835715 57 - 196418989 CTCTTTCTTTTTTAGGGTTCTGTGGCTTATGTTTCTCAGCAGGCCTGGATTCAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854102 57 +  48394510 CTCTTTCTTTTTTAGGGCTCTGTGGCTTATGTTTCTCAGCAGGCCTGGATTCAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14399133 57 +  46489110 CTCTTTCTTTTTTAGGGCTCTGTGGCTTATGTTTCTCAGCAGGCCTGGATTCAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1566871.000000
s hg19.chr21     15685306 42 +  48129895 TGCATTTTGCAAGAAAACATTCTCTTTGGCTCCATCATGAAG
s panTro2.chr21  14399190 42 +  46489110 TGCATTTTGCAAGAAAACATTCTCTTTGGCTCCATCATGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854159 42 +  48394510 TGCATTTTGCAAGAAAACATTCTCTTTGGCTCCATCATGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835772 42 - 196418989 TGCATTTTGCAAGAAAACATTCTCTTTGGCTCCATCATGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4117460.000000
s hg19.chr21     15685348 100 +  48129895 AAAGAGTTTTATGAGCAAGTATTGGAAGCCTGTGCTCTCCTTCCAGATTTGGAGCAGTTGCCAAAGGGAGATCAAACTGAGATTGGAGAAAGAGTAAGGA
s panTro2.chr21  14399232 100 +  46489110 AAAGAGTTTTATGAGCAAGTATTGGAAGCCTGTGCTCTCCTTCCAGATTTGGAGCAGTTGCCAAAGGGAGATCAAACTGAGATTGGAGAAAGAGTAAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854201 100 +  48394510 AAAGAGTTTTATGAGCAAGTATTGGAAGCCTGTGCTCTCCTTCCAGATTTGGAGCAGTTGCCAAAGGGAGATCAAACTGAGATTGGAGAAAGAGTAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835814 100 - 196418989 AAAGAGTTTTATGAGCAAGTATTGGAAGCCTGTGCTCTCCTTCCAGATTTGGAGCAGCTGCCAAAGGGAGATCAAACTGAGATTGGAGAAAGAGTAAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=692649.000000
s hg19.chr21     15685448 52 +  48129895 AACTGTAATTTATCATGTAAAGAAATATAATCCCATTCAGCTGTGCTAATAA
s panTro2.chr21  14399332 52 +  46489110 AACTGTAATTTATCATGTAAAGAAATATAACCCCATTCAGCTGTGCTAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854301 52 +  48394510 AACTGTAATTTATCATGTAAAGAAATATAATCCCATTCAGCTGTGCTAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835914 51 - 196418989 AACTGTAATTTATCACATAAAGAAATATAATCCCATTCACCT-TGCTAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246444.000000
s hg19.chr21     15685500 28 +  48129895 AATGTTTATGGCCTTTTTCTTGAAGTCT
s panTro2.chr21  14399384 28 +  46489110 AATGTTTATGGCCTTTTTCTTGAAGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854353 28 +  48394510 AATGTTTATGGCCTTTTTCTTGAAGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835965 27 - 196418989 AATGTTTAT-GCCTTTTTCTTGAAGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=264033.000000
s hg19.chr21     15685528 20 +  48129895 CGAAGAGCTATACAACtata
s panTro2.chr21  14399412 20 +  46489110 CGAAGAGCTATACAACtata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854381 20 +  48394510 CGAAGAGCTATACAACtata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163835992 20 - 196418989 CGAAGAGCTATACAACtata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-466575.000000
s hg19.chr21     15685548 20 +  48129895 attttaaaaaattattatGT
s panTro2.chr21  14399432 20 +  46489110 attttaaaaaattattattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854401 20 +  48394510 atttttaaaaattattatGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163836012 20 - 196418989 atttttaaaaattattatGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118692.000000
s hg19.chr21     15685568 40 +  48129895 GATTCCTATGTAAGAGATGGCAGTATTAAGGACAAGTAAT
s panTro2.chr21  14399452 40 +  46489110 aattCCTATGTAAGAGAAGGCAGTATTAAGGACAAGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13854421 40 +  48394510 AATTCCTATGTAAGAGATGGCAGTATTAGGGACAAGTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163836032 40 - 196418989 AATTCCTATATAAGAGATGGCGATATTAAGGACAAGTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=279870.000000
s hg19.chr21     15685608 51 +  48129895 TATTTATAATTGACTGTTTGGAAAACAGATTAAAAATCAGTCGGAAATTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15686174 86 +  48129895 TGAATCTCTGAAAAGAGAGCGAGCATACAATTGTTAGACATCTTTACACCTGCCCTCATGTTATCTAATAAGCCCATTATGGAGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-13551.000000
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a score=846401.000000
s hg19.chr21     15686600 107 +  48129895 AAATCCAAACTAAGAAGTATAGATTTAATATAGGCATTGAATGCTATTGCCATTCATAACGTCTTATTTTTATGATTAAATTTATCCCGATCTGCATTTGAACTTTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163837064 107 - 196418989 AAATCCAAACTAACAAGTATAGACTTAATATAGGCATTAAATGCTATTGCCATTTATAATGTCTTATTTTTATGATTAAATTTATCCCAATCTGCATTTGAACTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=531390.000000
s hg19.chr21     15686707 45 +  48129895 CACATGTAATTGAATATTTCAAAATGAAATCTGTTTACAGGTACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163837171 45 - 196418989 CACATGCAACTGAATATTTCAAAAGGAAATCTGTTTATAGGTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-6987.000000
s hg19.chr21     15686752 4 +  48129895 TAAG
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s rheMac2.chr3  163837216 4 - 196418989 TAAG
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a score=450411.000000
s hg19.chr21     15686756 48 +  48129895 AGACAATAAAGGCAATGACTGTAGACTTTTCCCCTACTTGTATTCATC
s panTro2.chr21  14400637 48 +  46489110 AGACAATAAAGGCAATGACTGTAGACTTTTCCCCTACTTGTATTCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=590847.000000
s hg19.chr21     15686804 61 +  48129895 TTTTCTTTTGGTattcttcatttgaccacatttattaattttttatatgcccttattctgc
s panTro2.chr21  14400685 61 +  46489110 TTTTCTTTTGGCattcttcatttgaccacatttattaattttttatatgcccttattctgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199155.000000
s hg19.chr21     15686865 18 +  48129895 tatggggtacacaatggt
s panTro2.chr21  14400746 18 +  46489110 tatggggtacacaatggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=257702.000000
s hg19.chr21     15686883 31 +  48129895 gagtgagagctctaccactcttccttcaagg
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a score=536247.000000
s hg19.chr21     15686914 53 +  48129895 gatttgcagtctggtggaCCTCTGCCAATAATACTAATCAGTTGTCTTTATCa
s panTro2.chr21  14400795 53 +  46489110 gatttgcagtctggtggACCTCTGCCAATAATACTAATCAGTTGTCTTTATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13855764 53 +  48394510 gatttgcagtctggtggCCCTCTGCCAATAATACTAATCAGTTGTCTTTATCa
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a score=30212.000000
s hg19.chr21     15686967 18 +  48129895 atatttatgaatcatcta
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a score=126785.000000
s hg19.chr21     15686985 30 +  48129895 gcgttagatgctgggtgtcgggaacacaag
s rheMac2.chr3  163837447 30 - 196418989 GTGTTAGACACCGGGTGTCGAGAACACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13855835 30 +  48394510 gcgttagatgctgggtgtcaggaacacaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14400866 30 +  46489110 GCGTTAGATGCTGGGTGTCAGGAACACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=451708.000000
s hg19.chr21     15687015 54 +  48129895 gattaactaggtaggagctcataggctagtgagagagactgagataaatattgc
s rheMac2.chr3  163837477 54 - 196418989 GATTAACTAGGTAGGGGCTCATAGGCTAGTGAGAGAGACTGAGATAAATATTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13855865 54 +  48394510 gattaactaggtaggggctcataggctagtgagagagactgagataaacattgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14400896 54 +  46489110 GATTAACTAGGCAGGAGCTCATAGGCTAGTGAGAGAGACTGAGATAAATACTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=165550.000000
s hg19.chr21     15687069 21 +  48129895 caattctagcaatggaatgaa
s rheMac2.chr3  163837531 21 - 196418989 CAATTCTAGCAATGGGATGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13855919 21 +  48394510 caattCTAGCAATGGGATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14400950 21 +  46489110 CAATTCTAGCAATGGGATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=480467.000000
s hg19.chr21     15687090 97 +  48129895 tacacaaagtgcagcaagacaggaaggaggggaatgaatcacttcacttgggacacctgatggaaagttgccttcagaagacatttcagtgtgagta
s rheMac2.chr3  163837552 96 - 196418989 TACACAAAGTGCAGCAAGACAGGAAGGGAGGGAATGAATCTCTGCACTTGGGACACCTAATGG-AAGTTGCCTTCAGAGGACATTTCAGTGTGAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13855940 97 +  48394510 TACACAAAGCACAGCAAGACAGGAAGGAAGGGAATGAATCACTTCACTTGGGACACCTGATGGAAAGTTGTCTTCAGAGGCCATTTCAGTGTGAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14400971 97 +  46489110 TACACAAAGCGCAGCAAGACAGGAAGGAGGGGAATGAATCACTTCACTTGGGACACCTGATGGAAAGTTGCCTTCGGAGGACATTTCAGTGTGAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=84654.000000
s hg19.chr21     15687187 22 +  48129895 gcccttaagttaaaacagaagg
s rheMac2.chr3  163837648 22 - 196418989 GCCCTTAAGTTAAAACAGAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856037 22 +  48394510 GCCCTTAAGTCAAAACAGAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14401068 22 +  46489110 GCCCTTAAGTTAAAACAGAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1045924.000000
s hg19.chr21     15687209 132 +  48129895 atgtggtctcccaagcagagtgaatagcctcttcccagtatgaaagaccaggttagtctgcttggcaaaccacagtcacttgtaggcaacattgggagagtgggtgaagagatgagttaatgccagaatata
s rheMac2.chr3  163837670 131 - 196418989 ATGTGGTCTCCCAAGCAGAGTGAATAGCCTCTTCCCAGTAGGAAAGACCAGGTTAGTCTGCTTGGCAAACCACAGTCACTTGAAGGCAACATTGGGAGAGT-GGTGAAGAGATGAGTTAACGCCAGAATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856059 130 +  48394510 ATGTGGTCTCCCAAGCAGAGTGAATAGCCTCTTCCCAGTATGAAAGACTAGGTTAGTCTGCTTGGCAAAC--CAGTCACTCGAAGGCAACATTGGGAGAGTGGGTGAAGAGATGAGTTAATGCCAGAATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14401090 132 +  46489110 ATGTGGTCTCCCAAGCAGAGTGAATAGCCTCTTCCCAGTATGAAAGACCAGGTTAGTCTGCTTGGCAAACCACAGTCACTTGTAGGCAACATTGGGAGAGTGGGTGAAGAGATGAGTTAATGCCAGAATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=252154.000000
s hg19.chr21     15687341 34 +  48129895 agcaTCTTAGATTTATACTAAATAATTTGTTGTT
s rheMac2.chr3  163837801 34 - 196418989 AGCATCTTAGATCTATACGAAAGAATTTGTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856189 34 +  48394510 AGCATCTTAGATTTATACTAAATAATTTGTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14401222 34 +  46489110 AGCATCTTAGATTTATACTAAATAATTTGTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=846672.000000
s hg19.chr21     15687375 95 +  48129895 TTTGCTGTTGCTCATGAGTGATGAAAAGAGGGAGCTGCGGATATCCAAGGTTTTCATGCAAGATGATGACATAATTACAG-AAAAGTGATGACAAG
s panTro2.chr21  14401256 95 +  46489110 TTTGCTGTTGCTCATGAGTGATGAAAAGAGGGAGCTGCGGATATCCAAGGTTTTCATGCAAGATGATGACATAATTACAG-AAAAGTGATGACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856223 88 +  48394510 TTTGCTGTTGCTC-------ATGAAAAGAGGGAGCTGTGGATATCCGAGGTTTTCATGCAAGATGATGACGTAATTACAG-AAAAGTGATGACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163837835 96 - 196418989 TTTGCTGTTGCTCATGAGTGATGAAAAGAGGGAGCTGTGGATATCCAAGGTTTTTGTGCAAGATGATGACATAATTACAGAAAAAGTGATGACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=446165.000000
s hg19.chr21     15687470 34 +  48129895 GTAGA-GGGTGAATTAGAAAGAAAAGTAACTGGAT
s panTro2.chr21  14401351 34 +  46489110 ATAGA-GGGTGAATTGGAAAGAAGAGTAACTGGat
i panTro2.chr21 C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  13856311 34 +  48394510 GTAGA-GGGTGGATTGGAAAGAAGAGTAACTGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
s rheMac2.chr3  163837931 35 - 196418989 ATAGAGGGGTGAATTGGAAAGAAGAGTAACTGCat
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

a score=362245.000000
s hg19.chr21     15687504 42 +  48129895 AATAGCTAATGTTGATTGTATCCATACTGAGTGTTGGATTTT
s panTro2.chr21  14401388 42 +  46489110 aatagctaatgttgattgtatccatacagagtgttggatttt
i panTro2.chr21 I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  13856348 42 +  48394510 AATAGCTAATGTTGATTGTATCCATACTGAGTGTTGGATTTT
i ponAbe2.chr21 I 3 C 0
s rheMac2.chr3  163837969 42 - 196418989 aatagctaatgttgattgtatccatactcagtgttgaatttt
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

a score=-23120.000000
s hg19.chr21     15687546 18 +  48129895 TCCTAAAATTTTTACTCT
s panTro2.chr21  14401430 18 +  46489110 tcctaaaatttttactct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856390 18 +  48394510 TCCTAAAATTTTTACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838011 18 - 196418989 tcctaaaatttttactct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=318338.000000
s hg19.chr21     15687564 36 +  48129895 AATCTTATTGAATGCTCCCAACAAACATATGACTTA
s panTro2.chr21  14401448 36 +  46489110 aatcttattgaatgctcccaacaaacatatgactta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856408 36 +  48394510 AATCTTATTGAATGCTCCCAACAAACATATGACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838029 36 - 196418989 aatcttattgaatgctcccaacaaacatacaactta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-187818.000000
s hg19.chr21     15687600 16 +  48129895 GGTGCTATTATAAGCA
s panTro2.chr21  14401484 16 +  46489110 ggtgctattatAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856444 16 +  48394510 GGTGCTATTATAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838065 16 - 196418989 ggtgctattatAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75223.000000
s hg19.chr21     15687616 16 +  48129895 TATGCACACACACATA
s panTro2.chr21  14401500 16 +  46489110 TATGCACACACACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856460 16 +  48394510 TATGCACACACCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838081 16 - 196418989 TAGGAACACACACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-155239.000000
s hg19.chr21     15687632 22 +  48129895 TTACATTCCTTCATGTGTGTGT
s panTro2.chr21  14401516 20 +  46489110 TTACATTCCTTCATGTGTGT--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856476 22 +  48394510 TTACATTCCTTTATGTGTGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838097 22 - 196418989 TTACATTCCTTTATGTGCGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-268588.000000
s hg19.chr21     15687654 28 +  48129895 ATATAAGTGTGTGAGAGGAGGGtgtata
s panTro2.chr21  14401536 28 +  46489110 ATATAAGTGTGTGAGAGGAGGGTGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856498 28 +  48394510 ATATGAGTGTGTGGGAGGAGGGTGTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838119 28 - 196418989 ATATGAGTGTGTGGGAGGAGGGTGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-32992.000000
s hg19.chr21     15687682 13 +  48129895 atgcctatgcccc
s rheMac2.chr3  163838147 13 - 196418989 atgcctatccccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856526 13 +  48394510 atgcctatgccct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14401564 13 +  46489110 atgcctatgcccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=745832.000000
s hg19.chr21     15687695 91 +  48129895 ttgctaaaatgtgacctcctcatgacagactctgtttcacttatctttaaatcccaagcactagcatagtactcaaaatatagtcataccc
s panTro2.chr21  14401577 91 +  46489110 ttgctaaaatgtgacctcctcatgacagactctgtttcacttatctttaaatcccaagcactagcatagtactcaaaatatagtcataccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856539 91 +  48394510 ttgctcagatatgacctcctcatgacagactctgtttcacttatctttgaatcccaagcactagcatagtactcaaaatatagtcataccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838160 89 - 196418989 ttgctaaaatgtgacctcctcgtg--agactctgtttcactcatctttgaatcccaagcactagcgtagtactcaaaatatagtcataccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=642451.000000
s hg19.chr21     15687786 60 +  48129895 agaagatgtttgctgagtAGGAGAAGGATGAAAAATGCAAAGAGGCAATGGCATTTTATA
s panTro2.chr21  14401668 60 +  46489110 agaagatgtttgctgagtAGGAGAAGGATGAAAAATGCAAAGAGGCAATGGCATTTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856630 60 +  48394510 agaagatgtttgctgagtAGGAGAAGGATGAAAAATGCAAAGAGGCAATGGCATTTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838249 60 - 196418989 agaagatgtttgctgagtAGGAGAAGGATGAAAAATGCAAAGAGGCAATGGCATTTTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=620260.000000
s hg19.chr21     15687846 31 +  48129895 ATTACAGGTCATTGGCTAAGTTCTGTGCTGC
s panTro2.chr21  14401728 31 +  46489110 ATTACAGGTCATTGGCTAAGTTCTGTGCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856690 31 +  48394510 ATTACAGGTCATTGGCTAAGTTCTGTGCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838309 31 - 196418989 ATTACAGGTCATTGGCTAAGTTATGTGCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1240233.000000
s hg19.chr21     15687877 56 +  48129895 ACTGAGAGATTTTAAACCAGATCTGTAAACACTAAATATAAAATAAATCAAGTAAA
s rheMac2.chr3  163838340 56 - 196418989 ACTGAGAGCTTTTAAACCAGATCTGTAAACCCTAAATATAAAATAAATAAAGTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856721 56 +  48394510 ACTGAGAGCTTTTAAACCAGATCTGTAAACACTAAATATAAAATAAATCAAGTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14401759 56 +  46489110 ACTGAGAGATTTTAAACCAGATCTGTAAACACTAAATATAAAATAAATCAAGTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3135252.000000
s hg19.chr21     15687933 131 +  48129895 TTGGGCCTGGCTCCATAATTCTTCATACATGGTTGTACGTGTCAACTTTAATTCTCACATGGA-GTGATGAATATTCCCTATTCTTGCTTCTTAGAGTTGTACTTTTGCCAACAAGACTTGTACTAATCTTT
s panTro2.chr21  14401815 131 +  46489110 TTGGGCCTGGCTCCATAATTCTTCATACATGGTTGTACGTGTCAACTTTAATTCTCACATGGA-GTGATGAATATTCCCTATTCTTGCTTCTTAGAGTTGTACTTTTGCCAACAAGACTTGTACTAATCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856777 131 +  48394510 TTGGGCCTGGCTCCATAATTCTTCATACCTGGTTGTTCATATCAACTCTAATTCTCACATGGA-GTGATGAATATTCCCTATTCTTGCTTCTTAGAATTGTACTTTTGCCAACAAGACTTGTACTAATCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838396 132 - 196418989 TTGGGCCTGGTTCCATAATTCTTCATACATGGTTGTACATGTCAACTTTAATTCTCACATGGACATGATGAACATTCCCTATTCTTGCTTCTTGGAGTTGTACTTTTGCCAACAAGACTTGTGCTAATCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1792292.000000
s hg19.chr21     15688064 73 +  48129895 CTACAGGAGAAAATAGGACATGTTGATTACTTCTTTGGTAATTTAGCTATTATTTTCAATTTCCTATGTGTCA
s panTro2.chr21  14401946 73 +  46489110 CTACAGGAGAAAATAGGACATGTTGATCACTTCTTTAGTAATTTAGCTATTATTTTCAATTTCCTATGTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856908 73 +  48394510 CTACAGGAGAAAATAGGACATGTTGATTACTTCTTTGGTAATTTAGCTATTATTTTCAATTTCCTATATGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838528 73 - 196418989 CTACAGGAGAAAATAGGACATGTTGATTACTTCTTTGGTAATTTAGTTATTATTTTCAATTTCCTATGTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=672936.000000
s hg19.chr21     15688137 36 +  48129895 ATTTAAAAATAATCACTAGGGCCAGTATATGGTTGG
s panTro2.chr21  14402019 36 +  46489110 AATTAAAAATAATCACTAGGGCCAGTATATGGTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13856981 36 +  48394510 ATTTAAAAATAATCACTAGTGCCAGTATATGGTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838601 36 - 196418989 TTTTAAAAATAATCACTGATGTCAGTATATGGTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=679679.000000
s hg19.chr21     15688173 79 +  48129895 CAGCCAAAAGTCTTGTTTAATATTCTACAGGCACGACTTTTCAGAGTTAGAGATTCGGAAATTCTTTTCTCCTTAATCG
s panTro2.chr21  14402055 65 +  46489110 CAGCCAAAAGTCTTGTTTAATATTCTACAGGCACGACTTTTCAGAGTTAGAGATTCGGAAATTCT--------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857017 65 +  48394510 AAGCCAAAAGTCTTGTTTAATATTCTACAGGCATGACTTTTCAGAGTTAGAGATTCGGAAATTCT--------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838637 65 - 196418989 CAGCCAAAAGTCTTGTTTAATATCCCACAGGCACGACTTTTCAGAGTGAGAGATTCGGAAATTCT--------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63572.000000
s hg19.chr21     15688252 43 +  48129895 TTAGCTTCTCCTTAATCGTTAGCATCTCCTTAATCGTTACGAG
s rheMac2.chr3  163838702 34 - 196418989 ----TTTCTCCTTAATTGTTAGCATCCTCTT-----TTGAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857082 34 +  48394510 ----TTTCTCCTTAATCGTTAGCATCCTCTT-----TTGAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14402120 39 +  46489110 ----GTTCTCCTTAATCGTTAGCATCTCCTTAATAGTTAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=351566.000000
s hg19.chr21     15688295 37 +  48129895 TAAGCACTTCAGAGAAAGTAGATATATCTTCTAATTT
s panTro2.chr21  14402159 37 +  46489110 TAAGCACTTAAGAGAAAGTAGATATATCTTCTAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857116 37 +  48394510 TAAGCACTTAAGAGAAAGTAGATATATCTGCTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838736 37 - 196418989 TTAGCAGTTAAGAGAAAGTAGATATATCTGCTAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=217901.000000
s hg19.chr21     15688332 57 +  48129895 GTGCAAGTTAGTAATGCTAGGAAACGAGATGGGGCTAGGACTGGAAAGTCGTAGATA
s rheMac2.chr3  163838773 57 - 196418989 GTGCAAGTTAGTAATGCTAGGAAATGGGATGGGGCTAGGCCTAGAAAGTCGTGGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857153 57 +  48394510 GTGCAAGCTAGTAATGCTAGGAAATGAGATGGGGCTAGGACTGGAAAGTGGTGGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14402196 57 +  46489110 GTGCAAGTTAGTAATGCTAGGAAATGAGATGGGGCTAGGACTGAAAAGTCGTAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=234470.000000
s hg19.chr21     15688389 33 +  48129895 AAGAAAGGTTGGAGCGTTCATCTTGGGTTGCTG
s rheMac2.chr3  163838830 33 - 196418989 AAGAAAGGTTGGAGCGTTCATCTTGGGTTGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857210 33 +  48394510 AAGAAAGGTAGGAGCGTTCATCTTGGGTTGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14402253 33 +  46489110 AAGAAAGGTTGGAGCGTTCATCTTGGGTTGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=203816.000000
s hg19.chr21     15688422 36 +  48129895 TCTATCCATGCCATAGAAGAGCATTTGGATGTAACT
s panTro2.chr21  14402286 36 +  46489110 TCTATCCATGCTATAGAATAGCATTTGGATGTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857243 36 +  48394510 TCTATCCATGCTATAAAAGACCATTTGGATGTAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838863 36 - 196418989 TCTATCCATTCTATAAAAGAGCATTTGGATGTAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=81696.000000
s hg19.chr21     15688458 21 +  48129895 GCACGTGCTTTGAGATCTATA
s panTro2.chr21  14402322 21 +  46489110 GCACGTGCTTTGAGATGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838899 21 - 196418989 ACACATGCTTTGAGATGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-230178.000000
s hg19.chr21     15688479 19 +  48129895 CACATTTCCTCTGGTCTTG
s panTro2.chr21  14402343 19 +  46489110 CACATTTCCTCTGGTCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838920 19 - 196418989 CGCATTTCCTCTCGTCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-88697.000000
s hg19.chr21     15688498 21 +  48129895 TTTTTCTTCTGCTCCATTTTC
s rheMac2.chr3  163838939 21 - 196418989 TTTTTCTCCTGCTCCATTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14402362 21 +  46489110 TTTTTCTTCTGCTCCATTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3863018.000000
s hg19.chr21     15688519 117 +  48129895 AGGCTGTGAATATAAGTGGGGGCCAGCAGCATCGAGTAAGCCTGGCCAGAGCTGTCTACAGTGGGGCCGACGTCTACCTCCTGGATGATCCCTTGTCTGCTATTGATGTTCATGTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857340 117 +  48394510 AGGGTGTGAATATAAGTGGGGGCCAGCAACATCGAGTAAGCCTGGCCAGAGCTGTCTACAGTGGGGCCGACATCTACCTCCTGGATGATCCCTTGTCTGCTGTTGATGTTCATATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163838960 117 - 196418989 AGGGTGTGAATATAAGTGGGGGCCAGCAACATCGAGTAAGCCTGGCTAGAGCTGTCTACAGTGGAGCCGACATCTACCTCCTGGATGACCCCTTGTCTGCTGTTGATGTTCACGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1490464.000000
s hg19.chr21     15688636 58 +  48129895 GAAAGCAGCTTTTTGAAAAAGTGATAGGGTCCTTGGGCCTTTTGAAAAACCGGGTAGC
s panTro2.chr21  14402500 58 +  46489110 GAAAGCAGCTTTTTGAAAAAGTGATAGGGTCCTTGGGCCTTTTGAAAAACCCGGTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857457 58 +  48394510 GAAAGCAGCTTTTTGAAAAAGTGATAGGGTCCTTGGGCCTTTTGAAAAACAAGGTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163839077 58 - 196418989 GAAAGCAGCTTTTTGAAAAAGTGATAGGGTCCTTGGGCCTTTTGAAAAACAAGGTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-24057.000000
s hg19.chr21     15688694 11 +  48129895 CATAGTTTCAT
s panTro2.chr21  14402558 11 +  46489110 CATGGTTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163839135 11 - 196418989 CATAGTTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-194158.000000
s hg19.chr21     15688705 22 +  48129895 TTATGCTTTCTTGTGGGGCAGG
s rheMac2.chr3  163839146 22 - 196418989 TTATGCTTTCTTGAGGGACAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14402569 22 +  46489110 TTATGCTTTCTTGTGGGGCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-211059.000000
s hg19.chr21     15688727 14 +  48129895 GGATATATCTAGCA
s panTro2.chr21  14402591 14 +  46489110 GGATCTATCTAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857548 13 +  48394510 GGATCTGTCTAG-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163839168 14 - 196418989 GGATCTGCCTAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=290696.000000
s hg19.chr21     15688741 74 +  48129895 CTGTGCCTAAAATTCCATTTATTTTGTTTATTTGTTGAAGCAAAGTAGTCACATTTCACATGAAAAAAATGGGA
s panTro2.chr21  14402605 74 +  46489110 CTGTGCCTAAAATTCCATCTATTTTGTTTATTTGTTTAAGCAAAGTAGTCACATTTCACATGAAAAAAATAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857561 74 +  48394510 CTGTGCCTAAAATTCCATTTATTTTGTTTATTTGTTTAAGCAAAGTAGTCACATTTCACATGAAAAAAATGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163839182 73 - 196418989 CTGTGCCTAAAATTCCATTTATTTTGTTTATTTGTTTCAGCAAAGTAGTCACATTTCACATG-AAAAAATGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-25306.000000
s hg19.chr21     15688815 19 +  48129895 TGCTCAGATTGCAATTTCA
s panTro2.chr21  14402679 19 +  46489110 TGCTCAGATTGCAATTTCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857635 19 +  48394510 TGCTCAGATTGCAATTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163839255 19 - 196418989 TGCTTAGATTGCGATTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297683.000000
s hg19.chr21     15688834 53 +  48129895 CAGGCAAATGTCAATGGGTAATTTTTGAAGTTTTACTTACAAGTTTACTCTGG
s panTro2.chr21  14402698 53 +  46489110 CAGGCAAATGTCAATGGGTAATTTTTAAAGTTTTACTTACAAGTTTACTCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857654 53 +  48394510 CAGACAAATGTCAATGGGTAATTTTTAAAGATTTACTTACAAATTTACTCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137095.000000
s hg19.chr21     15688887 50 +  48129895 TGACAATTTATGTGATTGTTATCTCTTCATCTAATACCATATCCTAAGGG
s panTro2.chr21  14402751 50 +  46489110 TGACAATTTATGTGATTGTTATCTCTTCATCTAATACCATATCCTAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857707 50 +  48394510 TGACAATTTATGTGATTGTTATCTCTTCATCTAATACCATATCCTAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163839327 50 - 196418989 TGACAATTTATGTGATTGTTATCTCTTTGTCTAATACCATATCCTAAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-17894.000000
s hg19.chr21     15688937 78 +  48129895 GATGTATGTGCCATAATGAATTGTTGTTGACTCAAGTGATTTTTACAATGGTATTTTGGTGCACACCaaaatattaat
s panTro2.chr21  14402801 78 +  46489110 GATTTATGTGCCATAATGAATTGTTGTTGACTCAAGTGATTTTTACAATGGTATTTTGGTGCACACCaaaatattaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857757 68 +  48394510 GATTTATGTACCATAATGAATTGTTGTTGACTCAAGTGATTTTTACAATGGTATTTTGGTGCACACTA----------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 41
s rheMac2.chr3  163839377 64 - 196418989 GATTTATGTGCCATAATGAATTGTTATTGACTCAAGTGATTTTTAAAATGGTATTTTGGTGCAC--------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 370

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s hg19.chr21     15689015  43 +  48129895 aaaattttatattattaaCATAGCAATTTGACATTATTATCAC
s panTro2.chr21  14402879  43 +  46489110 aaaattttatattattaaCATAGCAATTTGATATTATTATCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13857866  43 +  48394510 AAAATGTGGTATTATTAACATAGCAATTTGATATTATTATCAT
i ponAbe2.chr21 I 41 C 0
e rheMac2.chr3  163839441 370 - 196418989 I

a score=325302.000000
s hg19.chr21     15689058 38 +  48129895 AGCAATCATAGTGATTCAGCTGTTTTGTTAAAGGGCCA
s rheMac2.chr3  163839811 37 - 196418989 AGCAATCATAGCGATTCAATTGTTTT-TTAAAGGGCCA
i rheMac2.chr3  I 370 C 0
s ponAbe2.chr21  13857909 38 +  48394510 AGCAATCATAGTGATTCAGCTGTTTTGTTAAAGGACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14402922 38 +  46489110 AGCAATCATAGTGATTCAGCTGTTTTGTTAAAGGGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=196072.000000
s hg19.chr21     15689096 59 +  48129895 AGAAGATGAAAATTAGTGTTTACCAGTACATGCCATATTTCAcagggtaaattagttca
s rheMac2.chr3  163839848 59 - 196418989 AGAAGATGAAAATTAGTATTTACCAGTACATGCCATATTTTGCAGTGTAAATTAGTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  13857947 59 +  48394510 AGAAGATGAAAATTAGTATTTACCAGTACATGCCATATTTTGCAGTGTAAATTAGTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
s panTro2.chr21  14402960 59 +  46489110 AGAAGATGAAAATTAGTATTTACCAGTACATGCCATATTTCACAGGGTAAATTAGTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=45336.000000
s hg19.chr21     15689155 85 +  48129895 atccctatttcacacataaaggagc-tcagggctcacaatgacttgatataggttgctcaacttaagaacaatagagatttttaaa
s rheMac2.chr3  163839910 86 - 196418989 atccctatttcacatataaaggaacttcagggctcacaatgacttgatataggttgctcaacttaagaacaatagagattttttaa
i rheMac2.chr3  I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  13858009 85 +  48394510 atccctatttcacatataaaggaac-tcagggctcacaatgacttgatacaggttgctcaacttaagaacaatagagatttttaaa
i ponAbe2.chr21 I 3 C 0
s panTro2.chr21  14403019 85 +  46489110 atccctatttcacatataaaggagc-tcagggctcacaatgacttgatataggttgctcaacttaagaacaatagagatttttaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=471950.000000
s hg19.chr21     15689240 72 +  48129895 agtatgtctgactccaaagccaCATTC-----TTCATAATATGTGTTTATGGAATTATTAATATAGAGAACTTTG-aa
s rheMac2.chr3  163839996 78 - 196418989 agtatgtttgactccaaaatcgcattcatttctttataatacgTGTTTATGAAATTATTAATATAGAGAACTCTGaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858094 77 +  48394510 agtatgtctgactccaaagccacattcattttttcaTAATATGTGTTTATGGAATTATTAATATAGATAACTCTG-aa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14403104 77 +  46489110 agtatgtctgactccaaagccACATTCATTTCTTCATAATATGTGTTTATGGAATTATTAATATAGAGAACTTTG-aa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-78562.000000
s hg19.chr21     15689312 11 +  48129895 aatatatgtat
s rheMac2.chr3  163840074 11 - 196418989 aatatatgtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858171 11 +  48394510 aatatatgtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14403181 11 +  46489110 aatatatgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=263427.000000
s hg19.chr21     15689323 48 +  48129895 aaaattataaaatatatGTCTCAGTAAAAATAAACAAACATCTTTATA
s panTro2.chr21  14403192 48 +  46489110 aaaattataaaatatatGTCTCAGTAAAAATAAACAAACATCTTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858182 48 +  48394510 aaaattataaaatatatGTCTCAGTAAAAATAAACAAACATCTTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840085 44 - 196418989 aaaattataaaatatatGTCTCAGTAAAAAT----AAACATCTTTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=272027.000000
s hg19.chr21     15689371 63 +  48129895 TATTGACATAAACCCAAGATTAAAAATGTCACACTTAATTGTATGTATATGTATAAAATAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858230 63 +  48394510 TATTGACATAAACCCGAGATTAAAAATGTCACACTTAATTGTATGTATATGtataaaataata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14403240 63 +  46489110 TATTGACATAAACCCAAGATTAAAAATGTCACACTTAATTGTATGTATATGTATAAAATAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=387611.000000
s hg19.chr21     15689434 58 +  48129895 TGAATGATTTAAAAATAAGGACTATGAATTATGACTTGGATTAAACACTTTTTTGTAA
s rheMac2.chr3  163840192 58 - 196418989 TGAATGACTTAAAAATAAAGACTATGAATTACGACTTGGATTAAACACTTTTTTGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858293 58 +  48394510 tgaataatttaaaaataaGGACTATGAATTATGACTTGGATTAAACACTTTTTTGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14403303 58 +  46489110 TGAATGATTTAAAAATAAGGACTATGAATTATGACTTGGATTAAACACTTTTTTGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-34023.000000
s hg19.chr21     15689492 14 +  48129895 TGGTACTGTATATT
s panTro2.chr21  14403361 14 +  46489110 TGGTACTGTATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858351 14 +  48394510 TGGTAGTGTATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=51208.000000
s hg19.chr21     15689506 21 +  48129895 TAAAAATAAGCAAGAATGACA
s rheMac2.chr3  163840264 21 - 196418989 TAAAAATAAGCAAGAATGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14403375 21 +  46489110 TAAAAATAAGCAAGAATGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=125669.000000
s hg19.chr21     15689527 33 +  48129895 TATATGAAATTGTTTTAAATTTGCAATTAAATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858386 33 +  48394510 TATATGAAATTGTTTTGAATTTGCAATTAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=313953.000000
s hg19.chr21     15689560 27 +  48129895 GATTCATTTCTAATGAACGAAAAAATA
s rheMac2.chr3  163840318 27 - 196418989 GATTCATTTCTAATGAATGAAAAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=59180.000000
s hg19.chr21     15689587 31 +  48129895 CCCGAACTAAAGTGTTAAAAATCACATTTAG
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a score=221286.000000
s hg19.chr21     15689618 69 +  48129895 AAACTATTTTCTCATCTAGCAGCATGTCATTATTCCTTGTAAAATACATAGATGCTGCCTTAAACTGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858477 69 +  48394510 AAACTATTTTCTCATCTAGCAGCATGTCATTATTCCTTGTAAAATATATAGATGCTGCCTTAAACTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840376 69 - 196418989 AAACTATTTTCTCACCTAGCAGCATGTCATTATTCCTTGTAAGATATATGGATGCTGCCTTAAACTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14403556 48 +  46489110 ACCTACCAAAAATCATACTCTGAAATAGTAAAGG-AAAAAAGTCACTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858546 49 +  48394510 ACCTACCAAAAATCATACTCTGAAATAGTAAAGGAAAAAAAGTCACTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840445 49 - 196418989 ACCTACCAAAAATCATACTCTAAAATAGTAAAGGAAAAAAAGTTACTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-76380.000000
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s panTro2.chr21  14403604 16 +  46489110 AGCTTTTTTTAAAAA-G
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14403620 19 +  46489110 CCATTTTTCGTAATCTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15689770 43 +  48129895 AGATAAAACACTTTGTTTTTCAGACTCATATTTTAGTGACACA
s panTro2.chr21  14403639 43 +  46489110 AGATAAAACACTTTGTTTTTCAGACTTGTATTTTAGTGACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840530 43 - 196418989 AGATAAAACACTTTGTTTTTCAGACTCGTATTTTAGTGACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2665771.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858673 86 +  48394510 CAATCTCACACTTCTGCCACAAATGGATCTTATTGTTGTAATGGAAAGTGGCAGAATAGCTCAAATGGGAACATACCAGGAGCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840573 86 - 196418989 CAATCTCACACTTCTGCCACAAATGGATCTTATTGTTGTAATGGAAAGTGGCAGAATAGCTCAAATGGGGACATACCAGGAGCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1455569.000000
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s panTro2.chr21  14403768 62 +  46489110 TGTGTAAAACCAAAAATCTCACTAATTTGCACCAAGTCATCAGTGAACAAGAAAAAGGTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858759 62 +  48394510 TGTGTAAAACCAAAAATCTCACTAATTTGCACCAAGTCATCAGTGAACAAGAAAAAGGTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840659 62 - 196418989 TGTCTAAAACTAGAAACCTCACTAATTTGCACCAAGTCATCAGTGAAGAAGAAAAAGGTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129514.000000
s hg19.chr21     15689961 15 +  48129895 GACACAATAAAAAAT
s panTro2.chr21  14403830 15 +  46489110 GACACAATAAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858821 15 +  48394510 GACACAATAAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840721 15 - 196418989 GACACAATGAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-40218.000000
s hg19.chr21     15689976 35 +  48129895 AA------GATACAGTATACGTACCCATTTTGAAAGTTCAT
s panTro2.chr21  14403845 41 +  46489110 AAACTTAAGATACAGTATACGTACCCATTTTGAAAGTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858836 41 +  48394510 AAACTTAAGATACAGTATACCTACCCATTTTGAAAGTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840736 41 - 196418989 AAACTTAAGATACAGTATACCTACTCATTTTGAAAGTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183160.000000
s hg19.chr21     15690011 22 +  48129895 TAATTGCGTAATTTCATGCTAT
s panTro2.chr21  14403886 22 +  46489110 TAATTGCGTAATTTCATGCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858877 22 +  48394510 TAATTGCGTAATTTCATGCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840777 22 - 196418989 TAATTGAGTAATTTCATGCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-12543.000000
s hg19.chr21     15690033 16 +  48129895 AAATTTTCATTCATCC
s panTro2.chr21  14403908 16 +  46489110 AAATTTTCATTCATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858899 16 +  48394510 AAATTTTCATTTATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840799 16 - 196418989 AAATTTTCATTCATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15690049 35 +  48129895 TGCTTAAGTCAGGGGCGGGGCACCTTCCTTTCCTT
s panTro2.chr21  14403924 35 +  46489110 TGCTTAAGTCAGGGGCGGGGCACCTTCCTTTCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13858915 35 +  48394510 TACTTAAGTCAGGGGCGGGGCACCTTCCTTTCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840815 35 - 196418989 TGCTCAAGTCAGGGGCAGGACACCTTCCTTTCCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=510532.000000
s hg19.chr21     15690084 87 +  48129895 GGGAAAGAAGCAAATACAATGAGACACATCAGTT--AAATCAAACTCATTTGTGATTTTTAAGGAAAGTTTTAAGTTCCCTGGGGCCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840850 89 - 196418989 AGGAAAGAAGCAAATACAATGAGACACATCAGTTAAAAATCAAACTCATTGATGATTTTTAAGAAAAGTTTTAAGTTCTCTGGGGTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=288821.000000
s hg19.chr21     15690171 22 +  48129895 TTTATTCATTTATGAAATAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=395540.000000
s hg19.chr21     15690193 32 +  48129895 AATTAGATTACTTATAAACTCTAGTCCAAGTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163840961 32 - 196418989 AATTAGATTACTTATAAACTGTAGTTCAAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=492232.000000
s hg19.chr21     15690225 35 +  48129895 GAGAACATAATCACTCTAAACATTATATCTACTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=249825.000000
s hg19.chr21     15690260 63 +  48129895 TCAGTTAAGAACAGGGAACATACATGTGaaataaataataaatattttaaaCATCTAGATATA
s panTro2.chr21  14404135 63 +  46489110 TCAATTAAGAACAGGGAACATACATGTGaaataaataataaatattttaaaCATCTAGATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137553.000000
s hg19.chr21     15690323 61 +  48129895 ATATAGCACATTGAGGAAGAGAAAACAAAAGAAAGAAATTGGGAAAGGCAAAAGGGATCGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163841091 60 - 196418989 ATATAGCACATTGAGGAAGAG-AAACAAAAGAAAGAAATTGGGAAAGGCAAAAGGGATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=77020.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163841151 31 - 196418989 TGTTTGTTCAAGTTTTAAGAGTTAACTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=48789.000000
s hg19.chr21     15690415 22 +  48129895 ATTTAGTTTTATTTATCAATTT
s panTro2.chr21  14404290 22 +  46489110 ATTTAGTTTTATTTATCAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13859283 22 +  48394510 ATTTAGTTTTATTTATCAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163841182 22 - 196418989 ATTTAGGTTTATTTATCAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=921049.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13859305 109 +  48394510 TTGTTATTCTAGCCCTAGAATATTAAATTAAGATGTATGGACATTT---------TAAAATAAAATAAGTGGTTTGATCCTTATCCAATGTGTAAGATGCAAGAATGTTTGATATCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163841204 118 - 196418989 TTGTTACTCTAGCCCTAGAATATTAAATTAAGATGTACGGACATTTaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaTGGTTTGATCTTTATCCAATGTGTAAGATGCAAGAATGTTTGCTATCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-73653.000000
s hg19.chr21     15690546 17 +  48129895 GCATTATCCTAAAGTTG
s panTro2.chr21  14404421 17 +  46489110 GCATTATCCTAAAGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13859414 17 +  48394510 GCATTATCCTAAAGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163841322 17 - 196418989 GCATTTTCCTAAAGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-241868.000000
s hg19.chr21     15690563 27 +  48129895 GGTAATGTACCATCATCTCTTTTTACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13859431 27 +  48394510 GGTAATGTACCATCATCTCTTTTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14404438 27 +  46489110 GGTAATGTACCATCATCTCTTTTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=174259.000000
s hg19.chr21     15690590 72 +  48129895 GCTGTAGATGGTTTGTCATGTAGAGACCATCATATTTTTTCCTGTACTTTTCTAGATCCTTTTCCTATACCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13859458 72 +  48394510 GCTGTAGATGGTTTGTCATGTAGAAATCATCATATTTTTTCCTGTACTTTTCTAGATCCTTTTCCTATACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163841366 71 - 196418989 GCTGTAGGTAGTTTGTCATGTAGAGACCATCAT-TTTTTTCCTGTACTTTTCTGGATCCTTTTCCTATACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=351927.000000
s hg19.chr21     15690662 54 +  48129895 TTCCAGAGCAGCGCAGCAAACTAACTGTAAAACCAGTTAACTATTTCATAATTT
s panTro2.chr21  14404537 54 +  46489110 TTCCAGAGCAGCACAGCAAACTAACTGTAAAACCAGTTAACTATTTCATAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13859530 54 +  48394510 TTCCAGAGCAGCGCAGCAAACTAACTGTAAAACCAGTTAACTATTTCATAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163841437 50 - 196418989 TTCCAGAGCAGCACAGCGGACTAACTGTAAAACCAGCTAAC----TCATAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1078338.000000
s hg19.chr21     15690716 114 +  48129895 CAAGATAAAAGAAGAAATATAGAACTATGTCTCATTATTTTCTACATGAAC---TAGTATCCATTAGCTCACCTGACACTTGTCCTGGATATAAAGTCCTAAAAATATGAAGTTGGT
s panTro2.chr21  14404591 114 +  46489110 CAAGATAAAAGAAGAAATATAGAACTATGTCTCATTATTTTCTACATGAAC---TAGTATCCATTAGCTCACCTGACACTTGTCCTGGATATAAAGTCCTAAAAATATGAAATTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13859584 111 +  48394510 CAAGAT---AGAAGAAATATAGAACTATTTCTCATTATTTTCTACATGAAC---TAGTATCCATTAACTCACCTGACACTTGTCCTACATATAAAGTCCTAAAAATATGAAATTGGT
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s rheMac2.chr3  163841487 117 - 196418989 CAAGATAAAAGAAGAAATATAGAGCTATGTTTCATTATTTTCTACATGAACTAGTAGTATCCATTAGCTTACCTGACACTTGTCCTGGATATAAAGTCCTAAAAATGTGAAATTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1793050.000000
s hg19.chr21     15690830 212 +  48129895 TTATAACAAGATCAGTACAATTTATTATTTTAATGCCATGAAATTCAACAACAAAGT-CATTTTGTTGATGTTTCTCTTTTGGACCTAAGCTAACGCACATTAGTTTTGTAGTACTATTTTTAAAATTCCTTGTTTTTCCACCTTTCTCATATTACAAATATTCTATTTGCAAAATTATTTGGTGCATTGTCAGATGACTGTTGGCATCCTTA
s panTro2.chr21  14404705 212 +  46489110 TTATAACAAGATCAGTACAATTTATTATTTTAATGCCATGAAATTCAACAACAAAGT-CATTTTGCTGATGTTTCTCTTTCGGACCTAAGCTAACGCACATTAGTTTTGTAGTACTATTTTAAAAATTCCTTGTTTTTCCACCTTTCTCATATTACAAATATTCTATTTGCAAAATTATTTGGTGCATTGTCAGATGACTGTTGGCATCCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13859695 212 +  48394510 TTATAACAAGATCAGTACAATTTATTATTTTAATGCCATGAAATTCAACAACAAAGT-CATTTTGCTGATGTTTCTCTTTTGGACCTAAGCTAACACACATTAGTTTTGTAGTACTATTTTTAAAATTCCTTGTTTTTCCACCTTCCTCATATTACAAATATTCTATTTGCAAAATTATTTGGTGCCTTGTCAGATGACTGTTGGCATCCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163841604 212 - 196418989 TTATAACAAGATCAGTACAATTTATTATTTTAATGCCATGAAATCCAAAAACAAAGTCCATTTTGCTGATGTTTCTCTTTGGGACCTAAGCTAACACACATTAGTTTTGTAGTACTGTTTTTTAAATTCCTTGTTTTTCCACCTTTCTCATATTACAAATAGTCTATTTGCAAAATTATTTGGTGGATTGTCAGATG-TGGCTGGCATCCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=159591.000000
s hg19.chr21     15691042 33 +  48129895 ACAAAA---GAACTTCCTCTTTTCTTAACGTCTAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163843369 209 - 196418989 agcctttatttgcactcttgctctggttccacagattttaggtacaggtctgTCCCTGTGGGGAATTTCTTTCTGTTATTTGCATAAATATCAAGAGAAATCAGATTCTGTTTGAGTACGCTTTTGCTGAGATTTAGGGGAAAGAAATTACCTGGCAGAGAGTAGGATGTAAGAGGTGTGATCACTCTGTGATCTTCCATTTATTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=418313.000000
s hg19.chr21     15692802 44 +  48129895 ATAATTCACTCTTTTTGGTCTTGAGTCTGTTCAAAAATTCTTTT
s panTro2.chr21  14406675 44 +  46489110 ATAATTCACCCTTTTTGGTCTTGAGTCTGTTCAAAAATTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13861665 44 +  48394510 ATAATTCACCCTTTTTGGTCTTGAGTCTGTTCAAAAATTCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163843578 44 - 196418989 ATAATTCACCCTTTTTGATCTTGAGTCTGTTCAAAAATTCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193511.000000
s hg19.chr21     15692846 78 +  48129895 AAAAGGTACACAATTCTTCAGTTTCAAAATTCTAGTTG-TTTATGTGTCACTACAATGGGAGTGcagtaggcacacctc
s panTro2.chr21  14406719 79 +  46489110 AAAAGGTACACAATTCTTCAGTTTCAAAATTCTACTTAATTTATGTGTCACTACAATGGGAGTGcagtaggcacacctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13861709 79 +  48394510 AAAAGGTACACAATTCTTCAGTTTCAAAATTCTAGTTAGTTTATATGTCACTACAATGGGAGTGcagtaggcacacctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163843622 79 - 196418989 AAAAGGTACACAATTCTTCAGTTTCAAAATTCTAGTTAATTTATGTGTCACTACAACGGGAGTGcagtaggcacacctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=42972.000000
s hg19.chr21     15692924 27 +  48129895 atccacaaaggatgcgttccaagaccc
s panTro2.chr21  14406798 27 +  46489110 atccacaaaagatgcattccaagaccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13861788 27 +  48394510 atccacaaaggatgcgttccaagaccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163843701 26 - 196418989 atccacaaaggatgt-ttccaagaccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=522844.000000
s hg19.chr21     15692951 261 +  48129895 ccagtggttgaatgaaactttggatagtacctaactctctatatactatgctttttgaaatgatgtatatgcctatgataaagttcaagctataaactgggcacagtaagagattaacaacaataactaataataaaatagacccagatgccagcatttctactcatgtgctttggggccattatgaagaaaaataagagttccttgaacacaagcactttaatacaatgacagttgattggataacccaggctcttaagt
s panTro2.chr21  14406825 261 +  46489110 ccagtggttgaatgaaactttggatagtacctaactctctatatactatgctttttgaaatgatgtatatgcctatgataaagttcaagctataaactaggcacagtaagagattaacaacaataactaataataaaatagacccagacgccagcatttctactcatgtgctttggggccattatgaagaaaaataagagttccttgaacacaagcactttaatacaatgacagttgatcggataacccaggctcttaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13861815 261 +  48394510 ctcgtggttgaatgaaactttggatagtacctaactctctatatactatgctttttgaaattatatatatgcctatgataaagttcaagttataaactaggcacagtaagagattatcaacaataactaataataaaatagacccacatgccagcattactactcatgtgctttggggccattatgaagaaaaataagagttccttgaacgcaagcactttaatatcatgacagttgatcggataacccaggctcttaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163843727 261 - 196418989 ccagtggttgaatgaaactttggagagtacctaactctgtatatactatgctttttaaaattatgtatatacttatgataaagctcaagttataaactaggcacagtaagagattaacaacaataactaataataaaatagaccaagatgccagcattgctactcatgtactttggggtcatcatgaagaaaaataagagttccttgaacacaagcactttaataccatgacagttgatcggataacccaagctctcaagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54889.000000
s hg19.chr21     15693212 66 +  48129895 gagcaatgtgtggggagcatccacacagcatggatgtgcttgctacacaaagagatggctcacttc
s rheMac2.chr3  163843988 62 - 196418989 gaccaatgcgtggggagcatccacacagcatgtatgtgct----agacaaagagatggtgtacttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13862076 62 +  48394510 aagcaatgtgtggggagcatccacacagcatggatgtgct----ggacaaagagatggctcacttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14407086 62 +  46489110 gagcaatgtgtggggagcatccacacagcatggatgtgct----agacaaagagatggctcacttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=247221.000000
s hg19.chr21     15693278 139 +  48129895 ccagacaggacagagcagaacagtgaaatatttcaacaggccactcagaatagcaagtaatttaaaacttatgaattgtttatttctggagtttttcatttaatatttttggaccacggttgaccgtgggtagctgaaa
s panTro2.chr21  14407148 139 +  46489110 ccagacaggacagagcagaacagtgaaatatttcatcaggccactcagaatagcaagtaatttaaaacttatgaattgtttatttctggagtttttcatttaatatttttggaccacggttgaccgtgggtagctgaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13862138 139 +  48394510 ccagacaggacagcgcagaatggtgaaatatttcatcaggccactcagaatagcaagtaatttaaaacttatgaattgtttatttctggagtttttcatttaatatttttggaccatggttgaccatgggtagctgaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163844050 138 - 196418989 ccagacaggacagagcagaacggtgaaatatttcatcaggccactcagaatagtaagtaatttaaaacttatgaa-tgtttatttctggagtttttcgtttaatatttttggaccacggttgaccgtgggtagctgaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22289.000000
s hg19.chr21     15693417 37 +  48129895 ccgcaggaagcaaaattgcaggtaag-ggggaactagt
s panTro2.chr21  14407287 37 +  46489110 ccgcaggaagcaaaattgcaggtaag-ggggaactagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13862277 38 +  48394510 ctgcaggaagcaaaattgcaggtaagaggggaactagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163844188 37 - 196418989 ccgcaggaagcaaaattgcaggtaag-ggggaactagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=453417.000000
s hg19.chr21     15693454 104 +  48129895 gTATAAATCAGCA-GAACATTGTGGAATAAACAGTGGACCACTTGTTAGGAATCCTGGAATCTAGTTCTCTCACTGAATAACCATATCGGTCTTCATCAAATGAC
s panTro2.chr21  14407324 104 +  46489110 gTATAAATCAGCA-CAACATTGTGGAATAAACAGTGGACCACTTgttaggaatcctggaatctagttctctcactgaataaccatatcggtcttcatcaaatgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13862315 105 +  48394510 gTATAAATCAGCGCCAACATTGTGGAATAAACAGTGGACCACTTGTTAGGAATCCTGGAATCTAGTTCTCTCACTGAATAGCCATATCAGTCTTCATCGAATGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163844225 104 - 196418989 gTATAAGCCAGCA-CAACATTGTGGAATAAACAGTGGACCTATTGTTAGGAATCCCGGAATCTAGTTCTCTCACTGAATAACCATATCAGTCTTCATCAAACGAC
i rheMac2.chr3  C 0 I 1265

a score=124629.000000
s hg19.chr21     15693558   33 +  48129895 T-CATTCTTGTGGTTCTTCCCGTTTGTGAAATAT
s ponAbe2.chr21  13862420   34 +  48394510 TTAATTCTTGCGGTTCTTCCTGTTTGTGAAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14407428   34 +  46489110 ttcattcttgtggttcttcccgtttgtgaaatAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163844329 1265 - 196418989 I

a score=328185.000000
s hg19.chr21    15693591 61 +  48129895 AGTGCTTCAGCTTGCTCTGTTTTTCCTAGTGGCAGACATGGAGCTGAACAATGTACATTAT
s panTro2.chr21 14407462 61 +  46489110 AGTGCTTCAGCTTGCTCTGTTTTTCCTAGTGGCAGACATGGAGCTGAACAATGTACATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13862454 61 +  48394510 AGTGCTTCAGCTTGCTTTGTTTTTCCTAGTGGCAGACATGGAGCTGAACAATGTACATCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  32574114 61 + 196418989 AGTGCTTCAGCTCACTCTGCTTTTCCTAGTGGCAGACATGGAACTGAACAATGTACATTAT
i rheMac2.chr3  n 1265 C 0

a score=80168.000000
s hg19.chr21    15693652 36 +  48129895 TATCTCTCTCCTGTCCCCCAAACTACTTATTAGCTA
s panTro2.chr21 14407523 35 +  46489110 TATCTCTCCCC-GTCCCCCAAACTGCTTATTAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13862515 35 +  48394510 TATCTCTCCCC-GTCCCCCAAACTGCTTCTTAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  32574175 36 + 196418989 TATCTCTCCCCTGCCCCTCCAGCTGCTTATTACTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193567.000000
s hg19.chr21    15693688 75 +  48129895 TTTCTTTTTCTTTCCTATCATTCTTACTCTCATTGCTGAAGTCAATAACAGGTAGCTTAGAAAGTAAATGGTAAA
s panTro2.chr21 14407558 75 +  46489110 TTTCTTTTTCTTTCCTATCATTCTTACTGTCATTGCTGAAGTCAATAACAGGTAGCTTAGAAAGTAAATGGTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13862550 75 +  48394510 TTTCTTTTTCTTTCCTATCATTCTCACTCTCATTGCTGAAGTCAGTAACAGGTAGCTTAGAAAGTAAATGGTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  32574211 75 + 196418989 TTTCTTTTTCTTTCCTATCATTCTTACTCTCACTGCTGAAGTCAATAACAGGTAGCTTAGAAAGTCAATGgtaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=85547.000000
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s panTro2.chr21 14407633 27 +  46489110 AAGTACACTTTGCAGTGTAATGTGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13862625 27 +  48394510 AAGTACACTTTGCAGTGTAATGTGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  32574286 27 + 196418989 aagtactctttgcagtgtaatttgagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=329149.000000
s hg19.chr21    15693790 66 +  48129895 TTGGATATATCTAATCCCTAAGATTCCACCTAGCTCTAAAAAATCTAAGAGTTTTGCCTTACGGAA
s panTro2.chr21 14407660 66 +  46489110 TTGTATATAACAAATCCCTAAGATTCCATCTAACTCTAAAAAATCTAAGAGTTTTGCCTTATGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  32574313 66 + 196418989 ttggatatatcacatctctaagattccatctagctctaaaaAATCTAAGAATCTTGCCTTATGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204036.000000
s hg19.chr21    15693856 149 +  48129895 ATGTTATATAAGATAATCAAATCAGAGGTGAGAAATGGGTTTATGAAGAAAAATATAACAAAGCTAAAGATAAATTTTACATATTTACAGATTTAGGTTAGGCTAAtttttttttttttg----------------agacggagtcttgctctgtcgcccaggct
s panTro2.chr21 14407726 161 +  46489110 ATGTTATATAACATAATCAAATCAGAGGTGAGAAATGGGTTTATGAAGAAAAATATAACAAAGCTAAAGATAAATTTTACATATTTACAGATTTAAGTTAGGCTAAtttttttttttttttttttttttttt----agacggagtcttgctctgtcgcccaggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13862718 165 +  48394510 GTGTTATATAAGATAATCAAATCAGAGGTGAGAAATGGGTTTATGAAGAAAAATATAACAAAGCTAAAGATAAATTTTACATATTTACAGATTTAGGTTAGGCCAAttcttttttttttttttttttttttttttgagacggagtcttgctctgttgcccaggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  32574379  98 + 196418989 ATGTTATATAAGATAATCAAATCAGAGGTGAGAAATGGGTTTATGAAGAAAAGTATAACAAAGCTAAAGATAAATTTTACATATTTACAGATTTAGGT-------------------------------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8358.000000
s hg19.chr21    15694005 33 +  48129895 ggagtgcagtggcgcgatctcggctcactgcaa
s ponAbe2.chr21 13862883 33 +  48394510 ggagtgcagtggcgcaatctcggctcactgcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14407887 33 +  46489110 ggagtgcagtggcctgatcccggctcactgcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574477  0 + 196418989 C

a score=14843.000000
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s panTro2.chr21 14407920 45 +  46489110 gctccatctccggtgttcatgccattctcctgcctcagcctcccg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574477  0 + 196418989 C

a score=18181.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574477  0 + 196418989 C

a score=15129.000000
s hg19.chr21    15694151 87 +  48129895 gtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574477  0 + 196418989 C

a score=10089.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=244877.000000
s hg19.chr21    15694267 53 +  48129895 CTTACACAAGCTAATTATACTGATGATAGCTTGTATGTCGTGGATAGTAACGA
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a score=570251.000000
s hg19.chr21    15694320 82 +  48129895 TCTCAATATATTCA-TGAGTTTTACatttacttaatcctcccccaacccccaaaactccagaggctaccatggtcctcatttt
s panTro2.chr21 14408197 82 +  46489110 TCTCAATATATTCA-TGAGTTTTACatttacttaatcctcccccaacccccaaaactccagaggctaccatggtcctcatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 n 0

a score=539162.000000
s hg19.chr21    15694402 58 +  48129895 acagagattaggtgtcttgctcaaattaagacagaaggcaagtgacagaatttgaatt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14408279 58 +  46489110 acagagattaggtgtcttgctcaaattaagacagaaggcaagtgacagaatttgaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574616  0 + 196418989 I

a score=279742.000000
s hg19.chr21    15694460 36 +  48129895 ccatgctacctctgtttcatgtcagagaacaaccaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574616  0 + 196418989 I

a score=149575.000000
s hg19.chr21    15694496 75 +  48129895 gctcttaaacattgtatcaAATGTGTAGGAACAAGTACATTGACTCAGTACTGACTTAGTGTGAAAAGCAGGAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13863374 75 +  48394510 GCTCTTAAACATTGTATCAAATGTGTAGGAACAAGTACACTGACTCAGTACAGACTTAGTGTGAACAGCAGGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574616  0 + 196418989 I

a score=-279978.000000
s hg19.chr21    15694571 47 +  48129895 GGCTCACTCTCCTTTACTGATGCTTGCTTCTTCCCCAAAAGTTGGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 13863449 47 +  48394510 GGCTCACTCTCATTTACTGATGCTTGCTTCTTCCCCaaaacttggtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21 14408495 25 +  46489110 TCCTCcctttctctgtcttaaacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574616  0 + 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32574616   0 + 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1265 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14408816 67 +  46489110 TTCCATTAGGGGCTAGATGGTTCCTTCTAGAAGAAAGAaagcatagaattcatagaagagaacttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163845742 67 - 196418989 TTCCATTATGGGCTAGATGATTCCTTCTAGAAAAAAGAaagcatagaattcgtagaagagaccttag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15695006 22 +  48129895 aaatctccaaatccaattcctt
s rheMac2.chr3  163845809 22 - 196418989 aaatctccaaattcaattcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14408883 22 +  46489110 aaatctccaaatccaattcctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=500540.000000
s hg19.chr21     15695028 50 +  48129895 ctgcttagagataagaaatctaaaattcaaagagttcaagtATCATACTG
s rheMac2.chr3  163845831 50 - 196418989 ctgtttagagatgagaaatctaaaattcaaagagttcaagtATCAGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14408905 50 +  46489110 ctgcttagagataagaaatctaaaattcaaagagttcaagtATCATACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15695078  53 +  48129895 TGAATAAAGACAAAAATCTGTCTAGCGCTGAGGT------------------------------------------------ATTTACCATCAAATCCACC
s rheMac2.chr3  163845881 101 - 196418989 TGAATAAAGACAAAAATCTGTCTAGCACTGAGGTatttatcatcaaattcactagcccatttaccatgaaattcactagcccatttaccatcaaattcact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14408955  53 +  46489110 TGAATAAAGACAAAAATCTGTCTAGCGCTGAGGT------------------------------------------------ATTTACCATCAAATCCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=418115.000000
s hg19.chr21     15695131 296 +  48129895 AGCCCATTTACCATCAGATTCACTAAGGTTACTTGAACCTCAGTAGCTGATAGGTctaggtgtatgaccttggtttgtgtttcctgtgtaagagctcagtgcctcagtctttttatccctaaaataaggacaataactgtagtacgtttctcattaggggtagttttgaaaattaaaagagatacaaagcccttagggcaacacgtgtcacgtaggatgctattatcactgttagtGACACTTGCAAGACAGTGACAGCTTTGGGGAATTTACCATTGTGTTTTCTTACTAATCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13864009 296 +  48394510 AGCCCATTTACCATCAAATTCACTAAGGTTACTTGAACGTCAGTAGCTGATAGGTctaggtgtatgaccttggtttgtgtttcctgcgtaagagcttagtgcctcagtctttttatccctaaaataaggataataactgtagtacctttctcattaggggtagttttgaaaattaaaagagatacaaagcccttagggcaatgcctgtcacataggatgctattatcactgttagtGACACTTGCAAGACAGTGACAGCTTTGGGGAATTTACCATTGTGTTTTCTTACTAATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14409008 295 +  46489110 AGCCCATTTACCATCAAATTCACTAAGGTTACTTGAACCTCAGTAGCTGATAGGTctaggtgtatgaccttggtttgtgtttccagtgtaagagctcagtgcctcagtctttttatccctaaaataaggataataactgtagtacctttctcattaggggtagttttgaaaattaaaagagatacaaagcccttagggcaacgcctgtcacataggatgctattatcactgttagcGACACTTACAAGACAGTGACAGCTTTGGGGA-TTTACCATTGTGTTTTCTTACTAATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14409303 67 +  46489110 CACAAGAATCACATTGGTATAAAGGCTGCATGAAATTATGCTTCTTTTAAAGGGTA---------GAGTGGTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13864305 76 +  48394510 CACAAGAATCACATTGATATAAAGACTGCATGAAATTATGCTTCTTTTAAACGCTAATATTTCCCAAGTGGTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163846277 67 - 196418989 CACGAGAATCACATTTGTATAAAGGCTGCATGAAATTATGTTTCTTTTAAAGGCTA---------GAGTGGTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163846492 75 - 196418989 ACGATATTACAGAACATTTTAGGACAAGCTGAAATAATGGAGAAAATACTAGGACTCCCAGTAAACCTATGGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=-280407.000000
s hg19.chr21     15696156 18 +  48129895 GAAATTTAATCTGATTGC
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a score=646373.000000
s hg19.chr21     15696174 68 +  48129895 CAAAAACATCCCCATCCCATAGCATTCACAGACTCTACAGATGAGAATGTGAAAAATAGGCTTTGGAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865059 68 +  48394510 CAAAAACATCCCCATCCCATAGCATTCATAGACTCTACAGATGAGAATGTGAAAAATAGGCTTTGGAC
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a score=333841.000000
s hg19.chr21     15696242 42 +  48129895 ATAAACATTTCATGATGGATTGGGATGATTATCAAGACAGGA
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a score=157100.000000
s hg19.chr21     15696284 35 +  48129895 TATGTGACCTAGACATACAGAC-CAGTATAGGAGCT
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a score=194499.000000
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s panTro2.chr21  14410193 20 +  46489110 GAAGGACCTGCCTAGAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865204 20 +  48394510 GAAGAACCTGCCTAGAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163847168 20 - 196418989 GAATAACCTGCCTagaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14410213 33 +  46489110 TAAGagaaa--------------------gaaagagagaaagagagagagaga-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865224 31 +  48394510 TAAGagaaa--------------------ggaagagagaaagagagagaga---
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163847188 51 - 196418989 taagagaaagacagacagaggaaagagaggaaagagagaaagaaagagaga---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-482043.000000
s hg19.chr21     15696373 49 +  48129895 gaaagcaagaagaagaaagaaaaaggaaagaaaaagaaagaaagaaaga
s panTro2.chr21  14410246 35 +  46489110 -----------gaagaaagaaagaagaaagaaagaaaaag---gaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865255 31 +  48394510 -----------gaagaaagaaagaagaaaagaaaga-------aaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163847239 32 - 196418989 ------------aagagagaaagagagaaagagagaaa-----gaaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-78015.000000
s hg19.chr21     15696422 18 +  48129895 aagaaagaaagaaagaaa
s panTro2.chr21  14410281 16 +  46489110 aagaaaga--gaaagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865286 13 +  48394510 aagaa-----aaaaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163847271 18 - 196418989 aagaaagaaagaaagaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-83669.000000
s hg19.chr21     15696440 23 +  48129895 gaaagaaagaaagaaagaaagaa
s panTro2.chr21  14410297 23 +  46489110 gaaagaaagaaagaaagaaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865299 23 +  48394510 aagaaaaagcaagaaagaaagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163847289 23 - 196418989 gaaagaaagaaagaaagaaagaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 118

a score=-99998.000000
s hg19.chr21     15696463 26 +  48129895 aagaaaaga-----aaagaaaagagtagaaa
s rheMac2.chr3  163847430 29 - 196418989 --aagaaaaagaagaagagaaggagtagaaA
i rheMac2.chr3  I 118 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14410320 17 +  46489110 aa--------------agtaaagagtagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14410337 29 +  46489110 ggaaggcaggaaggaagaGGGCAGGAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865367 40 +  48394510 AGAAAAAAAAA--AGGGCAAAACTTTGGTCCTGATTGGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163847488 39 - 196418989 CAGAATAAAAA---GGGTAAAACTTTCGTCCTGATTGGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-268796.000000
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s rheMac2.chr3  163847527 16 - 196418989 TGTTATATTATGC----TTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14410408 20 +  46489110 TGTTATATTATGCTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15696571 33 +  48129895 TTTTTTTTTGTAACTGACTAAAATGAACAGTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865420 33 +  48394510 TTTTTTTTTCTAAGTGACTAAAATGAACAGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163847543 33 - 196418989 ATTTTTTTTGTAAGTGACTAAAATGAATAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163847576 107 - 196418989 TTGAAGCAAATTAATCTAATCAGTTATTT---CCCCAATGTTTCTTCCC-TCAGTTGCCTAAACAGAAAACCAAAAGATAATAGGAAATAATAGGAATACACAGCTTATAg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865453 111 +  48394510 TTGAAGTAAATTAATCTAATCAGTTTTTTTTCCCCCAATGTTTCTTCCCATCAGTTCCCTAAACAGGAAGCCAAAAGATAATAGGAAATAATAGGAATAAAGAGATTATAg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14410461 109 +  46489110 TTGAAGTAAATTAATCTAATCAGTTTTTTT--CCCCAATGTTTCTTCCCATCGGTTGCCTAAACAGGAAGCCAAAAGATAATAGGAAATAATAGGAATAAAGAGATTATAg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-38875.000000
s hg19.chr21     15696713 48 +  48129895 gctgggcgtggtgactcatgactgtaattccagcactttgggaagctg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14410570 48 +  46489110 gctgggcgtggtgactcatgcctgtaattccagcactttgggaagctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163847731 70 - 196418989 aggcaggtggattacctgaggtcaggaattcaagaccagcctgaccaacatggtgaaatcccgtctctac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24601.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14410768 78 +  46489110 tgaacctgggaggcggaggttgcagtgagccgagatcatgccactgcaatccatcctgggcgactgagtgagactctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-125975.000000
s hg19.chr21     15697011 35 +  48129895 AGAGGGAGATTATAAAATAAGTGCCTAGAGCTTAT
s panTro2.chr21  14410868 33 +  46489110 AGAG--AGATTATAAAATAAGTGCCTAGAGCTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865862 33 +  48394510 AGAG--TGGTTATAAAATAAGTGCCTAGAGCTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163848019 124 - 196418989 AATTGCTAAAATTGAGCGTTGTGACAGATTAAAGGGAATCAAGCACTTTAGGATCCAAGAGCTCAGATACTGGCAGTTTTGACCTTGAATGAAAGAATGAGTCTTGAAATAATTATTTTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13865895 123 +  48394510 AATTGCTAAAATTGAGCATTCGAACAGATTATAGGGAATCAAGCACTTTAGGATCCAAAAGCTCAGATAGTGGCAGTTTTGATCTTGAATGAAAGAATGAGTCTTGAAATAATTA-TTTTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14410901 123 +  46489110 AATTGCTAAAATTGAGCATTGGGACAGATTATAGGGAATCAAGCACTTTAGGATCCAAAAGCTCAGATAGTGGCAGTTTTGATCTTGAATGAAAGAATGAGTCTTGaaataatta-ttttttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=559233.000000
s hg19.chr21     15697169 69 +  48129895 GAATTGGATATGCCTAAGGATGTGTGGATGATGTGGACGTTGCAGGTTGGAGATTTGTGTGCATATCAG
s panTro2.chr21  14411024 69 +  46489110 taattGGATATGCCTAAGGATGTGTGGATGATGTGGACGTTGCAGGTTGGAGATTTGTGTGCATATCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13866018 69 +  48394510 GAATTGGATATGCCTAAGGATGTGTGGATGATGTGGACGTTGCAGGTTGGATATTTGTGTGTGTATCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163848143 69 - 196418989 GAATTGGATATACCTAAGGATGTGTGGATGATGTAGATGTTACAGGTTGGAGATTTGTGTGCATACCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13866087 27 +  48394510 ATTTAGCTGACTCCGTAGGAAAACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163848212 27 - 196418989 ATTTAGCTGACTCAGTAGGTAAACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=215718.000000
s hg19.chr21     15697265 22 +  48129895 TAATAAGTCATTCCTCCTTGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=255532.000000
s hg19.chr21     15697287 65 +  48129895 CATAAagatcttggactgcttctccttgtctattatcttagtatttttatactgtctcatggctt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241789.000000
s hg19.chr21     15697352 49 +  48129895 ta----ctttccgtacactaatatgtccaagttaatctctctagtctggatct
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15697401 70 +  48129895 ctcctctgaactccagggttgaaccggcagctgaccctctcagcatctcccctctaacatctaaatgaca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13866250 70 +  48394510 ctcctctgaactccagggttgaaccggcagctgaccctctcagcatctccactctaatgtctaaatgaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163848379 69 - 196418989 cttct-tgaactccagggttgaaccggccactgactctctcagcatctcccctttaatgtctaaatgaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15697471 71 +  48129895 tctccaatttacatgtcgcacacaggattcttgattttccttcagcacacacaaacctgtcccacatgtga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s hg19.chr21     15697542 35 +  48129895 ttttttccaccttagctaatggcaatgtcattctt
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s panTro2.chr21  14411474 84 +  46489110 ttcttattctacatcaaatctataatcaaatcccattggctcgatcttcaaaatatatccaagaatccagaattcacccactac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13866468 79 +  48394510 ttcttactctac----aatctataatcagatcccattagctcgatcttcaaaatatatccaagaatccagaattca-ccactac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163848597 84 - 196418989 ttcttactctacatccaatctataatcaaatcccattggctcgaccttcaaaatatatccaataatccagaattcacccaccac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=814787.000000
s hg19.chr21     15697703 127 +  48129895 tcatcaccttcacagctgccccctctgtccaatcaggattatttctcacttgccattattgtaactgcctgcttataggccttcctgctgccatcttaccccatacaggctatttgcaacatagtat
s panTro2.chr21  14411558 127 +  46489110 tcatcaccttcacagctgccccctctgtccaatcaggattatttctcgcttgccattattgtaactgcctgcttacaggccttcctgctgccatcttaccccatacaggctatttgcaacatagtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13866547 127 +  48394510 tcatcatcttcacagctgccccctttgtccaatcaggattatttctcacttgctgtcattgtaactgcctgcttacaggccttcctgctgccatcttaccccatacaggctatttgcaacatagtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163848681 127 - 196418989 tcattaccttcatagctgtcccctttgtccgatcacgattatttttcacttgccatcattgtaactacctgcttacaggccttcctgctgccatcttaccccatacaggctatttgcaacacagtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14411685 27 +  46489110 acagagagtttcttttataaatgtaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13866674 27 +  48394510 acagagagtttcttttataagtgtaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163848808 27 - 196418989 acagagactctcttttataaatgcaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146878.000000
s hg19.chr21     15697857 33 +  48129895 tcagagcatatcgctcttctgcccaaaacttcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13866701 19 +  48394510 tcagagcatatggctcttc--------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163848868 40 - 196418989 aaaacattcacctctcagagaaaaatctgaggtccttaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13866720  0 +  48394510 C

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s rheMac2.chr3  163848908 36 - 196418989 ctgacttgtaaagccctataggacctggacctgttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13866720  0 +  48394510 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13866720  0 +  48394510 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13866720  0 +  48394510 C

a score=492249.000000
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s rheMac2.chr3  163849081 142 - 196418989 actttgttcagataaccatatggcttgcacatccaccttctgttggtgtttgcttaaatgttggctcatcaatgaagacttgcttatccaccctatttcatatctcaacacttcctactcctttcccagctttactttgtca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14411959 142 +  46489110 actttgttcagataaacatacggcttgcatatccgccgtctgttggtgtttgcttaaatgtcatctcatcaatgaagacttgcttatccaccctatttcatatctcaacacttcctactcctttcccagctttactttgtca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13866720   0 +  48394510 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14412101 178 +  46489110 taagtcttattaatttccataagattgggaaatttacttgttcgttttttgttttgtcttcctcctaactctatattataaggttttataagggcaggattttttgttatttgttccattgccatcagctagaacaccaaatggcacatacgtaagtatttgctgaaagggtggatAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13866720   0 +  48394510 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13866720 33 +  48394510 ATAACTAGAGACTgaaagaacacggaaaagtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14412341 96 +  46489110 ccattgagacttaatatatttcatttaaatgagtataatttttta--agtctccaagaaaagctaatccagaaGCACTGAAACATACTTTGAAATCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163849463 98 - 196418989 ccactgagacttaatatatttcatttaaatgagtataatcttttaagagtctctaagaaaagataatccagaaGCAATGAAACATACTTTGAAATCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163849628 110 - 196418989 CACTCATTAAATAACTTAAGAAAAGCTTAACATGTAAAAATTAATCAATATTTTTGTAAACTTAATCATTTCCTTTCCCCTACAGTAAATCAATTTTCCTTATTTATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15698759 97 +  48129895 ATCACTGTTAATATAATATCTAAATTGAACCTCTTGAAATTTCTGTAAGCCAATTTTGGGAAACCATTCCTTCTTTTTCTCCCTAAAAAAA--GAATTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15698856 80 +  48129895 CAGTCCCtataaatatttgtttacaaaattgtttttttaaaaaattataaGTTGCAGCAGCTCAAATAAAGAATACAgca
s panTro2.chr21  14412713 80 +  46489110 CAGTCCCtataaatatttgtttacaaaattattttttaaaaaaattataaGTTGCAGCAGCTCAAATAAAGAATACAgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13867151 80 +  48394510 CAGTCCCTATAAATGTTTGTTTACAAAATTGTTTTTTTAAAAAATTATAAGTTGTAGCAGCTCAGATGAAGAATACAgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163849834 80 - 196418989 CAGTCCCTATAAATATTTGTTTACAAAATTGTTTTTAAAAAAAATTCTAAGTTGCATCAGCTCAAATAAAGAATTCAgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14412793 178 +  46489110 gagcatggtgctgcacgcctatagttccagctactaggaggtcaaactgggaggatccattgagctcaggagtctgaaaccagcctgggcaacatagcaagactcttgtctc-aaaacaaatgaaagggaggaagaaaggaaaggaggaagaaagaaacagagagaa--agaaagaaagaa--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13867231 182 +  48394510 gagcatggtgctgcaagcctatagttccagctactcagaggccaaactgggaggatccattgagctcaggagtctgaaaccagcctgggcaatatagcaagactcttgtctc-aaaaaaaaGGAATGGGAGGAAGAGAGgaaaggaagaagaaagaaacagaaagaaagagaaagaaagaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163849914 170 - 196418989 gagcatggtgctgcacgcctatagttccagctactcaggggccaaactgggaggatccattgagctcaggagtttgaaaccagcctgggcaacatagcaagactcttgtctcaaaaaaaaaggaaaaGGaggaagagaagaaaggaagaagaaagaaacagagagag--aga-----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 2982

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s ponAbe2.chr21  13867413 1713 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14412971 1714 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163850084 2982 - 196418989 I

a score=293920.000000
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s ponAbe2.chr21  13869126 1101 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14414685 1121 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163850084 2982 - 196418989 I

a score=524949.000000
s hg19.chr21     15701950 1020 +  48129895  
s panTro2.chr21  14415806 1020 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13870227 1020 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1215
s rheMac2.chr3  163853066 1028 - 196418989  
i rheMac2.chr3  I 2982 C 0

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s panTro2.chr21  14416826 1654 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163854094 1657 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 59
e ponAbe2.chr21  13871247 1215 +  48394510 I

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s hg19.chr21     15704629   38 +  48129895 AGAGAGaaataaataaataaataaataa-------------------------------------ataaGggaag
s panTro2.chr21  14418480   75 +  46489110 agagagaaagaaagaaagaaagaaagaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaagaaaagaaagaaagaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163855751   59 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13871247 1215 +  48394510 I

a score=23018.000000
s hg19.chr21     15704667 80 +  48129895 gagggagggagggagggaggaaggaaggaagaa---agaaagaaa-aaagaaggaaggaaggaagcaa--agaaaaaggaaggaag
s ponAbe2.chr21  13872462 83 +  48394510 gagggagggtggaaggaaggaagggaagaaagaaagagaaagaaa-aaagaaggaaggaaggaaagaa--aaagcaaggaaggaaa
i ponAbe2.chr21 I 1215 C 0
s panTro2.chr21  14418555 77 +  46489110 aaggaagagagggagggaggaaggaaggaagga---aggaaggaa----gaaagaaagaaagaaaaaa--gaaggaaggaaggaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 59 C 0

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s hg19.chr21     15704747 31 +  48129895 agaaagagaga--aagaggaaggaaggaagaag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13872545 31 +  48394510 agaaagagaga--gaaaggaaggaagaaagaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163856015 55 - 196418989 ATGTCATATTTTTATCAACACAACCCAGAGTGAAG-----TTTTTAAAGAATGCACTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13872700 60 +  48394510 ATGTCATATTTTTATCAACACAACCCAGAGTCAAGCCCACTTTTTAAAGAATACACTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14418769 60 +  46489110 ATGTCATATTTTTATCAACACAACCCAGAGTCAAGCCCACTTTTTAAAGAATACACTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15704942 14 +  48129895 TTTTTCAAATAAGA
s rheMac2.chr3  163856070 14 - 196418989 TTTTTCAAATAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13872760 14 +  48394510 TTTTTCAAATAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14418829 14 +  46489110 TTTTTCAAACAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163856084 78 - 196418989 AATTTCAAACAACTAAATAAATCACATATTATCTAATGTTTGAGAAGCCTATTATAATTTTTCCAATTAATTGGCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163856256 75 - 196418989 ACTCTAAATTTCTATTCTTTTCGAATTCTCCAATCATTTCCAATTAGTGCAGAATTaagacagattaa---ggattgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14419093 205 +  46489110 ggctgggcatggtggcttatgcctgtaatcccaacgctttgggagtccaaggcagtcagatcacttgaggtcaggagctcgagaccagcctggcctacatggggaaaccccatctctactaaaaatatgaaaattagccaggtgcggtggtgtttgcctgtagtcccagctactccagaggctgaaacaggagaattgcttgaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13873021 194 +  48394510 ggctaggcgtgctggcttatgcctgtaatcccaacgctttgggagtccaaggcaggcagatcacttgaggtc-----------accagcctggcctacatggggaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagccaggtgcggtggcgtttgcctgtagtcccagctaatccggaggctgaagcaggagaatcgctttaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163856331 191 - 196418989 ggccgggcgtggtggcttatgcctgtaatcccaacgctttggg--------------agatcacttgaggtcaggagctcgagactagcctggcctacatggggaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaattagccaggtgtggtggcgtttgcctgtagtcccagctactccagaggctgaagcaggagaatcgcttgaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15705408 68 +  48129895 ctgggaagcagaggttgcagtgagccgagattgtgccactgcattccagtctgggtgacagagtggga
s panTro2.chr21  14419298 68 +  46489110 ctgggaagcagaggttgcagtgagccgagattgtgccactgcattccagtctgggtgacagagtgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13873215 67 +  48394510 ctgggaagcagaggttgcaatgagccgagattgtgccactgcattccagcct-ggtgacagagtgaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163856522 68 - 196418989 ctgggaggcagaggttgcagttagctgagactgtgccactgcattccagcctgggtgacagagtgaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15705476 35 +  48129895 ctctgACCCCCCTCCACCGCCCCCCGCTCCACACA
s rheMac2.chr3  163856590 14 - 196418989 ctctgtccacacac---------------------
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14419366 35 +  46489110 ctctgACCCCCCTCCACCGCCCCCCGCTCCACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=211989.000000
s hg19.chr21     15705511 54 +  48129895 ACAAAAGAGTAAGGATTGGAAGATACAAGCCGGCAGGAACTTCTCAACAAATAC
s ponAbe2.chr21  13873316 54 +  48394510 ACAAAAGAGTAAGGATTGGAAGATACAAGCCGTCAGGAGCTTTTCAACAAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14419401 54 +  46489110 ACAAAAGAGTAAGGATTGGAAGATACAAGCCGGCAGGAACTTTTCAACAAATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163856648 42 - 196418989 ------------ggattggaagatacaagccggcaggaacttttcaacaaatag
i rheMac2.chr3  I 44 C 0

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s hg19.chr21     15705565 91 +  48129895 AGGATCTCTGTAATGGGATCTACTAAAATAGAATACAGTAAGTCTTCCTCATGAAAAGGCTCATGGGAAAACTGTCTAGCTGCCTATCAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14419455 91 +  46489110 AGGATCTCTGTAATGGGATCTACTAAAATAGAATACAATAAGTCTTCCTCATGAAAAGGCTCATGGGAAAACTGTCTAGCTGCCTATCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14419546 29 +  46489110 AGTATGTTGAAAAGAAGGAGTAGGGGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14419575 44 +  46489110 TGAACCAAATAATTTCTGAAAAATTTTCCCCTCAAAGTTTAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163856810 43 - 196418989 tggaccaaataatttctgaaaaatttt-ctctcaaagtttaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14419817 31 +  46489110 GCAACACTGAATCACTTTTGTCTTCCCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15705953 19 +  48129895 GTACTCCACACTTTGT--TTT
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a score=485518.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=457377.000000
s hg19.chr21     15706052 37 +  48129895 ATTTTCCTGAGAATTTCTCAAGGACAGAACAAGACTC
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a score=809827.000000
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a score=741631.000000
s hg19.chr21     15706194 67 +  48129895 TTT-TGTGAAAAAATGATGAATAACATTTTTGTTTGAAAAAGCAATACCTTTCTATATAGTATCCAAT
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a score=1668960.000000
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a score=1685224.000000
s hg19.chr21     15706323 58 +  48129895 ATTTCATAGCATTTTATGTCCAGCTACATTAAGAATTAATTTTTT-GGCTTGGCACCAA
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a score=2848835.000000
s hg19.chr21     15706381 89 +  48129895 TGCTAAATTTGCTTATCCAAAGAGAAGCCATGCCAGCAGCTTGAAGGATGATGACAGTAATTAACCCAAATCATATACCAGTAGCTATT
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s ponAbe2.chr21  13874270 50 +  48394510 CCAATGAAAGTGTCTGTTAAATAGTGTATCTT----TGATGCTGAGGCTGATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14420367 54 +  46489110 CCAATGAAAGTGTCTGTTAAATAGTGTATCTTTCTCTGATGCTGAGGCTGATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14420421 87 +  46489110 TACAAAGGACATGCACTGCAACCTCCCACAGAATGTTTCTGGATACTAGTTCCAGAGATAGGAAGGGAAGAACTACCAGGCTGTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163857965 103 - 196418989 TGCAACCAGTATAAGCACTGACTTTGTTACATAAATCATATCATGGTAAAATGataaaatattatgttatattataaaatataatGGTGTTGTAGAAGAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14420911 38 +  46489110 AGAACAACATTATCAATATTATTAATATTGACAATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14420949 65 +  46489110 ATTAATAATTGCAATATTGACAT---ATGTCaat-----ataagagcaatagtaatataagatatatc--ttata
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163858651  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  163858651  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  163858651  0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15708784 78 +  48129895 cAAGACAGCAAAGATGATAGAAGGCTAGATTTGGGAATCTAAGTAAAATAAAAACCAAATGTAGTGAGAATAACTGAA
s panTro2.chr21  14422688 78 +  46489110 cAAgacagcaaagatgatagaaggctagatttgggaatctaagtaaaataaaaaccaaatgtagtgagagtaactgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13876604 78 +  48394510 cAAGAGAGCAAAGATGATAGAAGGCTAGATTTGGGAATCTAAGTAAAATAAAAATCAAATGTAGTGAGAATAACTGAA
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i rheMac2.chr3  C 0 I 8

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s rheMac2.chr3  163858883 80 - 196418989 TTGAAAACTTATaaatagaagaggttatgatcagagattgaaatacttacagttgggttttcagagatgggttagttcta
i rheMac2.chr3  I 8 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14422766 80 +  46489110 tttaaaacttataaatagaagaggttgtgatcagagattgaaatacttagagttgggttttcagagatgggttagttcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15708942 60 +  48129895 agtaataagattcatggtttaaggtcatgaaagttgatggccaaagtgtggtgcacatgc
s rheMac2.chr3  163858963 60 - 196418989 agtaataagattcatggtttaaggtcatgaaagttgatggcaaaagtggggtacacatgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163859023 156 - 196418989 aggacctggagctatgaagatcatgaagctggaaaagagatcgagtttaatacagcttttcatgtaatctgtgacattacccagggtggtggcagaacaaaatgagaagagtaaccctgatgttagttcatcttctgagagaccaagaagtgagta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13876822 156 +  48394510 aggacctggagctatgaagatcatgaagctggaaaagagactaagtttaatacagtttttcatgtaatctatgacattacccagggtggtggcagaacaaaattagaagagtaaccttgatgttagttcatcttctgacatactaagaagtgaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14422906 156 +  46489110 aggacatggagctatgaagatcatgaagctggaaaagagattaagtttaatacagtttttcatgtaatctatgacattacccagggtggtggcagaacaaaatgagaagagtaaccatgatgttagttcatcttctgacataccaagaagtgagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15709158 31 +  48129895 gatgccagtctaggccaggatgagaagggac
s rheMac2.chr3  163859179 31 - 196418989 gtcgccagtctaggctaggatgagaagggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13876978 31 +  48394510 gatgccagtctaggccaggataagaagcgac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14423062 31 +  46489110 gatgcgagtctaggccaggatgagaagggac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=423736.000000
s hg19.chr21     15709189 45 +  48129895 agagtatggtacagccagatggcatcagtttaaatgctctaaaga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14423093 45 +  46489110 agagtatggtacagccagatggcatcagtttaaatgctctaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=423109.000000
s hg19.chr21     15709234 56 +  48129895 cttgattcgagtttaagggataattatttagaagaagcagttaaaaatagaccaca
s panTro2.chr21  14423138 56 +  46489110 cttgatttgagtttaagggataattatttagaagaagcagttaaaaatagaccaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163859255 42 - 196418989 cttgattcaagtttaagggataattatttagaagaagcagtt--------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 338

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s panTro2.chr21  14423194 58 +  46489110 agccctggccctaaattatgtgggttatggtagaatgaagagtctccctctgataaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 338 C 0

a score=85786.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13877168 33 +  48394510 ccaaaaagatgcaaagttattatcagggaaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163859693 33 - 196418989 ccaaaaagatgcaaagttattatccgggaaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135588.000000
s hg19.chr21     15709381 40 +  48129895 caagttgctgttagagtaagggagtagagaacgatgcaac
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a score=146771.000000
s hg19.chr21     15709421 46 +  48129895 aaaatggttaaggatGTATAATTTTTTTATGTTAGTTTCATGTAAA
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a score=286620.000000
s hg19.chr21     15709467 30 +  48129895 ACCTAAAAAGC-AAACATCGTCTTGCTTTAT
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a score=1815757.000000
s hg19.chr21     15709497 93 +  48129895 CAGGCCCTCATTGGATCAAGGAAAACAGCTCTCAATGAAAAAAGAAAAGATCCCTGTTGGTGGGGTAAGCACCAGAAGAACTAATGTTATTTG
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a score=412089.000000
s hg19.chr21     15709590 55 +  48129895 CTATTAACCACCTAAACATAAAATCTTACCTTGCATTATTGATAAATACTATAGA
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a score=299980.000000
s hg19.chr21     15709645 36 +  48129895 TTTCTCATTTAATTTGAGGAGAATTGCTATATAATA
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a score=320011.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14425413 69 +  46489110 CAATCATGCTTTCGAGGTTTAGGTTGGGTAACTGGGATAGCAATGATGACAAAAATAAGGAAAACAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13879351 69 +  48394510 CAATCATGCTTTCGAGGTTTAGGTTGGATAACTGGGATAGCAATGATGACAAAAATAAGGAAAACAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 328 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163862436 84 - 196418989 gtaaaatgaggggcttaaactagatgatttctacatttctgtcagattctagcattctaGAGCTCTTAGTTCTACACAGGCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14425750 306 +  46489110 GAATTATTCTGTAGAGATAATCAGTGAACCCATAGGAGTAGATAGGATCACCATGAATGAGGAATAAGAGCCATGAGAGTGAATGACAGATTCTTGAGGGGTGTCCACATAGAGCTGATTAGTGGACTAACTTCACAGAAATTGAACAGAGATAAGTTCCTTGTCAGATGATCAGAGGGAGAGAAGGAGACAGAACAACAGCCACAATGATGTGAATGCCTGCTCCATGTCTGGAAACCCAGGCATGTTTTCATTGTTGaagttgaaacaaatgaaaatgcctgtatttgacttgttctgacccac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15712169 44 +  48129895 aaaaatggcaatttcatacggcttaagctaaCACAGTAGTTTAT
s panTro2.chr21  14426056 44 +  46489110 aaaaatggcaatttcatacggcttaagctaaCACAGTAGTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13879994 44 +  48394510 aaaaatggcaatttcatatggcttaagctaaCACAGTAGTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163862820 44 - 196418989 aataatggcaatttcctatgacttaagctaaTGCAGTAGTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=250799.000000
s hg19.chr21     15713194 50 +  48129895 AAAACTATGAAACTTAGAACCTTGCTTCTCTTTTCTCCTCT-----CTTATTTTT
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a score=410451.000000
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s rheMac2.chr3  163863972 155 - 196418989 ATTTATGTTTGTTTCTGTCATTTTGTTAACAGCATTCACTGGGAAAAGAGATGTTAATAATGAAAATGAGATATAAGAATTATCTACAGTATGAAAGAACAGGACCTTACAATTTCTTTGCTTTTGAATCAGTGAGAGCCAGATTTATTGACTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13881132 151 +  48394510 ATTTATGTTTG-TTCTGTCATTTTGTTAA---CATTCACTGGGAAAAGAGATGTTCATAATGAAAATGAGATATAAGAATTATCTGGAGTATGGAAGAACAGGACTTTACAATTTCTTTGCTTTTGAATCAGTGAGAGTCAGATTTATTGACTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14427221 151 +  46489110 ATTTATGTTTG-TTCTGTCATTCTGTTAA---CATTCACTGGGAAAAGAGATGTTCATAATGAAAATGAGATATAAGAATTATCTGGAGTATGGAAGAACAGGACTTTACAATTTCTTTGCTTTTGAGTCAATGAGAGTCAGATTTATTGACTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=90614.000000
s hg19.chr21     15713460 40 +  48129895 CAGTTTGCAACTCAGTGAGGAAGATACAGATGTAGAGGTC
s rheMac2.chr3  163864127 40 - 196418989 CAGTTTGCAACTCAATGAGGAAGATATAGATGTAGAGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13881283 40 +  48394510 CAGTTTGCAACTCTGTGAGGAAGATATAGATGTAGAGGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14427372 40 +  46489110 CAGTTTGCAACTCAGTGAGGAAGATATAGATGTAGAGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=21660.000000
s hg19.chr21     15713500 27 +  48129895 TCAAATTATAGCAAGAGAAACATCCAT
s rheMac2.chr3  163864167 27 - 196418989 TCAAATTACAGCAAAAGAAACCTCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13881323 27 +  48394510 TCAAATTATAGCAAGAGAAACATCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14427412 27 +  46489110 TCAAATTATAGCAAGAGAAACATCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=158363.000000
s hg19.chr21     15713527 36 +  48129895 ATATACATGAATCTCCGTATCTCTGCATGTCACATG
s rheMac2.chr3  163864194 36 - 196418989 ATATACATGAATCTCTGTATCTCTGCATGTCACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13881350 36 +  48394510 ATTTACATGAATCTCCATATCTCTGCATGTCACATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14427439 36 +  46489110 ATATACATGAATCTCCATATCTCTGCATGTCACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=99443.000000
s hg19.chr21     15713563 24 +  48129895 TACATATGAAGGCTAAATTCACAC
s rheMac2.chr3  163864230 24 - 196418989 TACATATGAAGGCTAAATTCACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13881386 24 +  48394510 TATATATGAAGGCTAAATTCACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14427475 24 +  46489110 TACATATGAAAGCTAAATTCACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=257544.000000
s hg19.chr21     15713587 33 +  48129895 CAATTCAGTGAAATTATGTTACAGCTTTAGAGT
s rheMac2.chr3  163864254 33 - 196418989 CAATTCAGTGAAATTATGTTACAGCTTTAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=345572.000000
s hg19.chr21     15713620 44 +  48129895 AGATGCAATAACCTTTGAAGAACATTTTAAGTGAGTAAATAGCA
s rheMac2.chr3  163864287 44 - 196418989 AGATGTAATAACCTTTGAAGAACATTTTAAGTGAGTAAATAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=467624.000000
s hg19.chr21     15713664 62 +  48129895 TTTCTATAACATATAAAGTATGCAATTTTAGTGTCCATAATATTACTTATGTAAAGCCTTAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163864393 198 - 196418989 TTTTAATTAACTGTGAGTAAATATAGAAAGATTTTATAACCAAAGCAACAGATTATGAACAGTTTTATCGTAAAGGTTTTTTTCCTGATTGGCTTTTGTTTAGAGTGGTCTGCAGTTGTTAGCATATAAATCTTCTCTGATGTATTGCTTCTTCACattttttacatttaaaaaatttttaatttttaaGGCTTATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14427638 198 +  46489110 TTTTAATTAACTGTCAGTAAATATAGAAAGATTTTATAACCAAAGAAACAGATTATGAACAGTTTTATCATAAAGATTTTTTTCCTGATTGGCTTTTGTTTAGAGTGGTCTGCAGTTGTTAGAATATTAATCTTCCCTGATTTATTGCTTCTTCACattttttacatttaaaaaatttttaatttttaaGGCTTATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=84336.000000
s hg19.chr21     15713924 24 +  48129895 AGTGCAATTGCAAATT-ATGTTTCC
s rheMac2.chr3  163864591 25 - 196418989 AGTGCAACTGCAAATTAACGTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=203031.000000
s hg19.chr21     15713948 43 +  48129895 ATAAGTAAGGTGAGCCTAGAAATAAAAATCTATAATTTCTGGG
s panTro2.chr21  14427860 41 +  46489110 ATAAGTAAGGTGAGCCTAGAAATAAAAATCTATAATTTCTG--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15713991 33 +  48129895 TTTTTTTGTTTTTTTCTTGGTAGAACTCAGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163864657 26 - 196418989 -------GGGGTTTTTTTGGCAGAACTCAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15714024 40 +  48129895 TCTTATGGAACCTGATTTAATTGAGAGCAGGCTATATTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13881838 40 +  48394510 TCTTATGGAACCTGATTTAATTGAGAGCAGGCTGTATTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163864683 40 - 196418989 TCTTATGGAATCTGATTTAATTGACAGCAGGCTGTATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-28928.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163864755 191 - 196418989 GAACTTTAAAGCATAAACCGAACTTTCACATGTTAATACTAGAGGCCCACTATGAATAATATAGAAGGCTAGCATTCAAACAAAACTGGAGAACTGAAGCTGAAAATGCTACATCCATATTTTATGACAATAATAAAGATCTTACCTCATTTTTTAAAAAAGAAATTGCCCTGAATAG--TTTTTTCCCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1252754.000000
s hg19.chr21     15714295 97 +  48129895 TCTCAGCTATTCGCTTCAAATTTCTAGGATACTTGGCACATTTCTAATGTATCGTGTTTTATGTCTCACTGTTGGGAACTTCCTTTCTCCGATCCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2269826.000000
s hg19.chr21     15714392 131 +  48129895 TGTGTAAAATATAGGCACCTTATTTTCAAAGTGTGATGATTAAGGAGCACACTGCTGCTTCCAGTTTAAGAGGGCTAAGTGGTTCATTTACTTTACTTACCTCACTAAATTCCACTGAAAGGACAGTGAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163865043 131 - 196418989 TGTGTAAAATATAGGCACCTTATTTTCAAAGTGTGATGATTAAGGAGCACACTGCTGCTTCCAGTTTAAGAGGGCTAAGTGGTTCATTTACTTTCCTTACCTCCCTAAATTCCACTGAAAGGACAGTGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2342611.000000
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s panTro2.chr21  14428424 295 +  46489110 AAATATAAAAGGAAAGGTGTCAGGAGACTTCAGAGTAATACATTTCTATATACGGGAATATATACGGGACAGAAAATGAAGGGTAGAAGAAAACCTGTAGCCAGAAACAGATACTGGAGAAGCTGGAACAGAAGAGGGAGATGTTCAGTTGAGCCATGGAAAAACACTAAACTTATGTTCACAGGTACAGAGAGAAGAATTGAGTTTCATGGAAGTAATCAAAGTAATTCATTAGAACATTGTTCTAATGGCCCATCAGCCTCTTTTAGAACAACACTGCTACCACCACCAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13882338 295 +  48394510 AAATATAAAAGGAAAGGTGTCAGGAGACTTCAGAGTAATACATTTCTATATACGGGAATATATATGGGACGGAAAGTGAAGGATAGAAGAAAACCTGTAGCCAGGAACAGATACTGGAGAAGCTGGAACAGAAGAGGGAGATGTTCAGTTGAGCCACGGAAAAACACTAAACTTATGTTCACAGGTACAGAGAGAAGAATTGAGTTTCATGGAAGTAATCAAAGTAATTCATTAGAACATTGTTCTGATGGCCCATCAGCCTCTTTTAGAACAACACTGCTACCACCACCAATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163865174 292 - 196418989 AAATATAAAAGGAAAGGTGTTAGGAGACTTCAGAGTAATACATTTCTACATACGGGAATATAC---CGACAGAAAATGAAGGGTAGAAGAAAACCTGTAGCCAGGAACAGATACTGGAGAAGTTGGAATAGAAGAGGGAGATGTTCAGTTGAGCCATGGAAAAACACTGAACTTATGTTCACAGGTACAGAGAGAAGAATTGAGTTTCATGGAAGTAATCAATGTAATTCATTAGAACATTGTTCTGATGGCTCATCAGCCTCTTTTAGAAAAACACTGCCACCACCACCAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265702.000000
s hg19.chr21     15714818 43 +  48129895 ATACAGCCACTGTGATAGTAACAGTATGATGAAAACTAGAAAG
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a score=171689.000000
s hg19.chr21     15714861 30 +  48129895 CTGATGTTTAAAGAGGAAATTAGGGTTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193548.000000
s hg19.chr21     15714891 51 +  48129895 AGCATGTGTGACACAGATAGAAGGAAGCCTCCTTATTGTGGCTTTTGGAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=338572.000000
s hg19.chr21     15714942 88 +  48129895 AGGCTCAGCCAACTTGACTTGCATCCCAGTATGAAGCCTTTCAGGGTCATACCTTCCCACTTAAGCAGAACTTGAAGCAAACTCTTCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243248.000000
s hg19.chr21     15715030 44 +  48129895 ATTCAGGGGAGAGAAATGTTGGGGGAAATTAACATATGCAACGG
s panTro2.chr21  14428931 44 +  46489110 ATTCAGGGGAGAGAAATGTTGGGGGAAATTAACATATGCAACGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13882844 44 +  48394510 ATTCAGGGGAGAGAAATGTTGGGGGAAATTAACGTATGCAACGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163865677 44 - 196418989 ACTCAGGGGAGAGAAATATTGGGAGAAATTAATGTATGCAACGG
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a score=347419.000000
s hg19.chr21     15715074 56 +  48129895 CAGAAGAAAGTCACATCAGGTACCTATATTAATTAACCATGTCTTTGTCTCATATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15715130 126 +  48129895 TTTAAACTGATAATGCCCATCCAGGGAATACATTTCACTCAAACCAACAGCATAAATAAAAGTCAACAAATACAGCAGTCAGGCCCAGAAGTAAAACAACAATATGTGGAATACAATTAGACCTTC
s panTro2.chr21  14429031 126 +  46489110 TTTAAACTGACAATGCCCATCCAGGGAATACATTTCACTCAAACCAACAGCATAAATAAAAGTCAACAAATACAGCAGTCAGGCCCAGAAGTAAAACAACAATATGTGGAATACAATTAGACCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13882944 123 +  48394510 TTTAAACTGATAATGCCCATCCAGGCAATACATTTCACTCAAACCAACAGCATAAATAAAAGTCAACAAATACAGCAGTCAGGCCCAGAAGTAA---AACAATATTTGGAATACAGTTAGACCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14429157 95 +  46489110 AAAATGTCTAATTACTGCTTTCAGAGATTCaaaatattgcatccatgaagtcaatgtgcaatgtgctaaaataagttcagcctgagaacaagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13883067 95 +  48394510 AAAATGTCTAATTACTGCTTTCAGAGATTCaaaatattgcatccaggaagtcaatgtggaatgtgctaaaataagttcagcctgagaacaagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14429252 54 +  46489110 gctcttgaaaac---------attttaaaaggttgtacaaatgtaacataagttagaagaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13883225 118 +  48394510 tatcccaaatgtacaacattataaacagagatggaaaatgaaagataagaaaaaattacaggtacagttcaagaagtttaacatgtatataaaaagagtttcagtaaatggggaaAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163866060 118 - 196418989 tatcccaaatgtacaatgttataaacagagatggaaaatgatagataataaaaaattacaggtacagttcaagaagtttaacatgtatatagaaagagcttcagTAAATGGGGGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14429424 66 +  46489110 AATACTAAGTACATAATATTTTTAAAAAATACTTCCTggctgggcgtggtggctcacgcctgtaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13883343 65 +  48394510 A-TACTAAGTACATAATATTTTTAAAAAATACTTCCTggctgggcgtggtggctcacgtctgtaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163866178 65 - 196418989 A-TACTAAGTACATAATATTTTTAAAACATACTTCCTGTccgggcacggtggttcatgcctgtaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14429490 82 +  46489110 cccagcactttgggaggccaaggcaggtggatcctgaggtcaggagatcgagaccagcctagccaacatggtgaaaccccgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13883408 82 +  48394510 tccagcactttgggaggccgaagcgggtggatcccgaggtcaggagatagagaccagcctagccaacatggtgaaacctttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163866243 81 - 196418989 cccagcactttgggaggccgaggtgggtggatcacgaggtcaggagatcgagaccatccgggctaaca-ggtgaaacccggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15715668 86 +  48129895 ctctactaaat---atacaaaaaattagctgggtgtggtgacgggcgcctgtagtcccaggtactcggaaggctgaggcaggagaatgg
s rheMac2.chr3  163866324 88 - 196418989 ctctactaaacaaaatac-aaaaattagccgggcgtggtgactcaggcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13883490 86 +  48394510 ctctactaaat---atacaaaaaattagccgagcgtggtgacgggcgcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14429572 86 +  46489110 ctctactaaat---atacaaaaaattcgctaggcgtggtgacgggcgcctgtagtcccaggtactcgggaggctgaggcaggagaatgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15715754 71 +  48129895 catgaacccgggaggcagagcttgcagtgagctgagatcgcaccactgcactccagcctgggcgacagagc
s rheMac2.chr3  163866412 71 - 196418989 cgggaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggtgacggagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15715825 31 +  48129895 gagtctccgtctcaaaaaaa-----caataataata
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163866819 180 - 196418989 ATATGTGTTTATTGAATATTTGAGAAAAAATGGGTAATCTATTGGAAGGGAAATAGGGAAGTATGGGAGGAATGGAGGAAAATAATAGAAACCACTTAAGACTGAGAAAGCTAATAGCTATTTGAGATATTATTTAAAAATATAAGGAAATATAGCTAAATGAATG-AAGGTGGTGAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=360232.000000
s hg19.chr21     15716340 69 +  48129895 CAACTAG-tttgttttgttttgttttgttttAAACATGATACCTGCAAAGGAACAAGGATCATATTGGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13884160 70 +  48394510 CAACTAgttctgttttgttttgttttgtcttAAACATGATACCTGCAAAGGAACAAGGATTATATTGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163866999 60 - 196418989 CAACTAG----------TTTTGTTTTGTTTTAAACATGATACCTGCAAAGGAACAAGGATCATATTGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=533061.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15716460 33 +  48129895 TATCTTTTAAGACTCAAGAGcaaactggcttaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=329352.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=325272.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-31735.000000
s hg19.chr21     15716663 24 +  48129895 ATCTTTCAAAGAACTTTCTTCTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-65261.000000
s hg19.chr21     15716687 6 +  48129895 TTCTAT
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a score=78237.000000
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s rheMac2.chr3  163867408 58 - 196418989 AATGCAAGAACAACTCTCCCATCAAccacatcttaggagcttaacacaccaaaagaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13884577 58 +  48394510 AATGAAGGAACAACTCTCCCATCAACCACTTCTCAGGAGCTTAGCACACCAAAAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14430660 58 +  46489110 AATGCAAGAACAACCCTCCCATCAACCACTTCTCAGGAGCTTAGGACACCAAAAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=608543.000000
s hg19.chr21     15716814 100 +  48129895 TGTAGCCCTCACTCATTTTATGTGTCCACTGTGGGTCAGGAAAGGGACTCTGCTTATCCTACggactccagctgaggaaacgagccaagcaccattttaa
s panTro2.chr21  14430718 100 +  46489110 TGTAGCCCTCACTCATTTTATGTGTCCACTGTGGGTCAGGAAAGGGACTCTGCTTATCCTACggactccagctgaggaaacgagccaagcaccattttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13884635 100 +  48394510 TGTAGCCCTCACTCATTTTATGTGTCCACTGTGGGTCAGGAAAGGGACTCTGCTTATCCTAgggactccagctgaggaaatgagccaagcaccattttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163867466 100 - 196418989 tatatccctcactcattttatgtgtccactgtgggtCAGGAAAGGAACTCTGCTTATCCTAgggactccagctgaggaaacgagccaagctccattttaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175900.000000
s hg19.chr21     15716914 32 +  48129895 atgctggcaggcactgtgcaaagggagtagga
s panTro2.chr21  14430818 32 +  46489110 atgctggcaggcactgtgcaaagggaatagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13884735 32 +  48394510 atgctggcaggcactgtgcaaagggaatagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163867566 32 - 196418989 atgctggcgggcactgtgcaaagggaatagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=767993.000000
s hg19.chr21     15716946 111 +  48129895 ctgacaccagcaattaaatgttctaactcggaagtgtcatatatcatttctcttataattcatggttcaaaactattcatttgggtctatcaaccaaaagggggccagaaa
s rheMac2.chr3  163867598 111 - 196418989 cagacaccagcaattaaatgttctaacttggaagtgtcgtataccatttctcttataattcgtagttcagaactattcatttgggtctatcaaccaaaagggggccagaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13884767 111 +  48394510 ctgacaccagcaattaaatgttctaactcagaagtgtcatatatcatttctcatataatttatggttcaaaactattcatttgggtctatcaaccaaaagggggccagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14430850 111 +  46489110 ctgacaccagcaattaaatgttctaactcgcaagtgtcatgtatcatttctcttataattcatggttcaaaactattcatttgggtgtatcaaccaaaagggggccagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=541681.000000
s hg19.chr21     15717057 87 +  48129895 gttcaactctactatgtaccaagaacctgggagaatggaaatatttggctaaaagcactggtaactaacataTTGTCCCACAGAACA
s panTro2.chr21  14430961 87 +  46489110 gttcaactctactatgtaccaagaacctgaaagaatggaaatatttggctaaaagcactggtaactaacataTTGTCCCACAGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13884878 87 +  48394510 gttcaactctactatgtaccaagaagctgggagaatggaaatatttggctaaaagcactggtaactaacataTTGTCCCACAGAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163867709 85 - 196418989 gttcatctctaccatgtaccaagaagctgggagaatggaaatatttgcctacaagcactggtaactaac--aTTGTCCCACAGAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190693.000000
s hg19.chr21     15717144 57 +  48129895 TCATAAAGGTAATACGTTGCTAAACTTCTCTGCATTAGATCGACTTTTTATCTTCTG
s panTro2.chr21  14431048 57 +  46489110 TCATAAAGGTAATAGGTTGCTAAACTTCCGTGCATTAGATCGACTTTTTATCTTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13884965 57 +  48394510 TCATAAAGGTAATAGGTTGCTAAACTTCTGTGCATTAGATCGACTTTTTATCTTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163867794 57 - 196418989 TCCTAAAGGTAATAGGTTGCTAAATTTCTGTGCATTAGATCGACCTTTTATTTTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=9850.000000
s hg19.chr21     15717201 59 +  48129895 TACATTTCTGTGTGGAACCTATGACCACAAATGAGAGCGTTCTGCTGTAG---CAGCATGGC
s panTro2.chr21  14431105 62 +  46489110 TACATTTCTGTGTGGAACCTATGACCACAAATGGGAGTGTTCTGCTATAGGAGCAGCATGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885022 59 +  48394510 TACATTTCTGTGTGGAACCTATGACCACAAATGGGAGCATTCTGCTGTAG---CAGCATGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163867851 59 - 196418989 TACGTTTCTGTGTGGAACCTATGACCCCAAGTGCGAGTGTTCTGCTGTAT---CAGCATGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68421.000000
s hg19.chr21     15717260 50 +  48129895 AAAACATCAGAAATGTGTATTTATTTCACATACATCATATATTATGTTTA
s rheMac2.chr3  163867910 50 - 196418989 AAAACATCAGAAATGTGTATATATTTCACATACATCGTATATTATGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885081 50 +  48394510 AAAACATCAGAAATGTGTATTTATTTCACATACATCATATATTATGTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14431167 45 +  46489110 AAAACATCAGAAATGTGTATTTATTTCACATACATCATAT-----GTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=50327.000000
s hg19.chr21     15717310 10 +  48129895 TATTTATTTT
s panTro2.chr21  14431212 10 +  46489110 TATTTATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885131 10 +  48394510 TATTTATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163867960 10 - 196418989 TATGTGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=313910.000000
s hg19.chr21     15717320 41 +  48129895 AGTCTACAATTACACATTTTAGGTATAATGTTTGAGTTTTC
s panTro2.chr21  14431222 41 +  46489110 AGTCTACAATTACACATTTTAGGTATAATATTTGAGTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885141 41 +  48394510 AGTCTACAATTACACATTTTAGGTATAATATTTGGGTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163867970 41 - 196418989 AGTCTACAGTTACACATTTTAGGTGTAATATTTGGGTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-166322.000000
s hg19.chr21     15717361 31 +  48129895 AGTTAAAAT-AATATAAATAGCTTTTATAATT
s panTro2.chr21  14431263 31 +  46489110 AGTTAAAAT-AATATAAATAGCTTTTATAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885182 32 +  48394510 AGTTAAAATAAATATAAACAGTTTTTATAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868011 32 - 196418989 AGttaaaataaatataaatattttttataatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-116460.000000
s hg19.chr21     15717392 56 +  48129895 AATCTTTTTACAGCAATCTTTTGAAAGCTAAAACACAAATTTCCTTATATTATTAA
s panTro2.chr21  14431294 56 +  46489110 AATCTTTTTACAGCAATCTTTTGAAAGCTAAAACACAAATTTCCTTATATTGTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885214 56 +  48394510 AATCTTTTTACAGCAATCTTTTGAAAGCTAAAACACAAATTTCCTTATATTGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868043 56 - 196418989 aatCTTTTTACAGCAATCTTTTGAAAGTTAAAGCACAAATTTCCTCATATTGTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401806.000000
s hg19.chr21     15717448 46 +  48129895 TGTAACTGTGATAACTATGTGAGTTTAGGTCTTTTTGTCTGCTCTG
s panTro2.chr21  14431350 46 +  46489110 TGTAACTGTGATAACTATGTGTGTTTAGGTCTTTTTGTCTGCTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885270 46 +  48394510 TGTAACTGTGATAACTATGTGTGTTTAGGTCTCTTTGTCTGCTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868099 46 - 196418989 TATAACTGTGATAACTATGTGTGTTTAGGTCTCTTTGTCTGCTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1456657.000000
s hg19.chr21     15717494 80 +  48129895 GAGCCTACGTCATCACTAGAGGATCCCTGGCTGCCTCTCGAACCATGTATGTTCAACTGTTAAATAATGTACTGCACCTC
s panTro2.chr21  14431396 80 +  46489110 GAGCCTATGTAATCACTAGAGGATCCCTGGCTGCCTCTCGAAGCATGTATGTTCAACTGTTAAATAATGTACTGCACCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885316 80 +  48394510 GAGCCTATGTAATCACTAGAGGATCCCTGGCTGCCTCTCGAACCATGTATGTTCAACTGTTGAATAATGTACTGCACCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868145 80 - 196418989 GAGCCTACGTAATCACTAGAGGATCCCTGGCTGCCTCTCGAACCATATATGTTCAACTGTTGAATAATGTACTGCACCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=771391.000000
s hg19.chr21     15717574 33 +  48129895 CCCATCCAGTTTTTTGAAACAAATTCCACAGGC
s panTro2.chr21  14431476 33 +  46489110 CCCATCCAGTTTTTTGAAACAAATTCCACAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885396 33 +  48394510 CCCATCCAGTTTTTTGAAACAAATTCCACAGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868225 33 - 196418989 CCCATCCAGTTTTTTGAAACAAATTCCACAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=836924.000000
s hg19.chr21     15717607 34 +  48129895 CAGATCATCAGTCGTTTCACCAAGGTAAGCAAAG
s panTro2.chr21  14431509 34 +  46489110 CAGATCATCAGTCATTTCACCAAGGTAAGCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885429 34 +  48394510 CGGATCATCAGTCGTTTCACCAAGGTAAGGAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868258 34 - 196418989 CAGATCATCAGTCGTTTCACTAAGGTAAGGAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154860.000000
s hg19.chr21     15717641 42 +  48129895 ACACACCTTATTAAATAGCATACATAAAAGTGACCCATATTT
s panTro2.chr21  14431543 42 +  46489110 ACACACCTTATTAAATAGCATACATAAAAGTGACCCACATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885463 42 +  48394510 ACACACCTTATTCAATAGCATACATAAAAGCGACCCATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868292 42 - 196418989 ACACACCTTATTAAATAGCATACAAAAAAGTGACCCATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-58070.000000
s hg19.chr21     15717683 27 +  48129895 AGTACCTTATATGCTCACTTGTACAAA
s panTro2.chr21  14431585 27 +  46489110 AGTACCTTATATGCTCACCTGTACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885505 27 +  48394510 AGTAACTTGTATTCTCACTTGTACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868334 27 - 196418989 AGTACCTTATTTTCTCACTTGTACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-98203.000000
s hg19.chr21     15717710 25 +  48129895 ATATTATGTGTTTTATGTAGATTTC
s panTro2.chr21  14431612 25 +  46489110 ATATTATGTGTTTTATATAGATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885532 25 +  48394510 ATATTATGTGTTTTATATGGATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868361 25 - 196418989 ATATTATGTGTTTTATATAGATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=338507.000000
s hg19.chr21     15717735 41 +  48129895 ATTGTTAAGTATATTTCTAAGCGTTAGGACGTATATAATTG
s panTro2.chr21  14431637 41 +  46489110 ATTGTTAAGTATATTTCTAAGCGTTAGGACGTATATAATCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885557 41 +  48394510 ATTGTTAAATATATTTCTAAGCCTTAGGATGTATGTAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868386 41 - 196418989 ATTGTTAAATATATTTCTAAGTCTTAGGACATACATGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=449912.000000
s hg19.chr21     15717776 59 +  48129895 ATGTAC-AACAGAGTCACATTTTGTACATATAATTAAAATAACAC-TGAAAAATTACTTAA
s panTro2.chr21  14431678 60 +  46489110 ATGTACCAACAGAGTCACATTTTGTACATATAATTAAAATAACAC-TGAAAAATTACTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13885598 60 +  48394510 ATGTAC-AACAGAGTCACATTTTGTACATATAATTAAAATAACACTTGAAAAAGTACTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 880
s rheMac2.chr3  163868427 60 - 196418989 ATGTAC-AACAGAGTCACATTTTGTACATATAATTAAAATAACACTTGAAAAATTACTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=613574.000000
s hg19.chr21     15717835 105 +  48129895 GAATCCAAGAAACACA--TGCTTTGAGATGTACCACTCTAATTCTTCCACACATCGAGTTTGAGAATCACTGCTTTAGGCTAAGAAGGGAAAGAAAATGTAAGTTgg
s panTro2.chr21  14431738 105 +  46489110 GAATCCAAGAAACACA--TGCTTTGAGATGTACCACTCTAATTCTTACACACTTCGAGTTTGAGAATCACTGCTTTAGGCTAAGAAGGGAAAGAAAATGTAAGTCgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868488 107 - 196418989 GAATCCAAGAAACACATGTGCCTTGAGATCTACCACTCTAATTCTTACACACATCAAGTTTGAGAATCACTGCTTTAGGCTAAGAAGGGAAAGAAAATGTAAGTCgg
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
e ponAbe2.chr21  13885658 880 +  48394510 I

a score=182279.000000
s hg19.chr21     15717940 220 +  48129895 tcaggcacggtggctcacgtctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacgtgaggtcggaagttcgagaccagcctgaccaacatggagaaaccctgtctctactaaaaatacaaaattagccaggcgtggtggtgcatgcctgtaatcccagctactcggtaggctgaggcaggagaatcgcttaaacctgggaggcggaggttgt
s panTro2.chr21  14431843 220 +  46489110 tcaggcacggtggctcacgtctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacgtgaggtcggaagttcgagaccagcctgaccaacatggagaaaccctgtctctactaaaaatacaaaattagccaggcgtggtggtgcatgcctgtaatcccagctgctcggtaggctgaggcaggagaatcgcttaaacctgggaggcggaggttgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868595 220 - 196418989 ccaggcacggtggctcaggcctgtaatcccagcactttgggaggctgagacgggccgttcacctgaggttggaagttcgagaccagcctgaccaacatggagaaaccctgtctctactaaaaatacaaaattaactgggaatggtggcacatgcctgtaatcccagtcactcaggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccaggagatggaggttgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13885658 880 +  48394510 I

a score=28418.000000
s hg19.chr21     15718160  59 +  48129895 ggtgggccgagattgcgccactgcactccagcctgggcatcaagagtgaaactccatct
s panTro2.chr21  14432063  59 +  46489110 ggtgggccgagattgcgccactgcactccagcctgggcatcaagagcgaaactccatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868815  59 - 196418989 ggtgagccgagattgcacgattgcattctagcctgggcaacaagagcaaaactccatct
i rheMac2.chr3  C 0 I 53
e ponAbe2.chr21  13885658 880 +  48394510 I

a score=34529.000000
s hg19.chr21     15718219 169 +  48129895 aaaagaaaggaaggaaggaaggaaggaagggagggagggagggagggagagaaacgaagaagagagaaagaagaaagaaagaaaaa----gaaagagagagggagggagggaaggaggaaggaaggagagagagagaaagaaagaaagaaaaaagaaagagggagagaaagaa
s panTro2.chr21  14432122 155 +  46489110 aaaagaaaggaaggaaggaaggaagggagggagggagggagggaggtagggag--gaaggagagagaaagaagaaagaaagaaaaacaaagaaagagagagggagggagggaaggaggaaggaaggagagagagagaaagaaagaaa---aaaagaaaga-------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163868874  53 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  13885658 880 +  48394510 I

a score=-72317.000000
s hg19.chr21     15718388 39 +  48129895 aaaaaagaaagaaggaaagaaagaaagaaaaaaTGTAAG
s panTro2.chr21  14432277 39 +  46489110 aagaaagagggaaagaaagaaagaaagaaaaaaTGTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868927 10 - 196418989 -----------------------------AAAATGTAAG
i rheMac2.chr3  I 53 C 0
s ponAbe2.chr21  13886538  3 +  48394510 ------------------------------------aag
i ponAbe2.chr21 I 880 C 0

a score=408613.000000
s hg19.chr21     15718427 55 +  48129895 TCAATGTGGAGATATCTAGACTTTAAAAACATCCTGCCTTTAAGAAAACATAACG
s ponAbe2.chr21  13886541 55 +  48394510 TCAATGTGGAGATATCCAGATTTTAAAAACATCCTGCCTTTAAGAAAACATAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163868937 55 - 196418989 TCAATGTAGAGATATCCAGACTTTGAAAACATCCTGCCTTTAAGAAAACATAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  13888145 131 +  48394510 TTAATTGCCATGTAGTGGTCACTGGGAAATATAAATTGCTTGATGATAAGTATCTTGAAATTAGAACAGCCTTTTAATTGTTATAGTTGACCACAGGGGAAAAATATATGGGGATGAGCAAAGATCATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14434081 73 +  46489110 GTTAGATTTATTTATGAAATCAATAGATTGTCATACCTGGGTAAACATTTTTAATTTTGCCATTGAATAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=351991.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13888583 29 +  48394510 TACATTTTTTATTTGTATTAATAACTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=281555.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=787802.000000
s hg19.chr21     15720557 56 +  48129895 CCACTTAAACCTCCTCTTTgtccaggttctctaagaagcagagtcgaagaaagaaa
s panTro2.chr21  14434444 56 +  46489110 CCACTTAAACCTCCTCTTTgtccaggttctctaagaagcagagtcgaagaaagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13888640 56 +  48394510 CCACTTAAACCTCCTCTTTGCCcaggttctctaagaagcagagtccaagaaacgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871069 56 - 196418989 CCACTCAAACCTCCTCTTTgtccaggttctctaagaagcagagtcgaagaaaggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=623066.000000
s hg19.chr21     15720613 49 +  48129895 tacatgtactagagattttactgggggaaatgcctgtaaaagataaagg
s panTro2.chr21  14434500 49 +  46489110 tacatgtactagagattttactgggggaaatgcctgtagaagataaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871125 48 - 196418989 tagatgtattagaga-tttactgggggaaatgcctgtaaaagataaagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=333062.000000
s hg19.chr21     15720662 82 +  48129895 agagggagcagaagaaggctgggctgagcaagtcctcagacagccactcaggctgaatccctgtgattgagaaaaggaaaga
s panTro2.chr21  14434549 82 +  46489110 agagggagcagaagaagcctgggctgagcaagccctcagacagcgactcaggctgaatccctgtgagggagaaaaggaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13888744 82 +  48394510 agagggagcagaagaaggctgggctgagcaagccctcagacagcgactcaggctgaatccctgtgagggagaaaaggaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871173 82 - 196418989 agagggagcagaagaaggctgggctgagcaagccctcagacagcgactcaggctgaatccctgtgagggagtaaaagaaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400021.000000
s hg19.chr21     15720744 54 +  48129895 agacggattgggtaacaagggtcttggacgacaggacagttctataacaggttc
s panTro2.chr21  14434631 54 +  46489110 agacggattgggtaacaagggtcttggactacaagacagttctacaacaggttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871255 54 - 196418989 agatggattgggtaacaagggtcttggactacaggacagttctacaacaggttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=239028.000000
s hg19.chr21     15720798 75 +  48129895 aacaggaagttctcaatcacagttgtccattggagggtctcatgtgcactttctgccagtactcagtcattggct
s panTro2.chr21  14434685 75 +  46489110 aacaggaagctctcaatcacagttgcccattggagggtctcatgtgcactttctgccagtgctcagtcattggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871309 75 - 196418989 gacaggaagttctcaatcacggttgcctgttggagggtgttatgtacactttctgccagtactcagtcattggct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14434760 52 +  46489110 ggcctctatgctaatacag---tggatctgtcagtgcagtcgcaggggctgtcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14434812 44 +  46489110 tcagctatgctcctgcagcaggagagctggggcctgcattttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14434856 190 +  46489110 tgcccaccacaAAACCTGTA-TGTTGTCATTTTAGCAGAAAATTAATTTCCCTGCATATCCAAGAGAGAAACAGATACTACCTTTTTGTCCTATTTTTT----------CAGACATCACCTGTCTCTTCCAGACAAACAATTGCTGGAAGAGCTAAATATGCTTCTCATGATACTTACATGATATCTTCATATTA------TATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13889054 184 +  48394510 tgcccaccacaAAATGTGTA-TGTTGTAATTTTAGCAGAAAATTAATTTCCCTGCATATCCAAGAGAGAAGCAGGTACTGCCTTTTTGTCCTGTTTTTT----------CAGACATCACCTGTCTCTTCCAGACAAACAATTGCTGGAAGAGCTAAATATGTTTCTCATGATACTTACATGATATCTTCATACTA------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 23
s rheMac2.chr3  163871483 204 - 196418989 tgctcaccacaAAACCTGTATTGTTGTAATTTTAGCAGAAAATTAATTTCCCTGCACATCCAAGAGAGA--CAGATACTGCCTTTTTGTCTTGTTTTTTTTTTTTTTTCCAGACATCACCTGTCTCCTACAGACAAACAATTGCTAGAA-AGCTAAATATGTCTGTCATGATTCTTACATGCTCTCTTCATATTAAAATGTGATCAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 11

a score=412759.000000
s hg19.chr21     15721162 52 +  48129895 TTGCAAAATTATGTTACTGTAAGGCTTCAGTGGAAAACAAAATTTCTTAGCA
s panTro2.chr21  14435046 52 +  46489110 TTGCAAAATTATGTTACTGTAAGGCTTCAGTGGAAAACAAAATTTCTTAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871698 51 - 196418989 -TGCAAAATTATGTCACTGTAAGGCTGCAATGGTAAACAAAATTTCTTAGCA
i rheMac2.chr3  I 11 I 2
s ponAbe2.chr21  13889261 51 +  48394510 -TGCAAAATTATGTTACTGTAAGGCTTCAGTGGAAAACAAAATTTCTTAGCA
i ponAbe2.chr21 I 23 I 1

a score=15475.000000
s hg19.chr21     15721214 22 +  48129895 TTTTTTCTTCAGCAATCAAACA
s panTro2.chr21  14435098 22 +  46489110 TTTTTTCTTCAGCAATCAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13889313 22 +  48394510 TTTTTTCTTCAGCAATCAAACA
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  163871751 22 - 196418989 TTTTTTCTTCAGCAATCAAACA
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=44016.000000
s hg19.chr21     15721236 32 +  48129895 AAGCAATTTTATTAAACAATGAAAAGAATCAA
s panTro2.chr21  14435120 32 +  46489110 AAGCAATTTTGTTAAACAATGAAAAGCATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13889335 32 +  48394510 AAGCAATTTTATTAAACAATGAAAAGAATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871773 32 - 196418989 AAGCAATTTTATTAAACAATGAAAAGAATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67933.000000
s hg19.chr21     15721268 35 +  48129895 TTAAAATGGATGTCTTTATTATCTTTATTATTTTA
s panTro2.chr21  14435152 35 +  46489110 TTAAAATGGATGTCTTTATTATCTTTATTATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13889367 35 +  48394510 TTAAAATGGAGGTCTTTATTATCTTTATTATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871805 35 - 196418989 TTAAAATGGATATCTTTATTATCTTTATTATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409789.000000
s hg19.chr21     15721303 244 +  48129895 CAAGAAACCATGACAGCTTTTGGTTTAAAAAAAGTTTATAGATTCATACAGAAATGACTCACATAAAAGAAATTTCTCCAGCTCGCTCCTACACTGTGACATAAAAGTTCTTTTCATATTCACAGATTTATACACCTTATTTCTGTTCCCACAACTTTTTTTGACACTTATACCAAGGTACTAGTCAAACATGCAAGAACTATAAATAGATGAATTTTTCAAATGTATGATATCAAGAGATTAT
s panTro2.chr21  14435187 244 +  46489110 CAAGAAACCATGACAGCTTTTGGTTTAAAAAAAGTTTATAGATTCATACAGAAATGACTCACATAAATGAAATTTCTCCAGCTCGCTCCTACACTGTGACATAAAAGTTCTTTTCATATTCACAGATTTATACACCTTATTTCTGTTCCCACAACTTTTTTTGACACTTATACCAAGGTACCAGTCAAACATGCAAGAACTATAAATAGATGAATTTTTCAAATATATGATATCAAGAGATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13889402 244 +  48394510 CAAGAAACCATGACACCTTTTGGTTTAAAAAAAGTTTATAGCTTCATACAGAAATGACTCACATAAAAGAAATTTCTCCAGCTCGCTCCTACACTGTGACATAAAAGTTATTTTCATATTCACAGATTTATACACCTTATTTCTGTTCCCATAAGTTTTTTTGACACTTATACCAAGGTACTAGTCAAACATGCAAGAACTATAAATAGATGAATTTTTCAAATGTATGATATCAAGAGATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163871840 235 - 196418989 CAAGAAACCATGACAGCTTTTGGTTTAAAAAACATTTATAGCTTCATACAGAAATGACTCACAT-----AAATTTCTCCACCTCGCTCCTACACTGTGATATAAAAGTTCTTTTCATATTCACAGATTTATACACCTTATTTCTGTTCCCATAA-TTTTTTTGACACTTATCTCAAGGTACTAGTCAAACACGCAAGAACTATAAATAGATGAATTTTTCAAATGTGTGATATCAAGAG---AT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=97694.000000
s hg19.chr21     15721547 83 +  48129895 TATTATAAAACATTTTAGGCA---TCTTTTTACATTGCCTTTATCGAAGTATGTGCAATTTTTTATTACAGGCTGAATCCGCAAAT
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s hg19.chr21     15721630 391 +  48129895 AAAGAGTGAAATTTAAAGACAGTTGCAGAAATAACTATTTCCCATTTATTTTATTTATCTTGGCAATAAGGACTTCAGTAAAAGATGAAATTAGTTTAAGTAAACAGAAAAACAAAAGTAGATTATAGGTGTAAATGGAGCTCAGATTGAATCCAAAATAATGAATGTATGTTTTTCCACTCCGTATTTTAGTTGATTATCCTCAAATATGCAATCTACTATGAAAACGTAATCCTTACATTTGTTGGAGATTTTAAATGAAGTATAAAATACAGAGAAAATTACCCATTATTTCTAAATTTTCAGTGAAATTCCtatattaaaataatatttattCCAAAGCATGATTTCTTTATCCTGATAGT----TTCAAC-------TGATAACATACAAGGTAAAA
s panTro2.chr21  14435514 395 +  46489110 AAAGAGTGAAATTTAAAGACAGTTGCAGAAATAACTATTTCCCATTTATTTTATTTATCTTGGCAATAAGGACTTCAGTAAAAGATGAAATTAGTTTAAGTAAACAGAAAAACAAAAGTAGATTATAGGTGTAAATGGAGCTCAGACTGAATCCAAAATAATGAATGTATATTTTTCCACTCCGTATTTTAGTTGATTATCCTCAAATATGCAATCTACTATGAAAACGTAATCCTTACATTAGTTGGAGATTTTAAATGAAGTATAAAATACAGAGAAAATTACCCATTATTTCTAAATTTTCAGTGAAATTCCtatattaaaataatatttattCCAAAGCATGATTTCTTTATCCTGATAGTCAGTTTCAAC-------TGATAACATACAAGGTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13889729 395 +  48394510 AAAGAGTGAAATTTAAAGACAGTTGCAGAAATAACTATTTCCCATTGATTTTATTTATCTTGGCAATAAGGACTTCACTAAAAGATGAAATATGTTTAAGTAAACAGAAAAACAAAAGTAGATTATAGGTGTAAATGGAGCTCAGACTGAATCCTAGATAATGAATGTATATTTTTCCACTCCATATTTTAGTTGATTCTCCTCAAATATGCAATCTACTATGAAAATGTAATCCTTACCTTTGTTGGAGATTTTAAATGAAGTATAAAATACAGAGAAAATTACCTATTATTTCTAAATTTTCAGTGAAATTCCTATATTAACATAATATTTATTCCAAAGCATGATTTCTTTATCCTGATTGTCAGTTTTAAC-------TGATAACATACAAGGTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163872161 397 - 196418989 AAAGAGTGAAATTTAAAGATAGTTGCAGAAATAACTATTTCCCATTTCTTTTACTTATCCTGGCAATAAGGACTTCAATAAAAGAGGAAATTAGTTTAAGTAAACAGAAAAACAAAAGTAGATTGTAAGTGTAAATGGAGCTCAAACTGAATCCAAAATAACGAATGTATATTTTTCCACTCCATA--TTAGTTAATTATCCTCAAATATGTAATCTACTATGAAAATGTAATCCTTACATTTGTTGGAGATTTTAAATGAAGTATAAAATACAGAGAAAATTACCTATTATTTCTAAATTTTCAGTGAAATTTCTATATTAA---AATATTTATTCCAAAGCATGATTTCTATATCCTGATAGTCAGCTTTAACTTATCAGTTATCATATACAAGGTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135390.000000
s hg19.chr21     15722021 57 +  48129895 TCAATGCTGAAG--CATATTTTAAATATAGAAGTATCTGAGGCTCTTTTCACAAAAAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13890124 55 +  48394510 TCAATGCTGAAG--CACATTTTAAATATAGAAGTATC--AGGCTCTTTTCACAAAAAGA
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a score=179129.000000
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s panTro2.chr21  14437869 102 +  46489110 TGGGCTTTTCACCATTACAAGGGCACACGagtttcctaaggcttctctaacaaagtgctaccaactgggtggcttaaaacaacagaaatgtattctctcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13892130 102 +  48394510 TGGGCTTTTTACCATTACAAGGGCACatgagtttcctaaggcttctgtaacaaagtgctaccaactgggtggcttaaaacaacagaaatgtattctctcaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163873970 143 - 196418989 I

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s hg19.chr21     15724082 254 +  48129895 atttttaaaaacctgtttgttttattttattttatttttatgagacagggcctggctctgtcacccaagctgtagtgtagtgccacgatcatagctcactgcagtctcaacctcctgggctcaagtgtcaagtgatcctcctgcctcagcctctcgagtagctaggccaacaagcatgcaccaccacatctggataatatatatatgttttgctttttgtaaaaacgaagtcttcatatatatatatata------------------------------------------------ta-----------at
s panTro2.chr21  14437971 276 +  46489110 atttttaaaaatctctttgttttattttattttattttTAtgagacagggcctggctctgtcacccaagctgtagtgtagtggcatgatcatagctcactgcagtctcaacctcctgggctcaagtgtcaagtgatcctcctgcctcagcctctcgagtagctaggccaacaagcatgcaccaccacatctggataatatatatatgttttgctttttgtaaaaatgaagtcttcatatgtatatatata---------atatatatatataca-----------------atatatata-----------tt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13892232 308 +  48394510 attttTAAAAATCTG-----tttattttattttatttttatgagacagggcctgactctgtcacccaggctgtagtgtagtggcatgatcatagctcactgcagtctcaacctcctgggctcaagtgtcaagtgatcctcccacctcagcctctcgagtagctaggcccacaagcatgcaccaccacatctggataatATATATACGTTTTGCTTTATGTAAAAACAAGGTCTTCatatatatatacgtgtatatatatatacatatatatacacgtatatatacacatatatatatatatttatttatttat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163873970 143 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 143 C 0

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s rheMac2.chr3  163874162 77 - 196418989 ggtctcagactccccagctctagcaaccctcctgtcttggcctcccaaagtgttagcattataagcgtgggcaccac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163874239 101 - 196418989 actcagccTCtctcacagttct--------gaagtctaaaatcagtatataggcagagttgattccttctggaggctttgagagaatatctctttcatgctcctctcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13892839 122 +  48394510 ctctgccactggcagagatggtgttttccctgtgtctatttcttcttttttgtctcttataaggatagtcaacattggatttagggtccaccctacatccagggtgatgtcatcttgagatc-----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163874402 127 - 196418989 ctctgccactggcagacatggtgttttccctgtgtctatgtcttcctttttgtctcttataaggatactcaacattggatttagggtgcactctacatccagggtgatgtcatcttgagatccttaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14438673 68 +  46489110 cttaattacatgtgtaaagatgctatttctgaataaggtcacattcacagatacggggggttaggact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=131205.000000
s hg19.chr21     15725567 15 +  48129895 GGGAATTGATTTTCC
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a score=253688.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163876233 96 - 196418989 ATTTGATATTACACTGCAATGCACTAGTGGTAGGATGCATGCTCCCTTTGTAAAATAACAAATGCTCTAAACTGCTTCCACATTATGGAGAAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15726537 27 +  48129895 AGTCTAGGTGATTGTGTTATATACTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14440499 47 +  46489110 gccagttgcatttcagaattcagaatttaggcttctagaaaggaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14440546 19 +  46489110 atgtacatagccatatcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163876427 19 - 196418989 atgtacatagccatatcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15726654 31 +  48129895 gggcctggttcagaagcccataatcaaacac
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13894855 31 +  48394510 gggcctggttcagaagcccataatcaaacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14440565 31 +  46489110 gggcctggttcagaagcccataatcaaacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15726685 5 +  48129895 tactg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=331203.000000
s hg19.chr21     15726690 41 +  48129895 catgtacaccctaactggattaagtaaatgctttgaagagc
s panTro2.chr21  14440601 41 +  46489110 catgtacaccctaactgaattaagtaaacgctttgaagagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163876482 41 - 196418989 catatgcccacgaactggattaagaaaacgctttgaagagc
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a score=194266.000000
s hg19.chr21     15726731 73 +  48129895 cccatatcacttcaagtcaggtggtctatcaaatgagttggcaccaaactcaag-aaaaaaattgcattgtaca
s panTro2.chr21  14440642 73 +  46489110 cccatatcacttcaagtcaggtggtctatcaaatgagttggcgccaaactcaag-aaaaaaattggattgtaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151054.000000
s hg19.chr21     15726804 15 +  48129895 agttttttgactttt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15726819 69 +  48129895 agaattCTGTTCAAAGTTACACCCTTAGAGAATCTACATTTGGGAATAGAGTGAGAAGAAAATATAG------TT
s panTro2.chr21  14440730 73 +  46489110 agaattCTGTTCAAAGTTACACCCTTAGAGAATCTACATTTGGGAATAGAGTGAGAAGAAAATATAGG--TTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895021 75 +  48394510 agaattCTGTTCAAAGTTACACCCTTAGAGAACCTACATTTGGGAATTGAGTGAGAAGAAAATATAGGTTTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-161676.000000
s hg19.chr21     15726888 14 +  48129895 TTTTTTTTTAATAG
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a score=457208.000000
s hg19.chr21     15726902 53 +  48129895 GGGAGCAGGAATAGTTAGAAAGCTAGGAGAATCTTCCTTCTGATGGAAGGTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895110 53 +  48394510 GGGAGCAGGAATGGTTAGAAAGCTAGGAAAATCTTCCTTCTGATGGAAGGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163876697 53 - 196418989 GGGAGCAGGAATAGTTAGAAATCTAGGAGAATCTGCCTTCTGATGGAAGGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=282425.000000
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s rheMac2.chr3  163876750 53 - 196418989 TGAAGAATGCCAAAGTGTTTGCACACTGGTTTTTTTTGTCATTTAGGATGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895163 52 +  48394510 TGAAGAATGCCAAAGTGTTTGCACACT-ATTTTTTTTCCCATTTAGGATGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14440870 52 +  46489110 TGAAGAATGCCAAAGTGTTTGCACACT-ATTTTTTTTCTCATTTAGGATGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=872488.000000
s hg19.chr21     15727007 129 +  48129895 ATTTTTTTGAGGCATATCCCATCAATCTTGGTATTCATCATTCCTTATACCCACTATGCACTTCTTGCATATATGCTGAATTATGGTCTATCTTATCCCAAGTAATTCCATTATTTATGATATTAATGA
s rheMac2.chr3  163876803 124 - 196418989 ATTTTTTTGAGGCATATCCCATCAATCTTA-----CATCATTCCTTATACCCACTATGCACTTCTTGCATATATGCTGAATTATGGTCTATCTTATCCCAAGTAATTCCATTATTTATGATATTAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895215 129 +  48394510 ATTTTTTTGAGGCATGTCCCATGAATCTTGGTATTCATCATTCCTTATACCCACTATGCACTTTTTGCATATATGCTGAATTATGGTCTATCTTATCCCAAGTAATTCCATTATTTATGATATTAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14440922 129 +  46489110 ATTTTTTTGAGGCATATCCCATCAATCTTGGTATTCATCATTCCTTATACCCACTGTGCACTTCTTGCATATATGTTGAATTATGGTCTATCTTATCCCAAGTAATTCCATTATTTATGATATTAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-18121.000000
s hg19.chr21     15727136 52 +  48129895 GTTT-GTATCCTTAAACACAAATATGCATATGAAGAAATATGCTTATTTCTAG
s rheMac2.chr3  163876927 53 - 196418989 GTTTAATATCCTTAAGCATAAATATGCATATGAAGAAATATGCTTATTTCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895344 53 +  48394510 GTTTAGTATCCTTAAACACAAATATGCATATGAAGAAATATGCTTATTTCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441051 52 +  46489110 GTTT-GTACCCTTAAACACAAATATGCATATGAAGAAATATGCTTATTTCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=140460.000000
s hg19.chr21     15727188 58 +  48129895 AGCTGCTAAATAATAATCAAAAGATATAAAGTATATGAGACAGTATGTGACGAGCTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-106055.000000
s hg19.chr21     15727246 42 +  48129895 CAGCAGATTCAAGAAATGAAAAGTGAAACTCtataaaaaata
s panTro2.chr21  14441161 42 +  46489110 CAGCAGATTCAAGAAATGAAAAGTGAAACTCtataaaaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895455 42 +  48394510 CAGCAGATTCAAGAAATGAAAAGTGAAACTCTATAAAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163877035 42 - 196418989 TGGCAGATTCAAGAAATGAAAAGTAAAACTTTAGAAAAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=51680.000000
s hg19.chr21     15727288 67 +  48129895 aagtattatttatattacataaaaaaCTAAAGAACATCCATTAAGCTCTTCTTTCCTCCCCCATACC
s panTro2.chr21  14441203 67 +  46489110 aagtattatttatattacataaaaaaCTAAAGAACATCCATTAAGTTCTTGTTTCCTCCCCCATACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895497 67 +  48394510 GTGTATTATTTATATTACATAAAAAACTAAAGAACATGCATTAAGCTCTTGTTTCCTCCGCCATACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163877077 66 - 196418989 AAGTATTATTTATGTTACA-AAAAAACTAAAGAACATGCATTAAGCTCTTGTTTGCTCCACCATACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2006877.000000
s hg19.chr21     15727355 62 +  48129895 CCCCAGATAACTCATTCTCTGAATTTTTGGGTGAAGAAAGCATGTGAAATTGAAACCAATGC
s rheMac2.chr3  163877143 62 - 196418989 CCCTAGATAACTCATTCTCTGAATTTTTGGGTAAAGAAAGCATGTGAAATTGAAACCAATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895564 62 +  48394510 CCCCAGATAACTCATTCTCTGAATTTTTGGGTAAAGAAAGCATGTGAAATTGAAACCAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441270 62 +  46489110 CCCCAGATAACTCATTCTCTGAATTTTTGGGTGAAGAAAGCATGTGAAATTGAAACCAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1151628.000000
s hg19.chr21     15727417 82 +  48129895 AGTTGCTGTTGAAAGAGTTTGTGAATATGAAAATATGGATAAAGAAGTAAGCACGCCTcctgtaatcccagtactttgggag
s rheMac2.chr3  163877205 82 - 196418989 AGTTGCTGTTGAAAGAATTTGTGAATATGAAAATATGGATAAAGAGGTAAGCACACCTcctgtaatcccagtactttgggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895626 82 +  48394510 AGTTGCTGTTGAAAGAGTTTGTGAATATGAAAATATGGATAAAGAGGTAAGCACGCCTcctgtaatcccagtactttgggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441332 82 +  46489110 AGTTGCTGTTGAAAGAGTTTGTGAATATGAAAATATGGATAAAGAAGTAAGCACGCCTcctgtaatcccagtactttgggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=88784.000000
s hg19.chr21     15727499 68 +  48129895 tcatgggaggatcacttaagttcaagagttcaagaccagcctggtcaacatagtgagattctgtctct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895708 68 +  48394510 tcgtgggaagatcacttaagttcaagagttcaagagtagcctggtcaacatagtgagattctgtctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163877287 68 - 196418989 tcgtgggaggatcacttaagttcaagagttcaagactagccttgtcaacatagtgagattcggtttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15727567 68 +  48129895 acaaaaataaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895776 44 +  48394510 acaaaaat----aaataaattaattaattaagtaagtaagtaagtaag--------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441482 68 +  46489110 acaaaaaggaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441594 86 +  46489110 caagctacttgggagggtgaagtaggagaatcccttctgcttgggagttcaaggttgcagtgagctatgatcacgccactgcactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=71732.000000
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s rheMac2.chr3  163877494 56 - 196418989 tagcctgagtgatagagcaagatcctgtctaataaaaaaaagaaagtatgagaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441680 54 +  46489110 tagcttgagtgatagagcaagatcctgtctaataaaaaaa--aaagtatgagaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=66671.000000
s hg19.chr21     15727811 37 +  48129895 aaaaa-GAGGTAAGCACTCCTAAATAATCAATAAATGG
s panTro2.chr21  14441734 38 +  46489110 aaaaaaGAGGTAAGCACTCCTAAATAATCAATAAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13895982 36 +  48394510 aaaa--GAGGTAAGCTCTCCTAAATAATCAATAAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163877550 36 - 196418989 aaaa--GAGGTAAGCACTACTAAATAATCAATAAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=49845.000000
s hg19.chr21     15727848 21 +  48129895 ATTG-GATGCAGGAGTAAGACA
s rheMac2.chr3  163877586 22 - 196418989 ATTGCCATTCAGGAGTAAGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896018 21 +  48394510 CTTG-GATGCAGGAGTAAGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441772 21 +  46489110 ATTG-GATGCAGGAGTAAGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=69606.000000
s hg19.chr21     15727869 20 +  48129895 TTGTAATGTACCATAAATTG
s rheMac2.chr3  163877608 20 - 196418989 TTGTAATGTACTATAAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896039 20 +  48394510 TTGTAATGTACAATAAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441793 20 +  46489110 TCGTAATGTACCATAAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-95590.000000
s hg19.chr21     15727889 22 +  48129895 ACATTAAAAAAAA-TGTTAAGCA
s rheMac2.chr3  163877628 23 - 196418989 ACATTATTAACAAATGTTAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896059 23 +  48394510 ACATTAAAAAAAAATGTTAAGCA
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s panTro2.chr21  14441813 22 +  46489110 ACATTAAAAAAAA-TGTTAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=495225.000000
s hg19.chr21     15727911 53 +  48129895 AACCTGCATTTCCAAATTCATATGATATTCAGTGTTTCAATGAAATTAAAACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896082 53 +  48394510 AACCTGCATTTCCAAATTCATGTGATATTCAGTGTTTCAATGAAATTAAAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441835 53 +  46489110 AACCTGCATTTCCAAATTCATATGATATTCAGTGTTTCAATGAAATTAAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=400316.000000
s hg19.chr21     15727964 84 +  48129895 AAAATTGCTACAAAGTGGCCtattattttatatatcattaaaatagaaataaaaatacttctaattaaattaGGATACACCCTA
s rheMac2.chr3  163877704 84 - 196418989 AAAATTGttataaagtggcctattattctatatatcactaaaatggaaataaaaatacttctaattaaattaggatacacccta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896135 84 +  48394510 AAAATTGTTATAAAGTGGCCtattattttatatatcattaaaatagaaataaaaatacttctaattaaattaGGATACACCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14441888 84 +  46489110 AAAATTGCTACAAAGTGGCCTGttattttatatatcattaaaatagaaataaaaatacttctaattaaattaGGATACACCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=74102.000000
s hg19.chr21     15728048 29 +  48129895 AATTATAAGATATATCCCTACTTCAATGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896219 29 +  48394510 AATTATAAGATATATCCCTACTTCAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=158362.000000
s hg19.chr21     15728077 28 +  48129895 GTTATAAAAATGCAAGATGTTATCTTGT
s panTro2.chr21  14442001 28 +  46489110 GTTATAAAAATGCAAGATGTTATCTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896248 28 +  48394510 GTTACAAAAATGCAAGATGATATCTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163877817 28 - 196418989 gttataaaaatACAAGAGCATATCCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=538614.000000
s hg19.chr21     15728105 35 +  48129895 TTCTAAAAGGCGCAGTGATTTGTCCTCTACTGATG
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a score=758862.000000
s hg19.chr21     15728140 101 +  48129895 TATAGAGTAAAAAATTCAACTT----------------------------------------------------------------------------GCAATTATAACTTTGTGGGGATTTTACAGTGATAAAAGTGTCTTAATA------------------------------TAGTCAACTCATAATTATTTAGATTCTGCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896311 159 +  48394510 TATAGAGTAAAATATACAACTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------------------------------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTCAACTCATAGTTATTTAGATTCTGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163877880 101 - 196418989 TGTAGTGTAAAATATGCAACTT----------------------------------------------------------------------------GCAATTATAACTTTGTGGAGATTTTACAGTGAGAAAAGTGTCTTAATA------------------------------TACTCGACTCATAATTATTTAGATTCTGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=10553.000000
s hg19.chr21     15728241 11 +  48129895 AATT-CTAAATT
s panTro2.chr21  14442165 11 +  46489110 AATT-CTAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163877981 12 - 196418989 AATTTCTAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1689807.000000
s hg19.chr21     15728252 130 +  48129895 AATTACATTTTATTGCTTGTACCTTTTGTTCTATTTACTCATCATTAGTATCTCTGTGAATGGGAAGGGAGAGGAGAATAAATCAGTCTGTTTTGTTCCCTC----TAACTGTAATTTGGGAGGGTGAAGAGTT
s panTro2.chr21  14442176 130 +  46489110 AATTACATTTTATTGCTTATACCTTTTGTTCTATTTACTCATCATTAGTATCTCTGTGAATGGGAAGGGAGAGGAGAATAAATCAGTCTGTTTTGTTCCCTC----TAACTGTAATTTGGGAGGGTGAAGAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896481 130 +  48394510 AATTACATTTTATTGCTTATACTTTCTGTTCTATTTACTCATCATTAATATCTCTGTGAATGGGAAGGGAGAGGAGAATAAATCAGTCTGTTGTGTTCCCTC----TAACTGTAATTTTGGAGGGTGAAGAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163877993 134 - 196418989 AATTACATTTTATTGCTTATACCTTCTGTTCTGTTTACCCATCATTAGTATCTCCGTGAATGGGAAGGGAGAGGAGAATAAATGAGTCTATTTTGTTCCCTCTAATTAACTGTAATTTGGGAGGGTGAAGAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1349557.000000
s hg19.chr21     15728382 114 +  48129895 ATTTCAACTATTGACAGAGTATAATATTTAAGTTTCTAAAATATTTTACTCATCTGGATTACTTCTGCTTCC-AATTCTATTAATTAACAGGGCAGATAACAAAGATGACTTGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878127 115 - 196418989 ATTTCAACTAGTGACAGAGTATAATATTTAGGTTTCTAAAATATTTTACTCATCTGGATTGCTTCTGCTTCCAACTTCTACTAATTAACAGGGCAGATGACAAAGATGACTTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=46433.000000
s hg19.chr21     15728496 64 +  48129895 TTTCTGTTCCTTCTTCAATCCACCTAGGAAGCTATCTTTCTTTTTTATCTTGTAACTCTTCCTC
s panTro2.chr21  14442420 64 +  46489110 TTTCTGTTCCTTCTTCAATCCACCTAGCAAGCTATCTTTCTTTTTTATCTTGTAACTCTTCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896725 64 +  48394510 TTTCTGTTCTTTCTTCAATCTACGTAGGAAGCTGTCTTTCTTCTTTATCTTGTAACTCTTCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878242 64 - 196418989 TTTCTGTTCCTTCCTCAATCCACCTAGGAAGCTATCTTTCTTTTTTATCTTGTAACTCTTCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153519.000000
s hg19.chr21     15728560 49 +  48129895 TTTTGCTCATGAAACTGAGGAACAGGTACCTCCTCCAAAGAAAAATCTA
s panTro2.chr21  14442484 49 +  46489110 TTTTGCTCATGAATCTGAGGAACAGGTACCTCCTCCAAAGAAAAATCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896789 49 +  48394510 TTTTGCTCATGAATCTGAGGAACAGGTACCTCCTCCAAAGAAAAATCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878306 49 - 196418989 TTTCACTCATGAATCTGAGGAACAGGTACCTCCTCCAAAGAAAAATCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=302625.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878355 25 - 196418989 ACATTTCCCATTGCATTTTTGGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=467452.000000
s hg19.chr21     15728634 38 +  48129895 TATTTCTTCCTGTCTTCTCTCAGATCTTACTCCATTAA
s panTro2.chr21  14442558 38 +  46489110 CATTTCTTCCTGTCTTCTCTCAGATCTTACTCCATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896863 38 +  48394510 TATCTCTTCCTGTCTTCTCTCAGATCTTACTCCATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1059371.000000
s hg19.chr21     15728672 118 +  48129895 CCACCTCTTCTAATTCGCACTCCCTTGCAGTTCCTCTCAGCCTGTAACTAAGCCAAAATATTTTCTACATTCTCCAACTCCTACCTGAACTTTGAATTTTCCTCTGGATTTTTCCCCA
s panTro2.chr21  14442596 118 +  46489110 CCACCTCTTCTAATTCCCACTCCCTTGCAGTTCCTCTCAGCCTGTAACTAAGCCAAAATATTTTCTACATTCTCCAACTCCTACCTGAACTTTGAATTTTCCTCTGGATTTTTCCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13896901 118 +  48394510 CCACCTCTTCTAATTCCCACTCCCTTGCAGTTCCCCTCAGCCTGTAACTATGCCAAAATATTTTCTGCATTCTCCAACTCCTACCTGAACTTTGAATTTTCCTCTGGATTTTTCCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878418 118 - 196418989 CCACCTCTTCTAATTCCCACTCCCCTGCAGTTCCTCTCAGCCTGTAACTATGCCAAAATATTTTCTGCATTCTCCAACTCCTACCTGAAGTTTGAATTTTTCTCTGGATTTTTCCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=895843.000000
s hg19.chr21     15728790 77 +  48129895 GGTCTTGTCTTTCCTTCTCAAAGAAATTTCATGAAAGATTAGTCTACCTTCACAATCTTCAGTTACCAATATTCAAC
s panTro2.chr21  14442714 77 +  46489110 GGTCTTGTCTTTCCTTCTCAAAGAAATTTCATGAAAGATTAGTCTACCTTCACAATCTTCAGTTACCAATATTCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897019 68 +  48394510 GGTCTTGTCTTTCCTTCTCAAAGAAATGTCATGAAAGATTAGTCTGCCTTCACAATCTTCA---------ATTCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878536 77 - 196418989 GGTCTTGTCTTTCCTTCTCAAAGAAATTTCATGAAAAATTAGTCTACCTTCACAATCTTCAGTTACCAATATTCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129104.000000
s hg19.chr21     15728867 40 +  48129895 TTGTTCAGTCTGTCATCTCATGGCTAATATCaaatattat
s panTro2.chr21  14442791 40 +  46489110 TTGTTCAGTCTGTCATCTCATGGCTAATATCaaatattat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897087 40 +  48394510 TTGTTCAGTCTGTCATCTCATGGCTAATATCAAACATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878613 40 - 196418989 TTGTTTAGTCTGTCATCTCATGGCTAAAATCAAATATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54235.000000
s hg19.chr21     15728907 22 +  48129895 ttttctatattttctaaatttt
s panTro2.chr21  14442831 22 +  46489110 ttttctatattttctaaatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897127 22 +  48394510 TTTTCTATATTTTCTAAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878653 22 - 196418989 TTTTCTATATTTTCTAAATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-39067.000000
s hg19.chr21     15728929 60 +  48129895 tgatcataaaatatatttCTTTCACATTAGAAAAAGATGATAAAAATATGTGTGTACACA
s panTro2.chr21  14442853 60 +  46489110 tgatcataaaatatatttCTTTCACATTAGAAAAAGATGATAAAAATATGTGTGTACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897149 60 +  48394510 TGCTCATAAAATATATTTCTTTCACATTAGCAAAAGATGATAAAAATATGTGCGTACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878675 60 - 196418989 TGCTCATGATATATATTTCTTTCACATTAGAAAAAGATGATAAAAATATGTGTGTACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15728989 14 +  48129895 CATTT----AAACAAACA
s panTro2.chr21  14442913 14 +  46489110 CATTT----AAACAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897209 14 +  48394510 CATTT----AAACAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878735 18 - 196418989 CATTTAAACAAACAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=144211.000000
s hg19.chr21     15729003 36 +  48129895 AAAATCTTTGTGTACTTTGACGCAAGTTGTGACAAA
s panTro2.chr21  14442927 36 +  46489110 AAAATCTTTGTGTACTTTGACGCAAGTTGTGACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897223 36 +  48394510 AAAACCTTTATGTAATTTGATGCAAATTGTGACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878753 36 - 196418989 AAAACCTTTATGTAATTCGATGCAAGTTGTGACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=408075.000000
s hg19.chr21     15729039 68 +  48129895 TACTGCTACAAAAACTCTTGATGTGGAAGGATAAATGTGTTCAAAtaaccttattcagccctctacac
s panTro2.chr21  14442963 68 +  46489110 TACTGCTACAAAAACTCTTGATGTGGAAGGATAAATGTGTTCAAAtaaccttattcagccctctatac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897259 68 +  48394510 TACTGCTACAAAAACTCTTGATGTGGAAGGATAAATGTGTTCAAAtaaccttattcagccctctacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878789 68 - 196418989 TACTGCTATAAAAACTCTTGACATGGAAGGATGAATGTGTTCAAAtaaccttattcaaccctctacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=275642.000000
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s panTro2.chr21  14443031 28 +  46489110 ctgtttctctgctttccattacagaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878857 28 - 196418989 ctgtttctctgctttccgttacagaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155852.000000
s hg19.chr21     15729135 33 +  48129895 attcttttgcaaagttgcctgtacttgcttttc
s panTro2.chr21  14443059 33 +  46489110 attcttttgcaaagttgcctgtacttgcttttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897355 33 +  48394510 attcttttgcaaagttgcctgtagttgcttttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163878885 33 - 196418989 gttcttttgcatagttgcctgtacttgctTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 M 928

a score=581369.000000
s hg19.chr21     15729168  85 +  48129895 tatttcattttctctgattcatttctggacgctcgccaaataggcttttgatcccactattgcactgaaacttgactcatgaaaa
s panTro2.chr21  14443092  85 +  46489110 tatttcattttctctgattcatttttggaccctcgccaaataggcttttgatcccactattccactgaaacttgactcatgaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897388  85 +  48394510 tatttcattttctctgattcatttttggaccctcgccaagcaggcttttgatcccactattccactgaaccttccctcatgaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=366990.000000
s hg19.chr21     15729253  68 +  48129895 tcacagcaggttctttctcagtcctcactttacctgatctatcatttgatgttagccgtcactctctt
s panTro2.chr21  14443177  68 +  46489110 tcacaacgggttctttctcagtcctcactttacctgatctatcatttgatgttagccatcactctctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897473  68 +  48394510 tcacaacgggttctttctcagtcctcactttacctgatctatcatttgatgttagccatcactctctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=215201.000000
s hg19.chr21     15729321  27 +  48129895 tcccatgaaacactttacctcactgcc
s panTro2.chr21  14443245  27 +  46489110 tcccatgaaacactttacctcactgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897541  26 +  48394510 tcccatgaaaca-tttacctcactgcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=258844.000000
s hg19.chr21     15729348  61 +  48129895 caggcatcacacattcttgtgtgttcttttacctcgtgcttcctccagtattcACACAGGC
s panTro2.chr21  14443272  61 +  46489110 caggcatcacgcagtcttgtgtgttcttttacctcgtgcttcctccagtattcacacaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897567  61 +  48394510 caggcatcacacagtcttgtgtgttcttttacctcatgcttcctccagtattcACACAGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=208980.000000
s hg19.chr21     15729409  26 +  48129895 CCCTGTCTTAGGTCTTGGGCACAACT
s panTro2.chr21  14443333  26 +  46489110 ccctgtcttaggtcttgggcacaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13897628  26 +  48394510 CCCTGTCTTAGGTCTTGGGCACAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 5177
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=297371.000000
s hg19.chr21     15729435   96 +  48129895 AATTAGATCCAATTAGTCATTAAAccctttgcctagaatgttcttccattggtatccacctagcattttctctgaccacagtcagcaaagcctttc
s panTro2.chr21  14443359   96 +  46489110 aattagatccaattagttattaaaccctttgcctagaatgttcttccattggtatccacctagcattttctctgaccacagtcatcaaagcctttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918  928 - 196418989 M
e ponAbe2.chr21  13897654 5177 +  48394510 I

a score=403871.000000
s hg19.chr21     15729531  78 +  48129895 ctaactacccttctttaaatgacacctcctccttttcccaaccctggctgtttcttgtcttacaaagctttattatca
s panTro2.chr21  14443455  78 +  46489110 ctaactacacttctttaaatgacacctcctccttttcccaaccctggctgtttcttgtcttacaaagctctattatca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13902831  74 +  48394510 ----ctaccctgctttaaatgacacctcctccttttcccaaccctggctttttcttgtcttacaaagctttattatca
i ponAbe2.chr21 I 5177 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=430212.000000
s hg19.chr21     15729609  71 +  48129895 tccagcatggctgcatatgttatatggttctttttgtctgtccccactacaccccacaagggaaataattt
s panTro2.chr21  14443533  71 +  46489110 tccaacatggctgcatatgttatatggttctttttgtctgtccccactacaccccataagggaaataattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13902905  71 +  48394510 tccaacatggctgcatatgctatatggttctttctgtctgtccccactacaccccataaaggaaataattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=355277.000000
s hg19.chr21     15729680  39 +  48129895 ttatctgtttttctcactgcggaacctccagcgactaaa
s ponAbe2.chr21  13902976  39 +  48394510 ttatctgtttttctcattgcggaacctccagagactaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14443604  39 +  46489110 ttatctgtttttctcactgcggaacctccagcgactaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=82149.000000
s hg19.chr21     15729719  30 +  48129895 atagtgactgacacagcaaacctttgagga
s ponAbe2.chr21  13903015  30 +  48394510 atagtgactgacacagcaaacctttgagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14443643  30 +  46489110 atagtgactgacacagcaaacctttgagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=557794.000000
s hg19.chr21     15729749  48 +  48129895 atgaatgaatGACAAGCTGTCCTTATCTCAGCTAAAATTTCAAGTTAT
s panTro2.chr21  14443673  48 +  46489110 atgaatgaatGACAAGCTGTCCTTATCTCAGCTAAAATTTCAAGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13903045  48 +  48394510 atgaatgaatGACAAGCTGTCCTTATCTCAGCTAAAATTTCAAGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=666322.000000
s hg19.chr21     15729797  68 +  48129895 TTTTTCTTAATAACTTGATAAGAGATGAGAAGTCTTGCTACCTCAAAATATTTATTTCTAATATTTTC
s ponAbe2.chr21  13903093  68 +  48394510 TTTTTCTTAATAACTTGATAAGAAATGAGAAGTCTTGCTACCTCAAAATATTTATTTCTAATATTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14443721  68 +  46489110 TTTTTCTTAATAACTTGATAAGAGATGAGAAGTCTTGCTACCTCAAAATATTTATTTCTAATATTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=237360.000000
s hg19.chr21     15729865  24 +  48129895 TTATAACTAGATAAGTTTCAGGTT
s panTro2.chr21  14443789  24 +  46489110 TTATAACTAGATAAGTTTCATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13903161  24 +  48394510 TTATAAGTAGATAAGTTTCATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=282391.000000
s hg19.chr21     15729889  21 +  48129895 GGTAACATTTAAAACTATTTT
s ponAbe2.chr21  13903185  21 +  48394510 GGTAACATTTAAAACTATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14443813  21 +  46489110 GGTAACATTTAAAACTATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=191911.000000
s hg19.chr21     15729910  31 +  48129895 CAGAAAATCATAATATCCACAAATGTCTTTC
s ponAbe2.chr21  13903206  31 +  48394510 CAGAAAATCATAATAGCCACAAATGTCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14443834  31 +  46489110 CAGAAAATCATAATATCCACAAATGTCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

a score=-205430.000000
s hg19.chr21     15729941  24 +  48129895 ATCATTTATATTCACTTTTGTTAC
s ponAbe2.chr21  13903237  24 +  48394510 ATCATTTATATTCACTTTTGTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163878918 928 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14444009 113 +  46489110 AATGGCCCAATAAAGGTATGGTGGAATTTATTAATTATC-GGCTCAATACCGAGATGATCTTGGTTTAGCGTTGCAAGATATCACTTTCCAGACTCATGGGGAAGAGAAGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13903760 86 +  48394510 AACACAATAAATCCGTATGTTTGACTATTTGTATACTCAAAGACATCATGTTTTCCAAAACCGTTAAAGAAATGGGAAAATGCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163880260 86 - 196418989 AACACAATAAATCCATATATTTAACTATTTGTATACTTAAAGACATCATGTTTTCCAAAACCATTAGGGAGATGGGAAAATGTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163880431 15 - 196418989 ACATTagcaaaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163880446 6 - 196418989 tttttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13903952 63 +  48394510 GAGCAGAAATATTTTTGAAACAGACA-AATCATTCTGAAATTTTCATTACCTCAATGAATTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163880452 64 - 196418989 gagcagaaatatttttggaacagaaGCAATCATTCTGAAATTTTCATTACCCCAATGACTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200864.000000
s hg19.chr21     15730798 31 +  48129895 GCCTAACATTCCTATTAATACCAAGACACAA
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s hg19.chr21     15730954 58 +  48129895 TGCCCATAATAGTTTTAATGCAGAGTTCCTTTGATATACTAGGGAAATTTACAGATAT
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a score=297950.000000
s hg19.chr21     15731012 31 +  48129895 TCCTTTGGATTTTCTAGTCTATCTGGCAAAA
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a score=221602.000000
s hg19.chr21     15731077 80 +  48129895 CAATGAAGGGAAGACAGAGAAAATCTGTTTTCTGAAAATCTCAATAAAACCATTCATTATCATTGCTTCTTTTGCCCTAA
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a score=392194.000000
s hg19.chr21     15731157 52 +  48129895 ACTTTAATGGGTAGTTCAGGGGTGGTTCAGGAATGATCTGTTTTTCCTGGGT
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a score=150305.000000
s hg19.chr21     15731209 31 +  48129895 CTGCTGGGGATCTTTGGTGAGGAAGCAACTA
s panTro2.chr21  14445134 31 +  46489110 CTGCTGGGGATCTTTGGTGAGGAAGCAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904507 31 +  48394510 CTGCTGGGGCTCTTTGATGAGGAAGTAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881013 31 - 196418989 CTGCTGGGGATCTTTGGTGAGGAGGTAACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=285999.000000
s hg19.chr21     15731240 60 +  48129895 AATTACTCAGAGCTAAAGGAAAAACACAGATTAGTCAGAGCCTTTCCAGCAAGTAAAGAG
s panTro2.chr21  14445165 60 +  46489110 AATTACTCAGAACTAAAGGAAAAACACAGATTAGTCAGAGCCTTTCCAGCAAGTAAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904538 60 +  48394510 AATTACTGAGAGCTAAAGGAAAAACACAGATTAGTCAGAGCCTTTCCAGCAAGTAAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881044 60 - 196418989 ATTTATTCAAAACTAAAGGAAAAACATAGATTAGTCAGAGCCTTTCCAGCAAGTAAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=414157.000000
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s panTro2.chr21  14445225 66 +  46489110 TATTTGGATAAAGACTGGTCCTTAGAAGTCACCTGACATCTTCCACGCCTATCAAGGTTAGTCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904598 66 +  48394510 TATTTGGATAAAGACTGGTCCTTAGAAGTCACCTGACATCTTCCACGCCCATCAAGGTTAGTCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881104 66 - 196418989 TATTTGGATAAAAACTGGTCCTTACAGGTCACCTGACATCTTCCATGCCCATTAAGGTTAGTCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309713.000000
s hg19.chr21     15731366 33 +  48129895 CTGAC-AAAATTGGATCCCACTGACCTGACACCT
s panTro2.chr21  14445291 33 +  46489110 CTGAC-AAAATTAGATCCCACTGACCTGACACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904664 33 +  48394510 TTGAC-AAAAACGGATCCCACTGACCTGACACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881170 34 - 196418989 TTGACAAAAATTGGATCCCACTGACCTGATACCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=69816.000000
s hg19.chr21     15731399 16 +  48129895 AATACATTTGTTGCCA
s panTro2.chr21  14445324 16 +  46489110 AATACATTTGTTGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904697 16 +  48394510 AATACATTTGTTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881205 16 - 196418989 AATACATTTGTTGCCA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=164476.000000
s hg19.chr21     15731415 24 +  48129895 GTGCAAA-GGCCTTGTTTCCTTACA
s rheMac2.chr3  163881221 25 - 196418989 GTGCAAAGGGCCTTGTTTCCTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904713 24 +  48394510 GTGCAAA-GGCCTTGTTTCCTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14445340 24 +  46489110 GTGCAAA-GGCCTTGTTTCCTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-218154.000000
s hg19.chr21     15731439 19 +  48129895 AAAAGTAGAGTTTGTGATT
s rheMac2.chr3  163881246 19 - 196418989 AAAAGTAGAGTTTATGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904737 19 +  48394510 AAAAGTAAAGTTTATGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14445364 19 +  46489110 AAAAGTAGAGTTTATGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2681428.000000
s hg19.chr21     15731458 80 +  48129895 ATTTCATTACAGATTGGAATTGTGGGCAGGACTGGAGCAGGCAAATCCACACTATCAAATTGCTTATTTAGAAGTTGTGG
s panTro2.chr21  14445383 79 +  46489110 ATTTCATTACAGATTCGAATTGTGGGCAGTACTGAAGCAGGCAAATCCACACTATCAAATTGCTTATTTAGAA-TTGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904756 79 +  48394510 ATTTCATTACAGATTGGAATTGTGGGCAGGACTGGAGCAGGCAAATCCACACTATCAAATTCCTTATTTAGAA-TTGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881265 79 - 196418989 ATTTCATTACAGATTGGAATTGTGGGAAGGACTGGAGCAGGCAAATCCACACTATCAAATTGCTTATTTAGAA-TTGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3197350.000000
s hg19.chr21     15731538 102 +  48129895 AGAGAGCAGGAGGCGAAATTATTATTGACGGAATTGATGTATCAACTATTGGACTTCATGACCTTCATGGCAAACTTAATATTATTCCACAGGTAAAGCCTA
s panTro2.chr21  14445462 102 +  46489110 AGAGAGCAGGAGGCAAAATTATTATTGACGGAATTGATATATCAACTATTGGACTTCATGACCTTCGTGGCAAACTTAATATTATTCCACAGGTAAAGCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904835 102 +  48394510 AGAGAGCTGGAGGCAAAATTATTATTGACGGAATTGATATATCAACTATTGGACTTCATGACCTTCGTGGCAAACTTAATATTATTCCACAGGTACAGCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881344 102 - 196418989 AGAGAGCAGGAGGCAAAATTATTATTGACGGAATCGATATATCAACTATTGGACTTCATGACCTTCGTGGCAAACTTAATATTATTCCACAGGTAAAGCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-49041.000000
s hg19.chr21     15731640 31 +  48129895 TGTTGCCA-TAGGCTTTCTTAACCCACTCCAA
s panTro2.chr21  14445564 31 +  46489110 TGTTGCCA-TAGGCTTTCTTAACCCACTCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904937 31 +  48394510 TGTTGCCA-TAGGCTTTCTTAACCCACTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881446 32 - 196418989 TGTTGCCAGTAATCTTTCTTAACCCACTCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-63870.000000
s hg19.chr21     15731671 12 +  48129895 GTAAATCTGTTG
s panTro2.chr21  14445595 12 +  46489110 GTAAATCTGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881478 12 - 196418989 GAAAATCTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-709123.000000
s hg19.chr21     15731683 16 +  48129895 TCTTTCTTTTTAAAAA
s panTro2.chr21  14445607 16 +  46489110 TCTTTCTTTTTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13904980 16 +  48394510 TCTTTCTTTTTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881490 16 - 196418989 TCTTTCTTTTTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15731699 138 +  48129895 TCTGTTCCTTCCAAGTCTATAAATTCATTGTTTGAAGCCATATCATTTTAAATGGAATATATGAAAAACTGCTATGTAATTGAATCCTCTTTAAACACCCTTATCATAAAGCATTCTTCCTAAGAGCATTTATCTATT
s panTro2.chr21  14445623 138 +  46489110 TCTGTTCCTTCCAAGTCTATAAATTCATTGTTTGAAGCCATATGATTTTAAATGGAATATATGAAAAACTGCTATGTAATTGAATCCTCTTTAAACACCCTTATCATAAAGCATTCTTCCTAAGAGCATTTATCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881506 138 - 196418989 TCTGTTCCTTCCAAGTCTATAAATTCATTGTCCGAAGCCATATCATTTTAAATGGAATATATGAAAAACTGCTATGTAATTGAATCCTCTTCGAATGCCCTTATCATAAAGCATTCCTCCTAAGAGCGTTTATCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=253440.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881644 30 - 196418989 TGAAAAACCAGCACATCTTTTTGATGCAA-T
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=659539.000000
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s panTro2.chr21  14445792 44 +  46489110 TCCTTCATAATAGTAAGTGCAAATAAAATTCAAATAAATAGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905165 44 +  48394510 TCCTTCATAATAGTAAGTGCAAATAAAATTCAAATAAGTAGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881674 44 - 196418989 TCCTTCATAAAAAAAAGTACAAATAAAATTCAAATAAATAGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-61528.000000
s hg19.chr21     15731912 29 +  48129895 AGACTGAAACACATTGATTTTTTTTGAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=438880.000000
s hg19.chr21     15731941 57 +  48129895 AAAATATTACTGAAGTTTTTGCTTAGTTGTTAG----AGTGTAGAATTTTGACTCTTTTTC
s panTro2.chr21  14445865 57 +  46489110 GAAATATTACTGAAGTTTTTGCTTAGTTGTTAG----AGTGTAGAAATTTGACTCTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905238 61 +  48394510 GAAATATTACTGAAGTTTTTGCTTAGTTGTTAGTTTCAGTGTAGAATTTTGACTCTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1924352.000000
s hg19.chr21     15731998 172 +  48129895 ACTTGAAGTTTAGAAACATTAAAAAAAGAACAGTAATTCAGTTAGTTCTCTTTTCTCAAGTCCTTTGATTTTTCCATCTGTGGAATCAAAGGAACTTGATCATTAAGGGGCATGCAAACTAGCTTAAAAATATGCCTCTTAAGTCAAAGATGAAATACTCAGCTGAAActgg
s panTro2.chr21  14445922 171 +  46489110 ACTTGAAGTTTAGAAACATTAAAAAA-GAACAGTAATTCAGTTAGTTCTCTTTTCTCAAGTTCTTTGATTTTTCCATCTGTGGAATCAAAGGAACTTGATCATTAAGGGGCATGCAAACTAGCTTAAAAATATGCCTCTTAAGTCAAAGATGAAATACTCAGCTGAAActgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905299 172 +  48394510 ACTTGAAGTTTAGAAACATTAAAAAAAGAACAGTAATTCAGTTAGATCTCTTTTCTCAAGTTCTTTGATTTTTCCATCTGTGGAATCAAAGGAACTTGATCATTAAGGGGCATGCAAACTAGCTTAAAAATATGCCTCTTAAGTCAAAGATGAAATACTCAGCTGAAACTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163881808 171 - 196418989 ACTTGAAGTTTAGAAACATTAAAAAA-AAACAGTAATTCAGTTAGATCTCTTTTCTCAAGTTCTTTGATTTTTCCATCTGTGGAATCAAAGGAACTTGATCATTAAGAGGCATGCAAACTAGCTTAAAAGTATGCCTCTTAAGTCAAGGATGAAATACTCAGCTGAAActgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15732170 78 +  48129895 gtgcagtggctcacgcctgtaatcccagaactttgggaagccgaggcgggtggatcatctgaggtcaggagtttgaga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14446093 78 +  46489110 gtgcagtggctcatgcctgtaatcccagaactttgggaagccgaggcgggtggatcatctgaggtcaggagtttgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905471 76 +  48394510 --gcgatggctcacgcctgtaaccccagaactttgggaagccgaggcgggtggatcatctgaggtcaggagtttgaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=54446.000000
s hg19.chr21     15732248 78 +  48129895 ccagcctggccaacatggtgaaaccctgtcccaactaaaagtacataaattatccagccatggtggtgcacacctgta
s panTro2.chr21  14446171 78 +  46489110 ccagcctggccaacatggtgaaaccctgtctcaactgaaagtacataaattatccagccatggtggtgcacacctgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905547 78 +  48394510 ccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctcaactaaaagtacataaattatccggccatggtggtgcacacctgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163882057 78 - 196418989 ccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctcaactaaaagtacataaattatccggccatggtggtgcacacctgta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20565.000000
s hg19.chr21     15732326 34 +  48129895 atcccaggtactcaggaggctgagacaggagaat
s panTro2.chr21  14446249 34 +  46489110 atcccaggtactcaggaggctgagacaggagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905625 34 +  48394510 atcccaggtactcgggaggctgagacaggagaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163882135 34 - 196418989 atcccaggcactcaggaggctgagacaggagaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=105910.000000
s hg19.chr21     15732360 93 +  48129895 tgcttgaacctgggaggcggaggtttcagtgagccgagattgcgccactgccctctagcctgggcaacagagctagactccatctcaaaagaa
s panTro2.chr21  14446283 93 +  46489110 tgcttgaacctgggaggcggaggtttcagtgagccgagattgcaccactgccctctagcctgggcaacagagctagactccatctcaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905659 93 +  48394510 tgcttgaacctgggaagcggaggtttcagtgagccgagattgcgccaatgccctctagcctgggcaacagagctagactctatctcaaaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163882169 93 - 196418989 tgcttgaacctgggaggcggaggattcagtgagccaagattgtgccactgcacttcatcctgggcaacagagccagagtctgtctcaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-107879.000000
s hg19.chr21     15732453 18 +  48129895 aaaaaaaa-----------TCATTGTACT
s panTro2.chr21  14446376 23 +  46489110 aaaaaaaa------aaaaaTCATTGTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163882262 29 - 196418989 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaTCATTGTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=582927.000000
s hg19.chr21     15732471 99 +  48129895 GTCTTCTAAAAATCTATTAAAATACTCATTTTAATATATTAAAATGTCATATTGTTTAGACGTATACTTGTATTCATGCATTTACTTCAAAACAAATTT
s rheMac2.chr3  163882291 77 - 196418989 GTCTTCTAAA----------------------AATATATTAAAATGTCATATTGTTTAGACATATACTTGTATTCATGCATTTACCTCAAAACAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=625812.000000
s hg19.chr21     15732570 60 +  48129895 GAGTAAAATCTGGAATTCTGGAAGGG-AAAAAAATTAGTGGAAAAAAAGAGACATCAGTTG
s panTro2.chr21  14446498 60 +  46489110 GAGTAAAATCTGGAATTCTGGAAGGG-AAAAAAATTAGTGGAAAAAAAGAGACATCAGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905872 60 +  48394510 GAGTAAAATCTGGAATTCTGGAAGGG-AAAAAAATTAGTGGAAAAAAAGAGACATCAGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163882368 61 - 196418989 GAGTAAAATCTGGAATTCTGGAAGGGAAAAAAAATTAGTGGAAAAAAAGAGCCATCAGTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=754265.000000
s hg19.chr21     15732630 71 +  48129895 TTCCTCTCTTATAGATAGAGTAAAATATAGTGTCACTAggcatcttggtgtagcataaagaaaatgaactc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13905932 71 +  48394510 TTCCTCTCTTATAGATAGAGTAAAATATAATTTCACTAggcatcttggtgtagcataaagaaaatgaactc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163882429 71 - 196418989 TTCCTCTCTTATAGATAGAGTAAAATATGGTTTCACTAggcatcttggtatagaataaagaaaacgaactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1113966.000000
s hg19.chr21     15732701 132 +  48129895 aatcctcttcgaattctcttcaaccactaacttaccttcgtgtggtgtagacaagaactctttggaacctccagctcactttctgtaaaataagaatactaacttctatctttctgagttggtatactgatt
s panTro2.chr21  14446629 132 +  46489110 aatcctcttcgaattctcttcaaccactaacttaccttcgtgtggtgtagacaagaactctttggaacctccagctcactttctgtaaaataagaatactaacttgtatctttctgagttggtatactgatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13906003 132 +  48394510 aatcctcttcgaattatcttcaaccactaacttaccttcgtgtggtgtagacaagaactctttggaacctccagctcactctctgtaaaataagaatactaacttctatctttctgagttggtatactgatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=1808251.000000
s hg19.chr21     15733266 90 +  48129895 TTTGTGCAGTCCCTTCCTGAGAAGCTAC----TGAGATTTCAGAGGGTGGCGAGAACCTCAGGTAAGCTGCTAAGAGCAGAGCTTGTCCAAGTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14447620 56 +  46489110 CCAGAAAAGTGAGCTAGATCCCTGTAATGGCCTGCTTGGCAAGACTCCCACCaccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163883495 56 - 196418989 CAAGGAAAGTGAGCTAGATCCCTGTAATGGCctgcatggcaggactcccatcaccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1197188.000000
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s panTro2.chr21  14447676 191 +  46489110 cttctttgatcactttctccctacccctctgtgtttctgcgacattggcctccatgctgtgtcatgagtttgccaggccaattcacgcctaccacagggattttacatctgctctttcctttacctggaacaagtttttactggaaatctgtaagcctcactctccatgtccttcagttcttgccttaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13907046 191 +  48394510 cttctttgatcactttctccctacccctctgtgtttctgtgacattggcctccatgctgtgtcatgagtttgccaggccaattcacgcctaccacagggattttacatctgctatttcctttacctggaacaagtttttactggaaatctgtatgcctcactctccatgtccttcagttcttgccttgaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  163883551 191 - 196418989 cttctttgatcactttctccctacccctctgtgtttctgcgacattggtctccatgctgtgtcatgagtttgccaggccaattcacgcctaccacagggattttacatctgctgtttcctttatctggaacaagtttttactggaaatctgcatgcctcactctccatgtccttcagttcctgtcttaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=242622.000000
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s rheMac2.chr3  163883743 89 - 196418989 ttctcctgaggatttctttggcaagcccatctaaaatgcccaccccacacccacgctttatatcccacttctgtgtgtttgaattcttc
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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s panTro2.chr21  14447867 86 +  46489110 ttctccagaggatttctttggcacacccatctaacatgcccatcccacatctacaccttataccccacttctgtgtgtttgaa---ttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=19642.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13907324 18 +  48394510 ttaacacttattatatac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14447953 18 +  46489110 ttaacacttattatatac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=148225.000000
s hg19.chr21     15734038 180 +  48129895 atattatccatggaattactgcatataatgttgcaccgtactcatatacccctcctactatgctttttactcaattatcttgcttattgttttctgtgtccccatgagaatgtatctgctacacagagatttttgtctgttttgctcattggtctaaagtctggcactccctcaagagat
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14447971 180 +  46489110 atattatCCATGGAATTACTGCATATAATGTTGCGCCGTACTCATATACCCCTCCTACTATGCTTATTACTCAAttatcttgcttattgttttctgtgtccccatgagaatgtatctgctacacagagatttttgtctgttttgctcattggtctaaagtctggcactccctcaagagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=183993.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=-146003.000000
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a score=1235584.000000
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a score=1221487.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14449641 284 +  46489110 TCAATGTGTCCCCCGATCTTCCCCTCTGCCCTCCAGTGTGATCTAGACGCCCCTTTTCTGTGCTTTCATTAGCCCCATGTGCATACCTTTATCATGGCAGGGCTCATACTCCATTTTA------AAGTCTGCTTTccccttgaaggcaggtgcccagttttaatcatccttgtatgttatgttcctagcatagttcctttcacataactgatgtgaaacatcagtttgcagaatgaatAGCTAGACATTTTAGAGTACTATAAGTACTTATTTATATATAAATAGATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14449988 101 +  46489110 cttgaagccaggaacttgagaccaacctgagcaacaaagcaagatcctgtctctacaaaaaataagtaaatataatgaaaaaaatgagacgggcatgatag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163886121 85 - 196418989 TGATGAAGAAATCACAGAAAAA---AAGTTATTCAACTGCTTTTTGGAAAGAGTAATTATATATCAACAGatttttttataattgttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163886206 215 - 196418989 agaatgttttatatttttattatttaCCTTTGAGTAAAAAAAAAGCCTAGTATTTTCTTTGGAACATTATTTTTTGGTTAATATACCAACCTCAGTGGGATATTTTATTACATTTATGAGAGGATTGTTGATTTGTAGTCCTAATCAGA-TTTAAAGGGCTTTTTCTTTAGTAGTTTTGTTTAAAAGAAGCAACGTTATGTCTCTGAATTGTCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=369948.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13910175 108 +  48394510 GTCTTTACAATCCCTGAAGTGCTTTGTAAACATTGAATAAATAGCTGTTGAATTCTGTTAAGAAAGGAATCAAAATATTTCATTCATATGAGTTAAAAGATGTTTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163886663  69 - 196418989 ATCTGTACAATCCCTGAAGTGCTTTGTAAACATTGAATAAATAGCTGTTGAATTGTATTAAGAAAGGAA---------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 M 394

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13910283  47 +  48394510 CTCCCTACTCCTATAATTTTAGTAAATCAGAGAAGCTGAATAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163886732 394 - 196418989 M

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s hg19.chr21     15737037  34 +  48129895 AAAATCTAATGGGAAatcaacagtaacctggata
s panTro2.chr21  14450980  34 +  46489110 AAAATCTAATGGGAAatcaacagtaacctggata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13910330  34 +  48394510 AAAATCTAATGGGAAatcaacagtaacctggata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163886732 394 - 196418989 M

a score=447889.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13910364  59 +  48394510 aattgtggtatattcacataatagaattctatctagctatgagaatgaatgtacaacag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163886732 394 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163886732 394 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  M 394 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163887667 88 - 196418989 CAAAATATTTACCATAGCTGACAGAGAAAAATCCTAAGTAGCATTAAGTTGCTTTCTTTGAGGataataagaacgtttattattgaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14451787 157 +  46489110 gcccacaatgtgccaggtaatgtgcattatgtttggaacatgtgtcactttcaattctcactaaataatataagaaaggaattatctgctctattttaccaaatacgatattaagattccaagaggagccg---------------gaatccaggtttacgtgactacatag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15738003 43 +  48129895 ctgatgatgctctttctacttctctaccaagatgtctcATTCC
s ponAbe2.chr21  13911292 43 +  48394510 CTGATGATGCTCTTTCTACTTCTCTACCAAGATGTCTTATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14451944 43 +  46489110 ctgatggtgctctttctacttctctaccaagatgtctcATTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163887927 43 - 196418989 ctgaggatgctctttctagttctccaccaagatgtctcATTCC
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163887971 11 - 196418989 AGAAGAGTCAC
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163888017 121 - 196418989 TCTTTAAAAAAACAGGATTTTAAACCAATATCTTTGTGGGCATACTAAATAAAATTAAAGTTTGAGGTAGGGGTAGGATCCATGCCTCTTTAAATACAGTAttaggttggaccatataaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14452153 59 +  46489110 tagtcatttctgtaggtcaaaaaatggctgaataatggcaatttcatTTACTTCTAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163888138 59 - 196418989 tattcatttctgtaggtcaaaaaatggctgaataatggcaatttcatTTACTTCTAAAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163888197 28 - 196418989 ATAGCCTTGATATAGAAGTGTTTAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1192

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163888225 1192 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  14452301 47 +  46489110 CTTTCTTTTAAAAGAAAATTTAAAAGCTAGAATGCAAAaacatagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13911650 47 +  48394510 CTTTCTTTTAAAAGAAAATTTAAAAGCTGGAACGCAAAaacatagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163889417 47 - 196418989 CTTTCTTTTAAAAGAACATTTAAAAGCTAGAATGCAAAaacatagta
i rheMac2.chr3  I 1192 C 0

a score=54157.000000
s hg19.chr21     15738408 25 +  48129895 aataagagttcaggatctcaagaca
s panTro2.chr21  14452348 25 +  46489110 gataagagttcaggatctcaagaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13911697 25 +  48394510 gttaagagttcaggatctcaagaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163889464 25 - 196418989 gttaggagttcaggatctcaagaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=211329.000000
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s panTro2.chr21  14452373 66 +  46489110 ggatacctatgtgaaatcccaactcaaccgcttaatagttgtataaacttgagtaagttaacatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163889548 142 - 196418989 ttctctgtgtttatttgggagtcataattctatttacctcctaagtatgctttggaaattaaatcatgtaatacatgtaatcacttaagacagtgtctagcacatagaaaacattgaataacatattggctgttattTAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13912362 207 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163892866 129 - 196418989 TTTCTGTATCTACCATATGTATT-AATCGTTATCACTTTCTTTGTGCCAGGCACTTACAAAAACCAAGTGAAATAGGTGCTATTGATTTCATTTTTTATTTAATAAATCGATAAATTCTAAACCTGCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13912624 130 +  48394510 TTTCTGTATCTACCATATGTATTAAATCGTTACCACTTTCTATGTGCCAGACACTTACAAAAACCAAGTGAAATAGGTGCTATTGATTTCATTTTGTATTTAAGAAATCTATACATTCTAAACCTGCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13912754 123 +  48394510 TTGAAAATGTAAAGGAATAACAAGCGTAAATCTCCAATGTTAACATTAGCTGGTAAGTAAGAGGTCTTACATGGATACTATCCAGGTTTGGTAACAGAACAGAAAAGGTACTATGGGATTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15742063 43 +  48129895 TTCTGtaatgggtaaggcagcacagcactgggattacaagcat
s rheMac2.chr3  163893118 43 - 196418989 TTCTGtaatggataaggcagcacagcactggaattacaagcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163893161 106 - 196418989 agactggatttgaatcccgactttctcacttaatagttgtaatcctgggaaaactgcctaacatatctatgccttaacttccctatttgaaaatgcagataatagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13912920 106 +  48394510 agactggatttgaatcccgactttctcacttaatagttgtaatcctgggaaaactgcctaacacgtctatgccttaatttccctatttgaaaatgcagataatagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14456050 106 +  46489110 agactggatttgaatcccgactttctcacttaatagttgtaatcctgggaaaactgcctaacacatctatgccttaatttccctatttgaaaatgcagataatagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=108356.000000
s hg19.chr21     15742212 41 +  48129895 acctactcaaatggtggctagaactaaactaaattgattag
s rheMac2.chr3  163893267 34 - 196418989 -cctcctcaaatggt-gcta-----aaactaaattgattag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13913026 41 +  48394510 acctactcaaatggtggctagaactaaactaaattgattag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15742253 141 +  48129895 tattagtaaagtttttagagcagtgccatagtgagaactcTAttatctgctgttgtgtaacaaattaatccaaagtactttaaaaaaacagaactttaaaataacagaaatgaatgataattctttgccaaaacaagaatt
s rheMac2.chr3  163893301 107 - 196418989 tattagtaaaatatttagagcagtgccatagtaagaactcTAttatctgctgttgtgtaacaaattaatcctaag--ctt---------agtactttaaaataacagaaatgaatgat-----------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 33
s ponAbe2.chr21  13913067 141 +  48394510 tattagtaaaatttttagaacagtgccacagtaagaactcTAttatctgctgttgtgtaacaaattaatccaaagtactttaaaataacagaactttaaaataacagaaatgaatgataattctttgccaaaacaagaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14456197 141 +  46489110 tattagtaaagtttttagagcagtgccatagtaagaactcTAttatctgctgttgtgtaacaaattaatccaaagtactttaaaaaaacagaactttaaaataacagaaatgaatgataattctttgccaaaacaagaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14456338 40 +  46489110 atggaaggcaaactgtttataattcttgccaaaacaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163893441 33 - 196418989 -------tcaaactgtttataattcttgccaaaacaagaa
i rheMac2.chr3  I 33 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13913248 60 +  48394510 ttaaggtctctcatgaggtggcattcaaatagtcaactgtggctgcatcatctcaagact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13913308 24 +  48394510 tactaaggctggagggttcatttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163893533 13 - 196418989 tagtaaggctgga-----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 326

a score=40096.000000
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s panTro2.chr21  14456461 77 +  46489110 aagaaggctgtctcacatagctggaaattcgtgcctcctgtcagtggggggtacctgtctgcctccatgtggcctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13913332 77 +  48394510 aagaaggctgtctcacataactggaaattcgtgcctcctgtcagtggggggtacctgtctgcctccatgtggcctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163893872 77 - 196418989 aagaaggctgtctcacgtcgctggaaattcgtgcctcctgtcagtggggggtacctgtctgcctccatgtggcctct
i rheMac2.chr3  I 326 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13913409 94 +  48394510 tatcttctagggtgtctttctacacctgtattcaccagaacagccttctttacatggtcttctttacgtggcagctgggatccccaa---aaagct-g
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163893949 97 - 196418989 catcttctagggtgtctttctacacctgtattcaccaaaacag-cttctttacatggtcttcttaatgtggcagctgggatccgaaagagaaagccag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=94485.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=218171.000000
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s hg19.chr21     15743091 127 +  48129895 TATTAACCATCAACCAAA-GGAATCCTGTTATGCA-GGATTATTTACTAACTAGCTAGATTAGGTTA-GCTTAGTTTCTGGCTCCATCGTGGTCAGAAGCCATGAATTAGTATTTAGAATTCTGAAGATA
s rheMac2.chr3  163894442 127 - 196418989 TATTAACCATCAACCAAA-GGAATCCTGTTATGCA-GGATTATTTATTAACTAGCTAGATTAGGTTA-GCTTAGTTTCTGGCTCCACCATGGTCAGAAGCCATGAATTGGTGTTCAGAATTCTGAAGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13913904 130 +  48394510 TATTAACCATCAACCAAAGGGAATCCTGTTATGCAGGGACTATTTACTAACTAGCTAGATTAGGTTAGGCTTAGTTTCTGGCTCCATCATGGTCAGAAACCATGAATTAGTACTCAGAATTCTGAAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14457043 127 +  46489110 TATTAACCATCAACCAAA-GGAATCCTGTTATGCA-GGATTATTTACTAACTAGCTAGATTAGGTTA-GCTTAGTTTCTGGCTCCATCGTGGTCAGAAGCCATGAATTAGTATTTAGAATTCTGAAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=156616.000000
s hg19.chr21     15743218 36 +  48129895 CTG-TTCATATGCTACAAG--TTGTCTTTTCTAAATTAG
s panTro2.chr21  14457170 36 +  46489110 CTG-TTCATATGCTACAAG--TTGTCTTTTCTAAATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914034 39 +  48394510 CTGTTTCATATGCTACAAGAACTGTCTTTTCTAAATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163894569 38 - 196418989 CTG-TTCATATGCTACAAGAACTGTCTTTTCTAAATTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-3201.000000
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s rheMac2.chr3  163894607 80 - 196418989 AGAAATAAGTGGAAAGCATATAAGCAATACAAAGGATATAGAGAAATGTACATTTCGGGAACAACTAGGCCACAGTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914073 80 +  48394510 AGAAATAAGTGGAAAGCATATAAGCAATAGAAAGGATACAGAGAAATGTACATTTCGGGAAAAACTAGGCAACAGCTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14457206 80 +  46489110 AGAAGTCAGTGGAAAGCATATAAGCAATAGAAAGGATATAGAGAAATGTACATTTCGGGAACAACTAGGCAACAGCTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1412.000000
s hg19.chr21     15743334 40 +  48129895 GAGATTGAGTGCCTT-GGCATCAAATCAGTTCCATCCTCAC
s rheMac2.chr3  163894687 41 - 196418989 GAGATTGAGTGCCTAGGGCATCAAATCAGTTCCATCCTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914153 40 +  48394510 GAGATTAAGTGCCTA-GGCATCAAATCAGTTCCATCCTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14457286 40 +  46489110 GAGATTGAGTGCCTT-GGCATCAAATCAGTTCCATCCTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=203750.000000
s hg19.chr21     15743374 30 +  48129895 TTTCTTATTTATATGCCTGAAAAGTATACT
s rheMac2.chr3  163894728 30 - 196418989 TTTCTTATTTATATGCCTGAAAAGTATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14457326 30 +  46489110 TTTCTTATTTATATGCCTGAAAAGTATACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=53760.000000
s hg19.chr21     15743404 13 +  48129895 CCAGACTAGTCCT
s panTro2.chr21  14457356 13 +  46489110 CCAGACTAGTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163894758 13 - 196418989 CCAGACTAGTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2297062.000000
s hg19.chr21     15743417 133 +  48129895 GAATGAAAAAGTACATAGTTTAAAAAACAAACTGCAAAATGGTATTTATTTACATTAAAACATGAATTGCCTGTATACACACAAATATAAGAGGAACAATCTGTTATGCACAATAACTGTAATATTTAGTACA
s rheMac2.chr3  163894771 133 - 196418989 GAATGAAAAAGTACATAGTTTAAAAAACAAACTGCAAAATGGTATTTATTTACATTAAAACATGAATTGCCTGTATACACACGAATAGAAGAGGAACAATCTGTTATGCACAATAACTGTAATATTTAGTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914236 133 +  48394510 GAATGAAAAAGTACATAGTTTAAAAAACAAACTGCAAAATGGTATTTATTTACATTAAAACATGAATTGCCTGTATACACACAAATATAAGAGGAACAATCTGTTATGCACAATAACTGTAATATTTAGTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14457369 133 +  46489110 GAATGAAAAAGTACATAGTTTAAAAAACAAACTGCAAAATGGTATTTATTTACATTAAAACATGAATTGCCTGTATACACACAAATATAAGAGGAACAATCTGTTATGCACAATAACTGTAATATTTAGTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1002600.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914369 58 +  48394510 TGTTATACACAGTAGTATCTGTTAAGTCAGTGGTTTGAATGAAAACACAGTACCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163894904 58 - 196418989 TGTTATACACAGTAGTATCTGTTAAGTCAGTGGTTTGAGTGAAAACACAGTACCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=918326.000000
s hg19.chr21     15743608 44 +  48129895 CATTCCTGATACAAAATAAGTTACTCATTCACATATTCT-AATCA
s panTro2.chr21  14457560 44 +  46489110 CATTCCTGATACAAAATAAGTTACTCATTCACATATTCT-AATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914427 45 +  48394510 CATTCCTGATACAAAATAAGTTACTCATTCACATATTCTAAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163894962 44 - 196418989 CATTCCGGATACAAAATAAATTACTCATTCACATATTCT-AATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=569470.000000
s hg19.chr21     15743652 88 +  48129895 TACAAGACACTTAATATTTTAAAAGTTACATACTTCAAATAACACTGGCTAAATGTACAACTAAAGTTTATTAATTTTTTTTATGAAA
s panTro2.chr21  14457604 88 +  46489110 TACAAGACACTTAATATTTTAAAAGTTACATACTTCAAATAACACTGGCTAAATGTACAACTAAAGTTTATTAATTTTTTTTATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914472 81 +  48394510 TACAAGACACTTAATATTTTAAAAGTTACATACTTCAAATAACACTGGCTAAATGTACAACTAAAGTGTATTAAGTTTTTT-------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
s rheMac2.chr3  163895006 88 - 196418989 TACAAGACACTTAATATTTTAAAAGTTATGTACTTCAAATAACACTGGCTAAATGTACAACTAAAGTGTATTAAGTTTTTTTAGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=911846.000000
s hg19.chr21     15743740 70 +  48129895 AGACTTCAGATTGT-TATTCATAAATGATCCCTTTCA-----GGATGCATTATCTTTTAAATAAATAAACTAAATT
s panTro2.chr21  14457692 70 +  46489110 AGACTTCAGATTGT-TATTCATAAATGATCCCTTTCA-----GGATGCATTATCTTTTAAATAAATAAACTAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914561 76 +  48394510 AGACTTCAAATTGTGTATTCATAAATGATCCCTTTGACAGATAGATGCATTATCTTTTAAATAAATAAACTAAATT
i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
s rheMac2.chr3  163895094 70 - 196418989 AGACTTCAGATTGT-TATTCATAAATGATCCCTTTTA-----GGATGCATTATCTTTTAAATAAATAAACTAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=398196.000000
s hg19.chr21     15743810 51 +  48129895 GACTTCAAG-ACTATTTATAAATAGCCCACTAAAATATGATTGAAGACATT-C
s rheMac2.chr3  163895164 51 - 196418989 GACTTCAAG-ACTATTTATAAATAGCCCACTAAAATATGATTGAACACATT-C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914637 53 +  48394510 GACTTCAAGCACTATTTATAAATAGCCCACTAAAATATGATTGAAGACATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14457762 51 +  46489110 GACTTCAAG-ACTATTTATAAATAGCCCACTAAAATATGATTGAAGACATT-C
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=716287.000000
s hg19.chr21     15743861 82 +  48129895 CTTCATTTTATTAAAGGTGTAGCTATATACTAGAGAATATGCTCAACTACTGCCTCCAAATTCCAACACTGTCATTCTAATT
s panTro2.chr21  14457813 82 +  46489110 CTTCATTTTATTAAAGGTGTAGCTATATACTAGAGAATATGCTCAACTACTGCCTCCAAATTCCAACACTGTCATTCTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914690 82 +  48394510 CTTCATTTTATTAAAGGTGTAGCTATATACTAGAGAATATGCTCAACTACTGCCTCCAAATTCCAACACTGTCATTCTAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895215 82 - 196418989 CTTCATTTTATTAAAGGTGTAGCTATATACTAGAGAATATGCTCAACTACTGCCTCCAAATTCCAACACTGTCATTCTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153115.000000
s hg19.chr21     15743943 30 +  48129895 TGCAAATAGGAATTATTTAAATTCCAACTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914772 30 +  48394510 TGCAAATAGAAATTATTTAAATTCCAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895297 30 - 196418989 TGCAAATAGAAATTATTTAAATTCCAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-111517.000000
s hg19.chr21     15743973 69 +  48129895 CAGGACATGAGATGAGCTGCCTGCCCTATTTTGTCAATTGTTTCCAAAAGCATTAACGGATTAAGAGAC
s panTro2.chr21  14457925 69 +  46489110 CAGGACATGAGATTAGCTGCCTGCCCTATTTTGCCAATTGTTTCCAAAAGCATTAATGGATTAAGAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914802 69 +  48394510 TAGTACATGACATTAGCTGCCTGCCCTATTTTGTCAATTGTTTCCAAAAGCATTAACAGATTAAGAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895327 69 - 196418989 TAGTACATGAGATTAGCTGCCTGCCCTATGTTGTCAACTGTTTCCAAAAGTATTAACAGATTAAGAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132783.000000
s hg19.chr21     15744042 46 +  48129895 TGTCTTGAACATCTCAAACATTTGAGAAATTCAA-GGTTTTCTTTAT
s panTro2.chr21  14457994 46 +  46489110 TGTCTTGAACATCTCAAACATTTGAGAAATTCAA-GGTTTTCTTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914871 46 +  48394510 TGTCTTGAGCATCTCAAACATTTGAGAAATTCAA-GGTTTTTTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895396 47 - 196418989 TGTCTTGAACGTCTCAAATGTTTGAGGAATTCAAGGGTTTTTTCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=282831.000000
s hg19.chr21     15744088 83 +  48129895 GTTTT------AAGCTGATCCTATATATGGAGATTTTGAGATAAATTGGAACACTTTTAGAAGACCTTCACAAAGAATTTTTCAATTCT
s rheMac2.chr3  163895443 88 - 196418989 GTTTTAGGTTAAAGCTGAGCCTATATATGGAGATTTTGAGATAAACT-GAACACTTTTAGAAGACCTTCACAAAGAGTTTTTCAATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13914917 89 +  48394510 GTTTTAGGTTAAAGCTGATCCTATATATGGAGATTTTGAGATAAATTGGAACACTTTTAGAAGACCTTCACAAAGAATTTTTCAATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14458040 83 +  46489110 GTTTT------AAGCTGATCCTATATATGGAGATTTTGAGATAAATTGGAACACTTTTAGAAGACCTTCACAAAGAATTTTTCAATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=777650.000000
s hg19.chr21     15744171 68 +  48129895 AAAATCTATTACAGATTTATATAAAGTCCAAGAGAACATGTGAAATATTTTCATAATGCAGTG-AAGGA
s panTro2.chr21  14458123 68 +  46489110 AAAATCTATTACAGATTTATATAAAGTCCAAGAGAACATGTGAAATATTTTCATAATGCAGTG-AAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13915006 69 +  48394510 AAAATCTATTACAGATTTATATAAAGTCCAAGAGAACATTTGGAATATTTTCATAATGCAGTGAAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895531 68 - 196418989 AAAATCTATTACAGATTTATATAAAGTCCAAGAGAACATTTGGAATATTTTCATAATGCAGTG-AAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=868333.000000
s hg19.chr21     15744239 47 +  48129895 TTCATCTTTGGCATTTCTCCATTCATTCTAAAATAAGATACTTCAAC
s panTro2.chr21  14458191 47 +  46489110 TTCATCTTTGGCATTTCTCCATTCATTCTAAAATAAGATACTTCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13915075 47 +  48394510 TTCATCTTTGGCATTTCTCCATTTGTTCTAAAATAAGATACTTCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895599 42 - 196418989 TTCATCTTTGGCATTTCTCCATTCATTCTAAA-----ACATTTCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-102015.000000
s hg19.chr21     15744286 12 +  48129895 AAACATTTTATA
s panTro2.chr21  14458238 12 +  46489110 AAACATTTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13915122 12 +  48394510 AAACATTTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895641 12 - 196418989 AAACATTTTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-205671.000000
s hg19.chr21     15744298 26 +  48129895 CTTTTCTATCTACCTACTATACATAT
s panTro2.chr21  14458250 26 +  46489110 CTTTTCTATCTACCTACTATAGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13915134 26 +  48394510 CTTTTCTATCTACCTACTATAGATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895653 26 - 196418989 CATTTATATCTACCTACTATTGACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-93230.000000
s hg19.chr21     15744324 134 +  48129895 TTTCTATACACAAAAGTATTTGATTGAAATTTGTGTTTTAACAGCAATTTCATTGCTAAGAATTTTTTTTT-AGATATGAAAAATATTAGTAACATTCAGCTTTTTACTATGAGAAGCTGAA--GTTTTGATGTTGT
s panTro2.chr21  14458276 137 +  46489110 TTTCTACACACAAAAGTATTTGATTGAAATTTGTGTTTTAACAGCAATTTCACTGCTAAGAATTTTTTTTTTAGATATGAAAAATATGAGTAACATTCAGCTTTTTACTATGAGAAGCTGAAATGTTTTGATGTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13915160 137 +  48394510 TTTCTATACACAAAAGTATTTGATTGAAATTTGTGTTTTAACAGCAATTCCATTGCTAAGAATTTTTTTTTTAGATATGAAAAATATTAGTAACATTCAGCTTTTTAGTTATGGAAGCTGAAGTGTTTTGATGTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895679 137 - 196418989 TTTCTGTACACAAAAGTATTTGATTGAAATTTGAGTTTTAACAGCAATTTCATTGCTAATAATTTTTTTTTAAGATATGAAAAGTATTAGTAACATTCAGTTTTTTACTATGAGAAGCTGAAATATTTTGATGTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=334324.000000
s hg19.chr21     15744458 82 +  48129895 TGAAATGAATTTGCTCAGTTTCCTTTTTTGGTGACCAGCATTTCAACATCCTATCGAATTCAGCAATGGATAAAGCAGAGAT
s panTro2.chr21  14458413 82 +  46489110 TGAAATGAATTTGCTCAGTTTCCTTTTTTGGTGACCGGCAATTCAACATCCTATCAAATTCAGCAATGGATAAAGCAGAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13915297 82 +  48394510 TGAAATGAATTTGCTTAGTTTCCTTTTTCAGTGACTGGCAATTCAACATCCTATCAAATTCAGCAATGGATAAAGCAGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895816 82 - 196418989 TGAAATGAATTTGCTCAGTTTCCTTCTTCGATGACTAGCAATTCAACATCCTATCAAATTCAGCAATGGATAAAGCAGACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-529334.000000
s hg19.chr21     15744540 55 +  48129895 ACTTTACAATAAAAAA-CAAAAAAAGGTGATCAGGATATAATTTTTGAATAATATG
s panTro2.chr21  14458495 56 +  46489110 ACTTTACAGTAAAAAAACAAAAAAAGGTGACCAGGATATAATTTTTGAATAATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13915379 55 +  48394510 ACTTTACAGTAAAAAA-CAAAAAAAGGTGACCAGGATATAATTTTTGAATAATATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895898 52 - 196418989 ACTTTACATTAAAAAA-ACAAAAATTGTGACAAGGACATAATTTTTG---AATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-80000.000000
s hg19.chr21     15744595  94 +  48129895 AAGCATTCCTCTATTAAGGAAAATATGTATATATATATATA---------ATCTGTATCCATATATCTTCAAATAC-AATGGGTATGACAGAAATCAAACTGTT
s panTro2.chr21  14458551  96 +  46489110 AAGCATTCCTCTATTAAGGAAAatatgtatatatatatata-------taatctgtatccatatatCTTCAAATAC-AATGGGTATGACAGAAATCAAACTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13915434  93 +  48394510 AAGCATTCCTCTATTAAGGAAAATATGTATATATATATA-----------ATCTGTATCCATATATCTTCAAATACAAATGGGTATGACAGAAATCAAACTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163895950 103 - 196418989 AAGCATTCCTCTATTAAGGAAAAtgtgtgtgtgtatgtgtatgtgtgtATATATATATCCATATATCTTCAAATAA-AATGGGTATGACAGAAATCAAACTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=340562.000000
s hg19.chr21     15744689 33 +  48129895 ATATTTTCTTTCTTGGTC-CCTGTGGTTTTTCTT
s panTro2.chr21  14458647 33 +  46489110 ATATTTTCTTTCTTGGTC-CCTGTGGTTTTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13916318 194 +  48394510 CTTCCAACCACTGTAAATACCTGACATCAACACAGTCCTTCAAGTATAGTTCAAATTATTAGTTACATGTGATAATACAAGTAATTACCAGCTCCTGCTAATATAATTTAGTAAGAACTGGGGGATCTCATAATTGGCACTACTTAATGTTTATAGAATATAATGTTAAGTGCATATGGTTATCAATCTCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3514393.000000
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a score=2833021.000000
s hg19.chr21     15746218 62 +  48129895 GAAAGAGGTCTTCATTAAGGGTATCAAAGAGTTT-CCGTGATATTTCTGTTTCAAATAAAACC
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a score=341623.000000
s hg19.chr21     15746280 86 +  48129895 TGAC-TTTCTCCACTTTT-CTTATCAGAAAGG-CCACGTCC-AAACCCACTGTTC--ACGCGATGGT-CATCTGCT--GAGGAAAGTTTG-TCTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14460730 92 +  46489110 ctgggcat--ggtgtctcacacctgtaatcctagaactttgg-aaggctgaggtgggaggattgcttga-ggccaggagttggagaccagactggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15746862 24 +  48129895 taacatagcaag-accctgcc-tcta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
s panTro2.chr21  14460846 33 +  46489110 t-aaaaTAAATCAATCaa-taaaaatta----------aaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15746919 41 +  48129895 aatGACTGGG-TTAAAGCTATC--TTAACCCAAATAAGTACT-AT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14460879 41 +  46489110 aatGACTGGG-TTAAAGCTATC--TTAACCCAAATAAGTACT-AT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 3 C 0

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s hg19.chr21     15746960 31 +  48129895 TTAAAAAC---TAGTGCA-CATCAGGGTCaaaatt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13917853 33 +  48394510 TTAAAAACTA--AGTGCACCATCAGGGTCaaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15746991 46 +  48129895 ttaaattatataaaaGGAAGTATCTCTTCACAATATCAAATAATTT
s panTro2.chr21  14460954 46 +  46489110 ttaaattatataaaaGGAAGTATCTCTTCACAATATCAAATAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13917886 46 +  48394510 ttaaattatataaaaGGAAGTATCTCTTCACAATATCAAATAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163898366 46 - 196418989 TTAAATTATGTAAAAGGAAGTATCTCTTCATAACATCAAATAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14461000 103 +  46489110 TTCAGTAAATAGAGATTAAGAATACAGATT-GGCTTATAAGTAGCTATTTAAAAACACTGAATGTCATTCTCAACAGAAGAAAATG--CTTCTTATAATG-AAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13917932 107 +  48394510 TTCAGTAAATAGAGATTGAGAATACAGATTGGGCTTATAAGTAGCTATTTAAAAACACTGAACGTCATTCTCAACAGAAGAAAGTAGCTCTCTTATAATGAAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163898412 103 - 196418989 TTTAGTAAATAGAGATTAAGAATACAGATT-GGCTTATAAGTAGCTATTTAAAAACACTGAATGTCATTCTCAACAGAAGAAAGTG--CTTCTTATAATG-AAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14461103 29 +  46489110 TAGGTATTTAATCTC-TTTTTTTCCTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13918039 30 +  48394510 TAGGTATTTAATCTCTTTTTTTTCCTTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-16994.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15747266 45 +  48129895 TTCCTGGTATTTAACTTGATTAGAAAAAGAGAAAAAAAAATGCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15747311 54 +  48129895 AGGTTAGAATACCTGTAACTTACAACTCAACGTGTCAAACAGGTTGAATCCCTT
s panTro2.chr21  14461274 54 +  46489110 AGGTTAGAATACCTGTAACTTACAACTCAACGTGTCAAACAGGTTGAATCCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13918212 54 +  48394510 AGGTTAGAATACCTATAACTTACAACTCAACGTGTCAAACAGATTGAATCCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163898689 54 - 196418989 AGGTTAGAATACCTATAACTTACAACTCAACTCATCAAACAGGTTGAATCCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15747381 54 +  48129895 AATAAAAACGTTTAAAAAA-GGGTTTAGAATGCATAATCCTATCATTTCCTAGGG
s panTro2.chr21  14461344 54 +  46489110 AATAAAAACGTTTAAAAAA-GGGTTTAGAATGCATAATCCTATCATTTCCTAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=342125.000000
s hg19.chr21     15747435 44 +  48129895 AAAAATACAATTAGAC-TTTCTAAAGACATCTACTTTATAAAACA
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a score=428269.000000
s hg19.chr21     15747479 35 +  48129895 TATTAAATGAAATATACTGATCACCCTTCATTTTA
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s hg19.chr21     15747572 53 +  48129895 GCTATG-TGAGCCGT-AATTGGGTAACTGGCAATGTATTTATGCGACTTATAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13918687 50 +  48394510 I

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13918687 50 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14462454 89 +  46489110 cgaggcgggcggatcacgaggtcaggagatcaagagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatataaaaaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163899943 142 - 196418989 agccgggcgtggtggcgg-tacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcgggagaatagcgggaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagattgcgccactgcactccagcctgggcgacagggcgagactccg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14462686 35 +  46489110 tctcaaaaaataaaaaaaaaaaataataaaaaaTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15748751 50 +  48129895 aaaaaTTTAATCATTATATACTATCAC-TAAGTGCTATGGAAATTAAAGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163900116 51 - 196418989 aaaAAATTAATCATTATATACTGTCACTTAAGTGCTATGGAAATTAAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163900167 68 - 196418989 GCTTATGTTGAGCAGGTAAAAGATCAGGTTTCTTTGAAGGAAATTCCTGCTTTAAACTACATGCCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13919199 68 +  48394510 GCTTATGTTGAGCAGGTAAAAGATCAGGTTTCTTTGAATGAAATTCCTGCTTTAAACTAAATGCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=194809.000000
s hg19.chr21     15748869 31 +  48129895 CTTATGAGCGGTATGCAAAGTAGTATGGCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13919267 31 +  48394510 CTTATGAGCGGTATGCAAAGTAGTATGGCAT
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a score=741393.000000
s hg19.chr21     15748900 130 +  48129895 TATGTATCAGGAGCTATGACAACATTCAAACTCTAAAGAATTATTCCAGAGATCATAACACCCTTCACTTCAGCTCTCTGATTTTACcacttattctactctggccacactgaccaacttcctatcctct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=192919.000000
s hg19.chr21     15749030 35 +  48129895 atgtaccagcaaattcccagcttatggctgttgca
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s hg19.chr21     15749065 41 +  48129895 gtggccatctcttcttcctacaacacactttctccatgcgt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     15749106 33 +  48129895 ctgcatggttaagtattttgctttcttcaaatg
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a score=312062.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163902417 168 - 196418989 gcaattctcctgcctcagcctcccgagtggctggggctacaggtgcgtgccaccatgcctggctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcactatgttggccaggttggtcttgaactcctgaccttgtgatccgcccgcctgagcctcccaaagtgctggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163903692 33 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14466565 70 +  46489110 -AAAAAAAAAGGTAAGGAAAAGATAACAaaaacatataatgaaggtcttttatagctcactaaggaaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13922972 70 +  48394510 -AAAAAAAAAGGTAAGGAAAAGATAACAAAAACatatgatgaaggtcttttatagctcactaaggaaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163903963 69 - 196418989 -gaaaaaaaaggtaaggaaaagataacaaaaacatatgatgaaggtcttttacag-tcactaaggaaaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=97802.000000
s hg19.chr21     15752668 47 +  48129895 AAAACACACCAAAACAAAAAAGGACAAAG----AAAAATGGACcataaaag
s rheMac2.chr3  163904032 45 - 196418989 aaaacacaccaaaacaaaaaagca-aaagaacaaaaaatggaccac-----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=10928.000000
s hg19.chr21     15752715 17 +  48129895 aaaattaaaatatcaat
s rheMac2.chr3  163904077 17 - 196418989 aaaattaaaatatcaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15752732 44 +  48129895 aaaattctaaaaattctgatctcactaaaaaaa-atcaaaataaa
s rheMac2.chr3  163904094 42 - 196418989 aaaattctaaaaattctgatctcatgaaaaaaa---caaaagaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923110 42 +  48394510 aaaattctaaaaattctgatctcactaaaaaaa---caaaagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=45042.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=68393.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=93742.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=223356.000000
s hg19.chr21     15752903 26 +  48129895 cagaaaaataaatcaaaagccttaaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=264255.000000
s hg19.chr21     15752929 82 +  48129895 aac--gtacacatttgacctatcaattagacttctagcattcaagttaggaaactttcagagaagtgtacaaagataagt----aagg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=242277.000000
s hg19.chr21     15753011 42 +  48129895 atattACCGGAATCTCCAACATTAGTGAAAAACCACAAAAAA
s rheMac2.chr3  163904376 42 - 196418989 atattACCTGAATCTCCAACCTTAGTGAAAAACCACAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=374026.000000
s hg19.chr21     15753053 72 +  48129895 GTACACTGATAGAGACTAGTCTAATTAATAATGGAATAGTCATTCCACAAAATCATTAAAGATAATGACATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923432 72 +  48394510 gtacactgatagagactagtctaattaataatggaatagtcatTCCACAAAATCATTAAATATAATGACATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14467025 72 +  46489110 GTACACTGATAGAGACTAGTCTAATTAATAATGGAATAGTCATTCCACAAAATCATTAAAGATAATGACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15753125 47 +  48129895 ATCCTATTAATTATCCATGACATATTAAATAGCAAAAAATAGCACAC
s rheMac2.chr3  163904490 47 - 196418989 AACCTATTAATTATCCATGACATATTAAATAGCATAAAATGGCACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923504 46 +  48394510 ACCCTATTAATTATCCATGACATATGAAATAGCAAAAAATAGCA-AC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14467097 47 +  46489110 ACCCTATTAATTATCCATGACATATTAAATAGCAAAAAATAGCACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-24435.000000
s hg19.chr21     15753172 68 +  48129895 CTGGTATGTTCTCTTTATATGTATATAAATATGTACACATACACACACAGAATATCTATCtatggtac
s panTro2.chr21  14467144 68 +  46489110 CTGGTATGTTCTCTTTATATGTATATAAATATGTACACATACACACACAGAATATCTATCTATGGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923550 68 +  48394510 CTGGTATGTTCTCTTTATATGTATACCAATATGTACACATACACACACAGAATATCTATCtatggtac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904537 64 - 196418989 CTGGTATGTTCTCTTTATATGTATACAAATATGTACACATACACACACAGAA----TATCTACGGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14467273 41 +  46489110 gacagcaagaaaatggcaaggccttaagtacctgttagcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923679 41 +  48394510 gacagcaagaaaatggcaaggccttaagtacctgttagcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904662 41 - 196418989 gagagcaagaaaatggcaaggccttaagtacctgttagcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184980.000000
s hg19.chr21     15753342 28 +  48129895 tatggagtcagtgattaactgatcctat
s panTro2.chr21  14467314 28 +  46489110 tatggagtcagtgattaactgatcctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923720 27 +  48394510 catggagtcagtga-taactgatcctag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904703 28 - 196418989 tatggagtcagtgattagctcatcctag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=226893.000000
s hg19.chr21     15753370 45 +  48129895 agctgctgtggaatttctggttatgtgaga-taacagaactttcat
s panTro2.chr21  14467342 45 +  46489110 agctgctgtggaatttcttgttatgtgaga-taacagaactttcAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923747 46 +  48394510 agctgctgtggaatttcttgttatgtgagattaacagaactttcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904731 45 - 196418989 agctgctgtggaatttcttgttatgtgaga-taacaGAACTGTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15753415 21 +  48129895 gtattaatagataaaactaga
s panTro2.chr21  14467387 21 +  46489110 GTATTAATAGATAAAACTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923793 21 +  48394510 gtattaatagataaaactaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904776 21 - 196418989 GTATTAATAGATTCAGCTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=81058.000000
s hg19.chr21     15753436 29 +  48129895 cgagatagaatgttttgtgacatgaagcc
s panTro2.chr21  14467408 29 +  46489110 CAAGATAGAATGTTTCGTGACATGAAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923814 29 +  48394510 cgagatagaatgttttgtgacatgaagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904797 29 - 196418989 TGAGATAGAATGTTTTGTGACATGAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-249535.000000
s hg19.chr21     15753465 24 +  48129895 aaagcattaactaaAAGAGTACAC
s panTro2.chr21  14467437 24 +  46489110 AAAGCATTAACTAAAACAGTACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923843 24 +  48394510 aaagcattaactaaAAGAGTACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904826 24 - 196418989 AAAGCATTAACTAAAAGGGTACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-94482.000000
s hg19.chr21     15753489 27 +  48129895 TAAAATTAATATAGATTTTAGATTAAT
s panTro2.chr21  14467461 27 +  46489110 TAAAATTAATATAGATTTTAGATTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923867 27 +  48394510 TAAAATTAATATAGATTTTAGATTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904850 27 - 196418989 TAAAATTAATACAGACTTTAGATTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1341794.000000
s hg19.chr21     15753516 34 +  48129895 CACTTACCTTAAATGGGTATCTGCCAATTTCAGC
s panTro2.chr21  14467488 34 +  46489110 CACTTACCTTAAATGGGTATCTGCCAATTTCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923894 34 +  48394510 CACTTACCTTAAATGGGTATCTGCCAATTTCAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904877 34 - 196418989 CACTTACCTTAAATGGGTATCTGCCAATTTCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2263755.000000
s hg19.chr21     15753550 42 +  48129895 CTCCAACTCTTCTGCGGTAAAAATCTTGCCTATGAATCTTTT
s panTro2.chr21  14467522 42 +  46489110 CTCCAACTCTTCTGGGGTAAAAATCTTGCCTATGAATCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923928 42 +  48394510 CTCCAGCTCTTCTGGGGTAAAAATCTTGCCTATGAATCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163904911 42 - 196418989 CTCCAGCTCTTCTGGGGTGAAAATCTTGCCTATGAATCTTTT
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a score=5654152.000000
s hg19.chr21     15753592 116 +  48129895 GGCATCATATATTGTGTTTTGAGGATTTGAATCTGCCAGCTCTACGCTTTCATATCCCACATATACATCATTGTCAGTAAAAGACACCATGCTGGGTATGCTGATATGCCCATTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13923970 116 +  48394510 GGCATCATATATTGTGTTTTGAGGATTTGAATCTGCCAGCTCTACGCTTTCATATCCCACATATACATCACTGTCAGTAAAAGACACCATGCTGGGTATGCTGATATGCCCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14467564 116 +  46489110 GGCATCATATATTGTGTTTTGAGGATTTGAATCTGCCAGCTCTACACTTTCATATCCCACATATACATCATTGTCAGTAAAAGACACCATGCTGGGTATGCTGATATGCCCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4908288.000000
s hg19.chr21     15753708 93 +  48129895 CATCTGGAATCACCTTTACTTTTCCTGTGCCAGGAAAAAACACCCCAACAGAACAATAGGTGGTGCCAAGATCAATACCAATCACTTTAGGAG
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s ponAbe2.chr21  13924086 93 +  48394510 CATCTGGAATCACCTTTACTTTTCCTGTGCCAGGAAAAAACACCCCAACAGAACAATAGGTGGTGCCAAGATCAATACCAATCACTTTAGGAG
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s rheMac2.chr3  163905069 93 - 196418989 CATCTGGAATCACCTTTACTTTTCCTGTGCCGGGAAAAAACACCCCAACGGAACAATAGGTGGTGCCAAGATCAATACCAATCACTTTAGGAG
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a score=3473151.000000
s hg19.chr21     15753801 79 +  48129895 TAGGCAATGGTAAATACTGTTGTGCCAAATAGCCGGCCAACAGGAGAGTCAAAACAGCCGATCCTGAAATAAAGGAAAA
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s ponAbe2.chr21  13924179 79 +  48394510 TAGGCAATGGTAAATACTGTTGTGCCAAATAGCCGGCCAACAGGAGAGTCAAAACAGCCGATCCTGAAATACAGAAAAA
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s rheMac2.chr3  163905162 79 - 196418989 TAGGCAATGGTAAATACTGTTGTGCCAAATAGCCAGCCAACAGGAGGGTCAAAACAGCCGATCCTGAAATACAGGAAAA
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a score=-286890.000000
s hg19.chr21     15753880 28 +  48129895 TTAAAAGATGTATTTTATCAAACTAGTA
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s ponAbe2.chr21  13924258 28 +  48394510 TTAAAAGATGTATTTTATCAAACTAGTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-120685.000000
s hg19.chr21     15753908 23 +  48129895 CAATGTACTAAATTACTGTAGCA
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s rheMac2.chr3  163905269 23 - 196418989 CAATGTACTAAATTACTGTAGCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15754611 52 +  48129895 aatagcagatgcccaacaaatactaattt------aaAAAAAAAAGAA-AAAAGAGTAG
s rheMac2.chr3  163905962 55 - 196418989 aatagcagatgcccaacaaatactaatta----aaAAAAGAAGAAGAAGAAAAGAGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14468583 52 +  46489110 aataacagatgcccaacaaatactaattt------aaAAGAAAAAGAA-AAAAGAGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=455641.000000
s hg19.chr21     15754663 65 +  48129895 GAACAAATGCCACGCAGATTGTAAACATAAGCGAAGAAAGATGCCCCTTTAGTTTTTAATGAATC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13925048 65 +  48394510 GAACAAATGCCACGCAGATTGTAAACATAAGCGAAGAAAGATGCCCCTTTAGTTTTTAATGAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=460761.000000
s hg19.chr21     15754728 109 +  48129895 TCGTATTTGGTATCAGGAGGCTGTGTTATACACCT-------GTGTCCGCTCATATTACATATGACCCAAAACATGAATTTTCAGGGCTCTGTGTTACTAATTGTTAGCTCATCCT
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s ponAbe2.chr21  13925113 109 +  48394510 TCGTATTTGGTATCAGGAGGCTGTGTTATACACCT-------GTGTCCACTCATATTACATATGACCCAAAACGTGAATTTTCAGGGCTCTGTGTTACTAATTGTTAGCTCATCCT
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s rheMac2.chr3  163906082 109 - 196418989 TCGTATTTGGTATCAGGAGGCTATGTTATACACCT-------GTGTCCACTCATATTACATATGACCCAAAATGTCAATTGTCAGGCTTCTGTATTACTAATTGTTAGCTCATCCT
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a score=512185.000000
s hg19.chr21     15754837 115 +  48129895 CATCAACACATAACTCAAAGAAATAAAACCAAGTGCGAATCCCACTTTCCACTTCCAGCTACAGGCAACATTTCAGAAGCATTTCATCACCTTGGAGACGCGGGGTGGGTGTGTG
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a score=445901.000000
s hg19.chr21     15754952 127 +  48129895 TGTGGGTGGGGGATAGGTAATTCCAAACCCGATGTGATGGAAAAAG---------------------------------CCTCCAAATTCAGCATCCCTGAGCCGACAGATCCGGATGTAGCTCCTCCCCCTTCCTCCACAAAGGGGTCCTGGAGGTGCA
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a score=536461.000000
s hg19.chr21     15755079 115 +  48129895 CGTTCTCGCAGCCTTCCATAGCTTGCCCCAATTCAACAGGCAATTCAAAAACCTAGGTGCTGTTGAAAGGAACGCCTCCCTAAGCCTGATGTCCCTGGGATGGACACAGCTGGTC
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a score=-85245.000000
s hg19.chr21     15755194 37 +  48129895 GCCGTCTATCCTACCTTGGCCTGCAGGGGCCGGGGCC
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a score=-63919.000000
s hg19.chr21     15755231 26 +  48129895 CTCCTAGAGGCGTCCCCGCCCCCATC
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a score=487998.000000
s hg19.chr21     15755257 67 +  48129895 CACTCCGAACAGCCGAAAACCGTCTCTAAGTCACCTTTCTGACTCCCCTTCCGCTGCTCCAGCTAGA
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s ponAbe2.chr21  13925675 67 +  48394510 CACTCCGAACAGCCGAAAACCGCCTCTAAGTCACCTTTCTGACTCCCCTTCCGCTGCTCCAGCTAGA
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a score=2151293.000000
s hg19.chr21     15755324 153 +  48129895 TCCAGGAGGTGAGTCAACCACCCCTGCCCACTCTGGCATCCTCAGATCGCCTCTACGCCCGCAAGAGCAACAAGGACCCCCGGGAACCCACCTAAGATCGTCATCTCTCTGGCCATCACAGTCCCGCCGAACAGGCTTGTGATGACTGTACCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163913442 146 - 196418989 tACTATATTAATTTTTGCCCTGTATTTGTTAATACTTAGTTCTTTTCTTTCCATTCCTtttctgtcttcaagttgaa-ttttttctgtctctatgttcactaataatttctgtgctgtgtctagtgagctattaaacacattctaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13934899 52 +  48394510 gtttttaattcatgtattttatatttttcagttctagaatgttttatttgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14480203 134 +  46489110 TTTTACAATCTTTTTTCTTGCTTAATGGCCATTTGTGCCTTCTGACATGCTGCTAGCCATTCAAAGGTCACACTACCTTGAAGTTGAAGATCAAGACAAATGATTAGACTCATAAAAGACAAATCACTTCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=631251.000000
s hg19.chr21     15766388 91 +  48129895 TGGACAGGTGATTATTAATAATTAATTAGCATTTAAACATGTATTATTTAAGTTCTTTTTAAGTTATAAAGT-CTTTGATTTGCTAAACAGT
s rheMac2.chr3  163915435 92 - 196418989 TGGACAGGTGATTATTAATAATTAATTAGCATGTAAACATGGATTATTTGAGTTTTCTATAAGTTATAAAGTCCTATGATTTGCTAAACAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13936747 91 +  48394510 TGGACAGGTGATTATTAATAATTAATTAGCATTTAAACATGTATTATTTAAGTTCTTTTTAAGTTATAAAGT-CTATGACTTGCTAAACAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14480337 91 +  46489110 TGGACAGGTGATTATTAATAATTAATTAGCATTTAAACATGTATTATTTAAGTTCTTTTTAAGTTATAAAGT-CTTTGATTTGCTAAACAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=362631.000000
s hg19.chr21     15766479 71 +  48129895 T----TAAATAATGAATAAAACATAAAATAATAATAGTTACCATTTATTTAATTCCATAATAACTGATTTGTATG
s rheMac2.chr3  163915527 58 - 196418989 TTATGTAAATGGTGAATAAAACATAAAAGAAAAATAGTTACCATTTATTTAATTCCAT-----------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13936838 75 +  48394510 TTATGTAAATAATGAATAAAACATAAAATAATAATAGTTACCATTTATTTAATTCCATAATAACTGATTTGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14480428 75 +  46489110 TTATGTAAATAATGAATAAAACATAAAATAATAATAGTTACCATTTATTTAATTCCATAATAACTGATTTGTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=838426.000000
s hg19.chr21     15766550 124 +  48129895 TATTATAAGCTTTCTTTCTGAAAGCAGAGTTTGGAGGTGGGTTCATAACTTTCTACAAACAGAAAACTGAGATTTAGAGGGTTAGCTAGGGAAGAATTTAAAATTAGATCCGTCTTATTAAAAA
s panTro2.chr21  14480503 123 +  46489110 TATTATAAGCTTTCTTTCTGAAAGCAGAGTTTGGAGGTGGGTTCATAACTTTCTACAAACAGAAAACTGAGATTTAGAGGGTTAGCTAGGGAAGAATTTAAAACTAGATCTGTCTTA-TAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13936913 124 +  48394510 TATTATAAGCTTTCTTTCTGAAAGCAGAGTTTGGAGGTAGGTTCATAACTTCCTACAAACAGAAAACTGAGATTTAGAGTGTTAGCTAGGGAAGAATTTAAAACTAGATCTGTCTTATTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163915585 117 - 196418989 -------AGCTTTCTTTCTGAAAACAGAGTTTGGAGGTGGGTTCATAACTTTCTACAAACAGAAAACTGAGATTTAGAGAGTTAGCTAGGAAAGAATTTAAAACTAGATCTGTCTTATTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=494553.000000
s hg19.chr21     15766674 200 +  48129895 AACAATCTATGTTCTtgtcttagtcagcttgggcctccataacaaaatacaatggactgttggcttcaaaaactgaaa----------cttattttctcacagttttggtggctggtgggtcagagatcaaggtgttggccaaatgtg----------------------ttt----------ttttttttttttttgaggattctcttcctggctcacaaatggctgctttccttgtcatt
s panTro2.chr21  14480626 210 +  46489110 AACAATCTATGTTCTtgtcttagtcagcttgggcctccataacaaaatacaatggactgttggcttcaaaaactgaaa----------cttattttctcacagttttggtggctggtgggtcagagatcaaggtgttggccaaatgtg----------------------tttttggtttttgtttttgttttttttgaggattcttttcctggctcacaaatggctgctttccttgtcatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937037 213 +  48394510 AACAATCTATGTTCTtgtcttagtcagcttgggcctccataacaaaatacaatggactgttggcttcaaaaactgaaaacttattttccttattttctcacag-tttggtggctggtggatcagagatcaaggtgctggccaaatgtg----------------------ttt------ttttttttttttttttttgaggattctcttcctggctcacaagcagctgctttccttgtcatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163915702 231 - 196418989 AGCAA-CTATGTTCTtgtcttagtcagcttgggcctccataacgaaatacaatggactgttggcttcaaaacctgaaa----------cttactttctcacagttttcttgactggtgggtcagagatcaaggtgctggccaaacgtgtgtgtctgtgtttatttatttatttatttatttatttatttatttatttgaggattctcttcctggctctcaaatggctgctttccttgtcatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-74999.000000
s hg19.chr21     15766874 40 +  48129895 gatgacttgatacagagggggagagggagagagagagaga
s rheMac2.chr3  163915933 34 - 196418989 cattacttgatatagagggagagagg------gagagaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937250 34 +  48394510 gatgacttgatatagagggggagagg------gagagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14480836 34 +  46489110 gatgacttgatatagaggaggagagg------gagagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-103622.000000
s hg19.chr21     15766914 58 +  48129895 gcaaagtgtgtgtttgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtttatattagagagagagag------ag
s rheMac2.chr3  163915967 56 - 196418989 gcaaagtgtgtgtttgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtttatgttagagagacagag--------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937284 58 +  48394510 gcaaagtgtgtgtttgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtttATGTTagagagagagag------ag
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
s panTro2.chr21  14480870 62 +  46489110 gcaaa--gtgtgtttgtgtgtgtgtctctgtgtgtgcttatgttagagagagagagagagacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-3214.000000
s hg19.chr21     15766972 24 +  48129895 acagagatcttacactttttataa
s panTro2.chr21  14480932 24 +  46489110 agagagatcttacactttttataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937346 24 +  48394510 agagagatcttacactttttataa
i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s rheMac2.chr3  163916023 22 - 196418989 --agagatcttacactttttataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=278503.000000
s hg19.chr21     15766996 67 +  48129895 ggtcacagtcttgtggtattagtacctcatttttatgacctcatttaaccttaattacctcctagag
s panTro2.chr21  14480956 67 +  46489110 ggtcacagtcttgtggtattagtacctcatttttatgacctcatttaaccttaattacctcctagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937370 67 +  48394510 ggtcacagtcttgtggtattagtacctcatttttatgacctcatttaaccttaattacctcctagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163916045 67 - 196418989 ggtcacagtcttgtggtattagtacctcattcttatgacctcatttaaccttaattacctcctagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=11327.000000
s hg19.chr21     15767063 14 +  48129895 cctttatcgccaga
s panTro2.chr21  14481023 14 +  46489110 cctttatcatcaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937437 14 +  48394510 cctttatcgccaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163916112 14 - 196418989 tctttatctccaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=19604.000000
s hg19.chr21     15767077 23 +  48129895 tacagtcacatttcacatcgaag
s panTro2.chr21  14481037 23 +  46489110 tacagtcacatttcacatcgaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937451 23 +  48394510 ttcagttgcatttcacatcgagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163916126 23 - 196418989 tacagtgacatttcacatcgagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=131544.000000
s hg19.chr21     15767100 46 +  48129895 gtttgggcttcgacatataaattctgtgggatacaattcagtccat
s panTro2.chr21  14481060 46 +  46489110 gtttgggcttcgacatataaattctgcgggacacaattcagtccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937474 46 +  48394510 gtttgggcttcgacatataaattctggggaacacaattcagtccac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163916149 46 - 196418989 gtttgggcctcaacatataaattctgggggacacaattaagtccat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118358.000000
s hg19.chr21     15767146 31 +  48129895 agcaATTCTGAAGCACTATAATATACTCTTT
s panTro2.chr21  14481106 31 +  46489110 agcaATTCTTAAGCACTATAATATACTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937520 31 +  48394510 agcaATTCTTAAGCACtataatatacttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=232157.000000
s hg19.chr21     15767177 86 +  48129895 TAATTTTTAAATAAAGATGGAATTATTTAATATGTTATCTTTCAGTTGCCTTCTGGGTGTGATTTACATTGTGACTTATATAT--AAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14481137 86 +  46489110 TAATTTTTAAATAAAGATGGAATTATTTAATATGTTATCTTTCAGTTGCCTTCTGGGTGTGATTTACATTGTGCCTTATATAT--AAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=376927.000000
s hg19.chr21     15767263 127 +  48129895 ACTAACTCCCTGAAAAACTCTCTGACACATAATATCTGTTGAATTAAG--GAGTGAATCCCATCCCTAAAAAGAACAAGTTTATGATAATGCAGATGTGTGTTCTTGTATGATTTTCATTTTTTTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937635 120 +  48394510 ACTAACTCCCTGAAAAACTCACTGACAC---ATATCTGTTGAATTAAG--GAGTGAATCCCATCCCTAGAAAGAACAAGTTTATGATAATGCAGATGTGTGTTCTTGTATGATTTTCA----TTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163916314 124 - 196418989 ACTAACTCCCTGAAAAACTCTCTGACACATAATATCTGTTCAATTAAG--GAGTAAAT-CCATCCCTAAAAA-AACAAGTTTATGGTAACGCAGATGCGTGTTCTTGTATGATTTTCT-TTTCTTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=127327.000000
s hg19.chr21     15767390 29 +  48129895 TTTGGTCTCCAAAGTATATATTATGCACT
s rheMac2.chr3  163916438 29 - 196418989 TTTGGTCTCTGAAGTATAAATTATGCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937755 29 +  48394510 TTTGGTCTCCAAAGTATAAATTATGCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14481348 29 +  46489110 TTTGGTCTCCAAAGTATATATTATGCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=445318.000000
s hg19.chr21     15767419 94 +  48129895 ATTTCCAATGCAAATGATACCCTTTAAGTTTTCTTTCTAGCAACTCTAGAATTCGGAGAATAAGCCTAAACTCAGCTTTGGTTTCCTAGACTTA
s rheMac2.chr3  163916467 94 - 196418989 ATTTCCAATGCAAATGATACCCTTTAAGTTTTCTTTCTAGCAACTCTAGAATTTGGAGAATAAGCCTAAACTCAGCTTTGGTTTCCTAGACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937784 94 +  48394510 ATTTCCAATGCAAATGATACCCTTTAAGTTTTCTTTCTAGCAACTCTAGAATTCAGAGAATAAGCCTAAACTCAGCTTTGGTTTCCTAGACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14481377 94 +  46489110 ATTTCCAATGCAAATGATACCCTTTAAGTTTTCTTTCTAGCAACTCTAGAATTCGGAGAATAAGCCTAAACTCAGCTTTGGTTTCCTAGACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=200144.000000
s hg19.chr21     15767513 51 +  48129895 ATTATGTCTTAAATATGAGACTTCAGTAGTCTAATTCTCTTTTCATCTTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14481471 51 +  46489110 ATTATGTCTTAAATATGAGACTTCAGTAGTCTAATTCTCTTTTCATCTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=185204.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14481522 42 +  46489110 TTGTTTCTCAGTCCACTAAAACAATATTTAGCCTCAGCAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=117215.000000
s hg19.chr21     15767606 41 +  48129895 TCTTTAGATTTTGGATATGACTTTAGAATATATAAATAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13937971 40 +  48394510 TCTTTAGATTTTGGATATGACTTTAGAATATATAAAT-AAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163916654 40 - 196418989 CCTTTAGATTTTGGATATGACTTTAGAATATATAAAT-AAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50218.000000
s hg19.chr21     15767647 31 +  48129895 ACTATTCCAATGGCTAAAATTATTTTTCAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=29247.000000
s hg19.chr21     15767678 15 +  48129895 GCTGGACTAGTACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=92748.000000
s hg19.chr21     15767693 36 +  48129895 AATTACAATGGATTATAGAATATGGAAATGTATCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=232476.000000
s hg19.chr21     15767729 32 +  48129895 CTTTCAGGTGGTTTTCTCTTTTCAACAAAGAA
s panTro2.chr21  14481686 32 +  46489110 CTTTCAGGTGGTTTTCTCTTTTCAACAAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122870.000000
s hg19.chr21     15767761 22 +  48129895 AGCCTTAATAAAAATGGTATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22154.000000
s hg19.chr21     15767783 25 +  48129895 TCAAAGAACTTACTTAGTTTTTCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=95610.000000
s hg19.chr21     15767808 19 +  48129895 AACACAATGCTATGGCCTT
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a score=415446.000000
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s panTro2.chr21  14481784 97 +  46489110 ACATTTTTGCCTGATATGATGAAATTCAATAACATCACAAAATAAAAGAGTTTTCTAGACTCACCTCCATACAGGTTGGAGACAAAGGAAAGAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13938191 97 +  48394510 ACATTTTTGCCTGATATGATGAAATTCAATAACATCACAAAATAAAAGAGTTTTCTAGATTCACCTCCATACAGGTTGGAGACAAAGGAAAGAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14481881 46 +  46489110 AAATTATGTCAAGATGTTCACAGTCTTTTTGTCCTAATCAAATGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13938288 46 +  48394510 AAATTATGTCAAGATGTTCACAGTCTTTTTGTCCTAATCAAATGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163916970 46 - 196418989 AAATTATGTCAAGATGTTCACAGTCTTTTTGTCCTAATCAAATGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=215286.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=507856.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14482170 61 +  46489110 TAACATGTAAACATTGATAACATGACACTGATAACATCTCTTTAGCAGATATGGCCTTGGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-24668.000000
s hg19.chr21     15768292 6 +  48129895 AATGTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-18722.000000
s hg19.chr21     15768298 13 +  48129895 ATTTCATT----CCTCC
s rheMac2.chr3  163917345 17 - 196418989 ATTTCATTCCTCCCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=279390.000000
s hg19.chr21     15768311 75 +  48129895 CTCCTTTCTCCCTCTTCCTTTTCCTGCCttcctttcctccacaaata---gttgtacaactaccatttcttaggcact
s rheMac2.chr3  163917362 78 - 196418989 TTCCTTTCTCCCTCTTCCTTTTCCTGCCttcctttcctccacaaatagttgtggtacaactaccatttcctaggcact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13938680 78 +  48394510 CTCCTTTCTCCCTCTTCCTTTTCCTGCCTttctttcctccacaaatagttgttgtataattaccatttcctaggcact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14482274 75 +  46489110 ctcctttctccctcttccttttcctgccttcctttcctccACAAATA---GTTGTACAACTACCATTTCTtaggcact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15768386 157 +  48129895 gtgaatacagtaaggaaccagaacgataggattcctgagctcagggagcttatagcccaatcagaggagcccagacctttaacaactagttgccaaaataatgatgtgattttaagtatgataactgcttcaaagaaaaGATTTACATTGGTGGAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13938758 154 +  48394510 gtgaatacagtaaggaaccagaacgataggattcctgagctcagggagcttatagcccaatcagaggagcccagacctttaagaactagttgctaaaata---atatgattttaagcatgataactgcttcaaagaaaaGATTTATATTGGTGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14482349 157 +  46489110 gtgaatacagtaaggaaccagaacgataggattcctgagctcagggagcttatagcccaatcagaggagcccagacctttaacaactagttgctaaaataatgatgtgattttaagtatgataactgcttcaaagaaaaGATTTACATTGGTGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163917678 129 - 196418989 TTTTCTTGTAA--AGAGAGAGATTTAATTGGTAATGGGCCAACATTTTAATAAAGAAAATAATACTTGTAATGCAGTCTACAGCTAATGTTAACCTTTTAAATATATTTTTAGTAAAATTAGTTTTCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14482719 33 +  46489110 TTCCTAAAAAAATTCTTTTGCCAGATTCTAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1132771.000000
s hg19.chr21     15768792 63 +  48129895 ATAGGCATAAGCTTATTTCAGTGCCATCTACTTTAAGAATTTCAAATGTTAGCAATGACTTAT
s panTro2.chr21  14482752 62 +  46489110 ATAGGCATAAGCTTATTTCAGTGCCATCTAC-TTAAGAATTTCAAATGTTAGCAACGACTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13939158 63 +  48394510 ATAGGCATAAGCTTATTTCAGTGCCATCTACTTTAAGAATTTCAAATGTTAGCAACGACTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163917840 63 - 196418989 ATAGGCATAAGCTTATTTCAGTGCCATCCACTTTAAGAATTTCAAATGTTAGCAATGAGTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=872851.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13939221 31 +  48394510 TTTATTTATGAAGATGATGAGCTCAGAGGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163918051 104 - 196418989 AGCAGTATGTAAAGTTAGAAGACAA---CTTTCAAACAATCCAACTTCCCCATGtggtgttttcttcac-ttttttccctgcatagacatatataaaatagctataca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132745.000000
s hg19.chr21     15769107 21 +  48129895 TTTTTATTAACAGAAATTTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=77096.000000
s hg19.chr21     15769128 28 +  48129895 TAatattgtatata---ttctataatttgct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=433066.000000
s hg19.chr21     15769156 55 +  48129895 cacctcccttaacaatatgtcatggatatctttccatatagttgtacataatcct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1125147.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13944836 108 +  48394510 TGAATTTATAAAAACTCATCTTTTTAATGTCCTGATGCATCAAATCTAAACTCTTCTGCCAGGCTTTCAAGAATTTCCCTACACTGATCCCGTTCTTTTTAGCGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14488412 108 +  46489110 TGAATTTATAAAAACTCATCTTTTTAATGTCCTGATGCATCAAATCTAAACTCTTCTGCCAGGCTTTCAAGAATTTCCCTACACTGATCTCGCTCTTTTTAGCGAAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163927281 98 - 196418989 TAGTTCATAACTAAGTGCTGACTTTTCTCATATGTTATTATTTATGTGAAATAAAGTGGTCTATACAATTAGAATGTGGGTGCCTTGAAAATAGATTA
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s ponAbe2.chr21  13945319 61 +  48394510 TCTTACAGTTCTGTATCTCTTATAATTCTAAGCACAGTATTGAGCACAGAGTGTTAATAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163928601   82 - 196418989 GAATTTTCAAGAGATTAGAGACTATCTGTGGGAGTAGCAGGTAAAAAGTGAATGAGCAAATGTATTTTGAGTGTTCTAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13946477 1037 +  48394510 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163928937   34 - 196418989 aaatgtttatgttaattttttctttaaaaatatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13946477 1037 +  48394510 M

a score=-78463.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163929245   55 - 196418989 GAAATTGTAAGGAAGTTTGACAAAGtttttttttttttttttggttttgtttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13946477 1037 +  48394510 M

a score=8353.000000
s hg19.chr21     15776804   29 +  48129895 TAAGATAACTAAAAGTTAAATAACAACTA
s panTro2.chr21  14490795   29 +  46489110 TAAGATAACTGAAAGTTAAATAACAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163929300   29 - 196418989 tAAGATAACTAAAAGTTAAATAACAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13946477 1037 +  48394510 M

a score=60162.000000
s hg19.chr21     15776833   18 +  48129895 CAGCAGTGTTTTCTTAAT
s panTro2.chr21  14490824   18 +  46489110 CAGCAGTGTTTTCTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163929329   18 - 196418989 CGGCAGTGTTTTCCTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=34977.000000
s hg19.chr21     15776851   55 +  48129895 ATATCAAATGTATTTTTCTTAGAAGTTTGGGGAAAATATCTGATAATCCTATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163929347   54 - 196418989 ATATCAAATGTATTTTTCTTAGAAGTTTGGGGAAAA-ATCTGATAATCCTGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=202862.000000
s hg19.chr21     15776906   77 +  48129895 TAGGGAATTTCTAAATTTAGTTTGCCTTTTGTATAACCTATGACTGTATAAAATGAAAAGCCTAGACAGAACCAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163929401   77 - 196418989 TGGTGAATTTCTAAATTTAGTTTGTCTTTTGTATAATCTATGACTGTATAGAATGAAAAGCCTAGACAGAAGCAAGA
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a score=203349.000000
s hg19.chr21     15776983   35 +  48129895 ATTATGCAAAATACCCCTGCCAAGAATTTAAGTCA
s panTro2.chr21  14490974   35 +  46489110 ATTATGCAAAATACTCCTGCCAAGAATTTAAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15777018  125 +  48129895 CAGACCAGGCATGTATGAATGGATGAAGGGGGACAAGAGACAGCCAAAGGAAAGCAGAGGAGTGAAAGAGTACATCTAGACACTGCCAGTGGGCATATAATTTCTACTTTCTTTCTAATAAAaat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     15777143   35 +  48129895 gaaatctaacacttactcacagtttattatgtgct
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s hg19.chr21     15777178   44 +  48129895 aaactttgtatatactctctta-tttttccctcacaatggccctg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163930614 40 - 196418989 --------TTTTTATTTTTAACttttgtgggtacatagtagatgcata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14498439 64 +  46489110 TTTTCTCACTACTCTCTTATTAGATCTTCCATAACTTATCACTCCCAGGTTTATTTTTGGGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163936090 63 - 196418989 TTTTCTCACTACTCT-TCATTAGATCTTCCATCACTTATGACTCCCAGGTTTATTTTTGGACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13953819 82 +  48394510 AGAGGAATCA-TTGCATGTGTGTGTCTAAGTGTGTAGAGTAGGAGATCTTCCAGAAATATAACTTTTCTTTTCCCTTTAGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 180 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15784771 13 +  48129895 GGCAACTTTTATT
s panTro2.chr21  14498851 13 +  46489110 GGCAACTTTTATT
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a score=872361.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13954174 84 +  48394510 ATAAAAGCATTAGGTAGTAATGATAAATTCCTTTTTATAAATGTCTCTAATTTTTGCATCTAATTTAAAGCCAACTTTTTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15784868 91 +  48129895 ATATCACCTGGTCTTGAAAATATATCAGAAAAGAGTGGTCTTGAAAATATATCAGAAAAGAGTTTGAAACACAACCTGAAAATACATGTAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15784977 77 +  48129895 TAAATGATTCTTCTAAGGCAGTCCAAACTACTAACTATTGCCATGCCTCATCATCTAGATATTACCCTCACCTGTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=2732403.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13954550 153 +  48394510 ATTTAATTCACAAAAACTCCCTTAGTGCACCGTAAGTTGTGCAGGAAGTCACAGCTGAGCATATTTTGAGTTTGAGTATAATGTTAATGAGATCAGGGAGGTGGGCTTTACAGGCCAGTTAGCTTCCTTGTATTCCTGGCTTCATACAAGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163937041 144 - 196418989 ATCTAATTCACACAGACTCCCTTAGTGCACCATACATGGTGCAGGAAGTCATAGCTGAGCATATTTTGAGTTTGAGTATAATGTTGAT---------GAGGTGCGCTTTACAGGCCAGTTAGCTTCCTTGTGTTCCTGACTTCATACAAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-76476.000000
s hg19.chr21     15785313 18 +  48129895 CATACAATTAAATTCATT
s panTro2.chr21  14499393 18 +  46489110 CAAACAATTAAATTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13954703 18 +  48394510 CATACAATTAAATTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163937185 10 - 196418989 C--------AAATTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=497837.000000
s hg19.chr21     15785331 77 +  48129895 TAGTCACTTGTCAGACACATACAGCAAGAGAACTAGGTCAAAGTTTGCCTTTGGGTCAGTGAAATGAACTACCTAGA
s panTro2.chr21  14499411 77 +  46489110 TAGTCACTTGTCAGACACATACAGCAAGAGAATTAGGTCAAAGTTTGCCTTCGGGTCAGTGAAATGAACTACCTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13954721 64 +  48394510 TAACCACTTGTCAGACACATACAGCAAGAGAACTAGGTCAAAGTTTGCATTTGGGTCAGTGAAA-------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2576
s rheMac2.chr3  163937195 77 - 196418989 TAATCACTTGTCAGACACATAGAGCAAGAGAACTAGGTCAAAGTTTGCCTTTTGGTCAGTGAAATGAACTACCTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-241254.000000
s hg19.chr21     15785408   10 +  48129895 AAAAGGAATC
s panTro2.chr21  14499488   10 +  46489110 AAAAGGAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163937272   10 - 196418989 AAAAGGAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13954785 2576 +  48394510 I

a score=213219.000000
s hg19.chr21     15785418   45 +  48129895 TAGTTCTAGAAAAACGAATCAAGACTAATATCACATTTGTCTTGT
s panTro2.chr21  14499498   45 +  46489110 TAGCTCTAGAAAAAGGAATCAAGACTAATATCACATTTGTCTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163937282   45 - 196418989 TAGTTCTAGAAAAAGGAATCAAGACTCATATCACATTTCTCTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13954785 2576 +  48394510 I

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s hg19.chr21     15785463   11 +  48129895 GATCATCACAG
s panTro2.chr21  14499543   11 +  46489110 GACCATCACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13954785 2576 +  48394510 I

a score=-70956.000000
s hg19.chr21     15785474   28 +  48129895 CATTTCACAA---------------AAATTTGAAAAAAATTCC
s panTro2.chr21  14499554   28 +  46489110 CATTTCACAA---------------AAATTTGAAAAAAATTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163937338   43 - 196418989 CATTTCATGAAATATACTATTTAATAATTTTGAAAAAAATTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13954785 2576 +  48394510 I

a score=233739.000000
s hg19.chr21     15785502   28 +  48129895 TATTGTGCAGAATGCAATATGGGCTAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13954785 2576 +  48394510 I

a score=238103.000000
s hg19.chr21     15785530 23 +  48129895 ACATGTCAATTTAAACAGTGTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13957361 23 +  48394510 ACATGTCAATTTAAACTGTGTAG
i ponAbe2.chr21 I 2576 C 0
s rheMac2.chr3  163937409 23 - 196418989 ACATGTCAATTTAAACAGTATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=553037.000000
s hg19.chr21     15785553 46 +  48129895 TAAGTTGTTAGAACATACTTGAAAAGATTTAAGTAGCAAAGAATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13957384 46 +  48394510 TAAGTTGTTAGAACATACTTGAAAAGATTTAAGTAGCAAAGAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=253853.000000
s hg19.chr21     15785599 40 +  48129895 AAAATCCAGGGGTGACTCTGAGATCTCATTTGGGTCATAT
s panTro2.chr21  14499679 40 +  46489110 AAAATCCAGGAGTGACTCTGAGATCTCATTTGGGTCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13957430 40 +  48394510 AAAATCCAGGAGTGACTCTGAGATCTCATTTGGGTCATGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148040.000000
s hg19.chr21     15785639 19 +  48129895 ATCATTTTATCAGCCTGGA
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a score=930851.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=213337.000000
s hg19.chr21     15785745 30 +  48129895 T-CAGGAGAATGCAATCATGTGAATGTTTTG
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s rheMac2.chr3  163939189 264 - 196418989 GGTCAAC-AGGGAGATTTTTCTATCTGGGACCTGAGTGAAAATAAAAATGAAACACAACAAGAGTGgtcttttctgagaaatcaaaacccctggttctaggacttacaaattaagaagccatatttacactttactgctgatgctgacactccaagctgaagaattaacataaaaattggtctcaggtgggGGATACTGTTGACTCTCTTGCAGAAGGCTTTGCGAAACTATGTTGGAATTAGAGTGCATGATTCAGGTCACATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14501451 265 +  46489110 gggcaacaagggggatttttctatctgggacctgagtgaaaataaaaatgaaacccaacaagagtggtcttttctgagaaatcaaaacccctggttctacagcttacaaattaaggagccaaatttacactttactgctgacgctgacactccaagctgaagaattaacataaaaattggtcttggatgggggatactcttgaatctcttgcagaagGCTCTGCGAAACTATGCTGGAATTAGAGTACAAGATTCAGGTCACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14501716 181 +  46489110 GAAATCCTCCCGCAAAATAGCTCAAAACACAAGaggagatttaaaaaaaggggaagtagaacttctagaattttgtataatagaataatctgagaagactgtagaataaggttctgttttaagatgcaaacaaagaaattgaagcaataggaagaaaatactgctttaaaaaaatcaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13959465 180 +  48394510 GAAATCTTCCCACAAAATAGCTCAAAACACAAGAGGAGATTTAAAAAAAGGGGGAGGAAAACTTCTAGAATTTTGTATAATAGAATAATCTGAGAAAACTGTAGAATAAGGTTCTGTTTTAAGATGCAAACAAAGAAATTGAAGCAATAGGAAGAAAATACTGCTTT-TAAAAACCAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163939759 53 - 196418989 Gttctttataaatcatctcattttaggccttctgttatagaaacacaaaatgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163939812 232 - 196418989 acttaaacacaggcaaaactaatctactatgctagagtggagaatac--ttgttccttttgcagaaagtgttgacagggaaggaacacaaggaaacttgctgggctcataaatgttctatatcttgatcagtgtggtgattacacaggtatatagacatataaatattgtatgctacaatttctaaaatttaatgtactatacgtagtttataactcaagaagaggtaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13959826 232 +  48394510 acataaacacaCgcaaaactaatctactatgctagaggggagaatac--ttgttacttctgcagaaagtgttgacagggaaggaaaacaagaaaacttgctgggctcgtaaatgttctatatttggatcagtgtggtggttacacaggtatatagacatataaaaattgtatgctacaatttctaaaatttaatgtactatatgtagtttatacctcaaGAAGAGGTGAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14502078 234 +  46489110 acttaaacGcagggaaaactaatctactatggtagaggggagaatacttttgttacttttgcagaaagtgttgacaggaaaggacaacaaggaaacttgctgggctcataaatgttctatattttgatcagtgtggtggttacacaggtatataggcatataaaaattgtatgctacaatttctaaaatttaatgtactatatgtagtttatacttcaaGAAGAGGTGAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15788208 40 +  48129895 CAAAACCATTTAT---CAATTGGGTTTATTCAAAAAGAAGAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14502312 40 +  46489110 CAAAACCATTTAT---CAATTGGGTTTATTCAAAAAGAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=93827.000000
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s rheMac2.chr3  163940078 69 - 196418989 AAGGAAATAATACCTgc--aagatatcaaacaaggaggtcctaatcctcatttctttcacaaaataatgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 273
s panTro2.chr21  14502352 69 +  46489110 AAGGAaataatatctgc--aagatatcaaacaaggaggtcctaattctcatttctttcacaaaataatgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=32760.000000
s hg19.chr21     15788317  37 +  48129895 taaacaactacatgacaaataaaataacgaaggggga
s panTro2.chr21  14502421  37 +  46489110 taaacaactacatgacaaataaaataacgaaggggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163940147  37 - 196418989 taaacaactatatgacaaataacataatgaaggggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=145263.000000
s hg19.chr21     15788354 131 +  48129895 gctctggaatatagcgaaagagtagcacaaaccctgtggagcagagcaacctagcatggctgcatagaatagggtgggaaacaccttgtctgggccactccattgcccagtctggattatctcagaggcaa
s panTro2.chr21  14502458 131 +  46489110 gctctggaatatagcgaaggagtagcgcaaaccctgtggagcagagcaacctagcatggctgcatagaatagggtgggaaacaccttgtctgggccactccattgcccagtctggattatctcagaggcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13960172 273 +  48394510 M

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s panTro2.chr21  14502589 444 +  46489110 gaggtacttccttctgcatggaaagggtgagaaggaagatcccagtggccctcattattaccacagacaccagctgtgctcaccaatggatacccctgcagtcttcaccagtcctgagcccaacacagggagctgcctggagtccatgctgctacacttacccatgagaaagagccaagactgtgccttctgtcccatgagctgagctaccgtggtttcatgacattttagaattggagttgccgctgtgctgcaccctgctgttaggtcctgagtagccattgtttccctacacacctagggtcttactgtcaccgcatcccaccacctggagcctgggttgcccagcgcgccactatctctgggcctaggttgctgccataagcctgggtccccactgtgccctaccttttcagcagccttactgccacagtgccctgtctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13960445 444 +  48394510 gaggttcttccttctgcatgaaaagggtgagaaggaagatcccagtggccctcactattaccacagacaccagcagtgctcaccaatggatacccctgcagtcttcaccagtcttgagccaaacatagagagctgcctggagtccatactgctacacttacccatgagaaggagacaagactgtgccttctgccccatgagctgagctaccgtggtttcatgacattttagaattggagttgctgctgcgcttcaccctgctgttaggtcctgagtagccactgttaccctacacgcctagggtcttactgtaactgcatcccaccacctggagcctgggttgcccagcacgccactatctctgggcctaggctgctgccataaacctgggtccccactgtgccctacgttttcagcagccttactgccacagtgccctgtctc
i ponAbe2.chr21 M 273 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13960889 561 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163940759 563 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=993696.000000
s hg19.chr21     15789491 1234 +  48129895  
s panTro2.chr21  14503595 1234 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13961450 1232 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163941322 1225 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=634379.000000
s hg19.chr21     15790725 547 +  48129895  
s panTro2.chr21  14504829 547 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13962682 545 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 I 25893
s rheMac2.chr3  163942547 545 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1421907.000000
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s panTro2.chr21  14505376  1875 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163943092  1806 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=680488.000000
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s panTro2.chr21  14507251  1372 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  13963227 25893 +  48394510 I

a score=379753.000000
s hg19.chr21     15794520  1507 +  48129895  
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a score=453992.000000
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e rheMac2.chr3  163947770  2778 - 196418989 I
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a score=293231.000000
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a score=514750.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163953837 233 - 196418989 tctccaaagaagatgtaaaaatgtccaccaggcatatgaaaaggtgctcaacatcactaatcgtcggagaaatgtaaatcaaaatcaccgtgagatactgtgtcacacctgttacagtggttatatcaggaagacaagagaagtattgacaagggtgtggaggaaaagggagctttttcatactgttggtgggaaggtaaattggaacagccattatagaagacagtgtggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13989120 218 +  48394510 ---------------taaaaatgtccaccaggcatatgaaaaggtgctcaacatcactaatcatcggggaaatgtaaatcaaaatcacaatgagatactgtgtcacacctgttacaatggttatatcaagaagacaagagaagtgttgacaagggtgtggaggaaaagggagcttttttatactgttggtgggaaggtaaattggaacagccattatagaagacagagtggag
i ponAbe2.chr21 I 25893 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163954070 265 - 196418989 ttccatcaaaaaattagaagtagaactaccctatgacccagcaattcctcttttg-gtatacatccaaaaaaattaaaacaatatgtttaagagatatctgcacctccatgtttgttgcagttttattcacaatagataaaatatagaaacaatccaactgtctgtccatagatga----ataaagaaattatataggtatatgtgtgtgtgtgtgtattttatatatatataatatacatatctcatatatatatatatgatattatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15804790 217 +  48129895 gaatattattcaatcttaaagaaggagattcagccaattgtaacagcatggatgaagttggagaatattatgctaagtgaaacaagccagacatagaaagaaaaatagtacatggtttcacttacatctagaatttaaaaagagttgaatacatagaaacagaattgaatagtggttatcagaggctgaaggatggggaaaaaatgaggagatgtca
s panTro2.chr21  14518907 214 +  46489110 gaatattattcaatcttaaagaaggagattcagccaattgtaacagcatggatgaagttggagaatattatgctaagtgaaacaagacagacatagaaagaaaaatagtacatggtttcacttacatctagaatttaaaaagagttgaatacatagaaacagaattgaatagtggttatcagaggctgaaggatggggggaaaat---gagatgtcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163954335 217 - 196418989 gaatattattcaatcttaaagaaggagattcagccaattgtaacagcatggatgaagttggaggacattatgctaagtgaaacaagccagacatagaaagaaaaatagtgcatggtttcacttacatccagaatttaaaaacagttgaatacatagaaacagaatcgaatagtggttaccagagcctggaggatggggaaataatgaggagatgtag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15805007 267 +  48129895 gtcaaagggtTTCAGTGTTGcagtatctcagaatgtaactgtatttggctacaggcctttgaatagatgattaagttaaataaggctgttagggtggtccctaattcaatctgaccagtgcccttgtaataagagggaatttggacacataaagagacaccaggaatgcacaagcacagagtaaagtccatgtaatggcacagtgaaaaggtgaccatctcaagccaaggagagaggactcttttggcctcagaagaaaccaaactt
s rheMac2.chr3  163954552 265 - 196418989 gtcaaa-ggCTTCAATGTTGcagtgtctcagaatgtaactgtatctggctataggccttcaaatagaagattaagttaaataagcatgttagggtggtccctaattcaatctgaccaatgtccttatattaagagggaatttggacacataaagagacaccaggaatgcacatgcacagagtaaagtccatgtaatggcacagtgaaaaggtgaccatctcaagccaaggagagaggactcttttggcctcagaagaaactaaac-t
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13989799 266 +  48394510 gtcaaagggtTTCAATGTTGcagtatctcagaatgtacctgtatttggctataggcccttaaatagatgattaagttaaataaggctgttagggtggtccctaattcaatctgaccagtgtccttataataagagggaatttggacacataaagagaca-caggaatgcacatgcacagagtaaagtccatgtaatggcacagtgaaaaggtgaccatctcaagccaaggagagaggactcttttggcctcagaagaaaccaaactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14519121 267 +  46489110 gtcaaagggtTTCAGTGTTGcagcatctcagaatgtaactgtatttggctacaggcctttgaatagatgattaagttaaataaggctgttagggtggtccgtaattcaatctgaccagtgcccttgtaataagagggaatttggacacataaagagacaccaggaatgcacaagcacagagtaaagtccatgtaatggcacagtgaaaaggtgaccatctcaagccaaggagagaggactcttttggcctcagaagaaaccaaactt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13990545 184 +  48394510 TTGATAAATTCTTTATGATTAAACTCTTGAGACATTACCATTTTGTTTCTACAATGTCGATATCTTCATGTTTCCAGTGTCTTCCCTATCAGATCCTTGCCATATCATCCTTTTCACCTAATTACAATAAATTATAAAAATCTCAGTGTATTTGGTATTATTGTAAGTTAAATGATATTTTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163955648 32 - 196418989 cttacaaacaaacaaacaaaacccatattgat------
i rheMac2.chr3  C 0 I 33

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13990917 65 +  48394510 gtgtcaaagggacacaggagtcaatggaaagagctcccaatggccaaaggt-gaataaattgagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163955680 33 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163955680 33 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 36

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13992840 53 +  48394510 -----gtgtgtgtgtgtcagtgcatgaatgtatgtatgtgtaaga--------------------gtgtgtgtgtgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163957439 36 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14523457 46 +  46489110 TTTTTTACCCTACCTTGGAATTATGCTATTAACTTTTCTATTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=636596.000000
s hg19.chr21     15809420 123 +  48129895 ttgattataataggattctgataactttaaaactcaaaatagtctcactttagtaatagattcaacctagtgtattcacatgaactcttattttatatagagcaaaataacttgttcagctct
s rheMac2.chr3  163958103 122 - 196418989 TTGATTATAATCGGACTCTGATAACTTTAAAACTCAAAATAATCTCATTTTAGTAATAGATTCAATCTAGTGTATTAATATGAACTCTTGTTTTATATAGAGCAAAATAACTTGTTCAG-TTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13994137 123 +  48394510 ttgattataataggactctgataactttaaaactcaaaatagtctcactttagtaatagattcaatctagtgtattaatatgaactcttattttatatagagcaaaataacttgttcagctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14523626 89 +  46489110 GGATTGCTACAGCCTGGAAGCCACATTATGAATGGGATGAAAGATTTGTCTTTGTATTTTTATCTCTTTCTCTGTTTTGAGCTTTGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14524039 64 +  46489110 CTGATACATTAGAGTCTTGAGAACAAGAATGATGAAGGATCAAGAGAGCCAATGGATAAGACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  13994673 64 +  48394510 CTGATACATTAGAGTCTTGAGAAGAAGAATGATAAAGGATCAAGAGAGCCAATGGATAAGACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163958642 64 - 196418989 CTGATACATTAGAGTCTTGAGAACAAGAATGATAAAGGATCAAGAGAGCTAATGGATAAGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14525703 194 +  46489110 cccaggctggagtgcagtggcgcgatct-cgctcactgcaagctccacctcccgggttcacggcattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggtgcccgccaccaagcctggctaattttttgtatttttattagagagggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctc
i panTro2.chr21 C 0 I 12669
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163960321 193 - 196418989 cccaggctggagtgcggtggcgcgatctccgctcactgcaagctccgccccccgggttcccgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctggaaccacaggcg-ccgccaccacgcccggctaattttttgta-ttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163970722 60 - 196418989 ttatttgggtcaagtgatctatttctctgttgttgtatctgtactatactttatagttac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  163971040 96 - 196418989 tcctttttggttaaatttatacctaggtattatcaaattttgttactaacttgaattagatttttctctcttttttcacttttgcatgttagcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15814227 76 +  48129895 AAACTCAAAACCTGAATTCTTATGGCTTTTAAAATGCCAAGTAGGGCA-AAAAAAATTACCTCCCTTGTTTTTACAT
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a score=823958.000000
s hg19.chr21     15814303 80 +  48129895 GTGATACTGTTATTAACAACTCTTCAACTTAGTGTGTA-TTTTTTGGGCAAGAATACTTAGTGTTGACTAATCATTTCTAT
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s hg19.chr21     15814383 38 +  48129895 TTCCGTTTCTTTCCTTATAATCTTGAGGGCAATGCAT--A
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s hg19.chr21     15814421 89 +  48129895 AAAAAAA-CAGAAAATAAAATTTAAAGCATGCAGCAGAGATGGAGGGGATCACAGGAAGGTGGTATTTTGGCTTTTCAAAATTAGCTTAC
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s panTro2.chr21  14541305 134 +  46489110 AGTTTGGGTATTAAATCAACAATATATTGACAATTATATAAAATCTGAATGCCACCTTGCATCTACTATACTTTAGTAATGATGTAAATAGTATCACATTAAACATTCTTTTTGCCGATGCTATTATAATTTT-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018281 132 +  48394510 A-CTTGGGTATTAAATCAACAATATATTGACAATTATATAAAATCTGAATGCCACCTTGCATCTACCATACTTTAGTAATGATGTAAATAGTATCACATTAAATATTCTTTTTG-CGGTGCTATTATAATTTT-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973244 135 - 196418989 ACTTGGGGTATTAAATCAGCAATATATTGACAATTGTATAAAATCTGAATGCCACTTTGCGTCTACTATACTTTAGTAATGATGTAAATTGTATCACATGAAACATTCTTATTGCCGATGCTATTATAATTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233879.000000
s hg19.chr21     15814671 24 +  48129895 CTTAGTTCCTGTAGTTCTTCAGCT
s rheMac2.chr3  163973379 24 - 196418989 CTTAGTTCCTGCAGTTCTTCAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018413 23 +  48394510 CTTAGTTCCTGTAGTTCTTCAGC-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14541439 24 +  46489110 CCTAGTTCCTGTAGTTCTTCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=522209.000000
s hg19.chr21     15814695 35 +  48129895 TTTAGTTTTACACTTCCAACTAATCATCTCATTTT
s panTro2.chr21  14541463 35 +  46489110 TTTAGTTTTACACTTCCAACTAATCACCTCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018436 35 +  48394510 TTTATTTTTACACTTCCAACTGATCACCTTATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973403 35 - 196418989 TTCAGTTTTACACTTCCAACGAATCACCTCAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=283398.000000
s hg19.chr21     15814730 25 +  48129895 ATCATTTTACTTTTATTCTAGATAC
s panTro2.chr21  14541498 25 +  46489110 ATCATTTTACTTTTATTCTAGATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018471 25 +  48394510 GTCATTTTACTTTTATTCTAGATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973438 25 - 196418989 ATCATTTTACTTTTATTCTAGATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1370465.000000
s hg19.chr21     15814755 158 +  48129895 AAGTCCATACTTACTGACCGTAAGTATGAATTCAAGGGTATTTCatagcattttacagattgtaaagagatttcaggtacataatctcacttgatcctacagccttatagcgtggccagaaaataaattcttagctccgctttacagatggaaatgga
s panTro2.chr21  14541523 158 +  46489110 AAGTCCATACTTACTGACCGTAAGTATGAATTCAAGGgtatttcataacattttacagattgtaaagagatttcaggtacataatctcacttgatcctacagccttatggcgtggccagaaaataaattcttagctccgctttacagatggaaatgga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018496 158 +  48394510 AAGTCCATACTTACTGACCATAAGTATGAATTCAAGGGTATTTCatagtattttacagattgtaaagagatttcatgtacataatctcacttgatcctacagccttatggagtggccagaaaataaattcttagctctgctttacagatggaaatgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973463 158 - 196418989 AAGTCCATACTTATTGACCATAAGTATGAATTCAAGGGTATGTCTtagtattttacagatcgtaaagagacttcgtgtacaaaatctcccttgatcctacaaccttatggagtggccagaaaataagttcttagctccactttacagatggaaatgga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=513750.000000
s hg19.chr21     15814913 66 +  48129895 ggctcagacgacttctcaggctgtctaatggattagcaaatgtggctaa-cacatggatacccatta
s panTro2.chr21  14541681 66 +  46489110 ggctcagacgacttctcaggctgtctaatggattagcaaatgtggctaa-cacatggatacccatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018654 66 +  48394510 ggctcagactacttctcaggctgtctaatggattagcaaatgaggctaa-cacatggatacccatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973621 67 - 196418989 ggctcgggtgacttctagggctgtctaatggcttagcaaatgtggctaatcacatggatacccatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=434136.000000
s hg19.chr21     15814979 67 +  48129895 gtagaacctgggccaacaaacagttcttttgacccctggtc-tttgcttgttccaatacacATCTTCA
s panTro2.chr21  14541747 67 +  46489110 gtagaacctgggccaacaaacagttcttttgacccctggtc-tttgcttgttccaataCACATCTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018720 67 +  48394510 gtagaacctgggccaacaaacagttcttttgatccctggtc-tttgcttgttccaatacacATCTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973688 68 - 196418989 gtagaacctgggccaacaaacagttcttttgacccctggtcttttgcttgttccaatacacATCTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148949.000000
s hg19.chr21     15815046 26 +  48129895 CAGAAAAGTTTGGTTATAATTTAGCT
s panTro2.chr21  14541814 26 +  46489110 CAGAAAAGTTTGGTTATAATTTAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018787 26 +  48394510 CAGAAAAGTTTGGTTATAATTTAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973756 26 - 196418989 CAGAAAAGTTTGCTTATAATTTAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=943133.000000
s hg19.chr21     15815072 131 +  48129895 CTAGGTTTCATCACTGAGGTCAGACTATGCCACAGCATGTTGATGGAAGTACTTAAGAGTAGATGGAATGAAAATGGAAAACATAAGAAGGAAGGAAGAAAGAAAGTAAGTCGAGGAAGGAGATAAAGAGA
s panTro2.chr21  14541840 131 +  46489110 CTAGGTTTCATCACTGGGGTCAGACTATGCCACAGCATGTTGATGGAAGTACTTAAGAGTAGATGGAATGAAAATGGAAAACATAAGAAGGAAGGAAGAAAGAAAGTAAGTCGAGGAAGGAGATAAAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018813 131 +  48394510 CTAGGTTTCATCATTGGGGTCAGACTATGCCACAGCATGTTGATGGCAGTACTTAAGAGTAGATGGAATGAAAATGGAAAACATAAGAAGGAAGGAATAAAGAAAGTCAGTCAAGGAAGGAGATAAAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973782 131 - 196418989 CTGTGTTTCATCATTGGGGTCAGATTATGCCACAGCATGTTGATGGCAGTACTTAAGAGTAGCTGGAAAGAAAATGGAAAACATAAGAAGCAAGGAAGAAAGAAAGTCAGTCAAGGAAGGAGGTAAAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=707433.000000
s hg19.chr21     15815203 76 +  48129895 GCAGAGTCTCATGC----AATTGCCTGTGGGTCAGTGGTACCACTGTCACAGGTCACCAATCCaaatttaataattaaat
s panTro2.chr21  14541971 76 +  46489110 GCAGAGTCTCATGC----AATTGCCTGTGGTTCAGTGGTACCACTGTCATAGGTCACCAATCCaaatttaataattaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14018944 80 +  48394510 GCAGAGTCTCATGCAATTAATTGCCTGTGGGTCAGTGGTACCACTGTCATAGGTCACCTGTCCaaatttaataattaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973913 76 - 196418989 GCAGAGTCTCATGC----AATTGCCTGTGGGTCAGTGGTACCACTGTCATAGGTCATCAATCCaaatttaataattaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=701137.000000
s hg19.chr21     15815279 91 +  48129895 ataaCTGAGCCGTTTATTATTTAATGTGTAAAAGATGCCAGTAGGAGGATATATGGGTATCTGTTACTTGTGTAACTAATATTCCCAATTC
s panTro2.chr21  14542047 91 +  46489110 ataaCTGAGCCGTTTATTATTTAATGTGTAAAAGATGCCAGTAGGAGGATATATGGGTATCTGTTACTTGTGTAACTAATATTCCCAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14019024 91 +  48394510 ataaCTGAGCCGTTTATTACTTAATGTGTAAAAGATGCCAGTAGGAGCATATATGGGTATCTGTTACTTGTGTAACTAATATTCCCAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163973989 91 - 196418989 ataaCTGAGCCGTTTATTACTTAATGTGTAAAAGATGCCAATAGGAGCATATATGGGTATCTGTTACTTGTGTAACTAATATTTCCAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=147487.000000
s hg19.chr21     15815370 20 +  48129895 GTGTGTGTGATTTATGTTTG
s panTro2.chr21  14542138 20 +  46489110 GTGTGTGTGATTTATGTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14019115 20 +  48394510 GTGTGTGTGATTTGTGTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163974080 20 - 196418989 GTGTGTGTGATTTGTGTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136694.000000
s hg19.chr21     15815390 19 +  48129895 TTATAGTAAGAAAATTAAC
s panTro2.chr21  14542158 19 +  46489110 TTACAGTAAGAAAATTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14019135 19 +  48394510 TTATAGTAAGAAAATTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
s rheMac2.chr3  163974100 19 - 196418989 TTATAGTAAGAAAATTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 I 8

a score=163053.000000
s hg19.chr21     15815409 35 +  48129895 CAACAAAATCTTTAAGCCCTGGACCTCCGAAATCA
s panTro2.chr21  14542177 35 +  46489110 CAACAAAATCTTTAAGCCCTGGACCTCCGAAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14019162 35 +  48394510 CAACAAAATCTTTAAGCCCTGGACCTCAGAAATCA
i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
s rheMac2.chr3  163974127 35 - 196418989 CAACAAAATCTTTAAGCCCTGGGCCTCGGAAATCA
i rheMac2.chr3  I 8 C 0

a score=386253.000000
s hg19.chr21     15815444 116 +  48129895 CATGTATTCCTTTCTCAGGAAGAGGCAGAAGAGCCTCACACACTCACCTCACTGCCACTGTGAGAGCTGCTTCCTGTCCTGGGACTAGCCTGGGTGTTGTTCctcctgaattcaac
s panTro2.chr21  14542212 116 +  46489110 CATGTATTCCTTTCTCAGGAAGAGGCAGAAGAGCCTCACACACTCACCTCACTGCCACTGTGAGAGCTGCTTCCTGTCCTGGGACTAGCCTGGGTGTTGTTCTtcctgaactcaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14019197 100 +  48394510 CATGTATTCCTTTCTCAGGAAGAAGCAGAAGAACCTCACATACTCACCTCACTGCCACTATGAGAGCTGCTTCCTGTCCTGGGACTAGCCTGGGTATTGT----------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 864
s rheMac2.chr3  163974162 102 - 196418989 CACGTATTCCTTTCTCAGGAAGAGACAGAAGAGCCTCACACACTCACCTCCCTGCCACTGTGAGAGCTGCTTCCTGTCCTGGGACTAGCCTGGGTGCTGTTC--------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 860

a score=22863.000000
s hg19.chr21     15815560  33 +  48129895 caatcctcccacctcagcctcccatagtgttgg
s panTro2.chr21  14542328  33 +  46489110 caatcctcccacctcagcctcccaaagtgttgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163975124  33 - 196418989 caatcctcccacttcagcctcccaaagtgttgg
i rheMac2.chr3  I 860 C 0
e ponAbe2.chr21  14019297 864 +  48394510 I

a score=126716.000000
s hg19.chr21     15815593  63 +  48129895 gattacaggcgtgagccactgcacctagccAACACATATTTTTGAAACATGGTCTGTGACAGT
s panTro2.chr21  14542361  63 +  46489110 cattacaggcatgagccactgtacctagccAACACATATTTTTGAAACATGGTCTGTGACAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163975157  62 - 196418989 gattacaggcgtgagccaccgcacccagccAACACATA-TTTTGAAACATGGTCTGTGACAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14019297 864 +  48394510 I

a score=366247.000000
s hg19.chr21     15815656  23 +  48129895 CACAAAGTATGTAGAAATGAATA
s rheMac2.chr3  163975219  23 - 196418989 CATAAAGTATGTAGAAATGAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14542424  23 +  46489110 CACAAAGTATGTAGAAATGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14019297 864 +  48394510 I

a score=748653.000000
s hg19.chr21     15815679  75 +  48129895 GGTATTTGTTTGAGGGAAGGCAGATGCTTATAATATATTTTGATAAAGGGACATTTAGTTGTATAAATAAGAAAT
s rheMac2.chr3  163975242  75 - 196418989 GGTATTTGTTTTAGGGAAGGCAGATGCTTACAATATGTTTTGATAAAGGGACATTTAGTTGTATAAATAAGCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14542447  75 +  46489110 GGTATTTGTTAGAGGGAAGGCAGATGCTTATAATATATTTTGATAAAGGGACATTTAGTTGTATAAATAAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14019297 864 +  48394510 I

a score=930096.000000
s hg19.chr21     15815754 100 +  48129895 CTTGCTTGGGAGGCCATCATCGCCCTAATAGGAGGATTACTCATTTATCCACATTTGGCCTCTCAACCCCTTTCCTATTTTAGAAGGTGGCGTGAGAGTC
s panTro2.chr21  14542522 100 +  46489110 CTTGCTTGGGAGGCCATCATCGCCCTAATAGGAGGATTACTCATTTATCCACATTTGGCCTCTCAACCCCTTTCATATTTTAGAAGGTGGCGTGAGAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14020161 100 +  48394510 CTTGTTTGGGAGGCCATCATTACCCTAATAGGAGGAATACTCCTTTGTCCACATTTGGCCTCTCAACCCCTTTCCTATTTTAGAAGGTGGCATGAGAGTC
i ponAbe2.chr21 I 864 C 0
s rheMac2.chr3  163975317 100 - 196418989 CTTGCTTGGGAGGCCTTCATCACCGTAACGGGAGGATTACTCATTTATCCACATTTGGTCTCTCAATCCCTTTCCTATTTTAGAAGGTGGCGTGAGAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=40933.000000
s hg19.chr21     15815854 16 +  48129895 CATTCTTGGAGTGACA
s panTro2.chr21  14542622 16 +  46489110 CATTCTTGGAGTGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14020261 12 +  48394510 CATTCTTGGAAT----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163975417 16 - 196418989 CATTCTTGGAATGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=498558.000000
s hg19.chr21     15815870 36 +  48129895 GACAGCCAATGGCATTAAAGGTATTAAATACTTTAC
s rheMac2.chr3  163975433 36 - 196418989 GACCGCCAGTGGCATTAAAGGTATTAAATACTTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14020273 36 +  48394510 GACAGCCAATGGCATTAAAGGTATTAAATACTTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14542638 36 +  46489110 GACAGCCAATGGCATTAAAGGTATTAAATACTTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=369058.000000
s hg19.chr21     15815906 90 +  48129895 CCTGTTATGTTGTGGACTGGCAGGGGACCACTTTACTAGTTGGTAGGAAAACCCACTAGCACAAAAACTA-TTTTTAGTAGCAAATGTGCA
s panTro2.chr21  14542674 90 +  46489110 CCTGTTATGTTGTGGACTGGCAGGGGACCACTTTACTAGTTGGTAGAAAAACCCACTAGCACAAAAACTA-CATTTAGTAGCAAATGTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14020309 90 +  48394510 CCTGTTATGATGTGGACTGGCAGGGGACCACTTTATTAGTTGGTAGAAAAACCCACCAGCACAAAGACAA-TTTTTAGTAGCAAATGTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163975469 91 - 196418989 GCTGTTACGTTGTGGACTGGCAGGGGACCACTTTACTAGTTGGTAGAAAAACCCACTAGCACAAAGACTATTTTTTAGTAGCAAATGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=648699.000000
s hg19.chr21     15815996 45 +  48129895 TTAAATGCTGTCATGCAATTAGACATCCTTGCAGATCAGGGACAC
s rheMac2.chr3  163975560 45 - 196418989 TTAAACGCTGTCATGCAATAAGACATCCTTGCAGATCAGGGACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14020399 45 +  48394510 TTAAATGCTGTCATGCAATAAGACATCCTTGCAGATCATGGACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14542764 42 +  46489110 TTAAATG---TCATGCAATTAGACATCCTTGCAGATCAGGGACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1056195.000000
s hg19.chr21     15816041 69 +  48129895 AGTTAAGTAGACAGAAAAGTTAGTGGGATAATATTGTGGTATTGAACTACACCAGGGATAATAGCATTG
s panTro2.chr21  14542806 69 +  46489110 AGTTAAGTAGACAGAAAAGTTATTGGGATAATATTGTGGTATTGAACTACACCAGGGATAATAGCATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14020444 69 +  48394510 AGTTAAGTAGACAGAAAAGTTATTGAGATAATATTGTGGTATTGAACTACACCAGAGAAAATAGCATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163975605 69 - 196418989 AGTTAAGTAGACAGAAAAGTTATTGAGATAATATTGTGGTATTGAACTATACCAGGGATAATAGTATCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=268368.000000
s hg19.chr21     15816110 18 +  48129895 ATTCACCCCAAAAGGATA
s panTro2.chr21  14542875 18 +  46489110 ATTCACCCCAAAAGGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14020513 18 +  48394510 AGTCACCCCAAAAGGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163975674 18 - 196418989 ATTCACTCCAAAAGGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=763678.000000
s hg19.chr21     15816128 35 +  48129895 TTGTAAATAATAACCAATTAATTGTTGCAGAAATT
s panTro2.chr21  14542893 35 +  46489110 TTGTAAATAATAACCAATTAATTGTTGCAGAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14020531 35 +  48394510 TTGTAAATAATAACCAATTAACTGTTGCAGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163975692 35 - 196418989 TTGTAAATAATAACCAATTAATTGTTGCAGAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8429.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163977695 33 - 196418989 CCAAGTCTTAAGGCCACCCATGCCTTGACTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=256276.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163977728 98 - 196418989 CCACCAATCAGGATCTAGCTAATACAGCAGGTGCAGGATTTCCCTTCTGGAATTACCACTCCCAACTCCCTGGGGCAGTAATACTTAACTTCCTCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14022658 144 +  48394510 CCAAAATGCATAGCAATTCTATCGACCAGATAGAAGCTGGACCACAGCTTCTAGCCACAAACCCACACCCATTACAACTTGATCTACACAAAACAATCCGGCCACCAAAAACTGTTTAAAAAACTGTGGAATATGTGTAACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163977826 128 - 196418989 CCAAATTGCATAGCAATTCTAT--------------CTGGTC--CAGCTTCTAGCCACAAACCCACACCCATTACAACTTGATCTATACAAAACAATCCAGCCACCAAAAACTGTTTAAAAAGCTGTGGATTATGTGTAACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14545155 52 +  46489110 GGATCTATTTTCTatcagtatatcaaagagatatctgcactcctatgttatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14545207 55 +  46489110 ttTATTTCTGTGATCAATTATTCAATGAACgtcttctcactagactaaactctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163978054 81 - 196418989 aatagcagaaaagattgttatcatgtttatagttatacctcctaaccctagcacagtgcctggatcatgaaaagcaatcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163978135 33 - 196418989 tacacagttctcgaatgaatgCaataacttgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15818610 43 +  48129895 caaaatcacacagcattaagtgttggacccagaacttaaatcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15818653 47 +  48129895 agatatgcatctgattccaaaggccgtgcccgttTAAAAAGAATACC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163978211 47 - 196418989 agatttgcatctgattccaaaggccacgcttgttTAAAAGCAATACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=229124.000000
s hg19.chr21     15818700 67 +  48129895 AAAAAGCCACAGCTGACGTAATTACTATGAAATGTGTATACAAACGCGTATGTGGCCTTACACAGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14023180 105 +  48394510 TTTATTTGTGTTTGTGAATTAAAGGTGTGCAAAATATAGTTTTGGAGAGGCTGCATCTTGGTGACATGGCCTAAAATTCATTGATGCCTAAAAGAGCACCGGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163978323 105 - 196418989 TTTATTTGTGTTTGTGAATTAAAGGTGTGCAAAATATAGTTTTGGAGAGGCTGCATCTTGGTGACATGGCCTAAAATTCATTGATGCCTAAAAGAGCACCAGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251626.000000
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s panTro2.chr21  14545638 41 +  46489110 CCATTATGAGAACGTGTAGATGTATTTTTGCTAAAAGTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14023285 41 +  48394510 CCATTATGAGAATGTATAGATGTATTTTTGCTAAAAGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15818913 281 +  48129895 CTACTGATCATTGATCATCTCACCATCTTCCTCCTCTTATCGCATAATTAAAAACTAGAGAATGGAAAGAAATCTCCAGGATCATAAGACAAAATAATGCCCAGTAAAGTTTCTGTTTCAAGGAATTGAATGGCACTTTCCTGTCATGGCAATAGAAGATTTAAAGGCATGGATTTATGTAAATTCTTTGGGGAGCTGTCACATGGCCCACAAGGTTCATCTTCAGTCAGGTATCAGAAGGTTCTGCAAAGAAGCATAGCAGATAACATCTAGCAATACAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14023326 281 +  48394510 CTACTGATCATTGATCATCTCACCATCTTCCTCCTCTTATCACATAATTAAAAACTAGAGAGTGGAAGGAAATCTCCAGGATCATAAGACAAAATAATGCCCAGTAAAGTTTCTGTTTCAAGGAATTGAATGGCACTTTCCTGTCATGGCAATAGAAGATTTAAAGGCATGGATTTATGTAAATTCTTTGGGTAGCTGTCACATGGCTCACAAGGTTCATCTTCAGTCAGGTATCAGAAGGATCTGCAAAGAAGCACAGCAGACAACATCTAGCAATACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163978469 281 - 196418989 CTACTGATCATTGATCATCTCGCCATCTTCCTCCTCTGATCACATAATTAAAAACTAGAGAGTAGAAGGAAATCTCCAGGATTGTAAGACAAAGTAATGCCCAGTAAAGTTTCTGTTTCAAGGAATTGAGTGGCACTTTCTTGTCATGGCAATAGAAGATTTAAAGGCATGGATTTACGTAAATTCTTTGGGGAGCTGTCACATGGCCCACAAGGTTCATCTTCAGTCAGGTATCAGAAGGATCTGCAAAGAAGCATAGCAGATAACATGTAGCAATACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=737425.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14023607 114 +  48394510 AGGAGATAACATGTAGCAATGTTCTGGCCTAGCCAGTGCCCCAGGAGGCTCCCTCTGTGGTTTCTGAATGGCCCATTTCATTCTGCATAC------AAAAAAAGAGCAGTGTTTTCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163978750 120 - 196418989 AGGAAATAACATGTAGCAATGCTCTGGCCTAGCCAGTGCCCAAGGAGGCTCTCTCTGTGGTTTCTGAATGGCCCATTTCATTCTGCATACAAAAAAAAAAAAAGAGCAGTGTTTACTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=697310.000000
s hg19.chr21     15819308 84 +  48129895 ATTAGGTTTTATTCTCATATTATCAATGGTAATTCAATTATTCATTTATCCATATACTGGTAGGTGATTCCCAACATCATTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=197053.000000
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a score=-16875.000000
s hg19.chr21     15819496 35 +  48129895 AGTG--GACTGATTATTTAAAAGTCTCCAAACCTATG
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s ponAbe2.chr21  14023909 37 +  48394510 AGTGAAGACTGACTATTTAAAAGTCTCCAAACCTATG
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a score=77942.000000
s hg19.chr21     15819531 22 +  48129895 GATATCCACAATTAATATTTTG
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a score=50158.000000
s hg19.chr21     15819553 12 +  48129895 ATGTGTGTATGG
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s panTro2.chr21  14546332 87 +  46489110 ACACATACATCTCAATGCTCACACACACCATTACTACATGGTTAAAGAAACTGAGGCTTTCCCTTTCTATGAAACATAGCAGG-AAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14023980 87 +  48394510 ACACATACATCTCAATGCTCACACACACCATTACTATATGGTTAAAGAAACTGAGGCTTTCCCTTTCTATGAAACATAGCAgg-aatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616335.000000
s hg19.chr21     15819652 72 +  48129895 ctagtataccaagacgaagggtttcacattgcctttcattccatgtcaagtgcaatgcttaatctctacgca
s panTro2.chr21  14546419 72 +  46489110 CTAGTATACCAAGATGAAGGGTTTCATATTGCCTTTCATTCTATGTCAAGTGCAATGCTTAATCTCCATGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14024067 72 +  48394510 ctagtataccaagacgaagggtttcatattgccttttattctatgtcaagtgcaatgcttaatctctatgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163979180 72 - 196418989 CTAGTATACCGTGACAAAGGGTTTCATATTTCCTTTCATTCCATGTCAAGTTCAATGCTTAATCTCTACGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163979252 52 - 196418989 GAAGTGACCCTGTCTTCTCCCAGTCCTCCTCTGGATAAGTGGAATTTTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=434219.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163979304 76 - 196418989 GGTTGGAGTGGTACCCTGACGCTAAGCTGTCTCTCTTCACTTAGTCATTGAGGGGATGATGAAGGGGTTTTGCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118209.000000
s hg19.chr21     15819852 31 +  48129895 tagcttaGCTCTTAAGGACTACAAAGCTAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26103.000000
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s panTro2.chr21  14546661 10 +  46489110 GTCAAGATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310881.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14024319 44 +  48394510 tgagcccatttgtgaaatcaggttataagtcacttttgccacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163979432 44 - 196418989 TGAGCCCATTTGTGAAATCAGGTTATAAGTCACTTTTGCCACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=252093.000000
s hg19.chr21     15819948 31 +  48129895 tttgaagtcacaagattcccccttattcaaa
s panTro2.chr21  14546715 31 +  46489110 TTTGAAGTCACAAGATTCCCCCTTATTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=649246.000000
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s rheMac2.chr3  163979507 142 - 196418989 AAGATATATGTACTATATGGAGATAACAAGAAAGATTTC--------------TAAACAAGATAATTTAAACAAGATTCATGACGATGTTGCTC---ATTTTCTTGGTCCAGGTATACAGCTTATATTTCAAAAAAAATCTGTAATTACTTTATCCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14546746 158 +  46489110 AAGATATACGTACTATACAGAGATAACAAGAAAGATTTCCAAACAAGATTCTATAAACAAGATAATTTAAACAAGATTCATGCAGATGTTACTCCTCATTTTCTTGGTCCAGGTATACAGCTTATATTTC-AAAACAATCTATAATTGCTTTATCCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163979691 58 - 196418989 AAAGACAACAGAAATGTCCTAGAACTATTTATTAAAAAACAGTTTCTCAAATTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=105892.000000
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s panTro2.chr21  14547003 31 +  46489110 CTTATAAGATACCTAAGGTTACATAATATAt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163979749 31 - 196418989 CTTATAAGATACTTAAGGTTGCATAATATAt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=188164.000000
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s panTro2.chr21  14547034 36 +  46489110 ttgcttagagtgccgtaacaaagtaccacagactgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=416631.000000
s hg19.chr21     15820300 87 +  48129895 gtggtttaaacggcagaaactcgttttctcacagttctgcaggctaggggttcgagatcaaggtgttggcagagttgattccattca
s panTro2.chr21  14547070 87 +  46489110 gtggtttaaacagcagaaattcgttttctcacagttctgcaggctagaggttcgagatcaaggtgttggcagagttgattccattca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163979816 87 - 196418989 gtggtttaaacagcagaaattcattttctcgcagttctgcaggctagaggttcaagatcagggtgttggcagagttgattccattca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  163979903 245 - 196418989 gaggcttctcttcttgtcttgtagatgactgtgttctcacgt--gatcttccctccgtacatgtttgtatcctaatatcttcttaaaaggacaccactcatattggattagaacccatcctgatgacctcatgttaattcaattattctctttaaaaaccttatctccacataaagtcacattctgaggtgcaagaggcaaggacttcaacatatgaattctgtggggaaacaattaagcccgttac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14024802 241 +  48394510 gaggcttctcttcttgtcttgtagacggctgtgttctcacat--gatcttccgtgtgcacatgtttgtgtcctaatatcttcttaaagggacaccattcatattggattagaacccatcctaatgacctcatgttaattcaattattctctttaaaaaccttacctccacataaagtcatattctgaggtgcaagaggcaaggacttcaacatatgaattctggggggagaca----agtccattac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14547157 247 +  46489110 gaggcttctcttcttgtgttgtagatggctgtgttctcacacacgatcttccctctgtacatgtttgtatcctaacatcttcttaaaaggacaccattcatattggattagaacccatcctaatgacctcatgttaattcaattattctctttaaaaaccttacctccacataaagtcatattctgaggtgcaagaggcaaggacttcaacatatgaattctggggggagacaattaagtccatTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=890631.000000
s hg19.chr21     15820644 85 +  48129895 AATTAAGGGTCTGAGGTTTAAACAATGTTTtttttctgactcaaagaccagattttttcactggacgaaagctgcctcTATGTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163980160 84 - 196418989 AATtaagggtctgaggtttaaacaatgttttttt-ctgactcaaagaccagattttttcactggaccaaagctgcttcTATGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=578975.000000
s hg19.chr21     15820729 32 +  48129895 TTAATTCTCTTCTCCACTGCCTATATTCCATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14548045 39 +  46489110 GGATGCTGTGTGAAGTTCTGTAGGTAATTTGTAGATTCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14548084 82 +  46489110 CCACGGGATGTGCTCTCAAAGAAATTTCTTTGTGAAACATCAAACTATCATACTCCTCACCCTCCTCACTCTGCCCCTACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14025724 82 +  48394510 CCACGGGATGTGCTCTCAAAGAACTTTCTTTGTGAAACATCAAACTGTCATACTCCTCACCCTCCTCACTCTGCCCCTACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163980829 82 - 196418989 CCACGGGATGTGCTGTCAAAGAACTTTCTTTGTGAAACATCAAACTATCATACTCCTCACCCTCCTCACTCTGCCCCTACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14548166 44 +  46489110 AAGCCTACAGGTGCAGAAATGGATATGCATATCCACACTCATGA-------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14025806 44 +  48394510 AAGCCTACAGGTGCAGAAATGGATATGCATATCCACACTCATGA-------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163980911 40 - 196418989 AAGCCTACAGGTGCAGAAATGGATATGCATATCCACACtc-----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 260

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s panTro2.chr21  14548210  42 +  46489110 -AGTCTTATATCtttctttctttctttttttttttttttt-----gag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163980951 260 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163981211 113 - 196418989 -cagagtttcactcttgttgcccaggctggagtgcaatgacttgatcttggctcactgcaacttccacctcctggatttgagcaattctcctgcctcagcctctcaggtagctg
i rheMac2.chr3  I 260 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14548366 70 +  46489110 ggattacaggcatgcgccaccacgcctggctaattttttgtattttaagtagagatggggtttctccata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14026075 73 +  48394510 ttggtcaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgatctgcctgcttccacctcccaaagtgctgggattac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  14026362 134 +  48394510 GCATACTAGAATTGGAAaaacaaacgaacaaacaaacaaacaacaaaaaaacCTCGTTCAATTATTTCTATAACAGTGCCTTTCACTAG----Tgtgaaatcagttttgcaggtcaaaaccagcatttcaaatatgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163981680 129 - 196418989 GCATACTAGAATTGGAAAACAGAA--AACAA-------AACAAAACAAAAATGTGGTTCAATTATTTCTATAACAGTGCCTTTcactagtgaatatgaaatcagttttgcaggtcaaaaccagcatttcaaatatgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15822092 35 +  48129895 gtagaa-aaaataaaatagaaaatatttaagtgaag
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14548853 35 +  46489110 gtagaa-aaaataatatagaaaatattaaagtgaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163981809 36 - 196418989 gtagaataaaataaaatagaaaatattaaagttaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14026532 37 +  48394510 tgcatgaaattgggggaaatattagttcatgacattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15822164 95 +  48129895 tgtttccatttttttctttgtgtatgtgagacctcacatactaaatccttatgaaaaatttatttcttGGGAGATGACAGTGAAAAAAAAGGTTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163981882 94 - 196418989 tgtttccatttttttctttgtatatgtgagatctcacatactaaatccttatgaaaaatttatttcttGGGAGATGACAGTG-AAAAAAAGGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 353 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14549836 86 +  46489110 ccttgctttgtcctttactgacaatgtagttggagggaagttacttaatcttgttgactttctgtttcttctagtttatctctaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14551007 57 +  46489110 TTTTTCTCCCCAATATCAACAAAATCTTCCAAATTAAAACAGCAGAAACACAAAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=1798428.000000
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s ponAbe2.chr21  14029045 59 +  48394510 GAATCTGTTACAGCTTTTGAGATGTATGTAAGTAGGAGAAAACAGATAAGCCAAATTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15824703 29 +  48129895 TTTTTGAGACGAGGGGCACCTACAAATGT
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s panTro2.chr21  14551463 29 +  46489110 TTTTTGAGACGAGGGGCACCTACAAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1699149.000000
s hg19.chr21     15824732 84 +  48129895 AGCACTATTGACCATGAAAGTGTAGCATAATAGTATTTATTTGGAAAAAGATCCATTTGATCATTTTATCCTCTGGGAAGCTAC
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s ponAbe2.chr21  14029133 84 +  48394510 AGCACTACTGACCATGAAAGTGCAGCATAATAGTATTTATTTGGAAAAAGATCCCTTTGATCATTTTATCCTCTGGGAAGCTAC
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s panTro2.chr21  14551492 84 +  46489110 AGCACTATTGACCATGAAAGTGTAGCATAATAGTATTTATTTGGAAAAAGATCCATTTGATCATTTTATCCTCTGGGAAGCTAC
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a score=259118.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=731771.000000
s hg19.chr21     15824909 30 +  48129895 GTCTATTAAACAAATTCTGTTTTGAGATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14029339 69 +  48394510 TTTTCCCTAAGTTTCCCAGAATTACTACTCCCCCCCTCCCAAAACTGTTTTAATTTGTGTAACAAGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163984992 68 - 196418989 TTTTCCCTAAGTTTCCCAGAATTACTACT-CCCCCCTCCCAAAACCGTTTTAATTTGTGTAGCAAGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2110076.000000
s hg19.chr21     15825007 116 +  48129895 ACTCCAGAGGGATATTTGCTAGCAGGAGTATTGATCCAGTAATGGAGTTGCAGTTCAATTGCGGTGACAAGAAGCCCGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTAAGGATGATCAAG
s panTro2.chr21  14551767 110 +  46489110 ACTCCAGAGGGATATTTGCTAGCAGGAGTATTGATCCAGTAATGGAGTTGCAGTTCAATTGCGGTGACAAGAAGCCCGATTTTTTTTTTTTT------CCTTTAAGGATGATCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14029408 110 +  48394510 ACTCCAGAGGGATATTTGCTAGCAGGAGTATTGATCCAGTAATGGAGTTGCAGTTCAATTGCGGTGACAAGAAGCCCGATTTTTTTTTTTTT------CCTTTAAGGATGATCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163985060 116 - 196418989 ACTCCAGAGGGATATTTGCTAGCAGGAATATTGATCCAGTAATGGAGTTGCAGTTCAATTGCGGTGACAAGAAGCCCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTAAGGATGATCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1039934.000000
s hg19.chr21     15825123 39 +  48129895 ATATTTAGATTCCAGAGGGTAAAATTTGCACATGAAATC
s panTro2.chr21  14551877 38 +  46489110 ATATTTAGATTCCAGAGGGTAAAATTT-CACATGAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14029518 39 +  48394510 ATATTTAGATTCCAGAGGGTAAAATTTGCACATGAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163985176 39 - 196418989 ATATTTAGATTCCAGAGGGTAAAATTTGCACATGAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1205924.000000
s hg19.chr21     15825162 56 +  48129895 ACCTGATTTTCCTCGTGACATTACGTTTTACTGCTTAGGCAATACACTTGCCTTAG
s panTro2.chr21  14551915 56 +  46489110 ACCTGATTTTCCTCGTGACATTACGTTTTACTGCTTAGGCAATACACTTGCCTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4668804.000000
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s panTro2.chr21  14551971 206 +  46489110 CAGTTTGTTAGAAGTTCACACATTTGCACCTTTTAAATAGCTTTCAAAAAGAAGGCTGTGATTCTCTCTTGGGGAGAGAAAAATTGCCCTCTCACAAGTGGGAAGTTGATATTCCTTGGAGACCACCGGTCTTCTCATGTGTGACATTATTCCCATTCTCATACTGGGACTCTTACAGACTTTATGTgaaatacagtgtggtggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14029613 206 +  48394510 CAGTTTGTTAGAAGTTCACACATTTGCACCTTTTAAATAGCTTTCAAAAAGAAGGCTGTGATTCTCTCTTGGGGAGAGAAAAATTGCCCTCTCACAAGTGGGAAGTTGATATTCCTTGGAGACCACTGGTCTTCTCAAGTGTGACATTATTCCCATTATCATACTGGGACTCTTACAGACTTTATCTGAagcacagtgtggtggaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1810416.000000
s hg19.chr21     15825424 103 +  48129895 ggaacactaatgaggagccaggaggcctggctttcatactcttctgctcttcatcagctgctgatgctggactaggcacttaacctttctgacggtcctcttc
s panTro2.chr21  14552177 103 +  46489110 ggaacactaatgaggagccaggaggcctggctttcatactcttctgctcttcatcagctgctgatgctggactaggcacttaaccttcctcacggtcctcttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163985477 103 - 196418989 ggaacacgaatgaggagccaggaggcttggctttcatactcttcagctgttcaccagctgttgatgctggactaggcacttaacctttctgacgctcctgttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=597516.000000
s hg19.chr21     15825527 33 +  48129895 ctctgccattttaaaacaagcataagttgctat
s panTro2.chr21  14552280 33 +  46489110 ctctgccgttttaaaacaagcataagttgctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14029922 32 +  48394510 ctctgtca-tttaaaacaagcataaggagctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163985580 32 - 196418989 ctctgccg-tttaaaacaaggataaggagctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301622.000000
s hg19.chr21     15825560 32 +  48129895 gtgatcttacgggctcctttccattctaaAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14029954 32 +  48394510 gtgatcttatgggctcctttccattctaaAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163985612 32 - 196418989 gtgatctgatgggctcctttccaTTTTAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464056.000000
s hg19.chr21     15825592 44 +  48129895 ACAAACCAAGGTATAACAAGCTTAAAATATTAATAG----CTTTGGTA
s rheMac2.chr3  163985644 48 - 196418989 ACAAACCAAGGTATAACAAGCTTAAAATATTAATAGTTAGCTTTGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14029986 48 +  48394510 ACAAACCAAGGTATGACAAGCTTAAAATATTAATAGTTAGCTTTGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14552345 48 +  46489110 ACAAACCAAGGTATAACAAGCTTAAAATATTAATAGTTAGCTTTGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-23528.000000
s hg19.chr21     15825654 44 +  48129895 TGTCAAAAAAAAA--ACTTTAAATCATTTTTGTTTTAATGTATTCC
s rheMac2.chr3  163985710 45 - 196418989 TGTCAAAAAAAAA-ACCTTTAAATCATTTTTGTTTTAATGTGTTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030052 46 +  48394510 TGTCAAAAAAAAAAACCTTTAAATCATTTTTGTTTTAATGTATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14552411 43 +  46489110 TGTCAAAAAAAAA---CTTTAAATCATTTTTGTTTTAACGTATTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1337617.000000
s hg19.chr21     15825698 128 +  48129895 TTAATGCTAGTGTGAGAAACTCATTTCTTTCATCTGAGATTTTTAACCAAAAGCTGGCCCTGTTGTCCTCACTTCTGATGAGACAATCTGAGAACCTTGCATAGGGTGTGGATGTGGAACATGTTGAG
s rheMac2.chr3  163985755 128 - 196418989 TTAATGCTAGTGTGAATAACTCATTTCTTTCATCTGAGATTTTTAACCAAAAGCTGGCCCTGTTGTCCTCACTTCTGATGAGACAACCTGAGAACCTCGCATAGGGTGTGAATATGGAAAATGTTGCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030098 128 +  48394510 TTAATGCTAGTGTGAATAACTCATTTCTTTCATCTGAGATTTCTAACCAAAAGCTGGCCCTGTTGTCCTCACTTCTGATGAGACAATCTGAGAACCTTGCATAGGTTGTGAATATGGAAAATGTTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14552454 128 +  46489110 TTAATGCTAATGTGAGAAACTCATTTCTTTCATCTGAGATTTTTAACCAAAAGCTGGCCCTGTTGTCCTCACTTCTGATGAGACAATCTGAGAACCTTGCATAGGGTGTGAATATGGAAAATGTTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=627457.000000
s hg19.chr21     15825826 30 +  48129895 CTGATGTCAGAGTTTCAGTCACCTTTACAC
s panTro2.chr21  14552582 30 +  46489110 CTGATTTCAGAGTTTCAGTCACCTTTACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030226 30 +  48394510 CCGATTTCAGAGTTTCAGTCACCTTTACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163985883 30 - 196418989 CTGATTTCAGAGTTTCAGTCACCTTTACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4416101.000000
s hg19.chr21     15825856 141 +  48129895 AGCAGCGTTTCCCATCAGACTGATGTTCACACTTCTATTTCTGGCAGCAACCTGCTTGGCCACAGGGTTTGTACAATTTCTCTTTTTTTCTCAACACAGCAATTTCCCAGTGCATGTAAACTCTGTGTTAATTATTTTGGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030256 141 +  48394510 AGCAGCATTTCCAATCAGACTGCTGTTCACAGTTCTATTTCTGGCAGCAACGTGCTTGGCCACAGGGTTTGTACCGTTTCTCTTTTTTTCTCAACACAGCAATTTCCCAGTACATGTAAACTCTGTGTTAATTATTTTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14552612 141 +  46489110 AGCAGCATTTCCTATCAGACTGATGTTCACAGTTCTATTTCTGGCAGCAACCTGCTTGGCCACAGGGTTTGTACAATTTCTCTTTTTTTCTCAACACAGCAATTTCCCAGTGCATGTAAACTCTGTGTTAATTATTTTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=560727.000000
s hg19.chr21     15825997 18 +  48129895 TATTAACTAGGAAAGAAG
s rheMac2.chr3  163986054 18 - 196418989 TATTAACTGGGAAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030397 18 +  48394510 TATTAACTGGGAAAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14552753 18 +  46489110 TATTAACTAGGAAAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4905443.000000
s hg19.chr21     15826015 160 +  48129895 AAAAGCTCACATTTGCTAAATCCAGAATGACGGAGTGGATTCAGAAGTGCTCTCTCAACAAAGTGGTTTACACTCTGGAGCTAATGCAAACTCTCTTTGTTTCAATGTATTGCTCGCAAATATTGATTAATCATTTTTCTTTATTAGCTTATGCCCTCTT
s panTro2.chr21  14552771 160 +  46489110 AAAAGCTCAGATTTGCTAAATCCAGAATGACGGAGTGGATTCAGAAGTGCTCTCTCAACAAAGTGGTTTACACTCTGGAGTTAATGCAAACTCTCTTTGTTTCAATGTATTGCTCACAAATATTGATTAATCATTTTTCTTTATTAGCTTATGCCCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030415 160 +  48394510 AAAAGCTCACATTTGCTAAATCCAAAATGACAGAGTGGATTCAGAAGAGCTCTCTCAACAAAGTGGTTTACACTCTGGAGCTAATGCAGACTCTCTTTGTTTCAATGTATTGCTCACAAATATCGATTAATCATTTTTCTTTATTAGCTTATGCCCTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163986072 160 - 196418989 AAAAGCTCACATTTGCTAAATCGAGAATGACGGAGTGGATTCAGAAGTGCTCTCTCAACAAAGTGGTTTAGACTCTGGAGCTAAGGCAGACTCTCTTTGTTTCAATGTATTGCTCACCAATATTGATTAATCATTTTTCTTTATTAGCTTATGCCCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=700845.000000
s hg19.chr21     15826175 24 +  48129895 GGTGGTATAATGCATTTGACTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030575 24 +  48394510 GGTGGTATAATGCATTTGACTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163986232 24 - 196418989 GGTGGTATAATACATTTGACTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1732096.000000
s hg19.chr21     15826199 59 +  48129895 CTTCTGTCTTCCAGGAGAGTGGGATATTATAAACCTGAGCTGACACTTCAGCAAAAGGG
s panTro2.chr21  14552955 59 +  46489110 CTTCTGTCTTCCAGGAGAGTGGGATATTATAAACCTGAGATGACACTTCAGCAAAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030599 59 +  48394510 CTTCTGTCTTCCAGGAGAGTGGGATATTATAAACCTGGGCTGACACTTCAGCAAAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163986256 59 - 196418989 CTTCTGTCTTCCAGGAGAGCGGGCTATTATAAACCTGGGCTGACGCTTCAGCAAAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1010617.000000
s hg19.chr21     15826258 77 +  48129895 TTCCAGAGGTTTCTAGAGATGGGGAAACAGATGATTAATGTCAGTCTCCTCTAATAAAAAATAAACGTTAGAGAGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14030658 77 +  48394510 TTCCAGAGGTTTCTAGAGATGGGGAAACAGATGATTAATGTCAGTCTCCTCTAATAAAAAATAAATGTTAGAGAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163986315 77 - 196418989 TTCCAGAGGTTTCTAGAGATGGGGAAACAGATAATTAATGTCAACCTCCTCTAATAAAAAATAAATGTTAGAGAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=28001.000000
s hg19.chr21     15826335 76 +  48129895 AGGGTGTGTTTTTTCTTACGTCCTTTAAAACC-TTGTGCTATGAGTATGCGACAGTAGTGAGGCAGAAGACACTATG
s panTro2.chr21  14553091 75 +  46489110 AGGGTGTGTTTTTCCT-ACGTCCTTTAAAACC-TTGTGCTATGAGTATGTGACAGTAGCGAGGCAGAAGACACTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163986392 75 - 196418989 GGGGTGTGTTTTTCTC-ACGTTCCTTAAAACC-TTGTGCTCTGAGTATGTGACAGTAACGAGGCAGAAGACACTGCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175755.000000
s hg19.chr21     15826411 34 +  48129895 GTGAAATCATTCAGTTCAGGAGGCTCATTCTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=55014.000000
s hg19.chr21     15826445 30 +  48129895 ATTAATTCCACAGTGCTTCCTGGACACAGT
s panTro2.chr21  14553200 30 +  46489110 ATTAATTCCACAGTGCTTCCTGGACACAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=388700.000000
s hg19.chr21     15826475 34 +  48129895 TTTCTGTGCCTTTTAAAGAAGGGCCAGAGGCCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=981092.000000
s hg19.chr21     15826509 86 +  48129895 TTCTAAAACCTGTATGGCTGTCAAATAAATATCACTGTGCCGGCAAAAGAGAGATTCTGGTTGAGGCCTTTCCCTCTTAACTACCT
s rheMac2.chr3  163986558 86 - 196418989 TTCTAAGACCTGTATGGCTGTCAAATAAATAGCAGTGTCCCGGCAAAGGAGAGATTCTGGTTGAGGCCTTTCCCTCTTAACTACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1322752.000000
s hg19.chr21     15826595 145 +  48129895 AAGGACTGTATATTTTTAGGTACAAAGGAAAGAATTAAGCTGCCTTTTGTGTCCCAGTTGATAAGCATAGTCTTAACAGTCAGAACTCTCTGGCTCTAAGCATGAAAAGAAACT--TTTAGTTTACACATAAAAGGGGTGCTTCACA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 9033
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
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i panTro2.chr21 C 0 I 1

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
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i panTro2.chr21 I 1 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14044025 35 +  48394510 CTTTATAATGTGTAGCATGCTCTTGAGGTATTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1043

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

a score=11107.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14044971   83 +  48394510 tctttaccagatggtaggagtaaaagctggtaaaaaccattaggaaaactggcattatctactaaatctgagcacacacaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  14558367  135 +  46489110 ccagaaatttaacttctgagtttatatcctatagaaatgcatatataagtgcaccaaaaaacacttaagagaatgttcatagcagtattgtttttcagaagcctgaaactggaaagaaccaaatgtccatc-aaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 223
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 223 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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s hg19.chr21     15832197  145 +  48129895 CATTATATCTAATATAAATGAACCGATCCAATTCCAAAATTATTACATTTCTGTATTAAGCTtattaatactctttatttgcatggtagtcaacaattttcagagcattcttaagtaaactatgtcatttagcttcatgccatca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14559171   83 +  46489110 CTGTGACATTTGTGGCAaataatagagttgagactagaacccaaggctattgagtcTTCACATAC----CTTTCACTGTACTTACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  163990883 1043 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14561024 112 +  46489110 ATTTCTAACCTTGGAAATCTACAAAGAGAGGCTTAAATACAACTAAGCCATGCCATATAATGACCAaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaa------GCATGGCTAGGCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 190

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163995677 371 - 196418989 cca-------acaagcctcagtgtgtgttgttcccctctatgtgcccatgtgttctcatcatttagctccacttgtaagcgagaatatatggtatttggttttctgttcctgcattcgtttgctaaggataatggcctccagctccatccatgtcctggcaaagaacatgatcttgttctttttatggctgcgtagtattacatggtatatatgtaccacatattctttatccaatctattactggtgggtatttggattgattccacgcctttgatattgtgaatagttctgcagtggacatacgtgtacatgtgtctttatatttgaatgatttattttccttttgatatatacccagtaatgggattcctgggtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14564563 238 +  46489110 agatggtatttctgactttaggtctttgaggaatcatcactgcactgtcttccacaatggttgaattaatttaatttacactcccattaacagtgtataagcattcctttttctgcacaacctctccaccatctgttattttttgaattttgataatagccattctgattgatgtgagatggtatctcattgtggttttgattttcatttctgtaatgatcactgatgctgggctttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14051651 237 +  48394510 aaatggtatttctgaccttaggtctttgaggaatcatcactgcactgtctt-cacaatggttgaattaatttaatttacactcccattaacagtgtataagcattcctttttctgcataacctctccagcatctgttattttttgaattttgataatagccattctgattggtgtgagatggtatctcattgtggttttgattttcatttctctaatgatcagtgatgctgggatctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163996048 238 - 196418989 aaatggtatttctgaatttagatctttgtggaatcatcactgcactgtcttccacaatcattgaattaatttaatttacactcccactaacagtgtataagcattccttttcctgcacaacctctccagcatctgttattttttgaattttgataatagccattctgattggtgtgagatggtatctcattgtggttttgattttcatttctctaatgatcagtgatgctgggctttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14564801 75 +  46489110 ttcttcatatgcttgttggccacacgtatgtcttcttttaaaaagtgtctgttcatgtcctttgccactttttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14051888 73 +  48394510 --cttcgtatgcttgttggccgcatgtatgtcttcttttaaaaagtgtctgttcatgtcctttgccactttttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14565191 88 +  46489110 gtacaattcgatgttttttagtataCTAAGTTTATATGGACAATTCATATCAGTGGTATTATACGACATATGTTCTCAAATGTGGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14052277 88 +  48394510 gtacaattcagtgttttttagtataCTAAGTTTATATGGATAATTCATATCAGTGGTGTTATACGATATATGTTCTCAAATGTGGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163996677 88 - 196418989 gtacaattcagtgtttttttgtataCTAAGTGTATATGTACAATTCATATCAGTGGTGTTATACAATATACATTCTCAAATGTAGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14565279 80 +  46489110 Taatgttgaattgaaataggaataacaaacatccttgtcttgtttctgatcttagaggagaagcattcttttttta-tgat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14052365 80 +  48394510 Taatgttgaattgaaataggaataacaaacatccttgtcttgtttctgatcttaggggagaagcactcttttttta-tgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163996765 81 - 196418989 Taatgttgaattgaaataggaataacacacatccctgtcttgtttctgatcttagaggagaagcattcttttttttatgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14565895 424 +  46489110 gattttaacaaattccttaaggacagggctgttcataccaaatgagctgctgcctcaaatttgagtcaactgtcagtca---catcagataaaaacaagccctgagaatgaaaatgctagtgaggtgaatagtgacagttctctagggataggattttccaggaactccaaacccattcactccctcccagtggctcctaggcttctggagtttacagtttgtgtagcttttggttggaaggctaccatggacatagggaaggggaatagggcagatttaaatgccacaaagcttgctgtttttaccaagggccagttgattttctggaataaatgttcctcaaattctcgcaagcctttgcttaattgctagagttctggcaaaattaa-tttttttcctttttcagtagtattcgctgtctttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  163997382 427 - 196418989 gattttaacaaattctttaaggacagggctgttcataccaaatgagctgctgccttagatttgagtcaactgtcagtcacatcatcagataaaaacaagccctgagtgtgacagtgctagtgaggtgaagagtgacagttctctagggataggattttccaggaactccaaacccactcactccctcccggtggctcttaggcttctagagtttacagttcgtgtagcttttggttggaaggctaccatggacatagggagggggaatagggcagatttaaatgccacaaagcttgctgtttttaccaagggccagttgattttctggaataaatgttcctcagattcttgcaagcctttgcttaattgctagagttctggcaaaattta-tttttctccttttttagtagtattctctctctctctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14566319 78 +  46489110 tttt---aatggaggagaggatttatggaggtctgtactttgccattCAAAAGGGTTTCCTATTATAATTTGTATACCACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14053481 217 +  48394510 TTATAGATTCCCAAGTTCAGGAAAAGTTGAAAAACACTGATTTTTACagaaaagaagatcaagggccagattctagaaaacacagacatttaagaccaggaagaggaggaggagcaagagattataaataaggcagataagtaatagttctgaaatgaaagggcttataaaaagtaaaagagaaaagagttttaggaacagaataattaaagctatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14566397 217 +  46489110 TTATAGATACCCATGTTCAGGAAAAGTTGAAAAACACTGGTTTTTACagaaaagaagatcaagggccagattctagaaaacacaaacatttaagaccaggaagaggaggaggagcaagagcttataaataaggcagataaggaatggttctgaaatgaatgggcttataaaaagtaaaagagaaaagagttttaggaatagaataattaaagctatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164000343 135 - 196418989 AATTTAAATCAGGAAGATTTAAGGCAGAGCTAGTTTCTATGCCAGCCAAGAAGACTCCTCTGCCAGTTGAAAGGCAAGCACATCCTTCCCTGCCAGCTT-CAATGAGATGGTTCTTGCAGTGACAGCAGATCTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1919639.000000
s hg19.chr21     15842218 58 +  48129895 ATGCACGTTTGATTTAAATCCCTCCATTACCATACCTTTGTAATTATCATCAGGCAAT
s panTro2.chr21  14568970 58 +  46489110 ATGCATGTTTGATTTAAAGCCCTCCATTACCATACCTTTGTAATTATCATCAGGCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056058 58 +  48394510 ATGCATGTTTGATTTAAAGCCCTCCATTACCATACCTTTGTAATTATCATCAGGCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164000478 58 - 196418989 GTGCATGTTTGATTTAAAGCGCTCCATTACCATACCTTTGTAATTATCATCAGGCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4578860.000000
s hg19.chr21     15842276 196 +  48129895 GATGAGTCCTGGGGAAAGTATGGATCTTAAATTCGAGGATCCAGAAGCCTAATCGAAATGCAGCACATGAAATGAATCTTTCTTCTTGGTATATCTCCTCTTTTCAACCAATTGGTCTTGATTTAAGTAAAATTGTAGCAAAACCCTGTGCCAATAttgtgattctttttcactttgctaatcaaaatgttgtttc
s panTro2.chr21  14569028 196 +  46489110 GATGAGTCCTGGGGAAAGTATGGATCTTAAATTCGAGGATCCAGAAGCCTAATCGAAATGCAGCACATGAAATGAATCTTTCTTCTTGGTATATCTCCTCTTTTCAACCAATTGGTCTTGATTTAAGTAAAATTGTAGCAAAACCCTGTGCCAATAttgtgattcattttcactttgctaatcaaaatgttgtttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056116 196 +  48394510 GATGAGTCCTGGGGAAAGTATGGATCTTAAATTCGAGGATCCAGAAGCCTAATCAAAATGCAGCACATGAAATGAATCTTTCTTCTTGGTATATCTCCTCTTTTCAACCAATTGGTCTTGATTTAAGTAAAATTGTAGCAAAACCCTGTGCCAATAttgtgattcattttcactttgctaatcaaaatgttgtttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164000536 196 - 196418989 GATGAGTCCTGGGGAAAGTATGGATCTTAAATTTGAGGATCCAGAAGCCCAATCAAAATGCAGCACATGAAATGAATCTTTCTTCTTGGTATATCTCCTCTTTTCAACCAATTGGTCTTGATTTAAGTAAAACTGTAGCAAAACCCTGTGCCAATATTGCgattcattttcactttgctaatcaaaatgttgtttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1657174.000000
s hg19.chr21     15842472 85 +  48129895 gcaaggctctgatggtgttcaagacaccttatAGGAGGTATGGTTTTTCTTTAAGTTGGCTGGCATAGATCCTTTATTTCACATG
s panTro2.chr21  14569224 85 +  46489110 gcaaggctctgatggtgttcaagacaccttatAGGAGGTATGGTTTTTCTTTAAGTTGGCTGGCATAGATCCTTTATTTCACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056312 85 +  48394510 gcagggctctgatggtgttcaagacaccttatAGGAGGTATGATTTTTCTTTAAGTTGGCTGGCATAGATCCTTTATTTCACATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164000732 84 - 196418989 agaaggctctgatggtgttcaagacaccttatAGGAGGTATGATTTTTCTTTAAGTTGGCTGGCATAGATCCTTTATTTCACAT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=276010.000000
s hg19.chr21     15842557 29 +  48129895 AAGTCATGAGAACGATTTGTAAAGATTCC
s panTro2.chr21  14569309 29 +  46489110 AAGTCATGAGAATGATTTGTAAAGATTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056397 29 +  48394510 AAGTCATGAGAACGATTTGTAAAGGCTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164000816 29 - 196418989 AAGTCATGAGAACGATTTCTAAAGGCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38100.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15842618 51 +  48129895 TGCTCTCACAATGATTCTATGAGGCAAATATTATATTGGTGATTTTTTTT-----G
s panTro2.chr21  14569370 52 +  46489110 TGCTCTCACAATGATTCTATGAGGCAAATATTATATTGGTGATTTTTTTTT----A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056458 51 +  48394510 TGCTCTCACAATGATTCTATGAGGCAAATATTATATTGGTGATTTTTTTT-----A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164000877 56 - 196418989 TGCTCTCACAATGATTCCATGAGGCAAATATTATATTGCTGATTTTTTTTTAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14569464 64 +  46489110 TCTACCTTTTTCCTACCTAGGGACCGTATGTTATTTAGAAAACATAAATTTCAGAGGATTTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056551 64 +  48394510 TCTACCTTTTTCCTACGTAGGGACCATATGTTATTTAGGAAACATAAATTTCAGAGGATTTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164000975 64 - 196418989 TCTGCCTTTTTTCTACCTAGGGACTGTATGTTATTTAGGAAACAAAAATTTCAGAGGATTTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=589895.000000
s hg19.chr21     15842775 49 +  48129895 AGGATGAGCGAGGTTGCTTTTTCTTTATAAGATCTAACTTCAATTAGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14569632 38 +  46489110 gcagcatggtgtgaagaaagaggcataggcttaattcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056719 38 +  48394510 gcagcatggtgtgaagaaagaggcataggcttaattcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001143 38 - 196418989 gcagcatgatgtgaagaaggaggctgagatttaattcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=608475.000000
s hg19.chr21     15842917 35 +  48129895 agatctcagtacaaatctgaattcttcttacttgt
s panTro2.chr21  14569670 35 +  46489110 agatttcagtacaaatctgaattcttcttacttgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056757 35 +  48394510 agatctcagtacaaatctgaattcttataacttgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001181 35 - 196418989 agatctcagcacaaatctgaattcttcttacttgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001216 20 - 196418989 aaattggtgtgaccatggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=237971.000000
s hg19.chr21     15842972 35 +  48129895 agatatctttacccctctaccatcccaaatctctc
s panTro2.chr21  14569725 35 +  46489110 agatatctttacccctctaccatcccaaatctctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056812 35 +  48394510 agatatctttacccctctaccatccgaaatctctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001236 33 - 196418989 agatatcttta-ccctcttccatctcaaat-tttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=256768.000000
s hg19.chr21     15843007 52 +  48129895 ctacaatatggtggtattgaaactgaccctctctagttcctctccatctttg
s panTro2.chr21  14569760 52 +  46489110 ctacaatatggtggtattgaaactgaccctctctagtccctctccatctttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056847 52 +  48394510 gtacaatatggtggtatcggaatagaccctctctagttcccctccatctttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001269 52 - 196418989 gtgcaatatggtggtattggaatagaccctctctaggtcccctccgtctttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=382129.000000
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s panTro2.chr21  14569812 68 +  46489110 acacctatgattctatgaATATGGGAATTCTCCTCTTGAAGAATTAACCATCAGCCCCCATGTTTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056899 68 +  48394510 acacctatgattccatgaatcTGGGAATCCCCCTCTTGAAGAATTAACCATCAGCCCCCATGTTTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001321 68 - 196418989 acacctgtgattccatgaATATGGGAATCCTCCTCTTGAAGAATGAACCATCAGCCCCCAAGTTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=316297.000000
s hg19.chr21     15843127 18 +  48129895 ACTTACTATATAATTTTG
s panTro2.chr21  14569880 18 +  46489110 ACTTACTATATAATTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056967 18 +  48394510 ACTTAGTATATAATTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001389 18 - 196418989 ACTTAGTATACGATTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=774264.000000
s hg19.chr21     15843145 60 +  48129895 TTTAAACAGTTATTTATGACATTCTCGCAATGCAAATTTAGGAACCCTTTTCTTCCAGGA
s panTro2.chr21  14569898 60 +  46489110 TTTAAACAGTTATTTATGACATTCTCGCAATGCAAATTTAGGAACCCTTTTCTTCCAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14056985 60 +  48394510 TTTAAACAGTTATTTATGACATTCTCACAATGCATATTTAGGAACCCTTTTCTTCCAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001407 60 - 196418989 TTTAAACAGTTATTTATGACATTCTCGCAATGCATATTTAGGAACCCTTTTCTTCCAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1414705.000000
s hg19.chr21     15843205 138 +  48129895 CTTCTCTTCCACCTGTCTTTTATTATTTCAGATAATGGAAATTTGAAACCAAAAAGAGATATATCAGCATTATTCTTATATTCATAGACTCAGGGTTAGAATGGAATTGGCTCCTTTTGGTTTGGGGAATAGTATCCT
s panTro2.chr21  14569958 138 +  46489110 CTTCTCTTCCACCTGTCTTTTATTATTTCAGATAATGGAAATTTGAAACCAAAAAGAGATGTATCAGCATTATTCTTAAATTCATAGACTCAGGGTTAGAATGGAATTGGCTCCTTTTGGTTTGGGGAATAGTATCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14057045 137 +  48394510 CTTCTCTTCCACCTGTCCTTTATTATTTCAGATAATGGAAATTTGAAACCAAAAAGAGATATATCAGCATTATTCTTATATTCATAGACTCAGGGTTAGAATGGAATTGGCTCCTTTTGGTTTGGGGAATACTATCC-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164001467 137 - 196418989 CTTCTCTTCCACCTGTCTTTTATTATTTCAGATAATGGAAATTTGAAACCAAAAAGGGATATATCAGCATTATTCTTATATTCATAGACTCAGGGTTAGAATGGAACTGGCTCCTTCTGGCTGGGGGAATAGTATCC-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=282072.000000
s hg19.chr21     15843343 32 +  48129895 TCACTGGGACACCTTTATCTAATAGGCTCATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14057182 32 +  48394510 TCACTGGGACACCTTTATCTAATAGGCTCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=118451.000000
s hg19.chr21     15843375 33 +  48129895 TAGCCTTTAACACTTGCCCACTTTGTATTACTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=358775.000000
s hg19.chr21     15843408 60 +  48129895 TATTAAATACAGAGTGCTGCCTTACCAGCCAGATGATAAGTTCTTGTAGGTCTGGGGTCA
s panTro2.chr21  14570161 60 +  46489110 TATTAAATACAGAGTGctgccttaccagctagatgataagttcttgtaggtctggggtca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14057247 60 +  48394510 TATTAAATACAGAGTGCTGCCTTACCAGCTAGATGATAAGTTCTTGTAGGTCCGGGGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177097.000000
s hg19.chr21     15843468 43 +  48129895 TGCTTTTGGGCTCCAAATATCTCTAGCACCTAGTATGTAACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14057307 43 +  48394510 TGCTTTTGGGCTCCAAATATCTCTAGCACCTAGTATGTAACAG
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a score=229554.000000
s hg19.chr21     15843511 27 +  48129895 CTAG-CCCACAGCTAATCACTTAATAAG
s rheMac2.chr3  164001772 28 - 196418989 CTAGCCCCACAGCTAATCACTTAATAAG
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s ponAbe2.chr21  14057350 27 +  48394510 CTAG-CCTACAGCTAATCACTTAATAAG
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s panTro2.chr21  14570264 27 +  46489110 ctag-cccatagctaatcacttaataag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-196917.000000
s hg19.chr21     15843538 33 +  48129895 TTGTACACCATGA-TTTTTT---TTTCTAAGAAAAAC
s rheMac2.chr3  164001800 37 - 196418989 TTGTACACCATGATTTTTTTTTATTTCTAAGAAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14057377 34 +  48394510 TTGTGCACCATGATTTTTTT---TTTCTAGGAAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14570291 33 +  46489110 tTGTACACCATGA-TTTTTT---TTTCTAAGAAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=591351.000000
s hg19.chr21     15843571 53 +  48129895 CTTATGGAAGAATAGTACTAAAGATTTCCTTTTAATCACTGAAATGCAAACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15845074 38 +  48129895 AAGTGCTTCTTCATGCTTAAATCTTAAAAGTATTAATA
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a score=147639.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15847432 48 +  48129895 GTATTGTTAAATTCTTCTCCTATTGCAAATGCCTAGGCATttaattat
s rheMac2.chr3  164005687 40 - 196418989 GTATTGTTAAATTCCTCTCCTACTGCAAATGTGTAAGCAC--------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14574185 40 +  46489110 GTATTGTTAAATTCTTCTCCTATTGCAAATGCTTAGGCAC--------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15847480 58 +  48129895 taattaaataatttaatttatttattattataaatttattaatataaattaaataata
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061334  1 +  48394510 ---------------------------------------------------------A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14574225  1 +  46489110 ---------------------------------------------------------A
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15847538 28 +  48129895 atttaattaTTCTCAAGCTCATATATAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061335 28 +  48394510 ATTTAATTATTCTCAAGCTCATATATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14574226 28 +  46489110 ATTTAATTATTCTCAAGCTCATATATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15847566 52 +  48129895 AGGACTTGATTGCTGATGCTGGTAAGCAAAGTAGCCAAAAGTCTTGAATTTC
s rheMac2.chr3  164005756 52 - 196418989 AGAACTTGATTGCTGATGCTGGTAAGCAAAGTAGCCAAAAGTCTTGAATGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061363 52 +  48394510 AGGACTTGATTGCTGATGCTGGTAAGCAAAGTAGCCAAAAGTCTTGAATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14574254 52 +  46489110 AGGACTTGATTGCTGATGCTGGTAAGCAAAGTAGCCAAAAGTCTTGAATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15847618 74 +  48129895 CAGATCATTTGGTTCTGAAATAATTTATTTGTGATTGCtgcttccacaccacttgtatacattac-tactgtagt
s rheMac2.chr3  164005808 75 - 196418989 CAGATCATTTGGTTCTGAAATAATTTATTTGTAATCGCTGCTTCCACACCACTTGTATACATTACTTACTGTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061415 74 +  48394510 CAGATCATTTGGTTCTGAAATAATTTATTTGTGATTGCtacttccacaccacttgtatacattac-tactgtagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14574306 74 +  46489110 TAGATCATTTGGTTCTGAAATAATTTATTTGTGATTGCTGCTTCCACACCACTTGTATACATTAC-TACTGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15847692 53 +  48129895 atatcacatttcatagggatgtatttatttatacatatgccaaaggaccacac
s rheMac2.chr3  164005883 53 - 196418989 TTATCGCATTTCATAGGGATGTATTTATTTACACATATGTCAAAGGAccacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061489 53 +  48394510 atatcacatttcatagggatgtatttatttacacatatgccaaaggaccacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14574380 53 +  46489110 ATATCACATTTCATAGGGATGTATTTATTTACACATATGCCAAAGGACCACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15847745 22 +  48129895 tgaactcttaattccttgagaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-49324.000000
s hg19.chr21     15847853 50 +  48129895 aGAAAC----AAATTATGATATAAAAAATCACTTTTCTTTCAGGAAGTAGCAAA
s panTro2.chr21  14574541 50 +  46489110 ACAAAC----AAATCATGATATAAAAAATCACTTTTCTTTCAGGAAGTAGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061650 49 +  48394510 aGAAAC----AAATTATGATAT-AAAAATCACTTTTCTTTCAGGGAGTGGCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164006044 54 - 196418989 aGAAACAAATAAATTATGATACAAAAAATCACTTTTCTTTCAGGGAGTGGCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14574591 127 +  46489110 GTGTAGATTTACAGGTCTTCAAAGAACCTTCTGCTTTTACTAAAGCCAAAATCACAGTGTTTTTGCTTTGCAAGAATATTTTAAACTTGTATAATGCTCTTTAGCCCATAACAGCTATGTTACACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061699 127 +  48394510 GTATATATTTACAGGTCTTCAAAGAACCTTCTGCTTTTAATAAAGCCAAAATCAGAGTGTTTTTGCTTTGCAAGAATATTTTAAACTTGTATAATGCTCTTTAGCCCATAACAGCTATGTTACATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164006098 127 - 196418989 GTATATATTTACAGGTCTTCAAAGAGCCTTCTGCTGTTAATAAAGCCAAAATCAGAATGTTTTTGCTTTGCAAGAATATTTTAAACTTGTATAATGCTCTTTAGCCTGTAACAGCTATGTTACAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15848030 33 +  48129895 AAATTTAAAACATCTGAGGGATAAAAATAGCAT
s panTro2.chr21  14574718 33 +  46489110 AAATTTAAAACATCTGAGGGATAAAAATAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061826 33 +  48394510 AAATTTAAAACATCTGAGGGATAGAAATAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164006225 33 - 196418989 AAATTTAAAACATTTGAGGGATAAAAATAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265454.000000
s hg19.chr21     15848063 25 +  48129895 ATACTTAACTGTTATATTCATAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061859 25 +  48394510 ATACTTAACTGTTATATTCATAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164006258 25 - 196418989 ATACTTAACTGTCATATTCATAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246158.000000
s hg19.chr21     15848088 46 +  48129895 TCATTTTATTGAAGGACTTTTCTGTCCTGTTCAAAAAAAAGTTGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061884 46 +  48394510 TCATTTTATTGAAGGAGTTTTCTGTCCTGTTAAAAAAAAATTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164006283 46 - 196418989 TCATTTTATTGAAGGAGCTTTCTGTCCTGTTTAAAAAAAATTTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=80470.000000
s hg19.chr21     15848134 39 +  48129895 GATTGAACACACACAACACATATACaagaaaaaaagaac
s panTro2.chr21  14574822 39 +  46489110 GATTGAACACACACAACACATATACaagaaaaaaagaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061930 39 +  48394510 GATGGAGCACATACAACACATATACaagaaaaaaagaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164006329 39 - 196418989 GATTGAACACACGCAACACATATACAAGAAAAAAAGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=167466.000000
s hg19.chr21     15848173 134 +  48129895 aggtcaggtgtggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgagaggacaagacgggtggatcacctgaggtcgggagttcgagaccagcctgaccaacatggagaaaccccatctctactaaaaatacaaaat
s panTro2.chr21  14574861 134 +  46489110 aggtcagctgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgagaggccaagacgggtggatcacctgaggtcgggagttcgagaccagcctgaccaacatggagaaaccccatctctactaaaaatacaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14061969 134 +  48394510 aggtcaggtgcggtggctcacgcctgtaatcccagcacactgagaggccaagacgggtggatcacctgaggttgggagtttgagaccagcctgaccaacgtggagaaaccccatctctactaaaaatacaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164006368 133 - 196418989 Aggcc-ggtgcagtggctcaggcctgtaatcccagcactttgggaggccaagacgggtggatcacctgaggtcggaagttcgagatcagcctggccaatgtggagaaaccccatctctagtaaaaatacaaaaT
i rheMac2.chr3  C 0 M 1304

a score=143925.000000
s hg19.chr21     15848307  194 +  48129895 tagccaggtatggtggcgcatgcctgtaatcccatctactcggggggctgaggcagtagaatcgcttgaacctgggaggcggaggttgtgttaggccgagatcatgctattgccattgcactccagcttgggcaacaagagcgaaactccgtcAAAaaagaaagaaggaaagaa---agaaagaaagaaagaaagaa
s panTro2.chr21  14574995  197 +  46489110 tagccaggtatggtggcgcatgcctgtaatcccagctactcggggggctgaggcagtagaatcgcttgaacccgggaggcggaagttgtgttaggccgagatcatgctattgccattgcactccagcttgggcaacaagagtgaaactccgccaaaaaagaaagaaggaaagaagaaagaaagaaagaaagaaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14062103  191 +  48394510 tagccaggtatggtggcgcatgcctgtaatcccagctacacgggaggctgaggcagtagaatcgctggaacccgggaggcggaggttgtgttaggccgagatcatgccattgccattgcactccagcttgggcaacaagagcaaaactccgtcaaaa---aaaaaaaaaaagaa---aaaaagaaagaaaggaagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164006501 1304 - 196418989 M

a score=9579.000000
s hg19.chr21     15848501   47 +  48129895 agaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaga---------------aagaaagaaaga
s panTro2.chr21  14575192   62 +  46489110 agaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaggaaggaggaaggaaggaaggaaggaaggaagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14062294   31 +  48394510 agaaagaaagaa--aaagaaagaaagagagaga-----------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164006501 1304 - 196418989 M

a score=11902.000000
s hg19.chr21     15848548  177 +  48129895 a--aaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggagggaaggaaaggaaggaaggaaggaaggaagaaagaaagaaggaaaggaagaaagaaggaaaggaaggaaggaaggaagaaagaaag--aaggaaaggaagaaagaaggaaaggaaggaaggaagcaaggaagagagaaagaaag
s panTro2.chr21  14575254  180 +  46489110 aggaaggaaggaaggaaggaaggaagaaaggaaggagggaaggaaaggaaggaaggagggaaggaaagaaggaagcaaggaagagagaaagaaagaaag-aaggaaggaaggaaggagggaaggaaaggaaggaaggagggagggaaagaaaggaagggaggaagaaagaaagaaagaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164006501 1304 - 196418989 M
e ponAbe2.chr21  14062325    0 +  48394510 C

a score=5740.000000
s hg19.chr21     15848725   29 +  48129895 agag--agagagaaagaaagaaagaaagaaa
s panTro2.chr21  14575434   31 +  46489110 aaaggaagaaagaaggaaaggaaggaaggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164006501 1304 - 196418989 M
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e rheMac2.chr3  164006501 1304 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164009347 248 - 196418989 AAAAAACAAGAAAGCTAACAAGTTACATAAATGTCCTCTAGCAAGCAGGTTCCTTGTTCTGAGGGCTAATGTACTGTAGCAATTCATCAGTCTTTCTAATAGTCTTTTAACTTCTGTCAGAAAGTCTACTGAATGCTAACATTTTAAATGTTTAATATTCTAAAACATATTTTCATTAATCATGCAAATTATCTGGACATCCATATTTTACAATAACCTCTTTTGAGACTAAGAGGCCTAAGAATGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14064114 61 +  48394510 TGTATGAGAGCCTGATGTTAGCAAGTGATACTGTAGATGAAGTATAACTTAGAATCAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14577753 39 +  46489110 ATTAAGAATTGAAAGGGTACAAGACATGAATTTTGATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14064576 39 +  48394510 ATTAAGAATTGAAAGGATACAAGACATGAATTTTGATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164010057 39 - 196418989 ATTAAGAATTGAAAGGGTACAAGACATGAATTTTGATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=228182.000000
s hg19.chr21     15851083 21 +  48129895 AGTTAGTGGAAATTCTTTACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14064615 21 +  48394510 AGTTAGTGGAAATTCTTTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164010096 21 - 196418989 AGTTAGTGGAAATTCTTTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15851104 45 +  48129895 CTTTTTTCTTTTCTTtctcctctcctctcctctcctct----------tcttttc
s rheMac2.chr3  164010117 38 - 196418989 CTTTTCTCTTTTCTTtctcctctcctctcctctcctct-----------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1270
s ponAbe2.chr21  14064636 50 +  48394510 cttttctcttttctttctcctctcctctcctctcctct-----tcccttctcttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14577813 55 +  46489110 CTTTTTTCTTTTCTTtctcctctcctctcctctcctctcctctcctcttcttttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1000940.000000
s hg19.chr21     15851149  106 +  48129895 ttttctttcttttcctGAAGCAAACTGATTGCCAGCAAGGCTGGTGGCTGGTAGTGAAATAGAAAAAAATGACCTGAGACCATGTAAGTGTAGTTATACCGGAGCC
s panTro2.chr21  14577868  106 +  46489110 ttttctttcttttcctGAAGCAAACTGATTGCCAGCAAGGCTGGTGGCTGGTAGTGAAATAGAAAAAAATGACCTGAGACCATGTAAGTGTAGTTATACCGGACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14064686  106 +  48394510 ttttctttcttttcCTGAAGCAACTTGATTGCCAGCAAGGCTGGTGGCTGGTAGTGAAATAGAAAAAAATGACCTGAGACCACGTACGTGTAGTTATACTGGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=4760.000000
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s ponAbe2.chr21  14064792   16 +  48394510 ACAGAGCTCACTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14577974   16 +  46489110 ATAGAGCTCACTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=173991.000000
s hg19.chr21     15851271   47 +  48129895 TCAAGAACATGGCCTAAGTAATTTGAAGCCATggccgggcgcggtgg
s ponAbe2.chr21  14064808   47 +  48394510 TCAAGAACATGGCCTAAGTAATTCGAAGCCATggacgggcacggtgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14577990   47 +  46489110 TCAAGAACATGGCCTAAGTAATTTGAAGCCATggccgggcgcagtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=14542.000000
s hg19.chr21     15851318   54 +  48129895 ctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcagggggatcacaaggt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14578037   54 +  46489110 ctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggcctaggcagggggatcacaaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=47413.000000
s hg19.chr21     15851372   66 +  48129895 caggagttcaagaccagcctgaccaacatggtgaaaccatgtctctacttaaaaaaaaa--tacaaaa
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14578091   67 +  46489110 caggagttcaagaccagcctgaccaacatggtgaaaccatgtctctacttaaaaaaaaa-atacaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=39422.000000
s hg19.chr21     15851438   62 +  48129895 attggccaggcttggtggtgcacacctgtaatcccagctactcaagaggctgaggcaggaga
s ponAbe2.chr21  14064977   62 +  48394510 attgaccaggcttggtggtgcacacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14578158   62 +  46489110 attggccaggcttggtggtgcacacctgtaatcccagctactcaagagactgaggcaggaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=18156.000000
s hg19.chr21     15851500   55 +  48129895 atctcttgaaccagggaggctgggcaacagagtaagactccgtctcaaaaaaaaa
s panTro2.chr21  14578220   55 +  46489110 atctcttgaaccagggaggctgggcagcagagtgagactccgtctcaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=-32647.000000
s hg19.chr21     15851555    5 +  48129895 aa---gaa
s panTro2.chr21  14578275    7 +  46489110 aa-aagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14065094    8 +  48394510 aaaaagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=1340312.000000
s hg19.chr21     15851560  142 +  48129895 GTCATGAGGTCATGAGCATTGGTGGATCACTGTACTTGCCCAGCTAccagcaggaaacacaatcaaattaggaaatcccaggaaggcttatttataaagggactaattacaaaggtgtgggcagagtagagggcaggggaac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14065102  142 +  48394510 GTCATGAGGTCATGAGGGTTGGTGGATCGCtgtagtagtccagctaccagcaggaaacacaatgaaatgaggaaatcccaggaaggtttatttataaagggactaattacaaacgcgtgggcagagtagaaggcaggggaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=1139373.000000
s hg19.chr21     15851702  162 +  48129895 caataagggctgcactggtagtgggagctaagagctacagagctgttactcaatctagaccctaagagatcaggaggaagagcaattactagaatctcaaggaaggagaatcatgtaaaaggtcaccttgaaaggactagcaacctttgattaagggaagca
s ponAbe2.chr21  14065244  161 +  48394510 c-ataagggctgcactggtagcggcagctaagagctacagagccgttactcaatctagaccctaagagatcaggagaaagagcaattactagaatctcaaggaaggagaatcatgtaaaaggtcaccttgaaaggactagcgacctttggttaagggaagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14578424  162 +  46489110 caataagggctgcactggtagtgggagctaagagctacagagctgttactcaatctagaccctaagagatcaggaggaagagcaattactagaatctcaaggaagGAGAATCATGTAAAAGGTCACCTTGAAAGGACTAGCAACCTTTGATTAAGGGAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=764680.000000
s hg19.chr21     15851864  184 +  48129895 ccagcacaaggtgatctcacagggaaaacaaataccctgacctcactcctcagggaatgaggggactttctgctcactgagcccaacaggaacctcagggcacagaactggaatgtagtagcttatacaggtgaatatatctgagtgaatatccaggcttcacaagtggagagtagattggaga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14065405  183 +  48394510 ccagcacaaggtgacctcacagggaAAACAAATACCCTGACCTCGCTCCTCAGGGAATGAGGGGACTTTCTGCTCACTGAGCCCAACAGGAACCTGA-GGCACAGAACTGGAATGTAGTAGCTTATACAGGTGACTATCTCTGAGTGAATATCCAGGCTTCACAAGTGGAGAGGAGATTGGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=496645.000000
s hg19.chr21     15852048   98 +  48129895 ggAGAGTCAGAAACATCTCATTTTGGTATGAATGCTACTTCTTTCATTGTACGCTACCAAAACTCACAGCCACCCTTCCAGTGATTTTATACAgtttc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14065588   98 +  48394510 GGAGAGTCAGAAACATCTCATTTTGGTATGAATGCTACTTCTTTCATTGTGTGCTACCAAAACTCACAGCCACCCTTCCAATGATTTTGTACAgtttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164010155 1270 - 196418989 I

a score=-43122.000000
s hg19.chr21     15852146 103 +  48129895 accatgttggccaggctggtctcgaactcctgagctcaggtgatctgccggccttggcctcccaaagtgctgggattacaggaatgagccaccatgcccggcT
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i rheMac2.chr3  I 1270 I 28
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-46656.000000
s hg19.chr21     15852249 15 +  48129895 GTATATATATATA--------------------------------TT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164011527 28 - 196418989 I

a score=-489282.000000
s hg19.chr21     15852264 36 +  48129895 TACCATTTCCTATCTTTTCTTTTCTTTGTCTAAACT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 28 C 0

a score=524255.000000
s hg19.chr21     15852300 45 +  48129895 AAATTTCTAGCAGCATTGCTGTATCTTC-AGTACACCAGCATGAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164011589 45 - 196418989 AAATTTCTAGCAGCATTGCTGTATCTTC-AGTATACTGGCATGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14579067 42 +  46489110 CACCTTAGCCCCTGAGTAATCAGATATTTTTTTAAAACATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14065913 42 +  48394510 CACCTTAGCCCCTGAGTAATCAGATATTTTTTTAAAACACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164011634 42 - 196418989 CACCTTAGCCTCTGAGTAATCAGGTATTTTTTTTAAATACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=389487.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-252843.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1182978.000000
s hg19.chr21     15852439 67 +  48129895 CAGTGTGCTTTTAAACGTCTGTAGTTTGTATTGCTAAAGGAACACTTAAGACCTCACTTTTTTACAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14066007 67 +  48394510 CAGTGTGCTTTTAAACGTCTGTAGTTTGTATTGCTAAAGGAACACTTAAGACTTCACTTTTTCACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164011728 67 - 196418989 CAGTGTGCTTTCAAATGCCTGTAGTTTGTATTGCTAAAGGAGCACTTAAGATTTCACTTTTTTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1495888.000000
s hg19.chr21     15852506 52 +  48129895 TGTTTGCCTTCTAATTATA-TTTTTCTAGTAAAATATTTAACCATTACTTCCT
s panTro2.chr21  14579228 52 +  46489110 TGTTTGCCTTCTAATTATA-TTTTTCTAGTAAAATATTTAACCATTACTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14066074 52 +  48394510 TGTTTGCCTTCTAATTATA-TTTTTCTAGTAAAATACTTAACCATTACTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164011795 53 - 196418989 TGTTTGCCATCTAATTATATTTTTTCTAGTAAAATATTTAACCATTACTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1247147.000000
s hg19.chr21     15852558 51 +  48129895 GAATCACGGATTCTAAGGTGCAATAAAAATCCAAAGGGAAATATATTTGTT
s panTro2.chr21  14579280 51 +  46489110 GAATCACGGATTCTAAGGTGCAATAAAAATCCAAAGGGAAATATATTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14066126 51 +  48394510 GAATCATGGATTCTAAGGTGCAATAAAAATCCAGAGGGAAATATATTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164011848 51 - 196418989 GAATCATGGATTCTAAGGTGCGATAAAAATCCAAAGGGAAATGTATTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-57466.000000
s hg19.chr21     15852609 26 +  48129895 TCCTACAGAGACAGTTTTTTTTTTTT
s panTro2.chr21  14579331 25 +  46489110 TCCTACAGAGACAGTTTTTTTTTTT-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14066177 22 +  48394510 TCCTACAGAGACAGATTTTTTT----
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2779
s rheMac2.chr3  164011899 24 - 196418989 TCCTACAGAGACAGCTTTTTTTTC--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4803015.000000
s hg19.chr21     15852635 195 +  48129895 CCCAGAGCATTTTCAATGACTGCTGCAGAAACGAATGAGTAAAGGTTTCCGAAATGAATAGTTGCAGAAAACCAACTTACTGTCATACAGAAGTCCATGCAGCCCCCGGGTAAAAGTACTTATGTATCTCCTTTTGTTGAGTTCTCTA-TTTTTTTTTATGAATATGCATATTGGGGGATAAACTTCCATCTGCTC
s panTro2.chr21  14579356 195 +  46489110 CCCAGAGCATTTTCAATGACTGCTGCAGAAACGAATGAGTAAAGGTTTCCGAAATGAATAGTTGCAGAAAACCAACTTACTGTCATACAGAAGTCCATGCAGCCCCCGGGTAAAAGTACTTATGTATCTCCTTTTGTTGAGTTCTCTA-TTTTTTTTTATGAATATGCATATTGGGGGATAAACTTCCATCTGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14068978 196 +  48394510 CCCAGAGCATTTTCAATGACTGCTGCAGAAACGAATGAGTAAAGGTTTCCGGAATGAATAGTTGCAGAAAACCAACTTACTGTCATACAGAAGTCCGTGCAGCCCCCGGGTAAAAGTACTTATGTATCTCCTTTTGTTGAGTTTTCTATTTTTTTTTTATGAATATGCATATTGGGGGACAAACTTCCATCTGCTC
i ponAbe2.chr21 I 2779 C 0
s rheMac2.chr3  164011923 193 - 196418989 CCCAGAGCATTTTCAATGACTGCTGCAGAAACGAATGAGTAAAGGTTTCCAGAATTAACAGTTGCAGAAAACCAACTTACTGTCATACAGAAGTCCGTGCAGCCCCCGGGTAAAAGTACTTATGTATCTCCTTTTGTTGAGTTCTCTA---TTTTTTTATGAATATGCATATTGGGGGATAAACTTCCATCTGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2035389.000000
s hg19.chr21     15852830 51 +  48129895 TCTTTTAGCTGATTCTATCACATTTTTGAGCTTTGCATCATTATGGAGCTT
s rheMac2.chr3  164012116 51 - 196418989 TCTTTTAGCTGATTCTATCACATTTTTGAGCTTTGCATCATTATGGAGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069174 51 +  48394510 TCTTTTAGCTGATTCTATCACATTTTTGAGCTTCGCATCATTATGGAGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14579551 51 +  46489110 TCTTTTAGCTGATTCTATCACATTTTTGAGCTTTGCATCATTATGGAGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=5126629.000000
s hg19.chr21     15852881 120 +  48129895 CAGAGAAAGATGATCATTTACATTACATATGGATATAAAGGAGAGAAGGAGTTGATGAATTGCAAACAAGTATAATTTATATGGAC--AAAGTGTGCCAGAAGTGCTTTTCACCCCATTTTA
s panTro2.chr21  14579602 120 +  46489110 CAGAGAAAGATGATCATTTACATTACATATGGATATAAAGGAGAGAAGGAGTTGATGAATTGCAAACAAGTATAATTTATATGGAC--AAAGTGTGCCAGAAGTGCTTTTCACCCCATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069225 122 +  48394510 CAGAGAAAGATGATCATTTACATTACATATGGATATAAAGGAGAGAAGGAGTTGATGAATTGCAAACAAGTATAATTTATATGGACAAAAAGTGTGCCAGAAGTGCTTTTCACCCCATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012167 120 - 196418989 CAGAGAAAGATGATCATTTACATTACATATGGATATAAAGGAGAGAAGGAGTTGATGAATTGCAAACAAGTATAATTTATATGGAC--ACAGTGTGCCAGAAGTGCTTTTCACCCCATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2509868.000000
s hg19.chr21     15853001 94 +  48129895 CTCGGCAACTGGAATGATTCCTGCCCATTCACTTGGCCTAGTGCCCAAGAACTCAGAAAGGAAATGATCCTGTTAGCCTTACACATCAGGATTC
s panTro2.chr21  14579722 94 +  46489110 CTCGGCAACTGGAATGATTCCTGCCCATTCACTTGGCCTAGTGCCCAAGAACTCAGAAAGGAAATGATCCTGTTAGCCTTACACATCAGGATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069347 94 +  48394510 CTCAGCAACTGGAATGATTCCTGCCCATTCACTTGGCCTAGTGCCCAAGAACTCAGAAAGGAAACGATCCTGTTAGCCTTACACATCAGGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012287 94 - 196418989 CTCGGCAACTGGAATGATTCCTGCCCATTCACTTGGCCTAGTGCCCAAGAACTCAGAAAGGAAATGATCCTGTTAGCCTTACACATCAGGATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2459693.000000
s hg19.chr21     15853095 168 +  48129895 TACTCCTGCCCTATGAGGAAATGCTGCTTTGCACTCAGGCCCATCAGGGACCCCAGAAGGTCAAAAGAAACCACTGAATATACTAATGTCATTTTTTTACTTTCTTCCCTCATGGTTTCTTAACTTATAATTTATGTCACACAGACCTTCTGATACTCTAACTGTTGG
s panTro2.chr21  14579816 168 +  46489110 TACTCCTGCCCTATGAGGAAATGCTGCTTTGCACTCAGGCCCATCAGGGACCCCAGAAGGTCAAAAGAAACCACTGAATATACTAATGTCATTTTTTTACTTTCTTCCCTCATGGTTTCTTAACTTATAATTTATGTCACACAGACCTTCTGATACTCTAACTGTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069441 168 +  48394510 TACTCCTGCCCTATGAGGAAATGCTGCTTTGCACTCAGGCCCATCAGGGACCCCAGAAGGTCAAAAGAAACCACTGAATATACTAATGTCATTTTTTTACTTTCTTTCCTCATGGTTTCTTAACTTATAATGTACGTCACACAGACCTTCTGATACTCTAACTGTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012381 168 - 196418989 TACTCCTGCCCTATGAGGAAATGCTGCTTTGCACTCAGGCCCATCAGGGACCCCAGAAGGTCAAAAGAAACCACGGAATATACTAATGTCATTTTTTTACATTCTTCCCGCATGGTTTCTTAACTTATAATGGACGTCACACAGACCTTCTGATACTCTAACTGTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=436382.000000
s hg19.chr21     15853263 43 +  48129895 TAATTCAAATGTGAGAAGTTTGCATGACGAAGATAGGGAAGGA
s panTro2.chr21  14579984 43 +  46489110 TAATTCAAATGTGAGAAGTTTGCATGACGAAGATAGGGAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069609 42 +  48394510 TAATTCAAATGTGAGAAGTTTGCATGA-GAAGATAGGGAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012549 43 - 196418989 TAATTCAAATGTGAGAGGTTTGCATGATGAAGATAGGGAAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-79917.000000
s hg19.chr21     15853306 50 +  48129895 AGAGTTATGAAAAGGTCATATATGTTCCTGGTAGCTTCTCAGCCTCTTTC
s panTro2.chr21  14580027 50 +  46489110 AGAGTTATGAAAAGGTCATATATGTTCCTGGTAGCTTCTCAGCCTCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069651 50 +  48394510 AGAGTTATGAAAAGGCCATATATGTTCCTGGTAACCTGTCAGCCTCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012592 50 - 196418989 AGAGTTGTTCAAAGGCCATATATGTTCCTGGAAGCCTCTCAGCCTCTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=909236.000000
s hg19.chr21     15853356 65 +  48129895 TGCACTTCGATTTCCCATGGCAGATTATTTGCCTAAATGCTCTTAAGCTTTATAAATAGGTAAAT
s panTro2.chr21  14580077 65 +  46489110 TGCACTTCGATTTCTCATGGCAGATTATTTGCCTAAATGCTCTTAAGCTTTATAAATAGGTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069701 65 +  48394510 TGCACTTTGATTTCCCATGGCAGATTATTTGCCTAAATGCTCTTAAGCTTTATAAATAGGTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012642 65 - 196418989 TGCCCTTCGATTTCCCATGGCAGATTATTTGCCTAAATGCTCTTAAGCTTTATAAATAGGTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=534743.000000
s hg19.chr21     15853421 34 +  48129895 ATCTACATTTAGGCGGCCTTCCTGAGGGCTTCTC
s panTro2.chr21  14580142 34 +  46489110 ATCTACATTTAGGCGGCCTTCCTGAGGGCTTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069766 34 +  48394510 ATCTACATTTAGGCGGCCTTCCTGAGGGCTTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012707 34 - 196418989 ATCTACATTTAAGCTGCCTTCCTAAGGGCTTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=392828.000000
s hg19.chr21     15853455 53 +  48129895 TGTTGCCTATAGCACAATGAGTTGTGACTCCATAATTTATCAGAGACCAGGGT
s panTro2.chr21  14580176 53 +  46489110 TGTTGCCTATAGCACAATGAGTTGTGACTCCATAATTTATCAGAGACCAGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069800 51 +  48394510 TGCTGCCTATAGCACAATGAGTTGTGACTCCATAATTTG--AGAGACCAGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012741 53 - 196418989 TGCTGCCTATAGCACAATGAGTTATGACTCCATAATTTGTCGGAGACCAGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-85165.000000
s hg19.chr21     15853508 54 +  48129895 CCAAGGTGCACTAATAGCAGTAATAACCCCAAAACTTTTATTTTTTCACTTATT
s panTro2.chr21  14580229 54 +  46489110 CCAAGGTGCACTAATAGCAGTAATAACCCCAAAACTTTTATTTTTTCACTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069851 54 +  48394510 CCAAGGTGCACTAATAGCAGCAATCATCCCAAAACTTTTATTTTTTCATTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012794 54 - 196418989 CCAAGGTGCACTAATAGCAGTAATAACCCCAAAACTTTTATTTTTTCACTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26323.000000
s hg19.chr21     15853562 74 +  48129895 CATTAGGCATTTATTTATAAATCCttcattcttcaaaaatgagtactccggctgggcacagtggctcatgcctg
s panTro2.chr21  14580283 74 +  46489110 CATTAGGCATTTATTTATAAATCCTTCATTCTTCAAAAATGAGTACTCCggctgggcacagtggctcatgcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14069905 74 +  48394510 CATTAGGCATTTATTTATAAATCCTTCATTCTTCAAAAGTGAGTACTCCagctgggcacagtggctcatgcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164012848 74 - 196418989 CATTAGGCATTTATTTATAAATCCTTCATTCTTCACAAATGAGTACTCCagcggggcacagtggctcacgcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=49158.000000
s hg19.chr21     15853636 72 +  48129895 taatcccagcactttgggaggccaaggcgggcagattccctgagctcaggagttcaaaaccaccctgggcaa
s rheMac2.chr3  164012922 72 - 196418989 tgatcccagcactttgggaggcccaggcaggtggattccatgaactcaggagttcaaaatcaccctgggcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14580357 72 +  46489110 taatcccagcactttgggaggccaaggcgggcagattccctgagctcaggagttcaaaaccaccctgggcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=14766.000000
s hg19.chr21     15853708 22 +  48129895 catggtgaaacccagtctctac
s rheMac2.chr3  164012994 22 - 196418989 catggtgaaacccggtctctac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14070051 22 +  48394510 catggtgaaacccggtctctac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14580429 22 +  46489110 catggtgaaacccagtctctac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=633.000000
s hg19.chr21     15853730 17 +  48129895 taaaatacaaaa-agtta
s rheMac2.chr3  164013016 18 - 196418989 taaaatacaaaaaagtta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14070073 18 +  48394510 taaaatacaaaaaagtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14580451 17 +  46489110 taaaatacaaaa-agtta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31590.000000
s hg19.chr21     15853747 36 +  48129895 gccaagcatggtgctgcccacctgtaatcccagcta
s rheMac2.chr3  164013034 35 - 196418989 gccaggcaccgtggtgcacacccgtaat-ccagcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14070091 36 +  48394510 ggcaagcatggtgctgcccacctgtaaccccagcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39043.000000
s hg19.chr21     15853783 47 +  48129895 cttgggagcctgaggtgggagaatcacttgagcccaggaggcagagg
s rheMac2.chr3  164013069 47 - 196418989 ctcgggaggctgaggtgggagaatcgcttgagcccaggaggtggagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14070127 47 +  48394510 ctcgggagcctgaagtgggagaatcacttgagcccaggaggcagagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8676.000000
s hg19.chr21     15853830 33 +  48129895 ttgcagtgagccaagatcctgccactgcactcc
s rheMac2.chr3  164013116 33 - 196418989 ttgcagtgagccaagatcctgctgctgcactcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14070174 33 +  48394510 ttgcagtgagccaagatcctgccgctgcactcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-14739.000000
s hg19.chr21     15853863 47 +  48129895 agtttgggtgacagagtgagactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaa
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s hg19.chr21     15855150 26 +  48129895 ACGGTATATTCTGATCTGTGTATATA
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a score=275320.000000
s hg19.chr21     15855176 51 +  48129895 TGAAAGACTCAGTGGGTTCCAATGAGAGAAGCTATGCTATGATTCTCATGC
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a score=182034.000000
s hg19.chr21     15855227 28 +  48129895 GGTTATATAGTTAAAAAGACCTTTGTTG
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a score=693852.000000
s hg19.chr21     15855255 111 +  48129895 GCATAGTCTTGGACAGCATACATGTTCCAACTTTAAATATTGCTGAGTGAATAAATAAACATATGAGACTGGGAAATGTCGTCAGGGTTCAACCTAGAAACACAAAGCCAG
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a score=322291.000000
s hg19.chr21     15855366 64 +  48129895 TATCATGATCTTGTAATTA-TTATAATGTTAATCCTTTAGCCATCTTAAAAGGCTTGGACTCATG
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s ponAbe2.chr21  14071711 64 +  48394510 TATCATGATCCGGTAATTATTTATAACGTTAATCCTTTAGCCATC-TAAAAGGCTTGGACTCATG
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a score=274179.000000
s hg19.chr21     15855430 73 +  48129895 TCTCTCACTCAGCCAAAAGCAGCAGAAGGTCCAAGTTCCTCAGCTACCTCCCAACCTTGGATGAGCCGTTTCT
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a score=152780.000000
s hg19.chr21     15855503 116 +  48129895 TATCTTTCCGCTGCTCTTTATTCAGCTTTCCATGGCCAAGAGAAAAACCTGTCTTCCTTCTGTTGATGTTCCCTGCCCCACGTTGAGGGAGCTGAGGCGAGAGCTGCAGAGGATCC
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a score=-47897.000000
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a score=111429.000000
s hg19.chr21     15855642 33 +  48129895 GGACAGCAGCCCTCCCTTAATGTGGAGTATACG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164017791 41 - 196418989 ACTGTTCTAGCCATGACTTCATTACAATGGAAAGTTCTGCA
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a score=84739.000000
s hg19.chr21     15859070 34 +  48129895 CTACTTTATGAATATTTAGTCTTCCATATCTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14076580 138 +  48394510 GATGACAATTTTAATAGGCACCTATTGTGATTGTTATTTTTAAATTTTAACTACCATGGAAGCA-TTTGTGTGCATTATTCATAACAATCTTTAAGTTTGGGAGGGTTTACTTATTATTCACTAGTCTTTCTGAGTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172820.000000
s hg19.chr21     15860834 32 +  48129895 TCTGTGCATTCACCTCAATGGGGAATAAAGTA
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a score=1118097.000000
s hg19.chr21     15860866 102 +  48129895 AATAAATTAAAAACTGTCTTTACTAGAGAATATGTCATTGTGTAATATTAGTAACAAAAATGTATTTGTTTTTATTTCCACATGAGAAATGCTATATCATGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=511119.000000
s hg19.chr21     15860968 23 +  48129895 TCTCTAAATTCTAGGAATGGTTT
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a score=2626929.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15861092 47 +  48129895 TACAGAACAGCAGTAATTTGCTAAATGATTTCCTCGTGAAATGAAAA
s panTro2.chr21  14587790 47 +  46489110 TACAGAACAGCAGTAATTTGCTAAATGATTTCCTCGTGAAATGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14077514 47 +  48394510 TACAGAACAGCAGTAATTTGCTAAATGATTTCCTCGTGAAATGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164020324 47 - 196418989 TACAGAACAGCAGTAATTTGCTAAATGATTTCCTAGTGAAATGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2976215.000000
s hg19.chr21     15861139 125 +  48129895 CACGACTGTG-CTCCTCAAATGCTTCCTACCAGGCTTGCAATAATTTCAGGCAGGTGATCAGCTGGAA-CTCTCAACTGTAACTATAAAAAGGCAGGTCATTATGTTATATTACGGAGATGAAAGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14077561 126 +  48394510 CACGACTGTGCCTCCTCAAATGTTTCCCACCAGGCTTGCAATAATTTCAGGCAGGTGATCAGCTGGAA-CCCTCAACTGTAACTATAAAAAGGCAGGTCATTATGTTATATTACAGACATGAAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164020371 127 - 196418989 CATGACTGTGCCTCCTCAGATGCTTCCCACCAGGCTTGCAATAATTTCAGGCAGGTGATCAGCTGGAACCCCTCAACTGTAACTATAAAAAGGCAGGTCATTATGTTATATTACGGAGATGAAAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401376.000000
s hg19.chr21     15861264 32 +  48129895 ATATCGCATTCACTTTTGTATTTGGAGGATCA
s panTro2.chr21  14587963 32 +  46489110 ATATCGCATTCACTTTTGTATTTGGAGGATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14077687 32 +  48394510 ATATCCCATTCACTCTTGTATTTGGAGGATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164020498 32 - 196418989 ATATTGCATTCACTTTTGTATTTGGAGGATCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1152367.000000
s hg19.chr21     15861296 107 +  48129895 AGATTTTCCTCTTCTTGTTTCTTTTCATCCTGACACTAATGACAGGGATTGGCACAAACCTAGGTCTTGTGTTATGGGTGTTTCTTTCCTGCAGAGGAGATGAATTC
s rheMac2.chr3  164020530  90 - 196418989 AGATTTTCCTCTTCTTGTTTC-TTAAATCCTGACACTAATGACAGGGATTGGCACAAACCTAGGTGTT----------------TTTCCTGCAGAGGAGATGAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14077719 107 +  48394510 AGATTTTCCTCTTCTTGTTTCTTTTCATCCTGACACTAATGACAGGGATTGGCACAAACCTGGGTCTTGTGTTATGGGTGTTTCTTTCCTGCAGAGGAGATGAACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14587995 107 +  46489110 AGATTTTCCTCTTCTTGTTTCTTTTCATCCTGACACTAATGACAGGGATTGGCGCAAACCTAGGTCTTGTGTTATGGGTGTTTCTTTCCTGCAGAGGAGATGAATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1547704.000000
s hg19.chr21     15861403 62 +  48129895 ACATTAATGCATCCACATTTTCTTTCTAAGTCATTTAGTCCCTTCAtgtggccatgaaacag
s rheMac2.chr3  164020620 62 - 196418989 ATACTAATGCATCCACATTTTCTTTCTAAGTCATTTAGTCCCTTCATGTGGCCATGAAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14077826 62 +  48394510 ACACTAATGCATCCACATTTTCTTTCTAAGTCATTTAGTCCCTTCAtgtggccatgaaacag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14588102 62 +  46489110 ACATTAATGCATCCACATTTTCTTTCTAAGTCATTTAGTCCCTTCATGTGGCCATGAAACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2195654.000000
s hg19.chr21     15861465 96 +  48129895 agtaaagctaactggcctacccagaaattgaaaccataaccttcatcagttttgtcccatggttcaatcatctgggctaaccaggcaAGTAACACA
s rheMac2.chr3  164020682 96 - 196418989 AGTAAAGCTAACTGGTCTACCCAGAAATTGAAACCATAACCTTCATCAGTTTTGTCCCATGGTTCAATCATCTGGGCTAACCAGGCAAGTAACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14077888 96 +  48394510 agtaaagctaactggcctacccagaaattgaaaccataaccttcatcagttttgtcccatggttcaatcatctgggctaaccaggcaAGTAACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14588164 96 +  46489110 AGTAAAGCTAACTGGCCTACCCAGAAATTGAAACCATAACCTTCATCAGTTTTGTCCCATGGTTCAATCATCTGGGCTAACCGGGCAAGTAACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1019799.000000
s hg19.chr21     15861561 59 +  48129895 TTGGAATAAGAAACAGGTTTGCCTACAAAATTATGGACTTCCCATAGGATGTTTCAGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15861620 53 +  48129895 CATCTTTTTATACTAAAACGTTTCTGATAATACGCTAGGTTTAAAAAAGTATA
s rheMac2.chr3  164020837 53 - 196418989 CATCTTTTTATACTAAACTGTTTTGGATAATATGCTAGGTTTAAAAAAGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=157813.000000
s hg19.chr21     15861673 23 +  48129895 CATAATTCATGTATTCTATTATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15861696 66 +  48129895 ACAATTATATGAAAAC--ACACATACGCATATAACTTACAAACAAAAGTGTTCAAATTTGTTAATTTT
s rheMac2.chr3  164020913 68 - 196418989 aaaattatataaaaaCATACACATATGCATACAATTTACAAGCAAAAGTGTTCAAATTTGTTAATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15861762 35 +  48129895 CCCTCTATTTCTCAGGTCATCCACATTG-TTTTTAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15861797 73 +  48129895 TGAAAGAATTAAAACGGTATAATTTTTCAATAAAGCCCCCAAATGGTTTGTAAATATCTTAAAGGACATACGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14078223 73 +  48394510 CTAAAGAATAAAAATGGTATAATTTTTCAATAAAGCCCCCAAATGGTTTGTAAATATCTTAAAGGACATACGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164021017 73 - 196418989 TGAAAGAATTAAAATGGTATAATTTTTCAATAAAGCTCCCAAATGGTTTGTAAATATCTTAAAGGCCAAACGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15861870 42 +  48129895 ATCTAAATTAGAATACACTGAAGAATTATTAAATAATTTGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164021090 42 - 196418989 ATCTAAATTACAATACACTGAAGCATTATTAAATAATTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14078338 96 +  48394510 AAAGGGTCTTTCTTATTGCTGCCAGCTGACAGCAGGCATACTAGGAACTCCAGAAAGCTGTATAATTCTGTACTCTATGtaataaaaataaa---ataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164021132 99 - 196418989 AAAGGGTCTTTCTTATTGCTGCCAGTTGACAGCAGGCATAATAGGAACTCCAGAAAGCTGTATAATTCTGTACTCTATGtaataaaaataaaaagataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15862008 9 +  48129895 CATTTAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14078468 152 +  48394510 AAGAGCTAATTTGCATATTAAAATAATTTATTTCCTACCGAAATTGTTACAGAATTGTATAAAACCCATGAAAAAACATTTTAAGATAGTCATCAATGTTGAAAAA--AAAGGGTGGCATGGTGATGAAAAGAGAAGATGGCTAATATAATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15862388 28 +  48129895 TTTTGCTTGACTTTCCCAGATTTCTTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15862416 203 +  48129895 CCCAAATCATCCAGATTTTGTCTTTACCATCTTGCTTGCCTTAG-------------CTTTCTTTGGGTGAAGTACTGTAAAATAATACAACCTTAAAGGCATAGGAAAATTCCTGGCTAAAGGAATCTCTCaataaataattttttaataaaCACAATGATATTTAGATGAATTAAAGGGCATTGGAACTAAAGGAGAGCAAAAAAGGAATTTTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15862619 85 +  48129895 TTAAAATTCATATGAGAATACCTCTCAGCTCCATCAATCATCCTCCTGTTTTTCTCTATCCTGGGGCCATCTCCAAAGTGGCAAA
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a score=261863.000000
s hg19.chr21     15862704 35 +  48129895 ACCCAGGGATACACATCTTAGGATGACTCAAAACC
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s panTro2.chr21  14589496 42 +  46489110 CCCAGCCACTGTTCAGGTAACTATGGCTATATTTATTTGTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079217 42 +  48394510 CCCAGCCACTGTTCAGGTAACTATGGCTGTATTTATTTGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022019 42 - 196418989 CCCAGCTACTGTTCAGGTAACTATGGCTATATTTATTTGTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=999145.000000
s hg19.chr21     15862824 120 +  48129895 AGAGGCAGCGTTATCCAGGGAGGAAATTTTAGTGGACAACATGGCATGTCTCTCAGTTATTTTTTATTTCATCTAAAGCCCATTCTTAAGTTACCTGAACACTTTAATTCTCCTAATAAC
s panTro2.chr21  14589538 120 +  46489110 AGAGGCAGCGTTATCCAGGGAGGAAATTTTAGTGGACAACATGGCATGTCTCTCAGTTATTTTTTATTTCATCTAAAGCCCATTCTTAAGTTACCTGAACACTTTAATTCTCCTAATAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079259 120 +  48394510 AGAGGCAGCGTTATCCAGGGAGGAAAATTTAGTGGACAACATGGCATGTCTCTCAGTTATTTTTTATTTCATCTAAAGCACATTCTTAAGTTACCGGAACACTTTAATTCTCCTAATAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022061 113 - 196418989 A-------CATTATCCATGGAGGAAAATTTAGTGGACAACATGGCATGTCTCTCAGTTATTTTTCATTTCATCTAAAGCACATTCTTAAGTTACCTGAACACTTTAATTCTCCTAATAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1535945.000000
s hg19.chr21     15862944 176 +  48129895 AGTGAATATTTGGTGTTCATTTCACTTGAATACTAACCCACCTTTTGGAAACACAACAACAAATTAAGAATAGGATTCCATTCATAGGAAAATAACTGGTGGCTTCTGTTCCCCTGAGGCCATGAGAAGATATGGAGTTGAAATGACTTCCCCTCCTCTTGCATATCTCTTTTTGG
s panTro2.chr21  14589658 176 +  46489110 AGTGAATATTTGGTGTTCATTTCACTTGAATACTAACCCACCTTTTGGAAACACAACAACAAATGAAAAATAGGATTCCATTCATAGGAAAATAACTGGTGGCTTCTGTTTCCCTGAGGCCATGAGAAGATATGGAGTTGAAATGACTTCCCCTCCTCTTGCATATCTCTTTTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079379 176 +  48394510 AGTGAATATTTGGTGTTCATTTCACTTGAATACTAACTCACCTTTTGGAAACACAACAACAAATGAAAAATAGGATTCCATTCATAGGAAAATAACCCGTGGCTTCTGTTCCCCTGAGGCCATGAGAGCATATGGAGTTGAAATGACTTCCCCTCCTCTTGCATATCTCTTTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022174 176 - 196418989 AGTGACTATCTGGTGTTCATTTCACTTGAATACTAACCCACCTTTTGGAAACACAACAACAAATGAAAAATAGGATTCCATTCATAGGAAAACAATCCATTGCTTCTGTTCCCCTGAGGCCATGAGAGGATATGGAGTTGAAATGACTTCCCCTGCTCTTGCCTATCTCTTTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14589834 56 +  46489110 AGCCTAGCTTCTAACGAGATGTGTACCTGGAAATAAACCTTTTCGCTTTCAGCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079555 56 +  48394510 AGCCTAGCTTCTAACCAGATGTGTACCTGGAAATAGACCTTTTCGCTTTCAGCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022350 56 - 196418989 AGCCTAGCTTCTAACGAGATGTGTACCTGGAAATAGATCTTTTCGCTCTCAGCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15863176 91 +  48129895 GGCAATCTCCACTTCCACTGTGCTAGGAACTTCAGCAGAGGCAGAGGCATACTCACTCAAGATCACGATAACTCAGCACCTACCTGGGCAA
s panTro2.chr21  14589890 91 +  46489110 GGCAATCTCCACTTCCACTGTGCTAGGAACTTCAGCAGAGGCAGAGGCATACTCACTCAAGATCACGATAACTCAGCACCTACCTGGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079611 91 +  48394510 GGCAATCTCCACTTCCACTGTGCTAGGAACTTCAGCAGAGGCAGAGGCATACTCACTCAAGATCACGATAACTCAGCACCTACCTGGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022406 91 - 196418989 GGCAGTCTCCACTTCCACTGTGCTAGGTACTTCAGCAGGGGCAGAGGCATACTCACTCAAGATCACCGTAACTCAGCACCTACCTGGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15863267 215 +  48129895 TCTCATTAGACTGCTACTCTCCCCAACCATACACCATATGGAGGGCTTTGGTCCCAGGAAATATTTACCCTCCTCAGTTAAAGTTGTCATATTGTACTGACTATTTTGGTAATGACCAAATAACGTTTAAAACTGTCACACATTATTTAATTAGGGGCCTTGGAAAGTCAAGTTCATATTTCTTATAGGTTAATTAAACCCATTTACATGAtgaa
s panTro2.chr21  14589981 215 +  46489110 TCTCATTAGACTGCTACTCTCCCCAACCATACACCATATGGAGGGCTTTGGTCCCAGGAAATATTTAACCTCCTCAGTTAAAGTTGTCATATTGTACTGACTATTTTGGTAATGACCAAATAACGTTTAAAACTGTCACACATTATTTAATTAGGGGCCTTGGAAAGTCAAGTTCATATTTCTTATAGGTTAATTAAACCCATTTACATGAtgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079702 215 +  48394510 TCTCATTAGACTGCTACTCTCCCCAACCGTACACCCTGTGGAGGGCTTTGGTCCCAGGAAATATTTATCCTCCTCAGTTAAAGTTGTCATATTGTACTGACTATTTTGGTAATGACCAAATAACGTTTAAAACTGTCACACATTATTTAATTAGGGGCCTTGGAAAGTCAAGTTCATATTTCTTATAGGTTAATTAAACCCATTTACATTAtgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022497 215 - 196418989 TCTCTTTAGACTGCTCCTCTCCCCAACCACACACCCTACGGAGGGCTTTGGTCCCAGGAAATATTTATCCTCCTCAGTTAAAGTTGTCATATTGTACTGACTATTTTGGTAATGACCAAATAACATTTAAAACTGTCACACATTATTTAATTAGGGGCCTTGGAAAGTCAAGTTCATATTTCTTACAGGTTAATTAAACCCATTTACTTGAtgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15863482 35 +  48129895 ggagttaagaacacattaccccaaaatatgctgct
s panTro2.chr21  14590196 35 +  46489110 ggagttaagaacacattaccccaaaatatgctgct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079917 35 +  48394510 ggagttaaggacacattaccccaaaatatgctgct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022712 35 - 196418989 ggtgttaagaacatattaccccaaaatacgctgct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=178299.000000
s hg19.chr21     15863517 39 +  48129895 ctggcgtattgactattttgagttgaaggcacttgaaga
s panTro2.chr21  14590231 39 +  46489110 ctggcatattgactattttgagttgaaggcacttgaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079952 39 +  48394510 ctggcatattgactattttgagttgaaggcacttgaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022747 39 - 196418989 ctggcatattgactattttgagttgaagacacttgaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59259.000000
s hg19.chr21     15863556 25 +  48129895 gagcaggtgcaagaatatcactctg
s panTro2.chr21  14590270 25 +  46489110 gagcaggtgcaagaatattactctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14079991 25 +  48394510 gagcaggtacaagaatatcactctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022786 25 - 196418989 gagcaggtgcaagaatatcactctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35276.000000
s hg19.chr21     15863581 29 +  48129895 gctttccC-------------tttttttttttttaagagaga
s panTro2.chr21  14590295 30 +  46489110 gctttccC------------ttttttttttttttaagagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14080016 42 +  48394510 gctttccCtttttttttctttttttcttttttttaagagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022811 34 - 196418989 actttcct--------ttttttttttttatttttaagagaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-7365.000000
s hg19.chr21     15863610 5 +  48129895 gagaa
s panTro2.chr21  14590325 5 +  46489110 gagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14080058 5 +  48394510 gagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022845 5 - 196418989 gagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=41335.000000
s hg19.chr21     15863615 52 +  48129895 atagggtctggctaggttgcccaggctcgtcttgaactcttggactcaagca
s rheMac2.chr3  164022850 52 - 196418989 atagcgtctggctaggttgcccagactggtcttgaactcttgggctcaagca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14080063 52 +  48394510 atagggtctggctaggttgcccaggctggtcttgaactcttagactcaagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14590330 52 +  46489110 atagggtctggctaggttgcccaggctggtcttgaactcttggactcaagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61746.000000
s hg19.chr21     15863667 60 +  48129895 atcctcctgcctcagcctcccagagtggtgggattacaggcataagccaccatgcctagt
s rheMac2.chr3  164022902 60 - 196418989 atcctcctgcctcagcctcccagagttctgggattacaggcgtgagccaccatgcccagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15863727 140 +  48129895 ctgactttccttctgcttcttaaaagcagatgacatttccatgtgaaagctaccttccctctaccagaagaaaagtatcattcttatcatcaaggacaggaagttgaggcagagggaaatctgtacaaacaagccatgtt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14080175 140 +  48394510 ctgactttccttctgcttcttaaaagcagatgacatttccatgtgaaagctaccttccctctaccagaaggaaagtatcattcttatcatcaaggacaggaagttgaggcagagggaaatctgtacaaacaagtcatgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164022962 140 - 196418989 ctgactttccttctgctacttaaaggcagatgacatttccatgtgaaagccactttccctctaccagaaggaaagtatcattcctatccttggggacaggaagttgaggcagagggaaatctgtacaaacaagcaatgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=492798.000000
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s panTro2.chr21  14590582 186 +  46489110 agacaaacccttatctatctaaccacttcacccaattagctagcctatttcaagcttctgtgacttgtcacattttcacaacttattattctttgtctaattcagtatacaagtgttcaactctaactgcatctttgggtcttcatttcccatgaagcctcccttgccgcatgaattttgtgttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14080315 186 +  48394510 agacaaacccttatctatctaaccacttcacccaattagctagcttatttcaagcttctgtgacttgtcacattttcacaacttattattctttgtctaattcagtatacaagtgttcaactctaacttcatttttgggtcttcatttcccatgaagcctcccttgccacatgaaatttgtgttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164023102 185 - 196418989 agacaagcccttatctttct-accactccacccaattagctagcctatttcaagcttctgtgacttgccacattttcacaacttgttactctttttctacttcagtatacaagtgttcaactctaactgcatctttgggtcttcatttcctgtgacagctcccttgccacatgaaatttgtgttaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156546.000000
s hg19.chr21     15864053 63 +  48129895 ataaatttgtgtga-ttttctcctgttggtctgtcctatgtcaatttaattttcagctgttttt
s panTro2.chr21  14590768 63 +  46489110 ataaatttgtgtga-ttttctcctgttggtctgtcctatgtcaatttaattttcagctgttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14080501 63 +  48394510 ataaatttgtgtga-ttttcttccgttggtctgtcttatgtcaatttaattttcagctgtttta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164023287 64 - 196418989 ataaatttgtgtgatttttcttctgttggtctgtcttatgtcaatttaattttcagctgttgta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136873.000000
s hg19.chr21     15864116 41 +  48129895 aaaagcctaagagggtagagataaaattttgccttccctat
s panTro2.chr21  14590831 41 +  46489110 aaaagcctaagagggtagagataaaattttgccttccctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14080564 41 +  48394510 aaaagcctaagagggtagagataaaattttgccttccctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164023351 41 - 196418989 aaaagtctaagagggtagagataaaattttgccttccctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=444270.000000
s hg19.chr21     15864157 63 +  48129895 aTAGATATGATAAAAAACTAATCTAATTTCATTATGTCTAAAACTATTACttttgacaaaaat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15864220 40 +  48129895 aggaatactgtgcatattagtgatctacaatttgctttca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15866190 142 +  48129895 TGGTCTTGCTGGGATTGCAGAACCCCA-GGGTGGTTATCCTCCTCCAGAGGTAATCCTGTGATCAGCACTAACGCCACATACCAGCCCTTTCATCAGCTTGTTGGAGAAGCATCTTTACTTCCCACCAAGCAGTGACCTagat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164029226 24 - 196418989 tcaaaaaCTAATAATATTAATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164031267 107 - 196418989 TATTTTGAAACTTCTATCCTCTCGAACAAAATAAAAATATTAAATGAAGTTGAGTGCTTTTTCAGCTTCCTCAGATTCCTCCCTCATTTTACTTGATCTAATTTCAA
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a score=-390251.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14598596 57 +  46489110 actgaattagaataaagaagaaaaaatttcctgttctgacatataaccatttaactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14088337 57 +  48394510 actgaattagaataaagaacacaaaaattcctgttctgacatataaccatttaactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164031535 56 - 196418989 actgaattagaataaagaa-acacaaattcctgttctgacatataaccatttaactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1189996.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164031723 13 - 196418989 AGTAATATAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=581154.000000
s hg19.chr21     15872084 66 +  48129895 GGCTTAGATAGTGTGTTTACAGACAGGAACATAACTAGATAATTCAGAAAAAAA-CAATTAAGAAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=585033.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14598916 117 +  46489110 GTTAATTTTAGAAATGGATTGCAAAACTGTAAATTGATTGATACTAGGTGTATTGTATGTACACACTATTTAACAAGGTAGATATTTCAAAAGAATTTTGGTAATATAACAAGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=1656583.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15872724 16 +  48129895 AAAACAGGTTTTCCTT
s panTro2.chr21  14599437 16 +  46489110 AAAACAGGTTTTCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164032394 4 - 196418989 TGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15872787 24 +  48129895 CACTCCCTTCGGTGTTTCCATTTA
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s hg19.chr21     15872811 9 +  48129895 CATGCTTCC
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a score=-165367.000000
s hg19.chr21     15872820 8 +  48129895 AAAAGCAA
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a score=-196340.000000
s hg19.chr21     15872828 12 +  48129895 ACAGAACACAGA
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a score=2860102.000000
s hg19.chr21     15872840 79 +  48129895 TTTGCTCACCTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCTGCAGAGTCTTGGATTTTTTGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCC
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a score=5409417.000000
s hg19.chr21     15872919 98 +  48129895 TTTATTTTCTTGGGGGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAAGTTTCCCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2191183.000000
s hg19.chr21     15873017 36 +  48129895 CATTGGTGTTTTGCAAATAATGTCTATGATGTCTCC
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a score=70252.000000
s hg19.chr21     15873053 24 +  48129895 TTTCTAAGGGCAAAGAAATCCATA
s panTro2.chr21  14599766 24 +  46489110 TTTCTAAGGGCAAAGAAATCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14089503 24 +  48394510 TTTCTAAGGGCAAAGAAATCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164032692 24 - 196418989 TTTCTAAGGACGAAGAAATCCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=66856.000000
s hg19.chr21     15873077 23 +  48129895 CACATTAGATTTCAGAGAACCTC
s panTro2.chr21  14599790 23 +  46489110 CACATTAGATTTCAGAGAACCTC
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s ponAbe2.chr21  14089527 23 +  48394510 CACATCAGATTTCAGAGAATCTC
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s rheMac2.chr3  164032716 23 - 196418989 AACATTAGGTTTCAGAGAACTAT
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a score=81931.000000
s hg19.chr21     15873100 13 +  48129895 ACTGATAGAAAGA
s panTro2.chr21  14599813 13 +  46489110 ATTGATAGAAAGA
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s hg19.chr21     15873113 64 +  48129895 ATGAAATCATAGAAAACTAGAATAATGAGGACATTATGCTAAAGGGGTTCAGATATAACAGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14089943 126 +  48394510 TATAATGAAGAAAACTTCAACAGTCTTGACAAAAAGTTCTCATATAGTTTGATGACATGTTTCTGTTTCTGTTATTGTACCAATTTATCAGCTTATAACTGTAGAGTCTGCAGTGTaatttacaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14600332 99 +  46489110 ACACTTTTGCCTACTCtaagttatttttgctcacaacacacctcttagatacataaaggaggtatcatcattattaatgtagatattatagaaaaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164033272 99 - 196418989 acacttttgcctactctaagttatttttgctcacaacacacctcttagatacataaagggggtatcatcattattaatttaaatattacagaaaaagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15873718 119 +  48129895 acagagatattaaacgacttctcaaaagcttgcaggaagttaacggcagaaccagaactcaagttcaagttatcttaaccaaaaattgatgctctttttatttatactgtcAAAGTAAT
s panTro2.chr21  14600431 119 +  46489110 acagagatattaaatgacttctcaagagcttgcaggaagttaacggcagaaccagaactcaagtccaagttatcttaaccaaaaattgatgctctttttatttatactgtCAAAGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164033371 119 - 196418989 acagagatattaaatgacttctgaagagcttgcaggaagttaacggcagaaccagaactcaagtccaagttatctgaactaaaaaatgatgctctttttattTATACTGTCAAAGTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164033661 31 - 196418989 CAGAATGCACATAAAAGTATGTGTACACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=61949.000000
s hg19.chr21     15874039 26 +  48129895 GGATAAATTATGCTACTTAATTCTTT
s panTro2.chr21  14600752 26 +  46489110 CGATAAATTATGCTACTTAATTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164033692  7 - 196418989 GGATAAA-------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 30

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s ponAbe2.chr21  14090515 26 +  48394510 TTAAGGTATTCATGCTCTCCTCTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14600778 26 +  46489110 TTAAGGTATTCATGCTCTCCTCTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164033699 30 - 196418989 I

a score=226635.000000
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s ponAbe2.chr21  14090541 34 +  48394510 TAAGAAGAGATAACATTTAGATTGAGCACACAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14600804 34 +  46489110 TAAGAAGAGATAACATTTAGATTGAGCTCACAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164033699 30 - 196418989 I

a score=526732.000000
s hg19.chr21     15874125 47 +  48129895 AAAGTTTAGATTGAAGTATGAATGAATCATATTAGTATGGACAAACC
s ponAbe2.chr21  14090575 47 +  48394510 AAAGTTTAGATTGAAGTATGAATGAATCATATTAGTATGGACAAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14600838 47 +  46489110 AAAGTTTAGATTGAAGTATGAATGAATCATATTAGTATGGACAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164033699 30 - 196418989 I

a score=617465.000000
s hg19.chr21     15874172 83 +  48129895 AATTGGTCTTTTTCTTTACTCACATCTAAGACCATAATTAAC--TATAGGCTGCCAGTTATTGGCAAGGGTAGAAAACCTCATGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164033699 30 - 196418989 I

a score=473675.000000
s hg19.chr21     15874255 40 +  48129895 GGATATTTATTTGTAAAGAAAATTTATTTCTATGCAAATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=2446399.000000
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s ponAbe2.chr21  14090747 270 +  48394510 TGATGCCTATGTTCAAGAGTTATAGTTCCTCCTTTGAGACTTAAAACTTTCTGCCCCAGAGGGGACTTTAGAGATTCTAATATTTTTGCCCCTTTTAAGTGTCTATCCTCAAACAAACTAAGCATCAAGCCTGCTACTAAAAATATCTTTTTCCTGCTGCTCTGGGAATGTGTGTTCTTCCATCTAAAAAACAAATTTTACTTATAATGGTATAATTCACCATGACCGAACTATCTGGTCTACCTTGTGATCATCTGTCTGTCTAGTCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=234351.000000
s hg19.chr21     15874564 46 +  48129895 GTGATCTGTTAGG------CTTTCTGCCTTTAATGAAAGGGAATCAAATCAT
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a score=1113200.000000
s hg19.chr21     15874610 98 +  48129895 AGGTTGGATGGTATCAGCTAGGGAGACTGAGAAGCTCTCCTGAAGCTCTGGAAAGTTTCTAGGCATGGAAACCCTTCACTGCATCCTTCCTATTATCC
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a score=-108692.000000
s hg19.chr21     15874708 45 +  48129895 TTGAAACTTGTAAATTTGCAACTTTATCCTTTAAAGGTATATACC
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a score=663262.000000
s hg19.chr21     15874753 50 +  48129895 TGTGCATTCCAGGAAAGCCCACAGGTCATCAAGCAAAGACTCAATTTCAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14608229 350 +  46489110 tatatatatacaatggaatactactcagccataaaaaggaatgaattaatggcatttgcagtgaccaagatgagactggacattattattctaagtaaagtaactcagcaatggaaaaccaaacatcgtatgttctcactcataagcaagagctaagctatgaagatgcaaaggcataggaatgacccaacggactttggggacttggggaaagggtgagaaggtggtgagggataaaatactacaaatagagtgcagtgtatactgcttgggtgatgg----------gtctcacaaataaccactaaagaacttacccatgtaaccaaacaccacctgttccccaataacctatggac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14097952 350 +  48394510 tatatatatatgatggaatactactcagccataaaaaggaatgaattaatggcatttgcagtgacctagatgagactggacactattattctaaataaagtaactcaggaatggaaaaccaaacatcatatgttctcactcataagcaagagctaagctatgaagatgcaaaggcataggaatgacccaatggactttggggacttggggaaagggtgagaaggtggtgatggaaaaaatactataaatagaatgcagtgtatacttcttgggtgatgg----------gtctcataaataaccactaaagaacttacccatgtaaccaaacaccacctgttccccaataacctatggaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164040434 360 - 196418989 catatatatacaatggaatattactcagctataaaaaggaatgaattaatggtatttgctgtaacctagatgggactggacactattattctatgtaaagtaactcaggaatggaaaatcaaacatcacatgttctcactcataagcaagagctaagctatgaagacgaaaaggcataggaatgacccaatggactttggggacttggggaaaggatgagaaggtggtgagggataaaatactacaaatagagtgcagtgtatactgcttgggtgatgggtgcaccagagtctcacaaataaccactaaagaacttactcatgtaaccaaacaccacctgttccccaataacctatggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1301.000000
s hg19.chr21     15881861 32 +  48129895 ataaaaataaaaataaaaaaTACTGGAATTGC
s panTro2.chr21  14608579 32 +  46489110 ataaaaaTAAAAATAAACAATACTGGAATTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14098302 27 +  48394510 atataaaaaAAAA-----AATACTGGAATTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164040794 28 - 196418989 ataaaaaTAAAAA----AAGTACTGGAATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=476281.000000
s hg19.chr21     15881893 46 +  48129895 CCTGCCAAGTCTGGTTCCCAAGGCCTTTGCTCTGCTCAGCTCTCGC
s panTro2.chr21  14608611 46 +  46489110 CCTGCCAAGTCTGGTTCCCAAGGCCTTTGCTCTGCTCAGCTCTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14098329 46 +  48394510 CCTGCCAAGTCTGGTTCCCAAGGCCTTTGCTCTGCTGGGCTCTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164040822 46 - 196418989 CCGGCCACGTCTGGTTCCCAAGGCCTTTGCTCTGCTGGGCTCTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=221788.000000
s hg19.chr21     15881939 28 +  48129895 CTGACATTTGCACCTTGTCTCCCTCTCT
s panTro2.chr21  14608657 28 +  46489110 CTGACATTTGCACCTTGTCTCCCTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14098375 27 +  48394510 C-GACATTTGCACCTTCTCTCCCTCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164040868 28 - 196418989 CTGACATTTGCACCTTTTCTCCCTCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=384433.000000
s hg19.chr21     15881967 27 +  48129895 CTTCATTATTTCTATTCCTGCAAGTAT
s panTro2.chr21  14608685 27 +  46489110 CTTCATTATTTCTATTCCTGCAAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14098402 27 +  48394510 CTTCATTATTTCTATTCCTGCAAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164040896 27 - 196418989 CTTCATTATTTCTATTCCTGCAAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=831671.000000
s hg19.chr21     15881994 87 +  48129895 CAGGCAGAGTTGGGCACCTTCAGCAACTGTGAGGCTTTTGGTTTTCAGGAAAATGGAGAGAATTCCTTCCTCCCTGATAGACTCTGA
s panTro2.chr21  14608712 87 +  46489110 CAGGGAGAGTTGGGCACCTTCAGCAACTGTGAGGCTTTTGGTTTTCAGGAAAATGGAGAGAATTCCTTCCTCCCTGATAGACTCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14098429 87 +  48394510 CAGGCAGAGTTGAGCACCTTCAGCAACTGTGAGGCTTTTGGTTTTCAGGAAAATGGAGAGAATTCCTTCCTCCCTGATAGACTCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164040923 86 - 196418989 CAGGCAGAGTTGAGCACCTTCAGCAACTGTGAGGC-TTTGGTTTTCAGGAAAATGGAGAGAATTCTTTCCTCCCTGATAGACTCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-8835.000000
s hg19.chr21     15882081 104 +  48129895 ACCTGAATCATCTACATAATAACAACTTACACTAACAGCCTGAACAGACTGATACCCCGACTCCACCTCACATATTTTATTCAAATTCTTAGCACTGggccagg
s panTro2.chr21  14608799 104 +  46489110 ACCTGAATCATCTACATAATAACAACTTACACTAACAGCCTGAACAAACCGATAGCCCGACTCCACCTCACATATTTTATTCAAATTCTTAGCACTGggccagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14098516 104 +  48394510 ACCTGAATCATCTACATAATAACAACTTACACTAACAGCCTGAACAGACTGATACCCCGACTCCACCTCACATATTTTATTCAAATTCTTAGCACTGggccagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164041009  93 - 196418989 ACCTGAATCATCTACATAATAACAACTTACACTAATAGCCTGAACAGACTGATAGCCCGCCTCCACCTCACATATTTTATTCAAATTCTTAGC-----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73303.000000
s hg19.chr21     15882185 292 +  48129895 cgtggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggctaacacggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggtggaggttgcagtgagtggagattgcgccactgcactccagcctgggcaacagagtgactccgtctcaaaaaaagaaaaaaaaaaaa--
s panTro2.chr21  14608903 292 +  46489110 cgcggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggctaacacggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcgtggtggcaggcgcctgtagtcctagctactcaggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggcggatgttgcagtgagtggagatcgcgccactgcactccagcctgggcaacagagtgactctgtctcaaaaaaagaaaaaagaaaaa--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14098620 293 +  48394510 cgcggtggc-catgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcaggtggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctgggtaacacagtgaaaccctgtctttactaaaaatacaaaaaattagccacgcttggtggcgggcacctgtagtcctagctactcaggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccaggaggcagaggttgcagtgagcagagatcgcgccactgcactccagcctgggtgacagagagattccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164041102   0 - 196418989 C

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s hg19.chr21     15882477 29 +  48129895 gaaaaaaaGTCTTAG--------TACTGTAAGCTAGC
s ponAbe2.chr21  14098913 37 +  48394510 gaaaaaaaTTCTTAGCACTGTAACACTGTAAGCTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609195 29 +  46489110 gaaaaaaaTTCTTAG--------CACTGTAAGCTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164041102 13 - 196418989 ------------------------ACTGTAAGCGAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309810.000000
s hg19.chr21     15882506 55 +  48129895 CTCCACTTCTACTGTTGGGAAGAACACACTCACA--CTGTCTTCCCACTGCTTATAC
s rheMac2.chr3  164041115 57 - 196418989 CTCCACTTCTACTGTTGGGAAGAACACACTCACACTCTGTTCTCCCACTGCTTATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609224 55 +  46489110 CTCCACTTCTACTGTTGGGAAGAACACACTCACA--CTGTTTTCCCACTGCTTATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14098950 55 +  48394510 CTCCACTTCTACTGTTGGGAAGAACACACTCACA--CTGTCTTCCCACTGCTTATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=308689.000000
s hg19.chr21     15882561 16 +  48129895 TTGCTGAAACAGATCA
s rheMac2.chr3  164041172 16 - 196418989 TTGCTGAAACAGATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609279 16 +  46489110 TTGCTGAAACAGATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14099005 16 +  48394510 TTGCTGAAACAGATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=75080.000000
s hg19.chr21     15882577 43 +  48129895 TATAATCAGCATTTGACAGACCATTCAGAAGGTGGGATATGAT
s rheMac2.chr3  164041188 43 - 196418989 TATAATCAGCATTTGACAAACCATTCAGAAGGGGGGATATGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609295 43 +  46489110 TATAATCAGCATTTGACAAACCATTCAGAAGGTGGGATATGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14099021 43 +  48394510 TATAATCAGCATTTGACAAACCATTCAGAAGGTGGGATATGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=2461961.000000
s hg19.chr21     15882620 48 +  48129895 GTCCTCTCACCTTGATTTTGAGGGAGTCAGTGTCATAGGGACTTGGCG
s ponAbe2.chr21  14099064 48 +  48394510 GTCTTCTCACCTTGATTTTGAGGGAGTCAGTGTCATAGGGACTTGGCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609338 48 +  46489110 GTCCTCTCACCTTGATTTTGAGGGAGTCAGTGTCATAGGGACTTGGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164041231 48 - 196418989 GTCCTCTCACCTTGATTTTGAGGGAGTCAGTGTCATAGGGACTTGGCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5718425.000000
s hg19.chr21     15882668 121 +  48129895 TGAAATCCGTATGCACTCTGGCACGGCCACAGAATGGTCCTGAATAGGGGCCATCGTCATCCAGTCGAAAGCTGTCCCGGTTACTTGTACCATCTGAACAGCTTGTTATGCCACCTGATGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609386 121 +  46489110 TGAAATCCGTATGCACTCTGGCACGGCCACAGAATGGTCCTGAATAAGGGCCATCGTCATCCAGTCGAAAGCTGTCCCGGTTACTTGTACCATCTGAACAGCTTGTTATGCCACCTGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164041279 121 - 196418989 TGAAATCCGTATGCACTCTGGCGCGACCGCAGAATGGTCCTGAATAGGGGCCATCGTCATCCAGTCGAAAGCTGTCCCGGTTACTCGTACCATCTGAACAGCTTGTTACGCCACCTGATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63347.000000
s hg19.chr21     15882789 18 +  48129895 AAGCAGAAGTTCACAGTT
s rheMac2.chr3  164041400 18 - 196418989 AAGCAGAAGTTCGCAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609507 18 +  46489110 AAGCAGAAGTTCACAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14099233 18 +  48394510 AAGCAGAAGTTCCCAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=299028.000000
s hg19.chr21     15882807 48 +  48129895 GTCATGGAAGACTTATAACATTCTGAATCATCATCTGGACACAACTAA
s ponAbe2.chr21  14099251 48 +  48394510 GTCATGGAAGATGTATAACATTCTGAACCATCATCTGGACACAACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609525 48 +  46489110 GTCATGGAAGACTTATAACATTCTGAATCATCATCTGGACACAACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164041418 48 - 196418989 GTCATTGAAGACTTGTAACATTCTGGACCATCATCTGGACACAACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292213.000000
s hg19.chr21     15882855 124 +  48129895 GTATTGATAATGCTGGAACACTGGATGCCAGGCTCCTGAGGAAGTTCTAATTGACCCATCCTGGTGTCTGTCTTCCAGTTACTCTCCATCAGTGACGTCTGTCCTCTGAGCCATTTCGAACCTT
s panTro2.chr21  14609573 124 +  46489110 GTATTGATAATGCTGGAACACTGGATGCCAGGCTCATGAGGAAGTTCTAATTGACCCATCCTGGTGTCTGTCTGCCAGTTACTCTCCATCAGTGACGTCTGTCCTCTGAGCCATTTCTAACCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14099299 124 +  48394510 GTACTGATAATGCTGGAACACTGGATGCCAGGCTCATGAGGAAGTTCTAATTGACCCATCCTGGTGTCTGTCTCCCAGTTACTCTCCGTCAGTGACATCTGTCCTTTGAGCCATTTCTAACCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164041466 124 - 196418989 GTATTGATCATGCTGGACCGCTGGATGCCAGGCTCAGGAGGAGGTTCTAATTGACCCATCCTGGTGTCCCTCTCCCAGTTGGTCTCAGTCAGTGACGTCTGTCCTCTGAGTCATTTCTAACCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=523948.000000
s hg19.chr21     15882979 54 +  48129895 TTTCCTGCCAATCTGGCCA--CTCTCCTCTATCACTAACCCAAGTACCCTCTCACT
s panTro2.chr21  14609697 56 +  46489110 TTTCCTGCCAATCTGGCCACTCTCTCCTCTACCACTAACCCAAGTACCCTCTCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14099423 56 +  48394510 TTTCCTGCCAATCTGGCCACTCTCTCCTCTACCAGTAACCCAAGTACCCTCTCACT
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a score=211990.000000
s hg19.chr21     15883033 57 +  48129895 TCAGTCTCCGTAATCGGATCCAGTGCACAATGTACTAAGTATTGGTCACTTGCCAAA
s panTro2.chr21  14609753 57 +  46489110 TCAGTCTCCGTAATCGGATCCAGTACACAATGTACTAAGTATTGGACACTTGCCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14099479 57 +  48394510 TCATTCTCCATAATCTGATCCAGTACACAATGTACTAAGTATTGGACACTTGCCAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148964.000000
s hg19.chr21     15883090 26 +  48129895 AGCATCACATTACAAAGTTCCCTACA
s panTro2.chr21  14609810 26 +  46489110 AGCATCACATTACAAAGTTCCCTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14099536 26 +  48394510 AGGATCACTTTACAAAGTTCCCTACA
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s rheMac2.chr3  164041703 26 - 196418989 AGCATGACATTACAAAGTTCCCTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 I 12

a score=1917976.000000
s hg19.chr21     15883116 300 +  48129895 ATTTCCTCCCCAGAGTTCCCACTGTGTACCAAAGGCCATTTTGAGGCAATATTTCTGTCATAACAGGTGGCACTTTTGCTTGTTGTATGAGTGCAAGGGAAGGAGAAAGTGTGTCTGAATATCTGCATCCCCATGTGGTTTGAAACTTCTAAACTGGGCCTTTAAAACTGCTCCAAATCCTTGTTGTCTGGTCCTCTTATTTTTGATCTTAAACTTCAGGAAACAGAGAAAAGAGATAGCATTTTGTCACCTGTCTGGGAACAAGAATGGCTCCCAGTGGAAGTAATTCTCCTCCCCCAC
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i rheMac2.chr3  I 12 C 0
s ponAbe2.chr21  14099562 300 +  48394510 ATTTCTTCCCCAGAGTTCCCACTGTGTACCAAAGGCCATTTTGAGGCAATATTTCTGTCATAACAGGTGGCACTTTTGCTTGTTGTATGAGTGTAAAGGAAGGAGAAAGTGTGTCTGAATGTCTGCATCCCCATGTGGTTTGAAACTTCTAAACTGGGCCTTTAAAACTGCTCCAAATCCTTGTTGTCTCGTCCTCTTATTTTTGATCTTAAACTTCAGGAAAAAGAGAAAAGAGATAGCATTTTGTCACCTGTCTGGGAATAAGAATGGCTCCCAGTGGAAGTAATTCTCCTCCCCCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14609836 300 +  46489110 ATTTCTTCCCCAGAGTTCCCACTGTGTACCAAAGGCCATTTTGGGGCAATATTTCTGTCATAACAGGTGGCACTTTTGCTTGTTGTATGAGTGTAAGGGAAGGAGAAAGTGTGTGTGAATATCTGCATCCCCATGTGGTTTGAAACTTCTAAACTGGGCCTTTAAAACTGCTCCAAATCCTTGTTGTCTGGTCCTCTTATTTTTGATCTTAAACTTCAGGAAACAGAGAAAAGAGATAGCATTTTGTCACCTGTCTGGGAACAAGAATGGCTCCCAGTGGAAGTAATTCTCCTCCCCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=976330.000000
s hg19.chr21     15883416 130 +  48129895 CCTCATACTCAGTCACCACTTCACATCTTCCTTCAGTCAAGCCTTTCATCACTCTGTTCAGTGAGGGAATAGCCCACGTTTCACTACCATGCATTGTGGAAATAAGGTATAGCTCCTTCAAGATGCTCCA
s rheMac2.chr3  164042036 130 - 196418989 CCTCATACTCAGTCATCACTTCATGTCTTCCTTCAGTCTAACCTTTCGTCACTCTGTTCAATGAGGGAATAGCCCACGTTTCACTACCACGCATTGTGGAAATAAGGTAAAGCTCCTTCAAGATGCTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 3307
s panTro2.chr21  14610136 130 +  46489110 CCTCATACTCAGTCATCACTTCACATCTTCCTTCAATCAAGCCTTTCATCACTCTGTTCAGTGAGGGAATAGCCCACGTTTCACTACCATGCATTGTGGAAATAAGGTATAGCTCCTTCAAGATGCTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=261351.000000
s hg19.chr21     15883546 28 +  48129895 CATTGTATGTGAACTGATGTAAAACACA
s rheMac2.chr3  164042166 28 - 196418989 TATTGTATGTGAAGTGATGTAAAACACA
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s panTro2.chr21  14610266 28 +  46489110 CATTGTATGTGAACTGATGTAAAACACA
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s ponAbe2.chr21  14103299 24 +  48394510 ----GTATGTGAACTGATGTAAAACACA
i ponAbe2.chr21 I 3307 C 0

a score=466063.000000
s hg19.chr21     15883574 39 +  48129895 GATGAGTTGCATCTAATCACATAAATTAAGTGGTATACA
s panTro2.chr21  14610294 39 +  46489110 GATGAGTTGCATCTAATCACATAAATTAAGTGGTATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14103323 39 +  48394510 GATAAGTTGCATCTAATCACATAAATTAAGTGGTATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14103362 58 +  48394510 GTAATGGTAAAATGGACCACCATCTCTTCACACCCTCCGTTCCATGACAACTCCAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15883838 61 +  48129895 CTATTCTACAGCCAATAGGAAAATAGGAATAAAACTCAGGATATTTGAAACATCTGGTC-TT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=795780.000000
s hg19.chr21     15883899 49 +  48129895 GCCATACATCTTCAGATAACAGAAGCAGTTGATTTAAAAGGAAATGGGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2141851.000000
s hg19.chr21     15883948 198 +  48129895 AACAAACTTTGCAAAAACATTTAAAAACCCTGAAAAGATTAGAGAGATGTATAACAGTCTACATACAAAAAGTCATAAGGCACCCTGCAATATCAATCGTTTCATCCAAATATTGTAGCTGGAAATTTGACTAAATCCTGAGTGATTTCCTTCTTAGAAAAAATATTAATCTTCATTAGAAAATCCTTGTTGGTTACT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14610668 198 +  46489110 AACAAACTTTGCAAAAACATTTAAAAACCCTGAAAAGATTAGAGAGATGTATAACAGTCTACATACAAAAAGTCATAAGGCACCCTGCAATATCAATCGTTTCATCCAAATATTGTAGCTGGAAATTTGACTAAATCCTGAGTGATTTCCTTCTTAGAAAAAATATTAATCCTCATTAGAAAATCCTTGTTGGTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15884146 30 +  48129895 T-TGGATCCCTTTTTGCCACCTAATTGGTCA
s rheMac2.chr3  164042763 30 - 196418989 TATGGATCCCGTTTTGTCACCTAA-TAGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=363549.000000
s hg19.chr21     15884176 85 +  48129895 TAGTCCTACCATTTATTATTTGCATATTGCTTCACTCTTTACTGATTAATGCTGGGTTAAGATCTAAAAAGTAAATGTCAGTAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164042877 41 - 196418989 AGTAAATTGATGCAAATGTGCTACATTTTTCAGAGTACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15884336 45 +  48129895 GAGGGGGACGCAGGGAAGAGGAAGGGAGAAAGAAAGAGACAGAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164042951 42 - 196418989 ---agggacagaaggaagagggagggagaaagaaagagacagaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14611102 17 +  46489110 ATGGAGCAGAAAATAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14104147 93 +  48394510 TTTCATTTATCTGAATACTTCAAGTCATTTTTAAATATTTTGACTCAAGATAAAGCTGGCTCACTCCAACAAAGATTTTTGTTTTAAAGATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164043010 93 - 196418989 TTTCATTTATCTGAATACTTCAAGTCATTTTTAAATATTTCAGCTCAAGATAAAGCTGGCTCCCTCCAACAAGGATTTTTATTTTAAAGATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=196456.000000
s hg19.chr21     15884491 23 +  48129895 AGGTTTAATCTCCTAATATGGCT
s panTro2.chr21  14611212 23 +  46489110 AGATTTAATCTCCTAATATGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164043103 23 - 196418989 ATATTTAATCTCCTAATATGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=69028.000000
s hg19.chr21     15884514 25 +  48129895 TTTTTGAGGAGTATCCCGAGGAGCC
s panTro2.chr21  14611235 25 +  46489110 TTTTTGAGGCATATCCCCAGGAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164043126 25 - 196418989 TTTTTGAGGCATATCCCCAAGAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=303114.000000
s hg19.chr21     15884539 26 +  48129895 CCGTTGACTACAGTGTTAAAAGTTTT
s rheMac2.chr3  164043151 26 - 196418989 CCTTTGACTACAGTGTTAAAAGTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14611260 26 +  46489110 CCGCTGACTACAGTGTTAAAAGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-134662.000000
s hg19.chr21     15884565 25 +  48129895 CACACACTATATGACTGTGTCAAAT
s panTro2.chr21  14611286 25 +  46489110 AACACAGTTTATAACTGTGTCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14104314 25 +  48394510 AACACATTATATGGCTGTGTCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1219763.000000
s hg19.chr21     15884590 126 +  48129895 ATATTATGTATTATTTAAACAATAGCAACTCTATATAGATTTAATATATCTTACATTTTTACCATTTCTCTTATCAAGTAGCTGGAACCTTGTGGCTGATTTAACTTGTTGTTTTTTAATTAATTT
s panTro2.chr21  14611311 126 +  46489110 ATATTATGTATTATTTAAACAATAGCAACTCTATATAGATTTAATATATCTTACATTTTTACCATTTCTCTTATCAAGTAGCTGGAACCTTGTGGCTGATTTAACTTGTTGTTTTTTAATTAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14104339 126 +  48394510 ATATTATGTAATATTTAAACAATAGCAACTCTATATAGATTTAATGTATCTTACATTTTTACCATTTCTCTTATCAAGTAGCTGGAACCTTGTTGCTTATTTAACTTGTTGTTTTTTAATTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164043202 126 - 196418989 ATATTATGTATTATTTAAACACCAGCAACTCTATATAGATTTACTATATCTTACATTTTTACCATTTCTCTTATCAAGTAGCTGGAACCTTGTTGCTAATTTAACTTGTTGTTTTTTAATTGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=353785.000000
s hg19.chr21     15884716 38 +  48129895 AACCCAGACCTCACACCCAGGATCTTGTCCCTGATTCA
s panTro2.chr21  14611437 38 +  46489110 AACCCAGACCTCACACCCAGGATCTTGTCCCTGATTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14104465 38 +  48394510 AACCCAGACCTCATACCCAGGATCTTTTCCCTGATTCA
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a score=4516192.000000
s hg19.chr21     15884754 106 +  48129895 TTAGCCTTACTTGATGAGCTCTGTCCACTGTAGAGACTATCCATGGAGTCACTGGCTTTGAGGGACACCTTCTCTGTGTGGGTCCCAATCACAGGGTCACTGTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1314994.000000
s hg19.chr21     15884860 56 +  48129895 TATATGGGTGGGCATTCTCTCCATCTTCCTCATCCTTCAGAAAACATATCAGAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=367461.000000
s hg19.chr21     15884916 37 +  48129895 TAGGTACAGAGAGAAGATTTCCACAGAGATGTACATT
s panTro2.chr21  14611637 37 +  46489110 TAGGTACAGAGAGAAGATTTCCACAGAGATGTTCATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2556733.000000
s hg19.chr21     15884953 123 +  48129895 GAGTACATTGATTTAATAGAC---ACATATTTTAGCAATAAAATACTTAAGGATACATAAGGATAAAATACAAAAGTAGTTCATCTTCAGTTCAATTTCTAGCAAAACCTTTCACAATATACTTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1561237.000000
s hg19.chr21     15885076 105 +  48129895 AAAAATTACTCAGATGACACATTCTTTCTGTAAAATTCAGTTGAAATTATAATGGCTCATTTTTACAAACTAGGATGAATATCATATCAATATTATTTAATCAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14107216 166 +  48394510 caaatacagttgaaaagtagtaaggagaaagaaaagtgacaattggacttggcaacagagaggtcactactgacggcgacagctattttaatggagtactggggacagagccctgttgaagtggattgaaaaagagaatggACATAagacataaaaatcaataaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164046083 165 - 196418989 caaatacagttgaaaagtagtaaggagaaagaaaagtgaccattggacttggcaacacagaggtcacaactgatggtgacagctattttaatggagtactggggaca-agccctattgaagtgggttgaaaaagagaatggACATAagacataaaaatcaataacg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14614333 141 +  46489110 tagaattgggagtccataagtaaactcacttgtttatgatccatatatttatggcaatatatttatggtcaattgatttttaacaagagtaccgagacaatcaaataggaaaagaatagtcttttcaacaaatagtgttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14107382 141 +  48394510 tagaattgagaatccataagtaaagtcacctatttacgatccatatatttatgacaatatatttatggtcaactgatttttaacaagaataccaagacagtcaaataggaaaagaatagtcttttcaacaaatagtgttag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164046248 140 - 196418989 tagaattgagagcccataagtaaacccacttatttatgatccatatatttatgacaatatatttgtggtcaactga-ttttaacaagagtgccaagacaatcaaatagggaaagaatagtcttttcaacaaatgcttttag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1240790.000000
s hg19.chr21     15887749 196 +  48129895 gacaactatatatctacatgcaaaagaatgaaggtggactcttcctatatactgtacagtaaaattatcttgaaataaatgatacaccaaaatttaagagactattggcctcttagaagaaaacatgggaataaatcttcattacattagattagacaatggtttgttaaatatgttaccaaaagcacaagtgacc
s panTro2.chr21  14614474 196 +  46489110 gacaactatatatctacatgcaaaagaatgaaggtggactcttcctatatactgtacagtaaaattatcttgaaataaatgacacaccaaaatttaagagactattggcctcttagaagaaaacatgggaataaatcttcattacattaggttagacaatggtttcttaaatatgttaccaaaagcacaagtgacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164046388 196 - 196418989 gacaactgtatatctacatgcaaaagaatgaaggtggactcttcctacatactatacagtaaaattatcttgaaataaatcatacaccaaaatttaagagattattggcctcttagaaaaaaacataggaataaatcttcattacattaagttagacaatggtttcttaaatatgttaccaaaagcacaagtgacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14614722 107 +  46489110 acaccatcaagaaaataaaaatacaatccacagaattggagaaaatatattatattgcatgtcatatatctgataaaaaacttgcatccagaatatataaaaaacat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164046637 106 - 196418989 ataccatcaagaaaataaaaacacagtccacagaattagagaaaatacattatattgcaagccatatatctgat-aaaatcttgcatccggaatatataaaaaacat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14614875 160 +  46489110 aatggatttgaaaaacacttctccacaaagatagataaatggctaaaaagcacatgaaaagattcttgacattattagtcatcagggaaacataaagtacaaccaaatgtaaatcaaaatcacaatgagattccacctcacatccactaggatggctagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15888310 298 +  48129895 attaaaaagacagacaataacaagtgttggcaatgatgcagagaaattggaaccctcatacattgttgatgggaatgtcaaatgacacacctgcttaaaaaaacaatttgccagtttctttattagacatggagttactatatatccaagagaaatgaaaaaatatttccacac-aaaaattgaacagaagtatctgtagcagcattattcataatagccaaaaagtgaaagcaacccaagtaatcactaagtgataaatggataaagtaaatgtgatccatctataaaaggagaaata
s rheMac2.chr3  164046949 298 - 196418989 actaaaaagacagacaataacaagtgttgacaacaatgtagagaaattgaaatcctcatacattgctggtgggaatgtaaaatgatgcagctgctt-aaaagacaatttgccagtttctctattagacatggagttaccatatatccaagagaaatgaaaaaatatttctgcacaaaaaattgaacaggagtatctgtagcagtgttattcataatagccaaaaagtgaaagcaacccaagtgatcactaagtgataaatggataaattaaatgtggtccatctatgaaaggagaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14615035 296 +  46489110 attaaaaagacagacaataacaagtgttggcaatgatgtagagaaattggaaccctcatacattgttgatgggaatgtcaaatgacgcagctgcttaaaaaaacaatttgccagtttctctattagacatggagttactatatatccaagagaaatgaaaaaa-atttccacac-aaaaattgaa-agaagtatctgtagcagcattattcataatagccaaaaagtgaaaacaacccaagtaatcactaagtgataaatggataaattaaatgtgatccatctataaaaggagaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14615331 63 +  46489110 ttatttggcaataaaaaggaatgaagtactgatacttgctacaaaattaatgaCATGTTGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15893854 22 +  48129895 AATTCCAAA-CTAAAGCTTCTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14113641  98 +  48394510 AAATGAGCTAACCACAAACTTAACAGCGTGTAGTact----aaccaaccaataaacaaataaaaacaacaaa---acacacaaacaaaaagcaagcaaCTGAATA
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s rheMac2.chr3  164052518 105 - 196418989 AAATGAGCTAACCACAAACTTAACAGCATGTAGTactaaccaactaaccaataaacaaataacaacaacaacaaaacacacaaacaaaaagcaagcaTCTGAGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164052932 131 - 196418989 CTGGATATCAGAAAAAGAAGGCGCACACATAGACTTATTAATAAATTGAACGCAGCTTTTAGGTATGCACAGTCCAAGGTTGGGAGTAAAATGGAATTTTTCCACATTTAACATAGAATTACAATGAGACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14114177 78 +  48394510 TCTGGGTCAGTTTCATTCACTGGTTTTGAGAAAAAGCTCAGTATGTTAATAGAAGATGTTGCCTTGAATACTTTTTGC
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s ponAbe2.chr21  14114340 63 +  48394510 CTTAAACATATTTTAAAATTCTTTTGAGTCATTGAGTCAAAAAATTGATATTTCCTCACTATC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15894845 118 +  48129895 acaaggcctcccttaatgctctcaatgggatctcggaaattgctaccttaagcaaaaccaggtgtaacaaaatccactttaccataggctacttgaaatcacaagttcaaataacaag
s rheMac2.chr3  164053491 118 - 196418989 acaaggcctcacttaatgctgttgatgggatctcggaaattgctaccttaagcaaaaccaggtgtaataaaatcctctttaccatgggctgctcgaaataacaagttcaaataacaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14114606 118 +  48394510 acaagacctcccttaatgctgtcgatgggatcacggaaattgctaccttaagcaaaaccgggtgtaacaaaatccactttaccataggctacttgaaatcacgagttcaaatgacaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14624321 177 +  46489110 aagctctgtatctagctaccacatttaaggaaaaaaagagacagaagagcatgttaaatattaccaagaagatacagtcagtcagaaaaaatacagacaagaaaatacagagcaaaacaacccagcttcttcagcaaatcactattaaaaaattttaagaaagagttaaagtataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14626171 183 +  46489110 TGCACAAAGAACGTTGGTTAGTAATGTACTCAAAGATCAGAATTCTGTTTCAGCACACCCTTATATGAATATTCTACTATAATAAAAGCTAAATCTCAATAAGCTTGTCAGCCTTTGTCCAAAGACACTCGAGGATTTAATTGTTCTAACTAACTCGGGTACTCAGATCTTTTGAAGAGGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14626354 97 +  46489110 AACAAATTTAACTCTCTTAAAATAATCAGTTAGAATTGCCTCAGTGTCATGTGGTACCAGTGGAATACACTTCTGTGGGGTATCAGGAAACTGACGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14119403 97 +  48394510 AACAAATTTAACTCTCTTAAAATAATCGGTTAGAATTGCCTCAGTGTCATGTGGTACCACTGGAATACAATTCTGTGGGGTATCAGGAAACTGACGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14119500 74 +  48394510 CTAAAAGACAACCAGAGCTGTAAAGCCTCGTCTTCGACACTCACGTTTTATCCAGGGATAAAGTCAACCCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164058338 74 - 196418989 CTGAAAGACTACTACAGCTGTTAAGCCTTGTCTTCAACACTCACATTTTATCCCGGGATAAAGTCAACCCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164058442 92 - 196418989 TCAATGTACATCTGGATTCTAAGAACAAAAACTAGTCAGTCTACTGTATCtctctggttcagtaacttttctgtcaactgcgaaacatcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14119692 90 +  48394510 AAGAAGTGCAGATTCTGATTCCACCACGGTTTTACAATGTTTTGTCAAAATTTCCGTGCTAAAGATTTGCTTTCAGAAGTTGCTGTGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164058534 90 - 196418989 aagaagtgcagattctgactccaccacggttttacAATGTTTTGTCAAAATTTCCGTGCTAAAGATTTGCTTTCAGAAGTTGATGTGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14119782 27 +  48394510 CTAGAAATGTTCTCTGCAAATTGAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164058624 27 - 196418989 CTAAAAATATTTTCTGCAAATTGAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14626760 105 +  46489110 CATCTCAAAGATTACCTGAAGGAAAGAAACTAGAACTAAAAAAAAAAAAAA---------------GCAGAATGA-CCATAACTTCTAAAAGTGGTTATTCATACCAGCCTATTTTTTGC-----A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14119809 109 +  48394510 CATCTCGAAGATTACCTGAAGGAAAGAAACTAGAACTAAAAAAAAAAAAAA------------AATGCAGAATGATCCATAACCTCTAAAAGTGGTTATTCATACCAGCCTATTTTATGC-----A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164058651 126 - 196418989 CATCTCAAAGATTACCTGAAGGAAAGAAACTAGAACTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTCAATGCAGAGTGATCCACAACCTCTAAAAGTGGTTATTCATACCAGCCTATTTTATGCAACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15900160 31 +  48129895 ACAAGTCTGATGAGTAAAAAAGACCCAAATG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14626919 121 +  46489110 ATTTACATTGTATCCATAGACTGTAAGTCATGCTACACTTCTGGGAAATGAATAGAAATTATGATATTCTACTTTACTTGAAAGGAGTTCttaaataatattttgatatgttttaaatatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14119972 121 +  48394510 ATTTACATTGTATCCATAGACTGTAAGTCATGCTACACTTCTGGGAAATGAATAGAAATTATGATATTCTATTTTACTTGAAAGGAGTTCttaaataatattttgatatgttttaaatatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164058831 120 - 196418989 ATTTACCTTGTCCCCATAGACTACAAATCATGCTACCCTTCTGGGAATTGAGTAGAAGTTATGATATTCTATTTTACTTGAAAGGAGTTCttaaataatattttgatat-ttttaaatatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14120977 29 +  48394510 aattatttcattagataaacacaatcccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164059833 29 - 196418989 aattatttcatgagataaacgcaatcccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14627953 187 +  46489110 ctctgagttaggcattaacttctccaattcacagatgatgagaactgaggctcagagtgtttaaatagcttttcctcagtcaACAAATTAAAGCTCATACTCAGCATTCAGTGCCTGTGTGATTCTGTATGGTAACGGGTAATGCTAGTCAATCTGATTTAGCAGAATTTCTAACACTTCTTGCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14121006 187 +  48394510 ctctgagttaggcattaacttctccaattcacagatgatgagaactgaggctcagagtttttaaatagtttttcctcagtcaACAAAATAAAGCTCATACTCAGTATGCAGTGCATGTGTGATTCTGTATGGTAACAGGTAATGCTAGTCAATCTGATTTAGCAGAATTTCTAACACTTCTTGCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164059862 187 - 196418989 ctctgagttaggcattcatttctccaattcacagatgatgagaactgaggctcagagtgtttaaatagtttttcctcagtcaACAAAATGAGGCTCATACTGAGCATGAAGTGCGTCTGTGATTCTGTGTGGTGGCAGACAATGTTAGTCCATCTGATTTAGCAGAATTTCTAACACTTCTTGCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15901435 12 +  48129895 ccactgtggacg
s panTro2.chr21  14628140 12 +  46489110 CCACTGTGGACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060049 12 - 196418989 CCACTGTGGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1196363.000000
s hg19.chr21     15901447 129 +  48129895 aactcatttatatctctaagcttttgctcctactg-ttttttattcaaggaatattggtcttcttttattccacctactcaaacccagcccattcttcgagggcaggattaagtctcacctcccttagga
s panTro2.chr21  14628152 129 +  46489110 AACTCACTTATATctctaagcttttgctcctactg-ttttttattcaaggaatattggtctccttttattccacctactcaaacccagcgcattcttcaagggcaggattaagtctcacctcccttagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14121205 129 +  48394510 AACtcatttatatctctaagcttttgctcctactg-ttttttgttcaaggaatattggtcttcttttattccacctactcaaacccagcccactcttcaagggcaggattaagtctcacctcccttatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060061 130 - 196418989 AActcatttatatctctgagcttttgctcctactgtttttttgttcaaggaatattggtcttcttttattccacctactcaaacccagcccattcttcgaggacaggattaagtctcacttcacttatga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1538572.000000
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s panTro2.chr21  14628281 223 +  46489110 aaccctTTTATGATGCCA-TTTAGTGAACGTTTTAGTGCATATTGATTG---CTGTTATTACATGATGTATCTCCAATGGATAAAAATCCTACAGTCGTGAGACCTGGGCAAAACCATGGCAAATGACAGATCCTACATTACTCTTCAAGTTAAATGTCAAAAATCTTACATCTCACAGTTACACAAAACTAAATTAGAACTTAATCATGTTGCAACTAATGACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14121334 225 +  48394510 aacccttttctgatgccA-TTTAGTGAATGTTTTAGTGCATATTGATTG-CCCTGTTATTACATGTTGTATCTCCAACGGATAAAAATCCTACAGTCGTGAGACTTGGGCAAAACTATGGCAAATGACAGATCCCACATTACTCTTCAAGTTAAATGCCAAAAATCTTACATCTCTCAGTTACACGAAAATAAATTAGAACTTAATCATGTTGCAACTAATGACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060191 227 - 196418989 aacccttttctgaTGCCATTTTAGTGAACGTTCTAGTGCATATTGATTGCCCCTGTTATTACATACTGTATCTCCAATGGACAAAAATCCTACAGTTGTGAGACTTGGGAAAAACCATGGCAAATTGCAGATCCCACATTACTCTTCAAGTTAAATGTCAAAAATCATACATCTCACAGTTACACAAAAACAAATTAGAACTCAATCATGTTGCAACTAATGACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15901799 134 +  48129895 AATTTGTTGATGTTTAAAGACCATAAGGGTTTGCATCATGTAATTTAACATAAATACACTAAGTGGCTTCTATGGCTCAACTTAGTACTCAGAGTAAGGGCTGTCGGTATGAATAAATAAGAATCAACCGTGAG
s panTro2.chr21  14628504 134 +  46489110 AATTTGTTGATGTTTAAGGACCATAAGGGTTTGCATCACGTAATTTAACATAAATACACTAAGTGGCTTCTATGGCTCAAGTTAGTACTCAGAGTAAGGGCTGTCGGTATGAATAAATAAGAATCAACCCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14121559 134 +  48394510 AATTTGTTGATGTTTAAAGACTATAAGGGTTTGCATCATGTAATTTAACATAAATACACTAAGTGGCTTCTATGGCTCAACTTAGTACTCAGTGTAAGGGCTGTCGGTATGAATAAATAAGAATCAACCCTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14121693 77 +  48394510 AGAAATGTATACTATATTAGTGCCATGGACAAAATCATTCCAAACCATAAGAGCTAAATAGAATCCTGTTCAAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060552 77 - 196418989 AGAAATGTATACTATATTAGTGCCATGGACCAAATCATTCCAAACCATAAGAGCTAAATAGAATCATGTTCAAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060629 17 - 196418989 AAGATACACAAATATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=249893.000000
s hg19.chr21     15902027 46 +  48129895 AATCAATTCCTATAAGCAGGTTATATTCATATACAAAATAAAAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060646 46 - 196418989 AATCAATTCGTATAAGCAGATTATATTCATATACAAAACAAAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14628778 26 +  46489110 GTTAAAATGTATAGTAGATGTCAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14121833 26 +  48394510 GTTAAAATGTGTAGTAGATGTCAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060692 26 - 196418989 CTTAAAATGTACAGTAGATGTCAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=692391.000000
s hg19.chr21     15902232 69 +  48129895 ACAGATTTTGGGAGTAAAATTAGCTGGAATCAATATAATTTGAATTCACTTAACCA-TTTTCAAAAATTA
s panTro2.chr21  14628937 69 +  46489110 ACAGATTTTGGGAGTAAAATTAGCTGGAATCAATATAATTTGAATTCACTTAACCA-TTTTCAAAAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14121991 68 +  48394510 -CAGATTTGGGGAGTAAAATTAGCTGGAATCAATATAATTTGAATTCACTTAACCA-TTTTCAAAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060851 70 - 196418989 ACAGATTTTGGGAGTAACATTAGCTGAAATTAATAGAATTTGAATTCACTTAACCATTTTTCAAAAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-169155.000000
s hg19.chr21     15902301 45 +  48129895 GTAGATTTGTATAATTGTTAAACAAGAGGCTCTTTAGAAATAATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14122059 45 +  48394510 GTAGATTTGTATAATTGTTAAACAAGAGGCTCTTTAGAAATAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164060921 35 - 196418989 GTAGATTTGTATAATTGTTAAACAAGAGGCTCTTT----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15902346 35 +  48129895 ACCAAATCTggccgggcgcagtggctcacgcctgc
s panTro2.chr21  14629051 35 +  46489110 ACCAAATCTggccgggcgcagtggctcacgcctgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14122104 35 +  48394510 ACCAAATCTggccgggcgcagtggctcacgcctgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164060956  0 - 196418989 C

a score=14703.000000
s hg19.chr21     15902381 88 +  48129895 aatcccagcactttgggaggccaaggcaggcggatcacgaggtcag-gagatccagaccaccctggctaatacggtgaaaccccatccc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164060956  0 - 196418989 C

a score=9182.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164060956  0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164060956   0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164060956  0 - 196418989 C

a score=-429216.000000
s hg19.chr21     15902659 91 +  48129895 aagaaaTAATCACCAAATCCGAAGATTGTGATTGCTAAAGTTATGATAAGTAAGAAAGGTAGTGGAACATATGCTATGTATAAGATGGATC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14629366 91 +  46489110 aagaaATAATCACCAAATCCGAAGACTGTGATTGCTAAAGTTATGATAAGTAAGAAAGGTAGTGGAACATATGCTATGTATAAGATGGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14632621 20 +  46489110 TTTAAGCTTGCAGAAATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14125696 20 +  48394510 tttaagcttgcagaaatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164064724 20 - 196418989 TTGAAGCATGCAGAAATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14632641 47 +  46489110 CAACTTCAAGGTGACTAATTCATAAACCAAACTGATAAGATATCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164065257 117 - 196418989 TGACCCATTTACAAACTATCTTCTGGAGTAGGCTACTTCTGTAGATGACTAATATTATCCATTAGTCATTTCACGCTCATTATACATATACTGAGAAATCACTACTATGTTCTATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164065556 37 - 196418989 AACTATGAGTTaaaaaaaaa--aaaaaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14126857 33 +  48394510 AACTGTGAGTTTAaac------aacaacaacaacaacaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14633452 39 +  46489110 AACTGTGAGTTTAaacaacaaaaacaacaacaacaacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s ponAbe2.chr21  14126943 153 +  48394510 tttttttccttttttttcgagacggagtctcgctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggaatacaggcgcccgccacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164065637   1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s panTro2.chr21  14633737 261 +  46489110 cttacatatggtaattttcttaattctcacatcaaccctatgtgacatgctttaagacttccccttttcatgattaccacaatgaggctcaagaggcttaagaaaatgttcaaagtcccctggttaagaaagatcaaagtaagacattcacactcaggtctctatgcctttagttcacgttacctactgctctgctagactgACCCTAATACACTACcctggggtaactgatggaggctttcttgaggaagtgacagtcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164065674 261 - 196418989 cttacatatggtaatttacttaattctcacatcaactctatgtgacatgctttaagacttctccttttcctgattaccacaacgaggctcaagaggcttaagaaaatgttcaaagtctcctggttaagaaatatcaaagtaagaaattcacactcagatctctacgccttcagttcatgttgcctactgctctgccagactgcccctAATACACTGCGCTGGGGTAACTGATGGAGGCTTTCTTGAGGAAGTGACAGTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 4

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14634022 84 +  46489110 ttcatgagttggaaaaaaagcacagagcattttaggctaagagaaGCACAGACAGAAATGTATGAGAGTGGTCAGATCATCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 4 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=319241.000000
s hg19.chr21     15908600 24 +  48129895 CCAAAGCAAGGCAAAGAAAGACTA
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a score=909484.000000
s hg19.chr21     15908624 114 +  48129895 AAGAGATAAGTGTGTGACTAAATTGATTTTTAACAAATCCAGCATCTTGGTAGTCAAGGTAGTGACCTTATAAAGCTTCCTATAAAATACAATATCCAAATTTCCAAACAAAGG
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a score=424047.000000
s hg19.chr21     15908738 77 +  48129895 GGAGGCTACACTTCTGTCATTTCTCTAGCTATTCAT---CTGATCTTTCTGAATATTATCTGAACACTTTTCAAGTATAG
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a score=588415.000000
s hg19.chr21     15908815 57 +  48129895 CTAATACATTTGGCCCCAAACATTTTGCTACCTGCTTGGGATAAAACTTGATTACAG
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a score=609300.000000
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a score=-133350.000000
s hg19.chr21     15908949 15 +  48129895 TTTAAAAGGTGCACT
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s hg19.chr21     15908964 21 +  48129895 ACGAATTAAAATAAAATCCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 24

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i rheMac2.chr3  I 24 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14637596 43 +  46489110 TTCTTATATCTGGTTAGATAAGAGTTAAAAATGTATCCTAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14638180 37 +  46489110 AACATAAAGCTTAAAATGAGTTACAGTTGTACTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14131561 37 +  48394510 AACATAAAGCTTAAAATGAGTTACAGTTGTACTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164070099 37 - 196418989 AACATAAAGTTTAAAATGAATTAGAGTTGTACGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14131598 9 +  48394510 CACAAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164070136 9 - 196418989 CACAAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15911513 48 +  48129895 TTTTACACACATATTAACAGACTTGCTACAAAGAAACAataagacagg
s panTro2.chr21  14638226 48 +  46489110 TTTTACACACATATTAACAGACTTGCTACAAAGAAACAataagacagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14131607 48 +  48394510 TTTTACACACCTATTAACAGACTTGCTACAAAGAAACAataagacagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164070145 48 - 196418989 TTTTACACACATATTAACAGATTTGCTACAAAGAAACACTaagacagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14638274 113 +  46489110 gatgccctctctcaccactcctattcaacatagtgttggaagttctggccagcgcaatcaggcaggagaaagaaataaagggtattcaattaagaaaagaggaagtcaaattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14131655 113 +  48394510 gatgccctctctcaccactcctattcaacatagtgttggaagttctggccagggcaatgaggcaggagaaagaaataaagggtattcaattaagaaaagaggaagtcaaattg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164070193 113 - 196418989 gatgccctctctcaccactcctattcaacatagtgttggaagctctggccagggtaatcaggcaggagcaagaaataaagggtattcaattaggaaaagaggaagtcaaattg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15911674 105 +  48129895 cctctgtttgcagatgacatgattgtatatctagaaaaccccattatctcagcccaaaatctccttaagctgataggcaacttcagtaaagtctcaggatacaaa
s panTro2.chr21  14638387 105 +  46489110 cctctgtttgcagatgacatgattgtatatctagaaaaccccattatctcagcccaaaatctccttaagctgataggcaacttcagtaaagtctcaggatacaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15913646 70 +  48129895 AAAAAAAAAAAAAGTACATAGCTTGAGTGAGTATCCATACTTGAACCAGGCTGTATGTAGTAGACCAAGG
s rheMac2.chr3  164072262 70 - 196418989 AAAAAAAAGAAAAGTACATAGCTCGGGTGAGTATCCATACTTGAACCAGGCTGTATATAGTAGACCAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164072365 148 - 196418989 -------------atgtggcccaacactaattcataaactttcttaaaacattgcgagatttttttgtgcttttttttgtttttgtttttgtttttcttttcttttctttttttcttttcttttt---ttttttttagctcataagttatccttagtgttagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14640459 113 +  46489110 -------------atgtggcccgacacaaattcataaactttcttaaaatattatgagatttgtttgtgatt-----------------------------------ttttctttgtttgtttgt---ttgtttttagctcataaattatacttagtgttaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14134002 71 +  48394510 tattttatatgcggtccaaggaaattcttctccttccagtgtggcccaggaaggccaaaagattagacacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164072513 71 - 196418989 tattttatatgtggcccaagaaaatttttcttcttccaatgtggcccaggaaagccaaaagattagacacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14134073 165 +  48394510 cctAGAGTAGACTGAAGAAACTtcattcactttacaaatatttattgagagtctactacgttgaaagtattatgctagctgcagagggaagatacGTGGTGTTTACTTCAATATTAGGTCATTTTTTAAAATATTTGAATATTAAGAAAGTTGTTAGCCTGGACA----------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 25
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 25 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 576

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164072838 576 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=16292.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 576 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14641869 73 +  46489110 gagtccacccaggaggttagggttagggttagggttatgtgattgcaccacatcaactccagcctgggtgaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14135389 38 +  48394510 gagcaagaacctgtttcCAAGGTAAAAGCAAAATTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14641942 38 +  46489110 gagcaagactctgtttcCAAGGTAAAAGCAAAATTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=213876.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=446462.000000
s hg19.chr21     15915339 63 +  48129895 TTAACTAACCTAAGTACAGAATACTTAACTATTATT-CTCCTATTTCTTTTCTAATTTGGAATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464056.000000
s hg19.chr21     15915402 105 +  48129895 TATCTGTATACAGTAGAGAGTTCTGAGACACACATTAAAGCCCTTAGAAGTTATTAACATTCCAGTACATGCAATGGGTTTCTTTTGTAATAATTCTGCAAGAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164074444 105 - 196418989 TATCTATATACAGCAGAGAGTTCTGAGACATACATTAAAACCCTTAGGAGTTATTGAGATTCCAGTACATGCAATGGGTTTCTTTTGTAATAATTCTGCAAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=161577.000000
s hg19.chr21     15915507 26 +  48129895 TTACCAGTTTCTGTTATAGAATATCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14135641 26 +  48394510 TTACCAGTTTCTGTTATAGAATATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164074549 26 - 196418989 TTACCAGTTTCTGTTATAGAATATCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 8

a score=458258.000000
s hg19.chr21     15915533 103 +  48129895 CTGGTCTCTGCCTCTCAGCCTATACTGTAAGTGTCTTACAATAAATTTGAATGCTACTCTTAATTTTGAGCTATTCAAAGGAGAGAACCTATACTAAAAATAG
s ponAbe2.chr21  14135667 103 +  48394510 CCGGTCTCTGCCTGTCAGCCTATACTGTAAATGTCTTACAATAAATTTGAATGCTACTCTTAATTATGAGCTATTCAAAGGAGAGAACCTATACTAAAAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14642219 103 +  46489110 CTGGTCTCTGCCTCTCAGCCTATACTGTAAATGTCTTACAATAAATTTGAATGCTGCTCTTAATTATGAGCTATTCAAAGGAGAGAACCTATACTAAAAATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164074575   8 - 196418989 I

a score=-332846.000000
s hg19.chr21     15915636 97 +  48129895 AGAAAGAGAGAAATAAAGGATGAAAAAGAGGGTACACTAATGATAACACTACACATGGTAAAACTGTATTTTAACATGTATTTGGACTTACTCTTTT
s panTro2.chr21  14642322 97 +  46489110 AGAAAGAGAGAAATAAAGGATGAAAAAGAGGGTACACTAATGATAACACTACACATGGTAAAACTGTATTTTAACATGTATTTGGATTTACTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14135770 97 +  48394510 AGAAAGAGAGAAATAAAGGATGAAAAGGAGGGTACACTAACGATAATACTACACATGGTAAAACTGTATTTGAACATGTATTTGGATTTACTCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164074583 45 - 196418989 ---------------------------------------------------CACATGGTAAAACTGTGGTT-AACATGTATTCGGATTTACTCTTTT
i rheMac2.chr3  I 8 C 0

a score=298004.000000
s hg19.chr21     15915733 74 +  48129895 TAAATTCATGAACATGTTTATCGATAAGTTTTAGGAATATAAGAAAATAATGAATTATTTTTGATATAGGACTG
s panTro2.chr21  14642419 74 +  46489110 TAAATTCATGAACATGTTTATCGATAAGTTTTAGGAATATAAGAAAATAATAAATTATTTTTGATATAGGACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14135867 71 +  48394510 TAAATTCATGAACATGTGTATCGATAAGTTTTAGGAATATAAGAAAATA---AATTATTTTTGATATAGGACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164074628 74 - 196418989 TAAATTCATGAACATGTTTATTGATAAGTTTTAGGAATAAAAGAAAATAATAAATTATTTTTGATATAGGACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=483579.000000
s hg19.chr21     15915807 58 +  48129895 AAAATCTATTGCTACATATTATATAAATGAATGTTTTGAACCTTCTCATAACTGTAAG
s panTro2.chr21  14642493 58 +  46489110 AAAATCTATTGCTACATATTATATAAATGAATGTTTTGAACCATCTCATAACTGTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14135938 58 +  48394510 AAAATCTATTGCTACATATTATATACATGAATATTTTGAACCTTCCCATAACTGTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164074702 58 - 196418989 AAAATCTATTGCTACATGTTATATACATGAATGTTTTGAACCTTCTCATAGCTGTAAG
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a score=406245.000000
s hg19.chr21     15915865 45 +  48129895 ACCTATTTGAAAATACTAATAACAAAATCTTTCTCCATTAGCTTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=228153.000000
s hg19.chr21     15915910 40 +  48129895 CAATTGGAAAGTTTGATCATTTTTAATTGAGGTAACATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165571.000000
s hg19.chr21     15917300 30 +  48129895 TGCTTTTAAAAACTTTTCTGTATTATTTGG
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s hg19.chr21     15917330 37 +  48129895 AAAATGTTACTTTGAGTTTTTCTTATATTAGGGAAAA
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a score=145340.000000
s hg19.chr21     15917367 15 +  48129895 AGAAATCATGATACG
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a score=375684.000000
s hg19.chr21     15917382 37 +  48129895 TTATCTAGCTACATTTTAAACTAAAGATGCTTGTCTA
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a score=374027.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-36355.000000
s hg19.chr21     15918731 19 +  48129895 ACATTTACATGGGTAA---TTT
s panTro2.chr21  14645417 20 +  46489110 ACATTTACATGGGTAA--TTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14647522 100 +  46489110 TAATAAAATGGCAATGATAATGCTTGCACTTAGTACATGGTAGAGTTTTGTTGATAGTAAAATGAAATATCAATAAAGGACATACTTATTAGATGATTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=149708.000000
s hg19.chr21     15920615 23 +  48129895 TCATTTCAGTAATGTTTTATGTC
s panTro2.chr21  14647622 23 +  46489110 TCATTTCAGTAATGTTTTATGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14140767 23 +  48394510 TCATTTCAGTAATGTTTCGTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164079832 23 - 196418989 TCATTACAGTAAGGTTTTGTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=37739.000000
s hg19.chr21     15920638 40 +  48129895 AAAAAATGTTTGTGAACTCTAAAAAGGCATGAAGTTT----CAG
s panTro2.chr21  14647645 40 +  46489110 AAAAAATGTTTGTGAACTCTAAAAAGGCATGAAGTTT----CAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14140790 40 +  48394510 AAAAAATGTTTGTGAACTCTAAAAAGGCATGAAATTT----CAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164079855 44 - 196418989 AAAAAATGTTTGTGAACTCTAAATAGGCATGATGTTTCAAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310226.000000
s hg19.chr21     15920678 39 +  48129895 TTTGAGGTGGTGCTTGCTATAGGTTACATTTCTCCAATG
s panTro2.chr21  14647685 39 +  46489110 TTTGAGGTGGTGCTTGCTATAGGTTATATTTCTCCAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14140830 39 +  48394510 TTTGAGGTGGTGCTTGCTTGAGGTTATATTTCTCCAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164079899 39 - 196418989 TTTGGGGCGGTGCTTGCTGTAGGTTATATTTCTCCAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175739.000000
s hg19.chr21     15920717 40 +  48129895 TTTCTATAATACAGTGCTAAAGAATAGAGAACAGTCACAT
s panTro2.chr21  14647724 40 +  46489110 TTTCTATAATACAGTGCTAAAGAATAGAGAACACTCACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14140869 40 +  48394510 TTTCTATAATAGAGTGCTAAAGAATAGGAAACACTCACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164079938 40 - 196418989 TTTCTATAATACAATGCTAAAGAATAGAGAACACTTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146770.000000
s hg19.chr21     15920757 35 +  48129895 TTATGAGACCCATATCTGGACTAGATGCAGTTTTT
s rheMac2.chr3  164079978 35 - 196418989 TTATGAGACCCATGTCTGGACTAGATGCGGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14140909 35 +  48394510 TTATGAGACCCATATCTGGACTAGACGCAGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14647764 35 +  46489110 TTATGAGACCCATATCTGGACTAGATGCAGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=229242.000000
s hg19.chr21     15920792 21 +  48129895 AAAAGCGTTATACTCAAGCAA
s panTro2.chr21  14647799 21 +  46489110 AAAAGTGTTATACTCAAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14140944 19 +  48394510 --AAGTGTTATACTCAAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080013 21 - 196418989 AAAAGTATTATACTCCAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=641085.000000
s hg19.chr21     15920813  89 +  48129895 ACAAA-------------------------AAATATATATCCATTTATGGATCTCTAGGCACTTCACCATCTTTAACATTACAAGAAATGTTTAAAATGTAAACAAAATAAATA
s panTro2.chr21  14647820  89 +  46489110 ACAAA-------------------------ATATATATATCCATTTATGGATCTCTAGGCACTTCGCCATCTTTAACATTACAAGAAATATTTAAAATGTAAACAAAATAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14140963  89 +  48394510 ACAAA-------------------------ATATGTATATCCATTTATGGATCTCTAGGCACTTCGCCATCTTTAACATTACAAGAAATATTTAAAATGTAAACAAAATAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080034 114 - 196418989 AAAAAAAAAAAAatatatatatatatatatatatatatatCCATTTATGGATCTCTAGGCACTTCACCGTCTTTAACATTACAAGAAATATTTAAAATGTAAACAAAATAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=357111.000000
s hg19.chr21     15920902 73 +  48129895 TTTTCCTTCAAGTACGGGTGGAAAAGGATTTTTCCAATCTTTCTTTCACTCAAGAAAAATGTTTTCTGGGGCT
s panTro2.chr21  14647909 73 +  46489110 TTTTCCTTCAAGTACAGGTGGAAAAGGAATTTTCCAATCTTTCTTTCACTCAAGAAAAATGTTTTCTGGGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141052 73 +  48394510 TTTTCCTTCAAGTACAGGTGGAAAAGGAATTTTCCAATCTTTCTTTCACTGAAGAAAAATGTTTTCTGGGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080148 73 - 196418989 TTTTCCTTCAAGTACAGGTGGAAAAGGAATTTTCCAATCGTTCTTTCACTCAAGAAAAATGTTCTCTGGGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1315359.000000
s hg19.chr21     15920975 210 +  48129895 TAAAAGACAGATGTGACATTTGAGGTCCCATTCATTATCTAACTATGTTAAACTTCTTGATCCCCAAAAAGATCAAGTGACAAGGTTACAAATGTTTTTATCAATTATCTACTATTTTATGGTATTTGGAGGACACCGAGATATTTAGTGAGTGACACAGAGTGACCCAGCAAGCTCAAAAGTCACAGATGGACAGAACAAGAATGAAGC
s panTro2.chr21  14647982 210 +  46489110 TAAAAGACAGATATGACATTTGAGGTTCCATTCATTATCTAACTATGTTAAACTTCTTGATCCCCAGAAAGATCAAGTGACAAGGTGACAAATGTTTTTATCAATTATCTACTATTTTATGGTATTTGGAGGACACCGAGATATTTAGTGAGTGACACAGAGTGACCCAGCAAGCTTAAAAGTCACAGATGGACAGAACAAGAATGAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141125 210 +  48394510 TAAAAGACAGATATGACATTTGAGGTCCCATTCATTATCTAACTATGTTAAACTTCTTGATCTCCAAAAAGATCAAGTGACAAGGTGGCAAATGTTTTTATCAATTATCTACTATTTTATGGTATTTGGAGGACACTGAGATATTTAGTGAGTGACACAGAGTGACCCAGCAAGCTCAAAAGTCACAGATGGACAGAAGAAGAATGAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080221 203 - 196418989 TAAAAGACAGATTTGACATTTGAGGTCCCATTCATTAC----CTATGTGAAACTTCTTGATCCCCAAAAAGATCAAGTGACAAGGTGGTAAATGTTTTTATCAATTATCTACTATTTTATGGAATTTGGA-GACACCAAGATAGTCAGTGAGTGACAC--AGTGATCCAGCAAACTCAAAAGTCACAGATGGACAGAACAAGAATGAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=143020.000000
s hg19.chr21     15921185 30 +  48129895 AGAGAGTCAGTACAGAGCACACCTCACTAC
s panTro2.chr21  14648192 30 +  46489110 AGAGAGTCAGTACAGAGCACACCTCACTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141335 30 +  48394510 AGACAGTCACTACAGAGCACACCTAACTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080424 28 - 196418989 AG--AGTCAGTACTGAGCACACCTAACTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1691548.000000
s hg19.chr21     15921215 86 +  48129895 TGACCATGATTAAACCACTAGCAACCCTGTTGCTTAACATGTATTCTGAAATAGGGAAATTGCAAAAGCACAGTCTTGGTGCTTTA
s panTro2.chr21  14648222 86 +  46489110 TGACCATGATTAAACCACTAGCAACCCTGTTGCTTAACATGTATTCTGAAATAGGGAAATTGCAAAAGCACAGTCTTGGTGCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141365 86 +  48394510 TGACCATGATTAAACCACTAGGAACCCTGTTTCTTAACATGTATTCTGAAATAGGGAAATTGCAAAAGCACAGTCTTGGTGCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080452 86 - 196418989 TGACCATGTTTAAACCACTGGGAAACCTGTTGCTTAACATGTGTTCTGAAATAGGGAAATTGCAAAAGCACAGTCTTGGTGCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=145096.000000
s hg19.chr21     15921301 46 +  48129895 CAATACCTTAATGGTCTTACATCCCAGACAGAATGGAACTTTGTGT
s panTro2.chr21  14648308 46 +  46489110 CAATACCTTAATGGTCTTACATCCCAGACAGAATGGAACTTTGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141451 46 +  48394510 CAATACCTTAATGGTCTTACATCCCAGACAGAATGGAACTTTGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080538 46 - 196418989 CAATACCTTAATGGTCTTACATCCCAGACAGAATGGAACTTTGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=723192.000000
s hg19.chr21     15921347 48 +  48129895 ACTATCTCTGTGTCATGAATCATGAGTAAAAATTTTGAAGAAATTGCA
s panTro2.chr21  14648354 48 +  46489110 ACTATCTCTGTGTCATGAATCATGAGCAAAAATTTTGAAGAAATTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141497 48 +  48394510 ACTATCTCTGTGTCATGAATCATGAGTAAAAATTTTAAAGAAATTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080584 48 - 196418989 ACAATCTCTGTGTCACGAATCATGAGTAAAAATTTTAAAGAAATTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=802116.000000
s hg19.chr21     15921395 79 +  48129895 GTCAAATGACAAAGATTGAGGTGTATTTTTCGGGAAAGTAAGGTGAGCCATAAAAGGATTGGTTCAGCAATCCAACAAA
s panTro2.chr21  14648402 79 +  46489110 GTCAAATGACAAAGATTGAGGTGTATTTTTCGGGAAAGTAAGGTGAGCCATAAAAGGATTGCTTCAGCAATCCAACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141545 79 +  48394510 GTCAAATGACAAAGATTGAGGTGTATGTTTCGGGAAAGTAAGGTGAGCCATAAAAGGATTGTTTCAGCAATCCAACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080632 79 - 196418989 GTTGAATGACAAAGATTGAGGTGTATTTCTCAGGAAAGTAAGGTGAGCCATAAAAGGATTGTTTCAGCAATCCAACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-11046.000000
s hg19.chr21     15921474 80 +  48129895 TA-TTTATTTAGTGTATTGCTAAAACACAAATCATAAAATTCAAAGCATAGATAGAAGGAAATTAGAGATCATGGGACATT
s panTro2.chr21  14648481 80 +  46489110 TA-TTTACTTAGTGTATTGCTAAAACACAAATCATAAAATTCGAAGCATAGATAGAAGGAAATTAGAGATCATGGGACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141624 80 +  48394510 TA-TTTATTTAGTGTATTGCTAAAACACAAATCATAAAATTCGAAGCATAGATAGAAGAACATTAGAGATCATGGGACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080711 81 - 196418989 TATTTTATTTAGTGTATTGCTAAAACACAAATCATAAAATTCGAAGCATAGGTGGAAGGAAACTAGAGATCATGGGACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-139930.000000
s hg19.chr21     15921554 28 +  48129895 CAAAGTGATGTCCTCGATTCTGAGACAT
s rheMac2.chr3  164080792 28 - 196418989 CAAAGTGATGTCCTCGATTCTGAGACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141704 28 +  48394510 CAAAGTGATGTCCTCGATTCTGAGACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14648561 28 +  46489110 CAAAGTGATGTCCTCGATTCTGAGACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=335132.000000
s hg19.chr21     15921582 166 +  48129895 TGAGGATCTCCATCTACATCTCTCTGCCTTCTGCCATCAGGTTGAAGAATACAATTAGATAGTAGTTTGGATTAATCCTACTCTACA------TTTTATTTTAGGACATGTACACTGGTTCAATGGATGAAGGGTTTTAAAATCAAATCTTTTAGAATGAAAGTAGATTCTC
s panTro2.chr21  14648589 166 +  46489110 TGAGGATCTCCATCTACATCTCTCTGCCTTCTGCCATCAGGTTGAAGAATACAATTAGATAGTAGTTTGGATTAATCCTACTCTACA------TTTTATTTTAGGACATGTACACTTGTTCAATGGATGAAGGGTTTTAAAATCAAATCTTTTAGAATGAAAGTAGATTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141732 166 +  48394510 TGAGGATCTCCATCTACATCTCTCTGCCTTCTACCATCAGGTTGAAGAATACAATTAGATAGTAGTTTGGATTAATCCTACTCTACA------TTTTATTTTAGGACATGTACACTTGTTCAATGGATGAAGGGTTTTAAAATCAAATCTTTTAGAATGAAACTAGATTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080820 172 - 196418989 TGAGGATCTCCATCTACATCTCTCTGCCTTCCACCATCAGGTTGAAGAATACAATTAGATAGTAGTTTGGATTAATCCTACTCTACATTTTTTTTTTTTTTTAGGACATGTACACTTGTTCAATGGATGAAGGGTTTTCAAATCAAGTCTTTTAGAATGAAACTAGATTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=723677.000000
s hg19.chr21     15921748 125 +  48129895 TGCATTGCTCTAATAGTTAAAACTTCTCTAACATGAAGAGTTGGTTGGGCACAATCTTATGCATGCCTCTGTGTATTGCTGGGTCAACCATGACCAAGGGATATTTTATTAACTCTAACCAAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14141898 125 +  48394510 TGCATTGCTCTAATAGTTAAAACTTCTGTAACATGTAGAGTTGGTTGGGCACAATCTTATGTATGCCTCTGTGTAGTGCTGGGACAACCATGACCAAGGAATATTTTATTAACTCTAACCGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164080992 125 - 196418989 CGCATTGCTCTAACAGTTAAAACTTCTCTAACCTGTAGAGTTGGTTGGGCACAATCTTATGTATGCCTCCATGTATTACTGGGACAACCATGACCAAGGGATATTTTATTAACTCTAACTGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=267214.000000
s hg19.chr21     15921873 50 +  48129895 TACTCCTGACTATACCTCAAGTGTTTTGTTACAGGAGGAAAACAGAGAGA
s panTro2.chr21  14648880 50 +  46489110 TACTCCTGACTATACCTCAAGTGTTTTGTTACAGGAGGAAAACAGAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142023 49 +  48394510 TACTCCTGACTAT-CCTCAAGTGTTTTGTTACAGGAGGAAAACAGAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081117 50 - 196418989 TCCTCCTGACTATACCTCAAGTGCTTTGTTACAGGAGGACAACAGAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331691.000000
s hg19.chr21     15921923 77 +  48129895 CCAATTTCAAGAATTTGAAAATAAGCAAAATAAGGTTGTCATCACAGAACCCAACTCTGAAATTAAGATTTAATGTA
s rheMac2.chr3  164081167 77 - 196418989 CAAATTTCAAGAATTTGAAAATAAGCAAAATAAGGTTGTCATCACAGAGCCCAACTCTGAAATTAACATTTAATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142072 77 +  48394510 CCAATTTcaagaatttgaaaataagcgaaataaggttgtcatcacagagcccaactctgaaattaacatttaatATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14648930 77 +  46489110 CCAATTTCAAGAATTTGAAAATAAGCAAAATAAGGTTGTCATCACAGAACCCAACTCTGAAATTAAGATTTAATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-189575.000000
s hg19.chr21     15922000 27 +  48129895 AGAATAATCATTTTATAG-AAAAAAGAA
s rheMac2.chr3  164081244 28 - 196418989 AGAATAATCATTTTATAGAAAAAAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142149 28 +  48394510 AGAATAATCATTTTATAGAAAAAAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14649007 27 +  46489110 AGAATAATCATTTTATAG-AAAAAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=409471.000000
s hg19.chr21     15922027 48 +  48129895 CTGTATTCCATTCAAACCTGCAGAATTTACTCATCTATGATTAAGAAA
s rheMac2.chr3  164081272 48 - 196418989 CTGTATTCCATTCAAACCTGTAGAATTTACTCATCTATGATTAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142177 48 +  48394510 CTGTATTCCATTCAAACCTGTGGAATTTACTCATCTATGATTAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14649034 48 +  46489110 CTGTATTCCATTCAAACCTGCAGAATTTACTCATCTATGATTAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=217010.000000
s hg19.chr21     15922075 24 +  48129895 AGGAGTCAATCATAAAAGTAACTT
s panTro2.chr21  14649082 24 +  46489110 AGGAGTCAATCATAAAAGTAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142225 24 +  48394510 AGGAGTCAATCATAAAAGTAACTT
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s rheMac2.chr3  164081320 24 - 196418989 AGGAGTCATTCATACAAGTAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=663157.000000
s hg19.chr21     15922099 70 +  48129895 AACCTTGATAATTCCTCTCTTCTTTTTGGCCCCCTCAGAGTAGACTT-CTTTCTATAGTACAGGGAAGAGA
s panTro2.chr21  14649106 70 +  46489110 AACCTTGATAATTCCTCTCTTCTTTTTGGCCCCCTCAGAGTAGACTT-CTTTCTATAGTACAGGGAAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142249 70 +  48394510 AACCTTGATAATTCCTCTCTTCTTTTTGGCCCCCTCAGAGTAGGCTT-CTTTTTATAGTACAGGGAAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081344 71 - 196418989 AACCTTGATAAATCCTCTCTTCTTTTGGGCCCCCTCAGAGAAGGCTTACTTTCTATAGTACAGGGAAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=397048.000000
s hg19.chr21     15922169 75 +  48129895 ATTTTATTCAAAGAAGTTGAGTGGGGATATTGTGTTCCTACCTGTTTGGGGTTTCACGGAAGTGGAGATCCTACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142319 75 +  48394510 ATTTTTTTCAAAGAAGTTGAGTGGGGATATTGTGTACCTACCTGTTTGTGGCTTCATGGAAGTGGAGATCCTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081415 75 - 196418989 ATTGTATTCAAAGAAGTTGAGTGGGGATATTGTGTTCCTACCTGTTTGTGGCTTCATGGAAGTGGAGATCCTACA
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=40242.000000
s hg19.chr21     15922244 38 +  48129895 ATATCAAAAAAAAAAACTCTTTCTTTCTCAGTGTTTCC
s panTro2.chr21  14649251 38 +  46489110 ATATCAAAAAAAAAAACTCTTTCTTTCTCAGTGTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142394 34 +  48394510 ATATC----AAAAAAACTCTTTCTTTCTCAGTGTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081492 34 - 196418989 ATATT----AAAAAAACTGTTTCTTTCTAAGGGTTTCC
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=432365.000000
s hg19.chr21     15922282 77 +  48129895 TGAAATAAGTACACATTGCCATCTGATGACGTTCTCTGCAATTCTGTATTTAATAATTCAGATGTTGGTGCCAAGCT
s panTro2.chr21  14649289 77 +  46489110 TGAAATAAGTACACATTGCCATCTGATGACGTTCTCTGCAATTCTGTATTTAATAATTCAGATGTTGGTGCCAAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142428 77 +  48394510 TGAAATAAGTACACATTGGCATCTGATGACGTTCTCTGCAATTCTGTATTTAATAATTCAGATGTTGGTGCCAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081526 77 - 196418989 TGAAATAAGTACACACTGGCATCTGATGATGTCCTGTGCAATTGTGTATTTAATAATTCAGATGATGGTGCCAAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=147771.000000
s hg19.chr21     15922359 77 +  48129895 ATATAGAGGGGCCTTGGTGTTGTACCCTCCTCTAGTTATCTAGCTTATTCTTACCATAGGTGGATTAAACATCTCAA
s panTro2.chr21  14649366 77 +  46489110 ATATAGAGGGGCCTTGGTGTTGTACCCTCCTCTAGTTATCTAGCTTATTCTTACCATAGGTGGATTAAACATCTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14142505 55 +  48394510 ATATAGGGGGGCCTTGGTGTTGTACCCTCCTCTAGTTATCTAGCTTATTCTTACC----------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1688
s rheMac2.chr3  164081603 77 - 196418989 CTATAGAGGGGTCTTGGTGTTGTACCCTCCTCTAGTTATCTAGCTTATTCTTACCATAAGTGGATTAAACATCTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=140669.000000
s hg19.chr21     15922436  107 +  48129895 CACCTCCTTGTTTGGATTTGGGAGTTTAAGAGAAATGACGGGATGGATATTCCCCCTGGCCTATGGGAGGAGTTAAGGAAGTGGGGGGACCGTTTCTTCCTTGTGAA
s panTro2.chr21  14649443  107 +  46489110 CACCTCCTTGTTTGGATTTGGGAGTTTAAGAGAAATGATGGGATGGATATTCCCCCTGGCCTATGGGAGGAGTTAAGGAAGTGGGGGGACAGTTTCTTCCTTGTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081680   82 - 196418989 CACCTCCTTGTTTGGATTTGGGAATTTAAGAGAAATGATGGAATGGATATTCCCCCTGGCCTATGGGAGGGGTGAAGGAAGT-------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 28
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=372939.000000
s hg19.chr21     15922543   46 +  48129895 TCTCCTATATTTCCTAACTCTCTAAAGTCACTTACCCATTCTATGT
s panTro2.chr21  14649550   46 +  46489110 TCTCCTATATTTCCTAACTCTCTAAAGTCATTTACCCATTCTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081790   46 - 196418989 TCTCCTATATTTCCTAACTCTCTAAAGTTATTTACTCATTCTCTCT
i rheMac2.chr3  I 28 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=244907.000000
s hg19.chr21     15922589   32 +  48129895 CTGGAGTTCCTGTTTACTAATTCCTTTCTCTA
s panTro2.chr21  14649596   32 +  46489110 CTGGAGTTCCTGTTTACTAATTCCTTTCTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081836   32 - 196418989 CTGGAGTTCCTGTTTACTGATTCCTTTCTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=278883.000000
s hg19.chr21     15922621   58 +  48129895 AGGGACCCAG-CCCTACCCAGCTCTTGAAATCCCTTCTAATGTGTTACTAATTGAAAAG
s panTro2.chr21  14649628   59 +  46489110 AGGGACCCAGCCCCTACACAGCTCTTGAAATCCCTTCTAATGTGTTACTAATTGAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164081868   53 - 196418989 AGGGACCCAGCCCCTACCCAGCTCTTGAAATCCCTTCTAATGTGTTACTAATT------
i rheMac2.chr3  C 0 I 374
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=191101.000000
s hg19.chr21     15922679   72 +  48129895 CTGTGCAGTGACTTTTCTGCTTCTCCTGGTGACCTGCTCCAGGAAGTGACAAGCTCATGTTTTGGGGAGATT
s panTro2.chr21  14649687   72 +  46489110 CTGTGCAGTGACTTTTCTGCTTCTCCTGGTGACCTGCTCCAGGAAGTGACAAGCTCATGTTTTGGGGAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082295   72 - 196418989 CTGTACAGTCACTTTTCTGCTTCTCCTGGTGACCTGCTCCAGCAAGTGACAAGCTCATGTTTTGGGGAGATT
i rheMac2.chr3  I 374 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=425099.000000
s hg19.chr21     15922751   99 +  48129895 AGGGGAAGATAAAATTCTGATTCTATTAACAGGAAGTGGCAAGAAGATGGGAGCTACTGAGGTTTGCCATTTCCAACAAGACGTGAAATCAAGCATATC
s panTro2.chr21  14649759   99 +  46489110 AGGGGAAGATAAAATTCTGATTCTATTAACAGGAAGTGGCAAGAAGATGGGAGCTACTGAGGTTTGCCGTTTCCAACAAGACGTGAAGTCAAGCATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082367   99 - 196418989 AGGGGAAGATAAAATTCTGATTCTGTTAACAGGAAGTGGCAAGAAGATGGGAGCTACTGAGGTGTGCTGTTTCCAACAAGATGTGAAATCAAGCATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=144782.000000
s hg19.chr21     15922850   32 +  48129895 TATCACCAGGATTAATTTCTTCTAAAAACGGA
s panTro2.chr21  14649858   32 +  46489110 TATCACCGGGATTAATTTCTTCTAAAAACGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082466   32 - 196418989 TATCACAAAGACTAATTTCTTCTAAAAACTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=332045.000000
s hg19.chr21     15922882   73 +  48129895 CCTGAAGTCTACATGATAAATTAATATTCCACCTGTTGACTTCTCCTTATAAGACCCTGCCTGAGTTTCATTG
s panTro2.chr21  14649890   73 +  46489110 CCTGAAGTCTACATGATAAATTAATATTCCACCTGTTGACTTCTCCTTATAAGACCCTGCCTGAGTTTCATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082498   73 - 196418989 CCTCAAGTCTACATGAGAAATTAATATTTCACCTGTTAATTTCTCCCTATAAGATCTTGCCTGAGTTTCATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=61850.000000
s hg19.chr21     15922955   32 +  48129895 CCTGAGTTCCCATACATTCAACTAACAAGGAT
s panTro2.chr21  14649963   32 +  46489110 CCTGAGTTCCCATACATTCAACTAACAGTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082571   31 - 196418989 CA-GAGTTCCGAAAAAGTCAACTAACAACGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=17210.000000
s hg19.chr21     15922987   52 +  48129895 GAGGTGATGCCCAAACAACTTCTAAATAATTAGGAAGGTTAGGGAGAATCTA
s panTro2.chr21  14649995   52 +  46489110 GAGGTGATGCCCAAACAACTTCTAAATAATTAGGAAGGTTAGGGAGAATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082602   52 - 196418989 GAGGTGATACCCAAATAACTTCTAAATAATTAGTGAGTTTGGGGAGAATCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=345357.000000
s hg19.chr21     15923039   84 +  48129895 AATTCATTTTACCTCAAatagaaaaaagacagtaacacagacaaatactggaaggttcctttcaagttgctgagttaaaggaaa
s panTro2.chr21  14650047   84 +  46489110 AATTCATTTTACCTCAAATAGAAAAAAGACAGTAACACAGACAAATACTGGAAGGTTCCTTTCAAGTTGCTGAGTTAAAGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082654   83 - 196418989 AATTAATTTTACCTCAAACAG-AAAAGGACAATAACACAGACAAGTACTGGAAGTATCCATTCAAGTTGGTGAGTTAAAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=302088.000000
s hg19.chr21     15923123   79 +  48129895 agagagcttagtgagctttgagtatcttaattctccagacaagataatctattgcatggagatgaacatatcatgcaaa
s panTro2.chr21  14650131   79 +  46489110 AGAGAGCTTAGTGAGCTTTGAGTATCTTAATTCTCCAGACAAGATGATCTATTGCATGGAGATGAACACATCATGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082737   79 - 196418989 AGAGAGCTTAGTCAACTTTGAGTATCTTAATCCTCCAGACAAGATAATCTATTGCATGGAGATTAACACATCATGCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=786503.000000
s hg19.chr21     15923202  103 +  48129895 ttttagctggatttcagtaaac-aaaatatgtgtttaactattttcctttgtttttattttaagctctatgcataaatgatgatttggctccttgggtagatat
s panTro2.chr21  14650210  104 +  46489110 TTTTAGCTGGATTTCAGTAAACAAAAAAATGTGTTTAACTATTTTCCTTTGTTTTTATTTTAAGCTCTATGCATAAATGATGATTTGGCTCCTTGGGTAGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082816  103 - 196418989 TTTTAGCTGGATTTCAGTAAAC-AAAAAATGTGTTTAACTACTTCCCTTTGTTTTTATTTTAAGCTCTATGAATAAATGATGATTTAACTCCTTGGGTAGATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=309510.000000
s hg19.chr21     15923305   90 +  48129895 gtctataggagacaaaggcagcattcatatggacatcaagtacctggaatctgagattgctatttctcattacaaatttaaatACTGCCA
s panTro2.chr21  14650314   90 +  46489110 GTCTATAGGAGACAAAGGCAGCATTCATATGGACATCAAGTACCTGGAATCTGATATTGCTATTTCTCATTACAAATTTAAATATTGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164082919   90 - 196418989 GTCTACAGGAGATAAAGGCAGTATTCATATGGACATCAAGTACCTGGAATCTGTGATTGCCATTTCTCCTTATAAATTTAAATACTGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=125426.000000
s hg19.chr21     15923395   21 +  48129895 AAGTGGTTAACTAGAATGTAT
s panTro2.chr21  14650404   21 +  46489110 TCGTGGTTAATTAGAATGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083009   21 - 196418989 TTGTGGTTCATTAGAATGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=378247.000000
s hg19.chr21     15923416   79 +  48129895 TGACAGAAAAGGATCTACCCTTGATGTGCTCAAAATACTATGTTTCTGAGTGGTTAGAGTTGCTAGTCATACTCTGGAT
s panTro2.chr21  14650425   79 +  46489110 TGCCAGAAAAGGATCTACCCCTGATGTGCTCAAAATACTATGTTTCTGAGAGGTTAGAGTTGCTAGTCATACTCTGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083030   79 - 196418989 TCCCAGAAAAGGATCTACCCTTGATGTGCTCAAAATACTATGTTTCTGAGAGGTTAGAGTTGCTAGTCAGACTCTGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=191526.000000
s hg19.chr21     15923495   38 +  48129895 ATCTTGGGAAGCCTCTTAGAGAGCCTGGCCTGGCAAAA
s panTro2.chr21  14650504   38 +  46489110 ATCTTGGGAAGCCTCTTAGAGAGCCTGGCCTGGCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083109   38 - 196418989 ATCTTGGGAAGCCTCTTAGAGAGCCTGGCCTGGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=504138.000000
s hg19.chr21     15923533   64 +  48129895 TTACTGCTTATTTTAAATTTCCAAAGAGATAATGTAACACATTATCTTGTTATCTCAGTTATAG
s panTro2.chr21  14650542   64 +  46489110 TTACTGCTTATTTTAAATTTCCAAAGAGATAATGTAACACATTAACTTGTTATCTCGGTTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083147   64 - 196418989 TTACTGCTTATTTTAAATTTCCAAAGAGATAATGTAGCACATTATCTTGTTATCTTGGTTATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=659204.000000
s hg19.chr21     15923597   82 +  48129895 AAGAAACAGATCATTGGGATAAATAGAAGGGACCAATGGCCTAAGATGAATGGTGAACCTAAAGAATCATACAGGATAAAAC
s rheMac2.chr3  164083211   82 - 196418989 AAGAAACAGATAATTGGGATAAATAAAAAGGACCAGTGATCTAAGATGAATGGTGAACCTAAAGAATCATACAGGATAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14650606   82 +  46489110 AAGAAACAGATCATTGGGATAAATAGAAGGGACCAATGACCTAAGATGAATGGTGAACCTAAAGAATCATACAGGATAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=256954.000000
s hg19.chr21     15923679   70 +  48129895 TGCCTTGAAGAGACAAAGAACTTCATAAATTACATTTATGCCTTACAAGATGTTTGAATGTAAGAGAAGA
s panTro2.chr21  14650688   70 +  46489110 TGCCTTGAAGAGACAAAGAACTTCATAAATTACATCTATGCCTTACAAGATGTTTGAATGTAAGAGAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083293   70 - 196418989 TGCCTTGAAGAGACAAAGAACTTCATAAATTACATCTATGCCTTACAAGATGTTTGAATGTAAGAGAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=4176.000000
s hg19.chr21     15923749   43 +  48129895 CTGGGTACCAAGAATGAGTAGTATCAGTTCAAAGTGACTGGAA
s panTro2.chr21  14650758   43 +  46489110 CTGGGTACCAAGAATGAGTAGTATCAGTTCAAAGTGACTGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083363   43 - 196418989 CCGAGTACCAAGAATGAGTAGTATCAGTTCAAAGTGATTGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=-42106.000000
s hg19.chr21     15923792   35 +  48129895 AAATTAGGGAGGCTGATAAAGTTTAAGATTCAAAA
s panTro2.chr21  14650801   35 +  46489110 AAATCAGGGTGGCTGATAAAGTTTAAGATTCGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083406   35 - 196418989 AAATTAGGGAGGCTGATAAAGTTTAAGATTCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=396003.000000
s hg19.chr21     15923827   49 +  48129895 TAAATGCAAATTACTCAGATTACTTCAATAAATTATAAGTATTTCCTTT
s panTro2.chr21  14650836   49 +  46489110 TAAATGCAGATTACTCAGATTACTTCAATAAATTATAAGTATTTCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083441   49 - 196418989 TAAATGCAAATTACTCGGATTACTTCAATAAATTATAAGTATTTCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14142560 1688 +  48394510 I

a score=-190515.000000
s hg19.chr21     15923876 34 +  48129895 CTAAGTGGTTTTAAAGTCATATAAGGGCCATATT
s panTro2.chr21  14650885 34 +  46489110 CTAAGTGGTTTTAAAGTCATATAAGGGCCATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14144248 33 +  48394510 CTAAGTGG-TTTAAAGTCATATAAGGGCCATATT
i ponAbe2.chr21 I 1688 C 0
s rheMac2.chr3  164083490 34 - 196418989 CTAAGTGGTTTTAAAGTCATATAAGGACCATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=732165.000000
s hg19.chr21     15923910 109 +  48129895 GTGGTTGGCATAACAAATAATGATAAAATTTAATCCATTTATGATTAAAAGTTGTAATTTTCATGAAGTAATATTATTCTACAAGTTAATAATATTAATaataatgact
s panTro2.chr21  14650919 109 +  46489110 GTGGTTGGCATAACAAATAATGATAAAATTTAATCCATTTATGATTAAAAGTTATAATTTTCATGAAGTAATATTATTCTCCAAGTTAATAATATtaataataatgact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14144281 107 +  48394510 GTGGTTGGCAT-ACAAATAATGATAAAATTTAATCCATTTATGATTAAAAGTTATAATTTTCATGAAGTAATATTATTCTCCAAGTTAATAATATTaataat-atgact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083524 107 - 196418989 GTGGTTGACATAACAAATAATGATAAAATTTAATCCATATATGATTAAAAGTTACAATATTCATGAAGTAATAC--TTCTCCAAGTTAATAACATtaataatactgact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=438624.000000
s hg19.chr21     15924019 52 +  48129895 gtcatcttgagtgtttattacataacagaaattatgctgtgtgctttataaa
s panTro2.chr21  14651028 52 +  46489110 gtcatcttgagtgtttattacataacagaaattatgctgtgtgctttataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14651080 83 +  46489110 tattttcaatataatcttcacaaaaatcttcatgagctggtactaatattatcatcctcagcttcccggtggggtttggtaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14144440 83 +  48394510 tattttcaatataatcttcacaaaaatcttcatgagctggtactaatattatcatcctcagcttcccggtggggtttggtaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164083683 83 - 196418989 tattttcaatataatcttcacaaaaatcttcataagctggtactaatattatcatcctcaacttcctggtggggtttggtagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14652277 66 +  46489110 GCTTACACTAAAAAAGTTAGAAAACACAGGCACCCTCTCCCATCCTTCTGTATTCCTAGACTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164084890 66 - 196418989 ACTTACACTAAAAAGGTCAGAAAACACAAGCACCCTCTCCCATCCTTCTCTATTCCTGGACTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 M 101

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s ponAbe2.chr21  14145705 114 +  48394510 atttcaactctttttctgatccttccaatattt--aaaaaaaaatgtttctagttggttagatttatttttctagataatagaccagtattttcttgatttatgcattaggcatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14652343 116 +  46489110 ATTTCACCTCTTTTTCTGATCCTTCCAATATTTAAAAAAAAAAATGTTTCTAGTTGGTTAGATTTATTtttctagataatagaccagtattttcttgatttatgcattaggcatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  14145819  67 +  48394510 tctatttatttctttttttatccttgaggattttgtactcttctcacttcccaactcccttataatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14652459  67 +  46489110 tctatttattcctttttttatccttgaggattttgtactcttcttacttcccaactcctttataatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164084956 101 - 196418989 M

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s hg19.chr21     15925510 54 +  48129895 attttgttaaatcattagtcactattaacattatcatggtataaataatattat
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i rheMac2.chr3  M 101 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14652526 54 +  46489110 attttgttaaatcattagtcattattaacattatcatgatataaataatattat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15925564 43 +  48129895 tcatggctgagttaaatattgtttaatgctttatgttcctctt
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 317

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=653754.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15928178 24 +  48129895 TAAATTTTGCACAGAAGTGCTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-40890.000000
s hg19.chr21     15928202 14 +  48129895 TTATAAATTTTGTT
s panTro2.chr21  14655217  6 +  46489110 --------TTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15928216 50 +  48129895 ATTAACTTTTATCTGAACATAGTACACCTCGTGTATAATATTAAAATTGC
s panTro2.chr21  14655223 50 +  46489110 ATTAACTTTTATCTGAACATAGTACACCTCGTGTATAATATTAAAATTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14148577 50 +  48394510 ATTAACTTTTATCTGAACATAGTACTCATCGTGTATAGTATTAAAATCCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15928475 51 +  48129895 TCAGAAAAATTTATAGCAGATTCAAGAGTGACCAGATTATTTTTCAGGCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15928526 41 +  48129895 GATCATTTGAAACTACATCAAAGTTGTAAAGCTATAGGAGA
s panTro2.chr21  14655533 41 +  46489110 GATCATTTGAAACTACATCAAAGTTGTAAAGCTATAGGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164088346 38 - 196418989 GATCGTTTGAAACTA---CAAAGTTGTAAAGCTATAGGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15928567 113 +  48129895 GGGTAAGTGTATTGTCTACTTCTTAAAACAATCAAAAGCCTCATATGATCTTCATGCCATCATCTTTGAGAACAATATAATTATAAGATGAAATACTCCAATTGCATGTCAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164088384 113 - 196418989 GAGTAACTGTAGAGTCTACTTCTTAAAACAATCAAAAGCCTCATATGATCTTCATGCTATCAACTCTGAGAACAATATAATGATAAGATGAAATACTCCAATTGCATGTCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=260225.000000
s hg19.chr21     15928680 38 +  48129895 TTAATTACAAATAAATAGAAAATAATTACGGTGGATGT
s ponAbe2.chr21  14149041 38 +  48394510 TTAATTACAAATGAATAGAAAATAATTACGGGGGATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14655687 38 +  46489110 TTAATTACAAATAAATAGAAAATAATTACGGTGGATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164088497  0 - 196418989 C

a score=198330.000000
s hg19.chr21     15928718 28 +  48129895 TTTTAATGAAAAAATGTGTATCACAGCT
s rheMac2.chr3  164088497  2 - 196418989 --------------------------CA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14149079 28 +  48394510 TTTTAATGTAAAAATGTGTATCACAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14655725 28 +  46489110 TTTTAATGTAAAAATGTGTATCACAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-578606.000000
s hg19.chr21     15928746 69 +  48129895 AAATCAAATTTCCtatgtatattacataaatctgcatatatacttaggtatatatgtatgtgtatatgc
s panTro2.chr21  14655753 69 +  46489110 AAATCAAATTTCCtatgtatattacataaatctgcatatatacttaggtatatatgtatgtgtatatgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14149107 68 +  48394510 AAATCAAGTTTCCtatgtatattacataaatatgcat-tatacttaggtatatatgtatgtgtatatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164088499 69 - 196418989 AAATCAAATTTCatatgtatattacataaatatgcatatatacttaggtatatatgtacgtgtatatgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-271536.000000
s hg19.chr21     15928815 58 +  48129895 atgcgtgtgttcatacacatacacatatTAGGCTGTTCCAATTAAATGGAATTCCACC
s panTro2.chr21  14655822 58 +  46489110 atgcgtgtgttcatacacatccacatatTAGGCTGTTTCAATTAAATGGAATTCCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14149175 58 +  48394510 atgcgtgtgttcatacacatacacatatTAGGCTGTTTGAATTAAATGGAATTCCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164088568 58 - 196418989 atgtgtgtgttcatacacatacacatataAGGATGTTTCAATTAAATGGAATTCCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371455.000000
s hg19.chr21     15928873 38 +  48129895 TTTTCTTTTTAACATAAAGGGTAATAAAAGAGCTTCTT
s panTro2.chr21  14655880 38 +  46489110 TTTTCTTTTTAACATAAAGGGTAATAAAAGAGCTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14149233 38 +  48394510 TTTTCTTTTTAACATAAAGGGTAATAAAAGAGCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1662304.000000
s hg19.chr21     15928911 168 +  48129895 AGGAGACTGAGTATATTGTAAATAGATGCACATTGCCTTCTCCCACCCAACACACACAAAGTGAGGTTTATACATGAAGTGCAAAGCCACAGTGAGGCATGCTGCCTCGGAAGCCTACCTGCATTCTAA-CTGAAAGCATCTGCATGTGTTATTTGTGGGAAGAGGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164088664 168 - 196418989 AGGAGACTGAGTATATTGTAAATAGGTGCACATTGCTTTCTCCCACCCCA-ACACACAAAGTGAGGTTTATACATGAAGTGCAAAGCCATAGCGAGGCGGGCCGCCTCGGAAACCTACCTGCATTCTAATTTTAAAGCATTTGCATGTGTCATTTGTGGGAAGAGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=369946.000000
s hg19.chr21     15929079 24 +  48129895 CAAAAATCAAGTGATCATTGACAG
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a score=504175.000000
s hg19.chr21     15929103 50 +  48129895 GATTTTAGAAACATGTTACCTGCAACTCAATTCTA-TTTTTTCTCAAATAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=71146.000000
s hg19.chr21     15930588 20 +  48129895 CGTACCCCTCAAAACTCAAA
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s panTro2.chr21  14657633 67 +  46489110 AGGATTATGGCAGGTAGAACAAATGTTGAATTAGACAACATGAGAAAAAAATCCAGCAAAAATTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14151006 67 +  48394510 AGGATTATGGCAGGTAGAACAAATGTTGAATTAGACAACATCAGAAAAAAATCCAGCAAAAATTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164090378 67 - 196418989 AGGATGATGGCAGGTAGAACAAATGTTGAATTAGACAATATCAGAAAAAAATTCAGCAAAAATTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14657700 41 +  46489110 AAACACGCATGCTACGAACTATTCAAAAAAAAAAACACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15930777 52 +  48129895 ccacatgagctcaggagttccagagcagcctgggcaacatggggaaacacca
s rheMac2.chr3  164090545 52 - 196418989 ccacgtgagctcaggagctccagagcagtctggacaacatggagaaatcccg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14657803 52 +  46489110 ccacatgagctcaggagttccagagcagcctgggcaacatggggaaacacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14151251 133 +  48394510 agccgggcatggtggtgcatgcctgtagtcccagctactcgggaggccgaagcaggagaatcgtctcaacccaggagatggaggttgcagtgagccgatattgcatcactgcatgccagcctgggcgacagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14658013 24 +  46489110 tgagactccatctcaattaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164090754 16 - 196418989 caagactccatctaaa--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 20

a score=-1788.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164090770 20 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14658070 37 +  46489110 aaaacTTTCTCCTGTATGGAGAAATTCATAAGATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164090790 36 - 196418989 -aaaCTTTCTGCTGTATGGAGAAATTCATAAGATATG
i rheMac2.chr3  I 20 C 0

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s ponAbe2.chr21  14151468 44 +  48394510 TCAAAATACCTTCCTAATGATGATAATGATCTATTATTGATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14658107 44 +  46489110 TCAAAATACCTTCCTAATGATGATAATGATCTATTATTGATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164090826 44 - 196418989 TCAAAATACCTTCCTAATGATGATAATGATCTATTATTGATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1044704.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14658151 68 +  46489110 TATAACATTCTGTCCCATGGCTTCAACATCTTTTAAGATAAATTATTTTATTCTAACAGCTTTCCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164090870 68 - 196418989 TATAACATTCTGTCCCATGGCTTCAACATCTTTTAACATAAATTATTTTATTCTAACAGCTTTCCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15931190 23 +  48129895 GAAGTACTTATTCTGATTTTTAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14658643 40 +  46489110 CTTCTGACAACCAGTAGGTGAGCAGAATCCACTCAGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14152004 40 +  48394510 TTTCTGACAACCAGTAGGTGAGCAGAATCTGCTCAGTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164091362 40 - 196418989 CTTCTGGCAACCAGTAGGTGAACAGAATCCACTCAGTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=664604.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14152044 95 +  48394510 ATCACCTTATTACCAAGGCAGCAATGGGGAAACTACAGAAGTTTGTTGCTGGTCTTTAAACCAGCACAGCTTTGATCACCACCTTGGAAAACCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164091494 34 - 196418989 AACAAGTTTAAGAGTTTTTTTCTATGACTGACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-91760.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15931997 47 +  48129895 ttcttttctgcagagacaaggttatccctatgttgcccagactggtc
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s rheMac2.chr3  164091868 31 - 196418989 TAATGGGATTTGAATTCCCCACAGGCATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14152553 31 +  48394510 GAATGGGATTTGAGTTCCCCACAGGCATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14659193 31 +  46489110 GAATGGGATTTGAATTCCCCACAGGCATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=225001.000000
s hg19.chr21     15932193 60 +  48129895 ATATTGTTTCTGGGCTCTTCCCAGCATTCTTGTTATGCTGCAAGATTTGGAAGGAGGTGG
s panTro2.chr21  14659224 60 +  46489110 ATATTGTTTCTGGGCTCTTCCCAGCATTCTTGTTATGCTGCAAGATTTGGAAGGAGGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14152584 60 +  48394510 ATATTGTTTCTGGGCTCTCCCCAGCATTCTTGTTATGCTGCAAGATTTGGAAGGAGGCGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164091899 55 - 196418989 ATATTGTTTCTGGGCTCCTCCCAGAATTCTTGT-----CGCAAGATTTGGAAGGAGGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=527940.000000
s hg19.chr21     15932253 91 +  48129895 TCTCATCttatttgtttaacaattatttaccaaatatctattatgggcctgggactctgtcaggtgtccaaagacggaaaggtatgaactg
s rheMac2.chr3  164091954 90 - 196418989 TTTCATCttatttgtttaacaattatttaccaaatgtctattacgggcctgggactctatcaggtgtccaaagat-gaaaggtatgagctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14152644 91 +  48394510 TCTCATCttatttgtttaacaattatttaccaaatgtctattatgggcctgggactctgtcaggtgtccaaagatggaaagatatgagctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14659284 91 +  46489110 TCTCATCttatttgtttaacaattatttaccaaatatctattatgggcctgggactctgtcaggtgtccaaagacggaaaggtatgaactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=617766.000000
s hg19.chr21     15932344 67 +  48129895 tgccttccaagactttacagttcagtgggaagacaggcagatcaacagagagtgagaatccaatgta
s panTro2.chr21  14659375 67 +  46489110 tgccttccaagactttacagttcagtgggaagacaggcagatcaacagagagtgagaatgcaatgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14152735 67 +  48394510 tgaattccaagactttacagtttagtgggaagacaggcagatcgacagatagtgagaatccaatgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164092044 67 - 196418989 tgccttccaagatttcacagtttagtgggaaaacaggcagatcaacagagagtgagaatccaatgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=671599.000000
s hg19.chr21     15932411 99 +  48129895 acatgttctgtatcaatctgaggtgtaataagcagtgaaagcatagagggtaaattgttaatttgcctggagaagttaggaaatgttttactaaaaagg
s panTro2.chr21  14659442 99 +  46489110 acatgttctgtatcaatctgaggtgtaataagcagtgaaagcatagagggtaaattgttaatttgcctggagaagttaggaaatgttttactaaaaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14152802 98 +  48394510 acatgttctgtatcagtctgaggtgtaataagcagtgaaagcatagagggtaaattgttaatttgcctggggaagttaggaaatgttttaat-aaaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164092111 99 - 196418989 acatgttctgtatcaatctgagatgtgataagcagtgaaagcatagatgataaattgttaatttgcctggagaagttaggaaatgttttactaaaaatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=458327.000000
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s panTro2.chr21  14659541 80 +  46489110 taattcttgagaaaacatttagtgaaacaggaatttgtcaggtggacaagaaaaatggggggcatattctagcaatgggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14152900 79 +  48394510 taattcttgagaaaacatttagtgaaacaggaatttgtcaggtggacaagaaaaa-ggggggcatattctagcaatgggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164092210 80 - 196418989 taattcttgagaaaacatttagtgaaacaggaatttgtcaggtggacaagataaatggagggcatcatctagcaatgggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218564.000000
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s panTro2.chr21  14659621 37 +  46489110 agaatatatgat---attagaggcatgaaattgtttggTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15932627 150 +  48129895 Ctgaaaccatctttgcaagattatggcagcaagaaatctgacatagctgactccatcttgcttctgacctccaagctgtccttgatcattcctgagtgtaggccaagctaactttaggaagaatttagtatatagtttaatcttagagca
s panTro2.chr21  14659658 150 +  46489110 Ctgaaaccatctttgcaagattatggcagcaagaaatctgacatagctgactccatcttgcttctgacctccaagctgtccttgatcattcctgagtgtaggccaagctaactttaggaagaatttagtatatagtttaatcttaaagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164092326 140 - 196418989 Ctaaaaccatctttgcaagatcatgacaacaagaaatctgacataacttactccatcttgcttctgacctccagggtgtccttggtcattcctgagtgtagg----------ttggagaagaatttagtttatagtttaatcttaaagca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164092648 258 - 196418989 TTTTTGAAAATTGGAAGAAAGGTATATTTCTCTATTTCCCATCTCTGCTTCATGCTCCACATTTTAGTCAATGCCTTCTATCTAACCACAAATATAACTGTGTCCCTCTCTTGCTTCACAAGGGTTCTTCAACGGTTTCCCACCCCATAT-AAATGTATACATGCTCACCTTACATTCAACTCTACACTATTGAGCATAGtatattagttttccaaggctgccataacaaagtcgtacaaactgggtggcttacagcag
i rheMac2.chr3  C 0 M 432
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14659989 258 +  46489110 ATTTTGAAAACTGGAAGAAAGGTATATCTCTCTATTTCCCATCTCTACTCCATGCTCCACATTATAGTCAGTGCCTTTTATCTAACCACAAATCTAACTGTGTCCCTCTCTTGCTTCACAATGGTTCTTCAGTGGTTCCCCACCCCATGT-AAATGTATACATGCTCACCTTACATTCAGCTCTACGCTATTGAGCATAGtatattagttttccaaggctgccataacgaagtcatacaaactgggtggcttatagcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  n 0 n 0

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s panTro2.chr21 14660297 194 +  46489110 ctttgc-aaaactaatgaaaggccacattgttaggcttttatgagagggtcttgaacactgataagatagacacagtttctaccattccttactgctcaggggtcatgtagccagaggttacaatatttgtgactttcctaatttctcctgtagataacatcactattgtagaatctaagattggttttttgagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=89119.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14660491 114 +  46489110 tatctttcacgctgccccacccagactcatgactcaactggtcatgtggcctcatccagaggcagactcagtgcccgaggaccattttcaacaccctgtgatttcattccccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32325229   0 + 196418989 I

a score=16413.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 14153963 33 +  48394510 ccaatcagcagcacccattccctaagtccctgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  32325229  0 + 196418989 I

a score=141003.000000
s hg19.chr21    15933608 173 +  48129895 ccacaaaattgtccataaaaaccacctccaagcctttggggagcctgattagagtgataactctagttcttctgcatgggctggcctcaatcaattaaattcttctctactgcaatgccatagtttcagtggatttatgctgtttgcgtagttggcaggaaaacctgttgggc
s ponAbe2.chr21 14153996 173 +  48394510 ccacaaaattgtccataaaaaccacctccaagcctttggggagactgattagagtgataactctagttcttctgcatgggctggactcaatcaattaaattcttctctactgcaatgccatagtttcagtggatttatgctgcttgtgtagttggcaggaaaacctgttgggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14660638 173 +  46489110 ccacaaaattgtgcataaaaaccacctccaagcctttggggagcctgattagagtgataactctagttcttctgcatgggctggcctcaatcaattaaattcttctctactgcaatgccatagtttcagtggatttatgttgtttgcgtagttggcaggaaaacttgttgggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=297720.000000
s hg19.chr21    15933781 95 +  48129895 aaatacaATATGGTCTAGAACTGAGGAATAATTCCCTACATCAAATGTGTATGATAAATAAGGAGAAAGACATGGGAGGGAGATGACAGGTGTTA
s ponAbe2.chr21 14154169 95 +  48394510 aaatacaATATGGTCTAGAACTGAGGAATAATTCCCTACATCGAATGTGTATGATAAATAAGGAGAAAGACGTGGGAGGGGGATGACAGGTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 14660811 95 +  46489110 aaatacaATATGGTCTAGAACTGAGGAATAATTCCCTACATCAAATGTGTATGATAAATAAGGAGAAAGACATGGGAGGGGGATGACAGGTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=254087.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164093338 70 - 196418989 GTTTACAGCCAGATTCTGAAGCATTTGGAAGGCATGtgttattggttgaactgtatggccaaaaaagata
i rheMac2.chr3  M 432 C 0

a score=279042.000000
s hg19.chr21     15933946 45 +  48129895 tgttgaattcctgacccccagcacctcagaatgtgaccctctttg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=274426.000000
s hg19.chr21     15933991 66 +  48129895 gaaatacgattgttgccaacataattagtttagttaagatgaggtcatatgaagcagggtgaaccc
s panTro2.chr21  14661021 66 +  46489110 gaaatacgattgttgccaatataattagtttagttaagatgaggtcatatgaagcagggtgaaccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14154379 66 +  48394510 gaaacacaattgttgccaacataattagtttagttaagatgaggtcatatgaagtagggtgaaccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164093453 66 - 196418989 gaaatacaattgttggcaatgtaattagtttagttaagatgaggtcatatgaagtagagtgaaccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1644990.000000
s hg19.chr21     15934057 293 +  48129895 ttaatccaataaaaccagtgtccttgaaagaagagggaaacttggacacccacatgcacaaagggatgaccatataagaacaaacagggagagactggccatgtgaagatggaggcaggaagtggaattatgccaccatgaatcaaggaatgcctaatgcccagggctatcagaagctggaagaaacaaggaaggagtctctcctagaggctttgaaaagagcatggccctgccaataccttgattttggacttttagcctccagaactgagacaataatatctgtggctgta
s panTro2.chr21  14661087 293 +  46489110 ttaatccaataaaaccagcgtccttgaaagaagagggaaacttggacacccacatgcacaaagggatgaccatataagaacaaacagggagagactggccatgtgaagatggaggcaggaagtggaattatgccaccatgaatcaaggaatgcctaatgcccagggctatcagaagctggaagaaacaaggaaggtgtctctcctagaggctttgaaaagagcatggccctgccaataccttgattttggacttttagcctccagaactgagacaataatatctgtggctgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14154445 293 +  48394510 ttaatccaataaaactagtgtccttgaaagaagagggaaacttggacacccacatgcacaaagggatgaccatataagaacaaacagagagagactggccgtgtgaagatggaggcaggaagtggaattacgccaccatgaatcaaggaatgcctaatgcccagggctatccgaagctggaagaaacaaggaaggagtctctcctagaggctttgaaaagagcatggccctgccaatatcttgattttggacttttagcctccagaagtgagacaataatatccgcagctgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164093519 290 - 196418989 ttaatccaataaaactagtgtccttgaaaggagagggaaacttggacacccacatgcacaaagggatgaccatataagaacaaacagg--gagactggccgtgtgaagatggaggcagttagtggaattatgccaccatgaatcaaggagtgcctaatgcccagggttatcagaagct-gaagaaacaaggaaggagtctcccctagaggctttgaaaagaacatgactctgccaataccttgattttggacttttaacctccagaactgagacaataatatctgctgctgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=167413.000000
s hg19.chr21     15934350 48 +  48129895 agccacccagtttgtatgactttgttatggcag-ccttggaaaaccaat
s panTro2.chr21  14661380 48 +  46489110 agccacccagtttgtatgactttgttatggcag-ccttggaaaactaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=278741.000000
s hg19.chr21     15934398 30 +  48129895 ataCTATGCTCAATAGTGTAGAGCTGAATG
s rheMac2.chr3  164093857 30 - 196418989 ataCTATGCTCAATAGTGTAGAGTTGAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 696
s panTro2.chr21  14661428 30 +  46489110 ataCTATGCTCAATAGTGTAGAGCTGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=214349.000000
s hg19.chr21     15934428  42 +  48129895 TAAGGTGAGCATGTATACATTTACATGGGGTGGGGAACAATT
s panTro2.chr21  14661458  42 +  46489110 TAAGGTGAGCATGTATACATTTACATGGGGTGGGGAACCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164093887  42 - 196418989 TAAGGTGAGCATGTATACATTTATATGGGGTGGGGAACCATT
i rheMac2.chr3  C 0 I 408
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a score=327674.000000
s hg19.chr21     15934470  60 +  48129895 GAAGAACCATTGTGAAGCAAGAGAGGGACACAGTTAGATATGTGGTTAGATAAAAGGCAC
s panTro2.chr21  14661500  56 +  46489110 GAAGAACCATTGTGAAGCAAGAGAGGGACAC----AGATTTGTGGTTAGATAAAAGGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164094337  60 - 196418989 GAAAAACCATTGTGAAGCAAGAGAGGGCCACATTTATATTTGTGGTTAGATAGAAGGCAT
i rheMac2.chr3  I 408 C 0
e ponAbe2.chr21  14154817 696 +  48394510 M

a score=572431.000000
s hg19.chr21     15934530  93 +  48129895 TGGCTGAAATGTGGAGCATGGAGTAGAGATGGGAAATAGAGAGATATACCTTTCTTCCAATTTTCAAAATTTCTAAAGCTTGTTGATCACTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164094397  93 - 196418989 TGACTAAAATGTGGAGCATGAAGTAGAGATGGGAAATAGAGAGATATACCCTTCTTCCAATTTTCAAAATTTCCAAAGCTTGTTCATCACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14154817 696 +  48394510 M

a score=571382.000000
s hg19.chr21     15934623  84 +  48129895 ACTTCCTCGGTGTTTTCCTGTCTATGAAACAGACAAACAGAATGCAGAAAAGATCACCCCTCTTC-TCTCTCAGTTTGGTCCAAC
s panTro2.chr21  14661649  84 +  46489110 ACTTCCTCGGTGTTTTCCTGTCTATGAAACAGACACACAGAATGCAGAAAATATCACCCCTCTTC-TCTCTCAGTTTGGTCCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164094490  85 - 196418989 ACTTCCTCAGTGTTTTCTTGTCTATGAAACAGACATACAGCACGCAGAAAACATCACCCCTCTTCTTCTCTCAGTGTGGTCCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14154817 696 +  48394510 M

a score=667993.000000
s hg19.chr21     15934707  45 +  48129895 ATGTTATATTAGAGCTCTCCTGTCTGCATAATGTTACCTGAACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14154817 696 +  48394510 M

a score=856713.000000
s hg19.chr21     15934752  65 +  48129895 AGAAAGAGACATGCTTTGAAATATAATCCTGCCAGGTCCCCTTATTTAGTGATGGGAATGTCATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14154817 696 +  48394510 M

a score=55469.000000
s hg19.chr21     15934817  61 +  48129895 GTGAAAAATGATAATACTAATACTATCTATACtatatatatttatatatatgtatgtatat
s panTro2.chr21  14661843  61 +  46489110 GTGAAAAATGATAATACTAATACTATCTGTACtatatatatttatatatgtgtatgtatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164094685  23 - 196418989 ATGAAAAATGATAGTACTAATAT--------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14154817 696 +  48394510 M

a score=2677849.000000
s hg19.chr21     15934878 202 +  48129895 aatactatataATATGGACTCTTAAAATGATTTTGATATTGATATTTTTATGATTAAAAAATTCAGTTGAAAACTCATCACCATGAAATGAATAAAG-TAATATTCCAGTATCAAGCAATTTGACTTCCCAGAATTGTTTTTCTTGATCTTTATCCTAATTGGAAAAATGAATTCATATCCATATCTTGAACTATCTACTCCA
s panTro2.chr21  14661904 179 +  46489110 aatactatataATAGGGACTCTTAAAATGATTTTGATATTGATATTTTTATGATTAAA------------------------ATGAAATGAATAAAATTAATATTCCAGTATCAAGCAATTTGACTTCCCAGAATTGTTTTTCTTGATCTTTATCCTAATTGGAAAAATGAGCTCATATCCATATCTTGAACTGTCTACTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164094708 196 - 196418989 -------GATAATATGGACTCTTAAAATGATTTTGATATTGATATTTTTATGATTAAAAAATTCAGTTGAAAACTCATCACCATGAAATGAATAAAATTAATATTCCAGTATCAAGCAATTTGACTTCCCAGAATTGTTTTTCTTGATCTTTATCCTAATTGGAAAAATGAATTCATATCCATATCTTGAACTATCTACTCGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14155522 180 +  48394510 -----------------------AAAATGATTTTGATATTGATATTTTTATGATTAAAAAATTCAGTTGAAAACTCATCACCATGAAATGAATAAAATTAACATTCCAGTATCAAGTAATTTGACTTCACAGAATTGTTTTTCTTGATCTTTATCCTAATTGGAAAAATGAATTCATATCCATATCTTGAACTATCTATGCCC
i ponAbe2.chr21 M 696 C 0

a score=890688.000000
s hg19.chr21     15935080 77 +  48129895 ATGCAAGCAAAAATCCTAAGAAGCATTCTCCAAGTAAGATCAATACTAAGGATACTGTAATACAGCTGTAATTTTCT
s panTro2.chr21  14662083 77 +  46489110 ATGCAAGCAAAAATCCTAAGAAGCATTCTCCAAGTAAGATCAATACTAAGGATACTGTAATACAGCTGTAATTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164094904 77 - 196418989 ATGCAAGCAAAAATGCTAAGAAGTATTCTATAAGTAAGATCAATACTAAGGATACTGTAATAGGGCTGTAATTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14155702 77 +  48394510 ATGCAAACAAAAATCCTAAGAAGCAATCTATAAGTAAGATCAATACTAAGGATACTGTAATACAGCTGTAATACTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1049241.000000
s hg19.chr21     15935157 70 +  48129895 GTTACGTATATTTCTTCCAATGTAATGAACTGTTATGATAATTGGTAGCTTTAATGAAAGCAAATGACTT
s panTro2.chr21  14662160 70 +  46489110 GTTACGTGTATTTCCTCCAATGTAATGAACTGTTATGATAATTGGTAGCTCTAATAAAAGCAAATGACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14155779 70 +  48394510 GTTACGTGTATTTCCTCCAATGTAAAGAACTGTTATGATGATTGGTAGCTTTAATGAAAGCAAATTACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164094981 70 - 196418989 GTTACGTGCATTTCCTCCAATGTAATGAACTGTTATGATAATTGGTAGCTTTAATGAAAGCAAATGACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15935227 48 +  48129895 CTTTCTAATTTGGGTAGGTTGTATTCCAAGCTCTGATGTTCCTAAGTC
s panTro2.chr21  14662230 48 +  46489110 CTTTCTAATTTGGGTAGGTTGTATTCCAAGCTATGATGTTCCTAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14155849 48 +  48394510 CTTTCTAATTTGAGTAGGTTGTATTCCAAGCTATGATGTTCCTAAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095051 48 - 196418989 CTGTCTAATTTGGGTAGGTTGTATTCCAAGGTATGATGTTCCTAAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15935275 23 +  48129895 TATGTACTCTTTAGCTGTTTCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095099 23 - 196418989 TATGTACTCTTTAGCTGTTTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15935298 72 +  48129895 GTCTTGGATGGTTTAAATAGTTCTTATTATAAATGCAGAAAAATTGAGTATGTTTTCAGTATTTCCAACAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14155920 72 +  48394510 ATCTTGGATAGTTTAAATAGTTCTTACTATAAATGCAGAAAAATTGAGTATGTTTTCAGTATTTCAAACAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095122 72 - 196418989 ATCTTGGATAGTTTAAATAGTTCTTACTATAAATGCAGAAAAATTGAGTATGTTTTCAGTATTTCAAACAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1225409.000000
s hg19.chr21     15935370 75 +  48129895 ATAAATGCACATGCACAAACTTTACAAGTCATATATCTTTACTGAAATGACCAGATTCACTAGAGAGCAAGGAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14155992 75 +  48394510 ATAAATGCACATGCACACACTTTACAAGTCATATATCTTTACTGAAATGACCAGATTCACTAGAGAGCAAGGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095194 75 - 196418989 ATAAATGCACATGCACACACTCTACAAGTCATATATCTTTACCGAAATGACCAAATTCACTAGAGAGCAAGGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15935445 43 +  48129895 CACTGCTAAAGCATTCTGATTCATATTCTGCAATGTCATCATA
s panTro2.chr21  14662448 43 +  46489110 CACTGCTAAAGCATTCTGATTCATATTCTGCAATGTCATCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156067 43 +  48394510 CACTGCCAAAGCATTCTGATTCACATTCTGCAATGTCATTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095269 43 - 196418989 CACTGCTGAGGCATTCTGATTCACATTCTGCAAAGTCATCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=367615.000000
s hg19.chr21     15935488 18 +  48129895 ACCTCCTGAGACACAACA
s panTro2.chr21  14662491 18 +  46489110 ACCTCCTGAGACACAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156110 18 +  48394510 ACTTTCTGAGACACAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095312 18 - 196418989 ACCTCCTGAGACACAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=540932.000000
s hg19.chr21     15935506 29 +  48129895 TGTCTTTGCATATATGAGTAAATAATTTA
s panTro2.chr21  14662509 29 +  46489110 TGTCTTTGCATATATGAGTAAATAATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156128 29 +  48394510 TGTCTTTGAATATATGAGTAAATAATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095330 29 - 196418989 TGTCTTTGCATATATGAGTAAATAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=556838.000000
s hg19.chr21     15935535 84 +  48129895 ACAACTGTAAGATATGTCCCAAAATATCTTTCATTTCATTTACTGGAATACCATAACTGACACTGATGCCAAAATATTAATTAT
s panTro2.chr21  14662538 84 +  46489110 ACAACTGTAAGATATGTCCCAAAATATCTTTCATTTCATTTACTGGAATACCATAACTGACACTGATGCCAAAATATTAATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156157 84 +  48394510 ACAACTATAAGATATGTCCCAAAATATCTTTCATTTCATTTACTGGAATACCATAACTGACACTGATGCCAAAATATTAATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095359 84 - 196418989 ACAACTATAAGATATGTCCCAATATATCTTTCATTTCATTTACTGGAATACCAAAACTGACACTGATGACAAAATATTAATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68061.000000
s hg19.chr21     15935619 19 +  48129895 ATGACATAGCCAAAAATGT
s panTro2.chr21  14662622 19 +  46489110 ATGACATAGCCAAAAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156241 19 +  48394510 ATGACATAGCCAAAAATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095443 19 - 196418989 ATGAAATAACCAAAAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=229914.000000
s hg19.chr21     15935638 25 +  48129895 AAAGTATATGTTTCTAATTGAATTA
s panTro2.chr21  14662641 25 +  46489110 AAAGTATATGTTTCTAATTGAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156260 25 +  48394510 AAAGTATATGTTTCTAATTGAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095462 25 - 196418989 AAAGTCTATGTTTCTAATTGAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=341602.000000
s hg19.chr21     15935663 51 +  48129895 TATTGAAGGAGAAATTTAACATGACTTCACTTTGTTTTGAATGCAAATTAC
s panTro2.chr21  14662666 51 +  46489110 TATTGAAGGAGAAATTTAACATGACTTCACTTTGTTTGGAATGCAAATTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156285 51 +  48394510 TACCGAAGGAGAAATTTAACATGACTTCACTTTGTTTTGAATGCGAATTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095487 51 - 196418989 TATGGAAGGAGAAATTTAACCTGATGTCACTTTGTTTTGAACACAAATTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=131.000000
s hg19.chr21     15935714 23 +  48129895 ACAATGATATTATTAAATTAAGA
s panTro2.chr21  14662717 23 +  46489110 ATAATGATATTATTAAATTAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156336 23 +  48394510 ACAATGATATTATTAAATTAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095538 23 - 196418989 ACAGTGATATTATTGAATTAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=753496.000000
s hg19.chr21     15935737 101 +  48129895 CTCTGTAAGTATGAAAAACTTTTGTGTACACAATTTAGTATTCAGTTGTCTTTGGTATTTTTATGTAAAATCATAAAATTTATTTGGGAAAGTTAAGGCTC
s panTro2.chr21  14662740 101 +  46489110 CTCTGTAAGTATGAAAAACTTTTGTGTACACAATTTAGTATTCAGTTGTCTTTGGTATTTTTATGTAAAATCATAAAATTTATTTGGGAAAGTTAAGGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156359 101 +  48394510 CTCTGTAAGTATGAAAAACTTTTGTGTACACAATTTAGTATTCAGTTGTCTTTGGTATTTTTATGTAAAATCATAAAATTTATTTGGGAAAGTTAAGGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095561 101 - 196418989 CTCTGTAAGTATGAAAAACTTTTGTGTACACAATTTAGTATTCAGATGTCTTTGGTACTTTTATGTAAAATCATAAAACTTATTTGGGAAAGTTAAGGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=65363.000000
s hg19.chr21     15935838 20 +  48129895 AAAAAAGAGCTGGAGAAGCT
s panTro2.chr21  14662841 20 +  46489110 AGAGAAGAGCTGAAGAAGCT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=55634.000000
s hg19.chr21     15935858 39 +  48129895 CAATTTAAGGGG---AAAAAAATAAAGCTGAGAGCAGCACTG
s panTro2.chr21  14662861 39 +  46489110 CAATTTAAGGGG---AAAAAAATAAAGCTGAGAGCAGCACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156480 39 +  48394510 CAATTTAAGGGG---AAAAAAATAAAGCTGAGAGCAGCACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095682 42 - 196418989 CAATTTAAGGGGGAAAAAAAAATAAAGCTGAGAGCAGCACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50619.000000
s hg19.chr21     15935897 81 +  48129895 GGTCTAGAGCCCAAGTGTCTCTACTTGTGGTACAAATGTAGTGTAGTCTTACCATGTGAGTGAGCTTCTTCCCCAGTAACT
s panTro2.chr21  14662900 81 +  46489110 GGTCTAGAGCCCAGGTGTCTCTACTTGTGGTACAAATGTAGTGTAGTCTTACCATGTGAGTGAGCTTCTTCCCCAGTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164095724 80 - 196418989 GGTCTAGAGCCCAAGTGTC-CCACTTGTGGCACAAATATAGTGTAGTCTTATCACATGAGTGACCTTCTTCCCCAGTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=493008.000000
s hg19.chr21     15935978 82 +  48129895 AAGCCCTGGGTACAAAAACAACAGTGGTTCCTATACTTCGTGATTCATACAAAGTTATATTTTAGAGAGATTAGTGGCCTTA
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s panTro2.chr21  14663063 83 +  46489110 AACAGAATTTCACAATAGTTTCTTACCCTGCAAATCAAACGTTCTCCAAGGAAAGAACAGGTATAAAATACTTGGAAGGAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14156682 83 +  48394510 AACAGAATTGCACAATAGTTTCTTACCCTGCAAATCAAATATTCTCCAAGGAAAGAACAGGTATAAAATATCTGGAAGGAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14663146 14 +  46489110 GTGAATGCCCCGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14663194 45 +  46489110 GTAGAATAACCTAAGTAGGAAAAGACTTAACAAGAATATAGGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=235940.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=168351.000000
s hg19.chr21     15936387 36 +  48129895 AAATACATTCGTTTTTTAAAAGTCTGATTTGCTTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157013 36 +  48394510 AAATACATTCATTTTTTAGAAGTCTGATTTGCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164096217 36 - 196418989 AAATACATTCATTTTTCAAAAGTCTGATTTGCTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277354.000000
s hg19.chr21     15936423 74 +  48129895 ACTATCTGGA-TTTTTAAAATGAGTAATGTCTGGTTCTGAACCCATGCAATTGATTTCAAATCAGATAATCTAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157049 74 +  48394510 ACTATCTGGA-TTTTTAAAATGAGTAATGTCTGGTTCTGAACCCATACAATTGATTTCAAATCAGATAATCTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164096253 75 - 196418989 ACTATCTGGATTTTTTTAAATGACTAATGTCTGGTTCTGAACCCATGCCATTGATTTCAAATCAGATAATCTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15936497 235 +  48129895 AGGACCTTAGATGCCTACATACTGACTTGAAGAAGGGTTTTATGGAGACGCCGATGGAGAATATGGATTATATGTTTTAAAGCCACCATTTCCCATACTCTTATACTCAGTCTCATTCATTATTAAAGCCTAGAAGTAGATGAGAAGAAGGGAGATTTCTTGGAAGAGAAAAAATGAGCAAAATGAGCAAACATTTATTGATAATCTGCTATAGATTACTGCatctcactaaatc
s panTro2.chr21  14663500 235 +  46489110 AGGACCTTAGATGCCTGCATACTGACTTGAAGAAGGGTTTTATGGAGACGCAGATGGAGAATATGGATTATATGTTTTAAAGCCACCATTTCCCATACTCTCATACTCAGTCTCATTCATTATTAAAGGCTAGAAGTAGATGAGAAGAAGGGAGATTTCTTGGAAGAGAAAAAATGAGCAAAATGAGCAAACATTTATTGATAATCTGCTATAGATTACAGCATctcactaaatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157123 235 +  48394510 AGGACCTTAAATGCCTACATACTGACTTGAAGAAGGGTTTTATGGAGATGCAGATGGAGAATATGGATTATATGTTTTAAAGCCACCATTTCCCATACTCTCATACTCAGTCTCATTCATTATTAAAGCATAGAAGTAGATGAGAAGAAGGGAGATTTCTTGGAAGAGAAAAAATGAGCAAAATGAGCAAATATTTATTGATAATCTGCTATAGATtacagcatctcactaaatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164096328 234 - 196418989 AGGACCTTAGATGCCTCCATACCGACTTGAAGAAGAGTTTTATGGAGACGCAGATGGAGAATATGGATTATATGTTTAAAAGCCACCATTTCCCATACTCTCATACTCAGTCTCATTCATTATTAAAGCACAGAAGTAGATGAGAAGAAGGGAGATTTCTTGGAAGAG-AAAAATGAGCAAAATGAGCAAACATTTATTGATCATCTGCTATAGATTACTGCatctcactaaatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15936732 41 +  48129895 ctcttaacaacagtatcaagtgttattgtctcctgtgttgc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15936981 174 +  48129895 AAGCTTTA-TTTTATAGTCAAAGAAGATCGCCTCTTTATCCTATCCCTCCTTCTCTTCCTCTGGTTTCTTTCAATTCATTTTCCACTTTGTAATTCCTTTCCAAGTGCTCACTATGTTGTCACCTTCTCCTAAGACCCAAGGGAGTATTTTT--AGGAGCAGTCAGAGGAAGAAACC
s panTro2.chr21  14664028 174 +  46489110 AAGCTTGA-TTTTATAATCAAAGAAGATCGCCTCTTTATCCTTTCCCTCCTTCTCTTCCTCTGGTTTCTTTCAATTTGTTTTCTACTTTGTAATTCCTTTCCAAGTGCTCACTATGCTGTCACCTTCTCCTAAGACCCGAGGGAGTATTTTT--AGGAGCAGTCAGAGGAAGAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157607 175 +  48394510 AAGCTTGA-TTTTATAATCAAAGAAGATAACCTCTTTATCCTTCTCCTCTTTCTCTTCTTCCGGTTTCTTTCATTTCATTTTCTACTTTGTAATTCCTTTCCAAGTGCTCACTATACTGTCACCTTCTCCTAAGACCCAAGGGAGTATTTTT-CAGGAGCAGTCAGAGGAAGAAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164096811 177 - 196418989 AAGCTTGATTTTTATAATCAAAGAAGATAGCCTCTTTATCCTTTTCCTCCTTCCCTTCTTCTGGGTTCTTTCATTTCATTTTCTACTTTGTAATTCCTTTCCAAGTGCTCACTATGCTGTCACCTTCTCCTTAGACCCAAGGGAGTATTTTTTCAGGAGCAGTCAGAGGAGGAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15937155 35 +  48129895 GAAGGCTGGGGAGGATCACTCCAAATCCACTCAGC
s panTro2.chr21  14664202 35 +  46489110 GAAGGCTGGGGAGGATCACTCCAAATCCACTCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157782 35 +  48394510 GAAGGCTGGGGAGGATCACTCCAAATCCACTCAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164096988 35 - 196418989 GAAGGCTGGGGAAGATCACTCCAAATCCACTCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=162249.000000
s hg19.chr21     15937190 22 +  48129895 AGGAAAAGTTATAGCATGCATA
s panTro2.chr21  14664237 22 +  46489110 AGGAAAAGTTATAGCATGCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157817 22 +  48394510 AGGAAAAGTTATAGCATGCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097023 22 - 196418989 AGGAAAAGTTACAGCATGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209599.000000
s hg19.chr21     15937212 49 +  48129895 ATTTCCAAAACAGGGTTCAGGAATCAAAGGGATGGAGAAGCAACTGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157839 49 +  48394510 ATTTCCAAAACAGGGTTCAGGCTTCAAAGGGATGGAGAAGCAACTGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097045 49 - 196418989 ATTTCCAAAGCAGGGCTCAGGCTTCAAAGGAATGGAGAAGCAACTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=81819.000000
s hg19.chr21     15937261 34 +  48129895 TTGAGCAGAGGGGCAACAAAAAGGGCACACCAGG
s panTro2.chr21  14664308 34 +  46489110 TCGAGCAGAGGGACAACAAAAAGGGCACACCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157888 34 +  48394510 TTGAGCAGAGGGACAACAAAAAGGGCACACCGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097094 34 - 196418989 TTGAGCAGAGGGACAACAAAATGGGCACACCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-19403.000000
s hg19.chr21     15937295 43 +  48129895 GAGCTTGTAAAACCAAGAAGAAAAAAGAACATGTTTTGggct-g
s panTro2.chr21  14664342 43 +  46489110 GAGCTTGTAAAACCAAGAATTAAAAAGAACATGTTTTGggct-g
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157922 44 +  48394510 GAGCTTGTAAAACCAAGAAGAAAAAAGAACATGTTTTGGGCTGg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097128 43 - 196418989 GAGCTTGTAAAACCCAGAAGGAAAAAGAACATGTTTTGggct-g
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59529.000000
s hg19.chr21     15937338 53 +  48129895 ggagtggtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggct------gaggtgggtg
s panTro2.chr21  14664385 53 +  46489110 ggagtggtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggct------gaggtgggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14157966 53 +  48394510 ggagtggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggct------gaggtgggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 M 340
s rheMac2.chr3  164097171 59 - 196418989 ggagcggtggctcacacctgtaatcccagcactttgggagactgagggggaggtaggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=145390.000000
s hg19.chr21     15937391 132 +  48129895 gatcacttgaggtgaggagttcaagaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctacttaaaaatacaaaaattagccgggcatggtggcatgtacctgtaatcccagctactcgggaggctgaggca
s rheMac2.chr3  164097230 132 - 196418989 gatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctggacaacatagtgaaaactcgtctctacttaaaaatacaaaaattagccgggcatggtggcatgtgcctgtaatcccagctacttgggaggctaaggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14664438 132 +  46489110 gatcacttgaggtgaggagttcaagaccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctctacttaaaaatacaaaaattagccgggcatggtggcatgtacctgtaatcccagctactcgggaggctgaggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14158019 340 +  48394510 M

a score=39720.000000
s hg19.chr21     15937523  38 +  48129895 ggagaatcactttaacctgggaggcggaggttgcagtg
s rheMac2.chr3  164097362  38 - 196418989 ggagaatcacttcaacccaggaggcagaggttgcagcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14664570  38 +  46489110 ggagaatcactttaacctgggaggcggaggttgcagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14158019 340 +  48394510 M

a score=-414.000000
s hg19.chr21     15937561  33 +  48129895 agctgagatcacaccactgaactccagcct--------tgg
s rheMac2.chr3  164097400  41 - 196418989 agctaagatcacagcactgcactccagcccggggaacagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14664608  41 +  46489110 agctgagatcacaccactgcactccagcctggggaacaggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14158019 340 +  48394510 M

a score=-355.000000
s hg19.chr21     15937594  18 +  48129895 caagactctatcca--aaaa
s rheMac2.chr3  164097441  20 - 196418989 caagactcTATcaaacaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14664649  18 +  46489110 taagactctatcca--aaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14158019 340 +  48394510 M

a score=-76707.000000
s hg19.chr21     15937612  19 +  48129895 aaa-aaaaaaaaaCATGTTT
s panTro2.chr21  14664667  20 +  46489110 aaacaaaacaaaaCATGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097461  19 - 196418989 aaa-caaacaaaACATGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=995244.000000
s hg19.chr21     15937631 164 +  48129895 TGGTTTGTATACCTCACAGAAGG--CCTCCAAGACGCAGGGAAAATATCTTCAATGACTCATCCTCTATTGATAACACTAGCTTTTACACCAGGAGTCATGCTGAGAAGTTCAGAGACAGTGTTAAACTGCCACAACAAGTCAATGAACTCAACAAAATGCATTGC
s rheMac2.chr3  164097480 164 - 196418989 TGGTTTGTGTACATCACAGAAGA--CCTCCAAGATGCAGGGAAAATATCGTCAATGACTCATCCTCTACTGATAACATTAGCTTTTATACCAGGAGCCATGCTGAGAAGTTCAGAGACAGTGTTAAACTGCCAAAACAAGTCAATGAACTCAACAAAATGCATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14664687 164 +  46489110 TGGTTTGTATACCTCACAGAAGG--CCTCCAAGACGCAGGGAAAATATCTTCAATGACTCGTCCTCTATTGATAACACTAGCTTTTACACCAGGAGTCATGCTGAGAAGTTCAGAGACAGTGTTAAACTGCCAAAACAGGTCAATGAACTCAATAAAATGCATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14158359 164 +  48394510 -GGTTTATGTACCTCACAGAAAGGCCCTCCAAGATGCAGGGAAAATATCTTCAATGACTCATCCTCTATTGATAACAGTA-CCTTTACACCAGGAGCCATGCTGAGAAGTTCAGAGACAGTGTTAAACTGCCAAAACAAGTCAATGAACTCAACAAAATGCATTTC
i ponAbe2.chr21 M 340 C 0

a score=657538.000000
s hg19.chr21     15937795 72 +  48129895 TTACACATAAATCTACAATTGCCTTGCTGGTTTTGTGATGCAGCTTTCTGAAATATGTATTTGTTTCCTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097644 68 - 196418989 TTACACACAAATCTACAATTGCCTTGCTAGTTTTGTGATGCAACTTTCTGAAA----TATTTGTTTCCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=339147.000000
s hg19.chr21     15937867 65 +  48129895 AACATGGGTTCTTGGCCTCCATctatataccaagcagagatctaagcaccagcacataaaatatc
s panTro2.chr21  14664923 65 +  46489110 AACATGGGTTCTTGGCCTCCATctatataccaagcagagatctaagcgccagcacataaaatatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14158595 65 +  48394510 AACATGGGTTCTTGGCCTCCATctatataccaagcagagatctaagcactagcaaataaaatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097712 65 - 196418989 AACACAGGTTCTTGGCCTCCATctatataccaagcagagacctaagcaccagcacataaaatatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277258.000000
s hg19.chr21     15937932 35 +  48129895 tcttagcatcctaacaataagtctgagagaaagct
s panTro2.chr21  14664988 35 +  46489110 tcttagtatcctaacaataagtctgagagaaagct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14158660 35 +  48394510 tcttagcatcctaaaaataagtctgggagaaagct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097777 35 - 196418989 tcttagcatcctaaccataagtctgggagaaagct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=231622.000000
s hg19.chr21     15937967 37 +  48129895 ttatttttcccaccacacag-aaagagactgtggatca
s rheMac2.chr3  164097812 38 - 196418989 ttatttttcccaccacacagaaaagggactggggatag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14158695 37 +  48394510 ttattttttctaccacacaa-aaagggactggggatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14665023 37 +  46489110 ttatttttctcaccacacag-aaagagactgcggatca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=492730.000000
s hg19.chr21     15938004 60 +  48129895 gagagtagtgtgactgcggatgtcatcgattccaaatttaaactcaggattccttccttt
s rheMac2.chr3  164097850 60 - 196418989 gacagtagtgtgactgcggatgtcatggattccaaatttaaactcaggattccttccttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14158732 60 +  48394510 gagagtagtgtgactgtggatgtcatcgattccaaatttaaactcaggattccttccttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14665060 60 +  46489110 gagagtagtgtgactgcagatgtcatcgattccaaatttaaactcaggattccttccttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=333762.000000
s hg19.chr21     15938064 59 +  48129895 aaagtctagtggtctttccgttataccatgctacATAAACTTCTCAACATCACAATGAA
s rheMac2.chr3  164097910 59 - 196418989 aaagtctagtggtctttctctgataccatgctacATAAACTTTTAAACATCATGATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14158792 59 +  48394510 aaagtctagtggtctttcccttataccatgctacATAAACTTCTCAACATCACAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14665120 59 +  46489110 aaagtctagtggtctttccgttataccatgctacATAAACTTCTCAACATCACAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=398890.000000
s hg19.chr21     15938123 42 +  48129895 TAAATACAATGCTAGCCACAATAAAAGTGCAAAAATGCTCTG
s panTro2.chr21  14665179 42 +  46489110 TAAATACAATGCTAGCCACAATAAAAGTGCAAAAATGCTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14158851 42 +  48394510 TAAATACAATGCTAGCCACAATAAAAGTGCAAAAATGCTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164097969 42 - 196418989 TAGATACAACGCTAGCCACAATAAAAGTGCAAAAATGCTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1184309.000000
s hg19.chr21     15938165 167 +  48129895 AACATATGAGGAGTTTAATAAATATTTGGGGATTGGTAGATTTGTATAATTTCAAAAGGCAAACCAACAAACCTTGTCTCCTTGCCAATGGGACGTATGTCTTGACAATGAAAATAACAGGAAGACATAATAATTTATTCACTTCCAATTACCTATCTGCAGATGGA
s panTro2.chr21  14665221 167 +  46489110 AACATATGAGGAGTTTAATAAATATTTGGGGATTGGTAGATTTGTATAATTTCAAAAGGCAAACCAACGAACCTTGTCTCCTTGCCAATGGGACGTATGTCTTGACAATGAAAATAACAGGAACACATAATAATTTATTCACTTCCAATTACCTATCTGCAGATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14158893 167 +  48394510 AACATATGAGGAGTTTAATAAATATTTGGTGAATGGTAGATTTGTATAATTTCCAAAGGCAAACCAACGTACCTTGTCTCCTTGCCAATGGGACGTATGTCTTGACAATGAAAATAACAGGAACACATAATAATTTATTCACTTCCAATTACCTATCTGCAGATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098011 167 - 196418989 AAGATATTAGGAGTTCAATAAATATTTGGTGATTGGTAGATTTGTATAATTTCAAAAGGCGAACCAACGTACTTTGTCTGCTTGCCAATGGGACGTATGTCTAGACAATGAAAATAACAGGAACACATAAGAATTTATTCACTTCCAATTACCTATCTGCAGATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=258290.000000
s hg19.chr21     15938332 27 +  48129895 CTTGCTAATTGGTTCTGTTTTCGTTAT
s rheMac2.chr3  164098178 27 - 196418989 CTTGCTCATTGGTTCTGTTTTTGTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159060 27 +  48394510 CTTGCTAATTGGTTCTGTTTTCGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14665388 27 +  46489110 CTTGCTAATTGGTTCTGTTTTCATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=400230.000000
s hg19.chr21     15938359 26 +  48129895 TAGTAAAGACATAATCTTACCTTTTT
s panTro2.chr21  14665415 26 +  46489110 TAGTAAAGACATAATCTTACCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159087 26 +  48394510 TAGTAAAGACATAATCTTACCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098205 26 - 196418989 TAGTAAAGACATAATCTTACCTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=612732.000000
s hg19.chr21     15938385 66 +  48129895 AACAATTTTCCCAGATACACAAAGGGCAAGCTGCTACTCTCATTGACAACTCATTGGCAGTAACCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098231 66 - 196418989 AACAATTTTCCCAGATCCACAAAGGGCAAGCTGCTACTCTAGTTGACAACTCATTGGCAGTAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=113983.000000
s hg19.chr21     15938451 26 +  48129895 CATTTAAAGTCAGTTGTGTTTTAGTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=549650.000000
s hg19.chr21     15938477 38 +  48129895 AAAGGAGACTTTTCTCCACTTGCATCTGAATTGAAGTA
s panTro2.chr21  14665533 38 +  46489110 AAAGAAGACTTTTCTCCACTTGCATCTGAATTGAAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164098323 38 - 196418989 AAAGGAGACGTTTCTCCACTTTTATGTGAATTGAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=935890.000000
s hg19.chr21     15938515 43 +  48129895 ATGCACAACAAATATAGCTATCAAATTTACTAATTGTGTTAAA
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a score=812796.000000
s hg19.chr21     15938558 48 +  48129895 TAAGGATATCCAAGTGTTGCAAGACCATCAGAAAAAGCACACTACAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=368733.000000
s hg19.chr21     15938606 24 +  48129895 AGCTAAGTAGTCAATTTCAAAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1704171.000000
s hg19.chr21     15938630 104 +  48129895 CCTTTTAACATAAGTATTTCAAAATCATTAATTTTGTTACCATTTAACACCAGTGATTTTCATTTCCCACAATCTATTCTGACATTTAAAGGAAGATTTTTAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159358 104 +  48394510 CCTTTTAACGTAAGTATTTCAAAATCATTAATTTTGTTACCATTTAACACCAGTGATTTTCATTTCCCACAATCTATTCTGACATTTAAAGGAACATTTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098476 104 - 196418989 CCTTTTAACATTAGTATTTCAAAATCATTAATTTTGTTACCATTTAACACCAGTGATGTTCATTTCCCACAATCTATTCTGACATTTAAAGGAACATTTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=349921.000000
s hg19.chr21     15938734 54 +  48129895 GTATCTCTTGCATCATATAAGACTACCACCATATAATGCCACTTAAAAATTACT
s panTro2.chr21  14665790 54 +  46489110 GTATCTCTTGCATCGTATAAGACTACCACCATATAATGCCACTTAAAAATTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159462 54 +  48394510 GTATCTCTTGCATCATATAAGACTACCACCATATAATGCCACTTAAAAATTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098580 54 - 196418989 GTATCTCTTGCATCATATAAGCCTACCACCATATAATACCACTTAAAAATTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-192890.000000
s hg19.chr21     15938788 60 +  48129895 GCATTTTACAAAGGTAAAGGCAGGGGGAGGTTGGCCCATAAAAAAATCTAATAAAACCTT
s panTro2.chr21  14665844 60 +  46489110 GCATTTTACAAAGGTAAAGTCAGGGGGAGGTTGGCCCATGAAAAAATCTAATAAAACCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159516 60 +  48394510 GCATTTTACAAAGGTAAAGGCAGGGGGAGGTTGGCCCATGAAAAAATCTAATAAAACCTt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098634 59 - 196418989 GCATTTTACAAAGGTAAAGGCAGGGGGAGGTTGGCCCATG-AAAAATCTAATAAAACCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-118631.000000
s hg19.chr21     15938848 32 +  48129895 C----------------------------------CATATATATATATAAA------Attt---tttttttgaga
s rheMac2.chr3  164098693 45 - 196418989 C------------------------------TTCatatatatatatatatatatatattttttttttttttgaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159576 71 +  48394510 ctctctctctctctctctctctctatatatatatatatatatatatatatatatgtaAtt----tttttttgata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14665904 39 +  46489110 C----------------------------------TATATATATATATATA--TATCAtttttgtttttttgagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=65340.000000
s hg19.chr21     15938880 49 +  48129895 cagggtctcactttgtcgcccaggctatagtgcagtggtatgattttgg
s rheMac2.chr3  164098738 49 - 196418989 caagatctcactttgtcatccaggctgtagtgcagtggtacaatcttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159647 49 +  48394510 cagggtctcactttgtcacccaggctatagtgcagtggtacgatctcgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14665943 49 +  46489110 cagggtctcactttgtcgcccaggctatagtgcagtggtaagatcttgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=71736.000000
s hg19.chr21     15938929 47 +  48129895 ctcactacaacttctgcctcccgggttcaagctattctcttgcctca
s panTro2.chr21  14665992 47 +  46489110 ctcactacaacttctgcctcccaggttcaagctattctcttgtctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159696 47 +  48394510 ctcactacaacttctgcctcctgggttcaagctattctcttgcctca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098787 46 - 196418989 cttgctacaacttctg-ctcccgggttcaagcaattctcttgcctca
i rheMac2.chr3  C 0 I 24

a score=102386.000000
s hg19.chr21     15938976 80 +  48129895 gcctctcaagtagctggggttacaggtgtgcaccaacatgccttgctaatttttgtatttttagtacagatgggatttca
s panTro2.chr21  14666039 80 +  46489110 gcctctcaagtagctggggttacaggtgtgcaccaacatgccttgctaatttttgtatttttagtacagatgggatttca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159743 80 +  48394510 gcctctcaagtagctggggttacaggtgtgcaccaacatgccttgcaaatttttgtatttttagtacagatgggatttca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164098833 24 - 196418989 I

a score=41736.000000
s hg19.chr21     15939056 34 +  48129895 ccatgttggccaggctggtcttgaactcctgatc
s ponAbe2.chr21  14159823 34 +  48394510 ccatgttggccaggctggtcttgaactcctgacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14666119 34 +  46489110 ccatgttggccaggctggtcttgaactcctgatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164098833 24 - 196418989 I

a score=58601.000000
s hg19.chr21     15939090 64 +  48129895 tcaagtgatctgcccacctcggcctcccaaagtgctgggattacaggggtaagccactgcacct
s rheMac2.chr3  164098857 57 - 196418989 -------atctgcccgcatcggcctcccaaagtgccgggaatacaggggtaagccaccgcacct
i rheMac2.chr3  I 24 C 0
s panTro2.chr21  14666153 64 +  46489110 tcaagcgatctgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggggtaagccacggcacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159857 64 +  48394510 tcaagtgatctccccgcctgggcctcccaaagtgctgggattacaggggtaagccactgcacct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=178758.000000
s hg19.chr21     15939154 36 +  48129895 ggccTTTCTCATATTTCTTTTTGAGCCATG-------TTAGTG
s ponAbe2.chr21  14159921 36 +  48394510 ggccTTTCTCATATTTCTTTTTGAGCCATG-------TTAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14666217 36 +  46489110 ggccTTTCTCATATTTCTTTTTGAGCCATG-------TTAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098914 43 - 196418989 ggcctttctcatatttctttttgagCCATGTTACTGTTTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=366968.000000
s hg19.chr21     15939190 53 +  48129895 TTATCCAGTACAAAGAAACACACACATGCACACCACCTAGAGACCTATTGTCA
s panTro2.chr21  14666253 53 +  46489110 TTATCCAGTACAAAGAAAGACACACATGCACACCACCTAGAGACCTATTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14159957 53 +  48394510 TTATCCAATACAAAGAAACACACACATGCACACCACCTAGAGATCTATTGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164098957 53 - 196418989 TTATCCAGTACAAAGAAACACACACATGCGCACCACCTAGAGACCTATTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=728059.000000
s hg19.chr21     15939243 33 +  48129895 TGGTTCAAACATCTTAGGATATAGAGATCATGA
s panTro2.chr21  14666306 33 +  46489110 TGGTTCAAACATCTTAGGATATAGAGATCATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14160010 33 +  48394510 TGATTCAAACATCTTAGGATATAGAGATCATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=574962.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=377236.000000
s hg19.chr21     15940563 31 +  48129895 GGTTTATAAGGCCTCTGATTCTCAATTAGAA
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a score=379711.000000
s hg19.chr21     15940638 27 +  48129895 TCACATCTAAGCAGCACTGAGCTCTAA
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s ponAbe2.chr21  14161429 106 +  48394510 TAAGTGTGCCACTGTATGACAGCCAACTGTGGAATGGCGATTGGAAAAACACCACATATTATTTCTTGCCTAT-TATTTTAAAACTGAGTAATAAAAGGTGTTCAGC
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s panTro2.chr21  14667725 107 +  46489110 TAAGTGTGCCACTGTATGACAGCCAACTGTGGAATGGCGACTGGAAAAACACCATGTATTATTTCTTGCCTATTTATTTTAAAACTGAGTAATAAAAGGTGTTCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=308701.000000
s hg19.chr21     15940772 44 +  48129895 ATTTTGCCATATAAGGTACTAAGTTCGGAAATATTTTCACGGGA
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s hg19.chr21     15940816 26 +  48129895 ATCAGGTCTTCCCCCCAGTGATGGCT
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s panTro2.chr21  14667962 48 +  46489110 tggaagaggtcttagtggtcatctagtactatccatttattttacagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14161665 48 +  48394510 tggaagaggtcttagtggtcatctagtactagccatttattttacagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164100668 48 - 196418989 tggaagaggtgttagtggtcatctagtactatccatttattttacagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1052418.000000
s hg19.chr21     15940950 61 +  48129895 taaagaaaccccagctaatgtcagctggcttgtccTCCAACCCAGAATCTTCACAAATGAA
s panTro2.chr21  14668010 61 +  46489110 taaagaaaccccagctaatgtcagctggcttgtccTCCAACCCAGAATCTTCACAAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14161713 61 +  48394510 taaagaaaccccagctaatgtcagctggcttgtccTCCAACCCAGAATGTTCACAAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164100716 58 - 196418989 taaagaaaccccagctaatgtcagctggcttgtccTCCAACCCAGAATCTTCACAAAT---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1471730.000000
s hg19.chr21     15941011 90 +  48129895 GAAGTTTCCCTCCCAAGGGAAGCCTAATTAAGAGCCAAGTCTACACTCAGAAAGATTTCTCCACTGAAACTAACTTTGCTATCCAGTGTT
s panTro2.chr21  14668071 90 +  46489110 GAAGTTTCCCTCCCAAGGGAAGCCTAATTGAGAGCCAAGTCTACACTCAGAAAGATTTCTCCACTGAACCTAACTTTGCTATCCAGTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14161774 90 +  48394510 GAAGTTTCCCTCCCAAGGGAAGTCTAATTGAGAGCCAAGTCTACACTCAGAAAGATTTCTCCACTGAACCTAACTTTGCTATCTAGTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164100774 90 - 196418989 GAAGTTTCCCTTCCAACGGAAGCCTAATTGAGAGCCAAGTCTACACTCGAAAAGATTTCCCCACTGAGTCTAACTTTGCTATCCAGTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1157662.000000
s hg19.chr21     15941101 131 +  48129895 AAAAGGGAATCTAGTGTCTTAAATCATAGTATTAGTAGTAATTCCTTCATGTAAATAAATGCACAACATTTGGGTTAACCTCCTTCATAGTATCTTACTGATTGATAATATAAGAAAGCAGGATGACAGAT
s panTro2.chr21  14668161 131 +  46489110 AAAAGGGAATCTAGTGTCTTAAATCATAGTATTAGTAGTAATTCCTTCATGTAAATAAATGCACAACATTTGGGTTAACCTCTTTCATAGTATCTTACTGATTGATAATATAAGAAAGCAGGATGACAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14161864 125 +  48394510 AAAAGGGAATCTAGTGTCTTAAATCATAGTATTAGTAGTAATTCCTTCATGTAAATAAATGCACAACATTTGGGTTAACCTCCTTCATAGTATCTTAC----TGATAATATAAG-AAGCA-GATGACAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164100864 127 - 196418989 AAAAGGGAATCCAGTGTCTTAAATCATAGTATTAGTAGTAATTCCTTCGTGTACATAAGTGCACAACATTTAGGTTCACCTCCTTCACAGTATCTTAC----TGATAATATAAGAAAGCAGGATGACAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212701.000000
s hg19.chr21     15941232 28 +  48129895 TCATTTCACACAAAAATGCACTCCTTCA
s panTro2.chr21  14668292 28 +  46489110 TCATTTCACACAAAAATGCACTCCTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14161989 23 +  48394510 TCATTTCACACAAAAATGCACTC-----
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1151
s rheMac2.chr3  164100991 28 - 196418989 TCATTTCACACAAAAATGCACTCCTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63803.000000
s hg19.chr21     15941260   23 +  48129895 AAATAACAAAATTAACCAGAATT
s rheMac2.chr3  164101019   22 - 196418989 AAATAACAAAA-TAACCAGAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14668320   23 +  46489110 AAATAACAAAATTAATCAGAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=-153204.000000
s hg19.chr21     15941283   78 +  48129895 CATTTTACTTCAGATCCTGAAAGTCCAGCATTAAAAAACATTAAAAAggctaggcatagtagcttcatgcctataatc
s rheMac2.chr3  164101041   78 - 196418989 CATTTTACTTCAGATCCTGAAAGTCCAGCATTAAGAAACATTAAAAAggccaggtatggtagcttcatgcctataatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14668343   78 +  46489110 CATTTTACTTCAGATCCTGAAAGTCCAGCATTAAAAAACATTAAAAAggctaggcatagtagcttcatgcctataatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=17360.000000
s hg19.chr21     15941361   26 +  48129895 tcagcagtttgggaggctggaaagag
s panTro2.chr21  14668421   26 +  46489110 tcagcagtttgggaggctggaaagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164101119   26 - 196418989 tcagcagtttgggaggctggaaacag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=37518.000000
s hg19.chr21     15941387   36 +  48129895 gatcacttgaatccaggagttcaagaccagcctagg
s rheMac2.chr3  164101145   36 - 196418989 gatcacttgaatccaggagttcaagaccagcgtagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14668447   36 +  46489110 gatcacttgaatccaggagttcaagaccagcctagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=-1449.000000
s hg19.chr21     15941423   70 +  48129895 caacatagcaatacctcatttctatttaaaaaaaaaaataaaaatagctaggcgtgttgttgcatgccta
s rheMac2.chr3  164101181   70 - 196418989 taacatagcgagacctcatctctatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaagctgggcatggtgtcgcatgccta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14668483   69 +  46489110 caacatagcaagacctcatttctattt-aaaataaaaataaaaatagctaggagtgttgttgcatgccta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=115721.000000
s hg19.chr21     15941493  116 +  48129895 tagtcctgtctacttgggaggctgaggtgggaggatggcttgagcccagaagatagaggctgcagtgagctgtgaccgcactactgcagtgcagcctgggcaacagagcaagaccc
s rheMac2.chr3  164101251  116 - 196418989 tagtcctgtctacttgggaggctgaggtgggaggatggcttgagccaggcagatagaggctgcagtgagctgtgactgcactgttgcagtgcagcctgggcaacagagcaagaccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14668552  116 +  46489110 tagtcctgtctacttgggaggctgaggtgggaggatggcttgagcccagaagatagaggctgcagtgagctgtgaccgcactactgcagtgcagcctgggcaacagagcaagaccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=-351463.000000
s hg19.chr21     15941609  137 +  48129895 tatctctaaacaaaaacaaaaTGCATTTAAAAGTTACTTCTTCTGAAAAGATAATTCTCTTCCACATTACACAGTAAAATAAATGAATTCATTTTGGCCGACTGCTGTTTTGGGTTATTTCCCCATTTTGCTGTTTT
s rheMac2.chr3  164101367  126 - 196418989 tgtctctaaacaaaaacaaaTTGCATTTGAAAGTTACTTCTTCTGAAAAGATAATTCTCTCCCACATTCCACAGTAAAATAAATGAATTCATTTTGGCTGACTGCTGTTTTGGGTTATTTCCCCAT-----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14668668  137 +  46489110 tatctctaaacaaaaacaaaaTGCATTTAAAAGTTACTTCTTCTGAAAAGATAATTCTCTCCCACATTACACAGTAAAATAAATGAATTCATTTTGGCTGACTGCTGTTTCGGGTTATTTCCCCATTTTGCTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=-152685.000000
s hg19.chr21     15941746   45 +  48129895 GGGTTATTTCCCCAATTTCCTTAGATGTGTACAAAAAAATTAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164101493   29 - 196418989 ---------------TTTTCTTAGATGTGTA-CAAAAAATTAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=445335.000000
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s panTro2.chr21  14668850   38 +  46489110 CTGATGATATTTTTAATCTTAACCCTCATCTGCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164101522   37 - 196418989 CTGATGATA-TTTTAATCTGAACCCTCATCTGCTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=306388.000000
s hg19.chr21     15941829   39 +  48129895 TGATAGATTTTTTTCCCAGA-TTTTTTCTGTTAACCCAAG
s rheMac2.chr3  164101559   39 - 196418989 TGATAGA-TTTTTTCCCAGAATTTTTTCTGTTAACCCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=349460.000000
s hg19.chr21     15941868   25 +  48129895 CCCACACAGCCAGCAAAACTCCCAA
s rheMac2.chr3  164101598   25 - 196418989 CCCACACAGCCAGCAAAACTCCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14668927   25 +  46489110 CCCACACAGCCAGCAGAACTCCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=564304.000000
s hg19.chr21     15941893   38 +  48129895 GAACTCTTGCAACCAATTTTTCCTTTTCAATTGTATAA
s rheMac2.chr3  164101623   36 - 196418989 -GAATCTTGCCGCCAA-TTTTCCTTTTCAATTGTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14668952   38 +  46489110 GAACTCTTGCAACCAATTTTTCCTTTTCAATTGTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=2153893.000000
s hg19.chr21     15941931   71 +  48129895 AGCTTTGAAAGTTATTGATTCTGCAAATGTGAAAAATTAACTTATCAAAAAATAGCACACATAAAATGGGA
s panTro2.chr21  14668990   71 +  46489110 AGCTTTGAAAGTTATTGATTCTGCAAATGTGAAAAATTAACTTATCAAAAAATAGCACACATAAAATGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164101659   71 - 196418989 AGTTTTGAAAGTTATTGATTCTGCAAATGTGAAAAATTAACTTATCAAAATATAGCATACATAAAATGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=3814773.000000
s hg19.chr21     15942002  125 +  48129895 ACTGGCCAAAGAAACACAAAGAATATTGTTTTAACTGGAAGTTCTATCATTAACTGCTACAACTACTGTATTCCTGATATGGCTTTTTGCAATATATTTATCACTATATGGGAACGATTTAATCT
s panTro2.chr21  14669061  125 +  46489110 ACTGGCCAAAGAAACACAAAGAATATTGTTTTAACTGGAAGTTCTATCATTAACTGCTACAACTACTGTATTCCTGATATGGCTTTTTGCAATATATTTATCACTATATGGGAACGATTTAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=1356332.000000
s hg19.chr21     15942127   52 +  48129895 GCTCCATAGAGAGAGCAGTAGGAGCTCTCAGTGGCCTCAAAATATGATGGTT
s panTro2.chr21  14669186   52 +  46489110 GCTCCATAGAGAGAGCAGTAGGAGCTCTCAGTGGCCTCAAAATATGATGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164101855   52 - 196418989 ACTCCATACAGAGAGCAGTAGGAGCTCTCAGTGGCCTCAAAATATGATGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=767534.000000
s hg19.chr21     15942179   29 +  48129895 CTTACCAAAAACAACGAATCTAAATTTCT
s panTro2.chr21  14669238   29 +  46489110 CTTACCACAAACAACTAATCTAAATTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14162012 1151 +  48394510 I

a score=305623.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2282683.000000
s hg19.chr21     15942499 64 +  48129895 CTCTCCACAGGGAGG-AAAAAGTTCCCGCATTCTAGAGAGAGAATTTATGAGTTCATTTCAATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6932842.000000
s hg19.chr21     15942563 191 +  48129895 CCACAAATGAAAGCCACCCTTAATATTCATTAGAGATTTTACAGTGGCAATATGCATTATCTATTCATATGCCCCTCTAAAAGGCCAATTTCCCTTGAAACCTTGCATGGCTCCAAGCCACTCTTTGTAGAAACAATGGCCTATGTCCAAGTGGAATCAGGGGAGGCAAATGGATGACATTTCCTTATCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=173785.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14164748 66 +  48394510 aaaacaaattgttgaggaaatgaatAAATCAGTTCTTGATTTTAACGTATTTTGTGCCCTGGCT-AA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164103323 67 - 196418989 AAAACAAATTGTTGAGTAAATGAATAAATCAGTTCTTGATTTTAACACATCTTGTGCCCTGGCTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164103390 215 - 196418989 AAAATCCTTTCTATGGGTGAGACAT-GGCTTCCACTGGGGTTGGGCTTGATGTGAGCTGCAATAAAGCCATATTTCTAGTCCAATTATTCATCAGTATGGTTGTATTTAATAATTGGGAACCATGAGATGCATAAAGATCTTACACTGAATATTCATAAGGGTTTTTAGAGTGAATTCAACCACTTGCTTTACAACTTCCCAGGAAGGAGAGGGAA
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a score=1951910.000000
s hg19.chr21     15943866 103 +  48129895 CATGAATTTCTTTCCTTCATTTTTCATTCTTTCTGAAAAAGGTGGTTATGACTGAGCGATATATTATGACTTTGAAATAAAATATCATGAAATGCATATGTGA
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a score=563230.000000
s hg19.chr21     15943969 47 +  48129895 TGTGGCTACTATAAAATATATGAGAAGAGTTTTAAAAAGGTAACATC
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s rheMac2.chr3  164103708 47 - 196418989 TGTGGCTATGATAAAATATATGAGAGGAGTTTTAAAAAGCTAACTTC
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a score=738971.000000
s hg19.chr21     15944016 50 +  48129895 ATTTTACATATGCAAGACACTGTCAATACAGTCACAATTCGGGAGGTCAG
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a score=134562.000000
s hg19.chr21     15944066 47 +  48129895 AAAAGGGCAACGGTGATGCCAGCATGTGCACTCCAGCCTCTTCTTCT
s panTro2.chr21  14671146 47 +  46489110 AAAAGGGCAACGATGATGCCAGCATGTGCACTCCAGCCTCTTCTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14165230 47 +  48394510 AAAAGGGCAGTGGTGACGCCAGCATGTGCACTCCAGCCTCTTCTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=371139.000000
s hg19.chr21     15944113 40 +  48129895 TTTTGTCTGTTTTCCCCAGTCTCTCACAGGCATGGGGTCA
s panTro2.chr21  14671193 40 +  46489110 TTTTGTCTATTTTCCCCAGTCTCTCACAGGCATGGGGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14165277 40 +  48394510 TTTTGTCTGTTTTCCCCAGTCTCTCACAGGAACGGGGTCA
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a score=-47023.000000
s hg19.chr21     15944153 54 +  48129895 GTAGAGTACCCCCAAGAAGCTAAAAGTAAACTCTCACCCGTTGCTCACTGTATA
s panTro2.chr21  14671233 54 +  46489110 GTAGAGTACCCCCAAGAAGCTAAAAGTAAACTCTCACCCGTTGCTCACTGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14165317 54 +  48394510 CTAGAGTACCCCCAAGAAGCTAAAAGTAAACTCTCACCCGTTGCTCACTGTATA
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a score=1541910.000000
s hg19.chr21     15944207 133 +  48129895 CATTTCAGTGAGTTAGCTCCAGCTTTCTTAGTTCCAGGGAGATAATTGGGCAAACTATATGAAATAATCTTAAAAACTACTGGAAACCAGTAATGTAAATTCAGTGCAACATTTTCTCGTGTAATA----------CAGAATT
s panTro2.chr21  14671287 143 +  46489110 CATTTCAGTGACTTAGCTCCAGCTTTCTTAGTTCCAGGGAGATAATTGGGCAAACTATATGAAATAATCTTAAAAACTACTGGAAACCAGTAATGTAAATTCAGTGCAACATTTTCTCGTGTAATACAGAATTGCTCAGAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14165371 143 +  48394510 CATTTCAGTGAGTTAGCTCCAGCTTTCTTAGTTCCGGGGAGATAATTGGGCAAACTATATGAAATAATCTTAAAAACTACTGGAAACCAGTAACGTAAATTCAGTGCAACATTTTCTCATGTAATACAGAATTGCTCAGAATT
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s rheMac2.chr3  164103944 143 - 196418989 CATTTCAGTGAGTTAGCTCCAGTTTTCTTATTTCCAGGGAGATAAGTGGGCAAACTATATGAAATAATCTTAAAAACTACTGGAAACCACCAACGTAAATTCAGTGCAACATTTTCTCATGTAATACAGGATTGCTCGGAATT
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a score=428185.000000
s hg19.chr21     15944340 55 +  48129895 GTTGATGGTGACATCC-TAATGCAAGAACCTGTCTTTGTCACCATTGTGGCCACAC
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 328 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14672364 18 +  46489110 catataaaatagaaataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 913
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14166445 913 +  48394510 I

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s hg19.chr21     15945567  82 +  48129895 CAGTCTTACTTAAACTTCACCCATCCATTTTTTCAAAGCAGACTTTACTCCTCTGAAATAGCATTGAAAAGGATTTTTAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=-511080.000000
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a score=538127.000000
s hg19.chr21     15947423 54 +  48129895 TAGACTGGATGGCTTAGGAGGCACCTTACGTGACTTTGCTAaatgagtgaatga
s rheMac2.chr3  164107482 54 - 196418989 TAGGCTGGATGTCTTAGGAGGCACCTTACATGACTTTGCtaaatgagtgcataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-20979.000000
s hg19.chr21     15947477 30 +  48129895 atggataaatgaatgaatAAGCCA-TGCAGA
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s panTro2.chr21  14674602 108 +  46489110 ATCTCCTAATTTTCAAATTCT--TCTCTTGGGTAAATGCTGATTCTCCTAGCATCAAACATTAAATTGGTCATAATTAAAATTTCATCATGTAAAATTGTCATAATTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=486733.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169357 105 +  48394510 TGAGCTTTCTTCTTAGTATGTCTTATTATTTACCAGGTCCAAAAATAATACTACTCACCACAAATGGGAACACAGAGGTTTTTTGGCAGGAGCCTAACATCACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15948090 72 +  48129895 AAGCACAAAGAAAATGAGAATGGAATCCGTGAATTGTTTTTCCTTTTTCCTAAACCATGTGCCTCCTTACTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15948162 67 +  48129895 ACTGTCTTTTTACTGGTCCTCTCTAGCCTTAATTCTTTCTTTGCATATGTCTATTTTTCAAAGTCTA
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a score=276027.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14675427 42 +  46489110 ATGTGAAGATGG-AAAAAATATCATTGTGCTTGATGAAAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169704 42 +  48394510 ATATGAAGATGG-AAAAAATACCATTGTGCTTGATGAAAGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108395 42 - 196418989 ATATGAAGATGG-AAAAAATATCATTGTGCTTGATGAAAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=379410.000000
s hg19.chr21     15948375 65 +  48129895 GATACTCACTTTGTCTGCAGTAAAGAGTGTGTAAAAAAGACCTGTGTGCATCTGGTTAGAAGGAA
s panTro2.chr21  14675469 65 +  46489110 GATACTCACTTTGTCTGCAGTAAAGAGTGTGTAAAAAAGACCTGTGTGCATCTGGTTAGAAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169746 65 +  48394510 GATAGTCACTTTGTCTTTAGTAAAGGGTGTGTAAAAAAGACCTGTGTGCATCTGGTTAGAAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108437 65 - 196418989 GATACTCACTTTATCTGTAGTAAAGAGTGTGCAAAAAAGACCTGTGTGCATCTGGTTAGAAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=279680.000000
s hg19.chr21     15948440 36 +  48129895 GATTAGGTGAATGAGTTTAGATTTGACCCTGTAGGT
s panTro2.chr21  14675534 36 +  46489110 GATTAGGTGAATGAGTTTAGATTTGACCCTGTAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169811 36 +  48394510 GATTAGGTGAATGAGTTTAGATTTGACCCTGTAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108502 36 - 196418989 GAGTAGGTGAATGAGTTTAGATTTGACCCTGTAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4284.000000
s hg19.chr21     15948476 16 +  48129895 TGTGGGGGAGGCGTTT
s panTro2.chr21  14675570 16 +  46489110 TGTGGGGGAGGCGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169847 16 +  48394510 TGTGGGGGAGGCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108538 16 - 196418989 TGTGGGGGAGGCGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=607734.000000
s hg19.chr21     15948492 53 +  48129895 AAAGGTTTGTGAGGGGAGCAGGGACATTATTAGATTTGAGCTTCAGGATCATT
s panTro2.chr21  14675586 53 +  46489110 AAAGGTTTGTGAGGGGAGCAGCGACATTATTAGATTTGAGCTTCAGGATCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169863 53 +  48394510 AAAGGTTTGTGAGGGGAGCAGCGACATTATTAGATTTGAGCTTCAGGATCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108554 53 - 196418989 AAAGGTTTGTGAGGGGAGCAGTGACATTATTAGATTTGAGCTTCAGGACCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-73884.000000
s hg19.chr21     15948545 6 +  48129895 AATCAG
s panTro2.chr21  14675639 6 +  46489110 AATCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169916 6 +  48394510 AATCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108607 6 - 196418989 AATCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165217.000000
s hg19.chr21     15948551 27 +  48129895 GGTAGCATTTATCAGTTAGAATAGTCA
s panTro2.chr21  14675645 27 +  46489110 GGTAGCATTTATCAGTTAGAATAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169922 27 +  48394510 GGTAGCATTTATCAGTTAGAATAGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108613 27 - 196418989 GGTAGCATTTATCAGTTAGAATAGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=904458.000000
s hg19.chr21     15948578 98 +  48129895 AGAAAATTAATCTGTTAGATTAATCTGATAATGGTGTGTCATGTTGATTGAAGGGGGAAGACCAGGGTCAGAGAGACCGAGGGAGACTGCCAAGGGAG
s panTro2.chr21  14675672 98 +  46489110 AGAAAATTAATCTGTTAGATTAATCTGATAATGGTGTGTCACGTTGATTGAAGGGGGAAGACCAGGGTCAGAGAGACCGAGGGAGACTGCCAAGGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14169949 98 +  48394510 AGAAAATTAATCTGTTAGATTAATCTGATAATGGTGTGTCACGTTGATTGAAGGGGGAAGACCAGGGCCAGAGAGACTGAGGGAGACTGCCAAGGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108640 98 - 196418989 AGAAAATTAATCTGTTAGATTAATCTGATAATGGTGTGTCATGTTGATTGAAGGGGGAAGACCAGGGTCAGAGAGACTGAGAGAGACTGCCAAGGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417332.000000
s hg19.chr21     15948676 45 +  48129895 AGAATAGAGAGACAAAATGGAG----GACAGGCACAGACAGCTTATCCC
s panTro2.chr21  14675770 45 +  46489110 AGAATAGAGAGACAAAATGGAG----GACAGGCACAGACAGCTTATCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14170047 49 +  48394510 AGAATAGAGAGACAAAATGGAGCACAGGCAGGCACAGACAACTTATCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108738 45 - 196418989 AGAGTAGAGAGACAAAATGGAG----GACAGGCACGGACAGCTTATCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=445199.000000
s hg19.chr21     15948721 110 +  48129895 GGTTAAGCTGTCTGTCTCCAGTTACCTCGTCTGTCTCCCAGAGACCTCTGGTTTTCTTGAGACATATTAAAACTTTTATACAACTCAACAGTGAAGCTGTGTATCCTAAG
s panTro2.chr21  14675815 110 +  46489110 GGTTAAGCTGTCTGTCTCCAGTTACGTCGTCTGTCTCCCAGAGACCTCTGGTTTTCTTGAGACATATTAAAACTTTTATACAACTCAACAGTGAAGCTGTGTATCCTAAG
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s ponAbe2.chr21  14170096  91 +  48394510 G-------------------GTTACGTCGTCTGTCTCCCAGAGACCTCTGGTTTTCTTGAGACATATTAAAACTTTAATACAACTCAACAGTGAAGCTGTGTATCCCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266007.000000
s hg19.chr21     15948831 33 +  48129895 AGCACTTTCCCATGCCAATAATTAGCATCCACT
s panTro2.chr21  14675925 33 +  46489110 AGCACTTTCCCATGTCAATAATTAGCATCCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14170187 33 +  48394510 AGCACTTTCCCATGTCAATAATTAGCATCCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385046.000000
s hg19.chr21     15948864 51 +  48129895 GCTGCACGTTTGAACTGAAAGAATTGTAAAACCTTTTGTTACTCTATTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14170220 51 +  48394510 GCTGCACATTTGAACTGAAAGAATTGTAAAACCTTTTGTTACTCTATTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164108901  0 - 196418989 C

a score=856594.000000
s hg19.chr21     15948915 132 +  48129895 TGGTGAACATTAGCAGACCACCTGTTCCTCCAACTGAAACAGTTGCGTAAAGAATTTTTCCATCATCCACACGATTTGTCACCATTGTGATGAGTTCATACAAGATTCCAAAAAAAG---TCTCATACTTGCCTT
s panTro2.chr21  14676009 135 +  46489110 TGGTGAACATTAGCAGATCACCTGTTCCTCCAACTGAAACAGTTGCGTGAAGAATTTTTCCATCATCCACACGGTTTGTCACCATTGTGATGAGTTCATGCAAGATTCCAAAAAAAGTCTTCTCATACTTGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14170271 135 +  48394510 TGGTGAACTTTAGCAGACCTCCTGTTCCTCCAACTGAAACAGTTGCGTAAAGAATTTTTCCATCATCCACACGGTTTGTCACCATTGTGATGAGTTCATGCAAGATTCCAAAAAAAGTCTTCTCATACTTGCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164108901 125 - 196418989 --------GTTAGCAGGCTTCCTGTTCCTCCAACTGAAACAGTTGCGTAAAGAATTTTTCCATCATCCACACGGGTTGTCACCATTGTGATGAGTTCATGCGAGATTCC-AAAACAGCCTTCTCAT-CTTGCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=43522.000000
s hg19.chr21     15949047 11 +  48129895 AGATACCTTTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14676155 137 +  46489110 AGTACA-CTTTGTTTATGTTCTCACCTTCAGATGCTGT-ATATCAACTCCACTCATTTTTCTCTGATTTTTGTTATATGATTCTGTCTCTCACTATTACAATTTTTCTCACTATAC--TGTTTGAATTCTTCTGTAAGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164109465 99 - 196418989 actgcaacctccgcctcccgggttcaagcgattctcctgcttcagccttctgagtaactgggattacaggtgcatgccaccatgctgggctaatgtgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14676646 56 +  46489110 tatatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
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s rheMac2.chr3  164109564 49 - 196418989 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatat-------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=530557.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=354681.000000
s hg19.chr21     15950625 81 +  48129895 GCTGCATTAAATCCATCAGCACCCACCTTGAGAGTGGGAGGCTACAGTGGGCTTAGCAGGAAGCATATCTGGGTGAACAAG
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a score=456896.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172047 103 +  48394510 GACTTCCTCAAAGATGAGTTAATTTCAGGCCACCTAAAAACTCTGATGTAATAATACAATCAAAGACACCAAgcggatcacaaggtcaggagttctagaccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164110715 103 - 196418989 GACTTTCTCAAAGATGAGTTAATTTCAGACCACCTAAAAACTCTGATGTAATAATAGAATCAAAGACACCAAgtggatcacaaggtcaggagttcgagaccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83107.000000
s hg19.chr21     15950809 65 +  48129895 cctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaataagccgggcatggtggcgg
s rheMac2.chr3  164110818 65 - 196418989 cctggccaacatggtgaaaccccatctctactgaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172150 65 +  48394510 cctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaataagccaggcgtgctggtgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14677911 65 +  46489110 cctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaataagccgggcatggtggcgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=13307.000000
s hg19.chr21     15950874 14 +  48129895 gcacctgtaatccc
s panTro2.chr21  14677976 14 +  46489110 gcacctgtaatccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172215 14 +  48394510 gtgcctgtaatccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108659.000000
s hg19.chr21     15950888 60 +  48129895 agctactagggaggctgaggcaggagaatcatttgaacccaagaggcagaagttgcagtg
s rheMac2.chr3  164110897 60 - 196418989 agctactagggaggctgaggcaggagaatcgtttgaacccaaaaggcagaggttgtagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172229 60 +  48394510 agctactagggaggctgaggcaggagaatcgtttgaacccaggaggcagaggttgcagtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14677990 60 +  46489110 agctactagggaggctgaggcagaagaatcatttgaacccaagaggcagaagttgcagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=48580.000000
s hg19.chr21     15950948 42 +  48129895 agccaagatcatgccattacactccagcctgggcgacagggt
s panTro2.chr21  14678050 42 +  46489110 agccaagatcatgccattacactccagcctgggcgacagggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172289 42 +  48394510 agccaagatcatgccattgcactccagcctagatgacagggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164110957 41 - 196418989 agccaagatcgtgccattgcactccagcctgggcga-aggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-5717.000000
s hg19.chr21     15950990 36 +  48129895 gagaatccatcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
s panTro2.chr21  14678092 25 +  46489110 gagaatccatc-----------aaaataaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164110998 30 - 196418989 gagaatcaatc------taagaaaaaaaaaaaGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=779930.000000
s hg19.chr21     15951026 79 +  48129895 GACCCCAAGATTGTACTATTCCTAAAATTTTTGAAGTCAAGGAGAAACTAGTGTCCTTGTAGATTAGATTCATTTCCCA
s rheMac2.chr3  164111028 78 - 196418989 GACACC-AGAATGTACTATTCCTAAAATTTTTGAAGTCAAGGAGAAACTAGTGTCCTTGTAGATCGGACTCATTTCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172361 78 +  48394510 GACACG-AGAATGTACTGTTCCTAAAATTTTTGAAGTCAAGGAGAAACTAGTGTCCTTGTAGATTGGATTCATTTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14678117 78 +  46489110 GACACC-AGAATGTACTATGCCTAAAATGTTTGAAGTCAAGGAGAAACTAGTGTCCTTGTAGATTAGATTCATTTCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=795090.000000
s hg19.chr21     15951105 46 +  48129895 TGAAATGTGGGGTTTAGGCCCAGCTCCATCATATCTGCATATCTTG
s panTro2.chr21  14678195 46 +  46489110 TGAAATGTGGGGTTTAGGCCCAGCTCCATCATATCTGCATATCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172439 46 +  48394510 TGAAATGTGGGGTTTAGGCCCAACTCTATCATATCTGCATATCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111106 46 - 196418989 TGAAATGTGGGGTTTAGGCCCAGAGCCATCATATCTGCATATCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=62550.000000
s hg19.chr21     15951151 51 +  48129895 GCACGTATA-TTTTTAAAAATATAATCACACTCTTACCCTTTTAAATTGCAA
s rheMac2.chr3  164111152 52 - 196418989 GCACatatatttttttaaaatataatCACACTCTTACCCTTTTAAATTGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172485 51 +  48394510 GCACatata-tttttaaaaatataatCACACTCTTACCCTTTCAAATTGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14678241 51 +  46489110 GCACGTATA-TTTTTAAAAATATAATCACACTCTTACCCTTTTAAATTGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1216369.000000
s hg19.chr21     15951202 59 +  48129895 AAATGTCGCCTCTGACTACCTGCCATTAATAGTAAGTAACATTCATTACAGAAGCACAT
s panTro2.chr21  14678292 59 +  46489110 AAATGTCGCCTCTGACTACCTGCCATTAATAGTAAGTAACATTCATTACAGAAGCACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172536 59 +  48394510 AAATGTCGCCTCTGACTACCTGCCATTAATAGTAAGTAACATTCATTACAGAAGCACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111204 59 - 196418989 AAATGTCGCCTCTGACTACCTGCCATTAATGGTAAGTAACGTTCATTACAGAAGCATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1165757.000000
s hg19.chr21     15951261 84 +  48129895 CTTTTCAAACCCCAACACTGCCTCCTTTACATTCTATAATATGAAAGTTAAATAACCTAAATAATAACCCTGCAATTACTATTG
s rheMac2.chr3  164111263 84 - 196418989 CTTTTCAAACCCCAACACTGCCTTCTTTACATTCTATAATATGAAAGTTAAATAACCGAAATAATAACCCTGCAATTACTATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172595 84 +  48394510 CTTTTCAAACCCCAACACTGCCTCCTTTACATTCTATAATATGAAAGTTAAATAACCTAAATAATAACCCTGCAATTACTATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14678351 84 +  46489110 CTTTTCAAACCCCAACACTGCCTCCTTTACATTCTATAATATGAAAGTGAAATAACCTAAATAATAACCCTGCAATTACTATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1914835.000000
s hg19.chr21     15951345 82 +  48129895 AAAAAAATACCAGCTATGCTAAAATGAAACTGGATATTTTTCACTTGTTGTTGTTATAAAATATATGTGTAGAATACAAAAA
s panTro2.chr21  14678435 82 +  46489110 AAAAAAATACCAGCTATGCTAAAATGAAACTGGATATTTTTCACTTGTTGTTGTTATAGAATATATGTGTAGAATACAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172679 82 +  48394510 AAAAAAATACCAGCTATGCTAAAATGAAACTGGATATTTTTCATTTGTTGTTGTTATAGAATATATGTGTAGAATACAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111347 82 - 196418989 AAAAAAATACCAGCTCTGCTGAAATGAAACTGGATATTTTTCACTTGTTGTTGTTATAGAATATATGTGTAGAATACAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15951427 172 +  48129895 TAATAATTTGCACTCATCCAACTTCTTTCACTTTAGTGTCTCAAATCCCGGAGTGTAAGTGGTCTCATTAAGTTTACCAAACCAATTTAACTCTAACATGTTCTTGAACCCTCTCTCCAAGTCCACTGAGGCTTTTCTGTCACGAATGCTGAACAATATCATCTGAAATTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14172761 172 +  48394510 TAATAATTTGCACTCATCCAACTTCTTTCACTTTAGTGTCTCAAATCCCGGAGTGTAAGTGGTCTCATTAAGTTTACCAAACCAATTTAACTCTAACATGCTCTTGAACCCTCTCTCCAAGTCCACTGAGGCTTTTCTGTCACGAATGCTGAACAGTATCATCTGAAATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111429 172 - 196418989 TAATAATTTGCACTCATCCGACTTATTTCACTTTAGCGTCTCAAATCCCAGAGTGTAAGTGGTCTCATTAAGTTTACCAAACCAATTTAACTCTAACATGCTCTCGAGCCCCCTCTCCAAGTCCACTGAGGCTTTTCTGTCACGAATGCTGAACACTATCATCTGAAATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1799667.000000
s hg19.chr21     15951599 96 +  48129895 GAGCATTCTGTAGATATGTTTGACCTTCTGCAGATAAAACTCACTTAATCGTTAAGTTATATATTAAAATAGACAAAACTACCTAAATAAAAAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111601 96 - 196418989 GAGCATTCTGTAGGTATGTTTGACCTTCTGCAGATAAAACTCACTTAATCTTTAAGTTATATATTAAAATAGACAAAACTACCTAAATAAAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=142771.000000
s hg19.chr21     15951695 22 +  48129895 AAAATATGACTGTTGTGTATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111697 22 - 196418989 AAAATATGACTATTGTGTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165425.000000
s hg19.chr21     15951717 32 +  48129895 CCCTACACCTACACACATCCACAAACACTCAC
s panTro2.chr21  14678807 32 +  46489110 CCCTACACCTACACACATCCACAAACACTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14173051 32 +  48394510 CCCTACACCTACACACATCCACAAACACTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111719 32 - 196418989 CCCTACATCTACACACATCCACAAACACTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=391278.000000
s hg19.chr21     15951749 72 +  48129895 ATGTACAAAA-----TAATTTATCTATAACTGGATTTATTAGAATGAGGAAAGCTTTGGCTATAAGAACAGCTAGAA
s panTro2.chr21  14678839 72 +  46489110 ATGTACAAAA-----TAATTTATCTATAACTGGATTTATTAGAATGAGGAAAGCTTTGGCTATAAGAACAGCTAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14173083 72 +  48394510 ATGTACAAAA-----TAATTTATCTATAACTGGATTTATTAGAATGAGGAAAGCTTTGGCTATAAGAACAGCTAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111751 77 - 196418989 ATGTACAAAATAACTTAATTTATGTAGAATTGGATTTATTAGAATGAGGAAAGCTTTGGCTATAAGAACAGCTAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78315.000000
s hg19.chr21     15951821 18 +  48129895 AAACAAGAAGAAATATGC
s panTro2.chr21  14678911 18 +  46489110 AAACAAGAAGAAATATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14173155 18 +  48394510 AAACAAGAAGAAATATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111828 16 - 196418989 AAACAAGAAGAA--ATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=478319.000000
s hg19.chr21     15951839 25 +  48129895 TTTATCTGGATCTATGGAAACAAAG
s panTro2.chr21  14678929 25 +  46489110 TTTATCTGGATCTATGGAAACAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14173173 25 +  48394510 TTTATCTGGATCTATGGAAACAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111844 25 - 196418989 TTTATCTGGATCTATGGAAACAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122594.000000
s hg19.chr21     15951864 66 +  48129895 TCCATTGGTTTCTAACCTCCATTTATTTAGGCAACAAGTGCTACTCAAATATTTATTTATTTATTT
s panTro2.chr21  14678954 66 +  46489110 TCCATTGGTTTCTAAGCTCCATTTATTTAGGCAACAAGTACTACTCAGATATTTATTTATTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14173198 66 +  48394510 TCCATTGGTTTCTAAGCTCCATTTATTCAGGCAACAAGTGGTACTCAGATATTTATTTATTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164111869 66 - 196418989 TCCATTGGTTTCTAAGCTCCATTCATTTAGGCAACAAGTGCTACCCAGATATTTATTTCTTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=19020.000000
s hg19.chr21     15951930 32 +  48129895 CTGTTCTGCACTTCATGTTAGAAAATGCTCAC
s panTro2.chr21  14679020 32 +  46489110 CTGTTCTGCACTTCATGCTAGAAAATGCTCAC
i panTro2.chr21 C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  14173264 32 +  48394510 CCGTTCTGCACTTCATGTTAGAAAATGCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 6

a score=40572.000000
s hg19.chr21     15951962 30 +  48129895 TTTTTTTttttttttttttttttggaggca
s panTro2.chr21  14679055 30 +  46489110 ttttttttttttttttttttttttgaggca
i panTro2.chr21 I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  14173296 25 +  48394510 -----TTtttttttttctttttttgagaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=122711.000000
s hg19.chr21     15951992 75 +  48129895 gggtctcactttgtttcccaggttggtcttgaaatcctgggatcaagtgatcctcccaccttggcctcccaaagt
s panTro2.chr21  14679085 75 +  46489110 gggtctcactttgtttcccaggttggtcttgaaatcctgggatccagtgatcctcccaccttggcctcccaaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15952067 39 +  48129895 gctgggattaatggtgtgagccaccacacctggccACTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=724719.000000
s hg19.chr21     15952142 43 +  48129895 aactatggaggatacaaagataagtTATTCATAGGAAGTATAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1015276.000000
s hg19.chr21     15952185 118 +  48129895 AAATACTGAACTAATTCCAGCACAAGTGGAGTATGGTtaagttccatgaagatgagggcagtgtagatatcatttagctctgtatctccagtgcctgatattgtgaatagcaaatagt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164112313 100 - 196418989 agg-tggcaggatgtgtttcatgaatatgtactgaaagaataaTGCCCTCAAATAATGTAGAAGTTCAAAGGAaggagggacaacttctgtctagtgttac-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14679395 101 +  46489110 agg-tggcaggatgtgtttcatggatatggaatgaaAGAATAATGCCCTCAAATAATGTAGAAGTTCAAAGGAaggagggactacttctgtctggtgttact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 331 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14177558 103 +  48394510 TGAAAGCACACTACACTTTTTGGGTTCAAAATTATAAAATATGTTACAACTGGCCAGTCATACTAAAGCAGAGTGGTTTTACCaatttttttttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164116520  94 - 196418989 TGAAAGCACACCACATTTTTTGGGTTCAAAATTGTGAAATACGTTACAACTGTCCAGTCATACTAAAGCAGAGTGGTTTTACCA---------ATTTTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14177661 32 +  48394510 aCTTCAAAATACAGCAAAATGGATTGAATTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15956364 41 +  48129895 GAAATATCTATAAATGACTCACTCCTGCCCACTGTGAAACA
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a score=149119.000000
s hg19.chr21     15956598 35 +  48129895 TTTTCAAATAACATACTTT--TAAAAAAATAGCCTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=212227.000000
s hg19.chr21     15956633 23 +  48129895 TGCTTTCTAGAAGATATGCACTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     15958125 105 +  48129895 AGTACATGTTTGATACTAGACTCATTACTTTCTAGTAGCAAATTATTTCTGGACAACCTCCTCTTGTTAATAGGTACTATATATCCAAGGGATGAAATTTAGAGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 123

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164122007 210 - 196418989 tgaactcctgagctctagtgatcctcccatctcagcctcccaaagtgctgagactacaggcacgcaccatcatgcccagtaattta-tttactttattttttgtagagatgaggcctcactatgttgcccaggcttgtcttggactcctggccttaaccaatcctcctgcttcagcctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=1189567.000000
s hg19.chr21     15963947 122 +  48129895 CACAGG--AGAAAGATTGCATAAGGTGAGAGTAGGGAGAAGAAATGTGCTTGGCTAGAGGATTAGCAGGTATTTAAGAAGCTAAGCAGTATAATTTAGGTTATCTAACAAAGCCATTTATGTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164123277 120 - 196418989 CACAGG----AAAGATTGCATAAGGTGGGAATAGGGAGGAGAAATGTGCTTGGCTAGAGGATTAGCAGGTATTTAAGAAGCTAAGCAGTATAATTTAGGATGTCTAACAATGCCATTTATGTAA
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a score=662888.000000
s hg19.chr21     15964311 55 +  48129895 GCTTTTTGCTCACTGACCTATAGCTTTGGGTCAGTCTTTGAATGTGGACACACTG
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a score=1077778.000000
s hg19.chr21     15964366 70 +  48129895 CCAAGCTAGCTGGGAGTTGCCAGGATTACACAAACCAGCATTGCAAATGGGGGTTGTGTTGATTTAAGAG
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a score=474007.000000
s hg19.chr21     15964436 43 +  48129895 AAAAGGCCACAGAAGCCACATCTTTCTTACTTCCTGCGTAATA
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a score=1298780.000000
s hg19.chr21     15964479 115 +  48129895 TCCTCTGCTCTGAAATTTTGAAGAAGTTTCTAGAACTACTCATAAGAACATTTCTGTTTCTGGGTACACCTCCTAGCTGACCAAAAATTATGAACAATAGGAAATTTAAGAGCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14185014 36 +  48394510 GTATGCaaattaattaatttttaataaatatCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164124304 47 - 196418989 ATCAAGGAAAAAGTGGGAATGACCTACTGTTaatcacagatgatcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54898.000000
s hg19.chr21     15965018 14 +  48129895 agtctaaagaaata
s panTro2.chr21  14692131 14 +  46489110 agtctaaagaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164124351 14 - 196418989 agtctgaagaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15965032 74 +  48129895 ttctctactccaacattttacttcaaaaatgtggaaacggaaatgcagaaatacgaattaagtggcctaagagc
s panTro2.chr21  14692145 74 +  46489110 ttctctagtccaacattttacttcaaaaatgtggaaatggaaatgcagaaatacgaattaagtggcctaagagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14185452 74 +  48394510 ttctgtagtccaacattttactttaaaaatgtggaaacggaaatgcagaagtatgaatttagtggcctaagagc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15965106 37 +  48129895 acagtccgtggtagagccaagtcctgcaatctagttc
s panTro2.chr21  14692219 37 +  46489110 acagtccgtggcagatccaactcctgcaatctagttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-224337.000000
s hg19.chr21     15965143 24 +  48129895 tcttgcttcTGTTTCTAATTAAGG
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s rheMac2.chr3  164124476 24 - 196418989 tcttgcttcTGTTTCTAATTAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=810912.000000
s hg19.chr21     15965167 103 +  48129895 AATTTCATAATCCTCCCAAATGTATAGCTTTATTTTCATCTGAAAGTCCTGTTAGTATTTACTGAGGTTCATTTGTTTGTTTCCCACAGCTTTTTGATATTTA
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s rheMac2.chr3  164124500 103 - 196418989 CATTTCATAATCCTCCCAAATGTATAGCTTTATTTTCATCTGAAAGTCCTTTTTGTATTGACTGAGGTTCATTTGTTTGTTTCCCACAGCTCTTTGACATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15965270 32 +  48129895 ACTAGTCATTAAAAACTCAGATAGCATGAGAA
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s hg19.chr21     15965302 75 +  48129895 ATAGCAAGGGCAGATCTCAATAATTTTCTT-TTAGGGAACAGAAGTAATATTTAAATCATAACTTTCCATCACCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14185722 75 +  48394510 ATAGCAAGGGCAGAGCTCAATAATTTTTTT-TTAGGGAACAGAAGTAATATTTAAATCATAACTTTCCATCACCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164124635 75 - 196418989 ATAGCAAGGGCAGAGCTCAATAAATCTTTT-TTAGGGAACAGAAGTAATACTTAAATCACAACTTTCCGTCACCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-119545.000000
s hg19.chr21     15965377 48 +  48129895 TTCCTCCTACCTAGCACAACTTAGACATCTCTTAGACAAAAAA----ATACA
s panTro2.chr21  14692491 49 +  46489110 TTCCTCCTACCTAGCACAACTTAGACATCTCTTAGACAAAAAA---TATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14185797 52 +  48394510 TTCCTCCTCCCTAGCACAACTTAGACATATCTTAGACAAAAAAATATATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164124710 50 - 196418989 TTCCGCCTACCTGGCACAATTTAGACATCTCTTAGACAAAAAG--AAAAAAA
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a score=399205.000000
s hg19.chr21     15965425 51 +  48129895 TATAGTTGAAAAGAAAACTATTATAAAAACTTAGATGTTAATAACATGTTA
s panTro2.chr21  14692540 51 +  46489110 TATAGTTGAAAAGAAAACTATTATAAAATCTTAGATGTTAATAACATGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164124760 51 - 196418989 AATAGTTGAAAAGAAAACTATTATAAAAACTTAGATGTTAATAACATGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=358934.000000
s hg19.chr21     15965476 38 +  48129895 ATAATATTGGGGAAGAGAGAGCTATAAATAAAGATATC
s rheMac2.chr3  164124811 38 - 196418989 CTAATATTGGGGGAGAGAGAGCTATAAATAAAGATATC
i rheMac2.chr3  C 0 I 325
s ponAbe2.chr21  14185900 38 +  48394510 ATAATATTGGGGAAGAGAGAGCTATAAATAAAGATATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14692591 38 +  46489110 ATAATATTGGGGAAGAGAGAGCTATAAATAAAGATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1503251.000000
s hg19.chr21     15965514 146 +  48129895 AAAACTTTTGTATTCATACCTACATAAAGAAACATGATTTACTAAGAGTAGTTATTTCTCACAAAATTACAGTTACATTTTGGGAAGCAATGGTCAAATAAGTTGCAAACATTAGCTTGTAGTGTTCTGAAGCCATCTAGAACAAG
s panTro2.chr21  14692629 146 +  46489110 AAAACTTTTGTATTCATACCTACATAAAGAAACATGATTTACTAAGAGTAGTTATTTCTCACAAAATTACAATTACATTTTGGGAAGTGATGGTCAAATAAGTTGCAAACATTAGCTTGTAGTGTTCTGAAGCCATCTAGGACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14185938 146 +  48394510 AAAACTTTTGTATTCATACCTACATAAAGAAACATGATTTACTAAGAGTAGTTATTTGTCACAAAATTACGATTACATTTTGGGAAGCAATAGTCAAATAAGTTGCAAACATTAGCTTGTAGTGTTCTGAAGCCATCTAGAACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164125174 136 - 196418989 ----------TATTCATACCTACATAAAGAAAGATGATTTACCAAGAGTAGTTATTTGTCACAAAATTACGATTACATTTTGGGAAACAATAGTCAAATAAGTTGCAAACATTAGCTTGTCGTGTTCCGAAACCATCTAGAACAAG
i rheMac2.chr3  I 325 C 0

a score=545982.000000
s hg19.chr21     15965660 43 +  48129895 AACTACAAATAGGACTTATAGTTGTTTCATATCAATAATGCTA
s ponAbe2.chr21  14186084 43 +  48394510 AACTACAAATAGGACTTATAGTTGTTTCATATCAATAATGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14692775 43 +  46489110 AACTACAAATAGGACTTATAGTTGTTTCATATCAATAATGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164125310 43 - 196418989 AACTACAAATAGGACTTATAGTTGTTTCATATCAATAATGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1414020.000000
s hg19.chr21     15965703 104 +  48129895 TAATACTTGTTGATGTATGTGAATATCCTGGAAATTTGCCTGACCTTCTAAAACATGTCCTTTCCATGAACTTCTGTTTAGCAATATCTCAACAAGGAAAGGAA
s panTro2.chr21  14692818 104 +  46489110 CAATACTTGTTGATGTATGTGAATATCCTGGAAATTTGCCAGACCTTCTAAAACATGTCCTTTCCATGAACCTCTGTTTAGCAATATCTCAACAAGGAAAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14186127 104 +  48394510 TAATACTTGTTGATGTATGTGAATATCCTGGAAATTTGACAGACCTTCTAAAACATGTCCTTTCCATTAACCTCTGTTTAGCAATATCTCAACAAGGAAAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164125353 104 - 196418989 TAATACTTGGCGATGTATGTGAATATCCTGGAAATTTGCCAGACCTTCTAAACCATGTCCTTTCCATGAACCTCTGTTTAGCAATATCTGAACAAGGAAAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=303249.000000
s hg19.chr21     15965807 53 +  48129895 GGCAGTTGATGTGATTTTAATATCATAAGGGAGAGCTGGCACACAGAGATACT
s panTro2.chr21  14692922 53 +  46489110 GGCAGTTGATGTGATTTTAATATCATAAGGGAGAGCTGGCACACAGAGATACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14186231 53 +  48394510 GGCAGTTGATGTGATTTTAATATCATAAGGGAGAGCTGGCACACAGAGATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164125457 53 - 196418989 GGCAGTTGACGTGATTTTAATATCATAAGGGACTGCTGGCACACAGAGAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=51694.000000
s hg19.chr21     15965860 33 +  48129895 TTTTAAAAAATGGTTTTACTATATTTCATTCTA
s panTro2.chr21  14692975 33 +  46489110 TTTTAAAAAATGGTTTTACTATATTTCATTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14186284 33 +  48394510 TTTTAAAAaatggttttattacatttcattcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72612.000000
s hg19.chr21     15965893 49 +  48129895 TGGACTATAATCCAATTAATTACTTGATTTCCTTTTATGGCATACTCAT
s rheMac2.chr3  164125543 49 - 196418989 TGGACTATAATCCAATTAATTAATTGATTTCCTGTTATCACACACTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14186317 49 +  48394510 tggactataatccaattaattaatcgattttctgttatcacatactcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39378.000000
s hg19.chr21     15965942 27 +  48129895 GCTGTTTCCAAGTTCTC----TTTTTTAGCA
s rheMac2.chr3  164125592 31 - 196418989 ACTGTTTCCAAGTTCTCTCTTTTTTTTAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=23758.000000
s hg19.chr21     15965969 33 +  48129895 ATGCTATAATGATGTACACTTCTCCCAGAAACA
s rheMac2.chr3  164125623 33 - 196418989 ATGCTACAATGATGTACACTTCTCTCAGAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=38920.000000
s hg19.chr21     15966002 28 +  48129895 TGGGATAACACCTATTTCCCCCAAAATC
s rheMac2.chr3  164125656 27 - 196418989 TGAGATAGCACCTATTTCCCCC-AAACC
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a score=217610.000000
s hg19.chr21     15966030 44 +  48129895 AGACGACATGCTTTTTAACATTATAAATTTTTTCCTATCTCAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 323

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14187595 234 +  48394510 aaatacctaagactgggtaatttacaaagaaaagaagtgcaatttgcacacagttctacaggctgtacaagaaacacagtggcttctgctgtaggggaggcctcaggaagcctccagtcatggtggaaggcaaagggggagcaggcattcttacatgtcaggagcaagagcaaaagaatgaagggggaggggctacacacttgtaaacaaccagatctcatgagaactcactta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 323 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14188223 111 +  48394510 aagacaAAGGTGATTTCAAATTTTATTCTGAGGAGAGTCTGCAATGACATTAAGAGGAATTGAGAGACAGGGAAATATGAATATTTGTTAAACACCTTGAGGGAGTGTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164127779 110 - 196418989 aagacaAA-GTGATTTCAAATTTTATTCTGAGGGGAGTCTGCAATGAGATTAAGAAGAATGTAGAGACAGGGCAATATGAATATTCATTAAACATCTTGAGGGAGTATGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15967910 191 +  48129895 CCTttatttaaatatttatgacaatcgcaagaagttttattgtcactattttacacataaggaaattgaagcacagagagtttaagcaacaagtttaaagtcCAGTGTTTTTACTCATATAAATGTAAGGCAAGTTTGGTTTCCATAAAGTCTAAACCCCAGCAGAATTCTGGAGTTCTAGCACACAAAAT
s rheMac2.chr3  164127889 191 - 196418989 CCTttatttaaatatttatgacaatcacaagaagttttattatcactattttacacatctggaaattgaagcacagagagtttaagcagcaagtttaaagtcCAGTGTTTTTACTCATATAAAGGTAAGGCAAGTTTGGTTTCCATAAAGTCTAAACCCCAGCAGAATTCTGGAGTTCTAGCTCATAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14188334 191 +  48394510 CCTttatttaaatatttatgacaatcacaagaagttttattatcactattttacacataaggaaattgaagcgcagagagtttaagcaacaagtttaaagtcCAGTGTTTTTACTCATATAAAGGTAAGGCAAGTTTGGTTTTCGTAAAGTCTAAACCCCAGCAGAATTCTGGAGTTCTAGCACACAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14695025 191 +  46489110 CCTttatttaaatatttatgacaatcgcaagaagttttattgtcaatattttacacataaggaaattgaagcacagagagtttaagcaacaagtttaaagtcCAGTGTTTTTACTCATATAAATGTAAGGCAAGTTTGGTTTCCATAAAGTCTAAACCCCAGCAGAATTCTGGAGTTCTAGCACACAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14695216 87 +  46489110 ATAGCCAAAGAGCAAGAGGTTTGAAGCAGAAAACTGACAAAGTAGCTGAAGTGACTGCAGCAAGTACTAAGTGGTTGGATTTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14188525 86 +  48394510 AT-GCCAAAGAGCAAGAGGTTTGAAGCAGAAAACTGACAAAGTAGCTGAAGTGACTGCAACAAGTACTAAGTGGTTGGATTTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 92

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s panTro2.chr21  14695303 16 +  46489110 TTGACACAGTATATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14188611 16 +  48394510 TTGACACAGTATATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164128259 16 - 196418989 TTGACACAGTATATAA
i rheMac2.chr3  I 92 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14695777 61 +  46489110 TAAGTTATAATCCTGCTCTTTGGAAGTAGAAAACTTCTCTGTCTATAACCTCAAAATACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164128741 58 - 196418989 TAAGTTATAATCTTGCCCTTTGGAAGCAGGAAACTTCTCCATCTATAACCTCAAACTA---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14695838 43 +  46489110 TTAGGTAGTTCtagtggttttaaaatacactcacaaattcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14189150 43 +  48394510 TTAGGTAGTTCtagtggttttaaaatgcgctcacaaattcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164128799 41 - 196418989 GTAG--AGTTCTAAtggttttaaaatatgctcacaaattcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=511348.000000
s hg19.chr21     15968766 134 +  48129895 tacactgaagaggtcttcagaaggtggaacctaagactg-cccctcacccttagtgtgagctggatttagtgagttgcttctaacaaatagaataaaatggaagtgatgatgtttaacttctgaaattagatctt
s rheMac2.chr3  164128840 133 - 196418989 taca--gaagaggtcttcagaaggtggatcataatactgcccccccacccttagtgtgagctggatttagtgagttgcttctaacacacagaataaaatggaagtaatgatgtttaacttctgaaattaggtctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14189193 134 +  48394510 tacactgaagaggtcttcagaaggtggatcataagactg-cccctcacccttagtgtgagctagatttagtgagttgcttctaacaaatagaataaaatggaagtgatgatgtttaacttctgaaattaggtctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14695881 134 +  46489110 tacactgaagaggtcttcagaaggtggaacataagactg-cccctcacccttagtgtgagctggatttagtgagttgcttctaacaaatagaataaaatggaagtgatgatgtttaacttctgaaattagatctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14696015 25 +  46489110 aaaaggaattgtggcctcttcttgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=426483.000000
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s rheMac2.chr3  164128998 82 - 196418989 tctgtgtcttagatgctcactctggggaaaccaaatgacattctatgaagacactcagcctcatggatagaccaaagtggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14189352 82 +  48394510 tctgtgtcttagatactcactctggggaaaccagatgacattctatgaggacactcagcctcatggatagaccaaagtggca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14696040 82 +  46489110 tctgtgtcttagatactcactctggggaaaccagatgacattctgcaaagacactcagcctcatggatagaccaaagtggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=490208.000000
s hg19.chr21     15969007 87 +  48129895 agggacctatccctgcagtcaattcccataaaaaaactgaggtcacctacctatagccatgagagggagttagaaacaaacctttca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164129259 103 - 196418989 ataccacttcccaactcctgacccacagggactatgaaa-aaatttttttgtttgttttaagcccctaaattttaaagtaatttgttatgcatcaatagatatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=357264.000000
s hg19.chr21     15973937 23 +  48129895 CATTCAGACTTTTTTAATTATCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=851431.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14194383 65 +  48394510 AAACTCCTGGGCTAATTAATGCAATTTTGAAAGGGATTGGTCAGGACT--CAGTTTATGTTTTTATA
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a score=2033918.000000
s hg19.chr21     15974027 142 +  48129895 TAAGTGTTTAGCATAGGTCTTGACAG-GAACATCCCAGTATATTAATTTAATATTCCCAGAGTTACTTATCAAAAGGCTGTACAACATGATGTTTTGCAAAATCAAAATAGTTTATTATCTTATCATCATTGAATTTTTTTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164134075 143 - 196418989 TAAGTGTTTAGCATAGGTCTTGACAGAGAACATCCCAGTATATTAATTTAATATTCCCAGAGTTACTTATCAAAAGGCTGTACAATATGATGTTTTGCAAAATCAAAGTAGTTTATTATCTTGTCATCATCGAATTTTTTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=524694.000000
s hg19.chr21     15974169 26 +  48129895 TTTATATTTCAATTCACAGGGACATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1053267.000000
s hg19.chr21     15974195 88 +  48129895 AGCATATCAATTATAAAGCAA-CCTATAATAACTAAATAGAAACTAGCTAAAAGGCTGTGTAAGTATTGTACACTATGCCTAATATATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14194601 88 +  48394510 AGCATATCAATTACAAAACAA-CCTATAATAACTAAATAGAAACTAGATAAAAGGCTGTGTAAATATTGTACACTATGCCTAACATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164134244 89 - 196418989 AGCATATCAGTTACAAGACAACCCTATAATAACTAAATACAAAATAGCTACAAGGCTGTGTATATATTGTCCACTATGTCTAATATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=969153.000000
s hg19.chr21     15974283 73 +  48129895 ACAGAGCTGAGTAACAAGACGATTTTCACAAAACACGCAAATGCTGATTATTCACATTACCTGATAGGAAGTT
s panTro2.chr21  14701390 73 +  46489110 ACAGAGCTGAGTAACAAGACGATTTTCACAAAACACGCAAATGCTGATTATTCACATTACCTGATAGGAAGTT
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s ponAbe2.chr21  14194689 73 +  48394510 ACAGAGCTGAGTAACAAGATGATTTTCACAAAACATGCAAATGCTGATTATTCACATTACCTGATAGGAAGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1584003.000000
s hg19.chr21     15974356 110 +  48129895 CCTTGTAGAGTTTTTCCTTGATAGGTATGTATGTTGTTACTTAGAAAATCATTTTCATTTAGATCTAAGAAAAGAGATAACTGTTACATACAGAATATCAGACATTACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14194762 110 +  48394510 CCTTGTAGAGTTTTTCCTTGATGAGTATGTACGTTGTTACTTAGAAAATCATCTTCATTTAGATCTAAGAAAAGAGATAACTGTTACATACATAATATCAGATATTACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164134406 110 - 196418989 CCTTGTAGAGTTTTTCCTTGATGAGTATGTATGTTGTTACTTAGAAAATCATCTTCATTTAGATCTAAGAAAAGAGGTAACTGTTACATACAGAATATCAGAAATTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-209028.000000
s hg19.chr21     15974466 97 +  48129895 GATTTAGGAAGTTTCGGTGCAATTTAACACTCATGTTTTTATTTAGTCTGTAAGACATTACATTGGCTACGTCAAAAATATTTTTTTTTGTTAAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=264475.000000
s hg19.chr21     15974563 60 +  48129895 TATGCTATTTTTCTTTTTTTTTAACAAGAAACAGATCAAAATAAAATAGAAATTTAACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15974623 87 +  48129895 AATAGGGAtgccgctgaccatctgtgtccctgaggaagtgatggaaattcactgtgactccctttcttggtaataataggattgtgg
s panTro2.chr21  14701727 87 +  46489110 ACTAGGGAtgccgctgaccatctgtgtccctgaggaagtgatggaaattcactgtgactccctttcttggtaataataggattgtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14195023 87 +  48394510 AATAGGGAtgccgctgaccagctgtgtccctgaggaagtgatggaaattcactgtgactccctttcttggtaataatgggattgtgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164134666 87 - 196418989 AATaggtatgctgctgaccatctgtgtccctgaggaagtgatggaaattcactgtgattccctttcttggtaataataggattgtgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14701814 51 +  46489110 actagctacaaaagccacttctaacttcaacatgctatgactccatgCAGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14701918 54 +  46489110 CTTCATTAGCTTAGGTCTTCTCAACATGAATTATTTATGTTGAAATTGTTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14195327 141 +  48394510 TTTTCAAATGCAGCAGCACTTCCCTTTTAGCTCCTGCAAATGGGAGCTTCATTTATTTAAGTCTGAAATATatggtatgttaaaagaggacaagactttacgggtcacttaatccaagcctcttattttacagataaggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164134970 141 - 196418989 TTTTCAAATGTAGCAGCACTTCCCTTTTAGCTCCTGTAAATGGGAGCTTCATTTATTTAAGTCTGAAATAcatggtatgttaaaagaggacaagactttatgggtcacttaatccaagcctcttattttacagatgaggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164135111 173 - 196418989 agtgcgacccaACATCACCTCGTCACCAGGCCAGTGACGTTTCCTTTCACTTTCACTCCTATTTACTTGCAACCATTGCTTCAGTTTTCTACTATTCCTCATTCTCATATTCTGCAGTGGAAGCAAGGACAGGCAAGTCCTATCTTCCATACACAGTGAAAAACAGGTACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14703642 205 +  46489110 TAGACAAAATGCAGGCTATATTttccaaagttggccacaaccatgcctcccattccatgtg-tttttttgcaaagtgactttcccattccatcaagaaatggagtctaattcttctcctgttgactctggggtgatcttagtgactcacttgtcacagtagagtgcagtggaagtaatattttgtgacttccaaggttaggttaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14196910 206 +  48394510 TAAACAATATgcaggctatattttccaaagttgaccacaaccatgcctcccattccatgtgttttttttgcaaagtgactttcccattccatcaagaaatgtggtctaattcttctcctgttgactctggggtgatcttagtgactcacttgtcacggtagagtgccgtggaagtaatattttgtgacttccaaggttaggttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164136582 173 - 196418989 TACACAATATGTGGGCTGTATTTTCCaaagttggccacaaccatgcc---------------------------------ttcccattccatcaagaaattgagtctaattcttctcctgttgactctggggtgatcttagtgactcacttgtcacagtagagtgcagtggaagtaatattttgtgatttccaaggttaggttaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15976742 91 +  48129895 gaagccttgtataagccgggggcagtggaggacctatatcccagctgcttgggacgctgaggcagaggaatgcttgaggccaggagtttca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164136755 91 - 196418989 gaagccttgcaTAAgccgggggcagtggagcacctacatcccagctgcttgggaggctgaggcagaggattgcttgaggccaggagtttaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     15977452 97 +  48129895 CTAATCAGCTTTTAGGTTATTCTAGCATAGATACTTCTGACCATATTAATTTTCAAATAGGCAACCATAATCTCAGGAAGAACTCCTCTGAAGAACT
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s panTro2.chr21  14704556 97 +  46489110 CTAATCAGCTTTTAGGTTATTCTAGCATAGATACTTCTGACCATATTAATTTTCAAATAGGCAACTATAATCTCAGGAAGAACTCCTCTGAAGAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=859853.000000
s hg19.chr21     15977549 76 +  48129895 GAAGGATCCTAAGATTCATTTGTATAAAACACTAGAAGTCTAAGTGGTCTCATCGTTGAATTCAGAAAGCCTTCCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14704729 145 +  46489110 TGGCTATATGAGGCATCACACCATACAGTGGGTACCCTTTCCTCAGGGAGTTTATTCCCACCTTGTAAGCAAGCATTTAGAGGTGTGAAGTAGAACTTCCCTCTGGTATTCCTCATGTAGTCTAGTTTGGCCAGAGTTAAATTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=88682.000000
s hg19.chr21     15977770 38 +  48129895 CTGCTCTTAGGAAACAAGTTTTTCTAAAATTAAATGTG
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a score=579134.000000
s hg19.chr21     15977808 85 +  48129895 TGTTTCCTGAAAATTAACCAGAATGGTGAATATATTTGTGAATTTATACCATCTTTTGCCATCTTAAAATTAAGCTACTTGGCAT
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s rheMac2.chr3  164137831 85 - 196418989 TGTTTCCCGAAAATTAACCAGAATGGTGAATATATTTGTGAATTTATACCATCTTTTGCCATCTTAAAATTAAGCTACTTGGCCT
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a score=658919.000000
s hg19.chr21     15977893 59 +  48129895 CAGACCAACAAAGAAAAATAATTAATAAGATCTTGAAAAATTAAGCCAAAATATTTATA
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a score=421415.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14705056 66 +  46489110 TGCTTACATTGAAGAGGCTGGCCA---AATAATATTGACTAGAATTCAGGAGAGAAATTAGGTTTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=160170.000000
s hg19.chr21     15978018 47 +  48129895 CCAATGGTAATTCAAATGGTGGACTAGAGTAGAAGGCCTTAAGAACA
s panTro2.chr21  14705122 47 +  46489110 CCAATGGTAATTCAAATGGTGGACTAGAGTAGAAGGCCTTAAGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14198392 47 +  48394510 CCAATGGTAATTCAAATGGTGGACTAGAGTAGAAGGCCTTAAGAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164138044 47 - 196418989 CCAATGGTAATTGAAATGGTGGACTAGAGTAGAAATCCTTAAGAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-61800.000000
s hg19.chr21     15978065 76 +  48129895 CCTCTTCTTTCCCACTGGGTTCCTCCTTTTATAATTAATCTCATT-AAGCCATATGTAAAGAAGatttatttattta
s panTro2.chr21  14705169 76 +  46489110 CCTCTTCTTTCCCACTGGGTTCCTCCTTTTATAATTAATCTCACT-AAGCCATATGTAAAGAAGATTTATTTATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14198439 76 +  48394510 CCTCTTCTTTCCCACTGGGTTCCTCCTTTTATAATTAATCTCATT-AAGCCATATGTAAAGAAGatttatttattta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164138091 58 - 196418989 CCTCTTCTTTCCCTCTGCATTCCTCCTTTTATAATTAATCTCATCAAAGCCACATGTA-------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=11675.000000
s hg19.chr21     15978141 70 +  48129895 tttatttatttatttatttatttatttatttatttttttgagatggagtctcactctgtcgcccaggctg
s panTro2.chr21  14705245 63 +  46489110 TTTAt-------tctttttttttttttttttttttttttgagatggagtctcgctgtgtcgcccaggctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14198515 59 +  48394510 tttat-----------tttatttattttattttttttttcagatggagtctcgccctgttgcccaggctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164138149  0 - 196418989 C

a score=203338.000000
s hg19.chr21     15978211 246 +  48129895 gagtgcagtggcgcgatctgggttcactgcaagctccgcctcccaggttcacgccattctccttcctcagcctccctagtagctgggactacaggcgcccgccaccacgcccggctaattttttgtattttt-gtagagacggggtttcactgtgttagccaggatggtcttgatctcctgacctcatgatccgcccgcctcggctgcccaaagtgctgggattacaggcgtgaaccactgcgcccg
s panTro2.chr21  14705308 247 +  46489110 gagtgcagtgacgcgatctgcgcttactgcaagctccgcctcccaggttcacgccattctccttcctcagcttcccgagtagctgggactacaggtgcccgccaccatgcccggctaattttttgtatttttagtagagatggggtttcaccgtgttagccaggatggtcttgatctcctgacctcatgatccgcccacctcggccgcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcgcccg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14198574 247 +  48394510 gagtgcagtggcgcgatctgggctcactggaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagccccccgagtagctgggactacaggcggccgccaccatgcctggctaattttttgtatttttagtagagacggagtttcaccgtgttagccaggatggtcttgatctcctgaccccatgatccacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcgctcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164138149   0 - 196418989 C

a score=356499.000000
s hg19.chr21     15978457 45 +  48129895 gtcAAGAAGATTTATTTTTAAAGTAAGTTTGCAGCAGTATAGATG
s ponAbe2.chr21  14198821 45 +  48394510 gtcAAGAAAATTTATTTTTAAAGTAAGTTTGCAGCAGTATAGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14705555 45 +  46489110 gtcAAGAAGATTTCTTTTTAAAGTAAGTTTGCAGCAGTATAGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164138149 42 - 196418989 ---AAGAAGATTTATTTTTAAAGTAAGTTTGCAGCAGTATAGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=458355.000000
s hg19.chr21     15978502 51 +  48129895 AAGTTAATGTTTCTCTTATTACTAACATTGTTTTCTGACTTTGTCTGGTCC
s rheMac2.chr3  164138191 51 - 196418989 AAGTTAATGTTTCTCTTATTACTAACATTGTTTTCTGACTTTGTCTGGTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14198866 51 +  48394510 AAGTTAATGTTTCTCTTATTACTAACATTGTTTTCTGACTTTGTCTGGTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14705600 51 +  46489110 AAGTTAATGTTTCTCTTATTACTAACATTGTTTTCTGACTTTGTCTGGTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-15264.000000
s hg19.chr21     15978553 44 +  48129895 CTCACTTCCCTTACTAACATATGCCATTTTTCCCCAGCTTTTTC
s rheMac2.chr3  164138242 44 - 196418989 CTCACTTCCCTTAGTAATATATGCCATTTTTCCCCAGCCTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14198917 44 +  48394510 CTCACTTCCCTTACTAACATACACCATTTTCCCCCAGCTTCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14705651 44 +  46489110 CTCACTTCCCTTACTAACATACGCCATTTTTCCCCAGCTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=792870.000000
s hg19.chr21     15978597 132 +  48129895 TTGTGGAATAGTC-TGTCACAGTT-ACACTGATTGATTGAAAAATTTCTGAATCTCCAAATATGTTTTGTTTCCtttttattattttttaaatgttgatttatttttattCTTTGTACTTTCTGGTATAAAATA
s rheMac2.chr3  164138286 132 - 196418989 TTGTAGAATAGTC-TGTCACAGTT-ACACTGATTGATTGAAAAATTTCTGAATCTCCAAATAAGTTTTGTTTCCTTTGTATTATTTTTTAAAAGTTGATTTATTTTTATTCTTTGTACTTTCTGGTATAAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14198961 134 +  48394510 TTGTGGAATAGTCTTGTCACAGTTAACACTGATTGATTGAAAAATTTCTGAATCTCCAAATATGTTTTGTTTCCtttttattattttttaaatgttgatttatttttataCTTTGTACTTTCTGGTATAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14705695 132 +  46489110 TTGTGGAATAGTC-TGTCACAGTT-ACACTGATTGATTGAAAAATTTCTGAATCTCCAAATATGTTTTGTTTCCtttttattattttttaaatgttgatttatttttattCTTTGTACTTTCTGGTATAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=706226.000000
s hg19.chr21     15978729 102 +  48129895 TGAAAACTCTGTTCTTGAAATTATCTTTAATTAAATCATAACTTAATCTTAGGTAAACTCCAATTCACAGATTCAAAAGTTTGTTCTTCTCAATTCTTTTTT
s rheMac2.chr3  164138418 101 - 196418989 TGAAAATCCTATTCTTGAAATTATCTTTAATTAAATCATAACTTAATCTTAGGTAAACTCCAATTCACAGATTCAAAAGTTTGTTCTTCTCAATTCTTTTT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14199095 102 +  48394510 TGAAAACTCTGCTCTTGAAATTATCTTTAATTAAATCATAACTTAATCTTAGGTAAACTCCAATTTGCAGATTCAAATGTTTGTTCTCCTCAATTCTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14705827  98 +  46489110 TGAAAACTCTGTTCTTGAAATTATCT----TTAAATCATAACTTAATCTTAGGTAAACTCCAATTCACAGATTCAAAAGTTTGTTCTTCTCAATTCTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1394750.000000
s hg19.chr21     15978831 141 +  48129895 ATAAACTCAAGTCaaaataaatttaaatattttaaaatggactttaacttactaaaataaatattataaatattCTTCCTATCTATGATGCTGAAAATTTAACAATTAACCTGAATTATAGATTAATTTCTCCTCACACCT
s rheMac2.chr3  164138519 136 - 196418989 ----AGTAAAGTC-GaataaatttaaatattttaaaatGGACTTTAACTTACTAAAATAAATATTACAAATATTCTTCCTATTTATAATGCCGAAAATTTAACAATTAACCTGAATTATAGATTAATTTCTCCTCACACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14199197 141 +  48394510 ATGAACTAAAGTCaaaataaatttaaatattttaaaatggactttaacttactaaaataaatattataaatattCTTCCTATCTATAATGCTGAAAATTTAACAATTAACCTGAATTATAGATTAATTTCTCCTCACATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14705925 141 +  46489110 ATAAACTAAAGTCAAAATAAATTTACATATTTTAAAATGGACTTTAACTTACtaaaataaatattataaatattCTTCCTATCTATAATGCTGAAAATTTAACAATTAACCTGAATTATAGATTAATTTCTCCTCACACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=537889.000000
s hg19.chr21     15978972 45 +  48129895 AAGCTATGCCAATTTTTTAGTTGTAAAGTCCTAAGCATTCAATTT
s rheMac2.chr3  164138655 45 - 196418989 AAGCTATGCCAATTTTTTAGTTGTAAAGTCCTAAGCACTCAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14199338 45 +  48394510 AAGCTATGCCAATTTTTTAGTTGTAAAGTCCCAAGCATTCAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14706066 45 +  46489110 AAGCCATGCCAATTTTTTAGTTGTAAAGTCCTAAGCATTCAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=892255.000000
s hg19.chr21     15979017 62 +  48129895 ATTCTACATTATTTTACAGATGTAGTCTCTTTTAATAGAACAGATGTAGGCTTAGATAAAAA
s rheMac2.chr3  164138700 62 - 196418989 ATTCTACATTATTTTACAGATGCAGTCTCTTTTAATAGAACAGATGTCGGCTTAGATAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=634471.000000
s hg19.chr21     15979079 28 +  48129895 TCTCCTTAGAAGAAGGAAATGGACTAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14706173 28 +  46489110 TCTCCTTAGAAGAAGGAAATGGACTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=491568.000000
s hg19.chr21     15979107 34 +  48129895 TAAACTAAAAATATTTTGCATCTGGAACTCAGCT
s rheMac2.chr3  164138790 34 - 196418989 TAAATTAAAAATATTATGCATCTGGAACTCAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14199473 34 +  48394510 TAAACTAAAAATATTATGCATCTGGAACTCAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14706201 34 +  46489110 TAAACTAAAAATATTATGCATCTGGAACTCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1442836.000000
s hg19.chr21     15979141 107 +  48129895 TATTCTGATAAATTTGGTCTTAACCTATATAGTACAGTCATGTTGTTGAGCTATGGATTAATACATCAGACAGAAATCTTAGCTAAATATAGCCTATGGAATTTTTT
s panTro2.chr21  14706235 107 +  46489110 TATTCTGATAAATTTGGTCTTAACCTATATAGTACAGTCGTGTTGTTGAGCTATGGATTAATACACCAGACAGAAATCTTAGCTAAATATAGCCTATGGAATTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14199507 107 +  48394510 TATTCTGATAAATTTGGTCTTAACATATATAGTACAGTCATGTTGTTGAGCTATGGATTAATACACCAGACAGAAATCTTAGCTAAATATAGCCTATGGAATTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164138824 107 - 196418989 TATTCTGACAAATTTGGCCTTAACCTATATAGTACAGTCATGTTGTTGAGCTATGGATTAATATACCAGACACAAATCTTAGCTAAATATAGCCTGTGGAATCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-9373.000000
s hg19.chr21     15979248 13 +  48129895 CATCAGGTCCCAA
s rheMac2.chr3  164138931 13 - 196418989 CATCAGGTCCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14706342 13 +  46489110 CATCAGGTCCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=491432.000000
s hg19.chr21     15979261 37 +  48129895 TACTCTTTAGGGCTGAAATGCTATTAATATAATGTGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14199627 37 +  48394510 TACTCTTTAGGGGTGAAATGCTATTAATATAATATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14706355 37 +  46489110 TACTCTTTAGGGCTGAAATGCTATTAATATAATGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=329243.000000
s hg19.chr21     15979298 21 +  48129895 TAATGTAGAAATATCATTTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-158521.000000
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s rheMac2.chr3  164139002 40 - 196418989 AAATTGAAATTGAGGAAAATTGCCTTTTTTTGGCCTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14199819 430 +  48394510 CATTAGTATCTAATAAAATCATGTGGGTTGTGGATGACAGCAATGATGTACTTTCCCATCTTTATCTCACTGAACTCCACAGACTGCCTATCCTCAGGCACAGTAAACTACTCTTAAGTAGTTATGCAATTAACAGCTAAAAAGGAGTGTTTAAAATGAGAAAGAAATATTTTAGGTTGATACGTAGGTCACTAATTACTTAGAAATACTCTGAGCCTTCCAAATGAAACCACTATACCCATAAAATTTGAGCCTACAACTTGCGGTCTTGAATTTCTTCATTCAATTTATAATGTTACAGATAGCCTTGGTCTCTGGCCATCAACTCTTCCTAGCATGGCATTAATCTCTAGGAAATGTCCAGTGACTCAACTGCTACTACTGAAATGTCTGCTGAGGTTCTTGG--ACACACACATGCACATGCACTCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14706543 430 +  46489110 CATTAGTATCTAATAAAATCATGTGGGTTGTGGATGACAGCAATGATATACTTTCCTATCTTTATCTCACTGAACTCCACAGACTGCCTATCCTCAGGCACAGGAAACTACTCTTAAGTAGTTATGCAATTAACAGCTAAAAAGGAGTGTTTAAAATGAGAAAGAAATATTTTAGGTTGATACATAGGTCACTAATTACTTAGAAATACTCTGAGCCTTCCAAATGAAACCACTATACCCATAAAATTTGAGCCTACAACTTGTGGTCTTGAATTTCTCCCTTCAATTTATAATGTTACAGACAGCCTTGGTCTCTGGCCATCAACTCTTCCTAGCATGGCATTAATCTGTAGGAAATGTCCAGTGACTCAATTGCTACTACTGAAATGTCTGCTGAGGTTCTTGG--ACACACACATGCACACGCACTCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=523621.000000
s hg19.chr21     15979879 71 +  48129895 TGAACATGCATGGTCACTCAAGACCCTGAGAAATATCAAAGCTGGGAAAAATTCTGTAAAGCCTTTCTTTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=371630.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-176311.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14200612 119 +  48394510 TAATGGCAGATGAATAGAGAAACTGATAGACGAATGTTTGATTAACCGACTGAAGGTGTGGACGCATATAGCTGGCATCCATGTGGTAAAGACGGAGTCCAATCCAAACATGATAGaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14707329 119 +  46489110 GAATGGCGGATGAATAGAGAAACTGATAGACAAATGTTTGATTAACTGACTGAAGGTGTGGATGCATATAGCTGGCATCCATGTGGTAAAGACAGAGTCCAATCCAAACATGATAGaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=52458.000000
s hg19.chr21     15980360 33 +  48129895 gggaagtggagcaaagtggctgaatagaaccct
s panTro2.chr21  14707448 33 +  46489110 gggaagtggagcaaggtggctgaatagaaccct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14200731 33 +  48394510 gggaggtggagcaaggtggctgaatagaaccct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164140048 33 - 196418989 gggaggtggagcaaggtggctgaacagaaccct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72198.000000
s hg19.chr21     15980393 47 +  48129895 cagtaatcatccctctcacaggaataccaacttgaatggctattcac
s panTro2.chr21  14707481 47 +  46489110 cagtaatcatccctctcacaggaataccaacttgaatagctattcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15980440 123 +  48129895 acaagagagcacctccataagtaactaaaaatgaggtgagtgatcacaatacctggttctaacatcatatccttgaaagagccactaaaaaaagtaggaaaggtggttttggattgctgactc
s panTro2.chr21  14707528 123 +  46489110 acaagagagcacctccataagtaactaaaaatcaggtgaatgatcacaatacctggttctaacatcatatccttgaaagaggcactgaaaaaagtaggaaaggtggttttggattgctgactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14200811 121 +  48394510 acaagagagcacctccataagtaagtaaaaatcaggtgagtgatcacaatacctggttctaacatcagatccttgaaagaggcactgaaaaaagtaggaaaggcggttttggattgctg--tc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164140128 122 - 196418989 acaagagagcacctccgtaagtaagtaaaaatcgggtgagtgatcacaatacctggttctaacatcatctccttgaaagaggtact-aaaaaagtaggaaaggcagtttgggattgctgactc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76928.000000
s hg19.chr21     15980563 66 +  48129895 caccctcctcctctatctcctggtagcatcctcatggtgctgagagagaatatttgtgcttgggga
s panTro2.chr21  14707651 66 +  46489110 caccctcctcctctatctcctggtagcatcctcatggtgctgagagagaatctttgtgcttgggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14200932 66 +  48394510 caccctcctcctctacctcctggtagcatcctcatggggctgagagagaatctttgtgcttgggga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164140250 65 - 196418989 cactgccctcctctatc-cctggtggcatcctcatggtgctgagagagaatctttgtgcatgggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15980629 440 +  48129895 agggagagcaaagttatt-gtgggactttgcattgacctcagtgctgtttctcacagtggaaagcaacacagggcaaaattcagctgtccactacagggggagcatatagacttgcccccacattctgactagcccctccacagtgggctgaagcactttggggtcctaagtaaacttgaaaggcagtccagacaacagggcctgaaattcctgggcaattcctggtgctgtgctgggctcaaagccagtggaactgaggtgcacatgatctagtaagatatcagcaggagtggccaaagggatgctttcatcacccctttcccaatcccaggcagcacagcttgcagcctcgggagagactccttccttctgcataaggagaggacacaggagagt-gaaaggactttgtcttgcagccacagtagaatagggcactaggc
s panTro2.chr21  14707717 440 +  46489110 agggagagcaaagttatt-gtgagactttgcattgacctcagtgctgtttctcacagtgcaaagcaacacagggcaaaattcagctgtccactacagggggagcatatagacttccccccaaattctgactagcccctccacagtgggctgaagcactttggggtcctaagtaaacttgaaaggcagtccatacaacagggcctgaaattcctgggcaattcctggtgctgtgctgggctcaaagccagtggaactgaggtgcacatgatctagtaagatatcagcaggagtggccaaagggatgctttcatcacccctttcccaatcccaggcagcacagcttgcagcctggggagagactccttccttctgcataaggagaggacacaggagagt-gaaaggactttgtcttgcagccacagtagaatagggcactaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14200998 441 +  48394510 agggagagcaaagttattggtgggactttgcattgacctcagtgctgtctctcacagtggaaagcaacacagggcaaaattcagctgtccactacagggggagcatatagacttgccgccaaattctgattagcccttccacagtgggctgaagcactttggggtcctcaataaacttgaaaggcagtccagacaacagggcctgaaattcctgtgtaattcctagtgctgtgctgggctcaaagccagtggaactgaggcgcacatgatcgagtaagacatcagcaggagtggccaaaggaatgctttcatcacccctgtcccaatcccaggcagcacagcttgcagccttgggagagactccttccttctgcataaggagaggacacaggagagt-gaaaggactttgtcttgcagccacagtagaatagggcactaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14201439 38 +  48394510 aaactcctaaggttcccaatccattcttcactcccagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14708157 38 +  46489110 aaactcctaaggttcccaatccattcttcactcccagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14201477 34 +  48394510 tgaaatttctagacTCTTGAATCATCAATAGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15981341 21 +  48129895 GGAAATTTTTACATTATAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 316 C 0

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s hg19.chr21     15981502 57 +  48129895 ACATTAAAACTTTCAGTTTTCTTTTCAATTGCTTATTTGCTTCAGCAGGCAACTTAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=387352.000000
s hg19.chr21     15981661 43 +  48129895 TTCTATCTTATTTGGTTTTCCTTTTTAAGTAGACCATAATGGT
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s hg19.chr21     15981704 118 +  48129895 CTGCTTATTTTCATGGTGGAAGATGTGAATTTTTCTTACCTGCCCTTTAAACTACTTTGGGAAAATGCAAAGTCAGCTGAACTAAATTTAGCAATTACCTTTTAGCTGACAGGGCCTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164141703 118 - 196418989 CCGCTTATTTTCATGGTGAAAGATGTAAATTTTTCTTACCTGCCCTTTAAACTACTTTGAGAAAATGCAAAGTCAGCTGAACTAAATTTAGCAATTACCTTTTAGCTGACAGGGCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1533632.000000
s hg19.chr21     15981822 45 +  48129895 CTGATGTGGGAATCATTCTTATGCTTGCTGTGTTCCTGCCAGATT
s panTro2.chr21  14708910 45 +  46489110 CTGATGTGGGAATCATTCTTATGCTTGCTGTGGTCCTGCCAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14202192 45 +  48394510 CTGATGTGGGAATCATTCTTATGCTTGCTGTGTTCCTGCCAGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164141821 45 - 196418989 CTGATGTGGGAATCATTCTTATGCTTGCTGTGTTCCTGCCAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1550754.000000
s hg19.chr21     15981867 68 +  48129895 TTGTCATTCACAGTTTTTCCTTCTAAAGTGAAGCAGATAATTGGTTAGCAGAATTCATAGTAACATTT
s panTro2.chr21  14708955 68 +  46489110 TTGTCATTCACAGTTTTTCCTTCTAAAGTGAAGCAGATAATTGGTTAGCAGAATTCATAGTAACATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14202237 68 +  48394510 TTGTCATTCACAGTTTTTCCTTCTAAAGTGAAGCAGAGAATTGGTTAGCAGAATTCATAGTAACATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164141866 65 - 196418989 TTGTCATTCACAGTTTTTCCTTCTAAAGCGAAGCAGAGAATTAGTT---AGAATTCACAGTAACATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=583487.000000
s hg19.chr21     15981935 38 +  48129895 GTCCAGTAAGTATAAGACATTTGAAATCAAAACAAGTT
s panTro2.chr21  14709023 38 +  46489110 GTCCAGTAAGTATAAGACATTTGAAATCAAAACAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14202305 38 +  48394510 GTCCAGTAAGTATAAGACATTTGAAATCAAAACAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164141931 38 - 196418989 GTCCAGTAAGTATAAGACATTTGAAATCAAAACAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=27940.000000
s hg19.chr21     15981973 80 +  48129895 CAGCACAGGATTTGCAACTTGGTAAGTGGTATCTTAAGAGAGCTCTAGTTCTAGGtgatgcaggaagtcagggaccccga
s panTro2.chr21  14709061 80 +  46489110 CAGCACAGGATTTGCAACTTGGTAAGTGGTATCTTAAGAGAGCTCTAGTTCTAGGtgatgcaggaagtcagggaccccga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14202343 80 +  48394510 CAGCATGGGGTTTGTAACTTGGTAAGTGATATCTTAAGAGAGCTCTAGTTCTAGGtgatgcgggaagttagggaccccga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164141969 52 - 196418989 CAGCACGGGAGTTCTAACTTGGTAAGTGATATCTTAAGAGAGCTCTAGTTCT----------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88359.000000
s hg19.chr21     15982053 337 +  48129895 acggagggaccggctgaagccatggcagaagaacataaattgtgaagatttcatggacatttattagttccccaaattaatacttttataatttcttacacctggcctgtctttactgcaatctctgaacataaattgtgaagatttcatagacacttatcacttccccaatcaatattcttgtgatttcctatgcctgtctttactttaatctcttaatcctgtcatcttcataaggtgaggatgtatgtcgcctcagaaccctgtgatgattgtgttaactgcacaaattgtttgtagagcatgtgtgtttgaacaatatcaaatctgggcacct
s panTro2.chr21  14709141 332 +  46489110 acggagggaccggctgaagccatggcagaagaacataaattgtgaagatttcatggacatttattagttccccaaattaatacttttataatttcttacgcctggcctgtctttactgtaatctctgaacataaattgtgaagatttcatagacacttatcacttccccaatcaatattcttgtgatttcctatgcctgt-----ctttaatctcttaatcctgtcatcttcgtaagctgaggatgtatgtcgcctcagaaccctgtgatgattgtgttaactgcacaaattgtttgtagagcatgtgtgtttgaacaatatcaaatctgggcacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14202423 332 +  48394510 atggagggaccggctgaagccatggcaggagaacataaattgtgaagatttcatggacatttattagttccccaaattaatacttttataatttcttat-----gcctgtctttactgcagtctctgaacataaattgtgaagatttcatggacacttatcacttccccaatcaatattcttgtgatttcctatgcctgtctttactttaatctcttaatcctgtcatcttcgtaagctgaggacgtatgtcgcctcagaacccggtgatgattgtgttaactgcacaaattgtttgtagagcatgtgtgtttgaacaatatcaaatctgggcacct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164142021   0 - 196418989 C

a score=348055.000000
s hg19.chr21     15982390 669 +  48129895  
s panTro2.chr21  14709473 670 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14202755 670 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164142021   0 - 196418989 C

a score=1434514.000000
s hg19.chr21     15983059 194 +  48129895 gtggcgggttcccccataTCAGGGAGTTCTAGTCCTTCATGGACAACAACAGGTATCCTGTGGGCTACCCACTTATTCCCATGAACTACATAGGCACTTCACCATATATGATAGAATGCTGTTACTTTAACGTCTCTTGATAGCTTATGATTGCATTATTCTTT---GTAGTTTTCTTGAATTCATAACCAATTATT
s ponAbe2.chr21  14203425 194 +  48394510 gtggtgggttcccccataTCAGGGAGTTCTAGTCCTTCATGGACAACTGCAGGTATCCTGTGGGCTACCCACTTATTCCCATGAACTACATAGGCACCTCACCATATATGATAGAATGCTGTTACTCTAATGTCTCTTGATAGCTTATTATTGCATTATTCTTT---ATAGTTTTCTTGAATTCATAACCAATTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14710143 194 +  46489110 gtggcgggttcccccataTCAGGGAGTTCTAGTCCTTCATGGACAACAACAGGTATCCTGTGGGCTACCCACTTACTCCCATGAACTACATAGGCACTTCACCATATATGATAGAATGCTGTTACTCTAACGTCTCTTGATAGCTTATGATTGCATTATTCTTT---GTAGTTTTCTTGAATTCATAACCAATTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164142021 174 - 196418989 --------------------AGGGAGTTGTAGTCCCTCATGGACAACTGCAGGTATCCTGTGGGCTACCCACTTATTCCCATGAACTACATAGGCACCTCACCATATATGATAGAATGCTGTTACTCTAATGTCTCTTGACAACTTATGATTGCATTATTCTTTGTAGTAGTTTTCTTGCATTCATAACCAATT---
i rheMac2.chr3  C 0 I 9

a score=131092.000000
s hg19.chr21     15983253 159 +  48129895 ATTACttttctgagacag--------cgtcttactctgttgcccaggttggagtacagtggtgtgatcatagctcattgtggcctcaaattcctgggccatagctatcctcctgcctcaatttccca-------agtagctgaaactacagtcatgtgccaccaggataggcac
s rheMac2.chr3  164142204 167 - 196418989 ATTACttttttaagacagggtcttacggtcttactctgttgcccaggttggagtacagtggtgtgatcatagctcattgcagcctcaaattcctgggccatagctatcctcctgcctcaatttccca-------agtagctgaaactacaggcatgtgccaccatgATAGGCat
i rheMac2.chr3  I 9 I 28
s ponAbe2.chr21  14203619 166 +  48394510 ATTACttttctgagacag--------cgtcttactctgttgcccaggttggagtacagtggtgtgatcatagctcattgcagcctcaaattcctgggccatagctatcctcctgcctcaatttcccaagtagttagtagttgaaactacagtcatgtgccacaatgataggcac
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s panTro2.chr21  14710337 157 +  46489110 ATTACttttctgagacag--------catcttactc--tcgcccaggttggagtacagtggtgtgatcatagctcattgtagcctcaaattcctgggccatagctatcctcctgcctcaatttccca-------agtagctgaaactacagtcatgtgccaccaggataggcac
i panTro2.chr21 C 0 I 2

a score=-27460.000000
s hg19.chr21     15983412 26 +  48129895 atttttttttttttgtagagacaggg
s panTro2.chr21  14710496 26 +  46489110 ttttttttttttttgtagagacaggg
i panTro2.chr21 I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  14203787 26 +  48394510 ttttttttttttttgtagagacaggg
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  164142399 26 - 196418989 atatatatatatatgtaGAGACAGGG
i rheMac2.chr3  I 28 C 0

a score=-37836.000000
s hg19.chr21     15983438 31 +  48129895 tCATAGTCAATTGTTTTTATGCATCCTGAAA
s rheMac2.chr3  164142425 31 - 196418989 TCATAATCAATTGTTTTTATGCATCCTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14203813 31 +  48394510 tcATAATCAATTGTTTTTATTCATCCTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14710522 31 +  46489110 tcATAACCAATTGTTTCTATGCATCCTGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=155535.000000
s hg19.chr21     15983469 34 +  48129895 AGGTTAAACTATCCTTACCCTCTAGATTCTCCAT
s rheMac2.chr3  164142456 34 - 196418989 AGGTTAAAGTATCCTTACCCTGAAGATTCCCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14203844 34 +  48394510 AGGTTAAACTATCCTTACCCTCTAGATTCTCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14710553 34 +  46489110 AGGTTAAACTATCCTTACCCTCTAGATTCTCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1202646.000000
s hg19.chr21     15983503 178 +  48129895 CATTTCTAACAAACTAATTGTGTAGAAAGAACATTGGGCTGTGATAGTTTCAAGAAACTCTAAGATCCTTGAATGGAATATAAATGATTTGCTCAGCTTTGTCCTCCCAACATCTAAAGCAGGGCCTGGACATGTGAAGAAATGAATTGCACCAAATGGAAAATTGGAGTCCCTTCTA
s panTro2.chr21  14710587 178 +  46489110 CATTTCTAACAAACTAATTGTGTAGAAATAACACTGGGCTGTGATAGTTTCAAGAAACTCTAAGATCCTTGAATGGAATATAAATGATTTGCTCAGCTTTGTCCTCCCAACATCTAAAGCAGGCCCTGGACATGTGAAGAAATGAACTGCACCAAATGGAAAATTGGAGTCCCTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14203878 178 +  48394510 CATTTCTAACAAACTAATTGTGTAGAAAGAACATTGAGCTGTGATAGTTTCAAGAAACTCTAAGATCCTTGAATGGAATGTAAATGATTTGCTCAGCTTTGTCCTCCCAACATCTAAAGCAGGGCCTGGACATGTGAAGAAATGAATTGCACCAAATGGAAAATTGGAGTCCCTTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164142490 178 - 196418989 CATTTCTAACAAACTAATTGTGTAGAAAGAACACTGAGCTGTGATGGTTTCAAGAAACTCTAAGATCCTTGAATGGAAGGTAAATGATTTGCTTAACTTTGTCCTCCCAACATCTAAAGCAGGGCCTGGACGTGTGAAGAAATGAATTGTACCAAATGGAAAATTGGAGTCCTTTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=257830.000000
s hg19.chr21     15983681 27 +  48129895 AATTACTTACTACAGATAAATCATTCT
s panTro2.chr21  14710765 27 +  46489110 AATTACTTACTACAGATAAATCATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204056 27 +  48394510 AATTACTTACTACAGATAAATCGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164142668 27 - 196418989 AATTACTTACTACAGATAAATCTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=627263.000000
s hg19.chr21     15983708 77 +  48129895 ACATGTTGTATCATGCATTGATAACACAAATGTTGAATAATGCAACCTATGCATAGCATGAAGACAAACTCAGCATG
s rheMac2.chr3  164142695 77 - 196418989 ACATGTTCTATCCTACATTGATAAAACAAATGTTAAATAATGCCACCAATGCGTAGCGTGAAGACAAACTCAGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204083 77 +  48394510 ACATGTTGTATCATACATTGATAAAACAAATGTTGAAAAATGCAACCTATGCGTAGCATGAAGACAAACTCAGCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14710792 77 +  46489110 ACATATTGTATCATGCATTGATAAAACAAATGTTGAATAATGCAACCTATGTGTAGCATGAAGACAAACTCAGCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=490760.000000
s hg19.chr21     15983785 51 +  48129895 CTGTGTTGTTTCTAAAGTCACTATTTGCTCATATGTTTTGATTATAGAAAA
s rheMac2.chr3  164142772 51 - 196418989 CTGTGTTGTTTCTAAAGTCACTATTTGCTCATATGTTTTGATTATAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204160 51 +  48394510 CTGTGTTGTTTCTAAAGTCACTATTTGCTCATATGTTTTGATTATAGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14710869 51 +  46489110 CTGCGTTGTTTCTAAAGTCACTATTTGCTCATATGTTTTGATTATAGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=329762.000000
s hg19.chr21     15983836 66 +  48129895 GGCAGTTGATCATCAAGAACTGTGTTAGGATAGAAATATTGGTTGTACTGTATGTGCATGCAGAAT
s rheMac2.chr3  164142823 66 - 196418989 GGCAGTTGATCATCAAGAATTGTGTTAGGATAGAAATATTGGTTGTATCGTATGTACGTGCTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204211 66 +  48394510 GGCAGTTGATCATCAAGAACTGTGTTAGGATAGAAATATTGGTTGTACTGTATGTGCATGCAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14710920 66 +  46489110 GGCAGTTGATCATCAAGAACTGTGTTAGGATAGAAATATTGGTTGTACTGTATGTGCATGCAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-73105.000000
s hg19.chr21     15983902 37 +  48129895 AGACTGAGAATGGATCTAGATGAAAAATAAAATGTTG
s rheMac2.chr3  164142889 37 - 196418989 AGACTGAGAATGGATCTAGATGAAAAAGAAAATTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204277 37 +  48394510 AGACTGAGAATGGATCTAGATGAAAAATAAAATGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14710986 37 +  46489110 AGACTGCGAATGGATCTAGATGAAAAATAAAATGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=567543.000000
s hg19.chr21     15983939 52 +  48129895 CCTTGCTTCCTTTTATTTAAGACTGTGCACTATTCAAATTagggctgatatt
s panTro2.chr21  14711023 52 +  46489110 CCTTACTTCCTTTTATTTAAGACTGTGCACTATTCAAATTAGGGCTGATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204314 52 +  48394510 CCTTACTTCCTTTTATTTAAGACTGTGCACTATTCAAATTAGGGCTGATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164142926 52 - 196418989 CCTTACTTCCTTTTATTTAAGACTATGCGCTATTCAAATCAGGGCTGATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=264899.000000
s hg19.chr21     15983991 34 +  48129895 caaaatatttaacaacgagtgactgcaggaccct
s panTro2.chr21  14711075 34 +  46489110 CAAAATATTTAACAACGAGTGACTGCAGGACCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204366 31 +  48394510 CAAAATATTTAACA---AGTGACTGCAGGACCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164142978 34 - 196418989 CAAAATATTTAACAGCGAGTGACTGCAGGACCCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 253

a score=255335.000000
s hg19.chr21     15984025  59 +  48129895 gaTAGGATCCAGCGCCTATAGATGCTACTGCTGGGAGAATTGAAACCTGATTAAAACGC
s panTro2.chr21  14711109  59 +  46489110 GATAGGATCCAGCACCTATAGATGCTACTGCTGGGAGAATTGAAACCTGATTAAAACGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204397  59 +  48394510 GATAGGATCCAGCACCTATAGATGCTAATGCTGAGAGAATTGGAACCTGATTAAAACGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164143012 253 - 196418989 I

a score=484126.000000
s hg19.chr21     15984084  66 +  48129895 AGATATCCTTCAAAGTTGTACCCATTGTGGGGTATCACTTTAGTCAGAATGAGCTTTTCAGATCTT
s panTro2.chr21  14711168  66 +  46489110 AGATATCCTTCAAAGTTGTACCCATTGTGGGGTATCACCTTAGTCAGAATGAGCTTTTCAGATCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204456  66 +  48394510 AGATATCCTTCAAAGTTGTACCCATTGTTGGGTATCACCTTAGTCAGAATGAGCTTTTCAGATCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164143012 253 - 196418989 I

a score=362180.000000
s hg19.chr21     15984150  79 +  48129895 ACCAGGAAATTGGTTTTTAAAAAAGAATGAAATGAGTATGAGCACCTGACTCCTCTGCTGGGGAGAAGGAAAGGGAAAA
s panTro2.chr21  14711234  79 +  46489110 ACCAGGAAATTGGTTTTTAAAAAAGAAGGAAATGAGTATGAGCACCTGACTCCTCTGCTGGGGAGAAGGAAAGGGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204522  79 +  48394510 ACCAGGAAATTAGTTTTTAAAAAAGAAAGAAATGGGTATGAGCACCTGACTCCTCTGCTGGGGAGAAGGAAAGGGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164143012 253 - 196418989 I

a score=38560.000000
s hg19.chr21     15984229  11 +  48129895 GGGTACCCATA
s panTro2.chr21  14711313  11 +  46489110 GGGTACCCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204601  11 +  48394510 GGGTACCCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164143012 253 - 196418989 I

a score=-81985.000000
s hg19.chr21     15984240  55 +  48129895 AGTTTGGCACACTACATTAAAAAAAATTATTGAggccaggcatggtggctcacac
s panTro2.chr21  14711324  55 +  46489110 AGTTTGGCACACTATATTAAAAAAAATTATTGAggccagtcatggtggctcacgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204612  54 +  48394510 AGTTTGGCACACTACATT-AAAAAAATTATTGAggccaggcatggtggctcacgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164143012 253 - 196418989 I

a score=86222.000000
s hg19.chr21     15984295 72 +  48129895 ctgtaatcccagcactttgagaggtcgaggcaggcggatcacgaggtcaagagatcgagaccatcctggcca
s panTro2.chr21  14711379 72 +  46489110 ctgtaatcccagcactttgagaggtcgaggcaggcggatcacgaggtcaagagatcgagaccatcctggcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14204666 72 +  48394510 ctgtaatcccagcactttgagaggccgaggcgggtggatcatgaggtcaagagatcgagaccatcctggcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164143265 72 - 196418989 ctgtaatcccagcactttgggaggccgaggctggcggatcatgaggtcaagagatggagaccatcctggcaa
i rheMac2.chr3  I 253 C 0

a score=29674.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14711451 38 +  46489110 acacagtgaaac-ctgtctctactaaaaatacaaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=153242.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 332 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14713480 65 +  46489110 ctgaaaaagcatttgagtctgtcagaaatattttaatagtgactgtatatttggcaaattaatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14713585 149 +  46489110 taaaaaataattcttattttttaataacatacactgaagcatgaaattatgtgtctggcatctgctttattaatacaaaaacagtggggatggagttgagggagtagaatgggtagaaataaaattgactacaggttgatccttgttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14206885 149 +  48394510 taaaaaataattcttattttttaataacatacactgaagcatgaaattatgtgtctggcatctgctttattaatacaaaaacagtggggatgcagttgagggagtagactgagtagaaataaaattgactataggttgatccttgttta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164145819 149 - 196418989 caaaaaataattcttattttttaataatatacactgaagcatgaaattatgtgtctggcacctgctttattaatacaaaaacagtggggatgcagttgggggagtagaatgggtagaaatgaaattgactataggttgatccttgttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=513453.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14207105 36 +  48394510 TGAAACAGAAACAGC--ATAGGACTATGCTGACTTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  164146034 38 - 196418989 TGAAACAGAAACAGAGGATGGGATTATGCTGACTGGAC
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=20733.000000
s hg19.chr21     15986774 73 +  48129895 TGCTAATCAATTCATGTGTGTGGGTAAACACAC--ATATCTCATCACTAACTGTTACAGCTTAAGTGTTTCCCAC
s panTro2.chr21  14713842 73 +  46489110 TGCTAATCAATTCATGTGTGTGGGTAAACACAC--ATATCTCATCACTAACTGTTATAGCTTAAGTGTTTCCCAC
i panTro2.chr21 C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  14207143 75 +  48394510 TGCTAATCAATTCATGTGTGTGGGTAAACACACATATATCTCATCACTAACTGTTACAGCTTAAGTGTTTTCCAC
i ponAbe2.chr21 I 2 I 1
s rheMac2.chr3  164146074 75 - 196418989 TGCTAATCAGTTCATGGGTGAGGGTAAACATACACACATCTCATCACTCACTGTTACAGCTTAAGAGTTTTCCAC
i rheMac2.chr3  I 2 I 316

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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 I 1 C 0

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s hg19.chr21     15986870 58 +  48129895 GCTCGCTTCGGCAGCACAGATACATATTCTTGATAGTAATTAAATTAAAACGAAGGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14207242 53 +  48394510 GCTCGCTTCGGCAGCACAGATACATATTCTTGATAGTC-----ATTAAAATGAAGGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15986928 48 +  48129895 ACCCTTTTTAAGCTCAAAATTGTAAGCAAAAACATGCATATATGAGGT
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a score=300733.000000
s hg19.chr21     15986976 60 +  48129895 TTCCTTTTTCTTAATCT----TTTGTTTTTAA-TTTTTAatgcaaaatgcttaggacatctcttg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14207343 65 +  48394510 TTCCTTTTTCTTAATCTTTTGTTTGTTTTTAATTTTTTAatgcaaaatgcttaggacatctcttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=543367.000000
s hg19.chr21     15987075  83 +  48129895 atACTGTAAAGTGATGTAGGTGTATAATAACATGAGACATCATTTCCATCAGGAGAGTGGTAGGCCAAAAAAAAGAAAT---------------------------------TAAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=215744.000000
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a score=245675.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 97
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14714305 59 +  46489110 GAAAAATTGTAAATTGGTCATCATCAGACACTTTCCCTTTAATTCAATCCTCCTTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14207665 87 +  48394510 CATCTATGTTTTGGTAGCCTATATTCTGTGGAAGCATCAATCATAAGCCAACAGCTACTATTTTGTTTAAGTACATTCCTTGGAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164146944 97 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164147041 52 - 196418989 -----------------------------CAGCCTCACATACGTGGCGATAAGACTGAGAAAGGTCCTCCCGAAATCCATT
i rheMac2.chr3  I 97 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164147093 168 - 196418989 CTTTACTCCACCTCATGCTTAAAATGCCAGTGTTGTAGTTTAAATAGTTAATTGTAACTAAAATACAACTACGCCACCCTGACAGGTCCTTAAGCTGTTAATCACCCAATTACCTACTTACTATGGATGTGTTTTATATTTTTAACTGGGAGAAAGCTTTGAGCGGGG-----------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 23

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s panTro2.chr21  14714713 34 +  46489110 AAAAAAAAGGAAAGAATATGAAAAAGCAC------------------------AAGAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 23 C 0

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s panTro2.chr21  14714747 164 +  46489110 CTTTTGAGAAAGAGGACACCCAGAGAGAACATCACATAATTTACAA-TTGGCCTCAGACCAATCCAGGGTGCAAGGAAGCCATTCTTCTGTATCCTCGGCAACCAATCTGAAAGTTTCCCCATAAACCGGCTTCCTGCCCATGTGTAGTTCGTGCTTATCAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14208076 164 +  48394510 CTTTTGAGAAAAAGGACACCCAGAGAGAACATCACGTAATTCACAA-TTGGCCTCAGACCAATCCAGGGTGCAAGGAAGCCATTCTTCTGTATCCTCGGCAACCAATCTGAAAGTTTCCCCATAAACCGGCTTCCTGCCCATGTGTAGTTCCTGCTTATCAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164147342 165 - 196418989 TTTTTGAGAAAAGGGACACCCAGAGAGAACGTCACATAATTCACAATTTGGCTTCAGACCAATTCAGGGTGCAAGGAAGCCATTCTTCTGCATCCTCGGCAAGCAATCTGAAAGTTTCCCCATAAACCGGCTTCCTGCCCCTGTGTATTTCCTACTTATCAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14208274 241 +  48394510 TCCTCTGGCAGCTGGATGTGCTGAATGTAAAGCCAGGCCCTGACCTAAATAACCTGAAACTCTTTGCAAACACATTTTTATGTGGATTAGAAAAATACTTCAGAAGATTTATAGGTCACTGATAGAAATATGTTTTTATGGAGGCTCCCACTTTAATCTAGGCCTGGTTTAGACACATGTTTCTTCTG-AAAATTTAATTTTCACATCCCTGTCTACTGGAATGTCACAACACAGCTTTCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164147780 40 - 196418989 ATGCATCAGCATAAACAGAGAAATGGTAGCAAAGCAATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     15988768 30 +  48129895 CCTTCATTTGAGAAAAATGGAAAGTAGCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209231 109 +  48394510 TTTTTCTTCAGATCAAGTGACAGTTGTGTAAAATCCCTTACACTTTTGGGGAAAGAATTTGTCACA--TTTCACCATCCTTGAAAGAGCTTAAACTGCCCTAGACACCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164148539 110 - 196418989 TTTTTCTTCAGACCCAGTGACAGTTGTGTAAAATCCCTTACAC-TTTGGGGAAAGAATTTATCACATTTTTCACCATCCTTGAAAGAGCTTAAACTGCCCTAGGCACCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=95927.000000
s hg19.chr21     15988957 22 +  48129895 AAAAGCTCTTCAGATTCTGTCT
s panTro2.chr21  14716021 22 +  46489110 AAAAGCGCTTCAGATTCTGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209340 22 +  48394510 AAAAGCTCTTCAGATTCTGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164148649 22 - 196418989 AAAAGCCCTTCAGATTCTCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=253252.000000
s hg19.chr21     15988979 37 +  48129895 TTATTATTCACCTACTCCTCCATTTAAAAAACATTTA
s panTro2.chr21  14716043 37 +  46489110 TTATTATTCACCTACTCCTCCATTTAAAAAACATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209362 37 +  48394510 TTATTATTCACCCACTCCTCCATTTAAAAATCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164148671 37 - 196418989 TTTTTATTCATCTACTCCTCCATTTAAAAAACATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=783414.000000
s hg19.chr21     15989016 96 +  48129895 CTGAATATCTACATGAAAGGCAACCGATTGTGTTCTGGAGAGGTTCATTTGTTTGGCATGGTAGGAATTTACATACTAAAGAAAATTGCAACGAAT
s panTro2.chr21  14716080 96 +  46489110 CAGAATATCTACATGAAAGGCAACCGATTGTGTTCTGGAGAGGTTCATTTGTTTGGCATGGTAGGAATTTACGTACTAAAGAAAATTGCAACGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209399 96 +  48394510 CTGAATATCTACATGAAAGGCAACCAATTGTGTTCTGGAGAGGTTCGTTTGTTTGGCATGGTAGAAATTTACGTACTAAAGAAAATTGCAACCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164148708 96 - 196418989 CTGAATATCTACATGAAAGGTAACCAATTGTGTTCTGGAGAGGCTCATTTGTTGGGCATGGCAGGAATTTACATACTAAAGAAAATTGCAACCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=348550.000000
s hg19.chr21     15989112 76 +  48129895 ATTCCACTTTTGAGGGGG-AAAAACACAAATGCTAAGGCTAAAAGGAAAGGTGAATGGAAACCAGAAAAAGGAAGTT
s panTro2.chr21  14716176 77 +  46489110 ATTCCACTTTTGAGGGGGAAAAAACACAAATGCTAAGGCTAAAAGGAAAGGTGAATGGAAACCAGAAAAAGGAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209495 76 +  48394510 ATTCCACTTCTGAGGGGA-AAAAACACAAATGCTAAGGCTAAGAGGAAAGGTGAATGGAAACCAGAAAAAGGAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164148804 76 - 196418989 ATTCCACTTCTGAGAGGA-AAAAACACAAATGCTAAGGCTAAGAGGAATGGTGAATGTAAACCGAAAAAAGGAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616629.000000
s hg19.chr21     15989188 73 +  48129895 TGATTCTATTATTCAGGTCGTTAATAGTAACAGCCTGGGCACAGTGAAATCCAGGATAACCTTTCCCCAAGAT
s panTro2.chr21  14716253 73 +  46489110 TGATTCTATTATTCAGGTCGTTAATAGTAACAGCCTGATCACAGTGAAATCCAGGATAACCTTTCCCCAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209571 73 +  48394510 TGATTCTATTATTCCGGTCGTTAATAGTACCAGCCTGAGCACAGTGAAATCCAAGATAACCTTTCCCCAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164148880 72 - 196418989 TGATTTGATTATTCCAGT-GTTAATAGTACCAGCCTGAGCACAGTGAAATCTAAGATAACCTTTCCCCAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=346560.000000
s hg19.chr21     15989261 39 +  48129895 AGTGATCGAAGGGGCCATTTATCTAATCTTTATTTTGTT
s panTro2.chr21  14716326 39 +  46489110 AGTGATTGAAGGGGCCATTTATCTAATCTTTATTTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209644 39 +  48394510 AGCGATTGAAGGGGCCAGTTATCTAAGCTTTATTTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164148952 39 - 196418989 AGTGATTGAAGGGGCCATTTATCTAATCTTTATTTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 311

a score=5539.000000
s hg19.chr21     15989300 36 +  48129895 TGTATCAAGATTTTTAACTGCAGAGGACAATTTGAA
s panTro2.chr21  14716365 36 +  46489110 TGTATCAAGATTTTTAACTGCAGAGGACAATTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209683 36 +  48394510 TGTATCAAGATTTTCAACTGCAGAGGACAATTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149302 36 - 196418989 TGTATCAAGATTTTTAACTGCAGAGGACAATTTGGA
i rheMac2.chr3  I 311 C 0

a score=-29959.000000
s hg19.chr21     15989336 22 +  48129895 TTTTTTATTTTCCTAGTGGTTG
s panTro2.chr21  14716401 22 +  46489110 TTTTTTATTTTCCTAGTGGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209719 22 +  48394510 TTTTTTATTTTCCTAGTGGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149338 22 - 196418989 TATCTTATTTTCCTAGCGGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265771.000000
s hg19.chr21     15989358 41 +  48129895 AGCAGAACGTTGCTAAAACCCCACACACTGAAACAGTCAGT
s panTro2.chr21  14716423 41 +  46489110 AGCAGAACGTTACTAAAACCCCACACACTGAAACAGTCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209741 41 +  48394510 AGCAGAGCGTTACTAAAACCCCACATGCTAAAACAGTCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149360 41 - 196418989 AGCAGAGCGTTACTAAAATCCCACGTGCTGAAACAGTCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=52330.000000
s hg19.chr21     15989399 10 +  48129895 CCCTGAACTC
s panTro2.chr21  14716464 10 +  46489110 CCCTGAACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209782 10 +  48394510 CCTTGAACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149401 10 - 196418989 CCCTGAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190758.000000
s hg19.chr21     15989409 26 +  48129895 GAGGAGCACATATTACCAAGTTTGAA
s panTro2.chr21  14716474 26 +  46489110 GAGGAGCACATATTACCAAGTTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209792 26 +  48394510 GAGGAGCACGTATTACCAAGTTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149411 26 - 196418989 GAGGAGCACACATTACCAAGTTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36132.000000
s hg19.chr21     15989435 32 +  48129895 ATACTTGTGCATGACCCATAGGACATTGCTTG
s panTro2.chr21  14716500 32 +  46489110 ATACTTGTGCATGACCCATAGGACATTGCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209818 32 +  48394510 ATACTTGTGCATGACCCATAGGATATTGCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149437 32 - 196418989 ATACTTGTGCATAACCCACAGGACATTGCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-129203.000000
s hg19.chr21     15989467 34 +  48129895 TAGGGAAGAGGTGGTGGATGGGGGTTGTAAGTAA
s panTro2.chr21  14716532 34 +  46489110 TAGGGAAGAGGTGGTGGATGGGGGTTGTAAGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209850 34 +  48394510 TAGGGAAGAGGTGGCGGATGGGGGTTGTAGGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149469 34 - 196418989 TAGGGAAGAGGTGGCAGATGGGGGTTGTAGGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=91147.000000
s hg19.chr21     15989501 35 +  48129895 GGATGTGGGAAG-CATGAATTAAGCCCTAATGTGAG
s panTro2.chr21  14716566 35 +  46489110 GGATGTGGGAAG-CATGAATTAAACCCTAATGTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209884 35 +  48394510 GGATGTGGGAAG-CATGAATTAAGCCCTAATGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149503 36 - 196418989 GGATGTGGGGAGTCATGAATTACGCCCTAATGTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=788586.000000
s hg19.chr21     15989536 74 +  48129895 TGAGGATATCAGCAGGCCTTTGAGGAGTTAGTGGTCAGATGGACCACTCCTTCCATTCTCTATGCTTTGTCATC
s panTro2.chr21  14716601 74 +  46489110 TGAGGATATCAGCAGGCCTTTGAGGAGTTAGTGGTCAGATGGACCACTCCTTCCATTCTCTATGCTTTGTCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209919 74 +  48394510 AGAGGATATCAACAGGCCTTTGAGGAGTTAATGGTCAGATGGACCGCTCCTTCCATTCTCTATGCTTTGTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149539 74 - 196418989 TTAGGATATCAACAGGCTTTTGAGGAGTTAATGGTCAGGTGGACCACTTCTTCCATTCTCTATGCTTTGTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156727.000000
s hg19.chr21     15989610 16 +  48129895 CTGTGCCCTAAAAGTA
s rheMac2.chr3  164149613 16 - 196418989 CTGTACCCTAGAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14209993 16 +  48394510 CTGTGCCCTAAAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14716675 16 +  46489110 CTGTGCCCTAAAAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1223786.000000
s hg19.chr21     15989626 146 +  48129895 TGCAATCTCTATTCAAGGTCTTTTTCTGAAATTGTTTAGGTCTTGGGCCAGATCTTTCCAAACCTCAGATTAGAAGCTAATTGTGTTCCTTGCCCCACAATCAGTAGCCACTCACATTTAACAAGCTTTGTGACAATCATGAGGAA
s rheMac2.chr3  164149629 146 - 196418989 CACAATCTCTATTCAAGGTCTTTTTTTGAAATTGTTTAGGTCTTGGGCCAGATCTCTCCAAACCTCAGATTAGAAGCTAATGGTGTTCCTTGCCCTGCAATCAGTAGCCACACACATTTAACAAGCTTTGTGACAATCGTGAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210009 146 +  48394510 TGCAATCTCTATTCAAGGTCTTTTTCTGAAATTGTTTAGGTCTTGGGCCAGATCTCTCCAAACCTCAGATTAGAAGCTAATTGTGTTCCTTGCCCCACAATCAGTAGCCACTCACATTTAACAAGCTTTGTGAAAATCATGAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14716691 146 +  46489110 TGCAATCTCTATTCAAGGTCTTTTTCTGAAATTGTTTAGGTCTTGGGCCAGATCTTTCCAAACCTCAGATTAGAAGCTAATTGTGTTCCTTGCCCCACAATCAGTAGCCACTCACATTTAACAAGCTTTGTGACAATCATGAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1084036.000000
s hg19.chr21     15989772 99 +  48129895 AGAGGATGGCCATCCATCTTTATAGTAGTGTTTTTCTGTTATGTGTATTTGGAACTCACTAGGAAAGAACAAGCAAGCTCCATGTTCCACAGTCTATGC
s rheMac2.chr3  164149775 99 - 196418989 AGAGGACAGCCACCCATCTTTGTAGTAGTGCTTTTCTGTTATATATATTTGGAACTTACTAGGAAAGAACAAGAAAGCTCCATGCTCCACAGTCTATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210155 99 +  48394510 AGAGGATGGCCATCCATCTTTGTAGTAGTGTTTTTCTGTTATATATATTTGGAACTCACTAGGAAAGAACAAGCAAGCTCCATGTTCCACCGTCTATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14716837 99 +  46489110 AGAGGATGGCCATCCATCTTTATAGTAGTGTTTTTCTGTTATGTGTATTTGGAACTAACTAGGAAAGAACAAGCAAGCTCCATGTTCCACAGTCTATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=545970.000000
s hg19.chr21     15989871 34 +  48129895 AATCGGGACCAAATATGTCTCAATAGTCAAAATC
s rheMac2.chr3  164149874 34 - 196418989 AATCGGGACCAAATATGTCCTAATAGTCAAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210254 34 +  48394510 AATCAGGACCAAATATGTCTCAATAGTCAAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14716936 34 +  46489110 AATCGGGACCAAATATGTCTCAATAGTCAAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=543046.000000
s hg19.chr21     15989905 49 +  48129895 CATCATCCTGAGTCTCATTAGTTTGTCGTATGGGTTTAGGTAAATCTCT
s rheMac2.chr3  164149908 49 - 196418989 CATCATCCTGAGTCTCATTAGTTTGTCATATGGGTTTAGATAAATCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210288 49 +  48394510 CATCATCCTGAGTCTCATTAGTTTGTCCTATGGGTTTAGATAAATCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14716970 49 +  46489110 CATCACCCTGAGTCTCATTAGTTTGTCGTATGGGTTTAGGTAAATCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=516096.000000
s hg19.chr21     15989954 46 +  48129895 TGGGATTATGAATGTTGCCGTCTTCAAAAT--AGTCTACCTTTTGTGA
s panTro2.chr21  14717019 46 +  46489110 TGGGATTATGAATGTTGCTGTCTTCAAAAT--AGTCTACCTTTTGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210337 46 +  48394510 TGGGATTATGAATGTTGCCCTCTTCAAAAT--AGTCTACCTTTTGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164149957 48 - 196418989 TGGGATTATGAATGTTGCCCTCTTCAAAACAGAGTGTACCTTTTGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-847333.000000
s hg19.chr21     15990000 10 +  48129895 AAATAGACAA
s panTro2.chr21  14717065 10 +  46489110 AAATAGACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210383 10 +  48394510 AAATAGACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150005 10 - 196418989 GAATAGACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=673744.000000
s hg19.chr21     15990010 34 +  48129895 GATTTGCAATAAGGAATATGGGAAACATTCGATA
s panTro2.chr21  14717075 34 +  46489110 GATTTGCAATAAGGAATATGGGAAACATTCGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210393 34 +  48394510 GATTTGCAATAAGGAATATGGGAAACATTCGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150015 34 - 196418989 GATTTGCAATAAGGAATATGGGAAACATTCGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=284728.000000
s hg19.chr21     15990044 41 +  48129895 CCTTTTAATTTTTAATTATTCAAGTCACAGTATTTTGGAAC
s panTro2.chr21  14717109 41 +  46489110 CCTTTTAATTTTTAATTATTCAAGTCACAGTATTTTGGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210427 41 +  48394510 CCTTTTAATTTTTAATTGTTCAAGTCACAGTATTTTGGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150049 41 - 196418989 CCTTTTAATTTTTAATTATTCAAGTCACAGTATTTTGGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=564896.000000
s hg19.chr21     15990085 43 +  48129895 CAACTTCTTATATCAGGATTCCTCTGCCTTTGCTATCAAAGAG
s panTro2.chr21  14717150 43 +  46489110 CAACTTCTTATATCAGGATTCCTCTGCCTTTGCTATCAAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210468 43 +  48394510 CAACTTCTTATATCAGTATTCCTCTGCCTTTGCTATCAAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150090 40 - 196418989 CAA---CTTATATCAGCATTCATCTGCCTTTGCTATCAAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=706040.000000
s hg19.chr21     15990128 63 +  48129895 ATTAATTCCAGATGGCTCACAAAATTTATATGCAATCGAGCAAGAGAGTTTGAATTTGGAAAG
s panTro2.chr21  14717193 63 +  46489110 ATTAATTCCAGATGGCTCACAAAATTTATATGCAATCGAGCAAGAGAGTTTGAATTTGGAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210511 63 +  48394510 ATTAATTCCAGATGGCTCTCAAAATTTATATGCAATTGAGCCAGAGAGTTTGAATCTGGAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150130 63 - 196418989 GTTAATTCCAGATGACTCACAAAATGTATATGCAATTGAGCAAGAGAGTTTGAATCTAGAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=446331.000000
s hg19.chr21     15990191 70 +  48129895 AAGATGTATTACGCAAACATAGTCTCCTGTATCACCTGGGTGAAGCTTTTGTTAATACAATTAGGTATGG
s panTro2.chr21  14717256 70 +  46489110 AAGATGTATTATGCAAACATAGTCTCCTGTATCACCTGGGTGAAGCTTTTGTTAATACAATTAGGTATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210574 70 +  48394510 AAGACGTATTACGCGAACATAGTCTCCTGTATCACCTGGGTGAAGCTTTTGCTAATACAATTAGGTATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150193 70 - 196418989 AAGAAGTATTATGCAAACACAGTCTCCTGTATCACCTGGGTGAAGCTTTTGTTAATACAATTAGCTACGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=942257.000000
s hg19.chr21     15990261 61 +  48129895 GACCCACACAAAGCTTAAACACTTGTAACAGCTGATTGTGGTGAAAGGAACATAATTAGCT
s panTro2.chr21  14717326 61 +  46489110 GACCCACACGAAGCTTAAACACTTGTAACAGCTGATTGTGGTGAAAGGAACATAATTAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210644 61 +  48394510 GATCCACACAAAGCTTAAACACTTGTAACAGCTGATTGTGGTGAAAGGAACATAATTAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150263 61 - 196418989 GACCCACACAAAGCTTAAACACTTGTAACAGCTGATTGTGGTGAGAGGAACATAATTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=759165.000000
s hg19.chr21     15990322 60 +  48129895 TCCGGTTTGAAGTTTGGAGACATCTGGACTGAGATTAAAGTAATTTCCTAAGACCACAAA
s panTro2.chr21  14717387 60 +  46489110 TCCGGTTTGAAGTTTGGAGACATCTGGACTGAGATTAAAGTAATTTCCTAAGACCACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210705 60 +  48394510 TCTGGTTTGAAGTTTGGAGACATCTGGACTGAGATTAAAGTAGTTTCCTAAAACCACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150324 60 - 196418989 TCTGGTTTGAAGTTCGGAGACATCTGGACTGAGATTAAAAGAATTTCCTAAGACCACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=395404.000000
s hg19.chr21     15990382 28 +  48129895 TAGAGATTGGTTACTTTTACTATGTATG
s panTro2.chr21  14717447 28 +  46489110 TAGAGATTGGTTACTTTTACTATGTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210765 28 +  48394510 TAGAGATTGGTTACTTTTACTATGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150384 28 - 196418989 TTGAGATTGGTTACTTTTGCTATGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=775356.000000
s hg19.chr21     15990410 54 +  48129895 TTGTCACAATATTCTCTAGGGACTATCCACTTTGTTCTGGTTTTACTGGAATTG
s panTro2.chr21  14717475 54 +  46489110 TTGTCACAATATTCTCTAGGGACTACCCACTTTTTTCTGGTTTTACTGGAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210793 54 +  48394510 TTGTCACAATATTCTGTAGGGACTATCCACTTCGTTCTGGTTTTACTGGAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150412 54 - 196418989 TTGTCACAATATTCTCTAGGGACTATCCACTTTGTTCTGGTTTTACTGGAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=260712.000000
s hg19.chr21     15990464 24 +  48129895 GGGTCATCCAATTTTTCCTCATGA
s panTro2.chr21  14717529 24 +  46489110 GGGTCATCCAATTTTTCCTCATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210847 24 +  48394510 GGGTCATCCAATTTTTCCTCATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150466 24 - 196418989 GGGTCATCCAATTTTTCCTCATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=587935.000000
s hg19.chr21     15990488 37 +  48129895 TGAATCAGTTTAGGTTTGGGAAATTTTGTTAAAAGAC
s panTro2.chr21  14717553 37 +  46489110 TGAATCAGTTTAGGTTTGGGAAACTTTGTTAAAAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210871 37 +  48394510 TGAATCAGTGTAGGTTTGGGAAATTTTGTTAAAAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150490 37 - 196418989 TGAATCAGTATAGGTTTGGGAAATTTTGTTAAAAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=491564.000000
s hg19.chr21     15990525 20 +  48129895 TTTCTTGTAATGAATATTTT
s panTro2.chr21  14717590 20 +  46489110 TTTCTTGTAATGAATATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210908 20 +  48394510 TTTCTTGTAATGAATATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150527 20 - 196418989 TTTCTTGTAATGAATATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=262215.000000
s hg19.chr21     15990545 30 +  48129895 GGGCAAAAAATTGAGCTGAAACTTCTTTTT
s panTro2.chr21  14717610 30 +  46489110 GGGCAAAAAATTGAGCTGAAACTTCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210928 30 +  48394510 GGGCAAAAAATTAAGCTGAAACTTCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150547 30 - 196418989 GGGCAAAAAATTGAGCTGAAACTTCTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1507167.000000
s hg19.chr21     15990575 78 +  48129895 AATCTCTATTAAGATGAAAGAGTTAATGTATTTCTCCTTAGGCAACCTGCTTCCTACAAGGGTAGGGAGAGTCAGGCA
s rheMac2.chr3  164150577 77 - 196418989 AATCTCTATTAAGATGAAAGAGTTAGTGTAGTTCTCCTTAGGCAACCTGCTTCCTACAA-GGTAGGGAGAGTCAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14210958 78 +  48394510 AATCTCTATTAAGATGAAAGAGTTAATGTAGTTCTCCTTAGGCAACCTGCTTCCTACAAGGGTAGGGAGAGTCAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14717640 78 +  46489110 AATCTCTATTAAGATGAAAGAGTTAATGTATTTCTCCTTAGGCAACCTGCTTCCTACAAGGGTAGGGAGAGTCAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2711144.000000
s hg19.chr21     15990653 131 +  48129895 CATTAAATGTGGGTCTGGAGTGTGATTATATGAGGAAGAGGGATTACTTAAACAGGCCAACATCTACTTAATTAGAATAATAGGTCTATTCCCTCGGTGTTGCCTAGTTGTAGATTACTACTGAACTGGTT
s panTro2.chr21  14717718 131 +  46489110 CATTAAATGTGGGTCTGGAGTGTGATTATATGAGGAAGAGGGATTACTTAAACAGGCCAACATCTACTTAATTAGAATAATAGGTCTATTCCCTCGGTGTTGCCTAGTTGTAGATTACTACTGAACTGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211036 131 +  48394510 CATTAAATGTGGGTCTGGAGTGTGATTATATGAGGAAGAGGGATTACTTAAACAGGCCAACATCTACTTAATTAGAATAATAGGTCTATTCCCTCGGTGTTGTCTAGTTGTAGATTACTACTGAACTGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150654 131 - 196418989 CATTAAATGTGGGTCTGGAGTGTGATTATGTGAGGAACAGGGATTACTTAAACAGGCCAACATCTACTTAATTAGAATAATAGGTCTATTCCCTTGGTGTTGCCTAGTTGTAGATTACTATTGAACTGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1156405.000000
s hg19.chr21     15990784 69 +  48129895 AAGCAATTTTTAGTACTGCTTATACCAGACTCAAAGCAGCTGTGGAAAATGTAAATGACTTTCAATTCT
s panTro2.chr21  14717849 69 +  46489110 AAGCAATTTTTAGTACTGCTTATACCAGACTCAAAGCAGCTGTGGAAAATGTAAATGGCTTTCAATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211167 69 +  48394510 AAGCAATTTTTAGTACTGTTTATACCAGACTCAAAGCAGCTGTGGAAAATGTAAATGGCTTTCAATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150785 69 - 196418989 AAGCAATTTTTAGTACTGCTTATACCAGACTCAAAGCAGCTGTGGAAAATGTAAATGGCTTTCAATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2247579.000000
s hg19.chr21     15990853 119 +  48129895 GACTGCTGCTTACATAAGCAGACTGTCACGTATATTGGAGTTCACACCCTGGGTACTTTATTCCTAGAGGGGCAAGTCAAAGAAAGACTACATACACTTTTATTTTTAGAACCACAGCt
s panTro2.chr21  14717918 119 +  46489110 GACTGCTGCTTACATAAGCAGACTGTCACGTATATTGGAGTTCACACCCTGGGTACTTTATTCCTAGAGGGGCAAGTCAAAGAAAGACTACATACACTTTTATTTTTAGAACCACAGCt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211236 119 +  48394510 GACTACTGCTTACATAAGCAGACTGTCACGTACATTGGAGTTCATACCCTGGGTACTTTATTCCTAGAGGGGCAAGTCAAAGAAAGACCACATACAGTTTTATTTTTAGAACCACAGCt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164150854 119 - 196418989 GACTGCTGCGTACATAAGCAGACTGTCACGTACATTGGAGTTCATACCCTGGGTACTTTATTCCTAGAGGGGCAAGTCAAAGAAAGACTACATGCAGTTTTATTTTTAGAACCACAGCt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=56922.000000
s hg19.chr21     15990972 47 +  48129895 gtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcg
s rheMac2.chr3  164150973 26 - 196418989 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt---------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211355 16 +  48394510 gtgtatatatgtgtgt-------------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14718037 24 +  46489110 gtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgt-----------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-298037.000000
s hg19.chr21     15991019 28 +  48129895 cgcgcacgcgcgtgtgtgtgtgtgtgtg
s rheMac2.chr3  164150999 17 - 196418989 -----------gtgtgtgtttgtgtgtA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211371 17 +  48394510 -----------gtgtgtgtgtgtgtgcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14718061 17 +  46489110 -----------gtgtgtgtgtgtgtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=700142.000000
s hg19.chr21     15991047 46 +  48129895 tTCTACTCTGAATTCCAAAAGAAAGATACCACTTTGGAGAGTTATT
s panTro2.chr21  14718078 46 +  46489110 tTCTACTCTGAATTCCAAAAGAAAGATACCACTTTGGAGAGTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211388 46 +  48394510 tTCTACTCTGAATTCCAAAAGGAAGATACCACTTCAGAGGGTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151016 46 - 196418989 TTCTACTCTGAATTCCAAAAGGAAGATACCACTTCAGAGAGTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1112944.000000
s hg19.chr21     15991093 46 +  48129895 TCAGTGAAA-AAATGTCTAGTCCTTTAATTTGACATTTGCCATGAAT
s panTro2.chr21  14718124 46 +  46489110 TCAGTGAAA-AAATGTCTAGTCCTTTAATTTGACATTTGCCATGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211434 46 +  48394510 TCAGTGAAA-AAATGTCTAGTCCTTTAATTTGACATTTGCCATGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151062 40 - 196418989 TCAGTGAAATGAAGGTCTAGTCCATTA-------ATTTGCCATGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=671334.000000
s hg19.chr21     15991139 38 +  48129895 GCTGGGTAAAACTTACTCCTGTTAGCCTTCACTTCAGT
s panTro2.chr21  14718170 38 +  46489110 GCTGGGTAAAACTTACTCCTGTTAGCCTTCAATTCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211480 38 +  48394510 ACTGGGTAAAACTTACTCCTGTTAGCCTTCACTTCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151102 38 - 196418989 ACCGGGTAAAACTTATTCCTGTTAGCCTTCACTTCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2777965.000000
s hg19.chr21     15991177 164 +  48129895 ATCCCCTAAGTTAGGCAGTAATAATTCTTCTTACCTTTCATTCACTAGGGAATGTGTGGCTTAATTTTATTTTTCTCCCTAGCAATTGTTAGAAAATAAAAAATGAAATGTAGAAAAATTATTACAAATGAACCAACAGAAACTAAGAAACATTTCCAAGCTAT
s panTro2.chr21  14718208 164 +  46489110 ATCCCCTAAGTTAGGCAGTAATCATTCTTCTTACCTTCCATTCACTAGGGAATGTGTGGCTTAATTTTATTTTTCTCCCTAGCAATTGTTAGAAAATAAAAAATGAAATGTAGAAAAATTATTACAAATGAACCAACAGAAACTAAGAAACATTTCCAAGCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211518 163 +  48394510 ATCCCCTAAGTTAGGCAGTAATCATTCTTCTTACCTTTCATTCACTAGGGAATGTGTGGCTTAATTTTATTTTTCTCCCTAGCAATTGTTAGAAAAT-AAAAATGAAATGTAGAAAAATTATTACAAATAAACCAACAGAAACTAAGAAACATTTCCAAGCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151140 163 - 196418989 A-CCCCTAAGTTAGGCAGTAATCATTTGTCTTACCTTTCATTCACTAGGGAATGTGTGGCTTAATTTTATTTTTCTCCCTAGCAATTGTTTGAAATTAAAAAGTGAAATGTAAAAAAATTATTACAAATGAACCAATAGAAACTAAGAAACATTTCCAGGCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=337214.000000
s hg19.chr21     15991341 30 +  48129895 GTTATTTTTAAGGTAAATGAGGGTAGACTC
s panTro2.chr21  14718372 30 +  46489110 GTTATTTTTAAGGTAAATGAGGGTAGACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211681 30 +  48394510 GTTATTTTTAAGGTAAATGAGGGTAGACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151303 30 - 196418989 GTTATTTTTAAGGTAAATGAAGGAAGGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=344613.000000
s hg19.chr21     15991371 21 +  48129895 TAACAGCAAAGCACTTCCGTA
s panTro2.chr21  14718402 21 +  46489110 TAAGAGCAAAGCACTTCCGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211711 21 +  48394510 TAAGAGCAAAGCACTTCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151333 21 - 196418989 TAAGAGCAAAGCACTTTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-286212.000000
s hg19.chr21     15991392 32 +  48129895 TATAAAATTAGGTCAAAGTTTTAAAAAATAGA
s panTro2.chr21  14718423 32 +  46489110 TATAAAATTAGGTCAAAGTTTTAAAAAATAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211732 32 +  48394510 TATAAAATTAGGTCAAAGTTTTAACAAATAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151354 32 - 196418989 TATAAAATTAGGTCAAAGTTTTAAAAAATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=884010.000000
s hg19.chr21     15991424 68 +  48129895 AAGAGAAGATGTACCTTAAAAGAACAGATAAATTGTAGATATCAAATATATTTCTATTCTCATGCAGA
s panTro2.chr21  14718455 68 +  46489110 AAGAGAAGATGTACCTTAAAAGAACAGATAAATTGTAGATATCAAATATATTTCTATTCTCATGCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211764 68 +  48394510 AAGAGAAGATGTACCTTAAAAGAACAGATAAAGTGTAGATATCAAATATATTTCTATTCTCATGCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151386 68 - 196418989 AAGAGAAGATGTACCTTAAAAGAACAGATAAATTGTAGATATCAAATATATTTCTATTCTCATGCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=950080.000000
s hg19.chr21     15991492 54 +  48129895 GGTTACAGATGACTATCCTTTGGGATTCAGACTAATATGTGCCTGTTTCTTGCT
s panTro2.chr21  14718523 54 +  46489110 GGTTACAGATGACTATCCTTTGGGATTCAGCCTAATATGTGCCTGTTTCTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211832 54 +  48394510 GGTTACAGATGACTATCCTTTGGGATTGAGCCTAATATGTGCCTGTTTCTTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151454 54 - 196418989 GGTTACAGATGACTATCCTTTGGGATTGAGCCTAATATGTGCCTGTTTCTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=903298.000000
s hg19.chr21     15991546 36 +  48129895 TTATTGCTTTGTAAACCTCACTTTCAAATTACAAAG
s rheMac2.chr3  164151508 36 - 196418989 TTATTGGTTTTTAAACCTCACTTTCAAATTACAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211886 36 +  48394510 TTATTGGTTTGTAAACCTCACTTTCAAATTACAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14718577 36 +  46489110 TTATTGCTTTGTAAACCTCACTTTCAAATTACAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1875740.000000
s hg19.chr21     15991582 92 +  48129895 TCAAAAGGAAAAATGTAAATATGTCAGGAGTTGTTGTTGCCTAGCTAATGGAAATGGGAAAGATGATTCTGTACCAGAGAAAACTGATTGGC
s rheMac2.chr3  164151544 89 - 196418989 TCAAAAGGAAAAATATGAATATGTCAGGA---GTTGTTGCCTAGCTAACGGAAATGTGAAAGGTGATTCTGCACCAGAGAAAACTGATTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14211922 92 +  48394510 TCAAAAGGAAAAATGTAAATATGTCAGGAGTTGTTGTTGCCTAGCTAATGGAAATGTGAAAGGTGATTCTGTACCAGAGAAAACTGATTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14718613 92 +  46489110 TCAAAAGGAAAAATGTAAATATGTCAGGAGTTGTTGTTGCCTAGCTAATGGAAATGGGAAAGATGATTCTGTACCAGAGAAAACTGATTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1102527.000000
s hg19.chr21     15991674 49 +  48129895 AGCAATTGATGATGTAAATCCCATGGTGAATTTTTAGGACTGTAGAGCT
s panTro2.chr21  14718705 49 +  46489110 AGCAATTGATGATGTAAATCCCATGGTGAATTTTTAGGACTGTAGAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14212014 49 +  48394510 AGTAGTTGATGATGTAAATCCCATGGTGAATTTTTAGGACTGTAGAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151633 49 - 196418989 AGTAATCGATGATGCAAATCCCATGGTGAATTTTTAAGACTGTAGAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1294469.000000
s hg19.chr21     15991723 75 +  48129895 GATGCAAACTTTGACTTGAAAATGAAAAAATTGAGGCTCAAAATGATAAATGGACTCATTTACGATCAAGCATAT
s panTro2.chr21  14718754 75 +  46489110 GATGCAAACTTTGACTTGAAAATGAAAAAATTGAGGCTCAAAATGATAAATGGACTCATTTAGGATCAAGCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14212063 73 +  48394510 GATGCAAACTTTGATTTGAAAATGAAAAAATTGAGGCTCAAAATGATAAATGGACTC--TTAGGATCAAGCATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164151682 75 - 196418989 GATGCAAACTTTGATTTGAAAATGAAAAACTTGAGGCTCAAAATGATAAATGGACTCATTTAGGATCAAGCATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=17589.000000
s hg19.chr21     15991798 38 +  48129895 AGTGCTTTACCTTAACTAAATACTGGTGGATTTAAAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8289
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s panTro2.chr21  14720725  222 +  46489110 accagggaatcctctttcctagccaagggaagctgtgacagatggcacctggaaaatcgggtcactcccaccctaatactgcacttttccaacagtcttagcaaacggcactccaggagattatatcccacacctggctcagaggatcccatgcccatggagcctcactcattgctagcacagcagtctgagatcgaactgcaaggtggcagagaggctggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459    0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14214059 8289 +  48394510 I

a score=430511.000000
s hg19.chr21     15993915 4676 +  48129895  
s panTro2.chr21  14720947 4695 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459    0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14214059 8289 +  48394510 I

a score=33209.000000
s hg19.chr21     15998591  122 +  48129895 tgacaactgggatctaattaaactaaagagcttttgcacagcaaaagaaactaccatcagagtgaacaggcaacctatagagtgggagaaaatttttgcaatctactcatctgacaaagggc
s panTro2.chr21  14725642  122 +  46489110 tgacaagtgggatctaattaaactaaagagcttttgcacagcaaaagaaactaccatcagagtgaacaggaaacctatagaatgggagaaaatttttgcaatctactcatctgacaaagggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459    0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14214059 8289 +  48394510 I

a score=498227.000000
s hg19.chr21     15998713 959 +  48129895  
s ponAbe2.chr21  14222348 972 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 I 8289 C 0
s panTro2.chr21  14725764 963 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459   0 - 196418989 C

a score=95195.000000
s hg19.chr21     15999672 346 +  48129895 CCCCAATAAAAGTCATATAAACATTTAGTCTTCCAAAATTTTTCACCAAATTTTACTTCCTCATAGACTCCTGGAAAACAAAAGGACTCTCTTGTTCTCTGAATACTCTCCATCCTTGCCTCAATTTAGATATGCTCAAGATGGAAGCACTCAGAGTGTGACTTGATCTGACTCCAAACTGATCTAGAATTGAAGGCTGTTAGGAAGACTATTCTCACACATACTTGTACTTTGAAAGGTGGTTCTACAAATTGTCTGGAGGCCCATGGCCAATATCAACAGGGTTTTGTGAGGAAAGAGATCCCCCTAGTAGCAGTGAGCATTGTCATGCACAGCATGAATGCTC
s ponAbe2.chr21  14223320 346 +  48394510 CACCAATAAAAGTCATATGAACATTTAGTCTTCCAAAATTTTTCACCAAATTTTACTTCCTCATAGACTCCTGGAAAACAAAAGGACTCTCTTGTTCTCTGAATACACTCCATCCTTGCCTCAATTTAGATATGCTCAAGGTGGAAGCACTCAGAGTGTGGCTTGATCTGACTCCAAACTGATCTAGAATTGAAGGCTGTTAGGGAGACTATTCTCACACATACTTGTACTTTGAAAGGTGGCTCTACAAATTGTCTGGAGGCCCATGGCCAATATCAACAGGGCTTTGTGAGGAAAGAGATCCCCCTAGTAGCAGTGAGCATCGTCATGCACAGCATGGATGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14726727 346 +  46489110 CCCCAATAAAAGTCATATAAACATTTAGTCTTCCAAAATTTTTCACCAAATTTTACTTCCTCATAGACTCCTGGAAAACAAAAGGACTCTCTTGTTCTCTGAATACTCTCCATCCTTGCCTCGATTTAGATATGCTCAAGATGGAAGCACTCAGAGTGTGGCTTGATCTGACTCCAAACTGATCTAGAATTGAAGGCTGTTAGGAAGACTATTCTCACACATACTTGTACTTTGAAAGGTGGTTCTACAAATTGTCTGGAGGCCCATGGCCAATATCAACAGGGTTTTGTGAGGAAAGAGATCCCCCTAGTAGCAGTGAGCATTGTCATGCACAGCATGAATGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459   0 - 196418989 C

a score=230119.000000
s hg19.chr21     16000018 433 +  48129895 AATAAATGTACTAAATTGAACTAAAATTTTTAACAAATATGAGGATACACTAACATCAAATCAAAAAC-AAAAAAAAGTAAAATGATGCTGCGAGCTTCTCAGGGCATAATTAATAGAAAGCTATTTCATATTATCTTCTTAAGGCTAAAGGAAGCATTTTGGGAGTTAACTACGAGGATAAGTGATTCTAGGAAATGTGATACAGAAAAGGGGTTTGTGTTCCTGAGACTTCTCCCTTGTCTGGGGAGCACCATTTCTCCTTCCATGTTGAATATCCTCACCCAAAAAGTGAGACAAAGTTTGCTCTAGTCCAGCAATAGACAGGATGGTACCAGGAGCTGAAATTATTTTTATAGTAATAGAAAGAAATTTCTGCAATAAGACTTAAAAATATCAATTAAAACAAAGACAAATATACACGATGAAACACAAC
s ponAbe2.chr21  14223666 433 +  48394510 AATAAATGTACCAAATTGAACTAAAATTTTTAACAAATATGAGGATACACTAACATAAAATCAAAAAC-AAAAAAAAGTAAAATGATGCTGTGAGCTTATCAGGGCATGATTAATAGAAAACTATTTCATGTTATATTCTTAAGGCTAAAGGAGGCATTTTGGAAGTTAACTACGAGGATAAGTGATTCTGGGAAATGTGATACAGAAAAGGGGTTTGTGTCCCTGAGACTTCTCCCTTGTCTGGGGAGCACCATTTCTCCTTCCATGTTGAATATCCTCTCCCAAAAAGTGAGACAAACTTTGCTCTAGTCCAGCAATAGACAGGATGGTACCAGGAGCTGAAATTATTTTTATAGGAATAGAAAGAAATTTCTGCAATAAGACTTAAAAATATCAATTAAAACAAAGACAAATATACAAGATGAAACACAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14727073 434 +  46489110 AATAAATGTACTAAATTGAACTAAAATTTTTAACAAATATGAGGATACACTAACATCGAATCAAAAACAAAAAAAAAGTAAAATGATGCTGCGAGCTTATCAGGGCATAATTAATAGAAAGCTATTTCATATTATCTTCTTAAGGCTAAAGGAAGCATTTTGGGAGTTAACTACGAGGATAAGTGATTCTAGGAAATGTGATACAGAAAAGGGGTTTGTGTTCCTGAGAATTCTCCCTTGTCTGGGGAGCACCATTTCTCCTTCCATGTTGAATATTCTCACCCAAAAAGTGAGACAAAGTTTGCTCTAGTCCAGCAATAGACAGGATGGTACCAGGAGCTGAAATTATTTTTATAGGAATAGAAAGAAATTTCTGCAATCAGACTTAAAAATATCAATTAAAACAAAGACAAATATACACGATGAAACACAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459   0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224099 24 +  48394510 AGCAACCAATCAATGGGCTAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459  0 - 196418989 C

a score=135260.000000
s hg19.chr21     16000475 255 +  48129895 ATTAAAATCATttcattaaaggttacaaattatgctggatagaaagaataacttctagtgttccatagaactataggatgattaacaataatatattatagtttcaaatagctaaaataaggatgttgagtgttaccaacccaaagaaatgatatttgagatgatggacgtgctacttactctgatctgatcactatacatgatatatattgaaataccactgtatactccccaaatatgtacaattattgtgtc
s ponAbe2.chr21  14224123 255 +  48394510 ATTAAAATCATttcattaaaggttacaaattatgccggatagaaagaataacttctagtgttccacagaactataggatgattaacaataatatattatagtttcaaatacctaaaataaagatgttgagtgttatcaacacaaagaaatgatatttgagatgatggacatgctacttactctgatctgatcactatacatgatacatattgaaacaccactgtataatccccaaatatgtacaattattgtgtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14727531 255 +  46489110 ATTAAAATCATttcattaaaggttacaaattatgctggatagaaagaataccttctagtgttccatagaactataggatgattaacaataatatattatagtttcaaatagctaaaataaggatgttgagtgttaccaacccaaagaaatgatatttgagatgatggacgtgctacttactctgatctgatcactatacatgatatatattgaaataccactgtatactccccaaatatgtacaattattgtgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459   0 - 196418989 C

a score=19838.000000
s hg19.chr21     16000730 42 +  48129895 aactaaaaTATGaaataataaaataaaacaattttaaaatta
s panTro2.chr21  14727786 42 +  46489110 aactaaaaTATGaaataataaaataaaacaattttaaaatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224378 38 +  48394510 aactaaaaTATGa---aataaaataaaacaattttaaaa-ta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164153459  0 - 196418989 C

a score=439251.000000
s hg19.chr21     16000772 122 +  48129895 aaaaaaGAAAAAGTTCATAGAC-TAATTTTTCAGTGTATCTAAGGCAATC----------------------------------------------------AGAGAGATGAAAAAATATATATTGAGCTACCAACTGTATTTTCAAAACGAGAAGATTTATG-TGACTGGTAACA
s rheMac2.chr3  164153459 113 - 196418989 ---------AAAGTTAATAGAC-TAATTTTTCAGTGTGTCTAAGGCAATC----------------------------------------------------AGAAAGATGAAAAAATACATATTGAACTATCAACTGTATTCTCAAAACAAGAAGATTTATG-TGACCAGTAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14727828 123 +  46489110 aaaaaaGAAAAAGTTCATAGTC-TAATTTTTCAGTGTATCTAAGGCAATC----------------------------------------------------AGAGAGATGAAAAAATATATATTGAGCTACCAACTGTATTCTCAAAACGTGAAGATTTATGTTGACTGGTAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224416 172 +  48394510 aaaaaaGAAAAAGTTAATAGACTTAATTTTTCAGTGCATCTAAGGCAATCAGAAAGATGAAAAAATATATATTGAGCCATGATCAGTGCATCTAAGGCAATCAGAAAGATGAAAAAATATATATTGAGCCATGAACTGTATTCTCAAAAC---AAGATTTATG-TGACTGGTAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=59653.000000
s hg19.chr21     16000894 17 +  48129895 AGTCATCACAAATGTGA
s panTro2.chr21  14727951 17 +  46489110 AGTCATCACAAATGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224588 17 +  48394510 AGTGATCACAAATGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164153572 17 - 196418989 AATGATCACAAATGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59672.000000
s hg19.chr21     16000911 19 +  48129895 AAAAGTCCTACTGCCTTCC
s panTro2.chr21  14727968 19 +  46489110 AAAAGTCCTACTGCCTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164153589 19 - 196418989 AGAAGTCCTACTGCCTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=945356.000000
s hg19.chr21     16000930 100 +  48129895 TCCATACCTGATTGCAAATGAATGGAAAAATTCCAGTGACAGAAAAGTCTCCCAAGTTATGAATGAGATCACTTTGGCAAAGGGGAATGTTGGTAAATGT
s panTro2.chr21  14727987 100 +  46489110 TCCATACCTGATTGCAAATGAATGGAAAAATTCCAGTGACAGAAAAGTCTCCCAAGTTATGAATGAGATCACTTTGGCAAAGGGGAATGTTGGTAAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224624 100 +  48394510 TCTATACCTGATTGCAAATGTATGGAAAAAATCCAATGAAGGAGAAATCTCCCAAGTTATGAATGAGATCACTATGGCAAAGGGGAATGTTGGTAAATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164153608 100 - 196418989 TCCATACCTGATTGCAAATGTATGGAAAAAATCCAATGAAGGAGAAGTCTCCCAAGTTATGAATGAGATCACTACGGCAAAGGGGAATGTTGGTAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=295302.000000
s hg19.chr21     16001030 31 +  48129895 CAGAGCCCAGTCAGTTAAAAAGCAAGTTA-CT
s rheMac2.chr3  164153708 31 - 196418989 CAGAGCCCAGTCAGTTAAAAAGCAGGTTA-AT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224724 32 +  48394510 CAGAGCCCAGTCAGTTAAAAAGCAAGTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14728087 31 +  46489110 CAGAGCCCAGTCAGTTAAAAAGCAAGTTA-CT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-971.000000
s hg19.chr21     16001061 28 +  48129895 AAGAATGACAAGGATAAAATCCTATCCT
s panTro2.chr21  14728118 28 +  46489110 AAGAATGACAAGGATAAAATCCTATCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224756 28 +  48394510 AAGAATGACAAGGATAAAAACCTATCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164153739 28 - 196418989 AAGAACAACAAGGATAAAATCCTATCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=473235.000000
s hg19.chr21     16001089 60 +  48129895 TTTTGTGATTTCTTGA------TTTTACA------CATTTGCAGAATAATAACGGTGGAATACATACAgtat
s panTro2.chr21  14728146 60 +  46489110 TTTTGTGATTTCTTGA------TTTTACA------CATTTGCAGAATAATAACGGTGGAATACATACAgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224784 60 +  48394510 TTTTGTGATTTCTTGA------TTTTACA------CGTCTGCAGAATAATAACGGTGGAATACATACAgtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164153767 72 - 196418989 TTTTGTGATTTCTTGATTTTTTTTTTGCAGAATATTATTTGCAGAATAATAACAGTGGAATACATACAgtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409484.000000
s hg19.chr21     16001149 27 +  48129895 caagcatagttctaaatgctttttgtg
s panTro2.chr21  14728206 27 +  46489110 caagcatagttctaaatgctttttgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224844 27 +  48394510 caagcatagttctaaatgctttttgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164153839 27 - 196418989 caagcatagttctaaatgctttatgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=579038.000000
s hg19.chr21     16001176 80 +  48129895 tagtaattaatttaatcctcacaacaatctgtagggttgatactattacaattaacctcaatttataggtaaatttatag
s panTro2.chr21  14728233 80 +  46489110 tagtaattaatttaatcctcacaacaatctgtagggttgatactgttacaattaacctcaatttataggtaaatttatag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224871 80 +  48394510 tagtaattaatttaatactcacaacaatctgtagggttgacactattacaattaacctcaatttatagataaatttatag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164153866 68 - 196418989 tagtaattaatttaatcctcacaacaatctgtaggattgatactattacaattaacctcaatttatag------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=697514.000000
s hg19.chr21     16001256 67 +  48129895 atgggtaaacagaggcacagagcagtcaacattcttgcctaagctcacacaactagtaagtgataaa
s panTro2.chr21  14728313 67 +  46489110 atgggtaaacagaggcacagagcagtcaacattcttgcctaagctcatacaactagtaagtgataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14224951 67 +  48394510 atgggtgaacagaggcacagagcagtcaacattcttgcctaagctcacacaactagtaagtgataaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164153934 67 - 196418989 ataggtaaacagagacacagagcagtcaatattcttgcctaagctcacacaactagtaagtgataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100332.000000
s hg19.chr21     16001323 18 +  48129895 actagggttTTGTGCGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164154001 18 - 196418989 actagggttTTGTGCGTG
i rheMac2.chr3  C 0 I 479

a score=374484.000000
s hg19.chr21     16001341 34 +  48129895 GTGTCTTCACTACTACCTGATACTACTTCTATGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164154498 34 - 196418989 GTGTCTTCACTACTTCCTGATACTACTTCTATGC
i rheMac2.chr3  I 479 C 0

a score=918550.000000
s hg19.chr21     16001375 80 +  48129895 TTGACGGCATAGATCCAAAATCTACTGATCATCTAGGTCAGAAATTTCACAAAGAAGCACTATTAGCCAGAAGGGAGATT
s panTro2.chr21  14728432 80 +  46489110 TTGACGGCATAGATACAAAATCTACTGATCATCTAGGTCAGAAATTTCACAAAGAAGCACTATTAGCCAGAAGGGAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164154532 80 - 196418989 TTGACGGCATAGATACAAAATCTACCTATCATCTAGGTCAGAAATTTCACAAAGAAGCGCTATTGGCCAGAAGGGAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301526.000000
s hg19.chr21     16001455 43 +  48129895 AGCTACAAAAATGCAGAGAAATGTAATACCACATGTCACTACT
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s hg19.chr21     16001498 45 +  48129895 AAATAA----CTCAGAAAGAACACCCTTCTTCAAGCCCTAATACTAATA
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a score=585436.000000
s hg19.chr21     16001543 56 +  48129895 ATTTAGTACTATTTGAAGACAAGTGTGTAAACAGCACACTGATGTGTTTTAAAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14225748 59 +  48394510 TTTGTCTACTAGTATGCGAAGAGAGCTTTATATCAATCCTAAAGCAACAAACTCTTCTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164155277 112 - 196418989 AGAGCACTATAAATATCCAGGATGGCAAAACAGGTTACCTAGGGGATGGCTATTTGCATTATAAAAGATTCCTCCTTTTCAAAAAGATTCCCTTCCAGATGTCTTAAAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14226069 48 +  48394510 AAGCCAAGCAAACTTGCAAAAAAATGTGATAGGAAATCCGATGGGTAA
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a score=1308993.000000
s hg19.chr21     16002419  84 +  48129895 AAATGTCAAATTCCATCTTTGCAATGGAAAAGCACTGAACTGGTACC-----------------CCAGAACCTGGCTTGCTCTCCCAGGGCTGCTACTAAA
s panTro2.chr21  14729472  84 +  46489110 AAATGTCAAATTCCATCTTTGCAATGGAAAAGCACTGAACTGGTACC-----------------CCAGAACCTGGCTTGCTCTCCCAGGGCTGCTACTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164155587 101 - 196418989 AAATGTCAAATTCCATCTTTGCAATGGAAAAGCACTGAACTGGTACCCCAGAACCTGGCTTGTTCCAGAACCTGGCTTGCTCTCCCAGGGCTGCTACTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=250081.000000
s hg19.chr21     16002503 17 +  48129895 CTGGACAAGACCCAGGA
s panTro2.chr21  14729556 17 +  46489110 CTGGACAAGACCCAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14226201 17 +  48394510 CTGGACAAGACCCAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164155688 17 - 196418989 CTGGGCAAGACCCAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-97975.000000
s hg19.chr21     16002520 28 +  48129895 ACCCACCCACAGCTCAATCAGGTGTCCA
s panTro2.chr21  14729573 28 +  46489110 ACCCACCCACAGCTCAATCAGGTGTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14226218 28 +  48394510 ACCCACCCAGAGCTCGATCAGGTGTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164155705 28 - 196418989 ACCCTCTCAGAGCTCAATCAGGTATCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1257219.000000
s hg19.chr21     16002548 103 +  48129895 TGTATAAAACGAAGGCTGATGAACAGGAACTTTAAAATCCCTTTCTGTAGAAACAATCCATGCTTCCTGATCTATAGTAGTTCGGTCCAATGTCAGTAGTGAT
s panTro2.chr21  14729601 103 +  46489110 TGTATAAAACGAAGGCTGATGAACAGGAACTTTAAAATCCCTTTCTGTAGAAACAATCCATGCTTCCTGATCTATAGTAGTTCGGTCCAATGTCAGTAGTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14226246 103 +  48394510 TGCATAAAACGAAGGCTGATGAACAGGAACTTTAAAATCCCTTTCTGTAGAAACAATCCATGCTTCCTGATCTATAGTAGTTCAGTCCAATGTCAGTAGTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164155733 103 - 196418989 TGTATAAAACCAAGGCTGATGAACAAGAATTTTAAAATCCCTTTCTGTAGAAACAATCCATGGTTCCTGATCTATAGTAGTTCAGTCCAATGTCAGTAGTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5075412.000000
s hg19.chr21     16002651 202 +  48129895 GACAAATGCTTTTAAGAGAAAATTAAAGTAGGAATGGGCTTTTTTGCTTTACAGCTTTTTTTTTTTTTAGAGATGATTAAAGAGATAACCATGGCTTTCATCAGATTCAATTAGTAGTTCTCCTGTAAGCCTAGGAAATAAAAAAAAGAACAGAGCACAATTAACCTTCATCTATTGATTTCATTTTATTTTAACATAAGTC
s rheMac2.chr3  164155836 197 - 196418989 GACAAATGCTTTTAAGAGAAAATTAAAGTAGGAATGGGCTTTTTTGCTTTACAGC---TTTTTTTTTTAA--ATGATTAAAGAGATAACCATGGCTTTCATCAGATTCAATTAGTAGTTCTCCCGTAAGCCTAGGAAATAAAAAAAAGAACAGAGCACAATTAACCTTAATCTATTGATTTCATTTTATTTTAACATAAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14226349 200 +  48394510 GACAAATGCTTTTAAGAGAAAATTAAAGTAGGAACGGGCTTTTTTGCTTTACAGC-TTTTTTTTTTTTAAAGATGATTAAAGAGATAACCATGGCTTTCATCAGATTCAATTAGTAGTTCTCCTGTAAGCCTAGGAAAT-AAAAAAAGAACAGAGCACAATTAACCTTAATCTATTGATTTCATTTTATTTTAACATAAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14729704 198 +  46489110 GACAAATGCTTTTAAGAGAAAATTAAAGTAGGAATGGGCTTTTTTGCTTTACAGC----TTTTTTTTAAGAGATGATTAAAGAGATAACCATGGCTTTCATCAGATTCAATTAGTAGTTCTCCCGTAAGCCTAGGAAATAAAAAAAAGAACAGAGCACAATTAACCTTCATCTATTGATTTCATTTTATTTTAACATAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2816213.000000
s hg19.chr21     16002853 169 +  48129895 TCTATTTACGGGACGAAACCAATTAAAACTACCAAAAGGTGTTCATATGTGAATTGGTGGCAGAAGAACAGCTGTATGTAATCATAGATATAACAGGAAACAATAAAAATGAAAGAAAAGTGCAGTCTTTTTAGTCAACGTAATCTGTGTTTTACATATTGGCTTGTTA
s panTro2.chr21  14729902 169 +  46489110 TCTATTTACGGGAGGAAACCAATTAAAACTACCAAAAGGTGTTCATATGTGAATTGGTGGCAGAAGAACAGCTGTATGTAATCATAGATATAAGAGGCAACAATAAAAATGAAAGAAAAGTGCAGTCTTTTTAGTCAGCGTAATCTGTGTTTTACATATTGGCTTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14226549 169 +  48394510 TCTATTTATGGGAGGAAACCAATTAAAACTACCAAAAGGTGTTCATATGTGAATTGGTGGCAGAAGAACAGCTGTATGTAATCATAGATATAACAGGAAACAATAAAAATGAAAGAAAAGTGCAGTCTTTTTAGTCAACGTAATCTATGTTTTACATATTGGCTTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164156033 169 - 196418989 TCTATTTACGGGAGGAAACCAATTAAAACTACCAAAAGGTGTTCATGTATGAATTGGTGGCAGAAGAACAGCTGTATGTAATCATAGATATAACAGGAAACAATAAAAATGAAGGAAAAGTGCAGCCTTTTTAGTCAACATAATCTATGTTTTACATATTGGCTTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1164124.000000
s hg19.chr21     16003022 53 +  48129895 TGAGTCATTACACAATCTCAAAGTCAAGGAAAAGATTACGTGCACTGTTTTGA
s panTro2.chr21  14730071 53 +  46489110 TGAGTCATTACACAATCTCAAAGTCAAGGAAAGGATTACGTGCACTGTTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14226718 53 +  48394510 TGAGACATTATACAATCTCAAAGTCAAGGAAAGGATTATGTGCACTGTTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164156202 53 - 196418989 TGAGTCATTATACAATCTCAAAGTCAAGAAAAGGATTACGTGCACTGTTTTGA
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a score=850422.000000
s hg19.chr21     16003075 37 +  48129895 CATTGACTCCTCTTGTCCATAGTTTGATGAAGACCTA
s panTro2.chr21  14730124 37 +  46489110 CATTGACTCCTCTTGTCCATAGTTTGATGAAGACCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14226771 37 +  48394510 CATTGACTCCTCTTGTCCATAGTTTGATGAAGACCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164156255 37 - 196418989 CATTGACTCCTCTTGTTCATAGTTTGATGAAGACCTA
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a score=1375083.000000
s hg19.chr21     16003112 56 +  48129895 GCTGATGGATGCCATTGTTAATCTCATTTTCTTCCTTTAGTGTCTATGTTATTAAT
s panTro2.chr21  14730161 56 +  46489110 GCTGATGGATGCCATTGTTAATCTCATTTTCTTCCTTTAGTGTCTATGTTATTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14226808 56 +  48394510 GCTGATGGATGCCATTGTTAATCTCATTTTCTTCCTTTAGTGTCTATGTTATTAAT
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s rheMac2.chr3  164156292 56 - 196418989 GCTGATGGATGCCATTGTTAATCTCATTTTCTTCCTTCAGTGTCTATATTATTAAT
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a score=226989.000000
s hg19.chr21     16003168 10 +  48129895 AGCTATGTCA
s panTro2.chr21  14730217 10 +  46489110 AGCTATGTCA
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s ponAbe2.chr21  14226864 10 +  48394510 AGCTGTGTCA
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a score=1538219.000000
s hg19.chr21     16003178 87 +  48129895 ATGTTGATGATAATATAAGACAGAACAAAAAACTCTCAATTTTAATAGTTTAAGCCAAGTAAGAAATGCAGTTAAGTGGTTAGAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164157023 67 - 196418989 ctgggattacaggtgcccaccaccacacctggctaattttttgtatttttaatagagacagggtttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 31 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14731574 156 +  46489110 AATCTTTGGTGGCTGGTTTATGCTGTGCCTTCTCGGTGTAATCCCTGCAAGCTTAGAGTATGTGTTTTGAGTTCCCAATAATTCTGGGCTCTCTATAACCTGTAGTATATTCCTTTCTGCTTAAATTGACTAGCATTCATTTGTATATCTGCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14229821 57 +  48394510 AAATGTTGATGAGTAAGTATATAAAAAATTAAACTCAGATTTTTAAAATATTTAGTT--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164159435 57 - 196418989 AAATGTTGATGAGTAAGTATATAAAAAATTAAACTTGGatttttaaagtatttaatt--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14733416 1203 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14229878 1205 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164159492 1208 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75688.000000
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s panTro2.chr21  14734619 63 +  46489110 ataggtgcagcaaaacaccatgacacacatatacctatgtaacaaccctgcatgtcctgcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14734682 41 +  46489110 tgtatcccagaacttaaagtgaaaaaaat------------ttaaaaggaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164160763 35 - 196418989 tgtatcccggaacttaaagtgaaaaaaat------------ttaaaa------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1573

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14231346   88 +  48394510 AAAATCTTGGGTTTTCTAATGCACATCAACAATAAATCCTGTTGCTGCTTCTTGTCCAGTAAAAATCAATACTTTTAGATAAGAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 I 9
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  14231654   38 +  48394510 ttattattattattattattatactttaagttctaggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 I 9 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  14735226   53 +  46489110 tacatgtgcacaacgttgtatacatgtgccatgttggtttgctgcacccatca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14231692   53 +  48394510 tccacgtgcacaacgtggtatacatgtgccatgttggtttgctgcacccatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16008234  126 +  48129895 gctcatcatttacatttggtatttctcctaatgctatccctcccccagtcccccaccccacaacaggccctggtgtgtgatgttccctgccctgtgtccaagtgttctcattgtttaattcccacc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14735279  126 +  46489110 gctcatcatttacattaggtatttctcctaatgctatccctcccccagtcccccaccccacaacaggccccggtgtgtgatgttccctgccctgtgtccaagtgttctcattgtttaattcccacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  14231905  213 +  48394510 caagacacagaaatttttatccatattctattgctcagaaaacttagggtcagagaaattcaatcacattcccaaagacacagttcccagtctgaaagcagaaataaaatgtaagtctattcacccatctcaagttcttttcactATGTTCTCTAGATATCAGAATATATTTAGCACATATACTATAAGGTTGGGTTATTTTTCCTACCATCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14735439  213 +  46489110 caagagacataaatttttatccatattctattgctcagaaaacttagggtcagagaaattcaatcacattcccaaagacacagttcccagtctgagagcagaaataaaatgtaagtctattcacccatctcaagttcttttcactgtgttctctagatatcAGAATATATTTAGCACATGTATTATAAGGTTGGGTTATTTTTCCTACCATCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164160798 1573 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164162585 43 - 196418989 AAGTGTGTAACTggccgggcgcagtggctcacgcttgtaatcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164162628 292 - 196418989 caggactttaggaggccgaggcgggcggatcacgaggccacgagatcaggagattgagaccatcctggccaacatggtgaaaccctgtctctattaaaatacaaaaaattagcagggcatggtggtgcacacctgtagtcccaactactggggaggccgaggtgtggggtggggctggggcggggaaatcgcttgaagccgggaggtggagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgcgcgacagagcgagactctgtctcaaacaaacaaacaaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164163012 146 - 196418989 ATTTTTATACTTTAACATCTATACTTCCCTAAGTGAAGTGGAGAATTGATATTTTCTGGTTACTTTTATGCCTCTGCACCATCAGCAATTTCAAGCCTTCAGTCctaccttgtccaatatggcagtcatccatagtctcaagtggc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164163239 68 - 196418989 AGA-TTGTTTCGCTGGAACTGATTGCACTTTAAccactgaagtttcagcatctgaactgaaatgtgctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164163328 148 - 196418989 gatttc--agtgttagtttagaaacaagaatacaaaaatctcattaattttgtattaattacatgttgaaatgataatactttagatatattggcttaatttgatatattattaaaattaatttaacctgtctctctttttaaaacattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14736658 150 +  46489110 gatttcaaagtgttagtttagaaacaagcatacaaaaatctcattaattttatactgattacatgttgaaatgataatactttagctatattggcttaattcaatatattattaaaattaatttaacctgtctctctttttaaaacagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164164233 27 - 196418989 CCAGTAGCCATGTTAAAGGAAATGAGT-
i rheMac2.chr3  C 0 I 320

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164164580 35 - 196418989 aaaTTTCCTttttatctaaaatatatcaaatacta
i rheMac2.chr3  I 320 C 0

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s panTro2.chr21  14737634 71 +  46489110 tcacttcatcaaatcatcattacaaaattattaataacctatgttttactcatttttt--atatgaagtcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14234684 165 +  48394510 gctagaaagagaatccgtaactgctcaaatccaaagctgacaattttatccgctgcatcattggctctcCATTATTATTAAGACTTTCTTTAGCTTGAGTAATGAACCTTCACTGATCCGTTTATTTAGCTTACAAATATTTATTGAATGACCACTATGCAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164165195 165 - 196418989 actagaaagagaatccataactgctcaactccaaagctgacaatttcatctgctgcatcattggctctcCATTATTATTAAGACTTCCTTTAGCTTGAGTAATGAACCTTCACTGatccatttatttagcttacaaatatttattgaatgacaactatgcacaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=566725.000000
s hg19.chr21     16011330 51 +  48129895 ATATGAATAATAGGAACAATGCCTTTGACCCACATTTAAGCACATTTTTTA
s panTro2.chr21  14738376 51 +  46489110 ATATGAATAATAGGAACAATGCCTTTGACCCACATTTAAGCACATTTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14234849 51 +  48394510 ATATTAATAATAGGAACAATGCCTTTGACCCACATTTAAGCACATTTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164165360 51 - 196418989 ataTGAATAATAGGAGCATTGCCTTTGACCCACATTTAAGCACATTTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=264767.000000
s hg19.chr21     16011381 21 +  48129895 AAAGGCTCAAGTTTTCTATTA
s panTro2.chr21  14738427 21 +  46489110 AAAGGCTCAAGTTTTCTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14234900 21 +  48394510 AAGGGCTCAAGTTTTCTATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164165411 21 - 196418989 AAAGGCTCAAGTTTTCTATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=784240.000000
s hg19.chr21     16011402 39 +  48129895 ATTTATGAGATACAAAATGAAGTGGAAAATTGACAATTA
s panTro2.chr21  14738448 39 +  46489110 ATTTATGAGATACAAAATGAAGTGGAAAATTGACAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14234921 37 +  48394510 ATT--TGAGATACAAAATGAAGTGGAAAATTGACAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164165432 39 - 196418989 ATTTATGAGATACAAAATGAAGTGGAAAACTGACAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1318670.000000
s hg19.chr21     16011441 69 +  48129895 TTTGCTTACTTCAGTCAATATAGACAGCAAGTCAGATAATTCAGGCTTGATCCAGTTAGCCCCAAATTG
s panTro2.chr21  14738487 69 +  46489110 TTTGCTTACTTCCGTCAATATAGACAGCAAGTCAGATAATTCAGGCTTGATCCAGTTAGCCCCAAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14234958 69 +  48394510 TTTGCTTACTTCAATCAATATAGACAGCAAGTCAGATAATTCAGCCTTGATCCAGTTAACCCGAAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164165471 69 - 196418989 TTTGTTTGCTTCAATCAATATAGACAGCAAGTCAGATAATTCAGACTTGATCCAGTTAACCCCAAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=244611.000000
s hg19.chr21     16011510 60 +  48129895 GCAGAGATACAAACATTTTATGTTCTCtgtcttaatctgttttgtgttgctgtaacagaa
s panTro2.chr21  14738556 60 +  46489110 GCAGAGATACAAACATTTTATGTTCTCtgccttaatctgttttgtgttgctgtaacagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14235027 60 +  48394510 GCAGAGATACAAACATTTTATATTCTCtgtcttagtctgttttgtgttgctataacagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164165540 60 - 196418989 GCAGAGATACAAACATTTTATGTTCTCtgtcttaatctgttttgtgttgctataacagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=370013.000000
s hg19.chr21     16011570 249 +  48129895 tacctgagactgggtaatttatagcaaacaggaatttactggctcacagttctggaagctgagaagtccaagacagaggggccacatctcgtgaggaccttcttcctgtgtcactccatggcagaaagcaaaagg----gcaaaagagggcaaaacaaagaaaacaagagagggccaaacttggcttttataacaaacccactcttgattacaaactcactctcatgataacgacattaatccatttgtaaga
s panTro2.chr21  14738616 249 +  46489110 tacctgagactgggtaatttatagcaaacaggaatttactggctcacagttctggaagctgagaagtccaagacagaggggccacatctcgtgaggaccttcttcttgtgtcactccatggcagaaagcaaaagg----gcaaaagagggcaaaacaaagaaaacaagagagggccaaatttggcttttataacaaacccactcttgattacaaactcactctcatgataacgacattaatccatttgtaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14235087 249 +  48394510 tacctgagactgggtaatttatagcaaacaggaatttactggctcacagttctggaagctgagaagtccaagacagaggggccacaactcgtgaggaccttcttcctgtgtcattccatggcagaaagcaaaagg----gcaaaagagggcaaaacaaagagaacaagagagggccaaacttggcttttataacaaacccactctcgataacaaactcactctcatgataatgacattaatccatttgtaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164165600 252 - 196418989 tacctgagactgggtaatttatagcaaacaggaatttattggatcacagttctggaagctgagaagtccaaaacagaggggccacatctcatgaggaccttcttactgtgtcattccatggcagaaagcaaaagggcaagcaagagagggcaaaacaaagagaacaagtgagggccaaacttggcttttatgacaaacctaccctcgataacaaacttactctgatgataatgacattcatccatttgt-agg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227924.000000
s hg19.chr21     16011819 114 +  48129895 ttagagctttcatgatctattaatctcttcttaaaagtcccacctgtcaatatgattgcactggggattaaatttccaacacatgaac--tttaggagagacatccaaaccatagc
s rheMac2.chr3  164165852 116 - 196418989 ttagagctctcatgatctattaattgcttcttaaagaccccacctgtcagtatgattgcactgggggtttaaattccaacacatgaactttttaagagaaacattcgaaccgtagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14235336 114 +  48394510 ttagagccctcatgatctattaatctcttcttatgggtcccacctgtcaatatgattgcactgcggattaaatttccaacacatgaac--tttaggagagacattcaaaccatagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14738865 114 +  46489110 ttagagctttcatgatccactaatctcttcttaaaagtcccacctgtcaatatgattgcactggggattaaatttccaacacatgaac--tttaggagagacattcaaaccatagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1855986.000000
s hg19.chr21     16011933 286 +  48129895 aTTCTCACTCTTTTTCTAATTCAAATACTTTGTGAGCTTCAGACATAAGGAGATACTAAAATAGATACAGAATCAAGCAGTTACAGGCTACATTTAAAATAACATTATGGAGTGATCAGTCCTTAGGCTAATATGTTAG------TTTTTTTTTCAGCGCATTTACTTAGCCGCATGCTTGTTCACTCCCGCTAGTTTTTGGCCGTTGTCCTCCAATACTTTATGCCTTTCCTAATATACTGCAAGTGGATCACCTATTATTTCTCTTTTAAACATTTAATAATGTCCTATA
s panTro2.chr21  14738979 285 +  46489110 aTTCTCACTCTTTTTCTAATTCAAATACTTTGTGAGCTTCAGACATAAGGAGATATTAAAATAGATACAGAATCAAGCAGTTACAGGCTACATTTAAAATAACATTACGGAATGATCAGTCCTTAGGCTAATATGCTAG-------TTGTTTTTCAGCGCATTTACTTAGCCGCATGCTTGTTCACTCCCGCTAGTTTTTGGCAGTTGTCCTCCAACACTTTATGCCTTTCCTAATATACTGCAAGTGGATCACTTATTATTTCTCTTTTAAACATTTAATAATGTCCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14235450 284 +  48394510 GTTCTCACTCTTTTTCTAATTCAAATACTTTGTGAGCTTCAGACATAAGGAGATACTAAAATAGATACAGAATCAAGCAGTTACAGGCTACATTTAAAATAACATTATGGAATGATCAGTCCTTAGGCTAATATGTTAG-------TTTTTTTTCAGCGCATTTACTTAGCCGCATGCTTGTTCACTCCCGCTAG-TTTTGGCAGTTGTCCTCCAACACTTTATGCCTTTCCTAATATACTGCAAGTGGATCACTTATTATTTCTCTTTTAAACATTTAATAACATCCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164165968 289 - 196418989 aTTCTCA--CTTTTTCTAATTCAAATACTTATTTAGCTTCAGACATAAGGAGGAACTAAAATAGATACAGAATCAAGCAGTTACAGGCTACTTTTAAAATAACATTATGGATTGATCAGTCCTTAGGCTAATATGTTAGCTTATTTTTTTTTTTCAGCACATTTACTTAGCCGCATGCTTGTTCACTCCCGCTAGTTTTTGGCAGTTGTCCTCCAACAC-TTATGCCTTTCCTAATATACTGCAAGTGGGTCACTTATTATTTCTCTTTTAAACATTTAATAATGTCCCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=721744.000000
s hg19.chr21     16012219 41 +  48129895 TCTTAAATTGGTTTCTCTTTGGACGAGCTATCCATTATCAA
s rheMac2.chr3  164166257 41 - 196418989 TCTTAAATTGGTTTCTCTTTGGACAAGCCATCCATTATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  14235734 41 +  48394510 TCTTAAATTGGTTTCTCTTTGGACGAGCTATCCATTATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14739264 41 +  46489110 TCTTAAATTGGTTTCTCTTTGGACGAGCTATCCGTTATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=426092.000000
s hg19.chr21     16012260 66 +  48129895 CCTTCCTGAAAGTGCAATTAAAATACAAACTAGGCATTTACGATGATGTATGATATTCTTCATTTA
s rheMac2.chr3  164166299 66 - 196418989 CCTTCCTGAAATTGCAATTAAAATACAAACTAGATATTTATGATGATGTATGATATTCTTCATTTA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  14235775 66 +  48394510 CCTTCCTAAAACTGCAATTAAAATACAAACTAGATATTTATGATGATGTATGATATTCTTAATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14739305 66 +  46489110 CCTTCCTAAAACTGCAATTAAAATACAAACTAGACATTTATGATGATGTATGATATTCTTCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=492904.000000
s hg19.chr21     16012326 124 +  48129895 AAACCCCCAAATAAACCTCTTTCTGTTCAATGCCTCTAC--CCCATAATTATACATATGAACTACACTGGATCATCTCCTTTGAGAATATTGATGATCTTATGTTCATCTATGGAACTCCCACTAT
s panTro2.chr21  14739371 124 +  46489110 AAACCCCCAAATAAACCTCTTTCTGTTCAATGCCTCTAC--CCCATAATTGTACATATGAACTACACTGGATCATCTCCTTTGAGAATATTGATGATCTTATGTTCATCTATGGAACTCCCACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14235841 124 +  48394510 AAACCCCCAAATAAACCTCTTTCTGTTCAATGCCTCTAC--CCTATAATTGTACGTATGAATTACACTGGATCATCTCCTTTGAGAATATTGATGATCTTATGTTCATCTATGGAACTCCCACTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164166365 126 - 196418989 AAACTCCCGAATAAACCTCTTTCTGTTCAATGCCTCTACTACCCATAATGATACATATGAACTACACTGGATCATCTCCTTTGAGAATATTGATGATCTTATGTTCATCTATGGGACTCCCACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=125757.000000
s hg19.chr21     16012450 45 +  48129895 GTTCAAAGCAGTGATATCCAAAGGGTGAAATTCCTAGTAAGTATG
s panTro2.chr21  14739495 45 +  46489110 GTTCAAAGCAGTGATATCCAAAGGGTGAAATTCCTAGTAAGTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14235965 45 +  48394510 GTTCAAAGCAGTGATATCCAAAGGGTGAAATTCCTAGTAAGTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164166491 45 - 196418989 GTTCAAAGTCGTGATATCCAAAGGGTAAAATTCCTAGTGTGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=25042.000000
s hg19.chr21     16012495 45 +  48129895 AATAAATAATATATTTCATAAGGGAAGCCAAAAGCCAAGGATTCT
s panTro2.chr21  14739540 45 +  46489110 AATAAATAATATATTTCATAAGGGAAGCCAAAAGCCAAGGATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236010 45 +  48394510 AATAAATAATATATTTCATAAGGGGAGCCAAAAGCCAAGGATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164166536 38 - 196418989 aataaataatatattttataaGGG-------AAACCAAGGATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=602805.000000
s hg19.chr21     16012540 83 +  48129895 TCTCTCATTTTGATTTTCCTTTTTCAATTCATGTGGCAACTGACATTATTTTTATTATGGGCTATAGTTTCCTCCGTAACAAA
s panTro2.chr21  14739585 83 +  46489110 TCTCTCATTTTGATTTCCCTTTTTCAATTCATGTGGCAACTGACATTATTTTTATTATGGGCTATAGTTTCCTCCGTAACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236055 83 +  48394510 TCTCTCATTTTGATTTTCCTTTTTCAATTCATGTGGCAACCGACATTATTTTTATTATGGGCTGTAGTTACCTTCGTAACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164166574 82 - 196418989 TCTCTCATTTTGATTTTCC-TTTTCAATTCATGTGGCAACTGACATTATTTTTATTATGGGCTATAGTTTCCTCCATAACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1496387.000000
s hg19.chr21     16012623 216 +  48129895 TAGTTGTATTGTCAGTTTGGTTCTAGAGATTTTGGGAGTAACTCTCTTCTCTGGAAAGGTTACAAATACCCGGATTGAGGACTGGAAGCTTGAGCCATAACTCCATTAGCtttcagagtatttcagggtgatttcagagtatttcTGAGGAACCAGTCCAAATGGAATAATATTTTTTTCTGGTACTGTTAAGTCTGGTCCGAAACTTTTTTTCCT
s panTro2.chr21  14739668 216 +  46489110 TAGTTGTATTGTCAGGTTGGTTCTAGAGATTTTGGGAGTAACTCTCTTCTCTGGAAAGGTTACAAATGCCCGGATTGAGGACTGGAAGCTTGAGCCATAACTCCATTAGCtttcagagtatttcagggtgatttcagagtatttcTGAGGAACCAGTCCAAATGGAATAATATTTTTTTCTGGTACTGTTAAGTCTGGTCCGAAACTTTTTTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236138 206 +  48394510 TAGTTGTATTGTCAGGTTGGTTCTAGAGATTTTGGGAGTAACTCTCTTCTCTGGAAAGGTTACAAATACCCGGATTGAGGACTGGGAGCTTGAGCCATAACTCCATTAGC----------TTTAGGGGTGATTTCAGAGTATTTCTGAAGAACCAGTCCAAATGGAATAATATTTTTTTCTGGTACTGTTAAGTCTGGTCCGAAACTTCTTTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164166656 205 - 196418989 TAGATGTATTGTCAGGTTGGTTCTAGAGATTCTGGGAGTACCTGTCTTCTCTGGAAAGGTTACAAATACCCGGATTGAGGGCTGGGAGCTTGAGCCAGAACTCCATTAGC-----------TTTAGGGTGATTTCAGTGTATGTCTGAAGAATGAGTCCAAATGGAATAATATTTGTTTCTGGTACTGTTAAGTTAGGTCCGAAACTTTTTTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7000.000000
s hg19.chr21     16012839 146 +  48129895 TACATCAAGATGGGGGAAGGAAGTGCCAATACCAGGAGAAAAAG-AAAAAAATCTATTCTTCAAAAGCTGAGAAAGAAATATAGGAAAGCTCCAAACCATTAACTGGGGATACTAAGAAAGCAGGTACTTAAAATACCTTGatttaa
s panTro2.chr21  14739884 146 +  46489110 TACATCAAGATGGGGGAAGGAAGTGCCAATACCAGGAGAAAAAG-AAAAAAATCTATTCTTCGAAGGCGGAGAAAGAAATTTAGGAAAGCTCCAGACCATTAACTGGGGATACTAAGAAAGCAGGTACTTAAAATACCTTGatttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236344 145 +  48394510 TACGTCAAGATGGGGGAAGAAAGTGCCAATACCAGGAGAAAAAG--AAAAAATCGGTTCCTCAAAGGCTGAGAAGGAAATTTAGGAAAGCTCCAAACCATTAACTGGGGATACTAAGAAAGGAGGTACttaaaatattttgatttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164166861 147 - 196418989 TACATCAAGATGGGGGAAGGAAGTGCCAATACCAGGAGAAAAAGAAAAAAAATCTATTCCTCAAAGGCTGAGAAGGAAATTTAGGAAAGCTCCAAACCATTAACTGGGGATACTAAGAAAGCAGGTACTTAAAATCTTTTGATTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=159582.000000
s hg19.chr21     16012985 42 +  48129895 ttatttaaaaaattaaCTTTATTCATCTAAGCTGTGAAATAA
s panTro2.chr21  14740030 42 +  46489110 ttatttaaaaaattaaCTTTATTCATCTAAGCTGTGAAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236489 42 +  48394510 ttatttaaaaaattGACTTTATTCATCTAAGCTGTGAAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164167008 42 - 196418989 TTATTTAAAAAAATGACTTTATTCATCTAAGTTGTGAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=806859.000000
s hg19.chr21     16013027 101 +  48129895 TTTTCATTCGGAATATAATAAGTATTAATAATACTTTGATGGGAATGACATAATTCAACAACTAAAAAGTGAAATTGAGGGTTGAACTGACTTTTCAGTAT
s panTro2.chr21  14740072 101 +  46489110 TTTTCATTAGGAATATAATAAGTATTAATAATACTTTGATGGGAATGACATAATTCAACAACTAAAAAGTGAAATTGAGGGTTGAACTGACTTTTCAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236531 101 +  48394510 TTTTCATTAGGAATATAATAAGTATTAATAATACTTTGATCAGAATGGCATAATTCAACAACTAAAAGATGAAATTAAGGGTTGAACTGACTTTTCAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164167050 101 - 196418989 TTTTCATTAGGAATATAATAAGTGTTAATAATAATTTGATCGGAATGGCATAATTCAACAACTAAAAGGTGAAATCAAGGGTTGAACTGACTTTTCAgtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-93218.000000
s hg19.chr21     16013128 10 +  48129895 GCCTGTATAC
s panTro2.chr21  14740173 10 +  46489110 GCCTGTATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236632 10 +  48394510 GCCTGTATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164167151 10 - 196418989 gcatgtatac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-158382.000000
s hg19.chr21     16013138 22 +  48129895 ATACATACATGTTTGTATGTAT
s panTro2.chr21  14740183 22 +  46489110 AAACATACATGTTTGTATGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236642 22 +  48394510 ATACATACATGTTTGTATGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164167161 22 - 196418989 atacgtacatgtttgtatgtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70180.000000
s hg19.chr21     16013160 30 +  48129895 ACATATATTTTTAATTAAATGCTGAGAAAT
s panTro2.chr21  14740205 30 +  46489110 ACATATATTTTTAATTAAATGCTGAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236664 30 +  48394510 ACATACATTTTTAATTAAATGCTGAGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164167183 30 - 196418989 acatatatTTTTAATTAAATGCTGAGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=760498.000000
s hg19.chr21     16013190 81 +  48129895 TACAGAGAAAGACAGAGCTATAGCAATTTAAATCATGTTTTTATCATTCTCGTCTTCTTTTGCAATATAAATGAAGTTTGA
s panTro2.chr21  14740235 81 +  46489110 TACAGAGAAAGACAGAGCTATAGCAATTTAAATCATGTTTTTATCATTCTCGTCTTCTTTTGCAATATAAATGAAGTTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14236694 77 +  48394510 TACAG----AGACAGAGCTATAGCAATTTAAATCATGTTTTTATCATTTTTGTCTTCTTTTGCAATATAAATGAAGTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164167213 81 - 196418989 TACAGAGAGAGACAGAGCTATAGCAATTGAAATCATGTTTTTATCATTCTCGTCTTCTTTTGCAATATAAATGAAGATTGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14238308 117 +  48394510 TTCAGATACTGCAAACCTGTAGTTAAACTATGggtagcttaaaattggccattgtggagcatttacacTGCTATATTTTTTTAGCAGTGTATCAATTTTATAGCAGTTGACAAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s hg19.chr21     16014900 25 +  48129895 ataaatctaggtctCCCTCACAACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14238451 73 +  48394510 ACCATCTGATTTGCCAGAAACTACTGATTCAGATATATATCTgtttaaatgccaacttcaacacttaatagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164169063 105 - 196418989 tctagaaaatgatataattatttatagtcataaggtacctttgaggattaagttaacttatataatcatccagtgcacattcaataaatggtgg-tcattTTAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164180725 89 - 196418989 aggagaggcataatttatagattatttgcacagaaaacctgagaaaaccacagagtatgtctcagaattcttcgagatcagcaaaaatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14250162 140 +  48394510 aataaagtttctctaaatcagcatcaacaaacttggagaaaaattcacaatggcatccaaaattcttagatgcctaacaataaatttatcaaaaggtaagcaagatatcatagggaaaattataaaatattattgaaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164180836 140 - 196418989 aataatgtatctctaaatcagcatcaacaaacttggagaaaaattcacaatggcgtcccaaattcttagacgcctaacaataaatttaacaaaagctgtgcaagatatcataggcgaaattataaaatattattgaaggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14756472 100 +  46489110 g-aatctccagaaccatttcatctttccta---------actcaaa-ccccatacccattaaacactaact-----ccccatttcccctgcccctcagcccctggaaacagcattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14756572   41 +  46489110 ctactttctgtctctctaaatttgactactctacatgcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14756613   17 +  46489110 ctgtaagtggaatcaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14253728 1180 +  48394510 M

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s hg19.chr21     16031859   64 +  48129895 atttgccatctggtggctgacttacctcacttagcataatctcttcaaggtgcatccatgcaat
s panTro2.chr21  14756630   63 +  46489110 atttgccatctggtggctgacttacctcactt-gcataatctcttcaaggtgcatccatgcaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14756693   38 +  46489110 agcatgtgccacagtttccttcatttttaagactaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164184541   38 - 196418989 agcatgtgccagaatttccttcatttttaaggctgaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164189989 201 - 196418989 catccgtatttttcatgatgctcaattttgtc--ttatttggccattgattgactttcagtgagtgggttcctatgaccctttgaaccaacttattgttctttgagtttcttgaattctagcacaacaggatgtctcagcctcattttgtaagttttcttcttcagatctagagtcagtcaACCAATCAAAAAAGTCTAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14258717 199 +  48394510 catttgtatttttcatgatgttaaattttgtcttttatttggcc----attgactttcagtgagtgtgttcctatgcccctttgaaccaacttactgttctttgagtttcttgaattctagcacaacaggatgtctcagcctcattttgtaagttttcttcttcagatctagagtcagccatCCAATCAAAAAAGTCTAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14762184 199 +  46489110 cacccatatttttcatgatgctcaattttgtcttttatttggcc----attgactttcagtgagtgtgttcctatgcccctttgaaccaacttattgttctttgagtttcttgaattctagcacaacaggatgtctcagcctcattttgtaagttttcttcttcagatctagagtcagcaatCCAATCAAAAAAATCGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14258916 69 +  48394510 ATTTTAATAGTTTCTGAAAGGCCACATCTATGTGCCATGGTATTTTGCTGTTCTTTATTTGCTCTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164190190 69 - 196418989 ATTTTAATAGTTTCTGAAAGGCCAAGTCTGTGTGCCATGGGATTTAGCTGTTTTTTGTTTGCTCTGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164190348 34 - 196418989 TTAGTGGAAAAATGAATATGGAATAATAAAGAAT
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a score=-228319.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164190424 94 - 196418989 TATAATCCTTTCTTAATGTGCACTACGGTCATTTGGGAGGTGGTAGCTATTGGTAGAGATAATACTACAGTAGCCAACTTTAAAAATCTTTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14762613 94 +  46489110 TATAATCCTTTCTTAATGTGCACTACTGTCATTTGGGAGGTGGTAGATATTGGTAGAGATAATACTGCAGTAGACAACTTTAAAAATCTTTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=506691.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=412793.000000
s hg19.chr21     16037987 61 +  48129895 TGTGCCTGGTAGAGGCTATACAAACAATAAAATATCTAAACATTATTTTTGCAAAATGCTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1157277.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14259564 103 +  48394510 AACACGTAGTTGTCACGACACTGTGCaaggccacaagctttggagtgaggcagacctgtgtgtgaattcaacaacttactatgaagtctttgacaagtcactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164190836 103 - 196418989 AACAAGTTGTTGTCATGACGTTGTACaagaccacaagctttggagtcaggcagacctgtgtgtgaattcaacaacttactatgaagactttgacaagtcactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=300685.000000
s hg19.chr21     16038362 48 +  48129895 aacttctctaaatgtaaatttccacttttatt--aaaaaaaaagataaat
s panTro2.chr21  14763132 47 +  46489110 aacttctctaaatgtaaatttccacttttatt---taaaaaaagataaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164190939 50 - 196418989 aacttctctaaatgtaaatttccatttttattttaaaaaaaaaggtacat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90278.000000
s hg19.chr21     16038410 21 +  48129895 ccattttgaagccttttatga
s panTro2.chr21  14763179 21 +  46489110 ctattttgaagccttttatga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14259714 21 +  48394510 ctattttgaagccttttataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164190989 21 - 196418989 ctattttgaagccttttataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=800470.000000
s hg19.chr21     16038431 83 +  48129895 aaattgacatcaacgtaagcaaagcAAAATTCAGGAAAAATTTAACAAACTGTTATTATACATTAGTGTGGTTATAACTTTCA
s panTro2.chr21  14763200 83 +  46489110 aaactgatatcaacgtatgcaaagcAAAATTCAGGAAAAATTTAACAAACTGTTATTATACATTAGTGAGGTTATAACTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14259735 83 +  48394510 aaattgacatcaatgtatacaaagcAAAATTCAGGAAAAATTTAACAAACTGTTGTTATACATTAGTGTGGTTATAACTTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164191010 83 - 196418989 aaattgaccgcaatgtatataaagcAAATTTCAGGAAAAATTTAACAAACTGTTATTATGCATTAGTGTGGTTATATCTTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1158139.000000
s hg19.chr21     16038514 128 +  48129895 ATTAAACTAAGATACTAAGAGCAGACATTAAATTTCACCGTCTGATTGAAAGAGAAGGAAAGAAGTGTGTCACAGCCAAAGTGCAGCAGAGCAAAAGCCACAAAAATCTGGATTCTATACCTAGCACT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14763283 128 +  46489110 ATTAAACTAAGATACCAAGAGCAGACATTAAATTCCACCATCTGATTCAAAGAGAAGGAAAGAAGTGTGTCACAGCCAAAGTGCAGCAGAGCAAAAGCCACAAAAATCTGGATTCTATACCTAGCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24724.000000
s hg19.chr21     16038642 29 +  48129895 ACATCAAAGGAATTCTGTAGCAAAGCCTT
s rheMac2.chr3  164191221 29 - 196418989 ACATCAAAGGAATTCTGTAGCAAAGCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14259946 29 +  48394510 ACATCAAAGGAATTCTGTAGCAAAGCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14763411 29 +  46489110 ACATCAAAGGAATTCTGTAGCAAAGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=427331.000000
s hg19.chr21     16038671  89 +  48129895 CCAAACTC-AAATGGTTTCTTCTTCTTCATCTACAAAACAAAACAGATATAACTAGTTTTTCTCAACATTTGTCATATAACAGCACAGA--------------------------A
s rheMac2.chr3  164191250 116 - 196418989 CCAAACTCAAAAGGGTTTCTTCCTCTTCGTCCATAAAACAAAACAGATATAATTAGTTTTTCTCAACAGTTGTCATATAACAGCACAAAAACcaaacaaacaaacaaacaaaAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14763440  89 +  46489110 CCAAACTC-AAATGGTTTCTTCTTCTTCAACTAAAAAACAAAACAGATATAACTAGTTTTTCTCAACATTTGTCATATAACAGCACAGA--------------------------A
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1451.000000
s hg19.chr21     16038760 73 +  48129895 AAACAAATGGAAGGTGGCTAAAGGACCCACTAGTAATCCCCAAGTTCCCAACAGTTGACAATATGTCAACTGT
s rheMac2.chr3  164191366 63 - 196418989 AAACAAATGAAAGGTGTCGAAAGGACTCACTATTAATCCCCAAGTTCCGAACAGTTGAC-ATAT---------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260064 73 +  48394510 AAACAAATGGAAGGTGCCTAAAGGGCCCACTGGTAATCCCCAAGTTCCGAACAGTTGACAATATGTCAACTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14763529 73 +  46489110 AAACAAATGGAAGGTGGCTAAAGGGCCCACTAGTAATCCCCAAGTTCCCAACAGTTGACAATATGTCAACTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=116984.000000
s hg19.chr21     16038833 31 +  48129895 TTAACATAAAACATCCACAGCCATTCATGGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14763602 31 +  46489110 TTGACATAAAACATCCACAGCCATTCATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164191429 25 - 196418989 ------TAAAACATCCACAGCCATTCATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=370533.000000
s hg19.chr21     16038864 119 +  48129895 ATATCTGTATGTAACCACATACAAGATGTGAAGCTCTGGTCTGGAAGACATCTGAAGTCCCTCTATCTCAATGATATTTGTGATGGAAATGTAAGAGCAGGGAATGGCAACATTAGAAT
s ponAbe2.chr21  14260168 119 +  48394510 ATATCTGTATGTAACCACATACAAGATGTGAAGCTGTGGTCTGGAAGACATCTGAAGTCCCTCTAGCTCAATGATATTTATGATGGAAATGTAAGAGCGGGGAATGGCAACATTAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14763633 119 +  46489110 ATATCTGTGTGTAACCACATACAAGATGTGAAGCTCTGGTCTGGAAGACATCTGAAGTCCCTCTATCTCAATGATATTTGTGATGGAAATGTAAGAGCAGGGAATGGCAACATTAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164191454 110 - 196418989 ATATCTGTATGTAACCATATACAAGTTGTGAAGCTCTGGTCTGGAAGACATCTGAAG---------CTCAATGATACTTGTGATGGAAATGTAAGAGCAGGGAATGGCAACATTAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=222280.000000
s hg19.chr21     16038983 46 +  48129895 AGGAAACAGGGAACACGTTTCAAGCTAGATAGAGGTCAATGTAATC
s panTro2.chr21  14763752 46 +  46489110 AGGAAACAGGGAACACGTTTCAAGCTAGATAGAGGTCAATGTAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260287 46 +  48394510 AGGAAACAGGGAACACGTTTCAAGCTAGATAGAGGTCAATGTAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  164191564 46 - 196418989 GGGAAACAGGGAACAGTTTTCAAGCTAGATAGAGGTCAATGTAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=289574.000000
s hg19.chr21     16039029 34 +  48129895 TTTATATTCAAATCTTATAGATTGCTGCATAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=482345.000000
s hg19.chr21     16039063 56 +  48129895 TTATAGCATAGACCTCAGACCTCACCATATCCCCAGATAGCACTTCCTAAAGTTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164191644 56 - 196418989 TGATAGCGTAGACCTCAGACCTCACCATATCCCCAGATAGCACTTCCTAAAGTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14260333  2 +  48394510 I

a score=1047518.000000
s hg19.chr21     16039119 124 +  48129895 ATTG-AAAAAAGATAAATCATATAGTCCTTTTTATTGCAAAAGAATGAGTCTTAGCTTAATAAGTAATCATTTATTGTCCCAAGTCTATTGCCAAAATTTCCTGAAAGATAGATGTAAAGTTATG
s panTro2.chr21  14763888 124 +  46489110 ATTG-AAAAAAGATAAATCATATAGTCCTTTTTATTGCAAAGGAATGAGTCTTAGCTTAATAAGTAATCATTTATTGTCCCAAGTCTATTGCCAAAATTTCCTGAAAGATAGATGTAAAGTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164191700 125 - 196418989 ATTGAAAAAAAGATAAATCATATAGTCCTTTTCATTGCAAAGGAACGAGTCTTAGCTTAATAAGTAATCATTTATTTTCTCAAGCCTATTGCCAAAATTTCCTGAAGGATAGATGTAAAGTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14260333   2 +  48394510 I

a score=-6613.000000
s hg19.chr21     16039243 48 +  48129895 AATTTCATAGAAGCATAATTAACACAATTAGAAGCATAATTAGCTAAA
s panTro2.chr21  14764012 48 +  46489110 AATTTCATAGAAGCATAATTAACACAATTAGAAGCATAATTAGCTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164191825 48 - 196418989 AATCTCAAAGAAGCATAATTAGCACAATTAGAAACACAATTAGCTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14260333  2 +  48394510 I

a score=203052.000000
s hg19.chr21     16039291 19 +  48129895 CACAAAAATACTTATTTTG
s panTro2.chr21  14764060 19 +  46489110 CACAAAAATACTTATTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260335 19 +  48394510 CACAAAAATACTTATTTTG
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  164191873 19 - 196418989 CACAAAAATACTTATTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=550019.000000
s hg19.chr21     16039310 73 +  48129895 GAAATAATTCATAGAAAGGATTAACATCTTATCTATTATTTGGTAGGTCTAGGTAACATTTTATCCCCATTTT
s panTro2.chr21  14764079 73 +  46489110 GAAATAATTCATAGAAAGAATTAACATCTTATCTATTATTTGGTAGATCTAGGTAACATTTTATCCTCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260354 73 +  48394510 GAAAAAATTCATAGAAAGGATTAACATCTTATCTATTATTTGGTAAATCTAGGTAACATTTTATCCCCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164191892 73 - 196418989 GAAATAATTCATAGAAAGGATTAACATCTTATCTATTGTTCAGTAAACCGAGGTAACATTTTATCCCCATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-278689.000000
s hg19.chr21     16039383 60 +  48129895 TAAACATCCACTACCAAAGGA----agagagagacagagtgagagaaagggagagagagaaact
s panTro2.chr21  14764152 64 +  46489110 TAAACATCCACTACCAAAGGAagagagagagagacagagtgagagaaagggagagagagaAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260427 64 +  48394510 TAAACATCCACTATCaaaggaacagagagagagaccgagtgagagaaagggagagagagaaact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164191965 64 - 196418989 TAAACATCCACTATgaaagggagagagagagagacagagtgagagaaagggagagagagaAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=314275.000000
s hg19.chr21     16039443 43 +  48129895 ctaacaagatgcacatttttgtgacaaacaataagtatcttac
s panTro2.chr21  14764216 43 +  46489110 CTAACAAGATGCACATTTTTGTGACAAACAATAAGTATCTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260491 43 +  48394510 ctaacaagatgcacatttttgtggcaaacaataagtatcttac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164192029 43 - 196418989 CTAACAACATGCACATTTTTGTGACAAACAACAAGTGTCTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292931.000000
s hg19.chr21     16039486 22 +  48129895 cttttcagagactgattttgaa
s panTro2.chr21  14764259 22 +  46489110 CTTTTCAGAGACTGATTTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260534 22 +  48394510 tttttcagagactgattttgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164192072 22 - 196418989 CTTTTCAGAGACTGATTTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=486599.000000
s hg19.chr21     16039508 46 +  48129895 tgatagttaGGGAGAAACGTATTTGTTACGTAAAGACTTACAGAAA
s panTro2.chr21  14764281 46 +  46489110 TGATAGTTAGGGAGAAACATATTTGTTAGGTAAAGACTTACAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260556 42 +  48394510 tga----TAGGGAGAAACATATTTGTTAGATAAAGACTTACAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164192094 42 - 196418989 TGA----CAGGGAGAAACATATTTGTTTTATAAAGACTTACAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=628993.000000
s hg19.chr21     16039554 56 +  48129895 TATGTTGCTTTTGAAATACTGAAATTTCAAGCTTTATCTGGTGATAGCTTTTACTG
s panTro2.chr21  14764327 56 +  46489110 TATGTTGCTTTTGAAATACTGAAATTTCAAGCTTTATCTGGTGATAGCTTTTACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260598 56 +  48394510 TATGTTGCTTTTGAAATACTGAAATTTCAAACTTTATCTGGTGATGGCTTTTACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164192136 56 - 196418989 TACGTTGCTTTTGAAATACTGAAATTTCAAGCTTTATCTAGTGATGGCTTTTACCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=340821.000000
s hg19.chr21     16039610 43 +  48129895 TTTCTTGCAACCAAAGTAGAATTTGACAAGGGatatatatata
s panTro2.chr21  14764383 30 +  46489110 TTTCTTGCAACCAAAGTAGAATTTGACAAA-------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260654 43 +  48394510 TTTCTTGCAACCAAAGTAGAATTTGACAAGGGatatatatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164192192 43 - 196418989 TTTCTTGCAACCAAAGTAGAATTTGACAAGGGatacatatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4050.000000
s hg19.chr21     16039653 50 +  48129895 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatCCCTTGTCAAA
s panTro2.chr21  14764413 21 +  46489110 -----------------------------ATATATATATCCCTTGTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260697 42 +  48394510 tatatatatatatatatatat--------atatatatatCCGTTGGCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164192235 29 - 196418989 tatatatatatttatgtatatatatgtat---------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1029

a score=259209.000000
s hg19.chr21     16039703 569 +  48129895  
s panTro2.chr21  14764434 570 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14260739 566 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 I 5297
s rheMac2.chr3  164193293 521 - 196418989  
i rheMac2.chr3  I 1029 C 0

a score=591656.000000
s hg19.chr21     16040272 1217 +  48129895  
s rheMac2.chr3  164193814 1207 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14266602 1212 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 I 5297 C 0
s panTro2.chr21  14765004 1214 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=297956.000000
s hg19.chr21     16041489 352 +  48129895 tgttctctttgttcaactcccacttgtgagtgagaaaatgtggtgtttggttttctgatctcgtgatagtttgctgagaatgatggtttccggcttcatccatgtccctgcaaaggacatgaactcttcctttttatggctgcatagtattccatgctgtatttgtgccacattttcttaatccagtctatcattgatggacatttggtttggttccaagtctttgttattgtgaatagtgctgcaaaaaacatacatgtgcatgtgtctttatagcagaataatttataatcctttgggtatatgcccagtaatgggattgctgggtcagatggtatttctagttctagat
s panTro2.chr21  14766218 352 +  46489110 tgttctctttgttcaactcccacttgtgagtgagaaaatgtggtgtttggttttctgatctcgtgatagtttgctgagaatgatggtttccggcttcctccatgtccctgcaaaggacatgaactcatcctttttatggctgcatagtattccatgctgtatatgtgccacattttattaatccagtctatcattgatggacatttggtttggttccaagtctttgttattgtgaatagtgctgcaaaaaacatacatgtgcatgtgtctttatagcagaataatttataatcctttgggtatatgcccagtaatgggattgctgggtcagatggtatttctagttctaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14267814 350 +  48394510 tgttctcattgttcaactcccacttgtgagtgagaaaatgcggtgtttggttttccgatctcatgatagtttgctgagaatgatggtttctggcttcatccatgtccctgcaaaggacatgaactcctccttttcatggctgcatagtattctatgctgtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcattgatggacatttgtgttggttccaagtctttgttattgtgaatagtgctgcaataaacatacatgtgcatgtgtc--tacagcagaataatttataatcctttgggtatatgccccataatgggattgccgggtcagatggtatttctagttctagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164195021 352 - 196418989 tgttctcattgttcaactcgcacttgtgagtgagaaaatgcagtgtttggttttctgatctcaggatagtttgctgagaattatggttttcagcttcatccatgtccctgcaaaggacatgaactcatcctttttatgactgcatagtattccatgctgtatatgtgccacattttcttaacccagtgtatcattgatgggcatttgggttggtttcaagtctttgttattgtgaatagtgctgcaataagcatacatgtgcatgtgtctttatagtagaataatttgtaatcctttgggtatatgcccagtaatggggttgctgggtcaaatggtatttctagttctagat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301079.000000
s hg19.chr21     16041841 62 +  48129895 ccttgaggaatcaccaAGTTTTTAAGAAGTTTAAGAAATGTGTTTTAGAAATTAGTAATTTG
s panTro2.chr21  14766570 62 +  46489110 ccttgaggaatcgccaAGTTTTTAAGAAGTTTAAGAAATGTGTTTTAGAAATTAGTAATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14268164 62 +  48394510 ccttgaggaatcgccaAGTTTTTAAGAAGTTTAAGAAATGTGTTTTAGAAATTAGTAATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164195373 46 - 196418989 ccttaaggaatcaccaAGTTTTTTAAAAGTTTAAGAAATGTGTTTT----------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=102669.000000
s hg19.chr21     16041903 36 +  48129895 CAGATACAATAGAGAAGAAAAATGT-------------TTGCTAGTAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14268226 49 +  48394510 CAGATACAATAGAGAAGAAAAATGTTTCTTAAAAAATATTGCTAGTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14766632 36 +  46489110 CAGATACAATAGAGAAGAAAAATGT-------------TTGCTGGTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-173396.000000
s hg19.chr21     16041939 42 +  48129895 GAAAGGGTCTATCATTTCCCTATAATGCTAGTAGGGAAAGGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14268275 42 +  48394510 GAAAGGGTCTATAATTTCCCTATAATGCTAGCAGGGAAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14766668 42 +  46489110 GAAAGGGTCTATAATTTCCCTATAATGCTAGTAGGGAAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1094423.000000
s hg19.chr21     16041981 144 +  48129895 tctctgcacctcaacttcatctgtaaaagtgtgtggcataggactggttaatctcaaggtttttaccTCTTTTTCCAAATTCCTGTAGAAAACTACAGTGAATAAAAGATGGCTTTAAACTTTGTAAGCAAACTAGAATAAATT
s rheMac2.chr3  164195487 143 - 196418989 -ctctgtgcctcaacttcatctgtaaaagtatatggcataggactggataatctcaaggtttttaccTCTTTTTCCAAATTCCTGTAGAAAACTACAGTGAATAAAAGATGTCTTTAAACTTTGTAAGCAAACTAGAATAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14268317 144 +  48394510 tctctgtgcctcaacttcatctataaaagtatatggcataggactggataatctcaaggtttttaccTCTTTTTCCAAATTCCTGTAGAAAACTACAGTGAATAAAAGATGGCTTTAAACTTTGTAAGCAGACTAGAATAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14766710 144 +  46489110 tctctgcacctcaacttcatctgtaaaagtatgtggcataggactggttaatctcaaggtttttaccTCTTTTTCCAAGTTCCTGTAGAAAACTACAGTGAATAAAAGATGGCTTTAAACTTTGTAAGCAAACTAGAATAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=58483.000000
s hg19.chr21     16042125 80 +  48129895 ACATGTTT-AAGCTGTCTGATGAAATGAAACTAAATGAAAAAAGGTATTTAATTTAAAAGAATATTTTATGAGTACAAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14766854 75 +  46489110 ACATGTTT-AAGCTGTCTG-----ATGAAACTAAATGAAAAAACGTATTTAATTTAAAAGAATATTTTATGAGTACAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=114490.000000
s hg19.chr21     16042205 35 +  48129895 AAATTGTCATTTTTTTAAAATTAGTAGCCCTTTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=250410.000000
s hg19.chr21     16042240 51 +  48129895 GGTTTGAATTTAATAGATATAAGTCTGTATCAAAAGATATAACTGGCGTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=605150.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=237396.000000
s hg19.chr21     16042360 67 +  48129895 TGCTGATGACTCCAGAATAGTGCATTTTTTTCCACCTAAAATGAAATTATTTCCCTGATAAGACTTt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=281401.000000
s hg19.chr21     16042427 357 +  48129895 gatatggttttgctctgtatccccacccaactctcctcttgtagctcccataattcccacgtgttgtgggagggacctggtgggaactgattgaatcatgggggcaggtctttcctgtgctgttctcgtgatagtgaatgggtatcatgagatctgatggttttaaaaacaggaatttctctgcacaagctctctctttgcctgctgccatccacataagatgtgacttgctcctccttgccttcctccatgattgttaggcctccccagccatgtggaactgtaagtccagtaaacctctttattttgtaaatcgcccagtctcaagtatgtccttatcagcagcatgaaaacaga
s rheMac2.chr3  164195930 357 - 196418989 gatatggttttgctctgtatccccattcaaatctcatcttgtagctcccataatttccacgtgttgtgggagggactcagtgggaactgattgaatcatggggatgggtctttcctgtgctgttctcatgatagtaaatgggtctcacgagatctgatggttttaaaaataggaatttctctgcacaagctctctctttgcctgctgccatccacgtaagatgtgacttgctcctccttgccttccaccatgattgtgaggcctccccagccatgtggaactgcaagtccagtaaacctctttattttgtaaattgcccagtctcgagtatgaccttgtcagcagcatgaagacaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14268753 357 +  48394510 gatatggttttgctctgtatcctcacccaactctcctcttgtagctcccataattcccacgtgttgtgggagggacctggtgggaactgattgaatcatgggggcaggtctttcctgtgctgttctcgtgatagtgaatgggtctcatgagatctgatagttttaaaaacaggaatttctctgcacaagctctctctttgcctgctgccatccacataagatgtgacttgctcctccttgccttccaccatgattgtgaggcctccccagccatgtggaactgtaagtccagtaaacctctttattttgtaaattgcccagtcttgagtatgtcgttatcagcagcatgaaaacaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14767151 355 +  46489110 gatatggttttgctctgtatccccacccaactctcctcttgtagctcccataattcccacgtgttgtgggagggacctggtgggaactgattgaatcatgggggcaggtctttcctgtgctgttctcgtgatagtgaatgggtatcatgagatctgatggttttaaaaacaggaatttctctgcacaagccctctctttgcctgct--catccacataagatgtgacttgctcctccttgccttccaccatgattgttaggcctccccagccatgtggaactgtaagcccagtaaacctctttattttgtaaatcacccagtctcaagtatgtccttatcagcagcatgaaaacaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=280028.000000
s hg19.chr21     16042784 83 +  48129895 ctaatacaGACTTCATGACACTAGGAAGGGCACATGGCTC--TAATGTCTCTTTGCATTCGGTACAGTACAAATTTGG-TATAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14269110 83 +  48394510 ctaatacaGACTTCATGACACTAGGAAGGGCACATGGCTC--TAATGTCTCTTTGCATTTGGTACAGTACAAATTTGG-TATAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14768080 288 +  46489110 atatagtaaatgtacaatatagctcaataactttttacatatagacacatctatagaaccaccatccacatgaagatacaaatttctagtgcttcagaagaccacgttgtgtccatctcagccagtaccatctccacctccaacccaaggtaatcactattctatcatcatgtattgttttgcctg-ttttattttaatgtaaattatatcatgcagcatatactttaaaaatctgacttcttttattcaacattatgtctgagattcattcatggtctagtatattct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14768470 66 +  46489110 gaatgaagctcctctgagcattcctatataccttttgatggaaatatgcactaatttctctttggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14768536 38 +  46489110 tttatacaaacatatatatacatgtgtatatatgtata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14270141 34 +  48394510 TTTATACAAACGtatatatatgtatatatgtagg----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164197325 25 - 196418989 tttatacaaatatatatatatatat-------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 7

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s hg19.chr21     16043853 22 +  48129895 tatacacacgtatgtatatatg
s panTro2.chr21  14768574 14 +  46489110 tatacacacg--------tgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=2139.000000
s hg19.chr21     16043875 33 +  48129895 tatatatgtatatatacatacatatgtatatat
s panTro2.chr21  14768588 25 +  46489110 tatatatgtatatatacacac--------atat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164197350  7 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14270175  0 +  48394510 C

a score=6508.000000
s hg19.chr21     16043908 53 +  48129895 gtatatatgtatatatacatacatatgtatatatgtatatatatacacacata
s panTro2.chr21  14768613 37 +  46489110 gtatatatgtatatatacacacata--tatatgtgt--------------ata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164197350  7 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14270175  0 +  48394510 C

a score=15223.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14768650 31 +  46489110 tatatacacacacatatatatataactAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164197350  7 - 196418989 I

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s rheMac2.chr3  164197357 35 - 196418989 taagaacatatctatatatctacctctatatataa
i rheMac2.chr3  I 7 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14768681 35 +  46489110 TAAGAACATGTCTATCTATCTACCTCTatatataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164197392 52 - 196418989 gaatagaaaattgggtcatgggttaggtgtatgcttagcttttgtaga-attg-------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 19

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 19 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199292 102 - 196418989 ggaaatgatgtttattaaaattaggtaacatcctcagtgtcacttgtagcatctgagCCTTTTCTTCCATCATGGAAATGGGGATGCTAACAAATTGGCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103881.000000
s hg19.chr21     16046003 60 +  48129895 GAAGGCCCAGCTGACCATTGGGATGGGGAGGAGGGGGTCCTACAGGGCACAGACTAGGAA
s panTro2.chr21  14770691 60 +  46489110 GAAGGCCCAGCTGACCATTGGGATGGGGAGGAGGGGGTCCTACAGGGCACAGACTAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272234 60 +  48394510 GAAGGCCCAGCTGACCATTGGGATGGGAAGGAGGAGGTCCTACAGGGCACAGACTAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199394 60 - 196418989 GAGGGCTCAGTTGACTATTGGGATGGGGAGGAGGAGGTCATACAGGGCACAGACTAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292838.000000
s hg19.chr21     16046063 53 +  48129895 CAAAGGAGCGCTTCTTATCAGAGACAAGAGGCACTGGGGCCAGAAAAGCAGAC
s panTro2.chr21  14770751 53 +  46489110 CAAAGGAGTGCTTCTTATCAGAGATAAGAGGCATTGGGGCCAGAAAAGCAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272294 53 +  48394510 CAAATGAGTGCTTCTTATCAGAGACAAGAGGCATTGGGGCCAGAACAGCAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199454 53 - 196418989 CAAAGGAGTGCTTCTTATCAGAGACAAGAGGCATTGGGGCCAGAGAAGCAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=381357.000000
s hg19.chr21     16046116 38 +  48129895 TAAGCAAGAAGTGATACAATCAGGTCAACGTCTGGGCT
s panTro2.chr21  14770804 38 +  46489110 TAAGCAAGAAGTGATACAATCAGGTCAAGGTCTGGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272347 38 +  48394510 TAAGCAAGAAGTGATACCATCAGGTCAAGGTCTAGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199507 38 - 196418989 TAAGCAAGAAGTGATACAATCAGGTCAAGGTCTAGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=467986.000000
s hg19.chr21     16046154 34 +  48129895 GAGAGATATAAGATAGATGCCAAAGCCAGAGGAG
s panTro2.chr21  14770842 34 +  46489110 GAGAGATATAAGATAGGTGCCAAAGCCAGAGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272385 34 +  48394510 GAGAGATATAAGATAGATGCCAAAGCCAGAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199545 34 - 196418989 GAGAGGTATAAGATAGACGCCAAAGCCAGAGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=261829.000000
s hg19.chr21     16046188 19 +  48129895 CAGAGTGTGAAACAGGGAG
s panTro2.chr21  14770876 19 +  46489110 CAGCGTGTGAAACAGGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199579 19 - 196418989 CAGAGTGTGAAACAGGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=461387.000000
s hg19.chr21     16046207 86 +  48129895 ATAAAATGGAGCAGAGCCTGCTTTGAAATGCAGAGATGCGATTGAAAGAGGGAGGATGTACAGCAACAGAAAAGGCAGCAGGTGAT
s panTro2.chr21  14770895 86 +  46489110 ATAAAATGGAGCAGAGCCTGCTTTGAAATGCAGAGATGCGATTGAAAGAGGGAGGATGTACAGCAACAGAAAAGGCAGCAGGTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272438 86 +  48394510 ATAAAATAGAGCAGAGCCTGCTTTGGAACGCAGAGATGGGATTGAAAGAGGGAGGATGTACAGCAACAGAAAAGGCAGCAGGTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199598 86 - 196418989 ATGAAATGGAGCAGAGCCTGGTGTGAAATGCAGAGATGGGATTGAAAGAGGGAGGATGTACAGCCACAGAAAAGGCAGCAGGTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=535226.000000
s hg19.chr21     16046293 58 +  48129895 TAATAGGCATTTTCTGGATGCAAAAATTAATAAATAAAAGAATAACTTATAAGGGATA
s panTro2.chr21  14770981 58 +  46489110 TAATAGGCATTTTCTGGATGCAAAAATTAATAAATAAATGAATAACTTATAAGGGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272524 58 +  48394510 TAATAGGCATTTGCTGGATGCAAAAGTTAATAAATAAATGAATAACTTATAAGGGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199684 58 - 196418989 TAATAGGCATTTGCTGGATGCAAAAATTAATAAATAAATGAATAACTTATAAGGGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=157710.000000
s hg19.chr21     16046351 15 +  48129895 AATGAGAGAGTGGCA
s panTro2.chr21  14771039 15 +  46489110 AATGAGAGAGTGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272582 15 +  48394510 AATGAGAGAGCGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199742 15 - 196418989 AATGAGAGAGAGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=342503.000000
s hg19.chr21     16046366 34 +  48129895 ACAAAACCATATTTAAACATTTGCAACCTGGGTA
s panTro2.chr21  14771054 34 +  46489110 ACAAAACCATATTTAAACATCTGCAACCTGGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272597 34 +  48394510 ACAAAACCATATTTAAACATTTGCAACCTGGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199757 34 - 196418989 ACAAAACCATATTTAAACATTTGCAACCTGGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371897.000000
s hg19.chr21     16046400 50 +  48129895 ACTGGCAAATTATTAGTATGATTTAATAGAATTAGAGAATTCGGAAGAAA
s panTro2.chr21  14771088 50 +  46489110 ACTGGCAAATTATTAGTATGATTTAATAGAATTAGAGAATTCGGAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272631 50 +  48394510 ACTGGCAAATTATTAGTATGATTTAATAGAGTTAGAGAATTCAGAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243300.000000
s hg19.chr21     16046450 36 +  48129895 ATGAAAGCTTGAGTAGTGCACATCGAAATGCATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206210.000000
s hg19.chr21     16046486 28 +  48129895 GGATGGGACATTTAGCCATCAATGTTTA
s panTro2.chr21  14771174 28 +  46489110 GGATGGGACATCTAGCCATCAATGTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=843948.000000
s hg19.chr21     16046514 95 +  48129895 ACAGGCAATTGAAAATGTATGGAGCTCAGAAGAAAAGTAGATACTGGAGTCTGCAGCTTACAAAATGCTTTACAATATTTTACCTTATTCTCTAA
s panTro2.chr21  14771202 95 +  46489110 ACAGGCAATTGAAAATGTATGGAGCTCAGAAGAAAAGTAGATACTGGAGTCTGCAGCTTACAAAATGCTTTACAATATTTTACCCTATTCTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272745 95 +  48394510 ACAGGCAATTGAAAATGTATGGAGCGCAGAAGAAAAGTAGATACTGGAGTTTGCAGCTTATAAAATGCTTTACAATGTTTTACCTTATTCTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164199905 95 - 196418989 ACAGGCAATTGAAAATGTATGGAGCTCAGAAGAAAAGTAGATACTGGAGTTTGCAGCTTACAAAATGCATTACAATGTTTTACCTTATTTTCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-388785.000000
s hg19.chr21     16046609 99 +  48129895 AATAactaat--aaaaaaactggggttgagaaaagttgagtaacccccacaaagtggcacagttaatgggtggataacctagaatttgaattcaggcttct
s panTro2.chr21  14771297 99 +  46489110 AATAactaat--aaaaaaactggggttgagaaaagttgagtaacccccccaaagtggcacagttaatgggtggataacctagaatttgaattcaggcttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272840 99 +  48394510 AATAactaat--aagaaaactggggttgagaaaagttgagtgacttccccaaagtggcacagttaatggatggataatctagaattcgaattcaggcttct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200000 99 - 196418989 AATAACTAATTAAaaaaaacgggggttaagaaaagttgagtgacttctccaaagtggcacagttaatgagtggataatctagaattcgaattcatgctt--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-14119.000000
s hg19.chr21     16046708 25 +  48129895 taccataaagttgagtgacttcccc
s panTro2.chr21  14771396 25 +  46489110 taccataaagttgagtgacttcccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272939 16 +  48394510 taccataaagttcagt---------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164200099  0 - 196418989 C

a score=133682.000000
s hg19.chr21     16046733 62 +  48129895 aaagtggcacagttaatgggtggataatctggaatttgaattcaggcttcttatcataaagt
s panTro2.chr21  14771421 62 +  46489110 aaagtggcacagttaatgggtggataatctggaatttgaattcaggcttcttatcataaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272955 36 +  48394510 ------------------ggtggagaatctggaattcgaattcagtcttcttat--------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164200099  0 - 196418989 C

a score=261107.000000
s hg19.chr21     16046795 83 +  48129895 tcagtggtggataatctagaattcgaattcaggctcttaccataaagttcagtgctcattttattacattttactgcctTTCA
s panTro2.chr21  14771483 83 +  46489110 tcagtggtggataatctagaattcgaattcaggctcttaccataaagttcagtgctcattttattacattttactgcctttcA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200099 48 - 196418989 -----------------------------------cttaccataaagttcagtgctcattttattacattttattgcctttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14272991 43 +  48394510 ----------------------------------------catgaagttccgtgctcattttattacattttactgcctTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1426937.000000
s hg19.chr21     16046878 108 +  48129895 TATAAGAACGAGCAAATCATCTAAAG-AAAAAGAGGGTGTCAGAT-ACAGGATTCTATTTGGGCTGCAAATATGATAATGCCTTATGCTAACGTGCATAGCTTCGGGTGA
s panTro2.chr21  14771566 108 +  46489110 TATAAGAACGAGCAAATCATCTAAAG-AAAAAGAGGGTGTCAGAT-ACATGATTCTATTTGGGCTGCAAATATGATAATGCCTTATGCTAACGTGCATAGCTTCGGGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200147 110 - 196418989 TATAAGAATGAGCAAATCATCCAAAATAAAAAGAGGACATCAGATAATATGATTCTATTTGGGCTGCAAATATGACAATGCCTTATGCTAACATGCATAGCTTCAGGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14273034 110 +  48394510 TATAAGAATGAGCAAATCATCTAAAGTAAAAAGAGGGTGTCAGATAATATGATTCTATTTGGGCTGCAAATATGATAATGCCTTATGCTAACATGCATAGCTTCGGGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=770132.000000
s hg19.chr21     16046986 78 +  48129895 CAACAAACTGAAATTTATCAAAAACAGGTTGACCTCCCCCTT-GTGAAGGATTTTTTTTATTCATTCCAAGAGTTGCTT
s panTro2.chr21  14771674 78 +  46489110 CAACAAACTGAAATTTATCAAAAACATGTTGACCTCCCCCTT-GTGAAGGATTTTTTTAATTCATTCCAAGAGTTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200257 79 - 196418989 CAGCAAACTGAAATTTATCAAAAACAAGTTGACCTCCCACTTGGTTAAGGATTTTTTTTATTCATTCCAAGAGTTGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14273144 79 +  48394510 CAACGAACTGAAATTTATCAAAAACAAGTTGACCTCCCCCTTGGTTAAGGATTTTTTAAATTCATTCCAAGAGTTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1541781.000000
s hg19.chr21     16047064 85 +  48129895 GCTTATTGCAATTTTGCCTGCTGGTGTGGACATAGCTGAGAGCATCACCTGCCTGCCAAAAAAAGTAAATATGCTGGAAGCTGTT
s panTro2.chr21  14771752 84 +  46489110 GCTTATTGCAATTTTGCCTGCTGGTGTGGACATAGCTGACAGCATCACCTGCCTGCC-AAAAAAGTAAATATGCTGGAAGCTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200336 84 - 196418989 GCTTATTGCAAGTTTGCCTGCTGGTGTGGACATAGCTGACAGCATCACCTGCCTGCC-AAAAAAGTAAATGTGCTGGAAGCTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14273223 84 +  48394510 GCTTATTGCAATTTTGCCTGCTGGTGTGGACATAGCTGACAGCATCACCTGCCTGCC-AAAAAAGTAAATGTACTGGAAGCTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=658430.000000
s hg19.chr21     16047149 28 +  48129895 AAGTGGATTAAAACTTGGTACCACAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200420 28 - 196418989 AAATGGATTAAATCTTTGTGCCACAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14273307 28 +  48394510 AAGTGGATTAAAACTTTGTGCCACAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=366065.000000
s hg19.chr21     16047177 29 +  48129895 TAGTGCCCAATAACATAGTCAGAAATTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200448 29 - 196418989 TAGTGCCCAATAACATAGTCAGAAATTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=559797.000000
s hg19.chr21     16047206 32 +  48129895 ACCTCAGCCAAAGATGTTCCTAAAAACTCAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200477 32 - 196418989 ACCTCAGCCAAAGATGTTCCTAAAAACTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14273364 28 +  48394510 ACCTCAGCCAAAGATATTCCTAAAAACT----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1120777.000000
s hg19.chr21     16047238 100 +  48129895 AACAAAAAGGAGAGGAAAGAACATTTTAGGAGGATTTATGAGGTAGAAGATACGAAGAAATTATACAATATACAAGCAAAGAAAACAAATTTTTGAAAAT
s ponAbe2.chr21  14273392  98 +  48394510 --CAAAAAGGAGAGGAAAGAACATTTTAGGAGGATTTATGAGGTAGAAGATAAGAAGAAATTATACAATATACAAGCAAAGAAAACAAATATTTCAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14771925 100 +  46489110 AACAAAAAGGAGAGGAAAGAACATTTTAGGAGGATTTATGAGGTAGAAGATACGAAGAAATTATACAATATACAAGCAAAGAAAACAAATTTTTGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164200509 100 - 196418989 AACAAAAAGGAGAGGAAAGAACATTTTAGGAGGATTTATGAGATAGAAGATGTGAAGAAATTATACAATATACAAGCAAAGAAAGCAAATATTTGAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=466773.000000
s hg19.chr21     16047338 58 +  48129895 TTGCCAGATAGCTGGAAGCCAAAATTGTGAAAAGAAAAATCCCTATGAGAACTGCTAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14772025 58 +  46489110 TTGCCAGATAGCTGGAAGCCAAAATTGTGAAAAGAAAAATCCCTATGAGAACTGCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=260677.000000
s hg19.chr21     16047396 37 +  48129895 TTTTATAAAATATTCTGGGAATTTAAGAAAAGGTAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=754485.000000
s hg19.chr21     16047433 109 +  48129895 TTAAATAAATTATGCATTAGTTATATTATAATTATGCTGCTGAGCTGGCATCCTTATTTTCTCCAAATTCTATCAATCAGTCAAAGAAAGTCACAGTGCA-------------------TGGTCAGAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14273584 128 +  48394510 TTAAATAAATTATGCATTAGTTATATTTTAATTATGCTGCTgagctggcatccttattttctccaaattctatcaatcagtcaaaggaagtcacagttcatggtcagattcaaggaatctggtcagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14273712 98 +  48394510 tcaaagtcacattgcaatggatgtagacacagacagcaagaacaattgcagtcattttgttgtcagcctacaactaccaataaccagtagtttgattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=151597.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132371.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14772611 63 +  46489110 GTTACTATTGCAAGTTGCAAATGATTGAGGATGGCTTGTTTAGCTGTTTGCCAACACTACACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164201247 122 - 196418989 GAACTGTCCACTTCATGTCCTAAATGGCCCAGCTTGCCATTGGATCATAACCAATATTCCACTTTATAGACTTTTATTCATCAATAATTCAGGGTGTGAAAGTGATCAATATTAGAATGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14274274 81 +  48394510 CAGACTGTTAATATCGTTTAAATTAAATGGTTCATTGCTTCATTTTCTATTTCTCTTGGACCATGAAGATTGAACCAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1117
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16048191   51 +  48129895 TATGAAGCCCAAACTTTAGACAAGCAGGTAGTAAGTGAAGGAAGTCAGTCA
s panTro2.chr21  14772877   51 +  46489110 TATGAAGCCCAAACTTTAGACAAGCAGATAGTAAGTGAAGGAAGTCAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164201501   53 - 196418989 CCAGCCAACAGCACTTCCTGTTTTAATATGCGGATAAGCAGACTCTCGTTAGA
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e ponAbe2.chr21  14274355 1117 +  48394510 I

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s hg19.chr21     16048295 109 +  48129895 AACCCCAACTGCCAGAGAAGACAAAATGCTTTACTTCT-CTCA-GACTGACGAGGAAACAGTGGCTAACATAGAAATTGTTATTGTCCAGAAATAAAAACAAGCTTTCTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16048404 36 +  48129895 AAATGCTAAGGAAAAAAATAAAGATTTAGTATTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1582427.000000
s hg19.chr21     16048440 114 +  48129895 CTCTGGTTTCATTTGCAAACATCTGTATGCACTGTTTTTCTTCAGGATACACAGTTGAAATGTCATATTACTGGAATCTGGAGATCACTTTGATTAAATTTTGCCTTGCATAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14773126 114 +  46489110 CTTTGGTTTCATTTGCAAACATCTGTATGCACTGTTTTTCTTCAGGATACACAGTTGAAATGTCAAATTACTAGAATCTGGAGATTACTTTGATTAAATTTTGCCTTGCATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=655834.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14773298 96 +  46489110 TTCAGCACAAATGGAAACTTGTAATGTTCTACAGTCAGGCGAGAATGAGGAAATGCTCAGATCTAAAAGGAGCTGTTGCTGTAAGGAAACCATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2449676.000000
s hg19.chr21     16048708 111 +  48129895 CTTGATATCTGCATGTTCATCATCTTAAGTCTCAGGCCCCCAGACAGCTGTCTCTTCAACTTCAGGAAATTAGACGCCAAAAAGAAGACCTGAAAAACTGAAACATGCTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164201967 111 - 196418989 CTTGATATCTGCATGTTCATCATCTTAGCTCTCAGGCTCCCAGACAGCTGTCTCTTCAACTTCAGGAAATTAGACACCAGAAAGAAGACCTGAAAAACTAAAACCTGCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=675319.000000
s hg19.chr21     16048819 51 +  48129895 GCCTGTACGTTG--CACAGGGGCCAGGCAAAACTATATTTAGGATTAATTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164202131 176 - 196418989 AGAACTCTGGGCGTTTTTTTGTTTGTTTTCTGTGTTGCTGTTGTTGTTTTTAATTTGCAGGAAAGCCTGGATGTCAGAGTCATTAGTGTATACATCTTAGGTAGAGAAATTACTAAGTAGTTGTAAAGAAGTAAAACTGAATTCATTAAAACCTAGAGCATTCATTGACTTGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=380126.000000
s hg19.chr21     16049040 57 +  48129895 TTGCTGAGTGCTGAGTAGCAATCCACACACGGTGCAGTATTTATTTTTTTCAAAACA
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s ponAbe2.chr21  14276221 56 +  48394510 TTGCTGAGTGCCGAGTAGCAATCCACACACAGTGCAGTATTTA-TTTTTTCAAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=161290.000000
s hg19.chr21     16049097 17 +  48129895 GAAACCCCCATAACCTA
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a score=278536.000000
s hg19.chr21     16049114 45 +  48129895 TATGATGTTAACAAAGGGAAATTGCAAAACAATAACAAAAAAAGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 320

a score=151632.000000
s hg19.chr21     16053027 39 +  48129895 cagcaagttcttaaaagtctccaagtgtcagttttctca
s panTro2.chr21  14777719 39 +  46489110 cagcaagttcttaaaagtctccaagtgtcagttttctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14279071 23 +  48394510 cagcaagttcttaaaagtctcca----------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164206586 39 - 196418989 cagcaagttcttaaaagtctccaagtgtgacttttctca
i rheMac2.chr3  I 320 C 0

a score=197872.000000
s hg19.chr21     16053066 68 +  48129895 gctttcaatgagagtaatagtagtacttatagcaatgagctgttgggaggaaaaaatcagaataccga
s panTro2.chr21  14777758 68 +  46489110 gctttcaatgagagtaatagtagtacttatagcaatgagctgttgggaggaaaaaatcagaataccga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164206625 68 - 196418989 gctttaaatgagagtaatagtagtacctatagcaatgagctgttgggaggaaaaaatcggaataccga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14279094  0 +  48394510 C

a score=158640.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164206693 72 - 196418989 cgtaaagctctagtataacgtctcatgtacaatagcactcaggaaaggctggctgtatAAACAGACTTTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14279094  0 +  48394510 C

a score=894.000000
s hg19.chr21     16053206 72 +  48129895 AAAATTTGAAAATATATAAATAAATAGAGAAAAACCTGGAAAAGATTGTATCAATT-AAAACAAATCATTCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164206765 73 - 196418989 AAAATTTGAAAATATGTAAGTAAATAGAGAAAAACCTGGAAAAGATTGTATCAATTAAAAAAAAATCATTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14279094  0 +  48394510 C

a score=132543.000000
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s rheMac2.chr3  164206838 24 - 196418989 AGGATTTAAGACTAGAAAATATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14777970 24 +  46489110 AGGATTTAAGACTAGAAAATATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16053302 176 +  48129895 TGACCATATTAACTCCTATTAGTCTATGAAAGATGTACGATAGCTCATTGTTTCTTTCCCATCAGAGGTGGTTAACATGAAGGTCAGAACTGGGCACCAAGCTATAAATTGGTAGTAACTTTACTGAACTTAGTTATTATTTTTTCATATTACATGCACTCATTTATAATATAATT
s rheMac2.chr3  164206862 176 - 196418989 TGACCATATCAACGTCTATTAGTCTATGAAAGATGTGCGATAGCTTATTGTTTCTTTCCCATCAAAGGTGGTTAACAGGAAGGTCAGAACAGGGCACCAAGCTATAAATTGGTAGTAACTTTACTGAACTTAGTTATTATTTTTTCATATTACATGCACTCATTTATAATATAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14279118 176 +  48394510 TGACCATATCAACTTCTATTAGTCTATGAAAGATGTACAATAGCTCATTGTTTCTTTCCCATCAAAGGTGGTTAACACGAAGGTCAGAACTGGGCACCAAGCTATAAATTGGTAGTAACTTTACTGAACTTAGTTATTATTTTTTCATCTTACATGCACTCATTTATAATATAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14777994 176 +  46489110 TGATCATATTAACTCCTATTAGTCTATGAAAGATGTACGATAGCTCATTGTTTCTTTCCCATCAGAGGTGGTTAACATGAAGGTCAGAACTGGGCACCAAGCTATAAATTGGTAGTAACTTTACTGAACTTAGTTATTATTTTTTCATATTACATGCACTCATTTATAATATAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16053478 130 +  48129895 TAGCTCCTTATCTGTAATGTTTGTTTCAAAACAAATCTGTGTATTATTTTAAGAAACCACAAATCCTTTTGAAACAAAGGCAAAAT--------GTGAAGAAATGATTAATCGTGTTGCCTTAGAAAAATCAAGAacc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14279294 130 +  48394510 TAGCTCCTTATCTGTAATGCTTGTTTGAAAACAAATCTGTGTATTATTTTGAGAAACCACAAATCCTTTTGAAACAAAGGCAAAAT--------GTGAAGAAATGATTAATCGTGTTGCCTTAGAAAAATCAAGAacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164207038 138 - 196418989 TAGCTCCTCATCTTTAATGCTTGTTTCAAAATAAATCTATGTATTATTTTAAGAAACCACAAATCCTTTTGAAACAAAGACAAAATACAAAGTAATGAAAAAATGATTAATCGTGTTGCCTTAGAAAAATCGAGAacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16053608 46 +  48129895 atggaatactgtgcagccat-aaaatgaatgagttcatgtcttttgc
s rheMac2.chr3  164207176 47 - 196418989 atggaatactatgcagccataaaaaagaatgagttcatgtcttttgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14279424 46 +  48394510 aaggaatactatgcagccat-aaaaagaatgagttcttgtctttttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14778300 46 +  46489110 atggaatactgtgcagccat-aaaatgaatgagttcatgtcttttgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=359449.000000
s hg19.chr21     16053654 289 +  48129895 agggacatggatgaaatagaaaccatcatcctcagcaaacaaacacaggaacagaaaaccaaacactgcatgttctcacttataagtgggagctgaacaatgagaacacatggacacagggaggggaacattgcacaccagggcctgttgtgggggaggagagcaagggaagggatagcattaggacaaatacctaatgcatgtggggcttgaaac---gatgacaggttaatgggtgcagcaaacccccatggcacatgtatacctatgtaacaaacctgcacattcagcg
s rheMac2.chr3  164207223 292 - 196418989 agggacatggatgaaatagaaaccatcatcctcagcaaacaaacacaggaacagaaaactaaacactgtgtgttctcacttataagtgggagttgaacaaggagaacacatggacacagggaggggaacaacacacaccagggcctgtcgtgggggaggagagcaaggggagggagagcattaggacaaatacctaatgcatgtggggcttaaaacctagatgacaggttgataggtgcagcaaacccccatggcacatgtatacctatgtaacaaacctgcaggttctgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14279470 292 +  48394510 agggacatggatgaaatagaaaccatcatcctcagcaaacaaacacaggagcagaaaaccaaacactgcatgttctcacttataagtgggagttgaacaataagaacacatggacacagggaggggaacattgcacaccagggcctgtcgtgggggaggagagcaaggggagggatagcattaggatagatacctaatgcatgtggggcttgaaacctagatcacaggttgatgggtgcagcaaacccccatggcacatgtatacctatgtaacaaacctgcacattcagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14778346 292 +  46489110 agggacatggatgaaatagaaaccatcatcctcagcaaacaaacacaggaacagaaaaccaaacactgcatgttcttacttataagtgggagttgaacaatgagaacacatgggcacagggaggggaacattgcacaccagggcctgttgtgggggaggagaggaaggggagggataacattaggacaaatacctaatgcatgtggggcttgaaacctagatgacaggttgatgggtgcagcaaacccccatggcacatgtatacctatgtaacaaacctgcacattcagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16053943 30 +  48129895 catgtatcccagaacttaataaaataaaat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 10

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 10 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14280011 160 +  48394510 ATCAGTTATTGTGTGCATGTGTGCTCCTTCAATGTTCCCCTCTGTGTATATTTGAACTGAGATTACTAAAATAGATAAATGTGCATTTTTTATTTTATAAATAGTTTGTACAGCTCTGTATATAGTATTCTTTGTCTATATGTGTGTTTGTATTTAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14778887 152 +  46489110 ATCAGTTAT--------TGTGTGCTCCTTCAATGTCCCCCTCTGTGTATATTTGAACTGAGATTACTAAAATAGATAAATGTGCATTTTTTATTTTATAAATAGTTTGTACAGCTCTGTATATAGTATTCTTTGTCTATATGTGTGTTTGTATTTAAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14280171 25 +  48394510 TATGTTTAC-TTTTTCTCtctctaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16054371 40 +  48129895 TGATAGAATTGTGGATTTAATTTTCTACTTTCTAATTGCT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14280296 145 +  48394510 ATAATTTAATGCTTTTTAGAATTTCCCATTAAAATAATTTCCATTCAGGAACAAACTAGAGAACGGTCTGAGAATGTGTGATGGTTGTGGTCATCCCGGTACTCCTATTCAGATGACAGGCCTGATTCATTCTCCTGCAAAGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14779165 145 +  46489110 ATAATTTAATGCTTCTTAGAATTTCCCATTTAAATAATTTCCATTCAGGAACAAACTAGAGAACAGTCTGAGAATGTGTGATGGTTGTTGTCATCCCGGTACTCCTATTCAGATGAGAGGCCTCATTCATTCCCCTGCAAAGAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16055518 31 +  48129895 gggaacagggagagaggaaggaaaggaagga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=213827.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14780599 48 +  46489110 gagagagacagagagagaaagagaggagagaAgaaggaaggaaggaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14281740 42 +  48394510 GAAAGAGATAGAG------AGAGAGGAGAGAAgaaggaaggaaggaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14780647 151 +  46489110 gaagaaaggaaggaaggaaggtaggaaggagggaaggaaggaaggtaggaaggagggaaggaaggaaggcaaggagggagggaggga---agggaagggga-aaaaaacaaacaagcgagagggagggaggcagggaggaagaaaggaaggagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164209668 190 - 196418989 aTCTAtttcttttcttctttttttgagatggagtctcagtcactctgtcgcccgggccggagtgctgtgatgcgatctctactcactgcaaactctgcctcctgggttcaagcaattcgcacgcctcagtctcccaagtagctaggattatagctgcacgccaccatgccttacccggctaatttttgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164209858 124 - 196418989 tttttagtagagacaaggttttaccatgttggccaggctggtcttgaactcctgacctcaggtgattcgcccacccaggcctccaaaagtgctgagattccaggcatgagccatcacaccAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14282147 124 +  48394510 tttttagtagagatgaggttttaccatgttagccaggctggtcttgaacttctgaccacaggtgatctgccctcctaggcctctcaaagtgctgagattccaggcatgagccaccacgcccggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14781007 124 +  46489110 tttttagtagagacaaggttttaccatgttagccaggctggtcttgaattcctgaccacaggtgatctgccctcctaggcctcccaaagtgctgagattccaggcatgagccaccgtgcccggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=599533.000000
s hg19.chr21     16056413 111 +  48129895 TGGGAGGAATCAATCTCTTAAATGTAGCAAGGGCCTTTTGAAATCTAAATAAAACACAAAAGGGCAAAACATTGACTAGCCGAACACTGGTCTTCTGACCCATCTGGGGTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=367415.000000
s hg19.chr21     16056524 61 +  48129895 TCAGCCTGGGCTACACTGAGCT-ACTTCTTGTGGTGCCTTGAAGTCAGTTAATTTCACTTCC
s panTro2.chr21  14781242 62 +  46489110 TCAGCCTGGGCTACACTGAGCTAACTTCTTGTGGTGCCTTGAAGTCAGTTAATTTCACTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=325522.000000
s hg19.chr21     16056585 85 +  48129895 TGTTTTCTGGGCCACTTCACCTCTCCACTATATCCAATTAATCAATACTTTCTAGTAATACCACATCGAATAATAAAACTCACAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=139410.000000
s hg19.chr21     16056670 34 +  48129895 CAGAAGCCACCATCACTCCCACCTCATTTTTAAT
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a score=125489.000000
s hg19.chr21     16056704 52 +  48129895 GGCCCATGCCTTATTGACCAGCTCTGTAATTACTTACCAGGCTCACTGCATG
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a score=429515.000000
s hg19.chr21     16056756 84 +  48129895 CCATTTACTTTAGCACCAACAAACTCATTCCCTTGCTGACCGGTGTGGATATGCCACTCCCCTACCTAAGTCAGTGCTTTTTCT
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a score=355042.000000
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a score=129295.000000
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a score=69279.000000
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s rheMac2.chr3  164210550 25 - 196418989 CTGGGATTCATTCAAGATGAATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164210845 356 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  164210845 356 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14783419 117 +  46489110 AGGCCCCGGAATGAGGGACGCCAGATGAGAAACGAGACTTAGTGATGATTTCTATAACAACATTTATCCCAACCACACTTTACATTTGTAATCTCTTAGACCTTGTAAAGGGGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14285595 117 +  48394510 AGGCCCCGGAATGAGGAACGCCAGATGAGAAACGAGCCTTAGTGATGATTTCTATAACAACATTTATCCCAACCACACATTACATTTGTAATCTCTTAGACCTTGTAAAGGGGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164212126 117 - 196418989 AGGCCCCAGCGTGAGGGACACGAGATGAGAAACAAGCCTTAGTGATGATTTCTATAACAACATGTATCCCAACCACACATTACATTTGTACTCTCTTACACCTTGTAAAGGGGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=112899.000000
s hg19.chr21     16058816 80 +  48129895 TATTAAAACTACAAAAA-GTAAACGTATATGGATCTAAATAATTAAGACAGAGAAGATAAAGTTAGCATCTGAGGCTGCAG
s panTro2.chr21  14783536 80 +  46489110 TATTAAAACTACAAAAA-GTAAACGTATATGGATCTAAATAATTAAGACAGAGAAGATAAGGTTAGCATCTGAGGCTGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14285712 81 +  48394510 TATTAAAACTGCAAAAAGGTAAACGTATATGGATCTAAATAATTAAGACAGAGAAGATAAGGTTAGCATCTGAGGCTGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164212243 81 - 196418989 TATTAAAACTGTAAAAAGGTAAATGTATATGGATCTAAATAATTAAGACAGAGAAGATCAGGATAGCATCCGAGGCTGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16058896 43 +  48129895 GTAGGATGGATTTCAGCT--------------------GAGCTGGAACTAGAGCAGAAGCAAC
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i panTro2.chr21 C 0 I 4
s ponAbe2.chr21  14285793 63 +  48394510 GTAGGACGGATTTCACCTGAGCTGGGGAAAGTTTTTAGGAGCTGGAACTAGAGCAGAAGCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
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i rheMac2.chr3  C 0 I 4

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s panTro2.chr21  14783683 95 +  46489110 CTGTGAGAAGGGTTATAGGCAGACGTGGGAAAGAAGGTGTTTAAGAAGTGTTGCAACTTTCATTTTCACATTCTCAATGTTCTCACTCTGGTTTT
i panTro2.chr21 I 4 C 0
s ponAbe2.chr21  14285860 95 +  48394510 CTGTGAGAAGGGTTATAGGCAGACGTGGGAAAGAGGGTGTTTAAGAAGTGTTGCAACTTTCATTTTCACATTCTCATTGTTCTCACTCTGGTTTT
i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s rheMac2.chr3  164212391 95 - 196418989 CTATGAGAAAGATTTTAGGCAGGCGTGGGAAAGAGGATGTTTAAGAAGTGTTGCAAATTTCATTTTCACATTCTCAGTGTTCTCACTCTGGTTTC
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14285962 64 +  48394510 CCCCAGACTGATATGTCTTCCAAAGCAGTACCCAATGGCTGGAATTTGTGTACATTGTCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164212493 64 - 196418989 CGCCAGACTGATATGTCTTCCAAAGCATTACCCAATGGCTGGAATTAGTGTACATGATCATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=543372.000000
s hg19.chr21     16059204 59 +  48129895 TCCATTCCCTGTCCTCTGACCTTCAGCACAGACCacagaacaatggttgagaacgcaga
s panTro2.chr21  14783948 59 +  46489110 TCCATTCCCTGTCCTCTGACCTTCAGCACAGACCacagaacaatggttgagaacgcaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=294320.000000
s hg19.chr21     16059292 42 +  48129895 tgtccgtgaccatgagcagactgtgtgctttgcattcttcca
s panTro2.chr21  14784036 42 +  46489110 tgtccgtgaccatgagtagactgtgtgctttgcattcttcca
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16059334 50 +  48129895 tctgtctaatggggacaataatagttcctcccaggcttgttataaaaatg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14286412 76 +  48394510 AAGTGAAGCGTCAAGTAAATTGTTTCTTCATAGTGAATAAAGAAACAGTTATGGAATGCCCAGCATATGCCTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164212943 76 - 196418989 AAGTGAAGCGTTGAGTAAATTGTTTCTTCATAGCGAATAAATAAACAGTTACGGAATGCCCAGCATATGCCTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164213019 59 - 196418989 CACATCCGCTAATCCTCCTGGGTAAAGCCAACAGTGATACTAGGGGAATAGTTATCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16059626 15 +  48129895 CCTGCCTGCAACCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16059657 4 +  48129895 acca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14286582 111 +  48394510 ggaagaatatcagggctcctatagccttaccctttatttttgcaaataaaggaactgaaagagtttaaagaatttgctgaaagccacaccacatatttagtatcagagtca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164213113 111 - 196418989 gggagaatatcagggctcctataaccttacgctttatttctgcaaataaaggaactgaaagagtttaaagaatttgcttaaagccacatcacgtatttagtatcagagtca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16059977 25 +  48129895 AGCAAATAACTTTGCACAATTTTTT
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a score=564331.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164213551 76 - 196418989 AACTAAAAGTAACCTACTTGAAAACTCAGACCTCAGGCTTTACAGTTTGCATGCACTCTGTAGGAATACATCACTT------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14287018 76 +  48394510 AACTAAAAGTAACCTACTTGAAAACTCCGTCCTCAAGCTTTACAGTTCGCATGCACTCTGTAGGAATGCACAACTT------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14784839 82 +  46489110 AACTAAAAGTAACCTACTTGAAAACTCAGTCCTCAAGCTTTAGAGTTTGCATGCACTCTGTAGGAATGCATAACTGTAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1210542.000000
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s rheMac2.chr3  164213627 102 - 196418989 TGGGGTCATGATTCGCCTTTGGGAACTCTTGAAGTGAgtctgtttactcttgtatttcagcacctagcccagtgcacagcattcagtgaatgtttCTGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=945442.000000
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s rheMac2.chr3  164213729 63 - 196418989 CCTATTTTAGCGTATATcagcggccctcaaactttactgaacatgagaatcacttggcagagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164214265 102 - 196418989 ATATCTTCAAGTCTATTCTTTTTGCTTGTTTTCAAATACTCTAAATTAGGACAATGATCTCAGAGTAGGGCTCACATCATGAGAGGCAATGTGACTGCAGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16061176 84 +  48129895 TTACAATTTTCCTCCTTTGGAAAT----ATTAAAGAAAATACGTTTGGTGGTTTAATTATCATCAAAAAGTAATTGAGGGAGACTGGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=268176.000000
s hg19.chr21     16061382 26 +  48129895 GAACCTAAC---ATGAATGTAAGTACAGA
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a score=383887.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14288370 248 +  48394510 TTACTACTTTCCTTACACACTCTACACTTTCCAAAGTGCGACCCGGCACACTTGAATAGATCCACTGTGTGCTTAAAGAGATCACTCCTATTGTTATTTCAAGGGAAATATTTTAAGACTTGAGATATTATAGAAACCTGAACAAAAGGAAAGGGAAAAAAAATAACTGGAGAACAAAGTGATACAGTCTCCCCAGGCTTGAGTGAAAATCAAATTAGCATGGtgtattagtccgttctcatgttgct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164214915 237 - 196418989 TTACTACTTTCCAGACACTCGCTACACTTTCCAAAGTGTGACCTGGCACACTTGAATCCATCCACTGTGTGCCTAAAGAGACCACCCTTATTGTTATTTCAAGGGAAATATTTTAAGACTT-----------GAAATCTGAACAAATAGAAAAGGGAAAAAAAAAATTGGAGAACAAAGTGATACAGTCTGCCCAGGCTCGAGTGAAAATCAAAGTAGCATGGtgtactagtccattctcatgttgct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183095.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164215253 231 - 196418989 aaaggaagaacaaagacttatcttacatggcagcaggca--agagggtgtgcaggggaactgccctttataaatttgattttgtgagacttatttgctaccacaagagcagcatgggaaaaacccacctctatgattcaattacctcccaccaggtccctcccacaacacatggggattatgggagctacaattcaagatgagatttgggtggggacgcagccaaaccatatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16062033 99 +  48129895 GCATGGTATTCATTGATATGTAAATGGAACCAATAATCAACTAACAATGATAAgccttgtactgagaaaatgacaaagaagaagtatatagggcccctg
s panTro2.chr21  14786784 99 +  46489110 GTATGGTATTCATTTATATGTAAATAGAACCAATAATCAACTAACAATGATAAGCCTTGTACTGAGAAAATGACAAAGAAGAAGTATATAGGGCCCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14288952 99 +  48394510 GCATGGTATTCATTGATATGTAAATGGAACCAATAATCAACTAACAATGATAAgcctagtactgagacaatgacaaaaaagaagtatatagagcccctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164215484 99 - 196418989 GCATGGTATTCATTGATATGTAAATGGAACCAGTAATCAACTAACAATGATAAGCCTTGTTCTGAGAAAGTGACAAAAAAGAAGTATATAGGGCCCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14786883 89 +  46489110 TTTTTAAGAAACTTACAAACGATTGGTGGTGAAGACAACATAAATGCATATAGATTACAAAAGTGTCAGAAACAGGTATGTGCATATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14289051 89 +  48394510 tttttaagaaacttacaaaccattggtggtgaagacaacataaatgcatatagattacaaAAGTGTCAGAAACAGGTATGTGCATATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164215583 89 - 196418989 TTTTTAAGAAACTTGCAAATTATTGGTGGTGAAGACCATATACATGCATGTGGATTACAAAAGTGTCAGAAACAGGTATGTGCATATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14289140 80 +  48394510 CATAGGACAGTGGCGATAAACTTCTAAAAATCAAACAAAGTTTGGACAGAAATAAGTGGCCTGGTTTCATGGAAAGGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164215672 80 - 196418989 CATAGGACAGTGGCAATGAAGTTGTAAAAATTAAACAAAGTTTGGACAGAAATAAGTGGCCTGGTTTCATGGAAAGGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14787052 79 +  46489110 GTGAGCGATGTTTTAAGTGAGGGCAGTGGCAAATCTTAAAGTAGGAAAATAATAAGGCAAGCAGGACGGCATAGTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164215752 79 - 196418989 GTGGGCGATGTTTTAAGTGAGGGCAGTGGCAAATCTTAAAGTAGGAAAATAATAAGGCAAGCAGGATGGCATAGTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14787131 39 +  46489110 GCCTGGCTGCAGACGGGAGGTGAGAGTGGTGTGCAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=644823.000000
s hg19.chr21     16062419 45 +  48129895 AAAATAAGAACAGCAAGGTACGGGATGAACAAAGAAAGAGAGTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14290047 68 +  48394510 CCAAAGTTAGGTGGCTGGGAAAAGTCTGTTAACACAGCTCCCCTTGGCTGGGATTCACTCCAGTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14787877 68 +  46489110 CCAAAGTTAGGTGGCTGGGAGAAGTCTGTTAACACAGCTCCCCTTGGCTGGGATTCACTCCAGTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164216757 111 - 196418989 AACTTTTCTAATGAGGTTTGACATTTGACTACCATGGCATATGTGTCTTTCTCCACCATGTCACCCTCCCCC-ACTCTCTGCTTTCTCTGCTCTTCCTTAG----GTGAGTGAATG
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s hg19.chr21     16063432 80 +  48129895 ATCTGATCTGTGCCTTATATGACCATGCTCTAGTTTGATTAATCTCTCTCATCAACGCTCCTTCCTGAATCCTCTGATTA
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s ponAbe2.chr21  14290344 80 +  48394510 ATCTGATCTGTGCCTTACATGACCATGCTCTAGTTTGATTAATCTCTCTCATCAACGCTCCTTCCTGAATCCTCTGATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164216868 80 - 196418989 ATCTGATCTGTGCCTTGTATGACCATGCTCTAGTGTGATTAATCTCTCTCATCAGCGCTCCTTCCTGAATCCTCTGATTA
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a score=1184453.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14290424 54 +  48394510 AATCTGGTCTTCTCTCTCCCCCCTCCATAATACATGGGACATTTTAGCAGCTAT
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s hg19.chr21     16063710 25 +  48129895 TTCTTTTCCTGTTACATCGACAAAC
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a score=1253448.000000
s hg19.chr21     16063924 127 +  48129895 CAAGCAGTCAAAATTCTGGCAAAATTCTACATATGTAAGTCCTTTATATAATGTTATTTTTTAATTAGCCCAGTTCATGAATTACTGAAAAGTGACACAATAAATTAACTAGTTGTTTGGCTCAAA----------a
s panTro2.chr21  14788666 137 +  46489110 CAAGCAGTCAAAATTCTGGCAAAATTCTACATATGTAAGTCCTTTATATAATGTTATTTTTTAATTAACCCAGTTCATGAATTACTGAAAAGTGACACAATAAATTAACTAGTTGTTTGGCTCAAAacacacacaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291183 135 +  48394510 CAAGCAGTCAAAATTCTGGCAAAATTCTATATATGTAACTCCTTTATATAGTGTTATTTTTTAATTAACCCAGTTCATGAATTACTGAAAAGTGACACAATAAATTAACTAGTTGTTTGGCTCAAA--acacacaca
i ponAbe2.chr21 I 347 I 1
s rheMac2.chr3  164217357 128 - 196418989 CAAGCAGTCAAAATTCTGGCAAAATTCTACATATGTAAGTCCTTTGTATAATGCCATTTTTTAATTAACCCAGTTCATGGATTACTGAAAAGTGACACAATAAATTAACTAGTTGTTTGGCTCAAa---------ca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=522629.000000
s hg19.chr21     16064051 81 +  48129895 cacacacacacacacacacaAAACAAAA---TGGCTGGACTGATTTTTCACCAATTTGACTGAATTAACTGAAAGTTTGGTCGT
s panTro2.chr21  14788803 81 +  46489110 cacacacacacacacacacaAAACAAAA---TGGCTGGACTGATTTTTCACCAATTTGACTGAATTAACTGAAAGTTTGGTCGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291319 84 +  48394510 cccacacacacacacacacaAAACAAAAAACTGGCTGGACTGATTTTTCACCAATTTGACTGAATTAACTGAAAGTTTGGTCGT
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  164217485 80 - 196418989 cacacacacacacacacCC----CAAAATACTGGCTGGACTGATTTTTCACCAATTTGACAGAATTAGCTGAAAGTTTGGTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=820628.000000
s hg19.chr21     16064132 45 +  48129895 GGT----ATAGAGTCTTTAGTAAATCTGCTCACTAATTAATTTTCTGAT
s panTro2.chr21  14788884 49 +  46489110 GGTATAGATAGAGTCTTTAGTAAATCTGCTCACTAATTAATTTTCTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291403 49 +  48394510 GGTATAGATGCAGTCTTTAGTAAATCTGCTCACTAATTAATTTTCTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164217565 49 - 196418989 CGTATAGATACAGTCTTCAGTAAATCTGCTCACTAATTAATTTTCTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1104452.000000
s hg19.chr21     16064177 42 +  48129895 GGTGATGAATTAGCTGATAACAGCTAAAATAAGACATGACCT
s panTro2.chr21  14788933 42 +  46489110 GGTGATGAATTAGCTGATAACAGCTAAAATAAGACATGACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291452 42 +  48394510 GGTGATGAATTAGCTGATAACAGCTAAAATAAGACATGACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164217614 42 - 196418989 GGTGATGAATTAGCTGATAACAGCTAAAATAAGACATGACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1876595.000000
s hg19.chr21     16064219 80 +  48129895 TTATAAGCTGAAATCGCCTGTGGGTCTAAAGAGGATGAAGTAATAATATAGTGCCAGGTGCAGCTCGCATCAATTAGGTA
s panTro2.chr21  14788975 80 +  46489110 TTATAAGCTGAAATCGCCTGTGGGTCTAAAGACGATGAAGTAATAATCTAGTGCCAGGTGCAGCTCGCATCAATTAGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291494 80 +  48394510 TTATAAGCTGAAATCGCCTGTGGGTCTAAAGAGGATGAAGTAATAATGTAGTGCCAGGTGCAGCTCGCGTCAATTAGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164217656 80 - 196418989 TTATAAGCTGAAATCGCCTGTGGGTCTAAAGAGGATGAAGTAATAATATAGTGCCAGGTGCAGCTCACATCAATTAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1531903.000000
s hg19.chr21     16064299 84 +  48129895 GAAAAAAATAAACGATCCAGAGAGAG--TTAGACTGACTTGTCTAAGCCAGGTAGGCTTCTGAAGTCAGAGCTGACCCCACTTCAA
s panTro2.chr21  14789055 84 +  46489110 GAAAAAAATAAACGATCCAGAGAGAG--TTAGACTGACTTGTCTAAGCCAGGTAGGCTTCTGAAGTCAGAGCTGACCCCACTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291574 84 +  48394510 GAAAAAAATAAAAGATCCAGAGAGAG--TTAGACTGACTTCTCTAAGCCAGATAGGCATCTGAAGTCAGAGCTGACCCCACTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164217736 86 - 196418989 GAAAAAAGTAAAAGATCCAGAGAGAGTTTTAGACTGACTTGTCTAAGCCAGACAGGCATCTGAAGTCAGAGCTGACCCCACTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1151456.000000
s hg19.chr21     16064383 67 +  48129895 ACGTGGCATAATAATATGGCAGTGTAACTAAGAGAAGCACGGTGCTTAGCTGTATTAATAGAAAAAC
s panTro2.chr21  14789139 67 +  46489110 ACGTGGCATAATAATATGGCAGTGTAACTAAGAGAAGCACGGTGCTTAGCTGTATTAATAGAAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291658 67 +  48394510 ACATGGTATAATAATATGGCAGTGTAACTAAGAGAAGCACGGTGCTTAGCTGTATTAATAGAAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164217822 67 - 196418989 ACGTGGCATAATAACATGGCAGTGTAACTAAGAGAAGCACGGTGCTTAGCTGTATTAATAGAAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=753218.000000
s hg19.chr21     16064450 113 +  48129895 AGCATGTCAGGAAATGATGAAATTCTCATTAACAGTTTCCAAGcagggctgatattcagctagtaagtaccagggtggcattcaggtaagagtgtttatgctgatcggtcaat
s panTro2.chr21  14789206 113 +  46489110 AGCATGTCAGGAAATGATGAAATTCTCATTAACAGTTTCCAAGCAGGGCTGATATTCAGCTAGTAAGTACCAGGGTGGCATTCAGGTAAGAGTGTTTATGCTGATCGGTCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291725 113 +  48394510 AGCATGTCAGGAAATGAAGAAATTCTCATTAACAGTTTCCAAGcagggctgatattcagctagtaagtaccagggtggcattcaggtaagagtgtttatgctgatcggtcaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164217889 113 - 196418989 AGCATGTCAGGAAATGAAGAAATTCTCATTAACAGTTTCCAAGCAGGGCTGATATTCAGTTAGTAAGTACCAGGGTGGCATTCAGGTAAGAGTGTTTATGCTGATCGGTCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-11990.000000
s hg19.chr21     16064563 36 +  48129895 gtccatcagtgtt-aaatatttAAGATTCTGTGTATG
s panTro2.chr21  14789319 36 +  46489110 GTCCATCAGTGTT-AAATATTTAAGATTCTGTGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291838 37 +  48394510 gtccatCAGTGTTAAAATATTTAAGATTCTGTGTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164218002 36 - 196418989 GTCCATCAGTGTT-AAATATTTAAGGTTCTGTGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=894740.000000
s hg19.chr21     16064599 159 +  48129895 TGAGGAAAGTTAGTGTTATAGGATA-TATTTTGATACCAATTAAAGGGAAAGTATGATCACTGTAAAATTTACTGAAGATATGGACTCTACTCTTGCCTTTTCCCTTAATAAGAGCCCAATGCAAGTTATCTCTGTAACCCTTTGTTTCAGTACAGAAAG
s panTro2.chr21  14789355 160 +  46489110 TGAGGAAAGTTAGTGTTATAGGATACTATTTTGATACCAATTAAAGGGAAAGTATGATCACTGTAAAATTTACTGAAGATATGGACTCTACTCTTGCCTTTTCCCTTAATAAGAGCCCAATGCAAGTTATCTCTGTAACCCTTTGTTTCAGTACAGAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14291875 160 +  48394510 TGAGGAAAGTTAGTGTTATAGGATACTATTTTGATACCGATTAAAGGGAAAGTATGATCACCGTAAAGTTTACTgaagatttggactctactcttgccttttcccttaataagagcccagtgcaagttatctctgtaaccctttgtttcaatacagaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164218038 160 - 196418989 TAAGGAAAGTTAGTGCTATAGGATACTATTTGGATACTGATTAAagggaaagtatgatcactgtaaagtttactgaggatatggactctactcttgccttttcccttaataagagcctagtgcaagttatctctgtaaccctttgtttcaatacagaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16064758 28 +  48129895 TTGGACGAAATAATATTGATTACCACTT
s panTro2.chr21  14789515 28 +  46489110 TTGGACGAAATAATATTGATTACCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292035 28 +  48394510 ttggactaaataatattgattaccactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164218198 28 - 196418989 ttggaccaaataatattgattaccactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1216669.000000
s hg19.chr21     16064786 97 +  48129895 CTAGCTCTAAAATTATGACTCAAGGAAACCTTGTCTCTGAATTTTTCAAACTGAATAGTTTCATATTTAATTTAAAATACAAAATAAGGTCTACGCC
s rheMac2.chr3  164218226 97 - 196418989 ctagctctaaaattatgactcAAGGAAACCTTGTCTCTGAATTTTTCAAACTGAATAATGTCATATTTAATTTAAAATACAAAATAACGTCTATGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292063 96 +  48394510 ctagctctaaaattatgactcAAGGAAA-CTTGTCTCTGAATTTTTCAAACTGAATAGTTTCATATTTAATTTAAAATACAAAATAAGGTCTATGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14789543 97 +  46489110 CTAGCTCTAAAATTATGACTCAAGGAAACCTTGTCTCTGAATTTTTCAAACTGAATAGTTTCATATTTAATTTAAAATACAAAATAAGGTCTACGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=865161.000000
s hg19.chr21     16064883 125 +  48129895 ATTTATACAAGAATTGTGTCTTTAAAAAACCCCGAATCTTAGACATTTAGTAATATTTAAAATTTTGCATTACTGCTATGTGAATGTGAATTGTATGCCTCTCCATAATAGTAAAAATATAAATG
s panTro2.chr21  14789640 125 +  46489110 ATTTATACAAGAATTGTGTCTTTAAAAAACCCCGAATCTTAGACATTTAGTAATATTTAAAATTTTGCATTACTGCTATGTGAATGTGAATTGTATGCCTCTCCATAACAGTAAAAATATAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292159 125 +  48394510 ATTTATACAAGAATTGTGTCTTTAAAAAACCCCGAATCTTAGACATTTAGTAATATTTAAAATTTTACATTACTGCTATGTGAATGTGAATTGTATGCCTCTCCATAACAGTAAAAATATAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164218323 125 - 196418989 ATTTATACAAGAATTGTGTAATTACAACACCCTGAATCTTAGACATTTAGTAATATTTAAAATTTTACATTACTGCTATGCGTGTGTGAGTTGTTTACCTCTCCATAACAGTAAAAATATAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=363195.000000
s hg19.chr21     16065008 51 +  48129895 AATAACATAAAAATAAAACTTTATCATCACTCAAAAAACCAAGACATCGGT
s rheMac2.chr3  164218448 51 - 196418989 AATAACATAAAAATAAAACTTTATCATCATTCAAAAAACCAAGACATTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292284 51 +  48394510 AATAACAAAAAATTAAAACTTTATCGTCACTCAAAAAACCAAGACATTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14789765 51 +  46489110 AATAACATAAAAATAAAACTTTATCATCACTCAAAAAACCAAGACATCGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-107271.000000
s hg19.chr21     16065059 94 +  48129895 TGGGGACACTAATGTGAATGTGTAATTTTACTTTTCTTCCTTCTCtttttatttttttaatttttaaaatttattttattttaattttttcaga
s rheMac2.chr3  164218499 94 - 196418989 TGGGAACGCTAATATGAATGTGCGATTTTCCTTTTCTTTCTTCTCTTGttatttttttaattttaaaaatttattttattttaattttttcaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292335 94 +  48394510 TGGGGACACTAATGTGAATGTGTAATTTTACTTTTCTTCCTTCTCCttttatttttttaatttttaaaatttattttattttaattttttcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14789816 94 +  46489110 TGGGGACACTAATGTGAATATGTAATTTTACTTTTCTTCCTTCTCtttttatttttttaatttttaaaatttattttattttaattttttcaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=201276.000000
s hg19.chr21     16065153 165 +  48129895 caaggtctcactctgtcacccaagctggggtgcagtggcacaatcacagctcaatgcatccttgacctcccaggctcaagtgatcctcccacatcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgcaccaccacgtctggctaattttttgtggg-tttttttgt
s panTro2.chr21  14789910 165 +  46489110 caaggtctcactctctcacccaagctggggtgcagtggcacaatcacagctcactgcatccttgacctcccaggctcaagtgatcctcccacatcagcctcccaagtacctgggattacaggcatgcaccaccatgtctggctaattttttgtggg-tttttttgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292429 156 +  48394510 caaggtctcactctgtcacccaagctgggatgcagtggcacaatcacagctcactgcatccttgacctcccacgctcaagtgatcctcccacatcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgcaccaccatgtctggctaattttttgtagg----------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164218593 166 - 196418989 caaggtctcactccttcacgcaggctggggtgccatggcacaatgacagccctctgcatcgttgacctcccaggctcaagtgatcctcccacatcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgcaccaccatgcctggctaattttttgtgggttttttttgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59838.000000
s hg19.chr21     16065318 67 +  48129895 agagttttgccacgttgaccaggcaggtctcaaactcctgggcttgagtgatctgcccacctcagcc
s rheMac2.chr3  164218759 67 - 196418989 agagttttgccatgttggccaggcaggtctcaaactcctgggcttgagtgatctgcccacctcaacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292585 62 +  48394510 -----tttgccatgttggccaggcaggtctcaaactcctgggcttgagtgatctgcccacctcagtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14790075 67 +  46489110 agagttttgccatgttggccaggcaggtctcaaactcctgggcttgagtgatctgcccacctcagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42786.000000
s hg19.chr21     16065385 49 +  48129895 tcaaagtactggcatttcaagtgtgagctgtggcacccagcATC------ttttt
s panTro2.chr21  14790142 50 +  46489110 tcaaagtactggcatttcaagtgtgagctgtggcacccagcATC-----tttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292647 55 +  48394510 tcaaagtactggcatttcaagtgtgagctgtggcacccagcATCttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164218826 49 - 196418989 tcaaagtactggcatttcaggtgtgagctgtagcacccagcatc------ttttt
i rheMac2.chr3  C 0 I 8

a score=91821.000000
s hg19.chr21     16065434 203 +  48129895 ttttttttgagatggagtcttgctctgtcgcccaggctagagtgcagtggcaccatctcggctcactgcaagctccacctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggtgcccgccaccacgccctgttaatttttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccag
s panTro2.chr21  14790192 203 +  46489110 ttttttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggctagagtgcagtgacaccatctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacaccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggtgcccgccaccacgccctgttaatttttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292702 202 +  48394510 ttttttttgaggtggagtctcgctgtatcacccaggctagattgcagtggcaccatctcggctcactgcaggctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcct-cggagtagctgggactacaggtgcccaccaccacaccctgctaatttttttgtatttttagtagagacggggtttcactgtgttagccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164218875   8 - 196418989 I

a score=-29279.000000
s hg19.chr21     16065637 19 +  48129895 gaCCAGCATCTTTTTAAAA
s ponAbe2.chr21  14292904 19 +  48394510 gaCCAACATCTTTTTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14790395 19 +  46489110 gaCCAGCATCTTTTTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164218883  4 - 196418989 ---------------aaaa
i rheMac2.chr3  I 8 C 0

a score=309207.000000
s hg19.chr21     16065656  96 +  48129895 A---------AATCCATACTTATTTTTGATCCATTCAAGAGGTTGTATATTTGGCAGGGGGTGAGGAGAAGTGACTACATTAGTTTGAATGAAGAGAGAAAGAGA
s panTro2.chr21  14790414 105 +  46489110 AAATCCATACAATCCATACTTATTTTTGATCCATTCAAGAGGTTGTATATTTGGCAGGGGGTGAGGAGAAGTGACTACATTAGTTTGAATGAAGAGAGAAAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14292923  96 +  48394510 A---------AATCCATACTCATTTTTGATCCATTCAAGAGGTTGTATATTTGGCGGGGGGTGAGGAGAAGTGGCTACATTAGTTTGAATGAAGAGAGAAAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164218887  96 - 196418989 a---------aatCCGTATCTATTTTTGATCCATTCAAGAGGTTGTATATTTGGCAGGGGGTGAGGAGAAGTGACTACATCAGTGTGAATGAAGAGAGAAAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235761.000000
s hg19.chr21     16065752 54 +  48129895 AGCCACCCAAAGTCAAATTCACAGAAAAAAAATTTTTATTTGCTTTTGATTGTT
s panTro2.chr21  14790519 54 +  46489110 AACCACCCAAAGTCAAATTCACAGAAAAAAAAAATTTATTTGCTTTTGATTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293019 53 +  48394510 AGCCACCCAAAGTCAAGTTTACAGAAAAAAAA-TTTTATTTGCTTTTGATTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=632763.000000
s hg19.chr21     16065806 41 +  48129895 CAAATGATCATTCTATATAATTCATTAACCACATCTCATGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=381032.000000
s hg19.chr21     16065847 29 +  48129895 CATTAGAAAGGAGAACATGCAGTATTGAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219077 29 - 196418989 CATTAGAAAGGAGAACATGCAGTATTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=514665.000000
s hg19.chr21     16065876 107 +  48129895 GCCAAATTAGAACAGACATGGCCCATGATTTTCCTGAAAACACCAAGGTACACATTATTATTAGTGTGGATCTCACTGAATGTACGTAGAGCTGAAATTTTTATTAG
s panTro2.chr21  14790643 107 +  46489110 GCCAAATTAGAACAGACATGGCCCATGATTTTCCTGAAAACACCAAGGTACACATTATTATTAGTGTGGATCTCACTGAATGTACGTAGAGCTGAAATTTTTATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293142 107 +  48394510 GCCAAATTAGAACAGATATGGCCCACGACTTTCCTGAAAACACCAAGGTACACATTATTATTAGTGTAGATCTCACTGAATGTACATAGAGCTGAAATTTTTATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219106 106 - 196418989 GCCAAATTAGAACAGATACGGCCCACGACTTTCCTGAAAATATCAAGGCACACATTATTATTAGTGTAGCTCTCACTGAATGTACGTAGAGTTGAAATTTTT-TTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193429.000000
s hg19.chr21     16065983 17 +  48129895 AAAAAAAAGGAAAGTCT
s panTro2.chr21  14790750 17 +  46489110 AAAAAAAAGGAAAGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293249 17 +  48394510 AAAAAAAAGGAAAGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219212 17 - 196418989 GAAAAAAAGGAAGGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59352.000000
s hg19.chr21     16066000 13 +  48129895 CCACACACTGCTC
s panTro2.chr21  14790767 13 +  46489110 CCACACGCTGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293266 13 +  48394510 CCACACGCTGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219229 13 - 196418989 CCTCTCGCTGCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=104072.000000
s hg19.chr21     16066013 25 +  48129895 CTCTCTGGTGCAGCTCATCTGCAAA
s panTro2.chr21  14790780 25 +  46489110 CTCTCTGGTGCAGCTCATCTGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293279 25 +  48394510 CTCTCTGGTGCAGCTCATCTGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219242 25 - 196418989 CTCTCTGGTGCAGCTCATCTGCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-73408.000000
s hg19.chr21     16066038 23 +  48129895 GCAGAAGCGAAAAGTCTCCTGAG
s panTro2.chr21  14790805 23 +  46489110 GCAGAAGCGAAAAGTCTCCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293304 23 +  48394510 GCAGAAGCGAAAAGTCTCCTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219267 23 - 196418989 GCAGTAGTGAAAAGTATCCTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1961815.000000
s hg19.chr21     16066061 117 +  48129895 CCTTTCATAATCCCAGCTAAATGCTTTCTCAGGCATTTTCCACATATTGCTCAGAGGTGTGTTGATTAAACTAGGCTTATTAGACTAATTGCTTTGTTTATAAGCACATGTGTTAGT
s ponAbe2.chr21  14293327 117 +  48394510 CCTTTCATAATCCCAGCTAAATGCTTTCTCAGGCATTTTCCACATATTGCTCAGAGGTGTGTTGATTAAACTAGGCTTATTAGACTAATTGCTTTTTTTATAAGCACATGTGTTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14790828 117 +  46489110 CCTTTCATAATCCCAGCTAAATGCTTTCTCAGGCATTTTCCACATATTGCTCAGAGGTGTGTTGATTAAACTAGGCTTATTAGACTAATTGCTTTGTTTATAAGCACACGTGTTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219290 117 - 196418989 CCTTTCATAATCCCTGCTAAATGCTTTCTCAGGCATTTTCCACATATTGCACAGAGGTGTGTTGATTAAACTAGGCTTATTAGACTAATTGCTTTCTTCATAAGCACGCGTGTTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16066178 264 +  48129895 ACACGAAATGGAGAGTGAAGTCAATATGAAGAAAAATACTTTATATAGTAAACATTTGGCCAGCAAACTGATTCTCCTGACTTTCTTCATCCATTATA--------------TAacacacacacacacacacacacacacacacacacaGGCAATGTGATGAAGAATACCAAATAGAAAG-AAACAAAATCAATTCTGGTAAGTAAAAGTGCACATTTCTTTTGAGATTCTTTTCTTTTTGAGATTAGAAGAGGTGAATGCGGGGAGGGATAAGACATT
s ponAbe2.chr21  14293444 269 +  48394510 ATACGAAATGGAGAGTGAAGTCAGTATGAAGAAAAATAGTTTATATAGAAAACATTTGGCCAGCAAACTGATTCTCCTGACTTTCTTCATCCATTATATAacacacacacatgcacacacacacacacacacacacacacacacacgcacgcaGTGTGATGAAGAATACCAAATAGAAAG-AAACAAAATCAATTCTGGCAAGTAAAAATGCAAATTTCTTTTGAGATTCTTTTCTTTTTGAGATTAGAAGAGGTGAATGAGGGGAGGGA---------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 18
s panTro2.chr21  14790945 266 +  46489110 ATACGAAATGGAGAGTGAAGTCAATATGAAGAAAAATACTTTATATAGTAAACATTTGGCCAGCAAACTGATTCTCCTGACTTTCTTCATCCATTATA------------acacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGGCAATGTGATGAAGAATACCAAATAGAAAG-AAACAAAATCAATTCTGGTAAGTAAAAATGCACATTTCTTTTGAGATTCTTTTCTTTTTGAGATTAGAAGAGGTGAATGCGGGGAGGGATAAGACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219407 238 - 196418989 ATACGAAACGGAGAGTGAAGTCAATATGAAGAAAAATAGTTTATATAGTAAACATTTGGCCAGCAAACTGATTCTCCCGACTCTCTTCATCCATTATA--------------TAACACACACACA----------------------CAAGCAAAGTGACGAAGAATACCAAATAGGAAGAAAACAAAATCAATTCTGGTTAGTAGAAATGCACA-----TTTGAGATTCTTTTCTTTTTGAGATTAGAAGAGGTGAATGAGGGGAGGGATAAGACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16066442 48 +  48129895 TTCTACTTAAGAACGAAGAAGTACTAAACATGGGGGATTTATTTAACA
s panTro2.chr21  14791211 48 +  46489110 TTCTACTTAAGAACGAAGAAGTACTAAACATGGGGGATTTATTTAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293731 48 +  48394510 TTCTACTTAAGAACGAAGAAGCACTAAACATGGGGGATTTATTTAACA
i ponAbe2.chr21 I 18 C 0
s rheMac2.chr3  164219645 48 - 196418989 TTCTACTTAAGAACGAAGAAGTACTAAACATGGGGGATGTATTTAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5084392.000000
s hg19.chr21     16066490 196 +  48129895 AGAAAAGTCACATGATTGAGATTAGACATCTCTTTCTCAAGGTGCTCCTGGGAGATAATGGCTCTCATACCTATCATTCAGTGAAGGCATTGGTTTTGTCTGGTAACATAAAAATGAATCTGAGGACAGACGTTAACTCCTTCATCTCTATCTAGC-CATGATGATTTTAAGAATAACTCTAGAATATATTTGTTCT
s panTro2.chr21  14791259 196 +  46489110 TGAAAAGTCACATTATTGAGATTAGACATCTCTTTCTCAAGGTGCTCCTGGGAGATAATGGCTCTCATACCTATAATTCAGTGAAGGCATTGGTTTTGTCTGGTAACATAAAAATGAATCTGAGGACAGACGTTAACACCTTCATCTCTATCTAGC-CATGATGATTTTAAGAATAACTCTAGAATATATTTGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293779 196 +  48394510 TGAAAAGTCACATTATTGAGATTAGACATCTCTTTCTCAAGGTGCTCCTGGGAGATAATGGCTCTTATACCTATAACTCAGTGAAGGCATTGGTTTTGTCTGGTAACATAAAAATGGATCTGAGGACAGAAGTTAACACCTTCATCTCTATCTAGC-CATGATGATTTTAAGAATAACTCTAGAATATATTTTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219693 196 - 196418989 TGAAAA-TCACTTTATTGAGATTAGACCTCTCTTTCTCAAGGTGCTCCTGGGAGATAATAACTCTCACACCTGTAATTCATTGAAGGCAATGGTTTCGTCTGGTAACATAAAAATGGATCTGAGGACAGAAGTTAACACCTTCATCTCTATCTAGCACATGACGATTTTAAGAATAACTCTAGAATATATTTATCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=228173.000000
s hg19.chr21     16066686 23 +  48129895 TTTACATTATTGTCATTTCTAAA
s panTro2.chr21  14791455 23 +  46489110 TTTACATTATTGTCATTTCTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293975 23 +  48394510 TTTACATTATTGTCATTTCTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219889 23 - 196418989 TTTACCTTATTGTCATTTCTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=21924.000000
s hg19.chr21     16066709 59 +  48129895 TTTTTTAAGTAGTAGAGTCTGTACGAGTCAATTTTCTTTAAAACATGGTAAACTTAAGA
s panTro2.chr21  14791478 59 +  46489110 TTTTTTAAGAAGTAGAGTCTGTACGAGTCAATTTTCTTTAAAACATGGTAAACTTAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14293998 59 +  48394510 TTTTTTAAGTAGTAGACTCTGTAGGAGTCAATTTTCTTTAAAACATGGTAAACTTAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164219912 53 - 196418989 TTTTTTAAGTAGTAGACTCT------GTCAATTTTCTTTAAAATGTGGTAAACTTAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218112.000000
s hg19.chr21     16066768 25 +  48129895 CAGTTAAAAAATAGAAACTATCAAA
s panTro2.chr21  14791537 25 +  46489110 CAGTTAAAAAATAGAAACTATCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=61032.000000
s hg19.chr21     16066793 56 +  48129895 TATATTCTGTATTCTGTAAATAAATAATTTAAAGTACCATTATctcatgcctgtaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=94341.000000
s hg19.chr21     16066849 76 +  48129895 tcccagcactttggcagactgaggtgggtggatcacttgaggtcaggagttcaagatcagcctggccaacatggtg
s rheMac2.chr3  164220046 76 - 196418989 tcccagcactttgggaggctgaagtgggtggatcacttgaggtcaggagttcaagatcagtctggccaacacggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14294138 76 +  48394510 tcccagcactttgggaggccgaggtgggtggatcactcgaggtcaggagttcaagctcagcctggccaacatggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14791618 76 +  46489110 tcccagcactttggcaggctgaggtgggtggatcacttgaggtcaggagttcaagatcagcctggccaacatggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16066925 23 +  48129895 aaaccctgtctctactaaaaa-aa
s panTro2.chr21  14791694 24 +  46489110 aaaccctgtctctactaaaaatac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164220122 21 - 196418989 aaactctgtctctactaaaaa---
i rheMac2.chr3  C 0 I 1816

a score=30997.000000
s hg19.chr21     16066948 22 +  48129895 aaaaattagtcaggcgtggtgg
s panTro2.chr21  14791718 22 +  46489110 aaaaattagtcaggcgtggtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164221959 22 - 196418989 aaaaattagccaggcgtggtgg
i rheMac2.chr3  I 1816 C 0

a score=90599.000000
s hg19.chr21     16066970 84 +  48129895 agggtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggttggagaattgcttgaaccccgaaggcagaggttgccgtgagctgag
s panTro2.chr21  14791740 84 +  46489110 agggtacctgtaatcccagctacttgggaggctgaggttggagaattgcttgaaccctgaaggcagaggttgccgtgagctgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164221981 84 - 196418989 agggggcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggttggagaattgcttgaacccagaaggcagaggttgcagtgagctgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=389690.000000
s hg19.chr21     16067054  93 +  48129895 attgcgccactgtaTAATCAAGGCAGG--------AAAAAAAAAGTTTAGCATAAAACAGGCAGAAGAGTTAGAAAATGATTCTTCATTTGTAAAATAGGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=54500.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16067172 28 +  48129895 TTTAAAAAAAGCAATGTTTAATATTCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14294461 28 +  48394510 TTTAAAAAAAGCAATGTTTAATATTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164222192 28 - 196418989 TTTAGAAAAAGCAACATTTAATATTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=307091.000000
s hg19.chr21     16067200 35 +  48129895 TTTCACTGTCTATATTTGCTTATCTCAGAAAAAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110471.000000
s hg19.chr21     16067235 22 +  48129895 GAATAGAAATAGATAAATGTTG
s panTro2.chr21  14792005 22 +  46489110 GAATAGAAATAGATAAATGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14294524 22 +  48394510 GAATAGAAATAGATAAATGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=23392.000000
s hg19.chr21     16067257 73 +  48129895 ATTTTTAATAAATAGATATTGAGCATACTCTCAGCAGCATCTTTGAATAAACCATGACCTCATCAGCAGCATC
s panTro2.chr21  14792027 70 +  46489110 ATTTTTAATAAATAGATATTGAGCATACTC---ATAGCATCTTTGAATAAACCATGACCTCATCGGCAGCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14294546 70 +  48394510 ATTTTTAATAAATAGATATTGAGCATACTC---ATAGCATCTTTGAATAAACCATGACCTCATCAGCAGCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164222277 38 - 196418989 ATTTTTAATAAATAGATATTGAGCATACTC---AT--------------------------------AGCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=394741.000000
s hg19.chr21     16067330 37 +  48129895 TTTGAATAAACCATGACCTCATCAGCAAACATTCCCA
s panTro2.chr21  14792097 37 +  46489110 TTTGAATAAACCATGACCTCATCAGCAAACATTCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14294616 37 +  48394510 TTTGAATAAACCATGACCTCATCAGCAAACATTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164222315 37 - 196418989 TTTGAATAAACCATGACCTCATCAGGAAACATTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385605.000000
s hg19.chr21     16067367 66 +  48129895 GCCTCGGCCCCTATCCTGCCT-TTTCCTTTCAACATTTGGCCCACTACCATCTGTTTTTCACCTTCA
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s ponAbe2.chr21  14294653 66 +  48394510 GCCTCGGCCCCTACCCTGCCT-TTTCCTTTCAACATTTGGCCCACTACCATCTGTTTCTCACCTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164222352 67 - 196418989 GCCTCTGCCCCTACCCTGCCTGTTTCCTTTCAAAATTTGGTCTACTACGATCTGTTTTTCACCTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=715800.000000
s hg19.chr21     16067433 72 +  48129895 TTATATGATGATTATAACCAAATTTTAACCTGCTTAATCTGATCTGTTTATGGGCAGGGAGTGAAGTTGTAA
s panTro2.chr21  14792200 72 +  46489110 TTATATGATGATTATAACCAAATTTTAACCTGCTTAATCTGATCTGTTTATGGGCAGGGAGTGAAGTTGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14294719 72 +  48394510 TTATATGATGATTATAACCAAATTTTAACCTGCTTAATCTGATCTCTTTATGGGCAGGGAGTGAAGCTGTAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164222491 31 - 196418989 GCCCTTTTTGTCCTTCACCCCAGTCCTTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  14294791 31 +  48394510 GCCCTTCTTGTCCTTGACCCCAGTCCTTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s panTro2.chr21  14792272 31 +  46489110 GCCCTTCTTGTCCTTGACCCCACTCCTTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
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i rheMac2.chr3  I 2 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=337522.000000
s hg19.chr21     16068410 54 +  48129895 AGATTAAGGATCATCCGAGAGGATGATAGCATTCTCTTCAGATTTCAAGACCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14295695 54 +  48394510 AGATTAAGGATCATCTGAGAAGGTGATAGCATTCTCTTCAGATTTCAAGACCAA
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s hg19.chr21     16068464 93 +  48129895 GGTTCAAGCACCCCTGGAAAAAAAAATAGTTAATTAAAATGGCTGTGAATGGAGGTAATAATGAAAATAAGTAACAACTAGAAAAGGATGAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164223444 93 - 196418989 GATTCAAGCACCCCTGGAAAAAAAAGTAGCTAATTAAAATGGCTGTGAATGGAGGTAATAATTAAAATAAGTAACAACTAGAAAAGGATGGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=307082.000000
s hg19.chr21     16068557 36 +  48129895 ATGCACCAACTGGGACAGACAAAACAAGCATTCAGA
s panTro2.chr21  14793324 36 +  46489110 ATGCACCAACTGGGACAGACAAAACAAGCATTCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14295842 36 +  48394510 ATGCACCAATTGGGACAGACAAAATAAGcattcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164223537 36 - 196418989 ATGCACCAATTGGGACAGACAAAATGAGCTTTCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14793360 180 +  46489110 ACTGACACCAACAATGAAGAACTAGTCCAGCTGTCGCAGTGTATGTTAGCTGGGCATCAGTTCTGGTTATAAAGTATGGGTTGGCTGAAATACTTATTGAACAAATGCTTCTTTAATCCCTCCACATGGATCAACTCTAGTCTGGTGTGACTGTCCTATCCCTGGAATTATCAGACCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164223573 180 - 196418989 ACTGACACCAACAATGAAGAACTGGTCCAGCTGTCCCAGTGCATGCTAGCTGGGCATCAGTTCTGGTTATAAAGTACAGGTTGGCTGAAATACTTATTGAACAAATGCTTCTTTAATCCCTCCACATGGATCAACTCTAGTCTGCTGTGACTGTCTTAACCCTGGAATTATCAGACCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=375432.000000
s hg19.chr21     16068773 35 +  48129895 CAACCATGTTATTTAGACCATCCTGATCTGTTCAG
s panTro2.chr21  14793540 35 +  46489110 CAACCATATTATTTAGACCATCCTGATCTGTTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14296058 35 +  48394510 CAACCATGTTATTTAGACCATCGTGATCTGTTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164223753 34 - 196418989 CAACCATATTATTTAGACCATTGTGATCTGTTCC-
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a score=529936.000000
s hg19.chr21     16068808 50 +  48129895 CTGTATTGATTACCTACTCTGAGATAGGCACTGTACTACTAACTCCATAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14296093 50 +  48394510 CTGTATTGATTACCTACTCTGAGATAGGCACTGTACTACTAACTCCATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164223787 50 - 196418989 CTGTATTGATAACCTACTCTGAGATAGACACTGTAGTACTAACTCCATAG
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a score=94256.000000
s hg19.chr21     16068858 26 +  48129895 ACAAGACAAATTAAACACCAGTCTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14296143 26 +  48394510 ACAAGACAAATTAAACACCAGTCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164223837 26 - 196418989 ACAAGACAAATTAAGCACCAGTCTTG
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a score=220125.000000
s hg19.chr21     16068884 33 +  48129895 GTATATATGTACAATTTTGCAGACTCTTCACCA
s panTro2.chr21  14793651 33 +  46489110 GTATATATGTACAATTTTGCAGACTCTTCACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14296169 33 +  48394510 GTATATATGTACAATTTTGCAGACTCTTCACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164223863 33 - 196418989 GTATGTATGTACAATTTTACAGACTCTTCACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=863487.000000
s hg19.chr21     16068917 82 +  48129895 AAACTTATACTTGGTGCAATTCTAGGAGCGGTTTTACCACTAAAGGATGAAAAC-ACACGCTTTCCTAACAAGTCTATATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14296202 83 +  48394510 AAACTTATGCTTGGTGCAATTCTAGGAGTGGTTTTACCACTAAAGGATGAAGATGACATGCTTTCCTAACAAGTCTATATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164223896 83 - 196418989 AAACTTATGCTTGGTGCAATTCTAGGAGCAGTTTTACCACTAAAGGATGAAAACAACATGCTTTCCTAACAAGTCTAtgtttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=662242.000000
s hg19.chr21     16068999 76 +  48129895 AGTTGGCTTCTCTCCAGTTGCAGACACTGAGGCAAGGATTATATGCACGCTTAGCTGTGCTTAATCAGTAGGtgtt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14296285 76 +  48394510 AGTTGGCTTCTGTCCAGTTGCAAACCCTGAGGCAAGGATTATATGCACACTTAGCTGTGCTTAATCAATAGGtgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=167670.000000
s hg19.chr21     16069075 49 +  48129895 atggactgaatgtttgtgtgccccctaaatttctatattgaaatctaat
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a score=98980.000000
s hg19.chr21     16069124 45 +  48129895 cctgaatgtgatgaaatttggaggtacagcctttgggaggtgtat
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14793936 60 +  46489110 cattcagggttctctagagggacagaactaatggaatatatataaatatatacttatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14296455 45 +  48394510 cattcagggttctctagagggacagaactaatggaatatatataa---------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 655
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i rheMac2.chr3  C 0 I 73

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164224209  73 - 196418989 I

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s rheMac2.chr3  164224282 396 - 196418989 atatatatatatataaaaaggggtgtttattaagtattaact--catgatcacaaggtcccacaacaggccatttgcaggctaaggagcaaggaatgacagtctgagttccaaaacggaagaagttggagcccggtttttgagggcaggaagcatcctgcacgggagaaagatgtaggctgggaggcaagaccagtttctcttttcacatttttctgcctacttatgttataacccctctggaggctgattagatggtgcccacccaggttaagggtgggtgggcctttcccagtccactgactcaaatattaatctcctttgacaacaccctcacagacacatccaggatgaatattttgtatccttcaatccaagcaagttgacactcagtgctaa
i rheMac2.chr3  I 73 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14795958 137 +  46489110 TTAGGAACTGGGGTATCTTAGGGAACACAATGGCATTGATCCCCCAAAAATCTCTAGGGCTCCGCCATCTGGAGCCTTGATTCTTACCACATTTCATCCCTGAGTATCTTAGTTTAAGGATCAAATTCTCAGGAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14299139 155 +  48394510 TGCCAGTAATTGGTCTAGCGTAGGCTATGTGGCCTGCTCTGTGGTCAAGAGGGACAGGGTCTCAAGTTTTATTCTCCAAAAAAGTCACATGGAGAAGTAATTTCCCAAAAGAAGAGAAATTAAGAAGACAGTAATAAAAGCTATCCCTTACAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14796095 155 +  46489110 TGCCAGTAATTGGTCTAGCGTAGGCTATGTGGCCTGCTCTGTGGTCAAGAGGGACAGGGTCTCAAGTTTTATTCTCCAAAAAAGTCACATGGAGAGGTAATTTCCCAAAAGAAGAGAAATTAGGAAGACAGTAATAAAAACTATCCCTTATAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=422482.000000
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s rheMac2.chr3  164226291 61 - 196418989 CTCAAATCCCTCTCAAATGTCTTTCTCCTCATAAGTGTTGAATTTTGGCTGAAATTGTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14299294 61 +  48394510 GTCAAATCCCTCTCAAATGTCTCTCTCCACATAAGTGTTGAATTTTGGCTGAAATTGTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14796250 61 +  46489110 GACAAATCCCTCTCAAACATCTCTCTCCTCATAGGTGTTGAATTTTGGCTGAAATTGTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=698220.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14796950 88 +  46489110 agggtccagtgggcagtaatgttgtgattgattattaatgtctgtcatgggcagtgggtagaggacagtagcagtatctgtgcctgga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14300354 69 +  48394510 AAACCAACTTGTCTGGGCAAATATTTTGCTCTCCTATCAGGACAGTAGATTGCTCACCTGGGCaaacaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14300423 184 +  48394510 atcacttatccaacttcagtttacttatcaggattcacg-ttaagactctcccgtcttgagtccaccaacatgaaaatattatgacacaaatatttcctaggcataatcagttctccatcttaaaccacacaccctaagacccacttatg-cccagattctatccaaactc--tataaatatcatctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14797378 186 +  46489110 atcacttatccaacttcagtttacttatcaggattcacg-ttaagactctcccgtcttgagtccaccaacatgaaaatattatgacacaaatatttcctaggcataatcagttctccatcttaaaccacacaccctaagacccacttaag-cccagattctatccaaactctatataaatatcctctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164227662 45 - 196418989 actaagtaaatcaacttagttttgtttgccaacatattttttttg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164229024 193 - 196418989 TTTTTTCTAGCAAAAGCCAATGCCTTATGTTGTTCATCTTGACAAATTCAAAAAAAAAAAAGACCATATTTACATATCAAAGACAGTACCTTACTTGCAAAGAGGCCTGTTTCTCCAGGTACCTTTTTTAACGCCTTTGGACGAGATTTTTATTGTCAAGTTTATTGGACACTAGCTTTTCTACAAGCATGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16074733 24 +  48129895 AAAGCCAGATAAAAGTACATGGTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14799543 55 +  46489110 AAATAAACTGACCTAACTAAAGTAATTGTTGTCCTTAAACAATGAATAACAGttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=878736.000000
s hg19.chr21     16074847 107 +  48129895 ttttgttttttgtttttttt---tgtatttttttttAAGGCTGAATTCAGGCCAGGTAAAATTTCCATTTGTTTGCATTGTTGTTGTCCAAAGTGCCAATGTTTTGTAAA
s panTro2.chr21  14799598 110 +  46489110 ttttgttttttggtttttttgtatgtttttttttttAAGGCTGAATTCAGGCCAGATAAAATTTCCATTTGTTTGCATTGTTGTTGTCCAAAATGCCAATGTTTTGTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14302629  94 +  48394510 -------TTTTGTTTTTTTT---------TTTTTTTAAGGCTGAATTCAGGCCAGATAAAATTTCCATTTGTTTGTGTTGTTGTTGTCTAAAGTGCCAATGTTTTGTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14799708 33 +  46489110 ATTTTAGTCTTTCATTAAAAATAAACCACTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=581506.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=513541.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=816696.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164229952 58 - 196418989 TGTTC--AAAAAAACTAAAAGCACA-TTCAACTGAAAATATGCAAGTAATTGGAGTAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=498354.000000
s hg19.chr21     16075244 61 +  48129895 GAAGTATTTTTGAGATGAGAATTCTTTGAATCTTACATTTGTAAATAGTTTCTCTTCATTT
s panTro2.chr21  14799998 61 +  46489110 GAAGTATTTTTGAGATGAGAATTCTTTGAATCTTACATTTGTAAATAGTTTCTCTTCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14303013 61 +  48394510 GAAGTATTTTTGAGATGAGAATTCTTTGAATCTTATGTTTATAAATAGTTTCTCTTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16075305 47 +  48129895 TAAATTTCTTATAGTTTGTGGCTTTGTGGATCTGGCTACAGACCTTT
s panTro2.chr21  14800059 47 +  46489110 TAAATTTCTTATAGTTTGTGGCTTTGTGGATCTGGCTACAGACCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16075352 24 +  48129895 TTAAAGTCATCGGGAGGGCATTTT
s panTro2.chr21  14800106 24 +  46489110 TTAAAGTCATCAGGAGGGCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76822.000000
s hg19.chr21     16075376 21 +  48129895 TGCTTACAAACATAGCAAG-TT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=506490.000000
s hg19.chr21     16075428 78 +  48129895 AGAGAAGGTTTCTGAGAATGCATGGCAAGTATGCTTTACATACCTTGTTGGCAATGTTCACAGAAATAAAGCTTTGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14303198 78 +  48394510 AGTGAAGGTTTCTGAGAATGCATGGCAAGTATGCTTTACATACCTTGTTGGCAATTTTCACAGAAATAAAGCTTTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164230195 78 - 196418989 AGTGAAGGTTTCTGAGAATGCATGGCAGGTATGCTTTACATAACTTGTTGGCAATGTTCACAGAAATAAAGCTTTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155314.000000
s hg19.chr21     16075506 30 +  48129895 CAAAGGAACCAGTTTCTCTTTGGCATACAG
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a score=70812.000000
s hg19.chr21     16075536 8 +  48129895 ATGAATGA
s panTro2.chr21  14800291 8 +  46489110 ATAAATGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164230303 8 - 196418989 ATGAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=114197.000000
s hg19.chr21     16075544 28 +  48129895 CATTCAGAGGCATCCTTTACATAAGAAG
s panTro2.chr21  14800299 28 +  46489110 CATTCAGAGGCATCCTTTACATAAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  14303314 28 +  48394510 CATTCAGAGGGATCCTTTACATAAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2108
s rheMac2.chr3  164230311 28 - 196418989 CATTCAGAGGCATCCTTTATATAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=138073.000000
s hg19.chr21     16075572 91 +  48129895 ACATAAAATTTTCTGTACCTGACAATCCCCCAAATTACCGCCCTTGTGTCTCATTCCTTCAGAACCCTGTGGGGGTGATCCATTTCTTAAC
s panTro2.chr21  14800329 91 +  46489110 ACATAAAATTTTCTGTACCTGACAATCCCCCAAATTACCACCCTTGTGTCTCATTCCTTCAGAACCCTGTGGGGGTGATCCATTTCTTAAC
i panTro2.chr21 I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  14305450 91 +  48394510 ACATAAAATTTTCTGTACCTGAGAATCCCCCAAATTACCACCCTTGTGTCTCATTCCTTCAGAACCCTGTGGGGGTGAACCATTTCTTAAC
i ponAbe2.chr21 I 2108 C 0
s rheMac2.chr3  164230341 90 - 196418989 ACATAAAATTTTCTGTAGCTGACAAGCCCCCAAATTACCACCCTTGTGTCTCATTCCTTCAGAACCCTGTGGGG-TGATCTGTTTCCTAAC
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=567952.000000
s hg19.chr21     16075663 53 +  48129895 TTCTGGTCCTCTTATTCCACACTTCCTGGTG----TTCTGTTTTAGACCAGTGTTTG
s panTro2.chr21  14800420 53 +  46489110 TTCTGGTCCTCTTATTCCACACTTCCTGGTG----TTCCGTTTTAGACCAGTGTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14305541 53 +  48394510 TTCTGGTCCCCTTATTCCACACTTCCTGGTG----TTCTGTTTCAGACCAGTGTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164230431 57 - 196418989 TTCTGGTCTCCTTATTCCACATTTCCTGGAAGTGCTCCTGTTTTAGACCAGTGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-46814.000000
s hg19.chr21     16075716 46 +  48129895 CAGTGTAATATCcacc----------------tagtacttgttagaaatatggagtgttggg
s panTro2.chr21  14800473 46 +  46489110 CAGTGTAATATCcacc----------------tagtacttgttagaaatatggagtgttggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14305594 46 +  48394510 CAGTGTAATATCcacc----------------tagtacttgttagaaatatggagtgttggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164230488 62 - 196418989 CAGTGTAATATCCACCAATAACAACTACAGTGTAATActtgttagaaatacggagtggtggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1045322.000000
s hg19.chr21     16075762 117 +  48129895 tcccatctcaaacctaccaaatcaaaacctgtattttaataagatcatcagatatttgtgaggacattagcatttgagaaTCTTGGGATTAGATCTCAGTAAGCCATAATGTGACCG
s panTro2.chr21  14800519 117 +  46489110 tcccatctcaaacctaccaaatcaaaacctgcattttaataagatcatcagatattggtgaggacattagcatttgagaaTCTTGGGATTAGATCTCAGTAAGCCATAATGTGACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14305640 117 +  48394510 tcccatctcaaacctaccaaatcaaaacctgcattttaataagatcatcagatatttgtgaggacattagcatttgagaaTCTTGGGATTAGATCTCAGTAAGCCATAGTGTGACCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164230550 117 - 196418989 tcccatctctaacctaccaaatcaaaacctgcattttaataagatcatcagatatttgtaaagacattagcatttgagaaTCTTGGGATTCGATCTCAGTAAGCCATAATGTGACCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=359567.000000
s hg19.chr21     16075879 85 +  48129895 ACTGTCTGCTAATTAAACCACACTCATACTGGATATTCAGCAAAGGGCCTCCTCATACTCATGTAGGTTTCTGTATTCTCGATGA
s panTro2.chr21  14800636 85 +  46489110 ACTGTCTGCTAATTAAACCACGCTCATACTGGATATTCAGCAAAGGGCCTCCTCATACTCATGTAGGTTTCTGTATTCTCGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14305757 85 +  48394510 ACTGTCTGCTAATTAAACCACACTCATATTGGATATTCAGCAAAGGGCATCCTCATACTCATGTAGGTTTCTGTATTCTCGATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164230667 85 - 196418989 ACTGTCTGCTCACTAAACCACACTCAAATTGGAAATTCAGCAAAGGGGCTCCTCATACTCATGTAGGTTTCTGTACTCTCAATGA
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a score=386654.000000
s hg19.chr21     16075964 68 +  48129895 GACTTGACCTCATCTTTCCCAACTCTTCATTTTCACTAAAGAGCCCAGCAATATCTTCAGTGTCTTCT
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s ponAbe2.chr21  14305842 68 +  48394510 TACTTGACCTCATCTTTCCTAACTCTTCATTTTCTCTAAAGAGCCCAGCAATATCTTCAGTGTCTTCT
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s rheMac2.chr3  164230752 68 - 196418989 GACTTGACCTCATCTTTCCTAACTCTTCATTTTGTCTAAAGAGACCAGCAATATCTTCAGTGTCTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=691936.000000
s hg19.chr21     16076032 81 +  48129895 CCCGACACAGGCAACTTCTTACCACAAATGCAAGGTTCTACTACAATGGTGAGAATTTTTAGACACCAGAAAGAACAGGGG
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s rheMac2.chr3  164230820 81 - 196418989 CCTGACATAGGCAACTTCTTACCCCAAATGCAAGGTTCTACTACAATGGTGAGAATTTTCAGACACCAGTAAGAACAGGGG
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a score=-27518.000000
s hg19.chr21     16076113 35 +  48129895 CAGGAAAGGGttttttgtttgtttgtc----tgtttgct
s panTro2.chr21  14800870 39 +  46489110 CAGGAAAGGGTTTtttgtttgtttgtctgtttgtttgtt
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s ponAbe2.chr21  14305991 38 +  48394510 CAGGAAA-CGTTTtttgtttgtttgtctgtttgtttgtt
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s rheMac2.chr3  164230901 35 - 196418989 CAGGAAAGGGttttttgtttgtttgtc----tatttgtt
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a score=34012.000000
s hg19.chr21     16076148 48 +  48129895 tttgagatggagtctctctctgtcgcccaggctggagtgcagtgatgc
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s hg19.chr21     16076196 215 +  48129895 gatctctgctcactgcaacctccgtctcccaggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgtccaccaccatgcccggctaattttttgtatttttagtacagacttgggctttcactgtgttagccagaatggtctcgatctcctgacctcgtgatccacctgcctcgacctcccaatgtgctgggattgca
s rheMac2.chr3  164230984 211 - 196418989 aatcttggctcactgcaacctccacctcccgggttcacaccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggcgcccaccaccatacctggctaattttttgtatttttagtagaaat----ggtttcactgtgttagccaggatggtctcaatctcctgacctcgtgatctgcccgcctcggcctcccaatatgctgggattaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14306077 215 +  48394510 agtctcggctcactgcaacctctgtctcccaggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccaccaagcccggctaattttttgtatttttagtagagacttggggtttcactgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgaccgcctcggcctcccaatgtgctgggattgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14800957 215 +  46489110 gatctctgctcactgcaacctccgtctcccaggttcatgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcatccaccaccaagcctggctaattttttgtatttttagtacagacttggggtttcactgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccacctgcctcggcctcccaaagtgctgggattgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=81931.000000
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s panTro2.chr21  14801172 45 +  46489110 gctgtgagccaccacgaccagccAGGAAAGGGTTTTTAATTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14306292 45 +  48394510 ggtgtgagccaccacgcccagccAGGAAAGGGTTTTTAATTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164231195 45 - 196418989 ggtgtgagccaccatgcccggccAGGAAAGAGTTTTTAAGTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164231240 67 - 196418989 CTCTAAACCATATGATATAGGCAACAATTCATCCTATCCACATGCAAGGAATGTGTTGTTTATATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14801217 67 +  46489110 CTCTAAACCATGTGATGTAGGCAGCAATTCACCCTATCCACATGCGAGGAATGTGTTGTTTATATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164231307 52 - 196418989 ACTTTCTTTAGAGAGGGAATAAATTGGTCATAACTCATAGGCAATTCTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14801284 52 +  46489110 ACTTTCCTTATAAAGGAAATAAATTGGTCATAACTCATGGGCAATTCTCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16076575 16 +  48129895 TATTGTAGACCAGTCT
s panTro2.chr21  14801336 16 +  46489110 TATTGTAGACCAGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14306502 38 +  48394510 ACAGACTTTAATGAAGACTAGCCTGGGTTTCTCCATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164231405 38 - 196418989 ATAGGCTTTAATGAAGACTAGCCTGGGTTTCTCCATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16076659 93 +  48129895 TGATTCTGAAATGCTCAATAGAATTCTTCTCTAGGTTCTTAGCCCAAACATACTTTTGATGTACAGAAGACTACTAACTATTTCTACTTTATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14306540 93 +  48394510 TGATTCTGAAATGCTCAGTAGAATTCTTCTCTAGGTTCTTAGACCAAACATACTTTTGATGTACAGAAGACTACTAACTCTTTCTACTTTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164231443 93 - 196418989 TTATTCTGAAATTCTCGATATAATTCTTCTCTAGGTTCTCAGACCAAACATAATTTTGATGTACAGAAGACTACTCACTCTTCTTACTTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14306633 72 +  48394510 AACATGACAAGTAATTATTTATTAAAGTAGTGAAAATAATTCTGTCAAGAGCAATTCACTCTCACTTTGCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164231536 72 - 196418989 GACATGACAAGTAATTATTTATTAAAGTAGTGAAAAGAATTCTATCAAGAGCAATTCACTCTCACTTTGCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16076852 57 +  48129895 GCGGTCCCCTGCATCCTTACACCTGAATACTTCCTGAAAATATTTTCTCTCTTCTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164231636 57 - 196418989 GCAATCCCCTTCATCCTTACACCTGAATACTTCCTGAGAATATTTTCTCTCTTTTTt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164231693 60 - 196418989 gttaaggaaaaaaatactcagtggacacttgttaaaaatggtaaagccgattttattcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14801670 60 +  46489110 gttagggaaaaaaatattcaatggacacttgttaaaaatggtaaagccgattttattcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16076969 389 +  48129895 agggagactgttttgataggtgtagggctcattggaatgggcctttgcaat-ggggggagagatttggctcaactctaaatataacaagaaaaagtgggaatttatagccaaagattaagatggaggccagtacatagaaaattactgaaagaaaacataagggtaaagaggaagttctggctaaaccaaccacacaggatccttcctgaagacaggctaggatgttcagacaccaccttggggagggtgaaggataaagaatttgatcagaaatcaagggtggtgagatacatgttaaggatgaataaactggccttttaggattcttgctaaagttagacaatgcagaggcaaccacagagtccaagagttaaggcctagttg-aaaaa
s rheMac2.chr3  164231753 376 - 196418989 agggagactgttttgataggtgtaaggctcattggaatgggcctttgcaat-gaggggagagactgggctcaactctaaatataacaagaaaaaatgggaatttatagccaaagattaaggtggaggccagtacatcaaaaattacttaaagaaaatatcagagtaaagaagaaattctggctaaaccaacctcacaggatgcttcctgaaga--------------cagacatcaccctggggagggtggaggataaggaatttgatcagaaatcaagggtggtcagatacatatcaaggatgaataaactggttttttagtattcttgctaaaattagacaacacagaggcaaccacagagtccaaaagttaaggcctagttgaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14801730 390 +  46489110 agggagactgttttgataggtgtagggctcactgtaatgggcctttgcaatgggggggagagattgggctcaactctaaatataacaagaaaaagtgggaatttatagccaaagattaagatggaggccagtacatagaaaattactgaaagaaaacataagggtaaagaggaaattctggctaaaccaaccacacaggatccttcctgaagacaggctaggatgttcagacaccaccttggggagggtgaaggataaagaatttgatcagaaatcaagggtggtgagatacatgttaaggatgaataaactggctttttaggattcttgctaaaattagacaatgcagaggcaaccacagagtccaaaagttaaggcctagtta-aaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=97984.000000
s hg19.chr21     16077358 41 +  48129895 gagttgagagaagcttgagtaatgtttgaacgaggagataa
s panTro2.chr21  14802120 41 +  46489110 gagttgagagaagcttgagtaatgtttgaacaaggagatca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14307239 41 +  48394510 gagttgagagaagcttgagtaatgtttgaacaaggagataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164232129 41 - 196418989 gagttgagagaagcttgagtaatgtttaaacaaggagataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=25588.000000
s hg19.chr21     16077399 55 +  48129895 tctctgttaTTTCTCCCTCTCCATTGTCATAGTCTGAGTTGTAATAtagactatt
s panTro2.chr21  14802161 55 +  46489110 cctctgttaTTTCTCCCTCTCCATTGTCATAGTCTGAGTTGTAATAtagactatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14307280 55 +  48394510 tctctgttaTTTCCCCCTCTCCATTGTCATAGTCTGAGTTGTACTATAGACTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164232170 55 - 196418989 tctCTTTTATTTCCCCCTCTCCATTGCCAGAGTCTGAGTTGTAATAtagactatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=98593.000000
s hg19.chr21     16077454 30 +  48129895 acaatagtctcctcattggtcactcagact
s rheMac2.chr3  164232225 30 - 196418989 accatagtcttctaattggtctctctgact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14307335 30 +  48394510 ACAATAGTTTCCTAATTGGTCACTCAGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=281983.000000
s hg19.chr21     16077484 65 +  48129895 ctggttatagtctttcttcactcatcacactgtcgaaaatatacatctaactatgtcatactct--------a
s rheMac2.chr3  164232255 73 - 196418989 gtggttgtagttcttcttcactcatcacactgtcaaaaatatacatctaactatgtcatactctattcagaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14307365 65 +  48394510 CTGGTTGTAGGCTTTCTTCACTCATCACACTGTCGAAAATATACATCTAACTATGTTGTACTCT--------A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14802246 65 +  46489110 ctggttatagtctttcttcactcatcacactgtcgaaaatatacatctaactatgtcatactct--------a
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=672341.000000
s hg19.chr21     16077549 153 +  48129895 ttcagaattattcaatgtctctcacattgtccccacaatgatacacaggctcctccttaggaagccatgcaagggtttgcttggtgaggtcattgccttcttgctcagtctcatagtcccttcctagtctttctccAGAAATAAGTTACTTTA
s rheMac2.chr3  164232328 153 - 196418989 ttcagaattattctatgtctctcaCATTGTCCCCCCAATGATACACAGACTTCTCCTTAGGAAGCCATGCAAGGGTTTGTTTGGTGAGGTCATTGCCTTCTTGCTCAGTCTCATAGTCCCTTCCTATTCTTTCTCCAGAAACAAGTTACTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14307430 153 +  48394510 TTCAGAATTAGTCAATGTCTCTCACATTGTCCCCCCAATGATACACAGGCTCCTCCTTAGGAAGCCATGCAAGGGTTTGCTTGGTGAGGTCATTGCCTTCTTGCTCAGTCTCATAGTCCCTTCCTATTCTTTCTCCAGAAATAAGTTACTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14802311 153 +  46489110 ttcagaattattcaatgtctctcacattgtccccacaatgatacacaggctcctccttaggaagccatgcaagggtttgcttggtgaggtcattgccttcttgctcagtctcatagtcccttcctattctttcTCCAGAAATAAGTTACTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1080677.000000
s hg19.chr21     16077702 157 +  48129895 TAAGCTCTACTatgccttgattcttttgtctaggatattctcaaactttcctgcctttaaatactactcattcattaagtttcaattcaaacattgcttctgtgaagttattcttagtgtactccagaaaagttaaattatcttcctacatttctgt
s rheMac2.chr3  164232481 157 - 196418989 CAAGCTCTATTACACCTTGATTCTTTTGTCTAGGATACTCTCAAATTTTCCTACCTTTAAATACTAGTCATTCATTAAGTTTCAATTCAAACATTGCTTCTGTGAAGTCATTCTTAGTGTACTTCAGAAAAGTTAAATTATCTTCCTACATTTCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14802464 157 +  46489110 TAAGCTCTACTATGCCTTGATTATTTTGTCTAGGATATTCTCAAACTTTCCTGCCTTTAAATACTACTCATTCATTAAGTTTCAATTCAAACATTGCTTCTGTGAAGTTATTCTTAGTGTACTCCAGAAAAGTTAAATTATCTTCCTACATTTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16077859 31 +  48129895 tggactttacatatccctttactatagcata
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s ponAbe2.chr21  14307740 31 +  48394510 tggactttacatatccctttattatagcata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=502972.000000
s hg19.chr21     16077890 86 +  48129895 tatttttgtaactgtcAATGAACTAGACTTTCAATATTCTGAGGGCAACAAAAAATGTTTTCCCCTTAATTCCAATTTTCTGGCAA
s rheMac2.chr3  164232669 85 - 196418989 TATTTTTGTAACTGTCAATGAACCAGGCTTTCAACATTATGAGGGCAAG-AAAAATGTTTTCCCTTTAATTCCGATTTTCTGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 355
s panTro2.chr21  14802652 86 +  46489110 TATTTTTGTAACTGTCAATGAACCAGACTTTCAATATTCTGAGGGCAACAAAAAATGTTTTCCCCTTAATTCCAATTTTCTGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=693999.000000
s hg19.chr21     16077976 105 +  48129895 AAGGGAGAATATAAAAGTTCAATAAATATTACAGATTGACTGAATAAAATGCATTTAGGTAATAATTCATTTGGATGAAGATAATAGATTCTTAGAGATTGGGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14307856 355 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 355 C 0
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a score=411206.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14802969 28 +  46489110 ttagtgtttacttcacatcagcaccatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14308335 28 +  48394510 ttaacgtttacttcatatcagcaccatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=436179.000000
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s panTro2.chr21  14802997 47 +  46489110 ctgggtatttcagaaatattgctgaaagatataatttctatcctAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16078499 33 +  48129895 agccacaattttattaccaaggGTTTAAGGTTC
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s hg19.chr21     16078564 79 +  48129895 CTCCCTTACATTACCAAAGCTCCAGAGTGTACTTATTAAGTCCCTCTGATCCATGGGTCAGGGTGGGGTAAACATGGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16078976 83 +  48129895 ACATATATGTGGAATTAATGAA----TGAATGAATTGTCTTTATTTTACAAGATAATTGGAAGCTTTCAGGATATAAGTGAATTGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164233753 87 - 196418989 ACACATATGTGGAATTAATGAACGACTGAATGAATTGTCTTTATTTAACAAGATAATTGGGAGCTTTCAGGATATAAGTGAATTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14309189 44 +  48394510 TGACCTATTAATTATGGAAGAATGTTTACACTTTTGTTGAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164233840 43 - 196418989 TGACCTATTACTTAGGGAAGAATGTTTACAC-TTTGTTGAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=493954.000000
s hg19.chr21     16079103 39 +  48129895 CTATTGTTAAGCATTGAGTTACACCGGCTTGTGTAGTAT
s panTro2.chr21  14803866 39 +  46489110 CTATTGTTAAGCATTGAGTTACACTGGCTTGTGTAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14309233 39 +  48394510 CTATTGTTAAGCATTGTGTTACACCGGCTTGTGTAGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164233883 39 - 196418989 CTATTGCTAAGCACTGAGTTACACTGGCTTGTGTAGGAT
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a score=628690.000000
s hg19.chr21     16079142 41 +  48129895 AAAAAGATTTAAGAAAAGTAC-ACATCAAATAAGCTGCCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=429357.000000
s hg19.chr21     16079353 25 +  48129895 AGTGGCTACATTTTTCTATTTTTTG
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a score=565708.000000
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a score=3486845.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=959456.000000
s hg19.chr21     16079501 27 +  48129895 CCGTTCCCCTGTGGTTTTACAATTCCT
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a score=837146.000000
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s rheMac2.chr3  164234314 29 - 196418989 GCTGCTCACTAATCCAACAGGAGGAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16079557 107 +  48129895 TGTGCAAACAAGCAAATATAGAGAAACAAATAGGTTTTCTTGTGAATCGTCCTTATAAGCCTCATCAGCGACATTAGAGTTTCTCAAAATGTTATTTAAGAATCAAA
s panTro2.chr21  14804318 107 +  46489110 TGGGCAAACAAGCAAATATAGAGAAACAAATAGGTTTTCTTGTGAATCATCCTTATAAGCCTCATCAGCGACATTAGAGTTTCTCAAAATGTTATTTAAGAATCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14309686 107 +  48394510 TGTGCAAACAAGCAAATATAGAGAAACAAATAGGTTTTCTTGTGAATCATCCTTATAAGCCTCATCAGCGACATTAGAGTTTCTCAAACTGTTATTTAAGAATCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164234343 107 - 196418989 TGTGCAAACAAGCAAATATAGAGAAACAAATAGGTTTTCTTGTGAATCATCCTTACAAGCCTCATCAGCGACATTAGAATTTCTCAAACTGTTATTTAAGAATCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=386053.000000
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s panTro2.chr21  14804425 20 +  46489110 TAAATCTATAGATAAATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14309793 20 +  48394510 TAAATCTATAGACAAAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164234450 20 - 196418989 TAAATCTATAGATAAAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=695258.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=505262.000000
s hg19.chr21     16079719 39 +  48129895 ATATAAGCTCAATATAAAATAGAGGATGCTTTTATATCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=527956.000000
s hg19.chr21     16079758 38 +  48129895 ATGAATCATCCCCGCTTCCTGCACCTAGCCTTAATCTT
s panTro2.chr21  14804519 38 +  46489110 ATGAATCATCCCCGCTTCCTGCACCTAGCCTTAATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1553744.000000
s hg19.chr21     16079796 123 +  48129895 GACTGATAGAACCACATTCTTAAAACTTGACTATAGTGAAATAATAGTCAGCAACATGTGAGGCATATAATGGAAAGGGAAAATGCATATAATTTCCTAAGACTTACATCCCCATTGCTAGCC
s panTro2.chr21  14804557 123 +  46489110 GACTGATAGAACGACATTCTTAAAACTTGACTATAATGAAATAATAGTCAGCAACATGTGAGGCATATAATGGAAAGAGAAAATGCATATAATTTCCTAAGACTTACATCCCCATTGCTAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14309925 123 +  48394510 GACTGATAGAGCAACATTCTTAAAACTTGGCTATACTGAAATAATAGTCGGCAACATGTGAGACATATAATGGAAAGAGAAAATGCATATAATTTCCTAAGACTTACATCCCCATTGCTAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164234581 123 - 196418989 GACTGATAGAACAACATTCTTAAAACCTGACTATAGCGAAATAATAATCGGCAACATGCGAGGCATATAATGGAAAGAGAAAATGCATATAATTTCCTAAGACTTACATCCCCATTGCTAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108295.000000
s hg19.chr21     16079919 44 +  48129895 AAACTTACATCAAATGATAAAGGCCTGGGTATCTCCATGtgtat
s panTro2.chr21  14804680 44 +  46489110 AAACTTACATCAAATGATAAAGGCCTGGGTATCTCCATGtgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310048 44 +  48394510 AAACTTACATCAAATGATAAAGGCCTGGGTATCTCCATGtgtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164234704 44 - 196418989 AAACTTACCTCAAATGATAAAGGACTGTGTATCGCCATGtgtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=65525.000000
s hg19.chr21     16079963 50 +  48129895 tagtctgtt----cactgctaataaagacatacccaagactgggtaagttataa
s panTro2.chr21  14804724 50 +  46489110 tagtctgtt----cactgctaataaagacatacccaagactgggtaatttataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310092 50 +  48394510 tagtctgtt----cactgctaataaaaacatacccaagactgggtaatttataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164234748 53 - 196418989 tagtccattcttacactgctaataaagacatatgcaagactgggtaa-ttataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16080013 129 +  48129895 aggaaagggcttt------------cctccacatggctgaggaggcctcacagtcatgtcagaaatcagaggaaaagcaagacacatcatacatggcagcaggcaagagagagcttgttcaggggaactcccatttataaa
s panTro2.chr21  14804774 129 +  46489110 aggaaagggcttt------------cctccacatggctggggaggcctcaaagtcatgtcagaaatcagaggaaaagcaagacacatcatacgtggcagcaggcaagagagagcttgttcaggggaactcccatttataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310142 129 +  48394510 aggaaagggcttt------------cctccacatgcctggggaggcctcacaatcacgtcagaaatcagaggaaaagcaagacacatcatacatggcagcaggcaagagagagcttgttcaggggaactcccatttataaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164234801 141 - 196418989 aagaaaggagtttaatggacttacatttccacatggctagggaggcctcacaatcatgtcagaagtcagaggagaaggaagacacatcatacatggcagcaggccagaaagagcttgttcaggggaacccccatttgtaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=174919.000000
s hg19.chr21     16080142 151 +  48129895 ccatcagatctcatgagacttattcactaccatgagaatggtatggggtaatccggtaatccacccctatgattcaattgtctctacctggccccatccttgacacgtggggattattaaaattcaaggtgagatttgggtggggacagag
s panTro2.chr21  14804903 151 +  46489110 ccatcagatctcatgagacttattcactaccatgagaatggtatggggtaatccggtaatacacccctatgattcaattatctctacctggccccatccttgacacgtggggattattaaaattcaaggtgagatttgggtggggatagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310271 151 +  48394510 ccatcagatttcatgagacttattcaataccatgagaatggtatggggtaatccggtaatccacccttatgattcaattatctctacctggccccatccttgacacgtggggattattaaaattcaaggtgagatttgggtggggacagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164234942 143 - 196418989 ccatcagactttatgagacttattcactaccacgagaatggtatggggtaatc--------cacctctatgattcaattatctctacctggccctgtccttgacatgtggggattattaaaattcaaggtgagatttgggtggggacagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137282.000000
s hg19.chr21     16080293 36 +  48129895 ccaaaccatatcaCTATGTAATTGTTACATGAGCAA
s rheMac2.chr3  164235085 36 - 196418989 ccaaaccatatcaCTATGTAATTGTTACATGAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310422 36 +  48394510 ccaaaccatatcaCTATGTAATTGTTACATGAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14805054 36 +  46489110 ccaaaccatatcaCTATGTAATTGTTACATGAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=509942.000000
s hg19.chr21     16080329 61 +  48129895 GCCCATCAATAAATATTGGCACATATCTGCATTGAAGATAAAAACATCCAATCAGCTGGCT
s panTro2.chr21  14805090 61 +  46489110 GCCCATCAATAAATATTGCCACATATCTGCATTGAAGATAAAAACATCCAATCAGCTGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310458 61 +  48394510 GCCCATCAATAAATATTGCCACATATCTGCATTGAAGATAAAAATATCCAATCAGCTGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235121 61 - 196418989 GCCCATCAATAAATATTGCCACATATCTGCGTTGAAGATGAAAACATCCAATCAGCTGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14805151 45 +  46489110 ATT---------TCTGAATATTTGATGTTACACAAGTAAAATATTCAGATATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310519 45 +  48394510 ATT---------TCTGAATATTTGATGTTATACAAGTAAAATATTCAGATATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235182 54 - 196418989 ATCTCTTAAATATCTGAATGTTTGATGTTATACAAGTAAAATATTCAGATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=198230.000000
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s rheMac2.chr3  164235236 33 - 196418989 AACTGCAGTTTATCATTCTCATGCATGTTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310564 33 +  48394510 AACTGCAGTTTATCATTCTCATGTATGTTCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14805196 33 +  46489110 AACTGCAGTTTATCATTCTCATGTATGTTCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=382002.000000
s hg19.chr21     16080468 54 +  48129895 ACTTTGTATATAGCACTTGGATATGCATTTTGGACCAATATTTTATTTGGCTTT
s rheMac2.chr3  164235269 54 - 196418989 ACTTTGTGTACAGTACTTGAATATGCATTTTGGACCAATATTTTATTTGGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310597 54 +  48394510 ACTTTGTATATAGTACTTGAATATGCATTTTGGACCAATATTTTATTTGGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14805229 54 +  46489110 ACTTTGTATATAGTACTTGAATATGCATTTTGGACCAATATTTTATTTGGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=56832.000000
s hg19.chr21     16080522 11 +  48129895 CTGGAATTATA
s rheMac2.chr3  164235323 11 - 196418989 CTGGAATTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310651 11 +  48394510 CTGGAATTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14805283 11 +  46489110 CTGGAATTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=54225.000000
s hg19.chr21     16080533 31 +  48129895 TAACTGTAATGTTGTATATCCATGGTCATGT
s rheMac2.chr3  164235334 31 - 196418989 TAACTGTAACATTATACATCCATGATCATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310662 31 +  48394510 TAACTGTAACATTGTACATCCATGGTCATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14805294 31 +  46489110 TAACTGTAACATTGTATATCCATGGTCATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=383359.000000
s hg19.chr21     16080564 32 +  48129895 CACATTAATTTTTATGAGTAAATACTACAATT
s panTro2.chr21  14805325 32 +  46489110 CACATTAATTTTTATGAGTAAATACTACAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310693 32 +  48394510 CACATTAATTTTTATGAGTAAATACTACAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235365 32 - 196418989 CGTATTTATTTTTATGAGTAAATATTAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73980.000000
s hg19.chr21     16080596 21 +  48129895 TATCTGATTGGTAAATTAGAG
s panTro2.chr21  14805357 21 +  46489110 TATCTGATTGGTAAATTAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310725 21 +  48394510 TATCTGATTGGTAAATTAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235397 20 - 196418989 T-TTTGGTTGGTAAATTAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=258880.000000
s hg19.chr21     16080617 88 +  48129895 ATAAGCATGATCAGGGTTATATTGGCCCCATTTAGATGCTAAACCAGTATTATCTGATAACAATTCACTGAACCAGTATTATTTGATA
s panTro2.chr21  14805378 88 +  46489110 ATAAGCATGATCAGGGTTATATTGGCCCCATTTAGATGCTAAACCAGTATTATCTGATAACAATTCACTGAACCAGTATTATTTGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310746 88 +  48394510 ATAAGCATGATCAGGGCTATATTGACCCCATTTAGTTGCTAAACCAGTGTTATCTGATAACAATTCACTGAACCAGTATTATTTGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235417 88 - 196418989 ATAAGCATGATCAGGGGTATATTGGCCCCATTTAGATGctgaatgagtattatctgataacaattcactgaaccagtattatttgata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-2312.000000
s hg19.chr21     16080705 53 +  48129895 ACAATACAAGCCAATACTATCTGATAACAATTCTGCTTCCTTTGCCAGCTTCT
s panTro2.chr21  14805466 53 +  46489110 ACAATACAAGCCAATATTATCTGATAACAATTCTGCTTCCTTTGCCAGCTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310834 53 +  48394510 ACAATACAAACCAATATTATCTGATAACAATTCTGCTTCCTTTGCCAGCCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235505 53 - 196418989 acaatacaagccagtattatctgataacaattcTGCTTCCTTTGCCAGCTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345451.000000
s hg19.chr21     16080758 81 +  48129895 A---AGATCTGGGGCTGGTGAAGGAAGCAGAATGGGAACACTGAGTGTACATCTCATTTGATACATTTCTTTCTATCCATCCTA
s panTro2.chr21  14805519 81 +  46489110 A---AGATCTGGGGCTGGCGAAGGAAGCAGAATGGGAACACTGAGTGTACATCTCATTTGATAAATTTCTTTCTATCCATCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310887 81 +  48394510 A---AGATCTGGGGCTGGCGAAGGAAGCAGAATGGGAACACTGAGTGTACATCTCATTTGATAAATTTCTTTCTATCCATCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235558 82 - 196418989 AAAGAGACCTAGGG--GGCGAAGGAAGCAGAATGGGAACACTGAGTGTACATCTCATTTGATAAATTTCTTTCTATCCACCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=11478.000000
s hg19.chr21     16080839 22 +  48129895 AGGATATCAAGCACAATAAAAA
s panTro2.chr21  14805600 22 +  46489110 AGGATATCAAGCACAATAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310968 22 +  48394510 AGGATATCAAGCACAATAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235640 22 - 196418989 AGGATATCAAACACGATGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=143012.000000
s hg19.chr21     16080861 41 +  48129895 AGAATGCAAAGATAATGAAACAAGAAGCTGACTAGCTGCCC
s panTro2.chr21  14805622 41 +  46489110 AGAATGCAAAGATAATGAAACAAGAAGCTGACTAGCTGCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14310990 41 +  48394510 AGAATGCAAATATAATGAAACAAGAAGCTGACTAGCTGCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235662 41 - 196418989 AGAACACAAAGATAATGAAACAAGAAGCTGACCAGATGCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=207860.000000
s hg19.chr21     16080902 24 +  48129895 AAAGTAACAATATCAAGTTCTGAA
s panTro2.chr21  14805663 24 +  46489110 AAAGTAACAATATCAAGTTGTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14311031 24 +  48394510 AAAGTAACAATATCAAGATCTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235703 24 - 196418989 AAAGTAACAATATCAAGTTCTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=517705.000000
s hg19.chr21     16080926 112 +  48129895 ATAAAACCTTTCTCTGCTCCATCAGTT--------AGGATAGAAGCAACTTTCCCTCTTCAATTATGCCACAATCCTAATTTCTCAATTTTGGTTCTACTTGTCTAGGGTCCTTGCAATG
s panTro2.chr21  14805687 112 +  46489110 ATAAAACCTTTCTCTGCTCCATCAGTT--------AGGATAGAAGCAACTTTCCCTCTTCAATCATGCCACAATCCTAATTTCTCAATTTTGGTTCTACTTGTCTAGGGTCCTTGCAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14311055 112 +  48394510 ATAAAACCTTTCTCTTCTCCATCAGTT--------AGGATAGAAGCAACTTTCCCTCTTTAATTATGCCACAATCCTAATTTCTCAATTTTGGTTCTACTTGTCTAGGGTCCTTGCAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164235727 120 - 196418989 ATAAAACCTTTCTATTCTCCATCAGTTAGGACAGAAGGACAGAAGCAACTTTCCCTCTTCAATTATGCCACAATCCTAATTTCTGCATTTTAGTTCTACTTGTCTAGGGTCCTTGCAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1407910.000000
s hg19.chr21     16081038 102 +  48129895 ATGTCACTCTATCATTAAGTTCAATTGTGACTGAGTGGGAAGGGAGAATATTTCCCAGTCACCTTCTCCTTGCCTTGTGGGAAGTCACAGAAGGATGTCAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164236932 120 - 196418989 TCATACTCTAACCCTCCAGCATCTAACAACCTGCTTTCATGTGTTCAGGAAATGTATATAATGAGGgtatgtgtgtgagtgcgttagtgtatgtgtgtgtgtTTCCTTCTCATTGATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14312258 117 +  48394510 TCACACTGTAACTCT-CAGCATCTAACGAACTGCTTTCAAGTGTTCAGGAAAtgtatgtaatgtgtgtt--tgtgtaagggtgttagtgtatgtgtgtgtgtTTCCTTCTCgttgatgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14806891 115 +  46489110 TCACACTCTAACCCT-CAGCGTCTAACAAACTGCTTTCAAGTGTTCAGGAAATGTATGTAATGAGTGTA--TGTGTGAGTGCGTTAGTGTA--TGTGTGTGTTTCCTTCTCATTGATGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14807363 185 +  46489110 ttctcattctgtcctttatggacagaaagaatacctgttaggtgtgttcctcttaaatagcctttaataaattttaaagtagtgatcaagacttcccttgggtttcttatctctaaactaaataaaccctattcctttcatctttacaagtaagatccgttttcatccctttaatcattttcatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164237410 185 - 196418989 ttctcgttctgtcctttatggacagaaagaatacctgttaggtgtgtccctcttaaacagaccttaataaattttaaagtagtgatcaacacttcccttgggtttcttatctctaaactaaataaaccccattcctttcatctttacaagtaagatctgttttcatccctttaatcattttcatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=362941.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164237595  86 - 196418989 gttctctccaatgttctcttcagtatattcacatcTGTAGCAATGTGGTGAACAATAATATTTATCTGAAGAAGTACTAGAATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14313252 97 +  48394510 ctcactgcaagctcagcctcccaggctcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggtgcccgccaccatgcccggctcat
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s hg19.chr21     16084359 86 +  48129895 GAGAGAAAGAAAGTCACTGGCTTACTTCCATAATGCTGAGCATGATGCCATAAGTTTTATTTGCATAAGGACATTTGATTCTTCTT
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a score=328364.000000
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s hg19.chr21     16084538 106 +  48129895 CCCAGATGGTAGGTAAAAATCAAAGGAACTGACATATATCCTGGGGCAACAGCTGTGGTCAGATCAGACAGATACTATTTATATGTCACTGAGGAAAGACACAGAC
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a score=129917.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14320043 258 +  48394510 gaatgcagtggctcatacctgtaatcccagcactttgggaggccaaggtgggaggactgcttgagctcaaaagtttgtgacaagcctcagcaacatggcgataccccatctctacaaaaaatacaaaaattagatgggagaggtggtgtgcacctttagtcccagctactcaggaagctcaggtgggaggatggcttgagcctgggaggcagaggtttcagtgagttgtgatcgtgccactgcactccagcctgggca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14814489 258 +  46489110 gaatgcagtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggccaaggtgggaggactgcttgagctcaaaagttcgtgacaagcctcagcaacatggtgataccccatctctacaaaaaatacaaaaattagatgggagaggtggtgtgcacctttagtcccagctactcaggaagctgaggtgggaggatagcttgagcctgggaggcagaggtttcagtgagttgtgatcgtgccactgcactctcgcctgggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16091214 44 +  48129895 AACATCTGTCAGCCTCCATCAATATATG-CCTGCATAAGAATTCA
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s ponAbe2.chr21  14321546 45 +  48394510 AACATCTGTCAGCCTCCATCAATACATGCCCTGCATAAGAATTCA
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a score=1763351.000000
s hg19.chr21     16091258   73 +  48129895 GGCAATTATCATTTGAAAGGTTGCAAAATTGTCCACACAGTGAAATTCACCTTCCGAGTTGTAGTTTGACAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164246101   73 - 196418989 GGCAATTATCATTTGAAAGGTTACAAAATTGTCCACACAGTGAAATTCACCTTCCGAGTTGTAGCTTGACAGC
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s hg19.chr21     16091331   76 +  48129895 TACGTTGATAAGCTAAATCCAAATAAAATTAGCCTTCAGTTAGATGCTCTCACGTTACTGTAATAAACTTCCTGGG
s panTro2.chr21  14816100   76 +  46489110 TACGTTGATAAGCTAAATCCAAATAAAATTAGCCTTCAGTTAGATGCTCTCACGTTACTGTAATAAACTTCCTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164246174   76 - 196418989 TACATTGATAAGCTAAATCCAAATAAAATTAGCCTTCAGTTAGGTGCTCTCACGTTACTGTAATAAACTTCCTGGG
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e ponAbe2.chr21  14321591 1009 +  48394510 M

a score=605692.000000
s hg19.chr21     16091407   53 +  48129895 ACATACAGTGTCCTTTGGAGGACCAGGAGCCTCGCCCAAACAGACTTGAACAA
s panTro2.chr21  14816176   53 +  46489110 ACATACAGTGTCCTTTGGAGGACCAGGAGCCTCACCCAAACAGACTTGAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164246250   53 - 196418989 ACATATGGTGTCCTTTGGAGGACCAGGAGCCTCACCCAAACAGACTTGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14321591 1009 +  48394510 M

a score=203050.000000
s hg19.chr21     16091460   64 +  48129895 CTGTTGACCAGACTTGACAGCATGCAGTCCACAGAAGTGCCTGAAGCCCCGGGGGTAGGGTGGT
s panTro2.chr21  14816229   64 +  46489110 CTGTTGACCAGACTTGACAGCATGCAGTCCACAGAAGTGCCTGAAGCCCCGGGGGTAGGGTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164246303   59 - 196418989 CTGTTGACCAGACTTGACAGCATGCAGTCCACAGATGTGCCTGAAGCCCTGGGGGT-----GGG
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a score=-113729.000000
s hg19.chr21     16091524   35 +  48129895 GGGAACAAAAAACAAAACCGTTTTTATCTTTTGCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14818274 79 +  46489110 ACCAGCCATTATTTAGAAACATCTGTGTTGGTGATTTACATGATGAGAAAGGCAAAATATTCTGTTGCTCATACAAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14324163 60 +  48394510 AACATTATGTATTAACCTTTCCCTCTTTCCTAATCCTTTATCTCTTGATCTCTTCAGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14818353 60 +  46489110 AACATCATGTATTAACCTTTCCCTCTTTCCTAATCCTTTATCTCTTGATCTCTTCAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164248473 17 - 196418989 ATATTTGTATATACTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=656961.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616334.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=142135.000000
s hg19.chr21     16093840 33 +  48129895 ACATCTAATTCCCAATTTAACGTTAAAAAATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14324419 33 +  48394510 ACATCCAATTCCCAATTTAACGTTAAAAAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164248669 33 - 196418989 CCATCTAATTCCCAATTTAACATTAAAAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16093873 11 +  48129895 AAACTATGTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14324463 101 +  48394510 AAAAGCTCCTAGCAGTTAAAATAAGTTTGCAAACTAGTTTATTGCCCAGGTGAATTGTACGTTCTAACCCAGTTTAGGGCACAGGTAATGTGTGTTTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16093985 79 +  48129895 GATAATAAATTTAAGTTTCAGTCACTGAAAAATCATATTCTCTAATTAGGCACAACTAGAAGCCTTTCATCATTGGCAG
s panTro2.chr21  14818754 79 +  46489110 GATAATAAATTTAAGTTTCAGTCACTGAATAATCATATTCTCTAATTAGGCACAACTAGAAGCCTTTCATCATTGGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14324564 79 +  48394510 GATGATAAATTTAAGTTTCAGTCACTGAAAAATCATATTCTCTAATTAGGCACAACTAGAAGCCTTTCATCATTGGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164248814 79 - 196418989 GGTAATAAATTTAAATTTCGGTCACTGAAAATTCATATTCTCTAATTAGGCACAACTAGAAGCCTTTCATCATTGGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16094064 35 +  48129895 GAAAAATAAAAATGCAATTGCACTATGGAAAACTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16094137 21 +  48129895 TTATAGTCATTTGCAACTGGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16094158 144 +  48129895 AGCTATGGCCAGGATAGAGGTCATTATCCTTATTGGCACCTCTGGCAGTGTCCAAATTTTAGAGCATATGGCCAAATGCACATGGTCATTAATTCGCATGGATCCACTGACCAACATGAAATGATATATAACTTGCCTTCATGG
s panTro2.chr21  14818927 144 +  46489110 AGCTATGGCCAGGATAGAGGTCATTATCCTTATTGGCACCTCTGGCAGTGTCCAAATTTTAGAGCATATGGCCAAACGCACATGGTCATTAATTCGCATGGATCCACTGACCAACATGAAATGATATATAACTTGCCTTCATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14324737 144 +  48394510 AGCTATGGCCAGATTAGAGGTCATTATCCTTATTGGCACCTCTGGCAGTGTCCAAATTTTAGAGCATATGGCCAAACGCACATGGTCATTAATTCGCATGGATCCACTGACCAACATGAAATGATATATAACTTGCCTTGATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164248987 144 - 196418989 GGTTCTGGCCAGGATAAAGGTCATTATCCTTACTGGCACCTCTGGCAGTGCTCAAATTTTACAGCATAGGGCCAAATGCACATGGTTGTTGATTCACATGGATCCACTGACCAACAGGAAATGATACATAACTTGCCTTGATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16094302 17 +  48129895 ACCAAAGCAGGAGGAGC
s panTro2.chr21  14819071 17 +  46489110 ACCAAAGCAGGAGGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14324881 17 +  48394510 ACCAAAGCAGGAGGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164249131 17 - 196418989 ACAAAAGCGGGAGGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16094319 62 +  48129895 TTCTATGCTAATGAAGTCTGGCCAATCCTGAACCTATTTCTCTCTCTCTCTCttttttt--ttt
s panTro2.chr21  14819088 64 +  46489110 TTCTATGCTAATGAAGTCTGGCCAATCCTGAACCTATTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14324898 61 +  48394510 TTCTATGCTAATTAAGTCTGGCCAATCCTGAACCTACTTCTCTCTCTCTCTTTTTTTT---TCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164249148 62 - 196418989 TTCTATGCTAATTAAGTCTGGCCAATCCTGAACCTATTTCTCTCTCTCCCTCTCTCttt--ttt
i rheMac2.chr3  C 0 I 4

a score=209769.000000
s hg19.chr21     16094381 205 +  48129895 aatatatattattttattttactttaagttctgggatggatgtgcagaacgtgcaggtttgttacataggtacacatgtgccatggtggtttgctgcacctatcaacccgtcatctaggttttaagccctgcatgcattaggtatttgtccaaatactatccctcccctt-gcctcctacccctcaacaggccctagtgtgtgatg
s rheMac2.chr3  164249214 198 - 196418989 aatatatattattttattttactttaagttctgggacacatgtgcagaacgtgcaggtttgt--------tacacatgtttcatggtagtttcctgcacctatcaacccgtcatctaggtttgaagccctgcatgcattaggtatttgtacaaatgctctccctccttttcccccccaaccccccaacaggccctagtatatgatg
i rheMac2.chr3  I 4 C 0
s ponAbe2.chr21  14324959 205 +  48394510 AATATATATTAttttattttactttaagttctgggatacatgtgcagaatgtgcaggtttgttacataggtacacatgtgccatggtggtttgctgcacccatcaacccattatctaggttttaagccctgcatgcattaggtatttgtccaaatgctatccctcccctt-gcctccaaccccccaacaggccctattgtgtgatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14819152 205 +  46489110 AATATATATTAttttattttactttaagttctgggatggatgtgcagaacgtgcaggtttgttacataggtacacatgtgccatggtggtttgctgcacctatcaacccgtcatctaggttttaagccctgcatgcattaggtatttgtccaaatactatccctcccctt-gcctcctacccctcaacaggccctagtgtgtgatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=598628.000000
s hg19.chr21     16094586 342 +  48129895 tttccctctctgtgtccacatgttctcattgtacaactcccacttatgagtgagaacatgtggtgtttggttttcggttcttgtgatagtttgctgagaatgacggtttccagcttcatccgtgtccatgcaaaggacatgaactcattctttttttatggctgcatagtattccacggtgtatatgtgccacattttctttatccagtctatcattgatgggcatttgggttggttccaagtctttgctattgtaaatagtgctgcaataaaaatatgtgtgcatgtgtctttatagtagaatgatttataatcctttgggcatatacccagtaatgggat
s rheMac2.chr3  164249412 341 - 196418989 tttccctccctgtgtccacatgttctcattgtacaactcccacttaggagtgagaacatgtggtgtttggttttctgttcttgtgttagtttactgagaatgatggtttccagcttcatctgtgtccatgtaaaggacatgaactcattc-ttttttacagctgcatagtatttcatggtgtatatgtgtcacattttctttatccagtttatcattgatgggcatctgggttggttccaagtatttgctattgtgaacactgctgcaataaacatatgtgtgcatgtgtttttatagtagaatgatttataatcctttgggcatatacccagtaatgggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14325164 338 +  48394510 tttccctccctgtgtccacatgttctcactgtacaactcccacttatgagtgagaacatgtggtgtttggttttctgttcttgtgttagtttgctgagaat---ggtttccagctgcatccatgtccacgcaaaggacatgaactcgttc-ttttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttctttatccactctatcattgatgggcatttgggttggttccaagtctttgctattgtaaatagtgctgcagtaaacatatgtgtgcatgtgtttttatagtagaatgatttataatcctttgggcatatacccagtaatgggat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14819357 341 +  46489110 tttccctccctgtgtccacatgttctcattgtacaactcccacttatgagtgagaacatgtggtgtttggttttcggttcttgtgatagtttgctgagaatgatggtttccagcttcatccatgtccatgcaaaggacatgaactcattc-ttttttatggctgcatagtgttccatggtgtatatgtgccacattttctttatccagtctatcattgatgggcatttgggttggttccaagtctttgctattgtaaatagtgctgcaataaacatatgtgtgcatgtgtctttatagtggaatgatttataatcctttgggcatatacccagtaatgggat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42292.000000
s hg19.chr21     16094928 33 +  48129895 tgctgggtcaaatggtatttctgTCCTAAACCG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164249753 33 - 196418989 tgctgggtcaaatggtatttctgTCCTAAACCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=288568.000000
s hg19.chr21     16094961 35 +  48129895 ATTTCTAAGGAGAAATAAAGTTGCTCCTAAACTTC
s rheMac2.chr3  164249786 32 - 196418989 ATTTCTAATGAGAAATAAAGTTGCTACTGAA---G
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14325535 35 +  48394510 ATTTCTAAGGAGAAATAAAGTTGCTACTGAACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=406171.000000
s hg19.chr21     16094996 59 +  48129895 AGCTTCTTAAATTTTTATCAACTCTAGATATATTTTGGTAGAAAACTGCCCAAGCTTTA
s panTro2.chr21  14819766 59 +  46489110 AGCTTCTTAAATTTTTATCAACTCTAGATATATTTTGGTAGAAAACTGCCCAAGCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14325570 59 +  48394510 AGCTTCTTAAATTTTTATCAACTCTAGACATTTTTTGGTAGAATATTGCCCAAGCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2533
s rheMac2.chr3  164249818 59 - 196418989 AGCTTCTTAAATTTTTATCAACTCCAGATATTTTTGGTTGGAAAACTGCCCAAGCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=935887.000000
s hg19.chr21     16095055  105 +  48129895 CCGGAATTCCTAAAGAGGAAGGATTCCTAGGGTACAGCTATAAGTGGCCCAGGATAGTCTGCAATAATAATTGGCATAGCATTGAAATAAATATCTTGGGTGCTG
s panTro2.chr21  14819825  105 +  46489110 CTGGAATTCCTAAAGAGGAAGGATTCCTAGGGTACAGCTATAAATGGCCCAGGATAGTCTGCAATAATAATTGGCATAGCATTGAAATAAATATCTTGGGTGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164249877  105 - 196418989 TTGGAATTCCTAAAGAGGAAGGATTCCCAGGGTACAGCTATAAATGATCCAGGATAGTCTGCAATGATAATTGGCGTAGCCTTGAAATAAATATCTTAGGTGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=129310.000000
s hg19.chr21     16095160   27 +  48129895 CAACACCCTTTAAACTACACTCGTCTA
s panTro2.chr21  14819930   27 +  46489110 CAACACCCCTTAAACCACACTCGTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164249982   27 - 196418989 CAACACCCCTTAAACCACACTCATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=122659.000000
s hg19.chr21     16095187  113 +  48129895 AAAGGCCACGTGTTTTGCCTTTAGGGGATAACTTTGTTGT-GTTGATCACCTGCAGGAGTTTCCATACCAGTGTCTAAATGCTTCAAGAGGAAGCACTTAGTCTTAGGTATCTT
s panTro2.chr21  14819957  113 +  46489110 AAAGGCCACGTGTTTTGCCTTTAGGGGATAACTTTGTTGT-GTTGATCACCTGCAGGAGTTTCCATACCAGTGTCTAAATGCTTCAAGAGGAAGCACTTAGTCTTAGGTATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164250009  110 - 196418989 TAG----ATGTGTTTTGCCTTTGGTGGATAACTTTCTTGTGGTTGGTCACCTGCAGGAGTTTCCATACCGGTGTCTAAATGCTTCAAGAGGAGGCTCTTACTCTTAATTATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=217110.000000
s hg19.chr21     16095300   41 +  48129895 TGCAATTCTAAAGAAACCCACAGCACTCATTAAGTGTTTGA
s panTro2.chr21  14820070   41 +  46489110 TGCAATTCTAAAGAAAACCACAGCACTCATTAAGTGTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14820111   21 +  46489110 TGAATTAAACTGAAACAGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164250160   21 - 196418989 TGAATTAAACTGAAACAGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=1568050.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=39187.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164250308   27 - 196418989 CTGAAGTGTTAGGTACCAGAAATGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=658562.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=365003.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=239818.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14325629 2533 +  48394510 I

a score=276886.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14328162 71 +  48394510 GAAGTTACCTAAAGGGGTAAGCAGGGAATGGGAAGGAAGAAGTCATATCTAAACTGGAACCTGAggccagg
i ponAbe2.chr21 I 2533 C 0
s panTro2.chr21  14820479 71 +  46489110 GGAGTTACCTAAAGGGGTAAGCAGGGAATGGGAAGGAAGAAGTTATATCTAAACTGGAACCTGAggccagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14820550 88 +  46489110 tgcggtggctcatgcctgtaatctcagcactttgggaggctgaggcaggcaggtcacttgaaatcaggagtttcagaccagcctggtc----------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14328233 88 +  48394510 tgcggtggctcatgcctgtaatctcagcactttgggaggccgaagcaggcaggtcacttgaaatcaggagtttgagaccagcctggtc----------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16095868 91 +  48129895 aaccccgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggtgcacacctgtaatcccagctactctggaggctgaggcaggagaat
s panTro2.chr21  14820638 91 +  46489110 aaccccgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggtgcacacctgtaatcccagctactctggaggctgaggcaggagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14328321 91 +  48394510 aaccccgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggcacacacctgtaatcccagctactctggaggctgaggcaggagaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164250696 91 - 196418989 aaccccatctctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggtgcacatctgtaattccagctactctggaggctgaggcaggagaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16095959 34 +  48129895 tgcttcaatctcagaggcagagattgcagtgaaa
s rheMac2.chr3  164250787 34 - 196418989 cgcttgaacctcagaggtggagattgcagtgaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14328412 34 +  48394510 tgcttcaatctcagaggcagagattgcagtgaAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 106
s panTro2.chr21  14820763 92 +  46489110 cgtgatTAAATACTTACTGGCATTACTCTTATCCCTAATATCACCTTAAAACTTAAAGACTGTCAATATCTGTTAGAGTCAGAGTGAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14328644  49 +  48394510 AATTCTGACATCACTGAGTTAAACATAG-----------------------------------------------------TGGAAATTAAGTTGCTGAAAA
i ponAbe2.chr21 I 106 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164251331 22 - 196418989 atcacaaggtcaagagatcgag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14329083 141 +  48394510 accaccccggacaatatggttaaattccttctctactgaaaatataaaaaattagctgggcgtgatggcacacacctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggaaaatcacttgaacccgagaggtggaggttgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38386.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 I 81
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164251530 81 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164251530 81 - 196418989 I

a score=252459.000000
s hg19.chr21     16096849 127 +  48129895 GTTATTAAATTCCATTTGATTTTCTTATCTTTtgtatccaatagaattagtttctactgtatataatatactaacaaaaagtagcacagcttaaacaaaatagaagtctatttccctgcaatgtgaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164251530  81 - 196418989 I

a score=444789.000000
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i rheMac2.chr3  I 81 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 2518
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14822411 65 +  46489110 AAAGTACAAATTCTTAATGTGTTTTGTGTTTAAA--atatatattataatatataatacatatatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
s rheMac2.chr3  164252235 62 - 196418989 AAAGTATAAATTCTTAATGTGTTTTGTGtttaaa--atatg---tataatatataatatatatgtat
i rheMac2.chr3  C 0 I 4

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s hg19.chr21     16097664 113 +  48129895 tttatatgtatac--atatatgaatttttaatacatatatgtatttttaatacatatattttaatacatatattaa------------------------------------atccatatttaatacatatattttaatacatatattttt
s panTro2.chr21  14822476 151 +  46489110 tttatatgtatacatatatatgaatttttaatacatatatgtatttttaatacatatattttaatacatatattaaatccatatttaatacatatattaatacatatattacatccatatttaatacatatatTTTAATACATATATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e ponAbe2.chr21  14332750   8 +  48394510 I

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i rheMac2.chr3  I 4 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14825592 187 +  46489110 tttattaaacttctgtgggttgttaatggcttaaggaaagataggacttcctcatatattcaaaaaatagaaaaacaaaacaacactatttcaaacaaacaaattattacaataaaaatttactcattagctcatttagatatatttaattaattcttgtgctgctgaatcttgtgttatcagtttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164255288 182 - 196418989 tttattaaacttctgtgggttgttaatggctt-agaaaagataggacttcctcatatattcaaaaaatagaa----aaaacaacactatttcaaacaaacaaattactataataaaaatttcctcattagctcatttagatctatttaattatttcttgcactgctgaatcttgtgttaccagtttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164257076 100 - 196418989 TCAAACGAAAAAAGCAAGGTTGCAGACAAGTGAGCATTTGAAGTAAAAACTGAAATTATAACAGATAAGTGTATA------TTGCTTAATGTCATCACAT-AAGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14827409 107 +  46489110 TCAAATGAAAAAAGTAAGGTTGTAGACAAGTGAGCATTTGAAGTAAAACCTGAAATTATAACAGATAAGTATATATTGTTTTTGCTTAATGTCATCACATAAAGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164257237 238 - 196418989 GGTTTCCCCAGAgctgaaatatattatggaaagcaaggcattgacaaatctccaaggacttcacataaagcatacaatttctgaaatatttggattaataacattaacgtttacaaacttaacctagagaaaagtgtgcctttccaaatttgacaa-ttttcccatgcaattgttataacagtagcaaatcaaacaaaactcagtatttctaatgcctctttttatgagcaaaagaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14338222 239 +  48394510 GGTTTCACCAGAGTTGAAatatactatggaaaggaagttattgacaaatctttaaggacttcacataaagcatacaatttctgaaatatttggattaataacattaacctttacaaactgaacctagagaaaagtgtgtctttccaaatttgataatttttcccatgcagttgttataatagtagcaaatcaaacaaaactcagtatttctagtgcctctttttatgagcaaaagaaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14827577 239 +  46489110 GGTTTCACCAGAGTTGAAatatattatgaaaaggaaggtattgacaaatctctaaggacttcacataaagcatacaatttctgaaatatttggattaataacattaacctttacaaactgaacctagagaaaagtgtgtctttccaaatttgacaatttttcccatgcagttgttataatagtagcaaatcaagcaaaactcagtatttctagtgcctctttttatgagcaaaagaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14827816 66 +  46489110 aatttttgtgattgtttcccaggagccctctgggaaacctcaaagatagtttacatgtaaaagaTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164257475 66 - 196418989 catttttgtgattgttttctaggagccctctgggaaacctcaaagatagtttgcatgtaaaagaTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164257541 171 - 196418989 GTCTGAATTTTTATTTTATTCTTTCTATACTTAGGACCTGAATTTGAGAAGGCTAAAATCATAATGTCTT--GAGATTTGGAACCAAGATTGGGATAAGATGATGGGTGCCTGAGAAATAATAATTAGTTACCTATTTAAGTAAAATGACAATAAAACAAAAATAAACATCGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14828054 57 +  46489110 AATTAGCAGGGTGGTGAAAACCTTAGTTCTAggctgggcatggtggctcatgcctgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14338700 57 +  48394510 AATTAGCAGGGTGGTGAAAACCTTAGTTCTAggctgggcacggtggctcatgcctgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14828111 128 +  46489110 aatgccaggactttgggaggtcgaggcaggtggatcaccttaggtcagaagttcgagaccagcctgaccaacgtggtaaaaccttgtctctactaaaaatacaagaattagttgagcgtggtggcgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164257769 128 - 196418989 aatgccagcactttgggaggtcaaagcgtgtggatcaccttaggtcgggagttcaagaccagcttgactaatatggtgaaaccctgtctgtactaaaaatacaaaaattagctgagcgtggtagtgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14828239 50 +  46489110 ctcctgcagtcccagctactcgggaagttgagacaagagaatcacttgat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14828289 75 +  46489110 cccgggaggcggaggttgcagtgagctgagatcacgccactgcactccagcctggg-tgacagagcaagactccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164258045  93 - 196418989 ---------aGTTCTATTATAAGTGAGGAACTTTTCTTCCTTTTTTTTCATATTACAT-AATCAAGAAATTTAGTCAACATAAAGCACATAAAATAATGCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 203
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16103737  97 +  48129895 ACCTAAAAAAGGAAACTCATCAAGATTTAGTATATTTTGTTAAAATTTCAACACTTTTAATAGCTTGTTTTACACTCAAGTATTATGAACTATAA-GA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164258323  30 - 196418989 AAAAAATCA-----CTTTTCTTTTCTTTCTTTTTT
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s panTro2.chr21  14828684  35 +  46489110 AAAAAATCAGttttctttttttttttttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14339236 203 +  48394510 M

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s hg19.chr21     16103864  75 +  48129895 ttttgagacggagtcttgctctgtcacccaggctggagtgcagtggagagatctcggctcactgcaagcttcgcc
s panTro2.chr21  14828719  75 +  46489110 ttttgagacggagtcttgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggagagatctcggctcactgcaagcttcgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 M 203 C 0
e rheMac2.chr3  164258353 274 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14339520  67 +  48394510 tcccaggttcgcgccattctcctgccttagcctcct-agtagctgggactacaggcgcctggcaccac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164258353 274 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164259206 89 - 196418989 ATATATAAGTATTTTAGCCAATTAGCGAAGCTCATGGGCACACAGAATATGTCTTTCAACAGCCACACAAATACCTTTTATACTTtttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14829541 179 +  46489110 ----ttttc-ttttcttttttttttttggagccagggtcttgctctgtcacccaagctggagtgcagtggt-acgtggctcagtcatggctcacggtagccttgacctgttgggctcaagcaatccttccatctcagcctcctaagtagctaggaccacatgcatgcaccaccaagcacaact-at
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14345095 155 +  48394510 GAGGACACTAGTCATTAATGAAGCTACTTTTTTTTCTTCGCGCTTTTATATTTTCTACAAGATTTGTACTTAATATTGAGAAA--CTGACAGTCCTAAGCCAATTCTGTGGCTTGCCCAGTAGGTTAAATCAAGCTGTGCCGGAAAACCCAGACATA
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s rheMac2.chr3  164264130 157 - 196418989 GAGGACACCAGTCATTAATGAAACTACTTTGTTTTCTTGGCACTTTTATATTTTCTACAAGATTTGTATTTAATATTGAGAAACTCTGACAGTCCTAAGCCAATTCTGTGGCTTGCCCAGTAGGTTAAATCAAGTTGCGCCGGAAAACCCAGACATT
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s hg19.chr21     16109543 73 +  48129895 TACCCATCTTCCACACAATGGAGTGGCAACCAGCCTCCCTTGTCCTTCGGCATCCATGGCAAGTTTGTCCTCT
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a score=495950.000000
s hg19.chr21     16109616 41 +  48129895 AGAGCACTGAGTTATATGACCCATGAGCCAATGGCTGCATT
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a score=148094.000000
s hg19.chr21     16109657  49 +  48129895 TACAAC---------------------------AAAGACCCGTGAAAGTTGTAATTCATTT-------------------------------------------------------------------------------------------------ACAAATAACTCATGA
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s ponAbe2.chr21  14345364 172 +  48394510 TAAAACAATTCTGGAAGGTTTCTTTATATAA-AAAAGACCCCTGAAAGTTGTAATTCATTTACAAATAACTCATGAGTTCAGTCCTGTCCAGAAAGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAATAACTCATGA
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s rheMac2.chr3  164264398  76 - 196418989 TAAAACAATTCTGGAAGGTTTCCTTATAGAACAAAAGACCTGTGAATGTTGTAATTCATTT-------------------------------------------------------------------------------------------------ACAAATAACTCACGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=430137.000000
s hg19.chr21     16109706 36 +  48129895 GTTCAGTCCTATCCAGAAGGTGATGCTGAAATACTG
s panTro2.chr21  14834684 36 +  46489110 GTTCAGTCCTATCCAGAAGGTGATGCTGAAATACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14345536 36 +  48394510 GTTCAGTCCTGTCCAGAAAGTGATGCTGAAATACTG
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a score=1945035.000000
s hg19.chr21     16109742 179 +  48129895 CACAATAACAATGTTTGTTTGCCTAAAAAGGACATTCAGCAGCAATGGTTCACTACAGGTTAGGCACCATATTTCAATTCCTAATCAAATTCTATTTGGACCTTTCATTTCCTGAAATGACCCTGAAAATGTTATCTCTACTCTAGCTGTCACCCTTCCTGCTTGTGATCTCAGTTTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14346519  89 +  48394510 ATATTTTATTGTTGCAATAATATAGACTACA-------------------------------------------------------AGAAATTAGCTTATTAAGAAAAATCTACCTTCATTCATATATAtata------------------------------------------------------atactttgagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16113203 37 +  48129895 GAAATATCTGAATAAACACgtggtgcagtgtcaaaag
s panTro2.chr21  14838184 37 +  46489110 GAAATATCTGAATAAACAcgtggtacagtgtcaaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349025 37 +  48394510 GAAATATCTGAATAAACACgtggtgcagtgtcaaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164268071 37 - 196418989 GAAACATCTGAATAAACATgtgatacagtgtcaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=711373.000000
s hg19.chr21     16113240 102 +  48129895 ccctggacatggaagacctgcagctaacctctgatttactacttactagcagttttactttaga-agtGATATAGAAATTATAATATTGGTGGCTATTGTCTT
s panTro2.chr21  14838221 102 +  46489110 ccctggacatggaagacctgcagctaacctctgatttactacttactagcagttttactttaga-agtGATATAGAAATTATAATATTGGTGGCTATTGTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349062 102 +  48394510 ccatggacatggaagatctgcggctaacctccgatttactacttactagcagttttactttaga-agtGATATAGAAATTATAATATTGGTGGCTACTGTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164268108 103 - 196418989 ccctggacagagaagatctggggctaacctctgacttactacttattagcagttttactttagagaaTGATGTAGAAATTATAATATTGGTGGCTATTGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=461583.000000
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s rheMac2.chr3  164268211 31 - 196418989 GGAGATTTTGTTTTTGATTTCACTCACTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349164 31 +  48394510 GGAGATTTTGTCTTTGATTTCACTCACTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=212828.000000
s hg19.chr21     16113373 32 +  48129895 GAGAAGAGCAAACACCCTCAGTGAGAC--AGGAT
s rheMac2.chr3  164268242 34 - 196418989 GCGAAGAGCAAACACCCTCAGTGAGTCTGAGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14838354 32 +  46489110 GAGAAGAGCAAACACCCTCAGTGAGAC--AGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=188942.000000
s hg19.chr21     16113405 54 +  48129895 AGATACTGCCGGAGACATGATGGGAACCTAGTGATTTTTCCCCCAAGACTTTGA
s rheMac2.chr3  164268276 54 - 196418989 AGATACTGCCAGAGACATGATGGGAACCTAGTGATTTTTCCCCCAAGACTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349229 54 +  48394510 AGATACTGCTGGAGACATGGTGGGAACCTAGTGATTTTTCCCCCAAGACTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14838386 54 +  46489110 AGATACTGCCGGACACATGATGGGAACCTAGTGATTTTTCCCCCAAGACTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31603.000000
s hg19.chr21     16113459 7 +  48129895 AAACAAT
s rheMac2.chr3  164268330 7 - 196418989 AAACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349283 7 +  48394510 AAACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14838440 7 +  46489110 AAACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-237206.000000
s hg19.chr21     16113466 17 +  48129895 TTTTT-GGTTTCAAAGAC
s rheMac2.chr3  164268337 17 - 196418989 TCTTT-GGTTTCAAAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349290 17 +  48394510 TTTTT-GGTTTCAAAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14838447 18 +  46489110 TTTTTTGGTTTCAAAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-423005.000000
s hg19.chr21     16113483 31 +  48129895 TGAAAAAAAAAATGTATTAACTATAACAAAA
s rheMac2.chr3  164268354 29 - 196418989 TGAAAAAAAA--TATAGTAAGTATAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349307 25 +  48394510 TGAAAAAAAT--CTTATTAATTATAAC----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14838465 30 +  46489110 TGaaaaaaaaa-tttattaactataacaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=712754.000000
s hg19.chr21     16113514 91 +  48129895 AATTCTTCAAGTAAAGCCCCATGTGCAACTTTAATATATTATCAGATCGAAATGATATCATTGTGGTGAAGAGAAGCAAGAGCCTTAGGGA
s panTro2.chr21  14838495 91 +  46489110 aattattCAAGTAAAGCCCCATGTGCAACTTTAATATATTATCAGATCGAAATGATATCATTGTGGTGAAGAGAAGCAAGAGCCTTAGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349332 91 +  48394510 AATTCTTCAAGTAAAGGCCCATGTGCAACTTTAATATATTATCAGATCGAAATGATATCATTGCAGTGAAGAGAAGCAAGAGCCTTAGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164268383 91 - 196418989 AATTCCTCAAGTAAAGCCCCATGTGCAACTTTAATATATTATCAGATCGAAATGATATCACTGTGGTGAAGAGAAGCAAGAACCTTAGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103053.000000
s hg19.chr21     16113605 22 +  48129895 CTTTCACCTGACTTCTCCCACC
s rheMac2.chr3  164268474 22 - 196418989 CTTCCACCTGACTTCTCCCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14838586 22 +  46489110 CTTTCACCTGACTTCTCCCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=836110.000000
s hg19.chr21     16113627 87 +  48129895 TCCCTTCCCAGCCCCACAAGGCAATAAAAACTCTGACTCCTAGGACTCTTCCAAAGCTCCTCCTTGAAGTGGCcatttgcatcacct
s panTro2.chr21  14838608 87 +  46489110 TCCCTTCCCAGCCCCACAAGGCAATAAAAACTCTGACTCCTAGAACTCTTCCAAAGCTCCtcctcgaagtggccatttgcatcacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349445 87 +  48394510 TCCCTTCCCAACACCACAAGGCAAGAAAAACTCTGACTCCTAGGACTCTTCCAAAGCTCCTCCTCAAAGTGGCcattcgcatcacct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164268496 87 - 196418989 TCCCTTCCCATCCCCACCAGGCAATAAAAACTGTGACTCCTAGGACTCTTTCAAAGCTCCTCCTCAAAGTGGCcattcgcatcccct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16113714 57 +  48129895 gagagcatgaaagccttgaaaaatctcaggccccattccaggttcagtgaatcagac
s panTro2.chr21  14838695 57 +  46489110 gagagcatgaaagccttgaaaaatctcaggccccattccaggttcagtgaatcagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349532 56 +  48394510 gagagcatgaaagccttgaaaaatctcaggccccattccaggttcagtgaatcaga-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164268583 57 - 196418989 gagagcatgaaagccatgaacaatctcaggccccattccaggttcagtgactcagac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16113771 74 +  48129895 tctaccatgtgacaagatccccaggtggtatgtgtacacagtgaacttgagaagcactgATCTAGAATACAATT
s panTro2.chr21  14838752 74 +  46489110 tctaccatgtgacaagatccccaggtggtatgtgtacacagtgaacttgagaagcactgATCTAGAATATAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349588 73 +  48394510 -ctaccatgtgacaagatccccaggtggtatgtgtacacagtgaacttgagaagccctgATCTAGAATACAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164268640 74 - 196418989 gctaccatgtgacaagatccccaggtggtatgtgtacacagtgagcttgagaagcaCTGATCTAGAATACAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1498280.000000
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s panTro2.chr21  14838826 94 +  46489110 TTAAAACTACCAAATTACCCCATGCTGTTCTTCCTAATTAAAATCTCTGGCTTAGCTTTCCCAATGCTTACTTCGCAGTGTTGTTAAAACCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=303935.000000
s hg19.chr21     16113939 30 +  48129895 agtgtgaactcattttgtaaagtacacatt
s panTro2.chr21  14838920 30 +  46489110 TGTGTGAACTCATTTTGTAAAGTACACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164268838 121 - 196418989 CTATAAACAAAAGGTACTCTTATTCGTTCCAAGTTCCTGGAAGTTTCTGCTACCTCCCTGCTTGTGTTCTAGCTTAAAATCTTGAAATTTCCATTAAGATAATTCTCTATGACAAAGCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401686.000000
s hg19.chr21     16114090 58 +  48129895 CCCCATGTCTTAGCAGATATTCACTAGGAAATCAATCCTTGTTTGATTTGCTTATAGA
s panTro2.chr21  14839071 58 +  46489110 CCCCATGTCTTAGCAGATATTCACTAGGAAAACAATCCTTGTTTGATTTGCTTATAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349905 58 +  48394510 CCCCATGTCTTAGCAGATATTCACTAGGAAAACAATCCTTGTTTGATTTGCTTATAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164268959 58 - 196418989 CTCCATGTCTTAGCAGATATTCACTAGGAAAACAATGCTTGTTTGATTCACTTATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=584138.000000
s hg19.chr21     16114148 79 +  48129895 ATTTCTGTGTAACAAATAATTCCATATCAGTTGTTTCTCTGATCTCTGCTTATCTAAGTCACTTTCTATGATTGAAGTA
s panTro2.chr21  14839129 79 +  46489110 ATTTCCGTGTAACAAATAATTCCATATCAGTTGTTTCTCTGATCTCTGCTTATCTAAGTCACTTTCTATGATTGAAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14349963 79 +  48394510 ATTTCTGTGTAACAAATAATTCCCTATGAGTTGTTTCTCTGATATCTGCTTATCTAAGTCACTTTCTATGATTGAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164269017 79 - 196418989 ATTTCTGTGTAACAAATAATTCCATATGAGTTGTTTCTCTGATCTCTGCTTATCTAAGTCACTTTCTATGATTGAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=633327.000000
s hg19.chr21     16114227 68 +  48129895 TTTAATTGTGTGTTATTTGCACTGTGTACTGGGTGAGCTGTATTTGATAAGTCAAGTGCTTTACCCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=762086.000000
s hg19.chr21     16114295 102 +  48129895 TAATCACACTTAAATCCCCTTCCCAATTAGTATACCCCACCTTAAATATTTCAAATAATGAAGTAAAGTCCATTTTAAAAAATTAATACGGCTAA-----ACAACAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14350110  99 +  48394510 TAATCACACTTAAATCCCCTTCCCAATTAGTACACTCCACCTTAAATATTTCAAATAATGAAGTAACGTCCATTTAAAAAA---AATACAGCTAA-----ACAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164269164 107 - 196418989 TAAACACACTTAAATTCCCTTCCCAGTTAGTACACCCCACCTAAAATATTTCAAATAATGAAGTAAAGTCCATTTAAAAAAATTAATACAGCTAATTAATATAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108395.000000
s hg19.chr21     16114397 45 +  48129895 ATGAACTAATAGGTTATTAATAAATGATGGACA-CTCAAATATATT
s panTro2.chr21  14839378 45 +  46489110 ATGAACTAATAGGTTATTAATAAATGATGGACA-CTCAAATATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14350209 44 +  48394510 ATG-ACTAATA-GTTATTTATAAATGATGGACACCTCAAATATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 6679
s rheMac2.chr3  164269271 45 - 196418989 ATGAACGAATGGGTTATTAATAAATGATGGACA-CTCAAATATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=187030.000000
s hg19.chr21     16114442   74 +  48129895 GAATGAATGAATTAAAAATTTGAAGAAATAAATTTCAAGAAGGTTCAGCAAATTCCTCACCAACTATTGTATTT
s panTro2.chr21  14839423   74 +  46489110 GAATGAATGAATTAAAAATTTGAAGAAATAAATTTCAAGGAGGTTCAGCAAATTCCTCACCAACTATTGTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164269316   74 - 196418989 GAATGAATGCATGAAAAATTTGAAGAAATAAATTTCAAGAAGTTTCAGCAAACTCCTCACCAACTGTTGTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14350253 6679 +  48394510 I

a score=314193.000000
s hg19.chr21     16114516   39 +  48129895 AATCCTTTGTTTTTACCTGAAAATTCATTTCAGCGAGGC
s panTro2.chr21  14839497   39 +  46489110 AATCCTTTGTTTTTACCTGAAAATTCATTTCAGCGAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164269390   36 - 196418989 AATCCT---TTTTTATCTGAAAATTCATTTCAACGAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14350253 6679 +  48394510 I

a score=135886.000000
s hg19.chr21     16114555   25 +  48129895 TACTCTGTAATGCTAG-TTTTTTTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164269426   26 - 196418989 TACTCTGTAATGCTAGTTTTTTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14350253 6679 +  48394510 I

a score=648873.000000
s hg19.chr21     16114580  108 +  48129895 AACTTATAATGTGATATGTAAAAACTTATTTTGGCAAGTTTCCAAAAAGCTCAAAACTATGCAGCTAACCTAAGTTCATGATGAAAAGATTTGACTCATTGTGCTTTT
s rheMac2.chr3  164269452  108 - 196418989 AACTTATAATGTGATAGGTAAAAACTCATTTTGACAAGTTTCCAAAAAGCTCAAAACTATGCAGCTAACCTAAGTTTGTGATGAAAAGATTTGACTCATTGTGCTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14839561  108 +  46489110 AACTTATAATGTGATATGTAAAAACTTATTTTGGCAAGTTTCCAAAAAGCTCAAAACTATGCAGCTAACCTAAGTTTGTGATGAAAAGATTTGACTCATTGTGCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=505871.000000
s hg19.chr21     16114688   83 +  48129895 TGTGTGTACGCTCACTGGTTAATTAATTTAAGAAGAAGTCTCACTTATATAACTGAGATGTTAAATGGCTGGATGATCTCATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=142060.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14350253 6679 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14357091 125 +  48394510 TCATATAATTTGTTTTTTAGGGTATAGAACTATGAAAAAGGTATACTTAAACTCTTAAATGCAGTACATGATTCTTCCCTATCAAATACTTTAGTAAAATTTAATCCAAATATCCAAAAAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164270242 124 - 196418989 GCATATAATTGGTTTTCTAGGGTATAGAACCATGAAAAAGGTATACTTAAACT-GTAAAAGCAGTATATTATTCTTCCCTATTAAATACTTTAGTAAAATTTAATCCAAATATCCAAAAAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=244585.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14357480 34 +  48394510 TAATAAGGAACTACTAGTGTTCGAGAACTGTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164270630 34 - 196418989 TAATAAGGAACTACTAGTGTTCCAGAACCATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=407916.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164270664 65 - 196418989 GCCTAGAGCAGCTTGAGGCTGTCTCACAGTAAACTGACAGAGTTCATTTGGAGGAATTCAAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224881.000000
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s panTro2.chr21  14840830 59 +  46489110 CGCTCAG-AAAAATTTCTGAATCTACTAATTTTTTTTCAAAGACTATAACTTGTGATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14357579 60 +  48394510 CTCTCAGAAAAAATTTCTGAATCTACTAATATTTTTTCAAAGACTGTAGCTTGTGATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16115917 33 +  48129895 AGCATAaaagataaaagacaaaaatatcaaaag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14357639 32 +  48394510 AGCAtaaaagataaaag-caaaaatatcaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164270784 33 - 196418989 agtataaaagataaaagacaaaaggatcaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214682.000000
s hg19.chr21     16115950 78 +  48129895 taactatagctacaacaatttgttaatggatttataaaattaaaagatataagttgtgacataaatagcataaaatat
s panTro2.chr21  14840922 78 +  46489110 taactatagctacaacaatttgttaatggatttataaaattaaaagatataagttgtgacataaatagcataaaatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14357671 78 +  48394510 taactatagctacaacaatttgttaatggatttataaaattaaaagatgtaaggtatgacataaatagcataaaatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164270817 78 - 196418989 taactatagctacaacaatttgttaatggatttataaaattaaaagatatgaggtgtgacataaatagcataaaatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14841000 196 +  46489110 ggtgggggtgcagagtgagagtgtagacactttgtatgcaattgaagttaagctgttattagcttaaaatagactgttataaccataaaatgttacgcataaactccatggtaaccaccaagaaaaaacttctagaagataccgaaaagataaaaagaaaggaatcaaagcataacactataaaaattcaacaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14357749 196 +  48394510 ggtgggggtgcagagtgaaagtgtaaagactttgtatgcaattgaagttaagttgttattagcttaaaaaagagtgttataaccataaaatgttatgtataaactccatggtaaccaccaagaaaaaacttctagaagatacagaaaagataaaaagaaaggaatcaaagcataacactataaaaattcaacaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164270895 196 - 196418989 ggcgggggtgcagagtgaaagtgtagagactttgtatgcaattgaagttaagctgttattagcttataatagaacgttataaccataaaatgttatgtataaactccacggtaaccaccaagaaaagacctctagtagatacagaaaagataaaaagaaaggaatcaaagcataacactataaaaattcaacaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=16023.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164271091 19 - 196418989 ------------caaatcacaaaggaagaca----------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39674.000000
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s rheMac2.chr3  164271110 67 - 196418989 ------------gcaagattggtagaagggaacaaaggaaatagcaataataaaatggcaacagtaagttcttgcggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164271177 53 - 196418989 cagtaattatcttaaatgtaaatggattaaattatcaatcaaaagacacagta-----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1231

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14360360 284 +  48394510 caaatcctctagtacaaagttTTtatattagttcattttcacactgctataaagaactatgtgagactgagtaatttataaagaaaagaggtttaattgactcacagctcgatatgctgtacaggaagcatggctgggaggcctcaagaaacttacaatcagggtggaaggtgaaggggaagcaagcatgtcttaccatgtcacagcaggagacagagagacagtgagcaaacagggaagtgctacaca-------cttttaaacaaccagatctcctgagaacttactca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14843591 284 +  46489110 caactcctctagtaccaaGTTTTtatgttagttcattttcacactgctataaagaactatgtgagactgagtaatttataaagaaaagaggtttaattgactcacagctcaataggctgtacaggaagcatggctgggaggcctcaagaaacttacaatcagagtggaaggtgaaggggaagcaaacatgtcttaccatgtcagagcaggagacagagagacagtgggcaaacagggaagtgctacaca-------cttttaaacaaccagatctcctgagaactcactca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14843875 34 +  46489110 ctatagtaagaacagcaaggggaaaatccacccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=113690.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14360678 90 +  48394510 ctgatccaattaccttccactgggtccaacccccaacaatggggattacaatttaacatgagatttgagtggggacacagaaccaaacct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164275030 90 - 196418989 ccgatctaattaccttcctctggatccatcccccaacaatggggattacaatttaacatgagatttgggtggggacacggagccaaacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14360768 81 +  48394510 tatcaCCTTTTAAGGATTTATTTTTAG----AAGATCATAGGGTATAAACATTCTTATGACAGAGGGCATGACATAAGAATTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164275449 143 - 196418989 gtattgtataattttgctatggtttccataagagaatagcacagatttggtggcacaaacaacagaattttattttcataactctgaaggctggaagtccatgatcatggtgcagcgttgggttctaatgaggcctctcctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164275592 115 - 196418989 tagtttgccgatggccatcttcttgctgtgccctcacacggtcttcttttctgtgcatgtgcatgcctggtgggtcttcctcttattagaaggtcataggtcttactggattata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14844726 63 +  46489110 ctcgatgactgcatatctgagttatctcatttgtaaaatcaaggtaataata--ttattggctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14361497 65 +  48394510 ctcgatgtcagcatatctgagttatctcatttgtaaaatcaaggtaataatactttattggctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164275852 64 - 196418989 ctcaatgtctgcatatctgagttatctcatttgtaaaatcaaggtaataacacttt-ttggctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=389736.000000
s hg19.chr21     16119872 53 +  48129895 gatgggattaaatgtgcttttatgcataaagcattcaagaacagtgcctagca
s rheMac2.chr3  164275916 53 - 196418989 gatgggattaaatgtgcttttatgcataaagcattcaagaacagtgcccagca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14361562 53 +  48394510 gatgggattaaatgtgcttttatgcataaagcattcaagaacagtgcctagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14844789 53 +  46489110 gatgggattaaatgtgcttttatgcataaagcattcaagaacagtgcctagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=255466.000000
s hg19.chr21     16119925 51 +  48129895 catggtaagtgttcaatagatAAGTAG-TGTCACATTTAAAAATTGAAAGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=349101.000000
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s panTro2.chr21  14844893 37 +  46489110 TACATGGACATTGTATGCATTAATCATAATACACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276020 37 - 196418989 TACATGGGCATGGTATGAATTAATCATAATACACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=110511.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=152244.000000
s hg19.chr21     16120362 39 +  48129895 CCTAATACAACTAGCTCCAAAATGTTTAGTAGGATGTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-25607.000000
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s hg19.chr21     16120420 91 +  48129895 cagacgcagcggttcatgcttgctatcccagcactttaggagaccaaggcaggtggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctgac
s rheMac2.chr3  164276466 91 - 196418989 caggcacagtggttcatgcctgtaattccagcactttaggagaccaaggcaggtggatcacctgaggacaggagttcaagaccagcctgac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362117 91 +  48394510 cagacacagcggttcatgcttgtaatcccagcactttaggagaccaaggcaggcagatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctgac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14845340 91 +  46489110 cagacgcagcggttcatgcttgctatcccagcactttaggagaccaaggcaggcggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=85311.000000
s hg19.chr21     16120511 58 +  48129895 caacatggtaaaaccccgtccctactaaaaatggaaaattagctgggtgtggtggcat
s panTro2.chr21  14845431 58 +  46489110 caacatggtaaaaccccgtccctactaaaaatggaaaattagctgggtgtggtggcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362208 58 +  48394510 caacatggtaaaaccccgtccctactaaaaatggaaaattagctgggtgtggtggcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276557 58 - 196418989 caacatggtgaaaccccatccctactaaaaatggaaaattagctgggtatggtggcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=116089.000000
s hg19.chr21     16120569 87 +  48129895 atgcctgtaattccagctactcgggaggctgaggcagaagaatcacttgaacccgggagacggaggttgcagtgagccgagatcgtg
s rheMac2.chr3  164276615 87 - 196418989 atgcctgtaattccagctactcaggaggctgaagcaggagaatcgcttgaacccaggagatggaggttgcagtgagccaagattgcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362266 87 +  48394510 atgcctgtaattccagctactcgggaggctgaggcaggagagtcgcttgaacccgggagacagaggttgcagtgagccgagatcgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14845489 87 +  46489110 atgcctgtaattccagctactcgggaggctgaggcagaagaatcacttgaacccgggagacggaggttgcagtgagccgagatcgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=47978.000000
s hg19.chr21     16120656 31 +  48129895 ccattgcacttcagcctgggcaacaagagtg
s rheMac2.chr3  164276702 31 - 196418989 ccactgcactccagcctgggcaacaagagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362353 31 +  48394510 ccattgcatttcagcctggccaacaagagtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14845576 31 +  46489110 ccattgcacttcagcctgggcaacaagagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-22675.000000
s hg19.chr21     16120687 22 +  48129895 aaacacctt---ctaaaaaaagaaa
s panTro2.chr21  14845607 22 +  46489110 aaacacctt---ctaaaaaaagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362384 22 +  48394510 aaacacctt---ctaaaaaaagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276733 25 - 196418989 aaacaccttaaaaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345933.000000
s hg19.chr21     16120709 42 +  48129895 agaataagaaaaaTAAGTGCCAAGATACTAACAGCATCCATA
s panTro2.chr21  14845629 42 +  46489110 agaataagaaaaaTAAGTGCCAAGATACTAACAGCATCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362406 42 +  48394510 aggataagaaaaaTAAGTGCCAAGATACTAAGAGCATCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276758 42 - 196418989 agaataagaaaaaTAAGTGCCAAGATACTAAGAGCATCCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246374.000000
s hg19.chr21     16120751 27 +  48129895 TTACCTCCTTATTGAAATAAACTTACT
s panTro2.chr21  14845671 27 +  46489110 TTACCTCCTTCTTGAAATAAACTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362448 27 +  48394510 TTACCTCCGTATTGAAATAAACTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276800 27 - 196418989 TTACCTCCTTATTGAAATAAACGTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=796862.000000
s hg19.chr21     16120778 96 +  48129895 GGAAAATGAAGCAACCCACAAGTAATACCTGAGTTGTATTTTGTGAGGAGTAGTAGGCAAGGTAACATTGAAAATGCAAAGGAAGGTATGATATAT
s panTro2.chr21  14845698 96 +  46489110 GGAAAATGAAGCAACCCACAAGTAATACCTGAGTTGTATTTTGTGAGGAGTAGTAGGCAAGGTAACATTGAAAATGCAAAGGAAGGTATGATATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362475 96 +  48394510 GGAAAATGAAGCAACCCACAAGTAATACCTGAGTTGTATTTTGTGAGTAGTAGTAGGCAAGGTAACATTGAAAATGCAAAGGAAGGTATGATATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276827 82 - 196418989 GGAAAATGAAGCAGCCCACAAATGATACCTGAGCTATATTTTGTGAGGAGTGGTAGGCAAGGTAACATTGAAAATGCAAAGG--------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=427629.000000
s hg19.chr21     16120874 52 +  48129895 AAACAGGTAATTAAGATAATATAGATATTCACATAATATCTTTGAGTATAGC
s panTro2.chr21  14845794 52 +  46489110 AAACAGATAATTAAGATAATATAGATATTCACATAATATCTTTGAGTATAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362571 52 +  48394510 AAACAGATAATTAAGATAATATAGATATTCACATAATATCCTTGAGTATAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276909 51 - 196418989 -AGCAGATGATTAAGATAATATAGATATTCATGTAATATCCTTGAGTATAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=445515.000000
s hg19.chr21     16120926 39 +  48129895 TGAAGGACACCTAACTCAGCATGGCAGAGAGAGATTGGG
s panTro2.chr21  14845846 39 +  46489110 TGAAGGACCCCTAACTCAGCATGGCAGGGAGAGATTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362623 39 +  48394510 TGAAGGACGCCTAACTCAGCATGGCAGGGAGAGATTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276960 39 - 196418989 TGAAGGACGCCTAACTCAGCACGACAGGGAGAGATTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=316416.000000
s hg19.chr21     16120965 53 +  48129895 CAAGAATTCCAGCATCATAGTGGTCATCTTGGAATAAATGGAGAAATGGCATT
s panTro2.chr21  14845885 53 +  46489110 CAAGAATTCCAGCATCATAGTGGTCATCTTGGAATAAATGGAGAAATGGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362662 53 +  48394510 CAAGAATTCCAGCATCATAGTGGTCATTTTGGAATAAATGGAGAAATGGCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164276999 52 - 196418989 CAAGAATTCCAGCGTCATAGTGGTCATCTTGGAAT-AATGGAGAAATGGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149939.000000
s hg19.chr21     16121018 36 +  48129895 GAGCTGAAGATGACTACAAGATAGCTGCCAATAGGG
s panTro2.chr21  14845938 36 +  46489110 GAGCTGAAGATGACTACAAGATAGCTGCCAATAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362715 36 +  48394510 GAGCTGAAGATTACTATAAGATAGCTGCCAATAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164277051 36 - 196418989 GAGGTGAAGATGACTACAAGAGAGCTGGCAATAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-207557.000000
s hg19.chr21     16121054 34 +  48129895 GCAGTGGAAAGGGATAGCTTAGGC-AGCAGAGGTG
s panTro2.chr21  14845974 34 +  46489110 GCAGTGGAAAGGGATAGCTTAGGC-AGCAGAGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362751 34 +  48394510 GCAGTGGAAAGGGATAGCTTAGCC-AGCAGAGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164277087 35 - 196418989 GCAGTGGAAAGGGATAGCTTAGCCAAGCAGAGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=61908.000000
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s panTro2.chr21  14846008 23 +  46489110 TAGAAGACAGGCTTAAATGTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362785 23 +  48394510 TAGAAGACAGGCTTAAATGTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164277122 23 - 196418989 TAGAAGACAGGCTTAAATGTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135259.000000
s hg19.chr21     16121111 30 +  48129895 AAAACTAGAGGCAGAGAGAGTAGTAAAAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164277145 30 - 196418989 AAAACTAAAGGCAGATAGAGTAGTAAAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=263475.000000
s hg19.chr21     16121141 53 +  48129895 AGCTATGATGATCCAGCCAGAATTAGCTAGTGGGGATAAAAGAAAAAGAGCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362838 53 +  48394510 AGCTGTGATGATCCAGCCAGAAGTAGGTAGTGGGGATAAAAGAAAAAGAGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190570.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163960.000000
s hg19.chr21     16121226 23 +  48129895 ATTAGAACTATGGATGGGTAGAT
s panTro2.chr21  14846146 23 +  46489110 ATTAGAACTATGGATGGGTAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164277260 23 - 196418989 ATTAGAACTATGGATGGGTAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=950497.000000
s hg19.chr21     16121249 101 +  48129895 ATGGAACTGTGGGAGAGGAAAAGGATTAGACAGCAATTCAGGAAGAGGAGCCATTTAGAGGGAAGATGACACATTCAGATTTCAAACTATTAGGATCAACG
s panTro2.chr21  14846169 101 +  46489110 ATGGAACTGTGGGAGAAGAAAAGGATTAGACAGCAATTCAGGAAGAGGAGCCATTTAGAGGGAAGATGACACATTCAGATTTCAAACTATTAGGATCAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14362946 101 +  48394510 ATGGAACTGTGGGAGAGGAAAAGGATTAGACAGCAATTCAAGAAGAGGAGACATTTAGAGGGAAGATGACACATTCAGATTTCAAAATATTAGGATCAACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164277283 101 - 196418989 ATGGAACTGTGGGGAAGGAAAAGGATTAGACAGCAATTTAGGAAGAGGAGCAATTTAGAGGGAAGATGACACATTCAGATTTCAAAATATTAGGATCCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=439772.000000
s hg19.chr21     16121350 58 +  48129895 TGATGGTAAGTGGTTGACGGAAGTTTGAATATATAAATCTAGAGCATGGGGATTAAGG
s panTro2.chr21  14846270 58 +  46489110 TGATGATAAGTGGTTGACAGAAGTTTGAATATATAAATCTAGAGCATGGGGATTAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14363047 58 +  48394510 TGATGATAAGTGGTTGACAGAAGGTTAAATATATAAATCTAGAGCATGGGGATTAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164277384 58 - 196418989 TGATGATAAGTGGTTGACAGAAGGTTGAATATATAAATGCAGAGCATGGGGATTAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5210.000000
s hg19.chr21     16121408 19 +  48129895 CTGGGCTGTATAGCAGTTG
s panTro2.chr21  14846328 19 +  46489110 CTGGGCTGTATAGCAGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164277442 19 - 196418989 CAGGGTTGTACAGCAGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200931.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=213924.000000
s hg19.chr21     16121488 165 +  48129895 gaaagggataaagtgaggtataaaaatatagtcagatagaagaaataatccctcgtattaagtaaatcagtaattatagtaaacagtaacctattgtacatttcaaaagaggtagtgatgaataattacaatgtttccagcataaagaaaatatgaatgtttaag
s rheMac2.chr3  164277522 165 - 196418989 gaaagggataaagtgaggtataaaaatacagtcagatagaagaaataatccctagtattaagtaaattggtaatcgtagtaaacgataacctattgtacatttcaaaagaggtagcaatgaataattacaatgtttccagcagaaataaaatataaatgtttaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14363185 165 +  48394510 gaaagggataaagtgaggtataaaaataaagtcagatagaagaaataatccctagtattaagtaaatcagtaattagagtaaacaataacctattgcacatttcaaaagagctagtgatgaataattacaatgtttccagcataaagaaaatataaatgtttaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14846408 165 +  46489110 gaaagggataaagtgaggtataaaaatatagtcagatagaagaaataatccctcgtattaagtaaatcagtaattatagtaaacagtaacctcttgtacatttcaaaagaggtagtgatgaataattacaatgtttccagcataaagaaaatatgaatgtttaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=73228.000000
s hg19.chr21     16121653 51 +  48129895 gtgatggatatccaaataaccctgatttgattattacacattatgtgaatg
s panTro2.chr21  14846573 51 +  46489110 gtgatggatatccaaataaccctgatttgattattacacattatgtgaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=65663.000000
s hg19.chr21     16121704 63 +  48129895 tatcgaaatgtcacatgtaccacaaacacatttaaatttatcgtgtatcaataaaaaaTATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=33725.000000
s hg19.chr21     16121767 30 +  48129895 TGACCAATGACTTAGAGACAGAAGCCTGGA
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a score=228167.000000
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a score=179147.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 M 245

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s hg19.chr21     16125110  67 +  48129895 AAAAATTCCCTCTTCTGAACATGTCTTCACCCCTACACTAAACCCAACCATCTTCTCCTGGGAGAGG
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e rheMac2.chr3  164281115 245 - 196418989 M

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s hg19.chr21     16125177 134 +  48129895 GATGTTTCAGAACAATGAGAGATCTGTTCAAATT---GCTGAAATTAAAGCTTCCAAGTGAAGAGCCCAAGATATAGCCCCCTTTTATCTACTTATATCCTATTTATAGTACGCATTTCAATGTAAACAAGACTTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164283457  80 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14856540 278 +  46489110 atggattagaagacattgttcaaatgtccataccacccaaagtctacacatttaatgcaattcctattaaagtcatagtgacattttttgcagaaattgacaaaacaattctaaaaattgtacagaagtacaaatgaccccaaagtagcctaaacaatcttgacaaaaagagcaaaactggaggcctcaaactttttaactttaaaacatattacaaagctatagtcatcaaaagaccatggtactggaataaagatagacatataggctaatggaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14856818 130 +  46489110 aatactgagagtccagaaataaacccacacatatacagtcaaatgatctttgacaggatgccaagagtacacaatgggaaaaggatagtatcaaaaaattggtgctggaaaaactagatattcacattca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14857121 114 +  46489110 agtaacaaaagcaaaaatagacaaatggatttacatcaaatgaaaaagccagaaactaaaaatcttctgcatagtgaaggaaataatcaaccgagtacaaaagcaacctacaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14374060 309 +  48394510 atagcagaaaataaaaataaaaataactatcttcaaagaagagatacaaatgaccaacaggcatatgaaaagacattcttcactaatcattagagaaatgcaaatcaaaaccacactgaggtatcatctcacactcattatgatggtcattataaaaaattaaaaattaaaaaaataaaataaagtgttggcaaggatgtggaaaaatttgaaccgtgtgcactactggtgagcatataaaatgatgttgccactat---aaaaaaaacagcatagagattgatagaaaaattaaaaataaaaactaccatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14857606 23 +  46489110 tgatccagcaatcccacttctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14374369 23 +  48394510 tgatccagcaatcccacttctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164288131 23 - 196418989 tgatccagcaatcccacttctgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14857629 97 +  46489110 gcatttatccaaaagagctgaaatcaggacatggaagatatttgcccttccatgttcattgcagcattattcacaacagataagaattagaaacaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164288245 116 - 196418989 -ggccgggcacggtggctcaagcctgtaatcccagcactttgggaggccgagacgggcggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14374605 46 +  48394510 ctaaaaataaaaa---taaaaaattagccgagcgcggtggcaggcaggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164288728 43 - 196418989 tcctgtaatcccaactactctggaggcagaggcaggagaatgg
i rheMac2.chr3  I 332 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14857892 43 +  46489110 gcctgtaatcccagctactccggaggcagaggcaggagaatgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164288771 76 - 196418989 cgtgaacccaggatggggagcttgcagtgagctgagattgtgccactgcacttcagcctggg-aacagagtgagact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14857935 77 +  46489110 cgtgaacccaggacggcgagcttgcagtgagccgagatcacgccactgaactccagcctgggtgacagagggagatt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14858219 108 +  46489110 tgtgaagtatctaaaatagtcaaactcatggaaatatagagtaaaattatggtttctagatgctaggaagagggacaaatgggaaaattgctgttccgtgagcataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 I 1 C 0

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s hg19.chr21     16135283 9 +  48129895 ttaatctgt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164291086 163 - 196418989 actcctgatttcatcttcttccTTTCTTCCTCTCTatatttattgagtgccttctgatgccagaatattctaagcctaggaacacagtgtgaaataagacgcaaagcccctctccttgtggacttcgcattctaTTATGTGTCCTCCAAGGCCTTTTCAATAT
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s hg19.chr21     16135455 83 +  48129895 TCACCACCGTTTTTTGAATCTTCACTGTATCCTCTGTCGTGGCTGTTCTCTTTTAGCTTACAAACCTGTCTAACTTGTCCTCA
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a score=402854.000000
s hg19.chr21     16135559 36 +  48129895 TTTTGCTGAATTTGAAGGCATGTATTTCCTTCCCTT
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a score=374169.000000
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a score=487658.000000
s hg19.chr21     16135674 51 +  48129895 TA-TTTTTCTTTTGTTCTCTGTACTCCAGTGAAACatttatcctcagccttt
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a score=901224.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14377523 66 +  48394510 ttctctgcctacaaccttagtgtttgactccccaggatttcttctttgcccttcttttctcattct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164291607 65 - 196418989 ttctctgcctgcaaccttactgtttgact-cccaagatttcttctttggccttcttttctcaagct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=444632.000000
s hg19.chr21     16135878 43 +  48129895 gcccattcttcttgaatcatcctacccacacccatggtttcaa
s panTro2.chr21  14860822 43 +  46489110 gcccattcttcttgaatcatcctacccacacccatggtttcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14377589 43 +  48394510 gcccatttttcctgaatcatcctacccacatccatggtttcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164291672 43 - 196418989 gcccattcttcctgaatcatcctacccacacccatagtttcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=487977.000000
s hg19.chr21     16135921 53 +  48129895 ctactacctatgtgctaacaactccaaaattctgttttcagagccttctgaat
s panTro2.chr21  14860865 53 +  46489110 ctactacctatgtgctaacaactccaaaattctgttttcagagccttctgaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14377632 53 +  48394510 ctagtacctatgggctaacaactccaaaattctgttttcagagccttctgaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164291715 53 - 196418989 ttactacctatgtgctaacaactccaaaattctgttttcagacccttctgaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1011293.000000
s hg19.chr21     16135974 127 +  48129895 tccttatctatattttcaagtacTCCAAAAGCATTCTCATTTAAATAGCCATATCATGTGCTAAAGATGTGGTACGTATTGCCACAGAGAAACACAGAGaaaatattaccagctgtgattatagaaa
s panTro2.chr21  14860918 127 +  46489110 tccttatctatattttcaagtactccaaaagcattcccatttaaatAGCCATATCATGTGCTAAAGATGTGGTACGTATTGCCACAGAGAAACACAGAGAAAATATTACCAGCTGTGATTACAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14377685 127 +  48394510 tccttacctatattttcaagtacTCCAAAAGCATTGTCATTTAAATAGCCATATCATATGCTAAAGATGTGGTACGTATTGCCACAGAGAAACACAGAGaaaatattactagctgtgattatagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164291768 126 - 196418989 tccttatctatattttcaagta-tccaaaggcattctcatttaaatAGCCGTATCATGTGCTAAAGATGTGGTACATATTGCCACAGAGAAACACAGAGAAAATATTACTAGCTGTGGTTATAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1014720.000000
s hg19.chr21     16136101 232 +  48129895 agctccaaaatctcagtggcttaataaaatatgagtgttttgttgttggtggtggtggtgttggtttcatttttgctcacgtaaggtccagttggaggtggtggtggcggcagtgtggtgtagagggtaaaggtggttctgagacccaagttcatgaagaatctcccctctattatgtcgcttgccaggtcattcaagaaagttttatccagccagtggatgggaagagagt
s panTro2.chr21  14861045 232 +  46489110 AGCTTCAAAATCTCAGTGGCTTAATAAAATATGAGTGTTTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGTTGgtttcgtttttgctcatgtaaggtccagttggaggtggtggtggcggcagtgtggtctagagggtaaaggtggttctgagacccaagttcatgaagaatctcccctctattatgtcgcttgccaggtcattcaagaaagttttatccagccagtggatgggaagagagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14377812 232 +  48394510 atctccaaaatctcagtggcttaataaaatatgagtGTTTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGGTTTCGTTTTTGCTCATGTAAGGTCCAGTTGGAGGTGGTGGTGGCGGCAGTGTGGTGTGGAGGGTAAAGGTGGTTCTGAGACCCAAATTCATGAAGAATCTCCCCTCTATTatgtcgcttgccaggtcattcaagaaagttttatccagacagtggatgggaaaagagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164291894 231 - 196418989 AGCTCCAAAATCTCCGTGGCTGAATAACATATGAGTGTTTTGTTGTTGGTGGTAGTGGCGTTGgttttgtttttgctcatgtaaggtctagttggaggtggt-gttgcagcagtgtggtgtggagggtaaaggtggtcctgggacccaagttcatgaagaatctcccctttattatgtggagtgccaggttattcaagaaagttttatccagtgggtggatgggaaaagagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50272.000000
s hg19.chr21     16136333 31 +  48129895 ttggaaggggtggaagattttatgtgacagt
s panTro2.chr21  14861277 31 +  46489110 ttggaaggggtggaagaatttatgtgacagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378044 31 +  48394510 ttggaaggggtggaatattttatgtgacagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164292125 31 - 196418989 ttggaaggggtggaagattttatgtgacagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=787971.000000
s hg19.chr21     16136364 154 +  48129895 tttggaattgttatattttcactcacattccattgaacagaattcagtgacatggtcccacctagatccaaaggggttggaaatgatagtccatgtctgggcagccaCTTCATAGCATCCTCTATATTATGCAAGAGGAGCAAATCTTTAGTAG
s panTro2.chr21  14861308 154 +  46489110 tttggaattgttatattttcactcacattccattgaacagaattcagtgacatggtcccacctagatccaaaggggttggaaatgatagtccatgcctgggcagCCACTTCATAGCATCCTCTATATTATGCAAGAGGAGCAAATCTTTAGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378075 154 +  48394510 tttggaattgttatattttcacccacattccattgaacagaattcagtgacatggtcccatctagatgcaaagggggtggaaatgatagtcCATGTCTGGGCAGCCGCTTCATAGCATCCTCTATATTATGCAAGAGGAGCAAATCTTTAGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164292156 154 - 196418989 tttggaactgatatattttcacccacattccactgaatggaattcagtgatatggtcccacctagatgcaaaggggttggaaatgatagtccttgtctgggcagccaCTTCCTATCATCCTCTATATTATGCAAGAGGAACAAACATTTAGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=511188.000000
s hg19.chr21     16136518 74 +  48129895 TTGGTTAAAAGTGTTTGCTACAGAAATCCATAGGTGACCTTTCTAGACAGAATTTTGTTTCTGATCAGTTGAAT
s panTro2.chr21  14861462 74 +  46489110 TTGGTTAAAAGTGTTTGCTACAGAAATCCATGGGTGACCTTTCTAGACAGAATTTTGTTTCTGATCAGTTGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378229 74 +  48394510 TTGGTTAAAAGTGTTTGCTACAGAAATCCATGGGTGACCTTTCTAGACAGAATTTTGTTTCCGATCAGTTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164292310 74 - 196418989 TTGGTTAAAAGTGTTTGCTACAGAAATCCATGGGTGACCTTTCTAGACAGAATTTTGTCTCTGATCAGTTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=556781.000000
s hg19.chr21     16136592 82 +  48129895 AAGGATCGCGAAGAGTGAAAGTGGAGACGAACAGGGTGATTCTTTTCTGGAAGCACAATGTTAGTGTTTAGGTGCTCATTTA
s panTro2.chr21  14861536 82 +  46489110 AAGGATCGCGAAGAGTGAAAGTGGAGACGAACAGGGTGATTCTTTTCTGGAAGCACAATGTTAGTGTTTAGGTGCTCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378303 82 +  48394510 AAGGATTGTGAAGATTGAAAGTGGAGATGAACAGGGTGATTCTTTTCTGGAAGCACAATGTTAGTGTTTAGGTGCTCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164292384 82 - 196418989 AAGGATTGCGAAGAGTGAAAGTGGAGATGAACAGACTGATTTTTTTCTGGAAGCACAATGCTAGTGTTTAGGTGCTCATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=473716.000000
s hg19.chr21     16136674 65 +  48129895 ATGTTCTTAGAACCAAAATTTGGCTGTTAGGGAAACGACAAAGCTCAGGAAGCAACTGATTTCTC
s panTro2.chr21  14861618 65 +  46489110 ATTTTCTTAGAACCAAAACTTGGCTGTTAGGGAAACGACAAAGCTCAGGAAACAACTGATTTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378385 65 +  48394510 ATGTTCTTAGAACCAAAACTTGGCTGTTAGGGAAACAACAAAGCTCAAGAAGCAACTGATTTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164292466 65 - 196418989 ATGTTCTTAGACCCAAAACTTGGCTGTTAAGGAACGTATAAAGCTCAGGAAGCAACTGATTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177723.000000
s hg19.chr21     16136739 35 +  48129895 TAC----CTTCCATTTTTATTTCCCTTAATCCAAACTTC
s panTro2.chr21  14861683 35 +  46489110 TAC----CTTCCATTTTTATTTCCCTTAATCCAAACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378450 35 +  48394510 TAC----CTTCTATTTTTATTTCCTTTAATCCAAACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164292531 39 - 196418989 TACTAGACTTCTATTTTTATTTCCTTTAATCTAAAGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=47863.000000
s hg19.chr21     16136774 46 +  48129895 ATATAATTTGAATGTCAGAGTGTCATATGTTGCTGgatatagtttg
s panTro2.chr21  14861718 46 +  46489110 ATATAATTTGAATGTCAGAGTGTCATATGTTGCTGgatatagtttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378485 45 +  48394510 ATATAATTTGAATGTCAGAGTGTCATATGTTGCTGgatat-gtttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164292570 46 - 196418989 ATACAATTTGAATGTCAGAGTGTCATATGTTGCTGgatatagtttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=253333.000000
s hg19.chr21     16136820 168 +  48129895 gatgttcgtcccctccaaatctcatgttaaaatgtaatccccattgtttgaggtggggcctcatgggaggtgtttgggtcatggaggcaggtgcctcatgaatggcttggtgccatccccatggtaacaagtgagttctcgctctggtagttcatgcaactgctggtt
s panTro2.chr21  14861764 168 +  46489110 gatgttcgtcccctccaaatctcatgttaaaatgtaatccccattgtttgaggtggggcctcatgggaggtgtttgggtcatggaggcagatgcctcatgaatggcttggtgccatccccatggtaacaagtgagttctcgctctggtagttcatgcaactgctggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378530 168 +  48394510 gatgttcgtcctctccaaatctcatgttaaaatgtaatccccattgtttgaggtggggcctcatgggaggtgtttgggtcatggtggcaggtgcctcatgaatggcttggtgccatccccatggtaacgagtgagttctcgctctggtagttcatgcaacagctggtt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 40
s rheMac2.chr3  164292616 168 - 196418989 aatgtttgtcccctccaaatctcatgttaaaatgtaatccctattgtttgaggtcggaccccatgggaggtgtttgggtcatggtggcaggtgcctcatgaatggcttggtgccatccccatggtaatgagtgagttctcgctctggtagttcatgcaacagctggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38709.000000
s hg19.chr21     16136988 46 +  48129895 gtttaaaagagtgtggcacctccctccactcacaccatgtgagagg
s rheMac2.chr3  164292784 44 - 196418989 gtttaaaagattgtggcacctccctc--ctcacaccatgtgatagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14861932 46 +  46489110 gtttaaaagagtgtggcacctccctccactcacaccatgtgagagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=54933.000000
s hg19.chr21     16137034 64 +  48129895 cccactccctctttgccttccaccatgactgtaaactccctgaagccctcagcagaagtagaga
s rheMac2.chr3  164292828 64 - 196418989 ccctctccctctttgccttccatcatgattgtaaactccctgaaaccctcagcagaagtagatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14861978 64 +  46489110 cccactccctctttgccttccaccataactgtaaactccctgaagccctcagcagaagtagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=61114.000000
s hg19.chr21     16137098 62 +  48129895 ctggcaccattcttcttgtacagcccatagaaacatgagtcaattaaatctcttttcttagt
s rheMac2.chr3  164292892 62 - 196418989 ctggcaccattcttcttgtacagcctgtagaaacatgaaccaattaaacctcttttcttagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14862042 62 +  46489110 ctggcaccattcttcttgtacagcccatagaaacatgagtcaattaaatctcttttcttagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=33275.000000
s hg19.chr21     16137160 31 +  48129895 aaattacccagtctcaggtatctttataaga
s panTro2.chr21  14862104 31 +  46489110 aaattacccagtctcagatatctttataaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164292954 31 - 196418989 aaattacccagtctcaggtatcttcatagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=283979.000000
s hg19.chr21     16137191 130 +  48129895 acacaaaaacaacactaacacGTTGCCCTCCTTCATTCCttat-tattttttctttaaatatatagttatttttctaataataaaaGTATAGATTAATCTTTCCGAAACTCAATTAATTATTTCATTCCCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1482001.000000
s hg19.chr21     16137321 231 +  48129895 GAGTTAAGACATTCAATAATATCTCCAATGATTCCAAGAGGAAGTGCGAACACATATGATGTCATGAAAGGCGGTACAATGGCACTCCAGCCAACCTTACCTGCCTTTCACCGAGCTTTATTGTCTGCTATCA-TTCTGTACCACTTTAGCACCCATAAGGTCTATTTTCCACTGCCAGAAAGCAGATGGCAACAAAGAAAATGCTGGCAGTACTATTCCCCATGTGGTTTT
s panTro2.chr21  14862263 231 +  46489110 GAGGTAAGACATTCAATAATATCTCCAATGATTCCAAGAGGAAGTGCAAACACATATGATGTCATGAAAGCCGGTACAATGGCACTCCAGCCAACCTTACCTGCCTTTCACAGAGCTTTATTGTCTGCTATCATTTCTGTACCACTTTAGCACCCATAAGGTCTATTTTCCACTGCCAGAAAGCAGATGGCAACAAAG-AAATGCTGGCAGTACTCTTCCCCATGTGGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164293116 232 - 196418989 GAGTTAAAACATTCAATAATATTCCCAATGATTCCAAGAGGAAGTGCAAATACATAAGAGGTCATGAAAGCCAGTACAATGGGACTCCAGCCAACCTTACCTGCCTTTCACTGAGCTTTACTGTCTGCTATCATTTCTGTACCACTTTAGCCCCCATAAGGTCTATTTTCCACTGCCAGAAAGCAGATGGCAACAAAGAAAATGCTGGGAGTACTCTTCCCCATGTGGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=380892.000000
s hg19.chr21     16137552 97 +  48129895 TGTTTAGAGTCACTATTGAGAAGCATCACACAAGACATGGAAAGCAAATGCCTCCAAATCCAAATTCCAAAGATTGGGAGGGCATTATTCCCCAGAT
s panTro2.chr21  14862494 97 +  46489110 TGTTTAGAGTCACTATTGAGAAGCATCACACAAGACATGGAAAGCAAATGCCTCCAAATCCAAATTCCAAAGATTGGGAGGGCATTATTCCCCAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164293348 95 - 196418989 TGTTT--AGTCACCATTGAGAAGCATCACACAAGACTTGGAAAGCAAATGCTTCCAAATCTAAATTCCAAAGACTGGGAGGGCATTATTCCCCAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=445905.000000
s hg19.chr21     16137649 42 +  48129895 ATTGTGAGCAGACACATGGGTGGTCATGAGATTTGAAGCACA
s panTro2.chr21  14862591 42 +  46489110 ATTGTGAGCAGACACATGGGTGGTCATGAGATTTGAAGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164293443 42 - 196418989 ATTGTGAGCAGACACATGGGTGGTCATGAGATTTGAAGTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=205048.000000
s hg19.chr21     16137691 26 +  48129895 TTCTGAATGAACACTTGAAAATCACC
s panTro2.chr21  14862633 26 +  46489110 TTCTGAATGAACACTTGAAAATCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164293485 26 - 196418989 TTATGAATGAACACTTGAAAATCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=468509.000000
s hg19.chr21     16137717 83 +  48129895 TCAATAAGTATTCTGCACTGAGATAGTCTTTATctccccgaaagccttccaatgagaataaacttctaattccctgcattaaa
s panTro2.chr21  14862659 83 +  46489110 TCAATAAATATTCTGCACTGAGATAGTCTTTATCTCCCCGAAAGCCTTCCAATGAGAATAAACTTCTAATTCCCTGCATTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164293511 83 - 196418989 TCAATAAATATTCTGCAGTGAGATAGTCTTTATCTCCCCGAAAGCCATCCAATGAGAATAAACTTCTAATTCCCTGCATTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=255225.000000
s hg19.chr21     16137800 24 +  48129895 catttcaaacttgcaatacgtaga
s panTro2.chr21  14862742 24 +  46489110 CATTTCAAACTTGCAATACATAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164293594 24 - 196418989 CATTTCAAACTTGCAATACATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=92985.000000
s hg19.chr21     16137824 26 +  48129895 gtagctgagatttccttgaacaaacc
s rheMac2.chr3  164293618 26 - 196418989 GTGGCTGAGATTTCTTTGAACAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14862766 26 +  46489110 GTAGCTGAGATTTCCTTGAACAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=-265320.000000
s hg19.chr21     16137850 46 +  48129895 ttgacATATA--ATGTCCATCATTATGCCATAACGCTCTCAAGTAGGG
s rheMac2.chr3  164293644 48 - 196418989 TTGACATATAATATGTCCATCATTATGCCATAATGTTCTCAAGTGGac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14862838 51 +  46489110 --------acacacacacacacacacacacacacaTAAAAACCAAAATTCTT-ACCATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=1594021.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=237063.000000
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a score=599165.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=707563.000000
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s panTro2.chr21  14863121 73 +  46489110 GAGAGAAATTAtgtttcattacactctgtggccttagttcttagtacaaacattgtcgtatagtaagcattca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14378698 40 +  48394510 I

a score=305120.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=647331.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e ponAbe2.chr21  14378698  40 +  48394510 I

a score=180575.000000
s hg19.chr21     16138994 30 +  48129895 TTTGTTCAGGTCAACTACCATTCAACAAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16139024 154 +  48129895 TCACAGCCACATATTCCattgattcatgctgcaaatatggcattgattgggcagtgaaattactggggtttttctgggggctagagtagactgataaaataagcgtgctctttaccatcttggagcttacagtttttggaggaagtaaaaggag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378768 154 +  48394510 TCACAACCACATATTCCattgattcatgctgcaaatacggcattgattgggcagtgaaattactggggttttcctgggggctagagtagactgataaaataagcgtgctctttgccctcttggagcttacagtttttggaggaagtaaaaggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-167109.000000
s hg19.chr21     16139178 14 +  48129895 aaaataaataaaaa
s panTro2.chr21  14864112 14 +  46489110 aaaataaataaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378922 14 +  48394510 aaaataaataaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295003 14 - 196418989 aaaataaataaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-33464.000000
s hg19.chr21     16139192 31 +  48129895 gaaactttcaatataatataaggtaagaggt
s panTro2.chr21  14864126 31 +  46489110 gaaatgttcaatataatataaggtaagaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295017 31 - 196418989 gaaatgttcaatatagtataaggtaagaagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78578.000000
s hg19.chr21     16139223 44 +  48129895 aagttctataaagtaaaaatagagcagagcaacaggatagagag
s panTro2.chr21  14864157 43 +  46489110 aagttctataaagt-aaaatagagcagagcaacaggatagagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14378967 43 +  48394510 aagttctataaagt-aaaatagagcagagcaacaggatagagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295048 43 - 196418989 aagttctataaagt-aaaatagagcacagccacagcatagagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72718.000000
s hg19.chr21     16139267 17 +  48129895 ggtgggaaggggcagat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=466751.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295108 88 - 196418989 ggagcacactcttttagatggtgtggggaaacgtctccaatataatgaggagccttctgtactagacctgagtaaaggaaataagcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=359616.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=974136.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16139643 42 +  48129895 AAAATAAATTAGGCAGTCTAGAATAAGTAAAACCAAGAAAGT
s panTro2.chr21  14864576 42 +  46489110 AAAATAAATTAGGCAGTCTAGAATGAGTAAAACCAAGAAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379376 42 +  48394510 AAAATAAATTAGGCAATCTAGAATAAGTAAAACCAAGAAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295464 42 - 196418989 AAAATAAATTAGGCAATCTAGAATAAGTAAAACCAAGAAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4150328.000000
s hg19.chr21     16139685 175 +  48129895 TATTTCTGGTGTCAATTGTCCTGTTATTTGTCATGCTACCTATTTTCTAAAAGAAATTACCTTATTAAAGCATCTCATTTATTTACACCCAAAGGGCTTTGCATAAACTGAAATTAAATCGGTGTGAGGGCTTTTACAAACTTGGGGGAAATTACTTCTCAGCCTGAAAGTAGTA
s panTro2.chr21  14864618 175 +  46489110 TATTTCTGGTGTCAATTGTCCTGTTATTTGTCATGCTACCTATTTTCTAAAAGAAATTACCTTATTAAAGCATCTCATTTATTTACACCCAAAGGGCTTTGCATAAACTGAAATTAAATCGGTGTGAGGGCTTTTACAAACTTGGGGGAAATTACTTCTCAGCCTGAAAGTAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379418 175 +  48394510 TATTTCTGGTGCCAATTGTCCTATTATTTGTCATGCTACCTATTTTCTAAAAGAAATTACCTTATTAAAGCATCTCATTTATTTACACCCAAAGGGCTTTGCATAAACTGAAATTAAATCAGTGTGAGGGCTTTTACAAAGTTGGGGGAAATTACTTCTCAGCCTGAATGTAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295506 175 - 196418989 TATTTCTGTTGCCAATTGTCCTGTTATTTGTCATGCTACCTATTTTCTAAAAGAAATTACCTTACTAAAGCATCTCATTTATTTACACCCAAAGGGCTTTGCATAAACTGAAATTAAATCGGTGTGAGGGCTTTTACAAAGTTGGGGGAAATTACTTCTCAGCCTGAAAGTAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=453406.000000
s hg19.chr21     16139860 30 +  48129895 AGGGAGATTTTGCCAATGACCTTATGAAAT
s panTro2.chr21  14864793 30 +  46489110 AGGGAGATTTTCCCAATGACCTTATGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379593 30 +  48394510 AGGGAGATTTTGCTAATGACCTTATGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295681 30 - 196418989 AGGGAGATTTTGCCAATGACCTTATGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=710269.000000
s hg19.chr21     16139890 60 +  48129895 C--TTTTTAACTTCCTAGGAATGCAATCATGTTTTCAGAGCTTTCTGAATAAACCTTAGAGA
s panTro2.chr21  14864823 62 +  46489110 CAATTTTTAACTTCCTAGGAATGCAATCATGTTTTCAGAGCCTTCTGAATAAACCTTAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379623 60 +  48394510 C--TTCTTAACTTCCTAGGAATGCAATCACGTTTTCAGATCTTTCTGAATAAACCTTAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295711 60 - 196418989 C--TTTTTAACTTCCTAGAGATGCAATTATGTTTTCAGATCTTTCCGAATAAACCTTAGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=360575.000000
s hg19.chr21     16139950 23 +  48129895 GATCTATTGTTTTAGATATGAGA
s panTro2.chr21  14864885 23 +  46489110 GATCTATTGTTTTAGATATGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379683 23 +  48394510 GATCTATTGTTTTAGATATGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295772 23 - 196418989 GATCTATTGTTTTAGATATGAGA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=173426.000000
s hg19.chr21     16139973 33 +  48129895 ACACTGCTATTTCTGCAAAAATCATCCAGGTCA
s panTro2.chr21  14864908 33 +  46489110 ACACTGTTATTTCTGCAAAAATCATCCAGGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379706 33 +  48394510 ACACTGTTATTTCTGCAAAAATCATCCAGGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295795 33 - 196418989 ACACTGTTACTTCTGCAAAAATTGTCCAGGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=460045.000000
s hg19.chr21     16140006 53 +  48129895 TTAGTGGCTGATTCATTCACATTTCTGCAGTAGCTCAGTATGTAGAGCAGGCT
s panTro2.chr21  14864941 53 +  46489110 TTAGTGGCTGATTCTTTCACATTTCTGCAATAGCTCAGTATGTAGAGCAGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379739 53 +  48394510 TTAGTGGCTGATTCATTCACATTTCTGCAGTAGCTCAGTATGTAGAGCAGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295828 53 - 196418989 TTAGTGGCTGATTCATTCACATTTCTGCAGTCGCTCAGTATGTAGAGTGGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=550689.000000
s hg19.chr21     16140059 43 +  48129895 TTGAACCAGATACAACCAGACTTACAATCGATTCTCAATCTTT
s panTro2.chr21  14864994 43 +  46489110 TTGAACCAGATACAACCAGACTTACAATCGATTCTCAATCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379792 43 +  48394510 TTGAACCAGATACAACCAGACTTACAATCTATTCTCAATCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295881 43 - 196418989 TTGAACCTGATACAACCAGACTTACAATCTATTCTCAATCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=588200.000000
s hg19.chr21     16140102 60 +  48129895 CTACCACTCTGAACCTCAGTTTTACAAATTAATTGATAATAGAATCAAATGTAGATACCT
s panTro2.chr21  14865037 60 +  46489110 CTACCACCCTGAACCTCAGTTTTACAAATTAATTGATAATAGAATCAAATGTAGATACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379835 60 +  48394510 CTACCACTCTGAACCTCAGTTTTACAAATTAATTGATAATAGAATCAAATGTAGATACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295924 60 - 196418989 CTACCACTCTGAACCTCAGTTTTACAAATTAATTGATAATAGAATCAAATGTAGATCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=45648.000000
s hg19.chr21     16140162 40 +  48129895 GGTCTAGTGCCTGGCACATCACATAAACTTTAAACTAGTG
s panTro2.chr21  14865097 40 +  46489110 GGTCTAGTGCCTGGCACATCACATAAACTTTAAACTAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379895 40 +  48394510 GGTCTAGTGCCTGGCACATCACATAAACTTTAAACTAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164295984 40 - 196418989 GGTCTAGTGCCTGACACATCACATAAACTTTAAACTAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=651769.000000
s hg19.chr21     16140202 126 +  48129895 GTTCTTTGTCCTTAGCCAGTTGTATTTCATGAAACTTGTAGGCAAGAACATTGTTGTACTTACTTCCGTGCAAAATATTCTCCAATGCCATAGTATATTTTGCCCCCCTCATTCACTTTTGCCTTT
s panTro2.chr21  14865137 126 +  46489110 GTTCTTTGTCCTTAGCCAGTTGTATTTCATGAAACGTGTAGACAAGAACATTGTTGTACTTACTTCCATGCAAAATATTCTCCAATGCCATAGTATATTTTGTCCCCCTCATTCACTTTTGCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14379935 126 +  48394510 TTTCTTTGTCCTTAGCCAGTTGTATTTCATGAAACTTGTAGACAAGAACATTGCTATACTTACTTCCCTGCAAAATATTCTCCAATGCCATAGCATATTTTGTCCCCTTCATTCACTTTTGCCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296024 126 - 196418989 TTTCCGTGTCCTTAGCCAGTCGTATTTCATGAAGCTTGTGGACAAGAACATTGCTGTACTTACTTCCCTGTAAAATATTCTCCAATGCCATAGCATATTTTGTCCCCTCCATTCACTTTTGCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=139578.000000
s hg19.chr21     16140328 34 +  48129895 CAATTACCATGTTTCTTACAGGCTAAGTCAGTTT
s panTro2.chr21  14865263 34 +  46489110 CAATTACCATGTTTCTTAGAGGCTAAGTCAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14380061 34 +  48394510 CAATTACCATGTTTCCTAGAAGCTAAGTCAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296150 34 - 196418989 CAATTACCATGTTTCTTAGAGGCTAAGTCAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=130214.000000
s hg19.chr21     16140362 21 +  48129895 AAGAGCCCTCCTTCCTCCCCA
s panTro2.chr21  14865297 21 +  46489110 AAGAGCCCTCCTTTCTCCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14380095 21 +  48394510 AAGAGCCCTTCTTTCTCCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296184 21 - 196418989 CAGAGCCCTCCTTTCTCCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=178116.000000
s hg19.chr21     16140383 23 +  48129895 AATATGAAAGCCTTCAAACTGGA
s panTro2.chr21  14865318 23 +  46489110 AATATGAAAGCCTTCAAACTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14380116 23 +  48394510 TATATGAAAGCCTTCAAAATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296205 23 - 196418989 AATATAAAAACCTTCAAACTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=158642.000000
s hg19.chr21     16140406 20 +  48129895 ATGGGCCTCTGAGGTAACTA
s panTro2.chr21  14865341 20 +  46489110 ATGGGCCTCTGAGGTAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14380139 20 +  48394510 ATGGGCCTCTGAGGTAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296228 20 - 196418989 ATGGGCCTCTGAGGTGACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=383080.000000
s hg19.chr21     16140426 37 +  48129895 GGAACTGTGTCATATCATAGATACGACAAACAAATAG
s panTro2.chr21  14865361 37 +  46489110 GGAACTGTGTCATATCATAGATACGACAAACAAATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14380159 37 +  48394510 AGAACTGTGTCATATCATACATACAACAAACAAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296248 37 - 196418989 GGAACTGTGTCACATCATATGCACAACAAACAAATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1251303.000000
s hg19.chr21     16140463 165 +  48129895 ATTGCAAACCTATCCAACAGGACTTTAAACATATATTCTGAGCCTATCTATTTCATCTCACAGACCCATATTTTGATTTGGAAGACATTTCAACACATGTAAATTCACTCCCATTGATGAGTCAGACACTTAACCTCAGAATATGGTATATGAATGCTGTCTGCT
s panTro2.chr21  14865398 165 +  46489110 ATTGCAAACCTATCCAACAGGACTTTAAACATATATTCTGAGCCTATCTATTTCATCTCACAGACCCATGTTTTGATTTGGAAGACATTTCAACACATGTAAATTCGCTCCCATTGATGAGTCAGACACTTAACCTCAGAATATGGTATATGAATGCTGTCTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14380196 165 +  48394510 ATTGCAAACCTATCCGACAGGACTTTAAACATATATTCTGAGCCCATCTATTTCATCTCACAGACCCATGTTTTGATTCGGAAGACATTTCAGCACATGTAAATTCACTCCCATTGATGAGTCAGACACTTAACCTCAGAATATGGTGTATGAATGCTGTCTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296285 165 - 196418989 ATTGCAAACCTATTCGACAGGACTTTAAACACATATTCTGAGCTTCTCTATTTCATCTCACAGACCTGCGTTTTGATTTGGAAGACATTTCAACACATGCAAATTCACTCCCATTGATGAGTCAGACACTTAACCTCAGAATATGGTGTATGAATGCTGTCTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=687649.000000
s hg19.chr21     16140628 87 +  48129895 TCCAGGATCTATAGCAGCAATGTGTTGCTTGAAGAAAGAAAATATATAGTTGAGCCTATCACACATTTGTTTCTGGTTTCTTTCTGT
s panTro2.chr21  14865563 87 +  46489110 TCCAGGATCTATAGCAGCAATGTGTTAGTTGAAGAAAGAAAATATATAGTTGAGCCTATCACACATTTGTTTCTGGCTTCTTTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14380361 84 +  48394510 TCCAGGATCTATAGCAGCAATGTGTTACCTG-AGAAAGAAAA-AAATAGTAGA-CCTATCATACATTTGTTTCTGGCTTCTTTCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 7017
s rheMac2.chr3  164296450 87 - 196418989 TCCAGAATCTATAGCAGCAATGTATTACTTGAAGAAAGAAAATATATAGTAGAACCTAGCACACATTTGTTTCTGACTTCTTTCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=181242.000000
s hg19.chr21     16140715   60 +  48129895 TACGGAGTTTTCAACTTCTAAGCTCCTGAGGAGACATCCTTGACAAAAT--------acacacacaca
s panTro2.chr21  14865650   68 +  46489110 TACGGAGTTTTCAACTTCTAAGCTCCTGAGGAGACATCCTTGACAAAATacacacacacacacacaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296537   60 - 196418989 AATGGAGTTTTCAACTTCTAAGCTCCTGAGGAGACACCGTTGACAAAAT--------acacacacaca
i rheMac2.chr3  C 0 I 2
e ponAbe2.chr21  14380445 7017 +  48394510 I

a score=-297159.000000
s hg19.chr21     16140775 28 +  48129895 cacacacacacacaagcacatgcatgca
s panTro2.chr21  14865718 28 +  46489110 cacacacacacacaagcacatgcatgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387462 28 +  48394510 CAGacacacacacaagcacatgcatgca
i ponAbe2.chr21 I 7017 C 0
s rheMac2.chr3  164296599 28 - 196418989 cacacacacacacaagtacatgcatgca
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=-82457.000000
s hg19.chr21     16140803  31 +  48129895 ctcacacgtg------------------------------------------------------------------------------------------------------------cacacacacacacacactcac
s rheMac2.chr3  164296627 139 - 196418989 ctcacacgtgcacacacacacaagcacatgcatgccctcacacgtgcagacacacacacacacacgcacatgcatgccctcaaacgtgcagacacacacacgcgcacatgcatgcactcacacgcgcacacacacaTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387490  31 +  48394510 ctcacacgtg------------------------------------------------------------------------------------------------------------cacacacacacatacaTGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14865746  27 +  46489110 ctcacacatg----------------------------------------------------------------------------------------------------------------cacacacacacactcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=43374.000000
s hg19.chr21     16140834 39 +  48129895 TCATACTTGCTGTGTGTATGTAAGGGAGCATTTTGCGGA
s panTro2.chr21  14865773 39 +  46489110 TCATACTTGCTGTGTGTATGTAAGGGAGCATTTTGCGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387521 39 +  48394510 TTATACTTGTTGTGTTTACGTAAGGGAGCATTTTGCGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296766 39 - 196418989 TCCAACTTGCTGTGTGTATGTAAGGGAGCATTTTGCGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=493972.000000
s hg19.chr21     16140873 41 +  48129895 TTATTCCAGAATCTGCAAATCATTAGGCTCAGAGGCAAACC
s panTro2.chr21  14865812 41 +  46489110 TTATTCCATAATCTGCAAATCATTAGGATCAGAGGCAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387560 41 +  48394510 TTATTCCAGAATATGCAAATCATTAGGATCAGAGGCTAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296805 41 - 196418989 TTATTCCAGGATCTGTAAATCATTAGGATCAGAGGCAAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=647686.000000
s hg19.chr21     16140914 50 +  48129895 CAGGGTTTACTGATTGGCAGTTTTGTTCACTTGCTTCCAATGCATTGTCA
s panTro2.chr21  14865853 50 +  46489110 CAGAGTTTACTGATTGGCAGTTTTGTTCACTTGTTTCCAATGCATTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387601 50 +  48394510 CAGAGTTTTCTGATTGGCAGTTTTGTTCACTTGCTTCCAATGCATTGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296846 50 - 196418989 CAGAGTTTACTGATTGGCAGTTTTGTTCACTTGCTTCCAATGCATTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-17715.000000
s hg19.chr21     16140964 44 +  48129895 CCTCTATATAAAAATGATCTATCCCgccaggcacagtggcttat
s panTro2.chr21  14865903 44 +  46489110 CCTCTATATAAAAATGATCTATCCCgccaggcacagtggcttac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387651 44 +  48394510 CCTCTATATAAAAATGATCTATCCTgccaggcacagtggcttac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164296896 44 - 196418989 CTTCTATATAAAAAAGATCTATCCCgccaggcacagtggctcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=226822.000000
s hg19.chr21     16141008 155 +  48129895 accataatcccagtactttgggaaatcaaggagggtgggtcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctgaccaacatggtgaaaccccgtctccaccaaaaatacaacaattagctaggcgtggtggtggatgcctgtaataccagctacttg
s rheMac2.chr3  164296940 155 - 196418989 gccataatcccagtactttgggaaaccaaggagggtgggtcacctgaggtcaggagttcgagatcagcctgaccaacacggtgaaaccccgtctctaccaaaaatgcaaaaattagctaggcgtgatggtggatgcctgtaattccaggtacctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387695 155 +  48394510 gccataatcccagtactttgggaaaccaaggggggggggtcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctgaccaacatggtgaaaccccgtctccaccaaaaatacaaaaattagctaggcatggtggtggatgcttgtaataccagctacttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14865947 155 +  46489110 accataatcccagtactttgggaaatcaaggagggtgggtcacctgaggtcaggagtttgagaccagcctgaccaacatggtgaaaccccgtctccaccaaaaatacaacaattagctaggcgtggtggtggatgcctgtaataccagctacttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=43238.000000
s hg19.chr21     16141163 33 +  48129895 ggaggctgagggaggagaattgcttgaatccgg
s rheMac2.chr3  164297095 24 - 196418989 ggaggctgagggagga---------gaatctgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387850 33 +  48394510 ggaggctgagggaggagaattgcttgaatccgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14866102 33 +  46489110 ggaggctgagggaggagaattgcttgaatccgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=88997.000000
s hg19.chr21     16141196 90 +  48129895 gaggtggaggttgcagtgagccaagattgtgccattgcactccagcctgggcaacagagcgacacttcatctcaaaaaaccaaaac------aaac
s rheMac2.chr3  164297119 96 - 196418989 gaggtggaggttgcagtgagccaagactgcgccactgcactccagcctgggcaacagagcgagacttcatctcaaaaaaacaaaacaaaacaaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387883 90 +  48394510 gaggtggaggttgcagtgagccaagattgcgccattgcactccagcctgggcaacagagcgagacttcatctcaaaaaaGCCAAAC------AAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14866135 90 +  46489110 gaggtggaggttgcagtgagtcaagattgtgccattgcactccagcctgggcaacagagcgacacttcatctcaaaaaaccaaaac------aaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=425877.000000
s hg19.chr21     16141286 79 +  48129895 aaaaTGATCTATCCTACACAGGATATGGCCCTATCTGCCTATTCTGTAATGAACTGTCCCAGACAATGAAGCCTGAGAC
s panTro2.chr21  14866225 79 +  46489110 aaaaTGATCTATCCTACACAGGATTTGGCCCTATCTGCCTATTCTGTAATGAACTGTCCCAGACAATGAAGCCTGAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14387973 79 +  48394510 AAAATGATCTATCCTACACAGGATACAGACCTATCTGCCTATTCTGTAGTGAACTGTCCCAGACAATGAAGTCTGAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 T 6822
s rheMac2.chr3  164297215 79 - 196418989 aaaataaTCTATCCTACACAGGACACAGACCTGTCTGCCTATTCTGTAATGAACTGTCCCAGACAATGAAGCCTGAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=187810.000000
s hg19.chr21     16141365 71 +  48129895 AAGCCCATAGCTAGGTTTTATACTAACATATGGCATGACTCCTAAGTCTATTCTTGCCACAAATTGGTTAT
s panTro2.chr21  14866304 71 +  46489110 AAGCCCATAGCTAGGTTTTATATTAACATATGGCATGACTCCTAAGTCTATTCTTGCCACAAATTGGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297294 71 - 196418989 AAGCCCATAGCTGGGTTTTATACTAACATAAGGCATCATTCCTACATCTATTCTTGCCACAAATGGTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14381230 37 +  48394510 --------------------------------GCATGACTTCTAAGTCTAT--CTGCCACAAATTGGTTAT
i ponAbe2.chr21 T 6822 C 0

a score=243287.000000
s hg19.chr21     16141436 54 +  48129895 ATATCATTGTCAGTTTATTAAAACTCATCTCAAAACACATGTATAAAATTTAAG
s panTro2.chr21  14866375 54 +  46489110 ATATCATTGTCAGTTTATTAAAACTCATCTCAAAACACATGTATAAAATTTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297365 54 - 196418989 GTATCATTGTCGGTTTATTAAAACTCAACTCAAAACACATGTATAAAATTTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14381267 51 +  48394510 ATATCATTGTCAGTT--ATAAAACTCATCTCAAAACACATGTATAAAA-TTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=164778.000000
s hg19.chr21     16141490 49 +  48129895 TAGTAAAATTACACATAGATCCTAGACTTCCTTAACAATCTCAATGTGT
s panTro2.chr21  14866429 49 +  46489110 TAGTAAAATTACACATAGATCCTAGACCTCCTTAACAATCTCAATGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14381318 48 +  48394510 TAGTAAAATTGCACATAGATCCTAGACTT-CTTAACAATCTCAACATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297419 49 - 196418989 TAGTAAAATTGCACATAGATCCTGGACTTCCTTAACAATCTCAATATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=437858.000000
s hg19.chr21     16141539 76 +  48129895 GAAACACATTTGCCTTCATCCATGGCGTTTGATGCTTTTTTCTTCTGAACACGCATGGTCAGGACATTGGGGCAGA
s panTro2.chr21  14866478 76 +  46489110 GAAACACATTTGCCTTCATCCATGGCATTTGGTGCTTTTTTCTTCTGAACACGCATGGTCAGGACATTGGGGCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14381366 74 +  48394510 AAAACACATTTG-AGTCATCCATGGC-CTTGGTGCTTTTTTCTTCTGAACATGCATGGTCAGGACCTTGGGGCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297468 76 - 196418989 GAAACACATTTGCCTTCATCCATGGCCTTTGGTGCTTTTTTCTTCTGAACAGGCATGGTCAGGACATTGGGGCGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=444523.000000
s hg19.chr21     16141615 59 +  48129895 CTTATCTGAGAGTCAGATTTCCTGAACATTAAAGGACACTGAAGAATCTCAGATGTGTT
s panTro2.chr21  14866554 59 +  46489110 CTTATCTGAGAGTCAGATTTCCTGAACATTAAAGGACACTGAAGAATCTCAGATGTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14381440 58 +  48394510 CTTATCTGAGAGTCAGATTTCCTGAAC-TTTAAGGACACTGAAGAATCTCGGATGTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297544 59 - 196418989 CTTACCTGAGAGTCAGATTTCCTGAACTTTAAAGGACACTGAAGAATCTGGGACGTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1152951.000000
s hg19.chr21     16141674 159 +  48129895 GAGGTTTATATTTTTCTACTTTTCCCGACTGGGTTCTGAGAAGCTAGCCGCTGAGTTGGAGCCATATTGAGGAAAACAGATCAGAGAAGAGAATTGGAAAGCCACTATAACACTGGGAAAAGGCAAAGTAACCCTTTTCAATATTGTCACCTTTTCCCT
s panTro2.chr21  14866613 159 +  46489110 GAGGTTTATATTTTTCTACTTTTCCCGACTgggttctgagaagctagcagctgagttggagccatattgaggaaaacagatcagagaagagaattggaaagccactatagcactgggaaaaggcaaagtaacccttttcaaTATTGTCACCTTTTCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14381498 159 +  48394510 GAGGTTTATATTTTTCTACTTTTCCTGACTGGGTTCTGCGAAGCTAGAAGCTGAGTTGAAGCCATATTGAGGAAAACAGATCAGAGAAGAGAATTGGAAAGCCACTATAACACTGGGAAAAGGCAAAGTAACCCTTTTCAATATTGTCACCTTTTCGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297603 159 - 196418989 TAGGTTTATATTTTCCTACTTTTCCCGACTGGGCTCTGAGAAGCTAGTAGCTGGGTTGGAGCCATACTGAGGAAAACAGATCAGAGAAGAGAATTGGAAAGCCACTGTAACACCGGGAAAAGGCAAAGTAACCCTTTTCAATATTGTCACCTTTTCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=472771.000000
s hg19.chr21     16141833 81 +  48129895 TGTCTTTGATCAGAGTTCTTTCCTTCTATCCCTGAGTTTTCCATTTGGTTTCTATGCCCCCCATCCACCAAAACCCACACC
s panTro2.chr21  14866772 81 +  46489110 TGTCTTTGATCCGAGTTCTTTCCTTCTATCCCTGAGTTTTCCATTTGGTTTCTATGCCCCCCATCCACCAAAACCCACACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14381657 80 +  48394510 TGTCTTTGATCAGAGTCCTTTCCTTCTATCCCTGAGTTTTCCATTTGGTTTGTATG-ACCCCATCCACCAAAACCCACACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297762 81 - 196418989 TGACTTTGGTCAGAGTTCTTTCCTTCTACCCCTGAATTGTCCATTTGGTTTCTATGCTCCCCATATACCAAAACCCACACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=500363.000000
s hg19.chr21     16141914 74 +  48129895 TAGTGCATCTTATATATAGTCTTGTCATATTGTTTGTCTTTTCAACTTCAACAAATTGGACAGAGGATGGTTTT
s panTro2.chr21  14866853 74 +  46489110 TAGTGCATCTTATATATAGTCTTGTCATATTGTTTGTCTTTTCAACTTCAACAAATTGGACAGAGGATGGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297843 74 - 196418989 TAGTGCATGTTATATATAGTCTTGCCATATTGTTTGTCCTTTCAGCTTCGACAAATTGGACAGAGAATGGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265287.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=234404.000000
s hg19.chr21     16142015 74 +  48129895 TTTCACCTTTACTATTTTGAAATATGCCAAGCACTTCATCCGTGTCATCTTCATTAGAATTAGTGATCATTACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164297944 74 - 196418989 TTTTACCTTTACTATTTTGAAATATGGAAAGCATTTTATCAGTGTCATCTTCATTAGAATTAGTGATCATTACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=563992.000000
s hg19.chr21     16142089 85 +  48129895 ATTCATAAAAATATTGTAATATGAAACAAATAAATGTCATCTGCAAGAAATAATATCCTAATTTGCTGAAAATTCCCTACCTTca
s panTro2.chr21  14867028 83 +  46489110 ATTCATAAAAATATTGTAATATGAAACAAATAAATGTCATCTGCAAGAAATAATATGCTAATTTGCTGAAAATTCCCTACCTT--
i panTro2.chr21 C 0 I 229
s ponAbe2.chr21  14381912 83 +  48394510 ATTCATAAAAATATTGTAATATGAAACAAATAAATGTCATCTGCAAGAAATAATATCCTAATTTGCTGAAAATTCCCTACTTT--
i ponAbe2.chr21 C 0 I 234
s rheMac2.chr3  164298018 79 - 196418989 ATTCATAAAAATGTCGTAATATGAGACAAATAAATGTCATCTGCAAGAAATAATATTCTAATTTGCTGAAAATTCCCTA------
i rheMac2.chr3  C 0 I 381

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s hg19.chr21     16142174 30 +  48129895 aaaaccgcaattaattttgcaccaacctaa
s ponAbe2.chr21  14382229 30 +  48394510 aaaaccgcaattagttttgcaccgacctaa
i ponAbe2.chr21 I 234 C 0
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i panTro2.chr21 I 229 C 0
s rheMac2.chr3  164298478 23 - 196418989 -------CAATTAATTTTGCACCAACCTAA
i rheMac2.chr3  I 381 C 0

a score=257992.000000
s hg19.chr21     16142204 80 +  48129895 TAAATCAAATTCAAAAA-ACTTTTTTGGAAACATTACTCCCAGTGAAAACATTCACATGTTAACAATTTGCTTTCTTCTTT
s ponAbe2.chr21  14382259 78 +  48394510 TAAATCAAATTCAACAA---TTTTTTGGAAATATTACTCCCAGTGAAAACATTCGCATGTTAACAATTTGCTTTCTTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14867370 80 +  46489110 TAAATCAAATTCAAAAA-ACTTTTTTGGAAACATTACTCCCAGTGAAAACATTCACATGTTAACAATTTGCTTTCTTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164298501 81 - 196418989 TAAATCAGATTCAAAAAAACCTTTTTGGAAACATTACTTCCAGTGACAACATTTGAATGTTAACAATTTGCTTTCTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=648166.000000
s hg19.chr21     16142284 97 +  48129895 GGATCTCCCTTCTTACCCTTCCTTATATTGTCTTACGCTTAATTTTCATAGGTCATTATTTCGTTAAAGCAAAAAAATAAGGGATTAAAAATAAATT
s rheMac2.chr3  164298582 97 - 196418989 GGATCTCCCTTCTTACCCTTCCTTATATTGTCTTATGTTTAATTTTCATAGGTCATTATTTAGTTAAAGCAAAAAAATGAGGGATTAAAAACAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14867450 97 +  46489110 GGATCTCCCTTCTTACCCTTCCTTATATTGTCTTACGCTTAATTTTCATAGGTCATTATTTCGTTAAAGCAAAAAAATAAGGGATTAAAAATAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14382337 96 +  48394510 GGATCTCCCTTCTTACCCTTCCTTATATTGTCTTACGCTTAATTTTCATAGGTCATTATTTCGTTAAAGCAAAAAAATTAGGGATT-AAAACAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=485183.000000
s hg19.chr21     16142381 78 +  48129895 CATCTTTGCCTGGTACCTACAAGGAAATGCCCTAAATGTCATTAATAAGAAA----CTTCTTTCCGTGTCACTTTTTTTTTC
s rheMac2.chr3  164298679 81 - 196418989 CATCTTTGCCTGGTACCTATAAGGAAATGCCCTAAATATCATTAATAATAAGCTCCCTTCTTTCCATGTCACATTTTTCC-C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14867547 77 +  46489110 CATCTTTGCCTGGTACCTACAAGGAAATGCCCTAAATGTCATTAATAAGAAG----CTTCTTTCCATGTCACTTTTTTTT-C
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14382433 81 +  48394510 CACCTTTGCCTGGTACCTACAAGGAAATGCCCTAAATATCATTAATAAGAAGCTCCCTTCTTCCCATGTCACATTTTTTC-C
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=172618.000000
s hg19.chr21     16142459 40 +  48129895 CTCAGGTTTTTTCTATTGCATGAACATTATTTGATGGGGT
s rheMac2.chr3  164298760 40 - 196418989 CTCAGGTTTCCTCTATTGTGTGAACATTCTTTGATGGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14867624 40 +  46489110 CTCAGGTTTTTTCTATTGCATGAACATTATTTGATGGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1367508.000000
s hg19.chr21     16142499 191 +  48129895 AAGTGTAAAATAATTACAGCAACACATATGTTGCACGTAGTCCCCAAAATACGAAGCAGCAAATTTGTGCTTTTTCATAAGTAGAGAAATAGAAATAAAATAACCTAAAATagtgtttccaaaatgtaagccctagatcagtagcaacaataccactaggaacttgttaataatgcaaattATTAAGGATC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=256732.000000
s hg19.chr21     16142690 130 +  48129895 TATCTCATAGATAGATCCTTAATATTCAGTATCTATCTCATAGATAGATCCTTAATATTCAGTATCTTAATATTCAGTATCTCATAGAtactgaatcagaaattcagaagtgcagcccagcagtctgaag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14867855  97 +  46489110 TATCTCATAGACAGATCCTTAATATTCAGTATCT---------------------------------TAATATTCAGTATCTCATAGAtactgaatcagaaattcagaagcgcagcccaacagtctgaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=169306.000000
s hg19.chr21     16142820 44 +  48129895 tttaaacaagttctccaggtgattttca--tgtaccctaaagtttg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 6960
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14391398 251 +  48394510 tttctcacagttctagagcctagaaatttatgctcaaactgtcagcagggttggcttcttctgaaggcccctctccttggcttgtagatggcag---tcttctggtgtcttcacctggtcttctgggtacgtctgtgtcctaatctcctcttcttattagaacgccagtcatattggattagggtccacctccaatgacctcgtttgacatttaattacctctttaagattgttatctccacatacagtcacat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63173.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301152 70 - 196418989 caaaagttaggtagtggaaagtaatacagccaagataaagcaaagtctcctgatacaaaacccagtggct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=325027.000000
s hg19.chr21     16145007 33 +  48129895 tttctattgcattgtacCATCAGTCTTCATTTA
s panTro2.chr21  14870139 33 +  46489110 tttctattgcaTTGTACCATCAGTCTTCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14391940 33 +  48394510 tttctattgcattgtacCATCAGTCCTGGTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301222 33 - 196418989 tttctattgcCTTGTACCATTAGTCCTGATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462466.000000
s hg19.chr21     16145040 48 +  48129895 CAACAGAAAACTCCTCAAGAAATCATATGCACTCTGTCTTTATCAGAG
s panTro2.chr21  14870172 48 +  46489110 CAACAGAAAACTCCTCAAGAAATCATATGCACTCTGTCTTTATCAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14391973 48 +  48394510 CAACAGAAAACTCCTCAAGAAATCATATGCGCTCTGTCTTTATCACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301255 48 - 196418989 CAACAGAAAACTCCTCAAGAAATCGTATGCACTCTGTCTTTATCAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=706841.000000
s hg19.chr21     16145088 78 +  48129895 TTAGGATATTCCATTACATTAGAAAATCAT---------------TAACTGTTTATCTCTTTGCATTCTCTCCATGCTTCCTGAAGTATCCAT
s panTro2.chr21  14870220 78 +  46489110 TTAGGATATTCCATTACATTAGAAAATCAT---------------TAACTGTTTATCTCTTTGCATTCTCTCCATGCTTCCTGAAGTATCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392021 78 +  48394510 TTAGGATATTCCATTACATTAGAAAATCAT---------------TAACTGTTTATCTCTTTGCATTCTCTCCATGCTTCCTGAAGTATCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301303 93 - 196418989 TTAGGATATTCCATTAAATTAGAAAATCATTCACATTTATCCATCTAACTGTTTACCTCTTTGCATTCTCTCCATGCTTCCTGAAGTATCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=732707.000000
s hg19.chr21     16145166 67 +  48129895 AGAATGCAGATGATAATTGTGGCTTAATATCATGTATTTCTTTCACAGAACATAAAAGTTaattaaa
s panTro2.chr21  14870298 67 +  46489110 AGAATGCAGATGATAATTGTGACTTAATATCATGTATTTCTTTCACAGAACATAAAGGTTAATTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392099 67 +  48394510 AGAATACAGATGATAATTGTGGCTTAATATCATGTATTTCTTTCACAGAACATAAAAGTTAATTAAa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301396 67 - 196418989 AGAATAGAGATGATAATTGTGGCTTAATTCCATGTATTTCTTTCACAGAACATAAAAGCTAATTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=356051.000000
s hg19.chr21     16145233 24 +  48129895 ataaaccttgacatttattgagtc
s panTro2.chr21  14870365 24 +  46489110 ATAAACCTTGAcatttattgagtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392166 24 +  48394510 ataatccttgacatttattgagtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301463 24 - 196418989 ATAAACCTcgacatttattgagtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88413.000000
s hg19.chr21     16145257 10 +  48129895 acaatgttac
s panTro2.chr21  14870389 10 +  46489110 acaatgttac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392190 10 +  48394510 aaaatgttac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301487 10 - 196418989 aaaatgttac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2194220.000000
s hg19.chr21     16145267 226 +  48129895 agatgctgtgctgagtgctttccacacattatctcaagaaactcacaataactgtatgagctaaatactacggttactccaatgttacagaaaagagaactgatgtttaaagagattcaataccttaccaatgccaaagaaccagtatgtagtggagccaggtctACCAAAGACTATGCCAACTGCCCCTCTGATAGTGATTGTCTTCTAAATATAGTAAGCAAAA
s panTro2.chr21  14870399 226 +  46489110 agatgctgtgctgagtgctttccacacattatctcaagaaactcacaataactgtatgagctaaatactacggttactccaatgttacagaaaagaaaactgatgtttaaagagattcaataccttaccaatgccaaagaaccagtatgtagtggagccaggTCTACCAAAGACTATGCCAACTGCCTCTCTGATAGTGATTGTCTTCTAAATATAGTAAGCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392200 226 +  48394510 agatgctgtgctgagtggtttacacacattatctcaagaaactcacaataactgtatgagctaaatactatggttactccaatgttacagaaaagagaactgatgtttaaagagattcaataccttaccaatgccaaagaaccagtatgcagtggagccaggTCTACTAAAGACTATGCCAACTGTCTCTCTGATAGTGATTGTCTTCTGAATATAGTAAGCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301497 226 - 196418989 agatgctgtgctgagtggtttacacacattatctcaagaaactcacaataactgtatgagctaaatactatggttattccaatgttacagaaaagagaactgatgttttaaaagattcaataccttaccaataccaaagaaccagtatgtagtggagccaggTCTACCAAAGACTATGCCAGCTGCCTCTCTGATAGCGATTGTCTTCCGAATATAGTAGGCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=683389.000000
s hg19.chr21     16145493 75 +  48129895 CCTCTGTCATAGAATGAAGAAAAGTGACAACATCATTCATGAGTTCCCGTATATGATGAACAAATATGCTGGCAA
s panTro2.chr21  14870625 75 +  46489110 CCTCTGTCATAGAATGAAGAAAAGTGACAACATCATTCATGAGTTCCCGTATACGATGAACAAATATGCTGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392426 75 +  48394510 CCTCCGTCATAGAATGAAGAAAAGTGACATCATCATTCATGAGTTCCCATATACGATGAACAAATATGCTGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301723 75 - 196418989 TCTCTGTCATAGAATGCAGAAAGGTGACCTCATCATTCATGAGTTCCCATATACGATGAACAAATATGCTGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=558366.000000
s hg19.chr21     16145568 66 +  48129895 AATCCACTACAATTTTTGTATTATTATATAATATAAGGACAGGTCATCACCTTATCATTACAAAGT
s panTro2.chr21  14870700 66 +  46489110 AATCCACTACAATTTTTGTATTATTATATAATATAAGGACAGGTCATCACCTTATCATTACAAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392501 66 +  48394510 AATCCACTACAGTTTTTGTATTATTATATAATATAAGGACAGGTCATCACCTTATCATTACAAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301798 66 - 196418989 AATTCACTACAATGTTTGTATTATTATATAATATAAGAACAGGTCATCAACTTATCATTACAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=444447.000000
s hg19.chr21     16145634 44 +  48129895 TTGTTTCTGTATGTGAAATATTTCATGGGCTTCTAAAGGTGTGA
s panTro2.chr21  14870766 44 +  46489110 TTGTTTCTGTATGTGAAATATTTCATGGGCTTCTAAAGGTGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392567 44 +  48394510 TTGTTTCTGTATGTGAAATATTTCATGGGCTTCTAAAGGTGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301864 44 - 196418989 TTGTTTCTGTATGCGAAATATTTCATGGGCTTCTAAAGGTGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235963.000000
s hg19.chr21     16145678 28 +  48129895 AGCCTCTTTCTGTAACATACCAGAGTAT
s panTro2.chr21  14870810 28 +  46489110 AGCCTCGTTCTGTAACATACCAGAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392611 28 +  48394510 AGCCTCTTTCTGTAACATACCAGAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301908 28 - 196418989 AGCCTCTTTCTGTAACATACCAGAGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1242844.000000
s hg19.chr21     16145706 121 +  48129895 AAGATTCTCTGTTTTTAACAAAGCATCACCTTCATATATTAAAATGAAATTAATCGTAGAACGTAATCTTCAGACAAATGACCACGTACTCTGGAATCCAGGTCCAAATCACTAACGTAAT
s panTro2.chr21  14870838 121 +  46489110 AAGATTCTCTGTTTTTAACAAAGCATCACCTTCATATATTAAAATGAAATTAATAGTAGAACGTAATCTTCAGACAAATGACCACGTACTCTGGAATCCAGGTCCAAATCACTAATGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392639 121 +  48394510 AAGATTCTCTGTTTTTAAAAAAGCATCACCTTCATATATTAAAATGAAATTAATAGTAGAACATAATCTTCAGACAAGTGACCACGTACTCTGGATTCCAGGTCCAAATCACTAACGTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164301936 121 - 196418989 AGAATTCTCTGTTTTTCAAAAAGCATCACCTTCATATATTAAAATGAAGTTAATAGTAGAGCATAATCTTCAGACAAATGACCACGTACTCTGGAATCCAGGTCCAAATCACTAACGTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26440.000000
s hg19.chr21     16145827 8 +  48129895 GGCTATAG
s panTro2.chr21  14870959 8 +  46489110 GGCTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392760 8 +  48394510 GGCTATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302057 8 - 196418989 GGCTGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=424002.000000
s hg19.chr21     16145835 56 +  48129895 CTGCATACTTCTAAGAAAGTGGAAAAAAGTTATGGGCATTTTCAAGAGAAAAACAT
s panTro2.chr21  14870967 56 +  46489110 CTGCATACTTCTAAGAAAGTGGGAAAAAGTTATGGGCATTTTCAAGAGAAAAACGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392768 55 +  48394510 CTGCCTACTTCTAAGAAAGTGGGAAAAAGTTATGGGCATTTTCAAGAG-AAAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302065 49 - 196418989 CTACCTACCTCTAAGAAAGTAGGAAAAAGTTATGGGCATTTTCAAGATG-------
i rheMac2.chr3  C 0 I 317

a score=218761.000000
s hg19.chr21     16145891 45 +  48129895 TAGTGTCAAGTACCGCTTTAGCGAGGACAAAGAGAC--ATCTCTTAT
s panTro2.chr21  14871023 47 +  46489110 TAGTGTCAAGTACCGCTTTAGCGAGGACAAAGAGACCTATCTCTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392823 47 +  48394510 TAGTGTCAAGTACTGCTTTAGTGAGGACAAAGAGACCTATCTCTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302431 47 - 196418989 TAGTATCAAGTACTGCCTTTGCGAGGACAAAGAGACCTATCTCTTAT
i rheMac2.chr3  I 317 C 0

a score=-37744.000000
s hg19.chr21     16145936 3 +  48129895 CCT
s panTro2.chr21  14871070 3 +  46489110 CCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392870 3 +  48394510 CCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302478 3 - 196418989 CCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371161.000000
s hg19.chr21     16145939 30 +  48129895 GAAAGCAAACCTAGACCAATTATTTTTCAT
s panTro2.chr21  14871073 30 +  46489110 GAAAGGAAACCTAGACCAATTCTTTTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392873 30 +  48394510 GAAAGCAAACCTAGACCAATTATTTTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302481 30 - 196418989 GAAAGCAAACCTAGACCAATTCTTTTTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306066.000000
s hg19.chr21     16145969 23 +  48129895 GAACAAAAATTAAGCCATAACAC
s panTro2.chr21  14871103 23 +  46489110 GAACAAAAATTAAGCCATAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392903 23 +  48394510 GAACAAAAATTAAGCCATAACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302511 23 - 196418989 GAACAAAAATTAAGCCATAACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1204726.000000
s hg19.chr21     16145992 94 +  48129895 ACTAGTAAACTTCTTGCTAGGAAAAAACAATTAATATTTGAATAACGCTATAAATTCCTACTGATCTATTTCAAGTAAACTATTACCACTTCCT
s panTro2.chr21  14871126 94 +  46489110 ACTAGTAAACTTCTTGCTAGGAAAAAACAATTAATATTTGAATAACGCTATAAATTCCTACTGATCTATTTCAAGTAAACTATTACCACTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14392926 90 +  48394510 ACTAGTAAACTTATTGCTAGGAAAAAAC----AATATTTGAATAACACTATAAATTCCTACTGATCTATTTCAAGTAAACTATTACCACTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302534 93 - 196418989 ACTAGTAAACTTCTTGCTAGGAAAAAACAATTAATATTTGAATAACAC-ATACATTCCTATTGATCTATTTCAAGTAAACTATTACCACTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=303007.000000
s hg19.chr21     16146086 42 +  48129895 AGTAATATTTTTTTTT--ATTTATCTAGTAGGCTGTGGAGAGCA
s panTro2.chr21  14871220 43 +  46489110 AGtaatattttttttt-tatttatCTAGTAGGCTGTGGAGAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14393016 40 +  48394510 AGTAATATTTTTTT----ATTTATCTAGTAGACTGTGGAGAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302627 44 - 196418989 AGtaatatatatatttttatttatCTAGTAGGCTGTGGAGAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=476711.000000
s hg19.chr21     16146128 64 +  48129895 GCTTCTGTCTTTTCTCATCAAGCCTTAAGTTGAAACAACGCTGTCTGCAAATTCAGCGCCAAGA
s panTro2.chr21  14871263 64 +  46489110 GCTTCTGTCTTTTCTCATCAAGCCTTAAGTTGAAACAACGCTGTCTGTAAATTCAGCGCCAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14393056 64 +  48394510 GCTTCTGTCTTTTCTCATCAAGCCTTAAGTTGAAACAACGCTGTCTGCAAATTCAGCGCCAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302671 42 - 196418989 GCTTCTGTGTTTTCTCATCAAGCCTTAAGTTGAAACAACGCG----------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259823.000000
s hg19.chr21     16146192 35 +  48129895 CTAGGACTCCAGCTTCATTGAAAACCGGGAGGTCT
s panTro2.chr21  14871327 35 +  46489110 CTAGGACTCCAGCTTCATTGAAAACTGGGAGGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14393120 35 +  48394510 CTAGGACTCCAGCTTCATTGAAAACCGGGAAGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302713 28 - 196418989 -------TCTAGCTTCATTGAAAACCGGGAGGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100730.000000
s hg19.chr21     16146227 33 +  48129895 GCTGGAAGCACCTCAACACTTATCCTCATCCTA
s panTro2.chr21  14871362 33 +  46489110 GCTGGAAGCACCTCAACACTTATCCTCATCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14393155 33 +  48394510 GCTGGAAGCACCTCAACATTTATCCTCATCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302741 33 - 196418989 GCTGGAAGCACCTCAGCATTTATCCTCATCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=940535.000000
s hg19.chr21     16146260 98 +  48129895 AACTCTGGAGAGGCACAGCACCCTCTGCTGGTTAAAACCCTGGGGCTAcagcacaaatacccttcaaagaaatgaaataaagatttcatataaccctg
s panTro2.chr21  14871395 98 +  46489110 AACTCTGGAGAGGCACAGCATCCTCTGCTGGTTAAAACCCTGGGGCTAcagcacaaatacccttcaaagaaatgaaataaagatttcatataaccatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14393188 98 +  48394510 AACTCTGGAGAGGCACAGCACCCTCTGCTGGTTAAAATGCTGGGGCTAcagcacaaatatctttcaaagaaatgaaataaagatttcatataaccatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302774 98 - 196418989 AACTCCGGAGAGGCACAGCGCCCTCTGCTGGTTAAAACCCTGGGGCTGcagcaccaatatccttccaagaaatgaaataaaggtttcatataaccatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=567058.000000
s hg19.chr21     16146358 46 +  48129895 tgctgcaaaaacgttccaccagcagattggcactaaaagaaatgtt
s panTro2.chr21  14871493 45 +  46489110 tgctgcaaaa-cgttccaccagcagattggcactaaaagaaatgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14393286 46 +  48394510 tgatgcaaaaacgttccaccagcagatttgcactaaaagaaatgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302872 46 - 196418989 tgctgcaaaatttttccaccagcagatttgcactaaaatgaatgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138910.000000
s hg19.chr21     16146404 22 +  48129895 aaaagaatttcttttggcacag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164302918 22 - 196418989 aaaagaatttattttggcacag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=627732.000000
s hg19.chr21     16146426 51 +  48129895 aaaaattataccagataaaaacttgaatctacacaaaggaatgaagagcac
s panTro2.chr21  14871560 51 +  46489110 aaaaattataccagataaaaacttgaatctacacaaaggaatgaagagcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=337792.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 33
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a score=545922.000000
s hg19.chr21     16160982 76 +  48129895 CTGGCCAAACAGGCTAAGTTTTCTAGAAATTCATGGAAAAAAA--ATAAGGAAATATCTGCTAAGACCAGAACCTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 33 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1203313.000000
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s rheMac2.chr3  164316300 174 - 196418989 TGTTTTATGCTAAGTAATTAGGAAGATAAGAACTTCATTGAGTTTACTAACTAGTATCACCAAAATCACCATCCAAGGGAAGGGAATGCAGCCCCAAGAGCCTTACAAATAAAGTAGGGCAGCAACATTTTCTTTGTTAGAGGTTAAAGGAAACTACTTTCCTTCtgtggtagc
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s hg19.chr21     16161232 144 +  48129895 CGATTTcccactgattcctgtctcctgctatttacacctctgtagaatccctcccactttgtagcaaggttggtttttatggccagtagtatatggcttaagtaatggcatgtaattaccaagattagttggttataaaagttt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164316474 136 - 196418989 caatttctcgctgattcctgcctcccgctatttacacctctgtagaatccctcccactttgtgacaaggttggttttcatggccagtagtatatggcttaagtaatggcatgtcattaccaatattagttggttat--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

a score=13235.000000
s hg19.chr21     16161376 31 +  48129895 tattttcggccaggcgcggtggctcacgcct
s panTro2.chr21  14886505 31 +  46489110 tatttttggccgggcgcagtggctcacgcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14408365 31 +  48394510 TATTTTCggccagacgcggtggctcacgcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164316610  3 - 196418989 I

a score=5219.000000
s hg19.chr21     16161407 96 +  48129895 gtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggtggatcataaagtcaggagatcgagaccgtcctggctaacatggtggaactctctctctactaa
s panTro2.chr21  14886536 96 +  46489110 gtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggtggatcacaaagtcaggagatcgagaccatcctggctaacatggtggaactccgtctctactaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14408396 96 +  48394510 gtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggtggatcacgaagtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtggaactctgtctctactaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164316610  3 - 196418989 I

a score=-11221.000000
s hg19.chr21     16161503 69 +  48129895 caatacaacatattagccgggtgtggtggcaggctcctgtagttccagctactcgggaggctgaggcag
s ponAbe2.chr21  14408492 69 +  48394510 aaatacaaaaaattagccgggcgtggtggcaggcgcctatagttccagctactcgggaggctgaggcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14886632 69 +  46489110 aaatacaacatattagccgggcgtggtggcaggctcctgtagttccagctactcgggaggctgaggcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164316610  3 - 196418989 I

a score=12780.000000
s hg19.chr21     16161572 78 +  48129895 gagaatggcatgaacccaggaggtggaggttgcagtgagcccagatggcgccactgcactccagcctgggtgacagag
s ponAbe2.chr21  14408561 77 +  48394510 gagaatggcgtgaacccaggaggtggaggttg-agtgagcccggatggcgccactgcactccagcctgggcgacagcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14886701 78 +  46489110 gagaatggcatgaacccaagaggtggaggttgcagtgagcccagatggcaccactgcactccagcctgggtgacagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164316610  3 - 196418989 I

a score=2437.000000
s hg19.chr21     16161650 25 +  48129895 tgagactctgtctcaaaaaaaaaaa
s ponAbe2.chr21  14408638 25 +  48394510 tgagactctgtctcaaaaaaaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14886779 25 +  46489110 tgagactctgtctcaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164316610  3 - 196418989 I

a score=24970.000000
s hg19.chr21     16161675 35 +  48129895 aaaagttttattttcaccaagtcttgattaaaaat
s rheMac2.chr3  164316613 32 - 196418989 ag---ttttattttcaccaagtcttgattaaaaat
i rheMac2.chr3  I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  14408663 32 +  48394510 aG---TTTTATTTTCACCAAGTCTTGATTAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14886804 33 +  46489110 aa--gttttattttcaccaagtcttgatttaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=147080.000000
s hg19.chr21     16161710 92 +  48129895 cttggcagcttctgccttgggccccc----ctctctctcttagatcactcactctagggaaagcaagcttctatgttttgcactgccctatggaga
s panTro2.chr21  14886837 92 +  46489110 cttggcagcttctgccttgggccccc----ctctctctcttagatcactcactctagggaaagcaagcttctatgttttgcactgccctatggaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14408695 93 +  48394510 CTTGGCAgcttctgccttgggccccc---tctctctctcttagatcactcactctagggaaagcaagcttctatgttgtgcactgccccatggaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164316645 96 - 196418989 cttggcgacatccgccttgggcacccacccccctctctcttagatcactcactctagggaaagcaagcttctatgttgtgcaccgccctatggaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2202632.000000
s hg19.chr21     16161802 518 +  48129895  
s rheMac2.chr3  164316741 508 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 9
s ponAbe2.chr21  14408788 509 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14886929 497 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=7701.000000
s hg19.chr21     16162320 14 +  48129895 tatatataACTTAA
s panTro2.chr21  14887426  6 +  46489110 --------ACTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14409297 14 +  48394510 tatatataaCTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164317258 14 - 196418989 tatatataaCTTAA
i rheMac2.chr3  I 9 C 0

a score=273196.000000
s hg19.chr21     16162334 165 +  48129895 Ctggtttgttcttatgctgctaataaagatatacccaatactgggtagtttataaagaaaagaggtttaatggactcacattttacatggctggggaggccacaggaaacttataatcatggtggtagagaaagcagatgcgtccttcttcacatgatgacagga
s panTro2.chr21  14887432 165 +  46489110 Ctggtttgttcttatgctgctaataaagatatacccaatactgggtagtttataaagaaaagaggtttaatggactcacattttacatggctggggaggccacaggaaacttataatcatggtgatagagaaagcagatgcgtccttcttcacatgatgacagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14409311 165 +  48394510 Ctggtttgttcttatgctgctaataaagatatacccaatactgggtagtttataaagaaatgaggtttaattgactcacattttacatggctggggaggcctcaggaaacttataatcatggtggcagagaaagcagatgcatccttcttcacatgatgacaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164317272 165 - 196418989 CTGATTTGGtcttgtgctgctaataaagatatacccagtactgggtagtttataaataaaagaggtttaattgactcacattttacatggctggggagttctcaggaaacttataatcatggtggcagagaaagcagatgcgtccttcttcacatgatgacagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=220288.000000
s hg19.chr21     16162499 192 +  48129895 gacagaataagagtaaaggagggaaaagccccttataaaactgtcagatcatgtgagaattcactcactctcatgagaacagtatgagggtaactgcccccatgatttaattagtttccaccaggtcgctcccatgatatgtgggaattatgggaatagttcaagatgagatttgggtggggacacagccaa
s panTro2.chr21  14887597 191 +  46489110 gacagaataagagtaaaggagggaaaagccccttataaaaccatcagatcatgtgagaattcactcactctcatgagaacagcatgagggtaactgcccccatgatttaattagtttccaccaggtcgctaccatgatatgtgggaattatgggaatagttcaagatgagatttgggtggg-acacagccaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14409476 192 +  48394510 gacagaataagagtaaaggagggaaaagccccttataaaaccatcagatcgtgtgagaattcactcactctcatgagaacagcacgagggtaactgcccccatgatttaattactttccaccaggtcgctcctatgatatgtggaaattatgggaatagttcaagataagatttgagtggggacacagccaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164317437 190 - 196418989 gacagaataagagcaaagg-gtggaaagccccttataaaaccatcagcatttgtgagaattcacccactgtcatgagaacagtatgagggaaactgcccccatgatttaattactttccaccaggtccctcccatgatacatggg-attattggaatagttcaagatgagatttgggtggggacacagccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1179386.000000
s hg19.chr21     16162691 215 +  48129895 accatatcaAGGGTCAATATCTATCAATATAAAATTTCCCTTTGTAGACTGGGAGGTTAAAAATCTACTTTTTGTGATATATAATTCATTTTACACGCATTGGGTAATGTAATATCCAGTGATAAGATAGTGTTCTTGTTGCTTCTGTTAGACTATCACAACAGTCCCCAAACTTTTCCAATTTTTAAATAATCACAATAGAGAAAATCTAGTAT
s rheMac2.chr3  164317627 215 - 196418989 accatatcaAGGATCAATATCTATCAATATAAAATTTCCCTTTGTAGACTGGGAGGTTAAAAATCTACTTTTTGTGATATGTAATTCATTTTACAGGCATTGGGTAATGTAATATCTGGTGATAAGACAGTGTTCTTGTTGCTTCTGTTAGACTATCACAACAGTCACCAAACTTTTCCAATTTTTTAATAATCACAATAGAGAAAATCTAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14409668 206 +  48394510 accatatcaAGGGTCAGTATCTATCAATATAAAATTTTCCTTTGTAGACTGGGAGGTTAAAAATCTACTTTTTGTGATATATAATTCATTTTACAGGCATTGGATAATGTAATATCCAGTGATAAGATAGTGTTCTTGCTGCTTCT---------TAACAAGAGTCACCAAACTTTTCCAATTTTTAAATAATCACAATAGAGAAAATCTAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14887788 215 +  46489110 accatatcaAGGGTCAATATCTATCAATATAAAATTTCCCTTTGTAGACTGGGAGGTTAAAAATCTACTTTTTGTGATATATAATTCATTTTACACGCATTGGGTAATGTAATATCCAGTGATAAGATAGTGTTCTTGTTGCTTCTGTTAGACTATCACAACAGTCACCAAACTTTTCCAATTTTTAAATAATCACAATAGAGAAAATCTAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=80987.000000
s hg19.chr21     16162906 50 +  48129895 AATATTAATGTTTATATCATTACCACTTATGCTACTTTGGGGCATCAT--TT
s rheMac2.chr3  164317842 52 - 196418989 AATATTAATATTTATATCGTTACCACTTATGTTACTTTGGGGCATTATTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14409874 52 +  48394510 AATATTAATATTTGTATCATTACCACTTATGTTACTTTGGAGCATTATTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14888003 50 +  46489110 AATATTAATGTTTATATCATTACCACTTATGTTACTTTGGGGCATCat--tt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24385.000000
s hg19.chr21     16162956 31 +  48129895 TTTATATAttttattttatttattttttat---t
s panTro2.chr21  14888053 31 +  46489110 tttatatattttattttattGAttttttat---t
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14409926 31 +  48394510 TTTATATAttttattttatttattttctat---t
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164317894 34 - 196418989 TTTATATAttttattttacttattttttcttaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39801.000000
s hg19.chr21     16162987 34 +  48129895 ttttagagacagagtcttgctgtattgcccaggt
s panTro2.chr21  14888084 34 +  46489110 ttttagagacagagtcttgctgtattgcccaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14409957 34 +  48394510 ttttagagacagagtcttgctgtattgcccaggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164317928 34 - 196418989 ttttagagagagagtcttgctatatcgcccacgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409316.000000
s hg19.chr21     16163021 251 +  48129895 tagaggtcagtggcatgattatagttcactgcaacctcaaattcctgggctcaagcaatt---ctgcctcagcctcccaagtagctgaaactacaggcatgtgccaccgtgcctggctaattttttttcttttttttttt-agtgacaaggtttcactaggttgcctaagctgctctcaaacttctgggctcaagcaatcctcccaccttgacctccgaaagcactgggattacaggtataagccaccatacctg
s panTro2.chr21  14888118 252 +  46489110 tagagttcagtggcatgattatagttcactgcaacctcaaattcctgggctcaagcaatt---ctgcctcagcctcccaagtagctgaaactacaggcatgtgccaccgtgcctggctaattttttttcttttttttttttagtgacaaggtttcactaggttgcctaagctgctctcaaacttctgggctcaagcaatcctcccaccttgacctccgaaagcactgggattacaggtataagccaccatacctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14409991 252 +  48394510 tagaggtcagcggtgtgattatagttcagtgcaacctcaaattcctgggctcaagcaatt---ctgcctcagcctcccaagtagctgaaactacaggcatgtgccaccatgcctggctaatttttgttgttttttttttttagtgacaaggtttcactaggttgcctaagctgctctcaaacttctgagctcaagcaatcctcccacctcgacttcccaaagcactgggattacaggtataagccaccatacctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164317962 252 - 196418989 tggaggtcagtggcatgattatagttccttataacctcaaattcctgggctcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgaaactacaggcatgtgccactatgcctagctaattgttttctttttttttt---agtgacaaggtttcactaggttgcccaagctgctgtcagacttctgggctcaagcaatcctcccaccttgacctcccaaagcactgggattacaggtataagccaccatacctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=174593.000000
s hg19.chr21     16163272 32 +  48129895 gccTCAATATTATTTTAATACTTATCACACTA
s panTro2.chr21  14888370 32 +  46489110 gccTCAATATTATTTTAATACTTATCACACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14410243 32 +  48394510 gccTCAATATTATTTTAATACTTATCACACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164318214 32 - 196418989 gACTCAATATTATTTTAATACTTATCACACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=448245.000000
s hg19.chr21     16163304 177 +  48129895 ACTTGTGAAACAAAAAAGTTCTTATTAAATTGTGTTGTTCAACATTATAAATGCTTTTATCGAGAGATTCACATATAGAAGACAAAAAAAA-GTAGTTTGAAAGTAAAATGGAAAGTAAATATCAAATGAATATTTG------TTATTAAGACGTCCTACAATTTCAGTGTGGCCTTGGAAAAA
s rheMac2.chr3  164318246 184 - 196418989 ATTTGTGAAACAAAAAAGTTCTTATTAAATTGTGTTGTTCAACATTATAAATGCTTTTATTGAGAGATTCACATAGAGAAGACAAAGAAAACGTAGTTTGAAAGTAAAATGGAAAGCAAATATCAAATGAATTTTTGTACTTGTTATTAAGACGTCCTAAAATTTCAGTGTGGCCTTGGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14410275 183 +  48394510 ACTTGTGAAACAAAAAAGTTCTTATTAAATTGTGTTGTTCAACATTATAAATGCTTTTATCGAGAGATTCACATATAGAAGACAAAAAAAA-GTAGTTTGAAAGTAAAATGGAAAGTAAATATCAAATGAATATTTGTACTTGTTATTAAGACGTCCTAAAATTTCAGTGTGGCCTTGGAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14888402 176 +  46489110 ACTTGTGAAACAAAAAAGTTCTTATTAAATTGTGTTGTTCAACATTATAAATGCTTTTATCGAGAGATTCACATATAGAAGACAAAAAAA--GTAGTTTGAAAGTAAAATGGAAAGTAAATATCAAATGAATATTTG------TTATTAAGACGTCCTAAAATTTCAGTGTGGCCTTGGAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=718692.000000
s hg19.chr21     16163481 85 +  48129895 TCCAACCTTGATGTTACTAAAATTTGAGAATTAAGCTTTATGTATATAGTAAAAACTAGTTTGAACAAATTTTTCCTCAGGTTAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14888578 85 +  46489110 TCCAACCTTGATGTTACTAAAATTTGAGAATTAAGCTTTATGTATATAGTAAAAACTAGTTTGAACAAATTTTTCCTCAGGCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=552965.000000
s hg19.chr21     16163566 69 +  48129895 ACTGACTTGAATTGATTAACCAGTTGGCAGATTTGATAAATTAACTTGGTTAGTAGTGACATAAAAGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14410543 69 +  48394510 ACTGACTTGAACTGATTAACCAGTTGGCAGATTTGATAAATTTACTTGGTTACTAGTGATATAAAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14888663 69 +  46489110 ACTGACTTGAATTGATTAACCAGTTGGCAGATTTGATAAATTAACTTGGTTAGTAGTGACATAAAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=296616.000000
s hg19.chr21     16163635 46 +  48129895 AACATATAATGAGTATTTTATAATAAATGCAAGCTTGTGTACTTGA
s panTro2.chr21  14888732 46 +  46489110 AACATATAATGAGTATTTTATAATAAATGCAAGCTTGTGTACTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14410612 46 +  48394510 AACATACAATGAGTATTTTATAATAAATGCAAGCTTGTGTACTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164318584 46 - 196418989 AACATATAATAAGTATTTTATAATAAATGCAAGCTTGTGTACTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=358156.000000
s hg19.chr21     16163681 61 +  48129895 AACACCTGAGCACAGATTTTGTTACTCTAAATGGGAGAAGGCTGAAGTTTTTATTTATTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14410658 61 +  48394510 AACACCTGAGCACAGATTTTGTTACTCTAAATGGGAGAAGGCTGAAGTTTTTATTTATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164318630 61 - 196418989 AACACCTGAGCACAGATTTTGTTACTCTAAATGGGAGAAGGCTGAAGTTTTTATTTATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=403201.000000
s hg19.chr21     16163742 308 +  48129895 TATGTATGTATGTATGTATTCAtttcttgagaccaagtctagctctgtcacccaggctggagtgtagtggagtgatcacagctcactgcagcctctacctcccgggttcaagctattctcccacctcagtctctttagtagctaatattataggcgcccgccaccacactcggctaatttttgtatttttattagagacagggtttcaccatgttggccgggctggtcttgaatttctgacctcaagtgaactgcctgcctcggcctcccaaagttctaagattacaggcatgagccaccgtgcccgg
s rheMac2.chr3  164318691 294 - 196418989 TATGTATGTATGTATGTAtttatttcttgagagcgagtctagctctgtcacccaggctggagtgcagtggagcgctcatggctcactgcaacctctaactcccaggttcaagcgattctcccacctcagcctctcgagtagctgagattacaggcacctgctaccacacccagctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcaccatgttgaccaggctggtcttgagctcctgacctcaagtga--------------ccacccaaagtgttgggattacaggcatgagccaccatgcccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14888839 308 +  46489110 TATGTGTGTATGTATGTAtttatttcttgagaccaagtctagctctgtcacccaggctggagtgtagtggagtgatcgcggctcactgcaacctctacctcccgggttcaagctattctcccacctcagtctctctagtagctaatattataggcgcccgccaccacacttggctaatttttgtatttttattagagacagggtttcaccatgttggccgggctggtcttgaattcctgacctcaagtgaactgcctgcctcggcctcccaaagttctaggattacaggcatgagccaccgtgcccgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14889514 48 +  46489110 aataaaagagaccccagagagctccctcacttcttctgccatgtgaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164334572 101 - 196418989 agaaaatcattatgagtcaagacttcaataacaatatcatctgacttaatcaactagcagccgattaaacattcttttcaagtggacattcggcaagatag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14912712 155 +  46489110 G-TTTGTTCATTGGCTTAGCCAAGATGAGAGATGAGGTAATGATATCTGAATTTATCAGACAATTTTCCTTTCAATGTCATATAAATTTGTGGAGGATCCAAGTAAGACTCTATGTATTTATATGAGGATGCTCTCCTCACTGGACATGAATGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14912867 11 +  46489110 CCACCATTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16187822 47 +  48129895 AATAAAATAAAGACATCCTTCTTAGGTTGTTTGAGGCAGTAATTTCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14444272 91 +  48394510 ACAAATGTAAAATCCTCTTATTTTGAGTAACAACACAAAACGAAATACTGCTTCCTAATTTGCTGATAAACGTATTAA---AGAAGGAAAATAA
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s hg19.chr21     16191326 45 +  48129895 AATGATTTGTACAAGCAGCTGAGCTCATCATTCAATAAAATCCAT
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a score=1309273.000000
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s panTro2.chr21  14916608 28 +  46489110 TTTACtatttttaaaaaatattttttaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=130340.000000
s hg19.chr21     16191565 51 +  48129895 GCCTCAATAAAGAAGGATTAAAAATATGAAAGTTCACAAGAATGTTTGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14916687 42 +  46489110 AAAAAAATAACAAGTTAG--AAAAAAACAATCAAATGAAGACTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14916812 95 +  46489110 aaattgtacctgtcctgctttctagctgggcaattaggaaaacttccttaagctctcttgccttctttctctcattggcaaatagggataataac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=618308.000000
s hg19.chr21     16191836 83 +  48129895 agtacctacctcaaacacttacgtgttaatacagacacagctcctataacagtgccaggtacataggatgtgctacatttgat
s panTro2.chr21  14916907 83 +  46489110 agtacctacctcaaacacttatgtgttaatacagacacagttcctataacagtgccaggtacataggatgtgctacatttgat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14444874 83 +  48394510 agtacctacctcaaacacttatgtgttaatacaaacacagctcctataacagtgccaggtacataggatgtgctacatttgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164340832 83 - 196418989 agtacctacctcaaacacttatgtgttaatatagacacagctcttacaacagtgccaggtacgtaggatgtgctacatttgac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-84552.000000
s hg19.chr21     16191919 29 +  48129895 tttttattattATTTCTGATAAGCTTTCA
s panTro2.chr21  14916990 29 +  46489110 tttttattattATTTCTGATACGCTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14444957 29 +  48394510 tttttattattATTTCTGATAAGCTTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164340915 29 - 196418989 tttttattattattTCTGATAAACTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=391667.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14444986 31 +  48394510 TCATATCTTTAGTGCATTTTCTAATGGCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164340944 31 - 196418989 TCATGTCTTTAGTGCATTTTCTAATGGCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-27716.000000
s hg19.chr21     16191979 82 +  48129895 TGTTTGTTTTCTTTCATTTGAGGTTCTTTTGGCTTAAGCCAAAAG----ATAAACAACTGCTT----TTCTTTTTTCTTTTGTTTTCCtt
s panTro2.chr21  14917050 86 +  46489110 TGTTTGTTTTCTTTCATTTGAGGTTCTTTTGGCTTAAGCCAAAAG----ATAAACAACTGCTTGTTTTTCTTTTTTCTTTTGTTTTCCtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14445017 85 +  48394510 TGTTTG-TTTCTTTCATTTGAGGTTCTTTTGGCTTAAGCCAAAAG----GTAAACAACTGCTTGTTTTTCTTTTTTCTTTTGTTTTCCtt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  164340975 89 - 196418989 TCTTTG-TTTCTTTCATTTGAGGTTCTTTTGGCTTAAGCCAAAAGATGCATAAATAGCTGCTTGTTTTTCTTTTTTCTTTTGTTTTCCtt
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

a score=74568.000000
s hg19.chr21     16192061 80 +  48129895 tttttctttttttttacttttttttgagacagagtctctctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggct
s rheMac2.chr3  164341067 80 - 196418989 ttcttctttttttttcttttttcttgagacggagtctctctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggct
i rheMac2.chr3  I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  14445103 80 +  48394510 ttttcttctttttttacttttttttgagacagagtctctctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggct
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s panTro2.chr21  14917136 79 +  46489110 tttttctttttttttacttttttttgagacagagtctc-ctctgtcgcccaggctggagttcagtggcgcgatctcggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=55240.000000
s hg19.chr21     16192141 66 +  48129895 cactgcaacctccgcctcctgggttcaagcgattcttctgcctcagcctcccaagtagctgggatt
s panTro2.chr21  14917215 66 +  46489110 cactgcaacctccgcctcctgggttcaagcgattcttctgcctcggcctcccaagtagctgagatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14445183 66 +  48394510 cactgcaacctccgcctcctgggttcaagcgattcttctgcctcagcctcccaagtagctgagatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164341147 66 - 196418989 cattgcaacctccgcctcccgggttcaaaggattcttctgcctcagcctcccgagtagctgccatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16192207 49 +  48129895 ataggcctgtgccgccgcg-cccggcCTGCTGCTTGTTTTTCTATGTTCC
s rheMac2.chr3  164341213 49 - 196418989 ttaggcctgcgccgccgcg-cccggcCTGCTGCTTGTTTTCCTATGTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14445249 50 +  48394510 ataggcctgtgccgccgcgccccggcCTGGTGCTTGTTTTTCTATGTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=384258.000000
s hg19.chr21     16192256 31 +  48129895 TGATGGGATGAGACCTATTTCAGTGAAGCGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164341262 31 - 196418989 TGATGGGATGAGACCTATTTCAGTGAAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=549437.000000
s hg19.chr21     16192287 58 +  48129895 TCTTTTTAAAGTAGCAATTGAAAGTCCCCAACATGATGAGTCCACCGGGGTGAATA---GT
s panTro2.chr21  14917356 61 +  46489110 TCTTTTTAAAGTAGCAATTGAAAGTCCCCAACATGATGAGTCCACCGGGGTGAATAATAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164341293 61 - 196418989 CCTTTTTAAAGTAGCAACTGAAAGTCCCCAACATGATGAGTCCTCCGGGGTGAATAACAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16192345 25 +  48129895 CTTCAACTGAAAGCCAGAGAT--AAAA
s panTro2.chr21  14917417 25 +  46489110 CTTCAACTGAAAGCCAGAGAT--AAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14917507 125 +  46489110 GATAGCAATATCTAAAATGGCAATTGTCTGAAATGAGTGCCAATTAAAGGTCACAGGAACCTACAAAAAGGCTATGAGTGCTCCATTACACATTGCTAATTTGAGTAAATAGGGAAAGCGGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14445481 125 +  48394510 GATAGCAATATCTAAAATAGCAATTGTCTGAAATGAGTGCCAATTAAAGGTCACAGGAACCTACAAAAAGGCTATGAGTGCTCCATTACACATTGCTAATTTGAGTAAATAGGGAAAGCAGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164341446 122 - 196418989 GATAGCAATATCTACAATGGCAGTTGTCTGAAATGAGTGCCAATT--AGGTCATGGGAACCTACAAAAAGACTATGAGTGCTCCATTACACATCGCTAATTTGAGTAAACAGGG-AAGCAGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1766648.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14445606 96 +  48394510 TATATGCAAATTGTGCAAAGAGAACATATTGCAAATATATTTCTACAGCTATGTTACCCATTTTCCTACTGCGTGTCTAATGAACAAGGGAGTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164341568 96 - 196418989 TATATGCAAATTGTGTGAAGAGAACATATTGCAAATATATTTCTACAGCTATGTTACCCATTTTCCTACTGCGTGTCTAATGAACAAGGGAGTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16192656 170 +  48129895 AGTCTTTATTAATAGCCTGTAGAATTAGCATTTGCTTTACAAAGAAATTGTCAATAAAAGAAAGGGGAGTTCCCAGAAGTTACCCACTCTACGAATCAGCACACTTACTACTAACACATGGATTTCAAAATTGACCAACACAGAATCAGAAACCTGTACCACAGTGTTTT
s panTro2.chr21  14917728 170 +  46489110 AGTCTTTATTAATAGGCTGTAGGATTAGCATTTGCTTTACAAAGAAATTGTCAATAAAAGAAAGGGGAGTTCCCAGAAGTTACCCACTCTACTAATCAGCACACTTACTACTAACACATGGATTTCAAAATTGACCAACACAGAATCAGAAACCTGTACCACAGTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14445702 170 +  48394510 AGTCTTTATTAATAGCCTGTAGGATTAGCATCTGCTTTACAAAGAAATTGTCAATAAAAGAAAGGGGAGTTCCCAGAAGTTACCCACTCTACTAATCAGCACACTTACTACTGACGCATGGATTTCAAAATTGACCAACACAGAATCAGAAACCTGTACCACAGTGTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14445900 39 +  48394510 AGCACTAGCCGTGTCCTAACAACAAATGTATTTTGAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16192893 35 +  48129895 AGAAAACATTTCAAAACTATCTTTGTTGTGTCCTA
s panTro2.chr21  14917965 35 +  46489110 AGAAAACATTTCAAAACTATCTTTGTTGTGTCCTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1240275.000000
s hg19.chr21     16192928 107 +  48129895 ATGCTTCAAGCACTTTGGCCAAACAGTCCTACCATGTAAGTATCCCCCCCACTGGGATGCAATGGTTGAGGAAATTTCAAAATAGCTGTATCCTTTTAAGGAAACTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14918000 106 +  46489110 ATGCTTCAAGCACTTTGGCCAAACAGTCCTACCATGTAAGTATCCCCCC-ACTGGGATGCAATGGTTGAGGAAATTTCAAAATAGCTGTATCCTTTTAAGGAAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=248473.000000
s hg19.chr21     16193035 46 +  48129895 TTCCTGTTGTTCGCTAAGGCAAAAGCTTGCGTGTAGATTTGTCTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14446080 46 +  48394510 TTCGTGTTGTTCGCTAAGGAAAAAGCTTGCGTGTAGATTTGTCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164342041 46 - 196418989 TTCCTGTTGTTGGCTAACGAAAAAGCTTATGTGTAGATTTGTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292419.000000
s hg19.chr21     16193081 32 +  48129895 AAAGATCTTTGTCAACAGGTGTTAATAAGTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=117235.000000
s hg19.chr21     16193113 51 +  48129895 GTTAATATCACAATTGGCTACTCTTTATGTACATTAAACACTAAGTATTAG
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a score=87078.000000
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s hg19.chr21     16193183 143 +  48129895 TAGAACTTGCTATATAGAATTATTAATTTTCCA-TTTTTTCTGAGAAGCCTGCTGCCATTAAGGAACATCAGTTGGCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa-----------TCACTATCCCCTACAGCACCACTTCTGCGGTAGCTTTCTAGAAACAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14446228 132 +  48394510 TAGAACTTGCTATACAA---TATTAATTTTCCA-TTTTTTCTGAGAAGGCTGCTGCCATTAAGGAACATCAGTAGGCAAAAAAAAAAAA-------------------TCACTATCCCCTACAGCACCACTTCCGCGGTAGCTTTCTAGAAACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164342189 131 - 196418989 TAGAACATGCTATATAA--TTATTATTTTTCCACTTTTTTCTGAGAAGCCTGCTGCCATTAAGGAATATCAGTTGGCAAAATTAAT----------------------TCACAATCCCCTACAGCACCACTTCTGCTGTAGCTTTCTAGAAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=747013.000000
s hg19.chr21     16193326 56 +  48129895 CAAACGCTACAAGCTTCTTAGGGATGAAAACAGTTTTTTATGCAAACATAGATGAG
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s ponAbe2.chr21  14447956 24 +  48394510 CCATGTTGTCTGCTAATCATTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14920026 52 +  46489110 CACTAACTAAAATTACTAAACACAAAAACTATGCTTATTCCTATGAAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14447980 52 +  48394510 CACTAACTAAAATTACTAAAGACAAAAACTATGCTTATTACTATGAAAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14920078 43 +  46489110 TCAGTTAAGGAGTTTCAAAGCATAAAATCTTTATTTTTAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277877.000000
s hg19.chr21     16195039 35 +  48129895 TACCTATTACATATTAAATCAAATGAATTAGAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=444875.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448110 46 +  48394510 CTAATCCTGAGAAGTAACTGCTTATAATATAAAAATAGTACATCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344061 46 - 196418989 CTAATCCTGAGAAGTAACTGCTTATAATATAAAAATACTACATCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8821.000000
s hg19.chr21     16195120 28 +  48129895 AATCTATTACTGACCTACGATTATTCTT
s panTro2.chr21  14920202 28 +  46489110 AATCTATTACTGCTCTATGATTATTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=453750.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=211428.000000
s hg19.chr21     16195191 21 +  48129895 TTAAAGATGTCAATCTCATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344178 21 - 196418989 TTAAAGATGTTAATCTTATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=413136.000000
s hg19.chr21     16195212 48 +  48129895 GAATTTAAATATGACACAGCATTATAAAACATATCTGGTTACTCAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448248 48 +  48394510 GAATTTAAATATGACACAGCATTATAAAACATATCTGGTTACTCAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344199 46 - 196418989 GAATTTAAATATGACATAGCATTATAAAACATATTTGGTTACTCAA--
i rheMac2.chr3  C 0 I 103

a score=771132.000000
s hg19.chr21     16195260  87 +  48129895 TTTCTACTAGCAAACATGGCTTTAAGCAGACCCCAAAGGCAAACCCTGCCAGAGGGGGGATTCTGTATGCCTATCCTTTTCCAAATT
s panTro2.chr21  14920342  87 +  46489110 TTTCTACTAGCAAACATGGCTTTAAGCAGACCCCAAAGGCAAACCCTGCCAGAGGGGGGATTCTGTATGCCTATCCTTTTTCAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448296  86 +  48394510 TTTCTACTAGCAAACATGGCTTTAAGCAGACCCCAAAGGCAAACCCTGTCAGA-GGGGGATTCTGTATGCCTATCCTTTTCCAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=301218.000000
s hg19.chr21     16195347  22 +  48129895 CATCTCACTAGAGTGACCGAGC
s panTro2.chr21  14920429  22 +  46489110 CATCTCACTAGAGTGACCGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448382  22 +  48394510 CATCTCACTAGAGTGACCGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=312056.000000
s hg19.chr21     16195369  29 +  48129895 CACCAAAGACAGGCCACATCCCTGAAATA
s panTro2.chr21  14920451  29 +  46489110 CACCAAAGACAGGCCACATCCCTGAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448404  29 +  48394510 CACCAAAGACAGGCCACATCCCTGAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=880379.000000
s hg19.chr21     16195398  90 +  48129895 TTGCTTAGCCCTTGTGTTGAACTATCGGGCATTTTGATACCTTTTCAGAGTTGCAGTCCACATTTCCCCAGTATTGGTTTCCATTTTCAC
s panTro2.chr21  14920480  90 +  46489110 TTGCTTAGCCTTTGTGTTGAACTATCGGGCATTTTGATACCTTTTCAGAGTTGCAGTCCACATTTCCCCAGTATTGGTTTCCATTATCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448433  90 +  48394510 TTGCTTAGCCCTTGTGTTGAACTATCGGGCATTTTGATACCTTTTCAGAGTTGCAGTCCACATTTCCCCTGTATTGGTTTCCATTATCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=516433.000000
s hg19.chr21     16195488  65 +  48129895 GACTATTACAGGCTATTCTTTGAAAATTGTGTTTATAAGGGAAAATATAAAGTTCTCATCCATTG
s panTro2.chr21  14920570  65 +  46489110 GTCTATTACAGGCTATTCTTTGAAAATTGTATTTATAAGGGAAAATATAAAGTTCTCATCCATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448523  65 +  48394510 ATCTATTACAGGCTATTCTTTGAAAATTGTGTTTATAAGGGAAAATATAAAGTTCTCATCCACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=681940.000000
s hg19.chr21     16195553  38 +  48129895 AACAGACCAAACTCCTAAGCTCAATATATTTTTATCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=345226.000000
s hg19.chr21     16195591  27 +  48129895 CTATGTATTTATGGTCCATGGCTGCCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=903192.000000
s hg19.chr21     16195618  74 +  48129895 TTCAGTTAAAGAATAAAAAACTCAAGTGAGATAAAGCATCAAAATATATATTATAGTTCCATTTAGGTTTTAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448653  74 +  48394510 TTCAGTTAAAGAATAAAAAACTCAAGTGAGATAAAGCATCAAAATATATATTATAGTTCCACTTAGGTTTTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=405157.000000
s hg19.chr21     16195692  30 +  48129895 TTAGAAGGCCAAGGACATTGCCACTTAGGG
s ponAbe2.chr21  14448727  30 +  48394510 TTAGAAGGCCAAGGACATTGTCACTTAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14920774  30 +  46489110 TTAGAAGGCCAAGGACATTGTCACTTAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164344245 103 - 196418989 I

a score=1836661.000000
s hg19.chr21     16195722 78 +  48129895 AGAATCTCTGCCTCTCAACAAATCAAAGTGTATTTGCTTTGATTAGTTTCTTAACTGAAATGAAAAGGTAATTTGGAT
s panTro2.chr21  14920804 78 +  46489110 AGAATCTCTGCCTCTCAGCAAATCAAAGTGTATTTGCTTTGATTAGTTTCTTAACTGAAATGAAAAGGTAATTTGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448757 78 +  48394510 AGAATCTCTGCCTCTCAACAAATCAAAGTGTATTTGCTTTGACTAGTTTCTTAACTGAAATGAAAAGGTAATTTGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344348 78 - 196418989 AGAATCTCTGCCTCTTAGCAAATCAAAGTGTATTTGCTTTGACTAGTTTCTTAACTGAAACGAAAAGGTAATTTGGAT
i rheMac2.chr3  I 103 C 0

a score=1911253.000000
s hg19.chr21     16195800 99 +  48129895 CATTTGTTGAACATACCAAACCCACTGGTAAATTCAGCCAATCAGCTATAAGGAGTAAAACAGGCAGTTAATATAATTTGTATTAATCATAACCACTGC
s panTro2.chr21  14920882 99 +  46489110 CATTTGTTGAACATACCAAACCCACTGGTAAATTCAACCAATCAGCTATAAGGAGTAAAACAGGCAGTTAATATAATTTGTATTAATCACAACCACTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448835 99 +  48394510 CATTTGTTGAACATACCAAACCCAGTGGTAAATTCAGCCAATCAGCTATAAGGAGTAAAACAGGCAGTTAATATAATTTGTATTAATCATAACCACTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344426 99 - 196418989 CATTTGTTGAACGTACCAAACCCACTGGTAAATTCAGCCAATCAGCTATAAGGAGTAAAACAGGCaattaatataatttttattaattataaCCACTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=689066.000000
s hg19.chr21     16195899 47 +  48129895 AATTATGTAAATGTAGCTTGAAATGTTATGTGTTAATTTAGTATGCT
s panTro2.chr21  14920981 47 +  46489110 AATTATGTAAATGTAGCTTGAAATGTTATGTGTTAATTTAGTATGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448934 47 +  48394510 AATTATGTAAATGTAGCTTGAAATGTTATGTGTTAATTTAGTATGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344525 47 - 196418989 AATGATGTAAATGTTGCTTGAAATGTTATGTGTAAATTTAGTATGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1438005.000000
s hg19.chr21     16195946 108 +  48129895 ACTGTTGCTTCTAGAGAACCTACGAATTTCTAAACTCAAAGGCACCTCCAGAATTCCTGAAAGGTGTTGACACTGTCATCAGTTATGTTCCCAGATGACTTGGGTATT
s panTro2.chr21  14921028 108 +  46489110 ACTGTTGCTTCTAGAGAACCTACGAATTTCTAAACTCAAAGGCACCTCCAGAATTCCTGAAAGGTGTTGACACTGTCATCAGTTATGTTCCCAGATGACTTGGGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14448981 108 +  48394510 ACTATTGCTTCTAGAGAACCTATGAATTTCTAAACTCAAAGGCACCTCCAGAACTCCTGAAAGGTGTTGACACTGTCATCAGTTATGTTCCCAGATGACTTGGGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344572 108 - 196418989 ACTGTTGCTTCTAGAGAACCTATGAATTTCTGAACTCAAAGGCACCTCCAGAATTCCTGAAAGGTGTTGGCACTGTCATCAGTTATGTTCCCAGATGACTTGGGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=142567.000000
s hg19.chr21     16196054 26 +  48129895 ACGGGCTAAAAGCTACATTTTGTCAC
s panTro2.chr21  14921136 26 +  46489110 ACAGGCTAAAAGCTACATCTTGTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449089 26 +  48394510 ACAGGCTAAAAGCGACATCTTGTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344680 26 - 196418989 ACAGGCTAAAAGCCACATCTTGTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1492484.000000
s hg19.chr21     16196080 108 +  48129895 ATCTCACAAATATATCTGTGGTTTGACTCCAACCTAGTACTCTGGTTAAGCACAATTAAATAAACAAGCATAATTTATCCCTTATATTACATTAAGAGTTAGTGAACA
s panTro2.chr21  14921162 108 +  46489110 ATCTCACAAATATATCTGTGGTTTGACTCCAACCTAGTACTCTGGTTAAGCACAATTAAATAAACAAGCATAATTTATCCCTTATATTACATTAAGAGTTAGTGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449115 108 +  48394510 ATCTCACAAATATATCTGTGGTTTGACTCCAAACTAGTACTCTGGTTAAGCACAATTAAATAAACAAGCATAATTTATCCCTTATATTACATTAAGAGTTAGTGAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344706 108 - 196418989 CTCTCACAAATAAATCTGTGGTTTGACTCCAACCTAGTACTCTGGTTAAGCACAATTAAATAAACAAGCATAATTTATCCCTTATATTACATTAAGAGTTGGTGAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=162918.000000
s hg19.chr21     16196188 20 +  48129895 GAGGTTATTCATTTACATCT
s rheMac2.chr3  164344814 20 - 196418989 GAGGCTATTCATTTACATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449223 20 +  48394510 CAGGCTATTCATTTACATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14921270 20 +  46489110 GAGGTTATTCATTTACATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-59990.000000
s hg19.chr21     16196208 21 +  48129895 AGGGGCCGGAGAAAAAA-GAAG
s panTro2.chr21  14921290 21 +  46489110 AGGGGTGGGAGAAAAAA-GAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449243 22 +  48394510 AGGGGCGGGAGAAAAAAGGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=949834.000000
s hg19.chr21     16196229 53 +  48129895 CACTCAATTGTCTTTTAGAATGTTTAGCCCTGAAATCTATTTTTGTACATGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449265 53 +  48394510 CACTCAATTGTCTTTTAGAATCTTTAGCCCTGGAATCTATTTTCGTACATGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14921311 53 +  46489110 CACTCAATTGTCTTTTAGAATGTTTAGCCCTGAAATCTATTTTTGTACATGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=811749.000000
s hg19.chr21     16196282 40 +  48129895 TC---TTAGATGCCTTCTGGATAAGGGCTCAGATCATTACACC
s panTro2.chr21  14921364 43 +  46489110 TCCTTCTAGATGCCTTCTGGATAAGGGCTCAGATCATTACACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449318 43 +  48394510 TCCTTGTAGATGCCTTCTGGATAAGGGCTCAGATCATTACACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164344909 43 - 196418989 TCCTTCTAGATGCCTTCTGGATAAGGGCTCAGATCATTACACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=332562.000000
s hg19.chr21     16196322 47 +  48129895 AAAATGCATTAGTCTATGGC-----------AAAAAAAAAAAAAAGAGTTTGATTATG
s panTro2.chr21  14921407 48 +  46489110 AAAATGCATTAGTCTATGGC----------AAAAAAAAAAAAAAAGCGTTTGATTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7773.000000
s hg19.chr21     16196369 47 +  48129895 TGAATGAAACTAAACAAAAATCCTGGGTCCAGAGGAATGCCTTAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164345010 47 - 196418989 TGAATGAAACTAAAAAAAATCCTGGGGACCAAAGGAATGCCTTCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449455 32 +  48394510 CTAGGATAAGAAAATTGTGT-TCTCACATACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14921604 51 +  46489110 TTGCTCAGTCATGTCTTTTTTCTCTTCCTATTCCAGAGATATATCTCATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164345211 47 - 196418989 G-TGGAACAAGACGAAGGCTGTTAAGGCAGCTGCTCAAAAATAAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164345355 48 - 196418989 GTACAAACTGAAAAACAAAAAAACTAGGGGAAAGAGAAGACAGTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14921847 111 +  46489110 TCAACATTAGGCTTGTCAAGGCAACTTAATTATTTCACCACAAATTATTGAATTTTATGTCATGGACTCACCC-AAATTATGTATTCTTATAAAGTAAGCATCTTTGATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449800 112 +  48394510 TCAACGTTAGGCTTGTCAAGGCAACTTAATTATTTCGCCACAAATTATTGAATTTTATGTCATGGACTCACTCAAAATTATGTATTCTTATAAAGTAAGCATCTTTGATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164345403 112 - 196418989 TCAACATTGGGCTTGTCAAGGCAACTTAATTATTTCACCGCAAATTATTGAATTTTATGTCACGGACTCGCCCAAAATTATATATTCTTATAAAGTAAGCATCTTTGATAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164345515 21 - 196418989 AGATACTG-TATTTAACTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16196895 33 +  48129895 CCTTATCTTCAATTTAGAAACTGCAG-TGTTTTA
s panTro2.chr21  14921980 34 +  46489110 CCTTATCTTCAATTTAGAAACTGCAGTTTTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14449934 33 +  48394510 CCTTATATTCAATTTAGAAACTGCAG-TTTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164345536 33 - 196418989 CCTTATCTTCAATTTAGAAACTGCAG-TTTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16196928 46 +  48129895 ATGTCCCACATTTTAGATAATAAATGGAGTCCCCCATGtatagcag
s panTro2.chr21  14922014 40 +  46489110 ATGTCCCACATTTTAGATAATAAATGGAGTCCCCCATGTA------
i panTro2.chr21 C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  14449967 40 +  48394510 ATGTCCCACATTTTAGATAATAAATGGAGTCCCCCATGTA------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
s rheMac2.chr3  164345569 40 - 196418989 ATGTCCCACGTTTTAGACAATAAATGGAGTCCCCCATGTA------
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

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s hg19.chr21     16196974 292 +  48129895 catgatttatagtcctttgggtatatacccagtaatgggatggctgggtcaaatggtatttctagttctagatccctgaggaatcgccacactgacttccacaatggttgaactagtttacagtcccaccaacagtgtaaaagtgttactatttctccacatcctctccagcacctgttgtttcctgactttttaatgattgccattctaactggtgtgagatgatatctcatagtggttttgatttgcatttctctgatggccagtgatgatgagcattttttcatgtatt
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e rheMac2.chr3  164345609   3 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14922054   3 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  14450007   3 +  48394510 I

a score=0.000000
s hg19.chr21     16197556 250 +  48129895 taggtgggaattgaacaatgagatcacatggacacaggaaggggaatatcacactctgggaactgtggtggggtggggggaggggggagggatagcattgggagatatacctaatgctagatgacgagttagtgggtgcagcgcaccagcatggcacatgtatacatatgtaactaacctgcacaatgtgcacatgtaccctaaaacttaaagtataattaaaaaaaaaataaaaataaaagaaaaataa
e rheMac2.chr3  164345609   3 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 I 3 C 0
s rheMac2.chr3  164345612 134 - 196418989 ------------AAAAAGCATCAGAAATAGAACCTGCCTGCCCTTCCAATCAGAGGCAACTCAACTGTGAAGCCATCTAGGAAACCACCAGGGACTTCACAGATGAAGTTTCAAATGATATAGTCAATTTCAGTTTCACCTAACAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16198224 37 +  48129895 TTATTTCACTCACCAAATTCCTTAAGACTGAATATAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16198333 49 +  48129895 TTCACCCAATGATGTACAGTTCCTGAGAAAATGTCTGAAGAAACTAATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14922572 49 +  46489110 TTCACCCAATGATGTACAGTTCCTGAGAAAATGTCTGAAGAAACTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 54

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14453790 61 +  48394510 CTGACTCTCCTTCCTCTCACCCCCTTCTCTAGGTCCTCCTGTGTTCACAGGAAGCTGTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=496174.000000
s hg19.chr21     16201891 41 +  48129895 CCTTCTCCCAGAGCTGTCTTGTGGCATCATTCAAGTCCTCT
s panTro2.chr21  14926189 41 +  46489110 CCTTCTCCCAGAGCTGTCTTGTGGCATCATTCAAGTCCTCT
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s hg19.chr21     16201932 19 +  48129895 GGGTCAGGCAAGGGAGAGA
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s rheMac2.chr3  164349847 55 - 196418989 GGCACGAAGCT-GTAATTTCATTCTTGATCAGCTCAAATAGTTAGTTCTTCCCTTG
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a score=1602163.000000
s hg19.chr21     16202003 81 +  48129895 ATCTTGATTCCATTAAAATTGTCAATGGCCAAAATGGTACTCCTCTGGCCCTCATAGCAGGTAAAACAGAATCCTTTGGAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164349902 81 - 196418989 ATCTTGATTCCATTAAAATTGTCAATGGCCAAAATGGCACTCCTCTGGTCTTCATAGCAGGCAGAACAGAATCCTCTAGAC
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a score=925684.000000
s hg19.chr21     16202084 66 +  48129895 GCATTCCTGACTTCCTGTCCTGTACAAGATTAATGTTAATATATCTCCCCTTATTGAGAGGCTACA
s panTro2.chr21  14926382 66 +  46489110 GCATTCCTGACTTCCTGTCCTGTACAAGATTAATGTTAATATATCTCCCCTTATTGAGAGGCTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454349 66 +  48394510 ACGTTCCTGACTTCCTGTCCTGTACAAGATTAATGTTAATATATCTCCCCTTATTGACAGGCTACA
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s hg19.chr21     16202150 43 +  48129895 CAGATGACATCACCTTCAGTCAGTTCATAACAAAGCCCTCCCG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454415 43 +  48394510 CAGATGACATCACCTTCAGTCAGTTCATAACAAAGCCCTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164350049 43 - 196418989 CAGATGACACCACCTTCAGTCGGTCCATAACAAAGCCCTCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=719022.000000
s hg19.chr21     16202193 28 +  48129895 GGAACATCCAGGAGCTGTCCTTGTACAC
s rheMac2.chr3  164350092 28 - 196418989 GGAAGATGCAGGAGCTGTCCTTGTACAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=685400.000000
s hg19.chr21     16202221 86 +  48129895 AGAGGACGGGATGCTTTAGGAGCCACTGCAATATCAGCCTGCCTTTTATTCAGCTTCAGGGCTAGCTTCACATTGATTAATGAGTT
s panTro2.chr21  14926519 86 +  46489110 AGAGGACGGGATGCTTTAGGAGCCACTGCAATATCAGCCTGCCTTTTATTCAGCTTCAGGGCTAGCTTCACATTGATTAACGAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454486 86 +  48394510 AGTGGATGGGATGCTTTAGGAGCCACTGCATTATCAGCCTGCCTTTTATTCAGCTTCAGGGCTAGCTTCACATTGATTAACGAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164350120 85 - 196418989 AGAGGACAGGATGCTTTAGG-GCCACTGCAGTATCAGCCTGCCTTTTATTCAGCTTCAGGGCCAGCTTCACATTGATTGACAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-184410.000000
s hg19.chr21     16202307 35 +  48129895 CATCTTTGTGGGGTGGAGTGCCACACAATGGTGCC
s panTro2.chr21  14926605 35 +  46489110 CATCTTTGTGGGGTGGAGTGCCACACAATGGTGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454572 35 +  48394510 CATCTTCGTGGGGTGGAGTGCCACACAATGGTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164350205 35 - 196418989 CATCTTTGTGGGGTGGAGTGCCACACCATGGCGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-220522.000000
s hg19.chr21     16202342 86 +  48129895 TGGGTGGCTGAACCATGCCCACTTCTAGAGAACAGACAAGGGAGGATACCACTTCTGGTGGAGGCCCTCAGGGCACCTCCACAGTC
s panTro2.chr21  14926640 86 +  46489110 TGGGTGGCTGAACCATGCCCACTTCTAGAGAACAGACAAGGGAGGATACCACTTCTGGTGGAGGCCCTCAGGGCACCTCCACAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454607 83 +  48394510 CGGGTGGCTGAACCATGCCCACTTCTAGAGAACAGACAAGGGAGGATACCA---GTGGTGGAGGCCCTCAAGGCACATCCACAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164350240 86 - 196418989 TGGGTGGCTGCACCATGCCCACTTCTAGAGAACAGACAAGGGAAGATACCACTTCTTGTGGAGGCCCTCAGGGCACATCCACAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=28439.000000
s hg19.chr21     16202428 42 +  48129895 TCTTCTCCACCCTCCCCACATGCCTTCCTCTGCCATTTAATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454690 42 +  48394510 TCTTCCCCACCCTCCCCACATGCCTTCCTCTGCCATTTAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14926726 42 +  46489110 TCTTCCCCACCCTCCCCACATGCCTTCCTCTGCCATTTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=574410.000000
s hg19.chr21     16202470 57 +  48129895 TTCAACTTTTCATGGTAGTCCAGTCACCACACAGAAGTATGCTACTGCTCACTAGTT
s panTro2.chr21  14926768 57 +  46489110 TTCAACTTTTCATGGTAGTCCAGTCACCACACAGAAGTATGCTACTGCTCACTAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454732 57 +  48394510 TTCAAGTTTTCATGGTAGTCCAGTCACCACACAGAAGTATGCTACTGCTCACAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164350368 56 - 196418989 TTCAACTTTTCA-GGTAGTCCAGTCACCACACAGAAGTATGCTACTGCTCACTAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190242.000000
s hg19.chr21     16202527 32 +  48129895 GGAAAGATCTAAACTAGTCGAGTTTCAAAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454789 32 +  48394510 TGAAAGATCTAAACTAGTCCAGTTTCAAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14926825 32 +  46489110 GGAAAGATCTAAACTAGTCGAGTTTCAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=622906.000000
s hg19.chr21     16202559 60 +  48129895 GGATGGCCAAGCTGCAACAAAGACTTCTGTTCTGAAATGGTTCCTGATCATGGAAGTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454821 60 +  48394510 GGATGGCCAAGCTGCAACAAAGACTTCTGTTCTGAAATGGTTCCTGATCAGGGAAGTTTT
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a score=-157752.000000
s hg19.chr21     16202619 17 +  48129895 AACTCTACTATTTCACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454881 17 +  48394510 AACTCTACTATTTCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164350516 17 - 196418989 AACTCTACTATTTCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=390972.000000
s hg19.chr21     16202636 30 +  48129895 TTTTGTCCAGGTAATAAATCCTTTCGAGAG
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s ponAbe2.chr21  14454898 30 +  48394510 TTTCGTCCAGGTAATAAATCCTTTCGAGAG
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s rheMac2.chr3  164350533 30 - 196418989 TTTTTCCCAGGTAATAAATCCTTTCGAGAG
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a score=808733.000000
s hg19.chr21     16202666 56 +  48129895 CCTATAACATGTTATGTTCACTTGGGCCAAATTATGAAAGGTAAATATTTGATGTG
s panTro2.chr21  14926964 56 +  46489110 CCTATAACATGTTATGTTCACTTGGGCCAAATTATGACAGGTAAATATTTGATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251938.000000
s hg19.chr21     16202722 47 +  48129895 TTACAAAGAAAAAACTTAGACTAAGCTTTGCTTTGAGTGTACCTATT
s panTro2.chr21  14927020 47 +  46489110 TTACAAAGAAAAAACTTAGACTAAGCTTTGCTTTGAGTGTACCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14454984 47 +  48394510 TTACAAAGAAAAAACTTAGACTGATCTTTGCTTCCGGTGTACCTATt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83043.000000
s hg19.chr21     16202769 25 +  48129895 ATATTAGTCagggatctacagaaaa
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a score=-150674.000000
s hg19.chr21     16202794 43 +  48129895 acagaaccaacaagatgtttgtatagataggtacattcattat
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s rheMac2.chr3  164350730 91 - 196418989 aaggaattggcccagggattatggaagctggcaagtcccaatatctgcagtc-gataagtaaagaaccagaagatccaaggttaagttccac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14927135 92 +  46489110 aaggaattggcccagggattatggaagctagtgagtcccaagatctgcagtcggataagtaaacacccaggagatccaaggttaagttccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14930507 77 +  46489110 ATAAATTACTTAAGATCTTAAGTTCCCCAAATATGACacgatatcccataatggcaaagaatatggactctagcatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14458344 77 +  48394510 ATAAATTACTTAAGATCTTAAGTTCCCCAAATATGACacaatatcccataatggcaaagaatatggactctagcaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164353961 77 - 196418989 ATAAATTACTTAAGATCTTAAGTTCCCCAAATACGACacaatatcccataatggcaaaggacatggagtctagcatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=995988.000000
s hg19.chr21     16206162 83 +  48129895 agactgcctgagttcaaagcctgcctttgtcattacagcattcataggcaagttactcaatctctttatgtgtcaatttccat
s panTro2.chr21  14930584 83 +  46489110 agactgcctgagttcaaagcctgcctttgtcattacagcattcataggcaagttactcaatctctttatgtgtcaatttccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14458421 83 +  48394510 agactgcctgagtttaaagcctgcctttgtcattatagcattcataggcaagttactcaatctctttatgtgtcaatttccat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164354038 83 - 196418989 agactgcctgagttcaaagcctgcctttgtcattatagcattcgtagtcaagctactcaatctctttatgtgtcaatttccat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8150.000000
s hg19.chr21     16206245 15 +  48129895 aacagtaaaatgaaa
s panTro2.chr21  14930667 15 +  46489110 aacagtaaaatgaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14458504 15 +  48394510 aacagtaaaatgaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164354121 15 - 196418989 aacggtaaaatgaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72928.000000
s hg19.chr21     16206260 54 +  48129895 tagaaagaatatttatctcttaggggtgttatgaagattaaataaattgctata
s panTro2.chr21  14930682 54 +  46489110 tagaaagaatatttatctcttaggggtgttatgaagattaaataaattgctata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164354136 54 - 196418989 tagaaagattatttatctcttaggggtgttatgaagattaaataaattgctata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=220108.000000
s hg19.chr21     16206314 25 +  48129895 tgtaaagtgcctgacagacagcaag
s rheMac2.chr3  164354190 25 - 196418989 tgtaaagtgcctgacagacagcaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=592591.000000
s hg19.chr21     16206339 91 +  48129895 ttccatctgagggcttgctattattATTATAGAGCTCAAGCCTTTACTTGTGCATTGGTCTTTCTTTATGAAGTTTGCCCTTTAAGACAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14458598 91 +  48394510 ttccatctgagggcttgctattattATTATAGAGCCCAAGCCTTTACTTGTGCATTGGTCTTTCTTTATGAAGTTTGCCCTTTAAGACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14930761 91 +  46489110 ttccatctgagggcttgctattattattatAGAGCCCAAGCCTTTACTTGTGCATTGGTCTTTCTTTATGAAGTTTGCCCTTTAAGACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=361197.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14930852 49 +  46489110 CACAAGGCAAATCTCAACTGCTGACTGCCTTTTCTGGGtagggcctagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=171968.000000
s hg19.chr21     16206479 28 +  48129895 AGCACAGACTCATCTTAAGGCCTTATCT
s panTro2.chr21  14930901 28 +  46489110 agcacagactcatcttaaggccttatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14458738 28 +  48394510 agcacagactcatcttaaggccttatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164354355 28 - 196418989 AGCACAGACTTATCTTAAGGCATTATCT
i rheMac2.chr3  C 0 M 1166

a score=1237391.000000
s hg19.chr21     16206507  116 +  48129895 TGCCTGCATTTGCATATGCCACTGAGTTCCTCAGGACcactgagtatctttcttcaatttcctcacctgtgaaatggagacaataatggtaactaccataaggagtttgttgtcgt
s panTro2.chr21  14930929  116 +  46489110 tgcctgcatttggatatgccactgagttcctcaggaccactgagtatctttcttcaatttcctcacctgtgaaatggagacaataatggtaactaccataaggagtttgttgtcgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14458766  116 +  48394510 tgcctgcatttggatatgccactgagttcctcagcaccactgagtatctttcttcaatttcctcacctgtgaaatggagataataatggtaactaccataaggaatttgttgtcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=839015.000000
s hg19.chr21     16206623   59 +  48129895 aattaaatgagttaatttatgtaaagtactcagtacaTACTGTGTATACCCTTAATGTT
s panTro2.chr21  14931045   59 +  46489110 aattaaatgagttaatttatgtaaagtactcagtacatactgtgtatacatttaatgtt
i panTro2.chr21 C 0 I 25
s ponAbe2.chr21  14458882   59 +  48394510 aattaaatgagttaatttaggtaaagtactcagtacatactgtgtatacacttaatgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 25
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=1701389.000000
s hg19.chr21     16206682  136 +  48129895 TTGACCAGGTGGCAATCTCTGACACTGACCAGAGAGCCCAATGACATAGCACTGACTCTGATGAAGTTCATGGCCAGATCACTGCTCTACCCTACAGAGTCTTGTGAATTTGCAAATACTCTCTACTTTATTGGAG
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i panTro2.chr21 I 25 C 0
s ponAbe2.chr21  14458966  136 +  48394510 TTGACCAGGTGGCAATCTCTGACACTGACCAGAGAGCCCAGTGACATAGCACTGACTCTGATGAAGTTCATGGCCAGATCACTGCTTTACCCTACAGAGTCTTGTGAATTTGCAAATACTCTCTACTTTATTGGAA
i ponAbe2.chr21 I 25 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=61766.000000
s hg19.chr21     16206818   35 +  48129895 TTCATAGTCAGGATAAAAGCCCTAATTTTGACTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14459102   35 +  48394510 TTCATAGTCAGGATAAAAGCCCTAATTCTGACTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=247201.000000
s hg19.chr21     16206853   25 +  48129895 CTTTGGTCTAATATAAACACCATTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=976425.000000
s hg19.chr21     16206878  118 +  48129895 AGTTTCTTTTTTTACTATTTCAAGTGTAATGTTTTTAATATTATAAGAACAATACTTGAGACATATGAATCTTAAATTTGTCATTTTAATTGTAAGTTAAGAGACAGAGATAGCCTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=442639.000000
s hg19.chr21     16206996   27 +  48129895 ATATAAAATATCCATAACCACATGCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=-10703.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=590620.000000
s hg19.chr21     16207087   46 +  48129895 AAATGATGTACAAAGATTCATTTATATTTATACAGTATATAAAAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=847184.000000
s hg19.chr21     16207133   50 +  48129895 ACTTGAAATTTGTTGGCCTCTCTTTGAGGAAGGGAATCTAATTCTCTTAT
s ponAbe2.chr21  14459417   50 +  48394510 ACTTGAAATTTGTTGGCCTCTCTTTGAGGAAGGGAATCTAATTCTCTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14931580   50 +  46489110 ATTTGAAATTTGTTGGCCTCTCTTTGAGGAAGGGAATCTAATTCTCTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=188483.000000
s hg19.chr21     16207183   22 +  48129895 AATTAAAAAGAAAACATTTCTC
s ponAbe2.chr21  14459467   22 +  48394510 AATTAAATAGAAAACATGTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14931630   22 +  46489110 AGTTAAAAAGAGAACATTTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=1172307.000000
s hg19.chr21     16207205   81 +  48129895 TCAGCTAGAGAAATTAATAGAATTTATAGATATTTAATAA---TTTGATAACCACTTTCTTCAAAGTCTCTATATATGTGGTAT
s ponAbe2.chr21  14459489   84 +  48394510 TCAGCTAGAGAAATTAATAGAATTTATAGATATTTAATAACATTTTGATAACCACTTTCTTCAAAGTCTCTATATATGTGGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14931652   81 +  46489110 TCAGCTAGAGAAATTAATAGAATTTATAGATATTTAATAA---TTTGATAACCACTTTCTTCAAAGTCTCTATATATGTGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=580598.000000
s hg19.chr21     16207286   45 +  48129895 ATAGAAAACAACAATTATCTAGAAAATATACAAAACAAGCTTCTA
s ponAbe2.chr21  14459573   45 +  48394510 ATAGAAAACAACAATTATCTAGAAAATATACAAAACAAGCTTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14931733   45 +  46489110 ATAGAAAACAACAATTATCTAGAAAATATACAAAACAAGCTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=644918.000000
s hg19.chr21     16207331   35 +  48129895 TTTTATTTGCATTCCAGAACAAGCAAATTGATACC
s panTro2.chr21  14931778   35 +  46489110 TTTTATTTGCATTCCAGAACAAGCAAATTGATACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14459618   35 +  48394510 TTTTATTTGCATTCCAGAACAAGCAAATTGATAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=704900.000000
s hg19.chr21     16207366   56 +  48129895 ACAATATGTGTTGCCTATATTTTAGAACAAGAAAGAAATTTAGTTACACCTCTGAT
s ponAbe2.chr21  14459653   56 +  48394510 ACAATATGTGTTGCCTGTATTTTAGAACAAGAAAGAAATTTAGTTACACTTCTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14931813   56 +  46489110 ACAATATGTGTTGCCTATATTTTAGAACAAGAAAGAAATTTAGTTACACCTCTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=160138.000000
s hg19.chr21     16207422   19 +  48129895 GAAGGAACAATTTGGAATT
s ponAbe2.chr21  14459709   19 +  48394510 GAAGGACCAATTTGGAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14931869   19 +  46489110 AAAGGACCAATTTGGAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=553674.000000
s hg19.chr21     16207441   43 +  48129895 ATATCATTGTAAAACTGGGGAAATCCAATACATAGAAGTAAGA
s ponAbe2.chr21  14459728   43 +  48394510 ATATCATTGTAAAACTGGGGAAATCCAATACATAGAAGTAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14931888   43 +  46489110 ATATCATTGTAAAACTGGGGAAATCCAATACATAGAAGTAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=1328122.000000
s hg19.chr21     16207484   45 +  48129895 ACATTCCCCATAATGGTACTAATTACTGCACAGTATCCATAACCT
s ponAbe2.chr21  14459771   45 +  48394510 ACATTCCCCATAATGGTACTAATTACTGCACAGTATCCATAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14931931   45 +  46489110 ACATTCCCCATAATGGTACTAATTACTGCACAGTATCCATAACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164354383 1166 - 196418989 M

a score=772986.000000
s hg19.chr21     16207529 24 +  48129895 TTAGAGCACTGAGCTTAACTCAAA
s panTro2.chr21  14931976 24 +  46489110 TTAGAGCACTGAGCTTAACTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14459816 24 +  48394510 TTAGAGCACTGAGCTTAATTCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164355557 24 - 196418989 TTAGAGCACTGAGCTTAATTCAAA
i rheMac2.chr3  M 1166 C 0

a score=886437.000000
s hg19.chr21     16207553 28 +  48129895 CAAAATAACAGATGGTGTTTCAGGAAAA
s panTro2.chr21  14932000 28 +  46489110 CAAAATAACGGATGGTATTTCAGGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14459840 28 +  48394510 CAAAATAACAGATGGTGTTTCAGGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164355581 28 - 196418989 CAAAATAACAGATGGTGTTTCAGGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1827292.000000
s hg19.chr21     16207581 156 +  48129895 CAAGCATTATATTGCCTTGGTTTTTCTTTTCATGTGCGACTGTTAGAGAAAATTATGTTGGGAGTTCACTGGGACCTAATTATATTTGGTCTTCTATTCTGAATTCTGAATTCCGTCTATCTCATTCCaaataaatagtataattatattaattta
s panTro2.chr21  14932028 156 +  46489110 CAAGCATTATATTGCCTTGGTTTTTCTTTTCATGTGCGACTGTTAGAGAAAATTATGTTGGGAGTTCACTGGGACCTAATTATATTTGGTCTTCTATTCTGAATTCTGAATTCCATCTATCTCATTCCaaataaatagtataattatattaattta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14459868 156 +  48394510 CAAGCATTATATTGCTTTGGTTTTTCTTTTCATGTGCGACTGTTAGAGAAAATTATGTTGGGAGTTCACTGGGACCTAATTATATTTGGTCTTCTATTCTGAATTCTGAATTCCGTCTATCTCATTCCaaataaatagtataattatattaatttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16207737 154 +  48129895 aCCCAAAATAAGATAGTACACTGATTAAATATCATATTAGAAAACTTATTCTACATATCTGGCCAAACATTTTACCATCTGATAGGGTAAAAGAATAAGCTCTTCAAATGTGTATTTTATTTCAGATTACCATTTATTTTTTTCATGCTTTAAG
s rheMac2.chr3  164355758 153 - 196418989 aCCCAAAATAAGATAGTACACTGATTAAATATCATATTAGAAAACTTATTCTACATATCTGGGCAAACATTTTACCATCTGATAGGGTAAAAGGATAAGATTTTCAAATGTGTA-TTTATTTCAGATTACTGTTTTATTTTTTCATGCTTTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14932184 154 +  46489110 aCCCAAAATAAGATAGTACACTGATTAAATATCATATTAGAAAACTTATTCTACATATCTGGCCAAACATTTTACCATCTGATAGGGTAAAAGAATAAGCTCTTCAAATGTGTATTTTATTTCAGATTACTGTTTATTTTTTTCATGCTTTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=346914.000000
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s rheMac2.chr3  164355911 24 - 196418989 TTTGCATTTTGAAGTTAACCACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1206732.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3117.000000
s hg19.chr21     16208011 14 +  48129895 AATAAACAAACAAA
s rheMac2.chr3  164356031 14 - 196418989 AATAAACAAACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460298 10 +  48394510 AAT----AAACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14932458 14 +  46489110 AATAAACAAACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=789413.000000
s hg19.chr21     16208025 52 +  48129895 CAAAGCCTGGTTAAATCTAAAACAATAATTGAGACACTTGTAGGCAGACACA
s rheMac2.chr3  164356045 52 - 196418989 CAAAGCCTGGTTAAATCTAAAACAATAATTGAGAGACTTGTAGGCAGACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460308 52 +  48394510 CAAAGCCTGGTTAAATCTAAAACAATAATTGAGAGACTTGTAGGCAGACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14932472 52 +  46489110 CAAAGCCTGGTTAAATCTAAAACAATAATTGAGACACTTGTAGGTAGACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=836660.000000
s hg19.chr21     16208077 86 +  48129895 CATGTAGATGATCTCTCAAGAGAGTGATAGTATGATTTATATCCATCTTGTTAAACTTAAAAAATACATTCCTCTTGAGTATGACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460360 86 +  48394510 CATGTAGATGATCTCTCAAGAGAGTGATATTATGATTTATATCCATCTTGTTAAACTTAAAAAATACATTCCTCTCGAGTATGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14932524 86 +  46489110 CATGTAGATGATCTCTCAAGAGAGTGATATTATGATTTATATCCATCTTGTTAAACTTAAAAAATACATTCCTCTTGAGTATGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1801203.000000
s hg19.chr21     16208163 179 +  48129895 ACTTCACCTGCTGAGTTTTGAAAGGCGTGCTGACTCAACTTCACAGCTTTTAGTCTCTTCCTCCAGATGATCAATTAGATAGTTTTTCAACAGAAGACCAGCTAAAGGGCTGTTGTCTTCTGGAATGGTACCAAGCAGTCTCACTGCTGATCTAAATATCAGCTCAACGAGAACCGCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460446 179 +  48394510 ACTTCACCTGCTGAGTTTTGAAAGGCCTGCTGACCCAACTTCGCAGCTTCTAGTCTCTTCCTCCAGATGATCAAGTAGATAGTTTTTCAACAGAAGACCAGCTAAGTGGCTGTTGTCTTCTGGAATGGTACCAAGCAGTCTCACTGCTCATCTAAATATCAGCTCAACAAGAACCGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164356181 179 - 196418989 ACTTCACCTCCTGAGTTTTGAAAAGCCTGCTGACTCAACTTTGCAGCTTTTAGTCTCTTCCTCCAGATGATCAAGTAGAGAGTTTTTCAACAGAAGACCAGCTAGGTGGCTGTTGTCTTCTGAAATGGTACCAAGCAGTCTCACTGCTGATCCAAATATCAGCTCAACAAGAACCGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164356360 20 - 196418989 CAATGCAGATCTGTGTATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-44734.000000
s hg19.chr21     16208362 21 +  48129895 ACTTTACACCTATTCCGTGGC
s panTro2.chr21  14932809 21 +  46489110 ACTTTACACCTATTCTGTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460645 21 +  48394510 GCTTTACACCTATTCTGTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164356380 21 - 196418989 ACTTTACACCTACTCTGTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=274241.000000
s hg19.chr21     16208383 31 +  48129895 CTCCA-TTTTTTCACCTCTACTTCTATGAATA
s panTro2.chr21  14932830 31 +  46489110 CTCCA-TTTTTTCACCTCTACTTCTATGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460666 31 +  48394510 CTCCA-TTGTTTCACCTCTACTTCTATGAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164356401 32 - 196418989 CTCCATTTTTTTCACCTCTGCTTCTGTGAATA
i rheMac2.chr3  C 0 M 795

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s panTro2.chr21  14932861  21 +  46489110 TTCACTTACTCAGAAGAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460697  21 +  48394510 TTCACTTACTCAGAAGAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=824884.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460718 100 +  48394510 GCCATCAACTCATTAGTTACTGAATTAAACAGACCAATCCCTGAATTTTGGAAAAAGACTGAAGTAAAATTTTACTGTATAATACATAGAACACAATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=78972.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=301258.000000
s hg19.chr21     16208581  28 +  48129895 TTAGCTACTACTGCTTAACTTACTATCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=360681.000000
s hg19.chr21     16208609  56 +  48129895 AGATTCCCCGTCCTCCAATAAAATAGCTGGACTCATTTTAATCATCAATACCCTTG
s panTro2.chr21  14933056  56 +  46489110 AGATTCCCCATCCTCCAATAAAATAGCTGGACTCATTTTAATCATCAATACCCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=465608.000000
s hg19.chr21     16208665  96 +  48129895 AGTAGAAACTGTAAACTACTTGCTCTGATTGTTACTATATAGCTAGCATTAGAAGACATGTTCTATTTCAATTTACTGAATCATGAttt-----------ttttttt
s panTro2.chr21  14933112 107 +  46489110 AGTAGAAACTGTAAACTACTTGCTCTGATTGTTACTATATAGCTAGCATTAGAAGACGTGTTCTATTTCAATTTACTGAATCATGAtttattttattttattttatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14460948  99 +  48394510 AGTAGAAACTGTAAACTACTTGCTCTGATTGTTACTATATAGCTAGTATTAGAAGACATGTTCTATTTCAATTTACTGAATCATGAttt--------tttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=-10037.000000
s hg19.chr21     16208761  39 +  48129895 tttttgagacaaggtcttgctctatctcccaggctggca
s panTro2.chr21  14933219  39 +  46489110 tttttgagacaaggtcttgctctgtctcccaggctggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14461047  32 +  48394510 tttttgagacaaggtcttgctctgtctcccag-------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=71507.000000
s hg19.chr21     16208800 121 +  48129895 tgcagtggagtgatctcagctcagtgcaacctccaccacccaacctcaagtgattctcctacctcattctcccaattagctggaactataagcatctgccaccatgctcagctaattttaa
s panTro2.chr21  14933258 121 +  46489110 tgcagtggagtgatctcagctcagtgcaacctccaccacccgacctcaagtgattctcctacctcattctcccaattagctggaattataggcatctgccaccatgctcagctaattttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14461079 120 +  48394510 -gcagtggagtgatctcagcttagtgcaacctccaccacccgagctcaagtgattctcctatctcattctcccaattagctggaactataggcatctgtcaccatgctcagctaattttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=128166.000000
s hg19.chr21     16208921 115 +  48129895 aaaattttgtagagatggggtctcactatattgcccaggctggtctctcctggactcaagcaatcctctcacctcggcctcccaaagtgctgggattataggtgtgagccactgt
s ponAbe2.chr21  14461199 115 +  48394510 aaaattttgtagagatggggtctcactatattgcccaggctggtctctcctggactcaagcaatcctctcacctcagcctcccaaagtgctgggattataggtgtgagccaccgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14933379 115 +  46489110 aaaattctgtagagatggggtctcactatattgcccaggctggtctctcctggactcaagcaatcctctcacctcggcctcccaaagtgctgggattataggtgtgagccactgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=-76640.000000
s hg19.chr21     16209036  26 +  48129895 gcccagccCATGACCATTTTTTTTAA
s ponAbe2.chr21  14461314  26 +  48394510 gcccagccCATGACCTTTTTTTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14933494  26 +  46489110 gcccagccCATGATCATTTTTTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=45528.000000
s hg19.chr21     16209062  34 +  48129895 TTGATCAATGATACTTGTTCTTTAAAGTCCAATC
s panTro2.chr21  14933520  34 +  46489110 TTGATCAATGATACTTGTTCTTTAAAGTCCAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14461340  34 +  48394510 TTGATCAATGATACTTGTTCTTTAAAGTCCAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=543013.000000
s hg19.chr21     16209096  59 +  48129895 CCTGTTCAGATTCTTCCCTGCTTTGTTGTTCTATGAGTCTCTGCTGAAAATAATTGACA
s panTro2.chr21  14933554  59 +  46489110 CCTGTTCAGATTCTTCCCTGCTTTGTTGTTCTATGAGTCTCTGCTGAAAATAATTGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14461374  59 +  48394510 CCTGTTCAGATTATTTCCTGCATTGTTGTTCTATGAGTCTCTACTGAAAATAACTGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=414552.000000
s hg19.chr21     16209155  33 +  48129895 ATCACGTACCTTTTGGTCTGACCATCAAGACTG
s ponAbe2.chr21  14461433  33 +  48394510 ATCACGTACCTTTTGGTCTGACCATCCAGACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14933613  33 +  46489110 ATCACGTAGCTTTTGGTCTGACCATCAAGACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=553959.000000
s hg19.chr21     16209188  39 +  48129895 TGTTATAAGTGAGTTGATGTCTTTCTTGGTCATTTGGGC
s ponAbe2.chr21  14461466  39 +  48394510 TGTTATACGTGAGTTGATGTCTTTCTTGGTCATTTGGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14933646  39 +  46489110 TGTTATAAGTGAGTTGATGTCTTTCTTGGTCATTTGGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=560986.000000
s hg19.chr21     16209227  56 +  48129895 AGAGCCAAAGCATTCTTTCATTAAATAGTTCTTATGCTTTTTCAAGTAATGTTACA
s panTro2.chr21  14933685  56 +  46489110 AGAGCCAAAGCATTCTTTCATTAAATAGTTCTTATGCTTTTTCAAGTAATGTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14461505  56 +  48394510 AGAGCCAAAGCATTCTTTTATTAAATAGTTCTTATGCTTTTTCAAGTAATGTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=361038.000000
s hg19.chr21     16209283  26 +  48129895 AGGAAATTTCAGTGCCTAGAATAAGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14933741  26 +  46489110 AGGAAATTTCAGTGCCTAGAATAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=345550.000000
s hg19.chr21     16209309  69 +  48129895 ACTAACACAAATATAACAAAATCTTACCTTAGCTGTAATGTGACTAACCCTCCTGGATATTATGCTTGG
s ponAbe2.chr21  14461587  69 +  48394510 ACTAACACAAATATAACAAAATCTTACCTTAGCTGTAATGTCACTAACCCTCCTGGATATTATGCTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14933767  69 +  46489110 ACTAACACAAATATAACAAAATCTTACCTTAGCTGTAATGTGACTAACCCTCCTGGATATTATGCTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164356433 795 - 196418989 M

a score=738135.000000
s hg19.chr21     16209378  38 +  48129895 AATCTCACAAATAAACTAGAAATACTTCATTCCTCACA
s ponAbe2.chr21  14461656  38 +  48394510 AATCTCACAAATAAACTAGAAATACTTCATTCTTCACA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164358784 131 - 196418989 ACATCCCTTTCCTCTCTGACTGAAAGACCAGAAGGAAGGTGAGAGAAAAAAAAAGCAAAGATTTCCCAAGGTTCACAGATACCTGAATTGAAATAGACAGAGAATATAAATGAGAAACAATACTTTGGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1013232.000000
s hg19.chr21     16211337 97 +  48129895 CTGAATTTAACCTGCCTTTAAACCTGATAAAGTTGCAAATTCAACATTGATTTTTCTCTAAAAATAAATAACTTATTTTGAGGAACAGCAGATGAAT
s panTro2.chr21  14935851 97 +  46489110 CTGAATTTAACCTGCCTTTAAACCTGATAAAGTTGCAAATTCAACTTTGATTTTTCTCTAAAAATAAATAACTTATTTTGAGGAACAGCAGATGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14463615 97 +  48394510 CTGAATTTAACCTGCCTCTAAACCTGATAAAGTTGCAAATTCAACACTGATTTTTCTCTAAAAATAAATAACTTATTTTGAGGAACAGCAGATGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164358915 97 - 196418989 CTGAATTTAACCTGCCTTGAAACCTGATAAAGTTGCAAATTCAACATTGATTTTTCTCTGAAAATAAATAACTTATTTTGAGGAACAGCAGATGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1748939.000000
s hg19.chr21     16211434 121 +  48129895 TTACACCCTATAGAAATAATTTAGGATGCTGGTTCCCTAAGGTTTTTCCCAAGACTAAGAAATATTGATCAAGAGCAACAGGAAAACTCCCCAGCAAAATAATGTGAGCAGTTTGAAATTT
s panTro2.chr21  14935948 121 +  46489110 TTACACCCTATAAAAATAATTTAGGATGCTGGTCCCCTAAGGTTTTTCCCAAGACTAAGAAATATTGATCAAGAGCAACAGGAAAACCCCCCAGCAAAATAATGTGAGCAGTTTGAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14463712 121 +  48394510 TTACCCCCTATAGAAATAATTTAGGATGCTCGTTCCCTAAGGTTTTATCCAAGACTAAGAAATACTGATCAAGAGCAACAGGAAAATTCCTAACCAAAATAATGTGAGAAGTTTGAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359012 121 - 196418989 TTACACCCTACAGAAATAATTTAGGATGCTGGTTCGCTAAGGTTTTGCCCAAGACTAAGAAATATTGATCAAGAGCAACAGAAAAATTCCCAACCAAAATAATGTGAGCAGTGTGAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=946709.000000
s hg19.chr21     16211555 78 +  48129895 TGTTTTCATATTTTGCCTTTATTCTCAGTATCTCCTATAAGGAGCTTAGTTGTCACTTTGACATTTATTGTCTCAATA
s panTro2.chr21  14936069 78 +  46489110 TGTTTTCATATTTTGCCTTTATTCTTAGTATCTCCTATAAGGAGCTTAGTTGTCACTTTGACATTTATTGTCTCAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14463833 78 +  48394510 TGTTTTCATATTTTGCCTTTATTCTCAGTATCTCCTATAAGGAGCTTAGTCGTCACTTTGACATTTATTGTCTCAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359133 78 - 196418989 TGTTTTCATATTTTGCCTTTATTCTCAGTATCTCCTATAAGGAGCTTAGTAGTCACTTTGACGTTTACTGTCTTAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=374560.000000
s hg19.chr21     16211633 41 +  48129895 TTCACATGTATAAAATAGTGAAGAGAAAAAGTATCA-TTTTT
s panTro2.chr21  14936147 41 +  46489110 TTCACATGTATAAAATAGTGAAGAGAAAAAGTATCA-TTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14463911 41 +  48394510 TTCACATGTATAAAATAGTGAAGAGAAAAACTATCA-TTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359211 42 - 196418989 TTCACATGTATAAAATAGTGAAGGGAAAAACTGTCATTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=643714.000000
s hg19.chr21     16211674 71 +  48129895 AATGATTGACAGTAACAGGGTTTAGATAAAACTTCCAAGAGCTAAGTGGATTGTTGAAGGAATTAAACAGA
s panTro2.chr21  14936188 71 +  46489110 AATGATTGACAGTAACAGAGTTTAGATAAAACTTCCAAGAGCTAAGTGGATTGTTGAAGGAATTAAACAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14463952 71 +  48394510 AATGACTGACAGTAACTGGGTTTAGATAAAACTTCCAAGAGCTAAGTGGATTGTAGAAGGAATTAAAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359253 71 - 196418989 AATGACTGACAGTAACAGGGTTTAGATAAAACTTCTTAGAGCTAAGTGGATTATTGAAGGAATTAAACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89745.000000
s hg19.chr21     16211745 40 +  48129895 TAATTCATGCAAAAAATTCACAGATGTGGCTGAGATAAAA
s rheMac2.chr3  164359324 40 - 196418989 TAATTCATGCAAAAAGTTCAGAGATGTGGTTGAGGTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464023 40 +  48394510 TAATTCATGCAAAAAATTCACAGATGTGGTTGAGGTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14936259 40 +  46489110 TAATTCATGCAAAAAATTCACAGATGTGGTTGAGATAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=570080.000000
s hg19.chr21     16211785 39 +  48129895 AATTGTTTATTAGGTTTTATGCCTATATATTTTAGATAA
s panTro2.chr21  14936299 39 +  46489110 AATTGTTTATTAGGTTTTATGCCTATATATTTTAGATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464063 39 +  48394510 AATTGTTTATTAGATTTTATGCCTATATATTTTAGATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359364 39 - 196418989 AATTGTTTATTAGATTTTATGCCTATATCTTTTAGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6407261.000000
s hg19.chr21     16211824 239 +  48129895 TCACCTTGATTTCTTCTTTGTTCTTCATGGAGAGATACAGGCTGAGTAATTTGTGTAACATATATTACCTATATGCTGCTTTTGGTACCATGATCTGTTTAATCAACATTTATGCTTGGTTGACTTTTCTTAATTAAAAAAGGAAGATTAACTTAGCTATTAATTTATGACCTAAAAGTATAAGCTTCCACCTTGCCAAACTACTATCTAGTGCTTGTAAATGACTGTGTGTTTCCATT
s panTro2.chr21  14936338 239 +  46489110 TCACCTTGATTTCTTCTTTGTTCTTCATGGAGAGATACAAGCTGAGTAATTTGTGTAACATATATTACCTATATGCTGCTTTTGGTACCATGATCTGTTTAATCAACATTTATGCTTGGTTGACTTTTCTTAATTAAAAAAGGAAGATTAACTTAGCTATTAATTTATGACCTAAAAGTATAAGCTTCCACCTTGCCAAACTACTATCTAGTGCTTGTAAATGACTGTGTGTTTCCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464102 237 +  48394510 TCACCTTGATTTCTTCTTTGCTCTTCATGGAGAGATACAGGCTGAGTAATTTGTGTAACATATATTACCTATATGCTGCTTTTGGTACCATCATCTGTTTAATCAACATTTATGCTTGGTTGACTTT--TTAATTAAAAAAGGAAGATTAACTTAGCTATTAATTTATGACCTAAAAGTATAAGCTTCCACCTTGCCAAACTACTATCTAGTGCTTGTAAATGACTATGTGTTTCCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359403 239 - 196418989 TCACCTTGATTTCTTCTTTGCTCTTCATGGAGAGACGCGGGCTGAATAATTTGTGTACCATATATTACCTATATGCTGCTTTTGGTACCATCATCTGTTTAATCAACATTTATGCTTGGTTGACTTTTCTTAATTAAAAAAGGAAGATTAACTTAGCTATTAATTTATGACCTAAATGTATAAGCTTCCACCTTGCCAAACTACTATCTAGCGCTTGTAAATGATGGTGTGTTTCCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1590612.000000
s hg19.chr21     16212063 66 +  48129895 TGACTGATTTTTAGTGACAGCATGGCATAGTGACCTTAAAAGGGATAACATGGTGATAATGTACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464339 66 +  48394510 TGACTGATTTTTAGTGACAGCATGGCACAGTGACCTTAAAAGGGATAACATGGTGCTAATGTACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359642 66 - 196418989 TGACTGATTTTTAGTGACAGCATGGCACAGTGACCTTAAAACAGATAACATGGTTCTAGTGTACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=58877.000000
s hg19.chr21     16212129 16 +  48129895 TAATGATATATCGAAT
s panTro2.chr21  14936643 16 +  46489110 TAATGATATATCGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464405 16 +  48394510 TAATGATATATCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359708 16 - 196418989 TAATGATATATCAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=386279.000000
s hg19.chr21     16212145 45 +  48129895 GTTTGGT--GAAAAAAAAGTAGCATACATTAGTGCATCCCTGCTATG
s panTro2.chr21  14936659 45 +  46489110 GTTTGGT--GAAAAAAAAGTAGCATACATTAGTGCATCCCTGCTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464421 47 +  48394510 GTTTGGTTAAAAAAAAAAGTAGCATACATTAGTGCATCCCTGCTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359724 45 - 196418989 GTTTGGT--AAAAAAAAGGTAGCATACATTAGTGCATCCCTTCTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=386050.000000
s hg19.chr21     16212190 56 +  48129895 ATTAAAC-TATGTTACAAGTAAGACAAGGATCGAATGGAAACCAGAGAAAATATAGG
s panTro2.chr21  14936704 56 +  46489110 ATTAAAC-TATGTTACAAGTAAGACAAGGATCGAATGGAAACCAGAGAAAATACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464468 56 +  48394510 ATTAAAC-TATGTTACAAGTAAGACAAGGATCGAATGGAAACCAGAGAAAATATAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164359769 57 - 196418989 ATTAAAAGTATGTTATAAGTAAGACAAGGATCAAATGGAAACCAGAGAAAATATAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1035482.000000
s hg19.chr21     16212246 79 +  48129895 CAGGTTAGTTTGTTGCCATCGTGGGAAGTTGGATCCAAGTAGATTTAGCTTCAACTGAAatgtattggatgcctactat
s rheMac2.chr3  164359826 79 - 196418989 CAGCTTAGTTTGTTGCCATCGTGAGAAGTTGGATTCCACTAGATTTAGGTTCAACTGAAatgtactggatgcctactat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464524 78 +  48394510 CAGGTTAGTTTGTTGCCATCGTGGGAAGTTGGATTCAAGTAGATTTAGGTTCAACTGAAATGTA-tggatgcctactat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14936760 79 +  46489110 CAGGTTAGTTTGTTGCCATCGTGGGAAGTTGGATTCAAGTAGATTTAGGTTCAACTGAAatgtattggatgtctactat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=336101.000000
s hg19.chr21     16212325 41 +  48129895 gcgccaagcagtctgccaagttctttcatcttttttatctc
s rheMac2.chr3  164359905 41 - 196418989 gcacgaagcagtctgccaagctctttcattttttttatctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464602 41 +  48394510 gcgccaagcagtctgccaagctctttcatcttttttatctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14936839 41 +  46489110 gcgccaagcagtctgccaagttctttcatcttttttatctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=265925.000000
s hg19.chr21     16212366 45 +  48129895 cttatatctcatcagtcctgcgagaagattattattattctcact
s rheMac2.chr3  164359946 45 - 196418989 attatatctcatcaaccctgcaagaagattatcattattctcatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464643 45 +  48394510 attatatcttatcaaccctgcaagaagattattattattctcatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14936880 45 +  46489110 cttatatctcatcaatcctgcgagaagattattattattctcatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16212411 11 +  48129895 tcaccaacaaa
s rheMac2.chr3  164359991 11 - 196418989 tcaccaacaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464688 11 +  48394510 tcaccaacaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14936925 11 +  46489110 tcaccaacaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16212422 10 +  48129895 tacaaaaaca
s rheMac2.chr3  164360002 10 - 196418989 tacaaaaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464699 10 +  48394510 tacaaaaaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14936936 10 +  46489110 tacaaaaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=214089.000000
s hg19.chr21     16212432 47 +  48129895 actttcaaagagcagactcgagattacacagctTCATGAGAAACTGA
s rheMac2.chr3  164360012 47 - 196418989 actttcaaagagcagactcaagattacacagctTCATGAGAAACTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464709 47 +  48394510 actttcaaagagcagactcgagattacacagctTCATGAGAAACTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14936946 47 +  46489110 actttcaaagagcagactcgagactacacagctTCATGAGAAACTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14936993 54 +  46489110 AATGTAAGCCATGGTTTCTGATTTCTTTCACACATTCCCTACGGCATGTAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464756 54 +  48394510 AACGTAAGCCATGGTTTCTGATTTCTTTCACACATTCCCTATGGCATGTAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=39335.000000
s hg19.chr21     16212533 20 +  48129895 GTTAAAAAGAAATAAATATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135089.000000
s hg19.chr21     16212613 26 +  48129895 ATATTTAATACATAGAGCATCACTGT
s panTro2.chr21  14937127 26 +  46489110 ATATTTAATACATAAAGCATCACTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164360190 26 - 196418989 ATATTTAATACATAAAGCATCACTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=174977.000000
s hg19.chr21     16212639 37 +  48129895 CATTAGTTATGAGACTTTCAGGAATTATGTC-----TTATGT
s panTro2.chr21  14937153 37 +  46489110 CATTAGTTATGAGACTTTCAGGAATTATGTC-----TTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14464914 42 +  48394510 CATTAGTTATGAGACTTTCAGGAATTATGTCTTATATTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=21677.000000
s hg19.chr21     16212676 86 +  48129895 ATACAAATGTATTATGTATATAGCAAACCTGGAAGTGAAAATGGGTAACAGCTGTAATAGGATTGTGGTGGAGAGATCCAGGATAT
s panTro2.chr21  14937190 86 +  46489110 ATACAAATGTATTATGTATATAGCAAACCTGGAAGTGAAAATGGGTAACAGCTGTAATAGGACTGTGGTGGAGAGATGCAGGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164360258 86 - 196418989 ATACAAATGTATTACGTGTATAGCAAACCCGGAAGTGAAAATGGGTAATAGCTGTCATAGGATTGTGGTGGAGAGATCCAGGATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=783181.000000
s hg19.chr21     16212762 130 +  48129895 ACAACTGTGAAgtctttttctgaattctccttatctacctagaagtagaaactttcaaaagaattcaactatcatgaatacccctctgaaggagtctGACGCTACG-----------------AAAAGACCGCTTGCACCTGCATAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14465042 141 +  48394510 AAAACTGTGAAgtctttttctgaattctccttatctacctagaagtagaaactttcaaaagaattcaactatcatgaatacccctctgaaggagtttGACGCTATGAAAAGGTT------AAAAAAAGACCACTTGCACCTGCATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14937276 141 +  46489110 ACAGCTGTGAAgtctttttctgaattctccttatctacctagaagtagaaactttcaaaagaattcaactatcatgaatacccctctgaaggagtctGACGCTACGAAAAGGTT------AAAAAAAGACCGCTTGCACCTGCATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=148056.000000
s hg19.chr21     16212892 32 +  48129895 ATAACACCACAATTTCTCCCACTTGTTCCCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164360491 29 - 196418989 ACAA---TACAATTCCTCCCACTTGTTCCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=319130.000000
s hg19.chr21     16212924 61 +  48129895 AAGAATCTATATGTCTTTCCTAAACATGTATGTTCTTCTCATCAAAGCCTTTTCTCTCTCC
s panTro2.chr21  14937449 61 +  46489110 AAGAATCTATATGTCTTTCCTAAACATGTATGTTCTTCTCATCAAAGCCTTTTCTCTCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14465215 61 +  48394510 AAGAATCTATATGTCTTTCCTAAACATGTATGTTCTTCTCATCAAAGCTTTTTCTCTCTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164360520 61 - 196418989 AAGAATCTATGTGTCTTTCCTAAACATGTATGTTCTTCTCATCAAAGCCTTTTCTCTCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=573378.000000
s hg19.chr21     16212985 102 +  48129895 TTCACTTTTTCTTttaaattaggcctataagaccctaactttagctatttagtgaggccacttcttttgtgtgctcccgtatgcatatataaataaacttta
s panTro2.chr21  14937510 102 +  46489110 TTCACTTTTTCTTTTAAATTAGGCCTATAAgaccctaactttagctatttagtgaggccacttcttttgtgtgctcccgtatgcatatataaataaacttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14465276 102 +  48394510 TTCACTTTTTCTTttaaattaggcctataagctcctaactttagctatttagtgaggccacttcttttgtgtgctcccgtatgcatatatcaataaacttca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164360581 102 - 196418989 ttcactttttctttcaaattaggcatataagcccctaactttagctttttagtgaggccactgcttttgtgtgctcccatacgcagaaataaataaacttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310772.000000
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s panTro2.chr21  14937612 58 +  46489110 gtttttatttctcctgctaatctgtcttttgtcagtttaatctgcaggcctccaagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14465378 58 +  48394510 gtttttatttctcctgctaatctgtcttttgtcagtttaatctgcaggcctccaagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164360683 56 - 196418989 gtttttatttctcctgctaa--tgtcttttgtcagtttaatctgcagacctcaaagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=318526.000000
s hg19.chr21     16213145 79 +  48129895 aggaaccaaagtgagtacaagaagagttttccctccgcaacaCtttggcaatgaagatgggatggttgggactccccag
s panTro2.chr21  14937670 79 +  46489110 aggaaccaaagtgagtacaagaatagttttccctccgcaacaCtttggcaatgaagatgggatggttgggactccccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14465436 79 +  48394510 aggaaccaaagtgagtacaagaatagttttccctctgcaacaCTTCGGCAATGAAGATGGCATGGTTGGGACTCCCCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164360739 79 - 196418989 aggaacataagtgagtccaagaatagttttccctccccaacaCTTTGGCAATGAAGACGGGATGGTTGGGACTCCGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14937749 65 +  46489110 tcactctgaaggctgcagctgagatctcaggatctcttgaccaagccagcaaaggtaaatttcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212830.000000
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s panTro2.chr21  14937814 57 +  46489110 tgctgatctctgctcagcatccagttgagtgCGTGC-GTAAGAACTTGTCTTTGTTCa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=368865.000000
s hg19.chr21     16213347 302 +  48129895 aacaggaaaagttccctgatcctctcacagggcatgtgatgggggtgtggcttgcttcttc-gtgccccactgctcaaacctctagggaaacttacagacgggcaggctgtggggctctgactcctcggcagtgtctaggggtggatgtttacagctcctgaagcctcagtgggcgtgtgtcagagggtgcttagaggtttgccgtctatccgtctacgggtggcttatgttaaccagctcaattagaccctctaccttgtcacaaggacagaggg----ctgtttcctgagttcttgccttggtgt
s panTro2.chr21  14937871 302 +  46489110 aacaggaaaagttccctgatcctctcacagggcatgtgatgggggtgtggcttgcttcttc-gtgccccactgctcaaacctctaggggaacttacagacgggcaggctgtggggctctgactcctcggcagtgtctaggggtggatgtttacagctcctgaagccccagtgggcgtgtgtcagagggtgcttagaggtttgccgtctatccgtctacgggtggcttatgttaaccagctcaattagaccctctaccttgtcacaaggacagaggg----ctgtttcctgagttcttgccttggtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164360941 301 - 196418989 aacaggaaaaattcccttgtcccctcccagggcatgtgatgggggtgtggcttgcttcttcagtgcctcacggctcaaacctctaggggaacttatagatgggcaggctgtggggctctgactccacggcactgt-taggggtggatgtttacagctcctgaagccccactgggcg-gtgttacagggcgcttaaacgtttgcc----atccgtctatggagggcttctgttaagcagctcagtcagaccctctaccttgtcaccaggacagagagctttctgtttcctgagttcttgccttggtgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16213649 57 +  48129895 agtggaagaattggaccacacgtgggcttggagaatgagtgtaaagttttattgagt
s panTro2.chr21  14938173 57 +  46489110 agtggaagaactggaccacacgtgggcttggagaatgagtgtaaagttttattgagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14465944 57 +  48394510 agtggaagaattggaccacacgtgggcttggagaatgagtgtaaagttttattgagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164361242 57 - 196418989 agtggaagaattggaccacacgtgggcttggagaatgagtgtaaagttttattgagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38513.000000
s hg19.chr21     16213706 41 +  48129895 ggaagtagcgttcagctgatggggcagccagaaatgagata
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938230 41 +  46489110 ggaagtagcgttcagctgatggggcagacagaaatgagata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16213747 19 +  48129895 gtcttccgctggagttggg
s rheMac2.chr3  164361340 19 - 196418989 gtcttccactggagttggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14466042 19 +  48394510 gtcttccactggagttggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938271 19 +  46489110 gtcttccgctggagatggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8384.000000
s hg19.chr21     16213766 35 +  48129895 ccactcagcagcctgggctctcctccgactgccct
s panTro2.chr21  14938290 35 +  46489110 ccactcagcagcccgggctctcctccgactgccct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14466061 35 +  48394510 ccacttagcagcccgggctctcctccgactgccct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164361359 27 - 196418989 ccactcatcagccctggctctcctccg--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 307

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s ponAbe2.chr21  14466096  52 +  48394510 ggccaaactccgcctcatctggttggtccatggcctgccggcatctgttggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938325  52 +  46489110 ggccaaactccgcctcatctggttggtccatggcctgccggcatctgttggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=54.000000
s hg19.chr21     16213853  22 +  48129895 gtgctcctccgccagcgtgctt
s ponAbe2.chr21  14466148  22 +  48394510 gtgctcctccgccagcgtagtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938377  22 +  46489110 gtgctcctccgccagcgtgctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=5715.000000
s hg19.chr21     16213875  21 +  48129895 ccccGCCAGCATGGTCC-CCGA
s ponAbe2.chr21  14466170  21 +  48394510 ctcCGCCAG-GTGCTCCTCCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938399  21 +  46489110 cccCGCCAGCATGGTCC-CCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-5587.000000
s hg19.chr21     16213896  37 +  48129895 CAGGTGCTCCTCCGCCAGCGTGGTCCTCGGCTAGGTG
s panTro2.chr21  14938420  31 +  46489110 CAGGTGCTCCTCCGCCAGCGTGGTCCTCGGC------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14466191  37 +  48394510 CAGGTGCTCCTCCGCCAGAGTGGTCCTCGGCCAGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-28869.000000
s hg19.chr21     16213933  39 +  48129895 CTCCTCTGCCAGCGTGCTCCCCCGCCAGATGCTCCTCTG
s ponAbe2.chr21  14466228  12 +  48394510 CTCCTCCGCCAG---------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14938451   0 +  46489110 C

a score=606.000000
s hg19.chr21     16213972  36 +  48129895 CCAGCGGGGTCCTCAGTCAGGTGCTCCTCTGCCAGC
s panTro2.chr21  14938451  19 +  46489110 -----------------CAGGTGCTCCTCTGCCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14466240   0 +  48394510 C

a score=-47663.000000
s hg19.chr21     16214008  61 +  48129895 GTGCTCCCCCGCCAGGTGCTCCTCTGCCAGCGTGATCCTCGGCCAAGTGCTCCTCCACCAC
s panTro2.chr21  14938470  61 +  46489110 GTGCTCCCCCGCCAGGTGCTCCTCTGCCAGCGTAGTCCTCGGCCAGGTGCTCCTCCACCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14466240   0 +  48394510 C

a score=-16982.000000
s hg19.chr21     16214069  25 +  48129895 CGTGCTCCCCCGCCAGCGTGCTCCT
s ponAbe2.chr21  14466240  25 +  48394510 CAGGCTCCCCCACCAGCGTACTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938531  25 +  46489110 CGCGCTCCCCCACTAGCGTGCTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-6808.000000
s hg19.chr21     16214094  66 +  48129895 CTGTCAGGTGCTCCCCCGC------------------------------CAGGTGCTCCTCTGCCAGCATGCTCCCCCGCCAGCATGCTCCTCTGC
s ponAbe2.chr21  14466265  66 +  48394510 CCGCCAGGTGCTCCTCCGC------------------------------CAGGTGCTCCTCCACCAGCGTGCTCCCCCGCCAGCATGCTCGCCCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938556  96 +  46489110 CCGCTGGGTGCTCCCCTGCCAGGTGCTCCTCCATCAGATGCTCCTCCAGCAGGTGCTCCTCTGCCAGCATGCTCCCCCACCAGCGTGCTCCTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-11098.000000
s hg19.chr21     16214160  30 +  48129895 CAGGTGCTCCCCCACCAGGTGCTCCTCCTT
s ponAbe2.chr21  14466331  30 +  48394510 CAGGTGCTCCCCCGCCAGGTGCTCCTCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938652  18 +  46489110 CAGGTGCTCCCCCACCAG------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-20418.000000
s hg19.chr21     16214190  25 +  48129895 CAGATGCTCCTCCAGCA-GGTGCTCC
s ponAbe2.chr21  14466361  26 +  48394510 CAGGTTCTCCTCCATCAGCATGCTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14938670   8 +  46489110 ------------------CGTGCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-41055.000000
s hg19.chr21     16214215  34 +  48129895 CCCGCCAGCGTGCTCCTCCACCAGCGTGCTCCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14466387  32 +  48394510 TCTGCCAG-GTGCTCCTCCGCCAG-GTGCTCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-53256.000000
s hg19.chr21     16214249  18 +  48129895 CTCCAGCGTGCTCCTCCA
s panTro2.chr21  14938694  16 +  46489110 CTCCAG-GTGCTCCT-CG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14466419  18 +  48394510 TGCCAGCATGGTCCTCGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-9018.000000
s hg19.chr21     16214267  32 +  48129895 CCAGGTGCTCCTCCACCAGCGTGCTCCTCCAC
s panTro2.chr21  14938710  32 +  46489110 CCAGGTGCTCCTCCACCAGCATGCTCCTCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14466437  32 +  48394510 CCAGGTGCTCCTCCGCCAGCGTGCTCCTCCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-50903.000000
s hg19.chr21     16214299  46 +  48129895 TGCTCCTCCGCCAGCGTGCTCATGCGCCAG-GTGCTCCTTCGCCAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-31474.000000
s hg19.chr21     16214345  41 +  48129895 GTGCTCCTCCGC---------------CAG-GTGCTCCTCCTCCAGGTGCTCCCCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14466519  57 +  48394510 ATGCTCGCCCGCCAGGTTCTCCTCCATCAGCATGCTCCTCCCCCAGGTGCTCCTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-25103.000000
s hg19.chr21     16214386  64 +  48129895 CCAGCGTGCTCCCCCACCAGCGTGCTCCTCCGCCAGGTGCTCCTCCACCAGCGTGCTCCTCCAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 5
s panTro2.chr21  14938844  64 +  46489110 CCAGCGTGCTCCTCCGCCAGCGTGCTCCTCCGCCAGGTGCTCCCCCGCCAGCGTGCTCCTCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=-8603.000000
s hg19.chr21     16214450  39 +  48129895 TGCTCCTCCGCCAGCATGCTCATCCGCCAGGTGCTCCTT
s panTro2.chr21  14938908   9 +  46489110 TGCTCCTCC------------------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14466644  39 +  48394510 TGCTCCCCCGCCAGCATGCTCCTCCGCCAGGTGCTCCTC
i ponAbe2.chr21 I 5 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=13598.000000
s hg19.chr21     16214489  49 +  48129895 TGCCAGCGTGCTCCTCCACTGCTCCTCTGCCAGCGTGCTCCTCCGCCAG
s ponAbe2.chr21  14466683  47 +  48394510 CACCAGCGTGCTCCT-CACTGCTCCTCCGCTAGG-TGCTCCTTCGCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 449
s panTro2.chr21  14938917  48 +  46489110 -GCCAGCGTGCTCCCCCACTGCTCCTCCGCCAGCGTGCTCATCCGCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I

a score=377.000000
s hg19.chr21     16214538  23 +  48129895 GTGCTCCTCCGCTAGGTGCTCCT
s panTro2.chr21  14938965  23 +  46489110 GTGCTCCTCCGCCAGGTGCTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14466730 449 +  48394510 I

a score=-212.000000
s hg19.chr21     16214561  22 +  48129895 CTGCTAGGTGCTCCCCTGCTAG
s panTro2.chr21  14938988   7 +  46489110 ---------------CTGCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164361386 307 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14466730 449 +  48394510 I

a score=-10797.000000
s hg19.chr21     16214583  38 +  48129895 GTGCTCCCCtcgacgtcttgtccccgtccagctgcttg
s rheMac2.chr3  164361693  38 - 196418989 gtgctcccctGGACATCTTGTCTCCATCCAGGTGCTTg
i rheMac2.chr3  I 307 C 0
s panTro2.chr21  14938995  38 +  46489110 GTGCTCTCCtcgacgtcttgtccccgtccagctgcttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14466730 449 +  48394510 I

a score=34071.000000
s hg19.chr21     16214621  37 +  48129895 tgtcttcttccgctgatgtgctcctctccacacccgg
s rheMac2.chr3  164361731  37 - 196418989 tgtcctcttccgctgatgtgctcctctccacatctgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14939033  37 +  46489110 tgtcttcttccgctgatgtgctcctctccacacccgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14466730 449 +  48394510 I

a score=30043.000000
s hg19.chr21     16214658  47 +  48129895 ccgcctgtgtgtctgcccgctagggtctcaggtttttataggctcag
s rheMac2.chr3  164361768  47 - 196418989 ccgcctgtgtgtctgcctgctagggtctcaggtttttacagacccgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14939070  47 +  46489110 ccgcctgtgtgtctgcccgctagggtctcaggtttttataggctcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14466730 449 +  48394510 I

a score=26330.000000
s hg19.chr21     16214705  22 +  48129895 gatgggggcatggcaggccggg
s rheMac2.chr3  164361815  22 - 196418989 gatgggggcgtggcaggccagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14939117  22 +  46489110 gatgggggcatggcaggctggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14466730 449 +  48394510 I

a score=49865.000000
s hg19.chr21     16214727  75 +  48129895 gtggtctcggaaaatgcaacatttgggtacaaaagcaggggtgcctgtcctcacccaggtccgtgggagtagagc
s rheMac2.chr3  164361837  75 - 196418989 gtggtcttggaaaatggaacatttgggcacaaaagcaggagtgcctgtcatcgcccacgtccgtgggggtacaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14939139  75 +  46489110 gtggtctcggaaaatgcaacatttgggcacaaaagcaggggtgcctgtcctcacccaggtccgtgggagtagagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14466730 449 +  48394510 I

a score=72431.000000
s hg19.chr21     16214802 63 +  48129895 ccttgccagggaccacaccgcacttccctctccccttcagtatcaTTTAAAGGGACCATGGTC
s panTro2.chr21  14939214 63 +  46489110 ccttgccagggaccacaccacacttccctctccccttcagtatcaTTTAAAGGGACCATGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14467179 61 +  48394510 CCTCGCCAGGGAACACA-CGCACTTCCCTATCCCCTTCAGTATCA-TTAAAGGGACCATGGTC
i ponAbe2.chr21 I 449 C 0
s rheMac2.chr3  164361912 63 - 196418989 cctcagcagggcccacaccgcacttccctctccccttccatatcGTTTAAAGGGACCATGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30671.000000
s hg19.chr21     16214865 25 +  48129895 TTCCCTTCCCAGTACTACCATATCA
s rheMac2.chr3  164361975 25 - 196418989 TTCCCTTCCTAGTCCTACCATATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14939277 25 +  46489110 TTCCCTTCCCAGTACTACCATATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=376458.000000
s hg19.chr21     16214890 168 +  48129895 TTgtcttttctttacaatatttagattagctggagaaaacacttatgggaaatagttatttgggtattgtgacttttagtttgcgtactcttgttatagatccttttgctcacagggatagtcattgtgccctgtttgtcttgttttgtgtcttgaaagcttggcttg
s panTro2.chr21  14939302 168 +  46489110 TTgtcttttctttacaatatttagattagctggagaaaacacttatgggaaatagttatttgggtattgtgacttttagtttgcgtactcttgttatagatccttttgctcacagggatagtcattgtgccctgtttgtcttgttttgtgtcttgaaagcttggcttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14467264 168 +  48394510 ttgtcttttctttacaatatttaaattagctgtagaaaacacttatgggaaatagttatttgggtaatgtgacttttagtttgcatactcttgttacagatctttttgctcacagggatagtcattgtgccctgtttttcttgttttgtgtcttgaaagcttggcttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164362000 153 - 196418989 TTGTCTTTTCTTTACGATATTTAGATTAGATGGAGCAAACACTTATGGGAAATAGTTATTTGGGTATTATGACTTTTAGTTTG---------------GGTGCTTTTGCTCACAGGGATAGTCATTGTGCCCTGtttgtcttgttttgtgtcttgaaagtttggcttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462290.000000
s hg19.chr21     16215058 197 +  48129895 gatttagtaagagagttctctctctctggttttctgcctgccaggagtacaggttgccaagtctgtgctaagagatggccaaacatcagattgggatcccaagaATTTGTAGTTAGCTGGATAAAAATCTGGGTAGCCCGGGCATTCCATTTGTTGCTGGCATTCTATCCACCATTGCTAATTTTCAGCAGTTTCAT
s panTro2.chr21  14939470 197 +  46489110 gatttagtaagagagttctctctctctggttttctgcctgccaggagtacaggttgccaagtctgtgctaagagatggccaaacatcagattgggatcccaagaATTTGTAGTTAGCTGGATAAAAATCTGGGTAGCCCGGGCATTCCATTTGTTGCTGGCATTCTATCCACCATTGCTAATTTTCAGCAGCTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14467432 197 +  48394510 gatttagtaagagagttctctctctctggttttctgcctgccaggagtacaggttgccaagtctgtgctaagagatggccaaacatcagattgggatcccaagaATTTGTACTTAGTTGGATAAAAATCTGGGTAGCCCGGGCATTCCATTTGTTGCTGGCATTCTATCCACCATTGCTAATTTTCAGCAGCTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164362153 197 - 196418989 gatttagtaagagagttctctctctctggttttctgcctgccaggagtacaggttgccaagtctgtgctaagagatggccaaacatcagattgggatcccaagaATTTGTAGTTAGCTGGATAAAAATCTGGGTAGCCCAGGCATTCCATTTGTTGCTAGCATTATACCCACCATTGCTACTTTTCAGCAACTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16215255 49 +  48129895 CACAGAAAGACAGAGACTTAGAAGTGGTGTTTATAGAAGTGGCTTGAGA
s panTro2.chr21  14939667 49 +  46489110 CACAGAAAGACAGAGACTTAGAAGTGGTGTTTATAGAAGtggcttgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14467629 49 +  48394510 CAGAGAAAGACAGAGACTTAGAAGTGATGTTTATAGAAGTGAAttcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164362350 45 - 196418989 CAGAGAA----AGAGACTTAGAAGAAGTGTTTATAGAAGtgacttgaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16215304 360 +  48129895 AACGACCTTAGATTCCAGGGGCTGTATGTTCTGCACCCTTTCTGGGAATGCCTCTTGTGTCCCCACTGTTAAGccacagaaagtcttactacttctgagtcgcattttggaacaggtatacctttggagatcctaaatcatgaatggccagatgacagatcctttgatctgaaaaagcttttatatttaaaaggatttttagagagcttcccccctatacaaatgacctgtttgtacctatggaaaaatcaaattaaaagaagaagaagagtatcatggctagcctaaaaggatcccttggcaaaattaaatagcagaaatcacatttacaacaaaaattgaaatccacacagaccataa
s rheMac2.chr3  164362395 352 - 196418989 aatgaccttagattataggggctgtatcttctgcaccatttctgggaatacctcttatgt--ccattgttaagccacaaaaagtcttactactttttagtcaca-tttggaacaggtatacctttggagatcctaaatcatgaatgggcagatgacagatcctgtgatctgcaaaagcttttgtattgaaaaggatttttagagagctcccactataaacaaatgtcttgtttgtacctatggagaagtc-----aaaagaagaagaaaagtgtcatagtgagcctaaaaggatcctttggcaaaactaaatggcagaaatcacatttacaacaaaaattgaaatccacacagaccataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14467678 357 +  48394510 aatgaccttagattacagggactgtatgttctgcaccctttctgagaatgcctcttgtgt--ctattgttaagccacaaaaagtcttactacttttgagtcacattttggaacaggtatacctttggagatcctaaattatgaatggccagatgacagatcctttgatctgaaaaagcttttatatttaaaaggatttttagacagcttcccccctaaacaaatgacctgtttgtagctatggaaaaatcaaattaaaagaag-agaaaagtatcacggcgagcctaaaaggatcccttggcaaaattaaatagcagaaatcacatttacaacaaaaatcgaaatccacacagaccataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14939716 358 +  46489110 aatgaccttagattccaggggctgtatgttctgcaccctttctgggaatgcctcttgtgt--ccactgttaagccacagaaagtcttactacttttgagtcgcattttggaacaggtatacctttggagatcctaaatcatgaatggccagatgacagatcctttgatctgaaaaagcttttatatttaaaaggatttttagagagcttcccccctaaacaaatgacctgtttgtacctatggaaaaatcaaattaaaagaagaagaagagtatcatggcgagcctaaaaggatcccttggcaaaattaaatagcagaaatcacatttacaacaaaaattgaaatccacacagaccataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=209482.000000
s hg19.chr21     16215664 127 +  48129895 acccttccactgacagttattctgtagttgtgccacaagccagatggccccctgaaaaaaattctcctcaccaacataacaaatggccagacccttttctaggccttcctgtaaataatcagaagtt
s panTro2.chr21  14940074 127 +  46489110 acccttccactgacagttattctgtagttgtgccacaagccagatggccccttgaaaaaaattctcctcaccaacataacaaatggccagacccttttctaggctttcctgtaaataatcagaagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14468035 127 +  48394510 acccttccactgacagttattctgtagttgtgccacaagccagatggccccctgaaaaaaattctcctcaccaacataacaaatggccagacccttttctaggccttcctgtaaataatcagaagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164362747 127 - 196418989 acccttccactgacagttattctgtagttgtgccacaagccagatggccccctgaaaaaaattctcctcaccaacataacaaatggccagacccttttctaggccttcctgtaaataatcagaagtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50602.000000
s hg19.chr21     16215791 34 +  48129895 ggctgatttggaggctgatattcagggcctgata
s panTro2.chr21  14940201 34 +  46489110 ggctgatttggaggctgatattcagggcctgata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14468162 34 +  48394510 ggctgatttggaggctgatattcagggcatgata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164362874 34 - 196418989 ggctgatttggaggctgatattcagggcctgata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=25173.000000
s hg19.chr21     16215825 30 +  48129895 tggtttggtccccactcaaatctcaagttg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14468196 30 +  48394510 cagtttggtccccactcaaatctcaagttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14940235 30 +  46489110 tggtgtggtccccactcaaatctcaagttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=442570.000000
s hg19.chr21     16215855 529 +  48129895  
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14468226 530 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14940265 528 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=450394.000000
s hg19.chr21     16216384 375 +  48129895 TCAGGTATAAGCCATAAAGTGTTGTGTCTTTAACAAAAGAGACTGCCTCAGAGAACCTtagaaaggactgtgacagatactgtgtggtacaggcttctgatgacatcacttaaataactttaagattataccactgacctaagt--aaaagaaaattcagaacttatggagatgctgataggt-cataaaaccactaacccaagatcaagcaaaacaagaattacatgaaattgaatgaactgatgaaaaatgattatcattttgcttgtgactcttgctcaaaatattgctagctgtttagtattctgttttctggatataaggaatccctttccttttctctccagctatctagaaatcaaaacaatttagtagat
s rheMac2.chr3  164363467 375 - 196418989 TCAGGTATAAGCCATAAAGTGTTGTGTCTTTAACAAAAGAGACTGCCTCAGAGAACCTtagaaaggactgtgagagatactgtggggtacaggcttctgatgacatcacttaaataactttaagattataccactgacctaagt--aaagaaaaattcagaagttatggagatgctgataggtacataaaatcactaacccaagatcaagcaaaacaagaattacatgaaattgaatgaactgatgaaaaatgattttgattttgcttgtgactcttgctcaaaatattgctagttgtttagtattctattttctggacataaggaat-ctttctcttttatctccatctatctagaaatcaaaacaatttggtagat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14468756 376 +  48394510 TCAGGTATAAGCCATAAAGTGTTGTGTCTTTAACAAAAGAGACTGCCTCCGAGAACCTTAGACAGGACTGTgacagatactgtggggtacaggcttctgatgacatcacttaaataactttaagattataccactgacctaagtaaaaaaaaaaaattagaacttatggagatgctaataggt-cataaaaccactaacccaagattaagc-aaacaagaattacatgaaattgaatgaactgatgaataatgattatgatcttgcttatgactcttgctcaaaatattgctagctgtttagtattctgttttctggatataaggaacccctttccttttctcttcagctatctagaaatcaaaacaatttagtagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14940793 375 +  46489110 TCAGGTATAAGCCATAAAGTGTTGTGTCTTTAACAAAAGAGACTGCCTCAGAGAACCTTAGAAAGGACTGTgacagatactgtgcagtacaggcttctgatgacatcacttaaataactttaagattataccactgacctaagt--aaaagaaaattcagaacttatggagatgctgataggt-cataaaaccactaacccaagatcaagcaaaacaagaattacatgaaattgaatgaactgatgaaaaatgattatgattttgcttgtgactcttgctcaaaatattgctagctgtttagtattctgttttctggatataaggaatccctttccttttctctccagctatctagaaatcaaaacaatttagtagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=101113.000000
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s panTro2.chr21  14941168 119 +  46489110 tatattcacaatagcaaagtcacagaatcaacctaagtgtctaccctaagtggatgattgaataaagaaaatattttatatatacactatgaaatagtatgcagccgtataaaagaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14469132 119 +  48394510 tatattcacaatagcaaagtcacagaatcaacctaggtgtctaccctaagtggatgattgaataaagaaaatatgttatatatacactatgaaatagtatgcagccatataaaagaatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164363842 119 - 196418989 tatgttcacaatagcaaaatcacagaatcaacctaagtatctaccctaaatggatgattgaataaagaaaatatgctatatatacactatgaaatagtatgcagacatataaaaaaatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164363989 232 - 196418989 ggagatgtaggccattatcctaagtgaaataactcagaaacagaaaatcaaatattgtgcattctcacttatcagtggggaataaacagtgggtacacatgaatgtacagatggaaataatagaaactgggaactccgaaagtgaggatgttgggagaaggggtgagatatggaaaatgacctattgggtacaatattcattgttcaggttctgggtatactagaagcccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14941315 232 +  46489110 ggagatgtaggccattatcctaagtgaaataactcagaaagaggaaatcaaatattgtacattcttacatatcagtgggaactaaacaatgggtacacatgaatgcacagaaggaaataatagacactaggaactccaaaagtgaggatgttgggagaaggcacgagaaatggaaaattacctgttgggtacaatattcattattcaggttctgggtacactagaagcccaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=109686.000000
s hg19.chr21     16217138 93 +  48129895 accccaccactacacaatatatctacgtaacaaaccttcacatgtacctcctgaatttaaatttatttttttaatttagtagattaaa-ctttg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164364221 92 - 196418989 actccaccactacacaatatatctatgtaacaaaccttcacatgtacctcctgactttaaatttaagttttt--ttaagtagattaaacctttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 I 15
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14470131 540 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164364848 544 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 5
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 328
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e rheMac2.chr3  164365392   5 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  164365392   5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14942167 15 +  46489110 I

a score=247374.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14942167 15 +  46489110 I

a score=204062.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14942167 15 +  46489110 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392   5 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14942167  15 +  46489110 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14942167 15 +  46489110 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14942167 15 +  46489110 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
e panTro2.chr21  14942167 15 +  46489110 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164365392  5 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476132 50 +  48394510 CAGACACCCAATTCACCCCTTCTAAGCCATCTCAAAAGTCATCTATCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164366495 50 - 196418989 CAGAAACCCAATTTACTCCTTCTAAGCCATCTCAAAAGTCATCTGTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292797.000000
s hg19.chr21     16224200 67 +  48129895 cagaccttttatgactctcccaaaaactaaatcattctcttctctctgatccatagcttattggtaa
s panTro2.chr21  14943677 67 +  46489110 CAGACCTTTTATGACTCTCCCAAAAACTAAATCATTCTCTTCTCTCTGATCCATAGCTTATTGGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476182 67 +  48394510 CAGACCTTTTATGACTCTCCCCAAAACTAAATCATTCTCTTCTCTCTGATCCATAGCTTATTGGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164366545 67 - 196418989 CAGACCTTTTATGACTCTCCCAAAAACTGAATCGTTCTCTTCTCTCTGATCCGTAGCTTATTGGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1020959.000000
s hg19.chr21     16224267 189 +  48129895 ctctaatctacactgtagtcatttgcttccacttcagttatttagagggaggagttatgtgttttccatcttcgcatcctgatttctggcaaataacaaccagagtctccattatcatctgttgaatggttacagcacaccaagtgtttgatgtacattatcactaattttcacaataatccttaactg
s panTro2.chr21  14943744 189 +  46489110 CTCTAATCTACACTGTAGTCATTTGCTTCCACTTCAGTTATTTAGAGGGAGGAGTTATGTGTTTTCCATCTTTGCATCCTGATTTCTGGCAAATAACAACCAGAGTTTCCATtatcatctgttgaatggttacagcacaccaagtgtttgatgtacattatcactaattttcacaataatccttaactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476249 189 +  48394510 CTCTAATCTACACTGTAGTCATTTGCTTCCACTTCAGTTATTTAGAGGGAGGAGTTATGTGTTTTCCATCTTCCCATCCTGATTTCTGGCAAATAACAACCAGAGTTTCCATtatcatctgttgaatggttacagcacaccaagtgtttgatgtacattatctctaattttcacaataatccttaactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164366612 189 - 196418989 CTCTATTCTACACTGTAGTCATTTGCTTCCACTTTTGTTATTTAGACGGAGGAGTTATGTGTTTTACATCTTCACATCCTGATTTCTGGCAAATAACAACCAGAGTTTCTATtatcatctgttgaatggttacagcataccgagtgtttgatatacattatctctaattttcacaataatccttaactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122858.000000
s hg19.chr21     16224456 27 +  48129895 taaacattattatcatgcttacatctg
s panTro2.chr21  14943933 27 +  46489110 taaacattattatcatgcttacatctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476438 27 +  48394510 taaacattattttcatgcttatatctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164366801 27 - 196418989 taaacattattatcaaacttatatctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=685877.000000
s hg19.chr21     16224483 136 +  48129895 actaaggggcagagaggctgtgtttacctagctcaacacagttagtaagtggtgaagctgagtttgaaatttaggtgtcaatctctctccaaaacctatatattcttattgatgaactacAGTATCATCCTAGTCG
s panTro2.chr21  14943960 136 +  46489110 actaaggggcagagaggctgtgtttacctagctcaccacagttagtaagtggtgaagctgagtttgaaatttaggtgtcaatctctctccaaaacctatatattcttattgatgaactacAGTATCATCCTAGTCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476465 136 +  48394510 actaaggggcagagaggctgtgtttacctagctcaatacagttagtaagtggtgaagctgagtttgaaatttaggtgtcaatctctctccaaaacctatatattcttattgatgaactacAATATCATCCTAGTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164366828 136 - 196418989 actaaggggcagagagactgtgtttacttagctcaacacagttagtaagtggtgaggctgagtttgaaatttatgtgtcaatctctctccaaaacctatatattcttactgATGAGCTACAGTATCTTCCTAGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=416842.000000
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s panTro2.chr21  14944096 75 +  46489110 ATAGTGAAGGAATGTTGAAAGGATAAATAGATGGATTCATGAATAAATCAGTGGTTGAGTATATGATCTTCTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476601 75 +  48394510 ATAGTGAAGGAATGTTGAAAGGATAAATAGATGGATTCATGAATAAATCAGTGGTTGAGTACATGATCTTCTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164366964 71 - 196418989 ATAGTGAAGGAATGTTGAAAGG----ATAGATGGATTCATGAATAAATCAGTGTTTGAGTACATGATCTTCTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150086.000000
s hg19.chr21     16224694 38 +  48129895 GTTGAAATAATAAAATATTAGCACAAGCTCCATACCCA
s panTro2.chr21  14944171 38 +  46489110 GTTGAAATAATAAAATATTAGCACAAGCTCCATACCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476676 38 +  48394510 GTTGAACTAATAAAATATTAGCACAAGCTCCATACCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367035 38 - 196418989 GTTGAAATGATAAAATATTAGCATAAGCTCCATACCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=360503.000000
s hg19.chr21     16224732  81 +  48129895 TTAGCTTCTTCTCATATGTGAGATAATACTGAAACCCACAAAATTTTATTGTAGTCTTGCTGC------------------------------------------------------------------------------GTATATCCTAATCGTCTG
s panTro2.chr21  14944209 159 +  46489110 TTAGCTTCTTCTCATATGTGAGATAATACTCAAACCCACAAAATTTTATTGTAGTCTTGCTGCATATATCCTAATCATCTGTCTTGATCTGCTTATGTCTTATATAGACATAAGCACAAAATTTTATTGTAGTCTTGCTGCGTATATCCTAATCATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476714  81 +  48394510 TTAGCTTCTTCTCATATGTGAGATAATACTCAAACCCACAAAACTTTATTGTAGTCTTGCTGC------------------------------------------------------------------------------ATATATCCTAATCATCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367073  81 - 196418989 TTAGCTTCTTCTCATATGTGAGATAATACTCAAACCCATAAAATTTTATTGTAGTCTTGCTGC------------------------------------------------------------------------------ATATATCCTAATCATCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=71968.000000
s hg19.chr21     16224813 36 +  48129895 TCTTGATCTGCTTATGTCTTATATAGACATATACAC
s rheMac2.chr3  164367154 35 - 196418989 TCTTGATCT-CTTATGTCTTATATAGACGTATACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476795 36 +  48394510 TCTTGATCTGCTTATGTCTTATATAGACATATACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14944368 36 +  46489110 TCTTGATCTGCTTATGTCTTATATAGACATATACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-4316.000000
s hg19.chr21     16224849 18 +  48129895 AAAAATAATTGCTTTTTT
s panTro2.chr21  14944404 18 +  46489110 AAAAATAATTGCTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367189 18 - 196418989 AGAAATAATTGCTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-37538.000000
s hg19.chr21     16224867 101 +  48129895 AAATGAAAACTTC-----CATAAGATTCCACCTAGTAGAACATAA---AATAATACAGCTGAACATATGTAATTACATTATGTAATTATGCTATGTAATGCCACATAAG
s panTro2.chr21  14944422 101 +  46489110 AAATGAAAACTTC-----CATAAGATTCCACCTAGTAGAACATAA---AATAATACAGCTGAACATATATAATTACATTATGTAATTATGCTATGTAATGCCACATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476849 106 +  48394510 AAATGAAAACTTCCATATCATAAGAGTCCACCTAGTAGAACATAA---AATACTGCAGCTGAACACACATAATTACATTACATAATTATGCTATGTAATGCCACATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367207 109 - 196418989 AAATGAAAACTTCCATATCATAAGATTCCACCTAGTAGAACATAAAATAATAATACAGTTGAACATACAtaattacattatgtaattatattatgtaatGCCACATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38574.000000
s hg19.chr21     16224968 22 +  48129895 GTATTATCAATAGATT---AAGTGT
s panTro2.chr21  14944523 22 +  46489110 GTATTATCAATAGATT---AAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476955 24 +  48394510 G-ATTATCAATAGATTAAAAAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367316 23 - 196418989 GTATTATCAATAGATT--AAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88760.000000
s hg19.chr21     16224990 31 +  48129895 TTTTGTCCAGATAGAAAACAATCTGATAAAT
s panTro2.chr21  14944545 31 +  46489110 TTTTGTCCAGATAGAAAACAATCTGATAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14476979 31 +  48394510 TTTTGTCCACATAGAAAACAATCTGATAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367339 31 - 196418989 TTTTGTCCAGATAGAAAACAATCTGATAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=426449.000000
s hg19.chr21     16225021 85 +  48129895 AAAATGTGATTATTGCTGTCATTAGATATACTTTAGAAAGATATTTTCACTTGTTTCAGATCTTATACCTAATATCCTAAGTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367370 85 - 196418989 AAAATGTGATTATTGCTGTCATTAGATATACTTTAGAAAGATATTTTCACTTGTTTCAGATCTTATACCTAATATCCTAAGTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1615.000000
s hg19.chr21     16225106 25 +  48129895 GTTGTAACTTCATCACATGTAATGT
s panTro2.chr21  14944661 25 +  46489110 GTTGTAACTTCATCACATGTAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371567.000000
s hg19.chr21     16225131 82 +  48129895 GTGATATATAAATACCCAAATAGGAATAGATCATATTTTGGTGTCATTTGGTGTTTATCTTGCCTGGAAATCCTAGAAACCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14477120 82 +  48394510 GTGATATATAAATACCCAAATAGGAATAAATCATATTTTGGTGTCATTTGGTGTTTATCTTGCCTGGAAATCCTAGAAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367480 82 - 196418989 GTGATATATAAATACTCAAATAGGAATAGTTCATATTTTGGTGTCATTTGGTGTTTCTCTTGCCTGGAAATCCTAGAAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=260855.000000
s hg19.chr21     16225213 45 +  48129895 GAAACCAGAGGGTGACAGACAATTCTCAGTTTTGTGCATTTTGTA
s panTro2.chr21  14944768 45 +  46489110 GAAACCAGAGGGTGACAGACAATTCTCAGTTTTGTGCATTTTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14477202 45 +  48394510 GAAATCAGAGGGTGACAGAAAATTCTCAGTTTTGTGCATTTTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367562 45 - 196418989 GAAACCAGAGGGTGATAGACAATTCTCAGTTTTCTGCATTTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=421228.000000
s hg19.chr21     16225258 104 +  48129895 T-TAACTTTCATAAGCAAGTTCTATAATTTGCAACCTCATGAAGACAACAAAAAGTTGAGGCTGATTATGTCTACTAAATAGTTACCTTGGGCATACTTCTATAG
s panTro2.chr21  14944813 105 +  46489110 TATAACTTTCATAAGCAAGTTCTATAATTTGCAACCTCATGAAGACAACAAAAAGTTGAGGCTGATTATGTCTACTAAATAGTTACCTTGGGCATACTTCTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14477247 105 +  48394510 TATAACTTTCATAAGCAAGTTCTATAATTTGCAACCTCATGAAGACAAAGAAAAGTTGAGGCTGATTATGTCTACTAAATAACTACTTTGGGTATACTGCTATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367607 101 - 196418989 TATAACTTTCATAAGCAAGTTCTATAATTTGCA----CATGATGACACAGAAAAGTTGAGGCTGATTATGTCTACTAAATAGCTACTTTGGGCATACTTCTATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265665.000000
s hg19.chr21     16225362 63 +  48129895 TTAATGTCCAGTGAGATTTTAGTATTAACTTACTATGGCTTCCATATTCCTCAGCATACATTA
s panTro2.chr21  14944918 63 +  46489110 TTAATGTCCAGTGAGATTTTAGTATTAACTTACTATGGCTTCCATATTCCTCAGCATACATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14477352 63 +  48394510 TTAATGTCCAGTGAGATTTTAGTATTAACTTACTATGGCTTCCATATTCCTCAGCATACATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367708 63 - 196418989 TTAATGTCCAGTGAGATTTTAGTATTAACTTACTATGGCTTCCATATTCCTCAGCATACATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247804.000000
s hg19.chr21     16225425 59 +  48129895 AACTATGCTGCAGTAACACATCAA-CCCCTAATTCCAAGGAtatggtaggttaaataatg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14477415 60 +  48394510 AACTATGCTGCAGTAACACATAAACCCCCTAATTCCAAGGAtatggtaggttaaataatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367771 59 - 196418989 AACTATGCTGCAGTAACACATAAA-CGCCTAATTCCAAGGAtatggtaggttaaataatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26646.000000
s hg19.chr21     16225484 32 +  48129895 atatctgatatgacgtggatgtttgtcccctc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14477475 32 +  48394510 atatctgatatgacgtggatgtttgtcccctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164206.000000
s hg19.chr21     16225516 137 +  48129895 caaatttcatgttgaagtttgacccccagtgttggaggtgggcctagtgggagatgttcaggtcatgggagctgatacctcaggaatggcttggtgttgtcttcatggtagtgaatgagttctcactctacgagttc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14477507 137 +  48394510 caaatttcatgttgaagtttgacccccaatgttgcaggtaggcctagtgggagatgttcaggtcatgggagctgatacctcaagaatggcttggtgttgtcttcatggtagtgaatgagttctcactctatgagttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164367862 137 - 196418989 caaatttcatgtggaagtttgacctccaatgttggaggtaggcctagtgggagatgttcaggtcatgggagctgatacctcaagaatggcttggtgctgtcttcatggtagtgaatgagttctcactctgcgagttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107054.000000
s hg19.chr21     16225653 81 +  48129895 acgtgatgtactggctccctctttgccttccaccatgactgtaagcttcctgaggcctcaccacaagccaaacagatgcac
s rheMac2.chr3  164367999 77 - 196418989 acttgatgtactggctccctctctgccttccaccatgactgtaagcttc----ggcctcaccagaagccaaacagatgcag
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=113482.000000
s hg19.chr21     16225734 109 +  48129895 gtgccatgcttgcacaacctacagaaacatgaaccaaataaaacccttttctttataaattacccagtctcaagtattcctttatagcaatgcagaatggcttaatata
s rheMac2.chr3  164368076 108 - 196418989 gtgccatgctcacacaacctacagaaccatgaaccaaataaa-cccttttctttataaattacccagtctcaagtattcccttatagcaatgcagaatggcctaatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=462339.000000
s hg19.chr21     16225843 160 +  48129895 gtctccaatggtgtccatatcctaatctcaagaacctgtaactatgttaccttatttagcaagagggactttgcagattaagttaagaatgttggaatggggaactatgctggattatttgggtgggtccgagtaatcacacaggtcctcataagatgga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14945399 160 +  46489110 gtctccaatggtgtccatatcctaatctcaagaacctgtaactatgttaccttatttagcaagagggactttgcagattaagttaagaatgttggaatggggaactatgctggattatttgggtgggtccaagtaatcacacaggtcctcataagatgga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=234688.000000
s hg19.chr21     16226003 128 +  48129895 ggcaagaaggtcagagcgagagaagaaaatgtgaaattagaagtagcaaacagggagacaaggagaggaaaacacagatttgaagatgttatgctgttagctttgaagatgttatgctgttagctttg
s rheMac2.chr3  164368343 111 - 196418989 ggcaagaaggtcacagtgagagaagaaaatgtgaaattagaagcagcaaacagggagacaaagagaggaaaacacaggtttgaagatgttatgctgttagctttgaagatg-----------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14477994 108 +  48394510 ggc---aaggtcagagcgagagaagaaaatgtgaaattagaagcagcaatcagggagacaaggagaggaaaacacagatttgaagatgttatgctgttagctttgaagatg-----------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14945559 111 +  46489110 ggcaagaaggtcagaacgagagaagaaaatgtgaaattagaagtagcaaactgggagacaaggagaggaaaacacagatttgaagatgttatgctgttagctttgaagatg-----------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=370457.000000
s hg19.chr21     16226131 119 +  48129895 aagatgaaggaaggggccacaagccaaggaatactggtatcctgtagaagttgcaaaaagcaaggaaatagattctccccaagagcatctagtagcactatacagctttgacaacatct
s rheMac2.chr3  164368454 113 - 196418989 ------aaggaaggggccacaagccaaggaatgctggtatcctgtagaagttgcaaaaagcaaggaaatagattctccccaagagcatctagtagcactatacagctttgacaacatct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14478102 113 +  48394510 ------aaggaaggagccacaagccaaggaatactggtatcctgtagaagctgcaaaaagcaaggaaatagattctccccaagagcatctagtagcactatacagctttgacaacatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14945670 113 +  46489110 ------aaggaaggggccacaagccaaggaatactggtatcctgtagaagttgcaaaaagcaaggaaatagattctccccaagagcatctagtagcactatacagctttgacaacatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=432672.000000
s hg19.chr21     16226250 103 +  48129895 tgattttagaacttctcaatcccacaactataagataataaatttgctttgttttaagccacttagttcacggtaatttgttatagtaacaataggaaactaa
s rheMac2.chr3  164368567 103 - 196418989 tgattttagaacttcttgatcccacaactataagataataaatttgctttgttttaagccacttagttcatggtaatttgttatggtaacaataggaaactaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14478215 103 +  48394510 tgattttagaacttctcaatcccacaactataagataataaatttgctttgttttaagccacttagttcatggtaatttgttatagtaacgataggaaactaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14945783 103 +  46489110 tgattttagaacttctcagtcccacaactgtaagataataaatttgctttgttttaagccacttagttcatggtaatttgttatagtaacaataggaaactaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=337636.000000
s hg19.chr21     16226353 103 +  48129895 GATAAAGGTCCTTAACATAAAAAAGAGTTACCACTTTAGAcatgccacatgtccatcactggtcagtggca-gggcttttccttatatagtcacttaagaactc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14478318 104 +  48394510 GATAAAGGTCCTTAACATAAAAAAGAGTTACCACTTTAGAcatgccacatgtctatcactggtcagtggcaggggcttttccttatatagtcacttaagaactc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14945886 103 +  46489110 GATAAAGGTCCTCAACATAAAAAACTGTTACCACTTTAGAcatgccacatgtccatcactggtcagtggca-gggcttttctttatatagtcacttaagaactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=269308.000000
s hg19.chr21     16226456 78 +  48129895 aggtagacatagattctactatttgaaaagtcactggtcaccagagcaggaagaagaaagtatatggagaactcagac
s rheMac2.chr3  164368774 78 - 196418989 aggtggacatagactctactatttgaaaaatcactggtcaccatagcaggaagaagaaagtatatggagagctcagac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14478422 78 +  48394510 cggtagacatagattctactatttgcaaaatcactggtcaccatagcaggaagaagaaagtatacggagagctcagac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164368852 99 - 196418989 ccattcttctgtactttggtctagatggtaacacatgtcacttctgttcattatccattggctaggaagtcatataattttgcaaactgcagagagttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14946166 92 +  46489110 agaagtgtaacctcctatgagcctgaaggaaaagaagaactggattttaatcagcactgaATTTGACATTTTAATGTCTACCTTAGCCTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14478599 92 +  48394510 acaagtgtaacctcctaagagcctgaagggaaagaagaactggattttaatcagcactgaATTTGACATTTTAATGTCTACCTTAGCCTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164368951 92 - 196418989 acaagtgtaacctcctatgagactgaaggggaagaagaactggattttaatcagcactgaATTTAGCATTTTAATGTCTACCTTAGCTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14478904 68 +  48394510 ATTAACTCTTTCTACAGCTCTAGTTATTGCAATGCTGTACACAATCAACGATTTTAAAAAATTTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14946539 18 +  46489110 CTCCAAAGTTGCAAGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164369322 18 - 196418989 CTCCAAAGTTGCAAGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14946598 41 +  46489110 TTGCTTTCTTTATCATATTTGATGCATGCTTCAGAACAGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=377173.000000
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s panTro2.chr21  14946639 72 +  46489110 GAAAGATATAACCCACTTTTTCTTTTCATAGATGACAGCAAAGTACAGGTAGGGCAAAATCTGAAAACAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14479072 72 +  48394510 GAAAGATATAACCCACTTTTTCTTTTCATAGATGACAGCAAAGCACAGGTAGGGCAAAATCTGAAAACAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164369422 72 - 196418989 GAAAGTTATAACCCACTTTTTCTTTTCATAGCTAAGAACAAAGCACAGGTAGGGCAAAACCTGAAAACAGCT
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s hg19.chr21     16227178 42 +  48129895 CCCAACACAGTTGGACACCAACCCTGCTAGAGTACTCTAGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14479144 42 +  48394510 CCCAACACAGTTGGACACCAACCCTGCTAGAGTACTCTAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164369495 42 - 196418989 CCCAACACAGTTGGACTCCAACCCTGCAAGAGTACTCTAGAG
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=431309.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164369537 134 - 196418989 AGGATGCTTAACCATGTCAAGCAAATTTTTTGTAA-TTTTTTGCATACGTACCTTACAATATTCACATTTGGCTGTAACGGTATAGTGTATGTAATTAAATGTGATAGATAAGCAAAATATTTTTAAGTATTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=159172.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=144813.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 12
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 I 12 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14479872 40 +  48394510 gctgttttaagtcatttagtttggggtaatttattacata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370225 39 - 196418989 gctg-tttaagtcatttagtttggggaaatttattacata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39251.000000
s hg19.chr21     16227947 59 +  48129895 gcagcatata---attaagacaCTAGACATTTTGTTTCTTCGGGATTTTTGTTTTTGTTTTT
s panTro2.chr21  14947480 62 +  46489110 gcagcatatagacaTTAGGGCACTAGACATTTTGTTTCTTCGGGATTTTTGTTTTTGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14479912 59 +  48394510 gcagcatata---attaagacaCTAGACATTTTGTTTCTTTGGGATTTTTGTTTTTGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370264 53 - 196418989 gcagtatata---attaagacaCTAGACATTTTGTTTCTTAGGGA------TTTTTGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=427461.000000
s hg19.chr21     16228006 94 +  48129895 CTTTATTTTTTATGTTGTTCCAACATGTTTGCTTTTTCCTCTTTTAATAGGTTCAAGAATAGTGAG-AAAAAGGAAAATTAAAGTGTTGGAGTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14479971 94 +  48394510 CTTTATTTTTTATGTTGTTCCAACGTGTTTGCTTTTTCCTCTTTTAATAGGTTCAAGAATAGTGAG-AAAAAGGAAAATTAAAATGTTGGAGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370317 95 - 196418989 CCTTATTTTTTCTGTTGTTCCAACATGTTTGATTTTTCCTCTTTTAATAGGTTCAAGAATAGTGAGAAAAAAGGAAAATTAAAATGTTGAAGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=112633.000000
s hg19.chr21     16228100 23 +  48129895 ATGGTTTTGGCAATAATAAAATG
s panTro2.chr21  14947636 23 +  46489110 ATGGTTTTAACAATAATAAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370412 23 - 196418989 ATGGTTTTAGCAATAGTAAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=105515.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370435 28 - 196418989 TAGATTCaatttttttaatttttaagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243953.000000
s hg19.chr21     16228151 57 +  48129895 TGAAATTTTGTAAGAGATATTTATTTTTAAAGGGAGCTGCTCTAGAATCTAGACATT
s panTro2.chr21  14947687 57 +  46489110 TGAAATTTTGTAAGAGATATTTATTTTTAAAGGGAGCTGCTCTAGAATCTAGACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14480116 57 +  48394510 taaaattCTGTAAGAGATATTTATTTTTAAAGGGAGTTGCTCTAGAATCTAGACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370463 57 - 196418989 taaaattttgtaagagatatttatttttaaaaGGAGTTGTTCTGGAGTCTAGACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=413253.000000
s hg19.chr21     16228208 75 +  48129895 AATATGTCCCCAAAATGTGTTTACAGATTTCTCCATTCACACACACAAAATCTAATTTCTACCTTAGTTTACAGA
s panTro2.chr21  14947744 75 +  46489110 AATATGTCCCCAAAATGTGTTTACAGATTTCTCCATTCACACACACAAAATCTAATTTCTACCTTAGTTTACAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14480173 75 +  48394510 AATATGTCCCCAAAATGTGTTTACAGATTTCTCCATTCACACACACAAAATCTAATTTCTACCTTAGTTTACAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370520 75 - 196418989 AATATGTCCCCAAAATGTGTTTACAGATTTCTCCATTCACACATAAAAAATCTAATTTCTACCTTAGTTTACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=113302.000000
s hg19.chr21     16228283 37 +  48129895 AATCCACCCTTTGTGTAAGGTGAGTTATACCTAACAG
s panTro2.chr21  14947819 37 +  46489110 AATCCACCCTTTGTGTAAGGTGAGTTATACCTAACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14480248 37 +  48394510 AATCCACCCTTTGTGTAAGGTGAGTTATACCTAATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370595 37 - 196418989 AATCCACCCTTTGTGTAAGGTAAGTTATACCTAAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=594181.000000
s hg19.chr21     16228320 147 +  48129895 AAGTTTATCACTTTCTTATTAAAGAACTCTATGTCTTTGGTCTCTTCTTCCTAATGAATATCAACATTTGAGGAGAAAGATATATAATCAGGAGGGAAAAGTGATCTGAAATAAAGACTTGAATATTGTTATTAGATTTAGACTATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14480285 147 +  48394510 AAGTTTATCACTTTCTTATTAAAGAACTCTATGTCTTTGGTCTCTTCTTCCTAATGAATATCAACATTTGAGGGGAAAGATATACAAGCAGGAGGGCAAAGTGATCTGAAATAAAGACTTGAATATTGTTATTAGATTTATACTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14947856 147 +  46489110 AAGTTTATCACTTTCTTATTAAAGAACTCTATGTCTTTGGTCTCTTTTTCCTAATGAATATCAACATGTGAGGAGAAAGATATATAATCAGGAGGGAAAAGTGATCTGAAATAAAGACTTGAATATTGTTATTAGATTTAGACTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14480432 31 +  48394510 TTAAGATGAATTGCTCTCTCATGGAAAGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370777 31 - 196418989 TTAAGATGAATTGCTGTCTCATGGAAAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=84917.000000
s hg19.chr21     16228498 26 +  48129895 CAATAACTTATGCCTAAGAATAATAT
s panTro2.chr21  14948034 26 +  46489110 CAATAACTTATGCCTAAGAATAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14480463 26 +  48394510 CAATAACTTATGCCTAAGAATAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164370808 26 - 196418989 CAATAACTTATGCCTAAGAATAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=264341.000000
s hg19.chr21     16228524 54 +  48129895 AATAATCACAACGATAGCCATATTG-TTGTTTTGAATTTGGGTAACAGAAGAACA
s panTro2.chr21  14948060 55 +  46489110 AATAATCACAACGATAGCCATATTGGTTGTTTTGAATTTGGGTAACAGAAGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14480489 55 +  48394510 AATAATCACAATGATAGCCATATTGGTTGTTTTGAATTTGGGTATCAGAAGAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16228578 35 +  48129895 TAGATCTTTAAACTATTAGGCATATCTTTTCTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16228613 26 +  48129895 CAAAACAATTTCTTTACATTTTATCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16228639 39 +  48129895 CTTTAAGTCCTCTAAAGCTTATCACACAGAAAAAATAAC
s panTro2.chr21  14948176 39 +  46489110 CTTTAAGTCCCTTAAAGCTTATCACACAGAAAAATTAAC
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s ponAbe2.chr21  14480605 39 +  48394510 CTTTAAGTCCTTTAAAGCTTATCACACAGAAAAAATAAC
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s hg19.chr21     16228678 154 +  48129895 AGTCTGGGAGAGGAAGACTAAAGAAATCAACTTTCTTCAGAGCACATATAGATTTATTGTAGCCAATTGATGACACTGCAAAACTGGCACAAAGGCAAATACTTAATAAATAAATGAAAATCAGAGTGGATCAG-TTCAGTGCTGTATGTTTTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=430551.000000
s hg19.chr21     16228832 59 +  48129895 ACCGGGTCCTCAAAGGCAAGTCATCATCAGAAGAAAGAAAAATGCATTTAAGGAGCGTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-17401.000000
s hg19.chr21     16228891 54 +  48129895 AATTATTGTCTATCTCCAAGACCAAAATAAAAAAAGCTTAAAACTTTTAGACTG
s rheMac2.chr3  164371203 53 - 196418989 AATTATTGTCTGTCTCCAAGACCAAAAT-TAAAAAGCTTAAAACTTTTAGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1055857.000000
s hg19.chr21     16228945 247 +  48129895 TTAAAAATCTACTATACTAGGATATTAAAGTATTTTAAAGAAAATGAGATTTATGCTTAAT-AAAAAAATTCCCATTAAACAGCAAACTATTAGAAGAGAAAATCATTCTGAATCTCTACACTTCTCAATCCAAATACAATGCCATGAGCTATAATTCAGTAAAAAGCTCTATATTTTGGATCCTGAAGCTTGACTCATAATTGAAAGGAAACCTTCCTAATTCATGATTGCTTGTCTCACGTACATT
s rheMac2.chr3  164371256 246 - 196418989 TTAAAAATCTACTATACTAGGATATTAAAGTATTTTAAAGAAAATGAGA--TATGCTTAATAAAAAAAATTCCCATTAAACAGCAAGCTATTAGAGGAGAAAATCATTCTGAATCTCTATACTTCTCAATCCAAATACAATGCCATAAGCTATAATTCAGTAAACAATTCTATATTTTGGATCCTGAACCTTGACTCAAAATTGAAAGGAAACTCTCCTAATTCATGATTGCTGGTCTCACATATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14480911 247 +  48394510 TTAAAAATCTACTATACTAGGATATTAAAGTATTTTAAAGAAAATGAGATTTATGCTTAAT-AAAAAAATTCCCATTAAACAGCAAACTATTAGAAGAGAAAATCATTCTGAATCTCTACACTTCTCAATCCAAATAAAATCCCATGAGCTATAATTCAGTAAAAAGCTCTATATTTTGGATCCTGAAGCTTGACTCATAATTGAAAGGAAACCCTTCTAATTCATGATTGCTGGTCTCACATACACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14948482 247 +  46489110 TTAAAAATCTACTATACTAGGATATTAAAGTATTTTAAAGAAAATGAGATTTATGCTTAAT-TAAAAAATTCCCATTAAACAGCAAACTATTAGAAGAGAAAATCATTCTGAATCTCTACACTTCTCAATCCAAATACAATGCCATGAGCTATAATTCAGTAAAAAGCTCTATATTTTGGATCCTGAAGCTTGACTCATAATTGAAAGGAAACCCTCCTAATTCATGATTGCTTGTCTCACGTACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=868614.000000
s hg19.chr21     16229192 78 +  48129895 ACAGAGTAACCTTTACTGTAGTTTCAAAGTTTAAGATTTTATTTACAGTAGTTTTTGCGAGGTCGTCAATTGACACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1579210.000000
s hg19.chr21     16229270 110 +  48129895 TGTAGTTGCTATTTGTGAAAGACAACAATTTGAACTGCAACTTGAAATCAATTGGAAACCAGTCCAGTCTCTAGAGGACACTTGCAATATGCTTCACGGGGCTAACCCCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1191384.000000
s hg19.chr21     16229380 76 +  48129895 TTAAGCATCAAATGCAGCTACAAACTCAGCACACTAAATGAAGCTTTTCTATTGCACAAGAGAATAACTTCACATG
s panTro2.chr21  14948917 76 +  46489110 TTAAGCATCAAATGCAGCTACAAACTCAGCACACTAAATGAAGCTTTTCTGTTGCACAAGAGAATAACTTCACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14481346 76 +  48394510 TTAAGCATCAAATGCAGTTACAAACTCAGCACACTAAATGAAGCTTTCTTGTTGCACAAGAGAATAACTTCACATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164371690 76 - 196418989 TTAAGCGTCAAACGCAACTACAAACTCAGCACACTAAATGAAGCTTTTCCATTGCACAAGAGAATAACTTCACATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1018932.000000
s hg19.chr21     16229456 82 +  48129895 AATGACAATTTCTGTAATGCTTAGGCTTGACAAAATCTTTAACCTTAAGTGTAATACTAATCAAAATAATTCCAGGAAATAT
s panTro2.chr21  14948993 82 +  46489110 AATGACAATTTCTGTAATGCTTAGGCTTGACAAAATCTTTAACCTTAAGTGTAATACTAATCAAAATAATTCCAGGAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14481422 82 +  48394510 AATGACAATTTCTGTAATGCTTAGGCTTGACAAAATCTTTAACCTTAAGTGTAATATTAATCAAAAGAATTCCAGGAAATAT
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s rheMac2.chr3  164371766 82 - 196418989 AATGACAATTTCTATAATGCTTAGGCTTGACAAAATCTTTAACCTTAAGTGTAATACTAATCAAAATAAATCCAGGAAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=559831.000000
s hg19.chr21     16229538 98 +  48129895 TGTTTACACATTATCATCTGGAACTAGCTGGTAAGGATTGAGAAGTTTGTCAATAATTAGGTGCTCTGACTTTTATATAACTTATAAGTAGAGTTGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14481504 98 +  48394510 TGTTTACACATTATCATCTGGAACTAGCTGATAAGGATTGAGAAGTTTGTCAATAATTAGGTGCTCTGGCTTTTATATAACTTACAAGTAGAGTTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164371848 98 - 196418989 TGTTTACACATTATCATCTGGAATTAGCTGGTAAGGATTGAGAAGTTTGTCAATAATTAGGTGCTCTGACTTTTATATAATTTATAAGTCAAGTTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=856839.000000
s hg19.chr21     16229636 107 +  48129895 AACTCTAAAATCTGGGGAGTTTGGtagctctgttaagttggggaaaatgtagatccccagcctcagtattctcatctctaatatgggaattctggaacaaatgatcC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16231153 34 +  48129895 CGAACACACTTACAGTGATGTTTATACATTTATA
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s hg19.chr21     16231272 110 +  48129895 CCAATTTGACTAATGCATGAAAAATTAACTGACTTATCAGAGGTCACATCAATCAACCACTCTGCCAAGACAAGAAATCTCATAGTTTGGCTGTTGAAGCATTTATTTAA
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s hg19.chr21     16231382 85 +  48129895 CTAATATCCCTAGAGGAGTCAAGCTATAGCAGACCTTTACATATTCAAAATGTCTTGAAGGCTCATCTTTTAAAAGTtgtcttag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1378764.000000
s hg19.chr21     16236224 76 +  48129895 AATGACAACTCATTTGGTATTGACTTGGCCTTTGTCCCAGCTCTCTCTTACATCATCAACCCCTTCCTCATCTCTG
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a score=898373.000000
s hg19.chr21     16236300 54 +  48129895 CTGTCACTGACTTTGAGAAAGCACATGGTTCAGCCATTTGACATCCTCTCTGTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=590597.000000
s hg19.chr21     16236354 34 +  48129895 AGACCAGGGATGAGTCTGCTATGCGTAGCTCTGT
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a score=576226.000000
s hg19.chr21     16236388 41 +  48129895 TTATTAAAACCTCAATTTTAAGAAGGTTACCATTCTACATA
s panTro2.chr21  14955859 41 +  46489110 TTATTAAAACCTCAATTTTAAGAAGGTTACCATTCTACATA
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a score=512010.000000
s hg19.chr21     16236429 19 +  48129895 AAACCCTTGACCTCTCAGA
s panTro2.chr21  14955900 19 +  46489110 AAACCCTTGACCTCTCAGA
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s rheMac2.chr3  164378722 19 - 196418989 AAACCCTTGACCTCTCAGA
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a score=1280653.000000
s hg19.chr21     16236448 64 +  48129895 GTTAGTGGTATGAGCCTAAAAGTTGCCAGGACATGCTAAACTTTTCCTGAGAAAGAGTCCAGTC
s panTro2.chr21  14955919 64 +  46489110 GTTAGCGGTGTGAGCCTAAAAGTTGCCAGGACATGCTAAACTTTTCCTGAGAAAGAGTCCAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14488409 64 +  48394510 GTTAGTGGTGTGAGCCTAAAAGTTGCCAAGACATGCTAAACTTTTCCTGAGAAAGAGTCCAGTC
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s rheMac2.chr3  164378741 64 - 196418989 GTTAGTGGTGTGAGCCTAAAAGTTTCCAGGATATGCTAAACTTTTCCTGAGAAAGAGTCCAGTC
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a score=862667.000000
s hg19.chr21     16236512 35 +  48129895 AACAATTTTATGACAATCCTTCTGACCTGAGCTTT
s panTro2.chr21  14955983 35 +  46489110 AACAACTTTATGACAATCCTTCTGACCTGAGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14488473 35 +  48394510 AACAATTTTATGACAATCCTTCTGACCTGAGCTTT
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s rheMac2.chr3  164378805 35 - 196418989 AACAATTTTATGACAATCCTTCTGACCTGAGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2002319.000000
s hg19.chr21     16236547 82 +  48129895 GCTTAATACCATCAAATAAGTCACAGGACAGTCAGGAGATTGGAAATGTATCACTTGATGAGGTTTTTCAGATTGATAACAC
s panTro2.chr21  14956018 82 +  46489110 GCTTAATACCATCAAATAAGTCACAGGACAGTCAGGAGATTGGAAATGTATCACTTGATGAGGTTTTTCAGATTGATAACAC
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a score=5388448.000000
s hg19.chr21     16236629 363 +  48129895 GAGGGTAAGCAACTGTGTCATCCAGGAGGCTCCAAAGTCCAGGGTCCATTCAGGGCCAACTACAGCAGTGCCCCTTCCTAAGTCCAGGCCATTCACACCAACCGAAGCCCAGCAGGGGGCAGCTTCCCAAAGCTAAATCTAAAAAGACCATAGCCAGCCCAGCTGAAAGTCCCAGGAAAAGGCAATGTTGCCTAACAGTCATGAGACAGCTGGAAAAGTCCCTGCACCTGACACACACTGTT-ACAGACAGTGCTGCCTCATAGACGTGTAGAAGGCACATCAGGGAGAGTGTCGGGGTCAGGCCAGAAACTTCACATTAAATCAGGGAGGATTTGTTTGGGGCTCACATTTAGACAGAGAACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14488590 363 +  48394510 GAGGGTAAGCAACTGTGTCATCTGGGAGGCTCCAAAGTCCGGGGTCCATTCAGGGCCAACTACAGCAGTGCCCCTTCCTAAGTCCAGGCCATTCCCACCAACCGAAGCCCAGCAGGGGGCAGATTCCCAAAGCTAAATCTAAAAAGACCATAGCCAGCCCAGCTCAAAGTCCCAGGAAAAGGCAGTGTTGCCTAACAGTCATAAGACAGGTGGAAAATTCCCTGCACCTGACACATACTGTT-ACAGACAGTGCTGCCTCATAGACGTGTAGAAGGCACATCAGGGAGAGTGTCGAGGTCAGGCCAGAAATTTCACATTAAATCAGGGAGGATTTGTTTGGGGCTCACATTTAGACAGAGAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164378922 364 - 196418989 GAGGGTAAGCAACTGTGTCATCCGGGAGGCTCCAAAGTCCAGGGTCCATTCAGGGCCAACTACAGCAGTGCCCCTTCCTATGTCCAGGCCATTCCCACCAACCAAAGTCCAGCAGGGGGCAGCTTCCCAAAGCTAAATCTAAAAAGACCGTAGTCAGCCCAGCTAAAAGTCCCAGGAAAAGGCAATGTTGCCTAAGAGTCATGAGACAGCTGGAAAAGTCCCTGCATCTGACACACACTGTTAACAGACAGTGCTGCCTCACAGACGTGTAGAAGGCACATCAGGGAGAGTGTTGGGGTCACGCCAGAAACTTCATATTAAATCAGGGAGGATTTGTTTGGGGCTCACATTTAGACAGACAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14956463 82 +  46489110 AAGACTTCTCTGTCATTTTTGTAGTTTTGTTCATTTGTATTTGAAAATAGCAGTTCTCTCTCTGGCCTGACTGCATCCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14488953 82 +  48394510 AAGACTTCTCTGTCATTTTTGTAGTTTTATTCATTTGTATTTGAAAATAGCAGTTCTCTCTCAGGCCTGACTGCACCCCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164379286 81 - 196418989 ATGACTTCTCTGTCATTTTTGTAGTTTTATTCATTTGTGTTTGAAAATAGCAGTTCTCTCTCTGGCCTGACTGCAT-CCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489035 158 +  48394510 GATGGTAACTGAAGC-TTTCCATTGCAGCGGTGCTCCTGACGGGGGCGACATTGAACCTGCTCAGGGCTCAGGGCTCCTCTTCCCGGCTCCGTGGCCTCCCCGAGCATGAGTAACACTATGGCCTGCACAGATGGGACTTCATTGTCCTTAAAAGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164379367 156 - 196418989 GATGGTAACTGAAGCTTTTCCATTGCAGCGGTGCTCCTGAGGGGGGCGACATTGAATCTGCTCAGGGCTCAGAG---CTCTTCCTGGTTCTGTGGCCTCCCGAAGCATGAGTAACACTATGGCCTGCACAGATAGGACTTCATTGTCCTTAAAAGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14956703 203 +  46489110 AATGCCTGCATGACCAGAGTTGGACCAAGCCAGAACAGGAGCCCCTGAGAAGTGCTAGGTACA-TTTTAACAGTTC-------------------CTGTTTACTTTCCATAGGAGATTATGAGAAGAACACAAGAGCACATTTGTAAGTAGTTTTCATGATTCATGTTATCACTGAAACCAGATGCTATTCTGAATCAAACAACCCTGAAGTGATGTGCAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489193 223 +  48394510 AATGCCTGCATGACCAGAGTTGGACCAAGACAGAACAGGAGCCCCTGAGAAGTGCTAGGTACATTTTTTACTGTTTTTACTTACTATGGAAAGTACTGTTTACTTTCCATAGGAGATTATGAGAAGAACACAAAAGCACATTTATAAATAGTTTTCATGATTCATGTTATCAATGAAACCAGATGCTATTCTGAATCAAACAACCCTGAAGTGATGTGCAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1330756.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489437 121 +  48394510 AAAATATTCATTAATATATAAGAAAACACATTCTATTTGTGTTTTAGAGTACACATTTATCACATGCTCATAAATACTTAAATACAGGAGGTATGCTTGGCAGAGAAATTATTAACTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14956927 121 +  46489110 AAAATATTCATTAATACGTAAGAAAACACATTCTATTTGTGTTTTAGAGTACACATTTATCACATGCTCATAAATACTTAAATACAGGAGGTATGCTTGGCAGAGAAATTATTAACTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16237578 203 +  48129895 AGAGATCTGCAGATTTTAGAAAG-TTTTGGGGGGAAATTAAATTTTAATAAAACAGCATTTTACTTAATTACAGAAAAATCAAATAAAATTATTTTCTAGATTCTGAAAGAAAAACAAATAGATTATAAACTGTAAATGCCCTTTGTCTTATGATAACCTTGCTAGCTTTAGTAATTGTATAATATTATGAACCTTGGGAAACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489558 203 +  48394510 AGAGATCTGCAGATTTTAGAAAGTTTTTGGGGGGGAATTAAATTTTAGTAAAACAACATTTTACTTTATCACAGAAAAATCAAATAAAATTATTTTCTAGATTCTGAAAGAAAAACAAATAGATTATAAACTGTAAATG-CTTTTGTCTTATGATAACCTTGCTAGCTTTAGTAATTGTATAATATTATGAACCTTGGGAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14957048 203 +  46489110 AGAGATCTGCAGATTTTAGAAAG-TTTTGGGGGGAAATTAAATTTTAATAAAACAGCATTTTACTTAATTACAGAAAAATCAAATAAAATTATTTTCTAGATTCTGAAAGAAAAACAAATAGATTATAAACTGTAAATGCCCTTTGTCTTATGATAACCTTGCTAGCTTTAGTAATTGTATAATATTATGAACCTTGGGAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16237781 21 +  48129895 GTGCAAAGCATCA-AAAA-TCTT
s panTro2.chr21  14957251 21 +  46489110 GTGCAAAGCATCA-AAAA-TCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489761 22 +  48394510 GTGCAAAGCATCACAAAA-TTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164380071 22 - 196418989 ATGCAAAGGATCG-aaaattttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14957272 15 +  46489110 ATATTTACATATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489783 15 +  48394510 ATATTTACATATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164380093 15 - 196418989 atatttatatatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16237817 38 +  48129895 TTGACTCTAATAAACCTATATCTGTATTAGTGTTTAAT
s panTro2.chr21  14957287 38 +  46489110 TTGACTCTAATAAACCTATATCTGTATTAGTGTTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489798 36 +  48394510 TTGA--CTAATAAACCTATATCTGTATTAGTGTTTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164380108 38 - 196418989 ttGACTCTAATAAACCTGTATCTGTATTAGTGTTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405198.000000
s hg19.chr21     16237855 73 +  48129895 ATTGATTAAAATTGCTTATAAGTTTATATTAATAGGAAATACATCCTGATTTAGTAGGATTTTAATAACTAca
s panTro2.chr21  14957325 73 +  46489110 ATTGATTAAAATTGCTTATAAGTTTATATTAATAGGAAATACATCCTGATTTAGTAGGATTTTAATAACTAca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489834 73 +  48394510 ATTGATTAAAATTGCTTATAAGTTTATATTAATAGGAAATACATCCTGATTTAGTAGGATTTTAATAACTAca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164380146 73 - 196418989 GTTGATTAAAATTGCTTATAAATTTATATTAATAGGAAATACATCCTGATTTAGTAGGATTTTAATAACTGca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14957398 20 +  46489110 atcatgtattgcttaacgat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489907 20 +  48394510 atcatgtattgcttaacgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14957418 26 +  46489110 gggaatatgttctgataaatgcatca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489927 26 +  48394510 gggaatatgttctgataaatgcatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164380239 26 - 196418989 gggaatatgttctgataaatgcatca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-11821.000000
s hg19.chr21     16237974 28 +  48129895 gtaggcaatttcatcatgtgaacatcaa
s panTro2.chr21  14957444 28 +  46489110 gtaggcaatttcatcatgtgaacatcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489953 28 +  48394510 gtaggcaatttcgtcatgtgaatatcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164380265 17 - 196418989 gtaggcaatttcgtcat-----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14957472 52 +  46489110 tatcatggtgtacttacacaaacctagatggtatagcctactgcttctaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14489981 52 +  48394510 tatcatggtgtacttacacaaacctagatggtatagcctactgcttctaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164380282 45 - 196418989 -------ggatacttacacaaacctagatgatatagcctactgcttctaagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148223.000000
s hg19.chr21     16238054 59 +  48129895 tacatacctgtacagcatgttactgtatgtagatgactgtaacacaatggaaagtattt
s rheMac2.chr3  164380327 58 - 196418989 tacatacctgtacagcatgttact-tatgtagaagactgtaacacaatggaaagtattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14490033 59 +  48394510 tacatacctgtacagcatgttactgtatgtagatgattgcaacacaatggaaagtattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14957524 59 +  46489110 tacatacctgtacagcatgttactgtatgtagatgactgtaacacaatggaaagtattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6002.000000
s hg19.chr21     16238113 57 +  48129895 atgcatctcaacatagaa---aagatacggtaaaaatatggtattataatcttatggaac
s rheMac2.chr3  164380385 57 - 196418989 atgcatcttaacatagaa---aagatacagtaaaaatatagtattataatattatggaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14957583 57 +  46489110 atgcatctcaacatagaa---aagatacggtaaaaatatggtattataatcttatggaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=40285.000000
s hg19.chr21     16238170 34 +  48129895 catcatcatatatgcagtctattcactaaaatgt
s rheMac2.chr3  164380442 34 - 196418989 caacatcatatatgcagtctattgactaaaatgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-15702.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16238432 48 +  48129895 ctcttccaaaagtcaccaatcatttcctaaatgcaaaatataatgacc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=186410.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16238572 136 +  48129895 cttcagtatctcagaatgtgaccttatttggacacagagttgtggcagatgtaattagtgatgaaatgaggtcatactggagcagagttagcccctgatccaatattactggcatccttctaagaagatggccatc
s panTro2.chr21  14958050 136 +  46489110 cttcagtatctcagaatgtgaccttatttggacacagagttgtggcagatgtaattagtgatgaaatgaggtcatactggagcagagttagcccctgatccaatattactggcatccttctaagaagatggccatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14490562 136 +  48394510 cttcagtatctcagaatgtgaccttatttggacacagagttgtggcagatgtaattagtgatgaaatgaggtcatactggagcagagttagcccgtgatccaatattactggcatccttctaagaagatggccatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164380853 136 - 196418989 cttcagtatctcagaatgtgaccttatttggacacagagttgtggcagatgtaattagtgatgaaatgaggtcatactggagcagagttagcccctgatccaatattactgacgtccttctaagaagatggccatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16238708 44 +  48129895 tgaaaacatatacacagagaggacacactgtgacaatgaaggca
s rheMac2.chr3  164380989 44 - 196418989 taaaaacatacacacagagaggacacactgtgacgatgaaggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14490698 44 +  48394510 tgaaaacatatacacagagaggacacactgtgacaatgaaggca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14958186 44 +  46489110 tgaaaacatatacacagagaggacacactgtgacaatgaaggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14490742 234 +  48394510 gagactggaattaggcagttgcaagccaaggaacactgaagattgccaggaaaccaccagaggttaagaagggggcgaggaagaatctctcacaaatgtaagagagactgtggccctgttgatgccttgatttcagacttctagcctccagaattgtcatgtgatcaatttctttgattttaggcagtttatggtgcttcattatggcagccctaggaaactgataGTTACTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14491121 31 +  48394510 ttttttt----------ccaacaggatttaactctgtgtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14958639 174 +  46489110 cccaggctggagtgcagtggcacagttataggttcactgcagcctctccatctcctgggctcaagtgatcattttccctcaggtgcccaagaagctagaactacaggcgtgcatcaccacacccagctaatttttattttttcatacagataaggtctcgctttgttgcccagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 14

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i rheMac2.chr3  I 14 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14969191 21 +  46489110 ATCAATGAAGTTTGAAGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164394097 21 - 196418989 ATCAATGAAGTTTGAAGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 6

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 6 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16247090 57 +  48129895 AGTGTCATTTCCATTAGGTGTGACAAGTTGTAACCTAAAATAACACCTCATTGAGAC
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s ponAbe2.chr21  14503221 57 +  48394510 AGTGTCATTTCCATTAGGTGTGACAAGTTGTAACCTAAAATAACACCTCTTTGAGAC
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a score=3135160.000000
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a score=776538.000000
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a score=-120715.000000
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a score=1264575.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=224787.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  14975005 47 +  46489110 CTAAATGAGAATAATACCACTTGCTTTCCACCTTAATAATTTTTGTA
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s hg19.chr21     16251651 61 +  48129895 AAGATTCTCATTAGAGAATACTTAAGCACAGAAAACGG-TAAGAGCCTTGAAATTAAGATAT
s panTro2.chr21  14975052 62 +  46489110 AAGATTCTCATTAGAGAATACTTAAGCACAGAAAAAGGTTAAGAGCCTTGAAATTAAGATAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=471475.000000
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s hg19.chr21     16251856 51 +  48129895 ACACTGTGAGTAACATTCACGACACCCTCTGGGACTCCTGGATGCAGCTGG
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a score=1403103.000000
s hg19.chr21     16251907 68 +  48129895 TGACCCAGACCCAGGAATGACACAGCCAGGAAGGAAGTGAGGAAGGTGCACAGAGCTACTTCCTCTTG
s rheMac2.chr3  164400332 68 - 196418989 TGACCCAGACCCAGGAATGACACAGTCAGGAAGGAAGCGAGGAAGGTGCACAGAGCTACTTCCTCTTG
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s panTro2.chr21  14975309 68 +  46489110 TGACCCAGACCCAGGAATGACACAGCCAGGAAGGAAGTGAGGAAGGTGCACAGAGCTACTTCCTCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1362804.000000
s hg19.chr21     16251975 57 +  48129895 TTAGAACTCCCCTCTCAACAGCTGTAAGGAAGAATGGAAATTCCCTATGAATCAAAG
s panTro2.chr21  14975377 57 +  46489110 TTAGAACTCCCCTCTCAACAGCTGTAAGGAAGAATGGAAATTCCCTATGAATCAAAG
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s rheMac2.chr3  164400400 57 - 196418989 TTAGAACTCCCCTCTCAACAGCTGTAAGGAAGAATGGAAATTCCCTATGAATCAAAG
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a score=1766623.000000
s hg19.chr21     16252032 80 +  48129895 TGTGACTTCGAAGTATGGGATACAATTTGAGAGACCTGATCATATTGATTAGGATGTTGACCAAAAGGAAGTCACTGCAT
s panTro2.chr21  14975434 80 +  46489110 TGTGACTTCGAAGTATGGGATACAATTTGAGAGACCTGATCATATTGATTAGGATGTTGACCAAAAGGAAGTCACTGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14508226 80 +  48394510 TGTGACTTCAAAGTATGGGATACAATTTGAGAGACCTGATCTTATTGATTAGGATGTTGACCAAAAGGAAGTCACTGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164400457 80 - 196418989 TGCGACTTCAAAGTATGGGATACAATTTCAGAGACCTGATCGTATTGATTAGGATGCTGACCAAAAGGAAGTCACTGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-656012.000000
s hg19.chr21     16252112 6 +  48129895 TTCATT
s panTro2.chr21  14975514 6 +  46489110 TTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164400537 6 - 196418989 TTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1820153.000000
s hg19.chr21     16252118 117 +  48129895 TGGACACTACTCAGACATTTAAGCTGGTATGACATTCATGAGAAACTTCTGGTTTCAATTCATCTTTTTCCCATGAATATTTATGTTCCTTTTTTTTAATCTTTAAGTCAGTTCATG
s panTro2.chr21  14975520 117 +  46489110 TGGACACTACTCAAACATTTAAGCTGGTATGACATTCATGAGAAACTTCTGGTTTCAATTCATCTTTTTCCCATTAATATTTATGTTCCTTTTTTTTAATCTTTAAGTCAGTTCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14508312 117 +  48394510 TGGACACTACTCAGACATTTAACCTGGTATGACATTCATGAGAAACTTCTGGTTTCAATTCATCTTTTCCCCATGAATATTTATGTTCCTTTTTTTTAATCTTTAAGTCACTTCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164400543 111 - 196418989 TGGACACTACTCAGAC--CTAAGCTGGTATGACATTCATGAGAAACTTTTGGTTTCAATTCATCTTTTTCCCATGAATATTTATGCTCCTTTTTTTT----TTTAAGTCACTTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616845.000000
s hg19.chr21     16252235 75 +  48129895 ATATTCAAGCTAGTTATTTCCAACCTTCTGTCTGACTGAATTCTGTATTAAATCTTTCTTTGTTTCCCCCCTGCA
s panTro2.chr21  14975637 75 +  46489110 ATATTCAAGCTAGTTATTTCCAACCTTCTGTCTGACTGAATTCTGTATTAAATCTTTCTTTGTTTCCCCCCTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14508429 75 +  48394510 ATATTCAGGCTAGTTATTTCCAACCTTCTGTCTGACTGAATTCTCCATTAAATCTTTCTTTGTTTCCCCCCTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164400654 74 - 196418989 ATATTCAAGCTAGTTATTTCCAACCTTCTCTCTGACTGAATTCTCTATTAAATCTTTCCTT-TTTTCCCCCTGCA
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a score=130645.000000
s hg19.chr21     16252310 19 +  48129895 AAACAGGTT---------AATTCATGAG
s panTro2.chr21  14975712 19 +  46489110 AAACAGGTT---------AATTCATGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14508504 19 +  48394510 AAACACATT---------AACTCATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164400728 28 - 196418989 AAACACTTTAATTCATGAAATTCATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218025.000000
s hg19.chr21     16252329 60 +  48129895 AGGCTATTATATAGCAAGGACCATGCTGCCATGCTGTCTGTGTTCTGGGCATATGTACCC
s panTro2.chr21  14975731 60 +  46489110 AGGCTATTATATAGCAAGGACCATGCTGCCATGCTGTCTGTGTTCTGAGCATATGTACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14508523 48 +  48394510 AGGCTATTATATAGCTAGGACCATG------------CTGTGTTCTGGGCATATATACCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1025033.000000
s hg19.chr21     16252389 85 +  48129895 TCAAAGTCCTCATAGGATAGAAATAGTACTAAATCTGTATACAATGAACTGGACACAACAATGTGGGGACTATACTACAAATACT
s panTro2.chr21  14975791 85 +  46489110 TCAAAGTCCTCATAGGATAGAAATAGTACTAAATCTGTATACAATGAACTGGACACAACAATGTGGGGACTATACTACAAATACT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164400804 85 - 196418989 TCAAAGTCCTCATAGGATAGAAATACTACTTAATCTGTATGCAGTGAACTGTACATAACAATGTGGGGACTATACTACAAATACT
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a score=605429.000000
s hg19.chr21     16252474 48 +  48129895 ATGAACAAAGTGCCGGGAGAACCCTGAGTCTTTGCCATgttctttgat
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a score=1624984.000000
s hg19.chr21     16252522 99 +  48129895 gcctttgtgccttacacattctgatcccgccacctaaaataatcctcttgtccttcatccctgggaccctgtactctgcctcagtgcttctcttcctac
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14977895 30 +  46489110 caCTTCTCTTGAATTTTTTtgaaattccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14510676 30 +  48394510 caCTTCCCTTGAATTTTTTtgaaattccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164402892 30 - 196418989 caCTTACCTTGAATTTTTTtgaaattccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=228089.000000
s hg19.chr21     16254527 42 +  48129895 agggcagaaaatgtctttttctggacatgctaattccagtat
s rheMac2.chr3  164402922 42 - 196418989 agggcagaaaatgtcttcttctggacatgctatttccagtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14510706 42 +  48394510 agggcagaaaatgtctttttctggacatgctaattctagtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14977925 42 +  46489110 agggcagaaaatgtctttttctggacatgctaattccagtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=373703.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14510748 85 +  48394510 gcatactgtatttgatacatgggaggtgctaaatgaacaactattgagtaaatggatGGAAGGATGGATAGAGGGAC----AGAAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14977967 89 +  46489110 gcatactgtatttgattcatgggaggtgctaaatgaacgactattgaataaatggatGGAAGGATGGATAGAGGGACAGATAGAAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=285721.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14510874 225 +  48394510 GGATTCTCACTATACTCATCATTGAGGAAAAAG---AATGACTTCCTCTT-------------ATGCATCTTTAAGAGGTTATAAGGCCCAGGAGCCTGAGCCAATGACACATAATTAGGGACTCCAGGCCAGGGGAGGGAGGGTGCCCAGGAAAAACAGTGACAATCATGATTTCCTTGGTCGTGTTAAGATTTTCTAGATAAATAAATAGAAGC-AAACACTCTAGTCAAGTTGTGTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s hg19.chr21     16254925 70 +  48129895 AAAATGCTAACTTTCTAGATGATTGCTTAGCCCTGAGCCAAGTCTCCTTTTGCTCTTCCCTCCCGTTTGT
s panTro2.chr21  14978323 70 +  46489110 AAAATGCTAACTTTCTAGATGATTGCTTAGCCCTGAGCCAAATCTCCTTTTGCTCTTCCCTCCCCTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14511099 68 +  48394510 -AAATGCTAACTTTCTAGATGATTGCTTAGCCCTGAGCCAAATCTCC-TTTGCTCTTCCCTCCCCTTCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164403337 70 - 196418989 AAAATGCTGACTTTCTAGATGATTGCTTTGCCCTGAGCCACATCTCCTTTTGTTCTTCCTTCCCCTCCGT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s hg19.chr21     16254995 62 +  48129895 CACATTGGCCTTGAGGTCTTCTTCAGAGAATCATAATCAGCATAAAAGAATGTGCTCCggct
s panTro2.chr21  14978393 62 +  46489110 CACATTGGCCTTGAGGTCTTCTTCAGAGAATCGTAATCAGCATAAAAGAATTTGCTCCggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14511167 58 +  48394510 CATATTGGCCTTGA-GTCTTCTTC--AAGATCATAATCAGCAGAAAAGAATTTACT-CAgct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164403407 62 - 196418989 CATACTGGTCTTGAGTTCTTCTTCAGAGAATCATAATCAGCATAAAAGAATTTGCTCCagct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16255057 32 +  48129895 gggcgcggtggctcacgcttgtaatcccagca
s panTro2.chr21  14978455 32 +  46489110 gggcgcggtggctcatgcctgtaatcccagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14511225 31 +  48394510 gggcgcggtggcttacgcctgt-atcccagca
i ponAbe2.chr21 C 0 I 166
s rheMac2.chr3  164403469 32 - 196418989 gggtgcggtggctcacgcttgtaatcccagca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=58731.000000
s hg19.chr21     16255089  92 +  48129895 ttttgggagtctgaggcagatggattgcctgaggtcaggagttcaagaccagcctgactgacatagtgaaaccccatctctactaaaaaaaa
s panTro2.chr21  14978487  91 +  46489110 ctttgggactctgaggcggatggattgcctgaggtcaggagttcaagaccagcctgactgacatggtgaaaccccatctctact-taaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164403501  91 - 196418989 ctttaggagtccgaggtgggcagattgcctgaggtcaggagttcaagaccagcctaaccgacatgatgaaacctcgtctctact-aaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
e ponAbe2.chr21  14511256 166 +  48394510 I

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s rheMac2.chr3  164403593 181 - 196418989 atacaaaaattagctgggtgtggtggtgggcgcctgtaatcccagctacta--gggagactgaggcaggagaattacttgaacctgggaggcagag-gttgcagtgagccaagaccagaccattgcactccagtctggcaacaagagcaaaactccatcttaaaa-------------------------------aaaaagaagaagaaTTTGC
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  14511422 188 +  48394510 Gtacaaaaattagctgggtgtggtggtgggcacctgtaatcccagctactagcggtagaaggaggcaggagaatcacttgaacctgggaggcagagcgttgcagggagccaagaccagaccattatactccagactggcaacaagatcaaaactccatctcaaagaaaa---------------------------gaaaagaagaagaaTTTGC
i ponAbe2.chr21 I 166 C 0
s panTro2.chr21  14978578 212 +  46489110 gtataaaaattagctgggcatggtggtgggtgcctgtaatcccagctacta--gggaggctgaggcaggagaatcatgtgaacctgggaggcggag-gttgcagtgagccaagaccggaccattatactccagactggcaacaagatcaaaactccatctcaaaaaaaaaaaaagaaagaaagaaagaaaaGAAAAAAGAAGAAGAAGAATTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=285879.000000
s hg19.chr21     16255393 52 +  48129895 AATTTGCTCCTCCTCTCTCGATTTGAGTTCCAGCTGGAATTTGAAAAAAAaa
s rheMac2.chr3  164403774 51 - 196418989 AATTTGCTCCTCCTCTCTCAATTTGAGTTCCAGCTGGAATTTG-AAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14511610 52 +  48394510 AATTTGCTCCTCCTTTCTCCATGTGAGTTCCAGCTGGAATTTGAAAAAAAaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=325081.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164403929 132 - 196418989 TGCATAGTCTGTGGCAGTTACCAGTATAACTAGATGGTTCTCGGCCACATCAGCATGAGAGGACCAATGAAATCACATCAACCTTAGCACCCAAATCTTCCAGGAATTGGGCCCTTCTTAAGGTCTTCTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16255681 19 +  48129895 CTTCCAGGAAGTCTCAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14511898 19 +  48394510 CTTCCAGGAAGTCTCAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164404061 19 - 196418989 GTTTCAGGAAGTCTCAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=421538.000000
s hg19.chr21     16255700 30 +  48129895 GGAAAGCTCATGTGTACTCAGAAATAAGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=205576.000000
s hg19.chr21     16255730 39 +  48129895 CTGGCCTCTTTGTCCCTGGCCTCTTCCTCAAAGACCCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=596033.000000
s hg19.chr21     16255769 109 +  48129895 TCACCAAGTCCCTGGTCTGGGTCCCTCTCTGAGAATAGTCCACCCTGAGTACCACTATCCTCTGTGGTCAGCTCTAGAGCTCCAAGGCTGAGGACACTAGTCCTCCTAC
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a score=367388.000000
s hg19.chr21     16255931 69 +  48129895 AGGTATTGAAAAGCATAGGAAGAAAGCAATCTTCCTCCAGCTTTCAAGCAGCACTTTGTTACTGGTGGG
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s hg19.chr21     16256000 49 +  48129895 TCAGACATAACTTGGTGTTTTCGAATTTggctctaaaattaggtccaga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14512976 95 +  48394510 CATGCAGATGAGAGCAATACCCCAGAACTGAGCAGAGCAAGATGATGAAAAGAACCCCAAGCCAAAATAACTTTGTAATTATCCACCCAGTAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=344604.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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e ponAbe2.chr21  14513285   0 +  48394510 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14513315 43 +  48394510 TTCAAAGTTTCTAACACAGACAAATATTAAACATTCATGGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14980493 43 +  46489110 TTCAAAGTTTCTAACACAGACAAATATTAAACATTCATGGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=140170.000000
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s rheMac2.chr3  164405509 81 - 196418989 Ctgctatgaactgaatgtttgtgtccccccaaaattcatatgttgaaaccctcactcccaatttgatggtattaggaggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164406052 27 - 196418989 ATTGGCGTCGTAGTCCCAACCACAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16258063 152 +  48129895 AAGAGAAATTATTAGCTCAGCTTTGGGGCAAGATTAGACAGCCCCACCTCAGTTCAGGTCACCTCCAATCTGATTTCCTAAGAAAGCTCACAGTATGCTAAGAACCTAGTCACACATCCAAGCCAATTTTGGGATTAGCCTAGACCTGTAGT
s panTro2.chr21  14981126 152 +  46489110 AAGAGAAATTATTAGCTCAGCTTTGGGGCAAGATTAGACAGCCCCACCTCAGTTCAGGTCACCTCCAATCTGATTTCCTAAGAAAGCTCACAGTATGCTAAGAACCTATTCACACATCCAAGCCAATTTTGGGATTAGCCTAGACCTGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14513949 152 +  48394510 AAGATAAATTATTAGCTCAGCTTTGGGGCAAGATTAGACAGCCCCACCTCAGTTCAGGTCACCTCCAATCTGATTTCCTAAGAAAGCTCACAGTATGCTAAGAACCTAGTCACACATCCAAGCCAGTTTTGGGATTAGCCTAGACCTGTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16258215 39 +  48129895 CCAGACTGATAGCCTCGATTTTATATTTTTGATGATATA
s panTro2.chr21  14981278 39 +  46489110 CCAGACTGATAGCCTCGATTTTATATTTTTGATGATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514101 39 +  48394510 CCAGACTGATAGCCTCAATTTTATATTTTTGATGATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164406231 39 - 196418989 CCAGACTGATAGTCTCGATTTTATATTTTTGACGATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-677001.000000
s hg19.chr21     16258254 46 +  48129895 GACGGTCaaatatacataatta--------tttttttattatattatataaCGT
s panTro2.chr21  14981317 52 +  46489110 GACAGTCaaatatacataattaagtata--tttttttattatattatataactt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514140 54 +  48394510 GACAGTCAAATATACATAATTAAGTATATTTTCTTATATTATATTATAGAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164406270 22 - 196418989 GACAGTCAAatatacataatta--------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 137

a score=-134863.000000
s hg19.chr21     16258300 51 +  48129895 AATTATGTATACTTGACTATGTACATTTTATGAAATCAGAATCCATGGATT
s rheMac2.chr3  164406429 51 - 196418989 aatTATGTGAATTTGACTATATATATTTTATTAAATCAGAATCCATGGATT
i rheMac2.chr3  I 137 C 0
s ponAbe2.chr21  14514194 51 +  48394510 AATTATGTATATTTGACTACGTACATTTTATGAAATCAGAATCCATGGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14981369 51 +  46489110 aattatgtatatttGACTATGTACATTTTATGAAATCAGAATCCATGGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=106230.000000
s hg19.chr21     16258351 37 +  48129895 GTCCCCATAATGATTGTCCCTCCAGGGAATAAGTTTT
s panTro2.chr21  14981420 37 +  46489110 GTCCCCATAATGATTGTCCCTCAAGGGAATAAGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514245 37 +  48394510 CTCCCCATAATGATTGTCCCTCCAGGGAATAAGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164406480 37 - 196418989 GTCCCCACAATGATTGTTCCTCCAGGGAATGAGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 226

a score=1085053.000000
s hg19.chr21     16258388 94 +  48129895 AAGATTCAGATTAATCCATTTGGGGCATCTAAAAACGCTCAACACCCTATTCTTTCACTCTACCCATGCTGGAATAAGACCAACTTCAAGATTC
s panTro2.chr21  14981457 94 +  46489110 AAGATTCAGATTAATCCATTTGGGGCATCTAAAAATGCTCAACACCCTATTCTTTCACTCTACCCATGCTGGAATAAGACCAACTTCAAGATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514282 94 +  48394510 AAGATTCAGATTAATCCATTTGGGGCAGCTAAAAACTCTCAACACCCTATTCTTTCACTCTACCCATGCTGGAATAAGACCAACTTCAAGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164406743 93 - 196418989 aaGATTCAGATTAATCCATTTGGGGCAGCTAAAAACTCCCAACACCCTATTCTTTCACTCTACCCATGCTGGAATAAGACCGACTTCAAGATT-
i rheMac2.chr3  I 226 C 0

a score=1094233.000000
s hg19.chr21     16258482 66 +  48129895 AGGACACATGGCTCCATGTAACCAGAGATCCCATGCCAAGGGACAGTAGGCAAAAATAGACACAGG
s panTro2.chr21  14981551 66 +  46489110 AGGACACATGGCTCCATGTAACCAGAGATCCCATGCCAAGGGACAGTAGGCAAAAATAGACACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514376 66 +  48394510 AGGACACATGGCTCCATGTAATCAGAGATCCCATGCCAAGGGAGAGTAGGCAAAAATAGACACAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164406836 62 - 196418989 ----CACATGGCTCCATGTAACCAGAGATCCCATGCCAAAGGAGAGTAGGCAAAAATAGACATAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1212573.000000
s hg19.chr21     16258548 64 +  48129895 TGGATATGTATGACTTCTTTCCATGAGCTTCCAGGCCTCCAAGGGACAAAATTCTTGATTTGGT
s panTro2.chr21  14981617 64 +  46489110 TGGATATGTATGACTTCTTTCCATGAGCTTCCAGGCCTCCAAGGGACAAAATTCTTGATTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514442 64 +  48394510 TGGATATGTATGACTTCTTTCCATGCGCTTCCAGGCCTCCAAGGGACAAAATTCTTGATTTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164406898 64 - 196418989 TGGATATGTATGACTTCTTTCCATGAGCTTCCAGGCCTCCAAGGGACAAAATTCTTGATTTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=563151.000000
s hg19.chr21     16258612 34 +  48129895 GCCAAAATGTTCTATTTGTCTTATTAGAAAAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514506 34 +  48394510 GCCAAAATGTTCTATTTGTCTTATTAGAAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164406962 34 - 196418989 GCCAAAATGTTCTATTTGTCTTATTAGAAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214136.000000
s hg19.chr21     16258646 48 +  48129895 TACTCAGTAAGGTGATATACCCCAGGAGGAGAGAACTGTTCTCACATT
s panTro2.chr21  14981715 48 +  46489110 TACTCAGTAAGGTGATATACCCCAGGAGGAGAGAACTGTTCTCACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14981763 54 +  46489110 ATCCAAATAATTATTTAAGTCTATACATTTTCACTGAGGGTTTTAATGATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514642 102 +  48394510 TTATTAAGACGTTGTAT--GAAGTGAGCTGTCTTAGAAAAATTTGCTGCCTATTAATGGCTTTCCCAAGCATTATTTTTGCTCTCATGTCTTCTAAGTCTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407098 104 - 196418989 TGATTAAGAAGTTGTATGAGAGATGAACTGTCTTAGAAAAATTTGCTGCCTATTAATGACCTTCCCATGCATTATTTTTGCTTTCATGTCTTCTAAGTCTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=373440.000000
s hg19.chr21     16258850 53 +  48129895 GCTTCTCCCACATTTCTTTAGATCATGGCTTATGTTTGATAATATTGTGAGAT
s panTro2.chr21  14981919 53 +  46489110 GCTTCTCCCACATTTCTTTAGATCATGGCTTATGTTTGGTAATATTGTGAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514744 53 +  48394510 GCTTCTCCCACACTTCCTTAGATCATGGCTTATGTTTGGTAATATTGTGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407202 53 - 196418989 GCTTCTCCCACATTTCCTTAGATCATGGCTTATGTTTGCTAATATTGTGAGAT
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a score=885995.000000
s hg19.chr21     16258903 84 +  48129895 ACATCTAATCTCCTGTTAACATTTGTATAAAGTGCATTTCCTATCTCTGCATGACATTGTTCTACCCTCTTTGAAAACATCAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407255 84 - 196418989 ACATATAATCTCCTATTAACATTTGTATAAAGTGTCTTTACTATCTCTCTAAGACATTGTTCTACCCTCTTTGAAGATATCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=972277.000000
s hg19.chr21     16258987 94 +  48129895 TTTGTGATAGGTGGCATTTGATATTGTGACTAACCTAACATCTACTGTACGAAGGGTaataatacaatactaacagttattatacacttataat
s panTro2.chr21  14982056 94 +  46489110 TTTGTGATAGGTGGCATTTGATATTGTGACTAACCTAACATCTACTTTACGAAGGGTaataatacaatactaacagttattatacacttataat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514881 94 +  48394510 TTTGTGATAGGTGGCATTTGATATTGTGACTAACCTAACATCTACTGTACAAAGGGTaataatacaatattaacagttattatacacttataat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407339 94 - 196418989 TTTGTGATGGGTGGCATTTGATATTGCGACTAACCTAGCATCTATTGTATGAAGGGTaataatacaatataaaccgttgttatacacttagaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=426213.000000
s hg19.chr21     16259081 67 +  48129895 gtgccaggcaccttctaagcttattttgttttataattcagtgtataatatatgttaattttcataa
s panTro2.chr21  14982150 62 +  46489110 gtgccaggcaccttctaagcttattttgttttataattcagtgtata-----tgttaattttcataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14514975 67 +  48394510 gtgccaggcaccttctaagcctgttttgttttataattcagtgtataatatatgttaattttcataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407433 67 - 196418989 gtgcccggcatcttataagcctattttgttttataactcagtgtataatatatgttaattttcataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1065778.000000
s hg19.chr21     16259148 114 +  48129895 catcaaggaatagataatttctttatttccattctatgaacaaggaaactgaaattaaacaactccgccagtagcatgccac-------tagcaggtccaacatccaaatccagAGATGAT
s panTro2.chr21  14982212 114 +  46489110 catcaaggaatagataatttctttatttccattctatgaacaaggaaactgaaattaaacaactccgccagcagcatgccac-------tagcaggtccaacatccaaatccagAGATGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515042 114 +  48394510 catcaaggaatagacaatttctttatttccattctacgaacaaggaaactgaaattaaacaactccgccagcggcatgccac-------tagcaggtCCAACATCGAAATCCAGAGATGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407500 121 - 196418989 catcaaggaatagataatttctttatttctattctacaaagaaggaaactgaaattaaacaactcagccaagggcataccactaataagtagcaggtccaacatccaaagccagggatgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1186729.000000
s hg19.chr21     16259262 92 +  48129895 CCAGCATTATGATGCAAAATATACCAATGGCGCTATTCTCACTTAACAGAGACCATTTGGAAAGAAGTAATAAAAGGATATGAACTGAACAC
s panTro2.chr21  14982326 92 +  46489110 CCAGCATTATGATGCAAAATATACCAATGGCGCTATTCTCACTTAACAGAGACCATTTGGAAAGAAGTAATAAAAGGATATGAACTGAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515156 92 +  48394510 CCAGCATTATGATGCAAAATATACCAGTGGTGCTATTCTCACTTAACAGAGACTATTTGGAAAGAAGTAATAAAAGGATATGAACTGAACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407621 92 - 196418989 ctagcATTATGAGGCAAAATATACCAGTGGTGTTATTCTCACTTAATGGAGACTATTTGGAAAGAAGTAATAAAAGGATATGAACTGAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155273.000000
s hg19.chr21     16259354 20 +  48129895 AGTTACAGAATCACAGACTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515248 20 +  48394510 AGTTACAGAATCACAGACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407713 20 - 196418989 AGTTATAGAATCACAGACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=252755.000000
s hg19.chr21     16259374 40 +  48129895 CTAAGGCCAAAACGAACTTCAATATCCTCTAGTTTTTCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=610448.000000
s hg19.chr21     16259414 55 +  48129895 GCCCAAAATATCAATCCAAGAAATTAACTGGTTACTTATTAAAAGTAGACAGCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515308 55 +  48394510 GCCCAAAATATCAATCCAAGAAATTAACTGGTTACTTATTAAAAGTAGACAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=242013.000000
s hg19.chr21     16259469 52 +  48129895 GGAAAAAGGAGAACTGAATATTTCAAAACAAATAGTCCAAATGGACAAACAA
s panTro2.chr21  14982533 50 +  46489110 GGAAAAAGGAGAACTGAATATTTCAAAACAAATAGTCCAAATGGACAAAC--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515363 52 +  48394510 GGAAAAAGGAGAACTGAGTATTTCAAAACAAATAGTCCAAATGGACAAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=195469.000000
s hg19.chr21     16259521 73 +  48129895 GCTCTGAACAGAGCCACTTTTAGAAGGAGGAGAGAGAACGTTAAGGCATTTATGAATAAAAGGCAGACTTCTT
s panTro2.chr21  14982583 71 +  46489110 --TCTGAACAGAGCCACTTTTAGAAGGAGGAGAGAGAACGTTAAGGCATTTATGAATAAAAGGCTGACTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515415 73 +  48394510 ACTCTGAACAGAGCCACTTTTAGAAGGAGGAGAGAGAACGTTAAGGCATTTATGAATAAAAGGCAGACTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407878 73 - 196418989 ACTCTGAACAGAGTCACTTTTAGAAGGAGGAGAGAGAAGGTTAAGGCATTTATGAACAAAAGGCAGACTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=32317.000000
s hg19.chr21     16259594 54 +  48129895 TAGAAGGAGTcgccatattggctcactacaactccgcctcccgggttcaagtga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515488 54 +  48394510 TAGAAGGAGTTgccatattggctcactacaactccgccccccaggttcaagcga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164407951 54 - 196418989 TAGAAGGAGTCACCATAttggctcactgcaactccgcctcccgggttcaagcga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103454.000000
s hg19.chr21     16259648 87 +  48129895 ttctcctgctgggattacaggcgccccccaccacgcccggctagtttttgtatttttagtagagacggggtttcaccatgttggtca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44135.000000
s hg19.chr21     16259735 49 +  48129895 ggctggtctcaaactcctgacctcgtgatccgcccgcctcagcctccca
s panTro2.chr21  14982792 49 +  46489110 ggctggtctcaaactcctgacctcgtgatccgcccgcctcagcctccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515629 49 +  48394510 ggctggtctcaaactcctgacctcgtgatccgcccgcctcagcttccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164408092 49 - 196418989 ggttggtctcaaactcctgacctcgtgatcagcccgcctcggcctccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=45554.000000
s hg19.chr21     16259784 37 +  48129895 aagtgctaggattacaggcgtgagcacgcgcctggcc
s rheMac2.chr3  164408141 37 - 196418989 aagtgctgggattacagacgtgagcacgcatctggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515678 37 +  48394510 aagtgctgggattacaggcgtgagcatgcgcctggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14982841 37 +  46489110 aagtgctaggattacaggcgtgagcacgtgcctggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=459070.000000
s hg19.chr21     16259821 55 +  48129895 ACAAAATGCAGACTTCTAAAGTAGAAGTCCAGCTTGGCCAGATAATAGACTCACT
s panTro2.chr21  14982878 55 +  46489110 ACAAAATGCAGACTTCTAAAGTAGAAGTCCAGCTTGGCCAGATAATAGACTCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515715 55 +  48394510 ACAAAAGGCAGACTTCTAAAGTGGAAGTCCAGCTTGGCCAGATAATAGACTCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164408178 55 - 196418989 CCAAAAGGCAGACTTCTAAAGTAGAGGTCCAACTTGGCCAGATAATAGACTCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=931711.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14982933  82 +  46489110 AGCATATAAACTGCTGGAAGCTAGTGTAGGAGGTCAGGAAG----------------------------------------GAATGATAAGGTTAGAGGAACCAAAGCCCAGAGAGTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=870756.000000
s hg19.chr21     16259958 35 +  48129895 TGTTTGGTTCTTTGGCAGCACTTAACTCTAGGAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515852 35 +  48394510 TGTTTAGTTCTTTGGCAGCACTTAACTCTAGGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14983015 35 +  46489110 TGTTTGGTTCTTTGGCAGCACTTAACTCTAGGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1980368.000000
s hg19.chr21     16259993 100 +  48129895 TGATGGGGAAATTCTAATTTCTGAGAATGTTTTTCAAAAGGATGACAGAGATTAGAGCTTCCAGTGAAGAAAATATTGCTGCAATCAAAGAAAGCAAAGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14983050 100 +  46489110 TGATGGGGAAATTCTAATTTCTGAGAATGTTTTTCAAAAGGATGACAGAGATTAGAGCTTCCAGTGAAGAAAATATTGCTGCAATCAAAGAAAGCAAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2104267.000000
s hg19.chr21     16260093 174 +  48129895 GCAATAAAGCCCTCAGGCCAGACGGAATTTATCTAAGTATTCTGGAGAAAATAAGGTGTG-AAACAGCAGAGACTGATGAGGACATATACTATGACCATTAAAATAACAGCTGTTCCTGAAGACTGTCCAATTTTTAACACAGTATCTATGgttttttttgtttttgttttgttt
s panTro2.chr21  14983150 174 +  46489110 GCAATAAAGCCCTCAGGCCAGACGGAATTTATCTAAGTATTCTGGAGAAAATAAGGTGTG-AAACAGCAGAGACTGATGAGGACATATACTATGACCATTAAAATAACAGCTGTTCCTGAAGATTGTCCAATTTTTAACACAGTATCTATGgttttttttgtttttgttttgttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14515987 172 +  48394510 GCAATAAAGCCCTCAGGCCAGATGGAATTTATCTAAGTATTCTGGAGAAAATAAGGTGTG-AAACAGCAGAGACTGATGAGGACATACACTATGACCATTAAAATAACAGCTGTTCCTGAAGATTGTCCAATTTTTAACACAGCATCTATGGTTTTTTTTTGTTT--GTTTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164408490 158 - 196418989 GCAACAAAGCTCTTAGACCAGATGGCATTTTTCTAAGTATTCTGGAGAAAATAAGGTGTGAAAACAGCAGAGGTTGATGAGGACATATACTATGACCATTAAAATAACAGCTGTTCCTGAAGATTGTCCAATTTTTAAGACAGTATCTGTG----------------TTTTGTT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209096.000000
s hg19.chr21     16260267 32 +  48129895 tgttttgtttAAAGGAAACCAAGAGAAATCCC
s panTro2.chr21  14983324 32 +  46489110 tgttttgtttAAAGGAAACCAAGAGAAATCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14516159 32 +  48394510 GGTTTTTTTTAAAGGAAACCAAGAGAAATCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164408648 25 - 196418989 -------TTTTAAGGAAACCAAGAGAAATCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1700289.000000
s hg19.chr21     16260299 144 +  48129895 AAGAATTCAGACAAATGAACTTTGTCTTGGTGCTCGGATACTGGTTGGGGG-AAAAAGTCCGATGATTGTGCCAAGTAGAATCTGAGAATTGAAACTTGACAGGCCCCCATCAACTCTGCAGGAATAGAGATTTTTACCTCTCCA
s panTro2.chr21  14983356 144 +  46489110 AAGAATTCAGACAAATGAACTTTGTCTTGGTACTCGGATACTGGTTGGGGG-AAAAAGTCCGATGATGGTGCCAAGTAGAATCTGAGAATTGAAACTTGACAGGCCCCCATCAACTCTGCAGGAATAGAGATTTTTACCTCTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14516191 145 +  48394510 AAGAATTCAGACAAATGAACTTTGTCTTGGTGCTCGGATACTGGTTGGGGGAAAAAAGTCCGACGATGGTGCCAAGTAGAATCTGAGAATTGAAACTTGACAGGCCCCCATCAACTCTGCAGGAATAGAGATTTTTGCCTCTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164408673 145 - 196418989 AAGAATTCAGACAAATGAACTTTGTCTTGGTGCTAGGATACTGGTTGGGGGAAAAAAGTCCAATGATGGTGCCAAGTAGACTCTGGGAATTGAAACTTGACAGGCCCCCATCAACTCTGCAGGAATAGAGATTTTTGTCTCTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=406020.000000
s hg19.chr21     16260443 44 +  48129895 AGCTTAAAATTGATAATAAGTAATACAGAGATACACCATGCACT
s panTro2.chr21  14983500 44 +  46489110 AGCTTAAAATTGATAATAAGTAATACAGAGATATACCATGCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14516336 44 +  48394510 AGCTTAAAATTGATAATAAGTAATACAGAGATACACCATGCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164408818 44 - 196418989 AGTTTAAAATTGATAATAAGTAATATAGAGATACACCATGCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=821258.000000
s hg19.chr21     16260487 51 +  48129895 TGCCCTTTTAAAAAGTTTGAAAATGAAGAAACAAATGCTTTCTTGGATCTG
s panTro2.chr21  14983544 51 +  46489110 TGCCCTTTTAAAAAGTTTGAAAATGAAGAAACAAATGCTTTCTTGGATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=525460.000000
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s panTro2.chr21  14983595 24 +  46489110 AAACTAGCTAGAGAAATTAGAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1685322.000000
s hg19.chr21     16260562 131 +  48129895 ATGTATAGTGTATGCTTAGGCCAAAGAGAAGAGATTAGCTATAGCACTCCTGGAATCTGATGTTGGAATGAAATGTAATTTCACCTGCATTTTTTAAATAATTAGGGAGTATGTGTGAGTCACAAGCAATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14983619 131 +  46489110 ATGTATAGTGTATGCTTAGGCCAAAGAGAAGAGATTAGCTATAGCACGCCTGGAATCTGATGTTGGAATGAAATGTAATTTCACCTGCATTTTTTAAATAATTAGGGAGTATGTGTGAGTCACAAGCAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1199809.000000
s hg19.chr21     16260693 112 +  48129895 GACTCTCACATGATTGACACTCTGTGGGAGCAAGCAGTGAAAAAGAAATGGTGAGCACCTGATCCTATGATAATCATCActagcatttattgaatggttactacgtggcagg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14983750 112 +  46489110 GACTCTCACATGATTGACACTCTGTGGGAGCAAGCAGTGAAAAAGAAATGGTGAGCACCTGATCCTatgataatcatcactagcatttattgaatggttactacgtggcagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2429218.000000
s hg19.chr21     16260805 144 +  48129895 cacactgcttagtgtttgacatccattatctcaattattctcaGTCTGTGAGTGATGGTATAAACTACTTCAGAAACATCTGCTGTTTCAGAAAGAAAATGCTCTAAGGTGT-AGGGCAGATTATCAGCCAGGGTCACAGTTCAG
s rheMac2.chr3  164409173 145 - 196418989 cacactgcttagtgtttgacatccattatctcaattattctcagtctgtgagtgatggtataaactacttcagaaacatctgctatttcagaaagaaaatgctctaaggcataagggcagattatcagccagggtcacaGTTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14516698 144 +  48394510 cacactgtttagtgtttgatatccattatctcaattattctcaGTCTGTGAGTGATGCTATAAACTACTTCAGAAACATCTGCTATTTCAGAAAGAAAATGCTCTAAGGTGT-AGGGCAGATTATCAGCCAGGGTCACAGTTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14983862 135 +  46489110 cacactgcttagtgtttgacatccattatctcaattattctcaGTCTGTGAGTGATGGTATAAACTACTTCAGAAACATCTGCTGTTTCAGAAAGAAAATGCTCTAAGGTGT-AGGGCAGATTATCAGCCAGGGTC---------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=431452.000000
s hg19.chr21     16260949 25 +  48129895 ATGAGTTCCAAAGAAAGCTTATCTA
s rheMac2.chr3  164409318 25 - 196418989 ATGAGTTCCAAAGAAAGCTTATCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14516842 25 +  48394510 ATGAGTTCCAAAGAAAGCTTATCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14983997 17 +  46489110 --------CAAAGAAAGCTTATCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=449131.000000
s hg19.chr21     16260974 32 +  48129895 AAATATTCTGATGAAAATGTGGCTTCCATTTA
s rheMac2.chr3  164409343 32 - 196418989 AAATATTCTGATGAAAATGGGGTTTCCATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14516867 32 +  48394510 AAATATTCTGACGAAAATGTGGCTTCCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14984014 32 +  46489110 AAATATTCTGACGAAAATGTGGCTTCCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1496523.000000
s hg19.chr21     16261006 172 +  48129895 AAACCGAATGGGGGCCAAGAGAATTGTAAAGGAAACTCGAGGATGCAATCTATTCTCTGCCCCTCAATCCCTGAGCCAGCCAGGGATACTTATTTTCTCCTAAACCTAAAAATAGTCACGCTAACATTGGTTTCAGACTC--TCAGAATCACCAGCTCTGAGACTACAGAGATC
s rheMac2.chr3  164409375 174 - 196418989 AAACCAAATGGGGGCCAAGAGAGTTGTAAAGGAAACTTGAGGATGCACTCTATTCTCTGCCCCTCAATCCCTGAGCCAGCCAGGGACACTTATTTTCTCCTAAACCTTAAAATAGTCATGCTAACATTGGTTTCAGACTCTGTCAGAATCACCAGCTCTGAGACTACAAAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14516899 174 +  48394510 AAACTGAATGGGGGCCAAGAGAGTTGTAAAGGAAACTTGAGGATACAATCTATTCTCTGCCCCTCAATCCCTGAGCCAGCCAGGGACACTTATTTTCTCCTAAACCTAAAAATAGTCATGCTAACATTGGTTTCAGACTCTGTCAGAATCACCAGCTCTGAGACTACAGAGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14984046 172 +  46489110 AAACCGAATGGGGGCCAAGAGAATTGTAAAGGAAACTTGAGGATGCAATCTATTCTCTGCCCCTCAATCCCTGAGCCAGCCAGGGATACTTATTTTCTCCTAAACCTAAAACTAGTCACGCTAACATTGGTTTCAGACTC--TCAGAATCACTAGCTCTGAGACTACAGAGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=218376.000000
s hg19.chr21     16261178 53 +  48129895 TTCTCACTCTTTCCTATCTCCTGGTCCTTAAACCCGCTTCCTTACCTTGCTTC
s rheMac2.chr3  164409549 53 - 196418989 TTCCCACTCTTTCCTATTTCCTGGTCCTTAAACCTGCTTCCTTACCTTGCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14517073 53 +  48394510 TTCTCACTTTTTCCTATTTCCTGGTCCTTAAACCCACTTCCTTGCCTTGCTTC
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s panTro2.chr21  14984218 53 +  46489110 TTCTCACTCTTTCCTATTTCCTGGTCCTTAAACCCGCTTCCTTACCTTGCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=172886.000000
s hg19.chr21     16261231 39 +  48129895 TGTGCCTTGCTAATTATAACTGCTTTTTGTTTGTTTGTT
s rheMac2.chr3  164409602 39 - 196418989 TGTGCCTTGCTAATTATAACTGCCTTTTGTTTGTTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14517126 39 +  48394510 TGTGCCTTGCTAATTATAACTGCTTTTTGTTTGTTTGTT
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s panTro2.chr21  14984271 39 +  46489110 TGTGCCTTGCTAATTATAACTGCTTTTTGTTTGTTTGTT
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a score=620022.000000
s hg19.chr21     16261270 52 +  48129895 TCCTGATTCCTGTGGCTCAATCTGTGTTCCTAGGGCCTTCATCTGTGGTACC
s panTro2.chr21  14984310 52 +  46489110 TCCTGATTCCTGTGGCTCAATCTGTGTTCCTAGGGCCTTCATCTGTGGTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14517165 52 +  48394510 TCCTGATTCCTGTGGTTCAATCTGTGTTCCTAGGGCCTTCATCTGTGGTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=170658.000000
s hg19.chr21     16261322 27 +  48129895 CACCTGG-GATTTTAGACTCATGTGGGG
s panTro2.chr21  14984362 26 +  46489110 CACCTGG-GATTTTAGACTCATGTGGG-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14517217 26 +  48394510 CACCTGG-GATTTTAGACTCATGTGGG-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164409693 27 - 196418989 CACCTGGAGATTTTAGACTCATATGGG-
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a score=609463.000000
s hg19.chr21     16261349 66 +  48129895 GGTCTAAAGCTTTGGCTTAAGTTTAGTCTGAAACTCTCCTAGGCTTTGGTCCACAACCTCCTGCCA
s panTro2.chr21  14984388 64 +  46489110 --TCTAAAGCTTTGGCTTAAGTTTAGTCTGAAACTCTCCTAGGCTTTGGTCCACAACCTCCTGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14517243 64 +  48394510 --TCTAAAGCTTTGGCTTAAGTGTAGTCTGAAACTCTCCTAGGCTTTGGTCCACAACCTCCTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164409720 64 - 196418989 --TCTAAAGCTTTGGCCTAAGTTTAGTCTGAAACTCTCCTAGGCTTTGGTTCACAACCTCCCGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1074923.000000
s hg19.chr21     16261415 75 +  48129895 CCCAACATGGTGCTGACAGGGAGGACAATCTGTAGCCCATGAAGATTAGAGCTATGCTATTAATCAATGATCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14517307 75 +  48394510 CCCAACATGGTGCTGACAGGGAGGACAATCTGTAGCCCATAAAGATTAGAGCTATGCTATTAATCAATGATCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164409784 75 - 196418989 CCCAACATGGTGCTGACAGGGAGGACAATCTGTAGCCCATAAAGATTAGAGCTATGCTATGCATCAATGATCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3567835.000000
s hg19.chr21     16261490 169 +  48129895 CCCAACTAAAATACTTAGTTCAGGGCTCTTCGCACAATGCTCAAAGTACTTTCTGTTCAATAAAGGCTTGTTGACTGTATTTACAACACATGCTGTACTATGAACTGCATACCAAAGTCCAAATTACAACATATAACCTCTATGACAAGAACGAGTAAAAAAATAAAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 I 619
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i panTro2.chr21 I 619 C 0
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i ponAbe2.chr21 M 970 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164411896  2 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16264295 73 +  48129895 atatttatgtttttataaataaaataaatacgtgttatatatttatgtttttataaataaaataaatatgtgt
s panTro2.chr21  14987950 71 +  46489110 atatttatgtttttataaataaaataaatatatgttatatatttatgtttttataaataaaataaatatgt--
i panTro2.chr21 I 13 C 0
s ponAbe2.chr21  14519977 73 +  48394510 atatttatatttttataaataaaatacatatatgatatatatttatatttttataaataaaatatatatatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164411896  2 - 196418989 I

a score=33170.000000
s hg19.chr21     16264368 68 +  48129895 tatatatttatgtttttataaataaaataaatatatgttatatatattt--atatatatatTTCAATTTT
s rheMac2.chr3  164411898 66 - 196418989 tataaatttatatttttataaataaaataaatatatattatatatattt----atatatatTTCAATTTT
i rheMac2.chr3  I 2 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164412404 56 - 196418989 tctggggagcggggtgtggggagggGAGCcactttgggaagctgagataggaggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14988582 92 +  46489110 cgcttaagctaagaagttggagaccagcctgggcaacatggcaaaaccccatttctacaaaa-tattttatgaaattagctgggcatggtggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=105652.000000
s hg19.chr21     16265676 21 +  48129895 AAACAGTAGACTTATCTATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14990052 116 +  46489110 TAAGCCTCAAAAAGGTTGGTGCACTTGTCAGAAACATGTAGAAAGTAACTTATGAAAGAAAAATGAACTTATGAAAAG--AAAAAAATCACACATTAATTTCTTGTCAATGAATCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16266509 40 +  48129895 CTGGCTAATTTTCCATTTCTAGGATGTTGTCTTCAGTGGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16266549 184 +  48129895 AGGAAGGTTTAAACCCATCGTTCCCATTAGAGTTTACACTAGGAGCAATAATGAACCTTAAATGATTCTTAAACATGGAATCTAAGTGGAGTCAAGAACAGAATTATATTGAATCTTCATTTTAAAAGCTACGTGAGCCATATTTATTCTTTTAAAATGGAGCAAATATGTTCTGAAACCCAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14522225 184 +  48394510 AGGAAGGTTTAAACCCATCGTTCCCATTAGAGTTTACACTAGGAGCAATAATGAACCTTAAATGATTCTAAAACATGGAATCTGAGTGGAGTCAAGAACAGAATTATATTGAATCTTTGTTTTAAAAGCTATGTGAGCCATATTTATTCTTTTAAAATGGAGCAAATATGTTCTGAAACCCAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16266733 49 +  48129895 AAGAGGTGAGTTACTTAAGCAAGCCCAACAT---TAGGCCGGTAGTATCATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16266782 80 +  48129895 TCAGATGCTCATAGCCATCATAGGGACATAGAAGATATTCCAAAGTGATTTCTATCAATCCTAGTTTCCATTTCTCACCT
s panTro2.chr21  14990444 80 +  46489110 TCAGATGCTCATAGCCATCATAGGGACATAGAAGACATTCCAAAGTGATTTCTATCAATCCTAGTTTCCATTTCTCACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14522461 80 +  48394510 TCAGATGCTCATAGCCATCACAGGGACATAGAAGACATTCCAAAGTGATTTCTATCAATCCTAGTTTCCATTTCTCACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164414316 80 - 196418989 TCAGATGCTCATAGCCATCACAGGGACATAGAACACATTCCAAAGTGATTTCTATCAATCCTAGTTTCCATTTCTCACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-116491.000000
s hg19.chr21     16266877 8 +  48129895 TCTTTGTA
s rheMac2.chr3  164414411 8 - 196418989 TCTTTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-35081.000000
s hg19.chr21     16266885 6 +  48129895 GACTTT
s rheMac2.chr3  164414419 6 - 196418989 GACCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=44911.000000
s hg19.chr21     16266891 11 +  48129895 GACTTTgggtt
s rheMac2.chr3  164414425 11 - 196418989 GACTTTgggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=104258.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=716059.000000
s hg19.chr21     16266918 69 +  48129895 gggtttccaatctccagtctgccacttactatctgtgggacc-ttgagtgaattacttagcatctctgtg
s rheMac2.chr3  164414452 70 - 196418989 gggtttccagtctcctgtctgccacttactatccatgtgaccttttcatgaattacttagcatctctgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14522597 69 +  48394510 gggtttctaatctccagtctgccacttactatctaggggatc-ttgagtgaattacttagcatctctgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14990580 69 +  46489110 gggtttccaatctccagtctgccacttactatctgtgggacc-ttgagtgaattacttagcatctctgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=327914.000000
s hg19.chr21     16266987 41 +  48129895 cctcagtttcttggtctgtaaaataatatgaaaacagggcc
s rheMac2.chr3  164414522 41 - 196418989 cctcagtttcgtggtctgtaaaatcatatgaaaacagggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=135701.000000
s hg19.chr21     16267028 27 +  48129895 cccacaagtggtagctgagaatagtaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=784520.000000
s hg19.chr21     16267055 63 +  48129895 atgagttaatagatgtaaaggaattggaagaaaacctggcagataatgagcactcgacaatgt
s panTro2.chr21  14990717 63 +  46489110 atgagttaatagatgtaaaggaattggaacaaaacctggcagataatgagcactcgacaatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=674215.000000
s hg19.chr21     16267118 45 +  48129895 tagctcttattATTTAGAGGCCATGAATCCCTTAATTTTGCAGCT
s panTro2.chr21  14990780 45 +  46489110 tagctcttattATTTAGAGGCCATGAATCCCTTAATTTTGTAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14522797 45 +  48394510 tagctgttattATTAAGAGGCCATGAATCCCTTAATTTTGTAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1074179.000000
s hg19.chr21     16267163 110 +  48129895 TCAAATAAAGCACTCACACAGACACAAACTTGCTGGTGATTTAAAT----AAGGAAACATAAATCA--AAGGTAAATTTTAATTAAATCAGTTAATGGCACATGGATCAGTTGGG-A
s panTro2.chr21  14990825 110 +  46489110 TCAAATAAAGCACTCACACAGACACAAACTTGCTGGTTATTTAAAT----AAGGAAACATAAATCA--AAGGTAAATTTTAATTAAATCAGTTAATGGCACATGGATCAGTTGGG-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14522842 116 +  48394510 TCAAATAAAGCCCTCACACAGACACAAACTTGCTGGTTATTTAAATAAGAAAGGAAACATAAATCAACAGAGAAAATTTTAATTAAATCAGTTAATGGCATATGGATCAGTTGCG-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164414698 117 - 196418989 TCAAATGAAGCACTCACACAGACACAAACTGGCTGGTTACTTAAAAAAGAAAGGAAACATAAATCAACAGAGTAAATTTTAATTAAATCAGCTAATGGCATATGGATCAGTTGGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=692197.000000
s hg19.chr21     16267273 40 +  48129895 AATGAGTTTACTTCAGAAATTATTTCTAAGAGTGTTCCTC
s panTro2.chr21  14990935 40 +  46489110 AATGAGTTTACTTCAGAAATTATTTCTAAGAGTGTTCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14522958 40 +  48394510 AATGAGTTTACTTCAGAAATTATTTCTAAGAGTGTTCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164414815 40 - 196418989 AATGAGTTTACTTCAGAAATTATTTCTAAGAGTGTTCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=257950.000000
s hg19.chr21     16267313 30 +  48129895 ATAAAACAATATGACCACATTAGATATATA
s panTro2.chr21  14990975 30 +  46489110 ATAAAACAATATGACCACATTAGATATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14522998 30 +  48394510 ATAAAACAATATGACCACATTAGATATATA
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s rheMac2.chr3  164414855 30 - 196418989 ATAAAACAATATGACCACATTAGATATATA
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a score=334850.000000
s hg19.chr21     16267343 23 +  48129895 GTTAAGGGAAACATTAAAAATAT
s panTro2.chr21  14991005 23 +  46489110 GTTAAGGGAAACATTAAAAATAT
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a score=367919.000000
s hg19.chr21     16267366 50 +  48129895 ATAATGTGTAACCTTTCAATTTTCACTTAACAGCTGCCTTTATATTATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14523428 123 +  48394510 ATGGAACACAGCATGCTGTGTGTTCCCATCACAAAAGCTTTGGAGGAACAGATTCCACAGAAGGTCACCGGAGACAGTGAACTGAACAGAAAACCCAGCATCACTCAATGATGCAAAGGTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14523596 95 +  48394510 TGACACTATTTCCATCTATAGATTCTGAGTTCATTTCATTTATTTCAGGCATGCAAATAAGTCTAAACCCAAGATCTAAAAAATAAAAAATAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16268003 64 +  48129895 ATATATCTAAAAGAAATAGGCATCTAATTTTAAAGAAACTTACTGTCC-TCCCCCGACTCCCACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14523691 64 +  48394510 ATATATCTAAAAGAAACAGGCATCTAATTTTAAAGAAACTTATTGTCC-TCCCCCGACTCCCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164415547 65 - 196418989 ATATAGCTAAAAGAAATAGGCATCTAATTTTAAAGAAACTTACTGTCCTTCCCCCCACTCCCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=293215.000000
s hg19.chr21     16269033 56 +  48129895 TCATCACTCCCAAAGTTTTAATCTTGACAGCAGGATAGCAAAGGAAAATATTGGAA
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a score=227507.000000
s hg19.chr21     16269089 33 +  48129895 CACAACCAGGACTAGAACATTTCTTATTTCTTA
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a score=612344.000000
s hg19.chr21     16269122 53 +  48129895 GATCTACACCCAGCTTGTGCTGGAATACAAATTACCATAGCCTCTGCTCATGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164416805 12 - 196418989 ATACAGCCTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14993754 86 +  46489110 TCggccgggcgcggtggctcactcctgtaaccccagcactttgggaggccgacgcgggcggatcacgaggtcaggagattgaaacg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14993840 101 +  46489110 atcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaataagctagccatggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcgggaggctgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164417609   0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164417609  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164417609  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  14994377 66 +  46489110 agccttaaTTAAGGATGGGAGCCAGTTGTcaatacagcatagttaggtattagaagcaattataat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14526486 66 +  48394510 agccttaaTTAAGGATGGAAGCCAGTTGTcaatacagcatagttaggtattagaagcaattataat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164417932 66 - 196418989 agccttaaTTAAGGATGGGAGACAGTTGTCAATACAGCATAGTTAGATATTAGAAGCAATTGTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616587.000000
s hg19.chr21     16270775 250 +  48129895 tagaactaaaatgcctctgctcatatctgagttctcttctaggtcttgtccc-aggcacatactttatttctctacataatgttttcctcatctataaaaagggagtgataacaatacatatcccatgagagttcatcatgattaaatgaa--atatagcacatgaagcactcatcgtagaatatggcacctatcagtactcaatgttagttGGCAGTATTATGTATCTATAACTTTTTTCAGTTTTCAGAAA
s panTro2.chr21  14994443 250 +  46489110 tagaactaaaatgcctctgctcatatctgagttctcttctaggtcttgtccc-aggcacatactttatttctctacataatgttttcctcatctataaaaagggagtgataacaatacatatcccatgagagttcatcatgattaaatgaa--atatagcacatgaagcactcatcgtagaatatggcacctatcagtactcaatgttagttGGCAGTATTATGTATCTATAACTTTTTTCAGTTTTCAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14526552 251 +  48394510 tagaactaaaatgcctctgctcatatctgagttctcttctaggtcttgtcccggggaacatcctttatctctctacataaagttttcctcatctataaaaagggagtgataacaatacatatcccatgagagttcatcatgattaaatgaa--atatagcacatgaagcactcattgtagaatatggcacctatcagtactcaatgttagttGGCAGTATTATGTATCTATAACTTTTTTCAGTTTTCAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164417998 241 - 196418989 TAGAACTAgaatccctctgctcatatctgagttctct-----------tgcc-cggcacatactttatctctctacataacattttcctcatctataaaaagggagtgataacaatacatatcccatgagagctcatcatgattaaatgaaatatatagcacatgaagccctcatcgtagaatatggcacctaacagtactcaatgctagttggcagttttatGTATCTATAACTTCCTTCGGTTTTCAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110247.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164418239 42 - 196418989 GGACTGGGAGAATGAAGTCTTATCATTGGATGTCAAGAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=152582.000000
s hg19.chr21     16271067 76 +  48129895 CTTCAGCCAGTTATTAAATTTGTTTACAGCTGGCAGGCCTGCAACACCAATAATCAAAGTATCCTTGTATAGGATT
s panTro2.chr21  14994735 76 +  46489110 CTTCAGCCAGTTATTACATTTGTTTACAGCTGGCAGGCCTGCAACACCAATAATCAAAGTATCCTTGTATAGGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14526845 73 +  48394510 CTTCAGCCAGTTATTAAATTTGTTTACAGCTGGCAGGCCTGCAACACCAATAATCAAAGTATCCTTGTATAGG---
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1716
s rheMac2.chr3  164418281 73 - 196418989 TTTCAGCCAGTTGTTAAATTTGTTTACAGCTGGCAGACCTGCAACACCAATAATCAAGGTATTCTTGTATAGG---
i rheMac2.chr3  C 0 T 1084

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s hg19.chr21     16271143 76 +  48129895 ATTCAATAGGGCTGATTGTCCATAGGTCTATAGTTTATAATTAAGTCTACTTACAATGGGAATACCACATCATAAT
s ponAbe2.chr21  14528634 75 +  48394510 -TTCAATAGGGCTGATTGTCCATAGGTCTATAGTTTATAATTAAATCTATTTACAATGGGAATACTACATCATAAT
i ponAbe2.chr21 I 1716 C 0
s rheMac2.chr3  164417270 76 - 196418989 ATTCAATAGGGTTGATTGTCCATAGGTCTACAGTTTATAATTAAATCGATTTACAATGGGAATACTATATCATAAT
i rheMac2.chr3  T 1084 C 0
s panTro2.chr21  14994811 73 +  46489110 ATTCAATGTGGCTGATTGTCCATAGGTCTATAGTTTATAATTAAGTCTACCTATA---GGAATACCACATCATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=36171.000000
s hg19.chr21     16271219 36 +  48129895 GCAACCAGTAACAAGCCCATCAGAGTTAAATACTTG
s ponAbe2.chr21  14528709 36 +  48394510 GCAACCAGTAACAAGCCCATCAGAGTTAAATACTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164417346 36 - 196418989 GCAACCAGTAACAAGCCCATCAGAGTTAAATATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  14994884 36 +  46489110 GCAACCAGTAACAAGCCCATCAGAGTTAAATACTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1049.000000
s hg19.chr21     16271255 26 +  48129895 CTAGAATTCTCATTATAAATCCCTGG
s ponAbe2.chr21  14528745 23 +  48394510 CTAGAATTCTCATTATAAATCCC---
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=302621.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14530063 65 +  48394510 TGCAAACTCTTTTCTGCCTTTAATTCTTTTGAAGGGATCCCAGGTTTCAAAGTCCATATCCCTTT
i ponAbe2.chr21 I 1295 C 0
s rheMac2.chr3  164418364 65 - 196418989 TGCAAACTCTTTTTTGCCTTTAATTCTTTTGAAGGGATCCCAGGTTTCAAAGTTCATATCCCTTT
i rheMac2.chr3  I 956 I 1

a score=61671.000000
s hg19.chr21     16271346 23 +  48129895 ATGGTTATAAATCCCCAACATTT
s panTro2.chr21  14995011 23 +  46489110 ATGGTTATAAATCCCCAACATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14530128 23 +  48394510 ATGGTTATAAATCCCCAACATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=84953.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16271414 39 +  48129895 ctgagtgcggtggcttatgcctgtaatctcagcactttg
s panTro2.chr21  14995079 39 +  46489110 ctgagtgcggtggcttatgcctgtaatctcagcactttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14530196 39 +  48394510 ctgggtgcggtggctcacatctgtaatcccagcactttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164418498 39 - 196418989 ctgggtgcggtggctcatgcctgtaatcccagcactttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76807.000000
s hg19.chr21     16271453 51 +  48129895 ggaggccgaagtgggcagatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctg
s rheMac2.chr3  164418537 51 - 196418989 ggatgctaaggtgggcagatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164418588 52 - 196418989 gccaacatagtgaaatcccatctctactaaaaatacaaacaaaaaaaaa-att
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=203863.000000
s hg19.chr21     16271557 153 +  48129895 atctaggcatgttgatgcacacctgtaatcctaactactcgggaggctgaggcacaagatttgcttgaacctgggaggtgga-ggttgcagtgagccgaaatcatgccactgcactccaccctgggcgacagagtgagactctgtctcaaaaac
s rheMac2.chr3  164418640 153 - 196418989 atctaggcatggtgctgcacacctgtaatcctaactactcgggaggctgaggcacaagatttttttgaacctgggaggtgga-ggttgcagagagccaaaatcatgccactgccctccatcctgggcgagagagcgagactctgtctaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14995220 153 +  46489110 atctaggcatggtgatgcacacctgtaatcctaactactcgggaggctgaggcacaagatttgcttgaacctgggaggtgga-ggttgcagtgagccgaaatcatgccactgcactccaccctgggcgacagagtgagactctgtctcaaaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=554630.000000
s hg19.chr21     16271756 174 +  48129895 TGTTCTTCATACTTTTGAAAGTAGGGGAG----AAAAAGAATTAGGTCTCAGCAACATCTATATCTTGAAAATAGCCTTAACATGTAACATCAGAAGCAAGCAAAAGAAGAATTTGATCTACAAAACCTGGTTTTGGTAATCCATTCAAGTCAGCATTTTAATGGGGCTATGTACATT
s panTro2.chr21  14995420 174 +  46489110 TGTTCTTCATACTTCTGAAAGTAGGGGAG----AAAAAGAATTAGGTCTCAGCAACATCTATATCTTGAAAATAGCCTTAACATGTAACATCAGAAGCAAGCAAAAGAAGAATTTGATCTACAAAACCTGGTTTTGGTAATCCATTCAAGTCAGCACTTTAATGGGGCTATGTACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14530544 174 +  48394510 AGTTCTTCATACTTCTGAAAGTAGGGGAG----AAAATGAATTAGGTCTCAGCAACATCTATATCTTGAAAATAGCCTCAACGTGTAACATCAGGAGCAAGCAAAAGAAGAATTTGATCTACAAAACCTGGTTTTGGTAATCCATTCAAGTCAGCATTTTAATGGGGCTATTTACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164418829 178 - 196418989 TGTTCTTCATACTTCTGAAAGTAGGGGAGAAAAAAAAAGAATTAGGTCTCAGCAACATCTATATCTTGAAAATAGCCTCAATATGTAACATCAAGAGCAAGCAAATGAAGAATTTGATCTGCAAAACCTGGTTTTGGTAATCCATTCAAGTCAGCATTTTAATGGGGCTATTTACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=542987.000000
s hg19.chr21     16271930 191 +  48129895 TTCCGAAATGCTTGCCCACTTCTGGCCATGCTTCACTAATACCCAAGTCACCAAGCAGACAGCACTATCTAACCAACAACTGGGGCCCTCTGGTAACCAGTGTCCCTGTACCAGTAACACATGCTGCCAAAGTTCTAGGGCTTCAATCATGataataaaaattaataaaaaattGAGCATCC---------CAGAGCAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14530718 191 +  48394510 TTCCAAAATGCTTGCCCACTTCTGGCCACGCTTCACTAATACCCAAGTCACCAAGCAGACAGCACTATTTAACCAACAACTGGGGCCCTCTGGTAACCAGTGTCCCTGTACCAGTAACACATGCTGCCAAAGTTCTAGGGCTTCAATTATGATAATAAAAATTAAGAAAAAATTGAGCATTC---------CAGAGCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=15951.000000
s hg19.chr21     16272121 22 +  48129895 ACAGATAGTTTTATGAGGGAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201728.000000
s hg19.chr21     16272143  82 +  48129895 CAC-------------------AGGGCTAATTTAATAAGATGGAACTTATTAAATTCCAGGATGTAAAAACCCTGGATCCTATATTTCAAATTGTTTCTCA
s panTro2.chr21  14995807  82 +  46489110 CAC-------------------AGGGCTAATGTAATAAGATGGAACTTATTAAATTCCAGGATGTAAAAACCCTGGATCCTATATTTCAAATTGTTTCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14530931  82 +  48394510 CAC-------------------AGGGCTAATTTAATAAGATGGAACTTATTAAATTCCAAGATGTAAAAACCCTGGATCCTATATTTCAAATTGTTTCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164419229 101 - 196418989 CACACTACTGAGGTAACCACAGAGGGCTAATTTAATAAGATGGAACTTATTCAATTCCAGGATGTAAGAACCCTGGATCCTATATTTCAAATTGTTTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=314458.000000
s hg19.chr21     16272225 82 +  48129895 GTATTGAGTGTTATCCAGCATGCATCAAGCATTTAAAGGGTGAGATGTGATTACCTTCTTTCTCAAAATGCAGAAAAGCCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164419330 82 - 196418989 GTATTGACTGTTATCCAGCATGCATCAAGCATTTAAAGGGTGAGATGTGATTACCTTCTTTCTCAAAATGCAGAAAAGCCTT
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a score=62027.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-4233.000000
s hg19.chr21     16272351 9 +  48129895 ATTTAAGGT
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a score=-31164.000000
s hg19.chr21     16272360 7 +  48129895 GTCTGTG
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a score=113255.000000
s hg19.chr21     16272367 30 +  48129895 CTTGTAGCCACTTCTGTCTAAAGAAGcatg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=285216.000000
s hg19.chr21     16272397 74 +  48129895 ttgtgtgaaaggtgatccatcccatttcctggccacagctgactggatgtggggaaaacaatgacccaccaaat
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s hg19.chr21     16272471 28 +  48129895 ggctcatccacagat-aagacagcaatct
s rheMac2.chr3  164419576 29 - 196418989 GACTCATCCATAGATAAAGACAGCAATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531259 28 +  48394510 ggctcatccacagat-aagacagcaatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14996135 28 +  46489110 GGCTCATCCACAGAT-AAGACAGCAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=304864.000000
s hg19.chr21     16272499 23 +  48129895 gtgactcctgtggcctagccaat
s panTro2.chr21  14996163 23 +  46489110 GTGACTCCTGTGGCCTAGCCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531287 23 +  48394510 gtgactcctgtggcctagccaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164419605 23 - 196418989 GTGACTCCTGTGGCCTAGCCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=573119.000000
s hg19.chr21     16272522 84 +  48129895 cagattctccctcttaggaatCAGTTCTAAGAGATTCAAAGGGCTATGTCCAATGAACTGTTTTCCTTTCATGAAAGGAAAGTT
s panTro2.chr21  14996186 84 +  46489110 CAGATTCTCCCTCTTAGGAATAAGTTCTAAGAGATTCAAAGGGCTATGTCCAATGAACTGTTTTCCTTTCGTGAAAGGAAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531310 84 +  48394510 cagattctccctcttaggaatCATTTCTAAGAGATTCAAAGGTCTATGTCCAATGAACTGTTTTCCTTTCATGAAAGGAAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164419628 84 - 196418989 CAGATTCTCCCTCTTAGGAATCAGTTCTAAGAGATTCAAAGGGCTATGTCCAATGAACTGTTTTCCTTTCATGAAAGGAAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=130570.000000
s hg19.chr21     16272606 23 +  48129895 TGAGGCTGAAGCCATGAAAAAAT
s panTro2.chr21  14996270 23 +  46489110 TGAGGCTGAAGCCATGAAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164419712 23 - 196418989 TGAGGCTGAGGCCATGAAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=194231.000000
s hg19.chr21     16272629 38 +  48129895 CAGGATAGGTGCAGCCATCTGGGCTCTGTGAATAATGA
s panTro2.chr21  14996293 38 +  46489110 CAGGATAGGTGCAGCCATCTGCGCTCTGTGAATAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531417 38 +  48394510 CAGGATAGGTGCAGCCATCTGGGCTCTGTGAATAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164419735 38 - 196418989 CAGGGTAGGTGCAGCCATCTGGGGTCTGTGAATAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=256600.000000
s hg19.chr21     16272667 40 +  48129895 ATGAATCAGCAGAAGCAGTCAGTTAGGATAGAGAGAGTAC
s panTro2.chr21  14996331 40 +  46489110 ATGAATCAGCAGAAGCAGTCAGTTAGGATAGACAGAGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531455 40 +  48394510 ATGAATCAGCAGAAGCAGTCAGTTGGGATAGACAGAGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164419773 40 - 196418989 ATGAATAAGCAGAAGCAGCCAGTTGGGATAGACAGAGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1607.000000
s hg19.chr21     16272707 35 +  48129895 TAGAAAAAAAGCAGATTAAGAGGAAACATCCAAga
s panTro2.chr21  14996371 35 +  46489110 TAGAAAAAAAGCAGATTAAGAGGAAGCATCCAAga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531495 35 +  48394510 TAGAAAAAAAGCAGATTAAGAGGAAACATCCAAga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164419813 35 - 196418989 TAGAAAAAAAGTAGATTACGAGGAAACATCCAAgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59739.000000
s hg19.chr21     16272742 82 +  48129895 ccagacacagtggctcacacctgtaatcccaaacctttgggaggccaaagcaggcagaccatttgagcccaggagttggaga
s rheMac2.chr3  164419848 82 - 196418989 ccagacacagtggctgacacctgtaatcccaaacctttgggaggccaaagtaggcagactgtttgagcccaggaattggaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531530 82 +  48394510 ccagtcacagtggctcacacctgtaatcccaaacctttgggaggccaaagcaggcagaccatttgagcccaggagttggaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14996406 82 +  46489110 ccagacacagtggctcacacctgtaatcccaaacctttgggaggccaaagcaggcagaccatttgagcccaggagttggaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=53654.000000
s hg19.chr21     16272824 111 +  48129895 ccagcctgggcaacatggcaaaacccaatctccactaaaaataccaaaaaattagctgggcatggtagccagtgcctgtagtcccagctactcaggaggctaaagtagaag
s rheMac2.chr3  164419930 101 - 196418989 ccagactgggcaacatggcgaaacccaatctctactaaaaataccaaaaaattagctgggcatgatagccagtgcctatgatcccagctactcaggaggcc----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531612 111 +  48394510 ccagcctaggcaacatggcaaaacccaatctccactaaaaataccaaaaaattagctgggcatggtagccagtgcctgtagtcccagctactcaggaggctaaagtagaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14996488 111 +  46489110 ccagcctgggcaacatggcaaaacccaatctccactaaaaataccaaaaaattagctgggcatggtagccagtgcctgtagtcccagctactcaggaggctaaagtagaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-9652.000000
s hg19.chr21     16272935 87 +  48129895 gatcacctgagcctgggaagttgaggctgcagtgagctgtgatcccacaactgtattccagcctgagcaaaagatcaagagcatgtc
s rheMac2.chr3  164420031 86 - 196418989 -atcacctgagcctgcgaggtcgaggctgcgatgagctatgatcccaccactgtattccagtctgagcaaaagatcaagagtgtgtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531723 87 +  48394510 gatcacctgagcctgggaagttgaggctgtagtgagctgtgatcccacaactgtattccagcctgagcaaaagatcaagagcatgtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14996599 87 +  46489110 gatcacctgagcctgggaagttgaggctgcagtgagctgtgatcccacaactgtattccagcctgagcaaaagatcaagagcatgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-197894.000000
s hg19.chr21     16273022 32 +  48129895 ttaaaacaaaa-----caaaacaaagcaaaaATTAGA
s rheMac2.chr3  164420117 37 - 196418989 tTaaaacaaaacaaagcaaagcaaagcaaaATTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531810 32 +  48394510 ttaaaacaaaa-----caaaacaaagcaaaaATTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14996686 32 +  46489110 ttaaaacaaaa-----caaaacaaaGCCAAAATTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=669635.000000
s hg19.chr21     16273054 74 +  48129895 AAAACATAGCCCTTG-AAAGAGACATCTTGAGAGATGAGTCAGTTTTGAGAGAAGGGCTGATTCAGTTCTGTAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531842 74 +  48394510 AAAACATAGCCCTTG-AAAGAGACATCTTGAGAGATGAGTCAGTTTTGAGAGAAGGGCTGATTCAGTTCTGTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16273128 73 +  48129895 TTTGGTGTTCAGTTTGATCTGGATTCCTGTGAGACCTCGTTCTCTCACTTAAATTAAACT-CCTTGAGCTGGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164420229 69 - 196418989 TTTGGGGTTCAGTTTGATCTGGATTCCCGTGAGATCTCTTTCTCTCACTTAAACTA-----CTTTGAGCTGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=969234.000000
s hg19.chr21     16273201 96 +  48129895 T-TCTTCCTTATGACTTAAAAAGCCCAATTCAAACACTTCTCTTTCAGTAATACATTCTTTTTTTCCACTGGAATTTGTTAGTATTGTCTTTCCAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14531990 97 +  48394510 TGTCTTCCTTATGACTTAAAAAGCCCAATTCAAACACTTCTTTTTCAGTAATACATTCTTTTTCTCCACTGGAATTTGTTAGTATTGTCTTTCCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164420298 97 - 196418989 TATCTTCCTTATAACTTAAAAAGCCCAATTCAAACACTTCTCTTTCAGTAATATATTCTTTCTTCCCATTGGAATTTGTTAGTATTGTCTTTCCCGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=551048.000000
s hg19.chr21     16273297 41 +  48129895 GCTTTGGATAACATAAACATTGGCTTAAAAGTCATTTTTTA
s panTro2.chr21  14996961 41 +  46489110 GCTTTGGATAACATAAACATTGGCTTAAAAGTCGTTTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532087 41 +  48394510 GCTTTGGATAACATAAACATTGGCTTAAAAGTCATTTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164420395 41 - 196418989 GCTTTGGATAACAGAATCATTGGCTTAAAAGTTATTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=809134.000000
s hg19.chr21     16273338 83 +  48129895 AAATCATTTCAGCCATTTGGTGACCCTAAGAGAGTACACATACTTTTATAGGGTTTCACAGAAATTCCAAGACAAAGGATTAA
s panTro2.chr21  14997002 83 +  46489110 AAATCATTTCAGCCATTTGGTGACCCTAAGAGAGTACACATACTTTTATAGGGTTTCACAGAAATTCCAAGACAAAGGATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532128 81 +  48394510 AAATCATTTCAGCCATTTGGTGACCCT--GAGAGTCCACATACTTTTATAGGGTTTCACAGAAATTCCAAGACAAAGGATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164420436 76 - 196418989 AAATCATTTCAGCTATTTGGTTACCCTAAGAGAGTCCACGTACTTCTATGGGGTTTCACAGAAATTCCAAGAGAAA-------
i rheMac2.chr3  C 0 I 11

a score=302983.000000
s hg19.chr21     16273421 50 +  48129895 TGTATTGTTTCTGTGAGTTTCTATTCAATTCAAATTTTATAATTCAAAAA
s ponAbe2.chr21  14532209 50 +  48394510 TGTATTGTTTCTGTGAGTTTCTATTCAATTCAAATTTTATAATTGAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14997085 50 +  46489110 TGTATTGTTTCTGTGAGTTTCTATTCAATTCAAATTTTATAATTCAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164420512 11 - 196418989 I

a score=507876.000000
s hg19.chr21     16273471 67 +  48129895 TTTTAAGTTGTTATCAACCACAGTAAGAATTATAAGAATGCTATCTATAATTTTAAAGAGAATGTTT
s panTro2.chr21  14997135 67 +  46489110 TTTTAAGTTGTTATCAACCAAAGTAAGAATTATAAGAATGCTATCTATAATTTTAAAGAGAATGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532259 67 +  48394510 TTTTAAGTTGTTATCAACCAAACTAAGAATTATAAGAATGCTATCTATAATTTTGAAGACAATGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164420523 67 - 196418989 TTTTAAATTGTTATCAACCAAACTAAGAATTATAAGAATACTATCTATAATATTCAAGAGAATGTTT
i rheMac2.chr3  I 11 C 0

a score=1236110.000000
s hg19.chr21     16273538 120 +  48129895 TGCACTAACAACTGAAACATTTATTGAAAAGAAAT-TTTTATCGGTCTTATAGGGC-TTTTGTGTGAATTTAGCAAAGTTAGCATGTATATAAGGCACAAGTACCATCGGAAAAGTTCTAAA
s panTro2.chr21  14997202 120 +  46489110 TGGGCTAACAACTGAAACATTTATTGAAAAGAAAT-TTTTATCGGTCTTATAGGGC-TTTTGTGTGAATTTAGCAAAGTTAGCATGTATATAAGGCACAAGTACCATCGGAAAAGTTCTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532326 120 +  48394510 GGGGCTAACAACTGAAACATTTATTGAAAAGAAAT-TTTTATCAGTCTTACAGGGC-TTTTGTGTGAATTTAGCAAATTTAGCATGTATATAAGGCACAAGTACCATCGGAAAAGTTCTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164420590 122 - 196418989 TGGACTAACAACTGAAACATTTATTGAAAAGAAATGTTTTATCAGTCTTATAGGGCTTTTTGTGTGAATTTAGCAAATTTAGCATGTATATAAGGCAGAAGTACCATTGGAAAAGTTCTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233713.000000
s hg19.chr21     16273658 120 +  48129895 AAGAATTAGTTATGTAGTTATTTCATATCCACAGTGCAAGGGCAAGGTTGAACAGAACTTTTCTCCATATAGTTGCTCAAACTGCCCAGTGATTTTCTTTC----------TTTCTTTTTTTTATAGTGC
s rheMac2.chr3  164420712  90 - 196418989 AAGAATTAGTTATGTAGTTATTTCATATCCACAATGCAAGGGCAAGGTTGAAAAG------------------------AACTGCCCAGTGATTTTCCTTT----------------TTTTTTTTAGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532446 130 +  48394510 AAGAATTAGTTATGTAGTTATTTCATATCCACAATGCAAGGGCAAGGTCGAACAGAACTTTTCTCCATATAGTTGCTCAAACTGCCCAGTGAttttctttcttttttttttttttttttttttttAGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14997322 120 +  46489110 AAGAATTAGTTATGTAGTTATTTCATATCCACAGTGCAAGGGCAAGGTTGAACAGAACTTTTCTCCATATAGTTGCTCAAACTGCCCAGTGATTTTCTTTC----------TTTCTTTTTTTTTTAGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=290077.000000
s hg19.chr21     16273778 33 +  48129895 TTTGTTGAAATGGTTTAAGGGCTCCACTGACTG
s panTro2.chr21  14997442 33 +  46489110 TTTGTTGAAATGGTTTAAGGGCTCCACTGACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=903414.000000
s hg19.chr21     16273811 179 +  48129895 AAAGTTAACCCCCAGTATGCATTGGCTGCTGAGTG-TTTTTTGTTTTACTCACCGGCCCTTGAGTACCGTGTTTAATTTCCACACCACAGTAATGTGAATGATCTAGGTAATCTCACATAATGGTTTGCTATAGGACACCCAAACCTTCATCCCAGGAATACTTGGAACAAGATGAAACA
s panTro2.chr21  14997475 179 +  46489110 AAAGTTAACCCCCAGTATGCATTGGCTGCTGAGTG-TTTTTTGTTTTACTCACCGGCCCTTGAGTACCGTGTTTAATTTCCACACCACAGTAATGTGAATGATCTAGGTAATCTCACATAATGGTTTGCTATAGGACACCCAAACCTTCATCCCAGGAATACTTGGAACAAGATGAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532609 179 +  48394510 AAAGTTAACCCCCAGTATGCATTGGCTGCTGAGTG-TTTTTTGTTTTACTCACCGGCCCTTGAGTACCATGTTTAATTTCCACACCACAGTAATGTGAATGATCTAGGTAATCTCACATAATGGTTTGCTATAGGACACCCAAACCTTCATCCCAGGAATACTTGGAACAAGACCAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164420835 179 - 196418989 -ACGTTAACCCCCAGTATGCATTGACTGTTGAGTGTTTTTTTGTTTTACTCACCAGTCCATGAGGACCGTGTTTAATCTGCACACCACAGTAATGCGAATGATCTAGGTTATCTCATATAATGGTTTTCTATAGGACACCCAAACCTTCATCCCAGGAATACTTGGAACAAGACCAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=773415.000000
s hg19.chr21     16273990 78 +  48129895 AGATGAGTCACTTGTGGTGAAGCCACACTAACCATGCTGCCAGGGTCTTACTGTACTTTGCTTCTGGAAGGCCTCATT
s panTro2.chr21  14997654 78 +  46489110 AGATGAGTCACTTGTGGTGAAGCCACACTAACCATGCTGCCAGGGTCTTACTGTACTTTGCTTCTGGAAGGCCTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532788 77 +  48394510 AGATGAGTCACTTGTAGTGAAGCCACACTAACCATGCTG-CAGGGCCTTACTGTACTTTGCTTCTGGAAGGCCTCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421014 78 - 196418989 AGATGAGTCACTTGTGGTGAAGCCACACTAACCGTGCTGCCAGGGCCTTACTGTACTTTGCTCCTGGAAGACCTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=528605.000000
s hg19.chr21     16274068 43 +  48129895 AAGCAAAGGTGCCAAGTTACATGCTTGATGAGGAGATTGATTC
s rheMac2.chr3  164421092 43 - 196418989 AAGCAAAGGTGCCAAGTTACATGCTTGATGAGGAGATAGATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532865 43 +  48394510 AAGCAAAGGTGCCAAGTTACATGCTTGATGAGGAGATAGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14997732 43 +  46489110 AAGCAAAGGTGCCAAGTTACATGCTTGATGAGGAGATAGATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=369627.000000
s hg19.chr21     16274111 53 +  48129895 TTGAGTCCTTCCTTACAACCAGAGTATCTGGGTAAGAACCAAAGACCTCTGAG
s panTro2.chr21  14997775 53 +  46489110 TTGAGTCCTTCCTTACAACCAGAGTATCTGGGTAAGAACCAAAGACCTCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532908 53 +  48394510 TTGAGTCCTTCCTTACAACCAGAGTATCTGGGTAAGAACCGAAGACCTCTGAG
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s rheMac2.chr3  164421135 53 - 196418989 TTGAGTCCTTCCTTACAAGCAGAGTGTCTGGGTAAGAACCAAAGACCTCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150573.000000
s hg19.chr21     16274164 57 +  48129895 TGGAACCTATCAAAAGTCATGCATAAGAGAGCCACAGGGTAAGAAGAAGTGAAATTT
s panTro2.chr21  14997828 57 +  46489110 TGGAACCTATCAAAAGTCATGCATAAGAGAGCCACAGGGTAAGAAGAAGTGAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14532961 57 +  48394510 TGGAACCTATCAAAAGTCATGCATAAGAGAGCTACAGGGTAAGAAGAAGTGAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421188 57 - 196418989 TGGAACCTATCAAAAGTCATGCATAAGAGAGTCACAGGGTAAGAGGAAGTGAAATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=949968.000000
s hg19.chr21     16274221 85 +  48129895 GAAGGGGACTTCCGGTGACCTCATCACCTATAAGAAAGAAAAGTCTAGTAGTTCTGTTCTTGGAATACTTGTTCTGTTAAGATTT
s panTro2.chr21  14997885 85 +  46489110 GAAGGGGACTTTCGGTGACCTCATCACCTATAAGAAAGAAAAGTCTAGTAGTTCTGTTCTTGGAATACTTGTTCTGTTAAGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533018 85 +  48394510 GAAGTGGCCTTTTGGTGACCTCATCACCTATAAGAAAGAAAAGTCTAGTAGTTCTGTTCTTGGAATACTTGTTCTGTTAAGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421245 85 - 196418989 GAAGTGGCCTTTCGGTGACCTCTTCACCTATAAGAAAGAAAAGTCTAGTAGTTCTGTTCTTGGAATATTTGTTCTGTTAAGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1261642.000000
s hg19.chr21     16274306 148 +  48129895 AGCAAAACAGTTTGACCAATAGATTTTTAAGGTTTCTTGCTGGTTCTTAAGCCATAAGACTGCAAACAAACTCTCCTAAGGTCAGACATGTTGAGGTATTTATGCTACAGTCAAAAGGGTTGCTTATGCCTTGCTTAATATACGCATA
s rheMac2.chr3  164421330 148 - 196418989 AGCAAAACAGTATGTCCAATAGATTCTTAAGGTTTCTTGCTGGTTCTCAAGCCATAAGACTGCAAACAAACTCTCCTAAGGTCAGATATGCTGAGGTATTTATGCTACAGTCAAAAGGGTTGCTTATGCCTTGCTTAATATATGCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533103 148 +  48394510 AGCAAAACAGTTTGACCAATAGATTTTTAAGGTTTCCTGCTGGTTCTGAAGCCATAAGACTGCAAACAAACTCTCCTAAGGTCAGATATGTTGAGGTATTTATGCTACAGTCAAAAGGGTTGCTTATGCCTTGCTTAATATATGCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14997970 148 +  46489110 AGCAAAACAGTTTGACCAATAGATTTTTAAGGTTTCTTGCTGGTTCTCAAGCCATAAGACTGCAAACAAACTCTGCTAAGGTCAGACATGTTGAGGTATTTATGCTACAGTCAAAAGGGTTGCTTATGCCTTGCTTAATATACACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=208111.000000
s hg19.chr21     16274454 24 +  48129895 GAGAGATCGCAAATTACATCTATA
s rheMac2.chr3  164421478 24 - 196418989 GACAGATCCCAAATTACATCTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533251 24 +  48394510 GACAGATCCCAAGTTACATCTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14998118 24 +  46489110 GAGAGATCGCAAATTACATCTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=130499.000000
s hg19.chr21     16274478 37 +  48129895 ATTTTCCATACAACAAATCAAATTTGGCCCATAAATA
s rheMac2.chr3  164421502 37 - 196418989 ATTTTCCATAGAACAAATCAAATTTGACCCATAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533275 37 +  48394510 ATTTTCCATACAACAAATCAAATTTGGCCCATAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14998142 37 +  46489110 ATTTTCCATACAACAAATCAAATTTGGCCCACAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=237578.000000
s hg19.chr21     16274515 55 +  48129895 AAGAAGTCAACTTATGAAAGTTACAAAAGAAATTTGTAAAGTTTTAGAACTACTA
s rheMac2.chr3  164421539 55 - 196418989 AAGAAGTCAACTTAGGAAAGTTACAAAATAAATTTGTAAAGTTTTAGAACTACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533312 55 +  48394510 AAGAAGTCAACTTATGAAAGTTACAAAAGAAATTTGTAAAGTTTTAGAACTACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14998179 55 +  46489110 AAGAAGTCAACTTATGAAAGTTACAAAAGAAATTTGCAAAGTTTTAGAACTACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=305867.000000
s hg19.chr21     16274570 27 +  48129895 AAATTATTGGATCCAGAAAACCGAATG
s panTro2.chr21  14998234 27 +  46489110 AAATTATTGGATCCAGAAAACCGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533367 27 +  48394510 AAATTATTGGATCCAGAAAACCGAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421594 27 - 196418989 AAAATATTGGATCTGGAAAACCAAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=369221.000000
s hg19.chr21     16274597 43 +  48129895 TAATTCCACACTGAGAATACTCGATGTATCACGTGTTTCTGGC
s panTro2.chr21  14998261 43 +  46489110 TAATTCCACACTGAGAATACTGGATGTATCACGTGTTTCTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533394 43 +  48394510 TAATTCCACACTGAGAATACTGGATGTACCATGTGTTTCTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421621 43 - 196418989 TAATTCCACACTGAGAATACTGGATGTACCACGTGTTTCTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=373376.000000
s hg19.chr21     16274640 29 +  48129895 TTCAAATCATGTGTCACTGAAAACAAAGA
s panTro2.chr21  14998304 29 +  46489110 TTCAAATCATGTGTCACTGAAAACAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533437 29 +  48394510 TTCAAATCATGTGTCACTGAAAACAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421664 29 - 196418989 TTCAAATCATGTGTCACTGAAAACAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=222892.000000
s hg19.chr21     16274669 32 +  48129895 AAGGAGGTTTTTAAAATTATGTTCCCGGTTGT
s panTro2.chr21  14998333 32 +  46489110 AAGGAGGTTTTTAAAATTATGTTCCCGGTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533466 32 +  48394510 AAGGAGGTTTTTAAAATTATGTTCCCGGTCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421693 32 - 196418989 AAGGAGGTTTTTAACATTATGTTCCTGGTCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20386.000000
s hg19.chr21     16274701 40 +  48129895 AAATATTTGCAGATTGACATGATTTCTCTTTCTAGTTATT
s panTro2.chr21  14998365 40 +  46489110 AAATATTTGCAGATTGACATGATTTCTCTTTCTAGTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533498 40 +  48394510 AAATATTTGCAGACTGACATGATTTCTCTTTCTAGTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421725 40 - 196418989 AAATATTTGCAGATCGACATGATTTCTCTTTTTAGTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=326794.000000
s hg19.chr21     16274741 63 +  48129895 TTTTTCCATGTAATGGATGAAACACTATCTTTTTCCTTCTTTATTCATGAAACTCCAATGTCA
s panTro2.chr21  14998405 63 +  46489110 TTTTTCCATGTAATGGATGAAACACTATCTTTTTCCTTCTTTATTCATGAAACTCCAATGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533538 63 +  48394510 TTTTTCCATGTAATGGATGAAACATTATCTTCTTCCTTCTTTATTCATGAAACTCCAATGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421765 63 - 196418989 TTTTTCCATGTGATGGATGAAACACTGTACTTTTCCTTCTTTAGTCATGAAACCCCAATGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241657.000000
s hg19.chr21     16274804 28 +  48129895 TCAAGCCTCAGTTTGTGACTGGAATGAA
s rheMac2.chr3  164421828 28 - 196418989 TCAAGCCTCAGTTTGTGACTGGAATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533601 28 +  48394510 TCAAGCCTCAGTTTGTGACTGGAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14998468 28 +  46489110 TCAAGCCTCAGTTTGTGACTGGAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=240306.000000
s hg19.chr21     16274832 54 +  48129895 GGCACATTAATATATGCCCACAAAGTTACAGACTTCTTTCTGCTCCCTGCTTCT
s rheMac2.chr3  164421856 53 - 196418989 GGCACATTAATATATGCCCACAAAGTTACAGCCTTCTTTCT-CTCCCTGCTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533629 54 +  48394510 GACACATTAATATATGCCCACAAAGTTACAGACATCTTTCTGCTCCCTGCTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14998496 54 +  46489110 GGCACATTAATATATGCCCACAAAGTTACAGACTTCTTTCTGCTCCCTGCTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=417263.000000
s hg19.chr21     16274886 77 +  48129895 AG-AAAACCTTAGGATTGGAAGAGTTTCTCCCACCACCCAAGAAATTCTGGCACGTTCCAGAGAATGACTTTGCTGGT
s rheMac2.chr3  164421909 78 - 196418989 CGAAAAAACTTAGGATTGGAAGAGTTTCTCCCATCACCCAAGAAATTCTGGCACTTTCCAGAGAATGACTTTACTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533683 77 +  48394510 AG-AAAACCTTAGGATTGGAAGAGTTTCTCCCACAACCCAAGAAATTCTGGCACTTTTCAGAGAATGACTTTACTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14998550 77 +  46489110 AG-AAAACCTTAGGATTGGAAGAGTTTCTCCCACCACCCAAGAAATTCTGGCACGTTCCAGAGAATGACTTTGCTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=210292.000000
s hg19.chr21     16274963 23 +  48129895 GAAGAGACAGCTGGTTGTGCTGG
s panTro2.chr21  14998627 23 +  46489110 GAAGAGACAGCTGGTTGTGCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533760 23 +  48394510 GAAGAGACAGCTGGTTGTGCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164421987 23 - 196418989 GAAGAGACAGCTGGTTGTGCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259311.000000
s hg19.chr21     16274986 45 +  48129895 TATGAATACGTCTGGTTTTTTGCCATGGTTCATGGGACATAAGGG
s panTro2.chr21  14998650 45 +  46489110 TATGAATACGTCTGGTTTTTTGCCATGGTTCATGGGACATAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533783 45 +  48394510 TATGAATACATCTGGTTTTTTGACATGGTTCATGGGACATAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164422010 45 - 196418989 TTTGAATAAGTCTCGTTTTTTGCCATGGTTCGTGGGAGATAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-38525.000000
s hg19.chr21     16275031 30 +  48129895 GTCT-AAGTCCACTGATCATGAAGAATATTA
s panTro2.chr21  14998695 30 +  46489110 GTCT-AAGTCCACTGATCATGAAGAATATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533828 31 +  48394510 GTCTAAAGTCCACTGATCATGAAGAATATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164422055 30 - 196418989 GTCT-AAGTCCACTGATCATTAAGAATATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=139864.000000
s hg19.chr21     16275061 99 +  48129895 CCgg-ccgggtggggtggctcacacttgtaatcccagcactttcagaggccgaggtggggcggatcacgagttcaggagatcgaggccatcctggccaac
s panTro2.chr21  14998725 99 +  46489110 CCgg-ccgggtgtggtggctcacacctgtaatcccagcactttcagaggccgaggtggggcggatcacgaggtcaggagatcgaggccatcctggccaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533859 98 +  48394510 CCAGCccgggtgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttcggaggccgagggggg--ggatcacgaggtcaggagatcgaggccatcctggccaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164422085 98 - 196418989 CCgg-tcgggcgcggtggctcacaactgtaatcccagcactttgggaggccaaggtggg-tggatcatgaggtcaggagatcaagaccatcctgaccaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=29683.000000
s hg19.chr21     16275160 22 +  48129895 gtggtgaaacccagtctctact
s panTro2.chr21  14998824 22 +  46489110 gtggtgaaaccccgtctctact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533957 22 +  48394510 atggtgaaaccccgtctctact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164422183 22 - 196418989 atggtgaaaccctgtctctact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70018.000000
s hg19.chr21     16275182 76 +  48129895 aaaaattaaaaagttagctgggcgtggtggtgcatacctgtaatcccagctactcaggaggccgaggctggagaat
s panTro2.chr21  14998846 76 +  46489110 aaaaattaaaaaattagctgggcgtggtggtgcatacctgtaatcccagctactcaggaggccaaggctggagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14533979 52 +  48394510 aaaaattaaaaaattagctgggcgtggtggtgcatacctgtaatcccagcta------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 425
s rheMac2.chr3  164422205 76 - 196418989 aaaaattcaaaggttagctgggtgtggtggtgcatacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggctacagaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31847.000000
s hg19.chr21     16275258 43 +  48129895 cacttgagcttgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgt
s rheMac2.chr3  164422281 43 - 196418989 cacttgagttcgggaggcggagcttgcagtgagctgagatggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14534456 43 +  48394510 cacttgagcttgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgt
i ponAbe2.chr21 I 425 C 0
s panTro2.chr21  14998922 43 +  46489110 cacttgagcttgggagggggagcttgcagtgagccgagatcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-32551.000000
s hg19.chr21     16275301 54 +  48129895 gccactgcacgccagcctggggacagagcaagacgctgtttcaaaaaaaaaaaa
s panTro2.chr21  14998965 37 +  46489110 gccactgcacgccagcc----------------ggcTGTTTC-aaaaaaaataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14534499 53 +  48394510 ggcactgcacgccagcctggggacagagcaagacgccgtctcaaaaaaaaaaa-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164422324 54 - 196418989 gccactgcacgccagtctggggacagagcaagactctgtctaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-94864.000000
s hg19.chr21     16275355 13 +  48129895 TAATAATAATATT
s rheMac2.chr3  164422378 10 - 196418989 g---aagaaTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14534552  9 +  48394510 ----aagaaTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14999002 13 +  46489110 taataataatatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=357479.000000
s hg19.chr21     16275368 47 +  48129895 ACCTTATCCAGGACAGCTCCTGGTGTCCCCAGTGCTACACAGCAATG
s rheMac2.chr3  164422388 47 - 196418989 ACCTTATCCAGGACAGCTCCTGGTGTCCCCAGTGCTACACAGCAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14534561 47 +  48394510 ACGTTATCCAGGACAGCTCCTGGTGTCCCCAGTGCTACACAGCAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14999015 47 +  46489110 aCCTTATCCAGGACAGCTCCTGGTGTCCCCAGTGCTACACAGCAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=181832.000000
s hg19.chr21     16275415 38 +  48129895 TGGCACCATCATGGCACTGTCTTTCCTTCAATCTTCCT
s rheMac2.chr3  164422435 38 - 196418989 TGGCACCATCACGGCACTGTCTTTCCTTCAATCTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14534608 38 +  48394510 TGGCACCATCATGGCACTGTCTTTCCTTCAATCTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14999062 38 +  46489110 TGGCACCATCATGGCACTGTCTTTCCTTCAATCTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-6033.000000
s hg19.chr21     16275453 32 +  48129895 TGCTGTGCACATGCTGGATTCCATCCAGAAAT
s rheMac2.chr3  164422473 32 - 196418989 TGCTATGCACGTGCTGGATTCCATCCAGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14534646 32 +  48394510 TGCTGTGCACATGCTGGATTCCATCCAGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14999100 32 +  46489110 TGCTGTGCACATGCTGGATTCCATCCAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=168065.000000
s hg19.chr21     16275485 45 +  48129895 CAGAAAAAATATGTCTAGCTCCTGAATTCACAGGACTCAGAACTA
s rheMac2.chr3  164422505 45 - 196418989 CAGAAAAAATATGTCTAGTTCCTGAATTCACAGGACTGGGCACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14534678 45 +  48394510 CAGAAAAAATATGTCTAGCTCCTGAATTCACAGGACTCAGAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  14999132 45 +  46489110 CAGAAAAAATATGTCTAGCTCCTGAATTCACAGGACTCAGAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-73601.000000
s hg19.chr21     16275530 26 +  48129895 TTCATTCACCCCTTCCAGGAAGTCAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15001641  435 +  46489110 atgaattcactgtagatatatggacttatttctgggttttatcttctgttccattggtctatatgtctatttttatgccagtaccttgctggtttggttactacagttctgaagtataatttgaagtcaggtaatgtgagtcttttatttttgttctttttgcttaggatagctttggctattctgggtcttttgtggttccatataaattttagaattattttttctatttctgtaaaaaaatatcattggtatcttgatagagattacattgaatctatagagtgctctgggtagtatggacattttaatagtattgattcttctattccatgaacatagacaatctttccattttagtgtgtcctcttcaatgttttgcatcaatgttttatagtttacattgtggagatgtttcacttctttgcttaagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  164425007 8876 - 196418989 I
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i ponAbe2.chr21 I 2006 C 0
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i rheMac2.chr3  I 8876 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 M 602 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15012719 41 +  46489110 TCAAAATATTGTTTTATAAGGTCTCATGCTCtttaattaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14548576 41 +  48394510 TCAAAATATTGTTTTATAAGTTCTCATGCTATTTGATTACa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164435741 41 - 196418989 TCAAAATATTGTTTTATAACTTCTCATGCTATTCAATTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=308841.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164435820 89 - 196418989 AGAAATCTTTGATACCAAACACAGTAAAATAATGTTTTCCCTTAAGTTTTAGAAACTGAAGTTGTTATAAAACCGTTCTATTAGGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1554717.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=579457.000000
s hg19.chr21     16287721 97 +  48129895 CTACAACTGTAAAAAGGTGGAAACACTCAGTAAGCAGTCAAAGTTTGGCATGGAAATAGACACGGCTGCAATAAGGTAGTGGACTTATGGGCTAAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164436233 97 - 196418989 CTACAACTGTCAAAAGGTGGAAATATTCAGTAAGCAGTCAAAGTCTGGCATGGAAATAGACACGGCTGCAATAAGGTACTGAACTTAAGGGCTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15013433 55 +  46489110 ttctttgctgtgtgtgtggatggggatgggagggttgctgtgctgggcgttatga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=321443.000000
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a score=646037.000000
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a score=1065786.000000
s hg19.chr21     16288511 41 +  48129895 GCAACAAAAGCTGCTATAGAATAAGTGGGTCAGAATTACCA
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a score=986560.000000
s hg19.chr21     16288552 54 +  48129895 TCAGGGAAGTAGTACCCAAAATATCTTCCGACTATTATAGGCCAGGCCAAAGCA
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a score=1208657.000000
s hg19.chr21     16288606 88 +  48129895 AAAAACAGCTCAATTAGATTTGGGAGGCATTCCTTCCAGGCTGCTAAAGTATCACCAGTCAAACAGCATTCACAAGAAACACAGGTCT
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a score=728786.000000
s hg19.chr21     16288694 44 +  48129895 GAGATAACCAAGTTAGTGCTCT-AATAAGACTTCAAATGCTCTGA
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s rheMac2.chr3  164437206 45 - 196418989 GAGATAACCAAGTGAGTGCCCTAAATAAGACTTCAAATGTTCTGA
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a score=238337.000000
s hg19.chr21     16288738 44 +  48129895 GAACAAGCTTCACTGTATTTTTGCTCACAGAAGTTTCACATCTA
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s panTro2.chr21  15014299 55 +  46489110 TTCTTGCTCAGGCCTAGGATTTTAGTCGGCTAGCAGCAAAAGAAGATGAACTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550128 55 +  48394510 TTCTTGCTCAGGCCTAGGATTTTAGTCGGCTAGCGGCAAAAGAAGACGAACTCGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164437295 55 - 196418989 TTCTTGCTCAGGCCTAGAATTTTAGTCAACTAGCAGCAAAAGAAGATGAACTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2276638.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550183 166 +  48394510 AATTTCACTTTGAGAAGTATTAGGCTTTATGGAATATAAAAGTAATTCAGAAGCATAGAAAACCATGAATAATAAACAAACTCTGATAGAAAATAAATAAAGGAACTCAAGGAATTGCCTTCCAATATCCTTGGCAACCAGATAAGCAATCAATGAGTTTTAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=269480.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15014548 47 +  46489110 TACCTGAATAATAAAGAAGATTATCATGCAGAGTGACAAAGTACAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550377 47 +  48394510 TACCTGAATAATAAAGAAGATTATCATGCAGAGTGACAAAGTACAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164437544 47 - 196418989 TACCTGAATAATAAAGAAGACAATCATGCAGAGTGACAAAGTACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2882320.000000
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s panTro2.chr21  15014595 197 +  46489110 TAAACACACTCCAGCTTTGCAAGTAC----------AAAACCAGTTAAAACCAGTTATTCTACTCCTGACGTTTAACAAGTAGAGCTTTACACATATACTAAAAGCCACAGTGAACTGGGTGAAAGTTTGTTGGGCCTGGGGAGTGGGAAACTGGCTTAGTAACACCAGAGTCATCTCAGTGTGTGACCCCTGGCAAACCATGCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550424 197 +  48394510 TAAACACACTCCAGCTTTGCAAGTAC----------AAAACCAGTTAAAACTACTTATTCTACTCCTGACATTTAACAAGTAGAACTTTACACATACACTAAAAGCCACAGTGAATTGGGTGAAAGTTTGTTGGGCCTGGGGAGTGGGAAACTGGCTTAATAACACCAGAGTCATCTCAGTGTGTGACCCCTGGCAAACCATGCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164437591 207 - 196418989 TAAACACACTTCAGCATTGCAAGTACaaaaccagttaaaaccagttaaaaccagttaTTCTACTCCGGAGGTTTCATGAGTAGAACTTTACACATGTACTAGAAGCCACAGTGAACTGGGTGAAATTTTGTTGGGCCCGGGGAGTGGGAAACTGGCTTAATAACACCAGAGTCATCTCGGCTTGTGACCCCTGGCAAACCATGCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=395107.000000
s hg19.chr21     16289275 178 +  48129895 TGAGAAGACAGCAGAA----------GGAAAAGGTTGCTTTACCAAAGGTTAGAAATACAGGAATATAGAGTGCGTGAATGCAAGCTATGTGACTTATGTAGGCTTTTACATACCAAAGCTGCTTCCAAAGTCAGTAGGAGAGGCTGGTCCCATCAGCTGGATAAGCACAGCAAAAATTAAGATGGTT
s panTro2.chr21  15014792 178 +  46489110 TGAGAAGACAGCAGAA----------GGAAAAGGTTGCTTTACCAAAGGTTAGAAATACAGGAATATAGAGTGCGTGAATGCAAGCTATGTGACTTATGTAGGCTTTTACATACCAAAGCTGCTTCCAAAGTCAGTAGGAGAGGCTGGTCCCATCAGCTGGATAAGCACAGCAAAAATTAAGATGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550621 178 +  48394510 TGAGAAGACAGCAGAA----------GGAAAAGGTTGCTTTACCAAAGGTTAGAAATACAGGAATATAGAGCGCGTGAATGCAAGCTATGTGACTTATGTAGGCTTTTACATACCAAAGCTGCTTCCAAAGTCAGTAGGAGAGGCTGGTCCCATCAGCTGGATAAGCACAGCAAAAATTAAGATGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164437798 188 - 196418989 TGAGAAGACAGCAGACGGAAAAGGTTGGAAAAGGTTGCTTTACCAAAGGTTAGAAATACAGGCATATAGAGCGTGTGCATGCAAGCTACGTGACTTATGTTGGCTGTTACATACCAAAGCTGCTTCCAAAGTCGGTGGGAGAGGCTGGTCCCATCAGCTGGATGAGCATAGCAAAAATAAAGATGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=484205.000000
s hg19.chr21     16289453 54 +  48129895 TGATATCCACATCTCCAGTTGCTTAAGTTGTTTACTCTGTTCCCTCTGAATCAC
s panTro2.chr21  15014970 54 +  46489110 TGATATCCACATCTCCAGTTGCTTAAGTTGTTTACTCTGTTCCCTCTGAATCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550799 54 +  48394510 TGATATCCACATCTCCAGTTGCTTAAGTTGTTTACTCTGTTCCATCTGAATCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164437986 54 - 196418989 TGATATCCACATCTCCAGTTGCTTAAGTTGTTTACTCTGTTCCATCTGAATCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=581659.000000
s hg19.chr21     16289507 87 +  48129895 ATCACATCTTATTTTCAACTGAAACATGGAAACCTTTCTGGCCTAATACTTCTTTTCCAAATAATATTTATTTTCATGTGGCATTAA
s panTro2.chr21  15015024 87 +  46489110 ATCACATCTTATTTTCAACTGAAACATGGAAACCTTTCTGGCCTAATACTTCTTTTCCAGATAATATTTATTTTCATGTGGCATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550853 87 +  48394510 ATCACATCTTATTTTCAACTAAAACATGGAAACCTTTCTGGTCTAATACTTCTTTTCCAAATCATATTTATTTTCATGTGGCATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438040 87 - 196418989 ATCGCATCTTATTTTCAACTGAAACATGGAAACCTTTCTGACCTAATGCTTCTTTTCCAAATGATATTTATTTTCGTGTGGCATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=582824.000000
s hg19.chr21     16289594 43 +  48129895 TCTTTTTTTACTAATTATTCTTGGGTGCAGCATATTTTGTAAC
s panTro2.chr21  15015111 43 +  46489110 TATTTTTTTACTAATTATTCTTGGGTGCAGCATATTTTGTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550940 43 +  48394510 TCTTTTTCTACTAATTATTCCTGGGTGCAGCATATTTTGTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438127 43 - 196418989 TCTTTTTGTACTAATTATTCTTGGGTGCAGCATATTTTGTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3614450.000000
s hg19.chr21     16289637 198 +  48129895 CACCTAAGCACACACTGATCCAAAGCTGAATATTATAAATAGTTATAATCACATTCATCAAAAAGTTCAAAGTGAGAGTGGGCTAAAAAATAAGTAGGAGTCAGAAAGAGAGAGTAGGAGATTGGGTAAAATGATAAAATAATGAGAAAAAGAAATAATTTCTATGTATCAGGTAGGAGAGAGAAGCTATTTCCTAGG
s panTro2.chr21  15015154 198 +  46489110 CACCTAAGCACACACTGATCCAAAGCTGAACATTATAAATAGTTATAATCACATACATCAAAAAGTTCAAAGTGAGAGTGGGCTAAAAAATAAGTAGGAGTCAGAAAGAGAGAGTAGGAGATCGGGTAAAATGATAAAATAATGAGAAAAAGAAATAATTTCTATGTATCAGGTAGGAGAGAGAAGCTATTTCCTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14550983 197 +  48394510 CACCGAAGCACACACTGATCCAAAGATGAACATTATAAATAGTTATAATCACATACATCAAAAAGTTCAAAGTGAGAGTGGGCTAAAAAATAAGTAGGAGTTAGAAAGAGAGAGTAGGAGATTGGGTAATATGATAAAATAATGA-AGAAAAAAATAATTTCTATGTATCAGGTAGGAGAGAGAAGCTATTTCCTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438170 198 - 196418989 CACCTAAGCACACACTGATCCAAAGCTGAACATCATAAATAGTTATAATCACATACATCAAAAAGTTCAAAGTGAGAGTGGGCTAAAAAATAAGTAGGAGTTAGAAAGAGAGAGTAGGAGATCGGGTAAAATGATAAAATAATGAGGAAAAGAAAGAATTTCTATGTATCGGGTAGGAGAGGGAAGCTATTTCCTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1151689.000000
s hg19.chr21     16289835 106 +  48129895 GCTTTGGGGGAAATGAATTTCCCACACCAAAGGTGGAGTAGATTGAAAAACCGATA--GATTGCTCTTCACTCCTTCACTGAGGTTCTGAAACTGTAGGCATTGAATG
s panTro2.chr21  15015352 108 +  46489110 GCTTTGGGGGAAATGAATTTCCCACACCAAAGGTGGAGTAGCTTGAAAAACCGATACAGATTGCTCTTCACTCCTTCACTGAGGTTCTGAAACTGTAGGCATTGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14551180 108 +  48394510 GCTTTGGGGGAAGTGAATTTCCCACACTAAAGATGAAGTAGATTGAAAAACCGATACAGATTGCTCTTCACTCCTTCACTGAGATTCTGAAACTGTAGGCATTGAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438368 108 - 196418989 GCTGTGGGGGAAGTAAATTTCCCACACTGAAGATGGAGTAGATTGAAAAACCAATCCAGATCGCTCTTCACTCCTTCACTGAGATTCTGAAACTGTAGGCATTGAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=188567.000000
s hg19.chr21     16289941 22 +  48129895 CTGCATTAAAGATACATGTGCA
s panTro2.chr21  15015460 22 +  46489110 CTGCGTTAAAGATACATGTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438476 22 - 196418989 CTGTGTTAAAGATACATGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=284218.000000
s hg19.chr21     16289963 22 +  48129895 TCTTATTCCTCATAAGTAAATT
s panTro2.chr21  15015482 22 +  46489110 TCTTATTCCTCATAAGTAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14551310 22 +  48394510 TCTTATTCCTCATAAGTAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438498 22 - 196418989 TCTTATTCCTCATAAGTAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=563507.000000
s hg19.chr21     16289985 56 +  48129895 ACATTGTTTTATTACTATGCTGTGTGGCCCAAAAGGCAAGCAATAATTTTTAGTGG
s panTro2.chr21  15015504 56 +  46489110 ACATTGTTTTATTACTATACCGTGTGGCCCAAAAGGCAAGCAATAATTTTTAGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14551332 56 +  48394510 ACATTGTTTTATTACTATACTGTGTGGCCCAAAAGGCAAGCAATAATTTTTAGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438520 55 - 196418989 ACATTGTTTTACTACTACAGCGTGT-GCCCAAAAGGCAAGCAATAATTTTTAGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=706936.000000
s hg19.chr21     16290041 111 +  48129895 CTGAGAAGAAACTAGTTTCACAAACAAGGGGCACTTTGAAAAAACAAATGTACTCAAAAAGACAATGTTGCTCTGGGCTTTATTTAGAATTAAATTCCAGAACTCACTCAA
s panTro2.chr21  15015560 111 +  46489110 CTGAGAAGAAACTAGTTTCACAAACAAGGGGCACTTTGAAAAAACAAATGTACTCAAAAAGACAATGTTGCTCTGGGCTTTACTTAGAATTAAATTCCAAAACTCGCTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14551388 111 +  48394510 CTGAGAATAAATTAGTTTCACAAACAAGGGGCACTTTGAAAAAACAAATGTACTCAAAAAGACAAGGTTGCTCTGGGCTTTACTTAGAATTAAATTCCAGAACTCGCTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438575 111 - 196418989 CTGAGAAGAAATTAGTTTCACAAACAAGGGGCACTTTGAAAAAACAAATGTAATCAAAAAGAGAGTGTTGCTGTGGGCTTTACTTAGATTTAAATTCCAAAACACGCTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=231031.000000
s hg19.chr21     16290152 54 +  48129895 AACTGCAGAACCAGTACTCAAATTTGGTACCCCTTTTGCTCATCCTTCCTAAAG
s panTro2.chr21  15015671 54 +  46489110 AACTGCAGAACCAGTACTCAAATTTGGTACCCCTTCTGCTCATCCTTCCCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14551499 54 +  48394510 AACTGCAGAACCAGTACTCAAATTTGGTACCCCTTCTGCTCATCCTTCCTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405111.000000
s hg19.chr21     16290206 37 +  48129895 TCACCCTTCACACACAAATCTTTCCACCCTCC-TCTCC
s panTro2.chr21  15015725 37 +  46489110 TCACCCTTCACACACAAATCTTTCCACCCTCC-TCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14551553 38 +  48394510 TCACCCTTCACACACAAATCTTTCCACCCTCCTTCTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438740 38 - 196418989 TCACCCTTCACACACAGATCTTTCCACCCTCCTTCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=749167.000000
s hg19.chr21     16290243 51 +  48129895 AGGCATTTTAAATAGCTGCAGGATTAGAAATTGCAAAACAGATGCCTCCGG
s panTro2.chr21  15015762 51 +  46489110 AGGCATTTTAAATAGCTGCAGGATTAGAAATTGCAAAACAGATGCCTCCGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=2319221.000000
s hg19.chr21     16290294 213 +  48129895 CCAAAAGCACCAAGTTTTGCTGATAAATTTTCCTGAAATCACACAAATGG-AAAAAACGGAAGTCAGAAG-TGTACATTTTATATTCAGCAGCTAAAGTCTGAAATCTCAGGTTATAAGTAAATTATTTTGTGATTAAATCCTAATCTCATCAATTTAAAGAACCAAAAACCCAGCTCAATAATCCACCACAATCTTACCTTGAAAATGTGGTTC
s panTro2.chr21  15015813 213 +  46489110 CCAAAAGCACCAAGTTTTGCTGATAAATTTTCCTGAAATCACACAAATGG-AAAAAACGGAAGTCAGAAG-TGGACATTTTATATTCAGCAGCTAAAGTCTGAAATCTCAGGTTATAAGTAAATTATTTTGTGATTAAATCCTAATCTCATCAATTTAAAGAACCAAAAACCCAGCTCAATAATCCACCACAATCTTACCTTGAAAATGTGGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14551642 215 +  48394510 CCAAAAGCACCAAGTTTTGCTGATAAATTTTCCTGAAATCACACAAATGGAAAAAAATGGAAGTCAGAAACTGTATATTTTATATTCAGCAGCTAAAGTCTGAAATCTCAGGTTATAAGTCAATTATTTTGTGATTAAATCCTAATCTCATCAATTTAAAGAACCAAAAACCTGGCTCAATAATCCACCACAATCTTACCTTGAAAATGTAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164438829 213 - 196418989 CCAAAAGCACCAAGTTTTGCTGAGAAATTTTCCTGAAATCACACAAATGG-AAAAAACGGAAGACAGAAG-TGTACATTTTAGATTCAGCCGCTAAAGTCTCAAATCTCAGGTTACAAGTAAATTATTTTGTGACTAAATCCTAATCTCGTCAATTGAAAGAACCAAAAACCTGGCTCAATAATCCACCACAATCTTACCTTGAAAATGTAATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=332346.000000
s hg19.chr21     16290507 35 +  48129895 TCTTATTTGAATGTCTTCTTCCAGTACTAATTCGA
s panTro2.chr21  15016026 35 +  46489110 TCTTATTTGAATGTCTTCTTCCAGTACTAATTCGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=634380.000000
s hg19.chr21     16290542 48 +  48129895 TTTCTTTTCCTGAAAATTCTGCCACATGGTGCTACTTTCGGACATTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1998523.000000
s hg19.chr21     16290590 214 +  48129895 ATATATTTCATTTATAATTACTCTCACGTGTAAATGGTATCTTTAAATAATATGTGCAGGAGTTCTTAATAAGTTTTCACAACTCTCCTTATAAAGCAAAGCTATTCATTTTTAGAGAGTTTGAACGTTTTGGTGTTAATTTGATAAATAACAGCTATTGGACAACTGAAGAGAATAACCACTCACAGGCAATCTTCTCTTTGTACTTGATTTT
s rheMac2.chr3  164439125 211 - 196418989 ATAGATTTCATTTATAATTACTCTCACGTGTAAATGGTATCTTTAAATAATATGTGCAGGAG---TTAATACGTTTTCACAACTCTCCTTATGAAGCGAAGCTACTCATTTTTAGACAGTTTGAATGTTTTGGTGTTAATTTGATAAATAACAGCTATTGGACAACGGAAGAGAATAACCACTCACAGGCAATCTTCTCTTTGTACTTGATTTA
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s ponAbe2.chr21  14551940 212 +  48394510 ATATATTTCA-TTATAATTACTCTCACGTGTAAATGGTATCTTTTAATAATATGTGCAGGAGTTCTTAATAAGTTTTCACAACTCTCCTTATAAAGCGAAGCTATTCATTTTTAGAGTGTTTGAATGTCTTGGTGTTAATTTGATAAA-AACAGCTATTGGACAACTGAAGAGAATAACCACTCACAGGCAATCTTCTCTTTGTACTTGATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2415286.000000
s hg19.chr21     16290804 99 +  48129895 AAAATATTAATATTTCATTCATGGTGTCTTCTCAAATTAAATTTCTCAGGGTTACTGGACCTCAGATACTAAAAGGACAAAGAAAAGGGACAGATGAGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557066   85 +  48394510 TGTGTTCTAGTTGAACTGAACGTGAAAGTCAAATTTGTTAAGAAAATAAAATACACTTTCCAGCTCAATCTGTCTCTATCATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=233121.000000
s hg19.chr21     16295470   46 +  48129895 CATTTTGAATTCAGTACTGTTGAACCAAATGCCAAGTCAGCAACTA
s panTro2.chr21  15020957   46 +  46489110 CATTTTGAATTCAGTACTGTTGAACCAAATGCCAAGTCAGCAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557151   44 +  48394510 CATTTTGAATTCAGTAC--CTGAACCAAATGTCATGTCAGCAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=446980.000000
s hg19.chr21     16295516   64 +  48129895 ATTATATTTTTCTTCTATAGGTCTATCTTTTTAAAAATAAGACAGTATTAAATCAGCCTGAGTT
s panTro2.chr21  15021003   64 +  46489110 ATTATATGTTTCTTCTATAGGTCTATCTTTTTAAAAATAAGACAGTATTAAATCAGCCTGAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557195   64 +  48394510 ATTATATTTTTCTTCTATAGGTCTATCTTTTTAAAAATAAGACAGTATTAAATCAGCCTGAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=240086.000000
s hg19.chr21     16295580   27 +  48129895 ATTAGAAAGGATAGTGGGAGCACATGA
s panTro2.chr21  15021067   27 +  46489110 ATTAGAAAGGATAGTGGGAGCACATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557259   27 +  48394510 ATTAGAAAGGATAGTGGGAGCACATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=203814.000000
s hg19.chr21     16295607   32 +  48129895 TCAAATTAAAAATTACATAGATTCCTGAAATA
s panTro2.chr21  15021094   32 +  46489110 TCAAATTAAAAATTATATAGATTCCTGAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557286   32 +  48394510 TCAAATTAAAAATTATATAGATTCCTGAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=446260.000000
s hg19.chr21     16295639   42 +  48129895 ATTTTATTATTTGCAATTTTCTAGTGACCTCCAGAACTTCAT
s panTro2.chr21  15021126   42 +  46489110 ATTTTATTATTTGCAATTTTCTAGTGACCTCCAGAACTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557318   42 +  48394510 ATTTTATTATTTGCAATGTTCTAGTGACCTCCAGAACTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=463877.000000
s hg19.chr21     16295681   58 +  48129895 GACATGTGATATTTTAATGCAGAAACATACTGAAAGACAGACAGCATGTAAATTCACA
s panTro2.chr21  15021168   58 +  46489110 GACATGTGATATTTTAATGCAGAAACATACTGAAAGACAGACAGCATGTAAATTCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557360   58 +  48394510 GACATGTGATATTTTAATGCAGAAACATACTGAAAGACAGACAGCATGTAAATTCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=-39048.000000
s hg19.chr21     16295739   40 +  48129895 ACCTCTGTGTTATAGACTGCATGAAAGGTAGATGAGAAAA
s panTro2.chr21  15021226   40 +  46489110 ACCTCTGTGTTATAGACTGCATGAAAGGTAGATGAGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557418   37 +  48394510 ACCTCTGTGTTATAGACTGCATGAAAGGTAGATGAGA---
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=108220.000000
s hg19.chr21     16295779   37 +  48129895 GAAAGAAAAAGAAGAGAGAATACCAGGGAGTTAATAT
s panTro2.chr21  15021266   37 +  46489110 GAAAGAAAAAGAAGAGAGAATACCAGGGAGTTAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557455   36 +  48394510 -AAAGAAAAAGAAGAGAGAATACCATGGAGTTAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=461329.000000
s hg19.chr21     16295816   30 +  48129895 TCAGCATCACTTTATCAGCCATGCAATGGA
s panTro2.chr21  15021303   30 +  46489110 TCAGCATCACTTTATCAGCCATGCAATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557491   30 +  48394510 TCAGCATTACTTTATCAGCCATGCAATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164440007 4388 - 196418989 I

a score=780528.000000
s hg19.chr21     16295846 85 +  48129895 TTAACATTCATTAATCCAGTATTGTAGCTGAACAGAGTAGCACAGAGAGTTTCTGTACTCTCTCTGTAACTGTGGTTTAAAAAAA
s panTro2.chr21  15021333 85 +  46489110 TTAACATTCATTAATCCAGTATTGTAGCTGAACAGAGTAGCACAGAGAGTTTCTGTACTCTCTCTGTAACTGTGGTTTAAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557521 85 +  48394510 TTAACATTCATTAATCCAGTATTGTAGCTGAACAGAGTAGCACAGAGAGTTTCTGTACTCTCTCTGTAACTGCGGTTTAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164444395 84 - 196418989 -TAACATTCATTAATCCAGTATTGTAGCTAAGCAGAGTAGCACAGAGAGTTTCTGTACTCTCTCTGTAACAGTGTTTTAAAAAAA
i rheMac2.chr3  I 4388 C 0

a score=574129.000000
s hg19.chr21     16295931 21 +  48129895 GAAGTTTGCATTGTTGAAATT
s panTro2.chr21  15021418 21 +  46489110 GAAGTTTGCATTGTTGAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557606 21 +  48394510 GAAATTTGCATTGTTGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164444479 21 - 196418989 GAAGTTTGCATTGTTGAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5272307.000000
s hg19.chr21     16295952 156 +  48129895 AACCCATATCCACTGCCAAAAGTACATGATCCAGTGGCTAACATGTAATGATGCTATTTCTAAAAAATGTGTTGTAATTAAATGTCACAGTCTTGCATATATTTCAGACAACTCAGCACTGAAGTCAAGTCAGGTCACTGATAGAAAGTTATTGGT
s rheMac2.chr3  164444500 156 - 196418989 AACCCATATCCACTGCCAAAAGTACATGATCCAGTGGCTAACATGTAATGATGCTATTTCTAAAAAATGTGTTGCAATTAAATGTCACAGTCTTGCATATATTTCAGACAACTCAGCGCTGAAGTCAAGTCAGGTCACTGATAGAAAGTTATTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557627 156 +  48394510 AACCCATATCCACTGCCAAAAGTACATGATCCAGTGGCTAACATGTAATGATGCTATTTCTAAAAAATGTGTTGTAATTAAATGTCACAGTCTTGCATATATTTCAGACAACTCAGCACTGAAGTCAAGTCAGGTCACTGATAGAAAGTTATTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15021439 156 +  46489110 AACCCATATCCACTGCCAAAAGTACATGATCCAGTGGCTAACATGTAATGATGCTATTTCTAAAAAATGTGTTGTAATTAAATGTCACAGTCTTGCATATATTTCAGACAACTCAGCACTGAAGTCAAGTCAGGTCACTGATAGAAAGTTATTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4138167.000000
s hg19.chr21     16296108 123 +  48129895 CAATGATCCCATTAAGCATGTGAAGTGATGCTCTATATTCAAAACGACTTCATCTTCTCTAAGGATAAAACCACCACCTGATCCCAAAGGGTGTATCCTTGTCCTCATGAGAACTCCATTAAA
s panTro2.chr21  15021595 123 +  46489110 CAATGATCCCATTAAGCATGTGAAGTGATGCTCTATATTCAAAATGACTTCATCTTCTCTAAGGATAAAACCACCACCTGATCCCAAAGGGTGTATCCTTGTCCTCATGAGAACTCCATTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557783 123 +  48394510 CAATGATCCCATTAAGCATGTGAAGTGATGCTCTATATTCAAAATGACTTCATCTTCTCTAAGGATAAAACCACCACCTGATCCCAAAGGGTGTATCCTTGTCCTCATGAGAACTCCATTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164444656 123 - 196418989 CAATGATCCCATTAAGCATGTGAAGGGATGCTCTATATTCAAAATGACTTCATCTACTCTAAGGATAAAACCACCACCTGATCCCAAAGGGTGTATCCTTGTCCTCATGAGAACTCCATTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1264163.000000
s hg19.chr21     16296231 40 +  48129895 AATTAATATCTCCACCAATTA-CAGTAAGCTGGAAGGAGAT
s panTro2.chr21  15021718 40 +  46489110 AATTAATATCTCCACCAATTA-CAGTAAGCTGGAAGGAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557906 41 +  48394510 AATTAATATCTCCACCAATTACCAGTAAGCTGGAAGGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164444779 40 - 196418989 AATTAATATCTCCACCAATTA-CAGTAAGCTGGAAGGAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1643119.000000
s hg19.chr21     16296271 57 +  48129895 TCTACTTTTATTGTGGTGAAACTTTTTATAATGAGAACATTGCTAGGAAAAAATATC
s panTro2.chr21  15021758 57 +  46489110 TCTACTTTTATTGTGGTGAAACTTTTTATAATGAGAACATTGCTAGGAAAAAATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14557947 57 +  48394510 TCTACTTTTATTGTGATGAAACTTTTTATAATGAGAACATTGCTAGGAAAAAATATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164444819 57 - 196418989 TCTACTTTTATTGTGGTGAAACATTTTATAATGAGAACATTGCTAGGAAAAAATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=263411.000000
s hg19.chr21     16296328 17 +  48129895 TCAACTAAGAAGAGTAT
s panTro2.chr21  15021815 17 +  46489110 TCAACAAAGAAGAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558004 17 +  48394510 TCAACAAAGAAGAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164444876 17 - 196418989 TCAACAAAGAAGAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=202638.000000
s hg19.chr21     16296345 10 +  48129895 AAGGTCAAAA
s panTro2.chr21  15021832 10 +  46489110 AAGGTCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558021 10 +  48394510 AACGTCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164444893 10 - 196418989 AAGGTCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2967484.000000
s hg19.chr21     16296355 164 +  48129895 AAAGAATTGAAAGCACTTTCCCTTTACCTTATTGTCTCACAATAAGACCTAAGAAAATATGTGTGGTCCAAGATTGCTTGTGATATATACCTTACTCTGACCATATTTGTAAATTCTTGTACTGAAGGCTAAATAAATTCATGAATTGAAATGTTCCTCCTGAG
s panTro2.chr21  15021842 164 +  46489110 AAAGAATTGAAAGCACTTTCCCTTTACCTTATTGTCTCACAATAAAACCTAAGAAAATATGTGTGGTCCAAGATTGCTTGTGATATATACCTTACTCTGACCATATTTGTAAATTCTTGTACTGAAGGCTAAATAAATTCATGAATTGAAATGTTCCTCCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558031 164 +  48394510 AAAGAATTGAAAGCACTTTCCCTTCACCTTATTGTCTCACAATAAGACCTAAGAAAATATTTGTGGTCCAAGATTGCTTGTGATATACACCTTACTCTGACCATATTTGTAAATTCTTGTACTGAAGGCTAAATAAATTCATGAATTGAAATGTTTCTCCTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164444903 164 - 196418989 AAAGAATTGAAAGCACTTTCCCTTCACCTTATCGTCTCACAATAAGACCTAAGAAAATATTTGTGGGCCAAGATTGCTTGTGATATACACTTTATTCTGACCATATTTGTAAAGCCTCATACTGAAGGCTAAATAAATTCATGAATTGAAATGTTTCTCCTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1009777.000000
s hg19.chr21     16296519 95 +  48129895 CTTGGAACAAATATATTTCACGTTTGTAAGTTCTTCTCATAAGGATGATTTTTGAAATTTCATAGACTAAACATACATTTATATCTTCCCTCTCA
s panTro2.chr21  15022006 95 +  46489110 CTTGGAACAAATATATTTCACGTTTGTAAGTTCTTCTCATAAGGATGATTTTTGAAATTTCATAGACTAAACATACATTTATATCTTCCCTCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558195 95 +  48394510 CTTGGAGCAAATGTATTTCACATTTTTAAGTTCTTCTCATAAGGATAATTTTTGAAATTTAATAGACTAAACATACGTTTATATCTTCCCTCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164445067 95 - 196418989 CTTGGAGCAAATATTTTTCAGTTTTGTAAGTTCTTCTCATAAGAATGATTTTTGAAAATTAATAGACTACACATACATTTATATCTTCCCTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1405711.000000
s hg19.chr21     16296614 228 +  48129895 CTCCAAATCACACAGAGTAAAATATTTTATGCCTATTAAAAGTACAAGCAATGAACCACAAATTTTGTGAATTTCAGAGAGACAGACAGCATATACAATCATGCCTTTAGCAAAATAAAACTGAATGAAACTATAGGCTAGAATACACCTAGAAGAAGCCTGTTGTTGAAGGGGGAGGTTTGAAAGTCCCCAAGTCCAGTATTAGAAGTTTTAAAAATTAAGAC-AGAA
s panTro2.chr21  15022101 228 +  46489110 CTCCAAATCACACAGAGTAAAATATTTTATGCCTATTAAAAGTACAAGCAATGAACCACAAATTTTGTGAATTTCAGAGAGACAGACAGCATATACAATCATGCCTTTAGCAAAATAAAACTGAATGAAACTATAGGCTAGAACACACCTAGAAGAAGCCTGTTGCTGAAGGGGGAGGTTTGAAAGTCCCCAAGTCCAGTATTAGAAGTTTTAAAAATTAAGAC-AGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558290 228 +  48394510 CTCCAAATCACACAGAGTAAAATATTTTATGCCTATTAAAAGTAGAAGCAATGAACCACAAATTTTGTGAGTTTCAGAGAGACAGACAGCATATACAATCATGCCTTTAGCAAAATAAAACTGAATGAAACTATAGGCTAGAACACACCTAGAAGAAGCCTGTTGTTGAAGTGGGAGGTTTGAAAGTCCCCAAGTCCAGTATTAGAAGTTTTAAAAATTAAGAG-AGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164445162 229 - 196418989 CTCCAAATCACACAAAGTAAAATATTCTATGCCTATTAAAAGTAGAATCAATGAACCACAAATTCTGTGAATTTCAGAGAGACAGACAGCGTATACAATCATGCCTTTGGCAAAATAAAACTGAATGAAACTATAGGCTAGAATACACCTAGAAGAAGCCTGTTGTTGAAGTGGGAGGTTTGAAAGTAACCAAGTCCAGTATTAGCAGTTTTAAAAATTAAGAGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=596755.000000
s hg19.chr21     16296842 72 +  48129895 CCCTCAAACATTTAAAGAGTAATTAGTTGGAAGGCTCCTTTTGGAATAGCAGACGAGTTGATTTCTTTCTTT
s rheMac2.chr3  164445391 72 - 196418989 CCCTCAAACGTTTAAAGAGTAATTACTTGGAAGGCTCCTTTTGGAATAGCAGACTAGTTGATTTCTTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558518 72 +  48394510 CCCTCAAACATTTAAAGAGTAATTAGTTGGAAGGCTCCTTTTGGAATAGCAGACGAGTTGATTTCTTTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15022329 72 +  46489110 CCCTCAAACATTTAAAGAGTAATTAGTTGGAAGGCTCCTTTTGGAATAGCAGACGAGTTGATTTCTTTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-24834.000000
s hg19.chr21     16296914 25 +  48129895 CCTGTCTTTTGCACTATGTGGGCTT
s rheMac2.chr3  164445463 25 - 196418989 TCTGTCTTTTGTGCTATGTGGGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558590 25 +  48394510 CCTGTCTTTTGTGCTATGTGGGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15022401 25 +  46489110 CCTGTCTTTTGCACTATGTGGGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=766780.000000
s hg19.chr21     16296939 88 +  48129895 TAACAACTGGCTAGAGAAGAATATTGAAGTTGGAGAAGACTTACAGTGCTAGGTAGCTACTCACTTCCAGGAGTGATGAGAACTTCCA
s panTro2.chr21  15022426 88 +  46489110 TAACAACTGGCTAGAGAAGAATATTGATGTTGGAGAAGACTTACAGTGCTAGGTAGCTACTCACTTCCAGGAGTGATGAGAACTTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558615 88 +  48394510 TAACAACTGGCTAGAGAAGAATATTGATGTTGGAGAAGACTTACAGTGCTAGGTAGCTACTCACTTCCAGGAGTGATGAGAACTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164445488 88 - 196418989 TAACAACTGGCGAGAGAAGAATATTGAGGTTGGAAAAGACTTACAGTGCTAGGTAGCTACTCACTTCCAGGAGTGATGAGAACTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=850308.000000
s hg19.chr21     16297027 113 +  48129895 CATTTGAAAGATAA-GCTTCCATTCCAAATGTTTCCCCCATTTGTTGGGGATAGATTCTGGTAATGCAAAGAACAAGTAAGCGGTGACTCTCAAATACAAAGCTATAGGCAGCC
s panTro2.chr21  15022514 113 +  46489110 CATTTGAAAGATAA-GCTTCCATTCCAAATGTTTCCCCCATTTGTTGGGGATAGATTCTGGTAATGCAAAGAACAAGTAAGCGGTGACTCTCAAATACAAAGCTATAGGCAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14558703 113 +  48394510 CATTTGAAAGATAA-GCTTCCATTCCAAATGTTTCCCCCATTTGTTGGGGATAGATTCTGGTAATGCAAAGAACAAGAAAGCGGTGACTCTCAAATACAAAGCTATAGGCAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164445576 114 - 196418989 CATTTGAAAGATAAGGCTTCCATTCCAAATGTTTCCCCCATTTGTTGGGGATAGATTCTGGTAATGCAAAGAACAAGTAAGCGGTGACTCTCAAATGCAAAGCTATAGGCAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=271068.000000
s hg19.chr21     16297140 126 +  48129895 AAGATGTGCTAAACATTTTACAAAAGTCAGTAATAGAGAAACTAGGCATTAACAAAAAGAAGAATGACCACCCCCTTCTTAGAAAGAGTTAATAAAGTTAACAAAAAGACTTAGAATAAATATGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14559064 79 +  48394510 AGCAGCAATTCGTACTTTATGTTGAATTAGTgagttgaaagattgagctgaaacattttcacttggaatagaacagatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164446185 96 - 196418989 gcataaatcgtcaaattaaaagtgctaagccagattttaaaagagccaaagctacatgcatcattgtgaaatttcagaatttcaaggataaataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15023122 92 +  46489110 gcataaatcttcaaattaaaagtgctaagccagattttaaaagagccaaagctacatgcatcattgtgaaatttcagaatttcaagg----ataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=330625.000000
s hg19.chr21     16298246 36 +  48129895 AATACAAATTTTTAAAAATGTGTTAAAAATGTAAGA
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s hg19.chr21     16298282 14 +  48129895 GTAAGTATTAGAAG
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s hg19.chr21     16298296 21 +  48129895 TGTAAGATCTATATCTTCTAA
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s hg19.chr21     16298331 37 +  48129895 AAATGGATCTTAGAAAAACATCCAAATTTGAAAGGAT
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s hg19.chr21     16298492 33 +  48129895 ATATATGCTATATCTTGCCACAATGCCAAGAAT
s panTro2.chr21  15023979 33 +  46489110 ATATATGCTATATCTTGCCACAATGCCAAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560169 33 +  48394510 ATATATGCTATATCTTGCCACAATGCCAAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447045 33 - 196418989 ATATGTGCTATATCTTGCCACAATGCCAAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=633056.000000
s hg19.chr21     16298525 29 +  48129895 TCTCCGACAATCTACAATTCTCTGAAGTT
s panTro2.chr21  15024012 29 +  46489110 TCTCCGACAATCTACAATTCTCTGAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560202 29 +  48394510 TCTCCGACAATCTACAATTCTCTGAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447078 29 - 196418989 TCTCCGACAATCTACAATTCTCTGAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=521240.000000
s hg19.chr21     16298554 23 +  48129895 AAAGAAGATTATTAGATCTATCC
s panTro2.chr21  15024041 23 +  46489110 AAAGAAGATTATTAGATCTATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560231 23 +  48394510 AAAGAAGATTATTAGATCTATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447107 23 - 196418989 AAAGAAGATTATTAGATTTATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2550204.000000
s hg19.chr21     16298577 212 +  48129895 ATTACAGGCTGTCACATGTCTTCAAC-TTCTTCAAGCTAAGTTCAATCGCTGGCTCCACTGCAGTGCACAAAAAGCTCTAAAAAGC------TCCAATTCAAGCCATAATTGGAGGTTTGGGCTCCAGCACAGTTGTCCAGATTTTCCAAATGTCCAGCTTGTGCATTCTGGTATAAATTCCAGAATGAAAAACATTCCACTGGATGAGGAATGTATCA
s panTro2.chr21  15024064 213 +  46489110 ATCACAGGCTGTCACATGTCTTCAACTTTCTTCAAGCTAAGTTCAATCGCTGGCTCCACTGCAGTGCACAAAAAGCTCTAAAAAGC------TCCAATTCAAGCCATAATTGGAGGTTTGGGCTCTAGCACAGTTGTCCAGATTTTCCAAATGTCCAGCTTGTGCATTCCGGTATAAATTCCAGAATGAAAAACATTCCACTGGATGAGGAATGTATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560254 213 +  48394510 ATTACAGGCTGTCACATGTCTTCAACTTTCTTCAAGCTAAGTTCAATCGCTGGCTCCACTGCAGTGCACAAAAAGCTCTAAAAAGC------TCAAATTCAAGTCATAATTGGAGGTTTGGGTTCTAGCACAGTTGTCCAGATTTTCCAAATGTCCAGCTTGTGCATTCTGGTATAAATTCCAGACTGAAAAACATTCCACTGGATGAGGAATGTATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447130 218 - 196418989 ATTACAGGCTGTCACATGTCTTCAACTTTCTTCAAGCTAAATTCAATCACTGGCTCCACTGCAGTGCACAAAAAGCTCTAAAAAGCTCAAATTCAAATTCAAGCCATAACTGGAAGTTTGGGCCCTAGCACAGTTGTCCAGATTTTCCAAATGTCCAGCTTGTGCATTCTGGTATAAATTCCAGACT-AAAAACATTCCACTGGATGAGGAATGTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-72921.000000
s hg19.chr21     16298789 22 +  48129895 TAATGTGCAGAAACTAGTTTCT
s panTro2.chr21  15024277 22 +  46489110 TAATGTGCAGAAATTAGTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560467 22 +  48394510 TAATGTGCAGAAACTAGTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 5
s rheMac2.chr3  164447348 22 - 196418989 TAATATGCAGAAACTAGTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 I 5

a score=1280903.000000
s hg19.chr21     16298811 158 +  48129895 AGTCCATTTAGACACAAA---AACAAGCTCGGAAGAGGAAAATCACAAGCAGTTTCATTAGCATCAAATCATAAAACACAGCCATTTACAAAACTAGCT--TCTCTCTCTTCCATTGGTCCAAAGAAGTATCCTGGGACAAGAGTGGTCTTGAAAAAAAAACC
s panTro2.chr21  15024299 158 +  46489110 AGTCCATTTAGACACAAA---AACAAGCTCGGAAGAGGAAAATCACAAGCAGTTTCATTAGCATCAAATCATAAATCACAGCCATTTACAAAACTAGCT--GCTCTCTCTTCCATTGGTCCAAAGAAGTATCCTGGGACAAGAGTGGTCTTGAAAAAAAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560494 160 +  48394510 AGTCCATTTAGACACAAA---AACAAGTTCAGAAGAGGAAAATCACAAGCAGTTTTATTAGCATCAAATCATAAAACACAGCCATTTACAAAACTAGCTTCTCTCTCTCTTCCATTGGTCCAAAGAAGTATCCTGGGACAAGAGTGGTCTTGAAAAAAAAACC
i ponAbe2.chr21 I 5 C 0
s rheMac2.chr3  164447375 160 - 196418989 AGTCCATTTAGACACAAAAACAACAAGTTCAGAAGAGGAAAATCACAAGTGGTTTCATTAGCATCAAATCATAAAACACAGCCATTTACAAAACTAGCT--TCTGTCTCTTCCATTGGTCTTAAGAAGTATCCTGGGACAAGAGTGGTCTTGAAAAAAAAA-C
i rheMac2.chr3  I 5 C 0

a score=145921.000000
s hg19.chr21     16298969 28 +  48129895 TAACCCTTCGGGATACCCAGAGATATTA
s panTro2.chr21  15024457 28 +  46489110 TAACCCTTCGGGGTACCCAGAGATATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560654 28 +  48394510 TAACCCTCTGGGGTACCCAGAGATATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447535 28 - 196418989 TAACCCTCTGGGGTACCCAGAGATATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-294745.000000
s hg19.chr21     16298997 41 +  48129895 TTCATTTAAGTACATTGTATCTGGAGTT-TTTTTTTTAAACT
s panTro2.chr21  15024485 41 +  46489110 TTCATTTAAGTACATTGTATCTGGAGTT-TTTTTTTTAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560682 39 +  48394510 TTCATTTAAGTACATTGTATCTGGAGTT-TTTTTTT--AACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447563 42 - 196418989 TTCATTTAAGTACATTGTGTCTGGAGTTGTTTTCTTTTAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-204873.000000
s hg19.chr21     16299038 35 +  48129895 CATTGACATAATTCAAATTAATTTTTAAAAGTTCT
s panTro2.chr21  15024526 35 +  46489110 CGTTGACATAATTCAAATTAATTTTTAAAAGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560721 35 +  48394510 CATTGACATAATTCAAATTAATTTTTAAAAGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447605 35 - 196418989 CATTGACataatttaaattaattttttaaaGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-20328.000000
s hg19.chr21     16299073 12 +  48129895 CGGCTACTTCAC
s panTro2.chr21  15024561 12 +  46489110 GTGCTACTTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560756 12 +  48394510 GTGCTACTTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  164447640 12 - 196418989 ATGCTACTTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=464970.000000
s hg19.chr21     16299085 66 +  48129895 ACATACGCTATTGAAGCTATCGTCACACCATTATTGATATTTTAATACATTTAACTGTTAGCTAAC
s panTro2.chr21  15024573 66 +  46489110 ACATACGCTATTGAAGCTATCGTCACACCATTATTGATATTTTAATACATTTAACTGTTAGCTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560770 66 +  48394510 ATATATGCTATTGAAGCTATCGTCACACTGTTATTGATATTTTAATACATTTAACTGTTAGCTAAC
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  164447654 66 - 196418989 ATATATGCTGTTGAAGTTATCATCACACCATTATTGATATTTTAATCAACTTAACTGTTAGCTAAC
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=363369.000000
s hg19.chr21     16299151 46 +  48129895 TGAATATTCACAGATATTATTAATACATACAACATGGGTGGCAAAA
s panTro2.chr21  15024639 46 +  46489110 TGAATATTCACAGATATTATTAATACATACAACATGAGTGGCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560836 46 +  48394510 TGAATATTCACAGATATTATTAATACATACAATATGAGTGGCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447720 46 - 196418989 TGAATATTCACAGACATTATTAATACATACAACATGAGTGGCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=536469.000000
s hg19.chr21     16299197 76 +  48129895 CTTGTTTTTCCAGTCTCTTTATAACTTGCCTCATTTGTCATCAAATCCATGT-GGAGTGAAAAATAAAAGCTCCCCA
s panTro2.chr21  15024685 76 +  46489110 CTTGTTTTTCCAGTCTCTTTATAACTTGCCTCATTTGTCATCAAATCCACGT-GGAGTGAAAAACAAAAGCTCCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560882 77 +  48394510 CTTGTTTTCCCAGTCTCTTTATAACTTGCCTCATTTGTCATCAAATCCATGTGGGAGTGAAAAACAAAAGCTCCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447766 66 - 196418989 CTTGTTTTTCCAGT----------GTTGCCTCATTTGTCATCAAATCCATGT-GGAGTGTAAAACAAAAGCTCCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=570811.000000
s hg19.chr21     16299273 131 +  48129895 ATCGATTTAATTTAATAAAGCTAAGAAATAGGTGGTGTCTTCCCGGGACTGTGTTGATGAAATTGACCCAACACTCAGTTCTAGCATTTCCTCTCCGAGAAGAGCTTAACTTTACTTAATAAGACAGAGAg
s panTro2.chr21  15024761 120 +  46489110 ATCGATTTAATTTAATAAAGCTAAGAAATAGGTGGTGTCTTCCCGGGACTGTGTTGATGAAATTGACCCAACACTCAGTTCTAGCATTTCCTCTCCGAGAAGAGCTTAACTTTACTTAAT-----------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14560959 120 +  48394510 ATCGATTTAATTTAATAAAGCTAAGAAATAGGTGGTGTCTTCCTGGGACTGTGTTGATGAAATTGACCCAACACTCAGTTCTAGCATTTCCTCTCCGAGAAGAGCTTAACTTTACTTAAT-----------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447832 111 - 196418989 GTTGATTTAATGTAATAAAGTTAAGACATAGGTGGTGTCTTCCTGGGACT-TGTTGATGAAATTGACCCAACACTCAGTTCTAGCATTTCCTCTCTGAGAAGAACTTTACTT-------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 14

a score=0.000000
s hg19.chr21     16299404 6016 +  48129895  
e rheMac2.chr3  164447943   14 - 196418989 I
e panTro2.chr21  15024881    0 +  46489110 C
e ponAbe2.chr21  14561079    0 +  48394510 C

a score=-74791.000000
s hg19.chr21     16305420 29 +  48129895 taataaaaaaaaaaAAGACAGAGAAACAC
s panTro2.chr21  15024881 15 +  46489110 --------------AAGACAGAGAAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561079 15 +  48394510 --------------AAGACAGAGAAACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447957 12 - 196418989 -----------------ACAGAGAAACAG
i rheMac2.chr3  I 14 C 0

a score=561225.000000
s hg19.chr21     16305449 52 +  48129895 AACTTGCATGAACAAGCAAATACTCAGTTTGATTCAACAGTA-AGAGAAACCT
s panTro2.chr21  15024896 52 +  46489110 AACTTGCATGAACAAGCAAATACTCAGTTTGATCCAACAGTA-AGAGAAACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561094 52 +  48394510 AACTTGTATGAACAAGCAAATACTCAGTTTGATCCAACAGTA-AGAGAAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164447969 53 - 196418989 AGCTTGCATGAACGAACAAATACTCAGTTTGATCCAACAGTATGGAGAAACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1148954.000000
s hg19.chr21     16305501 167 +  48129895 CCTGTAATAGAAGGTTCTTTATATGTGGAATCCAGGCCTTGAGAAAAAGGAGGTAAGGTTGGAAACTGAGTTGCTGATACTTCTAGCAAGACCCTTTTAATGTGCCCGAATATTTACTCTACTAACAATAGCAAACGAGAGAACAAGAGCGTATAGGTAGTAGTGCT
s panTro2.chr21  15024948 165 +  46489110 CCTGTAATAGAAGGTTCTTTATATGTGGAATCCAGGCCTTGAGAAAAAGGAGGTAAGGTTGGAAACTGAGTTGCTGATACTTCTAGCAAGACCCTTTTAATGTGCCCGAATATTTACTCTACTAACAATAGCAAACGAGA--ACAAGAGCGTATAGGTAGTGGTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561146 165 +  48394510 CCAGTAATAGAAGGTTCTTTATATGTGGAATCCAGGTCTTGAGAAAAAGGAGGTAAGGTTGGAAACTGAGTTGTTGATAATTCTAGCAAGACCCTTTTAATGTGCCCGAATATTTACTCTACTAACAATAGCAAACAAGA--ACAAGAGCCTAGAGGTAGTGGTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164448022 160 - 196418989 CCTGGAATAGAAGATTCTTTATATATGGAATCCAGGCCTTGAGAAAAAGGAGGTAAGGTTGGAAACTGAGTTGTTGATACTTCTAGCAAGACCCTTTTAATGTGCCCGAATATT-----TACTAACAACAGTAAACGAGA--GCAAGAGCATATAGGTAGTGGTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1188856.000000
s hg19.chr21     16305668 124 +  48129895 GCCTAATATAATGGGGTGACATGAGGACTTGGGTGTGTGCTTTCTGTCAGAGAAGCCCAGGGAATAGGAGTTTCAGCATTATATCTCAGACAACAGCAAACTTTGAGATCCCTTGCTGTACAGA
s panTro2.chr21  15025113 124 +  46489110 GCCTAATATAATGGGGTGACATGAGGACTTGGGTGTGTGCTTTCTGTCAGAGAAGCCCAGGGAATAGGAGTTTCAGCATTATATCTCAGACAATAGCAAACTTTGAGATCCCTTGCTGTACAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561311 124 +  48394510 GCCTAATATAATGGGGTGACATGAGGACTTGGGTGTGTGCTTTCTGTCAGAGAAGCCCAGGGAATAGGAGGTTCAGCATTATACCTCAGACAATAGCAATCTTTTAGATCCCTTGCTGTACAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164448182 124 - 196418989 GCCTAATATAATGGGGTGACATGAGGACTTGGGTGTGGGCCTTCTCTCAGAGAACCCCAGGGACTAGGAGGTTCAGCATTGTATCCCAGACAATAGCAATCTTTGAGATTCCTTGCTGTACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=286099.000000
s hg19.chr21     16305792 22 +  48129895 GAAGGAAAGCAGAAACTCTATA
s panTro2.chr21  15025237 22 +  46489110 GAAGGAAAGCAGAAACTCTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561435 22 +  48394510 GAAGGAAAGCAGATACTCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164448306 22 - 196418989 GAAGGAAAGCAGAAACTCTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1309873.000000
s hg19.chr21     16305814 231 +  48129895 GTAAGGCCTAATAATTTGTGGTGTAAGCCAATAGTACATAATAAATGTATCCTTTATCAGAGCTCTATGATGGAAAGATGAGAATGTTTGA-GAAAAAATAAATGAATACATTTGGGAATTTATATT----------TTCTTTTGTCTCAGACACTGGATCTATCATGTGCACAGGGACACACGCATGCATACTCACACACATACAAACACAAGAATGCCTCATTAATATCTACCTGCATGC
s panTro2.chr21  15025259 231 +  46489110 GTAAGGCCTAATAATTTGTGGTGTAAGCCAATAGTACATAATAAATGTATCCTTTATCAGAGCTCTCTGATGGAAAGATGAGAATGTTTGA-GAAAAAATAAATGAATACATTTGGGAATTTATATT----------TTCTTTTGTCTCAGACACTGGATCTATCATGTGCACAGGGacacacacatgcatactcacacacatacaaacacaAGAATGCCACATTAATATCTACCTGCATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561457 207 +  48394510 GTAAGGCCTACTAATTTGTGGTGTAAGCCAATAGTACATAATAAATGTATCCTTTATCAGAGCTCTCTGATGGAAAGATGAGAATG-------------------------TTTGGGAATTTATATT----------TTCTTTTGTCTCAAACACTGGATCTATCATGTGCACAGGGacacatacatgcatactcacacacacacaaacacaAGAATGCCTCATTAATATCTACCTGCATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164448328 240 - 196418989 GTAAGGCCTACTAATTTGTGGTGTAAGCCAACAGTATGCAATAAATGTATCCTTTATCAGAGCTCTCTGATGGAAAGATGAGAGTGTTTGAGGAAAAAAAAAATGAATACATTTGGGAATTTATATTTGGTAGGGTCTTGTTTTGTCTCAAACACTGGATCTATCATGTGCACAGGGACACA--CATGCTTACTCACACACATACATACACAAGAATGCCTCATTAATGACTACCTGCATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=765102.000000
s hg19.chr21     16306045 72 +  48129895 AAATCTATATTGTACAAATCCTGGTGATTACTTAAaaatagcaattactcagatttcactatgtgccagata
s panTro2.chr21  15025490 72 +  46489110 AAATCTATATTGTACAAATCCTGGCGATTACTTAAaaatagcaattactcagatttcactatgtgccagata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561664 72 +  48394510 AAATCTATATTGCACAAATCCTGGTGATTACTTAAAGATagcaattacttagatttcactatgtgccggata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164448568 72 - 196418989 AAATCTATATTGCACAAATCCTGGTGATTACTTAAaaatagcaattacttagatttcactatgtgccagata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309739.000000
s hg19.chr21     16306117 56 +  48129895 ccattctaagtgatttaggtatattaactcaatctttacaacaaccttatCATGAT
s panTro2.chr21  15025562 56 +  46489110 ccattctaagtgatttaggtatattaactcaatctttacaacaaccttatCATGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561736 56 +  48394510 ccattctaagtgatttaggtatattaactcaatctttacaacaaacttatCATGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164448640 56 - 196418989 ccattctaagtgatgtaggtatattaactcagtctttacaaccaccttatcatgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-245119.000000
s hg19.chr21     16306173 51 +  48129895 CCTCaattattttttatttattttatttta-tttttattatactttaagttc
s panTro2.chr21  15025618 51 +  46489110 CCTCaattattttttatttattttatttta-tttttattatactttaagttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164448696 16 - 196418989 cctcatttgttttttg------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=207459.000000
s hg19.chr21     16306224 383 +  48129895 tagggtacctgtgcacaacatgcagatttgttacatatgtatacatgtgccatgttggtgtgctgcacccattcactcgtcatttacattaggtatatctcctaatgctatccctccccacttcccccaccccacgacaggccccggtgtgtgatgttcgccttcctgtatccaagtgttctcattgttcagttcccacctatgagtgagaacatgtggtgtttggttttttgcccttgcgatagtttgctcagaatgatggtttccagcttcatccatgttcctacaaaggacatgaactcatccttttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccatattttcttaatccagtctatcattgatggacattt
s panTro2.chr21  15025669 383 +  46489110 tagggtacctgtgcacaacatgcagatttgttacatatgtatacatgtgccatgttggtgtgctgcacccattcactcgtcatttacattagatatatctcctaatgctatccctccccccttcccccaccccacgacaggccctggtgtgtgatgttcgccttcctgtatccaagtgttctcattgttcagttcccacctatgagtgagaacatgtggtgtttggttttttgcccttgcaatagtttgctcagaatgatggtttccagcttcatccatgtccctacaaaggacatgaactcatccttttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccatattttcttaatccagtctatcattgatggacattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14561844 383 +  48394510 tagggtacatgtgcacaacatgcagatttgttacatatgtatacatgtgccatgttggtgtgctgcacccattaactcgtcatttacattagatatatctcctaatgctatccctccccacttcccccaccccatgacaggccctggtgtgtgatgttccccttcctgtaaccaagtgttctcattgttcagttcccacctatgagtgagaacatgcggtgtttggttttttgcccttgtgatagtttgctcagaatgatggtttccagcttcatccatgtcccttcaaaggacatgaactcatccttttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccatattttcttaatccagtctatcattgatggacattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164448712   0 - 196418989 C

a score=1290277.000000
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s panTro2.chr21  15026052 4834 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14562227 4845 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164448712    0 - 196418989 C

a score=438766.000000
s hg19.chr21     16311446 837 +  48129895  
s ponAbe2.chr21  14567072 874 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15030886 837 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164448712   0 - 196418989 C

a score=376738.000000
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s panTro2.chr21  15031723 260 +  46489110 ttttttttttttttt-------tttggagacggagtctcactctgttgcccagggtggagtgcagtggtgggatgttggctcactgcaacctctgcctcccgggttgaagcaattctcctgcttcagcctcccaagtagctggaactacaggtgcacgctgccacacccagctaattttttttgtattttagtaaagacagggtttcaccatgttgcccaggctgatcttgaactcctgagctcaggcaatccacctgcctctagc-a
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14567946 268 +  48394510 tttttttttttttttttttttttttggagatagagtcttgctctgttgcccaggctggagtgcagtggcgggatgtcggctcactgcaacctctgcctcccaggttgaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactataggtgcatgccaccacgcccagctaattttttttgtattttagtagagacagggtttcaccatgttacccaggctgatcctgaactcctgagctcaggcaatccacctgccttggtctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164448712 251 - 196418989 tttttgttatttttt----------tgagacagagtctcgctctgttgcccaggctgcagggcagtggcgggatctccactccctgcaacctctgcctcccaggttgaagcaattttcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggtgcacgctgccacacctggctaattttgtttgtattttaggagagacagggtttcaccatgttgcccagtctgatcttgaactcctgagctcaggcaatccgctcgcct-------
i rheMac2.chr3  C 0 I 7

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s rheMac2.chr3  164448970 39 - 196418989 ccaaagtgctagaattacaggcctgagccaccactcctc
i rheMac2.chr3  I 7 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15031983 39 +  46489110 ccaaagtactagaattacaggcttgagccactgctcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=565292.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14568253 78 +  48394510 gccCatgattcccatattttaggcaacaaaactaaggctcaaagtggttaagtcacttattcaagttcatgcaaccaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449009 78 - 196418989 gcccatgattctcatttttcaggccacaaaactaagatttaaagtggttaagtcacttattcaagttcatacaaccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=499759.000000
s hg19.chr21     16312657 51 +  48129895 taagtagaaagtcaagctttctactcagaaggcagcctccagggtctatac
s panTro2.chr21  15032100 51 +  46489110 taagtagaaagtcaagctttctactcagaaggcagcctccagggtctatac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14568331 51 +  48394510 taagtagaaagtcaagctttatactcagaaggcaggctccagggtctatac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449087 51 - 196418989 taagtagaaaatcaagctttgtactcagaaggcagcctccagggtctataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-44959.000000
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s panTro2.chr21  15032151 22 +  46489110 tcatgcccactatactctaAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=341234.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=637320.000000
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s panTro2.chr21  15032290 82 +  46489110 CACCGTTTCAGTGCCACAGTAACAGCCAGGATGTG-GATTTCTACCTTCCTTCTTAGAGAGGGTGAGGACACTTCTGCAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449277 78 - 196418989 CACCATTTCAGTGCCACGGTAACAGCCAGAGTGTGTGTTTTCTACCTTCCTTCTTAGA----ATGAGGACACTT-TGCAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16312929 132 +  48129895 TGGGACATGTCTGCATGAGATGCGTATTATTTTTGCTAGGTTGCACCATTGAAACAGGTTCTGAAAACAAGGAAGATCAGTGCCAAGATCCGTTTAAATTTCTATATATTCATCTGATTTAATCCTTAAAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449355 132 - 196418989 CGGGACATGTCTGGATGAGATGCATATTAGTTTTGCTAGGTTGCACCATTGAAACAGGTTCTGAAAACAAGGAGAGTCAGAGCCAAGATCTGTTTAAATTTCTATATATTCATCTGATTTAATCTTTAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449487 34 - 196418989 TGTATCTGTCCTGATGGAAAATTAGCTAATTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=441069.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449521 69 - 196418989 TTAAGAGACTCCTCCCATCCCCTCTTCTCTTCTCAACcaactgtaacactgtggttaagcatgaagcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=422808.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449590 42 - 196418989 agaaggttaaaaaatcctggattccttccccagctctgctac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1037422.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14568879 80 +  48394510 tgcatgacctaggtcaaatcgtttaaccatcccgtgcctcagcttcatcatctgtaCATTATAGACTTCTTCCAGTTCGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449632 79 - 196418989 tgcatgacccaggtcaaatcatttaaccatcc-gtgccttgacttcatcatctgtaCATTACAGACTTCTTCCAGATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1437721.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14568959 80 +  48394510 AAACTCTGATATTCTAGCTCACTGCATTCTGTGTGGACATTTCTATAAATTCCATGAATATTCTAACAGAATAAGAAAaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449711 80 - 196418989 AAACACTGATATTCTAGCTCACTGCATTCTGTGTGGACATTTCTGTAAATTCCATGAATATTCTAACAGAATAAGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164449947 87 - 196418989 GAAGCCCTACATTTGGATCAGTAAATGGGGGAATAGCCAGACATATTTAATGTATAATTTAGACATTTTTGGAGAAAGACCTGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=356861.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450034 83 - 196418989 TGAGCCCCTTCTTTCAGAGATTTAACTTTTAAAAGCTTGCAAAAACCATTTCTCCTCCTGCAGTTTTAAATGTAATTCATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14569505 44 +  48394510 AGGAAGCACCTTTGTCTCACTGGTACCTGTACTTCGTAGCACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450258 44 - 196418989 AGTAAGCAGCTTTGTCTCACTGGTACCTGTACTTCGTAGCACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=255254.000000
s hg19.chr21     16313876 29 +  48129895 CACCCAATTTGATATGCCAACATTAAACT
s panTro2.chr21  15033319 29 +  46489110 CACCCAATTTGATATGCCAACATTAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14569549 29 +  48394510 CACCCAATTTGATATGCCAACATTAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450302 29 - 196418989 CACCCAATTTGATAGGCCAGCATTAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=64353.000000
s hg19.chr21     16313905 18 +  48129895 TGGG--CACACATACATATT
s panTro2.chr21  15033348 18 +  46489110 TGGG--CACACATACATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14569578 18 +  48394510 TGGG--CACACATACATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450331 20 - 196418989 TGGGCACACACATACATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=661088.000000
s hg19.chr21     16313923 69 +  48129895 CACATTTAATAGTATCTTTATCTTGGGAATTCAAAATAACCAATTATGGAATGCTATGGAATCTTGAAA
s panTro2.chr21  15033366 69 +  46489110 CACATTTAATAGTATCTTTATCTTGGGAATTCAAAATAACCAATTATGGAATGCTATGGAATCTTGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14569596 69 +  48394510 CACATTTAATAGTATCTTTATCTTGGGAACTCAAAATAACCAATTATGGAATGCTATGGAATCTTGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450351 69 - 196418989 CACATTTAATAGTATCTTTATCTTGGGAACTCAAAATAACCAATTATGGAATGCTGTGGAATCTTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=449896.000000
s hg19.chr21     16313992 64 +  48129895 GTTGTTCTGCAAAATTTCTAGATCAAATCTAAACAACTACAACCTACTTTTTGGCAAttttttt
s panTro2.chr21  15033435 64 +  46489110 GTTGTTCTGCAAAATTTCTAGATCAAATCTAAACAACTACAACCTACTTTTTGGCAAttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14569665 64 +  48394510 GTTGTTCTGCAAAATTTCTAGATCAAATCTAAACAACTACAACCTACTTTTTGGCAAttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450420 53 - 196418989 GTTGTTCTGCAAAATGTCTAGGTCAAATCTAAACGACTACAACCTACTTTTTG-----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=9234.000000
s hg19.chr21     16314056 13 +  48129895 ttttttttttttt
s panTro2.chr21  15033499 13 +  46489110 ttttttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14569729 13 +  48394510 ttttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164450473  0 - 196418989 C

a score=-32815.000000
s hg19.chr21     16314069 34 +  48129895 ttttttttttttttttaaaaacggagtcttgctc
s panTro2.chr21  15033512 17 +  46489110 -----------------aagacagagtcttgctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14569742 20 +  48394510 ttt--------------aggatggagtcttgctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164450473  0 - 196418989 C

a score=104310.000000
s hg19.chr21     16314103 256 +  48129895 tgtcgcccaggctggagtgcagtggcatgatctcggctcactgcaagctccgcctccagggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccactgcgcccagctaatttttttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtggtctcgatctcctgacctcgtgatccacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccaccatgcccggccA
s panTro2.chr21  15033529 256 +  46489110 tgtcgcccaggctggagtgcagtggcacgatctcggctcactgcaagctccgcctccagggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcacccgccaccgcgcctggctaatttttttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtggtctcaatctcctgacctcatgatccacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccaccgtgcccggccA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14569762 254 +  48394510 tgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcactgcaagctccgcctcctgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcacctgccaccgcgcccggctaa-ttttttttgtatttttagtaaagacggggtttcaccgtggtctcgatctcctgacctcgtgatccacccgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactacacct-gCCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164450473   0 - 196418989 C

a score=54401.000000
s hg19.chr21     16314359 45 +  48129895 GCAAATTTTTAATTTTCTATTTCATTTTATTTTTTAGtttggaaa
s panTro2.chr21  15033785 45 +  46489110 GCAAATTTTTAATTTTCTATTTCATTTTATTTTTTAGtttggaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570016 45 +  48394510 GCAAATTTTTAATTTTCTATTTCATTTTATTTTTTagtttggaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450473 45 - 196418989 GCAAATTTTTAATTTTCTATTTCATTTTATTTTTTaatttggaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=53853.000000
s hg19.chr21     16314404 40 +  48129895 ggagagctttatttcctataaagggttgcagcctgcaggg
s panTro2.chr21  15033830 40 +  46489110 ggagagctttatttcctataaagggttgcagtctgcaggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570061 40 +  48394510 ggagagctttatttcctataaacggttgcagcctgcaggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450518 40 - 196418989 ggagagctttatttcctataaagggttgcagcctacaggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89459.000000
s hg19.chr21     16314444 49 +  48129895 tggccatcctTGGCAGATATTTTGAAACTGAAATTATTAACTTGAGTTT
s rheMac2.chr3  164450558 49 - 196418989 tggccatcctTGGCACATATTTTGAAACTGAAATTGTTAACTTGAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570101 49 +  48394510 tggccatccttggcaggTATTCTGAAACTGAAATTATTAACTTGGGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15033870 49 +  46489110 tggccatcctTGGCAGATATTTTGAAACTGAAATTATTAACTTGAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=326002.000000
s hg19.chr21     16314493 71 +  48129895 ATTAATAACTTGGTGATAATGGCCAGGGGCTCCATTAAGTTGTACCTAAGGGGAAAAGATAGTGAAGAGGC
s rheMac2.chr3  164450607 71 - 196418989 ATTATTAGCTTGGCCATAATGGCCAGGGTCTCCATTAAGTTGTACCTAAGGGGAAAAGATAGTGAAGAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570150 71 +  48394510 ATTATTAACTTGGAGATAATGGCCAGGGGCTCCATTAAGTTGTACCTAAGAGGAAAAAATAGTGAAGAGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15033919 71 +  46489110 ATTATTAACTTGGCGATAATGGCCAGGGGCTCCATTAAGTTGTACCTAAGGGGAAAAGATAGTGAAGAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=573168.000000
s hg19.chr21     16314564 91 +  48129895 AAAATTAAGAGGCTGCTATAGTCATGCTCTCATGAAACTTGCAATCTACTCTTTGAGCCAGAAATAATACAGAGAGAGGTAGAACAGGATA
s panTro2.chr21  15033990 91 +  46489110 AAAATTAAGAGACTGCTATAGTCATGCTCTCATGAAACTTGCAATCTACTCTTTGAGCCAGAAATAATACAGAGAGAGGTAGAACAGGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570221 91 +  48394510 AAAATTAAGAGGTTGCTATAGTCATGCTCTCATGAAACTTGCAATCTACTCTTTGAGCCAAAAATAATACAGAGAGAGGTAGAACAAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450678 91 - 196418989 AAAATTAAGAGGTTGCTATCGTCATGGTCTCATGAAACTTGCAATCTACTCTTTGAGCCAAAAATAATACAGAGAGAGGTAGAACAAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371980.000000
s hg19.chr21     16314655 76 +  48129895 AACGTGGTTATGCAGTGCTCATTTCATTGAAGCACAGGGAAAATAAATAATTTAAATGAGCTGGGTAGGTTTAAAA
s panTro2.chr21  15034081 76 +  46489110 AACGTGGTTATGCAGTGCTCATTTCATTGAAGCACAGGGAAAATAAATAATTTAAATGAGCTGGGTAGGTTTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570312 76 +  48394510 AACGTGGTTATGCAGTGCTCATTTCATTGAAGCACAGGGAAAATAAATAATTTAAATGAGCTGGGTAAGTTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450769 76 - 196418989 AAAGTGGTTATGCAGTGCTTGTTTCATTGAAGCTCAAGGAAACGAAATAATTTAAATGAGCTGGATAGGTTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=258320.000000
s hg19.chr21     16314731 49 +  48129895 AAAAAAGGT---ATAAAGAAGTGGTTCTTGAGTTTTTCCTTGGATAGGAGAA
s panTro2.chr21  15034157 48 +  46489110 AAAAA-GGT---ATAAAGAGGTGGTTCTTGAGTTTTTCCTTGGATAGGAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570388 52 +  48394510 AAAAAAGGTTTCATAAAGAGGTGGTTCTTGAGTTTTTCCTTGGATAGGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450845 52 - 196418989 AAAAAAGGTATCACAAAGAGGTGGTTCTTGAGTTTTTCCTTGGATAGGACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=311797.000000
s hg19.chr21     16314780 30 +  48129895 GCCAAATAAGAAAGACATAAGGTTGACAGT
s panTro2.chr21  15034205 30 +  46489110 GCCAAATAAGAAAGACATAAGGTTGACAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570440 30 +  48394510 GCCAAATAAGAAAGACATAAGGTTGACAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450897 30 - 196418989 GCCAAATAAGAAAGACATAAGGTTGAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-382887.000000
s hg19.chr21     16314810 22 +  48129895 GGGAGTGGTATTGGGGTAGGTG
s panTro2.chr21  15034235 22 +  46489110 GGGAGTGGTATTGGGGTAGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570470 22 +  48394510 GGGAGTGGTATTGGGGTAGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450927 22 - 196418989 GGGAGTGGTATTGGGGTAGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265092.000000
s hg19.chr21     16314832 37 +  48129895 AAAGGCAGAACCTCAATTCCACCATAAATGGTGATAA
s panTro2.chr21  15034257 37 +  46489110 AAAGGCAGAACCTCAATTCCACCATAAATGGTGATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570492 37 +  48394510 AAAGGAAGAACCTCAACTCCACCATAAATGGTGATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450949 37 - 196418989 AAAGGCAGAACCTCAACTCCACCATAAATGGTGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150385.000000
s hg19.chr21     16314869 20 +  48129895 AATGTAAGTCCATCAGTTAC
s panTro2.chr21  15034294 20 +  46489110 AATGTAAGTCCATCAGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570529 20 +  48394510 AATGTAAGTCCATCAGTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164450986 20 - 196418989 AATGTAAATCCATCAGTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=82905.000000
s hg19.chr21     16314889 10 +  48129895 ATAGTAAAGA
s panTro2.chr21  15034314 10 +  46489110 ATAGTAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570549 10 +  48394510 ATAGTAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451006 10 - 196418989 ACAGTAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=318643.000000
s hg19.chr21     16314899 24 +  48129895 AAAATTATGGCAAAGTTTTATACC
s panTro2.chr21  15034324 24 +  46489110 AAAATTATGGCAAAGTTTTATACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570559 24 +  48394510 AAAATTATGGCAAAGTTTTATACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451016 24 - 196418989 AAAATTATGGTAAAGTTTTATACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241449.000000
s hg19.chr21     16314923 25 +  48129895 AGCCCTTAAGGAAGCTAAGCTGCAG
s panTro2.chr21  15034348 25 +  46489110 AGCCCTTAAGGAAGCTAAGCTGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570583 25 +  48394510 AGCCCTTAAGGAAGCTAAGCTGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451040 25 - 196418989 AGCCCTTAAGGAAACTAAGCTACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-18002.000000
s hg19.chr21     16314948 9 +  48129895 AAAAGATAC
s panTro2.chr21  15034373 9 +  46489110 AAAAGATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570608 9 +  48394510 AAAAGATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451065 9 - 196418989 AAAAGATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305920.000000
s hg19.chr21     16314957 23 +  48129895 AGAGAAGACAAATCATATTTCAC
s panTro2.chr21  15034382 23 +  46489110 AGAGAAGACAAATCATATTTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570617 23 +  48394510 AGAGAAGACAAATCATATTTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451074 23 - 196418989 GGAGAAGACAAATCATATGTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=857059.000000
s hg19.chr21     16314980 75 +  48129895 CTAATATGTCCTAAAACACTTTACAGCTTTTAGGGGCACAGTTGAAGACCATTGatctaatccaatgttttcatt
s rheMac2.chr3  164451097 75 - 196418989 CTCATATGTCCTAAAACACTCTACAGCTTTTAGGGGCACAGTTGAAGACCATCGatctaatccaatgttttcatt
i rheMac2.chr3  C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  14570640 75 +  48394510 CTAATATGTCCTAAAACACTCTACAGCTTTTAGGGGCACAGTTGAAGACCATTGatctaatccaatgtttttatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15034405 75 +  46489110 CTAATATGTCCTAAAACACTCTACAGCTTTTAGGGGCACAGTTGAAGACCATTGatctaatccaatgttttcatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=476364.000000
s hg19.chr21     16315055 37 +  48129895 ttaatcatgagaaaactgagtcccaaagatgttaact
s rheMac2.chr3  164451175 37 - 196418989 ttaatcatgagaaaactgagtcccaaagatgttagct
i rheMac2.chr3  I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  14570715 37 +  48394510 ttaatcatgagaaaactgagtcccaaagatgttaact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15034480 37 +  46489110 ttaatcatgagaaaactgagtcccaaagatgttaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1014127.000000
s hg19.chr21     16315092 68 +  48129895 gattcctctaaggtcacgtggtagctttaatggccaagacaggactggaatctagatcATTCTATTAC
s rheMac2.chr3  164451212 68 - 196418989 gattcctctaaggtcacatggtagctttaatggccaagacaggactggaatctagatcATTCTATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570752 68 +  48394510 gattcctctaaggtcacatggtagctttaatggtcaagacaggactggaatctagatcATTCTATTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15034517 68 +  46489110 gattcctctaaggtcacgtggtagctttaatggccaagacaggactggaatctagatcATTCTATTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1850830.000000
s hg19.chr21     16315160 170 +  48129895 ATCACTGCATTTCCTGAGTTTCATTTTAGCATGAATATTCTCCCTTGCCACATACTTATCATAAAATAACAAGATCCCATTATTCTCATCCTGACCTTACTGTGTCCATGTCTGCCTGAGTTGCTAATAAATAACAAAAGTTGTTTCCAGATTTGAATAGGCCCTAGTAG
s rheMac2.chr3  164451280 168 - 196418989 ATCACTGCATTTCCTGAGTTTCATTTTAGCATGAATATCTCCATTACCCTCATACTTATCACAAAATAACAAGATCCCATTATTCTCATCCTGACCGTAC--TGTCCATGTCTGGCTGAGTTGCTAATAAATAACAAAAATTGTTTCAAGATTTGAATAGGCCCTAGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570820 170 +  48394510 ATCACTGCATTTCCTGAGTTTTATTTTAGCATGAATATCCTCCCTTGCCACATACTTATCACAAAATAACAAGATCCCATTATTCTCATCCTGACCTTACTGTGTCCATGTCTGCCTGAGTTGCTAATAAATAACAAAAATTGTTTCCAGATTTGAATAGGCCCTAGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15034585 170 +  46489110 ATCACTGCATTTCCTGAGTTTCATTTTAGCATGAATATCCTCCCTTGCCACATACTTATCACAAAATAACAAGATCCCATTATTCTCATCCTGACCTTACTGTGTCCATGTCTGCCTGAGTTGCTAATAAATAACAAAAGTTGTTTCCAGATTTGAATAGGCCCTAGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1550796.000000
s hg19.chr21     16315330 119 +  48129895 AGAATAGTGCTTAGAGATGTATCAGCAAACTCACAGGGGGTAGGGGTA-GGGATTGGACAAGAAGAAGTCAGTGTTTACACAATTGAGCATAGCTTTTACTGTTGACTGGACAGCTGTTC
s panTro2.chr21  15034755 119 +  46489110 AGAATAGTGCTTAGAGATGTATCAGCAAACTCACACGGGGTAGGGGTA-GGGATTGGACAAGAAAAAGTCAGTGTTTACACAATTGAGCATAGCTTTTACTGTTGACTGGACAGCTGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14570990 119 +  48394510 AGAATAGTGCTTAGAGATGTATCAGCAAACTCACAGCGGGTAGGGGTA-GGGATTGGACAAGAAAAAGTCAGTGTTTACATAATTGAGTATAGCTTTCACTGTTGACTGGACAGCTGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451448 120 - 196418989 AGAATAGTGCTTAGAGATGTAACAGCAAACTCACAGCGGGTAGGGGTAGGGGACTGGACAAGAAAAAGTCAGTGTTTACACAATTGAGTATAGCTTTCACTGTTGACTGGACAGCTGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=645010.000000
s hg19.chr21     16315449 50 +  48129895 CGTCTAGAGCTTCTTAACCCAGAAAATTACTCAATTATCAAAAGGGCACA
s rheMac2.chr3  164451568 50 - 196418989 AGTCTAGAGCTTCTTAACCCAGAAAATTACTCAATTATCAAAAGGGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571109 50 +  48394510 TGTCTAGAGCTTCTTAACCCAGAAAATTACTCAATTATCAAAAGGGCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15034874 50 +  46489110 CGTCTAGAGCTTCTTAACCCAGAAAATTACTCAATTATCAAAAGGGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1000223.000000
s hg19.chr21     16315499 55 +  48129895 TTGATTCACCAGCTGTACATTGCTAAGACTTTCTAATATTTAAAAGTCATAAAGG
s rheMac2.chr3  164451618 55 - 196418989 TTGATTCACCAGCTGTACATTGCTAAGACTTTCTAATATTTAAAAGTCATAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571159 55 +  48394510 TTGATTCACCAGCTGTACATTGCTAAGACTTTCTAATATTTAAAAGTCATAAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15034924 55 +  46489110 TTGATTCACCAGCTGTACATTGCTAAGACTTTCTAATATTTAAAAGTCATAAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1903764.000000
s hg19.chr21     16315554 110 +  48129895 TTACCACACTTCAAAAGATGTTATTGAATGTTACTATTGCTTCACAGAAATTGATCTGTCACTATTTATTCAACTATTCATTCAGTTGAACTCAGTGAAGAGAACCTCAC
s panTro2.chr21  15034979 110 +  46489110 TTACCACACTTCAAAAGATGTTATTGAATGTTACTATTGCTTCACAGAAATTGATCTTTCACTATTTATTCAACTATTCATTCAGTTGAACTCAGTGAAGAGAACCTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571214 110 +  48394510 TTACCATACTTCAAAAGATGTTATTGAATGTTACTATTGCTTCACAGAAATTGATCTTTCACTATTTATTCAACTATTCATTCAGTTGAACTCAGTGAAGAGAACCTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451673 110 - 196418989 TTACCATACTTCAAAAGATATTATTGAATGGTACTGTTGCTTCACAGAAATTGATCTTTCACTATTTATTCAACTATTCATTCAGTTGAACTCAGTGAAGAGAACTTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1022084.000000
s hg19.chr21     16315664 50 +  48129895 TGCACTGTAAATATTTAAATGGCTCTTGTTGGAGACAAAGTGAATAAGCC
s rheMac2.chr3  164451783 50 - 196418989 TGCACTGTAAATATTTAAATGGCTCTTGTCGGAGACAAAGTGAATCAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571324 50 +  48394510 TGCACTGTAAATATTTAAATGGCTCTTGTCAGAGACAAAGTGAATCAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15035089 50 +  46489110 TGCACTGTAAATATTTAAATGGCTCTTGTTGGAGACAAAGTGAATAAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=623692.000000
s hg19.chr21     16315714 58 +  48129895 TAAGTAGGCTGGGAGCAGCACTGGCTCAATCTGAGAACAAATATTCCGAATAAAGAGC
s rheMac2.chr3  164451833 58 - 196418989 TAAGTAGGCTGGGAGCAACATTGGCTCAATCTGAGAACAAATATTCCGAATAAAGAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571374 58 +  48394510 TAAGTAGGCTGGGAGCAACACTGGCTCAACCTGAGAACAAATATTCCAAATAAAGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15035139 58 +  46489110 TAAGTAGGCTGGGAGCAGCACTGGCTCAATCTGAGAACAAATATTCCAAATAAAGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=597427.000000
s hg19.chr21     16315772 42 +  48129895 CCAACTTTGCATCCAGGATGCCAGCCTCAAGCAGCTCTATTA
s panTro2.chr21  15035197 42 +  46489110 CCAATTTTGCACCCAGGATGCCAGCCTCAAGCAGCTCTATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571432 42 +  48394510 CCAACTTTGCATCCAGGATGTCAGCCTCAAGCAGCTCTATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451891 42 - 196418989 CCAACTTTGCTTTCAGGATGCTAGTCTCAAGCAACTCTATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=433364.000000
s hg19.chr21     16315814 65 +  48129895 TCAAGAACACCTTCCAAGTTCACGTTGTCTGTGCTTGAGACATACGGATGTCCCATTTTAAACTT
s panTro2.chr21  15035239 65 +  46489110 TCAAGAACACCTTCCAAGTTCACATTGTCTGTGCTTGAGACATATGGATGTCCCATTTTAAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571474 65 +  48394510 TCAAGAACCCCTTCCAAGTTCACATTGTCTGTGCTTGAGACACACGGATGTCCCATTTTAAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451933 65 - 196418989 TCAAGAACACCTTCCAAGTTCACATTGTCTGTGCTTGAGACACGTGGATGTCCCATTTTAGACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-189945.000000
s hg19.chr21     16315879 67 +  48129895 AACAAATAAAAGTACTAAGAAAGTGGTGAGAGGAGTGTAGAGGAAAATAATAAACTCCTAATTCTTC
s panTro2.chr21  15035304 67 +  46489110 AACAAATAAAAGTACTAAGAAAGTGGTGAGAGGAGTGTAGAGGAAAATAATAAACTCCTAATTCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571539 67 +  48394510 AACAAATAAAAGTACTAAGAAAGTGGTGAGAGGAGTGTAGAGGAAAATCATAAACTCCTATTTCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164451998 64 - 196418989 ---AAATAAAAGTGCTAAGAAAGTGGTGAGAGGAGTGTAGAGGAAAATAATAAACTCCTAATTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2671191.000000
s hg19.chr21     16315946 113 +  48129895 CTAAATCTGAAGCATTAGGAAATAAAGTAACAAACCAGTTTTCCTTTCTGACCTCAAGCAAATGATTGACTTTAGAGCCCACAATGACCTGCTTAGAGCTATTTAGAGTGTCA
s rheMac2.chr3  164452062 113 - 196418989 CTAAATCTGAAGCATTAGGAAATAAAGTGACGAACCAGTTTTCCTTTCTGACCTCAAGCAAATGATTGACTTTGGAGCCCACAATGACCTGCTTAGGGCTATTTAGAGTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571606 113 +  48394510 CTAAATCTGAAGCACTAGGAAATAAAGTGACAAACCAGTTTTCCTTTCTGACCTCAAGCAAATGATTGACTTTGGAGCCCACAATGACCTGCTTAGAGCTATTTAGAGTGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15035371 113 +  46489110 CTAAATCTGAAGCATTAGGAAATAAAGTAACAAACCAGTTTTCCTTTCTGACCTCAAGCAAATGATTGACTTTAGAGCCCACAATGACCTGCTTAGAGCTATTTAGAGTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1569051.000000
s hg19.chr21     16316059 74 +  48129895 AGGGCCACCTAGTTTCATGTCGTTGAACAGGTAACAAAGCGCAGGAAAGGAGAGGCTTGGGTACTGGGGGATAA
s panTro2.chr21  15035484 74 +  46489110 AAGGCCACCTAGTTTCATGTCGTTGAACAGGTAACAAAGCGCAGGAAAGGAGAGGCTTGGGTACTGGGGGATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571719 74 +  48394510 AGGGCCACCTAGTTTCATGTCATTGAACAGGTAACAAAGCGCAGGAAAGGAGAGGCTTGGGTACTGGGGGATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452175 74 - 196418989 AGGGCCACCTAGTTTCATGTCATTGAACAGGTAACAAAGCGCAGGAAAGGAGAGGTTTGGGTACTGGGGGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=445274.000000
s hg19.chr21     16316133 35 +  48129895 AGTTTGTATCAAATTGCATCCTGAAATCTCAGCCT
s panTro2.chr21  15035558 35 +  46489110 AGTTTGTATCAAATTACATCCTGAAATCTCAGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571793 35 +  48394510 AGTTTGCATCAAATTACATCCTGAAATCTCAGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452249 35 - 196418989 AGTTTATATCAAATTACCTCCTGAAATCTCAGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1352930.000000
s hg19.chr21     16316168 58 +  48129895 TTTCCAAACAAATGTAAATACTTAGCTGCATCTGAATCATTCATTTTGAAAACCCAAC
s panTro2.chr21  15035593 58 +  46489110 TTTCCAAACAAATGTAAATACTTAGCTGCATCTGAATCATTCATTCTGAAAACCCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571828 58 +  48394510 TTTCCAAACAAATGTAAATACTTAGCTGCATCTGAATCATTCATTTTGAAAACCCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452284 58 - 196418989 TTTCCAAACAAATGTAAATACTTAGCTGCATCTGAATCATTCATTTTGAAAACCCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=836910.000000
s hg19.chr21     16316226 48 +  48129895 AGACCTTTTCCTGCGCAAGCAGGAGAGATTAAAGCAACAATACCAGAT
s panTro2.chr21  15035651 48 +  46489110 AGACCTTTTCCTGGGCAAGCAGGAGAGATTAAAGCAACAATACCAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571886 48 +  48394510 AGACCTTTTCCTGGGCAAGCAGGACAGATTAAAGCAACAATACCAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452342 48 - 196418989 AGACCTTTTCCTGGGCAAGCAGGACAGATTAAAGCAACAATACCAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=765462.000000
s hg19.chr21     16316274 33 +  48129895 GCTTTGCTCAACTGATTTCCTAGATTGAGCTGA
s panTro2.chr21  15035699 33 +  46489110 GCTTTGCTCAACTGATTTCCTAGATTGAGCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571934 33 +  48394510 GCTTTGCTCAACTGATTTCCTAGATTGAGCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452390 33 - 196418989 GCTTCGCTCAACTGATTTTCTAGATGGAGCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=878694.000000
s hg19.chr21     16316307 46 +  48129895 CAAAACTATTCTTGTAGAAATCTAGTCTTGCCTCCTTTCACTTACA
s panTro2.chr21  15035732 46 +  46489110 CAAAACTATTCTTGTAGAAATCTAGTCTTGCCTCCTTTCACTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14571967 46 +  48394510 CAAAACTATTCTTGTAGAAATCTAGTCTTGCCTCCTTTCACTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452423 45 - 196418989 CAAAACTGTTCTTGTAGAAATCTAGTCTTGCCTCCTTTC-CTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=125055.000000
s hg19.chr21     16316353 43 +  48129895 GAACTG----------------------------------------AAATGCCTCTGTAGGTTATGGAGCAAAAGAAACCCAG
s panTro2.chr21  15035778 43 +  46489110 GAACTG----------------------------------------AAATGCGTCTGTAGGTTATGGAGCAAAAGAAACCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572013 83 +  48394510 GAACTGAAATGCCTCTGTAAGTTATGGAGCAAAAGAAACACAGCGCAAATGCCTCTGTAGGTTATGGAGCAAAAGAAACACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452468 43 - 196418989 GGACTG----------------------------------------AAATGCCTCTGTAGGTTACGGAGCAAAACCAACCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=615193.000000
s hg19.chr21     16316396 52 +  48129895 TGGAAGGGCTAGAGAAATCCTACTAGAGGTGACATACCTAGAGCTGAAAGGT
s panTro2.chr21  15035821 52 +  46489110 TGGAAGGGCTAGAGAAATCCTACTAGAGGTGACATACCTAGAGCTGAAAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572096 52 +  48394510 CGGAAGGGCCAGAGAAATCCTACTAGAGGTGACATACCTAGAGCTGAAAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452511 52 - 196418989 CGGAAGGGCCAGAGAAATCCTACTAGAGGTGACATACCTAGAGCTGAAAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=271412.000000
s hg19.chr21     16316448 24 +  48129895 CTGAGTTAGGACCACATATTGATT
s panTro2.chr21  15035873 24 +  46489110 CTGAGTTAGGACCACATATTGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572148 24 +  48394510 CTGAGTTAGGACCACATATTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452563 24 - 196418989 CTGAGTTAGGACCACATATGGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-706.000000
s hg19.chr21     16316472 29 +  48129895 GGCTTTATTGATGGTATGATAATTTTCAG
s panTro2.chr21  15035897 29 +  46489110 GGCTTTATTGATGGTATGATAATTTTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572172 29 +  48394510 GGCTTTATTGATGGTATGATAATTTTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452587 28 - 196418989 GGTTTTATTGATGGTACGATAA-TTTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=536685.000000
s hg19.chr21     16316501 71 +  48129895 GTTTAGTTTAGCTCTTCATCTGCCCATGACCAACTTTACCTGTGACTGTGGCTCTTCACCACACTGCCACC
s panTro2.chr21  15035926 71 +  46489110 GTTTAGTTTAGCTCATCATCTGCCCATCACCAACTTTACCTGTGACTGTGGCTCTTCACCACACTGCCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572201 71 +  48394510 GTTTAGTTTAGCTCATCATCAACCCATGAACAACTTTAGCTGTGGCTGTGGCTCTTCACCACACTGCCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452615 69 - 196418989 GTTTAGTTTAGCTCATCATCTGCCCATGACCAACTTTACCTGTGAC--TGGCTCATCACCACGCTGCCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=134157.000000
s hg19.chr21     16316572 49 +  48129895 AACCCACTTGGCCTTCATGTGGTTACACAAATGGAATGGAAGGTCCTAG
s panTro2.chr21  15035997 49 +  46489110 AACCCACTTGGCCTTCATGTGGTTACACAAATGGAATGGAAGGTCCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572272 49 +  48394510 AACCCACTTGGCCTTGATGTGGTTACACAAATGGAATGGAAGGTCCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452684 48 - 196418989 AACCCACCTGGCCTTCATGT-GTTACACAAATGGAGCGGAAGGTCCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305909.000000
s hg19.chr21     16316621 60 +  48129895 GTTTTCTTTAACTGTATTCACTTACTCATTTATTAAATCACTGAATCTCTTACTCTTGCA
s panTro2.chr21  15036046 60 +  46489110 GTTTTCTTTAACTGTATTCACTTACTCATTTATGAAATCACTGAATCTCTTACTCTTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572321 60 +  48394510 GTTTTCTTTAACTGTATTCACTTACTTATTTGTTAAATCACTGAATCTCTTACTCTTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452732 60 - 196418989 GTTTTCTTTAGCTGTATTCACTTACTCATTTATCAAATCATTGAATCTCTTACTCTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=762669.000000
s hg19.chr21     16316681 155 +  48129895 T-CCCCATTTATTCAGCCAACAAGCCTTAATGAGTAGAAAAGGCAGGCATGATGCTATAATGGAGATGAGAAAGATAAAACGCTTTGCACAGCTAGGTGGTACTTGCCTTGCCAGAGATGGAGAAGGAGACTGGGGGCAGACTGGACTATCTGTAA
s panTro2.chr21  15036106 155 +  46489110 T-CCCCATTTATTCAGCCAACAAGCCTTAATGAGTAGAAAAGGCAGGCATGATGCTATAATGGAGATGAGAAAGATAAAATGCTTTGCACAGCTAGGTGGTACTTGCCTTGCCAGAGATGGAGAAGGAGACTGGGGGCAGACTGGACTATCTGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572381 155 +  48394510 T-CCCCATTTATTCACCCAACAAGCCTTAATGAGTAGAAAAGGCAGGCATGATGCTATAACGGAGATGAGAAAGATAAAACGCTTTGCACAACCAAGTGGTACTTGCCTTGCCAGAGATGGAGAAGGAGACTGGGGGCAGACTGGACTAACTGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452792 156 - 196418989 TCCCCCATTTGTTCACCCAACAAGCCTTAATGAGTAGAACAGGCAGGCATGACGCTATAATGGAGATGAGAAAGACAAAACACTTTGCACAGCTAGGTGGTACCTGCCTCGCCAGAGATGGAGAAGGAGACTGGGGGCAGACTGGACTAACTGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=846020.000000
s hg19.chr21     16316836 125 +  48129895 CTTTGGTTAGGAGAGCTGGAAGCCTCCACTGGATCACTGGCCTTGAGAAGTGGTAgaggaacaagacaggaattaatcaggaggaaggggcattccacatagagggaatggtagctatgaaggca
s panTro2.chr21  15036261 125 +  46489110 CTTTGGTTAGGAGAGCTGGAAGCCTCCACTGGATCACTGGCCTTGAGAAGTGGTAGAGGAACAAGACAGGAATTAATCAGGAGGAAGGGGCATTCCACATAGAGGGAATGGTAGCTATGAAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572536 125 +  48394510 CTTTGCTTAGGAGAGCTGGAAGTCTCCACTGGATCACTGGCCTTGAGAAGTGGTAGACGAACAAGACaggaattaatcaggaggaaggggcattccacatagagggaatggtagctatgaaggca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164452948 125 - 196418989 CTTTGCTTAGGAGAGCTGGAAGCCTCCACTGGATCACTGCCCTTGAGAAGTGGTAGAGGAACAAGACAGGAATTAATCCGGAGGAAGGGGCATTCCACACAGAAGGAATGGTAGCTATAAAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247907.000000
s hg19.chr21     16316961 66 +  48129895 aataagcactgaaggtcttgctatgcttggggaagggtggaaagttccatatgcctggagagtagg
s panTro2.chr21  15036386 66 +  46489110 AATAAGCACTGAAGGTCTTGCTATGCTTGGGGAAGGGTGGAAAGTTCCATATGCCTGGAGAGTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14572661 66 +  48394510 aataagcacagaaggtcttgctatgcttggggaagggtggaaagttctgtatgcctggagagtagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164453073 66 - 196418989 AGTGAGCACTGAAGGTCTTGCTATGCTTGGGGAAGGGTTGAAAGTTCTGTATGCCTGGAGAGTAGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15038312 288 +  46489110 ggctcacgcttgtaatcccagcactttggaagatggagacgggcagattacctgaggtcaggagttcaagaccagcctggtcaacatggcaaaaccccgtctctactaaaaatgcaaaaattagccagatgtggtggtgctcacctgtagtccaagctactcaggaggctgacacagaagaattgcttgaacccaggaggtggaagtttcagtgagccgagatcacgccactgcatgcactccagcctgggcaacagagcaagactccgtctcaaaaataaataaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15039520 46 +  46489110 TCTGATGTTTACATAAAGCTGAGAGTCAACTGGATACCCTGGCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14575844 46 +  48394510 TCTGATGTTTACATAAAGCTGAGAGTCAACTGGATACTCTGGCTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164456227 46 - 196418989 TCTGATGTTTACATAAAGCTGAGAGTCAACTGGATACTCTGGCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15039566 146 +  46489110 ATGCTGGCCCAAGGCAGAGCTGACCACAGCAGGTAACAGGCACCTGGACGGGGCTCCCCATGGGCCATCAGGGGTTCTCATCAGCTTCTCTTAGCCGGCAGATTTTGAACAGTGGGTATGTTCCAAATGTGTCAGGGCATATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164456419 114 - 196418989 CAAACATCACTGCAGATTCATTCGTTATGTCTTGCCTGTTTTTAGACCTTGACAATAAAGGGACAGTTTTAACCAAGGAAGGGAAAGAGAAGCTCGTGCACACTGATATTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16320447 218 +  48129895 CTATTTCTTTGAGATCTTTGGGGTCCTATTTTCTCTGACTCCTCATTATTTTCCTTTCCAAGACAGCAATTACATCTTCAAAGGAGGAAGATTCACACCACACTTTCATGTTTATGTGCTCTGAATTCCTATGTATTTCAAAGTGTATACCTTAAGGTAAACTTTGAAAAAACACAGGCCACTGTATTCTGCTCCAGTtgt------------gtgtgtgtgtgtgtgtg
s rheMac2.chr3  164456562 230 - 196418989 CTATTTCTTTGAGATCTTTGGGGTCCTCTTATCTGTGACTCCTCGTTATTTTCCTTTCCACGGCGGCAATTACATCTTCAAAGGGGGAAGATTCACACAACACCTTCGTGTTTATGTGCTCCGAATTCCTATGTATTTCAAAGTGTATACCTCAAGGTAAACTTTGAAAAAACACAGGCCTCTGTACTCTGCTCCAGTtgtttgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16320698 16 +  48129895 TATGCACACCTCAAGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14576444 103 +  48394510 ACAAGAATCTTCTCTTTGCTTTATTATTCTCCACAGGAAACACTTGATACTAAAATTTTCACATGCACATAAAAAAGACAAAGATCTATAACATATTTCATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164456841 103 - 196418989 ACAAGAGTCTTCTCTTTGCTTTATTATTCTCCACAGGAAACACTCGATACTAAAATTTTCACACGCACATAAAAAAGACAAAGATCTGTAACATATTTTGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15040303 59 +  46489110 CGTATTTCATGATTTCCCATGTAGTAGCAAGTAAtgtattacattcttagggcttctgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14576623 59 +  48394510 CATATTTCATTATTTCCTATGTAGTAGCAAGTGAtgtattacacttttagggcttctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164457027 59 - 196418989 CGTATTTCATTATTTTCTATGTAGTAGCAAGTGAtgtattacattcctagggcttctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15040362 51 +  46489110 aaaaaatcaccataaacttggtggcttaaaacaatagaaatttattctctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164457086 51 - 196418989 aacaaatcaccacaaacttggtggcttaaaacaacagaaatttattctctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15040617 111 +  46489110 tgtgtcaagtctccctgctgcctctctctcataaagacttgtaattgcatttggtacctgtctgaataatccatggtaatcttcccatctgaaactcttaaccttaatcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14576937 111 +  48394510 tgtgtcaagtctccctgctgcctctctctcataaagacttgtaatcgtatttggtacctgtctgaataatccatggtaatcttcccatctgaaaatcttaatcttaatcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164457341 111 - 196418989 tgtgtcaagtctccctgctgcctctctgtcataaagacttgtaattgcatttggtacctgtctgaataacccatggtaatcttcccatctgaaaatcttaaccttaatcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1980.000000
s hg19.chr21     16321318 26 +  48129895 atctacaaacaatattttaccatcta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164457452 26 - 196418989 atctacaaactatattttaccatcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=566459.000000
s hg19.chr21     16321344 99 +  48129895 aggtaacagtcacaggttccaggtattaagagatggacatccatttaaggactatattcagcctaccacaGGTGGTGAAGGCATTGTCTTAATAAAAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164457478 99 - 196418989 aggtaacagtcacaggttccaggtattaagagagggacatccatttaaggactatattcagcctaccacaGGTGGTGAAGGCATTGTCTTAATAAAAAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164457577 78 - 196418989 AAATTTCCTCTGGGGTGCAAGCAAGCCAAGAGAAATAGAAGATAAGAGGAACAAACTGTGATGGAAAGAACTGCCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235456.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400784.000000
s hg19.chr21     16321547 33 +  48129895 ATTCAGAAATCAATGCAAAAATAAGCTCCTGAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=647994.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164457714 67 - 196418989 TCTGGAAGAGGATTGTGTTTCAAAATTTTGTGAGTC-GTGGTTTAAAGTTGGGATCTTACGTCACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=780574.000000
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a score=396032.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=455516.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214360.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=267709.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16323019 31 +  48129895 CCTCTTCCCTCTCCATAGCATCTTTTTTGTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=504342.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=225845.000000
s hg19.chr21     16323324 32 +  48129895 CAGAAGGATGGTCGTTTCTATAAGGAAGAGGA
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a score=465807.000000
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a score=393162.000000
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a score=984770.000000
s hg19.chr21     16323448 125 +  48129895 GTAAATCAGAAATTGCCACTAAATCTGGGGGGA--AAAAAGGCTATTTAGCTTAAGAATTCAATGGAAATTAAATGAATTGAAACAACCCCAAATTTTTTTTTGAGTTGAACTTTGCTTTAGAATAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=322109.000000
s hg19.chr21     16323573 28 +  48129895 ATTTAGGTTTAAGTGGAATATCTCATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581084  97 +  48394510 AAGAAAGAATAGTCTTGAGAAGTAACTG-TAAGTGA-TTTTGTCCTCATGACCAGAAATATACCATCTTATGGACAGAAGTAAT-GTTGCATCAAACCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15044787  97 +  46489110 AAGAAAGAATAGTCTTGAAAAGTAACTG-TAAGTGA-TTTTGTCCTCATGACCAGAAATATGCCATCCTATGGACAGAAATAAT-ACTGCATCAAAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16325470 46 +  48129895 TGCTTAAGCAAGTTACCCTGCAGGAATGTTAATTCCAGTATACATT
s panTro2.chr21  15044884 46 +  46489110 TGCTTAAGCAAGTTACCCTGCAGGAATGTTAATTCCAGTATACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581181 27 +  48394510 TGCTTAAGCAATTTACCCTGCAGAAAT-------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 10
s rheMac2.chr3  164461587 46 - 196418989 TGCTTAAGCAAGTTACCCTGCAGGAATGTTAATTCCAGTATACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15044930 48 +  46489110 TATTTGGTAATCAG------AGATAAGTAGGAGAGATTCACTTTTGTAATGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581218 53 +  48394510 AATTTGGTAATCAGAAAT-AAGATAAGTAGGAGAGATTCACTTTTGTAATGGCA
i ponAbe2.chr21 I 10 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83249.000000
s hg19.chr21     16325564 135 +  48129895 AAGCCGATCTTTCCAAAATGCCTCACAGTGGAAAGGAGGTTTGCAGTGTGtgaggaaccctgctaacgcccactcaagtgcaacaatataactggtaaaaattatttaaaaagac-aaaaacaaaaaaacaggcca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581271 136 +  48394510 AAGTGGATCTTTCCAAAATGCCTCACATTGGAAAGGAGGTTTGCAGTGTGtgaggaactctgcaaatgcccactcaagtgcaacaatataactggtaaaaattatttaaaaaaacaaaaaaaaaaaaaacaggcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15044978 135 +  46489110 AAGCTGATCTTTCCAAAATGCCTCACAGTGGAAAGGAGGTTTGCAGTGTGtgaggaaccctgctaacgcccactcaagtgcaacaatataactggtaaaaattatttaaaaaaac-aaaaacaaaaaaacaggcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16325699 108 +  48129895 ggcacggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaaaccggcagatcacttgaggccaggagttcaagaccagcctggccaacatagggaaaccccac
s panTro2.chr21  15045113 108 +  46489110 ggcacggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaaaccggcagatcacttgaggccaggagttcaagaccagcctggccaacatagggaaaccccac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581407 108 +  48394510 ggcacggtggcttatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaaaccggcagatcacttgaggccagtagttgaagaccagcctggccaacatggtgaaaccccat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164461821 108 - 196418989 ggcacggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaaaccagcagatcacttgaggccaggagttcaagaccagcctggccaacatggcgaaaccccat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16325807 45 +  48129895 ctctattaaaattcaaaaattagccaggtgtggtggcgcacgcct
s panTro2.chr21  15045221 45 +  46489110 ctctattaaaattcaaaaattagccaggtgtggtggcgcacgcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581515 45 +  48394510 ctctattaaaattcaaaaattagccaggagtggtggcgcacgcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15045266 126 +  46489110 gtaatcccagctacttgggaggctgaagcacgagaatcacttaaacctgggaggcagaggctgcagtgagctaagatcttgctactacactccagcctgggcgacagagttagactctgtctgaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581560 126 +  48394510 gtaatcccagctacttgggaggctgaggcatgagaatcgcttaaacctgggaggcagaggctgcagtgagctaagatcttgctattacactccagcctgggtgacagagttagactctgcctcaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164461974 124 - 196418989 gtaatcccagctacttgggaggctgaggcacaagaatcgcttaaacctaggag--aaaggctgctgcgagctgagattgtgctactacgctccagcctgggtgacagagttagatgctgtctcaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16325978 35 +  48129895 aaaattaaacgaaacaaaacaaaaccaaaccgtct
s panTro2.chr21  15045392 35 +  46489110 aaaattaaacgaaacaaaacaaaaccaaaccgtct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581686 35 +  48394510 aaaataaaacgaaacaaaacaaaataaaaccgtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15045427 71 +  46489110 gttttgctaacgtgatatggcatacgaagaaacagtaataaagaaaatttcttcaatctagataagaaa-----------aa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581721 71 +  48394510 gttttgctaaggtgatatggcatatgaagaaacagtaataaagaaaatttcttcaatcttgataagaaa-----------aa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164462133 81 - 196418989 gttttgctaaggtgacagggcatatgaagaaacactaatcaagaa-atttcttaaatcttggtaaggaaaagatcttggcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15045498 195 +  46489110 tgagagtccatggcactagagccatggcctgctcctactctccctcacagtttaacgtgatgaagctccactcaagttgggtgtggccaggaagatgaagttctccctcctcagcctctagttaaggatgacggtatctctttgggattggcaggaatttctcatccctgtgaagctccatgttacaggggctaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14581792 195 +  48394510 tgagagtccatggcactagagccgcggtctgctccttctctccctcacagtttaatgtgatgaagctccactcaagttgggtgtggccaggaagatgaggttctccctcctcaggctctagttaaggatgatagtatctcttcgagattggcaggaatttctcatccctgtgaagctccatgttacaagggctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164462214 193 - 196418989 caaaaaatcttggcactagagccatgg-ctgctcctactcgccct-acagtttaatgtgatgaagctccactcaagttgggtgtggccaggaagatgagggtctcgctcctcagtctctggttaagggtgacagtatctccttgggattggcaggaatttctcatccctgtgaagctccattttataggggctac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16326754 94 +  48129895 T---ACCAGTTTACAACCTTACCCAAGGGGGAAAG-ATGCTGAGAAAAACAAATTTTATTTTAAATATGCAGACTCACAAGAAACTTCCTGTCTTCCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164463695 295 - 196418989 aaaGGCATGTACTAGGCACTCACTGAATGTAAGATTAAGAGGATACACTTTCTTGCCTTCAGAAGGAATACAAAATTACAAAGTATGGTGTTAACCATTGTAATAAGTACAATAAGCATTTGGTATTGCAAAGGGCTGAGAAACACACTCTATCCTACAATAGTGAATtaggaaggcagggcttctttgaggaagtaaatgtgttaggtttcaaagatgaataggagtttaccaggttcagaatgagcaaaggaaggaggtattttaggcagagaatgttatgtgattgaaggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15046987 293 +  46489110 --GTGTATGTACTAGGCACTCACTGAATGTAAGATTAAGAAGATGCACTTTCTTGCCTTCAGAAGGAATACAAAGTTACAAAGTATGTTGTTAACCATTGTAATAAGTGCAATAAGCATTTGGTATTTCAAAGGGCTGAGAAACACACTCTGTCTGACAATAGTGAATTAGGGagggagggcttctttgaggaagtaaatgtgttaggtttgaaagatgaacaggagtttaccaggttcagaatgagcaaaggaaggaagtattttaggcagagaatgttacatgactgaagtca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  14583639 88 +  48394510 CAATTTAATACACCTTTATTAAGCACCCACTGAATCACCGAAAACCTGGTGGTTTGGTCTTCATAGATAAGTTGCCACCCTCAAAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164465264 78 - 196418989 GGGCTGAGAAACACACTCTGTCATACAATAGTGAATTAGGGagggagggcttctttgaggaagtaaatgtgtt-aagtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14584821 78 +  48394510 GGGCTGAGAAACACACTCTGTCCTACAATAGTGAAttagggagagagggcttctttgaggaagtaaatgtgtt-aagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15048547 79 +  46489110 GGGCTGAGAAACACACTCTGTCCTACAATAGTGAATTAGGGagggagggcttctttgaggaagtaaatgtgttaaagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14584899 38 +  48394510 ttaaagatgaatag---tttactaggttcagaatgagcaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=651851.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164465720 94 - 196418989 TAGATGCACCCCTTCCTACAGTATTCCACCAGAAGCCTTACATTCTTTACTACTCCCCCAGGCCCCTAAAGTCGCGTGAGTGTGCAATTTCAtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15049098 46 +  46489110 agcaataaaaagtcaccagaggattttaggcagatttaacagattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150590.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=143537.000000
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a score=203961.000000
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s panTro2.chr21  15049560 76 +  46489110 TTCTGCTCAAGATGTAATGAAGGAAGAGACAGCTGTAAGGCAGAATATCGGCAGTTATGGGAAAATAAATCTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164466273 76 - 196418989 TTCTGCTGAAGATGCAATGAAGGAAGAGACAGCTGTAAGGCAGAATATGGGCAGTTATGGGAAAACGAATCTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=304220.000000
s hg19.chr21     16330218 66 +  48129895 TGAGACCAGATGAAATTAGCATTAAGAAGAGAACTAGGAGACACTGGGTTGTGAAAACCAAAGAG-A
s panTro2.chr21  15049636 66 +  46489110 TGAGACCAGATGAAATTAGCATTAAGAAGAGAACTAGGAGACACTGGGTTGTGAAAACCAAAGAG-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14585907 66 +  48394510 CGAGACCAGATGAAATTAGCTTTAAGAAAAGAACTAGGAGACACTGGGTTGTGAAAACCAAAGAG-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=273754.000000
s hg19.chr21     16330284 128 +  48129895 AAAATGGGTCAATGGCTTGCCCAGGCCAGAAATGCAAGTAGAAGGAGTTGCTGCTTCTGACTCAGGCCTGCCTGTTTTCTGAGTGATTTTTGATTGCTACACTCTTGGTATATATCATCTATAATAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164466416 128 - 196418989 AAAATGGGTCAATGGCTTGCCCAGGCCAGAAATGCAAGTAGCAGGAGTTGCTGCTTCTGACCCAGGCCTGCCTGTTTTCTGAGTAATCTTTGATTGCTACCCTCCTGGTATGTATCATCCATAATAGT
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a score=693038.000000
s hg19.chr21     16330412 171 +  48129895 CAAAGTAGGCCAGAACTTCACCCTTAAGCATCTCAGTCTCCCCAGAACAGGCCTTTCCAGAGTGAACTACAAGCAGGAAATCTCCCCTTCAGAGGGCTGTCTATTCTTTGGCAGGTAGACCTGACTTTAGTAGTAAAGGCACAAAATTCTCTGGGATGCAAGCAATTCCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164466544 171 - 196418989 CAAAGTGGGCCAGACCTTCACCCTTAAGCATCTCAGTCTCCCCAGAACAGGCCTTTCCAGAGTGAACTACAAGCAGGAAATCTCCCCTTCAGAGGGCTGTCTATTCTTTGGCAGGTAGGCCTGGCTTTAGTATTAAGGCCACAAAATTCTCTGGGATGCAAGCAATTCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149394.000000
s hg19.chr21     16330583 26 +  48129895 AGGGATCTAAAAGACCATCCCTGCTG
s panTro2.chr21  15050001 26 +  46489110 AGGGATCTAAAAGACCATCCCTGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14586272 26 +  48394510 AGGGATCTAAAAGACCATCCCTGCTG
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s rheMac2.chr3  164466715 26 - 196418989 AGGGATCTAAAATGCCATCCCTGCTG
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a score=257495.000000
s hg19.chr21     16330609 31 +  48129895 CTTACTTTGGAAAGATTATCATGATTATCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164466741 31 - 196418989 CTCACTTTGGAAAGATTATCATGATTATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464520.000000
s hg19.chr21     16330640 126 +  48129895 TATTAGCACAGAACTATGTAAAGTGAGGTAGATTTTATTATGGAGGTGAAAGTGTGGGTAGGAGCAGGTAATCATGCTTGAGCCCACTAAGCCCTAAATTCATCTACCCTCTCTCTGGTCAGACTA
s panTro2.chr21  15050058 126 +  46489110 TATTAGCACAGAACTATGTAAAGTGAGGTAGATTTTATTATGGAGGTGAAAGTGTGGGTAGGAGCAGGTAATCATGCTTGAGCCCACTAAGCCCTAAATTCATCTACCCTCTCTCTGGTCAGACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14586329 122 +  48394510 TATTAGCACAGAACTATGTCAAGTGAGGTAGATTTTATTATGGAGGTGAAAGTATGGGTAAGAGCAGGTAATCATGCTTGAGCCCACTAAGCCCTAAATTCATCTACC----CTCTGGTCAGACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164466772 108 - 196418989 TATTAGCACAGAACTATGTAAAGTGAGATAGATTTTATTCTGGAGGTGAAAGT----GTAAGAGCGGGTAGTCATGCTTTACCCCACCAAGCTCTAAATTCATCTACCCTCT--------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 13

a score=491170.000000
s hg19.chr21     16330766 156 +  48129895 TCCCCAGAGTTTAGCCATGTGTAAGTCCCCATTCTTGACTCCACTTAGGAGATAAAAATCTCTTTGTGGATGTTGTTGGGGGTGGGGAATGGAA------GCTTCCCCCCTGCCCCG-----------ACATTGTTGTCAACTGTCCTTAGAAAAGCA-GAAAAGAGCAAAGAG
s panTro2.chr21  15050184 167 +  46489110 TCCCCAGAGTTTAGCCATGTGTAAGTCCCCATTCTTGACTCCACTTAGGAAATAAAAATCTCTTTGTGGATGTTGTTGGGGGTGGGGAATGGAA------GCTTcccccccccccccccccccccGCCACATTGTTGTCAACTGCCCTTAGAAAAGCA-GAAAAGAGCAAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14586451 156 +  48394510 TCCCCAGAGTTTAGCCATGTGTAAGTCCCCATTTTTGACTCCACTTAGGAGATAAAAATCTCTTTGTGGATGTTGTTGGGGGTGGGGAATGGAA------GTCCCCCCGCTCCCCCC-----------ACATTGTTGTCAACTGCCCTTAGAAAAGCA-GAAAAGAACAAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164466893 158 - 196418989 TCCCCAGAGTTTAGCCATGTGTAAGTCTCCATTTTTGACTTCACTTAGGAGATAAAAATCTC--TGTCGATGTTGTTGGGGGTGTGGAATGGAAGAAGTTGTTTCCCCCCCGCCCCC-----------A---TATTGCCAACTGCCCTTAGAAAAGCAGGAAAAGAGCAAAGAG
i rheMac2.chr3  I 13 C 0

a score=332645.000000
s hg19.chr21     16330922 56 +  48129895 CTCTATGGACAAAAGCCCAGATTTTTATGGACACAGGGAAAGGCCACTGCAGCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=496086.000000
s hg19.chr21     16330978 178 +  48129895 AAAGAAACACTTTCTCTGTTGAAGTGGGGTCGGAAATGTAATGGAAGTAGGTAGCAAACTCAAAGGTATGGTCTTGTGAGAAAAAGTATTTATTTGTTATAGGAAAGCAATCAGGGAAAAGGGAGAGAAAGGCCTTCGCTAGAGATCTAAAGCTTATTGATCAGTGTGTGTTACAGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14586663 178 +  48394510 AAAGAAACACTTTCTCTGTTGAAGTGGGGTCGGAAATGTAATGGAAATTGGTAGCAAACTCAAAGGTATGGTCTTGTGAGAAAAAGTATTTATTTGTCATAGGAAAGCAATCAGGGAAAAGGGAGAGAAAGGCCTTCGCTAGAGATCTAAATCTTATTGATCAGTGTGTGTTACAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467107 178 - 196418989 AAAGAAACACTTTCTATGTTGAAGTGGGGTCGGAAATGTAATGGAAGTAGGCAGCAAACCCAAAGGCATGGTCTTATGAGAAAAAGTATTTATTTGTCATAGGAAAGCAATCAGGGAAAAGGGAGAGAAAGGCCTTCACCAGAGATCTAAAGCTTAGTGATCAGTGTGTGTTACGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=46000.000000
s hg19.chr21     16331156 31 +  48129895 TTGAACCCACTGGTATTATTCCCATACTTTA
s panTro2.chr21  15050585 31 +  46489110 TTGAACCCACTGGTATTATTCCCATACTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14586841 31 +  48394510 TCAAACCCACTGGTATTATTCCCGTACTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467285 31 - 196418989 TTGAACCCAATGGTATTATTCCAGTACTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=51930.000000
s hg19.chr21     16331187 32 +  48129895 GTCTCTCCCACAGACTGGATTGAGCCCGT--TTT
s panTro2.chr21  15050616 32 +  46489110 GTCTCTCCCACAGACTGGATTGAGCCCGT--TTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14586872 32 +  48394510 GTCTCTCACACAGACTGGATTGAGCCTGT--TTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467316 34 - 196418989 GTCTCTCCCACAGACTGGATTGAGCCCTTACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20260.000000
s hg19.chr21     16331219 50 +  48129895 TATCCACATTAGGCTATCAGCACTCTAAGTGCTTTTCTAATGGACATTTC
s panTro2.chr21  15050648 50 +  46489110 TATCCACATTAGGCTATCAGCACTCCAAGTGCTTTTCTAATGGACATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14586904 50 +  48394510 TATCCACATTAGGGTATCAGCACTCTAAGTGCTTTTCTAATGGACATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467350 50 - 196418989 TATCCACATTAGGGTATCAGCACTCTAAGTGCCTTTTTAATGGATATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=279977.000000
s hg19.chr21     16331269 71 +  48129895 CCCCCCAAAAGTAAGGTAATTGAAAGGAGAAAGCCATGATTTAGAAGTTGCGGAAGTGGCGAAGGTTTGTA
s panTro2.chr21  15050698 71 +  46489110 CCCCCCAAAAGTAAGGTAATTGAAAGGAGAAAGCCATGATTTAGAAGTTGCGGAAGTGGCGAAGGTTTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14586954 71 +  48394510 CCCCCCAAAAGTAAGGTAATTGAAAGGAGAAAGCCATGATTTAGAAGTTGGGGAAGTGGCGAAGGTTTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467400 71 - 196418989 TCCCCCAAAAGTAAGGTAATTGAAAGGAGAAAGCCATGATTTAGAAGTTGGGGAAGTGGTTAAGGTTTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=58028.000000
s hg19.chr21     16331340 17 +  48129895 TTACAACTTTGGTTTTT
s panTro2.chr21  15050769 17 +  46489110 CTACAACTTTGGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587025 17 +  48394510 TTACAACTTTGGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467471 17 - 196418989 TTACAAGTTTGGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=79464.000000
s hg19.chr21     16331357 49 +  48129895 GAAAGTGACTACAAAATTATGAAGGGGAGAGAAACAGGATCTCTCCCAG
s rheMac2.chr3  164467488 49 - 196418989 GCAAGTGACTACAAACTCATGAAGGGGAGAGAAACGGGATCTCTCCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 I 13
s ponAbe2.chr21  14587042 49 +  48394510 AAAAGTGACTACAAAATTATGAAGGGGAGAGAAACAGGATCTCTCCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 13
s panTro2.chr21  15050786 49 +  46489110 GAAAGTGACTACAAAATTATGAAGGGGAGAGAAACAGGATCTCTCCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=305533.000000
s hg19.chr21     16331406 58 +  48129895 TTTACCTAAGCATTTCTATATACTCAAAGACACCACTGTGAATCAAACAAGAACATAA
s rheMac2.chr3  164467550 58 - 196418989 TTTACCTAAGCATTTCTATATATTCAAAGACGCCACTGTGAATCAAACAAGAACATAA
i rheMac2.chr3  I 13 C 0
s ponAbe2.chr21  14587104 58 +  48394510 TTTACCTAAGCATTTCTATATACTCAAAGACGCCACTGTGAATCAAACAAGAACATAA
i ponAbe2.chr21 I 13 C 0
s panTro2.chr21  15050835 58 +  46489110 TTTACCTAAGCATTTCTATATACTCAAAGACACCACTGTGAATCAAACAAGAACATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=76173.000000
s hg19.chr21     16331464 30 +  48129895 GAAAACTCAGAAGACATGGGCAGAGAAGCA
s panTro2.chr21  15050893 30 +  46489110 GAAAACTCAGAGGACATGGGCAGAGAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587162 29 +  48394510 CAAAACTCAGAAGATAT-GGCAGAGAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467608 30 - 196418989 CAAAACTCAGAAGACACGGGCAGAGAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=307471.000000
s hg19.chr21     16331494 53 +  48129895 AAATGGCCAGGTACGATGTAAAATGTAATGAGGCTAGCTAGCACATCCAACCT
s panTro2.chr21  15050923 53 +  46489110 AAATGGCCAGGTACGATGTAACATGTAACGAGGCTAGCTAGCATATCCAACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587191 53 +  48394510 AAATGGCCAGGTACGATGTAAAATGTAACGAGGCTAGCTGGCACATCCAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467638 53 - 196418989 AAAGGGCTAGGTACGATGTAAAATGTAACGAGGCTAGCTGGTACATCCAACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110338.000000
s hg19.chr21     16331547 24 +  48129895 GGTGCTAAAAGTCTTTTAAGGACT
s panTro2.chr21  15050976 24 +  46489110 GGTGCTAAAAGTCTTTTAAGGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587244 22 +  48394510 GGTGCT--AAGTCTTTTAAGGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467691 24 - 196418989 GGTGCTAAAAGTCTTTTAAGGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=479712.000000
s hg19.chr21     16331571 88 +  48129895 TGAAGCTAGCTTGTGGAAAGATCAGCTATTAA-TGTTTGCCAGAGGCAACCCTTAGGCCTTTAGAGAAAATTGTAGTTTTCCAATGATA
s panTro2.chr21  15051000 88 +  46489110 TGAAGCTGGCTTGTGGAAAGATTAGCTATTAA-TGTTTGCCAGAGGCAACCCTTAGGCCTTTAGAGAAAATTGTAGTTTTCCAACGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587266 88 +  48394510 TGAAGCTGGCTTGTGGAAAGATTAGCTATTAA-TGTTTGCCAGAGGCAACCCTTCGGCCTTTAGAGAAAATTGTAGTTTTCCAATGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467715 89 - 196418989 TGAAGCTTGCTTGTGGAAAGATTAGCTATTAATTGTTTGCCAGAGGCAACCCTTCGGCCTTTAGAGAAAATTGCACTTTTCCAATTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=300881.000000
s hg19.chr21     16331659 68 +  48129895 AGAAAATTACCCCATGGTTCTATTCTTGAATTATTTTATCAATTAGCTAAGGGAAAATACAATCTCAG
s panTro2.chr21  15051088 68 +  46489110 AGAAAATTACCCCATGGTTCTATTCTTGAATTATTTTATCAATTAGCTAAGGGAAAATACAATCTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587354 68 +  48394510 AGAAAATTACCCCATGGTTCTATCCTTGAATTATTTTATCAATTAGCTAAGGGAAAATACAATCTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467804 68 - 196418989 AGAAAATTACCCCATGGTTCTATCCTTGAATTATTTTATCAATTAGCTAAGGGAAAATACAATCTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-107343.000000
s hg19.chr21     16331727 57 +  48129895 ACAATGCACTGTACCTGCACTGCGGCTCTATTGTGTGGCATCGTTCACATAGCTTTC
s panTro2.chr21  15051156 57 +  46489110 ACAATGCACTGTACCTGCACTGCGGCTCTATTGTGTGGCATCATTCACATAGCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587422 57 +  48394510 ACAATGCACTGTACCTGCACTGTGGCTCTGTTGTGTGGCATCATTCACATAGCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467872 56 - 196418989 ACAACGCACTGTA-CTGCACTGCGGCTCTGTTGTGTGGCATAGTTCACGTAGCTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=253568.000000
s hg19.chr21     16331784 37 +  48129895 CAAAAATGTGGGCTATGACAACTATAAAACGTTAG----GT
s panTro2.chr21  15051213 41 +  46489110 CAAAAATGTGGGCTATGACAACTATAAAACGTTAGTTAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587479 37 +  48394510 CAAAAATGTGGGCTATGACAACTATAAAATGTTAG----GT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467928 37 - 196418989 CAAAAATGCGGGCTATGACAACTATAAAATGTTGG----GT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=628570.000000
s hg19.chr21     16331821 53 +  48129895 CATTTTCTTTTCCAGATGTGATCTCAGAGGTGAATGTTTCTCAGCTGAAGTGA
s panTro2.chr21  15051254 53 +  46489110 CATTTTCTTTTCCAGATGTGATCTCAGAGGTGAATGTTTCTCAGCTAAAGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587516 53 +  48394510 CATTTGCTTTTCCAGATGTGATCTCAGAGGTGAACGTTTCTCAGCTAAAGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164467965 53 - 196418989 CATTTTCTTCTCCAGATGTGATCTCAGAGGTGAATGTTTATCAGCTAAAGCGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=92619.000000
s hg19.chr21     16331874 30 +  48129895 GGAAAATGAATATTCCAAAAGGATTGCAGC
s panTro2.chr21  15051307 30 +  46489110 GGAAAATGAATATTCCAAAAGGATTGCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587569 30 +  48394510 GGAAAATGAATATTCCAAAAGGATTGTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164468018 30 - 196418989 GGAAAATGAGTATTTTAAAAGGATTGCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=654019.000000
s hg19.chr21     16331904 103 +  48129895 TTTTCTTAAGGTTTGGAACACATACCAATGAAGTTTGGTAAAGGCAACAGAGGGAAAGCAGGTGGTTGTCTAGGACTTTGTGTCAACATAAAGGCTGTAAGAA
s panTro2.chr21  15051337 103 +  46489110 TTTTCTTAAGGTTTGGAACACATACCAATGAAGTTTGGTAAAGGCAACAGAGGGAAAGCAGAAGGTTGTCTAGGACTTTGTGTCAACATAAAGGCTGTAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587599 100 +  48394510 TTTTCTTAAGGTTTGGAACACATACCAATGAAGTTTGGTAAAGGCAACGGAGGGAAAGCA---GGTTGTCTAGGACTTTGTGTCAACATAAAGGCTGTAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164468048 103 - 196418989 TTTTCTTAAGGTTTGGAACACATACCAATGAAGTTTGGTAAAGACAACAGAGGGAAAGCAGAAGGTTGTCTAGGACTTTGTGTCAACATGAAGGCTGTACGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200348.000000
s hg19.chr21     16332007 117 +  48129895 GACTTTTGAATGTCTCAAAAATTCTCTTCTGACTGCAAAGGTATACTATTTCAAAATTTGGTTTACTGATTAAAAGGTTTATATGCGTACTTTTAGACACTCATAAGAGGACATCAA
s panTro2.chr21  15051440 117 +  46489110 GACTTTTGCATGTCTCAAATATTCTCTTCTGACTGCAAAGGTATACTATTTCAAAATTTGGTTTACTGATTAAAAGGTTTATATGTGTACTTTTAGACACTCACAAGAGGACATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587699 117 +  48394510 GACTTTTGAATGTCTCAAAAATTCTCTTCTGACTGCAAAGGTATACTATTTCAAAATTTGGTTTACTGATTAAAAGGTTTATATGCGTACTTTTAGACACTCATAAGAGGACATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164468151 117 - 196418989 GACTTTTGAATGTCTCAAAATTTTTCTTCTGACTGCAAAGGTATACTGTTTCAAAATTTGGTTTACTGATTAAAAGCTTTATATGCTTACTTTTAGACACTCGTAAGAGGGCATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=831990.000000
s hg19.chr21     16332124 144 +  48129895 AAGTGCAACAGCACCTCCCCAGGACTGGAATTTATGGGACTCTATTTCCTATTATTCGGCCTCCAACTCAAGTACATAAATTTTGGCTTTTAGAGTGAGAGTCTTTAACTTATTTATGAAGATGGAATCTGAAAAATGTTGTAG
s panTro2.chr21  15051557 144 +  46489110 AAGTGCAACAGCACCTCCCCAGGACTGGAATTTATGGGACTCTATTTCCTATTATTCGGCCTCCAACTCAAGTACATAAATTTTGGTTTTTAGACTGAGAGTCTTTAACTTATTTATGAAGATGGAATCTGAAAAATGTTGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587816 144 +  48394510 AAGTGCAACAGCATCTCCCCAGGACTGGAATTTATGGGACTCTATTTCCTATTATTCAGCCTCCAACTCAAGTACATAAATTGTGGTTTTTAGAGTGAGAGTCTTTAACTTATTTATGAAGATGGAATCTGAAAAATGTTGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164468268 139 - 196418989 AAGTGCAACAGCACCTCCAAAGGACTGGAATTTATGGGACTTTATTTCCTACTATTCTGCCTCCAACTCAAGTACATAAATTTTGGCTTTTAGAGTGAGAGTC-----AGTATTTATGAAGATGGAATCTGAAAAATGTTGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=152449.000000
s hg19.chr21     16332268 25 +  48129895 ATATTGTTGTGCCAGCCACTTATAG
s panTro2.chr21  15051701 25 +  46489110 ATATTGTTGTGCCAGCCACTTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587960 25 +  48394510 ATATTGTTGTACCAGCCACTTATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164468407 25 - 196418989 ATATTGTTGTACCAACCACTTATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=454245.000000
s hg19.chr21     16332293 130 +  48129895 AGAATTGGAGTATTAAATGATGCTAAATGATGCCAAAAGCTTCCTCTACCAACCCTTATAAGGTGAGGTAGTATTAGATACAAGTTTTATGGAATAAACAAAAAAATTACCAGTATGCTTAATAATGAAC
s panTro2.chr21  15051726 130 +  46489110 AGGACTGGAGTATTAAATGATGCTAAATGATGCCAAAAGTTTCCTCTACCAACCCTTATAAGGTGAGGTAGTATTAGATACAAGTTTTATGGAATAAACAAAAAAATTACCAGTATGCTTAATAATGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14587985 129 +  48394510 AGAATTGGAGTATTAAATGATGCTAAATGATGCCAATAGCTTCATCTACCAACCCTTATAAGGTGAGGTAGTATTAGATACAAG-TTTATGGAATAAACAAAAAAATTACCAGTATGCTTAATAATGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164468432 129 - 196418989 AGAATTGGAGTATTAAATGATGCTAAATGACGCC-ATAGCTTCCTCTACCAACCGTTATAAGGTGAGGTGGTACTAGATACAAGTTTTATGGAATAAACAAAACAATTACCAGTATGCTTAATAATGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297919.000000
s hg19.chr21     16332423 23 +  48129895 ATTTAAAACCTGTTTCCTACAGC
s panTro2.chr21  15051856 23 +  46489110 ATTTAAAACCTATTTCCTACAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14588114 23 +  48394510 ATTTAAAACCTATTTCCTATAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164468561 23 - 196418989 ATTTAAAACCTATTTCCTACAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212811.000000
s hg19.chr21     16332446 77 +  48129895 CAAACAGGTCATAGTTGAGTGATACCAGTGGTAGGAAAATAAATTTCAAAATTACTTTTGTTGATGATTTTCCACAC
s rheMac2.chr3  164468584 77 - 196418989 CAAACAGGTCATAGTTTAGTGAGACCAGTGGCAGGAAAATAAATTTCAAAATTACTTTTGTTGATGATTTTCCATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14588137 77 +  48394510 CAAACAGGTCATAGTTGAGTGATACCAGTGGTAGGAAAATAAATTTCAAAATTACTTTTGTTGATGATTTTCCACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15051879 77 +  46489110 CAAACAGGTCATAGTTGAGTGATACCAGTGGTAGGAAAATAAATTTCAAAATTACTTTTGTTGATGATTTTCCACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=460482.000000
s hg19.chr21     16332523 28 +  48129895 TAACAAGCTTGAAATAGAACCTTATATA
s rheMac2.chr3  164468661 28 - 196418989 TAACAAGCTTGAAATAGAACCTTGCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14588214 28 +  48394510 TAACAAGCTTGAAATAGAACCTTATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15051956 28 +  46489110 TAACAAGCTTGAAATAGAATCTTATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=262536.000000
s hg19.chr21     16332551 53 +  48129895 GTATG--TGATTTTAATCTGAATTGATTTTTAAAGACCCTCCATATTAAAGTCAC
s rheMac2.chr3  164468689 51 - 196418989 GTA----TGATTTTAATCTGAATTGAGTTTTAAAGACCCTCCATATTGAAGTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14588242 55 +  48394510 GTATGAGTGATTTTAATCTGAATTGATTTTTAAAGACCCTCCATATTAAAGTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=419452.000000
s hg19.chr21     16332604 77 +  48129895 AGGCACTATTTTATAATCAAGAATAGCTAACTGGTGCTTCTCTTCATAAAAATCCCTCCTGGGCAATTCACTACTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15052503 37 +  46489110 TACCTATACACATACAGCATATATTTAAACATGTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14589316 120 +  48394510 AAAAAAATTCACACTGCAGTATGTACAGTTTCATGACATCATATGAAGAAATTAAATTTCTAATAAAAATGGCAAATTATATTACTGAGCAGATCGCATCAAACTTGGT--TGTAAACACCA
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16333871 82 +  48129895 TTAAAAGTGGTTGACGATTAAAAAAATTCTT---TAAGACCCTTCGAATCAAAGCACATTCTTTCACAAAGCTTAAACCACAGAC
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a score=5593358.000000
s hg19.chr21     16333953 133 +  48129895 GTCATGTCCAGAAATGGAATACTGTCATGTTAGGATGAACATCTGATCTGATTTGTTAAGACATTTTGCCAAATGCACAGATGCACAGGGTCCCCCATGCACTTTTCATGCAGCAGGTAATCACAACTTAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=3013081.000000
s hg19.chr21     16337581 77 +  48129895 TGCTAAATTCAGGTTTGCTGTTGGTCACATTATTTTTGTGTCCTTTCTTTTTACTGTCAGCCACAGAGTTACTTCTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4781574.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16337987 30 +  48129895 ATTATTTCTGTGACTCCTGTCTGAATCATC
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s hg19.chr21     16338017 82 +  48129895 TGCCAGGTAACTATCTTGATTTTGTCTTAGCAATCGACTTAGCAGACCATTCTTGGAGAAAGAAAAATCCTGAGGTGAAACA
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a score=5524110.000000
s hg19.chr21     16338099 153 +  48129895 GGCTCCGATTTAAAGTCTTCGGACACTGGTAAGGCAGGTGCGCTTCTCTGCACAGCAGGAGCCATACCCAAGAATGGGGCACTCTTAGCATCATGGCTCAAGTGCACATTTGTGTTAGGAATTTGTAAGTCATCACAAGGCTCAGATTTTATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16339509 75 +  48129895 TTGCTTGATGATGTTCTTGCCTGACCATTAAGATGGCTTGACATTCCTTTTGGGAGCTGGTAACTGCCAACATCC
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a score=2182329.000000
s hg19.chr21     16339785 49 +  48129895 ACAGCCTGTAATCTTGCAGCACATGACAACGGTTCACTCATGACCTTTG
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a score=1192758.000000
s hg19.chr21     16339834 44 +  48129895 TTCCACTTTGTCCAACATGATGAGGAGACTCTGCAAACCTATCT
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a score=5760834.000000
s hg19.chr21     16339878 129 +  48129895 CTGATGAGGTTTTTAGTCACATCAGGAAGATTCGTATCAGGCTTTTGATCTTTAACTTTACTTTTCTTCAACAAAGTTTTTAAGTGACTTGATGCAACACCATAGCACCTTAAATCCTTCTCCACTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1675656.000000
s hg19.chr21     16340007 37 +  48129895 AAAGAATCATGACTGAGGGCATATCCTTGCTCCTTGA
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a score=6065771.000000
s hg19.chr21     16340044 104 +  48129895 GGCTCTGCCTGATTTGTTGTGACAGAGCAACAGTCTGCAGCCTAGAGCTGAATGACTGAAGCAAAGAGGCCAGTAATGTGCTATCCTGTTTGCCTTTAGGCACA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164476175 104 - 196418989 GGCTCTGCCTAATTTGTTGTGACAGAGCAACAGTCTGCAGCCTAGAGCTGAATGACTGAAGCAAAGAGGCCAGTAATGTGCTATCCTGTTTGCCTTTAGGCACA
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a score=1931567.000000
s hg19.chr21     16340148 42 +  48129895 CTGTCAACCATGCCAGCTAGCAAAGCTTCCTTCTTTACGTTT
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a score=1585765.000000
s hg19.chr21     16340190 38 +  48129895 AAATTCATGATAGAATCAGACAGCCTCTTCCGCTTTGC
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s rheMac2.chr3  164476321 38 - 196418989 AAATTTACGATAGAATCAGACAGCCTCTTCCGCTTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16340228 126 +  48129895 TGCATTCCAGTCCTCAGAAGACTGCAACAGTCTGGCTTTTTTGAGGTGCAGCATGCCAGACCCCTGATATGTATGTGTATTGAGAACTGGACCATTACTTTGACAGGTGGGAAATGCACTGCCAGA
s panTro2.chr21  15059664 126 +  46489110 TGCATTCCAGTCCTCAGAAGACTGCAACAGTCTGGCTTTTTTGAGGTGCAGCATGCCAGATCCCTGATATGTATGTGTATTGAGAACTGGACCATTACTTTGACAGGTGGGAAATGCACTGCCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14596264 126 +  48394510 TGCATTCCAGTCCTCAGAAGACTGCAACAGTCTGGCTTTTTTGAGGTGCAGCATGCCAGATCCCTGATATGTATGTGTATTGAGAACTGGACCATTACTTTGACAGGTGGGAAATGCACTGCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164476359 126 - 196418989 TGCATTCCAGTCCTCAGAAGACTGCAACAGTCTGGCTTTTTTGAGGTGCAGCATGCCAGATCCCTGATATGTATGTGTATTGAGAACTGGACCATTACTTTGACAGGTGGGAAATGCACTGCCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1088136.000000
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s panTro2.chr21  15059790 33 +  46489110 AATGTTAAAGTTCTGATCCTCTTCATTATGCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14596390 33 +  48394510 AATGTTAAAGTTCTGATCCTCTTCATTATGCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14596495 78 +  48394510 TAAAACAATAGAATCCTGGTGCACATCAGAGCCAAGCTCTTCTCCATGAGTCATGTTCAATAGAAGTGTTCACAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164476590 78 - 196418989 TAAAACAATAGAATCCTGGTGCACATCAGAGCCAAGCTCTTCTCCATGAGTCATGTTCAATAGAAGTGTTCACAAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=664172.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=268963.000000
s hg19.chr21     16340560 26 +  48129895 AATGGTTTTCTGTGGTGAGTGCGATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1530031.000000
s hg19.chr21     16340586 101 +  48129895 TAACTTTAATAAAGGAGTATCAGTTTATCACCTTCCATCGCAATCAGAGAGAGACGTACTGTTACATTCTGTCCAAGATTTCTTCTGGCAATGACAAGATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14596622 101 +  48394510 TAACTTTAATAAAGGAGTATCAGTTTATCACCTTCCATCACAATCAGAGAGAGATGTACTGTTACATTCTGTCCAAGATTTCTTCTGGCAATGACAAGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15060022 101 +  46489110 TAACTTTAATAAAGGAGTATCAGTTTATCACCTTCCATCGCAAACAGAGAGAGACGTACTGTTACATTCTGTCCAAGATTTCTTCTGGCAATGACAAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=219908.000000
s hg19.chr21     16340687 22 +  48129895 AATGCAGTCTGACCACAGTGCT
s panTro2.chr21  15060123 22 +  46489110 AATGCAGTCTGACCACAGAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164476818 21 - 196418989 AATG-AGTCTGACCACAGAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16340709 83 +  48129895 GATCAACTTCTACGCAAGGAGGAGGAGAAGAATTCCTTAACACATAGGTCTGTAGCAGTAAGCAGATAGAATCCTTAGTGAAT
s panTro2.chr21  15060145 83 +  46489110 GATCAACTTCTACGCAAGAAGGAGGAGAAGAATTCCTTAACACATAGGTCTGTAGCAGTAAGCAGATAGAATCCTTAGTGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14596745 83 +  48394510 GATCAACTTCTATGCAAGAAGGAGGAGAAGAATTCCTTAACACATAGGTCTGCAGCAGTAAGCAGATAGAATCCTTAGTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164476839 80 - 196418989 GATCAACTTCTATGCAAGAAGAAGG---AGAATTCCTTAAAACACAGGTCTGTAGCAGTACGCAGATAGAATCCTTAGTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1354327.000000
s hg19.chr21     16340792 95 +  48129895 ATATTCCTTTTCCTTCTTCATCTTTTGTTCCCCATTAAATGCAAATATCAGTGTTCTAAAAAAAATAAAAATAAGAATAGTTAAGGAGGCAGAAC
s panTro2.chr21  15060228 95 +  46489110 ATATTCCTTTTCCTTCTTCATCTTTTGTTCCCCATTAAATGCAAATACCAGTGTTCTAAAAAAAATAAAAATAAGAATAGTTAAGGAGGCAGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14596828 95 +  48394510 ATACTCCTTTTCCTTCTTCATCTTTTGTTCCCCATTAAATGCAAATATCAGCGTTCTAAAAAAAATAAAAATAAGAATAGTTAAGGAGGCAGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164476919 95 - 196418989 ATATTCCTTTTCCTTCTTCATCGTTTGTTCCCCATTAAATGCAAATATCAGTGTTCTAAAAAAAATAAAAATAAGAATAGTTCAGGAGGCAGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16340887 31 +  48129895 TAGAATCACGTTATGATACCTACAAGCAAAA
s panTro2.chr21  15060323 31 +  46489110 TAGAATCATGTTATGATACCTACAAGCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14596923 31 +  48394510 TAGAATCATGTTATGATACCTACAAGCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477014 28 - 196418989 TAGAATCATGTT---ATACCTACAAGCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16340918 63 +  48129895 TAATATAGCATCTGTAAATGTATATATATATTACATATAAATAATAGACATATAAATGGATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14596954 63 +  48394510 TAATATAGCATCTGTAAGTGTATATATATATTACATATAAATAATAGACATATATATGGACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477042 63 - 196418989 TAACATAGCATTTCTAAGTGTATATGTATATTACATATAAATAATAGACATATATATGGACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=55311.000000
s hg19.chr21     16340981 7 +  48129895 TAGTCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477105 7 - 196418989 CAGTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16340988 145 +  48129895 TTTAGTAATTTGTTTTATTGCCGTTCCTATTCAATTGAAAATGTCTACTGGAAATCCTGTGGGTTAATGCATACTGTTAAAATGATCAAATCATTAGAGAAGAGAACATACTTTAATGTTACATAGCCATCTTCCAAAG-CCGCCA
s panTro2.chr21  15060424 145 +  46489110 TTTAGTAATTTGTTTTATTGCCGTTCCTATTCAATTGAAAATGTCTACTGGAAATCCTGTGGGTTAATGCATACTGTTAAAATGATCAAATCATTAGAGAAGAGAACATACTTTAATGTTACATAGCCATCTTCCAAAG-CCGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597024 145 +  48394510 TTTAGTAATTTGTTTTATTGCCGTTCCTATTCAATTGAAAATGTCTACTGGAAATCCTGTGGGTTAATCCATACTGTTAAAATGATCAAATCATTAGAGAAGAGAACATACTTTAATGTTATATAACCATCTTCCAAAG-CTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477112 146 - 196418989 GTTAGTAATTTGTTTTATTGCCATTCCTATTCCATTGAAAATGTCTACTGGAAATCCTGTAGGTTAATCCATACTGTTAAAATGATCAAATCATTAGAGAAGAGAACATACTTTAATGTTATATAACCATCTTCCAAAGCCCACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=550712.000000
s hg19.chr21     16341133 68 +  48129895 AGTCTCTGAATTTTCATAAGCACCTTTCTGCAAAGTAATGTGAATGTTCAGTCTCCTTTATAGCTTTA
s panTro2.chr21  15060569 68 +  46489110 AGTCTCTGAATTTTCATAGGCACCTTTCTGCAAAGTAATGTGAATGTTCAGTCTCCTTTATAGCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597169 68 +  48394510 AGTCTCTGAATTTTCATAACCACCTTTCTGCAAAGTAATGTGAATGTTAAGTCTCCTTTATAGCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477258 68 - 196418989 AGTCTCTGAATTTTCATAAGCACCTTTCTGCAAAGTAATGTGAATATTAAGTCTCCTGTATAGCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=578753.000000
s hg19.chr21     16341201 55 +  48129895 TAGCTCTACAGGGGAACTAGAACTTGCTTCCTTACATTACTGGGCACTTAGGAAG
s rheMac2.chr3  164477326 55 - 196418989 TAGCTCTATAGGGGAACTAGAACCTGCTTCCTTACATTACTGAGCACTTAGGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597237 55 +  48394510 TAGCTCTATAGGGGAACTAGAACTTGCTTCCTTACATTACTGGGCACTTAGGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15060637 55 +  46489110 TAGCTCTATAGGGGAACTAGAACTTGCTTCCTTACATTACTGGGCACTTAGGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=270409.000000
s hg19.chr21     16341256 47 +  48129895 AAACAAAAGTAGATGTGCAGAAAAAGGAAAAGAGATGCAGACTCTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597292 47 +  48394510 AAACAAAAGTAGATGTGCAGAAAAAGGAAAAGAGATGCAGACTCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477381 47 - 196418989 AAACAAAAGTAGATGTGCAGAAAAAGGAAAAGAGATGCAGACTCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=530969.000000
s hg19.chr21     16341303 42 +  48129895 TGAGTCTGATGTGGGGTTGAGGCCAACAGAACAGATTCATTT
s panTro2.chr21  15060739 42 +  46489110 TGAGTCTGATGTGGGGTTGAGGCCAACAGAACAGATTCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597339 42 +  48394510 TGAGTCTGATGTGGGGTTGAGGCCAACAGAACAGATTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477428 42 - 196418989 TGAGTCTGATGTGGGGCTGAGGCCAACAGAACAGATTCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=255622.000000
s hg19.chr21     16341345 26 +  48129895 CTGACATCATCCCCCAAACACCAGAC
s panTro2.chr21  15060781 26 +  46489110 CTGACATCATCCCCCAAACACCAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597381 26 +  48394510 CTGACATCATCCCCCAAACACCAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477470 26 - 196418989 CTGACATCATCCCCCAAACACCAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=357806.000000
s hg19.chr21     16341371 57 +  48129895 ATTCCATAAGTAATTTTTAGAATTTCCGTTTTCAAAAAAATGAAACCACTAACAAGT
s panTro2.chr21  15060807 57 +  46489110 ATTCCGTAAGTAATTTTTAGAATTTCCGTTTTCAAAAAAATGAAACCACTAACAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597407 57 +  48394510 ATTCCATAAGTAATTTTTAGAATTTCCGTTTTCAAAAAAATGAAACCACTAACAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477496 57 - 196418989 ATTCCATAAGTAATTTTTAGAATTTCTGTTTTCAAAAAAATGAAACCACTAACAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=606735.000000
s hg19.chr21     16341428 80 +  48129895 TGAAGATTATTTTGTGAGTCTGTTCAAAGTGTGACCATCTTAATCATATTCATAAACATTAAAATACAGTCATAAACTTA
s panTro2.chr21  15060864 80 +  46489110 TGAAGATTATTTTGTGAGCCTGTTCAAAGTGTGACCATCTTAATCATATTCATAAACATTAAAATACAGTCATAAACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597464 80 +  48394510 TGAAGATTATTTTGTGAGACTGTTCAAAGTGTGACCATCTTAATCATATTCATAAACATTAAAATACAGTCATAAACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477553 73 - 196418989 TGAAGATTATTTTGTGAGTCTGTTCAAAGTGTGACCATCTTAGTCATATTCATAAACATTAAAATACAGTCAT-------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=93241.000000
s hg19.chr21     16341508 28 +  48129895 CCTACCCATACTTTTTACCATGACTTAT
s panTro2.chr21  15060944 28 +  46489110 CCTACCCATACTTTTTACCATGACTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597544 28 +  48394510 CCTACCCATAGTTTTTACCATGACTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164477626  0 - 196418989 C

a score=423534.000000
s hg19.chr21     16341536 59 +  48129895 TAAAGACAGAGAGGAGTGATTCTTTAGATGCTTGTTCAGGGCTATCAAGGGTTTAATGT
s panTro2.chr21  15060972 59 +  46489110 TAAAGACAGAGAGGAGTGATTCTTTAGATGCTTGTTCAGGGCTATCAAGGGTTTAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597572 59 +  48394510 TAAAGACAGAGGGGAGTGACTCTTTAGATGCTTGTTCAGGGCTATCAAGGGTTTAATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477626 54 - 196418989 -----ATGGAGGAGAGTGATTCTTTAGATGCTTGTTTGGGGCTATCAAGGGTTTAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-24203.000000
s hg19.chr21     16341595 15 +  48129895 AGTTCGTTAGTAAAT
s panTro2.chr21  15061031 15 +  46489110 AGTTCGTTAGTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597631 15 +  48394510 AGTTCGTTAGTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477680 15 - 196418989 AGTTTGTTAGTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327642.000000
s hg19.chr21     16341610 96 +  48129895 CCTTACTCATGTGCTCTATGGAGAAGTCTTAATGTCAGGTCCATTCCTTACAGATACAGAAGACAGGGAGGGCATAAACATATATAAAAAGTACAA
s panTro2.chr21  15061046 96 +  46489110 CCTTACTCATGTGCTCTATGGAGAAGTCTTAATGTCAGGTCCATTCCTTACAGATACAGAAGACAGGGAGGGCATAAACATATATAAAAAGTACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597646 96 +  48394510 CCTTACTCATGTGCTCTATGGAGAAGTCTTAATGTCAGGTCCATTCCTTACAGATACAGAAGTCAGGGAGGGCATAAACATATATAAGAAGTACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477695 96 - 196418989 CCTTCCTCATGTGCTCTATGGAGAAATCTTAATGTCAGGTCCATTCCTTAGAGATACAGAGGACAGGGAAGGCATAAACATATACAAGAAGTACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=496145.000000
s hg19.chr21     16341706 189 +  48129895 TGGAGAATGCCAAAGACATTTTAGTCACAGTTTGAAAAATATTCCAATGATATTTATTATCTAAGAAGAGACCAAAAAATTTCCTATCACTAACACATACACAACAGAAGAAGCAAGAACTCATTGCATTTCTGAAAACTTGATAGG-TAAGTGTCAAAATTGACCTAAGGAAGGGGGGCCATGACACCT
s panTro2.chr21  15061142 189 +  46489110 TGGAGAATGCCAAAGACATTTTAGTCACAGTTTGAAAAATATTCCAATGATATTTATTATCTAAGAAGAGACCAAAAAATTTCCTATCACTAACACATACACAACAGAAGAAGCAAGAACTCATTGCATTTCTGAAAACTTGATAGG-TAAGTGTCAAAATTGACCTAAGGAAGGGGGGCCATTACACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597742 189 +  48394510 TGGAGAATGCCAAAGACATTTTAGTCACAGTTTGAAAAATATTCC-ATGATATTTATTATCTAAGAAGATACCAAAAAATTTCCTATCACTAACACATACACAACAGAAGAAGTAAGAACTCATTGCCTTTCTGAAAACTTGATAGATTAAGTTTCAAAATTGACCTAAGGAAGGGGGGCCATTACACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477791 188 - 196418989 TGGAAAATGCCAAAGACATTTTAGTCACAGCTTGAAAAACATTCCAATGGTATTTATTATCTAAGAAGATACCAAACGATTTCCTATCACTAACACATACACAACAGAAGAAGCAAGAACTCATTGCATTTCTGCAAACTTGATAGA-TAAATGTCAATATTGACCTAAGGAA-TGGGGCCAGTACACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=340460.000000
s hg19.chr21     16341895 82 +  48129895 TTGGAAGAGAAGCTGGAATAAATTCCATGCAGTTTGTTTTTCAAGATGCCAGAACATTTTGTTTAAGTTATCAGACCTGAAG
s panTro2.chr21  15061331 82 +  46489110 TTGGAAGAGAAGCTGGAATAAATTCCATGCAGTTTGTTTTTCAAGATGACAGAACATTTTGTTTAAGTTATCAGACCTGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14597931 82 +  48394510 TTGGAAGAGAAGCTGGAATAAATCCCATGCAGTTTGTTTTTCAGGATGCCAAAACATTTTGTTCAAGTTATTAGACCTGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164477979 82 - 196418989 TTGGAAGAGAAGCTAGAATAAATTCCAAGAATTTTGTTTTTCAAGATGCCAGAACATTTTGTTCAAGTTATTAGACCTGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=699497.000000
s hg19.chr21     16341977 175 +  48129895 CTATCAACAAATACCTTGGTCCCTATGGAATTTAAAAGATAAATTTTAATTGAAAGACTACCCTGTAGCTTTTTAAGTACAATGCTTAACTCTAAGTCAAACTTTAGGAAATAATTATCTGATTGTATCAAATTGTTGAATTTATTGATTAAAAGGATAAGAAATGATAGCCAAA
s panTro2.chr21  15061413 175 +  46489110 CTATCAACAAATACCTTGGTCCCTATGGAATTTAAAAGATAAATTTTAATTGAAAGACTACCCTGTAGCTTTTTAAGTACAATGCTTAACTCTAAGTCAAACTTTAGGAAATAATTATCTGATTGTATCAAATTGTTGAATTTACTGATTAAAAGGATAAGAAATGATAGCCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598013 175 +  48394510 CTATCAACAAATACCTTGGTCCCTATGGAACTTAAAAGGTAAATTTTAATTGAAAGACTACCCTGTAGCTTTTTAAGTACAATGCTTAACTCTAAGTCAAACTTTAGGAGATAATTATCTGATTGTATCAAATTGTTGAATTTATTGATTAAAAGGATAAGAAATGATAGCCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164478061 175 - 196418989 CTATCCACAAATACCTTGGTCCCTATGGAACTGAAAAGATAAATTTTAATTGAAAGATTACCCTGTAGCTTTTTGAGTACAATGCTTAACTCTAAATCAAACTTTAGGAAAGAATTATCTGATTGTATCAAATTGTTGAATGTATTGATTAAAAGGATATGAAATGATAGCCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146002.000000
s hg19.chr21     16342152 34 +  48129895 GAAAAAGATACAGAAAGGAGGCAGCAACAATTAA
s panTro2.chr21  15061588 34 +  46489110 GAAAAAGATACAGAAAGGAGGCAGCAACAATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598188 34 +  48394510 GAGAAAGATACAGAAAGGAGGCAGCAACAACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164478236 34 - 196418989 GAAAAAGATATAGAAAGGAGGCAGCAACAATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=202265.000000
s hg19.chr21     16342186 62 +  48129895 TTTCAA-CTGTGTAAGGAGTAGGATGAGAAGAGACTTTCTTGAGATTCCAATGCCACCATTTT
s panTro2.chr21  15061622 62 +  46489110 TTTCAA-CTGTGTAAGGAGTAGGATGAGAAGAGAGTTTCTTGAGATTCCGATGCCACCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598222 62 +  48394510 TTTCAA-CTGTGTAAGGAGTAGGATGAGAAGAGACTTTCTTGAGATTCCAATGCCACCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164478270 63 - 196418989 TTTCAATTTGTGTAAGGAGTAGGATGAGAAGAGACCTTCTTGAGATTCCAGTGCCACCATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30070.000000
s hg19.chr21     16342248 26 +  48129895 AAGAAGCTTTGCCATAATGTACTTAA
s panTro2.chr21  15061684 26 +  46489110 AAGAAGCTTTGCCATAATGTACTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598284 26 +  48394510 AAGAAGCTTTGCCATAATGTACTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164478333 26 - 196418989 AAAAAGCTTTGCCATAATGTACTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=57269.000000
s hg19.chr21     16342274 43 +  48129895 GATGGATATTTTAAGAGGTTAATAATGATATAGAAATGAAATG
s panTro2.chr21  15061710 43 +  46489110 GATGGATATTTTAAGAGGTTAATAATGATATAGAAATGAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598310 43 +  48394510 GATGGATATTTTAAGAGGTTAATAATGATATAGAAATGAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164478359 43 - 196418989 GATGGATATTTTAAGAGGTTAATAATGATATAGAGATGAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=27952.000000
s hg19.chr21     16342317 19 +  48129895 GTTATCATGACTGCCACCA
s rheMac2.chr3  164478402 19 - 196418989 GTGATGACGACtgccacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598353 19 +  48394510 GTTATAATGACTGCCACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15061753 19 +  46489110 GTTATCAtgactgccacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=531872.000000
s hg19.chr21     16342336 162 +  48129895 AATATCCATTCTCCCATTTTCATTTACTAATAAAACCCTGACTTGTTTTTCAGGGAGTAGGGAGGTATCCCAGCTAAACACTAC-TTTTCTCCCCCCtctggt-tatattttacaattgatggcatgttgcttaattggaggcttatttttctttcttagtggt
s panTro2.chr21  15061772 162 +  46489110 aatatccattctcccattttcatttactaataaaaccctgacttgtttttcagggagtagggagGTATCCCAGCTAAACACTAC-TTTTTTCCCCCCTTTggt-tatattttacaattgatggcatgttgcttaattggaggcttatttttctttcttagtggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598372 162 +  48394510 AATATCCATTCTCCCATTTTCCTTTACTAATAAAACCCTGACTTGTTTTTCAGGGAGTAGGGAGGTATCCCAGCTAAACACTAC-TTTTTCCCCCCAGTTggt-tatatcttacaattgatggcatgttgcttaactggaggcttagttttctttcttagtggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164478421 164 - 196418989 aatatccattctcccgttttcctttcctaataaaaccctgacttgcttttcagggagtagggagGTATCCCAGCTAAACAGCACTTTTTTTTTCCCCattggtatatatcttacaattgatggcatgttgcttaactggaggcttatttttctttcttagtggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=86501.000000
s hg19.chr21     16342498 88 +  48129895 ataaaacatacgggtacattttacaactgataacatcttggagttgaggaaaCCCAGTTTTCTAATTCTCTC-AAAAAACTTAATATgg
s rheMac2.chr3  164478585 85 - 196418989 ataaaacgtaaggacacattttacaac-gataacatcttggagttgaggaaa--caGTTTTCTAATTCTCTT-CAAAAACTTAACATgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598534 89 +  48394510 ataaaacataatggtacattttacaactgataacatcttggagttgaggaaacacagTTTTCTAATTCTCTTAAAAAAACTTAATATgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15061934 79 +  46489110 ataaaacatacgggt----------actgataacatcttggagttgaggaaaCACAGTTCTCTAATTCTCTCAAAAAAACTTAATATgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=155754.000000
s hg19.chr21     16342586 129 +  48129895 ccaggtacggtggctcacacctgtaatcccagcaatttaggaggccgaggtgggtggatcgcctgaggtcaggagtttgagaccaacctgaccaaaatggtgaaaccccatctctagtaaaaatacaaa
s panTro2.chr21  15062013 129 +  46489110 ccgggtacggtggctcacacctgtaatcccagcaatttaggaggccgaggtgggtggatcgcctgaggtcaggagtttgagaccaacctgaccaaaatggtgaaaccccatctctagtaaaaatacaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598623 129 +  48394510 ccgggtatggtggctcacacccgtaatcccagcaatttaggaggccgaggcagatggatcgcctgaggtcaggagtttgagaccaacctgaccaatatggtgaaaccccatctctagtaaaaacacaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164478670 128 - 196418989 ccgggtaccgtggctcacacctgtaatcccagcaattcaggaggccgaggcgggtggattgcctgaggtcaggagtttgagaccagcctgaccaatgtggtgaaaccccgtctctgg-aaaaatacaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=140160.000000
s hg19.chr21     16342715 127 +  48129895 aattagccgggtatggtggcatgcgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcagaagaattgcttgaacctggtaggcagaggttgcagtgagccgagatcgtgccactgcactccagcctg
s rheMac2.chr3  164478798 127 - 196418989 aattagctgggtatggtggcatgcgcctgtagtcccagctactcaggaagctggggcaggaaaattgcttgaacctggtaggcagatgttgcagtgagccgagattgcgccactgcactccagcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598752 127 +  48394510 aattagccgggtatggtggcatgtgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcagtagaattccttgaacctggtaggcggaggttgcagtcagccgagatcgcgccactgcactccagcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15062142 127 +  46489110 aattagccgggtatggtggcatgcgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcggtagaattgcttgaacctggtaggcagaggttgcagtgagccgagatcgtgccactgcactccagcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=15295.000000
s hg19.chr21     16342842 47 +  48129895 ggtgacagaatgacactctatctcaaaacaaac------aaaacaaaaaTAAC
s panTro2.chr21  15062269 47 +  46489110 ggtgacagaatgacactctatctctaaacaaac------aaaacaaaaaTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598879 43 +  48394510 ggtgacagaatgacactccatctca----aaac------aaaacaaaaGTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164478925 53 - 196418989 ggtgacagaatgatactccatctcaaaacaaacaaacaaaaaacaaaaaTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59675.000000
s hg19.chr21     16342889 45 +  48129895 AACTGCTAATATACAATTAATTCTCAACTAGTTAAGACATTTAAC
s rheMac2.chr3  164478978 45 - 196418989 AACTGCTAATAAACAATTAATTCTCAGCTAGTTAAGACATTTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598922 45 +  48394510 AACTGCTAATATACAATTAATTCTCAACTAGGTAAGACATTTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15062316 45 +  46489110 AACTGCTAATATACAATTAATTCTCAACTAGTTAAGACATTTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=504927.000000
s hg19.chr21     16342934 145 +  48129895 AACCATTTAATGGGATATGCAAGTCCACTGTATTTCTCTCCACACCACTGCCAACCTTTTTGCTCTTGGGTAGACTCAAGAAAGTCAAAATCATACCAGTCATTTGAAAACTGGTTTGTAAACAGCCATAAAACATACTTTATTT
s rheMac2.chr3  164479023 145 - 196418989 AACCATTTAATGGGATATGCAAATCTACTGTATTTCTCTCCATACCACTACCAACCTTTCTGTTCTTGGGTTGAGTCAAGAAAGTCAAAATCATATCAGCCATTTGAAAACTGGTTTGTAAACAGCCATAAAATATACTTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14598967 145 +  48394510 AACCATTTAATGGGATATGCAAATCCACTGTATTTCCCTCCATACCACTGCCAACCTTTTTGTTCTTGGGTAGACTCAAGAAAGTCAAAATCATACCAGTCATTTGAAAACTGGTTTGTAAACAGCCATAAAACATACTTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15062361 145 +  46489110 AACCATTTAATGGCATATGCAAGTCCACTGTATTTCTCTCCACACCACTGCCAACCTTTTTGTTCTTGGGTAGACTCAAGAAAGTCAAAATCATACCAGTCATTTGAAAACTGGTTTGTAAACAGCCATAAAACATACTTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=328398.000000
s hg19.chr21     16343079 67 +  48129895 AAGAATAAGAATGAAATAAGGAGCATCTTTGAGTTCATATTACTCCTGTTATTGCT-TTCTACTTTTT
s panTro2.chr21  15062506 67 +  46489110 AAGAATAAGAATGAAATAAGGAGCATCTTTGAATTCATATTACTCCTGTTATTGCT-TTCTACTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599112 67 +  48394510 AAGAATAAGAATGAAATAAGGAGCATCTTTGAGTTCATATTACTCCTGTTATTGCT-TTCTACTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164479168 68 - 196418989 AAGAATAAGAATGAAGTAAGGAGCACCTTTGAGTTCATATTACTCCTGTTATTGCTATTCTACTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=191821.000000
s hg19.chr21     16343146 44 +  48129895 ACTGTGCATGATATAATTTGCAAAGTATTATTCATTGCTTTAAA
s panTro2.chr21  15062573 44 +  46489110 ACTGTGCATGATATAATTTGCAAAGTATTATTCATTGCTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599179 44 +  48394510 ACTGTGCATGATATAATTTGCAAAGTATTATTCATTGCTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164479236 44 - 196418989 ACTGTGTATAATATAATTTGCAAAGTATTATTCATTGCTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345106.000000
s hg19.chr21     16343190 66 +  48129895 AAGACTGAATTTACACATTTCTGAATTTACAAAGCAGATTTGGAAGTTGATTTAAAAAGGAATTAT
s panTro2.chr21  15062617 66 +  46489110 AAGACTGAATTTACACATTTCTGAATTTACAAAGCAGATTTGGAAGTTGATTTAAAAAGGAACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599223 66 +  48394510 AAGACTGAATTTACACATTTCTGAATTTACAAAGCAGATTTGGAAGTTGATTTAAAAAGGAATTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164479280 66 - 196418989 AAGACTGAATTTACACATTTCTGAATTTACAAAGCAGATTTGGAAGTTGATTTAAAAAAGAATTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168430.000000
s hg19.chr21     16343256 54 +  48129895 CACAGTTTCCTTGTAAAGGAGCTCTAACACTGTATTTTACCATTTATTTACCTC
s panTro2.chr21  15062683 54 +  46489110 CACAGTTTCCTTGTAAAGGAGCTCTAACACTGTATTTTACCATTTATTTACCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599289 54 +  48394510 CACAGTTTCCTTGTAAAGGAGCTCTAACACTGTATTTTACCATTTATTTACCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164479346 54 - 196418989 CATAGTTTCTTTGCAAAGGAGCTCTAACACTGTATTTTACCATTTATTTACCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=170566.000000
s hg19.chr21     16343310 48 +  48129895 TCTACCATTTATTTCCTATCTTCACAGAGAAAGTAGATGACAGATATT
s panTro2.chr21  15062737 48 +  46489110 TCTACCATTTATTTCCTATCTTCACAGAGAAAGTAGATGACAGATACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599343 48 +  48394510 TCTACCATTTATTTCCTATCTTCACAGAGAAAGTAGATGACAGATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164479400 48 - 196418989 TCTACCATTTATTTCCTATCTTCACAGAGAAAGTAGATGACAGATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-16879.000000
s hg19.chr21     16343358 30 +  48129895 AAGAATAATCATCTCTTAATAATCCATTTT
s panTro2.chr21  15062785 30 +  46489110 AAGAATAATCATCTCTTAATAATCCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599391 30 +  48394510 AAGAATAATCATCTCTTAATAATCCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164479448 29 - 196418989 AGTAATAATCATCTCTTAATAATCC-TTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-120174.000000
s hg19.chr21     16343388 48 +  48129895 TTGGCAATCAGCTTTCTCAGGTTGAA---AATCATTTCTTACATATGAAAA
s panTro2.chr21  15062815 48 +  46489110 TTGGCAATCAGCTTTCTCAGGTTGAA---AATCATTTCTTACATAGGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599421 48 +  48394510 TTGGCAATCAGCTTTCTCAGGTTGAA---AATTATTTCTTAAATATGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164479477 49 - 196418989 TTGGCAATCAGCTTTCTCAGGTTGAAAATAATCATTTCTTAAATATGAA--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101275.000000
s hg19.chr21     16343436 37 +  48129895 CAATTTTTAACTTCAAGAACGAAAATGACATATACAA
s panTro2.chr21  15062863 37 +  46489110 CAATTTTTAACTTCAAGAACGAAAATGACATATACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599469 37 +  48394510 CAATTTTTAACTTCAAGAACCAAAATGACATATACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164479526 36 - 196418989 -AATTTTTAACTTCAAGAACAAAAATGACATACACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=383029.000000
s hg19.chr21     16343473 103 +  48129895 ATAATTTTATTAAGCTCCTTGGGTCTGAGGACTGTGCTAATTATAATTACTACAGTGCAACACAGTCAACAGATAACTGAACCTTGGGATACATTAAGTTATT
s rheMac2.chr3  164479562 103 - 196418989 ATAATTTTATTAAGCTCCTTGGGTCTGAGTACTGTGCTAATCATAATTAGTACAGTGCAACACAGTCAACAGATAACTGAATCTTGGGATACATGAAGTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599506 103 +  48394510 ATAATTTTATTAAGCTCCTTGGGTCTGAGGACTGTGCTAATTATAATTAGTACAGTGCAACACAGTCAACAGATAACTGAATCTTGGGATACATTAAGTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15062900 103 +  46489110 ATAATTTTATTAAGCTCCTTGGGTCTGAGGACTGTGCTAATTATAATTACTACAGTGCAACACAGTCAACAGATAACTGAATCTTGGGATACATTAAGTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=101776.000000
s hg19.chr21     16343576 42 +  48129895 CAATGACCAAATTCCCAGTAGGAAGGAAGGGAATTTGACATT
s rheMac2.chr3  164479665 41 - 196418989 CAATGACCAAATTCCCAGTAGGAAGGAA-AGATTTTGACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14599609 42 +  48394510 CAATGACCAAATTCCCAGTAGGAAGGAAGGGATTTTCACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15063003 42 +  46489110 CAATGACCAGATTCCCAGTAGGAAGGAAGGGATTTTGACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164481107 113 - 196418989 ggcaccagggactggttccgtggaagataatttttccatgaactagtggggtggaggtggtttcgagatgaaactgttccacctgagatcatcaggcattagattctcatcaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  14603503 182 +  48394510 gaagg-aaacattcatctaggatgtatctgaagacaacagtcagtggtattgcttatataatcaatagcaccacaatcattcacgtgtaaagtattaccatcagtttttttccattcatcttctggtttatctaactgaaatatcttcgtatgtcaactttc--ctctttgacattatagatgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15066899 182 +  46489110 GAAGg-aaacattcatctaggatgtatctgaagacaacagtcagtggtattgcttatataatcaaaagcaccataatcattcacgtgtaaagtattagcatcagtttttttccattcatcttctggtttatctaagtgaaatatcttcgtatgtcaactttc--ctctttgacattacagacaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14603685 125 +  48394510 aaaatactaaatcatcaatttttaataaaaatttaaaat-----ggaatgactataaagaaagggtctccagattttttatttttatttttttacattcttgaaagataatgtagtataatgggctctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
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i panTro2.chr21 I 4 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16349530 55 +  48129895 AGAAGAAAAATATCTAAGTACATACTAAGAAGATTCCAAAGTCCTAATTATTGAC
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s hg19.chr21     16349779 119 +  48129895 TTAAAATACGTAAAACCCAACACTTAATTTCACATAAAAAGAAAGGAAAAGTAACATTTTAGGTATGGGTCCCGAAGTTTCATTTAAGAAGACAACAGTGAATCCTCTATTATCAAT-------TA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164485901 126 - 196418989 TTAAAATACGTAAAACCCAACACTTAATTTCATATAAAAAGAAAGGAAAAGTAACATTTTCGGCATGGCTCCTGAAGTTTCATTTAAGAAGACAACAGTGAATCCTCTCTTATAAACTAAAAGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=225443.000000
s hg19.chr21     16350119 58 +  48129895 AAAGGTAGATGTGTGGTCATACAATTTAACAGATGCCAAAAATAATTATCTAAATACA
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s ponAbe2.chr21  14606192 113 +  48394510 TTTTGCTCAACTGAGGGCCTCAACATTTGAAATGAGAACTGAGGAGTTTCTTGCTCTCTCCCAGGGGTTCTCATTTTAGGTGCAGATGCTCCTCAGAGACAGGTGGCATGGAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=807358.000000
s hg19.chr21     16350290 81 +  48129895 ACCAGAGACACCGGTGACGAAAACAGCTGCCCAGGCTGCTCTCCACTGCAACCTGAAGGACTTAATTTTTTGGCCCAAGGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14606305 81 +  48394510 ACCAGAGACACCGGTGACAAAAACAGCTGCCCAGGCTGCTCTCCACTGCAACCTGAAGGACTTAATTTTTTGGCCCAAGGC
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s panTro2.chr21  15069747 81 +  46489110 ACCAGAGACACCGGTGATGAAAACAGCTGCCCAGGCTGCTCTCCACTGCAACCTGAAGGACTTAATTTTTTGGCCCAAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1511485.000000
s hg19.chr21     16350371 92 +  48129895 CAAATTTGCTCCTAACTTCTAGGTCCATTGGCTTTAACTTGCTCGTCAGCTGCTTCCATAGGAGTAAAATAGTGTCATTCACATTCCCAACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164486501 92 - 196418989 CAAATTTACTCCTAATTTCTAGGTCCGTCGGCTTTAACTCGCTGGTCAGCTGCTTCCATAGGAGCAAAAGAGTGTCATTCACATTCCCAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1079255.000000
s hg19.chr21     16350463 83 +  48129895 AAAAAAGACTCATTA-GAGACACTCCTGCGGGAGTAACTCAAGCATTCAACGCAAGGACACATGTATATGAGGACCCCTCTAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14606478 84 +  48394510 AAAAAAGACTCATTAGGAGACATTCCTGCTTGACTAACTCAAGCATTCAATGCAAGGACACATGTATATGAGGACCTCTCTAAA
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s rheMac2.chr3  164486593 84 - 196418989 AAAAAAGACTCATTAGGAGACACTCCTGCTTGACTAACTCAAGCATTCAATGCAAGGACACATGTATCCGAGGACCTCCCTAAA
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a score=2302725.000000
s hg19.chr21     16350546 148 +  48129895 TCTAAAATTTTATTCCTATGATTCCAAGTAATTTGTCAAAT--TATAGCTGATGAAAATGACAAGCATTTTAACGAGAAAGATGATATGCTGTCATAAAGTTGTGGAAATAGCCCTGACCAATATGTTTTACTGTCTTTTCAATAAATTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=446613.000000
s hg19.chr21     16350694 30 +  48129895 CGGGGGAAGGAAATGGTTTTGAAATAGCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=397218.000000
s hg19.chr21     16350724 52 +  48129895 CACACTCAACCCACCTAATGCCCCAAAAGGTATCTATGTTCACAACTTTCTT
s panTro2.chr21  15070182 52 +  46489110 CACACTCAACCCACCTAATGCCCCAAAAGTTATCTATGTTCACAACTTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14606742 52 +  48394510 CACACCCAACCCACCTAATGCCTCAAAAGTTATCTATGTTCACAACTTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164486855 50 - 196418989 TACACCCAACCCACCTAATGCCCT--AAGTTATCTATGTTCATAGCTTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1012464.000000
s hg19.chr21     16350776 63 +  48129895 CTGTAGGGTCACAGAATTGCAAACAGATGTTTATTTAAAAGCTAAATATGAGCTTATATTCAA
s panTro2.chr21  15070234 63 +  46489110 CTGTAGGGTCACAGAATTGCAAACAGATGTTTATTTAAAAGCTAAATATGAGCTTACATTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14606794 63 +  48394510 CTGTAGAGTCACAGAATTGCAAACAGATGTTTATTTAAAAGCTAAATATGAGCTTATATTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164486905 63 - 196418989 CTGTAGGGTCACAGAATTGCAAACAGATGTTTATTTAAAAGCCAAATATGAGCTCATATTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=900289.000000
s hg19.chr21     16350839 91 +  48129895 ATTGGAACTTTTGCTTATCTCATAACAGCTATATACTGAATAAAATGGAGGATAATCACAAAGATTTAAGATCTTTGATGACACAAATAAA
s panTro2.chr21  15070297 91 +  46489110 GTTGGAACTTTTGCTTATCTCATAACAGCTATATACTGAATAAAATGGAGGATAATCACAAAGATTTAAGATCTTTGATGACACAAATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14606857 91 +  48394510 ATTGGAACTTTTGCTTATCTCATAACAGCTATATACGGAATAAAATGGAGGATAATCACAAAGATTTAGGATCTTTGATGACACAAATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164486968 88 - 196418989 ACTGGAACTTTTGCTTATCTCATAATGGCTACATACTGCATAAAATGCAGGATAATCACAAAGATTTAGGATCTTTGATGACACAGAC---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241372.000000
s hg19.chr21     16350930 35 +  48129895 AGAGACAGATGAAATAACCGTTCTGGTGACAGAAA
s panTro2.chr21  15070388 35 +  46489110 AGAGACAGATGAAATAACTGTTCTGGTGACAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14606948 35 +  48394510 AGAGACAGATGAAATAACTGTTCTGGTGACAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164487056  0 - 196418989 C

a score=648106.000000
s hg19.chr21     16350965 89 +  48129895 GAAACACCCCATAATTGATACGGCAAAATAAAGAAGGGCTTCTTTGTTTTGAATTCTCCTCAGAAGGCCTAGGTATATGAATCGGATTC
s panTro2.chr21  15070423 89 +  46489110 GAAATACCCCATAATTGATACGGCAAAATAAAGAAGGGCTTCTTTGTTTTGAATTCTCCTCAGAAGGCCTAGGTATATGAATCGGATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14606983 89 +  48394510 GAAATACCCCATAATTGATACGGCAAAATAAAGAAGGGCTTCTTTGTTTTGAATTCTCCTCAGAAGGCCTAGGTATATGAATCAGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487056 88 - 196418989 -ACATACCCCATAATTGATACAGCAAAATAAAGAAGGGCTTCTTTGTTCGGAATTCTCCTCAGAAGGCCTAGGTATATGAATCGGATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238636.000000
s hg19.chr21     16351054 20 +  48129895 AATAAATTTGCTATTCATTT
s panTro2.chr21  15070512 20 +  46489110 AATAAATTTGCTATTCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607072 20 +  48394510 AATAAATTTGCTATTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487144 20 - 196418989 AATAAATTTGCTATTCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-130544.000000
s hg19.chr21     16351074 41 +  48129895 TACACTGCCTCTATAGTTAATCTTAAAAACATTTAATTTTT
s panTro2.chr21  15070532 41 +  46489110 TACACTGCCTCTATAGTTAATCTTAAAAACATTTAATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607092 41 +  48394510 TACCCTGCCTCTATAGTTAATCTTAAAAACATTAAATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  164487164 41 - 196418989 TACATTGCCTCTATAGTTATTCTGAAAAACATTTAATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=494544.000000
s hg19.chr21     16351115 56 +  48129895 AAACAAAA-----TTAAGATGAAAAAGTTGGAGATTTTAAGTTAAAAATCAAAGATCTAGA
s panTro2.chr21  15070573 56 +  46489110 AAACAAAA-----TTAAGATGAAAAAGTTGGAGATTTTAAGTTAAAAATCAAAGATCTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607135 56 +  48394510 AAACAAAA-----TTAAGATGAAAAAGTTGGAGATTTTAAGTTAAAAATCAAAGATCTAGA
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  164487205 61 - 196418989 AAACAAAATTAAGTTAAGATGAAAAAGTTGGAGATTTTAAGTTAAAAATCAAAGATCTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=761662.000000
s hg19.chr21     16351171 79 +  48129895 CAAAGGAGCTAGAGAAAGAGCTAAACTGCCAAACAATTTCTATTTCAAAAACACAATACATTTCTGGATGCTGTACTTC
s panTro2.chr21  15070629 79 +  46489110 CAAAGGAGCTAGAGAAAGAGCTAAGCTGCCAAACAATTTCTATTTCAAAAACACAATACATTTCTGGATGCTGTGCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607191 79 +  48394510 CAAAGGAGCTAGAGAAAGAGCTAAACTGCCAAACAATTTCTATTTCAAAAATACAATACATTTCTGGATGCTGTGCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487266 79 - 196418989 CAAAGGAGCTAGAGAAAGAGCTAAACTGCCAAAAAATTTCTATTTCAAAAATGCAATACATTTCTGGATGCTGTGCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163815.000000
s hg19.chr21     16351250 30 +  48129895 ACTCTGTCTTGAAAATACTGACACTGGAAA
s panTro2.chr21  15070708 30 +  46489110 ACTCTGTCTTGAAAATACTGACACTGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607270 30 +  48394510 AGTCTGTCTTGAAAATACTGACACTGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487345 30 - 196418989 AGTCTGTCTTGAAAATACTGAAACTGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=728598.000000
s hg19.chr21     16351280 141 +  48129895 ATTGTTAAATAAAGTTAATTTTACCTACAATTTTTAAAGCTCCAGAAAACTATTACATGACAGACAGTACATACCTATTTATGATTAGTACTAATGTCTATTCACTACCTTCTACTGTTATCAAAGAAACAATAGTTTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607300 141 +  48394510 ATTGTTAAATAAAGTTAATTTTACCTACAATTTTTAAAGCTCCAGAAAATTATTATATGACAGACAGTACATACCTATTTATGATTAGTACTAATGTCTATTCACTACCTTCTACTGTTATCAAAGAAACAATAGTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487375 141 - 196418989 ATCGTTAGATAAAGTTAATTTTACCTACAATTTTTAAAGCTCCAGAAAATTATTATATGACAGACAGTACATACCTATTTATGATTAGTACTAATGTCTATTCACTACCTTCTACTGTTATCAAAGAAACAATAGTTTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1532029.000000
s hg19.chr21     16351421 190 +  48129895 TTAATGAACACAAAATAATCATTAACAAATTATTTTGGCAGCACATAAGTATAAGAAAAGAGTGTAAATACAAAATTAACAGAGAGTGTTTGCTTCT---CACCTTTCTCAACAGCTCTTTGGAGTAACTGGTGCTTTCTATCAGTTTTCAAGAGCATAATATTTTCCAATCTCTATCAAAATAAGAAATGTA
s panTro2.chr21  15070879 186 +  46489110 TTAATGAACACAAAATAATCATTAACAAATTATTTTGGCAGCACATAAGTATAAGAAAAGAGTGTAAATACAAAATTAACAGAGAGTGTTTGCTTCT---CACCTTTCTCAACAGCTCTTTGGAGTAACTGGTG----CTATCAGTTTTCAAGAGCATAATATTTTCCAATCTCTATCAAAATAAGAAATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607441 190 +  48394510 TTAATGAACATAAAATAATCATTAACAAATTATTCTGGCAGCACATAAGTATAAGAAAAGAGTGTAAATACAAAAATAACAGGGAGTGTTTGCTTCT---CACCTTTCTCAACAGCTCTTTGGAGTAACTGGTGCTTTCTATCAGTTTTCAAGAGCATAATATTTTCCAATCTCTATCAAAATAAGAAATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487516 191 - 196418989 TTAATGAACACAAAATAATCATTAACAAATTACTTTGGCAGCACATAAGTATAAGAAAAGAGTGTAAATACAAAATTAACA--GAGTGTTTGCTTCTCCTCACTTTTCTCAATAGCTCTTTGGAGTAACTGGTGCTTTCTATCAGTTTTCAAGAGCATAATATTTTCCAATCTCTATCAAAATAAGAAATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=453921.000000
s hg19.chr21     16351611 47 +  48129895 ATGGAAAATGGATCTTTCTTCTTCTGGAATTGCTTGAGTGTTTATAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607631 47 +  48394510 ATGGAAAATGGATCTTTCTTCTTCTGGAACTGCTTGAGTGTTTATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15071065 47 +  46489110 ATGGAAAATGGATCTTTCTTCTTCTGGAATTGCTTGAGTGTTTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1425649.000000
s hg19.chr21     16351658 53 +  48129895 TATATATGCAGGGATATCCTTTGAGATGGGAGCATCAATCCTACTAAACTCAA
s panTro2.chr21  15071112 53 +  46489110 TATATATGCAGGGATATCCTTTGAGATGGGAGCATCAATCCTACTAAACTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607678 53 +  48394510 TATATATACAGGGATATCCTTTGAGATGGGAGCATCAATCCTATTAAACTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487754 53 - 196418989 TATATATACAGGGATATCCTTTGAGATGGAAGCATCAATCCTATTAAACTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5851609.000000
s hg19.chr21     16351711 145 +  48129895 CTATGGTTTCCCCATCCCTAAAATAGATTTGACATACAGACACAAGCACAAGGTCAAGGTCACAGATCAGCAAGAAAGATTACCAACAGAACTGATGTAACCAGCTGGCTTTTGATCAAAGCTCCTAGGGTTTTTAGTACACTTA
s panTro2.chr21  15071165 145 +  46489110 CTATAGTTTCCCCATCCCTAAAATAGATTTGACATACAGACACAAGCACAAGGTCAAGGTCACAGATCAGCAAGAAAGATTACCAACAGAACTGATGTAACCAGCTGGCTTTTGATCAAAGCTCCTAGGGTTTTTAGTACACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607731 145 +  48394510 CTATGGTTTCCCCATCCCTAAAACAGATATGATATACAGACACAAGCACAAGGTCAAGGTCACAGATCGGCAAGAAAGATTACCAACAGAACTGATGTAACCAGCTGGCTTTTGATCAAAGCTCCTAGGGTTTTTAGTACACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487807 145 - 196418989 CTATGGCTTCCCCATCCCTAAAATAGATTTGACATACAGACACAAGCACAAGGTCAAGGTCACAGATCAGCAAGAAAGATTACCAACAGAACTGATGTAACCAGCTGGCTTTTGATCAAAGCTCCTAGGGTTTTTAGTACATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=817031.000000
s hg19.chr21     16351856 41 +  48129895 GACACTCTGCACTTACCCACATAGTATATACTCTGTTTTAA
s panTro2.chr21  15071310 41 +  46489110 GACACTCTGCACTTACCCACATAGTATATCCTCTGTTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607876 39 +  48394510 GACACTCTGCACTTACCCACAGAGTACA--CTCTGTTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487952 39 - 196418989 GACACACTGCGCTTACTCACAGGGTACA--CTCTGTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1091627.000000
s hg19.chr21     16351897 50 +  48129895 AAATGTTCCCCATCTTTGAAGTCAAGATCTTCATGCACTTCTTATTATAA
s panTro2.chr21  15071351 50 +  46489110 AAATGTTCCCCATCTTTGAAGTCAAGATCTTCATGCACTTCTTATTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607915 50 +  48394510 AAATGTTCCCCATCTTTGAAGTCAAGATCTTCATGCACTTCTTATTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164487991 50 - 196418989 AAATGTTCCCCATCTTTGAAGTCAAGATCTTCATGTACTTCTTATTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=302485.000000
s hg19.chr21     16351947 50 +  48129895 AGTATGTTTTGTTAAATATATTGCATTGGATCAAGAATAAGAGGAGAAAC
s panTro2.chr21  15071401 50 +  46489110 AGTATGTTCTGTTAAATATATTGCATTGGATCAAGAATAAGAGAAGAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14607965 49 +  48394510 AGTACACTCTGTTAAA-ATATTGTATTGGATTAGGAATAAGCGAAGAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164488041 50 - 196418989 AGTATGTTCTGTTAAATATATTGTATTGGATCAAGAATAAGAGAAGAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-111856.000000
s hg19.chr21     16351997 17 +  48129895 CAGTATGTTTG-T-------------TTttt
s panTro2.chr21  15071451 18 +  46489110 CAGTATGTGTGTT-------------TTttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14608014 16 +  48394510 CAGTATGTGT--T-------------TTttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164488091 31 - 196418989 CAGTATGTGTGTTACAGAATTGTGAATTttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-63579.000000
s hg19.chr21     16352014 79 +  48129895 ttaatagcgacgggg----ttttaccttcttggccaggcttgtcttgaactcctgacctcgt-gatccacctgccttggcctcc
s rheMac2.chr3  164488122 83 - 196418989 ttagtagagacagggagggtttcaccatcttggccgggcttgtcttgaactcctgacctcgt-gattcacccaccttggcctcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14608030 80 +  48394510 ttagtagagacgggg----ttttaccttcttggccaggcttgtcttgaactcctgacctcgtggatccacctgccttggcctcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15071469 79 +  46489110 ttaatagcgacgggg----ttttaccttcttggccaggcttgtcttgaactcccgacctcgt-gatccacctgccttggcctcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=16211.000000
s hg19.chr21     16352093 40 +  48129895 caaagtgctgggattacaggtgtgagccactgcacccgg-c
s rheMac2.chr3  164488205 41 - 196418989 caaagtgctgggattacaggtgtgagccacgccacctggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14608110 40 +  48394510 caaagtgctgggattacaggtgtgagccactgcacccgg-c
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15071548 40 +  46489110 caaagtgctgggattacaggtgtgagccactgcacccgg-c
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=424000.000000
s hg19.chr21     16352133 112 +  48129895 cAGAATTGTGAATTTTTATGTGTTTGTGTGCCTGTATATATATATGCTTGCACTTTTATTTGTTTGCTTGTTATAACTGATCATTGCCATGTGACAATTTTAAAATTAACTT
s panTro2.chr21  15071588 112 +  46489110 cAGAATTGTGAATTTTTATGTGTTTGTGTGCATGTATATATATATGCTTGCACTTTTATTTGTTTGCTTGTTATAACTGATCATTGCCATGTGACAGTTTTAAAATTAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14608150 110 +  48394510 cAGAATTGTGAAATTTTATGTGTTTGTGTGCATG--TATATATATGCTTGCACTTTTATTTGTTTGCTTGTTATAACCGATCATTGCCGTGTGACAATTTTAAAATTAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164488246  97 - 196418989 CAGAACTGTAAATTTTTATGTGCTTGTATGCATG--TATATATATGCTTGCACT----TTTGTTTGCTTGTTATAACTGatt---------ttaaaattttaaaattaaCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=457164.000000
s hg19.chr21     16352245 135 +  48129895 AACTTGCAGTTCCCTGAATAGATAATGCTCTCTCATAATTCCAAGCTTTTGACCCATCTGAAACTGAAATTAGTAGTATGCTCTGCAATGCCTTGGGTCACTTGTTCCCAAAAACACAGACTTAACTTGTAAGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14608260 135 +  48394510 AACTTGCAGTTCCCTGAATAGATAATGCTCTCTCACAATTCCAAGCTTTTGACCCATCTGAAACTGAAATTAGTAGTATGTTCTGCAATGTCTTGGGTCACTTGTTTCCAAAAACACAGATTTAACTTGTAAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164488343 133 - 196418989 AACTTGCAGTTCCCTGAATGGATAATGCTCTCTCATAATTCCAAGCTTTTGACCCATCTGAAACTGAAATCAGTAGTATGTTCTGCAACGTCTTGGGTCACTTGTTCCCAAAA--ACAGATTTAACTTCTAAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1063618.000000
s hg19.chr21     16352380 89 +  48129895 ACTGCTTCAACAAAAGAAGTTTTATAATTTATCCATAGTCTTCCACAACAATTTTCAAATCACAGGGATCAAAAGAAACTTTAGTTATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=242851.000000
s hg19.chr21     16352469 64 +  48129895 AACAATGACAAAAACAAAAAGTGATTCTTAAAGGaatatattattaaatatattaGTGCAggct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15071988  96 +  46489110 agatgtggtggctcaacctgtaatcccagcactctgggaggctgaggcggg----------------aggagttcaagaccagcctggccaacatggtgaaatcctgcctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164488624 112 - 196418989 agatgtggtggctcaacctgtaatcccagcactctgggaggccgaggcaggaggatcacccacggtcaggagttcgaggccagcctggcaaacatagtgaaatcctgtctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14608761 67 +  48394510 tcacaccattgcactccagctgggtgac--agcaagactccgtatcaaaaaataaaataaaataaaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164488854 67 - 196418989 tcgcacaattgcactccagttcggtgacagagcaagagtccgtctc--aaattaaaataaaataaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16352814 24 +  48129895 aaaata------------aaataaaTACATACATAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14609056 76 +  48394510 TAAATCAAGTACCACCTGCTGTAGCTTTATACAATTTGCAAATTACTTATGCTATATGTACATGTAAATGTTCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164489134 76 - 196418989 TAAATCAAGTACCACCTGCTGTAGCTTTATACAATTTGCAAATTACTTATGACATATGTATATGTAAATGTTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164489225  7 - 196418989 TAT---------------TACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16353397 26 +  48129895 G---TCAATAAATCTGACTAGGTCCCATC
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s ponAbe2.chr21  14609423 29 +  48394510 GGAATCAATAAATCTAACTAGGTCCCATC
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a score=561966.000000
s hg19.chr21     16353423 80 +  48129895 CTACAGGATTAAGGAATCAAAACCAAAAATACTACATGCACAATGTACCTGCAGAAATTCTATGTCTTTAAATTTTCACA
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a score=381497.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164492728 127 - 196418989 atgaggagttgctgc---ttt----tttttttttttttaactcctgagctcaagtgatcctcccacatcgacctccccaaagtgcagggattacaggcgtgagccaccacacccagtctgtgcagctgcttcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14612687 132 +  48394510 atgaggagttgctg-gttttttttttttttttttttttaactcctgagctcaagtgatcctcccacatcggcct-cccaaagtgcagggattacaggcgtgagccactacgcccagcctgaggagttgcttctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15076157 133 +  46489110 atgaagagttgctgcgggttttttgtttgtttgttttcaactcctgagctcaagtgatcctcccacatcggcct-gccaaagtgcagggattacaggcatgagccactacaccgagcctgaggagttgcttctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164492855 240 - 196418989 aaagatgggtaaagaaagcagtttcttgagatggaatctactcctggtgaagatgctatgaacactgtcgaacaaacaacaaaggatttagaatattatgtaaatgtaaacttagtcgataaagcagtggcaggtttgagaggactgactccctttttgaaagaagttctcctgtgggtaaaatgct---atcaaacagcaacagatgctacagggaaatcttccatgaaaggacgtcagtca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15076290 243 +  46489110 acacatgtgtaaagaaagcagtttcttgagacggaatctactcctggtgaagagactgtgaacactgttgaaaaaacaacaaaggatttagaatattctgtcaatataaacttagtagataaagcagtgggaggtttgagaggattgactctctttttgaaagaaggtctcctgtgggtaaaatgctatcatcaaacagcagcacatgctacagagaaatattccatgaaaggatgtcagtca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164493095 365 - 196418989 atgtggcaaatttcatt-----------------gttgtcttattttaagaaatcattacagagaccccacccaaccttcagtaaccaccaccctgatcagtcggcagccatgaacatgcaggcaaggcatctaccagcagaaagatcacagctctctgacggttcagagggtcgttag-tatttttttagcaat-aggtatttttaggttaaggtatgcatattatttttagacataatgcctatggcacacttaatagtctacagtacagtgtaaacgtaacttttatacagacggaaaaaccaaaaaatgtgcttgctctactgaggtattcacttcaccgcagtgtctggaactgaacttgcaatatctctgaggtatgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15076929 157 +  46489110 ctccttatgggcaagaattatgtctttttcatctttacatcttagcacctagcagaggcagcattcctagtagAACATGCTGTAAACAGCAAGTAAACCTTTTGGAGCCTTGGTCTGCAAAATAAGGAGTGGGCTGTCATAATTCTATGGGAACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14613635 18 +  48394510 AGAATTAAAATGATATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164493707 45 - 196418989 TCCAATATATCTTTCTCACTGGAATATAAATGAACAAAAAAGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14613680 45 +  48394510 TCCAACATATCTTTTTCCCTGGAATATAAATTAACAAAAAAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 242
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i rheMac2.chr3  C 0 I 222

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i rheMac2.chr3  I 222 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16360031 123 +  48129895 CTTTATCACAGGTGCTTTAAGCCATACTCACCCTTCCTCGAATGAAATACTAGGATAGAGTTGTCTTTGATTCTCCTCACGGGGTTGGTTAATACATTATTtatcctcattcccatgttacca
s panTro2.chr21  15079777 123 +  46489110 CTTTATCACAGGTGCTTTAAGCCATACTCACCCTTCCTCGAATGAAATACTAGGATAGAGTTGTCTTTGATTCTCCTCATGGGGTTGGTTAATACATTATTTATCCTCATTCCCATGTTACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616424 123 +  48394510 CTTTATCACAGGTGCTTTAAGCCATACTCACCCTTCCTCAAATGAAATACTAGGATTGAGTTGTCTTTGATTCTCCTCATGGGGTTGGTTAACACATTATTtatccttattcccatgttacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496301 123 - 196418989 CTTTGTCACAGGTGCTTTAAGCCATACTCACCCTTCCTCAAATGAAATACTAGGATAGAGTTGTCTTTGATTCTCCTCATGGGGTTGGTTAATACATTATTtatcctcattcccattttacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=189793.000000
s hg19.chr21     16360154 26 +  48129895 gggcactaaagctcagaacaactgag
s panTro2.chr21  15079900 26 +  46489110 GGGCACTAAAGCTCAGAACAACTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616547 26 +  48394510 ggtcactaaagctcagaacaactgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496424 26 - 196418989 gggcactaaagctcagaacaattgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238613.000000
s hg19.chr21     16360180 33 +  48129895 tggttggttaattatccagtaaatgcctgatcc
s panTro2.chr21  15079926 33 +  46489110 TGGTTGGTTAATTGTCCAGTAAATGCCTGATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616573 33 +  48394510 tggttggttaattgtccagtaagtgcctgatcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496450 33 - 196418989 tggttggttaattgtccagtaagtggctgatcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=610038.000000
s hg19.chr21     16360213 63 +  48129895 aaaaccacgtcaaggtcttctggaACACAGTCTTTCCTATCATATTCAATTGCCACAGACTGT
s panTro2.chr21  15079959 63 +  46489110 AAAACCACGTCAAGGTCTTCTGGAACACAGTCTTTCCTATCATATTCAATTGCCACAGACTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616606 63 +  48394510 aaaactatgtcaaggtcttctggaACATAGTCTTTCCTATCATATTCAACTGCCACAGACTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496483 63 - 196418989 aaaaccacgtcaaggtcttctggaACATAGTCTTTCCTATCATATGCAATTGCCACAGACTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=561841.000000
s hg19.chr21     16360276 55 +  48129895 AACAAATGTGGATTTGAAAACTTTTCGTAAAGCA-AAATTTATGCAGCACTCTGAG
s panTro2.chr21  15080022 55 +  46489110 AACGAATGTGGATTTGAAAACTTTTCGTAAAGCA-AAATTTATGCAGCACTCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616669 55 +  48394510 AACAAATGTGGATTTGAAAACTTTTCGTAAAGCA-AAATGTATGCAGCACTCTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496546 56 - 196418989 AACAAATGTGGATTTGAAAACTTTTGGTAAAGCACACATTTATGCAGCACTCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=715585.000000
s hg19.chr21     16360331 55 +  48129895 AATTCTGGATTACTTTTCCCACTCTAAAATCTTGTCTCTGCCAGTGTCAGTCTCT
s panTro2.chr21  15080077 55 +  46489110 AATTCTGGATTACTTTTCCCACTCTAAAATCTTGTCTCTGCCAGTGTCAGTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616724 55 +  48394510 GATTCTGGATTACTTTTCCCACTCTAAAATCTTGTCTCTGCCAGTGTCAGTCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496602 55 - 196418989 AATTCTGGATTACTTTTCCCATTCTAAAATTTTGTCTCTGCCAGTGTCAGTCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-13218.000000
s hg19.chr21     16360386 5 +  48129895 TGCTT
s panTro2.chr21  15080132 5 +  46489110 TGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616779 5 +  48394510 TGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496657 5 - 196418989 TGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=526332.000000
s hg19.chr21     16360391 42 +  48129895 TTATTAGGAAGGCCACAAagcattgtggtgaaaagaacagtc
s panTro2.chr21  15080137 42 +  46489110 TTATTAGGAAGGCCACAAagcattgtggtgaaaagaacagtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616784 42 +  48394510 TTATTAGGAAGGCCACAAagcactgtggtgaaaagaacagtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496662 42 - 196418989 TTATTAGGAAAGCCACAAagcactgtggttaaaagaacactc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1195149.000000
s hg19.chr21     16360433 110 +  48129895 tctggattcctgactctgctattcagtagtgggtcactttggtggatttacttaactgttccgaggctcagttttttcagctgtaaa--aggaataataatagtatttacct
s panTro2.chr21  15080179 110 +  46489110 tctggattcctgactctgctattcagtagtgggtcactttggtcgatttacttaactgttccgaggctcagttttttcagctgtaaa--aggaataataatagtatttacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616826 110 +  48394510 tctggattcctgactctgctattcagtagtgggtcactttggtcgatttacttaactgttccgaggctcagttttttcagctgtaaa--aggaataataatagtatctacct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496704 112 - 196418989 tctggattcctgactctgctattcagtagtgggtcactttggtcgatttacttaaccgttccaaggctcagttttttcagctgtaaaagaggaataataatagtaactacct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=601960.000000
s hg19.chr21     16360543 112 +  48129895 tataaaactgttgtattaaataaaaggtacatgtaaaac----agtataatatctcacattttctaagcactcaatgaatgttaattgttTTACTATTCACAGACAAAGCTTCAGC
s panTro2.chr21  15080289 112 +  46489110 tataaaactgttgtattaaataaaaggtacatgtaaaac----agtataatatctcacattttctaagcactcaatgaatgttaattgttTTATTATTCACAGACAAAGCTTCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14616936 116 +  48394510 tataaaactgttgtattaaataaaaggtacatgtaaaacacttagtataatagctcacattttctaagcactcagtgaatgttaattgttTTATTATTCACAGACAAAGTTTCAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496816 112 - 196418989 tataaaactgttgtattaaataaaaggtatatgtaaaacacttagtataaaatctcatattttctaagcactc----aatgttaattgtttcattattCACAGACGAAGCTTCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-90383.000000
s hg19.chr21     16360655 25 +  48129895 CCAGAGAACTTTCTCAAACAAAATT
s panTro2.chr21  15080401 25 +  46489110 CCAGAGAACTTTCTCAAACAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617052 25 +  48394510 CCAGAGAACTTTCTCAAAAAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496928 25 - 196418989 CCAAAGAACTTCCTCAGACAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=49023.000000
s hg19.chr21     16360680 68 +  48129895 TTTTTTGACTTACTAGTCACCCTATATAAAGCTCCTTGAGGCTTAGGATTGTCTTTTGTCTTtagata
s panTro2.chr21  15080426 68 +  46489110 TTTTTTGACTTACTAGTCACCCTATATAAAGCTCCTTGAGGCTTAGGATTGTCTTTTGTCTTtagata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617077 68 +  48394510 TTTTCTGACTTACTAGTCACCCTATATAAAGCTCCTGGAGGGTTAGGATTGTCATTTGTCTTtagata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164496953 60 - 196418989 TTTTCTGACTTACTAGTCAACCTATATAAAGCTCTTTGAGGGTTAGGATTGTCTTTTGTC--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 21

a score=-57436.000000
s hg19.chr21     16360748 39 +  48129895 gatagatag-atagatagatagatagatagacagacagat
s panTro2.chr21  15080494 16 +  46489110 gatagatag-atagata-----------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617145 24 +  48394510 gatagataatatagata----------------gatagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164497013 21 - 196418989 I

a score=-60280.000000
s hg19.chr21     16360787 35 +  48129895 agatagataatatagatagatagtatatatatatg
s panTro2.chr21  15080510 23 +  46489110 ---------atatagatagatagTGTATATAT---
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617169 21 +  48394510 agatagat-agatagatagata-------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497034 20 - 196418989 -----------atatacagaca-tatatatat---
i rheMac2.chr3  I 21 C 0

a score=6674.000000
s hg19.chr21     16360822 17 +  48129895 tgtgtgtgtgtgtgtgt
s panTro2.chr21  15080533 17 +  46489110 CCTGAAAAACTAAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164497054  0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14617190  0 +  48394510 C

a score=-6533.000000
s hg19.chr21     16360839 27 +  48129895 atatatatatatatatCCTGAAAAACT
s panTro2.chr21  15080550 27 +  46489110 ATATATATATATATATCCTGAAAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497054 25 - 196418989 --atatatatatatatCCTGAAAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 I 4
s ponAbe2.chr21  14617190 13 +  48394510 --------------ATCCTGAAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2

a score=93798.000000
s hg19.chr21     16360866 28 +  48129895 AAAGAAAAAGCATTTGGATCTGTAAAAT
s panTro2.chr21  15080577 28 +  46489110 AAAGAAAAAGCATTTGGATCTGTAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617205 28 +  48394510 AAAGAAAAAGCATTTGGATCTGTAAAAT
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  164497083 28 - 196418989 AAAGAAAAAGCATTTGGATTTGTAAAAT
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

a score=54900.000000
s hg19.chr21     16360894 47 +  48129895 AATTTAATAATCTAGGTAATTAATTCTTTCACTCATAATTTTGTGTG
s panTro2.chr21  15080605 47 +  46489110 AATTTAATAATCTAGGTAACTAATTCTTTCACTCATAATTTTGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617233 47 +  48394510 AATTTAATAATCTAGGTAATTAATTCTTTCACTTATAATTTTGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497111 44 - 196418989 AATTTAATAATCTAGGTA---AATTATTTCACTTATAATTTTGTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=540661.000000
s hg19.chr21     16360941 63 +  48129895 ACAGGTTTACTTAAAGCAAAAAGTAATTTCATATACAAAAGATGCATATAAT---TTCTTCCTTAC
s rheMac2.chr3  164497155 66 - 196418989 ACAGGTTTACTTAAAGCAAAAAGTAATTTCACATACAAAAGATGCCTATAATTTCTTCTTCCTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617280 63 +  48394510 ACAGGTTAACTTAAAGCAAAAAGTAATTTCATATACAAAAGATGCACATAAT---TTCTTCCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15080652 63 +  46489110 ACAGGTTTACTTAAAGCAAAAAGTAATTTCATATACAAAAGATGCATATAAT---TTCTTCCTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-11751.000000
s hg19.chr21     16361004 74 +  48129895 CTAAACCTTTTTCTTAAG-AACCTATACCCAAACCACAGACCTCAGGAGAATGGAACAACACTGGGAACCTAACT
s panTro2.chr21  15080715 74 +  46489110 CTAAACCTTTTTCTTAAG-AACCTATACCCAAACCACAGACCTCAGGAGAATGGAACAACACTGGGAACCTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617343 74 +  48394510 CTAAACCTTTTACTTAAG-AACCTGTACCCAAATCACAGACCTCAGGAGAATGGAATAACACTGGGAACCTAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497221 75 - 196418989 CTAAACCTTTTTCTTAAATAACCTGTTCCCAAACCACAGACCTGAGGAGAATGGATCAACACCGGGAACCTAACT
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=175785.000000
s hg19.chr21     16361078 28 +  48129895 AATGGACCAATCATTTCCTCTCTTGACA
s panTro2.chr21  15080789 28 +  46489110 AATGGACGAATCATTTCCTCTCTTGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617417 28 +  48394510 AATGGACCAATCATTTCCTCTCTTGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497298 28 - 196418989 AATGGACCAATCATTTCCTCTCTTGACA
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=106786.000000
s hg19.chr21     16361106 50 +  48129895 TCTGG-AATTCAGAGGGAGACAGAAAGCTTCATTTTGGAGTGGACTTCATG
s panTro2.chr21  15080817 50 +  46489110 TCTGG-AATTCAGAGGGAGACAGAAAGCTTCATTTTGGAGTGGACTTCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617445 51 +  48394510 TCTGGAAATTCAGAGGGAGACAGAAAGCTTCATTTTGGAGTGGACTTCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497326 50 - 196418989 TCTGG-AATTCAGAGGGAGACAGAAAGCTTCATTTTAGAATGGACTTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248062.000000
s hg19.chr21     16361156 33 +  48129895 AGGCCACATTTCAGATTAGTGCCTAGAGGAGTC
s panTro2.chr21  15080867 33 +  46489110 AGGCCACATTTCAGATTAGTGCCTAGAGGAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617496 33 +  48394510 AGGCCACATTTCAGATTAGTGCCTAGAGGAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497376 33 - 196418989 AGGCCACGTTTCAGATTAGTGCCTAGAGGAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=730069.000000
s hg19.chr21     16361189 54 +  48129895 AGTATTCTGAGAGAAAAGATTGAAGTAAGCACACAGAGAGAAGCAGAGATGAGG
s panTro2.chr21  15080900 54 +  46489110 AGTATTCTGAGAGAAAAGATTGAAGTAAGCACATagagagaagcagagatgagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617529 54 +  48394510 AGTATTCTGAGAGAAAAGATTGAAGCAAGCACATAGAGAGAAGCAGAGATGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497409 54 - 196418989 AGTATTCTGAGAGAAAACATTGGAGTAGGCAAATAGAGAGAAGCAGAGATGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-144058.000000
s hg19.chr21     16361243 31 +  48129895 GAGGCAAAACgaggagaggagaggagaggag
s panTro2.chr21  15080954 29 +  46489110 gaggcaaaacgaggagagaagaggagagg--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617583 24 +  48394510 GAGGCAAAACGAGGAGAGGAGAGG-------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497463 19 - 196418989 GAGGCAAAACCAGGAGAGG------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305149.000000
s hg19.chr21     16361274 105 +  48129895 agggaaggGACAGCAGGGAGGTGCTGAATGAATGGCTTTCCAGCTTCAGGAGGGGCAAAGTACTCCGATCACCAGGTTCCTGAAGAGTTCGCTGCATGCCTCTAA
s rheMac2.chr3  164497482 102 - 196418989 ---GAAGGGACAGCAGGGAGGTGCTGAATGAATAGCTTTCCAGTTTCAGGAGGGGCAAAGTACTCCTATCACCGGGTTCCTGAAGAGTTTGCTGCATGCCTCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617607 102 +  48394510 ---GAAGGGACAACAGGGAGGTGCTGAATGAATGGCTTTCCAGCTTCAGGAGGGGCAAAGTACTCCTATCACCAGGTTCCTGAAGAGTTTGCTGCATGCCTCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15080983 102 +  46489110 ---gaaggGACAGCAGGGAGGTGCTGAATGAACGGCTTTCCAGCTTCAGAAGGGGCAAAGCACTCCGATCACCAGGTTCCTGAAGAGTTCGCTGCATGCCTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=608251.000000
s hg19.chr21     16361379 96 +  48129895 CAAGTCCTCCTGTACCTGAGCTTTGTTGAGGGGCTTCTGTTCCCTGTAATCACACCACCCCTAAGATA-CTGCAGTAACATTATGTAAGACAAACTG
s panTro2.chr21  15081085 97 +  46489110 CAAGTCCTCCTGTACCTGAGCTTTGTTGAGGGGCTTCTGTTCCCTGTCATCACACCACCCCTAAGATAACTGCAGTAACATTATGTAAGACAAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617709 96 +  48394510 CAAGTCCTCCTGTACCTGAGCTTTGTTGAGGGGCTTCTGTTCCCTGTAATCACACCACCCCTAAGATA-CTGCAGTAACATTATGTAAGACAAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164497584 78 - 196418989 CAAGTCCTCCTGTACCTGAGCTTTGTTGAGGGG------------------GCACCACCGCTAAGACC-CTGCAGTGACATTATGTAAGAAAAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=85852.000000
s hg19.chr21     16361475 22 +  48129895 CACATTTTAATCCATGGTCCTG
s rheMac2.chr3  164497662 22 - 196418989 CACATTTTAATTCATGGTCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617805 22 +  48394510 CACATTTTAATCCAAGGTCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=64437.000000
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s panTro2.chr21  15081204 18 +  46489110 AAGAACTCTGCAAACGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14617827 18 +  48394510 AAGAACTCTGCAAATGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15081520 82 +  46489110 ATTCCATAATCAGCTCCTTCCCTGAGCTACCCTGGGAGTGAATAACATATCTTTCACAGGAATGGGAAGGAGGCCAGCACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164498793 102 - 196418989 GTATTTCTACCTGTCTTACTCATGAACGTTGCTGGCATTCAGATACTGACATAACGCCACCATATTCCTTATGCTGGGAACTGTGTACCGGGGAGGGATGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149921.000000
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a score=249306.000000
s hg19.chr21     16362737 29 +  48129895 TTGGGTCAGACTAGGGCTGTCCAAGCCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=317146.000000
s hg19.chr21     16362766 84 +  48129895 AGATGATGAGCCTTGAGCAAGGTTGAAGAGACTTGAGTAAGGATGAGAATTAATG---------AGGCAGTGTAGAGGGAATGTCTTTTCCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=232717.000000
s hg19.chr21     16362850 49 +  48129895 ATACAAAATTTAGGTACTATGACTATTAACTAGAAGAAGGTAAGAGCCA
s panTro2.chr21  15082557 49 +  46489110 ATACACAATTTAGGTACTATGACTATTAACTAGAAGAAGGTAAGAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14619191 49 +  48394510 ATACACAATTTAGGTACTATGACTATTAACTAGAAGAAGGTAAGAGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164499057 36 - 196418989 A-------------CACTACGACTACTGATTAGAAGAAGGTAAGAGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218703.000000
s hg19.chr21     16362899 25 +  48129895 GAGGGCAACAGTAAGAAACAGCCAA
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a score=1013276.000000
s hg19.chr21     16362924 106 +  48129895 GAGGTAATGAAATCTTAAAAGAGATGCTGGTGTTCAAGCTATATGTGTGAACAGACATGGAAAATGAATTCCTAAAGTGAAACTCTAATGCAAAGACTGGGTGGAT
s panTro2.chr21  15082631 106 +  46489110 GAGGTAATGAAATCTTAAAAGAGATGCTGGTGTTCAAGCTATATGTGTGAACAGACATGGAAAATGAATTCCTAAAGTGAAACTCTAATGCAAAGACTGGGTGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164499118 106 - 196418989 GAGGTAATGAAATCTTAAGAGAGATGCTGGTGTTCGAGCTGTATGTGTGAACAGACACGGAAAACGAATTCCTAAAGTGAAACTCTCACGCAAAGACTGGGTGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1653310.000000
s hg19.chr21     16363030 123 +  48129895 GGTTATGTTGAAGTTGGCCAGCAAACAAAGACCAGATGGTTCTCCCTCAGAGGGC-TAGATGGCAAAATATTAGATAAAGGGACCCTGATACAGCTAACTTCTATCATTTCTAGCATCATATGC
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a score=453402.000000
s hg19.chr21     16363153 55 +  48129895 CTGTATTTATAATAATAAATGGACATAGCATCTAATAATAAGTAGCCATCACACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15085033 57 +  46489110 AGCAAACTTATGAGAGAGAAGGGATAAAAATGGTTAAACCTTAAAATACCTGTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16365383 51 +  48129895 TAATCAGTTTTTAATTATCAAAAAAATGTTGACATGAAAGGCACTTCTACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14621881 96 +  48394510 CCAACTAAAGTCGAGACCAGTAATGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAGGGCTGAGAAGCTTCCTATACTTGACTTCATAAACTATTTTACTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164501724 85 - 196418989 CCAACTAAAATCGAGACCAGTAATGAC-----------AAAAAAAAATCAAGGCTGAGAAGCTTCCTATACTTGACTTCATAAACTATTTTACTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16365620 60 +  48129895 ATTGGTTACTCAGAGGACTAGATACCACTCCAATCCACAAATTGTCAACCTCAACAATTT
s panTro2.chr21  15085330 60 +  46489110 ATTGGTTACTCAGAGGACTAGATACCACTCCAATCCACAAATTGTCAACCTCAACAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14622043 49 +  48394510 ACGAGTCAGATTTTCCACAGCTCACTTCTGAAAGATCTTCATTTATACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16365735 91 +  48129895 AATATCCCTTCTATATTCATATCTAAAAGATACCATGAGCCTTAAAAACAGTAACACTGAGGGTCAACCATTTGCTCTGTAACCCCAGCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14622092 91 +  48394510 AAAATCCCTTCCACATTCGTATCTAAAAGATACCATGAGCCTTAAAAACAGTAACACTGGggctcaaccatttgctttgtaaccccaggtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164501924 91 - 196418989 AAAATCCCTTCCATATTCGTATGTAAAAGATACCATAAGCCTTAAAAACAGTAACActgggcctcatccatttgctatgtaacctcgggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164502015 74 - 196418989 aaatgtgtctgagtctcagtttaacatgtataacaacgtatttaatggagcagttgtgaaaattaaagatgaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-30164.000000
s hg19.chr21     16365900 62 +  48129895 ACGTcagcctgggcaacacagcgagaccccatctctaaaaaaataaaaataaaaaaatagct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14622257 62 +  48394510 acgTcagcctgggcaacacagcgagaccccatctctagaaaaataaaaataaaaaaatagct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164502089 56 - 196418989 atgTGagcctgggcaacacagcaagaccccatctct------ataaaaataaaaaaatagct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16366102 16 +  48129895 tc-----------------aaaaaaaaaaaTGA
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a score=165854.000000
s hg19.chr21     16366118 79 +  48129895 CAGTGTATATACAACGTCCAATCCAACACAGGAGGTCCTCAAGAAATGTTAATTCACCTTTTTCCTTCTTTGTATTACT
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i rheMac2.chr3  C 0 I 115

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s hg19.chr21     16366197 30 +  48129895 TACTACTTTGAAAATGTTTTTATACTCAAG
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s hg19.chr21     16366227 33 +  48129895 TATCTTGAACAATTTTCGGTATAATACT-CATAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164503366 53 - 196418989 gagtaccagccttaaagtcaggtggccaggctttgaatctcaggttcaggcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16367099 46 +  48129895 taactTTTCTGAGATTCtagggataatattaactatttaacagggc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16369614 22 +  48129895 TAAACTGAGATTCACAGCTCCT
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s hg19.chr21     16369636 29 +  48129895 TCAGACATATTATACTTTTAAGTGGAAAG
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a score=171352.000000
s hg19.chr21     16369665 19 +  48129895 GTGATCACTGACAAGTATG
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s hg19.chr21     16369684 14 +  48129895 CAGTTTTTGATACA
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a score=350807.000000
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a score=200093.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14627069 426 +  48394510 cagttgacccttgaacaacgctggcttgcactgtgtgggtccacttataagcaaattttcttccatttctgccaattctgagacagcaacaccaactccttagcctacttaatgtgaagatgatgaggataaaaccttta-ttatgatctacttccacttagcaaagagtgaatatattttctcttccttatggttttcttca-gacatcttctttcctctagctaactttattataagaatacagcatataatacatataacatacaaaatacatgtcaatcaactgttttaatgttatcggtgaggcttctggtcaacagtaggctatcagtagttaagttttgagggagtcaaaagttatacacaaatgttttaactgcacagtggctgg-aactcctaatccccacattgttcaagggtcaactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164507218 429 - 196418989 cggttgaccctcgaacaacactggcttgcactgtgtgggtccacttacaagcaaattttcttccatctctgccaatcctgagacagcaagaccaactccttcgcctacttaatgtgaagatgatgaggataaagcctttatttatgatctacttccacttcgcaaagagtaaatatattttcttttccttatggttttcttcatgacatcttctttcctctagctaactttattataagaatacagtatataatacatataacatataaaatacatggtaatcaactgttttaatgttattggtgaggcttctggtcaacagtaggctattagtacttaagttttgaggaagtcaaaagttagatgcaaatgttttaactgcacagcggctggaaactcctaatccccacattgttcaagggtcaactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16371398 174 +  48129895 c-cccataaccttgaactcttgggctcaagcaatcctctcgcctcaacctcccaagtagctagttaattttttaatttttagtagcgatagggtcttactatgg-tgcccagactgatcttgaactcctgggctcaagcaatcctcctacctcggcctcccaaactgctgggctta
s rheMac2.chr3  164507778 176 - 196418989 cacccacaaccttgaacttttgggctcaagcaatcctcttgcctcaacctcccaagtagctaggtaatttttaaatttttagtagtgatacggtcttactaaggttgcccagactgatcttgaactcctgggctcaagcagtcctcctacctcagcctcccaaactgctgggctta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14627849 36 +  48394510 TGAGTTTGCTTTGATTTATGTTCTATTTGGTTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15091557 36 +  46489110 TGAGTTTGCTTTGATTTATGTTTTATTTGGTTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164508016  3 - 196418989 I

a score=353303.000000
s hg19.chr21     16371769 33 +  48129895 ACTTTACTGCAGCTACAGGAATAAAATTTGGCT
s panTro2.chr21  15091593 33 +  46489110 ACTTTACTGCAGCTAAAGGAATAAAATTTGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14627885 33 +  48394510 ACTTTACTGCAGCTACAGGAATAAAATTTGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508019 33 - 196418989 ACTTTACTGTGGCTACGGGAATAAAATGTGACT
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

a score=381598.000000
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s panTro2.chr21  15091626 67 +  46489110 AATATAAACGTAACAATTATTATTTCAGAAGCATAAAATTGAACAAAGAGTTGATACCAGGTTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14627918 67 +  48394510 ATTATAAACGTAACAATTATTATTTCAGAAGCATAAAATTGAACAAAGAGTTGATACCAGGTTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508052 67 - 196418989 AATATAAACCTAACAATTACTATTTCAGAAGCATAAAACTGAACAAAGAATTGATACCATGTTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-10474.000000
s hg19.chr21     16371869 20 +  48129895 AAAAAATCACTTTTTtaaaa
s panTro2.chr21  15091693 20 +  46489110 AAAAAATCACTTTTTtaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=435685.000000
s hg19.chr21     16371889 43 +  48129895 gctagatgatttgtgttttagccctggctcaggtcctaagcag
s rheMac2.chr3  164508139 43 - 196418989 gctaggtgatttgtgttttagccctggctcaggtcctaagcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628005 43 +  48394510 gctagatgatctgtgttttagccctggctcaggtcctaagcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15091713 43 +  46489110 gctagatgatttgtgttttagccctggctcaggtcctaagcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1778162.000000
s hg19.chr21     16371932 208 +  48129895 ttttataacagtggctaagtaggaacttgcctaaagcccagtgttctcatcagttaaacgaactctttataataattcctaaggttcctactgctcAAGAACTCCAGTCCAAGCCTAGCTAACACTGGATACCAAGTAACACTGCATGCTCATTTACTGAACTTAGGGAAGTATCACCCACATAAAGTTGTTCTCATGAATGTCTTCC
s rheMac2.chr3  164508182 208 - 196418989 ttttacaacagtggctgagtaggaacttgcctaaagcccagtgctctcatcagttaaatgaactctttataataattcctaaggttcctactgctcAAGAACTCCAGTCCAAGCCTAGCTAACACTGGATACCAAATACCACTGCACGCTCATTTACTGAACTTAGGGATGTGTCACCCACATAAAGTTGTTCTCATGAATGTCTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628048 207 +  48394510 ttttataacagtagctaagtagtaacttgcgtaaagcccagtgtcctcatcagttaaatgaactctttataataattcctaaggttcctactgctcAAGAACTCCAGTCCAAGCCTAGCTAAC-TTGGATACCAGGTAACACTGCATGCTCATTTACTGAACTTAGGGAAGTATCACCCACATGAAGTTGTTCTCACAAATGTCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15091756 208 +  46489110 ttttataacagtggctaagtaggaacttgcctaaagcccagtgttctcatcacttaaacgaactctttataataattcctaaggttcctactgctcaatgacTCCAGTCCAAGCCAAGCTAACACTGGATACCAAGTAACACTGCATGCTCATTTACTGAACTTAGGGAAGCATCACCCACATAAAGTTGTTCTCATGAATGTCTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=373596.000000
s hg19.chr21     16372140 35 +  48129895 ATTTCATGGCTTAAATTAATAGCCATAATAACATG
s panTro2.chr21  15091964 35 +  46489110 ATTTCATGGCTTAAATTAACAGCCATAATAACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628255 35 +  48394510 ATTTCATGGCTTAAATTAATAGTCATCATAACATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508390 35 - 196418989 ATCTCATGGCTTAAATTAATAGTCATAATAACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1044762.000000
s hg19.chr21     16372175 95 +  48129895 TCAAATGTTTGTTTTCTCTATAGTTTAATGTACCTAGATATATCTGACTAAAATTAACTGG---TGATTTTCTTGGATGTTTAAAATAATTTGTTGAT
s panTro2.chr21  15091999 98 +  46489110 TCAAATGTTTGTTTTCTCTATAGTTTAATGTACCTAGATATATCTGAATAAAATTAACTGGATTTTATTTTCTTGGATGTTTAAAATAATTTGTTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628290 95 +  48394510 TCAAATGTTTGTTTTCTCTATAGTTTAATGTACCTAGATACATCTGACTAAAATTAACAGG---TGATTTTCTTGGATGTTTAAAATCATTGGTTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508425 92 - 196418989 TCAAATGT---TTTTCTCTGTAATTTAATGGACCTAGATATATCTGACTAAAATTAACAGG---TAACTTTGCTGGATGTTTAAAACAATTTGTTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=438937.000000
s hg19.chr21     16372270 81 +  48129895 ATTGGTTAATAAGCATAATGTACCTAAACTGACAAGATGAAACTCT-AAGAATTAGATTTCACAGCTTAACAAAATTCAACA
s panTro2.chr21  15092097 82 +  46489110 ATTGGTTAATAAGCATAATGTACCTAAACTGACAAGATGAAACTCTTAAGAATTAGATTTCACAGCTTAACAAAATTCAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628385 81 +  48394510 ATTGGTTAATAAGCATAATGTACCTAAACTGACAAGATGAAACTCA-AAGAACTAGATTTCACAGCTTAATAAATTTCAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508517 82 - 196418989 ATTGGTTAAGAAGCATAATGTACCTAAACTGACAAGATGAAACTCTTAAGAATTAGATTTCACAGCTGAACAAAATTCAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=368548.000000
s hg19.chr21     16372351 48 +  48129895 ACACAGTAGATCTGCATATGAGGGGAAAGAATAGAGGCAATTTGAAGG
s panTro2.chr21  15092179 48 +  46489110 ACACAGTAGATCTGCATATGAGGGGAAAGAATAGAGGCAATTTGAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628466 48 +  48394510 ACACAGTAGATCTGCATATGAGGGGAAAGAATAGAGGCAATTTGAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508599 48 - 196418989 ACACAGTAGATCTGCATATGAGGGAAAAGAACAGAGGCAACTTGAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=58803.000000
s hg19.chr21     16372399 20 +  48129895 GAAGAAGAACTCAAAGCACA
s panTro2.chr21  15092227 20 +  46489110 GAAGAAGAACTCGAAGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628514 20 +  48394510 GAAGAAGAACTCGAAGCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508647 20 - 196418989 GAAGAAGAACTCGAAGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=114262.000000
s hg19.chr21     16372419 36 +  48129895 CATTTGGAAGAAGTACACTTTAAGACTCAGTCATTT
s panTro2.chr21  15092247 36 +  46489110 CATTTGGAAGAAGTACACTTTAAGACTCAGTCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628534 36 +  48394510 CATTTGGAAGAAGTACACTTTAAGACTCAGTCACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508667 36 - 196418989 CATTTGGAAGAAGTACACTTTAAGACTCAGTCACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227808.000000
s hg19.chr21     16372455 46 +  48129895 GAACTACTCTGACTGGAAAACAATTCCATAAACACCATTCAGAG-----------------AG
s rheMac2.chr3  164508703 63 - 196418989 GAATTACTCCGACTGAAAAACAATTCCATAAACACCATTCAGAGGTTGATTCTAAAACACTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628570 63 +  48394510 GAACTACTCTGACTGGAAAACAATTCCATAAACACGATTCAGAGGTTGGTTCTAAAACACTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15092283 46 +  46489110 GAACTACTCTGACTGGAAAACAATTCCATAAACACGATTCAGAG-----------------AG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=820445.000000
s hg19.chr21     16372501 101 +  48129895 ATTCCTGTTTCTTCAATACCTAGAGTACTTTCAAAAGAGCAACTCATGTAAAAACTCACTAC----------CATGAACACTGCACAGATTGAAACCACAAATAGCCAAGA
s rheMac2.chr3  164508766 101 - 196418989 ATTCCTGTTCCTTCAATACCTAGAGTACTTTCAAAAGAGCAACTGATGTAAAACCTCACTAC----------AATGAGCACTGCACAAATTGAAACCATAAATAGCCAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628633 111 +  48394510 ATTCCTGTTCCTTCAATACCTAGAGTACTCTCAAAAGAGCAACTCATGTAAAAACTCACCACNNNNNNNNNNCATGAACACTGCACAAATTGAAACCATAAATAGCCAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15092329 101 +  46489110 ATTCCTGTTCCTGCAATACCTAGAGTACTTTCAAAAGAGCAACTCATGTAAAAACTCACTAC----------CATGAACACGGCACAAATTGAAACCACAAATAGCCAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-262004.000000
s hg19.chr21     16372602 23 +  48129895 GAGAAGAAAGGAATGTATCGGGG
s rheMac2.chr3  164508867 23 - 196418989 GAGAAGAAAACAATCTAACAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15092430 23 +  46489110 GAGAAGAAAGGAATGTATCGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1026795.000000
s hg19.chr21     16372625 159 +  48129895 TGGGTGAGAGGGGAAGGTGGTTGAGGATTCCTTattcatgtgttcaacaaatgtttattaagcagttattatatgccaggtacagtgttaagcactgtggatactttggtaaacaaaatatagtcctttcctgttaaaacaatcttccactccatcaaa
s panTro2.chr21  15092453 159 +  46489110 TGGGTGAGAGGGGAGGGTGGTTGAGTATTCCTTattcatgtgttcaacaaatgtttattaagcagttattatatgccaggtacagtgttaagcactgtggatactttggtaaacaaaatatagtcctttcctgttaaaacaatcttccactccatcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628767 159 +  48394510 TGGGTGAGAAGGGAGGGTGGCTGAGTATTCCTTattcatgtgttcaacaattatttattaagcagttattatatgccaggtacagtgttaagcattgtggatactttggtaaacaaaatatagtcctttcctattaaaacaatcttccactccatcaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164508890 159 - 196418989 TGGGTGAGAAGGGAGGGCGGTTGAGTATTCCTTattcatgtgttcaacaaatatttattaagcagttattatgtaccaagtacagtgttaagcattgtggatactctgataaacaaaatatagtcctttcccGTTAAAACAATCTTCCACTCCATCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-104548.000000
s hg19.chr21     16372784 62 +  48129895 aaataaataaataagaaaa-----aAAAAGGAAAATATCAATTTTCTCTACTTGGTAACCTATTTTA
s panTro2.chr21  15092612 67 +  46489110 aaataaataaataagaaaagaaaaaaaAAGGAAAATATCAATTTTCTCTACTTGGTAACCTATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628926 64 +  48394510 aaataaataaataaaagaa---aaaaaaaggaaaatatCAATTTTCTCTACTTGGTAACCTCTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164509049 64 - 196418989 AAATAAATAAGAAAAGGAA---AAAAAAAGGAAAATATCAATTTTCTCGACTTGGTATCCTCTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141481.000000
s hg19.chr21     16372846 29 +  48129895 ACTTCCCCATCTTACTTGGCTAATTATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14628990 29 +  48394510 ACTTCCCCATCTTATTGGGCTAATTATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164509113 29 - 196418989 ACTTCCCCATCTTATTTGGCTAATTATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=162021.000000
s hg19.chr21     16372875 23 +  48129895 ACCATGTGCATGCCATGTATTTC
s panTro2.chr21  15092708 23 +  46489110 ACCATGTGCATGCCATGTATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14629019 23 +  48394510 ACCATGTGCATGCCATGTATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164509142 23 - 196418989 ACCATGTGTATGCCATGTATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=217049.000000
s hg19.chr21     16372898 37 +  48129895 TTTTGAGAAAGTGAAAGATTCTAAAATCTTCAAAATT
s panTro2.chr21  15092731 37 +  46489110 TTTTGAGAAAGTGAAAGATTCTAAAATCTTCAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14629042 37 +  48394510 TTTTGAGAAAGTGAAAGATTCTAAAATCTTCAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164509165 37 - 196418989 TTTTGAGAAAGTGAAAGATTCTAAAATCTTCAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1038541.000000
s hg19.chr21     16372935 165 +  48129895 TGTAAAGTAATTACAAAATCAAAAACTGTAAGTAAAAAGAGTTTAAAGAACATGTTTAATTCTGAAAAATAAAATATTCTGA-TTTTTAGTTCCATAGTTTACTTTTCCTCTACAATTTCTGATATGTTTTTTCAAT-AGAGAAAAACCCACAAAACTAGGTGTACA
s panTro2.chr21  15092768 149 +  46489110 TGTAA-----TTACAAAATCAAAAACTGTAAGTAAAAAGAGTTTAAAGAACATATTTAATTCTGAAAAATAAAATATTCTGA-TTTTTAGTTCCATAGTTTACTTTTGCTCTACAATTTCTGATATGTTTT------------AAAACCCACAAAACTAGGTGTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164509202 165 - 196418989 TGTAAAGTAATTACAAAATCAAAAACTATAAGTAAAAAGAGTTT-AAGAGCATGTTTTATTCTGAAAAATAAAATATTCTGA-TTTTTAGTTCTATAGTTTACTTTTCCTCTACAATTTCTGATATGTTTTTTCAATAAGAAAAAAACTCACAAAACTAGGTGTACG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243332.000000
s hg19.chr21     16373100 31 +  48129895 AAAATACAGTACAAATAATTTTGATGCCTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309037.000000
s hg19.chr21     16373131 46 +  48129895 ATCCAATTGAAACAAAATTTAATAGTCTGAATTTTGTAAGGGAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377704.000000
s hg19.chr21     16373177 54 +  48129895 CCAAAGTTCTTTGAAAACATCCCCTTTATAGACAATATGACCTCAAATAGTTCA
s panTro2.chr21  15092994 54 +  46489110 CAAAAGTTCTTTGAAAACATCCCCTTTATAGACAATATGACCTCAAATAGTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14629322 52 +  48394510 C--AAGTTCTTTGAAAACATCCCCTTTATAGACAATATGACCTCAAATAGTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164509443 54 - 196418989 CAAAAGTTCTTTGAAAACATCCCCTTTATAGATAATATGACCTCAAATAGTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=221225.000000
s hg19.chr21     16373231 31 +  48129895 TTTTAATCAATGTTTTTATGTCACAGAGTGA
s panTro2.chr21  15093048 30 +  46489110 TTTTAATCAATGTTTT-ATGTCACAGAGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14629374 30 +  48394510 TTTTAATCAATGTTTT-ATGTCACAGAGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164509497 30 - 196418989 TTTTAATCAATGTTTT-ATGTCACAGAGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-62830.000000
s hg19.chr21     16373262 27 +  48129895 TATATTTATTATTAACAGGTGCTTAAA
s panTro2.chr21  15093078 27 +  46489110 TATATTTATTATTAACAGGTGCTTAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=586989.000000
s hg19.chr21     16373289 41 +  48129895 AATGCTTCTTCACTTGGTCATTTTCTATAAAAGTATCTGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14634878 127 +  48394510 agatgaataaaatagtcctggctctcaagaaataaatagtctggtggaacaaacagctgtaatgcttaaatcgcaatatacgctaaaatcagtgTGTCTCCATCTATAACATGCTGGTTTGTCATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15098558 127 +  46489110 AGATGAATAAAATAGTCCTGGCTTTCAAGAAATAAATAGTCTGGTGGAACAAACAGCTGTAATGCTTAAATCACAATATATGCTAAAATCAGTGTGTCTCCATCTATAACATGCTGGTTTGTCATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=186985.000000
s hg19.chr21     16378866 66 +  48129895 TCAGATATAAGGTATGTCATGATTAGTTCTAAAGAGTATTTAGTGTAAGTATTTAGTGTTAAGTAC
s panTro2.chr21  15098685 66 +  46489110 TCAGATATAAGATATGTCATGATTAGTTCTAAAGAGTATTTAGTGTAAGTATTTAGTGTTAAGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635005 65 +  48394510 TCAGATATAAGGTATGTCGTGATTAGCTCTACAGAGTATTTAGTGTAAGTATTTAGTG-TAAGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515137 65 - 196418989 TCAGATATAAGGTATGTCATGATTAGTTCTAAAGAGTATTTAGTGTAAGTATTCCGTG-TAAGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200714.000000
s hg19.chr21     16378932 56 +  48129895 AGAATTTAATAAGGTCTAAGAGGTTGCAAATTATTCCCTTTTAAAAAAACAGACTA
s panTro2.chr21  15098751 56 +  46489110 AGAATTTAATAAGGTCTAAGAGGTTGCAAATTATTCCCTTTTAAAAAAACAGACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635070 56 +  48394510 AGAATTTAATAAGATCTAAGAGGTTGCAAATTATTCTCTTTTAAAAAAACAGACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515202 56 - 196418989 AGAATTTAATAAGGTCTAAGAGGTTGCAAATTATTCCCTTTTAAAAAAACAGACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=313343.000000
s hg19.chr21     16378988 35 +  48129895 AATAAATTCAAGATAACTTGGGTGATAACCACACT
s panTro2.chr21  15098807 31 +  46489110 AAT----TCAAGATAACTTGGGTAATAATCACACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635126 35 +  48394510 AATAAATTCAAGATAACTTGAGTAATAACCACACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515258 35 - 196418989 AATAAATTCAAGATAACCTGGGTAATAACCACACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=499992.000000
s hg19.chr21     16379023 42 +  48129895 TTCACTCACTTGGATTCAGGTATGTTTTCCTGAACAGGACAG
s panTro2.chr21  15098838 42 +  46489110 TTCACTCACTTGGATTCAGGTATGTTTTCCTAAACAGGACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635161 42 +  48394510 TTCACTCACTTGGATTCAGGTATGTTTTTCTAAACAAGACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515293 42 - 196418989 TTCACTCACTTGGATTCAGTTATGTTTTCCTAAACAGGACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=95946.000000
s hg19.chr21     16379065 11 +  48129895 GAAAAGGACAG
s panTro2.chr21  15098880 11 +  46489110 GAAAAGGACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635203 11 +  48394510 GAAAAGGACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515335 11 - 196418989 GAAAAGCACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-145702.000000
s hg19.chr21     16379076 26 +  48129895 AGTAATAACACCTAGTGAGTAAATAA
s panTro2.chr21  15098891 26 +  46489110 AGTAATAACACCTAGCAAGTAAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635214 26 +  48394510 AGTAATAACACCTAGTGAGTAAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515346 26 - 196418989 AGTAATAATACCTCATGAGTAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182515.000000
s hg19.chr21     16379102 39 +  48129895 GACCCGAGAGTGCACAGTGCCGGTGATTTTCTTCCTTAG
s panTro2.chr21  15098917 39 +  46489110 GACCCGAGAGTGCACAGTGCCGGTGATTTTCTTCCTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635240 39 +  48394510 GACCCGAGAGTGCATCGTGCTGGTGATTTTCTTCCTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515372 39 - 196418989 GGCCCGAGAGGGCACAGCGCTGGTGATTTTCTTCCTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=350781.000000
s hg19.chr21     16379141 42 +  48129895 TCTCTGTGCCAAAGGAGAGAGAGTATATACTGtgctaaatgc
s rheMac2.chr3  164515411 42 - 196418989 TCTCTGTGCCAAAGGAGAGAGAGTATACACTGTGCTAAATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635279 42 +  48394510 TCTCTGTGCGAAAGGAGAGAGAGTATATACTGtgctaaatgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15098956 42 +  46489110 TCTCTGTGCCAAAGGAGAGAGAGTATATACTGTGCTAAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=446428.000000
s hg19.chr21     16379183 79 +  48129895 aatgactgaaatatgtaaaaagtgctctaggaacacagataggctgtaaccagg-tttttagttcatatgtacacatgca
s rheMac2.chr3  164515453 80 - 196418989 AATGACCGAAATATCTAAAAAGTGCTCTGGGAACACAGATAGGCTGTAACTAGGTTTTTTGGTTCATACGTGCACGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635321 79 +  48394510 aatgactgaaatatgtaaaaagtgctctaggaacacagataggctgtaaccagg-tttttagtttatatgtacacgagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15098998 79 +  46489110 AATGAATGAAATATGTAAAAAGTGCTCTAGGAACACAGATAGGCTGTAACTAGG-TTTTTAGTTCATATGTACACATGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1153623.000000
s hg19.chr21     16379262 99 +  48129895 ggtggtagtcagtgatggttaaaaaatgagtaagggctagccaggcagaagagaatggcagccattctagggtccagaaatagcactcaaaggcaagga
s rheMac2.chr3  164515533 99 - 196418989 GGTGGTGATCAGTGATGGTTAAAAAATGAGTAAGGGCTAGCCAGGCAGAAGAGAATGGCAGCCATTCTAGGGTCCGGAAATAGCACTCAAAGGCAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635400 99 +  48394510 ggtggtggtcagtgatggttaaaacatgagtaagggctagccaggcagaagagaatggcagccattctagggtccagaaatagcactcaaaggcaagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15099077 99 +  46489110 GGTGCTGGTCAGTGATGGTTAAAAAATGAGTAAGGGCTAGCCAGGCAGAAGAGAATGGCAGCCATTCTAGGGTCCAGAAATAGCACTCAAAGGCAAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=985214.000000
s hg19.chr21     16379361 69 +  48129895 agagctgagtgtgacacaggaagtgtggtagtccaatgggagtggagattaggctggaaatgcaactgg
s rheMac2.chr3  164515632 69 - 196418989 AGAGCTGAGTGTGACACAGGAAGCGTGGCAGTCCAATGGGAGTGGAGATTAGGCTGGAAATGCAACTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635499 69 +  48394510 agagctgagtgtgacacaggaagtgtggtagcccaatgggagtggagattaggctggaaatgcaactgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15099176 69 +  46489110 AGAGCTGAGTGTGACACAGGAAGTGTGGTAGTCCAATGGGAGTGGAGATTAGGCTGGAAATGCAACTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1492171.000000
s hg19.chr21     16379430 54 +  48129895 gaccaAGGACTTTGAATCAAGGCCATGCCAAGAAGCTGGCCTTTATCTGGTGGG
s panTro2.chr21  15099245 54 +  46489110 GACCAAGGACTTTGAATCAAGGCCATGCCAAGAAGCTGGCCTTTATCTGGTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635568 54 +  48394510 gaccaAGGACTTTGAATCAAGGCCATGCCAAGAAGCTGGCCTTTATCTGGTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515701 54 - 196418989 GACCAAGGACTTTGAATCAAGGCCATGCCAAGAAGCTGGCCTTTATCTGGTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1655415.000000
s hg19.chr21     16379484 133 +  48129895 TTTCCTTACAAGCAATGGTATTATTAAAAGCATATTAGAAAAACAAAACCAGAAGCTATGGGAGTTGTTGATAGCTTGGAGGGAAGAAGAAACTGTAGATCAGTTAGTGCACTGCCATGGTCAAAATAAGGCA
s panTro2.chr21  15099299 133 +  46489110 TTTCCTTACAAGCAATGGTATTATTAAAAGCATATTAGAAAAACAAAACCAGAAGCTATGGGAGTTGTTGATAGCTTGGAGGGAAGAAGAAACTGTAGATCAGTTAGTGCACTGCCATGGTCAAAATAAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635622 133 +  48394510 TTTCTTTACAAGCAATGGTATTATTAAAAGCATATTAGAGAAACAAAACCAGAAGCTATGGGAGTTGTTGATAGCTTGGAGGGAAGAAGAAACTGTAGATCAGTTAGTGCACTGCCATGGTCAAAATAAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515755 132 - 196418989 TTTCCTTACAAGCAATGGTATTATGAAAAGCATATTAGAAAAACAAAACCAGAAGCTAT-GGAGTTGTTGACAGCTTGGAGGGAAGAAGAAACTGTAGATCAGTCAGTGCACTACCATGGCCAAAATAAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1192718.000000
s hg19.chr21     16379617 94 +  48129895 AAGGCAGGAGAGTTGAAGAAAAAGACAGCTCTGGAAACAATGAAGGCTGCTTTGAATATTTAAAAACCAATTTGTTTAACATAAACAGTGCTAT
s rheMac2.chr3  164515887 94 - 196418989 AAGGCAGGAGAATTGAAGAAAGAGACAGTTCTGGAAACAATGAAGGCTGCTTTGACTATTTAGAAAGCAATTTGTTTAACATAAACAGTGCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635755 94 +  48394510 AAGGCAGGAGAGTTGAAGAAAAAGACAGCTCTGGAAACAATGAAGGCTGCTTTGAATATTTAAAAACCAATTTGTTTAACATCAACAGTGCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15099432 94 +  46489110 AAGGCAGGAGAGTTGAAGAAAAAGACAGCTCTGGAAACAATGAAGGCTGCTTTGAATATTTAAAAACCAATTTGTTTAACATAAACAGTGCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-19266.000000
s hg19.chr21     16379711 57 +  48129895 AAGATAGGGTGTTATTTCATAGCAACTTTATTGAATCAAAGATAAAAACGATAAAAA
s panTro2.chr21  15099526 57 +  46489110 AAGATAGGGTGTTATTTCATAGCAACTTTATTGAATCAAAGATAAAAACGATAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635849 57 +  48394510 AAGACAGGGTGTTATTTCATAGCAACTTTATTAAATCAAAGATAAAAACGATAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164515981 57 - 196418989 AACATAGGGTGTTATTTCATAGCAACTTTATTAAATCAAAGATAAAAATGATAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=439935.000000
s hg19.chr21     16379768 35 +  48129895 TAATTACTATATCTCAAGCCTAGGTTTGATAAACA
s panTro2.chr21  15099583 35 +  46489110 TAATTACTATATCTCAAGCCTAGGTTTGATAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635906 35 +  48394510 TAATTACTATATCTCAAGCCTAGGTTTGATAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164516038 35 - 196418989 TAATTACTATATCTCAAGCCTAGGTTTGATAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=392930.000000
s hg19.chr21     16379803 54 +  48129895 CTGTGCTAAAAAAATGATTTCTACAAAGTTTCAAAAAAGTAGTAATTCTTACAG
s panTro2.chr21  15099618 54 +  46489110 CTGTGCTAAAAAAATGATTCCTACAAAGTTTCAAAAAAGTAGTAATTCTTACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635941 51 +  48394510 CTGTGCTAAAAAAATGATTTCTACAAAGTTTCAAAAA---AGTAATTCTTACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164516073 53 - 196418989 CTGTGCT-AAAAAATGATTTCTATAAAGTTTCAAAAAAGTAGTAATTCTTATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88103.000000
s hg19.chr21     16379857 31 +  48129895 GGGTGCTTTAAAGAGGCAGAATCAGATCCTG
s panTro2.chr21  15099672 31 +  46489110 GGGTGCTTTAAAGAGTCAGAATCAGATCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14635992 31 +  48394510 GGGTGCTTTAAAGAGTCAGAATCAGATCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164516126 31 - 196418989 GGGTGCTTTAAAGAGTCAGAATCAGATCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1053749.000000
s hg19.chr21     16379888 65 +  48129895 TTTGAAGTCTGAATTTTGTAC-TTTGAACTATCAACCTTCATTAAGTATTAGGTAAGGGTTTTGCT
s panTro2.chr21  15099703 65 +  46489110 TTTGAAGTCTGAATTTTGTAC-TTTGAACTATCAACCTTCATTAAGTATTAGGTAAGGGTTTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 I 4
s ponAbe2.chr21  14636023 65 +  48394510 TTTGAAGTCTGAATTTTGTAC-TTTGAACTATCAACCTTCATTAAGTATTAGGTAAGGGTTTTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
s rheMac2.chr3  164516157 66 - 196418989 TTTGAAATCTGAATTCTGTACATTTCAACTATCAAGCTTCATTAAGTATTAGGTAAGGGTTTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 4

a score=688369.000000
s hg19.chr21     16379953 45 +  48129895 AAGACAGTGACATGTACCTTTTCAGAACAGTGTGAGAGCGTATTT
s rheMac2.chr3  164516227 45 - 196418989 AAGACAGTAACATGTACCTTTTCAGAACAGTATGAGAGCATATTT
i rheMac2.chr3  I 4 C 0
s ponAbe2.chr21  14636092 45 +  48394510 AAGACAGCAACATGTACCTTTTCAGAACAGTGTGAGAGCGTATTT
i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s panTro2.chr21  15099772 45 +  46489110 AGGACAGTAACATGTACCTTTTCAGAACAGTGTGAGAGCGTATTT
i panTro2.chr21 I 4 C 0

a score=176202.000000
s hg19.chr21     16379998 24 +  48129895 CCCTTGGCTATAAGACAGAGATGT
s rheMac2.chr3  164516272 24 - 196418989 CCCTTGGCTATAAGACAGAGATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14636137 24 +  48394510 CCCTTGGCTATAAGACAGAGATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15099817 24 +  46489110 CCCTTGGCTATAAGACAGAGATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2404954.000000
s hg19.chr21     16380022 143 +  48129895 CCGACTTAAATTATAATGTGGTTCTTGGAGCTAAGAGTTCTATCCAACGCTAATGAGAAAAAAAATTAACTCAGCAAACATTTCTTGAGTCCCGACTACGTTTAGGACACAGAATTAAAAAATAAAAACTACCCAACATTCTA
s rheMac2.chr3  164516296 143 - 196418989 CCGACTTAAATTATAGTGTGGTTCTTGGAGCTAAGAGTTCTATCCAACACTAATGGGAAAAAAAattaactcagcaaacatttattgagtctcgactatgtttaagacacAGAATTAAAAAATAAAAACTACCCAACATTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14636161 143 +  48394510 CCAACTTAAATTATAATGTGGTTCTTGGAGCTAAGAGTTCTATCCAACACTAATGAGAAAAAAAattaactcagcaaacatttattgagtcccgactatgtttaggacacAGAATTAAAAAATAAAAACTACCCAACATTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15099841 143 +  46489110 CCGACTTAAATTATAATGTGGTTCTTGGAGCTAAGAGCTCTATCCAACGCTAATGAGAAAAAAAATTAACTCAGCAAACATTTCTTGAGTCCCGACTACGTTTAGGACACAGAATTAAAAAATAAAAACTACCCAACATTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1843282.000000
s hg19.chr21     16380165 118 +  48129895 TCAGCTTCATGTTTTTAGATGATCACTCATAATGATATCAAGTCCTCAAATTCCAGCTTGCATGACATCATCACACAATAAAAACACTACGAGTAAAAACAGTATGAAGCTGTCAGTA
s panTro2.chr21  15099984 117 +  46489110 TCAGCTTCATGTTTT-AGATGATCACTCATAATGATATCAAGTCCTCAAATTCCAGCTTGCATGACATCATCACACAATAAAAAGACTATGAGTAAAAACAGTATGAAGCTGTCAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14636304 118 +  48394510 TCAGCTTCATGTTTTTAGATGATCACTCATAATGATATCAAGTCCTCAAATTCCAGCTTGCATGACATCATCACACAATAAAAAGACTATGAGTAAAAACAGTATGAAGCTGTCAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164516439 118 - 196418989 TCAGCTTCATGTTTTTAGATGATCACTCATAATGATATCAAGTCCCCAAATTCCAGCTTGCATGACATCATCACACAATAAAAAGACTATGAGTAAAAAGAATATGAAGCTGTCAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4262683.000000
s hg19.chr21     16380283 158 +  48129895 AATCAAGTGTCGGAACTAGCAGCCATCTTGGTATTCCGATCCAGCTGAAAGGTACACAACGCATTCCCAGAACCCTCAGGGAAGACCCAGCACCAATGTAATTTGAAGAGCGTCGTCAGATACTCTAGAGACTGACTGTCCCGCTGAGACCTCAGAAA
s rheMac2.chr3  164516557 158 - 196418989 AATCAAGTGTCGGAACTAGCAGCCATCTTGGTATTCCCATCCAGCTGAAAGGTACACAACGCATTCCCAGAACTCTCAGGGAAGACCCAGTACCAATGTAATTTGAAGAGAGTCGTCAAATACTGTAGAGACTGACTGTCCCGCTAAAACCTCAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14636422 153 +  48394510 AATCAAGTGTCGGAACTAGCAGCCATCTTGGTATTCCGATCCAGCTGAAAGGTACACAACGCATTCCCAGAACCCTCAGGGAAGACCCGGCACCAATGTAATTTGAAGAGCGTCGTCAGA-----TAGAGACTGACTGTCTCGCTAAGACCTCAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15100101 158 +  46489110 AATCAAGTGTCGGAACTAGCAGCCATCTTGGTATTCCGATCCAGCTGAAAGGTACACAAGGCATTCCCAGAACCCTCAGGGAAGACCCAGCACCAATGTAATTTGAAGAGCGTCGTCAGATACTCTAGAGACTGACTGTCCCGCTAAGACCTCAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=5629760.000000
s hg19.chr21     16380441 182 +  48129895 GAATTTAACAGAGTATCAGCCAAGGTAAGAGAGTAGGGAGTAAAACAGAACAGGAGTCACCAGGGCCAAGTAAATATCTGCCAGAGAGCAGACTGTACTCTCAGAAAAGGACCGCCAGCATCAGGGATCAGGTTGAGGCAAGTGGAGGGGAAGGTCACACAAAGGAGAGAAGGAAAGACTTG
s rheMac2.chr3  164516715 182 - 196418989 GAATTTAACAGAGTATCAGCCAAGGTAAGAGGGCAGGGAGTAAAACAGAACAGGAGTCACCAGGGCCAAGTAAATATCTGCCAGAGAGCAGACTGTACTCTCAGAAAGGGACCGCCAGCATCAGGGATCAGGTTGAGGCAAGTGGAGGGGAAGGTCACGCAAAGGAGAGAAGGAAAGACTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14636575 182 +  48394510 GAATTTAACAGAGTATCAGCCAAGGTAAGAGGGTAGGGAGTAAAACAGAACAGGAGTCACAAGGGCCAAGTAAATATCTGCCAGAGAGCAGACTGTACTCTCAGAAAAGGACCGCCAGCATCAGGGATCAGGTTGAGGCAAGTGGAGGGGAAGGTCACGCAAAGGAGAGAAGGAAAGACTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15100259 182 +  46489110 GAATTTAACAGAGTATCAGCCAAGGTAAGAGGGTAGGGAGTAAAACAGAACAGGAGTCACCAGGGCCAAGTAAATATCTGCCAGAGAGCAGACTGTACTCTCAGAAAAGGACCGCCAGCATCAGGGATCAGGTTGAGGCAAGGGGAGGGGAAGGTCACACAAAGGAGAGAAGGAAAGACTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15100441 45 +  46489110 AGGGGAAGCCTACTCAATCCTGCAAAATAACACATCAACTTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14636757 45 +  48394510 AGGGGAAGCCTACTCAATCCTGCAAAATAACACATCAACTTCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164516897 45 - 196418989 AGGGGAAGCCTAGTCAATCCTGCAAAATAACACATCAACTTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15100486 105 +  46489110 TTGTGAA---ACTTTTTTAAACCACC---------AAACCTCTGGAGTTGGGCGAATCACCGTAGAAGAAGTATTAGAAGGTACACAAATCATAAAGAGGACTTGAAAGCCGGGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14636802 114 +  48394510 TTGTGAA---ATTTTTTTAAACGACCAAACCTCTGAAACCTCTGGAGTTGGGCGAATCACCGTAGGAGAAGTATTAGAAGGTACACAAATCATAAAGAGGACTTGAAAGCCGGGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  164516942 107 - 196418989 TTGTGAAATTATTTTTTTAAATGACCAAACCTCTGAAACCTCTGGAGTTGG----------GTTTCAGAAGTATTAGAAGGTACACAAATCATAAAAAGGACTTGACAGTCAGGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15100591 109 +  46489110 GGGGTGAAATTGACAGGGCAAAACTAGGAATGACCTTACTGAGTATCCACAAATAAAATGACTTCTCCTTGAGTAAGCATCTCTGTCTTACAGCTGCCAAGCCAACGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14636917 109 +  48394510 GGGGGGAAATCGACAGGGCATAACTAGGAATGACCTTACTGAGTATCCACAAATAAAATGACTTCTCCTTGAGTAAGCATCTCTGTCTTACAGCTGCCAAGCCAACGCT
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15100700 74 +  46489110 GGCAGTAAGTTTCAGCACATTCTAGGTCTAGACATTAATAGAAAAGTGGGTAATATGATACACCGTGCAGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637026 74 +  48394510 GGCAGTAAGTTCCAGCACATTCTAGGTCTAGACATTAATAGAAAAGTGGGTAATATGATACACCGTGCAGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164517150 74 - 196418989 GGCAATAAGTTCCAGCACATTCTAGGTCTAGACATTAATAGAAAAGTGGGTAATATGATATGCCGTGCAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637100 42 +  48394510 T--AAAAAAAAAACTTATTAGTCTACAAACACAAAAGCAAGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2468860.000000
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s panTro2.chr21  15100818 220 +  46489110 AACATTATTGGAATAAAAATATAGAAGATTCTGTTCGCAATTAGACAAGTGAATTGCCATAATAcagcagttctcaaagggtggtccaaggatgccaggggtggccatgacccattcaggaggcacatgaagaaaagactactttcatactactaaatgttatctggcttttggtatcattccttcataagtgtacagtagagttgtctagaggctatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637142 220 +  48394510 AACATTATTGGAATAAAAATATAGAAGATTCTGTTCTCAACTAGACAAGTGAATTGCCATAATAcagcagttctcaaagggtggtccaaggatgccagaggtggccatgacccattcaggaggcacatgaggtaaacactactttcataatactaaatgatatctggcttttggtatcattccttcataagtgtacagtagagttgtctagaggctatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164517265 220 - 196418989 AACATTATTGGAATAGAAAAACAGAAGATTCTGTTTGCAATTAGACAAGTGAATTGTCATAACAcagcagttctcaaagggtggtccaaggatgccaggggtccccatgacccattcaggaggcacacaaggtaaagactactttcataatactaaatgttatctggtttttggtatcattacttcataagtatacagtagagttgtctagaggctatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=52346.000000
s hg19.chr21     16381217 27 +  48129895 acatggaatgCATCCTTGTGTAACTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637362 27 +  48394510 acatggaatgCATCCTTGTGTAACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164517485 27 - 196418989 ATATGGAATGCATCCTTGTGTAACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=228138.000000
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s panTro2.chr21  15101065 17 +  46489110 TGTTTTAAATTTtttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637389 17 +  48394510 TGTTTTAAATTTtttct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164517512 17 - 196418989 TGTCTCAAATTTtttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16381261 37 +  48129895 cagtttaaatttctaatatgataaacatcagttgata
s panTro2.chr21  15101082 37 +  46489110 cagtttaaatttctaatatgataaacatcagttgata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637406 37 +  48394510 cagtttaaatttctaatatgataaacatcagttgata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164517529 37 - 196418989 cagtttaaatttctaatatgataaacatcagttgata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=483650.000000
s hg19.chr21     16381298 55 +  48129895 tgaatctcataaataaaagctctcttgggtccttgataatttaagaatataaagt
s panTro2.chr21  15101119 55 +  46489110 tgaatctcataaataaaagctctcttgggtccttgataatttaagaatataaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637443 55 +  48394510 tgaatctcataaataaaagctctcttgggtccttgataatttaagaatacaaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164517566 54 - 196418989 tgaatctcataaat-aaatctctcttgggtccctgataatttaagaacataaagg
i rheMac2.chr3  C 0 I 314

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s panTro2.chr21  15101174 21 +  46489110 tgtcttgaaagcaaaaagttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637498 21 +  48394510 tgtcttgaaagcaaaaagtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164517934 21 - 196418989 TGTCCTGAAAGCAAAAAGTTT
i rheMac2.chr3  I 314 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164517955 47 - 196418989 GAGAGCTACTGCTAGTAATAGTTAAAAAATGCAATGCTGCTTTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637566 63 +  48394510 CAAACATAATCTC----TTCTAATTTCAAGAATTTCCACTATAAT-TATGGCAGATATATATTGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164518002 67 - 196418989 CAAACATAATCTCTTCTTTCTAATTTCAGGAATTTCCACTATAAT-TATGGTAGATAAATATGGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164518114 27 - 196418989 AACTTTCTAAAAAGATGAGTAGACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=788795.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637701 71 +  48394510 GGAGGATATGAAAAATCTCCCATCTCTAGAGTCGCTATTATTCTGAATTTACCATACAAGGAGTAACAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=222480.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15101482 84 +  46489110 taagagctgaagttataaggataactaagtgaaaaaccagcccttagtgggctcacaatctcatcgggaaaaaacag-aTCAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637805 85 +  48394510 taagagctgaagttataaggataactaagtgataaaccagcccttagtgggctcacaatctcatcgggaaaaaacagaatcaaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164518245 85 - 196418989 taagagctgaagttacaaggataatgaagtgataaaccagcccttagtgggctcacgatctcatcaggaaaaaacagaATCAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16381744 28 +  48129895 acatagtgagatgctactaaaaagatgg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14637890 28 +  48394510 acatagtgagatgctactaaaaagaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1041009.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164518427 166 - 196418989 CACCATTTTTAGTGAAGGTGCTCTACAGAGGCTGCATATGAAGTGACTCTAGGGACAATCAAGGCTTTCCCAACAGGAAAAGAAGCTTCAGTATTCTTTAGAAAGTAGGAGGACCATCGGCCCAGTCCAGGAAGCACAATGGCACAGAGTATGTTCTAGAAACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=212784.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164518740 95 - 196418989 AAAACTTCTAATCTGTCATAGAAGCTTTTTAAAAAGACAATAAAAGTGGGTTACTAAAGAAAATAAAATGGAAACAG----ACAAATTATTGGCCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201703.000000
s hg19.chr21     16382243 115 +  48129895 CTGCAGATATTTTGAGAAGCACTAGCTTGGAGGACAGGCTAGAAGATGGCAGGTGGGGAGGAGGTGCAGAGAGGGGCGGCAACAGCAGGAGACAAAGCTTCAAGCTAGAAGCTTA
s panTro2.chr21  15102065 115 +  46489110 CTGCAGATATTTTGAGAAGCACTAGCTTGGAGGACAGGCTAGAAGATGGCAGGTGGGGAGGAGGTGCAGAGAGGGGCGGCAACAGCAGGAGACAAAGCTTCAAGCTAGAAGCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14638398 115 +  48394510 CTGCAGATATTTTGAGAAGCACTAGCTTGGAGGACAGGCTAGAAGATGGCAGGTGGGGAGGAGGTGCAGAGAGGGGCGGCAACAGCAGGAGACAAAGCTTCAAGCTAGAAGCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164518835 115 - 196418989 CTGCAGATATTTTGAGAAGCACTAGCTTGGAGGATGGTCTACAAGATGGCAGGTGGGGAGGGGGTGCAGAGAGGGGCAGCAACAGCAGGAGACAAAGTTTCAAGCTAGAAGCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=43780.000000
s hg19.chr21     16382358 24 +  48129895 CATAGACTGTACTATGAACATTTT
s panTro2.chr21  15102180 24 +  46489110 CATAGACTGTACTATGAACATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14638513 24 +  48394510 CACAGACTGTACTATGAACATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164518950 24 - 196418989 CATAGACTTTACTGTGAACAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1010841.000000
s hg19.chr21     16382382 132 +  48129895 TTTAAATAAATAAATGCAAAAAGGAAGCAAGCGAGGTTTGAAAATTACTCATATACCTCTAATCCAGAATGAAGAAATTCTAGTTATCTAAATAAAATGCATAAGCTCTGACGTTAGAATCAGAAAATTTTC
s panTro2.chr21  15102204 132 +  46489110 TTTAAATAAATAAATGCAAAAAGGAAGCAAGCGAGGTTTGAAAATTACTCATATACCTCTAATCCAGAATGAAGAAATTCTAGTTATCTAAATAAAATGCATAAGCTCTGACGTTAGAATCAGAAAATTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14638537 132 +  48394510 TTTAAATAAATAAATGCAAAAAGGAAGCAAATGAGGTTTGAAAATTACTCATATACCTCTAATCCAGAATGAAGAAATTCTAGTTATCTAAATAAAATGCATAAGCTCTGACGTTAGAATCAGACAATTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164518974 123 - 196418989 TTT-AATAAATAAATGCAAAAAGGAAGCAAACAAGGTTTGAAAATTACTCATATACCTCTAATCCAGAATGAAGAAG--------ATCTAAATAAAATGCATAAGCTCTGATGTTAGAATCAAACAATTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=829701.000000
s hg19.chr21     16382514 90 +  48129895 AGATATGCAAACCACAGGCCACATGGTTGAAGGGCAAATGTAGCAGAGAATCAAGGAGACTATCAGGTTCACAACAGTTAATTTCAGTGA
s panTro2.chr21  15102336 90 +  46489110 AGATATGCAAACCACAGGCCACATTGTTGAAGGGCAAATGTAGCAGAGAATCAAGGAGACTATCAGGTTCACAACAGTTAATTTCAGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14638669 90 +  48394510 AGATATGCAAACCACAGGCCACATTGTTGAAGGGCAAATGTAGCAGGGAATCAAGGAGACTATCAGGTTCACAACAGTTAATTTCAGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519097 90 - 196418989 AGATATGCAAACCGCAGGCCACACTGTTGAAGGGCAAATGTAGCAGAGAATCAAGGAGACTATCAGGTTCATAGCAGTTAATTTCAGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1214774.000000
s hg19.chr21     16382604  99 +  48129895 AAAAAGACCAGGGTCTG----TGTAAGAAGAGAAAGTGTATTGACAGTTTGATCAACACTTTTAAAATTATTTTGATTCCTTCATTTGAAACCTTTCATGGAA
s panTro2.chr21  15102426  99 +  46489110 AAAAAGACCAGGGTCTG----TGTAAGAAGAGAAAGTGTATTGACAGTTTGATCAACACTTTTAAAATTATTTTGATTCCTTCATTTGAAACCTTTCATGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14638759  99 +  48394510 AAAAAGACCAGGGTCTG----CGTAAGAAGAGAAAGCGTATTGACAGTTTGATCAACACTTTTAAAATTATTTTGATTCCTTCATTTGAAACCTTTCATGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519187 103 - 196418989 AAAAAGACCTGaagaagagaaagtaagaagagaaagtGTATTGACAGTCTGATCAACACTTTCAAAATTATTTTGATTACTTCACTTGAAACCTTGCATGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-358991.000000
s hg19.chr21     16382703 54 +  48129895 AAGGAAAAAAA----------------------------------------AAAAAACCTGAGTTGATATGGAGGCTTCGCATATAGCGACTTT
s panTro2.chr21  15102525 51 +  46489110 GAGGAAAAAAA----------------------------------------AAA---CCTGAGTTGATATGGAGGCTTCGCATATAGCGACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14638858 52 +  48394510 GAGAAAAAAAA----------------------------------------AAA--ACCTGAGTTGATATGGAGGCTTCACATATAGCGACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519290 92 - 196418989 GAGAAAAaaaattctgagttgatatggaggcttagaatacaggaattttgtaaa--atctaagttgatatggaggcttcgcatagagggacttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=495909.000000
s hg19.chr21     16382757 65 +  48129895 ATAAAATCTGAGTTGATATGGAGGCTTAGTCTAGTAGGGATCTTCCTCCCCAAACAACGTAAGTT
s panTro2.chr21  15102576 65 +  46489110 ATAAAATCTGAGTTGATATGGAGGCTTAGTCTAGTAGGGATCTTCCTCCCCAAACAACATAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14638910 65 +  48394510 ATAAAATCTGGGTTGATATGGAAGCTTAGTCTAGTAGGGATCTTCCTCCCCAAACAACATAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519382 65 - 196418989 ataaaatccgagttgatatggaggcttAGTCTAGTAGGGATCTTCCTCCCCAAACAACGTAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=430864.000000
s hg19.chr21     16382822 31 +  48129895 ATATCAATTAAGATACTAAGTAAAAGACTTA
s panTro2.chr21  15102641 31 +  46489110 ATATCAATTAAGATACTAAGTAAAAGACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14638975 31 +  48394510 ATATCAATTAAGATACTAAGTAAAAGACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519447 31 - 196418989 ATATCAATTAAGATACTGAGTAAAAGACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=918454.000000
s hg19.chr21     16382853 91 +  48129895 AGGAAAAGTCAATTATTTAAAGATACCAAATT--AAAAAAATGTTAATTGTATTAATGTTTCCCATAGTAACAGTAAGTTAGGATTAAGGAAG
s panTro2.chr21  15102672 91 +  46489110 AGGAAAAGTCAATTATTTAAAGATACCAAATT--AAAAAAATGTTAATTGTATTAATGTTTCCCATAGTAACAGTAAGTTAGGATTAAGGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639006 91 +  48394510 CGGAAAAGTCAATTCTTTAAAGATATCAAATT--AAAAAAATGTTAATTGTATTAATGTTTCCCATAGTAACAGTAAGTTAGGACTAAGGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519478 93 - 196418989 AAGAAAAGTCAATTCTTTAAAGATATCAAATTAAAAAAAAAAGTTAATTGTATTAATGTTTCCCATAGTAACAGTAAGCTAGGATTAAGGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=895125.000000
s hg19.chr21     16382944 120 +  48129895 GTCTATTACTTTTCTATGTTCATTATGCTATTGCAATTGCTACATTATttttgatcagacaagtaacacaagcaagctggagttttaggaagatctggtggttgtaaaagactcgaacaa
s panTro2.chr21  15102763 120 +  46489110 GTCTATTACTTTTCTATGTTCATTATGCTATTGCAATTGCTACATTATttttgatcagacaagtaacacaagtaagctggagttttaggaagatctggtggttgtaaaagactcgaacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639097 120 +  48394510 GTCTATTACTTTTCTATGTTCATTATGCTATTGCAATTGCTACATCATTTTTGATCAGACAAGTAACACAAGTAAGCTGGAGTTTTAGGAAGATCTGGTGGTTGTGAAAGACTCGAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519571 120 - 196418989 GTCTATTACTTTTCCGTGTTTGTTATGCTATTGCAGTTGCTACATGATGTTTGATCAGACAAGTAACACAAGCAAGCTGGAGTTTCAGGAAGACCTGGTGGCTGTGAAAGACTGGAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=256647.000000
s hg19.chr21     16383064 59 +  48129895 ggatgtcagtaaacaggcctgccagcacaagagctccagatgagaaatgataagactct
s panTro2.chr21  15102883 59 +  46489110 ggatgtcagtaaagaggcctgccagcacaagagctccagatgagaaatgataagactct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639217 57 +  48394510 GGATGTCAGTAAAGAGGCTTGCCAGCACAAGAGCTCCAGATGAGAAATGATAAGA--CT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519691 55 - 196418989 GGACGTCAGTGAAGAG----GCCAGCACAAGAGCTCCAGATGAGAAATGGTAAGACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=316229.000000
s hg19.chr21     16383123 26 +  48129895 gaacgaagatggctggctgtgagaaa
s panTro2.chr21  15102942 26 +  46489110 gaacgaagatggctggctgtgagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639274 26 +  48394510 GAACGAAGATGGCTGGCTGTGAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519746 26 - 196418989 GAAGTAAGATGGTTGGCTGTAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-98099.000000
s hg19.chr21     16383149 15 +  48129895 gggaattaagagtgg
s panTro2.chr21  15102968 15 +  46489110 gggaattaagagtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639300 15 +  48394510 GGGAATTAAGAGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519772 15 - 196418989 GGGAATTAAGAGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=396322.000000
s hg19.chr21     16383164 28 +  48129895 atggaAGCAATGCTGGAAACTAACAATG
s panTro2.chr21  15102983 28 +  46489110 atggaAGCAATGCTGGAAACTAACAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639315 28 +  48394510 ATGCAAGCAATGCTGGAAACTAACAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519787 28 - 196418989 ATGGAAGCAATGCTGGAAACTAACAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=703123.000000
s hg19.chr21     16383192 58 +  48129895 ATTCATTTGAGCCAAGCATACAGATTTTCTTACCAGGGTTATCCACAAGGCCAGGAAA
s rheMac2.chr3  164519815 58 - 196418989 ACTCATTTGAGCCAAGCATACAGATTTTCTTACCAGGGTTATCCACAAGGCCAGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639343 58 +  48394510 ATTCATTTGAGCCAAGCATACAGATTTTCTTACCAGGGTTATCCACAAGGCCAGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15103011 58 +  46489110 ATTCATTTGAGCCAAGCATACAGATTTTCTTACCAGGGTTATCCACAAGGCCAGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-87054.000000
s hg19.chr21     16383250 23 +  48129895 ACACTAGTGAGAAGGCCAAATTG
s rheMac2.chr3  164519873 23 - 196418989 ACACTAGTGAGAAGGACAAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639401 23 +  48394510 ACACTAGTGAGAAGGCCAAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15103069 23 +  46489110 ACACTAGTGAGAAGGCCAAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=382313.000000
s hg19.chr21     16383273 31 +  48129895 GTTTACGGCAATTAATTCCAACTAGGACAAC
s panTro2.chr21  15103092 31 +  46489110 GTTTACGGCAATTAATTCCAACTAGGACAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639424 31 +  48394510 GTTTACGGCAATTAATTCCAACTAGGACAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519896 31 - 196418989 GTTTACGGCAATTAATTCCAACTAAGACAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=273762.000000
s hg19.chr21     16383304 38 +  48129895 TCACCCAGATTATAAATTGATCTTTCTTTCACCAGCAT
s panTro2.chr21  15103123 38 +  46489110 TCACCCAGATTATAAATTGATCTTTCTTTCACCAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639455 38 +  48394510 TCACCCAGATTATAAATTGATCTTTCTTTCACCAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519927 38 - 196418989 TTACCCACACTATAAATTGATCTTTGTTTCACCAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=240023.000000
s hg19.chr21     16383342 73 +  48129895 CACGTTTCTACTAAAAATCTGGTGTGAAAGTTTAAACACATTTTACAAAGAGTTATTTCTTAAACAAATAAAA
s panTro2.chr21  15103161 73 +  46489110 CACGTTTCTACTAAAAATCTGGTGTGAAAGTTTAAACACATTTTACAAAGAGTTATTTCTTAAACAAATAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639493 73 +  48394510 CATGTTCCTACTAAAAATCCAGTGTGAAAGTTTAAACACATTTTACAAAGAGTTATTTCTTAAACAAATAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164519965 70 - 196418989 CATGTTCCTACTAAAAATCTGGTGTGAAAGTTTAAACACATTTTACAAAGACTTATTTCTTAAAT---TTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164824.000000
s hg19.chr21     16383415 32 +  48129895 AAAAATATGACTTTGAGGAGTGTTTTATGAAG
s rheMac2.chr3  164520035 29 - 196418989 AAA---ATGACTTTGAGGAGTATTTTATGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639566 31 +  48394510 AAAAATATG-CTTTGAGGAGTGTTTTATGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15103234 30 +  46489110 AAA--TATGACTTTGAGGAGTGTTTTATGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=90266.000000
s hg19.chr21     16383447 29 +  48129895 TTGGACAGGCATTCCATGTATACAATTAG
s panTro2.chr21  15103264 29 +  46489110 TTGGACAGGCATTCCATGTATACAATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-28862.000000
s hg19.chr21     16383476 74 +  48129895 CCTACTTTACCAACCTCGTAACCCAGCTCATCAGTACTGGCACttttt---------------ttttgagatggagtcttgctctgtcg
s panTro2.chr21  15103293 74 +  46489110 CCTACTTTACCAACCTCGTAACCCAGCTCATCAGTACTGGCACttttt---------------ttttgagatggagtcttgctctgtcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639626 89 +  48394510 CCTACTTTACCAACCTCGTAACCCAGCTCATCAGTACTGGCACttttttgtttgttttgtttgttttgagatggagtcttgctctgtcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164520093 32 - 196418989 CCTACTTTACCAACCTTGTAACCCAACTCATC---------------------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=19787.000000
s hg19.chr21     16383550 139 +  48129895 cccaggctggagtgcagtggcgcgatctcagctcactgcaagctccacctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccatggcgcccggctaattttttgtattt
s panTro2.chr21  15103367 139 +  46489110 cccaggctggagtgcagtggcgcgatctcagctcactgcaagctccacctcccgggttcatgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccatggcgcccggctaattttttgtattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14639715 139 +  48394510 cccaggctggagtgcagtggcacgatctcggctcactgcaagctccacctcccgggttcacgccattctcctgcctcaacctcccgagtagctgggactacaggtgcccgccatggcgctcggctaattttttgtattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164520125   0 - 196418989 C

a score=3899.000000
s hg19.chr21     16383689 43 +  48129895 ttagtacagacagggtttcaccgtgtcagccaggatggtctcg
s ponAbe2.chr21  14639854 43 +  48394510 ttagtacagacagggtttcaccgtgtcagccaggatggtctcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15103506 43 +  46489110 ttagtacagacagggtttcaccgtgtcagccaggatggtctcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164520125  0 - 196418989 C

a score=8808.000000
s hg19.chr21     16383732 75 +  48129895 atctcctgacctcgtgatccgcccgcctcggcctctcaaagtgctgggattgcaagcgtgagccaccacgcccag
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15103549 75 +  46489110 atctcctgacctcgtgatccgcctgcctcggcctctcaaagtgctgggattgcaagcgtgagccaccacgcccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164520125  0 - 196418989 C

a score=-139504.000000
s hg19.chr21     16383807 39 +  48129895 AGTACTGGCCCttttttaaaaaaaaattt-atatagatat
s panTro2.chr21  15103624 40 +  46489110 AGTACTGGCCCttttttaaaaaaaatttttatatagatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=454862.000000
s hg19.chr21     16386452 53 +  48129895 tacatttattctttccatataagttccttaaaggaaggattgtagctctttca
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s hg19.chr21     16386524 128 +  48129895 tgatgaagtaacttgcacagatgaagtacataatacatattttgaatTATAAGCTAATTTATAACTGAGAAAGAATTGTCTGAAATATATTAAAGTCATAATGATTAAGCCTTAAGAACTCAGGAAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16386652 81 +  48129895 AAATATTCTCACCGTCTGTCTCCAAGCTCTGAGCCTCTGCTTTCTGAGAAAGAAAATTGAGAAGGCTGTTGAAAAGTAGCT
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s hg19.chr21     16386733 31 +  48129895 CTGATGTCATCCGGAGTCTTCAGATTCCCTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  C 0 I 271

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i rheMac2.chr3  I 271 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164523810 95 - 196418989 AAAAAAATTGGCAATAAATATCAAATGCCC--tatatccataaaaagatttacacaac-atgtctacagcagattgatttttaatagtcaaaaactgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14643704 128 +  48394510 aatatggatgaatctcaaaataattaccctgagtgcaagaagccagacaaaaagaaacatattttgtgtgattccatttggataacattccagaaaaggcaaattcatctattgtgaaagaaaataga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14643832 196 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 16
s rheMac2.chr3  164524851 161 - 196418989 CAGTACACATTACAGATGTAGTTCTGAGCTATCGCACGGCCACCAGCGGCACCCTACCAAACAGCTGTGGGAAAGAGACAGGTCTGACACATAAAAGGGAGCATCACTAAGTGAG-taatgctttaccagttacaaaatgctatcatggacatgactgtatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=453937.000000
s hg19.chr21     16388436 83 +  48129895 tgattttcacaactcggtgaaatgagcagagattccatttcatagaggagcaacagatactgagcagggctggttaagtcata
s rheMac2.chr3  164525012 83 - 196418989 tgatcttcacaactcagtgaaatcagcagagattccattttacagaggagcaacggatggtgagcggggctggttaagtcata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15108246 83 +  46489110 tgattttcacaactcagtgaaatgagcagagattccatttcatagaggagcaacagataataagcagggctggttaagtcata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=349873.000000
s hg19.chr21     16388519 43 +  48129895 tgccccaaattatagatctTGGACTCAATTAAATCTTGACTAT
s rheMac2.chr3  164525095 43 - 196418989 tgccctgaattatagacctTGGACTCAATCAAACTTTGACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15108329 43 +  46489110 tgccccaaattatagatctTGGACTCAATTAAATCTTGACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=440009.000000
s hg19.chr21     16388562 52 +  48129895 AAATTCAGATAGGAATTCTAAGAAGAGTAGGAAACAATCACTTGCCCTGATT
s rheMac2.chr3  164525138 52 - 196418989 AAATTCAGATAGGAATTGTACGAAGAGTTGGAAACAATCACTTGCCCTGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15108372 52 +  46489110 AAATTCAGATAGGAATTCTAAGAAGAGTAGGAAACAATCACTTGCCCTGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=254598.000000
s hg19.chr21     16388614 40 +  48129895 ATATATACCTAGAAGGATGTGATTCACACATCAACTTAAC
s rheMac2.chr3  164525190 40 - 196418989 ATATATACCTAGAAGGATGTTGATCACACATCAACTTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15108424 40 +  46489110 ATATATACCTAGAAGGATGTGATTCACACATCAACTTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=691940.000000
s hg19.chr21     16388654 60 +  48129895 AATAACCATATGTGTAATTACATGAGTACTCCTATTAGAATGTGGTAGGGACCTCGGGAA
s rheMac2.chr3  164525230 60 - 196418989 AATAGCCATATTTGCAATTACATGAGTACTCTTATTAGAACATGGTAGGGACCTTGGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15108464 60 +  46489110 AATAACCATATTTGTAATTACATGAGTACTCCTATTAGAATGTGGTAGGGACCTTGGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=301815.000000
s hg19.chr21     16388714 48 +  48129895 TTTCTGAAGTCTCCAATCCCCAGTCTCTGAAGTAATACTCAAGGCACG
s rheMac2.chr3  164525290 48 - 196418989 TTTCTTAAGTCTCCCATCCCCAATCTCTGAAGCAATACTCAAGACACG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15108524 48 +  46489110 TTTCTGAAGTCTCCAATCCCCAGTCTCTGAAGTAATACTCAAGGCACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=365320.000000
s hg19.chr21     16388762 51 +  48129895 CCCATCTTCCCGTTATCAACATTATCTACCAACTCACTGAAATTCCAGTAG
s rheMac2.chr3  164525338 51 - 196418989 CCCATCTTCCCGTTATCAACATTATCTACCAATTCACTGAAATTCCAGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15108572 51 +  46489110 CCCATCTTCCCGTTATCAACATTATCTACCAACTCACTGAAATTCCAGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=89794.000000
s hg19.chr21     16388813 55 +  48129895 AATTTAACTGTTCAGTTTTCAATTACCTTTTTTCCTTCTTGA-AAAAAGATTATAA
s panTro2.chr21  15108623 55 +  46489110 AATTTAACTGTTCAGTTTTCAATTACTTTTTTTCCTTCTTGA-AAAAAGATTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164525389 56 - 196418989 AATTTAATTGTTCAGTTTTCAATTACCTTTTTTCCTTCTTGACAAAAAGATTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=243100.000000
s hg19.chr21     16388868 79 +  48129895 CCTTTTATTTTAAAGTTGGAACAAGAAAGTACCCATAACTATATTTGAGAATGCTggccgggcgcagtggctcacacct
s panTro2.chr21  15108678 79 +  46489110 CCTTTTATTTTAAAGTTGGAACAAAAAAGTAATCATAACTATATTTGAGAATGCTggccgggcgcagtggctcacacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164525445 46 - 196418989 TCTTTTATTTTACAGTTGGAAAAATAAAGTAACCATAACTATATTT---------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 594
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=49343.000000
s hg19.chr21     16388947 205 +  48129895 gtaatcccagcactttgggaagccgaaatgggcagatcatgaggtctggagatcgagaccatcctggctaacaaggtaaaaccccatttctactaaaaatataaaaaaattagctgggtgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggtgtgaacctgggaggcagagcttgcagtgag
s panTro2.chr21  15108757 205 +  46489110 gtaatcccagcactttgggaagccgaaatgggcagatcatgaggtctggagatcgagaccatcctggctaacaaggtaaaaccccatttctactaaaaatataaaaaaattagctgggtgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggtgtgaacctgggaggcagagcttgcagtgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164525491 594 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14644774  16 +  48394510 I

a score=4043.000000
s hg19.chr21     16389152  43 +  48129895 ccaagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacagagcgag
s panTro2.chr21  15108962  43 +  46489110 ccaagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacagagcaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164525491 594 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14644774  16 +  48394510 I

a score=18791.000000
s hg19.chr21     16389195 105 +  48129895 actccgtcaaagaaagaaagaaggaaagaaggaaggaaagaaagagagagagagagaaagaaagaaagaaaagaagaaagacaagaaagaaagaaagaaaagaga
s panTro2.chr21  15109005  84 +  46489110 actccgtcaaagaaagaaagaaggaaagaaggaaggaaaga----gagggagagagaaagaaagaaagaaa-----------------gaaagaaaagagaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164525491 594 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14644774  16 +  48394510 I

a score=15203.000000
s hg19.chr21     16389300 50 +  48129895 aagaaagaaaagaaagaaaaagaaaagaatgaaggaaggaaggaaggaag
s panTro2.chr21  15109089 49 +  46489110 aagaaagaaaagaaagaaaaagaaaagaatgaaggaaggaaggaaggaa-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526085 50 - 196418989 aagaaagaaagagaaagaaagagaaagaaagaaagaaagaatgaatgaat
i rheMac2.chr3  I 594 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=32657.000000
s hg19.chr21     16389350 44 +  48129895 gaaagaGAATGCTGCAACTAGTAATCTATAAATTGATTACTGGA
s rheMac2.chr3  164526135 44 - 196418989 aaaaaagaaTGCTGCAAATAGTAATCTCCAAATTGATTACTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15109138 41 +  46489110 ---agaGAATGCTGCAACTAGTAATCTATAAATTGATTACTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=515476.000000
s hg19.chr21     16389394 147 +  48129895 ACT---TTAAAATGTGAACTTGTGGGCTAAATCTTTTTTTGGTCTGTGTATATAGATAAGAAACCCTACAAACTGGCATATTCTATAAAGAAAACCACCAACTCCTGAGAAGGGTAAAAGGAAATATCTCTAGAGGAACATTACTATTAT
s panTro2.chr21  15109179 147 +  46489110 ACT---TTAAAATGTGAACTTGTGGGCTAAATCTTTTTTTGGTCTGTGTATATAGATAAGAAACCCTACAAACTGGCATATTCTATAAAGAAAACCACCAACTCCTGAGAAGGGTAAAAGGAAATATCTCTAGAGGAACATTACTATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526179 150 - 196418989 TCTTTATTAAAATATGAACTTGTGAGCTAAATCTTTTTTTGGTCTAGGTTCATAGATATGAAACCCTACAAACTGGCATATTATATAAAGAAAACTACCAACTCCTGAGAAGAGTAAAAGAAAATACCTTTAGAGGAACattattattat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774  16 +  48394510 I

a score=47984.000000
s hg19.chr21     16389541 85 +  48129895 CATTATTAtttttatttttagagacgaggatctcgctatgttgctcaggctggtctcaaactcctgggttcaaatgatcctcccg
s panTro2.chr21  15109326 85 +  46489110 CATTATTAtttttatttttagagacgaggatctcactatgttgctcaggctggtctcaaactcctgggttcaaatgatcctccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526329 85 - 196418989 cattattatttttatttttagagatgaggatctcgctatgttgcccaggctggtctcaaactcctgggttcaaatgatcctccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=51663.000000
s hg19.chr21     16389626 51 +  48129895 actcaacctcccaagtagctggaactgcaggtgtgcaccacggtgcccaac
s rheMac2.chr3  164526414 40 - 196418989 actgagcctcccaagtagctaa----------gtgcaccacagtgccc-AC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15109411 51 +  46489110 actcaacctcccaagtagctggaactgcaggtgtgcaccacggtgcccaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=24617.000000
s hg19.chr21     16389677 11 +  48129895 TTAGAGGAACA
s rheMac2.chr3  164526454 11 - 196418989 TTAGAGGAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15109462 11 +  46489110 TTAGAGGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=164199.000000
s hg19.chr21     16389688 52 +  48129895 TTATTAATGAACTGGTCATTATCTGTTGATGACACCATGAGGAATCCTTACA
s rheMac2.chr3  164526465 52 - 196418989 TTATTAATGAACTGGTCATTATCTGTTGATGACACCATAAGGCATCCTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15109473 52 +  46489110 TTATTAATGAACTGGTCATTATCTGTTGATGACACCATGAGGAATCCTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=189724.000000
s hg19.chr21     16389740 99 +  48129895 GCTACTACTCTTACCAACACTCCTAGAACTAAGAGACTTAACAGGTaatgataactatagtttaatgagcaattactatgtctcaaacataacaataag
s panTro2.chr21  15109525 99 +  46489110 GCTACTACTCTTACCAACACTCCCAGAACTAAGAGACTTAACAGGTaatgataactatagtttaatgagcaattactatgtctcaaacataacaataag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526517 99 - 196418989 GCTCCTACTCTTACCAACACTCCCAGAACTAAAAGACTTAACAGGTaatgttaactatagtttactgagcaattactatgtctcaaacataacaatcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=-51500.000000
s hg19.chr21     16389839 24 +  48129895 ccttttacagatataatcttaaaa
s rheMac2.chr3  164526616 24 - 196418989 ccttttacagacataatctttaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=433470.000000
s hg19.chr21     16389863 53 +  48129895 aaaccctgtaaggtgattattattatccccagtttgtagatgaggaaactggg
s panTro2.chr21  15109648 53 +  46489110 aaaccctgtaaggtgattattattatccccagtttgtagatgaggaaactggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526640 53 - 196418989 aaacactataaggtgattattattatccccagtttgtagatgaggaagctggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=419878.000000
s hg19.chr21     16389916 52 +  48129895 tttaagttaccccaaatcacaaagtcaataagagactgaggtggaattcaaa
s panTro2.chr21  15109701 52 +  46489110 tttaagttaccccaaatcacaaagccaataagagactgaggtggaattcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526693 52 - 196418989 tttaagttaccccaactcagaaagccaataaggggctgaggtggaatgcaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=349445.000000
s hg19.chr21     16389968 87 +  48129895 tcccagtattttggAAAAAGACAGGGCCTTGACAGTTCTCTGGAAAATAAATTCTGATTTTTCCCTACTACTGTTCATCTACAATGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526745 87 - 196418989 tcctagtattttggAAAAAGACAGGGCCTTGGCAGTTCTCTGGAACATGAATTCTGATTTTTCTCTACTACTGTTCATCTACAATGG
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a score=240709.000000
s hg19.chr21     16390055  68 +  48129895 TCTCAATTCAGGTAATGCAAAATACTTGGTACTAGCA----------------------------------------TATGAACTTAATGAGCCTACATTTTCCATGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15109840 108 +  46489110 TCTCAATTCAGGTAATGCAAAATACTTGGTACTAGCAAGTGTTTTGCTAGTGTTTTGCAAAACACTTGGTACTAGCATATGAACTTAATGAGCCTACATTTTCCATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774  16 +  48394510 I

a score=200929.000000
s hg19.chr21     16390123 49 +  48129895 AAAAAGTTAAAAGTATTCCGAGCCCACAATGTGTATTTGATATTTTGTC
s panTro2.chr21  15109948 49 +  46489110 AAAAAGTTAAAAGTATTCCAAGCCCACAATGTGTATTTGATATTTTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526900 49 - 196418989 AAAAAGTTAAAAGTATTCCAAGCCCACAATTTGTATTTGATATTTTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=164823.000000
s hg19.chr21     16390172 44 +  48129895 ACATTCTAGAATTGTTTATGTTAATGGTTGGTCTCTACTAAGAC
s panTro2.chr21  15109997 44 +  46489110 ACATTCTAGAATTGTTTATGTTAATGGTTGGTCTCTACTAAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526949 44 - 196418989 ACATTCTAGAATTGTTTATGTTAATGGTTGGTCTCTACTAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=173006.000000
s hg19.chr21     16390216 47 +  48129895 ACT---------CTCCTTCTGAGACAAATATATGACCACACAAAAGATAAATTAAA
s panTro2.chr21  15110041 47 +  46489110 ACT---------GTCCTTCTGAGACAAATATATGACCACACAAAAGATAAATTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164526993 56 - 196418989 ATTATTATATTCCTCCTTTTGAAACAAATATACTACCACACAAAAGATAAATCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14644774 16 +  48394510 I

a score=55150.000000
s hg19.chr21     16390263 46 +  48129895 AGAATATTTAAATAAAACCAACAAAAGATAACACAAAATAAACTAC
s panTro2.chr21  15110088 46 +  46489110 AGAATATTTAAATAAAACCAACAAAAGATAACACAAAATAAACTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164527049 46 - 196418989 AGAATATTTAAATAAAACCAACAAAAGTTAACACAAAATAAACTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=-12638.000000
s hg19.chr21     16390309 19 +  48129895 TCTAACATTAATACTTAAA
s panTro2.chr21  15110134 19 +  46489110 TCTAACATTAATACTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15116045 59 +  46489110 ccccagagaagggagacatcattcaatagtgttgaa-caactggttacccatcgtg---------gagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14653216 60 +  48394510 ccccagagaagggagacatcattcaatagtgctgaaacaactggttacccattgtg---------gagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14653276 27 +  48394510 caaaagtggattcctgatgtctaacat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15116190 198 +  46489110 ttttaaaacaaaatataagaggatatctttatgatctc---gtaggaaacgtttccttaagacacagaaagggttaactatatgcaaagtgttaagtttaataaattcaaatgcattaaaattgaaaacttcattcatcaaaaatacaacagaagatgaaaaATGAACAACACCATAAAATACACTGCCAAAAAAATTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14653563 73 +  48394510 GGTTggtgtgatggctcacgcctataatcccagcactttgggaggccaaggtgggtggatcatttgaggtcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164533271 73 - 196418989 GGTTggtgtgatggctcacgcctataatcccagcactttgggaggccaaggtgggtggatcatttgaggtcag
i rheMac2.chr3  C 0 I 180

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14653636 56 +  48394510 gcgttcgagaccagcctggccaacatggtgaaatcttgtctctactaaaatacaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164533524 56 - 196418989 gagttcaagaccagcctggccaacatggtgaaaccctctctctactaaaatacaaa
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s panTro2.chr21  15116517 102 +  46489110 aattagctgggtgtggtggcagtcacctgtaatcccagttactagggaggctgaagcaggagaattgcttgaacccaggaggcggaggttgcagtgagctaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164533580 102 - 196418989 aattaggtgggtgtggtggcgggcacctgtaatcccagctactagcgaggctgaagcaggggaattgcttgaacccaggacgcagaggttgcagtgagctga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16396813 32 +  48129895 gaacgcatcactgcactccagcctgggc----gaca
s rheMac2.chr3  164533682 32 - 196418989 gatcgcatcactgcactctagcctgggc----gaca
i rheMac2.chr3  C 0 I 28
s ponAbe2.chr21  14653794 32 +  48394510 gaacgcatcactgcactccagcctgggc----gaca
i ponAbe2.chr21 C 0 M 388
s panTro2.chr21  15116619 36 +  46489110 gaacgcatcactgcactccagcctgggcaacagaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15116655  31 +  46489110 ctctgtctcTcacacacacatacacacacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164533742  51 - 196418989 -----CACACACAAAACTTTGGTATCCAGAAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt-------
i rheMac2.chr3  I 28 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15116742  17 +  46489110 -----------CCTATAACATTTTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164533793  19 - 196418989 ---------gtCCTATAATATTTTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14653826 388 +  48394510 M

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s rheMac2.chr3  164533812  93 - 196418989 AAAAACGGCCAGAACAGAGAGGGGGTAGCCCTAATAAGAGGTATGAGAGAGCTCAAGCAGGAGGAGGTGAGTGTCACTGTGGAGTGGGAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15121393 174 +  46489110 acctcatctcctgtgaccctcccttactcaccccactccagccacaggaacttcgactggaatactctccttcccagagggctgcatcactagctcctatgctgactcagcctctactcaagt-caccctccgagtaaggccttccctgggtgtcatctaaaacttc-tggacatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15121567 69 +  46489110 tcccctgcccctgccctcaagaccctccattctcctctctttgcttcaatttttatttagcacttaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164538670 114 - 196418989 agataccataaattgaattgctttatcttatttgtctatatcaccaataaaatgtaagctccaggagggtagcaatttattttcctcttttgttcactgttctatctccaggac
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16402525 79 +  48129895 atgtgggacactaataagatcattatgacaattcattaactgccaatactccaaattttttgttgagtgagaagataca
s rheMac2.chr3  164539354 79 - 196418989 TTGTGGGACACTGATAAGATCATTATGACAATTCATTAACTGCCAAGACTCCAAATTTTTTGTTGGGTGAGAAGATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14660049 79 +  48394510 ATGTGGGACACTAATAAGATCATTATGACAATTCATTAACTGCCAATACTCCAAATTTGTTGTTGAGTGAGAAGACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15122329 79 +  46489110 atgtgggacactaataagatcattatgacaattcattaactgccaatattccaaactttttgttgagtgagaagataca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=91513.000000
s hg19.chr21     16402604 45 +  48129895 cccttactgtttactttacttgtagtaaggccttctattacttAT
s rheMac2.chr3  164539433 41 - 196418989 CCCTTACTGTTT--GTTACTTCTAGTA--GCCTTCTATTACTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14660128 45 +  48394510 CCCTTACTGTTTCCGTTACTTGTAGTAAGGCCTTCTATTACTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15122408 45 +  46489110 cccttactgtttacgttacttgtagtaaggccttctattacttAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16402649 39 +  48129895 ATTTTTATTAACACAGAAAAGTTTTTACGAATATTCACA
s panTro2.chr21  15122453 39 +  46489110 ATTTTTATTAACACAGAAAAGGTTTTACGAATATTCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15122579 93 +  46489110 TGCATGCCTAGACAACATGTCACATGACAATGAAACATGATATTTCAATGGAAATCATATTTTCTCATAGGAATAATATGTTACAAACAGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=122348.000000
s hg19.chr21     16402868 21 +  48129895 TTCCTCTTAATTAAGAATTGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=585964.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14660473 161 +  48394510 TAAAATTATGCTCCCAATGACGACATACTTAACAATGTTCTACAGAATGATAAGTGCTCATTCAGAGGGAGGAAAACGTAGAAGGAGGGAGAGAGCAGGTTGGGTGGTAAGGCGGGAAGACGGGAGGTCCCAAGACCAAATAAATTCAGGAA---ATGATTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164539773 164 - 196418989 TAAAACTGTGCTCCCAATGACTACATATATAACAACGTTCTGCAGAATGGTAAGTGCTCATTCAgagggaggaaaacacggaaggagggagagagaaggttgggtggtaaggagggaggaggggaggTCCCAAGTCCAAATAAATTTAGGAGATGATGATTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16403110 29 +  48129895 GTTAAAATAGATCACGACATTCCCTTTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15122943 40 +  46489110 ATGTGTATACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGATCACTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14660663 40 +  48394510 ATGTGTATACACTCTGGAAGGTGGTTGGAGGATCACTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164539948  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14660703 42 +  48394510 TTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGCTCAGAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 50
e rheMac2.chr3  164539948  0 - 196418989 C

a score=10449.000000
s hg19.chr21     16403221 55 +  48129895 TCACCACATTCCCTTTCTATGTGTGTACACTCTGGAAGGCACTCAGAGGATCACC
s panTro2.chr21  15123025 55 +  46489110 TCACTACATTCCCATTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGTTCAGAGGTTCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 50 T 70
e rheMac2.chr3  164539948  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164539948  0 - 196418989 C
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s hg19.chr21     16403316 33 +  48129895 GAGGTTCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATA--C
s panTro2.chr21  15123120 35 +  46489110 GAGGTTCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164539948  0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14660845 70 +  48394510 T

a score=14904.000000
s hg19.chr21     16403349 77 +  48129895 TCTGGAAGGCGGTTGGAGGTTCACTACATTCCCTTTCTATGTGTGTACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGATCACCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14660775 76 +  48394510 TCTGGAAGGCGCTCAGAGGATCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAGGGCGCTCGGAGGA-CACCAC
i ponAbe2.chr21 T 70 C 0
e rheMac2.chr3  164539948  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 T 346
e rheMac2.chr3  164539948   0 - 196418989 C

a score=25938.000000
s hg19.chr21     16403569 50 +  48129895 TCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGGTTGGAGGT
s panTro2.chr21  15123375 50 +  46489110 TCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATATACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 T 346 I 50
e rheMac2.chr3  164539948  0 - 196418989 C

a score=52067.000000
s hg19.chr21     16403619 100 +  48129895 TCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGATCACCACATTCCCTTTCTGTGTGTATACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 50 C 0
e rheMac2.chr3  164539948   0 - 196418989 C

a score=37373.000000
s hg19.chr21     16403719 150 +  48129895 TCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGATCACCACATTCCCTTTCTATGTGTGTACACTCTGGAAGGCGTTCAGAGGTTCACCACATTCCCTTTCTATGTATATACACTCTGGAAGGCGGTTGGAGGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15123524 149 +  46489110 TCACCACATTCCCTTTCTATATGTATGCACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGATCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGAAAGGTGCTCAGAGGA-CACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCAGTCGGAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164539948   0 - 196418989 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16403917 52 +  48129895 GATCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16403969 51 +  48129895 TCACTACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 T 150 I 99
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a score=44395.000000
s hg19.chr21     16404020 50 +  48129895 CACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 99 C 0
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s hg19.chr21     16404070 24 +  48129895 CACCACATTCCCTTTCTATGTGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661141 24 +  48394510 CACCACATTCCCTTTCTATGTGTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70675.000000
s hg19.chr21     16404094 59 +  48129895 TACACTCTGGAAGGCGCTCGGAGGATCACCACATTCCCTTTCTATGTGTGTACACTCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661066 58 +  48394510 TACACTCTGGAAGGTGCTCGGAGGA-CACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTA
i ponAbe2.chr21 T 99 C 0
s rheMac2.chr3  164540173 59 - 196418989 cacactctggcaggcggttggaggatcaccaccttccctttctacgtgtacacactctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=80156.000000
s hg19.chr21     16404153 99 +  48129895 GAAGGCGTTCAGAGGTTCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGTGGTTGGAGGTTCACCACATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCT
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s hg19.chr21     16404252 41 +  48129895 GAAAGGTGCTCAAAGGA-CACCACATTCCCTTTCTATGTGTG
s rheMac2.chr3  164540331 42 - 196418989 ggcaggcggttggaggatcaccaccttccctttctatgtttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14660828 41 +  48394510 GGAGGGCGCTCGGAGGA-CACCACATTCCCTTTCTATGTGTG
i ponAbe2.chr21 T 395 I 296
s panTro2.chr21  15124056 41 +  46489110 GAAAGGTGCTCAAAGGA-CACCACATTCCCTTTCTATGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=19978.000000
s hg19.chr21     16404293 32 +  48129895 TACACTCTGGAAGGCGCTTGGAGGATCACCAC
s panTro2.chr21  15124097 32 +  46489110 TACACTCTGGAAGGCGCTTGGAGGATCACCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661165 32 +  48394510 TACACTCTGGAAGGCGCTTGGAGGGTCACTAC
i ponAbe2.chr21 I 296 C 0
s rheMac2.chr3  164540373 32 - 196418989 tacagtctggcaggcagtgggaggatcaccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=161934.000000
s hg19.chr21     16404325 35 +  48129895 ATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGC
s panTro2.chr21  15124129 35 +  46489110 ATTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTGGAAGGCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661197 35 +  48394510 ACTCCCTTTCTATGTGTATACACTCTAGAAGGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164540405 35 - 196418989 attccctttctatgtgtatacactctggcaggcga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=474625.000000
s hg19.chr21     16404360 114 +  48129895 TTGGAGGACACCATCATTCATCTGAGATGCTCCCACTCATCTCTGAAGTAATCCTAAGTTCAAAGTGGAGGAAGGAAGTAGGTCAGTGATAGTTTGACCCAAA-GGGGTAATTTT
s rheMac2.chr3  164540440 113 - 196418989 ttggaggaAAACGTCATTAATCTGAGATGCTCCCATTCATCTCTGAAATAATCCTAGGTTCAAA-TGGAGGAAGGAAGTAGGTCAGTGATAGTTTGACCCAAA-GGGGTAATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661232 115 +  48394510 TTGGAGGACACCATCATTCATCTGAGATGCTCCCACTCATCTCTGAAGTAATCCTAGGTTCAAAGTGGAGGAAGGAAGTAGGTCAGTGATAGTTTGACCCAAAGGGGGTAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124164 114 +  46489110 TTGGAGGACACCATCATTCATCTGAGATGCTCCCACTCATCTCTGAAGTAATCCTAGGTTCAAAGTGGAGGAAGAAAGTAGGTCAATGATAGTTTGACCCAAA-GGGGTAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=296752.000000
s hg19.chr21     16404474 77 +  48129895 GAGTCAAAGGGTTTTGATTTTTAGCTCAAAGCCAAGCCATTAATAACAAAGCCAGAACTATGACTATCCAAAACAAG
s rheMac2.chr3  164540553 77 - 196418989 GAGTCAAAGGGTTTTGATTTTTAACTCAAAGCCAAGCCGTTAGTAACAAAGCCAGAACTATGACTATCCAAAATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661347 77 +  48394510 GAGTCAAAGGGTTTTGATTTTTAACTCAAAGCCAAGCCGTTAGTAACGAAGCCAGAACTATGACTATCCAAAACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124278 77 +  46489110 GAGTCAAAGGGTTTTGATTTTTAGCTCAAAGCCAAGCCATTAATAACAAAGCCAGAACTATGACTATCCAAAACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=383715.000000
s hg19.chr21     16404551 92 +  48129895 AACTCTTCAAATTCTCACTACAACCACCTAACAAACCACACACTGCCTCATTATAAAAGTCTTAAAAACTTTGAAAATTCTAATAAACTCCT
s rheMac2.chr3  164540630 92 - 196418989 AACTCTTCAAATTCTCACTACAACCACCTAACAAACCACATACTGCCTCATTACAAAAGTCTTAAAAACTTTGAAAATTCTAATAAACTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661424 90 +  48394510 AACTCTACAAATTCTCACTACAACCACCTAATAAACTACATACTGCCTCATCAT--AAGTCTTAAAAATTTTGAAAATTCTAATAAACTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124355 92 +  46489110 AACTCTTCAAATTCTCACTACAACCACCTAACAAACCACACACTGCCTCATCATAAAAGTCTTAAAAACTTTGAAAATTCTAATAAACTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=35664.000000
s hg19.chr21     16404643 30 +  48129895 TGTACTATCAAGTAACTTACTGTAGACA-----------AA
s rheMac2.chr3  164540722 41 - 196418989 TGTACTATCAAGTAACTTACTATAGACATAATGGGAGCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661514 41 +  48394510 TGTACTATCAAGTAACTTATTGTAGACATAATAGGACCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124447 41 +  46489110 TGTACTATCAAGTAACTTACTGTAGACATAATAGGACCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-22062.000000
s hg19.chr21     16404673 22 +  48129895 ATAGAAGATATTTTTTAAAACT
s rheMac2.chr3  164540763 22 - 196418989 ATAGAAGATATTTTAAAAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661555 22 +  48394510 ATAGAAGATATTTTTTTAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124488 22 +  46489110 ATAGAAGATATTTTTTAAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=572440.000000
s hg19.chr21     16404695 116 +  48129895 TTCCTATAGGATAAACCTAACTCTATCCTTAACACAGTATCTGTAATATACAGTAATTGTTTAGTTATCAGTAGTTTTAGTAGCTGTCATTTTTGAAAAAA--TATTTGGATAAATGA
s rheMac2.chr3  164540785 112 - 196418989 TTTCTATAGAATAAACCTAACTCTAcacttaacacagtctctgtaacatatagtaattgtttagttatcagtagttttattaGCTGTCATTTTTGAAAAAA--TATTTG----AATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661577 116 +  48394510 TTCCTATAGGATAAACCTAACTCTATCCTTAACACAGTATCTGTAATATACAGTAATTGTTTAGTTATCAGTAGTTTTAGTAGCTGTCATTTTTGAAAAAA--TATTTGGATGAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124510 118 +  46489110 TTCCTATAGGATAAACCTAACTCTATCCTTAACACAGTATCTGTAATATACAGTAATTGTTTAGTTATCAGTAGTTTTAGTAGCTGTCATTTTTGAAAAAAAATATTTGGATGAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=292839.000000
s hg19.chr21     16404811 63 +  48129895 TGGCTCTAAAAAAAAA---AACCGTTCGAAGTCACTGAAAAAAAGTAGGTATTTCCTTCAAAACCT
s rheMac2.chr3  164540897 66 - 196418989 TGGCTCTGAAAAAAAAAAAAACCTTTCGAAGTCACTGAAAAAAGGTAGGAATGTCCTTCAAAACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661693 65 +  48394510 TGGCTGTAAAAAAAAA-AAAACCGTTCGAAGTCACTGAAAAAAAGTAGGGATTTCCTTCAAAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124628 61 +  46489110 TGGCTCTAAAAAAAAA-----CCATTCGAAGTCACTGAAAAAAAGTAGGGATTTCCTTCAAAACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=439525.000000
s hg19.chr21     16404874 70 +  48129895 TCTCACCATATTCTCTAATAGTAAACAAAGGC-TTAAAGTTATTCTGTTGGTAAAACTTCAAAAAGCAGCA
s rheMac2.chr3  164540963 71 - 196418989 TCTCACCATATTCGCTAATAGTAAACAAAGGTATAGAAGTTATTCTGTTGGTAAAACTTCAAAAAGCAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661758 71 +  48394510 TCTCACCATATTCTCTAATAGTAAACAAAGGCATAAAAGTTATTCTGTTGGTAAAACTTCAAAAAGCAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124689 70 +  46489110 TCTCACCATATTCTCTAATAgtaaacaaaggc-ttaaagttattctgttggtaaaacttcaaaaagcagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=205425.000000
s hg19.chr21     16404944 26 +  48129895 ACTGAATCAATTTAACTAAGGACTTT
s rheMac2.chr3  164541034 26 - 196418989 ACTGAATCAATTTAACTTAGGACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=151594.000000
s hg19.chr21     16404970 65 +  48129895 AGTCC--------AGAGAGGATGTCTTGCTCATTGTAAGGTTGACTACAGAGGTCTACTGATTTCAGATCCAA
s rheMac2.chr3  164541060 64 - 196418989 AGTCC--------AGAGAGGATATCT-GATCATTGTAAGGTTGACTACAGAGGTCTGCTGATCTCAGATCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661855 72 +  48394510 AGTCCAGAGAGGAAGAGAGGATGTCT-GCTCATTGTAAGGTTGACTACAGAGGTCTACTTATCTCAGATCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124785 64 +  46489110 agtcc--------agagaggatgtct-gctcattgtaaggTTGACTACAGAGGTCTACTGATCTCAGATCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=570129.000000
s hg19.chr21     16405035  96 +  48129895 TCCCTGCTTCCTTCTGCTCTCCCCTG------------GTCACACTACATTCAGGAAATGAAGCAGGAGATGCAGCAGAAGGGTGAGTTAAGACTGGAATTAAAAGTC
s rheMac2.chr3  164541124 108 - 196418989 TCCTTGCTTCCTTCTGCTCTCCCTTGCTTCATCTCTGAGTCACTCTACATTCAGCAAATGAAACAGGAGAGGCAGCAGAAGGGTGAGTTAAGACTGGAATTAAAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14661927  96 +  48394510 TCCTTGCTTCCTTCTGCTCTCCCCTG------------GTCATGCTACATTCAGGAAATGAAGCAGGAGATGCAGCAGAAGGGTGAGTTAAGACTGGAATTAAAAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124849  96 +  46489110 TCCCTGCTTCCTTCTGCTCTCCCCTG------------GTCACACTACATTCAGGAAATGAAGCAGGAGATGCAGCAGAAAGGTGAGTTAAGACTGGAATTAAAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-7254.000000
s hg19.chr21     16405131 36 +  48129895 TGAAGCCACAGAAGGACCAAAAGATGTGTGTGATGT
s rheMac2.chr3  164541232 36 - 196418989 TGAAGCCACAGAATGACCAAAAGATGTGTGTGATGT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  14662023 36 +  48394510 TGAAGCCACAGAAGGACCAAAAGATGTGTGTGATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124945 36 +  46489110 TGAAGCCAGAGAAGGACCAAAAGATGTGTGTGATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61944.000000
s hg19.chr21     16405167 22 +  48129895 AAAAATGATTTTACAAAAATAT
s rheMac2.chr3  164541269 22 - 196418989 AAAAATGTTTTTACAAAAATAT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  14662059 22 +  48394510 AAAAATGATTTTACAAAAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15124981 22 +  46489110 AAAAATGATTTTACAAAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42489.000000
s hg19.chr21     16405189 32 +  48129895 AAAGTAGTCTGTTTGATTTCAAATATGGTTCT
s rheMac2.chr3  164541291 32 - 196418989 AAACTAGTCTGTTTGATTTCAAATATGGTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14662081 32 +  48394510 AAAGCAGTCTGTCTGATTTCAAATATGGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15125003 32 +  46489110 AAAGTAGTCTGTTTGATTTCAAATATGGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=105355.000000
s hg19.chr21     16405221 33 +  48129895 TTTAAATAATGGGCCACTGAGAAAGCTGAAAAA
s rheMac2.chr3  164541323 33 - 196418989 TTTAAATAATGGGCCACTGAGAAAGCTGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14662113 33 +  48394510 TTTAAATAATGGGCCACTGACAAAGCTGAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15125035 33 +  46489110 TTTAAATAATGGGCCACTGAGAAAGCTGAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-15058.000000
s hg19.chr21     16405254 21 +  48129895 TTAAAATGATCAccgggcgcg
s panTro2.chr21  15125068 21 +  46489110 TTAAAATGATCAccgggtgcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14662146 21 +  48394510 TTAAAATGATCActgggcgcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164541356 12 - 196418989 TTAAAATGATCA---------
i rheMac2.chr3  C 0 I 210

a score=36878.000000
s hg19.chr21     16405275 29 +  48129895 gtggctcacgcctgtaatctcagcacttc
s rheMac2.chr3  164541578 29 - 196418989 gtggctgacgcctgtaatcccagcacttt
i rheMac2.chr3  I 210 C 0
s ponAbe2.chr21  14662167 29 +  48394510 gtggctcacacctgtaatcccagcacttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15125089 29 +  46489110 gtggctcacgcctgtaatcccagcacttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=55288.000000
s hg19.chr21     16405304 54 +  48129895 gggaggccgaggtgggtggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggcta
s rheMac2.chr3  164541607 54 - 196418989 gggaggccagggcgggcggatcacgaggtcaggagatggagaccatcctggcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14662196 54 +  48394510 gggaggccgaggcgggcggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15125118 54 +  46489110 gggaggccgaggctggtggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=54707.000000
s hg19.chr21     16405358 39 +  48129895 acatggtgaaaccctgtttctactaaaaatacaaaaaat
s rheMac2.chr3  164541661 39 - 196418989 acatggtgaaacaccatttctactaaaaatacaaaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14662250 39 +  48394510 acatagtgaaatcctgtttctactaaaaatacaaaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15125172 39 +  46489110 acatggtgaaaccctgtttctactaaaaatacaaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=150321.000000
s hg19.chr21     16405397 96 +  48129895 tagctgggcatggtggtgggcacctgtagtcccagctactctggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacctgggaggcagagcttgcagtgagc
s panTro2.chr21  15125211 96 +  46489110 tagctgggcgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcttgaggctgaggcaggagaatggcgtgaacctgggaggcggagcttgcagtgagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164541700 96 - 196418989 tagccaggcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcaggaggctaaggcaggagaatggtgtgaacccagaagatggggtttgcagtgagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=33411.000000
s hg19.chr21     16405493 32 +  48129895 ccagattgctccactgcaccccagcttgggcg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4161.000000
s hg19.chr21     16405525 20 +  48129895 acagagcgagactctgtctc
s panTro2.chr21  15125339 20 +  46489110 acagagcgagacgctgtctc
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=128870.000000
s hg19.chr21     16405545 62 +  48129895 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaTACTgcatactatgtgccaggactacgttaaatgcttaacgta
s rheMac2.chr3  164541848 57 - 196418989 ---aaaaaaaaaaaaaaaaTACTCCAtactatgt--cagaactgcattaaatgctttatgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14662445 62 +  48394510 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaTACTGCAGactatgtgccaggactgcgttaaatgcttaacgca
i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
s panTro2.chr21  15125359 60 +  46489110 aaaaaaaaaaaaaaaaa--TACTgcatactatgtgccaggactgcgttaaatgcttaacgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=614869.000000
s hg19.chr21     16405607 85 +  48129895 ggcttaattcctatatggtaattctcaaataactctatgaatttatttccattttacagatgagaacactgagccttagggaggt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=450976.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164546500 37 - 196418989 GCAGAAATAGGACCTGTCTTATCTTGGGAGCAAAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164546537 108 - 196418989 CTTTGTTCAGGGTCATAATAATTTTCTTCAGAAAGTTTTACTTtgctgtgtagaatatattgggtaat-aaaactaaaaggcaaaagaccaaatagaaagttactgcag--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14673819 34 +  48394510 AACTTTATTTTGGTCAACAGGCCAATGGACAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164553123 34 - 196418989 AATTTTATTTTGGTCAACAGGCCAATGGACAGTG
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s rheMac2.chr3  31865052 56 + 196418989 AAGCTACTGGTGA-TAAGGGAGGTACCATGCAAACTCCCTGATACCACCATAGCAGC
i rheMac2.chr3  n 947 C 0
s ponAbe2.chr21 14673853 57 +  48394510 AAGCTAGCGGTGATTAAGGGAGGTACCATGCGAATTCCCTGATACCACCATAGCAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 15136618 56 +  46489110 AAGCTAGCGGTGA-TAAGGGAGGTACCATGCAAACTCCCTGATACCACCATAGCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21    16416858 34 +  48129895 ATTCCATTTCTATCAGCCACGCCACTTAGATCTG
s rheMac2.chr3  31865108 34 + 196418989 ATTCCATTTCTATCAGGCACGCCACTTAGATCTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  31865334 60 + 196418989 TAATACTTCCCCGACATCCTAACCAAGCAGGCTCTTCACCACTATACCTGTAGGTCACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=331982.000000
s hg19.chr21    16417141 43 +  48129895 AGTCTGTATCTTGCTTATTGTTATTCTCCCTGTGTCTGtgagc
s panTro2.chr21 15136957 43 +  46489110 AGTCTGTATCTTGCTTATTGTTATTCTCCCTGTGTCTGTGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-406256.000000
s hg19.chr21    16417184 11 +  48129895 cttcaataccc
s panTro2.chr21 15137000 11 +  46489110 cttcaataccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 14674235 11 +  48394510 cttcaataccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=512784.000000
s hg19.chr21    16417195 133 +  48129895 agcatggtgcaaggtatacagctggtactcagtaaatgtctgataaatgacatcaatTAATCACAGAGCCTTAATCAATTAATATGCCAGGCTTAAGTAAAAA-T------ATAAAAGAGAAGACGGTAGTTTTATATGG
s panTro2.chr21 15137011 134 +  46489110 agcatggtgcaaggtatacagctgatactcagtaaatgtctgataaatgacatcaatTAATCACAGAGCCTTAATCAATTAATATGCCAGGCTTAAGTAAAAAAT------ATAAAAGAGAAGATGGTAGTTTTATATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 14674246 136 +  48394510 agcatggtgcaaggtatacagctgatactcagtaaatgtctgataaatgacatcaatTAATCACAGACCCTTAATCAATTAATATGCCAGGCTTAAGTAAAAA-T---ATCATAAAAGAGAAGACAGTAGTTTTATATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  31865448 139 + 196418989 tgcatggtgcaaggtatacagctgatactccgtaaatgtctgataaatgacatcaatTAATCATAGAGCCTTAATCAATTAACATGCCAAGCTTAAGTAAAAA-TAATATCATAAAAGAGAAGATGGTAGTTTTAGATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21 15137145 51 +  46489110 ACCAACTACAATGAAAAATATATGCCTTTAATTACTAC-ACACACATGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 14674382 51 +  48394510 ACCAACTACAATGAAAAATATATGCCTTTAATTACTAC-ACACACATGCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 14674433 60 +  48394510 CTCTCTCTCTCATCCACTCATTCACTGTCAGTTCTTCATCAATAAGACTCCTCCAGTATC-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-236455.000000
s hg19.chr21    16417440 36 +  48129895 TATTTCAATGCTCTCCTAATCCCCCCGGCCCAGACA
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s hg19.chr21    16417476 77 +  48129895 ATCAGCCTGGTTGGGTGGTAGGTGTCCATTCTACCCAGATGAGTTGGGACTCTAGTGTCGCTGTCTGACGTCCTATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 14674529 77 +  48394510 ATCAGCCTGGTTGGGTGGTAGGTGTCCTTTCTACCCAGATGAGTTGGGACTCTAGTGTCGCTGTCTGACGTCCTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=19411.000000
s hg19.chr21    16417553 23 +  48129895 CCAACCAGCATGGTACTCAGGCA
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i rheMac2.chr3  C 0 n 0

a score=-360939.000000
s hg19.chr21    16417576 72 +  48129895 TTATTAATACAAGTCTCTAAGCACATAAaggcatacctcagagatatagtgggttccattccagatcactaa
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a score=88820.000000
s hg19.chr21    16417648 54 +  48129895 aataaagcaaatatcacaataaagcaagtcacacaagttttttggtttcctagt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  31865834  0 + 196418989 I

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s hg19.chr21    16417702 43 +  48129895 gcacataaaagttatgtttacactgtactatagtctattaagt
s panTro2.chr21 15137516 43 +  46489110 gcatataaaagttatgtttacactgtactatagtctattaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21 14674752 43 +  48394510 gcatataaaagttatgtttacactgtaccatagtctattaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  31865834  0 + 196418989 I

a score=178982.000000
s hg19.chr21    16417745 192 +  48129895 gtgcaaaagctttatgtcgaaacaatgtacataccttagtataaaaatactttattgctaaaaatgctaacaatcatgtgaatctttagagagttttactcttcagtggtgggcaccttgcctccatattgatggctgccaaatgatcaggcttgtggttgctgaaggttggggtctctgtaatgatttctt
s ponAbe2.chr21 14674795 192 +  48394510 gtgcaaaagcattatgtcgaaaaaatatacataccttaatataaaaatactttattgctaaaaatgctaacaatcatgtgaatcttcagagagttttactcttcagtgatggacaccttgcctccatgttgatggctgccgaatgatcaggcttgtggttgctgaaggttggggtttctgtaatgatttctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 15137559 192 +  46489110 gtgcaaaagcattatgtcaaaacaatgtacataccttagtataaaaatactttattgctaaaaatgctaacaatcatgtgaatctttagagagttttactcttcagtggtggacaccttgcctccatattgatggctgccaaatgatcaggcttgtggttgctgaaggttggggtctctgtaatgatttctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  31865834   0 + 196418989 I

a score=150276.000000
s hg19.chr21    16417937 239 +  48129895 aaaacaagacaacaatgaagtttgccacatcggctgattcttcctttcacagaataattctctgtagcatgtaatgctgtttgatagcattttacccacagtagaatatctttctagatgggagtcaatcctctcaaaccctgccactgttttatcaattatgtttacatgatattctaaatccttcgttgttatttcaacaatgttcacagtatcttcaatcaggagtagattccatc
s ponAbe2.chr21 14674987 239 +  48394510 aaaacaagacaacaatgaagtttgccacgtcggctgattcttcctttcacggaataattctctgtagcatgtaatgctgtttgatagcattttacccacagtagaacatctttcaagatgggagtcaatcctctcaaacccttccactgttttagcaattacgtttacatgatattctaaatcctttgtcattatttcaacaatgttcacagtatcttcaatcaggagtagattccatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 15137751 239 +  46489110 aaaacaagacaacaatgaagtttgccacatcggctgattcttcctttcacagaataattctctgtagcatgtaatgctgtttgatagcattttacccacagtagaatatctttctagatgggagtcaatcctctcaaaccctgccactgttttatcaattatgtttacatgatattctaaatccttcgttgttatttcaacaatgttcacagtatcttcaatcaggagtagattccatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  31865834   0 + 196418989 I

a score=72776.000000
s hg19.chr21    16418176 165 +  48129895 tctagtaactactttctttgctcatctataaggagtaactcctcatccgtccatgttttctcatgagattatacaaattcagtcacatcttcaggctccacttctaattctagttttcttgcaatttccaccacatctgcagttacttcctccact-------------gatgtcttc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21 15137990 177 +  46489110 tctagtaactactttctttgctcatctataaggagtaactcctcatccgtccatgttttctcatgagattatacaaattcagtcacatcttcaggctccacttctaattctagttt-cttgcaatttccaccacatctgcagttacttcctccacttacttcctccactgatgtcttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  31865834   0 + 196418989 I

a score=1164164.000000
s hg19.chr21     16418341 1017 +  48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=435266.000000
s hg19.chr21     16419358 533 +  48129895  
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=192862.000000
s hg19.chr21     16419891 156 +  48129895 aaaaccatcagatctcatgagaactcactatcacgagaacagcatgggggtaactgcctccatgattcaattacctcccactgggtccctcccaggacacatggggagtataggaactacaattcaagatgagatttgggtggagacacagccaaa
s rheMac2.chr3  164555674 155 - 196418989 aaaaccatcagatctcgtgagaactcactatcacgagaacagcatgggggtaactgcccctatgattcaattacctcc-actgggtccctcccaggacacatggtgagtatacgaactacaattcaaggtgagatttgggtggggacacagccaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14676947 156 +  48394510 aaaaccatcagatctcgtgagaactcactatcatgagaacagcatgggggtaactgcctccaggattcaattacctcccactgggtccctccgaggacacatggggagtataggaactacaattcaagatgagatttgggtggagacacagccaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15139717 156 +  46489110 aaaaccatcagatctcatgagaactcactatcacgagaacagcatgggggtaactgcctccatgattcaattacctcctactgggtccctcccaggacacatggggagtataggaactacaattcaagatgagatttgggtggagacacagccaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1314955.000000
s hg19.chr21     16420047 623 +  48129895  
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=230291.000000
s hg19.chr21     16420670 64 +  48129895 taaaatgaagtatgcctACACATCAGCAACACCAAAGCTACCCTACATCATTAACAGGGTATGT
s panTro2.chr21  15140496 64 +  46489110 taaaatgaagtatgcctACACATCAGCAACACCAAAGCTACCCTACATCATTAACAGGGTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14677726 64 +  48394510 tagaatgaagtatgcctACACATCAGCAACACCAAAGCTACCCTATATCATTAACAGGGTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164556459 64 - 196418989 tgaaaggaagtatgcctACACACCAGCAACACCAAAGCTATCCTACATCATTAACAGGGTATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=533402.000000
s hg19.chr21     16420734 37 +  48129895 CACCTAAGTGTATAAGTCAAAGATATCTAGAATCTTA
s panTro2.chr21  15140560 37 +  46489110 CACCTAAGTGTATAAGTCAAAGATATCTAGAATCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14677790 37 +  48394510 CACCTAAGTGTATAAGTCAAAGATACCTAGAATCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164556523 37 - 196418989 CACCTATGTGTATAAGTCAAAGATACCTGGAATCGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=504414.000000
s hg19.chr21     16420771 47 +  48129895 ACTACAGGCAGGATGTTCCCAAAATCTTAGTCGACAGAAGGCATCTC
s rheMac2.chr3  164556560 46 - 196418989 ACTACGGGCAGCATGTT-CCAAAATCTTAGTTGACAGAAGGCATCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14677827 47 +  48394510 ACTACGGGCAGCATGTTCCCAAAATCTTAGTTGACAGAAGGCATCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15140597 47 +  46489110 ACTACAGGCAGGATGTTCCCAAAATCTTAGTTGACAGAAGGCATCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-208223.000000
s hg19.chr21     16420818 20 +  48129895 CTCAAAATAGAGTTTATA---AT
s rheMac2.chr3  164556606 23 - 196418989 CTCAAGATAGAGTTTATAACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14677874 23 +  48394510 CTCAAAATAGAGTTTATAACTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15140644 20 +  46489110 CTCAAAATAGAGTTTATA---AT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-222671.000000
s hg19.chr21     16420838 21 +  48129895 CAGACAAAAACAAACAGAACC
s rheMac2.chr3  164556629 21 - 196418989 CAGACAACAACAAACAGAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14677897 21 +  48394510 CAGACAAAAACAAACAGAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15140664 21 +  46489110 CAGACAAAAACAAACAGAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-128449.000000
s hg19.chr21     16420859 34 +  48129895 TGAAGAGACCTCCAGGTGATAAAGG----AAAAACAAA
s rheMac2.chr3  164556650 37 - 196418989 TGAAGAGACCTCCAGGTGATTAAGA-AAAAAAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14677918 38 +  48394510 TGAAGAGACCTCCAGGTGATTAAGGAAAAAAAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15140685 34 +  46489110 TGAAGAGACCTCCAGGTGATTAAGG----AAAAACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=222240.000000
s hg19.chr21     16420893 14 +  48129895 AAGCATTATCATTT
s panTro2.chr21  15140719 14 +  46489110 AAGCATTATCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14677956 14 +  48394510 AAGCATTATCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164556687 14 - 196418989 AAGCATTATCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1718328.000000
s hg19.chr21     16420907 55 +  48129895 CCTATTAGGACATTACTTTTTTAGGAGCTAAATAAAAACATTACCAAATCATTTT
s panTro2.chr21  15140733 55 +  46489110 CCTATTAGGACATTACTTTTTTAGGAGCTAAATAAAAACATTACCAAATCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14677970 55 +  48394510 CCTATTAGGACATTACTTTCTTAGGAGCTAAATAAAAACATTACCAAATCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164556701 55 - 196418989 CCTATTAGGACATTACTTTTTCAGGAGCTAAATAAAAACATTACCAAATCATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5066989.000000
s hg19.chr21     16420962 126 +  48129895 ATGTAATAAAATTTAACCTTATTTTGACCTTTCTCATAAAGCAAATAAACCTCTCTATCCAATAAGGTTCCATCTGAACTATGTAAGATGATAGGCAATACCTTAATTGCATTCATTTACATGACT
s panTro2.chr21  15140788 126 +  46489110 ATGTAATAAAATTTAACCTTATTTTGACCTTTCTCATAAAGCAAATAAACCTCTCTATCCAATAAGGTTCCATCTGAACTATGTAAGATGATAGGCAATACCTTAATTGCATTCATTTACATGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678025 126 +  48394510 ATGTAATAAAATTTAACCTTATTTTGACCTTTCTCATAAAGCAAATAAACCTCTCTATGCAATAAGGTTCCATCTGAACTATGTAAGATGATAGGCAATACCTTAATTGCATTCATTTACATGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164556756 126 - 196418989 ATGTAATAAAATTTAACTTTATTTTGACCTTTCTCATAAAGCAAATAAACCTCTCTATCCAATAAGGTTTCATCTGAACTATGTAAGATGATAGGCAATACCTTAATTGCATTCATTTACATGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2223609.000000
s hg19.chr21     16421088 67 +  48129895 CTGAAACTATTCTGGGCTGAAGTCACTGACCGCAAGGTCACAGAATACAAAAAAGTAGAATGTGTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164556882 67 - 196418989 TTGAAACTATTCTGGGCTGAAGTCACTGACTGCAAGGTCACAGAATACAAAAAAGTAGAATGCATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=608298.000000
s hg19.chr21     16421155 73 +  48129895 AATTTACCAAGGAGAAATGATCCACTTAGACAGTGTGGCAGCACCTTTTCCATCCTTCATTAGGGGATACTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678218 69 +  48394510 AATTTACCAAGGAGAAATGATCCACTT----AGCGTAGCAGCACCTTTTCCATCCTTCATTAGGGGATACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164556949 73 - 196418989 AATTTACCAAGGAGAAATGATCCACTTAGACAGTGTGGCAGCACCTTTTCCATCCTTCATTAGGGGATACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=575255.000000
s hg19.chr21     16421228 37 +  48129895 ATGCTTAATGCAATCAACAGGTGTAGACATCTCCATT
s panTro2.chr21  15141054 37 +  46489110 ATGCTTAATGCAATCAACAGGTGTAGACATCTCCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557022 37 - 196418989 ATACTTAATGCAATCAACAGGTGCAGACATCTCCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-574501.000000
s hg19.chr21     16421265 68 +  48129895 TAAAATATATCATACAAAT----ACATACACACACACACGTATTCATTTTACAAATATATAAATAACACTAA
s panTro2.chr21  15141091 68 +  46489110 TAAAATATATCATACAAAT----ACATACACACACACACGTATTCATTTTACAAATATATAAATAACACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678324 72 +  48394510 TAAAATATATcacacaaatacacacacacacacacacacGTATTCATTTTACAAATATACAAATAACACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557059 72 - 196418989 TAAAATATATcacacaaatacatacacacacacacacacGTATTCATTTTACAAATATGTAAATAACATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=809131.000000
s hg19.chr21     16421333 78 +  48129895 AATATATATTTGAATAAGTCCATCATATATTATGGCTTTCTTCTTAAAATTAATCTGCCTAAA-------TAAAGAACAATTCTA
s panTro2.chr21  15141159 78 +  46489110 AATATATATTTGAATAAGTCCATCATATATTATGGTTTTCTTCTTAAAATTAATCTGCCTAAA-------TAAAGAACAATTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678396 85 +  48394510 AATATATATTTCAGTAAGTCCATCATATATTATGGTTTTCTTCTTAAAATTAATCTGCCTAAATAGAGGGTAAAGAACAATTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557131 80 - 196418989 AATATATATT----TAAGTCCATCATATATTATGGTTTTCTTCTTAAAATTAATATGCCTAAATAGAGG-TAAAGCACAATTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=800600.000000
s hg19.chr21     16421411 79 +  48129895 TACCCTAATAGCATTTAGAAGCAAAATACAATATAGGGCCATTATTTTCCCATTGTCTTATAAAATTTCTAACACCTAA
s panTro2.chr21  15141237 79 +  46489110 TACCCTAATAGCATTTAGAAGCAAAATACAATATAGGGCCATTATTTTCCCATTGTCTTATAAAATTTCTAACACCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678481 79 +  48394510 TACCCTAATAGCATTTAGAATCAAAATACAATATAGGGCCATTATTTTCCCATTGTCTTGTAAAATTTCTAACACCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557211 78 - 196418989 CACCCTAATAGCATTTAGAACC-AAATACAATATAGGGCCACTATTTCTCCATTGTCTTGTAAAATTTCTAACACCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=339703.000000
s hg19.chr21     16421490 32 +  48129895 TATTCAGGTTACAAAGCTATAGTTTTAGGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678560 32 +  48394510 TATTCAGGTTACAAAGCTATAGTTTTAGGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557289 32 - 196418989 TATTCAGGTTACAAATATATAGTTTTAGGACA
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a score=328343.000000
s hg19.chr21     16421522 25 +  48129895 AGAATTTAAAACACAGGATGCCAAG
s panTro2.chr21  15141348 25 +  46489110 AGAATTTAAAACACAGGATGCCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678592 25 +  48394510 AGAATTTAAAACACAGGATGCCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557321 25 - 196418989 ACAATTTAAAACACAGGAGGCCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=414722.000000
s hg19.chr21     16421547 36 +  48129895 TATGTTAAGAGTTCTTGCTTTCATTTTTTATAACCT
s panTro2.chr21  15141373 36 +  46489110 TGTGTTAAGAGTTCTTGCTTTCATTTTTTATAACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678617 36 +  48394510 TATGTTAAGAGTTCCCGCTTTCATTTTTTATAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557346 34 - 196418989 TATGTT--GAGTTCCTGCTTTCATTTTTTATAGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=664157.000000
s hg19.chr21     16421583 46 +  48129895 AAACACGAATATATTCAACTAATTTGCTTAGAGAAGCATAGTTTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678884 37 +  48394510 ACACAAACAAGCTATTATTGGCACTTGAAGTTACTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557611 37 - 196418989 ACACAAACTAGGCACTACTGGCACTTGAAGTTACTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=119857.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=629410.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14678983 41 +  48394510 GTACATATGCAGAATGTGAAGTATTTGTTTCAGGTTTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557710 40 - 196418989 GTACATATGCAGAATGTGAAGTATTTGTCTCAGGTTTAAT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14679024 33 +  48394510 CAACATCACCAAAAGATTCATTTAAGCAGTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15141780 33 +  46489110 CAACATCACCAAAAGATTCATTTAAACAGTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16421987 317 +  48129895 CACACATTAAATTAGGTAAATCTCTCACATTTAATTTACTATCCAAGCACTTTTACACTACTCAAGCCAATCTTTTGCAACTTACAAATGATTTAATGAAAAAAAAGCTATGATATTATAAAATTCATGCTTCTTCATTTTCTCTCCCTATAGAGAAGGGCAAAACTTTTCTTACGTAAATCTATATTAGATCCAAATCATTTCAAGAGATGCTACTCCACAAAGAACACACAGATGGACATATATTTAATTAATATATTCCTAAA-AAACTTCAATACATGATGTCACTTTGTCCTTTGTAAATGAGAAATAAAATT
s panTro2.chr21  15141813 317 +  46489110 CACACATTAAATTAGGTAAATCTCTCACATTTAATTTACTATCCAAGCACTTTTACACTACTCAAGCCAATCTTTTGCAACTTACAAATGATTTAATGAAAAAGAAGCAATGATATTATAAAATTCATGCTTCTTCACTTTCTCTCCCTATAGAGAAGGGCAAAACTTTTTTTACGTAAATCTATATTAGATCCAAATCATTTCAAGAGATGCTACTCCACAAAGAACACATAGATGGACATATATTTAATTAATATATTCCTAAA-AAACTTCAATACATGATGTCACTTTGTCCTTTGTAAATGAGAAATAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14679057 318 +  48394510 CACCCATTAAATTAGGTGAATCTCTCACATTTAATTTACTATCCAAGCACTTTTACACTACTCAAGCCAATCTTTCACAACTTACAAATGATTTAATGAAAGAGAAGCAATGATATTATAAAATTTATGCTTCTTCACCTTCTCTCCCTATAGAGAAGGGCAAAACTTTTTTTATGAAAATCTATATTAGATCCAAATCATTTCAAGTGATGCTACTTCACAAAGAACACACGGATGGACACATATTTAATTAATATATTCCTAAATAAACTTCAATACATGATGTCACTTTGTCCTTTGTAAATGAGAAATAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164557781 318 - 196418989 CACCCATTACATCAGGTAAATCTCTCACATTTAATTTACTATCCAAGCACTTTTACACTACTCAAGCCAATCTTTTGCAACTTACAAATGATTTAATGAAAGAGAAGCAATGATATTATAAAATTTATGCTTCTTCACCTTCTCTCCCTACAGAGAAGGGCAAAACTTTTTTCACGTAAATCTATATTAGATCCAAATCATTTCAAGTGATGCTACTCCACAAAGAACACAAGGATGGACACATATTTAATTAAAATATTCCTAAATAAACTTCAATACATGATGTCACTTTGTCCTTTGTAAATGAGAAATAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16422304 27 +  48129895 TCTCAATGTC-TTCTTATAAGTTAAGCC
s panTro2.chr21  15142130 27 +  46489110 TCTCAATGTC-TTTTTATAAGTTAAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164558099 25 - 196418989 TCTCAA--TC-TTTTTTTAAATTAAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 3

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 3 C 0
s rheMac2.chr3  164558284 36 - 196418989 ATCTGTGTaactaggtaacaggcagttaatggttca
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

a score=86104.000000
s hg19.chr21     16422524 24 +  48129895 TATTCTTTGACAAGGATAAGCTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16422548 23 +  48129895 TGAGACCAATCAGAACCTTCCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=550786.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=288844.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164558730 111 - 196418989 CATACTGTTATTTTTCCTTCCATTTACTTCATACAATTAGAAAAAAATGTTCTTACCACTCTCACTGTGGACTCACGTGACCACAGTACATCCTACCCTTAAAGCAAGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-23646.000000
s hg19.chr21     16422990 46 +  48129895 ATATGTGTGTATTGTTTatgtttcttattttctgtatattatgatg
s panTro2.chr21  15142816 46 +  46489110 ATATGTGTGTATTGTTTatgtttcttattttctgtatattatgatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14680063 46 +  48394510 ATATGTATGTATTGTTTatgtttcttattttctgtatattatgatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164558887 81 - 196418989 gctttgactcctttctggctgggaagagactgcccctccaggcgccagccaatgcttagaaaaggcaaaggactcagcgcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190737.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164563637 84 - 196418989 CATGTACATAGCTGTACTCTTTGTTTTTTTTTAATTCTCAGCTTGGAAATTATATTTCAAGTAATAGAATATTCAACAAATCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 14
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i rheMac2.chr3  C 0 I 5

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164564735 84 - 196418989 ATATTTGGCATCACATAGATTCACTGtattttaattcttttttttttttttttaaGAAAAGCATGGATCAGTTAAGGAAACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=-255325.000000
s hg19.chr21     16429797 46 +  48129895 AGCAGGACATCAGCGCTTTGAGAA----CTAGCATAAGCTGCTGCAGAAT
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a score=178543.000000
s hg19.chr21     16429843 36 +  48129895 CATCGACTGGCAACAATGTGCCTTCCCAGAGAGCCT
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a score=-117311.000000
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a score=1370357.000000
s hg19.chr21     16429914 133 +  48129895 GCTGCATGAGTTTTATGGCTACCAGGTTGGGAGCAAGG-TTTTTTAACGGCTTCCTGAATGTCAGATGGCAACTGGTTTTTTCTTCAAACAATGGCATATTCTTTAAGAAAATCAAATTATCAATGAAATTTgc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345495.000000
s hg19.chr21     16430047 30 +  48129895 catgtgaccacaggcaagttaactattctt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164571130 138 - 196418989 AAAATCCAAGTTCTACAGAGTTTGCAAATGCATGTAAAACAGGCATTAAACCTGGTTTTCAACTAACTTCCCACAGGCATTAAACCTGCCTTTTTCACCTAACTCATTTGAATAAAATCAACAACGAACAGTCCtttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-578828.000000
s hg19.chr21     16435343 32 +  48129895 TTTTTT--CTGTTATGTTCTGATGTATATTTTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=909101.000000
s hg19.chr21     16435375 58 +  48129895 TCACACTCCTAGGGCACTTTTAAAGGTAAGTTTGGAAAGAGGTCTTTCTCCACCAGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=854717.000000
s hg19.chr21     16435433 83 +  48129895 TATGAAACAGACTAGAACAACCAATCCTACAACCTGCAGGGCAGTAGCCGCTCCACTAATTGATTCTCCTTCTTTGTCTCTAG
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a score=676269.000000
s hg19.chr21     16435516 60 +  48129895 GAACTATGCCCAGGCAGAAAAAAAGTTACTGTAGGTGATGAAGCCAGTGCT-CCCTGAACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  C 0 I 329

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s ponAbe2.chr21  14693682  48 +  48394510 CCCGGGGTCGGGTGGGGGACGGGCGAGCTGTCCCTTTTCCTATTCACT
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e rheMac2.chr3  164572473 329 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164572473 329 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  164572473 329 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15156498  69 +  46489110 TGGACAGCAGGACCGAGAGAGACGAGGCGAGCGGTGCCCGGGGTTCGGGACCGAGAGGGCAAGCGAGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164572473 329 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  15156567 44 +  46489110 GGGGCAACCCCGACCCGGCCCCCCGAGCCCCCGTGTCCGGCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14693870 22 +  48394510 GGGGCAACCCCGACCCGGCC----------------------CT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164572846 63 - 196418989 GCGCAGGGGCCACGCGACGGCCGCCCCCTTGCCCAGAACTGGCACGGACGGGCGGGCCGACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14693892 63 +  48394510 GCGCAGGGGCCACGCGACGGCCGCCCCCTTGCCCAGAACTGGCACGCACGGGCGGGCCGACCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15156611 63 +  46489110 GCGCAGGGGCCACGCGACGGCCGCCCCCTTGCCCAGAACTGGCACGGACGGGCGGGCCGACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=22964.000000
s hg19.chr21     16436835 24 +  48129895 GGGGCCACTCCACAACTTgccggc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=31826.000000
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a score=-24965.000000
s hg19.chr21     16436924 7 +  48129895 GGAAAcg
s rheMac2.chr3  164573000 7 - 196418989 GGAAAcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=10046.000000
s hg19.chr21     16436931 19 +  48129895 cgccctccccgccgccccg
s panTro2.chr21  15156770 19 +  46489110 cgccctccccgccgccccg
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i rheMac2.chr3  C 0 I 39

a score=18554.000000
s hg19.chr21     16436950 39 +  48129895 acgcccccgcggcccTGCCAGCCAAGCGAGAGCCGACGC
s panTro2.chr21  15156789 39 +  46489110 acgcccccgcggcccTGCCAGCCAAGCCAGAGCCGACGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164573065 39 - 196418989 acgcccccgcggccctgcccgccaagccagcgccgaccc
i rheMac2.chr3  I 39 C 0
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a score=154150.000000
s hg19.chr21     16436989 63 +  48129895 GGGCCGCGCTCCCGGGCCGTTTCCGGCGGCGCCGGCGG-CCGCTACTCCTGGCGCCCTGGCCGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14694149 64 +  48394510 GGGCCGCGGTCCCTGGCCGTTTCCGGCGGCGCCGGCGGTTTTCTTCTCTTGGCGCCCTGGCCGC
i ponAbe2.chr21 I 79 C 0
s rheMac2.chr3  164573104 63 - 196418989 gggccgcgctccggggccgtttccggcggcgccggcgg-ccgctactctgggcgccctggccgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=139997.000000
s hg19.chr21     16437052 31 +  48129895 GGCCGTCACTCACCCCAGGCCGCCGCGGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-20013.000000
s hg19.chr21     16437083  33 +  48129895 CCAGCCTCCGGCTCCGTCAGGCTCGGTCCGCGA
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a score=28468.000000
s hg19.chr21     16437116  64 +  48129895 AGGCGCCTGCCGCCCCGTCCTGGCCCGGCGCCCCGGCGAGCTCTTCCCTCCGACCAGCGGCGCT
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a score=116724.000000
s hg19.chr21     16437180  43 +  48129895 CACGGCGCAGCggcggacgcgaggccacgggcggacgggcgcg
s rheMac2.chr3  164573295  43 - 196418989 CCCGGCGCAGCGGCGGACGCGAGGCCAcgggcggacgggcgcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=9956.000000
s hg19.chr21     16437223  25 +  48129895 cgcgggtggcgggcgggcgtggggc
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a score=-147504.000000
s hg19.chr21     16437248  26 +  48129895 cgggTCGTCCCTGCGCCTCGCCGCCG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=143598.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=362036.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=855234.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s hg19.chr21     16440626 252 +  48129895 ACTGTCATACCCCAGAGGACAGAATGTATCTTTCTCTTGGGGTCCTGGCTGTGATGTAAgggagttcagagaacattttgcagagaaaataatgcttccgctggccattaaaaggttaaaagaattagccatgtaggcaaagtgggaaaagaggttctcaggagaggacatagactgttc-aacagtagagaggtatgagaagacAAAAATATGCACTGAGAAGTATTGAGCCCATATTTACACTATGGAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-234326.000000
s hg19.chr21     16440878 42 +  48129895 AACTATGACACCTGAGTAGGGAGAAATATGTGTAATATAATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164577017 145 - 196418989 GATCACAGACAAATAGAACCCCAATGCAGTTACCTTATTAGCCACAGTCCCTTAGCCTCTGGAGcagcactgaccaataaaaac--aaagtgaaccacaaatgtgagccacatatggaatattaagttttctggtagatacattcaa
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a score=278242.000000
s hg19.chr21     16441066 30 +  48129895 aaagtacagaggaacaggtaaaattaatta
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s hg19.chr21     16441096 14 +  48129895 taataatgcacttt
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a score=950776.000000
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a score=879687.000000
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a score=522778.000000
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a score=-26776.000000
s hg19.chr21     16442590 35 +  48129895 AATCTCGTGTAATTTTTC-TTTTCACAAAGAATTTG
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a score=-44734.000000
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a score=268419.000000
s hg19.chr21     16442655 36 +  48129895 ATTGCATGCAattcaatggtggaaagaatcatcttt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164582159 227 - 196418989 caaaaatgtgtgatgagacaaaacctgaggaacttctgatatttataacaaagagctcttctggggactaattcattcccaggaggactaatccagtcctaccagagggaaatctcactgccaaaataatggcaccaagccattcaagagggacctgccgccatgagccaaacatctcctattaggccccacttcccagcaccactacactggggatcaaatttcTC
i rheMac2.chr3  C 0 I 2881

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164582386 2881 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164582386 2881 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164582386 2881 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164582386 2881 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164582386 2881 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  164582386 2881 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  164582386 2881 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164582386 2881 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164587657 181 - 196418989 TGGCCATAAGGCTCAGGTGAGGAATGAGGATTAGTGGTATTAGTCAAGTCACCAAAAACAGAGTTAGTAATTAAGGTACAAAAACTGTAGAAATGCTTTTTGATTAGCCTATGGGAATTCATGTGAAACATAATATTGCTGGCATGTGAAACAAAATAAATCCAGCAGGTAATGTCAGTAG
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a score=304641.000000
s hg19.chr21     16451132 22 +  48129895 TTACTGTTTTAAATTTTATGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-241586.000000
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a score=-240215.000000
s hg19.chr21     16451189 29 +  48129895 cacacacacacacacacaGCACTCTTGCA
s panTro2.chr21  15170974 29 +  46489110 cacacacacacacacacaGCACTCTTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708417 29 +  48394510 CACACACACACATACACAGCACTCTTGCA
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a score=378371.000000
s hg19.chr21     16451218 56 +  48129895 CTCCACACACATAATGTGCTTCGTGTTAACATTTTCTACTCATAGTCAATTAGGCA
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a score=-203795.000000
s hg19.chr21     16451274 36 +  48129895 AGTAACTAGTGGACATACACACACACAAACACAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708502 34 +  48394510 AGTAACTAGTGGACATACACACACAC--ACACAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588064 35 - 196418989 AGTAACTAGTGGACATACACACACACACACA-AAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=298568.000000
s hg19.chr21     16451310 39 +  48129895 TATACCTACAGCTTTGTCTTGCATCCTGCAAAACCAAAG
s panTro2.chr21  15171095 39 +  46489110 TATACCTACAGCTTTGTCTTGCATCCTGCAAAACCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708536 39 +  48394510 TATACCTGCAGCTTTGTCTTGCATCCTGCAAAACCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588099 39 - 196418989 TATACCTTCAGCTTTGTCTTGCATCCTGCAAAAACAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=594477.000000
s hg19.chr21     16451349 54 +  48129895 CCTTAGTTGTCCATGTATACTTGGAAGAACTGACCTGAAATGCCCTTCCAGAAG
s rheMac2.chr3  164588138 54 - 196418989 TCTTAGTTGTCCATGTATACTTGGAAGAACTGCCCTGAAATGCCCTTTCAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708575 54 +  48394510 CCTTAGTTGTCCGTGTATACTTGGAAGAACTGACTTGAAATGCCCTTCCAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15171134 54 +  46489110 CCTTAGTTGTCCATGTATACCTGGAAGAACTGACCTGAAATGCCCTTCCAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=789129.000000
s hg19.chr21     16451403 65 +  48129895 ACATATGTGTCTAGATCATTATGTTGCAACCCTTCGTTAGTTTTGAGTTTTTGCACTATTAAAAG
s rheMac2.chr3  164588192 65 - 196418989 ACATATGTGTCTAGGTCATTATGTTGTCACCCTTCATTAGTTTTGAGTTTTAATACTATTAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708629 65 +  48394510 ACATATGTGTCTAGATCATTATGTTACAACTCTTCATTAGTTTTGAGTTTTTGCACTATTAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15171188 65 +  46489110 ACACATGTGTCTAGATCATTATGTTGCAACCCTTCATTAGTTTTGAGTTTTTGCACTATTAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=379961.000000
s hg19.chr21     16451468 45 +  48129895 AAGAGCAAAGTGATCACCTTTTTAGTCTCTTATTCCATTACCATA
s rheMac2.chr3  164588257 45 - 196418989 AAGAGCAAAGTGATGACCTTTTTAGTCTTTTATTCCATTACCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708694 45 +  48394510 AAGAGCAAAGTGGTGACCTTTTTAGTCTCTTATTCCATTACCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15171253 45 +  46489110 AAGAGCAAAGTGATCACCTTTTTAGTCTCTTATTCCATTACCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=241457.000000
s hg19.chr21     16451513 43 +  48129895 GCTCAAGATGGGCTTCCTTTTATTCTTTGTCTATAAAAATATT
s rheMac2.chr3  164588302 43 - 196418989 GCTCAAAAAGGGCTTCCTTTTATTCTTCGTCTATAAAAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708739 43 +  48394510 GCTCAAGATGGGCTTCCTTTTATTCTTTGTCTATAAAAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15171298 43 +  46489110 GCTCAAGATGGGCTTCCTTTTATTCTTTGTCTATAAAAATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-416747.000000
s hg19.chr21     16451556 19 +  48129895 CTTATCCACCTGGAGAGTC
s panTro2.chr21  15171341 19 +  46489110 CTTATCTACCTGGAGAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708782 19 +  48394510 CTTATCTACCTGGAGAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588345 19 - 196418989 CTTATCTACCTGGAGAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=411897.000000
s hg19.chr21     16451575 39 +  48129895 AGGCCAAATACCACTCTCTACATAAAACTTTTCTTCCGG
s panTro2.chr21  15171360 39 +  46489110 AGGCCAAATACCACTCTCTACATAAGACTTTTCTTCCGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708801 39 +  48394510 AGGCCAAATACCACTCTCTACATAAAACTTTTCTTCCGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588364 39 - 196418989 AGGCCAAATACCACTCTCTACATAAAACTTTTCTTCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=654629.000000
s hg19.chr21     16451614 81 +  48129895 TATAATATTTCTCTTATACTTCTTTGTTAGTATTTCATCCAGGCTTGAATATGGTCACATTTCCAGATGCCCTTTTCTCGG
s panTro2.chr21  15171399 81 +  46489110 TATAATATTTCTCTTATACTTCTTTGTTAGTATTTCATCCAGGCTTGAATATGGTCACATTTCCAGATGCCCTTTACTCGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708840 81 +  48394510 TATAATATTTCTCTTATACTTCTTTGTTAGTATTTCATCCAGGCTTGAATATGGTCACATTTCCAGATGCCCTTTACTCGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588403 81 - 196418989 TATAATATGTTTCTTATACTTCTTTGTTAGTATTTCATCCAGGCTTGAATATGGTCATATTTCCAGATGCCCtttactctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=583343.000000
s hg19.chr21     16451695 82 +  48129895 TTGGACTGTCAGGTCCTGGAAGGCAGGGACTTTTGACAAATCTGGGAGCAGCTAAAGAGGCAGTGTCAGTAGAGGCGGCATT
s panTro2.chr21  15171480 82 +  46489110 TTGGACTGTCAGGTCCTGGAAGGCAGGGACTTTTGACAAATCTGGGAGCAGCTAAAGAGGCAGTGTCAGTAGAGGCGGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14708921 82 +  48394510 TTGGACTGTAAGGTCCTGGAAGGCAGGGACTTTTGACAAATCTGGGAGCAGCTGAAGAGGCAGTGTCAGTAGAGGCGGCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588484 82 - 196418989 ttggactgtaaggtcctggaaggcagggactTTTGACAAATCTGGGGGCAGTTAAAGAGGCATGGTCAGTAGAGGCGGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=47651.000000
s hg19.chr21     16451777 27 +  48129895 TGAGGCGCTGACCCATGACAGGAGGAG
s panTro2.chr21  15171562 27 +  46489110 TGAGGCGCTGACCCATGACAGGAGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709003 27 +  48394510 TGAGGTGCCGACCCATGACAGGAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588566 27 - 196418989 TGAGGTGCTGACCCATGACAGGAGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103324.000000
s hg19.chr21     16451804 30 +  48129895 CACGGGCTACAGCCGAGGACACACTGCTAG
s panTro2.chr21  15171589 30 +  46489110 CACGGGCTACAGCCGAGGACACACTGCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709030 30 +  48394510 CACGGGCAACAGCAGAGGACACACTGCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588593 30 - 196418989 CACGGGCGACAGCAGAGGACACACTGTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1836.000000
s hg19.chr21     16451834 23 +  48129895 CAGCCATAACGGTGGCAAGTGTT
s panTro2.chr21  15171619 23 +  46489110 CAGCCATAACAGTGGCAGGGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709060 23 +  48394510 CAGCCATAACAGTGGCAGGGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588623 23 - 196418989 CAGCCATAACAGTGGCAGGGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=503139.000000
s hg19.chr21     16451857 57 +  48129895 GAACAAGCAGAAAAGATGTAATAGTTGTGAAGT--------CAGAGGAGTAGTCAGCGACATTGG
s panTro2.chr21  15171642 65 +  46489110 GAACAAGCAGAAAAGATGTAATAGTTGTGAAGTTGTGAAGTCAGAGGAGTAGTCAGCGACATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709083 57 +  48394510 GAACAAGCAGAAAAGATGTAATAGATGTGAAGT--------CAGAGGAGTAGTCAGCGACATTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588646 57 - 196418989 GAACAAGCAGAAAAGATGTAACAGATGTGAAGC--------CAGAGGAATAGTCAGCGACATTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=600143.000000
s hg19.chr21     16451914 59 +  48129895 CCTGGGTCCTTCCGTGAGGAGCAGACTCGAATGCTAAAATACACTCCCATGCCTCTTCC
s panTro2.chr21  15171707 59 +  46489110 CCTGGGTCCTTCCGTGAGGAGCAGACTCGAATGCTAAAATACACTCCCATGCCTCTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588703 59 - 196418989 CCTGGGTCCTTCCGTGAGGAGCAGACTCAGATGCTAAAATACATTCCCATGCCTCTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16451973 43 +  48129895 CACAGCACTGCCACCACCTAGAATTAAATTTTTGACAGTAACA
s panTro2.chr21  15171766 43 +  46489110 CACAGCACTGCCACCACCTAGAATTAAATTTTTGACAGTAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709199 43 +  48394510 CACAGCACTGCCACCACCTAGAATTAAATTTTTGACAGTAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588762 43 - 196418989 CACAGCACTGCCACCAGCTAGAATTAAATTTTTGACAGTAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-149341.000000
s hg19.chr21     16452016 35 +  48129895 GCAATCGCGTGTTTTTAGGATGTATTCTTTATTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709277 45 +  48394510 TAAACTTTATTATTTAATGTTATTTCTCTGGGTAAATCCTTCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588840 45 - 196418989 TAAACTTTATCATCTAATACTGTTTCTCTGGATAAATCCTTCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=864029.000000
s hg19.chr21     16452096 89 +  48129895 ATCCCTAACACTGAATTCTAGGAAAAT-AGTCTCCCAGGAATCTTCTTAGTTGAGGGTAAGGAACTCTAGCAGATTGCTATTAAACAAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709322 90 +  48394510 ATCCCTAACACTGAATTCTAGGAAAATAAGTTTCCCAGGAATCTTCTTAGTTGAGGGTCAGGAACTCTAGCAGATTGCTATCAAACAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588885 89 - 196418989 ATCCCTAACACTGGATTCTAGGAAAAT-AGTTTCCCAGGAATCTTCTCAGTTGAGGGTCAGGGACTCTCGCAGATTGATATCAAACAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16452185 96 +  48129895 AACATGTAAGTGAATATCCTTACACATCAGTTCATTGTTAACAGACTATTtctctccttttaaccaagtattctcagtgattagcacagttccgac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709412 96 +  48394510 AAAATGTAAGTGAATATCCTTACACATCAGTTCATTGTTAACAGACTATTtctctccttttaaccaagtattctcagtgattagtacagttccgac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164588974 96 - 196418989 AAAATGTAAGTGAATATCCTCACACATGAGTTCATTGTTAagaaatgatttctctccttttgaccaagtattctcagtgatcagcacagttacaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16452281 26 +  48129895 cacacatataggtgtcaataaatatt
s panTro2.chr21  15172074 26 +  46489110 cacacatataggtgtcaataaatatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164589070 26 - 196418989 tacacatataggcttcaataaatatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=664348.000000
s hg19.chr21     16452307 43 +  48129895 taaatgagtgaCTaacaataaatagtatttacttggggcttat
s panTro2.chr21  15172100 43 +  46489110 taaatgagtgaCTaacaataaatagtatttacttggggcttat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709534 43 +  48394510 taaatgagtgaCTaacaataaatagtatttacttggggcttat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16452350 79 +  48129895 gcatgttgacatggtacaaaatactttacagatattgtgtcatttaatagtactgttattcctatctgatagataagta
s panTro2.chr21  15172143 79 +  46489110 gtatgttgacatggtgcaaaatactttacagatattgtgtcatttaatagtactgttattcctatctgatagataagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14709577 79 +  48394510 gtatgtcgacatggtacaaaatactttatagatactgtgtcatttaatagtactcttattcctatttgatagataagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164589139 79 - 196418989 gtatgtcaacatggtacaaaatacttcacagatattgtgtcttttaatagtactcttattcctatttgatagataagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1147198.000000
s hg19.chr21     16452429 100 +  48129895 aactggaccttgagagtgtaaataatttgttctaagttgcatagttagtaggtgggaaaattaggatttgaaccaaagaaacctacatgcagtgccataa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=346384.000000
s hg19.chr21     16452529 51 +  48129895 ctcttaacctgtatactacattatCTCCCAATACTGAAAACATGCAGGAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164589402 168 - 196418989 AGTCATTCTCTGGGTTAATTGTGCACCAAGAATAAAAAGCTAATTACGAGTACAAAGATGCAGGGCACTGCCCATTCTTACAAACAATTTGTTTTGGTAACAGTAACTAATTTTTACTTATTTTTGTACTTGAAATGGGATGGAGTGGGCTATCAATTTTTTAAACAT
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a score=2313129.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15172918 311 +  46489110 TGCAAACTGATATCACTGTCCCATTTTTCTGAAGAGGTCATCGTTTCCTGGCATTGAGCTATCTTGCTAGTGACTCAGAGTTTTTTATTTTATTCAACTTTTCCCAAAAGTTCGAGTCTAGGCTGATGATTTCAAAGTGTGATGGAAGCGAAGTGTTTCAGTTCAGTGAGTTTCAATGTCACAGTGAAATTTACCACGTTTTCCAGGAATCAGTTACACTGCCAGGTCGAGAGAGATTTCAATTATATTAGAGATGGAAATAATTTTGGATTTCTTACAGTTCTACTCTTAATTTCACTGTCCCATCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2137314.000000
s hg19.chr21     16453454 208 +  48129895 ATCATTTTATTGTCTCCAATCTACATTCTTTTACAGGTTAATATTTTCTCGTTACAGAATTTTAGATAAGCTATTGTCAGATATTTTCTTGGAGATCTCATACAAATAATTGAGTTGTACCACTTTCAAAAGTTTCAAAAGTGGAACCACTGGCATTTCCTGCCCAATAAGAGAGGATGCTCCTCATGGCCCTACCAGAACTAACTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14710691 208 +  48394510 ATCATTTTATTGTCTCCAATCTACATTCTTTTACAGGTTAATATTTTCTCATTACAGAATTTTAGATAAGCTATTGTCAGATATTTTCTTGGAGATCTCATACAAATAATTGAGTTGTACCACTTTCAAAAGTTTCAAAAGTGGAACCACTGGCACTTCCTGCCCAATAAGAGAGGATGTTCCTCATGGCCCTACCAGAACTAACTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164590253 208 - 196418989 ATCATTTTATTGTCTCCAATCTACATTCTGTTACAGGTTAATATTTTCTTGTTACAGAATTTTAGATAAGCCATTGCCAGATATTTTCTTGGAGATCTCGTAGAAATAATTGGGTTGTACCATTTTCAAAAGTTTCAAAAGTGGAACCACTGGCATTTACTGCCCAATAGCAGAGGATACTGCTCATGACCCTACCAGAACTAACTTG
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s hg19.chr21     16453662 43 +  48129895 GGTCTTCATAGAGAATGGGTGGCAAATTATCTCCATAAGACAC
s panTro2.chr21  15173455 43 +  46489110 GGTCTTCATAGAGAATGGGTGGCAAATTATCTCCATAAGACAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15173551 275 +  46489110 TCCCTCATTGCCTTCTGTGAGTAAAACCtattaattaagactcttctatgtacaaccaaacaattcaaactggtctggatgtttggggaatgggaattgaactgatttgcttcc-ttaagtgagaagtccaggagtttcagggatggcttcaggtggggctggtgtaggcaagagctccagcagtgccctggttttgcttcttctcagtcctcttggtggtagacttagctctccacccttggtatgttagcatcattctcagcttcattcacaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14710995 276 +  48394510 TCCCTCATTGCCTTCTGTGAGTAAAACCTATTAATTAAGACTCTTCTATGTACAACCAAACAATTCAAACTGGTCTGGATGTTTGGGGAATGGGAATTGAACTGATATGCTTCCGTtaagtgagaagtccaggagtttcagggatggtttcaggtggggctggtgtaggcaagagctccagtgttgccctggttttgcttcctctcggtcctctttgtggtagacttagctctccacccttggtatgttagcatcattctcagcttcattcacaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164590556 274 - 196418989 TCCCTCATTGCCTTCTGTGAGTAAAACCTATTCATGAAGACTCTTCTATGGACAACCAAGTAATTCCAACTGGTCTGGCTGTTTGGGGGATGGGAATTGAACTGATTTGCTTCT-GTAAGTGAGAATTCCAGGAGTTTCAGGGATGGCTTCAGCTGGGGCTGGTTTAGGCCAGAGCTCAAGCAGTGCCCTGGTTTT-CTTCCTCTCAGTCCACTTCATGGCAGACTTAGCTCTCCACCCTTGGCATGTCAGCATCATTCTCAGCTTCATTCGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16454048 40 +  48129895 tctccagcctttaaattccccaaattcctagaccagcaga
s panTro2.chr21  15173841 40 +  46489110 tctccagcctttaaattccccaaattcctagaccagcaga
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164590845 40 - 196418989 TCTCCAGCCTTTGAATTTCCCAAATTTCTAGACCAGTAGA
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a score=1355233.000000
s hg19.chr21     16454088 118 +  48129895 aaaggacaaatgatattcctcataaggacaatataaaatttccccaaaatcaatgtcactggctttgattggcctgacttggccatgagctcactgggaagcaattactgtggccagg
s panTro2.chr21  15173881 118 +  46489110 aaaggacaaatgatattcctcataaggacaatataaaatttccccaaaatcaatgtcactggctttgattggcctgacttggccatgagctcactgggaagcaattactgtggccagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14711326 118 +  48394510 aaaggacaaatgatattcctcataaggacaatataaaatttccccaaaatcaatgtcactggctttgattggcctgatttgcccatgagctcactgggaagcaattactgtggccagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164590885 118 - 196418989 AAAGGACAAATGATGTTCCTCGTAAGGACAACATAAAATCCCCCCGAAATCAATGTCActggctttgattggcctgacttggccatgagctcactgggaagcaattactgtggccagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1045082.000000
s hg19.chr21     16454206 93 +  48129895 aaagtgtgatgctctgattggccagttctggattacaggccatccctggagtcatggtagtgttttctccacaggggccatgagaaccgaaac
s panTro2.chr21  15173999 93 +  46489110 aaagtgtgatgctctgattggccagttctggattacaggccacctctggagtcatggtagtgttttctccacaggggccatgagaactgaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164591003 93 - 196418989 aaagcgtgatgctctgattggctcgttctggattccaggccacctctggagtcctggttgtgttttctccacaggggccatgagaactgcaac
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a score=32384.000000
s hg19.chr21     16454299 24 +  48129895 tggaggagccagttcccaaataga
s panTro2.chr21  15174092 24 +  46489110 tggaggagccagttcccaaataga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14711537 24 +  48394510 tggagaagccagttcccaaataga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164591096 24 - 196418989 tggaggagccagttcccaaacaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=202045.000000
s hg19.chr21     16454323 20 +  48129895 tcagctagatacagttatga
s panTro2.chr21  15174116 20 +  46489110 tcagctagatacagttatga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 271

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s hg19.chr21     16454343 73 +  48129895 gaataggatgaatggatagtggCAACTACTAAACAGCACCATTTCAGTTATTCATCCTACTTATTCACACGTT
s rheMac2.chr3  164591401 73 - 196418989 gaagaggatgaatggatagtggCATCCACTAAACAGTGCCGTTTCAGGTATTCATCCGACTTATTCATCTGTT
i rheMac2.chr3  I 271 C 0
s ponAbe2.chr21  14711581 73 +  48394510 gaataggatgaagggatagtggCATCTACTAAACAGCGCCATTTCAGTTATTCATCGTACTTATTCATATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15174136 73 +  46489110 gaataggatgaatggatagtggCAACTACTAAACAGCACCATTTCAGTTATTCATCCTACTTATTCATATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16454416 24 +  48129895 TGGATATTTTCTCTTTCTCTTTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=406439.000000
s hg19.chr21     16454440 49 +  48129895 AGTTCTTTTAACAAGCATATTAAACACTCGGTCTCTGTTTTTCTTTGGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=380428.000000
s hg19.chr21     16454489 70 +  48129895 CCTGTTTGCTTTGAAGCTGTCATCTTACATCTGGCTTTTTTATATTTACTCTTGGGTCATGCCTACATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14711727 70 +  48394510 CCTGTTTGCTTCGAAGCTGTCATGTTACATCTGGCTTTTTTATATTTCCTCTTGGGTCATGCCTACATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1130790.000000
s hg19.chr21     16454559 131 +  48129895 TGCTTTGTCCTTTTTACATATTATTAAATTTTGTTATCATTGTTTTCTTTGGTTACTGTCCTGAAACATCTAATTTCAACATCTGCTAATGTATTCATTTCTTCATATTATGTTGCCTGGATTTGGGGATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=395610.000000
s hg19.chr21     16454690 25 +  48129895 AATATTGAAAAGTTGAATGAGTGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16457661 9 +  48129895 GGTGATATC
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s hg19.chr21     16457756 65 +  48129895 CTGGGGTGGTCAGAGTGAAAAAGTACGGCATGAACCAC----TGTACGCAGAAAATCATAGAAATTGTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16458753 84 +  48129895 TGCAGCCAGCACTCTTTAACCTTTCAATTTTGTTATCTAGAGCCACAGTCCTTAGGTACCAGGCATAAAGACTGGCTATGACCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14715997 84 +  48394510 TGCAGCCAGCACTCTTTATCCTTTCAATTTTGTCATCTAGTGCCACAGTCCATAGGCACCAGGCATAAAGACTGGCTATGACCT
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s rheMac2.chr3  164595792 84 - 196418989 TGCAGCCAGCACTCTTTAACCTTCAAATTTTGTCATCTAGTGCCACAGTCCACAGGTACCAGGCATAAAGACTAGCTATGACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=441633.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14716081 68 +  48394510 CAGGTATCTTGGAAGGCTGGGGAGAGGGTAGGTCAGCAAGGTTCAGTGTTTGTGGACAGAATGGGTGA
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a score=1240368.000000
s hg19.chr21     16458905 89 +  48129895 TGATGCTCACACAGGATTGGCAGAGATGTTTAATCCAATTGTTAATTTAAGTATTATTTATGTCAACAACGGGTTGCTAGGTAAGCATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164595944 89 - 196418989 TGATGCTCACACAAGATTGGCACAGATGTTTAACCCAATTGTTAATTTAAGTATTATTTATGTCAACAATGAGTTGCTAGTTAAGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=113998.000000
s hg19.chr21     16458994 20 +  48129895 CGGTACAAGTTCTTCAACCA
s panTro2.chr21  15178778 20 +  46489110 CAGTACAAGTTCTTCAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14716238 20 +  48394510 CAGTACAAGTTCTTCAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596033 20 - 196418989 CAGTACAAGTTCTTCAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1521885.000000
s hg19.chr21     16459014 122 +  48129895 TTTCAGGAGATAATACCACTCAGAGTAAATTGCATTTAAGGACAAAAGAGCAGGTCAACAGACCCCCTGAATTATATATTTTAATCTGAGCTCAAACTGGAAGCAAAAAATCATCTGTAAGT
s panTro2.chr21  15178798 122 +  46489110 TTTCAGGAGATAATACCACTCAGAGTAAATTGCATTTAAGGACAAAAGAGCAGGTCAACAGACCCCCTGAATTATATATTTTAATCTGAGCTCAAACTGGAAGCAAAAAATCATCTGTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14716258 121 +  48394510 TTTCAGGAGATAATACCACTCGGTGTAAATTGCATTCAAGGACAAAAGAGCAGGTCAACAGACCCCCTGAATTATATATTTTAATCTGAGCTCAAATTGGAA-CCAAAAATCATCTGTAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596053 122 - 196418989 TTTCAGGAGATAATACCACTCAGTGTAAATTGCATTTAAGGACAAAAGAGCAGGTCAACAGACCCCCTGCATTATATATTTTAATCTGAGCTCAAACTGGAAGCAAAAAGTCATCTGTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=96828.000000
s hg19.chr21     16459136 12 +  48129895 ACAAGTGTTTAT
s panTro2.chr21  15178920 12 +  46489110 ACAAGTGTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596175 12 - 196418989 ACAAGTGTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=513172.000000
s hg19.chr21     16459148  98 +  48129895 TTTCATAAATGTA-TTTTTTCATAAAACACATTAGTAGCTAAAAGCTAACAGTTTACTTATAAAGCTATTAAAAGTTAAATAACTTTTCTA-AGAAAATT
s panTro2.chr21  15178932  98 +  46489110 TTTCATAAATGTA-TTTTTTCATAAAACACATTAGTAGCTAAAAGCTAACAGTTTACTTATAAAGCTATTAAAAGTTAAATAACTTTTCTA-AGAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=2942116.000000
s hg19.chr21     16459246 111 +  48129895 AGTGCATCAGAAATAGACCTGAAACTAAACCCCCAAATATCCAATATTGAGTCTTTTACCTGGCTAGATTATTGACCATCATACAGCTTAAATTTATCTTATTGATCGAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596287 111 - 196418989 AGTGCATCAGATATAGACCTGAAACTAAACCCCCAAATATCCAATATTGAGTCTTTTACCTGGCTAGATTATTGACCATCATATGGCTTAAATTTATCCTATTGATCTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1014690.000000
s hg19.chr21     16459357 38 +  48129895 AAGATAAAAGGAGATGAAATTTCCTGGAAAAAGGATGA
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s ponAbe2.chr21  14716601 38 +  48394510 AAGATAAAAAGAGATGAAATTTCCTGGAAGAAGGATGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=938991.000000
s hg19.chr21     16459395 28 +  48129895 CTATTTCTTTAGTATCAATATTTTTATT
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s panTro2.chr21  15179207 213 +  46489110 TGACATCTGTCAAGTCAAACCCATATTTGTTTTTAGTCATTCTAAGTTATTAAAAACTATTGTTTTATGCTATCTTTTTGGAAGGCAAAACCATCGATCTTTCTGGAAAAATTACAATTAAGCATGTTTGATCACCCTTTTCCATGACCCAGCTCTATCCATCTTGGAGGTAAAAAAAAAAAAAAAA-------GCTATAGAAAAGATGTAGGTCATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14716667 212 +  48394510 TGACATCTGTCAAGTCAAACCCATATTTGTTTTTAGTCATTCTAAGTTATTAAAAACTATTGTTTTATGCTATCATTTTGGAATGCAAAACCATCGATCTTTCTGGAAAAATTACAATTAGGCATGTTTGATCACCCTTTTCCATGACCCAGCTCTATCCATCTTGGAGGTAAAAAAAAAAAAAAA--------ACTATAGAAAAGATGTAGGTCATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596464 204 - 196418989 TGACATCTGTCAAGTCAAACCCACATTTGTTTTTAGTTATTCTAAGTTATTAAAAACTATTATTTCATGCTATCATTTTGGAAGGCAAAACCATCGATCTTTCCGGAAAAATTACAATTAGGCGTGTTTGATCACCCTGTTCCATGGCCCAGCTCTATCCATCTTGGAGGTAAAAAAA----------------ACTATAGAAAAGATGTAGGTCATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6395547.000000
s hg19.chr21     16459643 176 +  48129895 TAAGAAAAATGGTTCTTCAAAGCTCTATTGATTGCCAAAAAAACTATTACTGTGAAAAGAGAAATCTTCAACTACTCCTAAAATAATTGGCTGGACATATGTTATATGTGACCCAATGGCACAAAAAAGAATTTCATTTAATCAACAAAATAGATCTTTCACATAAAAGTTGGCCT
s panTro2.chr21  15179420 176 +  46489110 TAAGAAAAATGGTTCTTCAAAGCTCTATTGATTGCCAAAAAAACTATTACTGTGAAAAGAGAAATCTTCAACTGCTCCTAAAATAATTGGCTGGACATATGTTATATGTGACCCAATGGCACAAAAAAGAATTTCATTTAATCAACAAAATAGATCTTTCACATAAAAGTTGGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14716879 175 +  48394510 TAAGAAAAATGGTTCTTCAAAGCTCTATTGATTGCC-AAAAAACTGTTACTGTGAAAAGAGAAATCTTCAACTACTCCTAAAATAATTGGCTGGACATATGTTATATGTGACCCAATGGCACAAAAAAGAATTTCATTTAATCAACAAAATAGATCTTTCACATAAAAGTTGGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596668 176 - 196418989 TAAGAAAAATGGTTCTTCAAAGCTCTATTGATTGCCAAAAAAACTATTACTGTGAAAAGAGAAATCTTCAACTACTCCTAAAATAATTGACTGGACATATGTTATATGTGACCCAATGGCACGAAAAAGAATTTCATTTAATCAACAAAATAGATCTTTCACATAAAAGTTGGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2159620.000000
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s panTro2.chr21  15179596 78 +  46489110 CTCATAATGACATACAATAATCACCAATTTTATAGTGGGCTCCAATATTAAAGAAGCCCTTCTGAAAGCAATTGACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717054 78 +  48394510 CTTATGATGACATACAATAATCACCAATTTTATAGTGGGCTCCAATATTAAAGAAGCCCTTCTGAAAGCAATTGACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596844 78 - 196418989 CTTATAATGACATACAATAATCACCAATTTTATAGTGGGCTCCAATATTAAAGAAGCCCTTCTGAAAGCAATTGACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1082978.000000
s hg19.chr21     16459897 62 +  48129895 TAAAGTGGTCTCTGTTTTAACATCATGAGATTCACCTACTGTCCAAACTAAATTGTCTCGGT
s panTro2.chr21  15179674 62 +  46489110 TAAAGTGGTCTCTGTTTTAACATCATGAGATTCACCTACTGTCCAAACTAAATTGTCTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717132 62 +  48394510 TAAAGTGGTCTCTGTTTTAACATCATAAGATTCACCTACTGTCCAAACTAAATTGTCTCGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596922 62 - 196418989 TAAAGTGGTCTCTGTTTTAACATCATGAGATTCACCTACTATCCAAACTAAATTGTCTCGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1591508.000000
s hg19.chr21     16459959 94 +  48129895 CAGTTGCACTGTGGACTGGGTGGCCAGAAAGTCCCCAGGTTAGAAGATCTTTCAGAGAGGTGTCTATTCCAATAAGCCCTGTTGGTTTATGTGA
s panTro2.chr21  15179736 94 +  46489110 CAGTTGCACTGTGGACTGGGTGGCCAGAAGGTCCCCAGGTTAGAAGATCTTTCAGAGAGGTGTCTATTCCAATAAGCCCTGTTGGTTTATGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717194 94 +  48394510 CAGTTGCGCTGTGGACTGGATGGCCAGAAGGTCCCCAGGTTAGAAGATCTTTCAGAGAGGCGACTATTCCAATAAGCCCTGTTGGTTTATGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164596984 94 - 196418989 CAGTTGCACGGTGGACTGGATGACCAGAAGATGCCCAGGTTAGAAGAGCTTTCAGAGAGGCGTCTATTCCAATAAGCCCTGTTGGTTTATGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16460053 36 +  48129895 TTGTGGCATCTGCTTGGTGCCGAGTGCCCAGGATTT
s panTro2.chr21  15179830 36 +  46489110 TTGTGGCATCTGCTTGGTGCCGAGTGCCCAGGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717288 36 +  48394510 TTGTGGCATCTGCTTGGTGCCGACTGCCCAGGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597078 36 - 196418989 TGGTGGCATCTGCTTGGTGCCGACTGCCCAGGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331165.000000
s hg19.chr21     16460089 46 +  48129895 CATATGCAAATTGAACAAAATAGATAGCCACCCACAATTTTTTAAA
s panTro2.chr21  15179866 46 +  46489110 CATATGCAAATTGAACAAAATAGATAGCCACCCACAATTTTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717324 46 +  48394510 CGTATGCAAATTGAACAAAATGGATAGCCACCCACAATTTTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597114 45 - 196418989 -GTACACAAATTGAACAAAAAGGACAGCTACCTACAATTTTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-305776.000000
s hg19.chr21     16460135 18 +  48129895 TGGATTTTTTTTTT--------TTTA
s panTro2.chr21  15179912 15 +  46489110 TGGATTTTTTTTTA-----------A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717370 17 +  48394510 TGGATTTTTTTTTA---------AAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597159 26 - 196418989 CGGATTTTTTTTTTTTTTTTGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=504240.000000
s hg19.chr21     16460153 50 +  48129895 AAGAGTAGATTGGGATTTAGAAATTATTGGCCACAATCTGAGAAGGCcac
s panTro2.chr21  15179927 50 +  46489110 AAGAGTAGATTGAGATTTAGAAATTATTGGCCACAATCTGAGAAGGCcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717387 50 +  48394510 AAGAGTAGATTGAGATTTAGAAATTATTGGCCACAATCTGAGAAGGCcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597185 50 - 196418989 AAGAGTAGATTGAGATTTAGAAATTATTGGCCACAATCTGAGAAGGCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-72158.000000
s hg19.chr21     16460203 31 +  48129895 tttttttaccctgggttttttaatctagaaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717437 31 +  48394510 tttttttaccctcggttttttaatctagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597235 31 - 196418989 TTTTTTAACCCTCAATTTTTTAATATAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=642303.000000
s hg19.chr21     16460234 76 +  48129895 aatgaggagggaattgaattaataatgtctaattcctttcttacctctaagatgctgtgattttgtTAATGCATAT
s panTro2.chr21  15180008 76 +  46489110 aatgaggagggaattgaattaataatgtctaattcctttcttacctctaagatgctgtgattttgtTAATGCATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717468 76 +  48394510 aatgaggagggaattgaattaataatgtctaattcctttcttacctctaagatgctgtgattttgtTAATGCATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597266 74 - 196418989 A--GAGGAGGGAATTGAATTAATAATGTCTAATTCCTTTCTTACCTCTCAGATGCTGTGATTTTGTTAATGCACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597340 109 - 196418989 TAATGCTTGTTGATATGTTACTGATGACAATAGTTCATGTGTGTTCATCTGTTGAAGCATTTTCTTTCTCATCCAAGGTGAGATCACTTTTATCACGACTTTCAGTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616711.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597500 46 - 196418989 CACTTAAAGTTAGCCGAAATGAAAATTTTGTGAACAAAAATTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1095734.000000
s hg19.chr21     16460516 100 +  48129895 CAATGTCAATAAAAGTAAAATAATGTAGGGCAATAGTTTTTCCCTTATTTACAAGAAA-TTTTTGAAGACATGGCATTTGTGACCCAGCTGAGAATTCTCC
s panTro2.chr21  15180290 100 +  46489110 CAATGTCAATAAAAGTAAAATAATGTAGGGCAATCGTTTTTCCCTTATTTACAGGAAA-TTTTTGAAGACATGGCATTTGTGACCCAGCTGAGAATTCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717750 100 +  48394510 CAATGTCAATAAAAGTAAAATAATGTAGAGCAATAGTTTTTCCCTTATTTACAGGAAA-TTTTTGAAGACATGGCATTTGTGACCCAGCTGAGAATTCTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597546 101 - 196418989 CAATGTCAATAAAAGTAAAATAATGTAGGGCAATGGTTTTTCCCTTATTTACAGGAAATTTTTTGAGGACATGGCATTTGTGACCCAGCTGAGAATTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=386089.000000
s hg19.chr21     16460616 59 +  48129895 TGGTTTATGTAGTGAGGGAGGGAAGAGAGGAGAGATGCTATTTGCTCGGAAGTAATTAG
s panTro2.chr21  15180390 59 +  46489110 TGGTTTATGTAGTGAGGGAGGGAAGAGAGGAGAGATGCTATTTGCTCAGAAGTAATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717850 59 +  48394510 TGGCTTATGTAGTGAGGGAGGGAAGAGAGGAGAGATGCTATTTGCTCAGAAGTAATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597647 59 - 196418989 TGGTTTATGTAGTGAGGGAGGGAAGAGACAAGAGATGCTATTTGCTCAGAAGTAATTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=526329.000000
s hg19.chr21     16460675 42 +  48129895 CAATCTGCAACCACTCATCAGTGAAGAAATGAAACTAAAGCC
s panTro2.chr21  15180449 42 +  46489110 CAATCTGCAACCACTCATCAGTGAAGAAATGAAACTAAAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717909 42 +  48394510 CAATCTGCAACCACTCATCAGTGAAGAAATGAAACTAAAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597706 42 - 196418989 CAATCTGCAACCACTCATCAGTGAAGAAATGAAACTAAAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=455096.000000
s hg19.chr21     16460717 49 +  48129895 ACCTGTCAAAATTAGAACTATAAAAATACATTAACTACCACGAAGTATT
s panTro2.chr21  15180491 49 +  46489110 ACCTGACAAAATTAGAACTATAAAAATACATTAACTACCATGAAGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14717951 49 +  48394510 ACCTGTCAAAATTAGAACTATAAAAATACATTAACTACCATTAAGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597748 49 - 196418989 ACCTGTCAAAATTAGAACTATAAAAATACATTAACTACCATTAAGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-78213.000000
s hg19.chr21     16460766 26 +  48129895 ATAAACAAATAGCCAGTTTAAAATAA
s panTro2.chr21  15180540 26 +  46489110 ATAAATAAATAGCCAGTTTAAAATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14718000 26 +  48394510 ATAAATAAATAGCCAGTTTAAAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597797 26 - 196418989 ATAAATAAATGGCCAGTTTAAAATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=772013.000000
s hg19.chr21     16460792 68 +  48129895 AGTAGTTGCTATATTGAAAAATCAGGATTGTCTATTATTGTTCCCAAGCATATTTAAATAGGTATTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1858969.000000
s hg19.chr21     16460860 99 +  48129895 ACAAGTATTCCCTTGATTTTCTCATTATCTTCACCCTGAAATTGATTCTGTGTCTATAGGTGGCTACTGGTTCAATTACTTTTAGTCAAATCTCTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=891697.000000
s hg19.chr21     16460959 66 +  48129895 ATGCCATCTTGATCATTCAGTCATGACCAGCTAATCACATTGGTAACTTATTCAACATGAATGACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14718193 66 +  48394510 AGGCCATCTTGATCATTCAGTCATGCCCAGCTAATCACATTGGTAACTTATTCAACATGAATGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164597990 65 - 196418989 -GTCCATCTTGATCATTCAGTTATGCCCAGCTAATCACACTGGTAACCTATTCAATGTGAATGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1279243.000000
s hg19.chr21     16461025 77 +  48129895 CAGTGAAAAGACCAC-AAAATCTCAAAGTCAGCTGTTTTCCCCATGGGTCTTCCTTCATATAAACACAGGACAAAGGT
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a score=1975521.000000
s hg19.chr21     16461102 148 +  48129895 ACGCTTTACATCCATTCATTTTAAATTACCAAAATGTCTCTGGTTTTCATGACTGCAGACTATAGAGTACAGATTTCAGGTAAGCTAGTTTTCTCTCAGATTGCCAAAGAAATGCAAAATTGCCTTTACTATTAAATTACATTTAACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14718336 148 +  48394510 ACACTTTGCATCCATTCATTTTAAATTACCAAAATGTCTCTGGTTTTCATGATTGCAGACTATAGTGTACAGGTTTCAGGTAAGCTAGTCTTCTCTCAGATTGCCAAAGAAATGCAAAATTGCTTTTACTATTAAATTACATTTAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164598133 148 - 196418989 ACACTTTGCATTCATTCATTGAAAATTACCAAAATATCTCTAGTGTTCATGACTGCAGACTATGGAGTACAGATTTCAGGTAAGCTAGTTTTCTCTCAGATTGCCAAAGAAATGCAAAATTGCCTTTACTATTAAATTACATTTAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=427974.000000
s hg19.chr21     16461250 40 +  48129895 ATTCAATCTATCTGTAACTTCATTTCTTTCTTACATACAC
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s panTro2.chr21  15182781 151 +  46489110 ataatagcaaaatttggagaacctaagtaactacaaatgggagaatagactaattatgatgtgtttgcataatagaattccatacagcagttacaacgtataaactagatgtgtaggcaacaatatggacaaaactaaaaagtcatgatga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720231 150 +  48394510 ataatagcaaaatttggaaaacctaagtaactacaaatgagagaatagacaaattatgatgtgtttatataatagaattccatacagcagttacaaggtataaactagatgtgtaggcaacaatatggacaaaact-aaaagtcattatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600068 151 - 196418989 ataatagcaaaatttggaaatcctaagtaactacaaataagagaatagactaattatgatgtgtttgtataatagaattccatacagcagttacaaggtataaactagatgtgtaggcaacaatatggacaaaattaacaagtcatgatga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163685.000000
s hg19.chr21     16463124 58 +  48129895 atgataacggtaaattgcagaagtatatatgcacaatgattccattcatgtaatgttt
s panTro2.chr21  15182932 58 +  46489110 atgataacggtaaattgcagaagtatatatgcacaataattccattcatgtaatgttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720381 58 +  48394510 atgataacagtaaattgcagaagtacatatgcacaatgattccattcatgtaatgttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600219 58 - 196418989 atgataacggtaaatcgcagaagtatatatgcacaatgattccattcatataatgttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-88079.000000
s hg19.chr21     16463182 8 +  48129895 aaaaacaa
s rheMac2.chr3  164600277 8 - 196418989 aaaaacaA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720439 8 +  48394510 aaaaacaA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15182990 8 +  46489110 aaaaacaA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=250005.000000
s hg19.chr21     16463190 38 +  48129895 tatcacttctggattatggttatccctgaggaggtggg
s panTro2.chr21  15182998 38 +  46489110 TATCACTTCTGGATTATGGTTATCCCTGAGGAGGTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720447 37 +  48394510 TACCACTTCTGG-TTATGGTTATCCCTGAGGAGGTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600285 38 - 196418989 TACCACTTCCGGATTATGGTTATCCCTGAGGAGGCGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=451834.000000
s hg19.chr21     16463228 87 +  48129895 gagggaagcacagagggatgggaatagaatgagggatgatataaagaggtgtcaataatatctctaacattctagttcttaGAAAGA
s panTro2.chr21  15183036 87 +  46489110 GAGGGAAGCACAGAGGGATGGGAATAGAATGAGGGATGATATAAAGAGGTGTCAATAATATCTCTAACATTCTAGTTCTTAAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720484 87 +  48394510 GAGGGAAGCACAGAGGGATGGGAATAGAATGAGGGATGATATAAAGAGGTGTCAATAATATCTCTAACATTCCAGTTCTTAAAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600323 86 - 196418989 GAGGGAAGCACAGAGGGATGGGAATAGAATGAGGGATGATATAAAGAGGTGTCAATCATGTCTCTAAAATTCTA-TTCTTAAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=236993.000000
s hg19.chr21     16463315 31 +  48129895 ATACAATTTCAGaagcacatttggcaaaata
s panTro2.chr21  15183123 31 +  46489110 ATACAACTTCAGaagcacatttggcaaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720571 31 +  48394510 AAACAATTTCAGaagcacatttggcaaacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600409 31 - 196418989 AAACAATTTCAGaagcacatttggcaaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135583.000000
s hg19.chr21     16463346 17 +  48129895 ctaacatttgttatatc
s panTro2.chr21  15183154 17 +  46489110 ttaacatttgttatatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720602 17 +  48394510 ttaacatttgttatatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600440 17 - 196418989 ttaacatttgttatatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=468313.000000
s hg19.chr21     16463363 96 +  48129895 tgggtggtgggtaaacaaatatgtgttatattcatctctgtagttttctgtatgtttgaaatGTTTTATGATTTTAAAATGCTTAAATATTATTTA
s panTro2.chr21  15183171 96 +  46489110 tgggtggtgggtaaacaaatatttgttatattcatctctgtagttttctgtatgtttgaaatgttttatgatTTTAAAATGCTTAAATATTATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720619 96 +  48394510 tgggtggtgggtaaacaaatatttgttatattcatctctgtagttttctgtatgtttgaaatGTTTTATGATTTTAAAATGCTTAAATATTATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600457 96 - 196418989 tgggtggtgggtaaacaaatatttgttatatccatctctgtagttttctgtatgtttgaaatGTTTTATGATTTTAAAATGCTTAAATATGATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=431388.000000
s hg19.chr21     16463459 97 +  48129895 AAAGTTCTACTGTAAATGTCAGGGAGAAGAG-CTTAAGCATTTGTTTTGGGGTGCCAGGGGGGAAGGTAGGAAGGTGGAAATTGAGAAAACTTGGGAA
s rheMac2.chr3  164600553 98 - 196418989 AAAGTTCTCCTGTAAATGTCACGGAGAGGAGACTTAAGCATTTGTTTTGAGGTGTCAGGGGAGAAGGTAGGAAGGTGGAAATTGAGAAAACTTGGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720715 98 +  48394510 AAAGTTCTACTGTAACTGTCAGGGAGAAGAGACTTCAGCATTTGTTTTGGGGTACCAGGGGGGAAGGTAGGAAGGTGGAAATTGAGAAAACTTGGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15183267 97 +  46489110 AAAGTTCTACTGTAAATGTCAGGGAGAAGAG-CTTAAGCATTTGTTTTGGGGTGCCAGGGGGGAAGGTAGGAAGGTGGAAATTGAGAAAACTTGGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31077.000000
s hg19.chr21     16463556 9 +  48129895 ATGGTGGGG
s rheMac2.chr3  164600651 9 - 196418989 ATGGTGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720813 9 +  48394510 ATGGTGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15183364 9 +  46489110 ATGGTGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-688867.000000
s hg19.chr21     16463565 45 +  48129895 AAAAGCTTTACTGTCTGTCACAGGAAATTGGCATCTCTTCAGGAA
s rheMac2.chr3  164600660 45 - 196418989 AAAAGCTTTACTGCCTGTCACAGGAAATTGGCATCTCTTCAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720822 45 +  48394510 AAAAGCTTTACTGTCTGTCACAGGACATTGGCATCTCTTCAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15183373 45 +  46489110 AAAAGCTTTACTGTCTGTCACAGGAAATTGGCATCTCTTCAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1220721.000000
s hg19.chr21     16463610 128 +  48129895 TGGAGAGTACGTATGTACTGACACTTTCATTTGTCAAAAGCCAGGTGTGAATGGCACGGACTTTGCTTAGTCTTTGTCTGTCTGACTATGCCAGGTGGACATCTCCCATAGTGCCCCAGGATGGCCAG
s rheMac2.chr3  164600705 122 - 196418989 TGGAGAGTACTTACGCACTGACACTTTCATTAGTCAAAAGGCAGGTGTGAATGACACGGACTTTGCTTAGTCTTTGTCTG------TATGCCAGGTGGACATCTCCGATAGTACCCCAGGATGGCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720867 128 +  48394510 TGGAGAGTACGTATGTACTGACACTTTCACTTGTCAAAAGCCAGGTGTGAATGACACGGACTTTGCTTAGTCTTTGTCTGTCTGACTATGCCAGGTGGACATCTCCCATAGTGCCCCAGGATGGCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15183418 128 +  46489110 TGGAGAGTACGTATGTACTGACACTTTCACTTGTCAAAAGCCAGGTGTGAATGGCACGGACTTTGCTTAGTCTTTGTCTGTCTGACTATGCCAGGTGGACATCTCCCATAGTGCCCCAGGATGGCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=351661.000000
s hg19.chr21     16463738 39 +  48129895 AAATAGAAAGGCCCAGGTTGTTTCATGAAAATGCTATTG
s panTro2.chr21  15183546 39 +  46489110 AAATAGAAAGGCCCAGGTTGTTTCATGAAAATGCTATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14720995 39 +  48394510 AAATAGAAAGGCCCAGGTTGTTTCACGCAAATGCTGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600827 39 - 196418989 AAATAGGAAGGCCCAGGTTGTTTCATGCAAATGCTGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-149058.000000
s hg19.chr21     16463777 30 +  48129895 GAAATTACATTCTTCTGGGTCCTAAGACAC
s panTro2.chr21  15183585 30 +  46489110 GAAATTACATTCTTCTGGGTCCTAAGACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721034 30 +  48394510 GAAATTACAGTCTTCTGGGTCCTAAGACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600866 30 - 196418989 GAAAGTACATTCCCCTGGGCCCTAAGACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135805.000000
s hg19.chr21     16463807 42 +  48129895 CTATTTTCAAACCTGTTACCACTGGCACACATGCCCACACAA
s panTro2.chr21  15183615 42 +  46489110 CTATTTTCAAACCTGTTACCACTGGCACACATGCCCACACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721064 42 +  48394510 CTATTTTCAAATCTGTTACCACTGGCACACATGCCCACACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600896 42 - 196418989 CTATTCCCAAACCTGTTACCACTGGCACACATGCCCACACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=716060.000000
s hg19.chr21     16463849 75 +  48129895 AGTTAGCAAAGAATATAAGACAAATGTTATTTGTTGGCAAAAAAGAAGTTGCTCATTTTatgcgcaatgttggca
s panTro2.chr21  15183657 75 +  46489110 AGTTAGCAAAGAATATAAGACAAGTGTTATTTGttggcaaaaaagaagttgctcattttatgcgcaatgttggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721106 75 +  48394510 AGTTAGCAAAGAATATAATACAAATGTTATTTGTTGGCAAAAAATAAGTTGCTCATTTTatgcgcaatgttgaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164600938 75 - 196418989 AGTTAGCAAAGAATATAGTACAAATGTTATTTGTTGGCAAAAAAGAAGTTGCTCATTTTATGCACAGTATTGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1132333.000000
s hg19.chr21     16463924 76 +  48129895 acagtggtaaaactggcactttgctcactacgagtgggattgcaaattgggacaatttgccaataagtgtcatgaa
s panTro2.chr21  15183732 76 +  46489110 acagtggtaaaactggcactttgctcactatgagtgggattgcaaattgggacaatttgccaataagtgtcatgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721181 76 +  48394510 acagtggtaaaactggcactttgctcactacgagtgggattgcaaattgggacaatttgccaataagtgtcatgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601013 76 - 196418989 ACAGTGTTAAAACTGTCACTTTGCTCACGATGAGTGGGATTGCAAATTGGgacaatttgccaataagtgtcatgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=407685.000000
s hg19.chr21     16464000 28 +  48129895 tcttaaaagcacaaaactttctgaccct
s panTro2.chr21  15183808 28 +  46489110 ccttaaaagcacaaaactttctgaccct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721257 28 +  48394510 ccttaaaagcacaaaactttctgacctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601089 28 - 196418989 ccttaaaagcacaaaactttctgacctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=428302.000000
s hg19.chr21     16464028 43 +  48129895 gtgattccttattctaaagaatcagaaatgtgaaggagttgtt
s panTro2.chr21  15183836 43 +  46489110 gtgattccttattctaaagaatcagaaatgtgaaggagttgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721285 42 +  48394510 gtgattccttattctaaagaatcag-aatgtgaaggggttgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601117 43 - 196418989 gtgtttctttattctaaagaatcagaaatgtgaaggagttgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=663997.000000
s hg19.chr21     16464071 44 +  48129895 cacaacagtactattcataatacagac--ttagaacagcttaaatg
s panTro2.chr21  15183879 44 +  46489110 cacaacagtactcttcataatacagac--ttagaacagcttaaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721327 46 +  48394510 cacaacagtactattcataatacagactattagaacagcttaaatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601160 46 - 196418989 cacaacagtattattcataatacacactgttagaacagcttaaatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=930231.000000
s hg19.chr21     16464115 76 +  48129895 tccgacaatattgaaatgaacaaattattgtcattactgcaatacaatggaacattctacaattgttacaaataat
s panTro2.chr21  15183923 76 +  46489110 tccgacaatattgaaatgaaaaaattattgtcattactgcaatacaatggaacattctacaattgttacaaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721373 76 +  48394510 tctgacaatattgaaacgaacaaattattgtcattactgcaatacaatggaacattctacaaccgttaaaaataat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601206 56 - 196418989 tctgacaacactgaaatgaacaaattattgtcattactgcaatgcaatggaacatt--------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 22

a score=-371.000000
s hg19.chr21     16464191 38 +  48129895 agaatactttgcagccattaataattatagtattgggc
s panTro2.chr21  15183999 38 +  46489110 agaatactttgcagccattaataattatagtattgggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721449 38 +  48394510 ggaatactttgcagccgttaacaagtttagtattgggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601284 38 - 196418989 AAAATACTTTGCAGCCATTAACAATTATAGTATTGGGC
i rheMac2.chr3  I 22 C 0

a score=2171.000000
s hg19.chr21     16464229 16 +  48129895 tggg-tgtggtggctca
s panTro2.chr21  15184037 16 +  46489110 tggg-tgtggtggctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721487 17 +  48394510 tgggttgtggtggctca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601322 16 - 196418989 TGGG-TGTGGTGGCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-44433.000000
s hg19.chr21     16464245  71 +  48129895 tgcctataatcccagtgctttgggaggaaaatgta------------------------------------------------------------------------------------------------ggaggatcacttgagaccaggagcttgagagcagcc
s panTro2.chr21  15184053  71 +  46489110 tgcctataatcccagtgctttgggaggaaaatgta------------------------------------------------------------------------------------------------ggaggatcacttgagaccaggagcttgagagcagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721504  71 +  48394510 tgcctgtaatcccagtgctttgggaggccaatgta------------------------------------------------------------------------------------------------ggaggatcacttgagaccaggagcttgagagcagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601338 108 - 196418989 TGCC-----------------------------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------------------------Gcagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=51630.000000
s hg19.chr21     16464316 37 +  48129895 tgggcaacatagtgagaccatcatcctcacaagaaaa
s rheMac2.chr3  164601446 37 - 196418989 tggataacatagtgagaccaccatccccacaagaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721575 37 +  48394510 tgggcaacatagtgagaccatcatcctcacaagaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15184124 37 +  46489110 tgggcaacatagtgagaccatcatcctcacaagaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=52625.000000
s hg19.chr21     16464353 60 +  48129895 tgttaacaaatagctaggtgtgatggcatgtacctgtagtgttagctactcaggaggcag
s panTro2.chr21  15184161 60 +  46489110 cgttaacaaatagctaggtgtgatggcatgtacctgtagtgttagctactcaggaggcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721612 60 +  48394510 tgttaacaaatagctaggtgtgatggcatgtacctgtagtgccagctactcaggaggctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601483 60 - 196418989 tgttaacaaatagctacgtgcagtggcatgttcctgtagtcctagctacttgggaggctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=32809.000000
s hg19.chr21     16464413 26 +  48129895 aggcaggaggatggcttgagcccagg
s panTro2.chr21  15184221 26 +  46489110 aggcaggaggatggcttgagcccagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14721672 26 +  48394510 aggcaggaggatggcttgagcccagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164601543 26 - 196418989 aggcaggaggatggcttgagtccagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-140019.000000
s hg19.chr21     16464439 80 +  48129895 actttgaggttgcagtgaactgtgatagcaccattgcactttagcctgggtgatggagtgaaaacttgtctcttaaaaaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=421741.000000
s hg19.chr21     16465618 41 +  48129895 CCAATATGAATAGCATATAATATGAAGTATTTAGATAGAGA
s panTro2.chr21  15185453 41 +  46489110 CCAATATGAATAGCATATAATATGAAGCATTTAGATAGAGA
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s rheMac2.chr3  164602741 41 - 196418989 CCAATATGAATAGCATATAATATGAAGCATTTAGAGAGAGA
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a score=1389764.000000
s hg19.chr21     16465659 96 +  48129895 TGAGCAATATCAATACTACTTAGTGAGAAAGGCTTAGCTGGCACCACCGTCATGATATCATGGTTGTTAAGCATCCTCACAGTACAGGAGTACAGA
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s rheMac2.chr3  164602782 96 - 196418989 TGAGCAATATCCATACTACTTAGTGAGAAAGGCGTAGCTGGTGCCACCAGCATGATGTCATGATTGTTAAGCATCCTCACAGTACAGGAGTACAAA
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a score=1131168.000000
s hg19.chr21     16465755 56 +  48129895 TTATAGGAAGCCACAGAATAGGGTCATTGGTGCCAGTCTACTGTTATGAAAGCTAA
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a score=1072160.000000
s hg19.chr21     16465811 51 +  48129895 TATAACATGGGGATATACTACTAAGCATAACATCCTGCAGTGGCCAGCAAA
s panTro2.chr21  15185646 51 +  46489110 TATAACATGGGGATATACTACTAAGCATAACATCCTGCAGTGGCCAGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723071 51 +  48394510 TATAACATGGGGATATACTACTAAGCATAACATCCTGCAGTGGCCAGCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1355946.000000
s hg19.chr21     16465862 63 +  48129895 CCATCTAGAAGCTAAAACTAAGCCAGGTCCACAGAAGGCTTtgtcccatttggggctctatat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723122 63 +  48394510 CCATCTAGAAGCTAAAACTAAGCCAGGTCCACAGAAGGCTTTGTCCCCTTTGGGGCTCTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164602985 63 - 196418989 CCATCTAGAAGCTAAAACTAAGCCAGGTCCACAGAAGGCTTTGTCCCACTTGgggccctatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4102983.000000
s hg19.chr21     16465925 139 +  48129895 tttttaagtgatttggaaagttggaaatgaaccagggaagagcaacaaaaataattagcgttggcaaatggacctatggggaacaaaagggaaaagaacttggaattatttgagctgaagaagaaattgctgcagggtg
s panTro2.chr21  15185760 139 +  46489110 TTTTTAAGTgatttggaaagttggaaatgaaccagggaagagcaacaaaaataattagtgttggcaaatggacctatggggaacaaaagggaaaagaacttggaattatttgagctgaagaagaaattgctgcagggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723185 139 +  48394510 TTTTTAAGTgatttggaaagttggaaatgaaccagggaagagcaacaaaaataattagtgttggcaaatggacctatggagaacaaaagggaaaagaacttggaattatttgagctgaagaagaaattgctgcagggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164603048 139 - 196418989 tttttaagtgatttggaaagttggaaatgaaccagggaagagcaacaaaaataattagtgttggcaaatggatctgtggggaacaaaagtgaaaagaacttggaattatttgagctgaagaagaaattgctgcagggtg
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a score=910290.000000
s hg19.chr21     16466064 44 +  48129895 acctcataatcactttcaacggataaaagggtATCATAAGGATA
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a score=666623.000000
s hg19.chr21     16466108 39 +  48129895 ATAGGTGCTGGGGTTTGAGGGAGCCGATTCATTATTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723368 39 +  48394510 atAGGTGCTGGGGTTTGAGGGAGCCAATTCATTATTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164603231 39 - 196418989 GTAGGTGCCGGGGTTGGAGGGAGCCAGTTCATTATTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1195302.000000
s hg19.chr21     16466147 100 +  48129895 CTCCTGACTTCTGGTTTCCAAATTTCTAGAACCAAATTCAAAACAGGTCAAAGCAACCAGGTGAGAAATCAAGGATATAATCAACTTTCCTTCCCCAAAG
s panTro2.chr21  15185982 100 +  46489110 CTCCTGACTTCTGGTTTCCAAATTTCTAGAACCAAATTCAAAACAGGTCAAAGCAACCAGGTGAGAAATCAAGGATATAATCAACTTTCCTTCCCCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723407 100 +  48394510 CTCCTGACTTCTGGTTTCCAAATTTCTAGAACCAAATTCAAAACGGGTCAAAGCAACCAGGTGAGAAGTCAAGGATATAATCAACTTTCCTCCCCCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164603270 100 - 196418989 CTCCTGACTTCTGGTTTCCACATTTCTAGAACGAAATTCAAAATGGGTCAAAACAACCAGGTGAGACATCAAGGATACAATCAACTTTCCTCCCCCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401110.000000
s hg19.chr21     16466247 58 +  48129895 AGTCATGGTTTCTATGTCAGAGGGTACAACTTGGGCCTGAGATCCAAGTAAGGTTTCC
s panTro2.chr21  15186082 58 +  46489110 AGTCATGGTTTCTATGTCAGAGGGTACAACTTGGGCCTGAGATCCAAGTAAGGTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723507 58 +  48394510 AGTCATGGTTTCTATGTCAGAGGGTGCAACTTGGGCCTGAGATCCAAGTAAGGTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164603370 58 - 196418989 AGTCATGGTTTCTATGTCAGAGGGTGCAACTTGGGCCTGAGATCTAAGTAACGTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=15638.000000
s hg19.chr21     16466305 39 +  48129895 TGTTACTTTGCTTATTTCCTTTTCTCCACTCACAGCTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723565 39 +  48394510 TGCTACTTTGCTTATTTCCTTTTCTCCACTCACAGCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164603428 39 - 196418989 TGTTACTTTGCTTATTTCCTTTTCTCCACTCACAGCTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=186157.000000
s hg19.chr21     16466344 24 +  48129895 GCTTCTGCTACTCTACTCCACAGA
s panTro2.chr21  15186179 24 +  46489110 GCTTCTGCTACTCAACTCCACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723604 24 +  48394510 GCTTCTGCTACTCAACTCCACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164603467 24 - 196418989 GCTTCTACTACTCAACTCCACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=298883.000000
s hg19.chr21     16466368 85 +  48129895 TCTTAATACAGGACCCAATCAAGGAGAGAGCTGGGTCTAGCAGGTGAGATGCTTACCCACTGGCCCGTGCATGCTTGTAGTCTGC
s panTro2.chr21  15186203 85 +  46489110 TCTTAATACAGGACCCAATCAAGGAGAGAGCTGGGTCTAGCAGGTGAGATGCTTACCCATTGGCCCGTGCATGCTTGTAGTCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723628 85 +  48394510 TCTTAATACAGGACCCAATCAAGGAGAGAGCTGGGTATAGCAGGTGAGATGCTCACCCACTGGCCCGTGCATGCTCGTATTCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164603491 85 - 196418989 TCTTAATGCAGGACCCAGTCAAGGAGAGAGTTGGGTCTAACAGGTGAGATGCTTACCCACTGGCCCATGTATGCTTGTAGTTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=145441.000000
s hg19.chr21     16466453 76 +  48129895 CTCACATGTGGTTCAAGGAATAGAGAGAACCAAGAGAGCAGCTCAGGAACAAGCAGTGATTTTGCCCCAGTCTTAA
s panTro2.chr21  15186288 76 +  46489110 CTCAGATGCGGTTCAAGGAATAGAGAGAACCAAGAGAGCAGCTCAGGAACAAGCAGTGATTTTGCCCCAGTCTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723713 54 +  48394510 TTCACATGTGGTTCAAGGAATAGAGAGAACCA----------------------AGTGATTTTGTCCCAGTCTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164603576 62 - 196418989 CTCACATGTGGTTCAAGGAATAGAGAGAACCAAGCGAGCAGTTCAGGAACAAGCAGTGATTC--------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 516

a score=60573.000000
s hg19.chr21     16466529 25 +  48129895 CAATAAGGAAAGTAGTGACAAAGAC
s panTro2.chr21  15186364 25 +  46489110 CAATAAGGAAAGTAGTGACAAAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723767 25 +  48394510 CAATAAGAAAAGTAGTAACAAAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164604154 25 - 196418989 caaaaagaaaagtagtaacaaaGAC
i rheMac2.chr3  I 516 I 2

a score=-119220.000000
s hg19.chr21     16466554 33 +  48129895 AGAGAGAGATAAGAAGTGAGCTTCTTCCACAGC
s panTro2.chr21  15186389 33 +  46489110 AGAGAGAGATAAGAAGTGAGCTTCTTCCACAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723792 33 +  48394510 AGAAAGAGATAAGAAGTGAGCTTCTTCCACAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164604181 33 - 196418989 AGAGAGAGATAAGAAGTGAGTTTCTTCCCCAGC
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=75578.000000
s hg19.chr21     16466587 53 +  48129895 AGAGGAGCTCAGCTGTTTTGCTGTCTACAGAAATAATAGGCAGCTGTGTAACA
s panTro2.chr21  15186422 53 +  46489110 AGAGGAGCTCAGCTGTTTTGCTATCTACAGAAATAATAAGCAGCTGTGTAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723825 53 +  48394510 AGAGGAGCTCAGCTGTTTTGCTCTCTATAGAAATAACAGGGAGCTGTGTAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164604214 53 - 196418989 AGAGGAGCACGGCTGTTTTGCTATCTATAGAAATAATAGGGAGCTGTGTAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=106390.000000
s hg19.chr21     16466640 56 +  48129895 AGCATCACACTCCCTCCAAAACAACAGGATCCGGGGGATCTCCATTTTCTCAGTCA
s rheMac2.chr3  164604267 53 - 196418989 GACATCACCCTCCGTCC---ACAACAGGAGCCAGGGGATCTCCATTTTCTCGGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723878 56 +  48394510 AGCATCACCCTCCCTCCAAAACAACAGGGCCCAGGGGATCTCCATTTTCTCAGTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15186475 56 +  46489110 AGCATCACACTCCCTCCAAAACAACAGGATCCGGGGGATCTCCATTTTCTCAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1121035.000000
s hg19.chr21     16466696 70 +  48129895 TAAACCAGTTTTCCAAAAGGAAGATTTCTCTTGAAAACAAAACTAATGCTGAATGTTTCTGAGAGAATGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14723934 70 +  48394510 TAAACCAGTTTTCCAAAAGGAAGATCTCTCTTGAAAACAAAAATAATGCTGAATGTTTCAGAGAGAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15186531 70 +  46489110 TAAACCAGTTTTCCAAAAGGAAGATTTCTCTTGAAAACAAAACTAATGCTGAATGTTTCTGAGAGAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=892797.000000
s hg19.chr21     16466766 59 +  48129895 CATAGCTCTCCGAAGGACAATTTAAAATTTCCTGCGGAGAGTTCTGGCAATTACAATCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724004 59 +  48394510 CATAGCTCTCTGAAGGACAATTTAAAATTTCCTGCGGAGAGTTCTGGCAATTACAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=155192.000000
s hg19.chr21     16466825 27 +  48129895 TAGGACCAACATTGTTCAAAGTGgttc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15186660 27 +  46489110 TAGGACCAACATTGTTCAAAGTGGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=66961.000000
s hg19.chr21     16466852 32 +  48129895 catggaatgttaacagggatcacatggaaaat
s panTro2.chr21  15186687 32 +  46489110 CATGGAATGTTAACAGGGATCACATGGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164604476 32 - 196418989 CATGGAATATTAACAGGGGTCACATGAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1115994.000000
s hg19.chr21     16466884 55 +  48129895 agggctctgcggtcaaatccttttgtgaaacacgaggttaaaccaagttaaatca
s panTro2.chr21  15186719 55 +  46489110 AGGgttctgcggtcaaatccttttgtgaaacactaggttaaaccaagttaaatca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724122 55 +  48394510 AGGgttctgtggtcaaatccttttgtgaaacactaggttagaccaagttaaatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164604508 55 - 196418989 AGGgttctgtggtcaaatccttttgtgaaacactaggttaaaccaagttaaatca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=624318.000000
s hg19.chr21     16466939 49 +  48129895 ttttctatactaaaggtcataataaaactttaaatattataatatttat
s rheMac2.chr3  164604563 49 - 196418989 ttttctatactaaaggtcataataaaacttttaatattataatatttat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724177 49 +  48394510 ttttctatactaaaggtcataataaaacttttagtattataatatttat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15186774 49 +  46489110 ttttctatactaaaggtcataataaaactttaaatattataatatttat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2464108.000000
s hg19.chr21     16466988 184 +  48129895 tgtgaagctccatgttttccagaatctttcttctttttggcagagtatctcatttggcttgtgtttcgtaaaatatactttggaaaaATGTAGCCTTAGATGGTTTCATTCACTTAACATGGAGACAGAAAAGTTGGATCTCATCTACAAGCCTCTTCTAGCTCTACTATTTCACTACTAAGTT
s rheMac2.chr3  164604612 183 - 196418989 tgtgaggctccaTGTTTTCCAGAATCTTTCTTCTTTTTGGCAGAGTATATCCTTTGGCTTGTGTTTCATAAAATATGCTTTGG-AAAATGTAGCCTTAGATGGTTTCATTAACTTAACGTGGAGACAGAAAAGTTGGATCTCGTCTACAAGCCTGTTCTAGCTCTACTATTTCATGACTAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724226 183 +  48394510 agtgaagctccaTGTTTTCCAGAATCTTTCTTCTTTTTGGCAGAGTATCTCATTTGGCTTGTGTTTCATAAAATATACTTTGG-AAAATGTAGCCTTAGATGGTTTCATTCACTTAACGTGGAGACAGAAAAGTTGGATCTCGTCTACAAGCCTCTTCTAGCTCTACTACTTCATGACTAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15186823 184 +  46489110 tgtgaagctccaTGTTTTCCAGAATCTTTCTTCTTTTTGGCAGAGTATCTCATTTGGCTTGTGTTTCGTAAAATATACTTTGGAAAAATGTAGCCTTAGAAGGTTTCATTCACTTAACATGGAGACAGAAAAGTTGGATCTCATCTACAAGCCTCTTCTAGCTCTACTATTTCATGACTAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1270565.000000
s hg19.chr21     16467172 83 +  48129895 TGGTGCAGTGACTC-----ATTAGAAACTGTAATCACCACGTTTCACCAAGCTTAAACCTCCAAGTGATTGGTGCAAC--TTTTTTAATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724409 83 +  48394510 TGGTGCAGTGACTC-----ATTAGAAACTGTAATCACCACCTTTCACCAAGCTTAAACCTCCAAGTGATTGGTGCAAC--TTTTTAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15187007 83 +  46489110 TGGTGCAGTGACTC-----ATTAGAAACTGTAATCACCACGTTTCACCAAGCTTAAACCTCCAAGTGATTGGTGCAAC--TTTTTTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=723140.000000
s hg19.chr21     16467255 46 +  48129895 GGAATGAGACTTGGACTCAGCAGACTACATCTCACTGGGAGACAAT
s rheMac2.chr3  164604885 46 - 196418989 GAAATGAGACTTGGACTCAGCTGACTACATCTCACTGGGAGACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724492 46 +  48394510 GAAATGAGACTTGGACTCAGCTGACTACATCTCATTGGGAGACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15187090 46 +  46489110 GGAATGAGACTTGGACTCAGCAGACTACATCTCATTGGGAGACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=714083.000000
s hg19.chr21     16467301 109 +  48129895 ACAGCCTTGTATTAACAGCTTATACTGACGAAACCATGAAAAAACACAAT-CACATTTATTTACAATTTTTTAATTTGTTTATCTGTACTTAGCAGCAACATGGTTGTTT
s rheMac2.chr3  164604931 106 - 196418989 ACAGCTTTGTATTAACAGCTTATACTGATGAAACCATGAAAAAACACAATCCACATTTATTTAAGAATGT----TTTGTTTATCTATACTTAGCAGCAACATGGTTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724538 107 +  48394510 ACAGCTTTGTATTAACAGTTTATACTGACGAAACCATGAAAAAACACAATCCACATTTATTTACAAATTTTTTATTTGTTTATCTATACTT---AGCAACATGGTTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15187136 108 +  46489110 ACAGCCTTGTATTAAC-GCTTATACTGACGAAACCATGAAAAAACACAAT-CACATTTATTTACAATTTTTTAATTTGTTTATCTGTACTTAGCAGCAACATGGTTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=573770.000000
s hg19.chr21     16467410 43 +  48129895 CTCGGAAGGTCAGAGTAGGGTGCTCATGAACTTAAGTTTAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724645 43 +  48394510 CTCGGAAGGTCAGAGTAAGGTGCTCATGAACTGAAGTTTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15187244 43 +  46489110 CTTGGAAGGTCAGAGTAGGGTGCTCATGAACTTAAGTTTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=232723.000000
s hg19.chr21     16467453 34 +  48129895 TTGGGCATTGTTACTTTATTTT-TGGCCATTTACG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15187287 34 +  46489110 TTGGGCATTGTTACTTTATTTT-TGGCCATTTACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=904589.000000
s hg19.chr21     16467487 122 +  48129895 ATTGTACTATGCCTTTACTTAGGAGGGGCACACAGCAAGAGTGTGGACAGAACACAGGAAACTCATGGTTGCTTGTGCGTAACAAATAACATTATGGCTTTTCTTATAGTAACATCACACCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164605115 122 - 196418989 ATGGTACTATGCCTTTACCTAGGAGGGGCACACAGCAAAAGTGTGGATAGAACAGAGGAAACTCATGGTTGCTTGTGCGTAACAAATAACATTATGGCTTTTCTTATAGTAACATCACACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-73036.000000
s hg19.chr21     16467609 20 +  48129895 CGCTAGAGAAGAAAAAAGAT
s rheMac2.chr3  164605237 20 - 196418989 CACTAACGAAGAAGAAAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724844 20 +  48394510 CGCTAGAGAAGAAAAAAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=308159.000000
s hg19.chr21     16467629 34 +  48129895 TATCTCTCAGAAGAAAAGGATATCATTAACCCAA
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a score=1073470.000000
s hg19.chr21     16467663 74 +  48129895 AAGGGCCTGTGGTATCTTCTGTTTTGTGTTAAATAAAAGCCTTATGTCAATTTTCAGATTCTGAAAATGTTCCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164605281 74 - 196418989 AAGGGCCTGTGGTATCTTCTGTTTTGTGTTAAATAACAGCCTTATGTCAATTTTCAGATCCTGAAAATGTTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2966362.000000
s hg19.chr21     16467737 112 +  48129895 TTTAAAGTTTTCTGTTCTTATGGATAATAATGAAGTGGCATCTGAAACAACATACTCCATTCAGTTCGGTGCTTTGGCAGGAAGTAGCTGAAAGAAATTGCTTCCATAGGCA
s panTro2.chr21  15187571 112 +  46489110 TTTAAAGTTTTCTGTTCTTATGGATAAGAATGAAGTGGCATCTGAAACAACATACTCCATTCAGTTCGGTGCTTTGGCAGGAAGTAGCTGAAAGAAATTGCTTCCATAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14724972 112 +  48394510 TTTAAAGTTTTCTGTTCTTATGGATAATAATGAAGTGGCATCTGAAACAACATACTCCATTCAGTTCGGTGCCTTGGCAGGAAGTAGCTGAAAGAAATTGCTTCCATAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164605355 112 - 196418989 TTTAAAGTTTTCTGTTCTTACGGATAATAATGAAGTGGCATCTGAAACAACATACTCCATTCAGTGCGGTGCTTTGGCAGGAAGTAGCTGAAAGAAATTGCTTCCATAGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5525529.000000
s hg19.chr21     16467849 184 +  48129895 GAGAAACCTGCTGAGGCTGCAGGACAATTGTGGAAGGAGGACTCTCTCAGCTGCTTTAAGGGTTTTGCAGCTTGGTTGGTTAGTCCAGAAGATGGTAATTAAAAGATCCCTTCAAGGGAAAGAATAGCTTCAAGAAAAGCAAGATTCATGAGTAAATTAGGAGAGCTTCAGGATTCAGGTGCCA
s rheMac2.chr3  164605467 184 - 196418989 GAGAAACCTGCTGAGGCTGCAGGACAATTGTGGAAGGAGGACTCTCTCAGCTGCTTTAAGGGTTTTGCAGCTTGGTTGGTTAGTCCAGAAGATGGTAATTAAAAGATCCCTTCAAGGGAAAGAATAGCTTCAAGAAAAGCAAGATTTATGTGTAAATTAGGAGAGCGTCAGGATTCAGGTGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725084 184 +  48394510 GAGAAACCTGCTGAGGCTGCAGGACAATTGTGGAAGGAGGACTCTCTCAGCTGCTTTAAGGGTTTTGCAGCTTGGTTGGTTAGTCCAGAAGATGGTAATTAAAAGATCCCTTCAAGGGAAAGAATAGCTTCAAGAAAAGCAAGATTTATGAGTAGATTAGGAGAGCTTCAGGATTCAGGTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15187683 184 +  46489110 GAGAAACCTGCTGAGGCTGCAGGACAATTGTGGAAGGAGGACTCTCTCAGCTGCTTTAAGGGTTTTGCAGCTTGGTTGGTTAGTCCAGAAGATGGTAATTAAAAGATCCCTTCAAGGGAAAGAATAGCTTCAAGAAAAGCAAGATTTATGAGTAAATTAGGAGAGCTTCAGGATTCAGGTGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1494428.000000
s hg19.chr21     16468033 94 +  48129895 CATGCTGTATGTAGCTAGGAGTGCAGGCTCTTCTGTGACTCA--GGCACACCTGAGTGCTTCAGAGGCAAACCAGTCTCATTTTATTTCTGGTGCA
s rheMac2.chr3  164605651 96 - 196418989 CATGCTGTACGTAGCTAGGAGTGCAGCCTCTTCTATGACTCACAGGCGTACCTGAGTGCTTCTGAGACAAACCAGTCTCATTTTATTTCTGGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725268 96 +  48394510 CATGCTGTATGTAGCTAGGAGTGCAGGCTCTTCTGTGACTCACAGGCATACCTGAGTGCTTCAGAGACAAATCAGTCTCATTTTATTTCTGGTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15187867 96 +  46489110 CATGCTGTATGTAGCTAGGAGTGCAGGCTCTTCTGTGACTCACAGGCATACCTGAGTGCTTCAGAGACAAACCAGTCTCATTCTATTTCTGGTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=458949.000000
s hg19.chr21     16468127 18 +  48129895 GAACTCCAAGTTTCTTAA
s rheMac2.chr3  164605747 18 - 196418989 GAGCTCCAAGTTTCTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725364 18 +  48394510 GATCTCCAAGTTTCTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15187963 18 +  46489110 GAGCTCCAAGTTTCTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=549189.000000
s hg19.chr21     16468145 26 +  48129895 AAGTTACTCCACTGTCAGCGTATGTG
s rheMac2.chr3  164605765 26 - 196418989 AAGTTGCTCCACTGTCAGTGGGTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725382 26 +  48394510 AAGTCGCTCCACTCTCAGCATATGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15187981 26 +  46489110 AAGTTGCTCCACTGTCAGCGTATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4966642.000000
s hg19.chr21     16468171 235 +  48129895 TGTACCACCTTTTGCAAGAGAGCATGGAGAAAGAGAGAGCGTATTGTATTTCCAGCTCTGATGTACTTGTCTTAGCTATATTGTTTTAAATCTGGCATTTAGACTGAATATTTATCAGCCACGTTGTTAGTTATGTCAGTAAGAGAGTGGGTATGAAGCCCATCTTGAATGAAATGATGAGAATGAGGCATCTGACGGATAAATGAAAATTCAAGTGTGATTATAGGCACAGGAA
s panTro2.chr21  15188007 235 +  46489110 TGTACCACCTTTTGCAAGAGAGTATGGAGAAAGAGAGAGCGTATTGTATTTCCAGCTCTGATGTACTTGTCTTAGTTATATTGTTTTAAATCTGGCATTTAGACTGAATATTTATCAGCCACTTTGTTAGTTATGTCAGTAAGAGAGTGGGTATGAAGCCCATCTTGAATGAAATGATGAGAATGAGGCATCTGACAGATAAATGAAAATTCAAGTGTGATTATAGGCACAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725408 235 +  48394510 TGTACCACCTTTTGCAAGAGAGCATGGAGAAACAGAGAGCATATTATATTTCCAGCTCTGATGTACTTGTCTTAGCTATATTGTTTTGAATCTGGCATTTAGACTGAATATTTATCAGCCACGTTGTTAGTTATGTCAGTAATAGAGTGGGTATAAAGCCCATCTTGAATGAAATGCTGAGAATGAGGCATCTGACAGATAAATGAAAATTCAAGTGTGGTTATAGGCACAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164605791 217 - 196418989 TGCACCACCTTTTGCAAGAGAGCACGGAGAATGAGAGAGCATATTATATTTCCAGGTCTGATGTACTTGTCTTAGCTATATTGTTT------------------TGAAGATTTATCAGCCACCTTGTTAGTTATGTCAGTAAAAGAGTGGGTATGAAGCCCATCTTGAATGAAATGATGAGAATGAGGCATCTGACAGATAAATGAAAATTCAAGTGTGATTATAGGCACAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70099.000000
s hg19.chr21     16468406 56 +  48129895 CAAGCAGTGGTTTTGCCCCAATCTTAACAATAAGAAAAGTAGTAACAAAGACAA----AG
s rheMac2.chr3  164606008 60 - 196418989 CAAGCAGTGGTTTTGCCCCAATCTTAACAATTAGAAAAGTAGTAACAAAGACAAAGAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725643 50 +  48394510 CAAGCAGTGGTTTTGCCCCAATCTTAACAATAAGAAAAGTAGTA------ACAA----AG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15188242 56 +  46489110 CAAGCAGTGGTTTTGCCCCAATCTTAACAATAAGAAAAGTAGTAACAAAGACAA----AG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-11313.000000
s hg19.chr21     16468462 16 +  48129895 AGAGAGAGATAAGAAG
s rheMac2.chr3  164606068 16 - 196418989 AGAGAGAGATAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725693 16 +  48394510 AGAGAGAGATAAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15188298 16 +  46489110 AGAGAGAGATAAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=19731.000000
s hg19.chr21     16468478 16 +  48129895 TGAGCTTCTTCCCCAG
s rheMac2.chr3  164606084 16 - 196418989 CGAGCTTCTTCCCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725709 16 +  48394510 TGAGCTTCTTCCCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15188314 16 +  46489110 TGAGCTTCTTCCCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42217.000000
s hg19.chr21     16468494 37 +  48129895 AAGAGGAGCTCAACTGTTTTGCTGTTGATAATGAAAT
s rheMac2.chr3  164606100 37 - 196418989 AAGAGGAGCTCAACTGTTTTGCTGTTGATAATGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725725 37 +  48394510 AAGAGGAGCTCAACTGTTTTGCTGTTGATAATGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15188330 37 +  46489110 AAGAGGAGCTCAACTGTTTTGCTGTTGATAATGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=48090.000000
s hg19.chr21     16468531 48 +  48129895 TAAATGAAAATTCAAGTGTGATTATAGGCACAGATTGTCATTTATTTC
s rheMac2.chr3  164606137 30 - 196418989 TAAATGAAAATTCAAGTGTGATTATAGGCA------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725762 48 +  48394510 TAAATGAAAATTCAAGTGTGATTATAGGCACAGAGTTTCATTTATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15188367 48 +  46489110 TAAATGAAAATTCAAGTGTGATTATAGGCACAGATTGTCATTTATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42135.000000
s hg19.chr21     16468579 35 +  48129895 ACAGATAAACAAAAATTCAAGTATGATTATAGGCC
s panTro2.chr21  15188415 35 +  46489110 ACAGATAAACAAAAATTCAAGTATGATTATAGGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725810 35 +  48394510 ACAGATAAACAAAAATTCAAGTGTGATTATAGGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164606167  0 - 196418989 C

a score=2832684.000000
s hg19.chr21     16468614 95 +  48129895 CAGGTAAAGGCTGGCCACACATTGCTAGGAGCTGAGATAGCCAGATCTGTGATCTGAAGTTTGCCAGTACAAACAGAGCTAAATATACACATATT
s rheMac2.chr3  164606167 95 - 196418989 CAGGTAAAGGCTGGCCTCACGTTGCTAGGAGCTGAGATAGCCAGGTCTGTGATCTGAAGTTTGCCAGAACAAACAGAGCTAAATATACACATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15188450 95 +  46489110 CAGGTAAAGGCTGGCCACACATTGCTAGGAGCTGAGATAGCCAGATCTGTGATCTGAAGTTTGCCAGTACAAACAGAGCTAAATATACACATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725845 95 +  48394510 CAGGTAAAGGCTGGCCACACGTTGCTAGGAGCTGAGATAGCCAGGTCTGTGATCTGAAGTTTGCCAGAACAAACGGAGCTAAATATACACATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1581758.000000
s hg19.chr21     16468709 61 +  48129895 TCTCTTGCCCGTATAACCCTCAAGCCTTCACCTACTTTGCTGAGAAACTTAATACTTTCAA
s panTro2.chr21  15188545 61 +  46489110 TCTCTTGCCCGTATAACCCTCAAGCCTTCACCTACTTTGCTGAGAAACTTAATACTTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14725940 61 +  48394510 TATCTTGCCCATATAACCCTCAAGCCTTCACCTACTTTGCTAAGAAACTTAATACTTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606262 61 - 196418989 TCTCTCGCCCATGTAACCCTCAAGCCTTCACCTACTTTGCTGAGAAACTTAATGCTTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1379266.000000
s hg19.chr21     16468770 57 +  48129895 ACAAAGCTATAGACCTGAAGCATAACCCATGTCTACACAAATACTAAACTTTCTACA
s panTro2.chr21  15188606 57 +  46489110 ACAAAGCTATAGACCTGAAGCATAACCCATGTCTACACAAATACTAAACTTTCTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726001 57 +  48394510 ACAAAGCTATAGACCTGAAGCATAACCCATGTCTACACAAATACTAAACTTTCTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606323 57 - 196418989 ACAAAACTGTACACCTGAAACATAACCCATGTCTACACAAATACTAAACTTTCTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2107628.000000
s hg19.chr21     16468827 82 +  48129895 GAACTAGAATTCATCTAGTTACCAATGACCTGGAATAAATGAAAAGAACTGGGTCATGCAATGTCTTCTACACAGTCTATTT
s panTro2.chr21  15188663 82 +  46489110 GAACTAGAATTCATCTAGTTACCAATGACCTGGAATAAATGAAAAGAACTGGGTCATGCAATGTCTTCTACACAGTCTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726058 82 +  48394510 GAACTAGAATTCATCGAGTTACCAATGACCTGGAATAAATGAAAAGAACTGGGTCATGCAATGTCTTCTACACAGCCTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606380 82 - 196418989 GAACTGGAGTTCATCTAGTTACCAATGACCTGGAATAAATGAAAAGAACTGGGTCATGCAATGTCCTCTACACAGTCTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235897.000000
s hg19.chr21     16468909 26 +  48129895 GCAACAAACTGACAGTACCGAAGACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606462 26 - 196418989 GCAACAAACTGACAGTACTGAAGACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=328795.000000
s hg19.chr21     16468935 30 +  48129895 ACCAGGCTGGGAATGGATCAAGGAAATATT
s panTro2.chr21  15188771 30 +  46489110 ACCAGGCTGGGAATGGATCAAGGAAATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726166 30 +  48394510 ACCAGGCTGGGAATGGATCAAGGAAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606488 30 - 196418989 ACCAGGTTGAGAATGAATCAAGGATATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=466808.000000
s hg19.chr21     16468965 53 +  48129895 CACCGCTTATTCTAGGACTTCGAGGAAAGAAATTATTTTTCTGTTGTACTACA
s panTro2.chr21  15188801 53 +  46489110 CACCGCTTATTCTAGGACTTCGGGGAAAGAAATTATTTTTCTGTTGCACTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726196 53 +  48394510 CACTGCTTATTCTAGGACTTCAGGGAAAGGAATTATTTTTCTGTTGTACTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606518 53 - 196418989 CACCACTTATTCTAGGACTTCAGGGAAAGAAATTATTTTTCTGTTGTACTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246054.000000
s hg19.chr21     16469018 39 +  48129895 AATACATAGTCAGATAAATAAGAAATATAATGTTAAAAA
s panTro2.chr21  15188854 39 +  46489110 AATACATAGTCAGATAAATAAGAAATATAATGTTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726249 39 +  48394510 AATACATAGTCAGATAAATAAGAAATATAATGTTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606571 39 - 196418989 AATACGTAGCCAGATAAATAAGAAATATAATGTTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=717882.000000
s hg19.chr21     16469057 68 +  48129895 CAGCAAATAATCCTTTACTTCCCAAAAGCGTTGTAATCTATTCATGACTACTGGTACAGAGCAAGTCT
s panTro2.chr21  15188893 68 +  46489110 CAGCAAATAATCCTTTTCTTCCCCAAAGCGTTGTAATCTATTCATGACTACTGGTACAGAGCAAGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726288 68 +  48394510 CAGCAAATAATCCTTTTCCTCCCAAAAGCATTGTAATCTATTCATGACTACTGGTACAGAGCAAGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606610 68 - 196418989 CAACAAATAATCCTTTTCTTCCCAAAAGTGTTGTAATCTATTCATGACTACTGGTACAGAGCAAGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=725016.000000
s hg19.chr21     16469125 44 +  48129895 CCACAGCCAAGGGAAGCGAAAATCATTTTCACCCAAACAAGCTG
s panTro2.chr21  15188961 44 +  46489110 CCACAGCCAAGGGAAGCGAAACTCATTTTCACCCAAACAAGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726356 44 +  48394510 CCACAGCCAAGGGAAGCAAAAATCATTTTCACCCAAACAAGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606678 44 - 196418989 CCAAAGCCAAGGGAAGCAAAAACTGTTTTCACCCAAAGAAGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=442913.000000
s hg19.chr21     16469169 53 +  48129895 TCCCAATAGGAGGGTTTGCAGGGCCCTCAGTGAACGAATAAACGTAGTTGAAA
s panTro2.chr21  15189005 53 +  46489110 TCCCAATAGGAGGGTTTGCAGGGCCCTCAGTGAAAGAATAAACATAGTTGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726400 53 +  48394510 TCCCAATAGGAGGGTTTGCAGGGCCCTCAGTGAAAGAATAAACGTGGTTGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606722 53 - 196418989 TCCCAATAGGAGGGTTTGCAGGGTCCTCAGTGAAAGAATAAAAATGGTTGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=538056.000000
s hg19.chr21     16469222 29 +  48129895 AGACAGCAATTGGCCAATGGTGCCATGTG
s panTro2.chr21  15189058 29 +  46489110 AGACAGCAATTGGCCAATGGTGCCATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726453 29 +  48394510 AGACAGCAATTGGCCAATGGTGCCGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606775 29 - 196418989 AGACAGCAATTGACCAACGGTGCTATGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1199621.000000
s hg19.chr21     16469251 85 +  48129895 TAAGGAGTGATGAGAACACAAGATAACATCAAGAAAGACAAACATAGGAATCACAGTATCCTTCAGGCTCATCAAATAACCATCA
s panTro2.chr21  15189087 85 +  46489110 TAAGGAGTGATGAGAACACAAGATAACATCAAGAAAGACAAACATAGGAATCACAGTATCCTTCAGGCTCATCAAATAACCATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726482 85 +  48394510 TAAGGAGTGATGAGAACACAAGATAACATCAAGAAAGACAAACGTAGGAATCACAGTATCCGTCGGGCTCATCAAATAACCATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164606804 85 - 196418989 TAAGGAGTGATGAGAACACAAGATAACATCAAGAAAGACAAACGTAGGAATCACAGTATCCTTCAGGCTCATCAAATAACCATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=359766.000000
s hg19.chr21     16469336 21 +  48129895 CTGTGGGTCTTAATGGTAATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16469357 48 +  48129895 TAAAATTAAGGTGGcccagagaaaactatgtaaaggaaatgagtaggc
s panTro2.chr21  15189193 48 +  46489110 TAAAATTAAGGTGGCCCAGagaaaactatgtaaaggaaatgagtaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726588 48 +  48394510 TAAAATTAAGGTGGcccagagaaaactatgtaaaggaaatgagtaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14726929  0 +  48394510 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15189575 53 +  46489110 GCTATAAAAATGAAAGCACTggccgggagtagtggctgatgcctgtaatccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14726957 53 +  48394510 gctataaaaatgaaagcactggccgggagtagtggctgatgcctgtaatccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14727459 18 +  48394510 aattgtttatgaaattt-a
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 320

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16473291 104 +  48129895 AGAAAAAGGCAACTTGCCTTCTGGGCTGACACTTGGATAGTAAAATGTGGATGGCTTTCACCACCTGCTACATACCTTTGGTAGGCTGCCTCATGCATGCAAAG
s rheMac2.chr3  164611210 104 - 196418989 AGAAAAAGGCAACTTGCCTTCTGGGCTGACACTTGGAGAGTAAAATGTGGATGGCTTTCATCACCCGCTACATACCCGTGGTAGGCTTCCCCATGCACACAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  14730649 125 +  48394510 CAACAGCACTCATTTACAAAACTTAGAAACATGATGCAGTGTCTTGCTGTGAGCCTAAAAGTTTTGGTCATTGCAGGATCCAATGT----CCACTTACTTCCATTAGATCAAATACTAAGAAGACTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164611356 129 - 196418989 CAACGGCACTGATTTACAAAACTTGGATACACGATGCAATCTCTTGCTGTGAGCCTACAAGTTTTGGTCATTGCAGGATCCAATGTCTGCCCACTTACTTCCATTAGATCAAACACTAAGAAGACTGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1985128.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14731084 67 +  48394510 TTTTTTGCATTTAATGAGGAATTTATGAATTCTCATACACCATTCATCTTTCACTTAGCACTCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164611794 67 - 196418989 TTTTTTGCGTTTAATGAGGAATTTATGAATTCTCATACACCATTCATCTTTCGCTTAGCACTCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=699022.000000
s hg19.chr21     16473940 25 +  48129895 GAGTACTAAAACATTTGTTTGAATG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-408288.000000
s hg19.chr21     16473965 14 +  48129895 TGGCGTATTGACAT
s panTro2.chr21  15193793 14 +  46489110 TGGCGTATTGACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14731176 14 +  48394510 TGGAGTATTGACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-213391.000000
s hg19.chr21     16473979 49 +  48129895 ATGAGGCAGTAATAACAAAACAAACACATAAACAAATCCTCGAACTTGA
s panTro2.chr21  15193807 49 +  46489110 ATGAGGCAGTAATAACAAAACAAACACATAAACAAATCCTCGAACTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14731190 49 +  48394510 ATGAGGCAGTAATAACAAAACAAACACATAAACAAATCCTCGAACTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1698367.000000
s hg19.chr21     16474028 101 +  48129895 AAAAGTCATTGCCTCCAAAAACACATCTCTTTTCTTCAACACCCTCAGTTTGTGACTTTCATTTATGGTGTTTTTCTTTTAATCTCAAACTTCACTATTAA
s panTro2.chr21  15193856 101 +  46489110 AAAAGTCATTGCCTCCAAAAACACATCTCTTTTCTTCAACACCCTCAGTTTGTGACTTTCATTTATGGTGTTTTTCTTTTAATCTCAAACTTCACTATTAA
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s ponAbe2.chr21  14731239 101 +  48394510 AAATGTCATGGCCTCCAAAAACACATCTCTTTTCTCCAACACCCTCAGTTTGTGACTTTCATTTATGGTGTTTTTCTTTTAATCTCAAACTTTACTGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164611949 100 - 196418989 AAAAGTCATTGCCTCCAAAAACACATCTCTTTTCTTCAACACCCTCAGTTTGTGACTTTCATTTACGGTGTTTTTCTTTTAATCTCAACCTTTACTA-TAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2877288.000000
s hg19.chr21     16474129 122 +  48129895 CAGT---TATACATATGGTGTATGAGTCCTCTGGGGCCTAGGTCAACATCCAGGCCAACAGATTGGTCCACCTGTCCCGTGGGCCAC-AACAAAAACTCAGTGCTTTCTCACAACATTCAGTGCTT
s panTro2.chr21  15193957 122 +  46489110 CAGT---TACACATATGGTGTATGAGTCCTCCGGGGCCTCGGTCAACATCCAGGCCAACAGATTGGTCCACCTGTCCCGTGGGCCAC-AACAAAAACTCAGTGCTTTCTCACAACATTCAGTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14731340 125 +  48394510 TAGTAAACATACATATGGTATATGAGTCCTCGGGGGCCTAGGTCAACATCTAGGCCAACAGATTGGTTCACCTGTCCCGCGGGCCAC-AACAAAAACTCAGTGCTTTGTCACAGCATTCAGTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612049 123 - 196418989 CGGT---TATACATGTGGTATATGAGTCCTCGGGGGCCTAGGTCAACATCCGGGCCAACAGCCTGGTCCACCTGTTCCCTGGGCCACAAAAAAAAACTCAGTGCTTTGTCACAGCATGCGGTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=711655.000000
s hg19.chr21     16474251 48 +  48129895 ACACCTACTTTTAAATAGATGCTTTAATTTGAGTTCAAGCTCTTTCCA
s panTro2.chr21  15194079 48 +  46489110 ACACCTACTTTTAAATAGGTGCTTTAATTTGAGTACAAGCTCTTTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14731465 48 +  48394510 ACACCTACTTTTAAATAGGTGCTTTAATTTGAGTTCAAGCTCTTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612172 48 - 196418989 ACACCTACTTTTAAATAGGTGCTTTAATTTGAGTTCAAGCTCTTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1358098.000000
s hg19.chr21     16474299 96 +  48129895 CGCTAACCTTTTAGTGACATGAAAATTTCTGATTTGATTTTTAAATTTTGTTTATTTTATAGTTACTCTTTAGAGGCATGTGATTCATTATTTCTT
s panTro2.chr21  15194127 92 +  46489110 CACTAACCTTTTAGTGACACGAAAATTTCTGATTTGatttttaaatttt----attttataGTTACTCTTTAGAAGCATGTGATTCCTTATTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14731513 96 +  48394510 CACTAACCTTTTAGTGACACGAAAATTTCTAATTTGATTTTTAAATTTTGTTTATTTTATAGTTACTCTTTAGAAGCATGTGGTTCATTATTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612220 96 - 196418989 CACTAACCTGTTAGTGACACAAACATTTCTAATTTGATTTTTAAATTCTGTTTCTTTTATAGTTGGTCTTTAGAAGCATGTGGTTCATTATTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-200422.000000
s hg19.chr21     16474395 29 +  48129895 ATTGATTACATTTTAAAATACCATAACAg
s panTro2.chr21  15194219 29 +  46489110 ATTGATTACATTTTAAAATACCATAACAg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612316 26 - 196418989 ATTGATTACATTTTAAAACACCATAA---
i rheMac2.chr3  C 0 I 7

a score=9186.000000
s hg19.chr21     16474424 33 +  48129895 gctgggcgcggtggctcatgcctgtaatcccag
s ponAbe2.chr21  14731638 31 +  48394510 gctgggcacagtggctcatgcctgcaatccc--
i ponAbe2.chr21 C 0 I 10
s panTro2.chr21  15194248 33 +  46489110 gctgggcgcggtggctcatgcctgtaatcccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164612342  7 - 196418989 I

a score=8860.000000
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s panTro2.chr21  15194281 32 +  46489110 tgctttgggaggccgaggtgggcggatcacga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164612342  7 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  14731669 10 +  48394510 I

a score=20514.000000
s hg19.chr21     16474489 49 +  48129895 ggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctct
s ponAbe2.chr21  14731679 49 +  48394510 ggtcaggagatcgagaccatcctggctaacatggtgaaaccccgtctct
i ponAbe2.chr21 I 10 C 0
s panTro2.chr21  15194313 49 +  46489110 cgtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccatctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164612342  7 - 196418989 I

a score=-16210.000000
s hg19.chr21     16474538 22 +  48129895 actaaaaatacaaaaaattaac
s ponAbe2.chr21  14731728 22 +  48394510 actaaaaatacaaaaaattagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15194362 22 +  46489110 acttaaaatacaaaaaattaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164612342  7 - 196418989 I

a score=20343.000000
s hg19.chr21     16474560 45 +  48129895 caggcgtggtggtgggcacctgtagtcccagctacttgggaggct
s ponAbe2.chr21  14731750 45 +  48394510 caggtgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcgggaggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15194384 45 +  46489110 cgggcatggtggtgggcacctgtagtcccagctacttgggaggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164612342  7 - 196418989 I

a score=-2654.000000
s hg19.chr21     16474605 54 +  48129895 gaggcaggagaatggtgtgaacccgggaggtggagcttgcagtgagctgagatg
s ponAbe2.chr21  14731795 54 +  48394510 gaggcaggagaatggcgtgaacccggcaggcggagcttacagtgagctgagatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15194429 54 +  46489110 gaggcaggagaatggtgtgaacccgggaggtggagcttgcagtgagctgagatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164612342  7 - 196418989 I

a score=-38944.000000
s hg19.chr21     16474659 42 +  48129895 gcaccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactccgc
s panTro2.chr21  15194483 42 +  46489110 gcaccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactccgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164612342  7 - 196418989 I

a score=-45047.000000
s hg19.chr21     16474701 36 +  48129895 ctcaaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaaaaAA--C
s ponAbe2.chr21  14731891 21 +  48394510 ctcaaaaa---aa--------------aaaaaaaaTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15194525 35 +  46489110 ctcaaaaa---aaacaaaaacaaaaacaaaaaaaaTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164612342  7 - 196418989 I

a score=101205.000000
s hg19.chr21     16474737 30 +  48129895 C-----------CACAGATGACACTATCAGCCAAAGCTATT
s panTro2.chr21  15194560 41 +  46489110 CATAACACTTATCACAGATGACACTATCAGCCAAAGCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612349 28 - 196418989 -------------ACAGATGACACTATCGGCCAAAGCTATT
i rheMac2.chr3  I 7 C 0
s ponAbe2.chr21  14731912 41 +  48394510 CATAACACTAATGACAGATGACACTATCAGCCAAAGCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=559627.000000
s hg19.chr21     16474767 47 +  48129895 TCACTGCTTACTCATTAAACAGACCCAACACTGAAACAATGCCAAGG
s ponAbe2.chr21  14731953 47 +  48394510 TCACTGCTTACTCATTAAACAGACCCAACACTGAAACAATACCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15194601 47 +  46489110 TCACTGCTTACTCATTAAACAGACCCAACACTGAAACAATGCCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612377 47 - 196418989 TCACTGCTCACTCATGAAACAGACCCAACACTGAAACAAGGCCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=677844.000000
s hg19.chr21     16474814 55 +  48129895 ATTCATCCATTCAAATAGAAGGCACCCAACATATCATTTTAGGGTTAAAAAGCAC
s ponAbe2.chr21  14732000 55 +  48394510 ATTCATCCATTGAAATAGAAGGCACCCAACATATCATTTTAGGGTTAAAAAGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15194648 55 +  46489110 ATTCATCCATTGAAATAGAAGGCACCCAACATATCATTTTAGGGTTAAAAAGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612424 54 - 196418989 ATTCATCCGTTGAAATAGAA-GCACCCAGCATATCATTTTAGGGTTAAAAAGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14732055 68 +  48394510 ACAGTTGATTAATTAGAAATCTTAGTTAGGAGGAGTTTGTATCCTAGACTTGACAGGTAAAACAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612478 64 - 196418989 GCAGTTGATTAATTAGAAATC----TTAGGAGGAGTTTGTATCCTCCATTTGACAGGTAAAACAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16474937 40 +  48129895 GTTATCAACAATTTATTTTTTAAGCCCCTCCAGTGAGGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612582 200 - 196418989 GTATCAGTCATATACTGTGATCAGTCCACAGTTAGATTCATCTTCCACACCTTCATTTGTTGTGGTAGGTGTTCAATAAATATTGATGCTCAGAATAGTGATGCAAAAGTGCTGCCAACTAAGCACCATCAAAGAAAGGCTCAAGGATCCGTGAGTCCAGGGAGTAAATAAAGTAGAACAACCCATTATAGGAGCATCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 I 32 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164612909 137 - 196418989 GCTGATTTAATTCATCAACTAAATGCCAATTATCCACATTGTACTATGTGTGGTTGTGGGCTAGAGCTTCAGTGTATAAGATGCATTCCTTATGTTATTCATTGGTATTTAAGAGATAGAAGGTAGTGTGGAAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16475439 47 +  48129895 GGTATAATACAATTTTCCTTTCTCCTTTTCTTAGCATGGGTTTTCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14732629 47 +  48394510 GGTATAATACAATTTTCCTTTCTCCTTTTCTTGGCATGGGTTTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16475504 51 +  48129895 GAAAACACTTCAGGAAACTTTCTCCAGATTATACATTACATTTTCTAAGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-79402.000000
s hg19.chr21     16475555 33 +  48129895 TGTAAAGGGGAAAACTGGTGAAAACG-AAATCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1682536.000000
s hg19.chr21     16475588 171 +  48129895 TTTGTTATAGCTTTTGGTTTTCATACTAAACTGGCAAAAAGAGAAATGAGAGACATCACTGTACAACCTAAATTGAAGATCACACTAATATTTGGATAACTCAAGAGTGATTACTGGTAGGCCAATGTTTCTAAATCCAGTGAGAAATTATGCAATTTCTTGC-------TTTCTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164613199 178 - 196418989 TTTGTTACAGCTTTTGGTTTTCATACTAAAGTGGCAAAAAGAGAAATGAAAGACATCACTATACAACCTAAATTGAAGATCACACTAACATTTGGATAACTCAAGAGTGACTACTGGTAGGCCAATGTTTCTAAATCCAGTGAGAAATTATGCAATTTCTTATTTTCTTATTTCTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=742024.000000
s hg19.chr21     16475759 66 +  48129895 TTTAAAGCTCTGTGAACTCAGGTTTATGAAATTATGCTAGGTCATCATTGCGCTTATGAATACGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164613377 66 - 196418989 TTTAAAGCTCTGTGAACTTGGGTTTATGACATTATGCTAGGTCATCATTGCTCTTAGGAATACGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209937.000000
s hg19.chr21     16475825 25 +  48129895 GTTTTTGTTTATTGTTGCATTTAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14733017 25 +  48394510 GTTTTTGTTTATTGTTGCATTTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164613443 25 - 196418989 GTTTTCATTTACTGTTGCATTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=343566.000000
s hg19.chr21     16475850 49 +  48129895 ATTCTTTTTAAAAGTCCACAAGTTGATTTATTATATGTCAT-AAAAAATT
s panTro2.chr21  15195685 49 +  46489110 ATTATTTTTAAAAGTCCACAAGTTGATTTATTATATGTCAT-AAAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14733042 49 +  48394510 ATTCTTTTTAAAAGTCCACAAGTTGATTTATTATATGTCAT-AAAAAATT
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s rheMac2.chr3  164613468 50 - 196418989 ATTCTTTTCGAAGGTCCACAGGTTGATTTATTACATGTCATAAAAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1566553.000000
s hg19.chr21     16475899 115 +  48129895 AAACTCTAAAAAGAAAATCGGCAAACTGATATGAATCTCTCAGGATAGAAAAAGTGTGATGTGGAATTGAGCTGTGACTTGAAAAAG-TATCAGGTAGGAAGCACTGAAGCTAATT
s rheMac2.chr3  164613518 115 - 196418989 AAACTCTAGAAAGAAAATCGGCAAACTGATATTAATCTCTCAGGATAGAAAAAGTGTGATGTGAAACTGAGCTGTAACTTGCAAAAG-TGTCAGGTAGCAAGCACTGAAGCTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14733091 116 +  48394510 AAACTCTAAAAAGAAAATCGGCAAACTGATATGAATCTCTCAGGATAGAAAAAGTGTGATGTGAAATTGAGCTGTGACTTGAAAAAGTTATCAGGTAGGAAGCACTGAAGCTAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15195734 115 +  46489110 AAACTCTAAAAAGAAAATCGGCAAACTGATATGAATCTCTCAGGATAGAAAAAGTGTGATGTGAAATTGAGCTGTGACTTGAAAAAG-TATCAGGTAGGAAGCACTGAAGCTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=445762.000000
s hg19.chr21     16476014 41 +  48129895 ATTAAGCCAACAGGTAAGACCAGGTTCCAAAATGAATAGAC
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  14733207 40 +  48394510 ATTAAGCCAATAGATA-GACCAGGTTCCAAAATGAATAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=58697.000000
s hg19.chr21     16476055 22 +  48129895 AGTGTTTTTTAAATAGCAAAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=499805.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16477596 26 +  48129895 AGGCAAAGGCTGCCCCAAGGGCAGTG
s panTro2.chr21  15197435 26 +  46489110 GGGCAAAGGCTGCCCCAAGGGCAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14734782 26 +  48394510 GGGCAAAGGCTGCCACAAGGGCAGCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615205 25 - 196418989 GGTCAAAGGCTG-CACAAGGGCAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=29431.000000
s hg19.chr21     16477622 37 +  48129895 GGAGGAGGTCAAAGGTGAACTTGCTT------AAAATGTGCTC
s rheMac2.chr3  164615230 43 - 196418989 GGAGGAGGTCAAAGGTGACCTTTCTTATTTTCAAAATGTGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14734808 37 +  48394510 GGAGGAGGTCAAAGGTGAACTTTCTT------AAAATGTGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16477659 57 +  48129895 AGGCCTGTAATATATTAATAGATGGGAATACACTTTTCCTTTTTCACCCCCTCTTCT
s rheMac2.chr3  164615273 57 - 196418989 AGGCCTGTAATATATTAATAGATGGGAATACACGTTTCCTTTTTCACTCCCTCTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14734845 57 +  48394510 AGGCCTGTAATATATTAATAGATGGGAATACACTTTTCCTTTTTCACCCCTTCTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15197498 57 +  46489110 AGGCCTGTAATATATCAATAGATGGGAATACACTTTTCCTTTTTCACTCCCTCTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16477716 116 +  48129895 TCCTCTTCCCTCTTCATCCCGGAACCCAAACCACATTTATGTAAAATGATTCCCGTGATTCTGTTCGAGGtggactaaataggcatccacagactgcgtgagggccctaacgatga
s panTro2.chr21  15197555 116 +  46489110 TCCTCTTCCCTCTTCATCCCGGAACCCAAACCACATTTATGTAAAATGATTCCCGTGATTCTGTTCGAGGTGGACTAAATAGGCATCCACAGAATGCCTGAGGGCCCTAACGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14734902 116 +  48394510 TCCTCTTCCCTCTTCATCCCGGAACCCAAACCACATTTATGTAAAATGATTCCCATGATTCTGTTCGAGGtggactaaacaggcatccacagaatgcctgagggccctaacgatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615330 115 - 196418989 TCCTCTTCCCTCTTCATCCCAGAACCCAAACCACG-TTATATAAAATGATTTACGCGATTCTGTTTGAGGTGGACTAAATAGGCATCCACAGAATGCCTGAGGGTCCTAACTATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16477832 148 +  48129895 catagaacattatctctattataagtgttaatactctaaacaaacctactggcaaataaaattttagagcacaatccatttgttggagtctgTATTTTTATTATTGCTGTGATAATTTTCTGGCTCTGATAATGAGTGCCATGAATGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735018 148 +  48394510 cgtagaacattatctctattataagtgttaatactctaaacaaacctacttgcaaataaaatcttagagcacaatccatttgttggagtctgTATTTTTATTATTGCTGTGATAATTTTTTGGCTCTGATAATGAGTGCCATGAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615445 148 - 196418989 CACAGAACATTATCTCTATGATAAGTGTTGATACTCCAAACAAACCTACTTGCAAATAAAATTTTAGAGCACAATCCATTTGTTGGAGTCTGTATTTTTATTATTGCTGTGATAATTTCCTTGCTCTGATAATGAGTGCCATGAATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16477980 186 +  48129895 AGTAGAGCAGATGTTGAAATTT-CGTTTTCTTTTTGTATCCGACGCTTACTTTTTCCTGGGTAGTTATTACATAGGTTAAAGCTAGTAACTTTGTTTTCCATAGTAAGTTCCAAAACAACTTAAAGGAGAGCAAAAGGGACAGATGGGTGGTTTATATTTGAAAATAGATTAATTTGCTTGAATAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735166 187 +  48394510 AGTAGAACAGATGTTGAAATTTTCGTTTTCTTTTTGTATCCGACGCTAACTTTTTCCTGGGTAGTTATTACATAGGTTAAAGCTAGTAACTTTGTTTTCCATAGTGAGTTCCAAAACAACTTAAAGGAGAACAAAAGGGACAGATGGGTGGTTCATATTTGAAAATAGATTAATTCGCTTGAATAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615593 187 - 196418989 AGTAGAACAGATGTTGAAATTTTCGTCTTCTTTATGTGTCCGATGCTTACTTTTTCCTGGGTAGTTATTACATAGGTTAAAGCTAGTAACTTTGTTTTCCATAGTGACTTCCAAAACAACTTAAAGGAGAACAAAAGGGACAGATGTGTGATTTGTACTTGAAAATAGATGAATTTGCTTGAATAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22460.000000
s hg19.chr21     16478166 9 +  48129895 ATGTGCCTT
s panTro2.chr21  15198006 9 +  46489110 GCGTGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735353 9 +  48394510 ATGTGCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615780 9 - 196418989 ACATGGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=624961.000000
s hg19.chr21     16478175 36 +  48129895 CAAATTGGAGTGATGAGGTTTGCATATAATCGAAAG
s panTro2.chr21  15198015 36 +  46489110 CAAATTGGAGTGATGAGGTTTGCATATAATCGAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735362 36 +  48394510 CAAATTGGAGTGACGAGGTTTGCATATAATCGAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615789 36 - 196418989 CAAATTGGAGTGACAAGGTTTGCATATAATCGAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1030470.000000
s hg19.chr21     16478211 68 +  48129895 CAGAGAATAAAACAGAGGAATATAGTCTATTCCTTTCTCCTTAATTTGCTACCACAGTGGGTCAGTAC
s panTro2.chr21  15198051 65 +  46489110 ---AGAATAAAAGAGAGGAATATAGTCTATTCCTTTCTCCTTAATTTGCTACCACAGTGGGTCAGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735398 68 +  48394510 CAGAGAATAAAACAGAGGAATATAGTCTATTCCTTTCTCCTTAATTTGCTACCACAATGGGTCAGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615825 68 - 196418989 CAGAGAATAAAACAGAGGAATATAGTCTATTCCTTTCTCCTTAATTTGCTACCACAGTGGGTCAGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=881735.000000
s hg19.chr21     16478279 53 +  48129895 ATGGCAATACTTTCAAATGTAATCTTTGTCACATTCAGAAGAAAAATGCCAAG
s panTro2.chr21  15198116 53 +  46489110 ATGGCAATACTTTCAAATGTAATCTTTGTCACATTCAGAAGAAAAATGCCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735466 53 +  48394510 ACGGCAATACTTTCAAATGTAATCTTTGTCACATTCAGAAGAAAAATGCCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615893 53 - 196418989 ATGGCAGTACTTTCAAATGTAATCTTTGTCACATTCAGAAGAAAAATGACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=609319.000000
s hg19.chr21     16478332  97 +  48129895 GAACAATGAAACATAAAGGGATATTTTTTATTCCAGGAGGAAAAAGAATTTTCTGGAAAATCTTAATTGGCAA---------------ATTTTTATTTTTATTATtattttt
s panTro2.chr21  15198169  97 +  46489110 GAACAATGAAACATAAAGGGATATTTTTTATTCCAGGAGGAAAAAGAATTTTCTGGAAAATCTTAATTGGCAA---------------ATTTTTATTTTTATTATtattttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735519  97 +  48394510 GAACAATGAAACATAAAAGGATTTCTTTTATTCCAGGAGGAAAAAGAATTTTCTGGAAAATCTTAATTGGCAA---------------ATTTTTATTTTTATTATtattttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164615946 112 - 196418989 GAACAATGAAACATAAAAGGATATTTTTTATTCCAGGAGGAAAAAGAATTTTCTGGAAAATCTTAATTGGCAAattattattattattattattattattattattattatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-226740.000000
s hg19.chr21     16478429 29 +  48129895 tgttgatagagac-ggggtttcaccatctt
s panTro2.chr21  15198266 29 +  46489110 tgttgatagagac-ggggtttcaccatctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735616 29 +  48394510 tattgatagagac-ggggtttcaccatctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164616058 30 - 196418989 TATTGAtagagacgggggtttcaccatcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-48691.000000
s hg19.chr21     16478458 31 +  48129895 gcgcaggctggtcttgaactcctggtctaaa
s rheMac2.chr3  164616088 31 - 196418989 gccaaggctggtcttgaactcctggtctaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735645 31 +  48394510 gcccaggctgctcttgaactcctggtctaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15198295 31 +  46489110 gcgcaggctggtcttgaactcctggtctaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-51089.000000
s hg19.chr21     16478489 64 +  48129895 gtaatccacccaccttggccctccaaagtgctgggattataggcctgagccacggcgcctggcc
s rheMac2.chr3  164616119 64 - 196418989 gtaatccacctgccttggcctcccaaagttctgggattataggcctgagccacagcgcctggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14735676 64 +  48394510 gtaatccacccaccttggcctcccaaagtgctgggattataggcctgagccacggcacctggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15198326 64 +  46489110 gtaatccacccaccttggccttccaaagtgctgggattataggcctgagccacggcgcctggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=547031.000000
s hg19.chr21     16478553 109 +  48129895 AGCAAATTTGTTTTGATTCAACAATGTTGTAACTCTAACTTTAGCCTTTACCAGGTTCTACTACTGTCTGAAATGACTATGCAAGTAGTTGGAAATAAAAATATTGTAC
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s ponAbe2.chr21  14735740 109 +  48394510 AGCAAATTTGTTTTGATTCAACAATGTTGTTACTCTAATTTTAGCCTTTACCAGGTTCTACTATTGTCTGAAATGACTATGCAAGTAGTTGGAAATAAAAATATTGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15198390 109 +  46489110 AGCAAATTTGTTTTGATTCAACAATGTTGTTACTCTAACTTTAGCCTTTACCAGGTTCTACTACTGTCTGAAATGACTATGCAAGTCGTTGGAAATAAAAATATTGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=921242.000000
s hg19.chr21     16478662 79 +  48129895 AATTCTCATAAACAAAACAAATATATATCACAAAATGCTCAGTTGATGATGTTAAAATAATGATATCTGAGAAAGCAGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15198499 79 +  46489110 AATTCTCATAAACAAAACAAATATATATCACAAAATGCTCAGTTGATGACGTTAAAATAATGATATCTGAGAAAGCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=472875.000000
s hg19.chr21     16478741 41 +  48129895 AGTATGTAATGGCCATTGTTATCTAATTACT-----CTAAACCA----CC
s panTro2.chr21  15198578 41 +  46489110 AGTATGTAATGGCCATTGTTATCTAATTACT-----CTAAACCA----CC
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a score=322354.000000
s hg19.chr21     16478782 18 +  48129895 AATAAAGTAAAATAAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164618370 33 - 196418989 tgtcgagaacgttatatcaatggaatcatacag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15201701 84 +  46489110 TAAGGGTACCCTAGGTAGTACAGTACCCTTAATACTTATTGGCTGTGCAATTATTGCATTCCTTAATCATAGATGTCCAACCAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 419
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i rheMac2.chr3  C 0 I 475

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=-187109.000000
s hg19.chr21     16485561 25 +  48129895 ACAGGTGAGACCTCCCTACCAGAAT
s rheMac2.chr3  164624169 25 - 196418989 AAAGGTGAGACCTCCCTACCAGAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16485586 89 +  48129895 ATCCAAAATGAATTTTAGATATCA-TTTAAAACTTTTGAAAATAGTGTGGTCTTAGAAATGGCTCACTCTACTGGACTACTTGCATATGT
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a score=598219.000000
s hg19.chr21     16485675 79 +  48129895 TCTTTTTTTTAGTTCAACTACTAGCTTCATCTGTACTACAGAGACTTTGGGAAAATTTCTTGAAGA-CCCTTTTTTAATG
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s panTro2.chr21  15205483 79 +  46489110 TCTTTTTTTTAGTTCAACTACTAGCTTCATCTGTACTACAGAGACTGTGGGAAAATTTCTTGAAGA-CCCTTTTTTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=511748.000000
s hg19.chr21     16485754 52 +  48129895 GGAATAACCACTTCCATTATTTTATCTCTGGGTATTCTGTGAGTATCTGTTG
s rheMac2.chr3  164624364 52 - 196418989 GGAATAACCACGTCCATCATTTTATCTCTGGGTATTCTGTGAGTATCAGTTG
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s ponAbe2.chr21  14743241 52 +  48394510 GGAATAACCACTTCCATTATTTTATCTCTGGGTATTCTGTGAGTATCTGTTG
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a score=24370.000000
s hg19.chr21     16485806 23 +  48129895 TCTCAATAAGTATTTCTATATCG
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s rheMac2.chr3  164624416 23 - 196418989 TCTCAATAAGTATTTCTATATCA
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a score=-132075.000000
s hg19.chr21     16485829 31 +  48129895 TGTATGTTATGTATATT-AAAAAAAACCCTTG
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a score=211913.000000
s hg19.chr21     16485860 22 +  48129895 AGTTCTTCAGATGAAATCTATA
s panTro2.chr21  15205668 22 +  46489110 AGTTCTTCAGATGAAATCTATA
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s ponAbe2.chr21  14743347 22 +  48394510 AGTTCTTCAGATGAAATCTATA
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s rheMac2.chr3  164624471 22 - 196418989 AGTTCTTCAGATGAAATCTATA
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a score=-126725.000000
s hg19.chr21     16485882 46 +  48129895 ATGCAAATAAATGACATTCAAAATTTAGCTATTCTAAAGATATTAA
s panTro2.chr21  15205690 46 +  46489110 ATGCAAATAAATGATATTCAAAATTTAGCTATTCTAAAGATATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14743369 46 +  48394510 ATGCAAATAAATGATATTCAAAATTTAGCTAGTCTAAAGATATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164624493 45 - 196418989 ATGCAAATAAATGATATTC-AAATTTAGCTATTCTTAAGATATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-289060.000000
s hg19.chr21     16485928 36 +  48129895 CTTCTAAGGTAATGGTAACTTTAACTAAGGTTAAAC
s rheMac2.chr3  164624538  4 - 196418989 GT--------------------------------AG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14743415 36 +  48394510 CTTCTAAGGTAAAGGTAACTTTACCTAAGGTTAAAC
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a score=1046596.000000
s hg19.chr21     16485964 197 +  48129895 GTAACTTCTAAGCAGTGACTACCATTTTTCTATTTTTTTCAGAATAAATTCATCTCAAAATCTACATTACAATAAATTATCTCAATAATCCATTTTCCTATTTTTGATTCAATTACATAATTAAAAAACATTTTAGTTAGACATTTGAAGAGAGAAAAAATATTGTAATAAACCCTATGTCTTCTCAGGTTTTAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164625188 73 - 196418989 ataatttaaaGAAGAAACAATAATTACGTTGTATGTTTCAACTCCTTTTGACAATGATTCTCATAAACTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15206492 71 +  46489110 CATGTTTCTCTAAGTATAGAAAATAACTGGCttaataaattaaattttaaatGATCCTAATGGAGCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14744240 71 +  48394510 CATGTTTCTCTAAATATAGAAAATGACTGGCTTAATAACTTAAATTTTAAATGATCCTAATGGAGCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164625261 71 - 196418989 CATGTTTCCCTAAGTATAGAAAATAACTGGCttaataaattaaattttaaatGATCCTAATGGAGCATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164625332 23 - 196418989 CATAACCTTAAGATGACTATAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14744334 139 +  48394510 AGAGCCAAAAAGTAATTAAAGCTTCATAAATGCAGAGTGACATCATCCAATCGGCTATTTACATTTGTGTAGTTCAAAGTAAGAGGACCTGGGGAAGCCCTAATTCATATGGGGAGAGCAAAT----AGAATAGAAAAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164625355 143 - 196418989 AGAGCCAAAAAGTAATTAAAGCTTCATAAATGCAGAGTGACATCATCCAATCGACTATTTGCATTTGTGTAGTTCAAAGTAAGAGGACCTGGGAAAACTCTAATTCATATAGGGAGAGCAAATAGAAAGAATAGAAAAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14744854 58 +  48394510 agggcatggtggcgcacacctgtaatcctagctacttgggaggctgaggtgggagaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16487429  60 +  48129895 gagtgagactccatctcaa------------------------------------------atatatata----------tatatttatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacg
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626010  78 - 196418989 gagtgagactccatctcaaatatatatatatatgtgt------------------------gtgtgtgtg----------tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15207455 32 +  46489110 gggaggaaggaagcggggaagaaggaagaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745231 28 +  48394510 gggaggaaggaagcggggaagaagg----aag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626214 32 - 196418989 gggaggaaggaagcggaggagatggaagaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-100168.000000
s hg19.chr21     16487647 33 +  48129895 ggagggaggaaaggtggaaggaGAGTGGAAGAG
s panTro2.chr21  15207487 33 +  46489110 ggagggaggaaaggtggaaggaGAGTGGAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745259 33 +  48394510 ggagggaggaaaggaggaaggaGAGTGGAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626246 33 - 196418989 ggaagcaggaaaggaggaaggaGAATGGAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=398288.000000
s hg19.chr21     16487680 58 +  48129895 AACCACATAACTCAATAAAAGGCAATATGTGTACTGTCTATGTTTTTGTCTTACTAAA
s panTro2.chr21  15207520 58 +  46489110 AACCACATAACTCAATAAAAGGCAATATGTGTACTGTCTATGTTTTTGTCTTACTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745292 58 +  48394510 AACCACACAACTCAATAAAAGGCAATATGTATACTGTCTATGTTTTTGTCTTACTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626279 58 - 196418989 AAACATAAAACTCAATAAAGGGCAATATGTGTACTGTCTATGTTTTTGTCTTACTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=676519.000000
s hg19.chr21     16487738 57 +  48129895 TCTCATACTGTTGATGACAAACCATCTTTAGCCATATACACAATCTCCTAGCGG-------------GCT
s panTro2.chr21  15207578 57 +  46489110 TCTCATACTGTTGATGACAAACCATCTTTAGCCATATACACAATCTCTTAGCGG-------------GCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745350 70 +  48394510 TCTCAAACTGTTGATGACAAACCATCTTTAGCCATATACACAATCTCTTACTGGGCATTTCTACTAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626337 68 - 196418989 TCTCATACTGTTGATGACAAACCATCTTTAGCCATACACACAATCT--TAGTGGGCATTTCTACTAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=593147.000000
s hg19.chr21     16487795 101 +  48129895 CCAGCTCAATGACTTCAAAGTCAGCATACTCCTAAACCAGCTCCTCACCCCTCCTGCTCCCTCCTTGCCCTTCTCTATTGTCTATTGCAAGCATCATTTTC
s panTro2.chr21  15207635 101 +  46489110 CCGGCTCAATGACTTCAAAGTCAGCATACTCCTAAACTAACTCCTCACCCCTCCTGCTCCCTCCTTGCCCTTCTATATTGTCTATTGCAAGCATCATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745420 101 +  48394510 CCAGCTCAATGACTTCAAAGTCAGCATACTCCTAAGCTAACTCCTCACCCCTCCTGCTCCCTCCTTGCCCTTGTATATTGTCTATTGCAAGCACCATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626405 101 - 196418989 GCAGCTCAATAATTTCAAAGTCAGCATATTCCTAAACTAACTCCTCACTCCTCCTCCTCTCTCCTTGCCCTTCTATATTGTCTATTGCAAGCACCATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1042624.000000
s hg19.chr21     16487896 85 +  48129895 CAGATCTAGTAACCCAAATACGTAGGTGCACTTCCTGACACCCATCTTCGCTTCAAACAATACTTTCTATAGGTTCAAAGTGATG
s panTro2.chr21  15207736 85 +  46489110 CAGATCTAGTAACCCAAATACGTAGGTGCCCTTCCTGACACCCATCTTCGCTTCAAACAATACTTTCTATAGGTTCAAAGTGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745521 85 +  48394510 CAGATCTAGTAACCCAAATACGTAGGTGCACTTCCTGACACCCATCTTTGCTTCAAACAATACTTTCTATAGGTTCAAAGTGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626506 85 - 196418989 CAGATCTAGTAACCCAAATACGTAGGTGCACTTCCTGACACCCCTCTTTGCTTCAAACACTACTTTCTATTGGTTCAAAGTGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-287336.000000
s hg19.chr21     16487981 39 +  48129895 ATGGCCTCATCACCCCCCAGTGTCAAATGTCATGCTGCT
s panTro2.chr21  15207821 39 +  46489110 ATTGCCTCATCACCCCCCAGTGTCAAATGTCATGCTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745606 39 +  48394510 ATTGCCTCATCACCCCACCATGTCAAATGTCATGCTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626591 39 - 196418989 ATTGCCTCATCATCCCACAGTCTCAAATGACATGCTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-68946.000000
s hg19.chr21     16488020 20 +  48129895 AAGTTCTCTGTCGAAAAGTA
s panTro2.chr21  15207860 20 +  46489110 AAGTTCTCTGTCGAAAAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745645 20 +  48394510 AAGTTCTCTGTCGAAAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626630 20 - 196418989 AAGTTCTGTGTCGAAAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=274347.000000
s hg19.chr21     16488040 30 +  48129895 ATTTGGTCATGCCAATGTCTGATTTAGAAA
s rheMac2.chr3  164626650 30 - 196418989 ATTTGGCCATGCCAATCTCTGATTTAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745665 30 +  48394510 ATTTGGTCATGCCAATCTCTGATTTAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15207880 30 +  46489110 ATTTGGTCATGCCAATGTCTGACTTAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1026918.000000
s hg19.chr21     16488070 123 +  48129895 ACTTACTATAAGCAGAGATTAGGTGTCTCCTTTCACACACTTGACTTGGA---GAAATTGGCAAAAACTCTTCCTCTCCCTCAATTCCATGGCTTGCTCATGACCAAAACCTTCCCCCAGGCTTTT
s panTro2.chr21  15207910 123 +  46489110 ACTTACTATAAGCAGAGATTAGGTGTCTCCTTTCACACACTTGACTTGGA---GAAATTGGCAAAAACTCTTCCTCTCCCTCAATTCCATGGCTTGCTCATGACCAAAACCTTCCCCCAGGCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745695 126 +  48394510 ACTTACTATAAGCAGAGGTTAGGGGTCTCCTTTCACACACTTGACTTGGAGATGAAATTGGCAGAAACTCTTCCTCTCCCTCAATTCCATGGCTTGCTCATGACCAAAACCTTCCCCCAGGCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626680 126 - 196418989 ACTTGCTATAAGCAGAGATTAGGTGTCTCCTTTCACACACTTGACTTGGAGATGAAATTGGCAAAAACTCTTCCTCTCACTCAATTCCATGGCTTGCTGATGACCAAAACCTTTCCCAAGGCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-220653.000000
s hg19.chr21     16488193 17 +  48129895 AAATATACCTGTAGGAG
s panTro2.chr21  15208033 17 +  46489110 AAATATACCTGTAGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745821 17 +  48394510 AAATATACCTGTAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626806 17 - 196418989 AAATACACCTGTAGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16488210 73 +  48129895 CAGAGAGATAATTACTCTTAAAATAGCCTTGCTTTTCCCTTACACCGTGGACATTCACTATTCTTGTTTATGA
s rheMac2.chr3  164626823 73 - 196418989 CAGAGAGATGATTACTCTTCAAGTAGTCTTCCTTTTCCCTTACAGCGTGGACATTCACTCTTCTTGTTTATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14745838 73 +  48394510 CAGAGAAATAATTACTCTTAAAATAGCCTTCCTTTTCCCTTACACCGTGGACATTCACTATTCTTGTTTATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15208050 73 +  46489110 CAGAGAGATAATTACTCTTAAAATAGCCTTGCTTTTCCCTTATACCGTGGACATTCACTATTCTTGTTTATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=349412.000000
s hg19.chr21     16488283 39 +  48129895 ACCTACTTCTTGCTTCTCTTTATCTTGTTGGGTCTTCCC
s panTro2.chr21  15208123 39 +  46489110 ACCTACTTCTTGCTTCTCTTTATCTTGTTGGGTCTTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1514360.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164626935 194 - 196418989 TGTATTTCATTCCTCTGCTTCTGATCCCCTTCCTAAATAAGAACTCCCAATTCTTCTCCTATATTTCGGAGTAATTCAGCTAAACCTCTCTCCTGCCTCTTGTACAACGAAGCCCATCCAATGTGTACAATAAAGCCCATTGAGGCACAAAGCGGCCCTCCATTTGATTTGCTCCTCTGTCTATAGAAAGCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=203792.000000
s hg19.chr21     16488516 50 +  48129895 TGTAGTCATAAAGAAGAGAACATTCATGAACTTAAAAATAAATACTATAA
s panTro2.chr21  15208356 50 +  46489110 TGTAGTCATAAAGAAGAGAACATTCATGaatttaaaaataaatactataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14746144 50 +  48394510 TGTAGTCATAAAAAAGAGAACATTCATGAGTTTAAAAATAAATACTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164627129 48 - 196418989 TGTAGTCATAAAAA--AGAACATTCATGAGTTTAAAAATAAATACTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=482190.000000
s hg19.chr21     16488566 64 +  48129895 AAATAAACAATGGCAATGATTCCTATCAGATAAAACCCAGACTCCTTAGTTTGTTCTGTAAAAA
s panTro2.chr21  15208406 64 +  46489110 aaataaaCAATGGCAATGATTCCTATCAGATAAAACCCAGACTCCTTAGTTTGTTCTGTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14746194 64 +  48394510 AAATAAACAATGGCAATGATTCCTATCAGATAAAACCCAGACTCCTTAGTTTGTTCTGTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164627177 64 - 196418989 AAATAAACAATGACAATGATTCCTATCAGATAAAACCCAGATTCCTTAGTTTGTTCTGTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-164232.000000
s hg19.chr21     16488630 49 +  48129895 TATACTTTTTggccgggcacagtggctcatgcctgtaatcctagcactt
s panTro2.chr21  15208470 49 +  46489110 TATACTTTTTggccaggcacagtggctcatgcctgtaatcctagcactt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14746258 49 +  48394510 TGTACTTTTTggccgggcgcggtggctcatgcctgtaatcctagcactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164627241 49 - 196418989 TGTACTTTGTggctgggtgtggtggctcacgcctgtaatcccagcactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183855.000000
s hg19.chr21     16488679 161 +  48129895 tgagaggccaagacgggcggatcacctgaggtcgggagttcgagaccagcctgaccaacatggtaaaactctgtctctactaaaaatacaaaattagctg-----------ggcatggtggcacatgcctgtaatctcagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgttt
s panTro2.chr21  15208519 161 +  46489110 tgagaggccaagacgggcggatcacctgaagtcgtgagttcgagaccagcctgaccaacatggtaaaactctgtctctactaaaaatacaaaattagctg-----------ggcatggtggcacatgcctgtaatctcagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14746307 172 +  48394510 tgagaggccaagacgggcggatcacctgaggtcgggagttcgagaccagcctgaccaacatggtaaaaccctgtctccagtaaaaatacaaaattagctgtatttactgaaaaaatacaggcacatgcctgtaatctcagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164627290 161 - 196418989 taggaggccaagggaggtggatcacctgaggtcaggagtttgagaccaacccgaccaacatggtgaaaccttgtctgtactaaaaatacaaaattagttg-----------ggcatggtggcacatgcctgtaatcccagctactttggaggctgaggcaggagcaccgctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=33095.000000
s hg19.chr21     16488840 49 +  48129895 gaagctgggaggtgaagattgcggtaagccgagatcgtgacactgcact
s panTro2.chr21  15208680 49 +  46489110 gaagctgggaggtgaagattgcggtaagccgagatcgtgacactgcact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14746479 49 +  48394510 gaagctgggaggtgaaggttgcggtgagccgagatcgcgacactgcact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164627451 49 - 196418989 aaagctgggaggtgaaggttgtggtgagccgagatcccgccactgcact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16488889 41 +  48129895 ccagcctgggcaacaagagcga--------------------aactctgtctaaa-----aaaaaa
s rheMac2.chr3  164627500 46 - 196418989 ccagcctgggcaacaagaacaa--------------------aactccgtcaaaaaaaacaaaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14746528 39 +  48394510 ccagcctgggcaacaacagtga--------------------aaatctgtgt--a-----aaaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15208729 58 +  46489110 ccagcctgggcaacaagagcgaGTTCACAACAAGACGCTGTGAACTCTGTCT--------AAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-65904.000000
s hg19.chr21     16488930 47 +  48129895 aaaaaGACTcctcaccactt------------------------------ttgccatgtgtggttacagcaaaaaga
s rheMac2.chr3  164627546 49 - 196418989 aaaaaaaaccctcaccactttt----------------------------gtgccatgtgtggttatagcaaaaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15208787 77 +  46489110 TAAAAGACTcctcaccacctttgccatgtgtggttacagcaaaaagatggttgccatgtgtggttacagcaaaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-61700.000000
s hg19.chr21     16488977  8 +  48129895 tggttgt--------------t
s panTro2.chr21  15208864  8 +  46489110 tggttgt--------------t
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30598.000000
s hg19.chr21     16488985 73 +  48129895 tcaccagacacggaatctgctggtgtcttgagcttggactctccagtctcctgaattgtgatcaatgaatttc
s rheMac2.chr3  164627617 73 - 196418989 tcaccagacacggaatctgctgatgtcttgagcttgggctccccagcctcctgaattgtgatcagtaaatttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14746622 73 +  48394510 tcaccagacacggaatctgctgatgtcttgagctttgactccccagtctcctgaattgtgatcaataaatttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15208872 73 +  46489110 tctccagacacggaatctgctggtgtcttgagcttggactccccagtctcctgaattgtgatcaatgaatttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=30490.000000
s hg19.chr21     16489058 68 +  48129895 tgttgtttgtaagctgtccagtgtattgtattttgctatagcagtgtaaacaggctTACAGACCAAGA
s rheMac2.chr3  164627690 63 - 196418989 tattgtttgtaagctgtccag-----tctattttgctatagcagtgtaaacaggcttacagactaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14746695 68 +  48394510 tgttgtttgtaagttgtccagtgtattgtattctgctatagcagtgtaaacaggctTACAGACCAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15208945 68 +  46489110 tgttgtttgtaagctgtccagtgtattgtattttgctatagcagtgtaaacaggcttacagaccaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=383674.000000
s hg19.chr21     16489126 46 +  48129895 TATGTGACATAACCCCAGATTTAGTTTCTAGAATCTCAGTCTCTTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-146120.000000
s hg19.chr21     16489172 28 +  48129895 AAAAAAAACATTCAATTTTTTATTCAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164628991 133 - 196418989 ATAAGTATTTAAAGGGGATCTGTTTGTTCACCAAAAAGGTATAGTAATGCTATAATAGCTCAGGAACAGTTGAGTATCTCTGCACTACTCGCTGTAGACAGTGGGGATGTTGTACAAAACAAAGGTTTATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=418458.000000
s hg19.chr21     16490515 61 +  48129895 CAGACTTTTTGCAGATCAATCAACCTAGCACTAGGGTATCTTCTCCTAGCT---AGAAGATGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=658309.000000
s hg19.chr21     16490576 42 +  48129895 AGCAGGAACAAGCCATAAGCATGGTGAAAATTTACTCATTTA
s panTro2.chr21  15210458 42 +  46489110 AGCAGGAACAAGCCATAAGCATGGTGAAAATTTACTCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14748195 41 +  48394510 AGCAGGAACAAGCCATAAGCATGGTG-AAATTTACTCATTTA
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a score=35292.000000
s hg19.chr21     16490618 16 +  48129895 TTTCAACAAAACACTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15210500 16 +  46489110 TTTCAACAAAACACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-171311.000000
s hg19.chr21     16490634 62 +  48129895 TAATATTTTAATGAGACATTGAAAATAAGACATACAACCTTAAAAATAAAGGCAGAAAAATA
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a score=692614.000000
s hg19.chr21     16490696 44 +  48129895 TTTTTAGTTGATGCTCATGGGTTGAATTTTTAGGTCACAATAGA
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s ponAbe2.chr21  14748314 44 +  48394510 TTTTTAGTGGATGCTCATGGGTTGAATTTTTAGGTCACAATAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164629307 44 - 196418989 TTTTTAGTTGGTGCTCATGGGATGAATTTTTAGGTCAGAATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=256270.000000
s hg19.chr21     16490740 48 +  48129895 CGAGCTGGTAGAAAGAATTGCTTGCTTTAAACGGAATAGTTTAAC------AAA
s panTro2.chr21  15210622 48 +  46489110 TGAGCTGGTAGAAAGAATTGCTTGCTTTAAACGGAATAGTTTAAC------AAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14748358 48 +  48394510 CAAGCTGGTAAAAAGAATTGCTTGCTTTAAACTGAATAGTTTAAC------AAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164629351 54 - 196418989 AGAGCTGGTAAAAAGAATTGCTTGCTTTAAATTGAATAGTTTTTTTTTTTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16490788 153 +  48129895 AAATggctaggcacagtggctcatgcctataattccagcactttgggaggccaaggtgggcaaatccattgagcccaggagtttaaccccatctctacaaaaaatatgaaaattagccagcatggtggcgtgtgcctatagccccagttactc
s panTro2.chr21  15210670 153 +  46489110 AAATggctaggcacagtggctcatgcctataattccagcactttgggaggccaaggtgggcaaatccattgagcccaggagtttaaccccatttctacaaaaaatatgaaaattagccagcatggtggcatgtgcctatagccccagttactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14748406 153 +  48394510 AAATggctaggcacagtggctcatgcctataattccagcactttgggaggccaaggtgggcaaatccattgagcccaggagtttgaccccatctctacaaaaaatatgaaaattagccagcatggtggcgtgtgcctatagccccagttactc
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2483
s rheMac2.chr3  164629405 152 - 196418989 AAATggccaggcacagtggctcatgcctgtaattctagcactttgggaggccaa-gtgggcaaatccattgagcccagaagttcgaccccatcgctacaaaaaatatgaaaattagccagcatggtggcgtgtgcctatagccccagttagtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=340530.000000
s hg19.chr21     16490941 217 +  48129895 gggaggctaagatgggaggattacttgagcctgggaagtaaagcctggagcgagccatgattgcgccactgcactccagcctgggtgaaagagcaagaccctgtct---------aaaaaaaaaaTGAATGCttgggaggccgacgtgggtggatcatggggtcaggagtttgagaccagcctgagcaacatggtgaaatcctgtctctactaaaaatacaaaaat
s panTro2.chr21  15210823 218 +  46489110 gggaggctaagatgggaggattacttgagcctgggaagtaaagcctggagcgagccatgattgcaccactgcactccagcctgggtgaaagagcaagaccctgtct--------aaaaaaaaaaaTGAATGCttgggaggccgaagtgggtggatcatggggtcaggagttcgagaccagcctgagcaacatggtgaaatcctgtctctaccaaaaatacaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 2483 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s hg19.chr21     16491158 148 +  48129895 cagctgggcatggtggtgcgcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaactcaggaggcggaggttgaagttagccgagattgcaccactgcactccagcctgggcaacagagcgagactccgtctc
s panTro2.chr21  15211041 148 +  46489110 tagctgggcatggtggtgcgcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcacttgaactcaggaggcggaggttgaagttagccgagattgcaccactgcactccagcctgggcaacagagcgagactccgtctc
i panTro2.chr21 C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  14751254 148 +  48394510 tagccgggcatggtggtgcacacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcgcttgaactcaggaggcggaggttgcagttagccaagactgcaccactgcactccagcctgggcaacacagtgagactccatctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164629782 148 - 196418989 tagccaggcatggtggtgcgcacctgtattactagctactcaggagactgaggcaggagaatcgcttgaactcaggaggcggaggttgcggtgagctgagatcacaccactgcactccagcctgggcaacagagcaagactccatctc
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s rheMac2.chr3  164629930 71 - 196418989 aaaaaaataaaa----------GGATGCACACCTTTGTATCAGTACCAACTTGCAAATATGATG----------TAAACAAAACACTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14751402 89 +  48394510 aaaaaaaaaaaaa--aaaaaaaGGATGCACACCTTTGTATCAGCACCAGCTTGCAAATATGATTaaaacaaaacaaaacaaaacaCTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15211190 86 +  46489110 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGGATGCACACCTTTGTATCAGCACCAACTTGCAAATATGATT-----AAAACAAAACAAAACACTGTTA
i panTro2.chr21 I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14751491 200 +  48394510 GAAATCACTGGCTTGGTTGAGAAATAGATTTCTGAGTTGTCATAGGCATGAAACCAATACTGTGCC--CAAGTAGATCTACCCCCAAGCAACCTTGGTGAACTGAGCAAGATCAAGGCCAGATTGTAGTCCCTTGAAGCATTGATGATAAGCACACTATGGTTAAAGGGCACGAATTACCCTTGGAATCATAATGCAGGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164630001 202 - 196418989 GAAATCACTGGCTTGGTTGAGAAATAGATTTCTGAGTTGTCATAGGCATGAAACCAATACTGTGCCAGTGAATAGATCTACCCCCAAGCAACCTTGGTGAAATGAGCAAGATCAAGGCCAGATTGTAGTCCCTTGAAGCATTGATGATAAGCACACTATGGTTAAAGGACACGAATTACCCTTGGAATCATAATGCAGGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15211527 130 +  46489110 AAGCAGGAAGAGAAAGTCCTTTGGGCATTCACAAAGAACATTTAGACAAAGCAAAACAAGAAGGAGAATTTGTGGTTTGCAGGAAGCTGTTGCTCATTTATATTTTATCAAAGATTTAAAATGTTGGGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15211812 98 +  46489110 GTTAGAAATATCAACAGAGATTTCTCGGGTATCTCATTATGATGTCTCACATGACTTACACTCTTCTATGTTAATCAAGTGAATCTCTTCCAATTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164630633 234 - 196418989 CAGATTGCTATGAAAAATCATGAGACATCACATTTTACTAAGTGGGAAATACTATTGATCTAACAAGATCCATTGAATAATGAAAGGGGTCCATTTTTATATGTTACTCCCTCTAGCAAGGTTGAAGAAATATGCCAGTGAAACATGGAAGAATGGATTTTTATAGTTTCAGATACTTACATAGTTTTAGATATATACA-------GGACAATCTGTTAGTAGCCTCAGAAATAATTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15211910 241 +  46489110 CAGATTGCTATGAAAAATCATGAGACATCACATTTTACTAAGTGGGAAATACTATTGATCTAACAAGATCCATTGAATAATGAAAGGGGTCCATTTTTATATGTTACTCCCTCTAGCAAGGTTGAATAAATATGCCAGTGAAACATGGAAGAATGGATTTTTATAGTTTCAGATACTTACATAGTTTTAGATATATACATAGTTTTAGACAATTTGTTAGTAGACTCAGAAATAATGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164631172 71 - 196418989 Aatctatgcatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatctatctatctatctatctatctatctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14752669 63 +  48394510 AATGtatctatct--------atctatctatctatctatctatctatctatctatctacctacctatctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15212456 62 +  46489110 Aatctatctatca---------tctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=741306.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14752732 137 +  48394510 ctatctatctacccatccattcatcCAATGGGAGAAGAAATAAAGCGAAATGGCCATAGGAAGAGGGTAATAAACGTCAATGGAATTGTTGTACATCAGGAGACATGACTGCGATTCATTCAGAGGGTATTCAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15212518 136 +  46489110 c-atctatctatctatctatccatcCAATGGGAGAAGATGTAAAGTGAAATAGCCATAGGAAGAGGGGAGTAAGCATAAATGGAATTGTTGTACATCAGCAGACATGACTGTGATTCATTCAGAGGGTATTCAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=950651.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15213069 67 +  46489110 AAATTCACTTGTTGGACCACCTTAATGATCAAATTAAGCAATAATACACAAATTCT----TTTGTACAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753271 67 +  48394510 AAATTCACTTGTTGAACCACCTTAATGATCAAATTAAGAAATAATACACAAATTCC----TTTGTGCAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164631781 71 - 196418989 AAATTCACTTGTTGGACCACCTTAATGATCAAATTAAGAAACAATACACAAATTCCCTTGTTTGTGCAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1270767.000000
s hg19.chr21     16493234 48 +  48129895 ATCACTCAACAAATATTAATTGGCTACTCTTTGCTATACATCAGAACA
s panTro2.chr21  15213136 48 +  46489110 ATCACTCAACAAATATTAATTGGCTACTCTTTGCTATACATCAGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753338 48 +  48394510 ATCACTCAACAAATATTAATTGGCTACTCTTTGCTATACATCAGAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164631852 48 - 196418989 ATCATTCAATAAATATTAATTGGCTACTCTTTGCTATACATCAGAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1878057.000000
s hg19.chr21     16493282 99 +  48129895 AATAGTTACCATACAAAATACCAGTTGAACACAGAGTACTTTAAAAAATTATTCTGCACAAATATTGCAAAAATCCATCGAAGTGTTGAAAGGAAGGCA
s panTro2.chr21  15213184 99 +  46489110 AATAGTTACCATACAAAATACCAGTTGAACACAGAGTACTTTAAAAAATTATTCTGCACAAATATTGCAAAAATCCATCGAAGTGTTGAAAGGAAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753386 99 +  48394510 AATAGTTACCATAGAAAATACCAACTGAACACAGAGTACTTTAAAAAATTATTCTGCACAAATATTGCAAAAATCCATCGAAGTGTTGAAAGGAAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164631900 99 - 196418989 AATAGTTACCATAAAAAATACCAATTGAACACAGAGTACTTTAAAAAATTATTCTGCAAAAATATTGTAAAAATCCATCGAAGTGTTGAAAGGAAGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=875957.000000
s hg19.chr21     16493381 34 +  48129895 AGTCAGATTCAAAAAATGTCATGAGTGAAAAAAA
s panTro2.chr21  15213283 34 +  46489110 AGTCAGATTCAAAAAATATCATGAGTGAAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753485 34 +  48394510 AGTCAGATTCAAAAAATGTCATGAGTGAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164631999 34 - 196418989 AGTCAGATTCAAAAAATGTCGTGAATGAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3561543.000000
s hg19.chr21     16493415 158 +  48129895 CAGATTTAATTGGGAACTGTAAATAGAAATTGAAAAACAACCAAGCGTCATGAGGAGTTTTATTTGGGAGCTTCATTATTTATGTGTTCTTTGCCGACATGTAGAATTTGGAGGTGGTAAAAGTTAAAGACAGAGGAAAAATTTCTGTG-TAATAGGAG
s panTro2.chr21  15213317 156 +  46489110 CAGATTTAATTGGGAACTGTAAATAGAAATTGAAAAACAACCAAGCGTCATGAGGAGTTTTATTTGGGAGCTTCATTATTTATGTGTTCTTTGCCGACACGTAGAATTTGGAGGTGGTAAAAGTTAAAGAC--AGGAAAAATTTCTGTG-TAATAGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753519 158 +  48394510 CAGATTTAATTGGGAACTGTAAATAGAAACTGAAAAACAACCAAGCGTCATGAGGAGTTTTATTTGGGAGCTTCATTATTTATGTGTTCTTTGCCTACACGTAGGAGTTGGAGGTGGTAAAAGTTAAAGACAGATGATAAATTTCTGTG-TAATAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632033 159 - 196418989 CAGATTTAATTGGGAACTGTAAATAGAAATTGAAAAACAACCAAGAGTCATGAGGAGTTTTATTTGGGAGCTTCATTATTTATGTGTTCTTTACCGACACAGAGAAGTTGGAGGTGGAAAAAGTTAAAGACAGATGATAAATTTCTGTGTTAATAGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=431085.000000
s hg19.chr21     16493573 37 +  48129895 TTGGTCATGCAACTTGTCTCACAGCCAGATGCAAGTG
s panTro2.chr21  15213473 37 +  46489110 TTGGTCATGCAACTTGTCTCACAGCCAGATGCAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753677 37 +  48394510 TTGGTCATGCAACTTGTCTCACAGCCAGATACAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632192 37 - 196418989 TTGGTCATGCAACTTGTCTCACAGCCAGATGCAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=554740.000000
s hg19.chr21     16493610 29 +  48129895 CAGGTCTGAGGTGAATAGAGAAATTGACC
s panTro2.chr21  15213510 29 +  46489110 CAGGTCTGAGGTGAATAGAGAAATTGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753714 29 +  48394510 CAGGTCTGAGGTGAATATAGAAATTGACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632229 29 - 196418989 CAGGTCTGAAGTGAATATAGAAATTGACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-86544.000000
s hg19.chr21     16493639 30 +  48129895 TATGGGATATGTGcattcattcaac--ttttt
s panTro2.chr21  15213539 30 +  46489110 TATGGGATATGTGcattcattcaac--ttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753743 32 +  48394510 TATGAGATATGTGcattcattcaacttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632258 31 - 196418989 TGTGAGATATGTGcattcattcaac-tttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1248445.000000
s hg19.chr21     16493669 68 +  48129895 ttttgagtccatgctattttgcaaacactctctaggcaatggggttctaacatgagtgaagcaTGGCC
s panTro2.chr21  15213569 68 +  46489110 ttttgagtccatgctattttgcaaacactgtctaggcaatggggttctaacatgagtgaagcaTGGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753775 68 +  48394510 ttttgagtccatgctattttgcaaacactgtctaggcaatggggttctaacatgagtgaagcaTGGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632289 68 - 196418989 ctttgagtccatgctattttgcaaacactgtctaggcaatggggttctaacatgagtgaagcatggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=791244.000000
s hg19.chr21     16493737 74 +  48129895 TCTGCAGTCAGTGAGGCAGCCATGCAGTAAACAGCTAAGTGGCAAGGCAATGGGGGTAGCCCCATGGAAAGCGG
s panTro2.chr21  15213637 74 +  46489110 TCTGCAGTCAGTGAGGCAGCCATGCAGTAAACAGCTAAGTGGCAAGGCAATGGGGGTAGCCCCATGGAAAGCGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753843 74 +  48394510 TCTGCAGTCAGTGAGGCAGCCATGCAGTGAACAGCTAAGTGGCAAGGCAATGGGGGTAGCCCCATGGAAAGCGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632357 74 - 196418989 tctgcagtcagtgaggcagccatgcaggaaacaactaagtggcaaggcaatgggggtagccccatggaaagcGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2307309.000000
s hg19.chr21     16493811 104 +  48129895 AAGCCCAATGGAATGAGGGGTGGAAGGGCCTCGAAAGCACAtgagatgagaggcagagactaaatgaggaaagaggctcagaagccaagaagagagagttgtat
s panTro2.chr21  15213711 104 +  46489110 AAGCCCAATGGAATGAGGGGTGGAAGGGCCTCTAAAGCACAtgagatgagaggcagagactaaatgaggaaagaggctcagaagccaagaagagagagttgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14753917 104 +  48394510 AAGCCCAATGGAATGAGGGGTGGGAGGGCCTCCAAAGCACAtgagatgagaggcagagactaaatgaggaaagaggctcagaagccaagaagagagagttgtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632431 100 - 196418989 AAG--CAAGGGAATGAGGGGTGGAAGGGCCTCTAAAACACAtgagatgagaggc--agactaaatgaggaaagaggctcagaagccaagaagagagagttgtgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1534249.000000
s hg19.chr21     16493915 42 +  48129895 aattggttatcagccgtgtcaaattctgtacataggtcaagg
s panTro2.chr21  15213815 42 +  46489110 aattggttatcagccgtgtcaaattctgtacataggtcaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754021 42 +  48394510 aattggttatcagccgtgtcaaattctgtacataggtcaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632531 42 - 196418989 aattggttatcagcagtgtcaaattctgtacataggtcaagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2043342.000000
s hg19.chr21     16493957 57 +  48129895 agcatcaagatggagaagtgccattgcgttttggcagtgagtatgttactggagacc
s rheMac2.chr3  164632573 57 - 196418989 agcatcaagatggagaagtgccatttcgttttggcagtgagtatgttactggagacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754063 57 +  48394510 agcatcaagatggagaagtgccattgcgttttggcagcgagtatgttactggagacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15213857 57 +  46489110 agcatcaagatggagaagtgccattgcgttttggcagtgagtatgttactggagacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1708093.000000
s hg19.chr21     16494014 49 +  48129895 ttggcaaggctggcttctgggaagtggcgtgggttagagcaggactgga
s panTro2.chr21  15213914 49 +  46489110 ttggcaaggctggcttctgggaagtggagtgggttagagcaggactgga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754120 49 +  48394510 ttggcaaggctggcttctgggaagtggcgtgggttagagcaggactgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632630 49 - 196418989 ttggcaaggctggcttctgggaagtggcgtgggttagagcaggactgga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3635338.000000
s hg19.chr21     16494063 105 +  48129895 tcaggttcaggagCGTTTTCACTGAGGAACTGAATGCATCTGGTGCACTCTAGGAGTTGGGAGAGGAATGGT-GGGGAAACAGTTGTTAGAGGGTGTAGGGATTTC
s panTro2.chr21  15213963 105 +  46489110 tcaggttcaggagCATTTTCACTGAGGAACTGAATGCATCTGGTGCACTCTAGGAGTTGGGAGAGGAATGGT-GGGGAAACAGTTGTTAGAGGGTGTAGGGATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754169 105 +  48394510 tcaggttcaggagcgttttcactgaggaactgaatgcatctggtgcactctaggagttgggagaggaagggt-ggggaaacagttgttagagggtgtagggATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632679 106 - 196418989 tcaggttcaggagCATTTTCACTGAGGAACTGAATGCATCTGGTGCACTCTAGGAGTTGGGAGAGGAAGGGTGGGGGAAACAGTTGTTAGAGGGTGTAGGGATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=452029.000000
s hg19.chr21     16494168 39 +  48129895 TTGAGACCCAGGGATATCTGAGACTCAGCAGGATCCAAA
s panTro2.chr21  15214068 39 +  46489110 TTGAGACCCAGTGATATCTGAGACTCAGCAGGATCCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754274 39 +  48394510 TTGAGACCCAGGGATATCTGAGACTCAGCAGGATCCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632785 39 - 196418989 TTGAGACCCGGGGATATCTGAGACTCAGCAGGATCCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=613088.000000
s hg19.chr21     16494207 46 +  48129895 TACAGACTTTTTAGCTCTATTTTGTGAAAAACAGAGCTTTTCCCAG
s panTro2.chr21  15214107 46 +  46489110 TACAGACTTTTTAGCTCTATTTTGTGAAAAACAGAGCTTTTCCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754313 46 +  48394510 TACAGACTTTTTAGCTTTATTTTGTGAAAAATAGAGCTTTTCCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632824 46 - 196418989 CACAGACTTTTTAGCTCTGTTTTGTGAAAAATAGAGCTTTTCCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4260265.000000
s hg19.chr21     16494253 143 +  48129895 CAGCAAGGAAACAGCATTTACATCTTGAAGCAGGCTTTGTTGAGCTTGTTTGTTCTATCTGGCAATGAGTCACTGTAACACTGACCCTGCCATTGAAGTCAGCAGATTCTATTTGGAGAGCTTTGTGATTGTGGGGGGAAGTT
s panTro2.chr21  15214153 143 +  46489110 CAACAAGGAAACAGCATTTACATCTTGAAGCAGGCTTTGTTGAGCTTGTTTGTTCTATCTGGCAATGAGTCACTGTAACACTGACCCTGCCATTGAAGTCAGCAGATTCTATTTGGAGAGCTTTGTGATTGTGGGGGGAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754359 143 +  48394510 CAACAAGGAAACAGCATTTACATCTTGAAGCAGGCTTTGTTGAGCTTGTTTGTTCTATCTGGCAATGAGTCACTGTAACACTGACCCTGCCATTGAAGTCAGCAGATTCTATTTGGAGAGCTTTGTGATTGTGGGGGGAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164632870 142 - 196418989 CAACAAGGAAACAGCATTTACATCTTGAAGCAGGCTTTGTTGAGCTTGTTTGTTCTATCTGGCAATGAGTCACTGTAACACTGACCCTGCCATTGAAGTCAGCAGATTCTATTTGGAGAGCTTTGTGATTGT-GGGGGAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4281337.000000
s hg19.chr21     16494396 188 +  48129895 GTTTAAAAAGTTAACAAAAACATCTACTCTCCCTGATCTGCTAAACACCTGTGTGCATTAGTTTTGATGACTATTAGCTCAAGAGCATGGGAATGCTATTTTTGAGTAAAAAAAGGGAAGCCTCATCAGAAGAAGTTAAATGTACATGACACAGGAAAAAGTTATAATATTTTCTATTTTGGTTTCTA
s panTro2.chr21  15214296 188 +  46489110 GTTTAAAAAGTTAACAAAAACATCTACTCTCCCTGATCTGCTAAACACCTGTGTGCATTAGTTTTGATGACTATTAGCTCAAGAGCATGGGAATGCTATTTTTGAGTAAAAAAAGGGAAGCCTCATCAGAAGAAGTTAAATGTACATGACACAGGAAAAAGTTATAATATTTTCTATTTTGGTTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754502 188 +  48394510 GTTTAAAAAGTTAACAAAAACATCTACTCTCCCTGATCTGCTGAACACCTGTGTGTATTAGTTTTGATGACTATTAGCTCAAGAGCATGGGAATGCTCTTTTTGAGTCAAAAAAGGGAAGTCTCATCAGAAGAAGTTAAATGTACATGACACAGGAAAAAGTTATAATATTTTCTATTTTGGTTTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633012 188 - 196418989 GTTTAAAAAGTTAACAGAAACATCTACTCTCCCCGATCTGCTAAACACCTGTGTGTATCAGTTTTGATGACTATTAGCTCCGGAGCCTGGGAATGCTATTTTTGAGTCCAAAAAGGGAAGTCTCACCAGAAGAAGTTAAATGTACATGACACAGGAAAAAGTCATACTATTTGCTATTTTGGTTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=457776.000000
s hg19.chr21     16494584 17 +  48129895 CTCATTTGAAAAGAGTT
s panTro2.chr21  15214484 17 +  46489110 CTCATTTGAAAAGAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754690 17 +  48394510 CTCATTTGAAAAGAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633200 17 - 196418989 CTCATTTGAAAAGAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=353799.000000
s hg19.chr21     16494601 27 +  48129895 TTAAAGAGAAAAGTGTAATAGTTCTGC
s panTro2.chr21  15214501 27 +  46489110 TTAAAGAGAAAAGTGTAATAGTTCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754707 27 +  48394510 TTAAAGAGAAAAGTGTAATAGTCCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633217 27 - 196418989 TTAAAGAGAAAAGTGTAATAGTTCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7585159.000000
s hg19.chr21     16494628 307 +  48129895 CGACCGCCAACCTCAATTAAAATGCTAAGTACAAGTTGCAGTTTCCCTACCTCTGCCAGAGGGAATATGTCCAAAGTGACCAGCCACCTGTTTCCTTTTGTAAGAGCTCAAGACTGCGGCCCCGTCCAGCATACTCCTCACTGACACTAAATATCAGTGTGATGATGAATCAAAAGTCAACAGCAGCAGAGCTTTATTTACCAAGAAATGACACTTAGTAAGGTCATCTCTTTTGGAGAGGACATTGCAATCATTTAAGTTGATAAAGATATTGGTGATTTATCAACCTCAAATAAGGCATGAGGAA
s panTro2.chr21  15214528 307 +  46489110 CGACCGCCAACCTCAATTAAAATGCTAAGTACAAGTTGCAGTTTCCCTACCTCTGCCAGAGGGAATATGTCCAAAGTGACCAGCCACCTGTTTCCTTTTGTAAGAGCTCAAGACTGCTGCCCCATCCAGCATACTGCTCACTGACACTAAATATCAGTGTGATGATGAATCAAAAGTCAACAGCAGCAGAGCTTTATTTACCAAGAAATGACACTTAGTAAGGTCATCTCTTTTCGAGAGGACATTGCAATCATTTAAGTTGATAAAGATATTGGTGATTTATCAACCTCAAATAAGGCATGAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14754734 307 +  48394510 CAATTGCCAACCTCAATTAAAATGCTAAGTACAATTTGCAGTTTCCCTACCTCTGCCAAAGGGAATATGTCCAAAGTAACCAGCCACCTGTTTCCTTTTGTAAGAGCTCAAGACTGCTGCCCCATCCAGCATACTCCTCACTGACACTAAATATCAGTGTGATGATGGATCAAAAGTCAACAGCAGCAGAGCTTTATTTACCAAGAAATGACACTTAGTAAGGTCATCTCTTTTTGAGAGGGCATTGCAGTCATTTAAGTTGATAAAGATATCGGTAATTTATCAACCTCAAATAAGGCATGAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633244 307 - 196418989 CGACCGCCAACCTCAATTAAAATGCTAAGTACAAGTTGCAGTTTCCCTACCTCTGCCAGAGGGAATATGTCCAAAGTGACCAGCCACCTGTTTCCTTTTGTAAGAGCTCAAGACTGCTGCCCCGTTCAGCATACTCTTCCCTGACACTAAATATCAGCGTGATGATGAATCAAAAGTCAACAGCAGCAGAGCTTTATTTACCAAGAAATGACACTTAGTAAGGTCATCGCTTTTCGAGAGGACATTGCAACCACTTAAGTTGATAAAGATATCAGTGATTTATCAACCTCAAATAAGGCATGAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146683.000000
s hg19.chr21     16494935 40 +  48129895 CATGCCTGTTAAGGGGTACCCAACTTGGCTGTTTCCAACT
s panTro2.chr21  15214835 40 +  46489110 CATGCCTGTTAAGGGGTACCCAACTTGGCTGTTTCCAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755041 40 +  48394510 CATGCATGTTAAGGGGTACCCAACTTGGCTGTTTCCAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633551 40 - 196418989 CATGCATGTTAAGGGGTACCCAACTGGGCTGTTTCCAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2191149.000000
s hg19.chr21     16494975 109 +  48129895 TGCTTAAATATATATGCCCACAGGCTGGCTGATGTTTGAGATGTTTGAGGGATAGTAATAGCACATGGTCTGTGATGGCTTAGCTAGGCACAGTGAAGGTCATAGAACT
s panTro2.chr21  15214875 109 +  46489110 TGCTTAAATATATATGCCCACAGGCTGGCTGATGTTTGAGATGTTTGAGGGATAGTAATAGCACATGGTCTGTGATGGCTTAGCTAGGCACAGTGAAGGTCATAGAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755081 109 +  48394510 TGCTTAAATATATATGCCCACAGGCTGGCTGATGTTTGAGGTGTTTGAGGGATAGTAATAGCACATGGTCTGTGATGGCTTAGCTAGGCACAGCGAAGGTCACAGAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633591 103 - 196418989 TGCTTAAATATATACGCCCACAGGCCGGCTGAC------GGTGTTTGAGGGATAGTAATGGCATAAGGTCTGTGATGGCTTAGCTAGGCACAGTGAAGGTCATAGAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1492725.000000
s hg19.chr21     16495084 61 +  48129895 AGAAACTTAAGAATCAATTATGAAACAGGTTAAAGTtgcagtctataagagagtggctttg
s panTro2.chr21  15214984 61 +  46489110 AGAAACTTAAGAATCAATTATGAAACAGCTTAAAGTtgcagtctataagagagtggctttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755190 61 +  48394510 AGAAACTTAAGAATCAATTATGAAACAGGTTAAAGTtgcagtctataagagagtggctttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633694 61 - 196418989 AGAAACTTAAGAATCAATTATGAAACAGGTTAAAGTtgcagtctacaagagagtggctttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1538819.000000
s hg19.chr21     16495145 103 +  48129895 gaggcagtaagacttgggttttaatgatagctgtgccatttactagctgtgggacatcagtcaaataacttaaatttcaaaggctctgttttctcatctataa
s panTro2.chr21  15215045 103 +  46489110 gaggcagtaagacttgggttttaatgatagctgtgccatttactagctgtgggacatcagtcaaataacttaaatttcgaaggctctgttttctcatctataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755251 103 +  48394510 gaggcagtaagacttgggttttaatgatagctgtgccatttactagctgtgggacatcagtcaaataacttaaatttcgaaggcttggttttctcatctatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633755 102 - 196418989 gaagcagtaagacttgga-tttaatgatagctgtgccatttactagctgtgggacatcagtcaagtgacttcaattttgaaggctcagttttctcatctataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405060.000000
s hg19.chr21     16495248 52 +  48129895 tataaaatagaaataatagtagtgcctcagggctgttttaaggattaaatga
s panTro2.chr21  15215148 52 +  46489110 tataaaatagaaataatactagtgcctcagggctgttttaaggattaaatga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755354 52 +  48394510 tataaaatagaaataatgctagtgcttcagggctgttttaaggattaaatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633857 52 - 196418989 tataaaatggaaataatactagtgcctcagggccgttttaatgattaaatga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1115722.000000
s hg19.chr21     16495300 127 +  48129895 tagcacgtggagcataacccaggaccaggcatacagtaaacgcttcataaaatgatagctattatATATCTTAAATCAAGCATCCTCAATTCCTTGTTGATAAGAAAAATAACAAACCACTAGCATT
s panTro2.chr21  15215200 127 +  46489110 tagcacgtggagcataacccaggaccaggcatacagtaaacgcttcataaaatgatagctattatATATCTTAAATCAAGCATCCTCAATTCCTTGTTGATAAGAAAAATAACAAACCACTAGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755406 126 +  48394510 tagcatgtggagcataacccaggatgaggcatacagtaaatgcttcataaaatgatagttattatATATCTTAAATCAAGCATCCTCAATTCCTTGTTGATAAGAAAAAT-ACAAACCACTAGCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164633909 126 - 196418989 tagcgcgtggagcataacccaggaccaggcatatagtaaatgcttcataaaatgatagctattatATATCTTAAATCAAGCATCCTCAATTCCTTGTTGATAAGAAAAAT-ACAAACCACTAGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=312463.000000
s hg19.chr21     16495427 23 +  48129895 TGGTTAAAACCATGAGAGCTAAT
s panTro2.chr21  15215327 23 +  46489110 TGGTTAAAACCATGAGAGCTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755532 23 +  48394510 TGGTTAAAACCATGAGAGCTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164634035 23 - 196418989 TGGTTAAAACCATGAGAGCTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=558082.000000
s hg19.chr21     16495450 50 +  48129895 GTGAAAATGGATGTATTAAACAGCTTGCCATAAAAATGCTACATTTTTTC
s panTro2.chr21  15215350 50 +  46489110 GTGAAAATGGATGTATTAAACAGCTTGCCATAAAAATGCTACATTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755555 50 +  48394510 GTGAAAATGGATGTATTAAACAGCTTGCCATAAAAATGCTACATTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164634058 49 - 196418989 GTGAAAATGGAT-TATTAAGCAGCTTGCCATAAAAATGCTACGTTTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=999460.000000
s hg19.chr21     16495500 61 +  48129895 AAACAATTGAGATATGTCTAAAAGAAAAGAAGTGAGCACCATAAAATTGAACCTAATCTAA
s panTro2.chr21  15215400 61 +  46489110 AAACAATTGAGATACGTCTAAAAGAAAAGGAGTGAGCACCATAAAATTGAACCTAATCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755605 61 +  48394510 AAACAATTGAGATAGGTCTAAAAGAAAAGGAGTGAGCACCATAAAATTGAAGCTAATCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164634107 61 - 196418989 AAACAATTGAGATATGTCTAAAATCAAAGGAGTGAGCACTCTAAAATTGAACCTAATCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=908738.000000
s hg19.chr21     16495561 43 +  48129895 AGGGATTGAAGCAACAGCATTTTAAACAGCAAATAGAACCCAC
s panTro2.chr21  15215461 43 +  46489110 AGGGATTGAAGCAACAGCATTTTAAACAGCAAATAGAACCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755666 43 +  48394510 AGGGATTGAAGCAACAGCATTTTAAACAGCAAATAGAACCCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164634168 43 - 196418989 AGGGATTGAAGCAACAGCATTTTAAACAGCAAATAGAACCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=749548.000000
s hg19.chr21     16495604 38 +  48129895 AAAGAAAATCCAAAAGTTATAAAAGTTTTATTCACTTT
s rheMac2.chr3  164634211 38 - 196418989 AAAGAAAATCCTAAAGTTATAAAAGTTTTATACACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755709 38 +  48394510 AAAGAAAATCCTAAAGTTATAAAAGTTTTATTCACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15215504 38 +  46489110 AAAGAAAATCCTAAAGTTATAAAAGTTTTATTCACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2138073.000000
s hg19.chr21     16495642 89 +  48129895 TACAATTTAATAAGATTCTGATTTTACTAACATTAAAAAATAAAATCATCTCTATTAAATGTAAAATTAGCTTTATTATACATATAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755747 89 +  48394510 TAAAATTTAATAAGATTCTGATTTTACTAACATTAAAAAATAAAATCATCTCTATTTAATGTAAAATTAACTTCATTATACATATAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1536767.000000
s hg19.chr21     16495731 56 +  48129895 AGTCTCACTGCTGTTGTTCAAATTAATAGTAAAAAATTATTCCAAATAAGTTCTAT
s panTro2.chr21  15215631 56 +  46489110 AGTCTCACTGCTGTTGTTCAAATTAATAGTAAAAAATTATTCCAAGTAAGTTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755836 56 +  48394510 AGTCTCACTGCTCTTGTTCAAATTAATAGTAAAAAATTATTCCAAGTAGGTTCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3175943.000000
s hg19.chr21     16495787 135 +  48129895 GGGACATATTAGCAATAGTCAGATAATAATCAGTGCCCTTCTCTCCACATATAAAATGCCCTACTTCATTTTTAGAATAACTTGATGGCTGAAGCTCTTCACCACATTATCTCTTTTATAGTTCCTAGTTCACCA
s panTro2.chr21  15215687 135 +  46489110 GGGACATATTAGCAATAGTCAGATAATAATCAGTGCCCTTCTCTCCACATATAAAATGCCCTACTTCATTTTTAGAATAACTTGATGGCTGAAGCTGTTCACCACATTATCTCTTTTATAGTTCCTAGTTCACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14755892 135 +  48394510 GGGACATATTAGCAATATTCAGATAATAATCAGTGCCCTTCTCTCCACGTATAAAATGCCCTACTTCATGTTTAGAATAACTTGATGGCTGAAGCTCTTCACCACGTTATCTCTTTTATAGTTCCTAGTTCACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164634394 135 - 196418989 GGGACATATTAGCAACATTCAGATAATAATCAGTGCCCTTCTCGCCACGTATAAAATGCCCTACTTCATTTTTAGAATAACTTGATGGCCGAAGCTCTTCATCACATTATCTCTTTTATAGTTCCTAGTTCACCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=564731.000000
s hg19.chr21     16495922 37 +  48129895 TTTAGTATGGAGGCCCTAGAGCCCTCTCTTCCATCAG
s rheMac2.chr3  164634529 37 - 196418989 TTTAGTATGGAGGCCCTAGAGCCCTGTCTTCCATCGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756027 37 +  48394510 TTTAGTATGGAGGCCCTAGAGCCCTCTCTTCCATCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15215822 37 +  46489110 TTTAGTATGGAGGCCCTAGAGCCCTCTCTTCCATCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=397750.000000
s hg19.chr21     16495959 28 +  48129895 TTCCAGGCTTTCTGCCAGTTCTCAGATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756064 28 +  48394510 TTCCAGGCTTTCTGCCAGTTCTCAGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15215859 28 +  46489110 TTCCAGGCTTTCTGCCAGTTCTCGGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=44276.000000
s hg19.chr21     16495987 37 +  48129895 CCATGTTTAATCAGAATCCCGGGCTCTCCAACCCCAG
s rheMac2.chr3  164634594 37 - 196418989 CCATGTTTAATCGGAATGCCGGGCTCTCCAACCCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756092 37 +  48394510 CCGTGTTTAATCAGAATCCCAGGCTCTCCAACTCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15215887 37 +  46489110 CCATGTTTAATCAGAATCCCGGGCTCTCCAACCCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=856970.000000
s hg19.chr21     16496024 68 +  48129895 TCCGTATTATCCATTTTTCCAATTCTTAG-GGGAAATTTGCCACTTTGAAACATGTTATCTGCAAATAG
s rheMac2.chr3  164634631 69 - 196418989 TCCGTATTATCCATTTTTCCAATTCTTAGCGGGAAATTTGTCACTTTGAAACACGTTATCTGCAAATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756129 68 +  48394510 TCCGTATTATCCATTTTTCCAATTCTTAG-GGGAAATTTGCCACTTTGAAACATGTTATCTGCAAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15215924 68 +  46489110 TCCGTATTATCCATTTTTCCAATTCTTAG-GGGAAATTTGCCACTTCGAAACATGTTATCTGCAAATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=248029.000000
s hg19.chr21     16496092 34 +  48129895 AACCCAGAAACAAAGACCTTAAAG---TTATAAAGAA
s rheMac2.chr3  164634700 37 - 196418989 AACCCAGAAGCAAAGATCTTAAAGTTATTATAAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756197 34 +  48394510 AACCCAGAAACAAAGACCTTAAAG---TTATAAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15215992 34 +  46489110 AACCCAGAAACAAAGACCTTAAAG---TTATAAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=507882.000000
s hg19.chr21     16496126 64 +  48129895 AACATTGGTAATGTTTCAAGGAATGAATGACAAATAACGAAAGCCCTTTGAATCTCAGCAAACA
s rheMac2.chr3  164634737 64 - 196418989 AACGTTGGTAATGTTTCAAAGAATGAATGATAAATAACGAAAGCCCTTTGAATCTCAGCAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756231 64 +  48394510 AACATTGGTAATGTTTCAAGGATTGAGTGATAAATAACGAAAGCCCTTTGAACCTCAGCAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15216026 64 +  46489110 AACATTGGTAATGTTTCAAGGAATGAATGATAAATAATGAAAGCCCTTTGAATCTCAGCAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=663540.000000
s hg19.chr21     16496190 57 +  48129895 CTGGGCTTCAGTTACACCCTTAAGGAGAACCCATAAATTCATCCTGCTGTCCCCCAA
s rheMac2.chr3  164634801 57 - 196418989 CTGGGCTTCAGTTACACCCTTAAGGAGAACCCATGAATTCATCCCGCTGGCCCCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756295 57 +  48394510 CTGGGCTTCAGTTACACCCTTAAGAAGAACCCATAAATTCATCCTGCTGGCCCCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15216090 57 +  46489110 CTGGGCTTCAGTTACACCCTTAAGGAGAACCCATAAATTCATCCTGCTGTCCCCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1050042.000000
s hg19.chr21     16496247 92 +  48129895 ATGGACTTGCTGAGGAAAAAATGGAC-----TTTTTTTTTTTTTTAACCACATATAAGCTCTATTTTTCTAGATAAGAAAGAAAACTGCAAAGGCAA
s rheMac2.chr3  164634858 89 - 196418989 ATGGACTTGCTGAGGAAAAAGTGGAC--------TGTTTTATTTGTACCAAAGGTAAGCTCTATTTTTCTAGATAAGAAAGAAAACTGCAAAGGCAA
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s ponAbe2.chr21  14756352 97 +  48394510 ATGGACTTGCTGAGGAAAAAGTGGACTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAACCACATATAAGCTCTATTTTTCTAGATAAGAAAGAAAACTGCAAAGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15216147 94 +  46489110 ATGGACTTGCTGAGGAAAAAGTGGAC---TTTTTTTTTTTTTTTTAACCACATATAAGCTCTATTTTTCTAGATAAGAAAGAAAACTGCAAAGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=661350.000000
s hg19.chr21     16496339 75 +  48129895 GGTAGCGTGGTGAACTTCCCACTCACTGGCGCAGCTTGATGGAAATTCAATTTGACAAAGCCTTTCTTAGCCAAA
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s ponAbe2.chr21  14756449 75 +  48394510 GGTAGCGTGGTGAACTTCCCACTTACTGGGGCAGGTTGACGGAAATTCAACTTGACAAAGCCTTTCTCAGCCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15216241 75 +  46489110 GGTAGCGTGGTGAACTTCCCACTCACTGGGGCAGGTTGACGGAAATTCAATTTGACAAAGCCTTTCTTAGCCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=393034.000000
s hg19.chr21     16496414 35 +  48129895 CCACCCCAAAGTGGCCTCTCCCTCCACTCGTTTGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756524 35 +  48394510 CCACCCCAAAGTGGCCTCTCCCTCCACTCGTTTGT
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s panTro2.chr21  15216316 35 +  46489110 CCACCCCAAAGTGGCCTCTCCCTCCACTCGTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=146039.000000
s hg19.chr21     16496449 48 +  48129895 TACTTACCATTGTTTTGCCATTTGTGTTCATGCATCCTCAGATGCATG
s panTro2.chr21  15216351 48 +  46489110 TACTTACCATTGTTTTGCCATTTGTGTTCATGCATCCTCAGATGCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756559 48 +  48394510 TACTTACCATTGTTTTGCCATTTGTGTTCATGCATCCTCAGATGCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164635057 47 - 196418989 CACTTACCATGGTTTC-CCGTTTGTGTTCATGCCTCCTCAGATGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-113974.000000
s hg19.chr21     16496497 32 +  48129895 AACGGAGGGTAAGCTGGGTAAACAGAGGTAAG
s panTro2.chr21  15216399 32 +  46489110 AACGGAGGGTAAGCTGGGTAAACAGAGGTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756607 32 +  48394510 AATGGAGGGTAAGCTGGGTAAACAGAGGTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164635104 31 - 196418989 AACGGAGGGTAAGCT-GGTAAACAGAGGTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-110505.000000
s hg19.chr21     16496529 16 +  48129895 ACGGTAACAGAGGGTA
s panTro2.chr21  15216431 16 +  46489110 ACGGTAACAGAGGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756639 16 +  48394510 ATTGTAACAGAAGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164635135 16 - 196418989 ACGGCAACAGAGGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306100.000000
s hg19.chr21     16496545 81 +  48129895 AGCCTCCACTAGAGCTACATCTTATGAAGACTTTCTCTCCCTTTCTCCCTTACCTCAGAGTCTAAGCCAGATCTCACTCTT
s rheMac2.chr3  164635151 74 - 196418989 AACCTCCGCTAGAGCTAC-------GAAGACTTTCTCTCCCTTTCTCACTCACCTCAGAGTCTAAGCCAGATCTCACTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15216447 81 +  46489110 AGCCTCCACTAGAGCTACATCTTATGAAGACTTTCTCTCCCTTTCTCCCTTACCTCAGAGTCTAAACCAGATCTCACTCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14756736 45 +  48394510 CCTAAAAGTCCAGAAGTCCAGGAGACAGGGAATAAGGAGGGGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14757376 153 +  48394510 CCAGTTCTTCAACACAGAAGAAAGACATTGGAGTATCTTCCACCTCATGGAAACTATAGAGAATTTCCTTGTTGGAATCT-GTCAGCTAAAGCATGCAGATGGGGTTTTCAGCATTTGTTCTGATTTTTGTCTTACTAAGTAAGATACTTGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=560333.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1029871.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164636398 103 - 196418989 GTTTTATTTTATGTTGGATTTCATTCGGTGCTTTACATTGTTTTGGACATAAAGGAAGGGCTCAGCAATATTCGTTGAAATGACATAGTGATATAATAATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14758013 176 +  48394510 AAAATACAGGCAATTAACATATAAGGACAATATGTGCAGTAACATTGCTGAGCACGTTTTCACTGATAATTCAAACCCATTAGACTCT-AACAATTAGGAAATAATCACGCCAATCCTAATATTCTTTTAGTGCCCTGGTGGCATTTACAAATTAGATTATAGTTAAAAAGTTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16498080 41 +  48129895 ACAATTATTTTTTGCTATTCTTCAAAACCATTTGAGTggct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16498121 115 +  48129895 gggcacagtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggcagaggtgggcggatcacccgaggtctggagttcgagaccagcctgggcaacatggtg-aactccatctctact
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164636714 116 - 196418989 gggcacagtggctcaagcctgtaatcccaacactttgggaggtagaggcaggcagatcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctgggcaacatggtgaaactccatctctact
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s hg19.chr21     16498236 31 +  48129895 aaacatgtgaatattaacagggcgtggtatc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=60522.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15218282 40 +  46489110 gagagggactctgtctcaaaCAATAAT---------AACAACCACCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15218515 72 +  46489110 GAGGTAAGGGGAGAGAGAGGAGACGCTAGGAGAGGGGATTTAGGAATTCCAGAATGTACTTGGGAAGGACAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=285697.000000
s hg19.chr21     16499153 26 +  48129895 TTAAACTGATTTTTAAAAGGATCAGG
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a score=-68074.000000
s hg19.chr21     16499179 8 +  48129895 ATGTTTTC
s panTro2.chr21  15219080 7 +  46489110 ATGTTTT-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14759285 8 +  48394510 ATGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164637789 7 - 196418989 ATGTTTT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=642028.000000
s hg19.chr21     16499187 68 +  48129895 TTCACATTATGCATCAGCTTAGGAGCAACTTTGCCACCTCACTTATCTCACCAACCTCTTTCACTTTT
s panTro2.chr21  15219087 68 +  46489110 TTCACATTATGCATCAGCTTAGGAGCAACTTTGCCACCTCGCTTATCTCACCAACCTCTTTCACTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14759293 68 +  48394510 TTCACATTATGCATCAGCTTAGGAGCAACTTTGCCACCTCACTTATCTCACCAACCTCTTTCACTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164637796 55 - 196418989 TTCACATTATGCATGAGCTTAGGAACAACTTTGCCACCTCGCTTATC-------------TCACTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=663738.000000
s hg19.chr21     16499255 113 +  48129895 GagaaagggagaaaaaaagaaaaaaagaagtaaagaGTTTTCGTCCTAACAGGATATGAAGATACTTTTCTTGAGAGGTTCCAGATGTATTTTGGCTATCCAATGCCATGCCC
s panTro2.chr21  15219155 112 +  46489110 GAGAAAGGGAG-AAAAAAGAAAAAAAGAAGTAAAGATTTTTCGTCCTAACAGGATATGAAGATACTTTTCTTGAGAGGTTCTAGATGTATTTTGGCTATCCAATGCCATGCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14759361 111 +  48394510 GAGAGAGGGAG-AAAAAAG-AAAAAAGAAGTAAAGATTTTTCCTCCTAACAGGATACGAAGATACTTTTCTTGAGAGTTTCTAGATGTATTTTGGCTATCCAGTGCCATGCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164637851 103 - 196418989 GAGAGAGGGAG-AAAAAAG-AAAAAATAAGTAAGGATTTTTCTTCCTAACAG--------GATACTTTTCTTGAGAAGTTCTAGATGTATTTTGGCTATCCAGTGCCATGTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3914881.000000
s hg19.chr21     16499368 147 +  48129895 TTTGCAGGCAACACTCCACGTTGTTTTTTGATAACTTCCTAAGAGAAGTCACCATGCCCAGGCTACCAGGGGTCAGACAAGGTCAGCTCCTGTTCCCACTGTAGGGAGGGAGACACAGGAGTTGGCTTTGCCCAAAAATAGCCTGTG
s panTro2.chr21  15219267 147 +  46489110 TTTGCAGGCAACACTCCACGTTGTTTTTTGATAACTTCCTAAGAGAAGTCACCATGCCCAGGCTACCAGGGGTCAGACAAGGTCAGCTCCTGTTCCCACTGTAGGGAGGGAGACACAGGAGTTGGCTTTGCCCAAAAATAGCCTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14759472 147 +  48394510 TTTGCAGGCAACACTCCATGTTGTTTTTTGATAACTTCCTAAGAGAAGTCACCATGCCCAGGCTACCAGGGGTCAGACAAGGTCAGCTCCTGTTCCCACTGTAGGGAGGGAGACACAGGAGTTGGCTTTGCCCAAAAATAGCCTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164637954 147 - 196418989 TACGCAGGCAACACTCCACGTTGTTTTTTGATAACTTCCTAAGAGAAGTCACCATGCCCAGGCTACCAGGGGTCAGACAAGGTCAGCTCCTGTTCCCACTGTAGGGAGGGAGACACAGGAGTTGGCTTGGCCCAAAAATAGCCTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7311741.000000
s hg19.chr21     16499515 265 +  48129895 TCCATGCTGCGGAATTAGCTTAGTATCACCAAGTCCAAAACTTGGAGCCAGAAGTCCTGCTTTCAGAAAGGACTTCCAGCCCTTGAACATTGCTGCTACTCAAGTTTTTAATTAGTTGTGAGGTCACTGGTAGCCAGCACACTGGGACAGTACCATGATGAACAGGGTGGGTGCCTCAGGAGGAAGCCAAAAGGATGAAGACACTACCTTTATGAGAATATTTTCTTTCTACCAGTCCTGAAGGGAGTCTAAGTAACAAGATCTT
s rheMac2.chr3  164638101 265 - 196418989 TCCATGCTGCGGAATGAGCTGGGTATCACCAAGTCCACAACTTGGAGCCAGAAGTCTGGCTTTCAAAAAGGACTTCCAGCCCTTGAACATTGCTGCTACTCAAGTTTTTAATTAGTTGTGAGGTCACTGGTAGCCAGCGCACTGGGGCAGTACCATGATGATCAGGGCGGGTGCGTCAGGAGGAAGCCAAAAGGATGAAGACACCACCTTTATGAGAATATTTTCTTTCTACCAGTCTTGAAAGGAGTCTAAGTAACAAGATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14759619 265 +  48394510 TCCATGCTGCGGAATTAGCTTGGTATCACCAAGTCCAAAACTTGGAGCCAGAAGTCCTGCTTTCAGAAAGGACTTCCAGCCCTTGAACATTGCTGCTACTCAAGTTTTTAATTAGTTGTGAGGTCACTGGTAGCCAGCGCACTGGGACAGTACCATGATGAACAGGGCGGGTGCCTCAGGAGGAAGCCAAAAGGATGAAGACACTACCTTTATGAGAATATTTTCTTTCTAGCAGTCCTGAAGGGACTCTAAGTAACAAGATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15219414 265 +  46489110 TCCATGCTGCGGAATTAGCTTAGTATCACCAAGTCCAAAACTTGGAGCCAGAAGTCCTGCTTTCAAAAAGGACTTCCAGCCCTTGAACATTGCTGCTACTCAAGTTTTTAATTAGTTGTGAGGTCACTGGTTGCCAGCACACTGGGACAGCACCATGATGAACAGGGTGGGTGCCTCAGGAGGAAGCCAAAAGGATGAAGACACTACCTTTATGAGAATATTTTCTTTCTACCAGTCCTGAAGGGAGTCTAAGTAACAAGATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=636786.000000
s hg19.chr21     16499780 43 +  48129895 GGATTTCTACTGGTAAAGGGTCATTTGCCCTAAATCCCTATAG
s panTro2.chr21  15219679 43 +  46489110 GGATTTCTACTGGTAAAGGGTCATTTGCCCTAAATCCCTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14759884 43 +  48394510 GGATTCTTACTGGTAAAGGGTCATTTGCCCTAAATCCCTATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164638366 43 - 196418989 GGATTTCTACTGGTAAAGGGTCATTTGTCCTAAATCCCTATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=997877.000000
s hg19.chr21     16499823 43 +  48129895 TTTACCATAATTTGTTCTGTCATTTCCACCTTCCTTATTTTAC
s panTro2.chr21  15219722 43 +  46489110 TTTACCATAATTTGTTCTGTCATTTCCACCTTCCTTATTTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14759927 43 +  48394510 TTTACCATAATTTGTTCTGTCATTTCCACCTTCCTTATTTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=4491027.000000
s hg19.chr21     16499866 153 +  48129895 AAAAAGCTGATCATTTCAACAACTTAATCCAAGTCATGACAAATTTGATTGATAGACAAAACCTCCATTAGGCAGATGGACTTTATACTTTGAGCCTTTTCTGGCACTGAGTACATGGATCAAAATTGAGTAGATGAAATTTTATCTGTAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14759970 153 +  48394510 AAAAAGCTGATCGTTTCAACAACTTAATCCCAGTCATGACAAATTTGATTGATAGACAAAACCTCCATTAGGCAGACGGACTTTATACTTTGAGCCTTCTCTGGCACCAAGTACGTGCATCAAAATTGAGTAGGTGAAATTTTATCTGTAGGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1604661.000000
s hg19.chr21     16500019 67 +  48129895 GAAGAGATAAAATTCAGTCTACTATGGACAGAATGCTTATTATTCTCCTGAATTTGTATTCAGTAAA
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s ponAbe2.chr21  14760123 67 +  48394510 GAAGAGATAAAATTCAGCCTACTATGGATAGAATGCTTATTATTCACCTGAATTTGTATTCAGTAAA
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a score=2882378.000000
s hg19.chr21     16500086 103 +  48129895 TATCTTATTTTT-AAAAAATACATTTGCTAAACTATTAGTGTGCCATAAATAATGATTTATAAATGTTGTCTAATAAATCACTTCCCTGGCTCACAGCTAAATA
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s ponAbe2.chr21  14760190 103 +  48394510 TATCTTATTTTT-AAAAAATACATTTGCTAAACTATTAGTGTGCCATAAATAATGATTTATAAATGTTGTCTAATAAATCACTTCCCTGGCTCACAGCTAAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15220184 18 +  46489110 TGGCAAAGTGAATTATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14760389 18 +  48394510 TGGCAAAGTGAATTATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14760407 119 +  48394510 ATGAAAATGCTGTTGCAAGCATACAGTGCCAAAGGTAGCCCTCAGGATGATTTTTCTCAGCCTGTGGGCTCAGAGAGTAATTGCAAAGTGGGTAGCAATTACTTTTGGCATCTTTCCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15220321 45 +  46489110 TTCATGTCCAGTGTTCTTCTCCCAACTACTTTTCTGGAACCAAGT--------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164639062 73 - 196418989 ACCCTATCAAAGCCTCATGGCTTTCCAAACTCTTCTCAGAGTTATCCTACTCATCTCTCTGCACTGAATGACC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164639135 33 - 196418989 TGGGGTTGTTATAGTTGGTATATAGGTCCATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e panTro2.chr21  15220366  0 +  46489110 C

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s rheMac2.chr3  164639168 30 - 196418989 TTGTTATATTCAGCTGcataaatacacaca--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e panTro2.chr21  15220366  0 +  46489110 C

a score=297311.000000
s hg19.chr21     16500613 32 +  48129895 cacacacacacacatacacacaaacacacaca
s panTro2.chr21  15220366 32 +  46489110 cacacacacacacatacacacaaacacacaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14760719 32 +  48394510 cacacacacacacacacacacaaacacataca
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  164639198 32 - 196418989 catacacacgcacacaccccccaacacacaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14761108 138 +  48394510 caataaa-gtataggaatttagaacaaagacctttgggtccaacttctggagtatgaattctggtcctgctacttgccagctgtatgaccctagataatttccttaacttctttgtAAAACGGGGATATggtttaatag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164639592 138 - 196418989 caataaa-ggataggaatttagaacaaagacctttgggtccagcttctggagtatgaattctggctctgctacttgccagctatatgaccctagacaatttccttaacctctttatAAAATGGGGCTATggtttaaagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14761970 36 +  48394510 actacaagaattaggaaaaaaattcaccttgaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15221632 36 +  46489110 ACTACAAGAATTAGGAAAAAAATTCACCTTGAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=138291.000000
s hg19.chr21     16501914 21 +  48129895 tgagtaggaatgagatagtgc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-110290.000000
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s panTro2.chr21  15221796 17 +  46489110 AAGTGATTGGGGCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=678910.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=591022.000000
s hg19.chr21     16502150 48 +  48129895 ttgagatttttggttgtcacaactgggagtggagggttctactagcat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164640730 48 - 196418989 ttgagatttttggttgtcacaactgggagtggagggttctactagcat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15222015 166 +  46489110 aaagaattatcacactaaaaatgccaatagagctgaggttgagaagccctgGGATAGATagatcatgcaggatcttgaagggctgattaaacgcgttttgctttactataagaacaagggcaatccaggggatggttgtaagaacagctgtgatgtgattacattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14762353 166 +  48394510 aaagaattatcacactaaaaatgccaatagaactgaggctgagaagccctgGGGTAGATagatcatgcaggatcttgaagggctaattaaatgcattttgctttactataagaacaaggggaatccaagggacagttgtaagaacagctgtgatgtgattacattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164640841 166 - 196418989 aaagaattatcacactaaaaatgccaatagagctgaggttgagaagccctgGGATAGATagatcatgcagggtcttgaagggctgattaaatgcattttgctttactataagagcaaggggagtccaggggatggttttaagaccagctgtgatgtgatTACATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=610006.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16502870 57 +  48129895 GTCTGTCAATTGTGTCAAATGCTTTGAAAATGGAACATCTGTTTCCTCCTTCAAAAC
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a score=583022.000000
s hg19.chr21     16502927 38 +  48129895 TGGATGTCTAACAAATTCCACAAAACAGCAGTCCCCTG
s panTro2.chr21  15222681 38 +  46489110 TGGATGTCTAACAAATTCCACAAAACAGCAGTCCCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14763023 38 +  48394510 TGGGTGTCTAACAAATTCCACAAAACAGCAGTCCCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164641502 38 - 196418989 TGGGTGTCTAACAAATTCCACAAAACAGCAGTACCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405496.000000
s hg19.chr21     16502965 35 +  48129895 TGCCTGACTTCTGCCATGCACCTGGTACCAATATG
s panTro2.chr21  15222719 35 +  46489110 TGCCTGACTTCTGCCATGCACCTGGTACCAATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14763061 35 +  48394510 TGCCTGACTTCTGCCATGCACATGGTACCAATATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164641540 35 - 196418989 TGTCTGACTTCTGCCATGCACATGGTACCAATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=261398.000000
s hg19.chr21     16503000 60 +  48129895 GCCAG--------------GATTTTTTGAAGATGATCCAGATTTATATATCATTTGATGGTTTTAAATGAAACT
s panTro2.chr21  15222754 60 +  46489110 GCCAG--------------GATTTTTTGAAGATGATCCAGATTTATATATCATTTGACGGTTTTAAATGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14763096 60 +  48394510 GCCAG--------------GATTTCTTGAAGATGATCCAGATTTATATATCATTTGATGGTTTTAAATGAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164641575 74 - 196418989 GCCAGgattttttgaagatgattttttgaagatgatCTAGATTTATATGTCATTTGATGGTTTTAAATGAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=402859.000000
s hg19.chr21     16503060 72 +  48129895 AATTCATCATCAAT-TTTATAACTTCATCTAATAGCCATCTTCAATCCTTTCTGGAAAAAAAAAAAA---AGACAA
s panTro2.chr21  15222814 71 +  46489110 AATTCATCATCAAT-TTTATAACTTCATCTAATAGCCATCTTCAATCCTTTCTGGAAAAAAAAAAAA----GACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14763156 75 +  48394510 AATTCATCATCAAT-TTTATAACTTCATCTAATAGCCATCTTCAATCCTTTCTGGAAAAAAAAAAAAAAAAGACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164641649 74 - 196418989 AATTCATCATCAATCTTTACAACTTCATCTAACAGCTGTCTTCAATCCTTTCTGGGAAAAAAAAAAA--GAGACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=410877.000000
s hg19.chr21     16503132 39 +  48129895 GGTGGAAGTACATCTAATTGTGATTTGAATTTTAAATTT
s panTro2.chr21  15222885 39 +  46489110 GGTGGAAGTACATCTAATTGTGATTTGAATTTTAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=817645.000000
s hg19.chr21     16503171 144 +  48129895 GTAAAGTTTTCTTCCAGTACATAAATATATAAATCAGAAGTACTGATTGGGGAGTGAGAAACAGGGTAGCTGCACTGGTGAGTCATATTCTTCCTCCAGGGGAACAACAGAACAAACAGTGTGGCATCCATATATGGAGACTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14763270 144 +  48394510 GTAAAGTTTTCTTCCAGTACATAAATATATAAATCAGAAGTACTGATTGGGGAGTGAGAAACAAGGTAGTTGCACTGATGAGTCATATTCTTCCTCCAGGGGAACAACAGAACAAACAGTCTGGCATCCATACATGGAGACTTC
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s rheMac2.chr3  164641762 144 - 196418989 GTCAAGTTTTCTTCCAGTACATAAATATATAAATCAGAAGTACTGATTGGGGAGTGAGAAACAAGGTAGTTGCACTGATGAGTCATATTCTTCCTCCAGGGGAACAACAGAATAAACAGTCTGGCATCCATATATGAAGACTTC
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a score=293405.000000
s hg19.chr21     16503315 68 +  48129895 TAGAGTTGGATGTACCAAGTTGCCCATATCAACCAGGTATAAATCAGACCAGAGTCTATCACATTCAG
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a score=160840.000000
s hg19.chr21     16503383 30 +  48129895 GGCCAAAAAGAATGGAAAAAGTAAACGTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14763482 30 +  48394510 AGCCAAAAAGAATGGAAAAAGTAAACGTGT
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s rheMac2.chr3  164641974 30 - 196418989 GGCCAAAAAGATTGGAAAAAGTAAATGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=341194.000000
s hg19.chr21     16503413 48 +  48129895 AAAGCAGCCAGATTAAGAGAATAGAAAGTGCTGGAATCTACTGGGAAA
s panTro2.chr21  15223166 48 +  46489110 AAAGCAGCCAGATTAAGAGAATAGAAAGTGCTGGAATCTACTGGGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14763512 48 +  48394510 AAAGCAGCCAGATTAAGAGAAAAGAAAGTGCTGGAATCTACTGGGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-267042.000000
s hg19.chr21     16503461 77 +  48129895 CAGATATGTCCACCTAAAAGTGTTCCAGttaaaaacatttttttaaagcaatgagcagccaaacaaaacaggtctac
s panTro2.chr21  15223214 77 +  46489110 CAGATAAGTCCACCTAAAAGTGTTCCAATTAAAAACATTTTTTTAAAGCAATGAGCAGCCAAACAAAACAGGTCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14763560 77 +  48394510 CAGATATGTCCATCTAAAAGTGTTccaattaaaaatatttttttaaagcagtgagcagccaaacaaaacaggtctac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164642052 75 - 196418989 CAGATAGGTCCACCTAACAGTGTTCCAATTAAAAACA-TTTTTTAAAGCAATGAGTAGCCAAACAAAAC-TGTCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=330827.000000
s hg19.chr21     16503538 43 +  48129895 aagcgtcagttggccaatagctgccagtttgcaagttctAGTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14764081 127 +  48394510 ATATTATCTGTAATTCCTGGTGCATAATAGGGCACATTAAAGACAAACTTTCAGCCTTAATTCTTAATCTCTTTTCCAGCTTTGGTAGATTTAAAAATCTGATATTCTGAGCACAGCATTATTCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15224030 57 +  46489110 GTGGAATCTTCAATATAAGGAAACTTGTAGTTTAACATTTATAAAGTGCCATTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164642912 154 - 196418989 CCTTAAGAACTCAAAGACCTTTACATGATATTAGGCGCTGTTCTTATCACACAGTTCACATTTTAGGGATGTCCAGACCACATTCTCTTAGATTTTCTCAGCCCTGCTCTGTGAGTTAGGTAAAGACAGTGAAAGAGAGTCAAAATGGGGGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14764585 18 +  48394510 TAGACTTTTATTGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164643066 18 - 196418989 CAGACTTTTATTGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14764603 23 +  48394510 GTTTGTTCATTTGTTTGGTGGtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164643084 23 - 196418989 GTTTGTTCATTTGTTTGGTGGtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=126803.000000
s hg19.chr21     16504529 184 +  48129895 atattgtttggatatttgtccccttccaatctcacgttgaaatttgatccccaatgttagaggtggggcctattggaaggtgttttgttcatgggggcatatttctcatgaatgtcttagttccctcccagcagtaatgcgtgagttctcactctattagtttatgtgagaactgattgttatc
s rheMac2.chr3  164643107 184 - 196418989 atatcatttggatatttgtccccttccaatctcacgttgaaatttgatccccattatcagaagtggggcctagtggaaggtgtttgggtaaagggggcagatttctcatgaatgtcttagtttcctcccagcagtaatgggtgagttttcactctattaatttatgtgagaactgattgttata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14764626 184 +  48394510 atatcgtttggatatttgtccccttccaatctcacgttgaaatttgatccccattgttagaggtgggtccttgtggaaggtgtttgggtcatggggacatatttctcatgaatgtcttagttccctcccagcagtaatgggtgggttctcactctattagttaatgtgagaactgattgttata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15224281 184 +  46489110 atattgtttggatatttgtccccttccaatctcacgttgaaattggatccccattgttagaggtggggcctattggaaggtgttttgttcatggggacatatttttcatgaatgtcttagttccctcccagcagtaatgggtgagttctcactctattagtttatgtgagaactgattgttatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164643291 44 - 196418989 a----------------aaagcctagcacttcctcccctctctcttgctctttctctttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15224465 60 +  46489110 acatcaagagagaggggagaagctggcacttcctcccctctctcttgctctctctttttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61238.000000
s hg19.chr21     16504773 53 +  48129895 accatgtgacatgcaagttttccttgtcttttgccgtgagtaaaagctccctg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15224525 53 +  46489110 accatgtgacatgcaagctttccttgtcttttgccgtgagtaaaagctccctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=64622.000000
s hg19.chr21     16504826 57 +  48129895 agcccctcaccagaagccgatgctggtgccatgcttcttgtacaacctgcagaactg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14764907 57 +  48394510 agcccctcaccagaagccgatgctggtgccatgcttcttgtacagcctgcagaactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15224578 57 +  46489110 agcccctcaccagaagccgatgctggtgccatgcttcttgtacaacctgcagaactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=128224.000000
s hg19.chr21     16504883 80 +  48129895 tgaactaaataaacctcttttcttgataaatcacccaatctcaggtaatcctttatagcaatacaaaactgactaataca
s panTro2.chr21  15224635 80 +  46489110 tgaactaaataaacctcttttcttgataaatcacccaatctcaggtaatcctttatagcaatacaaaactgactaataca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14764964 80 +  48394510 tgaactaaataaacctcttttccagataaatcacccaatctcaggtaatcctttacagcaatacaaaactgactaataca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164643445 80 - 196418989 tgagctaaataaacctcttttcctgataaatcacccaatctcaggtaatcctctatagcaatacaaaactgactaataca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=374616.000000
s hg19.chr21     16504963 55 +  48129895 GGTGGCAACAAATGACTTTTGCAATGACTAAAAGATGATGTAAGTGTATATAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14765044 55 +  48394510 GGTGGCAACAAATGACTTTTGCAATGACTAAAAGATGATGAAAGTGTATATAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164643525 55 - 196418989 GGTGGCAACAGATGACTTTTGCAATGATTGAAAGATGATGAAAGTATATATAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-42549.000000
s hg19.chr21     16505018 18 +  48129895 TATATATGTTGCGGCCCC
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s ponAbe2.chr21  14765099 18 +  48394510 TACATGTGTTGCGGCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15224770 18 +  46489110 TATATATATTGTGGCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2485564.000000
s hg19.chr21     16505036 294 +  48129895 TTTCTATAAGATTCAGATCCACTGAATGTTTCTTGGGTTCCCTAAATCCtctattcaatacctgttggttaggccaggcactattctaactactgaaagtggagtagtggttatgaaagacaaggttcttgttctcatgaagctgacctgatagagaagaagacagtcaagaagcaaataaactggaaatatgacacgta--------cgctatgcagagaattagctgaaagtctagatggctctgtagattacatggtcagagaagatgacatctagagacaagaatgacaaagaggagc
s rheMac2.chr3  164643598 301 - 196418989 TTTCTATAAGATTCAGATCCACTGAACATTTCTTGTGTTCCCTAAGTCCTATATTCGATTCCTGTCGGTGAGgccagtcactattctaactactgcaagtggagcagtgatcatgaaaggcaaggttcttgtcctcatgaagctgacctgatagagaagaag-cagtcaagaagcaaataaactggaaatatgacacgtatgcacgtgtgctatgcagagaattagctgaaagtctagatggctctgtagattacatggtcagagaagatgacacctagagacaagaatgacaaagaggagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14765117 294 +  48394510 TTTCTATAAGATTCAGATCCACTGAACATTTCTTGGGTTCCCTAAATCCTAtattcaatacctgttggttaggccaggcactattccaactacggaaagtggagtagtgattatgaaagacaaggttcttgttctcatgaagctgacctgatagagaagaagacagtcaagaagcaaataaactggaaatatgacacgta--------cgctatgcagagaattagctgaaagtctagatggctctgtagattacatggtcagagaagatgacacctagagacaagaatgacaaagaggagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15224788 294 +  46489110 TTTCTATAAGATTCAGATCCACTGAATATTTCTTGGGTTCCCTAAATCCtctattcaatacctgttggttaggccaggcactattctaactactgaaagtggagtagtggttatgaaagacaaggttcttgttctcatgaagctgacctgatagagaagaagacagtcaagaagcaaataaactggaaatatgacacgta--------cgctatgcagagaattagctgaaagtctagatggctctgtagattacatggtcagagaagatgacatctagagacaagaatgacaaagaggagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=610127.000000
s hg19.chr21     16505330 63 +  48129895 taaagattccagggaaagggcattctaggtactagaaacagctagtggaaaggccctaaggtg
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16505393 59 +  48129895 aaaAAAGACCCTGttcgctaactacggctgctgtaacaaattcctacaaacttgacggc
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a score=404595.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14765533 65 +  48394510 ttaaaacaacacaactttattttattggagtcgtgaagaccagcagtacaaaactgagtttcact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15225204 65 +  46489110 ttaaaacgacacaactttattatattggaatcgtgaagaccagcagtacaaaatcgagtttcact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=328179.000000
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s rheMac2.chr3  164644086 39 - 196418989 gggctaagattaaggcgctggcagggctaccttcctttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15225269 39 +  46489110 gggctaagattaaagcgttggcagggctatcttcctttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=648402.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=161685.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=294220.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164644394 84 - 196418989 gtaagataacatatgcacaggttctgaggatgagggtgtgagcagctgaggagctattgttttgtctaccGTGGTGGAAATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=669632.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164644478 70 - 196418989 GTTTTCTGTTTGCAGGACAGAAAGAGCCAGTGTGGTAGCAAT-TGGTAGTGGAACAGAGAATGATGGGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766061 33 +  48394510 A-GTTCTGACTTTCCAGTGGCAGTAGTAAACGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164644548 33 - 196418989 AGGTTCTGACTCTCCAGTGGCAGTAAT-GATGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15225873 72 +  46489110 TTAATAGTAAATCGGTGTTGCCATTCCTTAGTCTAATTTTCTAGTTTTAAGTACAGCAAAGTTTTAGCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16506193 42 +  48129895 ATTATAAACACTTTTATATTCTGATTCACCAAATCATAGAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16506235 37 +  48129895 TTCAAACCTCAAGAAAATGTACAAAATTACCTATTTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15226024 18 +  46489110 GGCTTTTAGTTTTTacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15226042 41 +  46489110 aaaacaaaacaaacaaacagacaaaaacaaaa---aacaacaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766371 44 +  48394510 aaaacaaaacaaacaaacagacaaaaacaaaaaacaacaacaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164644858 15 - 196418989 AAAACAAAACAA-----------------------------AAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16506331 82 +  48129895 aaaaaAACGGACATTGAGACAAGAGAAGTTACATGTCTTTCTTAGGAAGATGAACTTAAGGCCAAAACCTCACCGTGCAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766415 82 +  48394510 aaaaaAACGGACATTGAGACAAGAGAAGTTACGTGTCTTTCTTAGGAAGATGGACTTAAGGCCAAAAGCTCACTATGCAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164644873 76 - 196418989 AAAAAAATGGACATTAAGAC-----AAGTTACATGTCTTTCTTAAAAAGACGGACTTAAGACC-AAACCTCACCGTGCAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=618529.000000
s hg19.chr21     16506413 55 +  48129895 TCCCCATCCATTTCTCTTGTGCATTACTACATTTTAGGTGTGTGTTATTTTTCCT
s panTro2.chr21  15226165 55 +  46489110 TCCCCATCCATTTCTCTTGTGCATTACTACATTTTAGGTGTGTGTTATTTTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766497 55 +  48394510 TCCCCATCCATTTCTCTTGTGCATTACTACATTTTAGGTGTGTGTTATTTTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164644949 55 - 196418989 TCTCCATCCGTTGCTCTTGTGCATTCTTACATTTTAGTGGTGTGTCATTTTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1362361.000000
s hg19.chr21     16506468 78 +  48129895 AATTGCAGCTGCCTCGTGTGGGCATAGGGTGTTACAATGGTCTGGATGTTCCCCAGGCCAAGCGTGCGTTGTTTTGCT
s panTro2.chr21  15226220 78 +  46489110 AATTGCAGCTGCCTCGTGTGGGCGTAGGGTGTTACAATGGTCTGGATGTTCCCCAGGCCAAGCGTGCATTGTTTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766552 78 +  48394510 AATTGCAGCTGCCTCGTGTGGGCATAGGGTGTTACAATGGTCTGGATGTTCCCCAGGCCAAGCGTGCATTGTTTTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645004 78 - 196418989 AATTGCAGCTGCCTCGTGTAGGCATAGGGTGTTACAATGGTCTGGATGTTCTCCAGGCCAAGCATGCATTGCTTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2008609.000000
s hg19.chr21     16506546 106 +  48129895 TGCACAGAAGAGTATATGGTAAATAATACATGTTGATTGATGGGCTGATTCAGT-CCATTGCCCTTTCCTGCCCCCCTCCCCCAGAACAGATATGGTAAAATAGAAA
s panTro2.chr21  15226298 106 +  46489110 TGCACAGAAAAGTATATGGTAAATAATACATGTTGATTGATGGGCTGATTCAGT-CCATTGCCCTTTCCTGCCCCCCTCCCCCAGAACAGATATGGTAAAATAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766630 101 +  48394510 TGCACAGAAGAGTATATGGTAAAT-----ATGTTGATTGAAGGGCTGATTCAGT-CCGTTGCCCTTTCCTGCCCCCCTCCCCCAGAACAGATATGGTAAAATAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645082 107 - 196418989 TGCACAGAAGACTATATGGTAAATAATACTTGTTGACTGAAGGACTGATTCAGTCCCATTGCCCCTTCTTGCCCCCCTTCCCCAGAACAGATATGGTAAAATAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1020693.000000
s hg19.chr21     16506652 81 +  48129895 CTTCTGATTTACAGGATGTCCGAAAGGTATGCAATATTTTTTATCAATTGCAAAATACTCT-AAAGGCTATCCTGTCATTTG
s panTro2.chr21  15226404 81 +  46489110 CTTCTGATTTACAGGATGTCTGAAAGATATGCAATATTTTTTATCAATTGCAAAATACTCT-AAAGGCTATCCTGTCATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766731 81 +  48394510 CTTCTGATTTACAGGATGTCCGAAAGGTATGCAATA-TTTTTATCAATTGCAAAATACTCTAAAAGGCTATCCTGTCATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645189 81 - 196418989 CATCTCATTTACAGGATGTCCAAAAGGTATGTAATA-TTTTTATCAATTGAAAAATACTCTAAAAGGCTATCCTGTCTTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=516387.000000
s hg19.chr21     16506733 50 +  48129895 ATAAGTCCATCATTTGTGGACGTACTTGGGACTTTGCCAAGAACAATCAG
s panTro2.chr21  15226485 50 +  46489110 ATAAGTCCATCATTTGTGGACGTACTTGGGACTTTGCCAAGAACACTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766812 50 +  48394510 ATAAGTCCATCATTTGTGGCCATACTTGGGACTTTGCCAAGAACACTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645270 50 - 196418989 ATGAGTCTGTCATTTGTGGACATACTTGGGACTTTGCCAAGAACACTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=770053.000000
s hg19.chr21     16506783 76 +  48129895 GTGAGGGTACTAACCATAACTTGCTACCAAAACATTATCCATCTGGAATCTATGAGCCATTCAGATTAATTTATTT
s panTro2.chr21  15226535 76 +  46489110 GTGAGGGTACTAACCAAAACTTGCTACCAAAACATTATCCATCTGGAATCTATGAGCCATTCAGATTAATTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766862 76 +  48394510 GTGAGGGTACTAACCAAAACTTGCTACCAAAACATTATCCATCTGGAAGGTATGAGCCATTCAGATTAACTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645320 76 - 196418989 ATGAGGGTACTAACCAAAACTTGCTACCAAAACATTATCCATCTGGAATCTATGAGCTATTCAGATTAATTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=284555.000000
s hg19.chr21     16506859 32 +  48129895 TGGGGTTTTTCTTACCTCTGTAATAGATTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766938 32 +  48394510 TGGGGTTTTTCTTACCTCTGTAATAGATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645396 32 - 196418989 TGGGGTTTTTCTTAGCTCCGTAATAGATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=250852.000000
s hg19.chr21     16506891 29 +  48129895 GATGTAAATATTTTTGTATTTCAGAGAAG
s panTro2.chr21  15226643 29 +  46489110 GATGTAAATATTTTTGTATTTCAGAGAAG
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s rheMac2.chr3  164645428 29 - 196418989 GACATAAATGTTTTTGTATTTCAGAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=232279.000000
s hg19.chr21     16506920 28 +  48129895 TTTCAGACTTTCTAATCCTATCAATCAT
s panTro2.chr21  15226672 28 +  46489110 TTTCAGACTTTCTAATCCTATCAATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14766999 28 +  48394510 TTTCAGACTTTCTAATCCTATCAACCAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=440842.000000
s hg19.chr21     16506948 43 +  48129895 CTCCACCACCCTCTAAATTTGCCCAATAGCAGAGGATATGTAG
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a score=183776.000000
s hg19.chr21     16506991 31 +  48129895 ATAAAAACAGCAAAAGAAACTCAAAACACTG
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a score=1497278.000000
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s rheMac2.chr3  164645559 56 - 196418989 TGAAATAGAGGAAATTGCCTCGATGATTAATAGAAATTTGGTCATATAGATTAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14767099 56 +  48394510 TGAAATAAAGGAAATTGTCTTGATGATTAATAGAAATTTGGTTATATAGATTAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15226774 56 +  46489110 TGAAATAAAGGAAATTGCCTCGATGATTAATAGAAATTTGGTTATATAGATTAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1548715.000000
s hg19.chr21     16507078 69 +  48129895 AGATTGACACTAGCGGGTAAATTTTACACTTTACTTTTTGGCTCTGGGCTCTGTAGATAACTACCAGCT
s panTro2.chr21  15226830 69 +  46489110 AGATTGACACTAGCGGGTAAATTTTACACTTTACTTTTTGGCTCTGGGCTTTGTAGATAACTACCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14767155 69 +  48394510 AGATTGACACTAGCGGGTAAATTTTACACTTTAGTTTTTGGCTCTGGGCTTTGTAGATAACTACCAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645615 69 - 196418989 AGATTGACACTAGCGGGTAAATTTTACACTTCAGTTTTTGGCTCTGGGCTTTGCAGATAACTACCAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5629534.000000
s hg19.chr21     16507147 182 +  48129895 ACTTCCAACTTGTTCCTAAAAATAATCTATTGAAATAACTTCTGAAAAATACAGGAAGTGGCGAGACAAATTAATCCTTATAAAGAGGAACAAAAGAGTTTCCTACAGCCTGTCCTGGGTGAGAAAGCTGGTTGGGGCAGGTCCCAGAGGCAGAGCTGGGTGTGTCTCTTGGGTGCAGAACA
s panTro2.chr21  15226899 182 +  46489110 ACTTCCAACTTGTTCCTAAAAATAATCTATTGAAATAACTTCTGAAAAATACAGGAAGTGGTGAGACAAATTAATCCTTATAAAGAGGAACAAAAGAGTTTCTTACAGCCTGTCCTGGGTAAGAAAGCTGGTTGGGGCAGGTCCCAGAGGCAGAGCTGGGTGTGTCTCTTGGGTGCAGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14767224 180 +  48394510 ACTTCCAACTGGCTCCTAAAAATAATCTATTGAAATAACTTCTGAAAAATACAGGAAGTGGCGAGACAAATTAATCCTTATAAAGAGGAACAAAAGAGTTTCTTACAGCCTGTCCTGGGTAAGAAAGCTGGTTGGGGCAGATCCCAGAGGCAGAGCTGGGTGTGTCTC--GGGTGCAGACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645684 181 - 196418989 ACTTCCAACTTGCTCCTAAACATAATCTATTGAAATAACTTCTG-AAAATGCAGGAAATGGCGAGACAAATTAATCCATATCAAGAGGAACAAAAGACTTTCTTACAGCCTGTCCTGGGTAAGAAAGCTGGTTGGGGCAGGTCCCAGAGGCACAGCTGGGTGTGCCTCTTGGGTTCAGACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=515799.000000
s hg19.chr21     16507329 21 +  48129895 AGTCTATAAAGTTCAGGCAGG
s panTro2.chr21  15227081 21 +  46489110 AGTCTATAAAGTTCAGGCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14767404 21 +  48394510 AGTCTATAAAGTTCAGGCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1459746.000000
s hg19.chr21     16507350 77 +  48129895 AAAGTTTGCTAATCTCTAAGCAG--GTGGGTCAAGACTCATCTACATTCTGGACTTTCCATGCCACTGCCCTGCGCTTT
s panTro2.chr21  15227102 77 +  46489110 AAAGTTTGCTAATCTCTAAGCAG--GTGGGTCAAGACTCATCTACATTCCGGACTTTCCATGCCACTGCCCTGCGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14767425 79 +  48394510 AAAGTTTGCTAATCTCTAAGCAGGTGTGGGTCGAGACTCATCTACATTCCAAACTTTCCATGCCACTGCCCTGAGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164645886 77 - 196418989 AAAGTTTGCTAATCTCTAAGCAG--GTGGGTCAAAACTGATCTGCATTCTGGACTTTCCGTGTCACTGCCCTGCGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 528

a score=954968.000000
s hg19.chr21     16507427  50 +  48129895 TCCCAAGATTCCCACAGCAGAAATAAAAATATTTCTAGATACTTCTTTAA
s ponAbe2.chr21  14767504  50 +  48394510 TCCCAAGATTCCCACAGCAGAAATAAAAATATTTCTAGATACTTCTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15227179  50 +  46489110 TCCCAAGATTCCCACAGCAGAAATAAAAATATTTCTAGATACTTCTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164645963 528 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16507477  32 +  48129895 AGGGTGTAAGATAGCCCACACTTTAAATCGTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15227229  32 +  46489110 AGGGTGTAAGGTAGCCCACACTTTAAATCGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164645963 528 - 196418989 I

a score=2419785.000000
s hg19.chr21     16507509 138 +  48129895 AATGTATATCTCACCAAATGTAATTTATTATCTTGCGTGTGCTGTGTAAATCACTATATTGGACCAAAAGCAAACCACAAGTTGTTTATATACGAGACCAGCTCCCAGAACATTCAGTTAGTTCATTTCACTTCAGTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15227261 138 +  46489110 AATGTGTATCTCACCAAATGTAATTTATTATCTTGCGTGTGCTGTGTAAATCACTATATTGGGCCAAAAGCAAACCATGAGTTGTTTATATACGAGACCAGCTCCCAGAACATTCAGTTAATTCATTTCATTTCAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164645963 528 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16507647  27 +  48129895 ACAGGAGGGAAACATGCATGGGGAGCA
s ponAbe2.chr21  14767724  27 +  48394510 ACAGGAGGGAAACATGCATGGGGAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15227399  27 +  46489110 ACAGGAGGGAAACATGCATGGGGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164645963 528 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16507674 26 +  48129895 TTTTTTATGATAATCATAGGGCTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164646491 21 - 196418989 -----TATGATAATCATAGGGCTTTT
i rheMac2.chr3  I 528 C 0

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s hg19.chr21     16507700 31 +  48129895 TGCATTGGTCAAAGGAATGGAAAAGTGTGTT
s panTro2.chr21  15227452 31 +  46489110 TGCATTGGTCAAAGGAATGGAAAAGTGTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 331

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16507761 33 +  48129895 GTTTTTATAAGATATAAATTCATATTTTTGGCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16507794 35 +  48129895 TTTAAAAAACAGTTTATTAGAGTTGCCATATTACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14767956 126 +  48394510 AAATTAAGAGCTTGTAGCAAGTTGAGTGTGGCTTAACTTTAGAAAATAAGGTCCCAGAGTCCAGGAAGTTCCATAAGCGCAAATGCTCTGGACAGGTTAAAAACCTACAACGATTTACTGTTCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15227629 126 +  46489110 AAATTAAGAGCTTGTAGCAAGTTGAGTGTGGCTTAACTTTAGAAAATAAGGTCCCAGAGTCCAGGAAGTTCAATAAGCGCAAATGCTCCGGACAGGTTAAAATCCTACAGCGATTTACTGTTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-129923.000000
s hg19.chr21     16508005 81 +  48129895 ACACA--TGATCGTAGCCAAAAGGCTGAGAAATGATTATTTTAGTGCTCATTTATTGTAGCCTGAGAGCTGTGTTTTAGCAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14768082 81 +  48394510 ACACA--TGACCGTAGCCAAAAGGCTGAGAAATGATTATTTTACTGCTCATTTATTGTAGCTTGAGAGCTGTGTTTTAGCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15227755 81 +  46489110 ACACA--TGATCGTAGGCAAAAGGCTGAGAAATGATTATTTTAGTGTTCATTTATTGTAGCCTGAGAGCTGTGTTTTAGCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=432654.000000
s hg19.chr21     16508086 62 +  48129895 GACCTATGCATTCAAATAACTTAAGATCAGGTTTGTGGTACACGAACTAGTATACGATCAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14768163 62 +  48394510 GACCTATGCATTCAAATAGCTTAAGATCAGGTTTGTGGTACACGAACTAGGATACAATCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15227836 62 +  46489110 GACCTATGCATTCAAATAACTTAAGATCAGGTTTGTGGTACACGAACTAGTATACGATCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=213144.000000
s hg19.chr21     16508148 57 +  48129895 TATGAAATCATATGAAGAAAATAAATCTGTAGTTTTGAACTAGGAGTGCAAAGATAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14768225 57 +  48394510 TATGAAATCATATGAAGAAAATAAATCTGTAGTTTTGAACTAGGAGTGCAAAGATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15227898 57 +  46489110 TATGAAATCATATGAAGAAAATAAATCTGTAGTTTTGAACCAGGAGTGCAAAGATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=163648.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=471648.000000
s hg19.chr21     16508242 52 +  48129895 GAGTGACATTGAGGAGAGGGTGGATGTGGAGGAAATATTCAATGCTGATCAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=303519.000000
s hg19.chr21     16508294 33 +  48129895 AATGACATaataatagttcactgcatgccttct
s rheMac2.chr3  164647438 33 - 196418989 AATGACATAATAATAGTTCACTGCATGCCTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=247923.000000
s hg19.chr21     16508327 47 +  48129895 gcgtgccagctacgaggctatgtccttcatgggtattatatctaaga
s rheMac2.chr3  164647471 47 - 196418989 GCATGCCAGCTACGAGGCCATGTCTTTCATGGGTAGTATatctaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14768404 47 +  48394510 gcgtgccagctacgaggctatgtccttcacgggtattatatctaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15228077 47 +  46489110 gcgtgccagctacgaggctatgtccttcacgggtattatatctaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-14869.000000
s hg19.chr21     16508374 16 +  48129895 cacatttattctgcat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=850156.000000
s hg19.chr21     16508390 67 +  48129895 tcccattttaaagatgaagcaactgaggcttaaaatgtcacagttaactaatgacaaagctgaaatt
s panTro2.chr21  15228140 67 +  46489110 tcccattttaaagatgaagcaactgaggcttaaaatgtcacagttaactaatgacaaagctgaaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14768467 67 +  48394510 tcccattttaaagatgaagcaactgaggcttaaaatgtcacagttaactaatgacaaagctgaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164647534 67 - 196418989 tcccattttaaagatgaagcaactgaggcttaaaatgtcacagttaactcatgacaaagctgaaatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=367977.000000
s hg19.chr21     16508457 34 +  48129895 caaacacagaccacagccagctccaaagactaca
s rheMac2.chr3  164647601 33 - 196418989 caaatacagacc-cagctggctccaaagactaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14768534 33 +  48394510 caaacacagacc-cagccggctccaaagactaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=399566.000000
s hg19.chr21     16508491 35 +  48129895 tttttccacCATAAAATAGCAATAAGCACAGGAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1378345.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14768602 123 +  48394510 AAAAA-TTTCTGATGAGCTGGCTTCAGAAGAAGATACCTTAGGCACACTAATGGACAGTCAATTCGGATGGGTCATACGGAGCTAAATTGTGGAGGCATTTGAATGCCAGGACAAAAAGCTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164647793 16 - 196418989 ATAGCCTCCATGATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16508666 169 +  48129895 AGTAAGGAACCACAAGAGGTTGTTGGCTAAATCTATAATTCTGGTCGACATCATATGCTCTGTGCAGATTTCTGACTCAGCTTTCTGTCTCCAGGGCAAAAGAGAAATATAAACTCCTTTAgtctagcacagggcctggtatttacaatgtgcttattaaatgCCACAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15228415 169 +  46489110 AGTAGGGAACCACAAGAGGTTGTTGGCTAAATCTATAATTCTGGTCGACATTATATGCTCTGTGCAGATTTCTGACTCAGCTTTCTGTCTCCAGGGCAAAAGAGAAATATAAACTCCTTTAgtctagcacagggcctggtatttacaatgtgcttattaaatGCCACGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16508855 51 +  48129895 GAATTCCTCCTTTTGTGCCTCCCTTTAGAGGCCTTTGCAGAGCAAGTTGGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1469930.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14769054 176 +  48394510 CTTACTGGGAGCAACAGATGAAGCCTGAGCTAAAGGACTTTTACTACTGCAACCTGGACCCATGAATCTCAGGTAAAGCAATGTCTACCAGCACAGAGTGGAAGAGTTCAACCTACATTTGGAAGTAGGATAAAACTATTCCAAGAATTACATCAGCAAGTAAATGTTTTGAGGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=493612.000000
s hg19.chr21     16509151 65 +  48129895 TTGAGGTGAGGAAAGGAGGCACTGAAGGGACCAGAGCTATGACCTACC-TTTACAGAACTTAGAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16509265 31 +  48129895 GGAAAACAACATAAATAGATAAGGTGTGAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16509326 81 +  48129895 TCTGGACCTTTTAGATCAAATAGTTCTGGAGTGCTATTTTAGGAGTAGGATAAGAAATATAAAAGGTGATAACTggccagg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164648460 81 - 196418989 TCTGGACCTCTTAGATCAAAGAGTTCTGGAGTGCTATTTTAAGCGTAGGATAAGGAATATAAAAGGTGATAACTggccagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15229155 125 +  46489110 tgccatggctcatgcctgtaatcccaacactttgggagggcaaggcagaggatgtcttgagcccaggagttagagaacagcataggcaacatagtgagacctcatctgtacggaaaataaaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14769487 125 +  48394510 tgccatggctcatgcctgtaatcccaacactttgggagggcaaggcagaggatctcttgagcccaggagttagagaacagcataggcaacatagtgagacctcatctctacggaaaataaaagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164648541 124 - 196418989 tgccatgactcatgcctgtaattccaacactttgggagggcaaggcagaggatctcttgagcccagaagtttgagaacagcataagcaacatagtgagacctcatctctatggaaaataaaag-a
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14769612 46 +  48394510 attagccaggtgtggtcacacacacctatagtcccagctacttaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164648665 46 - 196418989 attagccagttgtcgtcacacacacctacattcccagctactcaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=53304.000000
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s rheMac2.chr3  164648711 37 - 196418989 aggctgaggtgggaggattgtttgagccagggaagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14769658 37 +  48394510 aggctgaggtgagaggattgtttgagccagggaagtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15229326 37 +  46489110 gggctgaggtgagaggattgtttgagccagggaagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31904.000000
s hg19.chr21     16509615 63 +  48129895 tgagggtgcagtgagccatgattgtgccacagcactccagcctgtgcaacagagcgagaccct
s panTro2.chr21  15229363 63 +  46489110 tgagggtgcagtgagccatgattgtgccactgcactccagcctgtgcaacagagcgagaccct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14769695 63 +  48394510 tgagggtgcagtgagccatgactatgccactgctctccagcctgtgcaacaaagcgagaccct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164648748 63 - 196418989 tgagggtgcagtgagccatgattgtgctactgcactccagcctgtgcaacagagcgagaccct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-28393.000000
s hg19.chr21     16509678 19 +  48129895 gtctcaaaaaaaaaaaaa------------a
s rheMac2.chr3  164648811 31 - 196418989 gtctcaaaaaaaaaaaaaaacaaaaaacaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=35203.000000
s hg19.chr21     16509697 28 +  48129895 aaaaCCCCAAATGTGATAACCAGTAACT
s rheMac2.chr3  164648842 28 - 196418989 aaaaACCCAAATGTGATAACCAGTAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=208781.000000
s hg19.chr21     16509725 47 +  48129895 AGACATTCATGCAAGCATCAGTACTGTGAACCAGCAACTAGATGACA
s panTro2.chr21  15229474 47 +  46489110 AGGCATTCATGCAAGCATCAGTACTGTGAACCAGCAACTAGATGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14769795 47 +  48394510 AGGCATTCATGCAAGCACCAGTACTGTGAACCAGCAACTAGATGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=28142.000000
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s panTro2.chr21  15229521 29 +  46489110 TTAAAAGAGTCATGTTACTCTTTTCATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14769842 29 +  48394510 TTAAAAGAGTCATGTTACTCTTTTCATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164648897 29 - 196418989 TTAAAAGAGTCATGTTACTCTTTTCATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=456669.000000
s hg19.chr21     16509801 27 +  48129895 AGAGCAATTCGTCTTAGATAATCAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14769871 27 +  48394510 AGAGCAATTCCTCTTAGATAATCAAAA
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a score=1225780.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=466452.000000
s hg19.chr21     16509893 39 +  48129895 AAATTAGAAGGTTTTGCAGTTGATTGATTATATCGAGCA
s panTro2.chr21  15229642 39 +  46489110 AAATTAGAAGGTTTTGCAGTTGATTGATTATATCGAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=417913.000000
s hg19.chr21     16509932 51 +  48129895 ATAATTCGTTGATCTGACACTGAACTCTATCTAAATATTTTAATATTAGGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770002 51 +  48394510 ATAATTTGTTGATCTGACTCTGTACTCTATCTAAATATTTTAATATTAGGC
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s panTro2.chr21  15229681 51 +  46489110 ATAATTCGTTGATCTGACTCTGAACTCTATCTAAATATTTTAATATTAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=238140.000000
s hg19.chr21     16509983 26 +  48129895 CATATTTACCACTATTCTCCATTCCT
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s ponAbe2.chr21  14770053 26 +  48394510 CATATTCACCACTAGTCTCCATTCCT
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s rheMac2.chr3  164649103 26 - 196418989 CATATTTACCACTATTCTCCATTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7570.000000
s hg19.chr21     16510009 8 +  48129895 GTTTTTTT
s panTro2.chr21  15229758 8 +  46489110 GTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770079 8 +  48394510 GTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  164649129 8 - 196418989 GTTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-86984.000000
s hg19.chr21     16510017 12 +  48129895 TAAATAGTAATA
s panTro2.chr21  15229766 10 +  46489110 --AATAGTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770088 12 +  48394510 TTAATAGTAATA
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=699165.000000
s hg19.chr21     16510029 64 +  48129895 CTATAAATAAGAAATCA-AAAGTGATTAGAGGAAAGGACTTTTGACCAGAAATTGCAGGAGAGAT
s panTro2.chr21  15229776 64 +  46489110 CTATAAATAAGAAATCA-AAAGTGATTAAAGGAAAGGACATTTGACCAGAAATTGCAGGAGAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770100 65 +  48394510 CTATAAATAAGAAATCACAATGTGATTAGAGGAAAGGACATTTGACCAGAAATTGCAGGAGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649148 65 - 196418989 CTACAAATAAGAAATCAGAATGTGATTAGAGGAAAGGACATTTGACCAGAAATTGCAGGAGAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305445.000000
s hg19.chr21     16510093 29 +  48129895 TGGTGTGATGGTCCAGAGAAAGCTAATCA
s panTro2.chr21  15229840 29 +  46489110 TGGTGCGATGGTCCAGAGAAAGCTAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770165 29 +  48394510 TGGTGTGATGGTCCAGAGAAAGCCAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649213 29 - 196418989 TGGTGTGATGGTCCAGAGAAAGCCAGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=10511.000000
s hg19.chr21     16510122 28 +  48129895 ACAGCAACTTTCTTAAAGAGTCTTTCTG
s panTro2.chr21  15229869 28 +  46489110 ACAGCAACTTTCTTAAAGAGTCTTTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770194 28 +  48394510 ACAGCAACTTTCTTAAAGAGTCTTTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=558013.000000
s hg19.chr21     16510150 42 +  48129895 CCCCTCTTTATCACCTCCCTACTTTCAGTGTGGCAATGCCTC
s panTro2.chr21  15229897 42 +  46489110 CCCCTCTTTATCACCTCCCTGCTTTCAGTGTGGCAATGCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770222 42 +  48394510 CCCCTCTTTATCACCTCCCTGCTTTCAGTGTGGCAATGCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649270 42 - 196418989 TCCCTCTTTATCACCTCCCTGCTTTCACTGTGGCAATGCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=353719.000000
s hg19.chr21     16510192 40 +  48129895 TGTCCTTGCTATTTTCCTTTTCTTCACTTCTTTTCTTCAA
s panTro2.chr21  15229939 40 +  46489110 TGTCCTTGCTATTTTCCTTTTCTTCACTTCTTTTCTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770264 40 +  48394510 TGTCCTTGCTATTTACCTTTTCTTCACTTCTTTTCTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649312 39 - 196418989 TGTCCTTGCTAGTTTCCTTTTATTCACTT-TTTTCTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=773026.000000
s hg19.chr21     16510232 166 +  48129895 TTTTTCACTCTGGGAATTAATGACTATTTCTTCCAAAGCATAAAAGATAAAAATATTGGTCCCGGGAAGTCTAAGGGAAAGTCTCTGTCACTCAGGTTGTTGGTACATATCTTTCTGCAGACATTTGTGTTTGCTGATCCTGTCCTGTGCTCCTTCTATTCTACAG
s panTro2.chr21  15229979 166 +  46489110 TTTTTCACTCTGGGAATTAATGACTATTTCCTCCAAAGCATAAAAGATAAAAATATTGGTCCCGAGAGGTCTAAGGGAAAGTCTCTGTCACTCAGATTGTTGGTACATATCTTTCTGCAGACATTTGTCTTTGCTGATCCTGTCCAGTGCTCCTTCTATTCTACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770304 166 +  48394510 TTTTTCACTCTGGGAATTAATGACTATTTCCTCCAAAGCATAAAAGATAAAAATATTGGTCCCGGAAAATCTAAGGGAAAGTCTCTGTGACTTGGGTGGTTGGTACATATCTTCCTGCAGACATTTGTCTTTACTGATCCTGTCCAGTGCTCCTTCTCTTCTACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649351 166 - 196418989 TTTTACACTCTGGGAATTAATAACTATTTCCTCCAAAGCATAAAAGATAAAAATATTGGTCCCAGAAACTCTACGGGAAAGTCTCTGTCACTCAGGTGGTTGGTACAGATCTTCCTGCAGACGCTTGTCTTTGCTGACCCTGTCCAGTGCTCCTTCTCTTCTACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=429404.000000
s hg19.chr21     16510398 31 +  48129895 CAAGATTACTGTCTGGTTTCCCCATCTCTTC
s panTro2.chr21  15230145 31 +  46489110 CAAGATTACTGTCTGGTTTCCCCATCTCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770470 31 +  48394510 CAAGATTACTGTCTGGTTTCCCCATCTCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649517 31 - 196418989 CAAGATTATTACCTGGTTTTCCCATCACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=77776.000000
s hg19.chr21     16510429 36 +  48129895 TCTCCTGTTCCTCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
s panTro2.chr21  15230176 36 +  46489110 TCTCCTGTTCCTCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770501 36 +  48394510 TCTCCTGTTCCTCTGGgtgtgtgcgtgtgtgtgtgt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
s rheMac2.chr3  164649548 36 - 196418989 TCTCCTGTTCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-43004.000000
s hg19.chr21     16510465 12 +  48129895 gtgtgtgtATAC
s panTro2.chr21  15230212  4 +  46489110 --------ATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770545 12 +  48394510 gtgtgtgtgtAC
i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
s rheMac2.chr3  164649584  4 - 196418989 --------gtAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=469747.000000
s hg19.chr21     16510477 135 +  48129895 AGGGAGAAGAGACCAAAAAAATATGGAAAATTAGAAGGAATTGTTGTTAGGATGTCCATGAAACACTGAACTCATATTTATACATTTTCACTCATTGGTCAGGAATTAAGAATCAAATGGGGTAATCATGTTTGT
s rheMac2.chr3  164649588 134 - 196418989 TGGGAGAAGAGATC-AAAAGGTAAGGAAAATTAAAAGGAATTGTTATTAGGATGTCCATGAAACACTGAACTCGTGTTTATACATTTTCACTCATTGGTCAGGAATTAAGAATCAAATGGATTAATCGTGTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770557 134 +  48394510 TGGGAGAAGAGACC-AAAAAATATGGAAAATTAGAAGGAATTGTTGTTAGGATATCCATGAAACACTGAACTCATGCTTATACATTTTCACTCATTGGTCAGGAATTAAGAATCAAATGGGGTAATCATGTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15230216 135 +  46489110 TGGGAGAAGAGACCAAAAAAATATGGAAAATTAGAAGGAATTGTTGTTAGGATGTCCATGAAACACTGAACTCATGTTTATACATTTTCACTCATTGGTCAGGAATTAAGAATCAAATGGGGTAATCATGTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=273992.000000
s hg19.chr21     16510612 30 +  48129895 TTCATCGAATTCATCTTATTCGAAAAAAGA
s rheMac2.chr3  164649722 30 - 196418989 TTCATCGAATTCATCCTATTCAAAAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770691 30 +  48394510 TTCATCGAATTCATCTTACTCAAAAAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15230351 30 +  46489110 TTCATCGAATTCATCTTATTTGAAAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-84380.000000
s hg19.chr21     16510642 15 +  48129895 AATTCAACAAACCCT
s panTro2.chr21  15230381 15 +  46489110 AATTCAACAAACCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649752 15 - 196418989 AATTCAACAAACCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=398712.000000
s hg19.chr21     16510657 25 +  48129895 GCATTTCTCATCTGTAAGCTTAGAT
s panTro2.chr21  15230396 25 +  46489110 GCATTTCTCATCTGTAAGCTTAGAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649767 24 - 196418989 GCATTTCTCATCTGTAAGC-TAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=473707.000000
s hg19.chr21     16510682 72 +  48129895 TATTATAGTAGATATGACATAGTTTTATTCTTGTATCTTATAGCAATTAGCTATGTAAGCTACAGTCACCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770761 72 +  48394510 TATGATAGTGGATATGATATAGTTTTATTCTTGTATCTTATAGCAATCAGCTATGTAAGCTACAATCACCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=499544.000000
s hg19.chr21     16510754 18 +  48129895 TGCTTGCACTTTGTTAAA
s panTro2.chr21  15230493 18 +  46489110 TGCTTGCACTTTGTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649863 18 - 196418989 TGCTTGCACTTTGTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1082334.000000
s hg19.chr21     16510772 55 +  48129895 CCTACCTGGAGCAGGTGGCAAGATTCTGGGATCGAGAGGCAGGTGGAGGAGTTGG
s panTro2.chr21  15230511 55 +  46489110 CCTACCTGGAGCAGGTGGCAAGATTCTGGGATCGAGAGGCAGGTGGAGGAGTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770851 55 +  48394510 CCTACCTGGAGCAGGTGGCAAGATTCTGCGATCGAGAGGCAGGTGGAGGAGTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649881 55 - 196418989 GCTACCTGGAGCAGGTGGCAAGATTCTGGGATTGAGAGGCAGGTGGAGGAGTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=330066.000000
s hg19.chr21     16510827 32 +  48129895 AAG-------------GGTCAATTCCCGTGTTCTGCCTGGGGTAA
s panTro2.chr21  15230566 32 +  46489110 AAG-------------GGTCAATTCCCGTGTTCTGCCTGGGGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770906 32 +  48394510 AAG-------------GGTCAATTCTCGTGTTCTGTCTGGGGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649936 45 - 196418989 AAGGGGGTAAATCAAAGGCCAATTACTGTGTTCTGTCTGGGGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4438463.000000
s hg19.chr21     16510859 168 +  48129895 CTGAGACTGAATTTGGAGGCCATGTCTGCAGCCCTGGCTGTCCTGAGTGTGCTGCCAAAGCATCCGACTGCATTGCTTTCAGGGCAAAGGTAATTATGTGTTCTGGAGAAGCCCTACTACTTTTCAGATTGAGCAAATCCTGAACAGGTGCAGCCCTAATCCAAGGCT
s panTro2.chr21  15230598 168 +  46489110 CTGAGACTGAATTTGGAGGCCATGTCTGCAGCCCTGGCTGTCCTGAGTGTGCTGCCAAAGCATCCGACTGCATTGCTTTCAGGGCAAAGGTAATTATGTGTTCTGGAGAAGCCCTACTACTTTTCAGATTGAGCAAATCCTAAACAGGTGCAGCCCTAATCCAAGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14770938 168 +  48394510 CTGAGACTGAATTTGGAGGCCATGTCTGCAGCCCTGGCTGTCCTGAGTGTGCTGCCAAAGCATCCGACTGCATTGCTTTCAGGGCAAAGGTAATTACGTGTTCTGGAGAAGCCCTACTACTTTTCAGATTGAGCAAATCCTAAACAGGTGCAGCCCTAATCCAAGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164649981 168 - 196418989 CTGAGACTGAATTTGGAGGCCATGTCTGCAGCCCTGGCTGTCCTGAGTGTGCTGCCAAAGCATCCGACTGCATTGCTTTCAGGGCAAAGGTAATTACGTGTTCTGGAGAAGCCCTACTACTTTTCGGTTTGAGCAAATCCTAAACAGGTGCAGCCCTAATCCAAGGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=842852.000000
s hg19.chr21     16511027 98 +  48129895 TTGGGAGGAGCTGCTGGAGACCCAGCTGCGGGTGCTGGCACGCTTCCAGAGGAAAGCAGGAAGCAAGAAGACTGTTGCGGGAAGAGCCAAAAGTGCAA
s panTro2.chr21  15230766 98 +  46489110 TTGGGAGGAGCTGCTGGAGACCCAGCTGCGGGTGCTGGCACGCTTCCAGAGGATAGCAGGAAGCAAGAAGACTGTTGCGGGAAGAGCCAAAAGTGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771106 98 +  48394510 TTGGGAGGAGCTGCTGGAGACCCAGCTGCAGGTGCTGGCGCGCTTCCAGAGGAAAGCAGGCAGCAAGAAGACTGTTGCGGGAAGAGCCAAAAGTGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650149 98 - 196418989 TTGGGAGGAGCTGCTGGAGACCCAGCTGCGGGTGCTGGCACGCTTCCAGAGGAAAGCAGGAAGCAAGAAGACTGTTGCGGGAAGAGCCAAAAGTGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=550524.000000
s hg19.chr21     16511125 42 +  48129895 CGTTTCAGTACCAAAAAGATCGTTGGCACAGAAACAATGAAA
s panTro2.chr21  15230864 42 +  46489110 CGTTTCAGTACCAAAAACATCGTTGGCACAGAAACAATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771204 42 +  48394510 CGTTTTAGTGCCAAAAACATCGTTGGCACAGAAACAATGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650247 42 - 196418989 CGTTTTAGTACCAAAAACATCATTGGCACAGAAACAATGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26692.000000
s hg19.chr21     16511167 65 +  48129895 TGCATGGCCTGGCCTTTTTTGTCTCCCTGCCATCTTGCTGTAAAATGAGGTGGTCCCTGGAAAGC
s panTro2.chr21  15230906 65 +  46489110 TGCATGGCCTGGCCTTTTTTGTCTCCCTGCCATCTTGCTGTAAAATGAGGTGGTCCCTGGAAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771246 65 +  48394510 TGCATGGCCTGGCCTTTTATGTCTCCCTGCCATCTCGCTGTAAAATGAGGTGGTCCCTGGAAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650289 65 - 196418989 TGCACGGTCTGGCCTTTTATGTCTCCCTGCCATCTTGCTGTAAAGTGAGGTGGTCCCTGGAAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=778814.000000
s hg19.chr21     16511232 71 +  48129895 CCAGCAC-AGGAAAGCTAGATATATAGAGTCTGTGGATCATCCAGTGATGACGCTGAACATAAAAGCTGGAG
s panTro2.chr21  15230971 71 +  46489110 CCAGCAC-AGGAAAGCTAGATATATAGAGTCTGTGGATCATCCAGTGATGACGCTGAACATAAAAGCTGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771311 71 +  48394510 CCAGCAC-AGGAAAGCTAGATATATAGAGTCTGTGGATCATCCAGTGATGACGCTGAACATAAAAGCTGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650354 72 - 196418989 CAAGCACAAAGAAAGCTAGATATATAGAGTGTGTGGATCATCCAGGGATGACGCTGAACATAAAAGCTGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=638345.000000
s hg19.chr21     16511303 77 +  48129895 ATGTGATGTTTCCAAATAATTTATATTTGTTTTAAATTTCCCTCCTTTTCTTATAAATAACCCAAATCCAGATACTA
s panTro2.chr21  15231042 77 +  46489110 ATGTGATGTTTCCAAATAATTTATATTTGTTTTAAATTTCCCTCCTCTTCTTATAAATAACCCAAATCCAGATACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771382 77 +  48394510 ATGTGATGTTTCCAAATAATTTATATTTGTTTTAAATTTCCCTTCTCTTCTTATAAATAACCCAAATCCAGGTACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650426 77 - 196418989 ATGCGATGTTTCCAAATAATTTATATTTGTTTTAAATTTCCCTTCTCTTCTTATAAATAACCCAAATCCAGATACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=258525.000000
s hg19.chr21     16511380 27 +  48129895 GGATAAATGACTGGATCACATCCCCTT
s panTro2.chr21  15231119 27 +  46489110 GGATAAATGACTGGATCGCATCCCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650503 27 - 196418989 GGATAAATGGCTGGATTGCATCCCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199573.000000
s hg19.chr21     16511407 41 +  48129895 GTCACGGCAGGCTTGCAAAAATATATTAGGAACGAGGGAGG
s panTro2.chr21  15231146 41 +  46489110 GTCATGGCAGGCTTGCAAAAATATATTAGGAACGAGGGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771486 41 +  48394510 GTCATGGCAGGCTTGCAAAAATATATTAGGAACGAGGGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650530 41 - 196418989 GTCATGGCAGGCTTGCAAAAATATATTAGGAATGATGGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200107.000000
s hg19.chr21     16511448 26 +  48129895 GCAATGTGCACAGAGAAGACAGACCT
s panTro2.chr21  15231187 26 +  46489110 GCAATGTGCACAGAGAAGACAGACCT
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s ponAbe2.chr21  14771527 26 +  48394510 GCAATGTGCACAGAGAAGCCAGACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650571 26 - 196418989 GCAATGTGCACAGAGAAGCCAGACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76925.000000
s hg19.chr21     16511474 21 +  48129895 GCTCCTGTACCTTGTCATTTG
s panTro2.chr21  15231213 21 +  46489110 GCTCCTGTACCTTGTCATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771553 10 +  48394510 GCTCCTGCAC-----------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650597 21 - 196418989 GCTCCTGTACCTTGTAATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=425351.000000
s hg19.chr21     16511495 101 +  48129895 TACTCCAGTGATGAATTTCTAAACTACGTATTTGAGCATGTTAATGAaaaagaaaagagcaaaggaaagaaaagagaaggggagagagaaaatgacaaaag
s panTro2.chr21  15231234 101 +  46489110 TACTCCAGTGATGAATTTCTAAACTACGTATTTGAGCATGTTAATGAaaaagaaaagagcaaaggaaagaaaagagaaggggagagagaaagtgacaaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771563  73 +  48394510 ----------------------------TATTTGAGCGTGTTAATGAaaaagaaaagagcaaagggaagaagagagaaggggagagagagaatgacaaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650618 101 - 196418989 TACTCCAGTGATAAATTTCTAAACTATGTATTTGAGCGTATTCATGAaaaagaaaagagcaaagggaagaaaagagaaggggagagagagaatgacagaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-18196.000000
s hg19.chr21     16511596 31 +  48129895 aacagag-gaaaaaaaaaCACTAGGCAAAAAC
s panTro2.chr21  15231335 29 +  46489110 aacagag---aaataaaACACTAGGCAAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771636 32 +  48394510 aacagagaaaaaaaaaaacactaggaaaaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650719 32 - 196418989 aacagagagaaaaaaaaacactaggaaaaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-179056.000000
s hg19.chr21     16511627 24 +  48129895 CAGAGGAAAATGAGGCAGGAATAT
s panTro2.chr21  15231364 24 +  46489110 CAGAGGAAAATGAGGCAGGAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771668 24 +  48394510 aagaggaaaaTGAGGCAGGAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650751 24 - 196418989 aaaaggaaaATGAGGCAGGAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=162199.000000
s hg19.chr21     16511651 50 +  48129895 TAGGTTGGCTAACAAAGTACGTTTTGGTCAACCGGCTTTGGCATAAACGG
s panTro2.chr21  15231388 50 +  46489110 TAGATTGGCTAACAAAGTACGTTTTGGTCAACCGGCTTTGGCATAAACGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771692 50 +  48394510 TAGATTGGCTTGCAAAGTACGTTTTGATCAACCAGCTTTGGCATAAATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650775 50 - 196418989 TAGACTGGCTAGCAAAGTACGTTTTGGTCAACCAGCTTTGGCATAAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-228547.000000
s hg19.chr21     16511701 41 +  48129895 ACTTGGTGCCTGGGAAATAAAGCAGATAGGTGAGTGGGGGG
s panTro2.chr21  15231438 41 +  46489110 ACTTGGTGCCTGGGAAATAAAGCAGATAGGTGAGTCGGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771742 41 +  48394510 ACTTGGTGCCTGGGAAATAAAGCAGATAGGTGAGTGGGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650825 41 - 196418989 ACTTGCTGCCTGGGAAATAAAGCAGATAGGTGAATGGGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=232117.000000
s hg19.chr21     16511742 88 +  48129895 CTGAACCACTCTGGAAGATCTAGATGTGGTTGGGGAATGAGGAATTGTCAGAGAGAATTAGGGGTATTTATTGCATGGTACCCTAGAC
s panTro2.chr21  15231479 88 +  46489110 CTGAACCACTCTGGAAGATCTAGATGTGGTTGGGGAATGAGGAATTGTCAGAGAGAATTAGGGGTTTTTATGGCATGGTACCCTAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771783 88 +  48394510 CTGAACCACTCTGGAAGATCTAGATGTGGTTGGGGAATGAGGAATGGTCAGAGAGAATTAGGGGTTTTTAATGCATGGTACCCTAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650866 88 - 196418989 CTGAACCGCTCTGGAAGGTCTAGATGTAGTTGGGGAATGAGGAATGGTGAGAGAGAATTAGGGGTTTTTATTGCATGGTACCCTAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=55004.000000
s hg19.chr21     16511830  7 +  48129895 TGGGCT----C
s panTro2.chr21  15231567 11 +  46489110 AGGGCTGACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771871 11 +  48394510 AGGGTTGACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164650954 11 - 196418989 AGGGCTGACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=804798.000000
s hg19.chr21     16511837 49 +  48129895 CAGGACTGACCCCTTGCTGAATGAGAAGCTAGACAC-ACAGGCGTTTTTT
s rheMac2.chr3  164650965 49 - 196418989 CAGGGCTGACCCGTTGCTGAATGAG-AGCTAGACACAACAGGCATTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771882 48 +  48394510 CAGGACTGACCCCTTGCTGAATGAG-AGCTAGACAC-ACAGGCATTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15231578 49 +  46489110 CAGGGCTGACCCCTTGCTGAATGAGAAGCTAGACAC-ACAGGCGTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=327974.000000
s hg19.chr21     16511886 25 +  48129895 AAGATTAAAAGAAAAATGAGAAGAG
s rheMac2.chr3  164651014 25 - 196418989 CAGATAAAAAGAAAAATGAGAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771930 25 +  48394510 AAGATTAAAAGAAAAATGAGAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15231627 25 +  46489110 AAGATTAAAAGAAAAATGAGAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=617886.000000
s hg19.chr21     16511911 34 +  48129895 GGTGACTTGGTGTCTGAACTAAGCTCAACTACT---A
s rheMac2.chr3  164651039 37 - 196418989 GGTGACTTGTTGACTGAACTAAGCTCAACTACTCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771955 37 +  48394510 GGTGACTTGTTGTCTGAACTAAGCTCAATTACTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15231652 37 +  46489110 GGTAACTTGTTGTCTGAACTAAGCTCAACTACTCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=640568.000000
s hg19.chr21     16511945 37 +  48129895 AAATAGACAAAATAGCCCAGTGGCGAAAGGTTAATTT
s panTro2.chr21  15231689 37 +  46489110 AAATAGACAAAATAGCCCAGTGGCGAAAGGTTAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14771992 37 +  48394510 AAATAGACAAAATAGCCCAGTGGCGAAAGGTTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164651076 37 - 196418989 AAATAGACAAAATAGCCCAGTGGCGAAAGGTTAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1021049.000000
s hg19.chr21     16511982 83 +  48129895 GTTGGCCCCCAGACCCTGAAGCAAAGCTTCAGAGGGGGCCCCTTTGATCTTTGCTGGTTACTAAATGAATAGCCTGTAGTCAC
s panTro2.chr21  15231726 83 +  46489110 CTTGGCCCCCAGACCCTGAAGCAAAGCTTCAGAGGGGGCCCCTTTGGTCTTTGCTGGTTACTAAATGAATAGCCTGTAGTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772029 83 +  48394510 CTTGGCCCCCAAACCCTCAAGCAAAGCTTCAGAGGGGGCCCCTTTGGTCTTTGCTGGTTACTAAATGAATAGCCTGTAGTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164651113 83 - 196418989 CTTGGGCCCCAAACCCTCAAGCAAAGCTTCAGAGAGGGCCACTTTGGTCTTTGCTGGCTACTAAATGAAGAGCCTGTAGTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=953017.000000
s hg19.chr21     16512065 106 +  48129895 C---ACCTCCTGGGTCCCAGAAACCAAAGACTACTTATTGATCAGTATTGAACAAAATTTGGCAATTGAAATAGTAGCAATATATTATCTGGTT-----TTGGGGAGGGGGATG
s panTro2.chr21  15231809 106 +  46489110 C---ACCTCCTGGGTCCCAGAAACCAAAGACTACTTATTGATCAGTATTGAACAAAATTTGGCAATTGAAATAGTAGCAATATATTATCTGGTT-----TTGGGGAGGGGGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772112 106 +  48394510 C---ACCTCCTGGGTCCCAGAAACCAAAGACTACTTATTGATCAGTATTGAAGAAAATTTGGCAATTGAAATAGTAGCAATATATTCTCTGGTT-----TGGGGGAGGGGGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164651196 114 - 196418989 CAGAAACTCCTGGGTCCCAGAAACCAAAGACTGCTTATTGATCAGTATTGAACAAACTTTGGCAATTGAAATAGTAGCAATGTATTCTCTGGTTTGTGGTGGGGAGGAGGGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=359371.000000
s hg19.chr21     16512171 49 +  48129895 GAAGTCTGAGTATTTTCACTAGGACTAGTATGGATTTTGCAGGTGGTCC
s panTro2.chr21  15231915 49 +  46489110 GAAGTCTGAGTATTTTCACTAGGACTAGTATGGATTTTGCAGGTGGTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772218 49 +  48394510 GAAGTCTGAGTATTTTCACTAGGACTAGTCTGGATTTTGTAGGTGGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164651310 49 - 196418989 GAAGTCTGAGTATTTTCACTAGGACTAGTATGGATTTTGTAGCTGTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1139906.000000
s hg19.chr21     16512220 73 +  48129895 CTAATGCTTAGCTCACTAACAATCTCACTCTCCCTTTTCTAGAGCTCAGACCCTCTCTTTAAATAGCTAACCC
s rheMac2.chr3  164651359 73 - 196418989 CTAATGCTTAGCTCACTAACAATCTCACTCTCCCTTTTCTAGAGCTCAGACCGTCTCTTTAAATAGCTAACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772267 73 +  48394510 CCAATGCTTAGCTCACTAACAATCTCACTCTCCCTTTTCTAGAGCTCAGACCCTCTCTTTAAATAGCTAACCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15231964 73 +  46489110 CTAATGCTTAGCTCACTAACAATCTCACTCTCCCTTTTCTAGAGCTCAGACCCTCTCTTTAAATAGCTAACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=579377.000000
s hg19.chr21     16512293 32 +  48129895 TTCAGGCTTACTGAG-TATCAGTTACTGATTTG
s rheMac2.chr3  164651432 33 - 196418989 TTCAAGCTTACTGAGTTATCAGTTACTGATCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772340 32 +  48394510 TTCAAGCTTACTGAG-TATCAGTTACTGATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15232037 32 +  46489110 TTCAGGCTTACTGAG-TATCAGTTACTGATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1531452.000000
s hg19.chr21     16512325 66 +  48129895 TTGAAGTTAACTACAGTGTGTTTATTTGGGAAGGAGGTTACTTGAACGTGCCCTTAAATTGCTTTG
s rheMac2.chr3  164651465 66 - 196418989 TTGAAGTTAACTACAATGTGTTTATTTGGAAAGGAGGATACTTGAACGTGCCCTTAAATTGCTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772372 65 +  48394510 TTGAAGTTAACTACAATGTGTTTATTTGGGAAGGAGGATACTTGAACGTG-CCTTAAATTGCTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15232069 66 +  46489110 TTGAAGTTAACTACAATGTGTTTATTTGGGAAGGAGGTTACTTGAACGTGCCCTTAAATTGCTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3470444.000000
s hg19.chr21     16512391 300 +  48129895 ACTTCCAACTGCAACAAAACACGTCTTGGCTTCTTTGGCTGAGGGGATGATGTGTGTGACAGGGGGCACCATCAGTTAACTCCAGTGCCACTGTGAGGCTGAACGTGCagaaaaa-aaataaggagagaaggaaaaaaatggtaaaggaaaagcagtaagtgaaaag-gaagat-aaaaaatagaagagTTGACATGGTGGGGAGAGGTGAAGTGACACCAGTCGCTGCCTGGTGTGACATTTAATGGCATCAGGATCACGGTTA---------CCTTCTCTGAGGGTAAACCAGAGAGCACTGTGCCACCT
s rheMac2.chr3  164651531 311 - 196418989 ACTTCCAACTGCAACAAAACACAGCTTGGCTTCTCTGGCTGAGGGGATGATGTGTGTGACAGGGGGCACCATCATTTAACTCCAGTGCCACTGTGAGGCTGAACGTGGAGAAAAAGAAATAAGGACAGAAGGAAAAACATGGTAAAGGAAAAAGAATGAGTGAAAAGAAAAGAT-AAAATATAGAAGAGTTGACATGGTGGGGAGAGGAGAAGTGACACCAGTCACTGCCTGATGTGACATTTAATGGCATCAGGACCACGGTTAGCTTCTCTGGCTTCTCTGAGGGTAAACCGGAGAGCACTGTGCCACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772437 301 +  48394510 ACTTCCAACTGCAACAAAACACATCTTGGCTTCTTTGGCTGAGGGGATGATGTGTGTGACAGGGGGCACCATCAGTTAACTCCAGTGCCACTGTGAGGCTGAATGTggaggaaaa-aaataaggagagaaggaaaaaaatggaaaaggaaaaagagtgagtgaaaag-aaagataaaaaaatagaaGAGTTGACATGGTGGGGAGAGGTGAAGTGACACCAGTCACTGCCTGATGTGACATTTAATGGCATCAGGACCACAGTTA---------CCTTCTCTGAGGGTAAACCGGAGAGCACTGTGCCACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15232135 299 +  46489110 ACTTCCAACTGCAACAAAACACATCTTGGCTTCTTTGGCTGAGGGGATGATGTGTGTGACAGGGGGCACCATCATTTAACTCCAGTGCCACTGTGAGGCTGAACGTGGagaaaaa-aa-taaggagagaaggaaaaaaatggtaaaggaaaaacagtaagtgaaaag-gaagat-aaaaaatagaagagTTGACATGGTGGGGAGAGGTGAAGTGACACCAGTCGCTGCCTGGTGTGACATTTAATGGCATCAGGATCACGGTTA---------CCTTCTCTGAGGGTAAACCGGAGAGCACTGTGCCACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1300525.000000
s hg19.chr21     16512691 137 +  48129895 CTGGAGTCACAATTACAAAGTGACATCTCTGCAAGGGCCAATTTTGAACAGGAGAAAGCCCTCCCCCAGGGACGATGAGCCCATGGTAGCGGCAGATAGTGCAAACAAGCACAAATGCCCATCCCCATGGCAGGCAT
s rheMac2.chr3  164651842 137 - 196418989 CTGGAGTCACAATTACAAAGTGGCATCTCTGCAAGGGCCGATTTTGAACAGAGAAAAGCCCTCCCCCAGGGACGATGAGGCCGTGTTAGGGGCAGATAGTGCAAACAAGCACAAATGCCCATCCCCACGGCAGGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772738 137 +  48394510 CTGGAGTCACAATTACAAAGTGGCATCTCTGCAAGGGCCAATTTTAAACAGGAGAAGGCCGTCCCCCAGGGAGGATGAGCCCATAGTAGGGGCAAATAGTGCAAACAAGAACAAATGCCCATCCCCATGGCAGGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15232434 137 +  46489110 CTGGAGTCACAATTACAAAGTGACATCTCTGCAAGGGCCAATTTTGAACAGGAGAAAGCCCTCCCCCAGGGACGATGAGCCCATGGTAGCGGCAGATAGTGCAAACAAGCACAAATGCCCATCCCCATGGCAGGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6979407.000000
s hg19.chr21     16512828 148 +  48129895 AAGGGGGAGAGGGATCATATTTTAAAGCTCCATTAACAAAGAACTTTACTCAAGGAGGAACTGTTAATAAGTAATGAAACAAAGTGCCTGTTATGGAGATTAAATGCTCCTGTGTCGAGGTACAAAGTTCAGGCTGCAAAGTGCAGCT
s panTro2.chr21  15232571 148 +  46489110 AAGGGGAAGAGGGATCATATTTTAAAGCTCCATTAACAAAGAACTTTACTCAAGGAGGAACTGTTAATAAGTAATGAAACAAAGTGCCTGTTATGGAGATTAAATGCTCCTGTGTCGAGGTACAAAGTTCAGGCTGCAAAGTGCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14772875 148 +  48394510 AAGGGGGAGAGGGATCATATTTTAAAGCTCCATTAACAAAGAACTTTACTCAAGGAGGAACTGTTAATAAGTAATGAAACAAAGTGCCTGTTATGGAGATTAAATGCTCCTGTGTCGAGGTACAAAGTTCAGGCTGCAAAGTGCAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164651979 148 - 196418989 AAGGGGGAGATGGATCATATTTTAAAGCTCCATTAACAAAGAACTTTACTCAAGGAGGAACTGTTAATAAGTAATGAAACAAAGTGCCTGTTATGGAGATTAAATGCCCCTGTGTCGAGGTACAAAGTTCAGGCTGCAAAGTGCAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3039729.000000
s hg19.chr21     16512976 69 +  48129895 GTCACCCTGTCTATAACCCCACGGCAGCCTTAGAACCCCTGGTTCAAAGTGTGTCTTGCTGCCTTCCTG
s rheMac2.chr3  164652127 69 - 196418989 GTCACCCTGTCTATAACCCCACGGCAGCCTTAGAACCCCTGGTTCAAAGTGTGTCTTGCTGCCTTCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14773023 69 +  48394510 GTCACCCTGTCTATAACCCCACGGCAGCCTTAGAACCCCTGGTTCAAAGTGTGTCTTGCTGCCTTCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15232719 69 +  46489110 GTCACCCTGTCTATAACCCCACGGCAGCCTTAGAACCCCTGGTTCAAAGTGTGTCTTGCTGCCTTCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3502898.000000
s hg19.chr21     16513045 77 +  48129895 TTACTAGGCTGCCTAGTGCAAGGTCCAGCCAGGGTTCACAGTTCAGCGTCTGAGGCTCTGCTGACTGCCTTCTTTGT
s panTro2.chr21  15232788 77 +  46489110 TTACTAGGCTGCCTAGTGCAAGGTCCAGCCAGGGTTCAGAGTTCGGCGTCTGAGGCTCTGCTGACTGCCTTCTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14773092 77 +  48394510 TTACTAGGCTGCCTAGTGCGAGGTCCAGCCAGGGTTCAGAGTTCAGCGTCTGAGGCTCTGCTGACTGCCTTCTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164652196 77 - 196418989 TTACTAGGCTGCCCAGTGCAAGGTCCAGCCAGGGTTCAGAGTTCAGCGTCTGAGGCTCTGCTGACTGCCTTCTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2412015.000000
s hg19.chr21     16513122 79 +  48129895 TTAACTTGGGCAAGCTTTTGATAAGCCAGGGACTGCTTATTTAAGGCGATTATTACAAACAACTGACAGATTATTTTCC
s panTro2.chr21  15232865 79 +  46489110 TTAACTTGGGCAAGCTTTTGATAAGCCAGGGACTGCTTATTTAAGGCGATTATTACAAACAACTGACAGATTATTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14773169 79 +  48394510 TTAACTTGGGCGAGCTTTTGATAAGCCAGGGACTGCTTATTTAAGGCGATTATTACAAACAACTGACAGATTATTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164652273 79 - 196418989 TTAACTTGGGCGAGCTTTCGATAAGCCAGGGACTGCTTATTTAAGGCGATTATTACAAACAACTGACAGATTATTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2068461.000000
s hg19.chr21     16513201 165 +  48129895 CAGATTCTTGCACTTATTCTTCATATGCAAGTTTAAACGAGTCCCAAACTATAATTTCTTGAGGATTTGTGTGTGTACAAAAGTAATCGAGATAAGGATGTGTGAAAGACTAGGTAAAAAAATCTATTTCTAAGGAATAACTATGCTCCAAGCAGACATAGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14773248 165 +  48394510 CAGATTCTTACACTTATTCTTCATATGCAAGTTTAAACGAGTCCCAAACTATAATTTCTTGAGGATTTGTGTGTGTACAAAAGCAATCAAGATAAGGACATGTGAAAGACTAGGTAAAAAAATCTATTTCTAAAGAATAACTATGCTCCAAACAGACATAGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164652352 160 - 196418989 CAGATTCTTCCACTTATTCTTTATGTGCAAGTTTAAACGGGTCCCAGACTATAATTTCTTGAGGATTTGTGTGTGTACAAAAGCAATCAAGATAAGGACGTGTGAAAGACTAGGT-AAAACATCTATTTCTATGGAA----TATGCTTGAAGCAGACACAGAAAA
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s panTro2.chr21  15234648 44 +  46489110 acctacttagggccagtctcaagaatgaatgtttgacctatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=635105.000000
s hg19.chr21     16514954 48 +  48129895 aggcttttaatccacacaaccacagcagggagtaaatattatctccat
s rheMac2.chr3  164654085 48 - 196418989 aggcttttaatctacacaaccacaccaggaagtagatattatctccat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14774998 48 +  48394510 aagcttttaatccacacaaccacaccaaggagtaaatattatctccat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15234692 48 +  46489110 aggcttttaatccacacaaccacagcagggggtaaatattatctccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=981084.000000
s hg19.chr21     16515002 75 +  48129895 tttacagataactatattgaaactcagaggggttaagacacttgtccaaagccatagaacctataatgaacaaaa
s rheMac2.chr3  164654133 75 - 196418989 tttacagataactatattgaaactcagaggggttaagacacttgtccaaagccatagaatctataatgaacaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775046 75 +  48394510 tttacagataactatattgaaactcagaggggttaagacacttgtccaaagccatagaacctataatgaacaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15234740 75 +  46489110 tttacagataactatattgaaactcagaggggttaagacacttgtccaaagccatagaacctataatgaacaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=215038.000000
s hg19.chr21     16515077 32 +  48129895 gtgggtttgaacctatttctccaactgagctt
s rheMac2.chr3  164654208 32 - 196418989 gtgggtttgaacctatttctccaactgagctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775121 32 +  48394510 gtgggtttgaacctatttctccaactgagctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=144258.000000
s hg19.chr21     16515109 86 +  48129895 caTGTAGACAAGCAGATGTTGGAAAAAGAGTCAGAAAAGAAGAGAAAACAAATTATTAGAAAGGAAGGAAGACAATAGAGATTTTA
s rheMac2.chr3  164654240 83 - 196418989 caTGTAGACATGTAGATGTTGGAAAAAGAGTGAGAA---AAGAGAAAATACCTTATTAGAAAGGAAGGAAGACAATAGGGATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15234847 86 +  46489110 caTGTAGACAAGCAGATGTTGGAAAAAGAGTCAGAGAAGAAGAGAAAACAAATTATTAGAAAGGAAGGAAGACAATAGAGATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=410626.000000
s hg19.chr21     16515195 97 +  48129895 TTGTATCCTGAATGGCAAGATAGAAGGGATTCTCTGGGTGATGGTAGGTGTGATAGAAGCATGGGGGCCAGAAACTAAAAAGTGAGGCCTAGACGGG
s rheMac2.chr3  164654323 97 - 196418989 TTGTATCCTGAATGGCAAGATAGAAGGGATTCTCTGGATGATGGCAGGTGTGATAGAAGCATGAGGGCCAGAAACTAATAAGTGAGGCCAAGATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775239 97 +  48394510 TTGTATCCTGAATGGCAAGATAGAAGGGATTCTCTGGGTGATGGTAGGTGTGATAGAAGCATGGGGGCCAGAAACTAAAAAGTGAGGCCTAGTTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15234933 97 +  46489110 TTGTATCCTGAATGGCAAGATAGAAGGGATTCTCTGGGTGATGGTAGGTGTGATAGAAGCATGGGGGCCAGAAACTAAAAGGTGAGGCCTAGACGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-116585.000000
s hg19.chr21     16515292 8 +  48129895 TGGTGAAG
s panTro2.chr21  15235030 8 +  46489110 TGGTGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775336 8 +  48394510 TGGTGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654420 8 - 196418989 TGGCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=269009.000000
s hg19.chr21     16515300 58 +  48129895 TAGAGGAAGCATGGTGGAAGCTCTGAATGTGAACTCCTAATTCTTTTAATACATGGCA
s panTro2.chr21  15235038 58 +  46489110 TAGAGGAAGCATGGTGGAAGCTCTGAATGTGAACTCCTAATTCTTTTAATACATGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775344 58 +  48394510 TAGAGGAAGCATGGTGGAAGCTCCAAAGGTGAACTCCTAATTCTTTTAATACATGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654428 58 - 196418989 TAGAGGAGGCACAGTGGAAGCTCCGAGTGTGAACTCCTAATTCTTTCAATACATGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=21505.000000
s hg19.chr21     16515358 18 +  48129895 ATAGGGAGAAGGGGTCGA
s panTro2.chr21  15235096 18 +  46489110 ATAGGGAGAAGGGGTCGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775402 18 +  48394510 ATAGGGAGAAGGGGTCGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654486 18 - 196418989 ATGGGGAGAAGGGATTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=440571.000000
s hg19.chr21     16515376 38 +  48129895 ACAAGATGCATTATTAAGGTCATCTTTTATGGGCTCCC
s panTro2.chr21  15235114 38 +  46489110 ACAAGATGCATTATTAAGGTCATCTTTTATTGGCTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775420 38 +  48394510 ACAAGATGCATTATTAAGGTCATCTTTTATTGGCTCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654504 38 - 196418989 ACAAGATGCATTATTAAGATCATCTTTTATTGGCTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=648321.000000
s hg19.chr21     16515414 94 +  48129895 TGTTCTTTGGACCCATCT-ACAAAAAAGACTGTACTTTTCTCATGCTATGTATATGTTCTTATATTCTTGGAGGATGGCAGCTATCACCT-TACTT
s panTro2.chr21  15235152 94 +  46489110 TGTTCTCTGTACCCATCT-ACAAAAAAGACTGTACTTTTCTCATGCTATGTATATGTTCTTATATTCTCGGAGGATGGCAGCTATCACCT-TACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775458 94 +  48394510 TATTCTCTGTACCCATCT-ACAAAAAAGACTGTACTTTTCTCATGCTATGTGTATGTTCTTATATTCTCGGAAGATGGCAGCtatcacct-tgctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654542 94 - 196418989 TTTTCTCTGTACCCAGCTAAAAAAAAAGAC--TATTTTTCTCATGCTGTGTATATGTTCTTATGTTCTCGGAGGACGGCAGCtatcacctgtactt
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=384774.000000
s hg19.chr21     16515508 33 +  48129895 AAGACacaccctaacctagatctcttgctacaa
s panTro2.chr21  15235246 33 +  46489110 AAGACACACCCTAACCTAGATGTCTTGCTACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775552 33 +  48394510 aagacacaccctaacctagatctcttgctacaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654638 33 - 196418989 aagacacaccctaacctagatctcttgctacga
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=341829.000000
s hg19.chr21     16515541 25 +  48129895 tctctctcttcagatattgatttgt
s panTro2.chr21  15235279 25 +  46489110 TCTCTCTCTTCAGATATCGATTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775585 25 +  48394510 tctctctcttcagatattgatttgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654671 25 - 196418989 tctctctctttagatacagatttgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=858293.000000
s hg19.chr21     16515566 110 +  48129895 gtttccaggtgcccatgcagtgtgtccaactggtcaattcagagacaccaatatctgctcctgcaaacctgttccttccctacatcccctacctcagaccatgtcatcct
s panTro2.chr21  15235304 110 +  46489110 GCTTCCAGGTGCCCATGCAGTGTGTCCAACTGGTCAATTCAGAGACACCAATatctgctcctgcaaacctgttccttccctacatcccctacctcagaccatgtcatcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775610 110 +  48394510 atttccaggtgcccatgcagtgtgtccaactggtcaattcagagacacctctatctgctcctgcaaacctgttccttccctacatcccctacttcagaccatgtcatcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654696 110 - 196418989 atttccaggtgctcatgcagtgtgtccaactggtcaattcagagacatctctatctgctcccgcaaacctgttccttccctacatcccctacctcacaccatggcatcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=16108.000000
s hg19.chr21     16515676 24 +  48129895 accactttagtctcccatgttatc
s panTro2.chr21  15235414 24 +  46489110 accactttagtctcccatgttatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775720 24 +  48394510 accactttagtctcccatgttatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654806 24 - 196418989 accattttagtctcccatgctatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=713021.000000
s hg19.chr21     16515700 91 +  48129895 aaccctgacattatctttgatgcctttcttacccccactctgtaaattcaacacatctccagtcttcatagttttaaccctgaaatgtctc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775744 91 +  48394510 aaccctgacattatctttgatgcctttcttacccccactctgtaaattcaacacatctccagtcttcatagttttaactctgaaatgtctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654830 91 - 196418989 aatcctgacattatctttgatgccttccttacccctactctgtaaatgcaacacatctccagtcctcatggttttaactctgaaatgtctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141897.000000
s hg19.chr21     16515791 50 +  48129895 caaatacatcacctcctcttaatgcccctgctCATACTATGTATTTTTAT
s panTro2.chr21  15235529 50 +  46489110 caaatacatcacttcctcttaatgcccctgccCATACTATGTATTTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775835 50 +  48394510 caaatacatcacctcctcttaatgcccctgccCATACTATGTATTTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654921 50 - 196418989 caaatacatcaccttctcttaacacccctgccCATACTATGCATTTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=262518.000000
s hg19.chr21     16515841 137 +  48129895 ACCATAGTCTTATGTCATCGCATATGTGTAAGAGACATACTTTCATATGAGACTTTGGGTCAAGTCTTCATTATCTCTTGTAGTGATAAAAGCATGGTTGATCTAATCTCTGTCCTTCACAGTTATACTCCGCTCTG
s panTro2.chr21  15235579 137 +  46489110 ACCATAGTCTTATGTCATCGCATATGTGTAAGAGACATACTTTCATATGAGACTTTGGGTCAAGTCTTCATTATCTCTTGTAGTGATAAAAGCATGGTTGATCGAATCTCTGTCCTTCACAGTTATACTCCACTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14775885 137 +  48394510 ACCGTAGTCTTATGTCATCGCATATGTGTAAGAGACATACTTTCATATGAGACTTTAGGTCAAGTCTTCATTATCTCTTGTAGTGATAAAAGCATGGTTGATCTAATCTCTGTCCTTCACAGTTATACTCCACTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164654971 137 - 196418989 ACCATAGTCTTATGTCATTGCACATGTGTAAGAGATATACTTTTATATGAGGCTTTAGGTCAAGTCTCCATTATCTCTTGCAGTGATAAAAGCATGGTTGATCTAATCTCTGTTCTTCACAGTTATACTCCACTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331368.000000
s hg19.chr21     16515978 44 +  48129895 TCTTTCCATTACTACTGTTACTAGAAATGATTTGTAAAGTGTAA
s panTro2.chr21  15235716 44 +  46489110 TCTTTCCATTACTACTGTTACTAGAAATGATTTGCAAAGTGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14776022 44 +  48394510 TCTTTCCATGACTACTGTTACTAGAAATGATTTGTAAAGTGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164655108 44 - 196418989 TCTTTCCGTTACTACTATTACTAGAAATGATTTGTAAAGTGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259038.000000
s hg19.chr21     16516022 60 +  48129895 AGCAAGTGGAGTCAAATCTGGCAATGCCTCTCTCTTGCTTTGAAAACATTAATAAAGGCA
s panTro2.chr21  15235760 60 +  46489110 AGCAAGTGGAGTCAAATCTGGCAATGCCTCTTTCTTGCTTTAAAAACATTAATAAAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14776066 60 +  48394510 AGCAAGTGGAGTCAAATCTGGCAATGCCTCTTTCTTGCTTTAAAAACATTAATAAAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=115522.000000
s hg19.chr21     16516082 69 +  48129895 GAggccaggttcagtggctcactcctataatcccaacattttgggagacggaggcaagaggactgtcta
s panTro2.chr21  15235820 69 +  46489110 GAggccgggttcagtggctcactcctataatcccaacattttgggagacggaggcaagaggactgtcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14776126 69 +  48394510 GAggccgggttcagtggctcactcctataatcccaacattttgggagatggaggcaagaggactgtcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164655212 69 - 196418989 GAggctgggttcagtggctcactcctataatcccaatactttgggagacagaggcaagaagactgtccg
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a score=306217.000000
s hg19.chr21     16516151 149 +  48129895 gtctctacaaaaaatttaaaaattagccaggtgtggtggtgcacacctgtagtcccagctattcaggaggctgaggcaggaggacctcttgagcccagtagttcaaggctgtagtgcactatgattgcacttgtgaatagccacgatgc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14776195 149 +  48394510 gtctctacaaaaaatttaaaaattagccaggtgtggtggtgcacacctgtagtcccagctattcaggaggctgaggcaggaggacctcttgagcccagtagttcaaggctgtactgcactatgattgcacctgtgaatagtcactacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15235889 149 +  46489110 gtctctacaaaaaatttaaaaattagccaggtgtggtggtgcacacctgtagtcccagttattcaggaggctgaggcaggaggacctcttgagcccagtagttcaaggctgtagtgcactatgattgcacctgtgaatagccactatgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=78538.000000
s hg19.chr21     16516300 49 +  48129895 tccatcctgcacaacttagcgagactccatctctaaaaagcaaaaaaaC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16516349 76 +  48129895 AAGCTCTAGTAATTCCTATATCTTTACAAAAaa-----agttagcaaactagtgaccatagaccaacattggcccacagat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=460688.000000
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a score=778028.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16518482 284 +  48129895 ctttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagcgcagtggctcgatctccgctcactaacctccgccttccgggttcacgccgtt---ctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactactggcgcccgccaccacgcctggctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatctgcccacctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagcgactgtgcccggcc
s ponAbe2.chr21  14778561 287 +  48394510 ttttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctccgctccctaatctccgccttccgggttcacggcgttctcctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccaccacgcctggctaatttttgtatttttagtaaagatggggtttcactgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatctgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccactgcgcccagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15238217 284 +  46489110 ctttttgagacggagtctcgctctgtcacccaggctggagcgcagtggctcgatctccgctcactaacctccgccttctgggttcacgccgtt---ctcctgcctcagcctccccagtagctgggactactggcgcccgccaccacgcctggctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccagaatggtctcgatctcctgacctcatgatctgcccacctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgcgcccggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164657621   0 - 196418989 C

a score=60265.000000
s hg19.chr21     16518766 47 +  48129895 GGtgccattacttttaatggcaaaaacagcaactgcttttgcagcaa
s rheMac2.chr3  164657621 47 - 196418989 ggtgccattacttttaatggcgaaaaccgcaactacttttgcaccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14778848 47 +  48394510 ggtgccattacttttaatggcaaaaacagcaactgcttttgcagcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15238501 47 +  46489110 GGtgccattacttttaatggcaaaaacagcaactgcttttgcagcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-97358.000000
s hg19.chr21     16518813 36 +  48129895 cctaaTAGTAAACGTGCTGAGGCCGCATCTATTCTG
s rheMac2.chr3  164657668 36 - 196418989 cctaaTAGTAAATGTGCTGAGATCGCATCTATTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14778895 36 +  48394510 cctaaTAGTAAACGTGCTGAGGTCGCATCTATTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15238548 36 +  46489110 actaaTAGTAAACGTGCTGAGGCCGCATCTATTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=200447.000000
s hg19.chr21     16518849 23 +  48129895 GGGGACTCATTTTGGGGTCCATG
s panTro2.chr21  15238584 23 +  46489110 GGGGACTCATTTTGGGGTCCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14778931 23 +  48394510 GGGGACTCATTTTGGGGTCCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164657704 23 - 196418989 GGGGACTCGTTTGGGGGTCCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=866888.000000
s hg19.chr21     16518872 102 +  48129895 AACACAAAACGTGCAGACTTTTTGGAAGAACGCCAAGAAATAACATATGCAGATAATATGTGAAGGACTCGGGCTGCTTTCCTCACTGTCCGTCAAGTTCTG
s panTro2.chr21  15238607 102 +  46489110 AACACAAAACGTGCAGACTTTTTGGAAGAACGCCAAGAAATAACATATGCAGATAATATGTGAAGGACTCAGGCTGTTTTCCTCACTGTCCGTCAAGTTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14778954 102 +  48394510 AACACAAAACGTGCAGACTTTTTGGAAGAACGCCAAGAAATAACATATGCAGATAATATGTGAAGGATTCAGGCTTCTTTCCTCACTGTCCATCAAGTTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164657727  99 - 196418989 AACACAAAATGTGCAGACTTTTTGGAAGAACTCCAAGAAATAACATATGTAG---ATATGTGAAGGACTCAGGCTGCTTTCCTCACTGTCCATCAAGTTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=762819.000000
s hg19.chr21     16518974 101 +  48129895 AAGACAAAATTATGCCAGATGGAATTGGTTTAGCCAGCTGAATAACTCAGGTGGGAGGTCTGTGTAGACATGTTTTGTTCAGTTTTTGTTGCCTTCAATTT
s panTro2.chr21  15238709 101 +  46489110 AAGACAAAATTATGCCAGATGGAATTGGTTTAGCCAGCTGAATAACTCAGGTGGGAGGTCTGTGTAGACATGTTTTATTCAGTTTTTGTTGCCTTCAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779056 101 +  48394510 AAGACAAAATTATGCCAGATGGAATTGGCTTAGCCAGCTGAATAACTCAGGTGTGAGGTCTGTGTAGACATGTTTTATTCAGTTTTTGTTGCCTTCAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164657826 101 - 196418989 AAGACAAAATTATGCCAGATGGAACTGGTTTAGCCGGCTGAATTACTCAGGTGGGAGGTCTGTGTAGACATGCTTTATTCAATTTTTGTTGCCTTCAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129660.000000
s hg19.chr21     16519075 30 +  48129895 TTGATATGGAAGGTTCTGTTTGGATGGGGA
s panTro2.chr21  15238810 30 +  46489110 TTGATATGGAAGGTTCTGTTTGGATGGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779157 30 +  48394510 TTGATATGGAAGGTTCTGTTTGGATGGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164657927 29 - 196418989 TTGATATGGATGGTTCTGTTTGAATGGGG-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=295534.000000
s hg19.chr21     16519105 37 +  48129895 TAACCATACATGTGTGTGAAATAAGTGACTTACTGTC
s panTro2.chr21  15238840 37 +  46489110 TAACCATACATGTGTGTGAAATAAGTGACTTACTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779187 37 +  48394510 TAACCATACATGTGTGTGAAATAAGTGACTTACTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164657956 37 - 196418989 TAACCCTACATGTGTATGAAATAACTGACTTACTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7385.000000
s hg19.chr21     16519142 11 +  48129895 TACAAGGTATA
s panTro2.chr21  15238877 11 +  46489110 TACAAGGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779224 11 +  48394510 TACAAGGTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164657993 11 - 196418989 CACAAGGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238618.000000
s hg19.chr21     16519153 36 +  48129895 GCCCCAAAATTTCTATCTTGG-ACCCACAGTGATATC
s panTro2.chr21  15238888 36 +  46489110 GCCCCAAAATTTCTATCTTGG-ACCCACAGTGATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779235 37 +  48394510 GCCCCAAAATTTCTGTCTTGGAACCCACAGTGGTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658004 37 - 196418989 GCCCCAAAATTTCTGTCTTAGAACCCACAGTGTTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1053724.000000
s hg19.chr21     16519189 185 +  48129895 ATTTTCTCTGTGGCCTGATAGTCCCAGCATGAGAGAAGGAACGACTTGGGAATTAAAAAAAAAAAAAAACAAAAATCACTGCAGAAAGTGTGATTTCCGAAAAGGCATAGGTAAAACTCTCTTTACATTATTGGAGCAAGACCTTCTGGTGCTCTTCCTCAGAGCATCTTCACAAGGTTGTTTAT
s panTro2.chr21  15238924 179 +  46489110 ATTTTCTCTGTGGCCTGATAGTCCCAGCATGAGAGAAGGAACGACTTGGGAATTAAAAAAAAAAAAAAA------TCACTGCAGAAAGTGTGATTTCCGAAAAGGCATAGGTAAAACTCTCTTTACATTATTGGAGCAAGACCTTCTGGCGCTCTTCCTCAGAACATCTTCACAAGGTTGTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779272 182 +  48394510 ATTTTCTCTGTGGCCTGATAGTCTCAGCATGAGAGAAGGAACAACTTGGGaataaaaaaaaaaaaaaaa---aaatCACTGCAGAAAGTGTGATTTCCAAAAAGGCATAGGTAAAACTCTCTTTACATTATTGGAGCAAGACCTTCTGGTGCTCTTCCTCAGAGCATCTTCACAAGGTTGTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658041 176 - 196418989 ATTTTCTCTGTGACCTGATAATCTCA-CATGAGAGAAGGAAAGACTTGGGAAT-AAAAAAAAAAAAAAA------TCACTGCAGAAAGTGTGATTTCCAGAAAGGCACAGGTAAAA-TCTCTTTACATTACTGGAGCAAGACCCTCTGGTGCTCTTCCTCAGAGCATCTTCACAAGGTTGTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=465308.000000
s hg19.chr21     16519374 52 +  48129895 GAACGGATCCCACTGACATCCTGGGATTCACAGAAGAGTGCTTGGTGTAAAG
s panTro2.chr21  15239103 52 +  46489110 GAACGGATCCCACTGACATCCTGGGATTCATGGAAGAGTGCTTGGTGTAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779454 52 +  48394510 GAACGGATCCCACTGACATCCTGGGATTCACAGAAGAGTGCTTGGGGTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658217 52 - 196418989 GAACCGCTCCCATTGACATCCTGGGATTCACAGAAGAGTGCTTGGTATAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=460730.000000
s hg19.chr21     16519426 128 +  48129895 AGATGCCATTTGCATTATGCTCGGGTGATCTTTAATCAATGTTTTTTTCTATCTGACAGAAGGGGCA--------------ATATCCATCTACCTCTAAAGGCAGGCAGAGCTGAGTGATGTCATCA--------------------------------------------------------------------------TGAACTGATGGCAGT
s panTro2.chr21  15239155 127 +  46489110 AGATGCCATTTGCATTATGCTCGGGTGATCTTTAATCAATGTTTTTT-CTATCTGACAGAAGGGGCA--------------ATATCCATCTACCTCTAAAGGCAGGTAGAGCTGAGTGATGTCATCA--------------------------------------------------------------------------TGAACTGATGGCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779506 128 +  48394510 AGATGCCATTTGCATTATGCTCGGGTGATCTTTAATCAATGTTTTTTTCTATCTGACAGAAGGGGCA--------------ATATCCATCTACCTCTAAAGGCAGGCAGAGCTGAGTGATGTCACCA--------------------------------------------------------------------------TGAACTGATGGCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658269 215 - 196418989 AGATGCCATTTGCATTATGCTCGGGTGATTTTTAATCAATGTTTTTT-CTGTCTGACAGAAGGGGTATCCATCTAGAGAAGATATCCATCTACCGCTAAAGGCAGGCAGAGCtgagtgatgtcatcatgaactgatgtcagtaggtaggaggaatctatcccaggcacaggtgatacctaagacagtgagtgaagccatcgtgaactgatggcagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179046.000000
s hg19.chr21     16519554 35 +  48129895 AGGTAGGAGAAATCTCTCCCAGGCACAGGTGATAC
s panTro2.chr21  15239282 35 +  46489110 AGGTAGGAGGAATCTATCCCAGGCACAGGTGATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779634 35 +  48394510 AGGTAGGAGAAATCTATCCCAGGCACAGGTGATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658484 35 - 196418989 aggtaggagaaatctatcccaggcacaggtgatac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=487838.000000
s hg19.chr21     16519589 47 +  48129895 CTAAGAAAGTGAGTAAATTCTACTTTTGTAGACAATGGCTGCTGAGT
s panTro2.chr21  15239317 47 +  46489110 CTAAGAAAGTGAGTAAATTCTACTTTTGTAGACAATGGCTGCTGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779669 47 +  48394510 CTAAGAAAGTGAGTAAATTCTACTCTTGTAGACAATGGCCGCTGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658519 47 - 196418989 ctaagaaagtgagtAAATTCTACTTTTGTAGACAATGGCTGCTGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=312238.000000
s hg19.chr21     16519636 25 +  48129895 GGAGACAAGGGAAGTTTGTATTGAG
s panTro2.chr21  15239364 25 +  46489110 GGAGACAAGGGAAGTTTGTATTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779716 25 +  48394510 GGAGACAAGGGAAGTTTGTATTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658566 25 - 196418989 GGAGACAAGGGAAGTTTGTATTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=507810.000000
s hg19.chr21     16519661 50 +  48129895 CAGGGTAGGAGAACTGAGAAGAATCTAACTTTACCTACTTTACTCTGCCT
s panTro2.chr21  15239389 50 +  46489110 CAGGGTAGGAGAACTGAGAAGAATCTAACTTTACCTACTTTACTCTGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779741 50 +  48394510 CAGGGTAGGAGAACTGAGAAGAATCTCACTTTACCTACTTTACTCTGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658591 50 - 196418989 TACGGTAGGAGAATTGAGAAGAATCTAACTTTACCTGCTTTACTCTGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135884.000000
s hg19.chr21     16519711 38 +  48129895 TCACCCTGATGACCAGGGAGGTGAGAGCCATGTTTTGC
s panTro2.chr21  15239439 38 +  46489110 TCACCCTGATGACCAGGGAGGTGAGAGCCATGTTTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779791 38 +  48394510 TCACCCTGATGACTGGGGAGGTGAGAGCCATGTTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658641 38 - 196418989 TCACCCTGATGACCAGGTATGTGACAGCCATGTTTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=109656.000000
s hg19.chr21     16519749 15 +  48129895 CCTTCTTATCTCCCC
s panTro2.chr21  15239477 15 +  46489110 CCTTCTTATCTCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779829 15 +  48394510 CCTTCTTATCTCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658679 15 - 196418989 TCTTCTTATCTCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297179.000000
s hg19.chr21     16519764 33 +  48129895 TTCCACCTTTTAGTATCAACATGATCTCCCCTC
s panTro2.chr21  15239492 33 +  46489110 TTCCACCTTTTAGTATAAACATGATCTCCCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779844 33 +  48394510 TTCCACCTTTCAGTATCAACATGATCTCCCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658694 33 - 196418989 TTCCACCTTTTAGTATCAACATGATCTCCCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1445391.000000
s hg19.chr21     16519797 112 +  48129895 AAAGCCAATGCCCTCTGAGGGGAATGACTCAGCCCCTACTCTGCTATAACAATATGAACATTTGTCAATACAATTAATATTCTAAATGGATGGATCCATGCTTTTTCTCTTC
s panTro2.chr21  15239525 112 +  46489110 AAAGCCAATGCCCTCTGAGGGGAATGACTCAGCCCCTACTCTGCTATAACAATATGAACATTTGTCAATACAATTAATATTCTAAATGGATGGATCCATGCTTTTTCTCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779877 112 +  48394510 AAAGCCAATGCCCACTGAGGGGAATGACTCAGCCCCTACTCTGCTATAACAATATGAACATTTGTCAATACAATTAATATTCTAAATGGATGGATCCATGCTTTTTCTCTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658727 112 - 196418989 AAAGCCAATGCCCACTGAGGGGAATGACTCAGTCCCTACTCTGCTATAACAACATGAAAATTTGTCAGTAAAATTAATATTCTAAATGGATGGATCCATGCCTTTTCTCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1043497.000000
s hg19.chr21     16519909 64 +  48129895 CCCTAGCACTGTTGGAATAACAGTATCTGGAAAAAGTAATGTAAACACTCAAAAGAATGATTTC
s panTro2.chr21  15239637 64 +  46489110 CCCTAGCACTGTTGGAATAACAGTATCTGGAAAAAGTAATGTAAACACTCAAAAGAATGATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14779989 64 +  48394510 CCCTAGCACTGTTGGAATAACAGTATCTGGAAAAAGTAATGTAAACAGTCAAAAGAATGATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658839 64 - 196418989 CCCTAGCACTGTTGGAATAACAGTATCTGGAAAAAGTAATGTAAACAGTCAAAAGAATTATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=624329.000000
s hg19.chr21     16519973 38 +  48129895 AAAAAAGAAATACAGAAATTGCCACAATCTAAGACACT
s panTro2.chr21  15239701 38 +  46489110 AAAAAAGAAATACAGAAATTGCCACAATCTAAGACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14780053 38 +  48394510 AAAAAAGAAATACAGAAATAGCCACAATCTAAGACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658903 38 - 196418989 AAAAAAGAAATACGGAAATTGCCACAATCTAAGACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=488190.000000
s hg19.chr21     16520011 24 +  48129895 TTCATTTCAACCAGAAAGGAGACC
s panTro2.chr21  15239739 24 +  46489110 TTCATTTCAACCAGAAAGGAGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14780091 24 +  48394510 TTCATTTCAACCAGAAAGGAGACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658941 24 - 196418989 TTTAGTTCAACCAGAAAGGAGACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=447912.000000
s hg19.chr21     16520035 43 +  48129895 AAGGACATTAAAAAAAAAT-TTGAGGCTGAATTGAATGATTAAG
s panTro2.chr21  15239763 44 +  46489110 AAGGACATTAAAAAAAAAAATTGAGGCTGAATTGAATGATTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14780115 42 +  48394510 AAGGACATT-AAAAAAAAT-TTGAGGCTGAATTGAATGATTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164658965 42 - 196418989 AAGGGTATTAAAAAAAAA--TTGAGGCTGAATTGAATGCTTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=602911.000000
s hg19.chr21     16520078 37 +  48129895 TCTTGGCAAATGTCTTTTGACACCAAGAAGGATGTGG
s panTro2.chr21  15239807 37 +  46489110 TCTTGGCAAATGTCTTTTGACACCAAGAAGGATGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14780157 37 +  48394510 TCTTGGCAAATGTCTTTTGACACCAAGAAGGATGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=173417.000000
s hg19.chr21     16520115 22 +  48129895 GGAAAGGGAGTTTTAAAGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164659535 126 - 196418989 CAAGGGACTGAGTATACCAAACTAGCACTTTGCTTAGTATTAGCGTGTGTAACCACAGTGGCTGTAGTAGCACATTGCCTCAGATTTAGTTGAGAGCTGAAGAAATTCTCTGCAGCTTCAGAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16520804 75 +  48129895 CCAAATTCACAAAGAATTTGACTGGCTGTGTCTCCTGAACCCGTGACTTCCTCCAGCACTTCAGATGTGGCATAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16521099 59 +  48129895 AGGGCAGTCAGAAGAAGGCTAGACACATCTTCAAAATGTGTTGGAATCCATTTGTGATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16521158 40 +  48129895 GCTGTCAATAGCTTTATGTAACTAATTTACACAGCTCATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1069677.000000
s hg19.chr21     16521198 72 +  48129895 ATTAACTAGTAGCTAAAATGTTACAGAAATGCCCTCATAAATATATTTCCAAAATCAATTTGGGAGCATTGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15240926 72 +  46489110 ATTAACTAGTAGCTAAAATGTTACAGAAATGCCCTCATAAATATATTTCCAAAATCAATTTGGGAGCATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1417963.000000
s hg19.chr21     16521270 92 +  48129895 TTATGTCTCGTTTATTGAAAGAATGTAGTGAGTTGTAAGGGTCAAAGGCAAGATGACATTAGTGAGAAAGTGAGTAAGCATTCAAAAAGGAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15240998 92 +  46489110 TTATGTCTCGTTTATTGAAAGAATGTAGTGAGTTGTAAGGGTCAAAGGCAAGATGACATTAGTGAGAAAGTGAGTAAGCATTCAAAAAGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=601826.000000
s hg19.chr21     16521362 43 +  48129895 GGCAGATATCTAGAActggactgtccaatagagtagccacaag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14781455 43 +  48394510 GGCAGATATCTAGAActggactgtccaatagagtagccacaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=645859.000000
s hg19.chr21     16521405 53 +  48129895 ccacatgtaataatgtaaatgtaaatgtaaattaattaaaattaaatgacatg
s panTro2.chr21  15241133 53 +  46489110 ccacatgtaataatgtaaatgtaaatgtaaattaattaaaattaaatgacatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14781498 53 +  48394510 ccacatgtaataatgtaaatgtaaatgtaaattaattaaaattaaatgacatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164660333 47 - 196418989 ccacatgtaataatgtaaat------gtaaattaattaaaattaagtgacatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327916.000000
s hg19.chr21     16521458 56 +  48129895 taaagtccggtctttagtcacactagcacatgtcaagtgttcaatagccacatttg
s panTro2.chr21  15241186 56 +  46489110 taaagtccggtctttagtcacactagcacatgtcaagtgttcaatagccacatttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14781551 56 +  48394510 taaagtctggtctttagtcacactagcacgtgtcaagtgttcaatagccacatatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164660380 54 - 196418989 taaagtccagtctttagtcacactagtacatgtcaa--gttccatagctgcatgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=613636.000000
s hg19.chr21     16521514 131 +  48129895 CAGAGTGCAGAGAAGAACATGTCCATTGTTCCTTTCCTTTTGAAAGTTCTACCACACTATGCAGATCCAGACCCTTCTGCCTCTGTCCC----CCAACCCTACAGCTTATGTAATTTCCAAATCCCCATCAGTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14781607 131 +  48394510 CAGAGTGCAGAGAGGAACATGTCCATTGTTCCTTTCTTTTGGAAAGTTCTACCACACTATGCAGATCCAGATCCTTCTGCCTCTGTCCC----CCAACCCTACAGCATATGTAATTTCCAAATCCCCATCAGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164660434 127 - 196418989 CAGAGTGCAGAGAGGAACATGTCCATTGGCC--------TTGAAAGTTCTACCACACTGTGCAGATCCAGATCCTTCTGCCTCTGTCCCCACTCCCACCCTACAGCACATGTAACTTCCAAATGCCCATCAGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=353123.000000
s hg19.chr21     16521645 56 +  48129895 AATTTTAAGATTCAGAATGACTCTAGAAGAAACCAAAAAATAAAAGTCAAAAAACT
s panTro2.chr21  15241373 56 +  46489110 AATTTTAAGATTCAGAATGACTCTAGAAGAAACCAAAAAATAAAAGTCAAAAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14781738 56 +  48394510 AATTTTAAGATTCAGAATGACTCTAGAAGAAACCAAAAAATAAAAGTCAAAAAACT
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s rheMac2.chr3  164660561 56 - 196418989 AATTTTAAAATTCAGAATGACTCTAGAAGAAATCAAAAAATAAAAGTCAAAAAACT
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a score=264186.000000
s hg19.chr21     16521701 41 +  48129895 AGAACAAGGCTGTTGCCACTATCAGCTGACTACGTAGCTAA
s panTro2.chr21  15241429 41 +  46489110 AGAACAAGGCTGTTGCCACTGTCAGCTGACTACATAGCTAA
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s ponAbe2.chr21  14781794 41 +  48394510 AGAACAAGGCTGTTGCCACTGTCAGCTGACTACATAGCTAA
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s rheMac2.chr3  164660617 41 - 196418989 AGAACAAGGCTGTTGCCACTATCAGCTGACTGCATAGCTAA
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a score=170176.000000
s hg19.chr21     16521742 28 +  48129895 TGAGCTCATGGCCATGGGGGTAGGAACT
s panTro2.chr21  15241470 28 +  46489110 TGAGCTCATGGCCATGGGGGTAGGAACT
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s ponAbe2.chr21  14781835 28 +  48394510 TGAGCTCATGGCCATGGGGTAAGGCACT
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a score=562710.000000
s hg19.chr21     16521770 44 +  48129895 ACTTTGGAGCCTAATTTTTTCCGTACATGTGAGAAGCTCTGAAT
s panTro2.chr21  15241498 44 +  46489110 ACTTTGGAGCCTAATTTTTTCCGTACATGTGAGAAGCTCTGAAT
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s ponAbe2.chr21  14781863 44 +  48394510 ACTTTGGAGCCTAATTTTTTCCATCCATGTGAGAAGCTCTGAAT
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s rheMac2.chr3  164660686 43 - 196418989 ACTTTGGAGCCTAA-CTTTTCTATACATATGAGAAGCTCTGAAT
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a score=3011558.000000
s hg19.chr21     16521814 259 +  48129895 TGACCCCAAGGCGTTCTAGCTAAAGTCATCTTCCTTTAGGTTGTGGTCATGTGTTTATAGGGTCTGTCTACATTTGATATCTGCTCCTGGCTGTTCCTCTAACTACACAGCCTCCCAACACAATCAGATGATGGTTTAAGAGAAACAGTCTTTGACGGACTAAGCCCATGCCTTGCCCAAGTCCACCCATATCACTGTGGTTTCCTCATTCATGTGAATATTATAGGTTAAAGTCAGGGTTCAGGGTCTAGAAGCAGGA
s panTro2.chr21  15241542 259 +  46489110 TTACCCCAAGGCGTTCTAGCTAAAGTCATCTTCCTTTAGGTTGTGGTCATGTGTTTATAGGGTCTGTCTACATTTCATATCTGCTCCTGGCTGTTCCTCTAACTACACAGCCTCCCAACACAATCAGATGATGGTTTAAGAGAAACAGTCTTTCATGGACTAAGCCCGTGCCTTGCCCAAGTCCACCCTTATCACTGTGGTTCCCTCATTCATGTGAATATTATAGGTTAAAGTCAGGGTTCAGGGTCTAGAAGCAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14781907 259 +  48394510 TGACCCCAAGGCATTCTAGCTAAAGTCATCTTCCTTTAGGTTGTGGTTATGTGTTTATAGGGTCTGTCAACATTTCATATCTGCTCCTAGCTGTTCCTCTAACTACACAGCCTCCCAAAACAATCAGATGATGGCTTAAGAGAAACAGCCTTTCATGAACTAAGCCCATGCCTTGCCCAAGTCCACCCATATCACTGTGGTTCCCTCATTCATGTGAATATTATAGGTTAAAGTCAGGGTTCAGGGTCTAGAAGCAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164660729 259 - 196418989 TGACTCCAAGGCATTCTAGCTAAAGTCACCTTCCTCTGGGTTGTGGTCATGTGTTTATAGGGTCTGTCTACATTTCGTATCTGCTCCTAGCTATTCGTCTAACTACACAGCTGCCCAGCACAATCAGAGGATGGTTTAACAGAAACAGTCTTTCATGGACTAAGCCCATGCCTTGCCCAAGTCCACCCATATCACTGTGGTTCCCTCATTCATGTGAATATTATAGGTTAAAGTCAGGGTTCAGAGTCTAGAAGCAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=404445.000000
s hg19.chr21     16522073 54 +  48129895 CATGAAGTATAAAAAGAGACATCAGAATTACTGGAACACTAACATATGAATGAG
s panTro2.chr21  15241801 54 +  46489110 CATGAAGTATAAAAAGAGACATCAGAATTACTGGAACACTAACATATGAATGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782166 54 +  48394510 CATGAAGTATAAAAAGAGACATCAGAATTACTGGAACACTAACATACGAATGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164660988 52 - 196418989 CATGAGCTAT--AAAGAGACTTCAGAATTACTGGAACACTAACATATGAATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=460062.000000
s hg19.chr21     16522127 50 +  48129895 TATGCGCAAATGCTATTACATGGTGAGCAAACATAAGATAATTCATTTCA
s panTro2.chr21  15241855 50 +  46489110 TATGCGCAAATGCTATTACATGGTGAGCAAACATAAGATAATTCATTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782220 50 +  48394510 TATGTGTAAACGCTATTACATGGTGAGCAAACATAAGATAATTCATTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661040 50 - 196418989 TACGTAGAAATGCTATTACATGGTGAGCAAACATAAGAGAATTCATTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=531614.000000
s hg19.chr21     16522177  96 +  48129895 TGAAATAAGCTTAGTTGCCAAAACCATGTTTAGTCGGAATCTTTTTTTTTTTTT--------GCAGCCATGTGATTTTTCAAATTATCTTCTGTGTGAGTATCA
s panTro2.chr21  15241905 101 +  46489110 TGAAATAAGCTTAGTTGCCAAAACCATGTTTAGTCCGAATCTTTTTTTTTTTTT---ATTTTGCAGCCATGTGATTTTTCAAATTATCTTCTGTGTGAGTATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782270  94 +  48394510 TGAAATAAGCTTAGTTGCCAAAACCATGTTTAGTCCGA----TTTTTTTTTTCT------TTGCAGCCATGTGATTTTTCAAATTATCTTCTGTGTGAGTATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661090 104 - 196418989 TGAAATAAGCTTAGTTGCCAAAACCATGTTTAATCCGAACCttttttttttttttttttttttCAGCCATGTGATTTTTCAAATAATCTTCTATGGGAGTATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-66345.000000
s hg19.chr21     16522273 77 +  48129895 ATAATTGTAAAAACCAGTCAAACATTCCTTCCTTTGGACTTTACCCTCCTGTAACTGAAGTGCTTGATCTAACCTTT
s panTro2.chr21  15242006 77 +  46489110 ATAATTGTAAAAACCAGTCAAACATTCCTTCCTTTGGACTTTACCCTCCTGTAACTGAAGTGCTTGATCTAACCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782364 77 +  48394510 ATAAGTTTAAAAACCAGTCAAACATTCCTTCTTTTGGACTTTACCCTCCTGTAACTGAAGTGCTTGATCTAACCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661194 77 - 196418989 ATAATTTTAAAAACCAGTCAAACATTCCTTCTTTTGGACTTTACCCTCCTGTAACTGAAATGCTTGATCTAACCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=619738.000000
s hg19.chr21     16522350 85 +  48129895 GACATAAAATCAGGCTAGTGTCACAGAGTGGGGCTGCACCTACTGTTCTCAAAAACATCTATGGAGAAGAGTGGCAGAGTGCTGT
s panTro2.chr21  15242083 85 +  46489110 GACATAAAATCAGGCTAGTGTCACAGAGTGGGGCTGCACCTACTGTTTTCAAAAACATCTATAGAGAAGAGTGGCAGAGTGCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782441 85 +  48394510 GACATAAAATCAGGCTAGTGTCACAGAGTGGGGCTGCACCTACTGTTTTCAAAAACATCTATAGAGAATAGCGGCAGAGTGCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661271 85 - 196418989 GACATAAAATCGAGCTAGTGGCACAGAAGGGGGCTGCACCTACTGTTTTTAAAAACATCTATAGAGAAGAGTGGCAGAGTGCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-25020.000000
s hg19.chr21     16522435 7 +  48129895 TATTTCT
s panTro2.chr21  15242168 7 +  46489110 TACTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782526 7 +  48394510 TATTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661356 7 - 196418989 TATTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-87204.000000
s hg19.chr21     16522442 35 +  48129895 AAAAAGGAGAGACTAAATAAATGGTTTTAAAATAA
s panTro2.chr21  15242175 35 +  46489110 AAAAAGGAGAGACTGCAGAATTGGTTTTAAAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782533 35 +  48394510 AAAAAGGAGAGACTAAAGAATTGGTTTTAAAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661363 35 - 196418989 AAAACGGAGAGACTAAAGAATTGGTTTTAAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-128246.000000
s hg19.chr21     16522477 18 +  48129895 GCACAAGTTACTACTACT
s panTro2.chr21  15242210 18 +  46489110 GCACAAGTTACTACTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782568 18 +  48394510 GCACAAGTTACTACTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661398 18 - 196418989 GCACAAGTTAGTACTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68535.000000
s hg19.chr21     16522495 24 +  48129895 TTGCTTATTTTTGTTACAATTGCT
s panTro2.chr21  15242228 24 +  46489110 TTGCTTATTTTTGTTACAATTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782586 24 +  48394510 TTGCTTATTTTTGTTACAATTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661416 24 - 196418989 TTGCTTATTTTTGTTATAATTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-70662.000000
s hg19.chr21     16522519 22 +  48129895 CAATAATAGATGTGATTGATAA
s panTro2.chr21  15242252 22 +  46489110 CAATAATAGATGTGATTGATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782610 22 +  48394510 CAATAATAGATGTGATTGATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661440 22 - 196418989 TAATAATATATGTGATTGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=171686.000000
s hg19.chr21     16522541 21 +  48129895 TATGATAATATAGATAAATCA
s panTro2.chr21  15242274 21 +  46489110 TATGATAATATGGATAAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782632 21 +  48394510 TATGATAATATAGATAAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661462 21 - 196418989 TATGATAATATAGATAAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=393468.000000
s hg19.chr21     16522562 83 +  48129895 GGAGCATTCTACTTAAATGGGTCTCTTCCCCAGGAATAATTATTTTCTAGAAGGTTGTGCCTGAAAAGGTTGGTGTAGTTGGG
s panTro2.chr21  15242295 83 +  46489110 GGAGCATTCTACTTAAATGGGTCTCTTCCCCAGGAATAATTATTTTCTAGAAGATTGTGCCTGAAAAGGCTGGTGTAGTTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782653 83 +  48394510 GGAGCATTCTATTTAAATGAGTCTCTTCCCCAGGAATAATTATTTTCTAGAAGGTTGTGCCTGAAAAGTTTGTTGTAGTTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661483 83 - 196418989 GGAGCATTCTACTTAAATGAGTCTCTTCCCCAGGAATAATTACTTTCTAAAAGGTTGTACCTGAAAAGGTTAGTGTAGTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-14683.000000
s hg19.chr21     16522645  35 +  48129895 TGCTGTA------------------------------------------------------------------------------------tttctttctttc-------------ttttttggagatggag
s panTro2.chr21  15242378  31 +  46489110 TGCTGTA------------------------------------------------------------------------------------tttctttcttt-----------------tttggagatgtag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782736  45 +  48394510 TGCTGTA------------------------------------------------------------------------------------tttctttctttct---tttttttttttttttggagatggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661566 132 - 196418989 TGCTGTATTTCtccttccttccttcctttcttccttccttccttccttccttccttccttccttccttccttccttccttccttctttctctttctttctttctctctttctttctttctttcAagatggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39844.000000
s hg19.chr21     16522680 55 +  48129895 tctcgctctgtcaaccatgctggagttcagtggtgcgatcttggttcactgcagc
s rheMac2.chr3  164661698 55 - 196418989 tcttgctctgtcacccaggctggagtgctgtggtgcagtctcggttcactgcagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782781 55 +  48394510 tctcgctctgtcacccaggctggagtgcagtggtacgatcttggttcactgcagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15242409 55 +  46489110 tctcgctctgtcacccatgctggagtgcagtggtgcgatcttggttcactgcagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=107862.000000
s hg19.chr21     16522735 132 +  48129895 ctcccactcccgggttctagcaattctcctgcctcagcctcctgggtagctaggtttacaggcatatgccaccacgcctggctaatttctgtatttttagtacagac-ggggtttcaccatgttgaccaggtt
s rheMac2.chr3  164661753 133 - 196418989 ctctgcctcccgagttctagcaattctcctgcctcagcctcctgggtagctaggtttacaggcacatgccaccacgcttggctaatttttgtatttttagtatagacaggggtttcaccatgttgaccaggct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782836 132 +  48394510 ctccccctcccgggttctagcaattctcctgcctcagcctcctgggtagctaggtttacaggcatatgccaccatgcctggctaatttttgtatttttaggacagac-ggggtttcactatgttgaccaggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15242464 132 +  46489110 ctccccctcccgggttctagcaattctcctgcctcagcctcctgggtagctaggtttacaggcatacgccaccacacctggctaatttctgtatttttagtacagat-ggggtttcaccatgttgaccaggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39988.000000
s hg19.chr21     16522867 35 +  48129895 ggtctcgaactcctgacctcaggtg----atccactttg
s rheMac2.chr3  164661886 39 - 196418989 ggtctcaaactcctaacctcaggtgatccattcaccttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14782968 39 +  48394510 ggtctcgaactcctgacctcaggtggtccacccaccttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15242596 35 +  46489110 ggtctcgaactcctgacctcaggtg----atccactttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=49285.000000
s hg19.chr21     16522902 35 +  48129895 gtctcccaaagtgttaggattacaggcgtgagcca
s panTro2.chr21  15242631 35 +  46489110 gtctcccaaagtgctaggattacaggcatgagcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783007 35 +  48394510 gtctcccaaagtgctaggattacaggtgtgagcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661925 35 - 196418989 gtctcccaaagagctagaattacaggcatgagcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1356351.000000
s hg19.chr21     16522937 94 +  48129895 TAGGTGCTGTATTTCATCTTAACTTCTGTTTCTGATGACCAGGTAAAGACGACATAATAAAAGAACTAGGGACTACATTGACAATAGGGCATGA
s panTro2.chr21  15242666 94 +  46489110 TAGGTGCTGTATTTCATCTTAACTTCTGTTTCTGATGACCAGGTAAAGACGACATAATAAAAGAACTAGGGACTACATTGACAATAGGGCATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783042 94 +  48394510 TAGGTGCTGTATTTCATCTTAACTTCTGTTTCTGATGACCAGGTAAAGATGACATAATAAAAGAACTAGGGACTACATTGACAATAGGGCATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164661960 94 - 196418989 TAGGTGCTGTATTTCATCTTAACTTCTGTTTCTGATGACCAGGTAAAGATGACATAATAAGACAACTAGGGACTACATTGACAATAGAGTGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=463187.000000
s hg19.chr21     16523031 32 +  48129895 AGAAAATTCTTATACTCTAGCCTTGCTCATTT
s panTro2.chr21  15242760 32 +  46489110 AGAAAATTCTTATACTCTAGCCTTGCCCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783136 32 +  48394510 AGAAAATTCTTATACTCTAGCCTTGCTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662054 32 - 196418989 AGAAAATTCTTACACTCTAGCCTTGCTCATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1120866.000000
s hg19.chr21     16523063 100 +  48129895 TGTTGCAATAAAAACAAACAAACTGAACAATGTGATATGTTTCTGGAATAGGTGGAGGAAAGACAATGGCTTTTTTCAGAGAGAGGTGTTGCATTTATTT
s rheMac2.chr3  164662086 100 - 196418989 TGTTGCAATAAAAACAAACAAACTGAACAATGTGATATGTTTCTGGAATAGGTGGAGGAAAGACAATGGCTTTTTTCAGACAGAGGTGTTGCATTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783168 100 +  48394510 TGTTGCAATAAAAACAAACAAACTGAACAATGTGATATGTTTCTGGAATAGGTGGAGGAAAGACAATGGCTTTTTTCAGACAGAGGTGTTGCATTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15242792 100 +  46489110 TGTTGCAATAAAAACAAACAAACTGAACAATGTGATATGTTTCTGGAATAGGTGGAGGAAAGACAATGGCTTTTTTCAGACAGGGGTGTTGCATTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6400702.000000
s hg19.chr21     16523163 195 +  48129895 GAGTTAATCCTGAAGTTCTCTGAAATTTGGCAATGGTAGTTTTATGTTTCAATTCAGTGACTGCTGTTTAAACTGCAGGATTGATGCACAAATGATCCATAACACATTTTGGCATATTAAATCATCTTCACAGTTCTAATACATCATGAAACCCAATTTACATATAACGTAGGCACAGAAGATGAAAAGCTGAGA
s panTro2.chr21  15242892 195 +  46489110 GAGTTAATCCGAAAGTTCTCTGAAATTTGGCAATGGTAGTTTTATGTTTCAATTCAGTGACTGCTGTTTAAACTGCAGGGTTGATGCACAAATGATCCATAACACATTTTGGCATATTAAATCATCTTCACAGTTCTAATACACCATGAAACCCAATTTACATATAACGTAGGCACAGAAGATGAAAAGCTGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783268 195 +  48394510 GAGTTAATCCTAAAGTTCTCTGAAATTTGGCAATGGTAGTTTTATGTTTCAATTCAGTGACTGCTGTTTAAACTGCAGGGTTGATGCACAAATGATCCATAACACATTTTGGCATATTAAATCATCTTCACAGTTCTAATACACCATGAAACCCAATTTACATATAACGTAGGCACAGAAGATGAAAAGCTGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662186 195 - 196418989 GAGTTAATCCTAAAGTTCTCTGAAATTTGGCAATGGTAGTTTTATGTTTCAATTCAGTGACTGCTGTTTAAACTGCAGGGTTGAGGCACAAATGATCCATAACACATTTTGGCATATTCAATCATCTTCACAGTTCTAATACACCATGAAACCCAATTTACATATAACGTAGGCACAGAGGATGAAAAGCTGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3543527.000000
s hg19.chr21     16523358 103 +  48129895 ACAGACCCCTGTTTCAAAAGGCATCAGGCACACTACTTTATTTTCTTGAAGCTCCAGTAACTTCTATAAATCCATCGCTGGAAAAGGTTATTAAACTGCCAGG
s panTro2.chr21  15243087 103 +  46489110 ACAGACCCCTGTTTCAAAAGGCATCAGGCACACTACTTTATTTTCTTGAAGCTCCAGTAACTTCTATAAATCCATCGCTGGAAAAGGTTATTAAACTGCCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783463 103 +  48394510 ACAGACCCCTGTTTCAAAAGGCATCAGGCACACTACTTTATTTTCTTGAAGCTCCAGTAACTTCTATAAATCCATCGCTGGAAAAGGTTATTAAACTGCCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662381 103 - 196418989 ACAGACCCCTGTTTCAAAAGGCATCAAGCACACTACTTTATTTTCTTGAAGCGCCAGTAACTTCTATAAATCCGTTGCTGGAAAAGGTTATTAAACTGCCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1544728.000000
s hg19.chr21     16523461 96 +  48129895 CCCTTCTTCTTTCTTCTCAATCTTTAATTCCCCTCCTCTTCTCACATGCCATATGGAAACTCTTCTCTCCCCCTCCCA--TTTTTTTTTCATTTTTAT
s panTro2.chr21  15243190 96 +  46489110 CCCTTCTTCTTTCTTCTCAATCTTTAATTCCCCTCCTCTTCTCACATGCCATATGGAAACTCTTCTCTCCCCCTCCCA--TTTTTTTTTCATTTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783566 95 +  48394510 CC---CTTCTTTCTTCTCAATCTTTAATTCCCCTCCTCTTCTCACATGCCATATGGAAACTCTTCTCTCCCCCTCCCATTTTTTTTTTTCATTTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662484 95 - 196418989 CCCTTCTTCTTTCTTCTCAATCTTTAATTCCCCTCCTCTTTTCACACGCCATATGGAAACTCTTCTCTCCCCCTCCCA---TTTTTTCCCCTTTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=854254.000000
s hg19.chr21     16523557 46 +  48129895 TCCACAGCTCCTTTCCCTTGAGCTGAATCTCTCAAAGTCATGGACC
s panTro2.chr21  15243286 46 +  46489110 TCCACAGCTCCTTTCCCTTGAGCTGAATCTCTCAAAGTCATGGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783661 46 +  48394510 TCCACTGCTCCTTTCCCTTGAGCTGAATCTCTCAAAGTCATGGACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662579 46 - 196418989 TCCACAGCTCCTTTCCCTTGAGCTGAATCTCTCAAAATCATGGACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224801.000000
s hg19.chr21     16523603 76 +  48129895 ATGATAAACATAATTTTTCTCTTTCTGTTTAAACTTGTAATGTATTTGGATTTTACAATTTTATTTATTTA-TTTTT
s panTro2.chr21  15243332 76 +  46489110 ATGATAAACATAATTTTTCCCTTTCTGTTTAAACTTGCAATGTATTTGGATTTTACAATTTTATTTATTTA-TTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783707 77 +  48394510 ATGATAAATATAATTTTTCTCTTTCTGTTTAAACTTGTAATGTATTTGGGTTTTACaattttatttatttatttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662625 70 - 196418989 ATGACAAACGTAATTCTTCTCTTTCTGTTTAAACTTGTAATGTATTTGGATTTTACAATTTTATT-------TTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=727408.000000
s hg19.chr21     16523679 81 +  48129895 GTCTATGGTAGCTGTGACATAGCAATAGATGTAGTGGACAAGAAGGCAGCTTCATCAGATTCTGGATCTGATCTTAGAAAT
s panTro2.chr21  15243408 81 +  46489110 GTCTATGGTAGCTGTGACATAGCAATAGATGTAGTGGGCAAGAAGGCAGCTTCATCAGATTCTGGATCTGATCTTAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783784 79 +  48394510 GTCAGTGGTAGCTGCGAC--AGCAATAGATGTAGTGGACAAGAAGGCAGCTTCATCAGATTCTGGATCTGATCTTAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662695 81 - 196418989 GTCTATGGGGGCAGTGACATAGCAATAAATGTAGTGGACGAGAAGGCAGCCTCATCATATTCTGGATCTGACCTTAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1050352.000000
s hg19.chr21     16523760 70 +  48129895 GTAGCACCTGGATAATAACACAAGGTCAAAGTGTGACCAGTAGGCACGATGTGCCATTATGTCATAATAT
s panTro2.chr21  15243489 70 +  46489110 GTAGCACCTGGATAATAACACAAGGTCAAAGTGTGACCAGTAGGCACGATGTGCCATTATATCATAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783863 70 +  48394510 GTAGCACCTGGATAATAACACAAGGTCAAAGTGTGACCAGTAGGCACGATGTGCCATTATATCATAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662776 70 - 196418989 GTAGCACCTAGATAACAACACAAGGCCAAAGTGTGATCAGTAGGCATGATGTGCCATTATACCATAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=222402.000000
s hg19.chr21     16523830 21 +  48129895 CAATTTCTACTGTCATTATAG
s panTro2.chr21  15243559 21 +  46489110 CAATTTCTACTGTCATTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783933 21 +  48394510 CAATTTCTACTGTCATTATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662846 21 - 196418989 CAATTTCTATTGTCATTATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=631121.000000
s hg19.chr21     16523851 55 +  48129895 ACAATAGACTTTCAGCCTACCATCCAGGTATTATGAGCTATATGGTATACAGCCA
s panTro2.chr21  15243580 55 +  46489110 ACAATAGACTTTCAGCCTACCATCCAGGTATTATGAGCTATGTGGTATACAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14783954 55 +  48394510 ACAATAGACTTTCAGCCTACCATCCAGGTATTATGAGCTATATGGTATACAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662867 55 - 196418989 ACAATAGACTTTCAGCCTACCATCCAATTATTATGAGCTGTATGGTATATAGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=563549.000000
s hg19.chr21     16523906 26 +  48129895 AAGACATCACAGGATGGACAGAGTGC
s panTro2.chr21  15243635 26 +  46489110 AAGACATCACAGGATGGACAGAGTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784009 26 +  48394510 AAGACATCACAGGATGGACAGAGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662922 26 - 196418989 AAGACATCACAGGATGGACAGAGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1765121.000000
s hg19.chr21     16523932 73 +  48129895 AAAAACTGGCTTCCACCACATCTCAGAATAAATAATTCCTTTGAATTAGATCAGTAAATATTAAAATATTACT
s panTro2.chr21  15243661 73 +  46489110 AAAAACTGGCTTCCACCACATCTCAGAATAAATAATTCCTTTGAATTAGATCAGTAAATATTAAAATATTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784035 73 +  48394510 AAAAATTGGCTTCCACCACATCTCAGAATAAATAATTCCTTTGAATTAGATCAGTAAATATTAAAATATTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164662948 73 - 196418989 AAAAACTGGCTTCCGCCACATCTCAGAATAAATAATTCCTTTGAGTTAGATCAGCAAATACTAAAATATTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2523616.000000
s hg19.chr21     16524005 90 +  48129895 TAATCATGTCTCTTAGAAAAAATAATGAGAATGTTTTATGTTCTATTAGAATTAAAATCAATGTCCTCTACCATCATTGTCAGTTGCTTG
s panTro2.chr21  15243734 89 +  46489110 TAATCATGTCTCTTAGAAAAAATAATG-GAATGTTTTATGTTCTATTAGAATTAAAATCAATGTCCTCTACCATCATTGTCAGTTGCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784108 90 +  48394510 TAATCATGTCTCTCAGAAAAAATAATGAGAATGTTTTATGTTCTATTAGAATTAAAATCAGTGTCCTCTACCATCATTGTCAGTTGCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663021 90 - 196418989 TAATCATGTCTCTTAGAAAAAATAATGAGAATGTTTTATGTTCTATTAGAATTAAAATCAATGTCCTCAACCATCATTGTCAGTTGCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=592239.000000
s hg19.chr21     16524095 31 +  48129895 GCACTAGATAAAAAAGGCATTGTGTCTGCCA
s panTro2.chr21  15243823 31 +  46489110 GCACTAGACAAAAAAGGCACTGTGTCTGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784198 31 +  48394510 GCACTAGATAAAAAAGGCATTGTGTCTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663111 31 - 196418989 GCACTAGATTAAAAAGGCATTGTGTCTGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=555552.000000
s hg19.chr21     16524126 25 +  48129895 AAATTTTCCTTTCCTCCAGGGTCCT
s panTro2.chr21  15243854 25 +  46489110 AAATTTTCCTTTCCTCCAGGGTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663142 25 - 196418989 AAATTTTCCTTTCCTCCAGGGTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1073499.000000
s hg19.chr21     16524151 62 +  48129895 TAGATcagggtttctcaactttggcactatgtgcgttttggggtagatcattatttgttttg
s panTro2.chr21  15243879 62 +  46489110 TAGATcagggtttctcaactttggcactatgtgcgttttggggtagatcattgtttgttttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784254 62 +  48394510 TAGATcagggtttctcaactttggcactatgcgtattttggggcagatcattgtttgttttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663167 62 - 196418989 TAGATcagggtttctcaattttggcactatgcatattttggggcagatcattgtttgttttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=530428.000000
s hg19.chr21     16524213 55 +  48129895 gaggtttgtttggaggttgcaaaatagttagcattatgcttggcctatgctccct
s panTro2.chr21  15243941 55 +  46489110 gaggtttgtttggaggttgcagaatagttagcagtttgcttggcctatgctccct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784316 55 +  48394510 gaggtttgtttggaggttgcagaatagttagcagcatgcctgtcctatgctccct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663229 55 - 196418989 gaggtttgtttggaggttgcagaatagtgagcggcatgcccggcctctgctccct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-171354.000000
s hg19.chr21     16524268 17 +  48129895 atgtgccaggagcatcc
s panTro2.chr21  15243996 17 +  46489110 atgtgccaggagcatcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663284 17 - 196418989 atgtgcccggtgcagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-37542.000000
s hg19.chr21     16524285 14 +  48129895 actgtagttgtgac
s panTro2.chr21  15244013 14 +  46489110 actgtagttgtgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16524299 74 +  48129895 accacaaaagtctctagacattgtcaaatatctcctgaggcgcaaaatctctcccagttgagcaccaccgTCCT
s panTro2.chr21  15244027 74 +  46489110 accacaaaagtctctagacattgtcaaatatctcctgaggcacaaaatctctcccagttgagcaccaccgTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784402 74 +  48394510 accacaaaagtctctagacattgtcaaatatctcctgaggggcaaaatctctcccagttgagcaccacCACCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663315 73 - 196418989 accacaaac-tctctagacattgtcaaatatctcctgagggacaaaatctctcccagcggagcaccacAGTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16524373 28 +  48129895 AGATCTATAAGGCATGGATCTTTCATCT
s panTro2.chr21  15244101 28 +  46489110 AGATCTATAAGGCATGGATCTTTCATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=197228.000000
s hg19.chr21     16524401 32 +  48129895 CCTATTTCTTTTTCTCCTCTTGTTTTATGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784504 32 +  48394510 CCTATTTCTTTTTCTCCTCTTGTTTTATGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663416 32 - 196418989 CCTATTTCTTTTTCTCCTCTTGTTTTATGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-42589.000000
s hg19.chr21     16524433 84 +  48129895 CAGGCTAATCCCTGCCCCAAGCGATATCTACCTGTCCCCACCTCCCCACATCCTCTTGGTTTTCTGAAATAGATTAATAACAGA
s panTro2.chr21  15244161 84 +  46489110 CAGGCTAATCCCTGCCACAAGCGATATCTACCTATCCCCACCTCCCCACATCCTCTTGGTTCTCTGAAATAGATTAATAACAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784536 52 +  48394510 CAGGCTAATCCCCACCCCAAGCGATATCTACCTATCCCCACCT--------------------------------GATAACAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663448 52 - 196418989 CAGGCTAATCCCTGCCCCGAGCAATATCTACCTATCTCCACCT--------------------------------AATAGCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=419369.000000
s hg19.chr21     16524517 108 +  48129895 CCCTCTCCACATCCTCTTGGTTCTCTGAAATAGATTATTGGTTACCTGAAACTATCTTTGAAATGCCTGTGTAAACCACAACAGATTCCCTTGGGCCTCAAGGGAGTC
s panTro2.chr21  15244245 108 +  46489110 CCCTCTCCACATCCTCTTGGTTCTCTGAAATAGATTATTGGTTACCTGAAACTATCTTTGCAATGCCTGTGTAAACCACAACAGATTCCCTTGGGCCTCAAGGGAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784588 108 +  48394510 CCCTCCCCACATGCTCTTGGTTCTCTGAAATAGATTATTGGTTACCTGAAACTATCTTTGCAATGCCTGTGTAAACCACAGCAGATTCCCTTGGGCCTCAAGGGAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663500 108 - 196418989 CCCTCCCCTCATCCTCTTGGTTCTCTGAAATAGGTTATTGGTTACCTGAAACTATCTTTGCAATGCCCGTGTAAACCACAACAGATTCCCTTGGGCCTCAAGGGAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=311909.000000
s hg19.chr21     16524625 23 +  48129895 ACAGAAAAGTCTGAAGCAATGTA
s panTro2.chr21  15244353 23 +  46489110 ACAGAAAAGTCTGAAGCAATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784696 23 +  48394510 ATAGAAAAGTCTGAAGCTATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663608 23 - 196418989 ATAAAAAAGTCTGAAGCAATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175028.000000
s hg19.chr21     16524648 50 +  48129895 GAAAAAAATAAAGTAGCTAGAAAGTGTGAGGAATGTCTGTCTAGCTCTCT
s panTro2.chr21  15244376 50 +  46489110 GAAAAAAATAAAGTAGCTAGAAAGTGTGAGGAATGTCTGTCTAGCTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784719 50 +  48394510 GAAAAAAATAAAGTAGCTAGAAAGTGTGAGGAATGTCTGTCTAGCTATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663631 50 - 196418989 GAAAAAAATAAAGTAGCTAGAAAGTGTGAGGAATGTCTGTCTAGCTATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1328561.000000
s hg19.chr21     16524698 98 +  48129895 AGGTTGCTGTATTGGGGAATCAAGTTTACATTGGCTGCTAAGGTTTGACTATCTGGGACAATTTGAAAGTAATATTATGGGGTTAGCTTGAAACTCCC
s panTro2.chr21  15244426 98 +  46489110 AGGTTGCTGTATTGGGGAATAAAGTTTACATTGGCTGCTAAGGTTTGACTATCTGGGACAATTTGAAAGTAATATTATGGGGTTAGCTTGAAACTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784769 98 +  48394510 AGGTTGCTGTATTGGGGAATCAAATTTACATTGGCTGCTAAGGTTTGACTATCTGGGACAATTTGAAAGTAATATTATGGGGTTAGCTTGAAACTCCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163245.000000
s hg19.chr21     16524796 26 +  48129895 CTGAAGAATAAAGGACCCAAGTTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784867 26 +  48394510 CTGAAGAATAAAGGACCCAAGTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2274237.000000
s hg19.chr21     16524822 206 +  48129895 ATCCCACAAAACTTTTCTTCTTGTGGAAGCTTAAAACTCTTATTGATTTCCTATGAAAATTATTCACCTTGGATATTCCATAACCTTTAAAAATTATCTAAACCTTCTAAGTCCCACCCTGCTTGGCCTACTTACTTTCAGCAGGTGACCACATCTTTGATTTTAAACTATGGAAATTGAGGAGAAGATCCGACTCACCCTGACAT
s panTro2.chr21  15244550 206 +  46489110 ATCCCACAAAACTTTTCTTCTTGTGGAAGCTTAAAACTCTTATTGATTTCCTATGAAAATTATTCACCATGGATATTCCATAACCTTTAAAAATTATCTAAACCTTCTAAGTCCCACCCTGCTTGGCCTACTTACTTTCAGCAGGTGACCACATCTTCGATTTTAAACTATGGAAATTGAGGAGAAGATCCGACTCACCCTGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14784893 206 +  48394510 GTCCCACAAAACTTTTCTTCTTGTGGAAGCTTAAAACTCTTATTGATTTCCTATGAAAATTATTCATCATGGATATTCCATAACCTTTAAAAATTATCTAAACCTTTTAAGTCCCACCCTGCTTGGCCTACTTACTTTCAGCAGGTGACCACATCTTTGACTTTAAACTATGGAAATTGAGGAGAAGATCCGACTCACCCTGATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164663805 205 - 196418989 AACCCACAAAAC-TTTCTTCTTGTGGAAGCTTAAAACTCTTATTGATTTCCTGTGAAAATTATTCATCATGGATATTCCATAACATTTAAAAATTATCTAAACCCTTTAAGTCCCACCCTGCTTGGCCTACTTACTTTCAGCGGGTGACCACATCTTTGATTTTAAACTATGGAAATTGAGGAGAAGATCCGACTCACCCTGACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164904.000000
s hg19.chr21     16525028 110 +  48129895 CAGCTTTCTTTTTAAAACTTCTTCCTTTGTTCCTTAAAATATCTCTTTTTCCTACCTCTCAGCTACACTTGTCATTTCCCCATTCCTTCCCTTTACTTCTTATGGTTGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785099 110 +  48394510 CAGCTTTCTTTTTATAACTTTTTCCTTTGTTCCTTAAAATATCTCTTTTTCCTACCTCTCAGCTACACTTGTCATTTCCCCATTCCTTCCCTTTACTTCTTATGGTTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164664010 109 - 196418989 CAGCTTTCTTTTTAAAAGTTTTTCCTTTGTTCCTTAAAATATCTCTTTTTCTT-CTTCTCAGCTACACTTGTCATTTCTCCATTCCTTCCCTTTCCTTCTTATGGTTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=542288.000000
s hg19.chr21     16525138 48 +  48129895 TCCGGTTTCATTGGCTGAGATTGTTCTCCTTTTTAAAACTAGCCCCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1167032.000000
s hg19.chr21     16525186 152 +  48129895 GAACTGTATCTATGACCTTCAGCCTCTTATTATCTGCTTTCTTTACATCTTCCAAAGATGGTACCATCTTATTGGTACCTTTTACTTTTATTGGTACCTTCCACTGAGTCTACAAATATCACTGCCCGGCTTACCAGTTTGCCTATCCATTA
s panTro2.chr21  15244914 152 +  46489110 GAACTGTATCTATGACCTTCAGCCTCTTATTATCTGCTTTCTTTACATCTTCCAAAGATGGTACCATCTTATTGATACCTTTTACTTTTATTGGTACCTTCCACTGTGTCTACAAATATCACTTCCCGGCTTACCAATTTGCCTATCCATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785257 152 +  48394510 GAACTGTGTCTATGACCTTCAGCCTCTTATTATCTACTTTCTTTACGTCTTGCAAAGATGGTACCTTCTTATTGGTACCTTTTACTTTTATTGGTACCTTCTACTGTGTCTACAAATATCACTGCCCACCTTACCAATTTGCCTACCCATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164664167 133 - 196418989 GAACTGTGTCTAAGACCTTGAGTCTCTTATTATCTACTTTCTTTACATCTTCCAAAGACGGTAACTTC-------------------TTATTGGTACCTTCCACTGTGTCTACAAATATCACTGCCCACCTTACCGATTTGCCTATCCATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=231743.000000
s hg19.chr21     16525338 73 +  48129895 CCACAAGcttttctctcgtagtctctccatctcctttctgtcttttctctttcctttccttttctCCCAACAG
s panTro2.chr21  15245066 73 +  46489110 CCACAAGcttttctcttgtagtctctccatctcctttctgtcttttctctttcctttccttttctCCCAACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785409 73 +  48394510 CCACAAGcttttctctcatagtctctccatctcctttctgtcttttctctttcctttccttttctCCCAACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164664300 73 - 196418989 CCACAAGCTTTTCTCTCGTAGTCTCTCCATCTCCTTTCTGTCTTTTCTCTTTCCTTTCCTTTTCACCCAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=279304.000000
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s panTro2.chr21  15245139 71 +  46489110 ATGTCTCAAAAAAATAACCTATGCTCCTCACTTTAACTCTATGCCTCCCACACCTTGAATCTCTTGCATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785482 71 +  48394510 ATATCTCAAAAAAATAACCTATGCTCCTCACTTTAACTCTATGCCCCCCACACCTTGAATCTCTTGCATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164664373 71 - 196418989 ATGTCTCGAAAGAAGAACCTATGCTTCTCACTTTAACTCTGTGCCTCCCACACCTTGAATCTCTTGCATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=590140.000000
s hg19.chr21     16525482 65 +  48129895 TTGTTTCTATCTTCACAAATATGCTGAAATTGTTCTTGCTGTTTAACAGTGACAATTTAACCATT
s rheMac2.chr3  164664444 65 - 196418989 TTGTTTCCGTCTTCACAAATACACCAAACTTGTTCCTTCTGTTTAACACTGACAATTCAACCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785553 65 +  48394510 TTGTTTCCATCTTCACAAATACGCTGAAATTGTTCTTGCTGTTTAACAGTGACAATTCAACCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15245210 65 +  46489110 TTGTTTCTATCTTCACAAATATGCTGAAATTGTTCTTGCTGTTTAACAGTGACAATTCAACCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=428765.000000
s hg19.chr21     16525547 56 +  48129895 GAACCTATGGAATTTTTAAGCCTTAATATTTGGAGATTTGACACTATGGTCACTTT
s panTro2.chr21  15245275 56 +  46489110 GAACCTACGGAATTTTTAAGCCTTAATATTTGGGGATTTGACACTATGGTCACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785618 56 +  48394510 GAACCTACGGAATTTATGAGCCTTAATATTTGGGGATTTGACACTATGGTCAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164664509 56 - 196418989 GAACCTACCGAATTTTTGAAACTTAACATTTGGGGATTTGACACTGTGATCACGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179046.000000
s hg19.chr21     16525603 33 +  48129895 CTTGGTTTTTCAAACGTTCTTACATCCTCCTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1485790.000000
s hg19.chr21     16525636 161 +  48129895 TTTTTTATCTGTTACCTTTACTGTTTCTTTTCCCTGCTCTTGTCGCCTAGTACTCTAGGCAAATTAACTCAAGCTTCAGATGTCTGCTTTTCTGTCTAATGTATCCAGTCCTGAACACCACTTCCATTCAGAGATGCCAATGTTGTTATAAAAATAAATTT
s panTro2.chr21  15245364 161 +  46489110 TTTTTTATCTGTTACCTTTACTGTTTCTTTTCCCTGCTCTTGTCTCCTAGTACTCTAGGCAAATTAACTCAAGCTTCAGATGTCTGCTTTTCTGTCTAATGTATCCAGTCCTGAACAGCACTTCCATTCAGAGATGCCAATGTTGCTATAAAAATAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785707 160 +  48394510 TTTTTTATCTGTTACCTTTACTGTTTCTTTTCCCTGCTCTTGT-TCCTAGTACTCTAGGCAAATTAACTCAAGCTTCAGATGTCTGCTTTTCTGTCTAATGTATCCAGTCCTGAACAGCACTTCCATTCAGAGATGCCAATGTTGCTATAAAAATAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16525797 78 +  48129895 AGTGACTTCCTCTTAACTTAGAAGTGGCATCCATTCTCCTCTTTATATGATTCTTTTTTCAGAGTGGGACAATGTCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785867 78 +  48394510 AGTGACTTCCTCTTAACTTAGAAGTGGCATCCATTCTCCTCTTTATATGATTCTTTTTTCAGAGTGGGACAATGCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164664759 78 - 196418989 AGTGACTTCCTCTTAACTTAGAAGTGGCATCCATTCTCCTCTTTATATGATTCTTTTTTCAGAGTGGGACAGTGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16525875 17 +  48129895 TAATCACCTAGAGTGGA
s panTro2.chr21  15245603 17 +  46489110 TAATCACCTAGAGTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=882485.000000
s hg19.chr21     16525892 74 +  48129895 ACCTTTGGAACTTAGAGACCTATTTGGCCCAAGCAACAGGGCTATAATTTCATGATCCTACCAGACCCTTTATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14785962 74 +  48394510 ACCTTTGGAACTTAGAGACCTATTTGGCCCAAACAACAGGGCTATAATTTCATGAGCCTACCAGGCCCTTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164664854 74 - 196418989 ACCTTTGGAACTTAGAGACCAATTTGGCCCAAGCAGCAGGGCTATAATTTCATGATCCTACCAGGCCCTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=268656.000000
s hg19.chr21     16525966 88 +  48129895 ATAAATACTGATGCTAAGCTGAAAGGAAGTAGAAGTTTTGGAAGGGGGGCATATATTAGAGCAGGAATTTTTGCCAGCAGGAGTCTAT
s panTro2.chr21  15245694 88 +  46489110 ATAAATACTGATGCTAAGCTGAAAGGAAGTAGAAGTTTTGGGAGGGGGGCATATATTAGAGCAGGAATTTTTGCCAGCAGGAGTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786036 88 +  48394510 ATAAATACTGATGCTAAGCTCAAAGGAAGCAGAAGTTTTGGGAGGGGGGCATATATTAGAGCAGGAATTTTTGCCAGCAGGAGTCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164664928 88 - 196418989 ATAAATACTGATGCTAATCTCAAAGGAAGTAGAAGTTTTGGGAGCAGGGCATAGATTAGAGCAGGAATGTTTGCCAGCAGGAGTCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15245782 62 +  46489110 TATATAGATATAACAGTGTGCATGTGCAAGGGTGGGTGATGGGGAAGAAATTGGCAAATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164665016 62 - 196418989 TATATAGATATAACAGTGTGCCTGTGCAAGGGTGGGTGATGGGGAAGAAACTGGCAAATCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786186 43 +  48394510 gagtaatatttaaaaatgtaacagtcaaaagtaactatatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164665078 43 - 196418989 AAGTGGTATTTAAAAATGTAACAGTCAAAAGTAACTATATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90316.000000
s hg19.chr21     16526157 35 +  48129895 ATATCTAGAAATTTATAGATCAGTGCAAAAATCAT
s panTro2.chr21  15245885 35 +  46489110 ATATCTAGAAATTTATAGATCAGTGCAAAAATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164665121 35 - 196418989 Atatctagaaatttatagatcagtgcaaaaatcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=48721.000000
s hg19.chr21     16526192 21 +  48129895 CCAGGAGATTGAAATTAGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=425941.000000
s hg19.chr21     16526213 60 +  48129895 TGGAAAAAGAAAAATTGAAGGATCTGATGAAGCCTGATTTAATTGTAGTAAGTATTTAGA
s panTro2.chr21  15245941 60 +  46489110 TGGAAAAAGAAAAATTGAAGGATCTGATGAAGCCTGATTTAATTGTAGTAAGTATTTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786285 60 +  48394510 tggaaaaaggaaaattgaaggatctgatgaagcctgatttaattgtagtaagtatttaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164665177 60 - 196418989 tggaaaaagaaaaatggaaggatctgatgaagcctgatttaattgtcataagtatttaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=382848.000000
s hg19.chr21     16526273 71 +  48129895 ATTCATCGACCCTTTAAATTACGTACGTGTAAATAAAATCCGCATACCTAACTAATAAGCAATATCATCAG
s panTro2.chr21  15246001 71 +  46489110 ATTCATCGACCCTTTAAATTATGTACGTGTAAATAAAATCCGCATACCTAACTAATAAGCAATATCATCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786345 71 +  48394510 attcatcggccctttaaattatgcacgtgtaAATAAAATCTGCATACCTAACTAATAAGCAATACCATCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=308244.000000
s hg19.chr21     16526344 48 +  48129895 CATTAATAGTTAACTATGAGAAATAGAGAAGAATGCAGGATGTAACAT
s panTro2.chr21  15246072 48 +  46489110 CATTAATAGTTAACTATGAGAAATAGAGAAGAATGCAGGATGTAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786416 48 +  48394510 CATTAATAGTTAACTATGAGAAATAGAGAAGAATGCAGGACGTAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=312233.000000
s hg19.chr21     16526392 58 +  48129895 AAAGAAAACTTCTTGCTGTGTAGAAGCTTTCTGGGCTAGATGGAAGAGTCTGAAAAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786464 58 +  48394510 AAAGGAAACTTCTTGCTGTGTAGAAGCTTTCTGGGCTAGATGGAAGAGTCTGAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15246120 58 +  46489110 AAAGAAAACTTCTTGCTGTGTAGAAGCTTTCTGGGCTAGATGGAAGAGTCTGAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=487308.000000
s hg19.chr21     16526450 41 +  48129895 GAGGAAGGGAAGAACAAATGAGATGAGATGCCAGCTAGGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164665413 41 - 196418989 GAGGGAGGGAAGAACAAATGAGATGAGATGCCAGCTAGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16526491 41 +  48129895 CTGATTCTCTTGATCAGTCTATATATTTGAAAGCCATGGGG
s panTro2.chr21  15246219 41 +  46489110 CTGATTCTCTTGATCAGTCTATATATTTGAAAGCCATGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786604 77 +  48394510 GTGGCTCCAGCAGCACTCATGGAGACCATGAGATGGCTTGGGAATCTTAGCACTAAGATTATTAAGTCATTGAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164665495 63 - 196418989 ATGG--------------GTGGAGACCATGAGATGGCTTGGGAATCTTAGCACTAAGATTATTAAGTCATTAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=448658.000000
s hg19.chr21     16526595 49 +  48129895 GAATATGTTCCATTTTCCACTGGGAGCGTTGGTTGCCTCCCTTCCACCT
s panTro2.chr21  15246323 49 +  46489110 GAATATGTTCCATTTTCCACTGGGAGCGTTGGTTACCTCCCTTCCACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345698.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786730 70 +  48394510 TGGCAGCCACAGCAAAGTAGAAATGGTATGTTAGGCAAAGAACAGGGCCTTAAGATATTCCCTCCACCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164665607 70 - 196418989 TGGCAGCCACAGCAAAGTAGAAATGGTATGTTAGGTAAAGAACAGGGCCTTAAGATATTCCCTCCACCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=181634.000000
s hg19.chr21     16526714 83 +  48129895 AGTTGGCATGGTATTTTGTAGAAGGAAGGAGAAAAGTTCTTACCCTGAGATCTTTTCTgggcctcactgggcctcatatttta
s panTro2.chr21  15246442 83 +  46489110 AGTTGGCATGGTATTTTGTAGAAGGAAGGAGAAAAGTTCTTACCCTGAGATCTTTTCTgggcctcactgggcctcatatttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164665677 82 - 196418989 AGTTGGCATGGTATTTTGTAGAAAGAAGAAGAAAAGTTCTTA-CCTGAGATATGTTCTAGGCCTCActgggcctcatatttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1962083.000000
s hg19.chr21     16526797 251 +  48129895 agggggtatatattggtctttttctgatcaagtcctgccctaccggaccagaagtccattggaacaaagg-acttgcccatacagaacttaactccctcccaccattctaggccatgctctggacacttgagatcctagaaactctgccaagactgccctcagcctgtatctggactttgtgtgtctcttcctgggtcta-ttgctggagggtaagtcatagcaccagtgtgtaaactcctagatctgagggg
s panTro2.chr21  15246525 252 +  46489110 agggggtatatattggtctttttctgatcaagtcctgccctaccggaccagaagtccattggaacaaagggacttgcccatacagaacttaactccctcccaccattctaggccatgctctggacacttgagatcctagaaactctgccaagactgccctcagcctgtatctggactttgtgtgtctcttcctgggtcta-ttgctggagggtaagtcatagcaccagtgtgtaaactcctagatctgagggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14786883 252 +  48394510 agggggtatatattggtctttttctgaccaagtcctgccctactggaccagaagtccactggaacaaagggacttgcccatacagaacttaactccctcccaccattctaggccatggtctggacgcttgagatcctagaaactctgccaagactgccctcagcctgtatctggactttgtgtgtctcttcctgggtcta-ttgctggagggtaagtcatagcaccagtgtgtaaactcctagatctgagggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164665759 253 - 196418989 ggggggtatatattgatctttttctgaccaagtcctgccctactggaccagaagtccattggaacaaagggacttgcccatacagaacttaactccgtcccaccattctaggccatgctctggatgcttgagatcctagatactctgccaagactgctctcagcctatatctggacttcgtgtgtctcttcctgggtctagttgctggagggtaagtcatagcaccagtgtgtaaactcctagatctgaggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137382.000000
s hg19.chr21     16527048 39 +  48129895 tggccaagaagtggttatttgtgtgtgtgttgggggagg
s panTro2.chr21  15246777 39 +  46489110 tggccaagaagtggttatttgtgtgtgtgttgggggagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14787135 39 +  48394510 tggccaagaagtggttatttgtgTGTGTGTTGGGGGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666012 39 - 196418989 tggccaagaaggagttatttgtgtgtgtgttgggggagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-15263.000000
s hg19.chr21     16527087 108 +  48129895 ggaggtggttgccatggggtaaacatgggagcttaaatatgtgtgtg--tgggggggatttccacacaagtgtgcttagggtcatggggagaaaaactagagatgggaaa
s panTro2.chr21  15246816 108 +  46489110 ggaggtggttgccatggggtaaacatgggagcttaaatatgtgtgtg--tgtgtgggatttccacacaagtgtgcttagggtcatggggagaaaaactagagatgggaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14787174  88 +  48394510 GGAGGTGGTTGCCATGGGGTAAACATGGGAGCTTAAATATGTGTGTG--TGGGGGGGATTTCCACACAAGTGTGCTTAGGGTCATGGGGA--------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 M 628
s rheMac2.chr3  164666051 109 - 196418989 ggaggtggtt-ccatgggataaacatgggagcttcaatatgtggggggtggggggagatttccacacaagtgtgcttagggtcatggggaaaaaaactagagatgggaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=69781.000000
s hg19.chr21     16527195 110 +  48129895 tgtattaatccgttctca-tgctgctatgaagaaatatctaatgggtaatttataaagaagagaggtttaattgactcacagttcagcatggctggggaggcctcaggaaa
s rheMac2.chr3  164666160 103 - 196418989 tgtattaatctgttctcattgctgctatgaagaaatactcaatgggtaacttacaaagaagagaggtttaattgactcacagttcagcatggctggggaggcc--------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15246924 110 +  46489110 tgtattaatccgttctca-tgctgctatgaagtaatatccaatgggtaatttataaagaagagaggtttaattgactcacagttcagcatggctggggaggcctcaggaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=29125.000000
s hg19.chr21     16527305  45 +  48129895 cttaaaatcatggtggagggcaccttttcacaggggggcaggaga
s panTro2.chr21  15247034  45 +  46489110 cttaaaatcatggtggagggcacctcttcacaggggggcaggaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666263  38 - 196418989 -------tcatggtggagggcacctcttcccaggggagcaggaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=18216.000000
s hg19.chr21     16527350  24 +  48129895 gagaatgagagccagcagtggaaa
s panTro2.chr21  15247079  24 +  46489110 gagaatgagagccagcagtggaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666301  24 - 196418989 gaaaatgagtgccagcagtggaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=84648.000000
s hg19.chr21     16527374 115 +  48129895 tgccagacacttat-aaaccatcagatctcatgagaactcactcactctcatgagaacagcatgtgggaaaccacccccatgattcaattacctcccactgcgtccctcccatgac
s panTro2.chr21  15247103 115 +  46489110 tgccagacacttat-aaaccatcagatctcatgagaactcactcactctcatgagaacagcatgggggaaaccacacccatgattcaattacctcccactgggtccctcccgtgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666325 116 - 196418989 tgccagacacttataaaaccatcagatctcgcgagagctcactcactatcatgagaacagcatgggagaaaacacccccgtgattcaatcacctcccactgggtccctcccatgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=21564.000000
s hg19.chr21     16527489  42 +  48129895 tcatggggattatgggaactacaattcaagatgagatttgag
s rheMac2.chr3  164666441  42 - 196418989 tcatgtggactatgggagctacaattcaagatgagatttgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15247218  42 +  46489110 tcatggggattatgggaactacaattcaagatgagatttgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=957755.000000
s hg19.chr21     16527531 160 +  48129895 tggggacacagccaaaccatatcagaaagacaatgcaaaatgggtcataaactggggtttgctttccccctgccaagacatttcagcatagaacgacaagtaatctaataattctaaattaagatgacctaagtcattataaaagtatacttgtcaaggt
s panTro2.chr21  15247260 159 +  46489110 tggggacacagccaaaccatatcagaaagacaatggaaaatgggtcataaactggggtttgctttcccc-tgccaagacatttcagcataggatgacaagtaatctaataattctaaattaagatgacctaagtcattataaaagtatacttgtcaaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666483 160 - 196418989 tggggacacagccaaaccttatcagaaagacaatggaaaatgggtcataaactggggtttgctttccccctgccaacacatttcagcatagaacgacaagtaatctaagaattctaaattcagatgacctaagtcattataaaagtatagttgtcaacgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=593417.000000
s hg19.chr21     16527691  85 +  48129895 aaaagtatagaatgtattttatttcacaatttgtttgctcaattaataatatgcaaatatttagaattaccatatgtagacctcc
s panTro2.chr21  15247419  85 +  46489110 aaaagtatagaatgtattttatttcacaatttgtttgctcaattaataatatgcaaatatttagaattaccatatgtagacctcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666643  81 - 196418989 aaaagtacacaatgtattttatttcacaa----tttgctcaattaataatatgcaaatatttagaattaccatatgtagacctcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=250941.000000
s hg19.chr21     16527776  80 +  48129895 atttgtgcttttgccctgagccctgcaagtgttatatggctggcctgGAGGAGAGATTCAGAAGCTGCTCCAGCAGTCAG
s panTro2.chr21  15247504  80 +  46489110 atttgtgctcttgccctgagccctgcaagtgttatatggctggcctgGAGGAGAGATTCAGAAGCTGCTCCAGCAGTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666724  80 - 196418989 atttgtgctcttgccctgagccctgcaagtgttatatggctggcctgGAGGAGAGATTCAGAAGCTGCTCCAGAAGTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=513738.000000
s hg19.chr21     16527856 110 +  48129895 TGGCGAGTGCTAGCATGCTGGGAAGGTCTGTGGACTGCAAGATGTTGGGATCAAGATAAAGGAGGAACAATGTTCAGACCTTGTGACTGGAGGCCAAAGCTGAGAGCAGC
s panTro2.chr21  15247584 110 +  46489110 TGGCGAATGCTAGCATGCTGGGAAGGTCCGTGGACTGCAAGATGTTGGGATCAAGATAAAGGAGGAACAATGTTCAGACCTTGTGACTGGAGGCCAAAGCTGAGAGCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666804 110 - 196418989 TGGCGAGTGCTAGCATGCTGGGAAGGCCCGTGGACTGCAAGATGTTGGGATCAAAACAAAGGAGGAACAATGTTCGGACCTTGTGACTGGAGGCCAAAGCAGAGAGCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=172626.000000
s hg19.chr21     16527966  38 +  48129895 TTGTGGGTGTGAAGGTCAAGCAGGACTAGTTACAGCAA
s panTro2.chr21  15247694  38 +  46489110 TTGTGGGTGTGAAGGTCAAGCAGGACTAGTTACAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666914  38 - 196418989 TTGCGGGCATGAAGGTCAAGCAGGACCAGTTACAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=382427.000000
s hg19.chr21     16528004  42 +  48129895 CTGCAGCAAATGTAGCAAGGGCAGAGGCCAATAACCAACACA
s panTro2.chr21  15247732  42 +  46489110 CTGCAGCAAATGTAGCAAGGGCAGAGGCCGATAACCAACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666952  42 - 196418989 CTGCAGCAAATGTAGCCAGGGCAGAGGCTGATAACCAACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=469401.000000
s hg19.chr21     16528046  77 +  48129895 CAGAGGCCATGCAGCAGGAGACAGTTTGGGCTTCTAACAAGAATCTGGAGGAAGAAATGAAGGTCAGACCCGTcaca
s panTro2.chr21  15247774  77 +  46489110 CAGAGGCCATGCAGCAGGAGACAGTTCGGGCTTCTAACAAGAATCTGGAGGAAGAAATGAAGATCAGACCCGTcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164666994  76 - 196418989 CAGAGGCCATGCAGCAGGAGACAGTTCAGGCTTCTAACAAGAATCTGGAGAAGAAAATGAAGACCAGACCCGTCAT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14787262 628 +  48394510 M

a score=-155903.000000
s hg19.chr21     16528123 20 +  48129895 cacacacacacacacacaca
s panTro2.chr21  15247851 20 +  46489110 cacacacacacacacacaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14787890 20 +  48394510 cacacacacacacacacaca
i ponAbe2.chr21 M 628 C 0
s rheMac2.chr3  164667070 16 - 196418989 ----Tacacacacacacaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-94410.000000
s hg19.chr21     16528143 37 +  48129895 cacacacacacacacacTCCCCACGTGGCACTGTGGA
s panTro2.chr21  15247871 33 +  46489110 cacacacacacac----TCCCCACGTGGCACTGTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14787910 37 +  48394510 cacacacacacacacacTCCCCACGTGGCGCTGTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667086 33 - 196418989 cacacacacacac----TCCCCACGTGGCACTGTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2017890.000000
s hg19.chr21     16528180 129 +  48129895 ATTAGATGAGATCCTTTTGTACCCTGTAGGTAGGAGAAAGGAGAAATAAATCTTTTGAGAGGTTAGAGCAGCCACACTAAACAGATTAAACTATGAATTGAATAACTTTAAAACTTAAATGTGAATTAA
s panTro2.chr21  15247904 129 +  46489110 ATTAGATGAGCTCCTTTTGTACCCTGTAGGTAGGAGAAAAGACAAATAAATCTTTTGAGAGGTTAGAGCAGCCACACTAAACAGATTCAACTATGAATTGAATAACTTTAAAACTTAAATGTGAATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14787947 129 +  48394510 ATTAGATGAGCTCCTTTTGTACCCTGTAGGTAGGAGAAAAGACAAATAAATCTTTTGAGAGGTTTGAGCAGCCACACTAAACAGATTAAACTATGAATTGAATAACTTTAAAACTTAAATGTGAATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667119 125 - 196418989 ATCGGATGATCTCCTTTATTACCCTGTAGGTAGGAGAAAAGACAAATA----TTTTGAGAGGTTAGAGCAGTCACACTAAACAGATTAAACCATGAATTGAATAACTTTAAAACTTGAATGTGAATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=379302.000000
s hg19.chr21     16528309 27 +  48129895 CCTTTAACCCAAAGAGAATATTTTAAA
s panTro2.chr21  15248033 27 +  46489110 CCTTTAACCCAAAGAGAATATTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788076 27 +  48394510 CCTTTAACCCAAAGAGAATATTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667244 27 - 196418989 CCTTTAACCCAAAGAGAATATTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=572423.000000
s hg19.chr21     16528336 38 +  48129895 CAGGTTGTAATTGGATAAACTACCTTAAAGATACataa
s panTro2.chr21  15248060 38 +  46489110 CAGGTTGTAATTGGATAAACTACCTTAAAGATACATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788103 38 +  48394510 CAGGTTGTAATTGGATAAACTACCTTAAAGATACATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667271 38 - 196418989 CAGGTTATAATTGGATAAACTACCTTAAAGATACATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-226359.000000
s hg19.chr21     16528374 18 +  48129895 tattattattattatttt
s panTro2.chr21  15248098 18 +  46489110 TATTATTATTATTATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788141 18 +  48394510 TATTATTATTATTATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667309 18 - 196418989 TATTATTATTATTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=382854.000000
s hg19.chr21     16528392 26 +  48129895 GCTAGTGATTAAAGAGTGATTCAAAG
s panTro2.chr21  15248116 26 +  46489110 GCTAGTGATTAAAGAGTGATTCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788159 26 +  48394510 GCTAGTGATTAAAGAGGGATTCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667327 26 - 196418989 GCTAGTGATTAAAGAGGGATTCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=258626.000000
s hg19.chr21     16528418 27 +  48129895 GTCTGCTATGGAAACATAGCACTGTTA
s panTro2.chr21  15248142 27 +  46489110 GTCTGCTATGGAAACATAGCACTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788185 27 +  48394510 GTCAGCTATGGAAACATAGCACTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667353 27 - 196418989 GTCAGCTATGGAAACATAGGACTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=821002.000000
s hg19.chr21     16528445 63 +  48129895 CATTTCTGTGCATTGGATTAATTAATGTAAACTAACTATTAATACCCTGCAATATAGACTCAT
s panTro2.chr21  15248169 63 +  46489110 CATTTCTGTGCATTGGATTAATTAATGTAAACTAACTATTAATACTCTGCAATATAGACTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788212 63 +  48394510 CATTTCTGTGCATCAGATTAATTAACGTAAACTAACTATTAATACGCTGCAATATAGACTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667380 63 - 196418989 CATTTCTGTGCATCTGATTAATTAATGTAAACTAACTATTAGTGCCCTGCAATATAGACTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154548.000000
s hg19.chr21     16528508 22 +  48129895 GGATAACTTCCTGGAGAAACTG
s panTro2.chr21  15248232 22 +  46489110 GGATAACTTCCTGGAGAAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788275 22 +  48394510 GGATAACTTCCTGGAGAAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667443 22 - 196418989 GGATAACTTCCTGGAGAAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=423696.000000
s hg19.chr21     16528530 77 +  48129895 CACTGGGTCCTTGTCAGGGTACAGTATGAGATTAATCCCATGACTATATACCTTGGTAGCAAATAGCTCATTATATC
s panTro2.chr21  15248254 77 +  46489110 CACTGGGTCCTTGTCAGGGTACAGTGTGAGATTAATCCCATGACTATATACCTTGGTAGCAAATAGCTCATTATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788297 77 +  48394510 CACTGGGTCCTTGTCAGGGTACAGTGTGAGAGTAATCCCGTGACTATATACCTTGGTAGCAAATAGCTCACTATATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667465 76 - 196418989 TACTGAGTCCTTGGCAGGGTACAGTGTGAGGTTAATCCCCTGACTATATACC-TGGTAGCAAATAGCTCATTATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=547640.000000
s hg19.chr21     16528607 60 +  48129895 CAAGCTGTAGATGAATTCTAACTTCAAAGGATAACATAAAGGACACAAAGACATTTTAAG
s panTro2.chr21  15248331 60 +  46489110 CAAGCTGTAGATGAATTCTAACTTCAAAGGATAACATAAAGGACACAAAGACATTTTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788374 60 +  48394510 CAAGCTGTAGATGAATTCTAACTTCAAAGGATAACATAAAGGACACAAAGACATTTTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667541 60 - 196418989 TAAGCCATAGATAAATTCTAACTTCAAAGCATTACATAATAGACACAAAGACATTTTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417184.000000
s hg19.chr21     16528667 40 +  48129895 GTTCACAGTTTGGAGTTCCTTGCCTTAGAAAGTAAGATAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788434 40 +  48394510 TTTCACAGTTGGGAGTTCCTTGCCTTAGAAAGTAAGATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667601 40 - 196418989 GTTCGCATTTGGGAGTTCCTTGCCTTAGAAACTAAGGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15248431 39 +  46489110 AAAGTTAAGGCTGCTTTCTGAGAGCGTTTTTCTAGTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788474 39 +  48394510 AAAGTTAAGGCTGCTTTCTGAGAGTGTTTTTCTAGTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667641 39 - 196418989 AAAGTTAAAGCTGCTTTCTGAGAGTGTTTTTCTAGTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=552349.000000
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s panTro2.chr21  15248470 58 +  46489110 TACTAACTCCTAGGCCTTGACCAGTCCTTGTGAGCCCCAGACACACCGTGAGCCAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788513 58 +  48394510 TATTAACTCCTAGGCCTTGACCAGTCCTTGCGAGCCCCAGACACACTGTGAGCCAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667680 58 - 196418989 TATTAACTCCTGGGCTGTTACCAGTCCTTGTGAGTCCCAGACACACTGCCAGCCAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=818503.000000
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s panTro2.chr21  15248528 69 +  46489110 GATGTGACAAGAGGAAAGATCCAAAGTCATTAGGCAAAGAGAGCAATGCCTGCTGGAGGCAGTTCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788571 69 +  48394510 GATGTGATAAGAGGAAAGATCAAAAGTCGTTAGGCAAAGAGAACAATGCCTGCTGGAGGCAGTTCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=487593.000000
s hg19.chr21     16528873 46 +  48129895 GCATTATTTGAATTGAATCTGATCAACAGAGAACTATTCTGTGCAC
s panTro2.chr21  15248597 46 +  46489110 GCATTATTTGAATTGAATCTGATCAACAGAGAACTATTCTGTGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788640 46 +  48394510 GCATTATTTGAACTGAATCTGATCAACAGAGAATTACTCTGTGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667807 46 - 196418989 GCATTATTTGAATTGAATCTGATCAACAGAGAACCATTCTGTGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266001.000000
s hg19.chr21     16528919 26 +  48129895 TCAACTACACAGTATT-AAGACATTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788686 27 +  48394510 TCAACTACACAGTACTAAAGACATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667853 26 - 196418989 TCAACTACACAGTACT-AGGACATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1645440.000000
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s panTro2.chr21  15248669 242 +  46489110 AAATATATGGGCTTTTTGTCAAAATTTCAGATCTACCTATCTGATTGTTCTGATTTCTTGACTTGATGGTGTGGATGACAGAGAA----AGGGAAATTAACCTACAACATGATTACTT----CATTTTTATTATTTTTCCTCTTGAGAAGGCTAAGGATGTCAAGAATGTTACTTGCTCTTACAGTGTTTCATAAAAGACCCTGAAAATTAAAGTAGTTTTAGAAACTATACATAGCTCCAACCCACGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788713 246 +  48394510 AAATATATGGGCTTTTTGTCAAAATTTCAGATCTACCTACATGATTGTTCTGATTTCTTGACTTGATGGTGTGGATGACAGAGAAAGGGAGGGAAATTAACCTACAATATGATTACTT----CATTTTTATGATTTTTCCTCTTGAGAAGGCTAAGGATGTCAAGAATGTTACTTGTTCTTACAGTATTTCGCAAAAGACCCTGAAAATTAAAGTAGTTTTAGAAACTATACATAGCTCCAATCCATGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164667879 242 - 196418989 AAATACAGGGGCTTTTTGTCAAAATTTCAGATCTACCTATCTGATAGTGCTGATTTCTTGACTTGATGGTGTGGATGACAGAGAA----AGGGAAATTAACCTACAATATGATTACTT----CATTTGTATTATTTTTCCTCTTGAGAAGGCTAAGGATGTCAAGAATGTTACTTATTCTTACAGTATTTCATAAAAGACCCTGAAAATTAAAGTAGCTTTAGAAACTATACATAGCTCTAACCCAAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=130228.000000
s hg19.chr21     16529191 12 +  48129895 ACTGGAAATATA
s panTro2.chr21  15248911 12 +  46489110 ACTGGAAATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788959 12 +  48394510 ACTGGAAATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668121 12 - 196418989 ACTGGAAATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247903.000000
s hg19.chr21     16529203 23 +  48129895 TTACCCTCTAGCAGTAATAGCAT
s panTro2.chr21  15248923 23 +  46489110 TTACCCTCTAGCGGTAATAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668133 23 - 196418989 TTACTCTCGAGTGGGAATGGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108087.000000
s hg19.chr21     16529226 66 +  48129895 ATAAGTGTTTAATAAGTGTTAGTTGAATGAATTTGTTGAATACGTAGGTAATAAACACACATATAG
s panTro2.chr21  15248946 66 +  46489110 ATAAGTGTTTAATAAGTGTTAGTTGAATGAATTTGTTGAATACGTAGGTAATAAACACACATATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14788994 66 +  48394510 ataagtgtttaataagtgtttgttgaatgaatTTGTTGAATACATAGGTAATAAACACACATATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668156 66 - 196418989 AGAAGTGTTTAATAAGTGTTTGTTGAATGAATTTGTTGAATACATAGGTAACAAACACACATATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-303666.000000
s hg19.chr21     16529292 41 +  48129895 ACATATACTGCATAAAAGTCAAACATCAAAAACTCGTGGGA
s panTro2.chr21  15249012 41 +  46489110 ACATATACTGCATCAAAGTCAAACATCAAAAACTCGTGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789060 41 +  48394510 ACATATACTGCATAAAAGTCAAACATCAAAAACTTGTGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1272177.000000
s hg19.chr21     16529333 131 +  48129895 TATATTTGGTAAAATAGATAAACTCAGGATTTGGGATCTGGTAACTCCCATAATTTCTTAGACACTGTGTAGAAAATGCCTTTTTTACTATGTGTGTTTCTTGCATGAATTCATCTTGATCAGGGAAGGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789101 131 +  48394510 TATATTTGGTAAAATAGATAAACTCAGGATTTGGGATCTGGCAACTCCCATAATTTCTTAGACACTGTGTAGAAAATACCTTTTTTACTATGTGTGTTTCTTGCATGAATTCATCTTGATCCGGGAAGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668263 131 - 196418989 TACATTTGGTAAAATAGATAAACTCAGGAGTTGGAATCTGGCTCCTCCCACAATTTCTCAGACACTGTGTAGAAAATACCTTTTCTACTCTGTGTGTTTCTTGCAGGAATTCATCTTGATCAGGGAAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668394 22 - 196418989 CTATAACACATTGTGGGAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310766.000000
s hg19.chr21     16529486 26 +  48129895 TTTTAGTTGGCCAGTATACAAGAGGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668416 26 - 196418989 TTTTAGTTGGCCAGTATACAAGAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266231.000000
s hg19.chr21     16529512 41 +  48129895 CAGAAGATCAATTCATTGCAACCCCACCATATGAAAGCCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789280 41 +  48394510 CAGAAGATCAATTCATTGCAACCCCACCATATGAAAGCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668442 40 - 196418989 CAGAAGATCAATTCATCGCAGCCCCACCATATG-AAGCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=631876.000000
s hg19.chr21     16529553 62 +  48129895 TTCCTGAAAATCGTGGAGATACCACAACCATTTTGTCTTCAATTGAGGGGGAAAGTATGAAA
s panTro2.chr21  15249273 62 +  46489110 TTCCTGAAAATCGTGGAGATACCACAACCATTTTGTCTTCAATTGAGGGGGAAAGTATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789321 62 +  48394510 TTCCTGAAAATCATGGAGATACCACAACCATTTTATCTTCAATTGAGGGGGAAAGTATGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668482 51 - 196418989 TTTCCGAAAATCGTGGCGATACCACAACCAT-----------TTGAGGGGGAAAGTATGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305347.000000
s hg19.chr21     16529615 44 +  48129895 ATATAAAAAGCACGAACATCAAACCTGGGGGAGATTTAATAAGG
s panTro2.chr21  15249335 44 +  46489110 ATATAAAAAGCACGAACATCAAACCTGGGGGAGATTTAATAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789383 44 +  48394510 ATACAAAAAGCACAAACATCAAACCTGGGAGAGATTTAATAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668533 44 - 196418989 ATATAAAAAGCACACACATCAAGCCTGGGGGAGATTTGATAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=239603.000000
s hg19.chr21     16529659 49 +  48129895 CATGAAGTGGTTTTGGTGGAGCATTGCATCAGTTGCTGGTAAGGTCCCA
s panTro2.chr21  15249379 49 +  46489110 CATGAAGTGGTTTTTGTGGAGCATTGCATCAGTTGCTGGTAAGGTCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789427 49 +  48394510 CATGAAGTGGTTTTCGTGGAGCATTGCATCAATTGCTGGTAAGGTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668577 49 - 196418989 CAGGAAGTGGTTTCGGCGGAGCATTGCATCAGTTGCTGGGTAGGTCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=468610.000000
s hg19.chr21     16529708 54 +  48129895 TGAAAGGACTGTCAAGCAGCATGGAGGGCCCAATGAGGACAGAGACTACAAATC
s rheMac2.chr3  164668626 54 - 196418989 TGAAGGGACTGCCAAGCAGCATGGAGGGCCCAATGAGGAGAGAGAACACAGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789476 54 +  48394510 TGAAAGGATTGTCAAGCAGCATGGAGGGCCCAATGAGGAGAGAGACCACAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15249428 54 +  46489110 TGAAAGGACTGTCAAGCAGCATGGAGGGCCCAATGAGGACAGAGACCACAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=549660.000000
s hg19.chr21     16529762 35 +  48129895 CTTGGTGGCACCATTTCACATAGTGGTGAGA-TTTT
s panTro2.chr21  15249482 35 +  46489110 CTTGGTGGCACCATTTCACACAGTGGTGAGA-TTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789530 36 +  48394510 CTTGGTGGCATCATTTCACATAGTGGTGAGATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668680 35 - 196418989 CTTGGTGGCACCATTTCACATAGTGGTGAGA-TTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=173890.000000
s hg19.chr21     16529797 24 +  48129895 CTCCAGCAGCACTCAGC-AACTGGT
s panTro2.chr21  15249517 24 +  46489110 CTCCAGCAGCACTCAGC-AACTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789566 25 +  48394510 CTGCGGCAGCACTCAGCAAACTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668715 25 - 196418989 CTCCAGCAGCACTCAGCAAACTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=679200.000000
s hg19.chr21     16529821 79 +  48129895 GTTTAGGGCATTGGAGATAAATTAATGACTGGAGTTGTTGGGGCTTCACTGGGTGGATATACTGCATTGAACATTTTAG
s panTro2.chr21  15249541 79 +  46489110 GTTTAGGGCATTGGAGATAAATTAATGACTGGAGTTGCTGGGGCTTCACTGGGTGGATATACTGCATTGAACATTTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789591 79 +  48394510 GTTTAGGGCATTGGAGATAAATTAGTGACTGGAGTTGCTGGGGCTTCACTGGGTGGATACATTGCATTGAACATTTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164668740 79 - 196418989 GTTTAGGGCACTGCAGATAAATTAGTGACTTGAGTTGTTGGGGCTTCACTGGGTAGATACGTTGCATTGAACATTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=253830.000000
s hg19.chr21     16529900 60 +  48129895 GGAGTGACAAGTTGTGG-CTAGCTTGGCAGGAGAGTGCTGGCTGATTGAGAGAAAATGGAA
s rheMac2.chr3  164668819 61 - 196418989 GGAGTGACAGGTTGTGGCCTAGCTTGGCAGGAGAGTGCTGGCTGATTGGGAGAAAATGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789670 61 +  48394510 GGAGTGACAGGTTGTGGTCTAGCTTGGCAGGAGAGTGCTGGCTGATTGAGAGAAAATGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15249620 60 +  46489110 GGAGTGACAGGTTGTGG-CTAGCTTGGCAGGAGAGTGCTGGCTGATTGAGAGAAAATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=551040.000000
s hg19.chr21     16529960 69 +  48129895 CAGTGGTACAGGCCTGCATTTGGTCAAAAGTAGGCATGGGGTGAGTAAGGGATGGAGAGAGCTGAAATG
s rheMac2.chr3  164668880 69 - 196418989 TGGTGGTATAGGCCTGCATTTGGTCAAAAGTAGGCACAGGGTGAGTAAGGGATGGAGAAAGCAGAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789731 69 +  48394510 CGGTGGTACAGGCCTGCATTTGGTCAAAAGTAGGCACAGGGTGAGTAAGGGATGGAGAAAGCTGAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15249680 69 +  46489110 CAGTGGTACAGGCCTGCATTTGGTCAAAAGTAGGCACGGGGTGAGTAAGGGATGGAGAGAGCTGAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=336935.000000
s hg19.chr21     16530029 103 +  48129895 GTGAGAGGTTATGGTCCATGAATGGATACTGGCATTTAACAGGCATAGAGCATTTCATAATGATGTCAAGGTCTATTACACAGCCATGTATGAGCCAAGCA-AT
s rheMac2.chr3  164668949 104 - 196418989 GTGAGAGGTTATGGTCCATGAATGGATACTGGCATTTAACAGACCTGGAGTATTTTGTAATGATGTCAAGACCTATTACACAGCCATGTATGAGCCAAGCAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789800 103 +  48394510 ATGAAAGGTTATGGTCCATGAATGGATACTGGCATTTAACAGACATAGAGTGTTTCATAATGGTGTCAAGGCCTATTACACAGCCGTGTATGAGCCAAGCA-AC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15249749 103 +  46489110 GTGAGAGGTTATGGTCCATGAATGGATACTGGCATTTAACAGACATAGAGCATTTCATAATGATGTCAAGGTCTATTACACAGCCATGTATGAGCCAAGCA-AC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=466619.000000
s hg19.chr21     16530132 99 +  48129895 TGGAAATGGAAGATCTGAAGTTAAAGATATCATGGAACTATGAGGAAAATACATCAAATATGTCACCTAGATGTCTAATTAAATTACCTGGGATGAGCA
s rheMac2.chr3  164669053 99 - 196418989 TGGAAATGGAAGATCTGAAGTTAAAGATATCATGGAACTATGAGGAAAATACATCAAAGATATCACCTAGATGTCTAATGAAATTACTTGAGATGAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14789903 99 +  48394510 TGGAAATGGAAGATCTGAAGTTAAAGATATCATTGAACTATGAGGAAAATACATCAAAGATATCACCTAGATGTCTAATTAAATTACCTGGGATGAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15249852 99 +  46489110 TGGAAATGGAAGATCTGAAGTTAAAGATATCATGGAACTATGAGGAAAATACATCAAAGATGTCACCTAGATGTCTAATTAAATTACCTGGGATGAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=656293.000000
s hg19.chr21     16530231 74 +  48129895 GAAATTGGGAAGCTGACAAGTTGAAAGGACATATGTGACTCAGGTGCCCAAACT---GGAGGTTAGTAAAAGGTACC
s rheMac2.chr3  164669152 77 - 196418989 GAAATTGAGAAGCTGACAAGTTGAAAGGACATATGTGACTCAGGTGCCCAAACTTAAGGAGGTTAGTAAAAGGCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790002 74 +  48394510 GAAATTGGGAAGCTGACAAGTTGAAAGGACATATGTGACTCAGGTGCCCAAACT---GGAGTTTAGTAAAAAGTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s panTro2.chr21  15249951 74 +  46489110 GAAATTGGGAAGCTGACAAGTTGAAAGGACAAATGTGACTCAGGTGCCCAAACT---GGAGGTTAGTAAAAGATACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=244602.000000
s hg19.chr21     16530305 118 +  48129895 AACAAGATGTACAGCTAGTTGACATCAGCCCCAAAGGGCAAATTTTTGACTTGCAGAGGAACAATAGGGTAGTGTAAAAGCTTCATTGGTGGGCAC-AGGAGATACTAGTACTCCTCTC
s panTro2.chr21  15250025 118 +  46489110 AAAAAGATGTACAGCTAGTTGACTTCAGCCCCAAAGGGCAAATTTTTGACATGCAGAGGAACAATAGGGTAGTGTAAAAGCTTCATTGGTGGGCAC-AGGAGATACTAGTACTCCTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790077 118 +  48394510 ACAAAGATGTACAGCTAGTTGACATCAGCCCCCAAGGGCAAATTTTTGACACATAGGGGAATAATAGGGTAGTGTAAAAGCTTCATTAGTGGGCAC-AGGAGATACTAGTACTCCTCTC
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  164669229 119 - 196418989 AACAAGATGTACAACTAGTTGACATCAACCCCAAAGGGCAAATGTTTGACATGGAGAGGAATAATAGGTTAGTGTAAAAGCTTCATTGGTGGGTACAAGAAGATACCAGTACTCCTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=340251.000000
s hg19.chr21     16530423 27 +  48129895 TTCATTAGAAAGGTCTGCATGGGAAAT
s panTro2.chr21  15250143 27 +  46489110 TTCATTAGAAAGGTCTGCATGGGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790195 27 +  48394510 TTCATTAGAAAGgtctgcatgggaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164669348 27 - 196418989 TTCATTAGAAAGGTCTGCATGGGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233168.000000
s hg19.chr21     16530450 18 +  48129895 CAGCTTTCAGCTGAAGCA
s panTro2.chr21  15250170 18 +  46489110 CAGCTTTCAGTTGAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790222 18 +  48394510 cagctttcagttgaagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164669375 18 - 196418989 CAGCTTTCAGTTGAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3036102.000000
s hg19.chr21     16530468 187 +  48129895 AGAAGGTGGCAGAAGCATGCTGTAAAGAGATTTGCAATGGAGGGTTTTGTGCCATAGAATGCAGGTTGCAGAAGCCCCAACTGGAAATGGCAGGAAGAAATGGACAGGCAGAAAAGTGAGGTTTTGGACTGAGAGTAGGGGAGAGGGTAGATGGTCAAAGGGACTTGAATATTGGGCAGGGACTGAG
s panTro2.chr21  15250188 187 +  46489110 AGAAGGTGGCAGAAGCATGCTGTAAAGAGATTTGCAATGGAGGGGTTTGTGCCATAGAATGCAGGTTGCAGAAGCCCCAACTGGAAATGGCAGGAAGAAATGGACAGGCAGAAAAGTGAGGTTTTGGACTGAGAGTAGGGAAGAGGGTAGATGGTCAAAGGGACTTGAATATTGGGCAGGGACTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790240 187 +  48394510 agaaggaggcagaagcatgctgtaaagagatttgcaatggaggggtttgtgccatagaatgcaggttgcagaagccccaactggaaatggcaggaagaaatggacaggcagaaaagtgaggttttggactgagagtagaggagagggtagatggtcaaagggacttgaatattgggcagggactgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164669393 187 - 196418989 AGAAGGTGTCAGAAGGAGGTTGTAAAGACATTTACAATGGAGAGTTTTGTGCCATAGAATGCAGGTTGCAGAAGCCCCAGCTGGAAATGACGGAAAGAAATGGACAGGCAGAAAAGTGAGGTTTGGGACTGAGAGTAGGGGAGAGGGTAGATGGTCAAAGGGACTTGAATGTTGGGCAGGGACTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5381334.000000
s hg19.chr21     16530655 298 +  48129895 AATCAACAGGAATGTGAGGTCTGGTAGGATTAGCTGCTTTCTGGGATCTAAGTGGAGCAAAGGTACAAATTAGCTTCTGTGCCAGTGTTGGCTCAGTCCATAGAGGGTGTTGTCAGAGGCTTCATGATATTAGCAAATTGTGTTTTTTTCTCAGTTACCCAAACAGAATCTTGGTGGGAAGCTTTTGTGGTGCCTCTGAAGAGATCATTGTTCAGCCATACACAGATAAAGAGTGAGTGTCCTCTGGGGGCAGGATGGCTCTGAATCCTCTCAAAAGGCAACTATGGCCTGACTCAGT
s panTro2.chr21  15250375 297 +  46489110 AATCAACAGGAATGTGAGGTCTGGTAGGATTAGCTGCTTTCTGGGATCCAAGTGGAGCAAAGGTACAAATTAGCTTCTGTGCCAGTGTTGGCTCAGTCCATAGAGGGTGTTGTCAGAGGCTTCAGGATATTAGCAAATTGTG-TTTTTTCTCAGTTCCCCAAACAGAATCTTGGTGGGAAGCTTTTGTGGTGCCTCTGAAGAGATCATTGTTCAGCCATACACAGATAAAGAGTTAGTGTCCTCTGGGGGCAGGATGGCTCTGAATCCTCTCAAAAGGCAACTATGGCCTGACTCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790427 297 +  48394510 aatcaacaggaatgtgaggtctggtaggattagCTGCTTTCTGGGATCCAAGTGGAGCAGAGGTACAAATTAGCTTCTGTGCCGGTGTTGGCTCAGTCCATAGAGGGTGTTGTCAGAGGCTTCATGATATTAGCAAATTGTG-TTTTTTCTCAGTTCCCCAAACAGAATCTTGGTGGGAAGCTTTTGTGGTGCCTCTGAAGAGATCATTGTTCAGCCATACACAGATAAAGAGTGAGTGTCCTCTGGGGGCAGGATGGCTCTGAATCCTCTCAAAAGGCAACTATGGCCTGACTCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164669580 297 - 196418989 AATCAACAGGAGTGTGAGGTCTGGTAGGATTAGCTGCTTTCTGGGTTCCAAGTGGAGCAGAGGTACAAAGTAGCATCTGTGCCAATGTTGGCTCAGTCCATAGAGGGTGTTGTCAGAGGCTTCATGATATTAGCAAATTGTG-GTTTTTCTCAGTTCCCCAAACAGAATCTTGGTGGGAAGCTCTTGTGGTGCCTCTGAAGAGATCATTGTTCAGCCATACACAGAAAAAGAGTGAGTGTCTTCCGGGGGCAGGATGGCTCTGAATCCTCTCAAAAGGCAACTGTGGCCTGACTCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=505455.000000
s hg19.chr21     16530953 55 +  48129895 AGTCCTTTTGAAGAAATCCTAGCCAAGGATGAAGGGACAAGTCTAGTTTCGCAGC
s panTro2.chr21  15250672 55 +  46489110 AGTCCTTTTGAAGAAATCCTAGCCAAGGATGAAGGGACAAGTCTAGTTTCGCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790724 55 +  48394510 AGTCCTTTTGAAGAAATCCTAGCCAGGGATGAAGGGACAAGTCTAGTTTCGCAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164669877 54 - 196418989 AGTCCTTTTGAAGAAATCCTAGCCAGGGATGAAGGGATAAGTCTAGTTT-GCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30763.000000
s hg19.chr21     16531008 27 +  48129895 TGAGAGAAACAAGCTTAGTTCTTAAGT
s panTro2.chr21  15250727 27 +  46489110 TGAGAGAAACAAGCTTAGTTCTTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790779 27 +  48394510 TGAGAGAAAGAAGCTTAGTTCTTAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164669931 27 - 196418989 TGAGAGAAATAAGCTTAGTTCTTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=116909.000000
s hg19.chr21     16531035 63 +  48129895 GCAAGTGCAGCTATAGAAAAGAAACTATATCATTGATGTGAAGCTAACTCCTtgatatggttt
s panTro2.chr21  15250754 63 +  46489110 GCAAGTGCAGCTATAGAAAAGAAACTATATCGTTGATGTGAAACTAACTCCTtgatatggttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790806 63 +  48394510 GCAAGTGCAGCTATAGAAAAGAAACTATATCATTGATGTGAAGCTAACTCCTtgatatggttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164669958 63 - 196418989 GCAAGTGCAGCTACAGAAAAGAAACTATGTTGTTGATGTGAAGCTACCTCCTtgatatgattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=384086.000000
s hg19.chr21     16531098 221 +  48129895 ggctgtgtccccacccaaatctcatcttaaattgtagctcccgtaattcccatatgttatgggaggaacctcgtgggagataattgaatcatgggagcactttcccccatactgttcttgtggtagtgaataagtctcatgagatctgatgtttttataaggggtttcccctttcgcttggctctcattctctcttgtctgccaccatgtaagacgtgtct
s rheMac2.chr3  164670021 221 - 196418989 ggctgtgtccccacccaaatctcatcttgaattatagctcccataattcccatgtgttatgggaggaaattggtgggagataattgaatcatgggagcagtttcccccatactgttctcatggtagtgaagaaatctcacaaaatctgatagttttataaggggtttccccttttgcttggctctcattctctcttgtttgccaccttgtaagacatgcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14790869 221 +  48394510 ggctgtgtccccacccaaatctcatcttgaattgtagctcccgtaattctcatatgttatgggaggaacctggtgggagataattgaatcatgggagcagtttcccccatactgttcttgtggtagtgaataagtctcatgagatctgatgtttttataaggggtttcccctttcacttggctctcattctctcttgtctgccaccatgtaagacgtgtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15250817 221 +  46489110 ggctgtgtccccacccaaatctcatcgtgaattgtagctcccgtaattcccatatgttatgggaggaacctggtgggagataattgaatcatgggagcagtttcccccatactgttcttgtggtagtgaataagtctcatgagatctgatgtttttataaggggtttcccctttcgcttggctctcattctctcttgtctgccaccatgtaagacgtgtct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=71996.000000
s hg19.chr21     16531319 45 +  48129895 ttcaccttcttccatgattgttaggcctccccagccacattgaac
s panTro2.chr21  15251038 45 +  46489110 ttcaccttcttccatgattgttaggcctccccagccacattgaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791090 45 +  48394510 ttcaccttcttccatcattgttaggcctctccagccaccctgaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164670242 45 - 196418989 ttcaccttcagccatgattgtgaggcttccccagccacattgaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63511.000000
s hg19.chr21     16531364 41 +  48129895 tgtgagtccactaaatctctttttctttataagatacccag
s rheMac2.chr3  164670287 41 - 196418989 tgtgaatccactaaacctctttttctttgtaagttacccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791135 41 +  48394510 tgtgagtccactaaacctttttttctttataagttacccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15251083 41 +  46489110 tgtgagtccactaaacctctttttctttataagttacccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-8817.000000
s hg19.chr21     16531405 42 +  48129895 tcttgggtatgtatttatcagcagtatgaaaatggactaata
s panTro2.chr21  15251124 42 +  46489110 tcttgggtatgtatttatcagcagtatgaaaatggactaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791176 42 +  48394510 tcttgggtatgtatttatcagcagtatgaaaatggactaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164670328 42 - 196418989 tcttgggtatgcacttatcagcagtgtgaaaatggactaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-32904.000000
s hg19.chr21     16531447 37 +  48129895 caCTCCTGGAAAAGACTTTTCAACCCTACTACCCCCA
s rheMac2.chr3  164670370 29 - 196418989 caCTCCTGGAAAAGACTTTTCAACCCT--------CA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791218 37 +  48394510 caCTCCTGGAAAAGACTTTTCAACCCTAGTACCTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15251166 37 +  46489110 caCTCCTGGAAAAGACTTTTCAACCCTACTACCCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=214879.000000
s hg19.chr21     16531484 23 +  48129895 CAATGCCATGAGTGTTCTGGATG
s rheMac2.chr3  164670399 23 - 196418989 CAATGCCATGAGTGTTCTGGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791255 23 +  48394510 CAATGCCATGAGTGTTCTGCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15251203 23 +  46489110 CAATGCCATGAGTGTTCTGGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=554256.000000
s hg19.chr21     16531507 24 +  48129895 AAATAGTACTTCTTTGTTGTGTAG
s panTro2.chr21  15251226 24 +  46489110 AAATAGTACTTCTTTGTTGTGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791278 24 +  48394510 AAATAGTACTTCTTTGTTGTGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164670422 24 - 196418989 AAATAGTACTTCTTTGTTGTGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1489373.000000
s hg19.chr21     16531531 52 +  48129895 TATAAATGAATTTGGAATAAATATACATGGATTTAAAATAATACATTAATTT
s rheMac2.chr3  164670446 52 - 196418989 GATAACTGAATTTGGAATAAATATACATGGATTTAAAATAATACATTAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791302 52 +  48394510 TATAAATGAATTTGGAATAAATATACATGGATTTAAAATAATACATTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15251250 52 +  46489110 TATAAATGAATTTGGAATAAATATACATGGATTTAAAATAATACGTTAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2884641.000000
s hg19.chr21     16531583 93 +  48129895 AAATTCTCCAGGTAGAACTACTTTGATGGAAATTTCCCTAAAAAAGCAACAAATGATTTGCCTCTGCATCTAATCAGCCAATCAGACACTCCC
s panTro2.chr21  15251302 93 +  46489110 AAATTCTCCAGGTAGAACTACTTTGATGGAAATTTCCCTAAAAAAGCAACAAATGATTTGCCTCTGCATCTAATCAGCCAATCAGACACCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791354 93 +  48394510 AAATTCTCCAGGTAGAACTACTTTGATGGAAATTTCCCTAAAAAAGCAACAAATGATTTGCCTCTGCATCTAATCAGCCAATCAGACACCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164670498 93 - 196418989 AAATTCTCTAGGTAGAACTACTTTGATGGAAATTTCCCTTAAAAAGCAACAAATGATTTGCCTCTGCATCTAATCAGCCAATCAGACACCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7315037.000000
s hg19.chr21     16531676 314 +  48129895 ATGCTGATTACTTAATGAACTGGAATTTTAATGCAAAACTTTGTGATTATCAACAATTTTTCTGTTCCCCCTACCCCCAAAAACCCAAACACTTTCTACTTATAATTCTTAACAAATTAG----TCTTTTCTTTAACCATA-TAAGAGCATTTGTTAATCAAAACTGAATTCCTAGCCAAATATCTCAGAGCAGCTTGCAAAGCATGTACTCAAGCAGATAAGAAGGTGATGACTCACCAAGTGGTTCTGTATTTACTATCAAGAAGAAAATAATGCAGGTAGATGTATCAAGAGAAAATAAAAGGCCAAGGACTATTT
s panTro2.chr21  15251395 313 +  46489110 ATGCTGATTACTTAATGAACTGGAATTTTAATGCAAAACTTTGTGATTATCAACAATTTTTCTGTTCCCCCTACCCCCAAAAACCCAAACACTTTCTACTTATAATTCTTAACAAA-TAG----TCTTTTCTTTAACCATA-TAAGAGCATTTGTTAATCAAAACTGAATTCCTAGCCAAATATCTCAGAGCAGCTTGCGAAGCATGTACTCAAGCAGATAAGAAGGTGATGACTCACCTAGTGGTTCTGTATTTACTATCAAGAAGAAAATAATGCAGGTAGATATATCAAGAGAAAATAAAAGGCCAAGGACTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791447 315 +  48394510 ATGCTGATTACTTAATGAACTGGAATTTTAATGCAAAAATTTGTGATTATCAACAATTTTCCTGTTCCCCCTACCCCCCAAAACCCAAACACTTTCTGCTTATAATTCTTGACAAATTGG----TCTTTTCTTTAACCATATTAAGAGAATGTGTTAATCAAAACTGAATTCCTAGCCAAATATCTCAGAGCAGCTTGCAAAGCATGTACTCAAGCAGATGAGAAGTTGACAACTAACCAAGTGGTCCTGTATTTACTACCAAGAAGAAAATAATGCAGGTAGATGTATCAAGAGAAAATAAAAGGTCAAGGACTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164670591 316 - 196418989 ATGCTGATTACTTAATGAACTGGAATTTTAATGCAAAAATTAGTGATTATCAACAATTTTTCTGTTCCCCC--ACCCCCAAAACCCAAACACTTTCTGCTTATAATTCTTAACAAATTAGTTAATCTTTTCTTTAACCATA-TAAGAGAATTTGTTAATCAAAACTGAATTCCTAGCCAAATATCTCAGAGCAGCTTGCAACTCATGTACTCAAGCAGATAAGAAGTTGATGACTAACCAAGTGGGTCTGTATTTACTATCAAGAAGAAAATAATGCAGGTAGATGCATCCAGAGAAAATAAAAGGCCAGGGACTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241860.000000
s hg19.chr21     16531990 42 +  48129895 GAGAAGTCTCGTGGCAGACTAAAGAGAGAATACAATCACATC
s panTro2.chr21  15251708 42 +  46489110 GAGAAGTCTCGTGGCAGACTAAAGAGAGAATACAATCACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791762 42 +  48394510 CAGAAGTCTCGTGGCAGACTAAAGAGAGAATACAATCACATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164670907 42 - 196418989 CAGAAGTCTCGCGGCAGACTAAAGAAAGAATACAATCACATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-25581.000000
s hg19.chr21     16532032 45 +  48129895 CATCTATGGAAAAGGTTTATTCTATTTCAACTTGCTATTTTGCTT
s panTro2.chr21  15251750 45 +  46489110 CATCTATGGAAAAGGTTTATTCTATTTCAACTTGCTATTTTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791804 45 +  48394510 CATCTACGGAAAAGGTTTATTCTATCTCGACTTGCTATTTTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164670949 45 - 196418989 CATGTATGGAAAAGGTTTATTCTATCTCAAGTTGCTATTTTGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1027556.000000
s hg19.chr21     16532077 125 +  48129895 AAATTCCAAAGGATTATCTTCACAGTGAGAACAGAGATCTAATTTTGGCTGGGGAAGTGAAACAAGGTGGTGGTTCTAGGCAGAACTTAGTGGTTTGTCATTGTACGTTTTGAAATAAATAAGAG
s panTro2.chr21  15251795 125 +  46489110 AAATTCCAAAGGATTATCTTCACAGTGAGAACAGAGGTCTAATTTTGGCTGGGGAAGTGAAACAAGGTGGTGGTTCTAGGCAGAACTTAGTGGTTTGTCATTGTACGTTTTGAAATAAATAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791849 125 +  48394510 AAATTCCAAAGGATTATCTTCACAGTGAGAACAGAGGTCTAATTTTGGCTGGGAAAGTGAAACAAGGTGGTGGTTCCAGGCAGAACTTAGTGATTTGTCACTGTATGTTTTGAAATAAATAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164670994 125 - 196418989 AAATTCCAAAAGATAATCTTCACAGTGAGAACAGAAGTCTAATTTTGGCTGAGAAAGTGAAACAAGGTGGTGGTACTAGGCAGAACTTAGTGGTTTGTCATTGTACTTTTTGAAATAAATAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=283567.000000
s hg19.chr21     16532202 48 +  48129895 TTCAAACTACCTTGATAGACTGTGGTACTCTAGGATACTGTCAGAGCT
s panTro2.chr21  15251920 48 +  46489110 TTCAAACTACCTTGATAGACTGTGGTACTCTAGGATACTGTCAGAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14791974 48 +  48394510 TTCAAACTACCTTGATAGACTGTGGTACTCTAGGATACTGTCAGAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164671119 48 - 196418989 TTCAAACTACCTTGATAGACTGTGGTACTCTAGGATACTGTCAGAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=208956.000000
s hg19.chr21     16532250 22 +  48129895 CTTTGCTCTGACTTTTATCTCT
s panTro2.chr21  15251968 22 +  46489110 CTTTGCTCTGACTTTTATCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=368183.000000
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a score=595107.000000
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a score=867982.000000
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a score=569111.000000
s hg19.chr21     16535231 53 +  48129895 TTGCATGGACTTAGTATGGTTTCTACCCTCCTGTTAGTTTGGTCTTGATCTAA
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a score=246005.000000
s hg19.chr21     16535284 22 +  48129895 GCATTTGAATATAAGTCCTATT
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a score=750410.000000
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a score=292903.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164674601 36 - 196418989 TAGCTTTTCAGGGCTTTTTCCAGGGATGAAGATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14795596 188 +  48394510 AAAATGTATGTTTTTTCATTCAATTTATCCTGTTTAGAGATTCAGCAGGTGTGTATTTATTAACTCAACATTGAATGCTTACTATATGAGGAGTATTGTCACAAACATGGGAATACACACAGCTGAAATAAAATGATGATGAGGATGATGACAACTAATATAGGTGAGTATTCAGTAAGTGCCCTCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164674994 187 - 196418989 AAAATGTATACTTTTTCATTCAATTTATCCTTTTTAGACATTCAGCAGATGTGCATTTATTAACTCAACATTGAATGCTTACTATATGAGGAGTATTGTCACAAATGTGGG-ATACACACAGCTGAAATAAAAAGATGATGAGGATGATGACAACGAATACAGGCGAGTATTCAGGAAGTGCACTCCC
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s panTro2.chr21  15255710 61 +  46489110 TAGACCAAATGAGGCGGattatttcatttatttttcacaacaaccctatgttttacattgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15255771 100 +  46489110 aacatgatctgcgttttaaagacgataaaacagacacagggagcagcatgcccaggatTCAAATGTAAGATGACCTGATTCCTTATACTAAGCGGTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14795845 100 +  48394510 aacatgatctgcgttttaaagatgataaaacagacacagggagcagcatgcccaggatTCAAATGTAAGATGACCTGATTCTTTATACTAAGCTGTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16536155 23 +  48129895 taaaaaaaaataaattttattgt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16536178 92 +  48129895 gtatatttgaggtttacaagatgatgttatggggtacatatagatagtaaagtggttgctatagtgaagaaaattaacatatctatcatctc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14795966 92 +  48394510 gtatatttgaggtttacaagatgatgttatggggtacatatagatagtaaagtggttgctatagtgaagaaaattaacatatctatcatctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164675363 92 - 196418989 acatatttgaggtttacaagatgatgttatggggtacatatagatagtaaagtggttgctatagtgaagaaaattaacatatctattatctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15255985 86 +  46489110 acatagtttcttttttatgacaggagcagctaaaacttacttacttaacaCAAATCCCTAATACAtttttatttatttatttattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14796058 86 +  48394510 acatagtttcttttttatgacaagagcagctaaaacttacttatttaacacaaatccctaatacatttttatttatttatttattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164675455 86 - 196418989 acatagtttcttttttatgacaagagcagctaaaacttacttctttaacagaaatccccaaaacatttttatttacttatttattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164675541 90 - 196418989 ttttgagacggagtctccctctgtcacccagactggactgcagtggcgcaatctcggctcactgcaagctccacctcccgggttcacacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14796231 150 +  48394510 attctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgccggccaccacacccggctaattttttgtatttttcatagagatggggtttctccgtgtcagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatctgcccgccttggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164675631 150 - 196418989 attctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcctgccaccacacccggctcattttttgcatttttcgaagagacagggtttcgccgtgtcagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgcccaccttggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=55117.000000
s hg19.chr21     16536592 44 +  48129895 ttcccaaagtgctgggattataggcgtgagccaccgcgcccggc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15256308 44 +  46489110 ttcccaaagtgctgggattataggcgtgagccaccacgcccggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=66362.000000
s hg19.chr21     16536636 27 +  48129895 ccctaatacatttttatgaactatagt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16536663 31 +  48129895 ccgcgtgttgtacattagatctctagaattg
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i panTro2.chr21 C 0 I 1

a score=504160.000000
s hg19.chr21     16536694 197 +  48129895 tcattctacatatctgcctctttgtgtcctctgatctacaaccccccatttcctccccttcttccctg-ccccggcaaccactgttttattcg------ctgtgtatgtgacctcttttcttccttagataccacatgtaaatgatatcatgcaatatttttatttttgtgtctgccttatttcacttagcataatgtcctcca
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i panTro2.chr21 I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  14796484 203 +  48394510 tca-tctacatatctgctactttgtgtcctctgatctacatccccccatttcttccccttcctccccgcccccggcaaccactgttttatttgctctctctgtgtatgtgacctgttttcttccttagatatcacatgtaaatgatatcatgcaatatttttatttttgtgtctgccttatttcacttagcataatgtcctcca
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  164675883 204 - 196418989 tcattctacatatctgatactttgtctcctctgatctacatccccctatttcctccccttcctccctgcccctggtaaccactgttttattcgctatctctgtatatgtgacctcttttcttccttagataccacatgtaaatgataccatgcaatatttttattttcgtgtctgccttatttcacttagcataatgtcctcca
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=120743.000000
s hg19.chr21     16536891 66 +  48129895 ggtcaatctgtgttgtaggaaatggcaggatcccattctttttaaaacctgaataatattccagtg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=352050.000000
s hg19.chr21     16536957 40 +  48129895 tTGATACTAAGCTCTTAATCGGCATGTTATACTCTCCAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=596305.000000
s hg19.chr21     16536997 88 +  48129895 GAACTTAGGTTCTAATGACATTCAAAAATAGTGTGCTTAGTTATCACGAAGCAAACTTAGAGTAAGATAATATTCAGTCTTAAAAAGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=875073.000000
s hg19.chr21     16537085 54 +  48129895 CTGTTGAAAGGACTATGAATAGGTTTCCTACTCTCATTCCTACGATGACTCATC
s panTro2.chr21  15256806 54 +  46489110 CTGTTGAAAGAACTATGAATAGGTTTCCTACTCTCATTCCTACGATGACTCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14796881 54 +  48394510 CTGTTGAAAGAACTATGAATAGGCTTCCTACTCTCATTCCTATGATGACTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2102559.000000
s hg19.chr21     16537139 141 +  48129895 CAGGGTCAAGAACTAGAGTTTCACAAGACAGGGACAGAGACCAGAGGTCAAGTCCAAGGATGTTGTAAAGGCAGGGAGGAGCAGGTGAGTCCTACATGTCCAAACAGGCCCACAGGTGCACAGTCCAGGGAGTTTAATTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14796935 141 +  48394510 CAGGGTCAAGAACTAGAGTTTCACAAGACAGGGACAGAGACCAGAGGTCAAGTCCAAGGATGTTGTAAAGGCAGGGAGGAGCAGGTGAGTCCTACATGTCCAAACAGGCCCGCAGGTGCACAGTCCAGGGAGTTTAGTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50222.000000
s hg19.chr21     16537280 30 +  48129895 AAAAATATGGGTGAGGACTTACAGGAGAAA
s panTro2.chr21  15257001 30 +  46489110 AAAAATATGGGTGAGGACTTACAGGAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797076 30 +  48394510 AAAAATATGGGTGAGGACTTACAGGAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676468 30 - 196418989 AAAAATATGGGTGAGGACTTATAGGCGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345645.000000
s hg19.chr21     16537310 52 +  48129895 TCACAAGCCAGTCTGAGCTACAATATTTATGCATCTAGGCAGAGTCCCTGAG
s panTro2.chr21  15257031 52 +  46489110 TCACAAGCCAGTCTGAGCTACAATATTTCTGCATCTAGGCAGAGTCCCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797106 52 +  48394510 TCACAAGCCAGTCTGAGCTACAATATTTCTGCATCTAGGCAGAGTCTCTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676498 52 - 196418989 TCACAAGCCAGTCTGAGCTACAATATTTCTGCGTCTAGGCAGAGTCCCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=839628.000000
s hg19.chr21     16537362 93 +  48129895 CAACAAATGTGGGGTATCAAGGTTAATAATGAGCATGATGGTGAGCCAGAGCTCTGCAATGTGATATGAGCCCTCAGAATTCCTTCCCAAATC
s panTro2.chr21  15257083 91 +  46489110 CAACAAATGTGGGGTATCAAGGTTAATAATGAGCATGATGGTGAGCCAGAGCTCTGCAATGTG--ATGAGCCCTCAGAATTCCTTCCCAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797158 91 +  48394510 CAACAGACGTGGGGTATCAAGGTTAATAATGAGCATGATGGTGAGCCAGAGCTCTGCAATGTG--ATGAGCCCTCAGAGTTCCTTCCCAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676550 91 - 196418989 TAACAAACGTGGGGTATCAAGGTGAATAATGAGCATGATGGTGAGCCAGAGCTCTGCAATGTG--ATGAGCCCTCAGAATTACTTCCCCAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76331.000000
s hg19.chr21     16537455 48 +  48129895 CTGTGATGACACTAAGACAAGTCACATTTAAAGGGAGCAGACTACCTG
s panTro2.chr21  15257174 48 +  46489110 ATGTGATGACACTAAGACAAGTCACATTTAAAGGGAGCAGACTACCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797249 48 +  48394510 ATGTGACGACACTAAGACAAGTCACATTTAAAGGGAGCAGACTACCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676641 48 - 196418989 ATGTGATGACACTAAGACAAGTCACAGTTAAAGGGAGCAGGGTACCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=375696.000000
s hg19.chr21     16537503 43 +  48129895 ATTGCAGTGGGGAAGTGAAGGGAGCAAGTATTTCTACCAAGAT
s panTro2.chr21  15257222 43 +  46489110 ATTGCAGTGGGGAAGTGAAGGGAGCAAGTATTTCTACCAAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797297 43 +  48394510 AATGCAGTGGGGAAGTGAAGGGAGCAAGTATTTCTATCAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676689 43 - 196418989 ATTGCAGTGGGGAAGTGAAGGGAGCATGTATTTCTACCAAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=783795.000000
s hg19.chr21     16537546 55 +  48129895 GTGTATCTGCTACCATTTAATAATATAGCCTCCAATGAAGAATAACCTATATCT-A
s panTro2.chr21  15257265 55 +  46489110 GTGTATCTGCTACCATTTAATAATATAGCCTCCAATGAAGAATAACCTATATCT-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797340 55 +  48394510 GTGTATCTGCTACCATTTAATAATATAGCCTCCAATGAGGAATAACCTATATCT-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676732 56 - 196418989 GTGTATCTGCTACCATTTAATAATATAGACTCCAGTGAAGAATAACCTATATCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=446856.000000
s hg19.chr21     16537601 49 +  48129895 AAATCAGTGAATTAGATTCCTCTAAATGCCCCCTTTGACTTAACCACAA
s panTro2.chr21  15257320 49 +  46489110 AAATCAGTGACTTAGATTCTTCTAAATGCCCCCTCTGACTTAACCACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797395 49 +  48394510 AAATCAGTGAATTAGATTTCTCTAAATGCCCCCTTTGACTTCACCACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676788 49 - 196418989 AAATCAGTGAATTAGATTCCTCTAAATGCCCCTTTTGACTTAACCACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248887.000000
s hg19.chr21     16537650 32 +  48129895 ACAGAAGAAAAAAACATCAAAAGAACTAGAAG
s panTro2.chr21  15257369 32 +  46489110 ACAGAAGAAAAAAACATCAAAAGAACTAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797444 32 +  48394510 ACAGAAGAAAAAAACATCAAAAGAACTGGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676837 31 - 196418989 ATGGAAG-AAAAAACATCAAAAGAACTAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=728620.000000
s hg19.chr21     16537682 55 +  48129895 AATCAGTCAAATGAGCTAAGGCAACCTTGGGAACATCACAGAATATTCAAGGGCA
s panTro2.chr21  15257401 55 +  46489110 AATCAGTCAAATGAGCTAAGGCAACCTTGGGAACATCACAGAATATTCAAGGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797476 55 +  48394510 AATCAGTCAAATGAGCTAAGGCAACCTTGGGAACATCACAGAATATTCAAGGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164676868 55 - 196418989 AGTCAGTCAAATGAGCTAAAGCAACCTTGGGAATATCACAGAATATTCAAGGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-85179.000000
s hg19.chr21     16537737 15 +  48129895 GAAATAGACGAATAG
s panTro2.chr21  15257456 15 +  46489110 GAAATAGACGAATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14797531 12 +  48394510 GAAATAGACGAA---
i ponAbe2.chr21 C 0 I 668
s rheMac2.chr3  164676923 12 - 196418989 GAAATAGACGAA---
i rheMac2.chr3  C 0 I 667

a score=-118874.000000
s hg19.chr21     16537752 40 +  48129895 CTCCTTTTGCAGCTGTGAGGATAGCTGCTGACTGCTGAGC
s panTro2.chr21  15257471 40 +  46489110 CTCCTTTTGCAGCTGTGAGGATAGCTGCTGACTGCTGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798211 34 +  48394510 ------TTGCAGCTGTGAGGATAGCTGCTGACTGCTGAGC
i ponAbe2.chr21 I 668 C 0
s rheMac2.chr3  164677602 21 - 196418989 -------------------GATAGCTGCTGACTGCTGAGC
i rheMac2.chr3  I 667 C 0

a score=607921.000000
s hg19.chr21     16537792 86 +  48129895 AGGATAAGAGGGACACCAGTGTGGGGAGAAAGCACTTGAGCCTGACTGAAGCTTAGGTTAGGGTCACCAGTCAGTTAGTCTGCCCA
s ponAbe2.chr21  14798245 86 +  48394510 AGGATAAGAGGGACACCAGTGTGGGGAGAAAGCACTTGTGCCTGACTGAAGCTTAGGTTAGGGTCACCAGTCAGATAGTCTGCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164677623 86 - 196418989 AGGATGAGGGAGACACCAGCGTGGGGAGAAAGCACCTGTGTCTGACAGAAGCTTAGGTTAGGGTCACCAGTCGGATAACCTGCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15257511 86 +  46489110 AGGATAAGAGGGATACCGGTGTGGGGAGAAAGCACTTGAGCCTGACTGAAGCTTAGGTTAGGGTCACCAGTCAGTTAGTCTGCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=501697.000000
s hg19.chr21     16537878 61 +  48129895 TAAAAGTCCATTCACTATTCATGCCATGAATTAAACTTTGTGGGATCTCTAAAATAGTGGA
s panTro2.chr21  15257597 61 +  46489110 TAAAAGTCCATTCACTATTCATGCCATGAATTAAACTTTGTGGGATCTCTAAAATAGTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164677709 61 - 196418989 TAAAAGTCCATTCACTATTCATGCCATGAATTAAGCTTTGTGGGATCTCCAAAACAGTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798331 61 +  48394510 TAAAAGTCCATTCACTATTCATGCCATGAATTAAACTTTGTGGGATCTCTAAAATAGTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=-80515.000000
s hg19.chr21     16537939 25 +  48129895 TTTAAAAAAATTGTTTCTCAAGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164677770 25 - 196418989 TTTAAAAAAATTGTTTCTCAAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798392 25 +  48394510 TTTTTAAAAATTGTTTCTCAAGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1062471.000000
s hg19.chr21     16537964 117 +  48129895 AATTTTTCACCTAAACAAGTATTCCCTCCCTGACTTCAGTTCTGGGAGGTAAATAAACCTCCAAGATAGTAGCATGGAATTTGCATAGTGATAATGATCAGTAAGTC-AGGTGGGATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15257683 117 +  46489110 AATTTTTCACCTAAACAAGTATTCCCTCCCTGACTTCAGTTCTGGGAGGTAAATAAACCTCCAAGATAGTAGCATGGAATTTGCATAGTGATAATGATCAGTAAGTC-AGGTGGGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798417 117 +  48394510 AATTTTTCACCTAAACAAGTATTCCCTCCCTGACTTCAGTTCTGGGAGGTAAATAAATCTCCAAGATAGTAGCATGGAATTTGCATAGTGATAATGATCAGTAAGTC-AGGTGGGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=337856.000000
s hg19.chr21     16538081 47 +  48129895 TGTGTAGTTGTGCATTTATTCCTAACTACATAGCTGTATGTTAATAC
s ponAbe2.chr21  14798534 47 +  48394510 TGTGTACTTGTGCATTTATTCCTAACTACATAGCTATATGTTAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15257800 47 +  46489110 TGTGTAGTTGTGCATTTATTCCTAACTACATAGCTGTATGTTAATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164677913 47 - 196418989 TGTGTACTTGTGCATTTATTCCTAACTACACAGCTGTATGTTAATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=511624.000000
s hg19.chr21     16538128 33 +  48129895 AGACTGCAAGAATGAATGGTAAAAAGAGGCCCT
s rheMac2.chr3  164677960 33 - 196418989 AGGCTAGAAGAATGAATGGTAAAAAGAAGCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15257847 33 +  46489110 AGACTGCAAGAATGAATGGTAAAAAGAGGCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798581 33 +  48394510 AGACTGCAAGAATGAACGGTAAAAAGAGGCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1038313.000000
s hg19.chr21     16538161 79 +  48129895 CTATTTCTTCTTCTTTGGTTGTGAGGCCACTGATGATAAAAGGACATATTTAGATAACTTGCTTTTAAGCAGTAAACGT
s rheMac2.chr3  164677993 76 - 196418989 CTAT---TTCTTCTTTGGTCATGAGGCCACTGATGATAAAAGGACATATTTAGATAACTTGTTTTTAAGCAGTAAACGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15257880 79 +  46489110 CTATTTCTTCTTCTTTGGTTGTGAGGCCACTGATGATAAAAGGACATATTTAGATAACTTGCTTTTAAGCAGTAAACGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798614 78 +  48394510 CTATTTCTTCTTCTTTGG-CGTGAGGCCACTGATGATAAAAGGACATATTTAGATAACTTGCTTTTAAGCAGTAAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1059604.000000
s hg19.chr21     16538240 47 +  48129895 TTATTCAGCAAACTATAAATCAGGATTCTTGAGTTCTATTACCTCTT
s rheMac2.chr3  164678069 47 - 196418989 TTATTCAGCAAACTATAAATCAGGAGTCTTGAGTTCTATTACCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15257959 47 +  46489110 TTATTCAGCAAACTATAAATCAGGATTCTTGAGTTCTATTACCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798692 47 +  48394510 TTATTCAGCAAACTATAAATCAGGATTCTTGAGTTCTATTACCTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1393340.000000
s hg19.chr21     16538287 60 +  48129895 CCGTTTCACCTATTCTCATGATTAGAATTTTGCAAATGATGCACCTTCTCCCTGCCTCAA
s rheMac2.chr3  164678116 60 - 196418989 CCCTTTCACCTATTCTCATGATTAGAATTTTGCAAATGGTGCACCCTCTCCCTGCCTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15258006 60 +  46489110 CCGTTTCACCTATTCTCATGATTAGAATTTTGCAAATGATGCACCTTCTCCCTGCCTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798739 60 +  48394510 CCGTTTCACCTATTCTCATGATTAGAATTTTGCAAATGATGCACCTTCTCCCTGCCTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1522703.000000
s hg19.chr21     16538347 81 +  48129895 CTTCTTTTCCAACTAAAGACTCCCACAAAACATGCCATCTACCAAATTCTCAGGAGGAAAGAGAAGAGCGATTGCAGCCAT
s panTro2.chr21  15258066 81 +  46489110 CTTCTTTTCCAACTAAAGACTCCCACAAAACATGCCATCTACCAAATTCTCAGGAGTAAAGAGAAGAGCGATTGCAGCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798799 81 +  48394510 CTTCTTTTCCAACTAAAGACTCCCACAAAACATGCCATTTACCAAATTCTCAGGAGGAAAGAGAAGAGCGATTGCAACCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164678176 81 - 196418989 CTTCTTTTCCAACTAAAAACTCCCACAAAACATGCCATCTACCAAATTCTCAGAAGGAAAGAGAAGAGCAATTTCAGCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4034588.000000
s hg19.chr21     16538428 169 +  48129895 AACCTCCTAACTTATTCAGCACAACCTCCGCCAGCAACCTCATTCTCCCTCTGGCATTCAGAGGACTCTGATGTACCCCTTGCCCTCAAAAATGCTATCAACATAATGAAAGTTGAGATGAAAAGTAACCATTTAGTGAGCTTTCTCTTGCATATGTTTTAAAATCTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14798880 169 +  48394510 AACCTCCTAACTTATTCAGCACAACCTCTGCCAGCAACCTCATTCTGCCTCTGGCATTCAGAGGACTCTGATGTACCCGTTGCCCTCAAAAATGCTATCAACGTAATGAAAGTTGAGATGAAAAGTAACCATTTAGTGAGCTTTCTCTTGCATATGTTTTAAAATCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164678257 169 - 196418989 AACCTCCAAACTTATTCAGCACAACCTCTGCCAGCAACCTCATTCTCCCTTTGGCATTCAGAGGACTCTGATGTACCCCTTGCCCTCAAAAATGCTATCAACATAATGAAAGTTGAGATGAAAGTTAACCATTTAGTGAGCTTTCTCTTGCCTATGTTTTAAAATCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=114262.000000
s hg19.chr21     16538597 20 +  48129895 TGGGAGTCAGAAGAATCTGC
s panTro2.chr21  15258316 20 +  46489110 TGGGAGTCAGAAGAATCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=459539.000000
s hg19.chr21     16538617 42 +  48129895 AGAACCTT--GAGTCTGTGCTGGGATTCACTGTGGCTGTACCAT
s rheMac2.chr3  164678446 44 - 196418989 AGAACCTTGAGAGTCTGTGCTGGGATTCACTATGGCTGTACCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14799069 44 +  48394510 AGAACCTTGAGAGTCTGTGCTGGGATTCACTATGGCTGTACCAT
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a score=446529.000000
s hg19.chr21     16538659 38 +  48129895 ATGGGGAAACCTGAGAAAATCTATGAGAACTATTTATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14799113 38 +  48394510 ATTCGGAAACCTGAGAAAATCTATGAGAACTATTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15258378 38 +  46489110 ACGGGAAAACCTGAGAAAATCTATGAGAACTATTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=576953.000000
s hg19.chr21     16538697 35 +  48129895 AGGGAGAAATGGGATGATGCCATTCCTCAACATTT
s panTro2.chr21  15258416 35 +  46489110 AGGGAGAAATGGGATGATGCCATTCCTCAACATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=924042.000000
s hg19.chr21     16538732 110 +  48129895 AAGATCAAGAAcctcaaactgagataggctttctgcctctaatttcccataactctctgtttataccattctcttcccactattgtctcatattttctggttcggctctt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14801830 84 +  48394510 GAGATTCGACAGCTCTAAGGCATGGTATAGTCAAGACCTAGCTGTGAATCCCTCTGTGCCTTAGATTCTCTTATGACCAGCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681193 83 - 196418989 GAGATTCGACAGCTCTAAGGTGTGGTATAGTCAAGACCTAGCTTTGAA-CCCTCTGTGCCTTAGATTCTCTTATGACCAGCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108156.000000
s hg19.chr21     16541430 30 +  48129895 TGGCAGGCTTCAAAATGTGacatgcagata
s panTro2.chr21  15261145 30 +  46489110 TGGCAGGCTTCAAAATATGACATGCAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14801914 30 +  48394510 TGTCAGGCTTCAAAATGTGacatgcagata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681276 30 - 196418989 TGTCAGGGTTCAAGATGTCACATGCAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72093.000000
s hg19.chr21     16541460 31 +  48129895 cagcaatgacagaaggtcagaaaaatgggtc
s panTro2.chr21  15261175 31 +  46489110 CAGCAATGACAGAAGGTCAGAAAAATGGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14801944 31 +  48394510 cagcaatgacagaaggtcggaaaaatgggtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681306 31 - 196418989 CAACAATGACAGAAGGTCAGAAAAATATGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1427123.000000
s hg19.chr21     16541491 182 +  48129895 catttcttccacatactgctttcaggaagaaagaaaaatttcttagaagatgtccttttatagctcattggccagaagacacgtttctcatggtcatgctgaaaccaatcattggcaaaagtactgtggccactgtgtttggtttaggccaattaggaaccacccctgagactgatattgga
s panTro2.chr21  15261206 179 +  46489110 CATTTCTTCCACATACTGCTTTCAGGAAGAAAGAAAAATTtcttagaagatgtccttttatagctcattggcc---agacacatttctcatggtcatgctgaaaccaatcattggcagaagtactgtggccactgtgtttggtttaggccaattaggaaccacccctgagactgaTATTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14801975 178 +  48394510 catttcttccacatactgctttcaggaagaaagaaaaatttcctagaagatgtccttttatagctcattggcc---agacatgtgtctcatggtcatgctgaaaccaatcattggcaaaagtactgtggccactgtgtttggtttaggccaattaggaaccacccc-gagactgatattgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681337 179 - 196418989 CATTTCTTCCACATACTGCTTTCAGGAAGAAAGAAAAATTtcctagaagatgtccttttatagctcattggcc---agacatgtgtttcatggccatgctgaaaccaatcattggcaaaagtactgtggccactgtgtttggtttaggccaattaggaaccacccctgagactgaTATTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1918970.000000
s hg19.chr21     16541673 143 +  48129895 gtcaatttccttcaaattatgaccacagagaaaggtagatacatgagaaaggaagaagttgatgtggtagaaattggggagatgaattgatgttggacagatgaccaatagggtttgttacaAGGTTTATTCAGAATATTTGA
s panTro2.chr21  15261385 143 +  46489110 GTCAATGTCCTTCAAATTACGACCACAGAGAAAGGTAGATACATGAGGAAGGAAGAAGTTGATGTGGTAGAAATTGGGGAGATGAATTGATGTTGGACAGATGACCAATAGGGTTTGTTACAAGGTTTATTCAGAATATTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802153 143 +  48394510 gtcaatttccttcaacttatgaccacagagaaaggtagatacatgaggaaggaagaagttgatgtggtagaaattggggagatgaactgatgttggatagataaccaatagggtttgttacaAGGCTTATTCAGAATATTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681516 142 - 196418989 GTCAATTTCCTTCAAA-TATGACCACAGAGAAAGGTAGATACATGAGGAAGGAAGAAGTTGATGTGGTAAAAATTGGGGAGACGAATTGATGTTGGGTAGGTGACCAATAGGGTTTGTTACAAGGCTTATTCAGAATATTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=445433.000000
s hg19.chr21     16541816 60 +  48129895 CattttttaatatttataaattCCAGCTTTGTCACTGCCTCTGTCACACTTACTATTGAG
s panTro2.chr21  15261528 60 +  46489110 CattttttaatatttataaattCCAGCTTTGTCACTGCCTCTGTCACACTTACTATTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802296 60 +  48394510 CattttttaatatttataaattCCAGCTTTGTCACTGCCTGTGTCACACTTACTATTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681658 60 - 196418989 CatttttaaatatttataaattCCAGCTTTGTCTCTGCCTCTGTCACACTTGTTATTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=186172.000000
s hg19.chr21     16541876 30 +  48129895 TATTTAATATGAGCTGTACTAGGACTTCAG
s panTro2.chr21  15261588 30 +  46489110 TATTTAATATGAGCTGTACTAGGACTTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802356 30 +  48394510 TATTTAATATGAGCTGTAGTAGGACTTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681718 30 - 196418989 TGTTTAATATGAGCTGTACGAGGACTTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108633.000000
s hg19.chr21     16541906 35 +  48129895 GATtgtcttaacttgggctgcgatgacaaagtatc
s panTro2.chr21  15261618 35 +  46489110 GATtgtcttaacttgggctgcgatgacaaagtatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802386 35 +  48394510 GATtgtcttaacttgggctgctatgacaaagtatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681748 35 - 196418989 GATTATCTTAACttgggctgctatgacgaaatatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39401.000000
s hg19.chr21     16541941 48 +  48129895 atagactgggtagcttctaacaaccgaaatttatttctcacagttctg
s panTro2.chr21  15261653 48 +  46489110 atagactgggtagcttctaacaaccaaaatttatttctcacagttctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802421 48 +  48394510 atagactgggtaacttctaacaacagaaatttatttctcacagttctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681783 48 - 196418989 atagactgggtagcttctaacaacagaaatttatttctcacagttctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=96836.000000
s hg19.chr21     16541989 22 +  48129895 gaggctgggaagtccaaga-tca
s rheMac2.chr3  164681831 23 - 196418989 gaggctgggaagtccaagattca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802469 22 +  48394510 gaggctgggaagtccaaga-tca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15261701 22 +  46489110 gaggctgggaagtccaaga-tca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=134016.000000
s hg19.chr21     16542011 59 +  48129895 agg----tgccagtagattcagtgtccagtgagatcctttatctgattcgcgaatggctcctt
s rheMac2.chr3  164681854 59 - 196418989 agg----tgccagtagtttcagtgtccagtgagagcctttatgtgattcgcagatggctcctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802491 59 +  48394510 aag----tgccagtaggttcagtgtccagtgagatcctttatctgattcgcagatggctcctt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 233
s panTro2.chr21  15261723 63 +  46489110 aggtgcctgccagtagattcagtgtccagtgagatcctttatctgattcgcgaatggctcctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-31425.000000
s hg19.chr21     16542070  40 +  48129895 cttcttactgtgtgctcatctggcaggagggactaaatag
s panTro2.chr21  15261786  40 +  46489110 cttcttactgtgtgctcatctggcaggagggactaaatag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681913  36 - 196418989 gttcttactgtgtgctcatctggtgggagggactaa----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14802550 233 +  48394510 I

a score=-19745.000000
s hg19.chr21     16542110  67 +  48129895 ctgtctgcattgtcttttgtaagggcactaatcccaatcatgagggctctgtctccatgagctaaat
s panTro2.chr21  15261826  67 +  46489110 ctgtctgcattgtcttttataagggcactaatcccaatcatgagggctctgtctccatgagctaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164681949  63 - 196418989 ----ctgcattgtgttttataagggcacgaatcccaatcatgagggctctgcctccatgagctaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14802550 233 +  48394510 I

a score=-28904.000000
s hg19.chr21     16542177  36 +  48129895 cacttcccaagggaaccatcacctcagaggttaaga
s panTro2.chr21  15261893  36 +  46489110 cacttcccaagggaaccatcacctcaggggttaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682012  32 - 196418989 catttcccaagggaaccatcgcctcaggagtt----
i rheMac2.chr3  C 0 I 326
e ponAbe2.chr21  14802550 233 +  48394510 I

a score=22266.000000
s hg19.chr21     16542213  37 +  48129895 tttgaacacatgaactctgggggaacacatggcaagg
s panTro2.chr21  15261929  37 +  46489110 tttgaacacatgaactctgggggaacacatggcaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682370  37 - 196418989 ttttaacacatgggctctgggggagcacatggcaagg
i rheMac2.chr3  I 326 C 0
e ponAbe2.chr21  14802550 233 +  48394510 I

a score=-52631.000000
s hg19.chr21     16542250  29 +  48129895 atattcagactagagcaTGGATATGAAGA
s rheMac2.chr3  164682407  29 - 196418989 atattcagactatagcaTGGATATTAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15261966  29 +  46489110 atattcagactagagcaTGGATATGAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14802550 233 +  48394510 I

a score=563564.000000
s hg19.chr21     16542279  60 +  48129895 TTTTAAAAGGCAATATTTCTGCTCTAGAAGAAAATATAGTCTTTTCCACACTGTTAAGAA
s panTro2.chr21  15261995  60 +  46489110 TTTTAAAAGGCAATATTTCTGCTCTAGAAGAAAATATAGTCTTTTCCACACTGTTAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682436  60 - 196418989 TTTTAAAAGGCAATATTTCTGCTCTAGAAGAAAACATAGTCTTTTCCACACTATTAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14802550 233 +  48394510 I

a score=-271892.000000
s hg19.chr21     16542339  16 +  48129895 AAGGCACAACAAAAGA
s panTro2.chr21  15262055  16 +  46489110 AAGGCACAACAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682496  15 - 196418989 AAGGCACAACAAAGA-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14802550 233 +  48394510 I

a score=19466.000000
s hg19.chr21     16542355 25 +  48129895 AAACAGTGAGAATGTCTATCACTCC
s panTro2.chr21  15262071 25 +  46489110 AAACAGTGAGAATGTCTATCACTCC
i panTro2.chr21 C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  14802783 25 +  48394510 AAACAGTGAGAATGTCTATCACTCC
i ponAbe2.chr21 I 233 C 0
s rheMac2.chr3  164682511 25 - 196418989 CAACAGTGAGAATATCTATCATTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-267038.000000
s hg19.chr21     16542380 14 +  48129895 aaaaaaaaaaaaaa
s panTro2.chr21  15262097 14 +  46489110 aaaaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  14802808  9 +  48394510 -----AAAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682536 14 - 196418989 aaaataaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=1311182.000000
s hg19.chr21     16542394 114 +  48129895 aaaaaaaGCTTTTTAGGACCTGCTGTTCCACTAATTACCAGAAGTAAATTATAGCACTTCCATATAAAATAATAAGGAAATAAGAGACTAGAGTTTCACCTATTTTCATAAGCA
s panTro2.chr21  15262111 114 +  46489110 aaaaaaaGCTTTTTAGGACCTGCTGTTCCACTAATTACCAGAAGTAAATTATAGCACTTCCATATAAAATAATAAGGAAATAAGAGACTAGAGTTTCACCTATTTTCATAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802817 113 +  48394510 AAAAAAAGCTTTTTAGGA-CTGCTGTTCCACTAATAACCAGAACTAAATTATAGCACTTCCATATAAAATAATAAGGAAATAAGAGACCAGAGTTTTACTTATTTTCATAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682552  99 - 196418989 taaaaaaGCTTTTTAGGACCTGCTGTTCCACTAATTACTAGAAGTAAATTATAGCACTTCCATATAAAATAATAAGGAAATAAGAGACTAGAGTTTTAC---------------
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=344163.000000
s hg19.chr21     16542508 41 +  48129895 CATCATTTATTATAAATGCAGGTGGATAGAGAGGGGGAGAA
s panTro2.chr21  15262225 41 +  46489110 CATCATTTATTATAAATGCAGGTGGATAGAGAGGGGAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802930 41 +  48394510 CATCATTTATTATAAATGCAGGTGGATAGAGAGGGGGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682651 28 - 196418989 -------------AAACGCAGGTGGATAGTGAGGGGGAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=622161.000000
s hg19.chr21     16542549 41 +  48129895 GTTAACAATAAGATTCCACTGGCCCCATATGAGGCCCATGG
s rheMac2.chr3  164682679 41 - 196418989 GTTAACAATAAGATTCCCCTGGCTCCGTAGGAGGCCCATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14802971 41 +  48394510 GTTAACAATAAGATTCCACTGGCCCCATATGAGGCCCATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15262266 41 +  46489110 GTTAACAATAAGATTCCACTGGCCCCATATGAGGCCCATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4555297.000000
s hg19.chr21     16542590 147 +  48129895 TATTATAGAACTAAAGAGAGCTGAGTTTTTTAATTGAAAATAAGATAAGTAATTATCTTGGATTCTTGTTCTAAGAAGGTAGTAATTAGAGTGGATCCCCACTCCAGGGTCCACACTCCTGGCTTACAACCTGATAGAACTCCCCAG
s panTro2.chr21  15262307 147 +  46489110 TATTACAGAACTAAAGAGAGCTGAGTTTTTTAATTGAAAATAAGATAAGCAATTATCTTGGATTCTTGCTCTAAGAAGGTAGTAATTAGAGTGGATCCCCACTCCAGGGTCCACACTCCTGGCTTACAACCTGATAGAATTCCCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803012 147 +  48394510 TATTATAGAACTAAAGAGAGCTGAGTTTTTTAATTGAAAATAAGATAAGTAATTATCTTGGATTCTTGTTCTAAGAAGGTAGTAATTAGAGTGGATCCCCACTCCAGGGTCCACACTCCTGGCTTACAACCTGATAGAACTCCCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682720 147 - 196418989 TATTATAGAACTAAAGAGAGCTGAGTTTTTTAATTGAAAATAAGACAAGTAATTATCTTGGATTCTTGTTCTAAGAAGGTAGCAATTAGAGTGGATCCCCACTCCGGGGTCCACACTCCTGACTTACAACCTGATAGAACTCCCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2226957.000000
s hg19.chr21     16542737 94 +  48129895 CTTGATGTTAACAGAATAAATAAAACAATATATCCCCAAATCCATGGGGAAGGCAAGAACATGATTGGGGATTTTAAATCCTGTAATTCTTGGA
s rheMac2.chr3  164682867 94 - 196418989 CTTGATGTTAACAGAATAAATAGAACAATATATCCCCAAATCCATGGGGAAGGCAAGAACATGAGTGGAGATTTTAAATCTGGTAATAGTTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803159 94 +  48394510 CTTGATGTTAACAGAATAAATAGAACAATATATCCCCAAATCCATGGGGAAGGCAAGAACATGATTGGGGATTTTAAATCCTGTAATTGTTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15262454 94 +  46489110 CTTGATTTTAACACAATAAATAAAACAATATATCCCCAAATCCATGGGGAAGGCAAGAACATGATTGGGGATTTTAAATCCTGTAATTGTTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1152212.000000
s hg19.chr21     16542831 52 +  48129895 TTCAGAGTATGGAAAATACAGGTAATTTCAGTAAGAGATCCCCACTGTTAGA
s panTro2.chr21  15262548 52 +  46489110 TTCAGAGTATGGAAAATACAGGTAATTTCAGTAAGAGATCCCCACTGTTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803253 52 +  48394510 TTCAGAGTATGGAAAATACAGGTAATTTCAATAAGAGAACCCCACTGTTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164682961 51 - 196418989 TTCGGAGTATGGAAAATACAGCTAATTTCAGTAAGAGAT-CCCATTATTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=483706.000000
s hg19.chr21     16542883 29 +  48129895 ATCTATAACACCCTATGGTGTCTTT-AAAA
s panTro2.chr21  15262600 30 +  46489110 ATCTGTAACACCCTATGGTGTCTTTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803305 30 +  48394510 ATCTATAACACCCTATGGCGTCTTTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683012 30 - 196418989 ATCTATAACACCCTCTGCCATCTTTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=861048.000000
s hg19.chr21     16542912 52 +  48129895 AGAAGAAAATGCGTCACTAGTGGCTCAATCCCATACT-----------------CCTTTAAAATGTGTT
s panTro2.chr21  15262630 52 +  46489110 AGAAGAAAATGCGTCACTAGTGGCTCAATCCCATACT-----------------CCTTTAAAATTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803335 52 +  48394510 AGAAGAAAGTGCGTCATTAGTGGCTCAATCCCATACT-----------------CCTTTAAAATTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1505580.000000
s hg19.chr21     16542964 66 +  48129895 AAGCTTGACAATTCAAGCTGATGGCAAATAACTCCTTTCTCAAGTAATGTTTTAATCTGAAAGAAA
s panTro2.chr21  15262682 66 +  46489110 AAGCTTGACAATTCAAGCTGATGGCAAATAACTCCTTTCTCAAGTAATGTTTTAATCTGAAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803387 66 +  48394510 AAGCTCGACAATTCAAGCTGATGGCAAATAACTCCTTTCTCAAGTAATGTTTTAATCTGAAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683111 66 - 196418989 AAACCTGACAATTCAAGCTGATGGCAAATAACTCCTTTCTCAAGAAATGTTTTAATCTGAAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1860040.000000
s hg19.chr21     16543030 108 +  48129895 TATATTATTTAAAAGGGAAATCCCCATTAATGCCAAGATACGGAAACAACTACTTAGAATACACAGCAACATGAAAGAGTAAGATAAAAGGAGAGAAATTGAACATCA
s panTro2.chr21  15262748 108 +  46489110 TATATTATTTAAAAGGGAAATCCCCGTTAATGCCAAGATACGGAAACAACTACTTAGAATACACAGCAACATGAAAGAGTAAGATAAAAGATGAGAAATTGAACATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803453 108 +  48394510 TATATTATTTAAAAGGGAAATCCCCATTAATGCCAAGATACGGAAACAACTACTTAGAATATACAGCAACATGAAAGAGTAAGATAAAAGAAGAGAAATTGAACATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683177 108 - 196418989 TTCATTATTTAAAAGGGAAATCCCCACTGATGCCAAGCTACGGAAACGACGACTTAGAATACACAGCAACATGAAAGAATGAGATAAAAGAAGAGAAATTGAACATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1513874.000000
s hg19.chr21     16543138 109 +  48129895 AACATGTTCCTCTAAACCAGAAACAGAAGAAAGTGTTCTTTAGAAGATTAGACAGGTCTTGAATTTTTATTGTTGGCAAAGAACAGTGTTTAAAGGCAAGAGCTCAACC
s panTro2.chr21  15262856 109 +  46489110 AACATGTTCCTCTAAACCAGAAACAGAAGAAAGTGTTCTTTAGAAGATTAGACAGGTCTTGAATTTTTATTGTTGGCAAAGAACAGTGTTTAAAGGCAAGAGCTCAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803561 109 +  48394510 AACATGTTCCTCTAAACCAGAAACAGAAGAAAGTGTTCTTTAGAAGATTAGACAGGTCTTGAATTTTTATTGTTGGCAAAGAACAATGTTTAAAGGCAAGAGCTCAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683285 109 - 196418989 AACGTGTTCCTCTAAACCAGAAACAGAAGAAAGTGTTCTTTAGAAGATTAGTAAGGTCATGAATTTTTATTGTTGGCAAAGAACAATGTTTAAAGGCAAGAGCTCAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=391680.000000
s hg19.chr21     16543247 37 +  48129895 TTTCTACAGGGCAGTGTAGTTTTTAAATTCGTGGAGC
s panTro2.chr21  15262965 37 +  46489110 TTTCTACAGGGCAGTGTAGTTTTTAAATTCGTGGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803670 37 +  48394510 TTTCTACAGGGCAGTGTAGTTTTTAAATTCATGGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683394 36 - 196418989 TTTCT-CAGGGCAGTGTAGTTTTTAAATTCATGGACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=706669.000000
s hg19.chr21     16543284 49 +  48129895 AAGATGGTGACACTGGCTGTATGTACTAGCATAAAGAATTGAAAACAAT
s panTro2.chr21  15263002 49 +  46489110 AAGATGGTGACACTGGCTGTATGTACTAGCATAAAGAATTGAAAACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803707 49 +  48394510 AAGATGGTGACACTGGCTGTATGTACTAGCATAAAGAATTGAAAACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683430 49 - 196418989 AAGATGGTGACACTGGCTGTATGTACTAGCATAAAGAATTGAAAACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 11

a score=122076.000000
s hg19.chr21     16543333 67 +  48129895 ATGACC-TGAATGATACTCAAAAACTGATATATTAAAGACTCATGTTGAGAGACAGATCATGAGCAGA
s ponAbe2.chr21  14803756 66 +  48394510 ATGATCGTGAATGATACTCAAAAACTAATATATTAAAGA--CATGATGAGAGGCAGATCATGAGCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15263051 64 +  46489110 ATGACC--GAATGATACTCAAAAACTG--ATATTAAAGACTCATGATGAGAGACAGATCATGAGCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164683479 11 - 196418989 I

a score=298651.000000
s hg19.chr21     16543400 37 +  48129895 GCCAATTTTGATTTTAAGCATAAAAGTGGATATGTTG
s ponAbe2.chr21  14803822 37 +  48394510 GGCAATTTTGATTTTAAACATCAAAGTGGATATGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 15
s panTro2.chr21  15263115 37 +  46489110 GCCAATTTTGATTTTAAGCATCAAAGTGGATATGTTG
i panTro2.chr21 C 0 I 15
e rheMac2.chr3  164683479 11 - 196418989 I

a score=-446709.000000
s hg19.chr21     16543437 32 +  48129895 TTATGAAAGTTTAAGTTTGAGTATCACACTTA
s rheMac2.chr3  164683490 32 - 196418989 TTATGAAAGTTAAAGTTTGAGTATCACACTTG
i rheMac2.chr3  I 11 C 0
s ponAbe2.chr21  14803874 32 +  48394510 TTATGAAAGTTAAAGTTTGAGTATCACACTTA
i ponAbe2.chr21 I 15 C 0
s panTro2.chr21  15263167 32 +  46489110 TTATGAAAGTTTAAGTTTGAGTATCACACTTA
i panTro2.chr21 I 15 C 0

a score=1158614.000000
s hg19.chr21     16543469 71 +  48129895 TGAAAGTTAAGCTTTGAATGTCACAAGATATTGGGGTAAAGGAAACTGAAGAGTCATCTAGTTTAACTCAA
s rheMac2.chr3  164683522 71 - 196418989 TGAAAGTTAAACTTTGAATGTCACAAGATATTGGGGTAAGAGAAACTGAAGAGTCATCTAGTTTAACTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803906 71 +  48394510 TGAAAGTTAAATTTTGAATGTCACAAGATATTGGGGTAAGAGAAACTGAAGAGTCATCTAGTTTAACTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15263199 71 +  46489110 TGAAAGTTAAGCTTTGAATGTCACAAGATATTGGGGTAAGAGAAACTGAAGAGTCATCTAGTTTAACTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1254624.000000
s hg19.chr21     16543540 76 +  48129895 ATTCTTAAGTAGAGAAGAGGGTATGAGGCTTCACAATGACAAGTGGTCTAGTTTACAGGTAATTCTTGTCCCTATT
s panTro2.chr21  15263270 76 +  46489110 ATTCTGAAGTAGAGAAGAGGGTATGAGGCTTCACAATGACAAGTGGTCTAGTTTACAGGTAATTCTTGTCCCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14803977 76 +  48394510 ATTCTTAAGTAGAGAAGAGGGTATGAGGCTTCACAATGACAAGTGGTCTAGTTTACAGGTAATTCTTGTCCCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683593 76 - 196418989 ATTCTTAAGTAGAGAAGAGGGTATGAGGCTTCACAATGACAAGTGGTCTAGTTTACAGGTAATTCTTGTCCCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3219516.000000
s hg19.chr21     16543616 179 +  48129895 TGTAGGACTTCCTGGGAGGGTCAGGTTAAGATCCCAAATAACAAAAAAGGAAGAAATGAAATGAGAAATTGCTTCTGCGAAACACAATTGTATAGCAGCTAAATTTTCTATGGTTTAAATGAGGAATACGTAACACATGCACACAAGGCTATAAATTCTTAGCCTTCCTTGCTAACTTT
s rheMac2.chr3  164683669 179 - 196418989 TGTAGGACTTCCTGTGAGGGTCAGGTTAAGATCCCAAATAACAAAAAAAGAAGAAACGAAATGAGAAATTGCTTCTGAGAAACACAATTGTATAGCAGCTAAATTTTCTATGGTTTGAATGAGGAATACTTAACACATGCACACAAGGCTATAAATTCTTAGCCTTCCTTGCTAACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804053 179 +  48394510 TGTAGGACTTCCTGTGAGGGTCAGGTTAAGATCCCAAATAACAAAAAAGGAAGAAATGAAATGAGAAATTGCTTCTGCGAAACACAATTGTATAGCAGCTAAATTTTCTATGGTTTGAATGAGGAATACTTAACACATGCACACAAGGCTAAAAATTCTTAGCCTTCCTTGCTAACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15263346 179 +  46489110 TGTAGGACTTCCTGTGAGGGTCAGGTTAAGATCCCAAATAACAAAAAAGGCAGAAATGAAATGAGAAATTGCTTCTGCGAAACACAATTGTATAGCAGCTAAATTTTCTATGGTTTGAATGAGGAATACATAACACATGCACACAAGGCTATAAATTCTTAGCCTTCCTTGCTAACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-526449.000000
s hg19.chr21     16543795 56 +  48129895 GTGTGAAGAATAGTTATATCTTTTTGTAAAAAATATGCTTTAGCATCAGAACCAGA
s panTro2.chr21  15263525 56 +  46489110 GTGTGAAGAATAGTTAAATCTTTTTGTAAAAAATATGCTTTAGCATCAGAACCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804232 56 +  48394510 TTGTGAAGAATAGTTATATCTTTTTTAAAAAAATATGGTTTAGCATCAGAACCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683848 54 - 196418989 GTGTGAAGAAGAATTATATC--TTTAAAAAAAAAATGCTTTAGCATCAGAAACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2184107.000000
s hg19.chr21     16543851 75 +  48129895 AAGCCTGTTGAATCTTAGTAAAAGCACTAATACTATTTCCATTTTTATTTCTCTTCCAATTTTGTATAAAAGGTA
s panTro2.chr21  15263581 75 +  46489110 AAGCCTGTTGAATCTTAGTAAAAGCACTAATACTATTTCCATTTTTATTTCTCTTCCAATTTTGTATAAAAGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804288 75 +  48394510 AAGCCTGTTGAATCTTAGTCAAAGCACTAATACTATTTCCATTTTTATTTCTCTTCCAATTTTATATAAAAGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164683902 75 - 196418989 AAGCCTGTTGAATCTTAGTAAAAGCACTAATACTATTTCCAGTTTTATTTCTCTTCCAACTTTATATAAAAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1821774.000000
s hg19.chr21     16543926 46 +  48129895 CATTTTCATTAGGGGAATTGGGTAGCTAATTCTCTTGGAAAGATTC
s rheMac2.chr3  164683977 46 - 196418989 CATTTTCATGAGGGGAATTAGGCAGCTAATTCTCTTGGAAAGATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804363 46 +  48394510 CATTTTCATTAGGGGAATTGGGTAGCTAATTCTCTTGGAAAGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15263656 46 +  46489110 CAATATCATTAGGGGAATTGGGTAGCTAATTCTCTTGGAAAGATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1815600.000000
s hg19.chr21     16543972 55 +  48129895 AGCTGTCACTGAGTAACACAATCTTTCCCCGCCCTCCTCGCCCAGGCTGGCAGGG
s panTro2.chr21  15263702 55 +  46489110 AGCTGTCACTGAGTAACACAATCTTTCCCCGCCCTCCTCGCCCAGGCTGGCAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804409 55 +  48394510 AGCTGTCACTGAGTAACACAATCTTTCGCTGCCCTCCTCACCCGGGCTGGCAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684023 55 - 196418989 AGCTGTCACTGGGTAACACAATCTTTCCCTGCCCTCCTCACCCGGGCTGGCAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=427429.000000
s hg19.chr21     16544027 30 +  48129895 ACTGTGCTTCAGCTAATAACAGTGGCTCTG
s panTro2.chr21  15263757 30 +  46489110 ACTGTGCTTCAGCTAACAACAGTGGCTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804464 30 +  48394510 ACTGTACTTCAGCTAACAACAATGGCTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684078 30 - 196418989 ACCGTACTTCGGCTAACAACAGTGGCTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2260550.000000
s hg19.chr21     16544057 77 +  48129895 CTTTGCTGGGATGCTTCGAGCTGCTGTGACAGCTGACAGGAGAGTAGTAACCGCTAAGGTGTCAAGCCATCCTTTCC
s panTro2.chr21  15263787 77 +  46489110 CTTTGCTGGGATGCTTCGAGCTGCTGTGACAGCTGACAGGAGAGTAGTAACGGCTAAGGTGTCAAGCCATCCTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804494 77 +  48394510 CTTTGCTGGGATGCTTCGAGCTGCTGTGACAGCTGACAGGAGAGTAGTAACAGCTAAGGTGTCAAGCCATCCTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684108 77 - 196418989 GTTTGCTGGGACACTTCGAGCTGCTGTGACAGCTGACAGGAGAGTAGTAACAGCTAAGGTGTCAAGCCATCCTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2426662.000000
s hg19.chr21     16544134 107 +  48129895 CCAATTCCATTTGCTTTGGGAATGTGCTAAGTTGAAAGTCCATAAGAGCCATTTAAGAACAAGTATTAGTAGATGGTATTATAGGTTTCTGTTCCTCTACACAGTCC
s panTro2.chr21  15263864 107 +  46489110 CCAATTCCATTTGCTTTGGGAATGTGCTAAGTTGAAAGTCCATAAGAGCCATTTAAGAACAAGTATTAGTAGATGGTATTATGGGTTTCTGTTCCTCTACACAGTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804571 107 +  48394510 CCAATTCCATTTGCTTTGGGAATGTGCTAAGTTGAAAGTCCATAAGAGTCATTTAAGCACAAGTATTAGTAGATGGTATTATAGGTTTCTGTTCCTCTACACAGTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684185 107 - 196418989 CCAATTCCATTTGCTTTGGGAATGTGCTAAGTTGAAAGTCCATAAGAGTCATTTAAGAACAAGTATTAGTGGATGGTATTATAGGTTTCTGTTCCTCTACACAGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-122200.000000
s hg19.chr21     16544241 27 +  48129895 ATTTAAGGAGGAAAAATAGTTTTTCTA
s panTro2.chr21  15263971 27 +  46489110 ATTTAAGGAGGAAAAATAGTTTTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804678 27 +  48394510 ATTTAAGGAGGAAAAATAGTTTTTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684292 27 - 196418989 ATTTAAGGAGGAAAAATAGTTTTTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=823325.000000
s hg19.chr21     16544268 77 +  48129895 ATACCATCTTAAGTGACTTTACGGTTATCGATACAAAACaccttggaaaaatatcccagtgcatatgttatcttgat
s panTro2.chr21  15263998 77 +  46489110 ATACCATCTTAAGTGACTTTATGGTTAttgatacaaaacaccttggaaaaatatcccagtgcatatgttatcttgat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804705 76 +  48394510 ATACCATCTTAAGTGA-TTTATGGTTAttgatacaaaacaccttggaaaaatatccaagtgcatatgttatcttgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684319 77 - 196418989 ATGCCATCTTAAGTGACTTTATGGTTATTGATACAAAACGCCTTGGAAAAATATCCCAGTGCATATGTTATCTTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146023.000000
s hg19.chr21     16544345 66 +  48129895 gtttaagcaagagaagatttacaaatgtttaaaatttccaaatgttttaaactttctacctaagga
s panTro2.chr21  15264075 66 +  46489110 gtttaagcaagagaagatttacaaatgtttaaaatttccaaatgttttaaactttctacctaagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804781 66 +  48394510 gtttaagcaagagaacatttacaaatgtttaaaatttccaaatgttttaaactttctacctaagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684396 52 - 196418989 GTTTAAGCAAGAAAACATTTCCAAATGTTTTCAACTT--------------CTTTCTACCTGAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=47435.000000
s hg19.chr21     16544411 29 +  48129895 atagcagatAATATTTTTCTTCAGTA--AGG
s panTro2.chr21  15264141 29 +  46489110 atagcagatAATATTTTTCTTCAGTA--AGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804847 31 +  48394510 atagcagatAATATTTTTCTTCAGTAGGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684448 29 - 196418989 AGAGCAGATACTATTTTTCTTCAGTA--AGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=434122.000000
s hg19.chr21     16544440 38 +  48129895 GGTCACAAAATATTAATTTGATACAAGATATAACAAAA
s panTro2.chr21  15264170 38 +  46489110 GGTCACAAAATGCTAATTTGATACAAGATATAACAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804878 38 +  48394510 GGTCACAAAATACTAATTTGATACAAGATATAACAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684477 38 - 196418989 TGTCACAAAATACTAATTTGATATAAGATATAACAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-208189.000000
s hg19.chr21     16544478 91 +  48129895 AGTCAATTAGATTTCCAGCGCATGTAGGGTTATGTCTTCTGTGGACTTAAAACATTCTTCATCAACAC--ttttttttattttggagacagaa
s panTro2.chr21  15264208 91 +  46489110 AGTCAATTAGATTTCCAGTGCATGTAGGGCTATGTCTTCTGTGGACTTAAAACATTCTTCATCGACAC--ttttttttattttggagacagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14804916 92 +  48394510 AGTCAATTAGATTTCCAGTGCATGTAGAGCTATGTCTTCTGTGGACTTAAACCTTTCTTCATCGACAC-ttttttttttttttggagacagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684515 93 - 196418989 AGTCAATTAGATTTCCAGTTCATGTAGGGCTATGTCTTCTGTGGACCTCAAACATTCTTCATCAACACtttttttttttttttggagacggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7825.000000
s hg19.chr21     16544569 53 +  48129895 tttttgctcctattgcccaagctggagtgcaatggtgagatatcacctcactg
s panTro2.chr21  15264299 53 +  46489110 tttttgctcctattgcccaagctggagtgcaatggtgagatctcacctcactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14805008 53 +  48394510 tttttgctcttattgcccaagctggagtgcaatggtgtgatctcagctcactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684608 53 - 196418989 tttttgctcttattgcccaagctggagtgcaacggcgcgacctcagctcgttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31641.000000
s hg19.chr21     16544622 39 +  48129895 caacctccgcctcccaggttcaagtgattctcttgcctc
s panTro2.chr21  15264352 39 +  46489110 caacctccgcctcccaggttcaagtgattctcttgcctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14805061 39 +  48394510 caacctccgcctcacaggttcaagtgattctcctgcctc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=92921.000000
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s panTro2.chr21  15264391 81 +  46489110 agccccccgagtagctgggattacaggcacgcgccaccatgcctggctaattttttgtatttttagtagagacagggtttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14805100 81 +  48394510 agcctcccgagtagctgggattacaggcacacgccaccatgcctggctaattttttgtatttttagtagagatggggtttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684700 81 - 196418989 agcctcctgagtagctaggattacaggcatgcgccaccatgcccggctaattttttgtatttttagtagagatgaggtttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=84794.000000
s hg19.chr21     16544742 77 +  48129895 accatgttggccaggctggtctcgaactcctgacctaaggtgatccacccgcgttggcctcccaaagtgctgggatc
s panTro2.chr21  15264472 77 +  46489110 accatgttggccaggctggtctcgaactcctgacctcaggtgatccacccgcgttggcctcccaaagtgctgggatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14805181 77 +  48394510 accatgttggccaggctggtctcgaactcccgacctcaggtgatccacccaggttggcctcccaaagtgctgggatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684781 77 - 196418989 accatattggccaggctggtctcgaactcctgacctcaggttatccacccgccttggcctcccaaagtgctgggatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306287.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31195.000000
s hg19.chr21     16544907 15 +  48129895 ATcca-------cagattgcaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16544922 76 +  48129895 agcactgtggaattgagttaagcactgtgggaaatCAAAACCTAATATAATACAATTCCTATTTTCAAGGATCTTC
s panTro2.chr21  15264652 76 +  46489110 AGCACTGTGGAATTGAGTTAAGCACTGTGGGAAATCCAAACCTAATGTAATACAGTTCCTATTTTCAAGGATCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164684961 76 - 196418989 AGCACTGTTAAATTGAGTTCAGCACTGTGGGAAATCAAAACCTTGTATAATACAGTTCCTATTTTCAAGGATCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 I 4

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s panTro2.chr21  15264728 59 +  46489110 CTGATTGCAAAAACAATTATATGGAAGCTTAACAATTTCTACCTAAATAAAATGACGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164685041 59 - 196418989 CTGATTGCAGAAACAATTATATGTAAGCTTAACAATTTCTACCTAAATAAAATGATGAT
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15264834 47 +  46489110 TTGCCTTGCAATCAAATGCTTCAATTCACATCTACACACTGACACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15264881 37 +  46489110 Actcactttcctcattcataagaaggctggactagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164685500 228 - 196418989 GCTCCTATTTACACATGAGGTGTTTGCTTTTTGGTTTATCTTGCTGATTTTTGCCAATCTCCCAAGTGGTTTTAACTGAAGACAAGGTTATCTTGCCATCCTTGATTTGGGGCAATCAGCCATCACAAAACAATTCTTGGTAATAAACATTAAAAGGAGAGGCCTGCAAGCAGCCCCAGAATGATAAATAAGGATATCGTTTTCCAAATAGGAAACAGGAGGAGGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16545696 34 +  48129895 ATTTAAAATAAACCACTATGAGGTTTCTTACAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=244198.000000
s hg19.chr21     16546062 44 +  48129895 GAGTTTTTCAGGATTGGGGAGGTTGAGTCCTAACACTGGGACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=424580.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=230167.000000
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a score=167290.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14807576 28 +  48394510 ATTCCTTCTTATTAAACAGAAATATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=237361.000000
s hg19.chr21     16549004 31 +  48129895 TTTTTTCTTGAGACTTCTCGTCTTACTCCAG
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a score=2840606.000000
s hg19.chr21     16549115 205 +  48129895 CCTATGAAGAAAAAACTGTTCAGATGGACTGGAGCCCTGGGCTAGGTATTACAACTGGAAACAAGGGAGAATGTGATTTAGGAAACCTTCCTAATGGTCATAGGAATTGCTTTCTTTTCTATCAAAAAATAAATTGAAGAAAATCTCTTCTCTGGTCTCCAGGCTGCAAGCTCTAAATCTTGGCTTCATGCATTAATGAAGTTAC
s panTro2.chr21  15268839 205 +  46489110 CCTATGAAGAAAAAACTGTTCAGATGGACTGGAGCCCTGGGCTAGGTATTACAACTGGAAACAAGGGAGAATGTGATTTAGGAAACCTTCCTAATGGTCATAGGAATTTCTTTCTTTTCTATCAAAAAATAAATTGAAGAAAATCTCTTCTCTGGTCTCCAGGCTGCAAGCTCTAAATCTTGGCTTCATGCATTAATGAAGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14809566 205 +  48394510 CCTATCAAGAAAGAACTGTTCAGATGGACTGGAGCCCTGGGCTAGGTATTACAACTGGAAATAAGGGAGAATGTGATTTAGGAAATGTTCCTAATGGTCATAGGAATTTCTTTCTTTTCTATCAAAAGATAAATTGAAGAAAATCTCTTCTCTGGTCTCCAGGCTGAAAGCTCTAAATCTTGGCTTCATGCGTTAATGAAGTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689146 205 - 196418989 CCTATAAAGAAAGAACTGTTCAGATGGGCTGGAGCCCTGGGCTAGGTGTTACAACTGGAAATGTGGGAGAATGTGATTTAGGAAACGTTCCTAATGGTCATAGGAATGTCTTTCTTTTCTATCAAAAAACAAATCGAAGAAAATCTCTTCTCTGGTCTCCAGACTTCAAGCTCTAAATCTTGGCTTCACGCATTAATGAAGTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=272445.000000
s hg19.chr21     16549320 114 +  48129895 ACTTCACtcaggagagctgagttaatttcttagtctgtcactcactagctgtttgacattggtcaagcaaaggtcataatcacctttgagaacttctgttttcttatttttttt
s panTro2.chr21  15269044 113 +  46489110 ACTTCACtcaggagagctgagttaatttcttagtctgtcactcactagctgtttgacattggtcaagcaaaggtcataatcacctttgagaacttctgttttctta-ttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14809771 114 +  48394510 ACTTCACtcaggagagctgagttaatttcttggtctgtcactcactagctgtttgacattggtcaagcaaaggttgtaatcaccttcgagaacttctgttttcttatttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689351 111 - 196418989 ACTGCACtctggagagctgagttaatttcttgctctgtcactcactagctgtttgacattggtcaagctactttact--tcaccgttgaggacttctgttttctta-ttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36900.000000
s hg19.chr21     16549434 13 +  48129895 taatgagagaaca
s panTro2.chr21  15269157 13 +  46489110 taatgagagaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14809885 13 +  48394510 taatgagagaaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689462 13 - 196418989 taatgagagaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=239885.000000
s hg19.chr21     16549447 36 +  48129895 aagttagggaggcaactaaatg-cctataagctcttg
s panTro2.chr21  15269170 37 +  46489110 aagttagggaggcaactaaatgccctataagctcttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14809898 37 +  48394510 aagttagggaggcaactaaatgccctataagctctta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689475 37 - 196418989 aagttagggaggcaactaaatgccctgtaagctcttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172207.000000
s hg19.chr21     16549483 25 +  48129895 ttcaactTCAAAAAGAAAATATAAA
s panTro2.chr21  15269207 25 +  46489110 ttcaactTCAAAAAGAAAATAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14809935 25 +  48394510 ttcaactTCAAAAAGAAAATATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689512 25 - 196418989 ttcaactTCAAAAAGAAAATATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=169407.000000
s hg19.chr21     16549508 40 +  48129895 TATATGGCATCAAATCTGAGCTCTTACCAAATTCCTAAGG
s panTro2.chr21  15269232 40 +  46489110 TATATGGCATCAAATCTGAGCTCTTACCAAATTCCTAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14809960 40 +  48394510 TATATGGCATCAAATCTGAGCTCTTACCAAATTCCTAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689537 40 - 196418989 TATATGGCATCAAATTTGAGCTCTTACCAAATTCCTGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132724.000000
s hg19.chr21     16549548 36 +  48129895 GCTTGATATTCTGATTATGATATGGTGATTATGATT
s panTro2.chr21  15269272 36 +  46489110 GCTTGATATTCTGATTATGATATGGTGACTATGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810000 36 +  48394510 GCTTGATATTCTGATTATGATATGGTGATTATGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689577 36 - 196418989 GCTTGATATTCTGATGATGATATGGTGATTATGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=57979.000000
s hg19.chr21     16549584 37 +  48129895 TGATTATAATTTACCAAGCAGTTGATAAGAAATTGTT
s panTro2.chr21  15269308 37 +  46489110 TGATTATAATTTACCAAGCAGTTGATAAGAAATTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810036 37 +  48394510 TGATTATAATTTACCAAGCAGTTGATAAGAAACTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689613 37 - 196418989 TGATTATAATTTGCCAAGCAGTTCATAAGAAATTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=180138.000000
s hg19.chr21     16549621 32 +  48129895 ATATGTAATCCAAAGCAAGCCCTTGAAAACCT
s panTro2.chr21  15269345 32 +  46489110 ATATGTAATCCAAAGCAAGCCCTTGAAAACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810073 32 +  48394510 ATATGTAATCCAAAGCAAGCCCTTGAAAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689650 32 - 196418989 ATATGTAATCCAAAGCAAGCCCTTGAAAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=373615.000000
s hg19.chr21     16549653 60 +  48129895 TGTGTCTCCCAAAGATAATTAGAAACTAGGATTATCCAGGCGACATTTGAATTTCTGTTA
s panTro2.chr21  15269377 60 +  46489110 TGTGTCTCCCAAAGATAATTAGAAACTAGGATTATCCAGGCGACATCTGAATTTCTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810105 60 +  48394510 TGTGTCTCCCAAAGATAATGAGAAACTAGGATTACCCAGGTGACATTTGAATTTCTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689682 60 - 196418989 TGTGTCTCCCAAAGATAATTAGAAACTAGGATTATCCAGGCCACATTTGAATTTCTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200092.000000
s hg19.chr21     16549713 44 +  48129895 GTAAAATCTTGAAAGTTGCCGTACTATGTCTCTATGCGACTGGA
s rheMac2.chr3  164689742 44 - 196418989 GTAAAATCTTGAGAGTTGCCATGCTATGTCTCTATGCGAGTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810165 44 +  48394510 GTAAAATCTTGAAAGTTGCTGTACTATGTCTCTATGCGACTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15269437 44 +  46489110 GTAAAATCTTGAAAGTTACCGTACTATGTCTCTATGCGACTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=688665.000000
s hg19.chr21     16549757 95 +  48129895 CTCAGGCTAAGGGCTACTTTCAGATCTCATTTTAGCACTCTGGACCATTCTCATCTGAATAACAACAGTGAACTTCATTTTAGTATGATGGCAAA
s panTro2.chr21  15269481 95 +  46489110 CTCAGGCTAAGGGCTACTTTTGGATCTCATTTTAGCACTCTGGACCGTTCTCATCTGAATAACAGCAGTGAACTTCATTTTAGTATGATGGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810209 95 +  48394510 CTCAGGCTGAGGGCTACTTTTAGATCTCATTTTAGCACTCTGGACCATTCTCATCTGAATAACAACGGTGAACTTCATTTTAGTATCATGGCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689786 94 - 196418989 CCCAGACTGAGGGCTACTTT-ACACCTCATTTTAGCACTCTGGACAGTTCTGATCTGAATAACAACAGTGAAATTCATTTTAGTATGATGGCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=388341.000000
s hg19.chr21     16549852 40 +  48129895 AGTCTCCTTTTCTAAACTCTAAATCACTGAAATAGTAATG
s panTro2.chr21  15269576 40 +  46489110 AGTCTCCTTTTCTAAACTCCAAATCACTGAAATAGTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810304 40 +  48394510 AATCTCCTTTTCTAAACTCTAAATCACTGAAATAGTAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689880 40 - 196418989 AGTCTCCTTTTCTAAACTCTCAATCACCGAAATAGTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=358484.000000
s hg19.chr21     16549892 54 +  48129895 GGAAATAAAATAACATTCACCATCTCTTTGAAAGAGGACAACAGAATTTGCCTG
s panTro2.chr21  15269616 54 +  46489110 GGAAATAAAATAACATTCACCATCTCTTTGAAAGAGGACAACAGAATTTGCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810344 54 +  48394510 GGAAATAAAATAACATTCACCATCTCATTGAAAGAGGACAACAGAATTTGCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689920 54 - 196418989 GAAAATAAAATAACATTCACCTTCTCATTAAAAGAGGACAACAGAATTTGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=771399.000000
s hg19.chr21     16549946 112 +  48129895 GGTGTATATGTTAGTCTGGTTTCTTCAAGACCCAAGTAACTGTTCAATCAAAAACTCAATCAATTAACAAAATCATGGACAAGCTCTGGAAAACCTGTAACAGAGGATAAAG
s panTro2.chr21  15269670 112 +  46489110 GGTGTATATGTTAGTCTGGTTTCTTCAAGACCCAAGTAACTGTTCAATCAAAAACTCAATCAATTAACAAAATCATGGACAAGCTCTGGAAAACCTGTAACAGAGGATAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810398 112 +  48394510 GGTGTATATGTTAGTCTGGTTTCTTCAAGACCCGAGTAACTGTTCAGTCAAAAACTCAATCAATTAACAAAATCATGGACAAGCTCTGGAAAACCTGTAACAGAGGATAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164689974 112 - 196418989 GGTGTGTATGTTAGTCTGGTTTTTTCAAGACCCGAGTAATTATTCAATCAAAAACTCAATCAATTAACAAAATCATGGACAAGCTCTGGAAAACCTATAATGGAGGATAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=43168.000000
s hg19.chr21     16550058 28 +  48129895 GAAGTCTTTAGAACCTAAATTGAAGGAG
s panTro2.chr21  15269782 28 +  46489110 AAAGTCTTTAGAACCTAAATTGAAGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810510 25 +  48394510 AAAGTCTTTAGAACCTAAATTGA---AG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690086 28 - 196418989 AAAGTCTTTAGAACCTAAATTGAAGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168463.000000
s hg19.chr21     16550086 26 +  48129895 AAGTACCATAAGCTTTCTCCAGAACT
s panTro2.chr21  15269810 26 +  46489110 AAGTACCATAAGCTTTCTCCAGAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810535 26 +  48394510 AAGTACCATAAGCTTTCTCCAGAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690114 26 - 196418989 AAGTACCATACACTTTCTCCAGAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-166945.000000
s hg19.chr21     16550112 29 +  48129895 TTAATACCTTTGAATTAATTAATTAAtt-t
s panTro2.chr21  15269836 30 +  46489110 TTAATACCTTTGaattaattaattaattaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810561 28 +  48394510 TTAATACCTTTGAATTAATTAATTAAtt--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690140 28 - 196418989 TTAATACCTTTGAATTAATTAATTAAtt--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=55783.000000
s hg19.chr21     16550141 46 +  48129895 tttttttttttgagacagagtctggctctattgcctaggctggagt
s panTro2.chr21  15269866 46 +  46489110 tttttttttttgagacagagtctggctctattgcctaggctggagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810589 46 +  48394510 tttttttttttgagacagagtctggctctattgcctaggctagagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690168 44 - 196418989 --tttttttttgagacggagtctggctctgtctcctaggctggagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67189.000000
s hg19.chr21     16550187 57 +  48129895 gcagtggcaccatctcggcaacctctgcctcctgggttcaagcgattctcctgtctc
s panTro2.chr21  15269912 57 +  46489110 gcagtgccaccatctcggcaacctctgcctcctgggttcaagtgattctcctgtctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810635 57 +  48394510 gcagtggcaccatctcggcaacctctgcctcctgggttcaagagattctcctgtctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690212 57 - 196418989 gcagtggcaccatctcggcaacctccgcctcccaggttcaagcgattctcctgtctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=64116.000000
s hg19.chr21     16550244 63 +  48129895 agcctctggagtagctgggattacatgcatgcaccaccacacccggctaatttttgtattttt
s panTro2.chr21  15269969 63 +  46489110 agcctctggagtagctgggattacatgcatgcaccaccacacctggctaatttttgtattttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810692 62 +  48394510 agcctccagagtagctggaa-tacatgcatgcaccaccacacctggccaatttttgtattttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690269 61 - 196418989 agcctctggagtagctgggattacaggcatgcaccaccacgc--agctaatttttgtattttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101663.000000
s hg19.chr21     16550307 80 +  48129895 attagagacggggtttcaccttgttggccaggctggtctcgaactcctgacctaaggtgatctgcctgcctcagcctccc
s rheMac2.chr3  164690330 80 - 196418989 agtagagacggggtttcaccttgttggacaggctggtctcgaactcctgacctcaggtgatctgcctgtctcagcctccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810754 80 +  48394510 attagagacggggtttcaccttgttggccaggctggtcttgaactcctgacctcaggtgatctgcctgcttcagcctccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270032 80 +  46489110 attagagacggggtttcaccttgttggccaggcttgtctcgaactcctgacctaaggtgatctgcctgcctcagcctccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=34733.000000
s hg19.chr21     16550387 37 +  48129895 aaagtgctgggattacaggtgtgagccactgcaccca
s panTro2.chr21  15270112 37 +  46489110 aaagtgctgggattacaggtgtgagccattgcaccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810834 37 +  48394510 aaagtgctgggattacatgtgtgagccactgcgcccg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690410 37 - 196418989 aaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcgccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-24946.000000
s hg19.chr21     16550424 42 +  48129895 gccTGAATAATTTTTTCTTAAGTGACAGTCTATCAGAGTTTT
s rheMac2.chr3  164690447 42 - 196418989 gccGGAATAATTTTTTCTTAAGCAACAGCCTATCAGAGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810871 40 +  48394510 gccTGAATAATTTTTTCTTAAGTGACAG--TATCAGAGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270149 42 +  46489110 gccTGAATAATTTTTTCTTAAGTGACAATCTATCAGAGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=141750.000000
s hg19.chr21     16550466 29 +  48129895 AGAAAAATTCAAATTCTGGGCAGGAGCAT
s rheMac2.chr3  164690489 29 - 196418989 AGAAAAATTCAAATTCTGGGCAGGAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810911 29 +  48394510 AGAAAAGTTCAAATTCTGGGCAGGAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270191 29 +  46489110 AGAAAAATTCAAATTCTGGGCAGGAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1629991.000000
s hg19.chr21     16550495 146 +  48129895 ACAACACATTACTATGCAAAAGGTGAAAATTAAACATTTACAAACTACCTCTAGAAAGCATTTTCGTGAAAGTTTAAAGTGTATGTTGAAGAGAAGAAATATTGATATGAAAAACTCCAGTGAGCCACAAAACTACTTGAGTCTCT
s panTro2.chr21  15270220 146 +  46489110 ACAATACATTACTATGCAAAAGGTGAAAATTAAACATTTACAAACTACCTCTAGAAAGCATTTTCGTGAAAGTTTAAAGTGTATGTTGAAGAGAAGAAATATTGATATGAAAAACTCCAGTGAGCCACAAAACTACTTGAGTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14810940 146 +  48394510 ACAACACATTACTATGCAAAAGGTGAAAATTAAGCATTTACAAACTACCTCTAGAAACCATTTTCGTGAAAGTTTAAAGTGAATGTTGAAGAGAAGAAATATTGATATGAAAAACTCCAGTGAGCCACAAAACTACTTGAGTCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690518 146 - 196418989 ACAACACATTACTATGCAAAAGGTGAAAATTAAACATTTACAAACTACCTTTAGAAAGTATTTTCGTGAAAGTTTAAAGTGTGTGTTGAAGAGAAGAAATATTGATATGAAAAACTCCAGTGAGCCACAAAAATACTTGAGTCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218039.000000
s hg19.chr21     16550641 50 +  48129895 TAACTCCATAATCATTTTCAACCACCACCACCCAGATGGAAAAACACAAG
s panTro2.chr21  15270366 50 +  46489110 TAACTCCATAATCATTTTCAACCACCACCACCCAGATGGAAAAACACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811086 50 +  48394510 TAACTGCACAATCATTTTCAACCATCACCACCCAGATGGAAAAACACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690664 49 - 196418989 TAACTCCATAATCG-TTTCAAACACCACCACCCAGATGGAAAAACACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=352956.000000
s hg19.chr21     16550691 89 +  48129895 CCTAAACGAATGTAATGCTTCCCCTCTCCTGCTTCCCAGGCAATTCATGCCTTCACACTGATG-ACTTCAGGTAGCGATCATTTAAAAGT
s panTro2.chr21  15270416 89 +  46489110 CCTAAATGAATGTAATGCTTCCCCTCTCCTACTTCCCAGCAAATTCATGCCTTCACACTGATA-ACTTCAGGTAGCGATCATTTAAAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811136 89 +  48394510 CCTGAAAGAATGTAATGCTTCCCCTCTCCTACTTCCCAACAAATTCATGCCTTCACACTGATG-ACTTCAGGTAGCGATCATTTAAAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690713 90 - 196418989 CCTGAACGAATGTAATGTTTCCCCTCTCCTGCTTCCCAGCAAATTCATGACTTCAGACTGATGAACTTCAGGTAGCAATCATTTAAAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90994.000000
s hg19.chr21     16550780 20 +  48129895 AAATGTATAATGACTTGTTA
s panTro2.chr21  15270505 20 +  46489110 AAATGTATAATGACTTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811225 20 +  48394510 AAATGTATGATGACTTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164690803 20 - 196418989 AAACGTATGATGACTTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 I 5

a score=709868.000000
s hg19.chr21     16550800 99 +  48129895 TGTGACTCTCTCCCAGCACCAGGAAACATGGATCTCTGTGTGTTTGATTACAGGTCAAATTCTCCATTCAGGGAGCAATTAAAAGTTGCTATAACTTTT
s rheMac2.chr3  164690828 99 - 196418989 TGTGACTCTCTCCCAGCACCAGGAAACATAGATATCTGTGTGTTTGATTGCAGGTCAAATTCTCCATTCAGGGAGCAATTAAAAGCTGCTGTAACTTTT
i rheMac2.chr3  I 5 C 0
s ponAbe2.chr21  14811245 99 +  48394510 TGTGACTCTCTCCCAGCACCAGGAAACATGGATCTCTGTGTATTTGATTACAGGTCAAATTCTCCATTCGGGGAGCAATTAAAAGCTGCTACAACTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270525 99 +  46489110 TGTGACTCTCTCCTAGCACCAGGAAACATGGATCTCTGTGTGTTTGATTACAGGTCAAATTCTCCATTTAGGGAGCAATTAAAAGTTGCTATAACTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=543225.000000
s hg19.chr21     16550899 36 +  48129895 AAGTCATTGAAATGAGAAAGAAAATCCAAGAAATGA
s rheMac2.chr3  164690927 36 - 196418989 AAGTCTTTGAAATGAGAAAGAAAATCCAAGAAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811344 36 +  48394510 AAGTCATTGAAATGAGAAAGAAAATCCAAGAAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270624 36 +  46489110 AAGTCATTGAAATGAGAAAGAAAATCCAAGAAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=475364.000000
s hg19.chr21     16550935 73 +  48129895 AATTTGCTTGATGATTCTATTGCCTTTATCTAACACTGATTTTCACATGAAAAGTATTGCTTTCAAAAGTCCT
s rheMac2.chr3  164690963 73 - 196418989 AATTTGCTTAATGATTTGATTGCCTTTATCTAACACTGATTTTCATATGAAAAGTATTGCTTTCAAAAGTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811380 73 +  48394510 AATTTGCTTGATGATTCTATTGCCTTTATCTAACACTGATTTTCACATGAAAAGTATTGCTTTCAAAAGTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270660 73 +  46489110 AATTTGCTTGATGATTCTATTGCCTTTATCTAACACTGATTTTCACATGAAAAGTATTGCTTTCAAAAGTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=268442.000000
s hg19.chr21     16551008 42 +  48129895 AATTAGAAGGCCACCCTTAATAGCTGCATCTACAAGACATC-A
s rheMac2.chr3  164691036 43 - 196418989 AATTAGAAGGCCACCCTTAATAGCTGCATCTAGTAGACATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811453 42 +  48394510 AATTAGAAGGCCACCCTTAATAGCTGCATCTACAAGACGTC-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270733 42 +  46489110 AATTAGAAGGCCACCCTTAATAGCTGCATCTACAAGCCATC-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=757808.000000
s hg19.chr21     16551050 61 +  48129895 GCAATACATAGTAAAAGAATTAAGCAGAATATGGGAACTTTGATATTGGTGTCTTAATGGG
s rheMac2.chr3  164691079 61 - 196418989 GCAATATATAGTAAAAGAACTAAGCAGAATATGTGAACTTTGACATTGGTGTCTTAATGCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811495 61 +  48394510 GCAATATATAGTAAAAGAATTAAGCAGAATATGTGAATTTTGACATTGGTGTCTTAATGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270775 61 +  46489110 GCAATACATAGTAAAAGAATTAAGCAGAATATGGGAACTTTGATATTGGTGTCTTAATGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=211327.000000
s hg19.chr21     16551111 28 +  48129895 GAAACAGCTTTCAATCAAGTAGCCCTGT
s rheMac2.chr3  164691140 28 - 196418989 GACATAGCTTTCAATCACGTAGCCCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811556 28 +  48394510 GAAACAGCTTTCAATCAAGTAGCCCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270836 28 +  46489110 GAAACAGCTTTCAATCAAGTAGCCCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=173070.000000
s hg19.chr21     16551139 20 +  48129895 CTGTATTCTATGTTGAAAAG
s rheMac2.chr3  164691168 20 - 196418989 CTGTACTCTATGTTGAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811584 20 +  48394510 CTGTATTCTATGTTGAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270864 20 +  46489110 CTGTATTCTATGCTGAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=561057.000000
s hg19.chr21     16551159 58 +  48129895 GAGTTTTTAAACCAAAACTACATGGATTATGCTCAATGGACTCTATCGATAATTTACA
s rheMac2.chr3  164691188 58 - 196418989 GAGTTTTCAAACCAAAACTACATAGATTATGCTCAATGGACTATTTCGATAACTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811604 58 +  48394510 GAGTTTTTAAACCAAAACTACATGGATTATGCTCAGTGGACTATATCGATAATTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270884 58 +  46489110 GGGTTTTTAAACCAAAACTACATGGATTATGCTCAATGGACTCTATCGATAATTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=67583.000000
s hg19.chr21     16551217 23 +  48129895 ACTCTTCTATTTACTATGTTCCT
s rheMac2.chr3  164691246 16 - 196418989 ACTC-------TACTATGTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811662 23 +  48394510 ACTTTTCTATTTACTATATTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15270942 23 +  46489110 ACTCTTCTATTTACTATGTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=230341.000000
s hg19.chr21     16551240 17 +  48129895 TTTAATCATAAGCTAAA
s panTro2.chr21  15270965 17 +  46489110 TTTAATCATAAGCTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811685 17 +  48394510 TTCAATCATAAGCTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691262 17 - 196418989 TTAAATCATAAGCTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=291169.000000
s hg19.chr21     16551257 44 +  48129895 TTTCTTAATGGAAAGAAAATATTAAATGGTAACAATATGGAGAT
s panTro2.chr21  15270982 44 +  46489110 TTTCTTAATGGAAAGAAAATATTAAATGGTAACACTATGGAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811702 44 +  48394510 TTTCTTAATGGAAAGAAAATATTAAATTGTTAAAATATGGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691279 44 - 196418989 TTTCTTAACAGAAAGAAAATATTAAATGGTAAAAATATGGAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=717913.000000
s hg19.chr21     16551301 118 +  48129895 ATTTGTCTTTGGTAGAACCTCTCTTTACAGCCTATGAAAGGGGAAAATCGGATACTACCAACACCAACTTTAATCTGATATATTTCTAGTCACTTTGGTTTCTGAAATCAGTCTGTGC
s panTro2.chr21  15271026 118 +  46489110 ATTTGTCTTTGGTAGAACCTCTCTTTACAGCCTATGAAAGGGGAAAATCGGATACTACCAACACCAACTTTAATCTGATATATTTCTAGTCACTTTGGTTTCTGAAATCAGTCTGTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811746 118 +  48394510 ATTTGTCTTTGGTAGAACCTCTCTTTATAGGCTATGAAAGGGGAAAATCGGACACTACCAACACCAACTTTAATCTGATACATTTCTAGTCACTTTGTTTTCTGAAATCAGTCTGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691323 118 - 196418989 ATTTGTCTTTGGTAGAACCTCTCTTTATAGGCTATGAAAGGGGAAAAATGGATTCTACCAACATCAACTTTAATCTGATATATTTCTAGTCACTTTGTTTTCTGAAATCAGTCTGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2940992.000000
s hg19.chr21     16551419 162 +  48129895 AGAAATCTTTTTCATACAATGTCACGTATTTAATCTTGGTAGTAAAACAGCATTACTAGTTAGAAGGAATACATAAAGTGAGTTTAATTATTCTTTTACTTTCCATGAATTAATAATAGAAGCATTATTTTTCTCATTGCATTTGTAATGAGTGAAGACTGA
s panTro2.chr21  15271144 162 +  46489110 AGAAATCTTTTTCATACAATGTCACGTATTTAATCTTGGTAGTAAAACAGCATTACTAGTTAGAAGGAATACATAAAGTGAGTTTAATTATTATTTTACTTTCCATGAATTAATAATAGAAGCATTATTTTTCTCATTGCATTTGTAATGAGTGAAGACTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14811864 161 +  48394510 AGAAATCTTTTTCATACAATGTCGCATATTTAATCTTAGTAGTAAAACAACATTACTAGTTAGAAGGAATACATAAAGTGAGTTTAATTATTCTTTTACTTTCCATGAATT-ATAATAGAAGCATTATGTTTCTCATTGCATTTGTAATGAGTGCAGATTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691441 162 - 196418989 AGAAATCTTTTTCATACAATGTCACATATTTAATCTTAGTAATAAAACAACATTACCAGTTAGAAGGAATACATGAAGTGAGTTTAATTATTCTTTTACTTTCCATGAATTAATAATAGAAGCATTATTTTTCTCATTGCATTTCTAATGAGTGAAGACTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=842113.000000
s hg19.chr21     16551581 119 +  48129895 CAACCCTTTCTGAACACAAATTCCAGTAACTCAGAATTATGATGAGACTTGAAGAATTTTAAACATTTCCTACATTTAAGAAGAACTcggtggctcacgcctgtaaccccagcactttg
s panTro2.chr21  15271306 119 +  46489110 CAACTCTTTCTGAACACAAATTCCAGTAACTCAGAATTATGATGAGACTTGAAGAATTTTAAACATTTCCTACATTTAAGAAGAACTcggtggctcacgcgtgtaaccccagcactttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14812025 119 +  48394510 CAACTCTTTCTGAACACAAATTCCAGTAACTCAGAATTATGATGAGACTTGAAGAATTTTAAACATTTCCTACATTTAAGAAGAACTTggtggctcacacctgtaaccccagcactttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691603  85 - 196418989 CAACTCTTTCTGAACACAAATTCCAGTAACTCCGAATCATGATGAGACTTGAAGAATTTTAAACATTTCCTACATTTAAGAAGAA----------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=65356.000000
s hg19.chr21     16551700 123 +  48129895 ggaggccaaggcttgtggatcacgaggtcaggagatcaagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcgcggtggcgggcacctgtagtc
s ponAbe2.chr21  14812144 123 +  48394510 ggaggccaaagcgggtggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggtgcggtggcgggcacctgtagtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271425 123 +  46489110 ggaggccaaggctggtggatcacgaagtcaggagatcaagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcgcggtggcgggcacctgtagtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164691688   0 - 196418989 C

a score=52203.000000
s hg19.chr21     16551823 78 +  48129895 ccagctactcaggaggctgaggcaggagagtggcgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcccacca
s panTro2.chr21  15271548 78 +  46489110 ccagctactcaggaggctgaggcaggagagtggcgtgaacctgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcccacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14812267 78 +  48394510 ccagctactcgggaggctgaggcaggaaagtggtgtgaacccaggaggcggagtttgcagtgagccgagatcgcacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164691688  0 - 196418989 C

a score=18468.000000
s hg19.chr21     16551901 34 +  48129895 ctgcactccagcctgggtgacagagcgatactcc
s panTro2.chr21  15271626 34 +  46489110 ctgcactccagcctcggtgatagagcgagactcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14812345 34 +  48394510 ctgcactccagcctgggtgatagagcgagactcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164691688  0 - 196418989 C

a score=-35429.000000
s hg19.chr21     16551935 34 +  48129895 gtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaag-agaaGAG
s ponAbe2.chr21  14812379 31 +  48394510 atctcaaaaaaaaaaaaacaaaaa----agaaGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271660 35 +  46489110 gtctcgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagaaGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164691688  0 - 196418989 C

a score=49451.000000
s hg19.chr21     16551969 22 +  48129895 CTGCTCTTTCAAAACTACTGCC
s ponAbe2.chr21  14812410 22 +  48394510 CTGCTCTTTCAAAAATACTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271695 22 +  46489110 CTGCTCTTTCAAAACTACTGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691688 22 - 196418989 CTGCTCTTTCAAAAATACTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=412351.000000
s hg19.chr21     16551991 27 +  48129895 ACTGTTGAAGAAATTCAAGATTGTCAT
s ponAbe2.chr21  14812432 27 +  48394510 ACTGTTGAAGAAATTCAAGATTGTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271717 27 +  46489110 ACTGTTGAAGAAATTCAAGATTGTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691710 27 - 196418989 ACTGTTGAAGAAATTCAAGATTGTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=97364.000000
s hg19.chr21     16552018 23 +  48129895 AAATGCT--CGTGTAGGTTTTAAGG
s ponAbe2.chr21  14812459 25 +  48394510 AAATGCTCACATGTAGGTTTTAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271744 23 +  46489110 AAATGCT--CGTGTAGGTTTTAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691737 25 - 196418989 AAATGCTCATGTGTAGGTTTTAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=280153.000000
s hg19.chr21     16552041 41 +  48129895 AAAAAGTTATCTGAGAAATATAATAAATCATCTGGGTTTTT
s ponAbe2.chr21  14812484 41 +  48394510 AAAAAGTTATCTGAGAAATATAATAAATCATCTGGGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271767 41 +  46489110 AAAAAGTTATCTGAGAAATATAATAAATCATCTGGGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691762 41 - 196418989 AAAAAGTTATCTGAGAAATAGAATAAATCATCTGGGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=42556.000000
s hg19.chr21     16552082 10 +  48129895 CATTTGTTTT
s ponAbe2.chr21  14812525 10 +  48394510 CATTTGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271808 10 +  46489110 CATTTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691803 10 - 196418989 CATTTGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=959945.000000
s hg19.chr21     16552092 77 +  48129895 ACCAAACAGTTATAATTTTCCTCTTGTTACAGTGAACTTTTTATTGCCCAGAATCCAATTGGTAAAAGCTCTTTATT
s ponAbe2.chr21  14812535 73 +  48394510 ACCA----GTTATAATTTTCCTCTTGTTACAGTGAACTTTTTATTGCCCAGAATCCTATTGGTAAAAACTCTTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271818 77 +  46489110 ACCAAACAGTTATAATTTTCCTCTTGTTACAGTGAACTTTTTATTGCCCAGAGTCCTATTGGTAAAAACTCTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691813 77 - 196418989 ACCAAACAGTTATAATTTCCCTCTTGTTACAGTGACCTTTTTATTGCCCAGAATCCTATTGGTAAAAACTCTCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=211768.000000
s hg19.chr21     16552169 49 +  48129895 AACCAAAACTTATTTGTACTACCTCCCCTGACACTATCGTAAAAATGTT
s ponAbe2.chr21  14812608 49 +  48394510 AACCAAAAGTTATTTGTACTGCCTCCCCCAACACTATCGTAAAAATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15271895 49 +  46489110 AACCAAAACTTATTTGTACTACCTCCCCCGACACTATCGTAAAAATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164691890 49 - 196418989 AACCAAAACGTATTTGTACAACCTCCCCCGACACTATCGTAAAAATGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1014440.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14813137 105 +  48394510 aaaccaaagcccagaagttaagtgGTACTGGATTTGGACCAATATCCAAGTCCAAGTTTCCATTCAATGTATTTTCCATAACAGAACGCTTTTAAAAAATAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164692355 105 - 196418989 aaaccaaagcccagaagttaagtgaTATTGGGTTTGGACCAATATCCAAGTCCAATTTTCCATTCAATGTCTTTTCCATAACAGAACAATTTTAAAAAATAGATA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15272672 289 +  46489110 tattatta--ttattatttgagatggagtctcgctctgtcacccacgctggagtgcagtggcgtaattttggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcctgagtagctgagtagctgagtagctgggactgcaggcacccaccaccatgcccagctaa-ttttttgtgtttttagtagagacagggtttcaccgtgttagccaggatggtctggatctcctgacctcgtgatccacacgtctgggcctcccaaagtgctaggatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14813403 281 +  48394510 TATTATTA--TTAttttttgagatggagtctcgctctgtcacccacgctggagtgcagtggtgcaattttggctcactgcaagctccacctcctggattcacgccattctcctgcctcagcctc--------ctgagtagctgagtagctgggactacaggtgcccaccaccatgcccagctaa-ttttttgtgtttttagtagagacggggtttcactgtgctagccaggatgatctccatctccagaccttgtgatccacccgtctgggcctcccaaagtgctgggatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164692616 275 - 196418989 taccattatttttttttttgagatagagtcttgctctgtcacctaggctggagtgcagcgacgcaatcttggctcactgcaagctccgcctcctgggttcacaccattctcctgcttcagcctc----------------ctgagtaactgagactacaggtgcccaccaccatgcccagctaa-tttgttatgtttttagtggagacggggtttcaccgtgttaaccaggatggtctcgatctcctgaccttgtgatccacccacctgggcctcccaaagtgctgggatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16556998 63 +  48129895 ggtggatgaatgaatGGATGAATGGATAGGGAGAGAAAAACAAGACTCAGTAGGCTACTGAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1906643.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14817596 241 +  48394510 TTGTCTGGCCTGGGGCTGCTGAACTAGAACTAACTCACCCCATGCTCCCACAGTTGAGTCAACTGGAGAGAAAAAAATGAGGGAAGTAATCTCAAGCAGTTATTATATGACATCTGTGCTACTTGATAGGAGTCGCTGCTGAGAGGAGAAGAAGCTTCCTCCATTTTAACCAAGGTTCTTGCAGTTCAACTTTCCTCCTGGTATGAGGAGAGAAGAGATTATTATTCTGTAGAGATCCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=739909.000000
s hg19.chr21     16557302 62 +  48129895 AAGGTGGGTAAATCGGGAtgatacagaaaagaatctttgaaatatgacacacatgggaacca
s panTro2.chr21  15277101 62 +  46489110 AAGGTGGGTAAATcaggatgatacagaaaagaatctttgaaatatgacacacatgggaacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164696914 62 - 196418989 AAGGTGGGTAAATAGGAAtgatacagaaaagaatctttgaaatatgacacacttgggaacca
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a score=1345340.000000
s hg19.chr21     16557364 91 +  48129895 accagaatttagccaattactaattagctgagaaatctgggacaagttacgtggtttcactgagtatctggctcttcatctacaaatt-aaa
s panTro2.chr21  15277163 91 +  46489110 accggaatttagccaattactaattagctgagaaatctgggacaagttacgtggtttcactgagtatctggctcttcatctacaaatt-aaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1167904.000000
s hg19.chr21     16557455 101 +  48129895 ttcataatatctgctttgcagcatgatcagaggagctctaaggagcatatgttcagtgcctggcacagagagatactcaataaatatttTCATTTAAAATA
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a score=262846.000000
s hg19.chr21     16557556 64 +  48129895 ACCATGTATATGCATTACCTTATTTTTAGTTGTATAATGACATTTTATTTCACTAAATTTGACA
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s rheMac2.chr3  164697233 176 - 196418989 TTAATATTGTTGGAAATTATCCTCTTGGTTAACTCTGATTTTCCTGCAGAAAAAGAGATTCATTTTTCTTTCAATGAGGTAAGTATTTAGCGCCTACCATCAGGCAAAATGGTGCATCTAGAGGGCCTGTAATATTCTTAGGAAAACGTCAAATAAAATGGGGTGACCACAAGAAA
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a score=229919.000000
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a score=101534.000000
s hg19.chr21     16557893 32 +  48129895 aatgtttgtgtccttccaaaatttatatgtca
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s hg19.chr21     16557925 47 +  48129895 aaatcctaaccctaaggtgatggtactggaagcgtggcctttgggag
s rheMac2.chr3  164697536 47 - 196418989 aaatcctaaccctaaggtggtggtattggaagtgtggcctcggggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14818460 47 +  48394510 aaatcctaaccctaaggtgatggtactagcagcatggcctttgggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15277724 47 +  46489110 aaatcctaaccctaaggtgatggtactagaagcgtggcctttgggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=87980.000000
s hg19.chr21     16557972 59 +  48129895 gtacctaggttatgaaagtggagccctcatgatggaattagtgcctttataaaaaggaa
s rheMac2.chr3  164697583 59 - 196418989 gtaactgggttgtgaaagtggagccctcgtgatggaattagtgcctttatcaaaaggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14818507 59 +  48394510 gtaactaggttatgaaagtggagccctcgtgatggaattagtgcctttataaaaaggaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15277771 59 +  46489110 gtacctaggttatgaaagtggagccctcatgatggaattagtgcctttataaaaaggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8407.000000
s hg19.chr21     16558031 31 +  48129895 cccagagagctcttttgctctctttccaacc
s rheMac2.chr3  164697642 31 - 196418989 cccagaatgctcttttgctctctttccaacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15277830 31 +  46489110 cccagagagctcttttgctctctttccaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=27173.000000
s hg19.chr21     16558062 58 +  48129895 gttgagaggacaaggagaagcaggcagtctatgacctggagaagtccctcatcagaac
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=23855.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15277919 20 +  46489110 ccaatcatgctggcaccctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=188849.000000
s hg19.chr21     16558140 85 +  48129895 acctgagttccatcctgtaggactgagggaaatgaatttctgttgtttataagtcacctggtctctggtgttttgttatagtggc
s panTro2.chr21  15277939 85 +  46489110 acctgagttccatcctgtaggactgagggaaatgaatttctgttgtttataagtcatctggtctatggtgttttgttatagtggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164697751 85 - 196418989 atctgagttccatcctgtagaactgagggaaatgaatttctgttgtttataagccacctggtctctggtgttttgttacagtggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-203368.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15278024 33 +  46489110 acaaatggacACATGCATACATATGCATATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16558258 46 +  48129895 TAAGAAGGAGCTCATGGTTGCTTGGGTTTAAAGAATAATATTTGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14818793 46 +  48394510 TAAGAAGGAGCTCATGGTTGCTTGGATTTAAAGAATAATATTTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164697869 46 - 196418989 TAAGAAGGAGCTCATGGTTGCTTGGGTTTAAAGAATAATATTTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16558304 114 +  48129895 TACTCCACTCATATTAACTTTCAACAAGTATAGAAGGTCAAATGTGAACCCACAATGTCTCTGAATTGGTTACCACGTCATGAGTTCTAGCACTAGGTCCTTAAGATGTTAACC
s rheMac2.chr3  164697915 111 - 196418989 TACTCCACTCATATCAACCTCCAACAATTAT---AAGTCAAATGTGAACCCACAATGTGTTTCAATTGGTTACCATGTCATGAGTTCTAGAACTAGGTCCTTAAGATGCTAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14818839 114 +  48394510 TATTCCACTCACATTAACCCTCAACAATTATAGAAGGTCAAATGTGAACCCACAATGTCTCTGAATTGGTTACCACGTCATGAGTTCTAGCACTAGGTCCTTAAGATGTTAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15278103 114 +  46489110 TACTCCACTCATATTAACTTTCAACAAGTATAGAAGGTCAAATGGGAACCCACAATGTCTCTGAATTGGTTACCACGTCATGAGTTCTAGCACTAGGTCCTTAAGATGTTAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164698026 98 - 196418989 TTTCCTTTCTTCAGAACAAATAAAATTCGTCATGAGAATAAACAAGTGACCTAAGAGAAGGGTGCCTGATGGGTCACTCTATATGATGCCTAACACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14818953 98 +  48394510 TTTCCTTTCTTCAAAACAAACAAAATTGGTCATAAGAATATACAAGTGACCTAAGAGAAGGGTGCCTGATGGGTCACTCTGTATGATGCCTAACACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15278217 98 +  46489110 TTTCCTTTCTTCAAAACAAATAAAATTGGTCATAAGAATAAACAAGTGACCTAAGAGAAGGGTGCCTGATGGGTCACTCTGTATGATGCCTAACACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=604024.000000
s hg19.chr21     16558516 62 +  48129895 CACAGGCTGTTACAGCAACC-GGCTCCAATATCCTAAACTCAACTATTTGACTTTGACTCTCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14819051 62 +  48394510 CACAGGCTGTTATAGCAACC-GGCTCCAATATCCTAAACTCAATTATCTGACTTTGACACTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15278315 62 +  46489110 CACAGGCTGTTACAGCAACC-GGCTCCAATATCCTAAACTCAACTATTTGATTTTGACTCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16558578 92 +  48129895 CCCTCTTTCTTGTCCGTTCCTTCAGGT-GACCATCCCATTAGAAGAAGACAGATGCAGCAGAGAGGCCACTAACTGTCCATGTCACAGGATAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15278377 92 +  46489110 CCCTCTTTCTTGTCCATTCCTTCAGGT-GACCATCCCATTAGAAGAAGACAGATGCAGCAGAGAGGCCACTAACTGTCCATGTCACAGGATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16558670 33 +  48129895 TCCTCCTACACCCCCCTCCCTCCCTGAAGTGGT
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s hg19.chr21     16558703 83 +  48129895 CTGTTCTCTACAATCATCTCATCATCCCCATGTTTTAACTTGTTTTCATAATTTTTCAGAACCCTAATCTCAATCACATATGA
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s panTro2.chr21  15278502 83 +  46489110 CTGTTCTCTACAATCATCTCATCATCCCCATGTTTTAACTTGTTTTCATAATTTTTCAGAACCCTAATCTCAATCACATATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15278585 52 +  46489110 GTATTAGTAGATTTCATTATTTAAATGATTTAAAATAAGGTCTGGATGACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15278637 133 +  46489110 GGTATGCTTGTCTGATTTAGGTAGTCTACTTCATTTAAAGAAGTACTTAGTTGCCTAAATAAGATTTAAACATTTGGATTTGGGAATCTCCTTTCACTTGTTCTTTTCCTGGTCCATAAGAAGAGCCAGAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=21185.000000
s hg19.chr21     16558971 21 +  48129895 ACAGCATGCCTCTCTATTTCA
s rheMac2.chr3  164698581 21 - 196418989 ACAGCTTGCTTCTCTATTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=437792.000000
s hg19.chr21     16558992 30 +  48129895 GAGCTACATTAAGGTGAGTTTAAAAACAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=842763.000000
s hg19.chr21     16559022 94 +  48129895 TTAACTTGTTGAATGCCAGGAAGAAAAACAATATTTGGGAATAAAATCTGATGGAGATAAGATTTGGCTATTGAGGAAATTATCTTCGAATAAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15278821 94 +  46489110 TTAACTTGTTGAATGCCAGGAAGAAAAACAATATTTGGGAATAAAATCTGATGAAGATAAGATTTGGCTATTGAGGAAATTATCTTCGAATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=633798.000000
s hg19.chr21     16559116 45 +  48129895 CAATCATATACAACTCAATTCTTAATTAGTTGAATCAAGCTATTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14819651 45 +  48394510 CAATCATATAAAACTAAATTCTTAATTAGTTGAATCAAGCCATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=572602.000000
s hg19.chr21     16559161 65 +  48129895 TTAAGTGAGAATCattaaataaaattttaaaattaGT--TCTCAAATTATTTTTTAACCCGAAGATG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=441389.000000
s hg19.chr21     16559226 84 +  48129895 TATCaataataaatatattaaaataGCATGTACAGCACGCAGTTTGATAAAAATTGATTAGGATGGATTATACAGCCCTCCCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14819763 84 +  48394510 TATCaataataaatatattaaaataGCATGTACAGCATGGAGTTTGATAAAAATTGATTAGGATGGATTATACAGCCCTCCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164698838 84 - 196418989 TTTCAATAATAAATACATTAAAATAGCACGTACAGCATGCAGTTTGATAAAAATTGATTAGGATGGATTATACAGCCCTCCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=517623.000000
s hg19.chr21     16559310 36 +  48129895 AAGTAGTTCTGCACTGAATTCTGAAGGTAACAGGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=111313.000000
s hg19.chr21     16559346 29 +  48129895 TGAGTGGGAAGGAGCCATG-AAAAAAATGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=327785.000000
s hg19.chr21     16559375 43 +  48129895 AAACTTGTTACAACAGAAAACTACACTTGTGATTC--CAAAAAAG
s panTro2.chr21  15279174 43 +  46489110 AAACTTGTTACAACAGAAAACTACACTTGTGATTC--CAAAAAAG
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s ponAbe2.chr21  14819912 43 +  48394510 AAACTTGTTACAGCAGAAAACTACACTTGTGATTC--CAAAAAAG
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a score=439157.000000
s hg19.chr21     16559418 24 +  48129895 AGTGGTTTGGGTGATTTCCAGTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=576759.000000
s hg19.chr21     16559442 77 +  48129895 TTCTTGGGAGAAAAAGAGCAGGAACTATAATCTCACAACATAATGAGTTGGGATACGAGACTGAAGTATAAAGATGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14823657 54 +  48394510 AGTCCACAAGTGCAGTATTTCAACTATAACATAGCATGAAGAAAGGGCAGGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15282950 12 +  46489110 AAAGAAAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14823711 12 +  48394510 GAAGAAAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15283291 54 +  46489110 TTTTTGAATCTTGAGAATTTAATTGTACAAAACTACAGTATAAAACTCATACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=41649.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15283345 32 +  46489110 TGG-TTTTTTCTTGGTGGATAAGACTTAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16563597 49 +  48129895 GATACCATAAAAATGTAAAGTAGATACACAGTCACTCTTTCACGTTATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16563646 55 +  48129895 ATATTTTCATTATTTTATTAGCATTTATTCCTGATATTTTTGTTTTAATATTTCT
s rheMac2.chr3  164703247 55 - 196418989 ATATTTTCATTATTTTATTAGCATTTATTCTTGATATTTTTGTTTTAACATTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=329251.000000
s hg19.chr21     16563701 46 +  48129895 TTGGCGTGGCTTTATTTTCCAAATAGAATTTAAGCTGCATAAGAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=499094.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164703407 44 - 196418989 TAATTTGTAGAGAGTTGCCTATTAAATGTCAAATCTATATACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16564217 92 +  48129895 TTTGAAGATGTATTTGTAATAAATGGTGATTTGATTTTCCTTCTCTCACTCTTTATATGTTTTTTGTTACCAGAGTAATGGGACTTCTCCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16564309 25 +  48129895 GATTTCAGCTCCTATCCCCAACTCA
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a score=848163.000000
s hg19.chr21     16564334 46 +  48129895 TTCCAACAATATATTTTGCAACCATCTCTTTACCCATGACCATATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1357920.000000
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s hg19.chr21     16564448 104 +  48129895 AAAGGGAAAAGGAATAAGGACGGGATAGGATTTAAAAGAACAAAGATATTTGAGGGGAGGACAGGCGAGGGAGAAAGTGACAGAGCCCTAAAATGATCTCTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15284335 44 +  46489110 GCAGTCTACCCT-CCCCCAAAATCAGTGCACTTAAATGTCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14825101 42 +  48394510 GCAGTCTACCCT-CCCCCCAAATCAGTGCACTTAAATGTC--TTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164704156 43 - 196418989 ATATTTTACCCTCCCCCCCAAATCAGTGCACTTAAATGTC--TTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14825305 192 +  48394510 GCCTATGTTGAAACAAAC-AA------AAAAAAGATTCCAGAACATTCAGACTAGAAGGTGAAGCAAGATCCTGTTGGGCGACAGAAGAAATCTGTTTGGGAGCCTGACAGTGATGGCTGAAGGAAGAGGACTGAGCTGACTGGAGCTGACTAATACACATTTCTAGTAGGTGGAATAACAAAAGGGATACAACTAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164704361 199 - 196418989 GCCTGTGTTGAAACAAACAAACAAACAAAAAATGTTTCCAGAACGTTCAGACTGGAAGGTGAAGCAATATCCCGTTGGGCGACAGAAGAAATCTGTTTGGGAGACTGAAAGTGATGGCTGAAGGAAGAGGATTGAGCTGACTGGAGCTGCCTAATACACACTTCTAGTAGGTGAAATAACAAAAGGGATACTACAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15284734 56 +  46489110 AATAGGAGTTTGTTACAAATTGTGAAAGACACCTAATAAATTACAAGGGACACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14825497 56 +  48394510 AATAGGAGTTTGTTACAAATTGTGAAAGACACCTAATGAATTACAAGGGAGACAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68280.000000
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s panTro2.chr21  15284790 54 +  46489110 CTATGGGGCACTGACTTAGATAAAACTAGAAGAGCAAAATGCAAAGCAAttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14825553 54 +  48394510 CTATGGGGCAGTGACTTAGATAAAACTAGAAGAACAAAATGTAAAGCAAttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164704616 38 - 196418989 CTATGGGGCAGTGACTTAGATAAAACTAGAAGAGCAAG----------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15284844 117 +  46489110 ttattt----------tttaatttaatttaatgtaatttaatgtaatttaatttaattttttgagacagagtcttgcttagttgcccaggctggagtgcagtggcacaacctcggctcactgcaagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14825607 104 +  48394510 ----------------ttttattt-------tttaatttaatttaatttaatttaattttttgagacagagtcttgcttagttgcccaggctggagtgcagtggcacgatctcggctcaccgcaagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164704654   0 - 196418989 C

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s panTro2.chr21  15284961 207 +  46489110 tctgcctcccgggttcacgcccttctcctgcctcagcctccccagcagctgggactacaggcgccggccaccatgccctgctaatttttt---------gtagagatggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccacccgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcgcccggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14825711 216 +  48394510 tccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctccccagcatctgagactacaggcgcccgccaccatgccctgctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccatgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccagccacctcagcctcccaaagtgctgggattacgggcgtgagccaccgcgcctggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164704654   0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16565539 42 +  48129895 AATTAATCATTTTCCAGTTCTGGTTAACAAACTATATTGCCT
s rheMac2.chr3  164704798 42 - 196418989 AATTCATCATTTTCCAGTTCTGGTTAACAAACTATATTACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16565581 118 +  48129895 CCCTTGGAGGTGTACAGTATGTGCATACAAAAACCTGCATTAAATATGTTACAAAA--AGTCTGCCCAGAATTGGGCAAAAGAGAGCCCCATGGTGTCCTCAATTGAGGCCATATACTTT
s rheMac2.chr3  164704840 120 - 196418989 CCCTTGGAGGTGTACAATGTGTGCATACAAAAACCTGCATTAAATATGTTACAAAAATATGTTGCCCAGAATTGGGCAAAAGAGATCCCGGTGGTGTCCTTAATTGAGGTCACATACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14826115 118 +  48394510 CCCTTGAAGGTGTACACTATGTGCATACAAAAACCTGCATTAAATATGTCACAGAA--AGTCTGCCCAGAATTGGGCAAAAGAGAGCCCCATGGTGTCCTCAATTGAGGCCATACACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15285355 118 +  46489110 CCCTTGGAGGTGTACAGTATGTGCATACAAAAACCTGCATTAAATATGTTACAAAA--AGTCTGCCCAGAATTGGGCAAAAGAGAGCCTCATGGTGTCCTCAACTGAGGCCATATACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16565699 9 +  48129895 TGAAGACCT
s rheMac2.chr3  164704960 9 - 196418989 TCAAGACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15285473 9 +  46489110 TGAAGACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=272354.000000
s hg19.chr21     16565708 28 +  48129895 CACAGTTAACAAATGAAATATGAGAGAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14826242 28 +  48394510 CACAGTTAACAAATGAAATATGAGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15285482 28 +  46489110 CACAGTTAACAAATGAAATATGAGAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=181318.000000
s hg19.chr21     16565736 30 +  48129895 TATGATTTAAGATTTCTTTGAATGCCCAAA
s rheMac2.chr3  164704997 30 - 196418989 TATGATTTAAGATTTCTTTGAATGCCCAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
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i panTro2.chr21 C 0 I 8

a score=88180.000000
s hg19.chr21     16565766 25 +  48129895 TAGTAAATGAAATTATATGTTCtat
s rheMac2.chr3  164705035 25 - 196418989 TAGCAAATGAAATTCTATGTTCTAT
i rheMac2.chr3  I 8 C 0
s ponAbe2.chr21  14826308 25 +  48394510 TAGCAAATGAAATTATATGTTCtac
i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
s panTro2.chr21  15285548 25 +  46489110 TAGCAAATGAAATTATATGTTCTAT
i panTro2.chr21 I 8 C 0

a score=218631.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15285573 86 +  46489110 AAAGTGCTCCACAAATCCTGGTACAAAAGCAG----TCAGTAACTTTTTTTCATTTTCAGTTAACTGCTGTGGGACtatcttggtgcatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16565877 209 +  48129895 ttgcactgctgtaacagaatatcagagacagtgtaatttacaaagcaaatagttttttcctcacagttctggagtttggaaagtccatgatggaggggttggaatctggtgagggaggagggcatcacgtgggtga--aggggagcaggagattgaactcacagcctgaagctttcttataattgacatgaatccattcatgagggtagag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164705634 191 - 196418989 -GCTTCTCGAAGATTAGCCCTACACAGTTGGAACAGTGATGACTGGCCCAGAATGGTGTCTTCCTTATGTGTAGAGATACCCATGAGAACGCTGCAATTATCTCGCTTCATCAGTTCTAAGGTTGGCCAAAGCCTGTCCATGTTTGAAGCCCCAACAATTGCTGTTATGCACAAACAGTCCATTCTAAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14826916 156 +  48394510 TGCCTCTCAAAGATTAGTCCTACACAGTTGGAACAGTGATGACTGGCCCAGAAT------------------------------------GCTGCAATTATCTCACTTCTTCAGTTCTAAGGTTGGCCAAAGGCTGTCCATGTTTGAAGTCCTAGCAATTGCTGTTATACACAAACAGTCCATTCCAAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286149 156 +  46489110 TGCCTCTCAAAGATTAGTCCTACACAGTTGGAACAGTGATGACTGGCCCAGAAT------------------------------------GCTGCAGTAATCTCACTTCTTCAGTTCTAAGGTTGGCCAAAGGCTGTCCATGTTTGAAGTCCCAGCAATTGCTGTTATACACAAACAGTCCATTCTAAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=522510.000000
s hg19.chr21     16566524 124 +  48129895 CAAGCTACTAGTAAGGGACCGGA------------------GTA---------AGGTCCTGGACCCCCGTGGTTTTTCCTCCTCAGTGAGCTACCTAAGGGAGAAGTAACTGATCTTGCTGCCTTTACCCACATCTCTCACATTTACCTTT
s rheMac2.chr3  164705825 151 - 196418989 CAAGCTACTACTAAGGGACTGGGGCTGATCCAGTTTTGTGTATACTAACTCCAAGGTCCTGGACTCCCATGGCTTTTCCTCCTCAGTGAGCTACCTAAGGAAGAAGTAACTGATCTTGCCGCCTTTACCCACATCTCTCACATTTACCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827072 151 +  48394510 CAAGCTACTAGTAAGGGACTGGAGCTGATCCACATTCGTGTATACTAACTCCCAGGTCCCGGACCCCAGTGGCTTTTCCTCGTCAGTGAGCTACCTAAGGGAGAAGTAACTGATCTTGCCGCCTTTACCCACATCTCTTACATTTACCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286305 151 +  46489110 CAAGCTACTAGTAAGGGACTGGAGCTGATCCACTTTCGTGTGTACTAACTCCCAGGTCCTGGACCCCCGTGGTTTTTCCTCCTCAGTGAGCTACCTAAGGGAGAAGTAACTGATCTTGCTGCCTTTACCCCCATCTCTCACATTTACCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=886895.000000
s hg19.chr21     16566648 87 +  48129895 TGCTCACCTTTCTCAGGGACGCAATCCTCAGTGATTTAGTCAAGGTGCTATatccttttcaggaaggttcccaagtaattccatggt
s rheMac2.chr3  164705976 84 - 196418989 TGCTTACCTTTCTCCAGGAAGCAATCCTCAGTGATTTAGCCAAGGTGCCATATCCTTTTCAGGAAGGTTCCCAAGTA---CCATGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827223 87 +  48394510 TGCTCacctttctcagggatgcaatcctcggtgatttagtcaaggtgctatatccttttcaggaaggttcccaagtaattccatggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286456 87 +  46489110 TGCTCACCTTTCTCAGGGACGCAATCCTCAGTGATTTAGTCAAGGTGCTATATCCTTTTCAGGAAGGTTCCCAAGTAATTCCATGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-25839.000000
s hg19.chr21     16566735 7 +  48129895 tccattg
s rheMac2.chr3  164706060 6 - 196418989 TCCA-TA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827310 6 +  48394510 tcca-ta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286543 6 +  46489110 TCCA-TA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=209631.000000
s hg19.chr21     16566742 24 +  48129895 tctctacctttctaaatcaggcta
s rheMac2.chr3  164706066 24 - 196418989 TTTCTACCTTTCTAAATCAGGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827316 24 +  48394510 tttctacctttctaaatcaggcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286549 24 +  46489110 TCTCTACCTTTCTAAATCAGGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=124286.000000
s hg19.chr21     16566766 29 +  48129895 ctctctgtgactccaaagtgatttttcat
s rheMac2.chr3  164706090 29 - 196418989 CTCTCTGTGACTCCAAAGTGATTTTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827340 29 +  48394510 ctctctgtgactccaaagtgatttttcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286573 29 +  46489110 CTCTCTGTGACTCCAAAGTGATTTTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=307236.000000
s hg19.chr21     16566795 29 +  48129895 cctGGCCTAAGTCATGAACTCCTGGGCAT
s rheMac2.chr3  164706119 29 - 196418989 CCTGGCCTAAATCGTGAAGTCCTTGGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827369 29 +  48394510 cctGGCCTAAGTCATGAAGTCCTGGGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286602 29 +  46489110 CCTGGCCTAAGTCATGAAGTCCTGGGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39750.000000
s hg19.chr21     16566824 15 +  48129895 TTTTTTCCCTAAAGA
s rheMac2.chr3  164706148 15 - 196418989 TTTTCTCCCTAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286631 15 +  46489110 TTTTCTCCCTAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=319037.000000
s hg19.chr21     16566839 29 +  48129895 AAAGAAAAACACATCTTCATTTCTGATTG
s rheMac2.chr3  164706163 29 - 196418989 AAAGAAAAACACATCTTTATTTCTGATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827413 29 +  48394510 AAAGAAAAACACATCTTCATTTCTGATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286646 29 +  46489110 AAAGAAAAACACATCTTCATTTCTGATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=468852.000000
s hg19.chr21     16566868 77 +  48129895 GTTACTGTTGGGTACAGCATCCCTGGACATATGTAGCTTCTGCTTTCAAAATTATAAACAGTAGCTgctgggagcag
s rheMac2.chr3  164706192 77 - 196418989 GTTACTGCTGGGCACAGCATCCCCGGACATGTGTAGCTTCTGCTTTCAAAATTATAAATAGCTGCTGGGAggagcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827442 77 +  48394510 GTTACTGTTGGGTACAGTATCCCTGGACATACGTAGCTTCTGCTTTCAAAATTAAAAACGGTTGCTGCTAGAAgcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286675 76 +  46489110 GTAACTGTTGGGTACAGCAT-CCTGGACATATGTAGCTTCTGCTTTCAAAATTATAAACAGTTGCTgctgggagcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=333474.000000
s hg19.chr21     16566945 196 +  48129895 tggctcactcctataatcccagcactttgggaaggtgagggcagattgcttgaggccaggagtttgagaccagcctggccagcagggaggaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagccaggcatgtggtgtgcgcctgtagtcccagctactcgggaagctgaggcatgagaattgcttgaaccgggga
s rheMac2.chr3  164706269 196 - 196418989 tggctcacgcctataatcccagcactttgggaagctgagggcagattgcttgatgccaggagtttgcgaccagcctggccgacatggaggaaatcccatctctactaaaaatacaaaaattagcgaggcatgtggtatgcaccagtcgtcccagctactcgggaagctgaggcatgagaattgcttgaactgggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827519 193 +  48394510 tggctcactcctataatcccagcactttgggaagctgagggcagattgcttgagg-caggagtttgagaccagcctggccaacatggaggaaaccccatctcaactaaaaataaaaaaattagccaggcatgtg--gtgcgcctgtagtcccagctactcgggaagctgaggcatgagaattgcttggaccgggga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15286751 196 +  46489110 tggctcactcctataatcccagcactttgggaagctgagggcagattgcttgaggccaggagtttgagaccagcctggccagcagggaggaaaccccatctctactaaaagtacaaaaattagccaggcatgtggtgtgcgcctgtagtcccagctactcgggaagctgaggcatgagaattgcttgaaccgggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=47956.000000
s hg19.chr21     16567141 37 +  48129895 ggcagaggttgcagtgagccaagactgaaccactgca
s panTro2.chr21  15286947 37 +  46489110 ggcagaggttgcagtgagccaagattgcaccactgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=57233.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15287016 72 +  46489110 tc-aaaaataaaaataaaaaaaTTATAAATAGCTGTGACAAAGTACAAACCATTAGCTTTAGATGTCTTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=960107.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164706607 80 - 196418989 CCTTAGGACAATGCTTCTCTACAAAGTAGAAATTTGTACTCATAAGAATGTTTTTGGATGTAAATTACAGAAATGCAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15287168 37 +  46489110 AAAGCAAAGCAAAGCAAACAAACAAAAAAGTagccaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14827933 36 +  48394510 AAAGCAAAGCAAAA-AAACAAACAAAAAACTagccaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164706687 37 - 196418989 AAAGCAAAGCAAAACAAACAAACAAAAAAGTagccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=84267.000000
s hg19.chr21     16567399 51 +  48129895 gtgtggtggctcatgcttgtaatgccagaacttggagaggccaaggcagga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15287205 51 +  46489110 gtgtggtggctcatgcttgtaatgccagaacttggggaggctaaggcagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=384065.000000
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s panTro2.chr21  15287256 220 +  46489110 gaatcacttgagcccaggagtttgcaaccagccttgccagcatagtgagaccctgtctttaaaaaatttttaaaattagctgggtgtagtggtttgtgcctatagtcccaactacttgggaggctgaggcaggaggatagcttcagcctgggaggttgagact-------gctatgattgatcacaacactgcactccagcctgggcagcagagcaagaccctatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14828020 227 +  48394510 aaatcacttgagcctaggagtttgcaaccagccttgccagcatagtgaaatcctatctttaaaaaattttaaaaattatctgggtgtagtggtttgtgcctatagtcccaactacttgggaggctgaggcaggaggatagcttcagcctgggaggttgagactgcagtgagctatgactgatcacaacactgcactgcagcctgggcagcagagcaagaccctatGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164706775 227 - 196418989 gaatcacttgcgcccaggagtttgcgaccagccttgcccgcatagtgagacctggtctttaaaaaattttttaaattagctgggtgtaatggtttgtgcccttagtcccaattacttgggaggctgaggcaggaggataacttcagtctgggaggttgagactgcagtgagctatgactgatcacaacactgcactccagcctgggcagcagagcaagaccctatct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132384.000000
s hg19.chr21     16567677 86 +  48129895 tcc-aaaaaaaaaaaaaaaaaaaGTGGATTTTTTAGTTCAATTAACTAACCGAGAATTCCAAGTCTAAGCGTTCTTGTCAGGGCTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=308781.000000
s hg19.chr21     16567763 45 +  48129895 CTCTTTCTATGTCTTAGATCCACATGACTTTGTTTCTTTTTAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164707079 30 - 196418989 CTCTTTCTATCTCTTAGATTCATATGACTT---------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 24

a score=46358.000000
s hg19.chr21     16567808 27 +  48129895 ATTGACTGAAGCTTCTCACCAGGTGCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15287602 27 +  46489110 ATTGACTGAAGCTTCTCACCAGGTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164707109 24 - 196418989 I

a score=148136.000000
s hg19.chr21     16567835 67 +  48129895 TTGGCAGGAAAGGTTGTCAAAGCTCATACCCTACAGAACATGATCCAAAAGAAAGAGAGAACAGTTT
s ponAbe2.chr21  14828406 65 +  48394510 TTGGCAGGAAAGGTTGTCAAAGCTCATACCCTACAGCACATGATCCAAAAGAAAGAGAGAACAG--T
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15287629 66 +  46489110 -TGGCAGGAAAGGTTGTCAAAGCTCATACCCTACAGAACATGATCCAAAAGAAAGAGAGAACAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164707109 24 - 196418989 I

a score=538113.000000
s hg19.chr21     16567902 60 +  48129895 TACTCCCAGTTCCAATATATGGAATTGCATGAGTGCAATTGTCTAATTGTCACTGCTAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14828471 60 +  48394510 TACTCCCAGTTCCCATATATGGAATTGCATGAGTGCAATTGTCTAATTGTCACTGCTAGG
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i rheMac2.chr3  I 24 C 0

a score=242832.000000
s hg19.chr21     16567962 27 +  48129895 GTTGTGCATGTGCTCTGTAAACCATGT
s panTro2.chr21  15287755 27 +  46489110 GTTGTGCATGTGCTCTGTAAACCATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=750775.000000
s hg19.chr21     16567989 90 +  48129895 GAATTAGAGAAGGGTATTCCACGATTAATCAAGCCACACAATGTTTCCCT-ATTGGGTAGAGACAAGTCATGATTGGCACTCTCACCACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164707215 91 - 196418989 GAATTAGAGAAGGGGATTCCACAATTAATCAAGCCATACGATGTTTCCCTAATTGGGTAGAGACAAGTCATGATTGGCAGTCTCACCACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=701381.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15289637 22 +  46489110 gcacttcgtaattgttaattat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=303391.000000
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 I 1 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164709559 81 - 196418989 TGAAAACCAAGGATT-------TCAATAATATGTAACTTTCCCATTTATCTATGACCTTTTACGTTTAAGTATTGCCTAAGTATATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16570493 12 +  48129895 AGTTTCTCTAAT
s panTro2.chr21  15290283 12 +  46489110 AGTTTCTCTAAT
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a score=530979.000000
s hg19.chr21     16570505 21 +  48129895 AAAACTTTAGAGAAACTGCCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=423282.000000
s hg19.chr21     16570526 22 +  48129895 AAGACTTGGGTTTTA-TTTTGTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15290316 23 +  46489110 AAGACTTGGGTTTTATTTTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16570548 103 +  48129895 GTCAGTCTTTATTTAATAATGGCATCTGTATTTTACCCAAAGTAAATCTTTTCCTTCTTAGAAAGGTAAGCAGCGGATGACTTCTCTATTGAAGACTCCTCTT
s rheMac2.chr3  164709777  99 - 196418989 GTCAGTC----TTTAATAATGGCATCTGTATTTTACCCAAAGTAAATCTTTTCCTTCTTAGAAAGGTAAACAGTGGATGACTTCTCTGTTGGAGACTCTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15290339 103 +  46489110 GTCAGTCTTTATTTAATAATGGCATCTGTATTTTACCCAAAGTAAATCTTTTCCTTCTTAGAAAGGTAAGCAGCGGATGACTTCTCTATTGAAGACTCTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=752367.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14831217 66 +  48394510 TGGGGCCCTGGTAGCCATTTGCCAGGCCAAATATGATTCTTTACACGTCAAAAGAGCCATTTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164709876 66 - 196418989 TGGGGCCCTGGTAGCCATTTGCCAGGCCAAATATGATTCTTCTCACATCAAAAGAGCCATTTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=275350.000000
s hg19.chr21     16570717 16 +  48129895 TAATTTATGTAAATGA
s panTro2.chr21  15290508 16 +  46489110 TAATTTATGTAAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=194430.000000
s hg19.chr21     16570733 14 +  48129895 AATTGTTGCATTGC
s panTro2.chr21  15290524 14 +  46489110 AATTGTTGCATTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14831299 14 +  48394510 AATTGTTGCATTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164709958 14 - 196418989 ACTTGTTGCATAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=432582.000000
s hg19.chr21     16570747 25 +  48129895 TAGAATCTGAGTAAAGAAATCCTTT
s panTro2.chr21  15290538 25 +  46489110 TAGAATCTGAGTAAAGAAATCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14831313 25 +  48394510 TAGAATCTGAGTAAAGAAATCCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164709972 25 - 196418989 TAGAATCTGACTAAAGCAATCCGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=988632.000000
s hg19.chr21     16570772 50 +  48129895 GGTGCCTTGGAGCAACTGCAAGAAGCTAACATCAAAATCAGTCCTTCAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14831338 50 +  48394510 GGTGCCTTGGAGCAACTGCAAGAAGCTAACATCAAAATCAGTCCTTCAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=647176.000000
s hg19.chr21     16570822 32 +  48129895 TTCTTTTTTCAAGGAGAAACCAGGTAAAAGAG
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a score=941556.000000
s hg19.chr21     16570854 54 +  48129895 ACTATATGATTTAGACTTGTGTGTGTTATTCCTCTGAATTCAATTTAAATTGGG
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a score=2758622.000000
s hg19.chr21     16570908 225 +  48129895 GAAATCTGGCCTTCGTGGGGAGCTGTTGGTATCCTGTTGGAAATGAGGTCATCTCTGTTCTGATCTTCCACTCTCTGCAAAAGAATCTACTGTAGTGGGGCACAAAATAGAAGCTGTTCAGGAAGGCTGAGTGAGGGAAGAAGTGGACTCTAGGCTCCCTTTCATCCCAGAAAGTCAGTATCTGTTTGGGGTACAAGTGACAGGCCTTCAAATATGTGTCACATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164710133 225 - 196418989 GAACTTTGGCCCTCGTGGGGAGCTGTTGGTATCCTGTTGGAAATGAGGTCGCCTCTGTTCTGATCTTCCACTCTTTGCAAAAGAGTCTGCTGTAGTGGGGCACAAAATAGAAGCTGTTCAGGCAGGCCGAGTGAGGGAAGAAGTGGACTCCAGGCTCCCTTTCATCCCAGAAAGTCAGTATCTGTTTGGGGTAGAAGTGACAGGACTTCAAATATGTGTCACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175255.000000
s hg19.chr21     16571133 37 +  48129895 GCCTTGCTAAGGACGAAATAAAGGTCTCAGTTCCATC
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a score=-227355.000000
s hg19.chr21     16571170 30 +  48129895 TCCAAAATTGTCAACTTGGACTTTTTAAAA
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a score=507994.000000
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a score=62650.000000
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s panTro2.chr21  15294453 111 +  46489110 caggagaatggcgtgaacccaggaggcggagcttgcagtgagccgagatcaccccactgcactccagcctgggcgacggagcgagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14835233  98 +  48394510 caggagaatagcatgaacccgggaggtggagcttacagtgagccaagatcaccccactgcactccagcccaggcgacagagcaagactccgtctc-------------aaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164713704   0 - 196418989 C

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s ponAbe2.chr21  14835331 58 +  48394510 aaaaaaaaaaaaaaaGTTATTTTTTAATTCCATGCCTCAGAAAGCCAGATACCTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164713752 40 - 196418989 AATAACTTGAGTGAAAACACTTCTAGTTCCTTCCATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=415439.000000
s hg19.chr21     16574855 57 +  48129895 CTCTATTCATCTTTAATATTACCTCATTTTACTGTTTAAGACTAAGCATAGAACTTA
s panTro2.chr21  15294662 57 +  46489110 CTCTATTCATCTTTAATATTACCTCATTTTACTGTTTAAGACTAAGCATAGAACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14835429 57 +  48394510 CTCTATTCGTGTTTAATATTACCTCATTTTACTGTTTAAGACTAAGCATAGAACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164713792 51 - 196418989 CTCTGTCCATGTTTAATAGGACCTCATTTTACTGGT------TAAGCATAGAACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16574984 68 +  48129895 ATATGTATTGCATGTGCTTTAGAGGTCAAGATTATTTTCTTCTGGAGTTTCTGTTTCTTCGTGGATTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14835558 68 +  48394510 ATATGTATTGCATGTGCTTTAGAGTTCAAGATTATTTTCTTTTGGAGTTTCTGTTTCATTGTGGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16575052 79 +  48129895 CTAAACTGTGT-------TAAG----ATAAAGCAGAATGATTACATAGCTTACAAGTATTGTCATTTTGGAGGGATGCTTACTTTCCTGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15294859 79 +  46489110 CTAAACTGTGT-------TAAG----ATAAAGCAGAATGATTACATAGCTTTCAAGTATTGTCATTTTGGAGGGATGCTTACTTTCCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16575488 51 +  48129895 AAGTGTATGTAAGGAAAGCTTATACTCAAAAACTGTTTTCAATCTATTATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836062 51 +  48394510 AAGTGTATGTAAGAAAAGCTTATACTCAAAAATTGTTTTCAATCTATTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164714431 51 - 196418989 AAGTGTATGTAAGAAAAGCTTATACTCAAAAATTGTTTTCAATCTATTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2592632.000000
s hg19.chr21     16575539 146 +  48129895 TGAAAGTGCTGGTCATCTGACCTTATGCTTCACAGCTCATTCATGGGT-CGACGTTCAGTGAAATCAATTCATTGTCTGCAATTAACATACATCATTCTCATATTATTAGGTGGCTTGTATGGCTAATGCTTTTCCAACTCTAATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836113 147 +  48394510 TGAAAGTGCTGGTCATCTGACCTTATGCTTCACAGCTCATTCATGGGTGGGATGTTCAGTGAAATCAATTCATTGTCTGCAATTAACATACATCTTTCTCATATTATTAGGTGGCTTGTATGGCTAATGTTTTTCCAACTCTAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164714482 147 - 196418989 TGAAAGTGCTGGGCATTTGGCCTTAAGCTTCACAGCTCATTCACAGGTGGGATGTTCAGTGAAATCAATTCATTGCCTGCAATTAACATATATCATTCTCATATTATTAGGTGGCTTGTATGGCTAATGTTTTGCCCACTCTAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=123675.000000
s hg19.chr21     16575685 9 +  48129895 TTGATTTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=549467.000000
s hg19.chr21     16575694 18 +  48129895 TTTCATAAAATAAATCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836269 18 +  48394510 TTCCATGAAATAAATCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164714638 18 - 196418989 TTTCATGAACTAAATCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-238207.000000
s hg19.chr21     16575712 9 +  48129895 ATACAAAAT
s panTro2.chr21  15295519 9 +  46489110 ATACAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836287 9 +  48394510 ATACAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164714656 9 - 196418989 ATACAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1451022.000000
s hg19.chr21     16575721 73 +  48129895 ACCAGCTTCTTTACTAGTATTCCTGGTGATGCTACCGAATTGCAAAAATAAATTACTGAAGAAGGTTTTGTGG
s panTro2.chr21  15295528 73 +  46489110 ACCAGCTTCTTTACTAGTATTCCTGGTGATGCTATCGAATTGCAAAAATAAATTACTGAAGACGGTTTTGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836296 73 +  48394510 ACCAGGTTCTTTGCTAGTATTCCTGGTGATGCTATCGAATTGCAAAAATAAATTACTGAAGAAGGTTTTGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164714665 73 - 196418989 ATCAGGTTCTTTACTAGTGTTCCTGGTGATGCTATAGAATTGCAAAAATAAATTACCAAAGAAGGTTTTGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1958867.000000
s hg19.chr21     16575794 68 +  48129895 CTGGCACCTTAGAGGGAGAGAAGATTGTTACTCATTATGTTAAGTACTGTCTTATATCATCATGTAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4914977.000000
s hg19.chr21     16575862 189 +  48129895 TAACTTTAGTGATTGCTTGGAAAGAAAACTATTCCAAAGAGAAAATTAATATATCTGATTTGTTTATTTATTCATCTAATTTAGGGCTGAAAGATTTTTGGACTGATACAAGATAAGAAAATATGTCACTAAAATTTATCAGTGCACACAGCGAGGGACCTTACCCTATAAATATAGATTTAAATAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836437 189 +  48394510 TAACTTTAGTGATTGCTTGGAAAGAAAACTATTCCAAAGAGAAAATTAATTTATCTGATTTGTTTATTTATTCATCTAATTTAGGGCTGAAAGATTTTTGGACTGATACAAGATATGAAAATATGTCACTAAAATTTATCAGTGCACACAGCGAGGGACCTTACCCTATAAATATAGATTTAAATAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164714806 189 - 196418989 TAACTTTAGTGATTGCTTGGAAAGAAAACTATTCCAAAGAGAAAAATAATATATCCGATTTGTTTATTTATTCATCTAATTTAGGGCTGAAAGATTTTTGGACTGATGCAAGATATGAAAATATGTCACTAAAATTTATCAGTGCACAGAGCGAGGGACCTTACCCTATAAATATAGATTTAAATAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2779453.000000
s hg19.chr21     16576051 87 +  48129895 GCATGCTTGGTTTTCTCTGATAAGTTAAATCAGATAAGATGTTTAATATATAATTCTCCATTGTATGTTAGAAGAATTCTACCCATC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2935176.000000
s hg19.chr21     16576138 73 +  48129895 TCTCTGTTTCTGTCAGTTGTAGGTTGGATGGGAAATTAAAAGTTAATTTTGTCTTTGTCCTTTTGTCTTTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4180253.000000
s hg19.chr21     16576211 131 +  48129895 TTATCAGCAGTGCCTGGGAGGCATGGTAAATAAAGTGTGCTCAAAGTGACCTTCAGTTAACTCATATCGTCTTGACACAAGTAAGCCAGGCTCTACCCTTGTAATCTTCATTGTCAGCTACATGAAGAGGA
s panTro2.chr21  15296018 131 +  46489110 TTATCAGCAGTGCCTGGGAGGCATGGTAAATAAAGTGTGCTGAAAGTGACCTTCAGTTAACTCATATCATCTTGACACAAGTAAGCCAGGCTCTACCCTTGTAATCTTCATTGTTAGCTACATGAAGAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836786 131 +  48394510 TTATCAGCAGTGCCTGGGAGGCATGGTAAATAAAGTGTGCTGAAAGTGACCTTCAGTTAACTCATATCATCTTGACACAAGTAAGCCAGGCTCTACCCTTGTAATCTTCATTGTTAGCTACATGAAGAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164715155 131 - 196418989 TTATCAGCAGTGCCTGGGAGGCATGGTAAATAAAGTGTGCTGAAAGTGACCTTCAGTTAACTCATATCATCTTGACACCAGTGAGCCAGGCTCTACCCTTGTAATCTTCATTGTTAGCTACATGAAGAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=989906.000000
s hg19.chr21     16576342 41 +  48129895 GCTTCTTTCAGTAGGAAGTGCGCATCATCCAAAAATATATA
s panTro2.chr21  15296149 41 +  46489110 GCTTCTCTCAGTAGGAAGTGCACATCATCCAAAAATATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836917 41 +  48394510 GCTTCTCTCAGTAGGAAATACACATCATCCAAAAATATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164715286 41 - 196418989 GCTTCTCTCAGTAGGAAACGCACATCATCCAAAACTATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1225399.000000
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s panTro2.chr21  15296190 68 +  46489110 GGTATTTTATTCATTTCATGTGATTGTTTAAAGGAGGCTGCAAGGGTAGAGAATCAATAGAGAAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14836958 68 +  48394510 GGTATTTTATTCATTTCATATGATTGTTTAAAGGAGGCTGAAAGGGTAGAGAATCAATAGAGAAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164715327 68 - 196418989 GGTATTTTATTCATTTCATGTGATTGTTCAAAGGAGGCTGAAAGGGTAGAGAATCAATAGAGAAGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=428837.000000
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s panTro2.chr21  15296258 20 +  46489110 ATGCGTGAAGGAGAAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164715395 20 - 196418989 ACGCGTGAAGGAGAAAAAAt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1611950.000000
s hg19.chr21     16576471 97 +  48129895 TACAGGCCaaactgctgccacgcagagggtgaagtaatttacccaaggttagtagcagaacttccatttagggacacagtcaaaattagaacccgtg
s panTro2.chr21  15296278 97 +  46489110 TACAGGCCaaactgctgccacgcagagggtgaagtaatttacccaaggttagtagcagaacttccatttagggacacagtcaaaattagaacccgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837046 97 +  48394510 tacaggcgaaactgctgccacgcagagggtgaaataatttacccaaggttagtagcagaacttccatttagggatacagtcaaaattagaacccatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164715415 97 - 196418989 tacaggcgaaactgctgccacgcagagggtgaagtaatttacccaaggttagtagcagaacttctatttagggtcacagtcgaaattagagcccacg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=492167.000000
s hg19.chr21     16576568 44 +  48129895 ggtcctagctttaggtgcagaatgccttcctcttctccatcctg
s panTro2.chr21  15296375 44 +  46489110 ggtcctagctttaggtggagaatgccttcctcttctccatcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837143 44 +  48394510 ggtcctagctttaggtgcagaatgccttccctttctccatcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164715512 44 - 196418989 ggtcctagctttcagtgcagaatgccttccccttctccatcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=537200.000000
s hg19.chr21     16576612 56 +  48129895 ccTGAGGCTGTGGAAAGGCAAACGAGCTGCCCTTCTCATATGGGGTTAGATGACTG
s rheMac2.chr3  164715556 56 - 196418989 ccTGAGGCTGTGGAAAAGCAAGCGAGCTGCCCTTCTCATATGGGGTTGGATGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837187 56 +  48394510 ccTGAGGCTGTGGAAAAGCAAACGAGCTGCTCTTCTCATATGGGGTTAGATGACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15296419 56 +  46489110 ccTGAGGCTGTGGAAAGGCAAACGAGCTGCCCTTCTCATATGGGGTTAGATGACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=361382.000000
s hg19.chr21     16576668 32 +  48129895 GTTAGGCACTGCACAGCCACATGTCTGCGTGG
s panTro2.chr21  15296475 32 +  46489110 GTTAGGCACTGCATAGCCACATGTCTGCGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837243 32 +  48394510 GTTAGGCACTGCATAGCCACATGTCTGCGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164715612 32 - 196418989 GTTGGGCACTGCATAGCCACATGTCTGCATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1199524.000000
s hg19.chr21     16576700 51 +  48129895 CATGTTGTTTCTTTACCTCTGCCCTATTCACATTTCTGTCTCTCTCTACCG
s rheMac2.chr3  164715644 51 - 196418989 CATGTTGTTTCTTTACCTCTGCCCTATTCACATTTTTGTCTCTCTCTACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837275 51 +  48394510 CACATTGTTTCTTTACCTCTGCCCTATTCACATTTTTGTCTCTCTCTACCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15296507 51 +  46489110 CACGTTGTTTCTTTACCTCTGCCCTATTCACATTTTTGTCTCTCTCTACCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3061307.000000
s hg19.chr21     16576751 142 +  48129895 AAGTCAGAAGTTGAAACTTCTAGTTGTAAGGGCACAAAGTGGCTCCATGTCAACTTTCCCCCGTAAATTATTTTTATGGGCATACCAACCAAGGGCATATCTCAAACGCATGATTGCTTTTGGCATCGTACCAATGCTTCTC
s rheMac2.chr3  164715695 142 - 196418989 AAGTCAGAAGTTGAAAATTCTAGTTGTAAGGGCACAAAGTGGCTCCATGTCAACTTTCCCCCGTAAATTATTTTTATGGGCATACCCACCAAGGGCATATCTACAACGCATGATTGCCCTTGGCATCGGACCAATACTTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837326 142 +  48394510 AAGTCAGAAGTTGAAACTTCTAGTTGTAAGGGCACAAAGTGGCTCCATGTCAACTTTACCCCGTAAATTATTTTTATGCGCATACCAACCAAGGGCATATCTAAAACGCATGATTGCTTTTGGCATTGTACCAATGCTTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15296558 142 +  46489110 AAGTCAGAAGTTGAAACTTCCAGTTGTAAGGGCACAAAGTGGCTCCATGTCAACTTTCCCCCGTAAATTATTTTTATGGGCATACCAACTAAGGGCATATCTCAAACGCATGATTGCTTTTGGCATCGTACCAATGCGTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=262751.000000
s hg19.chr21     16576893 59 +  48129895 CCCCCACCCCTGTTTTATGGATAAAAAAGGCCTTTTCTGGTTATTCTTCTCAGATGGGG
s rheMac2.chr3  164715837 59 - 196418989 CCCCTACCCGTGTTTTATGGATAAAAAAGGCCTTTTCTGGTTATTATTCTTAGATGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837468 59 +  48394510 CCCCCTCCCCCGTTTTATGGATAAAAAAGGTCTTTTCTGGTTATTCTTCTCAGATGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15296700 58 +  46489110 CCCCCACCCCCGTTTTATGGAT-AAAAAGGCCTTTTCTGGTTATTCTTCTCAGATGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=919884.000000
s hg19.chr21     16576952 84 +  48129895 CCCTTGAAACTTCTGTAATGCATAATGTTAATAAATCAACTAGCAAAGG--AAAAAAAATAAGTCGCCTGATAAAAGTAGGCATTT
s rheMac2.chr3  164715896 86 - 196418989 TCCTTGAAACTTCTGTAATGCATAATGTTAATAAATCAACTAGCAAAGGAAAAAAAAAATAAGTCGCCTGATAAAAGTAGGCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837527 84 +  48394510 CTCTTGAAACTTCTGTAATGCATAATGTTAATAAATCAACTAGCAAAGG--TAAAAAAATAAGTCGCCTGATAAAAGTAGGCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15296758 85 +  46489110 CCCTTGAAACTTCTGTAATGCATAATGTTAATAAATCAACTAGCAAAGG-AAAAAAAAATAAGTCGCCTGATAAAAGTAGGCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=978385.000000
s hg19.chr21     16577036 66 +  48129895 GAGAGTTCAGGCTCCTGAAATCTATACCCATTTCTTAGTTATATGGAACACATGACTTCAGGCTAT
s panTro2.chr21  15296843 66 +  46489110 GAGAGTTCAGGCTCCTGAAATCTATACCCATTTCTTAGTTATATGGAACACATAACTTCAGGCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837611 66 +  48394510 GAGAGTTCAGGCTCCTGAAATCTATACCCATTTCTTAGTTATATGGAACACATGACTTCAGGCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164715982 66 - 196418989 GAGAGTTCAGGCTCCTGAAATCTATACCCATTTCTTAGTTATACGGAACACATGACTTCAGGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=793806.000000
s hg19.chr21     16577102 50 +  48129895 TCCTGTATCCCTTTTCACTCCTCAGTAAAAAGCTGATTTTAGATGAGTGT
s panTro2.chr21  15296909 50 +  46489110 TCCTGTATCCCTTTTCACTCCTCAGTAAAAAGCTGATTTTAGATGAGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837677 50 +  48394510 TCCTGTATCCCTTTTCACTCCTCAGTAAAAAGCTGATTTTAGATGAGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164716048 48 - 196418989 TCCTGCATCCCTTT--ACTCCTCAGTAAAAAGCTGATTTTAGACGAGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1788671.000000
s hg19.chr21     16577152 115 +  48129895 TCTGATTAGAAGTTGCTGCATTAAGAATGTTAGAACTACAGGTCTCCTGCATCTACGGCCGAATAGATAGGTGGGGCTGCTAATGACGTTGAGTGTTCCACGAAGAGTGATATGT
s panTro2.chr21  15296959 115 +  46489110 TCTGGTTAGAAGTTGCTGCATTAAGAATGTTAGAACTACAGGTCTCCTGCATCTACGGCCGAATAGATAGGTGGGGCTACTAATGACGTTGAGTGTTCCACGAAGAGTGATATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837727 115 +  48394510 TCTGGTTAGAAGTTGCTGCCTTAAGAATGTTAGAACTACAGGTCTCCTGCATCTATGGCTGAATAAATAGGTGGGGCTGCTAATGACGTTGAGTGTTCCATGAAGAGTGGTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164716096 115 - 196418989 TCTGGTTAGAAGTTGCTGCATTAAGAATCTTAGAACTACAAGTCTCCTGCATCTATGGCCGAATGGATAGGTGGAGCTGCTGATGACGTTGAGTGTTCCATGAAGAGTGATATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5192571.000000
s hg19.chr21     16577267 233 +  48129895 AAAGATCTTCACTTGGATGTACTGAGTGACCACTGTGTGTTCAGTAACCACAGGGCAGGATATCTGAATTCTGCAAAGGACACAGCGCTGCAGTGTGTGCCCTTGAGAGTCTCCTTTACAAACACGCCAGAGCAGAGATAGTGACCTCATGCTTCCCAGAGAACATCTTCGCTGGGCTGTCCTGAGGTCACCTCACACTCAACACACCCAAAATAGAAACACAATCCTCCTCA
s panTro2.chr21  15297074 233 +  46489110 AAAGATCTTCACTTGGATGTACTGACTGACCACTGTGTGTTCAGTAACCACAGGGCAGGATATCTGAATTCAGCAAAGGACACAGCGCTGCAGTGTGTGCCCTTGAGAGTCTCCTTTACAAACATGCCAGAGCAGAGATAGTGACCTCATGCTTCCCAGAGAACATCTTCGCTGGGCTGTCCTGAGGTCACCTCACACTCAACACACCCAAAATAGAAACACAATCCTCCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14837842 233 +  48394510 AAAGATCTTCACTGGGATGTACTGAGTAATCACTATGTGTTCAGGAACCACAGGGCAGGATATCTGAATTCAGCAAAGGACACAGCGCTGCAGTGTGTGCCCTTGAGAGTCTCCTTTACAAACATGCCAGAGCAGAGATAGTGACCTCATGCTTCCCAGAGAACATCTTCACTGGGCTGTCCTGAGGTCACCTCACACTCAACACACCCAAAATAGAAACACAATCCTCCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164716211 232 - 196418989 AAAGATCTTCACTGGGATGTAATGAGTAACCACTATGTGTTCAATAACCACAGGGCAGGATATCTGAATTCAGCAAAGGACACAGCACTGCAGTGTGTGTCCTTGAGAGTCTCCTTTACAAACATGCCAGAGCAGAGATAGTGACCTCATGCTTCCCAGAGAACATCTTCACTGGGCTGTCCTGAGGTCACCTCACACTCAACACACCCAAAATAG-AACACAATCCTTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1537578.000000
s hg19.chr21     16577500 132 +  48129895 CACTTGTGTGGGGCCACATCATTCCCCCATTTGCTAGAACTAGCAATCGCATTTTTATGCCAATGACAAATTGGTTCTGTGTCTGTACAGTCTCCTATAGCTACACCTTCCATGGCTCTCCTGCCACCACTA
s panTro2.chr21  15297307 132 +  46489110 CACTTGTGTGGGGCCACATCATTCCCCCATTTGCTAGAACTAGCAATCGCATTTTTATGCCAATGACAAATTGGTTCTGTGTCTGTACAGTCTCCTATAGCTACACCTTCCATGGCTCTCCTGCCACCACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838075 132 +  48394510 CACTTGCGTGGGGCCATATCATTCCCCCATTTGCTAGAACTAGCAATAGCATTTTTATGCCAATGACAAATTGGTTCTGTGTCTGTACGGTCTCCTATAGCTACACTTTCCATTGCTCTCCTGACACCACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164716443 132 - 196418989 CGCTTGCATGGGGCCGCATCATTCCCCCGTTTGCTAGAACTAGCAATTGCATTTTTACGCCAATGACAAATTGGTCCTGTGTCTGTACAGTCTCCTATATCTATACCTTCCATTGCTCTCCTGTCACCACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-37405.000000
s hg19.chr21     16577632 34 +  48129895 CCTTGATGCAGGCTTGTCATTACCCTTCACTGCC
s panTro2.chr21  15297439 34 +  46489110 CCTTGATGCAGGCTTGTCATTACCCTTCACTGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838207 34 +  48394510 CCTAGATGCAGGCTTGTCATTACCCTTCACTGAA
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s rheMac2.chr3  164716575 34 - 196418989 CCTCAATGCGGGCTTGTCATTACCCTTCACTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=916713.000000
s hg19.chr21     16577666 113 +  48129895 ACTCTTGCCATGACTTTCCTGATGGGCTCTGAAACTGCAGATTCTCCCTCGCCAGTCCATCTTCTGTGCTGCTAATGGGACTGCTTACTAAAACACCTGCTCAGGCCCACCAC
s panTro2.chr21  15297473 113 +  46489110 ACTCTTGCCATGACTTTCCTGATGGGCTCTGAAACTGCAGATTCTCCCTCGCCAGTCCATCTTCTGTGTTGCTAATGGGACTGCTTACTAAAACACCTGCTCAGGCCCACCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838241 113 +  48394510 ACTCTTGCCATGATTTTCCTGATGGGCTCTGAAACTGCAGATTCTCCCTCACCAGTCCATCTTCTGTGCGGCTAACAGGACTGCTTACTAAAACACCTGCTCAGGCCCACCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164716609 113 - 196418989 ACTCTTGCCATGACTTTCCTGATGGGGTCTGAGACTGCAGATTCTCCCTCACCAGTCCATCTTCTGTGCTACTAATGGGACTGCTTACTAAAACACCTGCTCAGGCCAACCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277039.000000
s hg19.chr21     16577779 29 +  48129895 CTTACCCAAAACCTACAATTGTTCCTTGC
s panTro2.chr21  15297586 29 +  46489110 CTTACCCAAAACCTACAATTGTTCCTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838354 29 +  48394510 CTTACCCAAAACCTACAATTGTTCCTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164716722 29 - 196418989 CTTCCCCAAAACCTCCAATTATTCCTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305797.000000
s hg19.chr21     16577808 28 +  48129895 TGCCTACAGAATAAATTCCAAAATGGTA
s panTro2.chr21  15297615 28 +  46489110 TGCCTACAGAATAAATTCCAAAATGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838383 28 +  48394510 TGCCTACAGAATAAATTCCAAAATGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164716751 28 - 196418989 TGCCTACAGAATAAATTCCAAAACGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=387847.000000
s hg19.chr21     16577836 81 +  48129895 AGCCTTGGAGGCAAAGCCCTTTCATAACCTGGGCCAAGCATTCCTTCTTCAGGCTTATTTGGGAATAAATAATtgctatgg
s rheMac2.chr3  164716779 81 - 196418989 AGCCTTGGAGGCAAAACCCTGTCATAACCTGGGCCAAGCATTCCTTCTTCAGGCTCATTTGGGAATAAATAATtgctatgg
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s ponAbe2.chr21  14838411 81 +  48394510 AGCCTTGGAGGCAAAGCCCTTTCATAACCTGGGTCAAGCATTCCTTCTTCAGGCTTATTTGGGAATAAATAATtgctatgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15297643 81 +  46489110 AGCCTTGGAGGCAAAGCCCTTTCATAACCCGGGCCAAGCATTCCTTCTTCAGGCTTATTTGGGAATAAATAATtgctatgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=166574.000000
s hg19.chr21     16577917 158 +  48129895 tctgaaggtctgtgtctcccccaaattcatatgttggaaaccctaatacccaatgtgatagtattaagaagtggtgcctttgggaagtgataaagtcacaagtactccacctttgttaatagaattactgcacttataagaggctccttggagctccc
s rheMac2.chr3  164716860 158 - 196418989 tctgaaggtctgtgtctcccccaaattcatatgttggaacccctaatacccaatgtgatagtattaagcagtggtgcctttgggaagtgataaagtcacaagcactccacctttgttaatggaattagtgtacttataagacactcctttgagctccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838492 158 +  48394510 tctgaaggtctgtgtctcccccaaattcatgtgttggaacccctaatacccaatgtgatagtattaagaagtggtgcctttgggaagtgataaagtcacaagtactccacctttgttaatggaattactgcacttataagaggctccttggagctccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15297724 158 +  46489110 tctgaaagtctgtgtctcccccaaattcatatgttggaaaccctaatacccaatgtgatagtattaagaagtggtgcctttgggaagtgataaagtcacaagtactccacctttgttaatggaattactgcacttataagaggatccttggagctccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=376013.000000
s hg19.chr21     16578075 154 +  48129895 ttgccctttctaccctgtgagcatgcagaaagaaggtaccatctttgaagcagagagcaagtcctcaccagataccgaatctgatggtgtctcgaccttggactccccagccttcagaacagtcagcaatacatttccattatttataaattac
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838650 154 +  48394510 ttgccctttctaccctgtgaggatgcagaaagaaggtaccatctttgaagcagagagcaggttctcaccagataccgaatctgctgctatctcgaccttggactccccagccttcagaatggtgagcaatacatttccattatttataaattac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15297882 154 +  46489110 ttgccctttctaccctgtgagcatgcagaaagaaggtaccatctttgaagcagagagcaagtcctcaccagataccgaatctgctggtgtctcgaccttggactccccagccttcagaacagtcagcaatacatttccattatttataaattac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=119553.000000
s hg19.chr21     16578229 37 +  48129895 ccagtctaaggttctttgttatagctgtctgaaATGA
s rheMac2.chr3  164717172 37 - 196418989 ccagtctaaggttctttgttatagctgtctgaaATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838804 37 +  48394510 ccagtctaaggttctttgttatagctgtctgaaATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15298036 37 +  46489110 ccagtctaaggttctttgttatagctgtctgaaATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=448635.000000
s hg19.chr21     16578266 67 +  48129895 TGAGGTTAATAATTAATGAAATAAATCAGTTTCCTCCAGATATACTCTATGGTCTTCAGCCTGTACC
s panTro2.chr21  15298073 67 +  46489110 TGAGGTTAATAATTAATGAAATAAATCAGTTTCCTCCAGATATACTCTATGGTCTTCAGCCTGTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838841 67 +  48394510 TGAGGTTAATAATTAATGAAATAAATCAGTTTCCTCCAGATATACTCTATGGTCTTCAGCCTGTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717209 67 - 196418989 CAAGGTTAATAATTAATGAAATAAATCAGTTACCTCCATATATAGTCTATGGTCTTCAGCCTGTACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=55751.000000
s hg19.chr21     16578333 21 +  48129895 TCTCTTCTCATACTATCCCCC
s panTro2.chr21  15298140 21 +  46489110 TCTCTTCTCATACTATCCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838908 21 +  48394510 TCTCTTCTCATACTATCCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717276 21 - 196418989 TCTCTTTTCATGCTATCCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=60010.000000
s hg19.chr21     16578354 32 +  48129895 CAGTTTGAACCACCGTTAAAGGGCCTACCAAA
s panTro2.chr21  15298161 32 +  46489110 CAGTTTGAACCACCGTTAAAGGGCCTACCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838929 32 +  48394510 AAGTTTGAACCATCGTTAAAGAGCCTACCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717297 32 - 196418989 CAGTTTGAACCACCTTTAAAGGACCTACCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=170358.000000
s hg19.chr21     16578386 33 +  48129895 CTGTTGTATTCTTCCTATGGATACAAAGCAGGT
s panTro2.chr21  15298193 33 +  46489110 CTGTTGTATTCTTCCTATGGATACAAAGCAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838961 33 +  48394510 CTGTTGTATTCTCCCTATGGATACAAAGCAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717329 33 - 196418989 CTGGTGTATTCTTCCTATGGATACAAAGCAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=656255.000000
s hg19.chr21     16578419 99 +  48129895 GTCAACATTTAGGTTGTCTTGGGCCAATCGAAGATGAAAACCTAGTATTCACATCTACAATCAAGTTGTATAAACATGTAAAAATGAGATACTATATAC
s panTro2.chr21  15298226 99 +  46489110 GTCAACATTTAGGTTGTCTTGGGCCAATCGAAGATGAAAACCTAGTATTCACATCTACAATCAACTTGTATAAACATGTAAAAATGAGATACTATATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14838994 99 +  48394510 GTCAACATTTAGGTTGTCTTAGGCCAATCCAAGATGAAAACCTAGCATTCACATCTACAATCAAGTTGTATAAACATGTAAAAATGAGAGACTATATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717362 99 - 196418989 GTCAACATTTAGGTTGTCTTGGGCCTATCCAAGACGAAAACCTAGCATTCACATGTACAATCAAGTTGTATAAACATGTACAAATGAGAGGCTGTATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310492.000000
s hg19.chr21     16578518 18 +  48129895 ATATGAGAGTAATTGGCT
s panTro2.chr21  15298325 18 +  46489110 ATATGAGAGTAATTGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839093 18 +  48394510 CTACGAGAGTAATTGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717461 18 - 196418989 ATATGAGAGTAACTGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=990836.000000
s hg19.chr21     16578536 172 +  48129895 AGATATCAACCAGGCAAGACTGCCCTAAATTGTGATATATTTTGAGAACAGAATCAACTGTAAGTATGATCCATGCCTCATTGCATTACAGGGAGAACCTCAAAAAATTATATTACTGCAACCTGGGATGAGAGGTAAGGGAGGTGGAAAGTCGGTAGAGATGGTAAATTGG
s panTro2.chr21  15298343 172 +  46489110 AGATATCAACCAGGCAAGACTGCCCTAAATTGTGATATATTTTGAGAACAGAATCAACTGTAAGTATGATCCATGCCTCATTGCATTACAGGGAGAACCTCAAAAAATTATATTACTGCAACCTGGGATGAGAGGTAAGGGAGGTGGAAAGTCGGTAGAGATGGTAAATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839111 170 +  48394510 AGATAGCAACCGTGCAAGACTGCCCTAAATTGTGATATATTTTGAGAACAGAATCAACTGTAAGTATGATCCATGCCTCATTGCATTACAGGGAGAACCTCAAAAAATTATATTACTACAACCTGGGATGAGAGATAAGGGAGGTGGAAAGTTGGT--AGATGGTAAATTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717479 172 - 196418989 AGATAGCAACCAGGCAAGACTGCCCTAAATTGTGATATATTTTGAGAACAGAATCAACTATAAGTATTATCCATGCCTCATTGTATTACAGGGAGAACCTCAAAAAATTATATTACTGCAACTAGGGATGAGAGGTAAGGTAGGTGGAAAGTCGGTAGAGATGGTAAATTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=509335.000000
s hg19.chr21     16578708 29 +  48129895 TGGTGAACTTTATTTTACAATTAACCTAC
s panTro2.chr21  15298515 29 +  46489110 TGGTGAACTTTATTTTACAATTAACCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839281 29 +  48394510 TGGTGAACTTTATTTTACAATTAACCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717651 29 - 196418989 TGGTGAACTTTATTTTACAATTAACCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=43294.000000
s hg19.chr21     16578737 54 +  48129895 GGGGATGATTATTAAATAATAGTATGCTTTGGTACTCAGAAGTCAAACCATTGG
s panTro2.chr21  15298544 54 +  46489110 GGGGATGATTATTAAATAATAGTATGCTTTGGTACTCAGAAGTCAAACCATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839310 54 +  48394510 GGGGATGATTATTAAATAATAGTGTGCTTTGGTACTCAGAAGTCAAACCATTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717680 54 - 196418989 GGGGATGATTATTAAATCATAGTATGCTTTTGTTCTCAGGAGTCAAACCATTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401331.000000
s hg19.chr21     16578791 36 +  48129895 ATAGGACAGTGAGATTTAGAGAGAAAACTAAAATTT
s panTro2.chr21  15298598 36 +  46489110 ATAGGACAATGAGATTTAGAGAGAAAACTAAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839364 36 +  48394510 ATAGGACAATGAGATTTAGAGAGAAAACTAAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717734 36 - 196418989 ATAGGACAATGAGATTTAGAGAGAAAACTAAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6615363.000000
s hg19.chr21     16578827 244 +  48129895 CCATGCTCTTATCCTTTGTGTTGTTTCTTCCAAATATATTTATCAAAACACATTTTA--AGAGGGGTGGGAAACGCCAGTTACACAAGAAAAGCTATCCTCTGCCCGACTGAAGAAATTGTTCAAACAGAGTGCATTCTTTCATAAGCAATGCTTCCTAATGTAGCCAGGGTCAGCAAGGGCTTAGGTTATTAGTTATGTAATCCCTCGTTCCTCAAACTGCAGTTTTGATTTGAATACACAGTTT
s panTro2.chr21  15298634 246 +  46489110 CCATGCTCTTATCCTTCGTGTTGTTTCTTCCAAATATATTTATCAAAACACATTTTAAGAGAGGGGTGGGAAACGCCAGTTACACAAGAAAAGCTATCCTCTGCCCGACTGAAGAAATTGTTCAAACAGAGTGCATTCTTTCATAAGCAATGCTTCCTAATGTAGCCAGGGTCAGTAAGGGCTTAGGTTATTAGTTATGTAATCCCTAGTTCCTCAAACTGCAGTTTTGATTTGAATACACAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839400 246 +  48394510 CCATGCTCTTATCCTTCATGTTGTTTCTTCCAAATATATTTATCAAAACACATTTTAAGAGATGGGTGGGAAACGCCAGTTACACAAGAAAAGCTATCCTCTGCCCGACTGAAGAAATTGTTCAAACAGAGTGCATTCTTTCATAAGCAATGCTTCCTAATGTAGCCAGGGTCAGTAAGGGCTTAGGTTATTAGTTATGTAATCCCTAGTTCCTCAAACTGCAGTTTTGATTTGAATACACAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164717770 246 - 196418989 CCGTGTTCTTATCCTTCATGCTGTTTCTTCCAAATATATTTATCAAAACACATTTTAAGAGAGGGATGGGAAAGGCCAGTTACACAAGAAAAGCTATCCTCTGCCCGACTGAAGAAATTGTTCAAACAGAGTGCATTCTTTCATAAGCAATGCTTCCTAATGTAGGCAGGGTCAGTAAGGGCTTAGGTTATTAGTTATGTAATCCCTAGTTCCTCAAACTGCAGTTTTGATTTGAATACACAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1090894.000000
s hg19.chr21     16579071 64 +  48129895 CAATTAGTTACTTCAGTTTTTGTCTTGCAGCGTATTTCATTTTTAGAATCAAGAGAAGCTCAGA
s panTro2.chr21  15298880 64 +  46489110 CAATTAGTTACTTCAGTTTTTGTCTTGCAGCGTATTTCATTTTTAGAATCAACAGAAGCTCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839646 64 +  48394510 CAATTAGTTACTTCAGTTTTTGTCTTGCAGCGTATTTCATTTTTAGAATCAAGAGAAGCTCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718016 64 - 196418989 CAATTAGTTACTTCAGTTTTTGCCTTGCAGCGCATTTCCTTTTTAGAGTCAAGAGAAGCTCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=49125.000000
s hg19.chr21     16579135 23 +  48129895 TAATCCCTGAGTTCACAAATAAC
s panTro2.chr21  15298944 23 +  46489110 TAATCCCTGAGTTCACAAATAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839710 23 +  48394510 TAATCCCTGAGTTCACAAATAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718080 23 - 196418989 TGATCCCTGAGTTCACGAAGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=325458.000000
s hg19.chr21     16579158 27 +  48129895 ACATCTGACCCCCGAGAGGTACCTTTA
s panTro2.chr21  15298967 27 +  46489110 ACATCTGACCCCCGAGAGGTACCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839733 27 +  48394510 ACATCTGACCCCCGAGAGGTACCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718103 27 - 196418989 GCATCTGACCCCCGAGAGGTACCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=502997.000000
s hg19.chr21     16579185 57 +  48129895 GCACAGCTTTGAGCCCTGTGCTCTTTCTGTGACACCACttatagattgaactgtgtt
s panTro2.chr21  15298994 57 +  46489110 GCACAGCTTTGAGCCCTGTGCTCTTTCTGTGACACCACttatagattgaactgtgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839760 57 +  48394510 GCACAGCTTTGAGCCCTGTGCTCTTTCTGTGACACCACttatagattgaactgtgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718130 56 - 196418989 GCACAGCTTTGAGCCCTGTGCTCTTTCTGTGACA-CGTttatagactgaattgtgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=598869.000000
s hg19.chr21     16579242 81 +  48129895 ccccaaaaaggtatgttgaaatcctagtccctgtaatccctggtatctgagaatatgatcttatctggaaatggggtcttt
s panTro2.chr21  15299051 81 +  46489110 ccccaaaaagatatgttgaaatcctagtccctgtaatccctggtatctgagaatatgatcttatctggaaatggggtcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839817 81 +  48394510 ccccaaaaagatatgttgaaatcctagtccctgtaatccctggtatctgagaatatgatcttatctggaaatggggtcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718186 81 - 196418989 ccccaaaaagatatgtcaaaatcctaatccctgtaatctctggtatctgagaatatgatcttatctggaaacggggtcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=437897.000000
s hg19.chr21     16579323 86 +  48129895 gcagacataagatataagttaagattaggtcatactgcagttgggtgtgtccttaattcaatctaatgtatacccttcaaagaaga
s panTro2.chr21  15299132 86 +  46489110 gcagacataagatataagttaagattaggtcatactggagttgggtgtgtccttaattcaatctaatgtatacccttcaaagaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839898 81 +  48394510 gcagacataagata-----taagattaggtcatactggagttgggtgggtccttaattcaatctaatgtatacccttcaaagaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718267 86 - 196418989 gcagacataagatataagttaagattaggtcatactggagttgggtgggtccttaattcgatctaatgtgtacccttcaaagaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107713.000000
s hg19.chr21     16579409 31 +  48129895 aaaaagacacagagaggaacacacatggaga
s panTro2.chr21  15299218 31 +  46489110 aaaaagacacagagaggaacacacatggaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14839979 31 +  48394510 aaaaagacacagagaggaacacacatggaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718353 29 - 196418989 aaaa--acacagagaggaacacacatggaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=99777.000000
s hg19.chr21     16579440 46 +  48129895 actctgtgtgatgacacaggaaaactaagcaacaccacatactgat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718382 46 - 196418989 actgtgtgtgatgacacaggaaaactaagcaacaccacgtactgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=311872.000000
s hg19.chr21     16579486 59 +  48129895 ggccccaaccagaaactaggaggaggcaaggaaggatgctacccagggtctcagaggga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15299295 59 +  46489110 ggccccaaccagaaactaggaggaggcaaggaaggatgctacccagggtctcagaggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=491382.000000
s hg19.chr21     16579545 111 +  48129895 gcggggtactctcaacaatttgattttgaacttctagcctccagactgtgcaaaaatacacttctgttttaaattacctggtttgtggtactttgttacagcagccctagt
s panTro2.chr21  15299354 111 +  46489110 gcggggtactctcaacaatttgattttgaacttctagcctccagactgtgcaaaaatacacttctgttttaaattacctggtttgtggcactttgttacagcagcactagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14840115 111 +  48394510 gcggggtactctcagcaatttgattttgaacttctagcctccagactgtgcaagaatacacttctgttttaaattatctggtttgtggtactttattacagcagacctagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164718487 110 - 196418989 gcagggtactctcaacaatttatttttgaacttctagcctccagactgtgcaagaatacacttctg-tttaaattacctggttggtggtactttgttacagcagccctagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=334577.000000
s hg19.chr21     16579656 46 +  48129895 aaacaaatacaCCACGTTACCCGTTTGGATTGCCCATTTTTGTCTT
s panTro2.chr21  15299465 46 +  46489110 aaacaaatacaCCACGTTACCCGTTTTGATTGCCCATTTTTGTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14840226 42 +  48394510 aaac----ACACCACATTACCCATTTTGATTGCCCATTTTTGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=492529.000000
s hg19.chr21     16579702 54 +  48129895 TATCATGTTCTCTCGGGGAATCTCTAAACAAAATGACTTGAGTATCATCTGGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155742.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15301539 43 +  46489110 GCCTTTGATTCAAGAGGATGAGTAAGTGAATTTCTTTTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14842302 43 +  48394510 GCCTTTGATTCAAGAGGATGAGTAAGTGAATTTCTTTTCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15301582 59 +  46489110 TTATTTGTTGTAGTGCTGGCTTCCTTCAGGCAGTATGAAAAATCAAAGAATTAGGCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14842345 59 +  48394510 TTATTTGTTGTAGTGCTGGCTTCCTTCAGGCAGTATGAAAAATCAAAGAATTAGGCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=87684.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=242822.000000
s hg19.chr21     16581911 38 +  48129895 TCTACTGTTTTTTATAACTACTGGAAACTTTGTGCTTC
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a score=337165.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164720897 31 - 196418989 ACCAGCTGGTTCTTCTAGGTGTTTATATT---------CA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=489473.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16582090 23 +  48129895 AGCCCAGATTCACAAGGTTTCAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385070.000000
s hg19.chr21     16582113 28 +  48129895 GCAATTTCTTTTATGTGCAATTGCTGGG
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a score=48093.000000
s hg19.chr21     16582141 43 +  48129895 TCCCCTCCCCAGAAGAAAATACAATGCTGTAAGGGTCAAATAC
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s ponAbe2.chr21  14842725 43 +  48394510 TCCCCTCCCTAGGAGAAAATACAATGCTGTAAGGGTCAAATAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=311526.000000
s hg19.chr21     16582184 133 +  48129895 CTGGAAAATATCCTAGGTGACATTTAGAAAAAAAAA--TTTTTTTCACGTAAGTTAATAAGTCAGCAGACTGCTCTCCTCTCTATTCTCAATACCTTGAGAGACTGGCCTGTGTCAGTGGGAAAAGACGGCAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14842768 135 +  48394510 CTGGAAAATATCCTAGGTGACATTTAGAAAAAAAAAATTTTTTTTCATGTAAGTTAATAAGCCAGCAGACTGCTCTCCTCTCTTTTCTCAATGCCTTGAGAGACTGGCCTGTGTCAATGGGAAAAGACAGCAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164721123 110 - 196418989 CTGGAAAATATCCTAGGTGACAT-------------------------GTAAGTTAGTAAGCCAGCAGACTGCTCTTTTCTCTTTTCTCGATGCCTTAAGAGATTGGCCTGTGGCAGTGGGAAAAGACAGCCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14842903 68 +  48394510 TGATAAAAGCATGGTCTGTATCACA-GGAGATCTGGCCTCCAAATATTCCATTGTACAAATAAACAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164721233 69 - 196418989 TGATAAAAGCGTGGTCTATATCACAGGGAGACCTGGCCTCCAAATATTCCTTTGTACAAATAAACAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=372596.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  14843012 45 +  48394510 CCCCTTTCCTCTCCTTTTCAGGGTGGTTTAGCT-CTAATTAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1154989.000000
s hg19.chr21     16582471 123 +  48129895 TTTTCTCTTGTACAAACTAACAGGCTCGTCATTAGCTTCCAGTTAGAAAGATCCTATCATCCTCTTAACCATCTCTATAAGAGCTGGAATGCCTTGACTTTCCCAAGAGAGGAGACAGGGAGA
s panTro2.chr21  15302292 121 +  46489110 TTTTCTCTTGTACAAACTAACAGGCTCGTCATTAGCTTCCAGTTAGAAAGATCCTATCATCCTCTTAACCA--TCTATAAGAGCTGGAATGCCTTGACTTTCCCAAGAGAGGAGACAGGGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843057 121 +  48394510 TTTTCTCTCGTACAAACTAACAGGCTCGTCATTAGCTTCCAGTTAGAAAGATCCTATCATCCTCTTAACCA--TCTATAAGAGCTGGAATGCCTTGACTTTCCCAAGAGAGGAGACAGGGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164721381 121 - 196418989 TTTTCTCTTGTACGAACTACCAGGCTCGTCATTAGCTTCCAGTTAGAAAGATCCTATCATCCTCTCAACCG--TCTACAAGAGCTGGAATGCCTTGACTTTCCCAAGAGAGGAGACAGGGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5266903.000000
s hg19.chr21     16582594 220 +  48129895 ACAGGAACCTCCATCACCCTAGGGCTATTTGGCAATCTTCCCTCTTCTTCCTTCAACACCCCTTTTTGAGGTTAGAGTCATCCTATTCCTTCCTTCTAGGTTCCACTGGAGTCAGAGGGATTAGGCAATGGGGCATGGACTGCAATGCTCCAGCCCCACCCAGGGGTCAGGGCTCACAGCCAGGTTACTCAAACAGAGGTCACTGTGGCTCTCTCCTGCT
s panTro2.chr21  15302413 220 +  46489110 ACAGGAACCTCCATCACCCTAGGGCTATTTGGCAATCTTCCCTCTTCTTCCTTCAACACCCCTTTTTGAGGTTAGAGTCATCCTATTCCTTCCTTCTAGGTTCCACTGGAGTCAGATGGATTAGGCAATGGGGCATGGACTGCAATGCTCCAGCCCCACCCAGGGGTCAGGGCTCACAGCCAGGTTACTCAAACAGAGGTCACTGTGGCTCTCTCCTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843178 220 +  48394510 ACAGGAACCTCCATCACCCTAGGGCTATTTGGCAATCTTCCCTCTTCTTCCTTCAACACCCCTTTTTGAGGTAAGAGTCATCCTATTCCTTCCTTCTAGGTTCCACTGGAGTCAGAGGGATTAGGCAATGGGGCATGGACTGCAATGCTCCAGCCCCACCCAGGGGTCAGGGCTCACAGCCAGGTTACTCAAACAGAGGTCACTGTGGCTCTCTTCTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164721502 220 - 196418989 ACAGGAACCTCCATCACCCTAGGGCTATTTGGCAATCTTCCCTCTTCTTCCTTCAACACCCCTTTTTGAGGTAAGAGTCATCCTATTCCTTCCTTCTAGGTTCTGCTGGAGTCAGAGGGATTAGGCAATGGGGCATGGACTGCAATGCTCCAGCCCCACCCAGGGGTCAGGGCTCACAGCCAGGTTACTCAAACAGAGGTCACTGTGGCTCTCTCCTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1341288.000000
s hg19.chr21     16582814 130 +  48129895 GCTCAACCCAGGCTGGAGCCGCTAGCCACAGATCTTAGACACACACCACGGGCAAGGACACAGGGGTCTGGCTTTATTGGCTGTAGGGCCAGTTTGGCTGGGCGACTAGGTGGACATTCTAATGACTAAG
s panTro2.chr21  15302633 127 +  46489110 GCTCAACCCAGGCTGGAGCCGCTAGCCACAGATCTTAGACACA---CACGGGCAAGGACACAGGGGTCTGGCTTTATTGGCTGTAGGGCCAGTTTGGCTGGGCGGCTAGGTGGACATTCTAATGACTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843398 127 +  48394510 GCTCAACCCAGGCTGGAGCCACTAGCCACAGATCTTAGACACA---CATGGGCAAGGACCCAGGGGTCTGGCTTTATTGGCCGTAGGGCCAGTTTAGCTGGGTGACTAGGTGGACATTCTAATGACTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164721722 127 - 196418989 GCTCAGCCCAGGCGGGAGCCGCTAGCCACAGATCTTAGACACG---CATGGGCGAGGACCCAGGGGTCTGGCTTTATTGGCCGTAGGGCCAGTTTGGCTGGGTGACTAGGTGGGCATTCTAATGACTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=139965.000000
s hg19.chr21     16582944 30 +  48129895 CACCTTTCCTTAGCCACTCCCAGGGTCAGT
s panTro2.chr21  15302760 30 +  46489110 CACCTTTCCTTAGCCACTCCCAGGGTCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843525 30 +  48394510 CACCTTTCCTTGGCCACTCCCAGGGTCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164721849 30 - 196418989 AACCTTGCCTTACCCACTCCCAGGGTCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=174204.000000
s hg19.chr21     16582974 20 +  48129895 TAAGAGACATAGATTTTAAA
s panTro2.chr21  15302790 20 +  46489110 TAAGAGACATAGATTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164721879 20 - 196418989 GAAGAGACATAGATTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=311007.000000
s hg19.chr21     16582994 61 +  48129895 ACCAAGAGAAACAAAACCTAGCAAACAAGAGAGATCCAGAGAGAAAAATACTGTAAAATTT
s panTro2.chr21  15302810 61 +  46489110 ACCAAGAGAAACAAAACCTAGCAAACAAGAGAGATCCAGAGAGAAAAATACTGTAAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843575 61 +  48394510 ACCAAGAGAAACAGAACCTAGCAAACAAGAGAGGTCCAGAGAGAAAAATACCGTAAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164721899 61 - 196418989 ACCAAGAGAAACAGAACCTAGCAAACAAGAGAGATCCAGAGAGACAAATACTGTAAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=579117.000000
s hg19.chr21     16583055 59 +  48129895 ACAGATTAGAATAGACAGTTTTACCTGTACAAGAATCTGTTTTTGATTTCTGCTAAAAA
s panTro2.chr21  15302871 59 +  46489110 ACAGATTAGAATAGACAGTTTTACCTGTACAAGAATATGTTTTTGATTTCTGCTAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843636 59 +  48394510 ACAGATTAGAATAGACAATTTTACCTGTACAAGAATATGTTTTTGATTTTTGCTAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=526696.000000
s hg19.chr21     16583114 34 +  48129895 TATTGCATAttcattatattaccaaaccaaatat
s panTro2.chr21  15302930 34 +  46489110 TATTGCATATTCATTATATTACCAAACCAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843695 34 +  48394510 TATTGTATATTCATTATATTACCAAACCAAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164722019 34 - 196418989 TATTGTATATTCATTATATTACCAAATCAAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1418447.000000
s hg19.chr21     16583148 131 +  48129895 taacctgaccatggctttcaataatggtgttaggataaacctgtaattcctatatcaaggaataaagtcaaatgaaattaaatataaatgaaaccagcatcttggaccttaaggtcttcctagatgtttag
s panTro2.chr21  15302964 131 +  46489110 TAACCTGACCATGGCTTTCAATAATGGTGTTAGGATAAACCTGTAATTCCTATATCAAGGAATAAAGTCAAATGAAATTAAATATAAATGAAACCTGCATCTTGGACCTTAAAGTCTTCCTAGATGTTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843729 131 +  48394510 TAACCTGACTATGGCTTTCAATAATGGTGTTAGGATAAACCTGTAATTcctatatcaaggaataaagtcaaatgaaattaaatataaatgaaaccagcgtctcggaccttaaagtctacctagatggttag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164722053 131 - 196418989 TAACCTGACCATGGCTTTTAATAATGGTGTTAGGATAAACCTATAATTCCTATATCAAGGAATAAAGTCAAATGAAATTAAATATAAATGAAACCAGAGTCTCAGACCTTAAAGTCTCCCTAGATGCTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=428051.000000
s hg19.chr21     16583279 75 +  48129895 ggttcactttagaatttcaagagtagcctatctccttatcctcctctcaatagagcctgctttatttccctcaag
s panTro2.chr21  15303095 75 +  46489110 GGTTCACTTTAGCATTTCAAGAGTAGCCTATCTCCTTATCCTGCTCTCAATAGAGCCTGCTTTATTTCCCTCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843860 75 +  48394510 ggttcactttagaatttcaagagtagcctatctccttatcctcctctcaatagagcctgctttatttccctcaag
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s rheMac2.chr3  164722184 75 - 196418989 GGTTCACTTTAGAATTTCAAGAGTAATCTATCTCCTTATCTTCCTCTCAATAGAACCTGCTTTCTTTCCCTCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-64571.000000
s hg19.chr21     16583354 56 +  48129895 tgttagtaatcaTAATGCGATCCTAATGTATTAGATTTGGTTCCCTACTTTATTTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164722259 56 - 196418989 TGTTAGTAATCATAATGCAATCATAATGTATTAGATTTGGTTCCCTACTTTATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-42000.000000
s hg19.chr21     16583410 54 +  48129895 TAGGCTTTTCAGTTTTGTCTAGTTGATCATA-TTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTG
s panTro2.chr21  15303226 54 +  46489110 TAGGCTTTTCAGTTTTGTCTAGTTGATCATA-TTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14843991 55 +  48394510 TAGGCTTTTCAgttttgtctagttgatcatgtttttttgttttgttttgtttttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164722315 54 - 196418989 TAGGCTTTTCAGTTTTGTCTAGTTGATCATA-TTTTTTGTTTTCTTTTGTTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265505.000000
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s panTro2.chr21  15303280 42 +  46489110 TTTTTTTAGCTAAAAATGGCCTGTGGATCTATCCTGTGTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844046 41 +  48394510 -ttttTTAGCTAAAAATGGCCTGTGGATCTATCTTGTGTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=397519.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=157954.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=341524.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164722465 30 - 196418989 TTACAATATTGTAAGTTTGGGCAAAG-TCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83730.000000
s hg19.chr21     16583593 24 +  48129895 CATTGCATTAGGGTTGAAGTATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844174 24 +  48394510 CATTGCATTAGGGTTGAAGTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164722495 24 - 196418989 CATAGCATTAGGGTTGAAGTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59959.000000
s hg19.chr21     16583617 53 +  48129895 CTGATT----ATCTAACTTCCATCGCTTCTTCACTTCCTTAAAATTCTTTGATTCAG
s panTro2.chr21  15303433 53 +  46489110 TTGATT----ATCTAACTTCCATCGCTTCTTCACTTCCTTAAAATTCTTTGATTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844198 45 +  48394510 TTGATT----ATCTAACTTCCATCGCTTCTTCACTTCCTTAAAATTCTT--------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 249
s rheMac2.chr3  164722519 57 - 196418989 TTGATTGATCATCTGACTTCCATCGCTTCTTCACTTCCTTAAAATTCTTTGATTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=19972.000000
s hg19.chr21     16583670 43 +  48129895 TATGTGGGGGGAGGGCGAGAAGTTGTTTCTGATCAAAACAC--TT
s panTro2.chr21  15303486 43 +  46489110 TATGTGGGGGGAGGGCGAGAAGTTGTTTCTGATCAAAACAC--TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844492 43 +  48394510 TATGTGGGGGGAGGGCGAGAAGTTGTTTCTGATCAAAACAC--TT
i ponAbe2.chr21 I 249 C 0
s rheMac2.chr3  164722576 45 - 196418989 TATGTGGGGGGAGGGCGAGAAGTTGTTTCTGATCAAAACACTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=346627.000000
s hg19.chr21     16583713 82 +  48129895 TTTCTGAAGAATATTCTTTGGTACTGATATACTTCGTCAATATGATTTATAGCAAGATGTGCGCTACACCAGTATTGTGT--TA
s rheMac2.chr3  164722621 84 - 196418989 TTTTTAAAGAATATTCTTTGGTACTGATGTACTTCGTCAATATGATTTATAGCAAGATGTGCGCTATACCAATATTGTGTTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844535 82 +  48394510 TTTTTAAAGAATATTCTTTGGTACTGATAAACTTCGTCAATATGATTTATAGCAAGATGTGCACTATACCAATATTGTGT--TA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15303529 82 +  46489110 TTTCTGAAGAATATTCTTTGGTACTGATATACTTCGTCAATATGATTTATAGCAAGATGTGCGCTATACCAGTATTGTGT--TA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1017543.000000
s hg19.chr21     16583795 78 +  48129895 AATGTGCTTCCAGATGACCTAGCCTCTGATCATTTTATTCTTTTTTGATTTTTCAATTGCTCATATAATTCATTTCAA
s rheMac2.chr3  164722705 78 - 196418989 AATGTGCTTCCAGGTGACCTAGCCTGTGATCCTCTTACTCTTTTTTAATTTTTCAATTGCCCACATAATTCATTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844617 78 +  48394510 AATGTGCTTCCAGATGACCTAGCCTCTGATCATTTTATTCTTTTTTAATTTTTCAATTGCTCATATAATTCATTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15303611 78 +  46489110 AATGTGCTTCCAGATGACCTAGACTCTGATCATTTTATTCTTTTTTGATTTTTCAATTGCTCATATAATTCATTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=702632.000000
s hg19.chr21     16583873 36 +  48129895 ACAAAAGGAAGAAAGTGATCATAGAAATAGGCTAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844695 36 +  48394510 ACAAAAGGAAGAAAGTGATCATAGAAATAGGCTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164722783 36 - 196418989 ACAAAAGGAAGAAAGTGATCATATAAATAGGCTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1400910.000000
s hg19.chr21     16583909 63 +  48129895 TAGCGGGAAAGGAAGACAGAAATGCTTAACAAGTTGCAAACAGGAAAAAGAAATTAGGACAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844731 62 +  48394510 TAGCGGGAAAGGAAGACAGAAATGCTT-ACAAGTTGCAAACAGGAAAAAGAAATTAGGACAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15303725 62 +  46489110 TAGTGGGAAAGGAAGACAGAAATGCTT-ACAAGTTGCAAACAGGAAAAAGAAATTAGGACAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1115462.000000
s hg19.chr21     16583972 58 +  48129895 CGGGCTTCAGAAAAGCCGCAAGCACGCTGGTAAACAAACTTAGGCTGCCCTGGAGCAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844793 58 +  48394510 CAGGCTTCAGAAAAGCTGCAAGCACACTGGTAAACAAACTTAGGCTGCCCTGGAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15303787 58 +  46489110 CGGGCTTCAGAAAAGCTGCAAGCACACTGGTAAACAAACTTAGGCTGCCCTGGAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1701311.000000
s hg19.chr21     16584030 78 +  48129895 CCCCCTGTTTGTCTTTGCTTTATGGTGCAATGTAGTCTAGTGGTCTGATCAACTGGGAATCTCAGTTTTGCCTCAGAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=643786.000000
s hg19.chr21     16584108 24 +  48129895 TCCCTGTTCTGTACTGAATGGCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723017 24 - 196418989 TCCCTGTTCTGGACTGAATGGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2078523.000000
s hg19.chr21     16584132 176 +  48129895 TGGACAGGGATCTCTGATGTGAGATAGGCAGGTTTTCAAACTGTGAGGGTCAATGTTTATAAGTGGAAATGTTGCAAAGGGGTGAAGGGCATTATTACAACTAAAGGAAGCACTATTATATAGAAACAATCAAATCAAGGATTTTTTTT------------TCTGCACATTTAGAGCCAAACACTCAA
s panTro2.chr21  15303947 176 +  46489110 TGGACAGGGCTCTCTGATGTGAGATAGGCAGGTTTTCAAACTGTGAGGGTCAATGTTTATAAGTGGAAATGTTGCAAAGGGGTGAAGGGCATTATTACAACTAAAGGAAGCACTATTATATAGAAACAATCAAATCAAGGATTTTTTTT------------CCTGCACATTTAGAGCGAAACACTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14844953 175 +  48394510 TGGACAGGGCTCCCTGATCTGAGATAGGCAGGTTTTCAAACTGTGAGGCTCGATGTTTATAACTGGAGAGGTTGCAAAGGGGTGAAGGGCATTATTACAACTAAAGGAAGCACTATTACATAGAAACAATCAAATCAAGGATTTTTTTT-------------CTGCACATTTAGAGCCAAACACTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723041 187 - 196418989 TGGACGGGGCTCCCTGATCTGAGATAGGCAGATTTTCAAACTGTGAGGCTCGATGTTTATAAGTGGAAAGGTTGCAAAGGGGTGAAGGGCATTATTACGACTAAAGAAAGCACTATTATATAGAAACAATCAAATCAAGGATtttgtttgtttgtttgtttgCTGCACATTTAGAGCCAAATGC-CAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1142017.000000
s hg19.chr21     16584308 167 +  48129895 TTTTCCTGCCCTGACAA----TTTGTTTATTTGTTCGTGTTTGGATTTTATTGAGGTCCCTGATAACACAGGCATTTTGGAAATGGGTGGGAGTATGTGTGAATAGCAAAAGAAATCATCTACTGGCAGGTATTGATAGTTTCTTCTGTTTTGTGCATCCTCTCTTCCTAT
s panTro2.chr21  15304123 171 +  46489110 TTTTCCTGCCCTGACAATTTGTTTGTTTATTTATTCATGTTTGTATTTTATTGAGGTCCCTGATAACACAGGCATTTTGGAAATGGGTGGGAGTATGTGTGAATAGCAAAAGAAATCATCTACTGGCAGGTATTGATAGTTTCTTCTGTTTTGTGCATCCTCTCTTCCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845128 170 +  48394510 TTTTCCTGCCCTGACAATTTGTTTGTTTATTTATTCATGTTTGTATTTTATTGAGGTCCCTGATAACACAGGCATTTTGGAAATGGGTGGGAGTATGTGTGAATAGCAAAAGAAATCATCTACTGACAGGTATTGATAGTTTCTTCTGTTTTGCACATCCTCTCTT-CTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723228 171 - 196418989 TTTTCCTGCCCTGACAATTTGTTTGTTTATTTATTCATGTATGTATTTTATTGAGGTCCCTGGTAACACAAGCATTTTGGAAATGGGTGGGAGTGTGTGTGAATAACAAAAGAAATCATCTACTGACAGGTATTGATAGCTTCTTCTGTTTTGTGGATCCTCTATTCCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-234802.000000
s hg19.chr21     16584475 43 +  48129895 CCCTAGAACTGATCTCtttttttaaataagaatatatattgta
s panTro2.chr21  15304294 43 +  46489110 CCCTAGAACTGATCTCTTTTTTTAAATAAGAATATATATTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845298 43 +  48394510 CCCTAGAAGTGATCTCTTTTTTTCAATAAGAATGTATATTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723399 40 - 196418989 CCCTAGAATGGATCTCTTTTTTAAAAT---AATGTATATTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=329822.000000
s hg19.chr21     16584518 33 +  48129895 atgtatattttagattttataataaGCATGCTT
s panTro2.chr21  15304337 33 +  46489110 ATGTATATTTTAGATTTTATAATAAGCATGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845341 33 +  48394510 ATGTATATTTTAGATTTTATAATGAGCATGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723439 33 - 196418989 ATGTATATTTTACATTTTGTAATGAGCATGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=321967.000000
s hg19.chr21     16584551 35 +  48129895 AGTTATTTGCATTTTTCTCAAAATAATATTATATG
s panTro2.chr21  15304370 35 +  46489110 AGTTATTTGCATTTTTCTCAAAATAATATTATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845374 35 +  48394510 AGTTATTCGCATTTTTCTCAAAATAATATTATATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723472 32 - 196418989 AGTTATTTACATTTTTCTCAA---AATAATATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38439.000000
s hg19.chr21     16584586 13 +  48129895 TACATATTAGTAA
s panTro2.chr21  15304405 13 +  46489110 TACATATTAGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845409 13 +  48394510 TACATATTAGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723504 13 - 196418989 TGCATATTAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=358283.000000
s hg19.chr21     16584599 27 +  48129895 TCAAGATATTCAAACACATCTTTAGAT
s panTro2.chr21  15304418 27 +  46489110 TCAAGATATTCAAACACATCTTTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845422 27 +  48394510 GCAAGATACTCAAACACATCTTTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723517 27 - 196418989 GCAAGATATTCAAGCACATCTTTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1566411.000000
s hg19.chr21     16584626 102 +  48129895 GAAACCATGTTTAAAGAAAGCTCTACTTCTATTAAAATCCTGCGATACTTAGAGCAGTGCAGTTTAGCCGAGTTTGCTGATGAGTGAAATCCATAAATAGTT
s panTro2.chr21  15304445 102 +  46489110 GAAACCATGTTTAAAGAAAGCTCTACTTCTATTGAAATCCCGCGATACTTGGAGCAGTGCAGTTTAGCCGAGTTTGCTGACGAGTGAAATCCATAAATAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845449 102 +  48394510 GAAACCATGTTTAAAGAAAGCTCTACTTCTATTAAAATCCCGCGATACTTGGAGCAGTGCAGTTTAACTGAGTTTGCTGATGAGTGAAATCCATAAATAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723544 102 - 196418989 GAAACCATGTTTAAAGAAAGCTCGGCTTCTATTAAAGTCCCGCGATACTTGGAGCAGTGCAGTTTAGCCGACTTTGCTGATAAGTGAAATCCATAAATAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103474.000000
s hg19.chr21     16584728 15 +  48129895 AAGAGCCTCCAGCCA
s panTro2.chr21  15304547 15 +  46489110 AAGAGCCTCCAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845551 15 +  48394510 AAGAGCCTGCGGCCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723646 15 - 196418989 GAGAGCCTCCAGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2561317.000000
s hg19.chr21     16584743 145 +  48129895 TGGTAAAGAGGAAGTAAAATAGACTGATCTCATGACCTAAAAACAAAAGCTGCAAAATAATTAACATTTTACTTAGTATTTAAACAAAATATTGTAGAGTGAGAATTTGGTTATATCTGAATTGGATTTTCATCTCAATGTTGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845566 145 +  48394510 TGGTAAAGAGGAAGTAAAATAGACTGATCTCATGACCTAAAAACAAAAGCTGCAAAATAATTAACTTTTTACTTAGTATTTAAACAAAATATTGTAGCGTGAGAATTTGGTTATATCTGAATTGGATTTTCATCTCAACGTTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723661 145 - 196418989 TGGTAAAGAGGAAGTAAAATAGACTGATCTCATGACCTAGAAACAAAAGCTGCAAAATAATTAACGTTTTACTTAGTATTTAAACAAAATATGGTAGAGTGAGAATTTGGTTATATCTGAATTGGATTTTCATCTCAACATTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=699566.000000
s hg19.chr21     16584888 47 +  48129895 GTCCAACAGACTTGGAACTATTATGCTTTCTTTTATTTCAAAGTTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845711 47 +  48394510 GTCCAACAGACTTGGAACTATTATGCTTTCTTTTATTTCAAAGTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16584935 66 +  48129895 GGCTTTAATAAGAAAATTGTTTCTATTGTTCATTAAATTATATAATCACTTAAGAGGAACTGTATC
s panTro2.chr21  15304754 66 +  46489110 GGCTTTAATAAGAAAATTGTTTCTATTGTTCATTAAATTATATAATCACTTAAGAGGAACTGTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14845758 66 +  48394510 GGCTTTAATAAGAAAACTGTTTCTATTGTTCATTAAATTATGTAATCACTTAAGAGGAACTGTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164723955 84 - 196418989 ATGTAGAAGTTAATTCTTTAAAATTTATATTCCATATTTA---GATTATTTTTTAATACTGAGTACTGTTTTCCATTTAGAATTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16585232 34 +  48129895 TTCTAGGCTCTGCTGTACAAAGCCTAGAAAAATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14846089 240 +  48394510 ATCTAGCCCAATAGTAATTAGTCT-CCcttctcatctctcttctcttcgcctgccttcctttttgtctttttttctcc--ttttttttcctttttgttctAATATATTtgggtacctactgtgtacccagcacggtgatgctgagtgccttggaattaaaaatgaaaaagaaccagggtcttcagagagcagaccagaaggatggcgaatgagaaaccatctacatattccagaaggcaatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164724176 240 - 196418989 ATCTAGCCCAATAGTAATTAGTCT-CCCTTCTCATCTCTCTTCTCTTTGCCTGGCTTCCTTTTTGTCTTTTTTTTTTT--TTTTTTCACCTTTTTGTTCCAATatattttggcacccactaagtacccagcactgtgatgctaagtgccttggaattaAAAATGAAAAAGATCCAGGGTCTTCAGAGAGCAGACCAGAAAGATGCTGAAGGAGAAACCATCTACATATTCCAGAGGATACTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16585505 30 +  48129895 GAGAGAGCATTAGCAAGACACAGAGATgag
s panTro2.chr21  15305328 30 +  46489110 GAGAGAGCATTAGCAAGACACAGAGATgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=10296.000000
s hg19.chr21     16585535 29 +  48129895 gttgaggcgagcggatcacctgaggttag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=21293.000000
s hg19.chr21     16585564 36 +  48129895 gagttcaagaccagcctagccaatatggtgaaagcc
s rheMac2.chr3  164724475 36 - 196418989 gagttcaagaccagcctgggcaacatggtgaaaccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=57002.000000
s hg19.chr21     16585600 51 +  48129895 tgtctctactaaaaaatacaaaaaattagccaggtgtggtggcaggcacct
s rheMac2.chr3  164724511 50 - 196418989 tatctctact-aaaaatacaaaaagttagccaggtgtggtggtgggcacct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15305423 51 +  46489110 tgtctctactaaaaaatacaaaaaattagccaggtgtggtggcaggcacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=34200.000000
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s panTro2.chr21  15305474 41 +  46489110 gtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatcatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8468.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=23977.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-73840.000000
s hg19.chr21     16585753 70 +  48129895 caacagtactgaaactccgtctcgggaaaaaaaaaaaaa-agagaaaagaaaaaAAGACACATAGATGCAA
s rheMac2.chr3  164724663 50 - 196418989 caacagggctgaaactccatcctgagaaaaaaaaaaaaa-------------aaaaGACATAT--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 3
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15305576 71 +  46489110 caacagtactgaaactccgtctcgggaaaaaaaaaaaaagagagaaaagaaaaaaaGACACATAGATGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24196.000000
s hg19.chr21     16585823 30 +  48129895 CAGGCTGCAGgacttaaggttttaaggaga
s panTro2.chr21  15305647 30 +  46489110 CAGGCTGCAGGAACTAAGGTTTTAAGGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14846636 30 +  48394510 caggctgcaggaagtaagattttaaggaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164724716 30 - 196418989 CAAGCTGCAGGAAGTAAGGTTTTAAGGAGA
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

a score=375725.000000
s hg19.chr21     16585853 64 +  48129895 gcttcttggaggaattgagctttggaactagttggtactaaaagacaggtagcaactgaccgag
s panTro2.chr21  15305677 64 +  46489110 GCTTCTTGGAGGAATTGAGCTTTGGAACTAGTTGGTACTAAAAGACAGGTAGCAACTGACCGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14846666 64 +  48394510 gcttcttggaggaattgagctttggaactagttggtactaaaagacgggtagcaactaaccgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164724746 64 - 196418989 GTTTCTTGGAGGAATTGAGCTTTGGAACTAGTTGGTACTAAAAGACAGGTAGCAACTAACCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 I 4

a score=234867.000000
s hg19.chr21     16585917 23 +  48129895 tacatgaaaagaaataaggcagg
s rheMac2.chr3  164724814 23 - 196418989 TATATGAAAAGAAATAAGGCAGG
i rheMac2.chr3  I 4 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15305741 23 +  46489110 TACATGAAGAGAAATAAGGCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1574004.000000
s hg19.chr21     16585940 218 +  48129895 ggacagcatacac-aaagcttagaaagaacatgcaagtcaatgtgtctatttcatttaggggcaggggggagatgagtgggagcaagagatgaagctggagtctgacatggggtaaaagccttccatgccatgctgtggaatttggatttatttccgtggggaataggagccacagaaggtgattagatagaagaatgacatgaccagatttgcatttt
s rheMac2.chr3  164724837 218 - 196418989 GGACAGCATACACAAAAGCTTAGAAagaaactgtaagccaatgtgtctatttcatttaggggca-gggggagatgagtgggagcaggagatgaagctggagtcagacatggtgtaaaagctttccatgccatgctgtggaatttggatttatttccatgggcaataggagctactgaaggtgattagatagaagaatggcatgaccagatttgcatttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14846753 218 +  48394510 agaaagcatacacaaaagcttagaaagagcatgcaagtcaatatgtctatttcatttaggggca-gggggagatgagtgggagcaagagatgaagctggagtctgacatggggtaaaagatttccgtgccatgctgtggaatttggatttatttccgtggggaataggagccacagaaggtgattagatagaagaatgacatgaccagatttgcatttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15305764 217 +  46489110 GGACAGCATACAC-AAAGCTTagaaagagcatgcaagtcaatgtgtctatttcatttaggggca-gggggagatgagtgggagcaagagatgaagctggagtctgacatggggtaaaagctttccatgccatgctgtggaatttggatttatttccgtggggaataggagccacagaaggtgattagatagaagaatgacatgaccagatttgcatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=122258.000000
s hg19.chr21     16586158 45 +  48129895 agaaaaatcaccctggcATCTTCTATAAGTCTTATGGGGTTGAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=572470.000000
s hg19.chr21     16586203 89 +  48129895 TTGAGTGTTTCTGGGAGATACCATGTCATACGAATGTGAATTTCTTTAAACCTGGGCCTATGCattcattcacgcagcaaacctttgtt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=82219.000000
s hg19.chr21     16586292 124 +  48129895 gagcacctatttaacacaaagcaccatactcagcactgtggtaaatacaaaatgggacaagatacagccAACAGCAAGATTTTCAACATCATACCTAACTACTATCTTTTtttaagtgtctaat
s panTro2.chr21  15306115 124 +  46489110 gagcacctatttaacacaaagcaccatactcagcactgtggtaaatacaaaatgggacaagataTAGCCAACAGCAAGATTTTCAACATCATACCTAACTACTATCTTTTtttaagtgtctaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14847105 124 +  48394510 gagcacctatttaacacaaaacaccatactcagcactgtggtaaatacaaaatgggacaagatacagccAACAGCAAGATTTTCAACATCATACCTAACTGCTATGTTTTtttaagtgtctaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164725189 119 - 196418989 gagtgtctatttaacacaaagcaccatacccagcactgtgctgaatacaaaatgggacaaggtacagccaaCGGCAAGATTCTCAACATCATACCTAATTACTATC-----ttaagtgtccaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-4606.000000
s hg19.chr21     16586416 62 +  48129895 gaaaacttatggtagcacagccatgcttattcatttacatattatctatagctgctttcctg
s rheMac2.chr3  164725308 56 - 196418989 aaaaactta------cacagccatgcttactcatttccatattttctatcgctgctttcgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14847229 61 +  48394510 aaaaatttacggtagcacagccatgctta-tcatttacatattatctatagctgctttcgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15306239 61 +  46489110 gaaaacttatggtagcacagccatgcttattcatttacatatta-ctatagctgctttcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=45563.000000
s hg19.chr21     16586478 48 +  48129895 ctgcaatggcagagctgagcagttgtaacagatgtggtctgacctgcg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30945.000000
s hg19.chr21     16586526 35 +  48129895 aagccaaaaacatttgctctctgaactattaaaga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=52307.000000
s hg19.chr21     16586561 34 +  48129895 aTTCTCTTTTTAAGACAGGCTTGCTACTGTCCAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=51865.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14847679 74 +  48394510 AAGAACATTCAAAGTGCTG-AGTTTAATTTTAAAGAAAAATAAAGCTGGTTGAACATTCTTACTCTAATTCTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15306765 89 +  46489110 TGTAGGAAATAAAGAAGGATAGAAATTAGCACCTATCTCAGTGGAGTGTTTTGAGAAATCACTGGGTGAAAAGATGGACTGTGATCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14847753 86 +  48394510 TGTAGGAAATA---AAGGACAGAAATTAGCACCTATCTCAATGGAGTGTTTTGAGAAATCACTGCGTGAAAAGATGGACTGTGATCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164725836 89 - 196418989 TGTAGGAAATAAAGAAAGATAGAAATTAGCACCTATCTCAGTGGAGTGTTCTGAGAAATCACTGTGTGAAAAGATGGACTGTGATCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16587034 79 +  48129895 ATCAGAAGCCACTGCAATGAGATTTTGGAACCAAATATAGCCCCTAGAGACCAACTTGGCTCTTAAGTAGAAACAATCA
s panTro2.chr21  15306854 79 +  46489110 ATCAGAAGCCACTGCAATGAGATTTTGGAACCAAATATAGCCCCTAGAGACCAACTTGGCTCTTAAGTAGAAACAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14847839 79 +  48394510 ATCAGAAGCCGCTGCAATGAGGTTTTGGAACCAAATATAGCCCCTAGAGACCAACTTGGCTCATAAGTAGAAATAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164725925 79 - 196418989 ATCAGAAGCTGCTGCAATGAGATTTTGGAACCAAATATAGCCCCTAGAGACCAACTTGGCTCATAAGTAGAAACAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1910959.000000
s hg19.chr21     16587113 105 +  48129895 ATCCTACATTTAAATTTCTGGGGTTTTTATTATAGATAAAAGAAAAT-CCAAATAACCTTCATTCATGTCTTACGCCAATTTCTTTAGACTTTAGGAATTATGGCA
s panTro2.chr21  15306933 105 +  46489110 ATCCCACATTTAAATTTCTGGGGTTTTTATTATAGATAAAAGAAAAT-CCAAATAACCTTCATTCATGTCTTACGCCAATTTCTTTAGACTTTAGGAATTATGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14847918 106 +  48394510 ATCCTACAATTAAATTTCTGGGGTTTTTATTATAGATAAAAGAAAATACAAAATAACCTTCATTCATATCTTACGCCAATTTCTTTAGGCTTTAGGAATTATGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164726004 106 - 196418989 ATCCTACAATTAAATTTCTGGGGTTTTTATTATAGATAAAAGAAAATCCAAAATAACCTTCATTCATATCTTATGCCAATTTCTTTAGGCTTTAGGAATTATAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16587218 32 +  48129895 CTTGTCTATTATGCAACCTCTTCTAAGGGAAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=779866.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164726437 52 - 196418989 TTATAAAGATTTTCATACTAAAGTTTAATGTC--AATTTTATTCAGTATTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14848405 45 +  48394510 TCTGATTTTTATCTATATGTACAATATACATATCATGGATACTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-82537.000000
s hg19.chr21     16587644 28 +  48129895 AACAAATATTGAACATAAACTC-TTTTTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-278628.000000
s hg19.chr21     16587672 51 +  48129895 GGACACCTTTTAACTTCCTTTTTTATCTTTGATTAAAGTACAGACCCACCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=271419.000000
s hg19.chr21     16587723 22 +  48129895 TTAACCTAACAAATAGTTCAAA
s rheMac2.chr3  164726614 22 - 196418989 TTAACCTAACAAATAGTTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=605953.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16587786 81 +  48129895 GGAGAAATAGAATTCTGTTAATTTCTTTGAAGAAATCATCAAAAATAATTATGGAGCCTGGAGAATCTATAAAAATAATAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=518466.000000
s hg19.chr21     16587867 43 +  48129895 GAAGAGGAGGTTTTCATCTCTAGTGA-GTGCTTCAAATTGCTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=119817.000000
s hg19.chr21     16587910 66 +  48129895 AACATTATTTACTCTGCCCAACCACAAGGACAGGGAACCTTCATTGCCTTAAAGCTTCTTC----ttctt
s panTro2.chr21  15307730 68 +  46489110 AACATTATTTACTCTGCCCAACCACAAAGACAGGGAACCTTCATTGCCTTAAAGCTTCTTCTT--ttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14848716 69 +  48394510 AACATTATTTACTCTGCCCAGCCACAAAGACAGGGAA-CTTCGTTGCCTTAAAGCTTCTTCTTTTttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164726802 58 - 196418989 GACATTATTTACTCTGCCCAACCACAAAGACGGGGAACCTTCATTGCCTTAAAGCTTC------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 12

a score=29294.000000
s hg19.chr21     16587976 53 +  48129895 ttttttttattatactttaagttctagggtacatgttcacaatgtgcaggttt
s panTro2.chr21  15307798 53 +  46489110 ttttttttattatattttaagttctagggtacatgttcacaatgtgcaggttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14848785 53 +  48394510 tttttttaattatactttaagttctagggtacatgttcataatgtgcaggttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164726860 12 - 196418989 I

a score=16668.000000
s hg19.chr21     16588029 37 +  48129895 gttacatatgtatacatgtgccatgttgctgtgctgc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  14848875 114 +  48394510 acccattaacttgtcatttacatatggatgaagctggaaaccatcattctgagcaaactattgcaaggacagaaaccaacactgcatgttctcactcataggtgggaattgaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15307888 114 +  46489110 acccattaacttgtcatttacatatggatgaagctggaaaccatcattctgagcaaactatcgcaaagacagaaaccaacactgcatgttctcactcataggtgggaactgaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164726860  12 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 12 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16589862 63 +  48129895 AACTTCTAGACTTTTATTCACTTAGGATTAGCCTTAGCACCCATAGCAGtgtgtccggaattg
s rheMac2.chr3  164728519 43 - 196418989 AAATTCTGGACTTTTATTCACTTAGGATTAGCCTCAGCACCCA--------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14850657 44 +  48394510 AACTTCTAGACTTTTATTCGCTTAGGATTAGCCTTAGCACCCAT-------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15309683 63 +  46489110 AACTTCTGGACTTTTATTCACTTACGATTAGCCTTAGCACCCATAGCAGtgtgtccggaattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=60198.000000
s hg19.chr21     16589925 674 +  48129895  
s panTro2.chr21  15309746 674 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 I 160
e rheMac2.chr3  164728562   0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14850701   0 +  48394510 C

a score=42729.000000
s hg19.chr21     16590599 463 +  48129895 gtgtttacaaaccctgagccagacacagagtgccgattggtgtatttacaaaccttgagctagacataaaggttctccacgtcctcaccagagcagctagatacagagtgtcgattggtgcactcacaaaccttgagctaaacacagggtgctgattggtgtgtttacaatccctgagctagatataaagactccccacatccccaccagactcaggagtccagctggcttcacctagtggatcccgcaccgggactgcaggtggagctgcctgccagtcctgcgccgtgcgctcgcattcctcagcccttgggtggtcgatgggactgggcgcagtggagtagggggtggtgctcctaggggaggctcgggccgcacaggagcccatggagtgggtgggaggctcaggcatggcgggctgcaggtcccgagccctgccccgcgggaaggcagccaaggccca
s panTro2.chr21  15310580 463 +  46489110 gtgtttacaaaccctgagccagacacagaatgctgattggtgtatttacaaaccttgagctagacataaaggttctccacgtcctcaccagagcagctagatacagagtgtcgattggtgcactcacaaaccttgagctaaacacagggtgctgattggtgtatttacaatccctgagctagatataaagactctccacatccccaccagactcaggagcccagctggcttcacctagtggatcccgcaccgggactgcaggtggagctgcctgccagtcctgcgccgtgcgctcgcattcctcagcccttgggtggtcgatgggactgggcgccgtggagtagggggtggtgctcgtcgaggaggcttgggccgcacaggagcccatggagtgggtgggaggctcaggcatggtgggctgcaggtcccgagccctgccccgagggaaggcagccaaggccca
i panTro2.chr21 I 160 C 0
e rheMac2.chr3  164728562   0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14850701   0 +  48394510 C

a score=101043.000000
s hg19.chr21     16591062 386 +  48129895 gcgagaaatcgagcacagtgccggtgggccggcactgctgggggactcagtacaccctccgcagccactggcccgggtgctaagtcccccattgcccggggccagcagggcttgctggctgctccgagtgcggggcccaccaagcccacgcccacccggaactccagctggcccgcaagcgccgcacgcagccccggttcccgctcgtgcctctccctccacacctccctgcaagctgagggagtgggctcc-agccttggccagcccagaaaggggctcccacagtgcattggggg-------ggtgggtggctgaagggctcctcaaatgccaccgaagtgggagcccaggcaggggaggtgccgagagcaagcgagggctctgaggactgc
s panTro2.chr21  15311043 390 +  46489110 gcgagaaattgagcacagcgccggtgggccggcactgctgggggactcagtacaccctccgcagccactggcccgggtgctaagtcccccattgcccggggccagcagggctggctggctgctccgagtgcggggcccaccaagcccacgcccacccggaactccagctggcccgccagcgccgcacgcagccccggttaccgctcgtgcctctccctccacacctccctgcaagctgagggagtgggctcccagccttggccagcccagaaaggggctcccacagtgcagtgggggcgggggggggggggggctgaagggctcctcaaatgccaccaaagtgggagcccaggcaggggaggtgccgagagc----gagggctctgaggactga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164728562   0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14850701   0 +  48394510 C

a score=12960.000000
s hg19.chr21     16591448 30 +  48129895 cagcatgctgtcacctctcaGCAGGAGCTA
s ponAbe2.chr21  14850701 11 +  48394510 -------------------AGCAGGAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164728562 12 - 196418989 ------------------CAGCAGGAGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15311433 30 +  46489110 cagcatgctgtcacctctcaGCAGGAGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-24290.000000
s hg19.chr21     16591478 28 +  48129895 TGCTCAAGAGTTGTGTCCTCCCACAGTT
s panTro2.chr21  15311463 28 +  46489110 TGCTCAAGAGTTGTGTCCTCCCACAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164728574 25 - 196418989 TGCTCAAGATTTGTGTCCT---GCAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14850712 28 +  48394510 TGTTCAAGAGTTGTGTCCTCCCACAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1019635.000000
s hg19.chr21     16591506 137 +  48129895 TCCTCTCCTGACTTGCAATGTCTCCAGGATCCTATTTAATGTAGTCTTTGAAGGCCTCAACATCAGCTCTGCTGGGAAGTCCTTGCTTAATCGCTCAAATAAAACAGACTTTGCCCATCTTTAAGTACTCAGAAGTT
s rheMac2.chr3  164728599 112 - 196418989 TCCTCTCCTGG----------CTCCAGGATCCTATTTGACGCAGTCTTTGAAGGCCTCAACATCACCTTTATTGGAAAGTCTTTGCTTAATCGCTCAAATAAAACAGACTTTGCCCATCttt---------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 600
s panTro2.chr21  15311491 137 +  46489110 TCCTCTCCTGACTTGCAATGTCTCCAGGATCCTATTTGATGTAGTCTTTGAAGGCCTCAACATCAGGTCTGCTGGGAAGTCCTTGCTTAATCGCTCAAATAAAACAGACTTTGCCCATCTTTAAGTACTCAGAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14850740 137 +  48394510 TCCTCTCCTGGCTTGCAATGACTCCAGGATCCTATTTGATGAAGTCTTTGAAGGCCTCAACATCACCTCTGCTGGGAAGTCTTTGCTTAATTGCTCAAATAAAACAGACTTTGCCCATCTTTAAGTACTCAGAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=-5327.000000
s hg19.chr21     16591643  31 +  48129895 GGCTAATTCCTCTATTATGACATTAGTATAT
s ponAbe2.chr21  14850877  31 +  48394510 GGCTAATTCCTCTATTATGATATTAGTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15311628  31 +  46489110 GGCTAATTCCTCTATTATGACATTAGTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164728711 600 - 196418989 I

a score=2901.000000
s hg19.chr21     16591674  13 +  48129895 TTTCTTATATAAA
s ponAbe2.chr21  14850908  13 +  48394510 TTTCTTATATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15311659  13 +  46489110 TTTCTTATATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164728711 600 - 196418989 I

a score=172305.000000
s hg19.chr21     16591687  55 +  48129895 ATATTACTTGTCTTCTTCTCCTGCTGCAGTGGAAACTTTTTAAGATTAGGCAATG
s ponAbe2.chr21  14850921  55 +  48394510 ATATTACTTGTCTTCTTCTCCTGCTGCAGTGGAAACTTTTTAAGATTGGGCAACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15311672  55 +  46489110 ATATTACTTGTCTTCTTCTCCTGCTGCAGTGGAAACTTTTTAAGATTAGGCAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164728711 600 - 196418989 I

a score=24008.000000
s hg19.chr21     16591742  43 +  48129895 Tggccggtagtggtggctcacgtctgtaatcccagcactttgg
s ponAbe2.chr21  14850976  43 +  48394510 Tggctgagcacggtggctcacgtccgtaatcccagcaatctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15311727  43 +  46489110 Tggccggtagtggtggctcacgtctgtaatcccagcactttgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164728711 600 - 196418989 I

a score=106952.000000
s hg19.chr21     16591785 91 +  48129895 gaggctgaggcgggtggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaagatggtgaaaccccgtctctactaaaaatac-aaaaa
s panTro2.chr21  15311770 91 +  46489110 gaggccgaggcgggtggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaagatagtgaaaccccgtctctactaaaaatac-aaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851019 91 +  48394510 gaggctgaggcgagcgaatcacctgaagtcaggagttcaagaccagcttggccaagatggtgaaaccccgtctctactaaaaatac-aaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164729311 90 - 196418989 gaggctgaggcgggcggatcac--aaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaatcccgtctctactaaaaatataaaaaa
i rheMac2.chr3  I 600 C 0

a score=180480.000000
s hg19.chr21     16591876 193 +  48129895 ttagccgggcgtggtggcaggcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggca-gagaattgcttgaacctggaaggcagaggttgcagtaagccgagatcgtgccactgcattccagcctggacgacagagcgagactccatctctaaaaaaaaaaaaaaacaca-------------aaaaacaaaaaaaACAAAAACAAAC
s rheMac2.chr3  164729401 162 - 196418989 ttagccgggcgtgggggcag-cgcctgtagtcccagctactcgggaggatgaggcaggagaatcgcttgaaccaggaaggcggagtttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacagagccagactccgtctc---------------------------------aaaaaaaaaaaaaa-----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851110 172 +  48394510 ttagccaggcgtggtggcagacacctgtaattccagctacttaggaggctgaggca-gagaatcgcttgaacctggaaggcagaggttgcagtgagccaagattgtgccactgcactccagcctaggcgacagagcaagactccgtctct--------------------------------aaaaaacgaacaaac--aaacaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15311861 206 +  46489110 ttagccgggcgtggtggcaggcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggca-gagaattgcttgaacctggaaggcagaggttgcagtaagccgagatcgtgccactgcattccagcctggacgacagagcgtgactccgtctctaaaaaaaaaaaaaaaCACacacacacacacacaaaaaacaaaaaaacaaaaacaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-191342.000000
s hg19.chr21     16592069 80 +  48129895 AAACAAAAAAGACTGGGCAATGTATTATTTTCATTGTCTTTCTTTCCCCTGACTTTTCACAGGGTCTGACACAGAATCAT
s panTro2.chr21  15312067 80 +  46489110 aaacaaaAAAGACTGGGCAATGTATTATTTTCATTGTCTTTCTTTACCCTGACTTTTCACAGGGTCTGACACAGAATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851282 78 +  48394510 aaac--aaaAGACTGGGCAATGTATTATTTTCATTGTCTTTCTTTCCCCTGACTTTTGACAGGGTCTGACACAGAATCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164729563 65 - 196418989 ----aaaaaaGACTGGGCAATGTATTATTTTCACTGCCTTT-----------CTTTTCACAGGGTCTGACACAGAATCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=458406.000000
s hg19.chr21     16592149 31 +  48129895 AAAACCCCTGAAAATGTCTGTGAAATCGTAG
s rheMac2.chr3  164729628 31 - 196418989 AACACCCCTGAAAATGTCTGTGAGATCGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851360 31 +  48394510 AAAACCCCTGAAAATGTCTGTGAGATCGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15312147 31 +  46489110 AAAACCCCTGAAAATGTCTGTGAAATCGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=401826.000000
s hg19.chr21     16592180 70 +  48129895 AGTTATCACAGTATTCACAGCACAGAGCACATAGCAGGAATGTCATTTCGTGACCTCAAGAAGGATAGCG
s rheMac2.chr3  164729659 70 - 196418989 ACTTATTACAGTATTCACAGCACACAGCACATAGCAGGATTGTCATTTCCTGACCTCAAGAAGGATAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851391 70 +  48394510 AGTTATCACAGTATTCACAGCAAAGAGCACATAGCAGGACTGTCATTTCATGACCTCAAGAAGGGCAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15312178 70 +  46489110 AGTTATCACAGTATTCACAGCACAGAGCACATAGCAGGAATGTCATTTCGTGACCTCAAGAAGGATAGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2843885.000000
s hg19.chr21     16592250 142 +  48129895 CCACAAGTATATTTGGGCAGCTAAGCTGTGAAAATTTTATTTTGATTGGAGGAATACAGAACTATGCAAAACTTGGGTGTATTTGTTTAACTTAACCTAGTTACTACAGCAGTTTCTCAAACTTCCTCATTCATTTAGGGGT
s panTro2.chr21  15312248 142 +  46489110 CCACAAGTATATTTGGGCAGCTAAGCTGTGAAAATTTTATTTTGATTGGAGGAATACAGAACTATGCAAAACTTGGGTGTATTTGTTTAACTTAACCTAGTTACTACAGCAGTTTCTCAAACTTCCTCATTCATTTAGGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851461 142 +  48394510 CTACAAGTATATTTGGGCAGCTAAGCTGTGCAAATTTTATTTTGATTGGAGGAATACAGAACTATGCAAAACTTGGGTGTATTTGTTTAATTTAACCTAGTTACTACAGCAGTTTCTCAAACTTCCTCATTCATTTAGGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164729729 141 - 196418989 CCACAAGTGTA-TCGGGCAGCTAAGCTGTGCAAATTTTATTTTGATTGGAGGAATACAGAACTGTGCAAAACTTGGGTGTATTTGTTTAACTTAACCTAGTTACTACAGCAGTTTCTGAAACTTCCTCATTCATTTAGCGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3600718.000000
s hg19.chr21     16592392 156 +  48129895 TTAGGTATTTGATTGACTGGCGCCAGCAAGAACTCATTTTGGAGAGCACCACATACATAACTAGGTCTCATTCAGGCACGGTCCACACTATTCCTATCCACAAAGTGCTTTTGATTTACCGGGAAATCTTTTGACAAAGCTCTTCTCCCTTCAGGG
s panTro2.chr21  15312390 152 +  46489110 TTAGGTATTTGATTG----GCGCCAGCAAGAACTCATTTTGGAGAGCACCACATACATAACTAGGTCTCATTCAGGCACAGTGCACACTATTCCTATCCACAAAGTGCTTTTGATTTACCGGGAAATCTTTTGACAAAGCTCTTCTCCCTTCAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851603 156 +  48394510 TTAGGTATTTGATTGACTGGAGCCAGCAAGAAGTCATTTTGGAGAGCACCACATACATAACTAGGTCTCATTCAGGCACAGTGCACACTATTCCTATCCACAAAGTGCTTTTGATTTACCGGGAAATCTTTTGACAAAGCTCTTCTCCCTTCAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164729870 156 - 196418989 TTAGGTATTTGATTGACTGGAGCCAGTGAGAACTCATTTTGGAGAGCACCACATACATAACTAGGTCTCATTCAGGCACAGTGCACACTATTCCTATCCACAAAGTGCTTTTGATTTACCAGGAAATCTTTTGACAAAGCTCTTCTCCCTTCAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=725856.000000
s hg19.chr21     16592548 57 +  48129895 AAGTGTGGGTGGTGGTGGTGGTGCAGGACCTAGAAGC-AAAAAAGGGACACTTCTAAC
s panTro2.chr21  15312542 57 +  46489110 AAGTGTGGGTGGTGGTGGTGGTGCAGGACCTAGAAGC-AAAAAAGGGACACTTCTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851759 57 +  48394510 AAGTGTGGGTGGTGGTTGTGGTGCAGGACCTAGAAGC-AAAAAAGAGACACTTCCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164730026 58 - 196418989 AAGTGTGGGTGGTGGTGGTGGTGCAGGACCTAGAAGCAAAAAAAGAGACACTTCTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=946870.000000
s hg19.chr21     16592605 60 +  48129895 AAAGCCGTGAAGTTCTTCTGTGCTGTTATAACGCGATCTACCTAGGTAAAGATTTGCTCT
s panTro2.chr21  15312599 60 +  46489110 AAAGCCGTGAAGTTCTTCTGTGCTGTTAGAACGCGATCTACCGAGGTAAAGATTTGCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851816 60 +  48394510 AAAGCCGTAAAGTTCTTCTGTGCTATTATAATGCGATCTAGCTAAGTAAAGATTTGCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164730084 60 - 196418989 AAAGCCGTGAAGTTCTTCTGTGCTGTTATAATGCGATCCAGCTGGGTACAGATTTGCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=525334.000000
s hg19.chr21     16592665 35 +  48129895 CTACATTTGTTTACAGAAATTGATTCCACAAATCT
s panTro2.chr21  15312659 35 +  46489110 CTACATTTGTTTACAGAGATTGATTCCACAAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851876 35 +  48394510 CTACATTTGTTTACAGAAAATGATTCCACAAATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164730144 35 - 196418989 CCACATTTGTTTACAGAAATGGATTCCACAAATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2090915.000000
s hg19.chr21     16592700 123 +  48129895 TTGTAAAGAGGAGTGTTTTAGGGGCAAAACAAATGTGACACTTTCTAAGAGCAAACTCTGTATACGAATTTAGACTTAGTTAAAATAACTAGTTATCATGTGATCTGATCTTAACTGGCTTTT
s panTro2.chr21  15312694 123 +  46489110 TTGTAAAGAGGAGTGTTTTAGGGGCAAAACAAATGTGACACTTTCTAAGAGCAAACTCTGTATACGAATTTAGACTTCGTTAGAATAACTAGTTATCATGTGATCTGATCTTAACTGGCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14851911 123 +  48394510 TTGTAAAGAGGAGTGTTTTAGGGGCAAAACAAATGTGACACTTTCTGAGAGCTAACTCTATATACAAATTTAGACTTTGTTAAAATAACTAGTTATCATGTGATCTGATTTTAACCGGCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164730179 123 - 196418989 TTGTAAAACGGAGTTTTTCAGGGGCAACACAAACGTGACACTCTCTAAGAGCTAACTCTACATACAAATTTAGACTGTATTAAAATAACTGGTTATCATGTGATCTGATCTTAACTGGCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4254972.000000
s hg19.chr21     16592823 284 +  48129895 TAAAAGCAGCAAAGGAAATATATTTTGTTAGTTTAGCGTGCTTGTCAGAACTGA-TCCTGAGACATGGTTTCCTTGGGCACGTGGCGTGTGTTTTGAAAAATCAGCCTCCTTTGGGAATTGTACTCTTAAGATATTTGTTCAGAGATGTTCAAGCTCTCAGTTACAAGATGCTTGAGCCAGAAACAGAAAAGTCTGAGTACAGTGCCATTGTTACATTGTCAtgtgcgtctgtgcgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt----------------------gtgagagagagagagagaga
s panTro2.chr21  15312817 285 +  46489110 TAAAAGCAGCAAAGGAAATATATTTTGTTAGTTTAGCGTGCTTGTCAGAACCGACTCCTGAGACATGGTTTCCTTGGGCACGTGGCGTGTGTTTTGAAAAATCAACCTCCTTTGGGAATTGTACTCTTAAGATATTTGTTCAGAGATGTTCAAGCTCTCAGTTACAAGATGCTTGAGCCAGAAACAGAAAAGTCTGAGTACAGTGCCATTGTTACATTGTCAtgtgcgtgtgtgcgtgtgtatgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgt----------------------gtgtgtgAGAGAGAGAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14852034 285 +  48394510 TAAAAGCAGCAAAGGAAATATATTTTGTTAGTTTAGCGTGCTTGTCAGAACCAACTCCTGAGACATGGTTTCCTTTGGCACGTGGCATGTGTTTTGAAAAATCAGCCTCCTTTGGGAATTGTACTCTTAAGATATTTGTTCAGAGATGTTCAAGCTCTCAGTTACAAGATGCTTGAGCCAGAAACAGAAAAGTCTGAGTACAGTGCCATTGTTACATTGTCAtgtgcatgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtatatatgtgtgt----------------------atgtgAGGGAGAGAGAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=562613.000000
s hg19.chr21     16594041 40 +  48129895 GCTGTTTAGGAACTCAATGAAAATGTTACAAAATATCCTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1031068.000000
s hg19.chr21     16594081 71 +  48129895 TTAATCTATAATGTACACATTGTGTATATGACATCCTTGGGACTATGCAATGGAAATAGTGACAAGTAAAC
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a score=1188418.000000
s hg19.chr21     16594152 62 +  48129895 AATGAAACAAAAGGAAATCAATTTACCAAACCCAGAAAGGTGAAAGCATTTGGTGAAACACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1606438.000000
s hg19.chr21     16594214 65 +  48129895 ACTCCACAAAGAAATGTGAAGTGCTGACAGAACTGTTACATAAC--------------------CTTCAATTTATTTTAATAACA
s rheMac2.chr3  164731712 64 - 196418989 ACTCCACAAAGAAATGTGAAGTGCTGACAGAACTGTTATATAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1597737.000000
s hg19.chr21     16594279 76 +  48129895 CTGGAAGGGCAGATGTCATAGTGGTTCCTGGAAATCTTTTTGAGGTTTCCAGGATGTGTTCCCATTAATTTTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1834071.000000
s hg19.chr21     16594355 100 +  48129895 AAAGCACCTACTACATTGTGCAACCTATAACCAGCATTGACTAATTTATATCATGTTCCCTCTTGAGGCTGACTCAGGTCTAGTTCTCCTAAAAGAG----AAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14853568 104 +  48394510 AAAGCACCTACTATATTGTGCAACCTATAACCAGCATTGACTAATTTATATCATGTTCCCTCTTGAGGCTGACTCAGGTCTAGTTCTCCTAAAAGGGTTTCGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164731794 104 - 196418989 AAAGCACCTACTCTATTGTGCAACCTATAACCAGCATTGACTAATTTATATCATGTTCCCTCTTGAGGCTGACTCAGGTCTGGTTATCCTAAAAGGGTTTCGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6046073.000000
s hg19.chr21     16594455 213 +  48129895 TGAGCAGGATGTAGGAGTCATATG-CAAAGAGGCTTCTCCATGCAGGACAGAACACAGCCTCAGGAAGGTCACAGGGGTCAAGCTGATTACCTCCTCCAGCTCTGGCAAGCAGAGGGCTCAGCTGGGTTACCCAAGTTCACAAGAGCTATTGACATTCAGCTGTAGCTCCCACTCATTATGGGATCAGCAGGGGACTGTCTGGGCCTCCTGTTA
s rheMac2.chr3  164731898 213 - 196418989 TGAGCAGGATATAGGAGTCATATG-CAAAGAGGCTTCTCCATGCAGGACAGAACACAGCCTCAGGAAGGTCACAGGGGTCAAGCTGATTACCTCCTCCAGCTCTGGCAAGCAGAGGGCTCAGCTGGGTTACCCAAGTTCACAAGAGCTATTGACATTCAGCTGCAGCTCCCACTCATTATGGGATCAGCAGGGGACTGTCTGGGCCTCCTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14853672 214 +  48394510 TGAGCAGGATGTAGGAGTCATATGCCAAAGAGGCTTCTCCATGCAGGAGAGAACACAGCCTCAGGAAGGTCACAGGGGTCAAGCTGATTACCTCCTCCAGCTCTGGCAAGCAGAGGGCTCAGCTGGGTTACCCAAGTTCACAAGAGCTATTGACATTCAGCTGTAGCTCCCACTCATTATGGGATCAGCAGGGGACTGTCTGGGCCTCCTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15314451 213 +  46489110 TGAGCAGGATGTAGGAGTCATATG-CAAAGAGGCTTCTCCATGCAGGACAGAACACAGCCTCAGGAAGGTCACAGGGGTCAAGCTGATTACCTCCTCCAGCTCGGGCAAGCAGAGGGCTCAGCTGGGTTACCCAAGTTCACAAGAGCTATTGACATTCAGCTGTAGCTCCCACTCATTATGGGATCAGCAGGGGACTGTCTGGGCCTCCTGTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16594976 27 +  48129895 ATTTTTAAAGAGATAATAGCAGCACT--------A
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s hg19.chr21     16595027 92 +  48129895 CCCTGAGTTGCTCGTGTAAAACTAACCTCAGAGAGAACTTTAACAACTCATCATCTAAGAAGTGAAGTCACAGTTTTACAGAAGTTCAGAAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164732489 92 - 196418989 CTCTGAGTTGCTCATGTAAAACTAACCTCAGAGAGAACTTTAACAACTCATCATCTAAGAAGTGAAGTCACGGTTTTACAAAAGTTCAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2502620.000000
s hg19.chr21     16595119 105 +  48129895 CTCTCTATTAGGTTACAGACATGGAGCTCTAAGTGGTAAGCCTGTTCCTTCAGGCTTTGATCTCCTGCTGACACATtatgatcttctagaagtgacttaacctct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2983598.000000
s hg19.chr21     16595224 143 +  48129895 ttgcctctatgaactcatttgtaaatggagaataatagtTAATTAATCCACGAAGCATGTCTCTGTGGTAGCAATGGGAAGACTGACTCTCTGTTACACCCAAGGGCCTCTAAGTCATCTATCTTTCCTAGTTCTTCCTTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16595457 42 +  48129895 TGTACACAGTTGGGGTTAGTTttcattcaactactatattta
s panTro2.chr21  15315453 42 +  46489110 TGTACACAGTTGGGGTTAGTTTTCATTCAACTACTATATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=410573.000000
s hg19.chr21     16595499 26 +  48129895 aaaagtattaagcttcttttaagggc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=2319051.000000
s hg19.chr21     16595525 149 +  48129895 caagagcttgtaagacaaaagctgtaccctaaaggaggttagagtttagccagaagacaTGGAATTATAAGCAATGTGGTCAATTCCAGGAATCCACCTAAATAATTCAGAGTCCAGGTGGATTTGGGGAGTTAGGAGTTATCTAGTTT
s panTro2.chr21  15315521 149 +  46489110 CAAGAGCTTGTAAGACAAAAGCTGTACCCTAAAGGAGCTTAGAGTTTAGCCAGAAGACATGGAATTATAAGCAATGTGGTCAATTCCAGGAATCCACCTAAATAATTCAGAGTCCAGGTGGATTTGGGGAGTTAGGAGTTATCTAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14854750 149 +  48394510 caagagcttgtaagacaaaagctctaccctaaaggagcttagagtttagccagaagacatggaattataagcaaTGTGGTCAATTCCAGGAATCCACATAAATAATTCAGAATCCAGGTGGATTTGGGGAGTTAGGAGTTATCTAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164732987 148 - 196418989 CAAGAGCTTGTAAGACAAAAGCTCTACCCTAAAGGAGCTTAGAGTTTAGCCAGAAGACGTGGAATTATAAGCAATGTGTTCAATTCCAGGAATCCACATCAATAATTCAGAGTCCAGGTGGATTTGGGGAGTTAGGAG-TACCCAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1190011.000000
s hg19.chr21     16595674 72 +  48129895 GATTTCTGGCTTTGTCAGATGATCTAGCTGACTGCCAAATCTACACTTGACCCAAAGACACAAAAGACTATC
s panTro2.chr21  15315670 72 +  46489110 GATTTCTGGCTTTGTCAGATGATCTAGCTGACTGCCAAATCTACACTTGACCCAAAGACACAAAAGACTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14854899 72 +  48394510 GATTTCTGGCTTTGTCAGATGATCTAGCTGACTGCCAAATCTACACTTGACCCAAAGACACAAAAGACTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164733135 72 - 196418989 GATTTCTGGCTTTGTCAGATGATCGAGCTGACTGCCAAATCTACACTTGACCCAAAGACACAAAAGCCTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=120407.000000
s hg19.chr21     16595746 20 +  48129895 TACATAGACTCGTTCAATCT
s panTro2.chr21  15315742 20 +  46489110 TACATAGACTCGTTCAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14854971 20 +  48394510 TACATAGACTCGTTCAATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164733207 20 - 196418989 TACATAGATTCGTTCAATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=700282.000000
s hg19.chr21     16595766 34 +  48129895 TGACTTTAATCACAAATGCAAACAGAAATTCCTT
s panTro2.chr21  15315762 34 +  46489110 TGACTTTAATCACAAATGCAAACAGAAATTCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14854991 34 +  48394510 TGACTTTAATCATAAACGCAAACAGAAATTCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164733227 34 - 196418989 TGACTTTAATCACAGATGCAAACAGATATTCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=378193.000000
s hg19.chr21     16595800 25 +  48129895 GATCTACCTCTTTCTGTAACATTTG
s rheMac2.chr3  164733261 25 - 196418989 GATCTACCTCTTTCTGTAACATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855025 25 +  48394510 GATCTACCTCTTTCTGTAGCATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15315796 25 +  46489110 GATCTACCTCCTTCTGTAACATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=140436.000000
s hg19.chr21     16595825 14 +  48129895 ACACTGTTGGCCAT
s panTro2.chr21  15315821 14 +  46489110 ACACTGTTGGCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855050 14 +  48394510 ACACTGTTGGCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164733286 14 - 196418989 ACACTGGTGGCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245416.000000
s hg19.chr21     16595839 30 +  48129895 TCTCTCTATTATGAGTGTTCTAGAAGCTGT
s panTro2.chr21  15315835 30 +  46489110 TCTCTCTATTATGAGTGTTCTAGAAGCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855064 30 +  48394510 TTTCTCTATTATGAGTGTTCTGGAAGCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164733300 29 - 196418989 TCTGTCTATTATGAGTGTTCTAGAAGCTG-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=593154.000000
s hg19.chr21     16595869 83 +  48129895 CTCGGTAAATTGGGCAATGCTAGCTCTGCATGAttcttagctctccacctttctcttgccatactctttcacttgatgatttc
s panTro2.chr21  15315865 83 +  46489110 CTTGGTAAATTGGGCAATGCTAGCTCTGCATGAttcttagctctccacctttctcttgccatactctttcacttgatgatttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855094 83 +  48394510 CTCGGTAAATTGGGCAATGCTAGCTCTGCATGAttcttagctctccacctttctcttgccatactctttcacttgatgatttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164733329 83 - 196418989 ATTGGTAAATTGGGCAATGCTAGCTTTGCATGAtttttagctctccacctttctcttgccatactctttcacttgatgatttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-404098.000000
s hg19.chr21     16595952 45 +  48129895 tatcgccctcgcccccaactcccactttatggatttagccatttc
s panTro2.chr21  15315948 45 +  46489110 tatcgccctcgcccccaactcccactttatggatttagccatttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855177 45 +  48394510 tatcgccctcacccccaactcccactctatggatttagccatttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164733412 45 - 196418989 tatcaccctcacccccaactcccactctatggatttagccatttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=545548.000000
s hg19.chr21     16595997  99 +  48129895 ccaaa----tctttagcactaactcccagccctcttcgaagcaagaggtccatttttgtacttgcctgctctgcatttccactggtttatcccactggcattt
s panTro2.chr21  15315993  99 +  46489110 ccaaa----tctttagcactaactcccagccctctttgaagcaagaggtccatttttgtacttgcctgctctgcatttccactggtttatcccactggcattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855222  99 +  48394510 ccaaa----tctttagcactaactcccagccctcttctaagcaagaggtccatttttgtacttgcatgctctgcatttccactggtttatcccactggcattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164733457 103 - 196418989 ccaaatgtttatttagcactaactcccagccctcttctaagcaagaggtccatttttggacttgcctgctctacatttccactggtttatctcactggcattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305186.000000
s hg19.chr21     16596096 56 +  48129895 ttaactcgagtctatagtgacatctttccccagatgagctccgtcctccgacttcc
s panTro2.chr21  15316092 56 +  46489110 ttaactcgagtctatagtaacatctttccccagatgagctccgtcctccgacttcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855321 56 +  48394510 ttaactcgagtctataatgacatctttccccagatgagctccgtcctccgacttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=75054.000000
s hg19.chr21     16596152 7 +  48129895 cttttgc
s panTro2.chr21  15316148 7 +  46489110 cttttgc
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s rheMac2.chr3  164733616 7 - 196418989 tttttgc
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a score=410630.000000
s hg19.chr21     16596159 48 +  48129895 gtgtgaggattcattatccacccagttaatcaggctctcaactccaga
s panTro2.chr21  15316155 48 +  46489110 gtgtaaggattcattatccgcccagttaatcaggctctcaacttcaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s rheMac2.chr3  164733672 70 - 196418989 gtcagctttgattttctcctctgctttgactcacctcacttgtctcccatcaatatcccatcaattctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855433 70 +  48394510 gtcatctttgatttcctcctctgctttgacccacgtaacttgtctcccatcagtatcccatcaattctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15316203 70 +  46489110 gtcatctttgatttcctcctctgctttgacccacctaacttgtctcccatcaataacccatcaattctac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855856 61 +  48394510 tcggtcttctgatatgtagcttttaagtcctacttttccaaaggagctcaacattgactat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855917 56 +  48394510 cagtgtcatgggcatttatggctttacctgacttctcagtgctctgaagatgga-ga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16596751 85 +  48129895 GGCTGCGTCATGTGGGTGTGGATCCCTCTGCATCACTAAGCACAATTCTTGGCAGAGAGTAGAGGGTTAGTAATATATATTGCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14855973 85 +  48394510 ggctgcgtcatgtgggtgtggatccccctgcatcactaagcacaattcttggcagagagtagatggtcagtaatgtatattgCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164734217 85 - 196418989 GGCTACGCCATGTGGGTGTGGATCCGTCTGCATCACTAAGCGCAATTCTTGGCAGAGAGTACATGGTTAGTAATATACATTGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16596836 44 +  48129895 AACCGAtgtattagtcagggttctctagagggacagacctaata
s panTro2.chr21  15316832 44 +  46489110 AACCTAtgtattagtcagggttctctagagggacagacctaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14856058 44 +  48394510 AACCAAtgtattagtcagggttctctagagggacagacctaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164734302 44 - 196418989 AACCAGtgtattagtcagggttttctagagagacagagctaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15317203 120 +  46489110 cttttatcctagctgccctggcagctgattagatggtgcccacccagattgaggggtgggtcttcttctcccagttcacagactgaaatgttattctcctttggcaacaccctcaaagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14856543 50 +  48394510 acacccagaaacaatactttgcatccttcaatccaatcaggttgacactc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15317323 50 +  46489110 acacccagaaacaatactttgcatccttcaatccaatcaggttgacactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=229274.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15317373 62 +  46489110 aatatta---atcaCAACCAACATAAATGAAATCAAATAAAGGATACC-TTTTTTCTGAATAGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15317435 39 +  46489110 GAAATATTTAAAATTTTAGAACATCAAAACTTTAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=376601.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=508783.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1112765.000000
s hg19.chr21     16597726 73 +  48129895 CAGGAAAATTAACAGTGATATTTAAGCAGGGCCATTTCTGTGATCAGAGCTATGTAAAAAATCAAGAGAAGAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=647670.000000
s hg19.chr21     16597799 54 +  48129895 AATGAGATTTAAAAAAAGTAGTTCCTGGAAAACATGGATAATTTATTATCATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=364087.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 5

a score=85299.000000
s hg19.chr21     16597885 42 +  48129895 AAGTCAAATCCTAAAAGAGAAATACGTTTTATAGCAtttttt
s panTro2.chr21  15317881 42 +  46489110 AAGTCAAATCCTAAAAGAGAAATACGTTTTATAGCAtttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14857101 42 +  48394510 AAGTCAAATCCTAAAAGAGAAATACATTTTATAGCAtttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164735358 42 - 196418989 AAGTCAAATCCCAAAAGAGAAATACATTTTACAGCAtttttt
i rheMac2.chr3  I 5 C 0

a score=-2649.000000
s hg19.chr21     16597927 20 +  48129895 ttctttgtttttttgagatg
s panTro2.chr21  15317923 20 +  46489110 ttctttgtttttttgagatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164737706 768 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164737706 768 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164737706 768 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164740524 59 - 196418989 ggacatttctttggctctggagaatttggtcctctttcttctctgctaccttcattttc----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16603238 19 +  48129895 tttttcttccttctatttt
s rheMac2.chr3  164740583 18 - 196418989 -ttttcttccctctatttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14862443 19 +  48394510 tttttcttccctctatttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15323229 19 +  46489110 tttttcttccttctatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-98254.000000
s hg19.chr21     16603257 51 +  48129895 gttctcttctctttttcagaaattcctcttagttaggggtattgggcctcc
s rheMac2.chr3  164740601 51 - 196418989 gttctcttctctttttcagaaattcctcttagctagggatattgggcctcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164740700 142 - 196418989 taatatattttaatcttgggggctttgactctgtgttctaagttaaaatttcttgacttatatcaagtactttagttaattttaagaaatttgccagtgacatatttaatttccaaaaactctcactttctaattgccctgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164741000 104 - 196418989 tctctgatttttctcaagtgagtgtggttggttgtctacttaatattatgaatgaaagactcaaTTAAGGAATATAAGTAGCAAGGATAGGTTTTCTGTGCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15323749 36 +  46489110 AAAATTATGTGTATAAAGAAGAGCAGATATACTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14862963 36 +  48394510 AAAATTGTGTGTATAAAGAAGAGCAGATATACTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164741104 36 - 196418989 AGAATTGTGTGTATAAAGAAGAGCAGATACACTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15323785 46 +  46489110 TAGTGTGCAAGAGTGG-----GGTAAACAGGCAGGCCTTCTTCTTCTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16603840 12 +  48129895 TTACCTGTAAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14863062 16 +  48394510 CTCTAGCTcaagcttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15323859 112 +  46489110 tccaaccaggccacacgtggccccagacagctttgaatgcagccgaacacaaattcataaactttcttaaaaacattctaagattctttatacaac-----tttttttaaagctcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14863078 114 +  48394510 tccagccagaccacacgtggccccagacggctttgaatgcagcccaacacaaattcataaactttcttaaaaacattctgagattctttttacaac---tttttttttgaagcccac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164741214 117 - 196418989 tccaaccaggccacatgtggccccggacggctttcaatgcagcccaacacaaattcatcaactttttaaaaaacattctgagattatttttacaacttttttttttttaaagctcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15323971 256 +  46489110 cagctatggttagtgttaatgtattttatgtgtggcccaaaacaattcttcttc---caatatggctcagggagccaaaagattgaacacccctgctctagcctctgagttctcattgagatggagttgagaattaactccagtccttctacttggccagccctgtgattatttaactctttatttgctgaaaacacctgctttctcagtacattaacttttctgggcagcaggcaagatgaacccatcaggcgattgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164741331 258 - 196418989 cagctatggttagtgtccatgtattttatgtgtggtcc-aaacaattcttcttcttccagtgtggctcagggagccaaaagattgatcatccgtgctctagcctctgagttctcgttgagatggagttgagaattgactccagtccttctgcttggccagccctgcgattatttaactccttctttgctgaaaacacctgctttctcagtacattaacttttctgggcagcaggcaagatgaacccgtCAGGCGATTGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15324321 219 +  46489110 ttgaatcaccaacttcagctattggcagtagccagttgcttacatctttaggataataaacc-tttgtagtgatttatttcagtttggaatatctataaagacgtttgttttcctgattaaaccctgactgacacaGTTTTATAGCCCATTCCTGTTCTCTAATCTGCTCCTTCTCAGGTAGGAGTTTCTACAGATCTTCACCAGCAGAAGGGGTCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 329 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164742077 51 - 196418989 AGTGGCAGGACAGGAGGAAGAGATGGATGTGTGCACTCAGTTTATTGCCTA-----
i rheMac2.chr3  C 0 I 378
s ponAbe2.chr21  14864265 56 +  48394510 AGTGGCAGGACAGGAGGAAGAGATGGATGTGTGCATTCAGTTTATTGCCTAGTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15324715 56 +  46489110 AATGGCAGGACAGGAGGAAGAGATGGATGTGTGCACTCAGTTTATTGCCTAGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16604782  31 +  48129895 CGAAAGT---AGTGAGCTACTTTCAAGGGGTAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14864321  34 +  48394510 CGAAGTTTTTGGTGAGCTACTTTCAAGGGGTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164742128 378 - 196418989 I

a score=140368.000000
s hg19.chr21     16604813 36 +  48129895 TTTTTTTTTTAAGAAAACTGGATATGACAATCTGAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 378 C 0

a score=177066.000000
s hg19.chr21     16604849 44 +  48129895 aataatttcatttttactaatttatttacattaaaaacaagatt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164742532 43 - 196418989 aataatttca-ttttactaatttatttatattaaaaacaagatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241905.000000
s hg19.chr21     16604893 82 +  48129895 caaaaataataaaataaaaaaCCCCAACAACAACAAGGTTCAATGTAATGATTATTTCTGTTGTTAAAGGCTGGAGGATTAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14864433 81 +  48394510 caaaaataataaaataaaaaaCCCCAACAACAACAAGGTTCAATGTAATGATTATTTCTGCTGTTAAAGGCTGGAGGATTA-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=316946.000000
s hg19.chr21     16604975 35 +  48129895 TTTTGAACTAGGAAAAACTAAGAAAAAATTGGGGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14864514 35 +  48394510 TTTTGAACTAGGAAAAACTAAGAAAAAATTTGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=592346.000000
s hg19.chr21     16605010 81 +  48129895 GAATGATTTCTGTCCTACCCCTTCATCCATGGGGTAGGACAGAAGCTATGTCCTTAGATCAGAGGCTCTTCCTATGTGGCA
s rheMac2.chr3  164742691 81 - 196418989 GAATGATTTCTGTCCTACCCCTTTAACCATGGGGTAGGAGAGAAGCTACGTCCTTAGATCAGAGGCTCTCCCTATGTGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15325000 81 +  46489110 GAATGATGTCTGTCCTACCCCTTCATCCATGGGGTAGGACAGAAGCTATGTCCTTAGATCAGAGGCTCTTCCTATGTGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14864549 77 +  48394510 GAATGATTTCTGTCCTACCCCTTCATGCATGGGGTA----AGAAGCTACGTCCTTAGATCAGAGGCTCTTCCTACGTGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=5244470.000000
s hg19.chr21     16605091 227 +  48129895 TTTCTGTGTATTGGAGCTGCCTCTCTTGAGGTTACGTGGTTTAATCTGTTATTCTGTGAACACACCAAAACTATTCAATTTGCTAATTTGGTCCTGTAGTGATTTGAGTATGTCCCTTTCATTTAGCCACTCTGTTATGACACAAACATGATTATAATATATTAAGAAAAAACATTTCTTCGGCAGATTTTCTTTAGTTCTAGTTACATTGAACTGAGAACGTCAAT
s ponAbe2.chr21  14864626 227 +  48394510 TTTCTGTGTATTGGAGCTGCCTCTCTTGAGGTTACATGGTTTAATCTGTTATTCTGTGAACACACCAAAACTATTCAATTTGGTAATCTGGTCCTGTAGTGATTTGAGTATGTCCCTTTCATTTAGCCACCCTGTTATGACACAAACATGATTATAATATATTAAGAAAAGACATTTCTTCGGCAGATTTTCTGTAGTTCTAGTTACATTGAACTGAAAATGTCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15325081 227 +  46489110 TTTCTGTGTATTGGAGCTGCCTCTCTTGAGGTTACGTGGTTTAATCTGTTATTCTGTGAACACACCAAAACTATCCAATTTGCTAATTTGGTCCTGTAGTGATTTGAGTATGTCCCTTTCATTTAGCCACTCTGTTATGACACAAACATGATTATAATATATTAAGAAAAAACATTTCTTCGGCAGATTTTCTTTAGTTCTAGTTACATTGAACTGAGAACGTCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16605413 47 +  48129895 AAGTTTTCAGGATTGAATCTACTACAGACTCATTCAGAAATTGACTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15325403 47 +  46489110 AAGTTTTCAGGATTGAATCTACTACAGACTCATTCAGAAATTGACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14864948 47 +  48394510 AAGTTTTCAGGATTGAATCTACTACAAACTCATTCAGAAATGGACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14864995 38 +  48394510 TGCTCAATATTGCATATTTTAAATACCTAATAAAATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15325450 38 +  46489110 TGCTCAATATTGCATATTTTAAGTACCTAATAAAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164743141 38 - 196418989 TGCTCAATATTGCATATTTTAAATACCTAATAAAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16605498 22 +  48129895 TAACTTATAAATTTTTTAAATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164743179 20 - 196418989 TAAC--ATAAGCTTTTTATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=211364.000000
s hg19.chr21     16605520 41 +  48129895 TGTTTTTTGTATAAGAACAATTTTGGAAAAGAACATGTATG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15325510 41 +  46489110 TGTTTTTTGTATAAGAACAATTTTGGAAAAGAACATGTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164743199 40 - 196418989 T-TTTTTTGTGTAAGAACAATTTTGGAAAAGAACGCGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16605561 36 +  48129895 GAATATAAAATTATTTAAGTATCTGCTCAATTGACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14865096 36 +  48394510 GAATATAAAATTATTTAAGTATCGGCTCAGTTGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=157514.000000
s hg19.chr21     16605597 59 +  48129895 CTCACCTCCTTTCTATGAGAAATTCACCCCTGAATGTCTCCATTTGTTCCTTTATTTAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14865132 59 +  48394510 CTCACCTCCTTTTTATGAGAAATTCACCCCTGAATATCTCCATTTATTCCTTTATTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=545845.000000
s hg19.chr21     16605656 89 +  48129895 TTATTTTGTTGCAAGACCTTTGCCACTTTGACTACTATTGATTGGTCCAAGATGGACACTTGACCACTCTGAGTCAGTCAAATTCTCTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15325735 49 +  46489110 TCAAAGAACCGATACTCAGAGTCATCTAGTTTCTAAAAATGGCTGGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164743472 170 - 196418989 TGAGCAACATGTAAAATGTCTGTGGATGCTGGACAAGCCACCCATTACCCATTATTTGGAAAG----AGAGAAATGACAATGAAGAATGACAGAAACAAGAGAAGAGAATCAAAGAGACAAGAAATCATGGGGGTTGGGGGAGGGGGGAGAGAGAGAGAGACTGCAAGCCTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14865329 174 +  48394510 TGAGCAACATGTAAAATGTCTGTGGATGCTGGACAAGCCACCCATCATCCATTATTTGGAAAAAGACAGAGAAATGACAACGAAGAATGACAGAAACAGGAGAAGAGAAACAAAGAGACAAGAAATCATAGGGGTGGAGGGGAGGGGGAGAAAGAGAGAGACTGCAAGCCTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15325784 169 +  46489110 TGAGCAACATGTAAAATGTCTGTGGATGCTGGACAAGCCACCCATCATCCATTATTTGGAAAGAGACAGAGAAATGACAATGAAGAATGACAGAAACAAGAGAAGAGAAACAAAG-GACAAGAAATCATGGGGGTGGAGGGGAGGGGG----AGAGAGAGACTGCAAGCCTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168607.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=475500.000000
s hg19.chr21     16606014 48 +  48129895 GGATTTGTGAggttcacctgaattcttataatgaaatctttcttttgc
s panTro2.chr21  15326003 48 +  46489110 GGATTTGTGAGGTTCACCTGAATTCTTATaatgaaatctttcttttgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164743692 48 - 196418989 GGATTTGTAAGGCTCACCTGAATTCTTATaatgaaatctttcttttgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=724722.000000
s hg19.chr21     16606062 48 +  48129895 ttaagctgagttgagctgttctgctacttgaaaccaaaagagcctaaa
s panTro2.chr21  15326051 48 +  46489110 ttaagctgagttgagctgttctgctacttgaaaccaaaagagcctaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14865601 48 +  48394510 ttaagctgagttgagctgttctgctacttgaaaccaaaagagcctaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164743740 48 - 196418989 ttaagctgagttgagctgttctgctacttgaaactaaaagagcctaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16606110 156 +  48129895 ataaaacaGAGCACACAGCAGAACAGGGAGATTGTTACTCTCCATGTGCATGAATACAGAAATTCAGAGACTGCTGGGTTTACATCTGTGTAAAGAGAACAAATTGACTGCAATTCTAGGTTGGCCTCCAGTTATTTTTTTTCT--TTATCGATACAT
s panTro2.chr21  15326099 155 +  46489110 ataaaacaGAGCACACAGCAGAACAGGGAGATTGTTACTCTCCATGTGCATGAATACAGAAATTCAGAGACTGCTGGGTTTACATCTGTGTAAAGAGAACAAACTGACTGCAATTCTAGGTTGGCCTCCAGTGATTTTTTT-CT--TTATTGATACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164743788 157 - 196418989 ataaaacaGAGCACGCAGCAGAACAGGGAGACTGTTACTCTCCAAGTGCATGAATACAGAAATTCAGAGACTGCTGGGTTTAAGTCTGTGTAAAGAAAACAAATTGATTGCGATTCTAGGTTGGTCTCCAGTGATCTTTTT-TTTGTTATTGATACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15326254 40 +  46489110 AAGAAATACATCTTCAACAATTTGCATATTAAGTCTTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164743945 39 - 196418989 AAG-AATACATCTTCAACAATTTGCATATTAAGTCTTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=923542.000000
s hg19.chr21     16606306 80 +  48129895 CAAGTATCCAATTCCTGAATATTTAGATGTACTGTATTTGGTTAAAGCCTCATAAATTTATGCTATATTTTATGTAATCT
s panTro2.chr21  15326294 70 +  46489110 CAAGTATCCAATTCCTGAATATTTAGATGTACTGTATTTGGTTAAA----------TTTATGCTATATTTTATGTAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14865844 80 +  48394510 CGAGTATCCAGTTCCTGAATATTTAGATGTACTGTATTTGGTTAAAGCCTCATAAATTTATGGTATATTTTATGTAATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-64770.000000
s hg19.chr21     16606386 14 +  48129895 TAGGCAGTTTTGAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=225353.000000
s hg19.chr21     16606400 75 +  48129895 AAATCTCTTTCAATAATGCTGAATGAGCTTTGTAGAATGTAGCACAATATCTGGTAAATGTGTAAGTGCTCATTa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164744077 75 - 196418989 AAATCTCATTCAATAATGCTGAATGAGCTTTGTAGAATGCAGCACAACATCTGGTAAATGTGTAAGTGCTCCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235302.000000
s hg19.chr21     16606475 133 +  48129895 ctgttgatagtagcaaagacatggaatcaagctacatgcccatccatggtagactggatatagaaaatgtggtacatatacaccatggaatactatgcagccataaaaagaatgagaacatgttctttgcagc
s panTro2.chr21  15326453 133 +  46489110 ctgttgatagtagcaaagacatggaatcaagctacatgcccatccatggtagactggatgtagaaaatgtggtacatatacaccatggaatactatgcagccataaaaagaatgagaacatgttctttgcagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14866013 133 +  48394510 ctgtacatagtagcaaagacatggaatcaacctacatgcccatcaatggtagactggatgtagaaaatgtggtacatatacaccatggaatactatgcagccataaaaagaatgagaacatgttctttgcagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164744152 133 - 196418989 CAGttcatagtagcaaagacatggaatcaacccaaatgcccatcaatggtagactggatgtagaaaatctggtacatatacaccatggaatactatgcagccataaaaagaatgagaacatgttctttgtagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=339306.000000
s hg19.chr21     16606608 213 +  48129895 aacatatatggagctagagggcattatccttagtgaactaacacaggaacagaaaaccgaataccacatattctcacttacgggcacctagacattgagtacatatgggcacaaagaagggaacgacagacaccaggggtcaacttgagggtggaacgagagaagagggtgaggactgacaaactccctgttgagtactatgctgattacctg
s panTro2.chr21  15326586 213 +  46489110 aacatatatggagctagagggcattatccttagtgaactaacacaggaacagaaaaccgaataccacatattctcacttacaggtacctagacactgagtacatatgggcacaaagaagggaacaacagacaccaggggtctacttgagggtggaacgagagaagagggtgaggattgacaaactccctgttgagtactatgctgattacctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14866146 212 +  48394510 aacgtatatggagctagagggcattatccttagcgaactaacacaagaacagaaaaccgaataccacatattcttacttacaggcacctagacattgagtacatatgggcacaaagaagggaacaacagacaccaggggtctacttgagggtggag-gagagaagagggtgaggactgaaaaactccctgttgagtactatgctgattacctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164744285 213 - 196418989 aacatgtatggaactagagagcattatcctcagtgaactaacacaggaacagaaaaccaaataccatatattctaacatataggtacctagacatcgagtacatatgggcacaaagaagggaacaacagacaccaggggtctgcttgagggtggaaggagagaagagggtgaggattgaaaaactgcctgttgagtactatgcttattatctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=99379.000000
s hg19.chr21     16606821 81 +  48129895 ggtggcaaaatattctatacaccaaacccccatgacacacaattcacctacatgacaaacctgcacgtgtagctgtgatcc-----
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  164746012   4 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15328762 40 +  46489110 actcagtatgtcaagatgacatattctgcggCAGCCTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14868317 40 +  48394510 actcagtatgtcaagatgacatattctggggcagcCTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164746012  4 - 196418989 I

a score=384361.000000
s hg19.chr21     16608828 76 +  48129895 TAGGGCTCAGATGGGAAGGGCCATCTCTGGAAATGGGATTTTATTCTACAGGTATTAAGAGGAAAACAGAGGTTTT
s panTro2.chr21  15328802 76 +  46489110 TAGGGCTCAGATGGGAAGGGCCATCTCTGGAAATGGGATTTTATTCTACAGGTATTAAGAGGAAAACAGAGGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14868357 75 +  48394510 TAGGGCTCAGATGGGAAGGGCCATCTCTGGAAATAGGATTTTATTCTACAGATATTAAGAGGAAAACAGAGGTAT-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164746012  4 - 196418989 I

a score=-3428.000000
s hg19.chr21     16608904 47 +  48129895 CTTTTAATTAAtttttttattatactttaagttctagggtacatgtg
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164746012  4 - 196418989 I

a score=21348.000000
s hg19.chr21     16608951  99 +  48129895 cacaacgtgcagcttt-gttacatatgtatacatgtcccatgttggtgtgctgcaacctttaactttgattgaggcactattcgcaatagcaaagacttg
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164746012   4 - 196418989 I

a score=274858.000000
s hg19.chr21     16609050 92 +  48129895 gaaAACAGAggttttaaacagaggcacaacaatcaaatatgcatttaggaagataacttgactactggtggagaaaacactggaaggaaaaa
s panTro2.chr21  15329024 92 +  46489110 gaaAACAGAGGTTTTAAGCAGAGGCACAACAATCAAATATGCATTTAGGAAGATAACTTGATGACTGGTGGAGAAAACGCTGGAAGGAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14868578 92 +  48394510 gaaaacagaggttttcaacaCAGGCACAACAATCAAATATGCATTTAGGAAGATAATTTGATGACTGGTGGAGAAAGCACTGGAAGGAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164746012  4 - 196418989 I

a score=409430.000000
s hg19.chr21     16609142 58 +  48129895 gggaagaagagcagtttagaattctcttaagataatAAGGCATCTATACCCTCTGTTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164746012  4 - 196418989 I

a score=262847.000000
s hg19.chr21     16609200 33 +  48129895 GTTTCTTAGGGATCATTAATTCTCTCAAGACTC
s ponAbe2.chr21  14868728 33 +  48394510 GTTTCTTAGGGATCATTCCTTCTCTCAAGACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164746012  4 - 196418989 I

a score=358232.000000
s hg19.chr21     16609233 37 +  48129895 AAAAGGCTAATAATGATTGCTGTGGAAAAATACTACT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15329207 37 +  46489110 AAAAGGCTAATAATGATTGCTGTGGAAAAATACTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164746012  4 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15329244 25 +  46489110 TTCCCAAGAGTGCCTATGGATTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164746016  5 - 196418989 --------------------TTTAC
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

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s ponAbe2.chr21  14868823 49 +  48394510 AGACCATCCTGAAGAC--AGAAGCAAAAACATGTGGGCTACAATATGAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15329269 49 +  46489110 AGATCATCCTGAAGAC--AGAAGCAGAAATATGTGGGCTACAATATGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14868872 30 +  48394510 AAGGAAATAAATCTTAAGTATTTTTGA--TTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164746072 30 - 196418989 AAGGAAATAAATC--AAGtattttttattttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16609374 43 +  48129895 TTTCAGAAAAATAAAAAGTACTAAAAAGTAATGTGACTTATTG
s panTro2.chr21  15329348 43 +  46489110 TTTCAGAAAAATAAAAAGTACTAAAAAGTAATGTGACTTATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164746102 43 - 196418989 tttttgaaaaataaaaaGTGCTAAAGAGTAATGTGACTTATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=479245.000000
s hg19.chr21     16609417 51 +  48129895 AATGCAGCTATTTACAGCTGGTTGAATGGACTTATTGATCATTGCTTGATG
s panTro2.chr21  15329391 51 +  46489110 AATGCAGCTATTTACAGCTGGTTGAATGGACTTATTGATCATTGCTTGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=152762.000000
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s rheMac2.chr3  164746196 46 - 196418989 GAGCCCAGGACTTAAAGTTATTTAGCCAATTTGAGCAACCTATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16609514 37 +  48129895 ATGACTACAACTGTTTGTATCCCCAAATTTCCttctt
s panTro2.chr21  15329488 37 +  46489110 ATGACTACAACTGTTTGTATCCCCAAATTTCCttctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14869042 37 +  48394510 ATGACTACAACTGTTTGTATCCCCAAATTTCCttctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164746242 37 - 196418989 ATGACTACAACTGTTTGCATCCCCAAATTTCCTTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20595.000000
s hg19.chr21     16609551 37 +  48129895 tttttttttttttgttttgttttgagacagggtctca
s panTro2.chr21  15329525 36 +  46489110 tttttttgtttt-gttttgttgtgagacagggtctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14869079 35 +  48394510 tttttttttttt--tttttttttgagacaaggtctca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164746279 33 - 196418989 Attttttttttt----tttttttgagacagggtctca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=117757.000000
s hg19.chr21     16609588 120 +  48129895 ctctctctcccaggctgtagtgcagtggtgtgacctcagctcaccgcaacctccgcctcctgggctcaagtgattcttctgcctcagcctcccaagtagc-ggaaccacaggtgcctgcca
s panTro2.chr21  15329561 120 +  46489110 ctctctctcccaggctggagtgcagtggtgtgatctcagctcaccccaacctccgcctcctgggctcaagtgattcttctgcctcagcctcccaagtagc-gggactacaggtgcctgcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14869114 121 +  48394510 ctctccctcccaggctggagtacagtggtgcgatctcagctcaccacaacctctgcctcccgggctcaagcgattcttccgcctcagcctcccaagtagctgggactgcaggtgcctgcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164746312 121 - 196418989 ctctctctcccaagctggagggcagtggtgcaatctcagctcactgcaacctccacctcccaggctcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacagatgcctgcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16609708 35 +  48129895 ccacaccaggttaatttttgtatttttaataaaTT
s panTro2.chr21  15329681 35 +  46489110 ccacaccaggttaatttttgtatttttaataaaTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14869235 35 +  48394510 ccacacccagttaatttttgtattcttaataaaTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164746433 35 - 196418989 ccacacctggttaatttttgtatttttaataaaTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462105.000000
s hg19.chr21     16609743 48 +  48129895 TTAGTCATGTGCTTTACTTGGGTGATAGTTATAACTTCATGAGCGACG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=149977.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=357228.000000
s hg19.chr21     16609831 39 +  48129895 GAAACTAAAAACCTATTTCAAAATAATAAGAATGCTTTA
s panTro2.chr21  15329804 39 +  46489110 GAAACTAAAAACCTATTTCAAAATAATAAGAATGCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=698290.000000
s hg19.chr21     16609870 172 +  48129895 CTCTT--TCTGTTTTTAGAATACCACAAAGAGAACTCAGACCCACAGCATTCATTACCTTTTAATTCCCTTTCTGCTCTTGTTTTGCACAAAGCAATTGTATCCATGCTTCTTACTTCCAAAACTCCCTTAGAGCTCCTTCCTCTGACCCAGTCTGAACTCTGTTTTTCCCCAC
s panTro2.chr21  15329843 172 +  46489110 CTCTT--TCTGTTTTTAGAATACCACAAAGAGAACTCAGACCCACAGCATTCATTACCTTTTAATTCCCTTTCTGCTCTTGTTTTGCACAAAGCAATTGTATCCATGCTTCTTACTTCCAAAACTCCCTTAGAGCTCCTTCCTCTGACCCAGTCTGAACTGTGTTTTTCCCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14869396 174 +  48394510 CTCTTTCTCTGTTTTTAGAACACCACAAAGAGAACTCAGACCCACAGCATTCATTACCTTTTAATTGCGTTTCTGCTCTTGTTTTGCACAAAGCAATTGTATCCATGCTTCTTATTTCCAAAACTCCCTTAGAGCTCCTTCCTCTGACCCAGTCTGAACTCTATTTTTCCCCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164746595 174 - 196418989 CTCTTACTCTATTTTTAGAATACCGCAGAGAGACCTCAGACCCACAGCACTCATTACCTTTTCATTCCCTTTCTGCTTTTGTTTTCCACAAAGCAATTGTATCCATGCTTCTCACTTCCAAAACTCCCTTAGAGCTCCTTCCTCTGACCCAGTCTGAACACTGTTTTTCCCCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=790456.000000
s hg19.chr21     16610042 81 +  48129895 TTCCTACCATTTTCCTACTGAACTTGCATGACAGAGGTTCAGAAGAACCTATCGGGTAAAGGAGGATTCCCATCAGATGGT
s panTro2.chr21  15330015 81 +  46489110 TTCCTACCGTTTTCCTACTGAACTTGCATGACAGAGGTTCAGAAGAACCTATCGGGTAAAGGAGGATTCCCATCAGATGGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=349682.000000
s hg19.chr21     16610123 71 +  48129895 AGGGGATGGGAAGAAACTAGGGTAACACTGGCAGGATCCTCTTTAGCAATAAAAGTGAGGAGGATGACTGG
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s ponAbe2.chr21  14869651 71 +  48394510 AGGGGATGGGAAGAAACTAGGGTAACACTGGCAGGATCCTCTTTAGCAATAAAAGTGAGGAGGATGGCTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-64805.000000
s hg19.chr21     16610194 11 +  48129895 GAC--------CATGAGCC
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a score=223068.000000
s hg19.chr21     16610205 39 +  48129895 ATTGGACCATGGAGCACCAAGTGTGAGAAAGGGTGACCC
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a score=717440.000000
s hg19.chr21     16610244 75 +  48129895 TAGAGAAGAGGGACAAGGTGAAGTATGGAAAAAGTTGGCATACATAAGTGTGGTCTTTGGTCTGATAAACTATGT
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a score=277900.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 I 1
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s rheMac2.chr3  164749047  85 - 196418989 -----------------tagagtcaagagttcttgcaatgttgccgaaactttaaccccagggctaaaacaaacctcctgcctcagcctccccaagtgctgg
i rheMac2.chr3  I 47 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 3434 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16613266 60 +  48129895 AAGCTGAGATATATTGGCATTAGTCCTGCTGTGGTATATCTTGAAAAG--ACAACAGAAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14876113 62 +  48394510 AAGCTGAGATATATTGGCATTAGTCCTGCTGTGGTATATCTTGAAAAGACACAACAGAACTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1003566.000000
s hg19.chr21     16613326 68 +  48129895 CAACTCGACTATTATACTGCCATTCTGTTTATGCAAACTTGCAATATTCTGCATGCTGCCTGGTACAT
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a score=3214474.000000
s hg19.chr21     16613394 216 +  48129895 TCCAGAGACAGGAGGAGCCAAACAAAACACTTTAATAACATTAGCTCATATGAATTCATTTTTTATACAGTGCACATGGAATGAAATGTATAATCTTATCAGAATTAATTGAAATCACATGCCAAAAATGGAAATACGGTTCATTGTCTTTAATTTGGCCAAGTGCCATTTAATACCAAAAACATTTCACA--CAACTTCATTATTTATATAGTGTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14876243 216 +  48394510 TCCAGAGACAGGAGGAGCCAAACAAAACCCTTTAATAACATTAGCTCATATGAATTCATTTTTTATACAGTGCACATGGAATGAAATATATAATCTTATTAGAATTAACTGAAATCACATGCCAAAAATGGAAATACAGTTCATTGTCTTTAATTTGGCCAAGTGCCATTTAATAACAAAAACATTTCACA--CAACTTCATTATTTATATATTGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164750164 218 - 196418989 TCCAGAGAAAGGAGGAGCCAAACAAAACACTTCAATAACATTAGCTCCTATGAATTCATTGTTTATACAGTGCACACGGAATGaaatataaaatcttattaaaattaattaaaatCACATGCCAAAAATGGAAATATGGCTCATTGTCTTTAATTTGGCCAAGTGCCATTTAATACCAAAAACATTTCACATTTAACTTCATTATTTATATAGTGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400817.000000
s hg19.chr21     16613610 42 +  48129895 CTAGTGGGCATCAAATGGGATAATATATATTAAAA--------AAGCTAA
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a score=206648.000000
s hg19.chr21     16613652 50 +  48129895 AAACCATCCTAAAATGTAAGGTTTTCATAATAATAGCTCCCTTTGACTCA
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a score=412981.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14877162 104 +  48394510 AAGATAAGCCTATTTATCATCTTGC--TATACTTCACCGTGGGTTCTTCCAATTCCACACTCTGCCTTGCAGTCTTACTGGCAGTATTCTGACACTTATTATGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164751100 105 - 196418989 AAGTTAAGCCTATTTATCATCTTGCTATATACCTCCCTGTGGGTTCTTCCAATTCCACACTCTG-CTTGCAGTTTTACTGGCAGTATTCTGACACTTATTACACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14877491 117 +  48394510 CAACATCTGACTCTTCAAAATTCTCCACTTAACAAGAATATCTCGTGTCCTTAAATTCAAGGACTTAGTTAAAGCAGTAAGCAAACCCAGCAGGAAGTCCTCTTTGAAGTGCAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164751433 116 - 196418989 CAACATCTGACTATTCAAAATTCTCCACTT-ACAAGAATATCTCCTGTCTTTAAATTCAAGGACTTAGTTAAAGCAGTAAGCAAACCCAGCAGGAAGTCCCCTTTGAAGTGCAGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1020701.000000
s hg19.chr21     16614768 37 +  48129895 CTCAGATATGCAAAAGTCTTGATCAGCACATGCTTGA
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s ponAbe2.chr21  14877608 37 +  48394510 CTCAGATATGCAGAAGTCTTGATCAGCACATGCTTGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2530723.000000
s hg19.chr21     16614805 105 +  48129895 AAAGTGCTTACTCTTCTCCCCTTTGGGATTGGCCATTAACTCAATTCTGGACATTCTCAAATAAAGCTGTTTTTCAGGTTGCTTCAACTTCAGAGTCAATAAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164751586 105 - 196418989 AAAGTGCTTACTCTTCTCCCCTTTGGGATTGGCCATTAACTCACTTCTGGACATTCTCAAGTAAAGCTGTTTTTCAGGTTGCTTCAATTTCAGAGTCAGTAAGTG
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a score=38554.000000
s hg19.chr21     16614910 60 +  48129895 AGTGGCTTTCGTCAACAAGGGTTAATAAACACTTTCCTCTGCCTCCCGCCTCCTCACATT
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s ponAbe2.chr21  14877750 60 +  48394510 AGTGGCTTTCGTCAACAAGGGTTAATAAACACTTCCCTCTGCCTCCCGCCTCCTCACATT
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a score=2162158.000000
s hg19.chr21     16614970 132 +  48129895 CCAAAGTGGACTCATTTAGCATGAATACATTAGCATTTGTAAGGGACAGCCTTACAGTTATCTACATGGAGTTCCTGGGATTACTGCAGTCTTTCTTATTTATTCTCCCTGCCTTCAAATCTCTTCCTGCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=691290.000000
s hg19.chr21     16615102 77 +  48129895 CAAAAGATCCTACATATAACTGCATGAAAAATCTTCAACAGTCACCTCATTCTATGACTTGAGAGCTTCCCCAGGGG
s panTro2.chr21  15335058 77 +  46489110 CAAAAGATCCTACATATAACTGCATGAAAAATCTTCAACAGTCACCTCATTCTATGACTTGAGAGCTTCCCCAGGGG
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s ponAbe2.chr21  14877942 77 +  48394510 CAAAAGATCCTACATATAACTGCATGAAAAATCTTCAACACTCACCTCATTCTATGACTTGAGAGCTTCCCCAGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164751883 77 - 196418989 CAAAAGATCCTACATATAACTGCATGAAAAATCTTCAACACTCACCTCATTTTATGACTTGAGAGCTTCCCCAGGGG
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a score=374524.000000
s hg19.chr21     16615179 52 +  48129895 TCCATGTCCCATCTTATTGACT-------CTGCTCAACATCTCCCACCGTTCTCTCTCA
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s ponAbe2.chr21  14878019 52 +  48394510 TCCATGTCCCATCCTAGTGACT-------CTGCTCAACATCTCCCACCATTCTCTCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164751960 59 - 196418989 TCCATGTCCCATCTTAGTGATTCCGCCTGCTGCTCAACATCTCCCACCATTCTCTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=286050.000000
s hg19.chr21     16615231 40 +  48129895 ACATCCCATTATTTTGACACCTCTTTCAACATGCTTCAGT
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s ponAbe2.chr21  14878071 40 +  48394510 ACATCCCATTATTTTGACACCTCTTTCAATGTGCTTCAGT
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a score=228209.000000
s hg19.chr21     16615271 17 +  48129895 GTTATTTGTCTACTCCT
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a score=91886.000000
s hg19.chr21     16615288 38 +  48129895 GGTGTCATTATTTCTGCTGTGTATATTTTTTGCCTCTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14878128 38 +  48394510 GGTGTCATTATTTCTGCTTTGTATATTTTTTGCCTCTG
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s panTro2.chr21  15335244 38 +  46489110 GGTGTCATTATTTCTGCTGTGTATATTTTTTGCCTCTG
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a score=832077.000000
s hg19.chr21     16615326 61 +  48129895 CTATAAGTTGCATTTGCATTACAATTTTTAAATTTTAAAATTGCCTTCCTCCAGAAATTCT
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s ponAbe2.chr21  14878166 61 +  48394510 CTATGAGTTGCATTTGCATTACAATTTTTAAATTTTAAAATTGCCTTCCTCCAGAAATTCT
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a score=786589.000000
s hg19.chr21     16615387 71 +  48129895 GCTGTGGTTTACCTACCTCTGACTCATCCCCTTTCTATTCATTATATCCTCCACATAAATATATGAAATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=342749.000000
s hg19.chr21     16616394 47 +  48129895 TCAGTGCCCTCATTTTGGGAAGTATTAGATGCCTCCTGAAGATGTGG
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a score=340118.000000
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a score=294522.000000
s hg19.chr21     16616473 53 +  48129895 TTTTCAAGTAGTGTGATACTTGTGGAATCTGTATTAAAAATCCTGATAAGGAG
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a score=678561.000000
s hg19.chr21     16616526 74 +  48129895 CAAAAAGAGAAAGAGGCCCAACAGTAGCTTTAAAATAGAGAATGATCCTAGAGAAGATAAAACAGAAAGATCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164753324 74 - 196418989 CAAAAAGAGAAAGAGGCCCAATAGTAGCTTTAAAATAGAGAACGATCCTAGAGAAGATAAAACAGAAAGCTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-200619.000000
s hg19.chr21     16616600 15 +  48129895 GAAGGGGACAGGTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=268401.000000
s hg19.chr21     16616615 26 +  48129895 GTCATAATCAACATGCATCAGTTTTG
s panTro2.chr21  15336571 26 +  46489110 GTCATAATCAACATGGATCAGTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14879463 26 +  48394510 GTCATAATCAACATGCATCAGTTTTG
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s rheMac2.chr3  164753413 26 - 196418989 GTCATAATCAACATGCATCAGTTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=859671.000000
s hg19.chr21     16616641 97 +  48129895 CGTTGGTGAAGGGCAGTATTTTTATTATCGTTAAAATGAGATCACTTTTTTGCACTAGGCCAGTGTGAAAAGAAAGACTTCAGGAAGGTGATGTAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164753439 97 - 196418989 CCTTGGTGAAGGGCAGTATTTTTATTACCATTAAAATGAGATCACTTTTTTGCACTATGCCAGTGTGAAAGGAAAGACTTCAGAAAGGTGATGTAAG
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a score=78923.000000
s hg19.chr21     16616738 23 +  48129895 TTTAAAAGTGAGGGGAAAATCAG
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s rheMac2.chr3  164753536 23 - 196418989 TTTAAAAGTGAGGGGAAAATCAG
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a score=498841.000000
s hg19.chr21     16616761 73 +  48129895 AAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAATCCAGGAGTTATATCAGTAATTCTGTGAAAGACAGCATAACATGGGTGTG
s panTro2.chr21  15336717 72 +  46489110 -AAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAATCCAGGAGTTATATCAGTAATTCTGTGAAAGACAGCATAACGTGGGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14879609 73 +  48394510 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTTTCCAGGAGTTATGTCAGTAACTCTGTGAAAGGTAGCATAACGTGGGTGTG
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a score=1019039.000000
s hg19.chr21     16616834 64 +  48129895 TTCCTGCAGCTGTAATAGAGATATTAT-CCTTCTTGCTAATGAAAAGAATGGGTGGTCTTAAAGA
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s ponAbe2.chr21  14879682 65 +  48394510 TTCCTGCAGCCGTAATAGAGATATTATCCCTTCTTGCTAATGAAAAGAATGGGTGGTCTTAAAGA
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s rheMac2.chr3  164753626 65 - 196418989 TCCCCACATCTGTAATAGAGATATTATCCCTTCTTGTTAGTGAAAAGGATAGGTGGTCTTAAAGA
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a score=1385442.000000
s hg19.chr21     16616898 106 +  48129895 TATTTATAACCATGCAGTTTGAAGCTCATGCTGTTTTAAGTGTGAGAAGAGATTTCTTGGGGCTCTGTTTTGTAGGGAATTATTAAAATAACCTGGGAAAATGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164753691 106 - 196418989 TATTTATAACCATGTAGTTTGAAGCTCATGGTGTTTTAAGTGTGAGAAGAGATTGCTTGGTGCTCTGTTTTGTAGGGAATTATTAAAATAAGCTGGAAAAATGAAA
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a score=779165.000000
s hg19.chr21     16617004 80 +  48129895 TTGCAGCACTCCAGAATGTACCCTGGCCATCTACCACCTTACATGGAATGAGGGTGTCTTTGGCCTAGAGGGCTCTATTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=332089.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 I 27

a score=751429.000000
s hg19.chr21     16618258 72 +  48129895 TCCTCTACCAATCTCATCAGGGTTTAGGCAATAATGTTAATCTAAGGATATGGTCATTTTACTCTTAAAAAC
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s hg19.chr21     16618363 264 +  48129895 TGGATCCCTGTGCTGAGTGTAATTTCTATGACTCTGATTTTTGCCTCTGGGTCATCTTTTCTTGAAATGCTCCCAAGATGAATATTTGCCTGCAAGGTCATCCTCCGACATGTCGTCCAGTTTGAATCTCAGCACTCTAAAACAGGGCCCTTTCCACAAAAGCCTTCAACTTCAGAAAGAGCTGCCTTTTATGTGGCTCATGAATATGGTCTAACTGCTTCAAGCTCTCCTCTCTGACCTTTGTCCTATTTAGTGGAGTTCAAT
s panTro2.chr21  15338317 263 +  46489110 TGGATCCCTGTGCTGAGTGTAATTTCTATGACTCTGA-TGTTGCCTCTGGGTCATCTTTTCTTGAAATGCTCCCAAGATGAATATTTGCCTGCAAGGTCATCCTCCGACATGTCGTCCAGTTTGAATCTCAGCACTCTAAAACAGGGCCCTTTCCACAAAAGCCTTCAACTTCAGAAAGAGCTGCCTTTTATGTGGCTCATGAATATGGTCTAACTGCTTCAAGCTCTCCTCTCTGACCTTTGTCCTATTTAGTGGAGTTCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164755453 134 - 196418989 AAAAGGGACAAATGGATTCATCATGAAAATGCACTGCGCCATAAAAAAGCCCATACACCAAGATGCTATTCACAGTGGGTAGTAAATTTATGAAACTCATTGCCTCAAGGTATTATATAGGCTATTATATATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2274949.000000
s hg19.chr21     16618813 110 +  48129895 ataggttcaagaaggactatagcaggttattaaacaaaattgggatgccagaggtggaagtggcGAGCTCATCCCTTACCTTTGCGAACATCGTGGAGCTGGGCGACATT
s panTro2.chr21  15338766 110 +  46489110 ATAGGTTCAAGAAGGACTATAGCAGGTTATTAAACAAAATTGGGATGCCAGAGGTGGAAGTGGCAAGCTCATCCCTTACCTTTGGGAACATCGTGGAGCTGGGCGACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14881656 110 +  48394510 ATAGGTTCAAGAAGGACTATAGCAGGTTATTAAACAAAATTGGGATGCCAGAGGTGGAAGTGGCGAGCTCATCCCTTACCTTTGGGAACGTCGTGGAGCTGGGAGACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164755587 110 - 196418989 ATAGGTTCAAGAAGGACTATAGCAGGTTATTAAACAAAATTGGGATGCCAGAGGTGGAAGTGGCGAGCTCATCCCTTACCTTTGGGAACCTCGTGGAGGTGGGCGACGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1336217.000000
s hg19.chr21     16618923 69 +  48129895 GCTTAGTGCCTCAGTCAGAGAGTTGCTTGACTGGAGtgtattactttcctgtagcctgctggaacaaat
s panTro2.chr21  15338876 69 +  46489110 GCTTAGTGCCTCAGTCAGAGAGTTGCTTGACTGGAGtgtattactttcctgtagcctgctggaacaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14881766 69 +  48394510 GCTTAGTGCCTCAGTCAGAGAGTTGCTTGACTGGAGtgtattactttcctgtagcctgctggaacaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164755697 69 - 196418989 GCTTAGTGCCTCAGTCAGAGAGTTACTTGACTGGAGtgtattactttcctgtagcctgctggaacaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1722800.000000
s hg19.chr21     16618992 171 +  48129895 tgccacagacttggtggcttaaaacaacagaaatttattctctcacagttctgaaggcctgaagtctgaaaccaaaatgttgacagggcacattccctccaggggctctaagaaagaatccctttctggactcttccagcttctggtgcctaccccagtattctaatctct
s panTro2.chr21  15338945 171 +  46489110 tgccacagacttggtggcttaaaacaacagaaatttattctctcacagttctgaaggcccgaagtctgaaaccaaaatgttgacagggcacattccctccaggggctctaagaaagaatccctttctggactcttccagcttctggtgcctaccccagtattctaatctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14881835 171 +  48394510 tgccacagacttggtggcttaaaacaacagaaatttattctctcacagttctgaaggcccgaagtctgaaaccaaaatgttgacagggcacattccctccaggggctctaagaaagaatccctttctggactcttccagcttctggtgcctaccccagtattctaatctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164755766 155 - 196418989 tgccacagatttggtggcttgaaacaacagaaagttattctctcacagttctgaaggcccgaagtctaaaaccaaaatgttgacagggcacgttccctccaggggctctaagaaagaatccctttccggactcttccagcttctggtgcc----------------cctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-112758.000000
s hg19.chr21     16619163 24 +  48129895 gcctctgtctttacatcatcttct
s panTro2.chr21  15339116 24 +  46489110 gcctctgtctttacgtcatgttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882006 24 +  48394510 gcctctgtctttacatcatcttct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164755921 24 - 196418989 gcctctgtctctacgtcatcttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345180.000000
s hg19.chr21     16619187 86 +  48129895 ctatgtgcctgtcttgtgaggatatgtgattatatttagggcccagttgaataatccagggtaagctcctcctctaagttctctaa
s rheMac2.chr3  164755945 86 - 196418989 cgatgtgcctgtcttgtgaggatatgtgattatatttagggcgcagttgaataatccagggtaagctcctcctcgaagatctctaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882030 86 +  48394510 ctatgtgcctgtcttgtgaggatatgtgattatatttagggcccagttgaataatccagggtaagctcctcctctaagatctctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15339140 86 +  46489110 ctatgtgcctgtcttgtgaggatatgtgattatatttagggcccagttgaataatccagggtaagctcctcctctaagatctctaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=356420.000000
s hg19.chr21     16619273 34 +  48129895 cttactcatgtcttttgccatgcaaggtagtatt
s rheMac2.chr3  164756031 34 - 196418989 cttactcacgtcttttgccatgtaaggtagtatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882116 34 +  48394510 cttactcatgtcttttgccatgtaaggtagtatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15339226 34 +  46489110 cttactcatgtcttttgccatgtaaggtagtatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=282592.000000
s hg19.chr21     16619307 66 +  48129895 cactttcaccattcacggttgtattcacagagtccagggattaggacctggacatatctttt-gggg
s rheMac2.chr3  164756065 67 - 196418989 cactttcaccattcacggtcgtattcgtggggttcagggattgggacctcggcatatcttttggggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882150 66 +  48394510 cactttcaccattcacggttgtattcacagggtccagggattaggacctggacatatcgttt-gggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15339260 66 +  46489110 cactttcaccattcacggttgtattcacagagtccagggattaggacctgggcatatctttt-gggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=426924.000000
s hg19.chr21     16619373 148 +  48129895 ggccaccattcaacccacGATAGGGAGGGATCATCCTTCTAAGCATTCTATGGTTTGTTTTGTTCCTCATTCTTCTTTATAATTGGAGGGTTACTTCAGTCTAAA-CTTTCATTCCAATAACAATACCACAAACTTTAACTTTCTGTT-------A
s rheMac2.chr3  164756132 156 - 196418989 ggccaccattcaacccacgacaCGGAGGGATCATCCTTCTAAGCATTCTATGGTTTGTTTTGTTCCTCCTTCTTCTTTATAATTGGAGGGCTACTTCGGTCTAAACCTTTCACTCCAATAGCAATACCACAAACTTTAACTTTCTGTTAAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882216 148 +  48394510 ggccaccattcaacccacgacaGGGAGGGATCATCCTTCTAAGCGTTCTATGGTTTGTTTTGTTCCTCCTTCTTCTTTATAATTGGAGGGCTACTTCAGTCTAAACCTTTCATTCCAATAACAATACCACAAATTTTAACTCTCTGTT--------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15339326 147 +  46489110 ggccaccattcaacccacGATAGGGAGGGATCATCCTTCTAAGCATTCTATGGTTTGTTTTGTTCCTCCTTCTTCTTTATAGTTGGAGGGTTACTTCAGTCTAAA-CTTTCATTCCAATAGCAATACCACAAACTTTAACTTTCTGTT--------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=142989.000000
s hg19.chr21     16619521 39 +  48129895 AAAAAAAAAACCTTTCTGTTTCTCTCCATTTCCTACATT
s rheMac2.chr3  164756288 39 - 196418989 AAAAAAAAAGCCTTTCTCGTTCTCTCCGTTTCCTATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882364 39 +  48394510 AAAAAAAAAACCTTCCTGTTTCTCTCCATTTCCTACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15339473 38 +  46489110 -AAAAAAAAACCTTTCTGTTTCTCTCCATTTCCTACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-4735.000000
s hg19.chr21     16619560 42 +  48129895 AGTAATgagcattagttctgctggatgttaatagtggttaaa
s rheMac2.chr3  164756327 42 - 196418989 AGTAATGAGCGTTAGTTCTGCTGGATGTTAATAGTGCTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15339511 42 +  46489110 AGTAATGAGCATTAGTTCTGCTGGATGTTAATAGTGGTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=131793.000000
s hg19.chr21     16619602 38 +  48129895 tgaatacaagagaagccacatgtttcagaatcctgttt
s panTro2.chr21  15339553 38 +  46489110 TGAATACAAGAGAAGTCACATGTTTCAGAATCCTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882445 38 +  48394510 TGAATACAAGAGAAGCCACATGTTTCAGAATCCTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164756369 38 - 196418989 TGAATACAAGAGAAGCCACATGTTTCAGAATCCTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=500636.000000
s hg19.chr21     16619640 44 +  48129895 aaaacaacatttaatagaatttctcagaggcttgctatgccagt
s panTro2.chr21  15339591 44 +  46489110 AAAACAATATTTAATAGAATTTCTCAGAGGCTTGCTATGCCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882483 44 +  48394510 AAAACAACATTCAATAGAATTTCTCAGAGGCTTGCTATGCTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164756407 41 - 196418989 AAAAC---ATTTTATAGAATTTCTCAGAGCCTTGCTATGCCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1073598.000000
s hg19.chr21     16619684 102 +  48129895 gatctttgtgatgttctgagaagacaatatggtgtgctcaccagactctttcaaccacacaccctctagctagtattccctagcatacattttgggaaacTA
s panTro2.chr21  15339635 102 +  46489110 GATCTTTGTGATGTTCTGAGAAGACAATATGGTGTGCTCACCAGACTCTTTCAACCACACACCCTCTAGCTAGTATTCCCTAGCATACATTTTGGGAAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882527 102 +  48394510 GATCTTTGTGATGTTCTGAGAAGACAATATAGTGTGCTCACCAGACTTTTTCAACCACACACCCTCTAGCTAGTATTCCCTAGCATATCTTTTGGGAAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164756448 102 - 196418989 GATCTTTGTGATGTTCCGAGAAGACAATATGGTGTGCTCGCCAGACTCTTTCAACCACACACCCTCTAGCTAGTATTCCCTAGCATGCATTTTGGGAAACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107274.000000
s hg19.chr21     16619786 43 +  48129895 TGCTCTAAAACATAAGAATGACATAAATCAAACATCTCTACTT
s panTro2.chr21  15339737 43 +  46489110 TGCTCTAAAACATAAGAATGACATAAATCAAACATCTCTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882629 43 +  48394510 TGCTCTAAAACATAAGAATGACATATATCAAACATCTCTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164756550 43 - 196418989 TGCTCTAAAATATAAGAATGACATAAATCAAACATCTCTGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 12

a score=61808.000000
s hg19.chr21     16619829 16 +  48129895 TTTTCCTTTTGGGACC
s panTro2.chr21  15339780 16 +  46489110 TTTTCCTTTTGGGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882672 16 +  48394510 TTTTCCTTTTGGGACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164756605  5 - 196418989 -----------GGACC
i rheMac2.chr3  I 12 C 0

a score=414622.000000
s hg19.chr21     16619845 41 +  48129895 AAATCTAAGCCTATGGCCCTCCTTGTTGCATTTGTAGCTAA
s panTro2.chr21  15339796 41 +  46489110 AAATCTAAGCCTATGGCCCTCCTTGTTGCATTTGTAGCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882688 41 +  48394510 AAATCTAAGCCTATGGCCCTCCTTGTTGCATTTGTAGCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164756610 41 - 196418989 AAATCTAGGCCTATGGCCCTCCTTGACGCATTTGTAGGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2511007.000000
s hg19.chr21     16619886 172 +  48129895 TAATTTCCTCACAATTATTTGAATTAATACAGCAAAAAGGAGGCTAGTTGTTCTTTGACTTAGCACGTTCCCTCTGGAATCAAGCAGATTCTTTTCTGTTGGGTTTTACATGATAGTCAATAGCTTTCCCTAGAGCCATCCAGCTACTATAATTGAAATATATACATAGTCT
s rheMac2.chr3  164756651 172 - 196418989 TAATTTCCTCCCAATTATTTGAGTTAATATGACAAGAAGGAGGCTAGTGGTTCTTTGACTTGACAAGTTCCCTCTGGAACCGAGCAGATTATTTTCTGTTGGGTTTTACACCATAGCCAATAGCTTTCCCTAGAACCATCCGGCTACTGTAATCGAAATGTGTACATAGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882729 172 +  48394510 TAATTTCCTCACAATTATTTGAATTAATACGACAAAAAGGAGGCTAGTTGTTTTTTGACTTAGCAGGTTACCTCTGGAATCAAGCAGATTCTTTTCTGCTGGGTTTTACATGATAGTCAATAGCTTTCCCTAGAGCCATCCGGCTACTATAATCGAAATATATACATAGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15339837 172 +  46489110 TAATTTCCTCACAATTATTTGAATTAATACAGCAAAAAGGAGGCTAGTTGTTCTTTGACTTAGCACGTTCCCTCTGGAATCAAGCAGATTCTTTTCTGTTGGGTTTTACATGATAGTCAATAGCTTTCCCTAGAGCCATCCGGCTACTATAATCGAAATATATACATAGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1811970.000000
s hg19.chr21     16620058 102 +  48129895 AAGAAAAACCCTATATGGGAGTCTGTGATTTTGCTGGCTCACTCTGGGTAGAGTGCCAATGAGCACGTGTATGCTCATCTTGACTGTTTCAAGTCAAGCTGC
s rheMac2.chr3  164756823 102 - 196418989 AAGAAAAACCCTATATGGGAGTCTGTGATTTCGCTTGCTCACTCTGGGTAGAGTGCCAGTGAGCACGTGTATGCTCATCTTGACTGTTTCAAGTCAAGCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14882901 102 +  48394510 AAGAAAAACCCTATATGGGAGTCTGTGATTTTGCTGGCTCACTCTGGGTAGAGTGCCAATGAGCACGTGCATGCTCATCTTGACTGTTTCAAGTCAAGCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15340009 102 +  46489110 AAGAAAAACCCTATATGGGCGTCTGTGATTTTGCTGGCTCACTCTGGGTAGAGTGCCAATGAGCACGTGTATGCTCATCTTGACTGTTTCAAGTCAAGCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1278639.000000
s hg19.chr21     16620160 76 +  48129895 CAAGTTTACATTTTTTAGAGACTGAACAGCTCTTAAAAAGAATGCTATACCTGTTCCCCTAACATCTTTTTTCTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164756925 76 - 196418989 CAAGTTTACATTTTTTAGAGACTGAACAGATCTTAAAAAGAACGCTATACCTATTCCCCTAACATCTTCTTTCTCT
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a score=1821.000000
s hg19.chr21     16620236 61 +  48129895 TGGAGTTAGGTAAGAGAAGAAGAAT-ATTATTTTACC-AAATAGGTTCatatatatatata-ta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-238027.000000
s hg19.chr21     16620297 40 +  48129895 tatatatatatatatata--------tttttttttttttttttttttg
s panTro2.chr21  15340245 48 +  46489110 tatatatatatatatatatttttttttttttttttttttttttttttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14883142 31 +  48394510 TGTATATATATGTACACA-----------------Atttttttttttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164757060 10 - 196418989 tatatatata--------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 175

a score=-30104.000000
s hg19.chr21     16620337 7 +  48129895 aaatggt
s rheMac2.chr3  164757245 7 - 196418989 agacgga
i rheMac2.chr3  I 175 C 0
s ponAbe2.chr21  14883173 7 +  48394510 agatgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164757252 58 - 196418989 gtcttgcattgtcactcaggctggagtgcagtggtgcaatctcagctcactgcaagct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14883180 58 +  48394510 gtcttgcactgtcgcccaggctggagtgcagtgacgcaatctccgctcactgcaagct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=115125.000000
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a score=137379.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15340429 146 +  46489110 aagcccagctaattttttgtatttttaataaagacgaggtttcaccatgtttagccaggatgttctcaacctcctgaccttgtgatccgcccctccttggcctcccaaagtgctgggattacaggtgtaagccaccgcgtctggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15340634 274 +  46489110 TCCCCCACCCagacaggatgtcactctgttgcccaggctggaatgcaatggtgtgatcatagcttgaactcttgagctcaagtgatcctcccacctcagtctctaggactgcaggtttatatcatcatgccctgctaattttttaataaaaaagtttgtagagacagggtctctctatagtgcctacgctggtctcaaacttctgggcttagtgatcctcccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagctaatgcatccagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164759134 106 - 196418989 TGCTGGCAGAAGTTGTGGACAAGCTGGCATAGTGGTTCTGGAGCTAGCAACCTCTTGCTTCTCCAGCCTCCTGATCGTGGTAAAGGCAATATCTTCCATGGAGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885067 106 +  48394510 TGCTGGCAGAGGTTGTGGACAAGCTGGCATAGTGGTTGTGGAGCTAGCAGCCTCTTGCTTCTCCAGCCCCCTGATCGTGGTAAAGGCAGTGTCTTCCACGGAGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342187 106 +  46489110 TGCTGGTAGAGGTTGTGGACAAACTGGCATAGTGGTTGCGGAGCTAGCAGCCTCTTGCTTCTCCAGCCCCCTTATCGTGGTAAAGGCAGTGTCTTCCACGGAGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=304958.000000
s hg19.chr21     16622336 59 +  48129895 cactctagactgttgttttggaagttgttcctgggcactctgcttagggcttatgcccc
s rheMac2.chr3  164759240 58 - 196418989 CACTCTAGACTGTTGTTCTGAAAGTTGTTCCTGGGAACTCTGCTTAGGGCTTAT-TCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885173 59 +  48394510 CACTCTAGACTGTTGTTTTGGAAGTTGTTCTTGGGCACTCTGCTTAGGGCTTATGCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342293 59 +  46489110 CACTCTAGACTGTTGCTTTGGAAGTTGTTCCTGGGCACTCTGCTTAGGGCTTATGCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=324234.000000
s hg19.chr21     16622395 28 +  48129895 cagagcttccacaaatcttaaagccccc
s rheMac2.chr3  164759298 28 - 196418989 CAGTGCTTCCACAAATCCTAAAGCCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885232 28 +  48394510 CAGAGCTTCCACAAATCTTAAAGCCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342352 28 +  46489110 CAGAACTTCCACAAATCTTAAAGCCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=253377.000000
s hg19.chr21     16622423 39 +  48129895 agatctacccttgttaacctagccagaatggtttccgtg
s rheMac2.chr3  164759326 39 - 196418989 AAGTCTACCCTTGTTAACCTAGCTAGAATGGTTTCAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885260 39 +  48394510 AGATCTACCCTTGTTAACCTAGCTAGAATGGTTTTTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342380 39 +  46489110 AGATCTACCCTTGTTAACCTAGCCAGAATGGTTTCCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=392644.000000
s hg19.chr21     16622462 43 +  48129895 atctgcagctgatccttaactaattcaCCTTCAAATGAAAAA-A
s rheMac2.chr3  164759365 44 - 196418989 ATCTGCAGCTGATCCTTAACCAATTCGCCTTCAAATGaaaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885299 43 +  48394510 ATCTGCAGCTGATCCTTAACCAATTCACCTTCAAATGAAAAA-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342419 43 +  46489110 ATCTGCAGCTGATCCTTAGCTAATTCACCTTCAAATGAAAAC-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-18119.000000
s hg19.chr21     16622505 14 +  48129895 TTTTATAAGAAAA----T
s rheMac2.chr3  164759409 18 - 196418989 ttttataagaaaattatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342462 14 +  46489110 TTTTATAAGAAAA----T
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-856762.000000
s hg19.chr21     16622519 12 +  48129895 TAAGTATC------------------------------------------------------------------------------------------------------GATT
s rheMac2.chr3  164759427 92 - 196418989 taaGTATT----GCTCTCTAAATTCATTACATATGT------------------TTGATATTGCGAATGTTTAATTGCTACCGACAATGAAGCAATGTTCTCAATTAGGAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885356 94 +  48394510 TAAGTATTGCTGTCTCTGTAAATTCATTACATGTTTGACATTGCGAATGTTTAATTGCTGCC--------------------GACAATGAAGCAAtcttctcaattaggagatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342476 12 +  46489110 TAAGTATC------------------------------------------------------------------------------------------------------GATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=464163.000000
s hg19.chr21     16622531 28 +  48129895 ATGGAGGACATGACCTTGTCTTAAACAC
s rheMac2.chr3  164759519 28 - 196418989 ATGgaggacatgaccttgtcttaaacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885450 28 +  48394510 atggaggacatgaccttgtcttaaacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342488 28 +  46489110 ATGgaggacatgaccttgtcttaaacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2534680.000000
s hg19.chr21     16622559 109 +  48129895 CTTCCGGTAcccagtgcctagaacagtggtttgcacttggtgtttaataaatttgttAGGTTTCATTGAATTAATTGAACTCCCTGAACAATTTGTGCTTCTCCAAATA
s rheMac2.chr3  164759547 109 - 196418989 ctttgagtgcccagtgcctagaacagtggtttgcacttggtgcttaataaatttgttaggtttcattgaattaattgaatTGCCTGAACAATTTGTGCTTCTTCAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885478 109 +  48394510 ctttgagtacccagtgcctagaacagtggtttgcacttggtgtttaataaatttgttAGGTTTCATTGAATTAATTGAACTCCCTGAACAATTTGCGCTTCTCCAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15342516 109 +  46489110 cttccagtacccagtgcctagaacagtggtttgcacttggtgtttaataaatttgttAGGTTTCATTGAATTAATTGAACTCCCTGAACAATTTGTGCTTCTCCAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1880559.000000
s hg19.chr21     16622668 71 +  48129895 GTGCCATAGAATATATTTGGCAAACTCCCTAACTCTGATAGTTGTTTTACATGATAAATTGCCGATATTGT
s panTro2.chr21  15342625 71 +  46489110 GTGCCATAGAATATATTTGGCAAACTCCCTAACTCTGATAGTTGTTTTACGTGATAAATTGCTGATATTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885587 71 +  48394510 GTGCCGTAGAATATATTTGGCAAATTCCCTAACTCTGATAGTTGTTTTACGTGATAAATTGCAGATATTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164759656 71 - 196418989 GTGCCATGTAATATAGTTGGCAAACTCCCTAACTCTGATAGTTGTTTTACGTGATAAATTGCCTATATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1744824.000000
s hg19.chr21     16622739 52 +  48129895 TAGTATCTAAAATGCTTTGATCTGAAATTTTTTTGGAATTTTCAGATCCATG
s panTro2.chr21  15342696 52 +  46489110 TAGTATCTAAAATGCTTTGATCTTAAATTTTTTTGGAATTTTCAGATCCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885658 52 +  48394510 TAGTATCTAAAATGCTTTGATCTTAAATTTTTTCAGAATTTTCAGATCCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164759727 52 - 196418989 TAGTATCTAAAATGCTTTGATCTTAAATTTTTTCAGAATTTTCAGATCCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3384913.000000
s hg19.chr21     16622791 108 +  48129895 CCATCTGGCTTCACTGACTCATGGAAATTTAATGTCTTAAGTCGTAGTCACCACCTGTTGTTTCTTTTTCTGTATTTATGCTGGTGAATCATATTTGCTTTCAATGAA
s panTro2.chr21  15342748 108 +  46489110 CCATCTGGCTTCACTGACTCATGGAAATTTAATGTCTTAAGTCGTAGTCACCACCTGTTGTTTCTTTTTCTGTATTTATGCTGGTGAATCATATTTGCTTTCAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885710 108 +  48394510 CCATCTGGCTTCACTGACTCATGGAAATTTAATGTCTTAAGTCGTAGTCACCACCTGTTGTTTCTTTTTCTGTATTTATGCTGGTGAATCATATTTGCTTTCAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164759779 108 - 196418989 CCATCTGGCTTCACTGACTCATGGAAATTTAATGTCTTAAGTCGTAGTCACCACCTGTTGTTTCTTTTTCCGTATTTATGCTGGTGAATCATATTTGCTTTCAATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3647027.000000
s hg19.chr21     16622899 246 +  48129895 AAGTAATTCTTTAGTAAAAATTCCACATTTACTCTGTCAGTAATGATCACTGACTGAGTGATCAGAGGAACAATTCAGCCTTCACTGGTTCTTAAATACTCCTGTTCCCCCCACTAAGTATATGACTGCACTTTGAGTTCTTTATCTACAACCAGACAGGGTCACACTCAACCCTTAGACTATTCTTATAGAAGAATGATTCATAGATTTTACCTGAATTTTGTTTTTATAATCCTTCTTGCATTG
s panTro2.chr21  15342856 246 +  46489110 AAGTAATTCTTTAGTAAAAATTCCACATTTACTCTGTCAGTAATGATCACTGACTGAGTGATCAGAGGAACAATTCGGCCTTCACTGGTTCTTAAATACTCCTGTTCCCCCAACTAAGTATATGACTGCACTTTGAGTTCTTTATCTACAACCAGACAGGGTCACACTCAACCCTTAGACAATTCTTATAGAAGAATGATTCATAGATTTTACCTGAATTTTGTTTTTATAATCCTTCTTGCATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14885818 246 +  48394510 AAGTAATTCTTTAGTAAAAATTCCACATTTACTCTGTCAGTGATGATCACTGACTGAGTGATCAGAGGAACAATTCAGCCTTCACTGATTCTTAAATGCTCCTGTTCTCCCCACTAAGTATATGACTGCACTTTGAGTTCTTTATCTACAACCAGACAGGGTCACACTCAACCCTTAGACTATTCTTATAGAAGAATGATTCATAAATTTTACCTGAATTTTGTTTTTATAATCCTTCTTGCATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164759887 246 - 196418989 AAGTAATTCTTTCGTAAAAATTCCACATTTAGTCTGTCAGTGATGATCACTCACTGAGTGATCAGAGGAACAATTCAGCCTTCACTGATTCTTAAATGCTCCTGTTCCCCACACTAAGTATATGACTGCACTTTGAGTTCTTTGTCTACAACCAGACAGGGTCACACTCAACCCTTAGACTACTCTTATAGAAGAATGCTTCGTAGATTTTACCTGAATTTTGTTTTTATAATCCTTCTTGAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=332398.000000
s hg19.chr21     16623145 28 +  48129895 TAGTAGCATTCATGTCTGGTGTTCTATG
s panTro2.chr21  15343102 28 +  46489110 TAGTAGCATTCATGTCTGGTGTTCTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760133 28 - 196418989 TAGTGGCAGTCATGTCTGGTGTTCTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=339493.000000
s hg19.chr21     16623173 39 +  48129895 CCAATATTGCTATTTTTTCCATATATTTTATTTCTTATG
s rheMac2.chr3  164760161 39 - 196418989 CCAATATTGTTATTTTTTCCATATATTGTATTTCTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886092 39 +  48394510 CCAATATTGCTATTTTTTCCATATATTGTATTTCTTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15343130 39 +  46489110 CCAATATTGCTATTTTTTCCATATATTTTATTTCTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1189270.000000
s hg19.chr21     16623212 123 +  48129895 AACATTTGTAATCTTAATACTTTCCACGGTATAGTGCCCCCAAAAGATTCCCTACACACTCCTGTGCAAGAGGCCAATTAGAGGACACATGAGAAGGAGACATAGATCCTTCTCTAGTACCTA
s rheMac2.chr3  164760200 123 - 196418989 AACATTTGTAATTTTAGTACTTTCCATGGTATAGTGCCCCCAAAAGATTCCCTACAAGCTCCTGTGCAAGAGGCCAATTAGAGGACATATGAGAAGGAGACACAGATCATTCTCTAGTACCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886131 123 +  48394510 AACATTTGTAATTTTAATACTTTCCAAGATATGGTGCCCCCAAAAGATTCCCTATACACTCCTGTGCAAGAGGCCAATTAGAGGACACATGAGAAGGAGACATAGATTCTTCTCTAGTATCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15343169 123 +  46489110 AACATTTGTAATTTTAATACTTTCCACGGTATAATGCCCCCAAAAGATTCCCTACACACTCCTGTGCAAGAGGCCAATTAGAGGACACATGAGAAGGAGACATAGATCCTTCTCTAGTACCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=361621.000000
s hg19.chr21     16623335 46 +  48129895 TCAAAATATGTTTTgtagcaagcagcggaaactcaactcaagctgg
s rheMac2.chr3  164760323 35 - 196418989 TCAAAATATGTTTTGTAGCAAGCAG-----------CTCAAGCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886254 46 +  48394510 TCAAAATATGTTTTgtagcaagcagcagaaactcaactcaagctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15343292 46 +  46489110 TCAAAATATGttttgtagcaagcagcagaaactcaactcaagctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=15551.000000
s hg19.chr21     16623381 17 +  48129895 ataaaagataagtagcc
s rheMac2.chr3  164760358 17 - 196418989 ATAAAAGATAAGTAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886300 17 +  48394510 ataaaagataggtagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15343338 17 +  46489110 ataaaagataagtagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=399393.000000
s hg19.chr21     16623398 58 +  48129895 tatgttggttgacaggactgagaagtactgagataggaaggcttcaggtgtagttcaa
s panTro2.chr21  15343355 58 +  46489110 tgtgttggttgacaggactgagaagtactgagataggaaggcttcaggtgtagttcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886317 58 +  48394510 tatgttggtttacaggactgagaagtactgagatagggaggcttcaggtgtagttcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760375 58 - 196418989 CATGTTGGTTGACAGGACTGAGAAGTACTGAGATAGGAAGGCTTCAGGTGTAGTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=487381.000000
s hg19.chr21     16623456 48 +  48129895 ataaagttcttgttctatttctttgtg--attt-tttggctctgcttcttt
s panTro2.chr21  15343413 48 +  46489110 ataaagttcttgttctatttctttgtg--attt-tttggctctgcttcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886375 50 +  48394510 ataaagttcttgttctatttctttgtgatattt-tttggctccgcttcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760433 49 - 196418989 ATAAAGTTCTTGTTCTATTTCTTTGTG--ATTTGCTTGGCTCTGCTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199787.000000
s hg19.chr21     16623504 17 +  48129895 tgcatattagcttca-cc
s panTro2.chr21  15343461 17 +  46489110 tgcatattagcttca-cc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886425 18 +  48394510 tgcatattagcttcatcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760482 18 - 196418989 TGCATATTAGCTTCATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1208021.000000
s hg19.chr21     16623521 148 +  48129895 ctaggcaggcttccctgtagttgcaggaGAGATATCTACAAAAACGTAACAGCTTGTGATGTCCATTGCACAAAATTTCTAAGCCTTGCTCTGATTAGGCTACCCTCTGATAAGGGGGATGATTACATTGAAACATCCTCTTAAGCTA
s panTro2.chr21  15343478 129 +  46489110 ctaggctggcttccctgtagttgcaggaGAGATATCTACAAAAACGTAACAGCTCGTGATGTCCATTGCACAAAATTTCTAAGCCTTGCTCTGATTA-------------------GGATGATTACATTGAAACATCCTCTTAAGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886443 148 +  48394510 ctaggctggcttccctgtagttgcaggaGAGATATCTACAAAAACGTAACAGCTTGTGATGTCCATTGCACAAAATTTCTAAGCCTTGCTCTGATTAGGCCACCCTCTGATAAGGGGGATGATTACATTGAAACATCCTCTTAAGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760500 148 - 196418989 CTAGGCTGGCTTCCCTGTAGTTGCAGGAGAGATATCTACAAAAACATAACAGCTTGTGATGTCCATTGCACAAAATTTCTAAGCCTTGCTCTGATTAGGCCACCCTCTGATAAGGGGGATGATTACATTGAAACATCCTCTTAAGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1389094.000000
s hg19.chr21     16623669 124 +  48129895 CCCAATGAGGGAGATGTTAATGGATGTGAGGATGGAAACCATGTTATCTCTTCTTCCTGTGATCCAGTTTTGTTGTGGTCAGACCTAGACCCCAGGAAGACAATTGGGCATGTTCTCCACTATC
s rheMac2.chr3  164760648  96 - 196418989 CCCAGTGA--GAGATTTTAATGGATGTAAGGACGGAAAC------------------------CCAGTTTTGTTGTGGTCAGAC--AGACCCCAGGAAGACAACTGGGCATGTTCTCCACTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886591 124 +  48394510 CCCAATGAGGGACATTTTAGTGGATGTGAGGATGGAAACCATGTTATCTCTTCTTCCTGTGACCCAGTTTTGTTGTGGTGAGACCTAGACCCCAGGAAGACAATTGGGCATGTTCTCCACTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15343607 124 +  46489110 CCCAATGAGGGAGATGTTAATGGATGTGAGGATGGAAACCATGTTATCTCTTCTTCCTGTGATCCAGTTTTGTTGTGGTCAGACCTAGACCCCAGGAAGACAACTGGGCATGTTCTCCACTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=241653.000000
s hg19.chr21     16623793 20 +  48129895 CTTAAGGGCAGACCAACTCT
s panTro2.chr21  15343731 20 +  46489110 CTTAAGGGCAGACCAACTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886715 20 +  48394510 CTTAAGGGCAGACCAACTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760744 20 - 196418989 CTTAAGGGCAGACCAACTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=909615.000000
s hg19.chr21     16623813 91 +  48129895 TAATATATATTGTTGTATCATTTTTACTGTATATACATTTTTCTGTTTCCTCTGTTAACAATGACAAGCTTGAAGGAAGGTTTCATCTTGT
s panTro2.chr21  15343751 70 +  46489110 TAA---------------------TACTGTATATACATTTTTCTGTTTCCTCTGTTAACAATGACAAGCTTGAAGGAAGGTTTCATCTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886735 90 +  48394510 TAATATATATTGTTGTATTATTTTTACTGTATATACATTTTTCTGTTTCTTCTGTTAACAATGACAAGCTTG-AGGAAAGTTTCATCTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760764 91 - 196418989 TAATATATATTGTTGTATCATTTTTACTGTATATACATTTTTCTGTTTCTTCTGTTAACAATGACGAGCTTGACGGAAGGTTTCATCTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=641275.000000
s hg19.chr21     16623904 53 +  48129895 TTGTACTTTTATTATTGATGCACACCAGCTACTACTGGAGTCCCCTCACTGTA
s panTro2.chr21  15343821 53 +  46489110 TTGTACTTTTATTATTGATGCACACCAGCTACTACTGGAGTCCCCTCACTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886825 53 +  48394510 TTGTACTGTTATTATTGATGCACACCGGCTACTACTGGAGTCCCCTCACTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760855 53 - 196418989 TTGTACTTTTATTATTGATGCACACCAGCTACTACTGTAGTCCCCTCACTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-225651.000000
s hg19.chr21     16623957 41 +  48129895 CATGTGGAGCCTTTCTCTACATGTC---ATGATGCTTTAAAAGG
s panTro2.chr21  15343874 41 +  46489110 CATGTTGAGCCTCTCTATATATGTC---ATGATGCTTTAAAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886878 41 +  48394510 CGTGTTGAGCCTCTCTCTATATGTC---ATGATGCTTTAAAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760908 44 - 196418989 CATGTTGAGCCTCTCTCTATATGTCATGATGATGCTTTAAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=161838.000000
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s panTro2.chr21  15343915 106 +  46489110 TTCTGATTATGTGATGATGCTTTAAAGGGATCATCATAAAATACATTTAGATGTATTTTACATAAGCCTGACATCATAAAATACATTTAGATGTATTTTACATAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14886919 103 +  48394510 TTCTGATTATG---TGATGCTTTAAAAGGATCATCATAAAATACATTTAGATGTATTTTACATAACTCTGACATCATAAAATACATTTAGATGTATTTTACATAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164760952  66 - 196418989 TTCTCATTATGTGATGATGCTTTAAAAGGAT----------------------------------------CATCATAAAATACATTTAGATGTATTTTACATAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=134021.000000
s hg19.chr21     16624064 33 +  48129895 CCTGAC-------TTGGCTCTTGAGACATATTGAGCCAGA
s panTro2.chr21  15344021 33 +  46489110 CCTGAC-------TTGCCTCTTGAGACATATTGAGCCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887022 33 +  48394510 CCTGAC-------TTGCCTCTTGAGACATATTGAGCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761018 40 - 196418989 TCTGACTTAGGCTTTGCCTCTTGAGACATGTTGAGCCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=527441.000000
s hg19.chr21     16624097 51 +  48129895 ACTAGGCAATTAGTCAATCAGTAAACACATATGAAGTACTCCTGTGTGTGT
s panTro2.chr21  15344054 51 +  46489110 ACTAGGCAATTAGTCAATCAGTAAACACATATGAAGTCCTCCTGCGTGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887055 51 +  48394510 GCTAGGCAATTTGTCAATCAGTAAACACATATGAAGTCTTCCTGTGTGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761058 51 - 196418989 ACTAGGCAATTAGTCAATCAGTAAACAGATATGAAGTCCTCCTGTGTGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=71718.000000
s hg19.chr21     16624148 24 +  48129895 CAGGCATTTGGTGCAGGTCAGAGA
s panTro2.chr21  15344105 24 +  46489110 CAGGCATTTGGTGCAGGTCAGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887106 24 +  48394510 CAGGCATTTGGTGCAGGTCAGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761109 24 - 196418989 CAGGCATTTGGTGCAGGTGGGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=375280.000000
s hg19.chr21     16624172 35 +  48129895 ACATGGCAAGGAGTAGTGTCTCATTAAAATATTTC
s panTro2.chr21  15344129 35 +  46489110 ACATGGCAAGGAGTAGTGTCTCATTAAAATATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887130 35 +  48394510 ACATGGCAAGGAGTGGTGTCTCATTAAAATATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761133 35 - 196418989 ACATGGCAAGGAGTAGTGTCTCATTAAAATCTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1139830.000000
s hg19.chr21     16624207 147 +  48129895 AAGGCACATATAAATGGATGATGTCATCTCCCAGGTCTGTGTCCCTTCTCCTGTCACTGTTGGAATTCTCCTTCCTCTCCTGGGTTTTCTTCCCAGGTTCTCAGTGCTATCGTGTATATTGCCCCATGTCCGTGATCTTCTACCGCT
s panTro2.chr21  15344164 147 +  46489110 AAGGCACATATAAATGGATGATGTCATCTCCCAGGTCTGTGTCCCTTCTCCTGTCACTGTTGGAATTCTCCTTCCTCTCCTGGGTTTTCTTCCCAGGTTCTCAGTGCTATCGTGTATATTGCCCCATGTCCGTGATCTTCTACCGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887165 147 +  48394510 AAGGCACATATAAATGGATGATGTCATCTCCCAGGTCTGTGTCCCTCCTCCTGTCACTGTTGGAATTCTCCTTCCTCTCCTGGGTGTTCTTCCCAGGTTCTCAGTGCTATCATGTATATTGCCCCATGTCTGTGATCTTCTACCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761168 147 - 196418989 AAGGCAAATATACATGGGTGATGTCATCTCCCAGGTCTGTGTCCCTCCTCCTGTCACTGTTGGAATTCCCCTTCCTCTCCTGGGTGTTGTTCCCAGGTTCTCCATGCTATCATGTATATTGCCCCACATCTGTGATCTTCTACTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=875235.000000
s hg19.chr21     16624354 83 +  48129895 GTGGCTTGCCAGTGCTAGGAGAGCTCCTTTTTCTGTTCACGCAACCGTGATTGAgtgccgctgaggatcccacaatgactgaa
s panTro2.chr21  15344311 83 +  46489110 GTGGCTTGCCAGTGCTAGGAGAGCTCCTTTTTCTGTTCACGCAACCATGATTGAGTGCcgctgaggatcccacaatgactgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887312 83 +  48394510 GCGGCTTGCCAGTGCTAGGAGAGCTCCTTTTTCTGTTCACGCAACCATGATTGAgtgccgctgaggatcccacaatgactgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761315 83 - 196418989 GCGGCTTGCCAGTGCTAGGAGAGCTCCTTTTCCTGTTCATGCAGACATGACCGAGTGCcgctgaggatcccctgatgactgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=662550.000000
s hg19.chr21     16624437 78 +  48129895 gcacacgattcgccttgggacttcacagtctagtgaaaggc-----ttccacataaatagcaatgtgatgaatgccaggatag
s panTro2.chr21  15344394 83 +  46489110 gcacacgattcgccttgggacttcacagtctagtgaaaggcttccattccacataaataacaatgtgatgaatgccaggatag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887395 78 +  48394510 gcacacgattcgccttgggacttcacagtctagtgaaaggc-----ttccacataaatagcaatgtggtcaatgccaggatag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761398 78 - 196418989 gcacgctagtcgccttgggacttcacagtctagtgaaaggc-----ttccccgttaacagcaatatgatgaatgccaggatag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118189.000000
s hg19.chr21     16624515 29 +  48129895 aaataagaatcagagatccaattcaagca
s panTro2.chr21  15344477 29 +  46489110 aaataagaatcagagatccaattcaagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887473 29 +  48394510 aaataagaatcagagatccaattcaagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761476 29 - 196418989 aaataagaatcagagatccagttcaagca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=463671.000000
s hg19.chr21     16624544 30 +  48129895 ctcagaacagggcagttaaggaagatttct
s panTro2.chr21  15344506 30 +  46489110 ctcagaacagggcagttaaggaagatttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887502 30 +  48394510 ctcagaacacggcagttaaggaagatttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761505 30 - 196418989 ctcagagcggggcagtcaaggaagatttcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206093.000000
s hg19.chr21     16624574 41 +  48129895 cagagacagcgatgcctatgaatcttaaacaaaaacaaaag
s panTro2.chr21  15344536 41 +  46489110 cagagacagcgatgcctatgaatcttaaacaaaaacaaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887532 41 +  48394510 cagagacagtgatgcctatgaatcttaaacaaaaacaaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761535 41 - 196418989 cagagacagtgatgcctatgaatcttaaacaaaaacaaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=423708.000000
s hg19.chr21     16624615 103 +  48129895 caaaaatgggaaaatgtcagccaggtgaaatggcattgcatgcagagggagcagcgtggccagaggccatgtgagagaagctggctgctagggaagagtaagT
s panTro2.chr21  15344577 103 +  46489110 caaaaatgggaaaatgtcagccaggtgaaatggcattgcatgcagagggagcagcgtggccagaggccatgtgagagaagctggctgctagggaagagtaagT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887573 103 +  48394510 caaaaatgagaaaatgtcagccaggtgagacggcattgcatgtagagggagcagtgtggccagaggccatgtgagagaagctggctgctagggaagaataagT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761576 103 - 196418989 caaaaatgggaaaatgtcagacaggtgaaaaggcattgctttcagagggagcagcgtggccagaggccgtgtgagagaagctggctgctagggaagactaagT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=322540.000000
s hg19.chr21     16624718 46 +  48129895 CCCTCTCCACAGCTGGGTCATTTCATGCGTGTGAAAAGTTGCTGGG
s panTro2.chr21  15344680 46 +  46489110 CCCTCTCCACAGCTGGGTCATTTCATGCATGTGAAAAGTTGCTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887676 46 +  48394510 CCCTCTCCACAGCTGGGTCATTTCATGCGTGTGAAAAGTTGCTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761679 46 - 196418989 CCCTCTCCACAGCTGGGTCATTTCATGCGTGTGAAAAGTTGCTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1337176.000000
s hg19.chr21     16624764 118 +  48129895 AACAGCCTCATTTTCCATATTCTGATTCAAGCAATGTGGCTACCGTTTTTGGTGACCCTTAAATCATTAGATGACACCAAGATGAACAGTTTTCTTCATGAACATAAGAGGAAACTGT
s panTro2.chr21  15344726 118 +  46489110 AACAGCCTCATTTTCCATATTCTGATTCAAGCAGTGTGGCTAACGTTTTTGGTGACCCTTAAATCATTAGATGACACCAAGATGAACAGTTTTCTTCATGAACATAAGAGGAAACTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887722 118 +  48394510 AACAGCCTCATTTTCCATATTCTGATTCAAGCAATGTGGCTAACGTTTTTGGTGACCCTTAAATCATTAGATGACACCAAGATGAACAGTTTTCTTCATGAATATAAGAGGAAACCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761725 118 - 196418989 AACAGCCTCATTTTCCATATTCTGATTCAAGCAGTGTGGCTAACGTTTATGGTGACCCTTAAATCATTAGTTGATACCAAGATCAACAGTTTTCTTCACGAATATAAGAGGAAATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201508.000000
s hg19.chr21     16624882 11 +  48129895 AACCAGAAAAG
s panTro2.chr21  15344844 11 +  46489110 AACCAGAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887840 11 +  48394510 AGCCAGAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761843 11 - 196418989 AGCCAGAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7283403.000000
s hg19.chr21     16624893 341 +  48129895 GCCTGGGAGTATCTTTCTGCTCAGCAGGAAAAACAATTCTGTCTCAAGAGCCATCCCTGCAGAAGGGGAAGTGGGTTAAGGCAACTCCTTGCAGAGAGTGACTTGAGAGGATGAGTAAAACATCTTCCCAGTGGGGTCTCCCTCCCTTTCTATCTGGCCACAAATTCTCAATAGTTAACTCACTAACTGACGAGGTCAATAAAAGTGGGACATCCTCTTCTATAGAAAGCCTCGGTGATCATGGTGATCACATAGCCCTGTCTGAAGAGTACATTAACTGAGATTAGCTCATTATCTTTGTGATGAACTTCAGAAGAGTTTCCGTTCAGTGG--AAAAAAGAG
s panTro2.chr21  15344855 341 +  46489110 GCCTGGGAGTATCTTTCTGCTCAGCAGGAAAAACAATTCTGTCTCAAGAGCCATCCCTGCAGAAGGGGAAGTGGGTTAAGGCAACTCCTTGCAGAGAGTGACTTGAGAGGATGAGTAAAACATCTTCCCAGTGGGGTCTCCCTCCCTTTCTATCTGGCCACAAATTCTCAATAGTTAACTCACTAACTGATGAGGTCAATAAAAGTGGGACATTCTCTTCTATAGAAAGCCTCGGTGATCACGGTGATCACATAGCCCTGTCTGAAGAGTACATTAACTGAGATTAGCTCATTATCTTTGTGATGAACTTCAGAAGAGATTCCGTTCAGTGG--AAAAAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14887851 341 +  48394510 GCCTGGGAGTACCTTTCTGCTCAGTAGGAAAAACAGTTCTGTCTCAAGAGCCATCCCTGCAGAAGGGGAAGTGGGTTAAGGCAACTCCTTGCCGAGAGTGACTTGAGAGGATGAGTAAAACATCTTCCCAGTGGGGTCTCCCTCCCTTTCTATCTGGCCACAAATTCTCAATAGTTAACTCACTAACTGGCGAGGTCAATAAAAGTGGGACATCCTCTTCTATAGAAAGCCTCGGTGATCACGGTGATCACATAGCCCTGTCTGAAGAGTACATTAACTGAGATTAGCTCATTTCCTTTGTGATGAACTTCAGACGAGTTTCCATTCAGTGG--AAAAAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164761854 343 - 196418989 GCCTGGGAGTATCTTTCTGCTCAGTAGGAAAAACAATTCTGTCTCAAGAGCCATCCTTGCAGAAGGGGAAGTGGGTTAAAGCAACTCCTTGCCGAGAGTGACTTGAGAGGATGAGTAAAACATCTTCCCAGTGGGGTCTCGTTCCCTTTCTATCTGGTCACAAATTCTCAATAGTTAACTCACTAACTGGCGAGGTCAATAAAAGTGGGACATCCTCTTCTATAGAAAGCCTCGGTGATCACAGTGATCACATAGCCCTGTCTGAAGAGTACATTAACTGAGATTAGCTCATTATCTTTGTGATGAACTTCTGAAGAGTTTCCGTTCAGTGGGAAAAAAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=704516.000000
s hg19.chr21     16625234 53 +  48129895 CAGGCAGGG-TTGGGAGAGGAGCAGCGAGGCCTCTAGGAGGAGAAACTCATTGA
s panTro2.chr21  15345196 53 +  46489110 CAGGCAGGG-TTGGGAGAGGAGCAGCGAGGCCTCTAGGAGGAGAAACTCATTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888192 54 +  48394510 CAGGCAGGGTTTGGGAAAGGAGCAGCCAGGCCTCTAGGAGGAGAAACTCATTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164762197 53 - 196418989 CAGGCAGGG-TTGGGAGAGGAGCAGCGAGGACTCTGGAAGGAGAAACTCATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=166112.000000
s hg19.chr21     16625287 44 +  48129895 AATGGTGTCAGTGCTGCTGTCTCTGTGGGGTTGGTTGGtgtact
s panTro2.chr21  15345249 44 +  46489110 AATGGTGTCAGTGCTGCTGTCTCTGTGGGGTTGGTTGGtgtact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888246 44 +  48394510 AATGGTGTCAGTGCTGCTGTCTCTGTGGGGTTGGTTGGtgtatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164762250 44 - 196418989 AATGGTGTCAGTGCTGCTGTCTCTGTGGGGCTGGTTGGtgtatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=406753.000000
s hg19.chr21     16625331 264 +  48129895 agttagggttctctagagggac---atccaaagggtggatttataaataaaagggagtttattaaggagtactgactcacatgaccacaaagtcccacaataggccatctgcaagctgaggagaaaggaagccagtccgagtcccaaacctgaggaacttggagtccaatgttctagggcaggaagcgtccggcactggagaaagatgtagggtgggaagctaagtcagtttcatcttttcatgttcttctgcccacttttatttca
s panTro2.chr21  15345293 260 +  46489110 agttagggttctctagagggac---atccaaagggtggatttataaataaaggggagtttattaaggagtattgactcacatgatcacaaggtcccacaataggccatctgcaagctgaggagaaaggaagccagtccgagtcccaaacctgaggaacttggagtccaatgttctagggcaggaagcgtccggcactgg----agatgtagggtgggaagctaagtcagtttcatcttttcatgttcttctgcccacttttattcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888290 264 +  48394510 agttagggttctctagagggac---atccaaagggtggatttataaataaaggggagtttattaaggagtattgactcacatgaccacaaagtcccacaataggccatctgcaagctgaggagcaaggaagccagtccgagtcccaaacctgaggaacttggagtccgatgttctagggcaggaagcatctggcactggagaaagatgtagggtgggaagctaagtcagtctcatcttttcacgttcttctgcccacttttattcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164762294 266 - 196418989 agtcagggttctctagagagacagaactaatagggtagatttatatataaaggggagttgattaggaactattgactcacaagaccacagggtcgcacaataggccatctgcaagctgaagagcaaagaagcgagtctgagtcccaaacctgaagaacgtggagtccgatgctctagggtaggaagcgtccagcactggaggaagacgtagggtgaaaggctaagtcagtctcatcttttcatgttcttctg-ctgcttttattctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=186494.000000
s hg19.chr21     16625595 112 +  48129895 gccactctggcagttaaatagattgtccccacccagattgacggtgggtctgcttttcccagtccactgactcaaatgttaatctcctttggcaacaccctcacagacacat
s panTro2.chr21  15345553 112 +  46489110 gccactctggcagttaaatagattgtccccacccagattgagggtgggtctgcttttcccagtccactgactcaaatgttaatctcctttggcaacaccctcacagacacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888554 112 +  48394510 gccactctggcagttaaatagattgtacccacccagattgagggtgggtctgcttttcccagtccactgactcaaatgttaatctcctttggcaacaccctcacagacacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164762560 111 - 196418989 gccactctggcagttaattagatggtgccca-ccagattgagggtggatctgccttccccattccactgactcaaatgttactctcctttggcagcaccctcacagacaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111850.000000
s hg19.chr21     16625707 61 +  48129895 ccaggaacaatactttgcatccttcaatccaatcaagttgacacttaatattaaccatcac
s rheMac2.chr3  164762671 61 - 196418989 ccaggaacaatactttgcattcttcaatccaatcaagttgacacttaatattaaccatcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888666 61 +  48394510 ccaggaacaatactttgcatccttcaatccaatcaagttgacacttaatattaaccatcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=451904.000000
s hg19.chr21     16625768 84 +  48129895 aGTTGGGTTCTGGGGTCCTGACTTGTCTTTCTCCACTTTTAGTTCTTTGCCTTTTGTGTTGGccaaatgatgctccacactgcc
s panTro2.chr21  15345726 84 +  46489110 aGTTGGGTTCTGGCGTCCTGACTTGTCTTTCTCCACTTTTAGTTCTTTGCCTTTTGTGTTGGccaaatgatgctccacactgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888727 84 +  48394510 aGTTGGGTTCTGGGGTCCTGACTTGTCTTTCTCCACTTTTAGTTCTTTCCCTTTTGTGTTGGccaaatgatgctccacactgcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164762732 84 - 196418989 aGGTGCGTTCTGGGGTCCTAACGTGTCTTTCTCCACTTTTAGTTCTTTCCCTTTTGTGTTGGTTGAATGATGCTCCACACCGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=892897.000000
s hg19.chr21     16625852 144 +  48129895 cagtgatgttctagaacctgcaaatgtgttctttcacatggcaaaggggactttgcaga--gatttgaagttgaggatcttcagatggggagatgatcctggattctctgggtgagcccaatgtaatcacaggagttcttgtaagt
s panTro2.chr21  15345810 144 +  46489110 cagtgatgttctagaacctgcaaatgtgttctttcacatggcaaaggggactttgcaga--gattttaagttgaggatcttcagatggggagatgatcctggattctctgggtgagcccaatgtaatcacaggagttctcgtaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888811 144 +  48394510 cagtgatgttctagaacctgtaaatgtgttctttcacatggcaaaggggactttgcaga--gattttaagttgaggctcttcagatggggagatgatcctggattctctgggtgagcccaatgtaatcataggagttcccgtaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164762816 110 - 196418989 CAGTGATGTTctagaacctgaaagtgtgttctttcacacggcaaaagggactttgcagatggattgtaagtcgaggatcttcagatggggagatgatcctggattCNNNN------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=160484.000000
s hg19.chr21     16625996 31 +  48129895 gaaagaggaggtaggagagtcagaagag---gaa
s panTro2.chr21  15345954 34 +  46489110 gaaagaggaggtaggagagtcagaagaggaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888955 31 +  48394510 gaaagaggaggtaggagagtcagaaaag---gaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164762926  0 - 196418989 C

a score=157455.000000
s hg19.chr21     16626027 30 +  48129895 atgt----------------gatgacagaagcagggttgtgatgca
s panTro2.chr21  15345988 30 +  46489110 atgt----------------gataacagaagcagggttgtgatgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14888986 30 +  48394510 atgt----------------gatgacagaagtagggttgtgatgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164762926 42 - 196418989 ----NNNNNNNNNNNNNNNNGATGACAGAAGCAGGGCTGTGATGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=411982.000000
s hg19.chr21     16626057 33 +  48129895 gccagga-ctcaaggaatgtgggcagcctctaga
s panTro2.chr21  15346018 33 +  46489110 gccagga-ctcaaggaatgtgggcagcctctaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889016 33 +  48394510 gcctgga-cccaaggaatgtaggcagcctctaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164762968 34 - 196418989 ACCAGGACCccaaggaatgtgggcagcctctaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=33876.000000
s hg19.chr21     16626090 16 +  48129895 ggctggaaaaactccc
s panTro2.chr21  15346051 16 +  46489110 ggctggaaaaactccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889049 16 +  48394510 ggctggaaaaactccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763002 16 - 196418989 ggctggaaaaactccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=402236.000000
s hg19.chr21     16626106 63 +  48129895 ttagaacctccaaagaggatacaattctgccaacaccttgactttagccccataagacccatt
s panTro2.chr21  15346067 63 +  46489110 ttagaacctccaaagaggatacaattctgccaacagcttgactttagccccttaagacccatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889065 63 +  48394510 ttagaacctccaaagaggatacaattgtgccaacaccttgactttagccccataagacccatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763018 63 - 196418989 ttagaacttctaaagaggatacagttctgccaacaccttgactttagccccgtaagacccata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=171469.000000
s hg19.chr21     16626169 43 +  48129895 tcagacttcttatctccagaactgtcatataataagcatatgt
s panTro2.chr21  15346130 43 +  46489110 tcagacttcttatctccagaactgtcatataataagcatatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889128 43 +  48394510 tcagacttcttatctccagaactgtcatataataagcatatgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763081 43 - 196418989 tcagacttcctatctccagaactatcatataataagcatatat
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=234897.000000
s hg19.chr21     16626212 50 +  48129895 accataaaccagtaagtttgtggcaatgtgctacagctgccataCACCTC
s panTro2.chr21  15346173 50 +  46489110 accataaaccagtaagtctgtggcaatgtgctacagctgccataCACCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889171 50 +  48394510 accataaaccactaagtttgtggcaatgtgctacagctgccatCCACGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763125 50 - 196418989 accataaaccactaagtctgtggcaatgtgctacaatggcCACACACCTC
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=135820.000000
s hg19.chr21     16626262 36 +  48129895 TCTTTACCTGATGCCCATGACCCGTGAGGTCACCCT
s panTro2.chr21  15346223 36 +  46489110 TCTTTCCCTGATGCCCATGACCCGTGAGGTCACCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889221 36 +  48394510 TCTTTACCTGATGCCCATGACCCATGAGGTCACCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763175 36 - 196418989 TCTTTACCTGATGCCCATGACCCATGAGGTCACCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-10348.000000
s hg19.chr21     16626298 15 +  48129895 TCCCGCACCTACCAC
s panTro2.chr21  15346259 15 +  46489110 TCCCGCACCTACCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889257 15 +  48394510 TCCCGCACCTACCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763211 15 - 196418989 TCCCGCACATACCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=280925.000000
s hg19.chr21     16626313 34 +  48129895 CATCCTCCACACCAAGTCTGTTTGGTGTATCTAA
s panTro2.chr21  15346274 34 +  46489110 CATCCTCCACACCAAGTCTGTTTGGCGTATCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889272 34 +  48394510 CATCCTCCACACCAAGTCTGTTTGGCGTATCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763226 34 - 196418989 CATCCTCCACACTAAGTCTGTTTGGGGCATCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=836777.000000
s hg19.chr21     16626347 121 +  48129895 TTCTGTTGGCTCATTTTGGAATTGTGTCAAGGTCAAACCCTTAGCAGAGTCACAGTGGAGTTCAAGCCACAGCTCAGGGAAAAC--AGAGGAAAGGAGGGCCTGCACCGGTCAAGTCTGAGGC
s panTro2.chr21  15346308 121 +  46489110 TTCTGTTGGCTAATTTTGGAATTGTGTCAAGGTCAAACCCTTAGCAGAGTCACAGTGGAGTTCAAGCCACAGCTCAGGGAAAAC--AGAGGAAAGGAGGGCCTGTACCGGTCAAGTCTGAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889306 122 +  48394510 TTCGGTTGGCTAA-TTTGGAATTGTGTCAGGGTCAAACCCTCAGCAGAGTCACAGTGGAGTTCAAACCACATCTCAGGGAAAACTGAGAGGAAAGGAGGGCCTGTACCTGTCAAGTCTGAGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763260 123 - 196418989 TTCTGTTGGCTAATTTTGGAATTGTGTCAGGGTCGAACCTTTAGCAGAGTCACAGTGGAGTTAAAGCCACATCTCAGGGAAAACTGAGAGGAAAGGAGGGCCTGTGCTGGTCAAGTCTGAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=921766.000000
s hg19.chr21     16626468 162 +  48129895 CTGAGGTGCAGCTCCACCAGAGTGTCAGAACACAGAGCAGCACCAAGGAGCAGAAGGAACCAGCTACGAGCAGGAATGGAGGAACCAGGAAGCGGCATTAGACAGGCATAGCCAGGAATATTTTCAGGCATGACTGAGAGATGTGTGTTTTCGCTGGGTTCC
s panTro2.chr21  15346429 162 +  46489110 CTGAGGTGCAGCTCCACCAGAGTGTCAGAACACAGAGCAGCACCAAGGAGCAGAAGGAACCAGCTACGAGCAGGAATGGAGGAACCAGGAAGCGGCATTAGACAGGCATAGCCAGGAATATTTTCAGGCATGACTGAGAGATGTTTGTTTTTGCTGGGTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889428 162 +  48394510 CTGAGGTGCAGCACCACCAGAGTGTCAGAACATAGAGCAACACCAAAGAGCAGAAGGAACCAGCTACGAGCAGGAATGGAGGAACCAGGAAGCGGCATTAGACAGGCATAGCCAGGAATATTTTCAGGCACGACTGAGAGATGTGTGTTTTTGCTGGGTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763383 162 - 196418989 CTGAGGTGTAGCACCACCAGAGTGCCAGAACACAGAGCAGCACCAAAGAGCGGAATGAACTAGCTATGAGCAGGAATGGAGGAAGCAAGAAGGGGCATTAGACAGGCATAGCCAGGAACGTTTTCAGGCATGACTGAGAGAGATGTGTTTTTGTTGGGTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155968.000000
s hg19.chr21     16626630 51 +  48129895 ACAACCTGTGGCATACAGTGACTCAGGTATAAAGATATGACAACCCTGAAT
s panTro2.chr21  15346591 51 +  46489110 ACAACCTGTGGCATACAGTGACTCAGGTATAAAGATATGACAACCCTGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889590 51 +  48394510 ACAACCTGTGGCATACAGTGACTCAGGTATAAAGATATGACAACCCTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763545 51 - 196418989 ACAACCTGTGGCATACTGTGACTCAGATATAAAGATATGGCAACCCTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=252455.000000
s hg19.chr21     16626681 67 +  48129895 ACCATCA-TGTCACAAGAGCTTTAGATAAATGCTTTCAATCAACAGAAAATGCAAAGAATCAAGAAAC
s panTro2.chr21  15346642 67 +  46489110 ACCATCA-TGTCACAAGAGCTTTAGATAAATGCTTTCAATAAACAGAAAATGCAAAGAATCAAGAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889641 67 +  48394510 ACCACCGCTGTCACAAGAGCTTTAGATGAATGCTTTCAAT-AACAGAAAATGCAAAGAATCAAGAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763596 68 - 196418989 ACCATCACTGTCACAAGAGCTATAGATGAATGCTTTCAATAAACAGAAAACGCAAAGAATCAAGACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=74939.000000
s hg19.chr21     16626748 44 +  48129895 TTTATGTCCACCAAGGATACTTGGAGAAAGTCCCTAAGGGACAA
s panTro2.chr21  15346709 44 +  46489110 TTTATGTCCACCAAGGATACTTGGAGAAAGTCCCTAAGGGACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889708 44 +  48394510 TTTATGCCCACCAAGGATACTTGGAGAAAGTCCCTGAGGGACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763664 44 - 196418989 CTTATGTCCACCAAGGATACTTGGAGAAAGTCCCTAAGGGACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107574.000000
s hg19.chr21     16626792 73 +  48129895 GCTTCAGTCCAGTGATTTTAGACTCTATTCTCTGAACACAAGAGTATTG-GTGAATTATGTTCTCAGCTCTCCT
s rheMac2.chr3  164763708 74 - 196418989 GCTTCAGTCCCATGATTTCAGACTCTACTCTCTGAACACAAGAGGATTGTGTAAATTCTGTGCTCAGCTCTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889752 73 +  48394510 GCTTCAGTCCCACGATTTCAGACTCCATTCTCTGAACACAAGAGTATTG-GTGAATTATGTTCTCAGCTCTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15346753 73 +  46489110 GCTTCAGTCCAATGTTTTCAGACTCTATTCTCTGAACACAAGAGTATTG-GTGAATTATGTTCTCAGCTCTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=235452.000000
s hg19.chr21     16626865 134 +  48129895 CGCTGTTGTATGTGTGCACTCACTGCAAGTAACTTACATCATTTTATTTGAATGTATTTTAAAGCAGTAGGTAGAATAGCAAAGGAATATGAAAACCATGAAATGAATGGA-CATTTTATGTATTCAGAGAGAGG
s rheMac2.chr3  164763782 135 - 196418989 CGCTGTTGTATGTGTGCACTCACTGCAAGTAACTTATATGCTTTTATTTGAATGTATTTTAAAGCAATAGGTAGAATAGCAAAGGAATATGAAAACCACGAAATGAATGGACCATTTTATGTATTCGGAGAGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889825 135 +  48394510 CGCTGTTGCATGTGTGCACTCACTGCAAGTAACTTACATCCTTTTATTTGAATGTATTTTAAAGCAGTAGGTAGAACAGCAAAGGAATATGAAAACCATGAAATGAATGGAACATTTTATGTATTCGGAGAGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15346826 135 +  46489110 CGCTGTTGTATGTGTGCACTCACTGCAAGTAACTTACATCATTTTATCTGAATGTATTTTAAAGCAGTAGGCAGAATAGCAAAGGAATATGAAAACCATGAAATGAATGGACCATTTTATGTATTCAGAGAGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=166288.000000
s hg19.chr21     16626999 95 +  48129895 AG-CACCCACCACTGCCAGAAATACCATGTAAAAATTGGCAATTCGGAGGGTGCAGTATTTAGTATAGTAAATAAATAAATGACCAACATTGTGTA
s panTro2.chr21  15346961 95 +  46489110 AG-CACCCACCACTGCCAGAAATACCATGTAAAAATTGGCAATTCAGAGGGTGCAGTATTTAGTATAGTAAATAAATAAATGACCAACATTGTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14889960 95 +  48394510 AA-CACCCACCACTGCCAGAAATACCATGTAAAAATTGGCAATTCGGAGGGTGCGGTATTTAGTATAGTAAATAAATAAGTGACTAACATTTTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164763917 96 - 196418989 AGCCACCCACTACTGCCAGAAATACCATGTAAAAATTGGCAATTCAGAGGGTGCAGTATTTAGTATAGTAAATAAATAAATGACTGACGTTGTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=106699.000000
s hg19.chr21     16627094 50 +  48129895 AACATGACCAAAAAGTGTATTGTAATGAATCGAAAATCAACAAAATTTTA
s rheMac2.chr3  164764013 50 - 196418989 AACACTACCAAAAAGTGTGTTGTAATGCATCAAAAATCAACAAAATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14890055 42 +  48394510 AACACGACCAAAAAA-----TGTGATGAATTGAAAAT---CAAAATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15347056 50 +  46489110 AACATGACCAAAAAGTGTATTGTAATGAATCGAAAATCAACAAAATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=97693.000000
s hg19.chr21     16627144 42 +  48129895 TTCACTAATGAATATCAACAAAATAAGTTCAACTGATGGGAA
s rheMac2.chr3  164764063 42 - 196418989 TTCACTGATGAGTATCAATAAAATAAGTTCAAATGATGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14890097 42 +  48394510 TTCACTAATGAATATCAATAAAATAAGTTCAAATGATGGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15347106 42 +  46489110 TTCACTAATGAATATCAATAAAATAAGTTCAAATGATGGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=62167.000000
s hg19.chr21     16627186 58 +  48129895 TAAAAGATGAGAGCTCTCAAGAAATGAGAGCTTAAAGAAACAACAATTATATTTTCAT
s panTro2.chr21  15347148 58 +  46489110 TAAAAGAAGAGAGCTCTCAAGAAATGAGAGCTTAAAGAAACAACAATTATATTTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14890139 58 +  48394510 TAAAAGATGAGAGCTCTCAAGAAATGAGAGCTTAAAGAAACAACAATTATATTTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164764105 57 - 196418989 TAAAAGATGAGAGCTCTCAAG-AATGAGAGCTTAAAGAAACAACAATTATATTTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1288508.000000
s hg19.chr21     16627244 118 +  48129895 ATTTACACTTTTATTTCATTTAAACAGTTGATGAAGGCTCACATTGTACCCAAAAATGTCCATTAAAATTAACCTTACAAACTTTATTTCCCATTTGAAAGTGACACAGAACTAACCT
s panTro2.chr21  15347206 118 +  46489110 ATTTACACTTTTATTTCATTTAAACAGTTGATGAAGGCTCACATTGTACCCAAAAATGTCCATTAAAATCAACCTTACAAACTTTATTTCCCATTTGAAAGTGACACAGAACTAACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14890197 118 +  48394510 ATTTATGCTGTTATTTCATTTAAACAGTTGATGAAGGCTCACATTGCACCCAAAAATGTCCATTAAAATTAACCTTACAAACTTTATTTCTCATTTGAAAGTGACACAGAGCTAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164764162 118 - 196418989 ATAGACACTTTTATTTTGTTTAAACAGTTGATGGAGGCTCACATTGTACCCAAAAATGTCCATTAAAATTAACCTTACAAACTTTATTTCCCATTTGAAAGTGACGCAGAGCTAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=722958.000000
s hg19.chr21     16627362 60 +  48129895 CTATGAAAGATTAGCTAACATGGCTTAAATTATTCCCATAAACACTATAAAGAAGGGGTT
s panTro2.chr21  15347324 60 +  46489110 CTCTGAAAGATTAGCTAACATGGCTTAAATTATTCCCATAAACACTATAAAGAAGGGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14890315 60 +  48394510 CTATCAAAGATTAGCTAACATGGCTTAAATTATTCCCATAAACACTATAAAGAAGGGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164764280 60 - 196418989 CTATGAAAGATTAGCTAACATGGCTTAAATTATTCCCATAAACACTATAAAGAAGGGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=801751.000000
s hg19.chr21     16627422 87 +  48129895 TCTTTGGCtttaaaaa--aatttttgatttttaaaaaatCTTGAAAGGCATACAATTATATTTAGTTTTTAAAGAACATTCATCTTCAT
s panTro2.chr21  15347384 87 +  46489110 TCTTTGGCtttaaaaa--aaattttgatttttaaaaaatCTTGAAAGGCATACAATTATATTTAGTTTTTAAAGAACATTCATCTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14890375 89 +  48394510 TCTTTGGCTTTAAAAAACATATTTTGATTTTTAAAAAATCTTGAAAGGCATACAATTATATTTAGTTTTTAAATAACATCCATCTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14891754 56 +  48394510 ATGAACATGTTAAAAGCTTTGTTTACACAAAATCTCTACCAAGGGCGGGTTTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164765762 56 - 196418989 ATGAACATATTAAAAGCTTTGTTTAGACAAAATCTCTACCAAGGGTGGATTTGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-137157.000000
s hg19.chr21     16628834 37 +  48129895 ATGGAAACTTTCCTCCCCTATAAAACCAAATATAAAT
s panTro2.chr21  15348833 37 +  46489110 ATGGAAACTTTCCTCCCCTATAAAACCAAATATAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14891810 37 +  48394510 ATGGAAACTTTCCTCCCCTATAAAACCAAATATAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164765818 37 - 196418989 ATGGAAACTTTCCTCCCCTATAAAACCAAATATAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73037.000000
s hg19.chr21     16628871 40 +  48129895 GTGGGACACTGCATGTTAATTCATTGTTAGGACAGTTTCC
s panTro2.chr21  15348870 40 +  46489110 GTGGGACACTTCATGTTAATTCATTGTTAGGACAGTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14891847 40 +  48394510 GTGGGACACTTCATGTTAATTCATTGTTAGGAGAGTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164765855 40 - 196418989 GTGGGACACTTTGTGCTAATCCATTGTTAGGATGGTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=708282.000000
s hg19.chr21     16628911 91 +  48129895 CCCTAAAACTTTGTAGTGGGACTTTAGAAGAAAGATGATAGAGCATAAAGAAGGAAAGGCAAGATTCTTGCCATTCTAACGCTGCCTAAGA
s panTro2.chr21  15348910 91 +  46489110 CCCTAAAACTTTGTAGTGGGACTTTAGAAGAAAGATGATAGAGCATAAAGAAGGAACGGCAAGATTCCTGCCGTTCTAACGTTGCCTAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14891887 91 +  48394510 CCCTAAAACTTTGTAGTAGGACTTTAGAAGAAAGATGATAGAGCATAAAGAAGGAAAGGCAAGATTCTTGCCTTTCTAACGTTGCCTAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164765895 91 - 196418989 CCCTAAAAATGTGTAGTAGGACTTTAGAAGAAAGATGACAAAGCATAAAGAAGGAAAGGTGAGACTCTTGTTATTCTAATGTTGCCTAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 I 212

a score=558452.000000
s hg19.chr21     16629002 84 +  48129895 GTGGAAATCATAACACATCTTCGGGTATTGCGTTGTCAATC---------TGTAATAGGTGTAATACCTGCCACAACTCACTGTTTTGAGGAT
s panTro2.chr21  15349001 84 +  46489110 GTGGAAATCATAACACATCTTCGGGTATTGCGTTGTCAATC---------TGTAATAGGTGTGATACCTGCCACAACTCACTGTTTTGAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14891978 84 +  48394510 GTGGAAATCATAACACATCTTTGGGTATTGCATTGTCAATC---------TGTAATAGGCGTAATACCTGCCACAACTCACTGTTTTGAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766198 93 - 196418989 GTGGAAATCATAACACATCTTCAGGTATTGCGTTGTCAATCtgtaataggtgtaataggtgtaataCCTGCCACAACTCACTGTTTTGAGGAT
i rheMac2.chr3  I 212 C 0

a score=335064.000000
s hg19.chr21     16629086 33 +  48129895 TTGCAGTTATAATTAAGCTTTACTGAAGCGGTA
s panTro2.chr21  15349085 33 +  46489110 TTGCAGTTATAATTAAGCTTTACTGAAGCGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892062 33 +  48394510 TTGCAGTTATAATTAAGCTTTACTGAAGTGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766291 33 - 196418989 TTGCAGTTATAATTACACTTTACTGGAGTGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122047.000000
s hg19.chr21     16629119 26 +  48129895 GAAAACAAAACAAAAACAATCAAAAC
s panTro2.chr21  15349118 26 +  46489110 GAAAACAAAACAAAAACAATCAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892095 26 +  48394510 GAAAACAAAACAAAAATAATCAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766324 26 - 196418989 GAAAACAAAACAAAAACAAGCACAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-225515.000000
s hg19.chr21     16629145 18 +  48129895 CTCCTGAGCCACTTAGAT
s panTro2.chr21  15349144 18 +  46489110 CTCCTGAGCCACTTAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892121 14 +  48394510 CTCCTGAGCCACT----T
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766350 18 - 196418989 CTCCTGAGCCATGTAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=166381.000000
s hg19.chr21     16629163 25 +  48129895 GGAGAGTGAGACAAGA----TTATTTTTC
s panTro2.chr21  15349162 25 +  46489110 GGAGAGTGAGACAAGA----TTATTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892135 29 +  48394510 GGAGAGTGAGACAAAATTATTTATTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766368 25 - 196418989 GGA----GAGACAAGATTATTTATTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=642875.000000
s hg19.chr21     16629188 56 +  48129895 AGAAATGAC-TTTAGCAAATGGTGTCTAATACTTTGCACATTTAAAAGATCACGTTA
s panTro2.chr21  15349187 56 +  46489110 AGAAATGAC-TTTAGCAAATGGTATCTAATACTTTGCACATTTAAAAGATCACGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892164 57 +  48394510 AGAAATGACTTTTAGCAAATGGTGTCTAATACTTTGCATATTTAAAAGATCATGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766393 56 - 196418989 AGAAATGAC-TTTAGCAAATGGTGTCTAATACTTTGCAAATTTAAAAGATCAGGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=81655.000000
s hg19.chr21     16629244 15 +  48129895 TAGTAGTATTCATGT
s panTro2.chr21  15349243 15 +  46489110 TAGTAGTATTCATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892221 15 +  48394510 TAGTAGTATTCATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766449 15 - 196418989 TAGTAGTATTCATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=313574.000000
s hg19.chr21     16629259 56 +  48129895 TTTCTTCAAATCTTAGGTGGAGTTCAAGAGTTTTAATCCCttatattagattatat
s panTro2.chr21  15349258 56 +  46489110 TTTCTTCAAATCTTAGGTGGAGTTCAAGAGTTTTAATCCCTTATATTAGATCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892236 55 +  48394510 TTTCTTCAAATCTTAGGTGGAGTTC-AGAGTTTTAATCCCATATATTAGATTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766464 56 - 196418989 TTTCTTCAAATCTTAGGTGGGGTTCAAGAGTTTTAATACCATCTATTAGATTATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111165.000000
s hg19.chr21     16629315 62 +  48129895 gagatattatgttattattattattatattaATCCCATACAATATTTAGAGAGACAACAAGC
s rheMac2.chr3  164766520 56 - 196418989 GAGATATTATG------TTATTATTACATTAATCCCATACAACATTTAGAGAGACAACAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892291 62 +  48394510 GAGATATTATGTTATTATTATTATTACATTAATCCCATACAATATTTAGAGAGACAACAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15349314 62 +  46489110 GAGATACTATGttattattattattatattaatCCCATACAATATTTAGAGAGACAACAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6027034.000000
s hg19.chr21     16629377 227 +  48129895 ATTTTGTAATAGCTT----AAAAAAAAAGACCACTGAAGGTTGAGTGATGTGGAAACCATGAGAATATAGAGAGTTTATTTTCTCACAGCCTACATACATTGAGTTACTTTTCAAAGGCTGGTCTCATGAGAGAGGTAAAAATGTATTTGCCTAACTGCTATATATAGGATAACATGGAAAATATATTTCTGAGGATACTGAGCTGCCTGCCAAAGATTGTCTTCACATGT
s panTro2.chr21  15349376 227 +  46489110 ATTTTGTAATAGCTT----AAAAAAAAAGACCACTGAAGGTTGAGTGATGTGGAAACCATGAGAATATAGAGAGTTTATTTTCTCACAGCCTACATACATTGAGTTACTTTTCAAAGGCTGGTCTCATGAGAGAGGTAAAAATGTATTTGCCTAACTGCTATATATAGGATAACATGGAAAATATATTTCTGAGGATACTGAGCTGCCTGCCAAAGATTGTCTTCACATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892353 227 +  48394510 ATTTTACAATAGCTT----AAAAAAAAAGACCACTGAAGGATGAGTGATGTGGAAACCATCAGAATATAGAGAGTTTATTTTCTCACAGCCTACATACATTGAGTTACTTTTCAAAGGCTGATCTCATGAGAGAGGTAAAAATGTATTTGCTTAACTTCTATATATAGGATAACATGGAAAATATATTTCTGGGGATACTAAGCTGCCTGCCAAAGATTGTCTTCACATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766576 231 - 196418989 GTTTTGCAATAGCTTAAAAAAAAAAAAAGACCACTAAAGGATGAGTGATGTGGAAACCATGAGAATATAGAGAGTTTATTTTCTCACAGCCTACATACATTGAGTTACTTTTCAAAGGCTGGTCTCATGAGAGAGGTAAAAATGTATTTGCTTAACTGCTATATATAGGATAACATGGAAACTATATTTCTGGGGATACTGAGCTGCCTGCCAAAGATTATCTTCACATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1565431.000000
s hg19.chr21     16629604 89 +  48129895 CTACTGACAATTAATCAAATTAGCTAGCTTAAAAACAAGTAGTTTAGAATAGCAAGCAATTCAGTAAGAGTATACTGACAATTTATATC
s panTro2.chr21  15349603 89 +  46489110 CTACTGACAATTAATCAAATTAGCTAGCTTAAAAACAAGTAGTTTAGAATAGCAAGCAATTCAGTAAGAGTATACTGACAATTTATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892580 88 +  48394510 CTACTGACAATTAATCAAATTAGCTAGCTTAAAAACAAGCAGTTTGGAATAGAAAGCAATTCAGTAAGACTATACTGACAA-TTATATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766807 89 - 196418989 CTACTGACAATCAATCAAATTAGTTAGTTTAAAAACAAGTAGTTTAGAATAGCAAGCAATTCAGTAAGAGTATACTGACAATTTATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=609635.000000
s hg19.chr21     16629693 71 +  48129895 TTTTGATATTTTCCTTCCATCTCATTTGCTGATGGTTGAGGGAAGCAGGAAATGTGAAGAAAGCTTGTGCA
s panTro2.chr21  15349692 71 +  46489110 TTTTGATATTTTCCTTCCATCTCATTTGCTGATGGTTGAGGGAAGTAGGAAATGTGAAGAAAGCTTGTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892668 70 +  48394510 TTTTGATATTTTCCTTCCATCTCA-TTGCTGATGGTTGAGGGAAGCAGGAAATGTAAAGAAAGCTTGTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766896 71 - 196418989 TTTTGATATTTTCCTTCTATCTCATTTGCTGATAGTTGAGGGAAGCAGGAAATGTGAAGAAAGCTTGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=821397.000000
s hg19.chr21     16629764 58 +  48129895 TGCTTTATTGTTTCTGAAATAACTACTTTATTCACTAGATATTTTAACATCCATTCTG
s panTro2.chr21  15349763 58 +  46489110 TGCTTTATTGTTTCTGAAATAACTACTTTATTCACTAGATATTTTAACATCCATTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892738 58 +  48394510 TGCTTTATTGTTTTTGAAATAACTACTTTATTCACTAGATATTTTAACATCCATTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164766967 58 - 196418989 TACTTTATTGTTTTTGAAATAACTACTTTATTCACTAGATATTTTAACATCCATTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=718905.000000
s hg19.chr21     16629822 92 +  48129895 AATTATCCTCCAAGTTATTATTAATACTTTGTGGAATTAATAGTAAGACCATCAGTATCTTGTATTGTGTTAAAGTACTTAAATCTGTTAAG
s panTro2.chr21  15349821 92 +  46489110 AATTATCCTCCAAGTTATTATTAGTACTTTGTAGAATTAATAGTAAGACCATCAGTATCTTGTATTGTGTTAAAGTACTTAAATCTGTTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892796 92 +  48394510 AATTATCCTCCAAGTTATTATTAATACTTTGTAGAATTAATAGTAAGACCATCAGTATCTTGTATTGTGTTAAAGTACTTAAATCTGTTACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767025 92 - 196418989 AATTATCCTCCAAGTTATTATTAATACTTTATGAAATTAATAGGAAGACCATCAGTATCTTGTATTATGTTGAAGTACTTAAATCTCTTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-72014.000000
s hg19.chr21     16629914 48 +  48129895 ACAGACCTAGAAAGTTTGAGGGTAGTAGATTTTCAGGCCtaaataatt
s panTro2.chr21  15349913 48 +  46489110 AAAGACCTAGAAAGTTTGAGGGTAGTAGATTTTCAGGCCtaaataatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892888 48 +  48394510 ACAGACCTAGAAAGTTTGAAGGTAGTATATTTTCAGGCCtaaataata
i ponAbe2.chr21 C 0 I 7
s rheMac2.chr3  164767117 48 - 196418989 ACAGACCTAGAAGGTTTGAGGGTAGTATATTTTCAGGCCtaaataata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4525.000000
s hg19.chr21     16629962 44 +  48129895 a-aaaaaatatataGAACATATGAATTAGAGCTGTTATGGTCAAA
s panTro2.chr21  15349961 44 +  46489110 a-aaaaaatatataGAACATATGAATTAGAGCTGTTATGGTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767165 45 - 196418989 ataaaaaatatataGAACATATGAATTAGAGTTGTTACGGTCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892943 38 +  48394510 -------atatataGAACATACGAATTAGAGCTGTTATGGTCAAA
i ponAbe2.chr21 I 7 C 0

a score=561809.000000
s hg19.chr21     16630006 36 +  48129895 TTCTAATGCCTCCCAATTGTTTACAGAATGAGATGA
s rheMac2.chr3  164767210 36 - 196418989 TTCTAGTGCCTCCCAATTGTTTACAGAATGATATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14892981 36 +  48394510 TTCTAATGCCTCCCAATTGTTTACGGAATGAGATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15350005 36 +  46489110 TTCTAATGCCTCCCAATTGTTTACAGAATGAGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=482055.000000
s hg19.chr21     16630042 49 +  48129895 GAACTCTTTGCTTTTGTGTTTAAGACTCACCACAATCTGCTTTCTCTCT
s panTro2.chr21  15350041 49 +  46489110 GAACCCTTTGCTTTTGTGTTTAAGACTCACCACAATCTGCTTTCTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14893017 49 +  48394510 GAACCCTTTGCTTTTGTGTTTAAGGCTCACCACAATCTGCTTTCTCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767246 49 - 196418989 GAACCCTTTGCTTTTGTGTTTAAGACTTGCCATAATCTGCTTTGTCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=372276.000000
s hg19.chr21     16630091 40 +  48129895 GATTCCAAGTTTAGTTTCCACGGCTATGCAGCATCTTGTC
s panTro2.chr21  15350090 40 +  46489110 GATTCCAAGTTTAGTTTCCACGGCTATGCAGCATCTTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14893066 40 +  48394510 GATTCCAAGTTTAGTTTCCATGGCTATGCAGCATCTTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  164767295 40 - 196418989 GATTCCAGGTTTTGTTTCCATGGCTATGCAGCATCTTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=251255.000000
s hg19.chr21     16630131 44 +  48129895 TTACAGCAGCCAGTATCCCTCAGGCATACTTACGTTCCTCCTGT
s panTro2.chr21  15350130 44 +  46489110 TTACAGCAGCCAGTATCCCTCAGGCATACTTACGTTCCTCCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14893107 44 +  48394510 TTACAGCAGCCAGTATCCCTCAGGCATACTTACGTTCCTCCTGT
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  164767336 44 - 196418989 TTACAGCAGCCAGTATCCCTCAGGCATACTTGCGTTCCTCCTGT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=1894848.000000
s hg19.chr21     16630175 112 +  48129895 CACCACTTCCGTGCCATGCCTCGTTTCTCCAAACTCACCTCTAACTCTCTGAAACCTGTGACTATTACTGgggggtaaaacatttgccccaggtcacctagcaaggaatggg
s panTro2.chr21  15350174 112 +  46489110 CACCACTTCCGTGCCATGCCTCCTTTCTCCAAACTCACCTCTAACTCTCTGAAACCTGTGACTATTACTGgggggtaaaacatttgccccaggtcacctagcaaggaatggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14893151 112 +  48394510 CACCACTTCTGTGCCGTGCCTCTTTTCTCCAAACTCACCTCTAACTCTCTGAAACCTATGACTATTATTGgagggtaaaacatttgccccaggtcacctagcaaggaaaggg
i ponAbe2.chr21 C 0 I 3229
s rheMac2.chr3  164767380 112 - 196418989 CACCACTTCTGTGCCATGCCTCTTTTCTCCAAACTCACCTCTAACTATCTGAAACCTATGACTATTATTGgagggtaaaacatttgccccaggtcccctcgcaaggaatggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1350126.000000
s hg19.chr21     16630287 118 +  48129895 gaaagccacaattcacaacaaggcacttggcttctgaagcctacagtttgaaccactCCATTGAATTTATAGAACACCGAAAGCATGGTATTgacagggctggacttgaatcctggct
s panTro2.chr21  15350286 118 +  46489110 gaaagccacaattcacaacaaggcacttggcttctgaagcctacagtttgaaccactCCATTGAATTTATAAAACACCGAAAGCATGGTATTgacagggctggacttgaatcctggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896492 118 +  48394510 gaaagccacaattcacaacaaggcacttggcttctgaagcctacagtttgaaccactCCATTGagtttaaaaaacaccgaaagcatggtattgacagagctggacttgaatcctggct
i ponAbe2.chr21 I 3229 C 0
s rheMac2.chr3  164767492 114 - 196418989 gaaagccgcaattcacaaccaggcacctggcttctgaagcctacggtttgaactactCCATTGAATTCATAAGACACCAAAAGAATGGTATGgacagagctgga----aatcctggct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1143064.000000
s hg19.chr21     16630405 111 +  48129895 ctgtggttcccagccaggtgactatgagctatatatttgacttctataatccataaaatgtttttttatctgtaaagttaaaataataatagattttccttcatagatttc
s rheMac2.chr3  164767606 111 - 196418989 ctgtggttcccagctgggtgactatgagctagatatttaacttctataatccataaaattttttaaaatctgtaaagtgaaaataataatagatttcccttcatagatttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896610 111 +  48394510 ctatggttcccagctgggtgactatgagctagatatttgacttctgtaatccataaaatgtttttttatctgtaaagttaaaataataatagattttccttcatagatttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15350404 111 +  46489110 ctgtggttcccagccaggtgactatgagctatatatttgacttctataatccataaaatgtttttttatctgtaaagttaaaataataatagattttccttcatagatttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=844943.000000
s hg19.chr21     16630516 71 +  48129895 tgtaaagattaaataaggtgatccctgtaaagtacttggttcagtgcctgctctataatgaggacccaata
s panTro2.chr21  15350515 71 +  46489110 tgtaaagattaaataaggtgatccctgtaaagtacttggttcagtgcctgctctataatgaggacccaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896721 71 +  48394510 tgtaaagattaaataagatgatccctgtaaagtacttggttcagtgcctgctctataatgaggacccaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767717 71 - 196418989 tgtaaagattaaataaggtgatcgctgtaaagtacttcgttcagtgcctgctctataacgaggacccaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=505414.000000
s hg19.chr21     16630587 39 +  48129895 aatgtcagatgctattTTCACAACTTTATACTGTAAGAT
s panTro2.chr21  15350586 39 +  46489110 aatgtcagatgctattTTCACATCTTTATACTGTAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896792 39 +  48394510 aatgtcagacgctattTTCACATCTTTATACTGTAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767788 39 - 196418989 aatgtcagatgctattTTCACATCTTTATACTGTAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-602558.000000
s hg19.chr21     16630626 31 +  48129895 AAatgtgcatgtatatacatgtatatatgta
s panTro2.chr21  15350625 31 +  46489110 AAatgtgcatgtatatacatttatatatgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896831 31 +  48394510 AAATGTGcatatatatatatttatgtatgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767827 25 - 196418989 AAatgtgcatgtgtatatatttatg------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-378134.000000
s hg19.chr21     16630657 26 +  48129895 tatgtgtatgtatatttatatT---------CCCC
s panTro2.chr21  15350656 27 +  46489110 tatgtgtatgtatatttatatT--------CCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896862 25 +  48394510 tatgtgtatgtatatttatatt----------ccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767852 35 - 196418989 tatgtgtatgtatatttatatTCCCCGCCCCCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-36986.000000
s hg19.chr21     16630683 48 +  48129895 CCCCAGACTGAATTGGTTGAATTTTCAAAGTGGGGAAATAGCCTGACT
s rheMac2.chr3  164767887 48 - 196418989 CCCCAAACTGAATTGGTTGAATTTTCAGAGTGGGGAAATAGCCTGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896887 48 +  48394510 ccccaaactgaattggttgaatgttcagagtggggaaatagcctgact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15350683 48 +  46489110 CCCCAGACTGAATTGGTTGAATTTTCAAAGTGGGGAAATAGCCTGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=69283.000000
s hg19.chr21     16630731 18 +  48129895 TGTTTTGCTAAATCCTCT
s rheMac2.chr3  164767935 18 - 196418989 TGTTTGGTTAAATCCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896935 18 +  48394510 tgttttgttaaatcctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15350731 18 +  46489110 TGTTTTGCTAAATCCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42099.000000
s hg19.chr21     16630749 9 +  48129895 TAGAGCATC
s panTro2.chr21  15350749 9 +  46489110 TAGAGCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896953 9 +  48394510 tagagcatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767953 9 - 196418989 TAGAGAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405094.000000
s hg19.chr21     16630758 35 +  48129895 AAAACCATTTCTTGAAATTGATAGGTGCTAAATAT
s panTro2.chr21  15350758 35 +  46489110 AAAACCATTTCTTGAAATTGATAGGTGCTAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896962 35 +  48394510 aacaccatttcttgaaattgataggtgctaaatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767962 35 - 196418989 AAGAACATTTCTTGACATTGATAGGTGCTAAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-254560.000000
s hg19.chr21     16630793  9 +  48129895 ATA-TTTTGA
s panTro2.chr21  15350793  9 +  46489110 ATA-TTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14896997 10 +  48394510 atatttttga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164767997 10 - 196418989 ATATTTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206913.000000
s hg19.chr21     16630802 61 +  48129895 TGATTAATTGGTATTTATCTTTTATTCTTTGCTTTAAAATTGTCCAGTTGCTTATTAAGAG
s panTro2.chr21  15350802 61 +  46489110 TGATTAATTGGTACTTGTCTTTTATTTTTTGTGTAAAAATTGTCCAGTTGCTTATTAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897007 61 +  48394510 TGATTAATTGGTATTTGTCTTTTATTCTTTGCATTAAAATTGTCCAGTTGCTTATTAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768007 61 - 196418989 TAATTAATTGGTATTTGTCTTTTATTCTTTGCATTAAAATTGTCCAGTTGCTTATTAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245528.000000
s hg19.chr21     16630863 23 +  48129895 CACGACTATTAATGATTTATGCA
s panTro2.chr21  15350863 23 +  46489110 CACGACTATTAATGATTTATGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897068 23 +  48394510 CATGACTATTAATGACTTATGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768068 23 - 196418989 CACTACTATTAATGACTTATGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1062672.000000
s hg19.chr21     16630886 80 +  48129895 ATATGATAGGCGCACATTCTGTTAGAATGATCACTTCTCAATAATTTAAACATTTTAAATGATCCTTTGATACTTTGTTA
s rheMac2.chr3  164768091 80 - 196418989 ATATGATAGCCACACATTCTATCGGAATGAACACTTCTCAATAATTTAAACATTTTAAATGATCCTTTGATACTTCGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897091 80 +  48394510 ATATGATAGCCGCACATTCTGTTGGAATGAACACTTCTCAATAATTTAAACATTTTAAATGATCGTTTGATACTTCGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15350886 80 +  46489110 ATATGATAGGCGCACATTCTGTTAGAATGAACACTTCTCAATAATTTAAACATTTTAAATGATCCTTTGATACTTTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=475105.000000
s hg19.chr21     16630966 42 +  48129895 ACATTCAGTAAATATTTGTAGATATTTCTTTCTTTGACAAAT
s panTro2.chr21  15350966 42 +  46489110 ACATTCAGTAAATATTTGTAGATATTTCTTTCTTTGACAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897171 42 +  48394510 ACATTCAGTAAATATTTGTAGATATTTCTTTTTTTGACAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768171 42 - 196418989 ATATTCAGCAAATATTTGTAGATATTTCTTTCTTTGACAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=454417.000000
s hg19.chr21     16631008 25 +  48129895 AGGATAG-CTAACAGTATTTATGTTT
s panTro2.chr21  15351008 25 +  46489110 AGGATAG-CTAACAGTATTTATGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897213 26 +  48394510 AGGATAGCCTAACAGTATTTATGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768213 26 - 196418989 AGGATAGCCTATCAGTATTTATCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=304150.000000
s hg19.chr21     16631033 30 +  48129895 TCAATCTTCAGTCTCTTTTTTT-ATGCCATA
s panTro2.chr21  15351033 30 +  46489110 TCAATCTTCAGTCTCTTTTTTT-ATGCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897239 31 +  48394510 TCAATCTTCAGTCTCTTTTTTTAATGCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768239 30 - 196418989 TCAATCTTCAGTCTCTTTTTTT-ATGCCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=263250.000000
s hg19.chr21     16631063 17 +  48129895 GGAAATGTTTTGCTAGT
s panTro2.chr21  15351063 17 +  46489110 GGAAATGTTTTGCTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897270 17 +  48394510 GGAAATGTTTTGCTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768269 17 - 196418989 GGAAATGTTTTGTTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5025030.000000
s hg19.chr21     16631080 177 +  48129895 GTTTTATCATAGCTGGGTTAGTATGGGGAATGAATTTAGTATTCACATGGATAGATAACACATGTGCTTTTCTAGGTGTTTCACTATCATTTAGCTTTAGCTAATAAGCACTTAAAGTCTTGTTGATTTTTCCCCAAAGACCCTTAGTCATCTATAACATTCTTGAATAATTGAGCT
s panTro2.chr21  15351080 177 +  46489110 GTTTTATCATAGCTGGGTTAGTATGGGGAATTAATTTAGTATTCACATGGATAGATAACACATGTGCTTTTCTAGGTGTTTCACTATCATTTAGCTTTAGCTAATAAGCACTTAAAGTCTTGTTGATTTTTCCCCAAAGACCCTTAGTCATCTATAACAATCTTGAATAATTGAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897287 177 +  48394510 ATTTTATCATAGCTGGGTTAGTATGGGGAATTAATTTAGTATTCACATGGGTAGATAACACGTGTGCTTTTCTAGGTGTTTCACTATCATTTAGCTTTAGCTAATGAGCACTTAAAGTCTTGTTGATTTTTCCCCAAAGACCCTTAGTCATCTATAACATTCTTGAATAATTGAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768286 177 - 196418989 ATTTTATCATAGCTGGGTTAGTATGGGGAATTAATTTAGTATTCACATAGATAGATAACACGTGTGCTTTTCTAGGTGTTTCACTATCATTTAGCTTTAGGTAATGAGCACTTACAGTCTTGCTGATTTTTCCCCAAAGACCCTTAGTTGTCTGTAACATTCTTGAATAATTGAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=929139.000000
s hg19.chr21     16631257 31 +  48129895 TTAAGTGGATGTTAATAGGGTTGATTATTTC
s panTro2.chr21  15351257 31 +  46489110 TTAAGTGGACGTTAACAGGGTTGATTATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897464 31 +  48394510 TTAAGTGGATGTTAACAGGGTTGATTATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768463 31 - 196418989 TTAAGTGGACGTTAACAGGGTTGATTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=921602.000000
s hg19.chr21     16631288 39 +  48129895 AGAAATATACAGAAATGTCTTTACAAGATTAAATTTGAA
s panTro2.chr21  15351288 39 +  46489110 AGAAATATACAGAAATGTCTTTACAAGACTAAATTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897495 39 +  48394510 AGAAATATACAGAAATGTCTTTACAAGATTAAATTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768495 39 - 196418989 AAAAATATACAGAAACGTCTTTACAAGACTAAATTTGAA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=587854.000000
s hg19.chr21     16631327 39 +  48129895 ATTTGTATTACCCCTAAGATACCAAGTTTTGAAATTCCC
s panTro2.chr21  15351327 39 +  46489110 ATTTTTATTACCCCTAAGATACCAAGTTTTGAAATTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897534 39 +  48394510 ATTTGCATTACCCCTAAGATACCAAGTTTTGAAATTCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768534 39 - 196418989 ATTTGCATAACCCCTAAGATACCAAGTTTTGAAATTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=768953.000000
s hg19.chr21     16631366 55 +  48129895 TTCTCAAAAACTGAAAGTTAAATAATACATGAAATAGAATGACTTGGGTTTTTGT
s panTro2.chr21  15351366 55 +  46489110 TTCTCAAAAACTGAAAGTTAAATAATACATGAAGTAGAATGACTTGGGTTTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897573 54 +  48394510 TTCTCAAAAACTGAAAGTTAAATAATACATGAAATAGAATGACTTGGG-TTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768573 55 - 196418989 TTCTCAAAAACTGAAGGTTAAATAATACATGAAATAGAATGACTTGGGGTTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1212297.000000
s hg19.chr21     16631421 107 +  48129895 TATTAGAATTTATATAGATAAGTTCTATTTTGTAAAAA---TATTCACCCTCATTGTAGAGCCCCTCTTAAAACAACAACAAAGGCAACAGCACCTGGATCCTAAAAATC
s rheMac2.chr3  164768628 110 - 196418989 TATTAGAAGTTATATAGAGAAGTTCTATTTTATAAAAATATTATTCACCCTCATTGTAGATCCCACCTTAAAACAACAACAAAGGCAATAGCACCTGGATCCTAAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897627 109 +  48394510 TATTAGAAGTTATATAGATAAGTTCTATTTTATAAAAATAGTATTCACCCTCATTGTAGAGCCCACCTTAAAAC-ACAACAAAGGCAACAGCACCTGGATCCTAAAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15351421 107 +  46489110 TATTAGAATTTATATAGATAAGTTCTATTTTATAAAAA---TATTCACCCTCATTGTAGAGCCCCCCTTAAAACAACAACAAAGGCAACAGCACCTGGATCCTAAAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1247420.000000
s hg19.chr21     16631528 72 +  48129895 GCTGCCAGTATAAATAAAATGCATCCGTAAGACTTTTCAAGAAGGCTTATTTTTAGGATATTCTCATTTCAA
s rheMac2.chr3  164768738 72 - 196418989 GCTGCCAGAATAAATAAAATGCATCCCTAAGACTTTTCAAGAAGGCTTATTTTTAGGATATTCTCATTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897736 72 +  48394510 GCTGCCAGAATAAATAAAATGCATCCGTAAGACTTTTCAAGAAGGCTTATTTTTAGGATATTCTCATTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15351528 72 +  46489110 GCTGCCAGTATAAATAAAATGCATCCATAAGACTTTTCAAGAAGGCTTATTTTTAGGATATTCTCATTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=959927.000000
s hg19.chr21     16631600 63 +  48129895 AGTCAACTGTTACTCTATGCTCTAAAGCTGTTTCCCTTATTTTAGATTAGCATATACCTGTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897808 63 +  48394510 AGTCAACTGTTACTCTATGCTCTAAAGCTGTTTCCCTTATTTTAGATCAGCATATACCTGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768810 63 - 196418989 AGTCAACTGTTACTCTATGTCCTAAAGCTGTTTCCCTTATTTTATATCAGCATATACCTGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=798178.000000
s hg19.chr21     16631663 67 +  48129895 ACATCAATTAGTCATCTAAGAATTGGCTGACAATCATTTGGAAAATATCATCGTTCACACATTCAAC
s panTro2.chr21  15351663 67 +  46489110 ACATCAATTAGTCATCTAAGAATTGGCTGACAATCATTTGGAAAATATCATCGTTCACACATTCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897871 67 +  48394510 ACATCAATTAGTCATCTAAGAATTGGCTGACAATCATTTGGAAAATATCATCGTTCACACATTCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768873 67 - 196418989 ACATCAATTAGTCATCTAAGAATTGGCTGACAATCATTTGGAAAATATCATCTTTCACACATTCCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=320678.000000
s hg19.chr21     16631730 93 +  48129895 ACTTACAGAACCTAAGTCCATATTTTTGGCAGTGGCAACTGGATTTGGATAGAGAGGGATTGGAGTCTTTCCCCACCATTATCC--TCGCTGCTT
s panTro2.chr21  15351730 93 +  46489110 ACTTACAGAACCTAAGTCCATATTTTTGGCAGTGGCAACTGGATTTGGATAGAGAGGGATTGGAGTCTTTCCCCACCATTATCC--TCGCTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14897938 93 +  48394510 ACTTTTAGAACCTAAGTCAATATTTCTGGCATTGGCAACTGGACTTGGATAGAGAGGGATTGGAGTCTTTCCCCACCATTGTCC--TCTCTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164768940 95 - 196418989 ACTTTTAGAACCTAAGTTAATATTTCTGGCAGTGGCAACTGGATGTGGATAGGGAGGGACTGGAGTCTTTCCCCACCATTATCCTTTCTCTGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=490159.000000
s hg19.chr21     16631823 86 +  48129895 TGGAGGTAGTTTCAATAGAACGTGAGTGAATAGTGGGGGCAAAAGAAGGCAGGATAACATTTACAAC-TATTTTCTACTCATTCATA
s panTro2.chr21  15351823 86 +  46489110 TGGAGGTGGTTTCAATAGAACGTGAGTGAATAGTGGGGGCAAAAGAAGGCAGGATAACATTTACAAC-TATTTTCTACTCATTCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898031 87 +  48394510 TGGAGGTGGTTTCAATAGAACGTGAGTGAATAGTGGGGGCAAGAGAAGGCAGGATAACATTTACAACTTATTTTCTACTCATTCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769035 86 - 196418989 TGGAGGTGGTTTCAATAGAACGTGAGTGAATAGCGGGGGCAAGAGAAAGCAGGATAACATTTACGAC-TATTTTCTACTCATTCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-6481.000000
s hg19.chr21     16631909 40 +  48129895 AGAAATATCCTTTTCTTTTCTTTGTTTTAGAAGAAATGGC
s panTro2.chr21  15351909 40 +  46489110 AGAAATATCCTTTTCTTTTCTTTGTTTTAGAAGAAATGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898118 40 +  48394510 ACAAATATCCTTTTCTTTTCTTTGTTTTAGAAGAAATGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769121 40 - 196418989 AGAAATATCCTTTTCTTTTCTTTGTTTTAGAAGAAATGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=576992.000000
s hg19.chr21     16631949 37 +  48129895 CCACCATGCTCCAAGAGCAAAATATCAATAACCTCAT
s panTro2.chr21  15351949 37 +  46489110 CCACCATGCTCCAAGAGCAAAATATCAATAACCTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898158 37 +  48394510 CCACCATGCTCCAAGAGCAAAATATCAATAACCTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769161 37 - 196418989 CCACCATACTCCAAGAGCAAAATATCAATAGCCTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=592382.000000
s hg19.chr21     16631986 63 +  48129895 ATTTGTCATCTCTtatatcatcttttctaatacccacagcaaccctgtgaatttagtaagtta
s rheMac2.chr3  164769198 63 - 196418989 ATTTGTCATCTCTtatatcatcttttctaatacctacagcaaccctgtgaatttagtaagtta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898195 63 +  48394510 ATTTGTCATCTCTTGTatcatcttttctaatacccacagcaaccctgtgaatttagtaagtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15351986 63 +  46489110 ATTTGTCATCTCTtatatcatcttttctaatacccacagcaaccctgtgaatttagtaagtta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3230774.000000
s hg19.chr21     16632049 210 +  48129895 ttattatcctcattttacagataaggaaactacaattaaaataagttaattaacttatgaagatgacacatgattaaatgaaagaactgagacttctttaatagaggtctttgcctttaagagcgatgcatttactactctgcatattgcctGAGCTATTCCACAGAAAGTGGAAAATAAAATCATTGGCAAGTTAATGGATACATCTTT
s rheMac2.chr3  164769261 210 - 196418989 ttattatcctcattttacagataaggaaactacaattaaaataagttaattaatttatgaagatgacacatgattaaatgaaataactgagacttctttcatagaggtctctgcctttaagggcaacgcatttactactctgcatattgccTGAGCTATTCCACAGAAAGTGGAAAATAAAATCATTGGCAAGTTAATGGATACATCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898258 210 +  48394510 ttattatcctcattttacagataaggaaactacaattaaaataagttaattaacttatgaagatgacacatgattaaatgaaagaactgagacttctttaatagaggtctttgcctttaagagcaatgcatttactactctgcatattgcctGAGCTATTCCACAGAAAGTGGAAAATAAAATCATTGGCAAGTTAATGGATACATCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15352049 210 +  46489110 ttattatcctcattttacagataaggaaactacaattaaaataagttaattaacttatgaagatgacacatgattaaatgaaagaactgagacttctttaatagaggtctttgcctttaagagcgatgcatttactactctgcatattgccTGAGCTATTCCACAGAAAGTGGAAAATAAAATCATTGGCAAGTTAATGGATACATCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=664092.000000
s hg19.chr21     16632259 28 +  48129895 AATGGTATTCATAATTGTAATTGTGCTA
s rheMac2.chr3  164769471 28 - 196418989 AATGGTATTAATAATTGCAATTGTGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898468 28 +  48394510 AATGGTATTAATAATTGTAATTGTGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15352259 28 +  46489110 AATGGTATTAATAATTGTAATTGTGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=958886.000000
s hg19.chr21     16632287 43 +  48129895 CATGATAATAATGGCATAGCAGACAAGCAGTGCACATAAATGG
s rheMac2.chr3  164769499 43 - 196418989 CATGATAATAATGGCATAGCAGACAAGCAGTGCACATAAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898496 43 +  48394510 CATGATAATAATGGCATAGCAGACAAGCAGTGCACATAAATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15352287 43 +  46489110 CATGATAATAATGGCATAGCAGACAAGCAGTGCACATAAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1137724.000000
s hg19.chr21     16632330 53 +  48129895 CTGAAATTAGCATGACTTTGAAGCATAGCCATACTTAGTATTTCTGACATCTG
s panTro2.chr21  15352330 53 +  46489110 CTGAAATTAGCATGACTTTGAAGCATAGCCATACTTAGTATTTCTGACATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898539 53 +  48394510 CTGAAATTAGCATGACTTTGAAGCATAGCCATACTTAGTATTTCTGACATCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769542 53 - 196418989 CTGAAATTAGCATGACTTTGAAGCATAGCCATACTTAGTATTTCTGACATCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238239.000000
s hg19.chr21     16632383 42 +  48129895 GGATGAAGAGGAAAAGAGGACAGGGCAGAGTAGGAAGCTGCT
s panTro2.chr21  15352383 42 +  46489110 GGATGAAGAGGAAAAGAGGACAGGGCAGAGTAGGAAGCTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898592 42 +  48394510 GGATGAAGAGGAAAAGAGGACAGGGCAGAGTAGGAAGCTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769595 42 - 196418989 GGATGAAGAGGAAAAGAGGACAGGGCAGAGTAGGAAGCTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1133927.000000
s hg19.chr21     16632425 83 +  48129895 AAGAATTCTTTCTAGATCTGTCACTCACAGTCTGCTTTTGGGTAACTGAAAACTTCATTTTATTTCCCCCCCTTCCTATCAAA
s panTro2.chr21  15352425 83 +  46489110 AAGAATTCTTTCTAGATCTGTCACTCACAGTCTGCTTTTGGGTATCTGAAAGCTTCATTTTATTTCCCCCCCTTCCTATCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898634 83 +  48394510 AAGAATTCTTTCTAGATCTGTCACTCACAGTCTGCTTCTGGGTAACTGAAAGCTTCATTTTATTTCCCCCCCTTCCTATCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769637 82 - 196418989 AAGAATTCTTTCTAGATCTGTCACTCACAGTCTGCTTTTGGGTAACTGAAAGCTTCATTTTA-TTCCCCCCCTTCTTATCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=217230.000000
s hg19.chr21     16632508 28 +  48129895 CTAGTTGAGAATTAGGTCTATGTACTAC
s rheMac2.chr3  164769720 28 - 196418989 CTAGTTGAGAATTAGGTCTATGTACTAC
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  14898717 28 +  48394510 CTAGTTGAGAATTAGGTCTATGTACTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15352508 28 +  46489110 CTAGTTGAGAATTAGGTCTATGTACTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=259190.000000
s hg19.chr21     16632536 26 +  48129895 AGTATAAGATGGGCTGTGGGCTCAGG
s rheMac2.chr3  164769748 26 - 196418989 AGTATAAGATGGGCTGTGGGCTCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898745 26 +  48394510 AGTATAAGATGGGCTGTGGGCTCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15352536 26 +  46489110 AGTATAAGATGGGCTGTGGGCTCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=642700.000000
s hg19.chr21     16632562 97 +  48129895 TCAAATCTACTGTTCTCTTAGAACAGGTTAGTTTCATCAGAGAGCAGTTGCCTCCACCCAACACACAGATATTAGCTAGGGATGTTTCCTTTTTGTA
s rheMac2.chr3  164769774 97 - 196418989 TCAAATCTACTGTTCTCTTAGAACAGGTTAGTCTCATCAGAGAGCAGTTGCCTCCACCCAACACACAGATATTAGCTAGGGATCTTTCCTTTTTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898771 97 +  48394510 TCAAATATACTATTCTCTTAGAACAGGTTAGTTGCATCAGAGAGCAGTTGCCTCCACCCAACACAAAGATATTAGCTAGGGATCTTTCCTTTTTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15352562 97 +  46489110 TCAAATCTACTGTTCTCTTAGAACAGGTTAGTTTCATCAGAGAGCAGTTGCCTCCACCCAACACACAGATATTAGCTAGGGATGTTTCCTTTTTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=340101.000000
s hg19.chr21     16632659 28 +  48129895 CTTTAGTGGTGTTTTTCTCTTAATCCTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=471038.000000
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s panTro2.chr21  15352687 59 +  46489110 AAAGAGAGAGGTGATATGCAGTTTGTAGAGAACAAAGCAACCACAGCAGTTACTAGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898896 59 +  48394510 AAAGAGAGAGGTGATAGGCAGTTTGTAGAGAACAAAGCAACAACAGCAGTTACTAGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769899 59 - 196418989 AAAGAGAGAGGTAATACGCAGTTTGTAGAGAACAAAGCAACCACGGCGGTTACTAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=256276.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898955 27 +  48394510 TGATCTAGAAGCAGTTTGCTTTGACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769958 27 - 196418989 CGATCTAGAAGCAGTTTGCTTTGACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90575.000000
s hg19.chr21     16632773 37 +  48129895 CACTCATCTCAATATCTGTGCTTCCACCTCCCCACCC
s panTro2.chr21  15352773 37 +  46489110 CACTCATCTCAATATCTGTGCTTCCACCTCCCCACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14898982 37 +  48394510 CTTTCATCTCGATATCTGTGCTTCCACCTCCGCACCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164769985 37 - 196418989 CTTTCATCTCAGTATCTGTGCTTCCACCTTCCCACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=484832.000000
s hg19.chr21     16632810 59 +  48129895 AAGTTCTTCTTGGTTATCCTTTTCTAGACCTCTTAGTGAGAACTAGAGTCCTCTTCTTG
s panTro2.chr21  15352810 59 +  46489110 AAGTTCTTCTTGGTTATCCTTTTCTAGACCTCTTAGTGAGAACTAGAGTCCTCTTCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899019 59 +  48394510 AAGTTCTTCTTGGTTATCCTTTTCTAGACCTCTTAGTGAGAACTAGAGTCCTCTTCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770022 59 - 196418989 AAGTTCTTCTTGGTTATCCTTTTCTATACCTCTTAGTGAGAACTAGAGTCCTCTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=343328.000000
s hg19.chr21     16632869 24 +  48129895 TTCTAAGCCCTAACCTGAAGCATT
s panTro2.chr21  15352869 24 +  46489110 TTCTAAGCCCTAACCTGAAGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899078 24 +  48394510 TTCTAAGCCCTAACCTGAAGCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770081 24 - 196418989 TTCTAAGTCCTAACCTGAGGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1136018.000000
s hg19.chr21     16632893 55 +  48129895 CCCAAATTCTTCTAATTCTCAAATTATTTTAACCTCAAAGAAAACTTTTAATCCT
s panTro2.chr21  15352893 55 +  46489110 CCCAAATTCTTCTAATTCTCAAATTATTTTAACCTCAAAGAAAACTTTTAATCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899102 55 +  48394510 CCCAAATTCTTGTAATTCTCAAATTATTTTAACCTCAAAGAAAATTTTTAATCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770105 55 - 196418989 CCCAAATTCTTCTGATTCTCAAATTATTTTAACCTCAAAGAAAACTTTCAATCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1037592.000000
s hg19.chr21     16632948 53 +  48129895 TTAATATAGACcaagattcagcaaactcttttggtaaagagccagatagtaaa
s panTro2.chr21  15352948 53 +  46489110 TTAATATAGACcaagattcagcaaactcttttggtaaagagccagatagtaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899157 53 +  48394510 TTAATATAGACcaagattcagcaaattcttttggtaaagagccagatagtaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770160 52 - 196418989 TGAATATAGACCGTGATTCAG-aaactcttttggtaaagagtcagatagtaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=799526.000000
s hg19.chr21     16633001 43 +  48129895 tatttttgctctgagggccagatggtctcattccccactactg
s panTro2.chr21  15353001 43 +  46489110 tatttttgctctcagggccagatggtctcattcccaactactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899210 42 +  48394510 ta-ttttgctctgagggccagatggtgtcattcccaactactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770212 43 - 196418989 tatttttgctctgagggccagatggtctccttcacaactactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=733966.000000
s hg19.chr21     16633044 51 +  48129895 atctatgccatttgtactgtgaaagcagccacagcgatatataaacaaatg
s panTro2.chr21  15353044 51 +  46489110 atctatgccatttgtactgtgaaagcagccacaacgatatataaacaaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899252 51 +  48394510 atctatgccatttgtactgtgaaagcagccacaacaatatataaacaaatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1391996.000000
s hg19.chr21     16633095 123 +  48129895 agcatagcagtgtttcaataaaactttatttacaaaaatagatagagttcaggctggatttggcccaaaactcatagtttgatgacccccgATGTAGACCATCTCTCTCATTATATACTATGC
s panTro2.chr21  15353095 123 +  46489110 tgcatagcagtgtttcaataaaactgtatttacaaaaatagatagagttcaggctggatttggcccaaaactcatagtttgatgatccccgATGTAGACCATCTCTCTCATTATATACTATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899303 123 +  48394510 agcatagcagtgtttcaataaaactttatttacaaaaatagatagatttcaggctggatttggcccaaaactcatagtttgatgacccctgATGTAGACCATCTCACTCGTTATATACTATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770306 119 - 196418989 agcagagcagtgtgtcaataaaactttatttacaaaaatagat----ttcaggctggatttggcccaaaactcatagtttgatgacccctgATGTAGACCATCTCTCTCATTATATACTGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=95719.000000
s hg19.chr21     16633218 27 +  48129895 TCTGGCATTAAATTCG-AAAAAGGAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=254325.000000
s hg19.chr21     16633245 65 +  48129895 AGGTAAAACTGGCATTGGTCCTGATTCGGTCAGTCAGTAGTGAAATATCAAAGCACTTACAATTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=116392.000000
s hg19.chr21     16633310 38 +  48129895 GCTAAGGTTTGTACTCCCTGCTGCAGATTTAGGGATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=351818.000000
s hg19.chr21     16633348 100 +  48129895 ACTTAGACTGGGATTTTTGATTCCTGCTACTTCCCCTTCTTCTCTCCAGCAGAAAAAGAGCAGGACTATATAGGCACAGGATAATCCAAATTAGTGTTTC
s panTro2.chr21  15353348 100 +  46489110 ACTTAGACTGGGATTTTTGATTCCTGCTGCTTCCCCTTCTTCTCTCCAGCAGAAAAAGAGCAGGACTATATAGGCACAGGATAATCCAAATTAGTGTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899556 100 +  48394510 ACTTAGACGGGGATTTTGGATTCCTGCTGCTTCCACTTCTTCTCTCCAGCAGAAAAAGAGCAGGACTATATAGGCACAGGATAATCCAAATTAGTGTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770556 100 - 196418989 ACTCAGGCTGGGACTTTGGACTCCCGCTTCTTCCCCTTCTTCTCTCCCCCAGAAAAAGGGCAGGACTATATAGGCACAGGATAATCCAAATTAGTGTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1135332.000000
s hg19.chr21     16633448 76 +  48129895 ACTTATTTTGCAACTGAATCCATACTCTACCAAGAAAGCCCTTAGTAAACTTTCAACCTGGGCAAAGTTTACCTAT
s panTro2.chr21  15353448 76 +  46489110 ACTTATTTTGCAACTGAATCCATACTCTACCAAGAAAGCCCTTAGTAAACTTCCAACCTGGGCAAAGTTTACCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899656 76 +  48394510 ACTTATTTTGCAACCGAATCCGTACTCTACCAAGAAAGCCCTTAGTAAACTTTCAACCTGGGCAAAGTTTACCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770656 76 - 196418989 ACTTCTTTTGCTACTGAATCAATACTCTGCCAAGAAAGCCTTTAGTAAACTTTCAACCTGGGCAAAGTTTACCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=406244.000000
s hg19.chr21     16633524 144 +  48129895 CTACCTTCTCTTCTGAATCTTGTCTTGTGCCTT-ATCTCTCATTCTCATGAAAATTGGTGCGCTCATTCTATTTGCTGGGGGTCTTCCTTCATCTCCTCCATATTCCACACTCTTCCTCTTCCACTCCTTATCCTCTTCACAGAA
s panTro2.chr21  15353524 144 +  46489110 CTACCTTCTCTTCTGAATCTTGTCTTGTGCCTT-ATCTCTCATTCTCATGAAAATTGGTGTGCTCATTCTATTTGCTGGGGGTCTTCCTTCATCTCCTCCATATTCCACACTCTTCCTCTTCCACTCCTTATCCTCTTCACAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899732 142 +  48394510 CTACCTTCTCTTCTGAATCTTGTCTTGTGCCTTAATCTCTCATTCTCATGAAAATTGGTGTGCTCATTCTATTTGCTGGGGGTCTTCCTTCAT---CTCTATATTCCACACTCTTCCTCTTCCACTCCTTATCCTCTTCACAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770732 144 - 196418989 CTACCTTCTCTTCTGAATCTTGTCTTGTGCCTT-GTCTCTCATCCTCACGAAAATTGGTACGGTCATTCTATTTGCTGGGCGTTTTCCTTCATCTCCTCCATATTCCATACGCTCCCTCTTCCACTCCTTATGCTCTTCACAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=130439.000000
s hg19.chr21     16633668 91 +  48129895 TATCTTCTCACTCTATTCAACACCAACACAATACCCTCAGAGGCTTGAAATTTACAAATTACACTTCTTCTTTATTTTAttttattactat
s panTro2.chr21  15353668 91 +  46489110 TATCTTCTCACTCTATTCAACACCAACACAATACCCTCAAGGGCTTGAAATTTACAAATTACACTTCTTCTTTATTTTAttttattattat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899874 53 +  48394510 TATCTTCTCACTCCATTCGACACCAACACAATACCGTCAGAGGCTTGAAATTT--------------------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770876 53 - 196418989 TATCTTCTCACCCTATTCAACACCAACACAATACCCTTAGAGGCTTGAACTTT--------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184550.000000
s hg19.chr21     16633759 2011 +  48129895  
s panTro2.chr21  15353759 2011 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164770929    0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  14899927    0 +  48394510 C

a score=983409.000000
s hg19.chr21     16635770 73 +  48129895 cACAAATTACACTTCTTAACATGATGGTATGAAGGATGCAGATTTTCTTGTGTAGAAGACAAGCTTGTGAACC
s panTro2.chr21  15355770 73 +  46489110 cACAAATTACACTTCTTAACATGATGGTATGAAGGATGCAGATTTTCTTGTGTAGAAGACAAGCTTGTGAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164770929 72 - 196418989 -ACAAATTACACATATTAACACGACTGTATGAAGGATGCAGATTTTCTTGTGTAGAAGACAAGCTTGTGAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899927 72 +  48394510 -ACAAATTACACTTATTAACATGATGGTATGAAGGATGCAGATTTTCTTGTGTAGAAGACAAGCTTGTGAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1703037.000000
s hg19.chr21     16635843 132 +  48129895 CAAATGATACTGCAGCT------------------GTGTATAGTCAAGTGTGCATCTCCATGCTTTGTGTAAGCCATCAGGGATCAAGCCC-TTTTCCAGGCTCAACAGAAATTAAGCTGAATCCTGAATAAAGAGGGCCTCCCGTAGTTT
s rheMac2.chr3  164771001 151 - 196418989 CAAATGATACTGCAGCCGACAGTAAGGTATGTGTAGTATATAGTCAAGTGTGCATCTCCATGCTTTGTGTAAGCCATCAAGGATCAAGCCCTTTTTCCAGGCTCAACAAAAATTAAGCTGAATCCTGAATAAAGACGGCCTCCAGTAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14899999 132 +  48394510 CAAATGATACTGCAGCT------------------GTGTATATTCAAGTGTGCATCTCCATGCTTTGTGTAAGCCATCAGGGATCAAGCCC-TTTTCCAGGCTCAATAGAAATTAAGCTGAATCCTGAATAAAGAAGGCCTCCCATAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15355843 132 +  46489110 CAAATGATACTGCAGCT------------------GTGTATAGTCAAGTGTGCATCTCCATGCTTTGTGTAAGCCATCAGGGATCAAGCCC-TTTTCCAGGCTCAACAGAAATTAAGCTGAATCCTGAATAAAGAGGGCCTCCCATAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=649309.000000
s hg19.chr21     16635975 45 +  48129895 TCTCAGTTTGCTGTAAGAAGAATGAAAAGAAAGCAGAGGTGTTTA
s rheMac2.chr3  164771152 45 - 196418989 TCTCAGTTTGCTGTGAGAAGAACAAAAGGAAAGCAGAGGTGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900131 45 +  48394510 TCTCAGTTTGCTGTAAGAAGAATGAAAAGAAAGCAGAGGTGTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15355975 45 +  46489110 TCTCAGTTTGCTGTAAGAAGAATGAAAAGAAAGCAGAGGTGTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1929038.000000
s hg19.chr21     16636020 102 +  48129895 TTATGGGAGGTACTGGCAGCTCAAGGCGTACCTTGCTGTACCAGTTAAAACAGAACGTGTGTGACAGATGAATTTAGGCCAGTGCACACCATTCTGAGAAGT
s rheMac2.chr3  164771197 102 - 196418989 TTATGGGAGGTACTGGCAACTCAAGGTCTACCTTGCTGTGCTGGTTAAAACAGAAGGTGTGTGACAGGTGAATTTAGGTCAGTGCACACCACTCTGAGAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900176 102 +  48394510 TTATGGGAGGTACTGGCAGCTCAAGGTCTACCTTGCTGTACCAGTTAAAACAGAACGTGTGTGATAGATGAATTTAGGCCAGTGCACACCATTCTGAGAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15356020 102 +  46489110 TTATGGGAGGTACTGGCAGCTCAAGGCGTACCTTGCTGTACCAGTTAAAACAGAATGTGTGTGACAGATGAATTTAGGCCAGAGCACACCATTCTGAGAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=442484.000000
s hg19.chr21     16636122 33 +  48129895 ATGCCCCAATATTGGAAAGTAGAATTAAATATT
s rheMac2.chr3  164771299 33 - 196418989 ATGCACCAACACTGGAAAGTAGAATTAAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900278 33 +  48394510 ATGCACCAATATTGGAAAGTAGAATTAAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15356122 33 +  46489110 ATGCCCCAATATTGGAAAGTAGAATTAAATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=729399.000000
s hg19.chr21     16636155 52 +  48129895 TAAATATGTCAAAATGAAAATTTGCATTATCTCCACCCCCTTCTCATTGCTT
s panTro2.chr21  15356155 52 +  46489110 TAAATATGTCAAAATGAAAATTTGCATTATCTCCACCCCCTTCTCATTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900311 52 +  48394510 TAAATATGTCAGAATGAAAATTTGCATTATCTCCACCCGCTTCTCATTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164771332 52 - 196418989 TAAATATGTCAAAATGAAAATTTGCATTATCTCCACCCCCTTCTCATTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1201228.000000
s hg19.chr21     16636207 90 +  48129895 CTCTCCTGATTTTCCAAGGATGGTTTTTGTTAGAATATCTAGGTAGTGAACTTTGACTCAATTGTAAATCCAAATGCCTACAAGACTAGA
s panTro2.chr21  15356207 90 +  46489110 CTCTCCTGATTTTCCAAGGATGGTTTTTGTTAGAATATCTAGGTAGTGAACTTTAACTCAATTGTAAATCCAAATGCCTACAAGACTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900363 90 +  48394510 CTCTCCTGATTTTCCAAGGATGGGTTTTGCTAGAATATCTAGGAAGTGAACTTTGACTCAATTGTAAATCCAAATGCCTACAAGACTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164771384 90 - 196418989 CTCTCCTGATTTTCCAAGGATGGTTTTTGCTGGAATATCTAGGTAGTGAACTTTGACTCAATTATAAATCCAAATGCCTACAAGACTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=264503.000000
s hg19.chr21     16636297 21 +  48129895 GTCTAGGTAGTAGGCAATTGA
s panTro2.chr21  15356297 21 +  46489110 GTCTACGTAGTAGGCAATTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900453 21 +  48394510 GTCTAGGTAGTAGGCAATTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164771474 21 - 196418989 GTCTAGGCAGTGGGCAATTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=269619.000000
s hg19.chr21     16636318 25 +  48129895 TGACTGGGTATTTTAAATGAGAAAT
s panTro2.chr21  15356318 25 +  46489110 TGACTGGGTATTTTAAATGAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900474 25 +  48394510 TGACTGGGTATTTTAAATGAGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164771495 25 - 196418989 TGACTGGGTATTTTAAATGAGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6986893.000000
s hg19.chr21     16636343 328 +  48129895 AAAAACTTGCGTGAGTATTTGTGAATAGAGAAGTATACCAAGCAGTTTTTGTTGGCAGAAAATGGGGATAAGATTCTATACTAATCTGAAGAGAGAATTCAATGGTTATGTTGTAAAAGGACAGAGGATAATGATGTATATAAAACAAGGAAGGAAGTCTATAAAATTCAATCAACTTCTATAAGCTAGTTTGGTACAAAAAAA----AAAAAAACT---GGGGAAGCTTGAACCAGCTCTGCATTCAGCAAACATAATGGATCTTGGCTGTCAGCCTACTCTGGTGCATTTATTTTCTCTAGGGAGTTGTTTTTATAGTGCAAGAAACTGGTCT
s rheMac2.chr3  164771520 329 - 196418989 AAAAACTTGAGTGAATAATTGTGAATAGAAAAGTATAATCAGCAGTTTTT-TTGGTAGAAAATTGGGATAGGATTCTACACTAATCTGAAGAGAGAATTCAATGGTTATGGTGTAAAAGCACAGAGGATAATGATG-ACATAAAACAAGGAAGGAAGTCTATAAAATTCAATCAACTTCTATAAGCTAGTTTGGTACAAAAAAA----AAAAAAAGTAAGGGGGAAGCTTGAACCAGCTCTGCATTCAGCAAACATAATGGATCTTGGCTGTCAGCCTACGCTGGTGCATTTATTTTCTCTCGGGAGTTGTTTTTATAGTCCAAGAAACTGGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900499 332 +  48394510 AAAAACTTGAGTGAATATTTGTGAATAGAGAAGTATAACAAGCAGTTTTTGTTGGCAGAAAATAGGGATAAGATTCTATACTAATCTGAAGAGAGAATTCAATGGTTATGGTGTAAAAGGACAGAGGATAATGATGTATATAAAACAAGGAAGGAAGTCTATAAAATTCAATCAACTTCTATAAGCTAGTTTAGTACAAAAAAAAACCAAACAAACT---GGGGAAGCTTGAACCAGCTCTGCATTCAGCAAACATAATGGATCTTGGCTGTCAGCCTACTCTGGTGCATTTATTTTCTCCAGGGAGTTGTTTTTATAGTGCAAGAAACTGGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15356343 328 +  46489110 AAAAACTTGCGTGAGTATTTGTGAATAGAGAAGTATACCAAGCAGTTTTTGTTGGCAGAAAATGGGGATAAGATTCTATACTAATCTGAAGAGAGAATTCAATGGTTATCTTGTAAAAGGACAGAGGATAATGATGTATATAAAACAAGGAAGGAAGTCTATAAAATTCAATCAACTTCTATAAGCTAGTTTGGTACAAAAAAA----AAAAAAATT---GGGGAAGCTTGAACCAGCTCTGCATTCAGCAAACATGATGGATCTTGGCTGTCAGCCTACTCTGGTGCATTTATTTTCTCTAGGGAGTTGTTTTTATAGTGCAAGAAACTGGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=869275.000000
s hg19.chr21     16636671 23 +  48129895 AAAAGGAGTTGGGGTTACTTGAG
s panTro2.chr21  15356671 23 +  46489110 AAAAGGAGTTGGGGTTACTTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900831 23 +  48394510 AAAAGGAGTTGGGGTTACTTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164771849 23 - 196418989 AAAAGGAGTTGGGGTTACTTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1000192.000000
s hg19.chr21     16636694 33 +  48129895 AATTGATGATTTACTATTTAGTCCTGGAAAAGC
s panTro2.chr21  15356694 33 +  46489110 AATTGATGATTTACTATTTAGTCCTGGAAAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900854 23 +  48394510 AAGTGATGATTTACTATTTAGTC----------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 22
s rheMac2.chr3  164771872 33 - 196418989 AAGTGATGATTTACTATTTAGTCCTGGAAAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=990147.000000
s hg19.chr21     16636727 42 +  48129895 TGTAATGGCTTGGAAGTCTAATCTGCACCTGGTTTCACATCA
s panTro2.chr21  15356727 42 +  46489110 TGTAATGGCTTGGAAGTCTAATCTGTACCTGGTTTCACATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14900899 35 +  48394510 TGTAATGGCTTGGAAGTCTAGTCTGTACCTGGTTT-------
i ponAbe2.chr21 I 22 M 288
s rheMac2.chr3  164771905 42 - 196418989 TGTAATGGCTTGGAAGTCTAATCTGTACCTGGTTTTACCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1321285.000000
s hg19.chr21     16636769  70 +  48129895 ACGGATTCATCTCTCTTGCTTGATAAACATGTTCATTGGACAACAATGAAACAACTGGGGTAATTATGAT
s panTro2.chr21  15356769  70 +  46489110 ACGGATTCATCTCTCTTGCTTGATAAACGTGTTCATTGGACAACAATGAAACAACTGGGCTAATTATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164771947  70 - 196418989 ATGGATTCATCTCTCTTGCTTGATAAACATGTTCATTGGACAAAAATGAAGCAACTGGGCTAATTATGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14900934 288 +  48394510 M

a score=490227.000000
s hg19.chr21     16636839  35 +  48129895 GTGAGCTGACACTGCCGGTATAAAGGCAGCTTATG
s panTro2.chr21  15356839  35 +  46489110 GTGAGCTGACACTGCCGGTATAAAGGCAGCTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164772017  35 - 196418989 GTGAGCTGACACTGACAGTATAAAGGCAGCTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14900934 288 +  48394510 M

a score=535110.000000
s hg19.chr21     16636874  40 +  48129895 GTTGGACCCAGCCCAGCAAAAGCAAGATGAAGACTGCATT
s panTro2.chr21  15356874  40 +  46489110 GTTGGACCCAGCCCAGCAAAAGCAAGATAAAGACTGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164772052  40 - 196418989 GTTGGACCTAGCCCAGCAAAAGCAAGATGAAGACTGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14900934 288 +  48394510 M

a score=319042.000000
s hg19.chr21     16636914  56 +  48129895 GAAAATTGAAAGTAGAAATTCATCAAAATTTCTCCAGAGATGAATGGGCTCTCATC
s panTro2.chr21  15356914  56 +  46489110 GAAAATTGAAAGTAGAAATTCATCAAAATTTCTCCAGAGATGTATGGGCTCTCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164772092  56 - 196418989 GAAAATTGAAAGTAGAAATTCATCAAAATTTCTCCAGAGATGTATGGGCTCTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14900934 288 +  48394510 M

a score=970935.000000
s hg19.chr21     16636970  92 +  48129895 TCTACTCCTTTCTAATAGCTTCCTCATCTTTCCTCTCTCCATGAACTaagggctactaaccatttttgtgctatgactgcccttggcttttt
s panTro2.chr21  15356970  92 +  46489110 TCTACTCCTTTCTAATAGCTTCCTCATCTTTCCTCTCTCCATGAACTaagggctactaaccatttttgtgctatgactgcctttggcttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164772148  92 - 196418989 TCTACTTCTTTCTAATAGCTTCCTCATCTTTCCTCTCTCCATGAACTaagggctactaaccatttttgtgctatgactgcccttggctcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14900934 288 +  48394510 M

a score=28075.000000
s hg19.chr21     16637062  16 +  48129895 gatgaaatctatgaaa
s panTro2.chr21  15357062  16 +  46489110 gatgaaatctatgaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164772240  16 - 196418989 gatgaaatctatgaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14900934 288 +  48394510 M

a score=400111.000000
s hg19.chr21     16637078  30 +  48129895 cccttctcagaaaatgctttcaacgaacac
s panTro2.chr21  15357078  30 +  46489110 cccttctcagaaaatgctttcaatgaacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164772256  30 - 196418989 cccttctcagaaaatgctttcaacgaataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14900934 288 +  48394510 M

a score=98969.000000
s hg19.chr21     16637108 43 +  48129895 aatacattctgtagaattataaaaggaaaacaaaatatatcaa
s panTro2.chr21  15357108 43 +  46489110 aatacattctgtagaattataaaaggaaaacaaaatatatcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14901226 43 +  48394510 aatacattctgtagaattataaaaggaaaacaaaatatatcaa
i ponAbe2.chr21 M 288 C 0
s rheMac2.chr3  164772286 43 - 196418989 aatacattctgtagaattataaaaggaaaacaaaatgtattaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=27324.000000
s hg19.chr21     16637151 21 +  48129895 aatacaattataaaataaaaa
s panTro2.chr21  15357151 21 +  46489110 aatacaattataaaataaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14901269 21 +  48394510 aataccattataaaataaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164772329 21 - 196418989 aatacaattataaaataaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15357172 35 +  46489110 ttttatgatgtgttcatttacatgcttctttgcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164772350 35 - 196418989 ttttatgatgcgttcatttacatgctcatttgcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15357207 50 +  46489110 cataataaataaaaagatctcagtggtatgtctaataaccattataattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15357608 67 +  46489110 AGGAGAGTCAATCTGATGGGCCAGGGGCCAGATATCCATTCC------------------------------GATGCCAAAAAGCAATAGAAAGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14901726 67 +  48394510 AGAAGAGTCAATCTGATGGGCCAGGGGCCAGATATCCATTCC------------------------------GATGCCAAAAAGCAATAGAAGGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14901793 98 +  48394510 GATAGAAAAGATCCTGTAAGACAAACATGTCTTCAACCCACTATCTTGGGAACAAAAAGAGAGATTTTTCAAAGAAAGTGTACGTGTAAGGCAGATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16637773 51 +  48129895 CTCAAAAGGAGCCTTTTATAAGTACAGGTGTGGGACCCCTAACAGCAGCTG
s panTro2.chr21  15357773 51 +  46489110 CTCAAAAGGAGCCTTTTATAAGTACAGGTGTGGGACCCCTAACAGCAGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14901891 51 +  48394510 CTCAAAAGGAGCCTTTTATAGGTACAGGTGTGGGACCCCTAACAGCAGCTG
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s rheMac2.chr3  164772947 51 - 196418989 CTCAAAAGGAGCCTTTTGTAAGTACAGGTTTGGGACCCCTAAAAGCAGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15357851 74 +  46489110 TACAATGAGGGAGTTCTTCTCATGGTGAAAAGCTATCACTATTCATTGGGAAGAAAAGTTATCTGTGCACAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16637925 77 +  48129895 AAAAGTCTAGGCTGTTAGGTGTTTTACAAGTCCAATATGAcactgtccagtagaacattctgtggtgttggtaatat
s rheMac2.chr3  164773099 77 - 196418989 GAAAGTCTAGGCTGTTATGTGTTTTAGAAGTCCAACATGAcactgtccagtagaactttctgtggtgatggtagtgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14902043 77 +  48394510 AAAAGTCTAGGCTGTTAGGTGTTTAACAAGTCCAATATGAcactgtccagtagaactttctgtggtgttggtaatgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15357925 77 +  46489110 AAAAGTCTAGGCTGTTAGGTGTTTTACAAGTCCAATATGAcactgtccagtagaactttctgtggtgttggtaatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16638002 47 +  48129895 tctatagctgcactgtctaatgcagtagccactagtcacacatagct
s panTro2.chr21  15358002 47 +  46489110 tctatagctgcactgtctaatgcagtagccactagtcacacatagct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14902120 47 +  48394510 tctatagctgcactgtctaatccagtagccactagtcacacatagct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164773176 47 - 196418989 tctatagctgcaccatctaatccagtagccactagtcacacatagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16638049 124 +  48129895 attgatcacttgaaatgtggctagtgtgactcagaagctaaattttaaatttgatttatttttaattaattaatatttaaatttacatagccacatgtggctagtagctaccacagtgaatgac
s panTro2.chr21  15358049 124 +  46489110 attgatcacttgaaatgtggctagtgtgactcagaagctaaattttaaatttgatttattttaaattaattaatatttaaatttacatagccacatgtggctagtagctaccacagtgaatgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14902167 124 +  48394510 attgatcacttgaaatgtggctagtgtgactcagaagctaaattttaaatttgatttatttttaattaattaatatttaaatttacatagccacatgtggctagtagctaccacagtgaatgac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164773223 123 - 196418989 attgatcccttgaaatgtggctagtgtgactcaggagctaaagttttaa-ttgatttattttaaattaattaacctttaaatttacatagccacatgtggctagtagctaccacagtgaatgac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15358173 145 +  46489110 ccagGTCTAACCTATCCCACACTGCATCTCCATCAGTTTCCTACAACAGCAGCACTCCAGTCAAACTAGTAAAGAAATCTTACCTTTTGGCTTCTGACTTTGTTGAGGTTCTTTGCCTAGCTCAGGCATACACTCATAGTTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16638318 79 +  48129895 TCCATTTCTCTAGGTCATTCTACACTTTATATTCCTAACTCATATCCCACCTTCTGGAAGACTTCTGTTATCAGCCAAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-55733.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=330058.000000
s hg19.chr21     16638492 81 +  48129895 AAAAGTTTTATAGTTTTTCTTCAAGTAGAGTGCATGCTTCTGAGGAGAAGAAAAATTTCTCATATCTTTTAAAAGACCTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164773627 77 - 196418989 AAAAGGTTTGTAGTTTTTCTTCAAGTAGAGTGCATGCTTCTGAGGAGAATAACAATTTATCA----TTTTAAAACACCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=504397.000000
s hg19.chr21     16638573 96 +  48129895 TTTTTTATATAGGTGTTCAGTACAATTTTGTTGAATTAGTTCACTGAATGCTTTGGAGATGTAGATGATGCAAATAAAGAGTGGAAAAATCCATCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s hg19.chr21     16638669 39 +  48129895 AGGCAAAGATGCCTGAAGGTAGAGTCACTGTGTGCCAAA
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a score=37348.000000
s hg19.chr21     16638961 9 +  48129895 AAGAAGAGG
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s hg19.chr21     16638970 181 +  48129895 ACAACAGAAAGGAAGCTCACAAAAAGAAATAGAAGAGAAGGTTTATGATGGATTTCCTTGATTTATTCAGATTGTGAAAACCTAACAGATAAATTTCCACAAAATTAAAGAAAATTCAAATATTAGATGGGTGAAGAAGTCCCTCCAATTTTAAATACCAGTAACTCATCATTTACCTGAG
s panTro2.chr21  15358989 181 +  46489110 ACAACAGAAGGGAAGCTCACAAAAAGAAATAGAAGAGAAGGTTTATGATGGATTTCCTTGATTTATTCAGATTGTGAAAACCTAACAGATAAATGTCCACAAAATTAAAGAAAATTCAAATATTAGATGGGTGAAGAAGTCCCTCTAATTTTAAATACCAGTAACTCATCATTTACCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14903091 180 +  48394510 ATAACAGAAGGGAAGCTCACAAAAAGAAATAGAAGAGAAGGTTTATGACGGATTTCCTTGATTTATTCAGATTGTGAAAACCTAACAGAT-AATTTCCACAAAATTAAAGAAAATTCAAATATTAGATGGGTGAAGAAGTCCCTCTAATTTTAAATACCAGTAACTCATCATTTACCTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164774107 180 - 196418989 ACAACAGAAGGGAAGCTCACAAAAAGAAATAGAAGAGAAGGATTATGATGGATTTCCGTGATATATTCAGATGGTGAAAACCTAATAGAT-GATTTCCACAAAATTAAAGAAAATTCAAATATTAGATGGGTGAAGACGTCCCTCTAATTTTAAATACCGGTAACTCATCAGTTACCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15359170 102 +  46489110 ACTAG---------------------AAAATAACTAGATATGCTTAAGATGCTTCTCCGTTCTTGTTGGTCTCTGGTCTCCCTTCTTTCTGATAGGTACCTAGTGTGGATATCACACTTCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14903271 103 +  48394510 ACTAG--------------------AAAAATAACTAGATATGCTTAAGATGCTTCTCCATTCTTGTTGGTCTCCGGTCTACATTCTTTCTGATAGGTACCTGGTGTGTATATCACACTTCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164774287 123 - 196418989 ACTAGTTTGCATGTAGGAACCCAGGAAAAATAACTAGATATGCTTAAGACGCTCCTCCATTCTTGTTGGTCTCCGGTCTACATTCTTTCCAATCGGTACCTGGTGTGTATATCACACTTCACG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=461127.000000
s hg19.chr21     16639253 87 +  48129895 TGTGCATGGCATACTGCAGTGAATCAAGCAATCTGGGAGGGAAACCTTGCCAGAGGAGAAATCACTGAGAACATTTCCTCTAAGACT
s panTro2.chr21  15359272 87 +  46489110 TGTGCATGGCATACTGCAGTGAATCAAGCAAGCTGGGAGGGAAACCTTGCCAGAGGAGAAATCACTGAGAACATTTCCTCTAAGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14903374 87 +  48394510 TGTGCATGGCACACTGCAGTGAATCAAGCAATCTGGGAGGGAAACCTTGCCAGAGGAGACATCACTGAGAACATTTCCTCTAAGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164774410 87 - 196418989 TGTGCATGGCAGACTGCAGTGAATCAAGCAATCTGGGAGGGAAACCTTGCCAGAGGAGACATCGCTGAGAACATTTCCTCTAAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=106002.000000
s hg19.chr21     16639340 38 +  48129895 CCATGTAAAAATTGAAGAAAGTGTTAGAAAAAAAAAAA
s panTro2.chr21  15359359 37 +  46489110 CCATGTAAAAATTGAAGAAGGTGTTAG-AAAAAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14903461 36 +  48394510 CCATGTAAAAATTGAAGAAAGTGTTAG--AAAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164774497 36 - 196418989 TGATGTAAAAATTGGAGAAAGTGTTAG--GAAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=19293.000000
s hg19.chr21     16639378 36 +  48129895 AGATAGCCGTCTCTACTAAAAAAATACAAAAAACAg
s panTro2.chr21  15359396 36 +  46489110 AGATATCTGTCTCTACTAAAAAAATACAAAAAATAg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14903497 35 +  48394510 AGATGGCCGTCTCTACT-AAAAAATACAAAAAATAg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164774533 32 - 196418989 TGATAGCCGTCTCTACT-AAAAAATACaaaaaa---
i rheMac2.chr3  C 0 I 18

a score=31862.000000
s hg19.chr21     16639414 125 +  48129895 gcccggcgcggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggtgggcggatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccacttctactaaaaatac
s ponAbe2.chr21  14903532 125 +  48394510 gcctagcgcggtggctcatgcctgtaatcccagcacttcgggaggccaaggcgggcagatcatgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15359432 125 +  46489110 gcccggcgcggtggctcacgcctgtaatcccagcattttgggaggccgaggtgggcggatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggctaacacggtgaaacccgatttgtactaaaaatac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164774565  18 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16639539 132 +  48129895 aaaaaattagccgggcgtggtggcgggcgcctgtagttccagctactcgggaggcggaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgg
s rheMac2.chr3  164774583 131 - 196418989 aaaaaattagcctggcgtggtggc-ggcgcctgtagtcccagctcctcgggaggctgaggcaggagaatggcgggaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcacgccactgcactccagcctgg
i rheMac2.chr3  I 18 C 0
s ponAbe2.chr21  14903657 132 +  48394510 aaaaaattagccaggtgtggtggcgggcgcctgtagtcctaactacttgggaggctgaggcaggagaatggcatgaagcagggaggtggagcttgcagtgggccgagatcgcgccactgcattccagcctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15359557 132 +  46489110 aaaaaattagccgggcgtggtggcaggcacctgtagtcccagctactcgggagactgaggcaggagaatggtgtgaacccgggaggcagagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=16119.000000
s hg19.chr21     16639671 33 +  48129895 gtgatagagcaagactccatctc--------------aaaaaaaaga
s rheMac2.chr3  164774714 37 - 196418989 gcgacagagcaagactccgtctc----------aaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14903789 23 +  48394510 gtgacagagcgagactccatctc------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15359689 47 +  46489110 gtgacagagcgagactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=85221.000000
s hg19.chr21     16639704 52 +  48129895 aaaaaaaaaaGATGGCCATGAACGTTGGATGTGAAGAAGTGTCTGAAGGAAA
s panTro2.chr21  15359736 52 +  46489110 aaaaaaaaaaGATGGCCATGAACGTTGGATGTGAAGAAGTGTCTGAAGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14903812 49 +  48394510 aaaagaaaaaGATGGCCATGAACGTTGGATGT---GAAGTGTCTGAAGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164774751 49 - 196418989 aaaaaaaaaGGATGATCAAGAACGTTGGATGT---GAAGTGTAAAATGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15359788 158 +  46489110 AAATCGCCCATCTTTTTATTTCCTATGCAGTGGCAGCATCATAGAGGGATGATAAAATTCAACATTGCATAAGCATCATATACCCCATATACCCACTGGACTCTTATACTGGTACCTCAAAGCTGTCCTATCAGATCTGGCCTATTTTTCTTCATAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14903861 158 +  48394510 AAATCGCCCATCTTTTTATTTCCTATGTAGTGGCAGCATCATAGATGGATGATAAAATTCAACATTGCATAAGCATCATATACCCCATATACCCACTGGACTCTTATACTGGTACCTCAAAGCTGTGCTATCAGATCTGGCCTACTTTTCTTCATAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164774800 145 - 196418989 AAATCGCCCATCTTTTTATTTCCTGTGCAGTGGCAGCATCAGAGAGGGATGATAAAATTCAACATTGCATAAGCATCATATACCCCATATGCCC-------------ACTGGCACCTCAAAGCTGTCCTATCAGATCTGGCCTACTTTTCTTCATAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16639914 64 +  48129895 CTAGAGTTAGGTAGGAAACAGAAGAAAGAAACTCTAGGATAAATAGTTAGATCTTTGTTTAGAG
s rheMac2.chr3  164774945 63 - 196418989 GTAGAGATAGGTAGGAAACAGAGGAAAGAAACTCTAGGATAAGTAGGTAGATC-TTGTTTAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14904019 62 +  48394510 CTGGAGATAGGTAGGAAAC--AAGAAAGAAACTCTAGGACAAATAGGTAGATCTTTGTTTAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15359946 64 +  46489110 CTAGAGTCAGGTAGGAAACAGAAGAAAGAAACTCTAGGATAAATAGGTAGATCTTTGTTTAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=304538.000000
s hg19.chr21     16639978 56 +  48129895 AAAGGAGATCCAAAAGTCAAAGAATTAGACATCCAGGTTGTGACTTGCTAAGCATA
s rheMac2.chr3  164775008 56 - 196418989 AAAGGAGATACAAAAGTCAAAGAATTAGACATCCAGCTTGTGACTTGCCAAGAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14904081 56 +  48394510 AAAGGAGATCCAAAAGTCAAAGAATTAGACATCCAGGTTGTGACTTGCTAAGAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15360010 56 +  46489110 AAAGGAGATCCAAAAGTCAAAGAATTAGACATCCAGGTTGTGACTTGCTAAGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=691570.000000
s hg19.chr21     16640034 106 +  48129895 CCCA---CTGGCTAAACAAAGCACTGGCAAGAACATTTCGACTACGCTATTGTTACTATACTAAAATCATTCTCACCTTTAAATTGGGAGAAACATGCTCGATAATCTT
s rheMac2.chr3  164775064 106 - 196418989 CCCA---CTGGCTAAATGAAGCACTGGCAAAGACATTTCGACTAAGCTATTGTTACTATACTAAAATCATTCTCACCTTTAAATTGGGAGAAACATGCTTGATAATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14904137 109 +  48394510 TCCAAACAAAGCTAAACAAAGCACTGGCAAAAACATTTCGACTAAGCTATTGTTACTATACTAAAATCATTCTCACCTTTAAATTGGGAGAAACATGCTCGATAATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15360066 106 +  46489110 TCCA---CTGGCTAAACAAAGCACTGGCAAAAACATTTCGACTAAGCTATTGTTACTATACTAAAATCATTCTCACCTTTAAATTGGGAGAAACATGCTCGATAATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164775170 117 - 196418989 TTGAAGCATCCAGTGTTCTAATGTTCTTACTGAATGTGTACAACATTGCACGAAGACCCCCAAATTACTAAGACCACTTTACACAATGCCAAAGCCAGTGTGGTTTTCATGGGTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14904246 117 +  48394510 TCAAAGTATCCAGTGTTCTAATATTCTTACTGAATGTGTACAACATTGCACAAAGAACCCCAAATTAGTAAGACTGCTTTACACAATGCCAAAGCCAGTGTGGTTTTCATGGGTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15360172 117 +  46489110 TCAAAGTGTCCAGTGTTCTAACGTTCTTACTGAATGTGTACAACATTGCACAAAGACCCTCAAATTAGTAAGACTACTTTACACAATGCCAAAGCCAGTGTGGTTTTCATGGGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=838533.000000
s hg19.chr21     16640257 77 +  48129895 AACCAACTTTTGCTCCTTAGTCATAAACTGGAACCTTTTCAAGTCATTCCATAAGTTCTTGGAAAAATGTCCGATCA
s panTro2.chr21  15360289 77 +  46489110 AACCAACTTTGGCTCCTTAGTCATAAACTGGAACCTTTTCAAGTCATTCCATAAGTTCTTGGAAAAATGTCCGATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14904363 77 +  48394510 AACGAACTTTTGCTCCTTAGTCATAAACTGGAAGGTTTTCAAGTCATTCAGTAAGTTCTTGGAAAAATGTCCGATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164775287 77 - 196418989 AACCAACTTCTGCTCCTTAGTCATAAACTGGAACCTTTTCAAGTCATTCAATAAGCTCTTGGGAAAATGGCCGATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=390249.000000
s hg19.chr21     16640334 50 +  48129895 CCTTAATATGAATTTGTCTGAAAAACCAGATATCAAAACCAAAAGAGTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14904440 50 +  48394510 CCTTAATATGAATTTGTCTGAAAAACCAGATATCAAAACCAAAAGAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164775364 37 - 196418989 CCTTAATATGAATTTGTATGAAAAACCAG-------------AAGAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309840.000000
s hg19.chr21     16640384 75 +  48129895 CGAGACAAAATATATTTATATAGATAAGGAACACCTTCATCTTCAAGAGGAGCCACCGTTTAAGAGAACCAGCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14904490 75 +  48394510 TGAGACAAAATATATTTCTATAGATAAGGAACACCTTCATCTTCAAGAGGAGCCATGATTTAAGAGAATCAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164775401 75 - 196418989 CGAGACAAACTGTATTTATATAGATAAGGAACACCCCCATCTTCAAGAGGAGCCAGCACTTAAGAGAATCAGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165113.000000
s hg19.chr21     16640459 35 +  48129895 ATCAGTGGAGTCAATGGAGAGTGACTTCCAATGGA
s panTro2.chr21  15360491 35 +  46489110 ATCAGTGGAGTCAATGGAGAGTGATTTCCAATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14904565 35 +  48394510 ATCAGTGGAGTCAACGGAGAGTGATTTCCAATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=524812.000000
s hg19.chr21     16640787 140 +  48129895 aacacatgggaagggtcagagctaggattcaaaagtaggtaggcagactcaaagtactgatactcttaactactatgctataGTTCACACCTTGAAGTCCTCAACATAATTATCCAGTTTTCTCCAGCTTTTAAATAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164775804 140 - 196418989 aatacttgggaagggtcagagctaggattcaaaactagataggcagactccaagtactgatactcctaactactatgctataGTTCACACCTTGAATGCCTCAACATAATTATCCAATTTTCTCCAGCTTTTAAATAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=29829.000000
s hg19.chr21     16640927 50 +  48129895 AACAATGGTATTAAGAGGAAAAAATTGTGTGAGAATCTCCATTTTGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15361009 11 +  46489110 ACTATGACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14905077 11 +  48394510 ACTATGACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  14908040 73 +  48394510 CACAGGCCTACTTTTCAAATATATAGTTCATGCAGCAAACAATAATTTTTGCTTTTTGGTTCTTGATACACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15364037 43 +  46489110 AGCACCCAGTATCAATAATGATACACTAATAACCTAACAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14908113 43 +  48394510 AGCACCCAGTATCAATAATGATACACTAATAACCTAACAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164779181 43 - 196418989 AGCACCCAGTATCAATAATGATACCCTAATAACCTAACAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16644330 23 +  48129895 GACCACTGGttgttattattatt
s panTro2.chr21  15364360 17 +  46489110 GACCACTGG------ttattatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15364377 75 +  46489110 attattattattattattattattattattatttgagatggagtcttactctgtcgcccaggctggaatgcagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14908450 75 +  48394510 attattattattattattattattattattatttgagacagagtcttactctgtcgcccaggctggaatgcagtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164779513 68 - 196418989 -------TTTTTATTACTATTATGATTATTATTAgagacggagtcttactctgtcacccaggctggaatgcagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16644428  83 +  48129895 gcacaatcttggctcactgcaacctctgcctcctgggt------------------------------------------------------------------------------tcaagtgattctcatgcctcagcctcccgagtagctgagattaca
s panTro2.chr21  15364452 161 +  46489110 gcacaatcttggctcactgcaacctctgcctcctgggttcaagtgattctcatgcctcagcctcccgagtagctgaggttacatgcacctaccaccatgtctggctactttttgtatcaagtgattctcatgcctcagcctcccgagtagctgaggttaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14908525  83 +  48394510 gcacaatcttggctcactgcaacctctgcctcctgggt------------------------------------------------------------------------------tcaagcgattctcatgcctcagcctcccgagtagctgggattaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164779581  83 - 196418989 gcgcaatcttgtctcactgcaacctctgcctcctgggt------------------------------------------------------------------------------tcaagcgattctcgtgcctcagcctcccgagtagctgggattaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164779664 153 - 196418989 tgcgcgtaccaccatgtccggctactttttgtatttttagtagagatggggtttcactgtgttggccagactcgtcttgaactcctgacctcaggtgattcaccaactttagcctcccaaagtgctggggttacaggcgtgagccagcgagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15364891 37 +  46489110 TTAGTCAGACCTAAGTGGGCAAATACATTCTCCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14908886 37 +  48394510 TTAGTCAGACCCAAGTGGGCAAATATATTCTCCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164779942 33 - 196418989 ----TTAGACCTAAGTGGACGAATACGTTCTTCAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15364971 118 +  46489110 AAAATATCAAGTGCCCTAAATTCATAGTTGCAGTGAAAACTATCACATTTGTTAAATGAAGGAGTTAATTATGTAAGATTCTTATGCCAGGAAGGGGAAAAAGAAAAATAAGTTTA-TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14908966 119 +  48394510 AAAATATCAAGTGCCCTAAATTCATAGTTGCAATGAAAACTATCACATTTGTTAAATGAAGGAGTTAATTATGTAAGATTCTTATGCCAGGAAGGGGAAAAAGAAAAATAAGTTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164780020 119 - 196418989 AAAATATCAAGTGCCCTAAATTCATAGTTGTAATGAAAACTATCACATTTGTTGAATGAAGGAGTTAATTATGTAAGATTCTTATGCCAGGAAGGGGAAAAAGAAAAATAAGTTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164780139 140 - 196418989 TTTTTCCATATCTGTCAATTGAAAATATGAAGTGTTACAGCTGAAACATGAATATTTTAAAGTAAGAGCAAATGCTTGTAATTCTTCTTGGGCAGTGGTTTCAGGCATGTCCTTTACTGGCAATGAACCACATGCGGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=618996.000000
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a score=1179532.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14909624 220 +  48394510 CACGTACTACTGGAGGGTACTTATATATAGTCTGATAAAAAATTAAAACCAATTTATCAAAATGGCAACATACTTGTTAATTTGGAACATTCTTAATGTCCATTTAAAGTGCAATACTCAGTAATTTATTCCATTTTGGAGATTTCAAGTTATCAGCATTTAGTACAATTTATAGCTCATGCTTAATTTTGCTATTATTTACTTTAGCAAATAAAAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164780684 220 - 196418989 CACATACTACTGGAGGGTATTTATATATAGTCTGATAAAAAATTAAAACCAATTTATCAAAATGGCAACACATTTGGTAATTTGGAACACTCCTAATGTCCATTTAAAGTGCAATACTCAGTTATTTATTCCATTTTGGAGATTTCAAGTTATCAGCATTTAGTACAATTTATAGCTCATTCTTAATTTTGCTATTATTTACGTTAGCAAATAAAAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=263682.000000
s hg19.chr21     16645744 15 +  48129895 TCTTACTCTGCAAAA
s panTro2.chr21  15365845 15 +  46489110 TCTTACTCTGCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14909844 15 +  48394510 TCTTACTCTGCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164780904 15 - 196418989 TCTTACTCTGCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1854054.000000
s hg19.chr21     16645759 105 +  48129895 AAAGTGCTGATTCTTATTTTATGGAGTACCTCAGTGTAATAGATTTAGTGTGGAAAACAAATTGAAAGCCTTCTACCACCAAATTAGAGTTTTAAACTTAC---GTTA
s panTro2.chr21  15365860 105 +  46489110 AAAGTGCTGATTCTTATTTTATGGAGTACCTCAGTGTAATAGATTTAGTGTGGAAAACAAATTGAAAGCCTTCTACCACCAAATTAGAGTCTTAAACTTAC---GTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14909859 105 +  48394510 AAAGTGCTGATTCTTATTTTATGGAGTACCTCAGTGTAATAGATTTAGTGTGGAAAACAAATTGAAAGCCTTCTACCACCAAATTAGAGTTTTAAACTTAC---GTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164780919 108 - 196418989 AAAGTGCTGATTCTTATTTTATGGAGTACCTTAGTGTAATAGATTTAGTGTGGAAAACAAATTGAAAGCCTTCTACCACCAAATTAGAGTTTTAAACTTACATTATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1259972.000000
s hg19.chr21     16645864 79 +  48129895 GCTCTTAGGTGCgtggctctcacactttagtaccttgaagaaacaaccaggaagtttgttaaaaatgcaaatccctgac
s panTro2.chr21  15365965 79 +  46489110 GCTCTTAGGTGCgtggctctcacactttagtaccttgaagaaacaagcaggaagtttgttaaaaatgcaaatccctgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14909964 79 +  48394510 GCTCTTAGGTACgtggctctcacactttagtaccttgaagaaacaacaaggaagtttgtttaaaatgcaaatccttgac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164781027 79 - 196418989 GCTTTTAGGTGCgtggctctcacactttagtaccttgaagaaacaaccaggaagtttgttaaaaatgcaaatccttgac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1592395.000000
s hg19.chr21     16645943 143 +  48129895 ttctagtccccagggactcttatcagaaggtgtgaaatggaaccaagtaatctgcattgatttttaattatcacccctgaataattctgTTTCTATGAAGCATTTTGAGATACTCATTTTGAGATAAAAGAATTTGTGTTTTT
s rheMac2.chr3  164781106 136 - 196418989 ttctagtccccagggactcttatcagaaggtgtggaatggaaccaagtaatctgcattGATTTTAAATTATCACCCCTAAGTAATTCTGTTTCTATGAAACATTTTGAGATA-------TGAGATAAAAGAATTTTTGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910043 143 +  48394510 ttctagtccccagggactcttatcagaaggtgtgaaatggaaccaagtaatctgcattgatttttaattatcacccctaaataattctgTTTCTATGAAGCATTTTGAGATACTCATTTTGAGATAAAAGAATTTGTGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366044 143 +  46489110 ttctagtccccagggactcttatcagaaggtgtgaaatggaaccaagtaatctgcattGATTTTTAGTTATCACCCCTGAATAATTCTGTTTCTATGAAGCATTTTGGGATACTCATTTTGAGATAAAAGAAGTTGTGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1417143.000000
s hg19.chr21     16646086 103 +  48129895 TGTACACAATGTCTTTTTTATATAAATTATTGATTAATAGCTTTAGTAATCCTAAAATTAATCAAGTGGATGATTAT------TTTTGAGAATTTATGTGATCTTTTAA
s rheMac2.chr3  164781242 103 - 196418989 TGTACACAATATCTTTTTTATATAAACTATTGATTAATAGCTTTAGTAATCTTAAAATTAATCAAGTGGATGATTAC------ATTTGAGACGTTATGTGATCTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910186 109 +  48394510 TGTACACAACGTCTTTTTTATATAAATTATTGATTAATAGCTTTAGTAATCCTAAAATTAATCAAGTGGATGATTATATTCAACTTTGAGAATTTATGTGATCTTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366187 103 +  46489110 TGTACACAATGTCTTTTTTCTATAAATTATTGATTAATAGCTTTAGTAATCCTAAAATTAATCAAGTGGATGATTAT------TTTTGAGAATTTATGTGATCTTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1525556.000000
s hg19.chr21     16646189 93 +  48129895 AAATTTAATTTTTAGAAATTGTTCCATTTTGTATTAACATTACAAATTGTGTCATTAAGACTAAACAAAAATCACCAAATCAATAATTCACTT
s rheMac2.chr3  164781345 92 - 196418989 AAATTTAA-TTTTGGAAATTGTTCCATTTTGTATTAACATTACAAGTTGTGTCATTAAGACCAAACAAAAATCATCAAATCAATAATTCACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910295 93 +  48394510 AAATTTAATTTTTGGAAATTGTTCCATTTTGTATTAACATTACAAGTTGTGTCATTAAGACCAAACAAAAATCATCAAATCAATAATTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366290 92 +  46489110 AAATTTAATTTTTGGAAATTGTTCCATTTTGTATTAACATTACAAATTGTGTCATTAAGACTAAA-AAAAATCACCAAATCAATAATTCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=381583.000000
s hg19.chr21     16646282 46 +  48129895 AATAGACTGTGATCTACATGGAAAGCTATACATATTTAAATTTGTC
s rheMac2.chr3  164781437 46 - 196418989 AGTAGACTGTGGTCTACACGGAAAGCTATAAAGGTTTAAATTTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910388 46 +  48394510 AATAGACTGTGATCTACACAGAAAGCTACACATATTTAAATTTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366382 46 +  46489110 AATAGACTGTGATCTACATGGAAAGCTATACATATTTAAATTTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1028315.000000
s hg19.chr21     16646328 72 +  48129895 AGGTGTATCCTTTTCTTAAACAACATTATTCACAGGGAAATTCAGATAATGAAACATATCATCAGAAAAATA
s rheMac2.chr3  164781483 72 - 196418989 AGGTGTATCCTTTTCTTAAACAATATTATTCACAGGGAAATTCAGATAATGAAACATATCACCAGAAAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910434 72 +  48394510 AGGTGTATCCTTTTCTTAAACAACATTATTCACAGGGAAATTCAGATAATGAAACATATCATCAGAAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366428 72 +  46489110 AGGTGTATCCTTTTCTTAAACAACATTATTCACAGGGAAATTCAGATAATGAAACATATCATCAGAAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1258526.000000
s hg19.chr21     16646400 86 +  48129895 AATACAACAAGCAGCTAATATTTATATACACTGAAAAGAATAGGCTGATTTAGT-AGAGTAATATTCTGTGGTGTTACAAAGACTTC
s panTro2.chr21  15366500 86 +  46489110 AATACAACAAGCAGCTAATATTTATATACACTGAAAAGAATAGGCTGACTTAGT-AAAGTAATATTCTGTTGTGTTACAAAGACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910506 87 +  48394510 AATACAACAAGCAGCAAATATTTAGATACACTGAAAAGAATAGGCTGATTTAGTGAGAGTAATATTCTGTTGTGTTACAAAGACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164781555 87 - 196418989 AATGTAAGAAGCAGCTAATATTTATATACACTGAAAAGAATAGGCCGATTTAGTGAGAGTAATATTCTGTTGTGTTACAAAGACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=357409.000000
s hg19.chr21     16646486 26 +  48129895 CCAAAGAATATGGATTTTAGAAGTAT
s rheMac2.chr3  164781642 26 - 196418989 CAAAAGAATATGGCTTTTGAAAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910593 26 +  48394510 CGAAAGAATATGGCTTTTAGAAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366586 26 +  46489110 CAAAAGAATATGGCTTTTAGAAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=506523.000000
s hg19.chr21     16646512 74 +  48129895 GTTCAATGCTGAGATCTCATTCTGGCCATGTACTGCGATAATGTTCATTACTACGGAACCAAAATCCACCTTGC
s rheMac2.chr3  164781668 74 - 196418989 GTTCAATGCTGAGATCTCATTCTGGCCATGTACTGTGATAATATTCATTACTACAGAACCAAAACCCACCTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910619 74 +  48394510 GTTCAATGCTGAGATCTCATTCTGGCCATGTACTGCGATAATGTTCATTACTACGGAACCAAAACCCACCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366612 74 +  46489110 GTTCAATGCTGAGATCTCATTCTGGCCATGTACTGCGATAATGTTCATTACTACGGAACCAAAATCCACCTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=355053.000000
s hg19.chr21     16646586 49 +  48129895 TGTGAATATTCAGGCTTCAGAAACAAGCATATTCTAAGTGACATCATTC
s rheMac2.chr3  164781742 49 - 196418989 AGTGAATATTTAGATTTCAGAAACAAGCATATTCTAAGTGACATCATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910693 49 +  48394510 TGTGAATATTTAGGCTTCAGAGACAAGCATATTCTAAGTGACATCATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366686 49 +  46489110 TGTGAATATTCAGGCTTCAGAAACAAGCATATTCTAAGTGACATCATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=79646.000000
s hg19.chr21     16646635 26 +  48129895 TAACTGATAACCTCATTTTTTTCTGA
s rheMac2.chr3  164781791 26 - 196418989 TAACTGATAACCTCATTTTTTTCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910742 26 +  48394510 TAACTGATAACCTCATTTTTTTCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366735 26 +  46489110 TAACTGATAACCTCATTTTTTTCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=714297.000000
s hg19.chr21     16646661 109 +  48129895 CAAGGAGCTAACAATGGTGTCATTATAAAAGAATGGTTTAAGAATTGAAGGAGATAATATATGCTGCTATTATGGGTAAGAGTGGAAGACCAGTGAGTCCCCTACAGAA
s rheMac2.chr3  164781817 109 - 196418989 TAAGGAGCTAACAATGGTGTCATTATAAAAGAATGGTTTAAGAATTGAAGGAGATAATATATGCTGTTATTATGGGTAAGAGTGGAAGACCAGTGAGTCCCCTACAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910768  82 +  48394510 CAAGGAGCTAATAATGGTGTCATTACAAAAGAATGGTTTAAGAAT---------------------------TGGGTAAGAGTGGAAGACCAGTGAGTCCCCTACAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366761 109 +  46489110 CAAGGAGCTAACAATGGTGTCATTATAAAAGAATGGTTTAAGAATTGAAGGAGATAATATATGCTGTTATGATGGGTAAGAGTGGAAGACCAGTGAGTCCCCTACAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1023158.000000
s hg19.chr21     16646770 100 +  48129895 AGTCACTCAATCCTGAAATATTTCCTCAAACAGAAAAGTCGGTTATAGAGGAATACTAGATGTCAACTGGTAGATAACACCTTAGACTTGAAATTACCAT
s rheMac2.chr3  164781926 100 - 196418989 GGTCACTCAATCCTGAAATATTTCCTCAAACAGAAAAGTCAGTTACAGAGGAATGCTAGATGTCAACTGATAGATAACATCTTAGACTTGAAATTACTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910850 100 +  48394510 AGTCACTCAATCCTGAAATATTTCCACAAACAGAAAAGTCAGTTATAGAGGAATGCTACATGTCAACTGGTAGATAACACCTTAGACTTGAAATTACCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366870 100 +  46489110 AGTCACTCAATCCTGAAATATTTCCTCAAACAGAAAAGTCGGTTATAGAGGAATACTAGATGTCAACTGGTAGATAACACCTTAGACTTGAAATTACCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-37921.000000
s hg19.chr21     16646870 36 +  48129895 CTAAGAAGAAATAACAAAAAGACTTTTTCATGGTTC
s rheMac2.chr3  164782026 36 - 196418989 CTAAGAAGAAATAACAAAAATACTTTTTCGTGGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910950 36 +  48394510 CTAAGAAGAAATAACAAAAAGACTTTTTCATGGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15366970 36 +  46489110 CTAAGAAGAAATAACAAAAACACTTTTTCATGGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2000412.000000
s hg19.chr21     16646906 180 +  48129895 TTTATATCCCAGAGGCCATAGGAGAGAATCAACCTTATTAAAAACAAAAATGGAGATGCCACACATATCGTCAAGGATATGAATATGGAAATAGGCAAGTTATAGGTATACAAATAAATTCTAGGCTCTAGGAAAGGAAAGGCAGAAGGGAAGAGAGACTCAAGCACCATCAAAGTATAG
s panTro2.chr21  15367006 180 +  46489110 TTTATATCCCAGAGGCCATAGGAGAGAATCAACCTTATTAAAAACAAAAATGGAGATGCCACACATATCGTCAAGGATATGAATGTGGAAATAGGCAAGTTATAGGTATACAAATAAATTCTAGGCTCTAGGAAAGGAAAGGCAGAAGGGAAGAGAGATTCAAGCACCATCAAAGTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14910986 180 +  48394510 TTTATATCCCAGAGGCCATAGGAGAGAATCAACCTTATTAAAAACAAAAATGGAGATGCCACACGTATCGTCAAGGACATGAAAGTGGAAATAGGCAAGTTATAGGTATGCAAACAAATTCTAGGCTCTAGGAAAGGAAAGGCAGAAGGGAAGAGAGATTCAAGCACCATCAAAGTATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164782062 179 - 196418989 TTTATGTCCTAGAGGCCATAGGAGAGAATCAACCTTATTAAAAACAAAAGTGGAGATGCCACACATATCATCGAGGACATGAAAGTGGAAATAGGCAAGTTATAGGTATGCAAACAAATTCTAGGTTCTAGGAAAAGAAAGGC-GAAGGGAAGAGAAATTCAAGCACCATCAAAGTATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1059619.000000
s hg19.chr21     16647086 79 +  48129895 AGCTTCAGAGCAACATTCCTTCTCTGGCTCTTGGGAGATCTTGACAGAAGAGGGCAGTTCTTAGGTGTTGAGTGACTAG
s rheMac2.chr3  164782241 79 - 196418989 AGCTTCAGAGCAAGGATCCGTCTCTGGCTCTTGGGAGATTTTGGCAGAGGCAGGCAGTTCTTAGTTGTTGAGTGACTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14911166 79 +  48394510 AGCTTCAGAGCAACGTTCCATCTCTGGCTCTTGGGAGATTTTGGCAGAGGAAGGCATTTCTTAGGTGTTGAGTGACTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15367186 79 +  46489110 AGCTTCAGAGCAACATTCCTTCTCTGGCTCTTGGGAGATCTTGACAGAGGAAGGCAGTTCTTAGGTGTTGAGTGACTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4773384.000000
s hg19.chr21     16647165 259 +  48129895 TCGGAGAAAAGGAGAACGTTACAAGCAATTTCTAAGGAATTGGGAGCCCAGGGCATTCCTGCTCTTGAAGATACTATGGCAGGAACCTTAAAAGTTTCA--TTTTTTTCTGACATGCCATCTGAATTTGAAGAGCCTAAAGCAGAAGAACCAGAAAATTCAGTTACCTAGGTCTACATCCATTATCCAGGCAAAAGGCCATAGAATCAACTCTATTGGTACTGTTTATGTTTGCCAAATGAGCAATTTCAAATATTAAAAC
s panTro2.chr21  15367265 259 +  46489110 TCGGAGAAAAGGAGAAAGTTACAAGCAATTTCTAAGGAATTGGGAGCCCAGGGCATTCCTGCTCTTGAAGATACTATGGCAGGAACCTTAAAAGTTTCA--TTTTTTTCTGACATGCCATCTGAATTTGAAGAGCCTAAAGCAGAAGAACCAGAAAATTCAGTTACCTAGGTCTACATCCATTATCCAGGCAAAAGGCCATAGAATCAACTCTATTGGTACTGTTTATGTTTGCCAAATGAGCAATTTCAAATATTAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14911245 259 +  48394510 TCGGAGAAAAGGAGAACGTTACAAGCAATTTCTAAGGAATTGGGAGCCCAGGGCATTCCTGCTCTTGAAGATACTATGGCAGGAACCTTAAAAGTTTCG--TTTTTTTCTAACATGCCATCTGAATTTGAAGAGCCTAAAGCAGAAGAACCAGAAAATTCAGTTACCTAGGTCTACATCCATTATCCAGGCAAAAGGCCGTAGAATCAACTCTATTGGTACTGTTTGTGTTTGCCAAATGAGCAATTTCAAATATTAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164782320 248 - 196418989 TTGGAGAAAAGGAGAAAGTTACAAGCAATTTCTAAGGAATTGGGAGCCCAGGGCATTCCTGCTCCTGAAGATACTAAGACAGCAACCTTAAAAGTTTCATTTTTTTTTCTGACATGCCATCTGAATTTGAAG-------------AGAACCAGAATATTCAGTTACCTAGGTCTACATCCATTATCCAGGCAAAAGGCTGTAGAATCAAACCTATTTGTACTGTTTATGTTTGCCAAATGAGCAATTTCAAATATTAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3624476.000000
s hg19.chr21     16647424 131 +  48129895 GACATCAATACAGGTTTCTGGAGAAGCTCACTGACATTAACAGCATTGCCAAAAATGTAACGCAAACTTCTTAACATTTGTCATATTTAGGGAGTTCTATTTTTCAGTTCATTTTCATAGAGCTGGAAAAA
s rheMac2.chr3  164782568 131 - 196418989 GACATCAATACAGGTTTCTGGAGAAGCTCACTGACATTAACAGCATTGCCAAAAATGTAATGCAAACTTCTTAACATTTGTCATATTTAGGAAGTTCTATTTTTCAGTTCATTTTCATAGAGCTGGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14911504 131 +  48394510 GACATCAATACAGGTTTCTGGAGAAGCTCACTGATGTTAACAGCATTGCCAAAAATGTAACGCAAACTTCTTAACATTTGTCATATTTAGGAAGTTCTATTTTTCAGTTCATTTTCATAGAGCTGGAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15367524 131 +  46489110 GACATCAATACAGGTTTCTGGAGAAGCTCACTGACATTAACAGCATTGCCAAAAATGTAATGCAAACTTCTTAACATTTGTCATATTTAGGGAGTTCTATTTTTCAGTTCATTTTCATAGAGCTGGAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1240201.000000
s hg19.chr21     16647555 63 +  48129895 GGAAACATAAATTGCTGTGGCAGTAGGGGAAGGAAACCAAAGTTTAGCGAAGGCTTATCATGG
s rheMac2.chr3  164782699 63 - 196418989 GGAAACATAAATTGCTGTGGCAGTAGGGGAAGGAaaccaaaatttaacgaaggcttatcatgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14911635 63 +  48394510 GGAAACATAAATTGCTGTGGCAGTAGGGGAAGGAaaccaaaatttagcgaaggcttatcatgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15367655 63 +  46489110 GGAAACATAAATTGCTGTGGCAGTTGGGGAAGGAAACCAAAGTTTAGCGAAGGCTTATCATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=638791.000000
s hg19.chr21     16647618 49 +  48129895 GTCTCACATTGTGTTATGCAGTTTATATATGGTCACATTTGGTAAGTTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14912078 83 +  48394510 GAGCATGGGTTTTATTTGGGAAACTTACAAAATAAAAATACCTCGCAAAGGTTGGCAAGAAGCAATGCATATCTCCCCTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16648129 32 +  48129895 CTGGTAATTCCACTTCTTACAGTGTAAGCAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15368310 85 +  46489110 atgtttgagcagtgtatttgggagtgtgatttcatgggggcaagaacaagagataggcaaagaaatacacagaaagagagcaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164783356 85 - 196418989 ATATTTGAGCAGTGTATTTGGGAGTGTGATTTCATGGGGGCAGGGACAAGAGATAGGCAGAGAAATACATAGAGAGAGAGAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164783572 116 - 196418989 CACCCATTGGCTTCTGTCTCTCAATGGCCAAGAATTGTCCCAGGGTGCATTAATTTACTCTGCAATTTTTATCAGTCTTCTCTTTGTGTGAGACGCATCCTAGAACAGGATCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16648542 88 +  48129895 GGTTCTTATCCAATGCCTGAGGGGAGGTATTGTCAGATTGCCTTTATAGAAAACTGATCAGAGTTCATGGCTGGAATAACAAACGATG
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s rheMac2.chr3  164783688 88 - 196418989 GGTTCTTATCCAATGCTTGAGGGGAGGTATTGTCAGATTGCCTTTATAGAAAACTGATCAGAGCTCATGGCTGGAACAACCAATGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14912710 47 +  48394510 TTTGAGTAAGTATATTATATGCAAATTTCCCTTCAGGTGGAGGACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164783823 45 - 196418989 GATATTTTAGACTCAGTTACTAAGAGGTTAGGTGCCAACTGTCAC
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a score=604420.000000
s hg19.chr21     16648722 49 +  48129895 AGCTCAGCTCCTGGAGACCTAGTGAGCCCATGGGAGATTGCAACATCTT
s panTro2.chr21  15368822 49 +  46489110 AGCTCAGCTCCTGGAGACCTAGTGAGCCCATGGGAGATTGCAACATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190547.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14912851 27 +  48394510 ---CTGGGAGCCACCCATCCTGTGGGAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=421086.000000
s hg19.chr21     16648801 59 +  48129895 TGGTTTTGAAATGCAGCTGGAGTAAATGCGGGATTCCAAGATAGCTTGTCCATCACCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=596497.000000
s hg19.chr21     16648860 70 +  48129895 GCAATGAAGGAAGGGCACTGAGGCTCACCTTTGGACTTCCTGGTTGACATCCCATGGTCAGGTCTGGATA
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a score=158273.000000
s hg19.chr21     16648930 39 +  48129895 TTCAGTGTGTAAATTCATTCTAATGATATTAATTTTAAG
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a score=-36854.000000
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a score=146413.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=203345.000000
s hg19.chr21     16649024 34 +  48129895 ATTGATTTGGTAAACCTAATAAATTTGCATCGAA
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a score=665436.000000
s hg19.chr21     16649058 78 +  48129895 CCTA------ATATTTTATGTTCATGAATTGTAAAGGAAAGCT----TAGAGGGAAGATTCTCTGTGTCTTGCTTTTCAGAGAGAGAC
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s rheMac2.chr3  164784202 88 - 196418989 CCTAATTCTCATATTTTATGTTCCTGACTTGTAAAGGAAAGCTTAAACAGAGGGAAGATTCTCTGTGTCTTGCTTTTCAGAGAGAGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15369807 81 +  46489110 TTACAGAAGTTACAAAAAGGAGCCATCCatttattctttcaacaaatatttgttgaagcataagatgcatagcatgctatt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16649788 44 +  48129895 ctctgtgttatgggataTTTTAGGATGTAAAAGACCTGGCTCAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1641162.000000
s hg19.chr21     16650090 58 +  48129895 CATGAGTATTTTCTCTGTGGAACCACAGAGAAGAATTTAGGGTTAGGAAGCCCATTAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16650148 94 +  48129895 CAGATGACATGCCCAGGAGCAACACTTAGCCACTGCCTGGGCATTCGTAGTGGCTTGTGTGTGTAGGAAGCTTATAAAGCTCTGAAGATTCCAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15370251 94 +  46489110 CAGATAACATGCCCAGGAGCAACACTTAGCCACTGCCTGGGCATTCGTAGTGGCTTGTGTGTGTAGGAAGCTTATAAAGCTCTGAAGATTCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=487630.000000
s hg19.chr21     16650242 35 +  48129895 TCATTTGCCTTTGCATTTAGCATCTTCTGTGCAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=748370.000000
s hg19.chr21     16650277 63 +  48129895 AAATTAGTTATGCTGCAGCCTTAAAATGTTAGTTATCTAACATTTTAGAAAACTAGCTACCTA
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s ponAbe2.chr21  14914361 63 +  48394510 AAATTAGTTATGCTGCAGTCTCAAAATGTTAGTTATCTAACATTTTAGAAAACTAGCTACCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=756501.000000
s hg19.chr21     16650340 49 +  48129895 TTAGGTTATAGTAATTGTATAAAAACATAAAATTAACCACTAGCTAGAA
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a score=130745.000000
s hg19.chr21     16650389  9 +  48129895 TCA-TTTTTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3303774.000000
s hg19.chr21     16650398 144 +  48129895 GGATTTCTTCACTTTTAATTAAATCTAACATCAATGTTATAAAACCCAAAAGAATACAAAAAGATTTATTTTGCTAGTAAAATGAATTTTCAAATGCTTTCAAGTCCCTTGGGGACTAAAGTTCAATAATAATTAAAGTCTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=450255.000000
s hg19.chr21     16650542 29 +  48129895 CATACCGCATGTGGGAAAGGGCCAAACAC
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a score=680425.000000
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a score=823266.000000
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s panTro2.chr21  15370781 142 +  46489110 CAA-TTTTTTGCAGTCCTACAGAAACACATTTCTAGGTCATTAGACAGTTGAGTTCCAAAAGGGTTTTGCAAGAATCAAATCACATGTGAGCTGAGTCAAAAATCAGGAGGTCGCTTTGTAGGTGAAGAATGTGGCAAACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14914759 142 +  48394510 CAA-TTTTTTGCAGTCATACAGAAACACATTTCTAGGTCATTAGACAGTTGAGTTCCAAAAGGGTTTTGCAAGAATCAAATCACATGTGAGCTGAGTCAAAAATCAGGAGGTCGCTTTGTAGGTGAAGAATGTGGCAAACATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1758006.000000
s hg19.chr21     16650820 86 +  48129895 AGATCGGAATGAAAGCAAAATTGAGAGTCGGCAGTGCAGGCTTTTGGAGGCGAAAGCCCAAAAGACAGGCCAAGAAATGCTTTCGA
s panTro2.chr21  15370923 86 +  46489110 AGATCGGAATGAAAGCAAAATTGAGAGTCAGCAGTGCAGGCTTTTGGAGGCGAAAGCCCAAAAGACAGGCCAAGAAATGCTTTCGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14914901 85 +  48394510 AGATTTGAATGAAAGC-AAATTGAGAGTCAGCAGTGCAGGCTTTTGGAGGCGAAAGCCCAAAAGACAGGCCAAGAAATGCTTTCGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164785962 86 - 196418989 AGATCTGAATGAAAGCAAAATTGAGAGTCAGCAGTGCAGGCTCTGGGAGGCGAAAGCCCAAAAGACGGGCCAAGAAATGCTTTCGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1553337.000000
s hg19.chr21     16650906 108 +  48129895 TGTTGGACCTTGGGGATAAAATGATGATTTGTCAAATTACTAACTAGGTGAAAAAAACAAAAGGACATTCTCCAGCCAGGATCATGGGACCAGAGGTGTTGCCAGGTC
s panTro2.chr21  15371009 108 +  46489110 TGTTGGACCTTGGGGATAAAATGATGATTTGTCAAATTACTAACTAGGTGAAAAAAACAAAAGGACATTCTCCAGCCAGGATCATGGGACCAGAGGTGTTGCCAGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14914986 108 +  48394510 TGTTGGACCTTGGGGATAAAATGATGATTTGTCAAATTACTAACTAGGTGAAAAAAACAAAAGGACATTCTCCAGCCAGGATCATGGAACCAGAGGTGTTGCCAGGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786048 108 - 196418989 TGTTGGACCTTGGGGATAAAATGATGATTTGTCAAATTACTAACTAGGTGAAAAAAACAAAAGAATGTTCTCCAGCCAGGATCATGGGACCAGAGGTGTTACCAGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400143.000000
s hg19.chr21     16651014 42 +  48129895 AAATGACATTACCGGGTGACTTATTGCTCTTGGTTTTTTCTT
s rheMac2.chr3  164786156 42 - 196418989 AAATGACATTACCGGGTGACCTATTGCTCTTAGTTTTTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915094 42 +  48394510 AAATGACATTACTGGGTGACCTATTGCTCTTAGTTTTTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371117 42 +  46489110 AAATGACATTACCGGGTGACTTATTGCTCTTGGTTTTTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=527719.000000
s hg19.chr21     16651056 46 +  48129895 GATGCACTTCATTTAAGTTAACATTTTCATTCTCTGTGTTGTATTT
s rheMac2.chr3  164786198 46 - 196418989 CATGCACTTCATTTAAGTTAAcatcttcattctctgtgttgtattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915136 46 +  48394510 GATGCACTTCATTTAAGTTAAtattttcattctctgtgttgtattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371159 46 +  46489110 GATACACTTCATTTAAGTTAACATTTTCATTCTCTGTGTTGTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=101659.000000
s hg19.chr21     16651102 25 +  48129895 TACGTATAGTGGTTTTCTCTACCTG
s rheMac2.chr3  164786244 25 - 196418989 tatgtatagtggttttctctgtctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915182 25 +  48394510 tatatatagtggttttctctacctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371205 25 +  46489110 TACGTATAGTGGTTTTCTCTACCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=497421.000000
s hg19.chr21     16651127 89 +  48129895 AAGATTTTTGGAGTAtttactcaatgacttgtt--tataatttgtttcctcctctttcaaggtgagttggctaagaacaaggacgttttcc
s panTro2.chr21  15371230 89 +  46489110 AAGATTTTTGGAGTATTTACTCAATGACTTGTT--TATAATTTGTTTCCTCCTCTTTCAAGGTGAGTTGGCTAAGAACAAGGATGTTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915207 89 +  48394510 aagatttttggaatatttactcaatgacttgtt--tataatttgtttcctcctctttcgaggtaagttggctgagaacaaggacgttttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786269 91 - 196418989 aagatttttggagtatttactcaatgacttgtttatataacttgtttcctcctctttcaagatgagttggctgagaacaaggacattttcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=114821.000000
s hg19.chr21     16651216 41 +  48129895 tagtcacccactgtctccaagcttgtgaacagttactgata
s panTro2.chr21  15371319 41 +  46489110 TAGTCACCCACTGTCTCCAAGCTTGTGAACAGTTACTGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915296 41 +  48394510 tagtcacccactgtctccaagcttgtgaacagttactgata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786360 41 - 196418989 tagtcacccactgtctccaagcttgtgaacagttactgata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-219558.000000
s hg19.chr21     16651257 70 +  48129895 GCACTCAACTGtttttttatttaaaaaaaaaataaggatgaggtctcagtatgttgcctcaggctggtct
s rheMac2.chr3  164786401 69 - 196418989 gcactcaactgcttttttattt-ttaaaaaaatagggatgaggtctcagtatgttgcctcaggctggcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915337 69 +  48394510 GCACTCAACTGTTTTTTTATTT-AAAAAAAAAtagggatgaggtctcagcatgttgcctcaggctggtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371360 69 +  46489110 GCACTCAACTGTTTTTTTATTT-AAAAAAAAAtaaggatggggtctcagtatgttgcctcaggctggtct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=7470.000000
s hg19.chr21     16651327 29 +  48129895 tgaaatcctgagctcaagtgatccttcct
s panTro2.chr21  15371429 29 +  46489110 tgaaatcctgagctcaagtgatccttcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915406 29 +  48394510 tgaaatcctgagctcaagtgatccttcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786470 29 - 196418989 tgaactcctgagctcaagtgatccttcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=15342.000000
s hg19.chr21     16651356 45 +  48129895 cctcggcctcccaaagtgctaagattacagacatgagccaccatg
s rheMac2.chr3  164786499 45 - 196418989 cctcggcctcccaaagtgctaagattacaggcatgagccaccatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371458 45 +  46489110 cctcggcctcccaaagtgctaagattacaggcatgagccaccatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=127647.000000
s hg19.chr21     16651401 41 +  48129895 cctggcGGCACTCAACTGTTAAATGAATGAATAAGTGAAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371503 41 +  46489110 cctggcGGCACTCAACTGTTAAATGAATGAATAAGTGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=280484.000000
s hg19.chr21     16651442 40 +  48129895 GAACATTTTTCAATAACAACCTCAGCACACCATCACTGCT
s panTro2.chr21  15371544 40 +  46489110 GAACATTTTTCAATAACAACCTCACCACACCATCGCTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915521 40 +  48394510 GAGCATTTTTCACCAACAACCTTGCCACACCATCACTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786585 40 - 196418989 GAACATTTTTCCTTAACAACCTTGCCACACCATCACTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371942.000000
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s panTro2.chr21  15371584 42 +  46489110 GCATAATGTGCACCAATGAGTGGTAATGTAAGATTTTATTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915561 42 +  48394510 GTGTAGTGTGCACCAATGAGTGGTAATGTAAGATTTTATTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786625 42 - 196418989 GCGTAGTGTGCGCCAATGAGTGGTAATGTAAGATTTTATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=166909.000000
s hg19.chr21     16651524 29 +  48129895 TGGTTAAAGCTCAGATGTTTTCAGCAGAC
s panTro2.chr21  15371626 29 +  46489110 TGGTTAAAGCTCAGATGTTTTCAGCAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915603 29 +  48394510 TGGTTAAAGCTCAGATGTGTTCAGCAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786667 29 - 196418989 TGGTTAAAGCTCAGATGTTTTCAGCAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-132112.000000
s hg19.chr21     16651553 22 +  48129895 AGAGAGCTTGGAAGCAGAGCAA
s panTro2.chr21  15371655 22 +  46489110 AGAGAGCTTGGAAGCAGAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915632 22 +  48394510 AGAGAACTTGGAAGCAGAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786696 22 - 196418989 AGAGAGCTTGGAAGCAGAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=128387.000000
s hg19.chr21     16651575 32 +  48129895 GCTCTGATAATAGCTCTTGCTCTTTGTGGGTG
s panTro2.chr21  15371677 32 +  46489110 GCTCTGATAATAGCTCTTGCTCTTTGTGGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915654 32 +  48394510 GCTCTGATAATAGCTCTTGCTGTTTGTGGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164786718 32 - 196418989 GCTCTGATAATAGCTCTTGCTGTTTGTGGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=394286.000000
s hg19.chr21     16651607 29 +  48129895 TGTACAGTGAATTTTAATTCACCTTGTTT
s rheMac2.chr3  164786750 29 - 196418989 TGTACAGTGAATTTTAATTCACCTTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371709 29 +  46489110 TGTACAGTGAATTTTAATTCACCTTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=655047.000000
s hg19.chr21     16651636 61 +  48129895 ATATAAGAAGGGtataatattaaatataattttGGCATAGGCTTTAAAAAACAACAGCCTT
s rheMac2.chr3  164786779 61 - 196418989 ATATAAGAAGGGTATAATATGAAATATAATTTTGGCATAGGCTTTAAAAAACAACAGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915715 61 +  48394510 ATATAAGAAGGGtataatattaaatataattttGGCATAGGCTTTAGAAAACAACTGCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371738 61 +  46489110 ATATAAGAAGGGtataatattaaatataattttGGCATAGGCTTTAAAAAACAACAGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=674881.000000
s hg19.chr21     16651697 71 +  48129895 AATATATTGATAAATTAGTACTTTGGGCTGTTGTCTCTTTTCTCCCAAAAGAAAATTCAATTAGAGTTAGG
s rheMac2.chr3  164786840 71 - 196418989 AATATATTGATAAATTAGTACTTTGGGCTGTTGTCTCTTTTCTCCCAAAAGAAAATTCAATTAGAGTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915776 71 +  48394510 AATATATTGATAAATTAGTACTTTGGGCTGTTGTCTCTTTTCTCCCAAAAGAAAATTCAATTAGAGTTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371799 71 +  46489110 AATATATTGATAAATTAGTAATTTGGGCTGTTGTCTCTTTTCTCCCAAAAGAAAATTCAATTAGAGTTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=314978.000000
s hg19.chr21     16651768 53 +  48129895 GTCATGTTGTCCCATAATGTTCGACAGAAGAGTGTTTGAATTCCATAGCCGAT
s rheMac2.chr3  164786911 53 - 196418989 GTCATGTTGTCCCATAATGTTTGACAGAAGAGTGTTTGAATTCCATAACCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915847 53 +  48394510 GTCATGTTGTCCCATAATGTTTGACAGAAGAGTGTTTGAATTCCATAACCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371870 53 +  46489110 GTCATGTTGTCCCATAATGTTTGACAGAAGAGTGTTTGAATTCCATAGCCGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=302944.000000
s hg19.chr21     16651821 15 +  48129895 TTTTAGAAACAGTAG
s rheMac2.chr3  164786964 15 - 196418989 TTTTAGAAACAGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=351870.000000
s hg19.chr21     16651836 45 +  48129895 CTTGAGTTATTTTCTTCCCTAGTGCAGTTACCATGGAATTGATAT
s rheMac2.chr3  164786979 45 - 196418989 CTTGAGTTATTTTCTTCCCTAGTGCAGTTACCATGGAATTGATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915915 45 +  48394510 CTTGAGTTATTTTCTTCCCTAGTGCAGTTACCATGGAATTGATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371938 45 +  46489110 CTTGAGTTATTTTCTTCCCTAGTGCAGTTACCATGGAATTGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=95268.000000
s hg19.chr21     16651881 16 +  48129895 AAAAACTTGGATATTT
s rheMac2.chr3  164787024 16 - 196418989 AAAAACTTGGATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915960 16 +  48394510 AAAAACTTGGATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371983 16 +  46489110 AAAAACTTGGATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=463051.000000
s hg19.chr21     16651897 30 +  48129895 CTATATTACTCATTTCAGAAATGTGTTCAA
s rheMac2.chr3  164787040 30 - 196418989 CTATATTACTCATTTCAGAAATGTGTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14915976 30 +  48394510 CTATATTACTCATTTCAGAAATGTGTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15371999 30 +  46489110 CTATATTACTCATTTCAGAAATGTGTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=475641.000000
s hg19.chr21     16651927 34 +  48129895 CTTTAAGGAATTATTTGGGTCTTAAAAAGTATTT
s rheMac2.chr3  164787070 33 - 196418989 CTTTAAGGAATTATTTGAATCTT-AAAAGTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14916006 34 +  48394510 CTTTAAGGAATTATTTGGGTCTTAAAAAGTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15372029 34 +  46489110 CTTTAAGGAATTATTTGGGTCTTAAAAAGTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=258616.000000
s hg19.chr21     16651961 25 +  48129895 TGCAACCAACTCATCTATACCATCA
s rheMac2.chr3  164787103 25 - 196418989 TGCAACCAACTCATCTATACCATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2736106.000000
s hg19.chr21     16651986 254 +  48129895 ACTCCTGACTCACCTTCAAGCAATGTTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTTTACCCCCTTAAATTGGAACTGATGTTTTATATCTAATCTGTTATAGACAAGatacaaattgcatgagggcaaggacattttctggttcattccctgcctagccctcaatgacatggtgaatgcctaacaACAACAACAATTCTAATAAATGAAGGAGAAGTTAGTGGGCTGTTTCAAGCAGTATTTCCTGTAACAGCTGTGTTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14917325 80 +  48394510 aaaagctgggatcttgtcacatgaccatgaaagattaggctcgcagatactttgaagggtgagaagagcagggttcattg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15373347 80 +  46489110 aaaagctgggatcttgtcacatgaccatgaaagattaggctggcagatactttgaagggtgagaagagcagggttcattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15373953 68 +  46489110 ttgatctTCCGAttcttttgttaaatttttattttctaaatatctatttcttgtttcatgagtgttcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14917931 68 +  48394510 ttgatcttctgattcttttgttaaatttttattttctaaatatctatttcttgtttcatgagtgttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16653921 55 +  48129895 tttttatgcattttcatgttgttctgtgggttcaatacctctcttacctctccag
s panTro2.chr21  15374021 55 +  46489110 tttttatgcattttcatgttgttctgtgggttcaatacctctcttacctctccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14917999 55 +  48394510 tttttatgcattttcatgttgctatgtgggttcaataccactcttacctctccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164789585  0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  15374523  8 +  46489110 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=95786.000000
s hg19.chr21     16655358 31 +  48129895 AAGTGTCCACTCTGTACCATATACATGGTAA
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a score=416549.000000
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a score=587101.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=84754.000000
s hg19.chr21     16655735 12 +  48129895 AAAGGCAGATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15375820 41 +  46489110 aaaagcaaattaaaaaaagaaaaaaggaaaaaaaaaagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-63755.000000
s hg19.chr21     16655826 17 +  48129895 gtaaacaaaaCACATAT
s panTro2.chr21  15375861 17 +  46489110 gtaaacaaaaCACATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14919904 17 +  48394510 gtaaacaaaaCACATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164790903 17 - 196418989 GTAAACAAAACACATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-4439.000000
s hg19.chr21     16655843 16 +  48129895 GCAGAAATACACCAAC
s panTro2.chr21  15375878 16 +  46489110 GCAGAAATACACCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14919921 16 +  48394510 GCAGAAATACACCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164790920 16 - 196418989 GCAGAAATACACCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=899399.000000
s hg19.chr21     16655859 82 +  48129895 AAAAATACACGTCGTCCATCACTGCACATTCTTCTCTTTCCTGGAAAGAATGGCAGCGACTATGAAGAGTTTTTCAGAGGCT
s panTro2.chr21  15375894 82 +  46489110 AAAAATACACGTCGTCCATCACTGCACATTCTTATCTTTCCTGGAAAGAATGGCAGCGACTATGAAGAGTTTTTCAGAGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14919937 82 +  48394510 AAAAATACACATCGTCTATCACTGCACATTCTTATCTTTCCTGGAAAGAATGGCAGTGACTATGAAGAGTTTTTCAGAGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164790936 81 - 196418989 AAAAAAACACGTCGTCCATCTCTGCAC-TTCTTATCTTTCCTGGAAAGAATGGCAGCGACTAGGAAGAGTTTTTCGGAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=797468.000000
s hg19.chr21     16655941 39 +  48129895 AGATGCTCCCGTGAAATTTGCACCTGGTCCTGAGGTGAG
s panTro2.chr21  15375976 39 +  46489110 GGATGCTCCCGTGAAATTTGCACCTGGTCCTGAGGTGAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164791017 39 - 196418989 GGATGCTCCCATGAAATGTGCACCTGGTCCTGAGGTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1620653.000000
s hg19.chr21     16655980 94 +  48129895 CCAGATTGGCAGGAAGAGAAGGCAGAGCTGACTCCATACTGTTATTCCTTAGCCAATCACCAGAGTGACAAACCTTGAGTGAGCTTGAACCACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164791056 94 - 196418989 CCAGATTGGCAGGAAGAGAAGGCAGAGCTGATTCCAACCTGTTATTCCTTAACCAATCACCAGCGTGACAAACCTTGAGTGAGCTTGAACCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14920152 38 +  48394510 GATGCCCACTAGATGTTCATCCCTGTGTTAAAAAAAGA
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s rheMac2.chr3  164791150 38 - 196418989 GATGCCCGCTAGATGTTCATCCCTGTGTTAAAAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1529816.000000
s hg19.chr21     16656112 77 +  48129895 TTTGGTGAAAATAGTGGCTGGTCCTGAGCCCAGCAAGGATGGAGATGAAGAATGATAAGTTATTCATTTCTAAAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164791188 77 - 196418989 TTTGGTGAAAATAGTGGCTGGTCCTGAGCCCAGCAAGGATGGAGATGAAGAATGATAAGTTATTCATTTCTAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3232463.000000
s hg19.chr21     16656189 137 +  48129895 TTTATAAATATAGGACTTGCTTAACACTGACTGCTGACCTTGAATTCCCTTCTTCTGAGTATGTCTGCAATTCTAAAAGCAGCCCCAGAAGGCTGGAAAACGACTCACAAAGTGGCTATTAATAAACAGTGGTACAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14920267 137 +  48394510 TTTATAAATATAGGACTTGCTTAACACTGACTGCTGACCTTGAATTCCCTTCTTCTGAGTATGTCTGCAATTCTAAAAGCAGCCCCAGAAGGCTGGAAAACGACTCACAAAGTGGCTATTAATAAACAGTGGTACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164791265 137 - 196418989 TTTATAAATATAGGACTTGCTTAACACTGACTGCTGACCTTGAATTCCCTTCTTCTGAGTATGTCTGCAATTCTAAAAGCAGCCCCAGAAGGCTGGAAAACGACTCACAAAGTGGCTATTAATAAACAGTGGTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=824802.000000
s hg19.chr21     16656326 47 +  48129895 ATAAAAGTGACAGAAGTCCAAAGTGTGTAGACAGGTGTTTTACTTCA
s panTro2.chr21  15376361 47 +  46489110 ATAAAAGTGACAGAAGTCCAAAGTGTGTAGACAGGTGTTTTACTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14920404 47 +  48394510 ATAAAAGTGACAGAAGTCCAAAGTGTGTAGACAGGTGTTTTACTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164791402 47 - 196418989 ATAAAAGTGACAGAAGTCCAAAGTGTGTAGACAGGTGTTTTACTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=773452.000000
s hg19.chr21     16656373 62 +  48129895 ATAGAGTAATGAAATGCTGAAGCAATGCAGGTGTTCAGCAGCCACAGCTTTGTCTGAACACT
s panTro2.chr21  15376408 62 +  46489110 ATAGAGTAATGAAATGCTGAAGCAATGCAGGTGTTCAGCAGCCACAGCTTTGTCTGAACACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14920451 62 +  48394510 ATAGAGTAATGAAATGCTGAAGCAATGCAGGTGTTCAGCAGCCACAGCTTTGTCTGAACACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164791449 62 - 196418989 ATATTGTAATGAAATGCTGAAGCAGTGCAGGTGTTCAGCAGTCACAGCTTTGTCTGAACACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100491.000000
s hg19.chr21     16656435 37 +  48129895 GCAGGGTATGTGTGTGTATGTGCCTGTGAGTACACAC
s panTro2.chr21  15376470 37 +  46489110 GCAGGGTATGTGTGTGTATGTGCCTGTGAGTACACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14920513 37 +  48394510 GCAGGGTATGTGTGTGTATGTGCCTGTGAGTACACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164791511 37 - 196418989 GCAGGGTATATGTGTGTATGTGCCTGTGAGTACACAC
i rheMac2.chr3  C 0 M 571

a score=-211274.000000
s hg19.chr21     16656472  52 +  48129895 ACACCCGTGTATGCATGCAACTTAAGCACACACACTTTGGGGAAGCACTTAC
s panTro2.chr21  15376507  52 +  46489110 ACACCTGTGTATGCATGCAACTTAAGCACACACACTTTGGGGAAGCACTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14920550  52 +  48394510 ACTCCTGTGTATACGTGCAACTTAAGCACGCACACTTTGGGGAAGCACTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164791548 571 - 196418989 M

a score=-7727.000000
s hg19.chr21     16656524  29 +  48129895 TATGTGCACTCTGCAGTAACAAATCATGA
s panTro2.chr21  15376559  29 +  46489110 TATGTGCACTCTGCAGTAACAAATCATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14920602  29 +  48394510 TATGTGCGCTCTGCAGTGACAAATCATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164791548 571 - 196418989 M

a score=27847.000000
s hg19.chr21     16656553  29 +  48129895 TTTGCTTCCAATCATTGCTATATTGATTT
s ponAbe2.chr21  14920631  29 +  48394510 TTTGCTTCCAATTATTGCTATATTGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15376588  29 +  46489110 TTTGCTTCCAATCATTGCTATATTGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164791548 571 - 196418989 M

a score=39325.000000
s hg19.chr21     16656582  43 +  48129895 AAGAGAGAATGTGCTCTTAATAAGCATTATCCACCGCAGAATG
s ponAbe2.chr21  14920660  43 +  48394510 AAGAGAGAACGTGCTCTTAATAAGCATTATCCACCGCAGAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15376617  43 +  46489110 AAGAGAGAATGTGCTCTTAATAAGCATTATCCACCGCAGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164791548 571 - 196418989 M

a score=-20904.000000
s hg19.chr21     16656625  27 +  48129895 CACATAGTAAGTGCTTTCCATTCCAAT
s ponAbe2.chr21  14920703  27 +  48394510 CACATAATAAGTGCTTCCCATTCCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15376660  27 +  46489110 CACATAGTAAGTGCTTTTCATTCCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164791548 571 - 196418989 M

a score=92620.000000
s hg19.chr21     16656652 52 +  48129895 GTTCCTTGGTTTCAGCAATGTCAATGACTGTACtgtattagtctgttctcac
s panTro2.chr21  15376687 52 +  46489110 GTTCCTTGGTTTCAGCAATGTCAATGACTGTACtgtattagtctgttctcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14920730 52 +  48394510 GTTCCTTGGTTTCAGCAATGTCAATGACTATACtgcattagtctgttctcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164792119 52 - 196418989 GTTCCTTGGTTTCAGCAATGTCAATGACTATACtgtattagtctgttctcac
i rheMac2.chr3  M 571 C 0

a score=584609.000000
s hg19.chr21     16656704 336 +  48129895 actgctaataaagacataccaaagagtgggtaatttgtaaaggaaagaggtttaattgattcacagttccatatggttggggaggcctcacaatcatggtggaaggcgaatgaaaagcaaagtcatgtcttacatggtagcaggcaagagaaagcttgtgcagaggagctctcctttataaaaccatcagatatcatgagacttatttactaccacaagaagagtatggaagaaactgcccccatgattcaattatctctacctggccccacccttgacatgtggggattatta-agttcaaggtgagatttgggtggggacacagcaaaactgtat
s rheMac2.chr3  164792171 337 - 196418989 actgctaataaagacataccaaagcgtggataatttgtaaagcaaagaggtttagttgattcacagttccacatggttggggagacctcacaatcatggtggaaggcgaatgaaaagcaaagtcttgtcttacgtagtggcaggcaagagaaagcttgtgcagaggagctctcctttataaagccatcagatatcgtgagacttacttactaccacgagaacagtatggaggaaactgcccccatgattcaattatctctacctggccccacccttgacacgtggggattattacagttcaaagtgggatttgggcggggacacagtaaaaccatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14920782 336 +  48394510 actgctaataaagacataccaaagagtgggtaatttgtaaaggaaagaggtttaattgattcacagttccacatggttggggaggcctcacaatcatggtggaaggcaaatgaaaagcaaagtcatgtcttacatagtagcaggcaagagaaagcttgtgcagaggagctctcctttataaaaccatcagatatcatgagacttatttactaccacaagaaaagtatggaggaaactgcccccatgattcaattacctctacccggccccacccttgacaggtggggattatta-agttcaaggtgagatttgggtggggacacagcaaaaccatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15376739 336 +  46489110 actgctaataaagacataccaaagagtgggtaatttgtaaaggaaagaggtttaattgattcacagttccacatggttggggaggcctcacaatcatggtggaaggcgaatgaaaagcaaagtcatgtcttacatggtagcaagcaagagaaagcttgtgcagaggagctctcctttataaaaccatcagatatcatgagacttgtttactaccacaagaagagtatggaagaaactgcccccatgattcaattatctctacctggccccacccttgacatgtggggattatta-agttcaaggtgagatttgggtggggacacagcaaaactgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=114944.000000
s hg19.chr21     16657040 56 +  48129895 c----aCTTAACAAGAAACTTAACAAAGTAATGTTGGACCTAAATATTTTAGTTTTTTCC
s panTro2.chr21  15377075 60 +  46489110 caCTTACTTAACAAGAAACTTAACAAAGTAATGTTGGACCTAAATATTTTAGTTTTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14921118 60 +  48394510 caCTTACTTAACAAGAAACTTAACAAAGTAATGTTGGACCTAAATATTTTAGTTTTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=22619.000000
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s panTro2.chr21  15377135 36 +  46489110 AGTATGAT----------------tttatttatttatttatttatttatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14921178 44 +  48394510 AGTATGAT--------TTTTTTAATTAATTAAtttctttatttatctatttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15377923 427 +  46489110 TTAAGGTAATTCAAACTTGTGCTTGGCCGAAAAAGAACTGTATGCTAAATTTATGTATGTTCGCAGAGACAGAGAGAAACTATTTTTTCTCTGTCCCCTTCATGAGACATTTAAACAAGTGAGTAACAGGTGCTGCATGCCTGGAACACACTGTACTCTGAATATTCTCGTAAGGAGTTGTGAACTCTGGGGAGAGCATTTCATATCCAAGTCCTCATGAACAACACCTGTGCTTGGTCAGTCACCGGAAGGATACACCCTTGGTGATAAAAAGGGATTTTATTGGGCTATGGATAGAATTGTTTCATTAAATACTTGGGAAGGAAGCTGATAAATTAAGTCTACCAAGTTGGATAATAACTGCATGCCCTTTTGGATAAGCTATTTTATCTGTGCTTTGAATGGAAGAAATAATGCAAGATTGAAC
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s ponAbe2.chr21  14921956 427 +  48394510 TTAAGGTAATTCAAACTTGTGCTTGGCCGAAAAAGAACTGTATGCTAAATTTATGTATGTTCGCAGAGACAGAGAGAAACTATTTTTTCTCTGTCCCCTTCATGAGACATTTAAACAAGTGAGTAACAGGTGCTGCATGCCTGGAACACACTGTACTCCGAATATTCTCGTAAGGAGTTGTGCACTCTGGGGAGAGCATTTCATTTCTAAGTCCCCATGAACAACACCTGTGCTTGGTCAGTCACCGGAAGGATACACCCTTGGTGATAAAAAGGGATTTTATTGGGGTATGGATAGAATCGTTTTGTTAAATACTTGGGAAGGAAGCTGATAAATTAAGTCTACCAAGTTGGATAATAACTGCATGCACTTTGGGATAAGCTGTTTTATCTGTGCTTTGAATGGAAGAAATAATGCAAGATTGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164793349 419 - 196418989 TTAAGGTAATTCAAACTTGTGCTTGGCCGAAAAAGAACTGTATGCTAAATTTATGTATGTTCCCAGAGACAGAGAGAAACTATTTTTTCTCTGTCCCCTTCATGAGACATTTAAACAAGTGAGTAACAGGTGCTGCATGCCTGGAACACACTGTACTCTGAATATTCTCGTAAGAAGTTGTGCACTCTGGGGAGAGCATTTCATTTCTACGTCCTCATGAACAACACCTGTGCTTGGTCAGTCACTGGAAGGATACACCCTTGGTGAT---AAGGGATTTTATTGGGCTGTGGATAGAATTG-----TTAAATACTTGGGAAGGAAGCTGAGAAATTAAGTCTACCGGGTTGGATAATAACTGCATGTACTTTGTGATAAGTTGTTTTATCTGTGATTTGAATGGAAGAAATAATGCAAGATTGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14922383 78 +  48394510 CACCAAACTAGTGTATTATTTTAATTTG-AAAAAAATACTTACTTTTTCTAATAAGAAATATGAAACTTTATTGTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-4789.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164794015 127 - 196418989 GAGAAGAGCTCTAGAGACAATATTTGTAAGCCATAAATTACTAATACATATGTACTTATGATGAATAAATTATTTTGCAATATGATGAGCATGATCTTCCTTTGAAGAGAAAAATAAAATCTAGGTT
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a score=363679.000000
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a score=659228.000000
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a score=412434.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14924659 328 +  48394510 Ctgtgatggttaattttgtgcatcaacttgactcggtcaaggggtgcccaaacgttatttctgggtgtgtctgaaagggaatttccaggtgatattggcatttgaatcagtggcttcagtaaatatcgcccttcccaatatatgtgggcatcatccaatccattgagggcctgaatagaataaaaggggaaagaaggggcaatttgtcgctttttgcttctggcctgcctgcttaagctgggaca---------------ccatggactgagatttacaccatcggctcccctgaatctcaggccttcagactcagactgaaattagctactggcttttctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164796052 335 - 196418989 Ctgtgatggttaattttgtgcatcaacttgactcggtcaaggggtacccaaacgttatttctgggtgtgtctgcaagggaatttccagctgatattggcatttgaatcagtggcttcagtaaatatcacccttcccaataaatgtgagcatcatctaatccattgaggg-ctgaatagaataaaaggggaaagaaggggcaatttgtcgctttttgcgtctggcctgcctccttgagctgggacatcagctttctctttcccatggactgaggtttacaccatcggctcccctgaatctcaggccttcagactcagactgaaat-------tggctttttcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=323200.000000
s hg19.chr21     16660934 89 +  48129895 ggattcagcttgcagttggcagatcatgggacttctcagccttcataattgagtgagccaattcctcataacagatctcttcctataca
s panTro2.chr21  15380955 89 +  46489110 ggattcagcttgcagttggcagatcatgggacttctcagccttcataattgagtgagccaattcctcataacaaatctcttcctataca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14924987 89 +  48394510 ggattcagcttgcagttggcagatcatgggacttctcagccttcataactgagtgagccaattcctcataacaaatctcttcctatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164796387 89 - 196418989 ggattcagcttgcagttggcagatcgcgggacttctcagccttcataattgggtgagccaattcctcacaacaaatctcttcctataca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=102737.000000
s hg19.chr21     16661023 39 +  48129895 catccttttggttctgcttctctgaggaaccctgactga
s rheMac2.chr3  164796476 39 - 196418989 catccttctggttctgcttctctggggaaccctgactga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14925076 39 +  48394510 catccttttgattctgcttctctggggaaccctgactga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15381044 39 +  46489110 catccttttggttctgcttctctgaggaaccctgactga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=826440.000000
s hg19.chr21     16661062 194 +  48129895 tataACATCCTTCCCCCATACTCTAGGACCTTGATCACCACTTAGGTCCCCTTTTTGTAAATATTCCACATTTCGTTTTTCTTCTGAAACCCTCCTCCAGAGTTATACTGATATGCCCGAGTCTTCCTCACCCTCAAAAATATGTTATTTTATCCCTACATCCTATTTAAGCAACTTATTAATTCCTCTGTCAG
s rheMac2.chr3  164796515 193 - 196418989 tataACATCCTTCCCCCATACTCTAAGACCTTGATCATCATTTAGGTCCCCTTTTTGTAAATATTCCACATTTCTTTTATCTTCTGAAACCCTCCTCCAGAGTTATATTGATATGTCCAAGTCTTCCTCACCCTC-AAAATATGTTATTTTATCCCTACATCCTATTTAAGCAACTTCCTAATTTCTCTTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14925115 194 +  48394510 tataACATCCTTCCCCCGTACTCTAGGACCTTGATCATCATTTAGGTCCCCTTTTTATAAATATTCCACATTTCTTTTTTCTTCTGAAACCCTCCTCCAGAGTTATATTGATATGCCCGAGTCTTCCTCACCCTCAAAAATATGTTATTTTATCCCTACATCCTATCTAAGCAACTTATTAATTCCTCTTTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15381083 194 +  46489110 tataACATCCTTCCCCCATACTCTGGGACCTTGATCACCATTTAGGTCCCCTTTTTGTAAATATTCCACATTTCGTTTTTCTTCTGAAACCCTCCTCCAGAGTTATATTGATATGCCCGAGTCTTCCTCACCCTCAAAAATATGTTATTTTATCCCTACATCCTATTTAAGCAACTTATTAATTCCTCTTTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-116435.000000
s hg19.chr21     16661256 31 +  48129895 GGGGTGAGGGGAGGTTAAAAAAAAAGA-------AAAA
s rheMac2.chr3  164796708 38 - 196418989 GGGGTGAGGGGAGATTAAAAAAAAAAAAAGATAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14925309 29 +  48394510 GGGGTGAGGGGAGGTT--AAAAAAAGA-------AAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15381277 31 +  46489110 GGGGTGAGGGGAGGTTTAAAAAAAAGA-------AAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=262976.000000
s hg19.chr21     16661287 58 +  48129895 AAGAACACACTTACTGGCTGTATATTCTCGAGTTTCAAACAGTCCTTCACTTATTACA
s rheMac2.chr3  164796746 58 - 196418989 AAGAACACACTTCCTGGCTCCATGTTCTCGAATTTCATACAGTCCTTCACTTACTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14925338 58 +  48394510 AAGAACACACTTTCTGGCTGTATGTTCTCGAGTTTCATACAGTCCTTCACTTATTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15381308 58 +  46489110 AAGAACACACTTACTGGCTGTATATTCTCGAGTTTCAAACAGTCCTTCACTTATTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=688207.000000
s hg19.chr21     16661345 123 +  48129895 ATCTAGTGTTCTTTCTCTTCACCCT------------------AAGAAGACTGTTCTCCCTTTAGCCACAAATGACATTCTCATCACCAAATCTTTTGCTTTTGGTCACATTGCTTAATTTCCCTACAGTATTTGATGCTT
s panTro2.chr21  15381366 123 +  46489110 ATCTAGTGTTCTTTCTCTTCACCCT------------------AAGAAGACTGTTCTCCCTTTAGCCACAAATGACATTCTCATCACCAAATCTTTTGCTTTTGGTCACATTGCTTAATTTCCCTACAGTATTTGATGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14925396 123 +  48394510 ATCTAGTGTTCTTTTTCTTTACCCT------------------AAGAAGACTGTTCTCCCTTTAGCCACAAATGACATTCTTATCACCAAATCTTTTGCTTTTGGTCACATTGCTTAATTTCCCTACAGAATTTGATGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164796804 140 - 196418989 ATCTGGTGTTCTTTCTTATCATCTTTTAATCACCCTGTGATTAAAGAAGACTGTTCTCCC-TTAATCACAAATGACATTCTCATCACCAAATCTTTTGCTTTTGGTCACATTACTTAATTTCCCTACAGAATTTGATGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=91330.000000
s hg19.chr21     16661468 49 +  48129895 GATATTATTTCTTGTAGGAATTCTGTGGTACTAAtgtcacgagattctt
s panTro2.chr21  15381489 49 +  46489110 GATATTATTTCTTGTAGGAATTCTGTGGTACTAAtgtcacgagattctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14925519 49 +  48394510 GATATTATTTCTTGTAGGAATTCTGTGGTACTAAtgtcacgagattctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164796944 49 - 196418989 GATATTATTTTTTGTAGGAATTGTATGGTACTAAtgccacgagattctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2225277.000000
s hg19.chr21     16661517 1319 +  48129895  
s panTro2.chr21  15381538 1319 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14925568 1318 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164796993 1305 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 6

a score=241447.000000
s hg19.chr21     16662836 200 +  48129895 aggggaccttcccgggcctgagagtgcagagatgccaaggtccacagccacagcttgggcagcttcagctgcaccctgtagggtggggctcctgcctgctcccggcccctaagagtacagggaggcctgggtctgcagctgcgcccaaggagtgcgaagcttccaccctgtcaactgagaagggggtggggcttctgtcc
s panTro2.chr21  15382857 200 +  46489110 aggggaccttcccgggcctgagagtgcagagatgccaaggtccacagccacagcttgggcagcttcagctgcaccctgtagggtggggctcctgcctgctcccggcccctaagagtacagggaggcctgggtctgcagctgcgcccaaggagtgcgaagcttccaccctgtcaactgagaagggggtggggcttctgtcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14926886 200 +  48394510 agtgggccttcccgggccggagagtgcagagatgccaaggtccacagccacagcttgggcggctgcagctgcaccctgtagggtggggctcctgcctgctcccggcccctaagagtacacggaggcctgggtgtgcagctgcgcccaaggagtgcgaagcttccaccctgtcaactgagaagggggtggggcttctgtct
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
s rheMac2.chr3  164798304 200 - 196418989 gggaggccttcccgggaccgagagtgcagagatgccaaggtccacagccacagcttgggcagctgcagctgcaccctgtatggtggggctcctgccagctcccggcccctgagagtacggggaggcctgggtctgcagttgcgcccaaggagtgcgaagcttccaccctgtcaactgagaagggggtggggcttctgcct
i rheMac2.chr3  I 6 I 4

a score=161654.000000
s hg19.chr21     16663036 99 +  48129895 cggctcccaccggctacacgcagcacagagccctagccacgcctccccgagtgcagctggagtcatggcagcagctgctctagacgggccaccgctgcc
s rheMac2.chr3  164798508 98 - 196418989 ccgctcccaccagctacaggcagctcctagccctagccacgcctccccgagtgcagctggagtcatggcagcagcc-ctctagacaggccgccgctgcc
i rheMac2.chr3  I 4 C 0
s ponAbe2.chr21  14927090 99 +  48394510 ccgctcccaccagctacaggcagcacatagccccagccacgcctcccggagtgaagctggagtcatggcagcagctgctctagacgggcgactgctgcc
i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s panTro2.chr21  15383057 99 +  46489110 cggctcccaccggctacacgcagcacatagccctagccacgcctccccgagtgcagctggagtcatggcagcagctgctctagacgggccaccgctgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=81914.000000
s hg19.chr21     16663135 52 +  48129895 atcaCTAATCTCTTCTAGTTTCTATTTGCTTTTCCGCCTTTCAATGGGCTCA
s rheMac2.chr3  164798606 52 - 196418989 atcaCTAATCTCTCCTAGTTTCTGTTTGCTTTTCCGCCTTTCAATGGGCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927189 52 +  48394510 atcaCTAATCTCTTCTAGTTTCTATTTGCTTTTCCGCCTTTCAATGGGCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383156 52 +  46489110 atcGCTAATCTCTTCTAGTTTCTATTTGCTTTTCCGCCTTTCAATGGGCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=143385.000000
s hg19.chr21     16663187 45 +  48129895 CCTATTGCATTGTGTGGGTGTTCCCTCAGTATATAAAGGTACGAT
s panTro2.chr21  15383208 45 +  46489110 CCTATTGCATTGTATGGGTGTTCCCTCAGTATATAAAGGTACGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927241 45 +  48394510 CCTATTGCATTATATGGGTGTTCCCTCAGTATGTAAAGGTACGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164798658 45 - 196418989 CCCATTGCACCGTGTGGGTGTTCCCTCAGTATGTAAAGGTACGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=273518.000000
s hg19.chr21     16663232 77 +  48129895 CCTTGATCTTCATTTCTTTTCTTTTACAGCAGCCGTACATGATCCCATTTTTATCAACAGCTTTATCTTATATTATG
s panTro2.chr21  15383253 77 +  46489110 CCTTGATCTTCATTTCTTTTCTTTTACAGCAGCCGTACATGATCCCATTTTTATCAACAGCTTTGTCTTATATTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927286 77 +  48394510 CCTTGATCTTCATTTCTTTTCTTTTACAGCAGCCGTACATGATCCCATTTTTATCAATAGCTTTATCTTATATTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164798703 77 - 196418989 CCTCCATCTTCATTTCTTTTCTTTTACAGCAGCCCTACATGATCCCATTTTTATCAATAGCTGTATTTTATATTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266662.000000
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s rheMac2.chr3  164798780 24 - 196418989 AGCCATGTTTCCATGTGCAGATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927363 24 +  48394510 AGCTATATTTCCATGTGCAGATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383330 24 +  46489110 AGCTATACTTCCACGTGCAGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=405626.000000
s hg19.chr21     16663333 72 +  48129895 CTTCTCAATCTGTATGTCCAGTCATCTCCCGTTGTCATTTCCTTCAGTCCATTCTGACCTTTATCTTTTATT
s rheMac2.chr3  164798804 72 - 196418989 CTTCTCAATCTGTACGTCCAGTCATCTCCCCTTGTCATTTCATCCAGTCCATTCTGACCTTCATCTTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927387 72 +  48394510 CTTCTCAATCTGTATGTCCAGTCATCTCCTGTTGTCATTTCCTTCAGTCCATTCTGACCTTTATCTTTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383354 72 +  46489110 CTTCTCAATCTGTATGTCCAGTCATCTCCCGTTGTCATTTCCTTCAGTCCATTCTGACCTTTATCTTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-171616.000000
s hg19.chr21     16663405 18 +  48129895 AATAAAAAGAATGCACTG
s rheMac2.chr3  164798876 18 - 196418989 AATAAAAAGAATGCACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927459 18 +  48394510 AATAAAAAGAATGCCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383426 18 +  46489110 AATAAAAAGAATGCACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=184520.000000
s hg19.chr21     16663423 22 +  48129895 CTTCCTATCTCTACCTCATTTA
s rheMac2.chr3  164798894 22 - 196418989 CTTCATATCTCTACCTCGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927477 22 +  48394510 CTTCATATCTCCACCTCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383444 22 +  46489110 CTTCATATCTCTACCTCATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=261848.000000
s hg19.chr21     16663445 31 +  48129895 AACACCCCTGATGTTTGTAGGATACAGGTCA
s panTro2.chr21  15383466 31 +  46489110 AACACCCCTGATGTTTGTAGGATACAGGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927499 31 +  48394510 AACACCCCTGATGTTTGTAGGATACAGGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164798916 30 - 196418989 AA-AACCCTGATGCTTGTAGGATACAGGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=225835.000000
s hg19.chr21     16663476 42 +  48129895 AACTGTTTAGTGTGGTGTAAAGTCCACCAGCATCTGGATTCT
s panTro2.chr21  15383497 42 +  46489110 AACTCTTTAGTGTGGTGTAAAGTCCACCAGCATCTGAATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927530 42 +  48394510 AACTCTTTAGTGTGGTGTAAAATCCACCAGCGTCTGGATTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1070405.000000
s hg19.chr21     16663518 131 +  48129895 CATCTTCTACTATTCATAGCTGCATGTACTCTCCTCCAATCATATTGGAATTCTTATGATAATCTTTTCTTCTGCAATATTTGTGTACCGTTAGCCTCTCCCCTCCACCCCAGCTCAAACTCTGAAAAAAG
s panTro2.chr21  15383539 131 +  46489110 CATCTTCTACTATTCATAGCTGCATGTACTCTCCTCCAATCATATTGGAATTCTTATGATAATCTTTTCTTCTGCAATATTTGTGTACCGTTAGCTTCTCCCCTCCACCCCAGCTCAAACTCTGAAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927572 131 +  48394510 CATCTTCTACTATTCATAGCTGCGTGTACTCTCCTCCAATCATATTGGAATTCTTATGATAATCTTTTCTTCTGCAATATTTGTGTACTGTTAGCTTCTCCCCTCCACCCCAGCTCAAACTCTGAAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164798988 131 - 196418989 CATCTTTTATCATTCACAGCTACATGTACTCTCCTCCAGTCATATTGGAATTCTTATGATAATCTTTTCTTCTGCAATATTTGTGTACTATTAGCTTCTCCCCCCCACCCCAGCTCAAACTCTGAAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=159502.000000
s hg19.chr21     16663649 24 +  48129895 TTTCATGACCATGGATTGTATAAT
s rheMac2.chr3  164799119 24 - 196418989 TTTCATGACCATGGATTGTATCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927703 24 +  48394510 TTTCATGACCATGGATTTTACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=603626.000000
s hg19.chr21     16663673 62 +  48129895 ACAGATATTGAAAATACTAATATCAGTCTATTTTGTAATCACCTTGTTGGTGCCTTGAGGCA
s rheMac2.chr3  164799143 62 - 196418989 CCAGATATTGAAAATACTAATATCAGTCTATTTTGAGATCATCTTGTTGGTGCCTTGAGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927727 62 +  48394510 CCAAATATTGAAAATACTAATATCGGTCTATTTTGAGATCACCTTGTTGGCACCTTGAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383694 62 +  46489110 ACAGATATTGAAAATACTAATATCAGTCTATTTTGAAATCACCTTGTTGGTGCCTTGAGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-69505.000000
s hg19.chr21     16663735 17 +  48129895 AAGCCACACTTTTCTCC
s rheMac2.chr3  164799205 17 - 196418989 AGGCCACACTTTTCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383756 17 +  46489110 AAGCCACACTTTTCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1292881.000000
s hg19.chr21     16663752 128 +  48129895 CTGAAAAAG---AAAAAAATGTGATCATTGTCAAACATCTTGGGAATTTTTTCAATATGGGACAAGCAATAAGGTATGTGTTTGATCTGGGGATTGGAGAAACATCTTACTTCCTCACGACCAGGGACTTC
s rheMac2.chr3  164799222 130 - 196418989 CTGAAAAAGAAAAAAAAAATGTGATC-TTGTCAAACATCTTGGGAACTTTTTCAACATGGGACAAGCAATAAGGTATGTGTTTGCTCTCGGGACTGGAGAAACATCTTACTTCCTCAGGACCAGGGACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927806 130 +  48394510 CTGAAAAAG-AAAAAAAAATGTGATCATTGTCAAACATCTTGGGAACTTTTTCAATATGGGACAAGCAATAAGGTGTGTGTTTGATCTGGGGATTGGAGAAACATCTTACTTCCTCAGGACCAGGGATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383773 128 +  46489110 CTGAAAAAG---AAAAAAATGTGATCATTGTCAAACATCTTGGGAATTTTTTCAATATGGGACAAGCAATAAGGTATGTGTTTGATCTGGGGATTGGAGAAACATCTTACTTCCTCACGACCAGGGACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1935730.000000
s hg19.chr21     16663880 234 +  48129895 CAGGCATGGTATTAATCTAGAATTCtaggttgagtgtccacaatacaaattctgatgtgagaggatttgcatgtaagtggtttatggagaggaaataggaaagggtacaggagaagcaggttacatgaggggaaaaaagccaagaaagggtgtaatttcaggtaaagtcccagcct-ggctctaccctctggggaagtctagagtgtatattccacctcagacattgccctgcct
s rheMac2.chr3  164799352 234 - 196418989 CAGGCATGGTATTAACCTAGAAttttaggttgagtttccacaatacaaattctgatgtgagaagatttgcatgtaagtggtttatggagaggaaataggaaaggatacaggagaagcaggttatgtgagggg-aaaaagccaagaaaggatgtaatttcaggtaaagtcccagcctgggctttaccctctggggaactctggagtgtatactccacctcagacattgccctgcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14927936 234 +  48394510 CAGGCATGGTATTAACCTAGAATTCtagattgagtttccacaatacaaattctgatgtgagaggatttgcatgtaagtggtttatggagaggaaataggaaagggtacaggagaagcaggttacatgaggggaaaaaagccaagaaagggtgtaatttcaggtaaagtcccagcct-ggctttaccctctggggaagtctggagtgtatattccacctcagacattgccctgcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15383901 234 +  46489110 CAGGCATGGTATTAATCTAGAATTCtaggttgagtttccacaatacaaattctgatgtgagaggatttgcatgtaagtggtttatggagaggaaataggaaagggtacaggagaatcaggttacatgaggggaaaaaagccaagaaagggtgtaatttcaggtaaagtcccagcct-ggctctaccctctggggaagtctagagtgtatattccacctcagacattgccctgcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1437055.000000
s hg19.chr21     16664114 126 +  48129895 tgaggcaaatgggcttgaattgcatctgcttgcagcagcagttagtcattggctacaggctgggaaaggtggataggaatgaggatttgtaaactccagatacttccagctttgcttctggcactc
s rheMac2.chr3  164799586 126 - 196418989 tgaggcaaatgggcttgaattgcatctgcttgcagcagcagttagtcattggctacaggctgGGCTAGGCGGATAGGAATGAGGATTTGTAAACTCCAGATACTTTCAGTTCTGCTTCTGGCACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928170 126 +  48394510 tgaggcaaatgggcttgaattgcatctgcttgcagcagcagttagtcattggctacaggctgGGAAAGGTGGATAGGAATGAGGATTTGTAAACTCCAGATACTTCCAGCTCTGCTTCTGGCACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15384135 126 +  46489110 tgaggcaaatgggcttgaattgcatctgcttgcagcagcagttagtcattggctacaggctgGGAAAGGTGGATAGGAATGAGGATTTGTAAACTCCAGATACTTCCAGCTTTGCTTCTGGCACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=269855.000000
s hg19.chr21     16664240 50 +  48129895 aagagcaggccactgaaaaactgcaggtgcaagcagttagtagatcacag
s panTro2.chr21  15384261 50 +  46489110 AAGAGCAGGCCGCTGAGAAACTGCAGGTGCAAGCAGTTAGTAGATCACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928296 50 +  48394510 AAGAGCAGGCCTTTGAGAAACTGCAGGTGTAAGCACTTGGTAGATCACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164799712 50 - 196418989 AAGAGCAGGCCGCTGAGAAGCTGCAGGTGCAAGCAGTTAGTAGATCACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=699694.000000
s hg19.chr21     16664290 71 +  48129895 agctgggaatggcataaaaaactggcaacagagatgtgaaggaaCACCAATGGTATCCAATACACCTGGTT
s panTro2.chr21  15384311 71 +  46489110 AGCTGGGAATGGCATAAAAAACTGGCAACAGAGATGTGAAGGAACACCAATGGTATCCAATACACCTCGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928346 71 +  48394510 AGCTGGGAATGACATAAAAAGCTGGCAACAGAGATGTGAAGGAACACCAGTGGTATCCAATACACCTGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164799762 71 - 196418989 AACTGGGAATGGCATAAAAAACTGGCAACAGAGATGTGAAGGAACACCAATAGTATCCAATACACCTGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=436614.000000
s hg19.chr21     16664361 63 +  48129895 ACGGAGAAGCGGGCTAGGAGGCAGTATAATCACAGACCTTGACCTTTTTACTGCCAGCTGCAG
s panTro2.chr21  15384382 63 +  46489110 ACGGAGAAGCGGGCTAGGAGGCAGTATAATCACAGACCTTGACCTTTTTACTGCCAGCTGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928417 63 +  48394510 ACGGAGAAGCAGGCTAGGAGGCAGAATAATCACAGACCTTGCCCTTTTTACTGCCAGCTGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164799833 63 - 196418989 ATGGAGAAGCAGGCTAGGAGGCAGAATAAGCACAGACCTTGCCCTTTTTACTGCCAGCTGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405697.000000
s hg19.chr21     16664424 51 +  48129895 TCATAGCAAGAACAGTAGAACACAGAAGAGACAGCTTTTTGAGCAATCATC
s panTro2.chr21  15384445 51 +  46489110 TCATAGCAAGAACAGTAGAACACAGAAGACACAGCTTTTTGAGCAATCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928480 51 +  48394510 TCATAGCAAGAACAGTAGAACGCAGAAGCGACAGCTTTTTGAGCAATCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164799896 51 - 196418989 TCATAGCAAGAACAGTAGAACATAGAAGCGACAGCTTTTTAAGCAATCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1316743.000000
s hg19.chr21     16664475 189 +  48129895 TCGGGGCAGTAATGGAGTCCTTTGTCCTCAAGTGGCCATGCCTAGCCCCGCTACCAAGTGATGAGACATACCAGGACTTGGACTTCTGGGCCCCAACTAGAGGAATCACCAGTGGTTATGGGCAGCCCACTGTGCTCAACAGAGAAGAGACTTTCTGAGGGTTATTAGTAGTAGAGCAAAAGCCTGGGG
s panTro2.chr21  15384496 189 +  46489110 TCGGGGCAGTAATGGAGTCCTTTGTCCTCAAGTGGCCATGCCTAGCCCCGCTACCAAGTGATGAGACATACCAGGACTTGGACTTCTGGGCCCCAACTAGAGGAATCACCAGTGGTTATGGGCAGCCCACTGTGCTCAACAGAGAAGAGACTTTCTGAGGGTTATTAGTAGTAGAGCAAAAGCCTGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928531 189 +  48394510 TCTGGGCAGTAATGGAGTCCTTTGTCCTCAAGTGGCCATGCCTAGCCCCACTACCAAGTGATGAGACATACCAGGACTTGGACTTCTGGGCCCCAACTAGAGGAATCACCAGTGGTTATGGGCAGCCCACTGTGTTCAACAGAGAAGAGACTTTCTGAGGGTTATTAGTAGTAGAGCAAAAGCATGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164799947 187 - 196418989 TCTGGGCAGTAATGGAGTCCTTTGTCCTCAAGTGGCCATGCCTAGCCCCACTAGGAAGT-ATGAGACATACCAGGACTTGGACTCCTGGG-CCCAGCTAAAGGAATCACTAGTGGTCATGGACATCCCACTGTGCTCAACAGAGAAGAGCCTTTCTGAGGGTTATTAGTAGCAGAGCAAAAGGATGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266813.000000
s hg19.chr21     16664664 31 +  48129895 ACAAAATAAGCAGGCCGGAGAGGGATGCCCA
s panTro2.chr21  15384685 31 +  46489110 ACAAAATAAGCAGGCCGGAGAGGGATGCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928720 29 +  48394510 ACAAAATAAGCAGGCCAGAGAGGAATGCC--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800134 29 - 196418989 GCCAAATAAGCAGGCCGGAGAGGAATGCC--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=656432.000000
s hg19.chr21     16664695 128 +  48129895 GACAGAGTAATTTCAAAATGCATGCAGAATTATATTGCAGAAAACTTAGAAGTAACTAGGAAGTGGAAGAGACTCTTACAGGGAGAGAAGTCAGTAGAATCTCTGAAATCAGTTAAAGTTTGGGCTAC
s panTro2.chr21  15384716 128 +  46489110 GACAGAGTAATTTCAAAATGCATGCAGAATTATATTGCAGAAAACTTAGAAGTAACTAGGAAGTGGAAGAGACTCTTACAGAGAGAGAAGTCAGTAGAATCTCTGAAATCAGTTAAAGTTTGGGCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928749 124 +  48394510 --CAGAGTAATTTCAAAATGCTTGCAGAATTATATTGCAGAAAACTTAGAAGTAACTAGGAAGTAGAAGAGACTC--AGAGAGAGAGAAGTCAGTAGAATCTCTGAAATCAGTTAAAGTTCGGGCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800163 125 - 196418989 --CAGAGTAATTTCAAAATGCATGCAGAATTATACTGCAGAAAACTTAGAAGTAACTAGGAAGTGGAAGAGACTCTTAGAGAGAGAGAAGTCAATAGAATCTCTGAAATCAG-TAAAGTTTGGGCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179777.000000
s hg19.chr21     16664823 19 +  48129895 ACTCCTTTTAAGTACTGGT
s panTro2.chr21  15384844 19 +  46489110 ACTCCTTTTAAGTACTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928873 19 +  48394510 ACTCCTTTTAAGTATTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800288 19 - 196418989 ATTCCTTTTAAGTACTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=269619.000000
s hg19.chr21     16664842 62 +  48129895 GAGAGACTTGAATTATCAGTCTCTAAACCCCCAATGGCTGTGTA-------TTATCCAAGCATGATCCA
s panTro2.chr21  15384863 62 +  46489110 GAGAGACTTGAATTATCAGTCTTTAAACCCCCAATGGCTGTGTA-------TTATCCAAGCATGATCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928892 69 +  48394510 GAGAGACTAGAATTATCAGTCTCTAAACCCCCAATGGCTGTGTATTACAGTTTATCCATGTATGATCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800307 69 - 196418989 GAGAGACTAGAATTTTCAGTCACTAAACCCCCGATGGCTGTGTATTACAGTTTATCCATGCCTGATCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=25714.000000
s hg19.chr21     16664904 18 +  48129895 AGGAATGCAACAACAACA
s panTro2.chr21  15384925 18 +  46489110 AGGAATGCAACAACAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928961 18 +  48394510 AGGAATGGAGCAACAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800376 18 - 196418989 AGGAATGGAGCAACAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1290224.000000
s hg19.chr21     16664922 112 +  48129895 CCTATCTTCTCCTTGGGCTTTCGGACCCACGAACAatgtcccaacttgaatgaacacttttctaatttttcctagactcagtttctccctcctctgtccttaaaaagcactc
s panTro2.chr21  15384943 112 +  46489110 CCTATCTTCTCCTTGGGCTTTCGGACCCACGAACAATGTCCCAACTTGAATGAACACTTTTCTAATTTTTCCTAGACTCAGTTTCTCCCTCCTCTGTCCTTAAAAAGCACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14928979 112 +  48394510 CCCATcttctccttgggctttcagacccacgaacaatgtcccaacttgaatgaacacttttctaatttttcctagactcagtttctccctcctctgtccttaaaaagcactc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800394 112 - 196418989 CTCATCTTCTCCTTAGGCTTTCAGACCCATGAACAATGTCCCAACTTGAATGAACACTTTTATAATTTTTCCTAGACTCAGTTTCTCCCTCCTCTGTCCTTAAAGAGCACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464647.000000
s hg19.chr21     16665034 67 +  48129895 agcaacttttattacagaatttgctacattgtactacggtggtcaatttagatgtttgtctatccca
s panTro2.chr21  15385055 67 +  46489110 AGCAACTTTTATTACAGAATTTGCTACATTGTACTACGGTGGTCAATTTAGATGTTTGTCTATCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929091 67 +  48394510 agcaacttttatcacagaatttgctacattgtactacggtggtcaatttagatgtttgtctatccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800506 67 - 196418989 AGCAACTTTTATTACAGAATTTGCTTCATTGTACTACGGTGGTCAATTTAGATGTTTGTCTATCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241342.000000
s hg19.chr21     16665101 26 +  48129895 aaaaactccttcaggaaagaagctac
s panTro2.chr21  15385122 26 +  46489110 AAAAACTCCTTCAGGAAAGAAGCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929158 26 +  48394510 aaaaactccttcaggaaggaagccac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800573 26 - 196418989 AAAAACTCCTTCTGGAAAGAAGCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=313494.000000
s hg19.chr21     16665127 22 +  48129895 tactcacctctctttctcagta
s panTro2.chr21  15385148 21 +  46489110 TACTCACCTCTCTTT-TCAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929184 22 +  48394510 tactcacctctctttctcagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800599 22 - 196418989 TACTCTCCTATGTTTCTCGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31030.000000
s hg19.chr21     16665149 17 +  48129895 ttaaacatactatttgg
s panTro2.chr21  15385169 17 +  46489110 TTAAACATACTATTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929206 17 +  48394510 ttaaacatactatttgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800621 17 - 196418989 TTAAACATACTCTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1006331.000000
s hg19.chr21     16665166 164 +  48129895 attataatacagtcttcataaacactagttgagtgaagaaaGCACATGGAACCATGATTTTCATCCTTTTGGGAAGGAAAAGATATCTCAGAATGTGATGTGAACTATGAAACTTCTTCCAGAAAAATGCACAAACAGAATCTTATATACATTAATATGGAAGA
s panTro2.chr21  15385186 164 +  46489110 ATTATAATACAGTCTTCATAAACACTAGTTGAGTGAAGAAAGCACATGGAACCATGATTTTCATCCTTTGGGGAAGGAAAAGATATCTCAGAATGTAATGTGAACTATGAAACTTCTTCCAGAAAAATGCACAAACAGAATCTTATATACATTAATATGGAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929223 164 +  48394510 attataatacagtcttcataaacactagttgagtgaagaaaGCACATGGAACCATGATTTTCATCCTTTTGGGAAGGAAAAGATATCTCTgaatgtgatgtgaactatgaaacttcttccagaaaaatgcacaaacagaatcttatatacaTTAATATGGAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800638 154 - 196418989 ATTATAATACAGTCTTCATAAATACTGGCTGAGTGAAGA----------AACCATGATTTTCATCCTTTTGGGAAGGAAAATGTATCTCAGAATGTGATATAAACTATGAAACTTCTTCCAGAAAAATGCAGAAACAGAATCTTATATACATTAATATGGAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2590.000000
s hg19.chr21     16665330 35 +  48129895 ATTTCTCAAAACAGTGAAAAAAGAAAGTGATCCAG
s panTro2.chr21  15385350 35 +  46489110 ATTTCTCAAAACAGTGAAAAAAGAAAGTGATCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929387 35 +  48394510 ATTTCTCAAAACAGTGAAAAAAGAAAGTGATCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800792 23 - 196418989 ATTTCTCAAAACAGTGAAAAAAG------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=170241.000000
s hg19.chr21     16665365 34 +  48129895 GTGGCTACTAGCATAAAGCAAGTCTTTCAAACTC
s panTro2.chr21  15385385 34 +  46489110 GTGGCTACTAGCATAAAGCAAGTCCTTCAAACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929422 34 +  48394510 GTTGCTACTAGCATAAAGCATGTCTTTCAAACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800815 22 - 196418989 ------------ATAAAGCATGTCTTTCAAACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=605054.000000
s hg19.chr21     16665399 50 +  48129895 AAGACTAATGGTAGAGATCTTCCAAAATATTTGAAATCCTGGTATGTTCT
s panTro2.chr21  15385419 50 +  46489110 AAGACTAATGGTAGAGATCTTCCAAAATATTTGAAATCCTGGTATGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929456 50 +  48394510 AAGAGTAATGGTAGAGATCTTCCAAAATATTTGAAATCCTGGTATGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800837 50 - 196418989 AAGACTAATGGTAGAGATCTTCCAAAATATTTGAAATCCTGGTATGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=593117.000000
s hg19.chr21     16665449 29 +  48129895 AACTCTTACAGTATACTAATGAGAAACAT
s panTro2.chr21  15385469 29 +  46489110 AACTCTTACAGTATACTAATGAGAAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929506 29 +  48394510 AACTCTTACAGTATACTAATGAGAAACGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800887 29 - 196418989 AACTCTTACAGTATACTAATGAGAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8765679.000000
s hg19.chr21     16665478 508 +  48129895 TTTAGGAGCTCGCTTCCAGATTACATGCACCAGCTACTTTGGAGGAAGTTCATAAGAATTGCAATTAGTGAGAAGCGAAGCACTGATGGGAACCAAGCAAGAAAACAGAAGAGTAATGAAATGAAGAGAGCTTTAATGAACAAGAAAAACAGGCAGGAGCAGGCAAGTCAGGCCCTGAAAATGAATGGTGGGAGAGGCACTGTTTTCCCTCAGATTAATGTCACACTCAAGGCTGCCTTATTTGACTACTGAATGAGTCATGTCTAAGGTATTTCAGCCAGATAGAAGCAAAACCTCCTCCTTCATAGATTCTATCTTTTCCAAGAGTCCCAGGGAGCCTCACATTCCCATTCCATTCCTCTAGTCTTAAAACATTTTTACTTTCCAGCTGTTGGCTACTCAGCCAGTGATAATGACATCATTTATTTAAGTAAAGGAAACAACTTCCAGTGTTCATATTCAATGTGATAATATTACCATTTTAGAGATTTTAGTGTTTGGTTGTGTT
s panTro2.chr21  15385498 508 +  46489110 TTTAGGAGCTCGCTTCCAAATTACATGCACCAGCTACTTTGGAGGAAGTTCATAAGAATTGCAATTAGTGAGAAGCGAAGCACTGATGGGAACCAAGCAAGAAAACAGAAGAGTAATGAAATGAAGAGAGCTTTAATGAACAAGAAAAACAGGCAGGAGCAGGCAAGTCAGGCCCTGAAAATGAATGGTGGGAGAGGCACTGTTTTCCCTCAGATTAATGTCACACTCAAGGCTGCCTTATTTGACTACTGAATGAGTCATGTCTAAGGTATTTCAGCCAGATAGAAGCAAAACCTCCTCCTTCATAGATTCTATCTTTTCCAAGAGTCCCGGGGAGCCTCACATTCCCATTCCATTCCTCTAGTCTTAAAACATTTTTACTTTCCAGCTGTTGGCTACTCAGCCAGTGATAATGACATCATTTATTTAAGTAAAGGAAACAACTTCCAGTGTTCATATTCAATGTGATAATATTACCATTTTAGAGATTTTAGTGTTTGGTTGTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14929535 507 +  48394510 TTTAGGAGCTCGCTTCCAAATTACATGCACCAGCTACTTCGGAGGAAGTTCATAAGAATTGCAATTAGTGAGAAGCGAAGCACTGATGGGAACCAAGCAAGAAAACAGAAGAGTAATGAAATGAGGAGAGCTTTAATGAACAAGAAAAACAGGCAGGAGCAGGCAAGTCAGGCCCTGAAAATGAATGGTGGGAGAGGCACTGTTTTCCCTCAGATTAATGTCGCACTCAAGGCTGCCTTATTTGACTACTGAATGAGTCACATCTAAGGTATTTCAGCCAGATAGAAG-AAAACCTCCTCCTTCATAGATTCTATCTTTTCCAAGAGTCCCGGAGAGCCTCACGTTCCCATTCCATTCCTCTAGTCTTAAAACATTTTTACTTGCCAGCTGTTGGCTACTCAGCCAGTGATAATGACATCATTTATTTAAGTAAAGGAAACAACTTCCAGTGTTCATATTCAATGTGTTAGTATTACCATTTTAGACATTTTAGTGTTTGGTTGTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164800916 508 - 196418989 TTTAGGAGCTCACTTCCAAATTACATGCACCAGCTACTTCTGAGGATGTTCGTAAGAATTGCAATTAGTGAGAAGCGGAGCACTGATGGGAACCAAGCGAGAAAACAGAAGAGTAATGAAATGAAGAGAGCTTTAATGAACAAGGAAAACAGGCAGAAGCAGGCAAGTCAGGCCCTGAAAATGAATGGTGGGAGAGGCACTGATTTCCCTCAGATTAATGTCTCACTCAAGGCTACCTTATTTGACTACTGAATGAGTCATGTCTAAGGTATTTCAGCCAGATAGAAGCAAAACCTCCTCCTTCATAGATTCCATCTTTTCCAAGAGTCCCGGGGAGCCTCGCATTCCCATTCCATTCCTCTAGTCTCAAAGCACTTTTACTTTCCAGGTGTTGGCTACTCAGCCAGTGATACTAACATCATTTATTTAAGCAAAGGACACAACTTCCAGTGTTCATATTCAATGTGTTAATATTACCCATTTAGAGATGTTAGTGTTTGGTTGTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=624822.000000
s hg19.chr21     16665986 46 +  48129895 TCCACCTTTGATGAAAGTGTAATGAAATACTTTGTATATGTTAAGT
s panTro2.chr21  15386006 46 +  46489110 TCCACCTTTGATGAAAGTGTAATGAAATACTTTGTATATGTTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930042 46 +  48394510 TCCACCTTTGATGAAAGTGTAATGAAATACTTTGTATATGTTAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801424 46 - 196418989 CTCACCATTGATGAAAGTGTAATGAAATATTTTGTATATGTTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=699419.000000
s hg19.chr21     16666032 70 +  48129895 TTCAATGAGTAATTATTGATGAGCAGACTGTTGATTGAGACAGATTTAATGAAAGGGGAGTCAATTTATA
s panTro2.chr21  15386052 70 +  46489110 TTCAATGAGTAATTATTGATGAGCAGACTGTTGATTGAGACAGATTTAATGAAAGGGGAGTCAATTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930088 70 +  48394510 TCTAATGAGTAATTATTGATGAGCAGACTGTTGATTGAGACAGATTTAATGAAAGGGTAGTCAATTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801470 70 - 196418989 TCCAATGAGTAATTATTGATGAGCAGACTGTCGATTGAGACAGATTTAATGAAAGGGGAGTCAATTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=185637.000000
s hg19.chr21     16666102 32 +  48129895 AACTGTACTTATAATTTTGAAATATTTTCAAA
s panTro2.chr21  15386122 32 +  46489110 AACTGTACTTATAATTTTGAAATATTTTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930158 32 +  48394510 AACTGTACTTACAATTTTGAAATTTTTTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801540 32 - 196418989 AACTGTACTTCTAATTGTGAAATATTTTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=166704.000000
s hg19.chr21     16666134 41 +  48129895 CTTATTATCTCTTTTACTTTTCTGAGCAAGGTACATACACA
s panTro2.chr21  15386154 41 +  46489110 CTTATTATCTCTTTTACTTTTCTGAGCAAGGTACATACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930190 41 +  48394510 CTTATTATCTCTTTTACTTTTCTGAGCAAGGTACCTACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801572 41 - 196418989 CTTATTATCTCTTTTACTTTTGTGAGCAAGATACACACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=60333.000000
s hg19.chr21     16666175 21 +  48129895 AAATATTTCACTATGCAATTT
s panTro2.chr21  15386195 21 +  46489110 AAATATTTCACTATGCAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930231 21 +  48394510 AAATATTTCACTATGCAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801613 21 - 196418989 AAATATTTCACTATGCAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=189964.000000
s hg19.chr21     16666196 12 +  48129895 AAGATAGACCCT
s panTro2.chr21  15386216 12 +  46489110 AAGATAGACCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930252 12 +  48394510 AAGATAGACCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801634 12 - 196418989 AAGATAGACCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1177609.000000
s hg19.chr21     16666208 85 +  48129895 AAGCTAAACATGTGAGGAAGAATTAGGTAACATTCAGGTAGATTCAAATTTCTAGAAGCAATTATTTAAAAGTAAAATGAAAATA
s panTro2.chr21  15386228 85 +  46489110 AAGCTAAACATTTGAGGAAGAATTAGGTAACATTCAGATAGATTCAAATTTCTAGAAGCAATTATTTAAAAGTAAAATGAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930264 85 +  48394510 AAGCTAAACATGTGAGGAAGAATTAGGTAACGTTCAGATAGATTCAAATTTCTGGAAGCAATTATTTAAAACTAAAATGAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801646 85 - 196418989 AAGCTAAACATGTGAGGAAGAATTAGGTAACATTCAGATAGATTCAAATTTCTATAAGCAATTATTTTAAAGTAAAGTGAAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=545203.000000
s hg19.chr21     16666293 61 +  48129895 AATATAATCTACCTAATAATAATCACACTTCTCCTGGCTACAGAAACTCATTCCTTCTTTT
s panTro2.chr21  15386313 61 +  46489110 AATATAATCTACCTAATAATAATCACACTTCTCCTGGCTACAGAAACTCATTCCTTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930349 61 +  48394510 TATATAATCTACCTAATAATAATCACACTTCTCCGGGCTACAGAAACTCGTTCCTTCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801731 61 - 196418989 TACATAATCTACCTAATAATAATCACATTTCCCCTGGCTACAGAAACTCATTCCTTCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251834.000000
s hg19.chr21     16666354 22 +  48129895 GCACCATGGCCATACAATTTTT
s panTro2.chr21  15386374 22 +  46489110 GCACCATGGCCATACAATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930410 22 +  48394510 GCACCATGGCCATACAATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801792 22 - 196418989 GCACCATGGCCATATGATTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=316232.000000
s hg19.chr21     16666376 34 +  48129895 AAATGCGTAGAAAGAGCTGGAGGTAAATAAATTC
s panTro2.chr21  15386396 34 +  46489110 AAATGCGTAGAAAGAGCTGGAGGTAAATAAACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930432 34 +  48394510 AAATGCGTATAAAGAGCTGGAGGTAAATAAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801814 34 - 196418989 AAATGTGTAGAAAGAGCTGGAGGTAAATAAATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=554374.000000
s hg19.chr21     16666410 95 +  48129895 AGGTGTAAAATCATATATATTTGAAAGTTTCCTTAAACTTATCTATAGAGATAAATTGCATTGAAGCTGATGTATTACTTTCAAGGTTCTCTTTT
s panTro2.chr21  15386430 95 +  46489110 AGGTGTAAAGTCATATATATTTGAAAGTTTCCTTAAACTTATCTATAGAGATAAATTGCATTGAAGCTGATGTATTACTTTCAAGGTTCTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930466 92 +  48394510 AGGTGTAAAGTCATATATATTTGAAAGTTTCCTT-AACTTATCTATAGAGAT-AATTGCATTGAAGCTGATGTATTACTTTC-AGGTTGTCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801848 95 - 196418989 AGGTGTAAAGTCATATATATTTGAAAGTTTCCTTAAATTTACCTATAGAGATAAATTGCATTGAAGCTGATGTATTACTTTCAAGGTTCTCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89838.000000
s hg19.chr21     16666505 32 +  48129895 CATATACATATTTGTTTAAAGTATATTAAAAT
s panTro2.chr21  15386525 32 +  46489110 CATATACATATTTGTTTAAAGTATATTAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930558 31 +  48394510 CATATACATATTTGTTT-AAGTATATTAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801943 32 - 196418989 CATATACATATTTGTTTAAAGTATATTAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-324306.000000
s hg19.chr21     16666537 24 +  48129895 TTTAAACTTCTGATTATGGTTAAG
s panTro2.chr21  15386557 24 +  46489110 TTTAAACTTCTGATTATGGTAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930589 24 +  48394510 TTTAAACTTCTGATTATGGTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801975 23 - 196418989 TTTAAA-TTCTGATTATGGTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=500093.000000
s hg19.chr21     16666561  96 +  48129895 TTTCCTTGATTCAAAGGCTCAAATGTTTCTGACA-TTGGGTTGCATCT----TACAATCTAGGTGGACACTTAATGTAACAAGTTCTTAAACTGATGGTTC
s panTro2.chr21  15386581  96 +  46489110 TTTCCTTGATTCAAAGACTCAAATGTTTCTGACA-TTGGGTTGCATCT----TACAATCTAGGTGGACACTTAATGTAACAAGTTCTTAAACTGACGGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930613 101 +  48394510 TTTCCTTGATTCAAATACTCAAATGTTTCTGACATTTGGGTTGCATCTTACATACAATCTAGGTGGACATTTAATGTAACAAGTTCTTAAACTGATGGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164801998  96 - 196418989 TTTCCTTGATTCAAAGACTCAAATGTTTCTGACA-TTGGGTTGCATCT----TACAATCTAGGTGGACATTTAATGTAACAAGTTCTTAAACTGATGGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165693.000000
s hg19.chr21     16666657 52 +  48129895 ACTGTGTAACTGATGTACTTTTAGAATAAAGAAAATGTGCTAACATAAAATT
s panTro2.chr21  15386677 52 +  46489110 ACTGTGTAACTGATGTACTTTTAGAATAAAGAAAATGCGCTAACATAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930714 27 +  48394510 ACTGTGTAACTAATGTACTTTTAGAAT-------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 23
s rheMac2.chr3  164802094 52 - 196418989 ACTGTGTAACTGATGTACTTTTAGAATAAAGAAAATGTGCTAATATAAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=170205.000000
s hg19.chr21     16666709 26 +  48129895 CTATTTACTCTTCCAAAAACATTACT
s panTro2.chr21  15386729 26 +  46489110 CTATTTACTCTTCCAAAAACATTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14930764 15 +  48394510 CTGTTTATTCTTCCA-----------
i ponAbe2.chr21 I 23 I 221
s rheMac2.chr3  164802146 26 - 196418989 CTGTTTACTCTTCCAAAAACATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=479834.000000
s hg19.chr21     16666735 57 +  48129895 CAGAGATGAGGACTTTCCATTGTTATTCTACAGCTTCTAAGTTCTCTATCCATTTTC
s panTro2.chr21  15386755 57 +  46489110 CAGAGATGAGGACTTTCCATTGTTATTCTACAGCTTCTAAGTTCTCTATCCATTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14931000 57 +  48394510 CAGAGATGAGGACTTTCCATTGTTATTCTACAGCTTCTAAGTTCTCTATTCATTTTC
i ponAbe2.chr21 I 221 C 0
s rheMac2.chr3  164802172 57 - 196418989 CAGAGATGAGGACTTTCCATTGTTATTCAACAGCTTCTAAGTTCTCTATCCATTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=590910.000000
s hg19.chr21     16666792 43 +  48129895 TTCATTTTTATCCTTCAGAAGTTAATTTATTTAGGGAACAATG
s panTro2.chr21  15386812 43 +  46489110 TTCATTTTTATCCTTCAGAAGTTAATTTATTTAGGGAACAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14931057 43 +  48394510 TTCGTTTTTATCCTTCAGAAGTTAATTTATTTAGGGAACAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164802229 43 - 196418989 TTCGTTTTTATCCTTCAGAAGTTAATTTATGTAGCGAGCAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377279.000000
s hg19.chr21     16666835 33 +  48129895 AGGCAAAGTTTTTGAGAATGGTGA------AAGAATAAG
s panTro2.chr21  15386855 33 +  46489110 AGGCAAAGTCTTTGAGAATGGTGA------AAGAATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14931100 39 +  48394510 AGGCAAAGTCTTTGAGAATGGTGAAAGAATAAGAATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164802272 33 - 196418989 AGGCAAAGTCTCTGAGAATGGTGA------AAGAATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=605138.000000
s hg19.chr21     16666868 64 +  48129895 ATAAATTTGGTTTTCCAATCCTGCTGGGGAGATCCATGTACTCTCAGTGAATTAATGACAGGAG
s panTro2.chr21  15386888 64 +  46489110 ATAAATTTGGTTTTCCAATCCTGCTGGGGAGATCCATATACTCTCAGTGAATTAATGACAGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14931139 64 +  48394510 ATAAATTTGGTTTTCCAATCCTGCTGGGGAGATGCATATACTCTCAGTGAATTAATGACAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164802305 64 - 196418989 ATAAATTTGGTTTTCCAATCCTGCCAGGGAGATCCATATATTCTCAGTGAATTAATGACAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=717156.000000
s hg19.chr21     16666932 80 +  48129895 ATGTTTCCTTGTTACTAATTTAGAAGTCAGCCTTAGTAAACCTTCATACCTTGCAATGGTCATCCACAAAGTCTGGTTGA
s rheMac2.chr3  164802369 78 - 196418989 ATGTTTCCTTGTCACTAATTTAGAAGTCAGTTTTAGTAAACCTTCATACCTTACAATAGTTATC--CAGAGTCTGGTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14931203 80 +  48394510 ATGTTTCCTTGTTACTAATTTAGAAGTCAGCCTTAGTAAACCTTCATACCTTGCAATGGTCATCCACAAAGTCTGGTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15386952 80 +  46489110 ATGTTTCCTTGTTACTAATTTAGAAGTCAGCCTTAGTAAACCTTCATACCTTGCAATGGTCATCCACAAAGTCTGGTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=460131.000000
s hg19.chr21     16667012 68 +  48129895 AGCATTCAAACATGGATGATATCAAGACAAGAGAGCTTCATTTTAGCACCTGGCTGCCCCTTTTCCCC
s panTro2.chr21  15387032 68 +  46489110 AGCATTCAAACAAGGATGATATCAAGGCAAGAGAGCTTCATTTTAGCACCTGGCTGCCCCTTTTCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14931283 68 +  48394510 AGCATTCAAACATGGATGATTTCAAGACAAGAGAGCTTCATTTTAGCACCTGGCTGCCCCTTTTCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164802447 68 - 196418989 AGCATTCAGACATGGATGATATCAAGACAAGAGAGCTTCATTTTAGCACCTGGCTGCCCTTTCTCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4854033.000000
s hg19.chr21     16667080 177 +  48129895 AAATATAAATCTATTTGTGTTAGAATTGGCCAAAGGCTTTGTCTCATTAAATTGTATTCAACCAAAAGTATTTTATTAGTGATAAAAAATAAATGTTATGTCAAAGTTACTTAGAAGGTGATGGGGGAATGAAAGTCATTTCACAAAACAATATGAAAAATGAAAAAGCTCTCTTTG
s panTro2.chr21  15387100 177 +  46489110 AAATATAAATCTATTTGTGTTAGAATTGGCCAAAGGCTTTGTCTCATTAAATTGTATTCAACCAAAAGTATTTTATTAGTGATAAAAAATAAATGTTATGTCAAAGTTACTTAGAAGGTGATGGGGGAATGAAAGTCATTTCACAAAACAATATGAAAAATGAAAAAGCTCTCTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14931351 177 +  48394510 AAATATAAATCTATTTGTGTTAGAATTGGCCAAAGGCTTTGTCTCATTAAATTGTATTCAACCAAAAGTATTTCATTAGTGATAAAAAATAAATGTTATGTCAAAGTTACTTAGAAGGTGATGGGGGAATGAAAGTCATTTCACAAAACAATATGAAAAATGAAAAAGCTCTCTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164802515 177 - 196418989 CAATATAAATCTATTTGTGTTAGAATTGGCCAAAGGCTTTGTCTCATTAAATTGTATTCAACCAAAAGTATTTTACTAGTGATAAAAAATAAATGTTATGTCAAAGTTACTTAGAAGGTGATGGGGGAATGAAAGTCATTTCACAAAACAATGTGAAAAATGAAAAAGCTCTCTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1863561.000000
s hg19.chr21     16667257 48 +  48129895 ATCATAGTTCATAATTGAAGGTTATTTCCATTTCCTAGGTAGTTATTT
s panTro2.chr21  15387277 48 +  46489110 ATCATAGTTCATAATTGAAGGTTATTTCCATTTCCTAGGTAGTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14931528 48 +  48394510 ATCATAGTTCATAATTGAAGGTTATTTCCATTTCCTAGGTAGTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164802692 48 - 196418989 ATCACAGTTCATAATTGAAGGTTATTTCCATTTCCTAGGTAGTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4924341.000000
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s panTro2.chr21  15387325 166 +  46489110 TGGCAATTAAATCTACTCAAAAGTTTTATCTCTAAAAAATTAATTGTATGTTGAAAATGTGAATTGGGATAATGTACTTTACAAAGGTTAAAAGAGGTTATTCCAAACGTTATTTCAGTAACATTAGATTTGCTATCAGATGCTGAAAAGTTTAAGATATTAAAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=3251310.000000
s hg19.chr21     16670753 95 +  48129895 CCTTCCACCCTCAATTCCTGAAAGGCCAACGGCAAGCTGTGAAAATATTCCCATGACCCTACTTCCTGTGTGAGGGCTTAGGACACTGATAAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16671476   22 +  48129895 AGACA--TTTTTTACAACTTCAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14935565 3215 +  48394510 I

a score=-454361.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16673340 270 +  48129895 cacagacagtttcaacatggctttactctttctctgggcctgagtgagtctgggcatgagcaagtgtgagcctgggcatgagcaagctgtatgtatggcattagcaggttataccttttatagacaataatggctccgagtcaagcaccagctcatgtgggtgatcacctaatgagcctcacatgacatggtaacctaatgtgcagggttgtgcgcctgtgctccaaacttgctgagtcatgttggactggatgtctgcctcagcctatt
s rheMac2.chr3  164808702 270 - 196418989 catagacggtttcgacatggctttactctttctctgggcatgagtgagtctgggtatgagcaagtgtgagcctgggcacaagcaaactgtatgtatggtgttagcaggttataccttttatagacaataatggctccaagccaagcaccagctcatgtgggtgatcacctaatgagcctcacagggcatgattacctaatgtgcggggctgtgcgcctgtgctccaaacttgctgagtcatgttggactgggtgtctgcctcagcctatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940083 269 +  48394510 catagacagttttgacatggctttactctttctctgggcatgagtgagtctgggcatgagcgagtgtgagcctgggcatgagcaagctgtatgtatggcattagcaggttatatcttttgtagacaataatggctccgagtcaagcaccagctcatgtgggtgatcatctaatgagcctcacatggcgtggttacctactgtgcggggttgtgcgcctgtgctccaaacttgctgagtcatgttggactggacgtctg-ctcagcctatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15393291 270 +  46489110 cacagacagtttcaacatggctttactctttctctgggcatgagtgagtctgggcatgagcaagtgtgagcctgggcatgagcaagctgtatgtatggcattagcaggttataccttttatagacaataatggctccgagtcaagcaccagctcatgtgggtgatcacctaatgggcctcacatgacgtggtaacctaatgtgcagggttgtgcgcctgtgctccaaacttgctgagtcatattggactggatgtctgcctcagcctatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=11310.000000
s hg19.chr21     16673610 32 +  48129895 cttaaccacagcacatctattttccttTACAC
s panTro2.chr21  15393561 32 +  46489110 cttaaccacagcacatctattttccttTACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940352 31 +  48394510 cttgaccacagcacatccattttcc-ttacaT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164808972 31 - 196418989 cttgaccacagcacatcaattttcc-ttacaG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=139337.000000
s hg19.chr21     16673642 23 +  48129895 AAAACTTACGTGATGTTCACAGC
s panTro2.chr21  15393593 23 +  46489110 AAAACTTACGTGATGTTCACAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940383 23 +  48394510 AAAACTTACATGATGCTCACAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809003 23 - 196418989 AAAACTTACATGATGCTCACAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=963246.000000
s hg19.chr21     16673665 82 +  48129895 TGAATAGCCATCAAGGGAAATAGCTTCACTATTTTCAGGCACAATACTGAATTCCTCTTCCTAATAATAGGTAAAATACTCA
s panTro2.chr21  15393616 82 +  46489110 TGAATAGCCATCAAGGGAAATAGCTTCACTATTTTCAGGCACAATACTGAATTCCTCTTCCTAATAACAGGTAAAATACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940406 82 +  48394510 TGAATAGCCATCAAGGGAAATAACTTCACTATTTTCAGGCACAATACTGAATTCCTCTTCCTGATAATAGGTAAAATACTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809026 82 - 196418989 TGAACAGTCATCAAGGGAAATAGCTTCACTATTTTCAGGCACAATACTGAATTCCTCTTCCCGATAATAGGTAAAATACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=424277.000000
s hg19.chr21     16673747 51 +  48129895 GACTTTGGTCTTTTGAGGTCAAAATAATATAAAACTCGCACCGTGAATTTT
s panTro2.chr21  15393698 51 +  46489110 GACTTTGGTCTTTTGAGGTCAAAATAATATAAAACTCGCACCGTGAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940488 51 +  48394510 GACTTTGGTCTTTTGAGGTCAAAATAATATAAAACTTGTGCTGTGAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809108 51 - 196418989 GACTTTGGTCTTTTGAGATAAAAATAATATAAAATTCGTGCTGTGAATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=169959.000000
s hg19.chr21     16673798 20 +  48129895 GACACTCAAAACTAATAAAA
s panTro2.chr21  15393749 20 +  46489110 GACACTCAAAACTAataaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940539 20 +  48394510 GACACCCAAAACTAATAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809159 20 - 196418989 GACACTGAAAACTAataaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-128326.000000
s hg19.chr21     16673818 22 +  48129895 CAATAATTAGCATTTACATAGC
s panTro2.chr21  15393769 22 +  46489110 caatacttagcatttacatagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940559 22 +  48394510 CAATAATTAGCATTTACATAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809179 22 - 196418989 caataattaatatttacatagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247258.000000
s hg19.chr21     16673840 33 +  48129895 TTTGGGTAGATGTAGgttttacacatatcaact
s panTro2.chr21  15393791 33 +  46489110 tttgggtagatgtaggttttacacatatcaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940581 33 +  48394510 TTTGGGTAGATGTAGgttttacacatatcaacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809201 33 - 196418989 tttgggtagatgtaggttttacacatattaact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206528.000000
s hg19.chr21     16673873 33 +  48129895 gattaatcctcacatccacctatgaggtggtta
s panTro2.chr21  15393824 33 +  46489110 gattaatcctcacatccacctatgaggtggtta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940614 33 +  48394510 aattaatcctcacatccacctatgaggtggtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809234 33 - 196418989 gattaatcctcacatccacctatgagatggtta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=737972.000000
s hg19.chr21     16673906 97 +  48129895 ctatctttatactcattttataaaggggtagaatttgaggcacagagaacataagtaacttgcccttggcacaggctagaaagtgaatgagcgggaa
s rheMac2.chr3  164809267 97 - 196418989 ctatatttatactcactttataaaggagtagaatttgaggcacagagaacataagtaacttgcccttggcacaggctagaaagtgaatgagcgggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940647 97 +  48394510 ttatctttacactcattttataaaggggtagaatttgaggcatagagaatataagtaacttgcccttggcacaggctagaaagtgaatgagcaggaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15393857 97 +  46489110 ctatctttatactcattttataaaggggtagaatttgaggcacagagaacataagcaacttgcccttggcacaggctagaaagtgaatgagcgggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=683304.000000
s hg19.chr21     16674003 72 +  48129895 tttgaaccaggcaggttgactccagaatc-----tttaacaacagtgctaAGCTTACTTGAGATTGTTCTCTTCAGA
s rheMac2.chr3  164809364 77 - 196418989 tttgaaccaggcaggttgactctggaatctttgttttaacaacagtcctaagctgACCTGAGATTATTGTCTTCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14940744 77 +  48394510 tttgaaccagacaggttgactccagaatctttgttttaacaacagtgctaAGCTTACTTGAGATTGTTCTCTTCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15393954 72 +  46489110 tttgaaccaggcaggttgactccagaatc-----tttaacaacagcgctaAGCTTACTTGAGATTGTTCTCTTCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1297272.000000
s hg19.chr21     16674075 97 +  48129895 ATCTTATGGTTCTGTATACTTGAGTTACTTCAAGTCTACATGTGGCCTAGATCTATCACTGGAAATGGATCCAGGCCAAAGAAGTCCCAGGTGTAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15394026 97 +  46489110 ATCTTATGGTTCTGTATACTTGAGTTACTTCAAGTCTACATGTGGCCTAGATCTATCACTGGAAATGGATCCAGGCCAAAGAAGTCCCAGGTGTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=345996.000000
s hg19.chr21     16674172 92 +  48129895 CTATAGAGACGCAGCACCCTCATGCtccctcagcattctgctttgctctctatttcattgtctttctctgcttatttgcagttcccatgaca
s rheMac2.chr3  164809538 89 - 196418989 CTACAGAGACGCAGCACTCTCATCCTCCCTCAGCATTCTGCTTTGCTCTTCATTTCATTGCCTTTCTCTGCTTATTCGCAGTTCCTATG---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15394123 92 +  46489110 CTATAGAGACGCAGCACCCTCATGCTCCCTCAGCATTCTGCTTTGCTCTCTATTTCATTGTCTTTCTCTGCTTATTCGCAGTTCCCATGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=523775.000000
s hg19.chr21     16674264 70 +  48129895 actttacctcagacatttcccattatgccctctgattcatctcctgtgtgtccattacaccctttgtgct
s rheMac2.chr3  164809627 66 - 196418989 ACTTTACCTCACCTATTTCCCATCAGGCCCTCTGATTCATCTCCTGCGTGTCCATTATACCCTTTG----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941010 70 +  48394510 ACTTTACCTTAGACATTTCCCATGATGCCCTCTGATTCATCTCCTGTGTGTCCATTATACCCTTTGTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15394215 70 +  46489110 ACTTTACCTCAGACATTTCCCATTATGCCCTCTGATTCATCTCCTGTGTGTCCATTACACCCTTTGTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=161620.000000
s hg19.chr21     16674334 14 +  48129895 ttaactcccacttt
s panTro2.chr21  15394285 14 +  46489110 TTAACTCCCACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941080 14 +  48394510 TTAACTCCCACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809693 13 - 196418989 -TAACTCCCACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165492.000000
s hg19.chr21     16674348 35 +  48129895 aacggactcaatccatcactgattcttagtgcata
s panTro2.chr21  15394299 35 +  46489110 AACAGACTCAATCCATCACTGATTCTTAGTGCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941094 35 +  48394510 AATGGACTTAATCCATCACTGATTCTCAGTGCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809706 35 - 196418989 AACTGACTCAATCCATCACTGCTTCTCAGTGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=801619.000000
s hg19.chr21     16674383 123 +  48129895 ttctgagaagaaatctcttggtccatcttctttttgtttaacctcaggccataccataactttctagccagctttgcgtttggtgccctgatctggtCTGATCAGCAGTGGCTGTGAGAACTA
s panTro2.chr21  15394334 123 +  46489110 TTCTGAGAAGAAATCTCTTGGTCCATCTTCTTTTTGTTTAACCTCAGGCCATACCATAACTTTCTAGCCAGCTTTGCGTTTGGTGCCCTGATCTGGTCTGATCAGCAGTGGCTGTGAGAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941129 123 +  48394510 TTTTGAGAAGAAATCTCTTGGTCCATCTTGTTTTTGTTTAACCTCAGGCCATACCATAACTTTCTAGCCAGCTTTGCGTTTGGTGCCCTGATCTGGTCTGATCAGCAGTGGCTGTGAGAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809741 120 - 196418989 TTCTGAGAAGGCATCTCTTGATCCCTCTCCTTTTTGTTTAACCTCGGGCCATACCCTAACTTTCTAGCCAGCTCTGTATTTGGTGCCCTGATCTGGTCTGATCAGCAGTGTCTGTGAGAA---
i rheMac2.chr3  C 0 I 130

a score=98137.000000
s hg19.chr21     16674506 26 +  48129895 GTATCTAGTATGTGGAAAATAGGAGG
s panTro2.chr21  15394457 26 +  46489110 GTATCTAGTATGTGGAAAATAGGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941252 26 +  48394510 ATATCTAGTGTGTGGAAAATAGGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164809991 26 - 196418989 GTATCTAGTGTATGGGAAATCGGAGG
i rheMac2.chr3  I 130 C 0

a score=1116154.000000
s hg19.chr21     16674532 128 +  48129895 TGGGTGAGGTGTTTTCCCTCAGAAAAGAATGTACATGTGTGAAAGGCTGTCTCAGACTTGGCCGTCTCAGACTTGGCCTGTCCAGTGCAGAGTTCAAGATGATGTTCTATTGTTCTTTTGCACTTCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941278 113 +  48394510 TGGGTGAGGTGCTTTCCCTCAGAAAAGAATGCACATGTGTGACAGGCT---------------TTCTCAGACTTGGCCTGTCCAGTGCAGAGTTCAAGTTGTTGTTCTATTGTTCTTTTGTTCTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164810017 113 - 196418989 TGGGTGAGGTGTTTTCCCTCAGAAAAGGATGTGCATGTGTGACAGCCT---------------TTCTCAGGCTTGGCCTGTCCAGTGCAGAGTTCAAGTTGATGTTCTATTGTTCTCTTGGACTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=388121.000000
s hg19.chr21     16674660 30 +  48129895 TGAAGAAATTTGCTTGTTCAATTACCATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941391 30 +  48394510 TGAAGAAATTTGCTTGTTCAATTACCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164810130 24 - 196418989 TGAagaaatttgcttgttcagtta------
i rheMac2.chr3  C 0 I 113

a score=586403.000000
s hg19.chr21     16674690 29 +  48129895 GTCTTTCCTTCATCAACTATATCTTGGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941421 29 +  48394510 GTCTTTCCTTCATCAACTATATCTTGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164810267 29 - 196418989 GTCTTTCCTTCGTCAACTGTATCTTGGCA
i rheMac2.chr3  I 113 C 0

a score=458938.000000
s hg19.chr21     16674719 34 +  48129895 AGCCGCTATTAATTTATTTGTATTATAAAGATTG
s panTro2.chr21  15394670 34 +  46489110 AGCTGCTATTAATTTATTTGTATTATAAAGATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941450 34 +  48394510 AGCCACTATTAATTTATTTGTATTATAAAGATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=121027.000000
s hg19.chr21     16674753 27 +  48129895 ATTAAATGGTTTCCATTGGGCATCCAT
s panTro2.chr21  15394704 27 +  46489110 GTTAAATGGTTTCCATTGGGCATCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941484 27 +  48394510 GTGAAATGGTTTCAACGGGGCATCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=530311.000000
s hg19.chr21     16674780 34 +  48129895 GGCTTGTCCAGGACCCCAATGTTCGTAATCAGTA
s panTro2.chr21  15394731 34 +  46489110 GGCTTGTCCAGGACCCCAGTGTTCGTAATCAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1029435.000000
s hg19.chr21     16674814 73 +  48129895 TAAAAATGACCTCTGGATTGCAGTAAATGAACACTTCAATGTATTTTTAAATGTTTGGAATGCTAGCATTAGT
s panTro2.chr21  15394765 73 +  46489110 TAAAAATGACCTCTGGATTGCAGTAAATGAACACTTCAATGTATTTTTAAATGTTTGGAATGCTAGCATTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941545 73 +  48394510 TAAAAATGACCTCTGGATTGCAGTAAATGAACACTTCAATGTATTTTTAGATATTTGGAATGCTAGCATTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164810391 73 - 196418989 TAAAAATGACCTCTGGATTGCAGTAAATGAACACTTCAGGGTATTTTTAAATGTTTGGAATGCTAGCTTTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247385.000000
s hg19.chr21     16674887 24 +  48129895 CTGTGTGAGTTTTCATGATGGCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941618 24 +  48394510 CAATGTGAGTTTTCGTGATGGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-118464.000000
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s panTro2.chr21  15394862 83 +  46489110 AGTTCCTGCATACTCAGTGTCTCCAATTTACAAaaaacaaaacaaaacaaaaacacaaacaaaacaaaacaaaaacacaaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941642 60 +  48394510 AGTTCCTGCATACCCAGTGTCTCTAATTTACAAaaaacaaaacaaaacaaaaacac-----------------------aaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941702 62 +  48394510 aaaacaaaacaaaaAACCTCAAACTCTC--TCTTTGTTGTGCAAACTTTTCCCACTTCCCAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7664.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=667944.000000
s hg19.chr21     16675170 61 +  48129895 GCCCACCTCCACTATTATTGTTCATTTCAAATGCCTGATGTCCTCTTAGAGTTTTGCTATC
s panTro2.chr21  15395144 61 +  46489110 GCCCACCTCCACTATTATTGTTCATTTCAAATGCCTGATGTCCTCTTAGAGTTTTGCTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14941899 57 +  48394510 GCCCACTTCCACCATTATTGTTCATTTCAAATGCCTGATGTCCACTTAGAGTTTTG----C
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15395205 86 +  46489110 TGTTTCCTGTCCACTTTGGTATGTGCTAATTTGGTATAGAAATTACTTTATATTTGTAGATAGAGAAATTAATTATAAGGATGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=449520.000000
s hg19.chr21     16675317 25 +  48129895 TGAGTGATTTTGTGTAATATCTATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=330934.000000
s hg19.chr21     16675342 43 +  48129895 AGAAAAATCTTCTTTGCTTTGGAAGCAATGTATTTTTTACAGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15395359 124 +  46489110 TACTTTGCTTTCATTTTTCATGAAATTTTTGTTATAAACAATG-AAAAAACAAGACTAAAGGTGCATGCTTAAATCTGAAACTGTTTTTCAGAGGATAATGTTCAATTCTACTTTTTATAAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942110 122 +  48394510 TACTTTGCTTTCATTTTTGATGAAATTTTTGTTATAAACAATG-AAAAAACAAGACTAAAGGTGCATGCTTAAATCTGAAAC--TTTTTCAGAGGATGATGTTCAATTCTACTTTTTATAAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164810961 125 - 196418989 TACTTTGCTTTCATTTTTGATGAAATTTTTGTTATAAACAATGAAAAAAAAAAGACTAAAGTTGCATGCTTAAATCTGAAACTGTTTTTCAGAGGATGATATTCAATTGTACTTTTTGTAAATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16675509 33 +  48129895 AAAACCTCATGATAAGAGGATTATCTTTTATTT
s panTro2.chr21  15395483 33 +  46489110 AAAACCTCATGATAAGAGGATTATCTTTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942232 33 +  48394510 AAAACCTCATGATAAGAGGATCATCTTTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164811086 33 - 196418989 AAAACCTCATGAAAAGAGGATTATCTTTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16675542 51 +  48129895 AAAAAATTCTTTTTGACTACTTAATTGAGAGGCAAATGCTGCTTCTTTTCT
s panTro2.chr21  15395516 51 +  46489110 AAAAAATTCTTTTTGACTACTTAATTGAGAGGCAAATGCTGCTTCTTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942265 51 +  48394510 AAAAAATTCTTTTTGACTACTTAGTTGAGAGGCAAATGCTGCTTGTTTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16675728 31 +  48129895 TTGTCTTGTCATTTTAGACAACTTTTGATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=144841.000000
s hg19.chr21     16675759 16 +  48129895 TGTTAATAATTTTAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=355213.000000
s hg19.chr21     16675775 29 +  48129895 TTATGCAATTTTGAATAAATAGCAAACTG
s panTro2.chr21  15395749 29 +  46489110 TTATGCAATTTTGAATAAATAGCAAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942498 29 +  48394510 TTTTGCAATTTTGAATAAATAGCAAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=330911.000000
s hg19.chr21     16675804 24 +  48129895 TAAAAACAATAACTATAATGATAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942527 24 +  48394510 TAAAAACAATAACTATAATGATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164811382 24 - 196418989 TAAAAACAATAACTGTAATTATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=131180.000000
s hg19.chr21     16675828 70 +  48129895 ATTGGGGGTATTTTCTTTATTAATCACCTTATATTGCTGTCTTGCTGGAACATTTATAAACCATTTTTAT
s panTro2.chr21  15395802 70 +  46489110 ATTGGGGGTGTTTTCTTTATTAATCACCTTATATTGCTGTCTTGCTGGAACATTTATAAACCATTTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942551 70 +  48394510 CTTGGGGGTATTTTCTTTATTAATCACCTTATATTGCTGTTTTGCTGGAACATTTATAAACCATTTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164811406 60 - 196418989 CTTGAGGGTATTT----------TCACCTTATATTGCTGTCTTGCTGAAACATTTATAAACCATTTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-56801.000000
s hg19.chr21     16675898 107 +  48129895 ATTCTCAAGATTTCAACAGCCTTAGTATTTTGTAAAGCATCACAGTTGTGCCTTTACATATATATAAAACTAGTTCCTTATATGACTACATATAATTATACAGCTAC
s panTro2.chr21  15395872 107 +  46489110 ATTCTCAAGATTTCAACAGCCTTAGTATTTTGTAAAGCATCACAGTTGTGCCTTTACATATATATAAAACTAGTTCCTTATATGACTACATATAATTATACAGCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942621 107 +  48394510 GTTCTCAAGTTTTAAACAGCCTTAGTATTTTGTAAAGCATCACAGTTGTGCCTTTACATATATATAAAACTAGTTCCTTATATAACTACATATAATTATACAGCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164811466 107 - 196418989 ATTCTCAAGATTTCAACAGCCTTAGTATTTTGTAAAGCATCACAGTCATGCCTTTACATATATATAAAACTAGTTACTTATGTAACTACATATAATTATACAGCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6276.000000
s hg19.chr21     16676005 38 +  48129895 ATATAATTTTTTATAACTAATTATGTTATAACTAATAT
s panTro2.chr21  15395979 38 +  46489110 ATATAATTTTTTATAACTAATTATGTTATAACTAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942728 37 +  48394510 ATATAA-TTTTTATAACTAATTATGTTATAACTAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164811573 38 - 196418989 ATATAATTTTATATAACTAATTATGTTATAACTAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-173474.000000
s hg19.chr21     16676043 38 +  48129895 CCACATCTTCCCTTTATTTGGTGCTAAAAGTTTTTTTG
s panTro2.chr21  15396017 38 +  46489110 CCACATCTTCCCTTTATTTGGTGCTAGAAGTTTTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942765 33 +  48394510 CCACATCTTCCCTTTATTTGGTGCTAAA-----CTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164811611 34 - 196418989 CCACATCTTTCCTTTATTTGGTGCTAAAAGTTTT----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=546888.000000
s hg19.chr21     16676081 41 +  48129895 TTGTTTTATTTGCATGTTTTTAGTTTAGTATTTATGAGCTT
s panTro2.chr21  15396055 41 +  46489110 TTGTTTTATTTGCATGTTTTTAGTTTAGTATTTATGAGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942798 41 +  48394510 TTGTTTTATTTGCATGTTTTTAGTTTAATATTTATGAGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164811645 41 - 196418989 TTGTCTTATTTGCATGTTTTTAGTTTAATATTAATGAGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1270097.000000
s hg19.chr21     16676122 128 +  48129895 ATGTAACTTATCCACTATTTGCTAAAATTTTGCAACTTTGAAGGCCTGACTGATACTTTATGTAGGCATGGAAATATCTCATATTTAAAATCAAAACCATATTGGAAATTCTGGCATGTATAATAATT
s panTro2.chr21  15396096 128 +  46489110 ATGTAACTTATCCACTATTTGCTAAAATTTTGCAACTTTGAAGGCCTGACTGATACTTTATGTAGGCATGGAAATATCTCATATTTAAAATCAAAACCATATTGGAAATTCTGGCATGTATAATAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942839 126 +  48394510 ATGTAACTTAATCACTATTTGCTAAAATTTTGCAACTTTGAAGGC--GACTGATACTTTATGTAGGCATGGAAATATCTCATATTTAAAATCAAAACCATATTGGAAATTCTGGCATGTATAATAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=762609.000000
s hg19.chr21     16676250 59 +  48129895 TTAACAGTGTATTAAAAATTAAGAGTTAAAAAATACATTTATTACCTTTGAAGTGAGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14942965 59 +  48394510 TTAACAGTGTATTAAAAATTAAGAGTTAAAAAATACATTTATTACCTTTGAAGTGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164811812 58 - 196418989 TTAACAGTGTATTAAAAATTAACAGTT-AAAAATACATTTATTACCTTTGAAATGAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385004.000000
s hg19.chr21     16676309 39 +  48129895 GCTATAAGTGAAACCACACACATCACAGCATTAGTTTAT
s panTro2.chr21  15396283 39 +  46489110 GCTATAAGTGAAACCACACACATCACAGCATTAGTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14943024 39 +  48394510 GCTATAAGTGAAACCCCACGCATCACAGCATTAGTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1106302.000000
s hg19.chr21     16676348 63 +  48129895 CCTAGGGTGACCTTATTTTAATTATTTTCGGAATATGAATTAAGTCATTATAGGTAATCTTTT
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s panTro2.chr21  15398548 24 +  46489110 TTAAGATAAATGTACTTACAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14945270 24 +  48394510 TTAAGATAAATGTACTTACAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164814138 24 - 196418989 TTAAGGCAAATGTACTTATAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5818171.000000
s hg19.chr21     16678598 270 +  48129895 ATGACTCTGACCTATAATAAAAATGTTTAAAAAATAATCTGTTTTCCATGTGCTTAGGATCGAAGCCACCTACAGTAATAGCTTTTGTTTTCATTAACAGGGGCGAGTTAGTTTTGCAAGTATTTCTTGAGCATGTGTTAGAGAACTCATTGGAATGACCTAAGCAAGACTGCCTTATAACTAT-AAAAAACTGAAATATATTTAGTATAGTAGAAAATAATTGAATAGCATAACTAAAAGGTCATCTTTCTTCTATATAATTTGCTTGAA
s panTro2.chr21  15398572 270 +  46489110 ATGACTCTGACCTATAATAAAAATGTTTAAAAAATAATCTGTTTTCCATGTGCTCAGGATCGAAGCCACCTACAGTAATAGTTTTTGTTTTCATTAACAGGAGCGAGTTAGTTTTGCAAGTATTTCTTGAGCATGTGTTAGAGAACTCATTGGAATGACCTAAGCAAGACTGCCTTATAACTAT-AAAAAACTGAAATATATTTAGTATAGTAGAAAATAATTGAATAGCATAACTAAAAGGTCATCTTTCTTCTATATAATTTGCTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14945294 271 +  48394510 GTTACTCTGACCTCTAATAAAAATGTTTAAAAAATAATCTGTTTTCCATGTGCTTAGGATCGAAGCCACGTACAGTAATAGTTTTTGTTTTCATTAACAGGAACGAGTTAGTTTTGCAAGTATTTCTTGAGCATGTGTTAGAGAACTCATTGGAATGACCTAAGCAAGACTGCCTTATAACTACAAAAAAACTGAAATACATTTAATATAATAGAAAATAATTGAATAGCATAATTAAAAGGTCATCTTTCTTCTAAATAATTTGCTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15398842 62 +  46489110 CAGAAAGACATCTTGTAAAATGGCTTACATCCAGTATTTTTGGTCTGCTTCCTTTTTCTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1018006.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2398321.000000
s hg19.chr21     16678955 64 +  48129895 ATAAAGCTATTTAAACAAAATCAATTAAAATGATATTGGGAAGGTCATACACATATTTATAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 I 536
s ponAbe2.chr21  14945652 64 +  48394510 ATAAAGCTATTTAAACAAAATCAATTAAAATGATATTAGGAAGGTCACGCACGTATTTATAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164814519 64 - 196418989 ATAAAGCTATTTAAACAAAATCAATTAAAATGATATTAGGAAGGTCATGCACATATTTATAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1874119.000000
s hg19.chr21     16679019 61 +  48129895 ATCAAATGATCTGTTAATTAAAAATCACAAGACATTAGTAGCATTGAAGCTGAAATTTCCA
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i panTro2.chr21 I 536 C 0
s ponAbe2.chr21  14945716 61 +  48394510 ATCAAATGATCTGTTAATTAAAAATCACAAGCCATTAGTAGCATTGAAGCTGAAATTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164814583 61 - 196418989 ATCAAATGATCTGTTAATTAAAAATCACAAGCCATTAGTAACATTGAAGCTGAAATTTCCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1449616.000000
s hg19.chr21     16679080 59 +  48129895 TGGCAATAGTAAAAACATTTAACAGTACACATTTCATTTACTTTGCAAAAGAGATGGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=752695.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14945836 30 +  48394510 CCAGTAAAATAGGCTGATGACCTAATATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2031182.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14945866 129 +  48394510 GGTGAATTTATAGTCATATGTTTGAGCTAACAAATCCAGAAGAGGTGTCAGTAGGATTGGCAAGGAAAATACAGACTTCAAATCATAGCATAATAGATATTACTGTGGAAAAA-----TACAGGTAACACTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164814733 134 - 196418989 GGTGAATTTATAGTCATATGTTCGAGCTAACGAATCCGGAAGAGGTGTCAGTAAGATAGGCAGGGAAAATACAGACTTGAAGTCGTGGCATAATAGACATTACTTAAGAAAAATTACTTAGGAAAAACACTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1344513.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14945995 123 +  48394510 TAATTTACTTCTATGCACTTTTTATAGGTTTGCAAATTTCCACCATGCTGCATAAGCAAGCATCTATTACTTTTACAAATATAAAATTGCTTCCATAGTATCACACTTTTACC--------------------------------ATTTCTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164814867 155 - 196418989 TAGTCTACTTCTATGCACTTTCTATAAGTTTGTAAGTTTCCACCATGCTGCATAAGCAAACATCTATTACTTTTACAAATATACAATTGCTTCCatagtatcacacttttaccatttctttggttgatagtatcacacttttaccatttctttgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=140700.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164815194 57 - 196418989 ATTCTTACTTTTGATTATGCTGGACATTAAAATTTTTATCTTTCCACTCCATTCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14946352 71 +  48394510 TGCCAACTCTGCTTGTATTCGGGTTTCATCTGACTGTAATTCTTTCACAGCCATGTATACACATAATTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164815251 71 - 196418989 TGCAAACTCTGCTTGTGTTCAGGTTTCATCTGACTGTAATTCATTGACAGCTAACTATACACATAATTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15400228 250 +  46489110 TGTATGCGTGTCTATAACACATTTTCTGAATATTGTTTGTTATAATAGTAATAATAATGAATATCAACAAATTGCTGATGTTTTTGTTGTGGAAAAATTATAAATGCGAAGATACATAAGTTGTTTGGTACTCTAGGCCCTTAGGAGGCATATGAGTTATTAATGGAGATGATTTGACAATAAATAAAATTATAACAAACAACATGAGGCTATGAGTAATCAGTGCTTAGAAAGTGGTGCAGACccgggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14946423 250 +  48394510 TGTATGCACGTCTATAACACATTTTCTGAATATTGTTTGTTATAATAGTAATAAAAATGAATAGCAACAAATTGCTGATGTTTTTGTTGTGGAGAAATTATAAATGCAAAGATACATAAGTTGTTTGGTACTTTAGGCCCTCAGGAGGCATATGAGTTATTAAGGGAGATGATATGACAATAAATAAAATTATAACAAACAACATGAGGCTATGAGTAATCAGTGCTTAGAAAGTGGTGCAGACctgggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164815322 249 - 196418989 TGTATGTGTGCCTATAACACATTTTCTGAATATTGTTTGTTACAATAGTAATAAAAATGAATATCAACAAATTGCTGATGTTTTTGTTGTGGAAAAATTACAAATGTAAAGATACATAAGTGGTTTGGTACTCTAGCTTCTCAGGAGGCATATGAG-TATTAAGGGAGATGATATGACAATGAATAAAATTATAACAAACAACATGGGGCTAAGAGTAATCAGTTCTTAGAAAGTGGTGCAGACctgggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100839.000000
s hg19.chr21     16679971 85 +  48129895 gcagtggttcacgcctgtattcccagcactttgggaggccaaggtgggtggatcacctggattcaggagttcgagaccagcctgg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164815571 85 - 196418989 gctgtggctcacgcttgtaatcccagcactttgggaagctaaggcaggtggatcacttggattcaggagtttgagaccagcctag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=282954.000000
s hg19.chr21     16680056 315 +  48129895 ccaacatggtgaaaacctgtctctactaaaaataacaaaaattttccgggcgtgatggcacatgcctgtagtcccagctgtttgggaggttgaggcaggagaattgctttaacttgggaggtggagattgcactgagctgagatcacgccactgcactccagactgggcaacagagtgagacttcgtctccaaaaaagaaagagaga---------------------------------------------aagaaagaaagaa---agagagagagagaaagaaagaaagaaagagagagag--agaaagaaagaaagaaagaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaaga
s panTro2.chr21  15400563 287 +  46489110 ccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaataacaaaaattttccgggcgtgatggcacatgcctgtagtcccagctgtttgggaggttgaggcaggagaattgctttaacttgggaggtggagattgcactgagctgagatcacgccactgcactccagactgggcaacagagtgagacttcgtctccaaaaaagaaagagaga---------------------------------------------aagaaagaaaga-------------------------------gagagagag--agaaagaaagaaagaaagaaggaaagaaggaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14946758 299 +  48394510 ccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaataacaaaaattatccgggcgtgatggcacatgcctgtagtcccagctgtttggaaagttgaggcaggagaatcgctttaacttgggaggtggaggtttcagtgagccgagatcacgccactgcactccagactgagcaacagagtgagactccgtctccaaaaaaaagagagaaa---------------------------------------------gaaacagaaaga-------------------gagagaaagaaggaaagaaag--aaagaaaaagaaagaaagaaagaaagaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaagaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164815656 365 - 196418989 ccaacatgatgaaacctcatcgctactaaaaataacaaaaattagccgggcatgatggcacatgcctgtagtcccagctatttgggagggtgaggaaggagaattgctttaacccgggaggtggaggtagcagtgagctgagatcgcagcactgcactctagactgggcaacaaagcaagactccatctctgaaagaaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaggggggagggacggagggaagaaagaaagaaaagaaagaaaggaaggaaggaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaggaaggaaggaaggaagga
i rheMac2.chr3  C 0 I 119

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s hg19.chr21     16680371  60 +  48129895 aagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagagaaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164816021 119 - 196418989 I

a score=-5303.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  14948172 216 +  48394510 ATACTCTGTGAACTGTTGCAGAGTGATTTATAATGTGAATAAGACCTCGGAAACTTGCTTTCGTTATGCCTGTGGATACACGTCAGTCAAGACATTCAAAACCATATCCACAATGGCATGAAAAACTCTAGAGCCACGTTTTCTTCTCTTTCCTTTGTGGTTAATTCCAGAAATTAGCTATTAGTCACAGAGAACACAATAAAACAT-------GATCAGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1528428.000000
s hg19.chr21     16681697 87 +  48129895 TTCTTAATCCCTAAATCCAAAATGACTAAAAATTTGCTGAGGCAACTTTCTTTTGGTCTGTGCCCAGGTGTAGAAGTTGCTCTTGCT
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a score=1813708.000000
s hg19.chr21     16681784 88 +  48129895 AAGAGGGTAAGAAATCCATTCAGCACACACAAAGAGATTGCTTTTGGCACACTAGATTGGTGCACTTGTGCACACTAGCACAGAGGGA
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a score=3035767.000000
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a score=941325.000000
s hg19.chr21     16682026 36 +  48129895 ATTGCTTCTTGGAATAATGTATTCATCTCTTGAGTT
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a score=1395386.000000
s hg19.chr21     16682149 80 +  48129895 CATCCCTCCTGCTAACATTGCTGAATCCAGATGAGAACTTGGGAGACTTGTTACATAATTGAAGCTGGCAGTGCAGTGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15405371 190 +  46489110 CC-GAAATGAAGAAGAATGAGCATGGAGAAACTCCTACCAGCTGGGAGAGGCAGTGGAAATATCCCCTGGCTCCAGAAGATAAAGGGGAGGGTGAGAGCCAGAGAAAGGTAACTGCAGGAGTAAGACATGTGGGCTTTCTTGCTTCCTCCCTTTGGTTCAAATCCAAAGACCTGAGGGCATAGAAATACTC
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s panTro2.chr21  15406349 65 +  46489110 atagtttggttatgttgcagtaacaaatgcccccaaaccttgttcccttaaaacaacaaaagtta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14952543 65 +  48394510 atagtttggttatgttgcagtaacaaacgcccccaaaccttgttcccttaaagcagcaaaggtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164821549 65 - 196418989 atagtttggttatgttgcagtaacaaatgcccccaaaccttgttcccttaaaacaacaaaggtta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409590.000000
s hg19.chr21     16685921 92 +  48129895 attaatttctcactcatgctatgtgcatgagagttgaggggctacaattcatcatagtgacttagacagagatcttggttgatggagtctca
s panTro2.chr21  15406414 92 +  46489110 attaatttctcactcatgctatgtgcatgagagttgaggggctacaattcatcatagtgacttagacagagatcttggttgatggagtctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14952608 92 +  48394510 attaatttctcactcatgctgcatgcatgagagttgaggggctacaattcatcatagtgactcagacagagatcttggttgatggagtctca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164821614 92 - 196418989 attaatttctcactcattctacatgcatgagagttgaggggctacaattcatcatagtgactcagacagagatcttggtggatggagtctcg
i rheMac2.chr3  C 0 I 6

a score=153712.000000
s hg19.chr21     16686013 51 +  48129895 caaagttgctgataaataaccatgacaggagaaaaagagaacatagcaaga
s panTro2.chr21  15406506 51 +  46489110 caaagttgctgataaataaccatgacaggagaaaaagagaacatagcaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14952700 51 +  48394510 caaagttgctgataaataaccatgacaggagaaaaagagaacatagcaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164821712 51 - 196418989 caaagttgctgataaataaccataacaggagaaaaagggaatatagcaaga
i rheMac2.chr3  I 6 C 0

a score=38490.000000
s hg19.chr21     16686064 25 +  48129895 ctcacactggctcttaaacttttgc
s panTro2.chr21  15406557 25 +  46489110 ctcacactggctcttaaacttttgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14952751 25 +  48394510 ctcacactggctcttaaacttttgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164821763 25 - 196418989 ttcacactggctcttaaacctttgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2649912.000000
s hg19.chr21     16686089 262 +  48129895 tttgatgtgagatgtattctttctgctcaaatgttacttgctaaagcaagtcacatggtcatatctaatatcaaccgggtgtagaagtacaatattgccataagcccatgagtaggaacagaaatcactggtgaacagtgctaatggctaccaTCACTTGTAAACCCTTTGTCACTTTATGGATTATTGTTTCAATGTGAAAATTTTATGACATAACTAGATATGAGAAATAGAAAAGATATCAGCGACTTCGATTTCAATG
s panTro2.chr21  15406582 262 +  46489110 tttgatgtgagatgtattctttctgctcaaatgttacttgctaaagcaagtcacatggtcatatctaatatcaaccgggtgtagaagtacaatattgccataagcccatgagtaggaacagaaatcactggtgaacagtgctaatggctaccaTCACTTGTAAACCCTTTGTCACTTTATGGATTATTGTTTCAATGTGAAAATTTTATGACATGACTAGATATGAGAAATAGAAAAGATATCAGCGACTTCGATTTCAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14952776 262 +  48394510 tttgatgagagatgtattctttctgctcaaatgttattggctaaagcaagtcacatggtcatatctactatcaaccgggtgtagaagtacaatgctgccataagaccatgagtaggaacagagatcgctggtgaacagtgctaatggctaccaTCACTTGTAAACCCTTTGTCACTTTATGGATTATTGTTCCAATGTGAAAATTATGTGACAGGACTAGATATGAGAAATAGAAAAGATATCAGTGACTTCAATTTCAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164821788 262 - 196418989 tttaatgtgagatgtattctttctgctcaaatgttattggctaaagcaagtcacatggtcatatctaatatcaaccgggtgtagaagtacaattttgtcataagcccatgcgtagggacagaaatcattggtgaagagtgctaatggctatcaTCACTTGTAAACCCTTTGTCACTTTATAGTTTATTGTTCCAACATGAAAATTATGTGACAGGACTATATATGAGAAATAGAAAAGATATCAATGACTTCAATTTCAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=507170.000000
s hg19.chr21     16686351 49 +  48129895 TAATTAATGTGTTGTTTATAATTTGTGCCTTTGTGTTCTTACATGCCTT
s panTro2.chr21  15406844 49 +  46489110 TAATTAATGTGTTGTTTATAATTTGTGCCTTTGTGTTCTTACATGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953038 49 +  48394510 TAATTAATGTGTTGCTTATAATTTGTGCCTCTGTGTTCTTACATGTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164822050 49 - 196418989 TAATTAATGTGTTGTTTATAATTTGTGCCTCTGTGTTCTTATATGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=673003.000000
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s panTro2.chr21  15406893 58 +  46489110 AATACAGTGGCATCTATAGTAATCAGCGTTCAATTGAATCGAGAGTGTTCATTCTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953087 58 +  48394510 AATACAGTGGCATCTATAGTAATCAGCATTCAGTTGAATCGAGAGTGTTCACTCTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164822099 58 - 196418989 AATACAGTGGCATCTATAGTACTCAGTGTTCAGTTGGATCAAGAGTGTTCACTCTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=380231.000000
s hg19.chr21     16686458 36 +  48129895 Tcaagagctgacaaactttttgtgtaaaaggtcaga
s panTro2.chr21  15406951 36 +  46489110 Tcaagagctgacaaactttttgtgtaaaaggtcaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953145 36 +  48394510 Tcaagagttgacaaactttttgtgtaaaaggtcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164822157 36 - 196418989 Tcaggggttgacaaacttcttgtgtaaagggtcaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=232396.000000
s hg19.chr21     16686494 50 +  48129895 taataaatattttaggctttgtgggcatatagtctctgttgtagcttgtc
s panTro2.chr21  15406987 50 +  46489110 taataaatattttaggctttgtgggcatatagtctctgttgtagcttgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953181 50 +  48394510 taataaatattttaggctttgtgggcatatagtttctgttgtagcttgtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164822193 50 - 196418989 taataaatactttaggctttgtgggcatacagtctctgttgtagcttgtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=993586.000000
s hg19.chr21     16686544 104 +  48129895 aattctgttgttttagtgcgaaagcatggatagctaatgtgcaaatgtatcaaagtgatgtcttccaatacaactttatttatggacactgaaatgtgaatctc
s panTro2.chr21  15407037 104 +  46489110 aattctgttgtttcagtgcgaaagcatggatagctaatgtgcaaatgtatcaaagtgatgtcttccaatacaattttatttatggacactgaaatgtgaatctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953231 104 +  48394510 aattctgctgttttagtgcgaaagcacggatagttaatgtgcaaatgtatcaaagtgatgtcttccaatacaactttatttatggacactgaaatgtgaatctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164822243 104 - 196418989 agttctgctgttttagtgtgaaagcagggatagctaacatgcaaatgtgtcaaagtgatgtcttccaatacaacgttatttatggacactgaaatgtgaatctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179909.000000
s hg19.chr21     16686648 54 +  48129895 atgtaatttttacatgtcacagaatattcttcttctttcc------tttttttttttttt
s panTro2.chr21  15407141 54 +  46489110 atgtaatttttacatgtcacagaatattcttcttcttttc------tttttttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953335 52 +  48394510 atgtaatttttacatgtcacaaaatattcttct--tttct------tttttctttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164822347 60 - 196418989 atgtaatttgtacatgtcacaaaatactcttcttcttttcaatctttttttttttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=24058.000000
s hg19.chr21     16686702 33 +  48129895 tttttttt---gagacagagtctcactctgtcgccc
s panTro2.chr21  15407195 36 +  46489110 tttttttttttgagacagagtctcactctgtcgccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953387 33 +  48394510 tttttttt---gagacggagtctcactctgttgccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164822407 33 - 196418989 tttttttt---gaagcggaatctcgctgtgtcgccc
i rheMac2.chr3  C 0 M 302

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s hg19.chr21     16686735 147 +  48129895 aggctagagtgtcgtggcacaatctcggctcactgcaacctctgcctcccgggttcatgccattccactgcctcagcctccagagtagctgggattacaggtgcctgccaccacgcctggctaatttttttgtatttttagtagaga
s ponAbe2.chr21  14953420 147 +  48394510 aggctggagtgtcgtggtgcaatctcggctcactgcaacctctgcctcccgggttcacaccagtccactgcctcagcctccagagtagctgggattacaggcacctgccaccacgcccggctaatttttttgtgtttttagtagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15407231 147 +  46489110 aggctggagtgtcgtggcacaatctcggctcactgcaacctctgcctcccgggttcatgccattccactgcctcagcctccagagtagctgggattacaggcgcctgccaccacaccaggctaatttttttgtatttttagtagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164822440 302 - 196418989 M

a score=29062.000000
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s ponAbe2.chr21  14953567 110 +  48394510 cagggtttcacagtgttagccaggatggtcttgatctcttgacctcgtgatccacccatctcggtctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcgcccagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15407378 110 +  46489110 cagggtttctcagtgttagccaggatggtcttgatctcttgacctcgtgatccacccgtctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccacgcccggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164822440 302 - 196418989 M

a score=17482.000000
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s panTro2.chr21  15407488  44 +  46489110 cttttca-ttcttttctaatcagttaaaaatgtagtcggtcacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953677  45 +  48394510 cttttcattttttttctaatcagttaaaaatatagtcaggcacag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164822440 302 - 196418989 M

a score=84314.000000
s hg19.chr21     16687036 173 +  48129895 tggcttacacctgtaatcccagcactttgggaggctgaggtgggtggatcatgaagtcaggagttcgagacca------------------------gcctggccaacatggtgaaatcctgtctctactaaaaatataaaaattagctgggtgtggtgatgcacaactgtaatcccagctactcaggaggctgagg
s rheMac2.chr3  164822742 197 - 196418989 tggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggctgaggtgagtggatcacaatgtcaggagttcgagaccagcctgaccaacatagtgaaaccccgcctgaccaacatggtgaaaccccatctgtactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtgaggtgcacctgtaattccagctacttgggaggctgagg
i rheMac2.chr3  M 302 C 0
s ponAbe2.chr21  14953722 173 +  48394510 tggcttacacctgtaatcccagcactttgggaggctgaggtgggtggatcatgaagtcaggagttcgagacca------------------------gcctggccaacatggtgaaatcccatctctactaaaaatataaaaattagctgagtgtggtgatgcacaactgtaatcccagctactcaggacgctgagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15407532 173 +  46489110 tggcttacacctgtaatcccagcactttcggaggctgaggtgggtagatcatgaagtcaggagttcgagacca------------------------gcctggccaacatggtgaaatcctgtctctactaaaaatataaaaattagctgggtgtggtgatgcacaactgtaatcccagctactcaggaggctgagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=76746.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164822939 96 - 196418989 caggagaattgc-ttgaaccaggaggcggaggttgcagtgagccaagatcgtgccactgcactccatcctgggtgacagagcaaaactctgtctcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14953992 123 +  48394510 a---------------------aaaaaaaaaaa-tgtaaaaaccattttgtaagctatacaaaaacaggcagtgagctagctttggcctatgggccatagttttctgatcTATGCTCTAGATCATATAAGTAACAAGAAATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164823035 144 - 196418989 ataaataaataaataaataaataaataaaAAAC-AgtaaaaaccattttgtaagctatacaaaaacaggcagtaagctagctttggcctatgagccatagtttgctgacctatgCTCTAGATCGTATAAGTAACAAGAAACTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16687416 97 +  48129895 AGTATTCAAAACCAACAAATTTATTGGAAGAAATGGAAGAACAGTTCTATTCTTAATACTCAGGAACAAATAGTAGCTCCCAGAAACACTCTGCCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4067841.000000
s hg19.chr21     16687513 176 +  48129895 TGCCTTCAGCAGGTAAACAACCACCACAGATGCAGGAATCTGACAGATTATGAATCTGCTGCTAATACTGCTGACTTCAGTCCCAGGCTACTCTGCCATGATCCAGAAATATGCCAAGTCTGCTCCAGGAAGCTGCTGAATCAGGAATCCACCTACCACATTGGGCAGTCACTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14954212 176 +  48394510 TGCCTTCAGCAGGTAAACAACCACCACAGATGCAGGAAGCTGACAGATTATGAATCTGCTGCTAATACTGCTGACTTCAGTCCCAGGCTACTCTGCCATGATCCAGAAATATGCCAAGGCTGCTCCAGGAAGCTGCTGAATCAGGAATCTACCTACCACATTGGGCAGTCACTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164823276 176 - 196418989 TGCCTTGAGCAGGTAAACAACCACCACAGATGCAGGAAGCTGACAAATTATGAATCTGTTGCTAATACTGCTGACTTCAGTCCCAGGCTACTCTGCCATGATCCAGAAATATGCCACGGCTGCTCCAGGAAGCTGCTGAATCAGGAATCCACCTACCACATTGGGCAGTCACTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=2978067.000000
s hg19.chr21     16687689 143 +  48129895 AGCTGCCACCTCGGCCTTGATCCTCGCCAGCAAAATATATGCCTCAAACTTGGCTTTTTT-CGTCTGTTTGATTCAGATTCTAAACATTCTTGCAGGAGTATGAAGGAACGTAAATCATGTTCTAGCCTCCAATGTGTCTGAGA
s panTro2.chr21  15408184 144 +  46489110 AGCTGCCACCTCGGCCTTGATCCTCGCCAGCAAAATATATGCCTCAAACTTGGCTTTTTTTCTTCTATTTGATTCAGATTCTAAACATTCTTGCAGGAGTATGAAGGAACGTAAATCATGTTCTAGCCTCCAATGTGTCTGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14954388 144 +  48394510 AGCTGCCACCTCGGCCTTGATCCACACCAGCAAAATATATGCCTCAAACTTGGCTTTTTTTCTTCTATTTGATTCAGATTCTAAACATTCTTGCAAGAGTATGAAGGAACGTAAATCATGTTCTAGCCTCCAATGTGTCTGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164823454 140 - 196418989 AGCTGCCACCTCGGCCTTGATCCTCGCCAGCAAAATAGATGCCTCAAACTTGGCTTTTT--CTTCCATTTGATTCAGACTCTAAACATTCTCGC--GAGTATGAAGGAACATAAATCATGTTCTAGCCTCCAATGTGTCTGAGA
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=607682.000000
s hg19.chr21     16687832 46 +  48129895 AATGTAGTTTAACTTTCCAGCTGCTTCATGTTACCGGTAGGTTAGA
s panTro2.chr21  15408328 46 +  46489110 AATGTAGTTTAACTTTCCAGCTGCTTCATGTTACCGGTAGGTTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14954532 46 +  48394510 AATGTAGTTTAACTTTCCAGCTGCTTCATGTTACCGGTAGGTTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164823594 46 - 196418989 AATGTAGTTGAACTTTCCAGCTGCTTCATGTGACCGGTAGGTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=534782.000000
s hg19.chr21     16687878 22 +  48129895 ATGGATGTTGTATAAAGCAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164823640 22 - 196418989 ATGGATGCTGTACAAAGCAATT
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a score=427393.000000
s hg19.chr21     16687900 36 +  48129895 TAGGGTATTGGACACAGCATAATAACGAAAAGACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15414187 179 +  46489110 tttgtggttgaataatattctattgtatatatataccacaatttctttattcattcatctgttggtggacatttaagttaattccatattttccatattttagctattgtgaatagtgctgcaataaacatgtgggtgcacgtatccctttgatatacttatttccttttcttggataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14960361 179 +  48394510 tttgtggttgaataatattctattgtgtatatataccacaatttctttattcattcatctgttggtggacatttaagtgaattccatgttttccatattttagctattgtgaatagtgctgcaataaacatgtgggtgcaggtatccctttgatatacttatttccttttcttggataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164829434 170 - 196418989 tttgtggctgaataatatactattgtgtatatacaccacaatttctttattcagtcatctgttggtggacatttaagttaa---------tcccatatttcagctcttgtgaatagtgctgcaataaacatgtgggtgcaggtatccctttgatatacttcttgccttttcttggataa
i rheMac2.chr3  C 0 I 36

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s panTro2.chr21  15414366 44 +  46489110 ataaccagtaatgggattgctggatcatatggtaggtctgtttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14960540 44 +  48394510 ataaccagtaatgggattgctggatcatacggtgggtctgtttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164829604 36 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164829604  36 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164829604  36 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16697125 8 +  48129895 AGGGAGGA
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a score=110012.000000
s hg19.chr21     16697133 66 +  48129895 TGGGACAGTGGATGTCCTAATGCTCCCATTGTATTCCAAATTTATAAACAGGTCCTTTGCCGTTTT
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a score=-310800.000000
s hg19.chr21     16697199 52 +  48129895 AATAAAAATTATTAACACAATAACAACTTAGAATTCCACATGTCCTAATTTG
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a score=129554.000000
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a score=903207.000000
s hg19.chr21     16697307 63 +  48129895 ATTGTCATAGAAGTAAAAGATGCACATGAACATCATTGCCCATCAAATCAATAAGCAATAAAA
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a score=896126.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164836141 41 - 196418989 CTGTCTATTGCCACTTTACAGCTGATTAACTTGTTCATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15421580 28 +  46489110 TATTCTGGAATTTTCTAGATGGTAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14967704 28 +  48394510 TATTCTGGAATTTTCTAGATGGTAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164836182 28 - 196418989 TATTCTGGAATTTTCTAGATGGTAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=267566.000000
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s panTro2.chr21  15421608 52 +  46489110 AATGGCATGGATTTTTAAGTGTTCTTCACTC--TATTTCAGAGTCACTATTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4729292.000000
s hg19.chr21     16701102 427 +  48129895 TACAATCCTTGAAAGAGAGCATTTTTATATTGGCAATTATCCCCATATATCATTGAACTTAATCTTTGGGAATTGAAACTCAATCATTTTTTCATATGACTATTAATTGTATTTGTTCAAGATACTGTAATTTAAGAAGAGTGAAATTTTGTGAAACATGATAATTTCTACTTAAAATACATTCATTATTCAGCTAATAATGAAAAAACAGGAGTGTTTGCTCTTCTTGCTAACATTTTGAGAATTCTATTCACATATCCCACTAGTAATGTACCTTTGTTATTATAAACTATGATTACTGAAGGACTTGAGTTTGAAGCAGCACACTGACAAAGGGAATGGCAATTGTTTTTGCATGTGCTCTGTGTTTGATTTGGATCCCAATCACTTGAAGCATGGGCTTGTGTTATGAACACAAGCAGATTCA
s panTro2.chr21  15421660 426 +  46489110 TACAATCCTTGAAAGAGAGCATTTTTATATTGGCAATTATCCCCATATATCATTGAACTTAATCTTTGGGAATTGAAACTCAATCATTTTT-CATATGACTATTAATTATATTTGTTCAAGATACTGTAATTTAAGAAGAGTGAAATTTTGTGAAACATGATAATTTCTACTTAAAATACATTCATTATTCAGCTAATAATGAAAAAACAGGAGTGTTTGCTCTTCTTGCTAACATTTTGAGAATTCTATTCACATATCCCACTAGTAATGTACCTTTGTTATTATAAACTATGATTACTGAAGGACTTGAGTTTGAAGCAGCGCACTGACAAAGGGAATAGCAATTGTTTTTGCATGTGCTCTGTGTTTGATTTGGATCCCAATCACTTGAAGCATGGGCTTGTGTTATGAACACAAGCAGATTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14967786 422 +  48394510 TACAATCCTTGAAAGAGAGCATTTTTATATTGGCAATTATCCCCATATATCATTGAACTTAATCTTTGGGAATTGAAACTCAATTATTTTT-CATATGACTATTAATTATATTTGTTCAAGATACTATAATTTAAGAAGAGCGAAATTTTGTGAAACATGATAATTTCTACTTAAAATACATTCATTATTCAGCTAATAATGAAAAAATA--AGTGTTTGCTCTTCTTGCTAATATTTTGAGAATTCTATTCACATATCCCACTAGTAATGTACCTTTGTTATTATAAACTATGATTACTGAAGGACTGGAGTTTGAAGCAGGGCACTGACAAAGGGAATAGCAATTGTTTTTGCATGTGCTCTGTGTTTGATTTGGATCCCAATCACTTGAAGCATGGGCTTGTGTTATGA--ACAAGCAGATTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164836264 416 - 196418989 TAC---TCTGGAAAGAGAGCATTTTTATATTGGCAATTCTCCCCATATATCATTGAACTTAATCTTTGGGAATTAGAACTC----ATTTTT-CATATGACTATTAATTGTATTTGCTCAAGATATTGTAATTTGAGAAGAGCAAAATTTTGTGAAACATGATCATTTCTACTTAAAATACATTCATTATTCTGCTAATAATGAGAAAACAGGAGTGTTTGCTCTTCTTGCTAAC-TTTTGATAATTCTATTCACATATCCCACTAGTAATGTACCTTTGTTATTATAAACTATGATTACTGAAAGACTTGAGTTTGAAGCGGGGCACTGGCAAAGGGAATAGCAATTGGTTTTGCATGTGATCTGTGTTTGATTTGGATCCCAATCACCTGAAGCATGGGTTTGTGTTATAA--ACAAGCAGATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14968208 209 +  48394510 GAATTCAACATCCTGATGTAGTAAAAAC-AAACCACATTCATGTAAAGTGGATATGTTTCAAGAAGTATGTGATCTCTTATGTGGCAGTTTAAAATCTTGGCCATGATATTCAGGGCTCCCTTTAGAACAGAGTAGTAGACAGATCATCTCTCTGTAGAATTCACTATTAGGAAATGGAACATTATTTGTTGGGGAGTGATACTAAGTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164836680 210 - 196418989 GAATTCAACATTCTCATACAGCAAAAACAAAATCACATTCATATAAAGTAGAGATGTTCCAAGAAGTTCGTGATCTCTTATGTGGCAGTGTGAAATCTTGGCCATGACATTCAGGGTGCCCTTTAGAACACAGCAGTAGACAGATCATCTCTCTGTAGAATTCATCATTACAAAACGGAACATTATTTGTTGGGGAGTGATACTAAGTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=407587.000000
s hg19.chr21     16701739 47 +  48129895 TGATCTTGAATAAAAACTGAAGCAATTTCGTTGGCACAATATGGATT
s panTro2.chr21  15422296 46 +  46489110 TGATCTTGAACAAAA-CTGAAGCAATTTCGTTGGCACAATATGGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14968417 46 +  48394510 TGATCTTGAACAAAA-CTGAAGCAATTTCATTGGCACAATGTGGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164836890 46 - 196418989 TGATCTTGAACAAAA-CTGAAGCAATTTCTTTGGCACAATATGGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=673937.000000
s hg19.chr21     16701786 112 +  48129895 TTCCATGAGTCTGTTTTTTAGATAATGCATTCTGCAGGATCAAGATGAGACTGCATTAGGTACTTCATGTAAAGCAAGAAAAATTTGTGTTTTACTATATTTCCAAACATAC
s panTro2.chr21  15422342 112 +  46489110 TTCCATGAGTCTGTTTTTTAGATAATGCATTCTGCAGGATCAAGATGAGACTGCATTAGGTACTTCATGTAAAGCAAGAAAAATTTGTGTTTTACTATATTTCCAAACATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14968463 112 +  48394510 TTCCATGAGTCTGTTTTTTAGATAATGCATTCCGCAGGATCAAGATGAGACTGCATTAGGTACTTCATGTAAAGCAAGAAAAATTTGTGTTTTACTATATTTCAAAACATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164836936 112 - 196418989 TTCCACGAGTCTGTTTTTCAGGTAATGCATTCTGCAGGATCAAGATGAGACTGCATTAGGTACTTCATGCAAACCAAGAAAAATTTGTGTTTCACTGTATTTCAAAACTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16701898 105 +  48129895 TAATATTTGGAATAGGAATATAGCTCTTGGGAAAAATAGTTCTGGTTATTTAATATACGAAGTTTGAAAATCAATAGAAAGTAAACCAAGTCATGTGTTGTAAAA
s panTro2.chr21  15422454 105 +  46489110 TAATATTTGGAATAGGAATATAGCTCTTGGGAAAAATAGTTCTGGTTATTTAATATACGAAGTTTGAAAATCAATAGAAAGTAAACCAAGTCATGTGTTGTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14968575 105 +  48394510 CAATATTTGGAATAGGAATATAGCTCTTGGAAAAAATAGTTATGGTTATTTAATATATGAAGTTTGAAAATCAATAGAAAGTAAACCAAGTCATGTGTTGTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164837048 104 - 196418989 CAATATTTGGAATAGGAATATAGCTCTTGGAAAAAGTAGCTCTGGTTATTTAATATATGAAGTTTGAAAATCAATAGAAAGCAAACCAAGTCATGTGTTGT-AAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16702003 24 +  48129895 TGtattaaaattattttttctata
s panTro2.chr21  15422559 24 +  46489110 TGTATTAAAATTATGTTTTCTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14968680 24 +  48394510 TGTATTCAAATTATTTTTTCTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164837152 24 - 196418989 TGTATTAAAATTACTTTTTCTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31245.000000
s hg19.chr21     16702027 16 +  48129895 ttttaatCCAAAAGCA
s panTro2.chr21  15422583 16 +  46489110 TTTTAATCCAAAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14968704 16 +  48394510 TCTTAATCCAAAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164837176 15 - 196418989 TTTTAATCCATAC-CA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16702043 53 +  48129895 ATGGTTTTCTTTGTTAAACAAAAATATGGACAACACAGAAAAGGACCAGGTAT
s panTro2.chr21  15422599 53 +  46489110 ATAGTTTTCTTTGTTAAACAAAAATATGGACAACACAGAAAAGGACCAGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14968720 53 +  48394510 ATGGTTTTCTTTGTTAAACAAAAATATGGACAACACAGAAAAGGACCAGGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164837191 53 - 196418989 ATGGTTTTCTTTGTTAAACAAAAATATGGACAACACAGAAAAGGACCAGGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15422722 35 +  46489110 TTTTTTCTTCTGTCTATAGTACAC--ATATATATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164837314 36 - 196418989 TTTTTT-TCTTGTCTATAGTACACATACATATATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103822.000000
s hg19.chr21     16702201 34 +  48129895 TTAATAATTTATGGATTTGGGGGGACACTGTAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=140714.000000
s hg19.chr21     16702235 23 +  48129895 TAATGGATATTTTGAATTATTTG
s panTro2.chr21  15422790 23 +  46489110 TAATGGATATTTTGAATTATTTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164837384 23 - 196418989 TAATGGATATTTTGAATTATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=173719.000000
s hg19.chr21     16702258 38 +  48129895 GATTCATTTGCCATTTATTCCCTTCCTAATGAGTCTGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14968937 38 +  48394510 GATTCATTTGTCATTTATTCCCTTCCTAATGAGTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=421169.000000
s hg19.chr21     16702296 64 +  48129895 ATTTCCTATTTCAATATCACCTTATCATTGTGTATTGTCTTGGTGGAATCCTAAATTAAGAAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=256327.000000
s hg19.chr21     16702360 36 +  48129895 CTTTTCCATCCCCAACCAAGGAACTGACAACTGACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259843.000000
s hg19.chr21     16702396 41 +  48129895 CAAGACAGAGCAATTAAGTCTCTCCCAAGATTGTGGATCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=362173.000000
s hg19.chr21     16702437 64 +  48129895 GAGTGAAGTGACAGAAAGATGGGTGGGATGGAGGTGGAGGATACAAAACATGGGGGGCTCATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14969116 64 +  48394510 GAGTGAAGTGACAGAAAGATGGGTGGGATGGAGGTGGAGGATACAAAACATGGGGGGCTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266376.000000
s hg19.chr21     16702501 57 +  48129895 GTCTCCACAGATAAGATGGAAAACATGGTTGAGTAGTTTTCTGCTCTATTTCCTGA-T
s panTro2.chr21  15423056 57 +  46489110 GTCTCCACAGATAAGATGGAAAACATGGTTGAGTAGTTTTCTGCTCTATTTCCTGA-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14969180 58 +  48394510 GTCTCCACAGATAAGATGGAAAACATGGTTGAGTAGTTTTCTGCTCTATTTCCTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164837650 57 - 196418989 GTCTCCATAGATAAGATGGAAAACATGGTTGAGTAGTTTTCTGCTCTATTTCCTGA-T
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224245.000000
s hg19.chr21     16702558 55 +  48129895 TTATGTCTTACCCTGCTTCTTGGATTTCTTTGTCTATATTCTCTTGCCTACTTGA
s panTro2.chr21  15423113 55 +  46489110 TTATGTCTTACCCTGCTTCTTGGATTTCTTTGTCTATATTCTCTTGCCTACTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204746.000000
s hg19.chr21     16702613 71 +  48129895 GCCAAAGCTGGGTTTTGTGCTTACAACCAAAAAACTCTACCTTATACATTCAGCACACATTTTTTTAAACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14969293 71 +  48394510 GCCAAAGCTGGGTTTTGTGCTTACAACCAAAAAACTCTACCTTATACATTGAGCACACATTTTTTTAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164837762 70 - 196418989 GCCAAAGCGGGGTTTTGTGCTTACAACCAAACAACTCTACCTTATACATTGAGCACACA-TATTTTAAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204846.000000
s hg19.chr21     16702684 39 +  48129895 TGCTTATTTCACATCTATATGTTTTGACTCTAGCATATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14969364 39 +  48394510 TGCTTATTTCACATCTATATGTTTTGACTCTAGCATATA
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s panTro2.chr21  15423239 39 +  46489110 TGCTTATTTCACATCTATATGTTTTGACTCTAGCATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=68676.000000
s hg19.chr21     16702723 22 +  48129895 CATATAtttttgccacaataaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15423300 124 +  46489110 TTGTACTATATTGCACATCTTTAGATATAAATATTCACATACAACACTGATGATTTCTATAGGTTAAATTTCTAGAAATAGAATTACTAATCATGGTATGCTCATTTTTTAAGTCTTTTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14969425 124 +  48394510 ttgtactacagtgcacatctttagatataaatatttacatacaacactgatgatttctataggttaaatttctagaaacagaattactaatcatactatgctcattttttaagtctttttattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 20126

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 4 I 1143

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164864203 242 - 196418989 tatgttagatatctgcacacccatttttattgcaacgttattcagaatcgccaagatatagaatcaacctaagtgtccatcaacagaggaatggataacgaacatgtagaacgtatggaacaccattcagcctttaaaaagacgcaaatactgtcatttgaaacaacatgagtgaatttggagaacattatgttaagtgaaacaaaccaggctcagaaagac-aatccctcatgatctcactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182371.000000
s hg19.chr21     16710880 92 +  48129895 acatgtggaatctaaaacagttgaactcacagaagcagcgaatacaatgatggttaccagggactggaaagaaggcagttgggaaggtgttg
s panTro2.chr21  15431482 92 +  46489110 acatgtggaatctaaaacagttgaactcacagaagcagcgaatacaatgatggttaccagggactagaaagaaggcagttgggaaggtgttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14984883 91 +  48394510 a-atgtggaatccaaaacagttgaacttacagaagcagcgaatacaatgatggttgccagggactggaaagaaggcagttgggaaggtgttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164864445 92 - 196418989 acatgtggaatctaaaacacttgaactcacggaagcagcgaatacaatgatggttgccagggactggaaagaaggcagttgggaaggtgttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=344244.000000
s hg19.chr21     16710972 258 +  48129895 gtcaaaggatataaaatgtcaattagatagaaagagtaagttcaagatatttattgtataacatgatgacaatagttaacaacaatgtaatattttcttgaaaattgctaagagagtagattttaagtgcttttatcatgaaaaataaatatgtgaggtaatgcgtacgttaattagcttgatctagccattacacaatgtataaatatttaaaaccatcatgttgtacaagaggtatatacaatttttctttctcag
s rheMac2.chr3  164864537 258 - 196418989 gtcaaaggatataaaatttcaagtagatagaaagagtaagttcaagatacttaatgtatagcatgatgacaatagttaacgacaatgtattattttcttgacaattgctaagagagtagatttcaagtgcttttatcatgaaaaataaatatgtgaggtaatgcgtatgttaattagcttgatctagccattacgcaatgtataaatatttaaaaacatcatgttgtacaagatgtatatacaatttttctttctcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14984974 255 +  48394510 gtcaaatgatataaaatttcaattagatagaaagagtaagttcaagatatttattgcataacatgatgacaatagtt---aacaatgtaatattttcttgaaaattgctaagagagtagattttaagtgcttttatcatgaaaaataaatatgtgaggtaatgcatatgtgaattagcttgatctaggcattacacaatgtataaatatttaaaaccatcatgttgtacaagaggtatatacaatttttctttctcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15431574 258 +  46489110 gtcaaaggatataaaatttcaattagatagaaagagtaagttcaagatatttattgtataacatgatgacaatagttaacaacaatgtaatattttcttgaaaattgctaagagagtagattttaagtgcttttatcatgaaaaataaatatgtgaggtaatgcgtacgttaattagcttgatctagccattacacaatgtataaatatttaaaaccatcatgttgtacaagaggtatatacaatttttctttctcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-28408.000000
s hg19.chr21     16711230 26 +  48129895 ttaaaCATTATTTTTAAAATGGTGTG
s panTro2.chr21  15431832 26 +  46489110 ttaaaCATTATTTTTAAAATGGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14985229 26 +  48394510 ttaaaCGTTATTTTTAAAATGGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164864795 26 - 196418989 ttaaaCATTATTTTTTAAATGGTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103279.000000
s hg19.chr21     16711256 24 +  48129895 TTTTATGTTATACAAATTATAGCT
s panTro2.chr21  15431858 24 +  46489110 TTTTATGTTATACAAATTATAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14985255 24 +  48394510 TTTTATGTTATACAAATTATAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1755
s rheMac2.chr3  164864821 24 - 196418989 TTTTATGTTATACAAATTACAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=105181.000000
s hg19.chr21     16711280 41 +  48129895 GAGTTAAAAAAAGAACTTTAAAAATCATTTATTTTGAGTTA
s panTro2.chr21  15431882 41 +  46489110 GAGTTAAAAAAAGAACTTTAAAAATCATTTATTTTGAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987034 41 +  48394510 AAGTTAAAAAAAGAACTTTAAAAATCATTTATTTTGAGTTA
i ponAbe2.chr21 I 1755 C 0
s rheMac2.chr3  164864845 41 - 196418989 GAGTTTAGAAAAGAACTTTAAAAATCATTTATTTTGAGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=169392.000000
s hg19.chr21     16711321 47 +  48129895 TACACTAATTCCAGTAATCTTTTCTGCCACTCTGTATATGAATATTT
s panTro2.chr21  15431923 47 +  46489110 TACACTAATTCCAGTAATCTTTTCTGCCACTCTGTATATGAATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987075 47 +  48394510 TACACTAATTCCAATAATCTTTTCTGCCACTCTGTATATGAATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164864886 44 - 196418989 TACACTAATTCCAATCATCTTTTATG---TTCTGTATATGAGTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=915308.000000
s hg19.chr21     16711368 170 +  48129895 TAAACTAATTGAGAGCTAAAGCACCTTTTTATTTCGAAGAATGGTCCTTCCTCAAAACACACTATTTAAAACCAATTCCCCATGGAGTGTCATTCTTCACTTGCAGAGAATATCTTTCTTAGTCTAAACTATGTGAATACAGACTCAGGTTCTCTTAACCTGTCCAAAAC
s panTro2.chr21  15431970 170 +  46489110 TAAACTAATTGAGAGCTAAAGAACCTTTTTATTTCAAAGAATGGTCCTTCCTCAAAACACACTATTTAAAACCAATTCCCCATGGAGTGTCATTCTTCACTTGCAGAGAATATCTTTCGTAGTCTAAACTATGTGAATACAGACTCAGGTTCTCTTAACCTGTCCAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987122 170 +  48394510 TAAACTAATTGAGAGCTAGACCACCTTTTTATTTTGAAGAATGGTCCTTCCTCAAAACACACTATTTAAAACTGATTCCCCATGGAGTGTCATTCTTCACTTGCAGAGAATATCTTTCTTGGTCTGAACTATGTGAATACAGACTTAAGTTCTCTTAACCTGTCCAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164864930 170 - 196418989 TAAACTAATTGGGAGTTAGAGCACCTATTCATTTTTAAGAATGGTCCTTCCTCAAAACACACTGTTTAAAACTGATTCCCCATGGAGTGTCATTCTTCACTAGCAGAGAATATCTTTCTTAGTCTGAACTACGTGAGTACAGACTACAGTTATTTTAACATGTCCAGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=250095.000000
s hg19.chr21     16711538 35 +  48129895 ATTTGTAAGCTACTAACTAAAAATTCAGCGATACA
s panTro2.chr21  15432140 35 +  46489110 ATTTGTAAGCTACTAACTAAAAATTCAGCGATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987292 35 +  48394510 ATGTATAAGCTACTAACTAAAAATTCAGCGATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164865100 35 - 196418989 ATTTGTAAGCTACTAATTAAAAATTCAGTGATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=288085.000000
s hg19.chr21     16711573 36 +  48129895 TAGAATTAATTTTCTGGATGATTTCTGGTAGGTACC
s rheMac2.chr3  164865135 36 - 196418989 TAGAGTTAATTTTCTGGATGATTTCTGGTAGGTACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987327 36 +  48394510 TAGAATTAATTTTCTGGATGATTTCTGGTAGGTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15432175 36 +  46489110 TAGAATTAATTTTCTGGATGATTTCTGGTAGGTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=297132.000000
s hg19.chr21     16711609 78 +  48129895 TATAATAATCAGCAGTAAACTGTTTCTCATCCATGTCTGTTACCTAAAGCCCTAATAAAATAAGTGTGCTATAGAGTG
s rheMac2.chr3  164865171 78 - 196418989 TACAATAACCAGCAGTAAACTGTTTCTCATCCATGGCTGTTACCTAAGGCATTAATAAAATAAGTGTGCTATAGAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987363 78 +  48394510 TATAATAATCAGCAGTAAACTGTTTCTCATCCATGTCTGTTACCTAAGGCCCTAATAAAATAAGTGTGCTATAGAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15432211 78 +  46489110 TATAATAATCAGCAGTAAACTGTTTCTCATCCATGTCTGTTACCTAAAGCCCTAATAAAATAAGTGTGCTATAGAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=232248.000000
s hg19.chr21     16711687 28 +  48129895 ATAGAATTAGGGGAACCATCTC-tttttt
s panTro2.chr21  15432289 29 +  46489110 ATAGAATGAGGGGAACCATCTCatttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987441 29 +  48394510 ATAGAATGAAGGGAACCATCTCatttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164865249 29 - 196418989 ATAGAATGAGGGGAACCATCTCattttat
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=-151531.000000
s hg19.chr21     16711715 18 +  48129895 tacattaaatattatgaa
s panTro2.chr21  15432318 18 +  46489110 tacattaaataatatgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987470 18 +  48394510 tacattaaatattatgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164865279 18 - 196418989 tacattaaatattatgaa
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=1066662.000000
s hg19.chr21     16711733 178 +  48129895 aaatattttatCTAAGAAAGAGTGTTTTAAATGATTAAGATGAAAAAGATAAATACTCCATTAGTAATAATGGCTCAACTTTGCTCATTTTAACTAACAGCAGACAGAGTTCCCTCCTTAGAGATATCAATATTTGAATGCTTTGGGGCAAAGGGAATAAGATAATAAAATTTAGATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987488 178 +  48394510 aaatattttatCTAAGAAAGAGTGTTTTAAATGATTAACATGAAAAAGATAAATACTCCATTAGTAATAATTACTCAACTTTGCTCATTTTAACTAACAGCAGACAGAGTTCCCTCCTTAGAGATATCAATATTTGAATGCTTTGGGGCAAAGGGAATAAGATAATAAAATTTAGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164865297 178 - 196418989 aaatattttatCAAAGAAAGAGTGTTTTAAATGATTAAGATGAAAAAGATACATACTCTATTAGTAATAATGACTAAACTTTGCTCATTTTAACTAACAGCAGACAGAGTTCCCTTCTTAGAGATATCAATATTTGAATGCTTTGGGGCAAAGGGAATAAGATAATAAAATTTAGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209058.000000
s hg19.chr21     16711911 39 +  48129895 CAAGTCTTACCCAAAGGCATCTACCTG-----TCCaaaaaaaaa
s rheMac2.chr3  164865475 44 - 196418989 CAAGTCTTACCCAAAGGCACCTACCTGCCCCCCCCAAAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987666 39 +  48394510 CAAGTCTTACCCAAAGGCACCTACCTG-----TCCAAAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15432514 39 +  46489110 CAAGTCTTACCCAAAGGCATCTACCTG-----TCCAAAAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-29966.000000
s hg19.chr21     16711950 16 +  48129895 aaaa---------------aaaaaaaaCCTC
s panTro2.chr21  15432553  8 +  46489110 AAAA-----------------------CCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987705  7 +  48394510 AAAA------------------------CTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164865519 31 - 196418989 AAACCACAAAAAAACAAACAAAAAAACCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16711966 36 +  48129895 TTGAGTCCCCCTTTTCCTCAG---------AAAAAAATTCCTAAA
s rheMac2.chr3  164865550 45 - 196418989 TTGATTCCCCCTTTTCCTCAGGAAAAAAAAAAAAAAATCCCTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987712 36 +  48394510 TTGAGTCCCCCTTCTCCTCAG---------AAAAAAATCCCTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15432561 36 +  46489110 TTGAGTCCCCCTTTTCCTCAG---------AAAAAAATTCCTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=181312.000000
s hg19.chr21     16712002 29 +  48129895 CCTAAATGAAACCGATCACTTTTTCAGGG
s rheMac2.chr3  164865595 29 - 196418989 CCTAAATGAAACCAATCACTTTTTCAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14987748 29 +  48394510 CCTAAATGAAACCGGTCACTTTTTCAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15432597 29 +  46489110 CCTAAATGAAACCGATCACTTTTTCAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=617059.000000
s hg19.chr21     16712031 83 +  48129895 TTCCCACCTAAGGACGTAGCATGCCATAGTCATCTCTCCTGTCTTGTTCTCCACTATCAGCCATATCCAATCCAACACTGTCT
s rheMac2.chr3  164865624 83 - 196418989 TTCCCACCTAAGGAAGTAGCATGCCATGGTCGTCTCCCCTGTCTTGCTCTCCGCTATCAGCCATATCCAGTCCAACACTGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15432626 83 +  46489110 TTCCCACCTAAGGACGTAGCATGCCATAGTCATCTCTCCTGTGTTGTTCTCCACTATCAGCCATATCCAATCCAACACTGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=327517.000000
s hg19.chr21     16712114 61 +  48129895 AGTGCATTCATTGCAATTTTATTGTTAGGTATAGTATGAATAAACTAACAGTTAGTGTATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=665017.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15432769 222 +  46489110 CCCTGATTGGTTGGGTCACTGTGGGAGACAGAGCCCATTATCGAAGGGTAGAAACTGAGCAGGAGCAAATATTTTCTTTCCTTTCTTCCAGAGCCATCAAGTCACTAGCTCATAAATTAGGCTATGGAACGTGGATTCCCCAGCTAGGTCTTTGACTCTTGAGATGTAAAGATGCAAAGATGCAAAAACAGTTTGTGATTGTCCACAGTTGACATGGTGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-33787.000000
s hg19.chr21     16712397 23 +  48129895 TTGAGAGTCCAGTGTGCTGTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164865990 23 - 196418989 TTGAGAGTCCAGTGTGGTGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241459.000000
s hg19.chr21     16712420 38 +  48129895 TACCAGCCTATTCCTCTGGAATGACTTTGGCTGTTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164866013 37 - 196418989 TA-CAGCCTATTCCTCTGGAATGACTTTGACTGTATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400358.000000
s hg19.chr21     16712458 36 +  48129895 TTGGCTACCTACTGTTCTTTTGTTCTCATGTGTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=772622.000000
s hg19.chr21     16712494 74 +  48129895 CCAACATCAATTTTCCCATTTCGCATCAattctgttagtgtcctgatatctttccaataaattccttatctgct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16712568 64 +  48129895 ggggttggcttctgttattctcaaccaagaatcttgaTCAGCACAATTGCTAAAGACTTTCAGT
s panTro2.chr21  15433162 64 +  46489110 ggggttggcttctgttattctcaaccaagaaacttgaTCAGCACAATTGCTAAAGACTTTCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14988314 64 +  48394510 ggggttggcttctgttattctcaaccaagaaacttgaTCAGCACAATTGCTAAAGACTTTCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164866160 64 - 196418989 ggagttggcttctgttattctcaaccaagaaacttgaTCAGCACAATTGCTAAAGACTTTCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1133609.000000
s hg19.chr21     16712632 188 +  48129895 TTTCTTTCCTAATTATCTTGGAGACTCTCCATGTGtctcaatcttcattactactaccatgaaagtgcaagctaaagcacctattttcattctaaggcaatggcttctgacctcttctacccatatccatgcatatcctttcagaattcatcttctacactgcagctagagggaattcttaaaaacag
s panTro2.chr21  15433226 188 +  46489110 TTTCTTTCCTAATTATCTTGGAGACTCTCCATGTGtctcaatcttcattactactaccatgaaagtgcaagctaaagcacctattttcattctaaggcaatggcttctgacctcttctacccatatccatgcatatcctttcagaattcatcttctacactgcagctagagggaattcttaaaaacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14988378 188 +  48394510 TTTCTTTCCTAATTGTCTTGGAGACTCTCCATGTGtctcaatcttcgttactaccaccacgaaagtgcaagctaaagcacctattttcattctaaggcaatggcttctgatctcttctaccaatatccatgcatatcctttcagaattcatcttctacactgcagctagagggaattcttgaaaacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164866224 185 - 196418989 TTTCTTTCCTAATTACCTTGGAAACTCTCCATGTGtctcaatcttcattactactaccatgaaagtgcaagctaaagcacctattttcattctaaggcaatgacttccgacctcttctacccatatccttgcatatcctttcagaattca---tctacactgccgctagagggaactgttaaaaacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259160.000000
s hg19.chr21     16712820 54 +  48129895 aaactgataatttcacttggcttaaatcctttaatggcttcttctttgatattg
s rheMac2.chr3  164866409 54 - 196418989 aaactgatcatttcacttggcttaaatcctttaatggcttcttctttgatattg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15433414 54 +  46489110 aaactgataatttcacttagcttaaatcctttaatggcttcttctttgatattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=567756.000000
s hg19.chr21     16712874 362 +  48129895 ttttgctctgtgtccccacccaaatcttatcttgaattataattcccacctgtggagggagggctctgtaatccccatgtgtcgagggaaggaggtgattggatcatggaggtggtttcctccatgctgttctcatgatagtaagtgaggtctcatgagacctgatggttttatgtgtttgacagttcctccttcacaggatctctctcctgccaccttgtgaagcaggtgcacacttccacttccgccatgattgtaaatttcctgaggcttcctcagccatggaactgtaagtcaattaaacctctttcctttataaattacccagtcttggacatttctttatagtggtgtgaaaacgg
s rheMac2.chr3  164866463 362 - 196418989 tttggctctgtgtccgcacccaaatcttatcttgaattatatttcccatgtgtggagggagggatctgtaatccccatgtgtggagggagggaggtgagtggatcacggaggtggtttcctccatgctattctcatgctagtgagtgaggtctcatgagatctgacggttttatgtgtttcacggttcctccctcagaggctctctctcctgccaccttgtgaagaaggtgcgtgcttccccttcccccacgattgtaaatttcctaaggcttcctcagccatgaaattgagagtcaattaaacctctttcctttataagttacccagtctggaacatttctttatagcagtgtgaaaacgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14988620 362 +  48394510 tttggctctgtgtccccacccaaatcttatcttgaattataattcccatgtgtggagggagggctctgtaatccccatgtttcgagggagggaggtgattggatcatggaggtggtttcctccatgctgttctcatgatagtaagtgaggtctcatgagacctgatggttttatatgtttgacagttcctccttcacaggatctctctgctgctgccttgtgaagcaggtgcgtgcttccccttccgccatgattgtaaatttcctgaggcttcctcagccatgaaactgtgagtcaattaaacctctttcctttataaattacccagtcttggacatttcttcacagcagtgtgaaaacgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15433468 362 +  46489110 tttggctctgtgtccccacccaaatcttatcttgaattataattcccacgtgtggagggaaggctctgtaatccccatgtgtcgagggaaggaggtgattggatcatggaggtggtttcctccatgctgttctcatgatagtaaatgaggtctcatgagacctgatggttttatgtgtttgacagttcctccttcacaggatctctctcctgccaccttgtgaaacaggtgcatgcttccccttccgccatgattgtaaatttcctgaggcttcctcagccatggaactgtaagtcaattaaacctctttgctttataaattacccagtcttggacatttctttacagcagtgtgaaaacgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164866825 20 - 196418989 actagtacattcttgttcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15433830 20 +  46489110 actagtacattcttgttcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-42444.000000
s hg19.chr21     16713256 54 +  48129895 caaagaccaagtccctatatgtattggtctctgcctacattttctttt---tttttt
s panTro2.chr21  15433850 57 +  46489110 caaagaccaagtccctatatgtattggtctctgcctacattttcttttctttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164866845 41 - 196418989 caaagaccaagtccctgtatgtattggtctctgcctac----------------ttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16713310 227 +  48129895 ttttttttgaccaatttaactctgctctctgtgctctaacctcactgacttTTGTTAAATTTTTCAGGTGAATTATGCTACTATGCTACCTATTGCCACAGGACAACTATCTGGGATTTATTTTTATTCATTCAACAAATATAACTTGAGAGTTCCCCTTTCCCCTAGTTAATTTCAACTCAAACTTAAAACCAAAGCTCAGACATTCTTGGAATCCTCAGTGAAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14989051 227 +  48394510 ttttttttgaccaatttaactctgctctctgtgctctaaccacactgacttttgttaaatttttcaggtgaattatgctactatggtacctattgccacaggacAACTATCTGGGATTTATTTTTATTCATTCAACAAATATAACTTGAGAGTTCCCCTTTCCCCTAGTTAATTTCAACTCAAACTTAAAACCAAAGCTCAGACATTCTTGGAATCCTCAGTGAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15433907 227 +  46489110 ttttttttgaccaatttaactctgctctctgtgctctaaccttactgacttTTGTTAAATTTTTCAGGTGAATTATGCTACTATGCTACCTATTGCCACAGGACAACTATCTGGGATTTATTTTTATTCATTCAACAAATATAACTTGAGAGTTCCCCTTTCCCCTAGTTAATTTCAACTCAAACTTAAAACCAAAGCTCAGACATTCTTGGAATCCTCAGTGAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=66662.000000
s hg19.chr21     16713537 32 +  48129895 CTGGATTTCTTTGTGAGAATCCTTTCTCTTTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15434134 32 +  46489110 CTGGATTTCTTTGTGAGAATCctttctctttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=122184.000000
s hg19.chr21     16713569 24 +  48129895 TTTTGACAGCCTATGGGCATCAGT
s rheMac2.chr3  164867145 24 - 196418989 ttttgacagcctatgggcatcagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 126
s panTro2.chr21  15434166 24 +  46489110 ttttgacagcctatgggcatcagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=895897.000000
s hg19.chr21     16713593 112 +  48129895 TGTAATCATATACTTGCTGGTGTGATTTTACGAGTCtctgtcaccctcagtagcctgtaagctttgggtgatcaggaatcaaatctatctcttaacttcctgctctatgctg
s panTro2.chr21  15434190 112 +  46489110 tgtaatcatatacttgctggtgtgattttacgagtctctgtcaccctcagtagcctgtaagctttgggtgatcaggaatcaaatctatctcttaacttcctgctctgggctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15434302  11 +  46489110 tttcccagcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164867281  11 - 196418989 tttcccagcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  14989334 126 +  48394510 I

a score=1373527.000000
s hg19.chr21     16713716  71 +  48129895 agtgcctggaaattaatgaatagtctattaatagctcttaaataaaACATTCATCAAATAATTCACAGAAT
s panTro2.chr21  15434313  71 +  46489110 agtgcctggaaattaatgaatagtctattaatagttcttaaataaaACATTCATCAAATAATTCACAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164867292  71 - 196418989 agtgcctggaaattaatgaatagtctattaatatttcttaaataaaACATTCATCAAATAATTCACAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 M 160
e ponAbe2.chr21  14989334 126 +  48394510 I

a score=981304.000000
s hg19.chr21     16713787  84 +  48129895 ATGACTTAGATTTAGAGGGCTATTATACATATATTTCTAAAGTT-AAATATTTACTGTATGATTTCTCTTTGTTTTTCCACATTG
s ponAbe2.chr21  14989460  85 +  48394510 ATGACTTAGATTTAGAGGGCTATTATACATATATTTCTAAAGTTAAAATATTTACAGTATGATTTCTGTTTGTTTTTCCACATTG
i ponAbe2.chr21 I 126 C 0
s panTro2.chr21  15434384  84 +  46489110 ATGACTTAGATTTAGAGGGCTATTATACATATATTTCTAAAGTT-AAATATTTACTGTATGATTTCTCTTTGTTTTTCCACATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164867363 160 - 196418989 M

a score=735608.000000
s hg19.chr21     16713871  46 +  48129895 TTCAACTTTGTGGTTTATCAATAGATTTCTGGAGGTAAAAGTTTCG
s ponAbe2.chr21  14989545  46 +  48394510 TTCAACTTTGTGGTTTATCAATAGATTTCTGGAGGTAAAAGTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15434468  46 +  46489110 TTCAACTTTGTGGTTTATCAATAGATTTCTGGAGGTAAAAGTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164867363 160 - 196418989 M

a score=448592.000000
s hg19.chr21     16713917 27 +  48129895 CTCTCATTTGTGTTCTCATTCATATTT
s panTro2.chr21  15434514 27 +  46489110 CTCTCATTTGTGTTCTCATTCATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  M 160 C 0

a score=998868.000000
s hg19.chr21     16713944 60 +  48129895 CCTTTGCCACAATATTTCTTGCACTATACTTCTTAGAAAAGCAATACTTGAGATCACGTA
s panTro2.chr21  15434541 60 +  46489110 CCTTTGCCACAATATTTCTTGCACTATACTTCTTAGAAAAGCAATACTTGAGATCACGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1054326.000000
s hg19.chr21     16714004 55 +  48129895 TCTGTATTTTATTGAAGTTACTCAGTTTAAAGCCAGTCATCCTAAATCATTCTAA
s panTro2.chr21  15434601 55 +  46489110 TCTGTGTTTTATTGAAGTTACTCAGTTTAAAGCCAGTCATCCTAAATCATTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164867611 55 - 196418989 TCTGTATTTTATTGAAGTTACTCAGTTTAAAGCCAATCATCCTAAATCATTCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=236722.000000
s hg19.chr21     16714059 15 +  48129895 AGACTTCTAAACTGA
s rheMac2.chr3  164867666 15 - 196418989 AGACTTCTAAACTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31175.000000
s hg19.chr21     16714074 39 +  48129895 CCTCTACTAAGGAAAAGAAAATGCTTATTTTTTGAAAAA
s panTro2.chr21  15434671 39 +  46489110 CCTCTACTAAGGAAAAGAAAATGCTTATTTTTTGAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164867681 39 - 196418989 CCTCTACTAAGGAAAAGAAAATGCTTATTTTTTGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=355197.000000
s hg19.chr21     16714113 21 +  48129895 TGGCAGCCTTCCTATTCCAGA
s panTro2.chr21  15434710 21 +  46489110 TGGCAGCCTTCCTATTCCAGA
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s ponAbe2.chr21  14989787 21 +  48394510 TGGCAGCTTTCCTATTCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  164867720 21 - 196418989 TGGCAGCCTTCCTATTCAAGA
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a score=2039368.000000
s hg19.chr21     16714134 83 +  48129895 TTTTTTTCCAAGCTTAACATATAGAAACATTTTCTCTCCCCCTGAATTTTACTTAGTCATAAGTTTTTAGCTCAAGTTTCAAT
s rheMac2.chr3  164867741 81 - 196418989 CTTTTTTCCAAGCTTAACATATAGAAATATGTTCTCTCCTCCTGAATTTTACTTAGTCATAAGTTTTTAGCTC--GTTTCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14989809 83 +  48394510 TTTTTTTCCAAGCTTAACATATAGAAATATTTTCTCTCCCCCTGAATTTTACTTAGTCATAAGTTTTTAGCTCAAGTTTCAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=573213.000000
s hg19.chr21     16714217 35 +  48129895 TGTAATAGCTGGAAAACATTTAATGCT--AAAAAAAT
s panTro2.chr21  15434814 35 +  46489110 TGTAATAGCTGGAAAACATTTAATGCT--AAAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14989892 37 +  48394510 TGTAATAGCTGGAAAACATTTAATGCTAAAAAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1078956.000000
s hg19.chr21     16714252 33 +  48129895 GAATGGCTGCTTCCAAATAACACACTGTTCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2146869.000000
s hg19.chr21     16714285 77 +  48129895 GAGAAAGATCACTTAAAATATCAGATTCATCTCATCTCCATTATCAGTTGTTCTGAAAGTCTCCTTTGAGTCATTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=2101141.000000
s hg19.chr21     16714362 121 +  48129895 TCTTTGTAATCATTGTTTTCATCCATATATTGGCATTTAGACAGGTATTACAGATAGTATGTAAAAAAAATACACATGTATAAAAATGCGGCCATTATACCCCTACTAAAATATTGATCAT
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s ponAbe2.chr21  14990039 121 +  48394510 TCTTTGTAATCATTGTTTTCATCCATATATTGGCATTTAGACAGGTAGTACAGATAGTATGTAAAAAAAATACACATGTATAAAAATGTGCCCATTATACCTCTACTAAAATATTTATCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  14990160 49 +  48394510 AAAGGAACCAAATTCAATGTGTTCATTTTTATAATAACTTTAAAGAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16716107 102 +  48129895 ttattctcaAAATGAGCATGGGGCACTCCTCAGTTTTTTGTGACACATATTTTTGCACTTTTGAGTTGAGCGGATACAAAATCCTTCTGAATACAGCTCTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15446372 48 +  46489110 tgctgatgtgatcaagtaacggactttgagatgaggaagactattctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=372444.000000
s hg19.chr21     16725835 40 +  48129895 gattatccaggtgagctccatgtgatcacatgggtcctta
s rheMac2.chr3  164880115 40 - 196418989 gattatccaggtgagctccatgtgatcacatggctcctta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001516 40 +  48394510 gattatccaggtgagctccatgtgatcacacgggtcctta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15446420 40 +  46489110 gattatccaggtgagctccatgtgatcacatgggtcctta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=599633.000000
s hg19.chr21     16725875 70 +  48129895 aaaatcagagaactatcttggctatggtcaggaagatgaaatcttgctgattttgaagacagaggaagag
s rheMac2.chr3  164880155 70 - 196418989 aaaatcagaaaactgtcttggctatggtcaggaagacgtaatcttgctgatattgaagacagaggaagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001556 70 +  48394510 aaaatcagagaactgtcttggctgtggtcaggaagatgaaatcttgctgattttgaagacagaggaaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15446460 70 +  46489110 aaaatcagagaactatcttggctatggtcaggaagatgaaatcttgctgattttgaagacagaggaagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=339142.000000
s hg19.chr21     16725945 68 +  48129895 ggccatgagtcatggcttgtgggtggcctctacaagctggaaaatggaaggaaacagattctccagga
s rheMac2.chr3  164880225 68 - 196418989 ggccatgagccatggcttgtgggtggcctctagaagctggaaaaaggaaggaaacagattctccagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001626 68 +  48394510 ggccatgagccatggcttgtgggtggcctctgcaagctggaaaatggaaggaaacagattctccagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15446530 68 +  46489110 ggccatgagtcatggcttgtgggtggcctctacaagctggaaaatggaaggaaacagattctccagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=159705.000000
s hg19.chr21     16726013 26 +  48129895 agaaacacagccctgctaacactatg
s rheMac2.chr3  164880293 26 - 196418989 agaaacacagccctgctaacaccatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001694 26 +  48394510 agaaacacagccctactaacactatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15446598 26 +  46489110 agaaacacagccctgctaacactatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=415526.000000
s hg19.chr21     16726039 87 +  48129895 attttacccctgtttggtctgtgtcacacgtctaatctagagaagtgcaagaaaattaatttgtggtttccatctacaacatctgtg
s rheMac2.chr3  164880319 87 - 196418989 cttttacccccgtttggtctatgtcacacgtctaatctagagaagtgcaagaaaatgaatttgtggttttcatctacaacatctgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001720 87 +  48394510 attttacccctgtttggtctatatcacacgtctaatctagagaagtgcaagaaaattaatttgtggttttcatctacaacatctgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15446624 87 +  46489110 attttacccctgtttggtctgtgtcacacgtctaatctagagaagtgcaagaaaattaatttgtggtttccatctacaacatctgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=430205.000000
s hg19.chr21     16726126 41 +  48129895 gcactgtgttacagctgcaatggaaaattaatacaTAGTGT
s rheMac2.chr3  164880406 41 - 196418989 gcactgtgttacagctgcaatggaaaattaatacaTAGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001807 41 +  48394510 gcactgtgttacagctgcaatggaaaattaatacaTAGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15446711 41 +  46489110 gcactgtgttacagctgcaatggaaaattaatacaTAGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-52342.000000
s hg19.chr21     16726167  9 +  48129895 CATGA-TTTT
s rheMac2.chr3  164880447  9 - 196418989 CATGA-CTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001848 10 +  48394510 CATGATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15446752  9 +  46489110 CATGA-TTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61462.000000
s hg19.chr21     16726176 48 +  48129895 GTTTTAGATGATCATCTCAGTTGAATGAAGAAACAACCAAAATGGTGA
s panTro2.chr21  15446761 48 +  46489110 GTTTTAGATGATCATCTCAGTTGAATGAAGAAACAACCAAAATGGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001858 48 +  48394510 TTTTTAGATGATCATCTCAGTTGAATGAAGAAACAACCAAAATGGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164880456 38 - 196418989 TTTT----------TTTCAGTTGAATGAAGAAACAACCAAAATGGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8940.000000
s hg19.chr21     16726224 83 +  48129895 ATTTGAAGATTTCAAATGAGAAGCAGTTTCCTTCCCTCATATTGAAGTGTAGGTACGGGTCTAGAGTGGCCTGGACCCTTCCC
s panTro2.chr21  15446809 83 +  46489110 ATTTGAAGATTTCAAATGAGAAGCAGTTTCCTTCCCTCATATTGAAGTGTAGATACGGGTCTAGAGTGGCCTGGACACTTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001906 83 +  48394510 ATTTGAAGATTTCAAATGAGAAGCAGCTTCCTTCCCTCATATTGAAGTGTAGGTACTGGTCTAGAGTGGCCTGGACCCTTCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164880494 82 - 196418989 ATTTGAAGATTTCAAATGAGAAGCAGTTTCCTTCCCTCATATTCAAGTATAGGTACTGGTCTAGAGT-GCCTGGACCCTTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=659790.000000
s hg19.chr21     16726307 107 +  48129895 CACTATACCTGAATGTCCTGAGAAGGCGATGTTTGTTCCCTCATTGTAGATGAAGAAACAGAGATATTAAATATATTTATAAGATACTCCAAATAACAGAATGGATC
s panTro2.chr21  15446892 107 +  46489110 CACTATACCTGAATGTCCTGAGAAGGCGATGTTTGTTCCCTCATTGTAGATGAAGAAACAGAGATATTAAATATATTTATAAGATACTCCAAATAACAGAATGGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15001989 107 +  48394510 CACTGTACCTGAATGTCCTGAGAAGGTGATGTTTGTTCCCTCATTGTAGGTGAAGAAACAGAGAGATTAAATATATTTATAAGATACTCCAAATAACAGAATGGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164880576 105 - 196418989 CACTGTACCTGAATGTCCTGAGAAGGCGA--TTTATTCCTTCATTGTAGATGAAGAAACGGAGAGattaaatatatttataaaataCTCCAAATAACAGAATGGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-212189.000000
s hg19.chr21     16726414 48 +  48129895 CAGCACTGAAACCCACTTTCCACCCTGCCCCC--CCGCACATTGCCTCAA
s panTro2.chr21  15446999 50 +  46489110 CAGCACTGAAACCCACTTTCCACCCTGCCCCCGCCCGCACATTGCCTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002096 48 +  48394510 CAGCACTAAAACCCACTTTCCACCCTGCCCCC--CAACACATTGCCTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164880681 48 - 196418989 CAGCACTAAAACCCACTTTCCACCCTGCCCCC--AGGCACATTGCTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89989.000000
s hg19.chr21     16726462 20 +  48129895 AGGCTTTCATATATATGAAA
s panTro2.chr21  15447049 14 +  46489110 AGGCTTTCAAACAT------
i panTro2.chr21 C 0 I 8
s ponAbe2.chr21  15002144 14 +  48394510 AGGCTTTCAAACAT------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
s rheMac2.chr3  164880729 14 - 196418989 AGGCTTTCAAACAT------
i rheMac2.chr3  C 0 I 8

a score=960530.000000
s hg19.chr21     16726482 48 +  48129895 TATATATGCTTAAGAAATCCAAGTAAATTTGGAAGAGGGATGATTACG
s panTro2.chr21  15447071 48 +  46489110 CATATATGCTTAAGAAATCCAAGTAAATTTGGAAGAGGGATGATTACG
i panTro2.chr21 I 8 C 0
s ponAbe2.chr21  15002166 48 +  48394510 CATATATGCTTAAGAAATCCATGTAAATTTGGAAGAGGGATGATTACG
i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
s rheMac2.chr3  164880751 48 - 196418989 CATATATGCTTAAGAAATCCAAGTCAATTTGGAAGAGGGATGATTACG
i rheMac2.chr3  I 8 C 0

a score=1635889.000000
s hg19.chr21     16726530 83 +  48129895 CACAATTTCCTTTTGGCTGCCTGATTTCCTTTTGGCCTTCTGCAGTTAAGAAGTCCGCGCATTTGCATGGTCATCTTAACACA
s panTro2.chr21  15447119 83 +  46489110 CACAATTTCCTTTTGGCTGCCTGATTTCCTTTTGGCCTTCTGCAGTTAAGAAGTCCACGCATTTGCATGGTCACCTTAACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002214 83 +  48394510 CACAATTTCCTTTTGGCTGCCTGATTTCCTTTTGGCCTTCTGCAGTTAAGAAGTCCACGCATTTGCATGGTCATCTTAACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164880799 83 - 196418989 CACAATTTCCTTTTGGCTGCCCGATTTCCTTTTGGCCTTCTGCAGTTAAGAAGTCCACGCATTTGCATGGTCATCTTAACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=897176.000000
s hg19.chr21     16726613 48 +  48129895 TGAAAGGAACAAACCAATATAGTCTAATCATAGTAGCCTGCTGAGGTC
s panTro2.chr21  15447202 48 +  46489110 TGAAAGGAACAAACCAATATAGTCTAATCATAGTAGCCTGCTGAGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002297 48 +  48394510 TGAAAGGAACAAACCAATATAGTCTAATCATAGTAGCCTGCTGAGGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164880882 48 - 196418989 TGAAAGGAACAAACCAATATAGTCTAATCATAGTAGCCTGCTGAGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=392270.000000
s hg19.chr21     16726661 91 +  48129895 ACAACAAAATTGTCTGACCTCTGAGAGGCTCTGCGTTACACCTAAGAAAACAGCAATACCAGTAATTTGCTTT---AAAAAAAAAAAAAGAGAA
s panTro2.chr21  15447250 91 +  46489110 ACAACAAAATTGTCTGACCTCTGAGAGGCTCTGCGTTACACCTAAGAAAACAGCAATACCAGTAATTTGCTTT---AAAAAAAAAAAAAGAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002345 90 +  48394510 ACAACAAAATTGTCTGACCTCTGAGAGGCTCTGTGTTACACCTAAGAAAACAGCAATACCAGTAATTTGCTTT----AAAAAAAAAAAAGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164880930 94 - 196418989 ACAACAAAATTGTCTGACCTCTGAGAGGCTCTGCGTTACACCTAAGAAAACAGCAATACCAGTAATTTGCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-39418.000000
s hg19.chr21     16726752 20 +  48129895 AGATGCATTTATCAGCCACA
s panTro2.chr21  15447341 20 +  46489110 AGATGCATTTATCAGCCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002435 20 +  48394510 AGACGCATTTATCAGCCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881024 20 - 196418989 AGATGCATTTATCAGCCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=933635.000000
s hg19.chr21     16726772 129 +  48129895 GTGAAAGATAATAGTCGGTGCCCTCTTCGTCTTTCCTGTCCCTTTAATTTTTTGCTAACAGGGGAGGAGAAATAATCAAGGGCATCAGGTGTAGGTTGCCCCTTAAACTAATTAACAGTCCTTTGGGGA
s panTro2.chr21  15447361 129 +  46489110 GTGAAAGATAATAGTCGGTGCCCTCTTCGTCTTTCCTGTCCCTTTAATTTTTTGCTAACAGGGGAGGAGAAATAATCAAGGGCATCAGGTGTAGGTTGCCCCTTAAACTAATTAACAGTCCTTTGGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002455 129 +  48394510 ATGAAAGATAATAGTCGGTGCCCTCTTCGTCTTTCCTGTCCCTTTAATTTTTTGCTGACAGGGAAGGAGAAATAATCAAGGGCATCAGGTGTAGGTTGCCCCTTAAACTAATTAACAGTCCTTTGGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881044 129 - 196418989 ATGAAAGATAATAGTCGGTGACCTCTTCATGTTTCCTGTCCCTTTAATTTTTTGCTAACAGGGGAGGAGAAATAATCAAGGGCATCAGGTGTAGGTTGTCCCTTAAACTAATTAACAGTCCTTTGGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=963058.000000
s hg19.chr21     16726901 49 +  48129895 GTTTCGCTAGCCTCCCTCTTTTGTCCAGTTACTGGCAGGAAACTGGGTG
s panTro2.chr21  15447490 49 +  46489110 GTTTCGCTAGCCTCCCTCTTTTGTCCAGTTACTGGCAGGAAACTGGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002584 49 +  48394510 GTTTCGCTAGCCTCCCTCTTTTGTTCAGTTACTGGCAGGAAACTGGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881173 49 - 196418989 GCTTCGCTAGCCTCCCTCTTTTGTCCAGTTACTGGCAGGAAACTGGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1413068.000000
s hg19.chr21     16726950 86 +  48129895 ACCAGGTGGTTTTCTGGTGCTGTAACTTTGCCGAGGGCTGCTGGAAGTTGTAAAAAGGCTTTAACTTATCTCTTCTAGATCCTTGG
s panTro2.chr21  15447539 86 +  46489110 ACCAGGTGGTTTTCTGGTGCTGTAACTTTGCCGAGGGCTGCTGGAAGTTGTAAAAAGGCTTTAACTTATCTCTTCTAGATCCTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002633 86 +  48394510 ACCAGGTGGTTTTCTGGTGCTGTAACTTTGCCGAGGGCTGCTGGAAGTCATAAAAAGGCTTTAACTTATCTCTTCTAGATCCTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881222 86 - 196418989 ACCAGGTGGTTTTCTGGTGCTGTAACTTTGCCGAGGGCTGCTGGAAGTTGTAAAAAGGCTTTAACTTATCTCTTCTAAATCCTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=112648.000000
s hg19.chr21     16727036 49 +  48129895 GTTCAGCCGGCTCAACCTCTTAACCCAGGCTTTCTTCATTTCCCTGTCT
s panTro2.chr21  15447625 49 +  46489110 GTTCAGCCAGCTCAACCTCTTAACCCAGGCTTTCTTCATTTCCCCGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002719 49 +  48394510 GTTCAGCTAGCTCAACCTCTTAACCCAGGCTTTCTTCATTTCCCCGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881308 49 - 196418989 GTTCAGCCAGCTCAACCTCTTAGCCCAGGTTTTCTTCATTTTGCCATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-180146.000000
s hg19.chr21     16727085 14 +  48129895 TCACATGTCTATCT
s panTro2.chr21  15447674 14 +  46489110 TCACATGTCTATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002768 14 +  48394510 TCACATGGCTATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881357 14 - 196418989 TCACATGGCTATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=176048.000000
s hg19.chr21     16727099 14 +  48129895 TTGATAAAGGAGAA
s panTro2.chr21  15447688 14 +  46489110 TTGATAAAGGAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002782 14 +  48394510 TTGATAAAGGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881371 14 - 196418989 TTGATAAAGGAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=773914.000000
s hg19.chr21     16727113 57 +  48129895 ACTGGTGAAAGTCAGCATGTAGATATTACCTCTTGAGTTCTAAGGCTCAAATTCAGT
s panTro2.chr21  15447702 57 +  46489110 ACTGGTGAAAGTCAGCATGTAGATATTACCTCTTGAGTTCTAAGGCTCAAATTCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002796 57 +  48394510 ACTGGTGAAAGTCAGCATGTAGATATTACCTCTTGAGTTCTAAGGCTCAAATTCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881385 57 - 196418989 ACTGGTGAAAGCCAGCATGTAAATATTACCTCTTGAGTTCTAAGACTCAAATTCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=392424.000000
s hg19.chr21     16727170 48 +  48129895 AAGTTATAGAGAAATCTGGTGGTGTTGCTTTTGTAGTATGAAGCCTAG
s panTro2.chr21  15447759 48 +  46489110 AAGTTATAGAGAAATCTGGTGGTGTTGCTTTTGTAGTATGAAGCCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002853 48 +  48394510 AAGCTATACAGAAATCTGGTGGTGTTGCTTTTGTAGTATGAAGCCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881442 48 - 196418989 AAGTTATAGAGAAATCTGGTGGTGTTGCTTTTGTAGTATGAAGCCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1989383.000000
s hg19.chr21     16727218 125 +  48129895 TTCATTTTTATTAAAATATAATTGCCTTACCTAGGAGATGCTTGAGGAATTGGAAGGACCAACCCAGAGTCTATCTCTCTTTGTTGTTGCTTACTGAG-TGTTCTCCTTGGTGGAAGTGGCTTCTA
s panTro2.chr21  15447807 125 +  46489110 TTCATTGTTATTAAAATATAATTGCCTTACCTAGGAGATGCTTGAGGAATTGGAAGGACCAACCCGGAGTCTATCTCTCTTTGTTGTTGCTCACTGAG-TGTTCTCCTTGGTGGAAGTGGCTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15002901 126 +  48394510 TTCATTTTTATTAAAATATAATTGCCTTACCTAGGAGATGCTTGAGGAATTGGAAGGACCAACCCAGAGTCTATCTCTCTTTGTTGTTGCTTACTGAGTTGTTCTCCTTGGTGGAAGTGGGTTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881490 125 - 196418989 TTCATTTTTATTAAAATATAATTGCCTTACCTATGAGATGCTTGAGGAATTGCAAGGACCAACCCAGAGTCTGTCTCTCTTTATTGTTACTTACTGAG-TGTTATCCTTGGTGGAAGTGGCTTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1535225.000000
s hg19.chr21     16727343 70 +  48129895 TTCCATTATAGGCAGAGCACTGCAGGGCTGTTTATTTCCTGTATCTACAGAGTACAAAAATGGTTCAACG
s rheMac2.chr3  164881615 70 - 196418989 TTCCATTACAGGCAGAACACTGCAGGGCTGTTTATTTCCTGTATCTACAGAGTATAAAAACAGTTCAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15003027 70 +  48394510 TTCCATTACAGGCAGAGCACTGCAGGGCTGTTTATTTCCTGTATCTACAGAGTACAAAAATGGTTCAACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15447932 70 +  46489110 TTCCATTATAGGCAGAGCACTGCAGGGCTGTTTATTTCCTGTATCTACAGAGTACTAAAACGGTTTAACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1184106.000000
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s panTro2.chr21  15448002 49 +  46489110 AAAGAAATAGTTGGGATTGAGGTATTTGATGGAAAGGAAATGGGAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15003097 49 +  48394510 AAAGAAATAGTTGGGATTGAGGTATTTGATGGAAAGGAAATGGGAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881685 49 - 196418989 AAAGAAATAGTTGGGATTGAGGTATTTGATGGAAAGGAAATGGGACCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1968183.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15003220 118 +  48394510 TTTTATGTCAAACATCAGGGTTTCATGCAGGATATAGACATTTCCTGCTGGCCAAGTCTGTTTCTATAATGGTAACCCCATAGGTTCTGTGCTACTTGCACTGTAATTGTGCCAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881808 118 - 196418989 TTTTATGTCAAACATCAGGGTTTCGTGCAGGATGTAAACATTTCCTGCTGGCCAAGTCTGTTTCTATAATGGTAACCCCATAGGTTCTGTGCTAACTGCACTGTAATTGTGCCAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2880680.000000
s hg19.chr21     16727654 75 +  48129895 TTCCTGTATTCAACAGGGGAGGTTAAAAGTCAGTCTGG-TTTCACAGCTGTTTTGGGTAAGAATTGGCTTTCCAGC
s panTro2.chr21  15448243 75 +  46489110 TTCCTGTATTCAACAGGGGAGGTTAAAAGTCAGTCTGG-TTTCACAGCTGTTTTGGGTAAGAATTGGCTTTCCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15003338 76 +  48394510 TTCCTGTATTCAACAGGGGAGGTTAAAAGTCAGTCTGGTTTTCACAGCTGTTTTGGGTAAGAATTGGCTTTCCAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164881926 75 - 196418989 TTCCTGTATTCAACAGGGGAGGTTAAAAGTCAGTCTGG-TTTCACAGCTGTTTTGGGTAAGAACTGGCTTTCCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1237401.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15003414 72 +  48394510 AGCTCTGGAAACTTACAGTTATACTCCTCAGATAAACATTAATCAGTGGCTATAATTTCACAAGGGCATTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164882001 72 - 196418989 AGCTCTGGAAACTTACGGTTATACTCCTCAGATAAACATTAATCAGTGGCTATGATTTCACAAGGGCATCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-122962.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31731.000000
s hg19.chr21     16727848 33 +  48129895 TTCATGGTTGTGTGTAGGGACGCTCAGGGACAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1264716.000000
s hg19.chr21     16727881 78 +  48129895 TAGTTTTAAGAAGGCCATTAATGAGTATAGATAATTGTAGAATTTTATTTCATAATTTCTTCAGGCACACATTAAGGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=945690.000000
s hg19.chr21     16727959 54 +  48129895 GAAAATGAGCACAATTGAAAGTTTAAATGGTAGACCTTATTTTCCCCTTGACTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16728013 30 +  48129895 TCGGTAAATTTAAAGATGGTTTATCTTCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16728043 92 +  48129895 TTTTTATTAATCTCAATTTGGCACTGATTCCCAATGCTTCAGCTTTCATTTTCTCTTTTCTTTAGTCTTTCAAGTAGTTATTGATTTATAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16728182 88 +  48129895 TCCTAATGGTGAAAAGAAAAATCATTTTGAGCTATAGAGGAAACTCCCTCCACAGCATCTCTTTAACCGTTTTGGGTTTTCATACTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15003867 88 +  48394510 TCCTAATGGAGAAAAGAAAAATCATTTTGAGCTATAGAAGAAACTCCCTCCACAGCATCTCTTTAACCGGTTTGGGTTTTCATACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164882454 88 - 196418989 TTCTAATGGTGAAAAGAAAAATCATTTTGAGCCACAGAAGAAACTCCCTCCACTGCATCTCTTTAACGGGTTTGGGTTTTCATATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=178648.000000
s hg19.chr21     16728270 31 +  48129895 AGGTTGTCTTAAATTTGGGGCCATCTCTATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15003955 31 +  48394510 AGGTTGTCTTAAATTTGGGGCCATCTCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1794266.000000
s hg19.chr21     16728301 92 +  48129895 CCTTTATAGTTTTCCTAACTTGTGCCCTAAAAGATAATATGAGCTGTCTTTGATAAACCCATTTTAGAGCTTGCTCTGTGATCTGAATCACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15003986 92 +  48394510 CCTTTATAGTTTTCCTAACTTGTCCCCTAAAAGATAATATGAGCTGTCTTTGATAAACCCATTTTAGAGCTTGCTCTGTGATCTGAATCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164882573 92 - 196418989 CCTTTACAGTTTTCCTAACTTGTGCCCTAAAAGATAATATGAGCTGTCTTTGATAAACCCATTTTAGAGCATGCTCTGTGATCTGGATCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=996409.000000
s hg19.chr21     16728393 38 +  48129895 AAGTTGACATTGAGAATTATGTTCTTCCCCTTGATAAA
s panTro2.chr21  15448982 38 +  46489110 AAGTTGACATTGAGAATTATGTTCTTCCCCTTGATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15004078 38 +  48394510 AAGTTGACATTGAGAATTATGTTCTTCCCCTTGATAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164882665 38 - 196418989 AAGTTGACATTGAGAATTATGTTCTTTCCCTTGATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=973605.000000
s hg19.chr21     16728431 54 +  48129895 GGTTGCTAGAAATGGCAGAACAAACGTAAGAGATTTTTTTAAAGTACTTGAAAG
s panTro2.chr21  15449020 52 +  46489110 GGTTGCTAGAAATGGCAGAGCAAAC--AAGAGATTTTTTTAAAGTACTTGAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15004116 53 +  48394510 GGTTGCTAGAAATGGCAGAACAAACGTAAGAG-TTTTTTTTAAGTACTTGAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164882703 54 - 196418989 GGTTGCTGGAAGTGGCAGAACAAACCTAAGAGATTTTTTTAAAGTACTTGAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=758687.000000
s hg19.chr21     16728485 47 +  48129895 ACAGGACATCCCGTGGGCTTTTCTGACTGATAAGACATGCTGTACAT
s panTro2.chr21  15449072 47 +  46489110 ACAGGACATCCCGTGGGCTTTTCTGACTGATAAGACATGCTGTACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15004169 47 +  48394510 ACAGGACATCCTGTGGGCTTTTCTGACTGATAAGACATGCTGTACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164882757 47 - 196418989 ACAGGACATCCCGTGGGCTTTTCTGACTAATAAGACATGCTGTACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=965778.000000
s hg19.chr21     16728532 72 +  48129895 ATCTCTACTCAGGAGGCAGAGGAAAGCTTTGGAAAGAGGATGGGGTATAGTCATCACAAATATTTTAAAGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15004216 72 +  48394510 ATCTCTACTCAGGAGGCAGAGGAAAGCTTTGGAAAGAGGATGGGGTATAGTCATCACAAATATTTTAAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=268808.000000
s hg19.chr21     16728604 18 +  48129895 ACTATAAAAACATGCTAA
s panTro2.chr21  15449191 18 +  46489110 ACTATAAAAACATGCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164882876 15 - 196418989 ACTAT---AACATGCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151127.000000
s hg19.chr21     16728622 31 +  48129895 GGACAGCCAAAGCTGTAATAAAAAATAGAAA
s panTro2.chr21  15449209 31 +  46489110 GGACAGCCAAAGCTGTAATAAAAAATAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15004306 31 +  48394510 GGACAGCCAAAGCTGTAATAAAAAATAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=197985.000000
s hg19.chr21     16728653 48 +  48129895 ACATCAACATAAATGATGAAATTATTATTACATTCTATCAATGTGAAT
s panTro2.chr21  15449240 48 +  46489110 ACATCAACATAAATGATGAAATTATTATTACATTCTATCAATGTGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15004337 48 +  48394510 ACATCAACATAAATGGTGAAATTATTATTACATTCTATCAATGTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164882922 48 - 196418989 ACATCAACATAAATGGTGACATTATTATTACATTTTATCAGTGTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=679344.000000
s hg19.chr21     16728701 51 +  48129895 TATCCAAGTCCTTTGATTTTTCTGGGAGACTACAAATGAAAAGAGGTATGT
s panTro2.chr21  15449288 51 +  46489110 TATCCAAGTCCTTTGATTTTTCTGGGAGACTATAAATGAAAAGAGGTGTGT
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s ponAbe2.chr21  15004385 51 +  48394510 TATCCAAGTCCTTTGATTTTTCTGGGAGACTATAAATGAAAAGAGATGTGT
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a score=284517.000000
s hg19.chr21     16728752 55 +  48129895 GCAAGAACCCTTCCAGAGAAGGAAGTCTATGTCCTCTTCCATACTATCCCCAACC
s panTro2.chr21  15449339 55 +  46489110 GCAAGAACCCTTCCAGAGAAGGAAGTCTATGTCCTCTTCCATACTATCCCCAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15004436 55 +  48394510 GCAAGAACCCTTCCAGAGAAGGAAGTCTATGTCCTCTTCCATACTACCCCCAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=332202.000000
s hg19.chr21     16728807 56 +  48129895 AAAAATGAATGAGGAAAAATAACATGTAGTTATGTTAAGGTGTTTAGGTTTTTAAC
s panTro2.chr21  15449394 56 +  46489110 AAAAATGAATGAGGAAAAATAACATGTAGTTATGTTAAGGTGTTTAGGTTTTTAAC
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s ponAbe2.chr21  15004491 55 +  48394510 AAAAATGAATGAGGAAAAATAACATGTAGTTATGTTAAGGTG-TTAGGTTTTTAAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164884501 194 - 196418989 ATAGGAATGTCAGTCAGTGAAGTAAACACAACTTATTCCACTCTTGCTCAATGAAAGTTATCTACTGTGAAGGATTAGCTGCCATGTTCAACAATAACGAAGCTCTTGTTTTCCAATAAAGAGGTTAATTGGCTTCAGAGAAAATACATGTACAGAACACATAGGCCTAATATTGGTTTTGCGAAGGTCCAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5294945.000000
s hg19.chr21     16730427 158 +  48129895 TGAGGGAAGTTAATGTTTCCTGTTTATTAGCTGTTTTACAACAATCTGCCCTTGACCAATAATTATGCTTACATAGCTGATGCTAATATGTGTCAGCGCAGTAGCTACTTAATGTATCCTCTGCACCTGTGTGCAATTGAGTTTGCCATCAACCCACA
s panTro2.chr21  15451020 158 +  46489110 TGAGGGAAGTTAATGTTTCCTGTTTATTAGCTGTTTTACAACAATCTGCCCTTGACCAATAATTATGCTTACATAGCTGATGCTAATATGTGTCAGCGCAGTAGCTACTTAATGAATCCTCTGCACCTGTGTGCAATTGAGTTTGCCATCAACCCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006103 158 +  48394510 TGAGGGAAGTTAATGTTTCCTGTTTATTAGCTGTTTTACAACAGTCTGCCCTTGACCAATAATTATGCTTACATAGCTGATGCTAATATGTGTCAGCGCAGTAGCTACTTAATGTATCCTCTGCACCTGTGTGCAATTGAGTTTGCCGTCAACCCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164884695 158 - 196418989 TGAGGGAAGTTAATGTTTCCTGTTTATTAGCTGTTTTACAACAATCTGCCCTTGACCAATAATTATGCTTACATAGCTGATGCTAATATGTGTCAGCGCAGTAGCTACTTAATGTATCCTCTGCACCTGTGTGCAATTGAGTTTGCCATCAACCCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401346.000000
s hg19.chr21     16730585 41 +  48129895 GCGTCCTTAGTCCTCACTCTTTGGGTGTTGTTTCCTGTCTC
s panTro2.chr21  15451178 41 +  46489110 GCGTCCTTAGTCCTCACTCTTTGGGTGTTGTTTCCTGTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006261 41 +  48394510 GCGTCCTTAGTTCTCACTCTTTGGGTGTTGTTTCCTGTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164884853 41 - 196418989 GCGTCCTTAGTCCTCACTCTTCGGGCGTCGTTTCCTGTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=344583.000000
s hg19.chr21     16730626 56 +  48129895 CAAATGGACTAAGCACCTGGATGGTGGAAACTCCAATGTCAAAAATCAGGCTGCCT
s panTro2.chr21  15451219 56 +  46489110 CAAATGGACTAAGCACCTGGATGGTGGAAACTCCAATGTCAAAAATCAGGCTGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006302 56 +  48394510 CAAATGGACTAAGCACCTGGATGGTGGAAACGCCAATGTCAAACATCAGGCTGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164884894 56 - 196418989 CAAATGGACTAAGCACCTGGATGGTGGAAACTCCAATGTCAAAAATCAGACTGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35227.000000
s hg19.chr21     16730682 24 +  48129895 TTCCTGGACCTGTTTTCTTAAATT
s panTro2.chr21  15451275 24 +  46489110 TTCCTGGACCTGTTTTCTTCAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006358 24 +  48394510 TTCCTGGACCTGTTTTCTTAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164884950 24 - 196418989 TTCCTGGACCTGTTTTCTTAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301075.000000
s hg19.chr21     16730706 30 +  48129895 CTAAATGTAGCCATCTGTTTTGCAGGTCTA
s panTro2.chr21  15451299 30 +  46489110 CTAAATGTAGCCATCTGTTTTGCAGGTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164884974 30 - 196418989 CTAAATGTAGCCATCTGTTTTGCAGGTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327681.000000
s hg19.chr21     16730736 23 +  48129895 TGTGGTTAAAAATGAGAATAAGA
s panTro2.chr21  15451329 23 +  46489110 TGTGGTTAAAAATGAGAATAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006412 23 +  48394510 TATGGTTAAAAATGAGAATAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164885004 23 - 196418989 TGTGGTTAAAAATGAGAATAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=714659.000000
s hg19.chr21     16730759 61 +  48129895 AAAGTAGAGGATACTTTCTAAACTTAAAGAATTTTTCAAGGAAATTCACACAGGTGTCCCA
s panTro2.chr21  15451352 61 +  46489110 AAAGTAGAGGATACTTTCTAAACTTAAAGAATTTTTCAAGGAAATTCACACAGGTGTCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006435 61 +  48394510 AAAGTAGAGGATACTTTCTAAACTTAAAGAATTTTTCAAGGAAATTCACACAGGTGTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164885027 61 - 196418989 AAAGTAGAGGATACTTTCTAAACTTAAAGAATTTTTCAAGGAAATTCACACAGGTGTCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=347876.000000
s hg19.chr21     16730820 59 +  48129895 TACATATTCACTGGGGAGAGgcctctggagttttgagagcatactgaatcactgtagga
s rheMac2.chr3  164885088 59 - 196418989 TACATATTCACTGGGGAGAGgcctctggagttttgagagcatactgaatcactgtagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006496 59 +  48394510 TGTGTATTCACTGGGGAGAGgcctctggagttttgagagcatactgaatcactgtagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15451413 59 +  46489110 TACATATTCACTGGGGAGAGgcctctggagttttgagagcatactgaatcactgtagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=222623.000000
s hg19.chr21     16730879 21 +  48129895 tcttgctaaattgcagattta
s rheMac2.chr3  164885147 21 - 196418989 tcttgctaaattgcagattta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006555 21 +  48394510 tcttgctaaattgcagattta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15451472 21 +  46489110 tcttgctaaattgcagattta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=19263.000000
s hg19.chr21     16730900 16 +  48129895 agcagggcctgataat
s rheMac2.chr3  164885168 16 - 196418989 agcagggcctgataat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006576 16 +  48394510 agcagggcctgataat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15451493 16 +  46489110 agcagggcctgataat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=272354.000000
s hg19.chr21     16730916 31 +  48129895 ctgcatctccaacaagctcccaggtaatcct
s rheMac2.chr3  164885184 31 - 196418989 ctgcatctccaacaagctcccaggtaatcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006592 31 +  48394510 ctgcatctccagcaagctcccaggtaatcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15451509 31 +  46489110 ctgcatctccaacaagctcccaggtaatcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=532315.000000
s hg19.chr21     16730947 62 +  48129895 gatgatgctgattcgtgagcaaatgttgagtagcaaggCACGGGGGCTCCTTAGGATCACAG
s panTro2.chr21  15451540 62 +  46489110 gatgatgctgattcgtgagcaaatgttgagtagcaAGGCACGGGGGCTCCTTAGGATCACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006623 62 +  48394510 gaggatgctgattcatgagcaaatgttgagcagcaaggCATGGGGGCTCCTTAGGATCATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164885215 62 - 196418989 gatgatgctgattcatgagcaaatgttgagtagcaAGGCATGGGGGCTCCTTAGGATCACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1585336.000000
s hg19.chr21     16731009 152 +  48129895 CCACTGTGATAACTACTTACTGATGTTTACTGAGGTACGATTAAGTTTTTACTTTCTGAGTAGCAACCACGCCTTCTATTTCCTTTGAAAAGACTCATAAAGCTTGCCTGCAGTGTAGCTCTGGACAACAGAAAACTCCTGGTAACTTTTGT
s panTro2.chr21  15451602 152 +  46489110 CCACTGTGATAACTACTTACTGATGTTTACTGAGGTACGATTAAGTTTTTACTTTCTGAGTAGCAACCACGCCTTCTATTTCCTTTGAAAAGACTCATAAAGCTTGCCTGCAGTGTAGCTCTGGACAACAGAAAACTCCTGGTAACTTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006685 152 +  48394510 TCACCATGATAACTACTTACTGATATTTACTAAGGTACAATTAAGCGTTTACTTTCTAAGTAGCAACCACGCCTTCTATTTCCTTTGAAAAGACTCATAAAGCTTGCCTGCAGTGTGACTCTGGATAACAGAAAACTCCTGGTAATTTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164885277 152 - 196418989 TCACCAGGATAACTACTTACTGATATTTACTGAGGTACAATTAAATTTTTACTTTCTGAGTAGCAACCACGCCTTCTATTTCCTTTGAAAAGGCTCATAAAGCTTGCCTGCAGTGTAGCTCTGGACAACAGAAAACTCCTGGTAATTTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006837 75 +  48394510 GAAAGATAGAGCATTACATGGCAACTCACTGAAACTGATTTTGTCCATGAGGATGCTCTAAGTCACATATAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164885429 75 - 196418989 GAAAGATAGATCATTACGTGACAACTCACcgaaactgattttgtccatgaggatgctctaagtcacatgcagcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107898.000000
s hg19.chr21     16731236 12 +  48129895 TAGGCATTGGAG
s panTro2.chr21  15451829 12 +  46489110 TAGGCATTGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006912 12 +  48394510 TAGGCATTGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164885504 12 - 196418989 taggcattggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=258961.000000
s hg19.chr21     16731248 46 +  48129895 AGAAATTTAGGAAACAGGACTTAAAGAAATATGGCAGTGAGTGTTA
s panTro2.chr21  15451841 46 +  46489110 AGAAATTTAGGAAACGGGACTTAAAGAAATATGGCAGTGAGTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006924 46 +  48394510 AGAAATTTAGGAAACATGACTTAAAGAAATATGGCAGTGAGTGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164885516 41 - 196418989 agaaatttaggaaacaAGACTTAAAGAAATATG-----GAGTGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=461826.000000
s hg19.chr21     16731294 33 +  48129895 CCAACTGGGACAGTTAGACTCATTAACTCCTTG
s panTro2.chr21  15451887 33 +  46489110 CCAACTGGGACAGTTAGACTCATTAACTCCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15006970 33 +  48394510 CCAACTGGGACAGTTAGACTCATTAACTCCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164885557 33 - 196418989 TCAACTGGGACAGTTAGACTCATTAACTTCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36513.000000
s hg19.chr21     16731327 16 +  48129895 ATTTCCCACCTTTTTC
s rheMac2.chr3  164885590 16 - 196418989 ATTTCCCACCTTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007003 16 +  48394510 ATTTCCCACCTTTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=43474.000000
s hg19.chr21     16731343 39 +  48129895 CTTATTTACCTTCATGTTACTCCCTCTCCTATAGATTAT
s rheMac2.chr3  164885606 39 - 196418989 CTTATTTGCCTTCGTGTTACTCCCTCTCCTATAGATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007019 39 +  48394510 CTTATTTACCTTCATGTTACTCCCTCTCCTATGGATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=424933.000000
s hg19.chr21     16731382 39 +  48129895 TTATTCCAGTTTGCTCACTTCACTTCATTTTGAGAGCAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=371414.000000
s hg19.chr21     16731421 33 +  48129895 GCTAACTAGGTTACAAGTGGCTGTTTAAAAAGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=353661.000000
s hg19.chr21     16731454 37 +  48129895 ATCCCATGTAATAAACATGGCACATAAAGTTCACTGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=344234.000000
s hg19.chr21     16731491 37 +  48129895 TGTCAAGAAACAAGAATCAGGAGCAGTAATGATCTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15452084 37 +  46489110 TGTCAAGAAACAAGAATCAGGAGCAGTAATGATCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=14111.000000
s hg19.chr21     16731528 51 +  48129895 GAGTCTTTGATCGTTTTAAAATATAGTTCCCCTCTGGGTTAAATATTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007204 51 +  48394510 GAGACTTTGATCGTTTTAAAATATAGTACCCCTCTGGGTTAAATATTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=952055.000000
s hg19.chr21     16731579 70 +  48129895 ATGGCTTTGGGAAATATTCATATTAATTCCTAAAAAAAA--TGATGACCAGGATGAAGAGCCTATATAAAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007255 70 +  48394510 ATGGCTTTGGGAAATATTCATATTAATTCCTAAAAAAAA--TGATGACCAGGATGAAGAGCCTATATAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15452172 70 +  46489110 ATGGCTTTGGGAAATATTCATATTAATTCCTAAAAAAAA--TGATGACCAGGATGAAGAGCCTATATAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1040334.000000
s hg19.chr21     16731649 52 +  48129895 TAGACTGAAGGACAATCACCAGGCCGATTTTCTTTCATGATACAAGTTTTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1457951.000000
s hg19.chr21     16731701 45 +  48129895 GTGACAGCTCTAAACTAGAAACTTTTCAATTAAGTCCAATCTGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=376792.000000
s hg19.chr21     16731746 23 +  48129895 ACGGTGGGGGAAACCGTGTGGCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886011 23 - 196418989 ACGGTGGGGGAAACAGTGTGGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1106436.000000
s hg19.chr21     16731769 59 +  48129895 GGCAGGCCTTGCAAAGAGATTTGGCAGTGAGTGGCCAAGTTAGCATTTCTAACTGAAAA
s panTro2.chr21  15452362 59 +  46489110 GGCAGGCCTTGCAAAGAGATTTGGCAGTGAGTGGCCAAGTTAGCATTTCTAACTGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007445 59 +  48394510 GACAGGCCTTGCAAAGAGATTTGGCAGTGAGTGGCCAAGCTAGCATTTCTAACTGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886034 59 - 196418989 GACAGGCCTTGCAAAGAGATTTGGCAGTGAGTGGCCAAGTTAGCATTTCTAACTGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1263594.000000
s hg19.chr21     16731828 136 +  48129895 TATGCTGTATTTGTTTAAACCATTGCTTAAATAGCACTGTGTATTTTTATTCCTTTGTAGGCATTTATGCCATTAATTTATATGGTATGCAATTAGGCACTGCAAGCTCAGTATTGGAGTCTCTG-TTTTTCAGTCT
s panTro2.chr21  15452421 136 +  46489110 TATGCTGTATTTGTTTAAACCATTGCTTAAATAGCACTGTGTATTTTTATTCCTTTGTAGGCATTTATGCCATTAATTTATATGGTATGCAATTAGGCACTGCAAGCTCAGTATTGGAGTCTCTG-TTTTTCAGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007504 136 +  48394510 TATGCTGTATTTGTTTAAACCATTGCTTAAATAGCACTGTGTATTTTTACTCCTTTGTAGGCATTTATGCCATTAATTTATGTGGTACGCAATTAGGCACTGCAAGCTCAGTACTGGAGTCTCTG-TTTTTCAGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886093 137 - 196418989 TATGCTGTATTTGTTTAAACCATTGCTTAAATAGCACTGTGTATTTTTATTCCTTTGTAGGCATTTATGCCGTTAATTTATACGGTATGCAGTTATGCACTGCAAGTTCAGTATTGGAATCTCTGTTTTTTTAGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184131.000000
s hg19.chr21     16731964 29 +  48129895 TTCCCCCATCTCTAAGTTTGCCTTGGTGG
s rheMac2.chr3  164886230 29 - 196418989 CTCCCCTGTCTCTGAGTTTGCCTTGGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007640 29 +  48394510 TTCTCCCATCTCTAAGTTTGCCTTGGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15452557 29 +  46489110 TTCCCCCGTCTCTAAGTTTGCCTTGGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2934922.000000
s hg19.chr21     16731993 160 +  48129895 CAGTAAAACAGAATGATAAAATAATCTTTTCTTCCCATCTTGCTCTCTCTGCCACATAGGGAGAAATTTTTGTCCTTGAGAATGTTAAGTGTCCAAATCATCTCTGAGCCCAGTTCATGGTCAGCACTTGAAGGGAACAGTTTGAGACAGCAGAAGCCTC
s panTro2.chr21  15452586 160 +  46489110 CAGTAAAACAGAATGATAAAATAATCTTTTCTTCCCATCTTGCTCTCTCTGCCACATAGGGAGAAATTTTTGTCCTTGAGAATGTTAAGTGTCCAAATCATCTCTGAGCCCAGTTCATGGTCAGCACTTGAAGGGAACAGTTTGAGACAGCAGAAGCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007669 160 +  48394510 CAGTAAAACAGAATGATAAAATAATCTTTTCTTCCCATCTTGCTCTCTCTGCCACATAGGGAGAAATTTTTGTCCTTGAGAATGTTAAGTGTCCAAATCATCTCTGAGCCCAGTTCATGGTCAGCACTTGAAGGGAACGGTTTGAGACAGCAGGAGCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886259 160 - 196418989 CAGTAAAGCAGAATGATAAAATAATCTTTTCTTCCCATCTTGCTCTCTCTGCCACATAGGGAGAAATTTTTGTCCTTGAGAATGTTAAGTGTCCAAATCATCTCGGAGCCCAGTTCATGGTCAGCACTTGAAGGGAACAGTTTGAGACAGCAGGAGCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=833890.000000
s hg19.chr21     16732153 33 +  48129895 TTAAACCATCCCACCACAAATCTCTTACAATAT
s rheMac2.chr3  164886419 33 - 196418989 TTAAACCATCCCACCACAAATCTATTACAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007829 33 +  48394510 TTAAACCATCCCACCACAAATCTATTACAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15452746 33 +  46489110 TTAAACCATCCCACCACAAATCTCTTACAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2215058.000000
s hg19.chr21     16732186 98 +  48129895 AAAAAGACAGGAAATAATGCATCCCTCCCTCCTTCAAACTGTAGTGACATGATGCCATTATTGTAACATAAAGTACCTTCTTTTTCAAGGTTGTTCTT
s panTro2.chr21  15452779 98 +  46489110 AAAAAGACAGGAAATAATGCATCCCTCCCTCCTTCAAACTGTAGTGACATGATGCCATTATTGTAACATAAAGTACCTTCTTTTTCAAGGTTGTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007862 98 +  48394510 AAAAAGACAGGAAATAATGCATCCCTCCCTCCTTCAAACTGCAGTGACATGACGCCATTATTGTAACATAAAGTACCTTCTTTTTCAAGGTTGTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886452 98 - 196418989 AAAAAGACAGGAAATAATGCATCCCTCCCTCCTTCCAACTGTAGTGACACGACGCCATTATTGTAACATAAACTACCTTCTTTTTCAAGGTTGTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2976907.000000
s hg19.chr21     16732284 139 +  48129895 AAGAGCTGTGGAATTGTACGTTTCAAGAGACTGCATTATTAACAAGGTTTGTATTATAAAAAACATACAGGTCATAAATTAATGGCATCAATATCCCCTGGAACTAGATCTTAGCTGTGTTTAGATGCATTCTTATTTA
s panTro2.chr21  15452877 139 +  46489110 AAGAGCTGTGGAATTGTATGTTTCAAGAGACTGCATTATTAACAAGGTTTGTATTATAAAAAACATACAGGTCATAAATTAATGGCATCAATATCCACTGGAACTAGATCTTAGCTGTGTTTAGACGCATTCTTATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15007960 139 +  48394510 AAGAGCTGTGGAATTGTATGTTTCAAGAGACTGCATTATTAACAAGGTTTGTATTATAAAAAACATACAGGTCATAAATTAATGGCATCAATATCCCCTGGAACTAGATCTTAGCTGTGTTTAGACGCATTCTCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886550 139 - 196418989 AAGAGCTGTGGAATTGTACGTTTCAAGAGACTGTATTATTAACAAGGTTTGTATTATAAAAAACATACAGGTCATAAATTAATGGCATCAATATCCCCTGGAACTAGATCTTAGCTGTGTTTAGAGATGTTCTTATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=971978.000000
s hg19.chr21     16732423  87 +  48129895 TATTGGTCTAATAACCAGGACCTTTCTCTGCTCACCACATTTCAGCAGTTTCGATTGGCTGTATCATTAGTTCAG------------------------------------TAG--------------CCCCTCACA
s panTro2.chr21  15453016 101 +  46489110 TATTGGTCTAATAACCAGGACCTTTCTCTGCTCACCACATTTCAGCAGTTTCGATTGGCTGTATCATTAGTTCAG------------------------------------TAGCACAAGTACCAGAACCCCTCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008099 101 +  48394510 TATTGGTCTAATAACCAGGACCTTTCTCTGCTCACCACATTTCAGCAGTTTCGATTGGCTGTATCATTAGTTCAG------------------------------------TAGCGCAAGTACCAGAACCCCTCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886689 137 - 196418989 TATTGGTCTAATAACCAGGACCTTTCTCTGCTCACCACATTTCAGCAATTTCGATTGGCTGTATCATTAGCTCAGGTTACAAGTATCTTGTTCATACCAGATACTTCGTACCAGCGCAAGTACCAGAACCCCTCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238035.000000
s hg19.chr21     16732510 38 +  48129895 AGGGGCACGTCAATCACCTCATGTTCTCCTTCACCTCT
s panTro2.chr21  15453117 38 +  46489110 AGGGGCACGTCAATCACCTCATATTCTCCTTCACCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008200 38 +  48394510 AGGGGCACGTCAATCACCTCATGTTCTCCTTCACCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886826 38 - 196418989 AGGGGCACGTCAATCACCTCATGTTCTCCTTCACCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-26029.000000
s hg19.chr21     16732548 67 +  48129895 CCCTCTTCTCCGTCTCTTCTGCATTCCCTCTCCCTCGCTGTTTTGTGTTGTGATTTACTTGGGATCG
s panTro2.chr21  15453155 67 +  46489110 CCCTCTTCTCCGTCTCTTCTGCGTTCCCTCTCCCTCGCTGTTTTGTGTTGTGATTTACTTGGGATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008238 67 +  48394510 CCCTCTTCTCCGTCTCTTCTGCATTCCCTCTCCCTCGCTGTTTTGTGTTGTGATTTATTTGGGATCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886864 67 - 196418989 CCCTCTTCTCTGTCTCTTCTGCATTCCCTCTCCCTCTCTGTTTTGTGTTGTGATTTATTTGGGATCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=777825.000000
s hg19.chr21     16732615 70 +  48129895 CTTGAACCTTTTTAATAAATAAGGTTATACACAAACCTAAGGTTGCAGGTGGAATCTCAGTTCCTTACAC
s panTro2.chr21  15453222 70 +  46489110 CTTGAACCTTTTTAATAAATAAGGTTATACACAAACCTAAGGTTGCAGGTGGAATCTCAGTTCCTTACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008305 70 +  48394510 CTTGAACCTTTTTGATAAATAAGGTTATACACAAACCTAAGGTTGCAGGTGGAATCTCAGTTCCTTACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164886931 70 - 196418989 CTTGAACCTTTTTGATAAATAAGGTTATTCACAAACCTAAGGTTGCAGGCAGAATCTCACTTCCTTACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=367759.000000
s hg19.chr21     16732685 40 +  48129895 TCTCCACTACTCAATGTAATGTGATCAGACTTAGGAGGGG
s panTro2.chr21  15453292 40 +  46489110 TCTCCACTACTCAATGTAATGTGATCAGACTTAGGAGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008375 40 +  48394510 TCTCCACTACTCAATGTAATGTGATCAGACTTAGGAGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887001 40 - 196418989 TCTCCATTGCTTAATGTAATGTGATCAGACTTGGAAGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70834.000000
s hg19.chr21     16732725 26 +  48129895 AGAAAGCCTACAAATACCGATACTTT
s panTro2.chr21  15453332 26 +  46489110 AGAAAGCCTACAAATACCGATACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008415 26 +  48394510 AGAAAGCCTACAAATACCGATACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887041 26 - 196418989 AGAAAGCCTACAAATACCGGTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=983390.000000
s hg19.chr21     16732751 61 +  48129895 ACGGA-------------GTATTCTTTCAACTGTTGAATGTCCTTTAATTTAATTCAGAAGTCAATCCAATGCA
s panTro2.chr21  15453358 73 +  46489110 ACGGAGAGCAGCTACCCTGTATTCTTTCAACTGTTGAATGTCCTTTAATTTAATTCAGAAGTCAATCCAATGC-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008441 73 +  48394510 ACAGAGGGCAGCTGCCCTGTATTCTTTCGACTGTTGAATGTCCTTTAATTTAATTCAGAAGTCAATCCACTGC-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887067 73 - 196418989 ACGGAGGGCAGCTGCCCTGTATTCTTTCAACTGTTGAACGTCCTTTAATTTAATTCAGAAGTCAATCCAATGC-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-20440.000000
s hg19.chr21     16732812 34 +  48129895 TGttttctttttttttttttttttttttttgaga
e rheMac2.chr3  164887140  0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  15453431  0 +  46489110 C
e ponAbe2.chr21  15008514  0 +  48394510 C

a score=-147444.000000
s hg19.chr21     16732846 34 +  48129895 cggagtctcgctctgtcgcccaggctggaTGTTT
s panTro2.chr21  15453431  6 +  46489110 ----------------------------ATGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008514  6 +  48394510 ----------------------------ATGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887140  6 - 196418989 ----------------------------ATGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179507.000000
s hg19.chr21     16732880 35 +  48129895 TCTTTCCATTTATGAATTTCCACTTTCAGGAAGAG
s rheMac2.chr3  164887146 35 - 196418989 TCTTTCCATTTATGAATTTCCACTTTCAGGAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008520 35 +  48394510 TCTTTCCATTTATGAATTTCCACTTTCAGGAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15453437 35 +  46489110 TCTTTCCATTTATGAATTTCCACTTTCAGGAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=275889.000000
s hg19.chr21     16732915 35 +  48129895 TTTTTAAAAAGTCAACAAACTCTTCCTGTTGTTCA
s panTro2.chr21  15453472 35 +  46489110 TTTTTAAAAAGTCAACAAACTCTTCCTGTTGTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008555 35 +  48394510 TTTTTAAAAAGTCAACAAACTCTTCCTGTTGTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887181 35 - 196418989 TTTTTAAAAAGTCAACAAACTCGTCCTGTTGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=376688.000000
s hg19.chr21     16732950 36 +  48129895 TGTGCTGATTATAGAGAATGTGTCTCTGTTCAAGGT
s panTro2.chr21  15453507 36 +  46489110 TGTGCTGATTATAGAGAATGTGTCTCTGTTCAAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008590 36 +  48394510 TGTGCTGATTACAGAGAATGTGTCTCTGTTCAAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887216 36 - 196418989 TGTGCTAATTATAGAGAATGTGTCTCTGTTCAAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136053.000000
s hg19.chr21     16732986 10 +  48129895 TTAAATTTCC
s panTro2.chr21  15453543 10 +  46489110 TTAAATTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008626 10 +  48394510 TTAAATTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887252 10 - 196418989 TGAAATTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297280.000000
s hg19.chr21     16732996 62 +  48129895 TTTTTGAGATTCTCAGTGTGACCTTCAATTATTTCTGTTGGGGCAATGACTAGAAATTCTTT
s panTro2.chr21  15453553 62 +  46489110 TTTTTGAGATTCTCAGTGCGACCTTCAATTATTTCTGTTGGGGCAATGACTAGAAATTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008636 62 +  48394510 TTTTTGAGATTCTCAGTGCGACCTTCAATTATTTCTGTTGGGGCAATGACTAGAAATTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=650823.000000
s hg19.chr21     16733058 36 +  48129895 AAAATAAAATAGTAACTGGTTGGGCCATGTGGATGT
s rheMac2.chr3  164887324 36 - 196418989 AAAATAAAACAGTAACTGGTTGGGCCATGTGGACGT
i rheMac2.chr3  C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  15008698 36 +  48394510 AAAATAAAATAGTAACTGGTTGGGCCATGTGGATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s panTro2.chr21  15453615 36 +  46489110 AAAATAAAATAGTAACTGGTTGGGCCATGTGGATGT
i panTro2.chr21 C 0 I 2

a score=891990.000000
s hg19.chr21     16733094 89 +  48129895 ACTGCTCTGTGGGACATGGAGTAACTTACAAGTTAAGGATATGAGTAACACAGAAGATAACTCTGTGTTGGTGGTGCTGAATTTTGTTA
s panTro2.chr21  15453653 89 +  46489110 ACTGCTCTGTGGGACATGGAGTAACTTACAAGTTAAGGATATGAGTAACGCAGAAGATAACTCTGTGTTGGTGGTGCTGAATTTTGTTA
i panTro2.chr21 I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  15008736 89 +  48394510 ACTGCTCTGTGGGACATGGAGTAACTTACAAATTAAGGATATGAGTAACACAGAAGATAACTCTGTGTTGGTGGTGCTGAATTTTGTTA
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  164887362 89 - 196418989 ACTGCTCTGTGGGACAGGGAGTAACTTATAAGTTAAGGATGTGAGTGACACAGAGGATGACTCTGTGTTGGTGGTGCTGAATTTTGTTA
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=461221.000000
s hg19.chr21     16733183 27 +  48129895 GAGAACAAACCTCACCGAGGCTGACTT
s panTro2.chr21  15453742 27 +  46489110 GAGAACAAACCTCACCGAGGCTGACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008825 24 +  48394510 GAGAACAAACCTCACCGAGACTGA---
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887451 27 - 196418989 GAGAACAAACCTCACCGAGGCTGACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3004847.000000
s hg19.chr21     16733210 120 +  48129895 CAGCTCTACTATAAACATGCAAAGCAAGAAAATTGCATGTGTTTTGGACATACTTTGTAAGGCACCATAAGGTCTATTTCAAGAAACTAACATAACAACGGGTGATACTAAATGCTACTG
s panTro2.chr21  15453769 120 +  46489110 CAGCTCTACTATAAACATGCAAAGCAAGGAAATTGCTTGCGTTTTGGACATACTTTGTAAGGCACCATAAGTTCTATTTCAAGAAACTAACATAACAACGGGTGATACTAAATGCTACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008849 115 +  48394510 -----CTACTATAAGCATGCAAAGCAAGGAAATCGCATGCGTTTTGGACATACTTTGTAAGGCACCATAAGGTCTATTTCAAGAAACTAACATAACAACGGGTGATACTAAATGCTACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887478 120 - 196418989 CAGCTCTACCATGAACATGCAAAGCAAGGAAATTGCATGCGTTTTGGACACACTTTGTAAGGCACCATAAGGTCTATTTCAAGAAACTAACATAACAATGGGTGATGCTAAATGCTACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4883209.000000
s hg19.chr21     16733330 131 +  48129895 AGGAACTTGCAATATTTTGCACATATGGACTGACTATGTGGCAGCATATATAAATATTTCGTTTGCTAATTGCAGTTAGTTATCAGATTGCACATGAACAGACAGAATGACATATGAGAAGTTCCAAGAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15008964 131 +  48394510 AGGAACTTGCAATATTTTGCACATATGGACTGACTATGTGGCAGCATATATAAATATTTCGTTTGCTAATTGCAGTTAGTTATCAGATTGCACATGAACAGACAGAATGACATATGAGAAGTTCCAAGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15453889 131 +  46489110 AGGAACTTGCAATATTTTGCACATATGGACTGACTATGTGGCAGCATATATAAATATTTCGTTTGCTAATTGCAGTTAGTTATCAGATTGCACATGAACAGACAGAATGACATATGAGAAGTTCCAAGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1965751.000000
s hg19.chr21     16733461 68 +  48129895 ATTGTGTAACAGGACATACAACTGAAATATAGTTTTCTCACACTTGGTGAGATTTGAGCTCAGCAAAC
s rheMac2.chr3  164887729 68 - 196418989 ATTGTGTAACAGGACATACAACTGAAATGTAGTTTTCTCACACTTGGTGAAATTTGAGCTCAGCAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009095 68 +  48394510 ATTGTGTAACAGGACATACAACTGAAATATAGTTTTCTCACACTTGGTGAGATTTGAGCTCAGCAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15454020 68 +  46489110 ATTGTGTAACAGGACATACAACTGAAATATAGTTTTCTCACAATTGGTGAGATTTGAGCTCAGCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=828247.000000
s hg19.chr21     16733529 43 +  48129895 ACAACTTATTCTGTATTCATTCATTAAGATTAAAATATTTAAA
s panTro2.chr21  15454088 43 +  46489110 ACAACTTATTCTGTATTTATTCATTAAGATTAAAATATTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009163 43 +  48394510 ACAACTTATTCTGTATTCATTCATTAAGATTAAAATATTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887797 43 - 196418989 ACAACTTATTCCGTATTCATTCATTAAGATTAAAATATTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2674681.000000
s hg19.chr21     16733572 135 +  48129895 AAATCACCAAATTGAGAACATCGTTATGTTGTCATGTTCGAGGACCAATGCCAAAAAGAATGTGAGAAACTAGAGCTTAAGAGCCACCAGCTCACAAGTTGCTTGACATAATTTGGAATCAGTTGATAGTTCAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009206 135 +  48394510 AAATCACCAAATTGAGAACATCATTGCGTTGTCATGTTCGAGGACCAATGCCAAAAGGAATGTGAAAAACTAGAGCTTAAGAGCCACCAGCTCACAAGTTGCTTGACACAATTTGGAATCAGTTGATAGTTCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887840 135 - 196418989 AAATCACCAAATTCAGAACATCATTATGTTGTCATGTTCGAGGACCATTGCCAAGAGGAATGTGAGAAACTGGAGCTCAAGAGCCACCAGCTCACAAGTTGCTTGACATAATTTGGAATCAGTTGATAGTTCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=895525.000000
s hg19.chr21     16733707 83 +  48129895 ATCTGGTTTCCCCAAAAATTAAGTACCCAATACCTC-TTTTTATCATTTTGGAGCTTAACTGATGAGCTAGTTAGAAAGGAGAG
s panTro2.chr21  15454266 83 +  46489110 ATCTGGTTTCCCCGAAAATTAGGTACCCAATACCTC-TTTTTATCATTTTGGAGCTTAACTGATGAGCTAGTTAGAAAGGAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009341 84 +  48394510 ATCTGGTTCCCCCAAAAATGAGGTACCCAATACCTCTTTTTTATCATTTTGGAGCTTAACTGACGAGCTAGTTAGAAAGGAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164887975 83 - 196418989 AGCTGATTTCCCCCAAATTTAGGTACCCAATACCTC-TTTTTATCATTTTGGAGCTTAACTGCTGAGCTAGTTAGAAAGGAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151474.000000
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s panTro2.chr21  15454349 19 +  46489110 AAAGCAGAAAACAGAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 167
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16733809 39 +  48129895 TTTTTAAAATCACAAAATCTCTAAAAACTGAAATTTCAA
s panTro2.chr21  15454368 39 +  46489110 TTTTTAAAATCACAAAATCTCTAAAAACTGAAATTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009600 39 +  48394510 TTTTTAAAATTGCAAAATCTCTAAAAACTGAAATTTCAA
i ponAbe2.chr21 I 167 C 0
s rheMac2.chr3  164888077 39 - 196418989 GTTTTAAAATTGCAAAATCTCTAAAAACTGAAATTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=787042.000000
s hg19.chr21     16733848 94 +  48129895 GTCAACTCTTTATAATTTTCAAGGCAAAACTGACAGAATTAGAAATGTTTACCATTGGAAGAGAAGCAACCATAAAAAATAACTTAATGCGCTT
s panTro2.chr21  15454407 94 +  46489110 GTCAACTCTTTATAATTTTCAAGGCAAAAATGACAGAATTAGAAATGTTTACCATTGGAAGAGAAGCAACCATGAAAAATAACTTAATGCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009639 92 +  48394510 GTCAACTC--TATAATTTTCAAGGCAAAAATGACAGAATTAGAAATGTTTACCGTTGGAAAAGAAGCAACCATAAAAAATAACTTAATGCACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164888116 94 - 196418989 GTCAACTGTTTATAATGTTCAAGGCAAAAATGACAGAATTAGAAATGTTTACAATTGGAAGAGAAGCAATCATAAAAAATAACTTAATGCACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=405041.000000
s hg19.chr21     16733942 93 +  48129895 CCTGTTTTATA---GATTTATACATCCATCTCCCATagataaagtgtctctccaagatcccaagtctagtttgtcaaggataggattcgaattctt
s panTro2.chr21  15454501 96 +  46489110 CCTGTTTTATAGGGGATTTATACATCCATCTCCCATagataaagtgtctctccaagatcccaagtctagtttgtcaaggataggattcgaattctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009731 96 +  48394510 CCTGTTTTATAGGGGATTTGTACATCCATCTCCCATaggtaaagtgtctctccaagatcccaagtccagtttgtcaaggataggattcgaattctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164888210 96 - 196418989 CCTGTTTTATAGGGGATTTATACATCCATCTcccacagataaagtgtctctccaagatcccaagtctagtttgtcaaagataggattagaattctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1106030.000000
s hg19.chr21     16734035 128 +  48129895 acctcctagacttgtgctttctccaGCTTTGCATGCTCTCTTGATTACTATTAAACCTTTTCGGTTTATCTCTAGAATATGACTTGGAAGCCAAGGTGGTTTTGTGAAATGGGTCTGAGTTTTTCCAT
s panTro2.chr21  15454597 128 +  46489110 acctcctagacttgtgctttctccaGCTTTGCGTGCTCTCTTGATTACTATTAAACCTTTTCGGTTTATCTCTAGAATATGACTTGGAAGCCAAGGTGGTTTTGTGAAATGGGTCTGAGTTTTTCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009827 128 +  48394510 acctcctagacttgtgctttctccaGCTTTGCATGCTCTGTTGATTACTATTAAACCTTTTCGGTTTATCTCTAGAATATTACTTGGAAGCCAAGGTGGTTTAGTGAAATGAGTCTGAGTTTTTCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164888306 128 - 196418989 acctcctagacttgtgctttttccagctttgcatgctgTCTTAATTACTATTAAACCTTTTGAGTTTATCTCTAGAATATGACTTGGAAGCcagggtggtttagtgaaatgagtctgagtttttctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=465308.000000
s hg19.chr21     16734163 29 +  48129895 TGATGATATTTGAGTTCAAATCCTGGTTC
s panTro2.chr21  15454725 29 +  46489110 TGATGATATTTGAGTTCAAATCctggttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009955 29 +  48394510 TGATGATATTTGAGTCGAAATCCTGGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164888434 29 - 196418989 cgatgatatttgagttcaaatcctggttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=650169.000000
s hg19.chr21     16734192 113 +  48129895 AGTTTCATTGCCTTCATCTAGAAAAATGATAATT-AGACCTTGTTTTCAAAAATAATTTTAACATTAGAAACGAAGTACGTACAATGCCTCAAACCTAAGATGTTCTGAAAATG
s panTro2.chr21  15454754 113 +  46489110 agtttcattgccttcatctagaaaaaggataatt-agaccttgctttcaaaaataattttaacattagaaacgaagtacgtacaatgccacaaacctaagatgttctgaaaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15009984 113 +  48394510 AGTTTCATTGCCTTCATCTAGAAAAAGGATAATT-AGACCTTGCTTTCCAAAATAATTTTAACATTAGAAACGAAGTATGTACAATGCCACAAACCTAAGATGTTCTGAAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164888463 114 - 196418989 agtttcattgccctcatctagaaaaaggataattaagacgttgctttcaaaaataattttaatgttagaaacgaagtacgtacaatgccgcaaacctaagatgttctgaaaatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=143637.000000
s hg19.chr21     16734305 70 +  48129895 GTAGCTGTTATTATCATTGCATCTTTGAGGCCTGGGTACTTAGTATGGACTCAATAAACAAATGACAGAA
s panTro2.chr21  15454867 70 +  46489110 gtagctgttattatcatTGCATCTTTGAGGCCTGGGTACTTAGTATGGACTCAATAAACAAATGACAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15010097 70 +  48394510 GTAGCTGTTATTATCATTGCATCTTTGAGGCCTGGGTACTTAGTATGGACTCAATAAGCAAATGACAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164888577 70 - 196418989 gtagctgttattatcatCACATCTTTGAGGACTGGGTGCTTAGTATGGACTCAATAAACAAATGACAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=441833.000000
s hg19.chr21     16734375 81 +  48129895 TAAATG-AAAAAAATAACAGATCACATAAGAATGAGTAAGTGAATGAATGACAATAGTAAGAATTGCCACTAAAAGATAAAT
s panTro2.chr21  15454937 81 +  46489110 TAAATG-AAAAAAATAACAGATCACATAAGAATGAGTAAGTGAATGAATGACAATAGTAAGAATTGCCACTAAAAGATAAAT
i panTro2.chr21 C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  15010167 82 +  48394510 TAAATGAAAAAAAATAACAGATCACATAAGAATGAGTCAGTGAATGAATGACAATAGTAAGAATTGCCACTAAAAGATAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
s rheMac2.chr3  164888647 79 - 196418989 TAAATG-AAAAATATAAGAGATCACATAAG-ATGAGTAAGTGAATGATTGACAATAGTAAG-ATTGCCACTAAAAGATAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

a score=920960.000000
s hg19.chr21     16734456 51 +  48129895 GAAGAGGCCTGTGAATATTTTCTTTGGGTTCTCTCCATGTATTAGAAATGC
s rheMac2.chr3  164888729 51 - 196418989 GAAGAGGCCTGTGAATATTTTCTCTGGATTCTCTCCATGTATTAGAAATGC
i rheMac2.chr3  I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  15010252 51 +  48394510 GAAGAGGCCTGTGCGTATTTTCTTTGGGTTCTCTCCGTGTATTAGAAATTC
i ponAbe2.chr21 I 3 C 0
s panTro2.chr21  15455021 51 +  46489110 GAAGAGGCCTGTGAATATTTTCTTTGGGTTCTCTCCATGTATTAGAAATGC
i panTro2.chr21 I 3 C 0

a score=7794104.000000
s hg19.chr21     16734507 266 +  48129895 TTTGTTTCC-TTTTTGATTTCACTCATTCATCAAGTATGTTCTTTTAGCCTCTGTAGTGCTAGAAAACATGACCCAGAAAATTAGAAAATCAAAATGCACCGAATGGCTCAAAAATGTATATCAGCTCAGCACAGCCTAAATTGGAAAATCTAATTGAACACCTATCCAAACAGAGTTTTGTAAACCTTACCTGCACTAACTATTCAAACTCAAGCAGAAAACCTCTCCTAGGAATAGGCCAATTTAATTAATTTTACTAAGTAGTA
s panTro2.chr21  15455072 266 +  46489110 TTTGTTTCC-TTTTTGATTTCACTCATTCATCAAGTATGTTCTTTTAGCCTCTGTAGTGCTGGAAAACATGACCCAGAAAATTAGAAAATCAAAATGCACCGAATGGCTCAAAAATGTATATCAGCTCAGCACAGCCTAAATTGGAAAATCTAATTGAACACCTATCCAAACAGAGTTTTGTAAACCTTACCTGCACTAACTATTCAAACTCAAGCAGAAAACCTCTCCTAGGAATAGGCCAATTTAATTAATTTTACTAAGTAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15010303 267 +  48394510 TTTGTTTCCTTTTTTGATTTCACTCATTCATCAAGTATGTTCTTTTAGCCTCTGTAGTGCTGGAAAACATGACCCAGAAAATTAGAAAATCAAAATGCACCGAATGGCTCAAGAATGTATATCAGCTCAGCACAGCCTAAATTGGAAAATCTAATTGAACATCTATCCAAACAGAGTTTTATAAACCTCACCTGCACTAACTATTCAAACTCAAGCAGAAAACCTCTCCTAGGAATAGGCCAATTTAATTAATTTTACTAAGTAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164888780 266 - 196418989 TTTGTTTCC-TTTTTGATTTCACTGATTCATCAAGTATGTTCTTTTAGCCTCTGTAGTGCTGGAAAACATGACCCAGAAAATTAGAAAATCAAAATGCACCGAATGGCTCAAAAATGTATATCAGCTCAGCACAGCCTAAATTGGAAAATATAATTGGACACCTATACAAACAGAGTTTTGTAAACCTTACCTGCACTAACTATTCAAACTCAAGCAGAAAACCCCACCTAGGAATAGGCCAATTTAATTAATTTTACTAAGTAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3622941.000000
s hg19.chr21     16734773 139 +  48129895 GAGGGCAACATGGCCTTGTGCCAGGGTATTCCTTTTTACTTTTTAAATGAGTGTACACAAACGTACCCCTGGTACCATTTCAACAACCTCCTTAATCAAACTGCCTGTAGAAACTGGGAGTCTCCAATGTTAACTTTGC
s panTro2.chr21  15455338 139 +  46489110 GAGGGCAACATGGCCTTGTGCCAGGGTATTCCTTTTTACTTTTTAAATGAATGTACACAAACGTACCCCTGGTACCATTTCAACAACCTCCTTAATCAGACTGCCTGTAGAAACTGGGAGTCTCCAGTGTTAACTTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15010570 139 +  48394510 GAGGGCAACATGGCCTTGTGCCAGGGTATTCCTTTTTACTTTTTAAATGAATGTACACAAAATTACCCCTGGTACCATTTCAACAACCTCCTTAATCAGACTGCCTGTAGAAACTGGGAGTCTCCAATGTTAACTTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164889046 139 - 196418989 GAGGGCAGCATGGCCTTGTGCCAGGGTATTCCTTTTTACTTTTTAAATGAATGTACACAAAATTACCCCTTGTACCATTTCAACAACCTGCTTAATCAGACTGCCTGTAGAAACTGGGAGTCTCCAATGTTAACTTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3549819.000000
s hg19.chr21     16734912 189 +  48129895 TAAGGTGTCTTTAAGACCAGAGAACAAGGAAGAGTCGGCAGTAGTACCCTGGAAATGCTAAATGAAACACTCTTCCTTATGTTCTTCAGAAGCTAAACTTTTACTACATAAAGTTCGAGATGAGGCAGCAGAGTGATCATAAACAATAGCTTTGCTGAGCTCTTCAACCCACATAATTTTCTAGCAAAT
s panTro2.chr21  15455477 186 +  46489110 TAAGGTGTCTTTAAGACCAGAGAACAAGGAAGGGTCGGC---AGTACCCTGGAAATGCTAAATGAAACACTCTTCCTTATGTTCTTCAGAAGCTAAACTTTTACTACATAAAGTTCGAGTTGAGGCAGCAGAGTGATCACAAACAATAGCTTTGTTGAGCTCTTCAACCCACATAATTTTCTAGCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15010709 186 +  48394510 TAAGGTGTCTTTAAGACCAGAGAACAAGGAAGGGTCGGC---AGTACCCTGGAAATGCTAAATGAAACACTCTTCCTTGTGTTCCTCAGAAGCTAAAGCTTTAGGACATAAAGGTCGAGATGAGGTAGCAGAGTGATCACAAACGATAGCTCTGCTGAGCTCTTCAACCCACATAATTTTCTAGCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164889185 186 - 196418989 TAAGGTGGCTTTAAGACCAGAGAAGAAGGAAGGATCGGC---AGTACCCTGGAAATGCTAAATGAAACACCCTTCCTTCTGTTCCTCAGAAGCTCAATTTTGATGACATAAAGGTCGAGATGAGGCAGCAGAGTGATCACAAACAATAGCTCTGCTGAGCTCTTCAACCCACATAATTTTCTGGCAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=318802.000000
s hg19.chr21     16735101 25 +  48129895 AAAAGATGTAGAAGACCTGTGTGAG
s panTro2.chr21  15455663 25 +  46489110 AAAAGATGTAGAAGACCTGTGTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15010895 25 +  48394510 AAAAGATGTAGAAGACCTGTGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164889371 25 - 196418989 AAAACATGTAGAAGATCTGTGTGCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=21710.000000
s hg19.chr21     16735126 19 +  48129895 AGGAATATTCTACTTTAAA
s panTro2.chr21  15455688 19 +  46489110 AGGAATATTCTACTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15010920 19 +  48394510 AGGAATATTTTACTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164889396 19 - 196418989 AGGGATATTTTACTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=93413.000000
s hg19.chr21     16735145 81 +  48129895 ACGATGTGGCCTGAAAATTGAGGAATAAGTGAGATATCCTTTTTAATACTCCCTTAGTACTCCAGTCTTTTTAAAAAGCAA
s panTro2.chr21  15455707 81 +  46489110 ACGATGTGGCCTGAAAATTGAGGAATAAGTGAGATATCCTTTTTAATACTCCCTTAGTACTCCAGTCTTTTTAAAAAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15010939 64 +  48394510 ACGACGT-GCCTGAAAATTGAGG-ATAAGTGAGATATCCTTTTT-ATACTCCCATAGTACTGCAGTC--------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 173
s rheMac2.chr3  164889415 81 - 196418989 ACGGTGAGACCTGAAAATTGAGGAATATGTGAGATATCCTTTTTAATACTCCCTTAGTACTCCAGTCTTTTTAAAAAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=641467.000000
s hg19.chr21     16735226 51 +  48129895 AGAAGTAACAAGGCAGGATGAAATACAAGAGAGCAAACCTGCATGGAAATT
s panTro2.chr21  15455788 51 +  46489110 AGAAGTAACAAGGCAGGATGAAATACAAGAGAGCAAACCTGCATGGAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15011176 50 +  48394510 AGAAGTAACAAGGCAGGATGAAATACAAGAGAGCAAA-CTGCATGGAAATT
i ponAbe2.chr21 I 173 C 0
s rheMac2.chr3  164889496 51 - 196418989 AGAAGTAACAAGGCAGTATGAAATAGAAGAAAGCAAACCTATATGGAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=332799.000000
s hg19.chr21     16735277 58 +  48129895 TGTATAAGAGCTTTTAAGAATATTGATATTTTTCTGCTATAGAAGAAATACTTGCACA
s panTro2.chr21  15455839 48 +  46489110 TGTA----------TAAGAATATTGATATTTTTCTGCTATAGAAGAAATACTTGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15011226 58 +  48394510 TGTATAAGAGCTTTTAAAAATATTGATATTGTTCTACTGTAGAAGAAATACTTGCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164889547 58 - 196418989 TGTATAGGAGCTTTTAAGAATATTGGTATTTTTCTACTATAGAAGAAATGCTTGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-73297.000000
s hg19.chr21     16735335 13 +  48129895 TT-AAAAACA-ATAG
s panTro2.chr21  15455887 13 +  46489110 TT-AAAAATA-ATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15011284 14 +  48394510 TTAAAAAAAA-ATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164889605 15 - 196418989 TTTAAAAACATATAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  164893271 137 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=296155.000000
s hg19.chr21     16739929 31 +  48129895 aaatagtaattgaaaaaatcatgtcttgggt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15460481 31 +  46489110 aaatagtaattgaaaaaatcatgtcttggat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=479080.000000
s hg19.chr21     16739960 47 +  48129895 tcagggctctttgattccagtcTGCTAAAAACAGATGTGACTAATTC
s panTro2.chr21  15460512 46 +  46489110 tca-ggctctttgattccaGTCTGCTAAAAACAGATGTGACTAATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15015908 47 +  48394510 ccagggctctttgattccagtcTGTTAAAAACAGATGTGACTAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164894203 47 - 196418989 ccagggctctttaattccagtctgtTAAAAACAGATGTGGCTAATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16740007 112 +  48129895 AGACTttcattcactcatttgtttattcattcattcaCATTAAGCACCCATTATATAGTAGGAAATATTCAAGATATTCAAGAAATGTAAAGGCATAAAAATGAATTAAAAA
s panTro2.chr21  15460558 112 +  46489110 AGACTttcattcactcatttgtttattcattcattcaCATTAAGCACCCATTATATAGTAGGAAATATTCAAGATATTCAAGAAATGTAAAGGCATAAAAATGAATTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15015955 112 +  48394510 AGACTttcattcactcatttgtttattcattcattcaCATTAAGCACCCATTATATAGTAGGAAATATTCAAGATATTCAAGAAATGTAAAGGCATAAAAATGAATTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164894250 103 - 196418989 AGACTTTCATTCACTCCTTTGTTTATCcattcattcacattaagcacccattatatggtaggaaatattcaagatatttacg---------ggcataaaaatgaattaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83512.000000
s hg19.chr21     16740119 18 +  48129895 ACACATTCTTACATCAAA
s panTro2.chr21  15460670 18 +  46489110 ACACATTCTTACATCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15016067 18 +  48394510 ACACATTTTTACATCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15016085 22 +  48394510 GAGTTCACAATCTTTAAATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164894371 22 - 196418989 aagttcacaatcttTAAATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=446756.000000
s hg19.chr21     16740159 96 +  48129895 TAAGTGAGAAAAAAGTTTTCAGCCTTGTGCATGTGATGAAATCACCTCCTTTTATTGTTTAATATGCCTGCTTAGATTTGACTAATGTATTTTT-TA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164894393 97 - 196418989 TAAGCAAGAAAAAAGTTTTCAGCTTTGTGCATGTGAGGAAATCACCTCCTTTTATTGTTTAACATGCCTGCTTAGATTTGACTAATGTATTTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=237323.000000
s hg19.chr21     16740255 43 +  48129895 AAAAAACATTGTGCTGTGTTTTAGGTTAACTTTGCACCTGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15016203 43 +  48394510 AAAAAACATTGTGCTGTGTTTTAGGTTAACTTTGCACCTGAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=66420.000000
s hg19.chr21     16740298 11 +  48129895 AGAGAACAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=194874.000000
s hg19.chr21     16740309 41 +  48129895 ACCTCTTAAAATTAGAGAACTATTGTATCTAATTGTGTAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=438653.000000
s hg19.chr21     16740350 49 +  48129895 TAGTTACTATGGGAATGattttatgtaaattttattttattatatCAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15016298 49 +  48394510 TAGTTACTATGGGAATGattttatgtaaattttattttattatatcaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16740444 35 +  48129895 ATTTCTCTAAAAGCTAGAAAAAGGAAAGCTGGGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44802.000000
s hg19.chr21     16740479 32 +  48129895 GTCAAGTAAGTAATAGTGGTTACAGTGTTTAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16740511 31 +  48129895 TTTTAAATTTTTCTTTCTTTATTCATTTTTA
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i rheMac2.chr3  I 92 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15019924 54 +  48394510 agtttgtggaaatgggatccagtaatcttttgtgttaacaacctttttagggga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898249 54 - 196418989 agtttgtggaaatgggatccagcaatcttttgtgttgacaaccttttcagggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=858099.000000
s hg19.chr21     16744028 88 +  48129895 ttttgatgTTTAGGAGTTACTCCTCAGCTcattgattctcaaactggctttacagaagaatcacgtggagaactttccaatacatcaa
s panTro2.chr21  15464565 88 +  46489110 ttttgatgTTTAGGAGTTACTCCTCAGCTcattgattctcaaactggctttacagaagaatcacgtggagaactttccaatacatcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15019978 88 +  48394510 ttttgatgTTTAGGAGTTACTCCTCAGCTcattgattctcaaactggctttacagaagaatcacgtggagaactttccaatacatcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898303 88 - 196418989 ttttgatgTTTAGGAGTTACTCCTCAGCTCATAgattctcaaactggctctacaggagaatcacgtggagaactttccaatacatcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=563157.000000
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s panTro2.chr21  15464653 60 +  46489110 tgctcaggttttgcccaagaccacttacatgagaatcttcagggagttgaaactgggcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020066 60 +  48394510 tgctcaggttttgcccaagaccacttacatgagaatcttttgggagttgaaactgggcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898391 60 - 196418989 tgctcagattttgcccaagaccacttacacgagaatcttttgggagttgaaactgggcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417397.000000
s hg19.chr21     16744176 57 +  48129895 a-ttttttacagactccccaattgatcctaaagagcagccaggCCAGGGTACAGAAGA
s panTro2.chr21  15464713 57 +  46489110 a-ttttttacagactccccaattgatcctaaagagcagccaggCCAGGGTACAGAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020126 57 +  48394510 a-ttttttatagactccccaattgatcctaatgagcagccaggCCAGGGTACAGAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898451 58 - 196418989 atttttttatagactccccaattgatcctaatgagcagccaggCCAGGGTACAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=378303.000000
s hg19.chr21     16744233 33 +  48129895 ATATAtctcaaccctagttgcactttacaattt
s panTro2.chr21  15464770 33 +  46489110 ATATGtctcaaccctagttgcactttacaattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020183 33 +  48394510 ATATGtctcaactctagttgcactttacaattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898509 33 - 196418989 ATATGtctcaaccctagttgcactttacagttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=260981.000000
s hg19.chr21     16744266 19 +  48129895 cctagggagatttcaaaat
s panTro2.chr21  15464803 19 +  46489110 cctagggagatttcaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020216 19 +  48394510 cctagggagatttcaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898542 19 - 196418989 cctagggagatttcaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-127957.000000
s hg19.chr21     16744285 38 +  48129895 gtcctgatctcaaggtatccctctatacataattaaac
s panTro2.chr21  15464822 38 +  46489110 gtcctgatctcaaggtatccctctatacataattaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020235 38 +  48394510 gtcctgatctcaaggtatccctctatacataattaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898561 38 - 196418989 gtcctgatctcaaggtatccctctatacataattaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-46467.000000
s hg19.chr21     16744323 23 +  48129895 aggatctctggggatgagactgc
s panTro2.chr21  15464860 23 +  46489110 aggatctctggggatgagactgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=938159.000000
s hg19.chr21     16744346 97 +  48129895 tatctatcagaagttcctgtaaaattatcctacacagtcagggttgagagccaATACGTTTGCTGAAGTTATTTGAATGGACTAAATGATCTCTCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020296 97 +  48394510 tatctatcagaagttcctgtaaaattctcctacgtagtcagggttgacagccactgTGTTCACTGAAGTTACTTGAATGGACTAAATGATCTCTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898622 97 - 196418989 tatctatcagaagttcctgtaaaattctcctacgtattcagggttgagagcccctACGTTCGCTGAAGTTATTTGTATGGACTAAATGATCTCTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=779470.000000
s hg19.chr21     16744443 123 +  48129895 GATCTGTTCTCTTGATGCAGTTCTTT---------------------------------AAATTTTGTTCCCACTTAGCACATTTTTCAGTTTAGTTCATTTTTTCCTCTGACTTTGTGGCATTTTAATTTCCCATTGTGGTGAATTAACTAAATG
s panTro2.chr21  15464980 156 +  46489110 GATCTGTTCTCTTGATGCAGTTCTTTAAATGTTGGGCTGAAAGATATAAATTTATGTACAAATTTTGTTCCCACTTAGCACATTTTTCAGTTTAGTTCATTTTTTCCCCTGACTTTGTGGCATTTTAATTTCCCATTGTGGTGAATTAACTAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020393 156 +  48394510 GATCTGTTCTCTTGATGCAGTTCTTTAAATGTTGGGCTGAAAGATATAAATTTATGTACACATTTTGTTCCCACTTAGCACATTTTTCAGTTTAGTTCATTTTTTCCCCTGACTTTGTGGCATTTTAATTTCCTATTATGGTGAATTAACTAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898719 155 - 196418989 GACCTGTTCTCTTGATGCAGTTCTTTAAATGTTGGGCTGAAAGATACAAATTTATGTACACATTTTGTTCCCACTTAGCACATTTTTCAATTTAGTTCA-TTTTTCCCCTGACCTTGTGGCATGTTAATTTCCCATTGGGGTGAGTTACGTAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=668838.000000
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s panTro2.chr21  15465136 57 +  46489110 TGAGCTTGTTGTTAACAAAGGAGGAGTCCATGCATAGACCACCATGGATAAAAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020549 57 +  48394510 TGAGCTTGTTGTTAACAAAGGAGGAGTCCATGCATAGACCACCATGGATAAAAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=868601.000000
s hg19.chr21     16744623 70 +  48129895 AAGATTAGGGTCAGACATGCACAGGTGGTGAAAGCCAACCACATGAGGAGTTTTCAGGTTATATGATAAT
s panTro2.chr21  15465193 70 +  46489110 AAGAATAGGGTCAGACATGCACAGGTGGTGAAAGCCAACCACATGAGGAATTTTCAGGTTATATAATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020606 70 +  48394510 AAGAGTAGGGTCAGACATGCACAGGGGGTGAAAGCTAACCACATGAGGAATTTTCAGGTTATATGATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164898931 70 - 196418989 GAGAGTAGGATCAGACATGCACAGGGTGTGAAAGCCAACCGCATGAGGAATTTTCAGGTTATATGAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=582661.000000
s hg19.chr21     16744693 55 +  48129895 TGATATAATGGAACAAGCCCTTTCTTGAAACAGAAGCCATCTCCACATTTAGAGC
s panTro2.chr21  15465263 55 +  46489110 TGATATAATGGAACAAGCCCTTTCTTGAGACAGAAGCAATCTCCACATTTAGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020676 55 +  48394510 TGATGTAATGGAACAAGCCCTTTCTTGTGACAGAAGCCATCTCCACATTTAAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899001 55 - 196418989 TGATATGATGGAACAAGCCCTTTCTTGCGACAGAAGTCATCACCACATTTAGAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=372994.000000
s hg19.chr21     16744748 46 +  48129895 AGAGTAAGAACTTGTCCAGGTTGCCTTCGGAGTCTCTAGCTCCATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020731 46 +  48394510 AGAGTAGGAACTTGTGTAGGTTGCCTTCAGAGTCTCTAGCTCCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899056 46 - 196418989 AGAGCAGGAACTTGTCTAGGTTGCCTTCTGAGTCTCCAGCTCCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=365478.000000
s hg19.chr21     16744794 44 +  48129895 ACGCAAAAGTGAGTAAACAAATAAAATACAAGATATCCACATCT
s panTro2.chr21  15465364 44 +  46489110 ATGCAAAAGTGAGTAAACAAATAAAATACGAGATATCCACATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020777 44 +  48394510 ATGCAAAAGTGGGTAAACAAGTAAAATATAAGATATCCACATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899102 44 - 196418989 ATGCGAAAGTGGGTAAACAAATAAAATACAAGATATCCACATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=673923.000000
s hg19.chr21     16744838 78 +  48129895 TTCCATTTTGAGCCCATAGGTCTATTAGATACCAAGCAAAGCAGACTGGTATTGATACTTTGTCTCTCCCAATAAACT
s panTro2.chr21  15465408 78 +  46489110 TTCCATTTTGAGCCCATAGGTCTATTAGGTACCAAGCAAAGCAGACTGGTATTGATACTTTGTCTCTCCCAATAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020821 78 +  48394510 TTCCATTTTGAGCCCATAGGTCTATTAGGTACCAAGCAAAGCAGACTGGTATTGATGTTCTCTGTCTCCCAATAAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899146 78 - 196418989 TTCCATTTTGAGCCTATAGGTCTATTAGGTACCAGGCAAAGCAGACTGGTATTGATACTTTGTCTCTCCCAATAAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=319864.000000
s hg19.chr21     16744916 24 +  48129895 AGTCAACACAAAGGCCACCTTAAA
s panTro2.chr21  15465486 24 +  46489110 AGTCAACACAAAGGCCACCTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020899 24 +  48394510 AGTCAACACAAAGGCCACCTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899224 24 - 196418989 AGTCAACACAAAGGCCACCTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2362710.000000
s hg19.chr21     16744940 193 +  48129895 ATATAATAACATACAACTTTGTTCTAATTCATCATGCAAAGTTCAATGAATGCTTCACAATAGGGAGTTTTCAAAGATTCTTTGATGAGTGGGATGGACTTTCTGAGTCTGATGCACAAACACTCATC--TAGGTCATTCATAATTATTACCTCTTCTTAATTTCCTGTTAGGAATCTACTGCCAAACCCTATGT
s panTro2.chr21  15465510 193 +  46489110 ATATAATAACATACAACTTTGTTCTAATTCATCATGCAAAGTTCAATGAATGCTTCACAATAGGGAGTTTTCAAAGATTCTTTGATGAGTGGGATGGACTTTCTGAGTCTGACGCACAAACACTCATC--TAGGTCATTCATAATTATTACCTTTTCTTAATTTCCTGTTAGGAATCTACTGCCAAACCCTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15020923 193 +  48394510 ATATAATAACATACAATTTTGTTCTAATTCATCATGCAAAGTTCAATGAATGCTTCACAATAGGGAGTTTTCAAAGATTCTTTGATGAGTGGGATGGACTTTCTGAGTCTGATGCACAAACACTCATC--TAGGTCATTCATAAATATTATCTCTTCTTAATTTCCTGTTAGGGATCTACTGCCAAACCCTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899248 195 - 196418989 ACATAATAACATACAATTTTGTTCTAATTCATCATGCAAAGTTCAATGAATGCTTCACAATAGGGAGTTTTCAAAGATTCTTTGGTGAGTGGGATGGACTTTCTGAGTTTGATGCACAAACACTCATCTATAGGTCATTCATAATTATTACCTCTTCTTAATTTCCTGTTAGGAATCTACTGTCAAACCCTATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1597460.000000
s hg19.chr21     16745133 154 +  48129895 TTTCCTGAGAATGGCTGTGGAGGTCaccatttatcttctattcacatttgccactactccaagtctccatctcccaaatcagtattactctcatcatctgtttaacatgccgttctgccccagtgtgtcctacttctgatatcatcttgcaaac
s panTro2.chr21  15465703 153 +  46489110 TTTCCTGAGAATGGCTGTGGAGGTCACCATTTATCTTCTATTCACATTTGCCACTACTCCAAGTCTCC-TCTCCCAAATCAGTATTACTCTCATCATCTCTTTAACATGCCGTTCTGCCCCAGTGTGTCCTACATCTGATATCATCTTGCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021116 154 +  48394510 TTTCCTGAGAATGGCTGTGGAGGTCACCATTTATCTTCTATTCACATTTGCCACTTCTCCAAGTCTCCAACTCCCAAATCAGTATTACTCTCATCATCTCTTTAACATGCCGTTCTGCCGCAGTGTGTCCTACATCTGATATCATCTTGCAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899443 154 - 196418989 TTTCCTGAGAATGGCTGTGGATGTCACCATTTATCTTCTATTCACGTTTGCCACTACTTCAAGTCTCCATCTCCCAAATAAGTATTACTCTCATCATCTCTTTAACAAACCGTTCTGCCCCAATGTGTGCTACATCTGATATCATCTTGCAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=712617.000000
s hg19.chr21     16745287 73 +  48129895 acagcagccagagagaatcatactaaagcactgctttgtcatgttactaccctaaaatggctccaaatttcct
s panTro2.chr21  15465856 73 +  46489110 TCAGCAGCCAGAGAGAATCATACTGAAGCACTGCTTTGTCATGTTACCACCCTAAAATGGCTCCAAATTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021270 73 +  48394510 ACAGCAGCCAGAGAGAATCATACTAAAGCACTGCTTTGTCATGTTACCACCCTAAAATGACTCCAAATTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899597 73 - 196418989 ACAGCTGCCAGAGAGAATCATACTAAAGCACTGCTTTGTCATGTTACTACCCTAAAATGGCTCCAAATTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=702976.000000
s hg19.chr21     16745360 79 +  48129895 ttaaggtaaagtgaaagtAACTGTGGATCTCAGATTCTCCCTAAATGAATGCAATCCTTCTCTCCAATTTTTATGCTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=430251.000000
s hg19.chr21     16745439 34 +  48129895 TTCCTAAGGCAAACTCGTAGCTCCAGTGAGCTGG
s panTro2.chr21  15466008 34 +  46489110 TTCCTAAGGCAAACACGTAGCTCCAGTGAGCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021422 34 +  48394510 TTCCTAAGGCAAACTCATAGCTCCAGTGAGCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899749 34 - 196418989 TTCCTAAGGCAAACTCGTAGCTCCAGTTAGCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=237237.000000
s hg19.chr21     16745473 30 +  48129895 TCATCTTGTTCTTTTCCATATATGAAAAAA
s panTro2.chr21  15466042 30 +  46489110 TCATCTTATTCTTTTCCATATATGAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021456 30 +  48394510 TTATCTTATTCTTTTCCATATATGAAAAAA
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s rheMac2.chr3  164899783 30 - 196418989 TCATCTTATTCTTTTCCATATATGAAAAAA
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a score=1386662.000000
s hg19.chr21     16745503 135 +  48129895 TTCTGTTGTCGTGACATAGAAGCTCAGCTGTGCCTTCTACCACCCACCTAATGTCTTCGTCTATCCAAGTTGTATCTACACTTTTGAGTTCAGATAAAATCTCAAATCCTGCATCATATCATTTGTTTCTCTTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021486 135 +  48394510 TTCTGTTGTCGTAACATAGCAGCTCAGCTGTGCTTTCTACCACCCACCTAATGTCTTCATCTATCCAAGTTGTATCTACACTTCTGAGTTCAGATAAAATCTCAAACCCTGCATCATATCATTGGTTTCTCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15466072 135 +  46489110 TTCTGTTGTCGTGACGTAGCAGCTCAGCTGTGCCTTCTACCACCCACCTAATGTCTTCATCTATCCAAGTTGTATCTACACTTTTGAGTTCAGATAAAATCTCAAATCCTGCATCATATCATTTGTTTCTCTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=322473.000000
s hg19.chr21     16745638 35 +  48129895 AGGTTCTCTGAGCACTAAAATTCTCAACTTCTGCA
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a score=722862.000000
s hg19.chr21     16745673 89 +  48129895 TTCACTGGCCTTCTTCTCCTATGCCCTGCTGGTGCACCTAAAGTTCTTATCACAGAAATCAGTCCTTCATTGCCCTTTCTGTGGATAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021656 88 +  48394510 TTCACTGGCTTTCTTCTCCTATGCCCTGCTGGTGCACCTAAAGTTCTTATCACAGAAATCAGCCCTTAATTGCCCTTTCT-TGGATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164899983 89 - 196418989 TTCACTGGCCGCCTCCTCCTGTGCCCTGCTGGTGCACCTAAAGTGCTTATCACAGAAATCAGCCCTTAATTGCCCTTTCTGTGGATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=486398.000000
s hg19.chr21     16745762 100 +  48129895 GATGCTCTCATTCAAGATAAATTTTACAGAGCTCCTTCTTCAATTTCAAATGTTTCCATTTATCTCCTAAGTAAACTGTAACTTCCGtgatggaacccac
s panTro2.chr21  15466331 100 +  46489110 GATGCTCTCATTCAAGATAAATTTTACAGAGCTCCTTCTTCAATTTCAAATGTGTCCATTTATCTCCTAAGTAAACTGTAACTTCCGtgatggaacccac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021744  98 +  48394510 GATG--CTCATTCAAGATCAATTTTACAGAGCTCCTTCTTCGATTTCAAATGTTTCCATTTATCTGCTAAGTAAACTGTAACTTCCGtgatggaacccac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900072  98 - 196418989 GATG--CTCATTCAAGATCAATTTTACAGAGCTCCTTCTTCAATATCAAATGTTTCCATTTATCTCCTAAGTAAACTGTAACTTCCGtgatggaacccac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=589673.000000
s hg19.chr21     16745862 66 +  48129895 attttcatccagtgctaactttatagtaggcacgtc-tatggattttacatggattttttaatatta
s panTro2.chr21  15466431 66 +  46489110 attttcatccagtgctaactttatagtaggcacgtc-tatggattttacatggattttttaatatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021842 67 +  48394510 attttcatccagtgctaactttatagtaggcacttcttatggattttacatggattttttaatatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900170 66 - 196418989 attttcatccagtgctaactttctagtaggcacttc-tatggattttacatggatttttaaatatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1211979.000000
s hg19.chr21     16745928 166 +  48129895 tttcatccattcttactaatctaagatgtaaatattattattatctgaacttcacagataaaggaagtgagacagtgaagttgtaaaaagccagatttaccctaaagaaagagctatcaagtggagaagctaaaattcagattctcctctcattccaaagcccatg
s panTro2.chr21  15466497 166 +  46489110 tttcatccattcttactaatctaagatgtaaatattattattatctgaacttcacagataaaggaagtgagacagtgaagttgtaaaaagccagatttaccctaaagaaagaggtatcgagtggagaagctaaaattcagattctcctctcattccaaagcccatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15021909 166 +  48394510 cttcatccattcttactaatctgagatgtaaatattattattatctgaacttcacagataaagaaagtgagacagtgaggttgtaaaaagccagatttactctaaagaaagagctatcaagtggagaagctaaaattcagattctcctctcatcccaaagcccatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900236 166 - 196418989 cttcatccagtcttactaatctaagatgtaaatattattattatctgaacttcacagataaaggaagtgagacagtgaggttgtaaaaagccagatttaccctaaataaagagctatcaagtggagaagctaaaattcagattctcctctcattctaaagcccatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=507885.000000
s hg19.chr21     16746094 62 +  48129895 atctttccctgACAATATCAAACATCTTCCAAACTATCCTTTAAATCTTTATGACTGAGTTT
s panTro2.chr21  15466663 62 +  46489110 atctttccctgACAATATCAAACGTCTTCCAAACTATCCTTTAAATCTTTATGACTGAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022075 62 +  48394510 atctttccctgACAACAGCAAACGTCTTCCAAACTATCCTTTAAATCTTTGTGACTAAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900402 62 - 196418989 ctctttccctgACAACATCAAACATCTTCCAAACTATCCTTTACATCTTTATGATTGAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=41720.000000
s hg19.chr21     16746156 50 +  48129895 AAATTATTTAGATGTTTAGAACAAAATACCATTTTGTAACAAGAAGTTTT
s panTro2.chr21  15466725 50 +  46489110 AAATTATTTAGACGTTTAGAACAAAATACCATTTTGTAACAAGAAGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022137 46 +  48394510 AAATTATTTAGACGTTTAGAACGAAATACCATTTTGTAACAG----GTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900464 46 - 196418989 AAATTATTTAGACATTTAGAACAAAATACCATTTTGTAATGA----GAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50109.000000
s hg19.chr21     16746206 66 +  48129895 TTTTTAAATCTCAAATCTTTCTTAGGCAAACAG---AATTGCAGTTAAAAAATT-AAAAAAAAACATGAA
s panTro2.chr21  15466775 67 +  46489110 TTTTTTAATCTCAAATCTTTCTTAGGCAAACAG---AATTGCAGTTAAAAAATTAAAAAAAAAACATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022183 69 +  48394510 TTTTTTAATCTCAAATCTTTCTTAGGCAAACAGAGCAATAGCAGTAAAAAAGAA-AAAAAAAAACATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900510 67 - 196418989 TTTTTTAATCTCAAATCTTTCTTAGGCAAACAGAGCAATAGCAGTAAAAAAA---GAAAAAAACCATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2709947.000000
s hg19.chr21     16746272 169 +  48129895 TGTTATGAAGTAGAATAAATAATTTTCTATTAAATAGAAATGGCTAGTGTTGATGATCATGGCATGTTGCCAGTGTGTAATGAGTCTGAGAAATCAAAACCTCAGAAGCTGAATCAAGCCAAACCCCTGAACTGGCTAAATGATATATTCTGAAGGATACATGAGGAGG
s panTro2.chr21  15466842 169 +  46489110 TGTTATGAAGTAGAATAATTAATTTTCTATTAAATAGAAATGGCTAGTGTTGATGATCATGGCATGTTGCCAGTGTGTAATGAGTCTGAGAAATCAAAACCTCAGAAGCTGAATCAAGCCAAACCCCTGAACTGGCTAAATGATATATTCCGAAGGATACATGAGGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022252 169 +  48394510 TGTTATGAAGTAGAATAATTAATTCTCTATTAAATAGAAATGGCTAGTGTTGATGATCATGGCATGTTGCCAGTGTGTAATGAGTCTGAGAAATCAAAACCTTAGAAGCTGAATCAAGCCAAACCCCTGAACTGGCTAAATGATATATTCAGAAGGATACATAAGGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900577 169 - 196418989 TGTTATGGAGTAGAATAATTAATTTTCTATTAAATAGAAATGGCTAGTGTTGATGATCATGGCATGTTGCCAGTGTGTAATGAGTCTGAGAAATCAAAACCTTAGAAGCTGGATCAAGCCAAACCTCTACATTGGCTAAATGATACATTAGGAAGGATACAAGAGGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16746441 16 +  48129895 AAAAATGAAGGGTGGG
s panTro2.chr21  15467011 16 +  46489110 AAAAATGAAGGGTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900746 16 - 196418989 AAAAATGAAGAGTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16746457 102 +  48129895 AGTTTTCCAAGGTTAATTACAGAACAATCATCTAGGAACAAGGCAGTGAGAACAGGGAGGTCTGGTATGCAATGTATGCTGAAGGGCTGGAACCAACACATT
s rheMac2.chr3  164900762 102 - 196418989 AGTTGTCCAAAGTTAATTACAGAACAATCATCTAGGAACAAGGCAGTGAGAACAGGGAGGTCTGGTATGCAATGTATGCTGAATGGCTGGAACCAACACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15467027 102 +  46489110 AGTTTTCCAAGGTTAATTACAGAACAATCATCTAGCAACAAGGCAGTGAGAAGAGGGAGGTCTGGTATGCAATGTATGCTGAAGGGCTGGAACCAACACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16746559 119 +  48129895 GAAGATATTATTCAAGTACAGTTCATTATTTAAGAACCCATTGCCCTCTGAATACTTTAAAGGTCGGGGTCAACTTTATACCAGACTTCATTTGCATTCTTTGTTAATTTAGAAATGTT
s panTro2.chr21  15467129 119 +  46489110 GAAGATATTATTCAAGTACAGTTCATTATTTAAGAACACATTGCCCTCTGAATTCTTTAAAGGTCGGGGTCAACTTTATACCAGACTTCATTTGCATTCTTTGTTAATTTAGAAATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022539 119 +  48394510 GAAGATATTATTCAAGTACAGTTCATCATTTAAGAACACATTGCCCTCTGAATTCTTTAAAGGTCAGGGTCAACTTTATACCAGACTTCATTTGCATTCTTTGTTAATTTAGAAATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900864 119 - 196418989 GAAGAAATTATTCAAGTACAGTTCATTATTTAAGAACACACTGCCCTCTGAATTCTCTAAAGGTCAGGGTCAACTTTATACCAGACTTCATTTGCATTCTTTGTTAATTTAGAAATGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=650322.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022658 45 +  48394510 CTCTTGAGTACCTCTGTAAGCCTCTCATTGTATAGTGTATAGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164900983 45 - 196418989 CTCTTGAGTACCTCTGTAAGTCTCTCATTGTATAGTCTATAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=354435.000000
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s panTro2.chr21  15467293 58 +  46489110 CTCTATTATAAATATTCAGATTGATCAGCCAACTTTACCCAGGCCATGGTCTTTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245637.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901086 24 - 196418989 TGGCATTGTGCTAGGTGACCCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-100569.000000
s hg19.chr21     16746805 38 +  48129895 AAGTGCATAAATGTAAGATATATATGATATGATATTAT
s panTro2.chr21  15467375 38 +  46489110 AAGTGCATAAATGTAAGATATATATGATATGATATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022785 38 +  48394510 AAGTGCATAAATGTAAGATATATATGATATGATATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901110 38 - 196418989 AAGTGCGAAAATGTAAGATATATATGATATAATATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-136995.000000
s hg19.chr21     16746843 27 +  48129895 AGATAGATGAATAGAtactatttatta
s panTro2.chr21  15467413 27 +  46489110 AGATAGACGaatagatacgatttatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022823 27 +  48394510 AGCTAGATtaatagatactatttatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901148 23 - 196418989 AGATA----AATAAAtactatttatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=49317.000000
s hg19.chr21     16746870 32 +  48129895 agcatctattatatgatcaatacttatgatat
s panTro2.chr21  15467440 32 +  46489110 agcatctattatatgatcaatacttaagatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022850 32 +  48394510 agcatctattatatgatcaatacttatgatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901171 32 - 196418989 agcatctgttatatgatcaatacttatgatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=57464.000000
s hg19.chr21     16746902 18 +  48129895 tttccataaccttctgtt
s panTro2.chr21  15467472 18 +  46489110 tttctataaccttctgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15022882 18 +  48394510 tttctataaccttctgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901203 18 - 196418989 tttctataaccttctgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16746920 31 +  48129895 acatgtggaaggtagagggagtagcagcttc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901221 31 - 196418989 aaatgtggaaggtagagagagtaacagcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155839.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-103749.000000
s hg19.chr21     16747055 48 +  48129895 ctctat---------tttttttttttttttttttttttttgagacagagtctctctc
s panTro2.chr21  15467625 57 +  46489110 ctctctctctctctAtttttttttttttttttttttttttgagacagagtctcgctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15023035 44 +  48394510 ctctat-------------tttttttttttttttttttttgagatggagtctcgctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901356  3 - 196418989 ctc------------------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7079.000000
s hg19.chr21     16747103 47 +  48129895 tgttacccaggctggagtgcagtggcgcgatgtcggctcactgcaag
s panTro2.chr21  15467682 47 +  46489110 tgttacccaggctggagtgcagtggtgcgatctcggctcactgcaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15023079 47 +  48394510 tgtcgcccaggctggagtgcagtggagcgatctccgctcactacaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164901359  0 - 196418989 C

a score=94846.000000
s hg19.chr21     16747150 212 +  48129895 ctccgcttcccgggttcacgtcattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggaccacaggcgcccgccaccacgtccggctaattcttttgtatttttagtatagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatttcctgacctcatgatccgcccgcctcagccttccaaagtgttgggattacaggcatgagccaccgtgc
s ponAbe2.chr21  15023126 212 +  48394510 ctccacctcccaggttcatgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggaccacaggtgcccgccaccacgtccagctaatttttttgtatttttagtagagacagggtttcaccgtgttagccaggacgatctcaatctcctgaccttgtgatccacctgcctcagccttccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccatgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15467729 212 +  46489110 ctctgcctcccgggttcaggccattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggaccacaggcgcccgccaccacgtccggctaattcttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatttcctgacctcatgatctgcccgcctcagccttccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgtgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164901359   0 - 196418989 C

a score=32577.000000
s hg19.chr21     16747362 37 +  48129895 ctggccTCTCTCTTTCTCTTTTAAAACTTGATTTTCT
s panTro2.chr21  15467941 37 +  46489110 ccggccTCTCTCTTTCTCTTTTAAAACTTGATTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129290.000000
s hg19.chr21     16747399 51 +  48129895 TTTACCTCAAGATAAATTTCATTACGCTGGGGAACAAACAGCTCCAAAATT
s ponAbe2.chr21  15023375 51 +  48394510 TTTACCCCAAGATAAATTTCATTATGCTGGGAAACAAAGAGCTCCAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15467978 51 +  46489110 TTTACCTCAAGATAAATTTCATTACGCTGGGGAACAAACAGCTCCAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901382 51 - 196418989 TTTACCTCAAGATAAATTTCATTATGCTGGGGAACAAACAGCTCAAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-80350.000000
s hg19.chr21     16747450 93 +  48129895 TCATCACCCAGCAACTCTCCAAGGCAACTGTCCTCTTGTGGAGGCTCCGCATTGCAGGCTGCCAGGCTCGCAAAGCACCTCCACATCTACAGG
s rheMac2.chr3  164901433 49 - 196418989 TCATCATCCAGCAACTCTCCAAGGCAACTGCCCTCATGTGGAGGCCCAG--------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15468029 93 +  46489110 TCATCACCCAGCAACTCTCCAAGGCAACTGTCCTCATGTGGAGGCTCAGCATTGCAGGCTGTCAGGCTCGTAAAGCACATCCACATCTACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15023426 93 +  48394510 TCATCACCCAGCAACTCTCCAAGGCAACTGTCCTCATGTGGAGTCTCAGCATTGCAGGCTGCCAGGCTCACAAAGCACCTCCACATCTACAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=773236.000000
s hg19.chr21     16747543 216 +  48129895 AACTCTCCAAGGCAACTGTCCCCATGTGGAGGCTCCGCATTGCAGGCTGCCAGGCTCGTAAAGCACCTCCACATCTACAGGGGCTTCCAcagc-ggggaagagtgtg-gggagacacacaccactctacatgcctcaactcagaagggacgccctccatttctgctctcattttgttgcccaatgcaagtcacatggaaacacctaaattcaaggagg
s panTro2.chr21  15468122 216 +  46489110 AACTCTCCAAGGCAACTGTCCCCATGTGGAGGCtccgcattgcaggctgccaggctcataaagcacctccacatctacaggggcttccacagc-ggggaagagtgtg-gggagacacacaccactctacatgcctcaactcagaagggacgccctccatttctgctctcattttgttgcccaatgcaagtcacatgggaacacctaaattcaaggagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15023519 217 +  48394510 AACTCTCCAAGGCAACTGTCCCCATGTGGAGGCTCCACATTGCAGGCTGCCAGGCTCGTAAAGCACCTCCACATCTACAGAGGCTTccacagcaggggaagagtgtg-gggagacacacaccactctacatgcctcaactcagaagggacaccctccatttctgctctcattttgttgcccaatgcaagtcacatgggaacacctaacttcaaggagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164901482 181 - 196418989 -------------------------------------cactgcaggctgccaggctcgtaaagcacctccacgtctgcaggggcttccccagcaggggaagagagtgtgggggaaacacaccactctacatgcctcaactcagaagtgacaacctccgtttctgttctcattttgttgcccaatgcaagtcacatggggacacctaacttcaagaggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=57581.000000
s hg19.chr21     16747759 60 +  48129895 taTTTGCTTGtgatatggagaggaggcagggaaatactgggtagaagaggacagttccct
s rheMac2.chr3  164901663 60 - 196418989 TATTTGCTTGTCatatggggaggaggcaggcaaatactgggtagaagaggacagttccct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15468338 60 +  46489110 TATTTGCTTGtgatatggagaggaggcagggaaatactgggtagaagaggacagttccct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15023736 60 +  48394510 taTTTGCTTGtgacatggagaggaggcagggaaataatgggtaaaagaggacagttccct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1189882.000000
s hg19.chr21     16747819 785 +  48129895  
s rheMac2.chr3  164901723 710 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15468398 785 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15023796 785 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=114202.000000
s hg19.chr21     16748604 60 +  48129895 tcagggagctctctcatttcaCTTGGAAAGAGATAATGACAAATCTCAAAAATATACATT
s rheMac2.chr3  164902433 60 - 196418989 tcagagaactctcccatttcaCTTGGAAGGAGATAATGACAAATCTCAAAAATACACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469183 60 +  46489110 tcagggagctctctcatttcaCTTGGAAGGAGATAATGACAAATCTCAAAAATATACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15024581 60 +  48394510 tcagggagctctcccatctcaCTTGGAAGGATATAATGACAAATCTCAAAAATATACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=21582.000000
s hg19.chr21     16748664 22 +  48129895 ATACCTCCATGAAATACATTGT
s ponAbe2.chr21  15024641 22 +  48394510 ATACCTCTATGAAATACATTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469243 22 +  46489110 ATACCTCCATGAAATACATTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902493 22 - 196418989 ACACGTCTACAAAATACATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=217091.000000
s hg19.chr21     16748686 63 +  48129895 ATTACAACAATATACCTCAACAATTTATATTCTGTTTCAATTCAATAGGTAGGTAGTAAGTCT
s rheMac2.chr3  164902515 63 - 196418989 ATTGCAACAATATACCTCAACAATTTGTATTCTGTTTCAATTCAATAGGTAGTTAGTAAGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469265 63 +  46489110 ATTACAACAATATACCTCAACAATTTATATTCTGTTTCAATTCAATAGGTAGGTAGTAAGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15024663 63 +  48394510 ATTACAACAATATACCTCAACAATTTATATTCTGTTTCAATTCAATAGGCAGTTAGTAAATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=656080.000000
s hg19.chr21     16748749 71 +  48129895 TTACTTAAAATGTTTTGCTAAGAGCAAAAGTGATAGGACTTGGTTCCTGATATGAAGGGATTGACAGTCTG
s ponAbe2.chr21  15024726 71 +  48394510 TTACTTAAAATATTTTGCTAAGAGCAAAGGTGATAGGACTTGGTTCCTGATATGAAGGGATTGACAGTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469328 71 +  46489110 TTACTTAAAATGTTTTGCTAACAGCAAAGGTGATAGGACTTGGTTCCTGATATGAAGGGATTGACAGTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902578 71 - 196418989 TTGCTTAAAACGTTTTGCTAAGAGCAAAGGTGAGAGGACTTGGTTCCTGATATGAAGGGATTGACAGTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214841.000000
s hg19.chr21     16748820 46 +  48129895 ATAAGGATAGTAAATCCTATAAAAATAAAATGTATTAACAAAGAAG
s ponAbe2.chr21  15024797 46 +  48394510 ATAAGGATAGTAAATCCTATAAAAAGAAAATGTATTAACAAAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469399 46 +  46489110 ATAAGGATAGTAAATCCTATAAAAATAAAATGTATTAACAAAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902649 45 - 196418989 ATAAAGATAGTAAATCCTATAAAAAGAAAATG-ATTAACAAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243157.000000
s hg19.chr21     16748866 21 +  48129895 GACAAGGAATATTTGAACTCA
s ponAbe2.chr21  15024843 21 +  48394510 GACAAGGAATATTTGAACTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469445 21 +  46489110 GACAAGGAATATTTGAACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902694 21 - 196418989 GACAAGGAATATTTGAACTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=425086.000000
s hg19.chr21     16748887 42 +  48129895 GAAGAAATAAAGGCAACTTGGATCTGGGGATATTAAGGAAGG
s ponAbe2.chr21  15024864 42 +  48394510 AAAAAAATAAAGGCAACTTTGATCTGGGGATATTAAGGAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469466 42 +  46489110 GAAGAAATAAAGGCAACTTGGATCTGGGGATATTAAGGAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902715 42 - 196418989 GAAGAAATAAAGGCAACTTTGATCTGGGGATATTAAGGAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301592.000000
s hg19.chr21     16748929 26 +  48129895 TTTAAGGCATTTAAA-TGGTTTTTTTG
s ponAbe2.chr21  15024906 27 +  48394510 TTTAAGGCATTTAAATTTTTTTTTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469508 26 +  46489110 TTTAAGGCATTTAAA-TGGTTTTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902757 25 - 196418989 TTTAAGGCATTTAAA-TTG-TTTTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=324559.000000
s hg19.chr21     16748955 31 +  48129895 GAGAATTAGTAGGATTTTATTAGGAAATACA
s ponAbe2.chr21  15024933 31 +  48394510 GAGAATTAGTAGGATTTCATTAGGAAATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469534 31 +  46489110 GAGAATTAGTAGGATTTCATTAGGAAATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902782 31 - 196418989 GAGAATTAGTAGGATTTTATTTGGAAATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=322605.000000
s hg19.chr21     16748986 38 +  48129895 AGGAAGAAAGTCCTTCTAGATGAAGAAAGAAAAGGGAT
s ponAbe2.chr21  15024964 38 +  48394510 AGGAAGAAACTCCTTCTAGATGAAGAAAGAAAAGGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469565 38 +  46489110 AGGAAGAAAGTCCTTCTAGATGAAGAAAGAAAAGGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902813 38 - 196418989 TGGAAGAAAGTCCTTCTAGATGAAGAAAGAAAAGGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=272108.000000
s hg19.chr21     16749024 82 +  48129895 AAAGATGTAATAGGACATTTTACTTGTGGCATAGCTACCAAGGGCAAGTGACTTAAGACATCCTCCTCCTCCATCCCTGGGG
s ponAbe2.chr21  15025002 82 +  48394510 AAAGATGTAATAGGACATTTTACTTGTGGCATAGCTACCAAGGGCAAGTAATTTAAGACATCCTCCTCCTCCATCCCTAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469603 82 +  46489110 AAAGATGTAATAGGACATTTTACTTGTGGCATAGCTACCAAGGGCAAGTAACTTAAGACATCCTCCTCCTCCATCCCTGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902851 82 - 196418989 AAAGATGTAATAGGACATTTTGCTTGTGGCATAGCCACCAAGGGCAAGTAACTTAGGACATCCTCCTCCTCTGTCCCTGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251851.000000
s hg19.chr21     16749106 27 +  48129895 CAAAGCAAGGCTTCTTCAGTGGTGATG
s ponAbe2.chr21  15025084 27 +  48394510 CAAAGCAAAGCTTCTTCAGTGGTGACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469685 27 +  46489110 CAAAGCAAGGTTTCTTCAGAGGTGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902933 27 - 196418989 CAAAGCAAGGCTCCTTCAGTGGTGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-121105.000000
s hg19.chr21     16749133 28 +  48129895 GGAAGGGACAGGAAATTTGTAAGAGTTC
s ponAbe2.chr21  15025111 28 +  48394510 GGAAGGGACAGGAAATTTGTAAGAGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469712 28 +  46489110 GGAAGGGACAGGAAATTTGTAAGAGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902960 28 - 196418989 GGAAGGGACAGGAAACTTGTAAGAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=524389.000000
s hg19.chr21     16749161 37 +  48129895 CCTGCCCTGTGACTACCTGCTTTGTCTGGTTTTTGCT
s ponAbe2.chr21  15025139 37 +  48394510 CCTGCCCTGTGAGTACCTGCTTTGCCTGATTTTTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469740 37 +  46489110 CCTGCCCTGTGATTACCTGCTTTGTCTGGTTTTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164902988 37 - 196418989 CCTACCCTATGACTACCTGCTTTGCCTGGTTTTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=552531.000000
s hg19.chr21     16749198 52 +  48129895 TTCACACTGCTTCCATTAACATATTTTTATCATAGCCAGCACAAGGAATATT
s ponAbe2.chr21  15025176 52 +  48394510 TTCACACTGCTTCCATTAACATATTTTTATCATAGCCAGCACAAGGCATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15469777 52 +  46489110 TTCACACTGCTTCCATTAACATATTTTTATCATAGCCAGCACAAGGCATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164903025 36 - 196418989 TTCATACTGCTCCCATTAACATATTTTTATCATAGc----------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238917.000000
s hg19.chr21     16749250 64 +  48129895 CTAGAGTATTATGTTATTTTGTGTTTAAAGGGTCCTACTTTTGGAAAATATTTATAAGGGGAGA
s panTro2.chr21  15469829 64 +  46489110 CTAGAGTATTATGTTATTTTGTATTTAAAGGGTGCTACTTTTGGAAAATATTTATAAGGGGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15025228 64 +  48394510 CTAGAGTATTATGTTATTTTGTATTTAAAGGGTGATACTTCTGGAAAATATTTATAAGGGGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164903061  0 - 196418989 C

a score=93054.000000
s hg19.chr21     16749314 50 +  48129895 TGACCCTCCTGGCTCCATAAACAGCTACTCATGTGCCCCTTCCCCAACAT
s panTro2.chr21  15469893 50 +  46489110 TGACCATCCTGGCTCCATAAACAGCTACTCATGTGCCCCTTCCCCAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15025292 50 +  48394510 TGACCCTCCTGGCTCCATAAACAGCTACTCATGTGCCCCTTCCCCAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164903061  0 - 196418989 C

a score=609111.000000
s hg19.chr21     16749364 91 +  48129895 ATTCATTCACTTTTGGGTTTGGAGGCCACTGAAAAGTGGCCTGAAACTGATTTCTAATTAACCAACCCAGGAAGCTGAGAAGTCACACACA
s panTro2.chr21  15469943 91 +  46489110 ATTCATTCACTTTTGGGTTTGGAGGCCACTGAAAAGTGGCCTGAAACTGATTTCTAATTAACCAACCCAGGAAGCTGAGAAGTCACACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15025342 91 +  48394510 ATTCTTTCACTTTTGGGTTTGGAGGCCACTGAAAAGTGGCCTGAAACTGATTTCTAATTAACCAACCCAGGAAGCTGAGAAGTCACACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164903061  0 - 196418989 C

a score=872213.000000
s hg19.chr21     16749455 101 +  48129895 GGTAAAGGGATTGGACCTCTGACCAACTCGGAGATTCATGGAGAACATGTCAATGGAATGGAATAGCTATTGTCCCAAAGCCAGAAATGATAACGGAAATT
s panTro2.chr21  15470034 101 +  46489110 GGTAAAGGGATTGGACCTCTGACCAACTCGGAGATTCATGGAGAACATGTCAGTGGAATGGAATAGCTGTTGTCCCAAAGCCAGAAATGATAACGGAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15025433 101 +  48394510 GGTAAGGGGATTGGACCTCTGACCAACTCAGAGATTCATGGAGAACGTTTCAGTGGAATGGAATAGCTATTGTCCCAAAGCCAGAAATGATAATGGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164903061   0 - 196418989 C

a score=77870.000000
s hg19.chr21     16749556 16 +  48129895 CTAATAGAAAACTTAC
s panTro2.chr21  15470135 16 +  46489110 CTAATAGAAAACTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15025534 16 +  48394510 CTAATAGAAAACTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164903061  0 - 196418989 C

a score=309266.000000
s hg19.chr21     16749572 51 +  48129895 TATATGTAAACAGAGATTTTGAACTGAAAGGCTGGACTCAATGTCCAAGAT
s panTro2.chr21  15470151 51 +  46489110 TATATGTGAACAGAGATTTTGAACTGAAAGGCTGGATTCAATGTCCAAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15025550 51 +  48394510 TATATGTGAATAGAGATTTGGAACTGAAAGGTTGGACTCAATGTCCAAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164903061  0 - 196418989 C

a score=488432.000000
s hg19.chr21     16749623 107 +  48129895 ATAGGTAATGCATGCGCCAGGTATATACTCAACTACTATGAAATTATTCCTAACTCAGGCCTGGAGATGGGTTATGGAACCTGGAAGAAACGCTCAGTTGTCTGATT
s panTro2.chr21  15470202 107 +  46489110 ATAGGTAATGCATGCGCCAGGTATATACTCAACTACTATGAAATTATTCCTAACTCAGGCCTGGAGATGGGTTATGGAACCTGGAAGAAACTCTCAGTTGTCTGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15025601 102 +  48394510 ATAGGTAATGCATGCAGCAGGTATATACTCAACTACT-----ATTCCTCCTAACTCAGGCCTGGAGATGGGTTATGGAACCTGGAAGAAACGCTCAGTTGTCTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164903061   0 - 196418989 C

a score=830856.000000
s hg19.chr21     16749730 113 +  48129895 TGAAAGTGCAAAGGCCAGTGCTTACTCAGAAACACTGCTAAGTGTCCCACAAAACTGGTGAAACCATTTAGAGGAGACCCTCAGGAAAAATTCTGTGTGGCAGCCACAACTGC
s panTro2.chr21  15470309 113 +  46489110 TGAAAGTGCAAAGGCCAGTGCTTACTCAGAAACACTGCTAAGTGTCCCACAAAACTGGTGAAACCATTTAGAGGAGACCTTCAGGAAAAATTCTGTGTGGCAGCCACAACTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15025703 113 +  48394510 TGAAAGTGCAAAGGCCAGTGCTTACTCAGAAACACTGCTTAGTGTCCCACAAAACTGGTGAAACCATTTAGAGGAGACCTTCAGGAAAAATTCTCTGTGGCAGCCACAACCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164903061   0 - 196418989 C

a score=-129659.000000
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e rheMac2.chr3  164903061   0 - 196418989 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15472353 59 +  46489110 gacctttccttccaatctagttttcttccagtatttctgattttagcaaccacccagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164903237 103 - 196418989 gtttatgccaggaacaagcatttcatctttaacactttttttctgctttatttccgtattcatatcaccacaaaatcttgtcaattcaacctccaaaatatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164903583 83 - 196418989 aaaacccagggagaaaagtgactatctgaggttcctacaattagtaatgaaagaggattagcacctacatctcccaattcagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15028785 117 +  48394510 TGAAGAAACTGAGAGTAGAATTAACAAAATGTAATTAAGGTAATCCAAGTAAAGATTAAGGCAGT-GATGACAAAATTATTTTGCTATAGAATAGAGTTGTATTTCTGAGTGGAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164904218 117 - 196418989 TGAAGAAACT-AGAGTAGAATTAACAAAATGTAATTAAGGTAATCCAAGTAAAGATTAAGGCAGTTGATGACCAAATTATTTTCTTATAGAACAGAGTTGTATTTTTGAGTGAAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15473499 38 +  46489110 CAAATTCTCCTCTCTTTACCTTGGTGGAATCCTATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=215452.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164907108 44 - 196418989 TCTCCTTTCTCTCTCATTCCCAACATTTTCATCTCTTCTACCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15476314 42 +  46489110 --TCGTTCCTCTTTCATTCCGAACATTTCCATctcttctacccc
i panTro2.chr21 I 28 C 0

a score=376622.000000
s hg19.chr21     16755767 80 +  48129895 tgcgttgtctaagctaacca-------ctta--agtttagttcatgtgttacttctttcaagaaattctctctgacccactaaaattta
s panTro2.chr21  15476356 87 +  46489110 tgcattgtctaagctaaccagttatctgtta--agtttagttcatgtgttacttctttcaagaaattctctctgacccactaaaattta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15033972 82 +  48394510 tgcattgtctaagctagcca-------cttatctgtttagttcatgcattacttctttcaagaaattctctctgatccactaaaattta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164907152 87 - 196418989 TGCATTGTCTAAGCTAACCACTTATCCGTTA--AGTTTAGTTTATGTTTTAATTCTTTCAAGAAATTCTCTCTGATCCACTAAAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16755847 24 +  48129895 gttttgaacttggccaatcttggt
s panTro2.chr21  15476443 24 +  46489110 gttttgaacttggccaatcttggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=194220.000000
s hg19.chr21     16755871 71 +  48129895 tgtaagccttatcaaactgtttttgaattgcgtgttttatagtcttatctgtgaattccttttaaggcagg
s panTro2.chr21  15476467 71 +  46489110 tgtaagccttatcaaactgtttttgaattacgtgttttatggtcttatctgtgaattccttttaaggcagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15034078 71 +  48394510 tgtaaaccttatcaaactgtttttgaattgcctgttttatagtcttatctgtgcattccttttaaggcagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=599335.000000
s hg19.chr21     16755942 119 +  48129895 gaacttgacatttatttttg----------catttctagcacctagatttgggcttggctcaccgtaggagtgaaatgtagtttggtgaatTTAAAAAAAGAATGTTGGTGGTGGAGTGGGGCCAGAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15034149 129 +  48394510 gaacttgacatttatttttgcatttctagccatttctagcacctagttttgggcttggctcacagtaggagtgaaatgtagtttggtgaatTTAAAAAAAGAATCTTGGTGGTGGAGTGGGGCCAGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164907334 119 - 196418989 GAACTTGACATTTATTTTTG----------CATTTCTAGCACCTAGTTTCGGGCTTGGCTCACAGTAAGAGTGCAATGTAGTTTGGTGAATTTAAAAAAAGAATGTTGGTGGTGGAGTGGGGACAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15476657 71 +  46489110 AA----------TTAGCTAAAATTAGAGAGCTCTTGACCGCTGTTAGGTGGTGACAAATGCCTATGGGTCCACAGTCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15034278 72 +  48394510 AAT---------TTAGCTAAAATTAGAGAGCTCTTGACCCCTATTTGGTGGTGACAAATGCCTATGGGTCCACAGTCACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15476728 24 +  46489110 AGTATTAGAAATAAGGTGAAGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15034350 24 +  48394510 AGTATTAGAAATAAGGTAAAGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164907534 24 - 196418989 AGTATTAGAAATAAGGTGAAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=322625.000000
s hg19.chr21     16756156 35 +  48129895 AATGATAGAAGTTGCAGGTTACTCCTTGCTGTTCA
s rheMac2.chr3  164907558 35 - 196418989 AATGATAGAAGTTGCAGGTTAGTCCTTGCTGTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15034374 35 +  48394510 AATGATAGAAGTTGCAGGTTACTCTTTGCTGTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15476752 35 +  46489110 AATGATAGAAGTTGCAGGTTACTCCTTGCTGTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16756191 36 +  48129895 TACTCCAGTTCGTTGACTGGCAAAGCCTGCAGTGCA
s rheMac2.chr3  164907593 36 - 196418989 GACTCTAGTTCATTGACTGTCAAAGCCTGCAGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16756378 93 +  48129895 TTTATCACAAGGTACTGAAAAACATTTCCTCTCTGGGGATAGAAAAGGTGAACAGCTAAATATCTGACTCTAGCATCAGATCTAACCCCAGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16756471 84 +  48129895 CCTCATCATTATATTAAAATGAGAGAGTTTATGAGACAAGTTTAATTGGGCAAATAAAGAGCCTGTTAAGAGAAAGCAAGTATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=628524.000000
s hg19.chr21     16756681 59 +  48129895 CTACGTGATTAAAAAATGCTTGAGGTGAAGTTACTTACCAAGGTTTTCCTACACTATAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15477277 59 +  46489110 CTATGTGATTAAAAAATGCTTGAGGTGAAGTTACTTACCAAGGTTTCCCTACACTATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16756740 101 +  48129895 CCCTTGGGAAATCATTTTTTAAAAGTTAAATAAGATAAAGTAGATTGAAGGAAATCACTGTTTCAAAATGTAAACGCGTGACATTTAGCATCTGCATTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16756872 41 +  48129895 CTGTTAATGCTGTTATGCGGATTAGTACAGACCTGGAGACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1058821.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16756959 24 +  48129895 AAACAAACTGTCAGGTTTAGTCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164908384 171 - 196418989 TGAGGCCCACTGCCCCCAAACCTGTTCTTATTAAGAATGAAGAGGTGCAGGTGAACATGTTTTTCAGGACTTTTATTTAACCTCACTACAAGACAGTTATTAAGTAAGATTAATCCTGACTTTGGAGTAAAAACAAAGTACTGAAAGCTCAATTTTAGGACTGAAAAGTCg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16757149 114 +  48129895 gctgggcatggtggctcatacctgtaatctcagcactttgggaggccgaagtgggcggatcacctgatgtcaggagtttgagactagcctggccaacatggtgaaaccctgttt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164908555 114 - 196418989 gccgggcatggtggctcacacctgtaatctcagcactttgggaggccgaggcaggcaaatcacctgaggtcaggagtttgagagcaacctgaccaacatggtgaaaccctgttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68522.000000
s hg19.chr21     16757263 69 +  48129895 ctactaaaaatacaaaaactaaccg-ggtgtggtggcaggtgcctataatcccagctacttgggagctga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  164911733 594 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15041405 1311 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164914124 1307 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16764359 122 +  48129895 gggctggagtgcagtggcatgatcttggctcactgcaacctctgtctcctgggctcaagcaattctcctgccttagcctcccaagtagctgggattacaggtgtgtgccaccacacccagct
s panTro2.chr21  15484873 122 +  46489110 gggctggagtgcagtggcatgatcttggctcactgcaacctctgtctcctgggctcaagcaattctcctgccttagcctcccaagtagctgggattacaggtgtgtgccaccacacccggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15042716 122 +  48394510 aggctggagtgcagtggcatgatcttggctcactgcaacctctgtctcctgggctcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggtgtgtgccaccacacccggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164915431 122 - 196418989 aggctggagagaggtggcacaatcttggctcactgcaacctctgtctcctgggctccagcaattctcctgcctcagcctcccaagtatctgggattaccagtgtgtgccaccacgtccgact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164915553 128 - 196418989 aatttttgtatttttagtagagatggggtttcaccacattgaccaggctggtcttgaactcctgacctca------ctgcctgccttggcctcccaaagtgctgggattccaggcatgagccaccatgcccagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15042838 134 +  48394510 aatttttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggccaggttggtttcgaactcctgacctcaggtaatccgcctgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgtaccaccatgcccagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15484995 134 +  46489110 aatttttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggccaggttggtctcgaactcctgacctcaggtaatctgcctgccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgtgccaccatgcccagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16764615 841 +  48129895  
s panTro2.chr21  15485129 839 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15042972 837 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164915681 829 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 M 417

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s ponAbe2.chr21  15043809 239 +  48394510 agcactagcattgaatctacagattgctttgggcagtatggccattttaaagatattgattcttccaatccatgagcatggaatgtttttccatttttttgtgttatctatgattttttttaagcagtgttttgtagttctccttgtagagatctttcacctccttggttggatgtattcctaggcattttttttttgtacatggctatatggtaaatgagattgtgttcctgatttgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15485968 236 +  46489110 agcactagcattgaatctacagattgctttgggcagtatggccattttaaagatattgattcttccgatccatgagcatgaaatgtttttccatttttttgtgttatctgtga--ttttttaagcagtgttttgcagttctcctcgcagagatctttcacctccttggttggatgtattcctagaca-tttatttttgtacatggctatatggtaaatgagattgtgttcctgatttgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164916510 417 - 196418989 M

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s panTro2.chr21  15486204 223 +  46489110 ctctcagcttgaacgttatcagtgtatcgaaatgctaatgagttttgtacattaattttgtgtcctaaaactttattgaagtcatttattagttctaagagacttttggtggagtctttacattttctaggtatagaattatacagtcagtgaagagagatattttgacttattttcctatttggatgatctttatttctttctcttgactgattgctctggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15044048 223 +  48394510 ctctcagcttgaacgttatcagtgtatcgaaatgctaatgagttttgtacattaattttgtgtcctaaaactttattgaagtcatttattagttctaggagacttttggtggagtctttacattttctaggtatagaattatacagtcagtgaagagagatattttgacttcttttcctatgtggatgatctttatttctttctcttgactgattgctctggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164916932 222 - 196418989 ctctccgcttgaacgttatcagtgtatcaaaatgctaatgacttttgtacattaa-tttgtgtcctaaagctttaccgaagtcatttattagttctaagagacctttggtggagtctttacagtttctaggtatagaattatacagtcagtgaagagagatattcagacttcttttcctatttggatgacctttctttctttctcttggctgattgctctggc
i rheMac2.chr3  M 417 C 0

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s hg19.chr21     16765915 34 +  48129895 tgggactcacagaaggatgtttaaataagacaca
s rheMac2.chr3  164917154 34 - 196418989 tagaactcacagAAGCAtttttaaataagacaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15044271 34 +  48394510 taggactcacagaaggatgtttaaataagaCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15486427 34 +  46489110 taggactcacagaaggatgtttaaataagacaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=121036.000000
s hg19.chr21     16765949 45 +  48129895 aaaaaagcacaagtcatgaaagcaaagattaataacctatttgta
s rheMac2.chr3  164917188 45 - 196418989 aaagaagcacaagtcatgaaagcaaagatcaataacctatttgta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15044305 25 +  48394510 CAAAAAGCACAAGTC--------------------CCTAGTTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15486461 45 +  46489110 aaaaaagcacaagtcatgaaagcaaagattaataacctatttgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15044330 232 +  48394510 TTAAACTATACTTTTGTTCATTATAAGACACCATTTAGAAACTAAAATTGAAACCCAAAACTGGTAAAAAAAAAAAAGTCAATAAATAAAAAAGGAACAAAAATTCCCAGTGAACATACGAACAAATGACTGGCATCCAGAATATTCAGAGAACTACAAATTAATAAGGGAAATACAAGTAAGTATCTAAACAAGCATTTTGCAGAAGTGGAgaacaagaaaataggaacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164917233 227 - 196418989 ttaaaccatacttttgttcattataaaataccatttagaaactaaaattgaaaccaaaaactgtt-----aaaaaaaatcaataaataaaaaatgaacaaaaattcccagtgagtatactcacaaatgagtagcatccagaatgtttagagaactacaaattaataagggaaatacaagtaaGTATCTAAACAAGCATTTTGCAGAAGTGGAGCacaagaaaatgggaacta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15044710 170 +  48394510 aaaaattgaaattataaaaaagaaaaG-AAAAAATTTTTAAaaagccacaatgtaaatccattttacagccatcatctgggcaaaaattatggacttgtgaaaatatggtgcaatctgaactctcgttggctgctggtggggtacaaatcactaggtatatattgggagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164917778 38 - 196418989 cagtttggtggtctctaccacatttgaaaacatgtaGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15487263 64 +  46489110 TATTATAATGCACAATGAAGATATAGTACAAATTATCACTTACCAAATAACATAGATTCAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15045094 64 +  48394510 GATTATAATGCACAATGAAGATATAGTACAAATTATCACTTGCCAAATAACATAGATTCAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164917992 64 - 196418989 GATTATAATGCACAATGAAGATATAGTACAAATTATCACTTGACAAATCACATGGATTCAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16772626 86 +  48129895 AGGGAATGTGG----ATAGGTTTCTTCTCAAATGTGGAATGTGAGGAAACATGAGCAATCGCCACCATTCTGTCCACACGTTAACTAGAT
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s panTro2.chr21  15493664 76 +  46489110 GTCAACATCTAAAATAATTATCAGGGCTCCTGACATACACCAAAATGAAGTGGGCTTCAAAAAAGGTGAAGCTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164924583 158 - 196418989 AAAATGGAAATGGGCAATGATTTAAGAGAACAGAGCCAAGGTCAGCCACACTGACTGACCAAAGGACTT----TAGCCAGAGTGGTGAGTCATTGCTTTTCCTGCGCATGGGATAGGTGTGTACGATGAAATAGGATTCATTGTGCATTGTTTTTCATTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16774788 21 +  48129895 CAGTTTTGGTGGAGACTGCTT
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a score=23443.000000
s hg19.chr21     16774830 20 +  48129895 TACCCTACTGTCTTTAAAAA
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a score=178673.000000
s hg19.chr21     16774850 20 +  48129895 GTTCTTGGACACAGGAACTG
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a score=242444.000000
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s hg19.chr21     16774903 108 +  48129895 cagcattcaagtgtgatcaagaagactatgacattcccaaaatgatttgagcagaagtgatggatgctttcggtcattaattatgtgctttgatgttctccttgcttc
s panTro2.chr21  15495412 108 +  46489110 cagcattcaagtgtgatcaagaagactacgacattcccaaaatgatttgagcagaagtgatggatgctttcagtcattaattatgtgccttgatgttctccttgcttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053365 108 +  48394510 cagcattcaagtgtgatcaagaagactatgacattaccaaaatgatttgagcagaagtgatgggtgctttcagtcattgattgtgtgttttgatgttctccttgcttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926181 108 - 196418989 cagcattcaagtgtggtcaagaagactgtcacattgtcaaaatgatgttagcagaagtggtggatgctttcagtcattgataatgagctttgatgttctccttgcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=393247.000000
s hg19.chr21     16775011 50 +  48129895 ctattggcttcaaatgataaaggctaaagcaatctagaagccatgcattg
s panTro2.chr21  15495520 50 +  46489110 ctattggcttcaaatgataaaggctaaagcaatctagaagccatgcattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053473 50 +  48394510 ctattggcttcaaatgataaaggctaaagcaatctagaagccacgcattg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926289 50 - 196418989 ctattggcttcgaatgataaatgctaaagcaatagagaagccatgcattg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=48524.000000
s hg19.chr21     16775061 21 +  48129895 aggatggcagtgtgctcagcc
s panTro2.chr21  15495570 21 +  46489110 aggatggcagtgtgctcagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053523 21 +  48394510 cggatggcagtgtgctcagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926339 21 - 196418989 aggatggcagtgtgctcggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-81353.000000
s hg19.chr21     16775082 45 +  48129895 agtctgattctctggctgattttgagaagcacagtctgccTTTCC
s panTro2.chr21  15495591 45 +  46489110 agtctgattctctggctgattttgagaagcacagTCTGCCTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053544 45 +  48394510 agtctgattctctggctgattttgagaagcacagtctgccTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926360 44 - 196418989 agtctgattctctgg-tgattttgagaagcacagTCTGCTTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=313940.000000
s hg19.chr21     16775127 38 +  48129895 TAACTTGTTTGAACCATCATGTCAAGGGACTC-TTTTTT
s panTro2.chr21  15495636 37 +  46489110 TAACTTGTTTGAACCATCATGTCAAGGGACTC--TTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053589 39 +  48394510 TAACTTGTTTGAACCATCATGTCAAGGGACTTTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926404 38 - 196418989 TAACTTGTTTGAACCATCATGTCAAGGTACTC-TTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=282128.000000
s hg19.chr21     16775165 43 +  48129895 TTTTCCACAGAAGCATGACCTTTACTATAATTAATAGTGTAAT
s panTro2.chr21  15495673 43 +  46489110 TTTTCCACAGAAGCATGACCTTTACTATAATTAATAGTGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053628 43 +  48394510 TTTTCCACAGAAGCATGACCTTTACTATAATTAATAGTGTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926442 43 - 196418989 TTTTCTGCAGAAGCATGACCTTTGCTATAATTAATACTGTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-152239.000000
s hg19.chr21     16775208 44 +  48129895 ATTAATTACCTTCAATTGTAAAACC-----------------------------------------------TTTTACAAAACTTTTACAA
s panTro2.chr21  15495716 44 +  46489110 ATTAATTACCTTCAATTGTAAAACC-----------------------------------------------TTTTACAAAACTTTTACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053671 44 +  48394510 ATTAATTACCTTCAATTGTAAAACC-----------------------------------------------TTTTACAAAACTTTTACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926485 91 - 196418989 ATTAATTACCTTGAATTGTAAAACCTTTGTAAAGGTTTTGTAAAACTTTTACAGGATATATCCATATAAACGTTTTACAAAACCTTTACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=269250.000000
s hg19.chr21     16775252 44 +  48129895 AGGTTTTAGAATTGTGAAAccttcaattctgtttctctactttt
s rheMac2.chr3  164926576 44 - 196418989 ATGTTTTAGAATTGTAAAAccttcaattctgttgctctactttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053715 44 +  48394510 AGCTTTTAGAATTGTGAAAccttcaattctgtttctctactttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15495760 44 +  46489110 AGGTTTTAGAATTGTGAAAccttcaattctgtttctctactttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=743039.000000
s hg19.chr21     16775296 78 +  48129895 cttagtttccatcaaagacatttcatgatccaaaatgcctacagaagtgcctgccattatatgcacatcttgagtagc
s panTro2.chr21  15495804 78 +  46489110 cttagtttccatcaaagacatttcatgatccaaaatgcctacagaagtgcctgccattatatgtacatcttgagtagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053759 78 +  48394510 cttagtttccatcaaagacatttcatggtccaaaatgcctacagaagtgcctgccgttatacgtacatcttgagtagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926620 78 - 196418989 cttagtttccatcaaagacacttcatggtccaaaatgcctacagaagtgcctgccattatatgtacatctcaagtagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=23174.000000
s hg19.chr21     16775374 36 +  48129895 aggaagatgaagggacaaatacaaaagaaatgatgc
s panTro2.chr21  15495882 36 +  46489110 aggaagatgaagggacaaatacaaaagaaatgatgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053837 36 +  48394510 aggaagacgaagggacaaatacaaaagaaatgatgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926698 36 - 196418989 aggaagacgaagggacaaatacaaaagagaggatgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1619536.000000
s hg19.chr21     16775410 134 +  48129895 tttttaaagagacttcccaaaagtaccttgctacacttcagtttacatattattggcaagagcatagtcacttggccttatttagctgcaaggg-aatacatctttaactgggtggcaagatgcccagctataaa
s panTro2.chr21  15495918 135 +  46489110 tttttaaagagacttcccaaaagtaccttgctacacttcagtttacatattattggcaagagcataatcacttggccttatttagctgcaagggaaatatatcttcaactgggtggcaagatgcccagctataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15053873 135 +  48394510 ttcttaaagagacttcccaaaagtaccttgctacacttcagtttacatattattggcaagagcatagtcacttggccttatttagctccaagggaaatatatctttaactgggtggcaagatgcccagctataaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926734 135 - 196418989 tttttaaagagactttccaagagtaccatgctacacttcagtttacatattattggcaagagcatagtcacttggccttatttagctgcaagggaaatatatctttaactgggtggcaagatgcccagctataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=410386.000000
s hg19.chr21     16775544 22 +  48129895 aatcagagttgttttactaaga
s panTro2.chr21  15496053 22 +  46489110 aatcagagttgttttactaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054008 22 +  48394510 attcagagttgttttactaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926869 22 - 196418989 aatcagagttgttttactaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=593306.000000
s hg19.chr21     16775566 40 +  48129895 gagagggTGTGTATGGGGAATAAAGTGGCATTTTCTTTTG
s panTro2.chr21  15496075 40 +  46489110 gagagggTGTGTATGGGGAATAAAGTGGCATTTTCTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054030 40 +  48394510 gagagggTGTCTATGGGGAATAAAGTGGCATTTTCTTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926891 40 - 196418989 gagagggTGTCTATGGGGAATAAAGTGGCATTTTCTTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=517070.000000
s hg19.chr21     16775606 67 +  48129895 TAGAGAGGAAATCAGTCTTTAATTTCTTATCAAAAGGAAAAATTTTTAAAAAGCAGCAATGAAGTTC
s panTro2.chr21  15496115 67 +  46489110 TAAAGAGGAAATCAGTCTTTAATTTCTTATCAAAAGGAAAAACTTTTAAAAAGCAGCAATGAAGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054070 67 +  48394510 TAAAGAGGAAATCAGTCTTTAATTTCTTATCAAAAGGAAAAATTTTTAAAAAGCAGGAATGAAGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926931 67 - 196418989 TAAAGAGGAAATCAGTCTTTAATTTCTTATCGAAAGGAAAAATTTTTTAAAAGCAGCAATGAAGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233783.000000
s hg19.chr21     16775673 23 +  48129895 ATTATAGACATGTCAGAAATGGA
s panTro2.chr21  15496182 23 +  46489110 ATTATAGACATGTCAGAAATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054137 23 +  48394510 ATTATAGACATGTCAGAAATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164926998 23 - 196418989 ATTATAGACATGTCAGAAACGGA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1309

a score=-20365.000000
s hg19.chr21     16775696 11 +  48129895 AATTTTTTTCA
s panTro2.chr21  15496205 11 +  46489110 AATTTTTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054160 11 +  48394510 ACTTTTTTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164928330  1 - 196418989 ----------A
i rheMac2.chr3  I 1309 C 0

a score=182007.000000
s hg19.chr21     16775707 27 +  48129895 ATCTGCACCATCACAGGGCCAAGATAA
s panTro2.chr21  15496216 27 +  46489110 ATCTGCACCATCACAGGGCCAAGATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054171 27 +  48394510 ATCTGCACCACCACTGAGCCAAGATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164928331 27 - 196418989 ATCTACACCTTCACAGGCCCAAGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=392922.000000
s hg19.chr21     16775734 31 +  48129895 AGTTTTTAGAATCTTCATTAAAATTTATACT
s rheMac2.chr3  164928358 31 - 196418989 AGTTTTTAGAATCTTCATTAAAATTTATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054198 31 +  48394510 AGTTTTTAGAATCTTCATTAAAATTTATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15496243 31 +  46489110 AGTTTTTAGAATCTTCATTAAAATTTATACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=418062.000000
s hg19.chr21     16775765 34 +  48129895 TCTGGGAGTCATAAGCGCCAGTTTCATTTCCAAC
s rheMac2.chr3  164928389 34 - 196418989 TCTAGGAGTTATAAGCACCAGTTTCATTTCCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054229 34 +  48394510 TCTAGGAGTCATAAGCACCAGGTTCATTTCTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15496274 34 +  46489110 TCTGGGAGTCATAAGCGCCAGTTTCATTTCCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1377629.000000
s hg19.chr21     16775799 126 +  48129895 GTGTGCAATATTATAAAGTGGACCTGAACAGGCTGTAAAGTGGTTAGGATGTCACTTGGGCCAAATGAAAGCTTTGAGCTTCTCCACATGGACAATGAAAATGAGAGGTGTTTAC-AAGAGACTTTT
s rheMac2.chr3  164928423 127 - 196418989 ATGTGCAGTATTAAAAACTGCACCTGAATAGGCTGTAAAGTGGTTAGTAGGTCACTTAGGCCAAATGAAAGCTCTGAGCTTCTCCACCTGGACAATGAAAATGAGAGGTGTTTACAAAGAGATGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054263 127 +  48394510 ATGTGCAATATTATCAAGTGGACCTGAATAGGCTGTAAAGTGGTTAGGAAGTCACTCAGGCCAAATGAAAGCTTTGAGCTTCTCCACATGGACAATGAAAATGAGAGGTATTTACAAAGAGATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15496308 126 +  46489110 ATGTGCAATATTGTAAGGTGGACCTGAATAGGCTGTAAAGTGGTTAGGATGTCACTTAGGCCAAATGAAAGCTTTGAGCTTCTCCACATGGACAATGAAAATGAGAGGTGTTTAC-AAGAGATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1036311.000000
s hg19.chr21     16775925 130 +  48129895 GGGTTTTGTTTGACCTTAGTGAAGGGGAGTATGCAACCAAGACCATCACACAGAGCCATCCACCCTG------CTTACAGTATTTTGTCTTGTTCTATGAGGATATATCCATGTCAAAATTTTGGCTCAGGTTATG
s panTro2.chr21  15496434 130 +  46489110 GGGTTTTGTTTGACCTTAGTGAAGGGGAGTATGCAACCAAGACCATCACACAGAGCCATCCACCCTG------CTTACAGTATTTTGTCTTGTTCTATGAGGATATATCCATGTCAAAATTTTGGCTCAGGTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054390 130 +  48394510 GGGTTTTGTTTGACCTTAGTGAAGCGGAGTATGCAACCAAGACCATCACACAGAGCCATCTACCCTG------CTTACAGTATTTTGTCTTGTTCTATGAGGCTATATCCATGTCAAAATTTTGGCTTAGTTTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164928550 136 - 196418989 GGGTTTTGTTTGACCTAAGTGAAGGGGAGTATGCAACCAAGACCGTCACACAGAGCCATCCACCCTGCTGCCCCTTACAGTATTGTGTCTTGTTCTATGAGGATATGTCCATGTCAAAATTTTCGCTTAGGTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=606142.000000
s hg19.chr21     16776055 72 +  48129895 TCCAGTTTTCTTAACCTCTTTCTTCTTCCTTAAGACCTTCTCTGGGGACTTTTCTTGACCTAAACAGGAAGG
s panTro2.chr21  15496564 72 +  46489110 TCCAGTTTTCTTAACCTCTTTCTTCTTCCTTAAGACCTTCTCTGGGGACTTTTCTTGACCTAAACAGGAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054520 72 +  48394510 TCCAGTTTTCTTATCCTCTTTCTTCTTCCTTAAGACCTTCTCTGGGGACTTTTCTTGACCAAATCAGGAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164928686 72 - 196418989 TCCAGTTTTCTTGTCCTCTTTCTTCTTCCTTAAAACCTTCTCTGGGGACTTTTCTTGAGCTAATCAGGAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=470064.000000
s hg19.chr21     16776127 50 +  48129895 CCTAGCAAGGTCTTTTGCAAAACTAAGGCAGTATTCAAGGTCTTCATATT
s panTro2.chr21  15496636 50 +  46489110 CCTAGCAAGGTCTTTTGCAAAACTAAGGCAGTATTCAAGGTCTTCATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054592 50 +  48394510 CCTAGCAAGGTCTTTTGCAAAACTAAGGCAATATTCAAGGTCTTCATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164928758 50 - 196418989 CCTAGCGAGGTCTTTTGCAAAACTAAGGCAATACTCAAGGTCTTCATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=64923.000000
s hg19.chr21     16776177 33 +  48129895 GTCATCTTTCCTTAAACATGATCACAAAttctt
s panTro2.chr21  15496686 19 +  46489110 GTCATCTTTCCTTAAACAT--------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054642 19 +  48394510 GTCATCTTTCCTTAAACAT--------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164928808 19 - 196418989 GTCATCTTTCCTTAAACAT--------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-38187.000000
s hg19.chr21     16776210 26 +  48129895 tttttttttttttttttgagacggag
e rheMac2.chr3  164928827  0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  15496705  0 +  46489110 C
e ponAbe2.chr21  15054661  0 +  48394510 C

a score=0.000000
s hg19.chr21     16776236 267 +  48129895 tctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgctaccacgccctgctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcgcc
e rheMac2.chr3  164928827   0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  15496705   0 +  46489110 C
e ponAbe2.chr21  15054661   0 +  48394510 C

a score=248463.000000
s hg19.chr21     16776503 54 +  48129895 cggccGATCACAAATTCTTAAGTGTGGCTTGTACACTCATCAGTTTTTTGCAGG
s rheMac2.chr3  164928827 48 - 196418989 -----GATCACAAATTCTTAAGTGTGGCTTGTACACTCATCAA-TTTTTGTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15054661 49 +  48394510 -----GATCACAAATTCTTAAGTGTGGCTTGTACACTCATCAGTTTTTTGTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15496705 49 +  46489110 -----GATCACAAATTCTTAAGTGTGGCTTGTACACTCATCAGTTTTTTGCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=336448.000000
s hg19.chr21     16776557 41 +  48129895 TAAGGGAATATTTTGATTTATTCTTCTACTAACATGACTTC
s panTro2.chr21  15496754 41 +  46489110 TAAGGGAATATTTTGATTTATTCTTCTACTAACATGACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164929120   0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  15054967   4 +  48394510 I

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1215314.000000
s hg19.chr21     16778510 133 +  48129895 aacataatatgtccaaaatccaactcatgacctgccccaccatgtctgctatccccatttctgcctcattccctgccattggtctggttgtagacccagaaaactggaaatctcccttgatatcctcctcttt
s panTro2.chr21  15498705 133 +  46489110 aacataatatgtccaaaatccaactcatgacctgccccaccatgtctgctatccccatttctgcctcattccctgccattggtctggttgtagacccagaaaactggaaatctcccttgatatcctcctcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15056343 133 +  48394510 aacataatatgtccaaaatccgactcatgacctgccctaccatgtctgctatccccatttctgcctcattccctgccattggtctggttgtagacccagaaaattggaaatctcccttgatatcctactcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164930505 133 - 196418989 aacatagtatgtccaaaatccaactcatgatctgccccaccatatctgctatccccatttctgcctcattccctaccattggtctggttgtacacccagaaaactggaaatctcccttgatgccctcctcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1116232.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15056476 97 +  48394510 cccattcctggtatttaagccatcatcaagttctttaatttgaacttcgaaactcttccggaatttatatactttcatcatttccataggtcaacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164930638 97 - 196418989 cccattcctggtgtttaagccatcatcaagttctttaatttgaacttcaaaacacttctggaatttatatactttcatcatttccataggccaacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=284044.000000
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s panTro2.chr21  15498935 63 +  46489110 taggcgaaggtggtcacctagacttctatagcattctgactttctctagccgtattttaaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15057327 73 +  48394510 TGTCATAAGATTAATAGTTCAAACGTGATGCCACATGCAAATAGCCTGATAAGATCTTACTTAATGAAAAGCA
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s rheMac2.chr3  164931494 73 - 196418989 TGTCATAAGATTAATAGTTCAAACGTGATGCCACATGCAAACAGCCTGATAAGATCTTACTTAATGAAAAGCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1495286.000000
s hg19.chr21     16779881 48 +  48129895 ATATTGCTGCTCAGTGTTTTAATTACTCATACTTATTGGTACTTCCGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16780122 44 +  48129895 ACTCCAGGCAGCCACACCAGGAGAATCCTTGACAGTGCTGTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15057955 44 +  48394510 GCTCCAGGCAGCCACACCAGGAGAAACCTTGACAGTGCTGTTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932122 44 - 196418989 GCTCCGGGCAGCAACACCAGGAGAATCCTTGACAATGCTGTTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200791.000000
s hg19.chr21     16780166 33 +  48129895 AATGAGTGCTTCATTTTGCAATCTCTGCCCAGT
s panTro2.chr21  15500360 33 +  46489110 AATGAGTGCTTCATTTTGCAATCTCTGCCCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15057999 33 +  48394510 AGTGAGTGCTTCATTTTGCAATCTCTGCCCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932166 33 - 196418989 AATGAGAGCTTCATTTTGCAATCTCTGCCCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=771425.000000
s hg19.chr21     16780199 78 +  48129895 CTACCCTAATCACAATGTAACACTCCTTCTTTGTGCTTTGCTGGCATTTAGTGCTTATCATTAGTATTCAGCTTTTCA
s panTro2.chr21  15500393 78 +  46489110 CTACCCTAATCACAATGTAACACTCCTTCTTTGTGCTTTGCTGGCATTTAGTGCTTATCATTAGTATTCAGCTTTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058032 78 +  48394510 CTACCCTAATCACAATGTAACACTCCTTCTTTGTGCTTTGCTGGCATTTAGTGCTTATCATTAGTATTCGGCTTTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932199 78 - 196418989 CTACCCCAATCACAATATAATACTCCTTCTTTGTGCTTTGCTAGCATTTAGTGCTTATCATTAGTATTCAGCTTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=421873.000000
s hg19.chr21     16780277 45 +  48129895 TATTTTATTCCAGTTAATCACATGTGTATGCATTTTTGTCTACtg
s panTro2.chr21  15500471 45 +  46489110 TATTTTATTCCAGTTAATCCCATGTGTATGCATTTTTGTCTACtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058110 45 +  48394510 TATTTTATTCCAGTTAATCAAATGTGTATGCATTTTTGTCTACtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932277 45 - 196418989 TCTTTTATTCCAGTTAATTTCATGTGTATGCATTTTTGCCTATtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153250.000000
s hg19.chr21     16780322 23 +  48129895 ttgtgggttgaagtgagttcccc
s rheMac2.chr3  164932322 23 - 196418989 ttttgggttgaagtgagttaccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058155 23 +  48394510 ttttgggttgaagtgagttcccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15500516 23 +  46489110 ttttgggttgaagtgagttcccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=126456.000000
s hg19.chr21     16780345 33 +  48129895 taaagttcatattttgggattaacccccagtac
s panTro2.chr21  15500539 33 +  46489110 taaagttcatattttgggattaacccccagtac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058178 33 +  48394510 taaagttcatattttgggattaacccccagtac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932345 33 - 196418989 taaagttcgtatgttgggattaacccccagtac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=521180.000000
s hg19.chr21     16780378 83 +  48129895 ctcagaatatgaccttatttggaaacagggatgttgcagatgtaattagttaagatgaggtcatactggtgtaaggtgggccc
s panTro2.chr21  15500572 82 +  46489110 ctcagaatatgaccttatttggaaacagggatgttgcagatgtaattagttaagatgaggtcatac-ggtgtaaggtgggccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058211 83 +  48394510 ctcagaatatgaccttatttggaaatagggatgttgcagatgtaattagttaagatgaggtaataccggtgtagggtgggccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932378 83 - 196418989 ctcagcatatgaccctatttggaaatagggatgttgcagatgtaattagttaagataaggtcatactggtgtagggtgggccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301214.000000
s hg19.chr21     16780461 85 +  48129895 tgaatggggaaatttggacacagatgctcatacagagaagacattgtgaagactcagggtgcagggagaacactgtctgcaagcc
s panTro2.chr21  15500654 85 +  46489110 tgaatggggaaatttggacacagatgctcgtacagagaagacattgtgaagactcagggtgcagggagaacactgtctgcaagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058294 85 +  48394510 tgaatggggaaatttggacacagacgctcatacagagaagacattgtgaagactcagggtgcagggagaacactgtctgcaagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932461 85 - 196418989 tgaatggggaaatttggacacagacgctcatactgagaagacatggtgaagattcagggtgcagggagaacaccgtctgcaagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-16729.000000
s hg19.chr21     16780546 41 +  48129895 agagagtgcctgaggctacaggcactgaggttatagcctga
s rheMac2.chr3  164932546 41 - 196418989 agagagtgcccgaggctacaggcactgagaccacagcctga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058379 41 +  48394510 agagagtgcctgaggctacaggcactgaggctacagcctga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15500739 41 +  46489110 agagagtgcctgaggctacaggcactgaggctatagcctga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=136166.000000
s hg19.chr21     16780587 48 +  48129895 gagtaccagaagctaca--agaggcctgcaacagattctccctcacagct
s rheMac2.chr3  164932587 50 - 196418989 gtgcaccagaagctacaagagaggcctggaacagattctccctcagagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058420 47 +  48394510 gagtaccag-agctaca--agaggcctggaacagattctccctcacagct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15500780 48 +  46489110 gagtaccagaagctaca--agaggcctgcaacagattctccctcacagct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=807113.000000
s hg19.chr21     16780635 131 +  48129895 tttagaagaaaccaacccaaccaacaccttgattttggtttcagactttaaaccatcgaaactatgagacaatacatttatgttgttctaagtcatgcatttggttacggcagccctaggaaaAAATAAAC
s rheMac2.chr3  164932637 131 - 196418989 tttagaagaaaccaacccaaccgacaccttgattttggtttcagacttttaactatcaaaactatgagacaatacatttatgttgttctaagtcatgcattttgttactgcagccctaggaaaAAATAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058467 131 +  48394510 tttagaagaaaccaacccaaccaacaccttgattttggtttcagactttaaaccatcaaaactatgagacaatacatttatgttgttctaagtcatgcattttgttattgcagccctaggaaaAAATAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15500828 131 +  46489110 tttagaagaaaccaacccaaccagcaccttgattttggtttcagactttaaaccatcgaaactatgagacaatacatttatgttgttctaagtcatgcatttggttacggcagccctaggaaaAAATAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1379483.000000
s hg19.chr21     16780766 106 +  48129895 ccactaaagtatagcttcctgataggcaaacatctcattttactcacctttgtgtacctgaaatagggtcaacataaggtggttggttactcaataaacgtttatg
s panTro2.chr21  15500959 106 +  46489110 CCACTAAAGGATAGCTTCCTTATAGGCAAACATCTCATTTTACTCACCTTTGTGTACCTGAAATAGGGTCAACATAAGGTGGTTGGTTATTCAATAAACGTTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058598 106 +  48394510 ccactaaactgtagcttccttataggcaaacatctcattttactcacctttgtgtacctgaaatagggtcaacataaggtggttgcttattcaataaatgtttatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932768 106 - 196418989 ccactaaagtttagcttcgttatgggcaaacatttcattttattcacctttgtgtacctgaaatagtgtcaacataagacggttggttactcaataaatgtttatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1155384.000000
s hg19.chr21     16780872 110 +  48129895 gaaCTTTATTATATGAGTGGTGAAGAATGAAGATGCAAAAAGTTAATTTGTTGGAGAGTAAGGAAGATGGTAAGATGATGTATTCTTCCATTGCTTGGAAAGATGGGTTA
s panTro2.chr21  15501065 110 +  46489110 GAACTTTATTATATGAGTGGTGAAGAATGAAGATGCAAAAAGTTAATTTGTTGGAGAGTAAGGAAGATGGTAAGATGATGTATTCTTCCATTGCTTGGAAAGATGGGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058704 110 +  48394510 gaaCTTTATTATATGAGTGGTAAAGGATGAAGATGCAAAAAGTTAATTTGTTGGAGAGTAAGGAAGATGGTAAGATGATGTACTCTTCCATTGCTTGGAAAGATGGGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932874 110 - 196418989 gaaCTTTATTATATGAGTGGTGAAGAATGAAGACCCAAAATGTTAATTTGTTGGAGAGTAAGGAAGATGGTAAGAAGATGTACTCTTCTATTGCTTGGAAAGATGCATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=74212.000000
s hg19.chr21     16780982 16 +  48129895 GGAGGAAATGATGACC
s panTro2.chr21  15501175 16 +  46489110 GGAGGAAATGATGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058814 16 +  48394510 GGAGGAGATGATGACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164932984 16 - 196418989 GGAGGAGATGATGACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305418.000000
s hg19.chr21     16780998 37 +  48129895 CAAAGAGTATATATTTTAGCAGGGATGGGCCAAGAAA
s panTro2.chr21  15501191 37 +  46489110 CAAAGAGTATATATTTTAGCAGGGATGGGCCAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058830 37 +  48394510 CAAGGAGTATATATTTTAGCAGGGATGGGCCAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933000 37 - 196418989 CAAGGAATATATATTTTAGCAGGAATGGGCCGAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=768684.000000
s hg19.chr21     16781035 105 +  48129895 GGTGGTTCAGATCTAAAGCCATAAGTAGCAAGCATTTATCTGAACATACCCCTATGGGGTGCTGGGAAACATGAGGAAGGCTGGCAAATGGGCTCAAAGACATCA
s panTro2.chr21  15501228 105 +  46489110 GGTGGTTCAGATCTAAAGCCATAAGTAGCAAGCATTTATCTGAACATACCCCTATGGGGTGCTGGGAAACATGAGGAAGGCTGGCAAATGGGCTCAAAGAAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058867 105 +  48394510 GGTGGTCCAGATCTAAAGCCATAAGTAGCAAGCATTTATCTGAATATACCCCTATGGGGTGCTGGGAAACATGAGGAAGGCTGGCAAATAGACTCAAAGGAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933037 105 - 196418989 GGTGGTCCAGATCTGAAGCCATAAGTAGCAAGCATTTATCTGAACATACCCCTACGGGGTTCTGGGAAACGCAAGGAAGGCTGGCAAACAGGCTCAAAGAAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206646.000000
s hg19.chr21     16781140 19 +  48129895 TACAAGACTGAGGGTTAGG
s panTro2.chr21  15501333 19 +  46489110 TACAAGACCGAGGGTTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058972 19 +  48394510 TGCAAGACTGAGGGTTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933142 19 - 196418989 TACAAGACTGAATGTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277929.000000
s hg19.chr21     16781159 22 +  48129895 ACCCAGTCTGCATTTACTTAGC
s panTro2.chr21  15501352 22 +  46489110 ACCCAGTCTGCATTTACTTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15058991 22 +  48394510 ACCCAGTCTGCATTTACTTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933161 22 - 196418989 ACCCAGTCTGCATTTACTTAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68377.000000
s hg19.chr21     16781181 15 +  48129895 CCACGTTACAATGGG
s panTro2.chr21  15501374 15 +  46489110 CCACGTTACAACGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059013 15 +  48394510 CCAGGTTACAGTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933183 15 - 196418989 CCAGGTTACAATGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=416376.000000
s hg19.chr21     16781196 28 +  48129895 ACAACAAACTCAAAAACACAGTGGAATG
s panTro2.chr21  15501389 28 +  46489110 ACAATAAACTCAAAAACACAGTGGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059028 28 +  48394510 ACAATAAACTCAAAAACACAGCGGAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933198 28 - 196418989 ACAATAAACTCAAAAACACAGTGGAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1243451.000000
s hg19.chr21     16781224 132 +  48129895 CCTTGAGGAAAAGC--TCAGTTCTTGCAAAAAACTGGAATGCAAATTACAAGCGGGACTATGGGACACAGAAAAAATTACTATCAAGCAACTGGAATTCCTCTGAAAGTCTCACATGTTTGAGACAAACAGGGA
s panTro2.chr21  15501417 132 +  46489110 CCTTGAGGAAAAGC--TCAGTTCTTGCAAAAAACTGGAATGCAAATTACAGGCAGGACTATGGGACACAGAAAAAATTACTATCAAGCAACTGGAATTCCTCTGAAACTCTCACATGTTTGAGACAAACAGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059056 131 +  48394510 CCTTGAGGGAATAC--TGAGTTCTTGC-AAAAACTGGAATGCAAATTACAGGCGGGACTATGGGACACAGAAAAAATTACTATCAAGCAACTGGAATTCCTCTGAAAGTCTCACATATTTGAGACAAACAGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933226 134 - 196418989 ACTTGAGGGAAAACAATGAGTTCTTGCAAAAAACTGCAATGCAAATTACAGGCAGGACTATGGGACACAGAAAAAATTACTATCAAGCAACTGAAATTCCTCTGAGAGTCTCACATATATGAGACAAACAGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214473.000000
s hg19.chr21     16781356 41 +  48129895 ATACCTAGGAATTGTACCTGAAATTAACAGCCCTGGTGCTA
s panTro2.chr21  15501549 41 +  46489110 ATACCTAGGAATTGTACCTGAAATTAACGGCCCTGGTGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059187 41 +  48394510 ATACCTAGGAATTGTACCTGAAATTAACAGCCCTGGTGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933360 41 - 196418989 ATACCTAGGAATTGTACCTGAAATTAACAGCCCTGGTGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=972089.000000
s hg19.chr21     16781397 80 +  48129895 AAGCCTTGGGGGACTGTTTAAGGACAGATCTGTCTCGAGATGGTCTTTAAAGAGTACTAGGTTTTATGTAGGATTATAGT
s panTro2.chr21  15501590 80 +  46489110 AAGCCTTGGGGGACTGTTTAAGGACAGATCTGTCTCGAGATGGTCTTTAAAGAGTACTAGTTTTTATGTAGGATTATAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059228 80 +  48394510 AAGCCTTGGGGGACTGTTGAAGGATAGATCTGTCTCGAGATGGTCTTTAAAGAGTACTAGTTTTTATGTAGGATTATAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933401 78 - 196418989 AAGCTTTGGGGGACTGTTAAAGGAGAGA--TGTCTCGAGATGGTCCTTAAAGAGGGCTCGTTTTTATGTAGGATTACAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=553245.000000
s hg19.chr21     16781477 52 +  48129895 ACACTTGGCTACAGTCTGGGATAAAGTAACCTGACACAGTACATCTATTTTT
s panTro2.chr21  15501670 52 +  46489110 ACACTTGGCTACAGTCTGGGATAAAGTAACCTGACACAGTACATCTATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059308 52 +  48394510 ACACTTGGTTACAGTCTGGGATAAAGTAACCTGACACAGTACATCTATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933479 52 - 196418989 ACACTTGGCTACTGTCTGGGATAAAGTAACCTGACACAGTACATCTATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1497063.000000
s hg19.chr21     16781529 78 +  48129895 GGTATCAGTTCACATCTAATTGAAGTGAATAACTACAACTGTAAACCAGTGACTGGCTCAAGCAGAAACTGCAAAGTG
s panTro2.chr21  15501722 78 +  46489110 GGTATCAGTTCACATCTAATTGAAGTGAAGAACTACAACTGTAAACCAGTGACTGGCTCAAGCAGAAACTGCAAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059360 78 +  48394510 GGTATCAGTTCACATCTAATTGAAGTGAATAACTACAACTGTAAACCAGTAACTGGCTCAAGCAGAAACTGCAAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164933531 78 - 196418989 GGTATCAGTTCACATCTAATTGAAGTGAATAACTACAATCGTAAACCAGTGACTGGCTCAAGCAGAAACCGCAAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=705098.000000
s hg19.chr21     16781607 46 +  48129895 GTTGCTGTTACTCTGCAAGCAGCTCATGAGGTTCTCTTCTAGGCCT
s panTro2.chr21  15501800 46 +  46489110 GTTGCTGTTACTCTGCAAGCAGCTCATGAGGTTCTCTTCTAGGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059438 46 +  48394510 GTTGCTGTTACTCTGCAAGCAGCTCATGAGGTTCTCTTCTAGGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=94294.000000
s hg19.chr21     16781653 12 +  48129895 ATACATTTGGCC
s panTro2.chr21  15501846 12 +  46489110 ATACATTTGGCC
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a score=344436.000000
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s panTro2.chr21  15501858 91 +  46489110 CACATTCCATTTTTTATGTTTGAATTAGTTGCCAAAAATCACCATTTGGAGGAGCATTGTTCAAGGTGTGGCTTCATTCCTCCATGACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15059496 91 +  48394510 CACATTCCATTTTTTACGTTTGAATTAGTTGCCAAAAATCACCATTTGGAGGAACATTGTTCAAGGTGTGGCTTCATTCCTCCATCACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15501949 85 +  46489110 GTCTTGGCCCATGCTGCCTGTTATGTTCCTGATCCTGAATTTAAAGGATGGCAGGGAGCAAAAAGATGAAACCCCTCTAGTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164934337 52 - 196418989 CTCGTGTGTGGTTTTCTGCAGTTGAATTCTGAAAAAGAACATGCTTCTCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     16782406 41 +  48129895 TTCTCCAACTTTTTTAAGCCAGGTGTAGGAACCTTTGATAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164934492 90 - 196418989 AAAACCTATGAGAGGGCACCACACACCTGCACTAGTCCTCCAAAAGTTCTATTACTAGTAGGCTGGCTGTCACCAGGTAGAAGGAAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  164934582 80 - 196418989 AGGGGGAAACAAAAGTCTCAACCACTTCCCAGGGATGGGAGAAGCTCCTAACCTCTCCATTGCTAATTCTCCTTTTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15502853 33 +  46489110 CTTTTTCACTCTAGAAACACTTGCCTCTCAGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15060493 33 +  48394510 CTTTTTCACTCTAGAAACACTTGCCTCTCAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164934662 33 - 196418989 CTTTTTCACTCTAGAAACACTTGCCTCCCAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16782692 20 +  48129895 ATCCCTCCATATCCCCACTT
s panTro2.chr21  15502886 20 +  46489110 ATCCCTCCATATCCCCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15060526 20 +  48394510 ATCCCTCCATATCCCCACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164934695 20 - 196418989 ATCCCTCCATATCCCCACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=269397.000000
s hg19.chr21     16782712 103 +  48129895 AGCACAACCTTTTCTAGGAAGCTGGGGTGGAGGTGAGCATGGCATCTGTGGAGTGTCAGGAAACTTCTGCTTTGGACCTTCCCATTATTATTATGCCTATAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164934715 103 - 196418989 AGCACAATCTCTTCCAGGAGGCTGGGGTGGAGGTGGGCACGGCATCTGTGGAGTGTCTGGAAACTTCTGCTTTGGACCTTCCCATTATTATTATGCCTGtaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16782815 61 +  48129895 aattttattaatataattttattataggcataatacaattttaaaaataattaaaCCTAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164934818 53 - 196418989 aattttattaa--------tattaaaggcataataaaaatttaaaaataattaaaCCTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36662.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15060710 67 +  48394510 AAAAGAGATAAAAGAGAGTCCTGGGTTGGGTGGACAGTCACACTGTTACAAGTAGAACAAAGAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164934871 65 - 196418989 AAAAGAGGTAAGAGAGAGTCCTGGGTTGGGTGGACAGTCACACTGTTACAAGTAGAAC--AGAGATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-32921.000000
s hg19.chr21     16782988 34 +  48129895 TCTTGAAATAATAACAACAAAAAAAACTCTATAT
s panTro2.chr21  15503182 34 +  46489110 TCTTGAAATAATAACAACAAAAAAAACTCTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=389426.000000
s hg19.chr21     16783022 47 +  48129895 CAGGAGGAACCAAAACCAATTAATTTCTCACAAATTTTTTCTGCtat
s panTro2.chr21  15503216 47 +  46489110 CAGGAGGAACCAAAACCAATTAATTTCTCACAAATTTTTTCTGCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=987541.000000
s hg19.chr21     16783069 78 +  48129895 atatagttgatataattagaatcataccatatatgcaattgtctattttttgttacattataactaagcatttttcaa
s panTro2.chr21  15503263 78 +  46489110 ATATAGTTGATATAATTAGAATCATACCATATATGCAATTGTCTATTTTTTGTTACATTATAACTAAGCATTTTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935061 77 - 196418989 ATATAGTTGATATAATTAGAATCATAGCATATCTGCAGTTCTCTA-TTTTTATTACATTATAGCTAAGCATTTTTCAA
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a score=744202.000000
s hg19.chr21     16783147 49 +  48129895 tgttgttaaaaactctaagcaaacgtaattaagagctgcagagtactcA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1287401.000000
s hg19.chr21     16783196 124 +  48129895 AGCATGAGTATGCATCTATGCACATAACATTAGAAAAGacatcataatatgggagtcaggagaagcagctatggaaccagactgtagaaattccaatcccagctctgcacttgtaactagcata
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061030 124 +  48394510 AGCATGAGTATGCATCTATGCACATAACATCAGAATAGGCATCataatatggcagtcaggagaagcagctatggaaccagactgtagagattccaatcccagctctgcacttgtaactagcata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935187 123 - 196418989 AGCATGAGTATGCATCTATGCACATAATATTAGAATAGGCATC-taatatgggagtcaggagaagcaactatggaaccagactgtagtgactccagtcccagttctgcacttgtaactagtata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=756036.000000
s hg19.chr21     16783320 95 +  48129895 atcttgatatggtaattaacctcatcgcgcctcagtatcttcatctgtaaaatgggcataataac---ctgcattcaggttcccatgaacactaaata
s panTro2.chr21  15503514 95 +  46489110 atcttgatatggtaattaacctcatcgtgcctcagtatcttcatctgtaaaatgggcataataac---ctgcattcaagttcccatgaacactaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061154 95 +  48394510 atcttgatatggtaattaacctcactgcgcctcagtatcttcatctgtaaaatgggcataataac---ctgcattcaggttcccatgaacactaaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935310 98 - 196418989 atctcaatacggtaattaacctcaccgcgcctcaatagcttcatctgtaaaatgagcataataacagtctgcattcaggttcccatgaacactaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=424365.000000
s hg19.chr21     16783415 36 +  48129895 agccaatctatgtaaagtcctgagaagagggactta
s panTro2.chr21  15503609 36 +  46489110 agccaatctatgtaaagtcttgagaagagggtctta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061249 36 +  48394510 agccaatctatgtaaagtcctgagaagaaggtctta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935408 36 - 196418989 agccaatctatgtaaagtcgtgaggaaagggtctta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=433968.000000
s hg19.chr21     16783451 54 +  48129895 cagagtGGACAAAAGGCTGACAATTATTTTAGTATATTGCTGTGCTGTGTGTTT
s panTro2.chr21  15503645 54 +  46489110 cagagtGGACAAAAGGCTGACAATTATTTTAGTATATTGCTGTGCTGTGTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061285 54 +  48394510 cagagtGGACAAAAGGCTGACAATTATTTTAGTATATTGCTGTGCTGTgtggtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935444 54 - 196418989 cacaGTGGATGAAAGACTGATAATTATTTTAGTATATTGCTGTGCTGTGTCGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=84038.000000
s hg19.chr21     16783505 21 +  48129895 aagactaggtactctagacag
s panTro2.chr21  15503699 21 +  46489110 aagactaggtactctagacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935498 21 - 196418989 AGGACTAGGTgctctagacag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209828.000000
s hg19.chr21     16783526 31 +  48129895 ccacccctctgtttgaatctgggctctgcgt
s panTro2.chr21  15503720 31 +  46489110 ccacccctctgtttgaatctgggctctgcgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935519 31 - 196418989 ccacccctctgtttgaatctgggctctgcgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=682697.000000
s hg19.chr21     16783557 49 +  48129895 tctatcatctgtgtgacctttgggaaattactcagcttctctgagtttc
s panTro2.chr21  15503751 49 +  46489110 tctatcatctgtgcgacctttgggaaattactcagcttctctgagtttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935550 49 - 196418989 tctatcatctatttgacctttgggaaattacttagcttctctgggtttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1797721.000000
s hg19.chr21     16783606 163 +  48129895 agttttctcattgatatggtagtacatttttgggggttgttgtgcagattaaatacaataccaaaaatgaacccctcagcaaaattcctggcaaaagtcttcaatatattatgacttaatctttccatatcccctgtgcctaacccatagcctt--------taagtgctc
s panTro2.chr21  15503800 163 +  46489110 agttttctcattgatatggtagtacattttggggggttgttgtgcagattaaatacaataccaaaaatgaacccctcagcaaaattcctggcaaaagtcttcaatatattatgactTAATCTTTCCATATCCCCTgtgcctaacccatagcctt--------taagtgctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061440 171 +  48394510 agttttctcactgatatggtagtacatttttgggggttgttgtgcagattaaatacaataccaaaaatgaacccctcagcaaaattcctggcaAAAGTCTTTAATATATTATGACTTAATCTTTccatatcccctgtgcctaacccatagccttctaaatagtaagtgctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935599 171 - 196418989 agttttctcattgatatggtagcacatttttggggattgttgtgcagattaaatacaataccaaaaatgaacccctcagcaaaattcctggcaaaagtcttcaatatattatgactTAATCTttccatatcccctgtgcctaaccgaaagccttctaaatagtaagtgctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331944.000000
s hg19.chr21     16783769 33 +  48129895 aaaaaatattagttgtatAGAGGTTTACTGATT
s panTro2.chr21  15503963 33 +  46489110 aaaaaatattagttgtATAGAGGTTTACTGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061611 33 +  48394510 aaaaaagattagttgtatAGAGGTTTAATGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935770 33 - 196418989 aaaaattatttgttgTATAGAGGTTCACTGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=335904.000000
s hg19.chr21     16783802 29 +  48129895 AAAAAGCTGAGTTGTAATGTACTAACGTG
s panTro2.chr21  15503996 29 +  46489110 AAAAAGCTGAGTTGTAATGTACTAACGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061644 29 +  48394510 AAAAAGCTGAGTTGTAATGTACTAATGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935803 29 - 196418989 AAAAAGCTGAGTCGTAATGTACTAATGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=382907.000000
s hg19.chr21     16783831 51 +  48129895 TTTATTAAAAGACCTTGAGAAATACACAAGGATTTAGTAATAGAAAATATC
s panTro2.chr21  15504025 51 +  46489110 TTTATTAAAAGACCTTGAGAAATACACAAGGATTTAGTAATAGAAAATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061673 51 +  48394510 TTTATTAAAAGAACTTGAGGAACACACAAGGATTTAGTAACAGAAAATATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164935832 51 - 196418989 TTTATTAAAAGACCTCAAGGAATACACAAGGATTTAGGAATGGACAATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=642750.000000
s hg19.chr21     16783882 85 +  48129895 CATGTGGAAGGAGATTGGGGAGAAGTAAGGGGAATTCACTTTTTCTGTCTTCAAAGTTTACAATGAAAAGAAATTTCACATTTTA
s panTro2.chr21  15504076 85 +  46489110 CATGTGGAAGGAGACTGGGGAGAAGTAAGGGGAATTCACTTTTTCTGTCTTCAAAGTTTACAATGAAAAGAAATTTCACATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 I 42
s ponAbe2.chr21  15061724 85 +  48394510 CATGTGGAAGGAGATTGGGGAGAAGTAAGGGGAAGTCACTTTTTCTCTATTCAAAGTTTAAAATGAAAAGAAATTTCACATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 42
s rheMac2.chr3  164935883 85 - 196418989 TATGTGGAAGGAGACTGGGGAGAAGTAAGGGGAATTCACTTTTTCTCTATTAAAAGTTTACAGCAAAAAGAAATTTCACatttta
i rheMac2.chr3  C 0 I 43

a score=440862.000000
s hg19.chr21     16783967 69 +  48129895 AAAAAAAAGAGGCAAGAGCAGGGTCCTGCAGATTCCTGAGATGGGTGGACAGTCACACTGCTACAAGTA
s panTro2.chr21  15504203 69 +  46489110 AAAAAAAAGAGGCAAGAGCAGGGTCCTGCAGATTCCTGAGATGGGTGGACAGTCACACTGCTACAAGTA
i panTro2.chr21 I 42 C 0
s ponAbe2.chr21  15061851 69 +  48394510 AAAAAAAAGAGGCAAGAGCAGGGTCCTGCAGATTCCTGAGTTGGGTGGACAGTCACACTGCTACAAGTA
i ponAbe2.chr21 I 42 C 0
s rheMac2.chr3  164936011 69 - 196418989 AAAAAAAAGAGGCAGCAGTAGGGTCCTGAAGATTCCTGAGTTGGGTGGACAGTCACACTGTTACAAGTA
i rheMac2.chr3  I 43 C 0

a score=683174.000000
s hg19.chr21     16784036 79 +  48129895 GAACAAAGGAAAAAGCCGAGTGGAACATGTATTCCAGATCTTTCCAACAGGCTTCAGATCTCACTTTCTTTTGACCTTC
s panTro2.chr21  15504272 78 +  46489110 GAACAAAGGAAAAAGCAGAGTGGAACATGTATTCCAGATCTTTCCAACAGGCTTCAGATCTCACTTT-TTTTGACCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061920 79 +  48394510 GAACAAAGGAAAAAGCAGAGTGGAACATGTATTCCAGATCTTTCCAACAGGCTTCAGATCTCACTTTCTTTTGACCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164936080 79 - 196418989 GAACAAAGGAAAAAGCAGAGTGGAACATGTATTCCAGATCTTTCAAACAGGCTCCAGATCTCATTTTCTTTTGACCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16784115 40 +  48129895 CCTTTGAGCTCAAATCAACAATCTACCAAGACAGAtgata
s panTro2.chr21  15504350 40 +  46489110 CCTTTGAGCTCAAATCAACAATCTACCAAGACAGAtgata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15061999 40 +  48394510 CCTTTGAGCTCAAATCAACAATCTACCAAGACAGAtgata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164936159 40 - 196418989 CCTTTGAGCTCAAATCAACAATCTACCAAGATAGAtgata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-133919.000000
s hg19.chr21     16784155 74 +  48129895 aggcttggctgcgtccccacccaaatctcatcttgaattgtagttctcataatcgccacatgttgcaggaggga
s panTro2.chr21  15504390 74 +  46489110 tggcttggctgcatccccacccaaatctcatcttgaattgtagttcccataatcgccacatgttgcaggaggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062039 74 +  48394510 tggcttggctgcgtccccatccaaatctcatcttgaattgtagttcccataatcgccaaatgttgtgggaggga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164936199 74 - 196418989 cggttttgccgtgtccccacccaagtctcatcttgaattgtagttcccataatttccacatgttgtgggaggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=61144.000000
s hg19.chr21     16784229 94 +  48129895 ccaggtggagataattgaatcacaggggtggtttctcccatcctgttctcccgatagtgagttagttctcatgagacctgatgattttataa-gg
s panTro2.chr21  15504464 94 +  46489110 ccaggtggagataattgaatcacaggggtggtttctcccatcctgttctcgtgatagtgagttagttctcatgagacctgatgattttataa-gg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062113 94 +  48394510 ccaggtggagataattgaatcatgggggtggtttctcccatcctgttctcgtgatagtgagtaagttctcatgagagctgatgattttctaa-gg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164936273 95 - 196418989 ccaggtggagatagttgaatcacaagggtggtttctcccatcctgttctcatgatagtaagttagttctcacgagatctgatgattttgtaaggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59252.000000
s hg19.chr21     16784323 57 +  48129895 ccttccccctttgctgggcactcattcttctccttcctgccatcatgtgaagaagga
s panTro2.chr21  15504558 57 +  46489110 ccttccccctttgctgggcagtcattcttctccttcctgccatcatgtgaagaagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062207 57 +  48394510 ccttccccctttgctgggcactcattcttctccttcctgccatcatgtgaagaagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164936368 57 - 196418989 gtttccccctttcctgggcactcattcttctccttcctgccatactgtgaagaagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137759.000000
s hg19.chr21     16784380 116 +  48129895 cgtgtttgcttccccttctgccatgattgtaagtttactgaggcctacccagccatgccaaactgtgagttaattaaacttctttccttcataaattacccactattgggtacgtc
s rheMac2.chr3  164936425 114 - 196418989 cgtgtttgcttccccttccaccatgattgtaagtttactgaggcctccccagccctgccaaactgt--gttaattaaacctctttccttcataaattaaccactattgggtatgtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062264 116 +  48394510 cgtgtttgcttccccttccaccatgattgtaagtttactgaggcctccccagccatgccaaactgtgagttaattaaacctctttccttcataaattacccactattgtgtatgtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15504615 116 +  46489110 cgtgtttgcttccccttccgccatgattgtaagtttactgaggcctccccagccatgccaaactgtgagttaattaaacctctttccttcataaattacccactattgggtacgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=59551.000000
s hg19.chr21     16784496 32 +  48129895 tttactagcagtgtgagaacagactaatacaA
s rheMac2.chr3  164936539 32 - 196418989 tttattagcagtgtgagaacagactaatacaA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062380 32 +  48394510 tttactagcagtgtgagaacagactaatacaA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15504731 32 +  46489110 tttactagcagtgtgagaacagactaatacaA
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a score=53349.000000
s hg19.chr21     16784528 44 +  48129895 CAGAATTGTGGTGTTTTCCCTGAATGAGTAGTTTTCATATATAT
s rheMac2.chr3  164936571 44 - 196418989 CAGAAGTGTGGTGTTTTCCCTGAATAAGTAGTTTTCatatatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062412 44 +  48394510 CAGAATTGTGTTGTTTTCCCTGAATGAGTAGTTTTCACATATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15504763 40 +  46489110 CAGAATTGTGGTGTTTTCCCTGAATGAGTAGTTTTCATAt----
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-15031.000000
s hg19.chr21     16784572  6 +  48129895 Atgt---------------------gt
s rheMac2.chr3  164936615 27 - 196418989 atatatatggaaatatatatatatagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062456  3 +  48394510 ATA------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e panTro2.chr21  15504803  0 +  46489110 C

a score=6729.000000
s hg19.chr21     16784578 19 +  48129895 gtgtgtgtgtgtg--------------------tgtgtg
s rheMac2.chr3  164936642 39 - 196418989 gtgtgtatatatgtatatatatgtatgtgtgtacatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062459  6 +  48394510 ---------------------------------TATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15504803 19 +  46489110 gtgtgtgtgtgtg--------------------tgtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2615721.000000
s hg19.chr21     16784597 291 +  48129895 tgtATTACCATTGTAATATATCCTATTGTAATACATTATATTAAAATCTTCTCTGTGTTGCAGTGAAGTGGT------AAAAAAAGCAGTTTGTGTTTGTATGGGAAAGAATTCGGCACAGTTGGCAAGATCATGAATTTCCCGGGACTTCATATTTCCCTGTGTGCAGATGGGTGTTGCTAACAACCCCACTCACACATGGACCTGGTGAAGAGGTGATTGGTGAGCTTTTCAGTAGACTCTCCTAGGTGGGTTAGGCCACTTCATCCAGCACTTTGGCAGCAGCTATTCACAGAT
s panTro2.chr21  15504822 291 +  46489110 tgtATTACCATTGTAATATATCCTATTGTAATATATTATATTAAAATCTTCTCTGTGTTGCAGTGAAGTGGT------AAAAAAAGCAGTTTGTGTTTGTATGGGAAAGAATTCAGCACAGTTGGCAAGATCATGAATTTCCTGGGACTTCATATTTCCCTGTGTGCAGATGGGTGTTGCTAACAACCCCACTCACTCATGGACCTGGTGAAGAGGTGATTGGTGAGCTTTTCAGTAGACTCTCTTAGGTGGGTTAGGCCACTTCATCCAGCATTTTGGCAGCAGCTATTCACAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062465 291 +  48394510 TATAAAACCATTGTAATATGTCCTATTGTAATATATTATATTAAAATCTTCTCTGTGTTTCAGTGAAGTGGT------AAAAAAGGCATTTTGTGTTTGTATGGGAAAGAATTCAGCACAGTTGGCAAGATCATGAATTTCCCGGGACTTCACATTTCCCTGTGTGCAGATAGATGTTGCTAACAACCCCACTCACACATGGACCTGGTGAAGAGGTGATTGGTGAGCTTTTCAGTAGACTCTCTTAGGTGGGTTAGGTCACTTCACCCAGCATTTTGGCAGCAGCTATTCACAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164936681 296 - 196418989 tataAAACCATTGTAATATATCCTATTGTAATATGTTATATTAAAATCTTCTCTGTGTTTCAGTGAAGTGGTAAAAAAAAAAAAAGCACTTTGTGTTTGTATGGGAAAGAATTCAGCATAATTGGCAAGATCATGAATTTCCCAGGACTTCATATTTCCCTGTGTGCAGATGGGTCTTGCTAA-AAACCCACTCACACATGGACCTGGAGAAGAGGTGATTGGTGAGCTTTTCAGTAGACTCTCTCAGGTGGGTTAGGCCACTTCATCCAGCATTTTGGCAGCAGCTATTCACAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=465256.000000
s hg19.chr21     16784888 52 +  48129895 GAGGGCACTGTGCTCAGAGTAAGGCATGATTTATAAAGAAGGGGCTGACCGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062756 52 +  48394510 GAGGGCACTGTGCTCAGAGTAAGGCATGATGTACAAAGAAGGGGTTGACCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1006145.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062808 101 +  48394510 TCATTCCACTTGTCAGATCACAGATGGAAAGCTCTGGCCATTGGGTCTGCTCACCTTTCTCCTGCCAGATCCCAGTTCAGATTAGCAGAGCAGTCAGCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15505266 41 +  46489110 TCTCTTGTGCATTACAGCTTACTTCCTTTTGTGAAGGAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062909 41 +  48394510 TCTCTTGTGCATTGCAGCTTACTTCCTTCTGTGAAGGAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937130 41 - 196418989 TCTCTTGTGCATTACAGCTTACTTCCTTCCGTGAAGGAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=680181.000000
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s panTro2.chr21  15505307 62 +  46489110 TGCCATTTGGCTGCAGATATATTCAAATTTGCAGGTCTCAGAGAAAGGAGAAAGCTCCAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15062950 62 +  48394510 TGCCATTTGGCTGCAGATATATTCAAATTTGCAGGTCTCAGAGAAAGGAGAAAGCTCCGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=488307.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063012 46 +  48394510 GCCAAGCT-GATAGAAAGATCTGTGTTCTTTGGTGGTGTCTTGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937233 47 - 196418989 GCCAAGCTAGATAGAAAGATCTGTGTTCTTTGGTGGTGTCTTGTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=178418.000000
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s panTro2.chr21  15505415 18 +  46489110 CCTGAGATTTCAGAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937280 18 - 196418989 CCTGAGATTTCAGAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=176990.000000
s hg19.chr21     16785208 37 +  48129895 ATGGTGTAAACTAGCTCAGATGCCACAGTATCAAATC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16785245 27 +  48129895 AGAAAGAAAGGAAAAGACTTGGGCCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063113 27 +  48394510 AGAAAGAAAGGAAAAGACTTGGGCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15505497 146 +  46489110 AAGGCCTTGTTTTGGgtggaaaaaagtccagacatcaagacaactttgattcaaatcctggcattgccatttaccagcagtttgactttggctttcttatcctggaaggacttcagcttcctcatctatcaaatagggataaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063140 146 +  48394510 AAGGTCTTGTTTTGGgtggaagaaagtccagacgtcaagacaactttgattcaaatcctggcattgccatttaccagcggtttgactttggctttcttatcctggaaggccttcagcttcctcatctatcaaatagggataaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937362 146 - 196418989 AAGGCCTTGTTCTGGgtggaaaaaaatccagaggtcaagacaactttaattcaaatcctggcattgccatttaccagcggtttgactttggctttctcatcctagaagacctttagcttcctcatctataaaatagggataaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=142351.000000
s hg19.chr21     16785418 72 +  48129895 tatctacctcagagaactttcaggggaaaataatggcataaattgctagcaTTTGATAGACATTCAACAATA
s panTro2.chr21  15505643 72 +  46489110 tatctacctcagagaactttcaggggaaaataatggcataaattgctagcaTTTGATAGACATTCAACAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063286 72 +  48394510 tatctacctcagagaactttcaggggaaaataatggcataaattgctagcatttgatagacattcaacaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937508 72 - 196418989 tatctacctcagagaactttcaggggaaaacaatggcataaagtgctagcaTTTGATAGACATTCAACAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=680835.000000
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s panTro2.chr21  15505715 107 +  46489110 ATAATAACAACTGTAATTACGAGTGGCTTTTATGTACATTCAGAGGATAGGGCCTACCCAGTGCCCACACCTTGGCAACCTGAGGTCTGCTAAATGTCAGCCAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063358 107 +  48394510 ataataataactgtaattatGAGTGGCTTTTATGTACATTCAGAGGATAGGGCCTACCCAGTGCCCGCGCCTTGGCAACTTGAGGTCTGCTAAATGTCAGCCAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937580 107 - 196418989 ATAATACCAACTGTAATTATGAGTGGCTTTTATGTACATTCAGAGGATAGGACATAGCCAGTGCCCCCACCTTGGCAACTTGAGGTCTGCTAAATGTCAGCCAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4275.000000
s hg19.chr21     16785597 58 +  48129895 GTTGATTTAGTAATAAATTTGAGATGGTGTTTCTTCACAGTATTACTCTTTTCtttct
s panTro2.chr21  15505822 58 +  46489110 GTTGATTTAGTAACAAATTTGAGATGGTGTTTCTTCACAGTATTACTCTTTTCtttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063465 58 +  48394510 GTTGATTTAGTAACAAATTTGAGATGGTGTTTCTTCACAGTATTACTCTTTTTTTTCt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937687 58 - 196418989 GTTGATTTAGTAACAAATTTGAGATAGTGTTTTTTCACAGTATTACTCtttttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16785655 72 +  48129895 ttctttc-----tttttttttttttttttgagacagggtctcactctgtcacccaggct-------ggagtgcagtggtgcaat
s panTro2.chr21  15505880 71 +  46489110 ttcttt------tttttttttttttttttgagacagggtctcactctgtcacccaggct-------ggagtgcagtggtgcaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063523 77 +  48394510 ttctttctttcttttttttttttttttttgagacagggtctcactctgtcacccaggct-------ggagtgcagtggtgcaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937745 73 - 196418989 t-----------tttttttttttttttttgagacaggttctcactctgtcacccaggctggaggacggagtgcagtggtgcagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=86610.000000
s hg19.chr21     16785727 98 +  48129895 tttggctcactgcaacctctacataacaggctcaagcgattctcctacctcagcctcccaagtagctaggaccacaggcacacaccaccacacctggc
s panTro2.chr21  15505951 98 +  46489110 tttggctcactgcaacctctacataccaggctcaagcgattctcctacctcagcctcgcaagtagctaggaccacaggcacacaccaccacacctggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063600 98 +  48394510 tttggctcactgcaacctctacgtaccaggctcaagcgattctcctacctcagcctcccaagtagctaggaccacaggtgcacaccaccacacctggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937818 98 - 196418989 tttggctcactgcaatctctacatctcaggctcaagcgattctcccacctcagcctcccaagtagctaggaccacaggtacacaccaccacacctggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=34933.000000
s hg19.chr21     16785825 21 +  48129895 taatttttggattttttgtag
s panTro2.chr21  15506049 21 +  46489110 taatttttggattttttgtag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063698 21 +  48394510 taatttttggattttttgtag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164937916 21 - 196418989 taatttttggattttttgtag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141625.000000
s hg19.chr21     16785846 87 +  48129895 agatggaggtttcaccatgttgcataggctgtccttgtactcccgagctctagtgatcctcccacctcggcctcccaaagtgctggg
s rheMac2.chr3  164937937 87 - 196418989 agatggaggtttcaccatgttgcacaagctgtccttgtactcctgagctctagtgattctcccacctaggcctcccaaagtgctggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063719 87 +  48394510 agatggaggtttcaccatgttgcacaggctgtccttgtactcctgagctctagtgatcctcccaccttggcctcccaaagtgctggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15506070 87 +  46489110 agatggaggtttcaccatgttgcacaggctgtccttgtactcctgagctctagtgatcctcccacctcggcctcccaaagtgctggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=478397.000000
s hg19.chr21     16785933 194 +  48129895 attacaggtgggagccatcAATTTTGTCTTCTACATTTTAATAGAAGGCATTTATGAATAGCTTTCTTATCAATTTAAACATTTTGAGT-AGGTCaaccccaaggagctattactccataccctttaggatggctataatcaaaatagcagaaaacgacaagtgttggtgagggtgtagagaaattggaaccctc
s panTro2.chr21  15506157 194 +  46489110 attacaggtgggagccatcAATTTTGTCTTCTACATTTTAATAGAAGGCATTTATGAATAGCTTTCTTATCAACTTAAACATTTTGAGT-AGGTCaaccccaaggagctattactccataccctttaggatggctataatcaaaatagcagaaaatgacaagtgttggtgagggtgtagagaaattggaaccctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15063806 194 +  48394510 attacaggtgggagccatcAATTTTGTCTTCTACATTTTAATAGAAAGCATTTATGAATAGCTTTCTTATAAATTTAAACATTTTGAGTAAGGTCAGccccagggagctattactccatactctttaggatggctataatcaaaatagcagaaaatga-aagtgttggtgagggtgtagagaatttgggaccctc
i ponAbe2.chr21 C 0 I 432
s rheMac2.chr3  164938024 194 - 196418989 attacaggcaggagccatcAATTTTGATTTCCACATTTTAATAGAAGGCATTTATGAATAGCTTTCTTATCAATTTAAACATTTTGAGT-AGGTCaaccccaaagagatattactccatagccattaggatggctataatcaaaatagcagaaaatgacaagtgttgatgagagtatagagaagttagaaccctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=949016.000000
s hg19.chr21     16786127 277 +  48129895 gtatattgctggtagaaatgtaaaagggggtagctgtcatggaaaatggtttggaagttcctcagaaagctacatatggaattaccacatgactcagcaagtcacttctacgtaaataaccaaaataattgaaaacagaggctcaaacaggtactcacatgctagtgtgtattgaagtactattcccaacagtcaaaaggtgggaacaaccctaatgtccatctacagatgaatagataaaatgttatatacatatgataaaatattatttagccat
s rheMac2.chr3  164938218 277 - 196418989 gtatattgctggtagaaatgtaaacaggggtagctgttatggaaaatggtttggaagtttctcagaaagctacatatggaattaccacatgacccagcaagtcactcctacgtaaataaccaaaataattgaaaacagaggctcaaacaggtaatcatatgctactgtgtattgaagtgctaatcccaataatcaaaaggtggtaacaaccctaatatccatctacagatgaataaacaaaacgttatatacatacaataaaatattattcagccgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15506351 277 +  46489110 gtatattgctggtagaaatgtaaaaaggggtagctgtcatggaaaatggtttggaagttcctcagaaagctacatatggaattaccacatgactcagcaagtcacttctacataaataaccaaaataattgaaaacagatgctcaaacaggtactcacatgctagtgtgtattgacgtactattcccaacagtcaaaaggtgggaacaaccctaatgtccatctacagatgaatagataaaatgttatatacatatgataaaatattatttagccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15064000 432 +  48394510 I

a score=1140667.000000
s hg19.chr21     16786404 157 +  48129895 aaaaaggaataaaattttgatacatgctacaacatggatgatacttgaagacattatgctaaatgaaattagtcagacacaaagtgacaactattgtatgattccactgatatgaaatctctagagtaggcagattcatagaaacagaaagtagatc
s panTro2.chr21  15506628 157 +  46489110 aaaaaggaataaaattttgatacatgctacaacatggatgaaccttgaagacattatgctaaatgaaattagtcagacacaaaatgacaactattgtacgattccactgatatgaaatctctagagtaggcagattcatagaaacagaaagtacatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15064432 157 +  48394510 aaaaaggaataaaattttgatacatgctacaacatggatgaaccttgaagacattattgtaaatgaaattagtcagacacaaaatgacaactattgtatgattccactgatatgaaatctctagagtaggcagattcatagaaacagaaagtacatc
i ponAbe2.chr21 I 432 C 0
s rheMac2.chr3  164938495 157 - 196418989 aaaaaggaatgaaattctgatacatgctacaacatggatgaaccttgaagacattatgctaagtgaaatcagttagacacaaaatgacaactattgtatgattccactgatatgaaatctcgagagtaggcagattcatagaaacagaaagtacatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=824400.000000
s hg19.chr21     16786561 172 +  48129895 agaggttaccaggggatgaggagagtggagaacagaaagttattgcttaatgaatacagagtttctgtttaggttgatgaaaatttttggaaatcgaaagttgtgagggttgcacaacattgtgaatgtaattaatgccacttaattgtcaacttaaaagtagttacagtgg
s panTro2.chr21  15506785 172 +  46489110 agaggttaccaggggatgaggagagtggagaacagaaagttattacttaatgaatacagagtttctgtttaggttgaggaaaatttttggaaatcgaaagttgtgagggttgcacaacattgtgaatgtaattaatgccacttaattgtcaatttaaaagtagttacagtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15064589 172 +  48394510 agaggttaccaggggatgaggagagtggagaacagaaagttattgcttaatgaatacagagtttctgtttaggttgacgaaaatttttggaaatcgaaagttctgagggttgcacaacattgtgaatgtaattaataccacttaattgtcaacttaaaaatagttacagtgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164938652 172 - 196418989 agaggttactaggggatggggagagtggagaacagaaagttattgcttcatgaatacagagtttctattcaggttgatgaaaatttttggaaatcgaaagtggtgagggttgtacaacattgtaaatgtaactaatgccactgaattctcaacgtaaaaatagttacagtgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155115.000000
s hg19.chr21     16786733 42 +  48129895 caaattttgttatatatgttttaccacaataaaaTGCTTTAC
s panTro2.chr21  15506957 42 +  46489110 caaattttgttatatatgttttaccacaataaaaTGAGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15064761 42 +  48394510 caaattttgttatatatgttttaccacaataaaaTGCTTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164938824 42 - 196418989 caaattttgttatgcacgttttaccacaataaaaTGCTTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35538.000000
s hg19.chr21     16786775 16 +  48129895 AAAGTAAATAAATATA
s rheMac2.chr3  164938866 15 - 196418989 AAAATAAATAAATGT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15064803 16 +  48394510 AAAGTAAATAAATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15506999 16 +  46489110 AAAGTAAATAAATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=11445.000000
s hg19.chr21     16786791 49 +  48129895 TGACCTCTTATTTTTAAAATGTTTTGAATAGTTACACATTCACATAGCT
s panTro2.chr21  15507015 49 +  46489110 TGACTTCTTATTTTTAAAATGttttgaatagttacacattcacctagct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15064819 49 +  48394510 TGACTTCTTATTTTTAAAATGTTTTGAATAGTTACATATTCACATAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164938881 49 - 196418989 TGACTTCTTATCTTTAAAATGttttgaatagttacactttcacattgct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184315.000000
s hg19.chr21     16786840 43 +  48129895 CAAAAATCAAAGCAGTATACATTGATAattcttactcttctct
s panTro2.chr21  15507064 43 +  46489110 caaaaatcaaagcagtatacattgagaattcttactcttctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15064868 43 +  48394510 CAAAAACCAAAGCAGTATACATTGAGAATTCTTACTCTTCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164938930 43 - 196418989 caaaaatcatagcagtatactttgagaattctcactcttctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=127743.000000
s hg19.chr21     16786883 39 +  48129895 ccaatctcatcagttttgttcctttcat-------cagttcccaca
s panTro2.chr21  15507107 39 +  46489110 ccaatctcatcagttttgttcctttcat-------cacttcccaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15064911 39 +  48394510 CCAATCTCATCAGTTTTGTTCCTTTTAT-------cacttcccaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=145026.000000
s hg19.chr21     16786922 23 +  48129895 ggtaacccctgttattagttttt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15507169 39 +  46489110 aatttatattttaagtatatctttatgcaaatagaaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164939040 39 - 196418989 aatgtatattttaagtatatctttatgcaaatagaaagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  I 308 I 1

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 112 C 0
s rheMac2.chr3  164939657 111 - 196418989 atgtgcagggtgtatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatgatcaagtcctaaga-tggaattgctgaaatccaagagcaattgcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16787403 4 +  48129895 tgtg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=799764.000000
s hg19.chr21     16787868 32 +  48129895 AATTTCCAAAGAGCCACCTGTGAAAATCTTCT
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a score=1532341.000000
s hg19.chr21     16787900 59 +  48129895 CAAGAAAGATGATCACCTGAGCTTGCAGATTTCATACTATATAGCTC-TACAGAGTCTTG
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a score=1655547.000000
s hg19.chr21     16787959 52 +  48129895 GGAGAAACCACAAAGCCATTCAATCATCCCCTTTGAGATGGGAATAAATAAC
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a score=2023357.000000
s hg19.chr21     16788011 59 +  48129895 AACAATGCCACATAAATAGCGTCAGTTGGCTGTGGGGGCAAGCTGTCATTTCCAGGAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=2329492.000000
s hg19.chr21     16788070 87 +  48129895 GGGATGTGGTTTTCTACCCAAGGGTGCAGCATATGATCATATTAAAAAATTCCAAAGATAGCAGAATTCAAATGTGTCATTTTTGTC
s rheMac2.chr3  164940511 84 - 196418989 GGGATGTGGTTTTCTACCCAAGGGTGCGGCATATG---ATATTAAAAAATTCCCAAGATAGCAGAATTCAAATGTGTCGTTTTTGTC
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s ponAbe2.chr21  15066202 87 +  48394510 GGGATGTGGTTTTCTACCCAAGGGTGCAGCATATGATCATATTAAAAAATTCCAAAGATAGCAGAATTCAAATGTGTCGTTTTTGTC
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s panTro2.chr21  15508293 87 +  46489110 GGGATGTGGTTTTCTACCCAAGGGTGCAGCATATGATCATATTAAAAAATTCCAAAGATAGCAGAATTCAAATGTGTCGTTTTTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=771031.000000
s hg19.chr21     16788157 20 +  48129895 ATTAAGCTGCCTGCAGGTGT
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s rheMac2.chr3  164940595 20 - 196418989 ATTAAGCTGCCTGCAGGTGT
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a score=1848794.000000
s hg19.chr21     16788177 78 +  48129895 TCCATTTAGATCAGATGACACATTTGCAAAAACCAGAAGGAAAAGAGTGGGCTTTTGCTTAATTCATTGAATCCCAGA
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s rheMac2.chr3  164940615 78 - 196418989 TCCATTTAGATCAGATGACACATTTGCAAAAACCAGAAGGAAAAGAGTGGGCTTTTGCTTAATTCATTGAATCCCAGA
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a score=1554344.000000
s hg19.chr21     16788255 73 +  48129895 AGAAAATGAACA-CTTTTTTTTTCCCATGACAAACTGGAATTTGCCTCAGATGAGCTTGACATATTGCCAGCCT
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s ponAbe2.chr21  15066387 74 +  48394510 AGAAAATGGACATTTTTTTTTTTCCCATGACAAACTGGAATTTGCCTCAGATGAGCTTGACATATTGCCAGCCT
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a score=1932903.000000
s hg19.chr21     16788328 74 +  48129895 GCGGTCTGACTTTGTCTGAGAACATCACTGCACTCCTCCAAAGTTGCCAGGATCAGAGGCCAAAAGGAAAAAGA
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s panTro2.chr21  15508624 120 +  46489110 ATGGGGCTTTTCTAAGGCTGCTGGATGATATCTTCCCCACAATCCATCCTGATGTGTCACTGCAAGTGTCCAGGGGACAAGGGTCAGAGAGAAAAACAAAAAGGGAGGCATTCTTGGGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15066535 120 +  48394510 ATGGGGCTTTTCTAAGGCTGCTGGATGATATCTTCCCCACAATCCATCCTGATGTGTCACTGCAAGTGTCCAGGGGACAAGGGTCAGAGAGAAAAACAAAAAGGGAGGCATTCTTGGACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164940839 120 - 196418989 ATGGGGCTTTTCTAAGGCTGCTGGATGATATCTTCCCCACAATCCATCCTGATGTGTCACTGCAAGTGTCCAGGGGACAAAGGTCAGAGAGAAAAACAAAAAGGGAGGCATTCTTGGGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15066691 68 +  48394510 ACATGATAGATTCGGGACACCTGTAACCAACCTGAGGTGGACCGGAATTTCTAAGTTTTTAACCAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4698439.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164941174 113 - 196418989 AAGTGCTGTCAGGAATAGCAACTTTCAAGTATCAGGTGCAATTTCTTGCTTTTGCATTTTATCTGAACCATTTTAACATTAAACAAGAAAACGATTAGTGATTTTAAGTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15509087 110 +  46489110 GAGATAAATTGAACTGACCTAAAGGAATTCTTAAA--------ACACACACACGCACACACACTCTCTCAACTGTTAAAGTCAGAAAACAAAAATAACACCCTTCTATATACACTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164941537 81 - 196418989 CCAAGACAGTCACTTTTCTTTCCTAGTACATTTTGATGAATTAGGAAAGCCCTCAGAGACCAGAGACACTTTCCTTGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15067362 132 +  48394510 ACTAAGTAAACAAATAAAAATATGCAACATAGACTTAAGAGACAATAGTAATGTGTATTGAGAAACATAGTTTT----ATATAGTTGTTCCTTCTTCCCAAGATTCTTTATTAATATCACCAATAGTTAT---TAGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15067494 56 +  48394510 ACACTTTCAGAGCTAGAAAGTTGCCAGAAACATTTCTAATTGACTACTGTTATAAT
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s rheMac2.chr3  164941788 56 - 196418989 ACACTTTCAGAGCTAGAAAGCTGCCAGAACCATTTCTAACTAACTGCTGTTATAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15067550 119 +  48394510 TAATATTTTGAAATGCTGAGACATTTGCTAGGGTGGACAGCTCCTTCAAAA-CCCAGCC-CTATCTGAC-AAAGAGCCTAGGCTCAAATAAGAATTAAATAGAAGTTGGAAGTAAGGTGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164941844 120 - 196418989 TAACACTTTGAAATGCTGAGACATTTGCTAGGGTGGACAGCTCCGTCAAAA-CCCAGCC-CTATCTCAAGAAAGAGCCTAGGCTCAAATAAGAATTAAATAGAAGTTGGAAGTAAGGTGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=703765.000000
s hg19.chr21     16789532 71 +  48129895 CACAGTGGAATTTTTTTAGGATGGATATAGTTTTCAATAACCTTAATTTGGAATTTTTCCTTTGGGATAAT
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s ponAbe2.chr21  15067669 71 +  48394510 CACAGTGGAATTTTTTTACGATGGATATAGTTTTCAATAACCTTAATTTGGAATTTTTCCTTTGGGATAAT
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s rheMac2.chr3  164941964 70 - 196418989 CACAGTGGAA-TTTTTTAGGATGGATATCGTTTTCTATAACTTTAATTTGGAATTTTTCCTTTGGGATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137553.000000
s hg19.chr21     16789603 26 +  48129895 GACTTTGAGTCTATAGAAATATTGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164942034 26 - 196418989 GACTTTGATTTTGTAGAAATATTGTA
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a score=665019.000000
s hg19.chr21     16789629 75 +  48129895 TGCATTATAGACGAATTGATTTTTTAACTAAATTCTGAAAGGCTTAAGTAAAATGATTTGATGATCAAGTCAGAT
s panTro2.chr21  15509851 75 +  46489110 TGCATTATAGACGAATTGATTTTTTAACTAAATTTTGAAAGGCTTAAGTAAAATGATTTGATGATCAAGTCAGAT
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a score=527581.000000
s hg19.chr21     16789704 60 +  48129895 GCATTTCTAAGGAAGTGAGGATCACATTAGACAGAAAGTTTGGGTTTGGTGTATAATAAT
s panTro2.chr21  15509926 60 +  46489110 GCATTTCTAAGGAAGTGAGGATCACATTAGACAGAAAGTTTGGGTTTGGTGTATAATAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-90755.000000
s hg19.chr21     16789764 22 +  48129895 TGAAATAAAGACTCTGATAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=108877.000000
s hg19.chr21     16789786 48 +  48129895 TGTATCAATGTCTTGTGTTTAATGATCTCAGGAAGTAGGAATGATATT
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s ponAbe2.chr21  15067922 48 +  48394510 TGTATCAGTGTCTTGTGTTTAATGATATCAGGAAGTAGGAATGATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=639171.000000
s hg19.chr21     16789834 68 +  48129895 AGCAGGCAATGTAACACTAGCATAGAGCACTGAAGACAAGATTAAATCTGACTTCATGTAGGTGAACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=538388.000000
s hg19.chr21     16789902 78 +  48129895 AAAAACATATGGAAAGCAAAAAGCTGAGTACAAGGATAAAGGAAAGAATATGAAGGAATAAACCTCAATAGAAATTGG
s panTro2.chr21  15510124 78 +  46489110 AAAAACACATGGAAAGCAAAAAGCTGAGTACAAGGATAAAGGAAAGAATATGAAGGAATAAACCTCAATAGAAATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=434855.000000
s hg19.chr21     16789980 50 +  48129895 TTTAATTTAATTTGGGAAAAATCTGCTTCATAATAGGGAAATAAGTGGGA
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a score=158594.000000
s hg19.chr21     16790030 38 +  48129895 CCAAGGAAGAATATATTTCCCAATCATCTGACATCATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15510290 62 +  46489110 ATCTTTCGCAGCCTAATATCTATGCTGAATTCATGTATTGATTTAGATCATACAATTTAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15068202 62 +  48394510 ATCTTTCTCAGCCTAATATCTATGCTGAATTCATGTATTGATTTAGATCATACAATTTAGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1099968.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164942919 117 - 196418989 TTATTGTAAGTGTAGCTCCCTTTCTAGGACTTGTGTCATCTTTCTCTGCCATGAGGAAGGCAGCTTTAGTGACTGACTCCTGTCACTTTTAAATTTCTAAAACTTGTGTCTGGCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15511295 72 +  46489110 aagataccattttttgct--ataattttgccttatctattttagttctgtcctcaagagcaaacacagaatTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15511367 25 +  46489110 TGGCATAAGATTGTCTCAGAACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=805648.000000
s hg19.chr21     16791165 65 +  48129895 CTGCTGTGTAAAGGTGGCTGAGTAGTCAGCTGGGAGAAAATGGCAGGAATGGGAAGAAGTGACTT
s rheMac2.chr3  164943642 63 - 196418989 CTGCTGTGTAAAGGTGGCTGGGTAGTCAGCTGGGAGAAAATGGCAGGAATGCGAAGAGGT--CTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15511457 100 +  46489110 TAACTGAATCCAGGGGAAAATAATGGCCAAGAATCAGAATCAGATGCAAACACAGATATGGCAAAGACTATCCATTTGCAAGCAGGAATTAGGGATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=256554.000000
s hg19.chr21     16791330 30 +  48129895 GGAAGATTAATTTTTTGTGAGTATGTTTGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=292325.000000
s hg19.chr21     16791360 32 +  48129895 ATGTATTAATGGACTGCTTAGTTCAGTGTCAA
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a score=252748.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=278924.000000
s hg19.chr21     16791526 61 +  48129895 AAAAAGTTAAAAACAAATCAGTTAAAATATTTTATATGGCAATGTTTCTTTAGGCATTTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=676707.000000
s hg19.chr21     16791587 93 +  48129895 TGAATAATCACATCTTCCTCTAACAAAAATTAAAAAAGGAGCTTAAGGGGGCTGACCTGGACATAATGGTGGGGTGTGAGTGACAGTCAGCAT
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a score=418981.000000
s hg19.chr21     16791680 54 +  48129895 TCTGGAAAGCCAAAACATTTAGGGAAACAGCCCTGCTGTGATCCCAAGAGTATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15069813 54 +  48394510 TCTAGAAAGCCAAAACATTTAGGGAAACAGCCCTGCTGGGATCCCAAGAGTATA
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a score=455063.000000
s hg19.chr21     16791734 50 +  48129895 GCAGGCGGTTGAGGTTAAAAACCAATTAATGAGGTTCAAATGGAGTGCTA
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a score=606500.000000
s hg19.chr21     16791784 83 +  48129895 AATAGCAAGAGGAT--TTAAAGCCAAATTTGGGGAGCTGGAACAGCCAGAAGATTGAGGAGCTGGAAATAACAGGTCAGGTGGCA
s panTro2.chr21  15512011 83 +  46489110 AATAGCAAGAGGAT--TTAAAGCCAAATTTGGGGAGCTGGAACAGCCAGAAGATTGAGGAGCTGGAAATAACAGGTCAGGTGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15069917 83 +  48394510 AATAGCAAGAGGAT--TTAAAGCCAAATTCAGGGAGCTGGAACAGCCAGAAGATTGAGGAGCTGGAAATAACAGGTCAGGTGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944259 85 - 196418989 AATAGCAAGAGGATTATTAAAGCCAAATTTGGGGAGCTGGAACAGCCAGAAGATTGAGGAGCTGGAAATAACAGGTCAGGTGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=275619.000000
s hg19.chr21     16791867 21 +  48129895 AAGCCTGAGAGTGTTAGGCAA
s panTro2.chr21  15512094 21 +  46489110 AAGCCTGAGAGTGTTAGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070000 21 +  48394510 AAGCCTGAGAGTGTTAGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944344 21 - 196418989 AAGCCTGAAAGTGTCAGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151326.000000
s hg19.chr21     16791888 18 +  48129895 ATATTTGAGATGAGTTCG
s panTro2.chr21  15512115 18 +  46489110 ATATTTGAGATGAGTTCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070021 18 +  48394510 ATATTTGAGATGAGTTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944365 18 - 196418989 ATATTCGAGAGGAGTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=490754.000000
s hg19.chr21     16791906 45 +  48129895 TTATTTATAATTTGATTCCATGCTCTTTGCACCATGATGTGTGAG
s panTro2.chr21  15512133 45 +  46489110 ATATTTATAATTTGATTCCATGCTCTTTGCACCATGATGTGTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070039 45 +  48394510 ATATTTATAATTTGATTCCATGCTCTTTGCACCATGATGTGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944383 45 - 196418989 ATATTTATAGTTTGATTCCATGCTCTTCGCACCATGATGTGTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=98949.000000
s hg19.chr21     16791951 38 +  48129895 TGAACCAGTTAGATTTAAAGGGCTGTGGATGGAGCTCA
s rheMac2.chr3  164944428 38 - 196418989 CGAACCACTTAGATTTAAAGGGCTGGGGATGGAGCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070084 38 +  48394510 TGAACCAGTTAGATTTAAAGGGCTCGGGATGGAGCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15512178 38 +  46489110 TGAACCAGTTAGATTTAAAGGGCTGTGGATGGAGCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=922926.000000
s hg19.chr21     16791989 80 +  48129895 GTGATGAACTGGCTTCACTGGGTCATTTCATTCACCTGTGGCTTGAAGTTATAGGGACAGAAAATGTGTAAAATTGGAGG
s panTro2.chr21  15512216 79 +  46489110 GTGATGAACTGGCTTCACTGGGTCATTTCATTTACCTGTGGCTTGAAGTTATAGGGACAGAAAATGTGTAAAATTGGAG-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070122 79 +  48394510 ATGATGAACTGGCTTTACTGGGTCATTTCATTCACCTGTGGCTTGAAGTTATAGGGACAGAAAATGTGTAGAATTGGAG-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944466 79 - 196418989 ATGATGAACTGGCTTCACCAGGTCATTTCATTCACCTGCAGCTTGAAGTTACAGGGACAGAAAACGTGAAACATTGGAG-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=555250.000000
s hg19.chr21     16792069 87 +  48129895 GAGTAACCCCATTGT-------------CCTTGATATATATGATGCTTTCCTGGTTGGTTGCTCCTACTTGGTGAAGACATAAAATGCCTTGAAACCTGA
s panTro2.chr21  15512295 84 +  46489110 ---TAACCCCATTGT-------------CCTTGATATATATGATGCTTTCTTGGTTGGTTGCTCCTACTTGGTGAAGACATAAAATGCCTTGAAACCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070201 84 +  48394510 ---TAACCCCATTGT-------------CCTTGATATACATGATGCTTTCCTGGTTGGCTGCTCCTACTTGGTGAAGACATAAAATGCCTTGAAACCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944545 97 - 196418989 ---TAACCCCATTGTCCTGGGTATTCCCCCTTGATATGTATGACGCTTTCCTGGTTGGCTGCTGCTACTTGATGAAGACACAAAATGCCCTGAAACCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=620547.000000
s hg19.chr21     16792156 62 +  48129895 TCTAATCCCTCAAAGTCTGAATTTCTAGGTCTGCTTCAGCTCTCGTAAGAAGCAGCAGTCTA
s panTro2.chr21  15512379 62 +  46489110 TCTAATCCCTCAAAGTCGGAATTTCTAGGTCTGCTTCAGCTCTCATAAGAAGCAGCAGTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070285 62 +  48394510 TCTAAACCCTCAAAGTCTGAATTTCTAGGTCTGCTTCAGCTCTCATAAGAAGCAGCAGTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944642 62 - 196418989 TCTAATCCCTCGGAGTCTCAATTTCTAGGTCTGCTTCAGCTCTCATAGGAAGCAGCAGTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=977886.000000
s hg19.chr21     16792218 94 +  48129895 GGTGGCCAAAAGTAGTCTTGATCATTAAAAGTCCAGCTCTAACATTAGTCAACTGACTTTCCCCAGTATTATTTCCTGAAGACATCAATCCTGG
s panTro2.chr21  15512441 94 +  46489110 GGTGGCCAAAAGTAGTCTTGATCATTAAAAGTCCAGCTCTAACATTAGTCAACTGACTTTCCCCAGTATTATTTCCTGAAGACATCAATCCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070347 94 +  48394510 GGTGGCCAAAAGTAGTCTTGATCATTAAAAGTCCAGCTCTAACATTAGTCAACTGACTTTCCCCAGTATTATTTCCTGAAGACATCAGTACTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944704 94 - 196418989 GGTGGCCCAAAGTAGTCTTGATCATTAAAAGTCCAGCTCTAACATTAGTCAATTGACTTTCCCCAGTACTGTTGCCGGAAGACATCAATGCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1653172.000000
s hg19.chr21     16792312 148 +  48129895 AAAGGGATTCCCTACTTCCTTTAAAATGAGAAGCCTTTGT-------TTATGTAAGGTAGAGTAC-ACTGGCACCACAGTAAATATCAACCCAGTTTTTAAATGCCAGAAGTTTACAGATGTGACTGGGACTGGGGAAGCACTTCCCTTTCCCAAG
s panTro2.chr21  15512535 149 +  46489110 AAAGGGATTCCCTACTTCCTTTAAAATGAGAAGCCTTTGT-------TCATGTAAGGTAGAGTGTGACTGGCACCACAGTAAATATCAACCCAGTTTTTAAATGCCAGAAGTTTACAGATGTGACTGGGACTGGGGAAGCACTTCCCTTTCCCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070441 155 +  48394510 AAAGGGATTCCCTACTTCCTTTAAAATGAGAAGCCTTTGTGTCTCTATTATGTAAGGTAGAGTAG-ACTGGCACCACAGTAAATATCAACCCAGTTTTTAAATGCCAGGAGTTTACAGATGTGACTGGGACTGGGGAAGCACTTCCCTTCCCCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944798 155 - 196418989 AAAGGGATTCCCTGCCTCCTGTAAAATGAGAAGCCTTGGTGTCTCTATTATGTAAGGTAGAGTAG-ACTGGCACCACAGTAAATATCAACCCAGTTTTTAAATGCCAGAAGTTTACAGATGTGACTGGGACTGGGCAAGCACTTCCCTTTCCCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=413910.000000
s hg19.chr21     16792460 40 +  48129895 GAGATTGTTTCTATCATCAAGGTAGAAAAATGAAGAACAA
s panTro2.chr21  15512684 40 +  46489110 GAGATTGTTTCTATCATCAAGGTAGAAAAATGAAGAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070596 40 +  48394510 GAGATTGTTTCTATCATCAGGGTAGAAAAATGAAGAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944953 39 - 196418989 GAGATCTTTTCTACCATCAAGGTAG-AAAATGAAGAACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=841518.000000
s hg19.chr21     16792500 88 +  48129895 GTTAGGAGTAATCAACAGTGGACCCCAAAAATTACTGCATATTTCTAATCATCTTCAGGGACATTTCACCAATATTTAGTCCAGTATT
s panTro2.chr21  15512724 88 +  46489110 GTTAGGAGTAATCAACAGTGGACCCCAAAAATTACTGCATATTTCTAATCATCTTCAGGGACATTTCACCAACATTTAGTCCAGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070636 88 +  48394510 GTTAGGAGTAATCAACAGTGGACCCCAAAAATTACTGCACATTTCTAATCATCTTCAGGGACATTTCACCAATCTTTAGTCCAGCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164944992 88 - 196418989 GTTAGGAGTAATCAACAGTGGACCCCCAAAATGACGGCCTATCTCTAATCATCTTGAGGGATATTTCACGAATATTTAGTCCAGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=685452.000000
s hg19.chr21     16792588 53 +  48129895 ATGCCCTTGTGTTGGCAGGACAAAATATGGCCTAGGAATTCCATTCAGGTTCT
s panTro2.chr21  15512812 53 +  46489110 ATGCCCTTGTGTTGGCAGGACAAAATATGGCCTAGGAATTCCATTCAGGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070724 53 +  48394510 ATGCCCTTGTGTTGGCAAGACAAAATATGGCCTAGGAATTCCATTCAGGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945080 53 - 196418989 ATTCCCCTGTGTTGGCAGGACAAAATCTGGCCTAGGAATTCCATTCAGGCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=319168.000000
s hg19.chr21     16792641 23 +  48129895 TAAACACACATTTCTTAGGACTG
s panTro2.chr21  15512865 23 +  46489110 TAAACACACATTTCTTAGGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070777 23 +  48394510 TAAACACACATTTCTTAGGACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945133 23 - 196418989 TAAACACACATTTCTTAGGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4324939.000000
s hg19.chr21     16792664 183 +  48129895 GGTCTGGGGTGATGCTCTTGCTTGTGTCTGAGGTTCTTGTAAGGCTAGATTCATTAAACAGATCAGGATTTTTGTCTAGACAAGTGATGATGAGCCCTTGCTCTAAGGCACCTTGCAGGAGGAAGGACACCAGCCTAATGGCATTCAGAGTTGTTAAGGGATGTCTGGGTGTCTGCCTGCCTT
s panTro2.chr21  15512888 183 +  46489110 GTTCTGGGGTGACGCTCTTGCTTGTGTCTGAGGTTCTTGTAAGGCTAGATTCATTAAACAGATCAGGATTTTTGTCTAGACAAGTGATGATGAGCCCTTGCTCTAAGGCACCTTGCAGGAAGAAGGACACCAGCCTAATGGCATTCAGAGTTGTTAAGGGATGTCTGGGTGTCTGCCTGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070800 183 +  48394510 GTCCTGGGGTGATACTCTTGCTTGTGTCTGAGGTTCTTGTAAGGCTAAATTCATCAAACAGATCAGGATTTTTGTCTAGACAAGTGATGATTAGCCCTTGCTCTAAGGCACCTTGCAGGAGGAAGGACACCAGCCTAATGGCATTCAGAGTTGTTAAGGGATGTCTGGGTGTCTGCCTGCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945156 182 - 196418989 GTCCTGGGGTGATGCTC-TGCTTGTATCTGAGGTTCTCGTAAGGCTAGATTCATTAAACAGATCAGGATTTTTGTCTAGACAATTGATGATGAGCCCTCCCTCTAAGGCACCTTGCAGGAGGAAGGACACCAGCCTAATGGCATTCAGAGTTGTTAAGGGATGTCTGGGTGTCTGCCTGCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2884066.000000
s hg19.chr21     16792847 129 +  48129895 CCATCTGATGCCCTTTCAGATCCAGACAAGGTTGTAGGTGCCCCGAATACCCAATAATTCATTCACCAGAGAAGCAAGAAGAGGCCATAGCACCTGGATAATGAGTCTTGCTTAGCTTGGTCTAAGGGA
s panTro2.chr21  15513071 129 +  46489110 CCATCTGATGCCCTTTCAGATCCAGACAAGGTTGTAGGTGCCCCGAATACCCAATAATTCATTCACCAGAGAAGCAAGAAGAGGCCATAGCACCTGGATAATAAGTCTTGCTTATCTTGGTCTAAGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15070983 129 +  48394510 CCATTTGATGCCGTTTCAGATCCAGACAAGGTTGTAGGTGCCCTGAATACCCAATAATTCATTCACCAGAGAAGCAAGAAGAGGCCATAGCACCTGGATAATGAGTCTTGCTTAGCTTGGTCTAAGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945338 123 - 196418989 CCATGAGATGCCCTTTCAGATCCAGACAAGGTTGTAGGTGCCCCGAATATCCAATAATTCATTCACCAGAGAAGCAAGAAGAGGCCATAGCACCTGGATAATGAGTCTTGCTTTG------CTAAGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1746468.000000
s hg19.chr21     16792976 119 +  48129895 ATGGGGAAGATAG--GAAGAAGAAAAGTTCTCCTTCAGGAA-GGTAATGATTTTTGTGGGGAAATCGTAACCAGTACCATGTGGCCC-AGGCAGGGTCCAAAGATGGTTAGTCTGAGTGTGGC
s panTro2.chr21  15513200 120 +  46489110 ATGGGGAAGATAG--GAAGAAGAAAAGTTCTCCTTCAGGAA-GGTAATGATTTTTGTGGGGAAATTGTAACTAGTACCATGTGGCCCCAGGCAGGGTCAAAAGATGGTTAGTCTGAGTGTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071112 123 +  48394510 ATGGGGAAGATAGGAGAGGAGGCAAAGTTCTCCTTCAGGAAGGGTAATGATTTTTGTGGGGAAATCGTAACTAGTACCATGTGGCCCCAGGCAGGGTCCAAAGACGGTTAGTCTGAGTGTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945461 123 - 196418989 ATGGGGAAGATAGGAGAGGAGGCAAAGTTCTCCTTCAGGAAGGGTAATGATTTTTGTGTGGAAATCGTAACCAGTACCATGTGGCTCCAGGCTGAGTCTAAAGATGGTTAGTCTGAGTGTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1529949.000000
s hg19.chr21     16793095 146 +  48129895 AGTCTGGGCTCAGGTCACTGAGGGAGGATGGCTGCTTTGAAGCAGTGGGGCTTGTGTGTAACCGGTGCATAGATGGCTGATGGCAGAGGTGAGGAATGACTTTGGGGTGAGCAGAGAGAAAGCATCTGAAAGGTGGAGGAGCATCC
s panTro2.chr21  15513320 146 +  46489110 AGTCTGGGCTCAGGTCACTGAGGGAGGATGGCTGCTTTGAAGCAGTGGGGCTTGTGTGTAACCGGTGCATAGATGGCTGATGGCAGAGGTGAGGAATGACTTTGGGGTGAGCAGAGAGAAAGCATCTGAAAGGCGGAGGAGCATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071235 146 +  48394510 AGTCTGGGCTCAGGTCACTGAGGGAGGATGGCTACTTTGAAGCAGTGGGGCTAGTGTGTAACCAGTGCATAGATGGCTGATGGCAGAGGTGAGGAATGACTTTGGGGTGAGCAGAGAGAAAGCATCTGAAAGGTGGAGGAGCATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945584 146 - 196418989 AGTCTGGGCTCGGGTCACTGAGGGATGATAGCTGTTTTGAAGCAGTGGGGCTTGTGTGTCACTGGTGCATAGATGGCTGATGGCAGAGGTGAGGAATGACTTTGGGGTGAGCAGAGGGAAAGCATCTGAAAGGTGGAGGAGCATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156838.000000
s hg19.chr21     16793241 34 +  48129895 CACCAGTTTCAAACAGTGGGGGTCTAGCACACGA
s panTro2.chr21  15513466 34 +  46489110 CACCAGTTTCAAACAGTGGGGGTCTAGCACACGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071381 34 +  48394510 CACCAGTTTCAAACAGTGGGGATCTAGGACATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945730 26 - 196418989 CACCAGTTTCAAACAGTGAG--------ACACGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=543965.000000
s hg19.chr21     16793275 182 +  48129895 CTGTAGCTGCCAAGGAGGCTGAAAGTGATAGCGAGAGTTCTGCATGAGCCCCTCAGTACAGAAGAGAACTGACGAAGGAACCGGGACTCCAGCAGCAACACTGCTGGAGGTCACAGCAACCAGAGAGGACAGTGGCCTTTTACCATCGGGAGTTATCTCAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTT----C
s panTro2.chr21  15513500 184 +  46489110 CTGTAGCTGCCAAGGAGGCTGAAAGTGAGAGCGCGAGTTCTGCATGAGCCCCTCAGTACAGAAGAGAACTGACGAAGGAACCGGGAGTCCAGCAGCAACACTGATGGAGGTCACAGCAACCAGAGAGGACAGTGGCCTTTTACCATCGGGAGTTATCTCAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTT--TTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071415 184 +  48394510 CTGTAGCTGGCAAGGAGGCTGAAAGTGAGAGCGCGAGTTCTTCATGAGCCCCTCAGTACAGAAGAGAACTGACGAGGGAACTGGGAGTCCAGCAGCAACACTGCTAGAGGTCACAGCAACCAGAGAGGACAGTGGCCTGTTGCCATCGGAAGTTATCTCAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTT--TTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945756 186 - 196418989 CTGCAGCTGCCAAGGAGGCAGAAAGTGAGAGTGTGAATTCTGCATGGGCCCCTGAGTACAGAAGGAAACTGACGAGGGAACCAGGAGTCCAGCAGCAACACTGCTAGAGGTCACAGCAACCAGAGAGGACAGTGGCATTTTACCATAGGGAGTTATCTCAGttctttttttttttttttttttttC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12600.000000
s hg19.chr21     16793457 44 +  48129895 TGTATATAAACTTCCATGCTATTAGCAGGTGGATATGTTTCATT
s panTro2.chr21  15513684 44 +  46489110 TGTGTATAGCCTTCCATGCTATTAGCAGGTGGATATGTTTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071599 44 +  48394510 TGTATATAGCCTTCCATGCTATTAGCAGGTGGATACGTTTCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945942 44 - 196418989 TGTATATAGCCTTCCGTGTTATTAGCAGGTGGATATGTTTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-107277.000000
s hg19.chr21     16793501 15 +  48129895 AAAAAAAAAA---TAGTG
s panTro2.chr21  15513728 16 +  46489110 AAAAAAAAAA--ATAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071643 16 +  48394510 AAAAAAAAAA--ATAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164945986 18 - 196418989 AAAAAAAAAAAAATAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=681186.000000
s hg19.chr21     16793516 68 +  48129895 CTTAACCTAAGCTTATTAGTTATCTGTCTTGTTGGAACACTTAGTTTATATACAGGATTTTTTCCATG
s panTro2.chr21  15513744 68 +  46489110 CTTAACCTAAGCTAATTAGTTATCTGTCTTGTTGGAACACTTAGTTTATATACAGGATTTTTTCCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071659 68 +  48394510 CTTAACCTTAGCTAATTAGTTATCTGTCTTGTTGGAACACTTAGTTTATATACAGGATTTTTTCCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164946004 67 - 196418989 CTTAACCTAAGCTAATTAGTTATCTGTCTTATTGGAACACTTAGTTTATATAAAGGG-CTTTTCCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=426404.000000
s hg19.chr21     16793584 34 +  48129895 CCTCCCTCAATAGTCCTACTTGCTTCTCTGTTTT
s rheMac2.chr3  164946071 34 - 196418989 ACCCCCTCAATAGTCCTAGTTGCTTCTTTGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071727 34 +  48394510 CCTCCCTCAATAGTCCTGCTTGCTTCTCTGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15513812 34 +  46489110 CCTCCCTCAATAGTCCTACTTGCTTCTCTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=5487557.000000
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s panTro2.chr21  15513846 192 +  46489110 CTCACCTTTGTACTCGGAGATTCATTTTAGGCAAGATTTCAGTTTGCATGAAAGAATGCCAATCT---CTGTCTTCTTCGCCAAGGGAAGCCTGGCCAAATTGTGATCAGTTTTGAAAAACCAAAGATAAATGTATGTGTCTTAAAGGTCTAATTGTATCATTTCCCTCTTTATACTTTGATTACTTTGACAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15514038 78 +  46489110 GGGACCTTCACAATATACTCATTGTTCAGCTAGAAACCCTGGGAAGCAGTAATCTGAGCTCCTTGTCCTGAGGCCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15071953 78 +  48394510 GGGACCTTCACAATATACTCATTGTTCAGCTGGAAACCCTGGGAAGCAGTAATCTGAGCCCCTTGTCCTGAGGCCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15072031 124 +  48394510 TGGTGGCCATCTCCATCCAATGTTGTCTGTGGACCCCAACAGACGGG--TAGGTAAAGAGTTATTAAGTCACTTGAAATTGCTTTCCGTGCACTGAAAAGTGGTTGGTCCATTTCAGGCCATAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164946377 124 - 196418989 TGGTGGCCATCTCCATCCAACGGTGTCTGTGGACCCCAACAGAGGGG--TAGGTAAAGAGTTATTAAGTCACTTGAAATTGCTTTTCGCGCACTGAAAAGTGGTTGGGCCATTTCAGGCCATAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15514346 52 +  46489110 CCGACGTGCCTGGGGCAGAGTTGTTACTGGACCAAACAAAGCATAGCTCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15072332 43 +  48394510 TACCTGGCGGTGTAGATTGGAATATTTGGAAGAGATTTGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15515152 194 +  46489110 TGAAAATCAGTCCTGCCATGACTTGGCTGCCCACTTCACAGACCGATGGCAGGCCACGATCATTGCTTTAGGGTACTTGGAGACTGGGAAGAATAAAATGAGAGGAGAGAAAATGTTTGGACCAAAGGAAAAATGGATAGAACGAAACAGTAAAATAGACTTGAAATTAAATGCACCCAATTGAACATATATGC
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a score=433992.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=492706.000000
s hg19.chr21     16795181 33 +  48129895 GTCATCACCAAATGGTAACTCACACAGATTTGA
s rheMac2.chr3  164947658 33 - 196418989 gtcatcaccaagtggtaactcacacagatttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15073327 33 +  48394510 GTCATCACCAAACGGTAACTCACACAGATTTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16795214 68 +  48129895 ACTTTCTGGGAATGTACACGCCTAATGAAAAGAAGCCAAAAACAGaccacaaaaccttgaaaacactc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1205059.000000
s hg19.chr21     16795282 142 +  48129895 agggactagaagcaccaggtagctcagaaagaggagtgtgggaggctgctgacccagatgaatggaatgaaacattgtagggaacagttatatcctcagatgccttctctcatcccacaaagctgagcagctgtccgtcctt
s rheMac2.chr3  164947759 142 - 196418989 agggactagaagcagcaggtagcttagaaagaggagtgtgggaggccgctgacccagatgaatggaatgaaacattgtagggaaaagctatgtcctcagatgccttctctcatcccacacagctgagcagctgtccgtccct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15073428 142 +  48394510 agggactagaagcaccaggtagctcagaaagaagagtgtgggaggccgctgacccagatgaatggaatgaaacattgtagggaacagttatatcctcagatgccttctctcatcccacaaagctgagcagctgtccgtcctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15515512 142 +  46489110 agggactagaagcaccaggtagctcagaaagaggagtgtgggaggctgctgacccagatgaatggaatgaaacattgtagggaacagttatatcctcagatgccttctctcatcccacaaagctgagcagctgtccgtcctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=89081.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15517701 33 +  46489110 GGTGAGGACTGTGGAGGGGAGGGTTTATGTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15075635 33 +  48394510 GGTGAGGACTGTGGAGGGGAGGGTTTATGTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164949960 33 - 196418989 GGTGAGGACTGTGGAGGGGAGGGTTTATGTAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=457419.000000
s hg19.chr21     16797512 90 +  48129895 CCAAAGGCACCATATGAAGTAGTCACTAAGGTAGGTTTACAGGCAGTGTGTTTAAGGCCTCTAGGAGTCCATAGAATGATACCTTtgctg
s panTro2.chr21  15517734 90 +  46489110 CCAAAGGCACCATATGAAGTAGTCACTAAGGTAGGTTTACAGGCAGTGTGTTTAAGGCCTCTGGGAGTCCATAGAATGATACCTTtgctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15075668 90 +  48394510 CCAAAGGCACCATATGAAGTAGTCACCAAGGTAGGTTTACAGGCAGTGTGTTTAAGGCCTCTAGGAGTCCATAGAATGATACCTTtgctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164949993 90 - 196418989 CCAAAGGCACCATATGAAGTCATCACTAAGGTAGGTTTACAAGCAGCGTGTTTAAGGCCTCTGGGAGTCCATAGAATGATACCTTtggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=351983.000000
s hg19.chr21     16797602 164 +  48129895 gggcccagtcctccaaagtatggcactgcagcatgctgagcactttgaactacaggaaattaaaaggccttagaagcagactcagaaacagggactttctgatcttctc--gtttctcctcctcaccaaggacagatagatagaaagtatatctattacagagaga
s panTro2.chr21  15517824 166 +  46489110 gggcccagtcctccaaagtatggcactgcagcatgctgagcactttgaactacaggaaattaaaagaccttagaagcagactcagaaacagggactttctgatcttctcttgtttctcctcctcaccaaggatagatagatagaaagtatatctgttacagagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15075758 140 +  48394510 gggcccagtcctccaaagtatggcactgcagcatgctgagcactttgaactacgggaaattaaaaggccttagaagcagactcagaaacagggactttctgatcttctcttgtttctcctcctcaccaag--------------------------cacagagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164950083 140 - 196418989 gggcccagtcctccaaagtatggcactgcagcatgctgagcactttgaactataggaaattaaaaggccttagaagcagactcagaaacaaggactttctaatcttctcttgtttctcctcctcaccaag--------------------------cacagggaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1571698.000000
s hg19.chr21     16797766 583 +  48129895  
s rheMac2.chr3  164950223 575 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15075898 572 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15517990 582 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=494926.000000
s hg19.chr21     16798349 72 +  48129895 CTTCGTTTGAAATGAAAAGACATCTCTAAGATTTGGTAGTTTTTTAAGCTGGGTAATGGTATAGGGCAGCTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15076470 72 +  48394510 CTTCGTTTGAAATGAAAAGACATCTCTAAGATTTGGTAATTTTTTAAGCTGGGTAATGGTATAGGGCAGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15518572 72 +  46489110 CTTCGTTTGAAATGAAAAGACATCTCTAAGATTTGGTAATTTTTTAAGCTGGGTAATGGTATAGGGCAGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=278773.000000
s hg19.chr21     16798421 26 +  48129895 TATCTTTACGATGTTAAAATTTTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15076542 26 +  48394510 TATCTTTATGATGTTAAAATTTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164950870 26 - 196418989 TATCTTTATGATGTTAAAATAGTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16798447 16 +  48129895 AGTTA-----------------------------AAAAAACA-AAA
s panTro2.chr21  15518670 17 +  46489110 AGTTA-----------------------------AAAAAAAACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15076568 13 +  48394510 AGTTA-----------------------------AAAAA----AAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164950896 42 - 196418989 AGTTGtttttttttttttttttttttttttttttAAAAA----AAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=335015.000000
s hg19.chr21     16798463 45 +  48129895 AACTAAATGGTACATTCTTGAAGTAGATGCAGGCCCACCCCATAG
s panTro2.chr21  15518687 45 +  46489110 AACTAAATGGTACATTCTTGAAGTAGATGCAGGCCCACCCCATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15076581 41 +  48394510 AACGAAATGGTACATTCTTGAAGTAGATTCAGGCCCACCCC----
i ponAbe2.chr21 C 0 I 341
s rheMac2.chr3  164950938 45 - 196418989 AGCTAAATGATACATTCTTGAAGTAGATGCAGCCCCACCCCAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=335198.000000
s hg19.chr21     16798508 41 +  48129895 GCAAAAGACTTGTGAACAGATGATGGGCAtgtgcagatttg
s panTro2.chr21  15518732 41 +  46489110 GCAAAAGACTTGTGAACAGATGATGGGCATGTGCAGACTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15076963 39 +  48394510 GCAAAAGACTTGTG-ACACATGATGGGCACGTGCAGA-TTG
i ponAbe2.chr21 I 341 C 0
s rheMac2.chr3  164950983 41 - 196418989 GCAAAAGACTTGTGAACAGATGATGGGCGTGTGAAGATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=547904.000000
s hg19.chr21     16798549 78 +  48129895 aatggtatcgcttcttcctgggggacataataccatttgccaggacacatgagttggtaagcagagtgtgagcagaat
s rheMac2.chr3  164951024 78 - 196418989 AATggtatcgcttcttcctggtggacacaatgccatatgccaggacacatgagttggtgagcagagtgggagcagaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077002 73 +  48394510 AAT-GTATCG---CTCTCCTGGGGACATAATGCCATATG-CAGGACACATGAGTTGGCGGGCAGAGTATGAGCAGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15518773 78 +  46489110 AATggtatcgcttcttcctgggggacataatgccacatgccaggacacatgagttggtgagcagagtgtgagcagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=339379.000000
s hg19.chr21     16798627 134 +  48129895 ttcagtcttctcttaatcccttggcGGAGTAATCTCAAAGTCCCTGTTTTGGGTCCGTGATTCATGccctcctga-gcctgaccgtggaaggatcagaaagcatagccagcgagtaagcaacaacggggatgtat
s rheMac2.chr3  164951102 134 - 196418989 ttcagtcttctcttaaccccttggctaAATAATCTCAAAGTTCCTGTTTTGGGTCTCTGATTCATGCCCTCCTGA-GCCTTACCCTGGAAGGATCAGAAAGCATAGTCCGTGAGTAGTCAAGAAGGGGGTCATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077075 134 +  48394510 TTCAGTCTTCTCTT-ATCCCTTGGCTGAGTAATCTCAAAGTCCCTGTTTTGGGTCCTTGATTCATGCCCCTCTGAGGCCTGACCGTGGAAGGATCAGAAAGCACAGCCAGCGAGTAGGCAAGAAGGTGGATGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15518851 134 +  46489110 ttcagtcctctctcaatcccttggcGGAGTAATCTCAAAGTCCCTGTTTTGGGTCCCTGATTCATGCCCTCCTGA-GCCTGACCGTGGAAGGATCAGAAAGCATAGCCAGCGAGTAGGCAAGAAGGGGGATGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=870772.000000
s hg19.chr21     16798761 118 +  48129895 ctgcccattcccttcctgctacgagctttcggacataacacagaattgagctgtcagagaagaggaggactaaataggcatgggtctggagttctgattatgactctgtactagatat
s rheMac2.chr3  164951236 118 - 196418989 CTGCCCATTCCCTTCTTGCTATGGGCTTTCAGACATAATGCAGAACTAAGCTGTCAGAGAAGAGGAGAACTAAATAGGCATGAGTCTGGAGTTCTGATTATGACTCTGTACTAGATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077209 118 +  48394510 CTGCCCGTTTCCTTCCTGCTACGAGCTTTCAGACATAACACCGAATTGAGCTGTCAGAGAAGAGGAGGACTAAATAGGCATGGGTCTGGAGTTCTGATTATGACTCTGTACTAGATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15518985 118 +  46489110 CTGCCCATTCCCTTCCTGCTACGAGCTTTCGGACATAACACAGAATTGAGCTGTCAGAGAAGAGGAGGACTAAATAGGCATGGGTCTGGAGATCTGATTATGACTCTGTACTAGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16798879 62 +  48129895 ttcagttgataaaatgagatcttatttgtaactcagagtgactggatgaatttttattGTGT
s panTro2.chr21  15519103 62 +  46489110 TTCAGTTGATAAAATGAGATCTTATTTGTAACTCAGAGTGACTGGATGAATTTTTATTGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077327 62 +  48394510 TTCGGTTGATAAAATGAGATCTTATTTGTAACTCAGAGTGACTGGATGAATTTTTATTGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164951354 62 - 196418989 TTCAGTTGATAAAATGAGATCTTATTTGTAACTCAGAGTGACTGGATGAATTTTTATTGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15519165 31 +  46489110 GAATTCTTGAGATTTAATCCAAGCAGTAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077389 31 +  48394510 GAATTCTTGAGATTTAATCCAAGCAGTAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164951416 31 - 196418989 GAATTCTTGAGATTTAACCCAAGCAGTAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=825152.000000
s hg19.chr21     16798972 87 +  48129895 AAAGACGAGTTTGCAGG-CAGGTTTAAGTGGGCAAATGGGCACTGAACACAAAATCAAAGTTATTTTCTGTGTCTAGCTGGTGCATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077420 87 +  48394510 AAAGACAAGGTTGCAGG-CAGGTTTAAGTGGGCAAATGGGCACTGGACACAAAATCAAAGTTATTTTCTGTGTCTAGCTGGTGCATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164951447 88 - 196418989 AAAGACAAGTTTGCAGGCCACGTTTAAGTGGGAAAATGGGCACTAGACACAAAATCAAAGTTATTTTCTGTGTCTAGCTGGTGCATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=680490.000000
s hg19.chr21     16799059 53 +  48129895 AAATAATTGTGAAATGATTCTATTATGTTAATGAAAGTGTATCTATTACTATC
s panTro2.chr21  15519283 53 +  46489110 AAATAATTGTGAAATGATTCTATTATGTTAATGAAAGTGTATCTATTACTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077507 53 +  48394510 AAATAATTGTGAAATGATTTTATTATGTTAATGAAAGTGTATCTATTACTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164951535 53 - 196418989 AAATAATTGTGAAATTATTTTATTATGTTAATGAAAGTATATCTATTACTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=440501.000000
s hg19.chr21     16799112 62 +  48129895 AGTTAGATCGAAAACAGATAAATCAGACACTGTCTATTACTGTATCTGCTAGACATTATGCC
s panTro2.chr21  15519336 62 +  46489110 AGTTAGATCGAAAACAGATAAATCAGACACTGTCTATTACTGTATCTGCTAGACATTATGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077560 62 +  48394510 AGTTAGATCGAAAACAGATAAATCAGACACTGTCTATTACTGTATCTGCTAGACATTATGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164951588 58 - 196418989 ----AGATCAAAAACAGATAAATCAGATACTGTCTATTACTGTATCTGCTAGACATTATGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16799174 201 +  48129895 TTAATACTTCAATATTAGCCAGAGTAATAGTTCCACAATCCCACATGCCTAGAGAGCAATTCAGAAGAGGCTACAAAAATTTAACATGATAAATAGTGAATGTCAAATAATTTTGTAATGGTATCAAATCACTTTGACAGACTTAACTTTATTTTGAGTTTATCTCAATCTAGTTTCACTTAAGTTGAAAAGTAGTTTGTT
s panTro2.chr21  15519398 199 +  46489110 TTAATACTTAAATATTAGCCAGAGTAATAGTTCCACAATCCCACATGCCTAGAGAGCAATTCAGAAGAGGCTGCAAAAATTTAACATGATAAATAGTGAATGTCAAATAATTTTGTAATGGTATCAAATCACTTTGACAGAC--AACTTTATTTTGAGTTTATCTCAATCTAGTTTCACTTAAGTTGAAAAGTAGTTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15077622 201 +  48394510 TTAATACTTAAATATTAGCCAGAGTGATAGTTCCACAATCCCACATGCCTAGAGAGCAATTCAGAAGCGGCTACAAAAATTTCACATGATAAACAGTGAATGTCAAATAATTTTGTAATGGTATCAAATCACTTTGACAGACTTAACTTTATTTTGAGTTTATCTCAATCTAGTTTCACTTAAGTTGAAAAGTAGTTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164951646 201 - 196418989 TTAATACTTAAATATTAGCCAGAGTAATAGTTCCACAATCCCACATGCCTAGAGAGCAATTCAGAAGAGGCTACAAAAATTTAACCTGATAAATAGTGAATGTCAAATAATTTTGTAGTGGTATCAAATCACTTGGACAGACTTAACTTTATTTTGAGTTTATCTCAATCTAGTTTCACTTAAGTTGAAAAGTAGTTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16799375 38 +  48129895 TTCTACATTGGGATGTTTCAAATACATATATACATGCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=295104.000000
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a score=346713.000000
s hg19.chr21     16799457 33 +  48129895 GAGCTTTGGAATTTCCATCACCTTCTGACAATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172113.000000
s hg19.chr21     16799490 56 +  48129895 GTGCATAGAACCCTGTATGGTTTTCGTttttctaatactctttattgaaatataat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=507444.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=304651.000000
s hg19.chr21     16799593 29 +  48129895 agagttctgtaaccatcttcatcatcttg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16799622 75 +  48129895 gtttagaacatttcatcactcccccaaataatcccctctt-tattaacagttaatctgattttccctcttccaccc
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s panTro2.chr21  15519920 75 +  46489110 cgccagccctagttaccccaatcaacattctgtcactatagatatgcctcttatgaactttcatataaattgact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  164952311  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  164952311  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164952311  0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164952311   0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  164952311  0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  164952311  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164952311  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  164952311  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  164952311  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164952311 93 - 196418989 ttacaaatattttc-ccattctatgggttatcgtttcactttcttgatagtatcatttgcagcacaaaagcttttaatttcagtgtagttcaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 183

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164953039 122 - 196418989 CCGGGCGATCATTTTTGAAAGGAGATGATAACCCTT-------TACATGACATATCATCTCAGCTGCAAAACGTTAAAAATGTGTTTGTTCAAGTTCATAAATTATATTTCATGCATAGTCAGTTTCAC
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a score=640859.000000
s hg19.chr21     16801475 54 +  48129895 GGTAGAAGCTTTTCAGGAGGCTCATTGGGAAATCATAATGAAAGTGAGACAAGA
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a score=304452.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=473182.000000
s hg19.chr21     16801932 43 +  48129895 TGTTACTTCAATTGTTAAGTATTCTTCTGCTATGTCATAATGA
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a score=735964.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164953823 84 - 196418989 tctaatgtaaacttcacaataattctgcaaagcaagaatgattgtgcctcttttgcagattcagaaagtggggctcagaaggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16802266 23 +  48129895 ttcaagattttcaaattcaagat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16802289 80 +  48129895 tttcAAATCTTTCAAAAAGAGATTTTAAATAGTGCCCCATTACCCATGCTTTTTCTACTAGGCTGTACCCAGTCTCAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16802369 102 +  48129895 TTCCTGGCTTCCAGCCGTTCACTTAAGATACTGGTTTAAGCTGCCTGTAGATAAGAAGATAATGTGTTAAGACACTGAACGCTGACATAGAGATTTTAGTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15080800 102 +  48394510 TTTCTGGCTTCCAGCCCTTCACTTAAGATACTGGTTTAAGCTGCCTGTAGATAAGAAGATAATGTGTTAAGACACTGAACGCTGACATAGAGATTTTAGTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954057 102 - 196418989 TTCCTGGCTTCCAGCCCTTCACTTAAGATACCGGTTTAAGCTGCCTGTAGATAAGAAGATAATGTGTTAAGACACTGAACGCTGACATAGAGATTTTAGTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1136438.000000
s hg19.chr21     16802471 55 +  48129895 TCTTCAGTAAGAATCAATTTTTCAAAATCTGGAGCAAACTCAAAAGCTCCATTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15080902 55 +  48394510 TCTTCAGTAAGAATCAATTTTTGAAAATCTGGAGCAAACTCAAAAGCTCCATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1010148.000000
s hg19.chr21     16802526 72 +  48129895 TGGATGATACTAGTATAATCACCAAAATTGAGTCATCCCTTAAACAGTAATAATTTGCACAATAGTAAACTC
s panTro2.chr21  15522751 72 +  46489110 TGGATGATACTAGTATAATCACCAAAATTGAGTCATCCCTTAAACAGTAATAATTTGCACAATAGTAAACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15080957 72 +  48394510 TGGATGATACCAGTATAATCACCAAAATTGAGTCATCCCTTAAACAGTAATAATTTGCACAATAGTAAACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954214 71 - 196418989 TGGGTGATACTAGTATAATCACC-AAATTGAGTCATCCCTTAAACAGTAATAATTTGCACAATAGTAAACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=543343.000000
s hg19.chr21     16802598 47 +  48129895 CCTTTGTTCTGATGGCCAGTATTTCTTAGGGGTAATACTTCACCCTG
s panTro2.chr21  15522823 47 +  46489110 CCTTTGTTCTGATGGCCAGTATTTCTTAGGGGTAATACTTCACCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15081029 47 +  48394510 CCTTTGTTCTGATGGCCACTATTTCTTAGGGGTAATACTCCACCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954285 47 - 196418989 CCTTTGTTCTGATGGCCAGTATTTCTTAAGGGTAATACTCCACCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1009449.000000
s hg19.chr21     16802645 92 +  48129895 CATTCATTGAGAGGCCATGTGGCATCTCTGTGACTTTTGACACCAAGATCTGACCTTTCTGTGGGCCATCCAGGGCTTAGCCACTGACATCA
s panTro2.chr21  15522870 92 +  46489110 CATTCATTGAGAGGCCATGTGGCATCTCTGTGACTTTTGACACCAAGATCTGACCTTTCTGTGGGCCATCCAGGGCTTAGCCACTGACATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15081076 92 +  48394510 CATTCATTAAGAGGCCATGTGGCATCTCTGTGACTTTTGACACCAAGATCTGACCTTCCTGTGGGCCATCCAGGGCATAGCCACTGACATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954332 92 - 196418989 CATTCATTAAGAGGCCATGTGGCATCTCTGTGACTTTTGACACCAAGAACTGACCTTTCTGTGGGCCATCCAGGGCTTAGCCACTGACATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=609675.000000
s hg19.chr21     16802737 58 +  48129895 ACCACTCCTTTTACTATACCATTTCATGTTCTGTGGCTCTTAAACAAGAACAGATAGC
s panTro2.chr21  15522962 58 +  46489110 ACCACTCCTTTTACTATACCATTTCATGTTCTGTGGCTCTTAAACAAGAACAGATAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15081168 58 +  48394510 ACCACTCCTTTTACTGTACCATTTCATGTTCTGTGGCTCTTAAACAAGAACAGAGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954424 58 - 196418989 ACCACTCCTTTCACTGTACCATTTCATGTTCTGTGGCTCTTAAACAAGAACAGATAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=694892.000000
s hg19.chr21     16802795 62 +  48129895 ATGATGTCCTCTGTTAAAAACCTAAGAAATCAAATTATCCTGTTATTAAACTTGTCCTGACA
s panTro2.chr21  15523020 62 +  46489110 ATGATGTCCTCTGTTAAAAACCTAAGAAATCAAATTATCCTGTTATTAAACTTGTCCTGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15081226 62 +  48394510 ATGATCTCCTCTGTTAAAAACCTAAGAAATCAAATTATCCTGTTATTAAATTTGTCCTGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954482 61 - 196418989 ATGATGTCCTCTG-TAAAAACCTAAGAAATCAAATTTTCCTGTTATTAACCTTGGCCTGACG
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a score=443019.000000
s hg19.chr21     16802857 79 +  48129895 TAAGTTACATGTTTTTGGTGTGATAGATGTGTGTATGGCGACAGAAAGCCAAGCATAGCTTGCAGTTTCCTGAAAGGAT
s panTro2.chr21  15523082 79 +  46489110 TAAGTTACATGTTTTTGGTGTGATAGATGTGTGTATGGCGACAGAAAGCCAAGCATAGCTTGCAGTTTCCTGAAAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954543 79 - 196418989 TAAGTTACATGTTTTTGGTGTGATAGTTGTGTGTATGGTGGCAGAAAGTCAAGCATAGCCTGCAGTTTCCTGAAAGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=768476.000000
s hg19.chr21     16802936 57 +  48129895 CTGCAGAAAAACTGAAATCTGGGAGTCATTTTGAAGTCAAGACTGTGGCCATAAATG
s panTro2.chr21  15523161 57 +  46489110 CTGCAGAAAAACTGAAATCTGGGAGTCATTTTGAAGTCAAGACTGTGGCCATAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15081367 57 +  48394510 CTGCAGAAAAACTGAAATCTGGGAGTCATTTTGAAGTCAAGACTGTGGCCATAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954622 57 - 196418989 GTACAGAAAAACTGAAATCTGGAAGTCATTTTGAAGTCAAGACTGTGGCCATAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371541.000000
s hg19.chr21     16802993 41 +  48129895 TACTATTATTTCACTCAGTGGAACTGAGCACCTTCCTCAGG
s panTro2.chr21  15523218 41 +  46489110 TACTATTATTTCACTCAGTGGAACTGAGCACCTTCCTCAGG
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s ponAbe2.chr21  15081424 41 +  48394510 TACTATTATTTCACTCAGTGGAACTGAGCACCTTTCTCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164954679 38 - 196418989 TAC---TACTTCATTCAGTGGAACTGAGCACCTTCCTCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=628656.000000
s hg19.chr21     16803034 32 +  48129895 AGAGTCCTAAACAGAAACGGGAGGACAGGAAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150708.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16803364 54 +  48129895 Gtaggtaggagagaaactgacctgcaatattaaaggtgaaccaaagccctagat
s panTro2.chr21  15523588 54 +  46489110 Gtaggtaggagagaaactgacctgcaatattaaaggtgaaccaaagccctagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16803418 203 +  48129895 atcccaaaagggagctctgaagagggaattacctgtcaggtttccccatgtagcagggtcttctttttccctcacacacacctttgcttatcgctggatgcaggtgccctggagtgggtgggacctcaggagaggtaggctgcactctgtagctgaggtca-acctcaagggggcactggttggaggctgtctgctgaccacat
s panTro2.chr21  15523642 203 +  46489110 atcccaaaagggagctctgaagagggaattacctgtcaggtttccccatgtagcagggtcttcttgttccctcacacacacctttgcttatcgctggatgcaggtgccctggagtgggtgggacctcgggagaggtaggctgcactctgtagctgaggtca-acctcaagggggcactggttggaggctgtctgctgaccacat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15081849 203 +  48394510 atcccaaaagggagctctgaagagggaattacctgtcaggtttccccacgtatcagggtcttcttgttccctcgcacacacctttgcttatcattgtatgcaggtgctctggagtgggcgggacctcgggagaggtaggctgcactctgtagctgaggtca-acctcaagggggcactggttggaggctgtctgATGATCACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164955101 204 - 196418989 atcccaaaagggagctctgaagagggaattacctgtcaggtttccccatgaagcagggtcttgttgttccctcgcacacacctttgcttttcattggatgtaggtgccctggagtgggtgggaccttgggaaaggtaagctgcactctgtagctggggccaccccttgaggggacactggttggaggctgtctgttgaccacat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164955570 32 - 196418989 AGGCATTAGGTACAGCAGCCAAAGAGCATGGT
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s hg19.chr21     16803918 55 +  48129895 GCATTTGGGTGTGTGGGGGCATCAACCAATGCCACTCCTTAGTGTGGGGCCATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164955602 55 - 196418989 GCATTTGGGTGTGTGGGGGCATCAACCAATGCCACTCCTCAGTGTGGGGCCACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=344281.000000
s hg19.chr21     16803973 203 +  48129895 CATTAGTGTAATGTGttttgtgttgctataaaggaatagctgagactggttagtttaagaagaaaaggggtttatttagctcatggttctgcaggcgatatatgcatggcaccagcattagcttggcttctggtgaagccccaggaagcttttacttatggcagaagatgaagagggagcaggtgtgtcatccagcaagagag
s rheMac2.chr3  164955657 198 - 196418989 CAttag-----tgtgttttgcgttgctataaaggaatacctgaaactggttaatttatgaagaaaagaggtttatttagctcatagttctgcaggcaatatatgcatggcaccagcattagcttggcttctggtgaagtcccaggtagcttttacttatggcagaagatgaagagggagcaggtgtgtcatccagcaagagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15082379 198 +  48394510 CAttag-----tgtgttttgcgttgctataaaggaatacctgagactggttagtttatgaagaaaagaggtttatttagctcatggttctgcaggcgatatatgcatggcaccagcattagcttggcttctggtgaagccccaggaagcttttacttatggcagaagatgaagagggagcaggtgtgtcatccagcaagagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15524197 203 +  46489110 CATTAGTGTAATGTGttttgtgttgctataaaggaatagctgagactggttagtttaagaagaaaaggggtttatttagctcatggttctgcaggcgatatatgcatggcaccagcattagcttggcttctggtgaagccccaggaagtttttacttatggcagaagatgaagagggagcaggtgtgtcatccagcaagagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=17870.000000
s hg19.chr21     16804176 23 +  48129895 ggagcaagagagaggaggaggtg
s panTro2.chr21  15524400 23 +  46489110 ggagcaagagagaggaggaggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15082577 23 +  48394510 ggagcaagagagaggaggaggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164955855 11 - 196418989 ag------------gaggaggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=94378.000000
s hg19.chr21     16804199 56 +  48129895 ccaggctgctttaaacaatcagctcttgagtaaactaatagagtgagaactcactc
s rheMac2.chr3  164955866 56 - 196418989 ccaggatgctttaaacaatcagctcttgagtaaagtaatagagtgagaactcactc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15082600 55 +  48394510 ccaggctgctttaaacaatcagctcttgagtaaactaatagagtgagaactcac-c
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15524423 56 +  46489110 ccaggctgctttaaacaattagcccttgagtaaactaatagagtgagaactcactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=220134.000000
s hg19.chr21     16804255 131 +  48129895 attgccgtggggaggtcaccaggccattcatgagggatccacccccatgatccaaataccttccactaggccccgcctctaacactggggatcacgtttccacatgagattcggaggggacaaacatccaa
s panTro2.chr21  15524479 131 +  46489110 attgccgtggggaggtcaccaggccattcatgagggatccacccccatgatccaaataccttccactaggccccccctctaacactggggatcacgtttccacatgagatttggaggggacaaacatccaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15082655 128 +  48394510 attgccgt-gggagggcaccaggccattcatgagggatccacccccatgatccaaataccttccactaggccccacctctaacactggggatcacatttctacatgagatttggaggggacaaacatcc--
i ponAbe2.chr21 C 0 I 9
s rheMac2.chr3  164955922 131 - 196418989 attgctgtggggagggcagcaagtcattcatgagggatccacctccatgatccaaatgcctcccgctaggccccacctctaacactggggatcacatttctacatgagatttggaggggacaaacatccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1112583.000000
s hg19.chr21     16804386 158 +  48129895 accatatcaGcaatctcctcactttacagatgaggagaccaaggttccaagaagtgaggtggcccaggcagagccctccaactggtgaggacggaacACAGTCTCCTCCTCTGAGCTCTTCCCTTTTGCCTCTTCTCATGCAAGCATACAGAGAACTG
s rheMac2.chr3  164956053 155 - 196418989 accatatcaGCTatctcctcactttacagatgagaagaccaaggttccaagaagtgaagtggcctaggcagagccctccaactagtaaggacagaacACAGT---CTCCTCTGAGTTCTTCCCTTTTGCCTCTTCTCATGCAAGCATGCAGAGAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15524610 158 +  46489110 accatatcaGcaatctcctcactttacagatgaggagaccaaggttccaagaagtgaggtggcccaggcagagccctccaactggtgaggacggaacACAGTCTCCTCCTCTGAGCTCTTCCCTTTTGCCTCTTCTCATGCAAGCATACAGAGAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=729131.000000
s hg19.chr21     16804544 74 +  48129895 GAGGGGCTTTGCCAGCACAGACAGGGTATTTGTTTTTAAAGTATAAAATAGTGCCTCTGCCTCAGAAGAGTCAT
s panTro2.chr21  15524768 74 +  46489110 GAGGGGCTTTGCCAGCACAGACAGGGTATTTGTTTTTAAAGTGTAAAATAGTGCCTCTGCCTCAGAAGAGTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164956208 73 - 196418989 GAAGGACTTTGCCAGCACAGACA-GGTGTGTGTTTTTAATGTGCAAAATAGTGCCTCTGCCTCCGAAGAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15082783  9 +  48394510 I

a score=336220.000000
s hg19.chr21     16804618 43 +  48129895 TTGGTCTTCACTCATAAACAGAATAGAGCTCTAGTGCTGGGAG
s panTro2.chr21  15524842 43 +  46489110 TTGGGCTTCACTCATAAACAGAATAGAGCTCTAGTGCTGGGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15082792 43 +  48394510 TTGGGCTTCACTCATAAACAGAATAGAGCTCTAGTGCTGGGAG
i ponAbe2.chr21 I 9 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4469990.000000
s hg19.chr21     16804661 196 +  48129895 TGAACTCATTGCTATGCGTGTGTGGACAGTGAGGAATAATGGTTTACTAGTGTGGGAAAAACACAAAAAcaagatctctctaatctctctaaatcttatttcttcatagctcaggtggggataatgaatcctgcttgcttatttcccagtgtggctgtgaaactttaggaagaataagctagtcagtatttagtat
s panTro2.chr21  15524885 196 +  46489110 TGAACTCATTGCTATGCGTGTGTGGACAGTGAGGAATAATGGTTTACTAGTGTGGGAAAAACACAAAAAcaagatctctctaatctctctaaatcttatttcttcatagctcaggtggggataatgaatcctgcttgcttatttcccagtgtgcctgtgaaactttaggaagaataagctagtcagtatttagtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15082835 196 +  48394510 TGAACTCATTGCTATGCGTCTGTAGACAGTGAGGAATGATGGTTTACTAGTGTGGGAAAAACACAAAAAcaagatctctctaatctctctaaatcttatttcttcacagctcaggtggggataatgaatcctgcttgcttatttcccagtgtggctgtgaaactttaggaagaataagctagtgagtatttagtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164956324 192 - 196418989 TGAACTCGTTGCTATACATGTGTAGAC----AGGAATAATGGTTTACTAGTGCGGGAAAAACACAAACACAAGATTTCTCtaatccctctaaatcttatttcttcatcactcaggtggggataatgaatcctgcttgcttatttcccagcgtggctgtgaaattttaggaagaaaaagcgagtgagtatttagtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2465909.000000
s hg19.chr21     16804857 178 +  48129895 agtattatttaacagcaagcaagcacttaTTTCAAAAATCCTTTTAGACCTGCTGATAATTTGAAATATTCAAGAAGTGGGACTGCCTGGGTTCTGGACAATCTCAATGAAGTCCAGCTGTAAACTCTGGTCTAGCTGTACCATTAGGGCCTACTGGGTGAAAACCAGACTTACCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=584623.000000
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s panTro2.chr21  15525259 70 +  46489110 AAGATTCTAGTCCCCAACACATATGGCCTCTTCGATATGATTTTTGAGATGTGTTTGCCTTACTGAAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15083209 70 +  48394510 AAGATTCTAGTCCCCAACACATATGGCCCCTTTGATATGATTTTTGAGATGTGTTTGTCTTACTGAAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164956694 70 - 196418989 TAGATTCCAGTCCCCAACACATACGGCCTCTTGGATATGATTTTTGAGATGCGTTTGTCTTACTGAAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1498043.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=565288.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1240117.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15083419 88 +  48394510 TATTAAGCATATAATATACATCAGATACTTATAGGTTAAAAATTATTTTTAGCATACAACAATGTGAAACAAAATGATGCTCTAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164956904 88 - 196418989 TATTAAGCATCTAATATACTTCAGATACTTATAGGTTTAAAATTATTTATAGCGTACAATCACGTGAAACAAAATGATGCTCTGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15525557 22 +  46489110 AGacaacaacaacaaaagcaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164956992 22 - 196418989 AGacaacaacaacaaaagcaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-37103.000000
s hg19.chr21     16805355 26 +  48129895 ggcaacaacaacaaaa-caacagcaac
s rheMac2.chr3  164957014 16 - 196418989 agcaacgacaacaaAA-----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15083529 27 +  48394510 ggcaacaacaacaaaagcaacagcaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15525579 26 +  46489110 ggcaacaacaacaaaa-caacagcaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=454041.000000
s hg19.chr21     16805381 37 +  48129895 agcaacaacaaAACCATCAGGTTCTATGTAAAGCAGG
s panTro2.chr21  15525605 37 +  46489110 agcaacaacaaAACCATCAGGTTCTATGTAAAGCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15083556 37 +  48394510 agcaacaacaaaagcaTCAAGTTCTATGTAAAGCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957030 24 - 196418989 -------------GCATCAGGTTCTGTGTAAAGCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2594202.000000
s hg19.chr21     16805418 132 +  48129895 TGGCAAGAAGAAATGGCATTAAAATAGCGCAGGGCCAAGGAATCTCAAGAGAGGCCCTGACAATTGGCACTGAATGTTGATTCTTCAGTAATTACGGAGCTCAGTGACCTGAGAAGAATTGGTGGTGAGCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957054 132 - 196418989 TGGTAAAGAGAAATGACATTAAAATAGCACATGGCCAAGGAATCTCAAGAGAGGCCCTGACAATTGGCACTGAATATTGATTCTTCAGTAATTATGGAGCTCAGTGACCTGAGAAGAATTGGTGGTGAGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1639138.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15083725 86 +  48394510 GCTTGCCTCAGCTATGCTTCCCACACCCGTGTTTGTGCCAGCTGGGGGCCCAGTGCTGGTTTAAATTCTAGCAAGACTCTCATACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957186 86 - 196418989 GCTTGCCTCAGCCATGCTTCTCACCCCCATGTTTGTGCCAGCTGGGGGCCCAGGGCTGGTTTAAATTCTAGCAAGACTCTCATACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2047963.000000
s hg19.chr21     16805636 105 +  48129895 AGTGCAAACATTTACAAAATACTGGGTGTTTATCTTGGCCTCGAAGAAAGGTAAGCATCTTTTGGAGTTCACCTGACATTAAAAACATATTTAAACTTGGGGTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15083916 110 +  48394510 TGGCCTGTTGAAACTGTCCTATATGGATGTATTTGTGATGATTTAGGATGATTTTATAATAGTAATTCCCCACCCTTAACATTCTGTATATTCACCAACATTTATTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957377 110 - 196418989 TGGCCTGTTGAAATTGTCCTATATGGATATATTTGTGATGATTTAGGATTATTTTATAATAGTAATTCCCCACCCTTAACATTCTGTGTATTCATCAACATTTATTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=706157.000000
s hg19.chr21     16805851 55 +  48129895 GGGAACTAGGATGGGGAGGTGGAACACCTCAAAGGCCAAGTCTGACATTATGCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183198.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957535 23 - 196418989 CCCATAATAGTAGTACCACAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=437035.000000
s hg19.chr21     16805929 61 +  48129895 CTCAGGACTGAACTGCAAGGAATTATTATCATACTGTTTTTCCTGTAAAACAGTGATGTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1023797.000000
s hg19.chr21     16805990 97 +  48129895 ATGAAATACTGAGAGTAGGGCTACGCAGTGACTTGCTTTTTCAGTGGTGCTAGATTCTTCTATTCTCTCCTGACCTCTCACTGAGAACACTGAAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957619 97 - 196418989 ATGAAATGCTGAGAGTAGGGCTACACAGTGACTTGCTTTTTCAGTGGTGCTAGATTCTTCTATTCTCTCCTGACCTCTCACTGAGAACACTGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=478150.000000
s hg19.chr21     16806087 57 +  48129895 GGTTAAGAGGCCAAAGAGTAGCTACAGAGAGAAAATACATTGCTCTGTCCTCATTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15084259 57 +  48394510 GGTTAAGAGGCCAAAGAGTGGCTACAGAGAGAAAATACATTGCTGTGTCCTCATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=450071.000000
s hg19.chr21     16806144 38 +  48129895 CACAGTGCTCAAACCAAGTGAGGCAAAAGGTTTAGAGA
s panTro2.chr21  15526368 38 +  46489110 CACAGTGCTCAAACCAAGTGAGGCAAAAGGTTTAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15084316 38 +  48394510 CACAGTGCTCAAACCAAGTGAGGCAAAAGGTTTAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957773 38 - 196418989 CATAGTGCTCAAATCAAGTGAGGCAAAAGGTTTAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=536048.000000
s hg19.chr21     16806182 50 +  48129895 AACAATTTCCCTTTCAATGCCCAAGTAATGTTAATCTGTAAAAATTATCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=239716.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=313991.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=51702.000000
s hg19.chr21     16806331 25 +  48129895 GGATGGAAGTTCaaacttttcctct
s panTro2.chr21  15526555 25 +  46489110 GGATGGAAGTTCAAACTTTTCCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957959 25 - 196418989 ggagggaagttcaaacttttcctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1092422.000000
s hg19.chr21     16806356 459 +  48129895 gcaagtttgataacggaatctgccaaagtaaactggcaatagaaagattaatgggagaaaagttaaacaaatttataatgcataagtgcatgggagtcacataaggtataaaactcaagggctagaaggttgaagattaaatgtcctctttataggaaagaggaaagtagtagatataggcaattgtagtagaagagaaaatgatttctagaggagattaatgggtctgaagaacaaacagttgcctgggataattttcctccaggctct-gggtacatggttacaatttacagaaaggtaaggggcaggactgcactgtgaacagaggttgtcttattatggagataaagtccctcaggtaacagttctcataggaatagataaaaagcctgtttgggtgggtgtggtcatggtcttagtttccttttccatgattaatattccctggttagtgagggg
s panTro2.chr21  15526580 459 +  46489110 GCAAGTTTGATAACGGAATCtgccaaagtaaaccggcaatagaaagattaatgggagaaaagttaaacaaatttataatgcataagtgcatgggagtcacataaggtataaaactcaagggctagaaggttgaagattaaatgtcctctttataggaaagaggaaagtggtagatataggcaattgtagtagaagagaaaatgatttctagaggagattaatgggtctgaagaacaaacaattgcctgggataattttcctccaggctct-gggtacatggttacaatttacagaaaggtaaggggcaggactgcattgtgaacaaaggttgtcttattatggagataaagtctctcaggtaacagttctcataggaatagataaaaagcctgtttgggtgggtgtggtcatgatcgtagtttccttttccatgattaatattccctggttagtgagggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15084528 459 +  48394510 gcaagtttgataattgaatctgccaaagtaaactggcaatagaaagattaatgggagaaaagttaaacaaatttataatgtataagtgcatgggagtcacataaggtataaaactcaagggctagaaggttgaagattaaatgtcttctttacaggaaagaggaaagtggtagatacaggtaattgtaatagaagagaaaacgatttctagaggagactaatgggtctgaagaacagacaatagcctgggataattttcctccaggctct-gtgtacatggttacaatttacagaaaggtaaggggcaggactgcattgtgaacaaaggttgtcttattatggagataaagtctctcaggtaacagttctcataggaatagataaaaagcctgtttgggtgggtgtGGTCACGATCTTAGTttcctttcccatgattaatattccctggtcagtgagggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164957984 458 - 196418989 gcaagttcaataattgaatctaccaaaataaattggcaatagaaagattaacgggagaaaagttaaacaaatttataatttataagtgcatgggagtcacataaggtataaaactcaagggctagaaggttgaagattaaatgtcctctttataggaaagaggaaagtggtagatataggcaattgtaatagaagagaaaatgatttttagaggagattaatgggtctgaagaacagacaacagcctgggataattttcctctgggctctggggtacatggttacaatttacagaagggtaaggggcagcactgcattgtgaacaaaggttgtcttattatggagataaagtctct-gggtaatagtcctcataggaatagataaaaagcctgtttgggtgggtgtggtcatggtcttagtttcttttcccatgattaacattccctggttagtgaggg-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=548571.000000
s hg19.chr21     16806815 225 +  48129895 aacaggggatcgaaggcaattgtgttttttggaagaacttcccttagtcagataagaaaacttcagagagagctcctgcctgtgcttggagggagaaattaagggagg--------------------gccagagaaacttcaattctggggcagcttctaagtccttccaacttcctttaatacaaagtgctcagcatgcaaaagtgccgtaccttggggtatcattttctgTTGACTAGCCCA
s rheMac2.chr3  164958442 234 - 196418989 -----------gaaggcaactgtgttttttggaagaacttccctcagtcagataagaaaacttcagagagaattcctgcctgtgcttggagggagaaactaaggcagggcaggagaaaccaagggaaagccagagaaacttcaattctggggcagcttctaagtccttccaacttcctttaatacaaagtgctcagcatgcaaaagtgccatacattggggtttcattttctgTTGACTAGCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15084987 225 +  48394510 aacaggggattgaaggcaattgtgttttttggaagaacttcccttagtcagataagaaaagttcagagacagctcctgcctgtgcttggagggagaaattaagggagg--------------------gccagagaaacttcaattctggggcagcttctaagtccttccaacttcctttaatacaaagtgctcagcatgcaaaactgccataccttggggtatCATTTTTTGTTGACTAGCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15527039 225 +  46489110 aacaggggattgaaggcaattgtgttttttggaagaacttcccttagtcagataagaaaacttcagagagagctcctgcctgtgcttggagggagaaattaagggagg--------------------gccagagaaacttcaattctggggcagcttctaagtccttccaacttcctttaatacaaagtgctcagcatgcaaaagtgccataccttggggtatcattttctgTTGACTAGCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15085482 136 +  48394510 gaatattgctggtacttaaaaacaaataagctgtagctcctgtcctcaaggagcttac-----agGCAAAGATAAGTCATTAATTCATTAATAGACCTTATTGAAAATTTTGCAAATGGAAGTTCACTTTCTAGTTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15527535 141 +  46489110 GAATATTGCTGGTACTTAaaaacaaataagctgtagctcctgtcctcaaagagcttacagtctaggcaaagataaGTCATTAATTCATTAATAGACCTTATTGAAAATTTTGCAAATGGAAGTTCACTTTCTAGTTTTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15085650 56 +  48394510 ACAAAGAATCAGGCTCAATTTTCATCCATAGACTAAACATATTTCATTTCAGTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164959118 56 - 196418989 ACAAAGAAGGAGGCTCAGTTTTCATCCATAGACTAAACACATTTCATTTCAGCGAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 327 C 0

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s panTro2.chr21  15527986 48 +  46489110 AATATAGTGCTAAAGTGCATGCTGAGTAATTCCAGGAGGGCTTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 356

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15089716  38 +  48394510 aaaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaCCCTAATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164963440 356 - 196418989 I

a score=9386.000000
s hg19.chr21     16811587 32 +  48129895 GGAGTTTAAATG---TGTTATTTTTTGAGAAATAT
s rheMac2.chr3  164963796 35 - 196418989 GGAGTTTAAATGTATTGTTGTTTTTTGAGAAATAT
i rheMac2.chr3  I 356 C 0
s ponAbe2.chr21  15089754 35 +  48394510 GGAGTTTAAATGTGTTGTTATTTTTTGAGAAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15531803 32 +  46489110 GGAGTTTAAATG---TGTTATTTTTTGAGAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=578276.000000
s hg19.chr21     16811619 61 +  48129895 GAAATTCGTCTTTGGCATTAGCTTCAACTTTCATCCTAGAGTAGTTAATGGGCCTAAATCT
s rheMac2.chr3  164963831 43 - 196418989 GAAATTCGGCTTTGACATTAGCTTCAACTTTCATCCTAGAGTA------------------
i rheMac2.chr3  C 0 M 105
s ponAbe2.chr21  15089789 61 +  48394510 GAAATTCGGCTTTGACATTAGCTTCAACTTTCATCCTAGAATAGTTAATGGGCCTAAATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15531835 61 +  46489110 GAAATTCGTCTTTGGCATTAGCTTCAACTTTCATCCTAGAGTAGTTAATGGGCCTAAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=666166.000000
s hg19.chr21     16811680  39 +  48129895 AATTATTTGTAAAGTTTGCTTGGATGATTGGTAGATGAT
s ponAbe2.chr21  15089850  39 +  48394510 AATTATTTGTAAAGTTTGCTTGGATGATTGGTGGATGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15531896  39 +  46489110 AATTATTTGTAAAGTTTGCTTGGATGATTGGTAGATGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164963874 105 - 196418989 M

a score=316548.000000
s hg19.chr21     16811719 28 +  48129895 AAAGCAATATACACTAATTAGCCACAAG
s panTro2.chr21  15531935 28 +  46489110 AAAGCAATATACACTAATTAGCCACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15089889 28 +  48394510 AAAGCAATATACACTAATTAGCCACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164963979 28 - 196418989 AAAGCAATATACACTAACTAGCCACAAG
i rheMac2.chr3  M 105 C 0

a score=820821.000000
s hg19.chr21     16811747 62 +  48129895 GACAACGACATGAGAGATGAATTTTACAGATACATCAAAAACTTATCTGTGAATGGAATTTT
s panTro2.chr21  15531963 62 +  46489110 GACAACGACATGAGAGATGAATTTTACAGATACATCAAAAACTTATCTGTGAATGGAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15089917 62 +  48394510 GACAACGACATGAGAAATGAATTTTACAGATACATCAAAAACTTATCTGTGAACGGAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964007 62 - 196418989 GACAACGACATGAGAAATGAATTTTATGGATACCTCAAAAACTTATCTATGAATGGAATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=549410.000000
s hg19.chr21     16811809 78 +  48129895 AGAATGCTTTAAATAGAGCTATAAAAATAGGTGAAACAAGTTGATTTAAGTTGGAGTTCTTTATTATTCATGGAACTA
s panTro2.chr21  15532025 78 +  46489110 AGAATGCTTTAAATAGAGCTATAAAAATAGGTGAAACAAGTTGATTTAAGTTGGAGTTCTTTATTATTCATGGAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15089979 78 +  48394510 AGAATGCTTTAAATAGAGCTATAAAAATAGGTAAAACATGTTGATTTAAGTTGCAGTTCTTTATTATTCATGGAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964069 78 - 196418989 AGAATGCCTTAAATAGAGCTATAAAAATAGGCAAAACATGTTGATTTAAGTTGGAGTTCTTTATTATTTATGGAACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-275966.000000
s hg19.chr21     16811887 14 +  48129895 TAGGAATTTTTTTT
s panTro2.chr21  15532103 14 +  46489110 TAGGAATTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090057 14 +  48394510 TAGGAATTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964147 14 - 196418989 TAGGAATTTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327415.000000
s hg19.chr21     16811901 58 +  48129895 T-CTTGTGGTACTTAGAAGTTTCAGTGTGTTATAAAGATTTtttcttctaccagattgc
s panTro2.chr21  15532117 59 +  46489110 TTCTTGTGGTACTTAGAAGTTTCAGTGTGTTATAAAGATTTTTTCTTCTACCAGATTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090071 57 +  48394510 --CTTGTGGTACTTAGAAGTTTCAGTGTGTTATAAAGATTTTTTGTtctaccagattgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964161 59 - 196418989 TTCTTGTGGTACTTAGAAGTTTCAGTGTGTTATAAAGATTTTTTCTTCTACCAGATTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=689846.000000
s hg19.chr21     16811959 85 +  48129895 atcttccttgaaggccagacccatgtctgattcatattatctccatgtgtctagtagatttc-tctctataaattagctatcaaat
s panTro2.chr21  15532176 85 +  46489110 ATCTTTCTTGAAGGCCAGACCCATGTCTGATTCATATTATCTCCATGTGTCTAGTAGATTTC-TCTCTATAAATTAGCTATCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090128 85 +  48394510 atctttcttgaaggccagacccatgtctgattcatattatctccatgtgtctagtagatttc-tctctataaattaaccatcaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964220 86 - 196418989 ATCTTTCTTGAAGGCCAGACCCATGTCTGATTCATATTATCTCCATGTGTCTAGTAGATTTTGTCTCTATAAAGTAACTATCAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=664525.000000
s hg19.chr21     16812044 52 +  48129895 atttgttgaatgCAGAACCCATATGCCATCCTTTTGCAAATTAGAAATAAAA
s panTro2.chr21  15532261 52 +  46489110 ACTTGTTGAATGCAGAACCCATATGCCATCCTTTTGCAAATTAGAAATAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090213 52 +  48394510 atttgttgaatgCAGagcccatatgccatccttttgcaaattagaaataaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964306 52 - 196418989 ATTTGTTGAATGCAGagcccatatgccacccttttgcaaattagaaataaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=167370.000000
s hg19.chr21     16812096 37 +  48129895 GCATGCATTCTCCAG----------------------------------------------------------AACGTGTTTCTTAAAGCACCTG
s panTro2.chr21  15532313 37 +  46489110 GCATGCATTCTCCAG----------------------------------------------------------AACCTGTTTCTTAAAGCACCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090265 95 +  48394510 gcatgcattctccaggaaaatggcaccctgcatcggagGTGGTTGATTGGCAGGTATTGTTCAGGCTTGAGACAACCTGTTTCTTAAAGCACCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964358 95 - 196418989 gcatgctttctccagaaaaatggcaccctgcatcagggATGGTTGATTGTCAGGTATTGTTCAGGCTTGAGACAACCTGCTTCTTAAAGCACCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=613860.000000
s hg19.chr21     16812133 49 +  48129895 CCTCTCTTGTGTCCTTTTTGAAATTAATCACATGAATTCAGAAATGAGA
s panTro2.chr21  15532350 49 +  46489110 CCTCTCTTGTGTCCTTTTTGAAATTAATCACATGAATTCAGAAACGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090360 49 +  48394510 CCTCTCTTGTGTCCTTTTTGAAATTAATCACATGAATTCAGAATTGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964453 49 - 196418989 CCTCTCTTGTGTCCTTCTTGAAATTAATCACATGAATTCAGAAATGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=784467.000000
s hg19.chr21     16812182 116 +  48129895 AGGGATAGTTTTATGTTAGGTCTTTTGTAGGAAAGTAATGCA------CTGTGTCAAAGTTTCTTAAATTCAGGCTTAACCACTGGACTGAATCATAAGTACAAAATGTGCCATGGGATTAA
s rheMac2.chr3  164964502 121 - 196418989 AGGGATAGTTTTATCTTAGGTCTTTTGTAGGGAAGTAATGCACTGTGTCTGTGTCAAAGTTTCTTAAA-TCAGGCTTAACCACTGGACTGAATCATAAGTAGAAAATGTGTCATGGGATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090409 116 +  48394510 AGGGATAGTTTTATGTTAGGTCTTTTGGAGGAAAGTAATGCA------CTGTGTCAAAGTTTCTTAAATTCAGGCTTAACCACTGGACTGAATCATAAGTAGAAAATGCACCATGGGATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15532399 116 +  46489110 AGGGATAGTTTTATGTTAGGTCTTTTGTAGGAAAGTAATGCA------CTGTGTCAAAGTTTCTTAAATTCAGGCTTAACCACTGGACTGAATCATAAGTACAAAATGTGCCATGGGATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16812298 26 +  48129895 AGGTCTTATTTTTTACTGTACTAAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-345563.000000
s hg19.chr21     16812324 68 +  48129895 AATAAATAACAGTTTGGTAAAATGGTGTAATTATAG--TTTCTTCTAGTATTTGGATATTAAATTAGAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090551 68 +  48394510 AATAAATAACAGTTTGGTAAAATGGTGTAATTATAG--TTTCTTCTAGTATCTGGATATTAAATTAGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=116053.000000
s hg19.chr21     16812392 29 +  48129895 GTACCATAATTCAGGAATGATGGCC-TTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=312244.000000
s hg19.chr21     16812421 35 +  48129895 CTTTATCTGAATGTGTCTAGATAGAGGGCCCTGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=330700.000000
s hg19.chr21     16812456 44 +  48129895 TTTTGCTGAAGACTGTAATTGTTAGTGTACTTATAATAATTCTC
s panTro2.chr21  15532673 44 +  46489110 TTTTGCTGAAGACTGTAATTGTTAGTGTACTTATAATAATTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090683 44 +  48394510 TTTTACTGAAGACTGTAATTGTTACTGTACTTTTAATAATTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964784 44 - 196418989 TTTTGCTAAAGACTGTAATTGTTACTGTACTTATAATAATTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1600637.000000
s hg19.chr21     16812500 141 +  48129895 TAGTCACTCATCATCAGCACCTAAACAGCTTGCCTTGGAAAGTTATGAAATCCCGGAGTTAATGACCACGCTTAAATTTTGGCCAAGCAATCTAAACTCTTATCCTCAATTTTCCACAGCAGTTGGATCCATTCTAGAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090727 141 +  48394510 TAGTCACTCATCATCAGCACCTAAACAGCTTGCCTTGGAAAGTTATGAAATCCCGGAGTTAATGACCACGCTTAAATTTTGGCCAAGCAATCTAAACTCTTACCCTTAATTTTCCACAGCAGCTGGATCTATTCTAGAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964828 141 - 196418989 TAGTCACTCATCATCAGCACCTAAACAGCTTGCCTTGGAAAGTTACGGAATCCCAGAGTTAATGACCACGCTTACATTTTGGCCAAGCAATCTAAACTCTTATCTTCAATTTTCCACAGCAGCTGGATCTATTCTAGAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=197553.000000
s hg19.chr21     16812641 41 +  48129895 AAATACCTTAGAGAAGAGAATTGACTAGGAGCAAAATACAT
s panTro2.chr21  15532858 41 +  46489110 AAATACCTTAGAGAAGAGAATTGACTAGGAGCAAAATACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090868 41 +  48394510 AAATACCTTAGAGAAGAGAACTGACTAGGAGCAAAATACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164964969 40 - 196418989 AAATACCTTAGAGAAGAGAATTGAC-AGGAGCAAAATACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=115973.000000
s hg19.chr21     16812682 32 +  48129895 GCAAATATATGTTATATAAAGAGCATGATAAT
s panTro2.chr21  15532899 23 +  46489110 GCAAATATATGTTATAT---------GACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090909 32 +  48394510 GCAGATATATGTTATATAAAGAGCATGATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164965009 32 - 196418989 GCAGATATATGTTATATAAGCAGCATGATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-218936.000000
s hg19.chr21     16812714 37 +  48129895 TCCTCGCTTTACTATTTTTTAAATGGAAATATACTTT
s panTro2.chr21  15532922 37 +  46489110 TCCTCGCTTTACTATTTTTTAAATGGAAATATATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090941 37 +  48394510 TCCTTGCTTTGTTATTTTTTAAATGGATATATGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164965041 37 - 196418989 TCCTTGCTTTATTATTTTTTAAATGGAAATATGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-102888.000000
s hg19.chr21     16812751 22 +  48129895 GTCTCAGATGTCACAAATTAGT
s panTro2.chr21  15532959 22 +  46489110 GTCTCAGATGTCACAAATTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15090978 22 +  48394510 GTCTCAGATGTCACAAATTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164965078 22 - 196418989 GTCTCAGATGTCACAAATTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=891115.000000
s hg19.chr21     16812773 113 +  48129895 GAAATACTTTGAGAGAAATATAATTTTAAATATCTCTAAATTCTTATAGATAAATGTCCTCTAATTTGTTTCTGAAATGCCAAATCTAACTTAAGCAATTTATGACCACTATT
s rheMac2.chr3  164965100 113 - 196418989 GAAATACTTTGAGAGAAATATAATTTTAAATATCTCTACATTCTTATGGATAAATGTCCTCTAATTTGTTCCTGAAATGCCAAATCTAACTTAAGCAATTTGTGACAATTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15091000 113 +  48394510 GAAATACTTTGAGAGAAATATAATTTTAAATATCTCTAAATTCTTATAGATAAATGTCCTCTAATTTGTTTCTGAAATGCCAAATCTAACTTAAGCAATTTATGACCATTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15532981 113 +  46489110 GAAATACTTTGAGAGAAATATAATTTTAAATATCTCTAAATTCTTATAGATAAATGTCCTCTAATTTGTTTCTGAAATGCCAAATCTAACTTAAGCAATTTATGACCATTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1225876.000000
s hg19.chr21     16812886 114 +  48129895 TTATCAGTGCTTAAATTTAATTTTCCTTCTTCATAGTTAGTACCCACTGTACACATTTCTATATTAATATACATACATATTTAAATTAATGTAACATTAAATCTATAAGCATAA
s rheMac2.chr3  164965213 114 - 196418989 TTATCAGTGCTTAAATTTAATTTTCCTTCTTCATAGTTAGTACCCACTGTACACATTTCTATATTAATATACATACATATTTAAATTAATATAGCATTAAATCTATAAGTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15091113 114 +  48394510 TTATCAGTGCTTAAATTTAATTTTCCTTATTCATAGTTCGGACCCACTGTACACATTTCTATATTAATATACATACAGATTTAAATTAATGTAACATTAAATCTATAAGCATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15533094 114 +  46489110 TTATCAGTGCTTAAATTTAATTTTCCTTCTTCATAGTTAGTACCCACTGTACACATTTCTATATTAATATACATACATATTTAAATTAATGTAACATTAAATCTATAAGCATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=793167.000000
s hg19.chr21     16813000 114 +  48129895 CCAAGTTAATTATAACTATGTGATAAAATATGCAAATTATTTTTTAGACAGTGACTCTTTCAAATATCCAACTGAATTATATAAATAAAACATGAATGACAAATTTTTTAGTTG
s rheMac2.chr3  164965327 114 - 196418989 CCAAGTTTATTATAAATATGTGATAAAACATGCAAATTATTTTTTAGACAGGAACTCTTTCAAATATCCAACTGAATTATATAAATAAAACATGAATGACAAACTTTTTAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 I 5
s ponAbe2.chr21  15091227 113 +  48394510 CCAAGTTTATTATAACTATGTGATAAAATATGCAAATTATTTTTTAGACAGGCACTCTTTCAAATAT-CAACCGAATTATATAAATAAAACATGAATGACAAACTTTTTAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  15093286 59 +  48394510 aaaaaaaaaaaGTTTACACAGAAACAAAAC----TCTAAAGCTTATTTCACAAACAGGGGCCA
i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
s rheMac2.chr3  164967400 63 - 196418989 aaaaaaaaaaGGTTTACCCAGAAACAAAGCTCCATCCAAAGCTTATTTCACAAGCAGGGGCCA
i rheMac2.chr3  I 11 C 0

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s rheMac2.chr3  164967463 73 - 196418989 TCTCTCCCTAAAACCTCTATTCCAGGAGATTCTCTTTTTTG-TTGTTCCTCCATAAACTTACAGGGAGACTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15093345 74 +  48394510 TCTCTCCCTAAAACCTCTATTCCGGGTGATTCTCTGTTTTGTTTGTTCCTCCGTAAACTTCCAGGGAGACTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15535338 74 +  46489110 TCTCTCCCTAAAACCTCTATTCCGGGTGAGTCTCTTTTTTGTTTGTTCCTCCGTAAACTTCCAGGGAGACTGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15093510 109 +  48394510 TCAGGAGAACATCATAAATCATGGAGATGGGAAGAGA--GGGGCAGGAGGAGCCACACAAACCCTTTGCACTTAGAAGAAAGAGTTATTTAACATGTCAGGGAAGTGCGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2375200.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15093619 68 +  48394510 TAATAAATGAAGTCAGTGACTTGAACATGTCATATTCGATCTATATGGAGGTTACTGAACTTTCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164968708 123 - 196418989 AAACTTACTCAATTTTAGAAGACTTGAAAAACTTGTAATTATCTTCCTT--------TGGTGTTCACTGACAGGAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATCCCAGTACCTAAAAACTTCTATATATCCACATTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=544829.000000
s hg19.chr21     16816459 25 +  48129895 GTTCAAATTATTCTCTAAATGGCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=915845.000000
s hg19.chr21     16816484 38 +  48129895 GAAATAATTGCCTCTTCTGCTTTGTATTAACTAAACTT
s panTro2.chr21  15536732 37 +  46489110 GAAATAATTGCCTCTTCTGCTTTGTATTAACTAAAC-T
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15094840 159 +  48394510 TCAGTGCCTTCATAAGGAAGATTTAGAGTTCCTTTTGGAGCAGATAGAAGCCTCAAATGACAAACACGCTTATCCTGAATGCCCCTCCTGCTGGTGTGACTTACCTCAGAACAAGGTCAAAGAAGCCGCCAGAGAAGATCTACGATTTGTTTGACTTGA
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a score=962814.000000
s hg19.chr21     16816747 70 +  48129895 CATTCCCTGGTATTTCCCTTTGTTATCCCTGTGTCATCGTTCTGTGGC--AGAGGGAGAGCAAGGCAAGCGC
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a score=885158.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s hg19.chr21     16817414 45 +  48129895 TTGTCTCTGACTTCGGCCTTTCACAGTGGCACACATGGTTGGGAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164970279 111 - 196418989 TGATTTTGAAACTCAGCTACACTGCGTAGAGGAACTCCCTAAATACACCCCAATCACCCAATTTAGGGAAGTAAGACTTTTCTGACAATGTGAAAGGGAAATGACCTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164970390 272 - 196418989 TAAACTAAAGTATTGAAAATGTCTAATTATTCTCACTCCAAAAGGAAAAAAATG----AAAAAACAATCATAAAGAAAAAGAACAATCCCCTCTTATAACCTTTCCATTGAAGGAATGGACAGTAAtgggtattgatgttcattgggtaatgaacattcattgggtaatgatgttcaATTTATGCATAAGGAGACAAAGGGGCATTTTTTCCTGTATGGCTTCTTTGCCAGAGACCCTTTGGCAATGTGAGGTTTCTCTCAAGGCATAAGGGAGAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164970662 137 - 196418989 TTTCTTTATGTCGTTTTGCAAGGCCCCTTTCATTCCTTCTGACAT----CTTTATCCTTTTCATTTTTCTCTCCCTAAATG-AATGGATGCCTATGTACATATATATTTTCTGAAATACAAATGTAGAATGGCATGTAAGTA
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s panTro2.chr21  15538863 97 +  46489110 ttaacagaacccagtgagaactggaagcacagaggaggggccgcccagttggagctgtagttttggagaaatgcagcagctgcccaagacgtggtgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15096843 97 +  48394510 ttaacagaacccagtgagaactggaagcacagaggaggggctgcccagttggagctgtagttttggagaaatgcagcagctgcccaagacgtggtgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15538960 115 +  46489110 tgaagccacagggcagcagagaagaaataccctggctttacttccttgcaactcagtcagctcctgccagtacatcctgtggcaaaaTATCAGCTGTAACCTGTCAGTAAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  15097252 42 +  48394510 cctccctaaattcatatgttgaaactctaatctccagtataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15539316 66 +  46489110 aacgcagcaagaagggggccatcagcaggccaggaagagagccctcacaaaaaacggaatcagcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15539382 98 +  46489110 gcaccttgatctcggacttcccagcctccagcatcatgaaaaaataaagatttgttgtttaagtcacccagtctatcatattttgttatggcagccca
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164972022 54 - 196418989 atgcaccaccatgagttgctaattttgtatttttagtagacatggggtttctcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15539812 54 +  46489110 atgaaccaccatgccttgctaattttgtatttttagtagagatgtggtttctcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  C 0 I 12

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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
e rheMac2.chr3  164972155 12 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164972155 12 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164972155 12 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  15098013 160 +  48394510 tagcctttagtgaagatttgctcctaaaaacttaacttttgtttatctgataatggccttatttcaagtagtttcacctagtatataactattcgatagtcattttctcttggctctttgaagacatttttcatcatcttctggcttccattttagctgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164972155  12 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164972155 12 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=446956.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164980274 247 - 196418989 ggttgtattgtcactctttgtagtgtgctctgatgcacaaagggattttcagttttgctgaagtctaatttattta---cttttgcttttgttgtttgtgctttcagtgtcatatctaacaatgcattgttaagcctaagattatgatgattaactttctaaggttttcttctaagagttgtatagtttttattctatttaggtcattaatcagctttgagttaatatttatatatatgaaatcaaggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15110078 249 +  48394510 ggttgtattgtcactctttgtagtgtgctctgatgcataaagagattttcagttttgatgaagtctaatttattta-tttttttgcttttgttgtttgtgctttcaacgtcatatctaacaatgcattgttaagcctaagattatgacgattaaacttctaaggtttccttttaagagttttatagtttttattctatttaggtcattaatcagctttgagttaatatttatatatatgaaatcaaggaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15549544 244 +  46489110 ggttgtattgtcactctttgtagtgtgctctgatgcataaagggattttcagttttgatgaagtctaatttattta-tttttttgcttttgttgtttgtgctttcaatgtcgtatctaacaatgcattgttaagcctaagattatgacgattaaccttctaagg-----ttttaagagttttatagtttttattctatttaggtcattaatcagctttgagttaatatttatatatatgaaatcaaggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=128684.000000
s hg19.chr21     16829485 46 +  48129895 cagctttattctttggtatgtagatatctggttgtcccaacacagt
s rheMac2.chr3  164980521 46 - 196418989 cagctttattctttggtatgtagatatctggttgtcccaatacagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15110327 46 +  48394510 cagctttattctttggtatgtagatacctggttgtcccaacacagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15549788 46 +  46489110 cagctttattctttggtatgtagatatctggttgtcccaacacagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164980567 161 - 196418989 ttattgaagaaattatatttccccattaaatgattttgacactattattgaaaagcaattgtgcatagatgtataggtttatctctagactcccaattttatttcattagtctatgtgtttacccttgttctcctgctataatattttgattattcaagct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16829692 23 +  48129895 ttgtaataagttttaaaatcaag
s panTro2.chr21  15549995 23 +  46489110 ttgtaataagttttaaaatcaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245717.000000
s hg19.chr21     16829715 85 +  48129895 aaatgtaagttctctttgttcttctttttttattattttggttatccagggccctttacaatttcattagcatttttttcagcaa
s panTro2.chr21  15550018 83 +  46489110 aaatgtaagttctctttgttcttctttttttattattttgattatccagggccctttacaatttcattagcatttttttcagc--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164980749 85 - 196418989 aaatataagtactcctttttcttctttttttattattttggttagccagggccctttacaatttcattagcatttttttcagcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=52785.000000
s hg19.chr21     16829800 24 +  48129895 a-aaaaaaaaatcattgggactttg
s panTro2.chr21  15550101 23 +  46489110 --aaaaaaaaatcattgggactttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=807906.000000
s hg19.chr21     16829824 174 +  48129895 ataaggattgtactgaatctgtagattattttaagtagtattgccaacttaacaatattgtcttttaatccatcaacacacgatgactttccatttatttatgtcttctttaatttgttgccacaatatcttatagttttcagcatacaagtcttgtatcttctttgttaaatt
s rheMac2.chr3  164980859 174 - 196418989 atagggattgtattgaacctgtagattattttaagtagtattgccaacttaacaatattgtcttttaatccattaacacaggatgattttccatttatttatgtcttctttaatttcttgccacaatatcttatagttttcagtatacaagtcttgtatctcctttgttaaatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15110660 174 +  48394510 atagggattgtactgaatctgtagattattttaaatagtattgccaacttaacaatattgtcttttaatccattaacacacgatgactttccatttatttatgtcttctttaatttgttgccacaatatcttatagttttcagcgtacaagtcttgtatctcctttgttaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15550124 174 +  46489110 atagggattgtactgaatctgtagattattttaagtagtattgccaacttaacaatattgtcttttaatccatcaacacacgatgactttccatttatttatgtcttctttaatttgttgccacaatatcttatagttttcaacatacaagtcttgtatcttctttgttaaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=47501.000000
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s rheMac2.chr3  164981033 21 - 196418989 tatcacctagtattctagtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=125936.000000
s hg19.chr21     16830053 43 +  48129895 ttttatttctgaattctttattgttagtatacagaaatacaac
s panTro2.chr21  15550353 43 +  46489110 ttttatttctgaattatttattgttagtatacagaaatacaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15110889 43 +  48394510 ttttatttctgaattatttattgttagcatacagaaatacaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164981105 43 - 196418989 ttttatttctgaattatttattgttagtatatagaaatacaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=279382.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15550526 73 +  46489110 CAAGAGATACTAATTTGGTTGTATTTTGTTTCTCGCTAACCATTTAAATGAGCAAACTTTTGGAATCCCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=415511.000000
s hg19.chr21     16830298 76 +  48129895 TTATTTGAAGTTCTAACCCAGTTCTCTTTCTTTGAGGGCCTTAGGTTTTATCTCTTCCTAACACATGTAGTTCATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15550599 76 +  46489110 TTATTTGAAGTTCTAACCCAGTTCTCTTTCTTTGAGGGCCTTAGGTTTTATCTCTTCCTAACACATGTAGTTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=834034.000000
s hg19.chr21     16830374 73 +  48129895 AATATCAAAGCTCCTGTTCAGATAATTCTGGAAATTACCTGTAGTTCAGCTAGCACTCTTTGCACTGGACTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15111211 73 +  48394510 aatatcaaagctcctgttcagataattctggaaattacctctagttcagctagcactctttgcactggactca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15550675 73 +  46489110 AATATCAAAGCTCCTGTTCAGATAATTCTGGAAATTACCTGTAGTTCAGCTAGCACTCTTTGCACTGGACTCA
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a score=253033.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=65333.000000
s hg19.chr21     16830478 20 +  48129895 CTCAGCAATATAAGCATGGC
s panTro2.chr21  15550779 20 +  46489110 CTCAGCAATATAAGCATGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=12636.000000
s hg19.chr21     16830498 21 +  48129895 TGTGTTTTGCACATACGTGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=393776.000000
s hg19.chr21     16830519 45 +  48129895 TATTTTCTTCAATATGTTAAATGTTTCTCAATAGATTAGTTTTAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164981568 45 - 196418989 tattttcttcaatatgttaaacgtttctcaatagattggttttag
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a score=-155711.000000
s hg19.chr21     16830564 19 +  48129895 AGGACGTGTGTCCCACGTT
s panTro2.chr21  15550865 19 +  46489110 AGGACATGTGTTCCATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 5

a score=69021.000000
s hg19.chr21     16830583 21 +  48129895 CAGAAAGGAAAGTCTCTTATA
s panTro2.chr21  15550884 21 +  46489110 CAGAAAGGAAAGTCTCTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15111425 21 +  48394510 cagaaatgaaagtcTCTTATA
i ponAbe2.chr21 I 5 C 0
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i rheMac2.chr3  I 5 C 0

a score=38370.000000
s hg19.chr21     16830604 29 +  48129895 GAGGGTATTTATGGGAATTAAGAGAGAC--C
s panTro2.chr21  15550905 29 +  46489110 GAGGGTATTTATGGGAATTAAGAGAGAC--C
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15111446 29 +  48394510 GAGGGTATTTATGGAAATTAAGAGAGAC--C
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164981658 31 - 196418989 GAAGGTATTTACGGGAATTAAGAGAGACTAT
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a score=87763.000000
s hg19.chr21     16830633 36 +  48129895 ATATATACAAAAAGCCTAAGATGAGCCTCATTACAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15111475 36 +  48394510 ATATATACAAAAAGCATAAGATGAGCCTCGTTACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-181615.000000
s hg19.chr21     16830669 28 +  48129895 CAATAATCATCTGATGTCATTTTACTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15111511 28 +  48394510 CAATACTCATTTGATGTCATTTTACTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22738.000000
s hg19.chr21     16830697 23 +  48129895 TGTGTATATTGTTACAAATGTGC
s panTro2.chr21  15550998 23 +  46489110 TGTGTATATTGTTACAAATGTGC
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s ponAbe2.chr21  15111539 23 +  48394510 TGTGTATATTGTTACAAACGTGC
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a score=7252.000000
s hg19.chr21     16830720 27 +  48129895 AAGGATGCCCAATAATGTATCACTGCT
s panTro2.chr21  15551021 27 +  46489110 AAGGATGCCCAATAATGTATCACTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16831020 65 +  48129895 AAAATCAACTAGAAGTTACCTAAAGCCAAGTTCAAGTACATTACTGTCCTGGATTCTTACAGGTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16831085 35 +  48129895 AAAGCATGGCAGCTCTTAAACAAGAGCAGAATTAA
s rheMac2.chr3  164982141 31 - 196418989 AAAGCATGGCAACTCTT----AAGAGCAGAATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15111927 35 +  48394510 AAAGCATGGCAGTTCTTAAACAAGAGCAGAATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16831120 40 +  48129895 GTTCTAAGGAAACCCCCCACAGAATGTCCATTCAATGGGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15111962 38 +  48394510 GTTCTAAGGAAACCCCC--TAGAATGTCCATTCAATGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15551421 40 +  46489110 GTTCTAAGGAAACCCCCCACAGAATGTCCATTCAATGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16831160 29 +  48129895 AAGCTTAGCCTGAACCAACACAATGGAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16831189 31 +  48129895 TCCAAGACAGATGTAATTTCATCATGAAAAT
s panTro2.chr21  15551490 31 +  46489110 TCCAAGACAGATGTAATTTCATCATGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16831220 42 +  48129895 GATTAAAGCAGGACTTAAAGTGAATTGAACCTGTATTCTGAA
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s hg19.chr21     16831262 130 +  48129895 AAGTAAAGACTCTGTTGAATCAGACTGCAGATACCATTACTTATTGATCCAGCCCATGAATTGATTATCTTCTTTCTCTTTAACCCTGACTTCTATCTACTGAAAGCCTGAGAAAGATTTTTCTATAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16831392 51 +  48129895 AAAATGCTTTTCATTCAGCATAACTAGCTATTTCACTGTTTATCTACGTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15112401 193 +  48394510 AAAAGCAAATTTTAGGCATAAACTTGTTCTGTCCTTTTACTA------------CTTTTTTTTTCACACTAGCTAGCAACACATGCCGTTGTGTGCTTTTGGATTTGACACATTTGGGGCTTTCTTTTGCTTTCAAAATAAGTCTTGCTATTACTACAGTTTGGGTCAGGCTTATTGTACATGAATGCAACAGTTATATCATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15551871 205 +  46489110 AAAAGCAAATTTTAGGCATAAACTTGTTCTGTCCTCTTACTAGtttttttttttttttttttttCACACTAGCTAGCAACACATGCCATCGTGTGCTTTTGGATTTGACACATTTGGGGCTTTCTTTTGCTTTCAAAATAAGTCTTGTTATTACTACAGTTTGAGTCAGGCTTATTGTACATGAATGCAATAGTTATGTCATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1361782.000000
s hg19.chr21     16831775 41 +  48129895 ATTATAAGCAGCTAATTGTACTGGTTGTACTAATGAATTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164982805 41 - 196418989 ATTATAAGCAACTAATTGTACTGCTTGTACTAATGAATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4333091.000000
s hg19.chr21     16831816 133 +  48129895 TCATGGCATAATCACATAAATTCACTTCATGCTGATGCTTTATTTTGCATACTAATTTGAACATAGTGCATTTTTCACATTTTGATCTAGAGATGATCTCAGATAATGACCTGTTTGTGGATATGGGGGTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164982846 133 - 196418989 TCATGCCATAATCACATAAATTCACCCCACGCTGATGCTTTATTTTGCATACTAATTTGAACATAGTGCATTTTTCACATTTTGATCTAGAGATGATCTCCGATAATGACCTGTTTGTGGATATAGGGTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1560500.000000
s hg19.chr21     16831949 58 +  48129895 CATTGACCTTAATATTTTTCTTTTCTCTAAACATTGCTCCATAATGTGTACATTTCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16832007 111 +  48129895 CAGGGTGGTATAGGTCATTCAGAATCAGGGCCCTGCTAATAATTTCTTTTAAGGCCCTCTAATTATTGCTCATTAACAGAATTTCCAAGATAATCTTTCCAACACAGAGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15112826 111 +  48394510 CAGGGTGGTATAGGTCATTCAGAGTCAGGGCCCTGCTAATAATTTCTTTTAAGGCCCTCTAATTATTGCTCATTAACAGAATTTCCAAGATAATCTTTCCAGCACAGAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164983037 111 - 196418989 CAGGGTGGTGTAGGTCATTCAGAGTCAGGGCCCGGCTAATAATTTCTTTTAAGGCCCTCTAATTATTGCTCATTAACAGAATTTCCAAGATAATCTTTCCAACACAGAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1439347.000000
s hg19.chr21     16832118 120 +  48129895 TTGTGTTACCAGGGTCTTCCAAATAGTAGATGTTGTGCCTATTTTCTTCTCCTTCTAACTCATACTTCCCAAACTAAT-CCTCTCCCTTTTCTTGCCCAATCTCTGGAATTTTCATTGAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=533438.000000
s hg19.chr21     16832238 49 +  48129895 TACTCTTTTCTAACTTACA-CCTTATCCGTTCATGCCAACAAATCCCCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=521654.000000
s hg19.chr21     16832287 42 +  48129895 TAGATAAGCCTAAAGTTTTATATGTGGAGAAATGACACCATT
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s panTro2.chr21  15552630 166 +  46489110 GGCCAGTGGCTGGGTAACCTAATGGTCTCCCTGACTCAACTTTCTCACTTCAAGCCCTCATATAGTTTTCAGATTAGTTCTTCTATAGCCACTAATTAAAGCATGTGCTTCCACTGCAACAGAATCTTCTATGGTTTATTACTCTTTACCCACATTAAAACATCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15113148 166 +  48394510 GGCCAGTGGCTGGGTAACCTAATGGTCTCCCTGACTCAACTTTCTCACTTCAAGCCCTCATATAGTTTTCAGATTAGTTCCTCTATAGCCACTAATTAAAGCATGTGCTTCCACTGCAACAGAATCTTCTATGGTTTATTACTCATTACCCACATTAAAACATCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15113403 79 +  48394510 TCTAGAAACACAGAAAGTTTATACCACTACCTACCCCTTCGTTTA--TCCTATCTGCAAATTTCCTGTTTACTTTCACCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164983694 32 - 196418989 TGACACACTTGCCATTGTCTCAAGACTCAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15113514 81 +  48394510 CAAGTGCCGTTTAGTTTGTAAAGCCTTGTTGGACTATCACAATCATTAGTGATGTTCCCTAATTCCCTTTACCACTTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164983726 81 - 196418989 CAAGTGCAGTTTGGTTTGTAAAGCCTTCTTGGACAGTCACAATCATTAGTGATGTTCCCTAATTCCCTTTACCACTTGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16832768 47 +  48129895 ATGCTTCAGTCACTTCATTATACACTTCTTTATATTTTGTGTTTAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15113595 46 +  48394510 ATGCTTCAG-CACTTCATTATACAATTCTTTATATTTTGTGTTTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15114374 71 +  48394510 AGTGAAGTTTCCTTGGAGATATGCAAGAGctagactgcaaattccaaccagggaaatgagagatcatgtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=375128.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297396.000000
s hg19.chr21     16833655 23 +  48129895 tgtctagcatctagcagatgttc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164984715 135 - 196418989 ggtaaaccttcctggatacgtcaatgaatAAACACATGAGATAATAAGTGTTCACAATAAGTCCGAGCATTGTGGACTCCACCTACCAGTTAAGTATAAAGATAGCCTCATGGATATTAATATCCTACATGTATT
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s hg19.chr21     16833813 47 +  48129895 GTTCCTAAACTATCCTTCTGTTTAACTGTAGGAAGTCAAGTGTTTTG
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a score=144838.000000
s hg19.chr21     16833860 41 +  48129895 TAGCTTCCCTACCCAAGTATTCTAACATCTCCAGGGGCACT
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s hg19.chr21     16833901 30 +  48129895 TGTTAGTTTTTATTGCTTGCTGCTAGGGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=226713.000000
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a score=1184957.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15114884 142 +  48394510 AAACTGGGCCTGTGTCTCTATCATGAAGGTGGAGGGTAATTGGGTGGTAGAAAGGATGCCCATTCTACATTAGTCTTAGCCAGTGCTTCTAATGGCAATTTCAGTTGAGTCTCAAGGATTAGGCATCCAGTACTTCACACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15115026 75 +  48394510 TCACTCACCCCCATAGAGAATGAGCCAGGATCCTAAAGGTCCAGGCCTAAAGGTCAAGGCCTCTTCCAGGCTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15115471 33 +  48394510 ACATCCATTAACCCCCTCCCCACTCAGGACCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=527241.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164985746 104 - 196418989 TGAGTTCCTTCTTATTGTTCCCTTTCCTTTGTCCTCGGAGATCACTCTCTCCCACCTCTAAAACATCAGATATGGCTGAACCTTTCTGGTGAGTGGGTTGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16834892 134 +  48129895 caaaccaaatccagcagtacatcaaaaagcttatccaccacgatcaaatcggcttcatccctgggatgcaaagctggttcaacatatgcaaatgaatgaacataacccatcacataaacagaatcaatgacaaa
s panTro2.chr21  15555185 134 +  46489110 caaaccaaatccagcagtacatcaaaaagcttatccaccacgatcaaatcggcttcatccctgggatgcaaagctggttcaacatatgcaaatgaatgaacataatccatcacataaacagaatcaatgacaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164985933 134 - 196418989 caaaccaaaaccagcactacatcaaaaagcttatccaccaagatcaaatcggcttcatccctgggatgcaaagctggttcaacatatgcaaatgaataaacataatccatcacataaacagaatcaataataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164986214 128 - 196418989 atattgaatgggcaaaagctggaagtattctctttgaaaactggcacaagacagggatgccctctctcattgctcctattcaac--------------------atagtattgcaagttctggccagggc-atcaggaaagagaaagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164986342 1772 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 252

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s panTro2.chr21  15557381 196 +  46489110 cacac-tgggggcctgttgtggggtggggggtgaggagagggagagcattaggacaaatagctaataaatgtgggacttaaaacctagatgatgggttgataggtacagcaaaccaccatggcacatgtatacttatgtgacaaacctgcacattctgcacatttatcccataacttaaggtaaaataaataaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15117943 197 +  48394510 cacacattggggcctgttggggggttgggggtgaggagagggagagcattaggacaaacagctaatgcatgtgggacttaaaacctagatgatgggttgataggtacagcaaaccaccatggcacatgtatacctatgtaacaaacctgcacattctgcacatttatcccataacttaatgtaaaataaattaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164988114 252 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16837285 113 +  48129895 GTGAGTGAAAAGAtactgtgatttgaatatttgtatctcctccaaagttcatgttggaacttcaaccccagtgtgatagtactgtattaaaacatgggatctttaagaagtta
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15557577 113 +  46489110 GTGAGTGAAAAGAtactgtgatttgaatatttgtatctcctccaaagttcatgttggaacttcaaccccagtgtgatagtactgtattaaaacatgggatctttaagaagtta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164988114 252 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164988114 252 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 252 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=160561.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=876839.000000
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s rheMac2.chr3  164989188 434 - 196418989 gtctt-ggatattttgtgttgctataacagagtacctgagtctggataatttatgaagaaaacaggtttagttagttcacagttttgcaggctgagaaattcaaaagcatggccctggcttccagtgaggg-tttggtgctgcatcaaaacatggtatagatcaaagtggaa-gcaaacacgtgcaaagaagcaaaacccaagggacctctttgcttttttaacaacccactctcacaggaagtaattcattcccacaggaagtaatccagcctggccagagcaagaactcgttcactaacgtgagaacagcaccaaaccattcatgagaaatttgcccccggtgacccaagcaccacccagcaggtttcacctcccaacactgccaggttagggattaaatttcaacatgagttttggggaagacaaactgaaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164989663 46 - 196418989 TTT-GTTTCAAATTGAAAGCtatataattatattgat------------------------------------ataacatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15119685 59 +  48394510 ttttaaaatat--------------taatttGATGTTACTCCAATATAACCCCAGAATTTTCCAAATAAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164990171 85 - 196418989 AAGGAACATTGTAAGATTAAGGACTGCAGAGTAACTTAACATGCCTTATGATATGTAGAAGCAAAGGAAGAAAGGAGGGAACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15559598 85 +  46489110 AAGGAACATTATAAGATTAAGTCCTGCAGAGTAACTTAACATGCCTTATGATATGTAGAAGAAAATGAAGAAAGATAGGAACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=826108.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164990256 106 - 196418989 CGAATGATGCAGTCCAGGATTTACCACAAGAAGCAGGAATTGATTGTTCATATGTGTGTCGCTCTAATTTCCAGATATCTTAGTGTCTAACAGCAATTACATCCCa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=821015.000000
s hg19.chr21     16839646 95 +  48129895 ttgttcagatactggaactggagatcagagcatttaagggatttctgtacagtctgaaaagtaaggatcagaggtcaaattctaatccaggACAA
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a score=818935.000000
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a score=641217.000000
s hg19.chr21     16840015 67 +  48129895 AACTTTCCCCATGATTTTGAAACTTAACCTTTATTGGAACCTTCCAAATCTTTCTGTTCAAATCCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15560306 75 +  46489110 ATGATTTAGATTATGAACTTAAGTTGGAAATAACTTTTCCTTATAAAATCATAATGGT----TCTATCTATCTATACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15120851 75 +  48394510 ATGCTTTAGATTATAAACTTAAGTTGGAAATAATTTTTTCTTATAAAATCGTAATGGT----TCTATCTATCTATACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164990898 79 - 196418989 ATGATTTAGATTATGAACTTAAGGTGGAAATAATTGTTTCTTATCAAATCATAATGATCCTCTCTATCTATCTATTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12482.000000
s hg19.chr21     16840157 10 +  48129895 ACATACGTAT
s panTro2.chr21  15560381 10 +  46489110 ACATACGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15120926 10 +  48394510 ACATACGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164990977 10 - 196418989 ACATATATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=296811.000000
s hg19.chr21     16840167 40 +  48129895 TTGACCTCAATTTAATTGTCTTTGAATGAGATTCTGCATT
s panTro2.chr21  15560391 40 +  46489110 TTGACCTCAATTTAATTGTCTTTGAATGAGATTCTGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15120936 40 +  48394510 TTGACCTCAATTTAATTGTCTTTGAATAAGATTCTGCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164990987 36 - 196418989 TTGACCTCAATTTAATTGTCTTAGAATGAGGTTCTG----
i rheMac2.chr3  C 0 M 441

a score=120489.000000
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s ponAbe2.chr21  15120976  18 +  48394510 TATGTTAAGATATTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15560431  18 +  46489110 CATGTTAAGATATTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164991023 441 - 196418989 M

a score=588315.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15560449  89 +  46489110 TTATTTAAACTAGATTATTCCATTACCAAACATGCCTTCTGTTTAAACTGTTTGAATCACAGCCAAGTAAGAAGCGAATCCTATTCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164991023 441 - 196418989 M

a score=587954.000000
s hg19.chr21     16840314  96 +  48129895 TGAACTGAGCCTCTCTGGCCAGCCTTGTGAGTAAGGAGAAAAGAAGTAAAAGAGGGAGGAGAAGAGTTTGATTATGGTGATTTGGTACCTGGAAAA
s ponAbe2.chr21  15121083  96 +  48394510 TGAACTGAGCCTCTCTGGCCAGCCTTGTGAGTAAGGAGAAAAGAAGTAAAAGAGGGAGGAGGAGAGTTTGAATATGGTGATTTGGTATCTGGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15560538  96 +  46489110 TGAACTGAGCCTCTCTGGCCAGCCTTGTGAGTAAGGAGAAAAGAAGTGAAAGAGGGAGGAGAAGAGTTTGATTATGGTGATTTGGTACCTGGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164991023 441 - 196418989 M

a score=232111.000000
s hg19.chr21     16840410  71 +  48129895 GATGGGGTAAAATCATcaggttttgtaaataaaaatacagaacacttgaatacatttgaacttcagataaa
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15560634  71 +  46489110 GATGGGGTAAAATCATcaggttttgtaaataaaaatacagaacacttgaatacatttgaatttcagataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164991023 441 - 196418989 M

a score=-253368.000000
s hg19.chr21     16840481  31 +  48129895 acaaggcacagttttttgtacaaggatgtct
s ponAbe2.chr21  15121250  30 +  48394510 acaaggca-gttttttagtacaaggatgtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15560705  31 +  46489110 acaaggcacagttttttgtacaaggatgtct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164991023 441 - 196418989 M

a score=56085.000000
s hg19.chr21     16840512  30 +  48129895 caaatactgcatgagacatacttatatttt
s ponAbe2.chr21  15121280  30 +  48394510 caaatactgcatgagacatacttatatttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15560736  30 +  46489110 caaatacggcatgagacatatttatatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164991023 441 - 196418989 M

a score=452860.000000
s hg19.chr21     16840542  45 +  48129895 aaaatcacccattgtttatttaaattcatatttaactgggtgtcc
s ponAbe2.chr21  15121310  45 +  48394510 aaaatcacctattgtttatttaaattcatatttaactgggtgtcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15560766  45 +  46489110 aaaatcacccattgtttatttaaattcatatttaactgggtgtcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  164991023 441 - 196418989 M

a score=2459705.000000
s hg19.chr21     16840587 136 +  48129895 tatattttatctggtaaccctaGATGAAGGATCACACAGGACAAATATAACTAGCATTGGGTTCCAATTGCCACATGTCTTTTATGCACAGATTGGCAGGCTTCTCCTGGGGGAAAGTAGAGGCTTAAAATTGAGG
s rheMac2.chr3  164991468 136 - 196418989 TATATTTTATCTGGCAACCCTAGATGAAGGCTCACACAGAACAAATATAACTAGCATTGGGTTCCAATTGCCACGTGTCCTTTATGCGCAGATTGGCAGGCTTCTCCTGGGGTAAAGTAGAGGCTTAAAATTGAGG
i rheMac2.chr3  M 441 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16840723 163 +  48129895 CTGCTTTTGCTCACTGCTTAATAGTGACAAGCTATTGATAGCCAGGCATTGCCAAATTCTCATTAGTTTCTAAAAGTCAGGAACTACATTTAGAAAAAAGCGGctcgcttatggagaggtcatctctccagtaacctcaagtaccaggaacacagctgaaacc
s rheMac2.chr3  164991604 163 - 196418989 CCGCTTTTGCTCACTGCTTAATAGTGACAAGCTATTGATAGCCGGGCATTGCCAAATTCTCATTAGTTGCTAAAAGTCAGGAACTACATTTAGAAAAAAGCGGCTCGCTTATGGAGAGGTCATCTCTCCAATAACCTCAAGTACCAGGAACACAGCTGAAGCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15560947 163 +  46489110 CCGCTTTTGCTCACTGCTTAATAGTGACAAGCTATTGATAGCCAGGCATTGCCAAATTCTCATTAGTTTCTAAAAGTCAGGAACTACATTTAGAAAAAAGCGGCTCGCTTATGGAGAGGTCATCTCTCCAGTAACCTCAAGTACCAGGAACACAGCTGAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1053971.000000
s hg19.chr21     16840886 51 +  48129895 caggaagcaagggaaaaaaaggcctctgaggattcaaaatagaaaccatgt
s rheMac2.chr3  164991767 50 - 196418989 CAGGAAGCAAGGG-AAAAAAGGCCTCTGAGGACTCAAAATAGAAACCATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15561110 51 +  46489110 CAGGAAGCAAGGGAAAAAAAGGCCTCTGAGGATTCAAAATAGAAACCATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  164991817 98 - 196418989 GCTAAAGCTCATGCTCTTTTCTCTGAGAAGAGGCCCTCAGACTTGCACTCAGTGTAATTTGCTCTTCTTTTAGACACCGTGCAAACAAGTTCGGTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15561161 98 +  46489110 GCTAAAGCTCATGCTCTTTTCTCTGAGAAGAGGCCCTCAGACTTGCACTCAGTGTAATTTGCTCTTCTTTCAGACACCATCCAAACAAGTTTGGTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1112029.000000
s hg19.chr21     16841035 77 +  48129895 ctgatttcccacccaacagagatagaaagcaggaaattgcaaagtgggcaggatggctaTGTAGACTAGGGGTCAGC
s rheMac2.chr3  164991915 77 - 196418989 CTGGTTTCCCACCCAATAGAGACAGAACGCAGGAAATTGCAAAGTGGGCAGGATGGCTATGTAGACTGGGGGTCCGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15561259 77 +  46489110 CTGATTTCCCACCCAATAGAGATAGAAAGCAGGAAATTGCAAAGTGGTCAGGATGGCTATGTAGACTAGGGGTCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-266454.000000
s hg19.chr21     16841112 86 +  48129895 CTTGTGGCAGACGATCTGGTAAAAacacatg----cacacatatacacacacaaacacacacatgcacTCCACTATATGCAGCAATTCCC
s rheMac2.chr3  164991992 78 - 196418989 CTTGTGGCAAACAATCTGGTAAAAACACGTG----cacacacatac--------acacacacatacacTCCACTATATGCAACAATCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15561336 86 +  46489110 CTTGTGGCAGACGATCTGGTAAAGacacatg----cacacatatacacacacaaacacacacatgcacTCCACTATATGCAGCAATCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=197090.000000
s hg19.chr21     16841198 28 +  48129895 ATaaaaatttggaagaaa-tgtaccaaaa
s rheMac2.chr3  164992070 29 - 196418989 ACaaaaattcaaaagaaactgtaccaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15121970 28 +  48394510 ataaaaattcagaagaaa-cgtaccaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15561422 28 +  46489110 ATaaaaattcggaagaaa-tgtaccaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=245830.000000
s hg19.chr21     16841226 39 +  48129895 tggaatttgtggttattttttagtaatgagcttacaagt
s rheMac2.chr3  164992099 39 - 196418989 tggaatttgtggttattttctagtaatgagcttacaagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15121998 39 +  48394510 tggaatttgtggttattttttagtaatgagcttacaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15561450 39 +  46489110 tggaatttgtggttattttttagtaatgagcttacaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-63926.000000
s hg19.chr21     16841265 30 +  48129895 ggtcttattttcttcttacactttttaaat
s rheMac2.chr3  164992138 30 - 196418989 ggtcttattttcttcttacacttttgaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15122037 30 +  48394510 ggtcttattttcttcttacactttttaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15561489 30 +  46489110 ggtcttattttcttcttacactttttaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=406130.000000
s hg19.chr21     16841295 57 +  48129895 attagctaaactttttacatgcatgtttatgatcagaaGAGGCAACACAGATATTTT
s panTro2.chr21  15561519 57 +  46489110 attagctaaactttttacatgcatgtttatgatcagaaGAGGCAACACAGATATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15122067 57 +  48394510 attagctaaactttttacatgcatgtttatgatcagaagaGGCAATACAGATATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=614431.000000
s hg19.chr21     16841352 97 +  48129895 CAATTAAAGAAAATTTAAAAATTATttcttgattctctcaggagagctctgttcacacctctattagaagcatttcccaaatggtaattatatgcca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164992225 97 - 196418989 CAATAAAAGAAAATTTAAAAATTATTTCTTGATTCTCTCAGGAGAGCTCTGTTCACACCTCTATTAAAAGCATTTCCCAAATGGTAACTATATGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=157698.000000
s hg19.chr21     16841449 38 +  48129895 gacatttatttgtctttgtcctctgctgacttgtaaac
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=283084.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=244667.000000
s hg19.chr21     16841516 25 +  48129895 gcattgtagccttagttatcagcat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  164992413 69 - 196418989 catctctagcacaccagtgcccaataaatatttgttgagtatggaatgaaAGTCAAAATGCATAGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16841610 119 +  48129895 TCTATGGGCATCTAGACATGGAATTCTCCACACCTCTGTCTCCCAGGAGCAGTGCGCCACTGTGGTCTGCTTTGCCCTTTGACTAGGATAAAAGTCTactctaagtccacaatacaaat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15124051 126 +  48394510 AGAAAAATATCCCTTGGGCGGCAAGCCTAAGATACTCAACTGTAAGAGGCGATAAGTCTGTAAGCCTAATAAATAACTTCAGGAAAAGTTTTAAAACTTTGTTTTGATTTTTTAAA-AGCTAGACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164994440 127 - 196418989 agaaaaaCATCCCTTGTGCAGCAAGCCTAAGATGCTCAATTGTAAGAGGTGGTAAGGCTGTAAGCCTAATAAATAACTCTAGGAAAAGTTTTAAAACATTGTTTTGATTTTTTAAATATCTAGACCA
i rheMac2.chr3  I 301 C 0

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s panTro2.chr21  15563635 18 +  46489110 ATGTGTTTTTAAAAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15124177 18 +  48394510 ACGTGTTTTTTAAAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164994567 18 - 196418989 ATGTGTTTTTAAAAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15563653 36 +  46489110 GAAATAATGGAATAAATTCCTAATATTTGAAAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164994585 36 - 196418989 GAAATAATGGAATAAATTCCTAATATTTCAAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16843475 56 +  48129895 CCTTCCTAAATCACAAGCCTCTATGTCACTCCTTAGACATAATCATCTTTTTGTAT
s panTro2.chr21  15563710 56 +  46489110 CCTTCCTAAATCACAAGCCTCTATGTCACTCCTTAGACATAATCATCTTTTTGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  15124515 76 +  48394510 TTTCAGGAACCCTTTCCACACTACTCCAGAGATGTGAATGCTGAGCCTACAGCCATGCAATGAAGTATATGTAGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16843855 28 +  48129895 AAGAAAAACAAATCCTCCATAAAAATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15564199 77 +  46489110 --acacacacacacacacacacacaTTCCAAGGCAGACTTTGTAAGGCAATGAATAATATTAAAAAATGCTGTTGCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15564447 40 +  46489110 AAGAATCTGCTGTCAGGATTCGATGGACAGAT-ATCTAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16844295 35 +  48129895 TGAATGAACCTTGGATTTGGAAAGCCTTCTATACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=392949.000000
s hg19.chr21     16844330 39 +  48129895 AGATTCATGTTTCTGATGTTCTGAATGGAGAAAAACAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15125092 39 +  48394510 AGATTCATGTTTCTGACATTCTGAATGGAGAAAAACAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2674140.000000
s hg19.chr21     16844546 117 +  48129895 AGTAGCTATACAGAGTTCATCCCTCACAGCCAGTTCAAGCTGGCTGAACATTATGTCCAGTAGAGGGTTCCCTGGGAGACTGATTTGGCTTAGAA--CCTTTTGACCCATTCTGTTGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16844663 95 +  48129895 AAACTTAAAGGTTCACACAGGTCCGTCCTGATCCTTTCAACTATTTCAAACCTCCTATGCCCTTGAAGTGTTCTCTCACTTTTTTTTTCTTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15125421 95 +  48394510 AAAGTTAAAGGTTCAGACAGGTCCATCCTGATCCTTTCAGCTATTTCAAACCTCCTATGCCCCTGAAGTGTTCTCTCACTTTTTTTTTCTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=14954.000000
s hg19.chr21     16844758 44 +  48129895 TTCCCTGAGTTCTTTTGAGCAGGGATAATTAGCAGGCgtattag
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a score=489301.000000
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s panTro2.chr21  15565021 69 +  46489110 cttccaagggctgtcataacgaattacaaactggtggctcaagattacagaaaatcattcttttacagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15125559 69 +  48394510 tttccgagagctgccataatgaattacaaactggtggctcaagattacagaaaatcattcttttatagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164995964 69 - 196418989 tttccgaggactgtcataacgaattacaaactggtggctcaagattatagaaaatcattcttttatatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=438665.000000
s hg19.chr21     16844871 69 +  48129895 tgtggaggcgagagtctgaaatcagggtgtcaacaggaccatgcacttttcaaagactctgggggagaa
s rheMac2.chr3  164996033 60 - 196418989 tgtggaggcaagagtctgaaatcaaggtgtcaacagg---------ttttcaaagactctgggagagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15125628 69 +  48394510 tgtggaggtgagagtctgaaatcaaggtgtcaacaggaccatgctcttttcaaagactctgggggagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15565090 69 +  46489110 tgtggaggcgagagtctgaaatcaaggtgtcaacaggaccatgcacttttcaaagactctgggggagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1086549.000000
s hg19.chr21     16844940 137 +  48129895 tcctt-----ccttgtctatttcagattcttggcttgtagttacataactccaatttctgcctctgtctttgtatgatctctcccctgtgttttctccctttctatgtatcaggacatttttcattgaatttagggccaatt
s panTro2.chr21  15565159 137 +  46489110 tcctt-----ccttgtctattccagattcttggcttgtagttacgtaactccaatttctgcctctgtctttgtatgatctctcccctgtgttttctccctttctatgtatcaggacatttttcattgaatttagggccaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15125697 137 +  48394510 tcctt-----ccttgtctattccagattcttggcttgtagttacctaactccaatttctgcctctgtctttgtatgatctgtcctctgtgttttctccctttctatgtatcaggacatttttcattgaatttagggccaatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164996093 142 - 196418989 tagacaagaatcttgtctattccagattcttgacgtgtagctacgtaactccaatttctgcctctgtcttcgtatgatctctcccctgtgctttctccctttctatgtatcaggacatttttcattgaatttagggccaatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1216802.000000
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s panTro2.chr21  15565296 107 +  46489110 aggataattccagatgatctcatcttgagatccttgacttaattatctctgcaaagatcccttttccaaataaggtcacattcccaggtaccaggtggacatacctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15125834 107 +  48394510 aggataattccagatgatctcatcttgagatccttgacttaattatctctgcaaagatcccccttccaaatacggtcacattcccgggtaccaggTGGACATACCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164996235 107 - 196418989 aagataattccagatgatctcatcttgagatccttgacttaattatctctgcaaagatcccttttgcgaataaggtcacattcccaggttccaggtggacatatctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=222812.000000
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s rheMac2.chr3  164996342 41 - 196418989 atgtggaaaccatcattccattcactacaGTGAGTGACTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=514196.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15565608 40 +  46489110 cagtcacagcatgactgacatttggggctcgataattctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=430624.000000
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s panTro2.chr21  15565648 118 +  46489110 tcttgtgggaggatttgctgctcattgtattgtgtttcacagcatccctggcctctactctctaggtgccagtagcattccaccagttgtgtcaataaaacatgcctctagaaattcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118732.000000
s hg19.chr21     16845547 11 +  48129895 caaatgtccct
s panTro2.chr21  15565766 11 +  46489110 caaatgtccct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=32310.000000
s hg19.chr21     16845558 27 +  48129895 ggatcaggaaattgttcttggttggaa
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s panTro2.chr21  15565777 27 +  46489110 ggatcaggaaattgttcttggttggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=695390.000000
s hg19.chr21     16845585 94 +  48129895 accactgGTCCACTTCAAACATTTCTAGATAAGACTATTAGAAATTACACTGAAACACTAAAATTCATCTAAATCATAACTTTGATTTCTTTGG
s rheMac2.chr3  164996741 85 - 196418989 accactgGTCTAT--------TTTCTAGATGGGACTATCAGAAATTACACTGAAACACTACAATTCATCTAAATAATAAC-TCGATTTCTATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15126343 94 +  48394510 accactgGTCCACTTCAAACATTTCTAGATAAGACTATTAGAAATTACACTGAAACACTAAAATTCATCTAAATCATAACTTTGATTTCTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15565804 94 +  46489110 accactgGTCCACTTCAAACATTTCTAGATAAGACTATTAGAAATTACACTGAAACACTAAAATTCATCTAAATCATAACTTTGATTTCTTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1307547.000000
s hg19.chr21     16845679 144 +  48129895 CTAAAACTTGTGCACTGaaaatattataaaaatgttttattttattttGGTTCAGAATAATGAGTTAATGGAACATTTTCCCAGGGTATACATAATTTTCAATGGCCCAGTCTCTACTCACGTAGCAAGTGATATG--AAGGACCA
s rheMac2.chr3  164996826 146 - 196418989 CTAAAACTTGTGCTCTGAAAATATTATGAAAATGTTTTATTTTATTTCAGTTCAGAATAATGAGTTAATGGAACATTTTCCCAGGGTACACATAATTTTCAATGGCCCAGTCTCTACTCACATAGCAAGTGGTAAGAAAAGAGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15126437 144 +  48394510 CTAAAATTTGTGCTCTGaaaatattataaaaatgttttattttattttaGTTCAGAATAATGAGTTAATGGAACATTTTCCCAGGGTATACATAATTTTCAATGGCCCAGTCTCTACCCACGTAGCAAGTGATATG--AAGGGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15565898 144 +  46489110 CTAAAACTTGTGCACTGaaaatattataaaaatgttttattttattttGGTTCAGAATAATGAGTTAATGGAACATTTTCCCAGGGTATACATAATTTTCAATGGCCCAGTCTCTACTCACTTAGCAAGTGATATG--AAGGGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=281716.000000
s hg19.chr21     16845823 35 +  48129895 GGCTTAGTGCATGCTCTCCCATTTACTTATCTGCT
s panTro2.chr21  15566042 35 +  46489110 GGCTTAGTGCATGCTCTCCCATTTACTTATCTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164996972 35 - 196418989 GTCTTAGTTCATGCTCTCCCATTTACTTACCTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1152673.000000
s hg19.chr21     16845858 119 +  48129895 ATTCAAAAACGGGCAGAAATCTGCTCCTTTCGACCAGAAAGGCAAAC-TGAATTCCTTCATAACAGGGTTTGACAGAGAAATATATGTGATATCCATTAATGAAGTAAAATTGCAGAAAA
s panTro2.chr21  15566077 119 +  46489110 ATTCAAAAACGGGCAGAAATCTGCTCCTTTCGACCAGAAAGGCAAAC-TGAATTCCTTCATAACAGGGTTTGACAGAGAAATATATGTGATATCCATTAATGAAGTAAAATTGCAGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15126616 119 +  48394510 ATTCAAAAACAGGCAGAAATCTACTCCTTTCAACCAGAAAGGCAAAC-TGAATTCCTTCATAACAGCGTTTGGCAGAGAAATACATGTGATATCCATTAATGAAGTAAAACTGCAGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997007 120 - 196418989 ATTCAAAAACAGGCAGAAATCTGCTCATTTCAACCAGATAGGCAAAAGTGAATTTCTTCATAACAGGGTTTGGCAGAGAAATACATATGATATCCATTAATGAAGTAAAATTGCAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227533.000000
s hg19.chr21     16845977 47 +  48129895 ACCACTTCTTTATACAAAGAGAAAAAATATCAACCATTCACCTTTAT
s panTro2.chr21  15566196 47 +  46489110 ACCACTTCTTTATACAAAGAGAAAAAATATCAACCATTCACCTTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15126735 47 +  48394510 ACCACTTCTTTATACAAAGAGAAAAAATATCAACCATTCACCTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997127 47 - 196418989 ACCACTTCTGTATACAAAGATAAAAAATATCAACGATTCACCTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235387.000000
s hg19.chr21     16846024 29 +  48129895 TGCCATTAGGATCAACATGGAACACTCAA
s panTro2.chr21  15566243 29 +  46489110 TGCCATTAGGATCAACATGGAACACTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15126782 29 +  48394510 TGCCATTAGGATCAACATGGAACACTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997174 29 - 196418989 TGCCATTAGGATCAACATGGAACACTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=860394.000000
s hg19.chr21     16846053 78 +  48129895 ACAATGGTTCTGTTATTAATTCAGAAACATCCAACCCACTTATGAGTTAAAGCAAGATATTAGGCACAGATCTATGAG
s panTro2.chr21  15566272 78 +  46489110 ACAATGGTTCTGTTATTAATTCAGAAACATCCAACCCACTTATGAGTTAAAGCAAGATATTAGGCACAGATCTATGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15126811 78 +  48394510 ACAATTTTTCTGTTATTAATTCAGAAACATCCAACCCACTTATGAGTTAAAGCAAGATATTAGGCACAGATCTATGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997203 78 - 196418989 ACAGTGGTTTTATTATTAATTCAGAAACATCCAACCCACTTATGAGTTAAAGCAAGATATTAGGCACAGATCTATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=711504.000000
s hg19.chr21     16846131 81 +  48129895 CTATTAATATTGTCTGTTTTAATAAAACATATCAGAGCTTACACTAACAAAAGTTGTTGCTTCAAGGTTGTAGACACCTTA
s panTro2.chr21  15566350 81 +  46489110 CTATTAATATTGTCTGTTTTAACAAAACATATCAGAGCTTACACTAACAAAAGTTGTTGCTTCAAGGTTGTAGACACCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15126889 81 +  48394510 CTATTAATATTGTCTGTTTTAATAAAACATATCAGAACTTACATTAACAAAAGTTGTTGCTTCAAGGTTGTAGACACCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997281 79 - 196418989 CTATTAATATTGTCTGTTTTAATAAAACATATCAGAATGTACATTAACAAAAGTTG--GCTTCAAGGCTGTAGACACCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248192.000000
s hg19.chr21     16846212 37 +  48129895 GTAAGCTAGACAATTTAGTAAACTCCAAAACTGTCAT
s panTro2.chr21  15566431 37 +  46489110 GTAAGCTAAACAATTTAGTAAACTCCAAAACTGTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15126970 37 +  48394510 GTAAGCTAGACAATTTAGTAAACTCCAAAATTGTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997360 37 - 196418989 GTAAGCTAGACAATTTAGTAAACTCCAAAATTGTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-16244.000000
s hg19.chr21     16846249 22 +  48129895 TGCCCCATTCTCCAACCATTTT
s panTro2.chr21  15566468 22 +  46489110 TGCCCCATTCTCCAACCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15127007 22 +  48394510 TGTCCCATTCTCCAACCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997397 22 - 196418989 TGCCCCATTCTCCAACCATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=632647.000000
s hg19.chr21     16846271 100 +  48129895 AAATGTTGTAGACCTGAAATAAAGGCCATCCTGAGTCTCAACAAGAACTCATTTTTGTTTAGAATTACATCTAATTTTGGTTAACTGGATTTTTATCTAC
s panTro2.chr21  15566490 100 +  46489110 AAATGTTGTAGACCTGAAATAAAGGCCATCCTGAGTCTCAACAAGAACTCATTTTTGTTTAGAATTACATCTAATTTTGGTTAACTGGATTTTTATCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15127029 100 +  48394510 AAATGTTTTAGACCTGAAATAAAGGCCATCCTGAGTCTCAACAAGAACTCATTTTTGTTTAGAATTACATCTAATTTTGGTTAACTGGATTTTTATCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997419 100 - 196418989 AAATGTTTTAGACCTGAAATAAAGGCCATCCTGAGTCTCAGCAAGAACTCATTTTTGTTTAGAATTATATCTTATTTCGGCTAACCGGATTTTTATCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146751.000000
s hg19.chr21     16846371 56 +  48129895 AAAACTTGTTTCCAACATTCAAATCCACATTTAAAAGTTTAATATggccgggcaca
s panTro2.chr21  15566590 56 +  46489110 AAAACTtgtttccaacattcaaatccacatttaaaagtttaatatggccgggcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15127129 56 +  48394510 CAAACTTGTTTCCAACATTCAAATCCACATTTAAAAGTTTAATATggccgggcaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997519 56 - 196418989 CAAACTTGTTTCCAGCATTCAAATCCACATTTAAAAAGTTAATATggccaggcaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182153.000000
s hg19.chr21     16846427 147 +  48129895 gtggctcaagcctgtaatcccaacactttgggaggctgaagtgggtggatcacttgaggtcaggagttcaagaccagcctagccaacaaggtgaaaccctctctctattaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtggtgagcacc
s panTro2.chr21  15566646 145 +  46489110 gtggctcaagcctgtaatcccaacac--tgggaggctgaagcgggtggatcacttgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaacaaggtgaaaccctctctctattaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtggtgagcacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15127185 147 +  48394510 gtggctcaagcctgtaatcccaacactttggcaggctggggtaggtggatcacttgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaacatggtgaaaccctctctttattaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtggtgagcacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  164997575 145 - 196418989 gtggcccatgcctgtaatcccaacac--tgggaggctgaggcgggtgggtcacttgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaacatggtgaaaccctctctctattaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggcgatcacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30011.000000
s hg19.chr21     16846574 41 +  48129895 tgtaatcccagctacttgggaggctgaggcatgagaattgc
s panTro2.chr21  15566791 41 +  46489110 tgtaatcccagctacttgggaggctgaggcatgagaattgc
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s ponAbe2.chr21  15127332 41 +  48394510 tgtaatcgcagctactttggaggctgaggcacgagaattgc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
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i rheMac2.chr3  C 0 I 15

a score=596990.000000
s hg19.chr21     16850630 69 +  48129895 AGTGAAAGTGACAACACAACACATATCATTGCTTCTCACAAAATTTTACCAGGAACAGGTTGCTTAGTC
s panTro2.chr21  15570845 69 +  46489110 AGTGAAAGTGACAACACAACACATATCATTGCTTCTCACAAAATTTTACCAGGAACAGGTTGCTTAGTC
i panTro2.chr21 I 15 C 0
s ponAbe2.chr21  15131376 68 +  48394510 cgtgaaagtgacaacacaacacatatcattgcttctcacaaaattttaccaggaac-ggttgcatagtc
i ponAbe2.chr21 I 3 C 0
s rheMac2.chr3  165001761 69 - 196418989 AGTGAAAGTGACAACACAACACATATCATTGCTTCTCACAAAACTTTACCAGGAGCTGGTTGCATAGTC
i rheMac2.chr3  I 15 C 0

a score=900694.000000
s hg19.chr21     16850699 76 +  48129895 CAGCTTAATTTAAAAGTCAGAAAAGTATAATTTCCCCTTTGTGCCAGGGAGATGAGGATAACCAGCTTGGGATAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15131444 76 +  48394510 cagcttaatttaaaagtcagaaaagtataatttcccctttgtgccagggagatgaggataaccagCTTGGGATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165001830 76 - 196418989 CAGCTTAATTTAAAAGTCAAAGAAGTACAATTTCCCCTTTGTGCCAGGAAGATGAGGATAGCCAGCTTAGGATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=721357.000000
s hg19.chr21     16850775 65 +  48129895 CACCAGAAGTTACTAACACAGTTCTTTTTATTTTATTTCACAATATACTTTTTGCTGTTTCTTA-T
s panTro2.chr21  15570990 65 +  46489110 CACCAGAAGTTACTAACACAGTTCTTTTTATTTTATTTCACAATATACTTTTTGCTGTTTCTTA-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15131520 66 +  48394510 CACCAGAAGTTACTAACACAGTTCTTTGTATTTTATTTCACAATATATTTTTTGCTGTTTCTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165001906 66 - 196418989 CACCAGAAGTTACTAACACCGTTCTTTTTATTTTATTTCACAATATATTTTCTGCTGCTTCTTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1878030.000000
s hg19.chr21     16850840 139 +  48129895 CAAATAAGTATTCATGCACACTTATTATTCTGGGCCATGAAGTAGCAATGTATTACTAGGCAGAAGCAGTATGGTACCATGTTCTTGTTGGGAATATCATCATTTAACCCTCAACATTGTTGCAGTGGGGTAAATTAAG-
s rheMac2.chr3  165001972 140 - 196418989 CAAATAAATATTCATGCACACTTATTCTTCTGAGCCATGAAGTAGCAATGTATTTCTAGGCAGAAGCAGTATGGTACCATGTTCTTGCTGGGAATATCGTCATTTAACCCTCAACACTGTTGCAGTGGGGTAAATTAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15131586 139 +  48394510 CAAATAAGTATTCATGCACACTTCTTTTTCTGGGCCATGAAGTAGCAATGTATTACTAGGCAGAAGCAGTATGGTACCATGTTCTTGTTGGGAATATCATCATTTAACCCTCAACGTTGTTGCAGTGGGGTAAATTAAG-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15571055 139 +  46489110 CAAATAAGTATTCATGCACACTTATTATTCTGGGCCATGAAGTAGCAATGTATTACTAGGCAGAAGCAGTATGGTACCATGTTCTTGTTGGGAATATCATCATTTAACCCTCAACATTGTTGCAGTGGGGTAAATTAAG-
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2095823.000000
s hg19.chr21     16850979 97 +  48129895 CTGCCAAGGGCTTAATGTTTTTCTCCTAGGATTTCCTGTTGAGTTTTGGTATCTAGAGACTGATGGGGATTAGCTTTGCATGCTCCCGCTTAGTCTT
s panTro2.chr21  15571194 97 +  46489110 CTGCCAAGGGCTTAATGTTTTTCTCCTAGGATTTCCTGTTGAGTTTTGGTATCTAGAGACTGATGGGGATTAGCTTTGCATGCTCCCGCTTAGTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15131725 97 +  48394510 CCGCCAATGGCTTAATGCTTTTCTCCTAGGATTTCCTGTTGAGTTTTGGTATCTAGAGACTGATGGGGATTAGCTTTGCACGCTCCCGCTTAGTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165002112 96 - 196418989 CTGCCGAGGGCTTAATG-TTTTCTCCTAGGATTTCCTGTTGAGTTTTGGTGTCTAGAGACTGACGGGAATTAGCGTTGCACGCTCCCGCTTAGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2556502.000000
s hg19.chr21     16851076 146 +  48129895 CTTGCATGTGGGAATTTGGGAGCAATTAATGTCATCTCTGATGACAGAGGAAATTAACTCTGTGTGTTAGCTATGTTGATAGAACATACTCAAAGGTTCAGATGGCAGTCTGAACTTCTGAACTTTTGGGAGCTAAATACACACTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15131822 146 +  48394510 CTTGCAGATGGGAATTTGGGAGCAATTAATGTCATCTCTAATGACAGAGGAAATTAACTCTGTGTGTTAGCTATGTTGATAGAACATACTCAAAGGTTCAGATGGCAGTCTGAACTTCTGAACTTTTGGGAGCTAAATACACACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165002208 146 - 196418989 CTTGCATGTGGGAATTTGGGAGCAATTAATGTCATCTCTAATGACAGAGGAAATTAACTCTGTGTGTTAGCTATGTGGATAGAACATACTCAAAGGTTCAGATGGCAGTCTGAACTTCTGAACTTTCGGGAGCTAAATACACACTT
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a score=319623.000000
s hg19.chr21     16851222 42 +  48129895 AATTCTTTAGAGATCCCTGAAGACACAAATTAAAGAGGGTGA
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a score=-112101.000000
s hg19.chr21     16851264 66 +  48129895 ATTAAAAGAAAAAAGTGTTTCCAGTTTTTATAGGAGGAGCTTTGAAGTCACCATGGAATGAGTCTG
s panTro2.chr21  15571479 66 +  46489110 ATTAAAAGAAAAAAGTGTTTCCAGTTTTTATAGGAGGAGCTTTGAAGTCACCATGGAATGAGTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15132010 66 +  48394510 ATTAAAAGAAAAAAATGTTTCCAGTTTTTATAGGAGGAGCTTTGAAGTCACCATGGAATGAGTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165002396 66 - 196418989 ATTCAAAGAAAGAAATGCTTGCAGCTTTTCTAGGAGGAGCTTTGAAGTCACCATGGAATGAGTCTG
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a score=47925.000000
s hg19.chr21     16851330 26 +  48129895 AGAATCTCTACAGTATCTGTATACTG
s panTro2.chr21  15571545 26 +  46489110 AGAATCTCTACAGTATTAGTATACTG
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a score=485635.000000
s hg19.chr21     16851356 64 +  48129895 TAGGAAGAGGAGTTAAAGTCAGATCATTGGTGAAGTGGAAGGTTCTCACGTGAGAGGCAGGT----AC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15573153 67 +  46489110 tttgattatttgattaacctctgcctgcctcattatcctattagctcaatgatgacataatgattgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15133681 65 +  48394510 --tgattatttgattaacctctgcctgcctcattagcctattagctcaatgatgacataatgattgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165004058 67 - 196418989 tttgatgatttgattaacctctgcccgcctcattagcctataagctcagtgatgacataatgattgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179331.000000
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s panTro2.chr21  15573220 31 +  46489110 aaggaaaatgtctgctgtgctcttaagtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165004154 167 - 196418989 tttgagcatgtgtgtgtgtgcatgcacacgtgggtgtcacatgtctagcacatagtagctgctcaacaaatactagtggcatgaacgCAGGAGTAAACAACTCACTGGTTGCATGAATGAACCAATAAAGATAGCACTATTACTGTCCCCAGACCTTACAGTCGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15573397 120 +  46489110 gggaaacagataataaatagacaaTTTGAAGACAGTTTGATGAGTTCTGTGAGAAGACAAGTATAGTGTGCTACACGCAAACATAAGAGGGATACTGAATTCCAATTTGAAGGGGCTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15133923 112 +  48394510 gggaaacagataataaattgacaatttgaagacagtttgatgagttctgtgagaagacaagtacagtgtgctacatgcaaacataagagggATA--------CAATTTGAAGGGGCTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 M 720

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s panTro2.chr21  15573517  46 +  46489110 ATAGTAGAGATGAAGAGGAATTATATAATCAAGAGTTACAATAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15134035  46 +  48394510 ATAGTAGAGATGAAGAGGAATTATATAATCAAGAGTTACAATAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=430647.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15134081  53 +  48394510 ATATTTACAGAAATGGAGCAGTTTCACATATCCAGCCCTTGCGGGGCTATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=645836.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=362196.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15134351  33 +  48394510 AATGACACAGTAAGAGGATCAGGCTCAAAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=20634.000000
s hg19.chr21     16853646  50 +  48129895 AAGATACTTTCCCCCTAAGCTGTGCATAGCTAGAAAAGATTAGTAGGggc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=18465.000000
s hg19.chr21     16853696  37 +  48129895 tgggggcagtggctcacacctgtaatctcagcacttt
s ponAbe2.chr21  15134434  37 +  48394510 tgggcgcagtggctcacacctgtaatctcagcacttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=24030.000000
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s panTro2.chr21  15573956  49 +  46489110 gggaggccgaggtgggcagatcacaaggtcaagatatcgagaccatcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=15777.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=25062.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=91205.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=493474.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165004425 720 - 196418989 M

a score=162573.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16854179 29 +  48129895 AAAAAAAAATTAGTTACTGTTAAACATAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     16854208 69 +  48129895 ATTTGGACACAAACAAATCCAAACAGCACATGCAGTTGAACTCCTGGATAGCCAAGCCAAGCAGCTCAC
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i panTro2.chr21 C 0 I 4
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165005349 149 - 196418989 ATTAGATGACTGTGCTTGAACAAGATCTGTTCCTGATGGTGAGCGGACCATTTGTCATTCACAAGTACATGTACACTTCAAATAGCTTCGCTGTAGATTTGCCATGTAGCTTCTAAGGCCAGAGAAAGGGAGTCCCCTGAGAGTCtttt
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

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s hg19.chr21     16854426 32 +  48129895 ttttttttttttttttaataatGGAGCCCATG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 3 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15574939 47 +  46489110 GCACAGAACCTCCCTCATTTCACCATTATCTCCTCTTTTCTAAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15574986 36 +  46489110 GCTTTATGTCCTTTCTGAAAGTACTAAAGAAATCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15135488 36 +  48394510 GCTTTATGTCCTTTCTGAAAGTACTAAAGAAATCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165005832 25 - 196418989 TCTTTGTGTCCTTTCTAAAAGTACT-----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 333

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165006190 70 - 196418989 TAATGATATCTAGAAATAGTGTTTCTTTCTTGCACCCAGAACTTTTCCTGCTCTTTGGAAAGTAACACTT
i rheMac2.chr3  I 333 C 0

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s panTro2.chr21  15575091 134 +  46489110 CACTCAA--TTTTTTTTTTCTGAATTATTATTTACAGGGCAAGTTGACATTTTAGGACACAAATCAGAT----TATCAAGTTTAGTCTTGGTGAAATCACCTTATTATTTGTAAGAAATACGTGTCTTCAGTT-AAAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15135593 133 +  48394510 CACTCAA----TTTTTTTTCTGAATTATTATTTACAGGGCAAGTTGACATTTTAGGACACAAATCAGAT----TATCAAGTTTAGTCTTGGTGAAATCACCTTATTATTTGTAAGAAATACGTGTCTTCAGTTAAAAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4712
s rheMac2.chr3  165006260 141 - 196418989 CACTCAATTTTTTTTTTTTCTGAATTATTATTTACAGGGCAAGTTGACATTTTAGGACACAAATCAGATTACCTATCAAGTTTAGTCTTGGTGAAATCACCATAATATTTGTAAGAAATACATGTCTTCAGTTAAAGGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 334

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s panTro2.chr21  15575225 25 +  46489110 GGGTAATCATTAATGATAAATATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 4712 C 0
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i rheMac2.chr3  I 334 C 0

a score=200843.000000
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s panTro2.chr21  15575250 24 +  46489110 TGTTATTTAATATGTGATATGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165006751 24 - 196418989 TGTTATTTAATATGTGGTATGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=764162.000000
s hg19.chr21     16855047 55 +  48129895 ttggagagtgccataggtgagtgcagacagaaataaactagttttcaaactaact
s panTro2.chr21  15575274 54 +  46489110 TT-AAGAGTGCCATAGGTgagtgcagacagaaataaactagttttcaaactaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=769214.000000
s hg19.chr21     16855102 73 +  48129895 ggctctactccatctagctatgtgtccctaaataaagcacttaactgctctgtgccacaAGAGTTTGCCACAA
s panTro2.chr21  15575328 73 +  46489110 ggctctagtccatctagctatgtgtccttaaataaagcacttaactgctctgtgccacaAGAGTTTGGCACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165006830 73 - 196418989 ggctctactccatctagctatgtgtccttaaataaagcacttaactgttctgtgccacaAGAGTTTGGCACGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16855175 35 +  48129895 AACACAAAACTAGTAGAATCCTAAAGATCTCAAAA
s panTro2.chr21  15575401 35 +  46489110 AACACAAAACTAGTAGAATCCTAAAGATCTCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15575436 10 +  46489110 AGCCTGTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16855220 35 +  48129895 TTTAAAAGAATGTCACTGTAACTTTGGGAAACTTT
s panTro2.chr21  15575446 35 +  46489110 TTTGAAAGAATGTCACTGTAACTTTGGGAAACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165007085 19 - 196418989 AGTGTTTGAATTTTTTTTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15141177 136 +  48394510 ACACCATCAGACCTGAGTGGACATGTACAGTCTTCACAAAGGGTTAGGTGAAGTTGATAATTTTAGAGGTTTGGGTATGCTACTAAAGATGCTTTGAGTAACATGATAAACAAGCATCTGACTTTTTAACTTGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165007485 136 - 196418989 ACACCATCAGACCTCAGTGGACATGTGCAATCTTCACAAAGGGTTAGGTGAAGTTGATGATTTTAGAGGGTTGGGTACGTTACTAAAGATGTCTTGAGTAACATGGTAAACAAGCATCTGACTTTTTAACTTGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16855891 82 +  48129895 TTTTCAATGAT-ACTCATTACAAACTGACTAGCATTCACATTTTGGAACACTCATTCCTTTTGACTGATTCAGCACACTTCGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15141313 82 +  48394510 TTTTCAATGAT-ACTCATTACAAACTGACTAGCATTCACATTTTGGAACACTCATTCCTTTCGACAGATTCAGCACAATTCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15576117 82 +  46489110 TTTTCAATGAT-ACTCATTACAAACTGACTAGCATTCACATTTTGGAACACTCATTCCTTTTGACTGATTCAGCACACTTCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16855973 44 +  48129895 CAGGTATTCTCCAATCAGAGAACTATTTTTATCTCACATGAATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16856225 27 +  48129895 CTTGTATCTATTTCTGACCTGCTGAAA
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s hg19.chr21     16856252 25 +  48129895 TATAAGTTCTAATGGGAATACAACt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16856322 25 +  48129895 aggatgcgatattttcagtgccaaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     16857613 44 +  48129895 TC--TTATCCTGCAAAATCACTGCTGAGGTGAAGCTAGAAAATCAT
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s hg19.chr21     16857684 24 +  48129895 CATACTTTTTGATTGAGTGCAAAT
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a score=932944.000000
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s ponAbe2.chr21  15143131 70 +  48394510 GAGGCTCTTATAATCACTGTCGAGAGATGAGTAAACTCAAAGCTTTTAAGAAGCTAGCTGCTTCTTAAGA
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a score=288365.000000
s hg19.chr21     16857778 50 +  48129895 ACTATAAGTGACGATTGGGGGGACTAGTATTCAGAAATTTTTGTAGACAA
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s hg19.chr21     16857851 47 +  48129895 CATTTGTTTAGCAAAGATTCTATTTTTTAAAAATCCAGTTCTAAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15143352 77 +  48394510 TTCACAAATCTACAGATAATTTCCTTCTCTATTTTTATAAATGGTTTAATTCTTCTTTCAAACTTAACCTCATATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165009666 77 - 196418989 TTCACAAATCTGCAGATAATTTCCTTCTCTATTTTTGTAAATGGTTTAATTCTTCCTTCAAACCTAACCTTATATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15578261 50 +  46489110 CAGAAGTTGTAAGAACAACAAAAAAAAGCGACCGTCCGAATTTTAATA-CC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15143429 48 +  48394510 CAGAAGTTGTAAGAACAAAAAAAAAAA---ACCATCTGAATTTTAATACCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165009743 51 - 196418989 CAGAAGTTGTAAGAACAACAAAAAAAACCAACCTTCTGAATTTTAATACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15578311 43 +  46489110 TTACTTTGCTCCTACTCCCTGTGAAATAAAGAAATTGATAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15143477 43 +  48394510 TTACTTTGCTCCTAGTCCCTGTGAAATAAAGAAATTGATAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327352.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165009862 35 - 196418989 AAgaattattcatagaaagttagcggtggaaagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1374497.000000
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s panTro2.chr21  15578414 80 +  46489110 catgaggaactccccagcccaaccatccagctctcactgaattaatggatgtgaaaatgaggttcagTAAATTGTCTGT-----G
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15143580 84 +  48394510 catgaggaactccccagcccaaccatccagctctcactgaattaatggatgtgaaaatgaggttcagTAAATTGTCTAT-GTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165009897 85 - 196418989 catgaggaactccctagcccaaccatccagctctcactgaattaatggatgtgaaaatgaggttcagTAAATTGTCTGTGGTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15143664 100 +  48394510 TGTCAGATGTCAGTGTCAGGCTCTCTAATTCTCAGCCCAATTCCCTTTCAGCACCCTTTGCCCCTCCCCCCACTTAAAATTAATTGAAAATTGACTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165009982 100 - 196418989 TGTCAGATGTCAGTGTCAGGCTTTCTAATTCTTAGCCCAATTCTCTTTCAGCACCCCTTGCCCCTCCCCCCACTTAAAATTAATTGAAAATTGACTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16858339 37 +  48129895 AGCTTGGCCAGGTTCCTAATGTGGTAGCTTAGCATAT
s rheMac2.chr3  165010082 37 - 196418989 AGCTTGGCCAGGTTCCTAATGTGGTAGCTTAACATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15143764 37 +  48394510 AGCTTGGCCAGGTTCCTAATGTGGTAGCTTAGCATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15578594 37 +  46489110 AGCTTGGCCAGGTTCCTAATGTGGTAGCTTAGCATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1484182.000000
s hg19.chr21     16858376 116 +  48129895 TCACTGAATTGCAATGTAATGCATTAAGAAAGTCGTTCCTTTCTTACCCTGGTTCAGACACATTTCTCTGAGAATCTGAAGGACCAATACAAGATATGCCAATT-AGAGAGTTCAGA
s panTro2.chr21  15578631 116 +  46489110 TCACTGAATTGCAGTGTAATGCATTAAGAAAGTCGTTTCTTTCTTACCCTGGTTCAGACACATTTCTCTGAGAATCTGAAGGACCAATACAAGATATGCCAATT-AAAGAGTTCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15143801 116 +  48394510 TCACTGAATTGCAATGCAATGTATTAAGAAAGTCGTTTCTTTCTTACCCTGGTTCAGACACATTTCTCTGAGAATCTCAAGGACCAATACAAGATACGCCAATT-AAAGAGTTCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165010119 116 - 196418989 TCACTGAATTGCAATGGAATGCATTAAGAAAGTCGTTTCTTTCTTCCCCTGGTTCAGACACATTTCTCTGAGAA-CTGAAGAACCAATACAAGATATGCCAATTAAAAGAGTTCAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16858504 201 +  48129895 CATGGATTAACTAATCAATAATGCTACTTGGTATATTTCAAATTTAACAGAATTTGAAATGGCCTATGGTTACATATCAAGGAGGCATAATTATACAACATATCAAACATCTGTAGGATCAGCCCAGACTAGAACTTACCTATGCATATTTCCTGCATGCATGTGACAGTGTACACTACAAAGAATAAAGTCACCCAGTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15143929 201 +  48394510 CATGGATTAACTAATCAATAATGCTACTTGGTATCTTTCAAATTTAACAAAATTTGAAATGGCCTACGGTTACATATCAAGGAGGCATAATTACACAACATATCAAACATCTATAGGATCAGCCCAGACTAGAACTTACCTATGCATATTTCCTGCATGCATGTGACAGTGTACACTACAAAGAATAAAGTCACCCAGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165010247 201 - 196418989 CATGGATTAACTAATCAATAATGCTACTTGGTATCTTTCAAATTTAACAAAATTTGAAATGGCCTATGGTTACATATCAAGGAGGCATAATTACACAATATATCAAACATCTATAGGATCAGCCCAGACTAGGACTTGCCTATGTATATTTCCTGCATGCCTGTGACAGTGTACACTACAAAGAATAAAGTCACCCAGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16858705 57 +  48129895 AAGCAAGAAGTACAAATCCAAACTGAACTGAAAATAGAGCTCTAGGAAGCCTCAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165010448 57 - 196418989 GAGCAAGAAATACGAATCAAAATTGAACTGAAAATAGAACTCTAGGAAGCCTCAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16858762 48 +  48129895 GCAAGAAGCTATTGCACAAGATGGATCCTTGGTTGAGAAGGGGATTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165010505 48 - 196418989 GCAAGAAGCTATTGCACAAGATGGATCCTTGGTTGAAAAGCGGGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=194063.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165010553 35 - 196418989 TTGCAAGGTTAGACTAGATGAGACCAACCAGCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-3374.000000
s hg19.chr21     16858845 40 +  48129895 AATAAGTTGAATTAAAGGATAGACCAAATAGCTAGGAGAA
s rheMac2.chr3  165010588 39 - 196418989 ACGAAGTTGAATTAAA-GATAGACCAAATAGCTAGGAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-69279.000000
s hg19.chr21     16858885 22 +  48129895 CTTacacacacatgcacacaca
s rheMac2.chr3  165010627 22 - 196418989 CTTATacacacatgcacacaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15144310 22 +  48394510 CTTacacacacaggcacacaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15579139 22 +  46489110 CTTacacacacatgcacacaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-53393.000000
s hg19.chr21     16858907 13 +  48129895 cacatg--------------------------------------------------cacacat
s rheMac2.chr3  165010649 63 - 196418989 cacacgtgcacacgctcacacacacacgcacacacacacgtgcacacgatcacacacacacat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15144332  6 +  48394510 cacacg---------------------------------------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15579161 15 +  46489110 cacatg------------------------------------------------cacacacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-20516.000000
s hg19.chr21     16858920 35 +  48129895 gcatgcgtgcacacacacagg------------------cacacgtgcatgca
s panTro2.chr21  15579176 35 +  46489110 gcatgcgtgcacacacacagg------------------cacacgtgcatgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165010712 53 - 196418989 gcacacacgcacacacacatgcaagcacacatgcgcgcacacacgtgcgcaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15144338  0 +  48394510 C

a score=-126092.000000
s hg19.chr21     16858955 36 +  48129895 tgcacaca--------------------cac----gcacacacatgcacacacccatgtg
s rheMac2.chr3  165010765 56 - 196418989 cgcacacacaagtgcacacacatgcatgcac----gcacacacacgcacacacccacgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15144338 22 +  48394510 ----------------------------cac----acacccacgtgcacacac------a
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15579211 36 +  46489110 cgcacgca--------------------cacgcatgcacacacatgcacacacac----g
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-81958.000000
s hg19.chr21     16858991 32 +  48129895 cacacacacacgcacacata--cacaagtaca--ca
s rheMac2.chr3  165010821 36 - 196418989 cacacacccatgcacacgcacgcataagcgcatgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15144360 32 +  48394510 cacgcacacacgcacacata--cacaagcaca--ca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15579247 30 +  46489110 cgcgcgcacacacacacat----acaagtaca--ca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-40119.000000
s hg19.chr21     16859023 26 +  48129895 cacgcatgtgcgcacgcacacacaTT
s rheMac2.chr3  165010857 26 - 196418989 cacgcacatgcacacgcacgcacaTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15144392 26 +  48394510 cacacatgtgcgcgcgcacacacaTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16859049 26 +  48129895 CTTTTTTAGAAATTACGCAACTCAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16859121 17 +  48129895 TTTGTGTATCC----TGGCAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=635497.000000
s hg19.chr21     16859138 69 +  48129895 CTCCAGAAAATATTGAAAAATGAAGACAGAAGTTCAGTTATTTTTTATCATATAGATGTTTTCCTTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15144511 69 +  48394510 CTCCAGAAAATATTGAAAAATGAAGACAGAAGTTCAGTTATTTTTTATCATATAGATGTTTTCCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=34402.000000
s hg19.chr21     16859207 36 +  48129895 CGAATTCCACATTAGGTTATGAAATTCTACTCTTCG
s panTro2.chr21  15579461  1 +  46489110 C-----------------------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15144580 36 +  48394510 TGAATTCCACATTAGGTTATGAAATTCGACTCTTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16859243 15 +  48129895 GGATTAGAAGAGTAG
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a score=-79104.000000
s hg19.chr21     16859258 14 +  48129895 AATCATATAGATGT
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a score=-61489.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15582867 49 +  46489110 tc------------cattgttagcacagacaatctggtgtggcccaaggcctcccggaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15148016 49 +  48394510 tc------------cattgttagcatagacaatctggtgtggcccaaggcctccaggaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15583098 158 +  46489110 GGCACTACCTTTGCTCTTGTTGGCACCTGTGTAAGAGAATCCAGGGCCTGAACCATTGTCCACT----CAGACCATACACACCTGGTCCAGTTTTGTGCATGCCTCCCTTTTCCACAGTGTGCCACTTGCTATAGTTCTGAACAAAAACTCCCCTGCCCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165015238 18 - 196418989 TGCTGTGTCACTGCATTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15148449 78 +  48394510 CATGCAATAGAAGCTTCCTGATGGAAGCTCGATTTTCTTCTCAGTTCCAGACATGTTTTCAGCCACCGTATCATtgcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165015256 78 - 196418989 CATGCGACACAAGCTTCCTGGTGGAAGCTAGATGTTCTGCTCAGTCCCAGACATGTTTTCAACCACTGCATCATtgcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15583374 47 +  46489110 ttaggttgtggtttccccaaagcagcaccggaggtaagggcttgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165015381  93 - 196418989 gcaagagttcacttgggaggtggctctaagaaacaggagcgagtttccaggaagtgtgggatgaatac--------------------ggggtcggggaggaatccaataaGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15585733 155 +  46489110 GCTGCTCCAGACAGCTTCAAGGCAAATATACTTAGTGTATTACTTTGTATTCTTTGAACAGACAGCAACATAGTTTTTGACAGCTTATTTTCAACAGATAAGCATGAAGACATTGTAAAACAGTCTAAAGGCATTTAGACTGGTGTTAATGATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15150871 155 +  48394510 GCTGCTCCAGACAGCTTCAAAGCAAATATACTTAGTATATTACTTTGTATTCTTTGAACAGACAACAACATAGTTTTTGACAGCTTGTTTTCAACAGCTAAGCATGAAGACATTGTAAAACAGTCTAAAGGCATTTAGACTGGTGTTAATGATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165017674 155 - 196418989 GCTGCTCCAGACAGCTTCAAAGCAAATGTACTTAGTATGTTACTTTGTATTCTTTGAACAGACAGCAACATAGTTTTTGACAGCTTATTTTCAACAGCTAAGCACGAAGACATTGTAAAACAGTCTAAAGGCATTTATGCTGGTGTTAATGATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16865916 47 +  48129895 AGAGAAGAGTAAGACACTTTAGAAAATGAGGAAAAA-TTAAAACTATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15151238 48 +  48394510 AGAGAAGAGCAAGACACTTTAGAAAATGAGGAAAAATTAAAAACTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018042 46 - 196418989 AGAGAAGAGCAAG--ACTTTAGAAAATGAGAAAAAAATTAAAACTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018088 102 - 196418989 GGCTAATTTCATTGGAGAAGGAGAGACTAGAGACACATTCTAATATATACAAGGAGATGAGCATGCCACTTACAATAATTTATTGTCAGTA--TTTTTTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238828.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15151388 24 +  48394510 AGCCTTCTGAAAGTTTTGCATCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018190 24 - 196418989 AGCCTTTTGAGAGTTTTGCATCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15586276 17 +  46489110 GGTGATTTGCCAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15151412 17 +  48394510 GGTGATTTGCCAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018214 17 - 196418989 GGTGATTTGCCAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=-204056.000000
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s panTro2.chr21  15586293 11 +  46489110 -GGGTGGGGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018232 12 - 196418989 GGGGTGGGGGCC
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15151441 26 +  48394510 AAATTTAGGGAGCTACGCTAAAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018244 26 - 196418989 CAACTTAGGGAGCTGCACTGAAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15586330 196 +  46489110 TCTTTGTTTGAAAATAGCACGAGACTCTACAGAAGTATTAAGATAAGAATGCTCCTAGACAGCACAGGCAAGGACTTCACCGCCTCTTCCCCTGCTCACCATTTTACCTCAACCACACAAGCTCTGCTGAC-----TTTTATTGGGGATTAAATGTCTCCAGACTTAAAAAAG--AAAAAAAAAT-GCAATGAAATCCAGATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15151467 203 +  48394510 TCTTTGTTTGAAAATAGCATGAGACTCTACAGAAGTATTAAGATAAGAGTGTTCCTAGACAGCACAGGCAAGGACTTCACCGCCTCTTCCCCTGCTCACCATTTTACCTCAACCACACAAGCTCTGCTGACTTTTTTTTTATTGGGGATTAAATGTCTCCAGACTTAAGAAAGAAAAAAAAAAAT-GCAATGAAATCCAGATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018270 193 - 196418989 CCTTTGTTTTAAAACAGCACGAGGCTGTACAGAAGTATTAAG-----AGCCCTCCCAGAAAGCACAGGCAAGGACTTCACCAACTCTTCCCCTGCTCACCACTTTACCTCAACCACACAAGCTCTGCTGAC----TTTTTATTGGGGATTAAATATCTCCAGACTTAAAAAAG--AAAAACAAATGGCAATGAAATCCAGATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16866339 86 +  48129895 CTGTGCTTGCTCTCAGCCCACTGAAGATGAGAGACAATATAAGCGAACGTTTTAGGGCGACTTCATTTAAGAACATGAAGTGCCTG
s panTro2.chr21  15586526 86 +  46489110 CTGTGCTTGCTCTCAGCCCACTGAAGATGAGAGACAATATAAGCGAACGTTTTAGGGCGACTTCATTTAAGAACATGAAGTGCCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15151670 86 +  48394510 CTGTGTTTGCTCTCAGCCCACTGAAGATGAGAGACAATATAAGCCAACGCTTTAGGGCGACTTCATTTAAGAACATGAAGTGCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018463 86 - 196418989 CCGTGTTTGCTCTCAGCCCACTGAAGATGAGAGACAATATAAGCCAACACTTCAGGGCAACTTCATTTAAGAACATGAAGTGCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15586612 85 +  46489110 AGTAATAAGACGGACTGTGCCCATGGTACCAGGGTCAACTTGACCAGCTGACTAAAACAGCCTGCAACAGCTAAGTGACTACCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15151838 143 +  48394510 AAGCCAAAGAATAAAGCTTTACAGAGGTACAGCTGGTTAGAAATGAGTTCGGTTAGAAGTGA----------GTGTTAATAACTGAGTGCATAAAAGAGAGAGGGAAACAGCACAAGTGAGGGAAGCTGATGGACTCACAATTTGGCTTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018631 137 - 196418989 AAACCAAAGAATAAAGCTTTGCAGAGGTACAGCT----------------GGTTAGAAATGAGTTCAGGGCTGTATTAATAGCTGAGTGCATAAAACAGAGAGGGAAACAGCGCAAGTGAGGGAAGCTGATGGACTCACAATTTGGCTTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018768 58 - 196418989 CCATAGATCAAACGTTGATCAAAGGATAAAAGTGGATCTAAAATGACTCAAAGATTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1083576.000000
s hg19.chr21     16866726 59 +  48129895 ATTGGACAATATGGCATGAGGAATGTGAGGAGCAGCTGGTATTTCAGTTCCATTAAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15152070 59 +  48394510 GTTGGACAATATGCCGTGAGGAATGTGAGAAGCAGCTGGTATTTCAGTTCCATTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018857 59 - 196418989 ATTAGACAATATGGCGTGCGGAATGTGAGGAGCAACTGGCATTTCGGTTTCATTGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16866785 77 +  48129895 CCCCTCCAGCTTACCGTGGGTATTCAACTTGTGCCGGCGTCGATACTTCCACAGGGGAGTTTTCTCCAGGTGGTGCG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15152129 77 +  48394510 CCCCTCCAGCTTACCGTGGGTATTCAACTTGTGCCGGCGGCGATACTTCCACACAGGAGTTTTCGCCAGGTGGTGCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165018916 76 - 196418989 CCCCTCCAGCTTACTGTGGGTATTCAGCTCATGCCGGCGTCCACACTTCCACATGGCGGTTTC-TCCAGGGGGTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15152206 47 +  48394510 ACAGCACAGGCAGGTTGCGCCAGTGAAACTTGATCTCCCCTCACTCA
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s panTro2.chr21  15587049 47 +  46489110 ACAGCACAGGCGGGTTGCGCCGGTGGAACTTGATCTCCCCTCACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165019039 208 - 196418989 TGCCACCCCGACTTTTAAAAAAATCTAAttacaaaatgactggaggaaggaaacgtgtagatgtcatatacccggacc-tccacaatacatttgatccaatgccttgtgaaatccgaactgaaaaagtagtacaagtggatttggacagaaatgctgttgcatggattgaaaactggctcaaagactgtaaacaaagggtaatgacaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16868352 114 +  48129895 TCTTTG-GCCAGAGTGAGCACCACTCTAAG-CAGAGTCTTTCAGAACTTTGGAGCCACTTAATCCTACAGAACTTTTCATTCCTGCCATCATTGGCCTCCACCCAAAATGCACACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165020465 116 - 196418989 TCTTTGTGCCATAGTGAACACCACTCTAAGCCAGAGTCTTTCAGAATTTTGGAGCCACTTAATCCCGCAGAGCTTTTCATTCCTGCCATCGTTGGCCTCCACCCAAAATGCACACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15588660 232 +  46489110 GCCATCGTCATCTGGTCTCTTACATCCTCATCCTCACGCTACTCAGTTTCCTCTCCTATGACTCATCCTTCCATTCCTACTCAATTTCCCGGCCAACCTCCTGGCTTTTGCTCTCATTGTTCCATCTGCCTGCCCTGACTACGTGCTCCACCTGGTGAAAACCCACTGTCCTTTCAAGACTCATCACAATCACCTCTGCAAAGGAGAACCATCACCTGCCTCCCCCTAGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165020581 231 - 196418989 CCCAGCATCATCTGGTCTCTTACATCCTCATCCTCACGCTACTCGGTTTCCTCCCCTATGACTCATCCTTCCATTCCCACTCAACTTCCC-GCCAACCTCCTGGCTTTTGCTCTCATTGCTCCCTCTGCCTGCCCTGACTACATGCTCCACCTGGTGAAAATCCACTGTCCTTTCAAGACTCATCACAGTCAACTCTGCAAAGGAGAACCATCACCTGCCTCCCGCTAGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=229382.000000
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s panTro2.chr21  15588937 63 +  46489110 ATAGGGTGTAAAAATGGAGACGATTGCCAATTTGTGAGAGGTAGCAGCTATGATATAAATGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165020857 63 - 196418989 ATAGGGTGTAAAAATGGAGAAGACTGCCAGTTTGTGAGGTGTAGCAGCTGTGATATAAACGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=420473.000000
s hg19.chr21     16868806 41 +  48129895 taaagaatttctttgcatgtctgctgccactagaatcaaat
s panTro2.chr21  15589000 41 +  46489110 TAAAGAATTTCTTTGCAtgtctgctgccactagaatcaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=372687.000000
s hg19.chr21     16868847 43 +  48129895 ccctctaagggcctagatagttctgtaaccacagctgtatcct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16868890 96 +  48129895 cagtgcctagaacagtatcttccagcacacagtatgttcttactaaatgtttcttaatgaGATAAGCATctctattggaccattagctccttggag
s panTro2.chr21  15589084 96 +  46489110 cagtgcctagaacagtatcttccagcacacagtatgttcttactaagtgtttcttaatgaGATAAGCATctctattggaccattagctccttggag
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s rheMac2.chr3  165021004 96 - 196418989 cattgcctagaacagtatcttccagcacatggtaggttcttaccaaatatttgttaatgaGATAAGCATctctattggaccattagcttcttggag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15154319 216 +  48394510 gc-agaaaaatgtcttctttccccattaccccatagctcctggcacacagttggTTATCATATATGACTGGATAATCACATTAAATTCTTTGTATAG-----TGACTCTCTGGAAACCTTATTTCCCTGTAAATAAATTCGTCTGTTCATTCAAAGCACTTCACCCAGCTCTCCCTCTTTATAGTCACCTCTTTAACCTGATTCTTCCTTA--AGATGAGACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165021100 221 - 196418989 gcaagaataatgtcttctttccccattaccccatagctcctggcacatagttggttatcatatatggctggataaTTACATTAAATTCTTTCTGGAAACTCTGGACTCTCTGGAAACCTTATTTCCCTGTAAATAAATTCCTCTGTTCATTC-AAGCACTTCACCCAGCTCTCCCTACATCTAATCACCTCTTTAACCTGATTCTTCTTTA--AGATGAGACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=35104.000000
s hg19.chr21     16869204 26 +  48129895 CCTATTTTGTCCTCATCAAACAAGGT
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a score=201834.000000
s hg19.chr21     16869230 55 +  48129895 TGCTCATTCTCACAACTCCTTTTATCTGCAACCTAAGGTCAGCCTATTAGTACTT
s panTro2.chr21  15589424 55 +  46489110 TGCTCATTCTCACAACTTCTTTTATCTGCAACCTAAGGTCAGTCTATTAGTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15154561 55 +  48394510 TGCTCATTCTCACAACTCCTTTTATCTGCAACCTAAGATCAGTCTATTAATACTT
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s rheMac2.chr3  165021347 55 - 196418989 TGCTCCTTCTCACAGCTCCTTTTACTTGGAACCTAAGATCAGTCTATTAATACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=77692.000000
s hg19.chr21     16869285 26 +  48129895 CTAGATCCCCATTTCAGCTCAATTTC
s panTro2.chr21  15589479 26 +  46489110 CTAGATCCCGATTTCAGCTCAATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=283363.000000
s hg19.chr21     16869311 46 +  48129895 TTTCCTTCATAGACAAGATTATGGAAAGAGCAGTCTACATTCCAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=150384.000000
s hg19.chr21     16869357 35 +  48129895 CCTTATCAGCCATCAGCTTTCAGTCCCTATTTCTA
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a score=328425.000000
s hg19.chr21     16869392 68 +  48129895 TTGAAATAACTCTTAATAGGGTCAAATGTAATGGACTATTCTTGGAAATATTTCTGGCTACTTCCAGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165021502 68 - 196418989 TTGAAATCACCCTTAATAGGGTCAAATGCAATGGACAATTCTTGGGACTGTTTCCGGCTACTTCCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=666246.000000
s hg19.chr21     16869460 92 +  48129895 CTCAGTTCACGTGTTTCTCAACTTCTCTGTAATATTAGGCATTGCTGCACGAAGTATCTTCCTCTTCCACTTCCTTACTTTCTTCCCACTTC
s panTro2.chr21  15589654 92 +  46489110 CTCAGTTCACGTGTTTCTCAACTTCTCTGTAATATTAGGCATTGCTGCATGAAGTATCTTCCTCTTCCACTTCCTTACTTTCTTCCCATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15154784 92 +  48394510 CTCAGTTCACGTGTTTCTCTACTTCTCTGTAATATTAGGCATTGCTGCATGAAGTATctccctcttccacttccttactttcttcccacttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165021570 92 - 196418989 CTCAGTTCACGTGTTTCTCAATTTCTCTGTAATATTAGGCATTGCTGTATGAAGTATCTTCCTCCTCCACTTCCTTACTTTCTCCCCACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8671.000000
s hg19.chr21     16869552 17 +  48129895 TCTGTTCTAATTTTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15589763 43 +  46489110 AGACTTTTGGAAGTGCCTTGCCTTCTATTTTATTCTTTACCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15154893 43 +  48394510 agacttttggaagtgccttgccttctattttattctttacctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165021722 53 - 196418989 GCATTCTGTCCTGACACCTCTAAACCTTATTCTCTGGTTCAACTAACACCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15589806 53 +  46489110 GCATTCTGTCCTGACACCTCTAAACCTTATTCTCTGGTTCAACTAACACCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=328467.000000
s hg19.chr21     16869665 35 +  48129895 ACAATGATGAACATTAAGTTCATTCCTCTTCTAAG
s rheMac2.chr3  165021775 35 - 196418989 ACAGTGACGAATGTTAAGTTCATTCCTCTTCTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=212023.000000
s hg19.chr21     16869700 21 +  48129895 GTCTAGTTTTATTTATCCCTC
s rheMac2.chr3  165021810 21 - 196418989 GTCTAATTTTATTTATCCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=690688.000000
s hg19.chr21     16869721 76 +  48129895 TGTCTCTGGAAAGCTCCACTTGGATAATCTAAAACACTTCAAAATCAGTTTTTATAAGGTAGGATGCATTATGTAT
s rheMac2.chr3  165021831 76 - 196418989 TGTCTCTGGAAAGCTCCACTTGGGTAAAGTAAAACACTTCAAAATCAATCTTCATAAGGTAGAATGCATTATGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155045 76 +  48394510 tgtctctggaaagctccacttggataatctaaaacacttcaaaatcagtctttataaggtagaatgcgttatgtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15589915 69 +  46489110 TGTCTCTGGAAAGCTCCACTTGGATAATCTAAAACACTTCAAAATCAGTCTTTATAAGGTAGAATGCAT-------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=360763.000000
s hg19.chr21     16869797 50 +  48129895 TTCCCCTAACTCTTCTCTTCCTGTAGTAGTGTCTTACTTAATCAGTAGTA
s rheMac2.chr3  165021907 50 - 196418989 TTCCCCTAATTCTTCTCTTCCTGTTGTAGTATCTTACTTAGTCAGTAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15589984 44 +  46489110 ------TAACTCTTCTCTTCCTGTTGTAGTATCTTACTTAATCAGTAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=137465.000000
s hg19.chr21     16869847 20 +  48129895 CCCCCAATTATCCTCTTTTC
s panTro2.chr21  15590028 20 +  46489110 CCCCCAATTATCCTCTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=762934.000000
s hg19.chr21     16869867 108 +  48129895 TGAGCCACAAACCTGGCAGATATTTCTAGACAACCTTCA-TTTT--TTTCCTCTATATCCAATTTCTGCCATTCCACATCTAAGGCCCAATGTCTGCCATTCTGCTTCCAA
s panTro2.chr21  15590048 108 +  46489110 TGAGCCACAAACCTGGCAGATATTTCTAGACAACCTTCA-TTTT--TTTCCTCTATATCCAATTTCTGCCATTCCACATCTAAGGCCCAATGTCTGCCATTCTGCTTCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155191 109 +  48394510 tgagccacaaacctggcagatatttctagacaaccttcattttt--tttcctctatatccaatTTCTGCCATTCCACATCTAAGGCCCAATGTCTGCCATTCTGCTTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165021977 110 - 196418989 CGAGCCACAAACCGGGCAGATATTTCTAGACAACCCTCA-TTTTTGTTCCCTCTATATCCAATTTCTGCCATTCTACATCTAAGACCCAATGTCTGCCATTCTGCTTCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=901774.000000
s hg19.chr21     16869975 112 +  48129895 TATTACTTTCACATCCATGCCTTCTTCTTCATCCTTATGACTACTACGTGAAAATTGGCTCTAATCACCTTTTTCCTGTTTAACAAAGATAAAAATGACTTCTGCATGAGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155300 112 +  48394510 TATTACTTTCACATCCATGCCTTCTTCTTCATCCTTACGACTACTATGTGAAAATTGGCTCTAATCACCTTTTTCCTGTTTAACAAAGATAAAAATGACTTCTGCATGAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022087 111 - 196418989 TATTACTTTCACATCCATGCCTTCTTCTTCATCCTTACGACGACTCTGTGAAAATCGGCTCTAATCACC-TTTTCCTGTTTAACGAAGATAAAAATGACTTCTGCATAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=538993.000000
s hg19.chr21     16870087 67 +  48129895 TTTGTTATGTGTCCTTCTCCCCTTTGCAGGATTCACTTAAGAACCATCTGCTGTGCCCATAGTGATA
s panTro2.chr21  15590268 67 +  46489110 TTTGCTATGTGTCCTTCTCCCCTTTGCAGGATTCACTTAAGAACCATCTGCTGTGCCCATAGTGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155412 67 +  48394510 TTTGCTATGTGTCCTTCTCCCATTTGCAAGATTCACTTAAGAACCGTCTGCTGTGCCCATAGTGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022198 61 - 196418989 TTTGCTATGTGTCCTTCTTCCCTTTGCAGGATTTACTTAAGAACTATCTGCTGTG------GTGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=717947.000000
s hg19.chr21     16870154  99 +  48129895 ATGGTTTAAAAGAATTGAAAATCAGAAATAACTAGAAATAGGGCCAAGAA--AGAGAAA-AAAGGTAGTGGGGAGAAGGAACACATCCAGGAAA-CAAGGAGA
s panTro2.chr21  15590335 101 +  46489110 ATGGTTTAAAAGAATTGAAAATCAGAAATAACTAGAAATAGGGCCAAGAAAGAGAGAAA-AAAGGTAGTGGGGAGAAGGAACACATCCAGGAAA-CAAGGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155479 101 +  48394510 ATGGTTTAAAAGAATTGAAAATTAGAAATAACTAGAAATAGGGCCAAGAAAGAGAGAAA-AAAGGTAGTGGGGAGAAGGAACACATCCAGGAAA-CAAGGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022259 103 - 196418989 ATGGTTTAAAAAAATTGAAAATTGGAAATAACTATAAATAGGGCCAAGAAAGAGAGAAAGAAAGGTGGTGGGGAGAAGGTACACATCCAGGAAAGCAAGGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138218.000000
s hg19.chr21     16870253 70 +  48129895 TGAGTTTTTTAAAAAAAGTTTACACCTGAACTGAGGGTGGAAAAAAGTTTTCAGTGTAGTGCTAGGGTTT
s panTro2.chr21  15590436 70 +  46489110 TGAGTTTTTTAAAAAATGTTTACACCTGAACTGAGGGTGGAAAAAAGTTTTCAGTGTAGTGCTAGGGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155580 70 +  48394510 TGAGTTTTTTAAAAAAAGTTTACACCTGAACCGAGGGTGGAAAAAAGTTTTCAGTGTAGTGCTAGGGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022362 68 - 196418989 AGAGTTTTTTAAAAA--GTTTACACCTGAACTAAGGATGGAAAAAAGTTTTCAGCGTAGTGCTAGGGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=575206.000000
s hg19.chr21     16870323 96 +  48129895 GATAGAAATAGAAAGGTGAGTGAAGAACGATGATCTAATACTATTCCTGAAATTCTAATAAAGGCTTATGTTGCATTTAAACATTTTCAGGGGCAA
s panTro2.chr21  15590506 96 +  46489110 GATAGAAATAGAAAGGGGGGTGAAGAACGATGATCTAATACTATTGCTGAAATTCTAATAAAGGCTTATGTTGCATTTAAATATTTTCAGGGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155650 96 +  48394510 GATAGAAATAGAAAGGTGAGTGAAGAATGATGATCTAATACTATTCCTGAAATTCTAATAAAGGCTTATGTTGCATTTAAATATTTTCAGGGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022430 96 - 196418989 GATAGAAATAGAAAGGTGAGTGAAGAAAGATGATCCAATACTATTCCTGAAATTCTAATAAAGGCTTATGTTGCATTTAAATATTTTCAAGGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=957199.000000
s hg19.chr21     16870419 140 +  48129895 AAGTTGTGTTTATTTGATGATGGCATCACAAAGAGACCGGTCCACATGAAGACCAAGGTTTACACGATCCACAGTTgaatattgcagtagccttctctctaatgtcctcgatactcccttcaaacttccacttggatatc
s panTro2.chr21  15590602 140 +  46489110 AAGTTGTGTTTATCTGATTATGGCATCACAAAGAGACCGGTCCACATGAAGACCAAGGTTTACACGATCCACAGTTgaatattgcagtagccttctctctaatgtcctcgatactcccttcaaacttccacttggacatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155746 140 +  48394510 AAGTTGTGTTTATTTGATTATGGCATCACAAAGAGACCGGTCCACATGAAGACCAAGATTTACATGATTAGCAGTTGAATATTGCAGTAGCCTTCTCTCTAATGTCCTCAATACTCCCTTCAAACTTCCACTTGGATATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022526 140 - 196418989 AAGTTGTGTTTATTTGATTATGGCATCACAAAGAGATCGGTGCACATGAAGACCAAGGTTTACACGGTCCACAGTTGAATATTGCAGTAACCTTCTCTCTAATGTCTTCAATACTCCCTTCAAACTTCCACTTGGATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=443616.000000
s hg19.chr21     16870559 51 +  48129895 agagtgacattttaaagatgcagacctgatcatgacaatgccttgttta-aa
s panTro2.chr21  15590742 52 +  46489110 agagtgacattttaaagatgcagacctgatcatgacaatgccttgtttagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155886 52 +  48394510 ACAGTGACATTTTAAAGATGCAGACCTGATCATGACAATGCCTTGTTTAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022666 52 - 196418989 AGAGTGACATTTTAAAGATGCAGACCTGATCATAACAATGCCTTGTTTAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1067642.000000
s hg19.chr21     16870610 136 +  48129895 attttAAGCAATTTATCCAAACTGTTACAAAAAGTTCAAGCTCCTGATTTAGGTATAATTGCTGTTTATAATATGACTCTTGCCCAAACATGTCACCAAATCTTCAGACACTCCCCAGAACTAAAACCATTCTGAA
s panTro2.chr21  15590794 136 +  46489110 ATTTTAAGCAATTTATCCAAACTGTTACAAAAAGTTCAAGCTCCTGATTTAGGTATAATTGCTGTTTATAATATGACTCTTGCCCAAACATGTCACCAAATCTTCAGACACTCCCCAGAACTAAAACCATTCTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15155938 136 +  48394510 TTTTTAAGCAATTTATCCAAACTGCTACAAAAAGTTCAAGCTCCTGATTTAGGTATAATTGCTGTTTATAATATGACTCTTGCCCAAACATGTCACCAAATCTTCAGACACTCCCCAGAACTAAAACCATTCTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022718 136 - 196418989 TTTTTAAGCAATTTATCCAAACTGTTACAAAACACTCAAGCTCCTGATGTAGGTATAATTGCTGTTTATAATATGACTCTTGCCCAAACATGTCACCAAATCTTCAGACACCCCCCAGAACTAAAACCATTCTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=87827.000000
s hg19.chr21     16870746 31 +  48129895 TAGTTAGCAGTCAGTCCTCTGAAGACACACC
s panTro2.chr21  15590930 31 +  46489110 TAGTTAGCAGTCAGTCCTCTGAAGACACACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156074 31 +  48394510 TAGTTAGCAGTCAGTCCTCTAAAGACACACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022854 31 - 196418989 TAGTTAGCAGTCAGTCCTCTGAAGACATGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=216561.000000
s hg19.chr21     16870777 34 +  48129895 ACTTTACATATGATTTTTTCCTCTATTTTAAATA
s panTro2.chr21  15590961 34 +  46489110 ACTTTACATATGATTTTTTCCTCTATTTTAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156105 34 +  48394510 ACTTTACATATGAATTTTTCCTCTATTTTAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022885 34 - 196418989 ACTTTACATATGATTTTTTCCTCTGTTTTAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212372.000000
s hg19.chr21     16870811 36 +  48129895 TTCTCCTTTCCTTCTTCACATCAACCAATTTCTATT
s panTro2.chr21  15590995 36 +  46489110 TTCTCCTTTCCTTCTTCACATCAACCAATTTCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156139 36 +  48394510 TTCTCCTTTCCTTCTTCACATCAACCAATTTCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022919 36 - 196418989 TTCTCCTTTCCTTCTTCACATCAACCAATTTCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175147.000000
s hg19.chr21     16870847 38 +  48129895 TGTATTCAAATCCCATACAAATGACTACTCTTAGAAGC
s panTro2.chr21  15591031 38 +  46489110 TGTATTCAAATCCCATACAAATGACTACTCTTAGAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156175 38 +  48394510 TGTATTCAAATACCATACAAATGACTACTCTTAGAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165022955 38 - 196418989 TGTATTCAAATCCCATACAAATGACTACTCTTACAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1728.000000
s hg19.chr21     16870885 50 +  48129895 CCAATGCACTGTCCATT-CCAcaaatgactactcttaaaaagccttctttg
s panTro2.chr21  15591069 42 +  46489110 CCAATGCACTGTCCATTGCCACAAATGACTACTCTTAAAAAG---------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156213 17 +  48394510 CCAATGCACTGTCCATT----------------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 18
s rheMac2.chr3  165022993 51 - 196418989 CCAATGCACCATCCATTGCCACAAATGACTACTCTTAAAAAGCCTTCTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-2150.000000
s hg19.chr21     16870935 37 +  48129895 acacctgagtctgagtcagatacAAATGAC------------------------------------------TACTCTT
s ponAbe2.chr21  15156248 79 +  48394510 ACACCTGAGTCTGAGTCAGATACAAATGACTACTCTTAGAAGCCCAATGCACTGTCCATGGCCACAAATGAGTActctt
i ponAbe2.chr21 I 18 C 0
e rheMac2.chr3  165023044  0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  15591111  0 +  46489110 C

a score=80583.000000
s hg19.chr21     16870972 32 +  48129895 AAAAATCCTTCTTTGACACCTGAGTCTGAGTC
s panTro2.chr21  15591111 26 +  46489110 ------CCTTCTTTGACAACTGAGTCTGAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156327 32 +  48394510 aagaagccttctttgacccctgagtctgagtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023044 17 - 196418989 ---------------ACACCTGAGGCTGAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=920472.000000
s hg19.chr21     16871004 156 +  48129895 AGATGATTAGCCCCATTCTCACAGTAAACAGGTCCCATAAACTTCATGACCCTCCTTTCCTTCCTCCTCCTTGAGACAGCCAACTTTACCAGTTTAATTTTTGCCTGTAATAATTTTTTTCAGAGTATTTATAAACACTGTGTGCAATGTGTACAT
s panTro2.chr21  15591137 156 +  46489110 GGATGATTAGCCCCATTCTCACAGTAAACAGGTCCCATAAACTTCATGACCCTCCTTTCCTTCCTCCTCCTTGAGACAGCCAACTTTACCAGTTTAATTTTTGCCTGTAATAATTTTTTTCAGAGTATTTATAAACACTGTGTGCAATGTGTACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156359 155 +  48394510 agatgATTAGCCCCATTCTCACAGTAAACAGGTCCCATAAACTTCATGACCCTCCTTTCCTT-CTCCTCCTTGAGACAGCCAAATTTACCAGTTTAATTTTTGCCTGCAATAATTTTTTTCAGAGTATTTATAAACACTGTGTGCAATGTGTACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023061 156 - 196418989 AGAAGATTAGCCCCATTCTCACAGTAAACAGGTCCCATAAACTTCATGACCCTCCTTTCCTTCCTCCTCCTTGAGACAACCAACTTTCCCAGCTTAATCTTTGCCTGCAATAATTTTTTTCAGAGTATTTATAGACACTGCATGCAGTGTGTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=812898.000000
s hg19.chr21     16871160 115 +  48129895 TTTACAAAACTGGATGACATATATTATAAAGCTGATCAGCAAGAATATAGATAGGACAGTAGCCTGAATTCTTTCAAACGAAAAGATGAATAAAGACCTGCCATAACAAATAGTA
s panTro2.chr21  15591293 115 +  46489110 TTTACAAAACTGGATGACATATATTATACAGCTGATCAGCAAGAATATAGATAGGACAGTAGCCTGAATTCTTTCAAACAAAAAGATGAATAAAGACCTGCCATAACAAATAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156514 115 +  48394510 TTTACAAAACTGGATTACATGTAGTATAAAGCTGATCAGCAAGAATATAGATAGGACAGTAGCCTGAATTCTTTCAAACAAAAAGATGAATAAAGACCTGCCATAACAAATAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023217 115 - 196418989 TTTACAAAACTGGATTACATATATTATAAAGCTGATCAGCAAGAATATAGATAGGATGGTAGCCTGAATTCTTTCAAACAAAAAGATGAATAAAGACCTGCCATAACAAATAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=342345.000000
s hg19.chr21     16871275 79 +  48129895 AGAATATACTACCTCTTAAGGTGAACTGAGTGTTAGAGGCATATGAAGTTTTATACAGTCAAGTAGGTTTATGTAGACT
s panTro2.chr21  15591408 79 +  46489110 AGAATATACTATCTCTTAAGGTGAACTGAGTGTTAGAGGCATATGAAGTTTTATACAGTCCAGTAGGTTTATGTAGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156629 79 +  48394510 AGAATATACTATCTCTTAAGGTGAACTGAGTGTTAGAGGCATATGCAGTTTTATACAGTCCAGTAGGTCTATGTACACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023332 79 - 196418989 AGAATATACTATCACTTAAGGTGAACTGAGTATTAGAGGCATATGAAGTTTTATACAGTCCATTAGGTCTATGTAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=376165.000000
s hg19.chr21     16871354 48 +  48129895 CCATGAATGACAAAGGGAATTAGAGATGCTCTGAAGACAGTATTTAAA
s panTro2.chr21  15591487 48 +  46489110 CCATGAATGACAAAGGGAATTAGAGACGCTCTGAAGACAGTATTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156708 48 +  48394510 CCATCAATGACAAAGAGAATTAGAGATGCTCTGAAGACAGTATTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023411 48 - 196418989 CCATGAATGACAAGGGGAATTAGAGACGCTCTGAAGGCAGTGTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=254884.000000
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s panTro2.chr21  15591535 66 +  46489110 AATCAGTGAATAAGGATGAAGTCTTCAGCAAAAGGGTCAGAAAAGCCacatacatacttggtaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156756 66 +  48394510 AATCAGTGAATAAGGGTGAAGTCTCCAGCAAAGGGGTCAGAAAAGCCacatacatacttggtaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023459 66 - 196418989 AATCAGTGAGTAAGGGTGAAGTCTTCAGCGAAGGGGTCAGAAAAGCCACATACATACTTGGTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409422.000000
s hg19.chr21     16871468 99 +  48129895 gaagactcagcttcctatctcaaaacaaaaatataataaatctcatatggattaaatgctagaatgtaaatataaaaccataaaagtacttgaataaaa
s panTro2.chr21  15591601 99 +  46489110 gaagactcagctttctatctcaaaacaaaaatataataaatctcatatggattaaatgctaaaatgtaaatataaaaccataaaagtacttgaataaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156822 99 +  48394510 gaagactcagcttcctatctcaaaacaaaaatataataaatctcatacggattaaatgctagaatgtaaatataaaaccataaaagtacttgaataaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023525 94 - 196418989 GAAGGCTCAGCTTCCCACCTGAAAACAAAAATATAATAAATCCCATATGGATTAAATGCTAGAATGTAAATATAAAACCATAAAAGTACTTGaa-----
i rheMac2.chr3  C 0 I 5

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s panTro2.chr21  15591700 77 +  46489110 tatagaaaattatttttat---ATTTGCATAAAGAAACCCCTTCTTAGTGCAACTTGAAGATCAAATGCCTTAAAGAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15156921 74 +  48394510 tatagaaaattatttttat---ATTTGCATAAAGAAATCCCTTCTTAGTGCAACATGAAGATCAAATGCCTTA---AAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023624 71 - 196418989 ---------ttatttttattaaatttGCATAAAGAAATCCCTTCTTAGTGCAACTTGAAGATCAATTGCCTTAAAGAAGA
i rheMac2.chr3  I 5 C 0

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s hg19.chr21     16871644 19 +  48129895 AGACTAGTTTGAGTAGCTA
s rheMac2.chr3  165023695 19 - 196418989 AGACTAGTTTGAGTAGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15591777 19 +  46489110 AGACTAGTTTGAGTAGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-108192.000000
s hg19.chr21     16871663 21 +  48129895 AAAAAAAGTACAATTTTATGC
s rheMac2.chr3  165023714 21 - 196418989 AAAATAAGTAAAATTTTATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15157014 21 +  48394510 AAAAAAAGTACAATTTTGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15591796 21 +  46489110 AAAAAAAGTACAATTTTATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16871684 34 +  48129895 TTTAAAACTATATTTTTTCATGATAGTTGTTTCC
s panTro2.chr21  15591817 34 +  46489110 TTTAAAACTATATTTTTTCATGATAGTTGTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15157035 33 +  48394510 TTTAAAACTATATTTTTTCATGATAGTT-TTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=526735.000000
s hg19.chr21     16871718 51 +  48129895 TTTAAATGTTATAAAACATGACTTTTCTGCTTTGTCTCTGACCACGTCTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023820 45 - 196418989 GTAAAAATGACGGAAGAGCTATTGCTTCAATCAGTTAGAAGAAAT
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s hg19.chr21     16871814 65 +  48129895 ATTTATAGATGATCAATATTGGCCTCTGAATGTAAACTGCAATATCTACCTGACTAACCAAAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15157164 65 +  48394510 ATTTATAGATGATCAATATTGGCCTCTGAATGTAAACTGCAATATCTACCTGACTAACCAAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1346909.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165023930 161 - 196418989 ATTGATATCTATCTTGTTTATGAAATTTTTCTATCCTGGAAATTTTGTGATTCCTGGCACATATTGTTCTACTGTTTTATCACACTCTTCGTGTTTATCAGGTTTTTTCACATTTGTGTATCCATGGATATACAAATCAATGATTTTCTTCCTCCCGATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165024091 37 - 196418989 AATATAGTTGTGGAATTTAAGAATTTAGCA-TCATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=385304.000000
s hg19.chr21     16872078 48 +  48129895 TTTCTATTCACCTTCTCTCCTTAAGACTAAGTAATTATAGTTCCTACT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15157428 48 +  48394510 TTTCTATTCACCTTCTCTCCTTAAGACTAAGTAATTATAGTTCCTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15592211 48 +  46489110 TTTCTATTCACCTTCTCTCCTTAAGACTAAGTAATTATAGTTCCTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=692305.000000
s hg19.chr21     16872217 39 +  48129895 AAGGGTAGCCTGAGACGGAAATCTAAGAATCAGAAGTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=162257.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=167344.000000
s hg19.chr21     16872282 57 +  48129895 GACAATCAAGACCAAGAGGCAGAACTGGGGCATGCAGCAGCTGAGGACAAAGTAGTT
s rheMac2.chr3  165024332 43 - 196418989 GGCAATCAAGACCAAGAGGCAGAACTGGGGCATGCAGCAGCTG--------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15157632 57 +  48394510 GACAATCAAGACCAAGAGGCAGAACTGGGGCATGCAGCAGCTGAGGACAAAGTAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16872339 30 +  48129895 CCCAGAGCTGTAGAATGCATTGAGGCCAAA
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s rheMac2.chr3  165024402 223 - 196418989 TCAGTGGACACGTACCACCAGCCACAATCTAAAGTGAGAAGATCGATAGAGGAAAGAAGGTAAGGCAAGGTCATGATGGAAAACTTAAACACTTCTGTTCAAAGTAAGCATCTGAAGGGAGACTCATGTGCCTCAGGCACTTAGTGAGAGGACTTGGAAGAAAATTGAGGGATTATAGGAAGCCGTAAGTGTGGCCAGCCTGAGAGACTCATATGAGCCAGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=508255.000000
s hg19.chr21     16872591 48 +  48129895 GTTAATTCTATCTTTTCCTAATCAATTCCAGCTATCTCTCCAGACTCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15159952 195 +  48394510 caggtttgtttctctgctgagggctgcattctccagaggggagaaatgttgtgtcttcacatggcagaagatggaagtgagagaacccactctcaaag-------------------ccctttttaaaaggaccctaattcattcatgagagaggagcccttatgatctaatcactcccagaagcacaaccttttaatacaagcacattgctga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165026634 214 - 196418989 caggtttgtttctctgctgagggctgcattcttcagaggggagaaattctgtgtcctcacatggcagaagatggaagggagagaactcactctcaaagggagaacccactctcaaagccctttttaaaaggaccctaattcattcatgagggaggaacccctatgatctaatcactcccagaagcacaaccttccaataccagcacctcgttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165026848 44 - 196418989 ctgggttttaacatgaatttttgagggaacatcatattcaggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15160147 44 +  48394510 ctgggttttaacatgaatttttgagggaacatcatattcaggtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15594933 44 +  46489110 ctgggttttaagatgaatttttgagggaacatcatattaaggtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16874842 189 +  48129895 ataacaAAAAgtaagagcagaaggaagaagaacaatacagaagctattggtataattctgttaactggtggtggattttctgggtgatgagaaatcatcagattctgaacaGGAACCAAAGGATCACTCCGTTGCTGATTGAAGCGTTTGAAGACCTAGCCAACGATTGGAATTGTCATTTTAAACTTC
s rheMac2.chr3  165026892 189 - 196418989 ataacaagaagtaagagtagaagaaagaacaacaattcggaagctattggtataattctgttaagtgatggtgggttttttgggtgatgagaaatcatcagattctgaataGGAACCAAAGGATCACTCTGTTGCTGATTGAAGCATTTGAGGACCTAGTCAACAATTGGAATTGTCCTTTTAAACTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15594977 189 +  46489110 ataacaAAAAgtaagagcagaaggaagaagaacaatacagaagctattggtataattctgttaactggtggtggattttctgggtgatgagaaatcatcagattctgaacaGGAACCAAAGGATCACTCCGTTGCTGATTGAAGCGTTTGAAGACCTAGCCAACGATTGGAATTGTCATTTTAAACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15160380 126 +  48394510 ATCACTTACTCAAGCACACTTATAGCTCATAAATATATACTATTCTTCTTTCTAATATTTATAAACATTTAGAGGCAGACTGGAAAAAAGTATATTCTAATTCATGTTGAGAAGAGAAAAAAAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15160610 32 +  48394510 TAATAGGATGAGACTAGGGACAAGCTAGGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165027306 32 - 196418989 TAATAGGATTAGACTAGGGACAAGCTAGGAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=602764.000000
s hg19.chr21     16875292 97 +  48129895 ACAGAAACTATAGTAAAGAGAATTCTAGTATGTAGCCTTACCtaaaaatgtataaaaattacatataaaatattactattaaaaGGTCATTATATTT
s panTro2.chr21  15595427 96 +  46489110 ACAGAAACTATAGT-AAGAGAATTCTAGTATGTAGTCTTACCTAAAAATGTATAAAAATTACATATAAAATATTACTATTGAAAGGTCATTATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15160642 97 +  48394510 ACAGAAACTATGGTAAAGAGAATTCTAGTATGTAGCCTTACCtaaaaatgtataaaaattatatataaaatattactattaaaaGGTCATTATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165027338 97 - 196418989 ACAGAAACTATAATAAAGAGAATTATAGTATGTAGCTTTACCtataaatgtataaaaactatatataaaatattactattaaaaGGTCATTATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15595523 169 +  46489110 CATA-TTTTGGGAAtgtattaggtatccagcagtgtctaacatattacccccaaaactcaccagctttaaaaaagaaacacttataattgcatagcttctgtgaactagaaatctagacacagcttagctgcatacccctgggttgatgtctctcaaaaggtttcagtaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15160739 170 +  48394510 CATACTTTTGGGAAtgtattagatatccagcagtgtctaacatattacccccaaaactcaccagctttaaaaaagaaacacttataattgcatagcttctgtgaactagaaatctagacacagcttagttgggtacctctgggttgatgtctctcaaaaggtttcagtaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165027435 170 - 196418989 CATACCTTTGGGAAtgtattaggtatccatcagtgtctaacatattgcccccaaaactcaccaactttaaaaaagaaacacttataattgcatagcttctgtgaactagaaatccagacacagcttagctgggtacctctgggttgacgtctctcataaggtttcagtaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16875559 92 +  48129895 agatgtctgcctggggtataagcttctcaaatcggggaggatccacttccaagctcacttgtgtcactttggcagccctcaaatgctcaagg
s panTro2.chr21  15595692 92 +  46489110 agatgtctgcctggggtataagcttctcaaatcagggaggatccacttccaagctcacttatgtcgctttggcagccctcaaatgctcaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15160909 91 +  48394510 agatgtctgcctggggtatagtcttctc-aattggggaggatccacttccaagctcacttatgtcgctttggcagccctcaaatgctcaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165027605 92 - 196418989 acatgtttgcctggggtatagtgttctcaaatcggagaggatccacttccaagctcacttatgtggctttggcaggcttcagatgctcaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15595784 39 +  46489110 ttatctccagattttactgccatgttatgtggttcctcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165027697 39 - 196418989 tcatctccagattttgctgccacgctatgtggttcctcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15161039 50 +  48394510 atagggctattcacaacttgatagcttgtttctcctaagaaagagaagac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165027736 50 - 196418989 ataaggctattcacaacttgatagcttgtttctcccaagaaagagaagac
i rheMac2.chr3  C 0 I 6

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 6 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15161225 123 +  48394510 gccccataatcaagagaaggaaggggattgattatacaagtacatgaatcctagaaggttatcactggggccatttttgagattccctgccacGGTACACTCAATAGCACAAGAATTAAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15596009 123 +  46489110 gccccataatcaagagaaggaaggggattgattatacaaggacatgaatcctagaaggttatcactggagccatctttgagattccctgccaTGGTACACTCAACAGCACAAGAATTAAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16880478 22 +  48129895 TAACACAGAAGAAAGGGAGCAG
s panTro2.chr21  15600537 22 +  46489110 taacacagaagaaagggagcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15165774 22 +  48394510 taacatagaagaaagggagcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165032464 22 - 196418989 TAACACAGAAGAAAGGGAGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=457067.000000
s hg19.chr21     16880500 103 +  48129895 TCAAGACTGATACTTAGAGTTCCAGTTTTTGCCAGtgggcaagaggtgaaatggagcaggttaataaaaaagaggatctcagttatgtgactgttgactttga
s rheMac2.chr3  165032486 103 - 196418989 TCAAGACTGATGCTTGGAGTGCCAGTTTTTGTCAGTGGGCAAGAGGCGAAATGGAGCAGGTTAATGAAAAAGAAGATCCCAGTTATGTGACTGTTGACTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15165796 103 +  48394510 tcaagactgatacttagagttccagtttttgccagtgggcaagaggtgaaatggagcaggttaataaaaaagaggatctcagttatatgtctgttgactttga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15600559 103 +  46489110 tcaagactgatacttagagttccagtttttgccagtgggcaagaggtgaaatggagcaggttaataaaaaagaggatctcagttatgtgactgttgactttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=277645.000000
s hg19.chr21     16880603 36 +  48129895 tgaatctattgaacatgcaagagacatcttgtggga
s rheMac2.chr3  165032589 36 - 196418989 TGAATCCATTGAACATGCGAGAGACATCTTGCGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15165899 36 +  48394510 tgaatctattgaacatgcaagagacatcttgtggga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15600662 36 +  46489110 tgaatctattgaacatgcaagagacatcttgtggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=27108.000000
s hg19.chr21     16880639 54 +  48129895 agagggatttccagttctaacatttagaggagatgacaaattgggggagtcttc
s rheMac2.chr3  165032625 54 - 196418989 AGAGGGATTTCCAGTTCTAACCTTGAGAAGAGAGGATAAAGTGGGGGAGTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15165935 54 +  48394510 agagggatttccagttctaacatttagaggagatgacaaattgggggaatcttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15600698 54 +  46489110 agagggatttccagttctaacatttagaggagatgacaaattgggggagtcttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=643484.000000
s hg19.chr21     16880693 121 +  48129895 accagatagatagaggatttttgaaaccacaacaggaatggagggagacaattcttagaaattatgcaaattgaaatgagactatttaagatagaaccctgggaaatacgaaaatttcagg
s panTro2.chr21  15600752 121 +  46489110 accagatagatagaggatttttgaaaccacaacaggaatggagggagacaattcttagaaattatgcaaattgaaataagactatttaagatagaaccctgggaaatacgaaaatttcagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15165989 121 +  48394510 accagatagatagagggtttttgaaaccacaagaggaaaggagggagacaattcttagaaattatgcaaattgaaataagactatttaagatagaaccctgggaaatacaaaaatttcagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165032679 121 - 196418989 ACTGGATAGATAGAGGGTTTTTGAAACCACAACAGGAAAGGAGGGAGACAATTCTTAGAAATTATGCAAATTGAAATGAGACTATTTAATATAGAACCCTGGGAAATACCAAAATTCCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16880814 78 +  48129895 attctacaaaggaatctttgatttcaatgcaattagatgggatggagagagagtgtggcattagggaacaaaaagggt
s panTro2.chr21  15600873 78 +  46489110 attctacacaggaatctgtgatttcaatgcaattagatgggttggagagagaatgtggcattagggaacaaaaagggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15166110 78 +  48394510 attctacaaaggaatctgtgatttcaatgcaattagatgggatggagacagagtgtggcattagggaacaaaaagggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165032800 78 - 196418989 ATTCTACAAAGCAACCTGTGATTTCAATGCAATTAGATAGGATGGAGAGAGAGTGTGGCATTACGGAACAAAAAGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409157.000000
s hg19.chr21     16880892 96 +  48129895 actcaacaatggaaagaggagcagggagatcaaaaaggaaatgcttcactgacttagcagcaagacaatcgttgatgcctttggcaagatcagttt
s rheMac2.chr3  165032878 96 - 196418989 ACTCAACAATGGAAAGAGGAGCAGGGAGACCAAAAAGGAAAGGCTTCACTGACTTAGCAGCAAGACAATCGTTGAAGACTTTGGCAAGGTCAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15166188 96 +  48394510 actcaacaatggaaagaggagcagggagatcaaaaaggaaatgcttcactgacttagcagcgagacaatcgttgatgcctttggcaagatctgttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15600951 96 +  46489110 actcaacaatggaaagaggagcagagagatcaaaaaggaaatgcttcactgacttagcagcaagacaatcgttgatgcctttggcaagatcagttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=342777.000000
s hg19.chr21     16880988 48 +  48129895 ctatgggtgttgagagcaaaagccaaattgaaaggggttgaagagtga
s panTro2.chr21  15601047 48 +  46489110 ctatgggtgttgagagcaaaagccaaattgaaaggggttgaagagtga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15166284 48 +  48394510 ctatgggtgttgagagcaaaagccagattgaaaggggttgaagagtga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165032974 48 - 196418989 CTATGGGTGTTGAGAGCAAAAGCCAAATTGGAAGGGGTTGAAGAGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306662.000000
s hg19.chr21     16881036 43 +  48129895 gtagaactgagaactagagacagtgagtacagacaagtctttc
s panTro2.chr21  15601095 43 +  46489110 gtagaactgagaactagagacagtgagtacagacaagtctttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15166332 43 +  48394510 gtagaactgagaactagagagagtgaatacagatagctctttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165033022 25 - 196418989 GTAGAACTGAGAACTAGACACAGTG------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165033047 15 - 196418989 -------------GTCAAGAAGTGGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16881106 50 +  48129895 agaaagtagagaagctggcagaaggtgtgaagctggggaacgtgttatta
s panTro2.chr21  15601165 50 +  46489110 agaaagtagagaagctggcagaaggtgtgaagctgggggacgtgttatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15166402 50 +  48394510 agaaagtagagaagctggcagaaggtgtgaagctgggggacacattatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165033062 50 - 196418989 AGAAAGTAGAGAAGCTGGCAGAAGGTGTGAAGCTGGGGGACACATTATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=429067.000000
s hg19.chr21     16881156 79 +  48129895 taatgtgagaagattgagtatgtttatgggctgacgaaaaggagaagatggaaaataaagtgtggagacaaaggaaagg
s panTro2.chr21  15601215 79 +  46489110 taatgtgagaagattgagtatgtttatgggctgacaaaaaggagaagatggaaaataaagtgtggagacaaaggaaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15166452 79 +  48394510 taatgtgagaacactgagtatgtttatgggctgacgaaaaggagaagaaggaaaataaagtgtggagacaaaggaaagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165033112 79 - 196418989 GAATGTGAGGACATTGAGTCTGTTTCTGGGCTGATGAAAAGGAGAAGAAGGAAAATAAAGAGTGAAGACAAAGGAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16881235 41 +  48129895 gtctcctgggaaagcaggagatgtcaatgtgagtacagatg
s panTro2.chr21  15601294 41 +  46489110 gtctcctgggaaagcaggagatgtcaatgtgagtacagatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15166531 40 +  48394510 atct-ctggGAAAGCAGGAAATGTCAATGTGAGTACAGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165033191 41 - 196418989 GTCTCCTGGGAAAGCCGGAGATGGGGCGGTGAGTACAGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=370165.000000
s hg19.chr21     16881276 57 +  48129895 caaggtttaaccttcagccagggaaataatttctcttttctggggcttctgtttgtg
s panTro2.chr21  15601335 57 +  46489110 cagggtttaaccttcagccagggaaataatttctcttttctggggcttctgtttgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15166571 57 +  48394510 CAGGGTTTAACCTTCAGCCAGGGAAATAATTTCTCTTTTCTAGGGCTTCTGTTTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165033232 57 - 196418989 CAGGGTTTAACCTTCAGTCAGGGAAATAATTTCTCTTTCCTGGAGCTTCTGTTTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 314
s rheMac2.chr3  165033289 62 - 196418989 AATTCAGTGGCAGAAAGTTGGAGTTCTATTTTCTCTCTGAACAAACAGGCAAGTGTATCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=210845.000000
s hg19.chr21     16881395  41 +  48129895 caatagtgatgaaaacagtaaagatttgaaaagagaaagct
s panTro2.chr21  15601454  41 +  46489110 caatagtgatgaaaacagtaaagatttgaaaagagaaagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165033351  41 - 196418989 CAATAGTGAGGAAAACAGTAAAGATTTGAAAAGAGAAAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15166690 314 +  48394510 M

a score=637230.000000
s hg19.chr21     16881436 170 +  48129895 gaataaggaaatatgaaaattgttaagg------------------ccagaaattaatagtgttatcaatgtgtacagttgtgtaaacctcttcactaacagaaactaagttagacacacagaaacagggtacttggatggaggatttgctaggaggatggataaaacagaaatggagctaggttatt
s rheMac2.chr3  165033392 188 - 196418989 GAATAGGGAAATACGAAAAGTGTTAAGGCCTAGTTGAGTTTGTCCACCAGAAATTAACAGTGTTATCAATGTGTACGGTTGTGTAAACCTCTTCAATAACAGAAGCTAAGTTAGACACACAGAAACAGGGTACTTGAATGGAGGATTTGCCAGGAGGATGGATAAAACAGAAATGGAGCTAGTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15167004 168 +  48394510 GAATAAGGAAATATGAAAAGTGTTAAGG------------------CCAGAAATTAATAGTGTTATCAATGTGTACAGTTGTGTAAACCTCTTCACTAACAGAAACTAAGTTAG--ACACAGAAACAGGGTacttggatggaggatttgctaggaggatggataaaacagaaatggagctaagttatt
i ponAbe2.chr21 M 314 C 0
s panTro2.chr21  15601495 170 +  46489110 gaataaggaaatatgaaaattgttaagg------------------ccagaaattaatagtgttatcaatgtgtacagttgtgtaaacctcttcactaacagaaactaagttagacacacagaaacagggtacttggatggaggatttgctaggaggatggataaaacagaaatggagctaggttatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1248782.000000
s hg19.chr21     16881606 267 +  48129895 taaaagttgccaaaagaatgattgaagtgagggtccatgatatcaaagcaagacaagaaagaaaaagacaagatggaactaatagagggatcacaggatgccagccccacggagtcaaggagaggaatggcaagaataactggaagagagggctcgca---gagaactgtggtcagagctgggcattcagagttaatgtttcagaggtgggacagtttcaaatgatgacaacatctgggtgtgctcatagtattgggttactaaagacag
s rheMac2.chr3  165033580 270 - 196418989 TAAAAATTGCCAAAAGAATGATTGCAGTGAGGGTCCATGACATCAAAGCAAGACAAGAAAGAAAAAGACAAGATGGAGCCAATAGAGGGATCACAGGACATCAGCTCCATGGAGTCAAGGAGAGGAATGGTGGGAATAACTGGGAGAGAGGACAGGCAGAGGAGGACTGTGGTCAAAGCAGGGCATTCAGAGTTAATGCTTCAGAGGTGGGACAGTTTCAAATGATGACACTATCTCGGGGTGCTCGCAGTACTGGGTTACTAAGGACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15167172 270 +  48394510 taaaagttgccaaaagaatgatttaagtgagggtccatgatatcaaagcaagacaagagagaaaaagacaagatggaactaagagagggatcacaggatgccagccccatggagtcaaggagaggaatggtgagaataactgggagagagggcttgcagaggagaactgtggtcagagcagggcattcagagttaatgtttcagaggtgggacagtttcaaatgatgacaacatctgggtgtgctcatagtattgggttactaaagacag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15601665 267 +  46489110 taaaagttgccaaaagaatgattgaagtgagggtccatgatatcaaagcaagacaagaaagaaaaagacaagatggaactaatagagggatcacaggatgccagccccacggagtcaaggagaggaatggcaagaataactggaagagagggcttgca---gagaactgtggtcagagctgggcattcagagttactgtttcagaggtgggacagtttcaaatgatgacaacatctgggtgtgctcgtagtattgggttactaaagacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=265281.000000
s hg19.chr21     16881873  69 +  48129895 caacgttgctggaaatgaagtattcaagcaagagagtggctaaaggagtaggacgtgaagttaagag---------------------------------------------------------------ta
s panTro2.chr21  15601932  69 +  46489110 caacgttgctggaaatgaagtattcaagcaagagagtggctaaaggagtaggatgtgaagttaagag---------------------------------------------------------------ta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165033850 132 - 196418989 GAACATTGCTGGAAATGAAGTAACCAAGCAATAGAGTGGTTAAAGGAGTAGGATGTGAAGTTAAGAGTATTAAAAAATGgttatgcacattgtaccctagaacttaaagtataataaTTTTTTTAAAAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16881942 83 +  48129895 ttaaaaaatgagttagactctaacttattgaagttgtgagagtgagtggccggatcagtaggtgacagtaaaaatgaaggcta
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15167509 83 +  48394510 ttaaaaaatgagttagacgctaacttactgaagtcatgagagtgagtggccagatcagtaggtgacagtaaaaatgaaggcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15602001 83 +  46489110 ttaaaaaatgagttagactctaacttattgaagttgtgagagtgagtggccggatcagtaggtgacagtaaaaatgaaggcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=428052.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=444732.000000
s hg19.chr21     16882130 123 +  48129895 tga-------------catattggacatgtggaaaaaactaattcctacatgcaaaattatgttcttatggaagagtctggttcctgtcacatcaagaagagggtcaataaagtgtc-aagggtgaaaaaaggga-tt
s panTro2.chr21  15602189 123 +  46489110 tga-------------catattggacatgtggaaaaaactaattcctacatgcaaaattatgttcttatggaagagtctggttcctgtcacatcaagaagaggttcaataaagtgtc-aagggtgaaaaaaggga-tt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165034161 130 - 196418989 tgatatgtcatgtccccatattggacatgtggaaaaaactaattcctacttgcaaagttatgttcttatggaacaggctggttcctgtcatctcaagaagAGGTTCAATA--------ACGTGTGAAAAGAGGGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-70075.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15169656 86 +  48394510 GGAGGCCCAGCATGGCCCTGTGATATTCTAACCCTTGTGGGTGTGAGTTCTCATTGAGGACGCTGTCTATGCCTTCCATTCCTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15169967  99 +  48394510 AGCAAGATTCTCCCTCCCAGTACCAGTGTCTCGGCCTCTGTGACTCATGACCTAGCTGTCTAGTCCTCTCTATCTCTATTCCTATTTTTTT---------GTTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16884510 38 +  48129895 CTTAGAATCCATAGCTTTTTCCATATTTACCATCACCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165036575 36 - 196418989 TTTAGAATCCATAGCTTTTTCCATATTTATCATCAC--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=566750.000000
s hg19.chr21     16884548 38 +  48129895 TGAACTAGGAAAATGAAGTATGGAAAATAATTAAACCA
s panTro2.chr21  15604606 38 +  46489110 TGAACTAGGAAAATGAAGTATGGAAAATAATTAAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15170103 38 +  48394510 TGAACTAGGAAAATGAAGTATGGAAAATAATTAAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165036611 34 - 196418989 ----CTAGGAAAACAAAGTATGGAAAACAATTAAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=902082.000000
s hg19.chr21     16884586 81 +  48129895 TTAAAATGTTAATATTTTTCTATACTAGCTTTCCTGCAGCTGGAATATAATGAGCTAATGAAGCCaaaatttttttcaatt
s panTro2.chr21  15604644 81 +  46489110 TTAAAATGTTAATATTTTTCTATACTAGCCTTCCTGCAGCTGGAATATAATGAGCTAATGAAGCCaaaatttttttcaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15170141 81 +  48394510 TTAAAATGTTAATATTTTTCTATACTAGCGTTCCTGCAGCTGGAATATAATGAGCTAATGAAGCCaaattttttttcaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165036645 80 - 196418989 TTAAATTGTTAATATTTTTCTAAACTAGCCTTGCTGCAACTGGAATATAATGAGCTAATCAAGCCAAAA-TTTTTTCAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15170222 43 +  48394510 ttattttttaatCCTATGCTATATAG-------TTTGAAATAGCAAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165036725 50 - 196418989 TTATTTTTTAATCCTATGCTATAGAGGTTTTATTTTGAAATAGCAAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15170265 100 +  48394510 CAAAATCAAGGTTGTAAAAAGATGTACAATGGGTGATTGAGAAGATACTCTAATGGAAATATGGGTTATAGTTAATGCTGTGtttgttcatttttaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165036775 100 - 196418989 TAAAATTGAGGTTGGAAAAAGATGTACGATGGGTGATTGAGAAGATACTCTAACGGAAATATGGGTTATAGTTAATGTCATGtttgttcatttttaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16885067 55 +  48129895 ATGTTAGCTAGCTTCCTATTGGGGGAAAAGTATAATTTGAT-ATAGTGTTCTTAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15170623 56 +  48394510 ATGTTAGCTAGCTTCTTATTGGGGGAAAAGTATAATTTGATAATAGTGTTCTTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15170679 107 +  48394510 ATCTTTAGGAATTCATATTCTCTTTAATTCTGTCAACATGCTTCTAAGTACTGAAAATCATATTAGGAAAAAGCTGG-------------------------------------CATTCAAACATGCCATAATCATTATTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=793046.000000
s hg19.chr21     16885229 57 +  48129895 GTCTAAATTTTTCTGTATTTGAAGGACTTACTCCTTGAGCAAGTGCTTACTAAGGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=742189.000000
s hg19.chr21     16885286 45 +  48129895 TCCTTTTTATAAAGTAAAATACAACCACATATTAAGACACAGTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15170843 45 +  48394510 TACTTTTTATAAGGTAAAATACAACCACATATTAAGACACAGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15170888 274 +  48394510 TTCTAATCATGCATGTGCCTATTTTATTATGCCTGTTATATAAACACTACACCATATTTCGCCAACAGAAATGCAAAAACATTATGAAAGTGTTACTTCTGATCAGATATGTATCTGAAGCCATTGAGTTTTTATATCAGGGATTGTATTATTCTGGCCACCTGGGGAAATAAGCAGCCAGGAAAATCTGGCTTGGACTGGAACAAGACTAATGCACTAATACTTATTTATGAAAGCATCATATATTCTGCTCTTCCGTGAATTATTGCAGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165037435 274 - 196418989 CTCTAATCATGCGTGTGGCTATTTTATTTTGCGTGTTAGATAAACACCTCACCACATTTCACCAACAGAAATGCAAGAACATTATGAAAGTGTGACTTCTCATCAGATATGTATCTGAAGCAGTTCAGTTTTTCTATTAGGGATTGTATTATTCTGGTCACCTGGGGAAATAAGCAGCCAGGAAACTCTGGCTTGGACTGGAAGAAGACTAATGCACTAACGCTTATTTATGAAAACATCGTATATTCTGCTCTTCCATGAGTGATTGCGGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=986494.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165037709 70 - 196418989 GAGTTTCACTGCAGTGCACGTAAGGTGAAAATAAAAGCTGGAATGCTTCAC-ACGTGAATGTGCCACAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=205638.000000
s hg19.chr21     16885676 60 +  48129895 TACCACTGAAGAAAGGTTAAGGATTTTTCTTTGATTTTTTAAAAAACTAAAACAAATTTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165037779 60 - 196418989 TACCCCTGAAGAAACGTTAAGGATTTTTCTTTGATTTTTTAAAAAACTAAAACAAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=467698.000000
s hg19.chr21     16885736 64 +  48129895 TTTAGAGTCTCAATTATTGCTCAGTTAGGATAGAGACCTTTCAGCAGGGTAATATGTTGTTGCA
s panTro2.chr21  15605796 64 +  46489110 tttaGAGTCTCAATTATTGCTCAGTTAGGATAGAGATCTTTCAGCAGGGTAATAGGTTGTTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171293 64 +  48394510 tttaGAGTCTCAATTATTGCTCAGTTAGGATAGAGACCTTTCAGCAGGGTAACATGTTGTTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165037839 64 - 196418989 TTTAGCGTCTCACTTATTGCTCAGTTAGGATAAAGACCTTTCAGCAGGGTAATATGTTGTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248474.000000
s hg19.chr21     16885800 60 +  48129895 TGAGCAGA-TTTTTTTAACAGTAAAAAAGAGTATTCACTGAGGTTTTATGAAGATTAATCG
s panTro2.chr21  15605860 61 +  46489110 TGAGCAGATTTTTTTTAACAGGAAAAAAGAGTATTCACTGAGGTTTTATGAAGATTAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171357 61 +  48394510 TGAGCAGATTTTTTTTAACAGGAAAAAAGAGTATTCACTGAGGTTTTATGAAAATTAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165037903 58 - 196418989 TGAGCAGA---TTTTTAACAGGAAAAAAGAGTATTCACTGAGGTTTTATGAAGTTTAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=460196.000000
s hg19.chr21     16885860 50 +  48129895 ATACTCTGGATAGATATTAGATTAACAGTCTTCAGATCCATTAGAAAAAG
s rheMac2.chr3  165037961 50 - 196418989 ATACTCCGGATAGACATTCGATTAACAGTCTTCAGATCCATTAGAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171418 50 +  48394510 ATACTCTGGATAGACATTAGATTAACAGTCTTCAGATCCATTAGAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15605921 50 +  46489110 ATACTCTGGATAGACATTAGATTAACAGTCTTCAGATCCATTAGAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1350888.000000
s hg19.chr21     16885910 111 +  48129895 ATGGGCTCAGATAGTTTAATTTAATATTTTTCATTTTCCAAAGATTATTCATGTGAATATCCTTGATGAGTTCATTGTTGTCTTCAAGAAAAAGCCCGCGCTTCCTTTTAG
s panTro2.chr21  15605971 111 +  46489110 ATGGGCTCAGATAGTTTAATTTAATATTTTTCATCTTCCAAAGATTATTCATGTGAATATCCTTGATGAGTTCATCGTTGTCTTCAAGAAAAAGCCTGCGCTTCCTTTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171468 111 +  48394510 ATGGGCTCGGAGAGTTTAATTTAATATTTTGCATCTTCCAAAGATTATTCATGTGAATATCCTTGATGAGTTCATTGTTGTCTTCAAGAAAAAGCCTGCGCTTCCTTTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038011 111 - 196418989 ATGGGCTCAGATAGTTTAATTTAGTATTTTTCATCTTCCAAAGATTATTCATGTGAATATCCTTGATGAGTTCATTGTTGTCTTCAAGAACAAGCCTGCGCTTCCTTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2364508.000000
s hg19.chr21     16886021 124 +  48129895 AGCTATATAATCAAATGACCCATCAAATTAATTAATAGAATTTTAATCTAGTGCAGCTAGCATGCTAATTAACTTGTCAAGTATGTACACAAAGTCTCCATGAAAGTTATTTTTGAAAGTCTTT
s panTro2.chr21  15606082 124 +  46489110 AGCTATATAATCAAATGACCCATCAAATTAATTAATAGAATTTTAATCTAGTGCAGCTAGCATGCTAATTAACTTGTCAAGTATGTACACAAAGTCTCCATGAAAGTTATTTTTGAAAGTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171579 124 +  48394510 AGCTATATAATCAAATGACCCATCAAATTAATTAATAGAATTTTAATCTAGTGCAGCTAGCATGCTAATTAGCTTGTCAAGTATGTACACAAAGTCTCCATGCAAGTTATTTTTGAAAGTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038122 124 - 196418989 AGCTATATAATCAAATGACCCATCAAATTAATGAATAGAATTTTAATCTAGTGCAGTTAGCATGCTAATTAACTTGTCAAGTATGTACACAAATTCTCCATGCACGTTATTGCTGAAAGTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=391724.000000
s hg19.chr21     16886145 50 +  48129895 GCAAGTGTGTTATGTGTGATTGCAAGTGCATGCAGTACCTTTGAAGCAAT
s panTro2.chr21  15606206 50 +  46489110 GCAAGTGTGTTATGTGTGATTGCAAGTGCATGCAGTACCTTTGAAGCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171703 50 +  48394510 GCAAGTGTGTTATGTGTGATTGCAAGTGCATGGAGTACCTTTGAAGCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038246 50 - 196418989 GCAAGTGTGTTATGTCTGATTGCAACTGCATGGCATTCCTTTGAAGCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=459233.000000
s hg19.chr21     16886195 79 +  48129895 ACACAAGAACCTTGGAAGGAACAATAGCTGGTTCCACTGAAGGAGGAGAACTGGGCAGCTGAGAAGCAAGGGAAAAGGA
s panTro2.chr21  15606256 79 +  46489110 ACACAAGAACCTTGGAAGGAACAATGGCTGGTTCCACTGAAGGAGGAGAACTGGGCAGCTGAGAAGCAAGGGAAAAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171753 79 +  48394510 GCACAAGAACCTTGGAAGGAACAATGGCTGGTTCCACAGAAGGAGGAGAACTGGGCAGCTGAGAAACAAGGGAAAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038296 79 - 196418989 ACACAAGAACCTTGGAAGGAACAATGGCTGGTTCCACTGAAGGAAGAGAACTGAGCAGCTGAGGAGCAAGGGAAAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=97748.000000
s hg19.chr21     16886274 38 +  48129895 AGACAGACATTTTAAATTATGTGTCTTTTGTATTTTGA
s panTro2.chr21  15606335 38 +  46489110 AGACAGACATTTTAAATTATGTGTCTTTTGTATTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171832 38 +  48394510 AGACAGACATTTTAAATTATGTCTCTTTTGTATTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038375 38 - 196418989 AGACAGATATTTTAAATTATGTGTCTTTTGAATTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=210235.000000
s hg19.chr21     16886312 24 +  48129895 GTTCTGTTCCATTAGCatatatta
s panTro2.chr21  15606373 24 +  46489110 GTTCTGTTCCATTAGCatatatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171870 24 +  48394510 GTTGTGTTCCATTAGCatatatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038413 24 - 196418989 GTTGTGTTCCCTTCACATATATTA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=14207.000000
s hg19.chr21     16886336 23 +  48129895 ctatttttaaaattgttttaatt
s rheMac2.chr3  165038438 23 - 196418989 Ctattttaaaaattgttttaatt
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  15171894 23 +  48394510 ctatttttaaaattgttttaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15606397 23 +  46489110 ctatttttaaaattgttttaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=215720.000000
s hg19.chr21     16886359 56 +  48129895 aaatatttGCCCAAGATGCAACAaa------agaaagagaaaggtaagagagggacaagaaa
s rheMac2.chr3  165038461 62 - 196418989 aaatatttGCACAAGATGCAACAaaagaaagagaaagagaaaggtaagagagggacaagaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15171917 62 +  48394510 aaatatttGCACAAGATGCAACAaaagaaagagaaagagaaaggtaagagagagacaagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15606420 56 +  46489110 aaatatttGCCCAAGATGCAACAAA------AGAAAGAGAAAGGTAAGAGAGGGACAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16886415 47 +  48129895 agggtaaaaaaggggatgtgagaggggaggaagagagaagcagggaa
s rheMac2.chr3  165038523 47 - 196418989 tggggaacaaagaggagatgagaggggaggaagagagaagcagggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15606476 47 +  46489110 AGGGTAACAAAGGGGATGTGAGAGGGGAGGAAGAGAGAAGCAGGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16886462 23 +  48129895 CGCTTAACATGCTGTTGTAACCC
s rheMac2.chr3  165038570 23 - 196418989 CACTTAACATTCTATTGTAACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=113850.000000
s hg19.chr21     16886485 75 +  48129895 ACTATTACAAAAATACCCTAATCTGAGATCCTCTTTCCTtcctactcttctccccatgaaagttccactcaaact
s rheMac2.chr3  165038593 62 - 196418989 ACTATTACCAAAGTACCCTAATCTGAGATCCTCTTTCCTCCCTACTCTTCTCCCCATGAAAG-------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15172049 75 +  48394510 ACTATTACAAAAATACCCTAATCTGAGATCCTCTTTCCTTCCTACTCTTCTCCCCATGAAAGTGCCACTCAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15606546 75 +  46489110 ACTATTACAAAAATACCCTAATCTGAGATCCTCTTTCCTtcctactcttctccccatgaaagttccactcaaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=420201.000000
s hg19.chr21     16886560 57 +  48129895 aatctgaatctagttcaagtcctcatcatctctcgcctggttgactgccacagactt
s panTro2.chr21  15606621 57 +  46489110 aatctgaatctagttcaagtcctcatcatctctcgcctggttgactgccacagactt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15172124 57 +  48394510 AGTCTGAATctagttcaagtcctcatcatctctcgcctggttgactgccacagactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038655 52 - 196418989 --TCTGGATCTAGTTCAAG---TCATTATCTCTCACCTGGTTGAGTATCACAGACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-23.000000
s hg19.chr21     16886617 28 +  48129895 ctgtcttccctgACTCTGATGTTATCTG
s rheMac2.chr3  165038707 28 - 196418989 CTGTCTTCCCTGACTCTGATGTTGTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 I 54
s ponAbe2.chr21  15172181 28 +  48394510 ctgtcttccctgACTCTGATGTTATCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15606678 28 +  46489110 ctgtcttccctgACTCTGATGTTATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-194485.000000
s hg19.chr21     16886645 5 +  48129895 AACCA
s rheMac2.chr3  165038789 5 - 196418989 CACCA
i rheMac2.chr3  I 54 C 0
s ponAbe2.chr21  15172209 5 +  48394510 AACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15606706 5 +  46489110 AACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=405404.000000
s hg19.chr21     16886650 87 +  48129895 TCTGCAGAATAAAGATCTCTGCCTGCCCCGCCTCCATCATTCTCATTTCCTCCTACCTTACGCTTGAAACTCTAGCAACACTCAACT
s rheMac2.chr3  165038794 87 - 196418989 TCCGCAGAATAAAGATCCCTGCCTGCCCCACCTCCATCACTCTCATTTTCTCCTACCTTACATTTCAAACTCTAGCAACACTCAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15172214 87 +  48394510 TCCGCAGAATAAAGATCCCTGCCTGCCCCACCTCCGTCATTCTCATTTCCTCCTACCTTACGCTTGAAACTCTAGCAACACTCAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15606711 87 +  46489110 TCCGCAGAATAAAGATCTCTGCTTGCCCCGCCTCCATCATTCTCATTTCCTCCTACCTTACTCTTGAAACTCTAGCAACACTCAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=436661.000000
s hg19.chr21     16886737 76 +  48129895 GCTTGTTTCTTTTTCAGCAGTGCATGTATTTCCTGTTCTTCATGCTATTGCTCCTGTGGTTATCACCACTTCAAAC
s panTro2.chr21  15606798 76 +  46489110 GCTTGTTTCTTTTTCAGCAGTGCATGTATTTCCTGTTCTTCATGCTATTGCTCCTGTGGTTATCACCACTTCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15172301 76 +  48394510 GCTTGTTTCTTTTTCAGCAGTGCATGTATTTCCTGTTCTTCATGCTATTGCTCCTGTGGTTATCATCACTTCAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038881 75 - 196418989 GCTTGTTGC-TTTTCAGCAGTGCATGTATTTCCTGTTCATCATACTATTGCTCCTGTGGTTAACACCACTTCAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233603.000000
s hg19.chr21     16886813 30 +  48129895 ATGCTATGGCCTTCCTTTgcatttatgaca
s panTro2.chr21  15606874 30 +  46489110 ATGCTATGGCCTTCCTTTGCATTTATGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15172377 30 +  48394510 ATGCTATGGCCTTCCTCTGCATTTATGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038956 30 - 196418989 ATGCTATGGCCTTCCTTTGCATTTATAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=279747.000000
s hg19.chr21     16886843 22 +  48129895 ttgtattgtaattatctgtttg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165038986 22 - 196418989 TTGTATTGTAATTCTCTGTTGG
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a score=575120.000000
s hg19.chr21     16886865 66 +  48129895 tgtgaatattttcctccctggactgCAATGGACTTTATTTACATTAGCAGGATCAGGGTCCACTCT
s rheMac2.chr3  165039008 66 - 196418989 TGTGAATATTTTCCTCCCTGGACTGCAGTAGACTTTATTTACATTAGCAGGATCAGGGGCCACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15172429 63 +  48394510 TGTGAATATTTTCCTCCCTGGAGTGC-ATAGACTTTATTTACATTAGCA-GATCAGGGT-CATTCT
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s panTro2.chr21  15606926 66 +  46489110 TGTGAATATTTTCCTCCCTGGACTGCAATGGACTTTATTTACATTAGCAGGATCAGGGTCCACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=604792.000000
s hg19.chr21     16886931 90 +  48129895 TCTGTCAACACGTAAGGCTGCTCAACACGTATTGATCAACACTGGGAAAGACAGCGTCCTCCACCTAACTCTCTGAGATCTTATGAAAGG
s panTro2.chr21  15606992 90 +  46489110 TCTGTCAACACGTAAGGCTGCTCAACACGTATTGATCAACACTGGGAAAGACAGCGCCCTCAACCTAACTCTCTGAGATCTTATGAAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15172824 90 +  48394510 TCTGTCAACACGTAAGGCTGCTCAACACGTATTGATCAACATTGGGAAAGACAGCGCCCTCAACCTAACTCTCTGAGATCTTATGAAAGG
i ponAbe2.chr21 I 332 C 0
s rheMac2.chr3  165039074 90 - 196418989 TCTGTCCACACATAAGGCTGCTCAGCACATATTGGTCAACATTGGGAAAGACAGCACCCTCAACCTAATTCTCTGAGATCTTAAGAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=800275.000000
s hg19.chr21     16887021 105 +  48129895 CATTTTAGCTGC-TATTTCCCTATTTCATAAATGTAAACAGCACAATATACCAAAATAATTCATCTCTTGTGAGATTATCCACTAGTTAATGTTTCCATTCTATCT
s panTro2.chr21  15607082 105 +  46489110 CATTTTAGCTGC-TAGTTCCCTATTTCATAAATGTAAACAGCACAATATACCAAAATAATTCATCTCTTGTGAGATTATCCACTAGTTAATGTTTCCATTCTATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15172914 105 +  48394510 CATTTTAGCTGC-TACTTCCCTATTTCATAAATGTAAACAGCACAATATACCAAAATAATTCATCTCTTGTGAGATTATCCACTAGTTAATGTTTCCATTCTATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165039164 106 - 196418989 CATTTTAGCTGCTTACTTCCCTATTTCATAAATGTAAACAGCACAATATACCAAAATAATTTATCTCTTGTGAGATTATCCACTAGTTAATGTTTCCATTCTATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=374112.000000
s hg19.chr21     16887126 70 +  48129895 AGAACCCAAATGTGCTAGTATCCATATCATCACCGTTGACTTCCTCACATTTTTATTATGGAATTTGTCC
s panTro2.chr21  15607187 70 +  46489110 AGAACCCAAATGTGCTAGTATCCATATCATCACCGTTGACTTTCTCACATTTTTATTATGGAATTTGTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15173019 70 +  48394510 AGAACCCAAATGTGCTAGTATCCACATCATCACCGTTGACTTCCTCACATTTTTATTATGGAATTTGTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165039270 70 - 196418989 AGAACCCAAATGTGCTGGTATCCATATCATCACCTTTGACTTCTTCACATTTTTATTACGGAATTTGTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=229239.000000
s hg19.chr21     16887196 25 +  48129895 AACCTACTCAAAAGTAGAGACAATA
s panTro2.chr21  15607257 25 +  46489110 AACATACTCAAAAGTAGAGACAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15173089 25 +  48394510 AACATACTCAAAAGTAGAGACAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165039340 25 - 196418989 AACATACTTAAAAGTAGAGACAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=232878.000000
s hg19.chr21     16887221 30 +  48129895 AGTAATGAGCCCCATGTGCCAATATCTTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=17298.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15607665 205 +  46489110 GAGTATTAAAAGAACTCTGAGGAGGATGTTTCAAATATCCTGGCTATGCCACTCAAACTAATGCTATTAATCTGCTCCTACCTCTCCCTAAACTCTCATAGACACTAAATTCCTATCTATAACTTTTCAGAAAATATTATTCTCTTTACTTGAGTTATCAAAGACAGCCCCAGAGCAATGAAACTATTCAGTTCCAAAACCATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15173497 205 +  48394510 GAGTATTAAAAGAACTCTGAGGAGGATGTTTCAAATATCCTGGCTATGCCACTCAAACTAATGCTATCAATCTGCTTCTACCTCTCCCTCAACTCTCATATACACTAAATTCCTATCTATAACTTTTCAGAAAATATTAGTCTCTTTACTTGAGTTATCAAAGATAGCCCCAGAGCAATGAAGCTATTCAGTTCTAAAACCATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165039745 204 - 196418989 GAGTATTAAAAGAACTCTGAGGAGGATGTTTCAAACCTCTTGGCTATGCCACTCAAACTAATGCTATTAGTCTGCTCCTGCCTCTCCCTCAACTCTCATATACAGTAAATTACTATCTAAAACTTTTCAGAAAATATTAGGCTCTTTACTTGAGTTGTCAAAGACAGCCCCAGAGCAATGAAACTATTCAGTTCC-AAACCATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=503983.000000
s hg19.chr21     16887809 40 +  48129895 CATTTACTACGATTGTCACAACAATAATCCTTTCCTAAAC
s panTro2.chr21  15607870 40 +  46489110 CATTCACTACGATTGTCACAACAATAATCCTTTCCTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15173702 40 +  48394510 CATTTACTATGATTGTCACAACAATAATCCTTTCCTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165039949 40 - 196418989 CATTTACTACGATAGTCACAACAGTAATTCTTTCCTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=870137.000000
s hg19.chr21     16887849 61 +  48129895 GTATACATTGTTTTAAATGTCTCAGGACACTCAGAGTCAATGTTAGTTTAATTTAGTTACT
s panTro2.chr21  15607910 61 +  46489110 GTATACATTGTTTTAAATGTCTCAGGACACTCAGAGTCAATGTTAGTTTAATTTAGTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15173742 61 +  48394510 GTATACATTGTTTTAAATGTCTCAGGACACTCAGAGTCAATATTAGTTTAATTTAGTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165039989 61 - 196418989 GTATACATTGTTTTCAATGGCTGAGGACACTCAGAGTCAATATGAGTTTAACTTAGTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16887910 19 +  48129895 TTAAAAAACGAAAGTTGAA
s panTro2.chr21  15607971 19 +  46489110 TTAAAAAACGAAAGTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040050 19 - 196418989 TTAGAAAACGAAAGTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1034246.000000
s hg19.chr21     16887929 88 +  48129895 GTCAATAAATCTCACCATGGGCAACCTGTTTCCTAGCTTGGGCTGCAGACACAACAATTTATCTCTTGGAGTTACCCGTAACTCTCTG
s panTro2.chr21  15607990 88 +  46489110 GTCAATAAATCTCACCATGGGCAACCTGTTTCCTAGCTTGAGCTGCAGACACAACAATTTATCTCTTGGAGTTACCCGTAACTCTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15173822 88 +  48394510 GTCAATAAATCTCACCATGGGCAACCTGTTTCCTAGCTTGGGCTGCAGACACAACAATTTATCTCTTGGAGTTACCTGTAACTCTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040069 88 - 196418989 GTCAATAAATCTCACCATGGGCAACCTGTTTCCTAGCTTGGGCTGCAGACACAACAATTTCTCTCTCAGAGTTACCCATAATTCTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=424319.000000
s hg19.chr21     16888017 54 +  48129895 GAGCTATATTTGTGACTGTCCTAGGAATATTAGCTAAAGCCCAACAAAGAGGTG
s panTro2.chr21  15608078 54 +  46489110 GAGCTATATTTGTGACTGTCCTAGGAATATTAGCTAAAGCCCAACAAAGAGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040157 54 - 196418989 GAGCTGTATTTGTGACTGTCCTAGGAATATTAGCTAAAGCCCAACAAAGAGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=264388.000000
s hg19.chr21     16888071 24 +  48129895 AAAGTTCTGTTGCAGTCAAAGTGA
s panTro2.chr21  15608132 24 +  46489110 AAAGTTCTGTTGCAGTCAAAGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15173964 24 +  48394510 AAAGTTCTGTTGCAATCAAAGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040211 24 - 196418989 AAAGTTCTGTTACAGTCAAAGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=451794.000000
s hg19.chr21     16888095 49 +  48129895 TACTTGTCCTTACAGAGAGttaaaataatatatcataataatagaaata
s panTro2.chr21  15608156 49 +  46489110 TACTTGTCCTTACAGAGAGTTAAAATAATAGATCATAATAATAGAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15173988 49 +  48394510 TACTTGTCCTTACAGAGAGTTAAAATAATAGATCATAATAATAGAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040235 47 - 196418989 TACTTGTCCTT--AGAGAGttaaaataatagattataataatataaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-89908.000000
s hg19.chr21     16888144 4 +  48129895 taaa
s panTro2.chr21  15608205 4 +  46489110 TAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15174037 4 +  48394510 TAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040282 4 - 196418989 tgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=60777.000000
s hg19.chr21     16888148 23 +  48129895 aaatataGTAGGCATGTATATTT
s rheMac2.chr3  165040286 23 - 196418989 aaataCAGTAGGCATGTATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15174041 23 +  48394510 AAATATACTAGGCACATATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15608209 23 +  46489110 AAATATAGTAGGCACGTATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-12803.000000
s hg19.chr21     16888171 50 +  48129895 ATATATGTGAAAGACTGAATACATATGAGTAGAAAATTAATGCCAATAAT
s panTro2.chr21  15608232 50 +  46489110 ATATATGTGAAAGACTGAATACATGTGAGTAGAAAATTAATGCCAATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15174064 30 +  48394510 ATATATGTGAAAGACTGAATACATATGAGT--------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040309 30 - 196418989 ATGTATGTGAAAAACTGAATATGTATGACT--------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-3211.000000
s hg19.chr21     16888221 33 +  48129895 ACTCAATGTACATTACTCCTCCTATCATAACAA
s panTro2.chr21  15608282 33 +  46489110 ACTCAATGTACATTACTCCTCCTATCATAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165040339  0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  15174094  0 +  48394510 C

a score=-26895.000000
s hg19.chr21     16888254 45 +  48129895 TATGTATAACTGCCTAATAAATACTTCATATGACATAAAAAAAGA
s panTro2.chr21  15608315 45 +  46489110 TATGTATAATTGCCTAATAAATGCTTCATATAACATAAAAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165040339  0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  15174094  0 +  48394510 C

a score=443177.000000
s hg19.chr21     16888299 90 +  48129895 AAAAGAAAATTAATGCCAATAATCCAACTAAATCCATCAATCATTGAAAAAATTGTACATTTTTCTATTGTTTCAAATCTGCTGATTTTT
s panTro2.chr21  15608360 90 +  46489110 AAAAGAAAATTAATGCCAATAATCCAACTAAATCCATCAATCATTGAAAAAATTGGACATTTTTCTATTGTTTCAAATCTGCTGATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040339 87 - 196418989 ---AGAAAATTAATGCCAATAATCCAACTAAATCCATCCATCATTGAAAAAATTGTACAGTTTTCTATTGTTTCAAATCTGCTGATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15174094 87 +  48394510 ---AGAAAATTAATGCCAATAATCCAACTAAATCCATCAATCATTGAAAAAATTGTACATTTTTCTATTGTTTCAAATCTGCTGATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=261193.000000
s hg19.chr21     16888389 73 +  48129895 CTGGTTATGTATGTACTCTTTAGAGAATGTT---AAAAAAATGTGTTAATGCTGACAATTAACTTTTAGGAAAAAT
s panTro2.chr21  15608450 74 +  46489110 CTGGTTATGTATGTACTCTTTAGAGAATGTT--AAAAAAAATGTGTTAATGCTGACAGTTAACTTTTAGGAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040426 54 - 196418989 CTGGTTATGTATGTAGTCTTTAGAGAATGTTAAAAAAAAAATGTGTTAATGCTG----------------------
i rheMac2.chr3  C 0 M 177
s ponAbe2.chr21  15174181 74 +  48394510 CTGGTCATGTATGTACTCTTTAGAGAATGTT--AAAAAAAATGTGTTAATGCTGACAATTAACTTTTTGGAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=138644.000000
s hg19.chr21     16888462  29 +  48129895 AAAACCAGAAACAAAAAATCCTGTTGTAA
s ponAbe2.chr21  15174255  29 +  48394510 AAAACCAGAAACAAAAAATCCTGTTGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15608524  29 +  46489110 AAAACCAGAAACAAAAAATCCTGTTGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165040480 177 - 196418989 M

a score=383462.000000
s hg19.chr21     16888491  47 +  48129895 TAT-CCTAGTAACGCCTAAAGAAAATATCAACAATTACtttgttttgc
s ponAbe2.chr21  15174284  48 +  48394510 TATCCCTAGTAACGCCTAAAGAAAATATCAACAAttactttgttttgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15608553  47 +  46489110 TAT-CCTAGTAACGGCTAAAGAAAATATCAACAATTACtttgttttgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165040480 177 - 196418989 M

a score=277257.000000
s hg19.chr21     16888538  59 +  48129895 tttgttttgttttattttTCTTTTAAGCTGAATAAACCATACGAGCCTATTGCTTGGTT
s ponAbe2.chr21  15174332  59 +  48394510 tttgttttgttttacttttctttTAAACTGAATAAACCATACGAGCCTATTGCTTGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15608600  54 +  46489110 tttgttttg-----ttttTCTTTTAAACTGAATAAACCATACGAGCCTACTGCTTGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165040480 177 - 196418989 M

a score=309081.000000
s hg19.chr21     16888597 49 +  48129895 TGTCACCAGTAGATGCTGATCATATTACATAGTTTGGCAATGGTTTTTA
s rheMac2.chr3  165040657 49 - 196418989 TGTCACCAGTAGATACTGATCAAATTGCATAGTTTGGCAATGGTTTTTA
i rheMac2.chr3  M 177 C 0
s ponAbe2.chr21  15174391 49 +  48394510 TGTCACCAGTAGATGCCGATCATATTACATAGTTTGGCAATGGTTTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=359563.000000
s hg19.chr21     16888646 61 +  48129895 ATACAGATACAAACATACATATAATTTGGCATGAGTAAAGGAGAAGCAGTAATTACATAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15174440 61 +  48394510 ATACAGATACAAACACACATACAATTTGGCATGAGTAAAGGAGAAGCAGTAATTACATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165040706 61 - 196418989 ATACAGATACAAACATACATACAATTTGGCCTGAGTAAAGGAGAAGCAGTAATTACATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15174501 26 +  48394510 TTAAACTGCTTACACTTAAGTAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2335892.000000
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s panTro2.chr21  15608873 223 +  46489110 CTTTGAAATATTTAATCTGCTGAGAGCTAAGCCATCAGTTTTTGTGAGTTTATATACAATAGGAAGGACAAAGTATGACACAATGATCTCCAGGTTAAGGGAAATCTTACGTAACTATTACTACTACTGCTGCTAAGCTTTCTCTTTGGGTACGAATTTAAAGTTTCCCAATGGTATTTTAATTTACTTCATTTGACTTCACAATGCTTAGGAGTTGGGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15174610 223 +  48394510 CTTTGAAATATTTAATCTGCTGAGAGCTAAGCCATCAGTTTTTGCGAGTTTATATACAATAGAAAGGACAAAGTATGACAGAATGATCTCCAGGTTAAGGGAAATCTTACATAACTATTACTACTACTGCTGCTAAGCTTTCTCtttgggtaagaatttaaagtttcccaatggcattttaatttatttcatttgacttcacaatgcttaggagttgggcaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041099 70 - 196418989 GCCCATTGTTACCCATTATTCTCTGAAGTTCAGAAAAATTACAAAATGTATAActtctggtacgctggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16889099 26 +  48129895 atttatacaccttcatcaaggtgttg
s panTro2.chr21  15609166 26 +  46489110 atttatacaccttcatcagggtgttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041169 26 - 196418989 atttaaacaccttcatcagggtgttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-38969.000000
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s panTro2.chr21  15609192 36 +  46489110 gttacactagtgtaagc-tacgtaaatttccatcaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15174929 37 +  48394510 gttacattagtgtaaacatatgtaaatttccatcaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041195 37 - 196418989 gttacattagtgtaaacatatgtaaatttctatcaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=316769.000000
s hg19.chr21     16889161 43 +  48129895 ctatacaattacaattaatgtaagctatactttaataaaaaTA
s panTro2.chr21  15609228 43 +  46489110 ctatacaattacaattaatgtaagctatactttaataaaaaTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 6774 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16889384 121 +  48129895 GACCGCACCTTGCTAAACAAAATGCAAGATAATTTTCTTTTCTAGTAGTCAATGTCCACAGCCCTCATAGAATAAGATAATGCAAAAGATGATTTTATTGACTATTCACTGCAATACCTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15181950 121 +  48394510 GACCACACCTTGCTAAACAAAATGCAAGACAATTTTCTTTTCTAGTAGTCAATGTCCACAGCCCTCATAGAATAAGATAATGCAAAAGATGATTTTATTGACTATTCACTGCAATACCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041457 121 - 196418989 GACCGCACCTTGGTAAACAAAATGCAAGACAATTTTCTTTTCTAGTAGTCAATGTCCAGAGTCCTCATAGAGTAAGATAATGCAAAAGGTGACTTTATTGACTATTTACTGCAATACATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165041578 120 - 196418989 TTACATAAGTACCTGCTCATTTAGCAAAAAGAACCAAACTAGTCATTCCCTTTTTTTCTGTGGGATTCGGCTATTCTAATTCTTGGCCCAATGGACCACGAAGTTGGTCATGAATCAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=547303.000000
s hg19.chr21     16889624 49 +  48129895 AATTATTTTGCCTGCTTAAATTGCATGAATTTACAAATTGGTTATTCAG
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a score=377875.000000
s hg19.chr21     16889673 37 +  48129895 AATTAATGTGAAAAAATTTGGAGAGTGTGTTGGGTCA
s panTro2.chr21  15609742 37 +  46489110 AATTAATGTGAAAAAATTTGGAGAGTGTGTTGGGTCA
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s ponAbe2.chr21  15182240 37 +  48394510 AATTAATGTGAAAAAATTTGGAGAGTGTGTTGGGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041747 37 - 196418989 AATTAACCTGAAAAAATTTGGAGAGTGTGTTGGGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=475303.000000
s hg19.chr21     16889710 69 +  48129895 GTGTATAATGAGACATCTGTAGCTTTATGGTAGTGGGGGCAGAGTGGAGTGGGCTGATGGGCCTTTCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182277 69 +  48394510 GTGTATAATGAGACATCCATAGCTTTATGGTAATGGGAGCAGAGTCGAGTGGGTTGATGGGCCTTTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041784 69 - 196418989 GTGTATAATGAGACATCTGTAGCTTTATGGTAGTGGGGGCAGAGTGGAGTGGGTTGATGGGCCTTTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=501231.000000
s hg19.chr21     16889779 62 +  48129895 TAGCCTTATGAGGCAGAAGTTACAGAGCATTCAAATACTTTCTCTAGTGAAAATGTATGGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182346 62 +  48394510 TAGCCTTATGAGGCAGAGGTTATAGACCATTCAAATACATTCTCTAGTGAAAATGTATGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041853 62 - 196418989 CAGCCTTACGAGGCAGAGGTTATAGAGCATTCATATACATTCTCTAGTGAAAATGTATAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36283.000000
s hg19.chr21     16889841 23 +  48129895 CCCAAGTT-TAATATGTCCTACTG
s panTro2.chr21  15609910 23 +  46489110 CCCAAGTT-TAATATGTCCTACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182408 23 +  48394510 CCCAAGTT-TAATATTTCCTACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041915 24 - 196418989 CCCAAGTTATACTATTTCCTACCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277572.000000
s hg19.chr21     16889864 34 +  48129895 CTCTATTTTGGTAAACACTGCATGAGTCACTAAA
s panTro2.chr21  15609933 34 +  46489110 CTCTATTTTGGCAAACACTGCATGAGTCACTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182431 34 +  48394510 CTCTATTTTGGTAAACACTGCATGAGTCACTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041939 34 - 196418989 CTCTATTTTGGTAAACACTGAGTGAGTCACTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=947493.000000
s hg19.chr21     16889898 83 +  48129895 CCATAGAGAAAGATTTCAGAGAGGTTACATGGGTAGTGGCTATAGCTGACATAGGTTATCATGTCAAAGGATATTTCAGCCAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165041973 83 - 196418989 CCATAGAGAAAGATTTCAGAGAGGTTATGTGGGTAGTGGCTATAGCTGACATAGCTTATCATGTCAAAGGATATTTCAGCCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=453922.000000
s hg19.chr21     16889981 33 +  48129895 AGCTAACATATAGAAGAGTCACACAAAAACATG
s panTro2.chr21  15610050 33 +  46489110 AGCTAACATATAGAAGAGTCACACAAAAACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182548 33 +  48394510 AGCTAACATATAGAAGAGTCACACAAAAACATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=961503.000000
s hg19.chr21     16890014 125 +  48129895 CCTCTATAAATGAATATTTGCAGATCTGGTAGGGCTTGGGCACTGGAACTAACATATTCTAAACTGGGATAGCAATACTCTAACAGTAAGATGAAAAAAGTACAAACCTTTATCAAATTGTGTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182581 125 +  48394510 CCTCTATAAATGAATGTTTGCAGATCTGGTAGGGCTTGGGCACTGGAACTAACATATTCTAAACTGGGATAGCAATACTCTAACAGTAAGATGAAAAAAGTACAAACCTTTATCAAATTGCATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042089 125 - 196418989 CCTCGATAAATGAATGTTTGCAGATCTGGTAGGGCTTGGGCACTGGAACTAACATATTCTAAACCAGCGTAGCAATACTCTAACAGTAAGATGAAAAAAATACAAATCTTTATCAAATTGCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=397134.000000
s hg19.chr21     16890139 43 +  48129895 CTTTTTGTATAGCTTCACTTAAAGAATATTAGTTATATACTCA
s panTro2.chr21  15610208 43 +  46489110 CTTTTTGTATAGCTTCGCTTAAAGAATATTAGTTATATACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182706 43 +  48394510 CTTTTTGTATAGCTTCACTTAAAGAATATTAATTATATACTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042214 43 - 196418989 TTTTTTGTATAGCTTCACTTAGAGAATATTAGTTGTATACTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-141359.000000
s hg19.chr21     16890182 7 +  48129895 GGATGTT
s panTro2.chr21  15610251 7 +  46489110 GGATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042257 7 - 196418989 GGCTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=582783.000000
s hg19.chr21     16890189 63 +  48129895 CCAAGAGAATGAATTGAGAAGGAGCTATCTTGGAAATTTAAGAATAACGTTAATCCAAGTGAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042264 63 - 196418989 CCAAGAGAATGAAATGAGAAGGAGCTGTCTTGGGAATTTAAGAATAACCTTAATCCAAGTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156428.000000
s hg19.chr21     16890252 32 +  48129895 TTCTAGACCTATAAATAGTAAAAAATGCATCT
s panTro2.chr21  15610321 32 +  46489110 TTCTAGACCTATAAATAGTAAAAAATGCATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182819 32 +  48394510 TTCTAGACCTATAAATAGTAAAAAATGCATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042327 32 - 196418989 TCCTAGACCCATAAATAGTAGAAAATGCATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=586629.000000
s hg19.chr21     16890284 60 +  48129895 CAACATAATATGCATCTGGAATTACCTATTGACTCTTCATTGATATTTCtgtggggtggg
s panTro2.chr21  15610353 60 +  46489110 CAACATAATATGCATCTGGAATTACCTATTGACTCTTCATTGATATTTCtgtggggtggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182851 60 +  48394510 CAACATAATATGCATCTGGAATTACCTGTTGACTCTTCACTGATATTTCtgtggggtgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042359 49 - 196418989 CAACATAATATGCATCTGGAATTACCTATTGACTCTTCATTGATATTTC-----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

a score=73679.000000
s hg19.chr21     16890344 146 +  48129895 gggaggggggagggatagcattaggagatatacctaatgtaaacgacgagttaatgggtgcagcacaccaacatggcacttgtatacatatgtaacaaacctgcacgttgtgcacatgtaccctagaacttaaagtataataaAat
s panTro2.chr21  15610413 145 +  46489110 gggaggggggagggatagcattaggagatatacctaatgtaaatgacgagttaatgggtgcagcacaccaacatggcacttgtatacatatgtaacaaacctgcacgttgtgcacatgtaccctagaacttaaagtataataaaa-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15182911 146 +  48394510 gggaggggggagggatagcattaggagatatacctaatgtaaatgacgagttaatgggtgcagcacaccaacatggcgcatgtatacatatgtaacaaacctgcacattgtgggtatgtactctagaacttaaagtataataatat
i ponAbe2.chr21 C 0 I 204
e rheMac2.chr3  165042408   3 - 196418989 I

a score=127471.000000
s hg19.chr21     16890490 253 +  48129895 atatatatatatatatatatatatatataAAGAAACTTGGTTCCTCAGGCAGCAGAGATCAATGGAGACTTTCAGCACGGAAGTGGCCTATCAGGTCTGTCTTTTCAGAAGAACACTGTAATAGAACAGTGCACGCTGCTCACTTCCTTCATTGTAAACCCAAACCATGGTTCTTTAAGTTCAAGTGCAATAACTTTGGAATAACAAGGTATCAGTCATCTCAATTACCACCCATAGTACtataaatgagtgc
s ponAbe2.chr21  15183261 253 +  48394510 atatatatacatatatatataCACACACAAAGAAACTTGGTTCCTCAGGCATCAGAGATCAATGGAGACTTTCAGCACGGAAGTGGCCTATCAGGTCTGTCTTTTGGGAAGAATGCTGTAATAGGACAGTGCAGGTTGCTCACTTCCTTCGCTGTAAACCCAAACCATGGTTCTTCAAGTTCCAGTGCAATAACTTTGGAATAACAAGGTATCCGTCATCTCAATTACCACCCATAGTACtataaatgagtgc
i ponAbe2.chr21 I 204 C 0
s panTro2.chr21  15610558 247 +  46489110 ------aaaaaTATATATATATATATATAAAGAAACTTGGTTCCTCAGGCAGCAGAGATCAATGGAGACTTTCAGCACGGAAGTGGCCTATCAGGTCTGTCTTTTCAGAAGAACACTGTAATAGAACAGTGCACGTTGCTCACTTCCTTCATTGTAAACCCAAACCGTGGTTCTTTAAGTTCAAGTGCAATAACTTTGGAATAACAAGGTATCAGTCATCTCAATTACCACCCATAGTACtataaatgagtgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165042408   3 - 196418989 I

a score=102361.000000
s hg19.chr21     16890743 199 +  48129895 catctttctgaaaagcagtttggtgccttagatgtcttcaaatatgcatgccctattgtcctggaaattccacttctaggactctatcctgaggaaattatgaaaaaggtaccaaatatttacgtacaagacagctcatttttagcattgttcgtaagagtgaaaagttgaaaacccaaaatattcaataaaaagtaac
s panTro2.chr21  15610805 199 +  46489110 catctttctgaaaagcagtttggtgccttagatgtcttcaaatatgcatgccctattgtcctggaaattccacttctaggactctatcctgaggaaatcatgaaaaaggtaccaaatgtttacgtacgagacagctcatttttagcattgttcgtaagagtgaaaagttgaaaacccaaaatattcaataaaaattaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15183514 199 +  48394510 catatttctgaaaagcagtttggtgccttagatgtcttcaaatatgcatgctctgttgtcctggaaattccacttctaggactctatcctgaggaaattatgaaaaaggtacaaaatatttacatacaaaacagctcatttttagtattgtttgtgagagtgaaaagttgaaaacccaaaatgttcaataaaaattaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165042408   3 - 196418989 I

a score=1015673.000000
s hg19.chr21     16890942 124 +  48129895 tggttaagtaaatt---aAAAAAAAAAGAAATTTCTCATAAGCTGAATTATAGTGTCGAGAGTTACTAGGCTTCCTGATTTTTCTTATTAATAATTCTGGATATGAACAAAC-GAGGATAGAATAAAA
s panTro2.chr21  15611004 125 +  46489110 tggttaagtaaatt--aAAAAAAAAAAGAAATTTCTCATAAGCTGAATTATAGTGTCTAGAGTTACTAGGCTTCCTGATTTTTCTTATTAATAATTCTGGATATGAACAAAC-GAGGATAGAATAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15183713 127 +  48394510 tggttaagtaaattaAAAAAAAGAAAAGAAATTTCTCATAAGCTGAATTATAGTGTCTAGACTTATTAGGCTTCCTGATTTTTCTTATTAATAATTATAGATATGAACAAAC-GAGGACAGAATAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042411 102 - 196418989 --------------------------AGAAATTTCTAATAAGCTGAATTATAGTGTCTAAAGTTATTAGGCTTCCTGATTTTTCTTATTAATAATTCTAGACATGAACAAACAGAGGATAGAATAAAA
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

a score=515109.000000
s hg19.chr21     16891066 43 +  48129895 TTATGATC-CTTTTGTAGTTTACACATACTGTCAGTTTAATGTA
s panTro2.chr21  15611129 43 +  46489110 TTATGATC-CTTTTGTAGTTTACACATACTGTCAGTTTAATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15183840 43 +  48394510 TTATGATC-TTTTTGTAGTTTATACCTACTGTCAGTTTAATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042513 44 - 196418989 TTATGATCTTTTTTGTAGTCTACACATACTGTCAGTTTAAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=324943.000000
s hg19.chr21     16891109 30 +  48129895 TGTTG--------------------GAAATAAATTAGACTTACCTTTAGC
s panTro2.chr21  15611172 30 +  46489110 TGTTG--------------------GAAATAAATTAGACTTACCTTTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15183883 50 +  48394510 TGTTGGTGTGCTTATAAATTTTAATGAAATAAATTAGACTTACCTTTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042557 50 - 196418989 TGTTGGTGTGGTTATAAATTTTAATGAAATAAATTAGACTTACCTTTAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=336985.000000
s hg19.chr21     16891139 41 +  48129895 ACTTTTGCTTCTTGGAACAAGAAGAATAAATTAAAGATATT
s panTro2.chr21  15611202 41 +  46489110 ACTTTTGCTTCTTGGAACAAGAAGAATAAATTAAAGATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15183933 41 +  48394510 ACTTTTGCTTCTTGGAACAAGaaaaataaattaaagatatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165042607 39 - 196418989 ACTTTTGCTTCTTGGAACAAGAAAAATAAATTAAAG--ATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=376825.000000
s hg19.chr21     16891180 47 +  48129895 TTTTATTAGTCACTCCTTTATAGAACTGATGAGATATTAGAATACAT
s rheMac2.chr3  165042646 47 - 196418989 TTTTATTAGTTATTCCTTTATAGAACTGATGAGATATTAGAATATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15183974 47 +  48394510 ttttattaGTCACTCCTTTATAGAACTGATGAGATATTATAATACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15611243 47 +  46489110 TTTTATTAGTCACTCCTTTATAGAACTGATGAGATATTAGAATACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=525397.000000
s hg19.chr21     16891227 49 +  48129895 AGGCATTGTTTTGTGCTAGAGAGAGGAATCAGGGCAGGATGACAGTCAC
s rheMac2.chr3  165042693 49 - 196418989 AGAAATTGTTTTGTGCTAGAGACAGGAATCAGGGCGGGATGACAGTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184021 49 +  48394510 AGGAATTGTTTTGTGCTAGAGAGAGGAATCAGGGCAGGATGACAGTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15611290 49 +  46489110 AGGCATTGTTTTGTGCTAGAGAGAGGAATCAGGGCAGGATGACAGTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-183607.000000
s hg19.chr21     16891276 33 +  48129895 TTACAGAGCTACAAGCCATTGCTGTATTACAGt
s rheMac2.chr3  165042742 33 - 196418989 TTACAGAGTTACAAGCCATTGCTGCATTACAGt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184070 33 +  48394510 TTACGGAGCTACAAGCCATTGCTGTATTACAGt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15611339 33 +  46489110 TTACAGAGCTACAAGCCATTGCTGTATTACAGt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=655936.000000
s hg19.chr21     16891309 376 +  48129895 gtgttagtctgttctcatgttgctaattaagacatactcaaggctggataatttacaaaggaaagaggtttaattgactcacagttcaggatggctggagaggcctcaggaaacttacaatcatggcagaagggggagcaaacatgtacttattcacatggcagcaggaaggagaagtgccaagcaaaagaggaaaaagtcccttataaaacctatgaaaccatcagctctcctgggaacttactgccacaagaacagcagcttggggtaacttcaaccatgattcaattacctttcactgggtccttcccacaacacattgggtattatggaaactacaattcgaggtgagatttgggtggggacaaagccaaac
s rheMac2.chr3  165042775 376 - 196418989 gtgttagtctgttctcatgttgctaactaagacatacttaagactggataatttataaaggaaagaggcttaattgactcacagttcaggatggctggagaggcctcaggaaacttacaatcatggcagaagggggagcaaacacatacttattcacatggcagcaggaaggagaagtgccaagcaaaagaggaaaaagccccttataaaacctacgaaaccatcagctcttctgggaactcactgccacaagaacagcagcgtggggtaacttcaaccatgattcaattacctttcactgggtccttcccacgacacattgggtattatggaaactacaattcaagatgagatttgggtggggacacagccaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184103 376 +  48394510 gtgttagtctgttctcatgttgcttattaagacatactcaagactggataatttacaaaggaaagaggtttaattgacttacagttcaggatggctggagaggcctcaggaaacttacaatcatggcagaagggggagcaaacatgtacttattcacatggcagcaggaaggagaagtgccaagcaaaagaggaaaaagccccttataaaacctatgaaaccatcagctctcctgggaacttactgccacaataagagcagcgtggggtaacttcaaccatgattcaattacctttcactgggtccttcccacgacacattgggtattatggaaactacaattcatgatgagatttgggtggggacaaagccaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15611372 376 +  46489110 gtgttagtctgttctcatgttgctaattaagacatactcaaggctggataatttacaaaggaaagaggtttaattgactcacagttcaggatggctggagaggcctcaggaaacttataatcatggcagaagggggagcaaacatgtacttattcacatggcagcaggaaggagaagtgccaagcaaaagaggaaaaagtctcttataaaacctatgaaaccatcagctctcctgggaacttactgccacaagaacagcagcttggggtaacttcaaccatgattcaattacctttcactgggtccttcccacaacacattgggtattatggaaactacaattcgaggtgagatttgggtggggacaaagccaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=189742.000000
s hg19.chr21     16891685 46 +  48129895 catatcaTACAGTCACCTGAATACCTTGTTTTAAAGTAGTTGGTTA
s panTro2.chr21  15611748 46 +  46489110 catatcaTACAGTCACCTGAATACCTTGTTTTAAAGTAGTTGGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184479 46 +  48394510 catatcaTACAGTCACCTGAATACCTTGTTTTAAAGTACTTGGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165043151 46 - 196418989 catatcaTACAGTCACCTGAATTCCTTGTTTTAAAGTAGTTGGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-319774.000000
s hg19.chr21     16891731 51 +  48129895 ATGTTCTAGGCCACTGTGGCATCTAACTTACtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
s panTro2.chr21  15611794 41 +  46489110 AGGTTCTAGGCCACTGTGGCATCTAACTTAC----------TCTTtgtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184525 31 +  48394510 ATGTTTTAGGACACTGTGGCATCTAACTTAC--------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165043197 31 - 196418989 ACGTTTTAGGCCACTGTGGCATCTAACTTAC--------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-157925.000000
s hg19.chr21     16891782 37 +  48129895 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtaca
s panTro2.chr21  15611835 37 +  46489110 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184556 33 +  48394510 ----TCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165043228 37 - 196418989 TCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttatgtaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=968187.000000
s hg19.chr21     16891819 81 +  48129895 tttgtgtgtACTCTCTAGTTTTGTCTCTTGATCCCATCAAATAATCTCTCTTGAGTCCTACTGAATTTTTGTTGAAATATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184589 81 +  48394510 tttgtgtgtACTCTCTAGTTTTGTCTCATGATCCCATCAAATATTCTCTCTTGAGTCCTACTGAATTTTTATTGAAATATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165043265 81 - 196418989 tttgtgtgtatgCTATAGCTCTGTTTCATGATCCCATCAAATATTCTCTCTTGAGTCCTACTGAATTTTTGTTGAAATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=363296.000000
s hg19.chr21     16891900 35 +  48129895 TATACATTTCAAGGATTTTTCAACTATAAGCAGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184670 35 +  48394510 TATACATTTCAAGGATTTGTCAACTATAAGCAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=515439.000000
s hg19.chr21     16891935 43 +  48129895 TATATGGCAACTCTGAGGAGAATTAAATATGGGTTATACGCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165043487 90 - 196418989 CTTTACTTAGTTTCTTTATTTCACATATGCTTACACAAAGTTTAACAAGAATAGACAACAGTTGCTAACTTGGAACATCAGATTATTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1267336.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=713526.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15184978 47 +  48394510 TTCCTTGCTTTTTGCCTTAAAGTAAAACTGACAGCTggagttcaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=240889.000000
s hg19.chr21     16892250 144 +  48129895 ccagcctaaccaa-atggtgaaatcccatccctactaaaaaatacaaaaattagccgagtacagtggcaggtgcctgtaatcccagttactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaatctgggaggcggaggttgcagtgg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 I 170 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=195870.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=673732.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16896945 124 +  48129895 ACAATTTAATATTTATGAATAATTTTCTCATGACTAAAGAGATACCTGTTAATGGGCTTCTAAAAATGAGATTCAGTAATTATCACTTAAATAGCTCATTGTCTGTTTCAGAATTTTACCAGTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=370223.000000
s hg19.chr21     16897219 41 +  48129895 AAAAA-GCTTCATTTAAATTACCTTAGCTAGTACCAA--TTTTT
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s hg19.chr21     16897260 139 +  48129895 TTTTCAATTCTATTTTAGTCCTTTCCCCCCCTGCTGCCACCT----CATTGTTTTACAAGTAATGATAAATGTGATAATGAGTAATGACATCTATTCATGGAAAATGTGAAAAGTCTGAAGTTACAGTATTTTTCATTAGGAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190235 138 +  48394510 TTTTCGATTCTATTTTAGTCCTTTCCCCCC-TGCTGCCACCT----CACTGTTTTACAAGTAATGATAAATGTGATAATGAGTAATGACATCTATTCATGGAAAATGTGAAAGGTCTGAAGTTACAGTATTTTTCATTAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2092123.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16897534 93 +  48129895 AGCTTGTTCATGGTAGTTTAAGTGTAAAGAAATGTTTCAACTCTTATTTGTATCCATTAAAATGCAAATGATGTAGGGTTTTCTGATTGTTTA
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s panTro2.chr21  15617845 58 +  46489110 ATCCCCGGGAGTTTTTGGATATGAAACATTGAGTACATGTTTTCAAAGTGAATTCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190601 58 +  48394510 ATCCCTGGGAGTTTTTGGACATGAAACATTGAGTACATGTTTTCAAAGTGAATTCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049255 58 - 196418989 ATCCCTGGGAGCTTTTGGATATGAAACATTGAGTACATGTTTTCAAAGTGAATTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=737011.000000
s hg19.chr21     16897685 45 +  48129895 GTATCCTTCATCTGCTCCCTTCCAATATGCAGAATACAATGAATG
s panTro2.chr21  15617903 45 +  46489110 GTATCCTTCATCTGCTCCCTTCCAATATGCAGAATACAATGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190659 45 +  48394510 GTATCCTTCATCTACTCCCTTCCAATATGCAGAATACAATGAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049313 45 - 196418989 GTATCCTTCATCTGCTCCCTTCCAATATGCAGAATACAATCAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1043158.000000
s hg19.chr21     16897730 50 +  48129895 ATTAGTGTTAAACCAGGAAAGCAAGATGTATGTAGAGATTAAAAATGACC
s panTro2.chr21  15617948 50 +  46489110 ATTAGTGTTAAACCAGGAAAGCAAGATGTATGTAGAGATTAAATATGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190704 50 +  48394510 ATTAGTGTTAAACCAGGAAAGCAAGATGTATGTAGAGATTAAAAATGACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049358 49 - 196418989 ATTAGTGTTAAACCAGGAAAGCAAGATGTATGTAGAGATTTAAAA-GACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1143543.000000
s hg19.chr21     16897780 52 +  48129895 TTGCTTTCTTGATCTCCATTTGGGACTAGCCATATGGTGCAGAGAGGCTATC
s panTro2.chr21  15617998 52 +  46489110 TTGCTTTCTTGATCTTCATTTGGGACTAGCCATATGGTGCAGAGAGGCTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190754 52 +  48394510 TTGCTTTCTTGATCTCCATTTGGGACTAGCCATATGGTGCAGAGAGGCTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049407 50 - 196418989 TTGCTTTCTTGGTCTCCATTTGGGACTAGCCATATGGTGCACAGAGGC--TC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=472793.000000
s hg19.chr21     16897832 30 +  48129895 TTAAAAACGTGAGGTCACCCATGTTATTTC
s panTro2.chr21  15618050 30 +  46489110 TTAAAAACGTGAGGTCACCCATGTTATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190806 30 +  48394510 TTAAAAACGTGAGGTCACCTATGTTATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049457 30 - 196418989 TTAAAAACGTGAGGTCGCCTGTGTTATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=913372.000000
s hg19.chr21     16897862 61 +  48129895 TATAGCTCTTCCATATCAGGATTTCAAA-CAATTTATCTCTAAATTGTCATTGATAGTATGT
s rheMac2.chr3  165049487 62 - 196418989 TATAGCTCTTCCATATCAGGATTTCAAAGCAATTTATCTCTAAATTGTCATTGATAGTATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190836 62 +  48394510 TATAGCTCTTCCATATCAGGATTTCAAAGCAATTTATCTTTAAATTGTCATTGATAGTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15618080 62 +  46489110 TATAGCTCTTCCATATCAGGATTTCAAAGCAATTTATCTCTAAATTGTCATTGATAGTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=111385.000000
s hg19.chr21     16897923 25 +  48129895 TATTTGACCTCCAACTAAAATAATA
s panTro2.chr21  15618142 25 +  46489110 TATTTGACCTCCAACTAAAATAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190898 25 +  48394510 TATTTGACCTCCAACTAAAATAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049549 25 - 196418989 TATTTGACCTCCAACTAAAATAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=888199.000000
s hg19.chr21     16897948 59 +  48129895 CTACCTATGTAATTAATGTAAGAAAAATGATCCACCATAAAAATCTGTCAGTTTTATAT
s panTro2.chr21  15618167 59 +  46489110 CTACCTATGTAATTAATGTAAGAAAAATGATCCACCATAAAAATCTGTCAGTTTTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190923 58 +  48394510 CTACCTATGTAATTAATGTAAG-AAAATGATCCACCATAAAACTCTGTCAGTTTTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049574 59 - 196418989 CTACCTATGTAATTAATGTAAGAAAAATGATCCACCATAAAAGTCTGTCAGTTTTATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-5321.000000
s hg19.chr21     16898007 15 +  48129895 AAATACAGCCTTTTG
s panTro2.chr21  15618226 15 +  46489110 AAATACAGCCTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190981 15 +  48394510 AAATACAGCCTTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049633 15 - 196418989 AAATACAGCCTTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=143458.000000
s hg19.chr21     16898022 14 +  48129895 TCAGAGGGTTACTT
s panTro2.chr21  15618241 14 +  46489110 TCAGAGGGTTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15190996 14 +  48394510 TCGGAGGGTTAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049648 14 - 196418989 TCAGAGGGTTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=32171.000000
s hg19.chr21     16898036 40 +  48129895 GAGAAAAAAATGGAGAGTTGTTAAACATTTGAATACCACG
s panTro2.chr21  15618255 40 +  46489110 GAGAAAAAAATGGAGAGTTGTTAAACATTTGAATACCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191010 39 +  48394510 GAG-AAAAAATGGAGAGTTGTTAAACATTTTAATACCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049662 39 - 196418989 GAG-AAAAAATGGAGAGTTGTTAAACATTTGAATACCACG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=19045.000000
s hg19.chr21     16898076 21 +  48129895 CATTGATGCTTACAAATATAA
s panTro2.chr21  15618295 21 +  46489110 CATTTATGCTTACAAATATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191049 21 +  48394510 CATTTATGCTTACAAATATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049701 21 - 196418989 CATTTATGCTTACaaatatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-85985.000000
s hg19.chr21     16898097 32 +  48129895 C------------ATATCT-ATATAGTAACAATATCATACCAAAC
s rheMac2.chr3  165049722 45 - 196418989 ctattataatataatatataatataGTAACAATATCATACCAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191070 32 +  48394510 C------------ATATCT-ATATAGTAACAATATCATACCAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15618316 32 +  46489110 C------------ATATCT-ATATAGTAACAATATCATACCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-84525.000000
s hg19.chr21     16898129 32 +  48129895 ATATATGCAAATTTGTAATATGAATATTACTA
s rheMac2.chr3  165049767 32 - 196418989 ACATAGGCAAATTTATAATATGAATATTACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191102 32 +  48394510 ATATAGGCAAATTTGTAATATGAATATTACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15618348 32 +  46489110 ATATATGCAAATTTGTAATATGAATATTACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-128397.000000
s hg19.chr21     16898161 38 +  48129895 GTTAAACATTTGAATACCAAGCATTTATGCTTACA-----AAT
s rheMac2.chr3  165049799 38 - 196418989 GTTAAACATTCGAATACCACACATTTATGCTTACA-----AAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191134 43 +  48394510 GTTAAACATTTGAATACCACACATTTATGCTTACAAATATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15618380 38 +  46489110 GTTAAACATTTGAATACCACGCATTTATGCTTACA-----AAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-29641.000000
s hg19.chr21     16898199 21 +  48129895 ATATCTATATAGTAACAATAT
s panTro2.chr21  15618418 21 +  46489110 ATATCTATATAGTAACAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191177 21 +  48394510 ATATCTATATAGTAACAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049837 21 - 196418989 ACATCTATATAGTAACAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-180822.000000
s hg19.chr21     16898220 34 +  48129895 AATACCAACAATATAGGCAAATTTGTAATATGAA
s panTro2.chr21  15618439 34 +  46489110 AATACCAACAATATAGGCAAATTTGTAATATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191198 34 +  48394510 GATACCAACAATATAGGCAAATTTGTAATATGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049858 34 - 196418989 AATACCAAATATATAGGCAAATTTGTAATATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-84367.000000
s hg19.chr21     16898254 13 +  48129895 CATTACCAAGATA
s rheMac2.chr3  165049892 13 - 196418989 TATTACCAAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191232 13 +  48394510 TATTACCAAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15618473 13 +  46489110 CATTACAAAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-94450.000000
s hg19.chr21     16898267 24 +  48129895 AAGTTTAAATGCAACAAAAAAGAA
s panTro2.chr21  15618486 24 +  46489110 AAGTTTAAATGCAACAAAAAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191245 24 +  48394510 AAGTTTAAATGCAACAAAAAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049905 24 - 196418989 AAGTTTAAATGCAACAAAAAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7847.000000
s hg19.chr21     16898291 48 +  48129895 TGAAATTAATTTTGTTATAGTAGAGAGGTAGGTAAGAA-TTTTTTAAAA
s panTro2.chr21  15618510 48 +  46489110 TGAAATTAATTTTGTTATAGTAGAGAGGTAGGTAAGAA-TTTTTTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191269 49 +  48394510 TGAAATTAATTTTTTTATAGTAGAGAGGTAGGTAAGAATTTTTTTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049929 48 - 196418989 TGAAATTAATTTTGTTATAGTAGAGAAGTAGGTAAGAA-TTTTTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-219458.000000
s hg19.chr21     16898339 23 +  48129895 AAAGAAATAAACATATGTACAT-T
s panTro2.chr21  15618558 23 +  46489110 AAAGAAATAAACATATGTACAT-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191318 22 +  48394510 AAAGAAataaacatgtacata--t
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165049977 23 - 196418989 AAAGAAATACA-GTATGTACATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-78250.000000
s hg19.chr21     16898362 25 +  48129895 ATATACATATATGTACACACACATA
s panTro2.chr21  15618581 25 +  46489110 ATATACATATATGTACATACACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191340 25 +  48394510 atatacatatatgtacacacacata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050000 25 - 196418989 ATATACATATATGTACACACACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12783.000000
s hg19.chr21     16898387 18 +  48129895 GTTTTCTTGGCTTCTGAA
s panTro2.chr21  15618606 18 +  46489110 GTTTTCTTGGCTTCTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191365 18 +  48394510 GTTTTCTTGGCTTCTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050025 18 - 196418989 GTTTTCTTGGCTTCTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=71143.000000
s hg19.chr21     16898405 15 +  48129895 CTTTCACTGAGTAAT
s panTro2.chr21  15618624 15 +  46489110 CTTTCACTGAGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191383 15 +  48394510 CTTTCACTGAGTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050043 15 - 196418989 CTTTCACTGAGTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101362.000000
s hg19.chr21     16898420 33 +  48129895 ATCAACTGCCTTTTTTAAGGTAACATCATAATC
s panTro2.chr21  15618639 33 +  46489110 TTCAACTGCCTTTTTTAAGGTAACATCATAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191398 33 +  48394510 ATCAACTGCCTTTTTTAAGGTAATGTCATAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050058 33 - 196418989 ATCAACATGGCTTTTTAAGGTAACATCATAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=189310.000000
s hg19.chr21     16898453 37 +  48129895 CAAATATCTCTTTCTGCAAATTCAAGGCAAAGCAATA
s panTro2.chr21  15618672 37 +  46489110 CAAATATCTCTTTCTGCAAATTCAAGGCAAAGCAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191431 37 +  48394510 CAAATATCTCTTTCTGCAAATTCAAGGCAAAACAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050091 37 - 196418989 CAAATATCTCTTTCTGCAAATTCAAGGCAAAACAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=213416.000000
s hg19.chr21     16898490 26 +  48129895 TGATACCCATCTTCATTATCTTTCCT
s panTro2.chr21  15618709 26 +  46489110 TGATACCCATCTTCATCATCTTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191468 26 +  48394510 TGATATCCATCTTCATTATCTTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050128 26 - 196418989 TGATATCCATCTTCATTATCTTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=34944.000000
s hg19.chr21     16898516 19 +  48129895 TTCTCCTTTCTCATCACCA
s panTro2.chr21  15618735 19 +  46489110 TTCTCCTTTCTCATCACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191494 19 +  48394510 TTCTCCTTTCTCATCACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050154 19 - 196418989 TTCTCCTTTCTCATCACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=667281.000000
s hg19.chr21     16898535 97 +  48129895 AGGCTACAGTGTGTTATCCAGATTTGTCCTTTCTTGGCTCATTTCAAGCTTCATCAAACGTTACCTATTTTGTGTATCATGTCCTCAAGTCACCAGT
s panTro2.chr21  15618754 97 +  46489110 AGGCTACAGTGTGTTATCCAGATTTGTCCTTTCTTGGCTGATTTCAAGCTTCATCAAACTTTACCTATTTTGTGTATCATGTCCTCAAGTCACCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191513 97 +  48394510 AGACTACAGTGTGTTATCCAGATTTGTCCTTTCTTGGCTCATTTCAAGCTTCATCAAACGTTACCTATTTTGTGTATCATGTCCTCAAGTCACCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050173 97 - 196418989 AAGCTACAGTGTGTTATCCAGATTTGTCCTTTCTTGGCTCATTTCAAGTTTCATCAAACATCACCTATTTTGTGTCTCATGTCCACAAGTCCCCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149699.000000
s hg19.chr21     16898632 30 +  48129895 CAATATAATATCTACCTCCTACTTTAATAT
s panTro2.chr21  15618851 30 +  46489110 CAATATAATATCTACCTCCTACTTTAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191610 30 +  48394510 CAATATAATATCTACCTCCTACTTTAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050270 30 - 196418989 CAATACAGTATCTACCCCCTACTTTAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=275116.000000
s hg19.chr21     16898662 35 +  48129895 GTATGTGGATACATATATTACTCCATGTAACATCT
s panTro2.chr21  15618881 35 +  46489110 GTATGTGGATACATATATTACTCCATGTAACATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15191640 35 +  48394510 GTATGTGGATACATATATTACTCCATGTAACGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165050300 35 - 196418989 GTATGTGGATACACATATTACTCCATGCAATGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165052332 78 - 196418989 AGCCTTATTACTC--AAGTTTGTATTTAGTTAGTACTATATTATTTTGAACTAGAAGTGAGGTTGGTTTTGTAATTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=158367.000000
s hg19.chr21     16900470 36 +  48129895 ACGATTTGCTTTCTTGTGTACATTTGATCTCTCTAA
s panTro2.chr21  15620688 36 +  46489110 ACGATTTGCTTTCTTGTGTACATTTGATCTCTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193435 35 +  48394510 ACGATTTGCTTTCTTGTGTACACGTGATCTCTTT-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165052410 36 - 196418989 ACGATTTGCTTTCTTGTGTACATTTGATCTCCCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=98185.000000
s hg19.chr21     16900506 17 +  48129895 AAAAGATACAAGTGTAC
s panTro2.chr21  15620724 17 +  46489110 AAAAGATACAAGTGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193470 16 +  48394510 AAAAGATAC-AGTGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165052446 17 - 196418989 AAAAGATACAAGTGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=705812.000000
s hg19.chr21     16900523 49 +  48129895 TGAGGACTGGGATGGTATCTTTCATATCTTTTGCACAATCCAATTGCAT
s panTro2.chr21  15620741 49 +  46489110 TGAGGACTGGGATGGTATCTTTCATATCTTTTGCACAATCCAATTGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193486 41 +  48394510 TGAGGACTGAGATGGTATCTTTC-TATCTTTTGCACTATCCA-------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 47
s rheMac2.chr3  165052463 49 - 196418989 TGAGGACTGGGATGGTATCTTCCATTTCTTTTGCACTGCCCAATTGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=961831.000000
s hg19.chr21     16900572 64 +  48129895 TAGAACCATACAGTGCTCCCGGTGCCAGCATCACAGCTACTCAtcaggactgaattaggaatcc
s panTro2.chr21  15620790 64 +  46489110 TAGAACCATACAGTGCTCCCGGTGCCAGCATCACAGCTATTCAtcaggactgaattaggaatcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165052512 64 - 196418989 TAGAACCAGACAGTGCTCCCGGTGCCACCATCACAGCTATTCATCAGGACTGAATGAGGAATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15193527 47 +  48394510 I

a score=923858.000000
s hg19.chr21     16900636 57 +  48129895 aacccattaactggctcggtgaccctggacaattcattttaccttttgagactcctg
s panTro2.chr21  15620854 57 +  46489110 aacccattaactggctccgtgaccctggacaattcattttaccttttgagactcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165052576 57 - 196418989 AACccattaactggttccgtgaccctggacaactcatttcaccttttgagaccgctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15193527 47 +  48394510 I

a score=1074456.000000
s hg19.chr21     16900693 67 +  48129895 gtgcttcccatataaaatgaggtgactacattctttctaagatactttccagttataaaactctatg
s panTro2.chr21  15620911 67 +  46489110 gtgcttcccatataaaatgaggtgactacattctttctaagatactttccagttataaaactctatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193574 67 +  48394510 gtgcttcccatttaaaatgaggtgaccacattctttctaagatgctttccagttataaaattctatg
i ponAbe2.chr21 I 47 C 0
s rheMac2.chr3  165052633 67 - 196418989 gtgcttcccatatcaaacgaggtgactacattctttctaagatactttccagttataaaattctatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2078903.000000
s hg19.chr21     16900760 185 +  48129895 atgcttaattAAGGAAGCAAGTAAAGGAAGGAAGTTATATGAATGTGTGGGGAACCGTGATACCCAAATTCACAGCATAGACTGCCAAAATCCTTGGCAAAACTATTGATGTGCTGGAAAACCAGAGGGGAGCATTATGAAAAAGCAGGCAGAGACCAGAGAGAAATCTGCTCCTTAGAGCTAGA
s panTro2.chr21  15620978 185 +  46489110 atGCCTAATTAAGGAAGCAAGTAAAGGAAGGAAGTTACATGAATGTGTGGGGAGCCGTGATACCCAAATTCGCAGCATAGACTGCCAAAATCCTTGGCAAAACTATTGATGTGCTGGAAAACCAGAGGGGAGCATTATGAAAAAGCAGGCAGAGACCAGAGGGAAATCTGCTCCTTAGAGCTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193641 185 +  48394510 atgcttaattAAGGAAGCAAGTAAAGGAAGGAAGTTATATGAATGTGTGGGGAGCCGTGATACCCAAATTCACAGCATAGGCTGCCAAAATCCTTGGCAAAACTATTGATGTGCTGGAAAACCAGAGGGGAGCATTATGAAAAAGCAGGCAGAGACCAGAGAGAAATCTGCTCCTTCGAGCTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165052700 182 - 196418989 atgctTAACTAAGGAAGCAAGTAAAGGAAGGAAGTTGTATGAATGTGTGGGGAGCCGTGATACCCAAATTCA---GACAGACTGCCAAAATCCTTGGCAAAACTATTGATGTGCTGGAAAACCAGAGGGGAGCATTATGAAAAAGCAGGCAGAGACCAGAGAGACATCTGCTCCTTAGAGCTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=234882.000000
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s panTro2.chr21  15621163 41 +  46489110 ACAACGTGGATCCAAATTTGTGAGCTACATGCTTTTCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193826 40 +  48394510 GCAATGTGGATCCAAATTTGTGAGCTACATGCTTTTC-TTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165052882 40 - 196418989 GCAATGTGGATCCAAATTTGTGAGCTACGTGCTTTTC-TTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107318.000000
s hg19.chr21     16900985 42 +  48129895 TTTTCTTTAACTGAATTTTCCAATTATGTGCAACCTGGGTGG
s panTro2.chr21  15621204 42 +  46489110 TTTTCTTAAACTGAATTTTCCAATTATGTGCAACCTGGGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193866 42 +  48394510 TTTTCTTAAACTGAATTTTCCAATTATGTGCAACCTGGGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165052922 42 - 196418989 CTTTCTTAAACTGAATTTTCCAATTATGTGCAACCTGGGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331910.000000
s hg19.chr21     16901027 42 +  48129895 TAAAAAGCCTGAAGTGTCCAAGTTTAAAGACAAACCTGACAG
s panTro2.chr21  15621246 42 +  46489110 TAAAAAGCCTGAAGTGTCCAAGTTTAAAGACAAACCTGACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193908 42 +  48394510 TAAAAAGCCCGAAGTGTCCAAGTTTAAAGACAAACCTGACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165052964 42 - 196418989 TAAAAAGCCTAAAGTGTCCAAGTTTAAAGACAAACCTAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=413089.000000
s hg19.chr21     16901069 74 +  48129895 AACAGCTGAAAATTAGGAAAATTCATAGAAACATGAAAACAACAGAGAGAATGATCCTAATCATTGCCTAGTTC
s panTro2.chr21  15621288 74 +  46489110 AACAGCTGAAAATTAGGAAAATTCATAGAAACATGAAAACAACAGAGAGAATGATCCTAATCATTGCCTAGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15193950 70 +  48394510 AACAGCTGAAAATTAGGAAAATTCATAGAAACATGAAAACAAC----AGAATGATCCTAATCATTGCCTAGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165053006 74 - 196418989 AACAGCTGAAAATTAGGAAAATTCATAGAAACATGAAAACAACAGAGAGAATGATGCTAATCATTGCCTAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=41550.000000
s hg19.chr21     16901143 18 +  48129895 CTCATCTCTGCCCAAATT
s panTro2.chr21  15621362 18 +  46489110 CTCATGTCTGCCTAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15194020 18 +  48394510 CTCATCTCTGCCCAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165053080 18 - 196418989 CTCATCTCTGCCCAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16901161 38 +  48129895 TAACAAGCATGGAGGAAATCAACAGGGGGAGAAGCTTT
s panTro2.chr21  15621380 38 +  46489110 TAACAAGCATGGAGGAAATCAACAGGGGGAGAAGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15194038 38 +  48394510 TAACAAGCATGGAGGAAATCAACAGGGGGAGAAGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165053098 38 - 196418989 TAGCAAGCATGGAGGAAATCGAAAGGGGGAGAAGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15621418 153 +  46489110 AAAAGCAACAGTAGGAAGACATTAGAATGGGCTGGAATGATAAACAGCTGTCCACCATGGGAAATGAGTAGGGGGCAAAGTTTCTAGATTGATTCTAGGCAACGTAACACAATCATAGAACTAAAATCCAATCTTCTGAACAATATGATGACt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165053136 153 - 196418989 AAAAGCAACAGTAGGAAGACACTAGAATGGGCTAGAATGATAAACAGCTGTCTACCATGGGAAATGAGTATGGGGCAAAGTTTCTAGATTGATTCTAGGCAATATAACACAATCATAGAACGAAAATCCAATCTTCTGAACAATATGATGATt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15194227 54 +  48394510 ctagagttgctacagtgtgttacctataatatccagattttaatccaaaattag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165053289 54 - 196418989 ctagaattgctacagtgtgttacctataatatccagattttaatccaaaattaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15621625 15 +  46489110 actatgtacaaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15194281 10 +  48394510 actatgtaca-----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165053343 15 - 196418989 actatgtacaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16901421 44 +  48129895 aagaaaaaaatcaggaaagtatgaatctatcctcagggtaataa
s panTro2.chr21  15621640 44 +  46489110 aagaaaaaaatcaggaaagtatgaatctatcctcagggtaataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15194291 41 +  48394510 ---aaaaaaatcaggaaagtatgactctatcctcagggtaataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165053358 44 - 196418989 aaagaaaaaatcaggaaagtatgaATCTGTCCCCAGGGTAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136476.000000
s hg19.chr21     16901465 45 +  48129895 aaactattctgttgtgagttttctaagatttacctgaaataattc
s panTro2.chr21  15621684 45 +  46489110 aaacTATTCTGTTGTGAGTTTTCTAAGATTTACCTGAAATAATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15194332 45 +  48394510 aaactgttctgttgtgagttttctaagatttatctgaaataattc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135467.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15194405 53 +  48394510 tgtcagatacatattataatgtctagaacaacttccttaaaaaatgcaaagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15194458 223 +  48394510 tctgggcatggtgacttatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggcagatcacctgaggctaagagttcaagaccagcctggccaacatgggaaaaccccatctctactaaaaatacaaaaaaaagtagccagtagaagtgtctcaggcctataatccaaactgctcgggatactgaggcaagagaaacacttgagcctgggaggtagaggtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15621810 221 +  46489110 gctgggcatggtgacttatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggcagatcacttgaggctaagagttcgagaccagcctggccaacatgggaaaaccccatctctactaaaaatacgaaaaa--gtagccagtagaagtggctcaggcctgtaatccaagctgctcaggatactgaggcaagagaaacacttaagcctgggaggtagaggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165056420 80 - 196418989 cagtgaccgaggcatacaagacagccggattctttagtaacaaagggaaaattccaaagtcaagttttcacacaccagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=282247.000000
s hg19.chr21     16904560 33 +  48129895 aaggattagcaagcccttcgaagaggaacatca
s panTro2.chr21  15624767 33 +  46489110 aaggattagcaagcccttcgaagagcaacatca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15197452 33 +  48394510 aaggattagcaagcccttcgaagagcaacatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165056500 33 - 196418989 aaggattagcaagcccttggaagagcaacatca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=41720.000000
s hg19.chr21     16904593 41 +  48129895 gacctgctaca-agactctttcctatacCATAGGGGAGGCAC
s panTro2.chr21  15624800 41 +  46489110 gacctgctaca-aaactctttcctatacCATAGCGGAGGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15197485 41 +  48394510 gacctgctaca-aaactcttccctgcacCATAGCAGAGGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165056533 42 - 196418989 gacctgctacattaattctttcctacacCATAGCGGAGGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=187177.000000
s hg19.chr21     16904634 25 +  48129895 TTCCTTTCCTTAGCTGCAGTTCAAT
s panTro2.chr21  15624841 25 +  46489110 TTCCTTTCCTTAGCTGCAGTTCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15197526 25 +  48394510 TTCCTTTCCTTAGCTGCAGTTCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165056575 25 - 196418989 TTCCTTTCTTTAGCTGCAGTTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=947030.000000
s hg19.chr21     16904659 146 +  48129895 CTAGCTGGATTTTTTTCCCCCAAAATGTGTAGAAATGGCCTAACTAAAtcctcctcaaagaaactgatcaccagccaaccagcttcatctactgaaatgtcagtttcacctccacaagtttcttcaacaaagcttttgaattttag
s panTro2.chr21  15624866 146 +  46489110 CTAGCTGGATTTTTTTCCCCCAAAATTTGTAGAAATGGCCTAACTAAAtcctcctcagagaaactgatcaccagccaaccagcttcatctactgaaatgtcggtttcacctctgcaagtttcttcaacaaagcttttgaattttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15197551 146 +  48394510 CTAGCTGGATTTTTTTCCCCAAAAATTTGTAGAAATGGCCTAACTAAAtcctcctcagagaaactgatcacctgccaaccagcttcatctcccgaaatgtcggtttcatctccacaagtttcttcaacaaagcttttcaattttag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165056600 140 - 196418989 CTAGTCGGA-TTTTTTTTCCTAAAACTTGCAGAAATGGC----CTAAGtcctcctcagagaaactgatcaccagccaaccagcttcatctcctgaaaggttggtttcacctccacaagtttcttcaaaaaaacttttt-attttag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206924.000000
s hg19.chr21     16904805 26 +  48129895 tgattctaacttcttctctttgttca
s panTro2.chr21  15625012 26 +  46489110 tgattctaacttcttctctttgttca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15197697 26 +  48394510 taattctaacttgttctctttgttca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165056740 25 - 196418989 taattctaa-tccttctctttcttca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=529641.000000
s hg19.chr21     16904831 83 +  48129895 ctaaggctaggagtg-gtcactgctgcctGCGATTGCTATTTCCACAACTTAATGGTTTTTTATAT-TTTTTTCCTCTTCTGAGT
s panTro2.chr21  15625038 83 +  46489110 ctaaggctaggagtg-gtcactgctgcctgcgatcgctatttccacaacttaatggttttttATAT-TTTTTTCCTCTTCTGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15197723 82 +  48394510 ctaagcctaggagtg-gtcactgctgcctgcgattgctatttccacaacttaatggttttttata--ctttttcCTCTTCTGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165056765 85 - 196418989 ctaaggctaggagggcgtcactgctgcctgcgattgctatttcCACAACCTAATGGTTTTTTAAATATTTTTTCCTCTTCTGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=541085.000000
s hg19.chr21     16904914 114 +  48129895 TACATTAACAACCAC---TTACTTTTAAAATATTTGTATGGAATCACGTGTGTTAAAGTAATTTCTGTGGTTGTTCTGGATGCTGACTAATAAAAGAGCAGAGGCATCTTCCTTTGG
s panTro2.chr21  15625121 114 +  46489110 TACATTAACAACCAC---TTACTTTTAAAATATTTGTATGGACTCACGTGTGTTAAAGTAATTTCTGTGGTTGTTCCGGATGCTGACTAATAAAAGAGCAGAGGCATCTTCCTTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15197805 117 +  48394510 TACATTAACAACCACTTATTACTTTTAAAATATTTGTATGGAATCACGTGTGTTAAAGTAACCTCTGTGGTTGTTCTGGATGCTCACTAAGAAAAGAGCAGAGGCATCTTCCTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165056850 110 - 196418989 GACATTAACAACCAC-------TTTTTAAATATTTGTATGGAATCACATGTGCTGAAATAACTTCTGTGGTTGTTTCGGATGCTGACTAATAAAAGAGCAGAGGCATCTTCCTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=830928.000000
s hg19.chr21     16905028 82 +  48129895 CAAAAGTTACTAACAAATAAGAACTAGTAACATATGTTCATTCATTATTCTCTGTTTTGGGTACTATATTTGTGGTATGAGG
s panTro2.chr21  15625235 82 +  46489110 CAAAAGTTACTAACAAATAAGAACTAGTAACATATGTTCATTCATTATTCTCTGTTTTGGGTACTAAATTTGTGGTATGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15197922 82 +  48394510 CAAAAGTTACTAACAAATAAGAACCAGTAACATATGTTCATTCATTATTCTCTGTTTCTGGTACGAGATTTGTGGTATGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165056960 82 - 196418989 CAAAAGTTACTAACAAATAGGAACCAATAACATATGTTCATTCATTATTCTCTGTTTCTGGTACTAGATTTGTGGTTTGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=637223.000000
s hg19.chr21     16905110 85 +  48129895 CAACTGTGACAGTGGCAGCAAATTTGCTTATATGACCTATGATGACACCTGAGGTAGGTGACTGTGAAATGAAATTTCAGCATCA
s panTro2.chr21  15625317 85 +  46489110 CAACTGTGACAGTGGCAGCAAATTTGCTTATCTGACCTCTGATGACACCTGAGGTAGGTGACTGTGAAATGAAATTTCAGCATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198004 85 +  48394510 CAACTGTGACAGTGGCAGCAAATTTGCTTATCTGACCTCTGATGACACCTGAGGTAGGTGACTGTGAAATGAAATTTCAGCATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057042 85 - 196418989 CAGCTGTGACAGTGCCAGCAAATTTATTTATCTGACCTCTGATGACACCTGAGGTAGGTGATCATGAAATGAAATTTCAGCATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=836026.000000
s hg19.chr21     16905195 112 +  48129895 CCCCTTATCcccaaaatgctctcctccagctcttccaatgacctttcaagtgcctgttatattcttccctccttgtaacatctagagtgatttttgtttcctgaactgaatt
s panTro2.chr21  15625402 112 +  46489110 CCCCTTATCCCCAAAATGCTCTCCTCCAGCTCTTCCAATGACCTTTCAAGTGCCTGTTATATTCTTCCCTCCTTGTAACATCTAGAGTGATTTTTGTTTCCTGAACTGAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198089 112 +  48394510 CCCCTTATCCCCAAAATGCTctcctccagcccttccaatgacctttcaagtgcctgttatattcttccctccttgtaatatctagagtgatttttgtttcctgaactaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057127 112 - 196418989 CCCCTCATCCCCAAAATGCTCTCCTCCAGCCCTTCCGATGACCTTTCAAGTGCCTGTTACATGCTTCCCTCCTTATAATATCTAGAATGATTTTTGTTTCCTGAACTAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=173883.000000
s hg19.chr21     16905307 39 +  48129895 ctaatagatataTAGGCGatttatcaaaagagtgcagta
s panTro2.chr21  15625514 39 +  46489110 CTAATACATATATAGGCGatttatcaaaagagtgcagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198201 39 +  48394510 ctaatagatataTAGGTGatttatcaaaagagtgcagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057239 39 - 196418989 CTAATAGATATATAGGTGatttatcaaaagagtgcagta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=700695.000000
s hg19.chr21     16905346 49 +  48129895 aacaacatactcagtagtgaaattttaaaattattccccataaaatcag
s panTro2.chr21  15625553 49 +  46489110 aacaacatactcagtagtgaaattttaaaattattccccataaaatcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198240 49 +  48394510 aacaacatactcagtagtgaaactttaaaattatttcccataaaatcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057278 49 - 196418989 aacaacatgctcagtagtgaaactttaaaattattcctcatcaaatcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243386.000000
s hg19.chr21     16905395 29 +  48129895 gtgtgagataagtatgctccttctcacca
s panTro2.chr21  15625602 29 +  46489110 gtgtgagataagtatgctccttctcacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198289 29 +  48394510 gtgtgagataagtatgctccttctcacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057327 29 - 196418989 gtgtgaggaaagcatgctccctcccacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=263296.000000
s hg19.chr21     16905424 28 +  48129895 tttctatacaacattgcattggaagcaa
s panTro2.chr21  15625631 28 +  46489110 tttctatacaacattgcattggaagcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198318 28 +  48394510 tttctatacaacattgcattggaagcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057356 28 - 196418989 tttctacacaacattgcattggaagcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1401412.000000
s hg19.chr21     16905452 120 +  48129895 tagagctgaagaagtaagtggaaaa----tggtagggaagaaaacaaaattgtcattatttgcaattgataagataatctacataaaacccccaaaCATAGCTTTATGGAAAATTAGTATGTAT
s panTro2.chr21  15625659 116 +  46489110 tagagctgaagaagt----ggaaaa----tggtagggaagaaaacaaaattgtcattatttgcaattgataagataatctacataaaacccccaaaCATAGCTTTATGGAAAATTAGTATGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198346 120 +  48394510 tagagctgaagaagtaagtggaaaa----tggtaggcaagaaaacaaaattgtcattatttgcaattgataagataatctacataaaatccCCAAACATAGCTTTATGGAAAATTAGTATGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057384 124 - 196418989 tggagctgaagaagtaagtggaaaatgactggcagggaagggaacaaaattgtaattatttgcgactgataagataatctacataaaacccccaaaCATAGCTTTATGGAAAATTAGTATGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-103100.000000
s hg19.chr21     16905572 13 +  48129895 C------------ACAGACATAAAT
s panTro2.chr21  15625775 13 +  46489110 C------------ACAGACATAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198466 13 +  48394510 C------------ACAGACATAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057508 25 - 196418989 CACAAAGGTTACTACAGACATAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=65168.000000
s hg19.chr21     16905585 26 +  48129895 ACATTCGATGCTGCACTGTGTCTACT
s panTro2.chr21  15625788 26 +  46489110 ACATTTGATACTGCACTGTGTCTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198479 26 +  48394510 ACATTTGATGCTGCACTGTGTCTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057533 26 - 196418989 AAATTTGATGCTATGCTGTATCTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=608251.000000
s hg19.chr21     16905611 90 +  48129895 TTTGTAAGACAGGAAGAATATATCTGAAATG-TTTAGTAACCTTTTTTCAAAAGCAGATGAAATTACATCCAAAATCATCAATAACTGAAG
s panTro2.chr21  15625814 90 +  46489110 TTTGTAAGACAGGAAGAATATATCTGAAATG-TTTAGTAACCTTTTTTCAAAAGCAGATGAAATTACATCCAAAATCATCAATAACTGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198505 90 +  48394510 TTTGTAAGATATGAAGAATATATCTGAAATGTTTTAGTAA-CTTTTTTCAAAAGCAGATGAAATTACATTCAAGATCATCAATAACTGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057559 91 - 196418989 TTTGTAAGATAGGAAGAATGTATCTGAAATGTTTTAGTAACCTTTTTTCAAAAGCAGATGAAATTGCATCCAAAATCATCAATGACTGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1739283.000000
s hg19.chr21     16905701 125 +  48129895 AAGTCTAATAGGGCTTACTTCTAGAGGATTCCAGGTGAATGGATACAACCTTGAGCTAATTGCACAAAAGAAATTGTGTCTATAAGCAGGTCAATTAGCTTGTTTCACTAGAACACAGTTAAAAA
s panTro2.chr21  15625904 125 +  46489110 AAGTCTAATAGGGCTTACTTCTAGAGGATTCCAGGTGAATGGATACAACCTTGAGCTAATTGCACAAAAGAAATTGTGTCTATAAGCAGGTCAATTAGCTTGTTTCACTAGAACACAGTTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198595 125 +  48394510 AAGTCTAATAGGGCTTACTTCTAGAGGGTTCCAGGTGAATGGATACAGCCTTGAGCTAACTGCACAAAAGAAATTGTTCCTATAAGCAGGTCGATTAGCTTGTTGCACTAGAACACAGTTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057650 125 - 196418989 AAGTCTAATAGGGTTTACTTCTAGAAGGTTCCAGGTGAATGGATACAGCCTTGAACTAATTGCACAAAAGAAATTGTGCCTATAAGCAGGTCAATTAGCTTGTTTCACTAGAACACAGTTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=391746.000000
s hg19.chr21     16905826 47 +  48129895 GGTAGTTCTCCAATCACTTTGATTTTCAGAAGAGCTATGAGCTTGAT
s panTro2.chr21  15626029 47 +  46489110 GGTAGTTCTCCAATCACTTTGATTTTCAGAAGAGCTATGAGCTTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198720 46 +  48394510 -GTAGTTCTGCAATCACTTTGATTTTCAGAAGAGCTATGAGCTTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057775 46 - 196418989 -GTAGTTCTCCAATCACTTTGATTTTCAGAAGAGCTATGAGCTTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=704829.000000
s hg19.chr21     16905873 57 +  48129895 TCTTAATGATTATTTAAC-ATAGTTGAGCTTTAATGGTTAACTTGAAATTTTAAAACC
s panTro2.chr21  15626076 57 +  46489110 TCTTAATGCTTATTTAAC-ATAGTTGAGCTTTAATGGTTAACTTGAAATTTTAAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198766 57 +  48394510 TCTTAATGCTTATTTAAC-ATAGTTGAGCTTTAATGGTTAACTTGAAATTTTAAAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057821 58 - 196418989 TCTTAATGCTTATTTAACAATAGTTGAGCTTTAATAGTTAATTTGAAATTTTAAAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=263439.000000
s hg19.chr21     16905930 27 +  48129895 ATAAAACTTTATAGAAAATGAATATCA
s panTro2.chr21  15626133 27 +  46489110 ATAAAACTTTATAGAAAATGAATATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198823 27 +  48394510 ACAAAACTTTATAGAAAATGAATATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057879 27 - 196418989 ATAAAACTTTATAGAAAATGAATACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=789325.000000
s hg19.chr21     16905957 57 +  48129895 AAAGTAAAGAAGCTGTTAAGACCACAGTCACTGTACATAGGAATTTTATCTCACTGC
s panTro2.chr21  15626160 57 +  46489110 AAAGTAAAGAACCTGTTATGACCACAGTCACTGTACATAGGAATTTTATCTCACTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198850 57 +  48394510 AAAGTAAAGAACCTGTTATGACCACAGTCACTGTACATAGGAATTGTATCTCACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165057906 57 - 196418989 AAAGTAAAGAATCTGTTATGACCACAGTCACTGCAGATAGGAATTTTATCTCTCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=672335.000000
s hg19.chr21     16906014 53 +  48129895 TGTAAATCGTGAAATCCTGCCCTCAACCATAGTGTACGAACATGGCCATTTCA
s panTro2.chr21  15626217 53 +  46489110 TGTAAATCGTGAAATCCTGCCCTCAACCATAGTGTACGAACATGGCCATTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198907 53 +  48394510 TGTAAATCGTGAAATCCTGCCCTCAACCATAGTTTACGAGCATGGCCATTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2141139.000000
s hg19.chr21     16906067 127 +  48129895 AAGATGCACCTCTGTGACATTTCCCTGGATTTCTCCACGTAGGAATTTCAGCGGTTATTCTCTGCAGGTAATTGCAGCTTCCAGAATAACCCCAGGTCACTGAAACACCTTGGCTCTACAAACAACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15198960 127 +  48394510 AAGATGTACCTCCGTGACATTTTCCTGGATTTCTCCACGTAGGAATTTCAGCGGTTATTCTCTGTAGGTAATTGCAGTTTCCAGAATAACCCCAGGTCACTGAAACACCTTGGCTCTACAAACAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15626270 127 +  46489110 AAGATGCACCTCTGTGACATTTCCCTGGATTTCTCCACGTAGGAATTTCAGCGGTTATTCTCTGTAGGTAATTGCAGCTTCCAGAATAACCCCAGGTCACTGAAACACCTTGGCTCTACAAACAACC
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s panTro2.chr21  15628446 127 +  46489110 ctctagggagatagttacatccatataaaatagatttagctggagattattttatcagtg-ttttttaaaataaagcagatgaatataaacctaaaagttttgcatagaatcctggttaaataaatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201166 127 +  48394510 ctctagggagatagttacatccatataaaatagatttagcctgagattattttatcagtg-ttttttaaaataaagtagatgaatataaacctaaaagttttgcatagaatcttggttaaataaatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165060231 128 - 196418989 CCCTAGGGAGATAGTTATATACATATAAAATAGATTTAGCCTGAGATTATTTTATCAGTGTTTTTTTAAAATAAAGCAGATGAATATAAAGCTAAAAGTTTTGCATAGAATCCTGGTTAAATCAGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=611593.000000
s hg19.chr21     16908374 93 +  48129895 cacaagtaatgaaacactatgcagtcagtaaacatgactggttagacataccttttattaacat----agAGCAAGCTATAAAACattcattcattc
s panTro2.chr21  15628573 93 +  46489110 cacaagtaatgaaacactatgcagtcagtaaacatgactggttagacataccttttattaacat----agagcaagctATAAAACattcattcattc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201293 97 +  48394510 tacaagtaatgaaacactatgcagtcagtaaacatgaCTAGTTAGACATACCTTTTATTAACATAGAAAGAGCAAGCTATAAAACGttcattcattc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165060359 93 - 196418989 TACATGTCATGAAACACTATGCAGTCAGTAAACATGACTAATTAGACATGCCTTTGATTAACAT----AGAACAAGCTATAAAACatacattcattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=483190.000000
s hg19.chr21     16908467 94 +  48129895 aaaaaatatatactgagtatctgcattggccaatgtaccaaagagtgacagaagaaaaaaaagtccctattgatgtaaaacttcacatATGTTC
s panTro2.chr21  15628666 94 +  46489110 aaaaaatatatactgagtatctgcattggccaATGTACCAAGGAGTGACAGAAGAAAAAAAAGTCCCTATTGATGTAAAACTTTACATATGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201390 93 +  48394510 aaaaaatatatactgagtatctgcattggccaATGTACCAAAGAGTAACAGAA-AAAAAAAAGTCCCTATTGATGTAAAACTTTACATATGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165060452 90 - 196418989 aaaaaatatacactgagtatctgcattggccaatgtaccaaatactgACAGAA----AAAAAGTCCCCATTGGTGTAAAACTTTACATATGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200546.000000
s hg19.chr21     16908561 49 +  48129895 ATATGAacacacacacatacacacacacacaGATGTCTGGTGGGACCTT
s panTro2.chr21  15628760 49 +  46489110 GTATGAACATGCACACATACACAGACACACAGATGTCTGGTGGGACCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201483 47 +  48394510 ATATGAacacacacacatacac--acacacaGATGTCTGGTGGGAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165060542 47 - 196418989 ATATGAACACACATGCATACAC--ACACACAGATGTCTGGTGAGACCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148286.000000
s hg19.chr21     16908610 31 +  48129895 CTCAAAAATATTGAGTCATTCGCTAAAAAAT
s panTro2.chr21  15628809 31 +  46489110 CTCAAAAATATTGAGTCATTCGCTAAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201530 31 +  48394510 CTCAAAAATATTGAGTCATTCGCTAAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165060589 31 - 196418989 CTCAAAAATATTGAGTCATTCGCTAAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297.000000
s hg19.chr21     16908641 11 +  48129895 AAAGTGGTTTT
s panTro2.chr21  15628840 11 +  46489110 AAAGTGGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201561 11 +  48394510 AAAGTGGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165060620 11 - 196418989 ATAGCGATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=311917.000000
s hg19.chr21     16908652 91 +  48129895 CTCCCAGTGGGGGACTATAGCTGATTTTTACTTCAGTCTTTTATGTCATGTATTCGCATGAATTTATTTTACAAAAATAATATAGCCACTT
s panTro2.chr21  15628851 91 +  46489110 CTCCCAGTGGGGGACTATAGCTGATTTTTACTTCAGTCTTTTATGTCATGTATTCGCAGGAATTTATTTTACAAAAATAATATAGCCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201572 91 +  48394510 CTCCCAGTGGGGGACTATAGCTGATTTTTACTTCGGTCTTTTATGTCATGTATTAGCATGAATTTATTTTACAAAAACAATATAGCCACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  165060631 85 - 196418989 CTCCCAGTGGGGCACTATAGCTGATTTTTACTTTGGTCTTTTATGTCATATATTAGCATGAAATTATTTTACAAAAACAATATAG------
i rheMac2.chr3  C 0 I 317

a score=268970.000000
s hg19.chr21     16908743 60 +  48129895 AAAAAAATCCTATACCTATTCAAAATCGAAGGCAAAGACTATTACTACCACTAAACCTTA
s panTro2.chr21  15628942 60 +  46489110 AAAAAAATCCTATACCTATTCAAAATCGAGGGCAAAGACTATTACTACCACTAAACCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201664 60 +  48394510 AAAAAAATCCTATACCTATTCAAAATCAAGGGCAAAGACTATTACTACCACTAAACCTTA
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  165061033 60 - 196418989 aaaaaaaTCTTATACCTATTCAAAATCGAGGGCAAAGACTATTACTACCACTAAACCTTA
i rheMac2.chr3  I 317 C 0

a score=1534576.000000
s hg19.chr21     16908803 166 +  48129895 CCAGGGTTACTGGCTGAATGTGATTTCCTTTCTCTCAGAATTGCTTTATCATTTGGTGAGTATCATTTTGGGGAATTCAGAATACATTGGATTCTGAATTATAATTAGTTTTGAATTTGTCTTTCCTTGAGGATAGTGACACTGTCTTGTGTAACTTTTTGTCACC
s panTro2.chr21  15629002 166 +  46489110 CCAGGGTTACTGGCTGAATGTGATTTCCTTTCTCTCAGAATTACTTTATCATTTGGTGAGTATCATTTTGGGGAATTCAGAATACATTGGATTCTGAATTATAATTAGTTTTGAATTTGTCTTTCCTTGAGGATAGTGACACTGTCTTGTATAACTTTTTGTCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201724 166 +  48394510 CCAGGGTTACTGGCTGAATGTGATTTCCTTTCTCTCAGAATTACTTTATCATTTGGTGAGTATCATTTTGGGGAATTCAGAATACATTGGATTCTGAATTGTAATTAGTTTTGAATTTGTCTTtccttgaggatagtgacactgtcttgtataactttttgtcacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165061093 166 - 196418989 CAAGGGTTACTGACTGAATGCAATTTCCTTTCTCTCAGAATTACTCTATCATTTGGTGAGTATCATTTTGGGGAATTCAGAATACATTGGATTCTGAATTATAATTAGTTTTGAATTTGTCTTTCCTTGAGGATAGTGACACTGTCTTGTATAACTTTTTGTCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129709.000000
s hg19.chr21     16908969 25 +  48129895 TATAACATGTAAAGTAGAGCTTAGA
s panTro2.chr21  15629168 25 +  46489110 TATAACATGTAAAGTAGAGCTTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201890 25 +  48394510 tataacatgtaaagtagagcttaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165061259 25 - 196418989 TATAACACCTAAAGTAGAGCTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3647486.000000
s hg19.chr21     16908994 289 +  48129895 TGCTTTCGGTGTGTGCTCAATAAATAATGTGTTATATTTCTAATTTCACTCACCATCAAATtgtactgggcattagtcagg-----------gtaactgctttgcccatagagtttataggttatcatgtgctacttatagcccatgttgaagagcagccttaaagagctatgttttgtaatatgtaaccccaatctccagacacagctgattgtattgagggtgaatacttgactcaaaggcagccaatccaaaacctggccagagcatgacctggaatgcaaatgtgatc-ataggcta
s panTro2.chr21  15629193 289 +  46489110 TGCTTTCAGTGTGTGCTCAATAAATAATGTGTTACATTTCTAAATTCACTCACCATCAAATTGTACTGGGCATTAGTCAGG-----------GTAACTGCTTTGCCCATAGAGTTTATAGGTTACCATGTGCTACTTATAGCCCATGTTGAAGAGCAGCCTTAAAGAGCTATGTTTTGTAATATGTAACCCCAATCTCCAGACACAGCTGATTGTATTGAGGGTGAATACTTGACTCAAAGGCAGCCAATCCAAAACCTGGCCAGAGCATGACCTGGAATGCAAATGTGATC-ataggcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15201915 289 +  48394510 tgctttcagtgtgtgctcaataaataaTGTGTTACATTTCTAATTTCACTCACCATCAAATtgtactgggcattagtcagg-----------gtgactgctttgcctatagagtttataggttatcatgtgctacttatagcccatgttgaagagcagccttaaagagctatgttttgtaatatgtaaccccaatctccagacacagctgattgtattgagggtgaatacttgactcaaaggcagccaatccaaagcctggccagagcatgacctggaatgcaaatgtgatc-gtaggtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165061284 301 - 196418989 CGCTTTTGGCGTGTGCTTAATAAATAATGTGTTACATGTCTAATTTCACTCACCACCGAATTGTACTGGGCATTAGTCAGGGTAACCGCTTTGTAACTGCTTTGCCCATAGAGTTTATAGGTTATCATGTGCTACTTATAGCCCATGTTGAAGAGCAGCCTTAAAGAGCTATGTTTTGTAATATATAACCCCGATCTCCAGACACAGCTGATTGTATTGAGGGTGAATACTTGACTCAAAGGCAGCCAATCCAAAGCATGGCCAGAGCATGACCTGGAATGCAAATGTGATCaataggcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=113161.000000
s hg19.chr21     16909283 35 +  48129895 ctcaTAAGag--aaaaaaaatcaaactggctaataaa
s panTro2.chr21  15629482 35 +  46489110 ctcataagag--aaaaaaaatcaaactggctaataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15202204 35 +  48394510 ctcaTAAGAG--aaaaaaaatcaaactggctaataaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165061585 37 - 196418989 ctcataagagaaaaaaaaaatcaaactggttaataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=219761.000000
s hg19.chr21     16909318 52 +  48129895 cctgtaaagccttttctgctttattaacagtgaaaatgcaagct-aaaaaaga
s panTro2.chr21  15629517 52 +  46489110 cctgtaaagccttttctgctttattaacagtgaaaatgcaagct-aaaaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15202239 53 +  48394510 cctataaagccttttctgctttattaacagtgaaaatgcaagctaaaaaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165061622 53 - 196418989 cctgtagaaccttttctgctttattagcagtgaaaatgcaagctaaaaaaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-209206.000000
s hg19.chr21     16909370 57 +  48129895 gacagacatgattttattcccattggattgttgaaaattaggagtgacaaGTCTCAT
s panTro2.chr21  15629569 57 +  46489110 tacagagatgattttattcccattggattgttgaaaattaggagtgacaagtctcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15202292 57 +  48394510 gacagacatgattttattcccattggattgttgaaaattaggagtgacaagtctcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165061675 55 - 196418989 gacagacatgattttattcccattggattgttgaaaattaggagtgacaagtctc--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=522154.000000
s hg19.chr21     16909427 97 +  48129895 ATTATTGAAAATAAGaagggtgataatatctcatattgaaaagaatgaagggaaatggtcacctccacgccccatgggtgggaatacaaaaattatt
s panTro2.chr21  15629626 97 +  46489110 attattgaaaataagaagggtgataatatctcatattgaaaagaatgaagggaaatggtcacctccacgccccatgggtgggaatataaaaattatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15202349 97 +  48394510 attattgaaaataagaagggtgataatatctcgtattgaaaagaatgaagggaaatggtcacctccacaccccatgggtgggaatataaaaattatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165061730 97 - 196418989 attattgaaaataagaagggtgacaatatctcatattgaaaagaataaagggaaatggtcacctccacaccccatgggtgggaatataaaaattatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=349806.000000
s hg19.chr21     16909524 40 +  48129895 aaggcaatttgacagcatctaccagcatttacattatgct
s panTro2.chr21  15629723 40 +  46489110 aaggcaatttgacagcatctaccagcatttacattatgct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=321535.000000
s hg19.chr21     16909564 60 +  48129895 catcaccttttaacccagttagtctactccaggaagacaacttgcaaaaatagccacagg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=185267.000000
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s panTro2.chr21  15629823 35 +  46489110 tgcacaaagatGAGGCAAGGATTTTCGTTGTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15202546 35 +  48394510 tgcacaaagatgaggcaaggattttcgttgtaATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110936.000000
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s panTro2.chr21  15629858 39 +  46489110 TTCAAAAGAGATAC---------ATTTCCATCATT--------AGGGTGAAGTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73028.000000
s hg19.chr21     16909698 25 +  48129895 ctatgttattttcattcattag-aaG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=433079.000000
s hg19.chr21     16909764 88 +  48129895 cttactttgaaccgcagtcctatataatttggtccctgcatttctgaactcatctcttctctccttccccaccactcacctgcttcag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15202686 88 +  48394510 cttactttgaaccgcagtcctatatcatttggtccctgcatttctgaactcatctctcctctccttccccaccactcacctgcttcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165062085 88 - 196418989 cttactttgaactgcagtcccatataatttggtccctgcatttctgaactcatctcttctctccttccccaccactcatctgcttcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=646730.000000
s hg19.chr21     16909852 138 +  48129895 aactcactggcatttgcacttgctcattcctctgctcgtttcatatctccagccattctcagggctgattccttctctccagcatctctggttaaatgttacccccagggagaaatttcctcatcaacctggcctcaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15202774 138 +  48394510 aactcactggcatttgcacttgcttattcctctgctcgttttatatctccagccattctcaaggctgattcattctctccagcatctctggttaaatgttacccccagggagaactttcctcatcaacctggcctcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15630051 138 +  46489110 aactcactggcatttgcacttgctcattcctctgctcgttttatatctccagccattctcagggctgattccttctctccagcatctctggttaaatgttacccccagggagaaatttcctcatcaacctggcctcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=243565.000000
s hg19.chr21     16909990 60 +  48129895 acctctctatattttctctcttcttat-tttctttgtctaatttaccttctcttgacatta
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=228794.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 763

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165065218 763 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165065218 763 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 763 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 I 3547
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 3802
e rheMac2.chr3  165070292 5255 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165070292 5255 - 196418989 I
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e ponAbe2.chr21  15212864 3802 +  48394510 I

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i ponAbe2.chr21 I 3802 C 0
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i rheMac2.chr3  I 5255 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165080696 87 - 196418989 TAGTTCTTATGAAGGAGAGCAACCAACTGGTTTGGGAATTTGAAGGCAGTTGGACATCgaaaccaactggcactgtcaagacaactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1812183.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165081870 132 - 196418989 CACGTACAGCTTCCACGCATGATTCTATATGGAAGTAGTTGATGAAAAAGAGTTGGTTATCATGCTAATCACTGTATTAGAAGGAAAGACTCAAGAAAATCCATTTGCATTTCTGGTTTTGTGAATTTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 I 104

a score=693833.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 104 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1590997.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=447372.000000
s hg19.chr21     16926397 48 +  48129895 TTGAAGGGTTGGTTGGTTAAGCCTAAGGATATACTTTCTGTCCCCTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=211051.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15661517 180 +  46489110 CCTTATtaagagctttactgagatatagttcttacacaatacaattcaatcatttaaagtgtgcaatgcaaggattcatggtatattcacaattgtgtacaccgttactgtagctaattttagaacattttcatcaccgtaaaagaaaacctgtttagccatcattttcctacctcttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15231963 58 +  48394510 accccccaatccaaagtaaccacagatcccctttctgtgcctatagatttgcctattc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165092949 58 - 196418989 tccccccaatccagagtaccaacagatccactttctgtgcctgtagatttgcctattc
i rheMac2.chr3  C 0 I 150

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s rheMac2.chr3  165093157 75 - 196418989 tggatatttcttataaatggaatcataatatgtggtctttggtgtctggcttctttcacttatgaaaatatgaaa
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15661755 75 +  46489110 tggatattttttataaatggaatcataatatgtggtcttttgtgtctggcttctttcacttatgaaaatatgaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=678672.000000
s hg19.chr21     16938112 105 +  48129895 agcataaagtcttcaaggctcttctttgttgtagtatgtaaccgaatttcattcccttctatggtcaaataatattccattatatggatatatcacattttgttt
s rheMac2.chr3  165093232 105 - 196418989 agcataaagtcttcaaggagcttctctgttgtagtatgtatcagaatttcattcccttctatggccaaataacattccattatatggatatatcatattttgttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15232096 105 +  48394510 agcataaagtcttcaaggctcttctctgttgtagtatgtatcataatttcattcccttctatggtcaaataatattccattatatggatatatcacattttgttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15661830 105 +  46489110 agcataaggtcttcaaggctcttctttgttgtagtatgtatcagaatttcattcccttctatggtcaaataatattccattatatggatatatcacattttgttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  15234067 45 +  48394510 ATAATTGCAAAGAGTTGGCCAGTCTAGGTTAGGGAAATGACTCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 2
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15664545 63 +  46489110 TGACCAAAGGAATTCAAAAATTGTGGGAAAATTGTATCAGCTCTGAAAATCATAGAAGGAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31157.000000
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s rheMac2.chr3  165095978 12 - 196418989 AAAACTGTTATG
i rheMac2.chr3  I 2 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=37437.000000
s hg19.chr21     16940900 7 +  48129895 AAAAAGT
s rheMac2.chr3  165095990 7 - 196418989 AAAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=182513.000000
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s panTro2.chr21  15664627 21 +  46489110 AAAGCAATTCCTGCAGAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165096018 15 - 196418989 GTTGTAAGCAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=460214.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165096033 116 - 196418989 ACTGAGAAAATTGCTGACCAAGTCACAATTCCCACACTGACTCGAAGTTGATAGCAGCAGGGCATTCGGACGAAGTAGCAGGTACTGGAGGGAAGTTGCAAATCTGGAGCTGACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=593341.000000
s hg19.chr21     16941113 38 +  48129895 AGCCAAGTAGAATAGGGGCAATGCTACAACTAGTCTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15235087 38 +  48394510 AGCCAAATAGAATAGGGGCAATGCTACAACTAGTCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15664833 38 +  46489110 AGCCAAGTAGAATAGGGGCAATGCTACAACTAGTCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=450037.000000
s hg19.chr21     16941151 54 +  48129895 AAAGAGAAAGGCTGTGACAGTCAGAGAACAGGCACATTATTCCAGCAATAAAAG
s rheMac2.chr3  165096241 42 - 196418989 AAA------------GACAGTCAGAGAACAGGCACATTATTCCAGCAGTAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  15235125 53 +  48394510 AAAGAGAAAGGATG-GACAGTCAGAGAACAGGCACATTATTCCAGCAATAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s panTro2.chr21  15664871 54 +  46489110 AAAGAGAAAAGCTATGACAGTCAGAGAACAGGCACATTACTCCAGCAATAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 I 2

a score=668320.000000
s hg19.chr21     16941205 86 +  48129895 TGAATTTAATCTCTTTGGCTTAAGAATAAGACTTCTTGATGTTGCTGTCCACACCCCCACCCAGCCTTAATTTATATCCTATTCTT
s rheMac2.chr3  165096285 86 - 196418989 TGAATTGAATCTCTTTGGCATAGGAACAAGACTTCTTGATGTTGCTGTCCAGACCCCCACCCAGCCTTAATTTACATTCTATTCTT
i rheMac2.chr3  I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  15235180 86 +  48394510 TGAATTTAATCTCTTTGGCTTAGGAATAAGACTTCTTGATGTTTCTGTCCACACCCCCACCCAGCCTTAACTTATATCCTATTCTT
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s panTro2.chr21  15664927 86 +  46489110 TGAATTTAATCTCTTTGGCTTAAGAATAAGACTTCTTGATGTTGCTGTCCACACCCCCACCCAGCCTTAATTTATATCCTATTCTT
i panTro2.chr21 I 2 C 0

a score=332629.000000
s hg19.chr21     16941291 37 +  48129895 CAGAGGTCATCACCTTATAATTTTTCAATGTAAAACT
s rheMac2.chr3  165096371 37 - 196418989 CAGAGGTCACCACCTTATAATTTTTCAATGTAAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15235266 37 +  48394510 CAGAGGTCATCACCTTATAATTTTTCAATGTAAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15665013 37 +  46489110 CAGAGGTCATCACCTTATAATTTTTCAATGTAAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-45647.000000
s hg19.chr21     16941328 73 +  48129895 ACAATAGCGTTAACTcttccttccttttcctttttaatttccttcattttttt--tcttccttccttcctttttt
s rheMac2.chr3  165096408 74 - 196418989 ACAATAATGGTAACTCTTCCTTCCTTTTCCTTTTTAATTTCCTTCATTATTTt-ttcttccttccttccttcctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15235303 75 +  48394510 ACAATAGAGTTAACTTTTCCTTCATtttccttcttaatttccttcattctttttttcttccttccttcatttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15665050 72 +  46489110 ACAATAGCGTTAACTcttccttccttttcctttttaatttccttcattttttt---cttccttccttcctttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-119600.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15665273 114 +  46489110 TTACCTAGCCACTCCTTCATTCCCTATCCCATCCATGTGTTATTTGCAAGAAGCAAAGAGAAAATTCTAAAGAGAGTCAATAGTCAGAAGGCAGTCAATCTGAGAAGGCAGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=973492.000000
s hg19.chr21     16941666 176 +  48129895 AAATATTTCCTAAGAATGGTTTTATTAATAAAAGCTAGGAAAAACTATAGAAAATATCCAATGTGTACTTTCAAGAAGATTCAAGAGAACATTTTGTGTATGAAGTAAAAGCAAGAAGTCATTAAAAAGGTAGGACCTGAGAGCAGAAAAAGTTGCTTTGAGATGAAAAATATGAC
s rheMac2.chr3  165096766 176 - 196418989 AAATATTTCCTAAGAATGATTTTATTAATAAAAGCTAGGAAAAACCATAGAAAATATCCAATGTGtactttcaagaagattcaagagaacattgtgtgtacgaactaaacccaataagtcattaaaaagatagaacctgagagcagaaaaagttgctttgagatgaaaaatatgac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15235643 176 +  48394510 ACATATTTACTAAGAATGGTTTTATTAGTAAAAGCTAGGAAAAACTatagaaaatatccaatgtgtactttcaagaagattaaagagaacattctgtgtatgaagtaaaagcaagaagtcattaaaaaggtaggacctgagagcagaaaaagttgctttgagatgaaaaatatgac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15665387 176 +  46489110 AAATATTTCATAAGAATGGTTTTATTAATAAAAGCTAGGAAAAACTATAGAAAATATCCAATGTGTACTTTCAAGAAGATTCAAGAGAACAATTTGTGTATGAAGTAAAAGCAAGAAGTCATTAAAAAGGTAGGACCTGAGAGCAGAAAAAGTTGCTTTGAGATGAAAAATATGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=907181.000000
s hg19.chr21     16941842 107 +  48129895 CATGAAATTTCTAATGTAATGGAATTTGTGAATACAAGAGGAGATTCTGTAGAATTGGAATCAATGGATTAGAAAAATAAGCTAAATAACTTCTTCCAGAACTTCT-A
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15235819 108 +  48394510 catgaaatttctaatgtaatggaatttgtaaatacaagaggagattctgtagaattggaatcaatggataagaaaaatgagctaaataacttcttccagaacttctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15665563 107 +  46489110 CATGAAATTTCTAATGTAATGGAATTTGTGAATACAAGAGGAGATTCTGTAGAATTGGAATCAATGGATTAGAAAAATAAGCTAAATAACTTCTTCCAGAACTTCT-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=551074.000000
s hg19.chr21     16941949 90 +  48129895 AAAATGTAAAAACAATGCTGCCAAAGAAGTAAAAATTTAGAGGAAATATCCAGGAGATCTAAAATAAGTTTTATAAGAAGTCTAGAAGGa
s rheMac2.chr3  165097049 89 - 196418989 aaaattgtaaaa-aatgctgccagagaagtaaaaatttagaagaaagatccaggagatctcaaataagttttataggaagtctagaagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15665670 89 +  46489110 AAAATGTAAAAA-AATGCTGCCAAAGAAGTAAAAATTTAGAGGAAATATCCAGGAGATCTAAAATAAGTTTTATAAGAAGTCTAGAAGGa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=30540.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165097165 152 - 196418989 tcttttcacatataagtggaagctgattgaggggaacacatggacacatggcagggagcaacacacactgggcacctg-tggggttgtggggcagagagcattaggaaaaatagctaatggatgctgggcttaatacctgggtgatgggatga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165097459 232 - 196418989 aaaagggggagaagcaatagaaaacttagcagagctgaagaaagtcatttgattacaagtgtagaggacacgtttagtgtcaggtaaacttaattagagcagacttacgcctgatatatcttgatgaaatatttcatttcagcactaaaaacagaatcctacaagcatcAACACGGGGGTGCTGGCAGGGAAGGGCGAGGGCAAGTGACTTACAAAAGCAATCCTCAAGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 M 523
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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e rheMac2.chr3  165097691 523 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165097691 523 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165097691 523 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165103606 3743 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165103606 3743 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165103606 3743 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16954948  459 +  48129895 tgatggttaatactgagtgtcaacttgattggattgaaggatgcaaagtattgat-cttggatgtatctgctaggtgttgtcaaaggagattaacatttgagtcagtggactgggaaaggcagactcaccctttatctgggtgggcaccacctaatcagctgccagagcagccagaatataaagcaggcagaaaaaacagaaaaggctagactggcttagcctcccagcctacatctttctcctgtgctggatgcttcctgccctcaaacatcagactccaagttcttcagctctgg-actggcttcattgctcctcaccttgcagacagcctattgtgaggccttattattgtgtgagttaacactccttaataagctcatatatatatata--atatatactaataagagatatatataaatcctattagttatgtccctctagagaactctaatacaATG
s panTro2.chr21  15678642  460 +  46489110 tgatggttaatactgagtgtcaacttgattggattgaaggatgcaaagtattgat-cctggatgcgtctgctaggtgttgtcaaaggagattaacatttgagtcagtggactgggaaaggcagactcacccttaatctgggtgggcaccacctaatcagctgccagagcagtcagaatataaagcaggcagaaaaaacagaaaaggctagactggcttagcctcccagcctatatctttctcctgtgctggatgcttcctgccctcaaacatcagactccaagttcttcagctttgggactggcttcattgctcctcaccttgcagacagcctattgtgaggccttattattgtgtgagttaacactccttaataagctcatatatatatata--atatatactaataagagatatatataaatcctattagttctgtccctctagagaactctaatacaATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15249584  463 +  48394510 tgatggttaatactgagtgtcaacttgattggattgaaggatgcaaagtgctgttaactggatgtgtctgctaagtgttgtcaaaggagattaacatttgagtcagtggactgggagaggcagactcacccttaatctgggtgggcaccacctaatcagctgccagagcagccagaatataaagcagacagaaaaaacagaaaaggctagactggcttagcctcccagcctacatctttctcctgtgctggatgcttcctgtcctcaaacatcagactccaagttcttcagctttgggactggcttcattgctcctcaccttgcagtcagcctattgtgaggccttattattgtgtgagttaatactccttaataagctcatatatatatatatcatatatactaataagatatatatatatctcctattagttatgtccctctagagaactctaatacaATG
i ponAbe2.chr21 I 2300 C 0
e rheMac2.chr3  165103606 3743 - 196418989 I

a score=48542.000000
s hg19.chr21     16955407 75 +  48129895 CTCAAGCAATGAAATTTGTATataaattatgatatatttttataatgcaatattatccacccatttaaaattatg
s panTro2.chr21  15679102 75 +  46489110 CTCAAGCAATGAAATTTGTATataaattatgatatatttttataatgcaatattatccacccatttaaaattatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250047 75 +  48394510 CTCAAGCAATGAAATTTGTATataaattatggtatatttttataatgcaatattatccacccatttaaaactatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165107349 47 - 196418989 ----------------------------ATGGTATATTTATATAATGCAGTATTATCCACCCATTTAAAATTATG
i rheMac2.chr3  I 3743 C 0

a score=168603.000000
s hg19.chr21     16955482 110 +  48129895 ttgtggaagagtaATCTATATAAAGAGGTTTATTACACAGCATTAATTGACAATGAAACAGTTTACCAAGTACTAAGTAATGTGAAGTTCAATTTTTGTGTTCTCTTTGG
s rheMac2.chr3  165107396 110 - 196418989 TTGTGGAAGAATAATCTATATAAAGAGGTTTATTATACAGCATTAATTGACAATGAATCAGTCTACCAAGTAATAAGTAATGTGAAGCTCAATTTTTGTGTTCTCTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250122 110 +  48394510 ttgtggaagaataATCTATATAAAGAGGTTTATTACACAGCACTAATTGACAATGAAACAGTTTACCAAGTAATAAGTAATGTGAAGTTCAATTTTTGTGTTCTCTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15679177 110 +  46489110 ttgtggaagagtaATCTATATAAAGAGGTTTATTACACAGCATTAATTGACAATGAAACAGTTTACCAAGTAATAAGTAATGTGAAGTTCAATTTTTGTGTTCTCTTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=152827.000000
s hg19.chr21     16955592 40 +  48129895 TGTTCACACCAAAAGGATCTCTTTGTAGTCCTCTTAATAA
s panTro2.chr21  15679287 40 +  46489110 TGTTCACACCAAAAGGATCTCTTTGTAGTCCTCTTAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250232 40 +  48394510 TGTTCACACCAAAAGGATCTCTTTGTAGTCCTCTTAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165107506 40 - 196418989 TGTTCACACCAAAAAAATCTCTCTGTACTCCTCTTAGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155512.000000
s hg19.chr21     16955632 31 +  48129895 CTTTTTGCTGCATTATCAAATCCCTAAGATA
s panTro2.chr21  15679327 31 +  46489110 CTTTTTGCTGCATTATCAAATCCCTAAGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250272 31 +  48394510 CTTTTTGCTGCATTATCAAATCCCTAAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165107546 31 - 196418989 CTTTTTGCTGCATTATCAAATCCCTAAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110950.000000
s hg19.chr21     16955663 90 +  48129895 CAAAAAAACAAATTCTTGAGTTTTACCTAACCTAAACTAGGTTTAACCTTAATTATTTTTAACCAAATTTCAGTCAAATTTTGATGTTTT
s panTro2.chr21  15679358 90 +  46489110 CAAAAAATCAAATTCTTGAGTTTTACCTAACCTAAACTAGGTTTAACCTTAATTATTTTTAACCAAATTTCAGTCAAATTTTGATGtttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250303 90 +  48394510 CAAAAAATCAAATTCTTGAGTTTTACCTAACCTAAACTAGGTTTAACCTTAATTATTTTTACCCAAATTTCAGCCAAATTTTGATGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165107577 90 - 196418989 CAAAAAATCAAACTCTTGAGTTTTACCTAACCTAAACTAGGTTTAACCTTAATTATTTTTACACAAATTTCAGTCAAATTTTGATGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67620.000000
s hg19.chr21     16955753 36 +  48129895 TGTTTCCCTATCTCTTCTTTCCCTTCTTCTATTTTG
s panTro2.chr21  15679448 36 +  46489110 tgtttccttatctcttctttcccttcttctattttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250393 36 +  48394510 TGTTTCCCTATCTCTTCTTTCCCTTCTTCTATTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165107667 36 - 196418989 TGTTTCCCTATCTCTTCTTTCCCTTCTTCTCTTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44341.000000
s hg19.chr21     16955789 50 +  48129895 TACCCTTGTTCTCTTTCAGCAAGGttttttttttaaccttttttttttgt
s rheMac2.chr3  165107703 43 - 196418989 TACCCTTGTTCTCTTTCAGCAAGGTTTTTATT--AGCCTTTTTAA-----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250429 49 +  48394510 TACCCTTGTTCTCTTTTAGCAAGGTTTTTTTTT-AGCCttttttttgttt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 7
s panTro2.chr21  15679484 47 +  46489110 tacccttgttctctttcagcaaggttttttttt-aacctttttttttg--
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=308419.000000
s hg19.chr21     16955839 63 +  48129895 ttttttttttCCATTTCCATTGATCGAATTGGGAGCAATTATGAAAAGCATTTTAGAAGTTAT
s rheMac2.chr3  165107746 63 - 196418989 ATTTTTTTCCATATTTCCATTTATCTAATTGGGAGCAATTATGAAAAGCATTTTAGAAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250485 63 +  48394510 ttttgttttTCCATTTCCATTGATCGAATTGGGAGTAATTACAAAAAGCATTTTAGAAGTTAT
i ponAbe2.chr21 I 7 C 0
s panTro2.chr21  15679531 63 +  46489110 ttttttttttCCATTTCCATTGATCGCATTGGGAGCAATTATGAAAAGCATTTTAGAAGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=543133.000000
s hg19.chr21     16955902 155 +  48129895 TGCTTATTAAAAGAAATTACTACTACATCACCTTGCTTCcacctccatctttatcagtgcagataccaagagcctgaat-----------------------------------------------acttctttgacttgcccctctgcctcaaaagccatgtccaaacctgatgtcataattctgaaatgtgttcagaacc
s rheMac2.chr3  165107809 202 - 196418989 TGCTTATTAAAAGAAATTACTACTACATCACCTTGCCTCCACCTCCATCTTTATCAATGAGGATACCAAGAGACTGAATGCTTCtttttttttttaattattattattattataCTTTAACTGAAAGCTTCTTTAACTTGCTCCTCTGCCTCAAAAGCCATGTCCAAACCTGACGTCATAATTCTGAAATGTGTTCAGAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250548 155 +  48394510 TGCTTATTAAAAGAAATTACTACTACATCACCTTGCTTCCACCTCCATCTTTATCAGTGCAGATACCAAGAGCGTGAAT-----------------------------------------------GCTTCTTTGACTTGCCCCTCTGCCTCAAAAGCCATGTCCAAACCTGATGTCATAATTCTGAAATGTGTTCAGAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15679594 155 +  46489110 TGCTTATTAAAAGAAATTACTACTACATCACCTTGCTTCcacctccatctttatcagtgcagataccaagagcctgaat-----------------------------------------------gcttctttgacttgcccctctgcctcaaaagccatgtccaaacctgatgtcataattctgaaatgtgttcagaacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=30778.000000
s hg19.chr21     16956057 32 +  48129895 cactgctcttctttaatactgctgtaactgtg
s rheMac2.chr3  165108011 30 - 196418989 CACTGCTCTTCTTTAATAGCACTGTAAC--TG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250703 32 +  48394510 CACTGCTCTTCTTTAATATTGCTGTAACTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15679749 32 +  46489110 cactgttcttctttaatactgctgtaactctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=697688.000000
s hg19.chr21     16956089 571 +  48129895  
s panTro2.chr21  15679781 571 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15250735 571 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 I 270
s rheMac2.chr3  165108041 569 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=133073.000000
s hg19.chr21     16956660 147 +  48129895 tccttatctgattgattgctgtctctattgattaggcgaacatctgatcgctgttggtatgatgcctgttggtatgatgcattctgaaacataagatgagtctttttctaagatggagttacagatgtcaagggtgctctataaaca
s panTro2.chr21  15680352 147 +  46489110 tccttatctgattgattgctgtctctattgattagacgaacatctgatcgctgttggtatgatgcctgttggtatgatgcattctgaaacataagatgagtctttttctaagatggagttacagatgtcaagagtgctctataaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15251576 147 +  48394510 tccttatctgattgattgcagtctctattgattaggcgaacatctgatccctgctgctatgatccctgttggtatgatgcattctgaaacataagatgagtctttttctaagatggagttacagatgtcaagggtgctctataAACA
i ponAbe2.chr21 I 270 C 0
s rheMac2.chr3  165108610 132 - 196418989 tctttatgtgattgattgcagtctctattgattaggcgaacatctgatc---------------cctgttggtatgatgcattctgaaatgtaagatgagtctttttctaagatggagttacagatgtcaagggtgctctataAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=223709.000000
s hg19.chr21     16956807 55 +  48129895 gcaccattcagtccttcaacacttttcacaggtatatctataacctaccaataga
s rheMac2.chr3  165108742 55 - 196418989 GCACCACTCAGTCCTTCAATACTTTTCATAGGTGCATCTataaccgaccaataga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15251723 55 +  48394510 GCACCATTCAGTCCTTCAATACTTTTCACAGGTACATCTATAACCTACCAATAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15680499 55 +  46489110 gcaccattcagtccttcaacacttttcacaggtatatctataacctaccaataga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=153678.000000
s hg19.chr21     16956862 28 +  48129895 ccttattgctaacaatctcctcccctgt
s panTro2.chr21  15680554 28 +  46489110 cctcattgctaacaatctcctcccctgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15251778 28 +  48394510 CCTCATTGCTAACAATCTCCTCCCCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165108797 28 - 196418989 tctcattgctaacaatctcctcccctgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265287.000000
s hg19.chr21     16956890 59 +  48129895 ccaatccatacctcagcctgaaagttctttctagaatactgattaatcatgccatttgt
s panTro2.chr21  15680582 59 +  46489110 ccaatccatacctcagcctgaaagttctttctagaatactgattaatcatgccatttgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15251806 59 +  48394510 CCAATCCATACCTCAGCCTCAAAGTTCTTTCTAGAATATTGATTAATCATGCCATTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165108825 59 - 196418989 ccaatccatacctcagcctgaaagatttttctagaatactgattaatcatgccatttgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=447623.000000
s hg19.chr21     16956949 101 +  48129895 ctgctTTTTGGAGAAAGTTAGAACTTCTGAGAATGGATTTCAAAGCTTTTGAGCCCAACCTGATTTTCCAATCTCACCTCAGTTTATCACTCCCTGCCTAC
s panTro2.chr21  15680641 101 +  46489110 ctgctTTTTGGAGAAAGTTAGAACTTCTGAGAATGGATTTCAAAGCTTTTGAGCCCAACCTGATTTTCCAACCTCACCTCAGTTTATCACTCCCTGCCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15251865 101 +  48394510 CTGCTTTTTGGAGAAAGTTAGAACTTCTGAGAATGGATTTCAAAGCTTTTGAGCCCAGCCTGATTTTCCAACCTCACCTCAGTTTATCACTCCCTGCCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165108884 101 - 196418989 ctgctTTTTGGAGAAAATTAGAACTCCTAAGAATGGATTTCAAAGCTTTTGAGCCCAACCTGATTTTCCAACCTCACCTCAGTTTATCACTCCCTGCCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163215.000000
s hg19.chr21     16957050 46 +  48129895 CATACCAAACTCCGCCCATCTCAGAAAGTATAGGAACTTTTGAAGA
s panTro2.chr21  15680742 46 +  46489110 CATACCAAACTCCACCCATCTCAGAAAGTATAGGAACTTTTGAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15251966 46 +  48394510 CATACCAAACTCCGTCCATCTCAGAAAGTATAGGAACTTTCGAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165108985 45 - 196418989 CATACCAAACTCCACCCATCTCAGAAAGTATAGGAA-TTTTGAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184866.000000
s hg19.chr21     16957096 41 +  48129895 AGTGTTTCTGATGGAATAGTCTAAACAGTATGCACATTTTG
s panTro2.chr21  15680788 41 +  46489110 AGTGTTTCTGATGGAATAGTCTAAACAGTATGTACATTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252012 41 +  48394510 AGTGTTTCTGATGGAATAGTCTAAACAGTATGCACGTTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109030 41 - 196418989 AGTGTTTCTGATGGAATAGTCTAAACATTGTGCACATTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=120406.000000
s hg19.chr21     16957137 47 +  48129895 CCAGGCCGTGTGTGTGGTACCACTGTAAATTTTATAATGACACTAGA
s panTro2.chr21  15680829 47 +  46489110 CCAAGCCGTGTGTGTGGTACCACTGTAAATTTTATAATGACACTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252053 47 +  48394510 CCAAGCTGTGTGTGTGGTACCACTGTAAATTATATAATGACACTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109071 47 - 196418989 TCAGGTTGTATATGTGGTACCACTGTAAATTTTATAATGACAATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151219.000000
s hg19.chr21     16957184 34 +  48129895 TTTTCCAACCATTTGTTTTTCATCCAAGTATTTC
s panTro2.chr21  15680876 34 +  46489110 TTTTCCAACCATTTGTTTTTCGTCCAAGTATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252100 34 +  48394510 TTTTCCAACCATTTGTTTTTCATCCAAGTATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109118 34 - 196418989 TTTTCCAATCATTTGTTTTTCATCCATATATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=127695.000000
s hg19.chr21     16957218 28 +  48129895 TGATCGTTTTAGTAATAGCAAATTTTTT
s panTro2.chr21  15680910 28 +  46489110 TGATCGTTTTAGTAATAGCAAATTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252134 28 +  48394510 TGATCATTATAGTAATAGCAAATTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109152 27 - 196418989 TGATCATTTTAGTAATAG-AAATTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22401.000000
s hg19.chr21     16957246 16 +  48129895 CACAGTAATTTGTTTT
s panTro2.chr21  15680938 16 +  46489110 CACAGTAATTTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252162 16 +  48394510 CACAGTAATTTGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109179 16 - 196418989 TACAGTAATTTGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=240907.000000
s hg19.chr21     16957262 31 +  48129895 ATAAGCATCAGGTAGGATCAGATCTCCCTCA
s panTro2.chr21  15680954 31 +  46489110 ATAAGCATCAGGTAGTACCAAATCTCCCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252178 31 +  48394510 ATAAGCATCAGGTAGTATCAAATCTCCCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109195 31 - 196418989 ATAAGTATCAGGTAATATCAAATCTCCCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=180745.000000
s hg19.chr21     16957293 26 +  48129895 TGCAAACACATTATCATCTCTTTAAC
s panTro2.chr21  15680985 25 +  46489110 TGCAAACACATTATCATCTCTT-AAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252209 26 +  48394510 TGCAAACACATTATCATCTCTTTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109226 26 - 196418989 TGCAAACACATTATCATCTCTTTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=260150.000000
s hg19.chr21     16957319 52 +  48129895 TTGTGCGGCCCTCACTCCATCCTCCACCCTTTTTCCTTTCAGGAGAAACTTA
s panTro2.chr21  15681010 52 +  46489110 TTGTGCAGCCCTCACTCCATCCTCCACCCTTTTTCCTTTCAGGAGAAACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252235 52 +  48394510 TTGTGCAGCCCTCACTCCATCCTCCACCCTTTTTCCTTTCAGGAGAAACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109252 52 - 196418989 TTGTGTCGCCCTCACTCCATCCTCCACCCTTTTTCCTTTCAGGATAAACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15681062 51 +  46489110 CTTTGTGGTTTCACTCTTA------TTTTATTTGTTTAAAATGTCCCATCCTGTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252287 51 +  48394510 CTTTGTGATTTCACTCTTA------TTTTATTTGTTTAAAATGTCCCATCCTGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109304 56 - 196418989 CTTAGTGGTTTCACTCTTATTTTTTTTTTTTTTGTTTAAAATGCCCCATCCT-TTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=647691.000000
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s panTro2.chr21  15681113  93 +  46489110 GCAAAGGATTATTTCTCCAAATGACCTGTATCTTTTCATATTTTTCTC---------TTTTTtttgctcctgatgttatctctacttgaaaattccttgata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252338  93 +  48394510 GCAAAGGATTATTTCTCCAAATGACCTGTATCTTTTCATATTTTTCTC---------TTTTTtttgctcatgatgttatctctacttgaaaattccttgaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=45768.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109462 34 - 196418989 tttgtctccactgagttaaatcttacagacattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=166039.000000
s hg19.chr21     16957549 31 +  48129895 aatgcttaccccagacattactccctcttca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15681327 39 +  46489110 ATTTATTAGGTTGGTGCCAACGTTTGCACCAACCTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252552 39 +  48394510 ATTTATTAGGTTGGTGCCAACGTTTGCACCAACCTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16957675 104 +  48129895 CTTAATCTCCTCATTACTACCACTAACAGAGTCTCAAAAAAGGAAGACATACCTATAACAAAAGTCTAGAAG-CAAAAGTTTTGGAGTTAAATGACCTGCTTTTG
s panTro2.chr21  15681366 101 +  46489110 CTTAATCTCCTCATTACTACCACTAACAG--TCTCAAAAA-GGAAGACATACCTATATCAAAAGTCTAGAAG-TAAAAGTTTTGGAGTTAAATGACTTGCTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252591 103 +  48394510 CTTAATCTCCTCATTACTACCAGTAACAGAGTCTCAAAAA-GGAAGACGTATCTACATCAAAAGTCTAGAAG-TAAAAGTTTTGGAGTTAAATGACCTGCTTTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109593  89 - 196418989 CTTAATCTCCTCA-TACTACCACTAACAG--CCTCAAAAA-GGAAGATATATCTATATCAAAAGTCTAGAAGTTAAAAGTTTTGGGGTTAAAT------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s hg19.chr21     16957779 71 +  48129895 Cctgggcacagtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcgggcagatcatgaggtcag
s panTro2.chr21  15681467 71 +  46489110 Cctgggcgtggtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcaggcagatcatgaggtcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252694 71 +  48394510 Cctgggcacggtggctcacacctgtaatcccagtactttgggaggctgaggcgggcggatcatgaggtcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165109682  1 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  15681538 174 +  46489110 gagattgagaccatcctggctaacacagtgaaaccccatctcttctaaaaatacaaaaaattagctgggcatggtggcgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcatgaaccctggaagcagagcttgcagtgagccgagatcgtgccactgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15252765 174 +  48394510 gagatcgagaccatcctggctaacatggtgaaaccccgtttcttctgaaaacacaaagaattagccgggcatggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcatgaaacctggaggcagagcttgcagtgagccgagattgcgccactgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165109682   1 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16958024 38 +  48129895 actccagcctgggcaacacagcaagactccgtctcaaa
s ponAbe2.chr21  15252939 38 +  48394510 actccagcctgggcaacagagcaagagtccgtctcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15681712 38 +  46489110 actccagcctgggcaacagagcaagactccgtctcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165109682  1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165109682  1 - 196418989 I

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s hg19.chr21     16958088 75 +  48129895 ATCTGCTTTTGTTCCCAGTTTACAAATCACTCAAATTTCAATCTACTCTCTTTCTCTTTTGTATTCCCATTGCTC
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15253010 75 +  48394510 ATCTGCTTTTGTTCCCAATTTACAAATCACTCAAATTTCAATCTACTCTCTTTCTCTTTTGCATTCCCATTGCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=371452.000000
s hg19.chr21     16958163 61 +  48129895 TTTGTAAATACTCTCTTGAAACATTTAACACACTCCTTTTCTCTCACCATACATAAAATCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165109869 21 - 196418989 GACAATAaaagaagataggaa
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-31756.000000
s hg19.chr21     16958298 46 +  48129895 ggaaggaaggaatgaaggaa----agaaggaaggaaggaaggaacgaagg
s rheMac2.chr3  165109890 16 - 196418989 ggaaggaaggaaggga----------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15253220 46 +  48394510 ggaaggaaggaaggaagatg----agaaggaaggaaggaaggaaggaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15681984 50 +  46489110 ggaaggaaggaaggaaggaaggaaagaaggaaggaaggaaggaacgaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-44780.000000
s hg19.chr21     16958344 7 +  48129895 aaATCAT
s panTro2.chr21  15682034 7 +  46489110 aaATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15253266 1 +  48394510 a------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109906 2 - 196418989 -----AT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=448142.000000
s hg19.chr21     16958351 78 +  48129895 TCTATTCAGATTTCTAATAGCCTGTCTATCTAAACTTGGAGTTGAGGTAATGTATGATCCAAGAGGAAAAAGAAGCAA
s panTro2.chr21  15682041 78 +  46489110 TCTATTCAGATTTCTAATAGCCTGTCTATCTAAACTTGGAGTTGAGGTAATGTATGATCCAAGAGGAAAAAGAAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15253267 71 +  48394510 -------agATTTCTTATAGCCTGTCTATCTAAACTTTGAGTTGAGGTAATGTATGATCCAAGAGGAAGAAGAAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109908 78 - 196418989 TCTATTCAGATTTCTAATAGCCTGTCTATCTAAACTTTGAGTTGAGGTAATGTATGACCCAAGAATAAAAAGAAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151734.000000
s hg19.chr21     16958429 49 +  48129895 CACGGATAGCTTAAGCGAAAATTAAATTCCTGTAAAGGGTGAAAGTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15253338 49 +  48394510 CGTGGATAGCTTAAGCTAAAATTAAATTCCTGTAAAAGGTGAAAGTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165109986 49 - 196418989 CTTGGATAGCTTAAGCTAAAATTAAATTCCTGCAAAAGGTGAAAGTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-283843.000000
s hg19.chr21     16958478 36 +  48129895 CAC---TTTCTTTTTA------GGTGGAAGCTTGATTAGACCACT
s rheMac2.chr3  165110035 42 - 196418989 CAC---TTTTTTTTTTCTTTTTGGTGGAAGCTTGATTACACCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15253387 39 +  48394510 CACATTTTTTTTTTTA------GGTGGAAGCTTGATTAGACCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15682168 37 +  46489110 CAC---TTTTTTTTTAA-----GGTGGAAGCTTGATTAGACCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=26299.000000
s hg19.chr21     16958514 30 +  48129895 AGAAAAAAAAAA---GAGTTAAATTACTTCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15253426 30 +  48394510 AAAAAAAAAAAA---GAGTTAAATTGCTTCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165110077 33 - 196418989 AGAAAAAAAAAAAAAAGGTTAAATTACTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=353334.000000
s hg19.chr21     16958544 32 +  48129895 CTCTTCCAATAGTCTTGTTTATTACATTGCAG
s panTro2.chr21  15682237 32 +  46489110 CTCTTCCAATAGTCTTGTTTATTACATTGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16958576 28 +  48129895 CAAACGTTTGTATATGGAATTGCTTTTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=903984.000000
s hg19.chr21     16958604 79 +  48129895 AAAAGCAGGAAATCTGCTTCTCTGTGAACACTGGTTTGTAGCTCCTTTTTCATTTTCTTGACTAACAACTCAGTTCTAT
s panTro2.chr21  15682297 79 +  46489110 AAAAGCAGGAAACCTGCTTCTCTGTGAGCACTGGTTTGTAGCTCCTTTTTCATTTTCTTGACTAAAAACTCAGTTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15253516 79 +  48394510 AAAAGCAGGAAACCTGCTTCTCTGTGAACACTGGTTTGTTGCTCGTTTTTCATTTTCTTGACTAAAAACTCAGTTCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165110170 79 - 196418989 AAAAGCAGAAAACCTGCTTCGCTGTGAACACTGGTTTGTAGCTCCTTTTTCATTTTCTTGACTAAAAACTCAGTTCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=688265.000000
s hg19.chr21     16958683 41 +  48129895 AAATTGTTTCAGTAGTTCAATAAACAAGTGctaaattgtga
s panTro2.chr21  15682376 41 +  46489110 AAATTGTTTCAGTAGTTCAATAAACAAGTAAtaaattgtga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=999941.000000
s hg19.chr21     16958724 67 +  48129895 gctccctaaggataatgactgtgtcttattcagtaatgtttaccaggagccTCACTAATACCAGGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16958791 78 +  48129895 GGCAAGTTTGCCTACATTTACTCGAGAATATATTGTTGTTAATTCTCTAAAGACCAGTGGAGTACATGTTCTCTCAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15683537 256 +  46489110 ccaggctggagtgcaatgacacgatctcagctcgctgcaagctccgcctcctggattcaagagattcacctgtctcaacctcctgagcagctaggattacaggcatgcaccaccactcccagctaatttttgtatttttattagagacagggtttcaccatgttggccaagatggtctcaaacttctgacctcaagtgatcaacctgcctttgcctcccaaagtgctggggttacagacgtgagccactgtatccg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15254784 256 +  48394510 ccaggctggagtaccatgacacaatctcggctcactgcaagctccgcctcctgggttcaagagattcacctgtctcaacctcctgagtagctaggatcacaggcatgcaccaccactcccagctaatttttgtatttttattagagacagggtttcaccatgttggccaggatggtctcgaacttctgacctcaagtgatcaacctgcctctgcctcccaaagtgctgggattacagatgtgagccactgcgccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165111406 255 - 196418989 ccaggctggaatgcaatgacacgatcttggctcactgcaacctctgcctcctggattcaagagatttgcctgtctcaacttcccaagtagctaggattacagtcatgca-caccactcccagttaatttttgtatttttattagagaaggagttgcaccatgttggccaagatggtctcgaaattctgacttcaagtgaccaacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacagacgtgagcccctgcgccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15255640 88 +  48394510 TCCCTTCAATCTCCCAGGTGAACCAGCGTCAAAAGAATTCTTAGCAagaacaacttggcatactgaaaaacaacgtgccaattgagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15684510 61 +  46489110 ccagctgtgttacctctgcctgatgatttaactgctcttagccttatgttccttatcttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15255964 26 +  48394510 tttaa----tttaatttaattAtttttgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165112616 36 - 196418989 atagggtctcacactgtcacccaggctgagttgcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165112652 94 - 196418989 tggcacaatcgtggctcgctgccgctgtgacctcttgggctcaagcgatcctcccacctttcaggctcctcaatagctgggactacaagtgcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15684774 94 +  46489110 tgacacaatcatggctcactgccgctgtgacctcctgggctcaagcaatcctctcacctctcagcctcctcaatagctggggctacgggtgcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15684868 110 +  46489110 gccaccatgcctggctgatttctgtatttttagtagagatttggtctcacaatgtggcctaggctggtctcgaactcctgggctcaagcgatctgcctgcctcagcctcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165112896 100 - 196418989 tGCTCACAACTTTAAAAAAGAAAGTTTAATGTCTCAACTACATTCTAATGTCATTTGGATTATGTTCCAAGAAACTCTTTTTTGTCAAGGAAAACAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15256390 237 +  48394510 GTTTATTATTTGACATTTAAAATGTGCTGTTTTTATATTGAAATAACTCTATCCAAAGTGTACCAAGAGAGAATGGATTCCCTAAGATTGTCAAGTGCAGCAGAATTTTAGCTATCAGACAATAATAAATTGGGAATGACAGATAGTGCTGACCATCGTGCATTCCATAGTGAGAATGGTAAGGACTTAGGAGCTTCCCATTAAATTAATGAGAACCCTCAGCCTTTTTGGCCAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 675

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s panTro2.chr21  15685378  82 +  46489110 AGATTAAGCAACATAATGGAGACATCTGAATACCTTTCTACCACCCTGGGAATGAAAGGCAAGATTGAAAGGACAACCAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15256627  82 +  48394510 GGATTAAACAACATAATGGAGACATCTGAATACCTTTCTACCACCCTGGGAATGAAAGGCAAGATTGAAAGGACAACCAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165113255 675 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  15685460  67 +  46489110 CAGTTAAGTGTTTGGCTTTTCACCCAGGTTACCCCTAGATTGGGCTGTTATTCCACTATTCTCTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15256709  67 +  48394510 CAGTTAAGTATTTGGCTTTTCACCCAGGTTACCCCTAGATCGGGCTGTTATTCCACTATTCTCTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165113255 675 - 196418989 I

a score=269800.000000
s hg19.chr21     16961834  16 +  48129895 TTTGGCTTTCAAGATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15256776  16 +  48394510 TTTGGCTTTCAAGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165113255 675 - 196418989 I

a score=1728513.000000
s hg19.chr21     16961850 126 +  48129895 AGCAGCAGCTAAAATAGCATTTTTGAAGTCTTTTAGGTTGTTTATACCCTTGTTTCCTAGATCAATAAGAAATAGAAAGACCAGGAATCCCTCCAGGTCCCTAAAACTGTCCAATAAAGATGTGCC
s panTro2.chr21  15685543 125 +  46489110 AGCAGCAGCTAAAATAGCATTTT-GAAGTATTTTAGGTTGTTTATACCCTTGTTTCCTGAATCAATAAGAAATAAAAAGACCAGGAATCCCTCCAGGTCCCTAAAACTGTCCAATAAAGGTGTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165113255 675 - 196418989 I

a score=280923.000000
s hg19.chr21     16961976  34 +  48129895 ATTAATTTGGATTTATAAGTAGGGTTTTCATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165113255 675 - 196418989 I

a score=644707.000000
s hg19.chr21     16962010  67 +  48129895 ATGGTCTGCTTGCTTTTTATAATCAGCAACTCTTCAGTCTGCTATGTAAAAGGAGGCATAGCAATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165113255 675 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 675 C 0

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s hg19.chr21     16962250 63 +  48129895 TCAGTTTGACAGTATGATGGCTACATTTTTCAGCATTTCTAACTATATTGCTCTCTTTAAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-15435.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 9 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15688135 162 +  46489110 GCGtttacagatttgaaaacaaaggctaaaaagatttagtaattgcctacgatgagcttgttggtgagttctgaagaaaaaaattcaatcccttatccatgtaactatagagtgtgcagttagccactatTTAAAAATCTAAGCCTCAGGAAGaaaatatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15259394 162 +  48394510 CCGtttacagatttgaaaacaaaggctagaaagatttagtaattgcctacaatgaacttgttggtgagttctgaagaaaaaaattcaatcccttatccatgtaactatagagtgtgctgttagccactatTTAAAAACCTAAGCCTCAGGAAGaaaatatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165116212 162 - 196418989 GCGtttatggatttgaaaacaaaggttaaaaagatttagtaattgcctacaatgaacttgttggtgagttttgaaggaaaaaattcaatcgcttgtccatgtaactacagagtgtgctgttagccactatTTAAAAATCTAAGCCTCAGGAAGaaaatatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16964604 51 +  48129895 attaaaatttcttttatttCAAGTAGAGGGGATTTAATTAAATTTGTATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165116719 12 - 196418989 AGAGTAAATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15260145 35 +  48394510 AAACCAACTGGTGTTTTGGTCCATAGGGGCAATGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 698 I 2
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i rheMac2.chr3  C 0 I 2

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
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i rheMac2.chr3  I 2 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15692292 144 +  46489110 ---------------------gaatgtaattggattg-tttgtaactcagacaatcgagaggattctccatcgtgtgcttatctctcattgcatgcctgtatcaaaacatctcatgtaccccaaaaatatgtacacctactatatacccacaaaacttTTTAAgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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e rheMac2.chr3  165120932 775 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165120932 775 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165120932 775 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165120932 775 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165120932 775 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165120932 775 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 775 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165122155 75 - 196418989 CGAAATTAAGAGAGACAGGAA--ACATATAAAGAGTTGAGAAATGGGGATGAATTCTACTTCTGGTAAGGTAGGGCT
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15696605 78 +  46489110 TACTTATTATGCTAAGGAATTTAGAGGAAAACATTGCAGCTTTGtttattttaaaaaataataaaattaaaagttaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=429873.000000
s hg19.chr21     16973099   33 +  48129895 TTAGAACAAAAATAATTCTGAGTGACATGTGAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=389107.000000
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a score=-14414.000000
s hg19.chr21     16973168   20 +  48129895 CTGAAGAAATAATACAGTTA
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a score=497678.000000
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a score=181312.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15696996   10 +  46489110 GTGCTATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165123534   48 - 196418989 ATTTTTAGTAAAATCAGCAGAGAATAACCATGAAATTAAAAAAAAATG
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e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

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s panTro2.chr21  15697412   64 +  46489110 GAAGCAAATATAACCACATCATAAACAAAATGTTCTCTTCCTCCAAACCTTCCAtggtaattaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165123582   64 - 196418989 AAAGCAATTATAACCACATCATAAGCAAAATGTTCTCTTCCTCCAAACCTTCCAtggtaattaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165123747   55 - 196418989 aactggctgacttcaagtaaagcagattacactccataatgtgagtgggcctcat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165123973   56 - 196418989 ttcaggcttgccagtcccaataattgagtcaattctttaaaataggtctctctctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=-216640.000000
s hg19.chr21     16974167   73 +  48129895 tc--aatctctctctcaatctctctctctctctctctctctctctctctctcgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

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s hg19.chr21     16974240   75 +  48129895 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTCCCTGGAGAACCCTGACTAATTCTTACACCTTCCAAGGAAGG
s rheMac2.chr3  165124069   52 - 196418989 -----------------------gtgtgtgtttccctggagaaccctgactaatTCTTACACCTTCCAAGGAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15697932   75 +  46489110 cgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtTTCCCTGGAGAACTCTGACTAATTCTTACACCTTCCAAGGAAGG
i panTro2.chr21 I 7 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=324996.000000
s hg19.chr21     16974315   63 +  48129895 AATAAGTTTCCAATGGTTATTTGTAACATTCCATGTAAATATCTGAATGCATCTAACATACA-T
s panTro2.chr21  15698007   63 +  46489110 AATAAGTTTCCAATGGTTATTTGTAACATTCCATGTAAATATCTGAATGCATCTAACATACA-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124121   64 - 196418989 AATAAGTTTCCAATGGTTATTTGTAACATTCCATGTAAATATTTCAATGCATCTAACATACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=225153.000000
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s panTro2.chr21  15698070   53 +  46489110 GTAGAGAAGTATTTTTAATATTGCCTTTGCATTTTGTTTAAAACCAAATGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124185   52 - 196418989 TTAGAGTGGCA-TTTTAATATTGCCTTTGCATTTTGTTTAAAACCAAATGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=631476.000000
s hg19.chr21     16974431  127 +  48129895 AGTAGCCACTTATAACCCATTTATTATGTATAGCTGTTTTAATACTTTCCAGGAGGTTATGTTCTTTTGACCCTCTGAGGTTTCTTCCCATAGTTTCACCCTACTTTTGCTTTCATTCTAATCCTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124237  127 - 196418989 AGTAGCCACTTATAACCCATTTATTATGGATGGCTGTTTTAATACTTTCCAGGAGGTTATGTTCTTTTGACCCTCCGAGGTTTCTTCCCATAGTTTCACCCTACTTTTGCTTTCATTCTAATCCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=427288.000000
s hg19.chr21     16974558   59 +  48129895 AAAGAGCATGAAAGCTTATTCTTTTCCTCCCTGAGTAAATAAAACCAATATAGTTATGT
s rheMac2.chr3  165124364   58 - 196418989 AA-GAGCATAAAAGCTTATTCTTTTCCTCCCTGAGTAAATAAAAGCAATATAGTTATGT
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a score=280960.000000
s hg19.chr21     16974617   26 +  48129895 CATCTTGTGGCCCTTTGTGTATTTTA
s rheMac2.chr3  165124422   26 - 196418989 CATCTTGTGGCCCTTTGTGGATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15698308   26 +  46489110 CATCTTGTGGCCCTTTGTGTATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=-36430.000000
s hg19.chr21     16974643    9 +  48129895 GGCCAATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=19759.000000
s hg19.chr21     16974652    4 +  48129895 TTTT
s panTro2.chr21  15698343    4 +  46489110 TTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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a score=268924.000000
s hg19.chr21     16974656   27 +  48129895 TTCCTTTCATGAAAGCAACTATTGACA
s panTro2.chr21  15698347   27 +  46489110 TTCCTTTCATGAAAGCAACTATTGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124462   27 - 196418989 TTCCTTTCATGAAAACAACTATTGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=-174606.000000
s hg19.chr21     16974683   28 +  48129895 CAAAACTATTTAAACAACTATTATTTAC
s panTro2.chr21  15698374   28 +  46489110 CAAAACTATTTAAACAACTATTATTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124489   28 - 196418989 CGAAACTATTTAAACAACTGTTATTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=229032.000000
s hg19.chr21     16974711   38 +  48129895 ATCTAT-AGGAAAAAATACTACTGATTTTTATAAAACAG
s panTro2.chr21  15698402   38 +  46489110 ATCTAT-AGGAAAAAATACTACTGATTTTTATAAAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124517   39 - 196418989 ATCTACGGGGAAAAAATGCTGCTGATTTTTATAAAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=1187885.000000
s hg19.chr21     16974749  115 +  48129895 TTGCCAGAGAATTATGATTAAGGGCAATTTACGAAAGGCATGAGTGTTACGGCCATTGCTCAGGGCAACAACTAGTTGGGAAGAAACAAAAATAATTTGTTACAAAAGAAAAGTG
s rheMac2.chr3  165124556  110 - 196418989 TTGCCAGAGAATTACAATTAAGCACAATTTATGAAAGGCATGAGTGTTAGGGCCATTGCTCAGGGCAACAACTAGTTGGGAGGAAACAAAACTAATTTGTTACAGAAGAA-----
i rheMac2.chr3  C 0 I 172
s panTro2.chr21  15698440  115 +  46489110 TTGCCAGAGAATTATGATTAAGGGCAATTTACGAAAGGCATGAGTGTTACGGCCATTGCTCAGGGCAACAACTAGTTGGGAAGAAACAAAAATAATTTGTTACAAAAGAAAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=420820.000000
s hg19.chr21     16974864   47 +  48129895 AGTTAGTAATGGAAAAGTCTAGAAGATAAGTGTTTGATGAGTATATG
s panTro2.chr21  15698555   47 +  46489110 AGTTAGTAATGGAAAAGTCTAGAAGATAAGTATTTGATGAGTATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124838   47 - 196418989 agttagtaatggagaagtctagaagacaagtgttcaatgagtatatg
i rheMac2.chr3  I 172 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=411130.000000
s hg19.chr21     16974911   42 +  48129895 AAGACTAATTTTGACATTTTCATTCTCAG------CTTCTTGTAAGTA
s panTro2.chr21  15698602   42 +  46489110 AAGACTAATTTTGACATTTTCATTCTCAG------CTTCTTGTAAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124885   48 - 196418989 aagactaATTTTGACATTTTCATTCTCAGCTCTCTCTTCTTGCAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=368880.000000
s hg19.chr21     16974953   34 +  48129895 GGAGAAAAGAGTTCAGTTTTAGACAATCAAATGG
s panTro2.chr21  15698644   34 +  46489110 GGAGAAAAGAGTTCAGTTTTAGACAATCAAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124933   34 - 196418989 GGAGAAAAGACTTCAGTTTCAGACAATCAAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=1607386.000000
s hg19.chr21     16974987  117 +  48129895 AA-AATTCTAAAAGGTACATTTAAGAATTTCTTAATCTTTTCTCATAATCTAATCAGACTGACTATATCACAAATAGTTGTCATGGAAAAGAAAAAA---GTGTAGGCAGCTAAGGGAAGG
s panTro2.chr21  15698678  118 +  46489110 AA-AATTCTAAAAGGTACATTTAAGAATTTCTTAATCTTTTCTCATAATCTAATCAGACTGACTATATCACAAATAGTTGTCATGGAAAAGAAAAAA--AGTGTAGGCAGCTAAGGGAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165124967  121 - 196418989 AAGAATTCTAAAAGGTACATTTAAGAATTTCTTAATATTTTCTCATAATCTAATCAGACTGATTATATCACAAATAGTTGTCATGGAAAAGAAAAAAAAAGTGTAGGCAGCTAAGGGAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=1142092.000000
s hg19.chr21     16975104   66 +  48129895 AGATAGAGGAAACAAAAAAAGAACAGTTGATAAAATATCCAAAATTGCATAATACATTAAACTTAT
s panTro2.chr21  15698796   66 +  46489110 AGATAGAGGAAACAAAAAAAGAACAGTTGATAAAATATCCAAAATTGCATAATACATTAAACTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125088   66 - 196418989 AGATAAAAGAAACAAAAAAAGAACAGTTGATAAAATATCCAAAATTGCATCGTACATTAAACTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=1830484.000000
s hg19.chr21     16975170   84 +  48129895 AATTTTTCAAATG----TCTTTATATAGTCACTTGGAGATGATGATTAACTGTATTAGTTTCTTCAAAACACACTTGGGAAGGTTTTA
s panTro2.chr21  15698862   84 +  46489110 AATTTTTCAAATG----TCTTTATATAGTCACTTGGAGATGATGATTAACTGTATTAGTTTCTTCAAAACACACTTGGGAAGGTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125154   88 - 196418989 AATTTTTCAAATGTCTTTCTTTATATAGTCACTTGGAGATGATGATTAACTGTATTAGTTTCTTCAAAACACACTTGGGAACATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=1708267.000000
s hg19.chr21     16975254   99 +  48129895 ACGAAGTTATATAAGTACCAGTGTTCACAGTATGGCAGGAGAATTTTATCTTAGCAACTGGTATTAGTGATCTAAAAATGTTTCGCCCTTCTATGAGCA
s panTro2.chr21  15698946   99 +  46489110 ACGAAGTTATATAAGTACCAGTGTTCACAGTATGGCAGGAGAATTTTATCTTAGCAACTGGTATTAGTGATCTAAAAATGTTTCGCCCTTCTATGAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125242   99 - 196418989 ACGAAGTTATATAAGTACCAGTGTTCACAGTATGGCAGGAGAATTTTATCTTAGCAACTGGTATTAGTGATCTAAAAATGTTTCACCCTTGTATGAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=748778.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125341   59 - 196418989 CCCTAAAATCTGTTCTTACACACGCCCTCCAGATTTTTCCCAATATAAATTGGCAAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=1285578.000000
s hg19.chr21     16975412  100 +  48129895 TTTGACTCTTTTTATGTATATGACATCAACCAAACTTGCAAGTTTTTAATTTGTAGTTTATTCCCTTTGCTATACTGACACCAAACTCTAGTGACAGGTG
s panTro2.chr21  15699104  100 +  46489110 TTTGATTCTTTTTATGTATATGACATCAACCAAACTTGCAAGTTTTTAATTTGTAGTTTATTCCCTTTGCTATACTGACACCAAACTCTAGTGACAGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125400  100 - 196418989 TTTGATTCTTTTTATGTATATGACATCAACCAAACTTGCAAGTTTTTAATTTGTAGTTTATCCCCTTTGCTATACTGACACCTAACTCTAGTGACAGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=333787.000000
s hg19.chr21     16975512   41 +  48129895 TGGACAAAGTAGGGATAA-GAGAGACGTGTGGGTAATGGACT
s panTro2.chr21  15699204   41 +  46489110 TGGACAAAGTAGGGATAA-GAGAGACGTGTGGGTAATAGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125500   42 - 196418989 TGGACTAAGGAGGGATAAGGAGAGACATGTGGGTAATGGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=382943.000000
s hg19.chr21     16975553   35 +  48129895 GTTTCTTTAAGGAAATCACTATGGTGAGGCGGCAA
s panTro2.chr21  15699245   35 +  46489110 GTTTCTTTAAGGAAATCACTATGGTGAGGCGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     16975588   36 +  48129895 CAAAATAATCCTCAAGCAATGGAGAAAGAACTCTCA
s panTro2.chr21  15699280   36 +  46489110 CAAAATAATCCTCAAGCAATGGAGAAAGAACTCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125577   36 - 196418989 CAAAATAATCCTCAAGCAATGGAGAAAGAACTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=290213.000000
s hg19.chr21     16975624   36 +  48129895 GACAAGAAAAAGAAATCTGCTTTTGAAGGTAGGAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=253672.000000
s hg19.chr21     16975660   41 +  48129895 TGCTTCATGGAAGGTGGGCGAAAACCACCTATAGATCTGAT
s panTro2.chr21  15699352   40 +  46489110 TGCTTCATGGAAGGTGGGTGAAAACC-CCTATAGATCTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125649   41 - 196418989 TGCTTCGTGGAAGGTGGGCGAAAACTACCTATAGATCTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=578079.000000
s hg19.chr21     16975701   69 +  48129895 TTCTGGTTCTTGAATTTAGATATTTGGGTTTAAAATTCCCTCCCTTTACACCATCTAATTCTACT----AGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125690   73 - 196418989 TTCTGGTTCTTGAATTTAGATATTTGGGTTTATAATTCCCTTTCTTTACACCATCTAATTCTACTAGAAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=191899.000000
s hg19.chr21     16975770   38 +  48129895 TCATGCCACCATACAGGTCTTCCATTTTTGCTACCATA
s panTro2.chr21  15699461   38 +  46489110 TCACGCCACCGTACAGGTCTTCCATTTTTGCTACCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125763   38 - 196418989 CCATGCCACCATACAGGTCTTCCATTTTTGCTACCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=945751.000000
s hg19.chr21     16975808  144 +  48129895 CTTTGGTGGCAACAATGCTGTCTCCCAAACTTTGTTCCCAAGGGCACACAGGATGACATAATTAGCAGTACACAGGATGACTTAATTAGCAGTTTTCACAACTCTTTGTCATGGATTACTGAATTCCAAAACCAAAATATTAGG
s panTro2.chr21  15699499  144 +  46489110 CTTCGGTGGCAACAATACTATCTCCCAAACTTGGTTCCCAAGGACACACAGGATGACATAATTAGCAGTACACAGGATGACTTAATTAGCAGTTTTCACAACTCTTTGTCATGGATTACTGAATTCCAAAACCAAAATATTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125801   64 - 196418989 CTTTCGTGGTGACAATGCTG--------------------------------------------------------------------------------ATTCTTTGTCATGGATTGCTGAATTCCAAAACCAAAATATTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=853929.000000
s hg19.chr21     16975952  110 +  48129895 GAACTTCAACTAGATGCATTCAGACCAGACAACCAATCCCATTTTCTCCATATTTTCCCAGGGATATTTAGTTTGTGTCTATCTGCTTTGCTTTCTGTATCAATTAAGAG
s panTro2.chr21  15699643  110 +  46489110 GAACTTCAACTAGATGCATTCAGACCAGACAACCAATCCCATTTTCTCCATATTTTCCCAGGGATATTTAGTTTGTGTCTATCTGCTTTGCTTTCTGTATCAATTAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125865  110 - 196418989 GAACTTCAACTGGATGCATTCAGACCAGATAACCAATCCCATTTTCTCTGTATTTTCCCAGGAATATTTTGTTTGTGTCTATCTGCTTTGCTTTCTGTATCAATTAAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=226650.000000
s hg19.chr21     16976062   20 +  48129895 GTTGTTTTGCAATAAGTAAC
s panTro2.chr21  15699753   20 +  46489110 GTTGTTTTGCAATAAGTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125975   20 - 196418989 GTTGTTTTGCAATAAGTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=319812.000000
s hg19.chr21     16976082   24 +  48129895 AGAAACATACTGTGGATAGCTTAA
s panTro2.chr21  15699773   24 +  46489110 AGAAACATACTGTGGATAGCTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165125995   24 - 196418989 AGAAACATATTGTGGATAGCTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=-232161.000000
s hg19.chr21     16976106   43 +  48129895 ATACGTATACTTTAAGGATATCAAGAGCTCACTATATTAATAG
s panTro2.chr21  15699797   43 +  46489110 ATACGTATACTTTAAGGATATCAAGAGCTCACTATATTAATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126019   42 - 196418989 ATACATATACTTTAAGGATATCAA-AGCTCACTATATTAATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=189264.000000
s hg19.chr21     16976149   33 +  48129895 AAGGCTTGTCTGAAGCAGCATCTCTTAGCATCT
s panTro2.chr21  15699840   33 +  46489110 AAGGCTTGTCTGAAGCCGCATCTCTTAGCATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126061   33 - 196418989 AAGGCTTGTCTGAAGCGGCATCTCTTAGCATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=827583.000000
s hg19.chr21     16976182   89 +  48129895 CATCTGGCCCAGATGTGGGCACTGCTGTTGAGAATGAATTGCTATCGTTCTTGTATGCACCACGAAGTAAAGATTCCAAACCATGTGTG
s panTro2.chr21  15699873   89 +  46489110 CATCTGGCCCAGATGTGGGCACTGCTGTTGAGAATGAATTGCTATCATTCTTGTATGCACCACGAAGTAAAGATTCCAAACCATGTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126094   89 - 196418989 CATCTGGCCCAGATGTGGGCACTGCTGTTGAGAATGAATTGCTATCATTCTTGTATGCATCACGAAGTAAAGATTCCAAACCGTGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=531758.000000
s hg19.chr21     16976271   41 +  48129895 GAAAATCCAGTTGAGAGAACTAAATCATCGTAACTGCTTGG
s panTro2.chr21  15699962   41 +  46489110 GAAAATCCAGTTGAGAGAACTAAATCATCGTAACTGCTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126183   41 - 196418989 GAAAATCCAGTTGAGAGAACTAAATCATCATAACTGCTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=721629.000000
s hg19.chr21     16976312   59 +  48129895 CCGCCAGGCTGTTCCTTATCCTCTTTGCCCTTTGCAGTGGGAAATAAGATACTGCCTTC
s panTro2.chr21  15700003   59 +  46489110 CCGCCAGGCTGTTCCTTATCCTCTTTGCCCTTTGCAGTGGGAAATAAGATACTGCCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126224   59 - 196418989 CCGTCAGGCTATTCCTTATTCTCTTTGCCCTTTGCAGTGGGAAGTAAGATACTGCCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=-7199.000000
s hg19.chr21     16976371   29 +  48129895 CAAAAGGAATCAT-CACGGTGGGAAATTAC
s panTro2.chr21  15700062   29 +  46489110 CAAAAGGAATCAT-CACAGTGGGAAATTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126283   30 - 196418989 CAAAAGGAATTATCCATGGTGGGAAATTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=77045.000000
s hg19.chr21     16976400   23 +  48129895 CTGCAAATAGGACACCACGCCAG
s panTro2.chr21  15700091   23 +  46489110 CTGCAAATAGGACACCACGCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126313   23 - 196418989 CTGCAAATAGGACACCATGCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15268559 3000 +  48394510 M

a score=627242.000000
s hg19.chr21     16976423  111 +  48129895 CTCAAAATACAAGTGGGTACTGAGGTTCCTTATCCTTAGATGTTGCTATCCTTATACTCAGCATAATCTTCACCATTGACTAAAATGCCCTCTAATGTAGATAACTTGTAT
s panTro2.chr21  15700114  111 +  46489110 CTCAAAATACAAGTGGGTACTGAAGTTCCTTATCCTTAGATGTTGCTATCCTTATACTCAGCATAATCTTCACCATTGACTAAAATGCCCTCTAATGTAGATAACTTGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126336  111 - 196418989 CTCAAAATACAAGTGGGTACTGAAGTTCCTTATCCTTAGACGTTGTTATCCTTATACGCAGCATAATCTTCACCATTGACTAAAATACCCTCTAATGTAGATAACTTGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=490356.000000
s hg19.chr21     16976534   69 +  48129895 TTGCCTCTTAGAGAACTCTGAACTGCTGCCACCTTGAACATGTCTTGGCTTCTTTTTTCCCCCTAGTAA
s panTro2.chr21  15700225   68 +  46489110 TTGTCTCTTAGAGAACTCTGAACTGCTGCCACCCTGAACATGTCTTGGCTTCTTTTTTCCCCCTAGTA-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165126447   69 - 196418989 TTGCCTCTTAGAGAACTCTGAACTGCTTCTACCCTGGACATGTCTTGGCTTCTTTTTTCCCCCTAGAAA
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s hg19.chr21     16978121  111 +  48129895 CCTTTCCTAAATCACAACTTCA-AGAAAAAAACTTCTGGAATCCTACAATATAGTATCACCTCTAAATTTTTTCTGTCAAATCCACAGTACAATAAAGACTTCataaataaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 23
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a score=-12935.000000
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s panTro2.chr21  15701923   43 +  46489110 acttataaataaaatttataaataaaacttataaataaaactt
i panTro2.chr21 C 0 I 9
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i rheMac2.chr3  I 23 I 6
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i panTro2.chr21 I 9 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16982368 103 +  48129895 caatagcaaaaaggtagctgaaaaatctgaaaatatgtggagattaaacaacatacttttaaatgactcataagtcaaaaaggaactatccaaaaaa-atttaa
s rheMac2.chr3  165132293 104 - 196418989 caatagcaaaaaggtagctgaaaaatctgaaaatatgtggagattaaacagcatacttttaaattactcgtaagtcaaaaaagaaatatccacaaaatatttaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15275374 103 +  48394510 caatagcaaaaaggtagctgaaaaatctgaaaatatgtggagattaaacaacatacttttaaatgactcataagtcaaaaaacaaatatcaaaaaaa-atttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15706095 103 +  46489110 caatagcaaaaaggtagctgaaaaacctgaaaatatgtggagattaaacaacatacttttaaatgactcataagtcaaaaaagaaatatccaaaaaa-atttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=367249.000000
s hg19.chr21     16982471 344 +  48129895 atattttgaactaaacaaaaatgaaaa---aaattaaaatttgtgtgatacaatgaaagcagtgcttacaggtaatcttacagcattgaatgcacatgttacaaaagaagaaagatttaaaatcaattatctaaactttaacttaggaaactgggaaaagaagagcaaattaatttcaaggttagcatgagaaaagaaataataaaagttaaagcagaaatcaatgaaactgaaaatagaaattcaattttttaaaatcaacaaaaccaaaagctggttctttctaaagatcaataaaattgataagcctctagctaggccaagttattaaaaatgagagaggatgc
s panTro2.chr21  15706198 345 +  46489110 atattttgaactaaacaaaaatgaaaa--caaattaaaatttgtgtgatacagtgaaagcagtgcttacaggtaaacttacagcattgaatgcacatgttacaaaagaacaaagatttaaaatcaattatctaaactttaacttaggaaactgggaaaagaagagcaaattaatttcaaggttagcatgagaaaagaaataataaaagttaaagcagaaatcaatgaaactgaaaatagaaattcaattttttaaaatcaacaaaaccaaaagctgattctttgtaaagatcaataaaattgataagcctctagctagaccaagttattaaaaatgagagaggacgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15275477 344 +  48394510 atattttaaactaaacaaaaatgaaaa--caacttaaaatttgtgtgatacagtgaaagcagtgcttacaggtaaacttacagcattgaatgcacatgttacaaaagaagaaagatttaaaatcaattatctaaactttaacctaggaaact-ggaaaagaagagcaaattaatttcaaggttagcgtgagaaaagaaataataacagttaaagcagaaatcaatgaaactgaaaatagaaattcaattttttaaaatcaacaaaaccaaaagctggttcttcgtaaagatgaataaaattgataagcctctagctaggcccagttattaaaaatgagagaggatgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165132397 331 - 196418989 atattttgaactaaacaaaaatgaaaacacaacttaaaatttgtgtgatacagtgaaagcagtg-ttagaggtaaacttacagcattgaatgcacatgttacaaaagaagaaagatttaaaaccaattatctaaattttaacctaggaaactgggaa---aagagcaaattaatttcaaggttagcatgagaaaagaaataataaaagttaaagcagaaatcaatgaaactgaaaatagaaattcaattttttaaaatcaacaaaaccaaaagctggttctttgtaaagatcaataaaattgataagcctctagctaggccaagttactaaaaat------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16982815 292 +  48129895 cgggagtcggggctcacgcctgtcatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcaggaggtcaggagatgaagaccttcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagccaggcatggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgtgccactgcactccatcctgggcaacagagcgagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaa
s panTro2.chr21  15706543 292 +  46489110 cgggagtgggggctcaggcctgtcatcccagcgctttgggaggccaaggcgggcggatcaggaggtcaggagatcaagaccttcctggttaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcatggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatggcatgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagattgcaccactgcactccagcctgggcaacagagcgagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15275821 292 +  48394510 cgggcgcggtggcttacgcctgtcatcccagcactttgggagcccaaggcgggtggatcacaaggtcaggagatcaagaccttcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagctgggagtggcggcagacgcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggtgtgaacccgggaggcagggcttgcagtgagctgagatcacgccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165132728   0 - 196418989 C

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s hg19.chr21     16983107 1513 +  48129895  
s ponAbe2.chr21  15276113 1518 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15706835 1510 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165132728 1512 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15277631 1110 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165134240 1095 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16985730 455 +  48129895 ctggtatggcattatttctgggtttgtcgatgagggtgtctctggaagaaattgacattcaaatcagtggactgaggaaggaagattcgccctaattgaatgtgggcagacaccatccaatcagctaagggcctagatagaacaaaaa-caaaggaaaggtgacttctctctctttcctgaaactgaggtacatttcttctcctgcccttggatatcaaaactccaggttctccagcctttgccatctgagatttgcaccagtggcccaccagtttctaaagccttcagcttcagactgagggttatattgtaggctctagtcctttacatttggactggctttcctggctccccagcttctagatggcctattgtggagctcaggctccataatcccatgagccaattgccctaataaattccctctc-atctgtctatctatctatctatc-atct
s rheMac2.chr3  165135335 444 - 196418989 ctggtaaggcattatttctgggtttgttggcaagagtgtctctggaagaaactgacattcgaatcagtggcctgagtaaggaagatccgccctcacctattgtgggcagacaccatccaatcaactaagggcctagacagaagaaaaagcaaaggaaaggtgacttctctctctttcctgaaatggaggcacacttcttctcctgtcctgggacatcaaaactccagcttctccagcctttgccatctgagacttgtaccagtggcctaccagtttctaaagccttcagcttcagactgagagttatattgttggctctagtcctttaaatttggactggctttcctggttccccagcttccagagggcctattgtagagctcaggctccataatcccatgagccaattgccctaataaattct-tctc-gtct------------atctatctgtct
i rheMac2.chr3  C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  15278741 444 +  48394510 ctggtatggcattatttctgggtttgtcgaggagggtgtctctggaagaaattgacattcaaatcagtggactgaggaaggaagatccgccctaatctaatgtgggcagacatcatccaatcagctaagggcctagatagaacaaaaa-caaaggaaaggtgacttctctctctttcctaaaactgaggcacatttcttctcctgcccttggacatcaaaactccaggttctccagcctttgccatctgagatttgcaccagtggcccaccagtttctaaagccttcagcttcagactgagagttatattgttggctctagtcctttaaatttggactggctttcctggctccccagcttctagatggcctattgtggagctcaggctccataatcccatgagccaattgccttattaaattccgtctctatct------------atctatc-atct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165135782 201 - 196418989 ----atctctctatcattatgaatctatgtata---------------tatctatcta---------------ctcctattggttctatctcttaaaagaactctgactaaTGAAgaattgaaaacttatgtccacacaaaaacctctacacaatgtctatagcagtttcattcataattgccaaatcttggaagcaaccaagatgtccttcagcaggtgaatggacaaactata
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15710101 33 +  46489110 gtatatgcatacaatggaatattgttcagtgct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=38967.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s panTro2.chr21  15710171 125 +  46489110 aagaaacttaaatgcatatcactaagtgaaaaagccagtctgaaaagactacatacagtatagtttcaattctggaaaaggctttcaattctggaaaaggcaaaattatggatatagtaaaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16986604 57 +  48129895 ctcccttcagaagcatgtacactaaaatgggagtgacacagagaaaattagcagggc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15279842 84 +  48394510 gaaaatcttggtcccttcagctcaattttgctgtgaatctaaaactgttctagcaaaaagtcCAGTAGaaataataatttttt-t
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165136428 79 - 196418989 gaaaatcttggtacc-tcaactcagttttgctgtgaatctaaaactgttctaacaaaaagtccaGTAGAAATAGTAATT-----C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165136933 24 - 196418989 GTTTATACTGCTAAACTGTCTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=395551.000000
s hg19.chr21     16987401 54 +  48129895 CAGTTTCTTTCTTAAACTTGACTTCCACTGGAGACAGTGTCTTAGGCATGGTAG
s panTro2.chr21  15711104 54 +  46489110 CAGTTTCTTTCTTAAACTTGACTTCCACTGGAGACAGTGTCTTAGGCATGGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15280379 54 +  48394510 CAGTTTCTTTCTTAAACTTGACTTCCACTGGAGACAGTGTCTTAGGCATGGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165136957 54 - 196418989 CAGTTCCTTTCTTAAACTTGACTTCCACTGGAGACAGTGTCTTAGGCATGGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=551676.000000
s hg19.chr21     16987455 89 +  48129895 TGAAATACAGTGGTGACTGGAGCAAGCCAGGTGGTACTATCTATGTTCAAGACAAACTTGTTTGCTCCTTAGAGGTCTTCTGGGGAACT
s panTro2.chr21  15711158 89 +  46489110 TGAAATACAGTGGTGACTGGAGCAAGCCAGGTGGTACTATCTATGTTCAAGACAAACTTGTTTGCTCCTTAGAGGTCTTCTGGGGAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15280433 89 +  48394510 TGAAATACAGTGGTGACTGGAGCAAGCCAGGTGGTACTATCTATGTTCAAGACAAACTTGTTTGCTCCTTAGAGGTCTTCTGGGGAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137011 89 - 196418989 TGAAATACAGTGGTGACTGGAGCAAGCCAAGTGGTACTATCTATGTTCAAGACAAACTTGTTTGATCCTTAGATGTCTTCCGGGGACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-2057.000000
s hg19.chr21     16987544 9 +  48129895 GCAGGTAGG
s panTro2.chr21  15711247 9 +  46489110 GCAGGTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137100 9 - 196418989 GCAGGTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1716729.000000
s hg19.chr21     16987553 167 +  48129895 GGGATGAGAGGGGAAAGCTGCAAAAATGATGCTTGCTATTATTTTGCCACCTGACAATGGTTTACCCAAAGGTGGAATAGACATAGTCTCTACCTCAATTCTGTGTCATCATTTTTGCCTGAAGGTTTCAAAATAGCTTCCAGTCTTTCCCATGTCTGGTCTGTCTT
s panTro2.chr21  15711256 167 +  46489110 GGGATGAGAGGGGAAAGCTGCAAAAATGATGCTTGCTATTATTTTGCCACCTGACAATGGTTTACCCAAAGGTGAAATAGACATAGTCTCTACCTCAATTCTGTGTCATCATTTTTGCCTGAAGATTTCAAAATAGCTTCCAGTCTTTCCCATGTCTGGTCTGTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15280531 167 +  48394510 GGGATGAGAGGGGAAAGCTACAAAAATGATGCTTGCTATTATTTTGCCACCTGACAATAGTTTACCCAAAGGTGAAATAGACGTAGTCTCTACCTCAATTCTGTGTCATCATTTTTGCCTGAAGTTTTCGAAATAGCTTCCAGTCTTTCCCAAGTCTGGTCTGTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137109 167 - 196418989 GGGATGAGAGGGGAAGGCTACTAAAATGATACTTGCTATTATTTTACCACCTGACAATAGTTTACCCAAAGGTGAAACAGACTTAGTCTCTACCTCAATTCTGTGTCATCATTTTTGCCTGAAGGTTTTGAAATAGCTTCCAGTCTTTCCTATATCTGgtctgtctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=382163.000000
s hg19.chr21     16987720 40 +  48129895 TTATTTTGCTGTCAGATCTTTCCAAGTTATGAATGagatt
s panTro2.chr21  15711423 40 +  46489110 TTATTTTGCTGTCAGATCTTTCCAAGTTATGAATGAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15280698 40 +  48394510 TTATTTTGCTGTCAGATCTTTCCAAGTTATGAATGagatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137276 40 - 196418989 ttacattgctgtcagatctttccaagttatgaatgagatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=835954.000000
s hg19.chr21     16987760 71 +  48129895 agtgcctggtgataatagaccctcaaatatctgctgagtaaatgaaGTTTCTTCCTATGATTAAAACCCTC
s panTro2.chr21  15711463 71 +  46489110 agtgcctggtgataatagacactcaaatatctgctgagtaaatgaaGCTTCTTCCTATGATTAAAACCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15280738 71 +  48394510 agtgcctggtagtaatagacactcaaatatttgctgagtaaatggaGTTTCTTTCTATGATTAAAACCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137316 71 - 196418989 agtgcctggtaataatagacactcaaatatttgctgagtaaatgaaGTTTCTTCCTATGATCAAATCCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1032355.000000
s hg19.chr21     16987831 136 +  48129895 CTATGGCTTCTACTTTCTTATACTGTAGAGTTTCAATTCCTTAACATGGTGTCTGAGACTTCAAGTCTTCATGCATCCTCTTCTTTTCTAGGTTCTTATCACATGCTCCTCTTTGTGATTCCCTAACTTTGAGCTG
s panTro2.chr21  15711534 136 +  46489110 CTATGGCTTCTACTTTCTTATACTGTAGAGTTTCAATTCCTTAACATGGTGTCTGAGACTTCAAGTCTTCATGCATCCTCTTCTTTTCTAGGTTCTTATCACACGCTCCTCTTTGTGATTCCCTAACTTTGAGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15280809 136 +  48394510 CTATGGCTTCTACTTTCTTATACTGTAGAGTTTCAATTCCTTAACATGGTGTCTGAGACTTCAAGTCTTCATGCATCCTCTTCTTTTCTAGGTTCTTATCACACGCTCCTCTTTGTGATTCCCTAACTTTGAGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137387 136 - 196418989 CTATGGCTTCTACTTTCTTATACTGCAGAGTTTCAATTCCTTAACATGGTGTCTGAGACTTCAAGTCTTCATGAATCCTCCTCTTTTCTAGGTTCTTATCACACTCTCCTCTTTGTGATTCCCTAACTTTGAGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1158126.000000
s hg19.chr21     16987967 121 +  48129895 TTCTGGTATGTTTCAAAGCATTTACATGTGCTAGTTCCTCTGGGTCTCATGCCTTCATTCCTACTCTGTCTTGAAAGTTTCTGTTCCTTCTCAGTCCTGCTCCTCAATGAAATCTTCCTCG
s panTro2.chr21  15711670 121 +  46489110 TTCCGGTATGTTTCAAAGCATTTACATGTGCTAGTTCCTCTTGTTCTCATGCCTTCATTCCTACTCTGTCTTGAAAGTTTCTTTTCCTTCTCAGTCCTGCTCCTCAATGAAATCTTCCTCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15280945 121 +  48394510 TTCCCGTATGTTTCAAAGCATTTACATGTGCTAGTTCCTCTTGTTCTCAAGCCTTCCTTCCTACTCTGTCTTGAAAGTTTCTGTTCCTTCTCAGTCCTGCTCCTCAATGAAATCTTCTTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137523 119 - 196418989 TTCCTGTATGTTTCAAAGCATTTACATGTGCTATTTCCTCTTGTTCTCATGCCTTCATTCCTACTCTGTCTTGAAAGTT--TGTTCCTCCTCAGTCCTGCTCCTCAATGAAATCTTCCTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=81830.000000
s hg19.chr21     16988088 26 +  48129895 GTGGTATCCAGACAGATTGAGCTGGT
s panTro2.chr21  15711791 26 +  46489110 GTGGTATCCAGACAGATTGAGTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281066 26 +  48394510 GTGGTATCCAGACAGATTGAGTTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137642 26 - 196418989 GTGGTATCCAGACAGATTGAGTTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-8492.000000
s hg19.chr21     16988114 19 +  48129895 CCCATTATAGGAGTTTCAA
s panTro2.chr21  15711817 19 +  46489110 CCCATTATAGGAGTTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281092 19 +  48394510 CCCATTATAGGAGTTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137668 18 - 196418989 TCCATTACA-GAATTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=588576.000000
s hg19.chr21     16988133 72 +  48129895 TGAAACTAGTAAAATGTATTCTGCTTTCAAGTACATTATAAATGGTTGTTTACATGTTTGTCTCTCTTGTTA
s panTro2.chr21  15711836 72 +  46489110 TGAAACTAGTAAAATGTATTCTGCTTTCAAGTACATTATAAATGGTTGTTTACATGTTTGTCTCTCTTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281111 72 +  48394510 TGAAACTAGTAAAATGTATTCTGCTTTCAAGTCCACTATAAATGGTTGTTTACATGTTTGTCTGTCTTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137686 72 - 196418989 TGAAACTAGTAAAGTGTATTCTGCTTACAAGTACATTATAAATGGTTGTTTACATGTTTGTCTTTCTTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=488504.000000
s hg19.chr21     16988205 60 +  48129895 AATGATGTCTTTTTAGGGAAGAGCTCTCAGCTTGACTGTCTATGTCAAagtatggatcat
s rheMac2.chr3  165137758 60 - 196418989 AATGATGTCTTTTGAGGGAAGAGTTCTCAGCTTGATTGTCTATGTCAAAGTATGGATCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281183 60 +  48394510 AATGATGTCTTTTGAGGGAAGAGCTCTCAGCTTGACTGTCTATGTCAAagtatggatcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15711908 60 +  46489110 AATGATGTCTTTTTAGGGAAGAGCACTCAACTTGACTGTCTATGTCAAagtatggatcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=411070.000000
s hg19.chr21     16988265 50 +  48129895 gtggaacaaataaaagcaatgggggtaggcaaacctagatgagacttcgg
s panTro2.chr21  15711968 50 +  46489110 gtggaacaaataaaagcaatgggggtaggcaaacctagatgagacttcgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281243 50 +  48394510 gtggaacaaataaaagcaatgggggtaggaaaacctagatgagattttgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137818 50 - 196418989 GCAGAACAAATAAAAGCAATGGGGGTAGGCAAACCTAGATGAGACTTCGG
i rheMac2.chr3  C 0 I 95

a score=279223.000000
s hg19.chr21     16988315 76 +  48129895 gcttcccctgcccagtgtgcgaccttagtaaaagtaattaatttctcagaaattcagttttctcctttaaaaaaAT
s panTro2.chr21  15712018 76 +  46489110 gcttcccctgcccagtgtgcgaccttagtaaaagtaattaatttctcagaaattcagttttctcctttaaaaaaAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281293 76 +  48394510 gcttcccctgcccaatgtgcgaccttagtaaaagtaattaatttctcagaaattcagttttctcctttaaaaaaAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165137868 95 - 196418989 I

a score=217261.000000
s hg19.chr21     16988391 37 +  48129895 GTTACTTCGGATGGGTCAGCAATTGACAAATAAAATT
s panTro2.chr21  15712094 37 +  46489110 GTTACTTCGGATGGGTCAGCAATTGACAAATAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281369 37 +  48394510 GTTACTTCTGATGGGTCAGCAATTGACAAATAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165137868 95 - 196418989 I

a score=-25480.000000
s hg19.chr21     16988428 56 +  48129895 TTTATTTCTGAATAAAATAAAGTGTTAAAGAAGTAAATGACAAAAAAAAA--TGTGGG
s ponAbe2.chr21  15281406 57 +  48394510 TTTATTTCTGAATAAAATAAAGTGTTAAAGAAGTAAATGACAAAAAAAAAT-TGTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15712131 58 +  46489110 TTTATTTCTGAATAAAATAAAGTGTTAAAGAAGTAAATGACAAAAAAAAATTTGTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165137868 95 - 196418989 I

a score=41237.000000
s hg19.chr21     16988484 23 +  48129895 GTGTATGTGTAATTGCCAGATTT
s panTro2.chr21  15712189 23 +  46489110 GTGTGTGTGTAATTGCCAGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281463 21 +  48394510 GTG--TGTGTAATTGCCAGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165137868 95 - 196418989 I

a score=163525.000000
s hg19.chr21     16988507 21 +  48129895 CCAAATAATTATTTTAATACT
s panTro2.chr21  15712212 21 +  46489110 CCAAATAATTATTTTAATACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281484 21 +  48394510 CCAAATAATTATTTTAATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165137868 95 - 196418989 I

a score=394707.000000
s hg19.chr21     16988528 86 +  48129895 TAATGATTTTTGGACTCTGTTATCAAAGCTCTTTTTGTCCCGTTACAAACACAGCATTGACAAAGTATGTTCGAGTCATAGGCTTT
s ponAbe2.chr21  15281505 86 +  48394510 TAATGATTGTTGGACTTTATTATCAAAGCTCTTTTTGTCCCGTTGCAAATGCAGCATTGACAAAGTATATTCGAGTTATAGGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15712233 86 +  46489110 TAATGATTTTTGGACTCTGTTATCAAAGCTCTTTTTGTCCTGTTACAAACGCAGCATTGACAAAGTATATTCGAGTCATAGGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165137868 95 - 196418989 I

a score=174498.000000
s hg19.chr21     16988614 44 +  48129895 TGAATTACCTGTGATTCTTTGTGAAAATAAAAGAC-TAAGACTCA
s ponAbe2.chr21  15281591 44 +  48394510 TGAATTACCTGTGATTCTTTGTGAAAATAAAAGAC-TGAGATTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15712319 45 +  46489110 TGAATTGCCTGTGATTCTTTGTGAAAATAAAAGACTTCTTATTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165137868 95 - 196418989 I

a score=-2264.000000
s hg19.chr21     16988658 10 +  48129895 TGTGACTTCC
s ponAbe2.chr21  15281635 10 +  48394510 TGTGACTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15712364 10 +  46489110 TGTGACTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165137868 95 - 196418989 I

a score=221371.000000
s hg19.chr21     16988668 37 +  48129895 TATTCAAAGAAGTCACAATTATATAGTAGCATC-AAAT
s panTro2.chr21  15712374 37 +  46489110 TATTCAAGGAAGTCACAATTATATAGTAGCATC-AAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281645 37 +  48394510 TATTCAAAGAAGTCACAATTATATAGTAGCATC-AAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165137963 38 - 196418989 TATTCAAAGAAGTCACAATTATACAGTAGCATCAAAAT
i rheMac2.chr3  I 95 C 0

a score=638024.000000
s hg19.chr21     16988705 74 +  48129895 AAGTGAATACACTGAGATAGTAACATAGGTATGAAATTAACCAATCAAAGCCAAAATATAGAGCTATATTTAGT
s panTro2.chr21  15712411 74 +  46489110 AAGTGAATACACTAAGATAGTAACATAGGTATGAAATTAACCAATCAAAGCCAAAATATAGAGCTATATTTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281682 74 +  48394510 AAGTGAATACACTAAGATAGTAACATAGGTATGAAATTAACCAATCAAAGCCAAAATAGAGAGCTATATTTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165138001 74 - 196418989 AAGTGAATACACTAAGATAGTAACATAGGTATGAAATTAACCATTCAAAGACAAAATATAGAACTATATTTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165742.000000
s hg19.chr21     16988779 24 +  48129895 TCAGAAGTTAGAATTTCAGATCTA
s panTro2.chr21  15712485 24 +  46489110 TCAGAAGTTAGAATTTCAGATCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=16465.000000
s hg19.chr21     16988803 38 +  48129895 CAGGTTTGTGCCTGGTCTACAAGGAAACAAATAATTTA
s rheMac2.chr3  165138099 38 - 196418989 CAGGTTTGTGCCTGGTCTACAAGGAAAAAACTAATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281780 38 +  48394510 CAGGTTTGTGCCTGGTCTACAAGGAAAAAAATCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15712509 38 +  46489110 CAGGTTTGTGCCTGGTCTACAAGGAAACAAATAATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=147031.000000
s hg19.chr21     16988841 30 +  48129895 AAAATCATCTAGTTCCCAGGTATTCTTATT
s rheMac2.chr3  165138137 30 - 196418989 AAAGTCATCTAGTTCCCAGGTATTCTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281818 30 +  48394510 AAAATCATCTAGTTCCCAGGTATTCTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15712547 30 +  46489110 AAAATCATCTAGTTCCCAGGTATTCTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1277363.000000
s hg19.chr21     16988871 124 +  48129895 TATTCCAAGCCATCCTGCTATATTTGTGTTTGCTTCTTTAATTCTTAAGTGTAAAAGTGAGGATAATTGGAGGGAAACTAAGATGAGTGATGTATTATTACCAAAGATTTAAAATTTAGAATTG
s rheMac2.chr3  165138167 124 - 196418989 TATTCCATGCCATCCTGCTGTATTTGTGTTTGCTTCTTTAATTCTTAAGTGTAAAAGTGAGGATAATTGGAGAGAAACTAAGATGAGTGATATATTATTACCAAAGATTTAAAATTTAGAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15281848 124 +  48394510 TATTCCAAGCCATCCTGCTATATTTGTGTTTGCTTCTTTAATTCTTAAGTGTAAAAGTGAGGATAATTGGAGGGAAACTAAGATGAGTGATGTATTATTACCAAAGATTTAAAATTTAGAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15712577 124 +  46489110 TATTCCAAGCCATCCTGCTATATTTGTGTTTGCTTCTTTAATTCTTAAGTGTAAAAGTGAAGATAATTGGAGGGAAACTAAGATGAGTGATGTATTATTACCAAAGATTTAAAATTTAGAATTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15714446 57 +  46489110 TTCCAGGTAATTTTATAGCAATAGCTTGATTCCTAAAGAGCGCAGGAAACTCATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15283700 57 +  48394510 TTCCAGGTAATTTTATAGCAATAGCTTGATTCCTAAAGAGTGCAGGAAACTCATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=278211.000000
s hg19.chr21     16990833 33 +  48129895 CCCTCAATAGCTAGGTAAAAT-AGCTAAGAAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=283093.000000
s hg19.chr21     16990866 19 +  48129895 AGGAGTGAGGCATTTTCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=294861.000000
s hg19.chr21     16990913 36 +  48129895 GATACAAAAGATGATCACTGCAAGGAGCACATACTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140198 36 - 196418989 GATACAAAAGATTATCACTGCAAGGAGCACATACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=391630.000000
s hg19.chr21     16990949 71 +  48129895 ATGTAACTCAGGTTGACTCATAATATGTCATTTTGCTTTGTTGGGATTAGTGTATAGAAAGTTAAGCGACA
s panTro2.chr21  15714655 71 +  46489110 ATGTAACTCAGGTTGACTCATAATATGTCATTTTGCTTTGTTGGGATTAGTGTATAGAAAGTTAAGCGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15283907 69 +  48394510 ATGTAACTCAGGTTGACTCATAATATGTCATTTTCCTT--TTGGGATTAGTGTATAGAAAGTTAAGAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140234 71 - 196418989 ACGTAACTCAAGTTGACTCACAATATGTCATTTTGCTTTGTTGGGATTAGTGTATAGAAAGTTAAGAGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=502014.000000
s hg19.chr21     16991020 37 +  48129895 CTATTCCATGTACTTTGTTAATCGGGGATAGTAAGTG
s panTro2.chr21  15714726 37 +  46489110 CTATTCCATGTACTTTGTTAATCGGGGATAGTAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15283976 37 +  48394510 CTATTCCATGTACTTTGTTAATCGGGGATAGTAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140305 37 - 196418989 CTATTCCATGTACTTTGTTAATCAGGGATAGTAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=648193.000000
s hg19.chr21     16991057 65 +  48129895 AAATATCACATTCTACCTGTTTATCTCCTTAAACAT---ATTCCTATTTCATATTCAAAGGGACATGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284013 67 +  48394510 AAATATC-CATTCTACCTGTTTATCTCCTTAAACATATCATTCCTATTTCATATTCAAAGGGACGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140342 68 - 196418989 AAATATCACATTCTACCTGTTTATCTCATTAAACATATCATTCCTACTTCATATTCAAAGGGACATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122691.000000
s hg19.chr21     16991122 23 +  48129895 TAAGAGAACTAAACCATGGTCAA
s panTro2.chr21  15714831 23 +  46489110 TAAGAGAACTAAACCATGGTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284080 23 +  48394510 TAAGAGAACTAAACCATGGTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140410 23 - 196418989 TAAGAGAACTAAACCATGGTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=228215.000000
s hg19.chr21     16991145 34 +  48129895 CATTTGCAGTAGGAAGAATAGGTACTTTTAGC-TT
s panTro2.chr21  15714854 34 +  46489110 CATTTGCAGTAGGAAGAATAGGTACTTTTAGC-TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284103 35 +  48394510 CATTTGCAGTAGGAAGAATAGGTACTTTTAGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140433 35 - 196418989 CATTTGCAGTAGGAGGAATAGGTACTTTTAGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246823.000000
s hg19.chr21     16991179 36 +  48129895 TAGACTCTCAAAACATATAACATTTAAATGAATCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284138 36 +  48394510 TAGACTCTCAAAACATATAATATTTAAATGAATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140468 34 - 196418989 TGGACTCTCGAAACGTATAACATTTAAATGAATC--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=299324.000000
s hg19.chr21     16991215 26 +  48129895 GTTAAGATTTCATTTAACTGATGCTC
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s ponAbe2.chr21  15284174 26 +  48394510 GTTAAGATTTCATTTAACTGATGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140502 25 - 196418989 -TTAAGATTTCATTTAACTGATGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464083.000000
s hg19.chr21     16991241 41 +  48129895 ACCATCAGGTAATATAGAAGTCAGCAGAAGAAAAGCTTCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284200 41 +  48394510 ACCATCAAGTAATATAGAAGTCAGTAGAAGAAAAGCTTCCA
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s hg19.chr21     16991282 67 +  48129895 GAAATGCCTGGAAGAGACATTAACCTCTAATTCAACAGTAGTTTTTGCTCCAATAAAACAATAATCT
s panTro2.chr21  15714991 67 +  46489110 GAAATGCCTGGAAGAGACATTAACCTCTAATTCAACAGTAGTTTTTGCTCCAATAAAACAATAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284241 67 +  48394510 GAAATGCCTGGAAGAGACATTAACCTCTAATTCAACAGTAATTTTTGCTCCAATAAAACAATAATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140568 67 - 196418989 GAAATGCCTGGAAAAGACATTAACCTCTAATTCAGCAGTAGTTTTGGCTCCAATAAAACAATAATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165140635 312 - 196418989 TCAttttt-tctttttgttt----tttgtttgtttgagacagagtcttgctctgtcacccaggctggagttcagtggtgtgatctcagctcactgcaacgtctgcctctagggttcaagc----aattctcctgcctcagcctcctgagtagctggaactacaggagtgtgtcaccacgcccggctaatttttgtgtttttagtagagacagggtttcaccatgttggccgggttagccttggactcctgaccttaggtgatccacctgcctcagcctttcaaagtgctgggattataggtttgagccactgcacccagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284308 317 +  48394510 TCATTtttttctttttgttttttgtttgtttgtttgagacagagtcttactctgtcacccaagctggaatgcagtggcgtgatctcagctcactgcaacctctgcctctagggttcaagc----gattctccttcctcagcctcctgagtagctggaaatacaggagtgtgccaccacgcctggctaatttttgtgttcttagtagagacagggtttcaccatgttggccaggctagtcttgaattccggacctcaagtgatccacccgcctcagcctttcaaagtgctgggattacaggcttgagccactgcacccagct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15715058 321 +  46489110 TCATTtttctctttttgttttttgtttgtttgtttgagacagagtcttactctgtcacccaggctggagtgcagtggcgtgatctcagctcactgcaacctctgcctctagggttcaagggattgattctccttcctcagcctcctgagtagctggaaatacgggagtgtgccaccacgcctggctaatttttgtgtttttagtagagacagggtttcaccatgttggccaggctagtcttgaactcctgacctcaggtgatccaccggcctcagcctttcaatgtgctgggattacaggcttgagctaccgcacccagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=260667.000000
s hg19.chr21     16991670 108 +  48129895 TCATCTTCATCTTAGGGTCCAAGAGTTCAAACAAGTCTGCAATGCATCCAACTGACGAAGGTGAACTTTCCAGAGAAGAGGCA----Tttctttcttcctttcttttttttc
s panTro2.chr21  15715379 108 +  46489110 TCATCTTCATCTTAGGGTCCAAGAGTTCAAACAAGTCTGCAATGCATACAACTGACGAAGGTGAACTTTCCAGAGAAGAGGCA----Tttctttcttcctttcttttttttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284625 112 +  48394510 TCATCTTCATCTTAGGGTCCAACAGTTCAAACAAGTCTGCAATGCATACAACTGACGAAGGTGAACTTTCCAGAGAAGAGTTAtttctttctttctttctttctttcttttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165140947 108 - 196418989 TCATCTTCATCTTAGAGTCCAAGAGTTCAAACAAGTCTGCAATGCAAACAACTGACAAAGGTGAACTTTCCAGAGAAGCGGCA----tttctttctttctttctttctttcc
i rheMac2.chr3  C 0 I 519

a score=131013.000000
s hg19.chr21     16991778 263 +  48129895 ttttttgagatggagccttgctctgtc-cccaggctggagtgcagtggcatgatctcggctcactgcaacctcaacctcctgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggaccacaggtgcacgccaccacgcccggctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcaccatgttggccaggatagtctccatctcttgaccttgtgatccacccacctcggcctcctaagtcgctgagattacag
s panTro2.chr21  15715487 263 +  46489110 ttttttgagatggagccttgctctgtc-cccaggctggagtgcagtggcatgatctcggctcactgcaacctcaacctcctgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggaccacaggtgcacgccaccacgcccagctaatttttgtatttttagtagagatggggtttcaccatgttggccaggatactctccatctcttgaccttgtgatccacccacctcggcctcctaagttgctgagattacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15284737 263 +  48394510 ttttttgagatggagccttgctctgtc-cccaggctggagtacagtggcacgatctcagctaactgcaacctcaacctcccgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggaccacaggtgcacgccaccatgcccagctaatttttgtatttttagtagagatggggtttcaccatgttggccaggatggtctcgatctcttgaccttgtgatccaccaacctcggcctcctaagttgcggagattacag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165141574 264 - 196418989 ttttttttgatggagtctcgctctgttgcccaggctggagtgcagtggcataatctcggctcactgcaacctcaacctcccgggttcaagctattctcctgcctcagcttcccaagtaactgggaccataggcacacaccaccacacttggctaatttttgtatttttagtagagatggggtttcaccatgttggccaggatggtcttgatctcttgacctcatgatccgcccacctcagcctaccaaagtgctgggattacag
i rheMac2.chr3  I 519 C 0

a score=42773.000000
s hg19.chr21     16992041 28 +  48129895 gcTTTCACAACATGCTTCCCGACACGCA
s panTro2.chr21  15715750 28 +  46489110 gcTTTCACAACATgcttcccgacatgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15285000 28 +  48394510 gcTTTCACAACATGCTTTCCGACATGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165141838 28 - 196418989 gcTTTCACAACATGCTTCCCGACATGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59511.000000
s hg19.chr21     16992069 40 +  48129895 TGATCTGCTCAGggaaggtcagagaatcctttccatactt
s rheMac2.chr3  165141866 40 - 196418989 TGATCTGCTCAGgggaggtcagagaatcctttctatactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15285028 40 +  48394510 TGATCTGCTCAGggaaggtcagagaatcctttccatactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15715778 40 +  46489110 tgatctgctcagggaaggtcagagaatcctttccatactt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=270400.000000
s hg19.chr21     16992109 81 +  48129895 gccctttctcgaattccttaaatttaaaaaactcaagatgacaaactgtcgtattttagggtgtattgtgttctaaatccc
s rheMac2.chr3  165141906 81 - 196418989 gtcctttctcaaattccttaaattaaaaaaaatcaagatgccaaagtatcgtgttttagggtgtattgtgttctaaatccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15285068 81 +  48394510 gccctttctcaaattccttaaatttaaaaaattcaagatgccaaagtgtcgtattttagggtatattgtgttctaaatccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15715818 81 +  46489110 gccctttctcaaattccttaaatttaaaaaattcaagatgacaaactgtcgtattttagggtgtattgtgttctaaatgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=98514.000000
s hg19.chr21     16992190 22 +  48129895 atcaCCTATTTGATCACCTTTT
s rheMac2.chr3  165141987 22 - 196418989 atcaTCTGTTTGATCACCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15285149 22 +  48394510 atcaCCTATTTGACCACCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15715899 22 +  46489110 atcaCCTATTTGATCACCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=281058.000000
s hg19.chr21     16992212 47 +  48129895 AAGGGAACACTTCACCAGCAAGAATTCTCTGAATTAAAAGATGTCAG
s panTro2.chr21  15715921 47 +  46489110 AAGGGAACACTTCACCAGCAAGAATTCTCTGAATTAAAAGATGTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15285171 47 +  48394510 AAGGGAACACTTCACTAACAAGAATTCTCTGAATTAAAAGATGTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165142009 47 - 196418989 AAGGGAACACTTCACCAACAGCAATTCTCTGAATTAAAACATGTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=403100.000000
s hg19.chr21     16992259 74 +  48129895 AAAATTCTCTTCATATCACAGTGAATTTAGGAAAACAGGTATTCTTCGTCCCT--TGTCTCAATTTTATTCATATT
s panTro2.chr21  15715968 76 +  46489110 AAAATTCTTTTCATATCACAGTGAATTTAGGAAAACAGGTATTCTTCGTCCCTTGTGTCTCAATTTTATTCATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15285218 75 +  48394510 AAAATTCT-TTCATATCACAGTGAATTTAGGAAAACAGGTATTCTTTGTCCCTTGTGCCTTAATTTTATTCATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165142056 76 - 196418989 AAAATTCTTTTTATATCACAGTGAATTTAGGAAAACAGGTATTCCTCGTCCCTTGTGTCTCAATTTTATTCATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=295648.000000
s hg19.chr21     16992333 25 +  48129895 AATAGAGATCTTTCAAATAAAAACT
s panTro2.chr21  15716044 25 +  46489110 AATAGAGATCTTTCAAATAAAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15285293 25 +  48394510 AATAGAGATCTTTCCAATAAAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165142132 25 - 196418989 AATAGATATCCTTCAAATAAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1369244.000000
s hg19.chr21     16992358 179 +  48129895 ATGAATAAACATTTAATATGCCATTTTTCTAAGCCTCTAAGACTTCAGTTTGACCCATTTAGGGTCAGTGTGAATCCAGGTGACCATATGGAGGCACCGTCAGGCCACAGCCCGCTGTCCGTCCATCAGAAGTGTACTGGGAGGGAGGTTGTCTTTCAGAGATCTAGCATGTCTGGTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15716667 91 +  46489110 GTAATCCTAGCTCATTACCTAGCACT-CCGTCTCTACTTTATCCCTCTTTAGTTTTTACTTCTTGTGGTAATTTCCAGGAGGAGTAAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15285916 91 +  48394510 gtaatcctagctcattacctagcact-ccatctctactttttccctttttagtttttacttcttgtggtaatttccaggaggggtaaaaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165142755 92 - 196418989 GTAATCCTAGCTCATTACGTAGCACTCCCGTCTCTACTTTTTCCCTTTTTAGTTTTTACTTCTTATGGTAATGTCCAGGAGTGGTAAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=29161.000000
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s rheMac2.chr3  165142847 33 - 196418989 TGTTGATGTTTGTGAGATATGGCCCTCAATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15286007 33 +  48394510 tgttgatgtttgtgaaatacagccctcaataga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15716925 350 +  46489110 ctgctggctataacaaaatgccatagacaaagtagcttataaacaatggaaattcaattttcttggttctggagtccaggaagtccaaggttgaagctctggcaggtttggtgtctagtgagggtcccctttcttgtttatagatggcgtcttctcaccgtgtctcacatggtggcaagggttaagagaactccctgggtcctattgcgtaaggtcattaatcccattcagaagggctccacaccca--tgacctaatcacctcccaaaaagaccccaccccctaataccatcacctgggggtcaggacttcaacatatgaattttggagagacagatactcagaccatagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=935354.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15286522 155 +  48394510 aATCTTCTTATCTCA-TTGCATGCCTGTCTGAGACCAAAATGAAGTGTCTTCAAAGAGTATCTTCTCTGTTGTTTATATTCCACTTCTTCCAGGTGACCTTTCCCTCATTCTAACACCTTGTTTCTATGTTCCTGATCTGATGTTCTCAAAATTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15717275 156 +  46489110 aATCTTCTTATCTCATTTGCATGCCTGTCTGAGACCAAAATGAAGTGTTTTCAAAGAGTATCTTCTCTGTTGTTTATATTCTACTTCTTCCAGGTGACCTTTCCCTTATTCTAACACCTTGTTTCTATGTTCCTGATCTGATGTTCTCAAAATTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     16993719 60 +  48129895 TACCTTGCTTTTGGCTACCTATACCAATTTAGACCATAAAGCATTTGTTGCTACTAAGGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15286677 60 +  48394510 TAACTTCCTTTTGGCTACCTATACCAATTTAGACCATAAAGCATTTGTTGCTACTAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=524212.000000
s hg19.chr21     16993779  99 +  48129895 TTTTCTTGTGCATCTTATCTGCCAGTCTCCCAACATG---GTCTA-CTGCCTGCCTTCCTTGCCACAGTTGTCTGTGGCCTTCCAAGATGACATTGAATTGAT
s rheMac2.chr3  165143575 103 - 196418989 TTTTCTTGTGCATCTTATCTGCCAGTCTCCCAATATGAATGCCTACCTGCCTGCCTTCCTTGCCACAGTTGTCTGTGGCCTTCCAAGATGACATTGAATTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15286737 102 +  48394510 TTTTCTTGTGCGTCTTATCTGCCAGTCTCCCAACATGAATGTCTA-CTGCCTGCATTCCTTGCCACAGTTGTCTGTGGCCTTCCAAGATGACATTGAATTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15717491  99 +  46489110 TTTTCTTGTGCATCTTATCTGCCAGTCTCCCAACATG---GTCTA-CTGCCTGCCTTCCTTGCCACAGTTGTCTGTGGCCTTCCAAGATGACATTGAATTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=295504.000000
s hg19.chr21     16993878 39 +  48129895 TCGATGAGTTCTTGAGAATATAGACTAGGATTTTTGAGG
s rheMac2.chr3  165143678 39 - 196418989 TTAATGAGTTCACgagaatatagactaggatttttgaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15286839 39 +  48394510 TCAATGAGTTCATGAGAATATAGACTAGGATTTTTGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15717590 39 +  46489110 TCGATGAGTTCTTGAGAATATAGACTAGGATTTTTGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=302632.000000
s hg19.chr21     16993917 74 +  48129895 CCTCCATTTCCATTTTCTTCTCACCAATAGCGTGCCACTGGACAGGTTACCTAAAAACCCTTCAACTCACTTAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=275277.000000
s hg19.chr21     16993991 22 +  48129895 TTCAGTCATGGAATAGAGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=831951.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=307515.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  15288340 102 +  48394510 ttaaataactggtctaagatctcagaagtcataaaaaatgaaaatgaaatttgaacccatgcctgaatccaaattccttgtttcttcctctataccagacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165145171 102 - 196418989 ttaaataacttgtctaagatctcatacgtcataaaaaatggaagtaaaatttgaacccatgtctgaatccaaattccttgtttcttcctctatactagactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  15288561 212 +  48394510 attagtctgttctcatgctgctaataaaaacatacctgagactgggtaatttataaagaaaaaatgtttaatagacccacagtttcacatggctagggaggcctcaggaaacttacaatcatggcagaaggagaagcaaacacatccttcttcacatggcggcgggagagagaatgagagccaagcgaagagggaagccccttataaaacca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165145392 210 - 196418989 attagtccgttctcatgctcctaataaaaacatacctgagactgggtaatttataaagaaaagaggtttaattgatccacaatttcacatggcaggggaggcctcaggaaacttacaatcatgacagaaggagaagcaaacacatccttcttcacatggtggcaggagagagaatgagagccaaatgaagggggaagtccct--tagaacca
i rheMac2.chr3  C 0 I 17

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s hg19.chr21     16995795 80 +  48129895 tcactcactatcaggagaacagtatgagggaaaccgccccgatgattcaattatctccacctggtctctgcctcgacaca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16995875 55 +  48129895 tggggattatgacaattcaagatgaaattctaggtggggacatagccaagccata
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s panTro2.chr21  15719919 262 +  46489110 atttGCATGGCACATGCTTGATATCTATCCAAGCATAAATCATTAGATATTTTGTAAAAGATGTTGGCATCTTCTTCCTTCCATTCCATTAGTGGCACTGATAAATAATGTTTGCTATTGATAGAGTCAAAGGAAATATTTCAGGAAGGAGCAACACTTGTAAACACAATCGTCTATCTGGAATGGTCATGATAACCACAGGAATTGTAATATTGCATGTTTCCAAACTAAAATATCCAGAGAGCTTTTCTACCTTTCTCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15289387 262 +  48394510 atttGCATGCCACATGCTTGATATCTATCCACGCATAAATCATTAGATATTTTGTAAAAGATGTTGGCATCTTCTTCTTTCTATTCCATTAGTGGCATTGATAAATAATGTTTGCTATTGATAGAGGCAAAGGAAATATTTCAGGAAGGAGCAACACTTGTAAACACAATCGTCTATCTGGAATGGACATGATAACCACACGAACTGTAATATTGTATGTTTCCAAACTAAAATATCCAGAGAGCTTTTCTACCTTTCTCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=94510.000000
s hg19.chr21     16996467 35 +  48129895 TTCATTTCCCACCTCGTCATAAATTTTCAACTAAT
s panTro2.chr21  15720181 35 +  46489110 TTCATTTCCCACCTCGTCATAAATTTTCAACTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15289649 35 +  48394510 TTCATTTCCCACCTCATCATAAATTTTCAACTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146304 35 - 196418989 TTCATTTCCCACCTCATCATAAATTTTCAACTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168393.000000
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s panTro2.chr21  15720216 106 +  46489110 ATTGGGGAAATTAGTCACAAATCCCAAATTAGTATTTGTAATTATCATCAAAATAGTAAGATAATAGGGAAATCACATCAGTTTCCAGACAGCCAGAAGATTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15289684 106 +  48394510 ATTGGGGAAATTAGTCACAAATCCCAAATTAGTATTTGTAATTATCATCAAAATAGTAAGATAATAGGGAAATCGCATCAGTTTCCAGACAGCCAGAAGATTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146339 106 - 196418989 ATTGGGGAAATTAGTCCCAAATCCCAAATTGGTATTCGAGATTATCATCAAAATAGTAAGATAATAGGGAAATCACATCAGTTTCCAGACAGCCAGAAGATTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=333548.000000
s hg19.chr21     16996608 55 +  48129895 AACCACTAATTTACTGAATATTTAACATGCCAAGCTTAGTGACAGAATTGGAGCT
s panTro2.chr21  15720322 55 +  46489110 AACCACTAATTTACTGAATATTTAACATGCCAAGCTTAGTGACAGAATTGGAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15289790 55 +  48394510 AACCACTAATTTACTGAATATTTAACATGCCAAGCTTAGTGACAGAATTGGAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15720377 32 +  46489110 GCAAATATATATGATTAAAGAAGAACTAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15289845 32 +  48394510 GCAAATATATATAATTAAAGAAGAACTAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146500 30 - 196418989 GCAGATATATATGATTAAAGAAGAAC--AAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=491336.000000
s hg19.chr21     16996695 95 +  48129895 AATTAACATATTTTGAAAGATTTGGGAAGTGATAAATAATCGGTGATACATAATTGAACAGTATGCAGACATTAAAACTGATGGTTTCAAAGACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15289877 95 +  48394510 AATTAACATATTTTGAAAGATTTGGGAAGTGATAAATAATCAGTGATACATAATTGAACAGTATGCAGATGTTAAAACTGATGGTTTCAAAGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146530 95 - 196418989 AATTAACATATTTTGAAAGATTTgggaaatgataaataattgatgatacataactgaacagtatgcagacattaaaactgatggtttcaaagaCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15720504 11 +  46489110 TGAAATAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15289972 11 +  48394510 TGAAATAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146625 11 - 196418989 TGAAATAACGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=167464.000000
s hg19.chr21     16996801 47 +  48129895 AAGGAAGCAGAAGGCACTCATATGTATAGTAGGATTACTGAATCATC
s panTro2.chr21  15720515 47 +  46489110 AAGGAAGCAGAAGGCACTCATATGTATAGTAGGATTACTGAATCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15289983 47 +  48394510 AAGGAAGCAGAAGGCACTCATATGTATAGTAGGATTACTGAATTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146636 47 - 196418989 AAGGAAGCAGAAGGCACTTATACGTATAGTAGGATTACTGAATTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146683 70 - 196418989 AAACAAAAGGAGAAAAACAACTAGATCCTAGAAAAATTTGCAATGAGTAAAGCCAAAATTATACTAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16996917 85 +  48129895 TTTAATAAGTAATAGAATTATAGGTGATTTTATTTCTCTTCCTTACATGTAGCAGCTTTCTAAAAACATTGCAAATAGAGGATGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15290100 85 +  48394510 TTTAATAAGTAATAGAATTATAGATGATTTTGTTTCTCTTCCTTACATGTAGCAGCTTTCTAAAAACATTGCAAATAGAGGATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146753 83 - 196418989 TTAAATAAGTAATAGAATTATAGGTGATTTTGTTTCTCTTCCTTACGTGTATCAGCTTTCTAAAAACATTCCAA--AGAGGATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15720717 42 +  46489110 TTGAACTTCTGGAGGAATGGACAGAATGCTAGACAAGAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15290185 42 +  48394510 CTGATCTTCTGGAGGAATGGACAGAATGCTAGACAAGAGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165146836 42 - 196418989 CTGATCTTCTGGAGGAATGGACAGAATGCTAGACAAGAGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165146878 37 - 196418989 GAGATAAATACCCTAACCTTGCCCAAGGAAGTTAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15290227 37 +  48394510 GAGATAAATACCCTAACCTTGCCTAAGGTAGTTAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15720759 37 +  46489110 GAGATAAATGCCCTAACCTTGCCTAAGGAATTTAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=298925.000000
s hg19.chr21     16997081 102 +  48129895 agacatcacaacacagttgagctaaaatgtaaggataggtttgtcaggcaagttgtggcaaggagggcattccagacacggaaaaATGAAAGCACCTGGTAA
s rheMac2.chr3  165146915 102 - 196418989 AGACATCACAACACAGTTGAGCTAAAATTTAAGAATAGGTTTGTCAGGCAATTTGTGGCAAGGAGGACATCCCAGACATAGAAAAATAAAAGTACCTGGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=238668.000000
s hg19.chr21     16997183 42 +  48129895 TTTCCATGGCAATGGCAGCGTGTCCTGTACTTGGCCTAAGCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=255829.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15290408 38 +  48394510 TATCATGACTGAAATATCTGAAGCATTATTAGCTCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15720940 38 +  46489110 TATCAAGACTGAAATATCTGAAGCATTATTAGCTCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=529507.000000
s hg19.chr21     16997263 56 +  48129895 ATCACAGTAAGTTTCTTCACAAGGGGGCCTTAAATAAGCAAATAGGAATTGATGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15720978 56 +  46489110 ATCACAGCAAGTTTCTTCACAAGGGGGCCTTAAATAAGCAAATAGGAATTGATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155137.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=171907.000000
s hg19.chr21     16997378 51 +  48129895 TTGACAATACCATTATGCTTCAATGCTATAATTGCCTATTGCCCACCTAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15290560 51 +  48394510 TTGACAATACCATTATGCTTCAATGCTATAATTGCCTATTGCCCATCTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=154255.000000
s hg19.chr21     16997429 21 +  48129895 GGGACATTCTTAGGTTATTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=384757.000000
s hg19.chr21     16997450 67 +  48129895 TCCTTCATCCTATGCAACTTGCAGTGATTGTAATGAAAGATGGCCATAAGGTAAGGATGAAGAGAGA
s panTro2.chr21  15721165 67 +  46489110 TCCTTCATCCTATGCAACTTGCAGTGATTGTAATGAAAGATGGCTATAAGGTGAGGATGAAGAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15290632 67 +  48394510 CCCTTCATCCTATGCAACTTGCAGTGATTGTAATGAAAGATGGCTACAAGGTGAGGATGAAGAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=10501.000000
s hg19.chr21     16997517 55 +  48129895 TGTCAGGCTCGTGATACTCTGCCCTTCAGTCAA-TAATGCTAGCAGAGGCTCTTTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     16997572 51 +  48129895 ATGAGAAGGGGAGTGACAGACTCAGGTTTATTTCTATAAGAAAATAATTTA
s panTro2.chr21  15721287 51 +  46489110 ATGAGAAGGGGAGTGACAGACTCAGGTTTATTTCTATAAGAAAATAATTTa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=368590.000000
s hg19.chr21     16997623 329 +  48129895 gctgggcgtggtggcccacccctgtaattccaacactgtgggaggctgaggtgggtagatcactttagtccaggagttcaacaccagcctgagcaatatggcaagaccctgtttctacaaaaaatacaaatgattagctggacatagtg-gtgtgcgtcctgagtagccctagctactcaggaagttgtggtgggaagatcacctgagcccaggaggtcgaggcttcagtgagccaggattgcaccactgcattccagcctgggcaacagagtgaaagtctgacacatacatgcacatgcatgcacacacacacacacacacacacgcac
s panTro2.chr21  15721338 318 +  46489110 gctgggcgtggtggctcacccctgtaattccaacactgtgggaggctgaggtgggtagatcactttagtccaggagttcaacaccagcctgagcaatatggcaagaccctgtttctacaaaaaatacaaatgattagctggacatagtg-gtgtgcgtct---gtagccctagctactcaggaagttgtggtgggaagatcacctgagaccaggaggtcgaggcttcagtaagccaggattgcaccactgcattccagcctgggcaacagagtgaaagtctgacacatacatgcacatgcatgcacacacacacacaca--------cgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15290805 311 +  48394510 gctgggcgtgatggctcacccctgtaattccaactctttgggaggctgaggtaggtagatcacttcagtccaggagttcaacaccagcctgagcagtatggcaagaccctgtctctacaaaaaat----------------acatggtgtgtgtgcgtct---gtagccctagctactcaggaagttgtggtgggaagatcacccgagcccaggaggtcgaggcttcagtgagccaggattgcatcactgcattccagcctgggcaatagagtgagagtctgacacatacatgcacacgcacacgcacacacacacaagcacacacgcgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165147452 314 - 196418989 gctgggtgtggtggctcacccctgtaattccaacactttgggaggctgaggtgggtaaatcagttcagtccaggagttcaacaccagcctgaccaatatggcaagaccccgtctctacaaaaaatacaacagattagctggacatggtg-atgtgtgtct---gttgccctagctactcagtaagttgaggtgggaagatcacctgagcccaggaggtcgaggcttcagtgagccaagattgcaccactgcattccagcctgggcaatagagtgagagtctgacacacacatgcacacgcgcgcgcgcacacaca------------cac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=28641.000000
s hg19.chr21     16997974  45 +  48129895 gaagaaaagaaggaaagaaggaaga----------------------------------------------------------------------------------------------------------aaagaaggaaggaagaaagg
s rheMac2.chr3  165147789  81 - 196418989 gaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaag--------------------gaaggaaggaaggaaggaaggaag--------------------------------------------------gaaggaaggaaagaaggaagg
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  15291152 132 +  48394510 gaagaaaggaaagaaagaaggaagaaaagaaggaag-------------------aaaaggaaggaaggaaggaagggagggagggagggagggagagggaggaagggagagaggaaggaaggaaggaaagacggaaggaagaaaggaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15721678 117 +  46489110 gaagaaaagaaggaaagaaggaagaaaggaaggaagggaggaagggagggagggaggaaggaaggaaggaaggaacggagggagggagggagggag----------------------------------gaaggaaggaaggaagaaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=330718.000000
s hg19.chr21     16998019 106 +  48129895 aaggaaggGATTCTTGTAGATTCA-GGAGGATCATCTGGAAGGGGAGACAAGCTAGGGGCAGGAAGGACAGAGGGAGGGCTGTTAGAATGGTTTGGGGCAATAAGAG
s rheMac2.chr3  165147870 107 - 196418989 aaagaaggGATTCTTGTAGCTTCATGAAGGATCATCTGGAAGCGGAGAGAAGCTGGGGGTAGGAAGGACAGAAGGATGGCTGTTAGAAAGGCTTGGGGCAATAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291284 107 +  48394510 aaggaagggattcttgtagcttcatgaaggatcatctggaaggggagagaagctgggggcaggaaggacagagggaggattgttagAATGGTTTGGGGCAATAAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15721795 106 +  46489110 aaggaaggGATTCTTGTAGATTCA-GGAGGATCATCTGAAAGGGGAGACAAGCTAGGGGCAGGAAGGACAGAGGGAGGGCTGTTAGAATGGTTTGGGGCAATAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=245815.000000
s hg19.chr21     16998125 59 +  48129895 AAAAAGAAGAGGCAA----TAATTGTTAGAAGTTGCCAAGATAAAGTCTCCTTTGTTAAATTa
s panTro2.chr21  15721901 59 +  46489110 AAAAAGAAGAGGCAA----TAATTGTTAGAAGTTGCCAAGATAAAGTCTCCTTTGTTAAATTa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291391 59 +  48394510 AAAAAGAAGAGGCAA----TAATTGTCAGAAGTTGCCAAGATAAAGTCTCCTTTGTTAAATTa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165147977 62 - 196418989 AAAAAGAAGAGGCAATAATTAATTGTTAGAAGTTGCCAAGATAAAGTCTCctttgctaaatt-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=826815.000000
s hg19.chr21     16998184 105 +  48129895 ctcactaactctacgaccttgggtaagcttctttg-----------cctccatttctttacctgtaaattgagtcatcgaccttcttcaaaataccattgtgggaattaacacagg
s rheMac2.chr3  165148039 102 - 196418989 ---actaactctatgaccttgggtaagcctctttg-----------cctcaatttctttacccgtaaattgagtcatagaccttcttcaaaataccattgtgagaattaacgtagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291450 116 +  48394510 ctcactaactctacgaccttgggtaagcttgtttgcctcaatttctcctcaatttctttacctgtaaattgagtcgtagaccttcttcaaaataccgttgtgagaattaacatatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15721960 105 +  46489110 ctcactaactctacgaccttgggtaagcttctttg-----------cctccatttctttacctgtaaattgagtcatagaccttcttcaaaataccattgtgagaattaacacagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=256158.000000
s hg19.chr21     16998289 66 +  48129895 agaaagcattttataaggttttaaaccctacaaaatccaaaggcttTATCAGCTCTACTTCATTAA
s rheMac2.chr3  165148141 66 - 196418989 agaaagcattttataaggttttcaaccctACAAAATCCCAAAGATTTATCAGCTCTACTTCATTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291566 66 +  48394510 agaaagcattttataaGGTTTTCAACCCTACAAAATCCCAAGGCTTTATCAGCTCTACTTCATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15722065 66 +  46489110 agaaagcattttataaggttttaaaccctaCAAAATCCCAAGGCTTTATCAGCTCTACTTCATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=232098.000000
s hg19.chr21     16998355 42 +  48129895 TGTTATTAGCAGTAATAATATTAGTATTCCTATTGCAACATC
s panTro2.chr21  15722131 42 +  46489110 TGTTATTAGCAGTAATAATATTAGTATTCCTATTGCAACATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291632 42 +  48394510 TGTTATTAGCAGTAATAATGTTAGTATTCCTATTGCAACATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148207 42 - 196418989 CATTAGTAGCAGTAATAATATTAGTATTCCTATTGCAACATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=815656.000000
s hg19.chr21     16998397 75 +  48129895 CTCACAAGGCACACATTTTGAAAACATAACCAAAGACAGACAAGAAAATCAAGTAAGAATTTCTGCTTATAGTAA
s panTro2.chr21  15722173 75 +  46489110 CTCACAAGGCACACATTTTGAAAACATAACCAAAGACAGACAAGAAAATCAAGTAAGAATTTCTGCTTATAGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291674 75 +  48394510 CTCACAAGGCACACATTTTGAAAATATAACCAAAGGCAGGCAAGAAAATCAAGTAAGAATTTCTGCTTATAGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148249 71 - 196418989 CTCACAAGGCACACATTTTGAAAACATAGCTAAAGGCAGACAAGAA----AAGTAAGAATTTCTGCTTATAGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44485.000000
s hg19.chr21     16998472 14 +  48129895 GAACATTTCTAAGA
s panTro2.chr21  15722248 14 +  46489110 GAACATTTCTAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291749 14 +  48394510 GAACATTTCTAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148320 14 - 196418989 GAACATTTCTAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1070176.000000
s hg19.chr21     16998486 102 +  48129895 ATATGGTGTAGCAGTTATATGGATGTATTTCATAATGCAAGATTTCAGTACTTCTCTAAAATAAGATATGAAGATTACAGCTTTCATTTGAAAATAAGAAGT
s panTro2.chr21  15722262 102 +  46489110 ATATGGTGTAGCAGTTATATGGATGTATTTCATAATGCAAGATTTCAGTACTTCTCTAAAATAAGATATGAAGATTACAGCTTTCATTTGAAAATAAGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291763 102 +  48394510 ATATGGTATAGCAGTTATATGGATGTTTTTCATAATGCAAGATTTCAGTACTTCTCTAAAATAAGATATGAAGATTACAGCTTTCATTTGAAAATAAGCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148334 101 - 196418989 ATATGGTGTAGCAGTTATATGGATGTATTTCATAATGCAAGATTTCAGTACTTCT-TAAAATAAGATATGAAGATTACAGCTTTCATTTGAAAATAAGCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=381864.000000
s hg19.chr21     16998588 32 +  48129895 AAAAATGAATCATTGGCTTCTATCACCTACTC
s panTro2.chr21  15722364 32 +  46489110 AAAAATGAATCCTTGGCTTCTATCACCTACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291865 32 +  48394510 AAAAATGAATCATTGGCTTCTATCACCTACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148435 32 - 196418989 AAAAATGAATCATTGGCTTCTATCACCTACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377549.000000
s hg19.chr21     16998620 26 +  48129895 TTATGGTATTGGGAAATCACCAAATA
s panTro2.chr21  15722396 26 +  46489110 TTATGGTATTGGGAAATCACCAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291897 26 +  48394510 TTATGGTATTGGGAAATCACCAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148467 26 - 196418989 TTATGGTATTGGGAAATCACCAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=870352.000000
s hg19.chr21     16998646 77 +  48129895 AAATGTTTATTTTCAAAAATGTATATTTTATCTGGCTAACAGTAGTGTTACTACAGCTTGAATGGGTGGAATATTTC
s panTro2.chr21  15722422 77 +  46489110 AAATGTTTATTTTCAAAAATGTATATTTTATCTGGCTAACAGTAGTGTTACTACAGCTTGAATGGGTGGAATATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15291923 77 +  48394510 AAATGTTTATTTTCAAAAATGTATATTTTATCTGGCTAACAGTAGTGTTACTACAGCTTGAATGGGTGGAATATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148493 77 - 196418989 AAATGTTTATTTTCAAAAGTGTATGTTTTATCTGGCTAACAGTAGTGTTACTACAGCTTGAATGGGTGGAATATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     16998723 72 +  48129895 TCAAGGATATTTTTTTAGTTGGGGTTTCTTCTTCATGATCCTTTGAATAAAGGAGAGGAATCTTTTGTTGTT
s panTro2.chr21  15722499 72 +  46489110 TCAAGGATATTTTTTTAGTTGGGGTTTCTTCTTCATGATCCTTTGACTAAAGGAGAGGAATCTTTTGTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15292000 71 +  48394510 TCAAGGATGTTTTTTTAGTTGGGG-TTCTTCTTCATGATCCTTTGAATAAATGAGAGGAATCTTTTGTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 734
s rheMac2.chr3  165148570 71 - 196418989 TCAAGGAT-TTTTTTTAGTTGGAATTTCTTCTTCATGATCCTTTGAATAAAGGAGAGGAATCTTTTGTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

a score=-120391.000000
s hg19.chr21     16998795  34 +  48129895 TTCATGAGTTTTTTTTTGCAAAATTCTCATTTCT
s panTro2.chr21  15722571  33 +  46489110 TTCATGAG-TTTTTTTTGCAAAATTCTCATTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148644  33 - 196418989 TTCATGAG-GATTTTTTGCAAAACTTTCATTTAT
i rheMac2.chr3  I 3 I 8
e ponAbe2.chr21  15292071 734 +  48394510 I

a score=386561.000000
s hg19.chr21     16998829 117 +  48129895 TTTAAATCCAATTTAAAGAAAAAATACTTAGACTAAAATTCCTTATGtttaatattaaatacaaataaaactaagaataaatattttaaatttGTAACATAACTACAACCATGAAAC
s panTro2.chr21  15722604 117 +  46489110 TTTAAATCCAATTTAAAGAAAAAATACTTAGACTAAAATCCCTTATGtataatattaaatacaaataaaactaagaataaatattttaaGTTTGTAACATAACTACAACCATGAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148685 113 - 196418989 TTTAGATCCAATTTAAAGAAAAAATGCTTAGACTAAAATCCCTTAAGTATAATATTAAGTACAAATAAAACCAAG----AATATTTTAAATGTGTAACATAACTGCATCCATTAAAC
i rheMac2.chr3  I 8 C 0
e ponAbe2.chr21  15292071 734 +  48394510 I

a score=-36366.000000
s hg19.chr21     16998946  28 +  48129895 CAAGTAAAATTCCAAGAATTATCAAGCA
s panTro2.chr21  15722721  28 +  46489110 CAAGTAAAATTCCAAGAATTATCAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148798  28 - 196418989 CAAGTAAAATTCCAAGAATAATCAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15292071 734 +  48394510 I

a score=211468.000000
s hg19.chr21     16998974 29 +  48129895 AAAACAATTTAAATATTCAAATTAATAAT
s rheMac2.chr3  165148826 29 - 196418989 AAAAAAAATGAAATATTCAAATTAATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15292805 29 +  48394510 AAAACAATTTAAATAATCAAATTAATAAT
i ponAbe2.chr21 I 734 C 0
s panTro2.chr21  15722749 29 +  46489110 AAAACAATTTAAATATTCAAATTAATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=570731.000000
s hg19.chr21     16999003 92 +  48129895 TCAATGTGATCAATGATACTGAGTTTGATGACAGAATGATATAGCCTTCGATCTGGTTTTACGTTTGATCTGTTTATGTATATTTTCACGAA
s rheMac2.chr3  165148855 91 - 196418989 TCAATGTGATCAATGATACTGAG-TTGATGACAGACAGATATAGTCTTAGATCTGGTTTTATGTTTGATCTGTTTATGTATATTTACACGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15292834 92 +  48394510 TCAATGTGATCAATGATACTGAGTTTGATGACAGAACGATATAGCCTTAGGTCTGGTTTTATGTTTGATCTGTTTATGTATATTTTCATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15722778 92 +  46489110 TCAATGTGATCAATGATACTGAGTTTGATGACAGAACGATATAGCCTTCGATCTGGTTTTACGTTTGATCTGTTTATGTATATTTTCACGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=862915.000000
s hg19.chr21     16999095 97 +  48129895 TCCTACTAATGTAAGAATTGCCTCTTACATTTATATACTATATAAAGCAGAATTGTTAAGACAGTTAGCTCAGAATAATCACAATTTACCCAACAAG
s panTro2.chr21  15722870 97 +  46489110 TCCTACTAATGTAAGAATTGCCTCTTACATTTATATACTATATAAAGCAGAATTGTTAAGACAGTTAGCTCAGAATAATCACAATTTACCCAACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15292926 97 +  48394510 TCCCACTAATGTAAGAATTGCCTCTTACATTTATATACTACATAAAGCAGAATTGTTAAGACAGTTAGCTCAGAATAATCACAATTTACCCAACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165148946 97 - 196418989 TCCTACCAATGTAAGAAGTGCGTCTTAAATTCATATACTATATGAAGCAGAATTGTTAAGACAGTTAGCTCAGAATAATCACAATTTACCCAACGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=373325.000000
s hg19.chr21     16999192 45 +  48129895 CAGTCTTCAAGTGCCAATCTAAGACGTGAAAAACGAAAAAGACTA
s panTro2.chr21  15722967 45 +  46489110 CAGTCTTCAAGTGCCAATCTAAGACGTGAAAAACGAAAAAGACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15293023 45 +  48394510 CAATCTTCAAGTGCCAATCTAAGACGTGAAAAACGAAAAAGACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165149043 45 - 196418989 CAGTCTTCAAGTGCCAATGTAAGACATGAAAAACGAAAAAGACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=410387.000000
s hg19.chr21     16999237 40 +  48129895 TTTGTTTGCTTAACGTTTCAGTTAGCATCGTGGCTTTGTT
s panTro2.chr21  15723012 40 +  46489110 TTTGTTTGCTTAACGTTTCAGTTAGCATCGTGGCTTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15293068 40 +  48394510 TTTGTTTGCTTAACATTTCAGTTAGCATTGTGGCTTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=166800.000000
s hg19.chr21     16999277 22 +  48129895 GAAATCAACattaaataatttt
s panTro2.chr21  15723052 22 +  46489110 GAAATCAACattaaataatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15293108 22 +  48394510 GAAATCAACATCAAATAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165149128 22 - 196418989 GAAATCAACattaaataatttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=736847.000000
s hg19.chr21     16999299 41 +  48129895 tattttattGATTGCTAAAATTGAAAGTAGCAAATTTCTTT
s panTro2.chr21  15723074 41 +  46489110 tattttattGATTGCTAAAATTGAAAGTAGCAAATTTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15293130 41 +  48394510 TATTTTATTGATTGCTAAAATTGAAAGCAGCAAATTTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165149150 41 - 196418989 tattttattGATTGCTAAAACTGAAAGCATCAAATTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=308944.000000
s hg19.chr21     16999340 32 +  48129895 ATTGCATATTTAGTGCTCACTTACCTTGGCTG
s panTro2.chr21  15723115 32 +  46489110 ATTGCATATTTAGTGCTCACTTACCTTGGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15293171 32 +  48394510 ATTGCATATTTAGTGCTCACTTACCTTGGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1017578.000000
s hg19.chr21     16999372 116 +  48129895 A---ATTATTGTAGGTCAGTATTAGAAACATCTCCATAAAGCAGCATTTGCCACATGAATGTGGTACAGATGTACTGATTGACTCAAGACTTATCTATTTCAACTACTCAGAAACCTTG
s panTro2.chr21  15723147 116 +  46489110 A---ATTATTGTAGGTCAGTATTAGAAACATCTCCATAAAGCAGCATTTGCCACATGAATGTGGTACAGAGGTACTGATTGACTCAAGACTTATCTATTTCAACTACTCAGAAACCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15293203 116 +  48394510 A---ATTATTGTAGGTCAGTATTAGAAACATCTCCATAAAGCAGCATTTGCCACATGAATGTGGTACAGATGTACTGATTGCCTCAAGACTTATCTATTTCAACTACTCAAAAACCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165149223 119 - 196418989 AATTATTATTGCAGGCCAGTGTTAGAAACCTCTCCATAAAGCAGCATTTGCCACATGAATGTGGTCCAGATGCACTGATTGACTCAAGACTTAGCTATTTCAACTACTCAGAAACCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=317699.000000
s hg19.chr21     16999488 32 +  48129895 ATTGTGCAGTCACTTGGCATCCACTTTGCACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15293319 32 +  48394510 ATTGTGCAGTCACTTGGCATCCACTTTGCACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=383187.000000
s hg19.chr21     16999520 37 +  48129895 AACATTATCATCAC----CATAGACTCGGGCGTTGATGTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15723332 56 +  46489110 CTGAGAGATCCATTATAAGACTGGCATCTACACGATGCAGAATTCAAAGAAAGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15293388 56 +  48394510 CTGAGAGATCCATTATAAGACTGGCATCTAAATGATGCAGAATTCAAAGAAAGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=379533.000000
s hg19.chr21     17000055 56 +  48129895 TTTGTTAACTGTCCTCATTTGTTCAGAGCCAAACAGGCTGTTAGGGAGAAAACTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17000111 17 +  48129895 AAAAGAAGGGAAACACA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17000160 50 +  48129895 TCCCTGATAATTATTTCGTGATTTACACAGAACAATGCAGGCATATAGAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17000553 145 +  48129895 TTGTTACCATGAATATGACATTTACTCTTCTGTGAATTTGTTATTTCTAAGATATCGTGTCTTAGGTTTGCTTAAATCAATATAAAAAACATCAACTCTTATGTCTGAGGTGATTGTTTTCCCAGTATGTCTTTTAATTTTACTT
s rheMac2.chr3  165150399 123 - 196418989 ----------------------TAGTCTTCTGTAAATTTGTTATTTCTAAGACATCGTGTCTTAGGCTTGCTTAATTCAATATAAAAAACATCAACTCCTATGTCTGAGGTGATTGTTTTCCCAGTCTGTCTTTTAACTTTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15294388 145 +  48394510 TTTTTACCATGAATATGACATTTAGTCTTCTGTGACTTTGTTATTTCTAAGATACCATGCCTTAGGCTTGCTTAAATCAATATAAAAAACATCAACTCTTATGTCTGAGGTGACTGTTTTCCCAGTATGTCTTTTAATTTTACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15724328 145 +  46489110 TTGTTACCATGAATATGACATTTACTCTTCTGTGAATTTGTTATTTCTAAGATATCATGTCTTAGGCTTGCTTAAATCAATATAAAAAACATCAACTCTTATGTCTGAGGTGATTGTTTTCCCAGTATGTCTTTTAATTTTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17000698 28 +  48129895 GTAGTTTTTTGAGTGATTTTTGGTAGTA
s rheMac2.chr3  165150522 28 - 196418989 GTAGTTTTTTGAGTGATTTTTGGTAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15294533 28 +  48394510 GTAGTTTTTTGAGTGATTTTTGGTAGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17000726 45 +  48129895 ATAACTTTTTGTTTTGTGTTAGAAAGTTATCTGAATCCAAATACC
s rheMac2.chr3  165150550 45 - 196418989 ATAACTTTTTGTTTTGTGTTAGAAAGTTATCTGAATCCATATACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15294561 45 +  48394510 ATAACTTTTTGTTTTGTGTTAGAAAGTTATCTGAATCCAGATACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-347971.000000
s hg19.chr21     17000771 89 +  48129895 Tacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagagagagagagagagagagagacagagagagagagagacagagagagag
s rheMac2.chr3  165150595 73 - 196418989 T--------------AAacatacacacacacacacacacacacacacaaacacacacacacacagagagagagagagagagagaAGG--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15294606 47 +  48394510 T--------------AAACACACACACACACACag----------------------------agagagagagagagagagagagagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15724546 75 +  46489110 T--------------acacacacacacacacacacacacagagaaagagagagagagagagacagagagagagagagacagagagagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-107750.000000
s hg19.chr21     17000860 36 +  48129895 aAACCGTTTTTATAACTATTCTAAAGCTTTTT-TTTA
s rheMac2.chr3  165150668 31 - 196418989 ------TTTTTATAACTATCCTAAAGCATTTTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=369866.000000
s hg19.chr21     17000896 93 +  48129895 ACTTTGTATTTTAAAGTGT------TTTTTTTTTTAACTTTAACTTTTCAATTCATCTGAATTTTCCATTGAGAGAGGTGCAGATCCACACTGTTTTAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=586581.000000
s hg19.chr21     17000989 79 +  48129895 CATCTCTCTCTTCTACCTTGGAACATCTTGACCTCCAAGTCTACTATCAAATGCATTGTTTCCACAAGAGCTCACAATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=619711.000000
s hg19.chr21     17001068 41 +  48129895 AGCTCCTGGCTTATTTCAGCTGATAATGATGTCAACTTTTT
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s ponAbe2.chr21  15294856 41 +  48394510 GGCTCCTGGCTTATTTCAGCTGATAATGATGTCAACTTTTT
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a score=194028.000000
s hg19.chr21     17001109 31 +  48129895 GAGCTTTCATTTTTTTAACAGGATATTAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=196647.000000
s hg19.chr21     17001140 26 +  48129895 AACCAAAATCCTTTCAGACCTAAAAG
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a score=423245.000000
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s panTro2.chr21  15724925 61 +  46489110 ACTGGGCATTTAACAAGGAATGTATTTAGATTACAAAAGATAATTAAATATCTCC-------------------ATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15294954 80 +  48394510 ACTGGGCATCTAACAAGGAATGTATTTAGATTACAAAAGATAATTAAATATCTTTGGTATTAATTGATAATTAAATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165150972 61 - 196418989 ACCGGACATCTAACAAGGAACGTATTTAGATTACAAAAGATAATTAAATATCTCC-------------------ATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=186026.000000
s hg19.chr21     17001227 39 +  48129895 TTGGAATGGAGCGTCTACCTAGAAATCCTAAAATCTTAC
s panTro2.chr21  15724986 39 +  46489110 TTGGAATGGAGCGTCTACCTAGAAATCCTAAAATCTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15295034 39 +  48394510 TTGGAATGGAGCTTCTACCTAGAAATCCTAAAATCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151033 39 - 196418989 TTGGAATGGAGCGTCTACCTAGAAATCCTAAAATCTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=303227.000000
s hg19.chr21     17001266 55 +  48129895 TGGCTAGATCTCAGCCAACTTGTAAACAAGTGA-TTTTTTTTTTCTCACATGGACT
s panTro2.chr21  15725025 56 +  46489110 TGGCTAGATCTCAGCCAACTTGTAAACAAGTTATTTTTTTTTTTCTCCCATGGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151072 53 - 196418989 TGGCTAGATCTCAGGCAACTTGTAGACAAACTA---TATTTTTTCTCACTTGGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183176.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151125 27 - 196418989 TTCTGAAAATACGTATTTCAAAATCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206445.000000
s hg19.chr21     17001348 34 +  48129895 CTACATATAAAATGTTAGCATATTTGGAGCCTAC
s panTro2.chr21  15725108 34 +  46489110 CTACATATAAAATGTTAGCATATTTGGAGCCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15295154 34 +  48394510 CTACATGTAAAATGTTAGTATATTTGGAGCCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151152 34 - 196418989 CTACATGTAAAATGTTAGTATATTTGGAGCATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=372139.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=185676.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151260 44 - 196418989 CCCAAGTAGAAAGTGGGACAACTTGTTTTGCTTGTTTTAACGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=610840.000000
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s panTro2.chr21  15725251 90 +  46489110 TTCTTGAAATCCACCACTTTGGTTAAGATCTATAGATAGCCTGTTGGTTGGAAGTACTGGGTTATTTCTAGTTTCCTCACC------gtgtgtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15295306 96 +  48394510 TTCTTGAAATCCACCACTTTGGTTAAGATCTATAGACAGCCTGTTGGTTGGAAGTACTGGGTTATTTCTAGTTTCTTCACCgtgtgtgtgtgtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151304 96 - 196418989 TTCTTGAAATCCACCACTTTAGGTAAGATCTGTAGATAATCTATTGGCTGGAAGTACTGGGTTATTTCTAGTTTCCTCACTCtgtgtgtgtgtgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135283.000000
s hg19.chr21     17001587 28 +  48129895 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
s panTro2.chr21  15725341 28 +  46489110 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15295402 28 +  48394510 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 M 386
s rheMac2.chr3  165151400 28 - 196418989 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136940.000000
s hg19.chr21     17001615  49 +  48129895 tgtgATGAGGAAGCTATCCAGCTTTATTCATTGGATCAGGTATTTGATT
s panTro2.chr21  15725369  49 +  46489110 tgtgATGAGGAAGCTATCCAACTTTATTCATTGGATCAGGTATTTGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151428  49 - 196418989 tgtgATGAGGAAGCTATCCAACTTTATGTATTGGATCAGGTATGTGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15295430 386 +  48394510 M

a score=41688.000000
s hg19.chr21     17001664  31 +  48129895 CTGGTCTGTTTACTTATAACCAAAGCACTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151477  31 - 196418989 CTGGTCTCTTTACTTATAACCAAAGCACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15295430 386 +  48394510 M

a score=192773.000000
s hg19.chr21     17001695  43 +  48129895 GCAGTAAACTTAAACTATCACAGGATCTTTGAATTTGACTCTT
s panTro2.chr21  15725449  43 +  46489110 GCAGCAAACTTAAACTATCACAGGATCTTTGAATTTGACTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151508  43 - 196418989 GCAATAAACTCAAACTATCATGGGATCTTCAAATGTGACTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15295430 386 +  48394510 M

a score=263848.000000
s hg19.chr21     17001738  42 +  48129895 CCTGAAAATCTGGAGTTTTTACAGCGGGGTAGAGTTTCAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151551  42 - 196418989 CCTAAAAATCTGGAATTTTTACAGCGGAGTAGAGTTTCAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15295430 386 +  48394510 M

a score=418161.000000
s hg19.chr21     17001780  76 +  48129895 TATTTCCATTCATCTCTTATATGTAAATAACACACGACTAGAAACTGAAGTGACTATAGAACAAATTAATTTGAAT
s panTro2.chr21  15725534  76 +  46489110 TATTTCCATTCATCTCTTATATGTAAATAACACACGACTAGAAACTGAAGTGACTATAGAACAAATTAATTTGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15295430 386 +  48394510 M

a score=291125.000000
s hg19.chr21     17001856 91 +  48129895 ACTATCCAGCCTTGGAGGAAAATTTCTAGATATTTGTATGTAGTAGGTCTAAGAAGTATGAATAATGGCAATGAGAAAAACCTTTCAggcc
s panTro2.chr21  15725610 91 +  46489110 ACTATCCAGCCTTGGAGGAAAATTTCTAGATATTTGTATGTAGTAGGTCTAAGAAGTATGAATAATGGCAATGAGAAAAACCTTTCAggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151669 91 - 196418989 ACTGTCCAGCCTCGGAGGAAAATTTCTAGATATTTGTATGTAGTAAGTCCAAGAAGTATGAATAATGGCAGTGAGAAAAACCTTTCAggct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15295826 74 +  48394510 ----------------GGAAAATTTTTAGATATTTATATGTA-TAGATTTAAGAAGTATGAATAATGGCAATGAGAAAAACCTGTCAggcc
i ponAbe2.chr21 M 386 C 0

a score=137931.000000
s hg19.chr21     17001947 100 +  48129895 gagcacagtggctcacacctgtaatcccagcagtttgggaggctgaggcaggcagatcacttgagctcaggaattcaagaccagtctgaccaacgtggtg
s panTro2.chr21  15725701 100 +  46489110 gagcacagtggctcacacctgtaatcccagcagtttgggaggctgaggcaggcagatcacttgagctcaggaattcaagaccagtctgaccaacgtggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15295900 100 +  48394510 gagcacagtggctcacacatgtaattccagcagtttgggagggtgaaacaggcagatcacttgagcccaggaattcaagaccagtttgaccaacatggta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151760 100 - 196418989 gagcacagtggctcacacctgtaatcccagcagtttgggagggtgaggcaggcagatcacttgagcttaggaattcaagaccagtctgaccaacatggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=34802.000000
s hg19.chr21     17002047 32 +  48129895 aaaccccatctttactaaaaatacaaaaacta
s panTro2.chr21  15725801 32 +  46489110 aaaccccatctttactaaaaatacaaaaacta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15296000 32 +  48394510 aaaccccattttcactaaaaatacaaaaacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151860 32 - 196418989 aaaccccatctttactaaaaatacaaaaacta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=43562.000000
s hg19.chr21     17002079 50 +  48129895 gccaggcgtggtggcacacgactataatcccagctactcaggagtctgag
s panTro2.chr21  15725833 50 +  46489110 gccaggcgtggtggcacacgactataatcccagctactcaggagtctgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165151892 50 - 196418989 gccaggcgtggtggcacatgactatagtcccagctactcgggagtctgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=29675.000000
s hg19.chr21     17002129 42 +  48129895 gcaagagaatctcttgaaccctggaggtggaggttgcagtga
s panTro2.chr21  15725883 42 +  46489110 gcaagagaatcgcttgaaccctggaggtggaggttgcagtga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15296082 29 +  48394510 gcaagagaatcacttgaacccaggaggta-------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 21
s rheMac2.chr3  165151942 42 - 196418989 gcaggagaatcacttgaacctggtaggtggaggttgcagcga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17002171 46 +  48129895 gccaagatggcaccactgcactccagcctgggtgagagagtgagat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15296132 46 +  48394510 gccaagatggcaccactgcactccagcctgggtgacagagtgagat
i ponAbe2.chr21 I 21 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17002217 32 +  48129895 tctgtcttggaaaaaaaaaa------caaaaaaaaaCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17002249 35 +  48129895 TTTCTGAATGTTAGTTCTTTTACCTAACTTAATAC
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a score=415949.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=318965.000000
s hg19.chr21     17002386 98 +  48129895 ACTGTGCGCCAATTCTGCAGTATGCCTGGGTGACAGAGTACACAATCATTATGCATTTAAATTCATCTAGTCTGTATGGAAAATCGCCCTGAGTATAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17002484 59 +  48129895 CTGACTATAACTATAACCTTGACCAATTCAACTGAATGCCATTTTGTTAAATAAAATAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165152355 264 - 196418989 TATggcaacaagat-taaaaaaatagatacattggattacttcaaaattttaaaa--tgttcatgcatgaaaggatattgtcaacagagtgaaaggcaacccatgaacaggagaaaatatctgcaaatcatccatctgataaggggtaaatatccagaatatataaagaaaactcaacaatagc-aaaaaaacaagcaacctgatttaaaagtagtcaaagatcttgaattaacatttctcgaaagaaggtatacagctggacaacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15296510 266 +  48394510 TAGGgcaacaagat--aaaaaaatacatacattggattgcatcaaaattaaaaaaaacttttgtgcatgaaaggatattgtcaacaaaatgaaaggcaacccgtgaacagaagaaagtatctgcaaatcatacatctgataaggggtaaatatccagaatatataaagaaaactcaacaatagcaaaaaaaacaaacaacctgatttaaagatggtcaaagatcttgaattaacatttctcaaaagaagatttacaactggacaatag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=430368.000000
s hg19.chr21     17002810 96 +  48129895 cacatggaaagatgttcaacatgtctaattattagggaaatgcaaatcaataccacagtgggataccattttacacctattaggatagttaatatt
s rheMac2.chr3  165152619 95 - 196418989 cacgtggaaagacgctcaacctgtctaattattagggaaatgcaaatcaataccacagtgggatacca-tgtacacctattaggatagttaatatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15296776 96 +  48394510 cacatgaaaagatgctcaacatgtctaattattagggaaatgcaaatcaataccacagtgggataccattttacacctattaggatagttaatatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15726562 96 +  46489110 cacatggaaagatgctcaacatgtctaattattagggaaatgcaaatcaataccacagtgggataccattttacacctattaggatagttaatatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=157356.000000
s hg19.chr21     17002906 58 +  48129895 taaaaacagaaagtaacaagtgtttttaaggaaattggaacccttgtacatagctggt
s rheMac2.chr3  165152714 58 - 196418989 taaaaacagaaagtaacaagtgttcttaaggaaattggaacccttgtacatagctggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15296872 58 +  48394510 taaaaacagaaagtaacaagtgtttttaaggaaattggaacccctgtacatagctggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15726658 58 +  46489110 taaaaacagaaagtaacaagtgtttttaaggaaattggaacccttgtacatagctggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=84562.000000
s hg19.chr21     17002964 21 +  48129895 gggaatgtgaaaagaggcaga
s rheMac2.chr3  165152772 21 - 196418989 gggaatgtgaaatgatgcaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15296930 20 +  48394510 ggg-atgtgaaaagatgcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15726716 21 +  46489110 gggaatgtgaaaagaggcaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=899012.000000
s hg19.chr21     17002985 270 +  48129895 cgctgtggaaaatggtacgatggttcctcaaaaattaaacatggaattaccatgtgatccattccacttctgtgtatgtacccaaaagaactgatagcatgaatggatatttgcacgttcatgttcatagcagcactattcacaacagccaaaacgtgaaagcaatctaagtgcccattgatagattactggatagacaaaatgtggtatttacatacaatgaaatagtatccagccttaaaaaggaaggaagttctggcatatgctata
s panTro2.chr21  15726737 270 +  46489110 cgctgtggaaaatggtacgatggttcctcaaaaattaaacatggaattaccatgtgatccattccacttctgtgtatgtacccaaaagaactgatagcatgaatggatatttgcacgttcatgttcatagcagcactattcacaacagccaaaacctgaaagcaatctaagtgcccattgatagattactggatagacaaaacgtggtatatacatacaatgaaatagtatccagccttaaaaaggaaggaagttctggcatatgctata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15296950 270 +  48394510 cgctgtggaaaatagtacgatggttcctcaaaaattaaacatggaattaccatgtgatccattccacttctgtgtatgtacctaaaagaactgatagcatgaacggatatttgtacgttcatgttcatagcagcactattcacaacagccaaaacctgaaagcaatctaagtgcccattgatagattactggatagacaaaacatggtatatacatacaatgaaatagtatccagccttaaaaaggaaggaagttctggcatatgctata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165152793 266 - 196418989 tgctgtggaaaacagtacgatggttcctcaaaaattaaacatggaattaccatgtgatccattccatttctgagtatgtacccaaaagaactgataatgtgaacggatatttctacgttcatgttcatagcagcattattcacaacagccaatacgtgaaagtaacctaaggacccactaatggactactggatagacaaagcctgatatatacatacaatgaaatagtatccagccttaaa----aaggaagttctggcatatgctacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=344391.000000
s hg19.chr21     17003255 85 +  48129895 acatggatgaaccttggagacattatgctgagtgaataaatcatcataaaagtataaatactgtatgattccacttacatgaggg
s rheMac2.chr3  165153059 85 - 196418989 acatggatgaaccttgcagatattatgctgagtgaacaaatcatcataaaatgataaatattgtatgattccacttacatgaggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15297220 85 +  48394510 acatggatgaaccttggagacattatgctgagtgaataaatcataataaaaatataaatactgtatgattccatttatatgaggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15727007 85 +  46489110 acatggatgaaccttggagacattatgctgagtgaataaatcatcataaaaatataaatactgtatgattccacttacctgaggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=392418.000000
s hg19.chr21     17003340 131 +  48129895 acctagagtagtcaaattcatagagaaaaagtagaaaggtggtttccagaaactatggggagggttgaatggagagttactatttaatggatacagagtttcagttttgtaagattaaaaaaaaa-ttctga
s rheMac2.chr3  165153144  81 - 196418989 acctagagtagtcaaattcatagacaaatcatag---------------------------------------------------aatggatacagagtttcagttttgtaagatgaaaaaaaaaaatctga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15297305 130 +  48394510 acctagagtagtcaaattcatagagaaaaagtagaaaggtggtttccagaaactatggagagggttgaatggagagttactatttaatggatacagagtttcagttttgtaagattaaaaaaaaa--tctga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15727092 131 +  46489110 acctagagtagtcaaattcatagagaaaaagtagaaaggtggtttccagaaactatggggagggttgaatggagagttactatttaatggatacagagtttcagttttgtaagattaaaaaaaaa-ttctga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=173065.000000
s hg19.chr21     17003471 29 +  48129895 agatgggtggtggtaatagttgcacaaaa
s panTro2.chr21  15727223 29 +  46489110 agatgggtggtggtaatagttgcacaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15297435 29 +  48394510 agatgagtggtggtaatagttgcacaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165153225 29 - 196418989 agatgggtggtggtgatagttgcacaaAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-14095.000000
s hg19.chr21     17003500 12 +  48129895 ttttaaaggtat
s panTro2.chr21  15727252 12 +  46489110 ttttaaaggtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165153254 12 - 196418989 TTTTAAAtgtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90818.000000
s hg19.chr21     17003512 135 +  48129895 ccctgctactcaggaggctgaggtgggaggatcccttgagcccgggaattggaggctgcagtgagctgtgatggcaccactgcacttcagcctgggcaacagagtgagatcctgtttctaaaacagaaatatata
s panTro2.chr21  15727264 135 +  46489110 ccctgctactcaggagactgaggtgggaggatcccttgagcccgggaattggaggctgcagtgagctatgatggcaccactgcacttcagcctgggcaacagagtgagatcctgtttctaaaacagaaatatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15297476 135 +  48394510 ccctgctactcaggaggctgaggtgggaggattccttgagcctgggaattggaggctgcagtgagctatgatggcaccactgcacttcagcctgggcaacagagtgagatcctgtttctaaaacagaaaTATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165153266 135 - 196418989 ccctgctattcaggaggctgaagtgggaggatcctttgagcccaggaattgaaggctgtagtgagctatgatggcaccactgcacttcagcctgggcaacagagtgagatcctgtttccaaaaCAGAAatatata
i rheMac2.chr3  C 0 I 79

a score=-7148.000000
s hg19.chr21     17003647 32 +  48129895 tatattaaatgtactaatgccactatgcactt
s rheMac2.chr3  165153480 32 - 196418989 catGTtaaatgtactaatgccactatgcactt
i rheMac2.chr3  I 79 C 0
s ponAbe2.chr21  15297611 32 +  48394510 TATATtaaaggtactaatgccactatgcactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15727399 32 +  46489110 tatattaaatgtactaatgccactatgcactt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=213168.000000
s hg19.chr21     17003679 61 +  48129895 aaaaatggtgaaaatagtaaattttatatcatgcatcttttactgcaatttaaaaaataaa
s panTro2.chr21  15727431 61 +  46489110 aaaaatggtgaaaatagtaaattttatatcgtgcatcttttactgcaatttaaaaaataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15297643 61 +  48394510 aaaaatggtgaaaatagtaaattttatattgtgcatcttttactgcaatttaaaaaaTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165153512 61 - 196418989 aaaactggttaaaatagtaaattttgtattgtgcatcttttactgcaatttaaaaaataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=374749.000000
s hg19.chr21     17003740 113 +  48129895 taataaaataatataaagtaaaagaaatattaGAGGC-------------TTTTAAATGCCTGTGTTTCCATGGAGACCTGGTTGTTGATCTTGATGACTCATGTAGAAAACTGTTTGGCATACAG
s rheMac2.chr3  165153573 126 - 196418989 taataaaataatataaagtaaaagatatattaGAAACAAGGTTTGGGATTTTATAAATGTCTGCGTTTCCATGGAGACCTGCTTGTTGATCTTGATGACTCATGTAGAAAACTGTTTGGCATACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15297704 113 +  48394510 TaataaaataatataaagtaaaataaaTATTAGAGGC-------------TTTTAAATGCCTGTGTTTCCATGGAGACCTAATTGTTGATCTTGATGACTCATGTAGAAAACTGTTTGGCATACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15727492 113 +  46489110 taataaaataatataaagtaaaagaaatattaGAGGC-------------TTTTAAATGCCTGTGTTTCCATGGAGACCTGGTTGTTGATCTTGATGACTCATGTAGAAAACTGTTTGGCATACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15727605 120 +  46489110 TATTCCTGTTTTATAGAGTGAAATGGTAACGTTTGTGCTATTTCTGCTCCTTCCAAAATATAAATGGGTTTTACAATTACTCAGGAATTACAAATTACTGAAATCATCAGAGAAGGCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165153819 65 - 196418989 TGTGAGCAGGTTTGAGTTTCAGAGTCTGAAAATGCCTATCACAATCAACTATCTCATGACTAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 93

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 93 I 17

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165154751 17 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 44 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15729571 258 +  46489110 gcacaggaagcatggctgggaggcctcaggaaacttacaattttggcagaagggtgaaggggaagcaagcatgtcttaacatggtggcaggagagagagctaagggggaagtgtcacacacttttaaaccatcaaatctcataagaactcagtcactatcacatgaacagcaagggggaaatctgagcccatgatccaatccccaagtctctctgccaacattgggaattac-atttaacatgagatttgggtggagac
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165160228 107 - 196418989 tgtattatgtctccctgcattgtataaaagcaagcagtatcctgaccacc-ttgggcacatgtccacatgttgtcaggacctcctgagactgtcacgggcacctcctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15305251 108 +  48394510 tgtgttatgtctccctacaatgtctaaaagcaagcagtaacccaaccaccttttggcacatgtccacatgtcatcaggacctcctgagacagtcatgggcacctcctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15735040 107 +  46489110 tgtgttatgtctccctacaatgtataaaaccaagcagtatcccgaccacc-ttgggcacatgtccacatgtcgtcaggacctcctgagacggtcacgggcacctcctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=36819.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12168.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=124442.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165160482 77 - 196418989 GAAGGATAGGAGCCTAGCCTTATTCCTGGTGCT-----TGTTTGTTGTTTTGGAGGGAATGTTGTGCAACGCGTTACTCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=498000.000000
s hg19.chr21     17011633 79 +  48129895 CAGGAATTGTACCTGTTGACTCCCTTCAATGTTTGAGGCCCAGCCAGCACTCTGTCTACAGGAGCTAAACAGCACAGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165160559 79 - 196418989 CAGGAATTGTACCTGATGACTCCCTTCGATGTTTGAGGCACAGCCAGCACTCTGTCTAGAGGAGCTAAACAGCACAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15305794 174 +  48394510 TCAGGGAGATCCAAAATGAACAAAATGAATAGATCTGCACAGCAATTACATTTAGAAACTGAAACTTTTAATCCATAATTTAGACAGTCGCTGCAAAAGACAATTTGTGTCTTTCTG-TTTGGAGTGAAGATTATA--ACATCATAATAGTGGTTTTTCACGTTAAGTAATGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165160765 177 - 196418989 TCAGGGAGATCCAAAGTGAACAAAATGAATAGCTCTGCACAGCAATTACATTTAGAAACCAAAACTTTTAATCCGCAATTTAGACAGTAGCTGCAAAAGACAATTTGTTCCTTTCTATTTTGGAGTGAAGATTATAGTAGATCATAATAGTGGTTTTTCATATTAAGTAATGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15735809 81 +  46489110 TTAGTGGAAAAAAATAAATCCATAGTAGTGGTAATAAGTCatttattcctccatccagcagttactgaacacctattgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=750479.000000
s hg19.chr21     17012229 110 +  48129895 AAAACCTTGAACTAGGGCGCACTTCCGAACAAAGAAGGGGTGTGAGGGAGGACTTCTCAGAGGAGCTGAATACTTGTAAATAGATAATATGGAGATTTTAGAAATTGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15306181 109 +  48394510 AAAACCTTGAACTAGGGCACAC-TCCGAACAAAGAAGGGGTGTGAGGGAGGACTTCTCAGAGGAGCTGAATACTTGTAAATAGATAATATGGAGATTTTAGAAATTGAAA
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s rheMac2.chr3  165161155 110 - 196418989 AAAACCTTGAACTAGGATGCACTTCCAAACAAAGAAGCGGGGCGAGGGAGGACTTCTCAGAGGAGGCGAATACTTGTAAATAGATAATATGGAGATTTTAGAAATTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=434555.000000
s hg19.chr21     17012339 97 +  48129895 TTCGAAACATTCTAAAGCAGTGTCAGAAAATGTTCTATGTAAATTTAGCTGTTATTATTATGTTATGAAAATCTTTGTGTGTCCTAAGCATACATAA
s panTro2.chr21  15736082 97 +  46489110 TTCGAAACATTCTAAAGCAGTGTCAGAAAATGTTCTATGTAAATTTAGCTGTTATTATTATATTATGAAAATCTTTGTGTGTCCTAAGCATACATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15306290 97 +  48394510 TTTGAAACATTCTAAAGCAGAGTCAGAAAATGTTCTATGTAAATTTAGCTGttattattatattattaaaatCTTTGTGTGTCCTAAGCATACATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165161265 97 - 196418989 TTTGAAACATTCTAAAGCAGTGTCAGAAAATGTTCTATGTAAATTTAGCTATTATTATTATATTACCACAATCTTTGCGTGTCCTAAGCTTACATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-149038.000000
s hg19.chr21     17012436 19 +  48129895 CATAGGCATACATAAGAAA
s panTro2.chr21  15736179 19 +  46489110 CATAAGCATACATAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15306387 19 +  48394510 TGTAAGCATACATACGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165161362 14 - 196418989 TGTAAGCGTACAC-----A
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-114140.000000
s hg19.chr21     17012455 8 +  48129895 CAGATTTA
s rheMac2.chr3  165161376 8 - 196418989 TAGATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15306406 8 +  48394510 CAGATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15736198 8 +  46489110 CAGATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=163802.000000
s hg19.chr21     17012463 36 +  48129895 AATCCGTTTCAGATAATCCATTGTCCATCAAGCATA
s panTro2.chr21  15736206 36 +  46489110 AATCCGTTTCAGATAATCCATTGTCCATCAAGCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15306414 36 +  48394510 AATCTGTTTCAGATAATCCATTGTCCATTAAGCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165161384 36 - 196418989 AATCTGCTTCAGATAATCCATTGTCCATTAAGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=486942.000000
s hg19.chr21     17012499 48 +  48129895 ATTATTGATCTTCACATGGTTCAGACACAATGCTGAAAATTGGAATTA
s panTro2.chr21  15736242 48 +  46489110 ATTATTGATCTTCACATGGTTCAGACACAATGCTGAAAATTGGAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15306450 48 +  48394510 ATTATTGATCTTTACATGGTTCAGACACTATGCTGAAAATTGGAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=147977.000000
s hg19.chr21     17012547 55 +  48129895 G----GAAAGATAATTTTTCCAGGAGTCCCTGAGGCAAGCAGTCTTGTATCCTAAAGCT
s panTro2.chr21  15736290 59 +  46489110 GGAGAGAAAGATAATTTTTCCAGGAGTCCCTGAGGCAAGCAGTCTTGTATCCTAAAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-101449.000000
s hg19.chr21     17012602 30 +  48129895 TAGCTTGTTtttatttatttatttatttat
s panTro2.chr21  15736349 30 +  46489110 TAGCTTGTTtttatttatttatttatttat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165161527 30 - 196418989 TAGCTTGCTtttatttatttatttatttat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-2775.000000
s hg19.chr21     17012632 57 +  48129895 ttatttatttatttatttattttgagacagagcctcactttgtcacccgggctggag
s panTro2.chr21  15736379 57 +  46489110 ttatttatttatttatttattttgagacagagcctcactttgtcacccgggctggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15306587 33 +  48394510 ttattta----------------GAAACAGAGCC--------tcacccgggctggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=124130.000000
s hg19.chr21     17012689 104 +  48129895 tgcagtggtgtgaacatggctcactgcagcctcaacttcccaggctcaagcaatcctcccacctcaggcccccaagtagctgggactacaggcacgtgccactg
s panTro2.chr21  15736436 104 +  46489110 tgcagtggtgtgaacatggctcactgcagcctcaacttcccaggctcaagcaatcctcccacctcaggcccccaagtagctgggactacaggcacatgccaccg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15306620 104 +  48394510 tgcagtggtgtgaacatggctcactgcagcctcaacttcccaggctcaagcaaccctcccacctcagccccccaagtagctgggactacaggcacgtgccgccg
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s rheMac2.chr3  165161608 104 - 196418989 tgcagtggtgtgaatatggctcactgcagcctcaacttctcaggctcaagcaattctcccacctcagccccccaagtagctgggactacaggcatgtaccacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88470.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 M 273
s ponAbe2.chr21  15306724 143 +  48394510 tgcccagctaatttttgtatcttttgtagagactgggtttcaccatgttgcccaggctggtctcaaactcctgggctcaagagacgcacccaccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccacagctcctggc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165161853 273 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15739904 35 +  46489110 CTGGTTTGTTTTATAAGTCAATGCCTTCTAACACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15310107 35 +  48394510 ctggtttgttttataagtcaatgccttctaactct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=573865.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15310647 57 +  48394510 TTCCATTTGAAACTACTATTGTTAATAATCAACATTGGCTGAGGCAAGATGTAGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165165710 57 - 196418989 TTCCATTTGAAACTACCATTGTTAATAATCAATATTGGTTGAGGCAAGATGTAGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15740595 97 +  46489110 AGGCTGTGGCTTCTGAAAAAAATTGGCTatggacttagaaatcaaatcaaacctaggattaaatttggctctgctactgattagctaagatttggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15311325 97 +  48394510 AGCCTGTGGCTTCTGAAAAAAATTGGCTatgaacttagaaatcaaaccaaacctaggattaaacttggctctgctactgattagctaggatttggaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165165864 92 - 196418989 AGCCTGTGGCTTCTGAAAACAATTGGCTatggactttgaaat-----caaacctaggattgaatttgactctgctactgattagctaagacttgaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15311422 93 +  48394510 catgcacctcagttttgtcatgtgtacaattggaaaatacagacctcgtgagaatgatgtgaaaactatatgagataatgtagctaaatttct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165165956 93 - 196418989 tgtgcacctcagttttgtcatgtgtacaattggaaaatacaggccttgtgagaatgatgtgaaaactgtatgagagaatgtagctaaaTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 M 988

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15311878  29 +  48394510 ggactccatctcaaaacaaacaaacaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 417 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15312383  82 +  48394510 CACCCACAAGGAATCCACAAAACATCCAATAGATTACAAAAAATGTTAAACTTCAAAAATTCTTGATATGaaaattaaatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

a score=-140881.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

a score=22628.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

a score=2656.000000
s hg19.chr21     17017816  25 +  48129895 cagccgtgtgccaccacgcccagct
s ponAbe2.chr21  15312634  25 +  48394510 caaccgtgtgccaccacgcccggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

a score=15555.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165166049 988 - 196418989 M

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s hg19.chr21     17017941 32 +  48129895 tgggattacaggcctgaaccactgcacctggc
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i rheMac2.chr3  M 988 C 0

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s panTro2.chr21  15741711 181 +  46489110 taaaggcattaggacaactaaccatctgtatataaaagaataaaactagtaccctacgtcacaccattttcaaaaatcaattacagacacacaaaatacttaaatgg--aaaaaagctacaagactAACTTAAAatattata--tgtgtatatatatatatgtatacacacacgcatatGtactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15312865 183 +  48394510 taaatgcattaggacaattaaccatctgtatagaaaagaatgaaactagtaccctacgtcacacaattttcaaaaatcaattacagaCACACAAAATACTTAAAAAT--AAAAAAGCTACAAGACTAACTTAAAATATTATATGTGTATACATATATATATGCATatacacacgaatacgtactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15313048 61 +  48394510 aaaaagctgaatagttaaattaataaattggaaaggaaaaacaaatattccttacagagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165167385 177 - 196418989 attccatttaaaatatgcagatactcctccctcgaaggcatggtgctcaatcaccaccatttttctccttgttggtgggctagacatagtaacttgcttccaaggactagagtaaggagagagaaaatgagtaattttagagTGCAAAGATCTGGCAAGGTGTGAttaatcaggtaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15742130 93 +  46489110 ttaaggttaacatcgtcagtgatgtcatgtaggtatgatatcccccttgatattctgggatgagaagggcactttacccatgacatattcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15313286 93 +  48394510 ttaaggttaacaacgtcagtgatgtcatgtaggtatgatatcccccttgatattctgggatgagaagggcactttacccgtgtcatattcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165167562 93 - 196418989 ttaaagttaacatcttcagtgatgtcgtgtaggtatgatatcccccccaacattctgggatgagaagggcactttacccatgtcatattcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15742223 284 +  46489110 ccaaaaacccataagctcactgtaatcataagaaaaacatcagataaatttagatccaagacaattctacagcttccttggccagtactcctcaagactgccaagatgatgaaaaacaaggaaaagaaagaaaagctgtcatagaccagaggagacgtgggagaaatgacaaagaaacacaatctggatccaggattgaatactggaaacaaagaaaagaaacctagtgaaattcaaataaaatctggagttcaattagcagtaatgtattaatgttggtttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165167655 284 - 196418989 ccaaaaacccataagctctctgtaatcacaagaaaaacatcagataaatttagaaccaaggcaattctacagcttccttggccagtactcctcaagactgccaagatgatgaaaaacaaagaaaagaaagaaaagctgtcatagaccagaggagacgtgggagaaatgacaaagaaacacaatctggacccaagattgaatcctggaaacaaagaaaagaaacctggtgaaatccaaataaaatctggagttcaattagcagtaatgtattaatgttggtttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165167939 134 - 196418989 tatcttggacaaatgtactatggtaacgtaagatgttaacaaagggtgaaactgagaaagagatacacagggactctctgtactattgctgcaacctttctataaatataagattattcaaaagtaaaaaatgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15742696 91 +  46489110 tttttttttgacggagtcttgctctgtcacccaggctggagtgcagtggcgtgatctcagctcactgcaagctcctcctcctgggttcatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165168118  1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165168118  1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165168118   1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165168118 1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165168119 115 - 196418989 --tatattctttagataaagatgtcttaaccaagaaaaaaagtgtagaaaaatactgatgaaaagaaaatattgataaatttaactacattaaattccagaatgttcatcaaaccaa
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s ponAbe2.chr21  15314261 381 +  48394510 gctgcaaagaaagtaaaaatataaatcacaaatagggagaaggtatttgcaataaatacactgaaatgacagagatctcttgcaatgcaaattgaaaaaagataagcagctccatggaaaaatgaggaaaatacttaaatagaatttcag-aaaaaaggcagtctcaaagatcaataagtatattagaggttgttcaaccatattactgttgaggaaaaaaccacagtgggatatcatttcatgtttgctcacttggaaattttaaagactgagaatatcaagtgttatcaagagtgtggaaagccaaaacatttatacactgcaggtggaagtgtaagactttattgccactttggaaacaatttggcagtatctagagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165169089 61 - 196418989 aagaatgcaattagtgtccttataaaagagacctgccagagcttattagcccctttttgcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315117 61 +  48394510 aagaacgcaattagtgtccttataaaagaggcctgcaagagctcattaacccctttttgcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15743960 61 +  46489110 aagaatgcaattagtgtccttataaaagaggcctccaagagctcattggcccctttttgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=307991.000000
s hg19.chr21     17020351 136 +  48129895 cttctgccatgtgaggatatagcaaaaaggcaccatctttgaagaagacaggaagccctcaccagacatggaagctactggcaccttgatcttggacttcccaggctccagaac-----------tctgagcaataagtttctgctg
s panTro2.chr21  15744021 136 +  46489110 cttctgccatgtgaggatatagcaaaaaggcaccatctttgaagaagacaggaagccctcaccagacatggaagctactggcaccttgatcttggacttcccaggctccagaac-----------tctgagcaataagtttctgctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315178 136 +  48394510 cttctgccatgtgaggttatagcaagaaggcaccatctttgaagaagagagggagccctcaccagacatggaagctactggcaccttgatcttggacttcccaggctccagaac-----------tctgagcaataagtttctgttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169150 147 - 196418989 cttctgccatgtgaggatatagcaagaaggcaccgtctttgaagaagagagtaagccctcaccagacatggaagctgctggcaccttgatcttggtcttcccaggctccagaactctaagcaatatctgagcagtaagtttctgctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=171686.000000
s hg19.chr21     17020487 56 +  48129895 tttacaaattacccagtttaacatattttgttatagcagcttgaacagactCCAAT
s panTro2.chr21  15744157 56 +  46489110 tttacaaattacccagtttaacattttttgttatagcagcttgaacagactCCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315314 56 +  48394510 tttacaaattacccagtttaacatattttgttacagcagcttgaacagactCCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169297 56 - 196418989 tttacaaattacccaatttaacatattttgttatagcagcttgaacagactcaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=536246.000000
s hg19.chr21     17020543 66 +  48129895 AGaaacctataaagaaaagcaaaggaatggtaaagataattcttacagctactacctctatggagg
s panTro2.chr21  15744213 66 +  46489110 AGaaacctataaagaaaagcaaaggaatggtaaagataattcttacagctactacctctatggagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315370 66 +  48394510 AGAAATGTATAAAGAAAAGCAAAAGAATGGTAAAGATAATTCTTACAGCTACTACCTCTATGGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169353 64 - 196418989 agaaacctataaagaaaagcaaaagaatggtaaggataattctt--agctactacttctatggagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107006.000000
s hg19.chr21     17020609 41 +  48129895 gcttagaggagtggtgcctagggaacttcaaaaataaaaca
s panTro2.chr21  15744279 41 +  46489110 gcttagaggagtggtgcctagggaacttcaaaaataaaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315436 41 +  48394510 GCTTAGAGGAGCGGTGCCTAGGGAACTTCAAAATTAAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169417 38 - 196418989 gcttagaggagcagcgcctagggaa---caaaaataaagca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=364036.000000
s hg19.chr21     17020650 46 +  48129895 atattctccgtttttaactggatggtgggttcatgggtgtttgtAT
s panTro2.chr21  15744320 46 +  46489110 atattctccgtttttaactggatggtgggttcatgggtgtttGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315477 46 +  48394510 ATATTCTCCATTTTTAACTGGATGGTGGGTTCGTGGGTGTTTGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169455 46 - 196418989 atgttctccatttttaactggatggtgggtttgtgggtgtttgtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=281761.000000
s hg19.chr21     17020696 139 +  48129895 ACAT-ACTAAATATGGTATAAATATGATTTTATATCTACTTAATAAT-------------------------AATAAGAAAGAAAGAC-AAAGGTGAGAGATAGAGACAGGGAAGGAGTGTGGGTTATCACTCTCACTAGCGGTGATACCCATACAGCATGGAGAC
s panTro2.chr21  15744366 139 +  46489110 GCAT-ACTAAATATGGTATAAATATTATTTTATATCTACTTAATAAT-------------------------AAGAAGAAAGAAAGAC-AAAGGTGAGAGATAGAGACAGGGAAGGAGTGTGGGTTATCACCCTCACTAGCGGTGATACACATACAGCATGGAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315523 164 +  48394510 ACAT-ACTAAATATGGTATAAATATTATTTTACACCTACTTAATACTTAATTAaaagaaagaaagaaaagaaaggaagaaagaaagaC-AAAGGTGAGAGATAGAGACAGGGAAGGAGTGTGGGTTATCACTTTCACTAGTGGTGATACCCATACAGCATGGAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169501 163 - 196418989 atataactaaatatggtataaatattgttttatgtCTACTTAATAAa---aataaagaaagaaaagaaagagaggaagaaagaaagaCAAAAGGTGAGAGATAGAGACAGGGAAGGAGTGTGTGTTATCAGTTTCACTCGCAGTGATACCCATACAGTATGGAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246930.000000
s hg19.chr21     17020835 47 +  48129895 CCCAGTGTGCAAAGGGATTCCCAAGTGTAGAGCTAAGTTTACCAGTT
s panTro2.chr21  15744505 47 +  46489110 CCCAGTGTGCAAAGGGATTCCCAAGTGTAGAGCTAAGTTTACCAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315687 47 +  48394510 CCCAGTATGCAAAAGGATTCCCAAGTGTAGAGCTAAGTTTACTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169664 47 - 196418989 CCCAGTGTGCAAAGGGATTCACGAGTGTACAGCTAAGTTTACTAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=474347.000000
s hg19.chr21     17020882 52 +  48129895 TGGTAGATTTCACTGCCTCTTTTTATTCTTATCTCATATCAAAGCTTCATTT
s panTro2.chr21  15744552 52 +  46489110 TGGTAGATTTCACTGCCTCTTTTTATTCTTATCTCATATCAAAGCTTCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315734 52 +  48394510 TGGTAGATTTCACTGCCTCTTTTTATTCTTATCTCATATCAAAGCTTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169711 52 - 196418989 TGGTAGATTTCACTGCCTCCTTTTATTCCTGTCTCATATCAAAGTTTCATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76034.000000
s hg19.chr21     17020934 8 +  48129895 AAGTTAGC
s panTro2.chr21  15744604 8 +  46489110 AAGTTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315786 8 +  48394510 AAGTTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169763 8 - 196418989 AAGTTAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=123261.000000
s hg19.chr21     17020942 23 +  48129895 TGGGCCCAAATTACCGGAGTAAA
s panTro2.chr21  15744612 23 +  46489110 TGGGCCCAAATTACCGGAGTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315794 23 +  48394510 TGGGCCCAAATTACTGGAGTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169771 23 - 196418989 TGGGCCCAAATTACCGCAGTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=229581.000000
s hg19.chr21     17020965 39 +  48129895 AACATCATTATCTCCTCCCTCTAGCTCAACCTCTTGTGA
s panTro2.chr21  15744635 39 +  46489110 AACATCATTATCTCCTCCCTCTAGCTCAACCTCTTGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315817 39 +  48394510 AACTTCATTATCTCCTCCCTCTAGTTCAACCTCTTGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169794 38 - 196418989 A-CATCATGATCTCCTCCCTCTAGTTCAACCTCTTGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=161817.000000
s hg19.chr21     17021004 49 +  48129895 TGTACAGTGCCCCATGCCTGTTTTCTCGGAGCCACAGTCCCCTCTTCCT
s panTro2.chr21  15744674 49 +  46489110 TGTACAGTGCCCCATGCCTGTTTTCTCGGAGCCACAGTCCCCTCTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315856 49 +  48394510 TGTACAGTGCCCCATGCCTGTTTTCTCGGAGCCACAGTCCCCTCTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169832 49 - 196418989 TGCACAGTGTCCCATGCCTGTTTTCTCAGAGCCACAGTCCCCTCTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=74544.000000
s hg19.chr21     17021053 46 +  48129895 CCTTTTCTCACTGTCACAACAGAGATTCTATATGTCTCCGTCTACA
s panTro2.chr21  15744723 46 +  46489110 CCTTTTCTCACTGTCACAACAGAGATTCGATATGTCTCCGTCTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315905 46 +  48394510 CCTTCTCTCACTGTCACAACAGAGATTCTAAATGTCTCTGTCTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169881 45 - 196418989 CCTTCTCTCAGTGTCACAACAGAGATTCTA-ATGTCTCAGTCTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=322768.000000
s hg19.chr21     17021099 67 +  48129895 TACCTGACCCTTAAATGCTGTAGTAAGCCATCCTTCCTGAGAATTCATCCCCAGATCCTAGGCTGTC
s panTro2.chr21  15744769 67 +  46489110 TACCTGACCCTTAAATGCTGTAGTAAGCCATCCTTCCTGAGAATTCATCCCCAGATCCTAGGCTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15315951 67 +  48394510 TACCTGACCCTTAAATGCTGTAGTAAGCCGTCCTTCCTGAGAATTCATCCCCAGATCCTAGGCTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169926 66 - 196418989 TACCTGACCCTTAAATGCTGTCGTAAGCCGTCCCT-CTGAGAATTCATCCCCAGATCCTAGGCTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=880965.000000
s hg19.chr21     17021166 113 +  48129895 TTTTTCTCCTTCCTTAGGATGTCCTTCCTCCTCACTTTGCTCAAGACCATGAATTGATGCAGTGGTAATGGAAAAATTTCTAAAGCATATCGGACCGATCATTGCCAGAAATG
s panTro2.chr21  15744836 113 +  46489110 TTTTTCTCCTTCCTTAGGATGTCCTTCCTCCTCACTTTGCTCAAGACCATGAATTGATGCAGTGGTAATGGAAAAATTTCTAAAGCATATGGGACCGATCATTGCCAGAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316018 113 +  48394510 TTTTTCTCCTTCCTTAGGACTTCCTTCCTCCTCACTTTGCTCAAGACCATGAATTGATGCAGTGGTAATGGAAGAATTTCTAAAGCAGGTCGGACCAATCATTGCCAGAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165169992 112 - 196418989 TTTTTCTCCTTCCGTAGGACTTCC-TCCTCCTCACTTTGCCCAAGACCATGAATTGATGCTGGGGTAGTGGAAGAATGTCTAAGGCAGATCGGACCGATGGTTGCCAGAAACG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400424.000000
s hg19.chr21     17021279 77 +  48129895 CATCTTCTCTCTTTTCTGATTCAAGGCAGTTGTTAGGCCAGAAGAGTGGCCTCAGAGAAATACACACCTCTTTTTAA
s panTro2.chr21  15744949 77 +  46489110 CATCTTCTCTCTTTTCTGATTCAAGGCAGTTGTTAGGCCAGAAAAGTGGCCTCAGAGAAATACACACCTCTTTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316131 77 +  48394510 CATCTTCTCTCTTTTCTGGTTCAAGGCAGTTGTCAGGCCAAAAAAGTGGCCTCAGAGAAATACACACCTCTTTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  165170104 77 - 196418989 CATATTCTCACTTTTCTGGTTCAAGGCAGTTGTCAGGCCAAAAAAGTGGCCTGAGAGAAATACAGCCCTCTTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=396529.000000
s hg19.chr21     17021356 36 +  48129895 AGTGATGGATTCTGTATTAGATCTGAGAACTTCTTC
s rheMac2.chr3  165170181 36 - 196418989 AATGATGGATTCTGTATTAGATTTGAGAATTTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316209 36 +  48394510 AGTGATGGATTCTGTATTAGATCTGAGAACTTCTTC
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s panTro2.chr21  15745026 36 +  46489110 AGTGATGGATTCTGTATTAGATCTGAGAACTTCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=230045.000000
s hg19.chr21     17021392 20 +  48129895 Ttcactttgtatgccaaaga
s rheMac2.chr3  165170217 20 - 196418989 TTCACTTTATATGCCAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15745062 20 +  46489110 Ttcactttgtatgccaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1032433.000000
s hg19.chr21     17021412 99 +  48129895 aaaaattttaagcaagtataaaagcagggagactgatgtactagtccagatgaaggaaggtagtctgaaccaaggcagtggatataacagaagtggaag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316265 99 +  48394510 AAAAATGTTAAGCAAGTATAAAAGTAGGGAGACTGATGGACTAGTCCAGATGAAGGAAGATAGTCTGAACCAAGGCAGTGGATGTAACAGAAGTGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165170237 98 - 196418989 AAAAATGTTGAGCAAGTATAAAAGTAGGGAGACTGATGGACTAGTCCAGATG-AGGAAGGTAGTCTGAACCAAGGCAGTGGATATAACAGAAGTGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=727719.000000
s hg19.chr21     17021511 67 +  48129895 tagagatgagggaacagatttgaaaaagatttGCTTGGAACCCTGTTTATTTACTAGACAAAAATCT
s panTro2.chr21  15745181 67 +  46489110 TAGAGATGAGGGAACAGATTTGAAAAAGATTTGCTTGGAACCCTGTTTATTTACTAGACAAAAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316364 67 +  48394510 TAGAAATGAGGGAACAGATTTGAAAAAGATTTGCTTGGAACCCTGTTTATTTACTAGACAAAAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165170335 67 - 196418989 TAGAAATGAGGGAACAGATTTGAAAAAGATTTGCTTGGAACCCTGTTTATTTACGAGACAAAAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1187984.000000
s hg19.chr21     17021578 95 +  48129895 GTCTGGAAGGAATTATGTGAAAATAGCCATCATCTTCATAAAACAACAGTGGGTGGACAGATTAAAAACTTTAAAATTATTGTCTACAATGAGAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165170402 95 - 196418989 GTCTGGAGGGAATTATGTGAAAGTAGTCATCATCTTCATAAAACAACAGTGGGTAGACATACTGAAAACTTTAAAATTATTGTCTACAATGAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=998678.000000
s hg19.chr21     17021673 76 +  48129895 AAGAAGAAAGCTAAGTAT-TTTGAGAGTTATAGATTATTGAAGCAAAATTATTAATTGAGCACCAAGCTCTGCCATT
s panTro2.chr21  15745343 76 +  46489110 AAGAAGAAAGCTGAGTAT-TTTGAGAGTTATAGATTATTGAAGCAAAATTATTAATTGAGCACCAAGCTCTGCCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316526 76 +  48394510 AAGAAGAAAACTGAGTAT-TATGAGAGTTATAGATTATTGAAGCAAAATTATTAATTGAGCACCAAGCTCTGCCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165170497 77 - 196418989 AAGAGGAAAACTGAATACGTATGAAAGTTACAGATTATTGAGGCAAAATTATTAATTGAGCACCGAGTTGCTCAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=348316.000000
s hg19.chr21     17021749 51 +  48129895 GCCTCCAGGAAGCTACAGAGAACATTATTACTTGTAACCTAATGAGCCTTC
s panTro2.chr21  15745419 51 +  46489110 GCCTCCAGGAAGCTACAGAGAACATTATTACTTGTAACCTAATGAGCCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316602 51 +  48394510 GCCTCCAGGAAGCTGCAGAGAACATCATTACTTGTAACCTAATGAGCCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183244.000000
s hg19.chr21     17021800 16 +  48129895 AGAAATCAGTAACTAA
s panTro2.chr21  15745470 16 +  46489110 AGAAATCAGTAACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316653 16 +  48394510 AGAAATCAATAACTAA
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s rheMac2.chr3  165170625 16 - 196418989 AGAAATCAATAACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=729577.000000
s hg19.chr21     17021816 44 +  48129895 TCATGTTCATGACTTGCTATAGTTATTAGCATTAAACATGGATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15316669 44 +  48394510 TCGTGTTCATGACTTGCTATAGTTATTAGCATTAAACATGGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=671206.000000
s hg19.chr21     17021860 45 +  48129895 AGACTAATTTTTAGTATTATACATGGGTGGGATTTGTCTTTTTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17023183 54 +  48129895 CGTGCATATTCTGCTCTGTTCGTTGCTAAGATACACTAAACTTAAAAGTACAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15746961 138 +  46489110 ATTAGTCTCTATGGAACATACACAATCTCAGCACAATCATCTATTTTAGTCACTTTCTGGCCTTAGTTAATTAGATAGTGTTTTGTAAAGATTTTAATTTTAAGTTTTCATTTTGAGAGCAACAAAGTTATTTGCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165172254 58 - 196418989 CACTAACCAAATATCTCTGGTTTTTGGTTTCCCACCCTTCATGTAAGTGATCTGT-ACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 4
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165173187 119 - 196418989 ACACTCCAAATTCACATCTCTGAAGCTATGTCTTCGAATGTAATAGTCACAAACCAAATTCATACTCTACTACTCCATTTCTTCTCTTCCTCCTTTGTTTCTTACCTGTGATTCTtatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=369183.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17024796 74 +  48129895 ATATTAACAACTGATACCATTGAATTTTTGGAGGGTGAGGAGCCCCTCAAGACAAATAGAGACTTTCAATTTTA
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s panTro2.chr21  15748608 142 +  46489110 ATTCCTTGCTGTCTTCTTTTGCCCTGCTCAAACTTTCACCACCCCCAGTTGTTTTTCTTCATGAACGTATACTAAATTTCAGGGCTAAATGGTTTCATTGTTTTGGTAAAGTTGACATTTCCTTTACTACttc----------ttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15319792 152 +  48394510 ATTCCTTGCTGTCTTCTTTTGCCCTGCTCAAACTTTCACCACCCCCAGTTGTTTTTCTTCATGCACGTATACTAAATTTCAGGTCTAAATGGTTTCATTGTTTTGGTAAAGTTGACATTTCCTTTACTACtttttttttttttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165173759 131 - 196418989 ATTTCTTGCTG---TCTTTTGCCCTGCTCAGCCTTTCACCACCCCCAGTTGTTCTTCTTCATGCAAGTACACTAAATTTCAGGGCTGAATGGTTTCATTGTTCTGGTGAAGTTGACATTTCCTTTACTACTTC------------T------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=19861.000000
s hg19.chr21     17025082 95 +  48129895 ttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggtgcgatctgggctcactgcaagctctgcctcccgggttcacaccattct
s panTro2.chr21  15748750 95 +  46489110 ttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggtgcgatctgggctcactgcaagctctgcctcccgggttcacaccattct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15319944 95 +  48394510 ttttgagacagagtcttgctctgtcacccaggctggagtgcagtggcacgatctgggctcaccgcaagctccacctcccgggttcacgccattct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165173890  0 - 196418989 C

a score=45274.000000
s hg19.chr21     17025177 170 +  48129895 cccgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcacccgccacctcacccggctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggc
s ponAbe2.chr21  15320039 170 +  48394510 cccgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggggcccgccaccacgcccggctaattttttgtacttttagtagaggcggggtttcactgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgttccgcccaccttggcctcccgaagtgctgggattacaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15748845 170 +  46489110 cccgcctcaacctcccgagtagctgggactacaggcacccgccacctcacccggctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165173890   0 - 196418989 C

a score=-32692.000000
s hg19.chr21     17025347 31 +  48129895 TCCTTTACTACTTCCTATTTGTATTAAATTA
s rheMac2.chr3  165173890 16 - 196418989 ---------------AATTTGTATTAAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15320209 31 +  48394510 TCCTTTACTACTTCTTATTTGTATTAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15749015 31 +  46489110 TCCTTTACTACTTCCTATTTGTATTAAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=186429.000000
s hg19.chr21     17025378 38 +  48129895 TTGGTTGGCTTAAGAAAGGAGAAACAAGGAAGAAACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15320240 38 +  48394510 TTGGTTGGCTTAAGAAAGGAGAAACAAGGAAGAAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165173906 38 - 196418989 TTGGTTGGGTTAAGAAAGGAGAAACAAGGAAGAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17025416 153 +  48129895 TATCTATCATTTTAAAACTTCAAGGACCTATTTCTTCAAGAATTTCACCACCCAAAAAATTAAAGGGTCTCTATCAGAAATGTTTTTATTTACTCACAGCTATTATGCTTAATGTTTTAGTTTTTTCTGAATTCAGCTTACTATGTTTGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15320278 152 +  48394510 TATCTATCATTTTAAAACTTCAAGGGCCTATTTCTTCAGGAATTTCACCACACAAAAAATTAAAGGGTCTCTATCAGAAATGTTTTTATTTACTCACAGCTATTATGCTTAATGTTTTAG-TTTTTCTGAATTTAGGGCACTATGTTTGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165173944 152 - 196418989 TATCTATCATTTTAAAACTTCAAGGGCCTATTTCTTCAGGAATTTCACCACACAAAAAATGAAAGGGTCTCCATCAGAAATGCTTTTATTTACTCACAGCTATTATGCCTAATGTTTTAG-TTTTTCTGATTTCAGGATACTATGTTTGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17025569 51 +  48129895 TCATCACCTTTAAAGAAATCTGACAGTATAATTTTGCAGGTACAAGGAAAA
s panTro2.chr21  15749234 51 +  46489110 TCATCACCTTTAAAGAAATCTGACAGTATAATTTTGCATGTACAAGGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15320430 51 +  48394510 TCATCACCTTTAAAGAAATCTGACAGTATAATTTTGCAGGTACAAGGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165174096 51 - 196418989 TCATCACCCTTAAAGAAATCTGACAGTGTAACTTTGCAGGGACAAGGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 12

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s panTro2.chr21  15749285 60 +  46489110 GAAAAAAAGCCATCGATTCTGTAGTTTGTTAAAACTAAAACCCATTCTCCCTTTTTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15320481 60 +  48394510 GAAAAAAAGCCATCGATTCTGCAGTTTGTTAAAACTAAAACCCATTCTCCCTTTTTCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165174159 49 - 196418989 -----------ATTGGTTCTGCAGTTTGTTAAAACTAAAACCCATTCTCCCTTTTCCTCT
i rheMac2.chr3  I 12 C 0

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s panTro2.chr21  15749345 21 +  46489110 TATCGCCAATCAATCTTTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15320541 17 +  48394510 TATCGC----CAATCTTTCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165174208 21 - 196418989 TATCGCCAATCAATCTTTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17025701 37 +  48129895 ATATTCTACTGAGCAAAATGACTGTTGCCAAAATCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 14

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 14 C 0

a score=491213.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15320896 247 +  48394510 TATTAGTCATCCCCAAATGGCTTCTTCTGATGTTTCTGATAACTAGATGCTGCCCTGGGAATGCCCGTCACACAGCTGTCACCACCATCTGGAGAA-CTCATTATCTCTATGAAATAGTGTTCTCTTACCCATGGGATATGACCTTTGCTAATTACTCGAGTGGAGTAAAAAATAATTTCCCCGTCATCATTTTATCCTGCTACCAGGTCATGTGGCAGCCACATAACTCCATCCCATAGTTTCCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165174571 248 - 196418989 TGTTAGCCATCCCCAAATGGCTTCTTCTGATGTTTCTGATAACTTGACGCTGCCCTGGGAATGCCTGTCACGCAGCTGTCACCACCATCTGGAGAACCTCATTATCTCTAGGAAATAGTTTTCTCTTACCCATGTGATATGACCTTTGTTAATTACTCTAGTGGAGTAAAAAATTATTTCCCCATCATCATTTTATCCTGCTACCAGGTCATGTGGCAGCCACATGACTCCATCCCATCGTTTCCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17026286 40 +  48129895 AAAAAGACTGGTAATTCGACTTTTATTTGATTTACTCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165174819 40 - 196418989 AAAAAGACTGATAATTCGACTTTTATTTGATTTACTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1325783.000000
s hg19.chr21     17026326 106 +  48129895 ATCACAGCTTTTACCTCCTAAGAACTTGGGCAACAGTCCAAAGTGGAATGGATCACAAGTCAAACTGAGTATCAGCACATTATCACGTCCTGGCTACAGAAATAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15321161  90 +  48394510 ----------------CCTAAGAACTTGGGCAACAGTCCAAAGAGGAATGGATCACAAGTCAAACTGAGTATCAGCACATTATCACATACTGGCTACAGAAATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165174859 106 - 196418989 ATCACAGCTTTTACCTCCTAAGAACTTGGGTAATAGTCCAAAGGGGAATGGATCACAAGTCAGACTGAGTATCAGCACATTATCATGTACTGGTTACAGAAATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-13740.000000
s hg19.chr21     17026432 32 +  48129895 GATTTGAATTATTTGTTTTTCCCACCATCGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=891227.000000
s hg19.chr21     17026464 119 +  48129895 TGCCCTTAGTTAAAGTTAACCCTCCCTTATACTACATAGAAATAATCTACATTGTAAGATCATCTGCATTAACAAGTATATCTTTACATCTCAGATAAAATTGCATCTTCCTTCTCTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15321283 119 +  48394510 TGCCCTTGGTTAAAGTTAACCCTCCCTTATACTACATAGAAATAATCTACATTGTAAGATCATCTGCATTAACAAGTGTATCTTTACATCTCAGGTAAAATTGCATCTTCCTTCTCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165174997 119 - 196418989 TGCCCTTGGTTAAAGTTAACCCTCCCGTATACTATAGAGAAATAATCTACATTGTAAGATCATCTGCATTAACAAGTATATCTTTACATCTCAGATAAAATTGCATCTTCTTTCTCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=255917.000000
s hg19.chr21     17026583 26 +  48129895 GGTAGCACTTACTACTGATGTATCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1168476.000000
s hg19.chr21     17026609 219 +  48129895 TATATCTTCGGGCTCATGTGCGACAAATGTTTTCAGCAGGGCAGAGGATCTactgatagttgttaagtgcttcctctgtgctggcactgcgctaaatactgcacatgtttaacgcacactgcactcacttaaccctcacaaaaatccaatgaagtaggtactaatactatcccattttgcagatgcacaaatggaagcaacgaggctaactagaaccca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15321428 219 +  48394510 TATATCTTCGGGCTCATGTGCGCCAAATGTTTTCAGCAGGGCAGAGGATCTactgatacttgttaagtgcttcctctgtgctggcactgtgctaaatactgcacatgtttaacgcacactgcactcacttaaccctcacaaaaatccaatgaagtaagtactaatactgtcccattttgcagatgcacaaatggaagcaacgaggctaactagaaccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165175142 219 - 196418989 TATTTCTTCGTGCTCATCTGCGACAAATGTTTTCAGCAGGGTAGAGGATCTactgataattgttaagtgcttcctctgtgttggcactgtgctaaatactgcacacgtttaacccactctgcactcattcaaccctcacaaaaatccaatgaagtaggtactattactatcccactttgcagatacacaaatggaaacaacgaggctaactagaaccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=41856.000000
s hg19.chr21     17026828 38 +  48129895 ctttgcaataagcggaggaagcagggtgagaacccaat
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  165176859  98 - 196418989 ttctcctgtgtttcctcatttgagact---------catcccattgagacaggaattcttcatctccc-tttacagacaaaactggagttcaggtgagcaaagtgacg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=321843.000000
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s panTro2.chr21  15752095 42 +  46489110 tatccatagtcacggacagacatagttagctatgtcagatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15323248 42 +  48394510 tatccatagtcacggacagacatagatagctatgccagatct
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  165176957 42 - 196418989 tatccatagtcacggacagacatagatagctatgccagatct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=497300.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15752253 84 +  46489110 GTATCTTTGGAAACACTTTAACCTCAAGTTTTAAATATTTATTAAGTTTCTATAATACCATTTGGGGTGTTTTTGGTGGTGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15323406 84 +  48394510 ATATCTTTGGAAACACTTTAACCTCAAGTTTTAAATATTTATTAAGTATCTATAATACCATTTGGGGTGTTTTTGGTGGTGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15323490 39 +  48394510 TTTTTgacagagtcttgctctgttgcctaggctggagtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165177197 39 - 196418989 TTTTTgacagagtatcgccctgtcgcccaggctggagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15752376 78 +  46489110 cagtggcgccatctcggctcattgcaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165177236 78 - 196418989 cagtggcgcgatctcagctcactgcaagctccgcctcccaggttcccgccattctcctgcctcagcctcccgagtagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=81201.000000
s hg19.chr21     17028816 121 +  48129895 tatttttagtagagacggggtttcaccatgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatccgcccacctctgtctcccaaagtgctgagattacaggcgtgagccaccactccc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15323649 119 +  48394510 tatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatttcctgacctcgtgatccacctgcctccgcctcac--agtgctgagattacaggcgtgagccaccaggccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15752496 121 +  46489110 tatttttagtagagacggggtttcaccatattagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatccgcccacctctgtctcccaaagtgctgagattacaggcgtgagccaccactccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15754049 215 +  46489110 AAAATGTTTTCAGATTCTAGCTAAAAATCCAATTCACTA-GCACTTTAAAAACCTGGCAGAGGAAACCCAGACCCCTATTTATAATTAAGACTGAAGAGTCACCTGCTACTCAACATATCCACACACAAACTCCTTATCTTTGCCCCATTAAGCCTTTTCCTTCATCATAAATTCTTTAGAAGTTACTGAACGTGCAGTTTAAATAATCATCCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15754264 90 +  46489110 ACATATGTTGTGATTGCCCTGATTACAAGATCTTCTACTTCTCTCTCTTTTGAAACTTTCTAGTATTTGTCTGCAATATTCAGATCCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165179732 119 - 196418989 tacaaaaatgattagaaagaataaatcagatctagcatctcacagcacaacaggatgactacagtcaataataagttaattgtacatgtaataatagctaaaagtataatcggattgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15754876 119 +  46489110 tgcaaaaatgattacaaagaataaatcagatctagcatttgacagcacaacagggtgactatagtcaataataagttaattgtacctgaaataataactaaaagtataattgagttgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15326134 175 +  48394510 tgcaacacaaaggataaatgcttgagatgatggatgccccatttaccctgatgtgtttattacacattgtatgtctatatcaaaatatctcatataccccaggaatatatacaactaccatgtacccacaaaaattaaaaATTTTTAAAATGACTTAAATTTCAGGAATAGAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15754995 175 +  46489110 tgtaacacaaaggataaatgcttgaggtgatggatgccccatttaccctgatgtgtttattacacattgtatgtttatatcaaaatatctcatataccccaggaatatatgcaactactatttacccacaaaaattaaaaATTTTAAAAATGACTTAAATTTCAGGAGTAGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15755623 47 +  46489110 gtaactttcatatagaatataacattcatcaaaggttaagtaataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15326758 45 +  48394510 -CTACTTTCATATGGAATATAACATCC-TCAAAGGTTAAGTAATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 M 467
s rheMac2.chr3  165180444 46 - 196418989 -taactttcatatagaatatagcattcatcaaaggttaagtaataaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 4

a score=341737.000000
s hg19.chr21     17031987  66 +  48129895 acattgccaatgggaagctcacatccatgttattaaaacccaacagttactacaacgatcttttag
s rheMac2.chr3  165180494  66 - 196418989 aaagtgccaacaggaagctcgcatccgtgttattaaaacacagcagttactacaacaaacttttag
i rheMac2.chr3  I 4 C 0
s panTro2.chr21  15755670  66 +  46489110 acattgccaatgggaagctcacatccatgttattaaaacccaacagttactacaacggtcttttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15326803 467 +  48394510 M

a score=294147.000000
s hg19.chr21     17032053  38 +  48129895 aatttagagatctttttctggcaggagtattttaccat
s rheMac2.chr3  165180560  38 - 196418989 aatttagagatctttttctggcaggagtattttaccat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15755736  38 +  46489110 aatttagagagctttttctggcaggagtattttaccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15326803 467 +  48394510 M

a score=1131396.000000
s hg19.chr21     17032091 118 +  48129895 ggtattgcttagagtctgctgatgcctggtgataataaaaagcagactgactttagtgagttttattgctgttttcaaatctttccatacaGGGAATTTCTTGATCCCAGCCCCACCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15755774 118 +  46489110 ggtattgcttagagtttactgatgcctggtgataataaaaagcagactgactttagtgagttttattgctgttttcaaatctttccatacaGGGAATTTCTTGATCCCAGCCCCACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15326803 467 +  48394510 M

a score=260334.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=92744.000000
s hg19.chr21     17032239  25 +  48129895 CTTAACTGAGATCAGGAATGTTCAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1063450.000000
s hg19.chr21     17032264  98 +  48129895 AGACCTAGCAACAGGCCTCATCAAGTTATTTTATGGCAGTGATCACAGTGGTGACTGTTAATCATTGGCAGAG-TTACCCTTTGCAAAGTACACAGAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15755947  98 +  46489110 AGACCTAGCAACAGGCCTCATCAAGTTATTTTATGGCAGTGATCACAGTGGTGACTGTTAATCATTGGCAGAG-TTACCCTTTGCAAAGTACACAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15326803 467 +  48394510 M

a score=456291.000000
s hg19.chr21     17032362 33 +  48129895 CTTCTTTTTAAACCACTTTCCAGTTTAGCACAC
s panTro2.chr21  15756045 33 +  46489110 CTCCTTTTTAAACCACTTTCCAGTTTAGCATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 M 467 C 0
s rheMac2.chr3  165180870 30 - 196418989 ---CTTTTTAAACCACTTTCCAGTGTAGCATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=665183.000000
s hg19.chr21     17032395 51 +  48129895 TAAATGAGGATGTTTGTTTGGAATGTTACCACAAACAGATTTAAATGGTTT
s panTro2.chr21  15756078 51 +  46489110 TAAATGAGGATGTTTGTTTGGAATGTTACCACAAACAGATTTAAATGGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327302 47 +  48394510 TAAATGAGGA----TGTTTGGAATGTTACCACAAACAGATTTAAACGGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165180900 51 - 196418989 TCAATGAAGATTTTTGTTTGGAATGTTACCACAAACAGATTTAAAAGGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=441664.000000
s hg19.chr21     17032446 50 +  48129895 TCCTATGATACTATGAATTTTCTTTTAATGCTCAAATGCATACAAGTTCT
s panTro2.chr21  15756129 50 +  46489110 TCCTATGATACTGTGAATTTTCTTTTAATGCTCAAATGCGTACAAGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327349 50 +  48394510 TCCTATGATACTATGAATTTTCTTTTAATGCTCAAATGCATACAAGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165180951 50 - 196418989 TCCTATGACCCTGTGAGTTTTCTTTTAATGCTCAAATGCATACAAGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=234117.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165181001 23 - 196418989 TAGCTGTCAAATTGACAAGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=133555.000000
s hg19.chr21     17032519 23 +  48129895 TTCCTTCTCTTTTCACTTGCTGT
s panTro2.chr21  15756202 23 +  46489110 TTCCTTCTCTTTTCACTTGCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165181024 23 - 196418989 TTCCTTCTCTTTTCCCTTGCCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224964.000000
s hg19.chr21     17032542 84 +  48129895 AGTAATAGCAGTATAATTAGGAGTGCAGCTCCAGAAGAGACTGTTTAACTCCTCAGCTCCTCGGTCAAAGCTTATTTCTTTTCc
s panTro2.chr21  15756225 84 +  46489110 AGTAATAGCAGTATAATTAGGAGTGCAGCTCCAGAAGAGACTGTTTAACTCCTCAGCTCCTCGGTCAAAGCTTATTTCTTTTCc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327445 83 +  48394510 AGTAATAGCAGTATAATTAGGAGTGCAGCTCCAGAAGAGACTGTTTAACTCCTCAGCTCCTCGGTCAAAGCTTATTTC-TTTCc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165181047 76 - 196418989 AGTAACAGCAGTATAATTAGGAGTGCAGCTCCAGAGGAGACTGTTTAA--------CTCCTCGGTCAAAGCTTATTTCTTTTCc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15756309 196 +  46489110 ccagtttcacaaactatgagcagtgggatcttggacaagtttcccaacatttaaaacgcgtggtaaaatgattacagtagtacttgctttcatagagtggttgcagggattaaattagataatttgtgtagagtaggtctcacactatctgagatacTGAATGACAAAACATGCAAAATTGTTCACTCCTGCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327528 196 +  48394510 ccagtttcacaagctatgagcagtgggaccttggacaaatttcccaacatttaaaacgtgcagtaaaatgattacagtagtacttgctttcatagagtggttgtagggattaaattagataatttgtgtagagtaggtctcacaccatctgagatacTGAATGACAAAACATGCAAAATTGTTCGCTCCTGCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165181123 196 - 196418989 ccagtttcacaagctatgagcagtgggaacttggacaaatttcccaacatttaaaatgcacagtaaaatgatgacagtagtacttgctttcatagagtggttgtacggatcaaatgagataatttgtgtaaagtaggtctcacgctatctgagatacTGAATGACAAAACATGCACAATTGTTCTCTCCTGCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-345237.000000
s hg19.chr21     17032822 57 +  48129895 ATTAAAATAGAATAATCtgagaaaagaaaaatagctcagagcagtcagatatgtaaa
s panTro2.chr21  15756505 57 +  46489110 ATTAAAATAGAATAATCtgagaaaagaaaaatagctcagagcagtcagatatgtaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327724 57 +  48394510 ATTAAAATAGAATAATCtgagaaaagaaaaatagctcagagcagtcagatatggaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165181319 57 - 196418989 ATTAAAATAGAATAATCtgagaaaagaaaaatagcccagagcagtcagatatgtgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=74187.000000
s hg19.chr21     17032879 54 +  48129895 gtacgcaaactttatcaggcttggagagacatgagttcatacaagtcatccatg
s panTro2.chr21  15756562 54 +  46489110 gtacgcaaactttatcaggcttggagagacatgagttcatacaagtcatccatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327781 54 +  48394510 gtatgcaaaatttatcaggcttggagagacacgatttcatacaagccatccatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165181376 54 - 196418989 gtatgcaaaatttaccaggtttggagagatatgagttcatacaagccatccatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=35118.000000
s hg19.chr21     17032933 23 +  48129895 cccaggggacaaatgtttaaagg
s rheMac2.chr3  165181430 23 - 196418989 cccaggggacaaacgtttaacgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327835 23 +  48394510 cccaggggacaaatgtttaaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15756616 23 +  46489110 cccaggggacaaatgtttaaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=191615.000000
s hg19.chr21     17032956 103 +  48129895 catcttattcccagctagctgcttatgttcatgttcttggagtttgtgatacaaagaataatgtacagccaatcaatagcttatgttattttaatgtaaattc
s rheMac2.chr3  165181453 103 - 196418989 catcgtattcccaactagctgcttatcttcatgttcctggactttgtgatacaaagaataatgtacagccaatcaatagcttatgttattttaatgtaaattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327858 103 +  48394510 catcttattcccagctagctgcttatgttcgtgttcctggagtttgtgatgcaaagaataatgtacagccaatcaatagcttatgtcattttaatgtaaattc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15756639 103 +  46489110 tatcttattcccagctagctgcttatgttcatgttcttggagtttgtgatacaaagaataatgtacagccaatcaatagcttatgttattttaatgtaaattc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=100376.000000
s hg19.chr21     17033059 76 +  48129895 ttggtaaacaacatagaagttgcctccttttcccccttaaaaacccacatgtaactgctgctaatcaaagtgtata
s panTro2.chr21  15756742 76 +  46489110 ttggtaaacaacatagaagttgcctccttctcctccttaaaaacccacatgtaactgctgctaatcaaagtgtata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15327961 76 +  48394510 ttggtaaacaacatagaaattgcctccttttcccccttaaaaacccacttgtaacttctgctgatcaaagtgttta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165181556 76 - 196418989 ttggtaaacaacatagaaattgcctcctttccccccttaaaaacccacttgtacctgctgctaatcaaagtgtata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=84497.000000
s hg19.chr21     17033135  98 +  48129895 ttcagggcacttaattctgtg--cctagtggccaccctcaagctttggctcagagaaactctgtacgtgatggtattttctgaatctgattatttgaggt
s panTro2.chr21  15756818 100 +  46489110 ttcagggcacttaattctgtgcacctagtggccgccctcaagctttggctcacagaaactctatacgtgatggtattttctgaatctgattatttgaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328037  98 +  48394510 ttcagggcacttaatcctgtgcccctagaggccatccacaagcttcgcctcagagaaactc--tacttgatggtattttctgaatctgattatttgaggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165181632 100 - 196418989 ttcagggcacttacttctgtgcccctagtggccatcctcaagctttggctcagagaaactctgtacttgatgataatttctgaatctgattatttgaggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-10496.000000
s hg19.chr21     17033233 38 +  48129895 tgacaTGATAAATCAAACCAAAGTATCTGACCTCCCCC
s rheMac2.chr3  165181732 38 - 196418989 tgacaTGATAAATCAAACCGAAGTATCTTACCTCCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328135 38 +  48394510 taacaTGATAAATCAAACCGAAGTATCTTACCTCCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=73574.000000
s hg19.chr21     17033271 31 +  48129895 AACCTCTCACCTCTCCCTAAATGCTACATTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-68098.000000
s hg19.chr21     17033302 31 +  48129895 CTGCTACCACAAAGAGGGGTAAATTGCAGAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328204 31 +  48394510 CTGCTACCACAAAGAGGGGTAAATTGTAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-46875.000000
s hg19.chr21     17033333  9 +  48129895 TTTTT-CCGC
s rheMac2.chr3  165181831 10 - 196418989 TTTTTACCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328235  9 +  48394510 TTTAT-CCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15757018  9 +  46489110 TTTTT-CCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=118781.000000
s hg19.chr21     17033342 29 +  48129895 CATTCTTTGCTCTCTTAGTTTTTAAAAAT
s rheMac2.chr3  165181841 29 - 196418989 CATTCTTTGCTCTCTTAGTTTTAAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328244 29 +  48394510 CGTTCTTTGCTCTCTTAGTTTTTAAAAAT
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s panTro2.chr21  15757027 29 +  46489110 CATTCTTTGCTCTCTTAGTTTTTAAAAAT
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a score=17763.000000
s hg19.chr21     17033371 22 +  48129895 CTTTTAAATTTAATCTCTCATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328273 22 +  48394510 CTTTCAAATTTAATCTCTCATA
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s panTro2.chr21  15757056 22 +  46489110 CTTTTAAATTTAATATCTCATA
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a score=-145629.000000
s hg19.chr21     17033393 46 +  48129895 TCTTCATTTGTCATTCCAAACTGGAAATAATTTTGTGTG----------------------------------------GTGTCAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328295 86 +  48394510 TGTTCATTTGTCATTCCAAACTGGCAATAATTTTGTGTGGTGTGGCTTACACATAATTTGTTGGCAATTCTGGTTTACAGTGTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=243114.000000
s hg19.chr21     17033439 43 +  48129895 AGTATAAAACATTAACCATTTTGCCAATGAAATATTACCATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=439517.000000
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s rheMac2.chr3  165181981 55 - 196418989 CTAGATTTTTTTAAATCTGACATCTCAATCATTTAAGTTTTGGGGACCCATTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328424 55 +  48394510 CTAGATTTTTAAAAATCTGACATCTGAATCATTTAAGTTTTGGGGACCCATTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15757167 55 +  46489110 CTAGATTTTTTAAAATCTGACATCTCAACCATTTAAGTTTTGGGGACCCATTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=208289.000000
s hg19.chr21     17033537 29 +  48129895 AGTTAAGGACTCTATTCATTTAAGAAAAA
s rheMac2.chr3  165182036 29 - 196418989 AGTTAAGGACTCtatttattaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165182066 14 - 196418989 tttttttaatGCCA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15757265 54 +  46489110 AGGTAGACTAGTACCAAGTTAAATCTCAAAAACTAACCATATCCTGGTATTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=457637.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328643 35 +  48394510 AACATGGCAGTATGCCAAAATTTCCATCAATGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385398.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17033778 22 +  48129895 AGG---AAAAAAAAACGCTCAACTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165182302 21 - 196418989 GACACCAATAAAAGGTTACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=731000.000000
s hg19.chr21     17033821 70 +  48129895 CCTTTTCAAAAGCAAAAAGCTTTTCAAAAAGCCCTTCACAAAGTTATCAAATGAGATACTGGATTATTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328762 70 +  48394510 CCTTTTCAAAAACAAAAAGCTTTTCAAAAAGCCCTTCACAAAGTTATCAAATGAGATACTGGATTATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165182323 70 - 196418989 GCTTTTCGAAAACAAAGAGTTTTTCCAAAAGCCCTTCACAAAGTTATCAGATGGGATACTGGATTATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=173349.000000
s hg19.chr21     17033891 71 +  48129895 AATATGGTGACAGAGGGAAACATTTTGATCGGCTGATCAGCTGAAAACAAACTCATTACACTCCCACCTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328832 71 +  48394510 AATATGGTGACAGAGGGAAACATTTTGATTGGCTGATCAGCTGAAAACAAACTCATTACACTCCCACCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165182393 71 - 196418989 ACGATGGTGACAGGGGGGAGCATTTTGATGAGCTGATCAACTGAAAACAAGCTCATTATACTCCCACCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17033962 74 +  48129895 CCAACTAGTTTAAAGTCAGGAAAAAAAAAAGGTTATTAGCAACTGGAAACTTTTTCACAAAAATATATGCCTAT
s panTro2.chr21  15757647 74 +  46489110 CCAACTAGTTTAAAGTCAGGAAAAAAAAAAGGTTATTAGCAACTGGAAACTTTTTCACAAAAATATATGCCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15328903 73 +  48394510 CCAACTAGTTTAAAGTTAGG-GAAAAAAAAGGTTATTAGCAACTGGAAACTTTTTCACAAAAATATATGCCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165182464 72 - 196418989 TCAACCAGTTTAAAGTCAGG--AAAAAAAAGTTTATTAGCAACTGGAAACTTTTTCACAAAGATATATGCCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17034036 30 +  48129895 TGTCTTggtgcggtggctcattcctgcaat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17034066 77 +  48129895 cccagcactttgggaggctaaggcaggagggttgctggagcctaggagtttgagacaagcctgggcaacatagtaag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165182566 77 - 196418989 cccagcactttgggaggctgaggcaggaggattgctggagccgaggagttcaagaccagtctgggcaacatagtgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15757891 53 +  46489110 gctactcaggaggctgagcctgcaaggaggctaagcctgcaagatggaggctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  15329243 54 +  48394510 at-ataaaatattatataattttataatatattaatatagatctttaataatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165182821 55 - 196418989 ataataaaatattatataattttataatatattaatatagatctttaataatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17034376 14 +  48129895 gatctatatTAAAA
s rheMac2.chr3  165182876 14 - 196418989 gatctatattaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=352902.000000
s hg19.chr21     17034390 85 +  48129895 CATCAATATTAAAACAATAATGTATATTGACTCAGTTGTTATCAAATTCAACTTACATAGTACCTTATAAATGTTTTATGAAAGT
s rheMac2.chr3  165182890 77 - 196418989 catctatatt-----aataatgtatatTGACTCAGT---TATCAAATTCAACTTACATAGTACCTTATAAATGTTTTACGAAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15758073 85 +  46489110 CATCAATATTAAAACAATAATGTATATTGACTCAGTTGTTATCAAATTCAACTTACATAGTACCTTATAAATGTTTTATGAAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17034475 110 +  48129895 AAATACCAGTCTGTAAATATTTTTTCCTAAATTTGTAAATAAATTGTATTAAATCTTTAGTACGTAGGTTTTATTGGTTAATTCTAATAATTCTGCATTAAAGACTGGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165182967 110 - 196418989 AAATACCAGTCTATACATATTTTTTCGCAAATTTGTAAGTAAGTTGTATTAAATCTTTAGTAGCTAGATTTTATTGGTTAATTCTAATAACTCTTCATTAAAAACTGGTA
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a score=91032.000000
s hg19.chr21     17034585 25 +  48129895 TTAAAGCAGTATTTCAGTATTTTTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165183077 25 - 196418989 TTAAAGCAGTATTTCAGTATTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=531127.000000
s hg19.chr21     17034610 63 +  48129895 AAATCAAACACTCAAGATACATGTATTTCAGTCACTCTATTCATGTTCTCCTAGCTCGCTCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15329531 63 +  48394510 AAATCAAGCACTCAAGATACATGTATTTCAGTCACTCTATTCATGTTCTCCTATCTTGCTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165183102 63 - 196418989 AAGTCAAACACTCAAGATACATGTATTTCAGTCACTCTATTCATGTTCTCTTAGCTTGCTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 I 315

a score=244824.000000
s hg19.chr21     17034673 17 +  48129895 GAGAAAAGAAAATATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 315 C 0

a score=605801.000000
s hg19.chr21     17034690 33 +  48129895 AAAATATGTCTTCAGCTCATTTTCACATTCAAC
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s rheMac2.chr3  165183497 33 - 196418989 AAAATACGTCTTCAGCTCATCTTCACATTCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=312912.000000
s hg19.chr21     17034723 35 +  48129895 TGATTTCATCCAACCTCTGGCTAAGTAGGAAATAT
s panTro2.chr21  15758406 35 +  46489110 TGATTTCATCCAACCTCTGGCTAAGTAGGAAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15329644 33 +  48394510 TGATTTCATCCAACCTCTGGCTAAGTAGGAAA--T
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1686341.000000
s hg19.chr21     17034758 151 +  48129895 GTGCCAGATTAAAGTTTGATGATCAGCAATTTTTTTTCTATACTAACATTTTTTTCTGCTTACAGAACACTGTTCTATCATTTTCAGTACATTTCACAGAGGATCACATAGGCAAATTTAGATGTCCTTAATGTTCACTTATTTCTGCATA
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s ponAbe2.chr21  15329677 151 +  48394510 GTGCCAGATTAAAGTTTGATGATCAGCAACTTTTTTTCTATGCTAACATTTATTTCTACTGACAGAACACTGTTCTGTGATTTTCAGTACATTTCACACAGGATCACATAGGCAAATTTAGATGTCCTTAATGTTCACTTATCTCTGCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 4

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i rheMac2.chr3  I 4 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15759967 334 +  46489110 CATCCACAATAAGTTCAAAAAATTGAACTTATTTTAAATACATAACGATAGATGAATGAGAGCCTGGGTATCGTAGTTTGGTCTTCAAGCCTTTGCAATACAGAAAGG-CCCACTTTCAGAAAGCCAGCAAGTTGGATATTTTGCACCAGTCAACCACATTCATTATTATTTACAAAGTCTTTTCATGGTCACAGTGCTACAtactcttcataaaaacaaattcgaatagatggtgt---------------------------------tattcccattttacagaggaggaaatttacaggttgaagttgtaccatgtctaaaattacataTGAggccaggcctggtggctcctgcctataatcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165185380 229 - 196418989 aagccctttgggatgccaaggtaggaggatcaattgaggccaggagtgtgaaaccagcccaggcaacatagtgagg-ccccgtctctacaaaaaaatttttaaaaataaattagctgggagtcgtggtgtgtgcaagcagccctagctacttagaaagctgagatggaaagattgcttgagtccaagagtttgaggttacaaatctcttcatagactgctgtgattacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15760301 230 +  46489110 aaaccctttgggatgccagggtaagaggatcacttgaggccaggagtttgaaactagcccaggcaacatagtgaggcccccgtctctacaaaaaaatttttaaaaagaaattagctgggagtggtggtgtgtgccagcagtcctagctacttaggaggctgagatggaaggattgcttgagtccaggagtttgaggttacgaatctcttcatagactgctgtgattacat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17036843 70 +  48129895 agtta------------------tgattgcaccactgcactcccgcctgggtaacagagtgagaccctatctctgaaataaaagtaaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15762533 19 +  46489110 aacagtgtcttattctgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15333754 19 +  48394510 aacagggtcttactctgtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245756.000000
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s panTro2.chr21  15762552 146 +  46489110 acctaggctgcagtgcagtggggtgatcatagctaactgcaacctcaaactcctgggttcaaacactcctcccactctagcctctggaggaactgggactataggcatgcgccaccaggcccagttagtttttcaatttcctgtag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165187633 145 - 196418989 accttggctggagtgcagtggggtgatcatagcttaccgcagcctcaaactcctgggttccagcactcctcccactccagcccctggagtaactgggactataggcgagcaccaccaggcccagc-agtttttaaatttcctgtag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15333955 81 +  48394510 aactcctggcatcaagcaatcctctctcctcggccttccaaaatgctgggattacaggcataagccaccatgccAACTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165187814 81 - 196418989 aactcctggcatcaagcaatcctgtctcctcggccttccaaaatgctgggattacaggcgggagtcaccatgccATCTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165187944 23 - 196418989 ttttaaaatcgtattcactcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15762887  81 +  46489110 AATTTTTAAAAC-----------------------------------------------------------------------------AACTGCCACAGGTGGGAGAAATGTAATCCAGCTTCTCATTTTCCAAACCCATTGTAATTTAGCCTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15762968 47 +  46489110 AATAAAACCCTTAAAAATCTGAACAAGTAATCAGTATTGCTTAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15334189 46 +  48394510 AATAAAACCCTT-AAAATCTGAACAAGTAATCAGTATTGCTTAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165188125 46 - 196418989 AATAAAACCCTT-AAAATCTGAACAAGTAATCAGCATTGCTTAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165188301 69 - 196418989 CTCTTTACAGATTGTGAAACATCTGTTTAATTCTCATTTGGTGGTATAAGGTACTTGATGATGAATCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165188465 25 - 196418989 -------------TGATTTCTGTATAGTTTGGTTATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15334860 288 +  48394510 AACTCTGGTTCAGATAATGTGATTTTTAAAAGCATGCCAATTTGGTTGTGAATTATTACACCAATAAGATATAATTAGAGAACC----ATTTCCTTCGTAAGTATACTGGACATTAATAATGCTACTCCTCAAATGACCTTTCAGACTTCACCTCTGGACCACAGCCCATCATGCTTTGCATTGTGTTACTGATACACTGGTACTAAATTAAACTCAGATTTAAGGAGTTATCTTGAAGAAATCGGCAAAAACTGTATGTGAATACAAACTTGAACATCCATGGATAATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1652783.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1500801.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165190070 56 - 196418989 gtgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgagagaccaaggtgggtggatc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17041310 66 +  48129895 acctgaggtcaggagttcaagaccagcctgaccaacactgagaaaccttgtctctactaaaaacac
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15765004 66 +  46489110 acctgaggtcgggagttcaagaccagcctgaccaacactgagaaaccttgtctctactaaaaacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-39713.000000
s hg19.chr21     17041376 73 +  48129895 aaaattagctgggcgtagtagcgcatgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15336284 73 +  48394510 aaaattagctgggtgtagtggcgcatgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15765070 73 +  46489110 aaaattagctgggcgtagtagtgcatgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=53571.000000
s hg19.chr21     17041449 55 +  48129895 aacccgggaggcggaggttgtgttgtgccgagatcatgccattgccattgcattc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15765198 27 +  46489110 cagcctgggcaacaagagcgaaactcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15336412 27 +  48394510 cagcctgggcaacaagagcgaaactcc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12268.000000
s hg19.chr21     17041531 23 +  48129895 atctc---------aaaaaaaaaaaaaacaaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15765225 22 +  46489110 atctc----------aaaaaaaaaaaaacaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17041554 41 +  48129895 aaaaCACCAAAGTGGCTAGTGGGATATGATCAGGGAGTGGT
s panTro2.chr21  15765247 41 +  46489110 aaaaCACCAAAGTGGCTAGTGGGATATGATCAGGGAGTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15336469 41 +  48394510 aaaCCACCAAAGTGGCTAGTGGGATATGATCAGGGAGTGGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5928.000000
s hg19.chr21     17041595 41 +  48129895 GAGATGGGAGAAGAGAGTGGATTTTGACAGGTTTTTGTGGA
s rheMac2.chr3  165190420 40 - 196418989 GAGATGGGAGAAGAGAGTGGATTTGGACAGG-TTTTATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=450642.000000
s hg19.chr21     17041636 52 +  48129895 TTATGAGAAGTGGTAGAAGAATTGAAGCTTCTGCTGTCCCT------GTCAGACCAAA
s rheMac2.chr3  165190460 58 - 196418989 TTATGAGAAGTGGGAGAAGAATCGAAGCTTCTGCTGTCCCTGGTGAAGTCAGACCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15336551 58 +  48394510 TTATGAGAAGTGGTAGAAGAATTGAAGCTTCTGCTGTCCCTGGTGAAGTCAGACCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15765329 52 +  46489110 TTATGAGAAGTGGTAGAAGAATTGAAGCTTCTGCTGTCCCT------GTCAGACCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2589667.000000
s hg19.chr21     17041688 126 +  48129895 GGAGTAGGAGGAGTTCCTGCTGTGAACTGAGAAGCTGGTGATGTTATCTCAAACGCAGCCAAGCTCTTTCCAAAGTAAGAATCAGTAACTGTTTATATAAAGGGCAGGATTGCCCAACTGCAATCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15336609 126 +  48394510 GGAGCAGGAGGAGTTCCTGCTGTGAACTGAGAAGCTGGTGATTTTATCTCAAAGGCAGCCAAGCTCTTTCCAAAGTAAGAATCAGTAACCGTTTATATAAAGGACAGGATTGCCCAACTGCAATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=928605.000000
s hg19.chr21     17041814 88 +  48129895 GTTTGTGAGATGGGTGTTAAAATGCTTTGGGGCACCTCCCACTACTCCTGATTATAGGGAATTAGGTTAGCATTGTTGAGGGTAAGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=457248.000000
s hg19.chr21     17041902 44 +  48129895 TTTGAGGACGGTGCTTGACACCTACCTCCCCACACCTTTCAGAG
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a score=298553.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165192336 110 - 196418989 ATTATTTCTGGGAACTCTAAGAAGAAATCTGAATACAATAGTAATGAGAAATCATATGGACTAAGAGCCAAGAGAAAACTCTGTCTCATCTGAAATGGAAATAGTACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154388.000000
s hg19.chr21     17043629 41 +  48129895 GAAATAAGAAAGAGTAACTAGAAATGGAAAGCCCCAGTTGC
s panTro2.chr21  15767325 41 +  46489110 GAAATAAGAAAGAATAACTAGAAATGGGAAGCCCCAGTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15338548 41 +  48394510 gaaataagaaagagtaactagaaatgggaagCCCCAGTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165192446 41 - 196418989 GAAATAAGAAAGAGCAACTAGAAATGGAAAGCTCCAGTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=585095.000000
s hg19.chr21     17043670 135 +  48129895 AGTCAGCCGAGATCACAGCCACAACTACCCAATAAGAAGAAATGTAACATGGGAAGGATGTTTCTAATATCGGTACTTAGGtcagctataatgcctggcttgcaaatcacagaaagtacaactcaaagtagctta
s panTro2.chr21  15767366 135 +  46489110 AGTCAGCCGAGATCACAGCCACAACTACCCAATATGAAGAAATGTAACATGGGAAGGATGTTTCTAATATGGGTACTTAGgtcagctataatgcctggcttgcaaatcacagaaagtacaactcaaagtagctta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15338589 134 +  48394510 AGTCAGCCAAGATCACAG-CACAACTACCCAATATGAAGAAATGTAACATGGGAAGGATGTTTCTACTATGGGTACTTAGGtcagctataacgcctggcttgcaagtcacagaaagtccaactcaaagtagctta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165192487 118 - 196418989 CA-----------------CACGACTACCCAATATGAAGAAATGTAACATGGGAAGGATGTTTCTAGTATGGGTACTTAGgtcagctataatgtctggcttgcaaatcacagaaagtccaactcaaagtggctta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=631375.000000
s hg19.chr21     17043805 121 +  48129895 aaaatgagagtattgtattggcttatataactgcaaaacccaaagttaggccttgtttgaacggtgcttgagctacctgtgcaagcatatcaccaaggatacagtttctttgtctttccag
s panTro2.chr21  15767501 121 +  46489110 aaaatgagagtattgtattggcttatataactgcaaaacccaaagttaggccttgtttgagcggtgcttgagctacctgtgcaagcatatcaccaaggatacagtttctttgtctttccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15338723 121 +  48394510 aaaaagagagtattgtattggcttatataactggaaaacccaaagttaggccttgttcgagcggggcatgagctacctgtgcaagcatatcaccaaggatacagtttctttgtctttccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165192605 120 - 196418989 aaaatgagagtactgcattggtttacataaccgcaaaacccaaagttaggccttgttcgagcggtgcttgagctacctgtgcaagcatatcaccaaggat-ctgtttctcagtctttctag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218742.000000
s hg19.chr21     17043926 72 +  48129895 aatgttttctgcagagctggtttcattctaaagatgactttttgtaatatcatgatgactacaaacatctct
s panTro2.chr21  15767622 72 +  46489110 aatgttttctgcagagctggtttcattctaaagacgactttttgtaatatcatgatgactacaaacatcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15338844 72 +  48394510 aatgttttctgcagagctggtttcattctaaagatgactttttgtaatatcatgatgactacaaacatcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165192725 72 - 196418989 cctgctttctgcagagctggtttcattctaaagatgacttgttgtaataccatgatgactacaaacgtcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=384460.000000
s hg19.chr21     17043998 93 +  48129895 ggaacacacacttcccagaatacatttgcaccatagaggagagtgtatgtgtcttagcattctcagcaaatgtctcaaaattaattatctttg
s rheMac2.chr3  165192797 93 - 196418989 ggaacgcacacctcccggaatacatttgcaccatagaggagagtgtatgtgtcttagcattctctgcaaatgtctcaagattaattatcttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15338916 93 +  48394510 ggagcgcacacttcccgaaatacatttgcaccatagaggagagtgtatgtgtcttagcattctcagcaaatgtctcaaaattaattatctttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15767694 93 +  46489110 ggaacacacacttcccggaatacatttgcaccatagaggagagtgtatgtgtcttaggattctcagcgaatgtctcaaaattaattatctttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=313286.000000
s hg19.chr21     17044091 60 +  48129895 catgggctaatgctacatgcccacctgctgaaccacactttgtatccagggaggtagaat
s rheMac2.chr3  165192890 60 - 196418989 catgggctaatgctacacgcccacctgctgaaccacacttcgtatccacagaggtagaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339009 60 +  48394510 catgggctagtgctacatgtccacctgctgaaccatactttgtatccagggaggtagaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15767787 60 +  46489110 catgggctaatgctacatgcccacctgctgaaccacactttgtatccagggaggtagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=144593.000000
s hg19.chr21     17044151 61 +  48129895 taaccgattaaagtagctttgatcacatactccatacctagaacTTTTTT--TTTTAGCTTCC
s rheMac2.chr3  165192950 62 - 196418989 taactgattaaagtagccttgatcacatactccatacctagaactTTTTTT-TTTTAGTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339069 63 +  48394510 taactgattaaagtagctttgatcacgtactccatacctagaacTTTTTTTGTTTTAGCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15767847 60 +  46489110 TAACCGATTAAAGTAG-TTTGATCACATATTCCATACCTAGAACTTTTTT--TTTTAGCTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=113946.000000
s hg19.chr21     17044212 64 +  48129895 CTGGAGCCATATGGATCCACCGCCATCTCCACCAGAAAAATATCTGCTATTAATACCATTGGGA
s panTro2.chr21  15767907 64 +  46489110 CTGGAGCCATATGGATCCACCGCCATCTCCACCAGAAAAATATCTGCTATTAATACCATTGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339132 64 +  48394510 CTGGAGCCATATGAATCCACCACCATCTCCACCAGAACAATATCTGCTATTAATACCATTGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165193012 64 - 196418989 CTGGGGCCACATGGATCCACCACCATCTCCACCAGAAAAATATCTGCTATTAATACCATTGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110771.000000
s hg19.chr21     17044276 29 +  48129895 ATAGGGAATAGGGGCTGGGAAGTCATCCA
s panTro2.chr21  15767971 29 +  46489110 ATAGGGAATAGGGGCTGGGAAGTCATCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339196 29 +  48394510 ATAGGGAATAAGGGCTGGGAAGTCATCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165193076 29 - 196418989 ATAGGGAATAAGGGCTGGGAAGTCATCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156021.000000
s hg19.chr21     17044305 55 +  48129895 ACAAATGTCCTCACTAGTAGAGAaatacaagaatattggggcaaattaaacacat
s panTro2.chr21  15768000 55 +  46489110 ACAAATGTCCTCACTAGTAGAGAAATACAAGAATATTGGGGCAAATTAAACACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339225 55 +  48394510 ACAAATGTCCTCACTAGTAGAGAaataaaagaatattggggcaaattaaacacat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165193105 54 - 196418989 ACACATG-CCTTAATGGTAGAGAAATGCAAGAATATTGGGGCAAATTAAACACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163812.000000
s hg19.chr21     17044360 82 +  48129895 tacacaaatacaataattgatgtcctgatgaattttcctccaatcacgtctTTCATATTCCTGGGTTACTGCAACCGCTTTT
s panTro2.chr21  15768055 82 +  46489110 TACACAAATACAATAATTGATGTCCTGATGAATTTTCCTCCAATCATGTCTTTCATATTCCTGGGTTACTGCAACGGCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339280 68 +  48394510 tacacaaatacaataattgatgtcatgatgaattttcctccaatcacgtctttcatattcctgggtta--------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165193159 68 - 196418989 TACACAAATACAATAATTGATGTCATGATGAATTTTCCTCCAATAATGTCTTTCATATTCCTGGGTTA--------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165202.000000
s hg19.chr21     17044442 706 +  48129895  
s panTro2.chr21  15768137 784 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165193227   0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  15339348   0 +  48394510 C

a score=107040.000000
s hg19.chr21     17045148 36 +  48129895 ctgCAACGgctttttgtaagggatacatagaaaata
s panTro2.chr21  15768921 36 +  46489110 CTGCAACGGCTTTTTGTAAGGGATACATAGAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339348 36 +  48394510 ctgcaatggctttttgtaagggatacatagaaaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165193227 36 - 196418989 CTGCAACAGCTTTCTATAAGAGATACATAGAAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331783.000000
s hg19.chr21     17045184 87 +  48129895 aaaatcatacagaacatgtaaacacaaaactcagcaatagcattcctatcatttgatgctaagacaaaatatatcactgccagtttt
s rheMac2.chr3  165193263 87 - 196418989 AAAATCCTACAGAACATGTAAATATAAAATTCAGCAATAGCATTCATATCATTTGATGCTAAGATAAAATATATCACTGCCTGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339384 87 +  48394510 aaaatcatacagaacatgtaaacataaaactcagcaatagcattcctatcatttgatgctaagacaaaatatgtcactgcctgtttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15768957 87 +  46489110 AAAATCATACAGAACATGTAAACATAAAATTCAGCAATAGCATTCCTATCATTTGATGCTAAGACAAAATATATCCCTGCCAGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=601549.000000
s hg19.chr21     17045271 121 +  48129895 ttagtcatagacaattcataggaacttaatcattagatattaaatctgaatatgaagaggatgttcattgaccttataatgaaatatgtgaataaatacaaaatcaaagtaat-----atttaatt
s panTro2.chr21  15769044 121 +  46489110 TTAGTCATAGACAATTCATAGGAACTTAATCATCAGATATTAAATCTGAATATGAAGAGGATGTTCATTGACCTTATAATGAAATATGTGAATAAATACAAAATCAAAGTAAT-----ATTTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339471 126 +  48394510 ttagtcacagacaattcataggaacttaatcatcagatattaaatctgaatatgatgagggtgttcattgaccttgtagtgaaatatgtgaataaatacaaaatcaaagtaatatttaatttaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165193350 121 - 196418989 TTAGTCAGAGACAATTCATAGGAACTTAATCATTAGATATTAAATCTGTATATGATGAGGATGTTCATTGACCTTATAATGAAATCTGTGAATAAATACAAAATCAAAGTAAT-----ATTTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=860292.000000
s hg19.chr21     17045392 138 +  48129895 aataactactctaccagaacagcatattttGTATTAGTTATACGTACTGATATAAATAGGTAGCATTTCCTTGTACTCATTGTTCTGCTGACAAAAATTCTATTATGGGAGAAAAATGGCAATAAAAAACTTATATTT
s rheMac2.chr3  165193471 138 - 196418989 AACAACTACTTTACCAGAACAGCATATTTTGCATTAGTTATACGTATTGATATAAATAGGTAGCATTTCCTTGTATTCTTTGTTCTGCTGACAAAAATTCTATTATGGGAGAAAAATGGTAATAGGAAACTTATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15339597 138 +  48394510 aataactactctaccagaacagcatattttgcattagttataTGTACTGACATAAATAGGTAGCATTTCCTTGTACTCATTGTTCTGCTGACAAAAATTCTATTATGGGAGAAAAATGGAAATAAAAAACTTATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15769165 138 +  46489110 AATAACTACTCTACCAGAACAGCATATTTTGCATTAGTTATACGTACTGATATAAATAGGTAGCATTTCCTTGTACTCATTGTTCTGCCGACAAAAATTCTATTATGGGAGAAAAATGGCAATAAAAAACTTATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=511919.000000
s hg19.chr21     17045558 77 +  48129895 CTTTTAAGTGGAATGCATTTGAAATTAGAATTCTGAAAGAAATATGAATTTGTGGTAAAATTGTCAATAAAAATTAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=52936.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165193911 133 - 196418989 -----tttttttt---ttttttgagacggagtctcgctctgtctctcaggctagagtgcagtggtgcaatctcagctcactgcaagctcagcctcccgggttcccgccattctcctgcctcagcctccagagtagccggga
i rheMac2.chr3  C 0 I 12

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165194044 12 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15340212 429 +  48394510 tttttttgtatttttcgtagagacggggtttcaccatgttagtgagaatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgcccgcctccgcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcgtccggccTGTTCTGtttttttgagacggagtttcactctgttgcccaggctggcgtgcagtgctgtgatctcggctgactgcaatctccacctccttggcttaagtgattctcctgtctcagcctcctgagtatcttggattacaggcgtgcactcccacccccggctagtttttgtatgttttgtagagacagagtttcgccatgttggccaggctggcctctaaatcccgggctcaagtgatctgcctgcctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgaggcgctgtgcccggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165194056 428 - 196418989 ctttcttgtatttttaatagagactgggtttcaccgtgttggccaggatggtcttgctctcctgacctcgtgatccgccagcctcggcctcccaaagtgctgggtttacaggcgtgagccaccgcgcccggccTGTGTTGCttttttgagacggagtttcactctgtc-cccgcgctggagtagagcggtgcgatctcggctgaccgcaacctccatctcctgggctcaagtgattctcctgcctcagcctcctgagtcccttagattacaggcgtgcaccaccactcccggctaatttttgtattttttgtagaaacagcgtttcgccaagttggccaggctggcctctaaatcccgggctcaagtgatccgcctgcctcagcctccccaagtgctgggattacaggcataggccgctgtgcctggcc
i rheMac2.chr3  I 12 C 0

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s rheMac2.chr3  165194484 79 - 196418989 TCACCCATCTTTTATATACAAATTAAAACTGAAATAATAGGAATAAAGAAAACCATCTTGTGAAACATAACCATGCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15340641 79 +  48394510 TCACCCATCttttatataaaaattaaaaatgaaataataGGAATAAAGAAAACCATCTTGTGAATCATAACCATGCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15770212 79 +  46489110 TCACCCATCTTTTATATACAAATTATAAATGAAATAATAGGAATAAAGAAAACCATCTTGTGAATCATAACCATGCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=188982.000000
s hg19.chr21     17046506 70 +  48129895 CTCCGCTTGTTTAACAGGCAAGGAGACAACTTAAAGAGACCAAAGAACAACTGTGAATTTGTTTAAAATA
s rheMac2.chr3  165194563 69 - 196418989 CTCAGCTTGTTTAACAGGCAAGGAGACAACTT-AAGAGACCAAAAAACAACTGTGAATTTGTTTAAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15340720 69 +  48394510 CCCAGCTTGTTTAACAGGCAAGGAGACAACTT-AAGAGACCAAAGAACAACTGCGAATTTGTTTAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15770291 69 +  46489110 CTCCGCTTGTTTAACAGGCAAGGAGACAACTT-AAGAGACCAAAGAACAACTGTGAATTTGTTTAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15770360 10 +  46489110 TGACGGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=149719.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15770666 53 +  46489110 TTTACCTGGTTGAATACTAGCATCTGCAAGAAGACTAATAATTTTCCAAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165194930 53 - 196418989 TTTACCTGGTTGAATATTAGCATCTGCAAGAAGACTAATAATTTTCCAAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15770780 21 +  46489110 TATATCATTATGCATTACAAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165195065 26 - 196418989 TGAACACTCT---AACAAATTAAATTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15770922 124 +  46489110 CATATTTTTGAAAATATAATTAAGTTTTATTTAAGTCTGAAAAAATATTTTTTTCTCATTTGAAGCATCCATTGATGCCTTCTCCTGATATCTAGCCCATTTCCCTATCACTAAAGCATTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15341348 123 +  48394510 CATATTTTTGAAAATATAATTAAGTTTTATTTATGTCTGAAAAAATA-TTTTTTCTCATTTGAAGCATCCATTGATGCCTTCTCCTGACATCTAGCCCATTTCCCTATCACTAAAGCATTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165195185 123 - 196418989 CATATTTTTGAAAAAATAATTAAGTTTTATTTATGTCTGAAAAAATA-TTTTTTCTCATTTGAAACATCCATTGATGCCTTCTCCTGACATCTAGCCCATTTCCCTATCACTAAAGCATGTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15346295 152 +  48394510 aaaaaaaagcaacgcatggtcctggattggatattagacagtga-gggggtgccagaagctggaggagaaggctttaaagtacagaattcattgttaggacaattgatgaaa-ttttttaaaaagaatatgtgttagatagtagtatatctata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15775868 152 +  46489110 aaaaaaaagcaacacatggtcctggattggatatttgacagtga-gggggcgccagaagctggaggagaaggctttaaagtacacaattcattgttaggacaattgatgaaa-ttttgtaaaaataacatgtattagataatagtatatctata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=192564.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=144633.000000
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s rheMac2.chr3  165199785 118 - 196418989 atttctgcaaccctctctgatggttcaaaacagttcataaatagattgataaacagacaggataataaagtaagtgagacaaaatgtagacattggtcaatcgaggtcaaaaatatac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15346544 118 +  48394510 atttctgcagccctctctgatggttccaaaaagttcataaatagattgataaacagacaggataataaagtaagtgagacaaaatgtatacattggtcaatcgaggtcacgaatatgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15776117 118 +  46489110 atttctgcagccgtctctgatggttccaaaaggttcataaatagattgataaacagacaggataataaagtaagtgagacaaaatgtatacattggtcaatcgaggtcaagaatatac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=273863.000000
s hg19.chr21     17052475 53 +  48129895 aagagttattcacatgattcttgtaacttttcactaaactcaaaattatGACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15776346 53 +  46489110 AAGTGGAAATTTTTTTTCAAATATTTTGGCTATAGGTCTGTGTCTTAGATACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15346773 53 +  48394510 AAATGGAATTTTTTTTTCAAATATTTTGGCTATAGGTCTGTGTCTTATATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=325100.000000
s hg19.chr21     17052639 32 +  48129895 TAGTTCAACACAAACCCCACCATTTAATTCTC
s panTro2.chr21  15776399 32 +  46489110 TAGTTCAACACAAACCCCACCATTTAATTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15346826 32 +  48394510 TAGTTCAACACAAACCCAACCATTTAATTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165200065 32 - 196418989 TAGTTCAACACCAACCCCACCATTTAATTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17052671 131 +  48129895 TAAGGAATTTAGGAGCTCTCTTTCCCACAATTCAATTTCCAATAGATA-----------------CTATGATTACTATGAAACCTATGATTTATAGATTTCAAAGTGCTGTACATCACAAAACAGCATGGGATTAATTTAAAAGTG-TT
s panTro2.chr21  15776431 131 +  46489110 TAAGGAATTTAGGAGCTCTCTTTCCCACAATTCAATTTCCAATAGATA-----------------CTATGATTACTATGAAATCTATGATTTATAGATTTCAAAGTGCTGTACATCACAAAGCAGCATGGGATTAATTTAAAAGTG-TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15346858 131 +  48394510 TAAGGAATTTAGGAGCTCTCTTTCCCACAATTAAATTTCTAATAGATA-----------------CTATGATTACTATGAAACCTGTGATTTATAGATTTCAAAGTGCTGTACATCACAAAGCAGCATGGGATTAATTTAAAAGTG-TT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165200097 149 - 196418989 TAAGGAATTTAGGAGCTCTCTTTCCCACAATTAAATTTCCAATAGATGGAAATTAGAAATAACCCATATGATTACTATGAAACCTATGATTTATAGATTTCAAAGTGCTGTACATCACAAAGCAGCATGGGATTAATTTAGAAGTGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15776562 46 +  46489110 CAGAA------------------------TTAGGAGACTAGGCTAATAGTCCAGAGCCATGAGTGCTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15346989 46 +  48394510 CAGAA------------------------TTAGGAGACTAGGCTAATAGTCCAGAGCCATGAGTTCTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165200246 70 - 196418989 CagaagggattaatttagaagggattaatttaTTAGACTAGGCTAATAGTCTAGAGCCATGAGTAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=162379.000000
s hg19.chr21     17052848 31 +  48129895 ATTTAAGTATTCAACAATATAAATGAGTACA
s panTro2.chr21  15776608 31 +  46489110 ATTTAAGTATTCAACAATATAAATGAGTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15347035 31 +  48394510 ATTTAAGTATTCAACAATATAAATGAGTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165200316 27 - 196418989 ATTTAAGTATT----AATATAAATAAGTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15776639 31 +  46489110 TTACTCACATGAATACTAAGATTCTTACTGT-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=334112.000000
s hg19.chr21     17052911 37 +  48129895 GATGAAC---TATTTTGTAATACTATTAACCATTTTTAAT
s panTro2.chr21  15776670 35 +  46489110 --TGAAC---TATTTTGTAATACTATTAACCATTTTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15347098 37 +  48394510 CATGAAC---TATTTTGTAATACTATTAACCATTTTTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165200375 40 - 196418989 CACGAACTTTTTTTTTGTAATAGTATTAACCATTTTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15776819 83 +  46489110 aggctagagtgcagcagcatgatcacagttcatatgagcctcggcaaccccgggctcaggtgattcttctgcctcagcctccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=40524.000000
s hg19.chr21     17053146 89 +  48129895 aaatagctgggactacagatgtgtgctaccatgcccagctaaccttttaatttttgtagagatgatgtttcgccatgttgcccaggctt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17053430 64 +  48129895 ATGCAATTTAGTAATTAAAAATATTAGTTTCCATTTTTATTCCTGGTTCAAATGTGGTAAATGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=223254.000000
s hg19.chr21     17053628 38 +  48129895 AAAAGCAGAAATTTTGACAAAAGATATTCTTGAAGACG
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a score=276345.000000
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a score=222071.000000
s hg19.chr21     17053707 24 +  48129895 ATATGAATGCAATTTCTTATGTAT
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a score=238827.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15777770 68 +  46489110 TGAAGGAGTTAACCATACTATCCATGTGATTTTTGTACACTAAAGAATTAGGTTCTCTAATGtaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=265552.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165201771 219 - 196418989 GCCACTTCTTTCACTAAAATGAGTGTCG-GATGAGGCAGCATTATAGTTCTTCATTAACAGTAGGGTTTGTGTTTTAGCCGTGTTTTCAGAAAGTTATGATAGAACCATTCTGATTCGTTTTTAATGCCTTGTCCTATTTATGAGTAAAGGCAAATATAGGAAAGATGGCTGAACCCAAACTTCTGTCCATTAACTGAACCTATATTTGGAATAAAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15348741 79 +  48394510 AAAATGGCCTAAAGACAATGGCAGTTGCCTGATGGAGCAGCTTCCTCTGTAAGATGATCGCCTAACTAGAATTTATGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=380300.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15778882 77 +  46489110 ctgtcattatcttgttagtttatgtgtcttttttcttcctaatgaaaataaaaactcagcgagtataaggatatttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15349311 77 +  48394510 ctgtcattatcttgttagtttatgtgtcttttttcttcctaacgaaaataaaaactcagtgagtataaggatatttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165202592 77 - 196418989 ctgtcattatcttgttagtttatgtgtcttttttcttcctaatgaaaataaaaactctgtgagtataaggatattta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=366222.000000
s hg19.chr21     17055200 52 +  48129895 ttcctaggaggatgtctagtataaagggggaactcaataaatatttgtttta
s panTro2.chr21  15778959 52 +  46489110 ttcctaggaggatgtctagtataaagggggaactcaataaatatttgtttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15349388 52 +  48394510 ttctcaggaggatgtctagtataaagagagaactcaataaatatttgtttta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-101920.000000
s hg19.chr21     17055252 34 +  48129895 taaaatgaatCTTCAAAACTGGTATCATTTTTCT
s panTro2.chr21  15779011 34 +  46489110 taaaatgaatCTTCAAACCTGGTATCATTTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165202721 34 - 196418989 taaaatgaatCTTCAAAATTGGTATCATTTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-152782.000000
s hg19.chr21     17055286 5 +  48129895 GCTGT
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a score=140981.000000
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s ponAbe2.chr21  15349479 28 +  48394510 GATTGAAATGTTATTGTCCTAGTGTTAT
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a score=227105.000000
s hg19.chr21     17055319 45 +  48129895 AAAGTGTGTAGATATTATTTTCCTTTAAGCATTTACATGACACAG
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a score=1487341.000000
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a score=410111.000000
s hg19.chr21     17055460 27 +  48129895 TATTCTATTGTTTAAAACATTGAGCAG
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a score=936420.000000
s hg19.chr21     17055487 75 +  48129895 GCAGAGTCTGCTTCCTGGAAATAACATGAGTCAGATTCTAACCATGTGCTGATTGCATATTCTCCATTGTAATCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

a score=228219.000000
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e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

a score=257474.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

a score=193075.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 573
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 573 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165206316 1283 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17059947 87 +  48129895 TCTAATGGGATTCAACCTATACAAGTTTGCTTCAAATATACACGTATTACTTCTGAGGGCTGCCATTGCCATTACAAAAAGAAAAAA
s rheMac2.chr3  165207663 87 - 196418989 CCTAATGGGATTCAACCTATACAAGTTTGCTTCAAATATACAAGTATTACTTCTGAGGGCTGCCACTGCCATTACAAAAAAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15783697 87 +  46489110 TCTAATGGGATTCAACCTATACAAGTTTGCTTCAAATATACACGTATTACTTCTGAGGGCTGCCATTGCCATTACAAAAAGAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165207906 149 - 196418989 CAAAAGTGTTGCAAGAGAACAGTGTAGAGAGGAAAGGGTAGAAAGTAACTGCAGTTCTGAAGTTCACTTTAAAGGACTTAATAAATGGCAT-AAAATAATCAAAAGTAATGAGGTAACAATATTTAAACACAACTCCTATATGAT--GTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17060341 172 +  48129895 TTTCTTTTTAGTTAGTGGCAGCTTTTCAGAAGAAAAATATTAAGTTTTCAACATCAAATAAACTACCATCCCTACTTCCACTCAAATTACTGAGACTGACTTTTTTTCTAAATAGAAAACACCCTATTTAAAAAGTCAGTAGTATTTTTCTGGTATTCAGAAATATTTCATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165208055 165 - 196418989 TTTTTT-----TTAGTGGCAGAATTTCAGAAGAAAAAAGTTAAGTTTTCAACATGAAATAAATTACCATCCCTACCTCCACTCAAATTACTGAGGTTGATTTTTTTTCTAAATGGAAAACACCGTATTTTAAAAGTCAGTAGTGTTTTTCTGGTATTCAGAAATA--TCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1374536.000000
s hg19.chr21     17060513 67 +  48129895 ACTCACAAGTCTCTACCACAGCCCTCTGCCCACACAAAGAGTGACTTTGAAATAATAACTCATTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15355278 67 +  48394510 ACTTACAAGCCTCTACCACAGCCCTCTGCCCACAGAAAGAGTGATTTTGAAATAATAGTTCATTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165208220 67 - 196418989 ACTTACAAGCCTCTACCACAGCCCTCTGCCCACACGAAGAGTGATTTTGAAATAATAGTTCATTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=818860.000000
s hg19.chr21     17060580 73 +  48129895 TCGAGAAAAATAAGGTGCTTATGCCGAGCTAGCCATAACAAATATCTAAAAATTGAATAGATTTCATcttcag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15355345 67 +  48394510 TCGAGAAAAATAAAGTGCTTATACCGAGCTAGCCAT------TATCTACAAATTGAATAgatttcatcttcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165208287 58 - 196418989 TCGAGAAAAATAAAGTGCTTATACTGAGCTAGCCATAACAAATATCTAAATATTGAAT---------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17060653 112 +  48129895 tcttgaactcctgacctcaggtgatccacccgcctcaTTGTAGGAACAGATGTTAGATCACAACAGGTAGAAAAGTGCATAAGAACTAAAGGCAAAGAATGTGGCTTTCAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17060765 69 +  48129895 AAACTTAGTATGAAAAGAAAAGGGCTAAAAAAAATTTTTCCTTTTTGATGTTTATATAAAAACCACACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165208345  0 - 196418989 C

a score=16462.000000
s hg19.chr21     17060834 48 +  48129895 CAGAAAATAAAGGACTACTAGTCCATCTACAACAACAACAACAACAAA
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a score=68161.000000
s hg19.chr21     17060882 32 +  48129895 AAAGATTTCATCTTCAGGACCATTCGTACTCC
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s hg19.chr21     17060914 26 +  48129895 AGAGTGCTTCACACAAGAATACAGGA
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s hg19.chr21     17060940 89 +  48129895 GTGACCCTGGGGTTGGGCAATGCAACAGTGCTCTGATGGTTATAGAGTTATTCCACATATACTATAAAAACTTCACTCGTAAACTCATC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90978.000000
s hg19.chr21     17061029 31 +  48129895 TCTTATCATTT--GACATTATAGTCAAAATGGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17062752 68 +  48129895 ggtatggtggctcatgcctgtaatttcaacatttgggaggccaaggcaggagaattgcttgagctcag
s panTro2.chr21  15786500 68 +  46489110 ggtatggtggctcatgcctgtaatttcaacatttgggaggccaaggcaggagaattgcttgagctcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15357507 68 +  48394510 ggtatggtggctcatgcctgtaatttcaacatttgggaggccaaggcaggagaattgcttgagcccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165210201 68 - 196418989 ggtatggtggctcacgcctataatttcaacatttgggaggccaaggcaggagaagtgcttgagctcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=250647.000000
s hg19.chr21     17062820 198 +  48129895 gagttcaagaaagaccagcctgggcaacatagcaatactctgtttctacaaaaaaattaaaaattatccagacgtggtggtgtgcagctgtagtcagggctacttcggaggctgaagtgggaagatcacttgaacctgggaggtcaaggctgcagagagccatcatcatgccactt-cacttcagcctgggaaacagag
s panTro2.chr21  15786568 198 +  46489110 gagttcaagaaagaccaggctgggcaacatagcaatactctgtttctacaaaaaaattaaaaattatccagacgtggtggtgtgcagctgtagtcagggctacttcggaggctgaagagggaagatcacttgaacctgggaggtcaaggctgcagagagccatcatcatgccactt-cacttcagcctgggaaacagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15357575 197 +  48394510 gagttcaagaaagaccagcctgggcaacatagcaatactctgtttctgcaaaaaaattaaaaattacccagacgtggtcgtgtgcagctgtagtcagggctactggagaggctgaagtaggaagatcacttgaacctgggagg-caaggctgcagagaaccatcatcatgccactt-cacttcagcctgggaaacagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165210269 199 - 196418989 gagttcaagaaagaccagcctgggcaacatagcaatactctgtttctacaaaaaatttaaaaattagccagacgtggtggtgtgcagttgtagtcagggctacttgggaggctgaagtgggaagatcacttgaacctgggaggtcaaggctgcagagagccatcatcctgccacttgcacttcaacctgggcaacagag
i rheMac2.chr3  C 0 I 5191

a score=17553.000000
s hg19.chr21     17063018   39 +  48129895 tgagaccttgaagaagaaagaaagaaaggaaaggaagaa
s ponAbe2.chr21  15357772   31 +  48394510 tgagaccttgAAg--------aagaaaggaaaggaagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15786766   39 +  46489110 tgagaccttgaagaagaaagaaagaaaggaaaggaagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165210468 5191 - 196418989 I

a score=9868.000000
s hg19.chr21     17063057 30 +  48129895 ga-----aagaaagaaaggaaggaaggaagaaagg
s panTro2.chr21  15786805 35 +  46489110 aaggaagaagaaagaaagaaaggaaggaaggaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15357803 24 +  48394510 aa-----------ggaaggaaggaagaaagaaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165215659 30 - 196418989 -----gaaagaaggaaagaaggaaagagagaaaga
i rheMac2.chr3  I 5191 C 0

a score=36873.000000
s hg19.chr21     17063087 43 +  48129895 aaggaaggaagaaagaaagcaagaaaCCACAACTGGAAGCCTT
s panTro2.chr21  15786840 43 +  46489110 aaggaaggaagaaagaaagcaagaaaCCACAACTGGAAGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15357827 43 +  48394510 aaggaaggaagaaagaaaggaagaaaCCACAAATGGAAGCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165215689 43 - 196418989 gagaaagaaagagagagagaaagaaaCCACAACTGGAAGCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=157683.000000
s hg19.chr21     17063130 74 +  48129895 AGGAGGTTGGCATGTAGTGGATATTTCTTTTCCATTCCCTAAACTGTAAGTGTTTAAAATAACTATTTTCTTTA
s rheMac2.chr3  165215732 74 - 196418989 AGGAGGTTGGCATGTAGTAGACAGTTCTTTTCCATTCCCTAAATTCTAAGTGTTTAAAATAACTATTTTCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15357870 74 +  48394510 AGGAGGTTGGCATGTAGTAGATACTTCTCTTCCATTCCCTAAATTGTAAGTGTTTAAAATAACTATTTTCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15786883 74 +  46489110 AGGAGGTTGGCATGTAGTGGATATTTCTTTTCCATTCCCTAAACTGTAAGTGTTCAAAATAACTATTTTCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1191216.000000
s hg19.chr21     17063204 427 +  48129895 TTTTTTGTAGTTTACTTTGAATGGCCTTTATACAGAAAAAAAGAATCAAATTTTGTTCTTAAAAATTATTTTTGTTAGAGACAAATGTTAGAGAC-AAAAACATGCCTCCAAAACTAGGCATGTTTATAGAGATCATGAAACTTCAGAAAATTCTAAAACCATGACTCGTGACAAATAATTATACTTAGGGGAAAAATCTGAGAAAGCAGCAACTTCAGCACCCTTACCAATGAAGTATTAAAAACAAATGGGGAAATAAAAAGATATTGTTGGGATTTTAAATATGGCTTAAAATTTAATAGTGCTAGAATTTATTTTAAAAGTCTAAAATCTTTTAATACTCACACTGACTAGTAAAACTGCTTGTAACATTCGCCATCAAAACAGAAATTTGTTGAGGCAAAAGGAGAGAGATCACAATGCAAAG
s panTro2.chr21  15786957 427 +  46489110 TTTTTTGTAGTTTACTTTGAATGGCCTTTATACAGAAAAAAAGAATCAAATTTTGTTGTTAAAAATTATTTTTGTTAGAGACAAATGTTAGAGAC-AAAAACATGCCTCCAAAACTAGGCATGTTTATACAGATCATGAAACTTCAGAAAATTCTAAAACCATGACTCGTGACAAATAATTATACTTAGGGGAAAAATCCGAGAAAGCAGCAACTTCAGCACCCTTACCAATGAAGTATTAAAAACAAATGGGGAAATAAAAAGATATTGTTGGGATTTTAAATATGGCTTAAAATTTAATAGTGCTAGAATTTATTTTAAAAGTCTAAAATCTTTTAATACTCACACTGACTAGTAAAACTGCTTTTAACGTTCGCCATCAAAACAGAAATTTGTTGAGGCAAAAGGAGAGAGATCACAATGCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15357944 427 +  48394510 TTTTTTGTATTTTACTTTGAATGGCCTTTATACAG-AAAAAAGAATCAAATTTTGTTGTTAAAAATTATTTTTGTTAGAGACAAATGTTAGAGACAAAAAACATGCCTCCAGAACTAGGCATGTTTATAGAGATCATGAAACTTCAGAAAATTCTAAAACCATGACTCTTGACGAATAATTATACTTAGGGGAAAAATCTGAGAAAGCAGCAACTTCAGAACTCTTACCAATGAAGTATTAAAAACAAATGGGGAAATAAAAAGATATTGCTGGAATTTTAAATATGGCTTAAAATTTAATAGTGCTAGAATTTATTTTAAAAGTCTAAAATCTTTTAAGACTCGCACTAACTAGTAAAACTGCTTTTGACATTCGCCATCAAAACAGAAATTTGTTGAGGCAAAAGGACAGAGATCACAATGCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165215806 425 - 196418989 CGTTTTGTATTTTACTTTGAATGGCCTTTATACAG-AAAAAAGAATCAAATTTTGTTGTTAAAAATTATTTTtgttagagacaaatgttagagacaaaAAACATGCCTCCAAAACTAGGCATGTTTATAGAGATCATGAAACTTCAGAAAATTCTAAAACCATGACTCTTGACAAGTAATTATACTTAGGGG-AAAATCAGAGAAAGCAACAACTTCAGCACCTTTACCAATGAAGTATTAAAAACAAATGGGGAAATAAAAAGATATTTTTGGAATTTTAAATATGGCTTAAAATTTAATAGAGCTAGAGTTTATTTTAAAGGTCTGAAATATTTTAAGACTCACACTGACTAGTAAAACTGCTTTTAACTTTCGCCATCAAAACAGAAATTTGCTGAGGCAAAAGGAGAGAGATCACAAT-CAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138573.000000
s hg19.chr21     17063631 43 +  48129895 CATCGCAATAATTCAGAATACTATGGTAGCACATTTCAACATT
s panTro2.chr21  15787384 43 +  46489110 CATCACAATAATTCAGAATACTATGGTAGCACATTTCAACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358371 43 +  48394510 CATCACAATAATTCAGAATACTATGGTAGCACATTTCAACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165216231 43 - 196418989 CATCACAATAATTCAGAATACTGTAGTAGCACGTTTCAACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=337657.000000
s hg19.chr21     17063674 172 +  48129895 CCATCTCATCTGAGATCTATCTATATGCTTTCCTTCTACAATACATAGGAGTGTATAATAAATATGCAATGATTATCACATGCCTTTCCTACATAAGATTTTGAAACCTCTCAGTTGTTCCCTGATGAGCCAGACTGTAAGACTATATGTTCTCATCAGTTACTACCTAGTC
s rheMac2.chr3  165216274 172 - 196418989 GCATCTCATCTGAAATCCATCTATATGCTTTCCTTTTACAATACATAGAGGTGTGTAATAAATATGCAATGATAATCACATGCCTTTCCTACATGAGATTTTGAAACCTCTCAGTTGTTCCCTGATGAGCCAGACTGTAAGACTATATGTTCTCATCAGTTACTACTCAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358414 172 +  48394510 CCATCTCATCTGAAATCCGTCTGTATGTTTTCCTTCTACGATACATAGGAGTGTATAATAAATATGCAATGATTATCACATGCCTTTCCTACACGAGATTTTGAAACCGCTCAGTTGTTCCCTGATGAGCCAGACTGTAAGGCTATATGTTCTCATCAGTTACTACCCAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15787427 172 +  46489110 CCATCTCATCTGAAATCTATCTATATGCTTTCCTTCTACAATACATAGGAGTGTATAATAAATATGCAATGATTATCACATGCCTTTCCTACATAAGATTTTGAAACCTCTCAGTTGTTCCCTGATGAGCCAGACTGTAAGGCTATATGTTCTCATCAGTTACTACCTAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=168438.000000
s hg19.chr21     17063846 93 +  48129895 ccacccccaacacccccatctccaccaccactaccatcaacaccaccatcaccattacaccatcacccccatcaTCTCCTCCATCAGTCGATG
s panTro2.chr21  15787599 93 +  46489110 ccacccccaacacccccatctccaccaccactaccatcaacaccaccatcaccattacaccatcacccccatcaTCTCCTCCATCAGTCGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358586 93 +  48394510 ccacccccaccacccccatctccaccaccactaccatcaacaccaccatcaccattacaccatcacccccatcaTCTCCTCCATCAGTCGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165216446 93 - 196418989 ccacccccaccacccccatctccaacatcactaccatcaggaccaccatcaccattacaccatcacccccattgtctcctccatcagtggatg
i rheMac2.chr3  C 0 I 135

a score=146821.000000
s hg19.chr21     17063939 53 +  48129895 CATGGAcaccacctccactactatcgtgactatcaccactgccaccatcacAT
s panTro2.chr21  15787692 53 +  46489110 CATGGAcaccacctccactactatcgttactatcaccactgccaccaacacAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358679 53 +  48394510 CATGGAcaccacctccactactatcgttactatcaccactgccaccatcacAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165216674 46 - 196418989 -------accacttccactgctgtcgttactatcacCACCACCAACACCACAT
i rheMac2.chr3  I 135 C 0

a score=456748.000000
s hg19.chr21     17063992 106 +  48129895 CACTGCTCTGAAACAATTTCTCTGGATTCAAACGGTCCCGAAATCTAAGATAATTCTAGATAGGGGTTTGAATTAACTATTGATCAAGTCAAGGACTTACCGTGAA
s panTro2.chr21  15787745 106 +  46489110 CACTGCTCTGAAACAATTTCTCTGGATTCAAACAGTCCCGAAATCTAAGATAATTCTAGATAGGGGTTTGAATTAACTATTGATCAAGTCAAGGACTTACCGTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358732 106 +  48394510 CACTGCTCTGAAACAATTTCTCTGGATTCAAACAGTCCTGAAATCTACGATAATTCCAGATAGGGGTTTGAATTAACTATTGATCAAGTCAAGGACTTACCATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165216720 106 - 196418989 CACTGCTCTGAAACAATCACTCTGGATTCAAATAGTCCGGAAATGTAACATAATTCTAGATAGGGGTTTGAATTAACTATTGATCAAGTCAAGGACTTACCATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277281.000000
s hg19.chr21     17064098 49 +  48129895 ATATAACAGACATATCAGATATTCAAACTGAATTCTAAAATAATGCAGA
s panTro2.chr21  15787851 49 +  46489110 ATATAACAGACATATCAGATATTCAAACTGAATTCTAAAATAATGCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358838 49 +  48394510 ATATATCAGACATATCAGATATTCGAACTGAATTCTAAAATAGTGCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165216826 49 - 196418989 ATATATCAGACATATCAGATATTCAAATTGAATTCTAAAGTAATGCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=125581.000000
s hg19.chr21     17064147 43 +  48129895 GAAATATCTATATGTTTTTGGTTTATAGTTGTTGTTCTAAGCA
s panTro2.chr21  15787900 43 +  46489110 GAAATATCTATATATTTTTGGTTTATAGTTGTTGTTCTAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358887 43 +  48394510 GAAATATCTATATATTTTTGGTTTATAGTTGCTGTTCTAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165216875 43 - 196418989 GAAATATCTATATATTTTTGGTTTATAGTTGCTGTTCTAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138072.000000
s hg19.chr21     17064190 33 +  48129895 ATAAGTCATAAAAAGAAAGTTATGATAGATTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358930 33 +  48394510 ATAAGTCATAAAAACAAAGTTATGATAGATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146576.000000
s hg19.chr21     17064223 28 +  48129895 ATGATCTAAAACCCAACATGTTTGGCAT
s panTro2.chr21  15787976 28 +  46489110 ATGATCTAAAACCCAACATGTTTGGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358963 28 +  48394510 ATGATCTAAAACCCAACATGTTTGGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165216951 28 - 196418989 ATGATCTAAAACCCAACATGTTTGGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141977.000000
s hg19.chr21     17064251 23 +  48129895 GTCAGAAATGCAACAAATAGAAT
s panTro2.chr21  15788004 23 +  46489110 GTCAGAAATGCAACAAATAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15358991 23 +  48394510 GCCAGAAATGCAACAAATAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165216979 23 - 196418989 GCCAGAAATGCAGCAAACAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=903844.000000
s hg19.chr21     17064274 201 +  48129895 TGAAACACTAACAATGGTTTTAAAAA-AGTCTTGTTTAAGTCAGTAAGGATGAATAGTGCTACTATTTATATTTATTCATATGGATAAGCCTTAGAGAGAATCCTGTTTACTCAGAAAATGATAGATTTGAGATGCTTGTAAAATATATATGAGTTATTAAGTAGATAATTGTA-----TATTTATACAACTAAAAAGGCATTCAAA
s panTro2.chr21  15788027 201 +  46489110 TGAAACACTAACAATGGTTTAAAAAA-AGTCTTGTTTAAGTCAGTAAGGATGAGTAGTGCTACTATTTATATTTATTCATATGGATAAGCCTTAGAGAGAATCCTGTTTACTCAGAAAATGATAGATTTGAGATGCTTGTAAAGTATATATGAGTTATTAAGTAGATAATTGTA-----TATTTATACAACTAAAAAGGCATTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15359014 201 +  48394510 TGAAACACTAACAATGGTTTAAAAAA-AGGCTTGTTTAAGTCAGTAAGGGTGAATAGTGCTACTATTTATATTTATTCATATGGATAAGACTTAGAGAGAATCCTGTTTATTCAGAAAATGATAGATTTGAGATGCTTGTAAAATATATATGAGTTATTAAGTAGATAATTGTA-----TATTTATACAACTAAAAGGGCATTCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165217002 207 - 196418989 TGAAACACTAACAATAGGTTAAAAAACAGGCTTGTTTAAGTCAGTAAGGATGAATAGTGCTACTATTTATATTTATTCATATGGATAAGCCTTAGAGAGAATCCTGTTTATCCAGAAAATGATAGATTTGAGATGCTTGTAAAATATATATGAGTTATTAAGTACATAATTATATATTGTATTTATACAACTAAAAGGGCATTCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=9325.000000
s hg19.chr21     17064475 17 +  48129895 TAATTTTTTGCTATTAA
s panTro2.chr21  15788228 17 +  46489110 TAATTTTTTGCTATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15359215 17 +  48394510 TAATTTTGTGCCATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165217210 17 - 196418989 TTTTTTTTTGCTATTAA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=510132.000000
s hg19.chr21     17064492 160 +  48129895 ACTCTTACTTTGAATGTGCCATGAAAATGTTTATTTTATATTTCTGAAAGTA---------------------TGTTTCCAGCAATATCTCCTAACCCTTTTAAAAGTCAGCTCCTATCTTCTGGATGAAGTAAATGATGCCAGATTCAGTTCTGTTCTCCTTCTCTTTTTGGAAGCATTA
s panTro2.chr21  15788245 160 +  46489110 ACTCTTACTTTGAATGTGCCATGAAAATGTTTATTTTATATTTCTGAAAGTA---------------------TGTTTCCAGCAATATCTCCTAACCCTTTTAAAAGTCAGCTCCTATCTTCTGGATGAAGTAAATGATGCCAGATTCAGTTCTGTTCTCCTTCTCTTTTTGGAAGCATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15359232 160 +  48394510 ACTCTTATTTTGAATGTGCCATGAAAATGTTTATTTTATATTTCTGAAAATA---------------------TGTTTCCAGCAATATCTCCTAACCCTTTTAAAAGTCAGCTCCTATCTTCTGGATGAAATAAATGATGCCAGATTCAGTTCTGTTCTCCTTCTCTTTTTGGAAGCATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165217227 181 - 196418989 ACTCTTATTTTTAATGTGCTATGAAAATGTTTATTTTATATTTCTGAAAGTAATCTTTCAGCCGTAATACGGCTGTTTCCAGCCGTATCTCCTAACCCTTTTAAAAGACAGTTCATATCTTCCGGATGAGATAAGAGACGCCAGATTCAGTTCTGTTCTCCTTCTCTTTTTGGAAGCATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90078.000000
s hg19.chr21     17064652 43 +  48129895 TAATATTAATGACTTAATTGTCATACATATTTATGTTTTAgaa
s panTro2.chr21  15788405 43 +  46489110 TAATATTAATGACTTAATTGTCATACATATTTATGTTTTAgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15359392 43 +  48394510 TAATATTAATGCCTTAATTGTCATACGTATTTATGTTTTAgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165217408 43 - 196418989 TAATACTAATGCCTTAATTGTCATATTTATTTATGTTTTAgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=394862.000000
s hg19.chr21     17064695 439 +  48129895 cctaactggggtctgctctcccatcggagcaaagccagtcactgacattgggatagcaatgagagaatgtgagtcatttattgcaggacaccaagcaaggagttaaggctgctcatgcttaggacttgaactcctcaatggcttgcagataagagattttagagataggggtacatttcaggagagcagaggttacaggcaaaattgtaaatcaattcatgaaagttacacattggtttaggctaaaaatctgaacagacgtttcttgaagtgaggagtttacaggttgtagattgattcaaaggttttcagatttgcaactgattcaggaggtgaggttttgtctaaaaatttgagatcagcagaaaagaatgttagctctagctcctgggtaggaccttcttcaggcccctcaggaagaaatttagaacaaagaaca
s panTro2.chr21  15788448 439 +  46489110 cctaactggggtctgctctcccatcggagcaaagccaatcactgacattgggatagcaatgagagaatgtgagtcatttattgcaggacaccaagcaaggagttaaggctgctcatgcttaggacttgaactcctcaatggcttgcagataagagattttagagataggggtacatttcaggagagcagaggttacaggcaaaattgtaaatcaattcatgaaagttacacattggtttaggctaaaaatctgaacagacgtttcttgaagtgaggagtttacaggttgtagattgattcaaaggttttcagatttgcaactgattcaggaggtgaggttttgtctaaaaatttgagatcagcagaaaagaatgttagctccagctcctgggtaggaccttcttcaggcccctcaggaagaaatttagaacaaagaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15359435 439 +  48394510 cctaactggggtctgctctcccataggagcaaagccagtcactgacattgggatagcagtgagagaatgtgagacatttattgcaggacaccaagcaaggagttaaggctgctcatgcttaggacttgaactcctcaatggcttgcagataagagattttagagataggggtacatttcaggagagcagaggttacaggcaaaattgtaaatcaattcatgaaagttacacattggtttaggctaaaaatctgaacagacttttcttgaagtgaggagtttacaggttgtagattgattcaaaggttttcagatttgcaactgattcaggaggtgaggttttgtctaaaaatttgagatcagcagaaaagaatgttagctctagctgctgggtaggaccttcttcaggcccctcaggaagaaatttagaacaaagaaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165217451 439 - 196418989 cctaactagagtctgccctcccataggagcaaagccaatcactgacattgggatagcagtgagagaatgtgagacattcattgcaggacaccaagcaaggagttaaggctgctcatgcttaggacttgaactcctccatggcttgcagataagagattttagaggtaggggtacatttcaggagagcagaagttacaggcaaaattgtaaatcaattcatgaaagttatgcactggtttaggctaaaaatctgaacagacatttcttgaagtggggagttcacaggttgcagatcgattcaaaggttttcagatttgcaactgattcaggaggtgaggttttgtctaaaaatttgagatcatcagaaaagaatgttagctctagctcctgggtatgaccttcttcaggcccctcaggaagaaatttacaacaaagaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=430775.000000
s hg19.chr21     17065134 337 +  48129895 gaggtcggagttcagtcctcacctcccccttttctgaggcctaaatgccagtagatccatctggtgggttcctggtc-ggatgccagtttctgaaagacaactcaggcacatctgttaagatgtcatctttagtttccatggaaaaagcaaacatcttcagagctctaacttctttgattattgtcttaagctactattatcttcctgtttaaaaaactatttatttacttttctgctagctagattcctggaatttcccttgaagaaaccaagcattttcctttatgtctatgcttgggggtccatagttccctaaaaagagggtccctgctcgtct
s panTro2.chr21  15788887 337 +  46489110 gaggtcggagttcagtcctcacctcccccttttctgaggcctaaatgccagtagatccatctggtgggttcctggtc-ggatgcgagtttctgaaagacaactcaggcacatctgttaagatgtcatctttagtttccatggaaaaagcaaacatcttcagagctctaacttctttgattattgtcttaagctactattatcttcctgtttcaaaaactatttatttacttttctgctagctagattcccggaatttcccttgaagaaaccaagcattttcctttatgtctatgcttgggggtccatagttccctaaaaagagggtccctgctcgtct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15359874 338 +  48394510 gaggtcagagttcagtcctcacctccccctttgctgaggcctaaatgccagtagatccatctggtgggttcctggtctggatgcgagtttctgaaagacaactcaagcacatctgttaagatgtcatctttagtttccatggaaaaagcaaacatcttcagagctctaacttccttgattattatcttaagctactattatcttcttgtttaaaaaactactgatttacttttctgctagctagattcctggaatttcccttgaagaaaccaagcattttcctttatttctatgcttgggggtccatagttccctaaaaagagggtccctgctcgtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165217890 323 - 196418989 gaggtcagagttcagtcttcacctcccccttttctgaggcctaaatgccaatagatccatctggtgggttcctggtctggatgcgagtttctgaaagacaactcaggca---------------catcttcagtttccatggaaaaagcaaacatcttcagagctctaatttctttgattactgtcttaagctactattatcttcttgtttaaaaaactaattatttacttttctgctagctagattcctgggatttcccttgaagaaaccaagcattttcctttatttctatgcttgggggttcatagttccctaaaaagagggtccccgctcATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=104339.000000
s hg19.chr21     17065471 42 +  48129895 taCCTATGTAATAAAAGAAAAAAGTCCACACATGTCAGAAAC
s rheMac2.chr3  165218213 37 - 196418989 TACTTATGTAATAAGAGAAAAAATCT-----ATGTCAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360212 42 +  48394510 taCTTATGCAATAAAAGAAAAAAGTCCACACATGTCAGAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15789224 42 +  46489110 taCCTATGTAATAAAAGAAAAAAGTCCACACATGTCAGAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24937.000000
s hg19.chr21     17065513 24 +  48129895 G----------GGTTTGGCAATAACTCTCttagg
s rheMac2.chr3  165218250 34 - 196418989 AATCTATCTGTGGTTTGAAAATAATTCTCttagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360254 24 +  48394510 G----------GGTTTGGCAATAACTCTCttaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15789266 24 +  46489110 G----------GGTTTGGCAATAACTCTCttagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=49405.000000
s hg19.chr21     17065537 33 +  48129895 ttggtgcaaaagtaattgcagtttttgccatta
s panTro2.chr21  15789290 33 +  46489110 ttggtgcaaaagtaattgcagtttttgccatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360278 33 +  48394510 ttggtgcaaaagtaattgcagtttttgctatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165218284 33 - 196418989 ttggtgcaaaagtaattgtagtttttgccatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=24928.000000
s hg19.chr21     17065570 25 +  48129895 aaagtaatgggaaaactgcaattac
s rheMac2.chr3  165218317 25 - 196418989 aaagtaacgggaaaactgcaattac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360311 25 +  48394510 aaagtaatgggaaaactgcaattac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15789323 25 +  46489110 aaagtaatgggaaaactgcaattac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=232600.000000
s hg19.chr21     17065595 94 +  48129895 ttttggaccaacctaaTATTCATTTTTAATCCAGTCGGCGGGTTGTGAACTAAAAAGA-----AAGACAGCAGTTTGAGCTCACAACCTGCTGATAAAC
s panTro2.chr21  15789348 94 +  46489110 ttttggaccaacctaaTATTCATTTTTAATCCAGTCGGCGGGTTGTGAACTAAAAAGA-----AAGACAGCAGTTTGAGCTCACAACCCGCTGATAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360336 99 +  48394510 ttttggaccaacctaaTATTCATTTTTAATCCAGTCGGCAGGTTGTGAACTAAAAAGAAAGACAAGACAGCAGTTTGAGCTCACAACCTGCTGATAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165218342 93 - 196418989 ttttggaccaacctaaTATTAGTGTCTAATCAAGTCAGCAGGTTGTGAACTAAAAAGA-----AAGAT-GCACTTTGAGCTCAGAACCTTCTGATAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=162693.000000
s hg19.chr21     17065689 59 +  48129895 GTTTTTGCAGAGGAAAGGGTAAGATAGAGAGAAAGTGATTGTTGCACTGCTCAATTGAC
s rheMac2.chr3  165218435 47 - 196418989 ATTTTTGCAGAGGAA------------AGAGAAAGTGACTGTTGCACTGCTCAATTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360435 59 +  48394510 GTTTTTGCAGAGGAAAGGGTAAGATAGAGAGAAAGTGACTGTTGCACTGCTCAATTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15789442 59 +  46489110 GTTTTTGCAGAGGAAAGGGTAAGATAGAGAGAAAGCGATTGTTGCACTGCTCAATTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=278914.000000
s hg19.chr21     17065748 64 +  48129895 CACAAATGTATATTGCCCCAAAGAATACATCA-GAATCAAACCCACGGTGACTTTTTTGAAATTT
s rheMac2.chr3  165218482 65 - 196418989 CACAAGTGTACATTGCCCCAAAAAATACGTCAGGAGTCAAACCCATGGGGACTTTTTTGAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360494 64 +  48394510 CGCAAATGTATATTGCCCCAAAGAATACATCA-GAATCAAACCCATGGTGACTTTTTTGAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15789501 64 +  46489110 CGCAAATGTATATTGCCCCAAAGAATACATCA-GAATCAAACCCATGGTGACTTTTTTGAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=57507.000000
s hg19.chr21     17065812 52 +  48129895 TACTTCGATATACCATTGACATAAACTGTAATTGGAAAGCTACCAGTTTTTC
s rheMac2.chr3  165218547 52 - 196418989 TACTTCAATATACCATTGACATAAACTGTAATTGGTAAACTACCAGTTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360558 52 +  48394510 TACTTCAATATACCATTGACATAAACTGTAATTGGAAAACTACCAGTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15789565 52 +  46489110 TACTTCAATATACCATTGACATAAACTGTAATTGGAAAACTACCAGTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=57144.000000
s hg19.chr21     17065864 29 +  48129895 TCCCAAAACAAAGCCAAATATGAGAACAA
s panTro2.chr21  15789617 29 +  46489110 TCCCAAAACAAAGCCAAATATGAGAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360610 29 +  48394510 TCCCAAAACAAAGCCAAATATGAGAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165218599 29 - 196418989 TCCCAAAACAAAGCCAAATATGCGAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=396181.000000
s hg19.chr21     17065893 90 +  48129895 CAAACTAACTATATTTGTGTACAGCAACTGTAGTGGTATAGCTTCTCAAATTCTTGAAGAAGGGTCTTATGTTTAATGAACAAGAAATAT
s panTro2.chr21  15789646 90 +  46489110 CAAACTAACTATATTTGTGTACAGCAACTGTAGTGGTATAGCTTCTCAAATTCTTGAAGAAGGGTCTTATGTTTAATGAACAAGAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360639 90 +  48394510 CAAACTAACTATATTTGTGTATAGCAACTGTAGTGGTATAGCTTGTCAAATTCTCAGAGAAGGGTCTTATGTTTAATGAACAAGAAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165218628 90 - 196418989 CAAACTAACTATATTTGTGTACAGCAACTATAGTGGTATAGCTTCTCAAATTCTCAAAGAAGGGTCTTATATTTAATGAACAAGAAATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=117427.000000
s hg19.chr21     17065983 52 +  48129895 TTTCAAAGTTGGAAATTACTCTCATTTAAAGAGAAGGGTTCTCATTTTCCCA
s panTro2.chr21  15789736 52 +  46489110 TTTCAAAGTTGGAAATTACTCTCATTTAAAGAGAAGGTTTCTCATTTTCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360729 52 +  48394510 TTTCAAAGTTGGAAATTACTCTCATTTAAAGAGAAGGTTTCTCATTTTCCCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165218718 52 - 196418989 TTTCAAAATTGGAAATTGTTCTCATTTACAGAGAAGGTTTCTCACTTACCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=33594.000000
s hg19.chr21     17066035 76 +  48129895 TGAATTTTCTCATGAAACAGTATGCTTTCCTACACAAATATTGTATCTATAATA-TCATATGTGAATATTCATATTC
s rheMac2.chr3  165218770 77 - 196418989 TGAATTTTCTCACGAAAGACTGTGCTTTCCTACACAAATACTGTATATATAATATTCATGTGTGAATATCCATATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360781 77 +  48394510 TGAATTTTCTCATGAAACTGTGTGCTTTCGTACACAAATATTGTATCTATAATATTCATATGTGAATATTCATATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15789788 76 +  46489110 TGAATTTTCTCATGAAACAGTATGCTTTCCTACACAAATATTGTATCTATAATA-TCATATGTGAATATTCATATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-65160.000000
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s panTro2.chr21  15789864 43 +  46489110 ATAAATGCCAAATTATTGATGACTCTTTTGCTTC------------------------ATATGTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360858 43 +  48394510 ATAAATGCCAAATTATTGATGACTCTTTTGCTTC------------------------ATATATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165218847 67 - 196418989 ATAAATGCCAAATTATTGATGACTCTTTTGCTGCatgtatatatatatacacatatatatgtatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89908.000000
s hg19.chr21     17066154 20 +  48129895 TTATAGTTACTCCAAAATA-T
s rheMac2.chr3  165218914 21 - 196418989 tTATAGTCACTCCAAAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360901 20 +  48394510 TTATAGTTACTCCAAAATA-T
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=703112.000000
s hg19.chr21     17066174 138 +  48129895 TTTTTCATGATCCAGTATTGCCATAAAATAAAGACTGCAGATTCTAGTTAGCAAAGA----TTCTGAAACCAATCTTCAGTCAAAGGAATATAAAACGTAGCATGATGCTAAGTTTATGGATCTAGTGTACTAAGGAGAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15360921 138 +  48394510 TTTTTCATTGTCCAGTATTGCCATAAAATAGAGACTGCAGATTCTAGTTAGCAAAGA----TTCTGAAACCAATCTTCAGTCAAAGTAATATAAAACGCGGCATGATGAAAAATTTATGGATCTAGTGTACTAAGGAGAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165218935 142 - 196418989 TTTTTCATTATTCAGTATTGCTATAAAACAGACACTGCAGATTCTAGTTAGCAAAGATTCTTTCTGAAACCAATCTTCAGTCAAAGGAATATAAAACACGGCATGATGCTAAATTTATGGATCTAGTGTACTAAGGAGAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165219077 129 - 196418989 AGCAACTAGGAAAGGTTATCTACTATTTTATGGAAGAAATAAAGACCTACAAAGGTTGCTCTTTTGGTTGTTTCATAGTCTGTGCATTGTGTGGATGTGCAATATTAATTTAGGTAGACATAAATTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=176071.000000
s hg19.chr21     17066441 47 +  48129895 TTTGTCCCTTTACTATTTCCTATATCCATCCCTCCCCATCACCAAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-39161.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=158850.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15790278 33 +  46489110 TTTACTAAGTTAAGAAG-TGAGCCCATATCATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=275530.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153592.000000
s hg19.chr21     17066618 28 +  48129895 CACGAGTCCCTCAGGAAATCCTGATGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15361365 28 +  48394510 CACGGGTCCCTCAGGAAATCCTGATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165219394 27 - 196418989 TAC-AGTCCCTCAGGAAATCCTAATGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233261.000000
s hg19.chr21     17066646 51 +  48129895 GTTGACCTTTCTCTGGTGTCTGTTTCCTGGGGCAATGCTTGAATGTGG-TTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15792016 91 +  46489110 GAGCTGTAATTATTCGTTCCTGGTCATAACATGTTTGCTTGATCTCATTACCCTATTTTTATAAGGTCAATCTGTCATTAATGTTCTTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15363006 91 +  48394510 GAGCTGTAATTATTTGTTCCTGTTCATAACATGTTGACGTGATCTCATTACCCTATTTTTATAATGTCAATCTGTCATTAATGTTCTTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15363285 81 +  48394510 AAAGCAAAGACAGAGGCTGGGACTTGAGCCACAGCTGCTGTTCCAGTTGATACAACTGCAGCAGCAGTGGCAGGATTTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165221222 81 - 196418989 AAAGCAGAGACACAGGCTGGGACTTGAGCCACAGCTGCTGTTATACTTGAAACAACTGAAACAGTAGTGGCAGGATTCGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165221303 91 - 196418989 CACCGGGTTGTAGATGAGGCTGGTGCTGCCACTGCTTTGGGATACCATCATAACCATCACAAAGCCTTCCTTATTAAGATCATATTATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15792376 91 +  46489110 CACTGGGTTGTAGATGGGGCTGGTGCTGCCACTGCTTTGGGATACCATCATAACCATCATAAAGCTTTCCTTATTAAGATCATATTCTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165221605 151 - 196418989 GTTACATCTGACTTGGGTTCTTACAGTCTACCAGGATAGAACTCAAGAGAGATCACCAAACATAACAGAAAAGGAAAGTTTATTTCAGCTTGTGCACAAGGGAGCCAGCACCAAGAAAGAAAGGGGAATGGGCTTCTACCAAGGGTAGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165221756 136 - 196418989 ATGGGTTAGTTTTATAGGGTCTTTCAATAAGGAAGAGTTATGTCATGGCATGTATAGCGAGGGTTTTCCTAGTGGTTTcacagtggctcaacatgcttcttcatatgttatgtgtagcattaacaatttaaatctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165221892 105 - 196418989 taccacttggtgtgaattttagcattaaaatgaagacaagataagttCAGGTTGGAGTTTAAGTTTTACCAAGTATAC-AGGCTCCAGGAAGTCTCTCCTCCCCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 I 17
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165221997 166 - 196418989 AGATGGAAGCTTTTAGTTAATAGCTTCTTGGGTCTTTCATTACTGATTTGCTGAGAGTTTAGATAAGTTTAGATAAGGTAGAGTTGGGATGAGGGGCTTTTGCCCTTTTTCTCCAGACCATCTTAAAATAGGGAATCAACCAACCTGCCTGCCTCACCCCCTACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17069475 50 +  48129895 CCATGTCACAGCACATTGTCCAGGCCTCTAGAAAGCTCTTCTCTGCTAag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15364218 50 +  48394510 CTATGTCACAGCACATTGTCCAGGCTTCTAGAAAGCTCTTCTCTGCTAag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=74276.000000
s hg19.chr21     17069525 67 +  48129895 gaagtcaaattttctctgtttgcagatgacatgattgcatatttagaaaactccatcatctcagccc
s ponAbe2.chr21  15364268 67 +  48394510 gaagtcaaattttctctgtttgcagatgacatgattgcatatttagaaaaccccattgtctcagtgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165222213 63 - 196418989 gaagtcaaattttctctgt----agatgacatgatttcgtatttagaaaatcacatcgtctcagccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e panTro2.chr21  15793229 17 +  46489110 I

a score=101172.000000
s hg19.chr21     17069592 137 +  48129895 aaaatctccttaagctgataagcaacttcagccaagtctgaggatacaaaatcaatgtgcaaaaatcacaagaattcctatacaccaataatagacagacagagagccaaatcataagtgaactctcatgcacaatt
s ponAbe2.chr21  15364335 133 +  48394510 aaaatctccttaagctgataagcaacttcagccaagtctgaggatacaaaatcaatgtgcaaaaatcacaaacattcctatacaccaataatag----acagagagccaaatcataagtgagctcccattcacaact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165222276 135 - 196418989 aaaatctccttaatctgataagcaacttcagcaaagtcccag--caaaaaatcaatgtgcaaaaatcacaagcattctcatacaccagtaacagacaaacagagagccaaatcatgagtgaactcccattcacaatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e panTro2.chr21  15793229  17 +  46489110 I

a score=776126.000000
s hg19.chr21     17069729 1739 +  48129895  
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15364468 1843 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e panTro2.chr21  15793229   17 +  46489110 I

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s rheMac2.chr3  165224221 37 - 196418989 ACAGAAAGCTTTTCTCTCCTAGAACAACTGTCATACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=184947.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-62718.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=124439.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=195432.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=26278.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15797957 214 +  46489110 AGACCTTTTTGAACAACATTGAAAAGAAAAACCCAGAAGAGAATACAATAAGGAATTGTAGAAAATAAGATGAGACAGGGAGCAGGGTCCCCAATTAAGAGGACATCAAACTTACATTTTAGGGTGCTGTCATTTTAAAGTGTTTCTAAAACACTGTAGTTTTTCATATTATTTAAATGTACAGAAACTTAAACCTATGGTCCTGTTACCCAGt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15376867 214 +  48394510 AGACCTTTTTGAACAACATTGAAAAGAAAAACCCAGAAGAGAATACTATAAGGAATTGTAGAAAATAAGATGAGACAGGGAGCAGGGTCCCCGATTAAGAAGACATCAAACTTACATTTTAGGGTGCTGTCATTTTAAAGTGTTTCTAAAACACTGTAGTTTTTCATATTATTTAAATGTACAGAAACGTAAACCCATGGTCCTCTTACCCCGt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165230030 214 - 196418989 AGACCTTTTTGAACAACATTGAAAAGAAAAACCCAGAAGAGAATACTATAAAGAATTGTAGACAATAAGATGAGACAGGGAGCAGGGTCCCAGATTAAGAAGACATCAAACTTACATTTTAGGGTGCTGTCATTTTAAAGTGTTTCTAAAACACTGCAGTTTTCCATATTATTTAAATATGCAGAAATTTAAACCCATGGTCCTGTTACCCAGt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54305.000000
s hg19.chr21     17077441 64 +  48129895 gatatggttaggctgtgtccccac----atctcatcttgaattcccaggtgttgtgggagggacccag
s rheMac2.chr3  165230244 68 - 196418989 gatatggttaggctgcgtccccacccaaatctcatcttgaattctcaggtgtcgtgggagggacccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377081 68 +  48394510 gatatggttaggctgtgtccccacccaaatctcatcttgaattcccaggtgttgtgggagggacccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15798171 64 +  46489110 gatatggttaggctgtgtccccac----atctcatcttgaattcccaggtgttgtgggagggacccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=128472.000000
s hg19.chr21     17077505 79 +  48129895 tgggaggtgattcaataatgggggcgggtctttcctgtgctgttctcttggtagtaaataagtctcacaagatctgatg
s panTro2.chr21  15798235 79 +  46489110 tgggaggtgattcaataatgggggcgggtctttcctgtgctgttctcttggtagtaaataagtctcacaagatctgatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377149 79 +  48394510 tgggaggtgattgaataacaggggcgggtctttcctgtgctgttctcttgaaagtaaataagtctcacaagatctgatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165230312 78 - 196418989 tgggaggtgattgaatcatgggggcgggtatttcctgtgctgttctc-tgataataaataagtctcacaagatctgatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=158938.000000
s hg19.chr21     17077584 98 +  48129895 tttttaaaaagggggagtttccctgtacaagctctcttcttttgtctgccgccatgtgagacgtgtctttcaccttccaccatgattgtgaggcctcc
s panTro2.chr21  15798314 98 +  46489110 tttttaaaaagggggagcttccctgtacaagctctcttcttttgtctgctgccatgtgagacgtgtctttcaccttccaccatgattgtgaggcctcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377228 98 +  48394510 tttttaaaaaaggggagtttccctgtacaagctctcttcttttgtctgccaccatgtgagatgcgcctttcgccttccaccatgattgtaaggcctcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165230390 97 - 196418989 ttttttaaaaaggggcacttccctgtacaagctctcttcttttgtctgctgccacgtgagacgtatcttt-gccttccaccatgattgtgaggcctcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165811.000000
s hg19.chr21     17077682 97 +  48129895 ccagccacgtagaactgttactccaataaacttctttcttttttcaaattgcccagtctcaggtatgtctttatcagcagcatgagtacagactaat
s rheMac2.chr3  165230487 97 - 196418989 ccagtcacgtggaactgtaagtccaatgaacttctttcttttttcaaagtgcccagtctcaggtatgtctttatcagcagcatgagaacagactaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377326 96 +  48394510 ccagccacgtggaactgtaagtccaataaacttctttcttttttcaaattgcccagtctcaggta-gtctttatcagcagcgtgagaacagactgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15798412 97 +  46489110 ccagccacgtagaactgtaactccaataaacttctttcttttttcaaattgcccagtctcaggtatgtctttatcagcagcatgagtacagactaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=204492.000000
s hg19.chr21     17077779 60 +  48129895 acaCCCAGCTTaggaataaaacactattaatgcagttgaaatctcctatgttttgttcca
s panTro2.chr21  15798509 60 +  46489110 acaCCCAGCTTAGGAATAAAACACTATTAATGCAGTTGAAATCTCCTATGTTTTCTTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377422 60 +  48394510 acaCCCAGCTTAGGAATAAAACACTATTAATGTAGTTGAAATCTCCTATGTTTTGTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165230584 60 - 196418989 acaCCCAGCTTAGGAAGTAAACACTATGAATGCGGTTGAAATCTCCTATATTTTGTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247301.000000
s hg19.chr21     17077839 62 +  48129895 taatcataattaatttctcccttagcagagataatcattatcctacatttggtgtttattat
s panTro2.chr21  15798569 62 +  46489110 TAATCATAATTAACTTCTCCCTTAGCAGAGATAATCATTATCCTATATTTGGTGTTTATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377482 62 +  48394510 TAATCATAACTAATTTCTCCCTTAGCAGAGATAATCATTATTCTATATTTGGTGTTTATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165230644 62 - 196418989 TAATCATAACTAATTTCTCTCTTGGCAGAGGTAATCATTATCCTATATTTGGTGTTTATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246505.000000
s hg19.chr21     17077901 104 +  48129895 tcttaagcatttcttatactCAGATGCATAGATATTACTTAGATAATACATAGATGCTTATGTTCCAAAACAAAACAAATACTCCAAGTTAAAAAATATATTGT
s panTro2.chr21  15798631 104 +  46489110 TCTTAAGCATTTCTTATACTCAAATGCATAGATATTACTTAGATAATACATAGATGCTTATGTTCCGAAACAAAACAAATATTCCAAGTTAAAAAATATATTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377544 104 +  48394510 TCTTAGGCATTTCTTATACTCAAATGCATAGATATTACTTAGATAATACATAGATGCTTATGTTCCAAAACAAAACAAATGTTCTAAGTTAAAAAATATATTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165230706  89 - 196418989 TCTTATACATTTCTTATACTCAAATGCATAGATATTACTTAGATAATATATAGATGCTTATGTTCC-AAACAAAACAAATGTTCCAGGTT--------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 15

a score=372329.000000
s hg19.chr21     17078005 313 +  48129895 GAAGTTTaatagaaaagacatggaatcaacctaggtgcccatcaatgacagactagataaagaaaatgtggcacatataaactatagaatactatgcagccattaaaaaagagtgaaatcttgtcctttgcagcaacatgaatgcagttggaggccattatcctaaacaaattaacacagtaatggaaaactaaataccacatgttctgacttataataagtaggagctaaacactgcgtatacatggacataaagatgtgaataataggcactggcgattactagaagagggagtgatggggagaaagggct
s panTro2.chr21  15798735 313 +  46489110 GAAGTTTaatagaaaagacatggaatcaacctaggtgcccatcaatgacagactggataaagaaaatgtggcacatataaactatagaatactatgcagccattaaaaaagagtgaaatcttgtcctttgcagcaacatgaatgcagttggaggccattatcctaaacaaattaacacagtaatggaaaactaaatgccacatgttctgacttataataagtaggagctaaacactgggtatacatggacataaagatgtgaataataggcactggcgattactagaagagggagtgatggggagaaagggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377648 313 +  48394510 GAAGTTTaatagaaaagacatggaatcaacctaggtgcccatcaatgacagattggataaagaaaatgtggcacatataaactatagaatactatgcagctattaaaaaagagtgaaatcttgtcctttgcagcaacatgaacgcagttggaggccattatcctaaacaaattaacacagtagtggaaaactaaataccacatgttctgacctataataagtaggagctaaacactgggtacacatggacataaagatgtgaataataggcactggcaattactagaagagggagtgatggggagaaatggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165230810 308 - 196418989 GATGTTTAAAagaaaagacatggaattaacctaggtgcccttcaatgacagattggatgaagaaaatgt-gcacatataaactatagaatactatgcagctattaaaaaagaattaaatcttgtcctttgcagcaacatgaatgcagctggaggccattatcctaaacaaattaacacagtaatggaaaacta----ccacatgttctgacttataataagtaggagctaaacactgggtacacatggacataaagatgtgaataataggcactggtgattactagaagagggagtggtctggagaaatggct
i rheMac2.chr3  I 15 C 0

a score=234148.000000
s hg19.chr21     17078318 189 +  48129895 gaaaaactacctattgggtactattcttactatgtgggtgataggatcattcataccccaaacctcagcatcacacaatatacctatgtaacaaacctggacatgtatcacttgaatctaaaataaaagttgaaaTTATAAAatatatacatatttggctggatgtggtggctcacacctatgatccca
s panTro2.chr21  15799048 189 +  46489110 gaaaaactacctattgggtactattcttactatgtgggtgataagatcattcatatcccaaacctcagcatcacacaatatacctatgtaacaaacctggacatgtatcacttgaatctaaaataaaagttgaaaTTATAAAatatatacatatttggctggatgtggtggctcacacctataatccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15377961 189 +  48394510 gaaaaactacctattgggtacttttcttactatatgggtgataggatcattcataccccaaacctcagcatcacacaatatacctgtgtaacaaacctggacatgtatcacttgaatctaaaataaaagttgaaaTTATAAAatatatacatatttggctgggtgtggtggctcacacctgtaatccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165231118 189 - 196418989 gaaaaactacctatggggtactattcttactatgtgggtgataggatcatttataccccaaacctcagcatcacacaatatacctatgtaacaaacctggacatgtaccacttgaatctaaagtaaaagttggaaTTATAAAATATATACATATttggctgggtgcagtggtttacacctataatccca
i rheMac2.chr3  C 0 I 202

a score=91555.000000
s hg19.chr21     17078507 202 +  48129895 acacgttgcgaagctgaggcaggtggatcacttgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccctgtctttactaaaaatgcaaaaattatctgggcgtggtggcgcatgcctgtaatcccagctactctggaggctgaggcacaggaatcacttgaacctgggaggtgaaggttgcagtgagccgaga
s panTro2.chr21  15799237 202 +  46489110 acacgttgtgaagctgaggcaggtggatcacttgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccctgtctttactaaaaatgcaaaaattatctgggcatggtggcacatgcctgtaatcccagctactctggaggctgaggcacaggaatcacttgaacctgggaggtgaaggttgcagtgagccaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15378150 186 +  48394510 ctatgttgcgaagctgaggtaggtggttcacttgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccttgtctttactaaaaatacaaaaattagctgggcttggtgacacacacctgtaatcccagctactctggaggctgaggcacaggaatcacttgaacctgggaggtga----------------aga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165231307 202 - 196418989 I

a score=40487.000000
s hg19.chr21     17078709 158 +  48129895 ttgcaccactgtactccaacctgggtgacagagcaagactccacctggaaaaaaaa---atatatatatatacacacacacatatatacacatatatgcacatatatatatatatgtgtgtgtatatatatatatatatatagagagagagagagagagag
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15799439 140 +  46489110 ttgcaccactgtactccaacctgggtgacagagcaagactccacctggaaaaaaaatatatatatatatacacacacacacatatatacacatatatgcacacacacatatatat------------------atatatataGAGAGAGAGAGAGAGA---
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165231307 202 - 196418989 I

a score=1149.000000
s hg19.chr21     17078867 45 +  48129895 agagagagagagagagaAAAGTTTTGAAGAGAATAAATATGGCAT
s rheMac2.chr3  165231509 45 - 196418989 aGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGTTTTGAAGAGAATAAATATGGCAT
i rheMac2.chr3  I 202 C 0
s ponAbe2.chr21  15378486 26 +  48394510 -------------------AGTTTTGAAGAGAATAAATATGGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15799579 28 +  46489110 -----------------AAAGTTTTGAAGAGAATAAATATGGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=171040.000000
s hg19.chr21     17078912 44 +  48129895 AATG--AAAAAGGTGTTTCAGGAAGTTGGGTCTAGCTAAAACATAC
s rheMac2.chr3  165231554 46 - 196418989 AATGAAAAAAAGGTGTTTCAGGAAGTTGGGTCTAGCTGCAACATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15799607 44 +  46489110 AATG--AAAAAGGTGTTTCAGGAAGTTGGGTCTAGCTAAAACATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15378512 44 +  48394510 AATG--AAAAAGGTGTTACAGGAAGTTGGGTCTAGCTAAAACATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=248808.000000
s hg19.chr21     17078956 36 +  48129895 AGTACAGAAAGTTTTTGTGTCATCTAGGAGTATTTG
s rheMac2.chr3  165231600 36 - 196418989 AGTACCGAAAGTTTTTGTGTCATCTAGGAGTATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15799651 36 +  46489110 AGTACAGAAAGTTTTTGTGTCATCTAGGAGTATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15378556 36 +  48394510 AGTACAGAAAGTTTTTGTGTCATCTAGGAGTATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=93417.000000
s hg19.chr21     17078992 25 +  48129895 GACCAGCATGTAAAATTGGGCTTAG
s rheMac2.chr3  165231636 25 - 196418989 GACTAGTGTGTAAAATTGGGCTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 I 5
s panTro2.chr21  15799687 25 +  46489110 GACCAGCATGTAAAATTGGGCTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15378592 25 +  48394510 GACTAGCATTTAAAACTGGGCTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=73475.000000
s hg19.chr21     17079017 11 +  48129895 AAAAGGATGGA
s rheMac2.chr3  165231666 11 - 196418989 AAAAGGATGGA
i rheMac2.chr3  I 5 C 0
s panTro2.chr21  15799712 11 +  46489110 AAAAAGATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15378617 11 +  48394510 AAAAGGATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1187150.000000
s hg19.chr21     17079028 116 +  48129895 TATCAAAAAATGGAAAAGAAATTTCAGCGTCTTAAATATAGAGAATGAGGAAGCAGAATGAGTCAAACCAAGATACTAGGCTTTGTCCCCGAAGGATTAAAATAACGATGTGGTGT
s rheMac2.chr3  165231677 116 - 196418989 TATCAAAAAATGGAAAAGAAATTTTAGTGTCTTAAATATAGAGAATGAGGAAGCAGGATGAGTCAAACCAAGATACTAGGCTTTGTCTCCGAAGGATTAAAATAACGATGTGGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15799723 116 +  46489110 TATCAAAAAATGGAAAAGAAATTTCAGTGTCTTAAATATAGAGAATGAGGAAGCAGAATGAGTCAAACCAAGATACTAGGCTTTGTCCCCGAAGGATTAAAATAACGATGTGGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15378628 116 +  48394510 TATCAAAAAATGGAAAAGAAATTTTAGTGTCTTAAATATAGAGAATGAGGAAGCAGAATGAGTCAAACCAAGATACTAGGCTTTGTCCCCGAAGGATTAAAATAATGATGTGGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=905501.000000
s hg19.chr21     17079144 81 +  48129895 TGACAGATTCAGTGAGTCACAGTGGAAGAACTGGTTTCCAGGAGTATAGATGTGTTGTGGAATTTGGCCCTGCTGACCATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15799839 81 +  46489110 TGACAGATTCAGTGAGTCACAGTGGAAGAACTGGTTTCCAGGAGTATAGATGTGTTGTGGAATTTGGCCCTGCTGACCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=798977.000000
s hg19.chr21     17079225 70 +  48129895 CCCTCATTGCTGAAGCACTCTCCTCCCTAGCCTTCTGCCATCCCTTTCTTTTGGCTTTGTTCCTACCTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165231874 70 - 196418989 ccctcattgctgaagcactctcctccctagcctgctgccatccctctcctttggctttgttcctacctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1328965.000000
s hg19.chr21     17079295 174 +  48129895 TTCATTGT----TCTAAGTCTTCCTTATGGTCTTCAATTTGTATCCAATTTTTCTTACAGCTAATACTCTCCTGGACTGACTCATTCACTTCCAGGGCCTTAATACACAAATGCTGATGACTTCCAAATTCTTATGGCCAACATGTAAAGTCTCCTCAGCTCCATATTTCATTTCTAA
s panTro2.chr21  15799990 174 +  46489110 TTCATTGT----TCTAAGTCTTCCTTATGGTCTTCAATTTGTATCCAATTTTTCTTACAGCTAATACTCTCCTGGACTGACTCATTCACTTCCAGGGCCTTAATACACAAATGCTGATGATTTCCAAATTCTTATGGCCAACATGTAAAGTTTCCTCAGCTCCATATTTCATTTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15378895 178 +  48394510 ttcattgttctctctaagtcttccttatggtcttcaatttgtatccaacttttcttacagctaatactctcctggactgattcattcatttccagggccttaatacacaaatgctgatgactcccaaattcttatggccaacatgtaaagtctcctcagctccatatttcatttctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165231944 178 - 196418989 tctactgttctttctaagtcttctttatgggcttcaatttgtatccaatttttgttacagctaatactttcctggattgactcattcatttccaggaccttaatatacaaatgctgatgacttccaaattcttatggccaacatgtaaagtctcctcagctgcatatttcatttctac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141198.000000
s hg19.chr21     17079469 15 +  48129895 TTGCCTATGGGTATT
s panTro2.chr21  15800164 15 +  46489110 TTGCCTATGGGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379073 15 +  48394510 ttgcctatgggtatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1023923.000000
s hg19.chr21     17079484 103 +  48129895 TATCCCACAGCCACTTTTAACATGTCCAAAATTAGTCTTATTACCATCTTATTCCCTTCTCATTTTATTCATCCCTTTTATTCTTACTTATTCCTGCTCCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379088 103 +  48394510 tatcccacagccacttttaacatgtccaaaattagtcttattaccatcttattcccttctcattttattcatcccttttattcttacatattcctgctctttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232137 103 - 196418989 tatcccacagccacttttaacatgtccaaaattagtcttattaccatcttcttcccttctcattttattcatcccgtttattcttacttattcctgctccttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=228334.000000
s hg19.chr21     17079587 24 +  48129895 ATTCTCTATCTCTGCAAATGTTCT
s panTro2.chr21  15800282 24 +  46489110 ATTCTCTATCTCTGCAAATGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379191 24 +  48394510 attctctatctctgcaaatgttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232240 24 - 196418989 attctccatctctgcaaatgttcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=338840.000000
s hg19.chr21     17079611 24 +  48129895 CCAAGTTTTATCATCTTACCAAAG
s panTro2.chr21  15800306 24 +  46489110 CCAAGTTTTATCATCTTACCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379215 24 +  48394510 cccagttttatcttcttaccaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232264 24 - 196418989 ccaagttttatcttcttaccaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=274475.000000
s hg19.chr21     17079635 32 +  48129895 CTAGAAAACTGGAAAACATCCTCACACTTCTC
s panTro2.chr21  15800330 32 +  46489110 CTAGAAAACTGGAAAATATCCTCACACTTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379239 32 +  48394510 ctagaaaactgggaaacatcctcacacttctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232288 32 - 196418989 ctagaaaactgggaaacatcctcacacttctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=127151.000000
s hg19.chr21     17079667 99 +  48129895 CCTGAACATGAGCTGTGCCCACTATTTAATGCCATGTCTTGCCAAATCAACCTCTTTAATTGTGCTTGTATTGTTTTCCACTTTTCAACTGTCTCCACT
s panTro2.chr21  15800362 99 +  46489110 CCTGAACATGAGCTGTGCCCACTATTTAATGCCATGTCTTGCCAAATCAACCTCTTTAATTGTGCTTGTATTGTTTTCCACTTTTCAACTGTCTCCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379271 99 +  48394510 cctgaacattagctgtgcccactatttaatgccatgtcttgccaaatcaaccttcttaattgtgcttgtattgttttccacttttcaactgtctccact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232320 98 - 196418989 cctaaacattagctgtgcccactatttaatgccatgtcttgccaaatcaacttccttaattgtgcttatattg-tttccacttctcaaccatctccact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100423.000000
s hg19.chr21     17079766 45 +  48129895 GTCTTAATCTCAGGTGGTTTTAACTATGTTCTCTGGCCTATTACA
s panTro2.chr21  15800461 45 +  46489110 GTCTTAATCTCAGGTGGTTTTAACTATGTTCTCTGGCCTATTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379370 45 +  48394510 gtcttaatctcaggtggttttaaatatgttctctggcctattata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232418 45 - 196418989 gtcttaatctcaggtgcttttaaatatgttctctggcctattata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400758.000000
s hg19.chr21     17079811 69 +  48129895 ATATTCTGTAAACTTATCTTTT-CACCCCTAGTCTTGTCCAATTCCTTCTCTCTGTCTCTCTTCTACTAT
s panTro2.chr21  15800506 69 +  46489110 ATATTCTGTAAACTTATCTTTT-CACCCCTAGTCTTGTCCAATTCCTTCTCTCTGTCTCTCTTCTACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379415 69 +  48394510 atattctgtaaacttatctttc-cacccctagtcttgtccaattccttctctctgtctctcttctactat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232463 70 - 196418989 atactctgtaaacttatcttttccacccctagtcttgtccaattccttctctctgtctctcttctactat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310412.000000
s hg19.chr21     17079880 28 +  48129895 GAGTGATTTTCTTAAATATAAATTTGAT
s panTro2.chr21  15800575 28 +  46489110 GAGTGATTTTCTTAAATATAAATTTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379484 28 +  48394510 gagtgattttcttaaatataaatttgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232533 28 - 196418989 gaatgattttcttaaatataaatttgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-17869.000000
s hg19.chr21     17079908 30 +  48129895 CATTCCCTGCTCTTAGGTGGAGGGGAAATT
s panTro2.chr21  15800603 30 +  46489110 CATTCCCTGCTCTTAGGTGGAGGGGAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379512 30 +  48394510 cattcccttctctTAGGTGGAGGGGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232561 26 - 196418989 cattccctgctctTA----GAGGGGAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=923025.000000
s hg19.chr21     17079938 119 +  48129895 AGGACACCTCATTACCTTCTGCAGAAGCTTTCCGTCTTGTTCTTTTAAATCCTAATTAGGACTCTACAGAGTTAACTCAAAGACAACCAATGGCGCCAAGTCAGAAGCTGAAAGACAAG
s panTro2.chr21  15800633 119 +  46489110 AGGACACCTCATTACCTTCTGCAGAAGCTTTCCGTCTTGTTCTTTTAAATCCTAATTAGGACTCTACAGAGTTAACTCAAAGACAACCAATGGCACCAAGTTAGAAGCTGAAAGACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379542 119 +  48394510 AGGACTCCTCATTACCTTCTGCAGAAGCTTTTCATCTTGTTCTTTTAAATCCTAATTAGGACTCTACAGAGTTAACTCAAAGACAATCAATGGTACCAAGTTAGAAGCTGAAAGACGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232587 118 - 196418989 AGGACTCCTTATTACCTTCTGCAGAAGCTTTTCATCTTGTTCTTTTAAATCCTAATTAAGACTCTA-AGAGTTAACTCAAAGACAACCAATGGTACCAAGTTCGAAGCTGAAGGATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=250065.000000
s hg19.chr21     17080057 28 +  48129895 TGAATTATTTGATGAGACACAAAAGCGT
s panTro2.chr21  15800752 28 +  46489110 TGAATTATTTGATGAGACATAAAAGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379661 28 +  48394510 TGAATTATTTGACGAGACATAAAAGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232705 28 - 196418989 TGAATTCTTTGATGAGACATAAAAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=362493.000000
s hg19.chr21     17080085 84 +  48129895 TGAATTCAAAAGCACAGGCCCTTTTTTCCCCACTCGTTTTGCTGCTAGGAAATTCACTCAGCAaatatttatcaagtatgcacc
s panTro2.chr21  15800780 84 +  46489110 TGAATTCAAAAGCACAGACCCTTTTTTCCCCACTCGTTTTGCTGCTAGGAAATTCATTCAGCAaatatttatcaagtatccacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379689 84 +  48394510 TGAGTTCAAAAGCACAGACCCTTTTTTCCCCACTCATTTTGCTGCTAGGAAATTCATTCAGCAaatatttatcaagtatccacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232733 84 - 196418989 TGAGTTCAAAAGCACAGACCCTTTTTTCCCCACTCGTTTTGCTCCTGGGAAATTCATTCGGCAaatatttatcaagtatccacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1106218.000000
s hg19.chr21     17080169 144 +  48129895 atgtgccagacactcttctcagtgctactctatattaattctactaattcctataaaaacccatgga------------tattatttcaattttacagatgaagaaactgaggcatattactcaaggttaagttactcaaggtccccagctcggtg
s panTro2.chr21  15800864 144 +  46489110 atgtgccagacactcttctcagtgctactctatattaattctactaattcctataaaaacccatgga------------tattatttcaattttacagatgaagaaactgaggcatattactcaaggttaaattactcaaggtccccagctcagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379773 144 +  48394510 atgtgccagacactcttttcagtgctactctatattaattctactaattcttataaaaacccatgga------------tattactttaattttacagatgaagaaactgaggcatattaatcaaggttaaattactcaaggtcaccagctcagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232817 152 - 196418989 atgtgccagacactattctcagtgctactctacattaattctactaattctcataaaaacccatggatgtaggtaatgttgttatttcgattttatagatgaagaaactgaggcatatagat----gttaaattacttaaggtccccagctcggta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=570708.000000
s hg19.chr21     17080313 65 +  48129895 aagtccagaaccgggacgtgaacccagataatcagactctagaattttgctactcaaagtagaat
s panTro2.chr21  15801008 65 +  46489110 aagtccagaaccgggacgtgaacccagataatcagactctagaatTTtgctactcaaagtagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379917 65 +  48394510 aagtccagaaccgggtcatgaacccagataatcagactctagaattttgctactcaaagtagaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165232969 65 - 196418989 aagtccggaactgagacgtgaacccagataatgagactctagaatTTtgctagtcaaagtagaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=143510.000000
s hg19.chr21     17080378 34 +  48129895 tcatgggccagcagaatggtaacactggtgatat
s rheMac2.chr3  165233034 34 - 196418989 tcatggactagaagaatggtatcattggtgatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15379982 34 +  48394510 tcatgggccagcagtatggtaacactggtaatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15801073 34 +  46489110 tcatgggccagcagaatggtaacactggtgatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=933638.000000
s hg19.chr21     17080412 208 +  48129895 tagaaatacaggccctgtgcttctaccctagacttaatcattatgtaaatttttacaagatttccaggtgatgtgtgcattacttcatgcttgaaaagctttgccttcaagtctgggttcttaaccac-ATGTCAACCCAATATAACagtagttgacttgttctttcttcctcagacatgtgagttggctctcctttttatgtacctgt
s panTro2.chr21  15801107 208 +  46489110 tagaaatacaggccctgtgcttctacccgagacttaatcattatgtaaatttttacaagatttccaggtgatgtgtgcattacttcatgcttgaaaagcTTTGCCTTCAAGTCTGGGTTCTTAACCAC-ATGTCAACCCAATATAACAGTAGTTGACTTGTTCTTTCTTCCTCAGACATGTGAGTTGGCTCTCCTTTTTATGTACCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380016 208 +  48394510 tagaaatacaggccctgtgcttctaccctagacttaatcattatgtaaatttttacaagatttccaggtgatgtgtgttttccttcatgcttgaaaagctttgccttcacgtctgggttcttaaccac-ATGTCAACCCAATATAACAGTAGTTGACTTGTTTTTTCTTCTTCAGACATATGAGTTGGCTCTCCTTTTTATGTACCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165233068 206 - 196418989 tagaattacaggccctgtgcttctaccctagaattaatcattatgtaagtttttacaagatttccaggtgatGTGTGCATTCCTTCCTGCTTGAAAAGCTTT---TCCAAATCTGGATTCTTAACCACTATGTCAATGCGACATAACAATAGTTGACTTGTTCTTTCTTCTTCAGACATGTGAGTTGGCTCTCCTTTTTATTTACCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107734.000000
s hg19.chr21     17080620 41 +  48129895 caaacacaaaagtaacaagccTTAAAACCTTGCCCCTgcca
s panTro2.chr21  15801315 41 +  46489110 CAAACACAAAAGTAACAAGCCTTAAAACCTTGCCCCTgcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380224 41 +  48394510 CAAACACAAAAGTAACAAACCTTAAAACCTTGCCCCTgcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165233274 41 - 196418989 CAAACACAAAAGTAACAAGCCTTATAACCTTGACCCTgcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=211907.000000
s hg19.chr21     17080661 209 +  48129895 ggcgcggtagctcacgcctgtaatcccagcactttcggaggctgaagcgggcggatcacctgaggtcaggcgttcgagatcagcctgaccaacatggcgaaactccatctccactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggtgggcacctgtaatcccaactactcgggaggctgaggcagtagtattgcttgaatccaggaggc
s panTro2.chr21  15801356 209 +  46489110 ggcgcggtagctcacgcctgtaatcccagcactttcggaggctgaagcgggaggatcacctgaggtcaggcgttcgagatcagcctgaccaacatggcgaaactccatctccactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggtgggcacctgtaatcccaactactcgggaggctgaggcagtagtattgcttgaatccaggaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380265 209 +  48394510 ggtgcggtaactcacgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaagtgggctgatcacctgaggtcaggcgttcgagatcagcctgaccaacatggcgaaactccatctccactaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtggtgggcacctgtaatcccaactactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttggatccggaaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165233315 209 - 196418989 ggcacggtggctcacgcttgtaatcccagcactttgggaggctgaggcaggtggatcacctgaggtcaggtgtttgagaccagcctgaccaacatggcaaaactccatatccactaaaaatacaaaaactagccaggcctggtggtgggcacctgtaatcccaactactcgggaggctgaggcaagagaatcgcttgcatccgggaggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38552.000000
s hg19.chr21     17080870 108 +  48129895 agaagttgcagtgagccgagatcgcaccactgcactccagcctgggtgacagagcgagactctgtctcaaaaaacaaaacaaaacaaaac----------aaaTAAACCTCA-CCCCga
s rheMac2.chr3  165233524 102 - 196418989 ggagcttgcagtgaactgagatcgcactattgcactctagactgggtgacagggcaagactctgtctcaaaaa--aaaaaaaaagaaag---------------aaaCTTTGCCCCATa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380474 119 +  48394510 agagtttgcagtgagccgagatcgcaccactgcactccagcctgggtgaaaaagcgagactctgtctcaaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaaaaacaaaCCTTGTCCCTga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15801565 103 +  46489110 agaggttgcagcgagccgagatcgcaccactgcactccagcctgggtgacagagcgagactctgtctcaaaaaacaaaacaaaacaaag---------------aaaCCTCA-CCCCga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=22024.000000
s hg19.chr21     17080978 36 +  48129895 tccttttgtagatcatgagcatgatgattgggtgtt
s rheMac2.chr3  165233626 36 - 196418989 tccttttgtagttcatgagcatgatgattgggtgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380593 36 +  48394510 tcctttcgtagttcatgagcatgacgattggctgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15801668 36 +  46489110 tccttttgtagatcatgagcatgatgattgggtgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-25143.000000
s hg19.chr21     17081014 52 +  48129895 gacacaaatatgtgaaatgtgccagcctcaaaccttcttatgacatcagatc
s panTro2.chr21  15801704 52 +  46489110 gacacaaatatgtgaaatgtgccagcctcaaaccttcttatgacatcagatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380629 52 +  48394510 cacacaaatatgtgaaatgtgccagcctcaaaccttcttgtgacatcagatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165233662 47 - 196418989 cacacaaatatgtgaaatgtgctggcctcagaccttcttaggac-----atc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-25112.000000
s hg19.chr21     17081066 35 +  48129895 agcacatgactctgctgGGAAGTCATTAATCCATT
s rheMac2.chr3  165233709 35 - 196418989 agcacatgactcTGCTGGGACCTCATTAATCCATT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  15380681 35 +  48394510 agcacatgactctgctgGGAACTCATTAATCCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s panTro2.chr21  15801756 35 +  46489110 agcacatgactctgctgGGAACTCATTAATCCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=312626.000000
s hg19.chr21     17081101 70 +  48129895 ATACATTAAGTATCTGGAACTTTTCTGGTTAAAACAAATATATACCTATATCTCTAAGAGATATTATTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380717 70 +  48394510 ATACATTAAGTATCTGGAACTTTTCTGGTTAAAAGAAATATGAACCTATATCTCTAAGAGATATTATTCT
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=155249.000000
s hg19.chr21     17081171 24 +  48129895 TGATGTAGGTCAATTTTATAGGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=196158.000000
s hg19.chr21     17081195 63 +  48129895 CTGAAGAGGAAGTAGTGTACCGATGTTCAAAATGATGTCTGGTCAGTGATGGTTGTCCAAaca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15801885 63 +  46489110 CTGAAGAGGAAGTAGTGTACCGATGTTCAAAATGATGTCTGGTCAGTGATGGTTGTCCAAaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-4167.000000
s hg19.chr21     17081258 68 +  48129895 cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacGGGGGAGGGGGGaga
s rheMac2.chr3  165233902 32 - 196418989 cacacacacacacacacG------------------------------------GAGCAGAGGGgaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380874 46 +  48394510 cacacacacaaacacacacacacacacacaca----------------------GGGGAGGGGGGaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15801948 60 +  46489110 cacacacacacacacacacacacacacacacgcacacacacacaca--------GGGGAGGGGGGaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=55159.000000
s hg19.chr21     17081326 52 +  48129895 gagagagtcactgtgttacccaggctggaatggagtgtctattcacagatgt
s panTro2.chr21  15802008 52 +  46489110 gagagagtcactgtgttacccaggctggaatggagtgtctattcacagatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380920 52 +  48394510 gagagagtcactatgttacccaggctggaatggagtgtctattcacagatgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165233934 52 - 196418989 ctgagagtcactgtgttacccaggctgcaatggagtgtctattcacagatgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=96383.000000
s hg19.chr21     17081378 64 +  48129895 gatcacaagtccctgcagcctttgacccctagactcaagtgatccttttgccacagcctcctga
s rheMac2.chr3  165233986 64 - 196418989 gatgatagctccctgcagccttggacccctagcctcaagtgatcctttggccacagcctcctga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15380972 64 +  48394510 gatcataactccctgcagccttggacccctagcctcaagtgatccttttgccacagcctcctga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15802060 64 +  46489110 gatcacaagtccctgcagcctttgacccctagactcaagtgatccttttgccacagcctcctga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=64164.000000
s hg19.chr21     17081442 33 +  48129895 gtagctgggactacaggcacacaccaccatccc
s rheMac2.chr3  165234050 33 - 196418989 gtagctgggactacaggcacacaccaccatccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381036 33 +  48394510 gtagctgggactacaggcacacaccaccatccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15802124 33 +  46489110 gtagctgggactacaggcacacaccaccatccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=257703.000000
s hg19.chr21     17081475 72 +  48129895 tggcTCAAACACTTGATATTAGTCTAATACCAGTAGCCAGACAGGCTAGAGGAGGGATGAAACCAGCTTTGT
s rheMac2.chr3  165234083 72 - 196418989 tggcTCAAACACTTGATATTAGTCTAACACCAGTAGCCAGACAGGCTAGAGGAGGGATGAAACCAGCTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 I 28
s ponAbe2.chr21  15381069 72 +  48394510 tggcTCAAACACTTGATATTAGTCTAATACCAGTAGCCAGACAGGCTAGAGGAGGGATGAAACCAGCTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15802157 72 +  46489110 tggcTCAAACACTTGATATTAGTCTAATACCAGTAGCCAGACAGGCTAGAGGAGGGATGAAACCAGCTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=800411.000000
s hg19.chr21     17081547 111 +  48129895 CTATGTAGTAGGGAACGTTGAGGATCAGATACCATTACAACCCTAACTGATAACACAATCAGCTATCACAATCTTAACAGTGACTTGAGGTAATACGTATCTTCTAAGTTA
s panTro2.chr21  15802229 111 +  46489110 CTACGTAGTAGGGAACGTTGAGGATCAGATACCATTACAACCCTAATTGATAACACAATCAGCTATCACAATCTTAACAGTGACTTGAGGTAATACGTATCTTCTAAGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381141 111 +  48394510 CTACGTAGTAGGGAATGTTGAGGATCAGATACCATTACAACCCTAATTGATAACACAATCAGCTATCACAATCTTAACAGTGACTTGAGGTAATACGTATCTTCTAAGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165234155  28 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17081658 46 +  48129895 ATGTGGGAGAGAGGTGGGTTTCAGGATAAACTGTAAACCGCTCATT
s panTro2.chr21  15802340 46 +  46489110 ATGTGGGAGAGAGGTGGGTTTCAGGATAAACTGTAAACCACTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381252 46 +  48394510 ATGTGGGAGAGAGGTGGGTTTCAGGATAAACTATAAACCGCTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234183 46 - 196418989 ATGTGGGAGAGAGGTGGGTTTCAGGATAAGCTGTAAACCACTCATC
i rheMac2.chr3  I 28 C 0

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s hg19.chr21     17081704 51 +  48129895 CTTATGAGACTCACTTGAGGAGGTTTCTGGACAAGCTTCCACATTGACTCC
s panTro2.chr21  15802386 51 +  46489110 CTTATGAGACTCACTTGTGGAGGTTTCTGGACAAGCTTCCACATTGACTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381298 51 +  48394510 CTTATGAGACTCACTTCTGGAGGTTTCTGGACAAGCCTCCACCTTGACTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234229 51 - 196418989 CTTATGAGACTCACTTGTGGAGGGTTCTGGACGAGCCTCCAACTTGGCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381349 67 +  48394510 TCACTCACATGGAAGTTGTTTCCAGCACTTTGTGAGGTCTCCCATAAAACATGTGAAACTCCATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234280 67 - 196418989 TCACTCACATGGAAGTTGTTTCCAGCACTTGGAGAAGTCTCCCATAAAACATGCAAAACTCCATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=519311.000000
s hg19.chr21     17081822 91 +  48129895 GTAGTAATAAGAAATGGAAGGTTCACTGAAGATGTTGCAGAGAGAAAGAGAAGATGCCATGTCACACACCACACAGCAGAAATTTAGGCAA
s panTro2.chr21  15802504 91 +  46489110 GTAGTAATAAGAAATGGAAGGTTCACTGAAGATGTTGCAGAGAGAAAGAGAAGATGCCATGTCACACACCACACAGCAGAAATTTAGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381416 91 +  48394510 GTAGTAATAAGAAATGGAAGGTTCACTGAAGATTTTGCAGAGAGAAAGAGAAGATGCCATGCCACACACCACACAGCAGAAATTTAGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234347 91 - 196418989 GTAGTGATAAGAAATAGATGGTTTACTGAACATTTTGCAGAGAGAAAAAGAAGATGCCATATCACACACCACACAGCAGAAATTTAGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=228484.000000
s hg19.chr21     17081913 30 +  48129895 AATCCTCATTAGACATAAGAATTCTTAATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381507 30 +  48394510 AATCCTCATTAGACATAAGGATTCTTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234438 30 - 196418989 AATCCTCATTAGACATAAGGATTCTTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17081943 55 +  48129895 TTTTTCTTTCCCAAACACTTTCTTCCCAATCTCAATAGCTTTTCTTCCGTTTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234468 55 - 196418989 TTTTTCTTTCCCAAACATCTTCTTCCCAATCTCAATAGCTtttcttcctttttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=814494.000000
s hg19.chr21     17081998 93 +  48129895 TTCTTTCCTCCTTTCCTTTTTCAGGCAGTATCTAACAAACTGCAATACTCTTACCAGTATCAACTTTAATGCTAAGCTTAAATAATGTAAGCA
s panTro2.chr21  15802680 93 +  46489110 TTCTTTCCTCCTTTCCTTTTTCAGGCAGTATCTAACAAACTGCAATACTCTTACCAGTATCAACTTTAATGCTAAGCTTAAATAATGTAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381592 93 +  48394510 ttctttcctcctttcttttttCAGGCAGTATCTAACAAACTGCAATACTGTTACCAGTATCAACTTTAATGCTAAGCTTAAATAATGTAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234523 93 - 196418989 ttctttcttcctttccttttCCACGCAGTATCTAACAAACTGCAATATTGTTACCAGCATCAACTTTAATGCTAAGCTTAAATAATGTAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17082091 26 +  48129895 AAGCATAAACTGTAGAGTTCAAAACA
s panTro2.chr21  15802773 26 +  46489110 AAGCATAAACTGTAGAGTTCAAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381685 26 +  48394510 AAGCATAAACTGCAGAGTTCAAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234616 26 - 196418989 AAGCATAAACTGTAGAGTTCAAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=964593.000000
s hg19.chr21     17082117 161 +  48129895 GTAATAAATCTCCTAGCAGGTTTCACTATCCATCACACCCACCCAACCTCATTCTCAGGATCCTGTAAAACAAAAGCAGGTCTCTTCTAGGCGGGGATAGGGATATGCATTGTTAATAAGTTTCTTCATCCTGCTACATTCTCCTCTGGTGCCAGCACTTC
s panTro2.chr21  15802799 161 +  46489110 GTAATAAATCTCCTAGCAGGTTTCACTATCCATCACACCCATCCAACTTCATTCTCAGGATCCTGTAAAACAAAAGCAGGTCTCTTCTAGGCAGGGATAGGGATATGCACTGTTAATAAGTTTCCTCATCCTGCTACATTCTCCTCTGGTGCCAGCACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381711 161 +  48394510 GTAATAAATCTCCTAGCAGGTTTCACTATCCGTCACACCCACCCAACCTCATTCTCAGGATCCTGTAAAACAAAAGCAGGTCTCTTCTAGGCGGGGATAGGGATATGCATTGTTAATAAGTTTCCTCATCCTGCTACATTCTCCTCTGGTGCCAGCACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234642 157 - 196418989 GTAATGAATCTCCTAGCGGGTTTCACTGTCCATCACACCCACCCAACCTCATTCTCAGGATCCTGT-AAACAAAAGCAGGTCTCTTCTAGGCGGGGATAGGGATATGCATTGTTAATAAGTTTCCTCATCATGCTACATTCTCCTCTGGTGCCAGTA---C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=808432.000000
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s panTro2.chr21  15802960 71 +  46489110 TTCATATTTTCTATAGAACTAAGAATAAAAGCTTTTATTCTGGTGGCTAAGGGCTGAATGGACATGCTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381872 71 +  48394510 TTCATATTTTCTATAGAACTAAGAATAAAAGCTTTTATTCTGGTGGCTAAGGGCTGAATGGACATGCTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234799 71 - 196418989 TTCATATTATCTATAGAACTAAGAATAAAAGCTTTTATTCTGGTGGCTAAGGGCTGAATGAACATGCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=618475.000000
s hg19.chr21     17082349 84 +  48129895 ctcaacattcaaaaagcaaagtgcctgctctttggatgagtgcatgtatttatttatgtgataagtatttgaaacaggtcttTA
s panTro2.chr21  15803031 84 +  46489110 CTCAACATTCAAAAAGCAAAGTGCCTGCTCTTTGGATGAGTGCATGTATTTATTTATGTGATAAGTATTTGAAACAGGTCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15381943 84 +  48394510 CTCAACATTCAAAAAGCAAAGTGCCCGCTCTTCGGATGAGTGCATGTATTTATTTATGTGATAAGTATTTGAAACAGGTCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234870 84 - 196418989 CTCAACATTCAAAAAGCAAGGTGCCTACTCTTTGCATGAGTGCATGTATTTATTTATGTGATAAGCATTTGAAACAGGTCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50504.000000
s hg19.chr21     17082433 21 +  48129895 agttgcatatatttataagat
s panTro2.chr21  15803115 21 +  46489110 agttgcatatatttataagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15382027 21 +  48394510 agttgcatatatttatgagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165234954 21 - 196418989 agttgcacatatttatgagat
i rheMac2.chr3  C 0 I 339

a score=22922.000000
s hg19.chr21     17082454 17 +  48129895 acatgtcatattttgat
s panTro2.chr21  15803136 17 +  46489110 acatgtcatattttgat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15382048 17 +  48394510 acatgtcatattttgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165235314 17 - 196418989 acatgtcatattttgat
i rheMac2.chr3  I 339 C 0

a score=628697.000000
s hg19.chr21     17082471 193 +  48129895 acacacatataatgtgtaatgatcaaattggagtaattgggagatccactacctcagtcattgatcttgtctttgtgctgggaatattccatatctactcctctagttatttttaaatatacaaagaattactgttaaccacagtcttcccattgtgctgctgaacactagatcttatttctactatctaact
s panTro2.chr21  15803153 193 +  46489110 acacacatataatgtgtaatgatcaaattggagtaattgggagatccactacctcagtcattgatcttgtctttgtgctgggaatattccatatctactcctgtagttatttttaaatatacaaagaattattgttaaccacagtcttcccattgtgctgctgaacactagatcttatttctactatctaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15382065 189 +  48394510 acacacatataatgtgtaatgatcaaattggagtaattgggagatccactacctcagtcattgatcttgtctttgtgctgggaatattccatatctactcctctagttattttaaaatatactaagaattattgttaaccacagtctccccattgtgctgctgaacactagatcttatttctactaact----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165235331 193 - 196418989 acacacatataatgtgtaatgatcaaactggagtaattgagagatccaccacctcaatcattgatcttgtctttgtgctgggaatattccatatctactcctgtagttattttaaaatatgcaaagaattaatgttaaccacagtctccccgctgtgctgctgaacgctagattgtatttctactatctaact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=208135.000000
s hg19.chr21     17082664 112 +  48129895 atatttttgttcctgttaacaagcctctctttatctccccttcccactacctttctgagtgtcattctactctctacttccataagatcaatttattttagcccccacatat
s panTro2.chr21  15803346 112 +  46489110 atatttttgttcctgttaacaagcctctctttatctccccttcccactacctttctgagtgtcattctactctctacttccataagatcaatttattttagcccccacatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15382254 111 +  48394510 atatttttgttcctattaacaagcttctctttatctccccttcccactacctttctgagtgtcattctactctctacttccataagatcaatttattttag-ccccacgtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165235524 111 - 196418989 gtatttttgttcctattaaccagtctctctttatctccccttcccactacctttctgagtgtcattttactctctacttccataagatcaatttattttag-ccccacatgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=901342.000000
s hg19.chr21     17082776 309 +  48129895 gggtgagaagctgcaatatttgtctttctgtgcctgacttatttcacttagcataatgccctccaattccatccatgttgttgcaaatgacaggatttccattctttttatggctgaataatatttcattgtgtgtatgtaccacattttctttatccattcatttgttgacagacacagaggttgattccatatcttggctaatgtgaatagtgctggaataaacatgggagtgtagataactgtttgacatattgatttcctttcttttggatatatgctcagcagtggaattgctggatcatatgg
s panTro2.chr21  15803458 309 +  46489110 gggtgagaagctgcaatatttgtgtttctgtgcctgacttatttcacttagcataatgccctccaattccatccatgttgttgcaaatgacaggatttccattctttttatggctgaataatatttcattgtgtgtatgtaccacattttctttatccattcatttgttgacggacacagaggttgattccatatcttggctaatgtgaatagtgctggaataaacatgggagtgtagataactgtttgacatattgatttcctttcttttggatatatgctcagcagtggaattgctggatcatatgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165235635 309 - 196418989 aagtgagaacctgtgatatttgtctttctgtgcctgacttatttcacttactgtaatgccctccaattccatccatgttgttgcaaacgacaggatttccattctttttatggctcaataatattttattgtgtgtatgtaccacattttctttatccattcatttgttgatgggcacataggttgattccatatcttggctaatgtgaataacgctggaataaacatgggagtgtagataactgtttgataaattcatttcctttcttttggatatacgcgctgcagtggaattgctggatcatatgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=842363.000000
s hg19.chr21     17083085 413 +  48129895 tacttccaattttacttttttgaggaatctccatgctgttttccatagtgactgcactaatttatgttccaacaaacaatgtataagcattcccctgtgtccacatcaccaatatctgtgttttttttttctttgtaataatagtcattctaactggggtaaaatgatatctcattgtggttttcatttgcatgtccctggtaaAAAACATTTTAACTCTGGTGAGAATTTAATTGATGAAGGAttaataaccagaatatataagaaactcaaacaactcaataacaaaaaaaaaggactccacataattcaatttcaaaataggcagaagatctgaatatagacgtttctctaaagaagacacataagtggtcaatgagtatatgaaaaagtgatgctcaacatcactaatc
s rheMac2.chr3  165235944 400 - 196418989 tacttcaaattgtacttttttgaggaatctccatgctcttttccatagtgattgcactaatttatgttccaacaaacaatgtatgagcattctcctgtctcca------cagtatctttcttttttttt-ctttgtaataacagtcattctaactagggtaaaatgatacctcattgtggttttcatttgcatgtccctggtaaAAACCATTTTAACTCTGGTGAGAATTTAATTGGTGAGAGATAaataaccagaatatatgagaaactcaaacaagtcaataggaaaaaa---ggactccacataattcaattttaaaataggcagaagatctgaatatagacgtttctctagagaagatacataagtggtcaatgagtgtatgaaaaagtgctgctcaacatcacta---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15803767 411 +  46489110 tacttccaattttacttttttgaggaatctccacgctgttttccatagtgactgcactaatttatgttccaacaaacaatgtataagcattcccctgtgtccacatcaccaatatctgtggtttttttt-ctttgtaataatagtcattctaactggggtaaaatgatatctcattgtggttttcatttgcatgtccctggtaaAAAACATTTTAACTCTGGTGAGAATTTAATTGATGAAGGAttaataaccagaatatataagaaactcaaacaactcaataacaaaaaaaa-ggactccacataattcaatttcaaaatatgcagaagatctgaatatagacgtttctctaaagaagacacataagtggtcaatgagtatatgaaaaagtgatgctcaacatcactaatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=67487.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=283685.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=272289.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383199 26 +  48394510 AAATAATAGACAACATAAAGTCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277966.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383225 41 +  48394510 GAGCTCAACCTTCTTTGCATGGTGCAAGGTTCCAGGTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165236482 38 - 196418989 GAGCTCAGC---CTTTGCATGGTTCAAGGTTCCAGGTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=302973.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165236520 51 - 196418989 TGGCCTCTTCCAGCCTTCCTGGTCTTTGCTCCCTCTCCTCTTTCCTTACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=954208.000000
s hg19.chr21     17083730 158 +  48129895 CCACCATTCCCTGGTGAT-CCCACCAGCACTCTTAAGATTCCCTCGAGGCATATGATACTTCAAGCTTCTGTGCCCTTGCTTGTGCTGTTCTCTTCATTGGCCTTGGGAGCACTCACTTAACACAGTTTGAATAACTTGTAACAACTTCTATTGTTGCT
s panTro2.chr21  15804410 158 +  46489110 CCACCATTCCCTGGTGAT-CCCACCAGCACTCTTAAGATTCCCTCGAGGCATATGATACTTCAAGCTTCTGTGCCCTTGCTTGTGCTGTTCTCTTCATTGGCCTTGGGAGCACTCACTTAACACAGTTTGAATAACTTGTAACAACTTGTATTGTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383317 158 +  48394510 CCGCCATTCCCTGGTGAT-CCCACCAGCACTCTTAAGTTTCCCTCGAGGCACATGATACTTCAAGCTTCTGTGCCCTTGCTTGTGCTGTTCTCTTCATTGGCCTTGGGAGCACTCACTTAACACAGTTTGAATAACTTGTAACAACTTGTGTTGTTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15804568 19 +  46489110 GCTATAAAGATTTTACTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383475 19 +  48394510 GCTGTAAAGATTTTACTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345396.000000
s hg19.chr21     17083907 46 +  48129895 TCTCCATTGAAATTGATCACATCTGTGTTTGTTACCCTGCATCTAC
s panTro2.chr21  15804587 46 +  46489110 TCTCCATTGAAATTGATCACATCTGTGTTTGTTACCTTGCATCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383494 46 +  48394510 TCTTCATTGAAATTGATCACATCTGTGTTTGTTACCCTGCATATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=217522.000000
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s panTro2.chr21  15804633 54 +  46489110 TAATCTCACTTGTATCAATAGTATTCATGTGTGTTTTATCTTTGGTAAAC--TATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383540 56 +  48394510 TAATCTCACTTGTATCAATAGTATTCATGTGTGTTTTATCTTTAGTAAACAGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165236794 56 - 196418989 TAATCTCACTTGTATCAATAGGATTCATGTGTGTTTTATCTTTAGCAAGCAATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111161.000000
s hg19.chr21     17084007 30 +  48129895 TTTTTTCACAGCAAGGACTGTTTTAT---TAAT
s rheMac2.chr3  165236850 33 - 196418989 CTTTTACACAGCAAGGACTGTTTTATTAATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383596 30 +  48394510 CTTTTTCACAGCAAGGACTGTTTTAT---TAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15804687 30 +  46489110 CTTTTTCACAGCAAGGACTGTTTTAT---TAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=27786.000000
s hg19.chr21     17084037 17 +  48129895 ACCTACCCTTTT----GTTTA
s rheMac2.chr3  165236883 21 - 196418989 ACCTAGTCTTTTTTTTTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1185857.000000
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s panTro2.chr21  15804734 123 +  46489110 ATGTACTATTCACTTACTCGAGAACTTAAGCTTGTGCCTGATGAAAGTAAATATACTTTGAATCTCTGAAAGGGTAGTCATTTGAATAGTCCTTTTCAAACTGAAATGGCAAAAAGCTGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383642 123 +  48394510 ATGTACTATTCACTTACTCGAGAACTTAAGCTTGTGCCTGATGAAAGTAAATATACTTTGAATCTTTGAAAGGATAGTCATTTGAATAGTCATTTTCAAACTAAAATGGCAAAAAGCTGTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165236904 123 - 196418989 ATGTACTATTCATTTACTCAAGAACTGAAGCTAGTGCCTGATGAAAGTAAATATACTTTGAATCTTTGAAAGGATAGTCATTTGAATAGTTATTTTCAAACGAAAATGTCAAAAAGCTGTAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 297 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165237384 29 - 196418989 AGTATGTCATGGGTTTTT--AAAAAAAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17084268 80 +  48129895 TTGTATTCTATCTTTAAAGTGTCTTGGGTAAGCATGTGGCATTAATAGTTTAGTCATAACTAGAGACAATTGTGTCTTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383855 80 +  48394510 TTGTATTCTATCTTTAAAGTGTCTTGGGTAAGCATGTGGCATTAATAGTTTAGTCATAACTAGTGACGATTGTGTCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165237413 80 - 196418989 TTGTATTCTATCTTTAAAGTGTCTTGGGTAAGCCTGTGGCATTAATAGTTTAGTCGTAACTAGTGACAATTGTGTCTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383935 33 +  48394510 AATAATAAGGGACAAAGATGTGATTTCTggcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165237493 33 - 196418989 AATAATTAGGGATAAAGATGTGATTTTTggcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17084381 292 +  48129895 ggcacagtggctcatgcttgtaataccagtgctttgggagaacaaggtgggaggatcacgtgaagccaggagttcgatatcagcctgggcaacatagtgagaacctgtctgtacgaaaat------aaaaaattagccacgcatggtggtgggcacctgtagtctcaactattcaggaggctgatgtgggaggattacttgaactcaggaattggaggttgtagtgaactatgatcatgccattgcattccagctttgggcaacagagcaagactttgtctctaaaaaaaa-gaaaaag
s rheMac2.chr3  165237526 299 - 196418989 ggcacagtggctcatgcttgtaataccagggctttgggagaacaaggtgggaggatcatatgaagccaggagttcgagatcagcctgggcaacatagtgaaaacctgtctgtacaaaaataaaaacaaaaaattagccacacatggtggtgggcacttgtagtctcaagtattcaggaggccgaggtgggaggattacttgaactcaggaattggaggttgtagtgaactatgatcatgcatttgcattccagctttgggcaacagagccagactttgtctccaaaaaaaagaaaaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15383968 289 +  48394510 ggcacagtggctcatgcttgtaataccagtgctttgggagaacaaggtgggaggatcacgtgaagccaggagttcgagatcagcctgggcaacatagtgagaacctgtctgtacaaaaat------aaaaaattagccacgcatggtggtgggcacctgtagtctcaactattcaggaggctgaggtggg-ggattacttgaactcaggaattggaggttgtagtgaactacgatcatgccattgcattccagctttgggcaac--agcaagactttgtctctaaaaaaaa-gaaaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15805059 293 +  46489110 ggcacagtggctcatgcttgtagtaccagtgctttgggagaacaaggtgggaggatcacgtgaagccaggagttcgatatcagcctgggcaacatagtgagaacctgtctgtacgaaaat------aaaaaattagccacgcatggtggtgggcatctgtagtctcaactattcaggaggctgaggtgggaggattacttgaactcaggaattggaggttgtagtgaactatgatcatgccattgcattccagctttgggcaacagagcaagactttgtctctaaaaaaaaagaaaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15805496 261 +  46489110 tgcctgtaattgcagcactttaggagactgaagcaggaggattgcttgagcccagaagtttgagaccagcctgggcaacaaggagataccctgtctctacaagaaataaaaaattagctaggcatggtcacgcatacctgcggtctcagctacttgagaggctgaggcaggaggatccctcgaacctaggaggttacggatgca-tgagctatgattgcac----------------------------------------------------cactgcactccagtctgggcaacaaagtgagaccttgtcgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111024.000000
s hg19.chr21     17085153 30 +  48129895 ATTTCCCCACTTTCGGACTGTCTACAGTAT
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s panTro2.chr21  15805860 74 +  46489110 TGTTGTACATGTAACACATGATATTTAGCTGGTAATTGAGATCTAGAAGTGTCATTTGTCATC--Atttctttt----tt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15384766 76 +  48394510 TGTTGTACATGTAACACATGATATTTAGCTGGTAATTGAGATCTAGAAGTGTCATCAGTCATCttcttttttct----tt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165238369 78 - 196418989 TGTTGTACATATAACACATGATATTTAGCTGGTAATTGAGATCTAGAAGTGTCATTAGTCATC--ATttctttttctctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=69749.000000
s hg19.chr21     17085257 60 +  48129895 tcttttcttttttttttgagacagagtctcactctgtcacccaggctggagtgtagtggc
s rheMac2.chr3  165238447 60 - 196418989 tcttttttttttttttcgagacagtgtctcattctgtcacccaggctggagtgcagtggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15384842 60 +  48394510 tctttttttttttttttgacacagagtctcgctctgtcacccaggctggagtgcagtggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=187348.000000
s hg19.chr21     17085317 236 +  48129895 atgatctcagctcactgcaacttccgcctcccgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcacctgccaccacacccagccaattttttgtatttttagtagagatagagtttcaccatgaagggcaggcttgtcttgaac-----tcc--tgacctcaggtgatccgcccaccttgtcctcccaaagtgctgggattatggtgtgagcaaatgcgcccg
s panTro2.chr21  15805994 236 +  46489110 atgatctcagctcactgcaacttccgcctcccgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcacctgccaccacacccagctaattttttgtatttttagtagagatagagtttcaccatgaagggcaggcttgtcttgaac-----gtc--tgacctcaggtgatccacccaccttgtcctccgaaagtgctgggattatggtgtgagcaaatgcgcccg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15384902 236 +  48394510 atgatctcagctcactgcaacttctgcctcccgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcacctgccaccatgcccagctaattttttgtatttttagtagagctggggtttcaccatgttgggcaggctggtcttgaac-----tcc--tgacctcaggtgatccgcccgcctcatcctcccaaagtgctgggattatggcgtgagccaatgcgccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165238507 242 - 196418989 gtgatctcagctcactgcaacctctgcctcccgagttcaagcgattctcctgcctcagcctccccggtagctgggactacaggcacctgccaccatgcccagctaattttttgtatttttaggagagttggggttt-gccatgttgggcaggctggtcttgaacaggagttcaaggaccacaggtgatccacccgcctcatcctcccaaagtgctgggattatggtgtgagccattgcgccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=308887.000000
s hg19.chr21     17085553 71 +  48129895 gccATTAGTCATCATTTCTAATGTAGCATCAAAACATTTCCACCCGTGCAACGGAAATCAATGTAAACTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15385138 71 +  48394510 gccATTAGTCATCATTTCTAATGTAGCATCAAAACATTTCCACCTGTGCAACGGAAATCAATGTAAACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165238749 71 - 196418989 gccATTAGTCATCATTTCTAATGTGGCATCAAAACATTTCCACCCGTGCAACGGAAATCAATGTAAACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15385209 54 +  48394510 AAAAATATAGATAGCATGCCTTGGAAATTTTCACAGGCAATAAGAAAGATTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15806301 54 +  46489110 AAAAATATAGTTAGCATGCCTTGGAAATTTTCATAGGCAATAAGAAAGATTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=210779.000000
s hg19.chr21     17085678 31 +  48129895 AAATTAGTTCCGATGCTAAAAAGTAGAACAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15385263 31 +  48394510 AAATTAGTTCCAATGCCAAAAAGTAGAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165238874 31 - 196418989 AAATTAGTTCCAATGCTAAAAAGTAGAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1137324.000000
s hg19.chr21     17085709 76 +  48129895 AAATTTATGTTTGAATGTGTGTTAATAAAATGGAATGCCTCACAGCGCAAGAATATTGTGAAAAATCATCACTATC
s panTro2.chr21  15806386 76 +  46489110 AAATTTATGTTTGAATGTGTGTTAATAAAATGGAATGCCTCACAGCACAAGAATATTGTGAAAAATCATCACTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15385294 76 +  48394510 AAATTTATGTTTGAATGTATGTTAATAAGATGGAATGCCTCACAGCACAAGAATATTGTGAAAAATCATCATTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165238905 76 - 196418989 AAATTTATGTTTGTATGTATGTCGATAAAATGGAATGCCTCACAGCACAAGGATATTGTGAAAAATCATCACTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17085785 52 +  48129895 TTTTAAAAATGAGAATACTTTGAGGATTCAGGCAATAAATAAATGCAGACCA
s rheMac2.chr3  165238981 51 - 196418989 -TTTAAAAATGAGCATACTTTGAGGGTTAGGGCAATAAATAAATGCAGACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15385370 52 +  48394510 TTTTAAAAATAAGAAGACTTTGAGGATTAGGGCAATAAATAAATGCAGACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15806462 52 +  46489110 TTTTAAAAATGAGAATACTTTGAGGATTCAGGCAATAAATAAATGCAGACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=98433.000000
s hg19.chr21     17085837 28 +  48129895 GACCACTTATACTGTGCAATTAGCTAGA
s panTro2.chr21  15806514 28 +  46489110 GACCACTTATACTGTGCGATTAGCTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165239032 28 - 196418989 GACCACTTATACTGTGAAATTAGCTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=398441.000000
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s panTro2.chr21  15806542 25 +  46489110 CTTGAAATAAAACTTTGAAATGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165239060 25 - 196418989 CCTGAAATAAAACTTCAAAATGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=407125.000000
s hg19.chr21     17085890 32 +  48129895 AAAGTTCTTTTTGAATTGTACTGAAATAGGGG
s rheMac2.chr3  165239085 32 - 196418989 GAAGTTCTTCTTGAATTGTACTGAAATAGGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=741680.000000
s hg19.chr21     17085922 31 +  48129895 AATTCTATTTCTAGCCCTGTGATTTATTCAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15385507 31 +  48394510 AATTCTATTTCTAGCCCTGTGATTTATTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=61661.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=688662.000000
s hg19.chr21     17086071 48 +  48129895 AGACAAATAAGCAACTATTAGTATGCTATTTGATCCAAAATATGAAAA
s panTro2.chr21  15806750 48 +  46489110 GGACAAATAAGCAACTATTAGCATGCTATTTGATCCAAAATATGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15385660 48 +  48394510 GGACAAATGAGCAACTATTAGTATGCTATTTGATCCAAAGTATGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165239270 48 - 196418989 GGACAAATTAGCAACTATTAGTATGTTATTTGATCCAAAATATGAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331310.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165239318 31 - 196418989 GTAATTACTAAACTTTGGAAATCCAATGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-68430.000000
s hg19.chr21     17086150 28 +  48129895 GTACAGTTTGAAATGCAAAGTTTATGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-124700.000000
s hg19.chr21     17086178 24 +  48129895 AGAAGAGAACAAAACCCAAAAAAT
s panTro2.chr21  15806857 24 +  46489110 AGAAGAGAACAAAACCCAAAAAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=176467.000000
s hg19.chr21     17086202 32 +  48129895 CTAAAAAATTTTTTCATCCCCAAAAAGAGAAG
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a score=877429.000000
s hg19.chr21     17086234 108 +  48129895 ATATTTCCTATGTATGTTTCACTTGTATTTCCCAACCATTTAGTAAAAAAATGAGAAATGTTACTGTTAAGTTTGTACTTAGTTGAGTTCATAAATAAAATTATATAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-59721.000000
s hg19.chr21     17086342 53 +  48129895 AATTCCCTAGACTTTTAGGTATCGGtatcaagtgtatatcaagtgtatatATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2212732.000000
s hg19.chr21     17086395 150 +  48129895 TTATTTCTGTCTTCGAGGACATCCTTAAGTGTAACTTTTTTTGTCATTAAGTTTTCTTTCTCACTTGTTTCCAAAGAGAATAGCCATATTGCAACTCAGAAACCAATTTCAATTTGTTTTAGTGCATGTCTAGAATCAGAGAGGCTTCta
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1153272.000000
s hg19.chr21     17086545 40 +  48129895 tttaatatttaaacacattaattaatatttaaaCAGCAAA
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a score=1714817.000000
s hg19.chr21     17086585 143 +  48129895 GTACTTGTGCCGGGTAAATTCTAACTAGAGTAAAATGGAAACTAGTTTGTTCTTCCCAGGTGTATAACCATAAGTTGGTGATGCTCGGTTAAGAGGCTTTTGGTATGCGCGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
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s ponAbe2.chr21  15386174 143 +  48394510 GTACTTGTGCCGGGTAAATTCTAACTAAAGTCAAATGGAAACTAGTTTGTTCTTCCCAGGTTTATAACCATAAGTTGGTGATGCTCGGTTAAGAGGCTTTTGgtatgcgtgagtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-30961.000000
s hg19.chr21     17086728 14 +  48129895 tgtgt--------TTGATCATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15808800 229 +  46489110 TAGACAAGCACATGGTAAGGAAGGGGGATCTTATGCTTCTGTTGACAAGGGTAGTGCAGAGGTATAACTATGATTCTCCTATTACCTTACATTATAGTGAGGAAGAGTTTTGGAAATAAATTTCAACATAATAGGATTACGAGATCCTTAAAATTGTTCACTTTTGATTGTTCCAGGCCAAATGTCAGTAAGTGCCAACAATATGATATTCACACCAACTCTTGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165244300 222 - 196418989 TAGACAAGCACATGGT-------GCTTATCTTATGCTCCTGTTGACAAGGGTAGTGCAGAGGTATAACTATGATTCTCCTATTACCTTACATTATGGCGAGAAAAAGTTTTGGAAATAAATTTCAACATAATAGGATTATGAGATCCTTAAAACTGTTCACTTTGGATTGTTCCAGGCCAAATGTCAGTAAGTGTCAACAATACGATATTCACACCAACACTCGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15387705   0 +  48394510 C

a score=-50014.000000
s hg19.chr21     17088344 21 +  48129895 TGAAGGGCATAATAATGAATT
s panTro2.chr21  15809029 21 +  46489110 TGAAGGGCATAATAATGGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165244522 21 - 196418989 TGAAGGGCATAATAATGGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15387705  0 +  48394510 C

a score=320322.000000
s hg19.chr21     17088365 53 +  48129895 AATTAAACTCTAGATACCTAAAAGGCAGAGTAAAATCTAAAGCTAGAACTGCA
s panTro2.chr21  15809050 53 +  46489110 AATTAAACTCTAGATACATAAAAGGCAAAGTAAAATCTAAAGCTAGAACTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165244543 51 - 196418989 AATTAAACTCTAGGTACCTAAAAGAC--AGTAAAATCCAAAGCTAAAACTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15387705  0 +  48394510 C

a score=255610.000000
s hg19.chr21     17088418 35 +  48129895 GTCCTTGGGGATGTATGGTTATCAGATACAGAAGT
s panTro2.chr21  15809103 35 +  46489110 GTCCTTGGGGATGTATGGTTATCAGATACAGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165244594 35 - 196418989 ATTCTTGGGGATATGCGGTTATCAGATACAGAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1345240.000000
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s panTro2.chr21  15809138 197 +  46489110 CACATTACATTGCAGACAGGTTCCCTATCTCTAGGATGATAGATGTAGGGCAACCCAGTGGTTCCTAAACTTCTCTTCCATCATTGTGTCTCCAGCAAGCACAGGTTTTGCAGAACATCCATGAAGATCTGGTGTCCCACTATTTTGTTTTGGACACAGTGCTGTAATTCAGACCCTTTCCAGCCTCATGGCCAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15387740 197 +  48394510 CACATTACATTGGAGACAGGTTCCCTATCTCTAGGATGATAGATGTAGGGCAACCCAGTGGTTCCTAGACTTCTCTTCCATCATTGTGTCTCCAGCAAGCACAGGTTTTGCAGAACATCGATGAAGATCTGGTGTCCCACTATTTTCTTTTGGACACAGTGCTGTAATTCAGACCCTTTCCAGCCTCATGGCCAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165244629 197 - 196418989 CACATTACATTGCAGACAGATTCTCTATCTCTAGGATGACAGACGTAGGGCAACCCAATGCTTCCTAGACTTCTCTTCCATCATTGTGTCTCCAGCAAGCACAGGTTTTGCAGAGCATCCGTGAAGATATGGTGTCCCACTATTTTCTTTTGGACACAGTGCTGCAATTCAGACCCTTTCCAGCCTCATGGCCAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118990.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=807189.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=481006.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=732590.000000
s hg19.chr21     17088794 57 +  48129895 CAATTCTTCTGCTAACAAACCGTCCTTCCCACCTTTTATTTTTATTCCTTCCTCTAA
s panTro2.chr21  15809479 57 +  46489110 CAATTCTTCTGCTAACAAACCGTCCTTCCCACCTTTTATTTTTATTCCTTCCTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=432143.000000
s hg19.chr21     17088851 36 +  48129895 CTGATCCCAAGTGGCGAACAACTTGTATTAGTTAAC
s panTro2.chr21  15809536 36 +  46489110 CTGATCCCAAGTGGTGAACAACTTGTATTAGTTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1121898.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165245135 119 - 196418989 GGAGGTTCATGTGTGCTATTCAAATTAATGTGTCTTCATTCATGTTTAATAATAAATACA-TTTTTCTTTGGAGTGCTATCACCTGTCATTTGGCAATTATTAAGACATTCTTAACATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165245254 122 - 196418989 ATTTCTCATAGAATGTATACAACTAGAAGTACTACAAAATACAACTGCATGATACATTCTGTTACTTAGGAAAAACTAGGCCAGTCAGGCTTCATTGTTATAAATGACAAAAATCAATTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=914335.000000
s hg19.chr21     17089200 112 +  48129895 actttaagaaagaagtacattggaaacctacctggcagctgatagaaGTAAAAAAAA-ATGGATGGAGAAATTGGCTTGG-AAAAAAAACCCCAGCCGAAGAGATGACCTTTAG
s panTro2.chr21  15809885 111 +  46489110 ACTTTAAGAAAGAAGTACATTGGAAACCTACCTGGCAGCTGATAGAAGTAAAAAAAA--TGGATGGAGAAATTGGCTTGG-AAAAAAAACCCCAGCCGAAGAGATGACCTTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15388488 112 +  48394510 CCTTTAAGAAAGAAGTGCATTGGAAACCTACCTGGCAGCTGATAGAATTTAAAAAAA--TGGATGGAGAAATTGGCTTGGAAAAAAAAAACCCAGCCAAAGAGATGACCTTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165245376 113 - 196418989 CCTTTAAGAAAGAAGTGCATTGGAAACCTACCTGGCAGCTGATAGAATAAAAAAAAAAATTGATGGAGAAATTGGTTTGG-AAGAAAACCTCCAGCCAAAGAGATGACTGTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=484626.000000
s hg19.chr21     17089312 44 +  48129895 CAGCCAATGCAGTGTGTTGCTACATTCTTGGCTGAACACTGGAT
s panTro2.chr21  15809996 44 +  46489110 CAGCCAATGCAGTGTGTTGCTACATTCTTGGCTGGACACTGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15388600 44 +  48394510 CAGCCAAAGCAGTGTGTTGCTACATTCTTGTCTGGACACTGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165245489 44 - 196418989 CAGCCAATGCAGTGTGTTGCTACATTCTTGGCTGGACACTGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1975930.000000
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s panTro2.chr21  15810040 239 +  46489110 GCCACTCATGAAGCCTTCAACACCACCACCATGCTACCACCCCTCACCACCATTCCAACAACCAGAATGAATTCTAACCCTCTGTGTTCCTTTGCCTCACTAGATAAAGATTCAGTGGGCCTTGGGGGGCTTTGCGAGAGTTCATTGTAGGGATCTGAGAGGGCAAGTATCTGGCATTTTGGATTTCTTTGGTAGTACGTGGAGCCCTATGTCTCACTAAGAGTCACATAATGGCCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15388644 239 +  48394510 GCCACTCATAAAGCCTTCAACACCACCACCATGCTACCACCCCTCACCACTGTTCCAACAACCAGAACGAATTCTAACCCTCTGTGTTTCTTTGCCTCACTAGATAAAGATTCAGTGGGCCTTGGGGGGCTTTGTGAGAGTTCATTGTAGGGATCTGAGAGAGCAAGTATCTGGCATTTTGGATTTCTTTGGTAGTAGGTGGAGCCCTATGTCTCACTAAGAGTCACATAATGGCCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165245533 237 - 196418989 GCCACTCATGAAGCCTTCAACA-CACCGCCATGCTACCACCCCTCACCACCATTCCAACCACCAGAATGAATTATAACCCTCTGCGTTTCTTTGCCTCATTAGATAAAGATTCAGTGGGTCTT-GGGGGCTTTGTGAGAGTTCATCATACAGATCCAAGAGAACAAGTATCTGGCATTTTGGGTTTCTTTGATAGTAGGTGGAGCCCTACCTCTCACTAAGAGTCACATAATGGCCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=357599.000000
s hg19.chr21     17089595 68 +  48129895 TGCCTGAACACAGGGTTCAGAGAATGGGCTGTCCCACCCAAAAACACAACCCCTGATACATCCTCTAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165245770 67 - 196418989 TGCCCAAACACGGGGTTCAGAGAA-GGGCTGCCCCACCCAAAAACACAACCCCTGATACATCCTCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292922.000000
s hg19.chr21     17089663 39 +  48129895 AAAGTGCAGGCACCTTCTAGAAATAGACTTATTTTGATG
s panTro2.chr21  15810347 39 +  46489110 AAAGTGCAGGCACCTTCTAGAAATAGACTTATTTTGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15388951 39 +  48394510 AAAGTGCAGGCACCTTCCAGAAATAGGCTTATTTTGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165245837 39 - 196418989 AAAGTGCAGGCACCTTCTAGAAATAGGCTTATTTTGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331531.000000
s hg19.chr21     17089702 53 +  48129895 GTATTGTGGAAAGAAAACATGCAGCAGATATGAGTTTCTAGGAAGACTTGAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=40917.000000
s hg19.chr21     17089755 11 +  48129895 TAAAGGCAGAT
s panTro2.chr21  15810439 11 +  46489110 TAAAGGCAGGT
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a score=323278.000000
s hg19.chr21     17089766 45 +  48129895 ATATCCAGAACATCAGAATGAGATTTTTTAATGGCTAAGTATAGG
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a score=250622.000000
s hg19.chr21     17089811 41 +  48129895 GTCACTTTTGGCAATGGTTACGTAAGAAAGCGATATCAAAA
s panTro2.chr21  15810495 41 +  46489110 GTCACTTTTGGCAATGGTTACATAAGAAAGCGATATCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-48985.000000
s hg19.chr21     17089852 1 +  48129895 T
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s panTro2.chr21  15810536 1 +  46489110 T
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a score=657857.000000
s hg19.chr21     17089853 68 +  48129895 GTATGCACAGCTGTAGATAATTCTGTTTAAGTGGAATGCAGATTCTGCAATGTTCAAGAAGTATGATT
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s ponAbe2.chr21  15389141 68 +  48394510 GTATGCACAGCTGTAGATAATTCTGTTTAAGTGGAATGCTGATTCTGCAATGTTCAAGAAGTACGATT
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s rheMac2.chr3  165246027 68 - 196418989 GTATGCATAGCTGTAGACAATTCTTTTTAAGTGGAATGAGGATTCTGCAATGTTCAAGAAGTATGATT
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a score=12463.000000
s hg19.chr21     17089921 30 +  48129895 GTCATTTGTAAGGGGTTTTCTTCAATGTCT
s panTro2.chr21  15810605 29 +  46489110 GTCATT-GTAAGGGGTTTTCTTCAATGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165248179 698 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165248179 698 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165248179 698 - 196418989 I

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s rheMac2.chr3  165251731 338 - 196418989 cttaagttcagtcttctacaaagccctagggcatggacacaatgcagcctaattcttggctactgtgtaacaatggtgacctttgctccagttcccaataagttccacatttccatatgaggcctagttagcctagccttcactattcatatctctatcagcagtttggttacaaccacttaaccagtttctaagaagttctaaactttccctcatcatcctggattcttctgagctctccaaactcttccatcatctgctttttaccccagttctaaagccagttccacattttccggtat-tttatagcaacaactctctgctcagtaccaatttTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15395153 338 +  48394510 cttaagttcagcctcccacaaagccctagggaagggacaccatgcaggctaattctttgctactgtgtaacaatggtgacctttgttctagttcccaataagttccacatttccatatgaggcctagttagcctagccttcactattcatatctctatcagcattttggttacaaccacttaaccagtttctaagaaattctaaacttttcctcatcatcctggattcttctgagctctccaaactcttccattatctgctctttt-cccagttctaaagccacttccacattttccagtatctttatagaaatatgtctctgctcagtaccaatttTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15815058 337 +  46489110 cttaagttcagtgtcccacaaagccctagggaagggacaccatgcaggctaattctttgctactgtgtaacaat-gtgacctttgttccagttcccaataagttccacatttccatatgaggcctagttagcctagccttcactattcatatctctatcggcattttggttacaaccacttaaccagtttctaagaagttttaaagttttcctcatcatcctgaattcttctgagccctccaaactcttccatcatctgctcttta-cccagttctaaagccacttccacattttccggtatctttatagaaatatgtctctgctcagtaccaattttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15815395 267 +  46489110 tgtcttagcccatttgtattgctataaaggaatacctgagattggataatccataaagaaaagagg--tttatttggctcacatttttgcaggctgtataggaagcatggcaccagcatctgcttctggtgagggcctcaggaagttgccaatcatggtggaaggagaaggggagccagtgtgtatagattacatggcaagagacaagcaagagggaggtgccaggctctttttaacaaccagttcttatgggaactaagagtgaga----ac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15395491 271 +  48394510 tgtcttagcccatttgtattgctataaaggaatacccaagattggataatccataaagaaaagagg--tttatttggctcacactttcgcaggctgtataggaagcatggcaccagcatctgcttctggtgagggcctcaggaagctgccaatcatggtggaaggagaaggggagtcagcgtgtatagattacacagcaagagacaagcaagagggaggtgccagcctctttataacaaccagttcttatgggaactaagagtgagaattcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165252069 273 - 196418989 tgtcttagcccatttgtgttgctataaaggaatacctgagattggataattcataaagaaaagaggtttttatttggctcacatttttgcaggctgtataggaagcatggcaccagcatctgcttctggtaagggcctcaggaagttgccaatcatggtggaaggagaaggggagtcagcgtgtatagatcacatggcaagaggcaagcaagaaggaggtgccaggctctttttaacagccagttcttaagggaactaagagtgaggattcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15815662 150 +  46489110 tcactcccaagagaatgacaccaagccatttataagggatctgccctcacgatccaaaaacctcccgccaggccgtaccttcaacattggggatcaaatttcaacaagagacttggtgagggccaaagaaaccgtatccaaaccatacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15396164 74 +  48394510 GTCTGTCCCTAAATGTATCATATTTTCCCACATCTCCCTCAAAATAGAAGGCCTGGAATAGAAGGCCACCTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165254239 4331 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15402362 65 +  48394510 TAGGCAGTGATATTTTTGTAAGGTTGTTTGCTAGATAGATCCGATTTCATTTATATTAAGTCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165259200 65 - 196418989 TAGGCAGTGATATTTTTGTAAGGTTGTTTGCTACATATATCCTATTTCATTTATATTAAGTCTTG
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=104077.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-33734.000000
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s panTro2.chr21  15822789 69 +  46489110 CGCAGGGGCGGCTCCCGGGCCAGGCAGCCAGGCGCGCCCTCGCCCCACCCGGGAACGCCAGGCCCGCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15402835 69 +  48394510 CGCAGGGGCGGCTCCCGGGCCAGGCAGCCAGGCGCACCCTCGCCCCACCCTGGAACGCCAGACCCGCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165259675 68 - 196418989 CGCAGGGGCGGCTCCCTggccgggcagccgggcgcgccctcgccccacccgggaacgcc-ggcccgcgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15822858 15 +  46489110 AGGGAGGGGCGGGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15402904 15 +  48394510 CGGGAGGGGCGGGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165259743 15 - 196418989 cgggaggggcggggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15822873 51 +  46489110 TCCATggcgg----------ccccgccccgccgcccggAGGGTCACAATGTAGGGTTAggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15402919 51 +  48394510 TCCATggcgg----------ccccgccccgccgcccggAGGGTCACAATGTAGGGTTAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165259758 61 - 196418989 tccatggcggccccgcccctccccgccccgccgcccggAGGGTCACAATGTAGGGTTAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277453.000000
s hg19.chr21     17102194 89 +  48129895 CGGCCGGCgggcggggctctgcgggggaggagccgccggg------cgggggcggggatggcgcgtgggggaggggagggaggaggACTCGCGGA
s panTro2.chr21  15822924 89 +  46489110 cggccggcgggcggggctctgcgggggaggagccgccggg------cgggggcggggATGGCGCGTAGGGGAGGGGAGGGAGGAGGACTCGCGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15402970 95 +  48394510 CGGCCGGCgggcggggctctgcgggggaggagccgccgggcggggacgggggcggggacggcgcgtgggggaggggagggaggaggACTCGCGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165259819 74 - 196418989 CGGCCGGCgggcggggctctgcgggggaggagccgctggg------cgggggcggggacggcgcgtgggggaggggaggg---------------
i rheMac2.chr3  C 0 M 256

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s hg19.chr21     17102283  49 +  48129895 GGGAGGAGGACAACGCCATTCCGGGCGGCCGCTCCCTCCGTCCCCTCTC
s panTro2.chr21  15823013  49 +  46489110 GGGAGGAGGACAACGCCATTCCGGGCGGCCGCTCCCTCCGTCCCCTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15403065  29 +  48394510 GGGAGGAGGACAACGCCATTCCGGGCGGC--------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1378
e rheMac2.chr3  165259893 256 - 196418989 M

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s panTro2.chr21  15823062   38 +  46489110 TCCCTTCCCCAAAGCAGCCCGCGAACCGGCAGCAAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165259893  256 - 196418989 M
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=115648.000000
s hg19.chr21     17102370   38 +  48129895 AACGTGCGAACGCGTGACGCCGCCCGACTGGCTCGCGC
s panTro2.chr21  15823100   38 +  46489110 AACGCGCGAACGCGTGACGCCGCCCGACTGGCTCGCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165259893  256 - 196418989 M
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=36143.000000
s hg19.chr21     17102408   53 +  48129895 TCTCCCGTGCCCCGGCGTCCTCCGCCCGCTCATGGCCCGGGCCGCCGCGGACG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165259893  256 - 196418989 M
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=211795.000000
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s panTro2.chr21  15823191  100 +  46489110 AGCGGCGCTGAGGCGGGCCGCGTGGAGACGTGAGGCGGCCGCCGTGGCCCTCACAGTCGGCGCTTCGCCGCCTGCCCGCGGTGCCCGCGCACGCCGGCCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165259893  256 - 196418989 M
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=294530.000000
s hg19.chr21     17102561   54 +  48129895 CCATCGCCTTCGCGCCTGGCTGGCGGGGGCGCTGTCCTCCCAGGCCGTCCGCGC
s panTro2.chr21  15823291   54 +  46489110 CCATCGCCTTCGCGCCTGGCTGGCGGGGGCGCTGTCCTCCCCGGCCGTCCGCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165259893  256 - 196418989 M
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=203380.000000
s hg19.chr21     17102615   34 +  48129895 CGCTCCCTGGAGCTCGGCGGAGCGCGGCAGCCAG
s panTro2.chr21  15823345   34 +  46489110 CGCTCCCTGGAGCTCGGCGGAGCGCGGCAGCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165259893  256 - 196418989 M
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=-100137.000000
s hg19.chr21     17102649   54 +  48129895 GGCCGGCGGAGGCGCGAGGAGCCGGGcgccaccgccgccgccgccgccgccgcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17102703   30 +  48129895 gcGGGG-GCCATGACCGTGGAGCAGAACGTG
s panTro2.chr21  15823423   28 +  46489110 --gggg-gccATGACCGTGGAGCAGAACGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165260197   29 - 196418989 --ggggcgcTAAGACCGTGGAGCAGAACGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=369778.000000
s hg19.chr21     17102733   24 +  48129895 CTGCAGCAGAGCGCGGCGC-AGAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165260226   25 - 196418989 CTGCAGCAGAGCGCGGCCCTTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=-119995.000000
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s panTro2.chr21  15823475   46 +  46489110 GTGAGGCGAGTCCGCCAGCCGGCGGGCCCCACTTCTCCTTCCGACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=63476.000000
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a score=908699.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=254954.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=458133.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=159957.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=-273130.000000
s hg19.chr21     17103266   46 +  48129895 AGGTTTCCC---tttcttcttcttcttttctgttttttttttttttttt
s panTro2.chr21  15823984   46 +  46489110 AGGtttctc---tttcttcttcttcttttctgtttcttttttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165260760   49 - 196418989 AGGTTTCCCttttttcttcttcttcttttctgctttttttttttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=646405.000000
s hg19.chr21     17103312   73 +  48129895 ttttttttCAATATAGAAACTGTCCCTAAGAGAGGAAACCTTTCTGGCCATGTTATTCCAGGAATCTTTTGTC
s panTro2.chr21  15824030   70 +  46489110 tcttt---CAATATAGAAACTGTCCCTAAGAGAGGAAACCTTTCTGGCCATGTTATTCCAGGACTCTTTTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165260809   73 - 196418989 tttttttCCAATATGGTAACTGTCTCTAAGAGAGGAAACCTTTCTGGCCATGTTATTCCAGGAATCTTTTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=691714.000000
s hg19.chr21     17103385   45 +  48129895 CCCTAAGTTTGACCTTGTTCTTTCGTTCACCCTTTACTCTTGCAT
s panTro2.chr21  15824100   45 +  46489110 CCCTAAGTTTGACCTTGTTCTTTCGTTCACCCTTTACTCTTGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165260882   45 - 196418989 CCCTAAGTTTGACCTTGTTCCTTCGTTCACTCTTTACTCTTGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=1175042.000000
s hg19.chr21     17103430  174 +  48129895 CAGTCACACATTCAAATGGTCACTCACTAAAGAAAACAATT---AAAAAACTGTTTGTGAAACTTTATATCTTTAAAGTGAAT----AGAGATCATTCTGCTATTTTAGATTTTGCTTTCAGAATCTTAAGTGCACTATCATGGCTTGCACCATGTTCTGAAGAGTAGTTGGCCATGATTT
s panTro2.chr21  15824145  174 +  46489110 CAGTCACACATTCAAATGGTCACTCACTAAAGAAAACAATT---AAAAAACTGTTCGTGAAACTTTATATCTTTAAAGTGAAT----AGAGATCATTCTGCTATTTTAGATTTTGCTTTCAGAATCTTAAGTGCACTATCATGGCTTGCACCATGTTCTGAAGAGTAGTTGGCCATGattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165260927  177 - 196418989 CAGTCACACATTCAAATGGTCACTCACTAAAGAAAACCATTTAAAAAAAACT----GTGAACCTTTGTATCTTTAAAGTGAATAGTGAGAGATCATTCTGCTATTTTAGACTTTGCTTTCAGAATCTTAAGTGCACTATCATGGCTTGCACCATATTCTGAAGAGTAGTTGGCCataattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=-318740.000000
s hg19.chr21     17103604   26 +  48129895 AACTTCTTTTTTTAATTTTTAATTTG
s panTro2.chr21  15824319   26 +  46489110 aatttctttttttaatttttaatttG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165261104   26 - 196418989 aattttttttttaaatttttCATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=1628057.000000
s hg19.chr21     17103630  133 +  48129895 CGTGAAAAGCATTTTGGGCAAAA-GAGTAAACCGTGCCTTAGTTGTGTTGGTATTACGGGGACAGTTAGGGTTTACTGTGATCAACCACCAGAGTTATGTTTGGTTTATCTGGGTGAGTAATGAATGCCCCACC
s panTro2.chr21  15824345  133 +  46489110 CGTGAAAAGCATTTTGGGCAAAA-GAGTAAACCGTGCCTTAGTCGTGTTGGTATTACGGGGACGGTTAGGGTTTACTGTGATCAACCACCAGAGTTATATTTGGTTTATCTGGGTGAGTAATGAATGCCCCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165261130  134 - 196418989 CGTGAAAAGCATTTTGGGCAAAAGGGGTCAACCGTGCCTTAGTCGTGTTGGAATTACGGGGACAATTAGGGTTTACTGTGATCAACCACCGGAGTTGTGTTTGGTTAATCTGGGTGAGTAATGAATGCCCCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=1568832.000000
s hg19.chr21     17103763  166 +  48129895 CTGTTGTAGATTTGGTGTAGATTGCAATATTCTACCTGTGCTTGACTTTAGAATAAGACCTGTTCTAAAATGGGCTGTCTACATACAGCCTGCTAAATTTTTGCTTTGAGATTATTTTTAGAATTTTATGATACTGCTTTAAAGTAATCGAAGATACTC---AAGTTTG
s panTro2.chr21  15824478  162 +  46489110 CTGTTGTAGATTTGGTGTAG----CAATATTCTACCTGTGCTTGACTTTAGAATAAGACTTGTTCTAAAATGGGCTGTCTTCATACAGCCGGCTAAATTTTTGCTTTGAGATTATTTTTAGAATTTTCTGATACTGCTTTAAAGTAATCGAAGATACTC---AAGTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165261264  165 - 196418989 CTGGTGTAGTTTTGGTGTAG----CGATATTCTACCTGTGCTTGACTTTGCAATAAGACCTGTTCTAAAATGGGCTGTCTACATACAGCCTGCTAAATTTTTGCCTTGAGATTATTTTTAGAATTTTATGATACTGCTTTAAAGTAGTCGAAGATACTCAAGAAGTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=517360.000000
s hg19.chr21     17103929   24 +  48129895 GAAAGCAAGGATAGTGCATTGTTA
s panTro2.chr21  15824640   24 +  46489110 GAAAGCAAGGATAGTGCATTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165261429   24 - 196418989 GAAAGCAAGGATAGTGCATTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=205491.000000
s hg19.chr21     17103953   49 +  48129895 TTTTAGGCACGTTGGGAAAGTTGTTTTTGAGACTTGTATGTTAGTTGAT
s panTro2.chr21  15824664   24 +  46489110 TTT-------------------------GAGACTTGTATGTTAGTTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165261453   46 - 196418989 TTTTAGGCACGTTGGGAAA---GTTTTTGAGACTCGTATGTTAGTTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=354356.000000
s hg19.chr21     17104002   43 +  48129895 ATTATTGGTAAAGTTAGAAGGATATTGCACACTGCACTTTATT
s panTro2.chr21  15824688   43 +  46489110 ATTATTGGTAAAGTTAGAAGGATATTGCACACTGCACTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165261499   43 - 196418989 ATTACTGGTAAAGTTAGAAGGATATTGCACACTGCACTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=881843.000000
s hg19.chr21     17104045   86 +  48129895 TACAGTGAAATAATTCAAGATTTAATAATGAGAATTTAAAAGAGTTTCCTTCCTAATCCTCCCTATTCTATTTTGAATACCTTCAA
s panTro2.chr21  15824731   86 +  46489110 TGCAGTGAAATAATTCAAGATTTAATAATGAGAATTTAAAAGAGTTTACTTCCTAATCCTCCCTATTCTATTTTGAATACCTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165261542   86 - 196418989 TACGGTGAAATAATTCAAGACTTAATAATGAGAGTTTAAAAGAGTTTACTTCCTAATCCTCCCTATTCTATTTTGAATACCTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15403094 1378 +  48394510 I

a score=278505.000000
s hg19.chr21     17104131 110 +  48129895 GTTCAATTTTTAAAGACTTAAGGCTTAGGAAAGAGCACATGGTCATGTGAACGCTAAGCAATATTTAATATGTATGGTACCATTTGTTTATAATTGTCTTCAGTGTTGAA
s rheMac2.chr3  165261628 110 - 196418989 ATTTAGTTTCTAAAGACTTAAGGCTTACGAAAGACCATATGGTCATGTGAATACTAAGCACTGTTTAATATGTATGGTACTATTTGTTTATAATTGTCTTCAATGTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404472 109 +  48394510 GTTCAA-TTTTAAAGACTTAAGGTCTAGGAAAGAGCACATGGTCATGTGAATGCTAAGCAATATTTAATATGTATGGTACGATTTGTTTATAATTGTCTTCAATGTAGAA
i ponAbe2.chr21 I 1378 C 0
s panTro2.chr21  15824817 110 +  46489110 GTTCAATTTTTAAAGACTTAAGGCTTAGGAAAGAGCACATGGTCATGTGAACGCTAAGCAATATTTAATATGTATGGTACCATTTGTTTATAATTGTCTTCAATGTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=35141.000000
s hg19.chr21     17104241 11 +  48129895 TATTAAAGTCT
s rheMac2.chr3  165261738 11 - 196418989 TATTAAAGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404581 11 +  48394510 TATTAAAGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15824927 11 +  46489110 TATTAAAGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=140747.000000
s hg19.chr21     17104252 31 +  48129895 GTTTCAAAGTGAGAAATACCAATTTTTCACT
s rheMac2.chr3  165261749 31 - 196418989 GTTTCAAAGTGAGAAATACGAATTTTTCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404592 31 +  48394510 GTTTCAAAGTGAGAAATACAAATTTTTCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15824938 31 +  46489110 GTTTCAAAGTGAGAAATACAAATTTTTCACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=85438.000000
s hg19.chr21     17104283 41 +  48129895 TCC--TAAGTTTGAACAATGGGAAGAACTTTGTAAGTTTAGGA
s rheMac2.chr3  165261780 43 - 196418989 TCTCCTAAGTTTGAACAATGGGAAGAACTTTGTAAGTTTGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 I 4
s ponAbe2.chr21  15404623 43 +  48394510 TCTCGTAAGTTTGAACAATGGGAAGAACTTTCTAAGTTTGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15824969 40 +  46489110 TCC--TAAGTTTGAACG-TGGGAAGAACTTTGTAAGTTTGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1334161.000000
s hg19.chr21     17104324 189 +  48129895 TTTTTTTATTTTCATTTGATTTTGACTAAACTGTATTAAATAACTATGCAGGCTCTATTGTATGGTTCAGAGGTTATGCATAAAATTGtagaatcaagaatcaagttaacgaaagtgatcttggctgtcgagtccaatttcctactttaatgaatcccctccacaCACAAAGGGAGTAGTAGTTAATTC
s panTro2.chr21  15825009 189 +  46489110 TTTTTTTTTTTTAATTTGATTTTGACTAAACTGTATTAAATAACTATGCAGGCTCTATTGCATGGTTCAGAGGTTATGcataaaattgtagaatcaagaatcaagttaacgaaagtgatcttggctgtcgagtccaatttcctactttaatgaatcccctccacaCACAAAGGGAGTAGTAGTTAATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404666 188 +  48394510 TTTTTTTTTTTTCATTTGA-TTTGACTAAACTGCATTAAATAACTATGCAGGCTCCATTGCATGGTTCAGAGGTTATGCATAAAATTGtagaatcaagaatcaagttaacgaaagtgatcttggctgtcgagtccaatttcctactttaatgaatcccctcCCCACACAAAGGGAGTAGTAGTTAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165261827 187 - 196418989 TTTTTTTTTTTTCATTTGATTTTGACTGAACTGCATTAAGTAAC--TGCAGGCTCTGTTGCATGGTTCAGAGGTTATGCATAAAATTGtagaatcaagaatcaagttaacgaaagtgatcttggctgtcaagtccaatttcctactttaattaatcccctcCCCACACAAAGGGAGGAGTAGTTAATTC
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

a score=168486.000000
s hg19.chr21     17104513 41 +  48129895 AAAATATTATCATTATGATGCTACTTTTAGTATGGCTGTGT
s panTro2.chr21  15825198 41 +  46489110 AAAATATTATCATTATGATGCTATTTTTAGTATGGCTGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404854 39 +  48394510 AAA--ATTTTCATTATGATGCTATTTTTAGTATGGGTGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165262014 38 - 196418989 AAAATA---TCATTATGATGTTATTTTTAGTATGGGTGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76626.000000
s hg19.chr21     17104554 43 +  48129895 TTTAGATCATTTCATTGTTATTGGGGA-TTTTTTTTAGAGAAAC
s panTro2.chr21  15825239 43 +  46489110 TTTAGATCATTTCATTGTTATTGGGGA-TTTTTTTTAGAGAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404893 42 +  48394510 TTTAGATCATTTCATTGTTATT-GGGA-TTTTTTTTAGAGAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165262052 44 - 196418989 TTTAGATCATTTCATTGTTATTGGGGATTTTTTTTTAGAGAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13331.000000
s hg19.chr21     17104597 15 +  48129895 TTTTATACTTCCATA
s panTro2.chr21  15825282 15 +  46489110 TTTTATACTTCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404935 15 +  48394510 TTTTATACTTCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165262096 15 - 196418989 TTTTATACTTCCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-457292.000000
s hg19.chr21     17104612 29 +  48129895 ATATTTAGATTGTTTTACAGAAGAAACAC
s panTro2.chr21  15825297 29 +  46489110 ATATTTAGATTGTTTTACAAAAGAAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404950 29 +  48394510 ATATTTAGATTGTTTTACAAAAGAAACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165262111 29 - 196418989 ATACTTAGATTGTTTTACGAAAGAAACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=416451.000000
s hg19.chr21     17104641 124 +  48129895 TTAAATGTGTTTGCTTTCCGTATTAATACACGATTACTTTGTTACTCATATTAGAACTATTTAAAAATATTTATATGGATACAAGTAAACCATCTACCTCGATAAGTTGACAGATTTAAATCCG
s panTro2.chr21  15825326 124 +  46489110 TTAAATGTGTTTGCTTTCCATATTAATACACGATTACTTTGTTACTCATATTAGAACTATTTAAAAATATTTATATGGATATAAATAAACCATCTACCTCAATAAGTTGACAGATTTAAATCCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15404979 124 +  48394510 TTAAATGTGTTTGCTTTCCATATTAATACACGATTACTTTGTTACTCATATTAGAACTATTTAAAAATATTTATATGGATATAAATAAACCATCTACCTCAATAAGTTGACAGATTTAAATCCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165262140 124 - 196418989 TTAAATGTGTTTGCTTTCCATATTAATACACGATTGCTTTATTACTCATATTAGAACTATTTAAAAATATTTATGTGGATATAAATAAACCATCTACCTCAATAAGTTGACAGATTTAAATCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1522896.000000
s hg19.chr21     17104765 210 +  48129895 TCAAGCTAGTAACCAGGAAGCGGACTTAAAGCTGGTAACTAGGAAGTGAACTTCACACTTAGAAGAAAC-AAAAGTGAAAGTCTGTTTTTACTCAGACACTTTATGGGTTATCTAAAAGGAGAGGTGTGTAGTGTATATTGCATAGCCAACATTTTAGCCAGTTTTCTTCTCACCTTAAAAAACTGTGTGTACATATGTGtttttaaattt
s panTro2.chr21  15825450 210 +  46489110 TCAAGCTAGTAACCAGGAAGCGGACTTAAAGCTGGTAACTAGGAAGTGAACTTCACACTTAGAAGAAAC-AAAAGTGAAAGTCTGTTTTTACTCAGACACTTTATGGGTTATCTGAAAGGAGAGGTGTGTAGTGTATATTGCATAGCCAGCATTTTAGCCAGTTTTCTTCTCACCTTAAAAAGTTGTGTGTACATATGTGtttttaaattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15405103 211 +  48394510 TCAAGCTAGTAACCAGGAAGCGGACTTAAAGCTGGTAACTAGGAAGTGAACTTCACACTTAGAAGAAACAAAAAGTGATAGTCTGTTTTTACTCAGACACCTTATGGGTTATCTAAAAGGAGAGGTGTGTAGTGTATATTCCATAGCCAACATTTTAGCCAGTTTTCTTCTCACCTTAAAAAATTGTGTGTACATATGTGtttttaaattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165262264 210 - 196418989 TCAAGCTGGTAACCAGGAAGCGCACTTAAAACTGGTAACTAGGAAGTGAACTTCACACTTAGAAGAAAC-AAAAGTGAAAGTCTGTTTTTACTCAGACACTTTATGGATTATCTAAAAGGAGAGGTGTGTAGTGTATATTGCATAGCCAACATTTTAGCCAGTTTTCTTCTCACCTTAAAAAATTGTGTGTACGTATATGTTTTTAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-193995.000000
s hg19.chr21     17104975 15 +  48129895 taagtatttactatt
s panTro2.chr21  15825660 15 +  46489110 taagtatttactatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15405314 15 +  48394510 taagtatttactatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165262474  6 - 196418989 TAAGTA---------
i rheMac2.chr3  C 0 I 2242

a score=-230525.000000
s hg19.chr21     17104990   31 +  48129895 taaaatttaagtatttactatttagctatat
s ponAbe2.chr21  15405329   31 +  48394510 taaaatttaagtatttactttttagctatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15825675   31 +  46489110 taaaatttaagtatttactatttagctatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=7042.000000
s hg19.chr21     17105021   41 +  48129895 tattttcaagatttttaaaacttttattttGCAGATGGATG
s ponAbe2.chr21  15405360   41 +  48394510 tattttcaagattttttaaacttttattttGCAGATGGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15825706   41 +  46489110 tattttcaagatttttaaaacttttattttGCAGATGGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=-263886.000000
s hg19.chr21     17105062   13 +  48129895 TAAGTTTTTTTGT
s ponAbe2.chr21  15405401   13 +  48394510 TAAGTTTTTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15825747   13 +  46489110 TAAGTTTTTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=-111583.000000
s hg19.chr21     17105075   56 +  48129895 TGTTTGCAGCACCACACTACACAAAACTTTCATGATTTTTTGGTTCGCCTATAGAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15825760   56 +  46489110 TGTTTGCAGCACCACACTACACAAAACTTTCATGATTTTTTGGTTCGCCTATAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=172800.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15825816   42 +  46489110 TTCATTAGTCTTTGTCACAATGTAGTATGATGAGGCAAGA-GG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=23846.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=1764298.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=1113217.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=51711.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=16716.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15405924   59 +  48394510 TCCTTCTGAGTTGAGTAAAATATAttgtttcactctagggcttagaacagttcgttaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=171823.000000
s hg19.chr21     17105652   49 +  48129895 catagtaggactcagcaaatatgtgatgaatgaaATAAGTGACTGGTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=174668.000000
s hg19.chr21     17105701   37 +  48129895 CCAAAAGGAGTGTAGTACTTTGTTTCCTAACTGAATC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17105738   32 +  48129895 TTGGAATTTAAAAATTATTGAGAAACAATGAg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17105770  103 +  48129895 gctgggcatggtggctcatgctttaatcccagcactttgggaggctgaggtgggaggatcacttgaagccaggagttcaaaaccagcctgggcaacaaaatga
s panTro2.chr21  15826451  103 +  46489110 gctgggcatggtggctcatgctttaatcccagcactttgggaggctgaggtgggaggatcacttgaagccaggagttcaaaaccagcctgggcaacaaaatga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17105873  217 +  48129895 caccT-------------------gccaggagtggtgtctcaagcctgtaatcccagtactttgggaaggtgaggcaggcggatcacgaggtcaggagttcgagaccagcctgaccaacatggtgaaacccagtctctactactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggcacatgcctgtaatcccagctactc------aggagactgaggcaggagaatcgcttgaactcgggag
s panTro2.chr21  15826554  217 +  46489110 caccT-------------------gccaggagcggtgtctcacgcctgtaatcccagcactttgggaaggtgaggcaggcggagcacgaggtcaggagttcgagaccagcctgaccaacatggtgaaacccagtctctactactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggcacatgcctgtaatcccagctactc------aggaggctgaggcaggagaatcgcttgaactcgggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15406204  239 +  48394510 caccctgtctcttaaaacaaaaTggccaggcgcggtgtctcacgcctgtaatcccagtactttgggaaggtgaggcgggcagatcacgaggtcaggagttcaagaccagcctgaccaacatggtgaaacccaatct---ctactaaaaatacaaaaattagccaggcgtggtggcacatgcctgtaatcccagctatctctaagaagagggctgaggcaggagaatcgcttgaactcaggag
i ponAbe2.chr21 C 0 I 838
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17106090   91 +  48129895 gcggaggttgcagtgagccgagatcgcgccattgcactccagcctgggcgacagagcaagactccatgtcaaaaaaacaaaaaaccaaaac
s panTro2.chr21  15826771   91 +  46489110 gcggaggttgcagtgagccgagatcgcgccattgcactccagcctgggcgacagagcaagactccatgtcaaaaaaacaaaaaaccaaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I
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s panTro2.chr21  15826862   60 +  46489110 aaaaCAATGAAAGCTTGAAAAACCGTACGTGCTCATGCTAGGAGAATAGGCAGTGGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15406443  838 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=121340.000000
s hg19.chr21     17106326   46 +  48129895 AGTAATATTAGTATGTTAACAGTAGTATGTTAAGGCTTTAAACTTT
s panTro2.chr21  15827007   46 +  46489110 AGTAATATTAGTATGTTAACAGTAGTATGTTAAGGCTTTAAACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I
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a score=116258.000000
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i ponAbe2.chr21 I 838 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=319201.000000
s hg19.chr21     17106451   47 +  48129895 AATGGAAGCAGAGGAATCTAACAGATCTACAGTCAACTTTCACTGAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15827132   47 +  46489110 AATGGAAGCAGAGGAATCTAACAGATCTACAGTCAGCTTTCACTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=792114.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=352427.000000
s hg19.chr21     17106619   52 +  48129895 TTTTCCAATTTAGGATTATCTAAGGTTATAAAACTATACC-ATGCAGCATTTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=528924.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165262480 2242 - 196418989 I

a score=501634.000000
s hg19.chr21     17106747 84 +  48129895 ATTATTAGTATAAGACTTGATTTGGGCAGAG----AGGTTTCCAGCTGTTTATTCCTTTTCTTATTCTTTCCTTTTCA-CACCTACTTT
s panTro2.chr21  15827429 81 +  46489110 ATTA---GTATAAGACTTGATTTGGGCAGAG----AGGTTTCCAGCTGTTTATTCCTTTTCTTATTCTTTCCTTTTCA-CACCTAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165264722 88 - 196418989 ATTATTAGTATAAGACTTGATTTGGGCAGAGAGATAGGTTTCCAGCTGTTTATTCCTTTTCTTATTCTTTCCTTTTCa-cacctgattt
i rheMac2.chr3  I 2242 C 0

a score=674345.000000
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s panTro2.chr21  15827510 152 +  46489110 TGACttgtagactcacattgtatccagtcttttaaatgaattcacatcatttctaataaatattctgttgattttcttcaatattatatgtatacagtccatatcctttacaaatacttaatattctgacctctttcttgtcattattttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15407689 152 +  48394510 TGACttgtatactcacattgtatccagacttttaaatgaattcacatcatttctaataaatattctgttgattttcttcaatattatatgtatacagtccatatcctttacaaatacttaatattctgacctctttcttgtcattattttta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165264810 152 - 196418989 taacacatatactcacattgtatccagccttttaaacgaattcacatcatttctaataaatattctgttgattttcttcaatattgtatgtatacagtccatatcctttacaaatacttaatattctgatctctttcttgtcattattttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=27737.000000
s hg19.chr21     17106983 13 +  48129895 ccacttattactt
s rheMac2.chr3  165264962 13 - 196418989 ccacttattactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=651836.000000
s hg19.chr21     17106996 83 +  48129895 tAAGATGACAGAATGCTACTACAATTTATGTTAGTTTCTATTATATATTGTTTCCTTATAATATGGAAATTTTCTTACATTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15407854 83 +  48394510 tAAGATTACAGAATGCTACTACAATTTATGTTAGTTTCTATTATATATTGTTTCCTTATAATATGGAAATTTTCTTACATTCG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265983.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-8737.000000
s hg19.chr21     17107139 78 +  48129895 CAGTGAATGATATTT--TATGTCAGTAACATAAGAACCATTTGTACATACGATATAtgaatatttactatataatccgtg
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s panTro2.chr21  15827890 74 +  46489110 taaggcgctgtgctgagtcttcttacaaacttttttcatttaatctttccaaccaccttatgaagtgagtacta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15408078 73 +  48394510 taaggcactgtgctgagtcttcttacaaac-tttttcatttaatctttccgaccacgttatgaagtcagtgcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15828894 87 +  46489110 tagaaaattctaaatttcatttaggtttctgtatttattggtctaaagttTTGTCCTAAATCtgtgtgtgtgtgtgtgt----gtgtgtat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 10
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 625
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165268637  41 - 196418989 atgagtagggtatacttgtatttttgttaggtcatgtttaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15411387 625 +  48394510 I

a score=683928.000000
s hg19.chr21     17110762 242 +  48129895 tatctcttgtatggtttataatttaacacaaaactattgtacatcttttgtttcaggtagttgataatttctgataactgttatatggcagtgcttttaaaaatttgttattggtgtatgcaaatgcagtggtcttttgtatgttaattttatacctagccaccttgctaaatgtttctaataccttttccagagacaattttgtactttctgtgtaaaagatcatatcattaagggaggag
s panTro2.chr21  15831432 242 +  46489110 tatctcttgtatggtttataatttaacacaaaattattgtacatcttttgtttcaggtagttgataatttctgataactgttatatggcagtgcttttaaaaatttgttattggtgtacgcaaatgcagtggtcttttgtatgttaattttatacctagccaccttgctaaatgtttctaataccttttccagagacaattttgtactttctgtgtaaaagatcatatcattaagggaggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15412012 242 +  48394510 TATCTCTTGTGtggtttataatttaacacaaaattattgtacatcttttgtttcaggtagttgataatttctgataactgttatatggcagtgcttttaaaaatttgctattggtgtatgcaaatgcggtggtcttttgtatgttaattttatatctagccaccttgctaaatgtttctaataccttttccagagacaattttgtactttctgtgtaaaagatcatatcattaagggaggag
i ponAbe2.chr21 I 625 C 0
s rheMac2.chr3  165268678 219 - 196418989 tatctcttgtacggtttataattt--cacaaaatcattgtacatctttt-----aggtatttgataatttctgataactgttacatggcagtgcttttaaaaatttgctattggtgtatacaaatgcagcggtcttttgtatattaattttgtatctagccacgttgctaaatgtttctaataccttttccagagacagttttttactttctgtgtaaaagatcat----------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=10812.000000
s hg19.chr21     17111004 42 +  48129895 accacgcctcatattgtcttatgcccaatttctgccctcaaa
s panTro2.chr21  15831674 42 +  46489110 accacccctcatattgtcttatgcccaatttctgccctcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15412254 42 +  48394510 accacccctcatattgtcttatgcccaatttctgcccccaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165268897  0 - 196418989 C

a score=199364.000000
s hg19.chr21     17111046 375 +  48129895 gaaagaaaaagtaaaaactaaaaggcagaaatgaaatccacaagcagacagcccagggccacaccctgggcctggtagttaaagatcgacccctgacctaatcagttatgttatctatagattacagacattgcacagacactgtgaaaatcccgatactgttttgttcagatctaattaccggtgcatgcagcccccagtcacataccccctgcttgctcatttgatcatgaccctctcacacgcaccctcttagagttgtgagcccttaaaagggacaggaattgctcaccccgggagctcggctcttgagacaggagtcttgctgatgcccccagccgaataaaccccttcctcctttaactcggt-tctgag
s panTro2.chr21  15831716 375 +  46489110 gaaagaaaaagtaaaaactaaaaggcagaaatgaaatccacaagcagacagcccggggccacaccctgggcctggtagttaaagatcgacccctgacctaatcagttatgttatctatagattacaggcattgcacagacactgtgaaaatcccgatactgttttgttcagatctaattaccggtgcatgcagcccccagtcacataccccctgcttgctcatttgatcatgaccctctcacacgcaccctcttagagttgtgagcccttaaaagggacaggaattgctcaccccgggagctgggctcgtgagacaggagtcttgctgatgcccccggccgaataaaccccttcctcctttaactcggt-tctgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15412296 376 +  48394510 gaaagaaaaagtaaaaactaaaaggcagaaatgaaatccacaagcagacagcccggggccacaccctgggcctggtagttaaagatcgacccctgacctaatcagttatgttatctctagattacagacattgcacagacactgtgaaaatccctatactgttttgttctgatctaattacctgtgcatgcagcccccagtcacataccccctgcttgctcatttgatcatgaccctctcacacgcaccctcttagagttatgagcccttaaaagggacaggaattgctcactccaggagctcggctcttgaagcaggagtcttgctgatgtccccggcagaataaaccccttcttcctttaactcggtgtctgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165268897   0 - 196418989 C

a score=-1535.000000
s hg19.chr21     17111421 31 +  48129895 gagttttgtctgcggctcgtcctgctacatc
s panTro2.chr21  15832091 31 +  46489110 gagttttgtctgcggctcgtcctgctacatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15412672 31 +  48394510 gagttttgtctgcggctcgtcctgctacatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165268897  3 - 196418989 ----------------------------atc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30758.000000
s hg19.chr21     17111452 24 +  48129895 atgattaaaaagttttatgtataa
s rheMac2.chr3  165268900 24 - 196418989 atgattaaaaagttttatgtataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15832122 24 +  46489110 atgattaaaaagttttatgtataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15412703 24 +  48394510 atgattaaaaagttttatgtataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=214717.000000
s hg19.chr21     17111476 55 +  48129895 tttcagtttttgtgcctgtactttcattttttttcctgtactagcaaatacttcc
s ponAbe2.chr21  15412727 54 +  48394510 tttcagtttttgtgcctgtactttcattttttt-cctgtactagcaaatacttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15832146 54 +  46489110 tttcagtttttgtgcctgtactttcattttttt-cctgtactagcaaatacttcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165268924 54 - 196418989 tttcagtttttgtgtgtgtactttcattttctt-cctgtactagcaagtacttcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168076.000000
s hg19.chr21     17111531 45 +  48129895 aataaatattgattagaagtgataacaatgagtattttt---ttgttc
s ponAbe2.chr21  15412781 48 +  48394510 aataaatattgattagaagtgataacaatgagtatttttttgttgttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15832200 45 +  46489110 aataaatattgattagaagtgataacaatgagtattttt---ttgttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165268978 43 - 196418989 aataaatactgattagaagtgat---aatgagtattttt--gttgttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=195973.000000
s hg19.chr21     17111576 34 +  48129895 ttgctgatctaaaaaggCAGTTACCTACTTTTGT
s rheMac2.chr3  165269021 34 - 196418989 ttgctgatttaaaaaggCAGTTACCTACTTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15832245 33 +  46489110 ttgctgatctaaaaaggCAGTTACCTACTTT-GT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15412829 34 +  48394510 ttgctgatctaaaaaggCAGTTACCTACTTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=274166.000000
s hg19.chr21     17111610 45 +  48129895 ACCTCATGCATTTCTGAAATATTTACATGTGTTAGTTGTGCAGAT
s ponAbe2.chr21  15412863 45 +  48394510 ACCTCATGCATTTCTGAAATATTTACATGTGTTAGTTGTGCAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15832278 45 +  46489110 ACCTCATGCATTTCTGAAATATTTACATGTGTTAGTTGTGCAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165269055 45 - 196418989 ACCTCATGCATTTCTGAAATATTTACATGTGTTAGTTGTGCAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=488256.000000
s hg19.chr21     17111655 99 +  48129895 TTACAAAGTAGGTTCTGTTTAACTAAAAGATATTGTAGTATTTTCAGTCGTGATGCTTGCAGGTATTTTTTCTTTGGGTACTGGTGACCTTTGTTTAAG
s ponAbe2.chr21  15412908 99 +  48394510 TTACAAAGTAGGTTCTGTTTAACTAAAAGATATTGTAGTATTTTCAATTGTGATGCTTGCATGTATTTTTTCTTTGGGTACTGGTGACCTTTGTTTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15832323 99 +  46489110 TTACAAAGTAGGTTCTGTTTAACTAAAAGATATTGAAGTATTTTCAGTCGTGATGCTTGCATGTATTTTTTCTTTGGGTACTGGTGACCTTTGTTTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165269100 99 - 196418989 TTACAAAGTAGGTTCTGTTTAACTAAAAGATACTGTAGTATTTTCAATTGTGATGCTTGCATGTATTTTTTCTTTGGGTACTGGTGATCTTTGTTTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44041.000000
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s panTro2.chr21  15832422 49 +  46489110 CTTTCACCCTAGGTATCCTGGGTGTGGTGGTGGAGGGGTGCTGGTAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15413007 49 +  48394510 CTTTCACCCTAGGTATCCTGGGTGTGGTGGTGGAGGGGTGCTGGTAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165269199 49 - 196418989 CTTTCACCTTAGATACCCTGGATGTGGTGGTGGAGGGGTGCTGGTAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15413056 27 +  48394510 TGTCAGTCTCTTCTCTATCGTCCTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165269248 27 - 196418989 TGTCAGTCTCTTCTCTATCTTCCTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59151.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165269358 24 - 196418989 TTTCTGCCCTGATGTGCTTAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68713.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15413190 28 +  48394510 AAGGTGGCTACGGGGTCTTTCTTTCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15832605 28 +  46489110 AAGGTGGCTACAGGGTCTTTCTTCCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15413218 42 +  48394510 GACACTGGCATAATTTTACTTTCTAATGTCATACAATTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165269410 42 - 196418989 GACACTGGCATAATTTTACTCTCTAATGTCATAGAATTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=207181.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=366767.000000
s hg19.chr21     17112071 46 +  48129895 TTTGAAGGACCAAATTTGGCTTGTGAAAGTGAGTTTAGGAATGTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15413324 46 +  48394510 TATGAAGGACCAAATTTGGCTTGTGAAAGTGAGTTTAGGAATGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=421230.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15832865 116 +  46489110 AATTAATTTCCAAGGACATCATCCTTGTCATGACATCTTGTTTTATGTATGTAGTAAGTAATTTTTCAGTTTTTCTCTTTTTTGCCCCTTAACTCTGATTAACTGATTAACTCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165269848 82 - 196418989 AG--TTTCTTATAATATGGTTTTTGTGGAATGTCTTAattatctgtagtgcttgctaaaagtgcagacttctgcgcctcaccct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15837160 144 +  46489110 -GAGGTCCTGTGCTAGGAGGTGTGGTCCTAGGGCTGTGTGAACCCCACCAAT--GTGGGGT------TTGCCATTACTTTATTTTTGTCCGTCTTGGTGTTGGCTTAGGCAAACCTTAGGGTCTGCGttttt-------------tttttttt-ttgttatttttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15837304 72 +  46489110 gacaaaggtctcaccgtgtcacccaggctggagtgcagtggtgcaatctggctcactgcaacctctgcctcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15418180 193 +  48394510 gttgttgttgttttgaggcagagcttcgctcttgttgcccaggctggagtgcagtggcgtgatctcagctcatggcagcccccgcctcccgggttcaagtgattctcctgccccaacctcctgaggagctgggactacaggcacctgccaccacacccgtctaatttttgtatttttactagagatggggttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165274279 192 - 196418989 -ttgttttgtttttgagtcagagtttcgctcttgttgcccgggctggagtgcagtggcgcgatctcagctcactgcagcccccgtctcccgggttcaagcggttctccttccccaacgtcctgagtagctgggactacaggcacctgccaccacgcccgtctaatttttgtatttttactagagacagggttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 476
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 I 7 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 476 C 0
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i rheMac2.chr3  I 22 C 0

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s panTro2.chr21  15838264 85 +  46489110 ttcccaatttcttagttgggttatcttcttgctgttgagttgtaggaattctttatattttggttgtcttttatcatgtatatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15419285 132 +  48394510 aattacaaatactttctcccaatgtgtggcttgtatttgcattttcttaacagtttctttgaagttgaagtattttaatattgatcgtttaatttacttttatggttagtactttaaccattttcctttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15421224 106 +  48394510 ccatatgtagagtatattttGAAAGAGACTACATTCATATAACGTACTGTATATGTTTTCAAAATATTTGAAATAGTATACCGTATATAGTATGGTTCAATACTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165276779  83 - 196418989 ATAGAATATAGtat----------------------------------------------------atacggttttttcttatatatacctacctgtgataaagtttaatgtataaattaggtac-------------------------------------------------------------------------------------------agtagagact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 826
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15423563 826 +  48394510 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15423563 826 +  48394510 M

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s panTro2.chr21  15842801  98 +  46489110 CCAAGTAAAGAGAAGTCTATGAGCAAGGGACAAATCTTCAATGATATAGTGCCTTCTGTTATCTACACATGGTTTTATTTAGCTGAGtgtgatataat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165279148  97 - 196418989 TCAAGTAAAGAGAAGTCTATGAGCAA-GGACAAATCTTAAATGATTTAGTGCCTTCTGTTATCTACATGTGGTTTTACTTGGCTGAGtgtgatataat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15423563 826 +  48394510 M

a score=38165.000000
s hg19.chr21     17122212 132 +  48129895 aataaatatttggtctttttcccttgttcctggcatggagcccctaaagcctttggaatttactctctagtctgtgctaatcagatgagtggcgtgggtct-gggtgtttggggaggagaggctgtgtagctt
s panTro2.chr21  15842899 132 +  46489110 aataaatatttggtctttttcccttgttcctggcagggagcccctaaagcctttggaatttactctctagtctgtgctaatcagatgagtggcgtgggtct-gggtgtttggggaggagaggctgtgtagctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165279245 133 - 196418989 aataaatatttgatctttttcccttgttcctggcatggagcccctaaagcctttggaatttactatctattctgtgctgatcagatgactggcctgggtctggggtgtttggggaggagaggctatatagctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15423563 826 +  48394510 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165279378  28 - 196418989 cagcttcaggctgggtgctctttgccac
i rheMac2.chr3  C 0 I 70
e ponAbe2.chr21  15423563 826 +  48394510 M

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s hg19.chr21     17122372  48 +  48129895 tgtagttagagggtgagaactttcaaccccagtccagcatccggggag
s panTro2.chr21  15843059  48 +  46489110 tgtggttagagggctagaactttcaaccccagtccagcatccggggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165279406  70 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15423563 826 +  48394510 M

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s hg19.chr21     17122420  88 +  48129895 ggaagaggggctgcagattgagcccaatcaccaatggccaatgatttaatcaattatactttaatgaaatctccaGTGCCgtgtgtgt
s panTro2.chr21  15843107  88 +  46489110 ggaagaggggctgcagattgagctcagtcaccaatggccaatgatttaatcaattataccttgatgaaatctccaGTGCCgtgtgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165279406  70 - 196418989 I
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s panTro2.chr21  15843195  34 +  46489110 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtAttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165279406  70 - 196418989 I
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s panTro2.chr21  15843229 297 +  46489110 tttttttcc-----ccttgagacagagtctcactctgttgcccaggctggcgtgtaggagtgaagtggcacaatcttggttcactgcaacctccgtctccctggttcaagcaattcttctg--tcagcctcctgagtaggctggactacaggtgcatgccaccgcgcctggctaatttttgtatttttagtagagatggggtttcaccatattggtcaggctggtcttgatctcctgacctcaggtgatccacccgcgaaaggctcccaaagtgctgggattacaggcatgaaccattgtgccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 70 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15423563 826 +  48394510 M

a score=55031.000000
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i ponAbe2.chr21 M 826 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165280245 97 - 196418989 AAGTtgtatcagggtccaatgaggacacaaagaaagcacaaaaattagaacaaagaagatttggtataaagaagtattgactaggaaca-atgattgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111823.000000
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s hg19.chr21     17123571 10 +  48129895 AGCTCTTTTG
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s hg19.chr21     17123581 57 +  48129895 AAGTGGTGTAGAGTATGTGCTTTATCGTATCTAGATGAATGGAGTTTCCAAGAGACC
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a score=602091.000000
s hg19.chr21     17123638 85 +  48129895 ATAGGACATATTATATAAGTAATTAGCATGACCAAAAACTGTATTTGCTTTAAAGAATTGTGACAAATATAACTGCTAGGAATTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=280415.000000
s hg19.chr21     17123723 36 +  48129895 TATAGTATTCCAGTTTCAGAGTTCTACTTAGAGCAC
s ponAbe2.chr21  15425110 36 +  48394510 TATAGTATTCCAGTTTCAGAGTTCTGCTTAGAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844398 36 +  46489110 TATAGTATTCCAGTTTCAGAGTTCTACTTAGAGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165280659 36 - 196418989 CATAGTATTCCGGTTTCAGAATTCTACTTAGAGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=412888.000000
s hg19.chr21     17123759 65 +  48129895 GTTTATTTTGTTTTATTAGTATAAGGGAGTTTATTTTTGGATTATAAGCTAATTAGGCAAACAAG
s ponAbe2.chr21  15425146 65 +  48394510 GTTTATTTTGTTTTATTAGTATAAGGGAGTTTATTTTTGGATTATAAGCTAATTAGGCAAACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844434 65 +  46489110 GTTTATTTTGTTTTATTAGTATAAGGGAGTTTATTTTTGGATTATAAGCTAATTAGGCAAACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165280695 65 - 196418989 GTTTATTTTGTTTTATTAGTATAAGGGAGTTTATTTTTGTATTATAAGTTAATTAGGCAAACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193402.000000
s hg19.chr21     17123824 21 +  48129895 TACAGAAACTAGAGATGCATA
s ponAbe2.chr21  15425211 21 +  48394510 TACAGAACCTAGAGATGCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844499 21 +  46489110 TACAGAAACTAGAGATGCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165280760 21 - 196418989 TACAGAAAGTAGAAATGCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156808.000000
s hg19.chr21     17123845 56 +  48129895 AAGATTTAATTGGACAAGAGAGCTATAATAGGAATCTGATTATTAGCAT---CAACAAG
s ponAbe2.chr21  15425232 59 +  48394510 AAGATTTAATTGGACAAGAGAGCTATAATAGGAATCTGATTATTAGCATCAACAACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844520 56 +  46489110 AAGATTTAATTGGACAAGAGAGCTATAATAGGAATCTGATTATTAGCAT---CAACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165280781 59 - 196418989 AAGATTTAATTGGACAAGAGAGCTGTAATAGGAATCTGACTATTAGCATCAAAAACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=995687.000000
s hg19.chr21     17123901 90 +  48129895 TTAAATACATATTTTATTTAAACTGCAGACATAGTGATTTAAGGATATGATTTGATTCATAAAAGTTTTGTTTACCTACTTGTTTTCCAG
s ponAbe2.chr21  15425291 90 +  48394510 TTAAATACATATTTTATTTAAACTGCAGACATAGTGATTCAAGGATATGATTTGATTCATAAAAGTTTTGTTTACCTACTTGTTTTCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844576 90 +  46489110 TTAAATACATATTTTATTTAAACTGCAGACATAGTGATTCAAGGATATGATTTGATTCATAAAAGTTTTGTTTACCTACTTGTTTTCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165280840 90 - 196418989 TTAAACACATATTTTATTTAAACGGCAGACATGGTGATTCAAGGATATGATTTGATTCATAAAAGTTTTATTTACCTACTTGTTTTCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=431072.000000
s hg19.chr21     17123991 25 +  48129895 aatataggcactctaatttaaaaac
s ponAbe2.chr21  15425381 25 +  48394510 AATGTaggcactctaatttaaaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844666 25 +  46489110 AATATAGGCACTCTAATTTAAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165280930 25 - 196418989 AATATAGGCACTGTAATTTAAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=935758.000000
s hg19.chr21     17124016 66 +  48129895 agactgtgttccaaaagattttgcaagttgggtttttggaactgaaaatacatgttcccatagaaa
s ponAbe2.chr21  15425406 66 +  48394510 agactgtgttccaaaagattttgcaagttgggtttttggaactgaaaatacatgttcccatagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844691 66 +  46489110 AGACTGTGTTCCAAAAGATTTTGCAAGTTGGGTTTTTGGAACTGAAAATACATGTTCCCATAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165280955 66 - 196418989 AGACTGTGTTCTAAAAGATTTTGCAAGTTGGGTTTTTGGAACTGAAAATACATGTTCCCATAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=720490.000000
s hg19.chr21     17124082 89 +  48129895 ccatgttTCCTGGTGGTGTGTTCTTATTTAGAAATG----TAACTCTGTGTGAACTTAGCTTATAGTGCTGAGTAACAGTATTTTTTGGGAGA
s rheMac2.chr3  165281021 93 - 196418989 CCATGTTTCCTGGTGTTGTGTTCTTATTTAGAAATGTATTTAACTCTGTGTGAACTTAGCTTATGGTGCTAAGTAACAATATTTTTGGGGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844757 89 +  46489110 CCATGTTTCCTGGTGGTGTGTTCTTATTTAGAAATG----TAACTCTGTGTGAACTTAGCTTATAGTGCTGAGTAACAGTATTTTTTGGGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15425472 93 +  48394510 ccatgttTCCTGGTGTTGTGTTCTTATTTAGAAATGTATTTAACTCTGTGTGAACTTAGCTTATGGTGCTGAGTAACAATATTTTTTGGGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=132974.000000
s hg19.chr21     17124171  98 +  48129895 AATACATTTAGAGTTTCTACTCATGATGTATTTATTTTATCTACTAATTAATAGGGATGGGGAATACTCTTTTACATTGTAATTAAAAAAA--ttttttt
s rheMac2.chr3  165281114 100 - 196418989 ATTACATTTAGAGTTTCTACTCATGATGCATTTCTTTTATCTACTAATTAATAGGGATGGGGAATACTCTTTTACATTTTAATTAAAAAAAAtttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844846  98 +  46489110 AATACATTTAGAGTTTCTACTCATGATGTATTTATTTTATCTACTAATTAATAGGGATGGGGAATACTCTTTTACATTTTAATTAAAAAAA--Atttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15425565  94 +  48394510 AATACATTTAGAGTTTCTACTCATGATGTA-----TTTATCTACTAATTAATAGGGATGGGGAATACTCTTTTACATTTTAATTAAAAAAA-tttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=274834.000000
s hg19.chr21     17124269 215 +  48129895 taagacagagatttgctcttgttgcgcaggttggagtacaatggtgcaatctcagctcactgcaacctccgccttctgggttcaagctattctcctgcctcagcctcccgattacagggattacaggcatgcgccaccacgcctggctaattttgtatttt------------------------tggtagagatggggtttcaccatgttggtcaggatggtctcgaactcctgacct
s rheMac2.chr3  165281214 215 - 196418989 tgagatggagtttcgctcttgttgcccaggctagagtacagtggtgcattctcagctcactgcaacctccgccttctgggttcaggcgattctcctgcctcagcctcccgattacagggattacaggcatgtgccaccacgcctggctaattttgtatttt------------------------tggtagagatggggtttcaccatgttggtcaggttggtctcgaactcctgacct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15844944 239 +  46489110 taagacagagatttgctcttgttgcgcaggttggagtacagtggtgcaatctcagctcactgcaacctccgccttctgggttcaagctattctcctgcctcagcctcccgattacagggattacaggcatgcgccaccacgcctggctaattttgtattttcacgcctggctaattttgtatttttggtagagatggggtttcaccatgttggtcaggatggtctcgaactcctgacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15425659 215 +  48394510 tgagactgagatttgctcttgttgtgcaggttggagtacaatggtgcaatctcagctcactgcaacctctgccttctgggttcaagctattctcctgcctcagcctcccgattacagagattacaggcctgcgccaccacgcgtggctaattttgtatttt------------------------tgatagagatggggtttcaccatgttggtcaggatggtctcgaactcctgacct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=66736.000000
s hg19.chr21     17124484  89 +  48129895 caggtgatctgcctgcctcggcctcgcaaagtgttgggattacaggcgtgagccactgcaccc---------------------------------tttttttttgagatggag----tcgctgtt
s panTro2.chr21  15845183  89 +  46489110 caggtgatctgcctgcctcggcctcgcaaagtgttgggattacaggcgtgagccactgcaccc---------------------------------tttttttttgagatggag----tcgctgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15425874  90 +  48394510 caggtaatctgcctgcctcggcctcacaaagtgttgggattacaggcgtgagccactgcaccc--------------------------------ttttttttttgaaatggag----ttgctgtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165281429 126 - 196418989 caggtgatccgcctgcctcggcctcgcaaagtgttgggattatgggtgtgagccaccacacttagccAGATGGGGAATACTCtttttttttttttttttttttttgagatggaatctctctctgtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31400.000000
s hg19.chr21     17124573 34 +  48129895 gcccaggctggagtgcagtggcgtgatctcgact
s rheMac2.chr3  165281555 34 - 196418989 ccccaggctggagtgcagtggcgcgatctcgact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15425964 34 +  48394510 gcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcaact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15845272 34 +  46489110 gcccaggctggagtgcagtggtgtgatctcgact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=379429.000000
s hg19.chr21     17124607 226 +  48129895 cactgcaacctccacctcccgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcgcctgccaccatgcctggctaatttttgta-tttttagtagagactgggtttcaccatattggccaggctggtctcgaactcctgaccttgtgatccacccatcttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcacctggccC
s rheMac2.chr3  165281589 227 - 196418989 cactgcaagctccgcctcccaggttcccaccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcctgccaccatgcccagctaatttttgtattttttagtagagacagagtttcaccatattggccaggctggtcttgaactcctgaccttgtgatccacccactttggcctcccagagtgttgggattacaggcgtgagccactgcgcctggccC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15425998 226 +  48394510 cactgcaacctccacctcccgggttcaagcgattctcctgccttagcctcttgagtagctgggactacaggcgcctgccaccatgcctggctaatttttgta-tttttagtagagacagggtttccccatattggtcaggctggtctcgaactcctgaccttgtgatccacccatcttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgtgcctggccC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15845306 226 +  46489110 cactgcaacctccacctcccgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcgcctgccaccatgcctggctaatttttgta-tttttagtagaggctgggtttcaccatattggccaggctggtctcgaactcctgaccttgtgatccacccatcttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcacctggccC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=131598.000000
s hg19.chr21     17124833 42 +  48129895 AGATGGGGAATACTCTTAAGGGTCATAAACATGATGCAGATA
s panTro2.chr21  15845532 42 +  46489110 AGATGGGGAATACTCTTAAGGGTCATAAACATGATGCAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15426224 42 +  48394510 AGATGGGGAATACTCTTAAGGGTCATAAACATGATGCAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165281816 42 - 196418989 AGATGGGGAATACTCTTAAGGGTCATAAACATGATGCAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=992140.000000
s hg19.chr21     17124875 122 +  48129895 TGGTTGAAAGGTTGGGTGACAGGTAGGAAAAAGGACTCTGTGGCAAGGGAGGATGGAAACCATCATTTATCTAGGACTAACTATATCCATTGTTCTTTGCTAGCTATTTCTCATAAAGTATC
s rheMac2.chr3  165281858 122 - 196418989 TGGTTGAAAGGTTGGGTGACAGGTAGGAAAAAGGGCTCTGCGGCAAGGGAGGATGGAAACCATCATTTATCTGGGACTAGCTATATCCATTGTTCTCTGCTAGCTGTTTCTTGTAAAATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15426266 122 +  48394510 TGGTTGAAAGGTTGGGTAACAGGTAGGAAAAAGGACTCTGCGGCAAGGGAGGGTGGAAACCATCATTTATCTAGAACTAACTATATCCATTGTTCTTTGCTAGCTATTTCTCATAAAGTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15845574 122 +  46489110 TGGTTGAAAGGTTGGGTGACAGGTAGGAAAAAGGACTCTGTGGCAAGGGAGGATGGAAACCATCATTTATCTAGGACTAACTATATCCATTGTTCTTTGCTAGCTATTTCTCATAAAGTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-120918.000000
s hg19.chr21     17124997 14 +  48129895 TCATTTCTTTTTTC
s panTro2.chr21  15845696 14 +  46489110 TCATTTCTTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15426388 14 +  48394510 TCATTTCCTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165281980 14 - 196418989 TCATTTGTTTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=300459.000000
s hg19.chr21     17125011 48 +  48129895 TGGATTGCATGAATGCTTAATGTTTTAGCTCTGGAATTCTATAAAAAG
s panTro2.chr21  15845710 48 +  46489110 TGGATTACATGAATGCTTAATGTTTTAGCTCTGGAATTCTATAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15426402 48 +  48394510 TGGATTACATGAATGCTTAATGTTTTAGCTCTGGAATTCTATAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165281994 48 - 196418989 TAGATTACATGAATGCTTAATGTTTTAGCTCTGGAATTCTATAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=396397.000000
s hg19.chr21     17125059 50 +  48129895 TAGGAAGAGACTTAAAATTTAGAATTCTTGGCATTTTTAAGCTTTAATGG
s panTro2.chr21  15845758 50 +  46489110 TAGGAAGAGACTTAAAATTTAGAATTCTTGGCATTTTTAAGCTTTAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15426450 50 +  48394510 TAGGAAGAGACTTAAAATTTAGAATTCTTGGCATTTTTAAGCTTTAATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165282042 50 - 196418989 TAGGAAGAGACTTAAAATTTAGAATTTTTGTCATTTTTAAGCTTTAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=338395.000000
s hg19.chr21     17125109 87 +  48129895 AAAGGGTATACCTTCAGATTTATGTGCCCATAGAGGTATATGAGTAATTTATTTTAATGCTAAAGTGCTGTTAATCCAAAAAGATTG
s panTro2.chr21  15845808 87 +  46489110 AAAGGGTATACCTTCAGATTTATGTGCCCATAGAGGTATATGAGTAATTTATTTTAATGCTAAAGTGCTGTTAATCCAAAAAGATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15426500 87 +  48394510 AAAGGGTATACCTTCAGATTTATGTGCCCATAGAGATATATGAATAATTTATTTTAATGCTAAAGTGCTGTTAATCCAAAAAGATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165282092 87 - 196418989 AAAGGGTATACCTTCAGATTTATGTGCCCATAGAGATATATGAATAATTTATTTTAATGGTAAAGTGCTGTTAATCCAAAAAGATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149094.000000
s hg19.chr21     17125196 58 +  48129895 AGAAAAACTTCAATCTGTGACAGTAGGATATGCAGCATACCTGAACCATTtgttaccc
s panTro2.chr21  15845895 58 +  46489110 AGAAAAACTTCAATCTGTGACAGTAGGATATGCAGCATACCTGAACCATTtgttaccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15426587 58 +  48394510 AGAAAAGCTTCAATCTGTGACAGTAGGATATGCAGCATACCTGAACCATTtgttatcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165282179 58 - 196418989 AGAAAAACTTCAATCTGTGACAGCGGGATATGCAGCATACCTGAACCATTtgttaccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=867861.000000
s hg19.chr21     17125254 515 +  48129895  
s panTro2.chr21  15845953 512 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15426645 508 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165282237 510 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462172.000000
s hg19.chr21     17125769 60 +  48129895 aCATTCATGGGACTGTCATATAGATTATTTGCAATAGGGAATTTCAGTAATAT--TATATTT
s panTro2.chr21  15846465 60 +  46489110 aCATTCATGGGACTGTCATATAGATTATTTGCAATAGGGAATTCCAGTAATAT--TATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15427153 62 +  48394510 aCATTCATGGGACTGTTATATAGATTATTTGCAATAGGGAATTTCAGTAATATTATATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=723546.000000
s hg19.chr21     17125829 107 +  48129895 TATACAAACCTTCAAGTGAGATTGACAGGACCAGAACTGGGAAATTCTAGATGGAATGTAGGAGTGTAGAAAGTTTGCTTAGTAAGTGGGCCTGACTTATGTCATTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15427215 107 +  48394510 TATACAAACCTTCAAGTGAGATTGACAGGACCAGAACTAGGAAATTCTAGATGGAATGTAGGAGTGTAGAAAGTTCGCTTAGTAAGTGGGCCTGACTTATGTCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15846525 107 +  46489110 TATACAAACCTTCAAGTGAGATTGACAGGACCAGAACTGGGAAATTCTAGATGGAATGTAGGAGTGTAGAAAGTTTGCTTAGTAAGTGGGCCTGACTTATGTCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=127795.000000
s hg19.chr21     17125936 52 +  48129895 AGAAGAATTCTTCAATTTAGAAGAATTAGAAAATGTGCTTATTAGTTG------------------------------------GCCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15427322 52 +  48394510 AGAAGAATTCTTCAATTTAGAAGAATTAGAAAATTTGCTTATTAGTTG------------------------------------GCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=95656.000000
s hg19.chr21     17125988 29 +  48129895 GATATATGTATGCTTCTCGTTCCTGTATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15427374 29 +  48394510 GATATATGTATGCTTCTTGTTCCtgtatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15846684 29 +  46489110 GATATATGTATGCTTCTCGTTCCtgtatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1068599.000000
s hg19.chr21     17126017 379 +  48129895 AGagggaaaaaaaaaaaaaggcttctctttacctttctaagttctttggctggactagaaattaaattgacaagaggcagattaacaggagaaaacccattttaattacataggtacttacaggagtcccacaaaataagagacttgaagaagggtcacatgattgaagcttatgtagcatccagagctacaaaaagtgataggggtttggggcttctgggaggggtggcaacacaagttatgagagggtg-ggggaggaaatgtatggtgaataaagggtgtcttgtgtagataaaaagtcactcaagtaataaaagttgttgcaaccctcttgctgatacagatactttttctaatgtagatttcctttaaaaatgga
s rheMac2.chr3  165283023 375 - 196418989 agagg-----gaaaaaaatggcttctctttacctttctaggttctttggctggactagaaattaaattgacaagaggcagattaacaagagaaaaaccattttaattacataggtacttacaggagtcccacaaaataagagacttgaggaagggtcacatgattgaagcttatgtagcatccagagctacaaaaagtgataggggtttggggcttctgggaggggtggcaacacaagttataagagcgtgaggggaggaaatgtgtggtgaataaagggtgtcttgtgtagatgaaaagttgctcaagtaataaaagttgttgcagccctcttgctgatacagatacttttcctaatgtagatttcctttaaaaataca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15427403 373 +  48394510 agagg----aaaaaaaaatggcttctctttacctttctaggttctttcactggactagaaattaaattgacaagaggcagattaacaggagaaaacccatttgaattacataggtacttacaggagtcccacaaaataagagacttgaagaagggtca-atgattgaagcttatgtagcatccagagctacaaaaagtgataggggtttggggcttctgggaggggtggcaacacaagttatgagagggtg-g-ggaggaaatgtatggtgaataaagggtgtcttgtgtagataaaaagtcgctcaagtaataaaagttgttgcagccctcttgctgatacagatactttttctaatgtcgatttcctttaaaaatgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15846713 378 +  46489110 agagg-aaaaaaaaaaaaaggcttctctttacctttctgagttctttggctggactagaaattaaattgacaagaggcagattaacaggagaaaacccattttaattacataggtacttagaggagtcccacaaaataagagacttgaagaagggtcacatgattgaagcttatgtagcatccagagctacaaaaagtgataggggtttggggcttctgggaggggtggcaacacaagttatgagagggtg-gtggaggaaatgtgtggtgaataaagggtgtcttgtgtagataaaaagtcactcaagtaataaaagttgttgcaaccctcttgctgatacagatactttttctaatgtagatttcctttaaaaatgga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=411293.000000
s hg19.chr21     17126396 147 +  48129895 ttttttt-tcacaaaaggacagtttttcaaggttactcttgtgtccgcagtttctcaaaataactacctcaaaatatgccaaagaagtatatttttgggtggcatattctagtcgcctgcagtcttatttggaggtggtgtgtcctga
s panTro2.chr21  15847091 146 +  46489110 ttttttt--cacaaaaggacagtttctcaaggttactcttgtgtccgcagtttctcaaaataactacctcaaaatatgccaaagaagtatatttttgggtggcatattctagtcgcctgcagtcttatttggagatggtgtgtcctga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15427776 147 +  48394510 tttttttttcacaaaaggacagtttttcaaggttactcttgtgtccgcagtttctcaaaataactacctcaaaatatgccaaagaagtatatttttgggtggcatattctagtt-cctgcagtcttatttgggggtggtgtgtcctga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165283398 147 - 196418989 ttttttt-tcacaaaaggacagtttttcaaggttactcttgtgtccgcagtttctcaaaataactacctcaaaatatgccaaagaagtatatttttgggtggcatattctagtctcctacagtcttatttgggggtgatgtgtcctga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=302648.000000
s hg19.chr21     17126543 58 +  48129895 gccccagcaTTCCCATCTCCAATAATTAGTTAGTGCCTCTTTTCTGTGGGATAAGCTT
s rheMac2.chr3  165283545 57 - 196418989 gccccagcaTCCCCATCTCCAGTGATTAGTTAGTGCCTCTTTTCTGTGG-GTAAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15427923 57 +  48394510 gccccagcaTTCCCATCTCCAATAATGAGTTAGTGCCTCTTTTCTGTGG-ATAAGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15847237 57 +  46489110 gccccagcaTTCCCATCTCCAATAATTAGTTAGTGCCTCTTTTCTGTGG-ATAAGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=786032.000000
s hg19.chr21     17126601 69 +  48129895 GTCTTGTGATATGGCTTGTTCCAGCTCACATCTGCAGGCTCTGCTGTatt-catttattcagtcaatgtt
s rheMac2.chr3  165283602 70 - 196418989 GTCTTGTGATATGACTTGTTCCAGCTCACATCTGCAGGCTCTGCTGTATtccatttattcaatcaatgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15427980 69 +  48394510 GTCTTGTGATATGGCTTGTTCCAGCTCACATCTGCAGGCTCTGCTGTatt-catttattcagtcaatgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15847294 69 +  46489110 GTCTTGTGATATGGCTTGTTCCATCTCACATCTGCAGGCTCTGCTGTatt-catttattcagtcaatgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=250633.000000
s hg19.chr21     17126670 83 +  48129895 gattgcttgccatgtgccaggcattatatgtatgtaccaggagtacagtgatgaacgaaTTATGGTCTCATTGATAACTTTGA
s panTro2.chr21  15847363 83 +  46489110 gattgcttgccatgtgccaggcattatatgtatgtaccaggagtacagtgatgaacgaATTATGGTCTCATTGATAACTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428049 83 +  48394510 gattgcttaccatgtgccaggcattatatgtatgtaccaggagtacagtgatgaacgaaTTATGCTCTCATTGATAACTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165283672 83 - 196418989 gattgcttaccatgtgccaggcgttatatgtatgtaccaggagtacagtgatgaatgaaTTATCCTCTCATTGATAGCTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17126753 65 +  48129895 AATGATTAACATTTGGTGCCTAGCAGTGCTTTAGTGCACGTGCTTCTGAAGTTTAAGAGTTCTTG
s panTro2.chr21  15847446 65 +  46489110 AATGACTAACATTTGGTGCCTAGCAGTGCTTTAGTGCACGTGCTTCTGAAGTTTAAGAGTTCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428132 65 +  48394510 AATGATTACCATTTGGTGCCTAGCAGTGCTTTAGTGCACGTGCTTCTGAGGTTTAAGAGTTCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165283755 65 - 196418989 AATGATTACCATTTGGTGCCTAGCTGTGCTTTAGTGCATGTGCTTCTGAAGTTTAAGAGTTCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17126818 37 +  48129895 TCGTCTTTGGATTTACCTTGTGATTAACCATAGTGTA
s panTro2.chr21  15847511 37 +  46489110 TCGTCTTTGGATTTACCTTGTGATTAACCATAGTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428197 37 +  48394510 TCGTCTTTGGATTTACCTTGTGATTAACCATAGTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165283820 37 - 196418989 TTGTCTTTGGACTTACCTTGTGATTAACCATAGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17126855 39 +  48129895 TTATTATAATTTGTGGTGAGTCTCACAGAAGGCACCTAC
s panTro2.chr21  15847548 39 +  46489110 TTATTATAATTTGTGGTGAGTCTCATAGAAGGCACCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165283857 39 - 196418989 TTATTATAATTTGTGGTGAGTCTAACAGAAGGCACCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17126894 79 +  48129895 ATGTGCAGAGACCTTTGCATTATGAAGGAGAATGGTGTTCTGTAGACCCTGAATGAAAGAGAGGGAAGAGGAATGCCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428273 79 +  48394510 ATGTGCAGAGACCTTTGCATTATGAAGGAGAATGGTGTTTTGTAGACCCTGAATGAAGGAGAGGGAAGAGGAATGCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165283896 79 - 196418989 AGGTGCAGAGACCTTTGCATTATGAAGGGGAATGGTATTTTGTAGACCCTGAATGAAAGAGAGGGAAGAGGAATGCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17126973 88 +  48129895 GGGGAAAGCAAAGCAAGTTAGTGCTGGGGACAGAGGTAGGGACTCTAGCATGCAGAGGTCCTTTAAGCTGTG---AGGACTATACTATAGG
s panTro2.chr21  15847666 88 +  46489110 GGGGAAAGCAAAGCAAGATAATGCTGGGGACAGAGGTAGGGACTCTAGCATGCAGAGGTCCTTTAAGCTGTG---AGGACTATACTATAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428352 91 +  48394510 GGGGAAAGCAAAGCAAGGTAATGCTGGGGACAGAGGTAGGGACTCTAGCATGCAGAGGTCCTTTAAGCTGTGAGAAGGACTATACTATGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17127061 23 +  48129895 AAAATTCCTCAGACAAGTCATAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428443 23 +  48394510 AAAATTCCTCAGACAAGTCATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284041 23 - 196418989 AAAGTTCCTCAGACAAGTCATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218638.000000
s hg19.chr21     17127084 23 +  48129895 AATATTACAGTTGAGGGAAATGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428466 23 +  48394510 AATATTACATTTGAGGGAAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284064 23 - 196418989 AATATTATATTTGAGGGAAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-79501.000000
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s panTro2.chr21  15847800 44 +  46489110 AAGATCCG-CTTACAGATTAACAAGAAAAACATGACTCAGGATA-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428489 42 +  48394510 AAGATCCGGCTTACAGATTAACAAGAAAAACATGACTCGAGG----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284087 46 - 196418989 AAGATCCGGCTTACAGATTAACAAGAAAAACATGACTCAGGAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15847844 18 +  46489110 TTTTTCTTCTTCTTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284133 18 - 196418989 TTTTTCTTTTTCTTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38183.000000
s hg19.chr21     17127170 43 +  48129895 TTCTGGCTATTTAGAGACTGGTTTGGACTTACAAACATGAAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428548 43 +  48394510 TTCTAGCTATTTAGAGACTGGTTTGGACTCACAAACATGAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284151 43 - 196418989 TTCTAGCTATTTAGAGACTGGTTTGGACTTACAAACATGAAGG
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a score=364999.000000
s hg19.chr21     17127213 41 +  48129895 ATGTGTTATGTACTTGAAATTCTTGGACAGTGAGTATTAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=195463.000000
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a score=207849.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=336341.000000
s hg19.chr21     17127380 47 +  48129895 TCATTGACAGGTAACTTTGAAATGCCTACATTTGGTGCTTAGCAGTG
s panTro2.chr21  15848072 47 +  46489110 TCATTGACAGGTAACTTTGAAATGCCTACATTTGGTGCTTAGCAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428759 47 +  48394510 TCATCGACAGGTAACTTTGAAATGCCTTCATTTGGTGCTTAGCAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284361 47 - 196418989 TCATTGACAGGTAACTTTGAAATGCCTACATTTGGTGCTTAGCAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17127427 89 +  48129895 CGTGTGATTCTGAAGTTTAAGAATGTCTTTGGAGTTTCTATCAGTTTTTTTTTTT----TCCTCTGTTCTTAGAAAATTTGGAAGG----TTTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15428806 93 +  48394510 CATGTGATTCTGAAGTTTAAGAATGCCTTTGGAGTTTCTATCAGGTTTTTTTTTTTTTTTCCTCTATTCTTAGAAAATTTGGAAGG----TTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284408 91 - 196418989 CATGCGATTCTGAAGTTTAATAATGTCTTTGGAGTTCCTATCAGTTTTTTTTTCC------CTCTATTATTAGAAAATTTGGAAGGTTTTTTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101225.000000
s hg19.chr21     17127516 68 +  48129895 AGAGGTCATTCTAAGAGTTGCGCCCCCCGCCTTACACCTATCCCCAAGGATGGAAACCTTTGACTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200543.000000
s hg19.chr21     17127584 23 +  48129895 TTTTCCTGAACCAAGTTTCATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1351488.000000
s hg19.chr21     17127607 154 +  48129895 ATATTTGGAAATTTAGCTGAAGGAGCCAAGGACTGACTTAATGAGTCACCCACCGCTTAACACAAACTGTTTTTCTCCTTTGTTGTCAGTGGTGCTTTAGTTTTCTTTTACCATTTTATAAGTATTTTACATCAACATAATAGTGGATTTTTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=359916.000000
s hg19.chr21     17127761 33 +  48129895 ACTGAGTTTTCATTTTTTATTGAATCTTTAATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15429143 33 +  48394510 ACTGAGTTTCCATTTTTTATTGAATCTTTAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284741 33 - 196418989 ACTGAGTTTTCATTTTTTATTAAATCTTTAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184479.000000
s hg19.chr21     17127794 46 +  48129895 TCCAATGTTAGATATCCTAGAGTTGAGAAAATATGGCAAggacatg
s panTro2.chr21  15848485 46 +  46489110 TCCAATGTTAGATATCCTAGAGTTGAGAAAATATGGCAAGGACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15429176 46 +  48394510 TCCACTGTTAGATATCCTAGAgttgagaaaatatggcaaggacatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284774 46 - 196418989 TCCAATGTTAGATGTCCTAGAGTTGAGAAAATAtggcaaggacatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=602382.000000
s hg19.chr21     17127840 94 +  48129895 gaatttgaacgaccaagtttcaaccctgtctctgcacttactaATGTCTTGAAGTCTGTGTTAGCTATGAAATGAGAGTAACTTTCTAGAGGGT
s panTro2.chr21  15848531 94 +  46489110 GAATTTGAACGACCAAGTTTCAACCCTGTCTCTGCACTTACTAATGTCTTGAAGTCTGTGTTAGCTATGAAATGAGAGTAACTTTCTAGAGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15429222 94 +  48394510 gaatttgaaagacctagtttcaaccctgtctctgcacttactaatgtcttgaagtctctgttagctataaaatgagagtaactttctagagggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284820 94 - 196418989 gagtttgaaaggcctggtttcaatcctgtccctgcacttaataATATCTTGAAGTCTCTGTTAGCTATAAAATGAGAGTAACTTCCTAGAGGGt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138724.000000
s hg19.chr21     17127934  60 +  48129895 GTGTGGGTATGTCTGTATTAAATG-----------------------------------------AGAGTATATATTGGAAACATTGGAAACAGTCTGGTA
s panTro2.chr21  15848625  60 +  46489110 GTGTGTGTATGTCTGTATTAAATG-----------------------------------------AGAGTATGTATTGGAAACATTGGAAACAGTCTGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15429316  60 +  48394510 gtgtgtgtatgtgtgtattaaatg-----------------------------------------agagtatatattggaaacgttggaaacagtctggta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165284914 101 - 196418989 gtgtgtgtatgtgtatattaaatgtatattaaatgtgtgtgtgtatgtgtatattaaatgtatactaaatatatattGGGAACATTGGAAACAGTCTGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1349310.000000
s hg19.chr21     17127994 650 +  48129895  
s panTro2.chr21  15848685 650 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15429376 645 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165285015 647 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50303.000000
s hg19.chr21     17128644 36 +  48129895 agagagaccttgcttctgagtcctttcaattgcttt
s rheMac2.chr3  165285662 36 - 196418989 agagagaccttgcttctgagtcctttcgattgcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430021 36 +  48394510 agagagaccttgcttctgagtcctttcaattgcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=120766.000000
s hg19.chr21     17128680 59 +  48129895 tgttcagagcactcagcaagccagaatgccatactttggggcattgttttcgtaacctc
s rheMac2.chr3  165285698 59 - 196418989 tgttccgagcactcagcaagccagaatgccatactttggggcattgttttcataaccgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430057 59 +  48394510 tgttcagagcactcagcaagccagaatgccatactttggggcattgttttcgtaacctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15849371 59 +  46489110 tgttcagagcactcagcaagccagaatgccatactttggggcattgttttcgtaacctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=367066.000000
s hg19.chr21     17128739 73 +  48129895 aacaTTGATATACAGCAAGAGTATAATAAATTCATATTTTCTTGCCTTGTCTTGGGCCAGTGATCCCTTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430116 73 +  48394510 aacaTTGATACACAGCAAGAGTATAATAAATTCATATTTTCTTTCCTTGTCTTGGGCCAGTGATCCCTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165285757 73 - 196418989 aacaTTGATATACAGCAAGAGTGTAATAAATTCATATTTTCTTTCCTTGTCGTGGGCCAGTGATCCCTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=408754.000000
s hg19.chr21     17128812 43 +  48129895 TGCATCCTCAAAAAGTTATACTGATGTTAAATATGCCCTCTTT
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15849503 43 +  46489110 TGCATCCTCAAAAAGTTATACTGATGTTAAATATGCCCTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=193387.000000
s hg19.chr21     17128855 21 +  48129895 ACTGAAACAGATTTTAAAAAT
s rheMac2.chr3  165285874 21 - 196418989 ACTGAAACGGATTTTAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=675564.000000
s hg19.chr21     17128876 63 +  48129895 ACCCAGCATTAAGTGGGGTCACCTGAGAAGGGAAAGAATTTCTATGAAACTCTCAGGTTTTTA
s panTro2.chr21  15849567 63 +  46489110 ACCCAGCATTAAGTGGGGTCACCTGAGAAGGGAAAGAATTTCTATGAAACTCTCAGATTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430253 63 +  48394510 ACCTAGCATTAAGTGGGGTCACCTGAGAAGGGAAAGAATTTCTATGGAACTCTCAGATTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165285895 63 - 196418989 ACCCAGCATTAAGTGGGGCCACCTGAGAAGGGAAAGAATTTCTATGAACCTCTTAGATTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=799072.000000
s hg19.chr21     17128939 94 +  48129895 ATTTATATTGAAATTACCAATATTTCCTtatatctgaagtgcatagtactgtattttgcacatagtagacacttaaggatgttattgtgc---agta
s panTro2.chr21  15849630 94 +  46489110 ATTTATATTGAAATTACCAATATTTCCTTATACCTGAAGTACATAGTACTGTATTTTGCACATAGTAGACACTTAAGTATGTTATTgtgc---agta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430316 94 +  48394510 GTTTATATTGAAATTACCAATATTTCCTTATACCTGAagtgcatagtactgtattttgcacatagtagacacttaaGGATGTtattgtgc---agta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165285958 97 - 196418989 ATTTATATTGAAATTACTAATATTTCCTTATACCTGAAATACATAGTACTGTATTTTGCACATAGTAGACACTTAAGGATGTTATTGTGCCATAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=439024.000000
s hg19.chr21     17129033 51 +  48129895 aaaataacaggaaggaatctgaagacttgtaggtaatcttgacttctttgc
s panTro2.chr21  15849724 51 +  46489110 aaaataacaggaaggaatctgaagacttgtaggtaatcttgacttatttgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430410 51 +  48394510 aaaataacaggaaggaatctgaagacttgtaggtaatcttgacttctttgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286055 51 - 196418989 AAAATAACAGGAAGGAATCTGAAGGCCTGTAGGTAATCTTGACTTCTTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17129084 30 +  48129895 ttattaattttt-gtggtgtttgcaagtaac
s rheMac2.chr3  165286106 30 - 196418989 TTATTAATTTTC-GTAGTGTTTGCAAGTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=229925.000000
s hg19.chr21     17129114 28 +  48129895 tgaatctctttggacGTTGCATCTTGCC
s rheMac2.chr3  165286136 28 - 196418989 TGGATTTCTTTGGACACTGCATCTTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=146792.000000
s hg19.chr21     17129142 53 +  48129895 CCTTTGGTTTAGCAGTGGGAAGAGGTTGAACCCACCTCCCTGTACTTAACTAG
s rheMac2.chr3  165286164 53 - 196418989 CTTTTGGCTTAGCAGTGGGAAGAGGTTGAACTCACCTCCCTATACTTAACTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430519 53 +  48394510 CCTTTGGTTTAGCAGTGGGAAGAGGTTGAACCCACCTCCCTATACTTAACTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1643415.000000
s hg19.chr21     17129195 175 +  48129895 AGAAAAAAAATCCATACAAGGAGCATCTCAGAGCCCAGAAGAGGAGCTCTAGATATGGAAGTGGATTGGATGGGAACCACCTTGGATTTGGAATTGCTGGTCAGGGAGAGGACCATATTTAGGACATTTCCAGTTGAGGATCAGGGCGTATCACAGGTCAGAAGTTTCATAAATG
s panTro2.chr21  15849887 175 +  46489110 AGAAAAAAAATCCATACAAGGAGCATCTCAGAGCCCAGAAGAAGAGCTCTAGATGTGGAAGTGGATTGGATGGGAACCACCTTGGATTTGGAATTGCTGGTCAAGGAGAGGACCATATTTAGGACATTTCCAGTTGAGGATCAGGGCGTATCACAGATCAGAAGTTTCATAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430572 175 +  48394510 AGAAAAAAAATCCATACAAGGAGCATCTCAGAGCCCAGAAAAAGAGCTCTAGATATGGAAGTGGATTGGATGGGAACCACCTTGGATTTGGAATTGCTGGTCAAGGAGACGACCATATTTAGGACATTTCCAGTTGAGGATCAGGGCGTATCACAGATCAGAAGTTTCATAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286217 175 - 196418989 AGAAAAAAAATCCGTACAAGGACCTTCTCAGAGCCCAGAAAAGGAGCTCTGGATATGGAAGTGGATTGGATGGGAACCATCTCGGATTTGGAATTGCTGGTGAAAGAGAGGACCATATTTAGGACATTTCCAGTTGAGGATCAGGGCGTATCACAGATCAGAAGTTTCATAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=684721.000000
s hg19.chr21     17129370 56 +  48129895 GGAAGGTACAAACCTTGAAAAACAGACTAGGGTCTTAATCACAACAGAAATGGCAA
s panTro2.chr21  15850062 56 +  46489110 GGAAGGTACAAACCTTGAAAAACAGACTAGGGTCTTAATCACAACAGAAATGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430747 56 +  48394510 GGAAGGTACAAACCTTGAAAAACAGACTAGGGTCTTAATCACAACAGAAATGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286392 56 - 196418989 GGAAGGTACAAACCTTGAAAAACAGACTAGGGTCTTAATCACAACAGAAATGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=888641.000000
s hg19.chr21     17129426 107 +  48129895 CAAAACCCCCACATAATTGCAGGAAATGAAGGTTCAGGGTTTCAAATACAGGAAAAACACAACTGGAAGATGCCAGTAACAAAGGGAAAAAAACTTTGCAAATGAGG
s panTro2.chr21  15850118 107 +  46489110 CAAAACCCCCACGTAATTGCAGGAAATGAAGGTTCAGGGTTTCAAATACAGGAAAAACACAACTGGAAGGTGCCAGTAACAAAGGGAAAAAAACTTTGCAAATGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430803 107 +  48394510 CAAAACCCCCACATAATTGCAGGAAATGAAGGTTCAGGGTTTCAAATACAGGAAAAACACAACTGGAAGATGCCAGTAACAAAGGGAAAAAAACTTTGCAAATGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286448 107 - 196418989 CAAAACCCCCACATAATTGCAGGAAATGAAGGTGCAGGGTTTCAAATACAGGAAAAATACAACTGGAAGATGCAAGTAACAAAGGGGAAAAAACTTTACGAATGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377498.000000
s hg19.chr21     17129533 47 +  48129895 TGGCTTCTCTAACTTAAACTTAGGATTTTTCTCATTGCTCACCTCTT
s panTro2.chr21  15850225 47 +  46489110 TGGCTTCTCTAACTTAAACTTAGGATTTTTCTCATTGCTCACCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430910 47 +  48394510 TGGCTTCTCTGACTTAAACTTAGAATTTTTCTCATTGCTCACCTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286555 41 - 196418989 TGGCTTCTCT------AACTTAGAATTTTTCTCATTGCTCACCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177216.000000
s hg19.chr21     17129580 62 +  48129895 CCCATTTCTCTCTACCTAGGTTTAGCTAAGAAAATTCTTTCACTTTTTTT-GTTTTCTTTTCC
s panTro2.chr21  15850272 61 +  46489110 CCCATTTCTCTCTACCTAGGTTTAGCTAAGAAAATTCTTTCACTTTTTTT--TTTTCTTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15430957 62 +  48394510 CCCATTTCTCTCTACCTAGGTTTAGCTAAGAAAATTCTTTCACCATTTTT-TTTTTCTTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286596 63 - 196418989 CCTGTTTCCCTCTACTTAGGTTTAGCTAAGAAAATTCTTTCACCTTTTTTTTTTTCCTTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=188995.000000
s hg19.chr21     17129642 145 +  48129895 ACCTGGCCTTCTCCCCGATCACCAGTTCTTTTCATTGTTTCATTTTCAGTCAAGATTTATGAAAACATGAACCATACTAGAGATACACCTGATTTTTTTCTAGGATATTTGTCTGAATTTATAGTAAAAGATAAAACAGCAAAAT
s panTro2.chr21  15850333 145 +  46489110 ACCTGGCCTTCTCCCCGATCACCAGTTCTTTTCATTGTTTCATTTTCAGTCAAGATTTATGAAAACATGAACCATACTAGAGATACACCTGATTTTTTTCTAGGATATTTGTTTGAATTTATAGTAAAAGATAAAACAGCAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15431019 138 +  48394510 ACCTGGTCTTCTCCCTGATCACCAGTTCCTTTCATTGTTTCATTTTCAGTCAAGATTTGTGAAAACATGAACCATGCTAGAGATACACCTGATTTTTTTCTAGGATATTTGTTTGAATTTA-------TAATAAAACAGCAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286659 145 - 196418989 ACCTAGCCTTCTCCCCGATCCCCAGTTCTTTTCATTGTTTCATTTTCAGTCAAGATTTATGAAAACATGAACCATGCTAGAGATACACCTGATTTTTTTCTGGGATATTTGTTTGACTTTATAGTGAAAGATAAAACAGCAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235774.000000
s hg19.chr21     17129787 65 +  48129895 AACAGTTTCAAAGACCTTGCTCTTCTCCATAATATACT--CAGTATTCTTATTGCACTTTATCAAAC
s panTro2.chr21  15850478 65 +  46489110 AACAGTTTCAAAGACCTTGCTCTTCTCCATAATATACT--CAGTATTCTTATTGCACTTTATCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15431157 67 +  48394510 AACAGTTTCAAAGACCTTGCTGTTCTCCATAATATACTCACAGTATTCTTATTGCACTTTATCAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286804 64 - 196418989 AACAGTTTCAAAGACCTTG-GCTTCTCCATAATATACT--CAGTATTCTTATTGCACTTTATTAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177608.000000
s hg19.chr21     17129852 50 +  48129895 CACcataacaaaccacctcaaaacccagtggcataccaaaatattgtcac
s panTro2.chr21  15850543 50 +  46489110 CACCATAACAAACCACCTCAAAACCCAGTGGCATACCAAAATATTGTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15431224 50 +  48394510 CACCATAAGAAACCAGCTCAAAACCCAGTGGCATACCAAAATATTGTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=346483.000000
s hg19.chr21     17129902 41 +  48129895 tcacactcacagatttgctggttggc-------------------------------------------------tgggttGACTTTTTT
s panTro2.chr21  15850593 41 +  46489110 TCACACTCACAGATTTGCTGGTTGGC-------------------------------------------------TGGGTTGACTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15431274 86 +  48394510 TCACACT--CAGATTTG--GGTTGACTTTTTTCACATGTACCTCATTTTTCTTAGGCAAGTGGGCTACCAAGATTTGGGTTGACTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165286918 41 - 196418989 tcacactcacagatttgctggttggc-------------------------------------------------tgggctagctgTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=120252.000000
s hg19.chr21     17129943 40 +  48129895 CACATGTGCCTCATTCTTCTTAGGCAAGTGGGCTACCAAG
s panTro2.chr21  15850634 40 +  46489110 CACATGTGCCTCATTCTTCTTAGGCAAGTGGGCTACCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15431360 40 +  48394510 CACATGTACCTCATTTTTCTTAGGCAAGTGGGCTACCAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=600523.000000
s hg19.chr21     17129983 72 +  48129895 TCATGTTCTTCTTAAGCAGGTTGCAGAAGTTCAACTGGGCTAGCCCAGCGATGCAGGTA-GTTTCATGTCTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165289123 196 - 196418989 attttaaggagacataatgtatcggtcaattcatgtaagattcacattggttcagtctggaagtgagggacaa------gtctggtcccagggtggcttcccaggtcatcagtagatttgaacatattctgattggcaattggttgagttattatcaatagaaaggaatgtctgggttaaaataaggggttttggagatctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165291194 368 - 196418989 tgccttaagtgagcgcgggcacaatttcagtaaacacactgtgcgtgcagccccaccccagtgctggcaggccactgctcctgtggacagccaccctataggaagaatcaggggagaagaaatgcaaaccctggaggcatgccagtgtataaaaccccaagtcaaaggtcagctgttcactggatctttcaagttgcccgcttggcccccttccaagtgtgctttacttcctttcattcctgctctaaaactttttaacagactttcactcctgctctaaaaacttgccttggtctctctctctgccttatgccccttggtcaaattcttgcttctgaagaggcaagaagtgagcttgctctagacct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165291562 75 - 196418989 gtacgggttcactgctgttaacAAAAtaaagtcattcttcctccctttataatttgtggaagagaattttaaatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15854949 75 +  46489110 gtacgggttcgccactgttaacacaAtaaagttattctttctccctttataatttgtggaagagaatttaaaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15435764 105 +  48394510 atgtaaatattctgttcctgatcaaac-tttcattcagtagttttagcatccattgaagatttctgacttaataattGCTGAGATAAATGTGAAACATCTTTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165291637 106 - 196418989 atgtaaatattctgttcacgatcaaacttttcattcagtagttttagcatccattgaagattcctgactgaattattactgagataaatgtgaaaCATCTTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165291743 46 - 196418989 AAAAGATTTCAATAGATCCTATTCTGTTGACTAGGTTTGCTTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165292392 34 - 196418989 TTTGTTTgtttgttttggaaaaccaaaggtcgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15855797 18 +  46489110 TGTTTTGGAAAACCGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165292488 112 - 196418989 TAATGATTTTGGTTTTTTCCTCCCTCTAGCACCAGCAAACGTTTTTGAATCAACTGAGAGAAATTACTGGGATTAATGACACCCAGATACTACAGCAAGCCTTGAAGGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17135372 24 +  48129895 GGGTATACCATGTGGTAGTTTTAG
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s rheMac2.chr3  165292673 24 - 196418989 GGTTATACCATGTGGTAGTTTTAG
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s hg19.chr21     17135396 38 +  48129895 AGATACAGGAATGGACTTTGTAAAGTAAAATCCTCAGT
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a score=522561.000000
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s panTro2.chr21  15857733 22 +  46489110 TTACTTATTTAACAATAGTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438466 22 +  48394510 TTACTTATTTAACAATAGTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294319 21 - 196418989 TTACTTATTTAAC-ATAGTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156828.000000
s hg19.chr21     17137074 33 +  48129895 TCTTACATTTTGGATGAGTCACTTAGGAATCGT
s panTro2.chr21  15857755 33 +  46489110 TCTTACATTTTGGATGAGTCACTTAGGAATCGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438488 33 +  48394510 TCTTACATTTTGGATGAGTCACTTAGGAATCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294340 33 - 196418989 TCTTACATTTTGGATGAGTCACTTAGGAATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177914.000000
s hg19.chr21     17137107 28 +  48129895 CTAATGATCATGACAGATAGCATTTTTG
s panTro2.chr21  15857788 28 +  46489110 CTAATGATCATGACAGATAGCATTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438521 28 +  48394510 CTAATGATCATGACAGATAGCATTTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294373 28 - 196418989 CTAATGATCATGACGGATAGCATACTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265245.000000
s hg19.chr21     17137135 39 +  48129895 AAAGTGGTGGTGCCTTTGAAACTGCATCCTTACTCCTTT
s panTro2.chr21  15857816 39 +  46489110 AAAGTGGTGGTGCTTTTGAAACTGCATCCTTACTCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438549 39 +  48394510 AAAGTGGTGGTGCTTTTGAAACTGCACCCTTACTCCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294401 39 - 196418989 AAAGCTGTGGTGCTTTTGAAACTGCACCCTTGCCCCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=720131.000000
s hg19.chr21     17137174 100 +  48129895 TGTCACTGACTGCTACAACTGGAATTGGGGTAGGTCTTGGGGACTTTATTCTGCCAGCTGCTCAGTCCTTAAATTTTGGAatcatcctgatcctacttct
s panTro2.chr21  15857855 100 +  46489110 TGTCACTGACTGCTAGAATTGGAATTGGGGTAGGTCTTGGGGACTTTATTCTGCCAGCTGCTCGGTCCTTAAATTTTGGAatcatcctgatcctacttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438588 100 +  48394510 CGTCACTGACTGTTAGAATTGGAATTGGGGTAGGTCTtggggactttattctgccagctgctcggtccttaaattttggaatcatcctgatcctactttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294440  94 - 196418989 CGTCACTGACTGCTA------GAATTGGGGTAGGTCTTGGGGACTTTATTCTGCCAGCTGCTCGGTCCTTAAATTTTGGAatcatcctgatcctacttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238825.000000
s hg19.chr21     17137274 24 +  48129895 gtcatgtcccacatttaataagat
s panTro2.chr21  15857955 24 +  46489110 gtcatgtcccacatttaataagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438688 24 +  48394510 gtcatgtcccacatTTCATAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294534 24 - 196418989 gtcatatcccacatttaataagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=102343.000000
s hg19.chr21     17137298 44 +  48129895 agcaataatattggatgctgtcttctgccctttctctcctctag
s panTro2.chr21  15857979 44 +  46489110 agcaataatattggatgctgtcttctgccctttctctcctgtag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438712 44 +  48394510 AGCAATAATATTGGATGctgtcttctgccctttctctcctatag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294558 44 - 196418989 agcaataatattggacgctctcttctgccctttctctcctgtag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=486161.000000
s hg19.chr21     17137342 46 +  48129895 tctattcttaatacat----ggagtaaactttttaaaatgtaagtcatac
s panTro2.chr21  15858023 46 +  46489110 tctattcttaatacat----ggagtaaactttttaaaatgtaagtcatac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438756 46 +  48394510 tctattcttaatacat----ggagtaaactttttaaaatgtaagtcatac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294602 50 - 196418989 tctgttcttaatatatagtcagagtaaacactttaaaatgtaattcatac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=466222.000000
s hg19.chr21     17137388 93 +  48129895 tatgtcattcctttccaaaacactccactggcttcttattacacccgtgtgcatgtctaagttcttagggaacctacagagccttccatgttt
s panTro2.chr21  15858069 93 +  46489110 tatgtcattcctttccaaaacactccagtggcttcttattacacccatgtgcatgtctaagttcttagggaacctacagagcctttcatgttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438802 92 +  48394510 tatgtcattcctttccaaaacactccactggcttcttattacaccgatgtgcatgtcgaagttcttagggaacctacagagcctttcatg-tt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165294652 93 - 196418989 tgtgtcattgcttttcaaaacactccactggcttcttattacacccgtgtgcatgtctgagttcttagggaacctacagaacctttcatgttc
i rheMac2.chr3  C 0 I 310

a score=1030623.000000
s hg19.chr21     17137481 152 +  48129895 tggttttctgttacAAAGATAGCTTCGTTGTGAATATCTGGGTTTCCTATGTTGTTTTGGTTAACTGTTTTAGAGCTAACGTTTTACTTGCTGTCAGTTGTGCAGAGAATATAAAGATGTAACTGGGCAAGTCtcttctcattttgctgttt
s panTro2.chr21  15858162 152 +  46489110 tggttttctgttacAAAGATAGCTTCGTTGTGAATATCTGGGTTTCCTATGTTGTTTTGGTTAACTGTTTTAGAGCTAACGTTTTACTTGTTGTCAGTTGTGCAGAGAATATAAAGATGTAACTGGGCAAGTCtcttctcattttgctgttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15438894 152 +  48394510 tggttttctgttacAAAGATAGCTTCGTTATGAATATCTGGGTTTCCTACGTTGTTGCGGTTAACTGTTTTAGAGCTAGTGTTTTACTTGTTGTCAGTTGTGCAGAGAATATAAAGAtgaaactgggcaagtctcttctcattttgctgttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295055 149 - 196418989 TGGTTTTCTGTTACAAAGATAGCTTCGTTATGAATATCTGGGTTTCCTGTGTTGTTTCAGTTAACTGTCTTAGTGCTAGCGTTTTACT---TGTCAGTTGTGCAGAGAATATAAAGTTGTAACTGGGCACGTCtcttctcattttgctgttt
i rheMac2.chr3  I 310 C 0

a score=84136.000000
s hg19.chr21     17137633 58 +  48129895 taaattaaaattcttattctggcatctgctttcttctaaataaactttagaataattt
s panTro2.chr21  15858314 54 +  46489110 ta----aaaattcttattctgtcatctgctttcttctaaataaactttagaataattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439046 54 +  48394510 ta----aaaattcttattctggcatctgctttcttctaaatgaactttagaataattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295204 54 - 196418989 ta----aaaattcttattctggcatctgctttcttcaaaatgaactttagaatacttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122323.000000
s hg19.chr21     17137691 46 +  48129895 tattcagctatacttttgatgagaactatgcaaaatgtatctattt
s panTro2.chr21  15858368 46 +  46489110 tattcagctatacttttgatgagaactatgcaaaatgtatgtattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439100 46 +  48394510 tattcagctatgcttttgatgagaactatgcgaaatgtatctattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295258 46 - 196418989 tattcggctgtgcttttgatgagaactgtgtaaaatgtatatgttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=236451.000000
s hg19.chr21     17137737 30 +  48129895 aatttgagcaggattgtcatcttgacagta
s panTro2.chr21  15858414 30 +  46489110 aatttgagcaggattgtcatcttgacagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439146 30 +  48394510 aatttgagcaggattgtcatcttgatagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295304 30 - 196418989 aatttgagcaggattgtcatcttgacagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1100374.000000
s hg19.chr21     17137767 136 +  48129895 ttgagtatttctgtctagagttctgtgtgtctttccataattccatattatcaagcccttcagtacattttgccattttcttcccatgagtccttgacattttgcttaagtttgcccctaagtatGTATCCAGCAC
s panTro2.chr21  15858444 136 +  46489110 ttgagtatttctgtctagagttctatgtgtctttccataattccatattatcaagcccttcagtacattttgccattttcttcccatgagtccttgacattttgcttaagtttgcccctaagtatGTATCCAGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439176 136 +  48394510 ttgagtacttctgtctagagttctatgtgtctttccatatttccatattatcaagcccttcggtacattttgccattttcttcccatgagtccttgacattttgcttaagtttgcccctaagtaCGTATCCAGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295334 136 - 196418989 ttgagtatttctgtccagaattctgtgtgtctctccatagttccacattatcaagcccttcagtacattttgccattttcttcctgtgagtccttgacattttgctgaaatttgcccctaagtatATATCCAGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=524884.000000
s hg19.chr21     17137903 65 +  48129895 CCAGATTAAAAGGAATATCTTTTATTGTCCTTGTTTGTAGAAGTACTAATTTTAATACCCATTTT
s panTro2.chr21  15858580 65 +  46489110 CCAGATTAAAAGGAATATCTTTTATTGTCCTTGTTCATAGAAGTACTAATTTTAATACCCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439312 65 +  48394510 CCAGATTAAAAGGAATATCTTTTATTGTCCTTGTTTGTAGAAGTACTAATTTTAATACCCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295470 65 - 196418989 CCGGATTAAAAGGAATATCTTTTATTGTCCTTGTTTGTAGAAGTACTAATTTAAATACCCATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=279349.000000
s hg19.chr21     17137968 32 +  48129895 GCACTCTTTCGTATGGCAAGTTCCAGAAGACC
s panTro2.chr21  15858645 32 +  46489110 GCACTCTTTCGTATGGCAAGTTCCAGAAGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439377 32 +  48394510 GTACTCTTTCGTATGGCAAGTTCCAGAAGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295535 32 - 196418989 GCACTCTTTCGTATGGCAAGTTCCAGAAGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=599311.000000
s hg19.chr21     17138000 77 +  48129895 TTTTTTAGTTTATTTGTTCAAAAGTATAAGTTTGTGATTCACTTTTATTAAGCAGATAGGAAAGTAATGAAGACTAA
s rheMac2.chr3  165295567 77 - 196418989 TTTTTTAGTTTATTTGTTCAAAAGTAGAAGTTTGTGATTGACTCTTATTAAGCAGATAGGAAAGTAATGAAGACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439409 77 +  48394510 TTTTTTAGTTTATTTGTTCAAAAGTATAAGTTTGTGATTCACTTTTATTAAGCAGATAGCAAAGTAATGAAGACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15858677 77 +  46489110 TTTTTTAGTTTATTTGTTCAAAAGTATAAGTTTGTGATTCACTTTTATTAAGCAGATAGGAAAGTAATGAAGACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=617186.000000
s hg19.chr21     17138077 101 +  48129895 GAAATTAGAGATGGATTTTTACATTGTATCAGTAGTTTTAATTAGTAAGAAAGGTATTACTATTGATATAGTATACTTTATGTATGATGCATTTACACTAT
s panTro2.chr21  15858754 101 +  46489110 GAAATTAGAGATGGATTTTTACATTGTATCAGTAGTTTTAATTAGTAAGAAAGGTATTACTATTGCTATAGTATACTTTATGTATGATGCATTTACACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439486  97 +  48394510 GAAATTAGAGATGGATTTTTACATTGTATCAGTAGTTTTAATTAGTAAAAAAGGTATTACTATTGATGTAGTATACTT----TATGATGCATTTACACTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295644 101 - 196418989 GAAATTAGAGATGGATTTTTACATTGTAGCAGTAGTTTTAATTAGTAAAAAAGGTATTACTGTTGGTATAGTATACTATATGTATGATGCATTTACCCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-103858.000000
s hg19.chr21     17138178 38 +  48129895 AAAATTAGAATCACATATAGATTAATTGCAAATTTAAA
s rheMac2.chr3  165295745 36 - 196418989 AAAATTAGAAT--CATATAGATTAATTGCAAATCTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439583 38 +  48394510 AAAATTAGAATCACATATAGATTAATTGCAAATTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15858855 38 +  46489110 AAAATTAGAATCACATATAGATTAATTGCAAATTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-125997.000000
s hg19.chr21     17138216 15 +  48129895 GCAATTTTGTTCTAG
s rheMac2.chr3  165295781 15 - 196418989 GCAGTTTTGTTCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439621 15 +  48394510 GCAATTCTGTTCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15858893 15 +  46489110 GCAATTTAGTTCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=97214.000000
s hg19.chr21     17138231 22 +  48129895 AG----AGTTATGGAGAATATTGTAT
s rheMac2.chr3  165295796 20 - 196418989 AG----TGTTACGGAGGATATTGT--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439636 26 +  48394510 AGTATTAGTTATGGAGAATATTGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15858908 26 +  46489110 AGTGTTAGTTATGGAGAATATTGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-203512.000000
s hg19.chr21     17138253 15 +  48129895 AACTTTTTTTGATGG
s panTro2.chr21  15858934 15 +  46489110 AACTTTTTTTGATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439662 14 +  48394510 AAC-TTTTTTGATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165295816  0 - 196418989 C

a score=321908.000000
s hg19.chr21     17138268 20 +  48129895 ATAAAATTATTTCAAAACAC
s panTro2.chr21  15858949 20 +  46489110 ATAAAATTATTTCAAAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439676 20 +  48394510 ATAAAATTATTTCAAAACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295816 20 - 196418989 ATAAAGTTATTTCAAAACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-67379.000000
s hg19.chr21     17138288 10 +  48129895 TTGATACTCC
s panTro2.chr21  15858969 10 +  46489110 TTGATACTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439696 10 +  48394510 TTGATACTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165295836 10 - 196418989 TTGATACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8192877.000000
s hg19.chr21     17138298 158 +  48129895 TTTCTTGATATTTGAAGGATAGTAATGGAAACTTGGAATTAGCAGTGGCTTTCCTTACTGCGAAGAATGCTAAGACCCCTCAGCAGGAGGAGACAACTTACTACCAAACAGCACTTCCTGGCAATGATAGATACATCAGTGTGGGAAGCCAAGCAGAT
s rheMac2.chr3  165295846 158 - 196418989 TTTCTTGATATTTGAAGGATAGTAATGGAAACTTGGAATTAGCAGTGGCTTTCCTTACTGCGAAGAATGCTAAGACCCCTCAGCAGGAGGAGGCAACTTACTACCAAACAGCACTTCCTGGCAATGATAGATACATCAGTGTGGGAAGCCAGGCAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439706 158 +  48394510 TTTCTTGATATTTGAAGGATAGTAATGGAAACTTGGAATTAGCAGTGGCTTTCCTTACTGCGAAGAATGCTAAGACCCCTCAGCAGGAGGAGACAACTTACTACCAAACAGCACTTCCTGGCAATGACAGATACATCAGTGTGGGAAGCCAAGCAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15858979 158 +  46489110 TTTCTTGATATTTGAAGGATAGTAATGGAAACTTGGAATTAGCAGTGGCTTTCCTTACTGCGAAGAATGCTAAGACCCCTCAGCAGGAGGAGACAACTTACTACCAAACAGCACTTCCTGGCAATGATAGATATATCAGTGTGGGAAGCCAAGCAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=297590.000000
s hg19.chr21     17138456 44 +  48129895 ACAAGTAAGTTTTCTTTCTTTTCTTATTATTTTAATAGAAACAT
s panTro2.chr21  15859137 44 +  46489110 ACAAGTAAGTTTTCTTTCTTTTCTTATTATTTTAATAGAAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439864 44 +  48394510 ACAAGTAAGTTTTCTTTCTTTTCTTATTATTTTAATAGAAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165296004 44 - 196418989 ACAAGTAAGTTTTCTTTCTTTTCTTATTATTTTAATAGAAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-9495.000000
s hg19.chr21     17138500 21 +  48129895 ACTGAAAAACTTTTCTTGGTG
s panTro2.chr21  15859181 21 +  46489110 ACTGAAAAACTTTTCTTGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439908 21 +  48394510 ACTGAAAAACTTTTCTTGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165296048 21 - 196418989 ACTGAAAAACTTTTGTTGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-339321.000000
s hg19.chr21     17138521 86 +  48129895 TAATATATTAATGTTGCTTAAGGAGAGGTAAAGAACCAAAAAAGAACTCTATTAACCTTGGTTCTTTTTAATGTAGTTGAAAGGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15439929 86 +  48394510 TAATATATTAATGTTGCTTAAGCAGAGGTAAAGAACCAAAAGAGAACTCTATTAACCTTGGTTCTTTTTAGTGTAGTTGAAAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15859288 8 +  46489110 CATACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15440345 44 +  48394510 CAAAAGAAAAAAAGAAAAGAAAACTTGGAAAAAGTGTTTTGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17138981 17 +  48129895 AT----ACAAATACGTACATG
s rheMac2.chr3  165296527 21 - 196418989 ATTCACACAAATACATACATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15859662 17 +  46489110 AT----ACAAATACGTACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17138998 34 +  48129895 TGGAAGATTCTATGTGGGACTTAAGTTTTTCTTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61962.000000
s hg19.chr21     17139032 142 +  48129895 ATAATATGAATACTTTATACTTATGTAGCGCACAGTTTTTCAAACTATGTTCAGTTACCTTCATATCTCATTATAGTTTAATAATTGTACTACATAAAAATAGTTACTTTTATGCCTTATGGATTTGCAAAGTTTGATTATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165296582 142 - 196418989 ATAATATGAATACTTTATACTTGTGTAGCACACAGTTTTTCAAACTATGTTCAGTTACCTCCATGTCTCATTATAGTTTAATAATTGTACTACATTAAAATAGTTACTTTTATGCATTATGGATTTACGAAGTTTGATTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165296771 14 - 196418989 AAGTCAGGAAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165296823 90 - 196418989 ttattgataaaatattttaatttttaGTTTTCAGGATAATCTTAGTATTTTTGCTACACAGATGATCTTGTGTCAGAGAAAACTAGAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17139363 400 +  48129895 CTCCTGTCTCACTTAGTTAATAGGTGATGGGAGAATGTTTGTAGCATATATAAGATAGACCTGTTTACTTAACGTCTAAGTTCAAGGCAAGCTGTGACTGggcccccatccacatttctagcctcattttccactgttttcctcctgtcattcaacactgtgataatacagaatggcttgaagttctcatgtactcagtggtatttaatttctctgtctttacatttgctgttccttctgtttgaatgcactctggccttttcctccctagcctaatttgttctggtcttgaaagatttagctaaagagctgcttgctggagaatgtttttcctggcctctagctaggaccaagtgtttctccagcatccagggcatgcttctgtctTAATGAATACTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17139812 57 +  48129895 CACTGAGTTATGTTTGATAATATGTGCAGTAAAGCTCTTTCAAAACCAATGAAAGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15441224 57 +  48394510 CACTGAGTTATTTTTGATAATATGTGCAGTAAAGCTCTTTCAAAACCAATGAAAGGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165297415 117 - 196418989 AATGAAGTTGAGAAGTTTGTTGCAAAAAGTTGAAAGAGAAGTGGTATAAATATCAGACAAATGAGTACTTAATAATATTTCGGATATTTCAAAGTTCCAAGACTCGAGGGGAAAAAG
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a score=-39340.000000
s hg19.chr21     17139986 66 +  48129895 AAACTAGATGGGTGATAAAAGGGAAAAGGATAATTTTGACTAAAATGCTCCTGGTTTAAGTGAAGC
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s ponAbe2.chr21  15441398 66 +  48394510 AAACTAGATGGGTGATAAAAGGGAAAAGGATAATTTTGACTAAAATGTTCCTGGTTTAAGTGAAGC
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s rheMac2.chr3  165297532 66 - 196418989 AAACTAGATGGGTGATAAAAGGGAAAAGGATAATTTTGCCTAAAATATTCCTGATTTAAGTGAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17140052 85 +  48129895 AAGCAGGAAATTGACTAAACAGAGATCATTGTTGTTAGTTGTGAACTCTTAATATAGATGGTATACTTGGTGACATGACATGGTA
s panTro2.chr21  15860733 85 +  46489110 AAGCAGGAAATTGACTAAACAGGGATCATTGTTGTTAGTTGTGAACTCTTAATAGAGATGGTATACTTGGTGACATGACATAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15441464 85 +  48394510 AAGCAGGAAATTGACTAAACAGAGATCATTGTTGTTAGTTGTGAACTCTTAATATAGATGGTGTACTTGGTGACATGACATAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165297598 85 - 196418989 AAATAGGAAATTGACTAAACAGAGATCATTGTTGTTAGTTGTGAACTCTTAATATAGATGGTATACTTGGTGACATGACATAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7576.000000
s hg19.chr21     17140137 105 +  48129895 TATTTATAGAAAAGGGGAAAATTAGGATTATGTGTGTCCTGCACAAAAGAAGATATTTGCTGTGCAAAGTGAGAAAATACTGCATAAGGCAAATGGTTACACCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15441549 105 +  48394510 TATTTATAGAAAAGGGGAAAGTTAGGATTATATGTGTCCTGCACAAAAGAAGATATTTGTTGTGCAAAGTGAGAAAATACTGCATAAGGCAAATGGTTACACCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165297683 105 - 196418989 TATTTATAGAAAAGGGGGAAATTAGGATTGTATGTGTCCTACACAAAAGAAAATATTTGCTGTGCAAAGTGAGAAAATACTGCATAAGGCACGTGGTTACACCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=883876.000000
s hg19.chr21     17140242 97 +  48129895 TTTACGATTTTAGATAGGGAATAGTGAAAATATTATGGAGGACAAAAAAAAATTTTGAATAGGTTCCCTTAGGGAGAAGGCAGCCTAATTTCAGGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-434444.000000
s hg19.chr21     17140339 36 +  48129895 GCACGTGTCTCATTTGCTGATAATTAAAACTTTTTT
s panTro2.chr21  15861020 36 +  46489110 GCACGTGTCTCATTTGCTGATAATTAAAACTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=323201.000000
s hg19.chr21     17140375 37 +  48129895 TGTGTGTTTGTGGATCTCTTGAAAAATATTCACGAGG
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a score=1363450.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15441824 87 +  48394510 TAATTTTATTTTCCACTTGAAAT--AATGTAGAGAAATGAAGTTTCTTATGTCATCTCAACTGATTGTCATATTGAGTAAATTGCTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75263.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17140799 95 +  48129895 TAAAAAAATACTCTTTAAGTGACTGTGCAGTTACTGTTGAGAAGAAATGAAGTCGTGTATTTTTAATTCTTGGAAGATGTGGTAAAACATGAGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442213 93 +  48394510 TAAAAAAATACTCTTTAAGTGACCGTGCAGTTACTGTTGAGAAGAAATGAAGTCGTGTATTTTTAATTCTTGGAAGATGTGGTAAAACGT--GGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165298350 95 - 196418989 TAAAAAAATACTCTTTAAGTGACTGTGCAGTTACTGTTGAGCAGAAATGAAGTCCTGTATTTTTAATTCTTGGAAGGTGTGGTAAAACATGTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15861577 69 +  46489110 AAGGAAAGACAAAATAATTACAAATGGATATACATTCAAATGCAGGCCTCTATTTAAAAAAATCTACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442306 69 +  48394510 AAGGAAAGACAAAATAATTACAAATGGATATATATTCAAATGCAGGCCTCTATTTAAAAAAATCTACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165298445 67 - 196418989 AAGGAAAGAGAAAATAATTACAAATAGATAT--ATTCAAATGCAGGTCTCTATTAAAAAAAATCTACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442375 37 +  48394510 AACTGCTGTAGGAATGTAGAAGAATAGATGAGAGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165298512 37 - 196418989 AACTGCTGTAGGAATGTGGAAGAATAGATCAGAGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

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s panTro2.chr21  15861683 17 +  46489110 GAGTTTTCAAGGGATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=710956.000000
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s panTro2.chr21  15861700 62 +  46489110 TTGTAGATGTAAAAACCCTTTTTGAGCACTTTCTCCATTTTGTGTGAAATACATTGTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442429 62 +  48394510 TTGTAGATATAAAAACCCTTTTTGAGCACTTTCTCCATTTTGTGTGAAATACATTGTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15861762 19 +  46489110 AAAGGTTGACCACAGTTTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35494.000000
s hg19.chr21     17141126 36 +  48129895 TTTTATTTTCAG-TTTTTTTCCATTCTTCTTTTTGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=99001.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442575 65 +  48394510 GTATAAAATCTCTTAAAACCAGGGCTAAAGCAGAAACAAAGTCATGCTAACTTTAAGTGATACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165298713 65 - 196418989 GTATAAAATCTCTTAAAACCAGGGCTAAAGCAGAAACAAAGTCATGCTAACTTTCAGTATATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

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s hg19.chr21     17141227 65 +  48129895 TTGGTTGCAGTGCTGACAAAACGTCTGTCTTCTGAAATCGAAATCTCTAATACCAAATACATATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442640 65 +  48394510 TTGGTTGCAGTGCTGACAAAACGTCTGTCTTCTGAAATAAAAATCTCTAATACCAGATACATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165298781 65 - 196418989 TTGGTTGCAGTGCTGACAAAACATCTGTCTTCTGAAATAAAAATCTCTAATACCAAATACATATG
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

a score=114629.000000
s hg19.chr21     17141292 45 +  48129895 CCTCTTTGTTGATATTAGCTGGAATATCACTGTTTACAATGGACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442705 45 +  48394510 CCTCTTTGTTGATGTTAGCTGGAATATCACTGTTTACAATGGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165298846 44 - 196418989 CCTC-CTGTTGATATGAGCTGGAATATCACTGTTTACAATAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=92071.000000
s hg19.chr21     17141337 50 +  48129895 GTTTCTTTTAGAAGGAATAAA---------TTTTTTTTTTGCTGACTAGAAAAATTTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442750 52 +  48394510 ATTTCTTTTAGAAGGAATAAA-------CTTTTTTTTTTTGCTGACTAGAAAAATATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165298890 59 - 196418989 GTTTCTTTCAGAAGGAATAAAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTGACTAGAAAAATGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=159621.000000
s hg19.chr21     17141387 35 +  48129895 TTTTTAAACTAATATCACATGGAAGTTATATTTGG
s panTro2.chr21  15862071 35 +  46489110 TTTTTAAACTAATATCACATGGAAGTTATATTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108374.000000
s hg19.chr21     17141422 40 +  48129895 GGCATATGGAGAAATTTTTGTTTATGCATACCTGGTGTGT
s panTro2.chr21  15862106 40 +  46489110 GGCATACGGAGAAATTTTTGTTTATGCATACCTGGTGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442837 40 +  48394510 GGCATACGGAGAAATTTTTGTTTATGCATACCTGGTGTGT
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s rheMac2.chr3  165298984 40 - 196418989 GACATATGGAGAAATTTTTGTGTATGCATACCTGGTATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=721942.000000
s hg19.chr21     17141462 109 +  48129895 CAGAGGCTAAACTATATTATGTCACTGGATTTGAAAAACAATTTGTGAGCCTTCCTTTAATATTGAAGAAGTAAATATATTTTCAATAGTTAGTAGGACAATTATATGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15442877 108 +  48394510 CAGAGGCTAAACTGTATTATGTCACTGGATTTGAAAAACAATTTGTGA-CCTTCCTTTAATATTGAAGAAGTAAGTATATTTTCAATAGTTAGTAGGACAATTATATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165299024 105 - 196418989 CAGAGGCTAAACTAAATTATGTGACTGGATTTGAAAAACAATTTGTGAGCCTTCCTTTAATATTGAAGAAGTAAATATATTTTCAGTAGTT----GGACAATTATATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=782258.000000
s hg19.chr21     17141571 74 +  48129895 CTTTTTGGTGTACTTTTTACCTTTCACTTTTGAGAGAAAAAGGAGACATATCAAAGAAATCTTGTGCTCTGCAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=482893.000000
s hg19.chr21     17141645 82 +  48129895 AAAAAAGAATTTAGAAGTCGTACACCTCATGTCT-----TTACTTGATTACATTCCATACTGTAATTCTGTTGAATTCTGGAAAAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=533786.000000
s hg19.chr21     17141727 96 +  48129895 GCCCAAATCATTTGTACTATAATTAGCAAACGTACTAGGTAACATTTTTTATTATTTGGACCTCTGTTCAGATCAGATCAAATATTATAGATTGTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=758525.000000
s hg19.chr21     17141823 75 +  48129895 AAATGAGTGCCTGTTGTCCCTGGCTTAAATTGAGAATAAAATTGTTTTGGAGTTTTGCTGTCAAAAACACAAATG
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a score=266777.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15444282 119 +  48394510 CTCATTTTCCTTACTTACCACTGCTACCACTGTGATTTTAGCAGCTATTATTAAAAACAGAACTAGACCATTTAAAGctgagctgttcaatatagttaccactagtcacacatggcaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165300448 119 - 196418989 CTCATTTTCCTTACTTACCAATGCTGCCACTGTGATTTTAGCAGCTATTATTAGAAACAGAACTAGACCATTTAAAGctgagctgttcaatacagttgccactagtcacacatggcaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=340463.000000
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a score=29019.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163311.000000
s hg19.chr21     17143411 35 +  48129895 tgtctaatatgtagcaagtacttttatagaccatt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15444815 35 +  48394510 tgtctaatatgtagcaagtacttttatagaccatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165300980 35 - 196418989 tgtctaatatgtagcaagtacttttatggaccatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=28169.000000
s hg19.chr21     17143446 51 +  48129895 aagaaagcatgcagagcctcagtttacatagaggaaagacagtacacagta
s panTro2.chr21  15864117 51 +  46489110 aagaaagcatgcagagcctcagtttacatagaggaaagacagtacgcagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15444850 51 +  48394510 aagaaaacatacagagccttagtttacatagaggaaagacagtacacagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301015 51 - 196418989 aagaaaccatacagagtctcagtttacatagagggaagacagtacacagta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=422088.000000
s hg19.chr21     17143497 60 +  48129895 aacaaacagtatcagatagtaataagtcgttcatgaagaacagtagacctggatatagac
s panTro2.chr21  15864168 60 +  46489110 aacaaacagtatcagatagtaataagtagttcatgaagaacagtagacctggatatagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15444901 60 +  48394510 aacaaacagtatcagatagtaataagtagttcatgaagaacagtagacctggacatggac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301066 60 - 196418989 aacaaacagtgtcagatagtaataagtagttcctgaagaacagtggacctggacatagac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-84363.000000
s hg19.chr21     17143557 55 +  48129895 aaagaa-gtgatgggggtgtgcttgtgGGCTGGGCATAGGATAATATGTGATTTTA
s panTro2.chr21  15864228 52 +  46489110 a---aa-gtgatgggggtgtgcttgtgggctgggcataggataatatgtgatttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15444961 55 +  48394510 aaagaa-gtgatgggggtgtgcttgtgGGCTGGGCATAGGATAATATGTGATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301126 56 - 196418989 agagaaggtggtgggggtgtgcttgtcggctgggcataggatgatacgtgatttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-69285.000000
s hg19.chr21     17143612 22 +  48129895 GGTAGTGTGGAAGAGCTCATAT
s panTro2.chr21  15864280 22 +  46489110 ggtagtgtggaagagctcatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445016 22 +  48394510 GGTAGTGTGGAAGAGCTCATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301182 19 - 196418989 agtagtgtagaagagctca---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-58352.000000
s hg19.chr21     17143634 35 +  48129895 TTGAGGAACAGTAGACCtggacatagacaaacaag
s panTro2.chr21  15864302 35 +  46489110 ttgaggaACAGTAGACCTGGACATAGACAAACAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445038 35 +  48394510 TTGAAGAACAGTATACCTGGACATAGACAAACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165301201  0 - 196418989 C

a score=-333575.000000
s hg19.chr21     17143669 67 +  48129895 tgatgggggtgtgcttgtgggctgggcataggataatatgtgattttaggtagtgtggaagagctcg
s ponAbe2.chr21  15445073 62 +  48394510 TGATGGGGGTGTGCTTGTCGGCTGGGCATAGG-----ATGTGATTTTAGGTTGTGTGgaagagctca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15864337 67 +  46489110 TGATGGGGGTGTGCTTGTCTGCtgggcataggataatatgtgattttaggtagtgtggaagagctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165301201  0 - 196418989 C

a score=469212.000000
s hg19.chr21     17143736  99 +  48129895 tatttgtacagatacctgagcgaagtgtgagcatgaac-ttttggctctctgaaggttgtgcgtcccagaccagggcctgatggggcagtgtgctggccc
s panTro2.chr21  15864404  99 +  46489110 tatttgtacagatacctgagtgaagtgtgagcatgaac-ttttggctctctgaaagttgtgcatcccagaccagggcctgatgcagcagtgtgttggccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445135  99 +  48394510 tatttgtacagatacctgagcgaagtgtgagcatgaac-ttttggctctctgaaagttgttcatgccaggccagggcctgatgcagcagtgtgttggccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301201 100 - 196418989 tatttgtacagacacctgagcgaagtgtgagcatgaactttttggctttctggaagttgtgcatcccaggtcagggcctgatgcagcagtgtgttggccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246417.000000
s hg19.chr21     17143835 46 +  48129895 tcgagatgaatagtgaggacacagccttgttgaagctgaatgagcg
s panTro2.chr21  15864503 46 +  46489110 tcgagatgaatagtgaggacacagccttgttgaagctgaatgagcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445234 46 +  48394510 tcgagatgaatagtgaggacacagccttgttgaagctgaatgagcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301301 46 - 196418989 tcgagatgagtggtgaggacacaaccttgttgaagctgaacgagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=325891.000000
s hg19.chr21     17143881 33 +  48129895 agggtaggaatggcagTATTCTCGTTTCTGATC
s rheMac2.chr3  165301347 32 - 196418989 agggcaggagtggcagC-TTCTCGTTTCTGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445280 33 +  48394510 agggtaggaatggcagTATTCTCGTTTCTGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15864549 33 +  46489110 agggtaggaatggcagTATTCTCGTTTCTGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-162542.000000
s hg19.chr21     17143914 65 +  48129895 TCTTGCTGCACATCCTGATGTTCATATTTGCCTTTCTTTCTTAAGGGTATTTCCATTCTTCTGGT
s panTro2.chr21  15864582 65 +  46489110 TCTTGCTGCACATCCTGATGTTCATATTTGCCTTTCTTTCTTAAGGGTATTTCCATTCTTCTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445313 65 +  48394510 TCTTGCTGCACATCCTGATGTTCATATTTGCCTTTCTTTCTTAAGGGTATTTCCATTCTTCTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301379 65 - 196418989 TCTTGCTGCACATCCTGATGTTAATATTTGCCTTTCTTTCTTAAGGGTATTTCCATTCTTCTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-382383.000000
s hg19.chr21     17143979 31 +  48129895 GGTCCAGGGTATTTTTTTTTTCTTTTTTTTT
s panTro2.chr21  15864647 28 +  46489110 GGTCCAGGGTAtttttttt---ttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445378 25 +  48394510 GGTCCAGGGTATTGTT------TTGTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301444 26 - 196418989 GGTCCAGGGTTTTGTTT-----TGTTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-176515.000000
s hg19.chr21     17144010 36 +  48129895 CCTTTTAATAGCTCTTCTGTCAATCTCCCAAAACAA
s panTro2.chr21  15864675 36 +  46489110 tcttttAATAGCTCTTCTGTCATTCTCCCAAAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445403 36 +  48394510 TCTTTTAATAGCTGTTCTGTCAGTCTCCCAAAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301470 36 - 196418989 TCTTTTCGTAGCTCTTCTATCAATCTCCCAAAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201396.000000
s hg19.chr21     17144046 75 +  48129895 CCATTTGGTTTGCAGATCTGTCAGTTTTTGTATGTAGACTTTTCCCTTCAGTTACTCCTGCCCTGCTACATATTC
s panTro2.chr21  15864711 75 +  46489110 CCATTTGGTTTGCAGATCTGTCAGTTTTTGTATGTAGACTTTTCCCTTCAGTTACTCCTGCCCTGCTACATATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445439 75 +  48394510 CCATTTGGTTTGCAGATCTGTGAGTTTTTGTATGTAGACTTTTGCCTTCAGTTACTCCTGCCCTGCTACATACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301506 75 - 196418989 CCATTTGGTTTGCAGATCTGTCAGTTTTTATATGTAGACTTTTCCCTTCAGTTACTCCTGCCCTGCTACATATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-102250.000000
s hg19.chr21     17144121 10 +  48129895 TTATTGCAAC
s panTro2.chr21  15864786 10 +  46489110 TTATTGCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445514 10 +  48394510 TTATTGCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301581 10 - 196418989 TTATTGCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-364369.000000
s hg19.chr21     17144131 49 +  48129895 GCTTCTCAAACTCTTCACTACCCAGTTTTTTTCTG-TCTTGCACTCCCTT
s panTro2.chr21  15864796 49 +  46489110 GCTTCTCAAACTCTTCACTACCCAGTTTTTTTCTG-TCTTGCACTCCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445524 50 +  48394510 GCTTCTCAAACTCTTCACTACCCAGTTTTTTCCTGCTCTTGCACTCCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301591 48 - 196418989 TTTTCTC--ACACTTCACTACCCAGTTTTTTTCTGCTCTTGCACTCCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=548865.000000
s hg19.chr21     17144180 43 +  48129895 GCTTAGAAATCTTTGCTGACAGTAAATATAAACTTGGCTTA-------TT
s panTro2.chr21  15864845 42 +  46489110 ACTTAGAAGTCTTTGCTGACAGTAAATATAAACTTGGCTT--------TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445574 50 +  48394510 ACTTAGAAATCTTTGCTGACAGTAAACATAAACTTGGCTTATTTTTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301639 42 - 196418989 ACTTAGAAATCTTTGCTGACAGTAAATATAAACTTGGCTT--------AT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=406474.000000
s hg19.chr21     17144223 151 +  48129895 TTTTTTAAAAAAAGTATTTCCTCTTGGTTTAGCCTGTGTAGATAAGGAAAAACAATGGAAGAACTCTTTTTTTCTTCTGAATTCAAAATATTTACatatataatagttcagctagattatgggccaactaggcttttgtgaacttacttag
s panTro2.chr21  15864887 151 +  46489110 TTTTTTAAAAAAAGTATTTCCTCTTGGTTTAGCCTGTGTAGATAAGGAAAAACAATGGAAGAACTCTTTTTTTGTTCTGAATTCAAAATATTTACATATATAATAGTTCAGCTAGATTATGGGCCAACTAGGCTTTTGTGAACTTACTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445624 128 +  48394510 TTTTTT----AAAGTGTTTCCTCTTGGTTTAGCCTGTGTAGATAAGG-AAAACAATGGAAGA--CTCTTTTTTCTTCTGAATTCAAAATATTTACATATATAATAGTTCAGCTAGATTATGTG----------------AAACTTACTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301681 145 - 196418989 TTTTTT-----AAGTATTTCCCGTAGGTTTATTCTATATAGATAAGG-AAAACAGTGGAATAACTCTTTTTTTCTTCTGAATTCAAAATCTTTACATATATAATAGTTCAACTAGATTATGGGCCAACTAGGCTTTTGTGAACTTACTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-141833.000000
s hg19.chr21     17144374 34 +  48129895 aaacctGAGGTTCAAGTAAGATTCACTTACATAA
s panTro2.chr21  15865038 34 +  46489110 AAACCTGAGGTTCAAGTAAGATTCACTTACATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445752 34 +  48394510 AAACCTGAGGTTCAAGTAAGATTCACTTACATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301826 34 - 196418989 AAACCTGAGGTTCAAGTAAGATTCACTTACATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=358880.000000
s hg19.chr21     17144408 53 +  48129895 TTCACGTTCCTATTTAATATAATATTTTCATGGGAAAGTGAATTATGAGTTAT
s panTro2.chr21  15865072 53 +  46489110 TTCACGTTCCTATTTAATATAATATTTTCATGGGAAAGTGAATTATGAGTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445786 50 +  48394510 TTCATGTTCCTATTTAAT---ATATTTTCATGGGAAAGTGAATTATGAGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301860 53 - 196418989 TTCACATTCCCATTTAATATAATATTTCCATGGGAAAGTGAATTATGAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248419.000000
s hg19.chr21     17144461 54 +  48129895 AAACAATGCATATATTTTGTTTGAAGTCTAGTTCATTGATAAGTTGATGACTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445836 54 +  48394510 GCACAATGCATATATTTTGTTTGAAGTCTAGTTCATTGATAAGTTGATGACTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301913 54 - 196418989 GAGCAATGCATATATTATGTTTGAAGTCTAGTTCATTGATAAGTTGTTGACTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=326416.000000
s hg19.chr21     17144515 30 +  48129895 CATATATTTTGGAGTTAGCAGAGAAATGTT
s panTro2.chr21  15865179 30 +  46489110 CGTGTATTTTGGAGTTAGCAGAGAAATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445890 30 +  48394510 CATATATTTTGGAGTTAGCAGAGAAATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165301967 30 - 196418989 CATGTATTTTGGAGTTAGCAGAGAAATGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=56830.000000
s hg19.chr21     17144545 27 +  48129895 TGGTAGTTGGTGTATAAGTTTTACTCA
s panTro2.chr21  15865209 27 +  46489110 TGGTAGTTGGTGTATAAGTTTTACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15445920 27 +  48394510 TGATAGTTGGTGTATAAGTTTTACTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 11
s rheMac2.chr3  165301997 27 - 196418989 TGGTAGTTGGTGTATAAGTTTTACTCA
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=92150.000000
s hg19.chr21     17144572 22 +  48129895 TGGTATTCCTTTGTAAGTGAAA
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i rheMac2.chr3  I 2 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15445947 11 +  48394510 I

a score=502450.000000
s hg19.chr21     17144594 61 +  48129895 GATTTAGTAGGATGAGTATCACGTTTTGATATATATTTCTCACTTTACAGGAAAAATGTTT
s rheMac2.chr3  165302048 61 - 196418989 GATTTGGTAGGATGAGTATCATGTTTTGGTATATATTTCTGACTTTACAGGAAAAATGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  15865258 61 +  46489110 GATTTAGTAGGATGAGTATCACGTTTTGATATATATTTCTCACTTTACAGGAAAAATGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15445947 11 +  48394510 I

a score=233434.000000
s hg19.chr21     17144655 81 +  48129895 TAATTTGGACTCTCATAAAAATGTAGATTACTGCTTAGATGCATTTGTAACATGATTTTATACAGTGGCACCCAGCTAACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165302109 81 - 196418989 TAATTTGGACTCTCTTAAAAATGTAGATTACTGCTTAGATGCATTAGTAACATGATTTTATACAGTGGCACCCAGCTAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=347213.000000
s hg19.chr21     17144736 90 +  48129895 GTTCCCATGTGTGTGCTGTTGAATTGTATTCACGCTAATACTAGAGGGAGAGTTGGTTAAAAATAATGTTTTTAGTGTTTTACCAAGGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165302190 90 - 196418989 CTTCCCATGTGTGTGCTATTGAATTGTGTTCACGCCAATACTAGAGGGAGGGTTGGTTACAAATAATGTTTTTAGTGTTTTACCAAGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=366638.000000
s hg19.chr21     17144826 45 +  48129895 TTGCCTTGACACAGATATGAGAATATTAATAATGCTCTGGCATTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-32467.000000
s hg19.chr21     17144871 23 +  48129895 AGATGGAAGTTTTACAAAGGCTA
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i ponAbe2.chr21 I 11 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15447608 153 +  48394510 ccattaatgtttcttgctttttggatggatcttttacccatgcatgattttgtaacactgtgcattggtaatttgaaaagatttctgtttaaatgcttgaagaatgtctactataagaaaaagttgaatttgttaatatcaccactcatatac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15867351 54 +  46489110 aagcctttaagtattgagaagatatcaagctcacagtggtagaaacaagttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15447761 54 +  48394510 aaacctttaagtattgagaagatatcaagctcacagtggtagaaacaagttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15867778 166 +  46489110 tttaaaacagtgagtgtgtatatttgtgactaatacaatgaattacgcaacttggtgctgctgccttgatttgtgctaagatgcagccgttttattcgatattgttttgcatcattggtgcaaatgtggctacagtacaaaaggcaaataatatctgagtattatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15448188 166 +  48394510 tttaaaacagtgagtgtgtatatttgtgactaatacaatgaattatgcaacttggtgctgctgccttgatttgtgctaagatgcagcagttttattcaatattgttttgcatcattggtgcaaatgtggctacagtacaaaaggcaaataatatctgagtattatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 12

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s hg19.chr21     17148052 32 +  48129895 ttgccacccccccccccccccgcccccgctgc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165305497 12 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=420923.000000
s hg19.chr21     17158404 324 +  48129895 gattaaattgagaagaaatgg--aaaaaataagcagaccacaacgagtgggagaattgaataactgctaaagcctgacataaagatc------cctagtttctgatggctacattgctgaagtgtgtcaaacatttaaggaacaactaatattaattctcaaactattccagaaaattaaagaggagggaatacttccaaactcattttatgaggccagcattaccctgattcaaaaactagacaaggacacaacaaaaag-aa----acaggccaatatccctgatcaacctagatgcagaaattctcaacaagattctagcacgtccgattcaac
s panTro2.chr21  15879057 323 +  46489110 gattaaattgagaagaaatgg--aaaaaatgagcagaccacaatgagtgggagaattgaataactgctaaagcctgacataaagatc------cctagtttctgatggctacattgctgaagtgtgtcaaacatttaa-aaacgactaatattaattctcaaactattccagaaaattaaagaggagggaatacttccaaactcattttatgaggccagcattaccctgattcaaaaacgagacaaggacacaacgaaaag-aa----acaggccaatatccctgatcaacctagatgcagaaattctcaacaagattctagcaagtccgattcaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15459556 324 +  48394510 ggttaaattgagaagaaatgg--aaaaaatgagcagaccacaatgagtgagaaaattgagtaactgctaaagcctgacataaagatc------cctagtttctgatggctgcattgctgaagtgtgtcaaacatttaaagaacaactaatattaattctcaaactattccagaaaattaaagaggagggaatacttcc-atctcattttatgaggccaacattaccctgattcagaaactagacaaggacacaacaaaaagaaa----acaggccaatatccctgatcaacctagatgcagaaattctgaacaagattctaggaagtccgattcaac
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2244
s rheMac2.chr3  165315791 333 - 196418989 gattaaattgaggagaaatggaaaaaaaataagcagaccacaatgagtgagagaattg---aactactgaagcctgacataaaaaaaaaaaagcccagtttctgatggctacattgctgaagtctatcaaacatttaaagagcaactaatattaattctcaaactattctggaaaattagagaggagggaatactttcagactcattttatgaggccagcattaccctgattcaaaaactagacaaggatacaacaaaaag-aaaactacaggccactatccctgatgaacctagatgcagaaattctcaacaagattctagcaagcccagttcaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=128952.000000
s hg19.chr21     17158728 84 +  48129895 ggcatattaaaaacatcatccactatgatcgagattcatcccagagatggagggatggttcaacatacacaaatcaataaatgc
s panTro2.chr21  15879380 84 +  46489110 ggcatattaaaaacatcatccactatgatcgagattcatcccagagatgcagggatggctcaacatacacaaatcaataaatgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15462124 84 +  48394510 agcatattaaaaacatcatccactatgatcgagattcatcccagagatgcagggatggttcaacatacacaaaccaataaatgc
i ponAbe2.chr21 I 2244 C 0
s rheMac2.chr3  165316124 84 - 196418989 agcatattaaaaacgtcatccactgtgatcagggttcatcccagagatgcagggatggttcaacatacacaaatcaataaatgt
i rheMac2.chr3  C 0 I 37

a score=76968.000000
s hg19.chr21     17158812 83 +  48129895 gatacatcacagtaacaaagagaacggaaaccatataatttcagtagatacagaaaaaagcacattacaaagtttaacatccc
s ponAbe2.chr21  15462208 83 +  48394510 gatacatcgcagtaacaaagagaacgaaaaccatataatttcagtagatacagaaaaaagcacgttacaaagtttaacattcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15879464 83 +  46489110 gatacatcacagtaacaaagagaacggaaaccatataatttcagtagatacagaaaaaagcacgttacaaagtttaacatccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165316208 37 - 196418989 I

a score=392142.000000
s hg19.chr21     17158895 298 +  48129895 ttcatgataaaaactctcaaaatagatatagaaagtatgtacctcaacacggtaaagaccatagttgagaaacccacagctagtagtatactgaatgcagaaaaaaatgaaagcttttccactaagatcaagaacctaacaaagatgcccacttccaccaatcctattcaacatagtactggaagtcttagagcagttaggcaggggaaagaaataaaagacatcaaaattggaaaggagaaagtaaaattgtctctgtttccagatgatatgatcttaaatatagaaagccctaaag
s panTro2.chr21  15879547 298 +  46489110 ttcgtgataaaaactctcaaaatagatacagaaagtatgtacctcaacacggtaaagaccatagttgagaaacccagagctagtagtatactgaatgcagagaaaaatgaaagcttttccactaagatcaagaacctaacaaagatgcccacttccacgaatcctattcaacatagtactggaagtcttagagcagttaggcaggggaaagaaataaaagacatcaaaattggaaaggagaaagtaaaattgtctctgtttccagatgatatgatcttaaatatagaaagccctaaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15462291 298 +  48394510 ttcatgataaaagctctcaaaatagatacagaaagtatgtacctcaacacaataaagaccatagttgagaaacccacagctagtagtgtactgaatggggaagaaaatgaaagcttttccactaagatcaagaacctaacaaagatgcccacttccaccaatcctattcagcatagtactggaagtcttagagcagttaggcaggagaaagaaataaaagacatcaaaattggaaaggagaaagtaaaattgtctctgtttccagatgatatgatcttaaatatagaaagcactaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165316245 290 - 196418989 ttcatgataaaa-ctctcaaaatagatagagaaagtatgtacctcaacacaataaagaccatagttgagaaacctacagctagtagtatgctgaatagggaaaaaaatgaaagcttttccattaagatcaagaacctaacaaagctgcacacttccagcaatcctattcaacatagtaatggaagtatttgagcggttaggcaggagaaggaaataaaagacatcgaaattggaaaggagaaagtaa-------tctgttttcagatgatatgatcttaaatatagaaaaccctaaag
i rheMac2.chr3  I 37 C 0

a score=114596.000000
s hg19.chr21     17159193 103 +  48129895 agttcaccaaaaaactgct---acaactcataagtgaattcagtaaaagtgtaggacacaaaattaacacacaaaaatcagcacttctatatgctaacggtgagtt
s panTro2.chr21  15879845 106 +  46489110 agttcaccaaaaaactgctacaacaactcataagtgaattcagtaaaagtgtaggacacaaaattaacacacaaaaatcagcacttctatatgctaacggtgagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15462589 103 +  48394510 agttcaccaaaaaactgct---acaactcgtaagtgaattcagtaaaagtgtaggacacaaaattaacacacaaaaatcagtgcttctatatgctaatggtgagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165316535 103 - 196418989 agttgaccagaaaactgct---agaactcataaatgaattcagtaaagttgtaggacacaaagttaatgtacaaaaatcagcacttgtatatgctaattatgagtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266475.000000
s hg19.chr21     17159296 195 +  48129895 atttgaaaaaataagaaaacaatttcatttacaagagctacaaaaaatctagata-cctaagaataaacttaaccaaagagataaaagatctctacactgaaagctataaaacattgaggaaagaaatataagacacaaacaaatggaagtagatcgtatgttcatggattagaagaattaa---tgttaaaatggcca
s panTro2.chr21  15879951 198 +  46489110 atttgaaaaaataggaaaacagtttcatttacaagagctacaaaaaatctagata-cctaagaataaacttaaccaaagagataaaagatctctacactgaaagctataaaacattgaggaaagaaatagaagacacagacaaatggaaatagatcatatgttcatggattagaagaattaatattgttaaaatggcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15462692 198 +  48394510 atttgaaaaattaagaaaacaatttcatttacaatagctacaaaaaatcaagata-cctaagaataaacttaaccaaagagataaaagatctctacactgaaaactataaaacattgaggaaagaaatagaagacacaaacaaatggaaatacgtcatatgttcatggattagaagaattaatattgttaaaatggcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165316638 192 - 196418989 atttgaaaaattaagaaaa---tttcgtttacaatagctacaaaaaatcaagataccctaagaataaattt----aaagagataaaagatctctacactgaaaactataaaacattgagcaaagaaatagaagacacaaacaagtggaaatacatcatatgttcatggattagaagaattaatattgttaaagtggcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=169491.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165316830 122 - 196418989 tactacctaaagtcatctccagactt-actgcagtccgtatcaaaattccagtgacccttcagagaattagaaaagacaatcccgtaaattcatatggaaccacaagagagcccaaatagcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=279528.000000
s hg19.chr21     17159613 167 +  48129895 aagcaagcctgaacaaaaggaacaaaaggtagaggcatcactacttgacttccaaatgtactgctagaatatagtaaccaaaacaatgatattggtgtaaaaaacagacacatagaccagtggaacaaaatagagagcccagaaatggacacacctacagccaactg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463013 167 +  48394510 aaacaagcctgaacaaaaggaacaaaaggtagaggcatcactacctgatttccaaatgtactgctagaatatagtaaccaaaacaatgatattggtgtaaaaaacagacacataaaccagtggaacagaatagagagcccagaaatggacacacctacagccaactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165316952 162 - 196418989 aagcaagcctg-acaaaaggaacaaaagctagaggtgtcactacctgacttccgaatatactgctagaatatagtaagcaaaacaatgacattggtgtaaaaaacagacacatagaccagtggaacagaat----agcccagaaatggacacacctacagccaactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=66944.000000
s hg19.chr21     17159780 33 +  48129895 atttttgacaaaAACTGTTAACTggagtaaatc
s rheMac2.chr3  165317114 33 - 196418989 atttttgacaaaAACTGTtacctggagtaaatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463180 33 +  48394510 atttttgacaaaAACTGTTAACTggagtaaatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15880438 33 +  46489110 atttttgacaaaAACTGTTAACTggagtaaatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=56817.000000
s hg19.chr21     17159813 16 +  48129895 taagaaatgtacaaga
s rheMac2.chr3  165317147 16 - 196418989 taagaaatatacaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463213 16 +  48394510 taagaaatgtacaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15880471 16 +  46489110 taagaaatgtacaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=230989.000000
s hg19.chr21     17159829 54 +  48129895 acttccaggaagaaaatgattaaatatcattaagacacattaaagaatacataa
s panTro2.chr21  15880487 54 +  46489110 acttccaggaagaaaatgattaaacatcattaagacacattaaagaatacataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463229 54 +  48394510 acttccaggatgagaatgattaaacatcattaagacacattaaagaatacataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165317163 54 - 196418989 acgtccatgaagaaaatgattaaacatcattaagacacattaaagaatacataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=171888.000000
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s panTro2.chr21  15880541 38 +  46489110 atattttgaaacattcgctgtttcatgaattggaa----gac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463283 38 +  48394510 atattttgaaacatacactgtttcatgaattggaa----gac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165317217 42 - 196418989 atattttcaaacatacgctgtttcatgaattggaatactgac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292543.000000
s hg19.chr21     17159921 99 +  48129895 cattgttaaactggtcggttcttcttaaattgatttatgggtttagtttgatcccaattaaaaataccgttagttttgtttttgCTTTTTTAGGAAATC
s rheMac2.chr3  165317259 98 - 196418989 catcgtcaaactggtcagttcttcttaaattgatttatgggtttagtttgatcccaatt-aaaatacccttagttttgtttttgCTTTTTTAGGAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463321 98 +  48394510 cattgttaaactggtcagttctttttaaattgatttatgggtttagtttgatcccaattaaaaataccattagttttgtttttgCTTTTTTAGGAAAT-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15880579 99 +  46489110 cattgttaaactggtcagttcttcttaaattgatttatgggtttagtttgatcgcaattaaaaataccattagttttgtttttgCTTTTTTAGGAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-112014.000000
s hg19.chr21     17160020 26 +  48129895 AAATGAGATGTTTCATTACCCGCCGC
s panTro2.chr21  15880678 26 +  46489110 AAATGAGATGTTTCATTACCCACCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463419 26 +  48394510 AAATGAGATGTTTCATTCCCCACCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  165317357 18 - 196418989 AAATGAGATGTCTC--------CCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-424.000000
s hg19.chr21     17160046 4 +  48129895 CCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  165317375 4 - 196418989 CCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=253506.000000
s hg19.chr21     17160050 30 +  48129895 TTTTTTTTTCTTTGTAGTTGATCTATACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463450 30 +  48394510 TTTTTTTTTCTTTGTGGTTGATCTATACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165317379 30 - 196418989 CTTTTTTTTCTTTCTGGTTGATCTATATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17160080 102 +  48129895 CTTAAAGTGTATGCATGTTTCTCAGTGAGTGTAATACTTCCCAAAAAGGGGCTTAGGTGAGCTATGAAGTGGGATATTTTCAGTATTACTGCTATAGGCAAT
s panTro2.chr21  15880738 100 +  46489110 CTTAAAGTATATGCATGTTTCTCAGTGAGTGTA--ACTTCCCAAAAAGGGGCTTAGGTGAGCTATGAAGTGGGATATTTTCAGTATTACTGCTATAGGCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463480 102 +  48394510 CTTAAAGTATATGCATGTTTCTCAGTTAGTGTGATACTTCCCAAAAAGGGGCTTAGGTGAGCTATAAGGTGGGATATTTTCAGTATTACTGCTATAGGCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165317409 102 - 196418989 CTTAAAGTATATGCTTGTTTCTCAGTGAGTGTAATACTTCCCAAAAAGGGGCTTAGGTGAGCTATAAAGTGGGATATGTTCAGTATTACTGCTATAGGCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-245806.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165317576 98 - 196418989 AAAATTTAATGGAAACATGAACATCTACCATATGTAAATGCTTTAAACATTTAGTGTAGTGTGTGGAAGGAAAAGAGGCAGCAAAACATTTTGTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=340783.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165317674 71 - 196418989 TTTTTATATTGCTTAATACCAAGGTCATGACCAATTTTGAGAAGATAAAGCAAGGTGATAGGTCAGGCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251398.000000
s hg19.chr21     17160527 25 +  48129895 TAGCCACTGCATGTCTTATACTTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463932 25 +  48394510 TAGCCACTGCATGTCTTATACTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165317862 25 - 196418989 TAGCTATTACATGCCTTATACTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=381294.000000
s hg19.chr21     17160552 64 +  48129895 GAGCTTGGGTAGTATCATTGGAAAGGCCAGGGGAGGAACCCTTATGCAGGATTTTGCTTTATAA
s panTro2.chr21  15881205 64 +  46489110 GAGCTTGGGTAGTATCATTGGAAAGGCCAGGGGAGGAACCCTTATGCAGGATTTTGCTTTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15463957 64 +  48394510 GAGCTTGGGTAGTATCATTGGAAAGGCCAGGGGAGGAACCCTTATGCAGGATTTTGCTTTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165317887 63 - 196418989 GAACTTGGGTGGTATCATTGGAAAGGCC-GGGAAGGAACCCTTATGCAGGATTTTGCTTTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=418834.000000
s hg19.chr21     17160616 91 +  48129895 AAAGTTTGGATTTATGGTGCCAGTACTAGATTATAGAAGGGGATCAGGTGGAGCAATAGAGCAGTATTGGAGCTAGAGATTGGCTTTTGCA
s panTro2.chr21  15881269 91 +  46489110 AAAGTTTGGATTTATGGTGCCAGTACTAGATTATAGAAGGGGATCAGGTGGAGCAATAGAGCAGTATTGGAGCTAGAGATTGGCTTTTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15464021 91 +  48394510 AAAGTTTGGATTTATGGTGCCAGTACTAGATTATAGAAGGGGATCAGGCGGAGCAATAGAGCAGTATTGGAGCTAGAGATTGGCTTTTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 M 743
s rheMac2.chr3  165317950 91 - 196418989 AAAGTTTGGATTTATGGTGCCAGTACTAGATTACAGAAGGGGATCAGGCGTAGCAATAGAGCAGTATTTGAGCTAGCGGTTGACTTTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-92432.000000
s hg19.chr21     17160707  17 +  48129895 ATCAGTCAGTCAATCAA
s panTro2.chr21  15881360  17 +  46489110 ATCAGTCAGTCAATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318041  13 - 196418989 ----ATGAGTCAATCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15464112 743 +  48394510 M

a score=201914.000000
s hg19.chr21     17160724  70 +  48129895 TAACCAAGAAGTAGCAGCATTTAATATCTTCATCATCCATTTACTTTAAAAACGTGTTTATCACTCATT-T
s panTro2.chr21  15881377  70 +  46489110 TAACCAAGAAGTAGCAGCATTTAATATCTTCATCATCCATTTACTTTAAAAACGTGTTTATCACTCATT-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318054  71 - 196418989 TAACCAAGAAGTAGCAGCATTTAATATCTTAATCATCCATTTACTTAAAAAACGTGTTTATCCCTCATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15464112 743 +  48394510 M

a score=300004.000000
s hg19.chr21     17160794  71 +  48129895 ATAATGTTTGCTCTAGAGGTAAAGCAAATTCTTGTTTCTACTTTTCAGACACTGATTGGAGACACTGGTTG
s panTro2.chr21  15881447  71 +  46489110 ATAATGTTCGCTCTAGAGGTAAAGCAAATTCTTGTTTCTACTTTTCAGACACTGATTGGAGACACTGGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318125  71 - 196418989 ACAATGTTCCCTCTAGCAGTAAAGCAAATTATTGTTTCTACTTTTCAGACACTGATTGGAGACACTGGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15464112 743 +  48394510 M

a score=632896.000000
s hg19.chr21     17160865  87 +  48129895 ATATTTTTGGCACAGTGTTAAGTGTGTT----TATTAAGTTCTTTAGGAACCAAGAGGAGATGGTAGGAGGAGACCTACTGAGGCATGCTG
s panTro2.chr21  15881518  88 +  46489110 ATATTTTTGGCACAGTGTTAAGTGTGTTAATATATTAAGTTCTTTAGGAACCAAGAGGAGATGGT---AGGAGACCTACTGAGGCATGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318196  87 - 196418989 ATATTTTTGGCACAGTGATAAGTGTGTT----TATTAAGTTCTTTAGGAACCAAGAGGAGATGGTAGGAGGAAACCTACTGAGGCATGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15464112 743 +  48394510 M

a score=-76169.000000
s hg19.chr21     17160952  23 +  48129895 TAAAATTCTGGTGATAAAATATG
s panTro2.chr21  15881606  23 +  46489110 TAAAATTCTGGTGATAAAATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318283  23 - 196418989 TAAAATTCTGGTGATAAAATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15464112 743 +  48394510 M

a score=602524.000000
s hg19.chr21     17160975 102 +  48129895 TTTAAATTAAGAGGGTCAGGAAATCATGGCATTCCCCTTTCACCTACATGCTTTTTTTTTGCACCACAATTCTACCATGTGGTATGGTTAAGGTGTATTGTG
s panTro2.chr21  15881629 100 +  46489110 TTGAAATTAAGAGGGTCAGGAAATCATGGCATTCCCCTTTCTCCTACATG--TTTTTTTTGCACCACAATTCTACCATGTGGTATGGTTAAGGTGTATTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318306 102 - 196418989 TTTAAATTAAGAGGGTCATGAAATCATGGCATTCCCCTTTCACCTACATTCTTTTTTTTTGCACCATAATTCTACCATGTGGTTTGGTTAAGGTGTATTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15464112 743 +  48394510 M

a score=188413.000000
s hg19.chr21     17161077 57 +  48129895 ATAAACCCATTTCTTTAAAA-CCCATAC-TTTTGTTAACAGTGAATGACAATATCTACC
s panTro2.chr21  15881729 57 +  46489110 ATAAACCCATTTCTTTAAAA-CCCATAC-TTTTGTTAACAGTGAATGACAATATCTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318408 56 - 196418989 ATAAACCTGTTTCTTAAAAA-CCCGTAC-TTTTGTT-ACAGTGAATGATGATATCTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15464855 49 +  48394510 ----------TTCTTTAAAACCCCATACTTTTTGTTAAGAATGGATGACATTATCTACC
i ponAbe2.chr21 M 743 C 0

a score=128144.000000
s hg19.chr21     17161134 15 +  48129895 ATATGACTGAATTGA
s panTro2.chr21  15881786 15 +  46489110 ATGTGACTGAATTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318464 15 - 196418989 ATATGACTGAATTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15464904 15 +  48394510 GTATGACTGAATTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=94437.000000
s hg19.chr21     17161149 66 +  48129895 GCTACTTGGGAAATGGCTATTATTTTTAAATCTTAGGTGACTTTGAGGAGCAATCATCAATTACAT
s panTro2.chr21  15881801 66 +  46489110 GCTACTTGGGAAATGGCTATTATTTTTAAATCTTAGGTGACTTTGAGGAGCAATCAGCAATTACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318479 66 - 196418989 GCTACTTAGGGAATGGTTATTATTTTTAGATTGTAGGTGACTTtgaggagcaatgagccgttacat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15464919 66 +  48394510 GCTACTTGGGAAATGGCTATTATTTTTAAATCTTAGGTGACTTTGAGGAGCAATCAGCAATTACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=375838.000000
s hg19.chr21     17161215 61 +  48129895 GTATCTCTTGAACTTTAATCAAAGTTGTTACACTTTGTGCCTCATTTGATCTCTGCAAAGA
s panTro2.chr21  15881867 61 +  46489110 GTATCTCTTGAACTTTAATCAGAGTTGTTACACTTTGTGCCTCATTTGATCTCTGTAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318545 61 - 196418989 gcatctcttgaactttaatcaaagttgttacactttgtacctcatttgacctctgtaaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15464985 61 +  48394510 GTATCTCTTGAACTTTAATCAAAGTTGTTACACTTTGTGCCTCATTTGACCTCTGTAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=900583.000000
s hg19.chr21     17161276 181 +  48129895 AAGTTATATAGGAGTGCTGGGAAGATGTTGTCTTGGTTCGTATCCCTAACTTTCTTGCCCTTCCAACTTCCTTTTTGGAATGGTGTGACAAATGGTTCAGGCTTTACTTGCTCCTAGAAAGTACATTTGAGGCCACACATTCTTGCAAGTCCTGTGTGGGGAGAGAGAAGGCAAAGGAACT
s panTro2.chr21  15881928 181 +  46489110 AAGTTATATAGGAGTGCTGGGAAGATGTTGTCTTGGTTCATATCCCTAACTTTCTTGCCCTTCCAACTTCCTTTTTGGAATGGTGTGACAAATGGTTCAGGCATTACTTGCTCCTAGGAAGTACATTTGAGGCCACACATTCTTGCAAGTCCTGTGTGGGGAGAGAGAAGGCAAAGGAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318606 180 - 196418989 aagttgtataggagtGCTGGGAAGATGTTGTCTTGGTTCATATCCTTAACTTTCTTGCCCTTCTAACTTCCTTTTTGGAATGGTGTGACAAATGGTTCAGGCGTTACTTGCTCCTAG-AAGTAAATTTGAGGCCACACATTCTTGCAAGTTCTGTGTGGGGATAGAGAAGGCAAAGGAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465046 181 +  48394510 AAGTTATATAGGAGTGCTGGGAAGATGTTGTCTTGGTTCGTATCCCTAACTTTCTTGCCCTTCTAACTTCCTTTTTGGAATGGTGTGACAAATGGTTCAGGCATTGCTTGCTCCTGGAAAGTACATTTGAGGCCACACATTCTTGCAAGTCCTGTGTGGGGAGAGAAAAGGCAAAGGAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=91461.000000
s hg19.chr21     17161457 40 +  48129895 AAAAAGCTTACATTATCTCAGTATATCAATGTGATGTTTA
s panTro2.chr21  15882109 33 +  46489110 AAAAAGCTTACATTATCT-------TCAATGTGATGTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318786 39 - 196418989 AAAAAGCTTACATTATCTCAATATATCAATGTGACGTTT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465227 40 +  48394510 AAAAAGCTTACATTATCTCAATATATCAATGTGATGTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=56149.000000
s hg19.chr21     17161497 37 +  48129895 CATTAAATATTTTGTATGTAAACATGCCAATCAAGTG
s panTro2.chr21  15882142 37 +  46489110 CATTAAATATTTTGTATGTAAACATGCCAATCAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465267 37 +  48394510 CATTAAATATTTTGTATGTAAACATACAAATCAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165318825 37 - 196418989 CATTAAATATTTTATATGTAAACATACAAATCAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=501267.000000
s hg19.chr21     17161534 124 +  48129895 GTGTATATTTTTTGGTAGAGCAGAAGACGGGCGTAAAGGAATTGACTATACTTAAAACATTTCAAAAGACCTTCCTGGGGTTTAGTAATCTTAGCCCAGATCTGGAATGTGAAAAATGTACTTA
s rheMac2.chr3  165318862 124 - 196418989 GTGTGTATTTTTTGGTAGAGCAGAAGAGGGGCATAAAGGAATTGACTATACTTAAAACATTTCAGAAGACCTTCCTGGGGTTTAGTAATCTTAGCCCAGATCTGGAATATGAAAAATATACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465304 124 +  48394510 GTGTATATTTTTTGGTAGAGCAGAAGAGGGGCATAAAGGAATTGACTATACTTAAAACATTTCAAAAGACCTTCCTGGGGTTTAGTAATCTTAGCCCAGATCTGGAATATGAAAAATGTACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882179 124 +  46489110 GTATATATTTTTTGGTAGAGCAGAAGACGGGCATAAAAGAATTGACTATACTTAAAACATTTCAAAAGACCTTCCTGGGGTTTAGTAATCTTAGCCCAGATCTGGAATGTGAAAAATGTACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=289973.000000
s hg19.chr21     17161658 101 +  48129895 GGGTGTATTGTGCAGAAATCAGATGTCCTCAAGTTTTCTGTAGCTGATGTATGTAT----GAACCATTTCCTGCTTATTGTGATATGTGTGATCTGCTCTGTTGA
s rheMac2.chr3  165318986  88 - 196418989 GGGTGTATTGTGCAGAAATCAGATGTCCTCAAGTTTTCTGTAACTAATGTATATAT----GAACCATTTCCTGCTTAT-------------ATCTGCTCTGTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465428 101 +  48394510 GGGTGTATTGTGCAGAAATCAGATGTCCTCAAGTTTTCTGTAACTAATGTATGTAT----GAACCATTTCCTGCTTATTATGATATGTGTGATCTGCTCTGTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882303 105 +  46489110 GGGTGTATTGTGCAGAAATCAGATGTCCTCAAGTTTTCTGTAACTAATGTATGTATGAACGAACCATTTCCTGCTTATTGTGATATGTGTGATCTGCTCTGTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-8391.000000
s hg19.chr21     17161759 30 +  48129895 CATTATTAAGAAGGATTTGTTTCTTGTTAT
s rheMac2.chr3  165319074 30 - 196418989 CATTATTAAGAAGGATTTGTTTCTTGGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465529 30 +  48394510 CATTATTAAGAAGGATTTGTTTCTTGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882408 30 +  46489110 CATTATTAAGAAGGATTTGTTTCTTGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1850.000000
s hg19.chr21     17161789 20 +  48129895 AATTAGTAGTTAAATATAAC
s rheMac2.chr3  165319104 20 - 196418989 AATTAGTAGTTAAATATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465559 20 +  48394510 AATTAGTAGTTAAATATAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882438 20 +  46489110 AATTAGTAGTTAAATATAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=461117.000000
s hg19.chr21     17161809 72 +  48129895 GACAGATGTTCATATGCTATAGATTCAGGATTACGTCTGGTTCTTTTAGACTTTTGAGCAGTTTATATTTTA
s rheMac2.chr3  165319124 72 - 196418989 GACAGATGTTCATATGCTATAGATTCAGGATTATGTCTGGTTCTTTTAGACTTTTGAGCAGTTTATATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465579 72 +  48394510 GACAGATGTTCATATGCTATAGATTCAGGATTACGTCTGGTTCTTTTAGACTTTTGAGGAGTTTATATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882458 72 +  46489110 GACAGATGTTCATATGCTATAGATTCAGGATTACGTCTGGTTCTTTTAGACTTTTGAGCAGTTTATATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=433823.000000
s hg19.chr21     17161881 86 +  48129895 GAATATGCTGTAGAATCCTCTTTTTACA----TATTGTCTGTCTGCACTGGTACTAGTCAATTGCTGGGTACCTCTTCTATCTCTTATAT
s rheMac2.chr3  165319196 90 - 196418989 GACTGTGCTGTAGAATCCTCTTTTTACATAATTGTTGTCTATCTGCACTGGTACTAGTCAATTGCTGGGTACCTCTTCTATCTCTTACGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465651 90 +  48394510 GAATATGCTGTAGAATTCTCTTTTTACATAATTATTGTCTACCTGCACTGGTACTAGTCAATTGCTGGGTACCTCTTCTATCTCTTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882530 86 +  46489110 GAATATGCTGTAGAATCCTCTTTTTACA----TATTGTCTATCTGCACTGGTACTAGTCAATTGCTGGGTACCTCTTCTATCTCTTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=479511.000000
s hg19.chr21     17161967 77 +  48129895 AGGATCACTGGTACTATTTGTTTTATGGTATCGTTTTTATCTGCCTTTCCCAGAACTTATTCCATGTTTTAGTCTAT
s rheMac2.chr3  165319286 73 - 196418989 AGGATCACTGGTACTACTTGTTTTATGGTATCGTTTTTATCTGCCTTTCCCAGAACTTACTCCATGTTTTAG----T
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465741 77 +  48394510 AGGATCACTGGTACTAATTGTTTTATGGTATCGTTTTTATCTACCTTTCCCAGAACTTATTCCATGTTTTAGTCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882616 77 +  46489110 AGGATCACTGGTACTAATTGTTTTATGGTATCGTTTTAATCTACCTTTCCCAGAACTTATTCCATGTTTTAGTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=611050.000000
s hg19.chr21     17162044 111 +  48129895 TTATTTCTGACTACCAAGATACAAATAAGTTTGCTGTATCTCAACGTCTAAATATACATATATATTACAAAAGGAACAAAATTTTCAAATGAGAATACTGCCATTTATAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465818 111 +  48394510 TTATTTCTGACTACCAAGATATAAATAAGTTTGCTGTATCTCAGCGTCTAAATATACATATATATTACAAAAGGAACAAAATTTTCGAATGAGAATACTGCCATTTATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882693 111 +  46489110 TTATTTCTGACTACCAAGATATAAATAAGTTTGCTGTATCTCAGCGTCTAAATATACATATATATTACAAAAGGAACAAAATTTTCAAATGAGAATACTGCCATTTATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=585833.000000
s hg19.chr21     17162155 103 +  48129895 AGTCAATAAAAAGTTAAATATCCCCTCTATATAGGGCAGTCTTTTGTATTACAGTTACTTTTTATATACTGTGCATTAACCTTTCTTTTTTGAGCATAAACCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15465929 103 +  48394510 AGTCAATAAAAACTTAAATATCCCCTCTATATACGACAGTCTTTTGTATTACAGTTACTTTTTATATACTGTGCATTAACCTTTCTTTTTTGAGCATAAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882804 103 +  46489110 AGTCAATAAAAAGTTAAATATCCCCTCTATATACGACAGTCTTTTGTATTACAGTTACTTTTTATATACTGTGCATTAACCTTTCTTTTTTGAGCATAAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=45809.000000
s hg19.chr21     17162258 33 +  48129895 GTCTTGAACAAATTCAGTTTGTTCAGGTTATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466032 33 +  48394510 GTCTTGAACAAATTCAGTTTGTTCGGGTTATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=71039.000000
s hg19.chr21     17162291 27 +  48129895 TTATTCTGCTGAACTGCAAAATTTAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466065 27 +  48394510 TTATTCTGCTGAACTGCAAAATTTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882940 27 +  46489110 TTATTCTGCTGAACTGCAAAATTTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-5941.000000
s hg19.chr21     17162318 43 +  48129895 TGTTAGAAGGTCTTTAGGACCTCCTGGGTCTCCAATAGGAGAG
s rheMac2.chr3  165319629 43 - 196418989 TGTTAGAAGGTCTTCAGGACCtcctaggtctccagtaggagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466092 43 +  48394510 TGTTAGAAGATCTTTAGGGCCtcctgggtctccaataggagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15882967 43 +  46489110 TGTTAGAAGGTCTTTAGGACCTCCTGGGTCTCCAATAGGAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=489740.000000
s hg19.chr21     17162361 113 +  48129895 TCAAGTTGACTGTCTTTCTATCTCTCCCTTGTATTCTTGAAAACTTGCTTTCTGGTAACAGTAGAATGTTCTAGATATTCTTTGGTTTTCCTCTGCCCCAGTTCATCTAACTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15883010 113 +  46489110 TCAAGTTGACTGTCTTTCTATCTCTCCCTTGTATTCTTGAAAACTTGCTTTCTGGTAACAGTAGAATGTTCTAGATATTCTTTGGTTTTCCTCTGCCCCAGTTCATCTAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=139754.000000
s hg19.chr21     17162474 25 +  48129895 AATGTCTTTCAAGGAGTTCT-ATGTC
s panTro2.chr21  15883123 25 +  46489110 AATGTCTTTCAAGAAGTTCT-ATGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165319785 26 - 196418989 aatgtctttcaagaacttctggtgtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=152152.000000
s hg19.chr21     17162499 73 +  48129895 TTTTCGTGAAACAAGCCTAGAGTCTGGGGTTGCCTGTGGGAGTTGGTTTTTGGGCAGAGAGTAGTGCTGGCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466273 73 +  48394510 ttttcgtgaaACAAGCCTAGAGTCTGAGGTTGCCTGTGGGAGTTGGTTTTTCGGCAGAGAGTAGTGCTGGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165319811 71 - 196418989 ttttagtgaaaaaAGCC--GAGTCTGGCGTTGCCTGTGGGAGTTGATTTTTGGGCAGAGAGTAGTGCTGCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17162572 44 +  48129895 GTCGGGTCACTCTTAAGTGTGACAGAAGTAGAAACTGTTTACTT
s panTro2.chr21  15883221 44 +  46489110 GTCGGGTCACTCTTAAATGTGACAGAAGTAGAAACTGTTTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165319882 44 - 196418989 GTTGGGTCACTCTTAAGTGTGACAGAAGTGTGACCTGTTTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=320014.000000
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s rheMac2.chr3  165319926 39 - 196418989 TTAACTACATGAGTTTACGTTTTAACATATCATGTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15883265 39 +  46489110 TTCACTATATGAGTTTACATTTTAACATATCATGTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=423371.000000
s hg19.chr21     17162655 117 +  48129895 ACCAGTTTTTCAAAAATGTGTGTTTTATTGATTCCCAAAGACTGACTTCTGTATTCACATG------------GATATTTTAGATTTCCTTGTATCTAATGTCTTGTGGTAAATATTGCTGTTAAGGAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15883304 124 +  46489110 AACAGTTTTTCAAAAATGTGTGTTTTATTGATTCCCAAA----GACTTCTGTATTCACATG-GATATTTTAATGATATTTTAGATTTCATTGTATCTAATGTCTTGTGGTAAATATTGCTGTTAAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17162772 21 +  48129895 AAAATAATAATATTTTGACAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466558 21 +  48394510 AAAATGATAATATTTTGACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165320094 21 - 196418989 AAAATAATATTATTTTGACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=914560.000000
s hg19.chr21     17162793 157 +  48129895 TAATCTGATAGGATAAAATCTTTAGGATAAAAATGGTGTGAAATGAATGAGATTTTCTTGATAAACCAAAAAGTTG-AAAAAAACTAATCTTTACTCAGGTTCTGGTAATTAACACAAAGTGGTTAAGATACCTGAATGTTATTTATGCTGATTTAGA
s panTro2.chr21  15883449 157 +  46489110 TAATCTGATAGGATAAAATCTTTAGGATAAAAATGGTGTGAAATGAATGAGATTTTCTTGATAAACCAAAAAGTTG-AAAAAAACTAATCCTTACTCAGGTTCTGGTAATTAACACAAAGTGGTTAAGATACCTGAATGTTATTTATGCTGATTTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466579 158 +  48394510 TAATCTGATAGGATAAAATCTTTAGGATAAAAATGGTGTGAAATGAATGAGATTTTCTTGATAAACCAAAAAGTTGAAAAAAAACTAATCTTTACTCAGGTTCTGGTAATTAACACAAAGTGGTTAAGATACCTGAATGTTATTTATGCTGATTTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165320115 137 - 196418989 TAATCTGATAGGATAAAATCTTTAGGATAAAAATGGTGTAGAATGAATGAGATTTTCTTGATAAACCAAAAAATTA---------------------AGGTTCTGGTAATTAACACAAAGTGGTTCAGATACCTGAATGATGTTTATGGTGATTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15883606 35 +  46489110 ATAATAAGTAACAAGtttcttttttttt----ttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466737 33 +  48394510 ATAATAAGTAACAAGTTTC--TTTTTTT----TCTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165320252 37 - 196418989 ATAATAAGTAACAAGTTTC--TTTTTTTCTTCTTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17162983 17 +  48129895 TTTGGCTGAAGCCAAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466787 69 +  48394510 AGCAAGTAACACATTTCTTGAGCAGGCAAAATGCTTGGTTAGATCCTATGTAGGAACCAGGGTTTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165320306 69 - 196418989 AGCAAGTAACACATTTCTTGAGCAGGCAGAATGCTTGGTTAGATCCTATGTGGGAACCAGGGTTTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 4

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15466907 212 +  48394510 AAGTAGCATTACTTTTGCCATGTTTAGATATACTTAAGATATTCATAGGTGAGTTTATTTTGGAAAGGTTAACTATCTTTTGTTATTCTAATATGTATTCTAATATTTATTTCATTAAATTTTCCCAAAGGCAAACTTTTGGGCAAGGCAGTGAACATACAGGTTTTCTTTTCCTTTACTTGGCTGtcatagaggcatagatctcaagaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165320430 206 - 196418989 AAGTAGCATTACTTTCG-CAGGTTTAGATGTGCTTAAGATATTCGTAGGTGAGTTTATTTTGGAAAGGTTAACTATCTTTTGTTATTCTAATATGTATTCTAA----TATTTCATTAGTTTTTCCCAAAGGCAAACTTTTGGGCAAGGCAGTGAAC-TATAGGTTTTCTTTTCCATTACTTGGCTGTCATAGGGACATAGATCTCAAGAATT
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

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s hg19.chr21     17163332 15 +  48129895 gaaaggaatcataaa
s rheMac2.chr3  165320636 15 - 196418989 GAAAGGAATCATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15883990 15 +  46489110 GAAAGGAATCATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-35975.000000
s hg19.chr21     17163347 10 +  48129895 gtttaactca
s panTro2.chr21  15884005 10 +  46489110 GTTTAACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15467134 10 +  48394510 gtttaactca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132308.000000
s hg19.chr21     17163357 65 +  48129895 ctgaactttttttttgtagaagaagaactaagtggtcggtgataaaagtgcaacttgttcaGTTT
s rheMac2.chr3  165320661 61 - 196418989 GTTAAC-TTTTTTTTGT---AGAAAAACTAAGTGGTCAGTGGTAAAAGGGCAACTTGTTCAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15884077 36 +  46489110 TTAATGTTTTCTCGATTCAGAGTAATTGTTATATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-204439.000000
s hg19.chr21     17163456 52 +  48129895 AAAGTGGTCATCATGTTATATTGTAAATATGTACTTTAATTGTTATTTCTCA
s panTro2.chr21  15884113 52 +  46489110 AAAGTAGTCATCATGTTATATTGTAAATATGTACTTTAATTGTTATTTCTCA
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s hg19.chr21     17163599 36 +  48129895 TTATGTTTGAAATTTCATTTTTCTTAGGAAAAAAGA
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s hg19.chr21     17163635 55 +  48129895 CTATACTTCTCTATGTATTAGCATTGACACTGCTAAAACGTGTATTTGAGTAAAG
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a score=56775.000000
s hg19.chr21     17163690 24 +  48129895 TTAGTATTAAATATTATTTCTTCA
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s hg19.chr21     17163714 84 +  48129895 AATACATTATTGAAATCTTATGTAATGAAAATGCTTTTAGAATGTGTGATATGCCTGGGATATATACCATTATATAATGCTGCA
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s hg19.chr21     17164702 41 +  48129895 TAAAACAATTTATGAATAATATGTCCTTAATTTTTATTACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=235549.000000
s hg19.chr21     17164966 113 +  48129895 CTACAAGTTAATTGTTTTTGCTAACTTGTAATTTTAAC-TTTTTTTTATATACTTCAGTGCTAAAATTTTCACCGTTTTCTCCCTTTTTGCTTCTGGTGCATAATATCATATAA
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s hg19.chr21     17165079 40 +  48129895 TTTGATTTTCTTTGTTTTTCTGGATTTACCTCACTTTTTA
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s hg19.chr21     17165285 19 +  48129895 TTGATACCTTAGAGATTCT
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a score=90964.000000
s hg19.chr21     17165304 48 +  48129895 TAGATCATCTTAATAGGCTATCTCACTTTACTTGCGCTATCTATTAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=600211.000000
s hg19.chr21     17166415  99 +  48129895 TAGGACTAATTTGAAACATCTGGG------AATTCTTTTTCTTGTAAATATATTGACCAGTTATAGAAGTTTGCTAGTAATATCACCCTTTAACTTCAAAGTATA
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s rheMac2.chr3  165323748 105 - 196418989 TCGGACTAATATGAAACAACTGGGAATTCTAATTCTTTTTCTTGTAAATATATTGACCAGTTATGGAAGTTTACTAGTAATATCACCCTTTAACTTCAAAGTATA
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a score=143612.000000
s hg19.chr21     17166514 29 +  48129895 TAGCTGGGGTAGGCTACAACAGTTATAGA
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a score=137428.000000
s hg19.chr21     17166652 27 +  48129895 GCTTAAATAATCTTTTGGCTGCTGGCA
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a score=504159.000000
s hg19.chr21     17166679 100 +  48129895 ACATTAGCCTGTCTTTAGGTTAGACATCAACCCCACAGCTAGTCAGGATTATTTTTGTCCTATTCACTTGGTACTTTTATGTAGAAAGTACTGATTGCAG
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a score=172850.000000
s hg19.chr21     17166779 45 +  48129895 CTGTTCCCCACTAGGGTGTCACTGAATGAGTTAGCTATTTGGAGG
s panTro2.chr21  15887433 45 +  46489110 CTGTTCCCCACTAGGGTGTCAGTGAATGAGTTAGCTATTTGGAGG
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s ponAbe2.chr21  15473891 45 +  48394510 CTGTTCCCCACTAGGGTGTCAGTGAATGAGTTAGCTATTTGGAGG
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s rheMac2.chr3  165324118 44 - 196418989 CT-TTCCCCACTAGGGTGTCGGTGAATGAGTTAGCTATTTGGAGG
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a score=198723.000000
s hg19.chr21     17166824  92 +  48129895 TGTATGTTCTTCTCTGTAGCTCTGGGACATGTCGTTGAAGTGGTATGGGTGCTCATGATGATCCTTAGCCCCTTAGCACCTTTCCATTTG-----------GA
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a score=410628.000000
s hg19.chr21     17166916 103 +  48129895 TGCCGAGAAGTAAGGTGCTCATACTTCTCAGTTTGCTTGTCATAGTCCCTTTTACTCCTATTGTAGATCTGTTGGCACCTGTCACTTAGTCCTAAAGCCCTGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15887673 24 +  46489110 TGTGTATGATGGTAAAGTATGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15474131 24 +  48394510 TGTGTATAATGATAAAGTATGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165324368 24 - 196418989 TGTGTATGATGGTAAAGTATGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=270161.000000
s hg19.chr21     17167043 47 +  48129895 TTACCTTACTCATAAATCATATAACTGCAGGTTGactaaaatacagg
s panTro2.chr21  15887697 47 +  46489110 TTACCTTACTCATAAATCATATAACTGCAGGTTGactaaaatacagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15474155 45 +  48394510 TTACCTTACTCATAAATCGTATAA--GCAGGTTGactaaaattcagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165324392 47 - 196418989 TTACCTTGCTCATAAATCATGTAACCGCAGGCTGACTAAAATACAGG
i rheMac2.chr3  C 0 I 198

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s ponAbe2.chr21  15474200  80 +  48394510 caccctgagggcagagagcacatttaggttactgtatattagtatatatataatacagtgtctggcacattggaatagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15887744  77 +  46489110 caccctgagggcagagagcacatttaggttactctatat---tatatatataatacagggtctggcacattggaatagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165324439 198 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17167167 54 +  48129895 catcaagtaattattgcatgaatggatGAATGAACCAAAAGGGAGCATGTATGG
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i rheMac2.chr3  I 198 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=234520.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15888121 111 +  46489110 gagatagatgaggaattcgctctttcggttcacctgcctagaattgccttttgtttcatctctcaacatggttataatacaaattaaaaatagtaggtagtcagtatttac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15474580 111 +  48394510 gagatagatgaggagttcgctctttcagttcacctgcctagaattgccttttgtttcatctctcaacatggttataatacaaattaaaaatagtaggtagtcagtatttac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165324932 106 - 196418989 GAGAT-----AGGGGTTCGCTCTTTCGGTTCACCTGCCTAGAATTGCCCTTTGTTTCATCTCTCAACATAGTTATAATACAAATTAAAAATAGTAGGTAGTCAGTATTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17167578 42 +  48129895 attttttataactttgtaaatgttacagtgattcactaggtc
s panTro2.chr21  15888232 42 +  46489110 attttttataactttataaatgttacagtgattcactaggtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15474691 42 +  48394510 attttttataactttgtaaatattacagtgattcactaggtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15888274 72 +  46489110 ctcccgtctatagtactttgttatcctggagttgtcaattgctacctttt-tccccta-ttttctatatacttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15474733 73 +  48394510 ctcccgtctatagtactttgttatcctggagttgtcagttgctacctttt-tcccctatttttctatgtactta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165325080 73 - 196418989 CTCCTGTCTATAGTACTTTGTTATCCTGGTGTTGTCAATTGCTGCCTTTTCCCCCCTA-TTTTCTATATACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17168115 84 +  48129895 tctgtacatagacttgtggtttcaataatgccatctatttttcaatccctgcctcaccatgaaacttatgtgataccatgctaa
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17168199 17 +  48129895 tttttttttaatcctcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15478034 76 +  48394510 gcatatagtagatgctccataaatatttgttaaatgaatgaatAGATGATTTAttttgtgtgcttatattgttgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165328368 74 - 196418989 tcatatagtagatgttccataaatatttgttaaatgaatgaatAAATGATTTATTTTATGTGCTTATATTGTTT--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15478110 30 +  48394510 taaatctttctagatcacaagataaaa-ttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17171077 39 +  48129895 atatttaggttgttaattgatctATGTAATCTGGCTCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15892007 75 +  46489110 aatgaaaattttgcaagaaaatactctgatgtatttactgagtatgatacattgtgatattttccattgtatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=223845.000000
s hg19.chr21     17171426 56 +  48129895 atctcattttaaagaaatgttcagtatgatgatagtaaatggttgcaaactacagt
s rheMac2.chr3  165328860 56 - 196418989 atcacattttaaacaaatgttcagcatgatgacagtaaatggttgcaaactacagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15478525 56 +  48394510 atctcattttaaagaaatgttcggtatgatgatagtaaatggttgcatactacagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17171482 39 +  48129895 ttaaaaaacaTACTCCAGGAAGCCTttccatgggcatcc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=414906.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15892177 116 +  46489110 TTCATATGCTCCATTATATTCTTGTGTAATTATTATCACTGCATGTTGAAGTCACGACGTTTCTATTATATGTCTGTCTCCTTTCTAAATTGTGTACTTCCTTGAGCATTGAGATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=162079.000000
s hg19.chr21     17171700 64 +  48129895 TTTTCTAGTATTAATGATACATCTAGATAATTCATGGTAAACATAGCAGGTCTAAAAAGTTTTG
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a score=82009.000000
s hg19.chr21     17171764 53 +  48129895 GACTTGACATTTGCATACTCTTTATTTTGAGGAAACTGCTTAAGTGCATATAA
s rheMac2.chr3  165329198 53 - 196418989 GACTTGACATTTGCATACTCTTTCTTTTGAGGAAACTGCTTAAGTGCGTATAA
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a score=88694.000000
s hg19.chr21     17171817 25 +  48129895 AAAGAGCTATTAATAATGAGTAGTA
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a score=-291129.000000
s hg19.chr21     17171842 34 +  48129895 TATTTAAAAAGTTGTCCAAATATAATCTTGTGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=193458.000000
s hg19.chr21     17171876 29 +  48129895 CTATCAAGTATCAAGAATGGTATGTCAAA
s panTro2.chr21  15892532 29 +  46489110 CTATCAAGTATCAAGAATGGTATGTCAAA
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a score=55562.000000
s hg19.chr21     17171905 34 +  48129895 TAAAAGAAACTTGACTTTTTCTCAGAAGTATGTC
s panTro2.chr21  15892561 34 +  46489110 TAAAAGAAACTTGACTTTTTCTCAGAAGTATGTC
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s ponAbe2.chr21  15479002 34 +  48394510 TATAAGAAACTTGACTTTTTCTCAGAAATATGTC
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a score=334365.000000
s hg19.chr21     17171939 48 +  48129895 CTCCTTGTGCCAGTTGCAATGATTCTGAGTATAAGTAGTACACAGTTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165330127 27 - 196418989 ctctctgttccatttcctatctgtaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-333639.000000
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s panTro2.chr21  15893461 55 +  46489110 atagtaagtactaggtgtcagctattGCCAGTTAAACAATAAAAAAAGTT-TAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 326

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15479958 139 +  48394510 AAAGTAAGACTTATTTTAAAAAGAACCAATTTGCACACAGAATTTATACCTAATGGAAAAAATTACTTATGGAGATGATATAGTTGCGTGTAGGGCTTTAGTGGTTGATCTTGTCATAAACAATCTGTAGTCCTAAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165330612 139 - 196418989 aaaaTAAGACTTATTTTAAAAAGAACCAGTTTGCACACAGAATTTATACCTAATGGAAAAAATTACTTACAGAGATGATATAGTTGCGTGTAGGACTTTAGTAGTTGATCTTGTCATAAACAATCTGTAGTCCTAAAGT
i rheMac2.chr3  I 326 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=466469.000000
s hg19.chr21     17173021 50 +  48129895 GAGTTAGTTTTAGGTTTCAGTAAACTGCTGAACTTTTT-TGACCTATTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15480118 50 +  48394510 AAGTTAGTTTTAGGTTTCAGTAAACTGCTGAACTTTTT-TGACCTATTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=246939.000000
s hg19.chr21     17173071 26 +  48129895 AGTAGGAGTGATGAAATATTAAATTA
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a score=554256.000000
s hg19.chr21     17173097 49 +  48129895 TGTTTTCGTTTTAGCGTTTAATTTTTAAAACCACTTTTT----CTTTTTCTGT
s panTro2.chr21  15893752 53 +  46489110 TGTTTTCGTTTTAGCGTTTAATTTTTAAAACCACTTTTTCTGACTTTTTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15480194 53 +  48394510 TGTTTTCGTTTTAGCGTTTAATTTTTAAAACCACTTTTTCTGACTTTTTCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=863689.000000
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a score=592553.000000
s hg19.chr21     17173201 46 +  48129895 CAGCTTTTCAGGTTATAATCTCTGGGCTGTAGAGTGTCAGGCTGAT
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a score=1079436.000000
s hg19.chr21     17173247 162 +  48129895 AAACAACCCATTTTCAAAAGGGAGTCAGGATCGTCTGACAAACTCTTATGTCTCCAGAAAAATTAAGGAAAACCCTTTCAATCATTATGGTTTTTACATGGAACTTTCTGAACTATTGCCTCTGTCATTGCAATTTGTTAATATCACAGTTCTTCTCTCTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15894068 60 +  46489110 TCATATCTCAAAGTATATGTATAATTTGTGTGAAATTGTTTAGAATTATCATTTCTAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15480510 57 +  48394510 TCATATCTCAAAGTATATGTATAATTTGTGTGAAATTGTTTAGAATT---ATTTCTAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310046.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=28546.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417145.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165331387 86 - 196418989 ATACTAGAGAAATGTGTAATTCCAATCTTCAGCACCTTTCTAGACAAGTTTGTTTCTTGCAATGGGTTAGCCGCTCCAGGTGTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=15528.000000
s hg19.chr21     17173767 33 +  48129895 GAGACAATTACTTAGAATACTGTGCAATTTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15480865 33 +  48394510 GAGACAATTACTTAGAATACTGTGCAATTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165331513 30 - 196418989 GAGACAATTATGTAGAATA---TGCAATTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=280074.000000
s hg19.chr21     17173800 83 +  48129895 AT--GATTATTCCACAAATGTGACTC-----TAATTTAGTATAGTGACAGCAGTACACACTATACCTTGACATCTTTGAAGCAAAT---GGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15480898 86 +  48394510 AT--GGTTATTCCACAAATGTGACTC-----TAATTGAGTATAGTGACAGCAGTACACACTATACCTTGACATCTTTGAAGCAAATGTGGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165331543 93 - 196418989 ATAAGATTATTCCACAAAAGTGACTCTCCTTTAATTTAGTAGAGTGACAGCAGTTCACACTATACCTTGACATCTTTGAAGCAAATGTCGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165331636 25 - 196418989 TTATAGGTAGTTATCAGCCACTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165331661 30 - 196418989 TGGTCCTATATTCATTTGAGATGGTGACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15481039 36 +  48394510 CAGGTTTTTAAAAAAGGTGTCAGTGTAACTTGTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15481103 101 +  48394510 CGTGACATGTCTACAGCTACATTCAATTTGAAGAACACTTTGTGTTAAGTTGCAGAATACATTTGGGATTACTTTGATCACATCACAGAGATGCTATTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165331754  98 - 196418989 GGTGATGTGTCTACAGCTACATTCAATTT---GAACACTTTGTGTTAAATTGCAGAATACATTTGGGATTACTTTGATCACATCACAGAAATGCCATTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165331880 41 - 196418989 GGCAGAATTTGCCACAAATATTACATACATATTGGGTGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=328209.000000
s hg19.chr21     17174266 79 +  48129895 TTTGAACTGTTGGTAATTTCAGTGTCTAGGAGAATTGTGAGGTCCCTGGAAATATAATAATAGATCCTTGATGTAATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165332017 79 - 196418989 TTTGAACTGTTTGTAATTTCAGTGTCTAGGAAAATTGTGAGGTCTCTGGAAATACAATAATAGATCCTTGATGTAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=347859.000000
s hg19.chr21     17174345 90 +  48129895 TCCCCTCTCCCCTCACACAGATATACATTTGGTTTAAAATGTTTCAGACTGATGGCAAAGCATATTAAATGTTGAGAAAACAAAGATGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=142718.000000
s hg19.chr21     17174497 26 +  48129895 ATATTATTTAAAGTCTTGATTTAGGA
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a score=174184.000000
s hg19.chr21     17174523 98 +  48129895 CAAATATTTCAAAATAAAGAAATTTATCACTTTCCACTACTTAAAGTGAATGTCATCAGAAGGAAATGGGTTTAGTTGAGTACCATACTGTATTCCTG
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a score=171347.000000
s hg19.chr21     17174621 32 +  48129895 GAGCAAATACCTGAAGGAATTTTGAATTTTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165332371 32 - 196418989 GACCAAATACTTGAAGGAATTTTGAATTTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=326292.000000
s hg19.chr21     17174653 64 +  48129895 AAATAAAAGGGGCATTCTGAGATTTCTGCCATTAGTCATGAAGAAGTAACAGGAGCTGGATTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=816378.000000
s hg19.chr21     17174717 272 +  48129895 Taagtctcagtgcatcttagaggattcaaagcatacaaaataccttttctgatgaaaatggtagaaatcaaggtagaaatcaacaacagaaagatatacagaaaatccccagatagttggaaatgaagtaattcacctctaaatatcccaagggacaaaaaaacaaatcaaatgagtaatgtcagaatattgtaagctgaatgaaaattaaaacatgacatatcaaaatttga-ggatgaagctaaaacagtgattagtggaagatatcttat
s panTro2.chr21  15895376 272 +  46489110 Taagtctcagtacatctcaaaggattcaaagcatacaaaataccttttctgacgaaaatggtagaaatcaaggtagaaatcaacaacagaaagatatacagaaaatccccagatagttggaaatgaagtcattcacctctaaatatcccaagggacaaaaaaacaaatcaaatgagtaatttcagaatattgtaagctgaatgaaaattaaaacatgacatatcaaaatttga-ggatgaagctaaaatagtgattagtggaagatatcttat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15481825 272 +  48394510 Taagtctcagtacattttaaaggattcaaagcatacaaaataccttttctgacgaaaatggtagaaatcaaggtagaaatcaacaacagaaagatatacagaagatccccagatagttggaaatgaagtaattcacctctaaatatcccaagggac-aaaaaacaaatcaaatgagtaatttcagaatattgtgagctgaatgaaaattaaaacatgacatatcaaaatttgagggatgaagctaaaacggtgattagtggaagatatcttat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165332467 272 - 196418989 Taagtctcagtacattttaaagaattcagatcatacagaataccttttctgacgaaaatggtagaaatcaaggtagaaatcaacaacagaaggatatacagaaaattcccagatagttggaaatgaagtagttcacctctgaatataccaagggac-aaagaacaaatcaaatgagtaatttcaaaatattctgagctgaatgaaaattaaaacatgacatatcaaaatttgagggatgaagctaaaacagtgattagttgaagatatcttat
i rheMac2.chr3  C 0 I 1085

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s rheMac2.chr3  165333824 180 - 196418989 aagagacatcttaccagac-----attagaaaagaagaatggttttcaattaatgatagcagcttacatatcaagacattagagaataaagggcccattaatctcaaagcagaagtaaggaaataataaagataatagcagaaatccatgaaccaaatatcagaaaaacaatacagaaagttatg
i rheMac2.chr3  I 1085 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165334352 93 - 196418989 atacatttgtacagat-acttaagaagtaaaacttcccaacttgttttgtgagctaagcattaccctgaaatgaagagtaggaaaatacatttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15896275 200 +  46489110 aagaaaagcaaaccacacaccaatatttctcgtgaatttggaagcaaagaattgtagc-aaatttttgaaaaattaaatcccgcaattatatataaaggataatacctcatagagaagtggggcttatccaggaatacaaaattggtttagctttcaaaaataaatcagtatacttcaccatatcaacagactaaagaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15482725 171 +  48394510 aagaaaagaaaaccacacaccaatatttctcatgaatttggaagcaaagaattgtaacaaaatttttgaaaaattaaatcctgcaattatatataaaggataatacctcatagagaagtggggcttatccaggaataaaaaatgggttaacttttccaaattaaatcagta------------------------------
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 471 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15485995 27 +  48394510 TTTTGTCATGTATGGAGAGGGCGTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15898921 27 +  46489110 TTTTGTGATGTATGGAGAGGGCGTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15898948 62 +  46489110 GAAGAGGAAGGTCTGAGATTCTCTCACCATCTTCCTTGTGCTTTTTCTTTCTGCTTTACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15486022 62 +  48394510 GAAGAGGAAGGTCTGAGATTCTCTCACCATCTTCCTTGTGCTTTTTCTTTCTGCTTTAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 909
s rheMac2.chr3  165337223 41 - 196418989 AC-TCAGAGTTTCTTTTATATGTTGTTTCATTTTT-TAAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=207981.000000
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s rheMac2.chr3  165337264 164 - 196418989 TTCTAACAATGCTCCTGTGCCTTTTAGGCTTAGTATCGACTCAGCTTTGTTTCTTACTTGCTCTGTCATGATAACACTAACACAAATCAAAAGAAAGAAAAATAATTTTACAGTTGATCCCAAACCACCATTTTAGGGCATTTGGCATTCCTTCTGGTTCTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487075 164 +  48394510 TTCTAATGATGCTCCAGTGCCTTTTAGGCTTAGTATCTACTCAGCTTTGTTTCTTACTCGCTCTGTCATGATAACACTAACACAAATCAAAAGAAAGAGAAATAATTTTACATTTGATTCCAAACCATCATTTTGGGGCATTCAGCATTCATTCTGGTTCTAAA
i ponAbe2.chr21 I 909 C 0
s panTro2.chr21  15899092 164 +  46489110 TTCTAACAATGCTCCAGTGCCTTTTAGGCTTAGTATCTACTCAGCTTTGTTTCTTACTCGCTCTGTCATGGTAACACTAACACAAATCAAAAGAAAGAGAAATAATTTTACAGTTGATTCCAAACCATCATTTTCGGGCATTCAGCATTCCTTCTGGTTCTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17178599 15 +  48129895 TGTGTTTTACTTTTT
s panTro2.chr21  15899256 15 +  46489110 TGTGTTTTACTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 2

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s panTro2.chr21  15899271 48 +  46489110 TTTTTCTTCTTTAGTATGCATAGTATCTTTTCCAGTGATTCTGAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487254 48 +  48394510 TTTTTCTTCTTTATTATGCATAGTATCTTTTCCAGTGATTCTGAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165337445 48 - 196418989 TTTTTCTTTTTTAGTATGCATACTATCTTTTCCAGTGACTCTGAATAT
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

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s hg19.chr21     17178662 88 +  48129895 ACAATTAAATTTTTTAAAAGATTACTTCTGTTCTCTGACTTATCTTTCCTTCTGGATGGCtttttccttgtcttttttctggtttctt
s panTro2.chr21  15899319 86 +  46489110 ACAATTAAATTTTTTAAAAGATTACTTCTGTTCTCTGACTTATCTTTCCTTCTGGATGGCtttttccttgtcttttttctggtttc--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487302 87 +  48394510 ACAATTAAATTTTTTAAAAGATTACTTCTGTTCTCTGACTTATCTTTCCTTCTGGATGGCTTTTTCCTTGTGTTTTTTCTGGtttc-t
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165337493 73 - 196418989 ACAATTACATTTTCAAAAAAATTACTTCTGTTCTCTGACTTACCTTTCTTTCTGGATGGCTTTTTCCTTGTCT---------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 138

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487389 42 +  48394510 ttttttctttctttctttTCTAGAGATTCATGGTGATTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165337704 42 - 196418989 tttctttcttctttctttcctAGAGATTCATGCTGATTTTGG
i rheMac2.chr3  I 138 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165337746 57 - 196418989 GGTATCTTTTCACTTTTAAAGATGAGGCAGCATAGACTTCATTTGGAGCCATATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15899504 140 +  46489110 TACATAGGTGGGCTTTTCAGTTTGAGTTAGAGTTGAAATGGATACAACTGGCTGTTAAGGCCACAATATAAATGCTTTTGCTTCAGATTAGCAGTGTAGACTAACTTTTGAAATTAGTGATTCTTTTTCTTTAGAGGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487488 140 +  48394510 TACATAGGTGGGCTTTTCAGTTTGAGTTAGAGTTGAAATGGATACAACTGGCTGTTAAGGCCACAATATAAATGCTTTTGCTTCAGATTAGCAGTGTAGACTAACTTTTTAAATTAGTGATTCTTTTTCTTTAGAGGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165337803 134 - 196418989 TACATAGGTGGGCTTTTC------AGTTACAGTTGAAATGGATACAACTGGCTGTTAAGGCCACAATATAAATGCTTTTGCTTCAGACTAGCACTGTAGACTAACTTTTGAAATTAGTGATTCTTTTTCTTTAGAGGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15899644 125 +  46489110 TTTAAAGTAGATGTGCATCAATTAAGGTTGATAAGTTTGATTCTCTTCTGTTCCCTAAACACTTGAATTTGAAGTCTACAGGAGTAATTTAGTGAATCTGTAAATGTAAGCATCATGATTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487628 120 +  48394510 TTTAAAGTAGATGTACATCAATTAAGGTTGATAAGTTTGATTCTCTTCTGTTCCCCAAACACTTGA-----AAGTCTACAGGAGTAATTTAGTGAATCTGGAAATGTAACCCTCATGATTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165337937 125 - 196418989 TTTAAGGTGGATGTATATCAATTAAGGTTGATAAGTTTGATTCTCTTCTGTTCCCTAAACACTTGAATTTGAAGGCTACACTAGTAATTTAGTGAATCTGTAAATGTAAGCATCATGATTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17179114 52 +  48129895 AAAAGTGAATTTATATTTTCATTGTATCTTCTTCCTAAATATTTCAAATACA
s panTro2.chr21  15899769 52 +  46489110 AAAAGTGAATTTATATTTTCATTGTATCTTCTTCCTAAATATTTCAAATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487748 52 +  48394510 AAAATTGAATTTATATTTTCATTGTATCTTCTTCCTAAATATTTCAAATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-26580.000000
s hg19.chr21     17179230 43 +  48129895 tc-tttttcttttccgtgtttgtttttttttgagacacagtttt
s panTro2.chr21  15899885 43 +  46489110 tc-tttttcttttccgtgtttgtttttttttgagacacagtttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487864 43 +  48394510 tcttttttcttttccgtgtttg-ttttttttgagacacagtttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165338177 43 - 196418989 TTCTTTTTCTTTTCCATTTTTG-TGTTTTTGGAGACACGGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38137.000000
s hg19.chr21     17179273 134 +  48129895 gttttgtcacctaggctag------------------agtacagtggtatgac---------------------------------------------------------------aatggctcactgcagcatcagcctcctgggctcaacccttccccagacctcagtctcccaagtagctgagaccacaggcacatgccaccgcgcctggca
s rheMac2.chr3  165338220 215 - 196418989 GTTTTGTCACCCAGGCTGGTATAATGTCAtacagtgctatacagtggtatgacaaatggcttacagtgtcatacaggtatggcaaatggcttacagtgtcataaagtggtatgacaaatggctcactgtagcatcagcctcctgggctcaagccttccccatgcctcagtctcctaagtagctgagaccacaggcacatgccaccgcgcctggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15487907 134 +  48394510 gttttgtcacctaggctgg------------------agtacagtggtatgac---------------------------------------------------------------aatggctcactgcagcatcagcctcctggtctcaagccttccccatacctcagtctcccaagtagctgagaccacaggcacatgccactgtgcctggca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15899928 134 +  46489110 gttttgtcacctaggctag------------------agtacagtggtatgac---------------------------------------------------------------aatggctcactgcagcatcagcctcctgggctcaacccttccccagacctcagtctcccaagtagctgagaccacaggcacatgccaccgcgcctggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=57909.000000
s hg19.chr21     17179407 33 +  48129895 aataattttattttatttttatagagacaggat
s rheMac2.chr3  165338435 33 - 196418989 aataattgtattttatttttatagagacaggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488041 33 +  48394510 aataattttattttatttttatagagacaggat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15900062 33 +  46489110 aataattttattttatttttatagagacaggat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=44205.000000
s hg19.chr21     17179440 32 +  48129895 ctccctatgttgccaagcctggtctcgaactc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=63119.000000
s hg19.chr21     17179472 57 +  48129895 ctgggctcaagctatcctcctggtttggcctcccaaagtgctaggattatagacatg
s panTro2.chr21  15900127 57 +  46489110 ctgggctcaagctatcctcctggtttggcctcccaaagtgctaggattatagacatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488106 57 +  48394510 atggactcaagctgtcctcctggtttggcctcctgaagtgctaggattatagacatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-38272.000000
s hg19.chr21     17179529 55 +  48129895 agccaccacacttggccCCAATTGATACTGTCAATTTTAATCATACCTTTAATTG
s rheMac2.chr3  165338532 50 - 196418989 -----ccaCACCTGGCCCCAATTGATACTGTCAGTTTTAATCATACCTTTAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 I 70
s ponAbe2.chr21  15488163 55 +  48394510 agccaccacacctggccCCAATCGATACTGTCAATTTTAATCATACCTTTAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15900184 55 +  46489110 agccaccacacttggccCCAATCGATACTGTCAATTTTAATCATACCTTTAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=226156.000000
s hg19.chr21     17179584 28 +  48129895 TTTTATTTTATAATTGTCAATTTTAGAT
s panTro2.chr21  15900239 28 +  46489110 TTTTATTTTATAATTGTCAATTTTAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488218 28 +  48394510 TTTTATTTTATAATTGTAAATTTGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165338652 28 - 196418989 TTTTATTTTATAATTGTCAATTTTAGAT
i rheMac2.chr3  I 70 C 0

a score=128190.000000
s hg19.chr21     17179612 21 +  48129895 TGATTTCTAAGAAAGATAGGG
s panTro2.chr21  15900267 21 +  46489110 TGATTTCTAAGAAAGATAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488246 21 +  48394510 TGATTTCTAAGAAAGATAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165338680 21 - 196418989 TGATTTCTAAGGAAGATAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=645773.000000
s hg19.chr21     17179633 123 +  48129895 ATTAACTTCTGAAAAATATTGTGTTAGCTAGGAAACCTTATTTTTTGTTGGATGTAATGTTTAAGTGAATTAAAGTTATACAAAAGTATGAAAAGTTGTTTTAAGGTGTT-ACAAtagttccta
s panTro2.chr21  15900288 124 +  46489110 ATTAACTTCTGAAAAATATTGTGTTAGCTAGGAAACCTTATTTTTTGTTGGATGTAATGTTAAAGTGAATTAAAGTTATACAAAAGTATGAAAAGTTGTTTTAAGGTGTTAACAAtagttccta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488267 123 +  48394510 ATTAACTTCTGAAAAATATTGTGTTAGCTAGGAAACCTTATTTTTTGTTAGATATAACGTTTAAGTGAATTAAAGTTATACAAAAGTATGAAAAGTTGTTTTAAGGTGTT-ACAAtagttccta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165338701 123 - 196418989 ATTAACTTCTGAAAAATATTGTGATAGCTAGGAAACCTTATTTTTTGTTAGATATAACCTTTAAGTGAATTAAAGTTATACAAAAGTATGAAAAGTTGTTTTAAGATGTT-ACAGtagttcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=856303.000000
s hg19.chr21     17179756 140 +  48129895 aggacagtcgtaacaaattacaacaaatggagtggttaaaaacaaaaggttattctctaatagttctagagggcagaggtccagagtaaaggtgttggcagggccacacttcctccattggctctgagggagaatc---cttt
s panTro2.chr21  15900412 140 +  46489110 aggacagtcgtaacaaattacaacaaatggagtggttaaaaacagaaggttattctctaatagttctagagggcagaggtccagagtaaaggtgttggcagggccacacttcctccattggctctgagggagaatc---cttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488390 140 +  48394510 aggacagtcgtaacaaattacaacaaacggagtggttaaaaacaaaagattattctctaacagttctagagggcagaggttcagagtaaaggtgttggcagggccacacttcctccattggctctgggggagaatc---cttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165338824 143 - 196418989 aggacagtcgtaacaaattgcaacagacggagtggttaaaaacaaaagattattctccaacagttctagagggcagaggtctagaataaaggtgttggcagggccccacttcctccagtggctctaggggagaatccttcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=291029.000000
s hg19.chr21     17179896 59 +  48129895 gcttccaccgtactctggtggctgttggtgttccttgccttgaggcagcatagctccaa
s panTro2.chr21  15900552 59 +  46489110 gcttccaccgtactctggtggctgttggtgttccttgccttgaggcagcatagctccaa
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s ponAbe2.chr21  15488530 59 +  48394510 gcttccaccgtactctggtggctgttggtgttccttggcttgaggcagcatagctccaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165338967 59 - 196418989 gcttccaccgtattctggtggctgttggtgttccttggcttgaggcagcatagctccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=299255.000000
s hg19.chr21     17179955 85 +  48129895 tctctgtcttcctcttcatgtggctttccctcatgtgtctgtctgtcttctggttttctgtttcttacaagaacactcaccattg
s panTro2.chr21  15900611 85 +  46489110 tctctgtcttcctcttcatgtggctttccctcatgtgtctgtctgtcttctggttttctgtttcttacaagaacactcaccattg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488589 85 +  48394510 tctctgtctccctcgtcatatgactttccctcatgtgtctgtctgtcttctggttttctgtttcttataagaacactcaccattg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339026 85 - 196418989 tccctgtctccctcttcatatggctttccctcatgtgtctgtctgtcttctggttttctgtttcttataagaacactcaccattg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=274260.000000
s hg19.chr21     17180040 38 +  48129895 gatttagccccagccctaatccaggctgatctcatctc
s rheMac2.chr3  165339111 38 - 196418989 gatttagccccagccctaatccaggctgatctcatctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488674 38 +  48394510 gatttagccccagccctaatccaggctgatctcatctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15900696 38 +  46489110 gatttagccccagccctaatccaggctgatctcatctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=549303.000000
s hg19.chr21     17180078 69 +  48129895 aagatccttaccttaattatattgacaaagaccattattctaaatagtgtcacattttgaggatctagg
s rheMac2.chr3  165339149 69 - 196418989 aagatccttaccttaattatattgacaaagatcattattccaaatagtgtcaccttttgagggtctagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488712 69 +  48394510 aagatccttaccttaattatattgacaaagaccattattctaaatagtgtcacattttgaggatctagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15900734 69 +  46489110 aagatccttaccttaattatattggcaaagaccattattctaaatagtgtcacattttgaggatctagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=384531.000000
s hg19.chr21     17180147 90 +  48129895 tggacatatatttttgcaggctactattcaacccGCCACAGATGTTATGAATGTTTACAGCTGGATTTTTGCGTTGCGTTTAGTCCTATT
s panTro2.chr21  15900803 90 +  46489110 tggacatatatttttgcaggctactattcaacccGCCACAGATGTTATGAATGTTTACAGCTGGATTTTTGCGTTGCGTTTAGTCCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488781 90 +  48394510 tggacatatatttttgcgggctactattcaacccaccacaGATGTTATGAATGTTTACAGCTGGATTTTTGTGTTGCGTTTAGTCCTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339218 90 - 196418989 tggacatacatctttgcgggctactattcaacccaCCGTAGGTATTATGAATGTTTACAGCTAGATTTTTGTGTTGCGTTTAGTCctatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=463882.000000
s hg19.chr21     17180237 74 +  48129895 TAACTCTACAGCTTTGGAGCAGTTTACTTAAGCTTCCCAGACTTTAGTTTCAACATTTTTTTGAGGTTAATATA
s panTro2.chr21  15900893 74 +  46489110 TAACTCTACAGCTTTGGAGCAATTTACTTAAGCTTCCCAGACTTTAGTTTCAACATTTTTTTGAGGTTAATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488871 74 +  48394510 TAACTCTACAGCTTTGGAGCAATTTACTTAAGCTTCCCAGACTTTAGCTTCAACATTTTTTTGAGGTTAATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339308 71 - 196418989 taactctgcagctttggagcaatttacttaagctttccagactttagtttcaacttttttttaaggttaat---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=787309.000000
s hg19.chr21     17180311 106 +  48129895 AAGTTGGCCTACATGCTCTTTAAGAAACTGCTGGCTGAAAAAATATATGATAGTAAGTTTGTTTTGTATTTGGGGCTATTTTGGTAAGTAAGGACAAATTGCTTAC
s rheMac2.chr3  165339379 102 - 196418989 aagttggcctacgtgctctttaagaaacttctggctgaaaaaatgtatgatAGTAAGTTTGTTTTATATTTGGGGCTATTTTGA----TAAGGGCAAATTGCTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15488945 106 +  48394510 AAGTTGGCCTACATGCTCTTTAAGAAACTGCTGGCTGAAAAAATATATGATAGTAAGTTTGTTTTGTATTTGGGGCTATTTTGATAAGTAAGGGCAAATTGCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15900967 106 +  46489110 AAGTTGGCCTACATGCTCTTAAAGAAACTGCTGGCTGAAAAAATATAGGATAGTAAGTTTGTTTTGTATTTGGGGATATTTTGGTAAGTAAGGACAAATTGCTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=527824.000000
s hg19.chr21     17180417 114 +  48129895 TACTGATTCATCTGCCTGTAAGCAGCCTCAGTAGAGTTGATTTATTG-TTTTTCCCTTATGTTCTATTTATTATTTTCTGTGTTCCAACTCACGTTATTGAAAGAATTATGGTAG
s panTro2.chr21  15901073 114 +  46489110 TACTGATTCATCTGTCTGTAAGCAGCCTCAGTAGAGTTGATTTATTG-TTTTTCCCTTATGTTCTATTTATTATTTTCTGTGTTCCAACTCACGTTATTGAAAGAATTATGGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489051 114 +  48394510 TACTAATACATCTGTCTGTAAGCAGCCTCAGTAGAGTTGATTTATTG-TTTTTCCCTTATGTTCTATTTATTATTTTCTGTGTTCCAACTCACGTTATTGAAAGAATTATGGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339481 115 - 196418989 TACTGATTCATCTGTCTTTAAGCAGCCTTAGTAGAGTTGATTTATTGCTTTTTCCCTTGTGTTCTATTTATTATTTTCTGTGTTCCAACTCACGTTATTGAAAGAATTATGGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=109829.000000
s hg19.chr21     17180531 45 +  48129895 TTGATAACACAACTGCCACAACCTATTCCTGTTTTTCCGTGTTGG
s panTro2.chr21  15901187 45 +  46489110 TTGATAACACAACTGCCACAACCTATTCCTGTTTTTCTGTGTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489165 45 +  48394510 TTGATAACACAACTGCCACAGCCTATTCCTGTTTTTCTGTGTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339596 45 - 196418989 TTGATAACACAACTGCTACAACCTATTCCTGTTTTTCTATGTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305935.000000
s hg19.chr21     17180576 55 +  48129895 GAGAGCAAAGACCAAAGGCATGGTGAAAGGTGATAAATGGGCTGGTTCTGAATGA
s panTro2.chr21  15901232 55 +  46489110 GAGAGCAAAGACCAAAGGCATGGTGAAAGGTGATAAATGGGCTGGTTCTGAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489210 55 +  48394510 GAGAGCAAAGACCAAAGGAATGGTGAAAGGTGATAAATGGGCTGGTTCTGAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339641 55 - 196418989 AAGAGCAAAGATCAAAGGAATGGTGAAAGGTGATAAATGAGCTGGTTCTGAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310311.000000
s hg19.chr21     17180631 59 +  48129895 TAGTAAAGGTAGATATGGCTTAAAAAGTTGTGTGTGTAAGTTGAATTAAGAAAAGTGAA
s panTro2.chr21  15901287 58 +  46489110 TAGTAAAGGTAGATATGGCTTAAAAAGTTGTGTGTGTAAGTTGAATTAAGAAAA-TGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489265 58 +  48394510 TAGTAAAGGTAGATATGGCTTAAAAAGTTGTGTGTGTAAGTTGAGTTAAGAAAA-TGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339696 58 - 196418989 TAGTAAAGGTAGATATGGCTTGAAAAGTTGTGTGTGTAAGTTGAATTAAGAAAA-TGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=743469.000000
s hg19.chr21     17180690 86 +  48129895 TTGTGGAAAGAGACTAGTCTTCCTTCTAAGAGAGAAGCCAGTCATAATTCTTTATAAAACGAAGAACTGTTTGCTAAGATGATTTC
s panTro2.chr21  15901345 86 +  46489110 TTGTGGAAAGAGACTAGTCTTCCTTCTAAGAGAGAAGCCAGTCATAATTCTTTATAAAATGAAGAACTGTTTGCTAAGATGATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489323 86 +  48394510 TTGTGGAAAGAGACTAGTCTTCCTTCTAAGAGAGAAGCCAGTCATAATTCTTTATAAAATGAAGAACTGTTTGCTAAGATGATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339754 86 - 196418989 TTGTGGAAAGAGACTAGTCTTCCTTGTAAGAGAGAAGCCAGTAATAATTCTTTATAAAATAAAGAACTGTTTGGTAAGATGATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=302808.000000
s hg19.chr21     17180776 33 +  48129895 TTCATTTTATAAAGATTCATTACAGAGCTCTTT
s panTro2.chr21  15901431 33 +  46489110 TTCATTTTATAAAGATTCATTACAGAGCTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489409 33 +  48394510 TTCATTTTATAAAGATTCATTACAGAGCTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339840 33 - 196418989 TTCATTTTATAAAGATTCATTACAGAGCTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-115705.000000
s hg19.chr21     17180809 28 +  48129895 GGGTGGGGAGTAATGATTATTTTTTAAA
s panTro2.chr21  15901464 28 +  46489110 GGGTGGGGAGTAATGATTATTTTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489442 28 +  48394510 GGGTGGGGAGTGATGATTATTTTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339873 28 - 196418989 AGGTGGTGAGTAATGATTATTTTTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-18762.000000
s hg19.chr21     17180837 35 +  48129895 AATCTCATTTGTAAGTTTGGTTTTTGATtgtgtgt
s panTro2.chr21  15901492 35 +  46489110 AATCTCATTTGTAAGTTTGGTTTTTGATtgtgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489470 35 +  48394510 AATCTCATTTGTAAGTTTGGTTTTTGATtgtgtgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339901 34 - 196418989 AATCTCATTTGTAAGTTTGGTTTTTGg-tgtgtgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-161872.000000
s hg19.chr21     17180872 26 +  48129895 gtgtgtgtgtgtgtg--------------tgtgtATTTTA
s rheMac2.chr3  165339935 40 - 196418989 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489505 32 +  48394510 gtgtgtgtgtgtgtg--------tgtgtgtgtgtATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15901527 32 +  46489110 gtgtgtgtgtgtgtg--------tgtgtatgtgtATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-54789.000000
s hg19.chr21     17180898 33 +  48129895 AAGTGAAACCCAATAATTGATTATC-ATATAATG
s panTro2.chr21  15901559 34 +  46489110 AAGTGAAACCCAATAATTGATTATCAATATAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489537 34 +  48394510 AAGTGAAACCCAATAATTGATTATCAATATAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165339975 33 - 196418989 GAGTG-AACCCAATCATTGAATATCAATATAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=751984.000000
s hg19.chr21     17180931 87 +  48129895 CTTGTTTTTTCAAATATCTTATATCCTGGTTAAATTATAAAAGTTTCTTGCATTTCGTGTGAAACATTTCACTTGTTATCTTTGTAA
s rheMac2.chr3  165340008 82 - 196418989 CTTGTTTTTTCAAA-----TATATCCTGGTTAAATGATAAAAGTTTCTTGCATTTTGTGTGAAACATTTCACTTGTTATCTTTGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489571 87 +  48394510 CTTGTTTTTTCAAATATCTTATATCCTGGTTAAATTATAAAAGTTTCTTGCATTTCGTGTGAAACATTTCACTTGTTATCTTTGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15901593 87 +  46489110 CTTGTTTTTTCAAATATCTTATATCCTGGTTAAATTATAAAAGTTTCTTGCATTTCGTGTGAAACATTGCACTTGTTATCTTTGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=100279.000000
s hg19.chr21     17181018 29 +  48129895 GGAGTTGGTAATTATATATTTCAACAACT
s rheMac2.chr3  165340090 29 - 196418989 GAAGTTAGTGATTATATATTTCAGTAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489658 29 +  48394510 GGAGTTGGTAATTATATATTTCAACAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15901680 29 +  46489110 GGAGTTGGTAATTATATATTTCAACAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3602.000000
s hg19.chr21     17181047 24 +  48129895 GGCTCTAGGTTTGATGTTACAACA
s rheMac2.chr3  165340119 24 - 196418989 GGCTCTAGGTTTGATGTTATAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489687 24 +  48394510 GGCTCTAGGTTTGATGTTACAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15901709 24 +  46489110 GGCTCTAGGTTTGATGTTACAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-52797.000000
s hg19.chr21     17181071 12 +  48129895 TCTAGTATTTTT
s panTro2.chr21  15901733 12 +  46489110 TCTAGTATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489711 12 +  48394510 TCTAGTATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165340143 11 - 196418989 TCTAGTA-TTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=120228.000000
s hg19.chr21     17181083 29 +  48129895 TTTTTAGTAGGCTCAAATATCAACAGGCT
s rheMac2.chr3  165340154 29 - 196418989 TTTTTAGTAGGCTCAAATATCAACAGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489723 29 +  48394510 TTTTTAGTAGGCTCAAATATCAACAGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15901745 29 +  46489110 TTTTTAGTAGGCTCAAATATCAACAGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4475953.000000
s hg19.chr21     17181112 101 +  48129895 TTTTTCTTTTCACAGCAAGATGTGAGTGAGTTTACACACAAATTATTAGATTGGTTAGAAGATGCCTTCCAAATGAAAGCTGAAGAGGAGACGTAAGTTAC
s panTro2.chr21  15901774 101 +  46489110 TTTTTCTTTTCACAGCAAGATGTGAGTGAGTTTACACACAAATTATTAGATTGGTTAGAAGATGCCTTCCAAATGAAAGCTGAAGAGGAGACGTAAGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489752 101 +  48394510 TTTTTCTTTTCACAGCAAGATGTGAGTGAGTTTACACACAAATTATTAGATTGGTTAGAAGATGCCTTCCAAATGAAAGCTGAAGAGGAGACGTAAGTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165340183 101 - 196418989 TTTTTCTTTTCACAGCAAGATGTGAGTGAGTTTACACACAAATTATTAGATTGGTTAGAAGATGCCTTCCAAATGAAAGCTGAAGAGGAGACGTAAGTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122135.000000
s hg19.chr21     17181213 43 +  48129895 CGTGAAGTTTAGCAAT-GGGGTTTTAGGAATTCATTAGATAGCA
s panTro2.chr21  15901875 44 +  46489110 CGTGAAGTTTAGCAATGGGGGTTTTAGGAATTCATTAGATAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489853 43 +  48394510 CGTGAAGTTTAGCGAT-GGGGTTTTAGGAATTCATTAGATAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165340284 43 - 196418989 CATGAAGTTTAGCAGT-GGGGTTTTAGGAATTCATTAGATAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=180335.000000
s hg19.chr21     17181256 28 +  48129895 TGTATTAAATGTCAACAGAGAAATAAGA
s panTro2.chr21  15901919 28 +  46489110 TGTATTAAATGTCAACAGAGAAATAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489896 28 +  48394510 TGTATTAAATGTCAGCAGAGAAATAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165340327 28 - 196418989 TGTATTTAATGTCAACGGAGAAATAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=613342.000000
s hg19.chr21     17181284 56 +  48129895 AATCAAGACAGACTTATGGGAATCCCAGTATTTTCTGTATTATTGACAAGCTGTTT
s panTro2.chr21  15901947 56 +  46489110 AATCAAGACAGACTTATGGGAATCCCAGTATTTTCTGTATTATTGACAAGCCGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489924 56 +  48394510 AATCAAGACAGACTTATGGGAATCCCAGTATTTTCTGTATTATTGACAAGCTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165340355 56 - 196418989 AATCAAGACAGACTTATGGGAATCCCAATATTTTCTGTATTATTGACAAGCTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-165854.000000
s hg19.chr21     17181340 34 +  48129895 AGAATTTGCAGGCACAAATAATAGTGTAAC-CAAA
s panTro2.chr21  15902003 34 +  46489110 AGAATTTGCAGGCACAAATAATAGTGTAAC-CAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15489980 35 +  48394510 AGAATTTGCAGGCACAAATAATAGTCTAACAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165340411 34 - 196418989 GGAATTTGCAGGCACAAATAATGATCTAAC-CAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=801373.000000
s hg19.chr21     17181374 117 +  48129895 AAAATCTAAAAAGTGATCCCTGGAAgagctagtcttacatgcccagttccttttcttagattcaataatcacttttcatgacgaggaatgaatttgcggtggagaaagatgtcagga
s panTro2.chr21  15902037 117 +  46489110 AAAATCTAAAAACTGATCCCTGGAAGAGCTAGTCTTACATGCCCAGTTCCTTTTCTTAGATTCAATAATCACTTTTCATGACGAGGAATGAATTTGCGGTGGAGAAAGATGTCAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15490015 117 +  48394510 AAAATCTAAAAAGTGATCCCTggaagagctagttttacatgcccagttccttttcttagattcaataatcacttttcatgacgaggaatgaatttgcggtggagaaagatgacagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165340445 117 - 196418989 AAAATCTAAAAAGTGGTCCCTGAAAGAGCTAGTCTTACATGCCCAGTTCCTTTTCTTAGATTCAGTAATCACTTTTCATGAGGAGGAATGAATTTGCCGTGGAGAAAGATGTCAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15904670 39 +  46489110 GAA----AAATCAGTGAAGAGTGATACTACTCCATTTAAGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15492642 43 +  48394510 GAAATTCAAATCACTGAAGAGTGATACTACTCCATTTAAGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377342.000000
s hg19.chr21     17184048 58 +  48129895 AATACCTGTTTCTTAAAATTTGGCCTAAGTAGTTTCTGTTTGGGTTCCCTAACAAGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15492685 58 +  48394510 AATACCTGTTTCTTAAAATTTGGCCTAAGTAGTTTCTGTTTGGGTTCCCTAACAATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=169102.000000
s hg19.chr21     17184106 63 +  48129895 AGGAGA--CTCTTTAAATGTAACTTCATGTAATAATATTAGGTCCCAAAGCATAAACTTTTGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15492743 63 +  48394510 AGGAGA--CTCTTTAAATGTAACTTCATGTAATAATATTAGGTCCCAAAGCATAAACTTTTGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17184169 50 +  48129895 AATTGTTTTTCTCACATCACCCAATGCATCAACTTTTGAAAGTTATCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=278904.000000
s hg19.chr21     17184219 46 +  48129895 TTCCAGATCAGCTAAAGTGTAAAATTTGAAAAAATGCTTTTTCTTC
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a score=787910.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=104447.000000
s hg19.chr21     17184334 112 +  48129895 ATACTAACTCAGATGTTGGCCCTTTAAAAAGTCTTAGTGACATGTTCGTACGTTTTTGTTTGTTTCAAGTGGTAACAACTTATATATAAGTTGTTT----tatatatatatgcaca
s panTro2.chr21  15904995 116 +  46489110 ATACTAACTCAGATGTTGGCCCTTTAAAAAGTCTTAGTGACATGTTCGTACGTTTTTGTTTGCTTCAAGTGGTAACAACTTATATATAAGTTGTTTtatatatatatatatgcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165343372 108 - 196418989 ATACGAACTCAGATGTTGACCCTTTAAAAAGTCTTAGTGAAGTGTTCATACATTTCTGTTTGTTTCAAATGGTAACAGCTtatatataagttgtta----tatataca----caca
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=244505.000000
s hg19.chr21     17184446 114 +  48129895 tatatatgagttaatatatataagtttatatatatatgtaGAATATTTTACATAGTACATTTACGTTGGGTCATTCATCTTAATCATTCTGATTTTATTTGAAGTAGAACAC--TA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=300268.000000
s hg19.chr21     17184560 127 +  48129895 TCTGATGCAGCGAGTAGGTCTCATCAGGTCATGACTAGGCACTGTTTATAATACCCTGCATGAGCATTTCTACCTGTATTATATTGATTCCTAAAATTGATTGTTATTAAAATATTTAATTTGTTgg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15905352 74 +  46489110 ctgggtgcggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggagcccgaggctggtggatcatgaggtcaggaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15493320 74 +  48394510 ctgggtgcggtggctcgcgcctgtaatcccagcactttgggagcccgaggctggtggatcatgaggtcaggaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165343721 74 - 196418989 ctgggcgtagtggctcacgcatgtaatctcagcactttgggaggccgaggcgggctgattacgaggtcagcaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=11963.000000
s hg19.chr21     17184761 80 +  48129895 tcaagaccatcctggctaacacggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaaaaattagccaggcgtggtggcagg
s rheMac2.chr3  165343795 51 - 196418989 tcgagaccatcctggctaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatac-a----------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15905426 79 +  46489110 tcaagaccatcctggctaacacggtgaaaccctgtctctactaaaaatac-aaaaaaaattagccaggcgtggtggcagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-7660.000000
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s ponAbe2.chr21  15493473 42 +  48394510 cacctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15905505 42 +  46489110 cgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

a score=-15572.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

a score=-4537.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15905742 98 +  46489110 CGTTTTCACTTGAACTATGTGTTTGCTTCAGTAAAAGTAATTTATTTCAGAGTACTTTCTTATCACTTTTTACATAGATCTTCCTAATACTTTCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846   1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15906109 122 +  46489110 agaaatgggctaactgtagtggatcatgaatttgagtgatactgagctttggtgctcccaatcctataacccaacttgttctgtgtaatcaccattctttctctcatttactgcaataaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846   1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  15906336 184 +  46489110 CACAGGTTTTGTCCAGTCCCCGAatctaattttacatttgtggttttgtatcatattctaaaaacacaacattcccaaatatatgagcctcaggctccgtaacctagatctatcactACctctactatatttttacctgctcctacatataataaaggaattacccagttttatatcaaaagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15494299 184 +  48394510 CACAGGTTTTGCCCAGTCCCTGAATCTAATTTTACATTTGTAGTTTTGTATCATATTCTAAAAACACAACATCCCCAAATATATGAGCCTCGGGCTCCATAACCTAGATCTATCGCTACCTCTACTATATTTTTACCTGCTCCTACATGTAATAAAGGAATTACCCAGTTTTATATCAAAAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846   1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 1075
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846    1 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846    1 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15494531 1075 +  48394510 M

a score=-15973.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846    1 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15494531 1075 +  48394510 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846    1 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846    1 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846   1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=33821.000000
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s ponAbe2.chr21  15497985 34 +  48394510 tctggcttttgtaacaccatattcttgcagcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15909476 34 +  46489110 tctggcttttgtaacaccatattcttgtggcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165343846  1 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  15909510 27 +  46489110 tttcctgcctcagtgggtacttctaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15498019 27 +  48394510 tttcctgcctctgtgggtacttctaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165343874 144 - 196418989 AAAAGTTGTATTTATAGTCTCTTTTTGCATAtaaaggtagcagaaccttaggactttgtttaggcccattttttcttcctgtctcatcccctaggcatctcattcactgccttaatttcctgctgtcaataagccagcaattct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165344018 93 - 196418989 atctttattccagaatattaatcttagttatagactcatattcaactctcttctcaaATTGAAATCTCGTGGGTCATAATGAACCAGTGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15498391 305 +  48394510 ctttgggaggctgaggcaggtggatcacttgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaacctcacctctattgaaaatacaaaaattaagtcaggtgtggtggtgggcgcctgtaatcccagctgctagagacgctgaggcaagagaattgctggaactcgggaggcggagtttgcagtgagccgagatcacaccactgagctccagactgggcgacagagcgagactctgtctcaataaaaaataaaat--------------------atcatcatcatcatcatctagttgtt--aaaa--aaaaaatatagta
i ponAbe2.chr21 C 0 I 6
s panTro2.chr21  15909886 306 +  46489110 ctttgggaggctgaggcaggtggatcacttgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccacctctactgaaaatacaaaaatt-agtcgggtgtggtggtgggctcctgtaatcccagctactagggaggctgaggcaagagaattgctggaactcgggaggcggagtttgcagtgagccgagatcacaccactgagctccagactgggtgacagagcgagactctgtctcaataaaaaataaaat--------------------gtcatcatcatcatcatctagttgttcaaaaa--aaaaaaaatagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 6 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15910286 235 +  46489110 tggtgcccttccttgcatatatgtataaatg-tatatgtatgtaattttatctcttttgtgtatttttacttttaacaaccttcatccatgctacctttatttctggaaagattctgcaatagtcttttaacagatgaccacccacttcacacagggactttaaaggtgtttcagagacataaacctgagcctgttattcttagatttaaccattcagtgactgtattagtccatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165344650 151 - 196418989 tggtgctcctccttgtatatatgtataaatg-tatata---------ttatct----------------cttttaacaatcttaatccatgctacctttatttctggatggattctgcaatagtcttttaacagatgaccacctagttcacacAGGGACTTTAAAGGTGTTtcag-----------------------------------------------------------tt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15499028 233 +  48394510 tacatgctgctgataaagacatacccgagaccgggcaatttgcaaaagaaagaggtttaatggactcacagttttacatggctggggaggcctaacaat--------------------catggcagaaggt-gaagggcatgtctcacttggtggcagacaagagaagagaacgagagccaagccaaaggggaaaccccttataaaaccatcacatctcatgaggcatattcactaccacgagaacggtatgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15910521 253 +  46489110 tacatgctgctgataaagacatacccgagaccgggcaatttgcaaaagaaagaggtttaatggactcacagttttacatggctggggaggcctaacaatcatgggctggggaggcctaacatggcagaaggt-gaagggcatgtctcacttggtggcagacaagagaagagaacaagagccaagccaaaggggaaaccccttataaaaccatcacatctcatgaggcatattcactaccatgagaaccgtatgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15500890 177 +  48394510 GTAGCTGCCTCTGTGTAGCCATTCATCCATGCATTCATCTGTCAGGGAGTTTTGGCACTGTAATAGTAAGCAAAGGACAT---ATGTGCTTCCCCAATCAGTCATTGTTAAGCAATTGCTGATAGTTGTCTAGCTGTtaagctccatgaatgtggctagaggtctttatctgtgtcattc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165346664 179 - 196418989 GTAGCTGCATCTGTGTAGCCATTCATCCGTGCATTCATCTGTCAGGGAGTTTTGGCACTGTAATAGTAAGCAAAGGACATATCATGTGCTTCTCCAATCAGTCATTGTTAAGCAATTGCTGATAGTTGTCTAGCTGTtaagctccatgaatgtgggtagagg-ctttatctgtgtcattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165346843 49 - 196418989 attactatatccctagtggtagtatggtggctgcatacataatatttat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165346892 90 - 196418989 tgaatgaatgaatGAAATGTCTTGGTACTTATCTAACAAGTTTCTGAGGTCTTTATACTGAATAGGTGCTTAATAAATATTAAGTGATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17192036  99 +  48129895 GATGTCTCTGTGTTTATCTAAAAGGAGACTTTGTTCTTGTGTTTTTGAGAACAAATTGCTTTTGTCTAAATTTTAA--TTTTTTTTTCTTAAAGATGCAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15501725 103 +  48394510 --TTTTTATATTATCAGAGTAGCTGAAATACACTATGGTTTATTGGTAATCTTTCTCATATATTCCCAGCTTTTAAAAA-TTTTTATTGTGCACAGAATTGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165347873 49 - 196418989 CTATCACTGACTAAAGTATAATATCAGTTTTTAAAAAATAAC--ATTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=439953.000000
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s panTro2.chr21  15914401 77 +  46489110 gcgcacttaggaatgaagtatagttagaagtagaatctttgggtcacagggcatactcatttagatgtgttggtact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15503065 77 +  48394510 GCACACTTAGGAATGAAGAATAGTtagaagtagaatctttgggtcacagggcatactcatttagatgtgttggtact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165348665 77 - 196418989 GAGCACTTAGGAATGAAGTATAGTtagaagtaggatctttgggtcacagggcatactcatttaaatgttttggtact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=472743.000000
s hg19.chr21     17193799 80 +  48129895 gccaaatttcccttcacaaagttgtaccaagttataATA--AAGTGCTAGAAGGAGTTTTTACAAAGCTTTAAAAACAAAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165348742 82 - 196418989 gccaaatttcccttcacaaagttataccaAGTTATAATAATAAGTGCTAGAAGGAGCTTTTACAAAGTTTTAAAAACAAAAT
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a score=294503.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=118707.000000
s hg19.chr21     17194050 55 +  48129895 GTTTGATATTCCGTGGGGAATTTGAAGTGATAGGTGTGTTTTTTCTGTTG------TTTTT
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a score=215844.000000
s hg19.chr21     17194105 59 +  48129895 TTCTCTCCACATTTGTGTAATCCTCTCATAAAAGCAAGGTATCTTATACACTTTAATAG
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a score=143115.000000
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a score=104912.000000
s hg19.chr21     17194226 38 +  48129895 TGAGATTTCTAGAATTGTGATGAATTTAGAAGCACTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 3

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165350284 156 - 196418989 AAATTCACTTTGCCAGGTGTGTGCCAATCATGC-TTTTTTTGGATGTTCAAATTTATATTTAGTATATTCTTAACTTATTGACAGATGTGTGGTGGCATTTTGTGACACTTGAAATTAT--CACACAATAGAATATGCAGCAGTTTTGCATATTGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17195489 62 +  48129895 GTTTATAATAAGCACTTCAGAAC----TATTTTATACTTCTGTTCTTTGTTGATTTACATACAATC
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 12
s rheMac2.chr3  165350440 58 - 196418989 GTTTATAATAAGCACTTCAGAAATACTTATTTTATACTTCTGTTATATGTTGATTTAC--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 14

a score=-10576.000000
s hg19.chr21     17195551 7 +  48129895 TTTCTTT
s panTro2.chr21  15916245 7 +  46489110 TTTCTTT
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a score=91101.000000
s hg19.chr21     17195558 25 +  48129895 CTCTTTAAATACATATGCTTATGTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=192250.000000
s hg19.chr21     17195583 31 +  48129895 TAATTTGAGGTTGTATATGAAAATAATTTTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15916308 104 +  46489110 TTTTAAAAATGTTGAATTTCATGCTTAATTGAACAGTTACCAAAGCATGTATGGGGATTAGGGGCTGGGGGTAGGGGAAGGAAATTATAGCTATACTCATTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15504972 104 +  48394510 TTTTAAAAATGTTGAATTTCATGCTTAATCGAACAGTTACCAAAGGATGTGTGGGGATTAGGGGCTGGGGGTAGCGGAAGGAAATTATAGCTATATTCATTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165350574  98 - 196418989 TTTTAAAAATGTTGAATTTCATGCTTAATTGAACAGTTACTAAAACATATAT--GGATTAGGGGCTGCAGTTAGGGGAAGGAAATTATAGCTATACTCA----C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17195718 60 +  48129895 AGAATTTGGCTCATAGCAATGAGACATTCAATTCTTTAAACACTAGTTATTTTAAAAGAT
s panTro2.chr21  15916412 60 +  46489110 AGAATTTGGCTCATAGCAATGAGACATTCAATTCTTTAAACACTAGTTATTTTAAAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505076 60 +  48394510 ATAATTTGGCTCATAGCAATGAGACATTCAATTCTTTAAACACTAGTTATTTTAAAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165350672 60 - 196418989 ATAATTTGGCTCATAGCAATGAGACATTCAATTCTTTAAACGCTAGTTATTTTAAAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-10411.000000
s hg19.chr21     17195778 32 +  48129895 TTTAAGTAAATTACTC--TAAGTATTAACTTTTT
s panTro2.chr21  15916472 32 +  46489110 TTTAAGTAAATTACTC--TAAGTATTAACTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505136 32 +  48394510 TTTAAGTAAATTACTC--TAAGTATTAACTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165350732 34 - 196418989 TTTAAATAAGTTACTCTTTAAGTACTAACTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=140399.000000
s hg19.chr21     17195810 36 +  48129895 GTTAGTGATATGTCTTTTTCATAAATTAGTATGAAA
s panTro2.chr21  15916504 36 +  46489110 GTTAGTAATATGTCTTTTTCATAAATTAGTATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505168 36 +  48394510 GTTAGTGATATGTCTTTTTCATAAATTAGTATGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165350766 36 - 196418989 GTTAGTGATATGTCTTTTTCATAAATTAGTATAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200001.000000
s hg19.chr21     17195846 67 +  48129895 TCCAGCAGAGGAGCTAAAGCTAAAACAGGAAAACACCATTTTTTCATTTTTAGTATGAGAGTTGTGA
s panTro2.chr21  15916540 67 +  46489110 TCCAGCAGAGGAGCTAAAGCTAAAACAGGAAAACACCGTTTTTTCATTTTTAGTATGAGAGTTGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505204 67 +  48394510 TCCAGCAGAGGAGCTAAAGCTAAAACAGGAAAACACCATTTTTTCATTTTTAGTATGAGAGTTGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165350802 67 - 196418989 TCCAGCAGAGGAGCTAAAGTTAAAACAGGAAAACACCATTTTTTCATTTTTAGTATCAGAGTTGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505271 117 +  48394510 CGATTTATGATATAAATTTTTTTTTTGAGTACTCCCTCTCACAAGTTATTTTGTCACAGGATTTTGATGCTTTGGTTAAGTATAAGTACCATTCAACATCATATTGAAGAAGACAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15916607 117 +  46489110 CGATTTATGATATAAATTTTTTTTTTGAGTACTCCCTCTCATAAGTTATTTTATCACAGGATTTTGATGCTTTGGTTAAGTATAAGTACCATTCAACATCATATTGAAGAAGACAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=127854.000000
s hg19.chr21     17196029 38 +  48129895 GAAGACTTGAGCTACTAAGTCATGGTTTTAACCAGTGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505388 38 +  48394510 GAAGACTTGAGCTACTAAGTCATGGTTTTAACCAGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15916724 38 +  46489110 GAAGACTTGAGCTACTAAGTCATGGTTTTAACCAGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=233897.000000
s hg19.chr21     17196067 20 +  48129895 CTTTTTCTTTGGGCTAGAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15916762 20 +  46489110 CTTTTTCTTTGGGCTAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=158075.000000
s hg19.chr21     17196087 29 +  48129895 TTCTAATGTAAAGAATTATTTTCGAAGGA
s panTro2.chr21  15916782 29 +  46489110 TTCTAATGTAAAGAATTATTTTCGAAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505446 29 +  48394510 TTCTAATGTAAAGAATTATTTTCGAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165351041 29 - 196418989 TTCTAATGCAAAGAATTATTTTCGAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=42185.000000
s hg19.chr21     17196116 13 +  48129895 TAGTTGTGAGATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165351070 13 - 196418989 TAGTTGTGAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17196129 54 +  48129895 TCTTTTTTTCCTGATCATATATTATACCCACTCTTGGAATTTTCAAGAGGTGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505488 53 +  48394510 TC-TTTTTTCCTGATCATGTATTATACCCACTCTTGGAATTTTCAAGAGGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165351083 54 - 196418989 TCTTTTTTTCCTCATCATGTATTATATCCACTCTTGGACTTTTCAAGAGGTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17196183 28 +  48129895 GAAAACTTTTAGAAAGAGGTTGAGTTTT
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s ponAbe2.chr21  15505541 28 +  48394510 GAAAACTTTTAGAAAGAGGTTGAGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165351137 28 - 196418989 GAAAACTTTTAGAAAGAGGTTGAGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17196211 51 +  48129895 AACTAAACTGTGTACCCAGTTACTTGTCAGGTCCGCATTGTGGTGATACAT
s panTro2.chr21  15916906 51 +  46489110 AACTAAACTGTGTACCCAGTTACTTGTCAGGTCCGCATTGTGGTGATACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505569 51 +  48394510 AACTAAACTGTGTACCCAATTACTTGTCAGGTCAGCATTGTGGTGATACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=35227.000000
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s rheMac2.chr3  165351216 26 - 196418989 ATAAAAATGTCAGTGCCCACATCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505700 158 +  48394510 TTTATTTCCTTTCAGCATTGGTTTACTGAATTACCACCTGTGTTAACATTTGAATTGTCAAGATTTGAATTTAATCAGGCATTGGGAAGACCAGAAAAAATTCACAACAAATTAGAATTTCCCCAAGTTTTATATTTGGACAGGTATGGTTTGATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165351296 158 - 196418989 TTTATTTCCTTTCAGCATTGGTTTACTGAATTACCACCTGTGTTAACATTTGAATTGTCAAGATTTGAATTTAATCAGGCATTGGGAAGACCAGAAAAAATTCACAACAAATTAGAATTTCCCCAAGTTTTATATTTGGACAGGTATGGTTTGATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15917195 19 +  46489110 CTGCATGACTTAGTTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165351454 19 - 196418989 CTGCATGACTTAGTTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17196519 54 +  48129895 ACAGTTTAGTAAGGGAGAAAATATTGTTTAGAGGAAAATTCTGCATAATTTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15505877 54 +  48394510 ACAGTTTAGTAAGGGAGAAAACATTGTTTAGAGGAAAATTCTGCATAATTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=250898.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-961578.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15506021 72 +  48394510 GGAATAATGTTATAAGGaaatttaaaaa--attaattttgtaatcttaaaattcagaattttaaaaaaataCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-171227.000000
s hg19.chr21     17196736 78 +  48129895 TTTTGTATTATCTACCTTACATCTTATACAATTTTGAATGAATTGATGCTTTGTGGTGATGTCTGTACTTAATATTGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165351682 78 - 196418989 TTTTGTATTATCTACCTTATATCTTATACAATTTTGAATGAATTGATGCTTCGTGGTGATGTCTATACTTAATACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-66269.000000
s hg19.chr21     17196814 31 +  48129895 Atctatctatctttctgtctttctttctgtc
s panTro2.chr21  15917509 27 +  46489110 Atctatctatctttctgtctttctt----tc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15506171 27 +  48394510 ATTTATCCAtctttctgtctttctt----tc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165351760  7 - 196418989 Atcta------------------------tc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=15234.000000
s hg19.chr21     17196845 67 +  48129895 tctctgtcttcctgtctttctgtcttcctgttttcctgtctttctttcttttgtttttttctgtctg
s rheMac2.chr3  165351767 43 - 196418989 tttctgtcttcctgtctttcttt-----tgtttt-------------------tttctgtttgtctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15917536 60 +  46489110 tttctgtcttcctgtctttctgtcttcctgttttcctgtcttttgt-------tttttttctgtctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=17062.000000
s hg19.chr21     17196912 24 +  48129895 tctttctgtctatctttctgtctt
s rheMac2.chr3  165351810 23 - 196418989 tctttctgtctttcctttt-tttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15506262 24 +  48394510 tctttctgtctatctttctgtctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15917596 24 +  46489110 tctttctgtctatctttctgtctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=49198.000000
s hg19.chr21     17196936 65 +  48129895 tccttcttttttgttttgagacagagtcttgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggtgcgat
s rheMac2.chr3  165351833 63 - 196418989 ttgttcttttttg--ttgagacggagtcttgctctgtcacccaggctggagtgcagtgatgcgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15506286 65 +  48394510 tccttcttttttgttttgagacggagtcttgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggtgcgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15917620 65 +  46489110 tctttcttttttgttttgagacagagtcttgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggtgcgat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=87680.000000
s hg19.chr21     17197001 68 +  48129895 cttggctcactgcaaacac-catctcctgggttcaaatgattctcctgtctcagcttcccgagtagctg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165352687 61 - 196418989 aaatggtatgtgctggaagtctagagagcaatctgtgtgtacagggaatgaatgccattcc
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s hg19.chr21     17197858 71 +  48129895 ataccagtggatggtaccatgtatgagtatggcctcactgttgtctattgatttggatcatttctaaaaga
s rheMac2.chr3  165352749 69 - 196418989 ataccaatggatggtgccgtgtgt--gtgtggcctcactgttgtttattgatttggatcatttctaaaaga
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s ponAbe2.chr21  15507207 71 +  48394510 ataccagtggatggtaccatgtatgagtatggcctcactgttgtctattgatttggatcatttctaaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15918543 71 +  46489110 ATACCAGTGGATGGTACCATGTATGAGTATGGCCTCACTGTTGTCCATTGATTTGGATCATTTCTAAAAGA
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s rheMac2.chr3  165352818 38 - 196418989 agtcagaatctagactGAGAAATGTTCTACAGGCAAGA
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s ponAbe2.chr21  15507278 38 +  48394510 cgtcagaatctggactGAGAAATGTTCTACAGGCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15918614 38 +  46489110 CGTCAGAATCTGGACTGAGAAATGTTCTACAGGCCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17197967 23 +  48129895 CAGAAATCTAAAGGCTGAAATGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15507339 68 +  48394510 CAC--AAGTCATTTCAGTTTGCAAACCCCAATCTGCTCTGTATTCCCCTATTTTAGGAATTTTCAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165352879 70 - 196418989 CACTTAAGTCATTTCAGTTTGCAAACCCCGATCTACTCTGTATTCCCGTATTTTAGGAATTTTCAAATTA
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a score=30294.000000
s hg19.chr21     17198058 26 +  48129895 GTAGTCTAAAACTTCTTACATCAAAT
s panTro2.chr21  15918743 26 +  46489110 GTAGTCTAAAACTTCTTACATCAAAT
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s ponAbe2.chr21  15507407 26 +  48394510 GTAGTCTAAAACTTCTTACATCAAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5668.000000
s hg19.chr21     17198084 17 +  48129895 AGTATATTGTATTTTAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17198101 36 +  48129895 TGATTTTTATTCTTAAAAAGTATGAATAATCATATT
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a score=125548.000000
s hg19.chr21     17198137 31 +  48129895 GAAACATGA-TTAGTGGTAAAAGATAGGAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=876981.000000
s hg19.chr21     17198168 100 +  48129895 TAGTACACATCACTGTCTTGATCATGAGACCAGATGCCAGATCTAAAAATAAAAA------CAGTCTCAGGAGATGTCAGTTTTCATCTTCCTATTGAGTTACAAT
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a score=118887.000000
s hg19.chr21     17198268 40 +  48129895 TTAGAACAGCATTTACAGATTATAACAGTATATACTCACA
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a score=-330536.000000
s hg19.chr21     17198308 48 +  48129895 TTCAGTCCCAATCGGCCTTGGTTTCCTGTCTTTGGGGAACTTTTA--ATG
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a score=325755.000000
s hg19.chr21     17198356 31 +  48129895 TTTTTCTTAAGTGTATATTCAGTTTTACCAT
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s ponAbe2.chr21  15508723 145 +  48394510 ATACACAAACCATTTACTCAGTCCCGGATACCTCCAGATTTGCCCATGCATCCGGCACCAAGGCACATAACGGAGGAAGAACTTTCTGTGCTGGAAAGTTGTTTACATCGCTGGAGGACAGAAATAGAAAATGACACCAGAGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17199525 32 +  48129895 AGAAGTGTCTCATAGCATGGTTACTGTCACCT
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a score=80007.000000
s hg19.chr21     17199557 20 +  48129895 CAGATGGATATGTGTAATGT
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a score=436870.000000
s hg19.chr21     17199577 48 +  48129895 TAATATTGAGAAGGGAAATCACGTCTGGattttatatttaaatattat
s rheMac2.chr3  165354469 48 - 196418989 TAATATTGAGAAGGGAAATCACATCTGGGTTTTATATTTAAAGATTAC
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s ponAbe2.chr21  15508920 48 +  48394510 TAATATTGAGAAGAGAAATCACGTCTGGattttatatttaaatattat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=210664.000000
s hg19.chr21     17199657 36 +  48129895 ATAAACTAGTTTGGCTCCCCATTTTTATAATCTCAA
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s ponAbe2.chr21  15509000 36 +  48394510 ataaactagtctgtcttccgatttttataatctcaa
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a score=1215216.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=696172.000000
s hg19.chr21     17199762 31 +  48129895 TGATTTTCTAGTTTGCTGCTCTAAATTTATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15512718 77 +  48394510 GACACATTTGCTATAGATAAAACTGCCCACTATAAGCTTTTTATTCAAAAGAAACAATTAGGCCAATGAGTACGTAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17203458 85 +  48129895 ACAATAAATACATTTTTAGTTTTTCAAAAATCATCTTTTTAAT--------CTATCAACTTTGCATATCTTTAGCTTATTCAGATTCCGTCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15512795 85 +  48394510 ACAATAAATACATTTTTGGTTTTTCAAAAATCATCTTTTTAAT--------CTATCAACTTTACATATCTTTAACTTATTCAGATTCCGTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165358649 93 - 196418989 ACAATAAATACATTTTTAGTTTTTCAAAAATCATCTTTTTAATCTGCATACCTGTCAGCTTTACATATCTTTAGCTTATTCAGATTTTGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17203543 41 +  48129895 TTTAAAGTTTTAT--------AGTTTAGTTTTTTTCAAACTTTTAAGCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513055 51 +  48394510 AGGTTCCTTATCGATTACATGCCGTTTTAGTTCATGAAGGCCAAGCTAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15924451 80 +  46489110 CTGGGCACTACTGGGCATATATTTTTGATCATCGCGAAAGCAGATGGATGAAGTACAATGATATTGCTGTGACAAAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513106 80 +  48394510 CTGGGCACTACTGGGCGTATATTTTTGATCATCGTGAAAGCAGGTGGATGAAGTACAATGATATTGCTGTGACAAAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165358988 80 - 196418989 CTGGGCACTACTGGGCATATATTTTTGATCATCGTGAAAGCAGATGGATGAAGTACAATGATATTGCTGTGACAAAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17203848 40 +  48129895 TCATGGGAAGAGCTAGTGAGGGACTCTTTTGGTGGTTATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513186 40 +  48394510 TCATGGGAAGAGCTAGTGAGGGACTCTTTTGGTGGTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165359068 40 - 196418989 TCATGGGAAGAGCTAGTGAGGGACTCTTTTGGTGGTTATA
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a score=2850444.000000
s hg19.chr21     17203888 75 +  48129895 GAAATGCCAGTGCATACTGTTTAATGTACATAAATGATAAGGCACAGTTCCTAATACAAGGTAAGA--ATATATAGG
s panTro2.chr21  15924571 77 +  46489110 GAAATGCCAGTGCATACTGTTTAATGTACATAAATGATAAGGCACAGTTCCTAATACAAGGTAAGAATATATATAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513226 75 +  48394510 GAAATGCCAGTGCATACTGTTTAATGTACATAAATGATAAGGCACAGTTCCTAATACAAGGTAAGA--ATATATAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165359108 75 - 196418989 GAAATGCCAGTGCATACTGTTTAATGTACATAAATGATAAGGCACAGTTCTTAATACAAGGTAAGA--GTATATAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17203963 20 +  48129895 GTGGTGTGTA-TTTTTAAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513301 20 +  48394510 GTGGTGTATG-TTTTTAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165359183 21 - 196418989 GTGGTATATATTTTTTCAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17203983 34 +  48129895 GTCATAAAAGTGGCTCTGGTATGTGGTGTGATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513321 34 +  48394510 GTCATAAAAGTGGCTCTGGTATGTGGTGTGATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17204082 47 +  48129895 CTGAATTGAAAAGTAATGTCGTCAGGGCTAAGAATTCGTATATATTT
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a score=43052.000000
s hg19.chr21     17204129 19 +  48129895 TGTATTCCAAGTCAACTAT
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a score=277532.000000
s hg19.chr21     17204148 50 +  48129895 TAAAGGTAAATATGACCTTTTTCGTCCTTGCTAAAAATGCTTTAGTGACT
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s ponAbe2.chr21  15513486 50 +  48394510 TGAAGGTAAATATGACCTTTTTTGTCCTTGCTAAAAATGCTTTAGGGACT
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s hg19.chr21     17204198 35 +  48129895 GTTCCACAGATTGACTCACATTTAATATTTAATTC
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a score=107011.000000
s hg19.chr21     17204233 34 +  48129895 CTTAGCCTAACATATATGGCCTCTGTTCTtggcc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15924952 59 +  46489110 tctgattatctccccaccttcattgatcaccagtgttccttttgaatttatat-ccttac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513605 54 +  48394510 tctgattatctccccaccttcattgatcaccagtgttccttttgaatttatat-c-----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165359484 60 - 196418989 tctgattatctccccaccttcattgatcaccagtgttcattttgaatttatgtactttac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301652.000000
s hg19.chr21     17204326 82 +  48129895 tgaacttcttgctgtatctgctcatatcaaaccatttcacacatttatgtttgcatgttcgtatatgttttattttttgcta
s panTro2.chr21  15925011 82 +  46489110 tgaacttcttgctgtatctgctcatagcaaaccatttcacacatttatgtttgcatgttcttctatgttttattttttgcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513659 78 +  48394510 ----cttcttgctgtatctgctcatatcaaaccatttcacacatttatgtttgcatgttcttatatgttttattttttgcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165359544 82 - 196418989 tgaacttcttgctgtatctgctcatatcaaaccatttcacacatttatgtctgcatgttcttacatgttttattttttgcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=457232.000000
s hg19.chr21     17204408 55 +  48129895 gtaattcttttgcctaattcttgtttatctgtcaagattcaattcaggtgtcatt
s panTro2.chr21  15925093 55 +  46489110 gtaattcttttgcctaattcttgtttatctgtcaagattcaattcaggtgtcatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513737 55 +  48394510 gtaattcttttgcctaattcttgttcatctgtcaagattcaattcaggtgtcatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165359626 55 - 196418989 gtaattcttttgcctaattcttgtgcatctgtcaagattcagttcaggtgtcatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184768.000000
s hg19.chr21     17204463 41 +  48129895 tcccctgcaaactatttcttgatctgccaaaaagtatctct
s panTro2.chr21  15925148 41 +  46489110 tcccctgcaaactatttcttgatctgccaaaaagtatctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=237752.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=198042.000000
s hg19.chr21     17204565 30 +  48129895 tgacttgtcttgcacatttctctcttatct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17204595 109 +  48129895 gctcagagccagagatcatgtcatactatgtctgaatcTTTTTAATGCTGATATTCTGATATATGCTTTGCATATAGAAAATAAT-AAAGGTTTATTGAAACTGATAAAA
s panTro2.chr21  15925280 109 +  46489110 gctcagagccagagaccatgtcatactatgtctgaatctttttaatgctgatattctgatatatgctttgcatatagaaaataat-aaaggtttattgaaACTGATAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15513924 109 +  48394510 gctcggagccagagaccatgtcatactatgtctgaatctttttatttctgatattctgatatatgctttgcatatagaaaacaat-aaaggtttattgaaACTGATAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165359806 110 - 196418989 gctcaaagccagagaccgtgtcattctaggtctcaagttttgtatttctgatattctgatatatgctttgcatatagaaaacaataaaaggtttattgaTATTGATTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151579.000000
s hg19.chr21     17204704 27 +  48129895 ATAATCTTTTTATATTTAGTCATT---CAG
s rheMac2.chr3  165359916 30 - 196418989 ATAATCTTTTTATATTTAGTCATTCAGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15514033 27 +  48394510 ATAATCTTTTTATATTTAGTCATT---CAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15925389 27 +  46489110 ATAATCTTTTTATATTTAGTCATT---CAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=15932.000000
s hg19.chr21     17204731 54 +  48129895 AATCAGCTAGGCAGTCCACTTCTGACTAAAAAAATGAAGTTATTTTTCTGTGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15925416 54 +  46489110 AATCAGCTAGGCAGTCCACTTCTGACTAAAAAAATGAAGTTATTTTTCTGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17204785 63 +  48129895 TGTAGTAGAAGTTCAGTAATTCTTCTGAATACTC----TATTGTTTTTAAGATCTTGCTATATTAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15514114 67 +  48394510 TGTAGTAGAAGTTGAGTAATTCTTCTGAATACTCTATGTATTGTTTTTAAGATCTTGCTGTATTGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 4 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165360085 43 - 196418989 CTACTTAACTTCTTCATATGACAAGCAATTTTAGTTTTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=125598.000000
s hg19.chr21     17207015 37 +  48129895 TGTCGTTGATTTTGATCCTGAGAGGCAGATAATTCAG
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a score=300945.000000
s hg19.chr21     17207052 116 +  48129895 CATTTTTTAAAAAGATAATGGTATCACAGCAACATTTGGATACTACAGTGCTATGGAGAATACCACCATTATAGTGGCTGGTGAACTCTACCATTATGTAGGGCTGCACTTTT-CCC
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s rheMac2.chr3  165362187 117 - 196418989 CATTTTTAAAAAGGATAATGGTATTACAGCAACATTTTGATATTCCAATGCTATGGAGAATACCACTATTACAGTGGCTGGTGAACTCTACCATTAGGTAGGACTGCACTTTTCCCC
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a score=262670.000000
s hg19.chr21     17207168 76 +  48129895 CCACGTGTACAAGGCTACCGCGTAGAGCAGGTGAAGCTATGTGGGTCCACAACAATGTAGTTTTTAGTAGATGTCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362304 76 - 196418989 CCATATGTACAAGGCTACCATGTAGAGCAGGTGAAGCTATGTGGGTCCACAACAATGTAGTTTTTAGTACACATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=289248.000000
s hg19.chr21     17207244 38 +  48129895 AGAGGTATCTAAGCTCAAATCACAGTGTAGTAACTATA
s panTro2.chr21  15927905 38 +  46489110 AGAGGTATCTAAGCTCAAATCACAGTGTAGTAACTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15516560 38 +  48394510 AGAGGTATCTAAGCTCAAATCACAGTGTAGTAACTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362380 38 - 196418989 AGAGGTATCTAAGCTCAAATCACAGTGTAGTAACTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=384703.000000
s hg19.chr21     17207282 32 +  48129895 TTATAGTTCCTTTCATTTTTAAAACATTTCTG
s panTro2.chr21  15927943 32 +  46489110 TTATAGTTCCTTTCATTTTTAAAACATTTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15516598 32 +  48394510 TTGTAGTTCCTTTCATTTTTAAAACATTTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362418 32 - 196418989 TTACAGTTCCTTTCATTTTTAAAGCATTTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=854689.000000
s hg19.chr21     17207314 106 +  48129895 TCCCTTTGTGATTTCATGCTTTGCATTCTGTACATATTCTTTCCAAATCACTCCTCAGAACCTGCCCCAAGATGGAGCTACTGTGTTATTGTTCCCTTAACATTTA
s panTro2.chr21  15927975 106 +  46489110 TCCCTTTGTGATTTCATGCTTTGCATTCTGTACATATTCTTTCCAAATCACTCCTCAGAACCTGCCCCAAGATGGAGCTACTGTGTTATTGTTCCCTTAACATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15516630 106 +  48394510 TCCCTTTGTGATTTCATGCTTTGCATTTTGTACATATTCTTTCCAAATCACTCCTCAGAACCTGCCCCAAGATGGAGCTACTGTGTTATTGTTCCCTTAACATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362450 106 - 196418989 TCCCTTTGTGATTTCATGCTTTGCATTCTGTATGTATTCTTTCCAAATCACTCCTCAGAACCTGCCCCAAGATGGAGCTACTGTGTTACTGTTCCCTTAACGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=286568.000000
s hg19.chr21     17207420 105 +  48129895 CTTATTCCATTCACATGTGACTATTCTTGTTATTAGTGGGAGGAAGGGGCTGCATAGTGTACTATAAGCAGTTGTGGTACCTAAGCTCCCAGACACAGGTGAATC
s panTro2.chr21  15928081 105 +  46489110 CTTATTCCATTCACATGTGACTATTCTTGTTATTAGTGGGAGGAAGGGGCTGCATAGTGTACTATAAGCAGTTGTGGTACCTAAGCTCCCAGACACAGATGAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15516736 105 +  48394510 CTTATTCCATTCACATGTGCCTATTCTTGTTATTAGTGGGAGGAAGGGGCTGCATAATGTACTATAAGCAGTTGTGGTACCTAAGCTCCCAGACACAGGTGAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362556 105 - 196418989 CTTATTCCATTCACATGTGACTATTCTTGTTATTAGTGGGAGGAAGGGGCTGCATAAGGTAGTATAAGCAGTTGTTGTACCTAAGCTCCCTGATACGGGTGAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=901295.000000
s hg19.chr21     17207525 80 +  48129895 CTCCATTCATTGGTTAAGCTCCAGTTTTATTCTTGGCTCACCTATATTTTGTGATACCAAAATATTAAGTTCTATATATC
s panTro2.chr21  15928186 80 +  46489110 CTCCGTTCATTGGTTAAGCTCCAGTTTTATTCTTGGCTCACCTATATTTTGTGATACCAAAATATTAAGTTCTATATATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15516841 80 +  48394510 CTCCATTCATTGGTTAAGCTCCAGTTTTATTCTTGGCTCACCTATATTTTGTGATACCAAAATATTAAGTTCTATATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362661 79 - 196418989 CTCCATTCATTGGTTAAGCTCTAGTTTTATTCTTGGCTCACCTGTATATTCTGATACC-AGATACTAAGTTCTAGATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248744.000000
s hg19.chr21     17207605 34 +  48129895 CTCCTCCTCTTCATCCTGTCTGTTTCTC----ATCTCT
s panTro2.chr21  15928266 34 +  46489110 CTCCTCCTCTTCATCTTGTCTGTTTCTC----ATCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15516921 34 +  48394510 CTTCTCCTCTTCATCTTGTCTGTTTCTT----GTCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362740 37 - 196418989 CTTCTCC-CTTCATCTTGTCTGTTTCTCGTAAGTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=732803.000000
s hg19.chr21     17207639 130 +  48129895 CCAAATTTTCAGAGTTAACATATTTTATTTCTGCTTAGTCAAACGAATACATATTTCCAACTAATATTCCTATCTATTAAGGACTAGCCTTGCCCCATCCTCATTTTACATTTGTCATC-TTTTTTCTTTC
s panTro2.chr21  15928300 131 +  46489110 CCAAATTTACAGAGTTAACATATTTTATTTCTGCTTAGTCAAACTAATACATATTTCCAACTAATATTCCTATCTATTAAGGACTAGCCTTGCCCCATCCTCATTTTACATTTGCCATCTTTTTTTCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15516955 131 +  48394510 CCAAATTTACAGAGTTAACATATTTTATTCCTGCTTAGTCAAACTAATACATATTTCCAACTAATATTCCTGTCTGATAAGGACTAGCCTTGCCCCATCCTCATTTTACATTTATCATCTTTTTTTCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362777 131 - 196418989 CCAAATTTACAGAGTTAACATATTTTATTTCTGCTTAGTCAAACTAATACATATTCCCAACTAATACTCCTATCTGATAAGGACTAGCCATGCCCCATCCTCATTTTACATTTGTCATCTTTTTTTCTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=514474.000000
s hg19.chr21     17207769 104 +  48129895 TCTGTGAAAAGACCATGTGTGCATAACTGCATCCATTTTCATGATCAATACATCTGACCATACACTTTACATGGTGTTTTGTAATTTTTAAAAAATGCAGTACT
s panTro2.chr21  15928431 104 +  46489110 TCTGTGAAAAGACCATGTGTGTATAACTGCATCCATTTTCATGATCAATACATCTGACCATACACTTTACATGGTGTTTTGTAATTTTTAAAAAATGCAGTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517086 104 +  48394510 TCTGTGAAAAGACCATGTATGTATAACTGTATCCATTTTCATGATCAATACATCTGACCATACACTTTACATGGTGTTTTGTAATTTTTAAAAAATGTAGTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165362908 103 - 196418989 TCTGTAAAAAGACCATGTGTGTATAACTGCATCCATTTTCACGATCAGTACATCTGACC-TACACTTTACATGGTGTTTTGTAATTTTTAAAAAATGCAGTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=210616.000000
s hg19.chr21     17207873 41 +  48129895 AGGTATTGGACATATATTTTCATGTCTGTTTTTACCATGCA
s panTro2.chr21  15928535 41 +  46489110 AGGTATTGGACATATATTTTCATGTCTCTTTTTACCATGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517190 41 +  48394510 AGGTATTGGACGTATATTTTCATGTCTCTTTTTACCATGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363011 41 - 196418989 AGGTATTGGACATATATTTTCATGTCTCTTTTTACCATGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=453842.000000
s hg19.chr21     17207914 105 +  48129895 AAATAATCTT----AGAATGTTGATATATTTCTGGGAGGAACCAGAATAAAAGATGAAGAGATGGAAATGGTCAATTCCTATTCCTAGATAACTTTTATAGTTACCTTT
s panTro2.chr21  15928576 105 +  46489110 AAATAAACTT----AGAATGTTGATATATTTCTGGGAGGAACCAGAATAAAAGATAAAGAGATGGAAATGGTCAATTCCTATTCCTAGATAACTTTTATAGTTACCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517231 109 +  48394510 AAATAAACTTGAAGAGAATGTTGATGTATTTCTGGTAGGAACCAGAATAAAAGATAAAGAGATGGAAATGGTCAATTCCTATTCCTAGATAACTTTTATAGTTACCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363052 109 - 196418989 AAATAAACTTGAAGAGAATGTTGATGTATTTCTGGGAGGAACCAGAATAAAAGATAAAGAGATGAAAATGGTCAATTCCTATTCCTAGATGACTCTTGTAATTACCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=529207.000000
s hg19.chr21     17208019 73 +  48129895 CAGCGTGGGTTATTTAGAAAGCAGTGGTAATACTACTTCTGTAGGAAACATTGTATCCTCCATAGACTTGACG
s panTro2.chr21  15928681 73 +  46489110 CAGCGTGGGTTATTTAGAAAGCAGTGGTAATACTAATTCTGTAGGAAACATTATATCCTCCATAGACTTGACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517340 73 +  48394510 CAGCGTGGGTTATTTAGAAAGCAGTGGTAATACTGCTTCTGTAGGAAACATTGTATCCTCTATAGACTTGACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363161 73 - 196418989 CAGCATGAGTTTTTTAGAAAGCAGTGGTAATACTACTTCTGTAGGAAACATTGTATCCTCTATAGACTTGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-45458.000000
s hg19.chr21     17208092 25 +  48129895 GAAATATGCACTTGGTTTGAATTAG
s panTro2.chr21  15928754 25 +  46489110 GAAATATGCACTTGGTTTGAATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517413 25 +  48394510 GAAATATGCACTTGGTTTGAATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363234 25 - 196418989 GAAATATGTGCTTGGTTTGAGTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=559198.000000
s hg19.chr21     17208117 55 +  48129895 TAGAAGTAGAACATGCCAAGTCCATAAATTTACAGAGTGAGATTGTTGTTTAAAA
s panTro2.chr21  15928779 55 +  46489110 TAGAAGTAGAACATGCCAAGTCCGTAAATTTACAGAGTGAGATTGTTGTTTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517438 55 +  48394510 TAGAAGTAGAACATGCCAAGTCCATAAATTTACAAAGTGAGATTGTTGTTTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363259 55 - 196418989 TAGAAGTAGCACATGCCAAGTCCATAAATTTACAGAGTGAGACTGTTGTTTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172192.000000
s hg19.chr21     17208172 19 +  48129895 GATTGGTTTCTATTACTGT
s panTro2.chr21  15928834 19 +  46489110 GATTGGTTTCTATTACTCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517493 19 +  48394510 GATTGGTTTCTATTACTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363314 19 - 196418989 GATTGGTTTCTATTACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=117690.000000
s hg19.chr21     17208191 35 +  48129895 TATCTTTGAGATTATATTAAGAAATTTGTTCTCTG
s panTro2.chr21  15928853 35 +  46489110 TATCTTTGAGATTATATTAAGAAATGTGTTCTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517512 35 +  48394510 TATCTTTGAGATTATATTAAGAAATTTGTTCTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363333 35 - 196418989 TATCTTTGAGATTATATTAAGAAATTTGTTCTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172324.000000
s hg19.chr21     17208226 30 +  48129895 TTGCAGGATAGTTTCACATATCATAATTGA
s panTro2.chr21  15928888 30 +  46489110 TTGCAGGATAGTTTCACATATCATAATTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517547 30 +  48394510 TTGCAGGATAGTTTCACATATCATAATTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363368 30 - 196418989 TTGCAGGATAGTTTCACATATCAAAACTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248226.000000
s hg19.chr21     17208256 53 +  48129895 ATAAGACTAATGTTTCATTAGAACCATTTATTCCCTATTATTAATAGGGAAAT
s rheMac2.chr3  165363398 53 - 196418989 ATAAGGCTAATGTTTCATTAGAACCGTTTATTCCCTATTATTAATAGGGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517577 53 +  48394510 ATAAGGCTAGTGTCTCATTAGAACCATTTATTCCCTATTATTAATAGGGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15928918 53 +  46489110 ATAAGACTAATGTTTCATTAGAACCATTTATTTCCTATTATTAATAGGGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=119218.000000
s hg19.chr21     17208309 24 +  48129895 TTTATTTTAATGTCCATGCCATCC
s rheMac2.chr3  165363451 24 - 196418989 TTTATTTTAATGTCCATGCCATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517630 24 +  48394510 TTTATTTTAATGTCCATGCCATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15928971 24 +  46489110 TTTATTTTAATGTCCATGCCATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=457539.000000
s hg19.chr21     17208333 54 +  48129895 TCTTCTGATTCTTCTCATGGTTTTCAAAGTAAGTAATTTAATTTGGTATAATAC
s rheMac2.chr3  165363475 54 - 196418989 TCTTCTGATTCTTCTCATAGTTTTCAAAGTAAGTAATTTAATTTGGTATAATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517654 54 +  48394510 TCTTCTGATTCTTCTCATAGTTTTCAAAGTAAGTAATTTAATTTGGTGTAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15928995 54 +  46489110 TCTTCTGATTCTTCTCATGGTTTTCAAAGTAAGTAATTTAATTTGGTATAATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=631380.000000
s hg19.chr21     17208387 55 +  48129895 TTCCAGGATCTCAAAGCAAATCTGTATTTTAATCTCTCAGGTGTTCACTAGTATT
s rheMac2.chr3  165363529 55 - 196418989 TTCCAGGATCTCAAAGCAAACCTGTATTTTAATCTCTTAGGTGTTCACTGGTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517708 55 +  48394510 TTCCAGGATCTCAAAGCAAATCTGTATTTTAATCTCTCAGGTGTTCACTAGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15929049 55 +  46489110 TTCCAGGATCTCAAAGCAAATCTGTATTTTAATCTCTCAGGTGTTCACTAGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=400336.000000
s hg19.chr21     17208442 63 +  48129895 ACCAGTGACTAGTGGAAATAATAAAAGGAAATCTTGTTCATAAAATCCAACAGAATGATTTTT
s panTro2.chr21  15929104 63 +  46489110 ACGAGTGACTAGTGGAAATAATAAAAGGAAATCTTGTTCATAAAATCCAACAGAATGATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517763 63 +  48394510 ACGAGTGACTAGTGGAAATAATAAAAGGAAATCTTGTTCATAAACTCCAACAGAATGATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363584 63 - 196418989 AGGAGTGACTAGTGGAAATAATAAAAGGAAATCTTGTTTATAAAATTCACCGGAATGATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1182080.000000
s hg19.chr21     17208505 192 +  48129895 TTCCTCCCTGCAAAATCTTCTCGTTAAAGCTGAAACATAAGACCTCATAAAATTCAATTTCTACTGAGTGATATTCCAATTAAGAGTACTAATTCATATTATATTAATCAAATTAGTATTTGTTCCTCTTCTGCTAAAATGTGATCGAGAAATTCATGCGTATCAGTTCACCAGCACCATTCGTTCCCTACT
s panTro2.chr21  15929167 192 +  46489110 TTCCTCCCTGCAAAATCTTCTCATTAAAGCTGAAACATAAGACCTCATAAAATTCAATTTCTACTGAGTGATATTCCAAATAAGAGTACTAATTCATATTGTATTAATCAAATTAGTATTTGTTCCTCTTCTGCTAAAATGTGATCGAGAAATTCATGCGTATCAGTTCGCCAGCACCATTCGTTCCCTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15517826 192 +  48394510 TTCCTCCCTGCAAAATCTTCTCATTAAAGCTGAAACATAAGACCTCATAAAATTCAATTTCTACTGAGTGATATTCCAAATAAGAGTACTAATTCATATTATATTAATCAAATTAGTATTTGTTCCTCTTCTGCTAAAATGTGATCGAGAAATTCATGCGTATCAGTTCTCCAGCACCATTCTTTCCCTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363647 192 - 196418989 TTCCTCCTTGCAAAATCTTCTCATTAAAGCTGAAACATAAGACCTAATAAAATTCAGTTTCTACTGATTGATATTCCAAATAAGAGTACTAATTCATATTATATTAATCAAATTAGTATTTGTTCCTCTTCTGCTAAAATGTGATCGAGAAATTCATGCATATCAGTTCTCCAGCACCATTCTTTCCCTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=785757.000000
s hg19.chr21     17208697 121 +  48129895 GAGATAATAAATGATGGGAAAGTATTTTTTGGTTCATTTCATGCTGCTTCCCTAGATCTGCTTACTGCAAAGGCAAACTTACCTGAATACTTTTGTTGAGATTTTCAGCCAGCCATTCTTT
s panTro2.chr21  15929359 121 +  46489110 GAGATAATAAATGATGGGAAAGTATTTTTTGGTTCATTTCATGCTGCTTCCCTAGATCTGCTTACTGCAAAGGCAAACTTACCTGAATACTTTTGTTTAGATTTTTAGCCAACCATTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15518018 121 +  48394510 GAGATAATAAATGATGGGAAAGTATTTTTTGCTTCATTTCATGCTGCTTACCTAGATCTGCTTACTGCAAAGGCAAACTTACCTGAATACTTTTGTTTAGATTTTTAGCCAACCATTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165363839 121 - 196418989 GAGATAATAAATGATGGGAAAGTATTTTTTGGTTCATTTCATGCTGCTTCCCTAGATCTGCTTACTGCAAAGGCCAACTTACTTGAATACTTTTGTTTAGATTTGTAGCCAACCATTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-67407.000000
s hg19.chr21     17208818 51 +  48129895 GCTGTCAGTGTGGGGATCAGAATGAGTAGGGGAGCAAACTTACCTGAATAC
s panTro2.chr21  15929480 32 +  46489110 GCTATCAATGTATGGATCAGAATGAGTAGGGG-------------------
i panTro2.chr21 C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  15518139 32 +  48394510 GCTATCAATGTATGTATCAGAATGAGTAGGGG-------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  165363960 32 - 196418989 ACTATGAATGTATGGATCAGAATTACTAGGGG-------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=0.000000
s hg19.chr21     17208869 818 +  48129895  
e rheMac2.chr3  165363992   2 - 196418989 I
e panTro2.chr21  15929512   2 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  15518171   2 +  48394510 I

a score=408.000000
s hg19.chr21     17209687 41 +  48129895 ACTGTTGTTGAGATTTTCAGCCAGCCATCCTTTGCTGTCAG
e rheMac2.chr3  165363992  2 - 196418989 I
e panTro2.chr21  15929512  2 +  46489110 I
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a score=-30216.000000
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i ponAbe2.chr21 I 2 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15520678 129 +  48394510 TATCCCAGAGTCTTTGTGAATTTCTCTGAGAGCACTTCTGTAGCAGCTATTATCTTTTTCCTCTTGAAATTCCAACCTTTTCTTACTACCAACTGTATTATGTTCTTCTCTATTGTACTTATATTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165366503 127 - 196418989 TATCCCAGAGTCTTTGTGAATTTCTCTGAGAGCACTTCTGTAGCAGCTGTTATCTTTTTCCTCTT--AATTCCAACCTTTTCTTACTACCAAATGTATTATGTTCTTCTCTATTGTACTTACATTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17212376 34 +  48129895 CTTGCCTTCCAGTGTAGAGTCTCATATATAGCAG
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s ponAbe2.chr21  15520807 34 +  48394510 CTTGCCTTCCAGTGTAGAGTCTCATATATAGCAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1498685.000000
s hg19.chr21     17212410 130 +  48129895 GGATTTTATGAATCTTTGATcagaccttacaatgtgctattccttctgcctggaatcttttctattcttttctccaagataatcctctacaaatccttcaagactcatctaagttagcacctcttctaga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17212540 73 +  48129895 aagtgtttcttaacaggcagcattatctcaagtatgtgtattgggtccacagtgcttttataaaaccttgtgc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=471905.000000
s hg19.chr21     17212613 93 +  48129895 gtaacttttattgaatttagcacattgtattataatagaatgtatatttatcagattttactcagagttccttaaaattagtgaagtatgtaa
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151043.000000
s hg19.chr21     17212706 80 +  48129895 tcttttttgttttttatatttttaatacctaatatagtaCTGAAAATGGCACAGGTTCAATAAACATGTTGGGAATGCAA
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a score=53272.000000
s hg19.chr21     17212786 37 +  48129895 TTTGAATTTTTTGTTTCCAATCTCCCAGGGTGTCAAA
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a score=343491.000000
s hg19.chr21     17212823 22 +  48129895 TATTGTAGGTTCAACTCCCGTG
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a score=31807.000000
s hg19.chr21     17212845 47 +  48129895 ACAACGAAACCACTCACTTAAGTTCCCTAGGAGGTATATACATAGGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     17214121 35 +  48129895 ctagggaacacccagtggatgttcattgtacattg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15935518 82 +  46489110 ATAAGACTTCCTTTAGCCAAAATGTTCAAGAGATATGGTACTCTGTTAATTTTGTTTTGATGAACTAAATAACAATACAAAT
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a score=-22640.000000
s hg19.chr21     17215834 24 +  48129895 TATTTTTTGTTTGAACAATTTTGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-177502.000000
s hg19.chr21     17215858 16 +  48129895 AAATGTATTAATATAT
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a score=-226782.000000
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a score=1142938.000000
s hg19.chr21     17216211 129 +  48129895 AAGCATTACTTAGCTTAATGTAGAATCCTGATTTTAAGTTTGGAAAATCATATGGAATTTAAATTTGCAGAAGTCAGCTAAATTTTGATTGCTCAGCTT--CATAATATGGATATCGTCTTATAAGGTAGC
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a score=512518.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165371573 21 - 196418989 tagaaatgaaaac-tttttctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-5814.000000
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s panTro2.chr21  15937561 44 +  46489110 GTGGCAAAGTTTCTTCCCCCTTTCAGCTTTTACCCATGTATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526162 44 +  48394510 GTAGCAAAGTTTCTTCCCCTTTTCAGCTTTTACCCATGTATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165371988 44 - 196418989 GTGGCAAAGTTTCTTCCCCTTTTCAGCTTTTACCCATGTATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=356245.000000
s hg19.chr21     17217843 28 +  48129895 ATCAGCATTATGCTGTTGAAATTCTTCA
s panTro2.chr21  15937605 28 +  46489110 ATCAGCATTATGCTGTTGAAACTCTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526206 28 +  48394510 ATCAGCATTATGCTGTTGAAACTCTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306042.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=65713.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=442292.000000
s hg19.chr21     17217952 51 +  48129895 ATTAATATTCTAAGTGATAACCATTTGCTTCAAATTTATATTTTCTTTTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526315 51 +  48394510 ATTGATATTCTAAGTAATAACCATTTGCTTTAAATTTATATTTTCTTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372141 51 - 196418989 ATTAATAGTCTAAGTAATAACCATTTGCCTTAAATTTATATTTTCTTTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=329655.000000
s hg19.chr21     17218003 41 +  48129895 TAAGATAGAATTGTTTTGGATTGGTTTGCTAGTGAGAAATC
s panTro2.chr21  15937765 41 +  46489110 TAAGATAGAATTGTTTTGCATTGGTTTGCTAGTGAGAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526366 41 +  48394510 TAAGATAGAATTGTTTTGGATTGGTTTGCTAGTGAGAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372192 41 - 196418989 TAAGATAGAATTGTTTTGGATTGGTTTGCTAGTGAGAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=548033.000000
s hg19.chr21     17218044 75 +  48129895 ATCACCACAAACTCCGAACAGATTTCTGAATTTACCTGTTTATATTTCACTCTTGTGTACAGAGACCTAGCACAG
s panTro2.chr21  15937806 75 +  46489110 ATCACCACAAACTCTGAACAGATTTCTGAATTTACCTGTTTATATTTCACTCTTGTGTACAGAGACCTACCACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526407 75 +  48394510 ATCACCACAAACTCCAAACAGATTTCTGAATTTACCTGTTTATATTTCACTCTTGTGTACAGAGACCTACCACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372233 75 - 196418989 ATCACCACAAACTCCAAACAGATTTCTGAATCTACCTGTTTATATTTTGCTCTTGTGTACAGAGACCTACTACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=277239.000000
s hg19.chr21     17218119 34 +  48129895 TTCGTCTCTTATATGCTAGAAAGATTAAAAATCC
s panTro2.chr21  15937881 34 +  46489110 TTCGTCTCTTATATGCTAGAAAGATTAAAAATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526482 34 +  48394510 TTCTTCTCTTATATGCTAGAAAGATTAAAAATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372308 34 - 196418989 TTCTTCTCTTATATGCTAGAAAGATTAAAAATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=917425.000000
s hg19.chr21     17218153 98 +  48129895 TTAATTAAATGTCATGGACCAAGCACATCTCTGTAGAATGTGTGTGATAGTAGTATTAGGTTAAAATTATTCAAATATAAACAATTTAAAGTAGCACA
s panTro2.chr21  15937915 98 +  46489110 TTAATTAAATGTCATGGACGAAGCACATCTCTGTAGAATGTGTGTGATAGTAGTATTAGGTTAAAATTATTCAAATATAAACAATTTAAAGTAGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526516 98 +  48394510 TTAATTAAATGTCATGGACCAAGCACAGCTTTGTAGAATGTGTGTGATAGTAGTATTAGGTTAAAATTATTCAAATGTAAACCATTTAAAGTAGCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372342 98 - 196418989 TTAATTAAATGTCATGGACCAAGCACATCTCTGTAGAATGTGTGTGATAGTAGCATTAGGTTAAAATTATTCAAATATAAGCAATTTAAAGTAGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-68329.000000
s hg19.chr21     17218251 46 +  48129895 ACAAAGTAGTACAATGACTC---ATAGCTGTCATTTTATAGAACAGCCG
s panTro2.chr21  15938013 46 +  46489110 ACAAAGTAGTACAATGACTC---ATAGCTGTCATTTTATAGAACAGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526614 46 +  48394510 ACAAAGTAGTATAATGACTC---ATAGCTGTCATTTTATAGAACAGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372440 49 - 196418989 ACAAAATAGTATAATGACTCATAATAGCTGTCATTTTGGAGAACAGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=479188.000000
s hg19.chr21     17218297 133 +  48129895 TTACATACCTGGTGTTGGCTTAGCTGCATATTATCTCTCATGATCATGATACCTGTTCATGCTGATCATTTCCTGTTGAAAAGTTGTGGATTTTGATAAATTAAGGATAAGTTGTGGATTTTGatatatgtgt
s panTro2.chr21  15938059 133 +  46489110 TTCCATACCTGGTGTTGGCTTAGCTGCATATTATCTCTCATGATCATGATACCTGTTGAGGCTGATCATTTCCTGTTGAAAAGTTGTGGATTTTGATAAATTAAGGATAAGTTGTGGATTTTGatatatgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526660 133 +  48394510 TTACATATCAGGTGTTGGCTTAGCTGCATATTATTTCTCATGATCATGATACCTGTTCAGGCTGATCATTTCCCGTTGAAAAGTTGTGGATTTTGATAAATTAAGGGTAAGTTGTGGATTTTGatatatgtgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372489 109 - 196418989 T----TACCAGGTGTTG-----GCTGCATATTATCTCTCATGATCATGATACCTGTTTAGGCTGATCATTTCCCATTGAAAAGTTGTCGATTTTGATAAATTAAGGA---------------GACACATATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1255.000000
s hg19.chr21     17218430 27 +  48129895 gtgtgtgtgtgtatatatatatatata
s panTro2.chr21  15938192  8 +  46489110 gtgtgtgt-------------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526793 27 +  48394510 gtgtatatatatatatgtgtacatata
i ponAbe2.chr21 C 0 I 114
s rheMac2.chr3  165372598  7 - 196418989 GTGTATA--------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5687.000000
s hg19.chr21     17218457 21 +  48129895 tatatatatatatatatatat
s rheMac2.chr3  165372605  7 - 196418989 --------------TATATAt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526934 21 +  48394510 tatatatatatatatatatat
i ponAbe2.chr21 I 114 C 0
s panTro2.chr21  15938200 20 +  46489110 -atatatatatatatatatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=149547.000000
s hg19.chr21     17218478 144 +  48129895 tttttttttttttttttttttgagacagagtcttactctgtaacccaggctggagtgcagtggtgcagtctcagctctctgcaacctccgcctcccaggttcaagcaattctcatgcctcagcttcccaagtagctgggattac
s panTro2.chr21  15938220 141 +  46489110 tttttttttttttttttt---gagacagagtcttactctgtaacccaggctggagtgcagtggtgcagtctcagctctctgcaacctccgcctcccaggttcaagcaattcacatgcctcagcttcccaagtagctgggattac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15526955 144 +  48394510 atattttttttttttttttttgagacacagtcttactctgtaacccaggctggagtgcagtgatgcagtctcagctctctgcaacctccacctcccacgttcaagcaattctcatgcctcagcttcccaagtagctgggattac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372612 126 - 196418989 ttt------------------aagacagggtcttactctgtaacccaggctggagtgcagtggtgcagtctcagctcactgcaacctgcgcctcccaggttcaagcaattctcgtgcctcagcttcccaagtagctgggattac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78630.000000
s hg19.chr21     17218622 61 +  48129895 aggcatgtgccaccatgcctggctaatctttgtatatttagtagggacggatttcgccatg
s rheMac2.chr3  165372738 61 - 196418989 aagcatatgccaccatgcctggctaatctttgtatatttagtagcaacagatttcaccgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527099 61 +  48394510 aggcatgtgccaccatgcctggctaatctttgtatatttagtagcaacggatttcgccatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15938361 61 +  46489110 aggcatgtgccaccatgcctggctaatctttgtatatttagtagggacggatttcgccatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=80434.000000
s hg19.chr21     17218683 49 +  48129895 ttggctaggctgatctccagctactgacctcaagtgat-acgcccatctt
s panTro2.chr21  15938422 49 +  46489110 ttggctaggctgatctccagctactgacctcaagtgat-acgcccatctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527160 50 +  48394510 ttggctaggctggtctccagctactgacctcaactgataacgcccatctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165372799 49 - 196418989 ttggccaggctggtctccaactactgacctacagtgat-tcgcccatctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63669.000000
s hg19.chr21     17218732 41 +  48129895 gacctcccaaactgctgggattataggtctaagctaccacg
s rheMac2.chr3  165372848 41 - 196418989 ggcttcccaaacttctgggattataggtataagctaccacg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527210 41 +  48394510 gacctcccaaactgctgggattataggtctaagctaccacg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15938471 41 +  46489110 gacctcccaaactgctgggattataggtctaagctaccacg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=245983.000000
s hg19.chr21     17218773 55 +  48129895 ccatgccAAAAATAGTGTTTATTTTAAAAGGGGCAGTACCAGTTGCAGCTATTGG
s rheMac2.chr3  165372889 55 - 196418989 ccatgccAAAAATAGCATTTATTTTAAAAGGGGCAGTACCAGTTGCAGCTATTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527251 55 +  48394510 ccatgccAAAAATAGCGTTTATTTTAAAAGGGGCAGTACCAGTTGCAGCTATTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15938512 55 +  46489110 ccatgccAAAAATAGCATTTATTTTAAAAGGGGCAGTACCAGTTGCAGCTATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=278642.000000
s hg19.chr21     17218828 55 +  48129895 TTTTGTTTTGTTTTATTGTTCAGTTAAACTCTTTTTCTATATATGCTTCCAGGAA
s rheMac2.chr3  165372944 50 - 196418989 TTTT-----GTTTTATTGTTCAATTAAACTCTTTTTCTATACATGCTTCCAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527306 50 +  48394510 TTTT-----GTTTTATTGTACAGTTAAACTCTTTTTCTATATATGCTTCCAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15938567 55 +  46489110 TTTTGTTTCGTTTTATTGTTCAGTTAAACTCTTTTTCTATATATGCTTCCAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=147341.000000
s hg19.chr21     17218883 76 +  48129895 GCCAGGAAATGTTCACATTGCTAAAATTTACCCATATTTCTAATGGAAATGAAACCTCTTTAATTGCTGTTATAAA
s rheMac2.chr3  165372994 76 - 196418989 GCCAGAAAATGTTCACATTACTAAAATTTACGTATATTTCTAACGGAAATAAAACCTTTTTAATTGCTGTTATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527356 75 +  48394510 GCCAGGAAATGTTCACATTGCTAAAATTTACCCATATTTCTAATGGAAA-AAAACCTCTTTAATTGCTGTTATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15938622 76 +  46489110 GCCAGGAAATGTTCACATTGCTAAAATTTACCCATATTTCTAATGGAAATGAAACCTCTTTAATTGCTGTTATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=237924.000000
s hg19.chr21     17218959 171 +  48129895 AATGTTTTTTGTAATATCAAAACAAAAGTTTATCTTTGTGTATGAAAACTTATGCAATTCAGTTACTTAAGTTGTTTTCAAGCACCTTCAGTACTTTTGGCTTTTTTAATAGGTAAATAGTGGATATGCTAGTTATAAATATGTTGAATAAGATAAATAAGTATGTAAACA
s panTro2.chr21  15938698 171 +  46489110 AATGTTTTTTGTAATATCAAAACAAAAGTTTACCTTTGTTTATGAAAACTTATGCAATTCAGTTACTTAAGTTGCTTTCAAGCACCTTCAGTACTTTTGGCTTTTTTAATAGGTAAATAGTGGATATGCTAGTTATAAATATGTTGAATAAGATAAATAAGTATGTAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527431 171 +  48394510 AATGTTTTTTGTAATATCAAAACAAAAGTTTATCTTTGTTTATGAAAACTTATGCAATTCAGTTACTTAAGTTGCTTTCAAGCACCTTCAGTACTTTTGGCTTTTTTAATAGGTAAATAGTGGATATGCTAGTTATAAATATGTTGAATAAGATAAATAAGTATGTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165373070 167 - 196418989 AATGTTTTTTGTAATATCAAAACAAAAGTTTATCTT----TATGAAAACTTATGCAATTCAGTTACTTAAGTTGCTTTCAAGCACCTTCAGTACTTTTGGCTTTTTTAATAGGTAAATAGTGGATATGCTAGTTATAAATATGTTGAATAAGATAAATAAGTATGTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135024.000000
s hg19.chr21     17219130 35 +  48129895 TCTGTATGGTATTTTGAATGAATCATATTAGTGTC
s panTro2.chr21  15938869 35 +  46489110 TCTGTATGGTATTTTGAATGAATCATATTAGTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527602 35 +  48394510 TCTGTATGGTATTTTGAATGAATCATGTTAGTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241849.000000
s hg19.chr21     17219165 65 +  48129895 ATGAAGTTTTGAATGAAATTTTCTGAATTTTACACTGACTTCTGTATTAGTGTAGATTACTGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527637 65 +  48394510 ATAAAGTTTTGAATGAAATTTTCTGAATTTTACACTGACTTCTGTATTAGTGTAGATTACTGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165373272 65 - 196418989 ATAACGTTTTGAATGAAATTTTCTGAATTTTACACTGACTTCTGTATTAGTGTAGATTACTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135899.000000
s hg19.chr21     17219230 15 +  48129895 TACATAGAATTTGTT
s panTro2.chr21  15938969 15 +  46489110 TACATAGAATTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=225707.000000
s hg19.chr21     17219245 56 +  48129895 AACAATAAAAAG--AAAAAAAGGAATAAATCTGATTGAGTTGTTAAAAATGGGTATCA
s panTro2.chr21  15938984 56 +  46489110 AACAATAAAAAG--AAAAAAAGGAATAAATCTGATTGAGTTGTTAAAAATGGGTATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527717 58 +  48394510 AACAATAAAAAGAAAAAAAAAGGAATAAATCTGATTGAGTTGTTAAAAATGGGTATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165373352 57 - 196418989 AACAATAAAAAG-AAAAAAAAGGAATAAATCTGATTGAGTTGTTTAAAATGGGTATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20910.000000
s hg19.chr21     17219301 34 +  48129895 GCTTCCAACAGCTTTTTCTTATTTTCAGCAGGTG
s panTro2.chr21  15939040 34 +  46489110 GCTTCCAACAGCTTTTTCTTATTTTCAGCAGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15527775 34 +  48394510 GCTTCCAACAGCTTTTTCTTATTTTCAGCAGGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5476.000000
s hg19.chr21     17219335 52 +  48129895 TTTGTTGAACACTTAAGATATAAATATACTGGAGCCTCATAGGCTGTATATA
s panTro2.chr21  15939074 52 +  46489110 TTTGTTGAACACTTAAGATATAAATATACTGGAGCCTCATAGGCTGTATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15533980 67 +  48394510 ACTCAGAAATCTATTGTGGG----CTTAAAGTTTAGACAATGTCACATTATCTTTACTAGCTGTCTGCGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 9

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i rheMac2.chr3  I 9 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15946200 155 +  46489110 tctcactctgtcgcccaggctggagtgcagtgagtggtgcgatcttggctcactgcaacctctgcctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgagactacaggggcccgccaccacacccaggtaatttttgtattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17226790 18 +  48129895 CTGTCCTGCCACGTCCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=185694.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=115022.000000
s hg19.chr21     17227088 23 +  48129895 ATCATCCCACGTGAACGTCTACC
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a score=29468.000000
s hg19.chr21     17227111 24 +  48129895 CAATAAGAATGCAGTATGAAAAAG
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s rheMac2.chr3  165381457 23 - 196418989 CTATAAGAATGCAGTATG-AAAAG
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a score=-29487.000000
s hg19.chr21     17227135 36 +  48129895 TTAATAGGCAAAGTTGATCTGG--AAAAAAAAATGCAA
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a score=68317.000000
s hg19.chr21     17227171 27 +  48129895 TGGGCTACACTACACTAACTTGAGTCC
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a score=172170.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15535666 42 +  48394510 TTCT-TCAAACTGACTTTAATGgttaagactagtttctactat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165381556 43 - 196418989 TTCTCTCAAATTAACTTTATTGGTTAAGACTAGTTTCTACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15946965 224 +  46489110 AGAAAATCCCCAAATAATAATGGCTTACGGAGAGAAGATTCTGTTGTGTAAAAATGAAATTCAGAGGAAAGCAATACAGAGTTACTATGATAAGCAAAAATAAAAGCCAGAAGATAAAAACAAAATATTTTCAAAGTACTCGTTGCTTGTATATATGTGTAGAGGTGAGAGGGTCATACTATAATTACAATTATGGGATTAGTGTAAGTTTTTTCATTTATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15536276 45 +  48394510 TTAATGAAATCTTGTTCCCTAAAGGTATACGCAGGCCTAAATCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165382336 62 - 196418989 CCACATCTTTCAAGTCAGTTACACATCCTGCCTTTAGGCTCTCAGACTTGTACTTCcaactc
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s rheMac2.chr3  165382400 64 - 196418989 tgggttatcacaatgtgtgtttacccatgtgaccaccaactaggccaacaggtagaagaacatc
i rheMac2.chr3  I 2 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15947763 58 +  46489110 tgggttatcacagtgtgtgtttacccatgtgaccaccaactaggccaagaggtagaa------c
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17228096 55 +  48129895 aggagtactccagaagtaccttttttccgccttcccatcactacagtctgtccgt
s panTro2.chr21  15947821 55 +  46489110 aggagtactccagaagtaacttttttccgccttcccatcactatagtctgtccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15536571 55 +  48394510 aggaatactccagaagtaccttttttccgccttcccatcactacagtctgtccat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165382464 55 - 196418989 aggagtactccagaaataccctttttcctccttcccatcactacagtctatccat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=291039.000000
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s rheMac2.chr3  165382519 80 - 196418989 acccaaaagtagccgttatctggacttctaacaatatacattagttttcttgttgacctttatacacttggcatctttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15947876 80 +  46489110 acccaaaagtagacattatctggacttctaacaacatatgttagttttcttgttggcctttatacacttggcatctttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=190942.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156089.000000
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s panTro2.chr21  15947997 22 +  46489110 tgtttggagcttcatccatgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165382640 22 - 196418989 tgtttggagcttcatccatgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153484.000000
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s panTro2.chr21  15948019 53 +  46489110 atacagttgtcatttcttccctctcatggtattttgttgtatgactataattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165382791 107 - 196418989 gggtgtagctgggataatgatggactgagttcctaccttaatgaacctcattttctgctagg----gaaacattaattagaattattaattagtatgataaagaaccagtt
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s hg19.chr21     17228529 138 +  48129895 taatgtggaaaaagaacataaaataagaaaacagagctagtacctagagggcttcttagaaaaagtgacttgtaaactAGTAATACATAATCCAAAATGTAGAATGTAAATGTTTTTCTCTCACTTCCTAATTCTCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135370.000000
s hg19.chr21     17228700 110 +  48129895 TATCCTAGAGAGATAGATGAGACTGGCTTACATTCAGGCATTCATCCTGTATTTATAATTTAAATAAAAGTAGGAGTATACTCtttctttttttttctttttttttttga
s panTro2.chr21  15948425 100 +  46489110 TATCCTAGAGAGATAGATGAGACTGGCTTACATTCAGGCATTCATCCTGTATTTATAATTTAAATAAAAGTAGGAGTATACTC----------tttctttttttttttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165383006  85 - 196418989 TATCCTAGAGAGATAGATGAGACTGACTTTGATTCAGACATTCATCCtatatttataatataaataaaaGTAGAAGTATACTCTT-------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=9593.000000
s hg19.chr21     17228810 137 +  48129895 gacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcagtctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggtgcccgctaccac
s panTro2.chr21  15948525 137 +  46489110 gacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcagtctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggtgcccgctaccac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-4308.000000
s hg19.chr21     17228947 59 +  48129895 gcccggctaattttttgtatttttagtagagacagggtttcaccgtgttagccaggatg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=6550.000000
s hg19.chr21     17229006 83 +  48129895 gtctcgatctcctgacctcgtgatccgcctgcctcggcctcccaaagtgctgggagtacaggcgtgagccaccgcacccggcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15950460 55 +  46489110 ataa---ttttttttgcctttatgaa-tagggtcatttacttccac--ttttttttttaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15538897 57 +  48394510 ataa---ttttttttgcctttatgaattagggtcatttacttccac-tttttttttttaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15950515 91 +  46489110 caggttattgaaagggtaggtaatgggataattaattaatttaacatgtttatgttgtatttagttaactttattgaactctttgttttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165384787 91 - 196418989 caggttattgaaagggtcggtgatgggataactaattaattttacatgcttacgtggtatttagttaactttattgaactctttgttttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15950606 60 +  46489110 aatggttttt-cattttattttcttgattatttcagtaaactgtctcccaaaaattatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165385300 121 - 196418989 tttGTATACCACACTATTTGTTTAACAAAAGTGAGTATgggtgttggcatctggttacatagacaaaattgatctatcgtttcttgctttgtatttgtcaattttggggatacaaattata
i rheMac2.chr3  C 0 I 25

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165385421 25 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165385421 25 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165385421 25 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165385421 25 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165385421 25 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165385421  25 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165385421 25 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  15955592 68 +  46489110 TAGAAAGGTAAAACAGAACGGGAAAACTTACCATCTCCATCTTATGATGTCTGTGAATAGACTTTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15544120 68 +  48394510 TAGAAAGGTAAAACAGAATGGGAAAACTTACCATCTCCATCTTATGATGTCTGTGAACAGACTTTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165389451 105 - 196418989 gccaggcacagcggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcgggctgacgatgaagtcaagagtttgagaccagcctggccaacgtagtgaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15955780 104 +  46489110 gccaggcac-gtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcgggcggatgatgaggtcaggagtttgagaccaacctggccaacatagtgaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15955884 168 +  46489110 cccatctctactaaaaatacaaaaaatttagctgggcgtggtggtgggcgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagattcgcttggacctgagaggtggaggttgcagtaagccgagatcacgccactgcaatccatcctgggggagagtgggagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15544415 168 +  48394510 cccatctctactaaaaatacaaaaattttagctgggcgtggtggtggacgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacctgagaggtggaggttgcagtgagccgagatcacgccactgcaatccatcctgggggagagtgggagac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165389556 168 - 196418989 cccatatctactaaaaatacaaaaaatttagttgggcatggtggcaggtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatagcttgaacctgggaggtgaaggctacagtgagccaagatcgcaccactgcagtccatcccaggggatagtacgagac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165389724  8 - 196418989 ttcatttg------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 19
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15956076 34 +  46489110 AAAGAAGGGCCTTTGTGGTCAGTTATTCAGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165389751 32 - 196418989 --AGAAGGGGCTCTGTGATCAGTTATTCAGGAAA
i rheMac2.chr3  I 19 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15550603 119 +  48394510 caagctacttgggagacagaggtaggaggattgctggagcccagaaggtcaagtctgcagttagccgtgatcgtgccactgcactgcagactgggcaactgactgagaccctgtctcc-a
i ponAbe2.chr21 C 0 I 12
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=342777.000000
s hg19.chr21     17242858 34 +  48129895 TTAATTTTCATTTAAATTAAGGATGGTCTTAAAG
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a score=23345.000000
s hg19.chr21     17242892 30 +  48129895 GAATATCTACttatttaattatactattat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-141556.000000
s hg19.chr21     17242922 10 +  48129895 tttaattgtt
s panTro2.chr21  15962631 10 +  46489110 tttaattgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165396349  7 - 196418989 tttaa---tt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=62058.000000
s hg19.chr21     17242932 66 +  48129895 attaaGAAGAAAGGATACATTTTGCTTTACTTACATTTTAGGTTATTTACTAGTTTGCATGTATTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165396356 66 - 196418989 attaaGAAGAAAGGATACATTTTGCTTTACTTACATTTTAGAATATTTACTAGTTTGCATGTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15552386  99 +  48394510 atagtggccacctgacaaaacttaaataactaaaacttttaaaaccaaagttcagttcatcggttacaccggccacgtttcagtagttcagtag-cttat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17243332 36 +  48129895 gtggttagtggcctctatttttagccagcacagaac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 25
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557188 102 +  48394510 ACACAACAGAAAATCAAGATAAATTCACTGTGGCTATCCAGGTTATGAGGAAGTGGGGTAAGGTAGAAGTGATGAAGCTGACAATACTTGTCGAT----GTCAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400371 106 - 196418989 gcaCAACAGAAAATAAAGATAAATTCATTGTGGCTATCCAGGTTATGAGGAAGTGGGGTAAGGTGGAAGTGATGAAGCTGACAATACTTGTCGATATTGGTCAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557290 139 +  48394510 GATGAAGAAATTTATATGACATTCAAATGAGTTTGCACCAGTATAAGTTTGATTAGGTTTGGCATGATGAGGTTTGTTTTCGGAAAATAATTCTGGTAATAATAATAGCATACTAGAGGATGAACAGGAAAGAAGTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15967937 25 +  46489110 TTGAAGTCAAGAACCTTAGAGGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557429 25 +  48394510 TTGAAGTCAAGAACCTTAGAGGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15967962 34 +  46489110 AAGTCAAGGGACGGAGAGTGAGGGCCTCAACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557454 34 +  48394510 AAGTCAAGGGACGGAGAGTGAGGGCCTCAACTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400638 34 - 196418989 AAGTCAAGGGATGGAGAGTGAGGGCCTCGACTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292420.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557488 13 +  48394510 TGTAGTACAGTAG----------------------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400672 53 - 196418989 TGTAGTACAGTAGGTATGATGGTGAAGGAAATGAAAGCAGGGCATGTCATAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227562.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400725 21 - 196418989 TGTTGGGTGAGTGGAAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15557501  0 +  48394510 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557501 44 +  48394510 --------------AAAGCTACCAAACTTACTAG-TTTTCGTTTAATATTAGGGAGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400746 59 - 196418989 GAAATGGAAGAGTCAGAGCTGCCAAACTTTCTAGTTGTTCATTTAATATTAGGGAATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251071.000000
s hg19.chr21     17248441 38 +  48129895 AATAGGAGGAACAAGGTTGGCTTTGAACATGTTTTATT
s panTro2.chr21  15968129 38 +  46489110 AATAGGAGGAACAAGGTTGGCTTTGAACATGTTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557545 38 +  48394510 AATAGGAGGAACAAGGTTGGCTTTGAACATGTTATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400805 38 - 196418989 AATAGGAGGAACAAGGTTGGCTTTGAACATGTTATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=139411.000000
s hg19.chr21     17248479 31 +  48129895 TAAGAGATTTCCAGGACATTCTTTGATTCAG
s panTro2.chr21  15968167 31 +  46489110 TAAGAGATTTCCAGGACATTCTTTGATTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557583 31 +  48394510 TAAGAGATTTCCAGGACATTCTTTGATTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400843 31 - 196418989 TAAGAGATTTCCAAGACATTGTTTGATTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=152081.000000
s hg19.chr21     17248510 78 +  48129895 TGAACTTAACATTAAACTTGTCATTAAATTTTATAtatcatttaatgcatacttccaaaaattgtagtaaatacttga
s panTro2.chr21  15968198 78 +  46489110 TGAACTTAACATTAAACTTGTCATTAAATtttatatatcatttaatgcatacttccaaaaattgtagtaaatacttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557614 78 +  48394510 TGAACTTAACATTAAACTTGTCATTAAATTTTATATCtcatttaatgcatacttccaataattgtagtaaatacttga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400874 78 - 196418989 TGAACTTAACATTAAACTTGTCATTAAATTTTATATCtcatttaatgcatacttccaaaaattgtaataaatacttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17248588 98 +  48129895 agatttatctcattttattctcttaacccctatggttggaagataa-aataccctattattaatataaagaaagtgaagctaacagatttagctaatct
s panTro2.chr21  15968276 98 +  46489110 agatttatctcattttattctcttaacccctatggttggaagataa-aataccctattattaatataaagaaagtgaagctaacagatttagctaatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557692 99 +  48394510 agatttatctcattttattctcttaacccctatggttggaagataataataccctattattaatgtaaagaaagtgaagctaacagatgtagctaatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165400952 99 - 196418989 agatttatctcattttattctcttaacccctatggtaggaagataataataccctattattaatgtaaagaaagtgaagctacgagatttagctaatct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=98640.000000
s hg19.chr21     17248713 55 +  48129895 tcacactgctataaagatactacacaagactgggtaatttataaaggaaagaggt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15968456 255 +  46489110 ttaatggactc-acagttccacatggttggggaggcctcaggaaacttaaaatgatggcagaaggtgaaggggaagcaaggaccttcatcacatggtggcaggagagagaagtgcaagcagaggaaatgccagatgcttatgaaaccatcagatctcatgagactcactccctgtcacaagaacagcactggggaaactgtccctatgatctgatcacctcccaccaggtctcttcctcaacacctgggggttaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15557873 254 +  48394510 ttaactgactcaacagttccacatggttggggaggcctcaggaaacttaaaatgatggtggaaggtgaaggggaagcaaggaccttcatcacatggtggcaggagagagaagtgcaagcaggggaaatgccggatgcttatgaaaccatcagatctcatgggactcactccctgtcacaagaacagcactggggaaactgcccctgtgatctgaccacctcccaccagg--tcttcctcaacacctggggattaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165401133 252 - 196418989 ttaattgactc-acagttccatacggttggggaggtctctggagacttaaaatgatggcggaaggtgaa-gggaagcaaggaccttcatcacatggtggcaggagagagaagtgcaagcaggggaaatgccagatgcttataaaaccatccgatctca--agactcacttcctgtcacaagaacagcatcggggaaactgcccctatgatctgatcacctcccaccaggtctcttcctcgacacctggggattaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17249023 44 +  48129895 attcaagataagatttgggtggagacacaaagcctaaccatatc
s rheMac2.chr3  165401385 44 - 196418989 attcaagataagatttgggaggagacacaaagcctaaccgtatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15558127 44 +  48394510 attcaagataagatttgggcggagacacaaagcctaaccatatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15968711 44 +  46489110 attcaagataagatttgggtggagacacaaagcctaaccatatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=132714.000000
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s panTro2.chr21  15968755 41 +  46489110 aATTGGGTAATTGATTCATGGCCAAGTTGGACTT-ATACCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15558171 41 +  48394510 aATTGGGTAATTGATTCATGGCCAAGTTGGACTT-ACAGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165401429 41 - 196418989 aATTGGGTAATTGATTCATGGCCAAGTTGGACTT-ACAGCGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=126009.000000
s hg19.chr21     17249109 27 +  48129895 AACCATCTTTCCAAAATCAAAATAAAT
s rheMac2.chr3  165401470 27 - 196418989 AAGGTTCTTTCCAAAATCAAAATAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17249136 31 +  48129895 TGCATAAGAATTATGTGGTGTAAATCTAAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17249167 100 +  48129895 ATATAACTTTTTTTATTTGAAATTCAGC-TTAAAAGTCATGTTTATCATGCTGTAAACATAAGATTTTAAATAAGAACCCTTAAATATTATAGGTCTTATA
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s ponAbe2.chr21  15558270 100 +  48394510 ATGTAACTTTTTTTATTTGAAGTTCAGG-TTAAAAGTCACGTTTATCATGCTGTAAACATAAGATTTTAAATAAGAACCCTTAAATATTATAGGTCTTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15968854 100 +  46489110 ATATAACTTTTTTTATTTGAAATTCAGC-TTAAAAGTCATGTTTATCATGCTGTAAACATAAGATTTTAAATAAGAACCCTTAAATATTATAGGTCTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=515984.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15558370 92 +  48394510 CCTGTATTTATCTCTTATGTTTCTTATTACATGGATTTCTCTGTTCTACTAGATcagtgatcagcacactatggcttgtgctccacctacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15969453 39 +  46489110 TAAAACTATTTTGAGTGCTTATACAATTTTATAATTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15558869 39 +  48394510 TAAAACTATTTTGAGTGCTTATACAATTTTATAATTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165402117 39 - 196418989 TAAAACAATTATAAGTGCTTATAAAATTTTATAATTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=115806.000000
s hg19.chr21     17249805 52 +  48129895 GGAAGTTAATCTCTAGAGAAGAAAAAATGGCCCCTGTGTTGATGATCGGCAT
s rheMac2.chr3  165402156 52 - 196418989 GGAAGTTAATCTCTAGAGAAGAAAAAATGGCCCCTGTATTGATGATCAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15558908 52 +  48394510 GGAAGTTTATCTATAGAGAAGAAAAAATGGCCCCTGTGTTGATGATCGACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15969492 52 +  46489110 GGAAGTTAATCTCTAGAGAAGAAAAAATGGCCCCTGTGTTGATGATCGGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=191435.000000
s hg19.chr21     17249857 46 +  48129895 AAGCCAAACATGACTGAAAAACACAATAATGTTTTCTCCACCGCTG
s rheMac2.chr3  165402208 46 - 196418989 AAGCCAAACAATAGTGAAAAACACAATAATGTTCCATCCACCAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  15558960 46 +  48394510 AAGCCAAACATGACTGAAAAACACAATAATGTTTTTTCCACTGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15969544 46 +  46489110 AAGCCAAACATGACTGAAAAACACAATAATGTTTTCTCCACCGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=192529.000000
s hg19.chr21     17249903 19 +  48129895 TTGCTTTTGTTTCTGTTGT
s rheMac2.chr3  165402255 19 - 196418989 TTGCTTTTGTTTCTGTTGT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  15559006 19 +  48394510 TTGCTTTTGTTTCTGTCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15969590 19 +  46489110 TTGCTTTTGTTTCTGTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=72632.000000
s hg19.chr21     17249922 50 +  48129895 TGCCATATGCATAGCTTTTTCTAAAGAGAGATTTTCAGTTCTAGATAGGT
s rheMac2.chr3  165402274 50 - 196418989 TGTCATATGCATAGCGTTTTCTAAAGAGAGGTTTTCAGTTCTAGGTAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559025 50 +  48394510 TGCCATGCGCATAGCTTTTTCTAAAGAGAGATTTTCAGTTCTAGATAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15969609 50 +  46489110 TGCCATACGCATAGCTTTTTCTAAAGAGAGATTTTCAGTTCTAGATAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=529168.000000
s hg19.chr21     17249972 68 +  48129895 TGAGATTGTTTTCTCTAAATACCGTTTGTTCTAATACTGTTTGTGAACATATTTATGTTGTCTTCCTT
s rheMac2.chr3  165402324 68 - 196418989 TGAGATTGTTTTCTCTAAATACTGTTTGTTCTAATACTGTTTGTGAACATATTTATGTTGTCTTCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559075 68 +  48394510 TGAGATTGTTTTCTCTGAATACCGTTTGTTCTAATACTGCTTGTGAACATATTTATGTTGTCTTCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15969659 68 +  46489110 TGAGATTGTTTTCTCTAAATACCGTTTGTTCTAATACTGTTTGTGAACATATTTATGTTGTCTTCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1174.000000
s hg19.chr21     17250040 22 +  48129895 ATTAATACTTACAGATCCTTAA
s panTro2.chr21  15969727 22 +  46489110 ATTAATACTTACAGATCCTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559143 22 +  48394510 ATTAATACTTACAGATACTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165402392 22 - 196418989 ATTAATACTTACAGATGTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-28891.000000
s hg19.chr21     17250062 15 +  48129895 TTTAAAAAGGAAACA
s rheMac2.chr3  165402414 15 - 196418989 TTTAAAAAGGAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559165 15 +  48394510 TTTAAAAAGGAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15969749 15 +  46489110 TTTAAAAAGGAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-493177.000000
s hg19.chr21     17250077 35 +  48129895 AAAACCTATTCTTTTTTTTTTCCTGCATTGCATTA
s panTro2.chr21  15969764 34 +  46489110 AAAACCTATTC-TTTTTTTTTCCTGCATTGCATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559180 34 +  48394510 AAAACCTATTC-TTTTTTTTTTCTGCATTGCATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165402429 32 - 196418989 AAAACATATTC-TTTTTTTTT--TGCATTGCATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4062957.000000
s hg19.chr21     17250112 86 +  48129895 AGAAATTAAATGAGCAAGCCGCAGAACTCTTCGAATCTGGAGAGGATCGAGAAGTAAACAATGGTTTGATTATCATGAATGAGTTT
s rheMac2.chr3  165402461 86 - 196418989 AGAAATTAAATGAGCAAGCCGCAGAACTCTTCGAATCTGGAGAGGATCGAGAAGTAAACAATGGTCTGATTATCATGAATGAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559214 86 +  48394510 AGAAATTAAATGAACAAGCTGCAGAACTCTTCGAATCTGGAGAGGATCGAGAAGTAAACAATGGTCTGATTATCATGAATGAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15969798 86 +  46489110 AGAAATTAAATGAGCAAGCCGCAGAACTCTTCGAATCTGGAGAGGATCGAGAAGTAAACAATGGTCTGATTATCATGAATGAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6244648.000000
s hg19.chr21     17250198 118 +  48129895 ATTGTCCCATTTTTGCCATTATTACTGGTGGATGAAATGGAAGAAAAGGATATACTAGCTGTAGAAGATATGAGAAATCGATGGTGTTCCTACCTTGGTCAAGAAATGGAACGTAAGT
s panTro2.chr21  15969884 118 +  46489110 ATTGTCCCATTTTTGCCATTATTACTGGTGGATGAAATGGAAGAAAAGGATATACTAGCTGTAGAAGATATGAGAAATCGATGGTGTTCCTACCTTGGTCAAGAAATGGAACGTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559300 118 +  48394510 ATTGTCCCATTTTTGCCATTATTACTGGTGGATGAAATGGAAGAAAAAGATATACTAGCTGTAGAAGATATGAGAAATCGATGGTGTTCCTACCTTGGTCAAGAAATGGAACGTAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165402547 118 - 196418989 ATTGTCCCATTTTTGCCATTATTACTGGTGGATGAAATGGAAGAGAAGGATATACTAGCTGTAGAAGATATGAGAAATCGATGGTGTTCCTACCTCGGTCAAGAAATGGAACGTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-795154.000000
s hg19.chr21     17250316 35 +  48129895 TTAAACAATGGTAGTAGGCACCTGAGATGTCCGGA
s panTro2.chr21  15970002 35 +  46489110 TTAAACAATGGTAGTAGGCACCTGAGATGTCCGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559418 35 +  48394510 TTAAACGATGGTAGTAGGCACCTGAGATGTCCGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165402665 35 - 196418989 TTAAACAATGGTAGTAGGCACCTGAGATGTCGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-178228.000000
s hg19.chr21     17250351 15 +  48129895 TTAAATGCAGTTAGA
s panTro2.chr21  15970037 15 +  46489110 TTAAATGCAGTTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559453 15 +  48394510 CTAAATGCAGTTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165402700 15 - 196418989 TTAAACGCAGTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=49357.000000
s hg19.chr21     17250366 13 +  48129895 ATTAGATGTTATT
s panTro2.chr21  15970052 13 +  46489110 ATTAGATGTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559468 13 +  48394510 ATTAGATGTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165402715 13 - 196418989 ATTAGATGTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 I 314

a score=-431860.000000
s hg19.chr21     17250379 42 +  48129895 TATTCTTGCCattttttatattaaatacaatattaagtatta
s panTro2.chr21  15970065 42 +  46489110 TATTCTTGCCattttttatattaaatacaatattaagtatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559481 42 +  48394510 TATTCTTGCCattttttatattaaatacaatattaagtatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165403042 42 - 196418989 TATTCTTGCCattttttatattaaatataatattaagtatta
i rheMac2.chr3  I 314 I 3

a score=-271029.000000
s hg19.chr21     17250421 30 +  48129895 atattttCACATTCACATGATTACTCTTTT
s panTro2.chr21  15970107 30 +  46489110 atattttCACATTCACATTATTACTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559523 30 +  48394510 atattttCACATTCACATGATTACTCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165403087 27 - 196418989 ttaatttCATATTCAC---ATTACTCTTTT
i rheMac2.chr3  I 3 C 0

a score=-175557.000000
s hg19.chr21     17250451 56 +  48129895 TCCATATTGATGAACTAAGCTGTGTGCATTGCAGTTGCCATTTATGTTTTTGTCTC
s rheMac2.chr3  165403114 54 - 196418989 TCCATATTGATGAGCTAAGCTGGGTGCATTGCAGTTGCCATT--TGTTTTTGTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559553 56 +  48394510 TCCATATTGTTGAGCTAAGCTGTGTGCATTGCAGTTGCCATTTATGTTTTTGTCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15970137 56 +  46489110 TCCATATTGATGAACTAAGCTGTGTGCATTGCAGTTGCCATTTATGTTTTTGTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-974366.000000
s hg19.chr21     17250507 33 +  48129895 CCCAAAATGGCAATTATCTTACCTATTAGAGTA
s panTro2.chr21  15970193 33 +  46489110 CCCCAAATGGCAATTATCTTACCTATTAGAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559609 33 +  48394510 CTCAAAATGGCAATTATCTTACCTATTAGAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165403168 33 - 196418989 CCCAAAATGGCAATTATCTTACCTATCACGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-15711.000000
s hg19.chr21     17250540 16 +  48129895 AGTTAATATTAGTAAA
s rheMac2.chr3  165403201 16 - 196418989 AGTTAATATTAGTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559642 16 +  48394510 AGTTAATATTAGTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15970226 16 +  46489110 AGTTAATATTAGTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-593720.000000
s hg19.chr21     17250556 26 +  48129895 TCATGTTGACAATGATCGTGTAATAA
s panTro2.chr21  15970242 26 +  46489110 TCATGTTGACAATGATCATGTAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559658 26 +  48394510 TCATGTTGACAATGATCGTGTGATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165403217 26 - 196418989 TCATGTTGACAATGATCATGTCATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=84258.000000
s hg19.chr21     17250582 27 +  48129895 TTTC--TATCTTTAGTTAGATTTAATTGT
s panTro2.chr21  15970268 29 +  46489110 TTTCTGTATCTTTAGTTAGATTTAATTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559684 27 +  48394510 TTTC--TATCTTTAGTTAGATTTAATTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165403243 27 - 196418989 TTTC--TATCTTTAGTTAGATTTAATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=620823.000000
s hg19.chr21     17250609 20 +  48129895 TTGTATTTGCAGCACACCTC
s rheMac2.chr3  165403270 20 - 196418989 TTGTATTTGCAGCACACCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559711 20 +  48394510 TTGTATTTGCAGCACACCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15970297 20 +  46489110 TTGTATTTGCAGCACACCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6448622.000000
s hg19.chr21     17250629 106 +  48129895 CAAGAAAAGCTGACAGATTTTTTGCCAAAACTGCTTGATTGTTCTATGGAGATTAAAAGTTTCCATGAGCCACCGAAGTTACCTTCATATTCCACGCATGAACTCT
s panTro2.chr21  15970317 106 +  46489110 CAAGAAAAGCTGACAGATTTTTTGCCAAAACTGCTTGATTGTTCTATGGAGATTAAAAGTTTCCATGAGCCACCGAAGTTACCTTCATATTCCACGCATGAACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559731 106 +  48394510 CAAGAAAAGCTGACAGATTTTTTGCCAAAACTGCTTGATTGTTCTATGGAGATTAAAAGTTTCCATGAGCCACCGAAGTTACCTTCATATTCCACGCATGAACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165403290 106 - 196418989 CAAGAAAAGCTGACAGATTTTTTGCCAAAACTGCTTGATTGTTCTATGGAGATTAAAAGTTTCCATGAGCCACCGAAGTTACCTTCGTATTCCACGCATGAACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3377741.000000
s hg19.chr21     17250735 67 +  48129895 GTGAGCGATTTGCCCGAATCATGTTGTCCCTCAGTCGAACTCCTGCTGATGGAAGATAAACTGCACA
s panTro2.chr21  15970423 67 +  46489110 GTGAGCGATTTGCCCGAATCATGTTGTCCCTCAGTCGAACTCCTGCTGATGGAAGATAAACTGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559837 67 +  48394510 GTGAGCGATTTGCCCGAATCATGTTGTCCCTCAGTCGAACTCCTGCTGATGGAAGATAAACTGCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165403396 67 - 196418989 GTGAGCGATTTGCCCGAATCATGTTGTCCCTCAGTCGAACTCCTGCTGATGGAAGATAAACTGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=348892.000000
s hg19.chr21     17250802 15 +  48129895 CTTTCCCTGAACACA
s panTro2.chr21  15970490 15 +  46489110 CTTTCCCTGAACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559904 15 +  48394510 CTTTCCCTGAACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165403463 15 - 196418989 CTTTCCCTAAACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=543209.000000
s hg19.chr21     17250817 19 +  48129895 CTGTATAAACTCTTTTTAG
s rheMac2.chr3  165403478 19 - 196418989 CTGTATAAACTCTTTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559919 19 +  48394510 CTGTATAAACTCTTTTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15970505 19 +  46489110 CTGTATAAACTCTTTTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1225713.000000
s hg19.chr21     17250836 25 +  48129895 TTCTTAACCCTTGCCTTCCTGTCAC
s rheMac2.chr3  165403497 25 - 196418989 TTCTTAACCCTTGCCTTCCTGTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559938 25 +  48394510 TTCTTAACCCTTGCCTTCCTGTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15970524 25 +  46489110 TTCTTAACCCTTGCCTTCCTGTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1507568.000000
s hg19.chr21     17250861 40 +  48129895 AGGGTTTGCTTGTTGCTGCTATAGTTTTTAAC-TTTTTTTT
s rheMac2.chr3  165403522 39 - 196418989 AGGGTTTGCTTGTTGCTGCTATAGTTTTTAAC--TTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15559963 40 +  48394510 AGGGTTTGCTTGTTGCTGCTATAGTTTTTAAC-GTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15970549 41 +  46489110 AGGGTTTGCTTGTTGCTGCTATAGTTTTTAACTTTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1831010.000000
s hg19.chr21     17250901 51 +  48129895 ATTTTAATAACTGCAAAAGACAAAATGACTATACAGACTTTAGTCAGACTG
s rheMac2.chr3  165403561 51 - 196418989 ATTTTAATGACTGCAAAAGACAAAATGACTATACAGACTTTAGTCAGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15560003 51 +  48394510 ATTTTAATAACTGCAAAAGACAAAATGACTATACAGACTTTAGTCAGACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15970590 51 +  46489110 ATTTTAATAACTGCAAAAGACAAAATGACTATGCAGACTTTAGTCAGACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3592310.000000
s hg19.chr21     17250952 107 +  48129895 CAGACAATAAAGCTGAAAATCGCATGGCGCTCAGACA---TTTTAACCGGAACTGATGTATAATCACAAATCTAATTGATTTTATTATGGCAAAACTATGCTTTTGCCAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=497315.000000
s hg19.chr21     17252339 65 +  48129895 TTTGTAAAGAAAGTATCCTTAATATTTTATGACATTCTACCACAGTGGTAAAGTTGTTTGTGTT--T
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15561445 65 +  48394510 TTTGTAAAGAAAGTATCCTTAATATTTTACGACATTCTACCACAGTGGTAAAGTTGTTTGTGTT--T
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a score=1510323.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165405062 128 - 196418989 GTGTATAATTGACTGCTGAGACACAAAGTGCTCAAACACTACATGGAAATTATTCCTTCAAAGGCACATTCAGAGAATCATGTCACTCTTGTGCTGAAGGTAAGTATTATAATTGTATTTACTATATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17252585 43 +  48129895 AGAAAAGTGACCTTTTTCAAGACCTACAGAAACAACTTATTTT
s rheMac2.chr3  165405243 41 - 196418989 AG--CAGTGACCTTTTTCAAGACCTACAGAAACAACGTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17252628 38 +  48129895 AATATTGGTTTTTAATCTAATTGTAAGGTTTAGATCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-102346.000000
s hg19.chr21     17252666 38 +  48129895 TGAAA----TTTCTTT-TTttttttttttttaaatttccaact
s panTro2.chr21  15972355 42 +  46489110 TGAAATTTCTTTCTTT-TTtttttttttttttaatttccaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17252704 2912 +  48129895  
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s rheMac2.chr3  165408257 403 - 196418989 tggtctcatgttttactaa-ttttttcaaaaaattagcttctggccaggcacagtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggtagatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggctaacatggtgaaaccctgtctctacctaaaatac----aaaaaggaaaaaaa------agccgggcatagtggcgggcgcctgtagtctcagctactcgggaagctgaggcaggagaatggcgtgaacctgggaggtggagcttgcagttagccgagatcacaccactgcagtctag--tgggtaacagagcgagactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagctcctggattgtttga--------tttttttgaagggtttttgtgtgtgtgtgtgtctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15564724 417 +  48394510 tggtctccaattttactaatttttttcaaaaaatcagcttctgtctgggcgcgatggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcgggtagatcacgaggtcaggagattgagaccatcctggataacacagtgaagccctgtgtctactaaaaatgc----aaaaaaaaaaaaaaaaaattagccaggcgtggtggtgggtgcctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcgggagaatggcatgaactcgggaggcagagcttgcagtgagccaagatcgtgccactgcactccagcctgggtgacaaagcgagactccgtctc---aaaaaaaaaaaaaaaagattagctcctggattgtttgattttgatttttttttgaagggtttttttttgggggggtctctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15975310 419 +  46489110 tggtctcctattttactaatttttttcaaaaaatcagcttctctccaggtgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcgggtagatcacgaggtcaggagattgagatcatcctggctaacacagtgaagccctgtctctactaaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattagccgggcatggtggcgggtgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcgggagaacggcatgaacttgggaggcagagcttgcagtgagctgagatcgtgccactgcactccagtctgggtgacagagcaagactctgtctc-----aaaaaaaaaaaaaaaattagctcctggattgtgtgattttgatttttttttgaagggtttttttttgggggggtctctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=219362.000000
s hg19.chr21     17255988 185 +  48129895 ctttagttcagctctgatatt-ggttatttcttgttttctgctaagctttggggtttgtttgcccttggttttctagttactttagttgggatatta-ggttgttgagatctttccagctttttgatattgtcatttagtgctataaatttccctcttaacactgctttagctgtgtcccagagatg
s rheMac2.chr3  165408660 184 - 196418989 cttcagttcagctctgatatt-ggttatttcttgtcttctgct-agctttggggtttgtttgcccttggttttttagttattttatttgggatgtta-ggttgttgagatctttacagctttttgatatggtcatttagtgctataaatttccctgttaacactgctttagctgtgtcccagagatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565141 186 +  48394510 cttcagttcagctctgatattgggttattttttgtcttctgct-agctttgaggtttgtttgcccttggttttctagttattttagttgggatgttagggttgttgagatctttccagctttttgatatggtcatttagtgctataaatttccctcttaacactgctttagctgtgtcccagagatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15975729 184 +  46489110 ctttagtttagctctgatgtt-ggttatttcttgtcttctgct-agctttggggtttgtttgcccttggttttctagttactttagttgggatgtta-ggttgttgagatctttccagctttttgatattgtcatttagtgctgtaaatttccctcttaacactgctttagctgtgtcccagagatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17256173 43 +  48129895 ctggtatgttgtATTTGAAATTTCTTTATATAATTTACCATGT
s panTro2.chr21  15975913 43 +  46489110 ctggtatgttgtATTTGAAATTTCTTTATATAATTTACCATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565327 43 +  48394510 ctggtatgttgtATTTGAAATTTCTTTATATAATTTACCATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165408844 43 - 196418989 ctggtaagttgtATATGAAATTTCTTTATATAATTTACCATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1136952.000000
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s panTro2.chr21  15975956 110 +  46489110 TAAATATAACTTATAGCTAATAACTTAAGAATTTGAACCTCATAGAACTGTAGTCCATAGCAGATTTCA-TTTGATTTAAATGACTCTTATTTTGGTTACTATGTTATTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565370 111 +  48394510 TAAATATAACTTATAGCTAATAACTTCAGAATTGGAACCTCGTAGAACTGTAGTCCATAGCAGATTTCACTTTGATTTAAATGACTCTCATTTTGGTTACTATGTTATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165408887 111 - 196418989 TAAATATAACTTACAGCTAATAACTTCAGAATTGGAACTTCATAGAACTGTTGTCCATAGCAGATCTCATTTTGATTTAAATGACTCTCATTTTGGTTACTGTGGTACTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565481 49 +  48394510 TTCCTACCCCAAAAATGTTACGTTTTGAAATAATTCAGGGTAGAATTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165408998 49 - 196418989 TTCCTACCCCAAAAAAGTTACATTTTGCAATAATTCAGGGTAGAATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565530 25 +  48394510 TATAGATAGAACTTCAGACATCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409047 25 - 196418989 TGTAGATAGAACTTCAGATATCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=386333.000000
s hg19.chr21     17256400 88 +  48129895 GGAGACCAGTACGCATGAATGAACATGTAGGGACCCCTCTAATACGTTTCACATCCATTATGATACAACAATGACCATACACT---TTagt
s panTro2.chr21  15976140 88 +  46489110 GGAGACCAGTACGCATGAATGAACATGTAGGGACCCCTCTAATACATTTCACATCCATTATGATACAACAATGACCATACACT---TTagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565555 87 +  48394510 GGAGACCAGTACGCATGAATGAACATGTAGGGACCTCTCTAATA-GTTTCACATCCATTACGATACAACAATGACCATACACT---TTagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409072 91 - 196418989 GGAGACCAGTATGAATGAATGAACTTGTAGGGACCCCTCTAATACGTTTCACATCCATTACGATACAACAGCGACCATACACTAAAGTagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=476597.000000
s hg19.chr21     17256488 76 +  48129895 agttctcagtgtgtgttctccagatcagtagacagcttcagcagcttgggaacatgttagaattgaaaatttttga
s panTro2.chr21  15976228 76 +  46489110 agttctcagtgtgtgttctccagatcagtagacagcttcagcagcttgggaacatgttagaattgaaaatttttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565642 76 +  48394510 agttctcagtgtgtgttctccagatcagtaggcagcttcagcagcttgggaacatgttagaattgaaaacttttga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409163 76 - 196418989 agtactcaatgtctgttcttcagatcagtgggcagcttcagcagcttgggaacatgttaaaattgaaaatttttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15976304 38 +  46489110 gtcccacctcagagctgccagttcagaaactcttcacg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565718 38 +  48394510 gtcccacctcagagctgccagttcagaaactcttcacg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409239 38 - 196418989 gtcccgcctcagagctgccagttcagaaactcttcatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565756 58 +  48394510 taacctgtgttgtaacaagtccttcagataattttgatgttta----agtttcagagccact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409277 62 - 196418989 taccctgtgttataaaaagtccttcagatgattttgatgtttactaaagtttcggagccact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409339 23 - 196418989 gCACTAAATGAAACTATTGGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=592066.000000
s hg19.chr21     17256685 104 +  48129895 CATTTGTGCACTGTAAATTGATGCTGTTTAATTTTCATTCACTTGTGCTC-------TGTTGGAAGCTTTTTTGTGTTTCCTTCACTTGGGATTTCAAGGAAGTATCtaa--------t
s panTro2.chr21  15976425 116 +  46489110 CATTTGTGCACTGTAAATTGATGCTGTTTAATTTTCATTCACTTGTGCTC---TGTTTGTTGAAAGCTTTTTTGTGTTTCCTTCACTTGGGATTTCAAGGAAGTATCTAAttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565837 107 +  48394510 CATTTGTGCACTGTAAATTGATGCTGTTTA---TTCATTCACTTGTGCTCTGTTGTTTGTTGGAAGCTTTTTTGTGTTTCCTTCGCTTGGGATTTCAAGGAAGTATCTAA---------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409362 111 - 196418989 CATTTGTGGACCGTAAATTGATGCTGTTTAATTTTTATTCACTTATGATCTGTTGTTTGTTGGAAGCTTTTTTGTGTTTCCCTCACTTGGAATTTCAAGGAAGTATCTAA--------T
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

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s panTro2.chr21  15976541 41 +  46489110 ttttttttttttttttttGCTTAGTTTTACATGTAATTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565944 39 +  48394510 --TTTTTTTTTTTTTTTTGCTTAGTTTTACATTTAATTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409475 41 - 196418989 TTTTTATTCATTTATTTTGCTTAGTTTTACATTTAATTGAG
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=118008.000000
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s rheMac2.chr3  165409516 20 - 196418989 AATAAGGTAGGTATCTGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15565983 20 +  48394510 AATAAGGTAGGTATCTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15976582 20 +  46489110 AGTAAGGTAGGTATCTGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=463479.000000
s hg19.chr21     17256848 37 +  48129895 CTCCAAAAGTTCAGCATCTTTATTTTATGATTTAAAC
s panTro2.chr21  15976602 37 +  46489110 CTCCAAAAGTTCAGCATCTTTATTTTATGATTTAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15566003 37 +  48394510 CTCCAAAAGTTCAGCATCTTTATTTTATGATTTAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409536 37 - 196418989 CTCCAAAAGTTCAGTATCTTTATTTTATGATTTAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-30963.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409573 119 - 196418989 TTGTTGAGTTTTGCCTCTGGGTCCTGTCATTCTCCCAGCGAATAAAAATGTGGATGCTTGGGGAAGTGGAGGTGGACGGTGAATGGGAATACTCTTGTTTGATTTTTTTAACATTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165431.000000
s hg19.chr21     17257004 23 +  48129895 TTGTAAATAACATTAAATACCAT
s panTro2.chr21  15976758 23 +  46489110 TTGTAAATAACATTAAATACCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15566159 23 +  48394510 TTGTAAATAACATTAAATACCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409692 23 - 196418989 TTGTAAATAACATTAAATACCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409006.000000
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s panTro2.chr21  15976781 48 +  46489110 TTGTTGTGCCCAT------GATAACTTCATCCAAAATATAtatattagtctgct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=252045.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153097.000000
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s panTro2.chr21  15976901 194 +  46489110 ctggaagtctaagatcaagctgttggtggatttgatttcccctaaggcctctctccttggcctgcagaccaccaccttctctctgtgtcctcacctagccttctctctgtgtcctcacctagccttttctctctgtcctcacctagccttttct--gtgtgctgcatccctggcctctcttccagttcttataagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165409835 148 - 196418989 ctggaagtctaagatcaagctgttggtggatttgatttcccctaaggcctctctccttggcctacagaccaccaccttctctctg------------------------------------------------tgtcctcacctagccttttctcggtgtgctgcatccctggcctctcttccagttcttataagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-45767.000000
s hg19.chr21     17257422 36 +  48129895 cttcaatttatgaatctgggggacaatttagTAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165411683 138 - 196418989 CTCTCAGG--TATTACAGGGCTTTTAATGTGAGAACTGGAGTTTAGATAGTTGCTTTTCCAGT-----TTTAAGATTTACCTGTGGCCCTACTGTGAGACTGCGATTGAGCCTAGCTACAGTAGGGTGGAGGAATTTGCTTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=321637.000000
s hg19.chr21     17259148 75 +  48129895 CAGTACTGTATGTCACATGAAAGGGCAGGGGTCTTCAGATTGCTGATGTTCCCTCAGCCATAGACCATGCCCACT
s panTro2.chr21  15978926 75 +  46489110 CAGTACTGTATGTCACATGAAAGGGCAGGGGTCTTCAGATTGCTGATGTTCCCTCAGCCATAGACCATGCCCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568301 75 +  48394510 CAGTACTGTATGTCACATGAAAGGGCAGGGGTCTTCAGATTGCTGATGATCCCTCAGCCATAGACCATGCCCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165411821 75 - 196418989 CAGTACCGTATGTCACATGAAAGGGCAGGGGTCTTCAGATGGCTGATGTTCTCTCGGCCATAGACCATGCCCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179700.000000
s hg19.chr21     17259223 48 +  48129895 TTTGAC--GTGCTCTAGCCAAAGCTGCATGAAAATATTTTTCAGTCCCTA
s panTro2.chr21  15979001 48 +  46489110 TTTGAT--GTGCTCTAGCCAAAGCTGCATGAAAATATTTTTCAGTCCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568376 50 +  48394510 TGTGACGTGTGCTCTAGCCAAAGCTGCATGAAAATATTTTTCAGTCCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165411896 50 - 196418989 TTTGACGTGTGCTCTAGCCAAAGCTGCATGAAAATATTTTTCAGTCCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259599.000000
s hg19.chr21     17259271 149 +  48129895 CTGGATTTTTCTCTTATGaatggttaacagtgcaggttctggaaccaaactacctggattcagattctggctctgccgtttattcgctgtgtgttgaccttgaatgagtgatttaacttttccgtgcctcagattcttcatctataaaa
s panTro2.chr21  15979049 149 +  46489110 CTGGATTTTTCTCTTATGaatggttaacagtgcaggttctggaaccaaactacctggattcagattctggctctgccgtttattcgctgtgtgttgaccttgaatgagtgatttaacttttccgtgcctcacattcttcatctataaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568426 147 +  48394510 CTGGATTTTTCTC--ATGaatggttaacagtgcaggttctggaaccaaactgcctggattcagattctggctctgctgtttattcgctgtgtgttgaccttgaatgagtgatttaacttttccatgcctcagattcttcatctataaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165411946 148 - 196418989 CTGGATTTTTCTCTTATGaatggttaacagtgcaggctctggaaccaaactgcctggattcagattctgactctgctgtttattcactgcgtgttgaccttgaatgagtga-ttaacttttccgtgccttagactcttcatctgtaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177926.000000
s hg19.chr21     17259420 54 +  48129895 tgggcattatgacataacacaccttagaggattttttaaaagattaaatgggtt
s panTro2.chr21  15979198 54 +  46489110 tgggcattatgacataacgcaccttagaggattttttaaaagattaaatgggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568573 53 +  48394510 tgggcattatgacataacgcaccttagaggatgttttaaaagattaaatggg-t
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412094 54 - 196418989 tgggcattatgacacaacgcaccttagaagattttttaaaagattaaacgggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149524.000000
s hg19.chr21     17259474 60 +  48129895 tccagatataaaacgtttagaaactgtctgccacattaagtattcaataattgtGAGCCC
s panTro2.chr21  15979252 60 +  46489110 tccagatataaaacgtttagaaactgtctgccacattaagtattcaataattgtGAGCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568626 60 +  48394510 tccagatataaaacgtttagaatctatctgccacagtaagtattcaataattgtcagCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412148 60 - 196418989 tctagatataaaatgtttagaaactgtctgccacattaagtattcaataattgtcagCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=47610.000000
s hg19.chr21     17259534 70 +  48129895 TTTTTATAGTTTGTCAGTATTGTTTACTCCTGTTCTGGTTTTGAGGATCTTTAGCTTCCATCCTCTACCT
s panTro2.chr21  15979312 70 +  46489110 TTTTTATAGTTTGTCAGTATTGTTTACTCCTGTTCTGGTTTTGAGGATCTTTAGCTTCCATCCTCTACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568686 70 +  48394510 TTTTTATAGTTTGTCAGTATTGTTTACTCCTGTTCTGGTTTTGAGGATCTTTGGCTTCCATCCTCTACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412208 70 - 196418989 TTTTTATAGTTTGTCAGCATTGTTTACTCCTGTTCTGGTTTTGAGGATCTTTGGCTTCCATCCTCTACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89317.000000
s hg19.chr21     17259604 79 +  48129895 GCATTCCTAGTG------------TTTTTTTTTTTCTCCCTACTTCTTAAAGTTGTGCTCAAGGTTTGGTACTTGGCCCCTTCCTCATGCT
s panTro2.chr21  15979382 91 +  46489110 GCATTCCTAGTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTCTTCCTACTTCTTAAAGTTGTGCTCAAGGTTTGGTACTTGGCCCCTTCCTCATGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568756 83 +  48394510 GCATTCCTAGTGTTTTG--------TTTTTTTTTTCTTCCTACTTCTTAAAGTTGTGCTCAAGGTTTGGTACTTGGCCCCTTCCTCATGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412278 83 - 196418989 GCATTCCTAGTCTTTTT--------TTTTTTTTTTTTTCTTTCTACTTTAGGTTGTGCTCGAGGTTTGGTACTTGGCCCCTTTCTGACGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138886.000000
s hg19.chr21     17259683 30 +  48129895 TTTCACTTTTTCTGGTTGTGTCTGTTAGTT
s panTro2.chr21  15979473 30 +  46489110 TTTCACTTTTTCTGGTTGTGTCTGTTAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568839 30 +  48394510 TTTCACTTTTTCCGGTTGTGTCTACTAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412361 30 - 196418989 TTTCACTTTTTCTAGTTGTATCTATTAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=127171.000000
s hg19.chr21     17259713 42 +  48129895 TGTCTTCTTATTCTGCCTCCATGAATCACAGGTCATTGTTTT
s panTro2.chr21  15979503 42 +  46489110 TGTCTTCTTATTCTGCCTCCATGAATCACAGGTCATTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568869 42 +  48394510 TGTCTTCTTCTTCTGCCTCCGTGATTCACAAGTCATTGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412391 35 - 196418989 TGTCTTCTTATTCTGCCTTCATGATTCACAAGTCA-------
i rheMac2.chr3  C 0 I 324

a score=-71291.000000
s hg19.chr21     17259755 28 +  48129895 CTAATCATACCCATGTGAGTTCTAAACC
s panTro2.chr21  15979545 28 +  46489110 CTAATCATACCCATGTGAGTTCTAAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568911 28 +  48394510 CTAATCATACCCATGTGAGTTCTAAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412750 28 - 196418989 CTCGCCATACCCACGTGAGTTCTAAACC
i rheMac2.chr3  I 324 C 0

a score=400203.000000
s hg19.chr21     17259783 70 +  48129895 AATACATATTTGCAGTTGTCTTTTCATCACATATACCTGGATGTTTCGCAGACACTTTCGACTTGGCACA
s panTro2.chr21  15979573 70 +  46489110 AATACATATTTGCAGTTGTCTTTTCAGCACATATACCTGGATGTTTCACAGACACTTTCGACTTGGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15568939 70 +  48394510 AATACATACTTGCAGTTGTCTTTTCAGCACATATACCTGGATGTTTCACAGACACTTTCGACTTGGCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412778 70 - 196418989 AATACATATTTGCAGTTGTCTTTTCAGCACATATACTTGGATGTTTCAAAGACACTTTCGACTTGGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89333.000000
s hg19.chr21     17259853 23 +  48129895 TCTGAATTCATCACTTTTTCCCA
s panTro2.chr21  15979643 23 +  46489110 TCTGAATTCATCACTTTTTCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569009 23 +  48394510 TCTGAATTCATCACTTTTTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412848 23 - 196418989 TCTGAATTCATCACTTTTTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172847.000000
s hg19.chr21     17259876 52 +  48129895 AATCTGATTGTCTCATACTCCCTTGATGAAATGATGTAATAATCCCAAAATG
s panTro2.chr21  15979666 52 +  46489110 AATCTGATTGTCTCATACTCCCTTGATGAAATGATGTAATAATCCCATAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569032 52 +  48394510 AATCTGATTGTCTCATACTCCCTTGATGAAATGATGTAGTAATCCCAAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412871 52 - 196418989 AATCTGATTGTCTCATACTCCCTTGATGAAATGATGTAATAATCCCAAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=219475.000000
s hg19.chr21     17259928 42 +  48129895 AATTATTCTCAATTCTACTTTTACCTCCCATTGATTACCAAG
s panTro2.chr21  15979718 42 +  46489110 AATTATTCTCAATTCTACTTTTACCTCCCATTGATTACCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569084 42 +  48394510 AATTATTCTCAATTCTACTTTTACCTCCCATTGATTACCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412923 42 - 196418989 AATTATTCTGAATTCTACTTTTACTTGCCATTGATTACCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-122375.000000
s hg19.chr21     17259970 63 +  48129895 TGTCAGCATGTCAGATTTTTTAATACTCCTTAGTACTATGGCTGATGAGGTCCGTCATCTCTT
s panTro2.chr21  15979760 63 +  46489110 TGTCAACACATCAGATTTTTTAATACTCCTTAGTACTATGGCTGATGAGGTCCGTCATCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569126 63 +  48394510 TGTCAACACATCAGATTTTTTAATACTCCTTAGTACTATGGCTGATGAGGTCCATCATCTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165412965 60 - 196418989 TGTCAACATGTCAGATTTTTTAATACTCCTTAGTACTATGGCTGATGAGGTC---CATCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227015.000000
s hg19.chr21     17260033 68 +  48129895 AGTTTGACTGTTAGATTTGTCCCTGAGTAGCActgtctttgattttgcccctgaaattcatcttcaca
s rheMac2.chr3  165413025 64 - 196418989 AATT----TGTTAGATTTGTCCTTGAGTAGCACTGTCTTTGATTTTGCCCCTGAAATTCATCTTCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569189 66 +  48394510 AGTTTGACTGTTAGGTTTGTCCCTGAGTAGCAC--TCTTTGATCTTGCCCCTGAAATTCATCTTCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15979823 68 +  46489110 AGTTTGACTGTTAGATTTGTCCCTGAGTAGCACTGTCTTTGATCTTGCCCCTGAAATTCATCTTCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=687997.000000
s hg19.chr21     17260101 83 +  48129895 ctgttgacagaataatcttttaaagtggtttgttttacatgtctgtcttccactgctggactgagctcttaacaggagattgt
s rheMac2.chr3  165413089 82 - 196418989 CTGTTGACAGAATAATCTTTTAAAGTGgtttgttttgtatgtctgtgtgccactgctggactgagctctt-ataggagattgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569255 82 +  48394510 CTGTTGACAGAATAATCTTTTAAAGTGgtttgttttacacgtctgtcttccactgctggactgagctctt-acaggagattgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15979891 82 +  46489110 CTGTTGACAGAATAGTCTTTTAAAGTGgtttgttttacatgtctgtcttccactgctggactgagctctt-acaggagattgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=436218.000000
s hg19.chr21     17260184 47 +  48129895 atctcttgtttttgtaatcctagcacctgttaaaataactagcaact
s rheMac2.chr3  165413171 47 - 196418989 atctcttgtttttgtaatcctagcacctgttaaaataactagaaact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569337 47 +  48394510 atctcttgtatttgtaatccttgcacctgTTAAAATAACTAGCAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15979973 47 +  46489110 atctcttgtttttgtaatcctagcacctgttaaaataactagcaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=354935.000000
s hg19.chr21     17260231 39 +  48129895 tagaggtgcAGTCTTGCAGGTTTTCTGACCCTCCAGTCA
s rheMac2.chr3  165413218 39 - 196418989 tagaggtgcAGTCTTGCAGGTTCTCTGACCCTACAGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569384 39 +  48394510 TTGAGGTGCAGTCTTGCAGGTTCTCTGACCCTCCAGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15980020 39 +  46489110 tagaggtgcAGTCTTGCAGGTTTTCTGACCCTCCAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=163456.000000
s hg19.chr21     17260270 41 +  48129895 CCCTAGACCtgcactgatacagttttcgttagccatttaaa
s rheMac2.chr3  165413257 40 - 196418989 CCCTAGACCtgcactaatacagttttcattagcca-ttaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569423 41 +  48394510 CCCTAGACCtgcactggtacagttttcgttagccatttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15980059 41 +  46489110 CCCTAGACCtgcactgatacagttttcgttagccatttaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=354956.000000
s hg19.chr21     17260311 68 +  48129895 tttaaataaaattgaacattctgttaattagtaatactagctatatttcaaatgctcatagccacatg
s rheMac2.chr3  165413297 68 - 196418989 tttaaataaaattggacattctgttaattagtgatactagctttatttcaaatgcttatagcctcatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569464 68 +  48394510 tttaagtaaaattaaacagtctgttaattagtaatactagctatatttcaaattctcatagccacatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15980100 68 +  46489110 tttaaataaaattgaacattctgttaattagtaatactagctatatttcaaatgctcatagccacatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=116975.000000
s hg19.chr21     17260379 13 +  48129895 ttactgttgacta
s rheMac2.chr3  165413365 13 - 196418989 tgactatggacta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569532 13 +  48394510 tgactgttgacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15980168 13 +  46489110 ttactgttgacta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=283486.000000
s hg19.chr21     17260392 62 +  48129895 ctatattggacaacattttagaacatttcgattatcataggaagtttcattggacagagctg
s rheMac2.chr3  165413378 62 - 196418989 ctatattggacaacattttagaacattttgattatcacaggaagtttccttggacagaactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569545 61 +  48394510 ctatattggacaacattttagaacatttcgattatcata-gaagtttcattgaacagagctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15980181 62 +  46489110 ctatattggacaacattttagaacatttcgattatcataggaagtttcactggacagagctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=123979.000000
s hg19.chr21     17260454 50 +  48129895 CCCCAGCAGACCTTTGCTGATGTGGATGTCTTTCTGTATTA---ACATCCTTT
s rheMac2.chr3  165413440 53 - 196418989 CCCCAGCAGACCTTTGCTGATGTGGATGTTTTTCTGTATTAAATACATCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15569606 49 +  48394510 CCCCAGCAGA-CTTTGCTGATGCGGATGTTTTTCTGTATTA---ACATCCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2203
s panTro2.chr21  15980243 50 +  46489110 CCCCAGCAGACCTTTGCTGATGTGGATGTCTTTCTGTATTA---ACATCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=249849.000000
s hg19.chr21     17260504   54 +  48129895 TAACATTCAGACACCTCCCAAATGCTAACCTTAATAGATTGGCCTTCAGCATTT
s panTro2.chr21  15980293   54 +  46489110 TAACATTCAGACACCTCCCAAATGCTAACCTTAATAGATTGGCCTTCAGCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165413493   54 - 196418989 TAACATTCAGACACCTCCCAAATGCTAACCTTAATAGATGGGCCTTCAGCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15569655 2203 +  48394510 I

a score=338133.000000
s hg19.chr21     17260558   93 +  48129895 ATGTCTCTCTATCTTGATCCTGCAATTGATGACTTTACTATGTCTGCTCTGCAGAGAGCACCACTACCAGCATGTGTCCAATCAGGAAAGCCG
s panTro2.chr21  15980347   93 +  46489110 ATGTCTCTCTATCTTGATCCTACAATTGATGACTTTACTATGTCTGCTCTGCAGAGAGCACCACTACCAGCATGTGTCCAATCAGGAAAGCCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165413547   93 - 196418989 ATGTCTCTCTATCTTGATCCTGCAACTGATGACTTGACTATGTCTGCTCTGCAGAAAGCACCACTACCAGCATGTGTCCACTCAGGAAAGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15569655 2203 +  48394510 I

a score=44137.000000
s hg19.chr21     17260651 52 +  48129895 ACACTACATATTTCAACAGAGGAGATGTGAGTACAGAGGCATTAGAGAgtaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15571858 52 +  48394510 acactacatatttcaacaGAGGAGATGTGAGTACAGAGGCATTAGAGAGTAA
i ponAbe2.chr21 I 2203 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15980492 39 +  46489110 cccggggatcacaactgtaggatgcagctactagtccta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15571910 39 +  48394510 CCTGGGGATCACaactgtaggatgcagctactagtccta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165413692 39 - 196418989 CCCGGGGATCACaactgtaggatgcagctactagtccta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15980617 153 +  46489110 cctgaggagcctcaccacctacctgctcatggtaattctgaggggtaaagtaacgacagttctagaagtttcgaagtagttgaaggctggaatttgctgccgttattacaaagctgataggactaaccatcagagatgaactagatctttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15572035 153 +  48394510 cctgaggaggctcaccacctacctgctcatggtaattctgaggggtaaagtaacgacagttctagaagtttcgaagtagttgaaggctggCATTTGCTGCCGTTATTACAAAGCTGATAGGACTAGCCATCAGAGATGAACTAGATCTTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165413817 153 - 196418989 cctgaggaggctcaccacctacctgctcatggtaattctgaggggtacagtaacgacagttctagaagtttcgaagcaattgAAGGCTGGCATTTACTACCATTATTACAGAGCTGATAGGACTAGCCATGAGAGATGAACTAGAtctcgttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15980770 83 +  46489110 catcttccttccaacttccctgtagtacttcctactggcagaacctaataatcagcagtcagaggggtcagagaagtgtagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165414103 32 - 196418989 cgcgctgagaaacaacagatgaagaaccagca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165414135 22 - 196418989 caCTGGTTTCTTTCAGGGactc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17261168  77 +  48129895 ATTTTTATCTAAAGGTA-------------------------TTAGTCCCTAAAACGCCAGATACTCAGGAATTTGTAGAGAAATTCTGGGCCCTCAAGAAT
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s ponAbe2.chr21  15572375  77 +  48394510 ATTTTTATCTAAAGGTA-------------------------TTCGTCCCTAAAACGCCAGATACTCAGGAATTTGTAGAGACACTCTGGGCCCTCAAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165414157 102 - 196418989 atttttatctaaagataaactcacttttatctaaagataaaGATAATCCCTTAAACGCCAGATATTCAGGAATTTGTAGAGACACTCTGGGCCCTCAAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17261363 45 +  48129895 GGTGTTCATGtccatccattcatttattgagtgcctaccacatgc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15981347 32 +  46489110 TGTACACAC------ATCACAATATCATAAAAAGTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15572803 23 +  48394510 TAAATGCAGATGTTTCCAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165414600 23 - 196418989 TAAATGCAGATGTTTCCAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-28455.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165414623 28 - 196418989 GTGTGTATTCATCTACCTCTCTTCTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15572854 57 +  48394510 GTATAGTATTTGATTATAAGGAGAATGCTCCATTACTATTTATCTGTGGACATAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165414651 57 - 196418989 GTATAGTCTTTGATTATAAGGAGAATGCTCCATTACTATTTATCTGTGGACATAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15981487 59 +  46489110 CATAGGCTGCTACATATGTC----TCTATATACTTTATGTACTTCGTCTTTCCACTAaaattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15572911 63 +  48394510 TATAGGCTGCTACATATGTCTCTATCTATATACTTTATGCACTTTGTCTTTCCACTAaaattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165414708 59 - 196418989 TGTAGGCTGCTACATATGTC----TCTTTATACTTTACACACTTTGTCTTTCCACTAAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462608.000000
s hg19.chr21     17261757 62 +  48129895 ctcaaggtataatttctgtctgggtcactgaatatgtagatttaaaattttgagctacattt
s panTro2.chr21  15981546 62 +  46489110 ctcgaggtataatttctctctgggtcactgaatatgtagatttaaaattttgagctacattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15572974 60 +  48394510 ctcaatgtataatt--tgtctgggtcactgaatatgtagattgaaaattttgagctacattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165414767 61 - 196418989 CTCAATATATAATTTCTGTctgtgtcactgaatatgtagatttaaaattttgagctaca-tt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248969.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165415173 32 - 196418989 CTCTACTATTTCTGCCTTAAGTATAATGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15981960 32 +  46489110 CTCTACTATTTCtgccttaggtataatgttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=284940.000000
s hg19.chr21     17262207 32 +  48129895 gaattttctctggtcagggttataaaaatact
s rheMac2.chr3  165415205 32 - 196418989 GAATTTTCTCTGGTCAGGGTTATAAAAATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15573421 32 +  48394510 GAATTTTCTCTGGTCAGGGTTATAAAAATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=137747.000000
s hg19.chr21     17262239 35 +  48129895 catgtttctcctgatatttttatgatttcattttt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=293027.000000
s hg19.chr21     17262274 190 +  48129895 agatcagtctttaatgcagttgacagttacattaaagtagtgaaat----agtcaacattttctgtcagtattatctggttgtcataataccatttataaaataattcctgctcttcctcattgatctaaaatgtaacttccactagataatcatatttatgtttg--atatttacaaatactattcagttctatt
s panTro2.chr21  15982059 190 +  46489110 aggtcagtctttaatgcagttgacagttacattaaagtagtgaaat----agtcaacattttctgtcagtattatctggttgtcataataccatttataaaataattcctgctcttcctcattgatctaaaatgtaacttccactagataatcatatttatgtttg--atatttacaaatactattcagttctatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15573488 182 +  48394510 AGATCAGTCTTTAATGCAGTTGACAGTTACATTAAAGTAGTGAAATAAAGAGTCAACATT--------------TCTGGTTGTCATAATACCATTTATAAAATAATTCCCGCTCTTCCTCATTGATGTAAAATGTAACTTCCACTAGATAATCATTTTTATGTTTGATATATTTACAAATACTATTCAGTTCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248141.000000
s hg19.chr21     17262464 76 +  48129895 ttgtctgttcagctactttcactgatttaattattgttgcttcttgtttgactatatatttaaaatatttgtttta
s panTro2.chr21  15982249 76 +  46489110 ttgtctattcagctactttcactgatttaattattgttgcttCTTGTTTGACTATATATTTAAAATATTTGTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17262540 107 +  48129895 taactaatacaaggtttcatacctaataggtcaagtattacttcccaacacatacacccttatctctttcataattccatactcttttacagataaactgtagaatt
s panTro2.chr21  15982325 107 +  46489110 TAACTAATACAAGGTTTCATACCTAATAGGTCAAGTATTACTTCCCAACACATACACCCTTATCTCTTTCATAATTCCGTACTCTTTTACAGATAAACTGTAGAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15573746  96 +  48394510 TGACTAATACAAGGTTTCATACCTAATAGGTCAAGTATTACTTCCCAACACATACACCCT-----------TAATTCCATACTCTTTTACAGATAAACTGTAGAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165415518 103 - 196418989 TAACTAATACAAGGTTTCATACCTAATAGGTCAAGTATTACTTCCCAATACATACACCTGTATC----TCATAATTCCATACTCTTTTACAGATAAACTGTTGAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243855.000000
s hg19.chr21     17262647 68 +  48129895 atttaatcttccttcaaatacaggttctattggtattctgattataatacaggatacatagatacata
s panTro2.chr21  15982432 68 +  46489110 ATTTAATCTTCCTTCAAATACAGGTTCTATTGGTATTCTGATTATAATACAGGATACATAGATACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15573842 68 +  48394510 ATTTAATCTTCCTTCAAATACAGATTCTATTGGTATTCTGATTATAATACAGGATACATAGATACATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165415621 68 - 196418989 ATTTAATCTTCCTTCAAATACAGATTCTATTGGTATTCTGATTATAATACAGGATACATAGATACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183656.000000
s hg19.chr21     17262715 113 +  48129895 cgacattgcatgggtcacat----aaattgtggcaccttttcaatattaatattcttattcataaagaatattgtttgtcctattaggttcatatgcccctcagtaaagtttttaga
s panTro2.chr21  15982500 113 +  46489110 CGACATTGCATGGGTCACAT----AAATTGTGGCACCTTTTCAATATTAATATTCTTATTCATAAAGAATATTGTTTATCCTATTAGGTTCATATGCCCCTCAGTAAAGTTTTTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15573910 111 +  48394510 CGACATTGCATAGTTCACATAGAGAAATTGTGGCACCTTTTCAATATTAA------TATTCATAAAGAATATTGTTTGTCCTATTAGGTTCATATGTCCCTCAGTAGAGTTTTTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165415689 117 - 196418989 GGACATTGCATGGTTCACATAGAGAAATTGTGGCACCTTTTCAATATTAATATTCTTATTCATAAAGAATATTGTTTGTCCTATTAGGTTCATATGTTCCTCAGTAGAGTTTTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17262828 52 +  48129895 ttatttt------tctttagtcaggtatcttaatgtgttttaATGTTCTT---GTATTTAT
s panTro2.chr21  15982613 52 +  46489110 TTATTTT------TCTTTAGTCAGGTATCTTAATGTGTTTTAATGTTCTT---GTATTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15574021 58 +  48394510 TTATTTTTATTTTTCTTTAGACAGGTATCTTAATGTGTTTTAATGTTCTT---GTATTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165415806 61 - 196418989 TAATTTTTATTTTTCTTTAGTCAGATATCTTAATGTGTTTTAATGTTCTTGTAGTATTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15982665 26 +  46489110 GAATGTGCTCCTTTTTTCTCCCCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15574079 26 +  48394510 GAATGTGCTCCTTTTTTCTCCCCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15982691 36 +  46489110 TACAAAAATGTTTTCTAATTGAATATTTTCATTttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15574105 36 +  48394510 TACAAAAATGTTTTCTAATTGAATATTTTCATTttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165415893 36 - 196418989 TACAAAAATGGTTTCTAATTGAATATTTTCATTttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17262942 87 +  48129895 taaatctcagaacctcttcacacaaattagtaagggcctcagagaacttttatgttggcaggtatgtctgctaatatttaccacttc
s rheMac2.chr3  165415929 87 - 196418989 ttaatctcagaacctcttcacacaaattagtaagggtctcaaagaacttttatgttggcaggtatgtctgctaatatttaccacttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15982727 87 +  46489110 taaatctcagaacctcttcacacaaattagtaagggcctcaaagaacttttatgttggcaggtatgtctgctaatatttaccacttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15982814 13 +  46489110 agaaattaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15982827 17 +  46489110 gTAATTGAAAAGTCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=151429.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-36133.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  15982895 41 +  46489110 AATTTTTTGCCTAGCCCTTCTTTTGGAGGCTTGTAGGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 16

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  15984163 125 +  46489110 gtagtgggaacactcattatactggtgtgtgtgtaattcagtccaaccactttggattactttaaaaatctgaagttatgagtatattcagcaattcctaagtattttttctaaagatatctaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165432559 374 - 196418989 acacactgcgcatgctcgcctcccaggcgcaagccggaaaccgtgcttgcaggcagcttgccccagcggaaaagtcaagggaaagccggtgcaacacaccggaagtaggccaccatgtataatcttaggttcaagatcagacagggcacttgacaaccaagatgcctgctaggacctcttccaagtgta----ctttctttttcttgcttgctctaaagctttttcataaacgttcactcctgctccgaaacttgccttggtgtcttttttctgccttatgcccctcagtcaaattctttgttctgagaaggcaagaattgaggttgctgcagactcatacgtattcgccactgttaacccggataacttccaccgct
i rheMac2.chr3  I 11545 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165436165 164 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15593806 301 +  48394510 aaggttgagccaagtaaggttacttgaacacaagcactgcgataaaacgacagtcagtctgataagcaagatggctgctagttgactagtaggtgggtgatgcagtatagttaccctggacaaaggggtgattcatgttctgagtgagaca----cagatgatatgaatttcatcatgctactcagaagagtacacagttggaatcttatgaattatttctggaattctctatttaatattttcagactgtttttggctgtgggtaactgaaactgtggaaagtaaagctctggataagggaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165436329 304 - 196418989 actgttgagccaaataagggaacttgaacacaagcactgggataccccgacagtcagtctgataaccaggatgggtgctgattgactaatagg-gggggatgcagtaaagttaccctggacaaagggatgattcatgttctgcgtgagacagaggcagatgttatgaatttcatcatgctactcagaagggtacacagttggaaacttatgaattagttctgacattctccatttaatattttcagactgttgttggctgttggtaactgaaactgtggaaagtaaagctctggataagggacaa
i rheMac2.chr3  I 164 C 0

a score=224540.000000
s hg19.chr21     17280893 121 +  48129895 ctattatatttcttcaatgtttccattttcaccaaaatgtttctagatatatg-tttctttgtatttgtcctgtttggATATGTTTACAGATACCTTTTCTCCATGTAATTATTGACGGACT
s rheMac2.chr3  165436633 121 - 196418989 ctattATATTTCTTCAATGTTTCCATTTT-ACCAAAATGTTTCTAGATATGTGTTTTCTTTGTGTTTGTCCTGTTTGGATATATTTACAGATAGCTTTACTCCATGTAATTATTGACGGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15594107 121 +  48394510 ctattatacttcttcaatgtttccattttcaccaaaatgtttctagatatgtg-tttctttgtgtttgtcctgtttggATATATTTACAGATATCTTTTCTCCATGTAATTATTGATGGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16001482 121 +  46489110 ctattatatttcttcaatgtttccattttcaccaaaatgtttctagatatgtg-tttctttgtatttgtcctgtttggATATATTTACAGATACCTTTTCTCCATGTAATTATTGACGGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=57460.000000
s hg19.chr21     17281014 82 +  48129895 --GTTTTATACaattgttagaatcaaaatgaagtctctggtgttaaaaactctgacaaatagagccagggaaggccatggagtg
s rheMac2.chr3  165436754 84 - 196418989 CAGTTTTATaaaattgttagaatcaaaatgaagtctctggtgttaaaaactctgacaaatagagccagggaaggccatgaagtg
i rheMac2.chr3  C 0 I 327
s ponAbe2.chr21  15594228 81 +  48394510 --GTTTTATaaaattgttagactc-aaatgaagtctctggtgttaaaaactctgagaaatagagccagggcaggccatggagtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16001603 82 +  46489110 --GTTTTATACaattgttagaatcaaaatgaagtctctggtgttaaaaactctgacaaatagagccagggaaggccatggagtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39289.000000
s hg19.chr21     17281096 58 +  48129895 agtgttcttacacacaaatgcc---taacaaggactatcacaaaagacAAGTCAAAATCTT
s panTro2.chr21  16001685 58 +  46489110 agtgttcttacacacaaatgcc---taacaaggactatcacaaaagacAAGTCAAAATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15594309 58 +  48394510 agtgttcttacgcacaaatgcc---taacaaggactatcacaaaagacAAGTCAAAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165437165 61 - 196418989 agtgttcttatgcacaaatgcctaataacaaggaccatcacaaaagacaagccaaaatctt
i rheMac2.chr3  I 327 C 0

a score=1790905.000000
s hg19.chr21     17281154 3609 +  48129895  
s panTro2.chr21  16001743 3603 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15594367 3597 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165437226 3516 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 2021

a score=538810.000000
s hg19.chr21     17284763 2021 +  48129895  
s panTro2.chr21  16005346 2024 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15597964 2029 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165440742 2021 - 196418989 I

a score=568200.000000
s hg19.chr21     17286784 6272 +  48129895  
s panTro2.chr21  16007370 6270 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165440742 2021 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15599993    0 +  48394510 C

a score=442437.000000
s hg19.chr21     17293056 884 +  48129895  
s rheMac2.chr3  165442763 917 - 196418989  
i rheMac2.chr3  I 2021 C 0
s panTro2.chr21  16013640 883 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15599993 885 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=874130.000000
s hg19.chr21     17293940 1038 +  48129895  
s ponAbe2.chr21  15600878 1034 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16014523 1033 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165443680 1045 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179474.000000
s hg19.chr21     17294978 124 +  48129895 ctattctaaatctctgtcatccatagtttttacttccttgaatgtacacatagtttatcatgggactcttatttccattgcaatgccttttcccaaatattattttttaaagaaagtctttatt
s ponAbe2.chr21  15601912 124 +  48394510 ctattctaagtctctgtcatccatagttttcacttccttgaatgtacacatagtttatcatgggacccttatttctgttgcgatgccttttcccaaatattattttttaaagaaagtctttatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16015556 124 +  46489110 gtattctaaatctctgtcatccatagtttttacttccttgaatgtacacatagtttatcatgggactcttatttccattgcaatgccttttcccaaatattattttttaaagaaagtctttatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165444725 122 - 196418989 ctattctaagtctctgtcatccatagttttcacttccttgaatgtacacatagtttatcatgggacac--atttccattgcaatgccttttctcaaatattattttttaaagaaagtctttatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-134167.000000
s hg19.chr21     17295102 43 +  48129895 tctggttgttatttgggttgacaGTTTCATCCATTTTGTTGTA
s rheMac2.chr3  165444847 43 - 196418989 tctggttgttatttgggttgacaGTTTCATCCATTTTGTTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16015680 43 +  46489110 tctggttgttatttgggttgacaGTTTCATCCATTTTGTTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15602036 43 +  48394510 tctggttgttatttgggttgacaGTTTCATCCATTTTGTTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1248211.000000
s hg19.chr21     17295145 147 +  48129895 TCTCTATGATTTCCTTTTCATATTATTAATACAGCCAGCACAagggaaaagagactgttgggaaagcacactagcctcttaaattatttggcccaatgtgacatacaccaatcattttcactcacctttcattagacaaacactagt
s rheMac2.chr3  165444890 147 - 196418989 TCTCTACGATTTCCTTTTCATATTATTAATCCAACCAgcagaagggaaaagagactgttaggaaggcacactagcctcttaaattatttggcccaatgttacatacaccaatcattttcactcaccttttgttagacaaacactagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16015723 147 +  46489110 TCTCTATGATTTCCTTTTCATATTATTAATCCAGCCAGCAcaagggaaaagagactgttgggaaggcacactagcctcttaaattatttggcccaatgtgacatacaccaatcattttcactcacctttcattagacaaacactagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15602079 147 +  48394510 TCTCTGTGATTTCCTTTTCATATTATTAATCCAACCAgcagaagggaaaagagactgttgggaaggcacactagcctcttaaattatttggcccaatgtgacatacaccaatcattttcactcacctttcattacacaaacactagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=532685.000000
s hg19.chr21     17295292 88 +  48129895 cacatggctacctctgggagctaatggggctagggaaatgtaCAACCTGGTTGGGCAGCTGCTCTATAGCCAATCcttttattttcag
s ponAbe2.chr21  15602226 88 +  48394510 cacatggctacctctgggagctaatggggctagggaagtgtaCAACCTGGTTGGGCAGCTGCTCCATAGTCAATCcttttattttcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16015870 88 +  46489110 cacatggctacctctgggagctaatggggctagggaaatgtacaaccTGGTTGGGCAGCTGCTCCATAGTCAATCCTTTTATTTTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165445037 88 - 196418989 cacgtggctacttctaggtgctaatggggccagggaaatgtacaaccTGGTTGGGCAGCTGCTCTGTAGTCAATCCTTTTATTTTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2152189.000000
s hg19.chr21     17295380 301 +  48129895 ccatagaacacatttgccctctactcaaggaaaataatgcaaattctcattcccttcttatatccagaaaaacagtccaagctctctggatgatgttcagtgtagtaggctgaataatggtcacccaaagatatgacatcctaattcctgggacctataaatgttactccataagtaaaaagcaactctacagatgtgattaaggatcttgacattggagattagcctggattagctgagtggactttagatgcaatcacaagtacccttaaaagtgaaaggcagaaagaaatttgagaca
s rheMac2.chr3  165445125 276 - 196418989 CCATAAAACACATTTACCCTCTACTCAAGGAAAATAATGCAAATTCTCATTCCCTTCTCATATCCAGAAAAACAGTCCAAGCTCTCTGGATGATGTTCAGTGGAGTAGGCTGAATAATGTTCAGCTTActata-------------------------aaatgtgaccccataagtaaaaagcaactctacagatgtgattaaggatcttgacattgcagatgagctgggattagctgagtggactttagatgcaatcacaagtacccttaaaagcgagaggcagaaggaaatttgagaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15602314 301 +  48394510 ccatagaacacatttaccctctactcaaggaaaataatgcaaattctcattcccttcttatatccagaaaaacagtccaagctctctggatgatgttcagtgtagtaggctgaataatggtcacccaacgatatgacgtcctaattcctgggacctataaatgttaccccataagtaaaaagcaactctacagatgtgattaaggatcttgacattggagattatcctggattagctgagtgaactttagatgcaatcacaagtacccttaaaagtgaaaggcagaaagaaatttgagacg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16015958 301 +  46489110 CCATAGAACACATTTACCCTCTACTCAAGGAAAATAATGCAAATTCTCATTCCCTTCTTATATCCAGAAAAACAGTCCAAGCTCTCTGGATGATGTTCAGtgtagtaggctgaataatggtcacccaaagatatgacgtcctaattcctgggacctataaatgttaccccataagtaaaaagcaactctacagatgtgattaaggatcttgacattggagattagcctggattagctgagtggactttagatgcaatcacaagtacccttaaaagtgaaaggcagaaagaaatttgagaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=205201.000000
s hg19.chr21     17295681 34 +  48129895 gaagagaagacagaaaaggagaaggccacgtgaa
s rheMac2.chr3  165445401 34 - 196418989 gaagagaagacggaaaaggagaagaccatgtgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15602615 34 +  48394510 gaagagaagacagaaaaggagaaggccatgtgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16016259 34 +  46489110 gaagagaagacagaaaaggagaaggccatgtgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=857826.000000
s hg19.chr21     17295715 131 +  48129895 gatggatgcagagattataggatttggatgcagcaaaagtatgccatttaccacccaaactggatgagataaggaatggtcttccagagcctctggagggaacacagccttgccaacaccttgatttcagc
s panTro2.chr21  16016293 131 +  46489110 gatggatgcagagattacaggatttggatgcagcaaaagtatgccatttaccagccaaactggatgagataaggagtggtcttccagagcctctggagggaacacagccttgccaacaccttgatttcagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15602649 130 +  48394510 gacggatgcagagattataggatttggatgcagcaaaagtatgccatttaccacccaaactggataaggtaaggaatggtcttccagagcctctggagggaacacagccttgcc-acaccttgatttcagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165445435 131 - 196418989 gatggatgcagagattagaggatgtggatgcagcaaaagtatgccatgtaccatccaaactagatgagataaggaatggtcttccagagcctctggggggaacacaaccttgtcaacaccttgatttcagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265501.000000
s hg19.chr21     17295846 31 +  48129895 caaggaaactgatgttgaacttctgactcca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165445566 31 - 196418989 caaggaaactgatgttgaacttctgactcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165445597 111 - 196418989 gactatgagagaaaaaaattttgttgtttgaagtcaccaagtttgtgatcatttgttacagagtcataggaaatgaatGACTGACAGTGACTCTTCATGGTCA-TTGAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 20

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 20 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=385969.000000
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s hg19.chr21     17300312 51 +  48129895 acctgtgggcctaaggcaagagcatcaaaggaagaaacaaatctggagtaa
s panTro2.chr21  16020889 51 +  46489110 acctgtgggcctaaggcaagagcatcaaaggaagaaacaaatctggagtaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607243 51 +  48394510 acctgtgggcctaaggcaagagcgtcaaaggaagaaacaaatctggagtaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450027 50 - 196418989 acctgtaggcctaaggcaagagcatcaaagg-agaaacaaatctggagtaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=393293.000000
s hg19.chr21     17300363 66 +  48129895 gtacccttctctgccatttgagaggctggggtcacggccatggcccattgattagtggaaaagttc
s panTro2.chr21  16020940 66 +  46489110 gaacccttctctgccatttgagaggctgggatcacggccatggcccattgattagtggaaaagttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607294 66 +  48394510 gaacccttctctgccatttgagaggctggggtcacggccatggcccattggttagtggaaaagttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450077 66 - 196418989 gaacctttctctgccatttgagaggctggggtcacgaccatgtcccattggttagtggaaaagttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=567096.000000
s hg19.chr21     17300429 52 +  48129895 tctgaggaatattgccagcagaaattgctaagaagttgtcttctgggatgct
s panTro2.chr21  16021006 52 +  46489110 tctgaggaatattgccggcagaaattgctaagaagttgtcttctgggatgct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607360 52 +  48394510 tctgaggaatattgccagcagaaattgctaagaagttgtcttctggggtgct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450143 52 - 196418989 tctgaggactattgccagcagaaattgctaagaagttgccttctgggatgct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=315070.000000
s hg19.chr21     17300481 40 +  48129895 tgggaaactatccacagggg-cagttgcttcatggaatttg
s panTro2.chr21  16021058 41 +  46489110 tgggaaactatccacagggGACAGTTGCTTCATGGAATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450195 41 - 196418989 tgggaaactatccacagggGAGAGTTGCTTCATGGAATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-265893.000000
s hg19.chr21     17300521 120 +  48129895 ctagtaagctgcttgaagggaggctgccctctgaaatgccaggggaagctgcccatgcaaaggtgccatgcagcagagctcactggagggtggccctactgcattttccgtgccctgcta
s panTro2.chr21  16021099 120 +  46489110 CTAGTAAGCTGCTTGAAGGGAGGCTGCCCTCTGAAATGCCAGGGGAAGCTGCCCATGCAAAGGTGCCACGCAGCAGAGCTCACTGGAGGGTGGCCCTACTGCATTTTCCGTGCcctgcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607453 120 +  48394510 ctagtaagctgcttgaagggaagctgccctctgaaatgccaggggaagctgcccgtgaaaaggtgccatgcagcagagctcactggagggtggccctactgcattttctgtgccctgcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450236 120 - 196418989 CTGGTAAGCTGCTTGAAGGGAAGCTGTCCTCTGAAATGCCAGGGGAAGCTGCCTGTGAAAAGTTGCCATACAGCAGAGCTCACTGGAGGGTGGCCCTAATGCATTTTCTGTGCCCTGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=353282.000000
s hg19.chr21     17300641 34 +  48129895 tatgctgtgtaccacaggagcaagcagagaaaaa
s panTro2.chr21  16021219 34 +  46489110 gatgctgtgtaccacaggagcaagcagagaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607573 34 +  48394510 gatgctgtgtaccacaggagcaagcagagaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450356 34 - 196418989 GATGTTGTGTATCATAGGAGCAagcagagaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235914.000000
s hg19.chr21     17300675 49 +  48129895 cactggaaacaagccctgttttccttcagtgtttcctagagccatctgc
s panTro2.chr21  16021253 49 +  46489110 cactggaaacaagccctgatttccttcagtgtttcctagagccatctgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607607 49 +  48394510 cactggaaacaagccctgttttccttcagtgtttcctagagccatctgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450390 49 - 196418989 cactggaaacaagccctgttttccttcagtgtttcctagagccatctgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2046767.000000
s hg19.chr21     17300724 194 +  48129895 tgacaacacgaacattgggcatctgacagaggagaaatatttataaggtttagctccagtatcacaggcagagcaatggaggatggatttggagctgcaaggcaataaactggtaactgAACAAAGTAAGTAGAATTGCTT--TTT-TTTTTCCTAAGTGAAAACAAGGGGTCTTGCAAGACTTGGAATTCACAGAT
s panTro2.chr21  16021302 194 +  46489110 tgacaacacgaacattgggcatctgacagaggagaaatatttataaggtttagctccagtatcacaggcagagcaatggaggatggatttggagctgcaaggcaataaactggtaactgAACAAAGTAAGTAGAATTGCTT--TTT-TTTCTCCTAAGTGAAAACAAGGGGTCTTGCAAGACTTGGAATTCACAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607656 195 +  48394510 tgacagcacgaacattgggcatctgacagaagagaaatatttataaggtttagctccagtatcacaggcagagcaatggaggatagatttggagctgcaaggcaataaactggtaactgAACAAAGTAAGTAGAATTGCTT--TTTCTTTTTCCTAAGTGAAAACAAGGGGTCTTGCAAGACTTGGAATTCACAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450439 196 - 196418989 tgacaacactaacattgggcatctgacagaggagaaatatttataaggtttagctccagtgtcacaggcagagcaatggaggatggatttggagctgcaaggaaataaactggtaactgAACAAAGTAAGTAGAATTGCTTTATTT-TTTTTCCTAAGTGAAAACAAGGGGTCTTGCAAGACTTGGAATTCACAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199887.000000
s hg19.chr21     17300918 31 +  48129895 TTATCCAACAAGGGAAAACAGTAAAATTTTA
s panTro2.chr21  16021496 31 +  46489110 TTATCCAACAAGGGAAAACAGTAAAATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607851 31 +  48394510 TTATCCAACAAGGGAAAACAGGAAAATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450635 31 - 196418989 TTATCCAACCAGGCAGAAGAGTAAAATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4845898.000000
s hg19.chr21     17300949 327 +  48129895 CATATGGCTTCATATAGTTGTTTAAACTTCATAAACAAGAATCTAGTTAATGTTTAGTTTTTGGAATATTCCTTTGAAATATTTAAGTGCATTTATGCAGTGAAAGTGTCAGAATTCTCAGTTTTAGCCTGTGAATATGCTCTATTGGAGAATTTTTTTTT--AAATAAAAGATACTGCCTGGTCATAAACAGTTCATTCCCTAGGGGGAATGTCTGTGGTTTCTTAAAAATTGAGTTGGGGTAGTATTTGCATGGTTCAAGCCAAGCTGATTTTGGTGTATTGCTGAATCATCCAAGACACGGAGTTGTATTCCATTTAACCTGATTG
s panTro2.chr21  16021527 328 +  46489110 CATATGGCTTCATATAGTTGTTTAAACTTCATAAACAAGAATCTAGTTAATGTTTAGTTTTTGGAATATTCCTTTGAAATATTTAAGTGCATTTATGCAGTGAAAGTGTCAGAATTCTCAGTTTTAGCCTGTGAATATGCTCTATTGGAGAATTTTTTTTT-TAAATAAAAGATACTGCCTGGTCATAAACAGTTCATTCCCTAGGGGGAATGTCTGTGGTTTCTTAAAAATCGAGTTGGGGTAGTATTTGCATGGTTCAAGCCACGCTGATTTTGGTGTATTGCTGAATCATCCAAGACACGGAGTTGTATTCCATTTAACCTGATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15607882 329 +  48394510 CATATGGCTTCATATAGTTGTTTAAACTTCATAAACAAGAATCTAGTTAATGTTTAGTTTTTGGAATATTCCTTTGAAATATTTAAGTGCATTTATGCAGTGAAAGTGTCAGAATTCTCAGTTTTAGCCTGTGAATATGCTCTATTGGAGaatttttttttttaaataaaaGATACTGCCTGGTCATAAACAGTTCATTCCCTAGGGGGAATGTCTGTGGTTTCTTAAAAATTGAGTTGGGATAGTATTTGCATGGCTCAAGCCAAGCTGATTTTGGTGTATTGCTGAATCATCTAAGACACGGAGTTGTATTCCATTTAACCTGATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450666 328 - 196418989 CATATGGCTTCATATAGTTGTTTAAACTGCATAAACAAGAATCTAGTTAATGTTTAGTTTTTGGAATATTCCTTTGAAATATTTAAGTGCATTTATGCAGTGAGAGTGTCAGAATTCTCAGTTTTAGCCTGTGAATATGCTCTATTGGAGAATTTCTTTAA-AAAATAAAAGATACTGCCTGGTCATAAACAGTTCATTCCCTAGGGGGAATGTCTGTGGTTTCTTAAAAATTGAGTTGAGATAGTATTTGCATGGTTTGAGCCAAGCTGATTTTGGTGTATTGCTGAATCATCTAAGACATGGAGTTGTATTCCGTTTAACCTGATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2014461.000000
s hg19.chr21     17301276 153 +  48129895 GATAGAAATAAACATACCATGTGTTGAGGTTGCATCTACAATACAttgtaaattgtaaagtgctatgtaaatctaCTCTAGAAGTATTTCTGTTTTGACTCTACTTTTTCTAATGTTATATAACTTTTATAACGTTTAAAAAATTCTCTTTGT
s panTro2.chr21  16021855 153 +  46489110 GATAGAAATAAACATACCATGTGTTGAGGTTGCATCTACAATACATTGTAAATTGTAAAGTGCTATGTAAATCTACTCTAGAAGTATTTCTGTTTTGACTCTACTTTTTCTAATGTTATTTAACTTTTATAACATTTAAAAAATTCTCTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608211 153 +  48394510 GATAGAAATAAACATACCATGTGTTGAGGTTGCATCTACAATACAttgtaaattgtaaagtgctatgtaaatctaTTCTAGAAGTATTTCTGTTTTGACTCTACTTTTTCTAATGTTATTTAACTTTTATAACATTTAAAAAATTCTCTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165450994 153 - 196418989 GATAGGAATAAACATGCCATGTGTTGAGGTCGCATCTACAATACATTGTAAATTGTAAAGTACTATGTAAATCTACTCTAGAAGTATTTCTGTTTTGACTCTACTTTTTCTAATGTCATTTAACTTGCATAACATTTAAAAAATTCTCTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=502624.000000
s hg19.chr21     17301429 28 +  48129895 AAAATCATTCTTAACAGCTGTTGAAGTG
s panTro2.chr21  16022008 28 +  46489110 AAAATCATTCTTAACAGCTGTTGAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608364 28 +  48394510 AAAATCATTCTTAAAAGCTGTTGAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165451147 28 - 196418989 AAAATCATTCTTAAAAGCTGTTGAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=308634.000000
s hg19.chr21     17301457 35 +  48129895 ATATCACAGAGCTCATCAGAGAGACCAATTCAAAA
s rheMac2.chr3  165451175 35 - 196418989 ATATCACAGAGCTCATCGGAGAGGCCAATTCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608392 35 +  48394510 ATATCACAGAGCTCATCAGAGAGACCAATTCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16022036 35 +  46489110 ATATCACAGAGCTCATCAGAGAGACCAATTCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=145458.000000
s hg19.chr21     17301492 23 +  48129895 TACTATTTATAACTCTCTGTGAC
s rheMac2.chr3  165451210 23 - 196418989 TACTATTTATAACTCTCTCTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608427 23 +  48394510 TACTATTCATAACTCTCTGTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16022071 23 +  46489110 TACTATTTATAACTCTCTGTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=481854.000000
s hg19.chr21     17301515 33 +  48129895 TGTAGGAGTTTACTATAAAATAACAGCTTCTAG
s panTro2.chr21  16022094 33 +  46489110 TGTAGGAGTTTACTATAAAATAACAGCTTCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608450 33 +  48394510 TATAGGAGTTTACTATAAAATAACAGCTTCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165451233 33 - 196418989 TATAGGAGTTTACTATAAAATAACAGCTTCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=959335.000000
s hg19.chr21     17301548 60 +  48129895 ATGTCATCTAGAGGAAAACTAACTCTTTCCCAAGTGGGCCTGAACGTTATTAGAACTTCA
s panTro2.chr21  16022127 60 +  46489110 ATGTCATCTAGAGGAAAACTAACTCTTTCCCAAGTGGGCCTGAACGTTATTAGAACTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608483 60 +  48394510 ATGTCATCTAGAGGAAAACTAACTCTTTCCCAAGTGGGCCTGAATGTTATTAGAACTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165451266 60 - 196418989 ATGTCATCTAGAGGAAAACTAACTCTTTCCCAAGTGGGCTTGAACATTATTAGAACCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2318167.000000
s hg19.chr21     17301608 166 +  48129895 GATAGCTGTCACCCCTTAGGCATTTCTGCAGAAATACCGTCATTTCATATTACACTTGTAATGTTCTGAATCTTTATTGTCCAGAGTTTGTTTTGCAGTGGCTGTAGAACCAATCAAAGAGGAATGAAATTGAAGTAATGGCTTGCTATTTCCCAGTGTATTCCAC
s panTro2.chr21  16022187 166 +  46489110 GATAGCTGTCACCCCTTAGGCATTTCTGCAGAAATGCCGTCATTTCATATTACACTTGTAATGTTCTGAATCTTTATTGTCCAGAGTTTGTTTTGCAGTGGCTGTAGAACCAATCAAAGAGGAATGAAATTGAAGTAATGGCTTGCTATTTCCCAGTGTATTCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608543 155 +  48394510 GATAGCTGTCACCCCTTAGGCATTTCTGCAGAAATCCTGTCATTTCATACTACACTTGTAATGTTCTGAATCTTTATTGTCCAGAGTTTGTTTTGCAGTGGCTGTAGAACCAATCAAAGAGGAATTAAATTGAAGTAATGGCTTGCTATTTCCCA-----------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 13
s rheMac2.chr3  165451326 158 - 196418989 GACAGCTGTCACCCCTTAG--------GCAGAAATCTCGTCATTTCATACTACACTTGTAATGTTCTGAATCTTTATTGTCCAGAGTTAGTTTTGCAGTGGCTGTAGAACTGATCAAAGAGGAATTAAATTGAAGTAATGGCTTGCTCTTTCCCAGTGTATTCCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=145706.000000
s hg19.chr21     17301774 21 +  48129895 AGAAATATGATGAAATCCTAT
s panTro2.chr21  16022353 21 +  46489110 AGAAATATGATGAAATCCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608711 21 +  48394510 AGAAATATGATGAAATCCTAT
i ponAbe2.chr21 I 13 C 0
s rheMac2.chr3  165451484 21 - 196418989 AAAAATATGATGAAATCCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1001897.000000
s hg19.chr21     17301795 101 +  48129895 CATCAGAATGAATGTTTTATAAAATTGAGTTTATTTTTGTGCTAAGATTTCTAGAGTTTACCTTCTAACATAAGGTTCCAGCATATCCCGAATTTAATTTT
s panTro2.chr21  16022374 101 +  46489110 CATCAGAATGAATGTTTTATAAAATTGAGTTTATTTTTGTGCTAAGATTTCTAGAGTTTACCTTCTAACATAAGGTTCCAGCATATCCCAAATTTAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608732 101 +  48394510 CATCAGAATGAATGTTTTATAAAATTGAGTTTATTTTTGTGCTAAGATTTCTACAGTTTACCTTCTAACATAAGGTTCCAGCATATCCCGAATTTAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165451505 101 - 196418989 CATCAGAATGAATGTTTTATAAAATTGAGTTTATTTTTGTGCTAAGAATTCTAGAGTTTACCTTCTACCATAAGGTTCCAGCATATCCCAAATTTAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1015972.000000
s hg19.chr21     17301896 71 +  48129895 AAAAGGCTTGGGAGTTTCCAAATATCATTACCATATTTTCCAATCATGCACAACCAATTTGTAATTTAAGC
s panTro2.chr21  16022475 71 +  46489110 AAAAGGCTTGGGAGTTTCCAAATATCATTACCATATTTTCCAATCATGCACAACCAATTTGTAATTTAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608833 71 +  48394510 AAAAGGCTTGGGAGTTTCCAAATATCATTACAATGTTTTCCAATTATGCACAACCAATTTGTAATTTAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165451606 71 - 196418989 AAAAGGTTTGGGAGGTTCCAAATATCATTACCATGTTTTCAAATCATGCACAATCATTTTGTAATTTAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=246359.000000
s hg19.chr21     17301967 19 +  48129895 AGAAAAGAAAATAGAGCAT
s panTro2.chr21  16022546 19 +  46489110 AGAAAAGAAAATAGAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608904 19 +  48394510 AGAAAAGAAAATAGAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165451677 19 - 196418989 AGAAAAGAAAATACAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=759111.000000
s hg19.chr21     17301986 78 +  48129895 GAGTAAGGCTGAAGTGTTTGCATCTGATACACCTGCCTAAACTGTGTAGCTGAAAGAGTGGATATTTCAGATACCACA
s panTro2.chr21  16022565 78 +  46489110 GAGTAAGGCTGAAGTGTTTGCATCTGATACACCTGCCTAAACTGTGTAGCTGAAAGAGTGGATATTTCAGATACCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15608923 78 +  48394510 GAGTAAGGCTGAAGTGTTTGCATCTGATATACCTGCCTAAACTGTGTAGCTGAAAGAGTGGATATTTCAGATACCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165451696 78 - 196418989 GAGTACGGCTGAAGTGTTTGCATCTGATATACCTGCCTAAACCGTGTAGCTGAAAGAGTGGATATTTCAGATACCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=93990.000000
s hg19.chr21     17302064 32 +  48129895 GGGTGGAGCATGGGCCACTCTGTAACTCTATT
s panTro2.chr21  16022643 32 +  46489110 GGGTGGAGCGTGGGCCACTCTGTAACTCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15609001 32 +  48394510 GGGTAGAGCATGGTCCACTCTATAACTGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=821825.000000
s hg19.chr21     17302096 122 +  48129895 GTAGAAACTGCTTTTTAAGTTTTCTGGAGTAGAGTTGTTATTTAATTAAGTAATATAGATCCCCCTCTAAAAATTAGTCCCCTCCCAAATTCCTCATCTCTTAATTACTGTAAATACTGGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15610772 121 +  48394510 ataactccatctgtgccagtttgttcttggcatctattgattgttttttatatcattcaagttgagatttttctggttcttggtaaaaggattcatttgtgactgtatcctggacattttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165453557 119 - 196418989 ataattccatctgtgccagtttgttcttggcacctattggttgtttttt--atcattcaggttgagatgtttttggttcttggtacaaggattcattggtgactgtatcctggacattttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=432216.000000
s hg19.chr21     17303955 154 +  48129895 tgtggtacgttgtgagactggatcttatataactctgttccacaggttcctctgaggctggcaggggatgtgacaggatctcttcatcactgccatgtgaaaaccaaatccaggttccccactaggcctctgtagacaccatgctggagggagg
s panTro2.chr21  16024531 154 +  46489110 tgtggtacgttgtgagactggatcttatataactctgttccacaggttcctctgaggctggcaggggatgtgacaggatctcttcatcactgccatgtgaaaaccaaatccaggttccccactaggcctctgtagacaccatgctggagggagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15610893 154 +  48394510 tgtggtacgttgtgagactggatcttatataactctgttccacaggctcctctgaggctggcagggaatgtggcaggatctctttatcactgccacgtgaaaaccaaacccaggttccccactaggcctctgtagacaccatgctggagggagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165453676 140 - 196418989 tgtgttatgttgtgagactggatcttacatacctctgttccatagactcctctggtgctagcaggggatgtggcaggatctcttcatcactgtcatgtgagaaccaaatccaggttccccactaggcct--------------ctggagggagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-27641.000000
s hg19.chr21     17304109 31 +  48129895 tggcagggagggggtacctcattacttctga
s panTro2.chr21  16024685 31 +  46489110 tggcagggagggggtacctcattacttctga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611047 31 +  48394510 tggcagggagggggtacctcattacttctga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165453816 31 - 196418989 tggccaggaggggatacctcattacttctga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=637241.000000
s hg19.chr21     17304140 67 +  48129895 gtagggttgagaatttaggcttcctattcaacctttgctgacacctgcctggctggaatgccttctt
s panTro2.chr21  16024716 67 +  46489110 gtagaggtgagaatttaggcttcctattcaacctttgctgacacctgcctggctggaatgccttctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611078 67 +  48394510 gtaggggtgagaatttaggcttcctattcaacctttgctgacacctgcctggctggaatgccttctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165453847 67 - 196418989 gtaggggtaagactttagctgtcctattcaacctttgctgacacgtgcctggctggaatgccttctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=160064.000000
s hg19.chr21     17304207 39 +  48129895 attgctttcttcacagcttccactgacaccacagggcag
s panTro2.chr21  16024783 39 +  46489110 actgctttcttcacagcttccactgacaccacagggcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611145 39 +  48394510 actgctttcttcacagcttccactgacaccacaaggcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165453914 39 - 196418989 attgctttcttcacggcttccactgacaccacagggcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-109232.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16024822 30 +  46489110 gagtggaagtggcctcacccttctgtgggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=317934.000000
s hg19.chr21     17304276 37 +  48129895 agcggggagagtttggactctccactaggcctcctct
s rheMac2.chr3  165453983 37 - 196418989 agtggggagagtttggaatctccactaagccccctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611214 37 +  48394510 agcagggagagtttggactctccactaggcctcctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16024852 37 +  46489110 agcggggagagtttggactctccactaggcctcctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=117029.000000
s hg19.chr21     17304313 20 +  48129895 gacgccactaaagggtgga-g
s rheMac2.chr3  165454020 20 - 196418989 gacgccactaaagggtgga-g
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611251 21 +  48394510 gatgccactaaagggtggagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16024889 20 +  46489110 gacgccactaaagggtgga-g
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-227893.000000
s hg19.chr21     17304333 79 +  48129895 gggaagatgctttagtgccacagcatgagggtgtaagtccaggctccccatgtgctctttgctgacacctgcagagtgg
s rheMac2.chr3  165454040 79 - 196418989 gggaaggtgttttagtgccacagcaaaagggtggaagtccagactccccgtgtgctctttgctgacacctgcagagtgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611272 79 +  48394510 gggaaggtgctttagtgccacagcatgagagtgtaagtccaggctccccatgtgctctttgctgacacctgcagagtgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16024909 79 +  46489110 gggaagatgctttagtgccacagcatgaggatgtaagtccatgctccccatgtgctctttgctgacacctgcagagtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=127083.000000
s hg19.chr21     17304412 27 +  48129895 ggtggggtttctta-tgtttgatggaga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611351 27 +  48394510 ggtgggatttctta-tgtttgatttaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=21937.000000
s hg19.chr21     17304439 70 +  48129895 tgaacttcccaaattcccacacagccttctctgaccacccagcaggagtggagtgtgcagagtgcctgag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=35805.000000
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s panTro2.chr21  16025085 40 +  46489110 cacctgggtcagactggaaatctagtcttcctactccacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454217 40 - 196418989 cagctgggtcagagtggaaacctagtcttcctactccgcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26311.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454257 20 - 196418989 tttgttgatctgagagggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=250448.000000
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s panTro2.chr21  16025145 68 +  46489110 tgagaccacagttttttctggcctatttgtttggatgtgagctgttattttttagtttccttttttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611508 68 +  48394510 tgagaccaccgttttttctggcctgtttgtttggatgtgagctgttattttttagtttccttttttct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454277 68 - 196418989 tgagaccacagttttttctgtgctatttgtttggatgcgagctgttattttttagtttccttttttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=295047.000000
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s panTro2.chr21  16025213 34 +  46489110 tatccttttggtggagaaaaacaggctttcgtag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611576 34 +  48394510 tatccttttggtggagaaaaacaggctttcgtag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454345 34 - 196418989 tacactttcggtggagaaaaacaggctttcatag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=287171.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=334669.000000
s hg19.chr21     17304705 42 +  48129895 ttgctggcatcttcagtttccaatctggaaaatatgaggcgg
s panTro2.chr21  16025281 42 +  46489110 ttgctggcatcttcagtttccaatctggaaaatatgaggcgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611644 42 +  48394510 ttgctggcatcttcagtttccaatctggaaaatatgaggcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454413 41 - 196418989 ttggaggcatcttcagcttcaaatctggaaactat-aggcag
i rheMac2.chr3  C 0 I 4

a score=1719389.000000
s hg19.chr21     17304747 199 +  48129895 atctatataatatatgagactcaggtgtctcaccatagcaccattctttgggtccatagtccttagctagtctgtcctctctctgcctttgagagccttcttattttgatttatatatggtgttgaagatatttagctttacttagtgggagaaataaggaaaagtgcctctccatgtttctaaaCTGAGAAAGAGTTT
s panTro2.chr21  16025323 199 +  46489110 atctatataatatatgagactcaggtgtctcaccatagcaccattctttgggtccatagtccttagctagtctgtcctctctctgcctttgagagccttcttattttgatttatatatggtgttgaagatatttagctttacttagtgggagaaataaggaaaagtgcctctccatgtttctaaaCTGAGAAAGAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611686 199 +  48394510 atctatataatatatgagattcaggtgtctcaccatagcaccattctttgggtccatagtccttagctagtctgtcctctctctgcctttgagagccttcttattttgatttatatatgttgttaaagatatttagctttacttagggggagaaataaggaaaagtgcctctccatatttctaaaCTGAGAAAGAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454458 199 - 196418989 atatatataatatatgagcctcaggcgtctcatcatggcaccattccttgggtccatagtccctagctagtctgtccgctctccgcctttgagagccatcttattttgttttatctatggcgttgaagatatttagctttacttagtgggagaaataaggaaaagtgcctctccatgtttctaaaatgagaaAGAGTTT
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

a score=-196692.000000
s hg19.chr21     17304946 27 +  48129895 TCAGTGATCCATAGTAGAAATAATAAA
s panTro2.chr21  16025522 27 +  46489110 TCAGTGATCCATAGTAGAAATAATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611885 27 +  48394510 TCAGTGATCCATAGTAGAAATAATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454657 27 - 196418989 TCAGTGATCCATAGTAGAAGTATTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=174536.000000
s hg19.chr21     17304973 140 +  48129895 AGAAAATAAAGCTTTAGCTATATGGGAATAGGATGGAAGAAAGGTACCAAAAAAGGCAAAGACAAAACAAAAAAGGGGGAGGGGGATGGCCATTGATTTGACTGAATCTGGTTAAACTGCACTTTGGCAATGATAACAGC
s panTro2.chr21  16025549 140 +  46489110 AGAAAATAAAGCTTTAGCTATATGGGAATAGCATGGAAGAAAGTTACCAAAAAAGGCAAAAACAAAACAAAAAAGGGGGAGGGGGATGGCCATTGATTTGACTGAATCTGGTGAAACTGCACTTTGGCAATGATAACAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15611912 140 +  48394510 AGAAAATAAAGCTTTATCTATATGGGAATAGGATGGAAGAAAGGTACCAAAAAAGGCAAAAACAAAACAAAAAAGGGGGAGGGGGATGGCCATAGATTTGACTGAATCTGGTGAAGCTGCACTTTGGCAATGATAACAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454684 127 - 196418989 AGAAAATAAAGCTTTCGCTATAAGGGAATAGGATGGAAGAAAGGTACCAAAAAAGGCAACAACAGAACAAAGAAGGGGGAGGAGGAAGGCCATTGATTGGACTGAATCTGGTGAAACCGCACTTTGG-------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=477766.000000
s hg19.chr21     17305113 25 +  48129895 ATGTTCCCACAACAGTATTTTCCAA
s panTro2.chr21  16025689 25 +  46489110 ATGTTCCCACAACAGTATTTTCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15612052 25 +  48394510 ATGTTCCCACAACAGTATTTTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454811  3 - 196418989 ----------------------CAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=644112.000000
s hg19.chr21     17305138 49 +  48129895 CCTCGGCCACACTGTCCTCAAATATGCAGACTTACCCCATGCTATCCCC
s panTro2.chr21  16025714 49 +  46489110 CCACGGCCACACTGTCCTCAAATATGCAGACTTACCCCATGCTTTCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15612077 48 +  48394510 CCATGGCCACACTGTCCTCAAATATGCAGACTTACCCCATGCTTT-CCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454814 49 - 196418989 CCACGGCCACACTGTCCTCCAATATGCAGACTTACCCCATGCTTTCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-79618.000000
s hg19.chr21     17305187 10 +  48129895 CAGGATtgtg
s panTro2.chr21  16025763 10 +  46489110 CAGGATtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15612125 10 +  48394510 CAGGATtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165454863  9 - 196418989 CAGGA-tgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1036465.000000
s hg19.chr21     17305197 604 +  48129895  
s rheMac2.chr3  165454872 606 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15612135 604 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16025773 604 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4828707.000000
s hg19.chr21     17305801 325 +  48129895 caGGATGATAGGACATGAATGCCCAAATCTTTGGGGACAAACTGGCTGAACGATTGACTGTGGCTCACCGAATCTTTCTCCAGCATTTTTGCATAAGTCCTGGGTGGATCTGGCTTGCAGTGTGACTGCCTGCTTTTATGGTTGTGTGATAAACAAACTTCATTTGTTTATTTTCTTTTTTCTCTACCCATGCGCAAACTTGGCTTCTCTCATTATGGTTTCAGGCAAAAGCAATGTAAAGCTTGGTGTCACCAGAAATTTCATTCAAGACAGAATTTTGTGGTTTGACTAGACTTGTGAGCTCTGAGAtttttttttctttttt
s panTro2.chr21  16026377 322 +  46489110 caGGATGATAGGACATGAATGCCCAAATCTTTGGGGACAAACTGGCTGAACGATTGACTGTGGCTCACCGAATCTTTCTCCAGGATTTTTGCATAAGTCCTGGGTGGATCTGGCATGCAGTGTGACTGTCTGCTTTTATGGTTGTGTGATAAACAAACTTCATTTGTTTATTTTCCTTTTTCTCTACCCATGCGCAAACTTGGCTTCTTTCATTATGGTTTCAGGCAAAAGCAATGTAAAACTTGGTGTCGCCAGAAATTTCATTCAAGACAGAATTTTGTGGTTTGACTAGACTTGTGAGCTCTGAGA---ttttttgtttgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15612739 325 +  48394510 caGGATGATAGGACATGAATGCCCAAATCTTTGGGGACAAACTGGCTGAACGATTGATTGTGGCTCACCGAATCTTTCTCCAGGATTTTTGCATAAGTCCTGGGTGGATCTGGCACGCAGTGTGACTGCCTGCTTTTATGGTTGTGTGATAAACAAACTTCATTTGTTTATTTTCTTTTTTCTCTACCCATGCGCAAACTTGGCTTCTCTCATTATGGTTTCAGGCAAAAGCAATGTAAAGCTTGGTGTCACCAGAAATTTCATTCAAGACAGAATTTTGTGGTTTGACCAGACTTGTGAGCTCTGAGAtttttttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165455478 313 - 196418989 caGGACGAAATGACACAAATGCCCAAATCTTTGGGGACAAACTGGCTGAACGATGGATTGTGGCTCACTGAATCTTTCTCCAGGATTTTTGCATAAGGCCTGGGTGGATCTGGCACGCAGTGTGACTGCCTGCTTTTATGGTTGTGTGGTAAACAAACTTCATTTG-----TTTCTTTTTTCTCTACCCGTGTGCAAACTTGGCTTCTCTCATTATGGTTTCAGGAAAAAGCAATGTAAAGCTTGGTGTCACCAGAAATTTCGTTCAAGACAG-ATTTTGTGGTTTAACCAGACTTGTGAGCTCTGATA------tttttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=105239.000000
s hg19.chr21     17306126 102 +  48129895 ttttttgagacggagtctcactctgtcacccaggctggagcacagtggtgtgatcttggctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagtgattctccttt
s panTro2.chr21  16026699 102 +  46489110 tgttttgagacggagtctcactctgtcacccaggctggagcacagtggcgtgatcttggctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagtgattctccttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15613064 102 +  48394510 ttttttgagacggagtctcactgtgtcacccaggctagagcacagtggcgtgatcttggctcactgcaacctccacctcccaggatcaagtgattctccttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165455791 102 - 196418989 ttttttgagacggagtcttactctgtcacccaggctggagcatagtggcgtgatcttggctcactgcaacctctgcctcccaggttcaagtgattctcctgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=85111.000000
s hg19.chr21     17306228 184 +  48129895 ctcagcctcctgagtagctgggactacaggagcgcgccaccacgcccggctaccttttttttcttgtatttttagtagagat-ggggtttcaccatgttagccaggacggtcttgatctcctgacctcgtgatccacccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcg
s panTro2.chr21  16026801 183 +  46489110 ctcagcctcctgagtagctgggactacaggagcgcgccacctcgcctggctacctttttttt-ttgtatttttagtagagat-ggggtttcaccatgttagccaggacggtcttgatctcctgacctcgtgatccacccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15613166 181 +  48394510 ctcagcctcctgagtagctgggactacaggagcgcgccacctcgcctggctacctttttt---ttgtatttttagtagagat-ggggtttcaccgtgtttttcaagaccgtcttgatctcttgacctcgtgatccacccacctcaaccttcccaagtgctgggattatatccgagaaccaccgcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165455893 181 - 196418989 ctcagcctcccgagtagctgggactacaagagagcgccacctttcccagctaatttttt----ttgtatttttagcagagatgggggtttcactgtgttagccaggatggtcttgatctcctgacctcgtgatccacccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13055.000000
s hg19.chr21     17306412 24 +  48129895 cccggccGAGCTCTGAGATTT--TGT
s panTro2.chr21  16026984 26 +  46489110 cccagccGAGCTCTGAGATTTTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15613347 24 +  48394510 cccggccGAACTCTGAGATTT--TGT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 397
s rheMac2.chr3  165456074 26 - 196418989 cccggccGAGCTCTGAGATTTTATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=113953.000000
s hg19.chr21     17306436 37 +  48129895 TAGCCCACTGCTTGTAGCCTCAAAATATCCCAATCCA
s panTro2.chr21  16027010 37 +  46489110 TAGCCCACTGCTTGTAACCTCAAAATATCCCAATCCa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15613768 37 +  48394510 TAGCCCACTGCTTGTAACCTCAAAATATCCCAATCCa
i ponAbe2.chr21 I 397 C 0
s rheMac2.chr3  165456100 37 - 196418989 TAGCCCACTGCTTGTAACCTCAAAATATCCCAATCCa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=463021.000000
s hg19.chr21     17306473 275 +  48129895 gccaggtgcagtggcttatgcctttaatcccagcactttgggaggctgaggtgggaggatcacctggggtcaggagttcaagaccagcctggccaacatggcaaaaccttgtctctactaaaaatacaaaaattacccaggcatggtggtgcacacctgtaatcccagctactccggaggctgaggcaggagaattgcttgagcccgggaggcggaggttgcagtgagctgagatcatgccacccaactccagcctgagcatcagagcaagactc
s panTro2.chr21  16027047 275 +  46489110 gccaggtgcagtggcttatgcctttaatcccagcactttgggaggctgaggtgggaggatcacctggggtcaggagttcaagaccagcctggccaacatggcaaaaccttgtctctactaaaaatacaaaaattacccaggcatggtggtgcacacctgtaatcccagctactccggaggctgaggcaggagaattgcttgagcctgggaggcggaggttgcagtgagctgagatcatgccaccgaactccagcctgagcatcagagcaagactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15613805 275 +  48394510 gccaggtgtggtgggttatgcctttaatctcagcactttgggaggctgaggtgggaggatcacctggggtcaggagtttgagaccagcctggccaacatggcaaaaccttgtttttattaaaaatacaaaaattacccaggcatggtggtgcacacctgtaatcccagctactccgaaggctgaggcaggagaattgcttgagcctgggaggcggaggttgcagtgagctgagatcatgccatcgaactccagcctgagcgtcagagcaagactc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165456137 263 - 196418989 gccaggtgtggtggttcatgcctttaatcccagcactttgggaggctgaggtgggaggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctggtcaacatgacgaaactttgtctctactaaaaatacaaaaattacccaggcacggtggtgcacaactgtaatcccagctactcgggaagctgaggcagaagaattgcttgagcccgggaggtggaggttgcagtgaaccgagatcatgccactgaactccagcccgagca------------tc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1738106.000000
s hg19.chr21     17306748 142 +  48129895 tatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa----TTCCAATCCATGAAAATTAAGTTGTTTTTAGAAGGACATTTTCAAGAAATCTAAAAATCCCCTATCCTTCAACTTTCCGATGTTCTGGCATCAAAGTCACAATTCCCATATTTG
s rheMac2.chr3  165456400 134 - 196418989 tatct--------aaaaaagaaaaaaaa----TTCCAATCCATGAAAATTAAGTTGTTTTCAGAAGGACATTTTCAAGAAATCTAAAAATCCCCTATCCTTCGACTTTCCGATGTTCTGGCATTGAAGTCACAATTCCCATGTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614080 146 +  48394510 tatctccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTTCCAATCCGTGAAAATTAAGTTGTTTTTAGAAGGACATTTTCAAGAAATCTAAAAATCCCCTATCCTTCAACTGTCCAATGTTCTGGCATCGAAGTCACAATTCCCATATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16027322 131 +  46489110 tatctc-----------aaaaaaaaaaa----TTCCAATCCATGAAAATTAAGTTGTTTTTAGAAGGACATTTTCAAGAAATCTAAAAATCCCCTATCCTTCAACTTTCCGATGTTCTGGCATCGAAGTCACAATTCCCATATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=637061.000000
s hg19.chr21     17306890 54 +  48129895 TTACATTAGAATCATACCTGATATTCATTTCATGCTCTCTCAATTTACCCAGCT
s rheMac2.chr3  165456534 54 - 196418989 TTACATTAGAATCATACCTGATATTCATTTCGTGCTCTCTCAATTTACCCAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614226 54 +  48394510 TTACATTAGAATCATACCTGATATTCATTTCGTGCTCTCTCAATTTACCCAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16027453 54 +  46489110 TTACATTAGAATCATACCTGATATTCATTTCATGCCCTCTCAATTTACCCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=911568.000000
s hg19.chr21     17306944 74 +  48129895 GGGGTGAGACTTTGGGAAATAAG-ATTGATGTTTAAAAACAAGATAAAATCATGACAGAGAAACCAGTAAATACT
s rheMac2.chr3  165456588 75 - 196418989 GGGGTGAGACTTTGGGAAATAAGAATTGATGTTTAAAAACAAGATAAAATCATGGCAGAGAAACCAGTAAATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614280 74 +  48394510 GGAGTGAAACTTTGGGAAATAAG-ATTGATGTTTAAAAACAAGATAAAATCATGACAGAGAAACCAGTAAATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16027507 74 +  46489110 GGGGTGAGACTTTGGGAAATAAG-ATTGATGTTTAAAAACAAGATAAAATCATGACAGAGAAACCAGTAAATACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3202630.000000
s hg19.chr21     17307018 151 +  48129895 TATTTTACAAAACTTAACACCCAACATACTACCTTGGATCAGTGTTGGAATTTACTCCGCATATTCAATCAGGAAACTATAGTTTATTCAACCATGTGCCAAGTCTATAGTTTCAATATGTGCTTTTTTGCTCCACTTTAAAAAGTGAGGC
s rheMac2.chr3  165456663 151 - 196418989 TATTTTACAAAACTTAACACCCAACATAGTACCTTGGATCAGTGTTGGAACTTACTCTGCATATTCAATCAGGAAACTATAGTTTATTCAACCATGTGCTAAATCTATAGTTTCAATATGTGCTTTTTTGCTCCACTTTAAAAAGTGAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614354 151 +  48394510 TATTTTACAAAACTTAACACCCAACATACTACCCTGGATCAGTGTTGGAATTTACTCTGCGTATTCAATCAGGAAACTATAGTTTATTCAACCATGTGCCAAGTCTATAGTTTCAATATGTGCTTTTTTGCTCCACTTTAAAAAGTGAGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16027581 151 +  46489110 TATTTTACAAAACTTAACACCCAACATACTACCTTGGATCAGTGTTGGAATTTACTCTGCATATTCAATCAGGAAACTATAGTTTATTCAACCATGTGCCAAGTCTATAGTTTCAATATGTGCTTTTTTGCTCCACTTTAAAAAGTGAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=689317.000000
s hg19.chr21     17307169 70 +  48129895 AGGCCCTGAAAGAGTTCGAGGCAATTTCATTCAC----TATCTGTGTCCTATATCACAAAACCTTGTGAATACT
s rheMac2.chr3  165456814 74 - 196418989 AGGCCCTGAAAGAGTTTGAGGCAATTTCATTCACTCATTATCCGAGTCCTGTATCACAAAACCTTGTGAATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614505 70 +  48394510 AGGCCCTGAAAGAGTTCGAGGCAATTTCATTCAC----TATCTGTGTCCTATATCACAAAACCTTGTGAATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16027732 70 +  46489110 AGGCCCTGAAAGAGTTCGAGGCAATTTCATTCAC----TATCTGTGTCCTATATCACAAAACCTTGTGAATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=177156.000000
s hg19.chr21     17307239 28 +  48129895 CTCTGCAAAGGGTGCTGAGATAAGGGAA
s rheMac2.chr3  165456888 27 - 196418989 CTCTGCAAAGGG-GATGAGATAAGGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614575 28 +  48394510 CTCTGCAAGGTGTGCTGAGATGAGGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16027802 28 +  46489110 CTCTGCAAAGGGTGCTGAGATAAGGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=221667.000000
s hg19.chr21     17307267 29 +  48129895 AGTATCTTAAGTCAAGATCTGGACTGGAA
s rheMac2.chr3  165456915 29 - 196418989 AGTGCCTTAAGTCAAGATCTGGACTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614603 29 +  48394510 AGTGTCTTAAGTCAAGATCTGGACTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16027830 29 +  46489110 AGTATCTTAAGTCAAGATCTGGACTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=253614.000000
s hg19.chr21     17307296 37 +  48129895 AGGCTCATGATATTAATTTATTTCTAGTAGCAATGCA
s panTro2.chr21  16027859 37 +  46489110 AGGCTCATGATATTAATTTATTTCTAGTAGCAATGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614632 37 +  48394510 AGCCTCATGATATTAATTTATTTCTAGTAGCAATGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165456944 37 - 196418989 ACGCTCATGATATTAATTGACTTCTAGTAGCAACGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59653.000000
s hg19.chr21     17307333 50 +  48129895 AGGAGAACTACACTTATCTTTTCACATATGAGTTGGGGCACATCGGGAAC
s panTro2.chr21  16027896 50 +  46489110 AGGAGAACTACACTTATCTTTTCACATATGAGTTGGGGCACATCGGGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614669 50 +  48394510 AGGAGAACTACACTTATCTTTTCACATATGAGTAGGGGCACATCAGTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165456981 50 - 196418989 AGGAGAACTACACTTACCTCTTCACATATCAGTAGGGGCACATCAGTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227400.000000
s hg19.chr21     17307383 28 +  48129895 TTCATGAGAACATTTGTGAACAACTTCA
s panTro2.chr21  16027946 27 +  46489110 TTCATGAGAACATTTGTGAACCA-TTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614719 28 +  48394510 TTCATGAGAACATTTGTGAACAATTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165457031 28 - 196418989 TTCAAGAGAACATTTGTGAAGATTTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=365393.000000
s hg19.chr21     17307411 69 +  48129895 GAAGCTTGCAATGGTCTCTGTCTAGTTTTACCATCTCAGTAGGGGTCATGCTTGAAGGACGAGGGTTAC
s panTro2.chr21  16027973 69 +  46489110 GAAGCTTGCAATGGTCTCTGTCTAGTTTTACCATCTCAGTAGGGGTCATGCTTGAAGGACGAGGGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614747 69 +  48394510 GAACCTTGCAATGGTCTCTGTCTAGTTTTACCATCTCAGTATGGGTCATGCTTGAAGGACGAGGGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165457059 69 - 196418989 GAATCTTGCAATGGTCTCTGTCTAGTTTTACCATCTCAGTATGGGTCATGCTTGAAGGAAGAGGGTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=639876.000000
s hg19.chr21     17307480 56 +  48129895 CTCCATTGAGTATTTGCATTTTGGAAGAAAATAGAGATAATTGGTATCTCATTACA
s rheMac2.chr3  165457128 56 - 196418989 CTCCAATAAGTATTTGCATTTTGGAAGGAAATAGAGATAACTGGTATTTCATTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614816 56 +  48394510 CTCCATTGAGTATTTGCATTTTGGAAGAAAATAGAGATAACTGGTATCTCATTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16028042 56 +  46489110 CTCCATTGAGTATTTGCATTTTGGAAGAAAATAGAGATAATTGGTATCTCAttaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=279331.000000
s hg19.chr21     17307536 54 +  48129895 TTTTaacacctgtatcagtgattcgcacatagtaggtattcagtagcatttgtg
s rheMac2.chr3  165457184 54 - 196418989 TTTTaacacccatatcagtgactcgcatatagtaggtattcactagcatttgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614872 51 +  48394510 TTTTAACACCTGTATCAGTGACTCGCACA---TAGGTATTCAGTAGCATTTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16028098 54 +  46489110 ttttaacacctgtatcagtgactcgcacatagtaggtattcagtagcatttgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=473229.000000
s hg19.chr21     17307590 74 +  48129895 cattgactaaatGCCTCATTAT-AAAAAATAATGGTCATTTTCAAGCATCACAGTCCCTAAAATACTAGATAGGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15614923 74 +  48394510 CATTGACTAAATGCCTCATTAT-AAAAAATAATGGTCATTTTCAAGTATCACAGTCCCTAAAATACTAGATAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16028152 74 +  46489110 cattgactaaatgCCTCATTAT-AAAAAATAATGGTCATTTTCAAGTAACACAGTCCCTAAAATACTAGATAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=764210.000000
s hg19.chr21     17307664 91 +  48129895 CTCAAGCTGCTTACTGAGACCCTAAGAGATAACACAGCTCTTGGATATTTGGTCCAGTTGACAAACAACTGTAAAAGTCATGGGGTAATAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16028226 91 +  46489110 CTCAAGCTGCTTACTGAGACCCTAAGAGATAACACAGTTATTGGGTATTTGGTCCAGTTGACAAACAACTGTAAATGTCACGGGGTAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=172241.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=369606.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=698922.000000
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s rheMac2.chr3  165457771 167 - 196418989 ACTTCCTTGCCTGTGTACAGCCCATGCAGGCATCAGTCTTACAGAAGAGAAACCATTGTTTAACAGACTTAATCAGATGGGTCTGtatattagctataatatacactagcccataataacagactcaatctagtaatggctagacaaaaaagagaagtttatttctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16028685 167 +  46489110 ATTTCCTTTCCTGTGTACAGCCCATGCAGGCATCAGTCTTACAGAATAGAAACCATTGTTTAACATACTTAATCAGATGGGTCTGTATATTACTTATACTATACACTAGCCCATAATaacagacccaatctagtaatggctagacaaaaaagagaagtttatttctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=445667.000000
s hg19.chr21     17308294 64 +  48129895 gatcagcatcagtcctattgggtgttccagaagatggctttctaaatcattcaggaagcaaggt
s rheMac2.chr3  165457938 64 - 196418989 gatcagtatcattcctattgggtgttccagaagatggctttctaaatcattcaggaagcaaggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15615612 64 +  48394510 gatcagcatcagtcctattgggtgttccagaagatggctttctaaatcattcaggaagcaaggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16028852 64 +  46489110 gatcagcatcagtcctattgggtgttccagaagatggctttctaaatcattcaggaagcaaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=307136.000000
s hg19.chr21     17308358 46 +  48129895 cctttccagcttgtacagcttgtgtctctgcaacctcgagggcttt
s rheMac2.chr3  165458002 46 - 196418989 cctttccagcttgtacagcttgtgtctctgcaatcttgagggcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17308404 26 +  48129895 tcttgtctgtgtcatgacaacagaag
s panTro2.chr21  16028962 26 +  46489110 tcttgtctgtgtcatgacaacagaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15615722 26 +  48394510 tcttgtgtgtgtcatgacaacagaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165458048 26 - 196418989 gcttgtcgctgccataacaacagaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15615748 184 +  48394510 gggaaataacacagagtagtgtgggtggaggtgtgggggccaggtctggaagtggtaccaattatttctgctcatatctcattggctaaaactcagttacctgtctacacctcccaacaaggaaatgtgatatctttgtccaggaaaaagacaaaatagatttagatggacaactatctctgct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165458074 184 - 196418989 gggaaataacacaggggcgtgtgggtggaggtgtaggggccaggtctggaagtggtatcaattatttctgctcatatcccattggctaacactcagttacctgtccacacctcccaacaagaaaatatggtatctttgtccaggaaaaagacaaaatggatttagatggacaactatctctgct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15615932 143 +  48394510 aAACGATTTGGACAACGATCTCTGCCAAACTTAAGATAACACACTTTCCTCACATCCCAGCATGATACCTGAGAAGTACAAATATGCCCTGAAACTAAGAGGAGTAAGGAAACAGCGAGAGATTATAGATAGCCTCGTCTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165458258 143 - 196418989 aAACGAGATGGACAACAATCTCTCCCAAACTTAAGATAACACGCTTTCCTCACATCCCAGCATGACACCTGAGAAGTACAAATATCTCCTGAAACTAAGAGGAGTAAGGAAACAATGAGAGATTACAGATTGCCTCATCTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15616075 170 +  48394510 AAGTTTCTGGCTGTGTGATGAGGAACGGGAGGATGATCTCATGGGAGTCAGCACAGACAGAGTGTACCTGAAGAAACCTTGTGAATGGGGGACTAATGACTTAGCAGTGACCTGTTTGGACAGAAATCTACAGACCAAAATGAATGGTGGATTTCTCAGCAGATCGCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165458401 170 - 196418989 AAGTCTCTGGCTGTGTGATGAGGAAAAGGAGGATGATCTCATGGGAGTCAGCACAGAGAGAGCGTACCTGAAGGAACCTTGTGAGTGGGGGACCAATGACTTAGCAGTGACCTGTTTGGACAGAAATCTGCAGACCAGAATGAATCGTGGATTTCTCAGCAGATCTCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17308926 84 +  48129895 AGATGCAAGTACAGATTATGACATGAGGGCCAGATGCCCTGCTCCTCTCACCCACCCCAGCATTTGAAACCCAATGGTAAGGCC
s panTro2.chr21  16029481 84 +  46489110 AGATGCAAGTACAGATTATGACATGGGGGCCAGATGCCCTGCTCCTCTCACCCACCCCAGCATTTGAAACCCAATGGTAAGGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15616245 82 +  48394510 AGATGCAAGTACAGATTATGACACGGGGGCCAGAGGCCCTGCTCGTCTCACCCACCCCAGCATTTGAAACCCAATGGTAAGG--
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1253
s rheMac2.chr3  165458571 84 - 196418989 AGATGCAAGTACAGATTATGACACAGGGGCCAGATGCCCTGCTCCTCTCACCCACCCCAGCATTTGAAACCCAATGGTAAGGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17309010  115 +  48129895 ATTCAATGGATATCAAATTGTTGTGATCTAACTGCTtggaagctggtaatagaaaacaaactaagtatagaaaaataaaattgtattatgtgcacatctgaatttTTATACTGAG
s panTro2.chr21  16029565  115 +  46489110 ATTCAATGGATATCAAATTGTTGTGATCTAACTGCTTGGAAGCTGGTAATAGAAAACAAACTAAGTATAGAAAAATAAAATTGTATTATGTGCACATCTGAATTTTTATACTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165458655  115 - 196418989 ATTCAATGGATATTAAATTGTTGTGATCTAACTGCTTGGAAGCTGGTAATAGAAAACAAACTAAGTATAGAAAAATAAAATTGTATTATGTGCACATCTGAATTTTTATACTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165458770   75 - 196418989 TTTTGCATCCACTGCACATATCTACTTATTATTTAAATCATATTGCAAAAGCAATTAAGGATCTCTTATGATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15616327 1253 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165458845   42 - 196418989 CTGCTTTGAATACATTAGTCTTCTAAATGTC--TATTAGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15616327 1253 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15616327 1253 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15616327 1253 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16030386  192 +  46489110 atctcatgtgaatggaatcatacagtTCAAATACAAACATTCAGGCCATAGCAtctgtcttattaatcaattttataggttgtatagggctagctcattagagtttcaatttgcatcattttgatgattaatcatgttgagtatttttttatgggtttatttggccatttatatatctttatttgtgaagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16030578  336 +  46489110 tcttttcaaatttttaccttttaaaatattttactttactattgaattataaatgttctttatatattctggatgcatgtgatttgctggatatatgtattgcaga-tttttttctcctagcctgtggctttcatatttatttttataattgtatctttctaggagaaaatgcttttaaatctgatgaagtcTttttacgtttatgtctgtgatccattttaagttcattttcctgcatggtatgagatgaacattgagaataatttgtccaaaactgatatccagttgtttcggccctgtttattgaaagaactatcctttccctgttgaattacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165459658  336 - 196418989 tctattcaaatttttacctttttaaatattttattttactattgaattataaatgttctttatatattttggatgcatgtgatttgttggatatatgtatggcagattttttttctcctagcctgtgactttcatatttatttttataattgtatctttctaggagaaaatgcttttaaatttgatggagtctttttacatttatgtctgtgatccattttaagttcattttcctgcatggtatgagatgaacattgagaataatttgtccaaaactgatatccagttgttttgg-cctgtttattgaaagaactatcctttccctgttgaattacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16030914  497 +  46489110 ATAtgcattattcagggttctctagagggacagaactaataggatagatgtatatatgaaggggagtttattaaggagtactgactcacataatcacaaggtgaagtcccacaataggccatctgcaagctgaggtgcaggaaagacagtccaagtctcaaaacctcaaaagtagggaagttgacagtgtagccttcagtctgtggctgaaggcccaagaacccttggcaaaccactggtgtaagtccaagagtccaaaggctgaagaacttgcagtctgatgttcaagggcaggaagcatccagcacagcagaaagatgaagtccagaagactcagcaagtcacgtccttctaagttcttctgcctagtttattctagctgcgctggcagctgattagatggtgcccacccagattgagggtgggtctgcctctcccaatccactaactcaagtgttattctcctttggcaataccctcacagacacacccaggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16031411  250 +  46489110 caattctttgcatccttcaatccaatcaagttgacaatattaaccatcacaCcttggtatatttcttgaaaatcaattgattatatgatatgtgaatctatttttagactttctatttatctgttcttactctcagttcaacattctaactatggtagtgtattataagttctgaaatcaggtataaaactctttcaattttgtttcatttaaaaaaattggtttggctattctatgccttttacatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165460485  248 - 196418989 caatactttgcatccttgaatccaatcaagtggacagtattaaccatcacaccttggtatatttcttgaaaatcatttgattacatgatgtgtgaatctgtttttagactttctatttatctgttcttactctcaattcaacagtctaactactctagtgtattataagttctgaaatcaggtataaaactc--tcaattttgttttgtttaaaaaaattggtttggctattctatgccttttacatttt
i rheMac2.chr3  C 0 I 4363
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165460733 4363 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15616327 1253 +  48394510 I

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e rheMac2.chr3  165460733 4363 - 196418989 I
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e ponAbe2.chr21  15616327 1253 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17320942 48 +  48129895 GTCCCAAAAGATTTCCTTTCCAGAAAAATATCATTAAAATATGTCTTC
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s hg19.chr21     17323087 1902 +  48129895  
s panTro2.chr21  16043452 1902 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15627369 1905 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 M 703
s rheMac2.chr3  165474770 1899 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=257216.000000
s hg19.chr21     17324989 1020 +  48129895  
s panTro2.chr21  16045354 1021 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165476669 1093 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15629274  703 +  48394510 M

a score=603441.000000
s hg19.chr21     17326009 1171 +  48129895  
s rheMac2.chr3  165477762 1160 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15629984 1174 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 M 703 C 0
s panTro2.chr21  16046375 1171 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=269552.000000
s hg19.chr21     17327180 445 +  48129895 atttcttaatttttctatttatggatcattcttttggtatcaagtctaagaactctttgtctaattctggatcctaaagattttcttttattttatgaaagttctataattttacatttaagttcctgatccattttaacttaatctttgtataaggtgtgagatttaagataaagtttaattttttttcctatggctgcccaatgttctagcaccattgtcaaaaatgcttcctccattgaattgtttttgcaccttttcataaagtcagttgggcgtatttgtgtgagtctatttctggattctcttttgtattcctctttatctctcaaccaatattatacactctcttgattactatagctatacggtaggcattaatatcaggtagacttactcatcatattttattcctttcttattattgttttagctattctaggct
s panTro2.chr21  16047546 445 +  46489110 atttcttaatttttctatttatggatcattcttttggtatcaagtctaagaactctttgtctaattctggatcctaaagattttcttttattttatgaaagttttataattttacatttaagttcctgatccattttgacttaatttttgtataaggtgtgagatttaagataaagtttaattttttttcctatggctgcccaatgttctagcaccattgtcaaaaatgcttcctccattgaattgtttttgtgccttttcataaagtcagttgggcatatttgtgtgagtctatttctggattctcttttgtattcctctttatctctcaaccaatattatacactctcttgattactatagctatacagtaggtattaatatcaggtagacttactcatcatattttattcctttcttattattgttttagctattctaggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15631158 445 +  48394510 atttcttaatttttctatttatggatcattcttttggtatcaagtctaagaactctttgtctaattctggatcctaaagattttcttttattttatgaaagttttataatgttacatttaagttcctgatccattctgacttaatttttgtataaggtgtgaggttaaagataaggtttaattttttttcctatggctgcccaatgttctagcaccattgtcaaaaatgcttcctccattgaattgtttttgcatcttttcataaagtcagttgggcatatttgtgtgagtctatttgtggattctcctttgtattcctctttatctctcaaccaatatcatacactctcttgattactatagctatacagtaggcattaatatcaggtagacttcatcatcatattttattcctttcttattgttgttttagctattctaggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165478922 444 - 196418989 atttcttaatttttctatttgtggatcattcttttgttatcaagtctaagaactctttgtctaattctggatcctaaagattttcttttattttataaaagttttataattttacatttaagttcctgatccattttgacttaatttttgtttaaggtgtgaggtttaagataaggtttaa-tttttttcctatggctgcccagtgttctcgcaccgttgttgaaaatgcttcctccattgaattgtttttgcacgttttcataaagtcaattgggcatattcgtgtgagtctatttctggattctcttttgtattcctcttgatctctcaaccagtatcacatactctcttgattactagagctatatagtaggccttaatatcaggtagacttattcatcatattttattcctttcttattattgttttagctattctaggct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153920.000000
s hg19.chr21     17327625 314 +  48129895 gcatgtgcctgtccatataattcttttttttttttgagatggagtcttgcttcacacatgttggagtgccatggagtaatcttggttcactgcaacctccgcctcctgggtttaagcgattcttctgtctcagccttctgagtagctagaattacaggtgcccatcaccacgcctggctaatacttgtatttttagtagagaccaggttttgccatgttggccagcctgatcttgaactcctgacctcaggtgatctgactgcctcagcctcccaaagcattggaattacaggtgtgagctgccatgcctggcc
s rheMac2.chr3  165479366 302 - 196418989 gcttgtgcctttctatataattttttttttttt-tgagatggagtctcgcttcacacaggttggagtgcca-----------tggttcactgcaacctccacctcctgagtgtaagtgattcttctgtctcagcctcccgagtagctagaattacaggtgcccactaccacacctggctaatacttgtatttttagtaaagaccaggttttgccatgttggccagcctgatcttgaactcctgacctcaggtgattcgactgcctcagcctcccaaagcactggaattacaagtgtgagttgccatgcctggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15631603 314 +  48394510 gcatgtgcctttcgatatatatatatatattttttgagatggagtcttgcttcacactggttggagtgccatggagtaatcttggttcactgcaacctccacctcctgggtttaagtgattcttctgtctcagccttctgagtagctagaattacatgtgcccaccaccatgcctggctaatacttgtatttttagtagagaccaggttttgccatgttggccagcctgatcttgaactcctgacctcaggtgattcgactgcctcagcctcccaaagccttggaattacaggtgtgagctgccatgcctggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16047991 312 +  46489110 gcatgtgcctgtccatataattctttttttttt--gagatggagtcttgcttcacacatgttggagtgccatggagtaatcttggttcactgcaacctccgcctcctaggtttaagcgattcttctgtctcagccttctgagtagctagaattacaggtgcccatcaccacgcctggctaatacttgtatttttagtagagaccaggttttgccatgttggccagcctgatcttgaactcctgacctcaggtaatctgactgcctcagcctcccaaagcattggaattacaggtgtgagctgccatgcctggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=54485.000000
s hg19.chr21     17327939 89 +  48129895 ccatataaattttagaataagcttgtctatgtctacaaaaggcattactgagattttgatagaaattacattaacctatggatcaactt
s panTro2.chr21  16048303 89 +  46489110 ccatataaattttagaataagcttgtctatgtctacaaaaggcattactgagattttgatagaaattacattaacctatggatcaactt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15631917 89 +  48394510 ccatacaaattttagaataagcttgtcaatgtctacaaaagacattactgagattttgatagaaattaccttaacctatggatcaactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165479668 89 - 196418989 ccataaaaattttagaataaacttgtctatgtctacaaaagacattactgagattttgatagaaattacattaacctatggatcaactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=410062.000000
s hg19.chr21     17328028 802 +  48129895  
s panTro2.chr21  16048392 803 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15632006 801 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165479757 797 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 459

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s rheMac2.chr3  165481013  6 - 196418989 tat-------------------------ata
i rheMac2.chr3  I 459 C 0
s ponAbe2.chr21  15632807 31 +  48394510 tatatataatatatatatataataggacata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16049195  6 +  46489110 tat-------------------------ata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=63897.000000
s hg19.chr21     17328836 54 +  48129895 tatatatatgtcctattagttctgttcctctaaagaaccctgactaatacatca
s panTro2.chr21  16049201 48 +  46489110 tat------gtcctattagttctgttcctctaaagaaccctgactaatacatcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15632838 54 +  48394510 tatatatatgtcctattagttctgttcctctaaagaaccctgactaatacatca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165481019 54 - 196418989 tatatatatatcctattagttctgttcctctaaagaaccctgactaatacaTCa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1458002.000000
s hg19.chr21     17328890 1041 +  48129895  
s rheMac2.chr3  165481073 1041 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  15632892 1031 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16049249 1041 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=155398.000000
s hg19.chr21     17329931 84 +  48129895 ttttttccaactctattctttttcaagattattttatatattctggattccatgcagttccacatgaattttatgatcagcttg
s rheMac2.chr3  165482116 84 - 196418989 ttttttccaagtctgttctttttcaagactactttgtatattctggattccatgcagttccacatgaattttatgatcagcttg
i rheMac2.chr3  I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  15633923 84 +  48394510 ttttttccaactctgttctttttcaagattattttgtatattctggattccatgcagttccacatgaattttattatcagcttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16050290 84 +  46489110 ttttttccaactctattctttttcaagattattttatatattctggattccatgcagttccacatgaattttatgatcagcttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=997443.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=402286.000000
s hg19.chr21     17330542 279 +  48129895 gcttccaaagattggagagagtgggtaaatggatttatggggaaactaacgaagttaagtctgtttgcagattcctctggtgcccctctctgagcctgtaagcattgtctgcagtaaaggaaaatttacattctgtccttaggtaggaaagggggagagaatagaaagaccttttatcgttgtaactttctgcccaacatttaggctaacagagggaaggctaagagatccccctgcatcttgtcttcagctcaactatttttcatattctagCTTCCT
s panTro2.chr21  16050901 279 +  46489110 CCTTCCAAAGATTGGAGAGAGTGGGTAAATGGATTTATGGGGAAACTAACGAagtaaagtctgtttgcagattcctctggtgcccctctctgagcctataagcattgtctgcagtaaaggaaaatttacattctgtccttaggtaggaaagggggagagaatagaaagaccttttatcattgtaactttctgcccaacatttaggctaacagaaggaaggctaagagatccccctgcatcttgtcttcagctcaactatttttcatattctagCTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15634519 279 +  48394510 gcttccaaagattggaaagtgggggtaaatggatttatggggaaactaatgaagtaaagtctgtttgcagattcctctggtgcccctctctgagcctataagcattgtctgcagtaaaggaaaatttacattctgtccttaggtaggaaagggggagagaatagaaagaccttttatcattgtaactttctgcccaacatttaggctaacagagggaaggctaagagatccccctgcatcttgtcttcagctcaactatttttcatattctagCTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165482716 278 - 196418989 GCTT-CAAAGATTGGAAAGTGTGGGTAAATGGATTTATGGGGAAACTAATGAagtaaagtccgctttcagactcctctggtgcccctctctgagcctataagcactgtctgtagtaaaggaaaatttacattctgcctttaggtgggaaagggggagagaataggaagaccttttatctttgtaactttctgcccaacatttaggctaacagagggaaggctaagagatccccccgcatcttgtctttagttcaactatttttcatattctagCTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17330821 302 +  48129895 TCaatattatagcagcatttcttcatactatccatcaaataaaaaaacccaaatgtccaacaattattgtatggataaataaaatgtaatatatcaatacagtggtatttcattatttgccaataaaaaggaat---------------------acatacaacaacctcaaaaacaatatgcttagtgaaagaagctgagcacaaaagactacttactgtgtaatttcatttttctgaaattccagaaaaagcaaaactatagagacagaa-tcagattggtttcagcctggaactaaggcaagagcatggattaattgtatt
s rheMac2.chr3  165482994 323 - 196418989 TCaatattatagcagcatttattcatactatccctcgaa-aaaaaaatcctaatgtccaacaactattttatggataaataaaatgtaatgtatcaatacagtggtatttcattatttgccaataaaaaggaatgaactactgatacatacaacaacctacacaaacctcaaaaacaatatgcttagtgaaaaaaggcgagcacaaaagactacatactgtgtaatttcatttttctgaaattccagaaaaagcaaaactatagagagagaagtcaggttgctgtttgcctggagctaaggcaagagcatggattaattgtata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15634798 323 +  48394510 TCaatattatagcagcatttattcatactatccctcgaataaaaaaatccaagtgtccaacaactattgtatggataaataaaatgtaatatatcaatacagtggtatttcattatttgccaataaaaacgaatgaattactgatacatacaacaacctacaacaacctcaaaaacaatatgcttagtgaaagaagccgagcacaaaagactacatactgtgtaatttcatttttctgaaattccagaaaaagcaaaactatagagacagaa-tcagatcggttgctgcctggagctaaggcaagagcatggattaattgtatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16051180 318 +  46489110 TCaatattatagcagcatttattcatactatccatcaaataaaaaaacccaaatgtccaacaattattgtatggataaataaaatgtaatatatcaatacagtggtatttcattatttgccaataaaaaggaatg-----ccaataaaaaggaatacatacaacaacctcaaaaacaatatgcttagtgaaagaagccgagcacaaaagactacttactgcgtaatttcatttttctgaaattccagaaaaagcaaaactatagagacagaa-tcagattggtttcagcctggaactaaggcaagagcatggattaattgtatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17331123 145 +  48129895 ctggcatgagggacaattttgggttaatagaatggttccaaaactggattgtgatgataattgcacatctatataaatttaataaaattAAACCTCAAAACAATAAAGAACGGAAATATTACAGAACTATAGCTTACAATTTATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165483317 145 - 196418989 ctggcatgagggacaattttgggttaatagaatcgttccaaaactggattttggtgataattgcacagctatataaatttaataaaaTGAAACATCAAAACAGTAAAGAAAGGCATTATTACAGAACAATAGCTTACAATTTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 10

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16053661 84 +  46489110 gctaa-ttttttgtatttttagtacagacggggtttcaaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16053745 48 +  46489110 cgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15637358 48 +  48394510 cgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgcgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165485327  0 - 196418989 C

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s ponAbe2.chr21  15637406 54 +  48394510 ccggctGCATGTGACTCTTACATGTAACAAGTTGTTGAGTATTTTGAACTCTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165485374 37 - 196418989 TTAATAATTACTCATTGAAATATATGAGCTGTTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=289327.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=282855.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16053987 51 +  46489110 TGATTAGAACCATAGATATTTTACTCTGCTTTTAAAAGGTATGATTTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=94372.000000
s hg19.chr21     17333713 28 +  48129895 CTAAAAACAAATGTTCTCAACATATTCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=445644.000000
s hg19.chr21     17333741 84 +  48129895 CTTCCCTTCCCTATGATGGTGAATGTGTTGGCCAGTTGAGGTGGGACTAAGATTTGGGTCCCAAAACTAATGAGCTTGATTCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16054066 84 +  46489110 CTTCCCTTCCCTATGATGGTGAATGTGTTGGCCAGTTGAGGTGGGACTAACATTTGGGTCCCAAAACTAATGAGCTTGATTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17333825 49 +  48129895 GTGTTTATTCACAGTAAATGATGTTGACAATGGCCATACATCATAAAAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16054150 49 +  46489110 GTGTTTATTCACAGTAAATGATGTTGACAATGGCCATACATCATAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=543872.000000
s hg19.chr21     17333874 64 +  48129895 AGGCTAGATTAACAAAATAAAGTTACAGTGAAAAAATACTAACCCATATAGTGGATAATTATTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17333938 47 +  48129895 TAGAAAAGTCTTTCTACTTAACAATAACAATGAAAAATCTACCCTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15637874 47 +  48394510 TAGAAAAGTGTTTCTACTTAACAATAACAATGAAAAAGCTACCCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15637921 125 +  48394510 TTCTTGTATTCTGATCACGAATACTTAGTTATTGCTCTATCATATTAGGTGGGGGTATAACTTGAGTCCCATAAATGCATGCTTATTTCCTTAACAAGCTGTTTCCATGAGAAAGGCTTAAAC---------------------CA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165485835 146 - 196418989 TCCTTGTATTCCGATCACGAATACTTAATTATTCCTCTATCATATTAGGTGGAGGTATAACTTGAGTCCCATAAATGCATACTTATTTCCTTAACAAGCTGTTGGTATGAGAAAGGCTTAAACCTTTCTCTGAGATTGGTACATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15638046 24 +  48394510 GAA-----------------------------------------------------------AATTACCTTAGATGATGAGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165485981 83 - 196418989 GTAGGTTGGGCATGTTGGTATGAGAAAGCCTTTCTTTCACCTTTAAGAAAGGCTTAAAGGCTAATTACCTTAGATGATGAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=834595.000000
s hg19.chr21     17334134 125 +  48129895 TTTATGAAATCACAAATACCTAGTAATTAATTTTGAACAATCACAAATTTTTTATAACTTTAATATTGTGAC--attgtaaaaataaatattcattgtagaatatttagaaaatgaaattaggcaaa
s panTro2.chr21  16054459 127 +  46489110 TTTATGAAATTACAAATACGTAGTAATTAATTTTGAACAATCACAAATTTTTTATAACTTTAATATTGTGtcttattgtaaaaataaatattcattgtagaatatttagaaaatgaaattaggcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165486064 127 - 196418989 TTTATGAAACCACAAATACCTTGTAATTAATTTTGAACAATCACAAATTTTTTATAACTTTAATATTGTGtcttattgtaaaaataagtattcattgtagaatatttagaaaatgaaattaggagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16054586 49 +  46489110 ataaaaatccctaaaaatcacttataatcctattacctagagacaacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=326240.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15638354 67 +  48394510 CAAAAATCAAACTTTCATTAAATTCAGGTATCTTCAAACCTCGTTTACTTGTGGGTGCAGATGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165486348 67 - 196418989 CAAAAATCAAACTTTCATTAAATTCAGGTATCCTCAAACCTTGTTTGCTTGTGGGTGCAGATGTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=449664.000000
s hg19.chr21     17334483 47 +  48129895 TGTGGTAACCTCTCTGATTTTTCTGGCTTTTGCCTTCACCTTCTGGA
s panTro2.chr21  16054810 47 +  46489110 TGTGGTAACCTCTCTGATTTTTCTGGCTTTTGCCTTCACCTTCTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=380091.000000
s hg19.chr21     17334530 42 +  48129895 TAGAACTTCAAGTCCTGTTCAAATGGTGACAAAGTTATGTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15638468 42 +  48394510 TAGAACTTCAAGTCCTGTTCAAATGGTAACAGAGTTATGTCT
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a score=428666.000000
s hg19.chr21     17334572 40 +  48129895 GAGAATAGTCTAATCGTTACTTCATTAGTTCTCAGTACGT
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a score=1070264.000000
s hg19.chr21     17334612 122 +  48129895 TCTTTTGTGTTCCCTGCCACGTAGTCCTTGGTGTCACCATATCCTACTGGTGCTACCACATCCCACCAGATTGTGATGGAATGTTGCTGTGCCCACCAGGCTTCATTGCCCCACTGGGCATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=940129.000000
s hg19.chr21     17334734 92 +  48129895 ACCACTAACATCCTGGGAACTCATGGGGC-AAATTATGCAGGCCATTTAATggcacagtggaaaagcctgcctttgccctctttgtgttatag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165486665 93 - 196418989 ACCACTAATGTCCTGGGAACTCACGGGACAAAATTATGCAGGTCATTTGATGGCACAGTGGAAAAGCCTGCCTTTGTCCTCTTTGTGTTATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100888.000000
s hg19.chr21     17334826 13 +  48129895 catgttagaagaa
s panTro2.chr21  16055153 13 +  46489110 CATGTTAGAAGAA
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a score=346219.000000
s hg19.chr21     17334839 50 +  48129895 tgctaaaagaatacttttatacccaatgtTACAAAAAGGAAATAGTAAAA
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s hg19.chr21     17334889 48 +  48129895 CAGTCCAGAGTAAACACATTGAATAAAATGAAGCCACTTAAACTGATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16055837 101 +  46489110 TGTGTCTCTGACCACTCCCTTGTCTTCTTGAC--------------TACTGATGCATTGAGAATTTTAGGAGAGACTTCAGATTGTCCTACAATTTACTTTGATTAATGCAGACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17335787 99 +  48129895 tatatttatggggtatatgggatgttttgatacacgcatacaatgtgtaataatcacatcagagtgaatgatgtatccatcacctcaagcatttatctt
s rheMac2.chr3  165487723 99 - 196418989 tatatttgtggggtacatgggatattttgatgcaggcatacagtgtgtaataatcacatcagagtaaatgatgtgtctatcacctcaagcatttatcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15639738 99 +  48394510 tatatttacggggtatatgggatgttttgatacacgcatacaatgtgtaataatcacatcagagtaaatgatgtatccatcacctcaagcatttatctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16056108 99 +  46489110 tatatttatggggtatatgggatgttttgatacatgcatacaatgtgtaataatcacatcagagtaaatgatgtatccatcacctcaagcatttatctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165487822 50 - 196418989 ttgtgtgataaataattcattatactcttttagttattttaaaatTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16056278 82 +  46489110 GCTTTTCTCTGAGATTGGTGCATCAGTAGGTTGGGCATGTGTTAGGAAGCATTCTGAGAGACACTGATTATTATCAGGCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17336039 71 +  48129895 TTTAGAAAACATTGTCTCACAATTCTCATTACCTTCCCTTTTCTTGTAGACCTCAATTTACAGCTCTGGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17336263 44 +  48129895 ATGAGTATCCTTTGAAGTATCTAATATTCATTTTTCAGACTGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15642221 66 +  48394510 agacagaggaaaaaacCATACTTGAGGTATGAAACTGCAAGTCCCAAGTTTCAGTGGCTTAA----AAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 I 6382 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165490552 134 - 196418989 AGTTCTTTTTCAC-AAACAATTGTATGAGTAAATTTTATCtgtaatagtttcctattgccaccataacaaattaccacattagtgacaacacaaatttatcatcttgcagttctataggccacacagccaagatt----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 28

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16065444 32 +  46489110 tttctttgttccagctctcacaaggctgggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165490686 28 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15642756 25 +  48394510 caaggtgtcagtggtctgtgctgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 28 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644326 185 +  48394510 TTTTTTTTTTTTCTAAAGCAGGATACAGTAGAAGGGAGCTAGGTGGTAGCACAGAACCTACTCTCTGGGGAAGAACCGACATAGGAGACATGACTAAGTTGCAGTTGACGGTAAGGGGGTGGTGAATTGGGGGGCTCAATTTTTGAGGACTGTTACAGTCTAATTTACAAGGCAGAAAAAAGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16066938 185 +  46489110 ttttttttttttCTACAGCAGGATACAGTAGAAGGGAGCTAGGTGGTAGCCCAGAACCTATTCTCTGGGGAAGAACTGACATAGGAGACGTGACTAAGTTGCAGTTGATGGTAAGGGGGTGGTGAATTGGGGGGCTCAATTTTTGAGGAGAGTTGCAGTCTAATTTTCAAGGCAGAAAAAAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=763680.000000
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s panTro2.chr21  16067123 68 +  46489110 TTTCTAGTTAAGTCCATAGTGAGTAAACAAGAAAGCAGGGGATACAGAGAGCCAAGTGGACGGTGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644511 68 +  48394510 TTTCCAGTTAAGTCCATAGTGAGTAAACCAGAAAGCAGGGGATACAGAGAGCCAAGTGGACAGTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492354 68 - 196418989 TTTCCAGTTAAGTCCATAGTGAGTAAACCAGAAAGCAGGGGATACAGAGAGCCAAGTATACAGTGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=558216.000000
s hg19.chr21     17340507 48 +  48129895 ATCATTCATAGAATTGATCTGTCTGTAGGCGTAGGTCTCCTTTGCTGG
s panTro2.chr21  16067191 48 +  46489110 ATCATTCATAGAATTGATCTGTCTGTAGGCGAAGGTCTCCTTTGCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644579 48 +  48394510 ATCATTCATAGAATTGATTTGTCTGTAGGCGTAGGTCTCCTTTGCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492422 48 - 196418989 CTTATTCATAGAATTAATCTGTCTGTAGGCATAGGTCTCCTTTGCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=351698.000000
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s panTro2.chr21  16067239 102 +  46489110 GT-GGGTTCAGGACAGGGCTTCGGTCTTCAGGTGGTGAAAGACGATGGGGTGATCATGGGGTTTTAGGCAGAGGACAGGTCAAAACTAACTT----ATAGG------------------GTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644627 124 +  48394510 GT-GGGTTCAGGACAGGGCTTCGGTCTTCAGGTGGTGAAAGACGATGGGGTGATCATGGAGTTTTAGGCAGAGGACAAGTCAAAACTAACTTAGGCAGAGGACAAGTCAAATCTAACTTGTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492470 103 - 196418989 GTAGGGTTCAGGACAGGGCCTCGGTCTTCAGGCGGTGAAAGGCAATGGGGTGATCATGGGGTTTTAGGCAGAGGACAAGTCAAAATTAACCT----ATAGG------------------GTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=211250.000000
s hg19.chr21     17340657 21 +  48129895 ATAAAACAAAAAGACAAAGAA
s panTro2.chr21  16067341 21 +  46489110 ATAAAACAAAAAGACAAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644751 21 +  48394510 ATAAAACAAAAAGACAAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492573 21 - 196418989 ATAAAATGAAAAGACAAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371551.000000
s hg19.chr21     17340678 53 +  48129895 AGCAAATGTGGAACAAGGGCAATTTAGGGACAAGAGCCAGCTGCATGCAATCC
s panTro2.chr21  16067362 53 +  46489110 AGCAAATGTGGAACAAGGGCAATTTAGGGACAAGAGCCAGCTGCATGCAATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644772 53 +  48394510 AGCAAATGTGTAACAGGGGCAATTTAGGGACAAGAGGCAGCTGCATGCAATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492594 53 - 196418989 AGCAAATGTGTAACAAGGGCAATTTAGGGACGAGAGCCAGCTGTATGCACTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=493666.000000
s hg19.chr21     17340731 70 +  48129895 TTGATGATGACAATTTCTGGCACTGACTTGATGTAAATCATTTTTACAAAGAAGCCTAATGGTTTATCAA
s panTro2.chr21  16067415 70 +  46489110 TTGATGACGACAATTTCTGGCACTGACTTGATGTAAATCATTTTTACAAAGAAGCCTAATGGTTTATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644825 70 +  48394510 TTGATGACGACAATTTCTGGCACTGACTTGATGTAAGTCATTTTTATAAAGAAGCCTAATGGTTTATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492647 69 - 196418989 TTGATGACAACAATTT-TGGCACTGACTTGATGTAAGTCATTTTTACAAAGAAGCTTAACAGTTTGTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=194627.000000
s hg19.chr21     17340801 27 +  48129895 TAGTGCTGTATAAATACAAATGTCTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644895 27 +  48394510 TAGTGCTGTATAAATACAAATGTCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492716 27 - 196418989 TAGTGCTGTATAAATACAAATGTCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227140.000000
s hg19.chr21     17340828 34 +  48129895 TCTAAATCCTTCTGCCTTTAGAGCATGTCCCATT
s panTro2.chr21  16067512 34 +  46489110 TCTAAATCCTTCTGCCTTTAGAGCATGTCCCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644922 34 +  48394510 TCTAAATCCTTCTGCCTTTAGAACATGTCCCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492743 34 - 196418989 TCTAAATCCTTCTGCCTTTAGAACATGTCCCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=403734.000000
s hg19.chr21     17340862 78 +  48129895 TCTCCTCTTGTAAATGCAGTGGCATAGCTGACAATATATAACAAGAGTCGGTAGCTTACT-ATGTTTCAGAGGTGGAAG
s panTro2.chr21  16067546 78 +  46489110 TCTCCTCTTGTAAATGCAGTGGCATAGCTGACAATATATAACAAGAGTCGGTAGCTTACT-ATGTTTCAGAGGTGGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15644956 79 +  48394510 TCTCCTCTTGTAAATGCAGTGACATAGCTAACAATATATAACAAGAGTCAGTAGCTTACTAATGTTTCAGAGGTGGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492777 78 - 196418989 TCTCCTCTTGTAAATGCAGTGACATAGCTGACAATATATAACAAGAGTTGGTAGCTTACT-ATGTTTCAGAGGTGGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182214.000000
s hg19.chr21     17340940 41 +  48129895 CGGGCAACATTCCTCAATCGGCTTTTCCTTTGTTCTATAGa
s panTro2.chr21  16067624 41 +  46489110 CGGGCAACATTCCTCAATCGGCTTTTCTTTTGTTCTATAGa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645035 41 +  48394510 CGGGCAACATTCCTCAATCGGCTTTTCTTTTGTTCTATAGa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492855 41 - 196418989 TGGGCAACATTCCTCAATCGGCTTTTCTTTTGTTCTATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=-171746.000000
s hg19.chr21     17340981 15 +  48129895 ttaaatatatatata
s panTro2.chr21  16067665 15 +  46489110 ttaaatatatatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645076 15 +  48394510 ttaaatatatatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165492897  9 - 196418989 TTAAatata------
i rheMac2.chr3  I 1 I 265

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s hg19.chr21     17340996 165 +  48129895 ttttttGCCAGTTGGTTTACTTTTAGCACATGTTACAAAGAACTTTAGAGAAGAGAGACAAAATGTGAACGCAAATAGACATTTACAAAGATTGAAAATAACCTTTTTTCCCTTTTCCTAGTTTTAAATACTTTAAAAGATTTGTTTTTGGTCTGAGAAAAAGAG
s rheMac2.chr3  165493171 165 - 196418989 tTTTTTGCCAAGTGGTTTACTTTTAGCACATGTTACAAAAAACTTTAGAGAAGAGAGAAAAAATGTGAATGCAAGTAGACATTTACAAAGATTGAAAATAACTTTTTTCCCCCTTTCCTAGTTTTAAATACTTTAAAACATTTGTTTTTGGTCTGAGAAAAAGAG
i rheMac2.chr3  I 265 C 0
s ponAbe2.chr21  15645091 163 +  48394510 ttttttG-CAGTTGGTTTACTTTTAGCACATGTTACAAAGAACTTTAGAGAAGAGAAACAAAATGTGAATGCAAATAGACATTTACAAAGATTGAAAATAACCTTTTTTCCCTTTTCCTAGTTTTAAATACTTTAAAAGATTTGTTTTTGGTCAGAGAAAAAG-G
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16067680 165 +  46489110 ttttttGCCAATTGGTTTACTTTTAGCACATGTTACAAAGAACTTTAGAGAAGAGAGACAAAATGTGAATGCAAATAGACATTTACAAAGATTGAAAATAACCTTTTTTCCCTTTTCCTAGTTTTAAATACTTTAAAAGATTTGTTTTTGGTCTGAGAAAAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=510854.000000
s hg19.chr21     17341161 35 +  48129895 AATATTTCTTGGTAACCTAGAAGGGTTCTTGGATC
s rheMac2.chr3  165493336 35 - 196418989 AATATCTCTTGGTAACCTAGAAGGGTTCTTGGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645254 35 +  48394510 AATATTTCTTGGTAACCTAGAAGGGTTCTTGGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16067845 35 +  46489110 AATATTTCTTGGTAACCTAGAAGGGTTCTTGGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2066949.000000
s hg19.chr21     17341196 150 +  48129895 TGAAAGGAGAACCTTAATTAATCCTTTGGGGAAGACATCATTGAGACCTAGGGAAGCAAAGTGAAGATTTTCAGAGTGTTTTTAGAGCTCTTTCCCAGGCTACATTTGCTGGACTCTGCCTGTTGTCTTGTGGCCAAAGACCTTCATGCC
s rheMac2.chr3  165493371 125 - 196418989 TGAAAGGAGAACCTTAATTAATCCTTTGGGGAAAACATCATTGAGACC-------------------------GAGTGTTTTTAGGGCTCTTCCCCAGGCTACATTTGCTGGACTCTGCTTGCTGTCTTGTGACCAAAGACCTTCATGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645289 150 +  48394510 TGAAAGGAGAACCTTAATTAATCCTTTGGGGAAGACATCATTGAGACCTAGGGAAGCAAAGTGAAGATTTTCAGAGTGTTTTTAGAGCTCTTTCCCAGGCTACATTTGCTGGACTCTCCCTGTTGTCTTGTGGCCAAAGACCTTCATGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16067880 150 +  46489110 TGAAAGGAGAACCTTAATTAATCCTTTGGGGAAGACATCATTGAGACCTAGGGAAGCAAAGTGAAGATTTTCAGAGTGTTTTTAGAGCTCTTTCCCAGGCTACATTTGCTGGACTCTGCCTGTTGTCTTGTAGCCAAAGACCTTCATGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=865538.000000
s hg19.chr21     17341346 99 +  48129895 AGATAGCCATTTGCTATTAGATGTGAGTGTATGTGTGTCTGGTTGGGGAGAAGTTGGGGGAAAATGTAGTAATTATTGACTAGCATTACTCTGGTTTTA
s rheMac2.chr3  165493496 99 - 196418989 AGATAGCCATTTGCTATTAGATGTGAGTGTATGTGTGTCTGGTCGGGGAGAAGTTGGGGGAAAATGTGGTAATTATTGAGTAGCATTATTCTGTTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645439 99 +  48394510 AGATAGGCATTTGCTATTAGATGTGAGTGCATGTGTGTCTGGTTGGGGAGAAGTTGGGGGAAAATGTAGTAATTATTGAGTAGCATTACTCTGGTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16068030 99 +  46489110 AGATAGCCATTTGCTATTAGATGTGAGTGCATGTGTGTCTGGTTGGGGAGAAGTTGGGGGAAAATGTAGTAATTATTGACTAGCATTACTCTGGTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=5556984.000000
s hg19.chr21     17341445 219 +  48129895 GTCAACTTGCACCTCTATAATAAGCAACTTTCTGCTTCACATTTTTCCTCCATCTAGCTGACCTGGCTAAAACTGAACCTAGCAGATGATTGACC--------ATGGCATTAGCCGACACCATACTGCCTCCAGCTTCCTGTCTTGGGTTTCCTCTCCT-GGGTTTGTTATATTTCAAGTCTGGTTCTTCTCCAACCAGTTCACTATCCCAAAGATTGCTTTAGTTAT
s rheMac2.chr3  165493595 228 - 196418989 GTCAACTTGCACCTCTATAATAAGCAAGTTTCTGCTTCACATTTTTCCTCCATCTAGCTGACCTGGCTACAGCTGAACCTACCAGATGATTGACCATGGCATTATGGCATTAGCCAACACCTTACTGCCTCCAGTTTCCTGCTTTGGGTTGCCTCTCCCGGGGTTTGTCATATTTCAAGTCTGGTTCTTTGCCAGCCGGTTCACTATCCCAAAGATTGCTTTAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645538 219 +  48394510 GTCAACTTGCACCTCTATAATAAGCAAGTTTCTGCTTCACATTTTTCCTCCATGTAGCTGACCTGGCTAAAACTGAACCTAGCAGATGATTGACT--------ATGGCATTAGCTGACACCACACTGCCTCCAGCTTCCTGTCTTGGGTTTCCTCTCTT-GAGTTTGTTATATTTCAAGTCTGGTTCTTCTCCAGCCAGTTCACTATCCCAAAGATTGCTTTAGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16068129 219 +  46489110 GTCAACTTGCACCTGTATAATAAGCAAGTTTCTGCTTCACATTTTTCCTCCATCTAGCTGACCTGGCTAAAACTGAACCTAGCAGATGATTGACC--------ATGGGATTAGCTGACACCATACTGCCTCCAGCTTCCTGTCTTGGGTTTCCTCTCCT-GGGTTTGTTATATTTCAAGTCTGTTTCTTCTCCAACCAGTTCACTATCCCAAAGATTGCTTTAGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=488222.000000
s hg19.chr21     17341664 30 +  48129895 GACATGAGTGGGCTATATGTGAGTTAAGTG
s rheMac2.chr3  165493823 30 - 196418989 TACATGAGCGAGCCATATGTGAGTTAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 I 16
s ponAbe2.chr21  15645757 30 +  48394510 GACATGAGTGGGCTATATGTGAGTTAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16068348 30 +  46489110 GACATGAGTGGGCTATATGTGAGTTAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=515348.000000
s hg19.chr21     17341694 41 +  48129895 TCAGAAAGATGAGAAATTCTTCCCTTTATTCATTCACTGAT
s ponAbe2.chr21  15645787 41 +  48394510 TCAGAAAGATGAGAAATTCTTCCCTTTATTCATTCACTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16068378 41 +  46489110 TCAGAAAGATGAGAAATTCTTCCCTTTATTCATTCACTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165493853 16 - 196418989 I

a score=367882.000000
s hg19.chr21     17341735 45 +  48129895 AGTCTTTGCAAGTTACATAACCATCTGTATTTGAATCTATATATT
s ponAbe2.chr21  15645828 45 +  48394510 AGTCTTTGCAAGTTACATAACCATCTGTATTTGAATCTATATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16068419 45 +  46489110 AGTCTTTGCAAGTTACATAACCATCTGTATTTGAATCTATATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165493853 16 - 196418989 I

a score=363012.000000
s hg19.chr21     17341780 32 +  48129895 TGTTCCACGAAAAGGGAAAATAAATGCTTTAA
s ponAbe2.chr21  15645873 32 +  48394510 TGTTCCACGAAAAGGGAAAATAAATGCTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16068464 32 +  46489110 TGTTCCACGTAAAGGGAAAATAAATGCTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165493853 16 - 196418989 I

a score=687946.000000
s hg19.chr21     17341812 74 +  48129895 TTGGTATGAACTAATCTTTTAGATCATCATGCAGATACAAAATGCTGTGCATTTTGCTACAGATTATCGATGTT
s panTro2.chr21  16068496 74 +  46489110 CTGGTATGAACTAATCTTTTAGATCATCATGCAGATACAAAATGCTGTGCATTTTGCTACAGATTATCGATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645905 74 +  48394510 TTGGTATGAACTAATCTTTTAGATCATCATGCAGATATAAAATGCTGTGCATTTTGCTACAGATTATCGATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165493869 74 - 196418989 TTGGTACGAACTACTCTTTTAGATCATCATGCAGATATAAAATGCTGTGCATTTTGCTGCAGATTATTGATGCT
i rheMac2.chr3  I 16 C 0

a score=112623.000000
s hg19.chr21     17341886 16 +  48129895 TTTGCTAAGACAAACA
s panTro2.chr21  16068570 16 +  46489110 TTTGCTAAGACAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645979 16 +  48394510 TTTGCTAAGACAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165493943 16 - 196418989 TTTGCTGAGACAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 I 13

a score=570000.000000
s hg19.chr21     17341902 65 +  48129895 CAATGGCTATGATTAGTGTAGCAGGTATTTGAAATAGAACACAAACAATAGGAAAAAGGCAATGA
s panTro2.chr21  16068586 65 +  46489110 CAATGGCTATGATTAGTGTAGCAGGTATTTGAAATAGAACACAAACAATAGGAAAAAGGCAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15645995 65 +  48394510 CAATGGCTATGATTAGTGTAGCAGGTATTTGAAATAGAACACAAACAACAGGAAAAAGGCAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165493972 64 - 196418989 CAACGGCTATGATTAGTGTAGCAGGTATTTGAAATAGAACAAAAACAATAGGAAAAAGGCAATG-
i rheMac2.chr3  I 13 I 3165

a score=120743.000000
s hg19.chr21     17341967 63 +  48129895 TTTATAAGACACTGAAGGGGAAGTGGGATCTCATCATTGTCTCAGGACATGATCGGGATTCCT
s panTro2.chr21  16068651 63 +  46489110 TTTATAAGACACTGAAGGGGAAGTGGGATCTCATCATTGTCTCAGGACATGATCGGGATTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15646060 63 +  48394510 TTTATAAGACACTGAAGGGGAAGTGGGATCTCATCATTGTCTCAGGACATGATTGGGATTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165497201 53 - 196418989 ----TAAGACACTGAAGGGGAAGTGGGATCTCATCACTGTCTCA------GACTGGGATTCCT
i rheMac2.chr3  I 3165 C 0

a score=265610.000000
s hg19.chr21     17342030 36 +  48129895 GGAGAGTGTGTGGTACATGATGGCCAGTTATCTGGC
s panTro2.chr21  16068714 36 +  46489110 GGAGAGTGTGTGGTACATGATAGCCAGTTATCTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165498687 105 - 196418989 gagtgtcagtttgattggattgaa--ggatacaaagtattgatcctgggtgtgtctgtgagggtgttgccaaaagagattaacatttgagtcagtggactgtggaag------------------
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165498792 19 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165500104 28 - 196418989 GATTACCCCCCTGCCCAACCCCTGCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17344795 42 +  48129895 GTAGACTCTGCAATCTGGATAAAATAGT-AAGTCACCTCAGGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-86994.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165500594  0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15651374 39 +  48394510 GCTGATTCTTTGCCTGTAATATATTGCTATGTTATCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165502439 67 - 196418989 GCAAGTCAAATATATAATTATAATATAGTTTAAGAAGTGCTGTAATAGAGGAACAGTACTACTATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17347823 46 +  48129895 TATTGAGGTTTAGTTGTGACTGAATATAAAATTCATTGTTTTTAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266448.000000
s hg19.chr21     17348300 21 +  48129895 TACATGGGAAGTAATTCTGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165503429 21 - 196418989 TACATGAGAAGTAATTCTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138721.000000
s hg19.chr21     17348321 36 +  48129895 ACAAAGAAAGTAAAAGGCCGTAAACTCTCTATGGGC
s panTro2.chr21  16075006 36 +  46489110 ACAaagaaagtaaaaggccttaaactctctatgggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15652431 36 +  48394510 ACAAAGAAAATAAAATGCCTTAAATTCTCTATGGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165503450 35 - 196418989 ACAAA-AAAGTCAAATGCCTTAAACTCTTTATGGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193000.000000
s hg19.chr21     17348357 26 +  48129895 TGCTTTATTAATCAAAGGAGATATAG
s panTro2.chr21  16075042 26 +  46489110 tgctttattaatcaaaggagatatag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15652467 26 +  48394510 TGCTTTATTAATCAAAGGAGATATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165503485 26 - 196418989 TGCTTTATTCATCAAAGGAGAGGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=631843.000000
s hg19.chr21     17348383 64 +  48129895 AATTAACCCATTAGAAGTACTCTACTTTCTCTGAGGGGAACTTCTTTGTTCTGTAGATTGGTAT
s panTro2.chr21  16075068 64 +  46489110 aattAACCCATTAGAAGTACTCTACTTTCTCTGAGGGGAACTTCTTTGTACTGTAGATTGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15652493 64 +  48394510 AATTAACCCATTAGAAGTACTCTACTTTCTCTGAGGGGAATTTCTTTGTACTGTAGATTGGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165503511 64 - 196418989 AATTAACCCATTAGAAGTACTCTGCTTTCTCTGAGGGGAACTTAATTGTACAGTAGATTGGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=773354.000000
s hg19.chr21     17348447 111 +  48129895 ATAAATTGAAATGTAATTATTTGCTCAGTTTTATTAACATATTTAAAAAGTAATTGAATATTTGCAGATGAGAGAGAAAGAAGCAATAAATCAAGCTACTAAGCATTTATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15652557 111 +  48394510 ATAAATTGAAATGTAATTATTTGCTCAGTTTTATTAACATATTTAAAAAGTTATTGAATATTTGCAGATGAGAGAGAAAGAAGCAATAAATCAAGCTACTAAGCATTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165503575 109 - 196418989 ATAAATTGAAATGTAATTATTTGCT--GTTTTATTAACATATTTTAAAAGTAATTGAATATTTGCAGATGAGAGGGAAAGAAGCAATAAATCAAGCTACAAAGCACTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=275337.000000
s hg19.chr21     17348558 71 +  48129895 GAACATAGACTTGCTCCTTTAAAAAAATTACATTCCAGTTTATATAATGAGAATGCAGAAATGTTCCCCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15652668 71 +  48394510 GAACATAGACTTGTTCCTTTAAAAAAATTACATTCTAGTTTATATAATGAGAATGCAGAAATGTTCTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165503684 71 - 196418989 GAACACATACTTGCTCTTTTAAAAAAATTACATTCTAGTTTATATAATGCGAATGCAGGAATGTTCCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=700839.000000
s hg19.chr21     17348629 112 +  48129895 CTTTCCAAGTCTTCTTCATCCTTCAGTTTAAAGGAAAGACATCAAGTTGACATTTTGGGAAGATGGAGGCAGTAGCTTACATTTTGATTCTCCCTAAGTGTTTCTATTATGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165503755 112 - 196418989 CTTTCCTAGTCTTCTTCATCCTTCAGTTTAAAAGAAAGACATCAAGTTGACATTTTGGGAAGACAGAGGCAGTAGCTTACATTTTGATTCTCCCTAAGTGTTTCTATTATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=344821.000000
s hg19.chr21     17348741 89 +  48129895 AAATACAGAGGAAGAAAACCAACTAGAAAGTATGGCAGTTTTCTGAGAATAGCACTCAAAGCTGGATCTCAAATAGCACTCAAATTAGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 7
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i rheMac2.chr3  C 0 I 7

a score=330186.000000
s hg19.chr21     17348830 87 +  48129895 TCTCAGGATCTAATTTGCTGGTTGGTTCATGGAGACCACAGTAAGATATGGATCCTAAGAACTCTCATACTATAAATCAGAAACTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 7 C 0
s rheMac2.chr3  165503940 66 - 196418989 TCTCCGGATCTAATTTGCTGGTTGGTTCATGCAGACAACAGTAAGATACGGATCCTAAGAACTCTC---------------------
i rheMac2.chr3  I 7 C 0

a score=822186.000000
s hg19.chr21     17348917 93 +  48129895 TATACTATAAAACAGACGCTCTCTTCCAGGTCAAAGCTTTGAAATAGGAGACACTTTTTGGACTAGAATTCATACTGACCAGGATAGTGACAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=187616.000000
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s panTro2.chr21  16075694 139 +  46489110 CAAGCTCAAAGGAAAATGTTGGTCCAGGAGTcaggagttggcaaactttttcagtaaaggtccataaagtaaatttgcaagctctattggggtccacatatggtctcctgtatctcttttctccctctctctcttcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653104 139 +  48394510 CAAGCTCAAAGGAAAATGTTGGTCCAGGAGTcaggagttggcaaaccttttcagtaaaggtccataaagtaaatttgcaagctctattggggtccacatgtggtctcctgtatctcttttttccctctctgtcttcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504098 139 - 196418989 GAAGCTCAAAGGAAAATGTTGGTCCAGGAGTcaggagttggcaaactttttcagtaaaggtccataaagtaaatttgcaaggtctattggggtccacatgcggtctcctatatttatttcctccctctctctcttcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214838.000000
s hg19.chr21     17349149 98 +  48129895 ccttctcttttatttttaactcttgaaaagcctaaaaaatattcttaacttgtgagcaatgtgaaacaggcccaaggttcatatttagtccacaggtt
s panTro2.chr21  16075833 98 +  46489110 ccttctcttttatttttaactcttgaaaagcctaaaaaatattattaacttgtgagcaatgtgaaacaggcccaaagttcatatttagtccacaggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653243 98 +  48394510 ccttcttttttattttcaactcttgaaaagcctaaaaaatattcttagcttgtgagcaatgcaaaacaggtccaaagttcatatttagtccacaggtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504237 95 - 196418989 cctt---ttttattttcaactcttgaaaagcctaaaaactgttcttagcttgcgagcaatataaaacaggcccaaggttcgtatttagtacacaggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653341 33 +  48394510 gtagtttg-----cttgaactctgTAGAAACGAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504332 38 - 196418989 gtagtttgcctcccttgAACTCCGTAGAACTGAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653374 39 +  48394510 GGAAGCAGAGGAAGCAGGTCTCAGAAAGTAGGACTCC-------------------------------AC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504370 70 - 196418989 AGAAGCAGGGGAAGCAGGTCTCAGAAAGTAGGACTCCTTACAGTCTTTACCACTTTATGAAAACAACAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504440 65 - 196418989 AGAGGGCGCTTTAGAGCCACAAAGTTGGAAATGCTAACAGGGCTCATCACTCTTTTCTAAAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=221905.000000
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s panTro2.chr21  16076068 55 +  46489110 CATGAAAACTTGTTTTACTTAAAACAGAGCAATAGAAAAAGGTGAGTCAAGTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17349439 15 +  48129895 ATACCAATTTAACAT
s panTro2.chr21  16076123 15 +  46489110 ATACCAATTTAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653533 15 +  48394510 ACACCAATTTAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504560 15 - 196418989 ATGCCAATTTAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17349454 29 +  48129895 TGGGAAAAAAAGAATAAGGAGTACCAGAA
s panTro2.chr21  16076138 29 +  46489110 TGGGAAAAAAAGAATAAGGAGTACCAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653548 29 +  48394510 TGGGAAAAAAAGAATAAGGAGTACCAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504575 29 - 196418989 TGGGGAAAAAAGAAAAAGGAGTACCAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-52870.000000
s hg19.chr21     17349483 38 +  48129895 ATCCTTATAGATTAAAGA-ATACTTGAGAGACATACTCT
s panTro2.chr21  16076167 38 +  46489110 ATCCTTATAGATTAAAAA-ATACTTGAGAGACATACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653577 37 +  48394510 ATCCTTATAGATTAAA-A-ATACTTGAGAGACATACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504604 39 - 196418989 ATCCTTACAGATTAAAAACATTCTCGAGAGACATACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=585570.000000
s hg19.chr21     17349521 46 +  48129895 CAAAGAAATAAACACTGTAA-CCTAATATTTGAAAACAAAATATGTT
s panTro2.chr21  16076205 46 +  46489110 GAAAGAAATAAACACTGTAA-CCTAATATTTGAAAACAAAATATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653614 45 +  48394510 CAAAGAAATAAACACTGTAACCCTAATATTTGAAA--CAAATAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165504643 42 - 196418989 CAAAGAAATAAACACTGTAA-CCTAATATTTGAAAACAAAATA----
i rheMac2.chr3  C 0 I 142

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s hg19.chr21     17349567 16 +  48129895 AAGAATATGATAAAAA
s rheMac2.chr3  165504827 16 - 196418989 aagaaTATGATAAGAA
i rheMac2.chr3  I 142 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16076251 16 +  46489110 AAGAATATGATAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17349583 163 +  48129895 GTGTGAGTGACCAACGCACATTAGAATAATGAAAACACAGAAATGTACTAAAATACACTACTCTGAAGAAATGTTTGCAAAGTTTTTTTGTGTATATGCACGCATATATAAAATAGGTTTATTGAATGAATGCTGATTTCCATTGTCAAATGTGAGCCTAAAA
s rheMac2.chr3  165504843 162 - 196418989 GTGTGAGTGACCAACATACATTAGAATAATGAAAACACAGAAATGTACTAAAATATACTATTCTGAAGAAATGTTTGC-AGTTTTTTTTGTGTACATGCACACATGTATAAAATAAGTTGATTGAATGAATGCTGATTTCCATTGTCAAACGTGAACCTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653674 161 +  48394510 --GTGTGTGAACAACACACATTAGAATAATGAAAACACAGAAATGTACTAAAATACACTACTCTGAAGAAATGTTTGCAAAGTTTTTTTGTGTACATGCACGCATATATAAAATAAGTTTATTGAATGAATGCTGATTTCCATTGTCAAATGTGAGCCTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16076267 163 +  46489110 GTGTGAGTGACCAACGCACATTAGAATAATGAAGACACAGAAATGTACTAAAATACACTACTCTGAAGAAATGTTTGCAAAGTTTTTTTGTGTATATGCACGCATATATAAAATAAGTTTATTGAATGAATGCTGATTTCCATTGTCAAATGTGAGCCTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165505005 86 - 196418989 AATTAACTCTCCCTCTTTAGTCTTTTGTATCGAAAAGAGGATCTCTGGGTTTTGTAAAGCATATGATGAAATACTGTCTTAATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653835 86 +  48394510 AATGAACCCTCCCTCTTTATGCTTTTGTATCTAAAAGAGGATCTCTGGGTTTTATAAAGCATATAATGAGATACTGTCTTAATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16076430 86 +  46489110 AATTAACCCTCCCTCTTTATGCTTTTGCATCTAAAAGAGGTTCTCTGGGTATTATAAAGCATATAATGAGATACTGTCTTAATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-148440.000000
s hg19.chr21     17349832 13 +  48129895 CTGTCTC-----TTATCA
s rheMac2.chr3  165505091 18 - 196418989 CTATCTCTTCTCTTACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17349845 104 +  48129895 GGTATTTTGTCT--GAGAGAATTTCCTGATTTTTGAAGCCATCTAATAATTGGAGTATGTACTAAACAGATAGGAATTTATTTTGTGAGAAATTTTATTGAACAGG
s rheMac2.chr3  165505109 102 - 196418989 GGTATTTTAA----GAGAGAATTTCCTGATTTTTGAAACCATCTAATGATTGGAGTATGTACTAAACAGATGGTAGTTTATTTCGTGAGAAATTTTATTGAACAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15653939 106 +  48394510 GGTATTTTGTCTAAGAGAGAATTTGCTGATTTTTGAAGCCATCTAATAATTGGAGTATGTACTAAACAGATAGGAATTTATTTTGTGAGAAATTTTATTGAACAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16076529 104 +  46489110 GGTATTCTGTCT--GAGAGAATTTCCTGATTTTTGAAGCCATCTAATAATTGGAGTGTGTACTAAACAGATAGGAATTTATTTTGTGAGAAATTTTATTGAACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=609881.000000
s hg19.chr21     17349949 47 +  48129895 TACATGATAATAGAAATAATGTTTGTAAGTTCAGAAGTTAGAATAAA
s rheMac2.chr3  165505211 45 - 196418989 TACATGATAATAGAAATAATATTTACAAGTTCAGAAGTTAGAATA--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15654045 47 +  48394510 TACATGATAATAGAAATAATGTTTGTAAGTTTAGAAGTTAGAATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16076633 47 +  46489110 TACATGATAATAGAAATAATGTTTGTAAGTTCAGAAGTTAGAATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=359514.000000
s hg19.chr21     17349996 57 +  48129895 TTAACCCTATTTTCAATAAGCAAATTATATGAGTGAGATGGATATTTTCTTACATTC
s panTro2.chr21  16076680 57 +  46489110 TTAACCCTATTTTCAATAAGCAAATTATATGAGTGAGATGGATATTTTCTTACATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15654092 57 +  48394510 TTAACCCTACTTTCAATAAGCAAATTATATGAGTGAGATGGATATTTTCTTACATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165505256 55 - 196418989 --AACCCTGTTTTCAATAAGCAAATTATATGAGTGAGATAGATATTTTCTTACATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17350053 14 +  48129895 ATTTCTTCATTATT
s panTro2.chr21  16076737 14 +  46489110 ATTTCTTCATTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165505311 14 - 196418989 ATTTCTTCATTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=10694025.000000
s hg19.chr21     17350067 307 +  48129895 GTTTTGATCGAGTCTCAAAGGATGATTAAATCTGTTGAATTTTATCAAATTTATCATTTATCTGAAAGATGACCTTTTCTAAACTACATAGTGCACTT---------TATGAATGTGCACCATTCTGGGAGGAGAGGATTTCCACTTTTCTAATATTACACTTCTTGTAATCAATGCTGTTCTCTGGAGGATTTTTGTTTCATGGACTAGATGTTCTTTGTAAATTCTCAACATGACCTAATATAAAAATCAATACATCTTTAGGTAAGTTCATTTCTATTATTAGATCTGGCTGTAGCTTCACGCTAACGTGTTT
s panTro2.chr21  16076751 316 +  46489110 GTTTTGATCAAGTCTCAAAGGATGATTAAATCTGTTGAATTTTATCAAATTTATCATTTATCTGAAAGATGACCTTTTCTAAACTACGTAGTGCACTTAATCCATTATATGAATGTGCACCATTCTGGGAGGAGAGGATTTCCACTTTTCTAATATTACACTTCTTGTAATCAATGCTGTTCTCAGGAGGATTTTTGTTTCATGGACTAGATGTTCTTTGTAAATTCTCAACATGACCTAATATAAAAATCAATACATCTTTAGGTAAGTTCATTTCTATTATTAGATCTGGCTGTAGCTTCACGCTAACGTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15654163 316 +  48394510 GTTTTGATCAAGTCTCAAAGGATGATTAAATCTGTTGAATTTTATCAAATTTATCATTTATCTGAAAGATGACCTTTTCTAAACTACGTAGTACACTTAATCCATTATATGAATGTGCACCATTCCAGGAGGAGAGGATTTCCACTTTTCTAATATTACACTTCTTGTAATCAATGCTGTTCTCAGGAGGATTTTTGTTTCATGGACTAGATGTTCTTTGTAAATTCTCAACATGACCTAATATAAAAATCAATACATCTTTAGGTAAGTTCATTTCTATTATTAGATCTGGCTGTAGCTTCACGCTAACGTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165505325 316 - 196418989 GTTTTGATCAAGTCTCAAAGGATGATTAAATCTGTTGAAATTTATCAAAGTTATCATTTATCTGAAAGATGACCTTTTCTAAACTACATAGTGCACTTAATCCATTATATGAATGCGCACCATTGTGGGAGGAGAGGATTGCCACTTTTCTAATATTACACTTCTTGTAATCAATGCTGTTCTCAGGAGGATTTTTGTTTCATGGACTAGATGTTCTTTGTAAATTCTCAACATGACCTAATATAAAAATCAATGCATCTTTAGGTAAGTTCATTTCTATTATTAGATCTGGCTGTAGCTTCACGCTAACGTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4964431.000000
s hg19.chr21     17350374 299 +  48129895 CGAAATATAAGCAGCTCCCTACCACAGGGCATGGCTTTTTCCCGGTAATGTATTAAATTTCATTATGGTAGAAACCATTACAACAAAAATAAAATCCACTACAGTCTCCCAGCTCTAGCAGATTGCCAGCAATGTGTTTGCTTTAATGTTCTCATTACAATATTTATCTTGATTAAGGCAAAAATGCTTTTGTCCAGGTCGTATCTCTATTAGTGATCTCTCTCCACAACAACAGAACATGGGGTTCCTGGCTTAGCAAGGACTGAAGGAAACACTTTACCGTGACACTTGAGTGAGGA
s panTro2.chr21  16077067 299 +  46489110 CGAAATATAAGCAGCTCCCTACCACAGGGCATGGCTTTTTCCTGGTAATGTATTAAATTTCATTATGGTAGAAACCATTACAACAACAATAAAATCCACTACAGTCTCCCAGCTATAGCAGATTGCCAGCAATGTGTGTGCTTTAATGTTCTCATTACAATATTTATCTTGATTAAGGCAAAAATGCTTTTGTCCAGGTCGTATCTCTATTAGTGATCTCTCTCCACAACAACAGAACATGGGGTTCCTGGCTTAGCAAGGACTGAAGGAAGCACTTTACCATGACACTTGAGTGAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15654479 299 +  48394510 CGAAATATAAGCAGCTCCCTACCACAGGGCAAGGCTTTTTCCTGGTAATGTATTAAGTTTCATTATGGTAGAAACCATTACAACAACAATAAAATCCACTACAGTCTCCCAGCTCTAGCAGATTGCCAGCAATGTGTGTGCTTTAATGTTCTCATTACAATATTTATCTTGATTAAGGCAAAAATGCTTTTGTCCAGGCCATATCTCTATTAGTGATCTCTCCCCACAACAACAGAACATGGGGTGCCTGGCTTAGCAAGGACTGAAGGAAGCACTTTACCGTGACACCTGAGTGAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165505641 293 - 196418989 CGAAATATAAGCAGCTCCCTACCATAGGGCATGGCTTTTTCCTGGTAATGTATTAAATTTCATTATGGTAAAAACCATTAC------AATAAAATCCACTACAGTCTCCCAGCTCCAGCAGATTGCCAGCAATGTGTGTGCTTTAATGTTCTCATTACAATATTTATCTTGATTAAGGCAAAAATACTTTTGTCCAGGCTGTATCTCTATTAGTGATCTCTCCCCACAACAACAGAACATGGAGTTCCTGGCTTAGCAAGGACTGAAGGAAGCACTTTACCATGACACTTGAGCGGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-64969.000000
s hg19.chr21     17350673 60 +  48129895 CAGACAGGTAAACGACTGGGAGCTTAGAGCAGAAGGAAGGAAAGCCATGCACACAGCACT
s panTro2.chr21  16077366 60 +  46489110 CAGACAGATAAACGACTGGGAGCTTAGAGCAGAAGGAAGGAAAGCCATGCACACAGCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15654778 60 +  48394510 CAGACAGACAAATGACTGGGAGCTTAGAGCAGAAGGAAGGAAAGCCATGCACCCAGCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327156.000000
s hg19.chr21     17350733 51 +  48129895 AGTTACAAGATAGATTAGCATGAACAATGTATTTCACAGACTAAGAAAATG
s panTro2.chr21  16077426 51 +  46489110 AGTTACAAGATAGATTAGCATGAACAATGTATTTCACAGACTAAGAAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15654838 51 +  48394510 AGTTACAAGATAGATTAGCATGAACAATGTATTTCACAGACTAAGAAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165505994 51 - 196418989 GGTTACAAGATAGATTAGCATGAACAATGTATTTCACAGACTaagaaaatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=919960.000000
s hg19.chr21     17350784 62 +  48129895 ATGATTAATTCTACATTTGGCCTATTCTTGAAGAAACTTGCCCAAATTGAACAAAAGGTGCC
s panTro2.chr21  16077477 62 +  46489110 ATGATTAATTCTACATTTGGCCTATTCTTGAAGAAACTTGACCAAATTGAACAAAAGGTGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15654889 62 +  48394510 ATGATTAATTCTACATTTGGCCTATTCTTGAAGAAACTTGCCCAAATTGAACAAAAGGTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1082104.000000
s hg19.chr21     17350846 88 +  48129895 AAAAGAAGCCCTGGGGACATTTGAGGTCTGCTTTATTTTATTCCCTTTTTGACCAGGGAGGTGATTAAGTAAGCTCCAACTTGGTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506107 87 - 196418989 AAAAGAATCCCTGGGGGCGTTTAAGGTCTGCTTTATTTTATTCCCTTTTTGACCGGGGAGGTGATTAAGTAC-CTGCAACTTGGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2071625.000000
s hg19.chr21     17350934 141 +  48129895 TTTAGCCATCATTAGAGCATTCCAGCACAAGGAAAGAATTTAGAGGCTCTTTGAAGTGGTTGTAGAAAGATTTGCATTGAACTATACTCCTCCTAGAATTGAGAGTATTTGGAATACTTTAGTGACTGAGGTTTCTATTCA
s panTro2.chr21  16077627 141 +  46489110 TTTAGCCATCATTAGAGCATTCCAGCACAAGGAAAGAATTTAGAGGCTCTTTGAAGTGGTTGTAGAAAGATTTGCATTGAACTATACTCCTCCTAGAATTGAGAGTATTTGGAATACTTTGGTGATTGAGGTTTCTATTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655039 140 +  48394510 TTTAGCCATCATTAGAGCATTCCAGCACAAGGAAAGAATTTAGAGGCTCTTTGAAGTGGTTGTAGAAAGATTTGCATTGAACTATACTCCTCC-AAAATTGAGAGTATGTGGAATACTTTAGTGATTGAGGTTTCTATTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506194 141 - 196418989 TTTAGCCATCATTAGAGCATTCCAGCACAAGGAAAGAATTTAGAGGCTCTTTGAAGTGGTTGTAGAAAGATTTGCATTGAACTACACTCCTCCTAGAATCCAGAGTATGTGGAATACTTCAGTGACTGAGGTTTCTATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=445208.000000
s hg19.chr21     17351075 34 +  48129895 TCTTACTCTTCCATCAGAGCACAACTTTTTGTAA
s panTro2.chr21  16077768 34 +  46489110 TCTTACTCTTCCATCAGAGCACAACTTTTTGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655179 34 +  48394510 TCTTACTCTTCCATCAGAGCACAACTTTTTGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506335 34 - 196418989 TCTTACTCTTCCCTCAGAGGACAACTTTTTGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=356923.000000
s hg19.chr21     17351109 32 +  48129895 TTCTTATGTGTATTTGGATGTGTGTGGCTTTT
s panTro2.chr21  16077802 32 +  46489110 TTCTGATGTGTATTTGGATGTGTGTGGCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655213 32 +  48394510 TTCTTATGTGTATTTGGATGTCTGTGGCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506369 32 - 196418989 ATCTTACGTGTATTTGGATGTGGGTGGCGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=102894.000000
s hg19.chr21     17351141 41 +  48129895 TATTGGTCACCCACATTTTTCATTATCTATTAAAAATCTCA
s panTro2.chr21  16077834 41 +  46489110 TATTGGTCACCCACATTTTTCATTATCTATTAAAAATCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655245 41 +  48394510 TATTGGTCACCCACATTTTTCATTACCTATTAAAATTCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506401 41 - 196418989 TATTGGTCACCCACATTTTTCATTATGTATTAAAAATCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=270882.000000
s hg19.chr21     17351182 12 +  48129895 TTCATATTCTAG
s panTro2.chr21  16077875 12 +  46489110 TTCATATTCTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655286 12 +  48394510 TTCATATTCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506442 12 - 196418989 TTCATAATCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=382664.000000
s hg19.chr21     17351194 40 +  48129895 CTTCTTAATGATGTGTTTGATTGAAATAGTCAGGCTATGT
s panTro2.chr21  16077887 40 +  46489110 CTTCTTAATGATGTGTTTGATCGAAATAGTCAGGCTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655298 37 +  48394510 ---CTTAATGATGTGTTTGATTGAAATAGTCAGGCTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506454 40 - 196418989 CTTCCTAATGATGTGTTTGATTGAAATAGTCAAGCTATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=625621.000000
s hg19.chr21     17351234 62 +  48129895 TTTTTCAAGTTTAGCATAGTGAAAAGAGAGATACTTTTGAAGCAAAATTATTATGCATATGC
s panTro2.chr21  16077927 62 +  46489110 TTTTTCAAGTTTAGCATAGTGAAAAGAGAGATACTTTTGAAGCAAAATTATTATGCATATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655335 59 +  48394510 TTTTTCAAGTTTAGCATAGTGAAAA---AGATACTTTTGAAGCAAAATTATTATGCATATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506494 62 - 196418989 TTTTTCAAGTTTAGCATAGTGAAAAGAGAGGTAGTTCTGAAGCAACATTATTGTACATATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1364694.000000
s hg19.chr21     17351296 127 +  48129895 AAGGGAGCTGTGAGTCAGCAAGTTAGCAGAAATTATTGGGGCCTGATCACAATGGCGGTGTGAGAGGTGTTCTCCAGGTGAGTTGGAAAGGGGCAAAAGGGCAGTTATAGGACACGATGGAGAAAAT
s panTro2.chr21  16077989 127 +  46489110 AAGGGAGCTGTGAGTCAGCAAGTTAGCAGAAATTATTGGGGCCTGATCACAATGGCGGTGTGAGAGGTGTTCTCCAGGTGAGTTGGAAAGGGGCAAAAGGGCAGTTATAGGACACGATGGAGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655394 127 +  48394510 AAGGGGGCTGTGAGTCAGCAAGTTAGCAGAAATTATTGGGGCCTGATTACAATGGCGGTGTGAGAGGTGTTCTCCAGGTGAGTTGGAAAGGGGCGAAAGGGCAGTTATAGGACACAATGGAGAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506556 127 - 196418989 AAAGGAGCTGTGAGTCAGCAAGTTAGCAGAAATTCTTGGGGCCTGATCACAATGGTGGTGTGAGAGGTGTTCTCCAGGTGAGTTGGAAAGGGGCGAAAGGGCAGTTAGAGGACACAATGGAGAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=947435.000000
s hg19.chr21     17351423 83 +  48129895 CAATCTTCAAAGCTTCATGATAAAATTTCAATATTTAGTTTGAATTATTTCCAGAATAATAGACGTGCTCAAAATAACGACAC
s panTro2.chr21  16078116 83 +  46489110 CAATCTTCAAAGCTTCATGATAAAATTTCAATATTTAGTTTGAATTATTTCCAGAATAATAGACGTGCTCAAAATAACGACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655521 83 +  48394510 CAATCTTCAAAGCTTCATGATAAAATTTCAATATTTAGTTTGAATTATTTCCAGAATAATAGACATGCTCAAAATAACGACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506683 83 - 196418989 CAATCTTCAAAGCTTCATTGTAAAATTTCAATATTTAGTTTGAATTATTTCCAGAATAATAGACATGCTCAAAATAACGACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151655.000000
s hg19.chr21     17351506 29 +  48129895 TAAAAATAGTCTTTAAAGACATGTAATTC
s panTro2.chr21  16078199 29 +  46489110 TAAAAATAGTCTTTAAAGACATGTAATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655604 29 +  48394510 TAAAAGTAGTCTTTAAAGACATGTAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506766 27 - 196418989 TAAAAATAGTCTTT--GGACATGTGATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=203362.000000
s hg19.chr21     17351535 31 +  48129895 TTGGATTGTCTGCAAGTTGGGTTAATAAGAA
s panTro2.chr21  16078228 31 +  46489110 TTGGATTGTCCGCAAGTTGGGTTAATAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655633 31 +  48394510 TTGGATTGTCTGCGAGTTGGGATAATAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506793 31 - 196418989 TTGGATTGTCTGCCAGTTGGGATAATAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=205918.000000
s hg19.chr21     17351566 52 +  48129895 CTGTTGTGTCCTTTGATAAGCACTGATAATTTTATTCCATTGTTTAATCTAA
s panTro2.chr21  16078259 52 +  46489110 CTGTTGTGTCCTTTGATAAGCACTGATAATTTTATTCCATTGTTTAATCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655664 52 +  48394510 CTCTTGTGTCCTTTGATAAGCACTGATAATTTTATTCCATTGTTTAATCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506824 52 - 196418989 CTCTTGTGTCCTTTGATTAGCACTGATAATTTTATTCCAATGGTTACTCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-41098.000000
s hg19.chr21     17351618 22 +  48129895 TTCTCATGTTGGTGTCCCATCA
s panTro2.chr21  16078311 22 +  46489110 TTCTCATGTTGGTGTCCCATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655716 22 +  48394510 TTCTCATACTGGTGTCCCATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506876 15 - 196418989 TTCTCATGTTGGTGT-------
i rheMac2.chr3  C 0 M 88

a score=328271.000000
s hg19.chr21     17351640 53 +  48129895 TTAAGATTTTGTAACATCACCTTGAATCTTAAAAGCAAAAGTATTCAAGATGG
s panTro2.chr21  16078333 53 +  46489110 TTAAGATTTTGTAACATCACCTTGAATCTTAAAAGCAAAAGTATTCAAGATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655738 53 +  48394510 TTAAGATTTTGTAACATCACCTTGAATCTTAAAAGCAAAAGTATACAAGATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165506891 88 - 196418989 M

a score=183358.000000
s hg19.chr21     17351693 24 +  48129895 GTCTTAAAATTCCATTGCTGTGTG
s ponAbe2.chr21  15655791 24 +  48394510 GTCTTAAAATTCCATTGCTGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16078386 24 +  46489110 GTCTTAAAATTCCATTGCTGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165506891 88 - 196418989 M

a score=214457.000000
s hg19.chr21     17351717 48 +  48129895 CCATGAGCATTTTTTTTGACATTTCATGTTCTATGATGCTTAAGGGGA
s ponAbe2.chr21  15655815 48 +  48394510 CCATGAGCATTTTTTTTGACATTTCATGTTCTATGATGTCTAAGGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16078410 48 +  46489110 CCATGAGCACTTTTTTTGACATTTCATGTTCTATGATACTTAAGGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165506891 88 - 196418989 M

a score=111048.000000
s hg19.chr21     17351765 24 +  48129895 AAACATCATGAAAATCATTACCCT
s ponAbe2.chr21  15655863 24 +  48394510 AAACATTATGAAAATCATTACCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16078458 24 +  46489110 AAATATCATGAAAATCATTACCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165506891 88 - 196418989 M

a score=106978.000000
s hg19.chr21     17351789 92 +  48129895 AATATTATTATCCAACATGGCTGCTCACAGGTTAGGAGGAAAAGCTCCAGGATTGTTGCAAGGGGATGGGGACTTACCTAGTGAAGAAGTAG
s panTro2.chr21  16078482 92 +  46489110 AATATTATTATCCAACATGGCTGCTCACAGGTTAGGAGGAAAAGCTCCAGGATTGTTGCAGGGGGATGGGGACTTACCTAGTGAAGAAGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655887 91 +  48394510 ACTATTATTGTCCAACATGGCTGCTCACAGGTTAGGAGGAAAAGCTCCAGGATTGTTGCA-GGGGATGGGGACTTACCTAGTGAAGAAGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165506979 92 - 196418989 AATATTATTATCCAACATGGCTGCTCACAGGTTAGGAGGAAAAGCTCCAGGATTGTTGCAGGGGGATGGCGACTCACCTAGTGAGGAAGTAG
i rheMac2.chr3  M 88 C 0

a score=6586.000000
s hg19.chr21     17351881 53 +  48129895 ACTAAAAGTTGAGAGTTGTTTTTTTAATCTCTTAAAGAGTTCTTTTTTtcact
s panTro2.chr21  16078574 53 +  46489110 ACTAAAAGTTGAGAGTTGTTCTTTTTATCTCTTGAAGAGTTCTTTTTTtcact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15655978 50 +  48394510 ACTAAAAGTTGAGAGTTGTTC-TTTAATCTCTT-AAGAG-TCTTTTTTtcact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165507071 41 - 196418989 ACTAAAAGTTGAGAGTTGTTCTTTTAATCTCTTAAAGAGTT------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=11352.000000
s hg19.chr21     17351934 53 +  48129895 cgcgtccacgtgaaaagaccgctgaacaggctttgtgtgagcaacaaggctgt
s panTro2.chr21  16078627 53 +  46489110 cgcatccatgtgaaaagaccaccaaacaggctttgtgtgagcaacaaggctgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15656028 51 +  48394510 cacgtccatgtg-agagaccaccaaacaggctttgtgtgagc-acaaggctgt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 13817
e rheMac2.chr3  165507112  0 - 196418989 C

a score=517992.000000
s hg19.chr21     17351987  5654 +  48129895  
s panTro2.chr21  16078680  5632 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165507112     0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  15656079 13817 +  48394510 I

a score=3678.000000
s hg19.chr21     17357641    38 +  48129895 gggatatgatggcttagcttgggctcagaggccggaca
s panTro2.chr21  16084312    38 +  46489110 gggatatgatggcttagcttgggctcagaggcctgaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165507112     0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  15656079 13817 +  48394510 I

a score=1222623.000000
s hg19.chr21     17357679   146 +  48129895 CTTTTGTATAAAGCTTATTTTTCTGAGGAGTGGTGAAGATTGTAATGATGGTCCCTTCTTGTACTCTTCCCCAGTTTTGCATGACAATTGGCTAGCAAATTTGTCAATATGGTGCAATTAGTCTTGATCCTCATGAACAAATAAAT
s panTro2.chr21  16084350   146 +  46489110 CTTTTGTATAAAGCTTCTTTTTCTGAGGAGTGGTGAAGATTGTAATGATGGTCCCTTCTTGTACTCTTCCTCAGTTTTGCATGACAATTGGCTAGCAAATTTGTCAATATGGTGCAATTAGTCTTGATCCTCATGAACAAATAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165507112   146 - 196418989 CTTTTGCATAAATCTTCTTTTTCTGAGGAGTGGTGAAGATTGTAATGACGGTCCCTTCTTGTACTCTTCCCCAGTTTTGCATGACAATTGGCTAGCAAATTTGTCAATATGGTCCAATTAGTCTTGATCCTCATGAACAAATAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15656079 13817 +  48394510 I

a score=138866.000000
s hg19.chr21     17357825    28 +  48129895 GAGAAATAAAAAAGAATATTGAAAT-----ATA
s rheMac2.chr3  165507258    33 - 196418989 GAGAAATAAAAAAGAATATTGAAATCAATTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16084496    33 +  46489110 GAGAAATAAAAAAGAACATTGAAATCAATTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15656079 13817 +  48394510 I

a score=66894.000000
s hg19.chr21     17357853    23 +  48129895 AATCCATAGACCATGCAAAACTG
s rheMac2.chr3  165507291    23 - 196418989 AATCCATAGTGCATGCAAAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16084529    23 +  46489110 AATCCATAGACCATGCAAAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15656079 13817 +  48394510 I

a score=225491.000000
s hg19.chr21     17357876    37 +  48129895 AGAACTATGGCCCATCCAGTGAGAGACCTAGATGCTA
s rheMac2.chr3  165507314    37 - 196418989 AGAACTATGGCCCATTCAGTGAGAGACCTGGATGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16084552    37 +  46489110 AGAACTATGGCCCATCCAGTGAGAGACCTAGATGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15656079 13817 +  48394510 I

a score=-288920.000000
s hg19.chr21     17357913    33 +  48129895 CAGGACAGATGACAGTAGCTACCTAGTTGAGGG
s rheMac2.chr3  165507351    33 - 196418989 CAGGACTGAAGATAGCAGCTACCTAGTTGAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16084589    33 +  46489110 CAGGACGGATGACAGTAGCTACCTAGTTGAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15656079 13817 +  48394510 I

a score=145029.000000
s hg19.chr21     17357946    20 +  48129895 AAACTTCTATTctgtggaaa
s panTro2.chr21  16084622    20 +  46489110 AAACTTCTATTctgtggaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165507384    19 - 196418989 -AACTTCTATTTAGTGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15656079 13817 +  48394510 I

a score=179238.000000
s hg19.chr21     17357966    34 +  48129895 gaaagtaagagtagcctttaggtgcccagtgata
s panTro2.chr21  16084642    34 +  46489110 gaaagtaagagtagcctttaggtacccagcgata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165507403    34 - 196418989 GAAAGTAAGTGTAGCCTTTAGGTGCCCAGTGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=749713.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=458252.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 349
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s hg19.chr21     17361568 12 +  48129895 CTTTTGAAGACC
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i rheMac2.chr3  I 5 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165515226 131 - 196418989 ACTTTTACAAATGAAAAATCTTAAATTGCCTTTATTCTATTTTCATCTAGAACTTTGTATTTCATCTGGATTATTTCAGTTGTCCTTGTGTTATAATAACCACAATTGCTACTGGATATGAATAGGTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 24

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15677042 43 +  48394510 ttttgtctttttttttttttttt---------tgagacagagtttcactctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165515409 24 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 24 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16092576 81 +  46489110 TTTGAACTTTTGCACAAGTTCTTGCCCACAATCTTCCTTACCTTGTAAATACTGAGTTACTTTCGCAAAAGTCAGCTCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15677583 227 +  48394510 GAGATAAGACTAAGGGGAAActattatagctgcaatttgaaaatactttttggaatgttttgatacaacacataagaaattatagattcctgattgaaacgtatattttaaaaagtgaaacaaatttacagaaaaattaattgagcgtgaaacaaaagcaaaaaaggtcaggaataaatttaattagttttttt-aataatgagaagcaaattgcatcaaaacatgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16093834 38 +  46489110 cgggtaatttttttgtatttttaatagagacggggttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165516789  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  165516789   0 - 196418989 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17368730 38 +  48129895 TTCTCTTTC--CCAGCATGCCTGCCACCCTGCAAATTATT
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s hg19.chr21     17368768 188 +  48129895 TTATACAAGTCTCactcatttggtcggtaaatatttattgaataactaactctgtgagtgccaggcatcatggcatattatcatgaggatatgaagaaacagattaaaaacttaacttgctcttgataaacccttggtctaatttgagaaaatagattatgaaaaatGGTCATGTTTTCAGCAAGTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16095834 70 +  46489110 tctgagtaatatgtgcccagcattgttctagatgctggggttaagacggttaaaaacaacagcaaaggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165519131 186 - 196418989 AATCTAAGACTAGGATTGAGAACTACGTAAGTAGAGTAACTAGAAAATAAGTAATAATGAAGATCATGAAATGCACCAGGGCATAGATGTTTTTACAACTGTGTCTCAGCACAACAGAAGAAAAAGCATGACCACTGATTCACTGAAATATCTGCAAAGTAGCAAGTCCCGACTCATTTAATTTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15681466 109 +  48394510 TGTGGAATATATGATGTATATTTGTATAGAGTATAC-----ATTTGTACATAATAAATTTGTATAGAGTATAC--TATATATGTATACAGTATACAATGTGTAAAATGCATAGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165519585 116 - 196418989 TAGGGAGTATATGATGTATATTTCTATAGCgtatacaatatatttgtatacaataaatttgtatagagtatacaatatatttgtatacagtatacaatGTGTAAAATGTATAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17370111 64 +  48129895 TACTATAATTGGTTAAGGATTAGCTACACTTCGGAGGAG-ATCTAGTTTACAAAATGACCAGATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165519701 65 - 196418989 TACTATAATTGGTTAAGGATTAGGTACATTTTGGAGGAGAATTTAGTTGACAAAATGACCATATT
i rheMac2.chr3  C 0 I 13

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 13 C 0

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s hg19.chr21     17370210 67 +  48129895 TGGGCTCAAACACAAAACTTGA-CCTCCAACTCTGAAACCTTTGCTCTGCAGAATTGTTGGCTCATCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15681674 68 +  48394510 TAGGCTCAAACACAAAACTTGATCCTCCAACTCTGAAACCTTTGCTCTGCAGGATTATTGGCTCATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=331375.000000
s hg19.chr21     17370277 84 +  48129895 CAGTAAGTGGTAGTTGAGTACACAGGAACTTACAAATAATTATGAAAACCCTTAACTTCTCAGAGTTGCTGAACAAAATGGGAT
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a score=170215.000000
s hg19.chr21     17370436 54 +  48129895 TCATAAGGGTACGTTGGCTTTCATCAGCCTGTAGCTTGCACATAGTTTATGAAT
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a score=425080.000000
s hg19.chr21     17370490 60 +  48129895 CTAGCAAAGGTCATGTTTAATCTGTGGAGTTGCTAGTTTTCATACATGTGGGAGGGAAAT
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a score=107563.000000
s hg19.chr21     17370550 31 +  48129895 ATTCAAAGGTGTTTGAATCATTCAAACTCTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16097379 54 +  46489110 CTATAATGTTCAACTATTCCTTTCTTTTTCCGTTCTCTTCTCCATTTCCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=576216.000000
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s rheMac2.chr3  165520340 77 - 196418989 ATTCTCTATTTCTCTGTTTTTGTGGGGAGAATATTTTATCCCTATTGTTTTCTGTTATACATTGATGGTCACATGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15682185 77 +  48394510 ATTCTCTATTTCTCCGTTTTTGTGGGGAGAATATTTTATCCCTGCTGTTTTCTGTTATGCATTGAGGTTCACACTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16097433 77 +  46489110 ATTCTCTATTTCTCCATTTTTGTGGGGAGAATATTTTATCCCTGCTGTTTTCTGTTATGCATTGAGGTTCACACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=597811.000000
s hg19.chr21     17370811 64 +  48129895 AAtagtatgtggcaaaatcaattaactggtactaaaacagctttttaaaaatgaaatagaaggg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15682262 64 +  48394510 AAtagtatgtggcaaaatcaattaactggtactaaaacagctttttaaaaatgaaatagaaggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16097510 64 +  46489110 AAtagtatgtggcaaaatcaattaactggtactaaaacagctttttaaaaatgaaatagaaggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-89689.000000
s hg19.chr21     17370875 78 +  48129895 aaataggaggataataccagattatctactgtatgtaataagaacagacattttttaaatgaaacattatgaatctgt
s rheMac2.chr3  165520481 78 - 196418989 aaataggaggacaatacccgattatctactatatgtagtaagaacagacattttttaaatgaaatattattaatctgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16097574 78 +  46489110 aaataggaggataataccagattatctactgtatgtaataagaacagacattttttaaatgaaacattatgcatctgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-208712.000000
s hg19.chr21     17370953 20 +  48129895 tgtgtgtgt--gtttatatata
s rheMac2.chr3  165520559 22 - 196418989 tatgtgtgtgtgtttttatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2412986.000000
s hg19.chr21     17370973 124 +  48129895 tgatactaaatgaattttttactgggagtcatagtaaaaagttaaaaaaccactgGATTAATGAGTGTTAAGGACTTGATAAAATTGTACAG-AATTATTTCAAGTAACATATTTTAAAAACTGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15682426 124 +  48394510 tgatattaaatgaattttttactaggagtcatagtaaaaagttaaaaaaccactgGAGTAATGAGTGTTAAGGACTTGATAAAATTGTACAG-AATTATTTCAAGTAACATATTTTTAAAACTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16097672 124 +  46489110 tgatattaaatgaattttttactgggagtcatagtaaaaagttaaaaaaccactgGATTAATGAGTGTTAAGGACTTGATAAAATTGTACAG-AATTATTTCAAGTAACATGTTTTAAAAACTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2017308.000000
s hg19.chr21     17371097 91 +  48129895 ACAGAGCATAAGCCATAAGCCAGGGCTTATGACTGTTTTCCCTATGGTGATTATTTGTTTTAAAATTTTTGTGGTAGCAGAATTTGGCCCT
s panTro2.chr21  16097796 91 +  46489110 ACAGAGCATAAGCCATAAGCCAGGGCTTATGACTGTTTTCCCTATGGTGATTATTTGTTTTAAAATTTTTGTGGTAGCAGAATTTGGCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15682550 91 +  48394510 GCAGAGCATAAGCCATAAACCAGGGCTTATGACTGTTTTCCCTATGGTGATTATTTGTTTTAAAATTTTTGTGGTAGCAGAATTTGGTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4152
s rheMac2.chr3  165520706 91 - 196418989 ACAGAGCATAAGCCATAAGCCAGGGCGTAAACATATTTTCCCTATGGTGATTATTTGTTTTAAAATTTTTGTGGTAGCAGAATTTGGCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1420130.000000
s hg19.chr21     17371188 69 +  48129895 GTTAACATTTACTATAATGTTCATTCATATTAAATATATTCAGGTTGGAATGGATTTACTTCACAGAAC
s panTro2.chr21  16097887 69 +  46489110 GTTAACATTTACTATAATGTTCATTCATATTAAATATATTCAGGTTGGAATGGATTTACTTCACAGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15686793 69 +  48394510 ATTAACATTTACTATAATGTTCATTCATATTAAATATATTCATCTGGGAATCTAGTCATACCACTGACC
i ponAbe2.chr21 I 4152 C 0
s rheMac2.chr3  165520797 69 - 196418989 GTTAACATTTACTATAATGTTCATTCATATTAAATATATTCAGGTTGGAATGGATTCGCTTCACAGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=754012.000000
s hg19.chr21     17371257 32 +  48129895 AATCTGGCCCTCAGGAAAAAGGTGAAATGAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15686862 32 +  48394510 AATCTCGCCCTCAGGAAAAAGGTGAAATGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165520866 32 - 196418989 AATCTGGCCCTCAGGAAAAAGGTGAAATAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-236056.000000
s hg19.chr21     17371289 29 +  48129895 GGaatttttt------ttttttttaaatattCATA
s rheMac2.chr3  165520898 22 - 196418989 GGA------T------TTTTTTTTAA-TATTCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15686894 34 +  48394510 GGattttttttttttcttttttttaa-tattCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=498021.000000
s hg19.chr21     17371318 52 +  48129895 CCCAGGATCCCAGACAGCTTTCTCTTTTGGGATTTGCCTTACGCCTTCCTAT
s rheMac2.chr3  165520920 52 - 196418989 CCTAAGATCCCAGACAGCTTTCTTTTTGGGGATTTGCCTTACACCTTCCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15686928 52 +  48394510 CCCAGGATCCCAGACAGCTTTCTCTTTTGGGATTTGCCTTACCCCTTCCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=303984.000000
s hg19.chr21     17371370 27 +  48129895 CCAGTATACTCTTCCACATAAGATTTA
s rheMac2.chr3  165520972 27 - 196418989 CTAATATACTCTTCCACATAAGATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15686980 27 +  48394510 CCAATATACTCTTCCACATAAGATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1580005.000000
s hg19.chr21     17371397 131 +  48129895 TCTTAAAAGTCATTTTCCTC-AAGAAACATTTTCTTACCAATAA-TTCAT-GTACCAACTTACT-AATAACACACTTAACATAAAAAG-GACAGA-TGTGGTCTTCT-ATTAAT-AAAATGAGAGACTTG-CCTGCTCTT
s rheMac2.chr3  165520999 129 - 196418989 TTTTAAAAGTCATTTTCCTC-AAGAAAAAATTTCTTACTAATAA-TTCAT-GTACCAACTTACT-AAAAACACAC--AACATAAAAAT-GACAGG-TGTGGTCTTAT-ATTAAT-AAAATGAGAGACTTG-CCTGCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687007 140 +  48394510 TTTTAAAAGTCATTTTCCTCAAAGAAAAATTTTCTTACCAATAAGTTCATGGTACCAACTTACTGAATAACACACTTAACATAAAAAATGACAGAGTGTGGTCTTATAATTAATAAAAATGAGAGACTGGCCCTGCTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s panTro2.chr21  16098095 131 +  46489110 TCTTAAAAGTCATTTTCCTC-AAGAAAAATTTTCTTACCAATGA-TTCAT-GTACCAACTTACT-AATAACACACTTAACATAAAAAG-GACAGA-TGTGGTCTTCT-ATTAAT-AAAATGAGAGACTTG-CCTGCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17371528 155 +  48129895 GTTTTGGGATT-AAATGTTTTATTATTTC-----TTTTTTTTCAATCATTCTTTTACAGTAATTGTGTGGGAA-----CAAAAGTGATAATGATTTGTAAAATTCTTATTTATATTTAAGAAATCCATTTCAGAGTTCTGTCTG-AAGTAAAAAGAGTAAAAGCTCC
s panTro2.chr21  16098226 155 +  46489110 GTTTTGGGATT-AAATGTTTTATTATTTC-----TTTTTTTTCAATCATTCTTTTACAGTAATTGTGTGGGAA-----TAAAAGTGATAATGATTTGTAAAATTCTTATTTATATTTAAGAAATCCATTTCAGAGTTTTGTCTG-AAGTAAAAAGAGTAAAAGCTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687148 167 +  48394510 GTTTTGGGATTAAAATGTTTTATTATTTCCTTTATTTTTTTTCAATCTTTCTTTTACAGTAATTGTGTGAGGAANNNNTAAAAGTGAGAATGATTTTTAAAATTCTTATTTATATTTAAGAAATCCATTTCAGATTTTTGTCTGAAAGTAAAAAGAGTAAAAGCTCC
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  165521128 152 - 196418989 GTATTGGGatt-aaatgtttta--attt------ttattttttaatCATTCTTTTACAGTAATTGTGTGGGAA-----TAAAAGTGAGAATGATTTGTAAAATTCTTATTTATATTTAAGAAATCCCTTTCAGAGTTTTGTCTG-AAGTAAAAAGAGTAAAAGCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=355558.000000
s hg19.chr21     17371683 29 +  48129895 ACATGCCAAATAATTACTTGGTTATTTTT
s panTro2.chr21  16098381 29 +  46489110 ACATGCCGAATAATTACTTGGTTATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687315 29 +  48394510 ACGTGCCAAATAATTACTTGGTTATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165521280 29 - 196418989 ATATGCTGAATAATTACTTGGTTATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=157545.000000
s hg19.chr21     17371712 47 +  48129895 AAGCTAGTATAGAGATTAATCAAGAAGTTACTGGGAA-CTTAC-TGTTT
s panTro2.chr21  16098410 47 +  46489110 AAGCTAGTATAGAGATTAATCAAGAAGTTACTGGGAA-CTTAC-TGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687344 49 +  48394510 AAGCTAGTGTAGAGATTAATCAAGAAGTTACTGGGAATCTTACTTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165521309 43 - 196418989 AAGCTAGTACAGAGATTAATCAAGAAGTTACTGGGAA-CTTAC-T----
i rheMac2.chr3  C 0 I 102

a score=199874.000000
s hg19.chr21     17371759 55 +  48129895 GAAATTT-ATAGATGTGTATTCCCCATTTG-CCCTGGTC--GACCATTCCCATTCGCTA
s panTro2.chr21  16098457 55 +  46489110 GAAATTT-ATAGATGTGTATTCCCCATTTG-CCCTGGTC--GACCATTTCCATTTGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687393 59 +  48394510 GAAATTTAATAGATGTGTATTCCTCATTTGNCCCTGGTCNGNACCATTCCCATTTGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165521454 55 - 196418989 GAAATTT-ATAGATGTGTATTCCTCATTTG-CCCTGGTC--GACCATTCCCATTTGCTA
i rheMac2.chr3  I 102 C 0

a score=582912.000000
s hg19.chr21     17371814 96 +  48129895 CCAACCTTATAAATCCTTTGAATATGTACTCGCAATGAATAAACATAATGAATTATTACTCTGGGGGTACTCAAAAAATTTTGTTGGG-AAAATGGA
s panTro2.chr21  16098512 96 +  46489110 CCAACCTTATAAATCCTTTGAATATGTGCTCGCAATGAATAAACATAATGAATTATTACTCTGGGGGTACTCAAAAAATTTTGTTGGG-AAAATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687452 97 +  48394510 CCATCCTTATAAATCCTTTGAATATGTACTCGCAATGAATAAACACAGTGAATTATTACTCTGGGGGTACTCAAAAAATTTTGTTGGGAAAAATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165521509 96 - 196418989 CCAACCTTATAAATCCTTTGAATATGCACTCGCAATGAATAAACATAATGAATTATTACACTGGGGGTACTCAAAAAATTTTGTTGGG-AAAATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=374588.000000
s hg19.chr21     17371910 62 +  48129895 CTTCTTGTGCC---AAGACTCAATCAGTGTTAGCAGAAACCACAG-AGAGACACAGAATA-TTTGAG
s panTro2.chr21  16098608 62 +  46489110 CTTCTTGTGCC---AAGACTCAATCAGTGTTAGCAGAAACCACAG-AGAGACACAGAATA-TTTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687549 64 +  48394510 CCTCTTGTGCC---AAGACTCAATCAGTGTCAGCAGAAGCCACAGTAGAGACACAGGATATTTTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165521605 65 - 196418989 CTTCTTGTGGCCTTAAGACTCAATCAGTGTTAGCAGAAACCAcac-agagacacagaatg-tttgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=360206.000000
s hg19.chr21     17371972 121 +  48129895 TT-TAAATGG----CCTCAGAGATCTTAACTTAGGGATTTGGACTTTGTGACCAACAGCTCACAGGTTCAGGGCCTATCCACGGCCATGGACTCAGAGGAAG-AGTGGTCCTCAAACCCAGGACTTC
s panTro2.chr21  16098670 121 +  46489110 TT-TAAATGG----CCTCAGAGATCTTAACTTAGGGATTTGGACTTTGTGACCAACAGCTCACAGGTTCAGGGCCTGTCCACGGCCATGGACTCAGAGGAAG-AGTGGTCCTCAAACCCAGGACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687613 127 +  48394510 TTCTAAATGAGAGCCCTCAGAGATCTTAATTTAGGGATTTGGACTTTGTGACCAACAGCTCACAGGTTCAGGGCCTGTCTACGGCCATGGACTCGGAGGAAGAAGTGGTCCTCAAACCCAGGACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165521670 121 - 196418989 ct-gaaaggg----cctcagagatcttaatttagGTCTTTGGACTTCGTGACCAACAGCTCACAGGTTCAGGGCCTGTCCACAGCCATAGATTCAGAGGAAG-AGTGGTCCTCAAACGCAGGACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=421358.000000
s hg19.chr21     17372093 76 +  48129895 TGAGTTCAGTTAAGGACTAGTTCTAATAACAGTTGTTTCAGATCTCCCGAAATACTCTCAAACAGGCT-GTGATAAT
s panTro2.chr21  16098791 76 +  46489110 TGAGTTCAGTTAAGGACTAGTTCTAATAACAGTTGTTTCAGATCTCCCGAAATACTCTCAAACAGGCT-GTGATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687740 77 +  48394510 TGAGTTCAGTTAAGGACTAGTTCTAATAACAGTTGTTTCAGATCTCCTGAAGTATTCTCAAACAGGCTAGTGATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165521791 76 - 196418989 TTAGTTCAGTTAAGGACTGGTTCTAATAACAGTTGCTTCAGATCTCCCAAAATACTCTCAGGCAGGCT-GTGATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=236943.000000
s hg19.chr21     17372169 51 +  48129895 GTACCCCCAAGATAAGAGCACAGCCAGGTG-TGGCTAGCCACAAACA-----CAACT
s panTro2.chr21  16098867 46 +  46489110 GTACCCCCAAGATAAGAGCACAGCCAGGTG-TGGCTAGCCACACAC----------T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15687817 52 +  48394510 GTACCCCCAAGATAAGAGCACAGGCAGGTGTTGGCTAGCCGCAAACA-----CAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132688.000000
s hg19.chr21     17372220 34 +  48129895 ATGTAGACAAATA-TTCTACCACGAAAG-TTTATAC
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a score=394231.000000
s hg19.chr21     17372254 51 +  48129895 AAATGTGCACATACTTAATGGTGTTTCTAGATACTTTCAATTACATAAGAT
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a score=559491.000000
s hg19.chr21     17372305 104 +  48129895 TAGCTAAATCTTAGATGCCAGGAAAGTGGATTGTAATTTTTTTCTGACTTAGTGAACCCCCAGACACATGACTGCGTAACTCTGTGAGTGTGTATACGCAGCAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=59985.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165523315 63 - 196418989 taaaaaggaatgagatcatgtcctttgtagggatatggatgaagctggaa-gcatcatcctcag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=104254.000000
s hg19.chr21     17373752 69 +  48129895 cacatggacacagggaggggagcaacacacactggggcctgtcagagggaagtaggagagggagagcat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17373924 46 +  48129895 gtgcagaagtacgtgtgtcccagaact-----taaaatt--------aaaaaataaaaa
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s hg19.chr21     17373970 18 +  48129895 aaa----ATTTATGGTAGAACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 5
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 5 C 0
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i rheMac2.chr3  I 10 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17376171 156 +  48129895 aaat-accagtgacttacagcaacaatattttatttctcattctgctacacggtcctctgggttgatcctagtgtgattccacgttgtcttcactctggactccagc-tcatggagcagtgtttctctgcaatattctaatctcatagaacaggagta
s rheMac2.chr3  165526140 144 - 196418989 -----atcagtgacttacagcaacactattttatttctcattctgctgtgcggtcctccgggttga--------tgattccatgttgtcatcactctggactccagc-tcatggatcagcccttctctgcaatattctaatctcatagaataggagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15691928 158 +  48394510 AAGTGACcagtgacttacagcaacactattttatttctcattctgctacatagtcctctgggttgatcctagcgtgattccatgttgtcttcactctggaccccagcttcctggagcagcccttctctgcaatattctaatctcatagaataggagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16102868 156 +  46489110 aaat-accagtgacttacagcaacaatattttatttctcattctgctacacggtcctctgggttgatcctagtgtgattccacgttgtcttcactctggactccagc-tcatggagcagtgtttctctgcaatattctaatctcatagaacaggagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16103024 109 +  46489110 aaaagaaagtgccagactacatagtggctcttaaaatttctgtttgctggtgacatgtgtcacttctgcccacttttcacaagtcatacgaccaaggctgat-attagtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15692086 110 +  48394510 aaaagaatgtgccagactacatagtggctcttaaaatttctgtttgctggtgacatgtgtcacttctgcccacttttcacaagtcatacaaccaaggctgataatcggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165526284 109 - 196418989 aaaagaaaatgccagactgcatagtggctcttgaaatttctgtttgctggtgacacgtgttacttctgcctacttttctcaagtcatgcgaccaaggctgat-atcagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16103376 132 +  46489110 ataggctcttggaaactgactgagtgaaaagatgcatg----gcgaaaccaatcttcccacaggctacttggtataaacaagagttaagttcctacagcatattttgatcacaaaaacatcagcaaacttctaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165526636 132 - 196418989 ataggctcttggaaactgactgagtggaaagatgcata----gggaaaccaattttcccataggctacttggtataaataagagttaagttcctacagcacattttgatcacaaaaacatctgcaaacttttaact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165526768 263 - 196418989 aaagactaaaacacttctaatattaaatattataataaatgtgagcaatgtatgcatttaagaaagattaataaaaacaagtaagataattatttacccgtttatttcagttcagggttgtgggtgtccaaagcctatggggacagcttagagcacaacacaggaaccaaccctagacaggatgccatcccatcaaagggcccactgacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactcagactgggaccatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16103995 305 +  46489110 ATTCtttttttttttttttttttttttttttttgagacggagtctctctctctcgcccaggctggagtgcagtggcacgatctcggttcactgcaagctccgcctcctgggctcccgccattctcctgcctcagcctcccaagtatctgggactacaggcaaccgccaccacgcccggctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctagtgatccgcccgccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15693429 41 +  48394510 CCTTGTTAGAATCAACTGTAGGTCTTAGAAGACTACTTTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15693470 25 +  48394510 TGAATATAGTGTTTTAAATTTACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16104578 20 +  46489110 AATAATTTATGATTTTT-TTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17377884 41 +  48129895 CATAAAACTTTTAGACTAAGGCTGGTAAGCTAACAGGTGAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165527573 110 - 196418989 ATGATTGCCATGTTCCTGTGGAGGGTTCAGATTTGGAAATAATTAGCTTAGATAATGAATAATGTAAAGACTGAGAATTTAAATTTTATGACTCTTTTTTTCTCTTTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16104920 25 +  46489110 AACTAGATATGACTAAAATATCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165527856 25 - 196418989 AACTAGATATGATTAAAATATCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=372869.000000
s hg19.chr21     17378232 41 +  48129895 CCCTAATA-TTTGAATTTTAAACAACTTAAAGCATGTATAGC
s panTro2.chr21  16104945 42 +  46489110 CCCTAATACTTTGAATTTTAAACAACTTAAAGCATGTATAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17378273 46 +  48129895 TATCTTGTCCATTATTATTATACTTGTGAGACAAATTTGCAAAGTA
s panTro2.chr21  16104987 46 +  46489110 TATATTGTCCATTATTATTATACTTGTGAGACAAATTTACAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15693902 43 +  48394510 TATATTGTCC---ATTATTATACTTGTGAGACAAATTTACAAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165527920 46 - 196418989 TATATTGTCCATTATTATTATATTTGTGAGATAAATTTACAAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17378319 26 +  48129895 ACAATATTTTTGAAATTAAGAAAAAA
s panTro2.chr21  16105033 26 +  46489110 ACAATATTTTTGAAATTAAGAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165527966 26 - 196418989 ACAGTATTATTGAAATTAAGAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17378345 137 +  48129895 TATAGATCATAGGACTTGTTAAACTAGATATTTCTGTATTAAAAAGAGCTCAAAGTCAGCTCCTTTTTTCCCCTTTCATTTTAGAAGGCTGAATACTGATCAAATTTCAGGTCTACAGATATACTCTGAAATAAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165527992 137 - 196418989 TATAGATCATAGGACTTGTTAAACTAGATATTTCTGTATTAAAAAGAGCTCAAAATCAGCTCCTTTTCCCCACTTTCATTTTAGAAGGCTGAATACTGTTCAAATTTCAGGTCTACACATCTACCCTGAAATAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17378509 156 +  48129895 CTACCTACCTTGTTTATGCCCCCTGGGCATCCAGATTTTTTTGTTCACTAAATCATGACAAGTAACAATTCACATTACCTAATCAGTTTCTTTAGAATAGGACCATATAGACAGCCAAAATAATATTTGAGAATTAGTGAGCCTGCCCACACTGTA
s panTro2.chr21  16105223 156 +  46489110 CTACCTACCTTGTTTATGCCCCCTGGACATCCAAATTTTTTTGTTCACTAAATCATGACAAGTAACAATTCACATTACCTAATCAGTTTCTTTAGAATAGGACCATATAGACAGTCAAAATAACATTTGAGAATTAGTGAGCCTGCCCACACTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15694135 152 +  48394510 CTACCTACCTTATTTATGCCGCCTGGGCATCCAAAGTTTTTTGTCCACTAAATCATGACAAGTAACAATTCACATTACCTGGTCAGTTTCTTTAGAATAGGACCATATAGACAGCCAAAATAATATTTGAGAATT----AGCCTGCCCACACTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165528156 156 - 196418989 CTACCTACCTTGTTTATGCTCCCTGGGCATCCAAATTTTTTTGTCCACTAAATCATGACAAGTAACAATTCACATTACCTGGTCAGTTTCTTTAGAATAGGACTATGTAGACAGCCAAAATAATATTTGAGAATTAGTGAGCCGGCCCACACTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17378665 91 +  48129895 GAAAGAGAACCGTATTTATTTTATTTTCTCTTATTGTATGGCAGTTTAATTATTAAAGGCATGGTATTGAGTTTGAATCTTGGTTTATTGC
s panTro2.chr21  16105379 91 +  46489110 GAAAGAGAACTGTATTTATTTTATTTTCTCTTATTGTATGGCAGTTTAATTATTAAAGGCATGGTATTGAGTTTGAATCTTGGTTTATTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15694287 91 +  48394510 GAAAGAGAACCGTATTTCTTTTCTTTTCTTTTATTGTATGGCAGTTTAATTATTAAAGGCATGGAATTGAGTTTGAATCTTGGTTTATTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165528312 91 - 196418989 GAAAGAGAACCGTATTTATTTTATTTTCTCTTATTGTATGGCAGTTTAGTTATCAAAGGCATGGAATTGAGTTTGAATCTTGGTTTACTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172878.000000
s hg19.chr21     17378756 34 +  48129895 CTTTTAGATCAGGGGTTGGCAGACCATAGTCTGC
s panTro2.chr21  16105470 34 +  46489110 TTTTTAGATCAGGGGTTGGCAGACCATAGTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15694378 31 +  48394510 TTTTTAGATCAGGGGTTGGCAAACCATAGTC---
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  165528403 31 - 196418989 TTTTTAGATCAGGAGTTGGCAAACCATAGTC---
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=-33387.000000
s hg19.chr21     17378790 38 +  48129895 CAACCAATTATTGGTTGGTCAGTCATTTCattttttaa
s panTro2.chr21  16105504 38 +  46489110 CAACCAATTATTGGTTGGTCAGTCATTTCattttttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165528434  2 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15694409  2 +  48394510 I

a score=-2078.000000
s hg19.chr21     17378828 64 +  48129895 ataatagttttcattttaaataatgaaaactattatttaaaaaatGAAATGACTGACCTAACAT
s panTro2.chr21  16105542 64 +  46489110 ataatagttttcattttaaataatgaaaactattatttaaaaaatGAAATGACTGACCTAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165528434  2 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15694409  2 +  48394510 I

a score=56993.000000
s hg19.chr21     17378892 43 +  48129895 ATTGGCCCCACCAATGATTTTCGCaacacagctgtgttttttg
s panTro2.chr21  16105606 43 +  46489110 ATTGGCCCCACCAATGATTTTCGCaacacagctgtgttttttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15694411 41 +  48394510 --TGGCCCCACCAATTATTTTCACaacacagctttgttttttg
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  165528436 41 - 196418989 --TGGCCCCACCAATTCTTTACGCaacacagctatattttttg
i rheMac2.chr3  I 2 I 1

a score=582759.000000
s hg19.chr21     17378935 103 +  48129895 tgtaagtattgtctatagatgcattttctctatgcagcaacagagttgagcagttgtgatggagaccttaaggctggcaaggccaaaatattcactctctggc
s rheMac2.chr3  165528478 102 - 196418989 tttaagtattgtctatagatgcattttctttatgcagcaacagagttgagcagttgccatggagactgtatggct-gctaggccaaaatattcactctctggc
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  15694452  99 +  48394510 tttaagtattgtctatagatgcattttctctgtgcagcaacagagttgagcagttgtgatggagaccttatggctggcaaggccaaaatattca----ctggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16105649 103 +  46489110 tgtaagtattgtgtatagatgcattttctctatgcagcaacagagttgagcagttgtgatggagaccttaaggctggcaaggccaaaatattcactctctggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1008861.000000
s hg19.chr21     17379038 89 +  48129895 ctttcaagaaaaaatttactgatccctATTctaggcggatgactttgcccaagttatttaagtttctttgcctcatcttctaattataa
s rheMac2.chr3  165528580 89 - 196418989 ctttcaagaaaaagtttactgaccgctATCctaggtagatgactttgttcaagttatttaagtttctttgcttcatcttctaattataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15694551 89 +  48394510 ctttcaagaacaggttttctgacccctATTctaggcggataactttgcccaagttatttaagtttctttgcctcatcttctaattatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16105752 89 +  46489110 ctttcaagaaaaagtttactgatccctATTctaggcggatgactttgcccaagttatttaagtttctttgcctcatcttctaattataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=298739.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17379157 34 +  48129895 tttgtgtgaagattaaatgatttactttatacaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-59220.000000
s hg19.chr21     17379191 25 +  48129895 aaa-attagcatagtgatagattgga
s panTro2.chr21  16105905 24 +  46489110 aaa--ttagcatagtgatagattgga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1476814.000000
s hg19.chr21     17379216 180 +  48129895 aataagtgcatcataaagactagttattGATGAAACTATCATCTTATCAAGAAATATAGACTGGCATGTATTTCCTTGTCACTGGAGGAAATATAAGGAACTGGTAAAAGCTCTTATAAGAGAATGAATCTTTGGTGATATTTCATCAAGAATCTGGATTCTTTTGTGCTGAATCTCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165528759 180 - 196418989 aataagtgcaacctaaagactagttattGATAAAACCATCATCTTATCAAGAAATATAGAATGGCATGTATTTCCTTGTTCCTGGAGGAAATATAAGGAACTGGTAAAAACTCTTATAAGAGAATGAATCTTTGGTGACATTTCATCAAGAATCTGGATTCTTTTCCGCTGAATCTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1209310.000000
s hg19.chr21     17379396 92 +  48129895 TCTGGGTTCCACGGAATTCTAGCCTCTTGCAAGCCTGCTCTGGAGTGCCCCTTCTTGTAGCAGGCCCTTTCTTGTTATCTGTGGGGCTATCT
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a score=2354966.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=225389.000000
s hg19.chr21     17380033 86 +  48129895 cacacacaATTGTACTTTATATAGTAATATATCATATCATTGATATGCTTTATTGTGTCTTGTATCATGTTTAACTTGATACAGTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17380119 48 +  48129895 CCAGGCATAGTTTCCTATATGATTAATTTTTGCAACATAGGATTTCAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16106882 94 +  46489110 TCTGTAGAAGTACCACAATTTATTTAAACA-GTTCATATTCCAAACTTAGGgagagagtaaattgttacaacttttctaaaggttaatctgttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15695683 95 +  48394510 tctgtagaagtaccataatttatttaaacatgttcatattCCAAACTTAGGAAgagagtaaattgttacaacttttctagaggttaatctgttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165530019 95 - 196418989 TCTGTAGAAATACCGTGATTTATTTAAACATGTTCATATTCCAAACTTACGAAGACAGtaaattgttacaacttttcaaaaggttaatctgttaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17380261 93 +  48129895 tataatgtgaaatttttaa-tttagagtctcttagacatagaaaattgcatttctaggaatttatcctagggaaactaataggaaaacctcacc
s panTro2.chr21  16106976 94 +  46489110 tataatgtgaaaattttaaatttagagtctcttagacatagaaaattgcatttctaggaatttatcctagggaaactaataggaaaacctcacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15695778 93 +  48394510 tataatgtgaaattttaaa-tttaggggctcttagacatagaaaattgcatttctaggaatttatcctagggaaactaataggaaaACCTCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165530114 93 - 196418989 tataatgtgaaattttaaa-tttagaggttcttagacatagaaaattgcatttctaggaatttaccctaggggaactaataggaaaacctcacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1984385.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15695914 205 +  48394510 GAAAATAGTTTTGCGGG-TCAATGTCCACAAGTAGAAGATTGTGTAACTACTTCATGGTGCACACTTCCAGTGGAATGCAGTCTGGCTAAAAGTGAAGGAGTTCATTTTTCTTTATGTACATTAAAATGCTTTATGCTGTTTTTAAGTGAAGTAGAGCAAATGAAATGAGAA-AATAGTTTAACAGATCCTAGTTTGGCAAacacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165530248 190 - 196418989 gaaaatagtattgcgggctcaatgtccacaagtagaagattgtgcaactactttatggtgcacgcttccagtggaatgcagtctggttaaaagtgaAGGAGTTCGTTTTTCTTTATGTACATTAAAATGGTTTATGCTG-TTTTAAGTGAAATAGAGCAAATGAAATGAAAA----------------ACTAGTTTGTCAGacacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=612753.000000
s hg19.chr21     17380603 79 +  48129895 acacacacacacacacacacaca------------------TAAATCTGGATGAATACTTGTCATGATACCTACTGTAATTAACTCTAAGTACTAGC
s panTro2.chr21  16107319 97 +  46489110 acacacacacacacacacacacacatacacatacacacacaTAAATCTGGATGAATACTTGTCATGATACCTACTGTAATTAACTCTAAGTACTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15696119 81 +  48394510 acacacacacacacacacacaca----------------tacaAATCTGGATGAATATTTGTCATGATACCCACTGTAATTAACTCTAAGTACTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165530438 77 - 196418989 acacacacacacatacacacaca--------------------AATCTGGATGAGTATTCGTCATGATACCCTCTGTAATTAACTCTGAGTACTAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15696200 102 +  48394510 ATCATGTAGTATTGTTTCTTTTTAATTTTTTCTTTATAACATTTGTCAGTGATCTATGTATTCCTTTTGTGATCTGGGAAGAAAAAAGATAACCTCAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165530515 102 - 196418989 ATTATGTAGTATTGTTTCTTTTTAATTTTTTCTTTGTAACATTTGTCAGTGATCCATGTATTGCTTTTGTGATCAGGGAAGAAAAAAGGTAACTTCAGAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=428748.000000
s hg19.chr21     17380828 38 +  48129895 TTCCATTTATTTACAATAGTTGAGAAGATATTGGGAAC
s panTro2.chr21  16107562 38 +  46489110 TTCCATTTATTTACAATAGTTGAGAAGATATTGGGAAC
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a score=1178893.000000
s hg19.chr21     17380866 96 +  48129895 AATTCTTACTTTTTAGTGGAATCTTCATTTTTCAAGTACTCACAAAACTTGGGAATGACTCTGCTTACAGTTTAAAGGTGCTATGGAAATATTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=516143.000000
s hg19.chr21     17380962 65 +  48129895 ATCCAAAGATTGTCAGACTCATGGACAAATGGGGACATTAGGATTTCTCATGCAAGGTGGACAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=179018.000000
s hg19.chr21     17381027 27 +  48129895 CCTGTGGGTAAAAGTACATGCTTCTAG
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a score=619640.000000
s hg19.chr21     17381054 79 +  48129895 CTTTTGCTTAATATGATTTCTTCAGACAGCTGCTCAATCCATAGGAAGAAGGAAGGTGATAACAATGGAACTGAATAGG
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a score=229753.000000
s hg19.chr21     17381133 32 +  48129895 GGACCTCATGCTGCTAACACTGAGAAATCTTA
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a score=358872.000000
s hg19.chr21     17381165 54 +  48129895 TAATCAGTAGAGAGGTTGTAGGACTTTTTGCGCTTGTTACCATTTTGTTCTGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15698478 192 +  48394510 gagaggaagtgtcatgtgtcacttTAAAAATATGATTATAAATTCCTATTGATTTGGCCACCTCAGGATCCAAAAGTTGAGACGGT-GACT-AAAGACAGTGATACAACCAGTATcttggttccctgaatgagtatatggagcagagttcccatataaattgcacatttcatgtgaacgagaaattaacccatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16109530 193 +  46489110 gagaggaagtgccatgtgtcacttTAAAAGTATGATTGTAAATTCCTATTGATTTGGCCACCTCAGGATCCAAAAGTTGAGACGGC-AACTAAAAGACAGTGATACAACCAGTATcttggttccctgaatgactatatggagcagagttcccacataaactgaacatttcatgtgaacaagaaattaacccatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17383025 53 +  48129895 cctccataagccactgagattgtgtgattaatttgttaccacagtataaccca
s rheMac2.chr3  165532778 53 - 196418989 cctccataagccactgagattctgtgattaattagttaccacagtataatccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16109723 53 +  46489110 cctccataagccactgagattgtgtgattaatttgttaccacagtataaccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1194819.000000
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s rheMac2.chr3  165532831 169 - 196418989 atttattctcactaacacaGAAATTAATTTTAGAAATTGAGTTTTGCTATCACAAAATACTTTATGTGTACTCAGCAGGCAGTGGACAAATGTCGAGAATGTCGACCCTGAGgtaggcaaagaagaaaattaatattacatgatagtaaaacatttggtgaaactgtga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15698723 167 +  48394510 atttattctcactaaCCCAgaaattaattttagaaattgagttttgctatcac-aaatcctttatatgtactcagcagacagtggacaaatgttgagaatgttgatcctgaagcaggcaaagaag-aaattaatgtcacgtgatactaaaacatttggtgaaactgtga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16109776 169 +  46489110 atttattctcactaatccaGAAATGAATTTTAGAAATTGAGTTTTGCTATCACAAAATCCTTTATATGTACTCAGCAGGCAGTAGACAAGTGTTGAGAATGTTGACCCTGAAgcaggcaaagaagaaaattaatgttacatggtagtaaaacatttggtgaaactgtga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=707840.000000
s hg19.chr21     17383247 89 +  48129895 taagtcaggacttggaaggcagaccataggcctaggtaccttttagctcctggatgaaagggggaaactagaaccaaaatagtagatgt
s rheMac2.chr3  165533000 88 - 196418989 ta-gtcaggacttggaaggcagaccataggcctaggtaccttttagcttctgggtgaaagggggaaactagaaccaaaatagtaaacgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16109945 88 +  46489110 ta-gtcaggacttggaaggcagaccataggcctaggtacattttagctcctggatgaaagggggaaactagaaccaaaatagtagatgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17383336 35 +  48129895 taactgctattggctatgtttggcaaggtaccgtt
s rheMac2.chr3  165533088 35 - 196418989 taactgctgttggctatatttggcaaggtggtgct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16110033 35 +  46489110 taactgctattggctatgtttggcaaggtactgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1664719.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16110068 171 +  46489110 aaaacagaaatgaattcaggaaagaatcagctggctcacaagcagaaatgagaagaaataaagaggatctagaaATGAGGATTCCTACAGTATGGG-AAAAAACAACTGCCTCTTGACCCAAAGCAGTAAGCAAAGGGATTTTACAGAGCATTCAAGAAAACTATTTGGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15699183 17 +  48394510 attaaagaccttaagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 318

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165533620 173 - 196418989 GACTAAAGTCCTTAATAGTGAGGCCTTCCCATCGGTTATTGCAGGTATGTTGAAGGTCACCCCATCAAACTGAGAGAAAGTGACATGGGGTTGAGAAAACAAAGAGCTCTCCAGGAGATCCAAAAACTAGGTATTTGAAAGCGTGGGTGTAGTTACTGGCACAGGGCAGGGAC
i rheMac2.chr3  I 318 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165533964 137 - 196418989 CAGTTACAGTCGCAGAAGGGAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACCTGTCAGAGGGTAGAGACAGAAGCCACATACAGGTggggagcctttgctgcttgcgctcggcaggacttcaggatttaaatgggctgagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15699543 128 +  48394510 cagatacagtcacagaagagaatggaaaaaaaaa---------gaacctgtcatagggtagagacagaagccacataccggtggggagcctttgctgcttgtgctcggcaggacttcaggatttaagtgggctgagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16110599 128 +  46489110 CAGATACAGTCACAGAAGGGAATGGAAAAAAAAA---------GAACCTGTCATAGGGTAGAGACAGAAGCCACATACCGGTggggagcctttgctgcttgtgctcggcaggacttcaggatttaaatgggctgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16110761 85 +  46489110 tattattgtaattattctggctctgccaccccttcatttagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt-----------gtgtgtgcagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16110846 101 +  46489110 acaggcaatttggcttttaaatttagaggtctccagaccaacagaaacAAGCTCTGGACTTGGGAGGGATTATTGCA-TTCACGTAGACGCTCTGGACTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165534310 39 - 196418989 AGATTCAGGGACTGACTGGATGGACTTCAGGCTGTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-123360.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=318048.000000
s hg19.chr21     17384409 49 +  48129895 ACACTCCTTAAAGTACTCAGGGACAAAATTTGCCAATGAGCTGTGAACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165534557 121 - 196418989 tgagttctctaagctcttcctttgctatagcaagcgttaaagccgtgtgtgtttgtgtgttccagcatcacaggatagggaggtctccctcagcccaggttccaaaaacaccatga-----agaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165534847 68 - 196418989 AAGAAAACAGAGGCTGCTCAGAATAAAGACTACTTAATATAGGTTCAAGTTAAAAGAACGATGAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=294071.000000
s hg19.chr21     17384850 59 +  48129895 TCCTATTTGGCAAATTCTGATCCCCTAAAAACTGTATTTCATGCCCTTAACAATTGTTC
s panTro2.chr21  16111557 59 +  46489110 TCCTATTTGACAAATTCTGATCCCCTAAAAACTATATTTCATGCCCTTAACAATTGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700514 59 +  48394510 TCCTATTTGGCAAATTCTGATCCCTTAAAAACTGTATTTCATGCCCTTAACAATTGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165534915 59 - 196418989 TCCTATTCAGCAAATGCTGATCCCCTAAAAACTGTACTTCATGCCCGCAACAATTGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=109606.000000
s hg19.chr21     17384909 23 +  48129895 ATAAATTGTAAGACATAAATTAT
s panTro2.chr21  16111616 23 +  46489110 ATAAATTGTAAGACATAAATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700573 23 +  48394510 ATAAATTGTAACACATAAATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165534974 23 - 196418989 ATAAATTGTAAGACACAAATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-145526.000000
s hg19.chr21     17384932 34 +  48129895 TTGATTCTAAACATAT-------TCCttttttttttttt-tt
s panTro2.chr21  16111639 32 +  46489110 TTGATTCTAAACATAT-------TCCttttttttttttt---
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700596 35 +  48394510 TTGATTCTAAACATAT-------TCCtttttttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165534997 39 - 196418989 TTGATTCTAAACATATCCCCCCCCCCttttttttttttt---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=19542.000000
s hg19.chr21     17384966 32 +  48129895 tttgagatggagtttcattcttgttgctcagg
s panTro2.chr21  16111671 29 +  46489110 ---gagatggagtttcattcttgttgctcagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700631 32 +  48394510 tttgaggtggagtttcattcttgttgctcagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165535036 29 - 196418989 ---gagatggagtgtcattcttgttgctctgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=74091.000000
s hg19.chr21     17384998 61 +  48129895 ctggagtgcaatggtatgatctcggctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagtgatt
s rheMac2.chr3  165535065 61 - 196418989 ctgaagtgcaatggtgtgatcttggctcactgcaacctctacctcccaggttcaagtgatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700663 61 +  48394510 ctggagtgcaatggtgtgatctctgtccactgcaacctccgcctaccaggttcaagtgatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16111700 61 +  46489110 ctggagtgcaatggtatgatctcggctcactgcaacctccgcctcccaggttcaagtgatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=62120.000000
s hg19.chr21     17385059 57 +  48129895 ctcccatctcagcctcccaagtagctgggattacaggtgcacactgtcactcctggc
s panTro2.chr21  16111761 57 +  46489110 ctcccatctcagcctcccaagtagctgggattacaggtgcacgctgtcactcctggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700724 57 +  48394510 ttcccatctcagcctcccaggtagctgagattacaaatgcccgctgccactcctggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165535126 57 - 196418989 ctcccatctcagcctcccaagtagctgggattacaggcgcccaataccactcctggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=56013.000000
s hg19.chr21     17385116 108 +  48129895 taatttttgtatttttagtagagatggggtttttccatgctgaccaggctggtctccagctcctgacctcaggtgatccgcccaccttggcctcccaaagtgctggga
s panTro2.chr21  16111818 108 +  46489110 taatttttgtatttttagtagagatggggttttgccatgctgaccaggctggtctccagctcctgacctcaggtgatccacccaccttggcctcccaaagtgctggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700781 108 +  48394510 taatttttgtatttttagtagagatggggtttcgccatgctgaccaggctggtctccaactcctgacctcaggtgatccgcccaccttggcctcccaaagtgctggga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165535183 108 - 196418989 taatttttgtatttttagtagagatggtgtttcgccatgctggccaggctggtctccaactactgaccttcggtgatccacccacctgggcctcccaaagtgctggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7992.000000
s hg19.chr21     17385224 28 +  48129895 ttacagttctgagccaccgcaccaggcc
s panTro2.chr21  16111926 28 +  46489110 ttacagttctgagccaccgcgccaggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700889 28 +  48394510 ttacagtcgtgagccaccgcgcctggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165535291 28 - 196418989 ttacagtcgtgagccatcatgcccggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=597629.000000
s hg19.chr21     17385252 79 +  48129895 AAAATATCCCATTTTTAATGTGAACTACCCCAAAAGACCAATGAATGCTGTACATATTTTCTTTTTAGTACAAGCTATT
s panTro2.chr21  16111954 79 +  46489110 AAAATATCCCATTTTTAATGTTAACTACCCCAAAAGACCAATGAATGCTGTACATATTTTCTTTTTAGTACAAGCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700917 79 +  48394510 AAAATATCCCATTTTTAATGTTAACTACTCCAAAAGACCAATGAATGCTGTACATATTTTCTTTTTAGTACAAGCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165535319 79 - 196418989 CAAATATCCCATTTTTAATGTTAACTACCCCAAAAGACCAATGAATGCTGTACGTATTTTCTTTTTAGTACAAGCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=315395.000000
s hg19.chr21     17385331 25 +  48129895 ATTTTCACCTATAATCATGGACTGG
s panTro2.chr21  16112033 25 +  46489110 ATTTTCACCTATAATCATGGACTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15700996 25 +  48394510 ATTTTCGTCTATAATCATGGACTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165535398 25 - 196418989 ATTTTCATCTATAATCATGGACTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1558957.000000
s hg19.chr21     17385356 64 +  48129895 TAGAAT----GCTACATAGTACCCGATTTAATTATGCTTTTCTCATTTTCTAAGTTAATTTAGTTTTA
s panTro2.chr21  16112058 64 +  46489110 TAGAAT----GCTACATAGTACCTGATTTAATTATGCTTTTCTCATTTTCTAAGTTAATTTAGTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15701021 68 +  48394510 TAGAATGATAGCTACATAGTACCTGATTTAATTATGCTTTTCTCATTTTCTAAGTTAATTTAGTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165535423 64 - 196418989 TAGAAT----GCTACATAGTACCTGATTTAATTATGCTTTTCTCATTTTCTAAGTTAATTTAGTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2299136.000000
s hg19.chr21     17385420 96 +  48129895 TCTAAGGACATCAGAGTAACTTCTTTAATATTTTATAAGATTCTCAACAAACAACAGTGCTTACATTAGGGAAATAAAGCATTCACTAATTAAAAA
s rheMac2.chr3  165535487 93 - 196418989 TCTAAGGACATCAGAGTAACTTCTTTAATTTTTCATAAGAATCTGAACA---AACAGTGCTTACATTAGGGAAATAAACCATTCACTAATTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15701089 92 +  48394510 TCTAAGGACATCACAGTAACTTCTTTAATATTTTATAAGAATCTGAACAAACAACAGTGCTTACATTAGGGAAATAAAGTATTCAC----TAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16112122 96 +  46489110 TCTAAGGACATCAGAGTAACTTCTTTAATATTTTATAAGATTCTGAACAAACAACAGTGCTTACATTAGGGAAATAAAGCATTCACTAATTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1483989.000000
s hg19.chr21     17385516 133 +  48129895 GTTCTGAGGATATAGATCTACAGTTAATATAAATTATGTACTGGTTTAATGTGTGGTGATAAGTCAAGAAACTTTATTTAAAATATGACTATATCAAATTATTTACTTTCCTGCTTAATTGTTGGTACAAACT
s rheMac2.chr3  165535580 133 - 196418989 GTTCTAAGGATATAGATCTGCAGTTAATATAAGTTATGTACAGGTTTAATGTGTAGCGATAAGTCAAGAACCTTTATTCAAAATATGACTATATCAAATTATTTGCTTTTCTGCTTGATTGTTGGTACAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15701181 132 +  48394510 GTTCTAAGGATATAGATCTGCAACTAATAT-AATTATGTACTGGTTTAATGTGTGGTGACAAGTCAAGAACCTTTATTCAAAATATGACTATATCAAATTATTTGCTTTCCTGCTTAATTGGTGGTACAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16112218 133 +  46489110 GTTCTAAGGATATAGATCTACAGTTAATATAAATTATGTACTGGTTTAATGTGTGGTGATAAGTCAAGAAACTTTATTTAAAATATGACTATATCAAATTATTTACTTTCCTGCTTAATTGTTGGTACAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1178214.000000
s hg19.chr21     17385649 165 +  48129895 TTAATGAAGATTGGAGTTTCCTAGGAAAGGTAAATGAGAGTTCTAAAATTGAATAGCGTTCACTGCAGGAGAACTTGGGAAACTGAAACTTAGTTTTATAGAGACAAAGAAAATAAAACTAAGTAGATAAAACTGACCTGTAATGTATTTCTTAGGAAATACGTG
s rheMac2.chr3  165535713 154 - 196418989 GTAATGAAGATTGGAGTTTTCTAGGAAAGGTAAATGAGAGTTCTCAAACTGAATAGTGTTCACTGAAGGAGAACTTGGGAAACTGAAACTTAGTTTTATAGGAATAAAGAAAGTAAAACTAAATAGATAAAACTGAACTGTAaagtatttctta-----------
i rheMac2.chr3  C 0 I 143
s ponAbe2.chr21  15701313 163 +  48394510 TTAATGAAGATTGGAGTTTCCTAGGAAAGGTAAATGAGAGTTCTAAAACTGAATAGCGTTCAGTGAAGGAGAACCTGGGAAAGTGAAACTTAGTTTTATAG-GACAAAGAAAATAAAACTAAATAGGTAAAACTGACC-GTAATGTATTTCTTAGGAAATATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16112351 165 +  46489110 TTAATGAAGATTGGAGTTTCCTAGGAAAGGTAAATGAGAGTTCTAAAATTGAGTAGCGTTCACTGCAGGAGAACTTGGGAAACTGAAACTTAGTTTTATAGAGACAAAGAAAATAAAACTAAGTAGATAAAACTGAACTGTAATGTATTTCTTAGGAAATATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-308399.000000
s hg19.chr21     17385814 16 +  48129895 CATGCATATCTTTTTT
s panTro2.chr21  16112516 16 +  46489110 CATGCATATCTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15701476 16 +  48394510 CATGCATATCTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536010 16 - 196418989 catGCAGATCATTTTT
i rheMac2.chr3  I 143 C 0

a score=382871.000000
s hg19.chr21     17385830 29 +  48129895 GTTTCTATAAACAATCATTTCTACATATT
s panTro2.chr21  16112532 27 +  46489110 GTTTCTATAAACAATCATTTCTACAT--T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15701492 29 +  48394510 GTTTTTTCGAACAATCATTGATACATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 42
s rheMac2.chr3  165536026 29 - 196418989 GTTTCTATAAACAATCATTTCTACATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=451567.000000
s hg19.chr21     17385859 40 +  48129895 CTTTTTATAATAATGTGGGGATTGTCAAATTTTCATGTTT
s panTro2.chr21  16112559 40 +  46489110 TTTTTTATAATAACGTGGGGATTGTCAAATTTTCATGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536055 40 - 196418989 CTTTATATAATAATATGGGGATTGTCAAATTTTCATGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15701521 42 +  48394510 I

a score=404080.000000
s hg19.chr21     17385899 28 +  48129895 GCAAATTAAAATCTATACATGAAATTGC
s panTro2.chr21  16112599 28 +  46489110 GCAAATTAAAATCTATACATGAAATTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536095 28 - 196418989 GCAAATTAAAATCTATACGTGAAATTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15701563 26 +  48394510 --AAATTAAAATCTATACATGAAATTGC
i ponAbe2.chr21 I 42 I 611

a score=408283.000000
s hg19.chr21     17385927  72 +  48129895 CTGAATTGTGAAAAACTATAGCTATTCCTGAAGCTTTTCAGTTAATTTTACAAACATTGAGTCTTATTTTCT
s panTro2.chr21  16112627  72 +  46489110 CTGAATTGTGAAAAACTATAGCTATTCCTGAAGCTTTTCAGTTAAATTTACAAACATTGAGTCTTATTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536123  72 - 196418989 CTGAATTGTGAAAAACTATAGCTATTCCCAAAGTTTTTCAGTTAAATTTACAAACATTGAGTCTTATTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15701589 611 +  48394510 I

a score=143277.000000
s hg19.chr21     17385999  33 +  48129895 TGTTTAAACTTTGCTCTTTTCTTTAGAGTACAG
s panTro2.chr21  16112699  33 +  46489110 TGTTTAAACTTTGCTCTTTTCTTTAGAGTACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536195  33 - 196418989 TGTCTAAACTTTGCTCTTTTCTTTAGAGTACAG
i rheMac2.chr3  C 0 I 4
e ponAbe2.chr21  15701589 611 +  48394510 I

a score=229700.000000
s hg19.chr21     17386032 29 +  48129895 TCTTTTTATGTCTCTCAAGCAGCCTCTGA
s panTro2.chr21  16112732 29 +  46489110 TCTTTTTATGTCTTTCAAGCAGCCTCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15702200 29 +  48394510 TCTTTTTATCTCTCTCAAGCAGCCTCCGA
i ponAbe2.chr21 I 611 C 0
s rheMac2.chr3  165536232 29 - 196418989 TCTTTTTATCTCTCTCAAGCAGCCTCCGA
i rheMac2.chr3  I 4 C 0

a score=1889539.000000
s hg19.chr21     17386061 87 +  48129895 TCTTGCACTCGACCTGCCCATAAATATGAGACAGATGGAAATAAATAATCCACTCGAAAATCCACTTGACACAAGTACTACATTTTA
s panTro2.chr21  16112761 87 +  46489110 TCTTGCACTCGACCTGCCCATAAATATGAGACAGATGGAAATAAATAATCCACTCGAAAATCCACTTGACACAAGTACTACATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15702229 87 +  48394510 TCTTGCACTCGACCTGCCCATAAATATGAGACAGATGGAAATAAATAATCCACTCGAAAATCCACTTGACACAAGTACTACATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536261 87 - 196418989 TCTTGCACTCGACCTGCCCATAAATATGAGACAGATGGAAATAAATAATCCACTCGAAAATCCACTTGACACAAGTACTACATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=925395.000000
s hg19.chr21     17386148 50 +  48129895 TGTCTTACAGGACTGGAAATGGCTCTGAATTTAAAGTCATTTCAGGACTC
s panTro2.chr21  16112848 50 +  46489110 TGTCTTACAGGACTGGAAATGGGTCTGAATTTAAAGTCATTTCAGGACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15702316 50 +  48394510 TGTCTTACAGGACTGGAAATGGGTCTGACTTTAAAGTCATTTCAGGACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536348 50 - 196418989 TGTCTTACAGGACTGGAAATAGGTCTGACTTTAAAGTCATTTCAGGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=23037.000000
s hg19.chr21     17386198 35 +  48129895 TATGACACTTAGAG-AAGATGTCTTTTGATTTTTCC
s panTro2.chr21  16112898 35 +  46489110 TATGACACTTAGAG-AAGATGTCTTTTGATTTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15702366 36 +  48394510 TATGACACTTACAGAAAAATGTCTTTTTATTTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536398 35 - 196418989 TATGACACTTAGAG-AAAATGTCTTTTTATTTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1603128.000000
s hg19.chr21     17386233 125 +  48129895 CATCTAACTAGAAA-TTTCTGGCCTTCTTCAACCTTCATGTAATAGTGAATTTATTGATACTGCATTTGCAAGGTTGACGTTTCATTTCTAAGAAAAGAATGTTTACTACAATTAGATGAGAAGAG
s panTro2.chr21  16112933 125 +  46489110 CATCGAACTAGAAA-TTTCTGGCCTTCTTCAACCTTCATGTAATAGTGAATTTATTGATACTGCATTTGCAAGGTTGACGTTTCATTTCTAAGAAAAGAATGTTTACTACAATTAGATGAGAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15702402 126 +  48394510 CATCGAGCTAGAAATTTTCTGGCCGCCTTCAACCTTCATGTAATAGTGAATTTATTGATACTGCATTTGCAAGGTTGACGTTTCATTTCTAAGAAAAGAATGTTTACTACAATTAGATGATAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  165536433 125 - 196418989 CATTGAGCTAGACA-TTTCTGGCCTTCTTCAACCTTCATGTAATAGTGAATTTATTGATACTGCATTTGCAAGGTTGATGTTTCATTTCTAAAAAAAGAATGTTTACTACAATCAGATGATAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1885980.000000
s hg19.chr21     17386358 144 +  48129895 TCTCTTCTGGTCAAAGAAGATCTCTTAAGAGTAGTTCACATGG-GGAAAAGAAAAGTGAGTATCGTTTA-TTTTTAGTAGTGGGCTTGTATTGCTGTTTTGCATCTGCATTTGTAAGTAGCTTTAAAAATCCAATATCCATGCCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  165536558 144 - 196418989 TCTCTTCTGGTCAAAGAAGATCTCTTAAGAGTAGTTCATATGG-GGAAAAGAAAAGTGAGTATTATTTA-TTTTTAGTAGTGGGTTTGTAATGCTGTTTTGCATCTGCACTTGTAAGTAGCTTTAAAAATCCAATATCCATGCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1137289.000000
s hg19.chr21     17386502 165 +  48129895 GAATGATTGTAGAAACACATACAAACCTTATTTTTTTATTCCTTACATTACTTTAATTTCAAATCATTCGTATGTATTTCCTAGTAAGGTAAGCAGAATGGTTCTTTTTCACGGCATCCCACAAATTCTCAGTGTAATTcagtagtcctctcttatccgtggttt
s panTro2.chr21  16113202 165 +  46489110 TAATGATTGTGGAAACACATACAAACCTTATTTTTTTATTCCTTACATTACTTTAATTTCAAATCATTCGTATGTATTTCCTAGTAAGGAAAGCAGAATGGTTCTTTTTCACGGCATCCCACAAATTCTCAGTGTAATTcagtagtcctctcttatccgtggttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15702675 165 +  48394510 TCACGATTGTAGAAACACACACACACCTTATTTTTTTATTCCTTACATTACATTAATTTCAAATCATTCATATGTATTTCCTAGTAAGGTAGGTAGAATGGTTCTTTTTCACGGCATCCCACAAATTCTCAGTGTAGTTcagtagtcctcccttatccgtggttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165536702 164 - 196418989 TAATGATTGTAGAAACACATACAAACCTTA-CTTTTTATTCCCTAAATTGCATTAATTTCAAAGCATTCGTATGTATTTCCTAGTAAGGTAGGTAGAATGGCTCTTTTTCACGGCATCCCACGAATTCTAAGTGTAATTcagtagtcctcccttatccgtggttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=683292.000000
s hg19.chr21     17386667 336 +  48129895 tgctttctgaggtttcagttttacccacagtcaactgcgatccaaaaatattaaacggaaaattccagaaacaaacaatttagaagtttaaattgcgcaccattctgaataacgtgatggaatcttgtgctatcctgttctgtccagcccaggacatgaaacatccttttgtctagcatatccacattgtggaggctactccgtcctcagtcacttagtttctgtctcatcatcagatcgaaaaacacagtatgtatcaggtttggtactctctgtggttttaggtatatactgggggtcttggaacacatcctcctaggattagtagggactatt
s rheMac2.chr3  165536866 336 - 196418989 tgttttctgaggtttcagttttacccagagtcaactgcgatccaaaaatattaaatggaaaattctagaaacaaacaatttagaactttaaattgcgcaccattctgaatagcatgatggaatcttgtgctatcctgttctgtccagcccagaacatgaatcatcgttttgtctagcatattcacattgtggagcctactcagtcctcagtcacttagtttctgtctcatcatcagattgaaaaacacagtatgtatcaggtttggtactatctgtggttttaggtatatactgggggtcttggaacacatcctcctaggatcaggagggactatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15702840 336 +  48394510 tgcgttctgaggtttcagttttacccacagtcaactgcgacccaaaaatattaaatggaaaattccagaaacaaacaatttagaagtttaaattgcacaccattctgaataacgtgatggaatcttgtgctatcctgttctgtccagcccaggacatgaatcatccttttgtctagcatatccacactgtggaggctactcagtcctcagtcacttagttgctgtctcatcatcagatcaaaaaacacagtatgtatcaggtttggtactgtctgcggttttaggtatatactagggatctcagaacacatcctcctaggatcacgagggactatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16113367 336 +  46489110 tgctttctgaggtttcagttttacccgcagtcaactgcgatccaaaaatattaaacggaaaattccagaaacaaacaatttagaagtttaaattgtgcaccattctgaataacgtgatggaatcttgtgctatcctgttctgtccagcccaggacatgaaacatccttttgtctagcatatccacattgtggaggctactccgtcctcagtcacttagtttctgtctcatcatcagatcgaaaaacacagtatgtatcaggtttggtactctctgtggttttaggtatatactgggggtcttggaacacatcctcctaggattagtagggactatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=92959.000000
s hg19.chr21     17387003 40 +  48129895 gTAATATTGCATTGAGGACAACTCTTTGTCAAGATAATTT
s rheMac2.chr3  165537202 30 - 196418989 gTAATATTGCATTGAGGATAACACTTTGTC----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15703176 40 +  48394510 gTAGTATTGCATTGAGGACAACTTTTTGTTGAGGTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16113703 40 +  46489110 gTAATATTGCATTGAGGACAACTCTTTGTCAAGATAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=229062.000000
s hg19.chr21     17387043  982 +  48129895  
s panTro2.chr21  16113743  979 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15703216 1014 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165537232    0 - 196418989 C

a score=441811.000000
s hg19.chr21     17388025 868 +  48129895  
s panTro2.chr21  16114722 868 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15704230 885 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165537232   0 - 196418989 C

a score=21908.000000
s hg19.chr21     17388893 42 +  48129895 ttttgtatcctgagactttgctgaagttgcctatcagcttaa
s panTro2.chr21  16115590 42 +  46489110 ttttgtatcctgagactttgctgaagttgcctatcagcttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705115 42 +  48394510 ttttgtatcctgagactttgctgaagttgcctatcagcttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165537232  0 - 196418989 C

a score=868000.000000
s hg19.chr21     17388935 85 +  48129895 ggagatAATTTAAATGACTTTCTTTGCTATAGTAGTAATTAA-GGCTTAGTGATCCACAGAG--TCTTTCAACCATTGGAAA--TAAGAG
s panTro2.chr21  16115632 85 +  46489110 ggagatAATTTAAATGACTTTCTTTGCTATAGTAGTAATTAA-GGCTTAGTGATCCACAGAG--TCTTTCAACCATTGGAAA--TAAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705157 90 +  48394510 ggagatAATTTAAATGACTTTCTTTGCTATAGTAGTAATTAAGGGCTTAGTGATCCACAAAAGTCTTTTAAACCATTGGGAAATTAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  165537232 84 - 196418989 -GAGATAATTTAAATGACTTTATTTGCTATAGTAGTAATTAA-GGCTTAGTGATCCACAAAG--TCTTTAAACCATTGGAAA--TAAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245009.000000
s hg19.chr21     17389020 34 +  48129895 CAAACA-CATTGAAATTTGGGA--CAAATATTTCACT
s panTro2.chr21  16115717 34 +  46489110 CAAACA-CATTGAAATTTGGGA--CAAATATTTCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705249 37 +  48394510 AAAACACCATTGAAATTTGGGAACAAAATATTTCACT
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  165537316 34 - 196418989 CAAGCA-CATTGAAATTTGGGA--CAAATATTTCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=580981.000000
s hg19.chr21     17389054 52 +  48129895 AACACTTTTCATCCTAAAACTTGAAATGAAAGCAACTGATAAAGACAATAAG
s panTro2.chr21  16115751 52 +  46489110 AACACTTTTCATCCTAAAACTTGAAATGAAAGCAACTGATAAAGACAATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705286 52 +  48394510 AACACTTTTCATCCTAAAACTCGAAATGAAAACAACTGATAAAGACAATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537350 52 - 196418989 AATACTTTTCATCCTAAAACTTGAAATGAAAACAACTGATACAATTAATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=203405.000000
s hg19.chr21     17389106 27 +  48129895 CCTACTAAAGAAACATGCCATGGAACT
s panTro2.chr21  16115803 27 +  46489110 CCTACTAAAGAAACCTGCCATGGAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705338 27 +  48394510 CCTACTAAAGAAACATGCCATGGAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537402 27 - 196418989 CCTACTAAAGAAGCACGCCATGGAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54321.000000
s hg19.chr21     17389133 19 +  48129895 AGCTGTAGGTAGATGGACA
s panTro2.chr21  16115830 19 +  46489110 AGCTGTAGGTAGATGGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705365 19 +  48394510 AGCTGTAGGTAGATGGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537429 18 - 196418989 AACTATAGATA-ATGGACG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200555.000000
s hg19.chr21     17389152 77 +  48129895 A-GGGTTGAGAGGGAAGGCAATCAGATGGCTAGAGTGGTAAGTTTTCAAAATATTGGCATTCACCTTTCTTAGCTTCC
s panTro2.chr21  16115849 77 +  46489110 A-GGGTTGAGAGGGAAGGCAATCAGATGGCTAGAGTGGTAAGTTTTCAAAATATTGGCATTCACCTTTCTTAGATTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705384 78 +  48394510 AGGGGTTGAGAGGGAAGGCAATCAGATGGCTAGAGTGGTAAGTTTTCAAAATATTGGCATTCACCTTTCTTAGATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537447 76 - 196418989 --GGGTTGAGAGGGAAGGCAATCAGATGGCTCGAGTGGTAAGTTTTCAAAATATTGGCGTTCACCTTTCTTAGGTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=883987.000000
s hg19.chr21     17389229 64 +  48129895 TCACTGCTGCTTAGTGGAGTA-TTTTTTGGCAGATAATTTC-TCTGCATTTTTATGTGTTTAATGA
s panTro2.chr21  16115926 64 +  46489110 TCACTGCTGCTTAGTGGAGTA-TTTTTTGGCAGATAATTTC-TCTGCATTTTTATGTGTTTAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705462 66 +  48394510 TCACTGCTGCTTAGTGGCGTATTTTTTTGGCAGATAATTTCTTCTGCATTTTTATGTGTTTAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537523 64 - 196418989 TCACTGCTGCTTAGTGGAGTA-TTTTTTGGCAGATAATTTC-TCTGCATTTTTATGTGTTTAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=860392.000000
s hg19.chr21     17389293 88 +  48129895 GAAACATCTTTATATTTTGAAGATGATTGAGATAGTTTCTCTTTGA-GGGCT-ATTTTAT-CTGTGCTCC--AAAACCCAAATAGA-AGCTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705528 94 +  48394510 GAAACATCTTTATATTTTGAAGATGATTGAGATAGTTTCACTTTGATGGGCTAATTTTATNCTGTGCCTCCAAAAACCCAAATAGACNACTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537587 88 - 196418989 GAAACATCTTTATATTTTGAAGATGATTGAGATAGTTTCACTTTGA-GGGCT-ATTTTAT-CTGTGCTCC--AAAACCCAAATAGA-AGCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17389381 93 +  48129895 AGCTGATTAATGTGAATATTGAAAGCATAAATACAAATTAAACTTCTCTCCCTCTGTGTCTCTTAACCCAATCTTTCTGTTTAACTAACAAAA
s panTro2.chr21  16116078 93 +  46489110 AGCTGATTAATGTGAATATTGAAAGCATAAATACAAATTAAACTTCTCTCCCTCTGTGTCTCTCAACCCAATCTTTCTGTTTAACTAACAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705622 93 +  48394510 AGCTGATTAATCTGAATAATGAAAGCATAAATACAAATTAAACTTCTCTCCCTCTGTGTCTCTCAACCCAATCTTTCTGTTTAACTAACAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537675 89 - 196418989 AGCTGATTAATCTGAATATTGAAAGCATAAATTCAAATTAAACTTCTCTCC----GTGTCTTTCAACCCAATCTTTCTGTTTAACTAACAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=304455.000000
s hg19.chr21     17389474 24 +  48129895 TAAGCAAAAACAGCACAC-GTATTT
s panTro2.chr21  16116171 24 +  46489110 TAAGCAAAAACAGCACAC-TTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705715 25 +  48394510 TAAGCAAAAACAGCACACTTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537764 24 - 196418989 TAAGCAAAAACAGTGCAC-TTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1068331.000000
s hg19.chr21     17389498  93 +  48129895 TT--ATTTAGAAACATTATCAAAATTAAGG-CAAGAGTT-CCAAATGCCAGCT-GTGCCATGAACTGTAAGT-AATTTCTGGAA--Caa-ttattagaa--aaa
s panTro2.chr21  16116195  93 +  46489110 TT--ATTTAGAAACATTATCAAAATTAAGG-CAAGAGTT-CCAAATGCCAGCT-GTGCCATGAACTGTAAGT-AATTTCTGGAA--Caa-ttattagaa--aaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705740 104 +  48394510 TTTATTTTAGAAACATTACCAAAATTAAGGCCAAGAGTTCCCAAATGCCAGCTNGTGCCATGAACTATAAGTAAATTTCTGGAAACCAACTTAATAGAAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537788  93 - 196418989 TT--ATTTAGAAACATTATCAAAATTAAGG-CAAGAGTT-CCAAATGCCAGCT-GTGCCATGGACTCTAAGT-AATTTCTGGAA--CAA-TTAATAGAA--AAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1690796.000000
s hg19.chr21     17389591 153 +  48129895 ataa-ttttgtttaataaatt--aCTTGAGAGGCTCA-GAATATGT---CTCTTATGACTTTACA--TATTTAC-ATAAATGAGAAGTACTAAAATTGAAGTCATTAAAAGATG-TTTATTTACTTCA-GAACTCTACACCAATAATTTACTTGATT-CCACCGAA
s panTro2.chr21  16116288 153 +  46489110 ataa-ttttgtttaataaatt--aCTTGAGAGGCTCA-GAATATGT---CTCTTATGACTTTACA--TATTTAC-ATAAATGAGAAGTACTAAAATTGAAGTCATTAAAAGATG-TTTATTTACTTCA-GAACTCTACACCAATAATTTACTTGGTT-CCACTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15705844 166 +  48394510 ATAATTTTTGTTTAATAAATTTAACTTGAGAGGCTCAGGAATATGTCTCCTCTTATGACTTTACATTTATTTACNATAAATGAGAAGTGCTAAAACTGAAGTCATTAAAAGATGTTTTATTTACTTCAGGAACTCTACACCAATAATTTACTTGATTGCCACTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165537881 153 - 196418989 ATAA-TTTTGTTTAATAAGTT--ACTTGAGAGGCTCA-GAATATGT---CTCTTATGACTTTACA--TATTTAC-ATAAATGAGAAGTGCTGAAATTGAAGTCATTAAAAGATG-TTTATTTACTTCA-GAACTCTACACCAATAATTTATTTGATT-CCACTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=390145.000000
s hg19.chr21     17389744 29 +  48129895 CGCAGTCTGTTCTCCCTGCCCTTAGGTAA
s panTro2.chr21  16116441 29 +  46489110 CTCAGTCTGTTCTCCCTGCCCTTAGGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165538034 29 - 196418989 CACAGTCTGTTCTCCCTGCCCTTAGGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251691.000000
s hg19.chr21     17389773 35 +  48129895 TGACATGTATGCTAATCGCTCATTTCGCTGGAACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165538063 35 - 196418989 TGACATGTATGCTAATCACTCATTTTGCTGGAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=225617.000000
s hg19.chr21     17389808 28 +  48129895 TTTAAAAAATGTATTTTAGATTGCTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=317850.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=147729.000000
s hg19.chr21     17389924 31 +  48129895 TAACTAAAAGATCAGTAAATAGAAAACAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=994885.000000
s hg19.chr21     17389955 117 +  48129895 AACATTGAAGACATTTCAATTCTTTCACTTAAGGAAGAAATATTTACACTGTCAAATGTCCCTGAAAGGCATTGAGGAGATTTACATAGAACGTC-----AAATATTTCTGATTATGAAATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292874.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165538736 139 - 196418989 tactaaataaggtaacaa-atgtgaaggtacataacacaTGTTTTATAAATGTTACTTATCCTCCTTAATTAACTATGCACATGTCACCAAAACTCTGCCATTTATGACATTACATTGAAATTATGTGTATAT-CCTATTA
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s panTro2.chr21  16117276 110 +  46489110 C-TAAACTATGAGCTCTGAGATGA-TTTGGATGGAACCACGTTTTAGTCCTCCTGTATCTCCTTATCTATTACCACATACACACCCCAGTACGTTGTAAGCATGC-CATCGAT
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s panTro2.chr21  16117386 42 +  46489110 GTTGA--CTA-TTAAAAAATGAAC-GGGGGAGAGCGCAAGG-AATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15706962 45 +  48394510 GTTGA--CTATTTAAAAAATGAATGGGGGGAGAGCACAAGGAAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16117428 68 +  46489110 A-CCCATGTGATATTGGTtggaaggcagttggacaatatagtttcga--ttttgaaatgtgcttactcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15707007 71 +  48394510 ACCCCATGTGATATTGGTtggaaggcagttggacaatatagttttagatttttaaaatgtgcttactcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  165539029 68 - 196418989 A-CCCATGTAATATTGGTtggaaggcagctggataatatagtttaga--ttttaaaatgtgtttactcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16117496 67 +  46489110 ggtttaacaattccacttctaTAAAGGATGGGGCTTGTGAAATAAGATATA-TTTCACCTATAGTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=263488.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165541431 122 - 196418989 ATACTGACGACCATCGGGTCTCTTTCATTATGTGAAATAAATGAGATTTAGCCTACAGTAGGGTCTGTGATTACTCAACTCTACTAAAAGTAGCTCCAGACTTTGGTTTTGCAGAACACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17393299 48 +  48129895 AATATTAATTTTGTTACTTGAACATTTGCTTTTCATATAACAGAATCC
s panTro2.chr21  16119996 48 +  46489110 AATATTACTTTTGTTACTTGAACATTTGCTTTTCATATAACAGAATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15709613 48 +  48394510 AATATTAATTTTGTTACTTGAACATTTGCTTTTCACATAACAGAATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  15709661 37 +  48394510 ACATGCTTGGTTAAGGCCAACATATGCTGTTTATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15709698 93 +  48394510 GCAGGTTTATCTGTTCCTGATGATACAGCACATAAATCAAATCTAAATTAAACCAATACCACTTTTCCCCTTATGCTGTGATATTTGGGGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1266957.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1369102.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15709890 115 +  48394510 TTGAACATCAATAAATAACACCATTATTGAAACAGGAATTTTTAGGTATTCCCATTGTAAGTCCTGCTGTTGATGCAGTTATTTTGCTTAGCTTTTAAAATTTTTCTAGTAGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165541822 111 - 196418989 CTG-ACCTCAAT-AATAACACCATTACTG-AACAGGAA-TTTTAGGTATTCCCATTATAAGTCCTCCTGTTTATGCAGTTGTTTTGCTTAGCTTTTAAGATTTTTCTAGTAGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542024 43 - 196418989 GGAAAGACAGTATGACACGAATCATATATTGCACATGTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=436926.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710235 28 +  48394510 AAAATGGTTTATTAAACTACAGCACGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=625982.000000
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a score=365747.000000
s hg19.chr21     17394071 36 +  48129895 ATGAGGAAAT-ATTTATCAAGCTCGTAAACACAATAC
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s hg19.chr21     17394107 60 +  48129895 ACTTTGAATTGGCGACTGTAAGCCTAATCCCAAGGCTCTCAAAC--TCCCATCATAAAGATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17394167 115 +  48129895 GA--CATATTGGCACAAC-TAACTTGTCAAATAG-ATCAGTACATCTaagactcagctcac-atatt-accccctctggacag-ctttcATCTATTCATTGAGTTTGTTTTATTCATTTGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542420 115 - 196418989 GA--CATATTGGCACAAC-CAACTTGTCAAATAG-ATCAGTACATCTAAGACTTAGCTCAC-ATGTT-ACCTCCTGTGGACAG-CTTTCATCTATTCATTGAGTTTGTTTTATTCATTTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=152641.000000
s hg19.chr21     17394282 33 +  48129895 TGTTTGTTTCCTTCCAGAGCTAGAAGTTATC-TT
s panTro2.chr21  16120973 33 +  46489110 TGTTTGTTTCCTTCCAGAGCTAGAAGTTATC-TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710600 34 +  48394510 TGTTTGTTTCCTTCCAGAACTAGAAGTTATCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542535 33 - 196418989 TGTTTGTTTCCTTCCAGAGCTAGAAGTTATC-TT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129232.000000
s hg19.chr21     17394315 24 +  48129895 CCCTG-CCTGTCAACTGTCATGGCA
s panTro2.chr21  16121006 24 +  46489110 CCCTG-CCTGTCAACTGTCATGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710634 25 +  48394510 CCCTGCCCTGTCAACTATCATGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542568 24 - 196418989 CCCTG-CCTGTCAACTGTCATGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=130612.000000
s hg19.chr21     17394339 26 +  48129895 GTTTTTATCTCTAAGCtttggttgca
s panTro2.chr21  16121030 26 +  46489110 GTTTTTATCTCTAAGCTTTGGTTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710659 26 +  48394510 GTTTTTATCTCTAAGCtttggttgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542592 26 - 196418989 GTTTTTATCTCTAAGCTTTGGTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=57932.000000
s hg19.chr21     17394365 49 +  48129895 aggaac-agattcattcaattcacctcaaagtaaaggcaagattcttaca
s panTro2.chr21  16121056 49 +  46489110 AGGAAC-AGATTCATTCAATTCACCTCAAAGTAAAGGCAAGATTCTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710685 50 +  48394510 aggaacaaggttcattcaattcacctcaaagtaaaggcaagattcttaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542618 49 - 196418989 GGGAAC-AGATTCATTCAATTTACCTCCAAGTAAAGGCAAGTTTCTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136916.000000
s hg19.chr21     17394414 23 +  48129895 agATTTCTAAGGGTTT-GGAAGTG
s panTro2.chr21  16121105 23 +  46489110 AGATTTCTAAGGGTTT-GGAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710735 24 +  48394510 agATTTCTAAGGGTTTGGGAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542667 22 - 196418989 AGA-TTCTAAGGGTCT-GGAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327689.000000
s hg19.chr21     17394437 35 +  48129895 GAATCTCCTCAGGACTAGAACAGGCGCTCTAGCTC
s panTro2.chr21  16121128 35 +  46489110 GAATCTCCTCAGGACTAGAACAGGCGTTCTAGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710759 35 +  48394510 GAATCTCCTCAGGACTAGAACAGGCATTCTAGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542689 35 - 196418989 GAATCGCCTCAGGACTAGAACAGGCATTCTAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=65606.000000
s hg19.chr21     17394472 37 +  48129895 GAA-CTGCAACTCACTCT-GGGGCTCAGTGGTCTCTCTA
s panTro2.chr21  16121163 37 +  46489110 GAA-CTGCAACTCACTCT-GGGGCTCAGTGGTCTCTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710794 39 +  48394510 AAACCTGCATCTCACTCTGGGGGCTCAGTGGTCTCTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542724 37 - 196418989 GAA-CTGCAACTCACTCT-GGGGCTCAGTGGTCTCTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=222652.000000
s hg19.chr21     17394509 23 +  48129895 CTTGGCATTTTCATCCCTCTCTC
s panTro2.chr21  16121200 23 +  46489110 CTTGGCATTTTCATCCCTCTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710833 23 +  48394510 CTTGGCATTTTCATCCCTCTCTC
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s rheMac2.chr3  165542761 23 - 196418989 CTTGACATTTTCATCCCTCTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=279890.000000
s hg19.chr21     17394532 94 +  48129895 TCTGCTTTGCATGATCCTT-GGCGACAC-TTGCT-CTACTTCCCTACATCACCTCTTACTGACCCCACTGCTGGGTTTCTTGGCTCTAATTCCCAAT
s panTro2.chr21  16121223 94 +  46489110 TCTGCTTTGCATGATCCTT-GGCAACAC-TTGCT-CTACTTCCCTACATCACCTCTTACTGACCCCACTGCTGGGTTTCTTGGCTCTAATTCCCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710856 97 +  48394510 TCTGCTTTGCATGATCCTTGGGCGACGCATTGCTCCTACTTCCCTACATCACCTCTTACTGACCCCACTGCTGGGTTTCTTGGCTCTAATTCCCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542784 94 - 196418989 TCTGCTTTGCGTGATCCTT-AGCGACAC-TTGCT-CCACTTCCCTACATCACCTCTTACTGACCCCACTGCTGGGTTTCTTGGCTCTAATTCCCCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=257211.000000
s hg19.chr21     17394626 68 +  48129895 GT-AAGACCGGCTACTTTACTTTCCATGCCAGCTCCCCTCCAGGGGTTGTGGCAAGTCTATGAAATGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15710953 69 +  48394510 GTAAAGACCGGCTACTTTACTTTCCATGCCAGCTCCACTCCAGGGGTTGTGGCAAGTCTATGAAATGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542878 68 - 196418989 GT-AAGACCGGCTACTTTACTTGCCATGCCAGCTCCCCTCCAGGGCTTGTGGCAAGTCTATGAAATGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377100.000000
s hg19.chr21     17394694 46 +  48129895 TTCTGACATTTGTCCTGTAGTTTCCACTCATAGCTGGCACTTGGAT
s panTro2.chr21  16121385 46 +  46489110 TTCTGACATTTGTCCTGTAGTTTCCACTCATAGCTGGCACTTGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15711022 46 +  48394510 TTCTGACATTTGTCCTGTAGTTTCCACTCATAGCTGGCACTTGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542946 46 - 196418989 TTCTGACATTTGTCCTGTAGTTTCCACTCATAACTGGCACTTGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-47874.000000
s hg19.chr21     17394740 6 +  48129895 AAGCAA
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s ponAbe2.chr21  15711068 6 +  48394510 AAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165542992 6 - 196418989 AAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132736.000000
s hg19.chr21     17394746 48 +  48129895 GACATGATGAATATTGAATCA-TTCTGTGAGTGTCTAAT-AAGTGGAA-GG
s panTro2.chr21  16121437 48 +  46489110 GACATGATGAATATTGAATCA-TTCTGTGAGTGTTTAAT-AAGTGGAA-GG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15711074 51 +  48394510 GACATCATGAATATTGAATCATTTCTGTGAGTGTCTAATAAAGTGGAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-66891.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16121612 103 +  46489110 TC--ATTCTTTTTAACAGAAAT-AAAAGTATTTCTGCCTGAATAATTAGCAAGATAATGTATCAAAA-GACCATATGTTATGAAAATATA-AAAAA-agattcagtgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165543171 106 - 196418989 TCTTATTCTTTTAAACAGAAAT-AAAAGTATTTCTGCCTGAATAATTAGCAAGATTATATATCAAAA-GACAATATGTTATGAAAATATA-AAaaatcgattgagtgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16121715 80 +  46489110 ttctgtttaatcctcatcatatcttgcctgtctgtatttgacagca-ttgaacactcttgtcttctttaccctttattc-tt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15711371 82 +  48394510 ttctgtttaatcctcatcatatctggcctgtctgtatttgacagcagttgaacactcttgtcttctttaccctttattcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165543277 80 - 196418989 ttctgtttaatcctcatcatatctggcctgtctgtacttgacagca-ttgaacactcttgtcatctttaccctttgttc-tt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17395104 53 +  48129895 agcttctagaataccccgtgcc-ttgtgtctcttcttacccatcccccaactaa
s panTro2.chr21  16121795 53 +  46489110 ggcttctagaataccccatgcc-ttgtgtctcttcttacccatcccccaactaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15711453 54 +  48394510 ggcttctagaataacccgtgcctttgtgtctgttcttacccatctcccaactaa
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  165543357 53 - 196418989 ggcttctagaatatcccatgcc-ttgtgtctcttcttacccatcccccaactaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17395157 18 +  48129895 ttccctctcagact-cctc
s panTro2.chr21  16121848 18 +  46489110 ttccctctcagact-cctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17395175 16 +  48129895 tgttggcttctcttct
s panTro2.chr21  16121866 16 +  46489110 tgttggcttctcttct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15711527 16 +  48394510 tgttggcttctcttcT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165543428 16 - 196418989 tgttggcttctcttct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15711543 33 +  48394510 CTTTT--TCTCTTTTCTTTTTTAAAAAC----CTGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165543444 39 - 196418989 cttttctctctctgtcttttttgaaaacttaattgctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17395222 25 +  48129895 TCAAGTATTGGTGACATTGAGGCGA
s panTro2.chr21  16121913 25 +  46489110 TCAAGTATTGGTGACATTGAGGCGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17395247 48 +  48129895 TTGTTCTTGGATATATTCTCAACTATCCAACCACCA-TGACCAATATCC
s panTro2.chr21  16121938 48 +  46489110 TTGTTCTTGGATATATTCTCAATTATCCAACCACCA-TGACCAATATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15711601 48 +  48394510 TTGTTCTTGGATATATTCTCAATTATCCAACCACCG-TGACCAATATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165543557 269 - 196418989 ttctctcccatgaggttttcagtcaactgtaatcatcaaagttatgtttccatcctcaacttctctactaagttccaacttacaggaattttccatatggtttattggacttttccagctggatactcacaggcatatgcaatcctgccttgtcaaatccaactctttgtctccacccctct-cccctgacac-tttttctgacttttgttattttttatgtcaatgaacatttccaactagccatccaagtcacaaagggtgaataattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238278.000000
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s panTro2.chr21  16122249 43 +  46489110 TCTCCTTCCTTGTTCTAAGTCCCGGAGTAAATCATATTGTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17395601 79 +  48129895 GTCTACTATTTTTACTCATTCAGGGCTTGTCTCCAGTCTCCATTCCTTCTGCTCTTAGTTTAGAACTTCCTTGTATCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17395680 42 +  48129895 CCATGACTCTTTTCCCTATTTGGGGATCATTCTTCTCTGTTC
s panTro2.chr21  16122371 42 +  46489110 CCATGACTCTTTTCCCTATTTGGGGATCATTCTTCTCTGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712036 42 +  48394510 CCATGACTCTTTTCCCTATTTGGGGATCATTCTTCTCTGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165543948 42 - 196418989 ccatgactcttttccctatttagggatcattctcctctgttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=390120.000000
s hg19.chr21     17395722 43 +  48129895 TATAGTCCTCATTGCTTCCAGAGTGAGTTCACTAGAATATAAA
s panTro2.chr21  16122413 43 +  46489110 TATAGTCCTCATTGCTTCCAGAGTGAGTTCACTAGAATATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712078 43 +  48394510 TATAGTCCTCATTGCTTCCAGAGTGAGTTTACTAGAATATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165543990 43 - 196418989 catagtcctcattgcttccagagtgagtttactagaatataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78193.000000
s hg19.chr21     17395765 31 +  48129895 TATGTCATGCTACTCTTTTTAA-AAAAAGCCA
s panTro2.chr21  16122456 31 +  46489110 TATGTCATGCTACTCTTTTTAA-AAAAAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712121 32 +  48394510 TATGTCATGCTACTCATTTTAAGAAAAAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175281.000000
s hg19.chr21     17395796 23 +  48129895 TTTTT--AAAGGCTTCTCAATGCCC
s rheMac2.chr3  165544064 23 - 196418989 ttttt--aaaggcttctcactgcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712153 25 +  48394510 TTTTTTAAAGGGCTTCTCAGTGCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16122487 23 +  46489110 TTTTT--AAAGGCTTCTCAATGCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=988204.000000
s hg19.chr21     17395819 133 +  48129895 ACAGAA-TCAAGCTCATACT--CAACTTGATGTCATCAAAGATATTCAGGGATCATGTTCCTCCTCTCTCCTTTGTTCTTATCCTTCCCTTTCACATGCTTCTTCCTGTACCTGTACCTGTACCTGACATAAACAC
s panTro2.chr21  16122510 133 +  46489110 ACAGAA-TCAAGCTCATACT--CAACTTGATGTCATCAAAGATATTCAGGGATCATGTTCCTCCTCTCTCCTTTGTTCTTATCCTTCCCTTTCACATGCTTCTTCCTGTACCTGTACCTGTACCTGACATAAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712178 136 +  48394510 ACAGAACTCAAGCTCATACTACCATCTTGATGTCATGAAAGATATTCAGGGATCATGTTCCTCCTCTCTCCTTTGTTCTTATCCTTCCCTTTCACATGCTTCTTCCTGTACCTGTACCTGTATCTGACATACACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165544087 127 - 196418989 acagaa-tcaagctcatact--cattttgatgtcatcaaagatattcagggatcatgttcctcctctctcctttgttcttatcCTTCCCTTTCACATGCTTTTTCCTATATCTGTAAC------CGACATAAACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=215164.000000
s hg19.chr21     17395952 44 +  48129895 ATAAAGTAAGAAGATCTGGTTTGTATAGAAGATTAAATAAAACA
s panTro2.chr21  16122643 44 +  46489110 ATAAAGTAAGAAGATCTGGATTGTATAGAAGATTAAATAAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712314 44 +  48394510 ATAAAGTAAGAAGATCTGGTTTGTATAGAAGATTAAATAAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165544214 44 - 196418989 ATAAAGTAAGAAGATCTGGTGTGCACAGAAAATTAAATAAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=487852.000000
s hg19.chr21     17395996 55 +  48129895 CAATCTTTCAACATTCTTATGAAGTCTGTGAATTAAAATTATCACTTTAAAATTT
s panTro2.chr21  16122687 55 +  46489110 TAATCTTTCAACATTCTTATGAAGTCTGTGAATTAAAATTATCACTTTAAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712358 55 +  48394510 CAATCTTTCAACATTCTGATGAAGTCTGTGAATTAAAATTATCACTTTAAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=16641.000000
s hg19.chr21     17396051 30 +  48129895 TATATTAATCCCCTATAAACTG---TGTAAATA
s panTro2.chr21  16122742 30 +  46489110 TATATTAATCCCCTATAAACTG---TGTAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712413 30 +  48394510 TATATTAATCTCCGATAAACTG---TGTAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165544313 30 - 196418989 tatattaat---ttataaaCCGCATTGACAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=932656.000000
s hg19.chr21     17396081 98 +  48129895 TTTTTTACTTCTGATAAAACACATAAGATTATTTTTAGTAAAGATTGCCATAATACCTGGCTTAGCAATAGAAGGAGTAACATATATTTTTGGTTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165544343 98 - 196418989 TTTTTTACTTCTGATAAAACACTTAAGATTATTTTTAGTAAAGATTGCCATAATACCTGGCTTACCAATAGAAGGGGTAACATATATTTTTGGTTTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=610640.000000
s hg19.chr21     17396179 84 +  48129895 AATCAATTAAATGACAAATAAAATATGCTACTGTGTGACTTATGACCAATAAAAGGTGTAAATTGTGTAACTTGAACCTATGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712541 84 +  48394510 AATCAATTAAATGACAAAGAAAATATGCTACTGTGTGACTTATGACCAACAAAAAGTGTAAATTGTGTAACTTGAACCTATGAT
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s rheMac2.chr3  165544441 84 - 196418989 AATCAATTAAATCACAAAGAAAATATGCTAGTATGTGACTTATGACCAATAAAAGGTGTAAATTGTGTAACTTGAATCTATGGT
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a score=-103083.000000
s hg19.chr21     17396263 18 +  48129895 ATCTTAATTTATGATATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=65034.000000
s hg19.chr21     17396281 64 +  48129895 GTCATATTAGCAATGGATTGGCATTTTTTTGGTTGCTCAGAAAAAGCAAGAACAggccaggcgt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712643 64 +  48394510 GTCATATTAGCAACGGATTGGCATTTTTTTGGTTGCCTAGAAAAAGCAAGAACAggctaggcgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165544539 30 - 196418989 GTCATATTAGCAATGGATTAGCATTTTTTT----------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 159

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s ponAbe2.chr21  15712707  44 +  48394510 ggtggttcacacctgtaaccccagcactttgggaggctgaggca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16123036  44 +  46489110 ggtggctcacacctgtaaccccagcactttgggaggctgaggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165544569 159 - 196418989 I

a score=19288.000000
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s ponAbe2.chr21  15712751  37 +  48394510 ggcagatcacctgaggtcaggagtttgcgaccatcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165544569 159 - 196418989 I

a score=31055.000000
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s panTro2.chr21  16123117  66 +  46489110 ggccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattaaccaggagtggtggtgggcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15712788  66 +  48394510 ggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaattaaccaggagtggtggtgggcgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165544569 159 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165544569 159 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 159 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165544815 70 - 196418989 ttttttttcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGGCAAGAATATATCATACATTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165544937 82 - 196418989 GACTATTTGGGAACATGATTTACTGACGTATGATGTGGCCTGTAAGAAGAATCTGTATAGAAAAGTGGGGTTGGCTGAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17397331 46 +  48129895 ACTATAAGA-CAAGATATAATAAAAATGTAAAGAAGACATAATAGAA
s panTro2.chr21  16124028 45 +  46489110 ACTATAACA-CAAGATATAATAAAAATGTAAAGA-GACATAATAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15713710 47 +  48394510 ACTGTAAGACCAGGATATAATAAAAATGTAAAGAAGATATAATAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17397805 60 +  48129895 cCCCAGTGTAATTATCAGGTTCTTAACTACTTATGTCACAC-TGTTAGAATGACCATGGAT
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s hg19.chr21     17397865 186 +  48129895 TAACATGGATTAGTTTGTCACAATATGTAT-GGTTTTCTGGAATTGTAGAATATTAGGATCAGTGCCATGTATA-GAAGAATACTTGCTTCTTTGAGAAGTAGGAGCTGTCTGTCCA-TTTCTGGTCCAGGGACTAAAAGGGAAACTAATG--AGG---------------------------GAGGACTGACTATAAAGGTAACATAATGTAGT-GAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15714271 192 +  48394510 TAACATGGATTAGTTTGTCACAATAAGTATGGGTTTTCTGGAACTGTAGAATATTAGGATCAATGCCATGTATAGGAAAAATACTTCCTTCTTTGAGAAGTAGGAGCTGTCTGTCAGTTTTCTGGTCCAGGGACTAAAGGGGAAACTAATGCTAGG---------------------------GAGGACTGACTATAAAGGTAACATAATGTAGTGGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15714530 75 +  48394510 AGAACACTTGATTGAGCTTCTCAGAATAAGACAAAGGCCCCTAGGAAGAGGTGTTTGCTTCCTCATTTTCTAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546352 75 - 196418989 AGAACACTCGATCGTGCTTCTCAGAATAAGACAAAGGCCCCCAGGAAGAGGTGCTTGCTTCCTCATTTTCTAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16124897 68 +  46489110 CTTAATTTAAGCAAGCCAAGGAGTCAGTGAGCTGTCCCCACAGGATCCGATGGTTAGTGGG-AACACCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15714605 68 +  48394510 CTTAATTTAAGCAAGCCAAGGAGTCAGTGAGCTGTCCCCACAGGATCCGATGGTTAGTCGG-CGCACCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546427 69 - 196418989 CCTGATGTAAGCAGGCCTAGGAGTCAGTGAGCTGTCCCCACGGGATCTGACGGTTAGCAGGCCCCACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=683733.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546496 85 - 196418989 TTTAACTAAACCAAATCATCAAATTGTAGAAGTTTGATGCCAGAAAGGATCTTGAAAGACCATGTTCTCTACCATTTTTAACATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15714884 42 +  48394510 AACTTGTAGGTTAGGACTGTACTTGGAAGCAGTCTGTATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15714926 19 +  48394510 ATACTTACATATAATTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546751 19 - 196418989 ATACTTATATATTATTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15714945 68 +  48394510 TTCAACTAGCTATTAAGCATACATAAAGAATTTTTATCTTTTCCTTACCACATAGCTTTATAAttctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546770 68 - 196418989 CTCAACTAGCTATTAAACATATATACAGAATTTTTATGTTTTTCTCAGCACAGAGCTTTATAAttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17398601 45 +  48129895 ttttttttttc------ctttttgagacgcactgtcgctctgtcgcccagg
s panTro2.chr21  16125306 46 +  46489110 TTTTTCCCCCC-----ACtttttgagacggactgtcgctctgtcgcccagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15715013 51 +  48394510 ttttttttttttttttcctttttgagacggactctcgctctgtcgcccagg
i ponAbe2.chr21 C 0 I 465
s rheMac2.chr3  165546838 38 - 196418989 ttttttttttt-----------tgaaacgga--gtctctctgtcgcccagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17398646  37 +  48129895 ctggagtgcagtagcgtgatctcggctcactgcaagc
s panTro2.chr21  16125352  37 +  46489110 ctggagtgcagtagcgtgatctcggctcactgcaagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546876  37 - 196418989 ctggagtgcagtggtgtgatctcggcttaccacaagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=25884.000000
s hg19.chr21     17398683  45 +  48129895 tccacctcccaggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgag
s panTro2.chr21  16125389  45 +  46489110 tccacctcccaggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546913  45 - 196418989 tccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctccccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=22507.000000
s hg19.chr21     17398728  32 +  48129895 tagctggg-attacaggcgcccgccaccacgcc
s panTro2.chr21  16125434  32 +  46489110 tagctggg-attacaggcgcccgccactacgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546958  33 - 196418989 tagttgggaactatagccgcccgccaccatgcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165546991  28 - 196418989 tggctaatttttttttgtacttttagta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

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s rheMac2.chr3  165547019  48 - 196418989 gagac-gggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16125492  49 +  46489110 gagacggggtttcatcgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165547067  60 - 196418989 cgtgatccacccgccttggcctctcaaagtgctgggattacaggcgtgggccaccacacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=82617.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=949551.000000
s hg19.chr21     17398939 136 +  48129895 CTTTTCTGTCCTTCTATTCCTTTCTCCACCACTAATTTGTGTGATTTGGTCTGAGCTGAACGAGTGCTTTTGGCTCTAAGACCCTAGTTACTGATAACAGAATTTTCTCAGTTTTTGCTCATGCATTTCCCCAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165547171 136 - 196418989 CTTTTCTGTGCCTCTAATCCTTTCTCCACCAGTAATTTGTGTGATTTGGTCTGGACTTAATGAGTGCTTTTGGCTCCAAGACCTTAGTCACCGATAACAGAATTTTCTCAGTTTTTGCTTATGTCTTTCCCCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=887208.000000
s hg19.chr21     17399075 121 +  48129895 TACAGCTTGGAAAATCAAGTCCTGACCAGCGAATAGCCTTGAGGTTGGGCTAATATGTTCAATGAGTATTGTGGCTCTTCTCTACTGAAGTTCTCTGCCTTTCTGTCTATGGTGCACAGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16125781 121 +  46489110 TACAGCTTGGAAAATCAATTCCTGACCAGCGAATAGCCTTGAGGTTGGGCTAATATGTTCAATGAGTATTGTGGCTCTTCTCTACTGAAGGTCTCTGCCTTTCTGTCTATGGTGCACAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=463529.000000
s hg19.chr21     17399196  50 +  48129895 TCTACACCCATGCTCTCTCTGGATGCTTTAGTGTCATGATGGGTTTGGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165547428  50 - 196418989 TCTACACCTGTGCTCTCTCTGGGTGCTTCAGTGTCAGGATTGGTTTGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=763001.000000
s hg19.chr21     17399246 127 +  48129895 TTCCAGGGTGTCTGGGTCACTTCTCACTTGAAAAATAAATTGAAAACATCCTTTCGCCACTCTGAAGTGTGATGCTACTTTCCACGTTTTATCTTTAAAATTTGTTCTAAAAGAATGGCTGggccgg
s rheMac2.chr3  165547478 119 - 196418989 TGCCAGGGGGTTTGGGTCACTTCCCACTTGGAAAATAAATTGAAAACATCCTTTCCGCACTCTGAAGTGTGATGTTACTTTCCCCATTT--tctttaaaatttgctctaaaagaatggctg------
i rheMac2.chr3  C 0 I 35
s panTro2.chr21  16125952 127 +  46489110 TTCCAGGGGGTTTGGGTCACTTCTCACTTGAAAAATAAATTGAAAACATCCTTTCCCCACTCTGAAGTGTGATGCTACTTTCCACGTTTTATCTTTAAAATTCGTTCTAAAAGAATGGCTGggccgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=9746.000000
s hg19.chr21     17399373  35 +  48129895 gcgcggtggctcacgcctgtcatcccagcactttg
s panTro2.chr21  16126079  35 +  46489110 gcgcggtggctcacgcctgtcatcccagcactttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=10426.000000
s hg19.chr21     17399408  57 +  48129895 ggaggccgaggtgggcggaacacgaggtcaggagatcgagaccatcctgggtaacat
s panTro2.chr21  16126114  57 +  46489110 ggaggccgaggtgggcggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctgggtaacat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165547597  35 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=10581.000000
s hg19.chr21     17399465  40 +  48129895 ggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaaaatagct
s panTro2.chr21  16126171  40 +  46489110 ggtgaaaccccatctctactaaaaatataaaaaattagct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165547597  35 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=24054.000000
s hg19.chr21     17399505  60 +  48129895 gggcatggcggcgggcgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatggt
s panTro2.chr21  16126211  60 +  46489110 gggcatggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165547597  35 - 196418989 I
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a score=14787.000000
s hg19.chr21     17399565  51 +  48129895 gtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagattgtgccactgcact
s panTro2.chr21  16126271  51 +  46489110 gtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagattgtgccactgcact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165547597  35 - 196418989 I
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a score=9138.000000
s hg19.chr21     17399616  43 +  48129895 ccagcctgggcggcagagcgagacgccgtctcaaaaaaaaaaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165547597  35 - 196418989 I
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a score=16338.000000
s hg19.chr21     17399659  34 +  48129895 aaaagaaTGGCTGAGGGGTGATGACATTTAATCA
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i rheMac2.chr3  I 35 C 0
s panTro2.chr21  16126365  34 +  46489110 aaaagaaTGGCTGAGGGGTGATGACATTTAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=84718.000000
s hg19.chr21     17399693  43 +  48129895 ATGTATATCCAATAGTGGGGGAACTACACATGTGCAACATACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=974814.000000
s hg19.chr21     17399736 240 +  48129895 GAAGAATGAAATTCAGAAAAACAAGCAGATTAAAAAATATACACTC--ACTACCCAAACACATTTTGGTATGCAGACTTTTGCCATATTTTTTAAGAAGTTTGATTTGGCTGTGATCTTACTACTTTCGTGCATTTT---TGTTTTTTCCACTT-ATAACACATATATCTATTCCTCATATTTTAAATATTGTCTCCTTATTATTCCACAAAGTCAACTTTTCATAACATATGTGGTAATCTTTCT
s panTro2.chr21  16126442 240 +  46489110 GAAGAATGAAATTCAGAAAAACAAGCAGATTAAAAAATATACACTC--ACTACCCAAACACATTTTGATATGCAGACTTTTGCCATATTTTTTAAGAAGTTTGATTTGGCTGTGATCTTACTACTTTCGTGCATTTT---TGTTTTTTCCACTT-ATAACACATATATCTATTCCTCATATTTTAAATATTGTCTCCTTATTATTCCGCAAAGTCAACTTTTCATAACATATGTCGTAATCTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165547709 246 - 196418989 GAAGGATGAAATTCAGAAAAAAAAGCAGATTAAAAAATATACACCCTTACTACCCAAACATATTTTGATATGCAGATTTTTGCCATATTTTTTAAAAAGTTTGATTTAGCTGTGATCTTACTACTTTCATGCATTTTTTGTTTTTTTTCCACTTCATAACACATGTATCTATTCCTCACATTTTAAATATTATCTCATTATTATTCCACAAAGTCAACTTTTCATGACATGTGTGATAATTTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15715064 465 +  48394510 I

a score=1331373.000000
s hg19.chr21     17399976 177 +  48129895 AAAGAGTTCGAGGAGTTGTTTCTGCTAA-TTTTACTGTAATAAACAACTTTGTGCATT--GTCTTCCCAGCCTTCATATTTAAGATAATTCCTTAGAAC-TATTGTCAGAATCTAtgtggtagtttgcaaaattggccagatttttccatacttcctgcacttacgcccctttgcaatgtc
s panTro2.chr21  16126682 177 +  46489110 AAAGAGTTCGAGAAGTTGTTTCTGCTAA-TTTTACTGTAATAAACAACTTTGTGCATT--GTCTTCCCAGCCTTCATATTTAAGATAATTCCTTAGAAC-TATTGTCAGAATCTAtgtggtagtttgcaaaattggccagatttttccatacttcctgcacttacgcccctttgcaatgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15715529 179 +  48394510 AAAGAGTTTGAGGAGTTGTTTCTGCTAATTTTTACTGCAATAAACAACTTTGTGCATG-AGTCTTCCCAGCCTTCATATTTAAGATAATTCATTAGAAC-TATTGTCAGAGTCTAtgtggtagtttgcaaaactggccagatttttccatacttcctgcacttacgctcctttgcaatgtc
i ponAbe2.chr21 I 465 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=269025.000000
s hg19.chr21     17400153 55 +  48129895 attgagaaatttttcccatcaagagtgaagcct-gtttc-tccactacttgaatcag
s panTro2.chr21  16126859 55 +  46489110 attgagaaatttttcccatcaagagtgaagcct-gtttc-tccactacttgaatcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15715708 57 +  48394510 attgagaaatttttcccatcaagagtgaagcctngtttcntccactacctgaatcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548135 55 - 196418989 attgagaaatttttcccatcaagagcgaagcct-gtttc-tccactactttaatcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=140978.000000
s hg19.chr21     17400208 47 +  48129895 aacttgtgactcgattttaccaataaaatgcagcagaagcca-tattc
s panTro2.chr21  16126914 47 +  46489110 aacttgtgactcgattttaccaataacatgcagcagaagcca-tattc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15715765 48 +  48394510 aacttgtgacttgattttaccaataaaatgcagcagaaACCATTgtgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548190 47 - 196418989 aagctgtaacttgattttaccaataaaatgcagcagaagcca-tgtgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-60381.000000
s hg19.chr21     17400255 87 +  48129895 agtggctcacatctgtaatcccag-tactttgggaa--gccaagg--tgggaggattgcttga-ggccaggaatttgagaccag-cctgggcaa
s panTro2.chr21  16126961 87 +  46489110 agtggctcacatctgtaatcccag-tactttgggaa--gccaagg--tgggaggattgcttga-ggccaggaatttgagaccag-cctgggcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15715813 94 +  48394510 agtggctcacatctgtcatcccagttactttgggaaaggccaaagatgggaaggattgcttgagggctaggaatttgagaccagccctgggcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548237 87 - 196418989 agtggctcacatctgtaatcccag-tactttgggaa--gccaagg--tgggaggattgctgga-ggccaggaatttgagaccag-cctggacaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67938.000000
s hg19.chr21     17400342 67 +  48129895 cacaggaagacactgtctctacaaaaatctttttaaa-aaatatccaggcatggtggctcatgcctgt
s panTro2.chr21  16127048 67 +  46489110 cacaggaagacactgtctctacaaaaatcttttaaaa-aaatatccaggcatggtggctcatgcctgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15715907 68 +  48394510 cacaggaagacattgtctctataaaaatcttttaaaatatatatccaggcatggtggctcatgcctgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548324 68 - 196418989 cacaggaagacactgtctctacaaaaatctttaaaaaataatagccaggcatggtggctcatgcctgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=60888.000000
s hg19.chr21     17400409 36 +  48129895 agtcccagctactagggaggctgaggcaggaggatc
s panTro2.chr21  16127115 36 +  46489110 agtcccagctactagggaggctgaggcaggaggatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15715975 36 +  48394510 agtcccggctactagggaggctgaggcaggcggatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548392 36 - 196418989 agtcctggctactagggaggctgaggcaggaggatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30650.000000
s hg19.chr21     17400445 64 +  48129895 acttgagtccaagagtttgaggctgtagtgagctatgactgtaccaatacactccagccctggt
s rheMac2.chr3  165548428 64 - 196418989 acttgagcccaagagtttgaggctgtagtgagctatgactgcaccaatacactccagcccagat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15716011 64 +  48394510 tcttgagtctgagagtttgaggctgtagtgagctatgactgtaccaatacactccagcccaggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16127151 64 +  46489110 acttgagtccaagagtttgaggctgtagtgagctatgactgtaccaatacactccagccctggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-16150.000000
s hg19.chr21     17400509 47 +  48129895 ggaaaagtgagaccctgtcttt-aaaaaattaaataaaataaacagag
s panTro2.chr21  16127215 47 +  46489110 ggaaaagtgagaccttgtcttt-aaaaaattaaataaaataaacagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15716075 47 +  48394510 ggaaaagtgagaccctgtcttt-aaaaaaTTAAATAAaataaacagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548492 41 - 196418989 ggaaaag-------atgtctttaaaaaaattaaataaaataaacagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39319.000000
s hg19.chr21     17400556 22 +  48129895 caggaatgccaactgtgctagt
s panTro2.chr21  16127262 22 +  46489110 caggaatgccaactgtgctagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15716122 22 +  48394510 caggaatgccaactgggctagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548533 22 - 196418989 caggaatgccaactgtgctagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=97847.000000
s hg19.chr21     17400578 31 +  48129895 tccaaacctaggtcttaagaggtcttgcagc
s rheMac2.chr3  165548555 31 - 196418989 tccaaacctaagtcgtaagaggtcttgcagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15716144 31 +  48394510 tccaaacctaggtcttaagacgtcttgcagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=168752.000000
s hg19.chr21     17400609 31 +  48129895 ttctgctctgattcttgggctcctt-ccagct
s panTro2.chr21  16127315 31 +  46489110 ttctgctctgattcttgggctcctt-ccagct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548586 31 - 196418989 ttctgctctgattcttggactcctt-ccagct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16127346 34 +  46489110 agaggttcagaactcatttgcccctgtcactcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=185276.000000
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s panTro2.chr21  16127380 26 +  46489110 gctgattgtcag-ccaattgcagaagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15716476 35 +  48394510 TTTTGGTATTGATGAGTTGTTTCCCAAAAGTGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-126522.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15716511 25 +  48394510 GTAAAAAATTGGCCCTATCAATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548896 23 - 196418989 GTAAAAATTT-GCCCTATCAA-TAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165548919 146 - 196418989 TTTTGCTGCCTTCATCAGCCAGGCTTATA---TCATTGTAAATTTTTGCTAGTTTG-TAAAAGATAA-TTAGTATTTCGTTTTAAATTTAAGTGCAACATTTTAAAACCCAGTTTCCTCTTACCCCAATGAAATAGTTACTAATTTGATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=-122179.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165552266 151 - 196418989 CTTTCTATTTGTTGGATCCTGACA-TTTTCCAGGTAATATTAGGTAGATTTGTAGTTTTAAGATGAACATACCTATAAAATTAGGCTAAGTAATTAAATATGATATTCTAATAAATACCTTATGAATTATTAATACATGAATTTAATATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     17404734 8 +  48129895 AACACT-CT
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a score=254010.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15720320 100 +  48394510 AACCTTCAGGAGGCAATTTTAGAAGTTATTAGAATGATTTGATTGAGTGGATATGTCCTTGTGAGTCATCTATAAAGTACAGCATACATCACTTAATAAA
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s rheMac2.chr3  165552801 205 - 196418989 -----------ctgaggcaagcagatagcttgagctcaagactttgagatcagactggctaacatgacgaaaccccgtctctacactaaatacaaaaattagccgggcgtggtggcacagacctgtggtcccagctacttgggaggctgaggtgggaggattgtttaagcctgtgaggtggaggtttcagggagctgtgaccacgccactgcagtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15720452 216 +  48394510 actctgggagactgaggcaagcagatagcttgagctcaggagtttgagaccagactggccaaaatgacgaaaccctgtctctacacaaaatacaaaagttagtcagccgtggtggcatggacctgtggtcccagctacttgggaggctgaggtgggaggattgtttgagtctgggatgtggagattgcagtgagctgagaccatgacactacactc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16131579 216 +  46489110 actctgggagactgaggcaagcagatagcttgagctcaggagtttgagaccagactggccaacatgatgaaaccctgtctctacacaaaatacaaaagttagtcgggcgtggtggcacggacctatggtcccagctacttgggaggctgaggtgggaggattgtttgagcctgggatgtggaggttgcagtgagctgagaccaggacactgcactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16131795 39 +  46489110 cagctcaggtgacaaagtaagactttgtctc-aaaaagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17406688 20 +  48129895 CAGGGCCGACCAAAGCCTCG
s panTro2.chr21  16133397 20 +  46489110 CAGGGCCGACCAAAGCCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15722274 20 +  48394510 CAGGGCCGACCAAAGCCTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165554620 20 - 196418989 AAGGGCTACCCAAAGCCTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=895539.000000
s hg19.chr21     17406708 115 +  48129895 GAGGCCCTCCCTCTATTAAGTATCTTCTCTGTTACCCAGTTCTCCAGCAGTTAACTGGTTAACTTGTTAAGATGTAAATCTAAAAGAATCCCTGGGAAAATGGAACAGTGCGAAT
s panTro2.chr21  16133417 115 +  46489110 GAGGCCCTCCCTCTATTAAGTATCTTCTCTGTTACCCAGTTCTCCAGCAGTTAACTGGTTAACTTGTTAAGATGTAAATCTAAAAGAATCCCTGGGAAAATGGAACAGTGGGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15722294 115 +  48394510 GAGGCCCTCCCTCTATTAAGTATCTTCTCTGTTACCCAGTTCTCCAGCAGTTAACTGGTTAACTTGTTAAGATGTAAATCTAAAAGAATCCCTGGGAAAATGGAACAGTGGGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165554640 115 - 196418989 GAGGCCCTCCCTCTATTAAATATCTTCTCTGTTACCCAGTTCTCCAGCAGTTAACTGGTTAACTTGTTAAGATGTAAATCTAAAAGAATCCCTGGGAAAATGGAACAGTGGGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1253542.000000
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s panTro2.chr21  16133532 90 +  46489110 CTAGGGTTCTAAAATTTGTATTAGCAAAGGGTCTAAAACTCCTTTGTTTACATTGTCTTAATTATTAAAGAATCCAATAGTATTAAACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15722409 90 +  48394510 CTAGGGTTCTAAAATTTGTATTAGCAAAGGGTCTAAAACTCCTTTGTTTACATTGTCTTAATTATTAAAGAATCCAATAGCATTAAACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=402261.000000
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s panTro2.chr21  16133622 24 +  46489110 CTTGAGAGAATGTTTGCCCAGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15722499 24 +  48394510 CTTGAGAGAATGTTTGCCCAGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165554845 24 - 196418989 CTTGAGAGAATGTTTGCCCAGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1109668.000000
s hg19.chr21     17406937 67 +  48129895 AAGTCTATATTTTTGGCAAGCAATAAAATGTTGAATATAAATGAAAGCTATCCTGAATCCTGGCATA
s rheMac2.chr3  165554869 67 - 196418989 AAGTCTATATTTTTGGCAAGCAATAAAATGTTGAATATAAATGAAAGCTACCCTGAATCCTAGCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16133646 67 +  46489110 AAGTCTATATTTTTGGCAAGCAATAAAATGTTGAATATAAATGAAAGCTACCCTGAATCCTGGCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=931953.000000
s hg19.chr21     17407004 103 +  48129895 TGTGTCTCTACTATGTTATTTGCTTCCAGATTTTTTCCAAATGGATACTTTTAAACATATTTATCAGAATACTAAACTTATGCATCTCATTT---TTTAAATATGT
s panTro2.chr21  16133713 103 +  46489110 TGTGTCTCTACTATGTTATTTGCTTCCAGATTTTTTCCAAATGGATACTTTTAAACATATTTATCAGAATACTAAACTTACGCATCTCATTT---TTTAAATATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15722590 103 +  48394510 TGTGTCTCTACTATGTTATTTGCTTCCAGATTTTTTCCAAATGGATACTTTTAAACATATTTATCAGAATACTAAACTTACGCATCTCATTT---TTTAAATATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165554936 106 - 196418989 TGTGTCTCTACTATGTTATTTGCTTCCAGATTTTTTCCAAATGGATACTTTTAAACATATTTGTCAGAATACTAAACTTATGCATCTCATTTTTGTTTAAATATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209160.000000
s hg19.chr21     17407107 39 +  48129895 CTTAAAATTTTCCCCTTAGTTGCTAGGGTCTTCataatt
s panTro2.chr21  16133816 39 +  46489110 CTTAAAATTTTCCCCTTGGTTGCTAGGGTCTTCataatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15722693 39 +  48394510 CTTAAAATTTTCCCCTTGGTTGCTAGGGTCTTCataatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165555042 39 - 196418989 CTTAAAATTTTCCCCTAGGTTGCTATGGTCTTCTTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=509503.000000
s hg19.chr21     17407146 30 +  48129895 attattaaatataatCAATTTTCCAAGAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16133855 30 +  46489110 attattaaatataatCAATTTTCCAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=65053.000000
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s rheMac2.chr3  165555111 36 - 196418989 CACTTTCCAGTTTTGTACTGCCTAAACAACCTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16133885 36 +  46489110 CACTCTCCAGTTTTGtactgcctaaacaaccttgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17407212 53 +  48129895 TTGTGATCTTTTCTCCTTTTGAATGtattttcttggactacatttccagaaat
s rheMac2.chr3  165555147 53 - 196418989 TTATGATATTTTCTCCTTTTGAATAtattttcttggactacatttccggaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16133921 53 +  46489110 ttgtgatcttttctccttttgaatgtattttcttggactgcatttccagaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17407265 30 +  48129895 agaattactgaataaatggtttggaaatat
s panTro2.chr21  16133974 30 +  46489110 agaattactgaataaatggtttggaaatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165555200 30 - 196418989 agaattactgaataaatggtttggaaatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201632.000000
s hg19.chr21     17407295 47 +  48129895 ttacagctcataatatgaaatgccaaagtttttcaaaaaagAGTTTA
s panTro2.chr21  16134004 47 +  46489110 ttacggctcataatatgaaatgccaaagtttttcaaaaaagagttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=380049.000000
s hg19.chr21     17407342 83 +  48129895 AAACAATTTCTATCTCATAATATAGTATGTATATCAGTTTTGGTTATACTCCACTATTATGCATTACATTTAATTATACTTTC
s panTro2.chr21  16134051 83 +  46489110 aaacaatttctatctcaTAATATAGTATGTATATCAGTTTTGGTTGTACTGCACTATTATGCATTACATTTAATTATACTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15722928 82 +  48394510 AAACAATTTCTATCTCATAATATAGTATGCATATCAGTTTTGGTTATTCTCCACTATTATGCATTACATTTAattatacttt-
i ponAbe2.chr21 C 0 I 3476
s rheMac2.chr3  165555277 83 - 196418989 aaacaatttctatctcataatacagtatgtatatcagttttggttattctccacTATTATGCATTTTATTTAATTATACTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=121853.000000
s hg19.chr21     17407425 39 +  48129895 TTTAGTCTTTGTATTTTACTGTCCCACTTCCAGACTCAA
s rheMac2.chr3  165555360 39 - 196418989 TTTATTCTTTTCATTTTACTGTCCCACTTCCAGACTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 3476 C 0
s panTro2.chr21  16134134 39 +  46489110 TTTAGTCTTTGTATTTTACTGTCCCACTTCCAGACTCAA
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a score=342879.000000
s hg19.chr21     17407464 96 +  48129895 AGAAGATCATAGCCTCCTGGAGAACTAGGAGAGTGTATTTATTacttttgtatttatttacttctctataacattagaacaaggactaacacatac
s rheMac2.chr3  165555399 96 - 196418989 AGAAGATCCTAATTTCCTGGAGAACTAGGAAAGTGTATTTATTACTGTTGTATTTATTTACTTTTCTATAACATTAGAACAATGACTAACGCAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16134173 96 +  46489110 AGAAGATCATAGCCTCCTGGAGAACTAGGAGAGTGTATTTATTACTGTTGTATTTATTTACTTCTCTATAACATTAGAACAAGGACTAACACATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15726621 125 +  48394510 taagtaaacattaaatgtttgttgca-tTGATTTGAATTAATCATGGAAATTCTTTTTGCAGTTACAGTAACTGCCAAATTACTTCATGTTTTGGTGAATTACTTTATTATGATTTTAGCTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16134394 30 +  46489110 TCATTAACTGAGACTCGTGTTCCTCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15726746 30 +  48394510 TCATTAACTGAGACTCATGTTCCTCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165555668 32 - 196418989 atgaaatgcttcatgattttctgtgtcatcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=851845.000000
s hg19.chr21     17407765 67 +  48129895 taaaagaggacatgtttattttctctggattgtgccaattttaagatattttctgccaaagcatgca
s panTro2.chr21  16134474 67 +  46489110 taaaagaggacatgtttattttctctggattgtgccaattttaagatattttctgccaaagcatgca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15726893 53 +  48394510 TCATTTAATTTAATTTTACTCCTTCAGTAAGCAATTATATGACTTGAGTTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=147906.000000
s hg19.chr21     17407884 22 +  48129895 AGTTAGTATTTGAGATACAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150214.000000
s hg19.chr21     17407906 31 +  48129895 GAGGTTAAACATTTTTAATGTGTGTTTATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15726968 31 +  48394510 GAGGTTAAACATTTCTAATGTGTGTTTATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=511147.000000
s hg19.chr21     17407937 70 +  48129895 AAATGATATTCTTTATTTAGTGAGTTGTTTGCTCTTGAGTTTGCCCATTTGAATCTGGAGttttatttgt
s panTro2.chr21  16134646 70 +  46489110 AAATGATATTCTTTATTTAGTGAGTTGTTTGCTCTTGAGTTTGCCCATTTGAATCTGGAGttttatttgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155841.000000
s hg19.chr21     17408007 43 +  48129895 aaaataattataattaaattttaaaCTTTTCCTATTACATTTT
s panTro2.chr21  16134716 43 +  46489110 aaaataattataattacattttaaaCTTTTCCTATTACATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=381112.000000
s hg19.chr21     17408050 67 +  48129895 GCTCTAGA--TGTTTTTTAGCTTTTTTCAATTTTTGTTTATGGCTAAAATTCAGAAATTTCAAAATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=331482.000000
s hg19.chr21     17408117 76 +  48129895 ATAGTCTCATTTGTTTTGAGGGGAGCAGATACCTCTTTCTCTTAGATAGTTCAAAGGTTATTGACTACTACTTAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  15734738 56 +  48394510 TTCTTACCTTTAAAAATTAATTCAATACCTGATTGCCACTGTAAATATTTCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16142400 56 +  46489110 tttttacctttaaaaattaattCAATACCTGGTTGCCACCGTAAATATTTCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=183763.000000
s hg19.chr21     17415753 24 +  48129895 ATCACATGGTGAGGCAGACATAAA
s panTro2.chr21  16142456 24 +  46489110 ATCACATGGTGAGGCAGACATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15734794 24 +  48394510 ATCACATGGAGAGGCAGACATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165568242 24 - 196418989 ATCACATGGTGAGGCAGACATAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=178793.000000
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s panTro2.chr21  16142480 44 +  46489110 ACATAAGGCATAAGAAATAGGTCATATCTATTGAGAAGTATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149926.000000
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s panTro2.chr21  16142524 58 +  46489110 CAATAAGTAGTTGATAAGGGGAACAGAGCTATGGGACCAGGCATGGGGTATAttagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15734862 58 +  48394510 CAATAAGCAGTTGATAAGGGGAACAGAGCTATGGGACCAGGCATGGGGtgtattagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165568310 56 - 196418989 CAATAAGTAGTTGATAAGGGGAACAGAGCTATGGGACCAGGCACGGAGTG--TTCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1450372.000000
s hg19.chr21     17415879 541 +  48129895  
s panTro2.chr21  16142582 541 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15734920 542 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165568366 533 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=160142.000000
s hg19.chr21     17416420 49 +  48129895 TGAAAGATGTGTACCCCCTCCACACCTGCCAAACCCTTGGAAGGTTGGT
s panTro2.chr21  16143123 49 +  46489110 TGAAAGATGTGTACCCCCTCCACACCTGCCAAACCCTTGGAAGGTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15735462 48 +  48394510 TGAAAGATGTGTA-CCCCTCCACACCTGCCAAACCCTTGGAAGGTTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165568899 48 - 196418989 TGAAAGATGTGTA-CCCCTCCACGCCTGCCAAACCCTTGGAAGGTTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=540389.000000
s hg19.chr21     17416469 115 +  48129895 GGGAAGGCTGGATGACTGTCTCTCCCAGGTCCTATGTAACATTCTTGTTTTATTCCTCCGAGTTTGTGAGGGGTATTAGCGGAATTTGATAAAATTATCTCCACTTATTTACCAT
s rheMac2.chr3  165568947 115 - 196418989 GGGAAGGTTGGATGACTGTCTCTCCCATGTCCTATGTAACATTCTTGTTTTATTCCTTCAAGTTTGTGAGGGGTATTAGTGGAATTTGATAAAACTACCTCCACTTATTTACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15735510 112 +  48394510 GGGAAGGCTGGATGACTGTCTCTCCCAGG---AATAAAACTGTCTTGTTTTATTCCTCCGAGTTTGTGAGGGGTATTAGTGGAATTTGATAAAATTATCTCCACTTATTTACCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16143172 115 +  46489110 GGGAAGGCTGGATGACTGTCTCTCCCAGGTCCTATGTAACATTCTTGTTTTATTCCTCCGAGTTTGTGAGGGGTATTAGCGGAATTTGATAAAATTATCTCTACTTATTTACCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=440716.000000
s hg19.chr21     17416584 45 +  48129895 AAAATTAAAGTACGTTCTTGCGAAAAGGAGTTGTGTTGCAGCTTA
s rheMac2.chr3  165569062 45 - 196418989 AAAATTAAAGTACTTTCTTGGGAAAAGGAGTTGTGTTTCAGCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15735622 45 +  48394510 AAAATTAAAGTACTTTCTTGCGAAAAGGAGTTGTGTTTCAGCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16143287 45 +  46489110 AAAATTAAAGTACGTTCTTGCGAAAAGGAGTTGTGTTGCAGCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=345063.000000
s hg19.chr21     17416629 50 +  48129895 TGTTTTGTCAGTTGGATTCAAATTGTGTTGTATCCGATAATTTTTTTTTA
s rheMac2.chr3  165569107 50 - 196418989 TGTTTTGTCAGTTGGATTCCAATTGTGTTGTATCTGATAAATTTTTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15735667 49 +  48394510 TGTTTTGTCAGTTGGATTCAAATTGTGTTGTATCTGATAA-TTTTTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16143332 50 +  46489110 TGTTTTGTCAGTTGGATTCAAATTGTGTTGTATCTGATAATTTTTTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=155711.000000
s hg19.chr21     17416679 28 +  48129895 AGTTTGTGACATGTGGTTTTAATATTAT
s panTro2.chr21  16143382 28 +  46489110 AGTTTGCGACATGTGGTTTTAATATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15735716 28 +  48394510 AGTTTGTGACATGTGGTTTTAATATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165569157 28 - 196418989 AGTTTGTGACATGTGGTTTTAATATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17416707 142 +  48129895 ACTTTCCTAAATCCAGGATTGAAGGAGTTTCCCTTTCTCTTCTAGCTTCTATTTGATCTTTTTGGTTCATTTTTAGCGTAGAGTTTGTAAGTCGGGTTCTTACATTTCTCTTATTCCCAGAATTTCATTTCATGAATTGCGT
s panTro2.chr21  16143410 142 +  46489110 ACTTTCCTAAATCCAGGATTGAAGGAGTTTCCCTTTCTCTTCTAGCTTCTATTTGATCTTTTTGGTTCATTTTTAGCATAGAGTTTGTAAGTCAGGTTCTTACATTTCTCTTATTCCCAGAATTTCATTTCATGAATTGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15735744 142 +  48394510 ACTTTCCTAAATCCAGGATTGAAGGAGTTTCCCTTTCTCTTCTAGCTTCTATTTGATCTTTTTGGTTCATTTTTAGTGTAGAGTTTGTAAGTCAAGTTCTTACATTTCTCTTATTCCCAGAATTTCATTTCATGAATTGCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165569185 142 - 196418989 ACTTTCCTAAATCCAGGATTGAAGGAGTTTCCCTTTCTCTTCTGGCTTCTATTTGGTCTTTTTAGTTAATTTTTAGCATAGAGTTCGTAAGTCAAGTTCTTACATTTGTCTTATTCCCAGAATTTCATTTCATGAATTGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=448263.000000
s hg19.chr21     17416849 96 +  48129895 GGACAACTTTCTGAAACTTTTGTAGCATGACATGTCTGGATAATGACTTAACTTACCTCAAATATCTTATTGGTGTTCTTATTTTATAATGTCCTT
s panTro2.chr21  16143552 96 +  46489110 GGACAACTTTCTGAAACTTTTGTAGCATGACATGTCTGGATAATGACTTAACTTACCTCAAATATCTTATTGGTGTTCTTATTTTATAATGTCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15735886 96 +  48394510 GGACAACTTTCTGAAACTTTTGTAGCATGACATGTCTGGATAATGACTTAACTTACCTCAAATATTTTATTGGTGTTCTTATTTTATGATGTCCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165569327 96 - 196418989 GGGCAACTTTCTGAAACTTTTGTAGCATGACATGTCGGGAAAATGACTTAACTTACCTCAAATATTTTATTGGTGTTCTTATTTTATAATGTCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182259.000000
s hg19.chr21     17416945 29 +  48129895 TTTGTGACACAGTTTGTCTTGCCTTAATT
s panTro2.chr21  16143648 29 +  46489110 TTTGTGACACAGTTTGTCTTGCCTTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15735982 29 +  48394510 TTTGTGACACAGTTTGTCTTGCCTTAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165569423 29 - 196418989 TTTGTGACACAGTTTGTCTTGCCTTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 M 209

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15736011  36 +  48394510 GCTTATC---------TTGCCATTACTACTAATTGTCCAAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165569452 209 - 196418989 M

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s hg19.chr21     17417019  54 +  48129895 T----AAGAATGAGAAATGAAAATGAAAAATAAATGAGAAAAAGACATGTGAAATCTC
s ponAbe2.chr21  15736047  58 +  48394510 TGAATAAGAATGAGAAATGAAAATGAAAAATAAATGAGGAAAAGACATGTGAAATCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16143722  52 +  46489110 T------GAATGAGAAATGAAAATGAAAAATAAATGAGAAAAAGACATGTGAAATCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165569452 209 - 196418989 M

a score=872403.000000
s hg19.chr21     17417073  96 +  48129895 TTCATTCCCATACTCTTATCAGCAAAACAATGTTTCAGG-TTATCTGTTCCCCAACATGGAATTCTTCCTAATTCCCTTTCTGTCAGGCTGAGATTA
s ponAbe2.chr21  15736105  97 +  48394510 TTCATTCTCATACTCTTATCAGCAAAACAATGTTTCAAGGTTATCTGTTCCCCAACATGGAATTCTTCCTAATTCCCTTTCTGTCAGGCTGAGATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16143774  97 +  46489110 TTCATTCTCATACTCTTATCAGCAAAACAATGTTTCAGGGTTATCTGTTCCCCAAGATGGAATTCTTCCTAATTCCCTTTCTGTCAGGCTGAGATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165569452 209 - 196418989 M

a score=669958.000000
s hg19.chr21     17417169 54 +  48129895 TTTCTTGTGCACATAATTCCTCCTGTGGTCTCATTATTGCTGCAAAATATTTTA
s panTro2.chr21  16143871 54 +  46489110 TTTCTTGTGCACATAATTCCTCCTGTGGTCTCATTATTGCTGCAAAATATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15736202 54 +  48394510 TTTCTTGTGCACATAATTCCTCCTGTGGTCTCATTATTGCTGCAAAATATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165569663 54 - 196418989 TTTCTTGTGCACGTAATTCCTCCTGTGGTCTCGTTATTGCTGCAAAATACTTTA
i rheMac2.chr3  M 209 C 0

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s panTro2.chr21  16143925 40 +  46489110 AAATATATGTTTCATAGCCTGAAGTATTAGGGAAGTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165569717 40 - 196418989 AAATACATGTTTAATAGCCTGAAGTATTAAGGAAGTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=489320.000000
s hg19.chr21     17417263 56 +  48129895 ACCAAACTGCTCCTGGGAAATAAAATGAAGTATATTTGATTTTAAATACTCTTTTT
s panTro2.chr21  16143965 56 +  46489110 ACCAAACTGCTCCTGGGAAATAAAATGAAGTATATTTGATTTTAAATACTCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15736296 56 +  48394510 ACCAAACTGCTCCTGGGAAATAAAATGAAGTATATTTGATTTTAAATACTCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165569757 56 - 196418989 ACCAAACTGCTCCTGGGAAATAAAATGAAGTATATTTGATTTTAAATACTCTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=105962.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164330.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16144199  94 +  46489110 TAATT----ATTAATACTAAAGAA-TGGGGTTGAGGAGATTTCATTAAGATGAGTCAAAACTTACTCCTATTtttgtgttgttgt--tattgcttttg---------ttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15736530  99 +  48394510 TAATTATTCATTAATACTAAAGAATTGGGGTTGAGGAGATTTCATTAAGATGAGTCAAAACTTACTCCTATTtttgtgttgttgt--tattgcttttg---------ttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=25667.000000
s hg19.chr21     17417591 65 +  48129895 ttgttttGTGTAACTTTATCAACCAACAGTATGCACCAACCTCCTTTTGGCAAAACAGTGAACAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=385339.000000
s hg19.chr21     17417656 56 +  48129895 TATATCTCTCTTAAATGATAGTGCTTTATTATTTGAACTTTTTTCAAAAGACAACG
s rheMac2.chr3  165570170 56 - 196418989 TATATCTCTCTTAAATGATAGTGCTTTATTATTTGAACATTTTTCAAAGGACAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15736694 56 +  48394510 TGTATCTCTCTTAAATGATAGTGCTTTATTATTTGAACTTTTTTCAAAAGACAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16144358 56 +  46489110 TACATCTCTCTTAAATGATAGTGCTTTATTATTCGAACTTTTTTCAAAAGACAACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=336148.000000
s hg19.chr21     17417712 55 +  48129895 TTATTTTAACATGACGTAACTTAATATTACTGGAGAGTTTTCATTTTTAGCAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=556086.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16144467 77 +  46489110 TCAGAGCGCTTTATGTTAGGGTTTTATTAATTCCCATAACACATTTA-----TAAAGAAAGCCTTGGAAACAGCCCTTCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=374782.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16144544 108 +  46489110 AAGAGACGGTTACCATTCAGAGCTTGCTTCTGTGAGAAAACACCTCACCCAGAGTCTGAAAGGACCAGCGTTTAGCACCAACAGCCTCACTCCCCTCTCCCACAGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165570678 47 - 196418989 CCAAACCAACTGATTTCTGACAAAGACAACCTCAAACTCGGATAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16144906 62 +  46489110 aatcatgtgttgtattcccagccctgtcataaatttgcAATAATCTTGCCATAAAGAATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737243 62 +  48394510 aatcatgtgttgtattcccagccctgtcataaatttgcAATAATCTTGCCATAAAGAATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165570725 62 - 196418989 AACCATGTGTTGTATTCCCAGTGCTGTCATAAATCTGCAATAATCTTGTCACGAAGAATTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16144968 47 +  46489110 GTTTTTCTTGTCTCTCCTCCCCAAGTATTATTCATAACTCTACAGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165570787 43 - 196418989 GCTTTTC---TCTCTCCT-CCGTAGTATTATTCATAACTCTGCAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=365383.000000
s hg19.chr21     17418315 98 +  48129895 TTATTTCATCTATATACTCTAATTTTTTGATCATCTGTCTTCCTTAGAAGAAGCGATTATTTTATTTTTATCACCTTGATATCTTCAGCATCTACTAT
s panTro2.chr21  16145015 98 +  46489110 TTATTTCATCTATATACTCTAATTTTTTGATCATCTGTCTtccttagaagaagcgattattttatttttatcaccttgatatcttcagcatctactat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737352 98 +  48394510 TTATTTCGTCTATATACTCTAATTTTTTGATCATCTGTCTTCCTTAGAAGAGGCGATTATTTTATTTTTATCACcttgatatcttcagcatctactat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165570830 98 - 196418989 TTATTTCGTCTACATAGTCTAATTTTTTGATCATCTGTCTTCTTTAGAAGAGGCGATTATTTTATTTTTATCACCTTGATATATTCAGCATCTACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118048.000000
s hg19.chr21     17418413 32 +  48129895 TGTGGTTGGCTCAATAATGTGTGCTTGATAAC
s panTro2.chr21  16145113 32 +  46489110 tgtggttggctcaataatgtgtgcttgataac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737450 32 +  48394510 tgtggttggctcaataatgtgtgcttgataac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165570928 32 - 196418989 TGTGGTTGGCTCAATAATGTGTGCTTGATAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=197272.000000
s hg19.chr21     17418445 53 +  48129895 TTTTTGTTGATCAAGAAACAAAccactgactatttggagtacaagtcacttta
s panTro2.chr21  16145145 53 +  46489110 tttttgttgaTCAAGAAACAAAccactgactatttggagtacaagtcacttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737482 53 +  48394510 tttttgttgaTCAAGAAACAAACCATTGACTATTTGGAGTACAAGTCACTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165570960 53 - 196418989 TTTTTGTTGATCAAGAAAGAAAccactgactatttggagtacaagtcacttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=448018.000000
s hg19.chr21     17418498 74 +  48129895 taattcttggatgcagtttgcttagaaggaatcagaatagagaatttctaaagtttcaacta---ctaaaattttaC
s panTro2.chr21  16145198 74 +  46489110 taattcttgaatgcagtttgcttagaaggaatcagaatagagaatttctaaagtttcaacta---ctaaaattttaC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737535 72 +  48394510 TAATTCTTGGATGCAGTTTGCTTAGAAGGAATC-----AGAGAATTTCTAAAGTTTCAACTACTTCTAAAATTTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165571013 77 - 196418989 taattcttggatgcaatttgcttagaaggaatcagaatagagaatttctaaagtttcaactacttctaaaattttaC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184924.000000
s hg19.chr21     17418572 241 +  48129895 Cggccaggcgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacgaagtcaggagatcgagaccatcctgactaacacggtgaaaccccatctctacttaaaatataaaaaattagctgggtgtggtggcaagcgcctgtagtcccagctactcgggagggctgaggcaggagaatggcgtgaaccc-gggaggcggagcttgcagtgagcggagatcgcg
s rheMac2.chr3  165571090 239 - 196418989 Cggccgggcgcggtggctcaagcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggtgggaggatcacgaggccaggagatcgagaccatcctggctaatgcagtgaaaccctatctctactaaaaatacaaaaaactagccgggcgaggtggc-ggcgcctgtagtcccagctactcgggagg-ctgaggcaggagaatggcgggaaccc-gcgaggcggagcttgcagtgagttgagatcgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737607 241 +  48394510 CTgctgggcgaggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggtgggcggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaagaaattagccaggcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctacgcgggagg-ctgaggcaggagaatgacgtgaaccctggggggcagagcttgcagtgagccgagatcgcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16145272 240 +  46489110 Cggccgggcgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcgtggtagcgggcccctgtagtcccagctactcgggagg-ctgaggcaggagaatggcgtgaaccc-gggaggcggagcttgcagtgagcggagattgcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=37969.000000
s hg19.chr21     17418813 49 +  48129895 ccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactccgtctaaaaaaaa
s rheMac2.chr3  165571329 49 - 196418989 ccaccgcactccagcctgggcaacagagcgagactccgactcaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737848 49 +  48394510 ccactgcactccagcctgggcgacacagcgagactccgtctaaaaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16145512 49 +  46489110 ccactacactccagcctgggcgacagagccagactccgtctaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-37323.000000
s hg19.chr21     17418862 11 +  48129895 aaaa-----aaa---------------------TTAC
s panTro2.chr21  16145561  8 +  46489110 aaaa-----------------------------TTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737897 16 +  48394510 aaaaaaaaaaaa---------------------TTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165571378 37 - 196418989 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218207.000000
s hg19.chr21     17418873 32 +  48129895 CATTGATCTCTAGTTTCCTGTGGTTGACATGG
s panTro2.chr21  16145569 32 +  46489110 CATTGATCTCTAGTTTCCTGTGGTTGACATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737913 32 +  48394510 CATTGATCTCTAGTTTCCTTTGGTTGACATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165571415 32 - 196418989 TATTGATCTCTTGTTTCCTTTGGTTGACATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163415.000000
s hg19.chr21     17418905 26 +  48129895 ACATTTTTGGTTTTCCTTTTCTGTCT
s rheMac2.chr3  165571447 26 - 196418989 ACATTTTTAGTTTTCCTTTTCTGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737945 26 +  48394510 ACATTTTTAGTTTTCCTTTTCTGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16145601 26 +  46489110 ACATTTTTGGTTTTCCTTTTCTGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=17460.000000
s hg19.chr21     17418931 40 +  48129895 TGGATGTTGTTTTCTGCAGCTAGCCCTTTCTTGTCTTTTG
s rheMac2.chr3  165571473 34 - 196418989 TGGGTTTTGCATTCTGCAGCAAGCCCTTTC------TTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15737971 40 +  48394510 TGGGTGTTGTTTTCTGCAGCTAGCCCTTTCTTGTCTTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16145627 40 +  46489110 TGGATGTTGTTTTCTGCAGCTAGCCCTTTCTTGTCTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=109697.000000
s hg19.chr21     17418971 32 +  48129895 CATGTATTAGGAAACAAAGTCTAGCTTTTTGG
s rheMac2.chr3  165571507 30 - 196418989 TGTGTATTAGGAA--AAAGTCTAGCTTTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15738011 32 +  48394510 TAAGTATTAGGAAACAAAGTCTAGCTTTTTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=22472.000000
s hg19.chr21     17419003 56 +  48129895 ATATTCTTTTCTTTGTTTCTGTCTCTCCACATATATT---------TATTTTTAGAGGCAGTGTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15738043 56 +  48394510 ATATTCTTTTCTTTGTTTCTGTCTCTCCACATATATT---------TATTTTTAGAGGCGGTGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=187080.000000
s hg19.chr21     17419059 121 +  48129895 TAtgtttgggcttctataacaaaatgccataaactggatggctcataaacaacagtttttattactcactgttctggagactggacgtttaagatcgaggcattgacagggttggtgtttg
s panTro2.chr21  16145755 121 +  46489110 TAtgtttgggcttctataacaaaatgccataaactggatggctcataaacaacagtttttattactcactgttctggagactggacgtttaagatcgaggcattgacagggttggtgtttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15738099 121 +  48394510 TAtgtttgggcttctataacaaaatgccataaactggatggctcataaacaacagtttttattactcactgttctggagactggacgtttaagatcgaggcattgacacggtcggtgtttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165571602 116 - 196418989 TAtgtttgggcttctataacaaaatgccataaactggatgactcat----aaccgttcctattactcacagttctggagactggacgtttaagatcaaggcattgacagGGTC-CTGTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=188434.000000
s hg19.chr21     17419180 81 +  48129895 AAATGTTTCAGCATGCAGTGCTAAGGTTTAAGAATTCAGTGCTTCCTTTTAAAGAGTCACATTGGTTTGCAA----TTAAGTATT
s rheMac2.chr3  165571718 85 - 196418989 AAATGTTTCAGCATGCAGTGCTACGGTTTAAGAATTCAGTGCTTCCTTTTGAAGAGTCACATTGCTCTGTAATAATTTGAGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15738220 81 +  48394510 AAATGTTTCAGCATGCCGTGCTAAGGTTTAAGAATTCAGTGCTTCCTTTTAAAGAGTCACATTGGTTTGCAA----TTAAGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16145876 81 +  46489110 AAATGTTTCAGCATGCAGTGCTAAGGTTTAAGAATTCAGTGCTTCCTTTTAAAGAGTCACATTGGTTTGCAA----TTAAGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=323004.000000
s hg19.chr21     17419261 193 +  48129895 AGGAAATGAAGTTCTAATACTGCTTTGATGTAAGCTAGTGTGCTTGGCAATTTCTAAAT---------ACATTAAAATTGATTTCAGCAAGATGATAAAGATTTGTAGAAAAAGGCAATTATGTTTGCAGTGTCACAAATATCTTTTTATT----ATCCTTTTAGTCATTTCTCCTGAGTGACTAAAC-GCATTTCTCCTGAGTGAC
s rheMac2.chr3  165571803 188 - 196418989 AGGAAATGAAGTTCTAATATTGCTTTGATGTAAGCTAGTGTGCTTGGCAATTTCTAAATAAAAAAACTAAAATATAATTGATTTCAGCAAGATGATAAAGATTTGTAGAAATAGGCAACTATGTTTGCAGTGTGACAAATATCTTTTTTTTTTAAATCCTTTTAGTAATTTCTCCTAAGTAACTAAAG-------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 12
s ponAbe2.chr21  15738301 191 +  48394510 AGGAAATGAAGTTCTAATACTGCTTTGATGTAAGCTAGTGTGCTTGGCAATTTCTACATAAAAA----AAATCAAAGTTGATTTCAGCAAGATGATAAAGATTTGTAGAAAAAGGCAGTTATGTTTGCAGTGTGACAAATATCTTTTCATT----ATCCTTTTAGTCATTTCTCCTGAGTGACTAAAgagaa--------gggtgag
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s panTro2.chr21  16145957 186 +  46489110 AGGAAATGAAGTTCTAATACTCCTTTGATGTAAGCTAGTGTGCTTGGCAATTTCTAAAT---------AAATTAAAATTGATTTCAGCAAGATGATAAAGATTTGTAGAAAAAGGCAATTATGTTTGCAGTGCCACAAATATCTTTTTATT----ATCCTTTTAGTCATTTCTCCTGAGTGACTAAAGAGCA--------GGGTGag
i panTro2.chr21 C 0 I 1

a score=156694.000000
s hg19.chr21     17419454 71 +  48129895 tcaacgcattggttgagttggtgtttggtgaggg-cccttttcctggttcgtaggtgggacctctgtgaaag
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i panTro2.chr21 I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  165572003 72 - 196418989 tccaagcactggcagagttggtgtttggtgagggccccttttcctggttcataggtggagcctctgtgaaag
i rheMac2.chr3  I 12 C 0

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s panTro2.chr21  16146215 34 +  46489110 ctctt---ataggagctttctggggcccctttattag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15738564 34 +  48394510 ctctt---ataggagctttctggggcccctttgttag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165572075 37 - 196418989 ctcttatcataggaactttctgggactcctttattag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327886.000000
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s rheMac2.chr3  165572112 118 - 196418989 ggcactaatcccgatcatgagggctccaccctcggaatgtaatcacctccctaaagtcctgcctcctattgccctcccattggggattaggtttcaacatatgaacttgagggggaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15739666 102 +  48394510 AGCACATAGAGCGGGGGATTAACAGTCCTTCAATGTGATGCAGTCAT-AAAATGTTTAAAAAATACATTTAGATTTTAGGTAGTGATGGTTGAACTCTAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165573180 103 - 196418989 AGCACATACAGTGGGGCATTAACAGCCCTTCAATGTGATGTAGTCATAAAAATGTTTAAAAAATACGTTTAGATTTTAGATAGTGATGGTTGAATTCTAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=571518.000000
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a score=865270.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=567973.000000
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a score=345805.000000
s hg19.chr21     17421043 32 +  48129895 TAGAATCAAAGACAAAGAATGTAATGGTGTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=446936.000000
s hg19.chr21     17421075 46 +  48129895 CAGTCCTGGAATGTATAACCTCAAACAGATTGCAATATTTCTCTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=178509.000000
s hg19.chr21     17421121 39 +  48129895 CTTTGGCTGTTAATGTACTGCTTTCTCCAGCATTGAATA
s panTro2.chr21  16147811 39 +  46489110 CTTTGGCTGTTAATGTACTGCTTTCTCCAGCACTGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15740161 39 +  48394510 CTTTGGCTGTTAATGTACTGCTTTCTCCAGCATTGAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-100170.000000
s hg19.chr21     17421160 21 +  48129895 TGCCAGATACTTGTTTTTC------AC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165573966   8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165573966   8 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165573966   8 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 T 15 C 0
e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 T 82 C 0
e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165573966   8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966   8 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165573966   8 - 196418989 I

a score=22593.000000
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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

a score=17038.000000
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e rheMac2.chr3  165573966  8 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15741879 112 +  48394510 tgtgagaatgtggagg--agaaaacccttgtacactgttgatgagaatgtaaattagtacaaccgctattgagaagagtttggaggttcctcaacaaatctaaaaattgagcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165573966   8 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  16150407 477 +  46489110 ccatataattcagcaatcccactgctgggtatatacccaaaagaaagggaatcagtatatcgaagagacactgtactcctacatttgttgcagcactgtttacaatagctaagatttggaggcaacctaagtgtccatcaaccgatacatggataaaaaaaatgtggtacatatacacagtggagtactatttagccataaaaaagaatgagatccagtcatttgcaacaataacatggatggaactggagatcattatgttaagtaaaaaaagccaggcatagaaagacaaacattgcatgttctcacttatttatgggatctaaaaaagcaattgaattcatggacatagagagtagaaggatggttaccaaagggtggcaaagctactgggggttggtatagttaatagctacagaaaagaagtacttagaaagaatgaataaggcctactatttg----atagcataataggttgac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165573966   8 - 196418989 I

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s rheMac2.chr3  165573974 214 - 196418989 Gatagtcaataatgacttaattttacatttcataataacttaaggattacaattggattgttcttaactcaaagaataaatgcttgtgggatgcattattaccccattgctattactaccatattccctgatgtgcttatgtcacattgcatacccgtatcaaacatctcatgtaccccataaacatatacatctactctgtacccagaaaaat
i rheMac2.chr3  I 8 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165587895 566 - 196418989 I

a score=58266.000000
s hg19.chr21     17438638  68 +  48129895 tctgctgcccaggctggagtataatggtgtgatcttggctcactgcaacctctgtctactcgggttta
s ponAbe2.chr21  15756817  67 +  48394510 tctgttgcccaggctggagtatagtggtgtgattttggctcactgcaacctctatct-ctcgggttta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16165528  67 +  46489110 tctgctgcccaggctggagtataatggtgtgatcttggctcactgcaacctctatct-ctcgggttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165587895 566 - 196418989 I

a score=59833.000000
s hg19.chr21     17438706  54 +  48129895 agagattctcgtgcctcagcctccctagtagctgggattacaggcgtgtaccgc
s panTro2.chr21  16165595  54 +  46489110 agagattctcgtgcctcagcctccctagtagctgggattacaggcgtgtaccgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15756884  54 +  48394510 agagattctcgtgcctcagcctctctagtagctgggattacaggcgtgtaccac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165587895 566 - 196418989 I

a score=73078.000000
s hg19.chr21     17438760  71 +  48129895 catgcctggctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggtcaggctggtctcgaact
s ponAbe2.chr21  15756938  71 +  48394510 catgcctggctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggtcaggctggtctcgaact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16165649  71 +  46489110 catgcctggctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggtcaggctggtctcgaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165587895 566 - 196418989 I

a score=66786.000000
s hg19.chr21     17438831 74 +  48129895 cctgacctcatgtgatccaccagccttagcctcccaaagtgctgggaatacaggtgtgagccaccgtgcctgg--c
s rheMac2.chr3  165588461 76 - 196418989 cctgacctcacgtgatccacctgccttagcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgtgcctggTCC
i rheMac2.chr3  I 566 C 0
s ponAbe2.chr21  15757009 74 +  48394510 cctgacctcatgtgatccacctgccttagcctcccaaagtgctgggattacaggtatgagccaccgtgccggg--c
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16165720 74 +  46489110 cctgacctcatgtgatccaccagccttagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtaagccaccgtgcctgg--c
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-34723.000000
s hg19.chr21     17438905 10 +  48129895 TACAGATAAT
s panTro2.chr21  16165794 10 +  46489110 tACAGATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757083 10 +  48394510 cACAGATAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588537 10 - 196418989 CATAGAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73322.000000
s hg19.chr21     17438915 18 +  48129895 ATTTCTTTCTAATTCATC
s panTro2.chr21  16165804 18 +  46489110 ATTTCTTTCTAATTCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757093 18 +  48394510 ATTTCTTTCTAATTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588547 18 - 196418989 ATTTCTTTCTAATTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=316294.000000
s hg19.chr21     17438933 39 +  48129895 TGGatattaaaaataatttttatttGCATGAAAATCATT
s panTro2.chr21  16165822 39 +  46489110 TGGatattaaaaataatttttatttGCATGAAAATCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757111 39 +  48394510 TGGatattaaaaataatttttatttGCATGAAAATCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588565 39 - 196418989 TGGATATTAAAAACAATTTTTATTTGCATGAAAATCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=552999.000000
s hg19.chr21     17438972 40 +  48129895 ACTCTGAGACAATGAGATAGTCCTAGATACTTGGTGGCAA
s panTro2.chr21  16165861 40 +  46489110 ACTCAGAGACAATGAGATAGTCCTAGATACTTGGTGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757150 40 +  48394510 ACTCAGAGACAATGAGATAGTCCTAGATACTTGGTGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588604 40 - 196418989 ACTTAGAGACAAAGAGACAGTCCTAGATACTTGGTGGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=325207.000000
s hg19.chr21     17439012 26 +  48129895 CTTCTCAGATGAAAGGTTTTCATTTT
s panTro2.chr21  16165901 26 +  46489110 CTTCTCAGATGAAAGGTTTTCATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757190 26 +  48394510 CTTCTTAGATGAAAAGTTTTCGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588644 24 - 196418989 CTTCTCAGATGAAAGGTTTT--TTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=404387.000000
s hg19.chr21     17439038 33 +  48129895 TCTTTCTAAATTTCTCTGCTGTTTCTTGTATGT
s panTro2.chr21  16165927 33 +  46489110 TCTTTCTAAATTTCTCTCCTGTTTCTTGTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757216 33 +  48394510 TCTTTCTAAAGTTCTCTGCTGTTTCTTGTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588668 33 - 196418989 TCTTTCTAAAGTTCTCTGCTGTTTCTTGTATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=323538.000000
s hg19.chr21     17439071 40 +  48129895 AGGAAAAGAAATCATAGTAATTATAGACCATCAGATTCAA
s panTro2.chr21  16165960 40 +  46489110 AGGAAAAGAAATCATAGTAATTATAGACCATCAGATTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757249 40 +  48394510 AGGAAAAGAAATCATAGTAATTATAGACCATAAGATTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588701 40 - 196418989 AGGAAAGGAAATCATAGTAATTATAGACCATCAGATTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417236.000000
s hg19.chr21     17439111 29 +  48129895 GTTAAAAGTTGCTGAAACCTGTGGCTGTT
s panTro2.chr21  16166000 29 +  46489110 GTTAAAACTTGCTGAAACCTGTGGCTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757289 29 +  48394510 GTTAAAAGTTGCTGAAACCTGTGGCTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588741 29 - 196418989 GTTAAAAGTTGCTGAAACCTGTGGTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=316336.000000
s hg19.chr21     17439140 45 +  48129895 TTTTTCTAATAAAATATTTCTCATTAGCTGGTTAATCTGCTTGAA
s panTro2.chr21  16166029 45 +  46489110 TTTTTCTAATAAAATATTTCTCATTAGCTGGTTAATCTGCTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757318 45 +  48394510 TTTTTCTAATAAAATATTTCTCGTTAGCTGGTTAATCTGCTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588770 45 - 196418989 TTTTTCTAATAAAATATTTCTTGTTAGCTGATTAATCTGCTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=625195.000000
s hg19.chr21     17439185 59 +  48129895 GATTTTCTTTTCCTTTGGGTATTTAGATGTCATGATTTATTATGTTATCTTTATGAAGT
s panTro2.chr21  16166074 59 +  46489110 GATTTTCTTTTCCTTTGGGTATTTAGATGTCATGATTTATTATGTTATCTTTATGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757363 59 +  48394510 GATTTTCTTTTCCTTTGGGTATTTAGATGTCATGATTTATTATGTTATCTTTATGAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588815 59 - 196418989 GATTTTCTTTTCTTTGGGGTATTTAGATGTCATGATTTATTATGTTATCTTTACGAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-444843.000000
s hg19.chr21     17439244 14 +  48129895 AATTGTATC--------TTTAG
s panTro2.chr21  16166133 14 +  46489110 AATTGTATC--------TTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757422 22 +  48394510 AATTAATCCCATTAAATTTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165588874 12 - 196418989 AATTGTATC--------TTt--
i rheMac2.chr3  C 0 I 300

a score=422454.000000
s hg19.chr21     17439258 43 +  48129895 TAAATAATCCCATTAAAAGAGTTTGGGAACTTTGCAAGAGAAG
s panTro2.chr21  16166147 43 +  46489110 TAAATAATCCCATTAAAACAGTTTGGGAACTTTGCAAGAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757444 43 +  48394510 TAAATAATCCCATTAAAACAGTTTGGGAACTTTGCAAGAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165589186 40 - 196418989 taaataaTCCCATTAAAACAGTTTGGGAACTTCGCAAG---AG
i rheMac2.chr3  I 300 C 0

a score=-120405.000000
s hg19.chr21     17439301 37 +  48129895 AAGCCAGTTTTAAAAATTGAGGTGCCATGTTTTCCCA
s rheMac2.chr3  165589226 37 - 196418989 AAGCCAGTTTTAAAAATTGAGGTGCCATGTTTTCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757487 37 +  48394510 AAGCCAGTTTTAAAAATTGAGGTGCCATGTTTTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16166190 37 +  46489110 AAGCCAGTTTTAAAAATTGAGGTGCCATGTTTTCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=90167.000000
s hg19.chr21     17439338 23 +  48129895 CAGGGATACACTGTTCACCTTTT
s panTro2.chr21  16166227 23 +  46489110 CAGGGATACACTGTTCACCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757524 23 +  48394510 CAGGGATACACTGTTCACCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165589263 23 - 196418989 TAGGGATATACTGCTCGCCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=696739.000000
s hg19.chr21     17439361 64 +  48129895 GGAGGTCAATATAAACAAGATCAACCATAACTGTGCACTGAGAAGTGTTTTTTGGTATCAGAAT
s panTro2.chr21  16166250 64 +  46489110 GGAGGTCAATATAAACAAGATCAGCCATAACTGTGCACTGAGAAGTGTTTTTTGGTATCAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757547 64 +  48394510 GGAGGTCAATATAAACAAGATCAACCATAACTATGCACTGAGAAGTGTTTTTTGGTATCAGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165589286 64 - 196418989 GGAGGTCAGTATAAACAAGATCAACCGTAACTATGCACTGAGAAGTGTTTTTTGGTATTAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=289503.000000
s hg19.chr21     17439425 65 +  48129895 GTAGACTAATTGAACCATCAATGACACCTTTAAAATTCTTATGCCTTTCACATCCTATAAAGATG
s rheMac2.chr3  165589350 62 - 196418989 GTAGACTAATTGAAGCATCAATGGCACTTTTAAAATTCTTATGCTTTTCACATCCTATAAAG---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757611 65 +  48394510 GTAGACTAATTGAACCATCAATGACACCTTTAAAAGTCTTATGCCTTTCACATCCTATAAAGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16166314 65 +  46489110 GTAGACTAATTGAACCATCAATGACACCTTTAAAATTCTTATGCCTTTCACATCCTATAAAGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1253445.000000
s hg19.chr21     17439490 106 +  48129895 ATCATTATTAAATAGTTCAAGGGTTGTGTATTTGAAATCCAAAGCATAAACACTGAATTTTTAATCTATAAGTTTGTGGGCAAAAAGCAGTCAGATATTTAGGGCC
s panTro2.chr21  16166379 106 +  46489110 ATCATTATTAAATAGTTCAAGGGTTGTGTATTTGAAATCCAAAGCATAAACACTGAATTTTTAATCTATAAGTTTGTGGGCAAAAAGCAGTCAGATATTTAGGGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757676 106 +  48394510 ATCATTATTAAAGAGTTCAAGGGTTGTGTATTTGAAATCCAAAGCATGAACACTGAATTTTTAATCTATAAGTTTGTGGGCAAAAAGGAGTCAGATATTTAGGGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165589412 103 - 196418989 ---ATTATTAAAGACTTCAAGGGTTGTGTATTTGAAATCCAAAGCATAAACACTGAATTTTTAATCTATAAGTTTGTGCACAAAAAGCAGTCAGATATTTAGGGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1589046.000000
s hg19.chr21     17439596 88 +  48129895 ATTCTGATGATGAGCTGCATCTTGTTCTGTCATCTGAATGCTTGTCATTTTGTAGATGGGGGATAAACAGTGGTCTCTTCATGTTAAT
s panTro2.chr21  16166485 88 +  46489110 ATTCTGATGATAAGCTGCATCTTGTTCTGTCATCTGAATGCTTGTCATTTTGTAGACGGGGGATAAACAGTGGTCCCTTCATGTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757782 88 +  48394510 ATTCTGATGATGAGCTGCATCTTGTTCTGTCATCTGAATGCTTGTCATTTTGTAGATGGGGGATAAACAGTGGTCTCTTCATGCTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165589515 88 - 196418989 ATTATGATGATGAGCTGCATCTTGTTCTGTCATCTGAATGCTTGTCATTTTGTAGACGGGGGATAAACAGTGGTCTCTTCATGTTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75768.000000
s hg19.chr21     17439684 40 +  48129895 GAATATTTTCCATACTTATTAAAACTAAGTTTTTTTT---------AAT
s panTro2.chr21  16166573 40 +  46489110 GAATATTTTCCATACTTATTAAAACTAAGGTTTTTTT---------AAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757870 39 +  48394510 GAATATTTTCCATACTTATTAAAACTAAGATTTTTTT----------AT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1994236.000000
s hg19.chr21     17439724 99 +  48129895 AAGAATAAGTCAATGAGCAGACAGACAAGTTGCTTTTTATTATTTTTGTGTCTCTTTTCAAGTTCACTCTTCTTATAGAATGCATTGTATTATTCATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15757909 99 +  48394510 AAGAATAAGTCAATGAGCAGACAGACAAGTTGCTTTTTATTATTTTTGTGTCTCTTTTCAAGTTCACTCTTCTTATAGAATGCATTGTATTATTCATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165589652 99 - 196418989 AAGAATAAGTCAATGAGTAGACAGACAAGTTGCTTTTTATTATTTTTATGTCTCTTTTCAAGTTCACTCTTCTTATAGAATGCATTGTATTATTCATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1487448.000000
s hg19.chr21     17439823 66 +  48129895 AGTTAATGCGATTGGCTGCTATTTCACATTCTTACAGCCAATTTGTGCAGACTTCACTCTTTTGGT
s panTro2.chr21  16166712 66 +  46489110 AGTTAATGCGATTGGCTGCTATTTCACATTCTTACAGCCAATTTGTGCAGACTTCACTTTTTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15758008 66 +  48394510 AGTTAATGCGATTGGCTGCTATTTCATATTCTTACAGCCAATTTGTGCAGACTTCACTCTTTTGGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=629258.000000
s hg19.chr21     17439889 31 +  48129895 GAGATCATCATGATTGTATGTCTCAGGTTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1963699.000000
s hg19.chr21     17439920 80 +  48129895 GCTTTTGATCTTTGTAAAGAAGTTTGCTTTCCTTCATCCTGGGAACATAGATGACGTTTATATTCTCCATACAGTTATGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2234626.000000
s hg19.chr21     17440000 83 +  48129895 TATAAATGCATGTCTTTGATCTTATGGGAGGAGGTCATAAATTCCTTATCTATAGTAAAACTCAACCAATTAAAAATATCCTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16168621 71 +  46489110 TT----------TTTTTTACAGTGTGGATGAATGGCCAGGAATAATACAAATTGGCTTTACTTTCCAAGTTTATTATACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1680770.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16169307 12 +  46489110 tacacacacata
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17442503 80 +  48129895 TGTGGGAAGAAAATTGGTGGATTTTATTATTGAAATAAGCAGGCATGTTCATGCATATTTTTACGGCATGCATGGCTATG
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s hg19.chr21     17442677 91 +  48129895 ACAGTGAATATTAAAGACATATGTGCCTTCCAGTGTACAATGAATGAACCTGAACTGCTGTCAGGGTCTAGGAGGACAGTGTGGCCAATGC
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a score=1255780.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=520839.000000
s hg19.chr21     17442988 19 +  48129895 CTTTCTCTCTCTCTGCCTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=6115899.000000
s hg19.chr21     17443007 164 +  48129895 TCCATAGATTGTTTCTGTTTCATGCCCTGTCTCATTTCGCATAGCTAAAAAAGAATGCTAATTAAGATCCCTTGTCTTAACCTGAAAAATAATGACTCGGCTGTAATTAGAAATCTGGTGAGAGTTTAAAAATTCTGGTAGGGGACCAAAAACATCAGTTACGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1761298.000000
s hg19.chr21     17443171 48 +  48129895 TGCTTAGGAAGAAAATGAAGAATTATTTTTCTGAAATCAAGGTAAACA
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s hg19.chr21     17443219 24 +  48129895 TGGGAGAGGGGGGTTCCCCCCATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165593318 71 - 196418989 CAATTCAGATGAAAGAACTGC-TTTTTTTTTCCTATTTTTCTTTTTGTA--TGTGTGTTATAGATGGATCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16170323 40 +  46489110 AACGCTGTCTGGGCTTGGTGCCAAGGGCTGGTATTTCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15761636 40 +  48394510 AACGCTGTCTGGGCTTGGTGCCAAGGGCTGGTATTTCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165593389 40 - 196418989 AACGCTGTCTGGGCTTGGTGCCAAGGGCTGGTATTTCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8206258.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165593948 81 - 196418989 TTCTTAACAACATCAAACCTCTGTTTATATTGTCTGATCCCTCTTCTTATGAATGAATACATGCTTCTCCAAGTTGGGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1084352.000000
s hg19.chr21     17445432 36 +  48129895 ATCAACATTTTATTGAGTGTGCCATGTGGCGACAGC
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a score=846931.000000
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a score=529050.000000
s hg19.chr21     17448958 56 +  48129895 CCTGTTTACACATCTTGTGTCTACAACCCACTGCAATCCACAGGATGTTAAAAGAA
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a score=96477.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16176112 128 +  46489110 AGAACAATGTTGTGCACTTACCATATGTCAGAAACTGTGCAGGCAATAAAATGAGCCTCTCATGAACTCCAACTTCAACATTGTTATTGATTTTCATAATGAAAACACTATATCAATATATGTTCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165599190 128 - 196418989 CGAACAATGTTGTGCACTTACCATATGCCAGAAACTGTGCAGGCAATAAAATGAGCCTCTTGTGAGCTCCAACTTCAACATTGTTATTAATGTTCGTAATGAAAACACTATGTCAATATATGTTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15767793 73 +  48394510 CACTAGGCCCATGCATGTGGTGTAAAGACCTCAATAGCAGGTTGAAGGATCATATTCTGATTTTGCCTGTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165599553 72 - 196418989 CCCTAGGCCCATGGATGTGGTGTAAAGACCTCAATAGCAGGTTTAAGGATCATATTCTGA-TTTGCCTGTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17449674 36 +  48129895 TTACGCTATTCTC-GGTACAGTTAGAATTtgatatta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15767866 37 +  48394510 TTACGCTATTCTCTGGTACAGTTAGAATTtgatatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s hg19.chr21     17449710 38 +  48129895 ttttttctcgcaagattccttgatgttcgcattactaa
s panTro2.chr21  16176587 38 +  46489110 ttttttctcgcaagattccttgatgttcgcattactaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165599663 38 - 196418989 TTTtttctcccaagattccttgatattctcattactaa
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165599701 95 - 196418989 taattacctttgtgggaaagattcaaagttaacatagcagttcctttcattgcttATGAACTTACTGGGAAAGCACTTCAAGTATAGTACTTAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=29412.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165600162 25 - 196418989 TGTTTGTATACATTTAAATAAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17450230 62 +  48129895 taatGCAGTGTAGTTAAGTGCTATACCAGAGATGTATTTATGCTT-CATAAATACTTTTAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15768427 62 +  48394510 taataCAGTGTAGTTAAGTGCTATACCAGAGATGTATTTATGCTT-CATAAATACTTTTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165600187 60 - 196418989 TAATACAGTGTA---AAGTGCTATACCAGAGATGTATTTATGCTTGCATAAATACTTTTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17450292 38 +  48129895 TTTAATTTTACTTCACCTCTTTAACCAAGTTTTGTTTT
s panTro2.chr21  16177169 38 +  46489110 TTTAATTTTACTTCACCTCTTTAACCAAGTTTTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=483718.000000
s hg19.chr21     17450330 88 +  48129895 TATTTGAACAAGTTGTCAACCATTGTTATAATCATCAGTTTTATCCCATCAAATATTGGTTTCATTTAAAAAGTTGTTTAAAAAGACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165600285 87 - 196418989 TATTTGAACAAGTTGTCAACCATTGTTATAATCATCAGTTTTATCCCATCAAATATTGGTTTCATTTAAAAAGTTGTTTAAAAAGAT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=830146.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=362344.000000
s hg19.chr21     17450730 40 +  48129895 CTGTCCTTTAACAATCTCCATTGTACTCAGGAAGAAAATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772323 106 +  48394510 TAAAACGATGTTAAAAAGCTATAGTTT-CTTTTTTTCCCAAAAGTACTTTGTCCACCTTGAACATCACATAAATTTAAAGGAGAAGAGAGGAAATATCCTCTACAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604084 107 - 196418989 TAAAATGATATTAAAAGGCTATAGTTTTTCTTTTTTTCCAAAAGTACTTTGTCCACCTTGGACATCACATAAATTTAAAGGAGAAGAGAGGAAATATCCTCCATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=341933.000000
s hg19.chr21     17454223 66 +  48129895 CTACTTTTTAATTGTTATTTTTAGGGAGCTCTAAAGTAACTCTAAAGGTGTTTTTGACATAATATA
s panTro2.chr21  16181109 66 +  46489110 CTACTTTTTAATTGTTATTTTTAGGGAGCTCTAAAGTAACTCTAAAGGTGTTTTTGACATAATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772429 66 +  48394510 CTACTTTTTAATTGTTATTTTTAGGGAGCTCCAAAGTAACTCTAAAGGTGTTTTTGACATAATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604191 66 - 196418989 CtattttttaattattatttttaGGGAGCTCTAAACTAACTCTAAAGGTGTTTTTGACTGAATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=438512.000000
s hg19.chr21     17454289 39 +  48129895 ATTACCATTTACAGCCATGATCTCATTTCCATTTATTTA
s panTro2.chr21  16181175 39 +  46489110 ATTACCATTTACAGCCATGATCTCATTTCCATTTATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772495 39 +  48394510 ATTACCATTTACAGCCACGATCTCATTTCCATTTATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604257 39 - 196418989 ATTACCATTTACAGCCATGATCTCATTTCCATTCATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=929753.000000
s hg19.chr21     17454328 87 +  48129895 TTTTGAGATTCTGTTCCCACTCAGGGTTCTAATGGTGCAGGGGTGGTAGTAGGGTCAAGTTATTTTAAATAACGATCAAGGAAACAA
s panTro2.chr21  16181214 87 +  46489110 TTTTGAGATTCTGTTCCCACTCAGGGTTCTAATTGTGCAGGGGAGGTAGTAGGGTCAGGTTATTTTAAATAACGATCAAGGAAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772534 87 +  48394510 TTTTGAGATTCTGTTCCCACTCAGGGTTCTAATGGTGCAGGGGAGGTAGTAGGGTCAAGTTATTTTAAATAACGATCAAGAAAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604296 86 - 196418989 TTTTGAGATTCTGTTCCCACTCAGGGTTCTAATGGTGCAGGGGAGGTAGTAGGGTCAAAGTATTTTAAATAACGACCAAGGAAA-AA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=411139.000000
s hg19.chr21     17454415 45 +  48129895 TCTATTTTTAAAGGAAATAAGCTCTTTGTGCTATTGAACAAAGAT
s panTro2.chr21  16181301 45 +  46489110 TCTATTTTTAAAGGAAATAAGCTCTTTGTGCTATTGAACAAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772621 45 +  48394510 TCTATTTTTAAAGGAAATAAGCTCTTTGTGCTATTGAACAAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604382 45 - 196418989 TCTATTTTAAAAGGAAATAAGCTCTTTGTGCTATTGAAGAAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=501337.000000
s hg19.chr21     17454460 60 +  48129895 CGCTGCACTTGAAGTCTATTTGTTACTCCAAAATTATTTCAATGAgagtaggaatcagat
s panTro2.chr21  16181346 60 +  46489110 CACTGCACTTGAAGTCTATTTGTTACTCCAAAATTATTTCAATGAgagtaggaatcagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772666 60 +  48394510 CACTGCACTTGAAGTCTATTTGTTACTCCAAAATTATTTCAATGAgaataggaatcagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604427 60 - 196418989 CACTGGACTTGAAGTCTATTTATTACTCCAAAATTACTTCAATGAgaataggaatcaggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=750302.000000
s hg19.chr21     17454520 76 +  48129895 gatctcatatctattgctagctatgccactagtcatttgtgtgacattggaaaaCTGGTGTTTATTGGTTTATCAG
s panTro2.chr21  16181406 76 +  46489110 gatctcatatctattgctagctctgccactagtcatttgtgtgacattggaaaaCCGGTGTTTATTGGTTTATCAA
i panTro2.chr21 C 0 I 7
s ponAbe2.chr21  15772726 76 +  48394510 gatctcatatctattgctagctatgccactagtcattcgtgtgacattggaaaaCCGGTGTTTATTGGTTTATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 7
s rheMac2.chr3  165604487 76 - 196418989 gatctcatttctattgctagctatgccactagtcatttgtgtgacaatggaaaaCCAGTGTTTATTGGTTTATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 7

a score=368217.000000
s hg19.chr21     17454596 33 +  48129895 GATGGACAGGAGACCAGATCAGGACTTTCAACA
s panTro2.chr21  16181489 33 +  46489110 GATGGACAGGAGACCAGATCAGGACTTTCAACA
i panTro2.chr21 I 7 C 0
s ponAbe2.chr21  15772809 33 +  48394510 GATGGACAGGAGACCAGATCAGTACTTTCAACA
i ponAbe2.chr21 I 7 C 0
s rheMac2.chr3  165604570 33 - 196418989 GATGGACAGGAGACCAGATCAGGACTTTCAACA
i rheMac2.chr3  I 7 C 0

a score=-41669.000000
s hg19.chr21     17454629 9 +  48129895 ACTTTTCTT
s panTro2.chr21  16181522 9 +  46489110 ACCTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772842 9 +  48394510 ACTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=508972.000000
s hg19.chr21     17454638 137 +  48129895 AAAGTAGAATTCTTTCTTAAATAAAATCGACTCGGAATCTCAAAATATTTTTAGAAAGTGCAATGACCCTGTTTGGATTAGGGTTGGGAACCTCAGAGCTGTATTCTTTTACTCCTCATGCACTTTAGGTGGTGCCT
s panTro2.chr21  16181531 137 +  46489110 AAAGTAGAATTCTTTCTTAAATAAAATCGACTCAGAATCTCAAAATATTTTTAGAAAGTGCAATGACCCTGTTTGGATTAGGGTTGGGAACCTCAGAGCTGTATTCCTTTACTCCTCATGCACTTTAGGTGGTGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772851 137 +  48394510 AAAGTAGAATTCTTTCTTAAATAAAATCGACTCAGAATCTCAAAATATTTTTAGAAAGTGCAATGACCCTGTTTGGATTAGGGTTGGGAACCTCAGAGCTGTATTCTCTTACTCCTCAAGCACTTTAGGTGGTGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604612 137 - 196418989 AAAGTAGAATTCTTTCTTAAATAAAATAGACTCAGAATCCCAAAATATTTTTAGAAAATGCAATGACCCTGTTTGGATTAGGGTTGGGAACCTCAGAGCTGTATTCTTGTACTCCTCATGCACTTTAGGTGATGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=450984.000000
s hg19.chr21     17454775 98 +  48129895 AAGATGCCCTCATTACAGCCTCGTAACTCCATGAGAATAAAGCCACTAGAGTAGATAATTGTTGACATTGCTTAGAGTTTGAAAATTAGACTGTTTTT
s panTro2.chr21  16181668 98 +  46489110 AAGATGCCCTCATTACAGCCTCGTAACTCCATGAGAATAAAGCCACTAGAGTAGATAATTGTTTACATTGCTTAGAGTTTGAAAATTAGACTGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15772988 96 +  48394510 AAGATGCCCTCATTACAGCCTCATAACTCCATGAGAATAAAGCCACTAGAGTAGATAATTGTTTACATTGCCTAGAGTTCGAAAATTAGAC--TTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604749 98 - 196418989 AAGATGCCCTCATTACAGCCTCATAACTCCATGAGAATAAAGCCACTAGAGTAGATAATTGTTTACATTGCCTAGAGTTTGAAAGCGAGACTGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=-146954.000000
s hg19.chr21     17454873 14 +  48129895 TTTTTGTTGTT---GTT
s panTro2.chr21  16181766 14 +  46489110 TTGTTGTTGTT---GTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773084 14 +  48394510 TTGTTGTTGTT---GTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604848 17 - 196418989 TTGTTGTTGTTTTCGTT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=779955.000000
s hg19.chr21     17454887 94 +  48129895 TTGTTTTGGTTTTGCTTCTTTTGGTCAGCCATT----AATTAATATAAATTAAACTTCCACTAGATGGCAGTAGATCAAATCTTTGATCTTGACAATC
s panTro2.chr21  16181780 98 +  46489110 TTGTTTTGGTTTTGCTTCTTTTGGTCAGCCGttaataaattaatataaattaaaCTTCCACTAGATGGCAGTAGATCAAATCTTTGATCTTGACAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773098 98 +  48394510 TTGTTTTGGTTTTGCTTCTTTTGGTCAGCCattaataaattaatataaattaaaCTTCCACTAGATGGCAGTAGATCAAATCTTTGATCTTGACAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604865 98 - 196418989 TTGTTTTGGTTTTGCTTCTTTTGTTCAGCCGTTAATAAATTAATACAAATTAAACTTCCACTAGATGGCAGTAGATCAAATCTTTGATATTGACAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=637771.000000
s hg19.chr21     17454981 69 +  48129895 TTCAGTCTAATATTTAAAAGCACATATTTGGACTTCTTACACAAATTTTAGAAGAATTTTATTGTCTTA
s panTro2.chr21  16181878 49 +  46489110 TT--------------------CATATTTGGACTTCTTACACAAATTTTAGAAGAATTTTATTGTCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773196 69 +  48394510 TTCAGTCTAATATTTAAAAGCACATATTTGGACTTCTTACACACATTTTAGAAGAATTCTATTGTCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165604963 64 - 196418989 TT-----TAATATTTAAAAGCACGTATTTGGACTACTTACACAAATTTTAGAAGAATTCTATTGTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=731864.000000
s hg19.chr21     17455050 84 +  48129895 TATTTTAAACTTTAAAATTCTTTTTCAACCTCTGAATTTTCACTTGGTATTCTGTTTTCAAGACATTACGAACTATTGGTTAGT
s panTro2.chr21  16181927 84 +  46489110 TATTTTAAACTTTAAAATTCTTTTTCAACCTCTGAATTTTCACTTGGTATTCTGTTTTCAAGACATTACGAACTATTGGTTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773265 84 +  48394510 TATTTTAAACTTTAAAATTCTTTTTCAACCTCTGAATTTTCACTTGGTATTCTGTTTTCAAGACATTATGAACTATTGGTTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605027 79 - 196418989 TATTTTAAAC-TTAAAATTCTTTTTCAACCTCTGAATTTTCACTTGGTATTCTGTTTTCAAGACATT----ACTATTGGTTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=46298.000000
s hg19.chr21     17455134 25 +  48129895 CCAGTCTTTATGATGTCTGGT-AAAA
s panTro2.chr21  16182011 25 +  46489110 CCAGTCTTTACGATGTCTGGT-AAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773349 25 +  48394510 CCAGTCTTTATGATGCCTGGT-AAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605106 26 - 196418989 CCAGTCTTTATGGTGCATGGTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=775659.000000
s hg19.chr21     17455159 95 +  48129895 AATATTACTTGCTCTGATTATAGAAATTTTTAAAAATTGCATAATGTTCAAGTGAACACATTTTCATGAGCATCT-AAATTTATTATTCATACAGT
s panTro2.chr21  16182036 95 +  46489110 AATATTACTTGCTCTGATTATAGAAATTTTTAAAAATTGCATAATGTTCAAGTGAACACATTTTCATGAGCATCT-AAATTTATTATTCATAGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773374 96 +  48394510 AATATTACTTGCTCTGATTATAGAAATTTTTAAAAATTGCATAATGTTCAAGTGAACACATTTTCATGAGCATCTAAAATTCATTATTCATACAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605132 95 - 196418989 AATACTACTTGCTCTGATTATAGAAATTTTTAAAAATTGCATAATGTTCAAATGAACACATTTTCATGAGCATCT-AAATTTATTATTCATACAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=787835.000000
s hg19.chr21     17455254 114 +  48129895 CTTGATTTTACAGCTTCACTGGAAGGCTAATTTTTAACCCAAAATTTACAGTGACCTGGTCATTCATTTTGCTATCCCATAACGCCCACTCCCTTCCACAGCAATGCAATTCCA
s panTro2.chr21  16182131 114 +  46489110 CTTGATTTTACAGCTTCACTGGAAGGCTAATTTTTAACCCAAAATTTACAGTGACCTGGTCATTCATTTTTCTATCCCATAACGCCCACTCCCTTCCACAGCAATGCAATTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773470 114 +  48394510 CTTGATTATACAGCTTCACTGGAAGGCTAATTTTTAACCCAAAATTTACAGTGAGCTGGTCATTTATTTGTCTATCCCGTAACACCCACTCCCTTCCACGGCAATGCAATTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605227 114 - 196418989 CTTGATTTTACAGCTTCACTGGAAGTCTAATTTTTTGCCCAAAAGTTACAATGACCTGGTCATTCATTTCTCTATCCCATAACACCCACTCCCTTCCACAGCAATGAAATTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=331777.000000
s hg19.chr21     17455368 61 +  48129895 ATGATAGTCTGCATTGTGTATACTCTTAACTTTGCAGAGAGGGGATGCTTTCAAATTATAT
s panTro2.chr21  16182245 61 +  46489110 ATGATAGTCTGCATTGTGTATACTCTTAACTTTGCAGAGAGGGGATGCTTTCAAATTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773584 61 +  48394510 ATGATAGTCTGCATTGTGTATACTCTTAACTTTGCAGAGAGGGGTTGCTTTCAAATTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605341 61 - 196418989 ATGATAGTCTGCATTGTGTATACTCTTAACTTGGCAGAAAGGGGATGCTTTCTAATTATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=324532.000000
s hg19.chr21     17455429 27 +  48129895 TAGATGATGGGAATTTGTGATAAGGAT
s panTro2.chr21  16182306 27 +  46489110 TAGATGATGGGAATTTGTGATAAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773645 27 +  48394510 TAGATGATGGGAATTTGTGATAAGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605402 27 - 196418989 TAGATGATGGGAATTTGTGATAAGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=244199.000000
s hg19.chr21     17455456 66 +  48129895 AACTAGCGAAATGAGGTATCTCAGGAAGCTGCTTCATATCCCTAAGGTTAAAGGTATAGTAATTTC
s panTro2.chr21  16182333 66 +  46489110 AACTAGCGAAGTGAGGTATCTCAGGAAGCTGCTTCATATCCCTAAGGTTAAAGGTATAGTAACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773672 66 +  48394510 AACTATCGAAGTGAGGTATCTCAGGAAGCTGCTTCATATCCCTAAGGTTAAAGGTATAGTAACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605429 66 - 196418989 AGCTAGGGAAGTGAGGTATCTCAGGAAGTTGCTTCATAATCCTAAGGTTAAAGGTATAGTAGCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-22467.000000
s hg19.chr21     17455522 54 +  48129895 TTGGAGGTACAGAGCAACACCTTCCTTTGGGATTCAGCAGGTCCTCCTGGAACC
s panTro2.chr21  16182399 54 +  46489110 TTGGAGGGACAGAGCAACACCTTGCTTTGGGATTCAGCAGGTCCTCCTGGAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773738 54 +  48394510 ATGGAGACACAGAGCAACACCTTCCTTTGGGATTCAGCAGGTCCTCCTGGAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605495 53 - 196418989 ATGGAGGCACAGAGCAACACCATCCTTTGGGATT-AGCAGGTCCTCCAGGAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385414.000000
s hg19.chr21     17455576 74 +  48129895 CAACAGCTCTGGTACCCTCATGCCAACAATGAGCCTCCCAGAAGTTGCCTCTGCTCCTCTTTTTGGATACCACT
s panTro2.chr21  16182453 74 +  46489110 CAACAGCTCTGGTACCCTCATGCCAACAATGAGCCTCCCAGAAGTTGCCTCTGCTCCTCTTTTTGGATACCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773792 74 +  48394510 CAACAGCTCTGGTACCCTCGTGCCAACAATGAGCCTCCCAGAAGTTGCCTCTGCTCCTGTTTTTGGATACCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605548 74 - 196418989 CAACAGCTCTGGTACCCTCATGCCAACAATGAGCCTCCCAGAAGTTGCCTCAGCTCCTCTTTTTGGATACCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=321221.000000
s hg19.chr21     17455650 43 +  48129895 TATTTATACTCCCCAGGAAAGAAGAACTGGTTGAGTCAGTTTG
s panTro2.chr21  16182527 43 +  46489110 TATTTATACTCCCCAGGAAAGAAGAACTGGTTGAGTCAGTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773866 43 +  48394510 TATTTATACTCCCCAGGAAAGAAGAACTGGTTGAGTCAGTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605622 43 - 196418989 TATTTATACTCCCCAGGAAAGAAGAACTGGTTGAGTCAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83613.000000
s hg19.chr21     17455693 47 +  48129895 TTGTAGTTGTACACAGATCATCCCTTAAGTGCAGTCTCTTGCTAAGT
s panTro2.chr21  16182570 47 +  46489110 TTGTAGTTGTACACAGATCACCCCTTAAGTGCAGTCTCTTGCTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773909 43 +  48394510 TTGTAGTTGTACACAGATCACCCCTTAAGTGCAGTCTCTTGC----T
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605665 43 - 196418989 TTGTAGTTGTATACAGATCACCCCTTAAGGTCTGTCTCTTGC----C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148377.000000
s hg19.chr21     17455740 53 +  48129895 AAGTCCCCTGAGTTGGTTAGACCCGACTGAGGACAGCTTATTCTTTAACTAGt
s panTro2.chr21  16182617 53 +  46489110 AAGTCCCCTGAGTTGGTTAGACCCCATTGAGGACAGCTTATTCTTTAAATAGt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15773952 53 +  48394510 AAGTCCCCTGAGTTGGTTAGACCCAACTGAGGACAGCTTATTCTTTAAATAGt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=173616.000000
s hg19.chr21     17455793 97 +  48129895 gtattagtctgtctcatgctgctaaaaagacatccctgagactgggtaatttatcaaggaaagaggtttaatagactcatagttccacatggctggg
s panTro2.chr21  16182670 97 +  46489110 atattagtccgtctcatgctgctaaaaagatatccctgagactgggtaatttatcaaagaaagaggtttaatagactcatagttccacatggctggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774005 97 +  48394510 gtattagtccatctcatgctgctaaaaagacatccctgagactgggtaatttatcaaggaaagaggtttaatagactcatagttccacatggctggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605761 97 - 196418989 gtattagtccgtctcatgctgctaaaaagacatacctgagactgggtaatttatcaaggaaagaggttgaatagacgcacagttccacatggctggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=299535.000000
s hg19.chr21     17455890 231 +  48129895 gaggcctcacaatcgtggcagaagatgaaggaagcgcaaagggacgtcctacatggtggcaggcaagggagcatgtgcaagggaactcctctctataaaaccatcagatcccgtgagacttattcgctatcatgagaatggcacaggaaagactcgcccccatgatacaattacctcccatcgggtccctcccacaacactcgggaattatggaagccacaattcaaggtg
s panTro2.chr21  16182767 231 +  46489110 gaggcctcacaatcgtggcagaagttgaaggaagcgcaaacggacgtcctacatggtggcaggcaagggagcatgtgcaagggaactcctctctataaaaccatcagatcccgtgagacttattcgctatcatgagaatggcacaggaaagactcgcccccatgattcaattacctcccattgggtccctcccacaacactcgggaattatggaagccacaattcaaggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774102 231 +  48394510 gaggcctcacaatcatggcagaagatgaaggaagcacaaagggacgtcctacatggtggcaggcaagggagcatgtgcaagggaactcctctctataaaaccatcagatcccatgagacttatacgctatcatgagaatggcacaggaaagactcacccccatgattcaattacctcccattgggtccctcccacaacacttgggaattatggaagccacaattcaaggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165605858 231 - 196418989 gaggcctcacaatcatggcggaagatgaaggaagagcaaagggacgtcctatatggtggcaggcaagggagtttgtgcaagggaactcctctttataaaaccatcagatcccatgagacctattcgctatcatgagaatggcataggaaagactcacccccatgattcaattacctcccatcgggtccctcccacaacacttgggaatgatggaagctacaattcaaggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-33140.000000
s hg19.chr21     17456121 32 +  48129895 agatttggatggggacgcagacaaaccatatc
s rheMac2.chr3  165606089 32 - 196418989 agatttggatggagacacagccaaaccatatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774333 32 +  48394510 agatttggatggggacgcagccaaaccatatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16182998 32 +  46489110 agatttggatggggacgcagacaaaccatatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=86757.000000
s hg19.chr21     17456153 23 +  48129895 aAATAGCCAACATAAAAGGTCAA
s rheMac2.chr3  165606121 23 - 196418989 aAATAGTCAACATAAAAGGTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774365 23 +  48394510 aAATAGCCAACATAAAAGGTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16183030 23 +  46489110 aAATAGTCAACATAAAAGGTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1943481.000000
s hg19.chr21     17456176 237 +  48129895 AgtttatgcctgttttccaggtgaaactagtgatagctctagctccccattttactctcaaagtgatcccaattcaaaagctcaatgatatgatcaccTGAACACACAGTTATCTTTACCTTGAGAACTAAGTCTGATCTTCAAGCCAGAGTCGTA-GACACAAGACTTGTCTAATG-AAAATAATTGTCTGTGGCAACTTTCTTAGGAAGGAGCTGTGGGACACAGGTATTTAGAGTT
s panTro2.chr21  16183053 237 +  46489110 AgtttatgcctgttttccgggtgaaactagtgatagctctagctccccattttactctcaaagtgatcccaattcaaaagctcaatgatatgattaccTGAACACACAGTTATCTTTACCTTGAGAACTAAGTCTGATCTTCAAGCCAGAGTCGTA-GACACAAGACTTGTCTAATG-AAAATAATTGTCTGTGGCAACTTTCTTAGGAAGGAGCTGTGGGACACAGGTATTTAGAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774388 237 +  48394510 AgtttatgcctgttttccaggtgaaactagtgatagctctagctacccattttactctcaaagtgatcccaattcaaatgcttaatgatatgattaccTGAGCACACAGTTATCTTTACCTTGAGAACTAAGTCTGATCTTCAAGCCAGAGTCGTA-GACACAAGACTTGTCTAATG-AAAATAATTGTCTGTGGCAACTTTCTTAGGAAGGAGCTGTGGGACACAAGTATTTAGAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165606144 239 - 196418989 AgtttatgcctgttttccaggtgaaactagtgatagctctagctccccattttactctcaaagtgaccccaattcaaatgctcgatgatatgactaccTGACCACATGATCATCTTTACCTTGAGAACTAAGTCTGATCTTCAAGCCAGAGTCCTGTGACACAAGACTTGTCTAGTGAAAAAGAATTGTCTGCGGCAACTTTCCTAGGAAGGAGCTGTGAGGCACAGGTATTTAGAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1578378.000000
s hg19.chr21     17456413 132 +  48129895 GTATGAACTGCCAATTATGTAGTCCTTAGAAGAAAA-GAAAAGAGAAATTAAAGATGAAAGCTAACTTTAAACTCAAATTCCTACCTCACTGGTTCAATTTTATCCACTAGATACCATCTTTTTCTAATGCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774625 132 +  48394510 GTATGAACTGCCAATTACTTAGTCCTTAGAAGAAAA-GACAAGAGAAATTAAAGACGAAAGCTAACTTTAAACTCAAATTCCTACCTCACTGGTTCAATTTTATCCACTAGATACCATCTTTTTCTAATGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165606383 132 - 196418989 GTATAAACTGCC-ATTATGTAGTCCTTAGAAGAAAATAAAAAGAGAAATTAAAGACGAAAGCTAACTTTAAACTCAAATTCCTACCTCACTGGTTCAATTTTATCCATGAGATACTATCTATTTCTAATGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=660739.000000
s hg19.chr21     17456545 75 +  48129895 TGTGGAAAAGAGtattattttcattgttaaggatagtataaaactagaaaagaaattaagtggcttgcctgtatc
s panTro2.chr21  16183422 75 +  46489110 TGTGGAAAAGAGtattattttcattattaaggatagtataaagctagaaaagaaattaagtggcttgcctgtatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774757 75 +  48394510 TGTGGAAAAGAGTATTATTTTCATAATTAAGGATAGTATAAAGCTAGAAAAGAAATTAAGGGGCATGCCTGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165606515 75 - 196418989 TGTGGAAAAGAGTATTATTTTCATTATTAAGGACAGTATAAAGCTAAAAAAGAAATTAAGTGACTTGCCTGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=498370.000000
s hg19.chr21     17456620 34 +  48129895 acattgtaaatatcagag-agaattccaaAATTAG
s panTro2.chr21  16183497 34 +  46489110 acattgtaagtatcagag-aaaattccaaaattag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774832 34 +  48394510 ACATTGTAAATATCAGAG-AAAATTCCAAAATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165606590 35 - 196418989 ACATTGTAAATATCAGAGAAAAATTCCCAAATTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=587609.000000
s hg19.chr21     17456654 52 +  48129895 AACTTTAGAGATGGTTAGTCACAATCTATTAGGCATAAGTAGTAGACTGAGT
s panTro2.chr21  16183531 52 +  46489110 aacTTTAGAGATGGTTAGTCACAATCTATTAGGCATAAGTAGTAGATTGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165606625 52 - 196418989 AACTTTAGAGATGGTTAGTCACAATCTGTTATATATAAGTAGTAGACTGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=879577.000000
s hg19.chr21     17456706 65 +  48129895 CTTTTAATTATCACTCTGTATAATAATTCACATGCCACCAAATGTATTGGAAATAGTTATCTTTC
s panTro2.chr21  16183583 65 +  46489110 CTTTTAATTATCACTCTGTATAATAATTCACATGCCACCAAATGTATTGGAAATAGTTATCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165606677 65 - 196418989 CTTTTAATTATCACTCTTTATAATAATTCACATGCCACCAAATGTATTGGAAGTAGTTATCTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1789215.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15774983 159 +  48394510 CATCAAAATTATTACCCCAAATTCTTTAAGTAATCACATTTTTAGATTTTAAATACATTTTCTCCCACATTAGTCCTCTATCACTTT-AATGAGTATAGTTAATATAGTGAATCACAGATTCTAAAGCCCTTTCTC-TTTTTTTTGCCCTCAGAACAGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165606742 159 - 196418989 CATCAAAATTATTATCCCAAATTCTTTAAGTAATCATATTTTTAGATTTTAAATACATTTTCTCCCACATTTGTCCTCTATCACTTTAAATGAGTATAGTTAATACAGTGAATCATAGATTCTAAAGCCCTTTCTA--TTTTGTTGCCCTCAGTACAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=304921.000000
s hg19.chr21     17456931 133 +  48129895 TATAATGAaaaaaaaacttaagtgactgaaatgttcaacctgaggaagagaagccagactcactggtcccattcctcagaatgtagtttctttcagagagggctgtgatgaaattttggcctatctcaatgta
s panTro2.chr21  16183807 133 +  46489110 TATAATGAAAAAGAAAATTAAGTGACTGAAATGCTCAATCTGAGGAAGAAGAGCCAGACTGACTGGTCCCATTCCTCAGAATGTAGTTTCTTTCAGAGAGGGCTGTGATGAAATTTTGGCCTATCTCAGTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775142 132 +  48394510 TATAGtgaaaaaaaaa-ttaagtgactgaaatatttaatctgaggaagaagagcccgactcactggtaccattcctcagaatgtagtttctttcagagagggctgtgatgaaatttttgcttatctcaatgta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165606901 132 - 196418989 TGTAatgaaaaaaaaa-ataagtgactgaaacgtttaacctgaggaagaggagccagactcactggtaccattcctcagaatgtagtttatttcagagagggctgtgatgaaagttttgcttatctcaatgta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72830.000000
s hg19.chr21     17457064 29 +  48129895 caacaccagaaagagagatgatattataa
s panTro2.chr21  16183940 29 +  46489110 CAACACCAGAAAGGGAGATGATATTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775274 29 +  48394510 cgacaccagaaagagagatgatattataa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165607033 29 - 196418989 tgacaccagaaagagagatgatattataa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=335393.000000
s hg19.chr21     17457093 38 +  48129895 tttgagacattttgtttagaACGATTTCATGCATTCTT
s panTro2.chr21  16183969 38 +  46489110 TCTGAGACATTTTGTTTAGAACGATTTCATGCATTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775303 38 +  48394510 tttgagacattttgtttagaacaatttcatgcattctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165607062 38 - 196418989 tttaagacattttgtttagaacaatttcatgaattctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-67141.000000
s hg19.chr21     17457131 3 +  48129895 CTA
s panTro2.chr21  16184007 3 +  46489110 CTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775341 3 +  48394510 cta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165607100 3 - 196418989 cca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=236467.000000
s hg19.chr21     17457134 27 +  48129895 ATCAGAATGGGCTATTGAAAACATTTG
s panTro2.chr21  16184010 27 +  46489110 ATCAGAATGGGCTATTGAAAACATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775344 27 +  48394510 atcagaatgggctattgaaaacatttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165607103 27 - 196418989 atcagaatgggctattgaaaacatttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=675837.000000
s hg19.chr21     17457161 94 +  48129895 TGCTAAGCCTGTCCTCTGGAAATCATTTATTTCATTTGTGGTATTTCAAACATCATCGTGCTGAGTTGGAGGGCAGTGGCCATTATAGTCATAC
s panTro2.chr21  16184037 94 +  46489110 TGCTAAGCCTGTCCTCTGGAAATCATTTATTTCATTTGTGGTATTTCAAACATCATCGTGGTGAGTTGGAGGGCAGTGGCCATTATAGTCATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775371 94 +  48394510 tgctaagcctgtcctctggaaatcatttaTTTCATTTGCGGTATTTCAAACATCATCGTGCTGAGTTGGAGGGCAGCGGCCATTATAGTCATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165607130 94 - 196418989 tgctaagcttgttctctggaaatcatttaTTTCATTTGTGGTATTTCAAACATCATCGTGCTGAGGTGGAGGGCAGCAGCCATTATAGTCATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-133373.000000
s hg19.chr21     17457255 32 +  48129895 AAATAATACTGTATCACTTTGTTTAAAGTATA
s panTro2.chr21  16184131 32 +  46489110 AAATAATACTGTATCACTTTGTTTAAAGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775465 32 +  48394510 AAATAATACTGTATCACTTTGTTTAAAGTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165607224 32 - 196418989 AAATATTACCGTATCACATTGTTTAAAGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=252316.000000
s hg19.chr21     17457287 57 +  48129895 GAAAGACCCGCTTGTTGGTTGAAAACCTCCTATGTCTTTCTGaaagattagcttctg
s panTro2.chr21  16184163 57 +  46489110 GAAAGACCCGCTTGTTGGTTGAAAACCTCCTATGTCTTTCTGaaagattagcttctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775497 57 +  48394510 GAAAGACCCGCTTGTTGGTTGAAAACCTCCTATGTCTTTCTGaaagattagcttctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165607256 57 - 196418989 GAAAGACCCGCTTGTTGGTTGAAAACCTCCTATGTCTTTCTGaaagattagctcatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=162371.000000
s hg19.chr21     17457344 52 +  48129895 ttcaccaaattccatgttattttccttctcctgaatacaaagaaagagtaga
s rheMac2.chr3  165607313 52 - 196418989 ttcaccaaattccatcttattttccttctcctgagtacaaagaaagggtaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775554 52 +  48394510 ttcaccaaattccatattattttccttctcctgagtacaaagaaagagtaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16184220 52 +  46489110 ttcaccaaattccatgttattttccttctcctgaatacaaagaaagagtaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=88447.000000
s hg19.chr21     17457396 26 +  48129895 tttcttagccgctaaacggttaggtg
s rheMac2.chr3  165607365 26 - 196418989 tttcttagcccctaaacagttaggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775606 26 +  48394510 tttcttagcccctaaacggttaggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16184272 26 +  46489110 tttcttagccgctaaacggttaggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=270838.000000
s hg19.chr21     17457422 21 +  48129895 gcagcatgtgactaattctgg
s rheMac2.chr3  165607391 21 - 196418989 gcagcatgtgactaattctgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31641.000000
s hg19.chr21     17457443 46 +  48129895 ctcatgaaatttgatcagaaggcatcagagtcacttcaccgactct
s rheMac2.chr3  165607412 46 - 196418989 ctcatgaattttgatcagaaggcatcagagtcacttcaccgactct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775653 46 +  48394510 ctcatgaaatttgatcagaaggcatcagagtcacttcaccgactct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16184319 46 +  46489110 ctcatgaaatttgatcagaaggcatcagagtcacttcaccgactct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-306546.000000
s hg19.chr21     17457489 43 +  48129895 ggccTGTGTCCTGAGATGGCCAAGCTCCAGCATGGAAACAGCC
s rheMac2.chr3  165607458 43 - 196418989 ggccTGTGTCCTGAGATGGCCAAGCCCCTGCATGGAAACAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775699 43 +  48394510 ggccTGTGTCCTGAGATGGCCAAGCTCCAGCATGGAAACAGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=170022.000000
s hg19.chr21     17457532 68 +  48129895 TGGATTTCTAAGACTCTGCTTGGAAAGGAGCCGCACCAAAGTGAAGGATGAAGTGAAATACACTGAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15775742 68 +  48394510 TGGATTTCTAAGACTCTGCTTGGAAAGGAGCCGCACCAAAGTGAAGGATGAAGTGAAATACACTGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16185405  99 +  46489110 GACTGATCAGTGACAGTTTGGAAAACACGTATCTGGTGCAGCTAAATTTCTTTTTTTTT-CTCAGTTCTGTGGAACATAATACGGCATGAAAATATCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 2139
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15779766 356 +  48394510 Ttcactctgtcacccaggctggagtgtggtggcgtgatctcggctcactgcaacctccacctcctcggttcaagtgattctcgtgcctcagcctcccaagtagctgggtctgcaggcaggtgccaccatgcctggctaatttttgtaatttttagtagagacagggtttcactatgttggccaggctggtctcaaactcctgg-ccacaagtgatctgcccaccttggcctcccacagtgctgagattatgggcatgagtcaccgcaccaggccTACATATCTTTAAATAATGTATATGTGACTGCATGACTGCAGCATTGGTGTCTAGATAGATAATCAATTCATCTATAAACCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165616792 356 - 196418989 ttcactctgtcacctaggctggagtgcagtggtgcaatctcagctcactgcaacctccacctccctggttcaagcaattcttgtgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggcacatgccaccatgcctggctaatttttgtaatttttagtagagacagggttttgcttcgttggcca-gctggtcttgaactcctggcccccaagagatctgcccgccttggcctcccacagtgctgggattacatgcatgagtcaccgcaccaggccTACATATCTTTAAATAATGTATATGTGACTGCACAATTGCAGCATTGGTATCTAGATAGATAATCAATTCATCTATAAACCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=124092.000000
s hg19.chr21     17466683 88 +  48129895 CTATCAAGTAACTGTCTAAATATTTAAAATACAGTTCTTGTTTAGCTCATTCTTAGTTTTGATCACCTTTTTTTGTTGGGTGGTGGGG
s panTro2.chr21  16193645 88 +  46489110 CTATCAAGTAACTGTCTAAATATTTAAAATACAGTTCTTGTTTAGCTCATTCTTAGTTTTGATCACCTTTTTTTGTTGGGTGGTGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780122 88 +  48394510 CTATCAAGTAACTGTCTAAATATTTAAAATACAGTTCTTGTTTAGCTCATTCTTAGTTTTGATCACCTTTTTTTGTTAGGTGGTGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165617148 88 - 196418989 TGATCAAGTAACTGTCTAAATATTTAAAACACAGCTCTTGTTTAGATCTTTCTTAGTTGTGATGACCTTTTTCTGTTGGGTGGTGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=81290.000000
s hg19.chr21     17466771 80 +  48129895 AGCCCTGCTGGTCACTTTGAAAATATACTACGGTCAAATCTTCTGATATCCTGAAGGTTTCTTTCAGCTGGACTAAGCTC
s panTro2.chr21  16193733 80 +  46489110 AGCCCTGCTGGTCACTTTGAAAATATACTAAGGTCAAATCTTCTGGTATCCTGAAGGTTTCTTTCAGCTGGACTAAGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780210 80 +  48394510 AGCCCTGCTGGTCACTTTCAAAATATACTAAGGTCAAATCTTCTGATATCCTGAAGGTTTCTTTCAGCTGGATTAAGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165617236 80 - 196418989 AGCCCTGCTGGTCACTTTGAAAATCTACTAAGGTCAAATCTTCTGATATCCTGAAGGTTTCTTTCAGCTGGATTAAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=290982.000000
s hg19.chr21     17466851 77 +  48129895 CCAACTCCAGGCAAGCCCAAGTTTGTGGCCTCCCGCATTAGTGCTCTTTCTATCTACCAGAGTCGACAGTATTTGTT
s panTro2.chr21  16193813 77 +  46489110 CCAACTCCAGGCAAGCCCAAGTTTGTGGCCTCCCGCATTAGTGCTCTTTCTATCTACCAGAGTCGACAGTATTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780290 77 +  48394510 CCAACTCCAGGCAAGCCCAAGTTTGTGGACTCCCGCATTAATGCTCTTCCTATCTACCAGAGTTGACAGTATTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165617316 77 - 196418989 CTACCTCCAGGCAAGCCCAAGTTTGTGGCCTCCCATATTAATGCTCTTCCTATCTCCCAGAGTCGACCGTATTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26534.000000
s hg19.chr21     17466928 50 +  48129895 CGGCTCAGTATCTGAGTGTAGCTCACTCCAGTTAACTAGAGTTGTTGACT
s panTro2.chr21  16193890 50 +  46489110 CGGCTCAGTGTCTGAGGGTAGCTCACTCCAGTTAACTAGAGTTGTTGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780367 50 +  48394510 CAGCTCAGTGTCTGAGTGTAGCTCACTCCAATTAACTACAGTTGTTGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165617393 50 - 196418989 CAGCTCAGTGTCTGAGAGCAGCTCACTCCAATTAACTAGAGTTGTTGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=117231.000000
s hg19.chr21     17466978 42 +  48129895 TTTGCAGAAATAGAAGCAGTGGGATCCAACCGATATTTAGCT
s panTro2.chr21  16193940 42 +  46489110 TTTGCAGAAATAGAAGCAGTGGGATCCAACCGATATTTAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780417 40 +  48394510 TTTGCAGAAATGGAAGCAGTGGGATCCAACCG--ATTTAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165617443 42 - 196418989 TTTGCAGAAATGGAAGCAGTGGGATCCAACCGATACTTAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=64727.000000
s hg19.chr21     17467020 25 +  48129895 ACAATGCGAAAATGAGTGCAGTTGG
s rheMac2.chr3  165617485 25 - 196418989 GCAATACGAAAGTGAGTTCACTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780457 25 +  48394510 GCAATGCGAAAATGAGTGCAGTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16193982 25 +  46489110 GCAATGCGAAAATGAGTGCAGTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=306947.000000
s hg19.chr21     17467045 89 +  48129895 TACCTGATGTCCAAGTACAATGCACTGAAGTGTCAAGATTTTCACATACTTTCTGATAAATTGATTCTCCATATTCTGTCCCATCATTG
s rheMac2.chr3  165617510 89 - 196418989 TACCTGATGTCCAAGTAAGATGCACTGAAGTGTCAAGATTTTCACATTCTTTCTGATAAATTGATTCTCCAAATTCTGTCCCATCACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780482 89 +  48394510 TACCTGATGTCCAAGTACAATGCACTGAATTGTCAAGATTTTCACATACTTTCTGATAAATTGATTCTCCATATTCTGTCCCATCATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194007 89 +  46489110 TACCTGATGTCCAAGTACAATGCACTGAAGTGTCAAGATTTTCACATACTTTCTGATAAATTGATTCTCCATATTCTGTCCCATCATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=975932.000000
s hg19.chr21     17467134 231 +  48129895 ACATTAATGTGTAGTTGAAAGTCTCCAGTCCTGTATAGCCCAGCGAGAAGTTATTCCTTGTCAGCTTTGATTTGACACTGTCAAAGGTCATCTGGTACCCAGCAAGCCAGCCTCATCACCAAAGACAGCCAAACCATGGATTTGAAGTCCTGAAAAATAAAAGTCAACATCACAACCAAAGTGTATATATTCTCCTTGTAAC---AGGACTTGATCTTATCACTTTTCTCTCCT
s rheMac2.chr3  165617599 229 - 196418989 ACATTCGTGTGTAGTTGGAAGTCTCCAGTCCTATAAAGCCCACTGAGAAGTTATTCCTTGTCAGC-----TTTGACACTGTCAAAGGTCATCTGGTACCCAGCAAGCCAGCCTCATCACCAAAGACAGCCAAACCATGGATTTCAAGTCCTGAAAAATGAAAGTCAACATCACAACCAAAGTGTATACATTCTCGTTGTAACAGGAGGACTTGATCTTATCACTTTTCTCTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780571 231 +  48394510 ACATTAGTGTGTAGTTGAAAGTCTCCAGTCCTATATAGCCCAGAGAGAAGTTATTCCTTGTCAGCTTTGATTTGACACTGTCAAAGGTCATCTGGTACCCAGCAAGCCAGCCTCATCACCAAAGACAGCCAAACCATGGATTTTAAGTCCTGAAAAATGGAAGTCAACATCACAACCAAAGTGTATACATTCTCCTTGTAAC---AGGACTTGATCTTATCACTTTCCTGTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194096 231 +  46489110 ACATTAGTGTGTAGTTGAAAGTCTCCAGTCCTGTATAGCCCAGTGAGAAGTTATTCCTTGTCAGCTTTGATTTGACACTGTCAAAGGTCATCTGGTACCCTGCAAGCCAGCCTCATCACCAAAGACAGCCAAACCATGGATTTCAAGTCCTGAAAAATAAAAGTCAACATCACAACCAAAGTGTATACATTCTCCTTGTAAC---AGGACTTGATCTTATCACTTTTCTCTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=174134.000000
s hg19.chr21     17467365 46 +  48129895 GTGTTTGGTGAGAAGGTAGTATCTAATGTCAGTTTCAAACCTTGAA
s rheMac2.chr3  165617828 45 - 196418989 GTGTTTGGTAAGAAGATAGTATCTAATGTCAGTTTC-AACCTTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780802 46 +  48394510 GGGTTTGGTGAGAAGGTAGTATCTAATGTCAGTCTCAAATCTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194327 46 +  46489110 GTGTTTGGTGAGAAGGTAGTATCTAATGTCAGTTTCAAACCTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=148600.000000
s hg19.chr21     17467411 32 +  48129895 AAACCTGGTCTTTAACTGTGATTTCTGTTCCC
s panTro2.chr21  16194373 32 +  46489110 AAACCTGGTCTTTAACTGTGATTTCTGTTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780848 32 +  48394510 AAACCTGTCCTTTAACTGTGATATCTGTTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 7
s rheMac2.chr3  165617873 32 - 196418989 ACACCTGGTCTTTAACTGTGATTTCTGTTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=556987.000000
s hg19.chr21     17467443 133 +  48129895 AGAGTGTTCTGTTCCCAGAGTGTTCTACTTTTCTGTGAAAGTCAGATCATAATCACACCATTTATATTTGGTCTCCAACGTCCCAGTAATTTTACCAGTGTCTGTATGAGATGAACCAGATGTTG-AGAATTCC
s rheMac2.chr3  165617905 116 - 196418989 AGAGTGT----------------TCTACTTTTCTGTGAAAGTCAGATCATA-TCACACCATTTATATTTGGCCTCCAACATCCCAGTAATTTTACCAGTGTCTGTATTAGATGAAGCAGATGTTG-AGAATTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194405 133 +  46489110 AGAGTGTTCTGTTCCCAGAGTGTTCTACTTTTCTGTGAAAGTGAGATCATAATCACACCATTTATATTTGGTCTCCAACATCCCAGTAATTTTACCAGTGTCTGTATGAGATGAACCAGATGTTG-AGAATTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780887 111 +  48394510 -----------------------TCTACTTTTCTGTGAAATGCATATCATACTCACACCATTTATGTCTGGTCTCCAAAATCCTTTTAATTCTACCATTGTCTGTATGATATGAACCAAATGTTGAAGAATTCC
i ponAbe2.chr21 I 7 C 0

a score=16897.000000
s hg19.chr21     17467576 25 +  48129895 ATGCCACTGCGTGAC-TTTTTTTTTT
s rheMac2.chr3  165618021 24 - 196418989 ATGCCACTGCATGAC-TTTTTTTTT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194538 26 +  46489110 ATGCCACTGCATGACTTTTTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15780998 25 +  48394510 TGGCCGCTGCGTGAC-TTTATTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 705

a score=52200.000000
s hg19.chr21     17467601  25 +  48129895 TCACATCCAGTTTCACCAACCCTGA
s rheMac2.chr3  165618045  25 - 196418989 TCACATCCAGTTTCACCAACCCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194564  25 +  46489110 TCACATCCAGTTTCACCAACCCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=243336.000000
s hg19.chr21     17467626  64 +  48129895 ACCAAATCCTTTGTGGAAAGTATCTCTGACAGCTATGCCAAGGTCAGCATACGATGGAGGAATA
s rheMac2.chr3  165618070  64 - 196418989 GCCAACTCCTTTGTGGAAAGTATCTCTGACAGCTATGCCAAAGTCAGCATACGATGGAGGAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194589  64 +  46489110 ACCAAATCCTTTGTGGAAAGTATCTCTGACAGCTATGCCAAGGTCAGCATACGATGGAGGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=47218.000000
s hg19.chr21     17467690  81 +  48129895 CATTGGCCACACTGAGGTCTGTTTGTAGGTCACCATGGTGAAGACTTGGGAAGAGATAATCTGGTGGTCTCCAGATGGGGG
s panTro2.chr21  16194653  81 +  46489110 CATTGGCCACACTGAGGTCTGTTTGTAGGTCACCATGGTGAAGACTTGGGAAGAGATAATCTGGTGGTCTCCAGATGGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165618134  80 - 196418989 CACTGGCCACACTCAGGTCTGTCTGTAGGTCACCATGGTGAAGTCTTGGGAAGAGATAATCTGGTGGTCTCCGAAT-GGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=81934.000000
s hg19.chr21     17467771  96 +  48129895 GTGCTCCCACTGCTGTGCTCACAGCTGAGGCCACTGGGTTTGCCTGCTGTTGGGTCACAGCTGCCTCGACTGGAGGACAAAGTGGAGGCACATTTC
s rheMac2.chr3  165618214  96 - 196418989 TTGCTCCCACTGCTGTGCTCACAGCTGAGGCCACTGGGTTTGCCTGCCATGGGGTCACAGGTGCCTCAGCTGGAGGACAAAGTGGAGGCACCATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194734  96 +  46489110 GTGCTCCCACTGCTGTGCTCACAGCTGAGGCCACTGGGTTTGCCTGCTGTTGGGTCACAGCTGCCTCGGCTGGAGGACAAAGTGGAGGCACATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=40026.000000
s hg19.chr21     17467867  54 +  48129895 CACTTGCAGCCTGAATGTTTTCCAAATGTAAAAATATTTTTGAGCtgtattagt
s panTro2.chr21  16194830  54 +  46489110 CACTTGCAGCCTGAATGTTTTCAAAATGTAAAAATATTTTTGAGCtgtattagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165618310  51 - 196418989 CACTTGCAGTCTGAATGTTTTTAAAATGTAAAAATATTTTTGAGCtgtatt---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=71029.000000
s hg19.chr21     17467921  99 +  48129895 cagtgttctgcttagaaacagaatcagtaagatagatagcagtaaga----------------taggtaggtagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataga
s panTro2.chr21  16194884 115 +  46489110 cagtgttctgcttagaaacagaatcagtaagatagatagcagtaagataggtaggtaggtaggtaggtaggtaggtagatagatagatagatagatagatagatagatagataga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165618361  90 - 196418989 -agtgctttccttagaaacagaatcaatatgatagatagcagtaaga------------------------tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=183583.000000
s hg19.chr21     17468020 180 +  48129895 tagaagacaaaatgagccagccgtggtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggccaagatggaagggtcatgaggtcaggagttagagaccagcctgaccaacatggtgaaacttcgtctctactaaaaatacaaaaattaggtgggtgtggtggcgggcacctgtaatccca
s rheMac2.chr3  165618451 172 - 196418989 tagaAGACAAAATGagccagccgcagtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggccgaggtaggaggatcatgaggtcaggagttagagaccagcctgaccaatatggtgaaactgaatctctact--------aaaaattaggcgggcatggtggtgcatgcctgtaatccta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16194999 180 +  46489110 tagaAGACAAAATTagccagccgtggtggctcacacctgtaatcccagcactttgggaggccaaggtggaagggtcatgaggtcaggagttagagaccagcctgaccaacatggtgaaacttcgtctgtactaaaaatacaaaaattaggtgggtgtggtggcgggcacctgtaatccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=42847.000000
s hg19.chr21     17468200  29 +  48129895 gctactcaggaggctgaggcaggagaatc
s rheMac2.chr3  165618623  29 - 196418989 gctactcgtgaggctgaaggaggagaatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16195179  29 +  46489110 gctactcaggaggctgaggcaggagaatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=81234.000000
s hg19.chr21     17468229  77 +  48129895 gcttgaacctgggaggtggaggttgcagtgagccgagatcatgccattgcattccagccggggtgacagagcgagac
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16195208  77 +  46489110 gcttgaacctgggaggtggaggttgcagtgagctgagatcatgccattgcattccagccggggtggcagagcgagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=13574.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165618728  35 - 196418989 tcctgtctcaaaaaaaaaaa---aaagataaaatgaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=137794.000000
s hg19.chr21     17468333 112 +  48129895 tgtattatggaaattgactcacacagttatggaggtcaagaagtcccacgatctttcatctgcaacctggacaactaggaaagtcattgttgtaattcagcttgagttggag
s panTro2.chr21  16195322 112 +  46489110 tgtattatggaaattgactcacacagttatggaggtcaagaagtcccacgatctttcatctgcaacccggacaactaggaaagtcattgttgtaattcagcttgagttggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165618763 106 - 196418989 tgcattatggaaattggctcacacagttatggaggc---gaagtcccctgatgtttcatctgcaacctggagaactaggaaagtcattg---taattcagcttgagttggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15781023 705 +  48394510 I

a score=234744.000000
s hg19.chr21     17468445 122 +  48129895 ggactgattgtgtaaatcttagtccaaggccaaatggctgagaaccaggggcctccttggtataagttccatgcccaaaggcctgagaatcagaagctccgatgccctagggcagcataacc
s rheMac2.chr3  165618869 122 - 196418989 ggactgattatgtaaatcttagtccacggccaaatgactgagaaccaggggcctccttggtataaattccatgcccaaaggcctgagaatcagaagctccgatgcccaaggacagcataacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 705 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=435104.000000
s hg19.chr21     17468567 227 +  48129895 tggatgttccaccttaaggaaagagagctaaattcttcccttcctctgcttattttgttctatctgggcccacaaagtattggatggtgcacatccatattggtaggggcggatattctctacttagtctactgattcaaatgagaagctcttcaagaaacaccctcacagacacaccagaaataatattttaccagctatctgggtatcccttaacccagtcaagt
s panTro2.chr21  16195556 227 +  46489110 tggatgttccaccttaaggaaagagagctaaattcttcccttcctctgcttattttgttctatctgggcccacaaagtattggatggtgcacatccatattggtaggggcggatattctctacttagtctactgattcaaatgagaagctcttcaagaaacaccctcacagacataccagaaataatattttaccagctatctgggtatcccttaacccagtcaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15781850 207 +  48394510 tggatgttccagtttaaggaaagagagctaaattctccctttcctctgcttattttgttctatctgggcccacaaagtattggatggtgcacatctatattga--------------------tcagtctactgattcaaatgagaagctcttcaagaaacaccctcacagacacaccagaaataatattttaccagctatctgggtatcccttaacccagtcaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165618991 227 - 196418989 tggatgtcccagcttaaggaaagagagctaaattcttcccttcctctgcttattttgttctatctgggcctacaaaggattggatgatgcatatccatactggtagcagcagatcttctctacttagtctactgattcaaacgagaagctcttcaagaaacaccctcacagacacaccggaaataatattttaccagctacctgggtatcccttaacccagtcaagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385622.000000
s hg19.chr21     17468794 102 +  48129895 tgacttataaaattaaccatcacGTTAGCCTTATTTCTAGTCgtaaattcttggtaaatatttgttgaatgaacaaatGTCATATTCTTTTCCAACAACAAT
s rheMac2.chr3  165619218 102 - 196418989 tgacatgtaaaattaaccatcacaTTAACCTTATTTCTGGtagtaaattcttgataaatatttgttgaatgaacaaatGTCACATTCTTTTCCAATAATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15782057 102 +  48394510 tgacttataaaattaaccatcacaTTAGCCTTATTTCTAGTAGTAAATTCTTGGTAAATATTTGTTGCATGAACAAATGTCATATTCTTTTCCAACAATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16195783 102 +  46489110 tgacttataaaattaaccatcacGTTAGCCTTATTTCTAGTCGTAAATTCTTGGTAAATATTTGTTGAATGAACAAATGTCATATTCTTTTCCAACAACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=220748.000000
s hg19.chr21     17468896 60 +  48129895 AGCTATGTTTCTaataataattgttaccgagtgtttagtaagtaccaaactctagactac
s rheMac2.chr3  165619320 60 - 196418989 AGCTGTATTTCTACtaataactgttactgagtgtttagtaagtaccaaactctagactat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15782159 60 +  48394510 AGCTATGTTTCTACTAATAATTGttaccgagtgtttagtaagtaccaaactctagactac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16195885 60 +  46489110 AGCTATGTTTCTaataataattgttaccgagtgtttagtaagtaccaaactctagactac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=660685.000000
s hg19.chr21     17468956 131 +  48129895 gtttttatgattgaacctcatttagttctcacaactaattgtgatggaaaaaatgataaggaaactgaggcttagaaacatgaagtaacttgcctgaagttagacaactgatcagaagattgacccagaga
s rheMac2.chr3  165619380 127 - 196418989 gtttttatgattaaacctcatttagttctcacaacaaattgtgatggaaaa----ataaggaaactgaggcttagaaacatgacgaaacttgcctgaagttaaacaactgatcagaagattgacccagaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15782219 131 +  48394510 atttttatgattgaacctcatttagttctcacaactaattgtgatggaaaaaataataaggaaactgaggcttagaaacatgaagtaacttgcctgaagttaaacaactgatcagaagattgacccagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16195945 131 +  46489110 gttttcatgattgaacctcatttagttctcacagctaattgtgatggaaaaaatgataaggaaactgaggcttagaaacatgaagtaacttgcctgaagttaaacaactgatcagaagattgacccagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1180735.000000
s hg19.chr21     17469087 211 +  48129895 gcttgtctccagaatccagtctgaatcacaatctactgtgcctttattttagccactTATGAACAAATAAATTTAGTAACCCTCTT-GCTAAA-TATCTGGCACACATGGTTTGGTTGTATAGGATTGAAAATTTTTTTTGTACAGATATCACTTTTCATTAGAATTGTTGTAGTGATTAGCATGCTTATATTTTCCCAAATGTGCCATCTCT
s panTro2.chr21  16196076 212 +  46489110 gcttgtctccagaatccagtctgaatcacaatctactgtgcctttattttagccactTATGAACAAATCAATTTAGTAACCCTCTTGGCTAAC-TATCTGGCACACATGGTTTGGTTGTATAGGATTGAACATTTTTTTTGCACAGATATCACTTTTCATTAGAATTGTTGTAGTGATTAGCATGCTTATATTTTCCCAAATGTGCCATCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15782350 213 +  48394510 gcttgtctccagaatccagtctgaatcacaatctactgtgcctttattttagccactcATGAACAAATAAATTTAGTAACCCTCTTGGCTAAAATATCTGGCATACATAGTTTGGTTGTATAGGATTGAAAATTTTTTTTGCACGTATATCACTTTTCATGAGAATTGTTATAGTGATTAGCATGCTTATATTTTCCCAAATGTGCCATCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165619507 213 - 196418989 gcttgtctccagaatccagtctgaatcactaCCTACTGTGCCTTTATTTTAGCCACTCATGAACAAATAAATTTAGTAACCCTCTTGGCTAAAACATCTGGTACACATAGTTTAGTTGTATATGATTGAAAAAGTTTTTTGCACATATATTACTTTTCATTAGAATTGTTATAGTGATTAGCATGCTTATATTTTCCCAAAAGTGCCATCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=943649.000000
s hg19.chr21     17469298 154 +  48129895 CATCTCAAATTCTAAAGTCAATGAGTTGTCTTTAGGAGAAAGAACTGGTTTATATCTTTTAGGCTCAATTCTTGGAGTGATCAATCCTGCTAATGCTCATCTTCTTTCCAGTTAGTAAGGTCTGGGTCCTTGCACTTTTTTGGATTCTCTTTTT
s panTro2.chr21  16196288 154 +  46489110 CATCTCAAATTCTAAAGTCAATGAGTTGTCTTTAGGAGAAAGAACTGGTTTATATCTTTTAGGCTCAATTCTTGGAGTGATCAATCCTGCTAATGCTCATCTTCTTTCCAGTTAGTAAGGTCTGGGTCCTTGCACTTTTTTGGATTATCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15782563 154 +  48394510 CATCTCAAATTCTAAAGTCAATGAGTTGTCTCTAAGAGAAAGAACTGGTTTGTATCTTTTAGGCTCAATTCTTGGAGTGACCAATCCTGCTAATGCTCATCTTCTTTCCAGTTAGTAAGGTCTGGGTCCTTGCACTTTTCTGGATTCTCTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1181
s rheMac2.chr3  165619721 154 - 196418989 CATCACAAATTCTAAAGTCAATGAGTTGTCTTTAAGAAAAATAACTGGTTTATATCTTTTAGGCTCAATTCTTGGAGTGATCAATCCTCCTAATGCTCATCTTCTTTCCAGTTAGTAAAGTCTGGGTCCTTGAACTTTTTTGGATTCTCTTTTT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=412905.000000
s hg19.chr21     17469452   82 +  48129895 AAATGTAATAGAAAAGAAGTAGCTCTGGGCTTCGTCCAGTATGTTCCTGAATTGTGATGCAGTTGTCTGTAGTAAGGATATC
s rheMac2.chr3  165619875   82 - 196418989 AAATGTAATAGAAAAGAAGCAGCTTTGGGCTTTGTCCAGTGTGTTCCTGAGTTGTGATGCGGTTGTCTGTAGTAAGGATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16196442   82 +  46489110 AAATGTAATAGAAAAGAAGTAGCTTTGGGCTTCGTCCTGTATGTTCCTGAATTGTGATGCAGTTGTCTGTAGTAAGGGTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=318135.000000
s hg19.chr21     17469534   47 +  48129895 AATAACTGTGGA--------AGTGG-------------CGTTTCCCTCTAACCTCCTGGGAACAACAT
s panTro2.chr21  16196524   47 +  46489110 AATAACTGTGGA--------AGTGG-------------CGTTTCCCTCTAACCTCCTGGGAACAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165619957   68 - 196418989 AGTAACTGTGGAATGACAATAGTGATTCACATTGCCATTGTTTCCTTCTAACCTCCTGGGAACAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=596696.000000
s hg19.chr21     17469581   68 +  48129895 TTTTCACTGTGTGGGTTTGTCTGTGATGGAGAGAGCTGCAACAAAAACTGTGGTTGCCACCATTTTTA
s rheMac2.chr3  165620025   68 - 196418989 TTTTCACTGTGTGGGTTTGTCTGTGATGGAGAGAGCTACAACAAAAACTGTGGTTGCCACCATTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16196571   68 +  46489110 TTTTCACTGTGTGGGTTTGTCTGTGATGGAGAGAGCTGCAACAAAAACTGTGGTTGCCACCATTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=389575.000000
s hg19.chr21     17469649   39 +  48129895 CATAGGATGGAGGGATAGATACTTTTCATTGCGATTCAA
s panTro2.chr21  16196639   39 +  46489110 CATAGGATGGAGGGATAGATACTTTTCATTGCGATTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620093   39 - 196418989 CATCGGATGGAGGGATAGATACTTTTCATTGTGATTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=199300.000000
s hg19.chr21     17469688   32 +  48129895 AATAAGTAATTTCTGGCAGAAATAAAAAGGAT
s panTro2.chr21  16196678   32 +  46489110 AATAAGTAATTTCTGGCAGAAATAAAAAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620132   32 - 196418989 AATAAGTAATTTCTGGCAGAAATAAAAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=299607.000000
s hg19.chr21     17469720   77 +  48129895 TCTCTTGCTGTACTTATTCCATAGCTAGTGATTAATATTAATATTACACCTCCATAACCAGAGGCCTTTACTGTGCA
s panTro2.chr21  16196710   77 +  46489110 TCTCTTGCTGTACTTATTCCATAGCTAGTGATTAATATTAATATTACACCTCCATAACCAGAGGCCTTTACTGTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620164   77 - 196418989 TCTCTTGCTGTGCTTATTCCATAGCTAGTGACGAATATTAATATTACACCTCCATAACCAGAGGCCTTTACTGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=374054.000000
s hg19.chr21     17469797  166 +  48129895 TGACATTGGCAATGATACATCCTAAAAAAATTTGGGAAGTATGAGGATGCTTGAGATATGCCATGTTTTCCTTTTTTCCTTTCTAATTTTCTGCTTTCCTCTCTCCTTTTCTTTGTGGGCtgtgtgtgtgtg------tgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtACACTTT
s panTro2.chr21  16196787  162 +  46489110 TGACATTGGCAATGATACATCCTAAAAAAATTTGGGAAGTATGATGATGCTTGAGATATGCCATGTTTTCCTTTTTTACTTTCTAATTTTCTGCTTTCCTCTCTCCTTTTCTTTGTGGGCtgtgtgtgtgtg----------tgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtACACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620241  172 - 196418989 TGACTTTGGCAACGATACATCCTAAACAAATTTGGGAAGTATGATGATGCTTGAGATATGCCATGTTTTCCTTTTTTACTTTCTAATTTTCTGCTTTCCTCTCTCCTTTTCTTAATGGGCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtttgtgtgtatgtACACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=232740.000000
s hg19.chr21     17469963   32 +  48129895 GGTGTGtctcttaacaaagtcttttcatctca
s panTro2.chr21  16196949   32 +  46489110 GGTGTGTCTCTTAACAAAGTCTTTTCATCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620413   31 - 196418989 GGTGTGtctcttaa-aaagtcttttcatctca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=584150.000000
s hg19.chr21     17469995  126 +  48129895 agctccctgatatatgtggaatttgtccacccctctctgcctctgttttctctcgtagcttctatcattcccagcgtgaactataacctcctaactggtgtcttcacttgtgttctgtttccctat
s panTro2.chr21  16196981  126 +  46489110 AGCTCCCTGatatatctggaatttgtccacccctctctgcctctgttttctctcgtagcttctatcattcccagcgtgaactataacctcctaactggtgtcttcacttgtgttctgtttccctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620444  126 - 196418989 agctccctgatgtatctgcagtgcgtccacccctctctgcctctgctttctctcctagcttctatcattcccagcctgaactataacctcctaattggtgtctccagttgtgttctgtttccctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=51.000000
s hg19.chr21     17470121   29 +  48129895 tgttgattcaccgcatatcatttaaaaga
s panTro2.chr21  16197107   29 +  46489110 tgttgattcaccgcatatcatttaaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620570   29 - 196418989 tgttgattcaccacacactgtttaaaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=522226.000000
s hg19.chr21     17470150   76 +  48129895 tgttttacaaatgaaaatctgagcattcctgttgcttaaaaatatttggtggctaccTCAAATCCTTAATATTTCT
s panTro2.chr21  16197136   76 +  46489110 tgttttacaaatgaaaatctgagcattcctgttgcttaaaaatatttggtggctaccTCAAATCCTTAATATTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620599   76 - 196418989 tgttttacgaatgaaaatttgagcatccctgttgcttaaacatatttggtggctgccTCAAATCCTTAATATTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=724814.000000
s hg19.chr21     17470226  261 +  48129895 AATCTTCATGATTATGTTCCTGAAAATACTCTCTAGCTGCATTCATTTACTAGATCATTAGATTTTGTGTGTTTTTGGCTGTCATCATAGTAAGATATTTGTGTC----ATcagtacatatacacacacatacacacacgtgcctaaaacaaaagtttcacaaaaatacctaccttttctacACACACATATCCACGTACctatgtgacatagatgtataatatatgtgtgaatatttagtatatattactccccattacatggg
s panTro2.chr21  16197212  261 +  46489110 AATCTTCATGATTATGTTCCTGAAAATACTCTCTAGCCGCATTCATTTACTAGATCATTAGATTTTGTGTGTTTTTGGCTGTCATCATAGTAAGATATTTGTGTC----ATcagtacatatacacacacatacacacacgtgcctaaaacaaaagtttcacaaaaatacctacgttttctacACACACATATCCATGTACctatgtgacatagatgtataatatatgtgtgaatatttagtatatattactccccattacatggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620675  251 - 196418989 AATCTTCATGGTTATGTTCCTGAAAATATTCTCTAGCCACATTCATTTACTAGATCATCAGATTTGGTGTGTTTTTGGCTGTCATTATAGTAAGATATTTGTGTTATCAATcagtacacatacacatacatacacacacctgcctacaacaaaagtttcacaaaaatacctacgttttctacACATACATATCCATGTACCTATGTGACATAGATGTATAATATATGTATGAG--------------TACTCCCCATTAcatgga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=73429.000000
s hg19.chr21     17470487   88 +  48129895 accaggaaatatgtttgtcctatttgggtacttatggccaacattttgaattttgcccagtacagaataggtactcaggatatatttg
s panTro2.chr21  16197473   88 +  46489110 accaggaaatatgtttgtcctatttgggtacttatggccaacattttgaattttgcccagtacagaataggtactcaggatatatttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165620926   87 - 196418989 accagg-aatatgtttgtcctatttgggtacttatggccaacatttagaatttttcccagtacagaataggtacctaggatatatttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=-22073.000000
s hg19.chr21     17470575    2 +  48129895 tt
s panTro2.chr21  16197561    2 +  46489110 tt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165621013    2 - 196418989 tt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=-30371.000000
s hg19.chr21     17470577    8 +  48129895 TTTAAGAA
s panTro2.chr21  16197563    8 +  46489110 TTTAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165621015    8 - 196418989 gttaagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=-141141.000000
s hg19.chr21     17470585   41 +  48129895 CCCATAAGCTAAAATAAACTTTACAAAAGAATGCTATGTTA
s panTro2.chr21  16197571   41 +  46489110 CCCATAAGCTAAAATAATCTTTACAAAAGAATGCTATGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165621023   41 - 196418989 gtcataagctaaaataacctttataaaagaatggtatgtta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=149544.000000
s hg19.chr21     17470626   37 +  48129895 AGAAGCCATAAGCTAAAATAATCTTCATAAAAGAATG
s panTro2.chr21  16197612   37 +  46489110 AGAAGCCATAAGCTAAAATAATCTTCATAAAGGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165621064   37 - 196418989 agaagccataagctaaaataatctttatgaaagaatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=65749.000000
s hg19.chr21     17470663   30 +  48129895 CTATATAAGTGTTTCACCCTCAGGAGTTTC
s panTro2.chr21  16197649   30 +  46489110 CTATATAAGTGTTTCACCCTCAGCAGTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165621101   30 - 196418989 ctatgtAAGTGTTTCACGCTCAGGAGTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15782717 1181 +  48394510 I

a score=257178.000000
s hg19.chr21     17470693 33 +  48129895 CAATAAAATAATTTTTTGTAGGAAAAGCAAAGC
s panTro2.chr21  16197679 33 +  46489110 CAATACAATAGTTTTTTGTAGGAAAAGCAAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15783898 33 +  48394510 CAATAAAATAGTTTTTTGTAGGAAGAGCAAAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15786053 302 +  48394510 caggtttttctagatataagatcatgttgcctgcaaagagggacactttgacttcctcttttccaatttggattctttttatttttctcttgcttcattgctctgtctaggactttcagtattatgctaaataggagtggttaaagtgtgcattcttatcttgtttccagttcttgaggaaaggctttcagctttttcctattcagtgtaatgttagctatgggttttgtcatatatggactttattgtattgagatattttccttctatgcttaatttgttgaaggtttttatcaggaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165622996 657 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165622996 657 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16202441 108 +  46489110 ATCTCATTTAGAGCCAGACCAATTTAAGAGTAGGTTGAAACTGATAAGGAATTAAGTAAAGACCATTAGGTTACAGTTATAGAAGTAATACTTCAAATTTTGGGGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15788640 108 +  48394510 ATCTCACTCAGAGCCAGAGCAATTTAAGAGTACGTTGAAACTGATAAGGAATTAAGTAAAGACCATTAGGTTACAGTTATAGAAGTAATACTTTAAATTTTGATGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165625537 108 - 196418989 ATCTCATATAGAGCCAGAGCAATTGAAGAGTAGGTTGAAACTGATTAGGCATTAAGTAAAGACCATTAGGTTACAGTTATAGAAGTAATACTTTAAATTTTGATGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=142439.000000
s hg19.chr21     17475529 32 +  48129895 ATAACAATAACAAAAGAGAATTTTGCATAGGG
s panTro2.chr21  16202549 32 +  46489110 ATAGCAATAACAAAAGAAAATTTTGCATAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15788748 32 +  48394510 ATAACAATAACAAAAGAGAATTTTGCATAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165625645 32 - 196418989 ATAATAGTAACAAAAGATAATTTTGCATAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15788780 73 +  48394510 TGAAAGTTTCAAACGATTATGAGTAGCAAGAAAGCTCAGAAATCATAAATGTTGACAATTCTTAGAATGTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165625677 73 - 196418989 TGAAAGTTTCAAACGATTATGAGTTGCAAGAAAACTCAGAAATCATAAATATTGACAATTCTTAGAATGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=329947.000000
s hg19.chr21     17475634 42 +  48129895 AATCTCTTACATAACAGCAAAGATcattccaatttgtcaaaa
s panTro2.chr21  16202654 42 +  46489110 AATCTCTTACATAACAGCAAAGATcattccaatttgtcaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15788853 42 +  48394510 AATCTCTTACATAACAGCAAAGATcattccaatttgtcaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165625750 42 - 196418989 AATCACTTACATAACAGCAAAGATcattccaatttgtcaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=267825.000000
s hg19.chr21     17475676 63 +  48129895 cctctccaaatggaacagatattttatttgtgatttactaaggccaatgaacatgaagttttt
s rheMac2.chr3  165625792 63 - 196418989 tctctccaaatggaacaggcatttgatttgtgatttgctaaggcctatgaacatgaagttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16202696 63 +  46489110 tctctccaaatggaacagatattttatttgtgatttactaaggcctatgaacatgaagttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=363630.000000
s hg19.chr21     17475739 85 +  48129895 actttctttgttgtggccactccacctttatttgcatggcttaaagttttcactagatattttcgcccttttat-cacacgtcaca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15788958 85 +  48394510 actttctttgttgtggccactccacctttatttgcatggcttgatgttttcactagatattttcgcccttttat-cacacgtcaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16202759 85 +  46489110 acttcctttgttgtggccactccacctttatttgcgtggcttgaagttttcactagatattttcgcccttttat-cacacgtcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=122954.000000
s hg19.chr21     17475824 25 +  48129895 ttattgaccaataatgaacttcaaa
s rheMac2.chr3  165625941 25 - 196418989 ttattgaccagtaatgaacttgaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16202844 25 +  46489110 ttattgaccaataatgaacttgaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=362623.000000
s hg19.chr21     17475849 93 +  48129895 tttactaaaaaccctgtcattggtacttactcaacggtgcctttctacatatttgaaattttaattttgcaaattctaatagctgaattttac
s rheMac2.chr3  165625966 89 - 196418989 tttactaaaaaccttgtcattggtacttactcaactgtgcctttctgcatacttgaaatttt-attttttaaattctaatagctcaattt---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15789068 93 +  48394510 tttactaaaaaccctgccattggtacttactcaactgtgtctttctacatatttgaaattttaattttgcaaattctaatagctgaattttac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16202869 93 +  46489110 tttactaaaaaccctgtcattggtacttactcaactgtgcctttctacatatttgaaattttaattttgcaaattctaatagctgaattttac
i panTro2.chr21 C 0 I 1

a score=218172.000000
s hg19.chr21     17475942 33 +  48129895 ttttttcattaaattttatcttgttagattgga
s panTro2.chr21  16202963 33 +  46489110 ttttttcattaaattttatcttgttagattgga
i panTro2.chr21 I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  15789161 33 +  48394510 ttttttcattaatttttatctcgttagattgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165626055 32 - 196418989 tttttccattaaattttatcttgttagattgg-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=350824.000000
s hg19.chr21     17475975 122 +  48129895 gtcatttttATGACTATTGAATCTAAGTAATCCCTGACTCTTTTGTCAGATAAGCAATTTTTGGGTTCCCTTGTTGTCTTCTTTACATTCTTCTCTACTCTCATTCATGAGACTAATGAGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15789194 122 +  48394510 gtcatttttATGACTATTGAATCTAAGTAATCCCTGACTCTTTTGTCAGATAAGCAATTTTTGGTTTCCCTTGTTGTCTTCTTTACACTCTTCTCTACTCTAATTCATGAGACTAATGAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165626087 121 - 196418989 gtcATTTTTATGACTATTGAATCTAAGTAATCCCCGACTCTTTTGTCAGATAAGCAATTTTTGATTTCCCTTGTTGTCTTCTTTACACTCTTCTCTACTCTAATTCATGAGACTAATGAAT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16203174 111 +  46489110 CACTGACTGCCCATCAAAATCCCACACTCATAGGAATGATACTCTAGACATTTATA----CATTGTCCAGCCATTTGTACGTAAGAATGACCATTCTGCCATTTA------TAATGGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16203285 51 +  46489110 AAGTAGTGTTCCCACTGAGTGAATGAACTTCTGTGTGATTCACTTGTGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15789489 51 +  48394510 AAGTAGTGTTCCCATTGAGTGAATGAACTTCTGTGTGATTCACTTGTGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165626385 51 - 196418989 AAGTAGTATTCTCACTGAGTGAATGAACTTCTGTGTGATTCCCTTGTGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=326123.000000
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s panTro2.chr21  16203336 162 +  46489110 ATTTGCTACAGCATTTTT--TCTCTTTTAAAAGTAGAGTCATACCATAACCTTGAAATGCTATTAGGATTAAATAAAATAAGTTAGTAAAATAATCCCTAATATATATTAAATGTCTTATGAATTTAAGTTCTCATTTCTCACTTTCCCTTCTTTTTTGTTATA
i panTro2.chr21 C 0 I 1104
s ponAbe2.chr21  15789540 164 +  48394510 ATTTGCTACAGCATTTTTTCTCTCTTTTTAAAGTGGAGTCATACCATAAGCTTGAAGTGCTATTAGGATTAAATAAAATAAGTTAGTAAAATAATCCCTAATATATATTAAATGTCTTATGAATTTAAGTTCTCATTTCTCACTTTCCCTCCttttttattata
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1271
s rheMac2.chr3  165626436 164 - 196418989 ATTTGCTACAGCATTTTTTCTCTCTTTTTAAAGTGGAGTCATACCGTAAGCTTGAAATGCTATTAGGATTAAATAAAATAAGTTAGTAAAATAATCCCTAATATATATTAAATGTCTTATGAATTTAAGTTCTCATTTCTCACTTTCCCTTCTTTTTTATtata
i rheMac2.chr3  C 0 I 1029

a score=4328.000000
s hg19.chr21     17476483   13 +  48129895 taaatgtcttctt
s panTro2.chr21  16204602   13 +  46489110 taaatgtcttctt
i panTro2.chr21 I 1104 C 0
s ponAbe2.chr21  15790975   13 +  48394510 taaatgtcctctt
i ponAbe2.chr21 I 1271 C 0
e rheMac2.chr3  165626600 1029 - 196418989 I

a score=126046.000000
s hg19.chr21     17476496  514 +  48129895  
s panTro2.chr21  16204615  513 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15790988  478 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165626600 1029 - 196418989 I

a score=1240727.000000
s hg19.chr21     17477010 1105 +  48129895  
s rheMac2.chr3  165627629 1073 - 196418989  
i rheMac2.chr3  I 1029 C 0
s panTro2.chr21  16205128 1105 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15791466 1084 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=828684.000000
s hg19.chr21     17478115 281 +  48129895 ttacaccaacatgaaacaaAAATATTGAAAATGTATTTTTT-CTTTCAAAACTTTTACTCACTTTCTCATCTTACAGCAATTGATTATTAACTGAAAATCCCAAGGCACCTAACCTCATAGCCttatttattttctaattattttattattgaaaaattaataCATGAACAATCAGACATACAATGAAAATAAATCTCACTCTTTGCTATAGAACCTCCATCCCTCTCCTCCTAGCAAAATAAAATAAGATTTTATTATGCTAGACCAGAACTATCTAGTGG
s rheMac2.chr3  165628702 277 - 196418989 ttacaccaacatgaaacaaAAATATTGAAAATATATTTTTT-CTTTCAAAACTTTTACTCACTTTCTTATCACACAGCAATTGATTATTAACTGAAAATCCCAAGGCACCTAACCTCATAGCCttatttattttctaattattttatttttgaaaaattaataCATGAA----CCGACATACGATGAAAATAAGTCTCACTCTTTGCCATAGAACCTCCACCCCTCTCCTCCTAGCaaaataaaataaaattttattatGCTAGACCAGAAATATCTAGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16206233 280 +  46489110 ttacaccaacatgaaacaaAAATATTGAAAATGTATTTTTTTCTTTCAAAAGTTTTACTCACTTTCTCATCATACAGCAATTGATTAT--ACTGAAAATCCCAAGGCACCTAACCTCATAGCCttatttattttctaattattttattattGGAAAATTAATACATGAACAATCAGACATACAATGAAAATAAATCTCACTCTTTGCTATAGAATCTCCATCCCGCTCCTCCTAGCAAAATAAAATAAGATTTTATTATGTTAGACCAGAACTATCTAGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15792550 281 +  48394510 ttacaccaatatg-aacaaaaatattgaaaaTGTATTTTTTTCTTTCAAAATTTTTACTCACTTTCTCATCATACAGCAATTGATTGTTAACTAAAAATCCCAAGGCACCTAACCTCATAGCCttatttattttctaattattttattattgaaaaattaataCATGAACAATCAGACATACAATGAAAATAAATCTCACTCTTTGCTATAGAACCTCCATCCCTCTCCTCCTAGCaaaataaaataaaattttattatGCTAGACCAGAAATATCTAGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=98178.000000
s hg19.chr21     17478396 43 +  48129895 TCTTGGAAGTCACTAAACTGTAAAAGGAGGGGAAAACGACATA
s ponAbe2.chr21  15792831 41 +  48394510 TCTTGGAAGTCACTAAACTGTAAAAGGAGGGGAAAACAAC--A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16206513 43 +  46489110 TCTTGGAAGTCACTAAACTGTAAAAGGAGGGGAAAACGACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209564.000000
s hg19.chr21     17478439 76 +  48129895 AAGATAAAGAAGATAATCTGCTAACTTTGTTGCTTTCCTAAACTGAGACTTTAATTAAAACAATTAGACCTTGGGA
s rheMac2.chr3  165629022 76 - 196418989 AAAATGAAGAAGATAATCTGCTAACTTTGTTGTTTTCCCAAACTGAGACTTTAGTTAAAACAATTGGACCTTGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=277987.000000
s hg19.chr21     17478515 97 +  48129895 ATTTAGCCTATCAGTCTCTTATATATTGACCGAACAATGTCAGATATAGACATTGGTTTGCAGATTAAGTTCCTACAAACATATGATTAAGAACCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=120943.000000
s hg19.chr21     17478612 45 +  48129895 TTTAAATATGCTCTTTTGTATGAAGCACTTTTCAGCATAGGTACA
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a score=391259.000000
s hg19.chr21     17478657 73 +  48129895 CtatttttttgttttaaatttataaaataGAACCTCATTTTGTTTGTTTTCAAATAGAGCTCAAGCAAAGAGG
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a score=151105.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=329279.000000
s hg19.chr21     17478804 70 +  48129895 TTATCAATTTGATTGAAGAGACACTACAGTTGTATTGTTTAACATGATGGTTTTTGGAAGTACAATATCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165634147 110 - 196418989 ataaattactttcatatatattatttcattggaacctgattgatttcatcccgtgaaataaatgggagattatcatcttcaatatatagataataagactgaggttcaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16213239 50 +  46489110 TTCGGAAAAGACAAATCTCACAGTCCATTTCCTGCTAGTACAGATTTGGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16213570 74 +  46489110 TAAGGACTCAATATCAGAGAGGGCAGAACCATTCTGAAGTGATCTGAAGATCACCAGCTGCTTAAAACTTCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=355506.000000
s hg19.chr21     17485522  96 +  48129895 gaggcattggccaattctgaatcagggcagagaacaagctcaatgcaagccgaggctatgattaagg------aaaaaaaaaatcaacaaagctgttagttg
s panTro2.chr21  16213644  96 +  46489110 GAGGCGTTGGCCAATTCTGAATCAGGGCAGAGAACAAGCTCAATGCAAGCCGAGGCTATGATTAAGG------AAAAAAAAAATCAACAAAGCTGTTAGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15800221 102 +  48394510 gaggtgttggccaattctgaatcagggcagagaacaagctcaatgcaagccaaggctacaattaaggaaaaaaaaaaaaaaaatcaacaaagctgttagttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165636078  95 - 196418989 GAGGCATTGGCCAATTCTGAATCAGGGCAGGGAATGAGCTCAATGCCAGCCGAGGCTACGATTAAGG-------AAAAAGAAATCAACAAAGCTGTTAGTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=406224.000000
s hg19.chr21     17486163 107 +  48129895 ccattactagatatgtacaaaggtaggaaaatatgactgacaataaagagaaagaaaaatgatccaagcacacccatggatgatctagatattggaggtaacaaaca
s panTro2.chr21  16214285 107 +  46489110 ccattactagatatgtacaaaggtaggaaaatatgactgacaataaagagaaagaaaaaagatccaagcagacccatggatgatctagatattggaggtaacaaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15800869 106 +  48394510 ccattactagatatgtaaaaaggtaggaaaatatgactgacaataaagagaaa-aaaaataatccaagcagacccatagatgatctagatattggaggtaacaaaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165636708 106 - 196418989 caattactagatatgtaaaaaggtaggaaaatatgactgatgataaagagaaa-aaaaaaaatccaagcagacccatagatgatctagatattggaggtaacaaaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1190.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17487287 187 +  48129895 tggtgaaacctcatctctactaaaaacacaaaaaattagccaggcatggtggtgcacacctgtaatcccaggtacgtgggaggctgaggcatgagaattgcttgaacccggaaggcagaggttgcagtgagccaagattgtgccactgcactccagcctgggtgacagggtgagactccacctcaaa
s rheMac2.chr3  165637841 187 - 196418989 tggtgaaaccctatctctactaaaaacacaaaaaattagtcaggcatggtggtgtacacctgtaatctcaggtactcaggaggctgaggcatgagaattacttgaacccagaaggtggaggctgcagtgagctgagattgcaccactgcactccagcctgggtgacagggtgagactccgtctcaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 42
s ponAbe2.chr21  15802026 187 +  48394510 tggtgaaaccccacctctactaaaaacacaaaaaattagccaggcatggtggtgcacacctgtaatcccaggtgcgtgggaggctgaggcacgagaatcgcttgaacctggaaggcagaggttacagtcagccgagattgcgccactgcactccagcctgggtgacagggtgagactccacctcaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 I 5
s panTro2.chr21  16215410 187 +  46489110 tggtgaaacctcatctctactaaaaacacaaaaaattagccaggcatggtggtgcatacctgtaatcccaggtacatgggaggctgaggcatgagaattgcttgaacccggaaggcagaggttgcagtgagccgagattgcaccactgcactccagcctgggtgacagggtgagactccacctcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17487474 32 +  48129895 aaaagaaaagaaaagaaaa---------------aaattctatctac
s rheMac2.chr3  165638070 47 - 196418989 gaaagacaagaaaataaaaaagcgaaaaagaaaacatttctgtctat
i rheMac2.chr3  I 42 C 0
s ponAbe2.chr21  15802218 32 +  48394510 aaaagaaaagaaaggaaaa---------------aaaTTCTatctat
i ponAbe2.chr21 I 5 C 0
s panTro2.chr21  16215597 42 +  46489110 aaaagaaaagaaaagaaaa-----gaaaagaaaaaaattctatctat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165638117 102 - 196418989 gaaaagatttgaatggacattcaagagctgaaaaaatgcaatactgaaattaaaaatcaataaatagttttaatagcaaatggagaaaatcataaaatagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15802250 102 +  48394510 gaaaagattcagatggacattcaagagctgaaaaaatgcaatactaaaattaaaaatcaataaatagttttaatagcaaatggagaaaatcatgaaatagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16215639 100 +  46489110 gaaaagattcagatggacattcaagagctgaaaaaatgcaatactaaaattaaaaatcaataaatagtc--aatagcaaatggagaaaatcataaaatagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=359904.000000
s hg19.chr21     17487608 110 +  48129895 gatatttcaatagaaaacatcaaaacaaaagcatctagagagaaaaagctaaaaatgaaataaaaatgacaaaagagatgtgtgtaacacactcaaaagAtcaacttaat
s rheMac2.chr3  165638219 110 - 196418989 tatatttcaacagaaaccatcaaaacaaaatcatctagagcggaaaaactaaaaatgaaataaaaatgacaaaagagatgtgtgtaacacactcaaaagatcAACTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15802352 110 +  48394510 gatatttcgacagaaaacatcaaaacaaaagcatctagagagagaaaactaaaaatgaaataaaaatgacaaaagagatgtgtgtgacacactcaaaagatcAACTTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16215739 110 +  46489110 gatatttcaatagaaaacatcaaaacaaaagcatctagagagaaaaaactaaaaatgaaataaaaatgacaaaagagatgtgtgtaacacactcaaaagatcAACTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17487718 31 +  48129895 gaaagctacactctgaaaccatctgaaacag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247297.000000
s hg19.chr21     17487749 48 +  48129895 agaacagtctttttaactgatctttcctcatgagaacaaattgcaatg
s rheMac2.chr3  165638360 48 - 196418989 AGAACAGTCTTTTTAATTGATCTTTCCTTGTGAGAACAAATTGCAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15802493 48 +  48394510 AGAACAGTCTTTTTAACTGATCTTTCCTTGTGAGAACAAATTGTAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16215880 48 +  46489110 AGAACAGTCTTTTTAAATGATCTTTCCTCGTGAGAACAAATTGCAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=688942.000000
s hg19.chr21     17487797 144 +  48129895 tgactgagagaggcttgggagtcccatctcatcttttgctgtttgagatacaggagctggctagttttctaaactaagtgaggccccaagtGAAGTTGTCTTCAGCCAATATAAATTGAAGGTAATGGGATGAAAGACATACAT
s rheMac2.chr3  165638408 139 - 196418989 TGACTGAGAGGCGCTTGGGAGTCCCATCTCATCTTTTGCTTTTTGAGATACAGAAGCTGGCTAGTTTTCT-----AAGAGAGGCCCCAAATGAAGTTGTCTTCAGCCAATATAAATTGGAGGTAACAGGATGAAAGACATACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15802541 141 +  48394510 TGACT--GAGAGGCTTGGGAGTCCCATCTCATCTTTTGCTG-TTGAGATACAGGAGCTGGCTAGTTTTCTAAACTAAGTGAGGCCCCAAGTGAAGCTGTCTTCAGCCAATATAAATTGAAGGTAACGGAATGAAAGACATACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16215928 144 +  46489110 TGACTGAGAGAGGCTTGGGAGTCCCATCTCATCTTTTGCTGTTTGAGATACAGGAGCTGGCTAGTTTTCTAAACCAAGTGAGGCCCCAAGTGAAGCTGTCTTCAGCCAATATAAATTGAAGGTAATGGAATGAAAGACATACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=246279.000000
s hg19.chr21     17487941 45 +  48129895 TTT-AGCAAAGTTGtattctcttttgtctctcctttcaaatgaagt
s rheMac2.chr3  165638547 45 - 196418989 TTT-AGCAAAGTTGTATTCTCTTTTGTCTGTCCTTTCAAATGAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15802682 45 +  48394510 TTT-AGCAAAGTTGtattctcttttgtctctcctttcaaatgaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16216072 46 +  46489110 TTTTAGCAAAGTTGTATTCTCTTTTGTCTCTCCTTTCAAATGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=198082.000000
s hg19.chr21     17487986 77 +  48129895 aagtcttgcgaaatttatttctttgcgacctcttttaaagtggcaacaagcagccaagaagcaccaccattttgact
s rheMac2.chr3  165638592 77 - 196418989 AAGTCTTGCAAAATGTATTTCTTTGAGACCTTTTTTAAAGCGGCAGCAAGCAGCCAAGAAGCACCGCCATTTTGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15802727 77 +  48394510 aagtcttgtgaaatttatttctttgagacctcttttaaagtggcaacaagcagccaagaaccaccaccattttgact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16216118 77 +  46489110 AAGTCTTGCGAAATTTATTTCTTTGAGACCTCTTTTAAAGTGGCAACAAGCATCCAAGAAGCACTACCATTTTGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17488063 56 +  48129895 ttttccaatgtccttgactagagctgtgctgtctaatacggtaagcagtaactatt
s panTro2.chr21  16216195 56 +  46489110 TTTTCCAATGTCCTTGACTAGAGctgtgctgtctaatatggtaagcagtaactatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15802804 56 +  48394510 ttttccaatgtctttgactagagctgtgctgtctaatatggtaagcagtaactatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165638669 56 - 196418989 TTTTCCGGTATCCTTGACTAGAGctgtgctgtctaatatggtaagcagtagctagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=299151.000000
s hg19.chr21     17488119 50 +  48129895 tgtggttacttagatgtaaattatgaaaattaaatgaagtttgatattca
s rheMac2.chr3  165638725 50 - 196418989 tgtggttacttagatgtaaattatgcaaattaaacgaagtttgatattca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16216251 50 +  46489110 tgtggttacttagatgtaaattatgaaaattaaatgaagtttgatattca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=300349.000000
s hg19.chr21     17488169 45 +  48129895 gtacctcagttgcagtagtcacagttcaactgctcaatagtatca
s rheMac2.chr3  165638775 45 - 196418989 gtacctcggttgcagtagccacagttcaactgctcaatactatca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17488214 51 +  48129895 aacagcacagatgt-aaaaaaatttccaccatttcctatattgatataaggt
s rheMac2.chr3  165638820 51 - 196418989 aacagcacagatgt-aaaaaaatttccatcttttcctatattgatgtaagat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=332426.000000
s hg19.chr21     17488265 99 +  48129895 tctattagatagcAGTAACCTAAAGTTATACACTCAATAATCATACAATTTTCCTTTTAACTTTTACTGGATGCTTACCATGGCATAGTTACCAGTTTT
s rheMac2.chr3  165638871 99 - 196418989 tctattagatagcAGTAACCTAAAGTTATACACTCAATAATCATACAATTTTCCTTTTAACTTTTACTAGATGCTTACCATGGCATAGTTACCAGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803007 99 +  48394510 tctattagatagcAGTAACCTAAAGTTATACACTCAATAATCATACAATTTTCCTTTTAACTTTTACTGGATGCTTACCATGGCATAGTTACCAGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16216397 99 +  46489110 tctattagacagcAGTAACCTAAAGTTATACACTCAATAATCATACAATTTTCCTTTTAACTTTTACTGGATGCTTACCATGGCATAGTTACCAGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=158360.000000
s hg19.chr21     17488364 25 +  48129895 TTCCAGCTTTTCAGCTGGAAATACT
s rheMac2.chr3  165638970 25 - 196418989 TTCCAGCTTTTCAGCTGAAAATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803106 25 +  48394510 TTCCAGCTTTTCAGCTGGAAATACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=829529.000000
s hg19.chr21     17488389 117 +  48129895 AAGTTAAGAGCTTTACTTTAGAATAACTGGCCAGGGGTGCATTGGTTTTGCTGGAATTTAACTATCAGAAACTACATATCATTCCTTGAAGGTCCATGTTGGAagagatgattcttt
s rheMac2.chr3  165638995 117 - 196418989 AAGTTAAGATCTTTACTTTAGAATAATTGGCCAGGAGTGCATTGGTTTTATTGGAATTTAACTATCAGAAACTACGTAACATTCCTTGAAGGTCTATGTTGGAACAGATGATTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803131 115 +  48394510 --GTTAAGAGCTTTACTTTAGAATAACTGGCCAGGGGTGCATTGGTTTTATTGGAATTTAACTATCAGAAACTACATATCATTCCTTGAGGGTCCATGTTGGAAGAGATGATTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16216521 117 +  46489110 AAGTTAAGAGCTTTACTTTAGAATAACTGGCCAGGGGTGCATTGGTTTTGCTGGAATTTAACTATCAGAAACTACATATCATTCCTTGAAGGTCCATGTTGGAagagatgattcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-94584.000000
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s panTro2.chr21  16216638  9 +  46489110 ca-------ttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165639112 16 - 196418989 ACTTTTTTTTTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=910373.000000
s hg19.chr21     17488515 157 +  48129895 tcctggtataataaggatggctgccacttttctcagagcctagtaacaagtgagtttggtggtgtggaggtccaccaatcagcataaggtggtatttaatttctctattttcagatgccacccaagccttcccttctgtacactgtttctgagttta
s panTro2.chr21  16216647 157 +  46489110 tcctggtataataagcatggctgccacttttctcagagcctagtaacaagtgagtttggtggtgtggaggtccaccaatcagcataaggtggtatttaatttctctattttcagatgccacccaagccttcccttctgtgcactgtttctgagttta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803258 157 +  48394510 TCCTGGTATAataagcatggctgccacttttctcagagcctagtaataagtgagtttggtggtgtggaggtccaccaatcagcataaggtggtatttaatttctctattttcagatgccacccaagccttcccttctgtgcactgtttctgagttta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165639128 157 - 196418989 TCCTGGTATAataagcatggctgccacttttctcagagcctagtaataagcgagtttggtggtgtggaggtccaccaatcagcataaggttgtacttaatttctctgttttcagatggcacccgagacttcctctctgtgcactggttctgagtcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17488672 50 +  48129895 gtgtccttttagttcagccctgccatagagcagtcctccatttttGAAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803415 50 +  48394510 gtgtccttttagttcagccctgccatagagcagtcctccatttttgaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16216804 50 +  46489110 gtgtccttttagttcagccctgccatagagcagtcctccatttttGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=113616.000000
s hg19.chr21     17488722 24 +  48129895 AGAAGAGACTAGTGAGAGCTGATC
s panTro2.chr21  16216854 24 +  46489110 AGAAGAGACTAGTGAGAGCTGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803465 24 +  48394510 agaagagaccagtgagagctgatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-72114.000000
s hg19.chr21     17488746 17 +  48129895 ACCAAAAAAtctagttg
s panTro2.chr21  16216878 17 +  46489110 ACCAAAAAAtctagttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803489 17 +  48394510 accaaaaaatctagttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165639359 17 - 196418989 accaaagaatctagttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7461.000000
s hg19.chr21     17488763 11 +  48129895 cttttcgcgca
s panTro2.chr21  16216895 11 +  46489110 cttttcgcgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803506 11 +  48394510 ctttttgcaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165639376 11 - 196418989 ctttttgcaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=587750.000000
s hg19.chr21     17488774 88 +  48129895 gattttcaactagtttccctattttctatttcac----ttattctctgttttcagggttcaccctgtctc--atttttgagcc-tttttttggca
s panTro2.chr21  16216906 88 +  46489110 gattttcaactagtttccctattttctatttcac----ttattctctgttttcagagttcaccctgtctc--atttttgagcc-tttttttgaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803517 89 +  48394510 gattttcaactagtttccctattttctatttcac----ttattctctgttttcagggttcaccctgtctc--atttttgagccttttttttggca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165639387 94 - 196418989 gattttcaactagtttccctattttctatttcacatatttattctctgttttcagggttcaccctgtctcatatttttgagcc-ttttttgggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=473493.000000
s hg19.chr21     17488862 53 +  48129895 tgtagtgtatgatgatttcctttggctttctttatgcttttggatatttagat
s panTro2.chr21  16216994 53 +  46489110 tctagtgtatgatgatttcctttggctttctttatgcttttggatatttagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15803606 53 +  48394510 tgtagtgtatgatgatttcctttggctttctttatgcttttggatatttagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=396688.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=469334.000000
s hg19.chr21     17488953 121 +  48129895 caccttcttttcagcttcattattttattaaaatttcctattcgttgccttcttctctggtattttcttgtcctcaagggGACCCTCAGTCTTTTTTTTT---TTAACCCTTTCACAGACA-TTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165642977 58 - 196418989 attatttctattttctatttcaaaaagctacatcatctgcaaatattgacagctgtca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165644820 643 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17495738 105 +  48129895 ttggtaagtagcctcaatgcaaaagtagccttaagtactgggtgtggttttatgagttctcatcctttcctgaatctcatcccatatttcatcttgaatttataa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15810752 140 +  48394510 gttatttgataaattaaaaaagaattctttttaatagtttatcaagctatttttagttgttcttagcaggaggactgatctgaata-----cctaccatcagcagaagcTCCTGATACTCTCTTTTCAGTGTAATTTCACTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16223976 141 +  46489110 GTTATTTGATAAATTTAAAAAGAATTCTTTTTAATAGTTTATCAAGCTATTTTTAGTTGTTTTTAGCAGGAGGACTGATCTGAATA----GCCTACCATCAGCAGAAGCTCCTGATACTCTCTTTTCAGTGTAATTTCACTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=100174.000000
s hg19.chr21     17495984 57 +  48129895 CAGAAGTTGTTGGAGTAACGAGGATATGGCACATCATCATTTTCCTTAGTCCCCATA
s rheMac2.chr3  165646727 57 - 196418989 CAGAAGTTGTTGGAGTAACGAGGATACAGCACATCATCATTTTCCTTAGTCCCCGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15810892 57 +  48394510 CAGAAGTTGTTGGAGTAACGAGGATAGAGCACATCATCATTTTCCTTAGTCCCCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16224117 57 +  46489110 CAGAAGTTGTTGGAGTAACGAGGATACTGCACATCATCATTTTCCTTAGTCCCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=357874.000000
s hg19.chr21     17496041 41 +  48129895 CACACCGGGAGATAGGCCTAATCTCACCAATGACAGTGAAT
s rheMac2.chr3  165646784 41 - 196418989 CACACCGGGAGATAGGCCTAATCTCACCAATGACAATGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15810949 41 +  48394510 CACACCGGGAGATAGGCCTAATCTCACCAATGGCAATGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16224174 41 +  46489110 CACACCGGGAGATAGGCCTAATCTCACCAATGACAGTGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=739465.000000
s hg19.chr21     17496082 61 +  48129895 TCAGAAAACACATTAACTTTGAAATCTATTCATTTAAGATCAAATGAAGGCTGTTAATAAG
s panTro2.chr21  16224215 61 +  46489110 TCAGAAAACACATTAACTTTGAAATCTATTCATTTAAGATCAAATGAAGGCTGTTAATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165646825 61 - 196418989 TCAGAAAACACATTAACTTTGAAATCTCTTCATTTAAGATCAAATGAAGGCTGTTAATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=381494.000000
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s panTro2.chr21  16224276 102 +  46489110 TAAGTATTCTGCTTACACCCAAAAAAGCACATTTTATGAGTTTTATGCGTAGTCTTTCTAGTGAACTATTTGGAGA------TTTTTTTCTTCTG--TTTTTTCTTGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15811051 104 +  48394510 TAAGTATTCTGCCTACACCCAAAAAAGCACATTTTATGAGTTTTACGTGTACTCTTTCCAGTGAACTATTTGGAGA------TTTTTTTCTTCTATTTTTTTTCTTGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165646886 108 - 196418989 TAAGTGTTCTGCTTACACCCAAAAGAGCACATTTTATGAGTTTTTTGTGTACTCTTTCCAGTGAACTATTTGGAGATTTTTTTTTTTTTTTTCTG--TTTTTTCTTGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=441152.000000
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s rheMac2.chr3  165646994 43 - 196418989 AATGCATACCACAAGGCCAGAGAACTTATTATGGACAAATGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16224378 43 +  46489110 AATGCATACCACAAGGCCAGATAACTTATTATGGACAAATGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=309827.000000
s hg19.chr21     17496288 33 +  48129895 gttgagtttgagcacataattagagtgactgtt
s panTro2.chr21  16224421 33 +  46489110 GTTGAGTTTGAGCACATAATTAGAGTGACTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165647037 33 - 196418989 GTTGAGTTTGAGTACATAATTAGAGTGACTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=860733.000000
s hg19.chr21     17496321 85 +  48129895 tagcaattttaaattgatataagacattagcaattggaaagtaactagtgaaaatctgtctgaccataaggtgcaTACAATGGCA
s panTro2.chr21  16224454 85 +  46489110 TAGCAATTTTAAATTGATATAAGACATTAGCAAGTGGAAAGTAACTAGTGAAAATCTGTCTGGCCATAAGGTGCATACAATGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15811231 85 +  48394510 TAGCAATTTTAAATTTATATAAGGCATTAGCAATTGTAAAGTAACCAGTGAAAATCTGTCCGACCATAAGGTGCATACAATGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165647070 81 - 196418989 TAGCAATTTTAAATTTATATAAGGCATTAGCAATTGGAAAGTAACTAGTGAAAATCT----GGACTTAAGGTGCATACAATGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16224539 37 +  46489110 TTTAGC-TAAAGGGCATATTCTAAGTTACCCAAAATT-A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15811316 38 +  48394510 TTTAGC-TAAAGGCCATATTCTAAGTTACCCAAAATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165647151 38 - 196418989 TTTAGC-TAAAGGCCATATTCTAAGTTACCCAGAATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-77183.000000
s hg19.chr21     17496444 21 +  48129895 ATTACGAACTTAATAGTATAA
s panTro2.chr21  16224576 21 +  46489110 ATTACGAACTTAATAGTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165647189 21 - 196418989 ATTACTAACTTAATAGTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-171083.000000
s hg19.chr21     17496465 34 +  48129895 CTATTAGTGCATTATACTAGTATAAAGAAAGTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1077826.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15811519 122 +  48394510 AATTATTGGTGATAAACTTTACTATATGTCTCAATCATATTTCTTTGTTCATTCCTTGTCAAAAATGTAGATTATCTGTCTAACTGCTTGAAAGGAAAATTTTCTTATTATTTTCCCTTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165647354 119 - 196418989 AATTATTGGTAATAAACTTTACTATATGTCTCAATCATATTTCTTTGTTCCTTCGCTGTCAAAAATGTAGATTATCTATCTAACTGCCTGAGAGGAAAATT---TTATTATTTTCCCTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17496731 33 +  48129895 ACATTCCTGTTTTATTTTGTGTCTATTT-----TTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15811641 37 +  48394510 ACATTCCTGTTTTATTTTATGTCTATTT-TTTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16224863 38 +  46489110 ACATTCCTGTTTTATTTTATGTCTATTTGTTTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1958683.000000
s hg19.chr21     17496764 111 +  48129895 TTTAACACTCCATAATTTTTAAAGTAACCTGGCAGGAGCCCAAGTGCATGGAATGAAAAGTCATTCTTGGACCTATTCCATATTGCAACACCA-GTCTCTTAAATCACTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15811678 112 +  48394510 TTTAACACTCCATAATTTTTAAAGTAACCTGGCAGGAGCCCAAGTGCATGGAATGAAAAATCGTTCTTGGACCTATTCCATATTGCAACACCAAGTCTCTTAAATCACTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16224901 112 +  46489110 TTTAACACTCCATAATTTTTAAAGTAACCTGGCAGGAGCCCAAGTGCATGGAATGAAAAGTCGTTCTTGGACCTATTCCATATTGCAAAACCAAGTCTCTTAAATCACTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1117080.000000
s hg19.chr21     17496875 79 +  48129895 ATATGTAACATTTGTATTCTATTCAGCAAATGGTCATATTACTTACTATTCTGTTGAAACATTGCATAGGTATTTGCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15811790 79 +  48394510 ATATGTAACATTTGTATTCTATTCAGCAAATGGTCATGTTACTTACTATTCTGTTGAAACATTGCATAGGTATTTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16225013 79 +  46489110 ATATGTAACATTTGTATTCTATTCAGCAAATGGTCATATTACTTACTATTCTGTTGAAACATTGCATAGGTATTTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17496954 55 +  48129895 AAGACATGCATTACTCAGAGGATAATAAATTTCTTCTTGCTTAACATGTAGCACA
s rheMac2.chr3  165647696 55 - 196418989 AAGACATGCATTACTCAGAGGATAATAAATTTCTTATTATTTAACATGCAGCACA
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s ponAbe2.chr21  15811869 55 +  48394510 AAGACATACATTACTCAGAGGATAATAAATTTCTTATTCTTTAATATGCAGCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16225092 55 +  46489110 AAGACATGCATTACTCAGAGGATAATAAATTTCTTCTTGCTTAACCTGTAGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=356498.000000
s hg19.chr21     17497009 35 +  48129895 ATGCATCTAAATACTTGTATTTTTATTTCTCAAAG
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s ponAbe2.chr21  15811924 35 +  48394510 ATGCATCTAAATACTTGTACTTTTATTTATCAAAG
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s panTro2.chr21  16225147 35 +  46489110 ATGCATCTAAATACTTGTATTTTTATTTCTCAAAG
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a score=320879.000000
s hg19.chr21     17497044 53 +  48129895 CTAAAGTCACTGTTTCTCTATCAGTTCTT----TGCCTTCAAATACAAAAGAGGAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15811959 53 +  48394510 CTAAAGTCACTGTTTCTCTATCGGTTCTT----TGCCTTCAAATACAAAAGAGGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16225182 53 +  46489110 CTAAAGTCACTGTTTCTCTATCAGTTCTT----TGCCTTCAAATACAAAAGAGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=229583.000000
s hg19.chr21     17497097 24 +  48129895 ATGTAATTAATGAACCAGTAATTT
s panTro2.chr21  16225235 24 +  46489110 ATGTAATTAATGAACCAGTAATTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165647842 24 - 196418989 GTGTAATTAATGAACCAGTAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=624212.000000
s hg19.chr21     17497121 78 +  48129895 CGGAGTGATCATCTTTTCTCTTCCTTAGCTCACAGATATTTGCTGCTATCTGTTTTACGCTTTCACAATAACTTCCAT
s panTro2.chr21  16225259 78 +  46489110 CGGAGTGATCATCTTTTCTGTTCCTTAGCTCACAGATATTTGCTGCTATCTGTTTTAGGCTTTCACAATAACTTCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812036 76 +  48394510 TGGAGTGATCATC--TTCTGTTCCTTAGCTCACAGATATTTGCTGGTATCTGTTTTACACTTTCACAATAACTTCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=335456.000000
s hg19.chr21     17497199 44 +  48129895 TTGCATCACTCTTTACATGACTACATCTGAGAGAAGTGTACGGT
s panTro2.chr21  16225337 44 +  46489110 TTGCATCACTCTTTACATGACTACATCTGAGAGAAGTGTACGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812112 44 +  48394510 TTGCATCACTCTTTAGATGACTACATCTGAGAGAAGTATACGGT
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s rheMac2.chr3  165647944 44 - 196418989 TTGCATTACTCTTTACATGACTACATCTGAGAGAAGTATACGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=185755.000000
s hg19.chr21     17497243 64 +  48129895 AAGAGTTAGAAATATTACTCTTGTTTAGTAGTAGCAAAACTCAAGTGCAAGAAGCTGAGAGTCA
s panTro2.chr21  16225381 64 +  46489110 AAGAGTTAGAAATATTACTCTTGTTTAGTAGTAGCAAAACTCAAGTGCAAGAAGCTGAGAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812156 64 +  48394510 AAGAGTTAGAAATATTACTCTTGTTTAGTAGTAGCAAAACTCAAGTGCAAGAGGCTGAGAGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165647988 64 - 196418989 AAGAGTTAGAAATACTACTCTCGTTTAGTAGTAGCAAAACTCAAGTGCAAGACTCTGAGAGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-117100.000000
s hg19.chr21     17497307 79 +  48129895 CATGGCCCTGTTCAGCTTCTGGTCCGGTACTCCCTCC-AATAACCCTAGTTTGTCTTTTTCTCTTCATTTTTACTGATTT
s panTro2.chr21  16225445 80 +  46489110 CATGGCCCTGTTCAGCTTCAGGTCTGGTACTCCCCCCCAGTAACCCTAGTTTGTCTTTTTCTCCTCATTTTTACTGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812220 79 +  48394510 CATGGCCCTGTTCAGCTTCAGGTCTGGTACTCCCCCC-GATAACCCTAGTTTGTCTTTTTCTCCTCATTTTTACTGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=842338.000000
s hg19.chr21     17497386 81 +  48129895 CTATCCCACCCGTGCATTTGTTTTGAGATTTCAGCTCTTGTGACATCATCTCTGCAAATTATGCATTGAGATTTTTGAGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812299 81 +  48394510 CTATCCCACCCATGCATTACTTTTGAGATTTCAGCTCTTGTGACATCATTTCTCCAAATTATGCATTGAGATTTTTGAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16225525 81 +  46489110 CTATCCCACCCATGCATTAGTTTTGAGATTTCAGCTCTTGTGACATCATCTTTGCAAATTATGCATTGAGATTTTTGAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=489048.000000
s hg19.chr21     17497467 32 +  48129895 ATTTCTTGAAATTTCTGTTTAATGAGTGGTGT
s rheMac2.chr3  165648209 32 - 196418989 ATTTCTTGAAATTTCTGTTTAATGAGTGGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812380 32 +  48394510 ATTTCTTGAAATTTCTGTTTAATGAGTGGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16225606 29 +  46489110 ATTT---GAAATTTCTGTTTAATGAGTGGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=297205.000000
s hg19.chr21     17497499 45 +  48129895 TAATGTAACATATAGATTTTAATATCTGGAAAACTTCATTTTTTA
s rheMac2.chr3  165648241 45 - 196418989 TAATGTAACATATAGATTTTATTACCTGGAAAACTTCGTTCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812412 45 +  48394510 TAATGTAACATATAGATTTTAATATCTGGAAAACTTCATTCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16225635 45 +  46489110 TAATGTAACATATAGATTTTAATATCTGGAAAACTTCATTTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=73048.000000
s hg19.chr21     17497544 21 +  48129895 TCATCCACTACTTTCTCTTAA
s rheMac2.chr3  165648286 21 - 196418989 TCATCCACTACTTTCAATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812457 21 +  48394510 TCATCCACTACTTTCTATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16225680 21 +  46489110 TCATCCACTACTTTCTCTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3310151.000000
s hg19.chr21     17497565 185 +  48129895 TTAATTTAACATCATTTGCCTTTCTTACTGGTCATAGTATAATTCTGAGGTAATAAGGTGGCATTTTTAATTTAACTATTCATAGAACTTCTGGGAGAAATTTTATGTCTAGTTCAGAAGGCATGGCAGCATTTTAAATTTGATTGTGGAGTATTCTAACCAAATCTTCAAGAGCCGTAACTCGA
s rheMac2.chr3  165648307 185 - 196418989 TTAATTTAACATAGTTTGCCTTTCTTACTGGTCATAGTATAACTCTGAGGTAATAAGGTGGCATTTGTAATTTACCTATTCATAGAACTTCTGGGAGAAATTTTGTGTCTAGTTCAGAAGGCATGGCAACATTTAAAATTTGATTTTGGAGTATTCTAACCAAATCTTCAAGAGCCATAACTCGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812478 185 +  48394510 TTAATTTAACATCGTTTGCCTTTCTCAGTGGTCATAGTATAATTCTGAGGTAATAAGGTGGCATTTTTAATTTAACTATTCATAGAACTTCTGGGAGAAATTTTATGTCTAGTTCAGAAGGCATGGCAACATTTTAAATTTGGTTGTGGAGTATTCTAACCAAATCTTCAAGAGCCATAACTCGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16225701 185 +  46489110 TTAATTTAACATTGTTTGCCTTTCTTACTGGTCATAGTATAATTCTGAGGTAATAAGGTGGCATTTTTAATTTAACTATTCATAGAACTTCTGGGAGAAATTTTATGTCTAGTTCAGAAGGCATGGCAGCATTTTAAATTTGATTGTGGAGTATTCTAACCAAATCTTCAAGAGCCATAACTCGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1108096.000000
s hg19.chr21     17497750 51 +  48129895 GGTGAAACCTGCCAACAGTAAGTTCTTCTCGTAGCCCAAGGCTTGTTTGGT
s panTro2.chr21  16225886 51 +  46489110 GGTGAAACCTGCCAACAGTAAGTTCTTCTCGTAGCCCAAGGCTTGTTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812663 51 +  48394510 GGTGAAACCTGCTAGCAGTAAGTTCTTCTCTTAGCCCAAGGCTTGTTTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165648492 51 - 196418989 GGTGAAACCTGCCAGCAGTAAGTTCTTCACGTAGCCCAAGGCTTCTTTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2005649.000000
s hg19.chr21     17497801 72 +  48129895 TTTGATTAGTTTTACTAGACTTCATTTGGTTTCAATTAAACCTTGAGACAGGCTAGTGACTTTCATGAAACG
s panTro2.chr21  16225937 72 +  46489110 TTTGATTAGTTTTACTAGACTTCATTTGGTTTCAATTAAACCTTGAGACAGGCTAGTGACTTTCATGAAACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812714 72 +  48394510 TTTGATTAGTTTTACTAGACTTCATTTGGTTTCAATTAAACCTTGAGACAGGCTAGTGACTTTCATGAAACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165648543 72 - 196418989 TTTGATTAGTTTTACTAGACTTCATTTGGTTTCAATTAAACCTTGAGACAGGCTAGTGACTTTCATGAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=1579703.000000
s hg19.chr21     17497873 109 +  48129895 TGGGTTTCTCAAGTTAGAAAATAATTCTTTTGTGTGGACGAGTGTAACGTTTTCTTCACTGAAAGAAAATATCTACTCAAAGATAATTTTGGAAGATTTTATAATCACA
s panTro2.chr21  16226009 109 +  46489110 TGGGTTTCTCAAGTTAGAAAATAATTCTTTTGTGTGGACGAGTGTAACGTTTTCTTCACTGAAAGAAAATATCTACTCAAAGATAATTTTAGAAGATTTTATAATCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812786 109 +  48394510 TGAGTTTCTTAAGTTAGAAAATAATTCTTTTGTGTGGATGAGTGTAACGTTTTCTTCACTGAAAGAAAATATCTATTCAAAGATAATTTTAGAAGATTTTATAATCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165648617 109 - 196418989 TGTGTTTCCCAAGTTAGAAAATAATTCTTTTGTGTGGACGAGTGTAACGTTTTCTTCACTGAAAGAAAACATCTACTCAAAGGTAATTTTAGAAGATTTTATAATCACA
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=869687.000000
s hg19.chr21     17497982 108 +  48129895 TTGCAAAGAGATTTTTATACATTGAACTGTCTCATATTATGTTTCTTAAAAATTATTATATTGTATTCTTAAATGGCAAAATGAAAATCACTCCATATGCTTCCAAAG
s panTro2.chr21  16226118 108 +  46489110 TTGCAAAGAGATTTTTATACATTGAACTGTCTCATATTATGTTTCTTAAAAATTATTATATTGTATTCTTAAATAGCAAAATGAAAATCACTCCATATGCTTCCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15812895 106 +  48394510 TTGC--AGAGATTTTTATACATTGAACTGTCTCGTATTATGtttttaaaaaattattatattgtattattaaatGGCAAAGTGAAAATCATTCCATACGCTTCCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165648726 108 - 196418989 TTGCAAGGAGATTTTTATACATCGAACTGTCTCGTATTATGTTTTTTAAAAATTATTATCTTGTATTCTTAAATGGCAAAATGAAAATCACTCCATATGCTTCCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1196276.000000
s hg19.chr21     17498090 94 +  48129895 CAATAATAAGAAATATTTAACTATATAAGTATAACAACATTTTATATTTAACTGCATATTGTTAATTTGATTTTAAAATAAGCAGCTATTCTGG
s panTro2.chr21  16226226 94 +  46489110 CAATAATAAGAAATATTTAACTATATAAGTATAACAACATTTTATATTTAACTGCATGTTGTTAATTTGATTTTAAAATAAGCAGCTATTCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813001 94 +  48394510 CaataataagaaatatttaattatataagtataacaatattttatatttaaCTGCGTATTGTTAATTTGATTTTAAAATAAGCAGCTATTCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165648834 94 - 196418989 CAATAAGAAGACACATTTAATTATATAAATACAACAACCTTTTATATTTAACTGCCTATTGTTAATTTGATTTTAAAATAAGCAGCTATTCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=824054.000000
s hg19.chr21     17498184 61 +  48129895 GGAGTTCCAGAAATTTTTAAATTCATTTATTTTTCTAAAAGGCTTTCTTTTAGTATTACAT
s panTro2.chr21  16226320 61 +  46489110 GGAGTTCCAGAAATTTTTTAATTCATTTATTTTTCTAAAAGGCTTTCTTTTAGTATTACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813095 61 +  48394510 TGAGTTCCAGAAATATTTTAATTCATTTATTTTTCTAAAAGGCTTTCTTTCAGTATTACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165648928 61 - 196418989 TGAATTCCAGATATATTTTAATTCATTTATTTTTGTAAAAGGCTTTCTTTCAGTATTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=468967.000000
s hg19.chr21     17498245 82 +  48129895 TATCTTAGGTCGTGTTCAAATGAAATGATTTTCCTGAGTCGCAAGTCCTTTATTACTTAAAAACTGTAACAACATAACATCA
s panTro2.chr21  16226381 82 +  46489110 TATCTTAGGTCGTGTTCAAATGAAATGATTTTCCTGACTTGCAAGTCCTTTATTACTTAAAAACTGTGACAGCATAACATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813156 82 +  48394510 TATCTTAGGTTGTGTTCAATTGAAATGATTTTCCTGAGTCACAAGTCCTTTATTACTTAAAAACTATGGCAGCATAACGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165648989 81 - 196418989 GGTCTTAGGTCGTGTTCAAATGAAATGA-TTTCCTGAGTCGCAAGTCCTTTATTACTTAAAAACCGTTGCAGCATCATATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=395348.000000
s hg19.chr21     17498327 32 +  48129895 CTGGATATGAGTTGAAAATCGTGCATAGTATT
s panTro2.chr21  16226463 32 +  46489110 CTGGATATGAGTTGAAAATCATGCATAGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813238 32 +  48394510 CTGGATAGGAGTTGAAAATCGTGCATAGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649070 30 - 196418989 CTGGATATGAGTTGAAAATCATGCACAGAA--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247034.000000
s hg19.chr21     17498359 90 +  48129895 TTTATGCAAAGGTAGAAGGAGAAGCATAAAGTTATAAACATATTGTATACCCTAAACAAAGAAAACTGTGGTCTGTAGTCCTCAGAGAAA
s panTro2.chr21  16226495 90 +  46489110 TTTATGCAAAGGTAGAAGGAGAAGCATAAAGTTATAAATATATTATATACCCTAAACAAAGAAAACTGTGGTCTGTAGTCCTCAGAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813270 90 +  48394510 TTTATGCAGAGGTAGAAGGAGCAGCATAAGGTTATAAATATATTATATACCCTAAACAAAGAAAGCTGTGGTCTGTAGGCCTGAGAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649100 88 - 196418989 --TATGCAAAGGTAGAAGGAACGGCATAAAGCTATAAATATATTATACACCCTAAACAAAGAAAACTGTGGTTTGTAGTCCTTAGAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8725.000000
s hg19.chr21     17498449 64 +  48129895 AATCTCAGGTGTAAGTTCCTTTTGTATTCCAAAT-TTTTTTTGATCCTAAACAAAATCCTTTATT
s panTro2.chr21  16226585 65 +  46489110 AATCTCAGGTGTAAGTTCCTTTTGTATTCCAAATATTTTTTTGGTCCTAAACGAAATCCTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813360 65 +  48394510 AATCTCAGGTGTAAGTTCCTTTTGTATTCCAAATGTTTTTTTGATCCTAAACAAAATCCTTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649188 65 - 196418989 AATCTCAGATGTAAGTTCCTTTTGTATTCCAAATGTTTTTTTGATCCTAAACAAAATCCTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1284295.000000
s hg19.chr21     17498513 224 +  48129895 AATCCTTA-TTAAAAAAATTCCATGTTGGGTAATAAAGATAAATAGAAAACAAACTCAAAAGTAGTGTTTGAAGTGATAGAAGATGTACATTTCTCTTTCTGTGAATTCATAAACCCTGGCTTCAGATACTATTGATTTTTACCCAGAGGCATCATTAAATACCCCACCATCTGTTTAAGATTATGCCAAAAATATTGCAGTTATAAATATAGGGCACGTGTATA
s panTro2.chr21  16226650 224 +  46489110 AATCCTTA-TTAAAAAAATTCCTTGTTGGGTAATAAAGATAAATAGAAAACAAACTCAAAAGTAGTGTTTGAAGTGATAGAAGATGTACATTTCTCTTTCTATGAATTCATAAACCCTGGCTTCAGATACTATTGATTTTTACCAAGAGGCATCATTAAATACCCCACCATCTGTTTAAGATTATGCCAAAAATATTGCAGTTATAAATATAGGGCACGTGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813425 225 +  48394510 AATCCTTATTTAAAAAAATTCCTTGTTGGGTAATAAAGATAAATAGAAAACAAACTCAAAAGCAGTGTTTGAAGTGATAGAAGATGTACATTTCTCTTTCTATGAATTCATAAACCATGGCTTCAGATACTATTGATTTTTACCCAGAGGCATCATTAAATACCCCACCATCTGTTTAAGACTATGCCAAAAATATTGCAGTTATAAATATAGGGCATGTGTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649253 224 - 196418989 AATCCTTA-TTTAAAAAATTCCTTGTTGGGTAATAAAAATAAATAGAAAACAAACTCAAAAGTAGTGTTCGAAGTGATAGAAGATGTACATTTCTCTTTCTATGAATTCATAAAGCCTGGCTTCAGATATTATTGATTTTTACCCAGAGGCATCATTAAATACCCCACCATCTGTTTAAGATTATGCCAAAAATATTGCAGTTATAAACATAGGGCACATGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=252795.000000
s hg19.chr21     17498737 26 +  48129895 AAAATTAGATGTATCAAGTTAAGGAT
s panTro2.chr21  16226874 26 +  46489110 AAAATTAGATGTATCAAGTTAAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813650 26 +  48394510 AAAATTAGATGTATCAAGTTAAGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649477 26 - 196418989 AAAATTAGATGTATCAAGTTAAGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149937.000000
s hg19.chr21     17498763 21 +  48129895 ATTATCATAATGCTCTTCTAT
s panTro2.chr21  16226900 21 +  46489110 ATTATCATAATGCTTTTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813676 21 +  48394510 ATTATCATAATGCTCTTCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649503 21 - 196418989 ATTATCATGATGCTCTTCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=579496.000000
s hg19.chr21     17498784  97 +  48129895 ATTCTCAGCATGAAACAAA---AATATTAATAAATATGTGAATATTCTGCTTGTAAATATGTCTGTAGAATTTAAAACTGATAAATAAATTTGTTCAGAA
s panTro2.chr21  16226921 100 +  46489110 ATTCTTAGCATGAAACaaaaataatattaataaatatGTGAATATTCTGCTTGTAAATATGTCTGTAGAATTTAAAACTGATAAATAAATTTGTTCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813697  97 +  48394510 ATTCTCAGCATGAAACAAA---AATATTAATAAATATGTGAATATTCTGCTTGTAAATATGTCTGTAGAATTTACAACTGATAAATAAATTTGTTCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649524  97 - 196418989 ATTCTCAGCATGAAACAAA---AATGTTAATAAATATGTGAATATTCTGCTTGTAAATATGTCTGTAGAATTTAAAACTGATAAATAAATTTGTTCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=262312.000000
s hg19.chr21     17498881 34 +  48129895 ATGTAGAATTTAACATTTACCACTCGGAAAACAA
s panTro2.chr21  16227021 34 +  46489110 ATGTAGAATTTAACATTTACCACTTTGAAAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813794 34 +  48394510 ATGTAGAATTTAACATTTACCACTCTGAAAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649621 34 - 196418989 ATGTAGAATTTAACATTTACCACTCTGAAAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=637457.000000
s hg19.chr21     17498915 81 +  48129895 GAGCAGATCACCTCTTGAATAAGTGTCTTCCAATTTTGTTTCTAACACAGCaaatattttatatttacaatttaaaaaatt
s panTro2.chr21  16227055 81 +  46489110 GAGCAGATCACCTCTTGAATAAGTGTCTTCCAATTTTGTTTCTAACACAGCaaatattttatatttacaatttaaaaaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813828 81 +  48394510 GAGCAGATCACCTCTTGAATAAGTGTCTTCCAATTTTGTTTCTAACACAGCaaatattttatatttacaattaaaaaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649655 81 - 196418989 GAGCAGATCACCTCTTGAATAAGTGTCTTCCAATTTTGTTTCTAACACAGCAAATATTTTATATTCACAATTTAAAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=989371.000000
s hg19.chr21     17498996 98 +  48129895 GAATTCTCCAAGTATTATGTTCCAAGATTTAAATAAGATTAACGACCCCTTCAAATATTTTTGTTGAGAGCTGTTTATTAATACCTTATGTGGTCACA
s panTro2.chr21  16227136 98 +  46489110 GAATTCTCCAAGTATTATGTTCCAAGATTTAAATAAGATTAACGACCCCTTCAAATATTTTTGTTGAGAGTTGTTTATTAATACCTTATGTGGTCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15813909 98 +  48394510 GAATTCTCCAAGTATTGTGTTCCAAGATTTAAATAAGATTAATGACCCCTTCAAATATTTTTGTTGAGAGTTGTTTATTAATACCTTATATGGTCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649736 89 - 196418989 GAATTCTCCAAGTATTATGATCCAAGATTTAAAT---------GACCCCTTCAAATATTTTTGTTGAGAGTTGTTTATTAATACCTTATGTGGTCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=638183.000000
s hg19.chr21     17499094 45 +  48129895 TCAATTAAAATTAATGACATCTGGTATACAAGTGAATAATTTCTT
s panTro2.chr21  16227234 45 +  46489110 TCAATTAAAATTAATGACATCTGGTATACATGTGAATAATTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15814007 45 +  48394510 TCAATTAAAATTAATGACATCTGGTATACATGTGAATAATTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165649825 45 - 196418989 TAAATTAAAATTAATGACATCTGGTATACATGTGAATAAATTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=232004.000000
s hg19.chr21     17499139 33 +  48129895 TACATATTTTATCATATTTGAATAAATAGAATG
s rheMac2.chr3  165649870 33 - 196418989 CACATATTTTATCATATTTAAATAAATAGAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15814052 33 +  48394510 CACATATTTTATCATATTTGAATAAATAGAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16227279 33 +  46489110 TACATATTTTATCATATTTGAATAAATAGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=346465.000000
s hg19.chr21     17499172 52 +  48129895 AAgaacaaagcactgactttttattcatacta-ccaggtttggatttggattc
s rheMac2.chr3  165649903 53 - 196418989 AAaaacaaagcactgactttgtattcatactacccaagtttggatttagattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15814085 53 +  48394510 AAaaacaaagcactgactttgtattcatactacccaggtttggatttagattc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16227312 53 +  46489110 AAgaacaaagcactgactttttattcatactacccaggtttggatttggattc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16234519 19 +  46489110 ta-ttttttatttttttaaG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15821304 20 +  48394510 tatttttttatttttttaaG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657085 19 - 196418989 ta-ttttttatttttttaaG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657104 40 - 196418989 GCAGAAAGATCTTCCCAACATACTAGTATGGTGAAATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=289891.000000
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s panTro2.chr21  16234578 34 +  46489110 AAACAACTACCCATTTTCTTGTTCTCTTTTATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657144 33 - 196418989 AAACAACTACCCA-TTTCTTGTCCTCTTTTATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=470461.000000
s hg19.chr21     17506474 39 +  48129895 TTGATTGTAGTTATGTAAAAAGCTTTACTCGTTAAAAAA
s panTro2.chr21  16234612 39 +  46489110 TTGATTGTAGTTATGTAAAAAGCTTTACTCGTTAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15821398 39 +  48394510 TCGATTGTAGTTATGTAAAAAGCTTTACTCGTTAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1252376.000000
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s panTro2.chr21  16234651 59 +  46489110 A---------------ATTAAATGTTTGGCCAAGTCATGGGATCAACTCAGGATTTTATTATAACCCAGATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=687143.000000
s hg19.chr21     17506572 30 +  48129895 GGCTAACCACATTTTCTTAAAATGTCCAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15821496 30 +  48394510 GGATAACCACATTTTCTTAAAATGTCCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657290 30 - 196418989 GGATAACCACATTTTCTTGAAATGTGCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1237017.000000
s hg19.chr21     17506602 68 +  48129895 AGACTGAATTGCACCCGTGGCTTCTAACATGAACGGCTGGAGCCAAGAATGCTTGCGTGAAAGCAGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15821526 68 +  48394510 AGACTGAATTGCACCTGTGGCTTCTAACATGAACGGCTGGAGCCAAGAATGCTTGCGTGAAAGCAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657320 68 - 196418989 AGTCTTAATTGCACCTCTGGCTTCTAAGGTGAACCGCTGGAGCCAAGAATGCTTGAGGGAAAACAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4190998.000000
s hg19.chr21     17506670 378 +  48129895 AGCCACCAAAACACAATGGGATTTATTCCTTCATTCTGGGTTTAAAGAAAGGATCTTAAAGATCCAACCTTTTAGCCTAGAAAGCTTTGTAAACCTTTTCAAATACCTCTGAGGAATCTGCATACTTTGTAGCTCAACTTATTAGTCTATTTCATTCACACGAGGAGATTCTCCACTCTAAACACTCTGACTTGCAGAGGATGGAATACCAAGTAGGTGTACTCTGGATTGGGGCTTTGATAAAAACCTTTCAAAGAAGAACCATAGTACAACAGTTTTTGGGATACAGTTTCTGGAATAATGTAAAATGGTGAAATGTAGGCAGATTTTTGTAACCCTGCTAGTAAGCTAATTAAGAGTATGTATTTCTGTATTGGT
s panTro2.chr21  16234808 377 +  46489110 AGCCACCAAAACACAATGGGATTTATTCCTTCATTCTGGGTTTAAAGAAAGGATCTTAAAAATCCAAGCTTTTAGCCTAGAAAGCTTTATAAACCTTTTCAAATACCTCTGAGGAATCTGCATACTTTGTAGCTCAACTTATTAGTCTATTTCATTCACACGAGGAGATTCTCCACTCTAAACACTCTGACTTGCAGAGGATGGAATACCAAGTAGGTGTACTCTGGATTGGGGCTTTGATAAAAACCTTTCAAAGAA-AACCATAGTACAACGGTTTTTGGGATACAGTTTCTGGAATAATGTAAAATAGTGAAATGTAGGCAGATTTTTGTAACCCTGCTAGTAAGCTAATTAAGAGTACGTATTTCTGTATTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15821594 376 +  48394510 AGCCACCAAAACACAACGGGATTTATTCCTTCACTCCGGGTTTAAAGAAAGGATCTTAAAAATCCAACCTTTTAGCCTAGAAAGCTTTATAAACCTTTTCAAATAACTCTGAGGAATCTGCATACTTTGTAGCTCAACTTATTAGTCTATTTCATTCACACGAGGAGATTCTCCACTCTAAACACTCTGA-TTGCAGAGGATGGAATACCAAGTAGGTGTACTCTGGATTGGGGCTTTGATAAAAACC-TTCAAAGAAGAACCATAGTACAGCAGTTTTTGGGATACAATTTCTGGAATAATGTAAAATAATGAAATGTAGGCAGATTTTTGTAACCCTGCTAGTAAGCTAATTAAGAGTACATATTTCTGTATTCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657388 371 - 196418989 ATCCACCAAAACACAATGGGATTTATTCCTTCGTTACGGGTTTAAAGAAAGGATCTTAAAAATCCAACATTTTAGCCTATAAAGCTTTAGAAACC-TTTCAAATACCTCTGAGGA------ATACTTTGTGGCTCAACTTATTAGTCCATTTCATTCACACGAGGATATTCTCCACTCTAAACACTCTGACTTGCAGAGGATGGAATACCAAGTAGGTGTACTCTGGATTGGGGCTTTGATAAGACCTTTTCAAAGAAGAACCGTAGTACAACAGTTTTTGGGATACAGTTTCTGGAATAGTATAAAATAGTGAAATGTAGGCAGATTTTTGTAACCCTGCTAGTAAGCTAATTAATGGTACATATTACTGTGTTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179280.000000
s hg19.chr21     17507048 34 +  48129895 TGAAGAAGTTTTATTTTTTCCTTTAAGAAATTTC
s panTro2.chr21  16235185 34 +  46489110 TGAAGAAGTTTTATTTTTTCCTTTAAGAAATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15821970 32 +  48394510 TGAAGAAGTTTTATTTTTTCCTTCAAGAAATT--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657759 34 - 196418989 TGAAGAGGTTTTATTTTTTCCTTTAAGAAATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2293322.000000
s hg19.chr21     17507082 172 +  48129895 TATGAAATGCAAGCTATTATAATGAGAAAGAATTGTTCCTTTGCCAATTTTAAAGCCTTTGGAGACATTAGTGTATTAACCCCACATGGTATCtgaagggagcattgaactggcagccagaattcctgagttctggccttgaaactggtatgtgctactgatattatcttga
s panTro2.chr21  16235219 172 +  46489110 TATGAAATGCAAGCTATTATAATGAGAAAGAATTGTTCCTTTGCCAATTTTAAAGCCTTTGGAGACATTAGTGTATTAACCCCACATGGTATCtgaagggagcattgaactggcagccagaattcctgagttctggtcttgaaattggtatgtgctactgatattatcttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822002 162 +  48394510 ---------CAAGCTATTATAATGAGAAAGAATTGTTCCTTTGCCAATTTTAAAGCCTTTGGAGACATTAGTGTATTAACCCCACATGTTATCTGAagggagca-taaactggcagccagaattcctgagttctggtcttgaaactggtatgtgctactgatattatcttga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657793 172 - 196418989 TATGAAATGCAAGCTATTATAATTAGAAAGAATTGTTCCTTCGCCAGTTTTAAAGCGTTTGGAGATATTAGTGTATTAACCCTACATATTGTgtgaagggagcattgaactggcagccagaattcctgagttctggtcttgaaactggcatgtgctactgatattattttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=418077.000000
s hg19.chr21     17507254 36 +  48129895 gcatattcattcatctgtcctggAAGAGATCATGAA
s panTro2.chr21  16235391 36 +  46489110 gcatattcattcatctgtcctgGAAGAGATCATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822164 36 +  48394510 gcatattcattcatctgtcctggAAGAGATCATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165657965 36 - 196418989 gcgtattcattcatctgtcctgGAAGAGATCATGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=903414.000000
s hg19.chr21     17507290 72 +  48129895 TGCTAATCAAATATTCCATGTGTTCATCAATATTTGCAAGCATCCCCTGTGGCTATGTTGGGGTCATGTGAC
s panTro2.chr21  16235427 72 +  46489110 TGCTAATCAAATATTCCATGTGTTCATCAATATTTGCAAGCATCCCCTGTGGCTATGTTGGGGTCATGTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822200 72 +  48394510 TGCTAATCAAATATTCCATGTGTTCATCAATATTTGCAAGCATCCCCTGTGGCTATGTTGGGGTCATGTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165658001 72 - 196418989 TGCTAATCAAATATTCCATGTGTTCATCATTATTTGCAAGCATCCCCTGTGGCTATGTTGGGGTCATGTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=536474.000000
s hg19.chr21     17507362 44 +  48129895 AAGTGCAGGACATAAGTCCAAGGGATGTTTGTCTTCCAGTTTGA
s panTro2.chr21  16235499 44 +  46489110 AAGTGCAGGACATAAGTCCAAGGGATGTTTGTCTTCCGGTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822272 44 +  48394510 AAGTGCAGGACATAAGTCCAAGGGATGTTTGTCTTCCAGTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165658073 44 - 196418989 AAATGCAGGACATAAATCCAAGGGATGTTTGTCTTCCAGTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=669205.000000
s hg19.chr21     17507406 48 +  48129895 AGGAGTTAAGTGAACCAGGATAAATTTTCAATAATCTTTGTCATCTGC
s rheMac2.chr3  165658117 48 - 196418989 AGGAGTTAAGTGAACCAGGATAAATTTTCAGTAATCTTTGTCATCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822316 48 +  48394510 AGGAGTTAAGTGGACCAGGATAAATTTTCAATAATCTTTGTCACCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16235543 48 +  46489110 AGGAGTTAAGTGAACCAGGATAAATTTTCAATAATCTTTGTCATCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=899863.000000
s hg19.chr21     17507454 74 +  48129895 AAAGCAGCAAACAAAGGTTTTAAAATGGCCAAGTTGCAAGATGGGAGCAAGGAGATCTCTGAGTTGTAAAAAGA
s rheMac2.chr3  165658165 73 - 196418989 AAAGCAGCAAACAAAGGTTTT-AAATGGTCAAGTTGCAAGATAGAAGCAAGGAGATCTCTGAGTTGTAAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822364 74 +  48394510 AAAGCAGCAAACAAAGGTTTTAAAATGGCCAAGTTGCAAGATGGGAGCAAGGAGATCTCTGAGTTGTAAAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16235591 74 +  46489110 AAAGCAGCAAACAAAGGTTTTTAAATGGCCAAGTTGCAAGATGGGAGCAAGGAGATCTCTGAGTTGTAAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=462053.000000
s hg19.chr21     17507528 30 +  48129895 AGAGGAAAGCCATTTGTTCATTGCGAcatg
s rheMac2.chr3  165658238 30 - 196418989 AGAGGAAAGCCATTTGTTCATtgtgatatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822438 30 +  48394510 AGAGGAAAGCCATTTGTTCATtgtgacatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16235665 30 +  46489110 AGAGGAAAGCCATTTGTTgattgcgacatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=440513.000000
s hg19.chr21     17507558 62 +  48129895 aaaaggaaataaatatttgctgtatcaagctacgtgaatctgggggttgttttgtgccacag
s panTro2.chr21  16235695 62 +  46489110 aaaaagaaataaatatttgctgtatcaagctacatgaatctgggggttgttttgtgccacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822468 62 +  48394510 aaaaagaaataaatatttgctgtatcaatctacacgaatctgggggttgttttctgccacag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165658268 62 - 196418989 aaaaagaaagaaacatttgctgtatcaagctactcgaatctgggggttgttttgtgccacag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616449.000000
s hg19.chr21     17507620 62 +  48129895 catagcaaatcctatgttgactAGCGTCTCTCCAGGAGTCATCATAAGCTGAGGGGTTTGGA
s panTro2.chr21  16235757 62 +  46489110 catagcaaatcctatgttgactAGCATCTCTCCAGGAGTCATCATAAACTGAGGGGTTTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822530 62 +  48394510 catagcaaatcctatgttgactAGCATCTCTCCAGGAGTTATTGTAAACTGAGGGGTTTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165658330 62 - 196418989 catagcaaatcctatgttgtctAGCATCTCTCCAGGAGTCATCACAAACTGAGAGGTTTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 I 295

a score=272593.000000
s hg19.chr21     17507682 24 +  48129895 GACTTCTTAATTCTGTTCCAGTTT
s panTro2.chr21  16235819 24 +  46489110 GACTTCTTAATTCTGTTCCAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822592 24 +  48394510 GACTTCTTAATTCTGTTCCAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165658687 24 - 196418989 GACTTCTTAATTCTGTTCCAGTTT
i rheMac2.chr3  I 295 C 0

a score=1451851.000000
s hg19.chr21     17507706 147 +  48129895 GTATTCCTGAAATTGTCTTTgggcatatgaccttcattttacaaaagaaagaacagagaagtttggagataactgactaaagtcacaaagtaagtttgtggccatgctgCACGATGTATTTCTCTGGGACCCTGTAGATTCATATTC
s panTro2.chr21  16235843 147 +  46489110 GTATTCCTGAAATTGTCTTTGGGCATATGAccttcattttacaaaagaaagaacagagaagtttggagataactgactaaagtcacaaagtaagtttgtggccatgctgCACGATGTATTTCTCTGGGACCCTGTAGATTCATATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822616 147 +  48394510 GTATTCCTGAAATTGTCTTTGGGCATATGAccttcattttacaagagaaagaacggagaagtttggagataactgaataaagtcacaaagtaagtttgtggccgtgctgCACGATGTATTTCTCTGGGACCCTGTAGATTCATATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165658711 147 - 196418989 GTATTCCTGAAATTGTCTTTGGGCATATGAccttcattttacaaaagaaggaacagagaagtttggagataactgcctaaagtcacaaagtaagtttgtggcCATACTGCACGGTGTGTCTCTCTGGGACCCTGCAGATTCATTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1338726.000000
s hg19.chr21     17507853 130 +  48129895 CCCAGGTATATTTCTCCACAACCTATGAGATTAACTGTGGGATCATTCAAATTGACCATTAACAAAATGCTAGATTGATTCTCTTCCTGTCTACTAGGTTTTGTTCACTTAGACATGATGTAATTCTGTG
s panTro2.chr21  16235990 130 +  46489110 CCCAGGTATATTTCTCCACAACCTCTGAGATTAACTGTGGGATCATTCAAATTGACCATTAACAAAATGCCGGATTGATTCTCTCCCTGTCTACTAGGTTTTGTTCACTTAGACATGATGTAATTCTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822763 130 +  48394510 CCCAGGTGTATTTCTCCACAACCCATGAGATTAACTGTGGGATCATTCAAATTGACCATTAACAAAATGCCAGATTGACTCTCTTCCTGTCTACTAGGTTTTGTTCACTTAGACATGATGTAATTCTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165658858 128 - 196418989 CCCAGGTCTGTTTCTCCACAACCTACGAGATTAACTGTGGGATCATTCAAATTGACCATTAACAAAATGCCAGATTGA--CTGTTCGTGTCTACTAGGTTTTGTTCACTTAGACATGATATAATTCTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=272625.000000
s hg19.chr21     17507983 41 +  48129895 ATGCAATGGATAATACGGCATTCAACATCCTGACCTTAATA
s panTro2.chr21  16236120 41 +  46489110 ATGCAATGGATAATATGGCATTCAACATCCTGACCTTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822893 41 +  48394510 ATTCAATGGATAATACGGCATTCAACATCCTGACCTTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165658986 41 - 196418989 ATGCAATGGATAATACAGCATTCAGCATCCTGGCCTTAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=382199.000000
s hg19.chr21     17508024 46 +  48129895 CCAGAGACTTATCTATCAGATTATGGAGTCTGATAGTATACATATT
s panTro2.chr21  16236161 46 +  46489110 CCAGAGACTTATCTATCAGATTATGGAGTCTGATAGTATACATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822934 46 +  48394510 CCAGAGACTTATCTATCAGATTATGGAGTCTGATAGTGTACATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165659027 46 - 196418989 CCAGAGACTTATCTATCAGATTATGGAGTCTGATAGTATACATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=86699.000000
s hg19.chr21     17508070 31 +  48129895 ATGTCTATTTTCAACTGGGGAAAAATTCTAC
s panTro2.chr21  16236207 31 +  46489110 ATGTCTATTTTCAATTGGGGAAAAATTCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15822980 31 +  48394510 ATGTCTATTTTCAACTGGGGAAAAATTCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165659073 31 - 196418989 ATGTCTATTTTCAATTAGGGAAAAATTCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=84778.000000
s hg19.chr21     17508101 32 +  48129895 CTCTGTGTTTAGTTTTGAGGTGGTTATTGAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823011 32 +  48394510 CTCTGTTTTTAATTTTGAAGTAGTTATTGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=304165.000000
s hg19.chr21     17508133 61 +  48129895 AAGAACC-TATGATAGACCCCAAAGCTATTTTCACAAAACTTGAATTTAGAAATTTAATGca
s panTro2.chr21  16236270 61 +  46489110 AAGAACC-TATGATAGACCCCAAAGCTATTTTCACAAAACTTGAATTTAGAAATTTAATGca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823043 61 +  48394510 AAGAACC-TATGACAGACCCCGAAGCTATTTTCACAAAACTTGAATTTAGAAATTTAATGca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165659136 62 - 196418989 AAGAACCTTATGATAGACCCCAAAGCTATTTTCACAAAACTTGAATGTAGAAATGTAATGca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89199.000000
s hg19.chr21     17508194 56 +  48129895 ggggtccccaaccctcgggccatggactggtaccagtccttggtctgttaggaact
s rheMac2.chr3  165659198 56 - 196418989 ggggtccccaaccctcgggccatggactggtactggtccttggtctgttaggaact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823104 56 +  48394510 ggggtccccaaccctggggccatggactggtaccagtccttggtcggttaggaact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16236331 56 +  46489110 ggggtccccaaccctcgggccatggactggtaccagtccttggtctgttaggaact
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=111854.000000
s hg19.chr21     17508250 64 +  48129895 ggccacatagcaggaggtgagtggcaagcaagcaaaggaaggttcatctgtatttacagctgct
s panTro2.chr21  16236387 64 +  46489110 ggccacacagcaggaggtgagtggcaagcaagcaaaggaaggttcatctgtatttacagctgct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823160 64 +  48394510 ggccacacagcaggaggtgagtggcaagcaagcaaaggaaggttcatctgtatttacagctgct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165659254 63 - 196418989 ggccacacagcaggaggtgagtggtgagcaagcaaaggaaggttcatctgtatttacagctgc-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=626314.000000
s hg19.chr21     17508314 389 +  48129895 ccttatcactggcaataccacctgagctctgcctcctgtcagatcagaggcagcattagatcctcataggagcgtgaaccctattgtgaactgcacgtatgagggatctaggttgcacactccttatgagaatctaatgcctgatgattgtcactgtctccc-------------------atcacctctggatgggaccatctagttgtagaaaaataagctcagggctcccactgattctgcatgaaggtgagttgtattattctttctttatatattacaatgtaataat------aataaagttcacaataaatgtaatgctcttgaatcatcccgaaaccatcaccttagtcccagtccatggaaaagttgtcttccaggaaattgatcccaggtgccaataaggttgg
s rheMac2.chr3  165659317 380 - 196418989 ---------------------------------tcctgtcagatcacaggcagcattagatcctcataggagtatgaacccgattgtgaaccgcacatgtgagggatctgggttgcacactccttatgagaatctaatgcctgatgattgtcactgtctcccgtgacatctagaggtagatgtcacctctacatgggaccatctagttgcagaaaagtaagctca-ggctcccactgattctgcatgaaggtgagtcgtatgcttctttctttatatattacaatgtaataataatagaaataaagttcgcagtgaacgtaatgctcttgaatcatcccgaaaacatcccctcaatccaagttcatggaaaagttgtcttccatgaaattgatcctgggtgccagtaaggttgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823224 395 +  48394510 ccttatcactggcaataccacctgagctctgcttcctgtcagatcagaggcagcattagatcctcataggagcgtgaaccctattgtgaactgcacgtatgagggatctaggttgcacactccttatgagaatctaatgcctgatgattgtcactgtctccc-------------------atcacctctagatgggaccatctagttgcagaaaaataagctcagggctcccactgattctgcatgaaggtgagttgtattattctttctttatatattacaatgtaataataatagaaataaagttcacaataaatgtaatgctcttgaatcatcccgaaaccatcccctcagtcccagtccatggaaaagttgtcttccaggaaattgatcccaggtgccaataaggttgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16236451 389 +  46489110 ccttatcactggcaataccacctgagctctgcctcctgtcagatcagaggcagcattagatcctcataggagcgtgaaccctattgtgaactgcacgtatgagggatctaggttgcacactccttatgagaatctaatgcctgatgattgtcactgtctccc-------------------atcacctctggatgggaccatctagttgtagaaaaataagctcagggctcccactgattctgcatgaaggtgagttgtattattctttctttatatattacaatgtaataat------aataaagttcacaataaatgtaatgctcttgaatcatcccgaaaccatcaccttagtcccagtccatggaaaagttgtcttccaggaaattgatcccaggtgccaataaggttgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17508703 116 +  48129895 ggactgctgAATTAATGCATTTG----TAACTACCTGGTAGTTTCTTGTCTTTGGCATCCGGGATGGATATAATTGTCCTCCCAATTGTCAAGTGTCAAAATGTAAAATATAGTACACAT
s panTro2.chr21  16236840 116 +  46489110 ggactgctgAATTAATGCATTTG----TAACTACCTGGTAGTTTCTTGTCTTTGGCATCCGGGATGGATATAATTGTCCTCCCAATTGTCGAGTGTCAAAATGTAAAATATAGTACACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823619 120 +  48394510 ggactgctgAATTAATGCATTTGTAACTAACTACCTGGTAGTTTCTTGTCTTTGGCATCCAGGATGGATATGATTGTCCTCACAATTGTCAAGTGTCAAAATGTAAAATATAGTACACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165659697 116 - 196418989 ggactgctgAATTAATGCATTTG----TAACTACCTGGTAGTTTCTTGTCTCTGGCATACCGGATGGATATAATTGTCCTCACAGTTGTCAAGTGTCAAAATGTAAAATGTAGTACACGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165659813 42 - 196418989 AAACAAAtattgatgagactaaaatgaggtaatatctgtaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823739 42 +  48394510 AAACAAAtattgatgaggataaaatgagttaatatctgtaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16236956 42 +  46489110 AAACAAAtattgatgaggataaaatgagttaatatctgtaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=317088.000000
s hg19.chr21     17508861 36 +  48129895 gtccctaggacagagcctggcatagaattaacaata
s rheMac2.chr3  165659855 36 - 196418989 gtccctaggacagagcctggcatagaatgaacagtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823781 36 +  48394510 gtccctaggacagagcctggcatagaattaacaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16236998 36 +  46489110 gtccctaggacagagcctggcatagaattaacaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1223120.000000
s hg19.chr21     17508897 149 +  48129895 tacaggtgtttattaAGTAACAC----AAAGGTGATTATGATGGATCATGAGACACTGTGAGCTAGGATCTAGTTGACATCTCCTTTAATTTTCCTCTTATAGAACCCCAGATACATGTCATCCGATTTC----------TAT-TTAACCATATTTTTGTGCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15823817 149 +  48394510 tacaggtgtttattaAATAACGC----AAATGTGATTATGATGGATCATGAGACACTGTGAGCTAGGATCTAGTTGACATCTCCTTTAATTTTCCTCTTATAGAGCCCCAGATACATGTCATCCAATTTC----------TAT-TTAACCATATTTTTGTGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165659891 164 - 196418989 tacaggtgattattaAATAACACAAAGAAAGGTGATTATGATGGAGCATGAGACACTGCGAGCTAGGATCTAGTTGACATCCCCTTTCATTTTCCTCTTATAGAGCCCCAGATGCATGTCATCCAATTTTTTGACAAAAATATGTCAACCGTATTTTTGTGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16237183 31 +  46489110 GGAAATATGATTTTGTAGTACATGGTAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17509077 32 +  48129895 ATTTTTACTTAGGACCCatcattatctcaatt
s panTro2.chr21  16237214 32 +  46489110 ATTTTTACTtaggacccatcattatctcaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17509109 47 +  48129895 aaaaataagaaaacaggctaagaggagttaagaggtttacccaagtt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15824029 47 +  48394510 aaaaataagaaaacaggctaagaggagttcagaggtttacccaagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165660118 47 - 196418989 aaaaataaggaaacaggctaagaggagttaagaggtttacccaagtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141020.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=320851.000000
s hg19.chr21     17509314 79 +  48129895 GGAATCACTTCAGCCAAGATCTGGAGCTCAAGCAATTTCCCTCTGGGTGAGCAGCATTTATTATTCAAATACACTTATT
s panTro2.chr21  16237451 79 +  46489110 GCAATCACTTCAGCCAAGATCTGGAGCTCAAGCAATTTCCCTCTGGGTGAGCAGCATTTATTATTCAAATACACTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15824234 79 +  48394510 GGAATCACTTCAGCCAAGATCTGGAGCTCAAGCAATTTCCCTCAGGGTGAGCAGCATTTATTATTCAAATACACTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-63944.000000
s hg19.chr21     17509393 25 +  48129895 TAATAAACTTAATTATTACATATTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165660439 25 - 196418989 TAATAAACCTAATTATTATATATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=351361.000000
s hg19.chr21     17509418 35 +  48129895 AACTATTTAATAATCTGTGCTAGCATTTTATCATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=423728.000000
s hg19.chr21     17509453 56 +  48129895 GTTTCACATTTGTTTTTTCTCTGACCTTTTTGAAGCTTTTTTCCTAGCAGCTAAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1876
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=255673.000000
s hg19.chr21     17509509 42 +  48129895 TGTGTCACACCAACCATCTTAAAGACAAGGCCAGGCACATGG
s panTro2.chr21  16237646 42 +  46489110 tgtgtcacaccaACCATCTTAAAGACAAGGCCAGGCACATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165660555 42 - 196418989 tgtgtcacaccaACCATCTTAAAGACAAGGCCAGGCACATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15826305 31 +  48394510 -----------AACCATCTTAAAGACAAGGCCAGGCACATGA
i ponAbe2.chr21 I 1876 C 0

a score=268709.000000
s hg19.chr21     17509551 36 +  48129895 TGAATATTTGTTGATTGTACAGTTGCTAAAAGGAGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=359816.000000
s hg19.chr21     17509587 59 +  48129895 CAAGTtcaaatgagtcacttatagaagcatttggacttcaacagatcgtcaagtgtttg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=821912.000000
s hg19.chr21     17509646 109 +  48129895 aaaactcttatcactaccatgtcttgtttctgggacattttggttttctgcattaggaaaacatcagatacctcagtttgaacactgtggagcttgcaatttactcaca
s panTro2.chr21  16237783 109 +  46489110 aaaactcttatcactaccatgtcttgtttcggggacattttggttttctgcattaggaaaacatcagatacctcagtttgaacactgtggagcttgcaatttactcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15826431 109 +  48394510 aaaactcttatcactaccatgtcttgtttctgggacattttggttttctgcattaggaaaacatcagatacctcagtttgaacactgtggagcttgcaatttactcaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165660692 108 - 196418989 aaaactcttatcactgccatgtcttgttt-tgggacattttggttttctgcattaggaaaacatcagataccttggcttgatcactatggagcttgcagtttgctcaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=343908.000000
s hg19.chr21     17509755 60 +  48129895 ctattatgtcacttatgttcttgtgatcatttactggaaattatgtcattctacttctct
s panTro2.chr21  16237892 60 +  46489110 ctattatgtcacttatgttcttgtgatcatttactggaaattatgtcattctacttctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  15829520 120 +  48394510 TGGGGAAGAAACAAAATATTTCCACAAGTAACCTTTTCACTCAGTAACTCAGGATGTTTTTCAATTTGAGAGACGATGAAGTATAAAGCTAAAATTTAAACCATATCAAGATCATTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16241510 98 +  46489110 ATTAAGATTATTCCATATATAGTATATTTATTGTCCTTTTGAGTAAGTTTTGTTTTGTATTTTCCAACTGGGTTCTGTTGTCTCATGAAATGGCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15829640 98 +  48394510 ATTAAGGTTATTCTATAGATAGTATGTTTATTGTCCTTTTGAGTAAGTTTTGTTTTGTATTTTCCAACTGGGTTGTGTTGTCTCGTGAAATGGCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165664352 92 - 196418989 ATTAAGATTATTCTATGTGTACTACGTTTATTGTCCTGTTGAGTAAATTTTGT------ATTTCCAACTGGGTTCCACTGTCTCATGAAATGGCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13409.000000
s hg19.chr21     17513480 21 +  48129895 TACTTTGCTGTGTCATGTATT
s panTro2.chr21  16241608 21 +  46489110 TACTTTGGTGTGTCATGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165664444 21 - 196418989 TACTTTGGTGTGTCATGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=376491.000000
s hg19.chr21     17513501 75 +  48129895 TAGGCCATTTTACTCAACATTGAAAATAATTTTCTTAGTGTCTTTGGCATTTTTGGAGCATAAGTCTTTCTTCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15829759 75 +  48394510 TAGGCCATTTTACTCAACATTTAAAATAATTTTCTTAGTGTCTTTGGCATTTTTGGAACATAAGTCTTTCTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165664465 40 - 196418989 TAGGCCATTTTACTCAACATTCA-----------------------------------CATGCCTCTTTCTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17513576 48 +  48129895 GATGAAATTTTCTTTTCCCCTCCAATATaggcatttcttgttttatta
s panTro2.chr21  16241704 48 +  46489110 GATGAAATTTTCTTTTCCCCTCCAATATaggcatttcttgttttatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15829834 47 +  48394510 GATG-AATTTTCTTTTCCTCTCCAATATaggcatttcttgttttatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165664505 48 - 196418989 GATGAAATTTTCTTTTCCCCTCCAATATaggcatttcttgttttattg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=904724.000000
s hg19.chr21     17513624 537 +  48129895  
s panTro2.chr21  16241752 537 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15829881 538 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165664553 543 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17514161 166 +  48129895 gaacatacatgttcacgtgtctttataagagaatgacttatattcctttgggtatatacccagtaacgggattgcggggttgaataatatttctgtttttaagtcttaaaggaatcatcacactgtcttccat-ctggctgaactaatttacactttaatcaatagt
s panTro2.chr21  16242289 166 +  46489110 gaacatacatgtgcacgtgtctttgtaagagaatgacttatattcctttgggtatatacccagtaacgggattgcggggttgaacaatatttctgtttttaagtcttaaaggaatcatcacactgtcttccat-ctggctgaactaatttacactttaatcaatagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15830419 166 +  48394510 gaacatacatgtgcacgtgtctttataagagaatgacttatattcctttgggtatatacccagtaatgggattgcggggttgaacgatatttctgtttttaagtcttaaaggaatcatcacactgtcttccat-ctggctgaactaatttacactttaatcaatagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165665096 164 - 196418989 gaacatatgtgtgcaagtgtctttataacagaatgatttatattcctttgggtatatacccagtaatgggattgctgggttgaacaatatttctgtctttagatcttaaaagaatcaccacactgttttccttaatggctgaactaatttacactttaatcaat---
i rheMac2.chr3  C 0 I 3280

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s hg19.chr21     17514327  708 +  48129895  
s panTro2.chr21  16242455  707 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15830585  706 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165665260 3280 - 196418989 I

a score=129265.000000
s hg19.chr21     17515035  490 +  48129895 gatttaaggacaggatcctgtttcagtcttctgcatattgctagccagttactccaacatcatttattgaataggaaattttttcccaatggcttttttttgtcagggttgttgaagatgagatagttgtaggtttgtggccttatttctgtgccctctattctgtcacattggtctaaatgtgtgtttttatactgtaccatgatgctttggttaccatagccctgtagtatagtttgaagtcagataacgttatgcttctagctttattctttttgcttaggattgctctggctatttgagctcttttttggttccatataaatgttaaaagagtttttttctggttcttttaagaacatcaatggtagtttaatagaaataggattgtatctataaattgctttgggcagtatggccattta----aacaatactgattcttcctgtccgtgagcatggaaggttatttcatttgtttgtgtcatctctga
s panTro2.chr21  16243162  489 +  46489110 gatttaaggacaggatcctgtttcagtcttctgcatattgctagccagttactccaacatcatttattgaataggaaattttttcccaatggcttttttttgtctgggttgttgaagatgagatagttgtaggtttgtggccttatttctgtgccctctattctgtcacattggtctaaatgtgtgtttttataccgtaccatgctgctttggttactatagccctgtagtatagtttgaagtcagataatgttatgcttccagctttattctttttgcttaggattgctctggctatttgagctcttttttggttccatataaatgttaaaatag-ttttttctggttcttttaagaacatcaatggtagtttaatagaaataggattgtatctataaattgctttgggcagtttggccattta----aacgatactgattcttcctgtccatgagcatggaaggctatttcatttgtttgtgtcatctctga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15831291  493 +  48394510 gatttaaggacaggatcctgtttcagtcttctgcatattgctagccagttactccaacatcatgtattgaataggaaattttttcccaatggcttttttttgtcagggttgttgaagatcagatagttgtaggtttgtggccttatttctgtgccctctattctgtcacattggtctaaatgtgtgtttttataccgtaccatgctgctttggttactatagccctgtagtatagtttgaagtcagataacgttatgcttccagctgtattctttttgcttaggattgctctgggtatttgagttcttttttggttccatataaatgttaaagtag-ttttttctggttcttgtaagaacgtcaatggtagtttaatagaaataggattgtatctataaattgctttgggcagtatggccatttaaaggaaggatactgatccttcctgtccgtgagcatggaaggctatttcatttgtttgtgtcatctctga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165665260 3280 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  15831784 1819 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16243651 1838 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165665260 3280 - 196418989 I

a score=2064334.000000
s hg19.chr21     17517358 2362 +  48129895  
s rheMac2.chr3  165668540 2357 - 196418989  
i rheMac2.chr3  I 3280 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16245489 2361 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1960714.000000
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s rheMac2.chr3  165670897 1546 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16247850 1541 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17521262 54 +  48129895 TTttcactagcaaaaaggttataacttgttaaagcctcatgtgattgttagaat
s panTro2.chr21  16249391 54 +  46489110 TTttcactagcaaaaaggttataacttgttaaagcctcatgtgattgttagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 683
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165672497 192 - 196418989 atgttagcaataaaatatttttaattaaggtgtgtgcatttttttttttagatataatgctattgcacacttaatagactacagcatagtgtaaacataactttttttgtgcactgggaaaccaaaacattcatggaacttgctttattgtgatatttgctttattgcaattgtctggtacccaattgacaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16249445 188 +  46489110 atgttagcaataaaatatttttaattaaagcatgagca---tttttttaagatacaatgctattgcacacttaatagactacagcatactgtaaacataac-ttttttgtgcactgggaaaccaaaacattcatggaacttgctttattgtgatatttgctttattgcaattgtctgataccaaattgacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165672689 119 - 196418989 tatctccgaggtatgcctATAGTTTATCTTTATTTGTGATAAGATCTTACACATTTGATACAACAAGTTATTTATATTGAAATGCATTT-ATCATATCTCTTATTTAAGAAGAACATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15837542 683 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165672808  16 - 196418989 GAATTTTCAGTGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 28
e ponAbe2.chr21  15837542 683 +  48394510 I

a score=98044.000000
s hg19.chr21     17521640  45 +  48129895 AGCCTGCTGAAGTAATCACCCT-CTGCAATTTATAAATATTAGAAA
s panTro2.chr21  16249769  45 +  46489110 AGCCTGCTGAAGTAATCACCCT-CTGCAATTTATAAATATTAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165672852  46 - 196418989 AGCCTGCTGAGGTAGTCACCCTCCTGCAATTTATAAATATTAGAAA
i rheMac2.chr3  I 28 C 0
e ponAbe2.chr21  15837542 683 +  48394510 I

a score=332609.000000
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s panTro2.chr21  16249814  56 +  46489110 CATTGGTCAAGTTTTAGAATATTTTATTGACTATTAAATGTTATGTGACTGTGtta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165672898  56 - 196418989 TATTGGTCAAGTTTTAGAATATTTTATTGCCTATTAAATGTTACGTGATTGTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15837542 683 +  48394510 I

a score=291608.000000
s hg19.chr21     17521741  41 +  48129895 aattattatatattatttGCATAGTGTGAAAGCTTACTTTT
s panTro2.chr21  16249870  41 +  46489110 aattattatatattatttGCATAGTGTGAAAGCTTACTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165672954  41 - 196418989 AATTATTATATATTGTTTGCATAGTGTGACAGCTGACTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15837542 683 +  48394510 I

a score=309100.000000
s hg19.chr21     17521782  27 +  48129895 GCTTCACGAATTATTTTAAATGGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15837542 683 +  48394510 I

a score=306513.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16250314 26 +  46489110 TCTCGTGTT-GGATCTGTCTTCTCCTG------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15838544 26 +  48394510 TCTCGTGTT-GGACCTGTGTTCTCCTG------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165673398 27 - 196418989 TCTCGTGTTGGGACCTGTCTTCTCCTT------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17522223 302 +  48129895 ttttttttttttttttttttttttttttttttttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcaatctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggcgcccgccactacgcccggctaattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgttttagccgggatggtctcgatctcctgacctcgtgatccgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgag
e rheMac2.chr3  165673425   0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  16250340   0 +  46489110 C
e ponAbe2.chr21  15838570   0 +  48394510 C

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s hg19.chr21     17522525 54 +  48129895 ccaccgcgcccggccGAAATGCTTCTTATTTGTTAGTGTGGCAGCGATGATAAC
s rheMac2.chr3  165673425 39 - 196418989 ---------------GAAATGCTTCTTATTTGTTAGTGTGGCAGCGATGACAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15838570 39 +  48394510 ---------------GAAATGCTTCTTATTTGTCAGTGTGGCAGCGATGATAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16250340 39 +  46489110 ---------------GAAATGCTTCTTATTTGTTAGTGTGGCAGCGATGATAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=609441.000000
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s panTro2.chr21  16250379 83 +  46489110 AGCACCCCCAGACACCCTGGTAAATCGCTTCTCTCGAGCGCTTTGTTGTGCTCTTCGTTGAGTTCTGAGTGAGGTGTGAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15838609 83 +  48394510 AGCACCACCAGACACCCTGGTAAATCGCTTCACTCAAGCACTTTGTTGTGGTCTTCGTTGAGTTCTGAGTGAGGTGTGAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165673464 83 - 196418989 AGCACTCCCAGATACCTGGGTAAATCACTTCACTCTAGTGCTCTGTTGTTGTCTCCCTTGAGTTCTGAGTGAGATGTGAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16250462 83 +  46489110 TGAGAAGACAGAATTTGTTTTCATTCTTCAGTAAGTAAGTTAGCATGTGGTTgtgcctagc-ggagtatctggcacttagcagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15838692 83 +  48394510 TGAGAAGACAGAATTTGTTTTCGTTCTTCAGTAAGTAAGTTAGCATGTGGTTGTGCCTAGC-GGAGTATCTGGCACTTAGTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165673547 84 - 196418989 TGAGAAGGCAGATTTTGTTTTCGTTCTTCAGTAAATAAGTGACCATGTGGTTATGCCTAGCGGGAGTATCTagcactgagtggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16250545 55 +  46489110 ccagttaaataaaCCTGGATTTAAAACCAGACTTCACAAAATTTGCTGGGAATCt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15838775 51 +  48394510 GAAGTTAAATAAACCTGGACTTAAAACCAgacttcacacaatttgctggga----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165673631 51 - 196418989 gcagttaaatacacctggatttaaaaccagacttcacaaaatttgctggga----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17522800 47 +  48129895 tttttttttttt---atactttaagttttagggtacatgtgcacaatgtg
s panTro2.chr21  16250600 50 +  46489110 tttttttttttttttatactttaagttttagggtacatgtgcacattgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165673682  0 - 196418989 C
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165673682   0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  15838826   0 +  48394510 C

a score=170628.000000
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s panTro2.chr21  16251645 1855 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165673682    0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  15838826    0 +  48394510 C

a score=11249.000000
s hg19.chr21     17525698 33 +  48129895 attagtcttgctagcagtctatgaattttgttg
s panTro2.chr21  16253500 33 +  46489110 attagtctcgctagcggtctatcaattttgttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165673682  0 - 196418989 C
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16253661 57 +  46489110 gtaactgctcattactgttttt-atTATTTTGCTTCCTTTTTTTTTTC--CTTCACTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16253992 87 +  46489110 TTAATATTGATATGAGTAATTTTTTAAAAGTAATCAAAGCTTTAGAGAGTAAGAGAAGAAATAAAAAAAAACAAAAACATTATG--ACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15839291 87 +  48394510 TTAATATTGATATGACTGATTTTTTTAAAGTAATCAAAGCTTTAGAGAGTAAGAGAAGAAATAAAAAGAAACAAAAACATAATG--ACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165674143 85 - 196418989 TAAATATTGATATGACTAATTTTTTAAAAGTAATCAAATCTTTAGAGTGTAAGAGAAGAAATAA----AAACAAAAACATTATGACACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 518
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=68930.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=192185.000000
s hg19.chr21     17528755  49 +  48129895 TCCACTATCAGTACAGCTATCAGATGCCTTTATTAACATGATCCCATTC
s panTro2.chr21  16256560  49 +  46489110 TCCACTATCAGTACAGCTATCAGATGCCTTTATTAACATGATCCCATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165676704  49 - 196418989 TCCACTATCAGTATAGCTATCAGATGCTTTTATTAACATGATCCCATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15841571 518 +  48394510 I

a score=-32818.000000
s hg19.chr21     17528804  38 +  48129895 Aggctgggtgtggtggctcacacctgtaatgcct-ctct
s panTro2.chr21  16256609  38 +  46489110 Aggctggatgtggtggctcacacctgtaatgcct-ctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165676753  39 - 196418989 Aggctgggtgtggtggcttacacctgtaatgcctgctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15841571 518 +  48394510 I

a score=20049.000000
s hg19.chr21     17528842  66 +  48129895 ttggggtgctgaggcagagcagattgcttgagctcaggagttcaacaacagcctggccaacataga
s panTro2.chr21  16256647  66 +  46489110 ttggggtgctgaggcagagcagattgcttgagctcaggagttcaacaacagcctggccaacataga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165676792  57 - 196418989 ttggggagatgaggtgggacagattgcttgagctcaggagtccaagaacagcctggc---------
i rheMac2.chr3  C 0 I 19
e ponAbe2.chr21  15841571 518 +  48394510 I

a score=123114.000000
s hg19.chr21     17528908 133 +  48129895 gaaacctcatctctacaaaaaaatacaaaaatgagccaggcg--tggtggcatgtgcctgtagtcccagctacttgcgg-------gcaagaggatcgcttgaacccgggaggtggaggttgcagtgagccgagatcacacc
s ponAbe2.chr21  15842089 116 +  48394510 -----------------aaaaaataaaaaaatgagcctggcg--tggtggcatgtgcctgtagtcccagcttcttgggg-------gcaggaggattgcttgaatccgtgaggtggaggttgcagtgagccaagatcacacc
i ponAbe2.chr21 I 518 C 0
s rheMac2.chr3  165676868 141 - 196418989 aaaacctcatctctac-aaaaaatacaaaaatgcctctcacggctggtggcatgttcctgtagtcccagctacttggggggctgaagcaggaggactgcttgaatctgggaggtggaggttgcagtgagccgagatcacacc
i rheMac2.chr3  I 19 C 0
s panTro2.chr21  16256713 133 +  46489110 gaaacctcatctctacaaaaaaatacaaaaatgagccaggcg--tggtggcatgtgcctgtagtcccagctacttgcgg-------gcaagaggatcgcttgaacccgggaggtagaggttgcagtgagctgagatcacacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=28112.000000
s hg19.chr21     17529041 63 +  48129895 actgcaccactgcactccagcatggatgacagagcaagaccctgtctcaaaaaaataaataaa
s panTro2.chr21  16256846 55 +  46489110 actgcac--------tccagcatggatgacagagcaagaccctgtctcaaaaaaataaataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165677009 51 - 196418989 actgcac--------tccagcctgggtgaca----aagaccctgcctcaaaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15842205 55 +  48394510 actgcac--------tccagcctggatgacagagcaagaacctgtcctaaaaaaataaataaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=15918.000000
s hg19.chr21     17529104 38 +  48129895 TACATAAATAAAATGAAATAAAGAAAAAAGAAAGAAAA
s panTro2.chr21  16256901 27 +  46489110 TACATAAATAAAATGAAATAAAGAAAA-----------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165677060 38 - 196418989 aaaaaaaaTTAAATTAAATAAAGAAAAAAGAAAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15842260 38 +  48394510 tacataaataaaatgaaataaagaaaaaagaaagaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=-108390.000000
s hg19.chr21     17529142 36 +  48129895 TTCCTGTTAAAAAACACTTACT----GTGTTTATTACAAG
s panTro2.chr21  16256928 36 +  46489110 TTCCTATTAAAAAACACTTACT----GTGTTTATTATAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165677098 15 - 196418989 TCCGTATTTAAAAAC-------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 35
s ponAbe2.chr21  15842298 40 +  48394510 TTCCTGTTAAAAAACACTTATTATAAGTGTTTATTATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=-85799.000000
s hg19.chr21     17529178 10 +  48129895 TTAATTA------------------------------------------------------------TTT
s rheMac2.chr3  165677148 70 - 196418989 ttaattatatGAACCCATTCTGTAAATTGATTGATAACCTGTTCTACTTTATCTATTTATTTTTTTTTTT
i rheMac2.chr3  I 35 C 0
s ponAbe2.chr21  15842338 10 +  48394510 TTAATTA------------------------------------------------------------TTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16256964 10 +  46489110 TTAATTA------------------------------------------------------------TTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=418982.000000
s hg19.chr21     17529188 58 +  48129895 ACTGCCAGTTCATAGCCATCTTTCCATCAATAAATATAGATGTACCAACTGATTGATG
s panTro2.chr21  16256974 54 +  46489110 ACTGTCAGTTCATAGCCATCTTTCCATCAATAAATATAGATGTACCAACTGAT----G
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15842348 54 +  48394510 ACTGTCAGTTCATAGCCGTCTTTCCATGAATAAATATAGATGTACCAACCGAT----G
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165677218 54 - 196418989 ACTGTCAGTTCATTGCCATCTTTCCATCAATAAATACGGATATACCAACTGAT----G
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1284269.000000
s hg19.chr21     17529246 171 +  48129895 TTAGTGTCTTCATCATGCTCCATGCTCCATAGTGGTCCATAATTTAAGTAGTCACCCCTGGCATCTTAAATATTTTTTGTAAATATAGATAATAAAAATGCCTTCAGTCAGCACATTCTTGTTTGCTGTCCCTGGAGTGTTTGGATGACCATTAAAAATGGCAGAAGGCTG
s panTro2.chr21  16257028 171 +  46489110 TTAGTGTCTTCATCATGCTCCATGCTCCATAGTGGTCCATAATTTAAGTAGTCACCCCTGGCATCTTAAATATTTTTTGTAAATATAGATAATAAAAATGCCTTCAGTCAGCACATTCTTGTTTGCTGTCCCTGGAGTGTTTGGATGACCATTAAAAATGGCAGAAGGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15842402 171 +  48394510 TTAGTGTCTTCATCATGCTCTGTGCTCCACAGTGGTCCATAATTCAAGTAGTCACCCCTGGCATCTTAAATATTTTTTGTAAATATAGATAATAAAAATGCCTTCAGTCTGCACATTCTTGTTTGCTGTCCCTGGAGTGTTTGGATGACCATTAAAAATGGCggaagcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165677272 171 - 196418989 TCGGTGTCTTCATCACGCTTCATGCTCCACAGTCGTCCATCATTTACGTAGTCACCCCCGGTATCTTAAATATTTTTCGTAAATATAGATAATAAAAATGCCTTCAATCAGCACCTTCTTGTTTGCTGTCCCTGGAGTGTTTGGGTGACGATTAAAAATGACAggagcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151409.000000
s hg19.chr21     17529417 31 +  48129895 ACTTGGTTTTtaggcctgaattacagccctg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=355260.000000
s hg19.chr21     17529448 45 +  48129895 ccatctacaagctgtgtgactgtgagcaagttacataaccttact
s panTro2.chr21  16257230 45 +  46489110 ccatctacaagctgtgtgactgtgagcaagttacataaccttact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16257275 138 +  46489110 gtatcacaagtattttttt-----tctcatttataaaatgatgataat--------------------------------------------aagagtatctacctgacatgattgctgagcagagaaagatgttaagac-acataaagttttggagactggtttctggtctatgatttttactcagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15842649 180 +  48394510 gtatcacaagtattttttt-------tcatttataaaatgatgataatattttgagtatctacctgacatgatactgtcatgtcatgacatgatgAGTATCTACCTGACATGATTGCTGAGCAGAGAAAGATGTTAAGAC-ACATAAAGCTTTGGAGACTGGTTTCTGGTCTATGATTTTTACTCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165677519 145 - 196418989 gtatcacaagtttttttttttttttttcatttatgaaatgatgatagta-------------------------------------------aagagtatctacctgacaggattgttgagcacagaaagatattaagacaacataaagctttggagactggtttctggtctatgatatttactcagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6699.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=490512.000000
s hg19.chr21     17529767 78 +  48129895 GTATGCATACTTTGGGATGTTTACATGTGAAAATGCACATTATCCTACACACTTCAATTCTCAAACCATGTTGGTTAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16257549 78 +  46489110 GTATGCATACTTTGGGATGTTTACATGTGAAAATGCACATTATCCTACACACTTCAATTCTCAAACCATGTTGGTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=362783.000000
s hg19.chr21     17529845 59 +  48129895 AGAAGAGATTAATAGTTATTTCTAGACACACTATACACAGAACAATTTGGAGAAAAATC
s rheMac2.chr3  165677878 59 - 196418989 AGAAGAGATTAATAGTTATTTCTAGACACACTATACACTGAACCATTTGGAGAAAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15843036 59 +  48394510 AGAAGAGATTAATAGTCATTTCTAGACACACTATACACTGAACCATTTGGAGAAAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16257627 59 +  46489110 AGAAGAGATTAATAGTTATTTCTAGACACACTATACACAGAACAATTTGGAGAAAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=428254.000000
s hg19.chr21     17529904 42 +  48129895 ACCATTGGACAGTAGCAACTAGTTTAATATTTGGCGTCTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15843095 42 +  48394510 ACCATTGGACAGTAGCAACTAGTTTCATATTTGGCATCTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6180.000000
s hg19.chr21     17529946  96 +  48129895 ATTTTCTCTTTTAACATTTCCAAGGAATAGGGGACGCTCTTGTCAATGACt------tttttttttttttttt-gagactgtgtatcattctgtcacccaggc
s rheMac2.chr3  165677979 102 - 196418989 ATTTTCTCTTTTAACATTTACAAGGAATAGAGGACAGTCTTATCAATGACTAACTTGtttttgttttcttttt-gagactgagtatcactctgtcacccaggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15843137  93 +  48394510 ATTTTCTCTTTTAACATTTCCAAGGAATAGGGGACACTCTTGTCAATGACt------ttttttttttttt----gagaccgagtatcactccgtcaccgaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16257728  97 +  46489110 ATTTTCTCTTTTAACATTTCCAAGGAATAGGGGACGCTCTTGTCAATGACt------tttttttttttttttttgagactgagtatcactctgtcacccaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24691.000000
s hg19.chr21     17530042 31 +  48129895 tagagtgcaatggtgctatcttagcttactg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17530073 75 +  48129895 c-aacctccgcctcctgggttccagcgattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggattacaggcatgcacca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=30339.000000
s hg19.chr21     17530148 58 +  48129895 ccataccctggtaatttttgtgtttttagtagagaaggggtttcaccatgttggtctg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17530206 57 +  48129895 gctggtctcgaactcatgacctcataatccacctgtcttgccctcccaaagtgctgc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=17986.000000
s hg19.chr21     17530263 23 +  48129895 gattacaggcatgagccacggca
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=45653.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=420275.000000
s hg19.chr21     17530320 117 +  48129895 GATAGATGCAGGGCTAGGGGCA-TGAAGACAGGAAGGTACTCCCACTTTTCAAGGACAGAATGTGGGGCGGGTGGTAAAATCTGAAGAGATCCTGAAAAATTGTCCTCCTTTAGGTGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15845812 72 +  48394510 TACACAAATGAGATCATATCACATATTTCTTTTGAAATTGCTT--TTTTTATTTAAAAATTTGTGACAggctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165680627 71 - 196418989 TACAC---CGAGATCGTATCTCATATTTCTTTTGAACCTGCTTCTTTTTTATTTAAAAATTTATGACAggctgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16260509 248 +  46489110 actgtgggagcctgaggtgagcgggtcatctgaggtcgagagttcaagaccagcctgaccagcatggtataaccgcgtctctattaaaaatacaaaaattagccagacatggtgatgcgtgcctgtagtcccagctactcgggcggctgatgcaggagaatcccttgaacccgagaggtggaggtctcagtaagccaagatcacgggactgcactccagcctgggagacagagggagactctgtcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165680727 232 - 196418989 actttgggagcctgaggtgggcgggtcacctgaggtggagagttcaagaccagcctggccaacatggtgtaaccgcgtctctattaaaaacacaaaaattagccaggcgtggtgacgcgcgcctgtagtcccagctatccgggaggctgatgcaggagaatcccttgaacccgagaggtggaggtttcaatgagccaagatcgcaggactgcactccagcctgggagacaga----------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 354

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165680959 354 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165680959 354 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165680959 354 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165680959 354 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165680959 354 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165680959 354 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165680959 354 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16261907 33 +  46489110 attgagacagagtctcactctgtctcccaggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39669.000000
s hg19.chr21     17534130 31 +  48129895 tgagtgcaatggcgcgatctctctgcctctc
s rheMac2.chr3  165681704 31 - 196418989 tgagtgcaatggcacgatctctttgcctccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15847323 31 +  48394510 tgagtgcaatggcacgatctctctgcctcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16261940 31 +  46489110 tgagtgcaatggcgcgatctctctgcctctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=54084.000000
s hg19.chr21     17534161 32 +  48129895 gggttcaagtgattctcctgcctcagcctctg
s panTro2.chr21  16261971 32 +  46489110 gggttcaagtgattctcctgcctcagacgctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15847354 32 +  48394510 gggttcaagtgattctcctgcctcagcctctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165681735 32 - 196418989 ggattcaagtgattctcctgcctcagcctctg
i rheMac2.chr3  C 0 I 747

a score=49447.000000
s hg19.chr21     17534193 30 +  48129895 gagtagctgggattacaggtatgcaccacc
s rheMac2.chr3  165682514 30 - 196418989 gagtagctgggattacaggtatgcaccacc
i rheMac2.chr3  I 747 C 0
s ponAbe2.chr21  15847386 30 +  48394510 gagtagctgggattacaggtatgcaccact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16262003 30 +  46489110 gagtagctgggattacaggtatgcaccacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=52378.000000
s hg19.chr21     17534223 49 +  48129895 gtgcccagctaatttttgtatttttagtagagatggggtttca-catgtt
s rheMac2.chr3  165682544 50 - 196418989 gtgcccagctaatttttgtatttttagtagagattcggtttcaccatgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15847416 49 +  48394510 gtgcccagctaatttttgtatttttagtagagatggggtttca-catgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16262033 49 +  46489110 gtgcccagctaatttttgtatttttagtagagatggggtttca-catgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=40282.000000
s hg19.chr21     17534272 57 +  48129895 ggccaggctagtctcgaacttctgacctcagatgatccacccaccttggcctcccag
s panTro2.chr21  16262082 57 +  46489110 ggccaggctggtctcgaacttctgacctcagatgatccacccaccttggcctcccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-37782.000000
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s panTro2.chr21  16262139 21 +  46489110 aatgcttggattacaggtgCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165682651 21 - 196418989 aatgtttggattacaggtgCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=95742.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151008.000000
s hg19.chr21     17534394 92 +  48129895 GCCCCTAATTCTGACTAAACTCCTTTCAGAATCTAGGATTATTAATCATCTTAATTTTTTTCTGAATTATAATAAAGTAGATAATAATCTGG
s rheMac2.chr3  165682716 92 - 196418989 GCTCCTAATTCTGACTAAACTCCTTTCAGAATCCAGGATTATTAATCATCTTAATTTTTTTCTGAATTATAATAAAGTAGATAATAATCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15847586 91 +  48394510 GCCCCTAATTCTGACTAAACTCCTTTC-GAATCCAGGATTATTAATCATCTTAATTTTTTTCTGAATTATAATAAAGTAGATAATAATCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16262204 92 +  46489110 GCCCCTAATTCTGACTAAACTCCTTTCAGAATCTAGGATTATTAATCATCTTAATTTTTTTCTGAATTATAATAAAGTAGATCATAATCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=295458.000000
s hg19.chr21     17534486 27 +  48129895 GCATCTCAAATGCCATTTCTCATCCTA
s panTro2.chr21  16262296 27 +  46489110 GCATCTCAAAAGCCATTTCTCATCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165682808 27 - 196418989 GCATCTCAAATGCCATTGCTCATCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=346215.000000
s hg19.chr21     17534513 54 +  48129895 TAATTCTGAAAAATA-TTGTTTAGTTGATGCCACACAATTCCTGGTAATTCTTTG
s panTro2.chr21  16262323 54 +  46489110 TAATTCTGAAAAATA-TTGTTTAGTTGATGCCAGACAATTCCTGGTAATTCTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15847704 54 +  48394510 TAATTCTGAAAAATA-TTGTTTAGTTGATGCCAGACAATTCCTGGTAATTCTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165682835 55 - 196418989 TAATTCTGAAAAGTATTTTTTTAGTTGACACCAGACAATTCCTGGTAATTTTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1130065.000000
s hg19.chr21     17534567 84 +  48129895 GAAAAAGTTAATATGTGGGACAATATAATTGTCAAAAATAAACCTGGGATTTTTCTTCCATGATCTTCCATAGGTAGCAAAGGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15847758 84 +  48394510 GAAAAAGTTAATATGTGGGACAATATAATTGTCAAAAATAAACCTGGGATTTTTCTTCCATGATCTTCTATAGGTAGCAAAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165682890 84 - 196418989 GAAAAAGTTAACATGTGGGACAATATAATTGTCAAAAATAAACCTGGGATTTTTCTTCCATAATCTTCCATAGGTAGCAAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1063251.000000
s hg19.chr21     17534651 97 +  48129895 GAATTAGTACAATTTAAATGTAGGCATGTTTCTGAAATTTAGGTTGTTCACCCATGGATACATAGTCTTACTAAATATCTTATTTCATATTATAACA
s rheMac2.chr3  165682974 97 - 196418989 GAATTAGTGCAATTTAAATGTAGGCATATTTCTGAAATTTGGGTTGTTCACCCATGGATACATAGTCTTACTAAATATCTTATTCCATATTATAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15847842 95 +  48394510 GAATTAGTACAATTTAAATGTAGGTATGTTTCTGAAATGTAGGTTGTTCACCCATGGATAC--AGTCTTACTAAATATCTTATTCCATATTATAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16262461 97 +  46489110 GAATTAGTGCAATTTAAATGTAGGCATGTTTCTGAAATTTAGGTTGTTCACCCATGGATACATAGTCTTACTAAATATCTTATTCCATATTATAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=460081.000000
s hg19.chr21     17534748 49 +  48129895 TTAAAGGGATTTATAAAGATTGAATATTATATTCTTACTTGAACCGATA
s panTro2.chr21  16262558 49 +  46489110 TTAAAGGGATTTATAAAGATTGAATATTATAATCTTACTTGAACCAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15847937 49 +  48394510 TTAAAGGGATTTATAAAGATCGAATATTATAATCTTACTTGAACCAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683071 48 - 196418989 TTAAAGGGATTTATATAGATTGATTATTATAATCTTACTTGAACC-ATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=286062.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683119 69 - 196418989 TTTTACTGCTTTTTT-CTTATTTTAATGATGAGCATGTCAGTAAC--TAGAATGGCATCAGATAACCTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=441353.000000
s hg19.chr21     17534930 45 +  48129895 CATTCTAGTACGAtgcttttcaaccttgactgcacattagagtca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683254 45 - 196418989 CATTCTAGCAcaatgctttttaatcttgactgcacattagaatca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=993137.000000
s hg19.chr21     17534975 83 +  48129895 cctggggagagttaaaaaattccaatgccaagggcaccacagaccaattaaatataaatatttgatggtaggacctaggccac
s panTro2.chr21  16262787 83 +  46489110 cctggggagagttaaaaaattccaatgccaagggcaccacagaccaattaaatataaatatttgatggtaggacctaggccac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15848165 83 +  48394510 cctggggagatttaaaaaattccaatgccaagggcaccacagaccaattaaatataaatatttgatggtaggacccaggccac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683299 83 - 196418989 cctggggagatttacgaaattcgaatgccaaagacaccacagaccaattaaatataaatatttgacggtagggcccaggccac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=771936.000000
s hg19.chr21     17535058 44 +  48129895 agtatgttttaaagctccccaggtaactccaatgtgccgccaag
s panTro2.chr21  16262870 44 +  46489110 agtatgttttaaagctccccaggtaactccaatgtgccgccaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15848248 44 +  48394510 agtatgttttaaagctccccaggtaactccaatgtgcagccaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683382 44 - 196418989 agtattttttaaagctccccaggtaactccaatgtgcagccaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=672866.000000
s hg19.chr21     17535102 76 +  48129895 cttgagaaacactgCTCCTGGGAAAGAAATAATTATCTAGTttttgttca--tttttttccaattagaatttatttca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15848292 76 +  48394510 cttgagaaacactgCTCCTGGGAAAGAAATAATTATCTAGTttttgttca--tttttttccaattagaatttatttca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683426 78 - 196418989 cttgagaaacactgCTCCTGGGAAAGAAACAATTATCCAGTTTTTGTTCATTTTTTTTTCCAATTAGAGTTTATTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=321011.000000
s hg19.chr21     17535178 33 +  48129895 gcatgctttcctggaagtatccgttttgttaaa
s panTro2.chr21  16262990 33 +  46489110 GCATGCTTTCCTGGAAGTATCCGTTTTGTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15848368 33 +  48394510 gtatgctttcctggaagtatccattttgttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683504 33 - 196418989 GTATGCTTTCCTGGAAGCATCCATGTTGTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=562305.000000
s hg19.chr21     17535211 126 +  48129895 tttggcattgaaaaccaaaaactaaaataacaattctttgtttttagatttgatgtgaaaagaataaattctcagtaagagaaatcatattgtgtgtagagtttcagtctacattttggagtgttg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683537 126 - 196418989 TTTTGCCTTGAAAACCAAACACTAAAATAAAAATTCTTTGTTTTTATATTTGATGTGAAAAGAATAAATTCTCAGTAAAAGAAATCATATTGGGTGGAAAGTTTCAGTCTACATTTTGGAGTGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=772048.000000
s hg19.chr21     17535337 98 +  48129895 gggagagaagttcatagctttcttcagattctcaGTGTGATGTTTCTGTGGTAGGTAGGGAATTGACTGCAGGAAGAAACATGTTTTGTTACTGGTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=357360.000000
s hg19.chr21     17535435 58 +  48129895 GTACCTGACCCTTGTCCATGTAAACACAGAATGCCCCTCTCTGAAGTGGTTATAATGT
s panTro2.chr21  16263247 58 +  46489110 GTACCTGACCCTTGTCCAGGTAAACACAGAATGCCCCTCTCTGAAGTGGTTATAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15848625 58 +  48394510 GTACCTGACCCTTGTCCATGTAAACACAGAAGGCCCCTCTCTGAAGTGGTTATAATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683761 58 - 196418989 GTACCTGACCCTTGTCCATGTAAACACAGAATGCCCCTCTCTGAAGTGGTTAGAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76202.000000
s hg19.chr21     17535493 21 +  48129895 AATCTGAGTCGAGCATTGAAT
s panTro2.chr21  16263305 21 +  46489110 AATCTGAGTCGAGCATTGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683819 21 - 196418989 AATCTGAGTTGAGCATTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=285565.000000
s hg19.chr21     17535514 47 +  48129895 TCTGTGAGTGATGATTCTCCGCTCACACTATAGCAAACTATAAAACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15848704 47 +  48394510 TCTGTGAGTGATGATTCTCCACTCCCACTATAGCAAACTATAAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165683840 47 - 196418989 TCTGTGAGTGATCATTCTCCACTCACAGCATAGCAAACTGTAAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=47657.000000
s hg19.chr21     17535561 15 +  48129895 TCCATGCACACTTTT
s panTro2.chr21  16263373 15 +  46489110 TCCATGCACACTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=268689.000000
s hg19.chr21     17535576 32 +  48129895 AATGAAACAAACTAGCCACATGCAAAAGAGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165685542 72 - 196418989 ---CCACACACAAAAACAGATGTCGTGATTACACTGTAATGGTCCTGCCTAAAGTAAATTTAGATGTAAGAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1983851.000000
s hg19.chr21     17537321 108 +  48129895 CGTCTTTATAGGTATTGTAGCAAAGTATGTCATTCTTTCTCATTTAGCTTAAATGGAGGTTTAATAAAATTGCTACTTATCAAAAGAGAAACTCCAGGGGAAGACTAA
s panTro2.chr21  16265114 108 +  46489110 CGTCTTTATAGGTATTGTAGCAAAGTATGTCATTCTTTCTCATTTAGCTTAAATGGAGGTTTAATAAAATTGCTACTTATCAAAAGAGAAACTCCAGGGGAAGACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850485 108 +  48394510 CGTCTTTATAGGTATTGTAGCAAAGTATGTCATTCTTTCTCATTTAGCTTAAATGGAGGTTTAATAAAATTGCTACTTATCAAAAGAGAAACTCCAGGGGAAGACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165685614 108 - 196418989 CGTCTTTATAGGTATTGTAGCAAACTATGTCATTCTTTCTCATTTAGCTTAAATGGAGGTTTAATAAAATTGCTACTTATTAAAAGAGAAACTCCAGAGGAAGACTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1763294.000000
s hg19.chr21     17537429 65 +  48129895 ATAAATGAGGTGATATTTTAAAAGTTAATGAATGAGGTGCCTTGATCTGTGGTTCCATTATACTC
s panTro2.chr21  16265222 65 +  46489110 ATAAATGAGGTGATATTTTAAAAGTTAATGAATGAGGTGCCTTGATCTGTGGTTCCATTATACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850593 65 +  48394510 ATAAATGAGGTGATATTTTAAAAGTTAATGAATGAGGTGCCTTGATCTATGGTTCCATTATACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165685722 65 - 196418989 ATAAATGAGGTGATATTTTAAAAGTTAATGAATGAGGTGCCTTGATCTATGGTTCCATTATACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1232857.000000
s hg19.chr21     17537494 50 +  48129895 TTTTCATTGCTTCACAGAGCTCTTAAAACATAAGATGTGATGAAAAGAGT
s panTro2.chr21  16265287 50 +  46489110 TTTTCATTGCTTCACAGAGCTCTTAAAACATAAGATGTGATGAAAAGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850658 50 +  48394510 TTTTCATTGCTTCACAGAGCTCTTAAAACATAAGATGTGATGAAAAGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165685787 50 - 196418989 TTTTCATTGCTTCACAGAGCTCTTAAAACATAAGATGTGATGAAAAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1558275.000000
s hg19.chr21     17537544 98 +  48129895 AGGTAAGCTAATTTGAACATTGCCTTAAAACGTAGGCAGTGAAACACTCTTATTATGCCTACCAAGGGGCTGAGAGTAGAAAGTCCATTATTCTAGAA
s rheMac2.chr3  165685837 98 - 196418989 AGGTAAGCTAATTTGAACATTGCCTTAAAACATAGGCAGTGAAACACTCTTATTATATCTACCAAGGGGCTGAGAGTAGAAAGTCTATTATTCTAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850708 98 +  48394510 AGGTAAGCTAATTTGAACATTGCCTTAAAACATAGGCATTGAAACACTCTTATTATGCCTACCAAGGGGCTGAGAGTAGAAAGTCCATTATTCTAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16265337 98 +  46489110 AGGTAAGCTAATTTGAACATTGCCTTAAAACGTAGGCAGTGAAACACTCTTATTATGCCTACCAAGGGGCTGAGAGTAGAAAGTCCATTATTCTAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1183360.000000
s hg19.chr21     17537642 113 +  48129895 AACATTAGGAGGCAAAATGTAAAATGCAAATTAATCTTCTTTATAATATAATGAAAATTAAAAGTGAACTGTGTTTAAAGTGAGTAAAGCTGTAAAAATTTGGTGAAACAAAC
s panTro2.chr21  16265435 113 +  46489110 AACATTAGGAGGCAAAATGTAAAATGCAAATTAATCTTCTTTATAATATAATGAAAATTAAAAGTGAACTGTGTTTAAAGTGAGTAAAGCTGTAAACATTTGGTGAAACAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850806 113 +  48394510 AACATTAGGAGGCAAAAGGTAAAATGCAAATTAATCTTCTTTATAATATAATGAAAATTACAAGTGAACTGTGTTTAAAGTGAGTAAAGCTGTAAAAATTTGGTGAAACAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165685935 113 - 196418989 AACATTAGGAAGCAAAATGTAAAATGTAAATTAATCTTCTTTATAACATAGTGAAAATTAAAAGTGAACTGTGTTTAAAGTGAGTAAAGCTGCAAAAATTTGGTGAAACAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44260.000000
s hg19.chr21     17537755 20 +  48129895 TATAATAAAACATATTTTTA
s panTro2.chr21  16265548 20 +  46489110 TATAATAAAACATATTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850919 20 +  48394510 TATAATAAAACATATTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686048 20 - 196418989 tataataaaacatattttaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-46323.000000
s hg19.chr21     17537775 10 +  48129895 AAATTTACTT
s panTro2.chr21  16265568 10 +  46489110 AAATTTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850939 10 +  48394510 AAATTTACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686068 10 - 196418989 aaatttactt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=22101.000000
s hg19.chr21     17537785 21 +  48129895 TAACCATTACTTTGATGATAT
s panTro2.chr21  16265578 21 +  46489110 TAACCATTACTTTGATGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850949 21 +  48394510 TAACCATTACTTTGATGATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686078 21 - 196418989 taaatGTTACTTTGATGATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168768.000000
s hg19.chr21     17537806 14 +  48129895 TACTGATAATTCTA
s panTro2.chr21  16265599 14 +  46489110 TACTGATAATTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850970 14 +  48394510 TACTGATAATTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686099 14 - 196418989 TACTGATAATTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-148946.000000
s hg19.chr21     17537820 26 +  48129895 CTTTACA-AGACTCATTTGTGTTATAT
s panTro2.chr21  16265613 26 +  46489110 CTTTACA-AGATTCATTTGTGTTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15850984 25 +  48394510 CTTTAC--AGATTCATTTTTGTTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686113 27 - 196418989 CCTTAGAGAGATTCATTTGTGTTATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=511973.000000
s hg19.chr21     17537846 34 +  48129895 ATTATGAGCATAGTTTTATAATCAGTATAGATCA
s panTro2.chr21  16265639 34 +  46489110 ATTATGAGCATAGTTTTATAATCAGTATAGACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15851009 34 +  48394510 ATTATGAGCATAGTTTTATAATCAGTATAGATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686140 34 - 196418989 ATTATGAGCATAGTTTTATAATCAGTATAAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=490375.000000
s hg19.chr21     17537880 49 +  48129895 CACTACTAATGCCAACTTATTTCACATTGGTGATTCTGAAACTTCTTTA
s panTro2.chr21  16265673 49 +  46489110 CACTTCTAATGCCAACTTATTTCACATTGGTGATTCTGAAACTTCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15851043 49 +  48394510 CACTTCTAATGCCAACTTATTTCCCATTGGTGATTCTGAAACTTCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686174 49 - 196418989 TACTTTTAGTGCCAACTTATTTCACGTTGGTGATTCTGAAACTTCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=638004.000000
s hg19.chr21     17537929 112 +  48129895 TTTTGGATGTCTATATGGCTGGTTTTAACAAAACTACTAAAACATCCTGTACTTAATTAGGACTCTTTTTTCACAAGCAACCAATTCCAATTTGAGCAAATTTAAACCAAAA
s panTro2.chr21  16265722 112 +  46489110 TTTTGGATGTCTATATGGCTGGTTTTAACAAAACTATTAAAACATCCTGTACTTAATTAGGACTCTTTTTTCACAAGCAACCAATTCCAATTTGAGCAAATTTAAACCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15851092 112 +  48394510 TTTTGGATGTCTATATGGCTGGTTTTAACAAAACTCCTAAAACATCCTGTACTTAATTAGGACTCTTTTTTCACAAACAACCCATTCCAATTTGAGCAAATTTAAACCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165686223   0 - 196418989 C

a score=738986.000000
s hg19.chr21     17538041 52 +  48129895 ATATATGTATTAAACAGCTGCTGGATTATCTCATGTCATCTAATAGTaaaaa
s ponAbe2.chr21  15851204 52 +  48394510 ATGTATGTATTAAACAGCCGCTGGATTATCTCATGTCATCTAATAGTaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16265834 52 +  46489110 ATATATGTATTAAACAGCTGCTGGATTATCTCATGTCATCTAATAGTaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686223 49 - 196418989 ---TATGTATTAAACAGCTGCTGGATTATCTCACGTCATCTAATAGTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-331701.000000
s hg19.chr21     17538093 38 +  48129895 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa-G
s ponAbe2.chr21  15851256 19 +  48394510 aaaaaaaaaaaaaaaaaa--------------------G
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16265886 39 +  46489110 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686272  8 - 196418989 AAAAAAA-------------------------------G
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=669499.000000
s hg19.chr21     17538131 57 +  48129895 GCTTGTTCTTTAGGAGAGACAGAAACTGGATCCTTAATGTCTGCTGAAATATTTtct
s ponAbe2.chr21  15851275 57 +  48394510 ACTTGTTCTTTAGGAGAGACAGAAACTGGATCCTTAATGTCTGCTGAAATATTTtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16265925 57 +  46489110 GCTTGTTCTTTAGGAGAGACAGAAACTGGATCCTTAATGTCTGCTGAAATATTTtct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686280 57 - 196418989 GCTTGTTCTTTAGGAGAGACAGAAACTGGATCCTTAACGTCTGCTGAAATCTTTtct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=432457.000000
s hg19.chr21     17538188 34 +  48129895 ctgtgctcggtctctgcttctttctgtgtgtcta
s ponAbe2.chr21  15851332 34 +  48394510 ctgtcttcagtctctgcttctttctgtgtgtcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16265982 34 +  46489110 ctgtgttcggtctctgcttctttctgtgtgtcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686337 34 - 196418989 ctgtcttcgatctctgcttctccctatgtgtcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175143.000000
s hg19.chr21     17538222 28 +  48129895 tctcatctctgtttctatGCCAGCTGTT
s ponAbe2.chr21  15851366 28 +  48394510 tctcatctctgtttctatGCCAGCTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16266016 28 +  46489110 tctcatctctgtttctatGCCAGCTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686371 28 - 196418989 tctcatctttgtttctgtGCCAGCTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=847561.000000
s hg19.chr21     17538250 72 +  48129895 GATTCCAATCCTCAGAGAAGCTGGACTAGGGTTCCTCCACATTTATGAATTTACGTCTATTTCCAAAGACTT
s ponAbe2.chr21  15851394 72 +  48394510 GATTCCAATCCTCAGAGAAGCTGGACTAGGGTTCCTTCACGTTTATGAGTTTACATCTATTTCCAAAGACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16266044 72 +  46489110 GATTCCAATCCTCAGAGAAGCTGGACTAGGGTTCCTCCACATTTATGAATTTACATCTATTTCCAAAGACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686399 72 - 196418989 GATTCCAGTCCTCAGAGAAGCTGGACTAGGGTTCCTCCACATTTATGAGTTTACATCTATTTCCAAAGACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=600744.000000
s hg19.chr21     17538322 65 +  48129895 GGATTAAGCTGAAAAAGAGTTTCTCAATTTTAATTCTACATTCCTT-GGAGAAAGAGTGTGATTGA
s ponAbe2.chr21  15851466 65 +  48394510 GGATTAAGCTGAAAAAGAGTTTCTCAATTTTAATTCTACATTCCTT-GGAGAAACAGTGTGATTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16266116 65 +  46489110 GGATTAAGCTGAAAAAGAGTTTCTCAATTTTAATTCTACATTCCTT-GGAGAAAGAGTGTGATTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686471 66 - 196418989 GAATTAAGCTGAAAAAGAGTTTCTCAGTTTTAATTCTACATTCCTTGGGGGAAAGAGTGTGATTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1179155.000000
s hg19.chr21     17538387 148 +  48129895 TCCAGCTACATCAAGTCAGCTGGGATTAGAGGAAAGAGTTTCACTTGCTCGTGGGCACCCATCCCTGTGGATGGAGAAAGTAGTTATGACAGAAGAGGAACTGACATGAAATCCCAGGAAATGTTCATTACCACCCCGTTAGATAACT
s ponAbe2.chr21  15851531 148 +  48394510 TCCAGCTACATCAAGTCAGCTGGGATTAGAGGAAAGAGTGTCACTTGCTCATGGGGACCCATCCCTGTGGATGGAGAAAGTAGTTATGGCAGAAGAGGAACTGACATGAAATCCCAGGAAATGTTCATTACAACCCCGTTAGATAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16266181 148 +  46489110 TCCAGCTACATCAAGTCAGCTGGGATTAGAGGAAAGAGTTTCACTTGCTCGTGGGGACCCATCCCCGTGGATGGAGAAAGTAGTTATGACAGAAGAGGAACTGACATGAAATCCCAGGAAATGTTCATTACCACCCCGTTAGATAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686537 144 - 196418989 TTCAGCTACATCAAGTTAGCAGATATTAGAGGAAAGAGTGTCACTTGCTTGTGGGGACCCATTCCTGTGGATGGAGAAAGGAGTTAGGACAGAAGGGGAACTGACATGAAATTCCAGGAAATTATC----TAACCCCGTTAGATAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=323483.000000
s hg19.chr21     17538535 66 +  48129895 AAGAAGTGTCAGTTTAA--TGTTTTCATTATTTTAAGTGAATTAGCCACCAGAGAAAATCTTAGTTTT
s ponAbe2.chr21  15851679 66 +  48394510 AAGAAGTGTCAATTTAA--TGTTTTCATTATTTTAAGTGAATTAGCCACCAGAGAAAATCTTAGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16266329 66 +  46489110 AAGAAGTGTCAATTTAA--TGTTTTCATTATTTTAAGTGAATTAGCCACCAGAGAAAATCTTAGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686681 68 - 196418989 AAGAAGTGTCAACTTAATTTTTTTTCATTATTTTAAGTGAATTAGCTAGCAGAGAAAATCTTAGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=270914.000000
s hg19.chr21     17538601 73 +  48129895 TAAGATATAAGATAAATTAATATAGTGTTTTTTTCATTGAATAACCTTTTCTTGTACTAAATAAACTAGTTCA
s panTro2.chr21  16266395 73 +  46489110 TAAGATATAAGATAAATTAATATAGTGTTTTTTTCATTGAATAACTTTTTCTTGTACTAAATAAACTAGTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15851745 73 +  48394510 TAAGATATAAGATAAATTAATGTAGTGTTTTTTTCATTGAATAACCTTTTCTTGTACTAAATAAACTAGTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686749 70 - 196418989 TAAAATATAAGGTAAATTAATAGAGTG-TTTTTTCATTGAATAACATTTTCTTGTGC--AATAAACTAGTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1143248.000000
s hg19.chr21     17538674 187 +  48129895 TACTATCAGAAAATCCTTAAATTCTTATATCAGTATTCTGTAACTTGAATAGTTGCTCTTTAATTTTTTTATATTCTTGAGTATGCTTATGGACCATTGGAGAAGTGGAAAAGTAAATTTTGGATTTGGATTACCAGGTAAAACTTATCCTCGTTCTGATATGAATTAGGTAATTTTAAAGTGGCAT
s panTro2.chr21  16266468 187 +  46489110 TACTATCAGAAAATCCTTAAATTCTTATATCAGTATTCTGTAACTTGAATAATTGCTCTTTAATTTTTTTATATTCTTGAGTATGCTTATGGACCATTGGAGAAGTGGAAAAGTAAATTTTGGATTTGGATTACCAGGTAAAACTTATCCTCGTTCTGATATGAATTAGGTAATTTTAAAGTGGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15851818 187 +  48394510 TAATATCAGCAAATCCTTAAATTCTTTTATCAGTATTCTGTAACTCGAAGAATTGCTCTTTAATTTTTTTATATTCTTGAGTATGCTTATGGACCATTGGAGAAGTGGAAAAGTAAATTTTGGATTTGGATTACCAGGTAAAACTTATCCTCGTTCTGATATGAATTAGGTAATTTTAAAGTAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165686819 187 - 196418989 TAATATCAGAAAATCCTTAAATTCTTGTATCAGTATTCTGTAACTCAAAGAATTGCTCTTTAAATTTTTTATATTCTTTAGTATGCTTATGGACCATTGGAGAAGTGGAAAAGTAAATTTTGGATTTGGATAACTAGGTAAAACTTATCCTCATTCTGATATGAATTAGGTAATTTTAAAGTGGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=127177.000000
s hg19.chr21     17538861 17 +  48129895 TAAGTAAACTACAAAGT
s panTro2.chr21  16266655 17 +  46489110 TAAGTAAACTACAAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15852005 17 +  48394510 TAAGTAAACTACAAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165687006 17 - 196418989 TAAGTAAACTACAAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=644409.000000
s hg19.chr21     17538878 84 +  48129895 GTATAGTACATAAATGCCATTTAGAGGTAAAATATTATTCAGAATATGAATACTTAGAAGGAGAATTAGAAATTATCACATCCC
s panTro2.chr21  16266672 84 +  46489110 GTATAGTACATAAATGCCATTTAGAGGTAAAATGTTATTCagaatatgaatacttagaaggagaattagaaattatcacatccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15852022 84 +  48394510 GTATAGTACATAAATGCCATTTAGAGGTAAAATATTGTTCagaatatgaatacttagaaggagaattagaaattatcacatccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16266756 69 +  46489110 aaacaatttaataggtatgaataagtaaagtaatgctcagaagggtacagagtcttttattcaaagtta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15852106 69 +  48394510 aaacaacttaataggtataaataagtaaaataatgctcagaagggtacagagtcttttattcaaagtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165687107 67 - 196418989 AAACACCGTAATAGGTATAAATAAGTAAAGTAATGCTCAGAAAGGTAC--AGTCTTTTATTCAAAGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17539030 171 +  48129895 CAAAAACTGTTTAGAGAAAACTTTTAACGAAGAGCCCTATCTTCAGATTCTCAACTTTACGTTAGTTGCTTAGCCATATATGAAAACCAAATGAACCAATCTGAACTGCTCCTGTCAAGGAGATGCACTCTCTTTCCATAAAAGAGAAACTCTAGGACCTTAGGAGATAGT
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i rheMac2.chr3  C 0 I 331
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 331 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165687851 67 - 196418989 ACTTGAGAAGACTGTGAGAAATGAGTTCACAGAATAAAGAGCTGTCAATAAGCATCACCCAGATGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15852604 41 +  48394510 TGGgtgtgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16267290  7 +  46489110 tgtgA----AA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165687965 96 - 196418989 AGCTGTTATGGTAAGGAATATACACAAATTTACCTTTTCTGTTAATATTTTAAGATGAATCCATTTCTTTTCAGGACTGGTAATTATATTTATGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=135091.000000
s hg19.chr21     17540159 9 +  48129895 ACATATAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=257981.000000
s hg19.chr21     17540168 32 +  48129895 CATAAATCCAAATTTCATAGATGATGATATAA
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a score=96857.000000
s hg19.chr21     17540200 38 +  48129895 ACTTAGG-TCTCATTGTTTTGAAAATTTAAAATAAATAA
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s ponAbe2.chr21  15853348 38 +  48394510 ACTTAGG-TCTCATTCTTTTGAAAATTCAAAATAAATAA
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a score=562747.000000
s hg19.chr21     17540238 132 +  48129895 CTATGTAGCAATCAATTGCCTCCTATTATTAACTATCTTTATTCTCTCCTTAGTATCATCCCACTTTTGGTAATTCCAAGAACTCATGAAAAGATTTCACAAACCAATAATCAGCATTGATTTTTAACACAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15853386 129 +  48394510 CTATGTAGCAATCAATTGCCTCC---TATTAACTATCTTTATTCTCTCCTTAGTATCATCCCACTTTTGGGAATTTCGAGAACTCATGAAAAGATTTCACAAACCAATAATCAGCAATGATTTTTAACACGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165688695 132 - 196418989 CTATGTAGTAATCAATTGCCTCCCATTATTAACTATTTTTATTCTCTCCTTAGTGTCTCCCCACTTTGGGGAATTCCAAGAACTCATGAAAAGATTTCACAAACCAATAATCAGCATTGATTTTTAACACAC
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a score=91943.000000
s hg19.chr21     17540370 32 +  48129895 TAGAAGCTATAGTTACCCAATGTTATTTTCAA
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s ponAbe2.chr21  15853515 32 +  48394510 TAGAAGCTATAGTTATCCAATGTTGTTTTCAA
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a score=500942.000000
s hg19.chr21     17540402 62 +  48129895 TTCCTTTCCATATTTCATACTCATATTAGTATTCTGAACTTCAAGTAATAAGTATGGAAGAG
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a score=265602.000000
s hg19.chr21     17540464 14 +  48129895 TCAAAATTAAAAAG
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a score=2233649.000000
s hg19.chr21     17541711 127 +  48129895 TTGTTTTTGAAATTGCAAGTTGCCTGTTAGACTGGAATGGCATCATGATTTGTTTCAAGAAATGGTGCCAGGCAGTGGGCTGGTTTCAAGGAGAGGAGGAGGAAACT-TGTGTTTTCAGCAAGAACTG
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a score=809480.000000
s hg19.chr21     17541838 67 +  48129895 AAAAATACTGTAAATACTGGTTCTGAAAAATACTGTAAGATGAGAGAAGTGAGATGATTAGAAGAGG
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a score=460822.000000
s hg19.chr21     17541905 92 +  48129895 GCAAGGTCTCAGTAATCAGATCAAGAGTAAGCTTCTTAT---GAGGAAAAAAAATGAAAGCAATGAAAATTGGAACATTAAACTGAATGGGAAGC
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a score=-7549.000000
s hg19.chr21     17541997 10 +  48129895 AAAAGCCAGC
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a score=-452809.000000
s hg19.chr21     17542007 27 +  48129895 AATGTACCCACTGCATGTTGCATCCTA
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a score=218506.000000
s hg19.chr21     17542034 16 +  48129895 ACTTCTGCTTAGCTGA
s panTro2.chr21  16269822 16 +  46489110 ACTTCTGCTTAGCTGA
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a score=242941.000000
s hg19.chr21     17542050 23 +  48129895 TAGTTAGCTCTCTGTTCAAATGT
s panTro2.chr21  16269838 23 +  46489110 TAGTTAGCTCTCTGTTCAAATGT
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s ponAbe2.chr21  15855194 23 +  48394510 TATTTAGCTCTCTGTTCAAATGT
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s rheMac2.chr3  165690499 23 - 196418989 TATTGAGCTCTCTGTTGAAATGT
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a score=127946.000000
s hg19.chr21     17542073 28 +  48129895 GGACACTTAAAATCCTATGTGTCCCTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165690550 43 - 196418989 GATCAAGTCATCTCTAACCACTTTGTGTCTGGTTTTGGGCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165690825 93 - 196418989 ACAATGGGTTGCTTGCCTA----AACTTTCTTTTTATTCTTTTAGCAGATAAACACATTAATCATAATCAGTCTGATCTGTATGAAAAAATAACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16270259 89 +  46489110 ATAAATTAATCACAATCAGCCATAGAACAAGTAACTTTCAGGGAATTTTTCAGATTCAAGGAGGTAAAATATTGGTTTCCCAAAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15855605 86 +  48394510 ---AATTGATCACAATCAGCCACAGAACAAGTAACTTTCAGGGAATTTTTCAGATACAAAGAGGTAAAATATTTGTTTCCCGTAATGAa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165690918 63 - 196418989 ATAAGTTAATCACAATCAGCCATAAAACAAGTAACTTTCAGGGAATTTTTCAGATACAAGGAG--------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 8

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s panTro2.chr21  16270348 54 +  46489110 TATATATATTCAt--gtgtgtgtgtgtgtgtatgcatgtgtATACACATGAATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15855691 56 +  48394510 tatatatatatattcatgtgcatgtgtgtgtatatatgtgtatacacatgaatgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165690989 54 - 196418989 TATATATATTCGC--gtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtATACACACATGAATGTG
i rheMac2.chr3  I 8 C 0

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s hg19.chr21     17542614 7 +  48129895 ACATTCT
s panTro2.chr21  16270402 7 +  46489110 ACATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309420.000000
s hg19.chr21     17542621 105 +  48129895 ATTTAAGAGATTTGTTTTCATAAAGGAAAAGGAAAAAAAAAGGAATAAAAAGGGAAAATAAAGTTTTAATCAGAATTCTCTTCCTGTTAGTCAAAGACAGATTTA
s panTro2.chr21  16270409 103 +  46489110 ATTTAAGAGATTTGTTTTCATAAAGGAAAAGGAAAAAAA--GGAATAAAAAGGGAAAATAAAGTTTTAATCAGAATTCTCTTCCTGTTAGTCAAAGATAGATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15855754 102 +  48394510 ATTTAAGAGATTTGTTTTCATAAAGGAAAAGAAAAAAA---GGAATAAAAGGGGAAAATAAAGTTTTAATCAGAATTCTCTTCCTGTTAGTCAAAGATGGATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165691050  98 - 196418989 GTTTAAGAGATTTGTTTTCATAAATTTGGAGGAAAAAA---AGAATAAAAGGGGAAAATAAAGTTTTAATCAGTATTCTCTTCCTGTTAGTCAAA----GATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17542726 43 +  48129895 TCAGCACTGTTTCATTCTCTTATTATAAAATATTCTAACTTTA
s panTro2.chr21  16270512 43 +  46489110 TCAGCACTGTTTCATTCTCTTATTATAAAATATTCTAACTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15855856 43 +  48394510 TCAGCACTGTTTCATTCTCTTATTATAAAATATTCTAACTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165691148 43 - 196418989 TCAGCACTGTTTCATTCTcttattataaaatattctaacttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=274292.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15855899 80 +  48394510 GGAGAGATCTTGAAATGTGAAAAGAAGGAAATATTTTCTCCATCATCCACTCTTTCAAACCTCTCAACTGATACCTTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165691191 80 - 196418989 ggagagatcttgaaatgtaaaaagaaggaaatattttctccatcatcaagtctttcaaacctcccaactgataccttgct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 318

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 318 C 0

a score=209137.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15856040 54 +  48394510 ATACAAAGGGAGAGGCATTGGGAGAAGAAACCTAGTACTCATCCCATCTTTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165691650 54 - 196418989 CTACTAAGGGAGAGGCATTGGGAGAAGAAAGCTAGTACTCATCCCATCTTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1796506.000000
s hg19.chr21     17542965 153 +  48129895 AatctctctagaaagtgtcttcatctgcaaaatgtggggtttgaactggatgactttagattgcccttgaattttaaGGGCAAT-GATGAGTCTAACTTGGTAGCCTGGAGGAGATTAAAATCTACTTAAAACGTTAGAGAAAAAGTTAAGAGC
s panTro2.chr21  16270751 154 +  46489110 AatctctctagaaagtgtcttcatctgcaaaatgtggggtttgaactggatgactttagattgcccttgaattttaagggcaatcgatgagtctaACTTGGTAGCCTGGAGGAGATTAAAATCTACTTAAAACGTTAGAGAAAAAGTTAAGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15856094 154 +  48394510 AATCTCTGTAGAAagtgtcttcatctgcaaaatgtggggtttgaactggatgactttagattgcccttgaattttaagggcaatcgatgagtctaACTTGGTGGCCTGGAAGAGATTAAAATCTACTTAAAACATTGGAGAAAAAGTTAAGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165691704 154 - 196418989 AatctctctagacagtgtcttcatctgcagaatgtggggtttgaactggatgactttaaattgtccttgaattttaagggtaatcgatgagtctaACTTGGTGGCCTGGAGGAGATTAAAATCTACTTAAAACCTTGGAGAAAAAGTTAAGAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182925.000000
s hg19.chr21     17543118 19 +  48129895 GGCAAAATGGTGCTGTGTT
s panTro2.chr21  16270905 19 +  46489110 GGCAAAATGCTGCTGTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1177363.000000
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s panTro2.chr21  16270924 86 +  46489110 TCATTACTCCCTTTTTAATTAACATTATAAAAGTTCCAGATCTGAGATCCTGCCAAATTTAAAGTTCTACTTTTTGACCTATCcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15856267 86 +  48394510 TCATTACTCCCTTTTTAATTAACATTATAAAAGTTCCAGATCTGAGATCCTGCCAAATTTAAAGTTCTACTTTTTGACCTATCcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165691877 86 - 196418989 TCATTATTCCCTTTTTAACTAACATTGTGAAAGTTCCAGATCTGAGATCCTGCCAAATTTAAAGTTCTACTTTTTGACCTATCcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155228.000000
s hg19.chr21     17543223 75 +  48129895 acatagctcagagatattgtgggtttggttccagaccactgcaattaaacaagtcacataaatgctatgtttaca
s panTro2.chr21  16271010 75 +  46489110 acatagctcagagatattgtgggtttggttccagaccactgcaattaaacaagtcacataaatgctatgtttaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15856353 75 +  48394510 acatagctcagagatattgtgggtttggttccagaccactgcaataaaacaagtcacataaatgctatgtttaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165691963 75 - 196418989 atataactcagagatattgtgggtttggttccagaccactgcaataaaacaagtcacataaatggtatgtttaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=539872.000000
s hg19.chr21     17543298 326 +  48129895 ctatactgtagtctattgggtgtgcaacagcattatgtctaaacaaaatatatattttaattttaaaatactttattgttaaaaaatgctaatgatcaactcagcctgcaatgagttgtaattttttgttagtgtaaggtcttgcctccctgttgatggctgctgactgatcagggtggtggttgctggaggatggggtggctgtggcaatttcctaatataagacagcaacaaactttgcagcatcaaccaactcttccttt-cacagatttctctatggcacgcagtgctgttcggtagtgttttactcactgcagaatttcttt
s panTro2.chr21  16271085 327 +  46489110 ctatactgtagtctattaggtgtgcaacagcattatgtctgaactaaatatataccttaattttaaaatactttattgttaaaaaatgctaatgatcatgtcagcctgcaatgagttgtaattttttgttagtgtaaggtcttgcctccctgttgatggctgctgactgatcagggtggtggttgctggaggatggggtggctgtggcagtttcctaatataagacggcaacaaactttgccgcatcaaccaactcttccttttcacagatttctctatggcacgcagtgctgttcggtagtgttttactcattgcagaatttcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165692038 307 - 196418989 ctatactgtagtctattaagtgtgcaacagcattatgtctaaataaagtatatactttgattttaaaatactttattgttaaaaaatgctaatgatcgtctcagcctgcaatgagttgtaattttttgttggtgtcaggtcttgcctccctgttgatggctgctgactgatcagggcagtggttgctggaggatggggtggctgtagcaatatccttatataagacagcaacaaa-gttgctacatcaaccagctcttccttt-cacagatttctctatggcacgc------------------tttactcactgcagaatttcttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=384967.000000
s hg19.chr21     17543624 233 +  48129895 caaaaatggagtgagttctctgaaacactgccactgctttacccactacgtctatggaatgttctaaatcctctgttgtcatttcaaccatgttcacagtatcttcaccacggatagattccatctcaagaaacattttcctttgctcattcataagatgcaactccgtaggtgttcttatactatcatgagattgcagcaattctgtcaccgcttcaggcttcac------ttccaa--------------t
s panTro2.chr21  16271412 233 +  46489110 caaaactggagtgagttctctgaaacactgccactgctttacccactacgtctatggaatgttctaaatcctctgttgtcatttcaaccatgttcacagtatcttcaccagggatagattccatctcaagaaacaatttcctttgctcattcataagatgcaactccgtaggtgttcatatactatcatgagattgcagcaattctgtcactgcttcaggcttcac------ttccaa--------------t
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15856753 239 +  48394510 caaaaatgaagtgagttctctgaaacactgccactgctttacccactacgtctatggaatgttctaaatcctctgttgtcatttcaaccatgttcacagtatcttcaccagggatagattccatctcaagaaacaatttcctttgctcattcataggacgcaactccgtaggtgtccatatattatcatgagattgcagcgattctgtcagagcttcaggcttcacttctaattctaa--------------t
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165692345 247 - 196418989 caaaaatggagtgagttctctcaaacactgccactgttttaccaaccacgtctatggaatgttctaaatcctctgttgtcatttccaccatgttcacagtatcttcaccagggatagattccatctcaagaagtaatttgctttgctcattcataagatacaactctgtaggtgttcatatattatcatgagattgtagcaattctgtcacagcttcaggcttcac------ttctaatcccaattttcttgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=71784.000000
s hg19.chr21     17543857 68 +  48129895 tccaattttcttgctctttctaccacttctgcagttatttcctccctgaagccttttttttttttttt--
s panTro2.chr21  16271645 68 +  46489110 tccaattttcttgctcttcctaccacttctgcagttatttcctccctgaagccttttttttttttttc--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15856992 70 +  48394510 tccaattttcttgctctttctaccacttctgcagttatttcctccctgaagccttttttttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165692592 55 - 196418989 tccaattttcttgttctttctgccacttctgcatttatttcctccctgaagtctt---------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 2461

a score=343818.000000
s hg19.chr21     17543925 1291 +  48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15857062 1296 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 I 63
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

a score=2749.000000
s hg19.chr21     17545216   45 +  48129895 tctttttttcgccctgcc--------------------ccgccccgcccccaccctttttttttt
s panTro2.chr21  16272998   65 +  46489110 tctttttttcgccctgccttgacctgcccagccctgccccgccccgccccccccccccttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I
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s ponAbe2.chr21  15858421  313 +  48394510 ttccttccttttttttttttttttttttttggcagagtcttgctctgtcgcccagtctggagtgcagtgacgacgccatctcggttcacttcaagctccgcctcctgggttcacgccattctcttgcctcagcctccggagtagctgggactacaggtgctcaccaccacgcctggctaattttttgtatttttagtagagaaggggtttcgccgtgttagccaggatagtctcaatctcctgacctcgtgatctgcccgcctcgacctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccaccgcgctgggccc
i ponAbe2.chr21 I 63 C 0
s panTro2.chr21  16273063  283 +  46489110 ttt---------------------------ggcggagtctcaccttgtcgcccaggctggagtgcagt---ggctcgatctcggctcactgcaagctccgcctcctgggttcaccccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggcgcccgccaccacgcccggctaattttttgtatttttagtagagaaggggtttcaccatgttatccaggatggtctcaatctcctgacctcgtgatcctcccgcctaggcctcccaaagtgctgggattacaggtgtgagccaccgcgctgggccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  16273346  535 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15858734  539 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

a score=246994.000000
s hg19.chr21     17546111  381 +  48129895 ggaccattgtagggtttttaattggcatcattgtaatattattatgtctcagggaatagaacagcctgaggagtgggcaaaatttggagaaaccatcggtcagcataaaagtcagaacacacacaacatttattaagttatctgttttatatgagtggtttgcggtgcccccaaacaattacaatagtaacgtcaaagaccactgatcacagatcagcacaaccgatataatgaagaaagtttgaaatattgagaaaaataccaaaatgtgtcgcggagacacaaagtgagcacatgctgttggaaaaacagtgctgatgataggcttgcttgacacagggttgctacggactttcaatctgtaaacaatttaatacctgt
s panTro2.chr21  16273881  381 +  46489110 ggaccattgtagggtttttaattggcatcattgtaatattattatgtctcagggaatagaacagcctgaggagtgggcaaaatttggagaaaccatcggtcagcataaaagtcagaacacacacaacatttattaagttatctgttttatatgagtggtttgcggtgcccccaaacaattacaatagtaacgtcaaagaccactgatcacagatcagcacaaccgatataatgaagaaagtttgaaatattgagaaaaataccaaaatgtgtcgcggagacacaaagtgagcacatgctgttggaaaaacagtgctgatgataggcttgcttgacacagggttgctacggactttcaatctgtaaacaatttaatacctgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I
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a score=821.000000
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s panTro2.chr21  16274767   53 +  46489110 TATAGAGAGATATGTAGATAATATATATACTTATTTGTTACATCTATCtatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15860130  523 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15860130  523 +  48394510 I

a score=37746.000000
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s panTro2.chr21  16274969  102 +  46489110 ATAAATACATAGATATGAAGAGGAGTAGGCAAAGATTTGCTTGGGGAGTCATGGAAATATTTAGAAAATATTGGCCTTTTAATATCCAGAAGTTAGAATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  15860130  523 +  48394510 I

a score=100516.000000
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s panTro2.chr21  16275071  162 +  46489110 TATATTTACAGTAAAGATGGCAAGGAAGCATATTAGTTGATGTATTTTAAGAAT-GGGACAGATCTACCAGAAAAAA-TTAGAAAGAACAAAAGTTAATTGAGGAATATAATCAATAAACTGGATTTTTTGGGTATGTATATATGTAACACATGTGTAATAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15860653  155 +  48394510 ---------AGTAAAGATGGCAAGGAAGCATATTAGTTGATGTATTTTAAGAAATGGGGCAGATCTATCAGAAAAAATTTAGAAAGAACAAAAGTTAATTGAGGAATATAATCAATAAACTGGATTTTTTGGGTATGTATATATGTAATACATGTGTAATAATT
i ponAbe2.chr21 I 523 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16275233   26 +  46489110 TTACACATATGTAGAGAAAACTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

a score=-7900.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165692647 2461 - 196418989 I

a score=138980.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=392855.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=229569.000000
s hg19.chr21     17547690 31 +  48129895 TGGGGCAAAATTGCCAAGACTTTTTAATTCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17549689 64 +  48129895 CTTATATTACTCTGAATACCAAAATTATTTTTTTT-CAAGCTAGTTAAATCATCATTTGAAACAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17549753 32 +  48129895 AGCTGCAAGACTAACATATGGACTACAGGAGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17549785 52 +  48129895 GTAATAGATGTGTCATATACCAAAAACAGAAAGATCCATTACCCTAAATGTG
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s hg19.chr21     17549837 53 +  48129895 AAATTGTGAGAGGGAAGGAGAATACACAAAGTAGGATGTCTGGAAGCCTTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17550159 50 +  48129895 TAGGCAGGAGGGGTTTTGTTGCCTTGTTGGCCACTTCTTAAAAGCATAGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1008396.000000
s hg19.chr21     17550209 80 +  48129895 ATAATTTATTGGAACAAAATATAGTAATGCACTTTAAGGAAAGTTCTCTTATGTAAAAGCTCAATCTCAAATTGAATGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15863608 80 +  48394510 ATAATTTATTGGAACAAAATATAGTAATGCACTTTAAGGAAAGTTCTCTTATGTAAAAGCTCAATCTCAAATTGAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165697736 75 - 196418989 ATAATTTATTGGGACAAAATATAGTAATGCACTTTAAGGAAAGTTCTCTTATGTAAAAGCTCAATCTCGAATT-----AA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=598231.000000
s hg19.chr21     17550289 125 +  48129895 GGGTAAATTTTTATTCGCAAGAATTGACACATTTCCAATAGGAAAGGCTTCATAGTTGCAGTATTTTATTATGATAATTGAATTTTATAAGAATAGCACCATTTACTTCTATGAAAATTTATTCT
s rheMac2.chr3  165697811 125 - 196418989 GGGTAAAGTTTTAATCACAAGAATTGACACATTTCCAATAGGAAAGGTTTCATAGTTGCAGTATTTTATTATGATAACTGAATTTTATAAGAATGGCACCATTTACTTCTATGAAAGTTTATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15863688 125 +  48394510 GGGTAAGTTTTTATTCACAAGAATTGACACATTTCCAATAGGAAAGGCTTCATAGTGGCAGTATTTTATTATGATAATTGAATTTTATGAGAATAGCACCATTTACTTCTATGAAAATTTATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16278112 125 +  46489110 GGGTAAATTTTTATTCGCAAGAATTGACACATTTCCAATAGGAAAGGCTTCATAGTTGCAGTATTTTATTATGATAATTGAATTTTATAAGAATAGTACCATTTACTTCTATGAAAATTTATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=66223.000000
s hg19.chr21     17550414 53 +  48129895 CCTTGTTCTGCTCCAGAGCTTTATTAGCTTCCCAGTATTTCCCCACTCTTCCA
s panTro2.chr21  16278237 53 +  46489110 CCTTGTTCTGCTCCAGAGCTTTATTAGCTTCCCAGTATTTCCCCACTCTTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15863813 53 +  48394510 CCTTGTTCTACTCCAGAGCTTTATTAGCTTCCCAGTATTTCCCCACTCTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165697936 53 - 196418989 CCTTCTTCTGACCTGGGGCTTTATTAGCTTCCCAGTATTTCCCCACTCTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371033.000000
s hg19.chr21     17550467 47 +  48129895 CCTGGAATTCATGGGCCAGGCCCCAACTTACATTGTTACTTCTTTTA
s panTro2.chr21  16278290 47 +  46489110 CCTGGAATTCATGGGCCAGGCCCCAACTTACATTGTTACTTCTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15863866 46 +  48394510 CCTGGAATTCATGGGCCAGGCCCCAAC-TACATTGTTACTTCTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165697989 46 - 196418989 CATGGAATTC-TTGGCCCGGCCCCAACTTACATTTTTACTTCTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=125795.000000
s hg19.chr21     17550514 146 +  48129895 TATATAATTACTTTTGCACATAAGCATTTTCTTCCACTCAGCCTCCATCTTTTCAAGAATATGTGTGTTCCTTCACTT-CTTGGATTCACGCTTTTACTTTCTCTACTTTTCCTACTGCTCCAATTTTTTTTCTTGTTCTAAAGGTC
s panTro2.chr21  16278337 146 +  46489110 TATATAATTACTTTTGCACATAAGCATTTTCTTCCACTCAGCCTCCATCTTTTCAAGAATATGTGTGTTCCTTCACTT-CTTGGATTCACGCTTTTACTTTCTCCACTTTTCCTACTGCTCCAATTTTTTTTCTTGTTCTAAAGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15863912 138 +  48394510 AATATAATTACTTTTGCACATAAGCATTTTCTTCCACTCAGCCTCCATCTTTTCAAGAATATGTGTGTTCCTTCACTT-CTTGGATTCACGCTTTTACTTTCTCCACTTTTCCAAT--------TTTTTTTTCTTGTTCTAAAGGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165698035 147 - 196418989 TATATGATTACTTTTGCACATAAGCATTGTCTTCCACTCAACCTCCATCTTTTCAAGAATACATGTGGTCCTTCACTTCCTTGGATACACACTTGTACTTTCTCCACTTTTCCTACTGCTCCAATTTTTTTTCCTGTTCTAAAGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193564.000000
s hg19.chr21     17550660 60 +  48129895 TTTAAAATTTTTCCCATCTCTATAACGCTATTTGTGGATGTGTGGGTCTTTTTCTTTCAA
s panTro2.chr21  16278483 60 +  46489110 TTTAAAATTTTTCCCATCTCTATAACGCTATTTGTGGATGTGTGGGTCTTTTTCTTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15864050 60 +  48394510 TTTAAAATTTTTCCCATCTCTATAACACTATTTGTGGATGCGTGGGTCTTTTTCTTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165698182 60 - 196418989 TGTAAATATTTTCCCATCTCTGTAACACTTTTTGTGGATGTGTGGGTCTTTTTCTTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206422.000000
s hg19.chr21     17550720 63 +  48129895 ATAAGGTACACATCTGCTGTGCTGAACTGCTCATCTATCTGTAGAGCAGAAAGGGAGGGTAca
s panTro2.chr21  16278543 63 +  46489110 ATAAGGTACACATCTGCTGTGCTGAACTGCTCATCTATCTGTAGAGCAGAAAAGGAGGGTAca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15864110 63 +  48394510 ATAAAGTACACATCTGCTGTGCTGAACTGCTCATCTGTCTGTAGAGCAGAAAGGAAGGATAca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165698242 63 - 196418989 ATAAGGTGCACATCTGCTGTGCTGAACTGCTCACCCATCTGCAGAGCAGAAAGGGAGGGTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=829530.000000
s hg19.chr21     17550783 107 +  48129895 cctgttgaatgtccagagttctccatggatttttctaggtcttctacgttatgtacctcatttaattctcttaacaaccaggcaatgaagaactagcatgcctgttt
s panTro2.chr21  16278606 107 +  46489110 cctgttgaatgtccagagttctccatggatttttctaggtcttctatgttatgtacctcatttaattctcttaacaaccaggcaatgaagaactagcacgcctgttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15864173 107 +  48394510 cctgttgaatgtccagagttctccatggatttttctaggtgctctatattatgtacctcatttaattctcttaacaaccaggcaatgaagaactagcatgcctgttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165698305 107 - 196418989 CCTGTTGAATATCCAGAGTTCTccatggatttttctagatgctctatattatgtacctcatttacttcgcttaacaaccaggcaatgaagaactagcatgcctgttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=362493.000000
s hg19.chr21     17550890 46 +  48129895 catgggcgaaaaaactgaggcttaatgagtccaagcagcttctctc
s panTro2.chr21  16278713 46 +  46489110 catgggcgaaaaaactgaggcttaatgagtccaagcagcttctccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15864280 46 +  48394510 catgggcgaaaaaaccgaggcttaataaatccaagcaacttttccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165698412 46 - 196418989 tatggatgaaaaaaccgaggcttaatacatccaagcagcttttccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149115.000000
s hg19.chr21     17550936 27 +  48129895 aagtttctttggtagaaagcaaaagag
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s ponAbe2.chr21  15864326 27 +  48394510 aagtttctttggtagaaagcaaaagag
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a score=-279966.000000
s hg19.chr21     17550963 53 +  48129895 gatagattcaaatccgtctttttcacc-aaacctgtgtttgttTGTTTTTTAGC
s panTro2.chr21  16278786 53 +  46489110 gatagattcaaatccgtctttttcacc-aaacctgtgtttgttTGTTTTTTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15864353 53 +  48394510 gataaattcaaatctgtctttttcacc-aaacctgtATGTGTTTGTTTTTTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=311228.000000
s hg19.chr21     17551016 37 +  48129895 TTTCCCTATGTGTGTGTCTATTTCATTTTCCCATCTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15864406 37 +  48394510 TTTCCCTATGTATGTGTCTATTTCATTTTCCCATCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165699514 200 - 196418989 GTAAGATAAGCAAAAGGCTTTTAATATTACTTATGCTAAAGGAAAAAATACGCTGGTTCTTTTGTCAACCTTCTTTTGTACTAATTGTGTAAGTCTGAAGTGAGGGCTGTAGGAAATTAAAACAGAAAATGGAAGGCCTGGTTGTTGGGCTTGTTGGATTTGCACTGTAACACAGGAGATAAGGCATCAGTTTAAACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17552211 25 +  48129895 catag--acacacacatataacatctc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16280082 104 +  46489110 AAGATGGGGTCACAGATGAGTTCAGTAAATAAAGAATGTCATGGACtagtatggtcagagaaattgttaccaaggaggtgcaatttgaaaggacacttcaaaga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 M 851

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165701896 851 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165701896 851 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165701896 851 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165701896 851 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165701896 851 - 196418989 M

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s panTro2.chr21  16284225 289 +  46489110 caggagcagtggctcatgcctgtaaccccagcactttgggaggccgaggcaggcggatcacgaggacaggagtttaagaccagcctggccaagatggtgaaatgctgtctctactaaaaatacaaaaattagccgggcatggtggtgggtgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggctggagaatcgcttgaacccaggcggtagaggtttcagtgagccaagatcgcaccactgcactccagcctgggtgacagaatgagactctgtctcaaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15869839 289 +  48394510 caggagcagtggctcatgtctgtaaccccagcactttgggaggccgaggcaggcggatcacgaggacaggagttcaagatcagcctggccaagatggtgaaacgctgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggtgggtgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggctggagaatcgcttgaacctgggtggtagaggtttcagtgagccgagatcgcaccactgcactccagcgtgggtgacagaatgagactctgtctcaaaaaaaaaaaa
i ponAbe2.chr21 I 298 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16286189 53 +  46489110 GTATAATATATTCCAAAATGCTTTAGCTCAGATATTTGGGATACCTTTCTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15876743 53 +  48394510 GTATAATATATTCCAAAATGCTTTAGCTCAGATATTTTGGATACCTTTCTGAT
i ponAbe2.chr21 I 4935 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=491510.000000
s hg19.chr21     17558512 33 +  48129895 CACATGCTATAGTTAGAATCAATTTTC-TTTCTT
s panTro2.chr21  16286242 34 +  46489110 CACATGCTATAGTTAGAATCAATTTTCTTTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15876796 34 +  48394510 CACATGCTATAGTTAGAATCAATTTTCTTTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706089 34 - 196418989 CACATGCTATAGTTAGAATCAATTTTCTTTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=456050.000000
s hg19.chr21     17558545 28 +  48129895 AAAAGCTTGAAAGTTAATTAATTGAGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=497010.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706151 47 - 196418989 ATGACTTGGGGACACAATGAAAACAATTCCCCCATCCAATTAAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=667422.000000
s hg19.chr21     17558620 88 +  48129895 AAAGTGGGATCTGTAAAAATAGCTCTTCTTGAAAATTTTAGAACTAGAATCATAGAACTTTATTTGCTTTTATATTCATTATCCCATA
s panTro2.chr21  16286351 88 +  46489110 AAGGTGGGATGTGAAAAAATAGCTCTTCTTGAAAATTGTAGAACTGGAATCATAGAACTTTATTTGCTTTTATATTCATTATCCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15876905 88 +  48394510 TAGCTGGGATCTGAAAAAATAGCTCTTCTTGAATATTTTAGGACTGGAATCATAGAACTTTATTTGCTTTTATAATCATTATCCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706198 88 - 196418989 TAGCTGGGATCTGAAAAAATAGCTCTTCTTGAAAATTTTAGAACTGGAATCATAGAACTTTATTTGCTTTTATATTCATTGTCCCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=445763.000000
s hg19.chr21     17558708 59 +  48129895 ATATCCTCTTATAAATGGAAGTTTAGTTCTGATCATTTGGATATTAGCTCAGGGAGCTC
s panTro2.chr21  16286439 59 +  46489110 ATATCCTCTTATAAATGGAAATTTAGTTTCGATCATTTGGATATTAGCTCAGGGAGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15876993 59 +  48394510 ATATCTTCTTCTAAATGGAAGTTTAGTTCTGATCATTTGGATATAGGCTCAGGGAGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706286 59 - 196418989 ATATCCTCTTCTAATTGGAAGTTTAGTTCTGATCATTTGGATATAGGCTCAGGGAGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=203611.000000
s hg19.chr21     17558767 22 +  48129895 AGGAAAGTAGTATGCTGCCGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=187886.000000
s hg19.chr21     17558789 30 +  48129895 GATTAACTCTTCAGGATGCTCTAACTCAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706367 30 - 196418989 GATTAACTCTTCAGGATTCTCCAACTCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224127.000000
s hg19.chr21     17558819 32 +  48129895 AGGCAAAGTTTCAGTAACAGCATAGGCACCCA
s panTro2.chr21  16286550 32 +  46489110 AGGCAAAGTTTCAGTAACAGCATAGGCACCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877104 32 +  48394510 AGGCAAAGTTTCAGTAACAGCATAGGCACCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706397 32 - 196418989 AGGCAAAGTTTCAGTAACAGCATAGGCACCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-32975.000000
s hg19.chr21     17558851 21 +  48129895 CAGTTTTAGGTACTAGTGATT
s rheMac2.chr3  165706429 21 - 196418989 CAGTTTTAGGTACTAGGGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877136 21 +  48394510 CAGTTTCAGGTGCTAGGAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-221463.000000
s hg19.chr21     17558872 33 +  48129895 TAGGGCCAGTTGTTTAAGAGTATTAACTCAAAT
s rheMac2.chr3  165706450 33 - 196418989 TAAGGCCAGTTGTTTAAGAGTATTAATTCAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877157 33 +  48394510 TAGGGCCAGTTGTTTAAGAGTATTAACTCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16286603 33 +  46489110 TAGGGCCAGTTGTTTAAGAGTATTAACTCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=120240.000000
s hg19.chr21     17558905 21 +  48129895 TCGGCAGCCCTGCTCCTGAGA
s rheMac2.chr3  165706483 21 - 196418989 TCGGCAGCCCTGGTTCTGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877190 21 +  48394510 TCGGCAGCCCTGGTCCTGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=479587.000000
s hg19.chr21     17558926 35 +  48129895 GGCTTGCCTTCTTTGCCAACATCCTCTGATTCAGA
s panTro2.chr21  16286657 35 +  46489110 GGCTTGCCTTCTTTGCCAACATCCTCTGATTCAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877211 35 +  48394510 GGCTTGCCTTCTTTGCCAACATCCTCTGATTCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706504 35 - 196418989 GGCTTGCCTTCTTTGTCAACATCCTCTGATTCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=335900.000000
s hg19.chr21     17558961 55 +  48129895 ATATCCTAATCTAAAGCCTGAAGACAGTCATAAGGAGGTGAATACGATCTTTACA
s panTro2.chr21  16286692 55 +  46489110 ATATCCTAATCTGAAGCCTGAAGATGGTCATAAGGAGGTGAATACGATCTTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877246 54 +  48394510 ATATCCTAATCTAAAGCCAGAAGACAGTCATAAGGAGGTAAATACAAT-TTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=540599.000000
s hg19.chr21     17559016 55 +  48129895 TGTACTATATTTTATTTTTGTAGAAGTTCCAGAGATAGTATTTTACCCATATACA
s panTro2.chr21  16286747 55 +  46489110 TGTACTATATTTTATTTTTGTAGAAGTTCCAGAGATAGTATTTTACCCATATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233163.000000
s hg19.chr21     17559071 50 +  48129895 AATTAGTGTCTTGGTATGGTAAGGATTTTTGGCACCAAAATCTCTAAGGG
s panTro2.chr21  16286802 50 +  46489110 AATTAGTGTCTTGGTATGGTAAGGATTTTTGGCACCAAAATCTCTAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1526633.000000
s hg19.chr21     17559121 173 +  48129895 GATTTTTAGAACTAAGGAGGGCTAAAGGGAAAGATAATTTGAATAGGTTGGCCTTTCCACACTCCTTGAGTTGTGGCATGTGACATGCTTTTCACTATCTGCTGAAGGAAGCCCTGGTTTATCTCAGAAACATTCTTGTATAAGTGCCAAATACAGTCTTGTTTCTTGTT-----CTT
s panTro2.chr21  16286852 173 +  46489110 GATTTTTAGAACTAAGGAGGGCTAAAGGGAAAGATAATTTGAATAGGTTGGCCTTTCCACACTCCTTGAGTTGTGGCATGTGACATGCTTTTCACTGTCTGCTCAAGGAAGCCCTGGTTTATCTCAGAAACATTCTTGTATAAGTGCCAAATACAGTCTTGTTTCTTGTT-----CTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877405 173 +  48394510 GATTTTTAGAACTAAGGAGGGCTAAAGGGAAAGCTAATTTGAATAGGTTGGCCTTTCCACACTCCTTGAGGTGTGGCATGTGACATACTTTTCACTGTCTGCTCAAGGAAGCCCTGGTTTATCTCAGAAACATTCCTGCATAAGTGCCAAATACAGTCTTGTCTCTTGTT-----CTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706699 178 - 196418989 GATTTTTAGAACTAAATACGGCTAAAGGGAAAGATAATTGGAATAGGTTGGCCTTTCCACACTCCGCGAGGTGTGGTGTGTGACATGTTTTTCACTATCTGCTCAAGGAAGCCTTGGTTTATCTCAGAAACATTCCTGCATAAGTGCCAAATACAGTCTTGTCTCTTGTTCTGGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=481616.000000
s hg19.chr21     17559294 52 +  48129895 GACTCTGCCACTCCATGTGGCTGTAATATGCTGGAGCACATTTGCCTAATGC
s panTro2.chr21  16287025 52 +  46489110 GACTCTGCCACTCCATGTGGCTGTAATATGCTGGAGCACATTTGCCTAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877578 52 +  48394510 GACTCTGCCACTCCATGTGACTGTAATATGCTGGAGCACATTTGCCTAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706877 52 - 196418989 GACTGTACCACTCCATGTGGCTGTGATACACTGGAGCACATTTGCCTAATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417851.000000
s hg19.chr21     17559346 33 +  48129895 CTCCGGTATCTTTTCCTTGGTTAAAATTGTTAT
s panTro2.chr21  16287077 33 +  46489110 CTCCGGTATCTTTTCCTTGGTTAAAATTGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877630 33 +  48394510 CTCCGGTATCTTTTCCTTGGTTAAAATTGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706929 33 - 196418989 CTCTGGTATCTTTTCCTTGATTAAAATTGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=221754.000000
s hg19.chr21     17559379 29 +  48129895 TAATTCCACACTATCTTCCTAGGTCTGTC
s panTro2.chr21  16287110 29 +  46489110 TAATTCCACACTATCTTCCTAGGTCTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877663 29 +  48394510 TAATTCCACACTATCTTCCTAGGTCTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706962 29 - 196418989 TAATCCCACACTTTCTTCCTAGGTCTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266513.000000
s hg19.chr21     17559408 33 +  48129895 TCTGGGGCCCAAGCAGATTTGGTCACCCAACAG
s panTro2.chr21  16287139 33 +  46489110 TCTGGAGCCCAAGCAGATTTGGTCACCCAACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877692 33 +  48394510 TCTGGGGCCCAAGCAGATTTGGTCACCCAACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165706991 33 - 196418989 TCTGGGGGCCAGGCAGATTTGGTCACCCAACGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=501901.000000
s hg19.chr21     17559441 52 +  48129895 CTAGAGCAACCACTTGACTGGGTGAACTCTATTGGCAATGAGGCATATGGGG
s panTro2.chr21  16287172 52 +  46489110 CTAGAGCAACCACTTGACTGGGTGAATTCTATTGGCAATGAGGCATATGGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877725 52 +  48394510 CTAGAGCAACCACTTGACTGGGTGAACTCTATTGGCAATGAGGCATATGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165707024 52 - 196418989 CTAGAGCAACCACTTGACTAGGTGAACTCTATTGGCAGTGGGGCATATGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=793528.000000
s hg19.chr21     17559493 117 +  48129895 GCCAGGCAGTATCATCCACGATAGATGAAAGACAATCTGGGTATCAGGACCCCAGTTAAGCCCAGGCCTCACACACAAACGATCCTCCCTTGAGGAGCTCAATAGTTGCCCCTCAAA
s panTro2.chr21  16287224 117 +  46489110 GCCAGGCAGTATCATCCACGATAGATGAAAGACAATCTGGATATCAGGACCCCAGTTAAGCCCAGGCCTCACACACAAACGATCCTCCCTTGAGGAGCTCAATAGTTGCCCCTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877777 114 +  48394510 ACCAGGCAGTATC--TCACGAGAGATGAAAGACAATCTGGATATCAGGACCCCAGTTTAGCCCAGGCCTCACACACAAACGATCCTCCC-TGAGGAGCTCAATAGTTGCCCCTCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165707076 115 - 196418989 ACAAGTCAGTATC--CCACGAGTGATCAAAGACAATCTGGATATCAGGACCCTAGTTTAGCCCAGGCCTCACACACAAAAGACCCTCCCTTGAGAAGCTCAATAGTTGCCCCTCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=457199.000000
s hg19.chr21     17559610 41 +  48129895 TAGTTTCCCATAGGATTAGACTTCAGCTTTGACCTGTCACT
s panTro2.chr21  16287341 41 +  46489110 TAGTTTCCCATAGGATTAGACTTCAGCTTTGACCTGTCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15877891 29 +  48394510 TAGTTTTCCATAGGATTA------------GACCTGTCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165707191 41 - 196418989 TAGTTTTCCATAGGATTGGACTTCAGTTGTGACCTGTCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-296720.000000
s hg19.chr21     17559651 24 +  48129895 ATTGTAGACATGCTACCTGTGCTT
s panTro2.chr21  16287382 20 +  46489110 ATTGTAGACATGCTACCTGT----
i panTro2.chr21 C 0 I 174
s ponAbe2.chr21  15877920 24 +  48394510 ATTGTAGACATGCTACCTGTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 170
s rheMac2.chr3  165707232 24 - 196418989 ATAGTAGACATGCTATCTGTGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 169

a score=-129300.000000
s hg19.chr21     17559675 37 +  48129895 ACTTACTTACATTAATGTAGCAACACCAGTGAACACA
s rheMac2.chr3  165707425 33 - 196418989 ----ACTTACATTAATGTAGCAACACCAGCGAACACA
i rheMac2.chr3  I 169 C 0
s ponAbe2.chr21  15878114 33 +  48394510 ----ACTTACATTAATGTAGCAGCACCAGTGAACACA
i ponAbe2.chr21 I 170 C 0
s panTro2.chr21  16287576 33 +  46489110 ----ACTTACGTTAATGTAGCAACACGAGTGAACACA
i panTro2.chr21 I 174 C 0

a score=346565.000000
s hg19.chr21     17559712 34 +  48129895 AGAATCAATTATACATGTGCATTTCATAACACCC
s rheMac2.chr3  165707458 34 - 196418989 AGAATCAATTATACACGTGCATTTCATAACACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15878147 34 +  48394510 AGAATCAATTATACATGTGCATTTCATAACACCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16287609 34 +  46489110 AGAATCAATTATACATGTGCATTTCCTAACACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=374748.000000
s hg19.chr21     17559746 42 +  48129895 CTCCAGGAGCCATTCTTCCTCTTCCTTCCCAGCTCCCATTCT
s rheMac2.chr3  165707492 42 - 196418989 CTCCAGGAGCCATGCTTCCTCTTCCCTCCCAGCTCCCATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15878181 42 +  48394510 CTCCAGGAGCCATTCTTCCTCTTCCTTCCCAGCTCCCATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=97010.000000
s hg19.chr21     17559788 43 +  48129895 AATCATTTATTCATTTTTTAAAATTATGGGAGATCATCTAATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16287685 43 +  46489110 AATCATTTATTCATTTTTTAAAATTATGGGAGATCATCTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-145713.000000
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s rheMac2.chr3  165707577 15 - 196418989 T--TCTCTCTCTCTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165707623 14 - 196418989 TTTGTTGTTTTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16287913 95 +  46489110 ATTTCACCTGCACATTCTGATACCTTGCTGAGCTTTCACTTTTCATTAATGATCTAATTGTATAGTTTTCTCTGTGTTTGCATGCTTGTTCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17560152 22 +  48129895 ctttctttctttcttgcttcct
s panTro2.chr21  16288047 22 +  46489110 ctttctttctttcttgcttcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15878588 11 +  48394510 cttccttcctt-----------
i ponAbe2.chr21 C 0 T 4739
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s hg19.chr21     17560174 27 +  48129895 tccttccctccttcc-----------ttctctttctgc
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s ponAbe2.chr21  15873860 27 +  48394510 tccttccctccttcc-----------ttctctttctgc
i ponAbe2.chr21 T 4739 C 0
s panTro2.chr21  16288069 35 +  46489110 tccttccctccttccctcc---ttccttctctttctgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-267861.000000
s hg19.chr21     17560201 38 +  48129895 ctttctctctccctttctttctttcttctttttctttc
s rheMac2.chr3  165707991 34 - 196418989 ctctttctctctctttctttctt----ccttctctttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15873887 19 +  48394510 ctttctctctctctttctt-------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17560971 28 +  48129895 TTACCTAAAGTTTACATCTCATGACTCT
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s hg19.chr21     17561087 146 +  48129895 GTACAAAAATGGTGCACACATTACACATACCCCTATCTCACTAATGAATTTCTTACAAAAGGGCCCTCAAAGTATCACTGAGAATCGTGCcccatcttagagcctttcactggtacgtccctctccacaagtgcttttctcccata
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16289132 148 +  46489110 tatt---acgttagactcccatattacactcagattattgctgaaatgttaccacaccagaaagacatttccctgaacccctatgtaaaatgtagtatctgctgcctccgaagttatttgtcttatcctgcgttatttttgtcttaacatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881439 62 +  48394510 ATTTTCTTCCTTTTATTTTAAGCCATTTCCTCCTTCTTGTCCTGTATGATAGGGATCATGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165710725 59 - 196418989 ---TTCTTACTTTTATTTTAAGCTGTTTCCTCCTTCTTGTCCTATATGATAGGGATCACGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=314279.000000
s hg19.chr21     17563036 33 +  48129895 TTTGTGAATTTTATTTAAAATCCCTGTTTTCAC
s panTro2.chr21  16290936 33 +  46489110 TTTGTGAATTTTATTTAAAATCCCTGTTTTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881501 33 +  48394510 TTTGTGAATTTTATTTAAAATCCCTGTTTTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165710784 33 - 196418989 TTTGTGAATTTTATTTAAAATCCCTGTTTTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=498354.000000
s hg19.chr21     17563069 42 +  48129895 CTGTTTTAATAGTAGTATATTTACTTATTGCTCTCCTTTTAA
s panTro2.chr21  16290969 42 +  46489110 CTGTTTTAATAATAGTATATTTACTTATTGCTCTCCTTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881534 42 +  48394510 CTGTTTTAATAGTGATATATTTACTTATTGCTCTCCTTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165710817 42 - 196418989 CTGTTTTAATAGCAATATATTTATCTTTTGCTCTCCTTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=467633.000000
s hg19.chr21     17563111 44 +  48129895 AAatgttcttatcccattttctctgtagtatttgtgtataggct
s panTro2.chr21  16291011 44 +  46489110 AAATGTTCTTATCCCATTTTCTCTGTAGTATTTGTGTATAGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881576 44 +  48394510 AAatgttcttatcccattttctctgtagtatttttgtataggct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165710859 44 - 196418989 AAATGTTCTTATCCCATGTTCTCTGTAGTATTTTTATATAGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=845720.000000
s hg19.chr21     17563155 70 +  48129895 ccacctttatatttgtttttttattggctcaacactctggattagcttagatctatccaatgtcatgttt
s panTro2.chr21  16291055 70 +  46489110 CCACCTTTATATTTGTTTTTTTATTGGCTCAACACTCTGGATTAGCTTAGATCTATCCAATGTCATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881620 69 +  48394510 ccacctttatatttg-ttttttattggctcaacactctggattagcttagatctatccaatatcatgttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165710903 69 - 196418989 CCACCTTTATATTTG-TTTTCTATTGGCTCAACACTCTGGATTAGCTTAGATCTATCTAATGGCATGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=725956.000000
s hg19.chr21     17563225 48 +  48129895 acaaccagataactcctgttgttttcttactattcacttcttg-ctggt
s rheMac2.chr3  165710972 49 - 196418989 ACAAGCAGATAACACCTGTTGTTTTCTTACTATCCACTTCTTGCCCGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881689 48 +  48394510 acaaccagataacacctgttgttttcttactattcacttcttg-ctggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16291125 48 +  46489110 ACAACCAGATAACACCTGTTGTTTTCTTACTATTCACTTCTTG-CTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=530577.000000
s hg19.chr21     17563273 66 +  48129895 taaatcccattcatgctgattaaatccacttcatgttgctccagctgggtgacacgttggtgtgtg
s panTro2.chr21  16291173 66 +  46489110 TAAATCCCATTCATGCTGATTAAATCCACTTCATGTTGCTCCAGCTGGGTGACACGTTGGTGTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881737 66 +  48394510 taaatcccattcatgctgattaaatccacttcatgttgctccagctgggtgacacattggtgtgca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711021 66 - 196418989 TAAAGCCCATTCATGCTGATTAAATCCACTTCATGTTGCTCCAGCTGGATGACACGTTGGTGTGCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=596767.000000
s hg19.chr21     17563339 76 +  48129895 gacctcccagcagctagagaccaggacacatctatgcaatctgactttgctctcaatagtaagtaggtctcttatg
s panTro2.chr21  16291239 76 +  46489110 GACCTCCCAGCAGCTAGAGACCAGGACACATCTATGCAATCTGACTTTGCTCTCAATAGTAAGTAGGTCTCTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881803 76 +  48394510 gacctcccaacagctagagaccaggacacatctatgcaatctgactttgctctcaatagtaagtaggtctcttatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711087 76 - 196418989 GTCCTCCCAGCAGCTGGAGACCAGGGCACATCTGTGCAATCTGACTTTGCTCTCAATAGTAAGTAGGTCTCTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616698.000000
s hg19.chr21     17563415 68 +  48129895 tcccaaaccttgttatatcacaaggatgaaaagctactattcctagtacagtaagttcatttcttcac
s panTro2.chr21  16291315 68 +  46489110 TCCCAAACCTTGTTATATCACAAGGATGAAAAGCTACTATTCCTAGTACAGTAAGTTCATTTCCTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881879 68 +  48394510 tcccaaactttgttatatcacaagcatgaaaagctactattcctagtacagtaagttcatttcttcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711163 68 - 196418989 TCCCAAACCTTGTTATTTCACAAGCATCAAAAGCTACTATTCCTAATACTGTAAGTTCATTTCTTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=362864.000000
s hg19.chr21     17563483 38 +  48129895 catcttcctctctctcctactgtataactcattttaac
s panTro2.chr21  16291383 38 +  46489110 CATCTTCCTCTCTCTCCTACTGTATAACTCATTTTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881947 38 +  48394510 catcttcctctctctcctactgtataactcattttaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711231 38 - 196418989 CATCTTCCTCTCTCTCCTACTATATACCTCATTTTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=48578.000000
s hg19.chr21     17563521 21 +  48129895 taattttggggggatgtaatg
s panTro2.chr21  16291421 21 +  46489110 TAATTTTGGGGGGATGTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15881985 21 +  48394510 tagttttggggggatgtaatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711269 21 - 196418989 TAATTTTGGGGGGATGTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-78857.000000
s hg19.chr21     17563542 32 +  48129895 tgttacatgccagccctccctgccccgtcctc
s panTro2.chr21  16291442 32 +  46489110 TGTTACATGCCAGCCCTCCCTGCCCCGTCCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882006 32 +  48394510 tgttacatgccagccctccctgccctggcctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711290 32 - 196418989 TGTTACATGCCAGGCCTCCCTGCCCCGTCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=43013.000000
s hg19.chr21     17563574 40 +  48129895 ccccaactccacctcgctgcaactttctgtttttgggtac
s panTro2.chr21  16291474 40 +  46489110 CCCCAACTCCACCTCGCTGCAACTTTCTGTTTTTGGGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882038 40 +  48394510 ccccaatcccaccccactgcaactttctgtttttgggtgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711322 40 - 196418989 CCCCAACCCAACCCCACTGCAACTTTCTGTTTTTAGGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1165619.000000
s hg19.chr21     17563614 102 +  48129895 taatgccaaaataggaagagatagtgatataaggacaccgcactatgtaccctaagaaccagcaccTTCTATTGATACCTGATGTAATTATGGCAGTCCAAG
s panTro2.chr21  16291514 102 +  46489110 TGATGCCAAAATAGGAAGAGATAGTGATATAAGGACACCGCACTATGTACCCTAAGAACCAGCACCTTCTATTGATACCCGATGTAATTATGGCAGTCCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882078 102 +  48394510 taatgccaaaataggaagcgatagtgatataaggacactgcactatgtatcccaagaaccagcaccttctattgatacctgatgtaattatggcagtccaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711362 102 - 196418989 TAATGCCAAAATAGGAAGAGATGGTGATATGAGGGCACTGCACTATGGATCCCAAGAACCAGCACCTTCTATTGATGCCCGATATAATTATGGCCATCCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172492.000000
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s panTro2.chr21  16291616 15 +  46489110 TTTTGGTGGAACAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882180 15 +  48394510 ttttggtggaacagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711464 15 - 196418989 TGTTGGTGGAACAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=373460.000000
s hg19.chr21     17563731 62 +  48129895 CCATAAATATGACTGCAGTTAATCAAGAATTGTTAAAAATACCTTCTTAATTTTCAGATGGA
s panTro2.chr21  16291631 61 +  46489110 CCATAAATATGACTGCAGTTAATCAAGAAATGTTAAAA-TACCTTCTTAATTTTCAGATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882195 61 +  48394510 ccataaatatgactgcagttaatcaagaaatgttaaaa-taccttcttaattttcagatgga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711479 48 - 196418989 CCATAAATATGATGGCAGTTGATCAAGAAATG--------------TTAATTTTCAGATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=65900.000000
s hg19.chr21     17563793 82 +  48129895 TAGGACTAATCTTTCTACAATGCAGACCACC---TGTTTTTCTTAGCCCAACATCATTAGCTTTAGAAGAATGGTAAAGATATTA
s panTro2.chr21  16291692 82 +  46489110 TAGGACTAATCTTTCTACAATGCAGACCACC---TGTTTTTCTTAGCCCAACATCATTAGCTTTAGAAGAATGGTAAAGATATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882256 85 +  48394510 taggactaatctgtctacaatgcagaccacctgttgtttttcttagctcaacatcattagctttagaagaatggtaaagatatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711527 85 - 196418989 TAGGACTAATCTGTCTACATTGCAGACCACCTGTTGTTTTTCTTAGCCCAACATCATTAGTTTCAGAAGAATGGTAAAGATATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=597793.000000
s hg19.chr21     17563875 63 +  48129895 CCGctattaatcttagtttttagaattgttgagagatgtacttttcagtttaagtattttaac
s panTro2.chr21  16291774 63 +  46489110 CCGCTATTAATCTTAGTTTTTAGAATTGTTGAGAGATGTGCTTTTCAGTTTAAGTATTTTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882341 63 +  48394510 ccgctattaatcttagtttttagaattgttgagagatgtacttttcagtttaagtattttaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711612 63 - 196418989 CCACTATTAGTCTTAGTTTTTAGAATTGTTGAGAGATGTACTTTTCAGTTTAAGTATTTTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=617513.000000
s hg19.chr21     17563938 57 +  48129895 aaaaagttagctgagaccaccttgtgatggtggactgctatccagatgtcatggaaa
s panTro2.chr21  16291837 57 +  46489110 AAAAAGTTAGCTGAGACCACCTTGTGATGGTGGACTGCTAACCAGATGTCATGGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882404 57 +  48394510 aaaaagttagctgagaccaccttatgatggtggactgctaaccagatgtcatggaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711675 57 - 196418989 TAAAAGTTAGCTGAGACCAACTTATGACGGTGGACTGCTAACCAGATGTCATGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=375088.000000
s hg19.chr21     17563995 75 +  48129895 actaaaatttTTATGGCAATATTTTTCAGGTCTTTGATTTTAGTTCAACTCTTCCTTCATCCCAAAATGACTATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882461 75 +  48394510 actaaaatttTTATGGCAATATTTTTCAGGCCTTTGATTTTACTTCAAATCTTCCTCCATCCCAAAATGACTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711732 74 - 196418989 G-TAAAATTTTTATAGTAATATTTATCAGGCCTTTCATTTTAGTTCAACTCTTCCTCCATCCCAAAATGACTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=766732.000000
s hg19.chr21     17564070 91 +  48129895 TTCCAAGACATTCCAAATGATTGGACAAATGCATAGATGCATAATAGGATTAGAGTAGAAAATATCAACATGACATAATAAGTAGCAAGTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16291969 91 +  46489110 TTCCAAGACATTCCAAATGATTGGACAAATGTACAGATGCATGATAGGATTTGAGTAGAAAATATCAACATGACATAATAAGTAGCAAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=234219.000000
s hg19.chr21     17564161 71 +  48129895 TTTTCTT-TTATTATGTGATGTTTTGAAATTATGTCTTTGTAACTTCATATATTATTATTATGTCATACCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165711897 72 - 196418989 TTTTGTTGTTATTATGTGATGTTTAGAAATTATGCCTTTGTAACTTCATTTATTATTGTTATGTCTTACCAT
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a score=23936.000000
s hg19.chr21     17564232 55 +  48129895 TTTGAATGGCCttttatttaattaaaatataattttaattattttcatatttatt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=414243.000000
s hg19.chr21     17564287 41 +  48129895 CTAACTTAGCATCTCTAAATACACATCATAGGGTTTTAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=262705.000000
s hg19.chr21     17564328 20 +  48129895 GTAGAATTATCTAAGCTATT
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a score=404901.000000
s hg19.chr21     17564348 53 +  48129895 GAGATGTTTTTCAAGTTAGATGAACTTAGTGAAAAATGTTCTGCAATGTTTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=362915.000000
s hg19.chr21     17564401 49 +  48129895 TAAAATCACCACGGCATCTAGAGCAGTGGACAATATCCCCGTGAAATGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=881591.000000
s hg19.chr21     17564501 47 +  48129895 AGT-----------CACTTTTAAAATGGGATTTTTTTCTGTAACCCGTATGTAATTCA
s panTro2.chr21  16292400 47 +  46489110 AAT-----------CACTTTTAAAATGGGATTTTTTTCTGTAACCCGTATGTAATTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15882963 58 +  48394510 AATGCTAGATACCACACTTTTAAAATGGGATTTTTTTCTGTAAACCATATGTAAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712233 57 - 196418989 AATGCAAGATACAACACTTTTCAAATGGGA-TTTTTTCTGTAACCCATATGTAACTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2720822.000000
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s panTro2.chr21  16292447 176 +  46489110 GAATGTCTGTGGTTGTTTTAGTCAACTGGCCATTAAAAAAAAATACATTATGGACTGTGAACTCACCAAGGCCCTTTCAAGTGCTGATGTATGTTTTATGTTTTATGTAGGTTATTAGTGACCTTTTTTGCACTTTTATCAGAAAGTCCTTTTTTTTTGTGCGTGTAGCTCTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883021 173 +  48394510 AAATGTCTGTGGTTGTTTTAGTCAACTGGCCATTAAAAAAAAATACGTTATGGACTGTGAACTCACCAAGGCCCTTTCAAGTGCCGATGTATGTTTTATGTTTTATGTAGGTTATTAGTGATC-TTTTTGCACTTTTATCAGAAAGTCC-TTGTTTT-GTGCATGTAGATCTGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712290 173 - 196418989 GAATGTCTGTGGTTGTTTTAGTCAACTGGCCATT-AAAAAAAATACATTATGGACTGTGAACTCACCAAGGCCCTTTCAAGTGCTGATGTATGTTTTATGTTTTACATAGGTTATTAGTGACC-TTTTTGCACTTTTATCAGAAAGTCCTTTGTTTT-GTGCATGTACCTGTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16292623 70 +  46489110 GAGTAGAGGCCAGATCTT-CAGGTGTTTAATTGCAGACTTCTAATGCATAAGACCTGCTGGCCTTGTTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883194 70 +  48394510 GAATAGAGGCCAGATCTT-CAGGTGTTTAATTGCAGACTTCTAATGCATAAGGCCTGCTGGCCTTGTTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712463 71 - 196418989 GAATAGAGGCCAGATCTTGGAGGTGTTTAATTGCAGACTTCTAATGCATAAGGCCTGCTGGCCTTGTTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1497671.000000
s hg19.chr21     17564793 143 +  48129895 TTTTAGAAGTTATTTGTTAGTCTCAAATGAAAGAAACAAG-AAAAAAAAAAGCTTGCTCTTTTTATAACAGAGTAAGATGAAACATGCAATGATAGGGTGGTGCTGAGTTGTAGAAATTTCTAAAAACTAGGTATTCCTCAAAC
s panTro2.chr21  16292693 143 +  46489110 TTTCAGAAGTGATTTGTTAGTCTCAAATGAAAGAAACAAG-AAAAAGAGAAGCTTGCTCTTTTTATAACAGAGTAAGATGAAACACGCAATGATAGGGTGGTGCTAAGTTGTAGAAATTTCTAAAAACTAGGTATTCCTCAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883264 138 +  48394510 TTTTAGAAGTTATTTGTTAGTCTC----GAAAGAAACAAG--AAAAAAAAAGCTTGCTCTTTTTATAACAGAGTAAGATGAAACATGCAATGATAGGGTGGTGTTGAGTTGTAGAAATTTCTAAAAACTAGGTATTCCTCAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712534 144 - 196418989 TTTTAAAAGTTATTTGTTAGTCTCAAATGAAACAAACAAACAACAAAAAAAGCTTGCTCTTTTTATAACAGAGTAAGATGAAACATGCAATGATAGGGTGGTGTTGAGTTGTAGAAATTTCTAAAAACTAGGTAGTCCTTAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1439977.000000
s hg19.chr21     17564936 87 +  48129895 AGTAATTAGAATTTTTGATTTTCTACATATCTATTGGCTAAAGAGCCAAAAATGGTTTTCAATAATGCCTGTTTTCAATATATAAAA
s panTro2.chr21  16292836 87 +  46489110 AGTAATTAGAATTTTTGATTTTCTACATATCTATTGGCTAAAGAGCCAGAAATGGTTTTCAATAATGCCTGTTTTCAATATATAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883402 87 +  48394510 AGTAATTAGAATTTTTGATTTTCTACATATCTGTTGGCTAAAGAGCCAAAAATGGTTTTCAATAATGCCTGTTTTCAACATATAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712678 87 - 196418989 AGTAATCAGAATTTTTGATTTTCTGTATATCTATTGGCTAAAAAGCCAAAAATGGTTTTCAATAATGCCTGTTATCAATATATAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-51743.000000
s hg19.chr21     17565023 12 +  48129895 CGTCCATAACAG
s panTro2.chr21  16292923 12 +  46489110 CATCCATAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883489 12 +  48394510 TATTCATAACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712765 12 - 196418989 CACCTGTAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-52173.000000
s hg19.chr21     17565035 29 +  48129895 AATCACTAAAAGACATCaaattattatta
s panTro2.chr21  16292935 29 +  46489110 AATCACTAAAAGACATCaaattattatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883501 29 +  48394510 AATCACTAAAAGACATCaaattattatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712777 29 - 196418989 AATCACTAAAAGACAACaaattattatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-216533.000000
s hg19.chr21     17565064 10 +  48129895 tttaaaattt
s panTro2.chr21  16292964 10 +  46489110 tttaaaattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883530 10 +  48394510 tttaaaattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712806 10 - 196418989 tttaaaattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3609.000000
s hg19.chr21     17565074 29 +  48129895 attGAGAGGCAATGTCAATCTGTTTTTTC
s panTro2.chr21  16292974 29 +  46489110 attGAGAGGCAATGTCAATCTGTTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883540 29 +  48394510 attGAGAGGCAATGTCAATCTGTTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712816 27 - 196418989 attGAGAGGCAATGTCAA--TGATTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209520.000000
s hg19.chr21     17565103 26 +  48129895 AAACCTATCAGTGACTCTCTATTGTA
s panTro2.chr21  16293003 26 +  46489110 AAACCTATCAATGACTCTCTATTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883569 26 +  48394510 AAACCTATCAATGACTCTTTATTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712843 26 - 196418989 AAACTTATCAATAACTCCCTATTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=323684.000000
s hg19.chr21     17565129 28 +  48129895 TATTGGAGAAAGTAGAAACTCTTAATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883595 28 +  48394510 TATTGGAGAAAGTGGAAACTCTTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=423043.000000
s hg19.chr21     17565157 32 +  48129895 CTGCCCTAACCCCCACCCATAACTGATTTTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712897 32 - 196418989 CTGCCCTAACTCCCATCCATAACTGATTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=321189.000000
s hg19.chr21     17565189 40 +  48129895 CACTCCTATTACCACATTATTTGTTACTGCAGTTTTTAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883655 40 +  48394510 CACTCCTATTACCACATTATTTGTTACTGCAGTTTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=215191.000000
s hg19.chr21     17565229 111 +  48129895 ATTGACTCTATCCATCAGACAGTATTATTTGGCCGCTGTTTTTTTACACCTGTCTTATTTATTCTTGATTTTTTTTTTTT--GGTTTGTCTGTTTTATTTATGTCACTGTCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883695 111 +  48394510 ATTGACTTTAGCCATCAGACAGTATTATTTGGCCGCTGCTTTCTTACACCTGTCTTATTTATTCTTGATTTTTTTTTTTT--GGTTTGTCTGTTTTATTTATGTCAGTGTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165712969 107 - 196418989 ATTGACTCTATCCCTCAGACAGTATTATTTGCCCACTGTTTTCTTACACCTGTCTTATTTATTCTTGGATTTTTTT------GGTTCGTCTGTTTTATTTATGTCAGTGTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12547.000000
s hg19.chr21     17565340 25 +  48129895 CTTTGCAGACAATTTAGTTGGCCAG
s rheMac2.chr3  165713076 25 - 196418989 CTTTGCAGACACTTGAGTTGGCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883806 25 +  48394510 CTTTGCAGACAATTTACTTGGCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16293242 25 +  46489110 CTTTGCGGACAATTTAGTTGGCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=411787.000000
s hg19.chr21     17565365 46 +  48129895 GTATCCATGAGGAATATTGCCATTCCTGCACTGTGCTGAGTCAGAC
s rheMac2.chr3  165713101 46 - 196418989 GTATCCATATGGAATATTGCCATTCCTGCGCTGTGCTGGATCAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883831 46 +  48394510 GTATCCATAAGGAATATTGCCATTCCTACACTGTGCTGAGTCAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16293267 46 +  46489110 GTATCCATGAGGAATATTGCCATTCCTGCACTGTGCTGAGTCAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=363166.000000
s hg19.chr21     17565411 31 +  48129895 ATGCCTTGTGGCATCATCAAGTAACAAGGTT
s panTro2.chr21  16293313 31 +  46489110 ATGCCTTGTGGCATCATCAAGTAAAAAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883877 31 +  48394510 ATGCCTTGTGACATCATCAAGTAAAAAGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165713147 31 - 196418989 ATGCCTTGTGGCATCACCAAGTAAACAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-61981.000000
s hg19.chr21     17565442 61 +  48129895 GAGAAAACGT-GGGTGTGGCAAATCCATTTCTGAGTAACAGCCTTTTTGGAGGGAAGAGATT
s panTro2.chr21  16293344 62 +  46489110 GAGAAAACGTTGGGTGTGGCAAATCCATTTCTGAGTAACAGCCTTTTTGGAGGGAAGAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883908 61 +  48394510 GAGAAAATGT-GGGTGTGGGAAATCCATTTCTGAGTAACAGCCTTTTTGGAGGGAAGAGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165713178 61 - 196418989 GAGAAAACGT-GGGTGTGGCAAATCCATATCTGAGTAACAGCCATTTTGGAGGGAAGAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=360622.000000
s hg19.chr21     17565503 52 +  48129895 GGCTAATCCAATCAGTATCAAAGCCTGTGCTTCTTAATTGGGTTGTATTATT
s panTro2.chr21  16293406 52 +  46489110 GGCTAATCCAATCAGTATCAAAGCCTGTGCTTCTTAATTGGGTTGTATTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15883969 52 +  48394510 GGCTAATCCAATCAGTATCAAAGCCTGTGCTTCTTAATTGGGTTGTGTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165713239 52 - 196418989 GGCTAATCCAATCAGTATAAAAGCCTGTGCTTCTTAATTGGGTGGTACTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1269329.000000
s hg19.chr21     17565555 123 +  48129895 CAAAAGCATGGATTTAATTTGAAATAAAATTGCCTGATGTTTCTGTATCATTGATTTATTGATGGTGGCGGCTACTATTTTTTAGTGTTTTCAAGGAATATGAAAACTTACAGTATGAAATTT
s panTro2.chr21  16293458 123 +  46489110 CAAAAGCATGGATTTAATTTGAAATAAAATTGCCTGATGTTTCTGTATCATTGATTTATTGATGGTGGTGGCTACTATTTTTTAGTGTTTTCAAGGAATATGAAAACTTACAGTATGAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15884021 122 +  48394510 TAAAAGCATGGATTTCATTTGAAAT-AAATTGTCTGATGTTTCTGTATCATTGATTTATTGATGGTGGTGGCTACTATTTTTTAGTGTTTTCAAGGAATGTGAAAACTTACAGTATAAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165713291 123 - 196418989 CAAAAGCATGGATTTAATTTGAAATAAAATTGCCTGATGTTTCTGTATCATTGATTTATTGATGGTGGTGGCTACTATTTTTTAGTGTTTTCAAGGAATATGAAAACTTACAGTATGAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=341324.000000
s hg19.chr21     17565678 47 +  48129895 ACACAAATCTGTAGTTTTAAAATATTACCTTTTCCTTTAGTGTTTCT
s panTro2.chr21  16293581 47 +  46489110 ACACAAATCTGTAGTTTTAAAATCTTACCTTTTCCTTTAGTGTTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15884143 47 +  48394510 ACACAAATCTGTAGTTTTAAAATATTACCTTTTTCTTTAGTGTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165713414 47 - 196418989 ACACAAATCTGTAGTTGTAAAAGGTTAGATTTTTCTGTAGTGTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=922711.000000
s hg19.chr21     17565725 101 +  48129895 CCTATTTTCCGTTAGTTTGAGTTCTCATTTTAAAAAAATGTTAAAGAGAAAAAACATTTGTCTGACATAGAGCTCAAAAGGAAATTCTCATTAAAACAACT
s panTro2.chr21  16293628 101 +  46489110 CCTATTTTCTGTTATTTTGAGTTCTCATTTTAAAAAAATGTTAAAGAGAAAAAACATTTGTCTGAAATAGAACTCAAAAGGAAATTCTCATTAAAACAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15884190  99 +  48394510 CCTATTTT--GTTATTTTGAGTTCTCATTTTAAAAAAATGTTAAAGAGAAAAAACATTTGTCTGAAATAGAGCTCAAAAGGAAATTCTCATCAAAACAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165713461  81 - 196418989 CCTATTTTCTGTTATTTTGAGTTCTCA-TTTAAAGAAATGTTAAAGAGAAAAAACATTTGTCTGAAATAGAGCTCAAAAGGA-------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 30

a score=217302.000000
s hg19.chr21     17565826 31 +  48129895 ATGAGAA-TGAGAGAAATCATGATACTAAGAT
s panTro2.chr21  16293729 31 +  46489110 ATGAGAA-TGAGAGAAATCATGATACTAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15884289 31 +  48394510 ATGAGAA-CGAGAGAAATCATGATACTAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165713572 32 - 196418989 ATGAGAATTTAAACATACTATGATACTAAGAT
i rheMac2.chr3  I 30 C 0

a score=1347220.000000
s hg19.chr21     17565857 152 +  48129895 AGTATGTAATCTTT--AGAGTTTAAAATAGTTGTTCCTAGCCCCTAAAGTGATATTATTTTGACTTCCTTAAGCATAGAGAACTTTGTTTACAGTAGTTCTACTCTGCAGTTAGGTGTAATAAACCAGCATTCTTTACAAAACTCAAATGAGAC
s panTro2.chr21  16293760 152 +  46489110 AGTATGTAATCTTT--AGAGTTTAAAATAGTTGTTCCTAGCCCCTAAAGTGATATTATTTTGACTTCCTTAAGCATAGAGAACTTTGTTTACAGTAGTTCTACTCTGCAGTTAGGTGTAATAAACCAGCATTCTTTACAAAACTCAAATGAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15884320 154 +  48394510 AGCATGTAATCTTCAAAGGGTTTAAAATAGTTGTTCCTAGCTCCTAAAGTGATATTATTTTGATTTCCTTAAGCATAGAGAACTTTGTTTACAGTAGTTCTACTCTGCAGTTAGGTGTAATAAACCAGCATTCTTTAAAAAACTCAAGCGAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165713604 154 - 196418989 AGAATGTAATCTTTAAAGAGTTTAAAACCGTTATTCCTAGCCCCTAAAGTGATATTATTTTGATTTCCTTAAGCATAGAGAACTTTGTTTACAGTAGTTCTACTCTGCGATTAGATATAATAAACCAGCATTCTTTAAAAAACTCAAGCAAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-438650.000000
s hg19.chr21     17566009 30 +  48129895 CTTGGAACCTGAGCTATATGAGTAACACAT
s panTro2.chr21  16293912 30 +  46489110 CTTGGAACCTGAGCTATATGAGTAACACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15884474 30 +  48394510 CTTGGAACCTGAGCTATATGAGTAATACAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-211224.000000
s hg19.chr21     17566039 18 +  48129895 ATATGATCCTGTGATCTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  15887340 71 +  48394510 CCCTCCAAATGAATGTAAAGACCAAAAATTAAAGGGAGCATTATTATTTTCCTCGGTTATAAAGTCTAACC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165716721 119 - 196418989 GCTACAAAAGAATGAGCTTCCCTCTAATGAAAGTATATACATTGTGAAAAACTAAAGACCTACTTCTTAGTTCTCCTAACATTTAAACCTTAAACTGGTAACGCCTGTCTTTTCTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17569543 23 +  48129895 TATATCACTAGTGGGTTTGTTGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=80576.000000
s hg19.chr21     17569634 25 +  48129895 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
s panTro2.chr21  16297538 25 +  46489110 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=43462.000000
s hg19.chr21     17569659 7 +  48129895 tgtgCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15888098 7 +  48394510 tgCGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16297570 188 +  46489110 TTATGAGCTCACATAGGGATGAGAGAGTAGCCTGGACATGTGCCAGGGTTATGACACTCTTTGATTTACTTCTTCAATTCTCTTGGTCACTAAATTTCAGGCACTTCTGTACCCTTGTAGCAGTTGACATCTGATACAGTGAAATCGTGCCTTCTCTTTAAGAGTACATATTATATCAGCTGCATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1837.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15888562 99 +  48394510 cgctctattgccaaggctggagtgctggagtgcagtggcgggatctcggctcactgcaacctccacctccggggttcaagcgattcttctgcttcagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165717820 91 - 196418989 cgttctgttgccaag--------gctggagtgcagtggcgggatctcggctcactgcaacctccgcctcccgggttcaagcgattcttctgcttcagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16298133 37 +  46489110 tcctaagtagctgggactacaggcacccaccaccatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12641.000000
s hg19.chr21     17570265 34 +  48129895 cccggctaattttttt--ttattattatttttagta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=28119.000000
s hg19.chr21     17570299 42 +  48129895 gagacggggtttcaccatgttagccaggatggtcttgatctc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=57192.000000
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s rheMac2.chr3  165718094 59 - 196418989 ggccCTGCTTCTTTTAACATTAGGTCTAAtctctttttctggaattctgtaatagatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15888901 85 +  48394510 atgttaaagtttcataatatatcatacatatttcttaaattctctttcacactattttatatatctatccgtgctgcacttttgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165718153 85 - 196418989 atgttaaagtttcataatatatcatacatatttcttaaattctctttcacactattttatatatctgtctgtgctgcacttttgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165718238 127 - 196418989 tgaattactcagccatcctcccatttgctaattctttttttgactatgtccactcCAGAATTTATTTTTTTGACACTATTTTTCTTTTCTGGAAATTTTAATTGATTCTCATTGACACTTCAAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=285330.000000
s hg19.chr21     17570831 47 +  48129895 GTGCCTTTTTATATCATTCTCTCATGGCTTAGAATTTTGGTTTTCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=364606.000000
s hg19.chr21     17570878 132 +  48129895 GCTTAACTGGAATGAGAAGGATTTAAAAAT--TCTCTCTCTCTCTCTCATTGCTAGCCCTTCTGCACCATTCCTATTGTCTTAGTGTTGGCTCTGTACCCTCTCGTTTCCCAGTCTATAATCTCTGCTAATGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15889316 134 +  48394510 GCTTAACTGGAGTGAGAAGGATTTAAAAATTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTGCTAGCCCTTCTGCACCAGTCCTATTGTCTTAGCATTGGCTCTGTACCCTCTCATTTCCCAGTCTATAATCTCTGCTAATGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165718568 128 - 196418989 GCTTAACTGGAGTGAGAAGGATTTGAAAATtctctctctctctctctctctttcA------CTGCTCCAGTCCTGTTGTCTTAGTGTTGGCACTCTACCTTCTCCTTTCCCAGCCTAGAATCTCTGCTAATGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=591843.000000
s hg19.chr21     17571010 92 +  48129895 GATATCAAAAACCTAGTCACTAAATCAAAGAGCAGTCTGTCCCAGGATGTGACTGTGAGATTATGGCTGCTTGCTTTGGCCTCCCCAAGAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=378476.000000
s hg19.chr21     17571102 70 +  48129895 GCAGCTCTATGCAAGCCGTGGCTCCAGGAAAAGGGAGGTGTTAGTCAGTTGTTCGGCTTCCTCTTGTCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1170537.000000
s hg19.chr21     17571172 137 +  48129895 ACCTTCAGGTTTTAATCAGTAAGCTTGGCACTGATTATTACTCCCTGTGGGACACATGTGGCATCCAGTTACTTTGCAGATACAAGGATTGGCTTGCTTCTCATTCTAGACACCATCTGGTGCAGTGTACCTCACTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165718858 137 - 196418989 ACCTTCAGGTTTTAATCAGTAAGCTGGGCACTGATTATTACTCCCTGTGGGGCACATGTGGCATCCAGTTACTTCGCAGATACAAGGATTTGCTTGCTTCTCATTCCAGACACCATCTGGTGCACTGTACCTCACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=196037.000000
s hg19.chr21     17571309 35 +  48129895 TGTGTTTATAGTTTATTTCTGGTATGTTTATCTTG
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a score=171463.000000
s hg19.chr21     17571344 37 +  48129895 TTTTTGACTATTACTTTTCTTTTATATCACCTCTTTT
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a score=638283.000000
s hg19.chr21     17571381 74 +  48129895 AAAACTTATCTATTATTGTTACATGTTGGAAGCAAAGGCACGGGGCTCAAACCATATTATTGCAATGCCATCTT
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s ponAbe2.chr21  15892464 45 +  48394510 GACcacttcagagttgtatcacttgaggacaaggaagctggggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165721992 45 - 196418989 GACCActtcacagttgtatcacttgaggacaaggaatctggggtg
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s panTro2.chr21  16301977 178 +  46489110 tgtatctgaaactcctttctgtcattggttgaaggttactcctgtgaccatgaattctagaatcccagcccatctcaaggcaa-ccctagcatgttcttggctagagaacaccctcaggcagagagtggcagatgcttgcagtaaaacatcctcaatgtgtaaggaaaatataagtgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15892509 179 +  48394510 tgtatctgaaactcctttctgtcattggttgaaggttactcctgtgaccatgaattctagaatcccagcccatctcaaggcagcccctcgcatgttcttggctagagaacaccctcaggtagagagtggcaggtgcttgcggtaaaacatcctcaatgtgtaaggaaaatataagtgcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165722037 178 - 196418989 tgtatctgaaactcctttctgtctttggttgaagtttactcctgtaaccatgaattctagtatcccagcccatctcgaggcag-ccctagcatgttcttggctagagaacaccctcaggcagagagtggcaggtgcttgcagtaaaacatcctcaatgtgtaaggaaaatgtaagtgcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15892776 88 +  48394510 gaacacaattgtatatgcacccttgtgaacatgtatcagatttttcttaggataataccc-aaagtggaatttatatgttgtgagatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165722310 89 - 196418989 gaacacaattgtatatggacccttgtgaacatgtgtcaaatttttcttaggataatatccaaaagtggaatttatatgttgtgagatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165722524  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16305352 53 +  46489110 AGTATTTATCAAGTGATTGCTGTATTTGGTTGATTATTCTATGTGATAGGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165725468 39 - 196418989 AAGGAGATTCAGAGTCAAAGTCAGAGGAGTGATATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=558657.000000
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s panTro2.chr21  16305808 144 +  46489110 TTAATGAGTTTGGGGGCCGTGATTACAGCTTAATGAACAAATGCATGCAGAAATGAGATTGTTGAGATACTTGTGCTGACAGGAAGGAGGGAATGATGGGTAAATAAGAAGTTAGCAAAGCTAC-TGAGAGTGAGGGTTGTGTG-G
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15896303 143 +  48394510 TTAATGAGTTTGGGGG-CGTCATTACAGCTTAATGAACAAATGCATGCAGAAATGAGGTTGTTGAGATACTTGTGCTGACAGGAAGGAGGGAATGATGGGTAAATAAGAAGTTAGCAAAGCTAC-TGAGAGTAAGGATTGTGTG-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165725507 146 - 196418989 TTAATGAGTTTGGGGGCCATCATTACAGCTTAAAGAACAAATGCATAGAGAAATAAGATTGTTGAGATACTTGTGCTGACAGGAAGGAGGGAATGATGGGTAAATCAGAAGTTAGAAAAGCTACACGAGAGTGAGGGTTGTGTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165725653  3 - 196418989 ACT------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=41617.000000
s hg19.chr21     17578304 34 +  48129895 aggtgggtggatcacttgagctcaagagtttgag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16306292 127 +  46489110 accagcctggcaaacatggtgaaaccccatatctactaaaaatacaaaaattagacgggcctggtggcgcatgcctgtaatcccagctactggggaggttgaggcaggagaatcacttgaaccccga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=33912.000000
s hg19.chr21     17578465 43 +  48129895 agccggaggttgcagtgagtggaggtggtgctgttgcagtgag
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17578508  92 +  48129895 ctgagaatgtgccactgtactccagcctgggcaacagagaaagactctgtctcagaaaaaaaaaaaaaa------------------aaTGTGGCAGAAGAGAACTGACT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15896956  92 +  48394510 ctgagaatgcgccactgtactccagcctgggcaacagagaaagactttgtctcagaaaaaaagaaaaaa------------------aaTGTGACAGAAGAAAACTGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=564885.000000
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17580286 26 +  48129895 TTAATACTATacacatacacacacac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=-8769.000000
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a score=100905.000000
s hg19.chr21     17580690 10 +  48129895 AATCTTTCCC
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a score=328841.000000
s hg19.chr21     17580700 39 +  48129895 TGGTACTTGCTAGTTATAGGGGCTCACAGATAACTAAGA
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a score=488617.000000
s hg19.chr21     17580749 61 +  48129895 TTTTTAGTCCATTTCATTTTGAAGAATGTGTGACTATTGCTTTTCATGACACTGTGTCTCA
s panTro2.chr21  16308703 61 +  46489110 TTTTTAGTCCATTTCATTTTGAAGAATGTGTGACTATTGCTTTTCATGACACTGTGTCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899186 61 +  48394510 TTTTTAGTCCACTTCGTTTTGAAGAATGTGTGACTATTGCTTTTCATGACACTATGTCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165729518 61 - 196418989 TTTTTAGTCCACTTCATTTTGAAGAATGTGTGACTATTGCTTTTCATGACACTATGTCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=321128.000000
s hg19.chr21     17580810 27 +  48129895 TTTATTTTTAATTTTTTCAAATAATGA
s panTro2.chr21  16308764 27 +  46489110 TTTATTTTTAATTTTTTCAAATAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899247 27 +  48394510 TTTATTTTTAATTTTTTCAAATAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165729579 26 - 196418989 TTTA-TTTTAATTTTTTCAAATAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103763.000000
s hg19.chr21     17580837 17 +  48129895 CAATCTAGATGAACTT-T
s panTro2.chr21  16308791 17 +  46489110 CAATCTAGATGAACTT-T
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899274 18 +  48394510 CAATCTAGATGAACTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165729605 18 - 196418989 CAATCTAGATGAACTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=589722.000000
s hg19.chr21     17580854 76 +  48129895 TTGGGATTAGTGGGTGTTTAAATTTGTTTTAAGAGGGGCAATGCTACATGTTGCCTATCAGCAATCCAGAATTTTT
s panTro2.chr21  16308808 76 +  46489110 TTGGGATTAGTGTGTGTTTAAATTTGTTTTAAGAGGGGCAATGCTACATGTTGCCTATCAGCAATCCAGAAGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899292 76 +  48394510 TTGGGATTAGTCTGTGTTTAAATTTGTTTTAAGAGGGACAATGTTACATGTTGCCTATCAGCAATCCAGAACTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165729623 75 - 196418989 TTGGGATTAGTCTGTGTTTAAATTTGTTTCAAGAGGG-CAATGCTACATGTCGCCTATCGGCAGTCCAGAACTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1104971.000000
s hg19.chr21     17580930 98 +  48129895 TACATGTCTAATCACTTTACAGCCACTATGGAAGGTGCTTTGGGATCTAGAGCCAACTATCTGAGCTATAATTCCTATTCACACATTGCTGAGTTGCA
s panTro2.chr21  16308884 98 +  46489110 TACATGTCTAATCACTTTACAGCCACTATGGAAGGTGCTTTGGGATCTAGAGCCAACTGTCTGAGCTATAATTCCTATTCACACATTGCTGAGTCGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899368 98 +  48394510 TACATGTCTAATCACTTTACAGCCACTACAGAAGGTGCTTTGGGATCTAGAGCCAACTATCTGAGATATAATTCCTATTCACCCGTATCTGAGTGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165729698 98 - 196418989 TACATGTCCAATCACTTTACAGCCACTATGGAAGGTGCTTTGGGATCTAGAGCCGAGTATCTGAGATATAACTCCTATTCACAGGTAGCTGAGTGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72369.000000
s hg19.chr21     17581028 33 +  48129895 GTAGGGAGGGTTAACTAAGAGagcttccttaat
s panTro2.chr21  16308982 33 +  46489110 GTAGGGAGGGTTAACTAAGAGAGCTTCCTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899466  3 +  48394510 GTA------------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 5
s rheMac2.chr3  165729796 22 - 196418989 GTAGGGAGGGTTAACTAAGAGA-----------
i rheMac2.chr3  C 0 M 1056

a score=10828.000000
s hg19.chr21     17581061   31 +  48129895 gctttatagaaaaaagcagaatataaataGG
s panTro2.chr21  16309015   31 +  46489110 GCTTTATAGAAAAAAGCAGAATATAAGTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899474   30 +  48394510 NNNNNNNNNNAAAAGGCAG-ATATAAATAGA
i ponAbe2.chr21 I 5 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=479576.000000
s hg19.chr21     17581092   41 +  48129895 TTTATTCAGAGGATAAAAGATTACCAAATGAATGTTAGAGA
s panTro2.chr21  16309046   41 +  46489110 TTTATTCAGAGGATAAAAGATTACCAAATGAATGTTAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899504   41 +  48394510 TTTATTCAGAGGATAAAAGATTACCAAATGAATGTTAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=201704.000000
s hg19.chr21     17581133   75 +  48129895 TGTAGGAAGCAAGGCAAGAACATTCTGGATTGACTGATAATAAACAATGTATGTGAGAGCAAATAATGTAAGAGC
s panTro2.chr21  16309087   75 +  46489110 TGTAGGAAGCAAGGCAAGAACATTCTGGATTGACTGATAATAAACAATGTATGTGAGAGCAAATAATGTAAGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899545   75 +  48394510 TGTACAAAGCAAGGCAAAAACATTCTGGATTGACTGATAATAAACAATGTATGTGAGAGCAAATAATGTAAGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=643556.000000
s hg19.chr21     17581208   70 +  48129895 AAAACATTTGTTTGACTTTGAGTGATGGCAAAGATTGGAATATATGGCTAGGAGTTTAAAAGTTTAGTCA
s panTro2.chr21  16309162   70 +  46489110 AAAACATTTGTTTGACTTTGAGTGATGGCAAAGATTGGAATATATGGCTAGGAGTTTAAAAGTTTAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899620   70 +  48394510 AAAACTCTTGTTTGACTTTGAGTGATGGGAAAGATTGGAATATATGGCTAGGAGTTTAAAAGTTTAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=230178.000000
s hg19.chr21     17581278   30 +  48129895 AATGGATTTAGTGGTCAGTGAGAAGGTCTG
s panTro2.chr21  16309232   30 +  46489110 AATGGATTTAGTGGTCAGTGAGAAGGTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899690   30 +  48394510 AATGGATTTAGTGGTCAGTGAGAAGGTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=568725.000000
s hg19.chr21     17581308   51 +  48129895 AAGAACCAATTCCATACAGAGGTAGCAAATCCCAGAAGAGTAACAGTGTCC
s panTro2.chr21  16309262   51 +  46489110 AAGAACCAATTCCATACAGAGGTAGCAAATCCCAGAAGAGTAACAGTGTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899720   51 +  48394510 AAGAACCAATTCCATACAGAGGTAGCAAATCCCAGAAGAGTAATAATGTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=359144.000000
s hg19.chr21     17581359   46 +  48129895 AAATGGAGAAATTGTTAAATCTAAGCAGCAGCAAAAGGCTGGGTTC
s panTro2.chr21  16309313   46 +  46489110 AAATGGAGAAATTGTTAAATCTAAGCAGCAGCAAAAGGCTGGGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899771   46 +  48394510 AAATGGAGAAATTGTTAAATCTCAGCAGCAGTAAAAGGCTGGGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=258165.000000
s hg19.chr21     17581405   27 +  48129895 AGCATTGGAGGAAAGACGAGATGGCCA
s panTro2.chr21  16309359   27 +  46489110 AGCATTGGAGGAAAGACGAGATGGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899817   27 +  48394510 AGCACTGGAGGAAAGACGAGGTGGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=309476.000000
s hg19.chr21     17581432   50 +  48129895 TGCCAGCCAAGGTAAAGTCGTTCCAGCCAAGTTATCCCAGACTAAAACCA
s panTro2.chr21  16309386   50 +  46489110 TGGCAGCCAAGGTAAAGTCGTTCCAGCCAAGTTATCCCAGACTAAAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899844   39 +  48394510 TGCCAGCCAAGGTAAAGTCATTCCAGCCAAGTCATC-----------CCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=-5999.000000
s hg19.chr21     17581482   17 +  48129895 GGAGAAAACAGAAGTAA
s ponAbe2.chr21  15899883   13 +  48394510 GGAGAAAACAG----AA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16309436   17 +  46489110 GGAGAAAACAGAAGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=84485.000000
s hg19.chr21     17581499   31 +  48129895 GATTTAGTTCTAAGGGACAGGATTGTAGGGA
s ponAbe2.chr21  15899896   31 +  48394510 GATTTAGTTCTAAGGGACAGGATTGTAGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16309453   31 +  46489110 GATTTAGTTCTAAGGGACAGGATTGTAGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=-43238.000000
s hg19.chr21     17581530   34 +  48129895 ACAGTTATGACCCCTGTTATATATAAAGTATGGA
s ponAbe2.chr21  15899927   34 +  48394510 ACAGTTATGTCCTCTGTTATATATAAAGTATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16309484   34 +  46489110 ACATTTATGACCCCTGTTATATATAAAGTATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=64705.000000
s hg19.chr21     17581564   28 +  48129895 CTGGGGACCTTCTAGTTCACAGACATTT
s panTro2.chr21  16309518   28 +  46489110 CTGGGGACCTTCTAGTTCACAGACATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899961   28 +  48394510 CTGGGGATCTTCTAGTTCACAGACATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=258975.000000
s hg19.chr21     17581592  141 +  48129895 TTGCCAAATTGGTAAAAGTTCTCTTATAAAATCTTTAACTCTAGGAAAATATAATTCTCAAACACATGAGGGTAAATTCTTCTGTTCTATAAGATGATGGACATAGAAATTATGGGAAGCCAAggccaggtatggtggctc
s panTro2.chr21  16309546  141 +  46489110 TTGCCAAATTGGTAAAACTTCTCTTATAAAATCTTTAACTCTAGGAAAATATAATTCTCAAACACATGAGGGTAAATTCTTCTGTTCTATAAGATGATGGACATAGAAATTATGGGAAGCCAAggccaggtatggtggctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15899989  141 +  48394510 TTGCCAAATTGGTAAAAGTTCTCTTATAAAAACTTTAACTCTAGGAAAATATAATCCTCAAACACATAAGGGTAAATTCTTCTGTTCAATACGACGATGGACGTAGAAATTCTGGGAAGCCAAggccaggtatggtggctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=102267.000000
s hg19.chr21     17581733  188 +  48129895 atgcctgtaatcccagcactttgggaggccgagataggcagatcacttgaggtcagagctcgagatcagcctgggcaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaatcagccacgcaagttggcgaatgcctgtaatcccagctcttgggaggctgaggcaggagaataacttgaaccca
s panTro2.chr21  16309687  188 +  46489110 atgcctgtaatcccagcactttgggaggccgagataggcagatcacttgaggtcagagctcgagatcagcctggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaatcagccacgcatgttggcgaatgcctgtaatcccagctcttgggaggctgaggcaggagaataacttgaaccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15900130  188 +  48394510 atgcctgtaatcccagcactttgggaggccgagacaggcagatcacttgagatcagagctcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaattagccaggcatgttggcgaatgcctgtaatcccagctcttgggaggctgaggcaggagaataacttgaaccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=45333.000000
s hg19.chr21     17581921   66 +  48129895 ggaggcggaggttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacagactaagac
s ponAbe2.chr21  15900318   66 +  48394510 ggaggcggaggttgcagtgagctgagatcgcgctactgcactccagcctgagcgacagactaagac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16309875   66 +  46489110 ggaggcggaggttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacagactaagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=3926.000000
s hg19.chr21     17581987   35 +  48129895 tctgtctcaaaaaatgaaataaaataaaataaaat
s panTro2.chr21  16309941   35 +  46489110 tctgtctcaaaaaatgaaataaaataaaataaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15900384   35 +  48394510 tctgtctcaaaaaatgaaataaaataaaataaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=-143.000000
s hg19.chr21     17582022   19 +  48129895 aaaTTCTGGGAACCCAAAA
s ponAbe2.chr21  15900419   19 +  48394510 aaaTTCTAGGAACCCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16309976   19 +  46489110 aaaTTCTGGGAACCCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=118290.000000
s hg19.chr21     17582041   57 +  48129895 GAGATGGGTAGAATAGGAAGATTCACCTTTTAAAAGTGCATTCTGAGGGAAAGGAAC
s ponAbe2.chr21  15900438   57 +  48394510 GAGATGGATAGAATAGGGAGACTCGCCTTTTAAAAGTGCATTCTGAGGTAAAGGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16309995   57 +  46489110 GAGATGGGTAGAATAGGAAGACTCGCCTTTTAAAAGTGCATTCTGAGGGAAAGGAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=280909.000000
s hg19.chr21     17582098   91 +  48129895 GTGATAACTTGACAGAGATGTTTGACTGCTCCTCCTTCTGAATCCCCTGCTAAAAACTTCAGCTGACAGTTTCAGTCTCACCCAGTTCAAG
s ponAbe2.chr21  15900495   91 +  48394510 GTGATAACTTGGCAGAGGTGTTTGACTGCTCCTGCTTCTGGATCCCCTGCTAAAAGCTTCAGCTGACAGTTTCCATCTCACCCAGTTCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16310052   91 +  46489110 GTGATAACTTGGCAGAGATGTTTGACTGCTCCTCCTTCTGAATCCCCTGCTAAAAGCTTCAGCTGACAGTTTCAGTCTCACCCAGTTCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165729818 1056 - 196418989 M

a score=368014.000000
s hg19.chr21     17582189  99 +  48129895 GGCAAAGGCTACTGGG-CCAGTGGCTCATCGACTTATTGTTTCCAGGGGAGACGTAAGACAGTCTGGAGGATGAGGAGTTAGTCTGGAAAAGTGAAGAGG
s panTro2.chr21  16310143  99 +  46489110 GGCAAAGGCTACTGGG-CCAGTGGCTCATCGACTTATTGTTTCCAGGGGAGACGTAAGACAGTCTGGAGGATGAGGAGTTAGTCTGGAAAAGTGAAGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15900586 100 +  48394510 GGTAAAGGCTACTTTACCCAGTGGCTCATTGACTTACTGTTTCCAGGGGAGACATAAGACAGTCTGGAGGATGAAGAGTTAGTTTGGAAAAGTGAAGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165730874  96 - 196418989 GGCAAAGGCTACTGGG-CCAGTGACTCATTGACTTCCTGTTTTCAGGGGAGAAGCAAGACAGTCTGGAGGAT---GGGTTAGCTTGGAACAGTGAGGAGG
i rheMac2.chr3  M 1056 C 0

a score=95444.000000
s hg19.chr21     17582288 28 +  48129895 GCCTGCTATAGATACAGAAACTGATGGG
s panTro2.chr21  16310242 28 +  46489110 GCCTGCTATAGATACAGAAACTGATGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15900686 28 +  48394510 GCCTGCTATAGATACAGAAACTGATGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165730970 28 - 196418989 GCCTGCTGTAGATACAGGAACTGATGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=448747.000000
s hg19.chr21     17582316 195 +  48129895 TAGCATCCATAGTTGGAGCACAGGTGCAGAGGGTGTGTTCCTCTGACACAGGGCAACTTGTGGTGGAGTTTGACTTAGAAGTGAGATTGTTTGGGGGATGAAAAGGGAAAGATAGATATGAAAAGAAAATTTCCAAATAGCAAATATATTGGTCTTCTGCTGAAAATGGCTAGAACGGACATATAAACTCTGAGA
s panTro2.chr21  16310270 195 +  46489110 TAGCATCTATAGTTGGAGCACAGGTGCAGAGGGTGTGTTCCTCTGACACAGGGCAACTTGTGGTGGAGTTTGACTTAGAAGTGAGATTGTTTGGGGGATGAAAAGGGAAAGATAGATATGAAAAGAAAATTTCCAAATAGCAAATATATTGGTCTTCTGCTGAAAATGGCTAGAACGGACATATAAACTCTGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15900714 194 +  48394510 TAGCATCCATAGTTGGAGCACAGGTGCAGAGGGTGTGTTCCTCTGACATAGTGCAACTTGTGGTGGAGTTTGACTTAGAAGTGAGATTGTTTGGGGGATGAAAAGGGAAAGATAGATATGAAAAAAAAA-TTCCAAATATCAAATATATTGGTCTTCTGCTGAAAATGGCTAGAATGGACATATAAACTCTGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165730998 191 - 196418989 CAGCAGCCCTAGTTGTAGCACAGGTGCAGAGGGTGTGTTCCTCTGATGCAGGGCGACTTGTGGTGGAGTTTGACTTAGAACTGAGATTGTTTGGGGCATGAAAAGGGAA----AGATATGAAAAGAAAATTTCCAAATATCAAATATATTGGTCTTCTGCTGAAAATGGCTAGAAAGGACATATAAACTTTGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=229242.000000
s hg19.chr21     17582511 55 +  48129895 AACAGGAAATTCAGGAAAGGAGCTAATGGTAGAGAGACTAGAGGAGCTTAGTTTG
s panTro2.chr21  16310465 55 +  46489110 AACAGGAAATTCAGGAAAGGAGCTAATGGTAGAGAGACTAGAGGAGCTTAGTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15900908 55 +  48394510 AACAGGAAATTCAGGAAAGGAGCTAATGGTAGAGAGACTAGAGGAGCTTAGTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731189 53 - 196418989 AACTGGAAATTCAGGAAAGGAGCTAACGAT--AGAGACTAGAGGAGCTTAGTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=400820.000000
s hg19.chr21     17582566 106 +  48129895 GGAAATAATAAGTTTGTGAGGGGTGATAAGAAAGCCGAGAGGCAAGTCCTTTTGGCAGTTGCAAGCAATGAAGGAGAGAAGTCAAACCTGGAGATGCGTATTTTAA
s panTro2.chr21  16310520 106 +  46489110 GGAAATAATAAGTTTGCGAGGGGTGATAAGAAAGCCGAGAGGCAAGTCCTTTCGGCAGTTGCAAGCAATGAAGGAGAGAAGTCAAACCTGGAGATGTGTATTTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15900963 106 +  48394510 GGAAATAATAAGTTTGTGAGGGGTGATAAGAAAGCCGAGAGGCAAGTCCTTTCGGCAGTTGCAAGCAACGAAGGAGAGAAGTCAAACCTGGAGATGTATATTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731242 106 - 196418989 GGAAATAATGAGTTTGTGAGGGGTGGTAAGAAAGCCGAGAGGCAAGTCCTTTCAGCAGTTGCAAGCGATGAAGGAGAGAAGTCAGACCTGGAGATGTATATTTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=264107.000000
s hg19.chr21     17582672 112 +  48129895 GAGCCTATCTCAAATGTGCAGATCATACTGGTTTTCATATATGATTTTAAAAAAAGTTAAGAAAACATACGTTCTTTAAAATGCAATAAGGTTGTATAATATTCTCTCTGGA
s panTro2.chr21  16310626 112 +  46489110 GAGCCTATCTCAAATGTGCAGATCATACTGGTTTTCATATATGATTTTAAAAAAAGTTAAGAAAACATACGTTCTTTAAAATGCAATAAGGTTGTATAATATTCTCTCTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901069 112 +  48394510 GAGCATATCTCAAATGTGCAGATCATACTGGTTTTCATATGTGATTGAAAAAAAAGTTAAGAAAACATATGTTCTTTAAAATGCAATAAGGTTGTATAATATTCTCTCCAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731349 112 - 196418989 GAGCATATCTAAAATGTGCAGATCGCACTGGTTTTCATATGTGATTTTTAAAAAGTTAAAAAAAACATGTGTTCTTTAAAATGCAATAAGGTTGTATAATATTCTCTCTGGA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=434628.000000
s hg19.chr21     17582784 74 +  48129895 CCAGTAATTCACACAGCCATCACAACACAAGTAAAACATGCTAATATCTTCTGGTAAACTACCTTTCACAATTC
s panTro2.chr21  16310738 74 +  46489110 CCAGTAATTCACACAGCCATCACAACACAAGTAAAACATGCTAATATCTTCTGGCAAACTACCTTTCACAATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901181 74 +  48394510 CCAGTAACTCACACAGCCATCACAACACAAGTAAAACATGCTAATATCTTCTGGTAAACTACCTTTCACAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731461 74 - 196418989 CCAGTAACTCACACAGCCATCACAACATAAGTAAAACATGCTAATATCTTCTGGTAAGCTACCTTTCACACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=109623.000000
s hg19.chr21     17582858 37 +  48129895 AATTAGATAGGTATTGTACCAGCTCCATTTCTTAATG
s panTro2.chr21  16310812 37 +  46489110 AATTAGATAGGTATTGTACCAGCTCCATTTCTTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901255 37 +  48394510 AATTAGATAGGTATTGTACCAGCTCCATTTCTTAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731535 37 - 196418989 AATTAGATAGGTTGTGTACGAGCTCCATCTCTTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150585.000000
s hg19.chr21     17582895 32 +  48129895 TGTTCGTTTATCTCAAATGCAACAGTGTGGTA
s panTro2.chr21  16310849 32 +  46489110 TGTTCGTTTATCTCAAATGCAACAGTGTGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901292 32 +  48394510 TGTTCATTTATCTCAACTGCAGCAGTGTGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731572 32 - 196418989 TGTTCGTTTATCTCGAATGCAACAGTGTGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=134939.000000
s hg19.chr21     17582927 35 +  48129895 GGATTGTATGTGCCTGGAGACCCTGAGCATAGAAA
s panTro2.chr21  16310881 35 +  46489110 GGATTGTATGTGCCTGGAGACCCTGAGCATAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901324 35 +  48394510 GGATTGTATGTGCCTGGAGACCCTGACCATAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731604 35 - 196418989 GGATTGTATGTGCCTGGAGATCCTGAGCATAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=596013.000000
s hg19.chr21     17582962 138 +  48129895 CAGGGGAGAAGAGAAAT-GCATTAATAAGTACAAGGCTTAAACTAAATATAAAGAATTTCAATATCACGAACATATAATAGCTttaatcatgcttgttctcaaacattatttatggcagtggtttatgtgattttactt
s panTro2.chr21  16310916 138 +  46489110 CAGGGGAGAAGAGAAAT-GCATTAATAAGTACAAGGCTTAAACTAAATATAAAGACTTTCAATATCACGAACATATAATAGCTTTAATCATGCTTGTTCTCAAACATTATTTATGGCAGTTGTTTATGTGATTTTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901359 138 +  48394510 CAGGGGAGAAGAGAAAT-GCATTAATAAGTACAAGGCTTAAACTAAATATAAAGAATTTCAATATCACAAACATATAATAGCTTTAATCACgcttgttctcaaacattatttatggcagttgcttatgtgattttactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731639 139 - 196418989 CAGGGCAGAAGAGAAATGGCGTTAATAAGTACAAGGCTTAAACTAAATATAAAGAATTTCAATATCACAAACATATAATAGCTTCGATTATGCTTGTTCTCAAACCTTATTTATGGCAGTTGTTTATGTGATTTTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=397564.000000
s hg19.chr21     17583100 140 +  48129895 aattaaaaattaggtaaactgatttttaaaaatgtatatataaagaaagcaagctattatttctttgaaaactgagcttttgctttggcaagtcttgataaaagtaagtctctaagaagtatttccattgcataaagtat
s panTro2.chr21  16311054 140 +  46489110 AATTAAAAATTAGGTAAACTGATTTTTAAAAATGTATATATAAAGAAAGAAAGCTATTATTTCTTTGAAAACTGAGCTTTTGCTTTGGCAAGTCTTGATAAAAGTAAGTCTCTAAGAAGTATTTCCATTGCATAAAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901497 140 +  48394510 aattaaaaattaagtaaactgatttttaaaaatgtatatataaagaaagaaagctgttatttttgtgaaaactgagcttttgctttggcaagtcttgataaaagtacatttctaagaaatatttccattgaataaagtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165731778 140 - 196418989 AATTAAAAATTAGGTGAAATGATTTTTAAAAATGAATATATAAAGAAAGAAATCTGTTATTTCTTTGAAAGCTGAACTTTTGCTTTGGCAAGTCCTGATAAAAGTAAGTTTCTAAGAAATATTTCCATTGAATAAAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=339496.000000
s hg19.chr21     17583240 139 +  48129895 ggacaatacaaatgtaaaagactacacaaattataaaaattcagatgtctgtactgaaatttttttctctagtgactaaattctccattcatttaaaaatatattaaattcaaaa-ttattgatggggcaGTTTATACAC
s rheMac2.chr3  165731918 140 - 196418989 GGGCCATACAAATGTAAAAGACTACACAAATTGTAACAATTCGGATGTCTGTACTGAAATTCTTTTCTCTAGTGACTAAATTCTCCATTCATTTAAAAATATATTAAATTCAAAAGTTATTGATGGGACAGTTTATACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901637 139 +  48394510 gggcaatataaatgtaaaagactacacaaattatagaatttcagatgtctgtactgaaatttttttctctagtgactaaattctccattcatttaaaaatatattaaattcaaaa-ttattgatgGGACAGTTTATACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16311194 139 +  46489110 GGACAATACAAATGTAAAAGACTACACAAATTATAAAAATTCAGATGTCTGTACTGAAATTTTTTTCTCTAGTGACTAAATTCTCCATTCatttaaaaatatattaaattcaaaa-ttattGATGGGACAGTTTATACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=193705.000000
s hg19.chr21     17583379 58 +  48129895 AAAAAGCAATAGCAATAAAATTATGCTTGATGGGCACACAGGTAAAGAAAACTTTAAC
s panTro2.chr21  16311333 58 +  46489110 AAAAAGCAATAGCAATAAAATTATGCTTGATGGGCACACAGGTAAAGAAAACTTTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901776 58 +  48394510 AAAAAGCAATAGCAATAAAATTATGCTTGATGGGCACACAGGTAAAGAAAACTTTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732058 58 - 196418989 AAAAGGCAATAGCAATAAAATTATGCTTGATGGGCACACAGGTAAAGAAAACTTTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-41562.000000
s hg19.chr21     17583437 32 +  48129895 TATATAAATATACACATATATACATATGTCTA
s rheMac2.chr3  165732116 32 - 196418989 CACAGAAATATATACATATATACATATGTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901834 32 +  48394510 tatataaatatatacatatatacatatgtcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16311391 32 +  46489110 TATATAAATATACACATATATACATATGTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=648279.000000
s hg19.chr21     17583469 101 +  48129895 CATTAATAACATTATTTATTATAGTCTCCATTGTAATAATTGGCTGACCAATCAGCAGACTTGCTGTGTTATAAGGATATATCAGCTGATGTAATAGATAA
s panTro2.chr21  16311423 101 +  46489110 CattaataatattatttattataGTCTCCATTGTAATAATTGGCTGACCAATCAGCAGACTTGCTGTGTTATAAGGATATATCAGCTGATGTAATAGATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901866 101 +  48394510 catTAATAACGTTATTTATTGTCGTCTCCATTGTAATAATTGGCTGACCAATCAGCAGATTTGCTGTGTTATAAGGATATATCAGCTGATGTGATAGATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732148 101 - 196418989 CATTAATAACATTATTTATTATAGTCTCCATTATAATAATTGGCTGACCAATCAGCAGACTTGCTGTGTTATAAGGCTGTATGAGCTGATGTAATAGATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=541525.000000
s hg19.chr21     17583570 132 +  48129895 AACCCCAGCTTCTTAGAGGTTCAGAGCTTGTTCAGATTACAATCCACGCAGTATGCCTTGGACAGTTTTTTACTCCCTGattcaaagactgaagttctttccatcttgtagctccaccaATAGCAACTTCCA
s panTro2.chr21  16311524 132 +  46489110 AACCCCAGCTTCTTAGAGGTTCAGAGCTTGTTCAGATTACAATCCACGCAGTTTGCCTTGGACAGTTTTTTACTCCCtgattcaaagagtgaagttctttccatcttgtagctccaccaATAGCAACTTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15901967 132 +  48394510 AACCCCAGCTTCTTAGAGGTTCAGAGCTTGTTCAGATTACAATCCATGAAGTATGCCTTGGACAGTTTTTTACTCCCTGattcaaagacttaagttctttccatcttgtagctctaccaGTAGCAACTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732249 132 - 196418989 AACCCCAGCTTCGTAGAGGTTCAGAGCTTGTTCAGATTACAATCCATGCAGTATGCCTTGAACAGTTTTTTACTCCCtgattcaaaggcttaagttctttccatcttgtagctccaccaGTAGCAACTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306424.000000
s hg19.chr21     17583702 58 +  48129895 CAGTTGCTATTGAAGTATTAGTTCACAcatggggaaattttatggtctggacctggag
s panTro2.chr21  16311656 58 +  46489110 CAGTTGCTATTGAAATATTAGTTCAcacatgggaaaattttatggtctggacctggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902099 58 +  48394510 CAGTTGCTATTGAAGTATTAGTTCACAcatgggaaaattttatggcctggacctggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732381 58 - 196418989 CAGTTGCTATTGAAGTATTAGTTCAcacgtgggaaaattttacggtctggaactggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212221.000000
s hg19.chr21     17583760 34 +  48129895 cagacccatatatactccactcttcagtgcccag
s panTro2.chr21  16311714 34 +  46489110 cagacccatatatactccactcttcagtgcccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902157 34 +  48394510 cagacctatatatactccactcttcagtgctcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732439 34 - 196418989 caaatccatacatactccactcttcagagctcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=699385.000000
s hg19.chr21     17583794 56 +  48129895 ccacatggccataccttgctcaggtgaatctgggcaatgtcatctctctgtgtccc
s panTro2.chr21  16311748 56 +  46489110 ccacatggccataccttgctcaggtgaatctgggtaatgtcatctctctgtgtccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902191 56 +  48394510 ccacatggccataccttgctcaggtgaatctgggcaatatcatctctctgtgtccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732473 56 - 196418989 ccacatggccataccttgctcaggtgaatctgggcaatgtcatctctctgtgtccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=15005.000000
s hg19.chr21     17583850 10 +  48129895 TCATGAGAGC--------------
s rheMac2.chr3  165732529 24 - 196418989 TCCTAAGAGCCACCAGCACTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902247 10 +  48394510 TCATAAGAGC--------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16311804 10 +  46489110 tcatgagAGC--------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=714906.000000
s hg19.chr21     17583860 106 +  48129895 CAGATAACACACGTAGGATAACTTTGGTTGTATGTACAAACTCTGAGCCAGGCACTGTGGAGAGCACTTCTACAACCAGTATACATTTTCTACCCTCTAGATTCTT
s panTro2.chr21  16311814 106 +  46489110 CAGATAACACACGTAGGATAACTTTGGTTGTATGTACAAACCCTGAGCCAGGCACTGTGGAGAGCACTTCTACAACCAGTATACATTTTCTACCCTCTAAATTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902257 105 +  48394510 CAGATAACACATGTAGGATAACTTTGGTTGTATGTAT-AACTCTGAGCCAGGCACTGTGGAGAGCACATCTACAACCAATACACATTTTCTACCCTCTAAATTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732553 106 - 196418989 CAGATAACACACAGAGGATAACTTTTGTTGTTTGTACAAACTCTGAGCCAGGCACTGTGGAGAGCACATCTACAGCCAGTACACATTTTCTACCCTCTAAATTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=702424.000000
s hg19.chr21     17583966 92 +  48129895 AGTAGTTACGGAACAGAACTTTCCGTAAGTCAGTGTTAATGCAAGGCTGGATTTATTAGCTTATACAGTAGAGGGATAAAGACTTTCTCATA
s panTro2.chr21  16311920 92 +  46489110 AGTAGTTATGGAACAGAACTTTCCATAAGTCAGTGTTAATGCAAGGCTGGATTTATTAGCTTATACAGTAGAGGGATAAAGACTTTCTCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902362 92 +  48394510 AGTAATTATGGAACAGAACTTTCCATGAGTCAATGTTAATGCAAGGCCGGATTTATTAGCTTATGCAGTAGAGGGATAAAGACTCTCTCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732659 92 - 196418989 AGTAGTTATGGAACAGAACTCTTCATAAGTCAATGTTAATGCAAGGCCAGATTTATTAGCATTTATAGTGGAGGGATAAAGACTGTCTCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=963309.000000
s hg19.chr21     17584058 91 +  48129895 AGGAGAAACTTTTTGCAAGGGGCAGTATTGGAACAGAGCTTGAAGCATAGGCAGGGACTCGTCATCAGCAGAGATAGAGGCTACAGCATGA
s panTro2.chr21  16312012 91 +  46489110 AGGAGAAACTTTTTGCAAGGGGCAGTATTGGAACAGAGCTTGAAGCATAGGCAGGGACTCGTCATCAGCAGAGATAGAGGCTACAGCATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902454 91 +  48394510 AGGAAAAACTTTTTGCAAGGGGCAGTATCGGAGCAGAGCTTGAAGCATAGGCAGGGACTTGTCATCAGCAGAGATAGAGGCTACAACATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732751 91 - 196418989 AGGAAAATCTTTTTGCAAGGGGCAGTATTGGAGCAGAGCTTGAAGCATAGGCAGGGACTCATCAGCAGCACAGATAAAGGTTGCAGCATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=720358.000000
s hg19.chr21     17584149 74 +  48129895 AAAGTGACATGACAACAGGAAACTATAAAATGGCCAGAGATGAGATTCTATGATAGGGGCAGAGATAAAGATAT
s panTro2.chr21  16312103 74 +  46489110 AAAGTGACATGACAACAGGAAACTATAAAATGGCCAGAGATGAGATTCTATGATAGGGGCAGAGATAAAGATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902545 73 +  48394510 GAAGTGACATGACAACAGGAAGCTATAAAATGGCCAGAGATGAGATTCTATGAT-GGGGCAGAGATAAAGACGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732842 74 - 196418989 AAAGTGACATGACAACAGGAAACTATAAAATGGCCAGAGAAGAGATTCTATGATAGGGGCAGAGATAAAGATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=765987.000000
s hg19.chr21     17584223 65 +  48129895 CTGAAAGATATTTGTGGACTATCACATGACAGGCCTTAAGCACCCTATTTATAGTTCAGGAGTCA
s panTro2.chr21  16312177 65 +  46489110 CTGAAAGATATTTGTGGACTATCACATGACAGGCCTTAAGCACCCTATTTATAGTTCAGGAGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15902618 65 +  48394510 CTGAAAGATATTTGTGGACTATCACATGACAAGCCTTAAGCACCCTATTTATAGTTCAGGAGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165732916 65 - 196418989 CTGAAAGATATTTGTGGACTATCACATGACAGGCCTTAAGCACCCTATTTATAGTTCAGGAGTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306139.000000
s hg19.chr21     17584288 21 +  48129895 CTTCAAAATCTTCAGCAAATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165733803 95 - 196418989 TAAACGTTTGAGGAGTGAAATAGCCTCTTATATTCCCATTAGACCTAGCAACAACTTACCACAATGTAAAACATCAAATAGTGTTGATTGTAGAA
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s hg19.chr21     17585200 45 +  48129895 TATGTGAAGTCTCATTTTCAGGTATTTGACTTAAGAATATTTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15903593 45 +  48394510 TATGCAAAGTCTCATTTTCAGGTATTTGACTTAAGAAGATTTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165733943 100 - 196418989 ACTGGCAGCCCAGACTGTTAGTCCTTCAAGAAGATAGCCTAACTCTTGTCAAGGTCAGAATGAAAGATCCTCCTCAACTCCCTCAGAGAAGGGGTCACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=372734.000000
s hg19.chr21     17585345 24 +  48129895 AGTTTAGATGACAGCCATAGAGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1207549.000000
s hg19.chr21     17585369 97 +  48129895 ATAATTAACATGTAACTTTTAGATTGATAATTTAAATTATTCCAACTTTCAGAAAAATTGTCTTACTACCCTCAAACATATTATGTGCTATGTATAA
s panTro2.chr21  16313322 97 +  46489110 ATAATTAACATGGAACTTTTAGATTGATCATTTAAATTATTCCAACTTTCAGAAAAATTGTCTTACTCCCCTCAAACATATTATATGCTATGTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15903762 97 +  48394510 ATCATTAACATGTAACTTTTAGATTGATAATTTAAATTATTCCAACTTTCAGAAAAATTGTCTTACTCCCATCAAACATATTGTATGCTATGTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734067 97 - 196418989 ATAATTAACATGTAAGTTTTAGGTCGATAATTTAAATTATTCCAACTTTCAGAAAAATTGTCTTACTCCCATCAAACGTATTGTATGTTATGTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=873581.000000
s hg19.chr21     17585466 81 +  48129895 TTGTTAAGCTTAGAATGGCAATTGGAAATATAGTGTGGTAGCAGAATTCAAGTGGAAGTGCATTAATTGTAATAAAAAATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15903859 81 +  48394510 TTGTTAAGCTTAGAATGGCAATTGGAAATATAGTGTAGTAGCAGAATTCAAGTGAAAGTGCGTTAATTGTAATAAAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734164 76 - 196418989 TTGTTAAACT--AAATGGCAATTGGAAATAGAGTGGAGTAGCAGAATTCAAGTGAAAGTG-ATTAATTGTAATACAAAA--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17585547 21 +  48129895 GTATCTAATCATGTGGTTTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=362038.000000
s hg19.chr21     17585568 44 +  48129895 TGTTATAATGGGTAGTAGTATTTATGTGCTCTTTAAACACTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=405745.000000
s hg19.chr21     17585612 38 +  48129895 ATCTAAGGTGTAGGTTTCCTTTCAATAATGGATACATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=235458.000000
s hg19.chr21     17585650 65 +  48129895 CCAAAAATATTTAAAAGGGAAGAAAAAGACATATTAAACGTGTTTGAAATTTACTTTTATTATTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734341 57 - 196418989 ACAAAAATATTTAAAAGAGAAGAAGAAGACATAGTAAACATGTTTGAAATTTACTTT--------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=349641.000000
s hg19.chr21     17585715 41 +  48129895 CCTACTCGTTGATGGTATTGAGAGAGTGAAGAAAATTTTGA
s panTro2.chr21  16313668 41 +  46489110 CCTACTCGTTGATGGTATTGAGAGAGTGAAGAAAATTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904108 41 +  48394510 CCTACTCATTGATGATATTGAGAGAGTGAAGAAAATTTTGA
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a score=302280.000000
s hg19.chr21     17585756 41 +  48129895 TTAAGCAAGAGGAAAAAGGAC---TAAGTTACCAGAAAATATGG
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s panTro2.chr21  16313750 58 +  46489110 GTTTTAGCTTAGTTTCCCTCCTTATTGGCCATGAAACTTGTC-TGAGTTTTTAGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904193 58 +  48394510 gttttagcttagtttctctcctttttggccatgaaacttgtc-tgagtttttagttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734481 59 - 196418989 GTTTTAGCTTAGTTTCCCTCCTTGTTGGCCATGAAACTTGTCTTAAGTTTTTAGTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=425749.000000
s hg19.chr21     17585855 89 +  48129895 ATCCA-CataaccattctatccacttcacagagttattttgagggccaaatTATTACATGTTTTACATACACAAACAGTGTATAAAATCA
s panTro2.chr21  16313808 90 +  46489110 ATCCATCATAACCATTCTATCCACTTCACAGAGTTATTTTGAGGGCCAAATTATTACATGTTTTACATACACAAACAGTGTATAAAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904251 90 +  48394510 atcaatcataaccgttctatccacttcacacagttattttgagggccaaatTATTACATGTTTTACATACACAATGAGTGTATAAAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734540 90 - 196418989 ATCCATAACAACCATTCtatccacttcacagagttattttgaggaccaaattattgcatgtTTTACATACACAAACAGTGTATAAAATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-52413.000000
s hg19.chr21     17585944 16 +  48129895 TTTCCCTTCTGAGGTC
s panTro2.chr21  16313898 16 +  46489110 TTTCCCTTCTGAGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904341 16 +  48394510 TTTCCCTTCTGAGGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734630 16 - 196418989 TTTCCCTTCTGAGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464403.000000
s hg19.chr21     17585960 116 +  48129895 ACTCTAGTATTTTTATAACATCATGGCTTAACTCCACTGACATAAATCCCATGGCCTATTGTTGCGACTTTCTGATCACTCATGAGTCTGTAGAGGAGTCTTGGTCCTCAGCCTAC
s panTro2.chr21  16313914 116 +  46489110 ACTCCAGTATTTTTATACCATCATGGCTTAACTCCACTGACATAAATCCCATGGCCTATTGTTGTGACTTTCTGATCACTCATGAGTCTGTAGAGGAGTCTTGGTCCTCAGCCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904357 109 +  48394510 ACTCCAGTATTTTCATACCATCATGGCTTAACTCCACTGACATAAATCCCATGGCCTATTGTTGTGACTTTCTGATCACTCATGAGTCTGTAGAGGAGTCTTGGTCCTC-------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 188
s rheMac2.chr3  165734646 109 - 196418989 ACTCCAGTATTCTTATACCATCATGGCTTAACTCCACTGACATAAATGCCATGGCCTATTGTTGTGACTTTCTGATCACTCATGAGTCTGTAAAGGAGTCTTGGTGCTC-------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-157301.000000
s hg19.chr21     17586076 45 +  48129895 CGATGAGTCTGTAGAGG-------------------------------------TGTCTTGGTCCTCAGCCTACCAGTCTCG
s ponAbe2.chr21  15904654 45 +  48394510 CAATGAGTCTGTAGAGG-------------------------------------AGTCTTGGTCCTCAGCCTACCGGTCTCT
i ponAbe2.chr21 I 188 C 0
s panTro2.chr21  16314030 82 +  46489110 CGATGAGTCTGTAGAGGAGTCTTGGTCCTCAGTCTACCGATGAGTCTGTAGAGGTGTCTTGGTCCTCAGCCTACCGGTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734755 15 - 196418989 -------------------------------------------------------------------AGCCTACTGGTCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199566.000000
s hg19.chr21     17586121 21 +  48129895 GCTTTTAACACCTGGGAGAAT
s rheMac2.chr3  165734770 21 - 196418989 GCTTTTACCACCTGGGAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904699 21 +  48394510 GCTTTTAACACCTGGGAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16314112 21 +  46489110 GCTTTTAACACCTGGGAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=274843.000000
s hg19.chr21     17586142 34 +  48129895 GATACAATTCCAGCAATTCAGTAAGGTAAAATAT
s panTro2.chr21  16314133 34 +  46489110 GATACAATTCCAGCAATTCAGTAAGGTAAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904720 34 +  48394510 GATACAATTCCTGCATTTCAGTAAGGTAAAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734791 34 - 196418989 GATACAATTCCAGCATTTCAGTAAGGTGAAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110527.000000
s hg19.chr21     17586176 76 +  48129895 TAGGGCAATGACTGAGAT---AAAAAAAAAAAGAAAGAATATAAGTTTTACCCTATAATTGGTTGCTGCCAAAGGATTA
s rheMac2.chr3  165734825 77 - 196418989 TAGGGCAGTGACCAAGATAAAAAAAAAAAAAAGATAGAATATAA--CTTACCCAATAATAGGTTGCTGCCAAAGGATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904754 72 +  48394510 TAGGGCAATGACCGAGAT------AAAAAAAAGAAAGAATATAA-TTTTACCCTATAACTGGTTGCTGCCAAAGGATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16314167 78 +  46489110 TAGGGCAATGACTGAGAT-TAAAAAAAAGAAAGAAAGAATATAAGTTTTACCCTATAATTGGTTGCTGCCAAAGGATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=326014.000000
s hg19.chr21     17586252 46 +  48129895 TTTTTCTACATTGCAATTCTTATTACATCACACCACTCTACTTAAA
s rheMac2.chr3  165734902 46 - 196418989 TTTTTCTATATTGCAATTCTTATTACATCACACCACTCTACTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904826 46 +  48394510 TTTTTCTACATTGCAATTCTTATTACATCACACCACTCTACTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16314245 46 +  46489110 TTTTTCTACATTACAATTCTTATTACATCACACCACTCTACTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1501453.000000
s hg19.chr21     17586298 160 +  48129895 ATTATCTGTTAATG--TTTTTTCAAGTCTCTTGGTTTTTGATTTTGGCATTTCTTCAAATCTATCTCATGTACTAGAATCTGTGATTTGAGAATTTAGGCTGAAAATGTGTAAGAATCAGGTGCTCTTGTTAAATTTTGTTGAGTTGGAATAAAACCACAAC
s panTro2.chr21  16314291 160 +  46489110 ATTATCTGTTAATG--TTTTTTCAAGTCTCTTGGTTTTTGATTTTGGCATTTCTTCAAATCTATCTCATGTACTAGAATCTGTGATTTGAGAATTTAGGCTGAAAATGTGTAAAAATCAGGTGCTCTTGTTAAATTTTGTTGAGTTTGAATAGAACCACAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15904872 162 +  48394510 ATTATCTGTTAATGTTTTTTTTTAAGTCTCTTGGTTTTTGATTTTGGCATTTCTTCAAATCTATCTCATGTGCTAGAATCTGTGATTTGAGAATTTAGGCTGCAAATGTGTAAGAATCAGGTGCTCTTGTTAAATTTTGTTGAGTTTGAATAAAACCACAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165734948 159 - 196418989 ATTATCTGTCTATG---TTTTTCAAGTCTCTTGGTTTTAGATTTTGGCATTTCTTCAAATCTATCTCACATACTAGAATCTGTGATTTGAGAATTTAGGCTGAAAATGTGTAAGAATTAGGTGCTCTTGTTAAATTTCGTTGAATTCAAATAAAACCACAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67508.000000
s hg19.chr21     17586458 10 +  48129895 AGAATACTTT
s panTro2.chr21  16314451 10 +  46489110 AGAATACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905034 10 +  48394510 AGAATACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735107 10 - 196418989 AAAATACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=127985.000000
s hg19.chr21     17586468 40 +  48129895 TGAGTTTTTAAAAAATAAA------CTCCCACTGATTTTTAAATAG
s panTro2.chr21  16314461 46 +  46489110 TGAGTTTTTAAAAAATAAAGATAAACTCCCACTGATTTTTAAATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905044 46 +  48394510 TGAGTTTTTAAAAAATAAAGATATACTCCCACTGATTTTTAAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735117 46 - 196418989 TGAGTTTTTTAAAAATAAAGATAAACTCCCACTGATTTTTAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-577863.000000
s hg19.chr21     17586508 145 +  48129895 TATGCACTTGGAGGGAAAATTTTTATTTTGTTTTGCTATGCCTCATCACCATTTCTTTTGCTCTGCAGGACAGTACTACAGAAGGACTAAGTATATAGGAAACTTGACTTATTTAAATAAGGCAGTGAAAAAAATAGAATATGGG
s panTro2.chr21  16314507 145 +  46489110 TATGCACTTGGAGGGAAAATTTTTATTTTGTTTTGCTATGCCTCATCACCATTTCTTTTGCTCTGCAGGACAGTACTACAGAAGGACTAAGTATATAGGAAACTTGACTTATTTAAATAAGGCAGTGAAAAAAATAGAATATGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905090 145 +  48394510 TACGTGCTTGGAGGGAAAATTTTTATTTTGTTTTGCTATGCCTCATCACCATATCTTTTGCTCTGCAGGACAGTATTACTGAAGGACTAAGTATTTAGGATACTTGACTTATTTAAATAAGGCAGTGAAAAAAATAGAATATGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735163 145 - 196418989 TAGGCACGTGGAGGGAAAAGTTTTATTTTGTTTTGGTATTCCTCATCACCATTTCTTTTGCTCTGCAGGGCAGCACTACAGAAGGACTAAGTATTTAGGACACTTGACTTATTTAAATAAGACAGTGAAAAAAGTAGAATATGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=421020.000000
s hg19.chr21     17586653 55 +  48129895 GAGTAAAACAACCTCTGAAGCTAAGTCTGCATATATAATAACTGGGTAAGTCTTT
s panTro2.chr21  16314652 55 +  46489110 GAGTAAAACAACCTCTAAAGCTAAGTCTGCATATATAATAACTGGGTAAGTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905235 55 +  48394510 GAGTAAAACAACCTCTGAATCTAAGTCTGCATATATAATAACTGGGTAAATCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735308 55 - 196418989 GAGTAAAACAACCTCTGAATCTAAGTTTGCATATATAATAACTGGGTAAGTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=375686.000000
s hg19.chr21     17586708 48 +  48129895 CAGTGAGTTTATTGATTAGTAACAGGGGTTTGATACGTAAAACAGAGC
s panTro2.chr21  16314707 41 +  46489110 TAGTGAGTTTATTGGCTAGTAAAAT-------ATGCGTAAAATAGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905290 46 +  48394510 TAGTGAGTTTATTGGCTAGTAACGG--GTTTGATGCGTAAAATAGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735363 48 - 196418989 TGGTGTGTTTATTGGGTAGTAACAGGGGTTTGATGTGTAAAATAGAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=672632.000000
s hg19.chr21     17586756 62 +  48129895 AAATTGCATATAG-GTATGATTTGAATGGGCTAACATACTTACAATTAATATAAAATATTTCC
s panTro2.chr21  16314748 62 +  46489110 AAATTGCATATAG-GTATGATTTGAATGGGCTAACATACTTACAATTAATATAAAACATTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905336 62 +  48394510 AAATTGCATATAG-GTATGATTTGAATGGGCTAACATACTTACAATTAATATAAAACATTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735411 63 - 196418989 AAATTTCATATAGCCCATGATTTGAATGGGCTAACATACTTATTATTAATATAAAACATTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=389304.000000
s hg19.chr21     17586818 48 +  48129895 AGATTAAGAATTATAAGCACACATTAAAATAAGAATAAAGAAACTTTT
s panTro2.chr21  16314810 48 +  46489110 AGATTAAGAATTATAAGCACACATTAAAATAAGAATAAAGAAACTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905398 48 +  48394510 AGATTAAGAATTATAAGCACACATTAAAATAAGAATAAAGGAACTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735474 47 - 196418989 AGATTAAGAATTATAAGCACACATTAAAATAAGAATAAATAAA-TTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=466124.000000
s hg19.chr21     17586866 84 +  48129895 TCAGGTGTCTTGAAGACCCTGAAGGATTTAGTGAGTCATCAGTGAGACATATTAATAAGGATGAGTATATGTATGAGTACCTGT
s panTro2.chr21  16314858 84 +  46489110 TCAGGTGTCTCGAAGACCCTGAAGGATTTAGTGAGTCATCAGTGAGACATATTAATAAGGATGAGTATGTGTATGATTACCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905446 84 +  48394510 TCAGGTGTCTTGAAGGCCCTGAAGGATTTAGCGAGTCATCAGTGAGACATATTCATAAGGATGAGTATATGTATGAGTACCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735521 84 - 196418989 TCAGGTGTCTTGAAGATCCTGAAGGATTTGGTGAGTCATCAGTGAGACATATTAATAAGAATGAGTATATGTATGAGTACCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-222710.000000
s hg19.chr21     17586950 50 +  48129895 TGGGTTTGTTTTCCTATCGTTTTTTCACTC-TAAGTAGTAGCATGTAttt---------t
s panTro2.chr21  16314942 50 +  46489110 TGGGTTTGTTTTCCTATTGTTTTTTCACTC-TAAGTAGTAGCATGTAttt---------t
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905530 50 +  48394510 TGGGTTTGTTTTCCTATCCTTTTTTCACTC-TAAGTAGTAGGATGTAttt---------t
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735605 60 - 196418989 TGGGTTTATTTTCCTATCCTCTTTTCACTCTTACGTAGTAGGATGTATTTACtttttact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=14543.000000
s hg19.chr21     17587000 31 +  48129895 cttttttctttttgaaatggaggtttgctct
s panTro2.chr21  16314992 31 +  46489110 cttttttctgtttgaaatggaggtttgctct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905580 31 +  48394510 catttttctttttgaaatggagttttgctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735665 31 - 196418989 tttttttttttttgagatggagttttgctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=17982.000000
s hg19.chr21     17587031 39 +  48129895 tgttgcccaggctggagtgcaatggcatgatctcagctc
s panTro2.chr21  16315023 39 +  46489110 tgttgcccaggctggagcacaatggcatgatctcagctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905611 39 +  48394510 tgttgcccaggctggagtgcaatggcatgatctcagctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735696 39 - 196418989 tgttgcccaggctggagtgcaatggcaccatttcaactc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=18563.000000
s hg19.chr21     17587070 31 +  48129895 accgcaacctccgcctcccacgttcaagtga
s panTro2.chr21  16315062 31 +  46489110 accacaacctccgcctcccaagttcaagtga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905650 31 +  48394510 accgcaacctccgcctcccaagttcaagtga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735735 31 - 196418989 accgcaacctgcgcctcccaggttcaggtga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7727.000000
s hg19.chr21     17587101 84 +  48129895 ctctcttacctcagcttcccaagtagctgggattacggccatgcggcattacgccgagctgattttgtattttttttagtagag
s panTro2.chr21  16315093 83 +  46489110 ctctcttacctcagcttcccaagtagctgggattacggccatgcggcattacgccgagctgattttgtattttttt-agtagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905681 82 +  48394510 ttctcctacctcagcttcccaagtagctgggattacagccatgcggcattacgcccagctgattttgtatttttt--agtaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735766 83 - 196418989 ttctcctgcctcagcctcctgagtagctggaattacagccatgcagcattacactcagctgatgttgtattttttt-agtaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=57995.000000
s hg19.chr21     17587185 103 +  48129895 acaggttttctccatgttggccaggctggtctcaaacttccgacctcaggtgatccacctgcctcggtctcccaaagtgctggaattacaggctgagccaccg
s panTro2.chr21  16315176 103 +  46489110 acaggttttttccatgttggtcaggctggtctcaaacttccgacctcaggtgatccacctgcctcggtctcccagagtgctggaattacaggctgagccactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905763  89 +  48394510 acaggttttttccatgttggtcaggctggt--------------ctcaggtgatccacctgcctcagtctcccaaagtgctgggattacaggcggagccaccg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735849 103 - 196418989 acaggatttctccatgttgatcaggctggtctcaaactcccaacctcaggtgatccacctgcctcggcctcccaaagtgctggaattacaggctgagccactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=287059.000000
s hg19.chr21     17587288 107 +  48129895 cacctggcAGGTAGGATGTATTCTCTAGTTCTTTTACAAAAGGAGGATTTTCATTTACCTGCACTTTTTGTTCCCCAAAGAGGGAGTCCTGGAGTCTCTTGGTGTGT
s panTro2.chr21  16315279 107 +  46489110 cacctggcAGGTAGGATGTATTCTCTAGTTCTTTTACAAAAGGAGGATTTTCATTTACCTGCACTTTTTGTTCCCCAAAGAGGGAGTCCTGGAGTCTCTTGGTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905852 107 +  48394510 cacccggcAGGCAGAATGTATTTTCTAGTTCTTTTACAAAAGGAGGATTTTCATTTACCTGCACTTTCTGTTCCCCAAAGAGGGAGTCCTGGAGTCTCTTGATGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165735952 107 - 196418989 cacctgaccTGTAGGATGTATTTTCTAGCTCTTTTACAAAAGGAGGATTTTCATTCACCTGCACTTTTTGTTCCCCAAAGAGGGAGTCCTGGAGTCTCTTGATCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3882089.000000
s hg19.chr21     17587395 212 +  48129895 ATAGAAAGGCTTAAATATTTTAGCCAGTCCTTTGTAACTTTTTCCTTGCTTGTCAAAAGCAATAATATTGCCATCATTGAGAAATGGTTTCAATGATGGCGACACTTCACAGATAAGAACAAGCTTATTAATCTTGGGAAACTCACAAATGATTATTGAGTCTCCTAGATTGCTAAAAACAAAGAAGAATTAATTTTTTGTCCTGAAGATTT
s rheMac2.chr3  165736059 211 - 196418989 ATAGAAAGGCTTAAATATTTTAGCCAGTCCTTTGTAACTTTTTCCTTGCTTGTCAAAAACAATAATATTGCCATCATTGAGAAATGGTTACAATGATGGCAACACTTCACAGATAAGAACAAGCTTATTAATCTTGGGAAACTCACAAATGATTATTGACTCTCCT-GGTTGCTAAAAACAAGGAAGAATTACTTTTTTGTCCTGAAGATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15905959 212 +  48394510 ATAGAAAGGCTTAAATATTTTAGCCAGTCCTTTGTAACTTTTTCCTTGCTTGTCAAAAATAATAATATTGCCATCATTGAGAAATGGTTACAATGGTGGTGACACTTCACAGATAAGAACAAGCTTATTAATCTTGGGAAACTCACAAATGATTGTTGAGTCTCCTAGATTGCTAAAAACAAAGAAGAATTAATTTTTTGTCCTGAAGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16315386 212 +  46489110 ATAGAAAGGCTTAAATATTTTAGCCAGTCCTTTGTAACTTTTTCCTTGCTTGTCAAAAGCAGTAATATTGCCATCATTGAGAAATGGTTTCAATGATGGCGACACTTCACAGATAAGAACAAGCTTATTAATCTTAGGAAACTCACAAATGATTATTGAGTCTCCTAGATTGCTAAAAACAAAGAAGAATTAATTTTTTGTCCTGAAGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17587607 78 +  48129895 AAGGTAATTGTCCACAGCTTAATAATCATCAGGAAGAGGATAAACTCAATCACAGGAAATACAACGTAGTAGTGAAAT
s panTro2.chr21  16315598 78 +  46489110 AAGGTAATTGTCCACAGTTTAATAATCACCAGGAAGAGGATAAACTCAATCACAGGAAATACAACGTAGTAGTGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906171 78 +  48394510 AAGGTAATTGTCCACAGCTTAATAATCATCAGGAAGAGGATAAACTCAATCACAGGAAATACAACGTAGTAGTGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165736270 78 - 196418989 AAGGTAATTGTCCACAGCTTAATAATCATCAGGAAGAGGATAAACTCAATCACGGGAAATACAACGTGGTAGTGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1111208.000000
s hg19.chr21     17587685 63 +  48129895 TTGTTCAATTACAGAGGAAAGTTCCATCGGAAATGGTGGAAATCCTGGCACTTGGAATAAGCA
s panTro2.chr21  16315676 63 +  46489110 TTGTTCAATTACAGAGGAAAGTTCCATCGGAAATGGTGGAAATCCTGGCACTTGGAATAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906249 63 +  48394510 TTGTTCAATTACAGAGGAAAGTTCCATCGGAAATGGTGGAAATCCTGGCACTTGGAATAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165736348 63 - 196418989 TTGTTCAATTACAGAGGAAGGTTCCATCGGAAATGGTGGAAATCCTGGCACTTGGAATAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=859234.000000
s hg19.chr21     17587748 73 +  48129895 AAACCAAACAGGACAAAGTACTAAACTACAATTAGTAAGGTTCTAATACAGCTCTAAAAAGGAATGCTTCCTA
s panTro2.chr21  16315739 73 +  46489110 AAACCAAACAGGACAAAGTACTAAACTACAATTAGTAAGGATCTAATACAGCTCTAAAAAGGAATGCTTCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906312 73 +  48394510 AAACCAAACGGGACAAAGTACTAAACTACAATTAGTAAGGATCTAATACAGCTCTAAAAAGGAATGCTTCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165736411 73 - 196418989 AAACCAAACAGGACAAAGTACTAAACTGTAATCAGTAAGGATCTAATACTGCCCTAAAAAGGAATGCTTCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=376225.000000
s hg19.chr21     17587821 69 +  48129895 TATTGATGATAATTAGTTGATGA-TAGATTACTGAGCTGAAAACTTGACATTTGATTGCTACTTTTAAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906385 69 +  48394510 TATTGATGATAATTAGTTGATGA-TAGATTACTGAGCTGAAAACTTGACATTTGATTGCTACTTTTAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165736484 70 - 196418989 TATTGCTGATAATTAGTTGATGAGTAGATTACTGAGCTGAAAACTTGACATTTGATTGCTACTTTTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=290019.000000
s hg19.chr21     17587890 22 +  48129895 GTTAGGCAAATTAAGAGGTATG
s panTro2.chr21  16315881 22 +  46489110 GTTAGGCAAATTAAGAGGTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906454 22 +  48394510 GTTAGGCAAATTAAGAGGTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165736554 22 - 196418989 GTAAGGCAAATTAAGAGGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-82575.000000
s hg19.chr21     17587912 33 +  48129895 GAAAATTGGACATATCATAGTGTAAATGAATTT
s panTro2.chr21  16315903 33 +  46489110 GAAAATCGGACATATCATAGTGTAAATGAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906476 33 +  48394510 GAAAATTGGACATATCATAATGTAAATGAATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165736576 33 - 196418989 GGAAATTGGACATATCGTAGACTAAATGAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=383315.000000
s hg19.chr21     17587945 42 +  48129895 ATTTTCTCCATGGCAGGATTTGGTTGCTTGTGAACATATAGC
s rheMac2.chr3  165736609 42 - 196418989 ATTTTCTCCATAACAGGATTTGGTTGCTTGTGAACATGCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906509 42 +  48394510 ATTTTCTCCATGGCAGGATTTGGTTGCTTGTGAACATGTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16315936 42 +  46489110 ATTTTCTCCATGGCAGGATTTGGTTGCTTGTGAACGTGTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=633290.000000
s hg19.chr21     17587987 97 +  48129895 AGATTCTCTAATACTCATAAGGCTCCCTCTTTCCTTTAATACGAAGGATGTAGGAGAAGTTCAGCAAGCACTTATTTGTTAGGTTGAATTCTAAATA
s rheMac2.chr3  165736651 94 - 196418989 AGATTCTCTAATACTCCTAAGGCTCCCTCTTTCCTTTAATACAAAGGATGC---AGAAGTTCAGCAAACACTTATTTGTTAGGTTGAATTCTAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906551 97 +  48394510 AGATTCTCTAATACTCATAAGGCTCCCTCTTTCCTTTAATATGAAGGATGTAGGAGAAGTTCAGCAAGCACTTATTTGTTAGGTTGAATTCTAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16315978 97 +  46489110 AGATTCTCTAATACTCATAAGGCTCCCTCTTTCCTTTAATACGAAGGATGTAGGAGAAGTTCAGCAAGCACTTATTTGTTAGGTTGAATTCTAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1266643.000000
s hg19.chr21     17588084 143 +  48129895 TGGACACAGTGCAGTCTTAAATTATGTTAGAAAAAGGACATTTGGCTTAGTGAGACACATTAATCATAGTGCAGTCTTAAATAGATCTGAGGACTTACAACAGTGCATAGATATGTCTTTAAATCAGCAGAAATTCAGAAGAA
s rheMac2.chr3  165736745 142 - 196418989 CGGACACAGTGCAGTCTTAAATTATGTTAGAAAAGGGACATTTGGCTTAGTGAGACACATTAATT-TAGTGCAGTCTTAAATAGATCTGATGACTTACAACAGTGCATAGATATGTCTTTAAATCAGCAGAAATTCAGAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906648 143 +  48394510 TGGACACAGTGCAGTCTTAAATTATGTTAGAAAAAGGACATTTGGCTTAGTGAGACACATTAATCATAGTGCAGTCTTAAATAGATCTGAGGACTTACAACAGTGCATAGATATGTCTTTAAATCAGCAGAAATTCAGAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16316075 143 +  46489110 TGGACACAGTGCAGTCTTAAATTATGTTAGAAAAAGGACATTTGGCTTAGTGAGACACATTAATCATAGTGCAGTCTTAAATAGATCTGAGGACTTACAACAGTGCATAGATATGTCTTTAAATCAGCAGAAATTCAGAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=448931.000000
s hg19.chr21     17588227 23 +  48129895 CATGGCAGGTTAGAAATGATAGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1237745.000000
s hg19.chr21     17588250 57 +  48129895 ATGATAACTTGGATTTGATTATGGCAAGATTAACTAAGCAGCTGTTGAGATTGGATA
s rheMac2.chr3  165736910 57 - 196418989 ATGATAACTTAGATTTGATTATGGCAAGATTAGCTACGCAGCTGTTGAGATTGGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906814 57 +  48394510 ACGATAACTTGGATTTGAATATGGCAAGATTAACTAAGCAGCTGTTGAGATTGGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3094048.000000
s hg19.chr21     17588307 148 +  48129895 ATGATATGTGAGGTTCTCATCACCCTGTAACTTGTTTCCACTAATACAGATTAAGAATGTCTGGAGGAACTATAATTATCTCTGTGGCTCGTGCATAACATAATTATGTTTTGCCAGTGCAAAGCATTTTATTAAGTGGAAAATGATT
s rheMac2.chr3  165736967 148 - 196418989 ATGATATGTGAGGTTCTCATCACCCTGTAACTTGTTTCCACTAATACAGATTAAGAATGTCTGGATGAACTATAATTATCTCTGTGGCTTGTGCATAACATAATTACGTTTTGCCAGTGCAAAGCATTTTATTAAGTGGAAAATGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15906871 148 +  48394510 ATGATATGTGAGGTTCTCATCACCCTGTAACTTGTTTCCACTAATACAGATTAAGAATGTCTGGAGGAACTATAATTATCTCTGTGGCTTGTGCATAACATAATTATGTTGTGCCAGTGCAAAGCATTTTATTAAGTGGAAAATGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16316298 148 +  46489110 ATGATATGTGAGGTTCTCATCACCCTGTAACTTGTTTCCACTAATACAGATTAAGAATGTCTGGAGGAACTATAATTATCTCTGTGGCTTGTGCATAACATAATTATGTTTTGCCAGTGCAAAGCATTTTATTAAGTGGAAAATGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1139436.000000
s hg19.chr21     17588455 94 +  48129895 TTTAAAAAGTTATACAAGTGGCTACAAGAACAAATCAACTAAGAACAGAAACATTGGCACTTCATAATAGTAATGTG-AAAAATACTTATCTCTT
s rheMac2.chr3  165737115 95 - 196418989 TTTAAAAAGTTATACAAGTGGCTACAAGAACAAATCAACTAAGGACAAAAACATTGGCACTTCATAATAGTAATGTGAAAAAATACTTACCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16316446 94 +  46489110 TTTAAAAAGTTATACAAGTGGCTACAAGAACAAATCAACTAAGAACAGAAACATTGGCACTTCATAATAGTAATGTG-AAAAATACTTATCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1476215.000000
s hg19.chr21     17588549 92 +  48129895 TTTGTTATATGGAGTTTTCAGAATTTAAAGCCTTGTTTATATGACAGATACATGAGGGATTATTTCAGTGATGTTGACCCTCTTACTGAAGT
s rheMac2.chr3  165737210 91 - 196418989 TTTGTTATATAGAGTTTTCAGAATTTAAAGCCTTGTGTATATGATGGATACATGAGGGATGATTTCAGTGATGTTGACCCTCTTACTG-AGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3241714.000000
s hg19.chr21     17588641 129 +  48129895 TTGTGCCCCAGGTGTCCAGACCACAAAATAGAAAATGCAATCTTTGTCTGCCTTACATAAATACAGTACTGAGATCAGCTTGTCTTTTAAATGTCT--GATTGCTATTTAATTACAAAAAATTTGTCTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15907204 131 +  48394510 TTGTGCCCCAGGTGTCCAGACCACAAAATAGAAAATGCAATCTTTGTCTGCCTTACGTAAATACAGTACTGAGATCAGCTTGCCTTTTATATGTTTTGAAATGCTATTTAATTACAAAAAATTTCTCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165737301 129 - 196418989 TTGTGCCCCAGGTGTCCAGACCACAAAATAGAAAATGCAATCTTTGTCTGCCTTACGTAAATACAGTACTGAGATCAGCTTGTCTTTTAAATGTCT--GGTTGCTATTTAATTACAAAAGGTTTCTCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=226033.000000
s hg19.chr21     17588770 64 +  48129895 AACAGAGCAC--CCAAAACAACAAAAAAACAGTAAAGAACTCATTTCGGA--GCCTTGTAATCCACCC
s panTro2.chr21  16316761 64 +  46489110 AACAGAGCAC--CCGAAAAAACAAAAAAACAGTAAAGAACTCATTTCAGA--GCCTTGTAATCCACCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15907335 64 +  48394510 AACAGAGCTCTACTAGAACAACAAAAAAACAGTAAAGAACTCATTTCAGA--GCCTTGTAATCCAC--
i ponAbe2.chr21 C 0 M 728
s rheMac2.chr3  165737430 61 - 196418989 GAC--AGTAC--CCAAAACAAC---AAAACAGTAAAGAACTCATTTCAGAATGAGTTGTAATCCACCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=500686.000000
s hg19.chr21     17588834  83 +  48129895 TACCACATAAAAAGAGGGTGATATGTCTGACAACTCTCTGTATAATCAGGTTTATTAAGTGATAGTCATTATGCATTTTATAA
s panTro2.chr21  16316825  83 +  46489110 TACCACATAAAAAGAGGGTGATATATCTGACAACTCTCTGTATAATCAGGTTTATTAAGTGATAGTCATTATGCATTTTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165737491  80 - 196418989 TACCACATAAAAAGAGTGTAATATATCTGATAA--CTATATATAATCAGATTTATTAAGTGGTAGTCATTA-GCATTTTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=440746.000000
s hg19.chr21     17588917  51 +  48129895 ACACTACCCTAAAATATGTAATGTGAATGTATCTGTTAATCAGAAAAAGCT
s panTro2.chr21  16316908  51 +  46489110 ACACTACCCTAAAATATGTAATGTGAATGTATCTGTTAATCAGAAAAAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165737571  51 - 196418989 ACACTACCCTAAAATATGTAATGTGAATATATCTGTTAATCAGCAAAAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=-48898.000000
s hg19.chr21     17588968  10 +  48129895 AACTAAAACT
s panTro2.chr21  16316959  10 +  46489110 AACTAAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165737622  10 - 196418989 AACTAATACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=817508.000000
s hg19.chr21     17588978 130 +  48129895 GAATGCAATGTACTCATTTCCATTCTGGTGGCATTCTTACATAATGATTTTAAAgcaactgtgatgagatagaaagagtgtt-aaagctgtagtgaacaaatgggaattcaaattccagctctgaagtgtt
s panTro2.chr21  16316969 130 +  46489110 GAATGCAATGTACTCATTTCCATTCTGGTGGCATTCTTACATAAGGATTTTAAAgcaactgtgatgagatagaaagagtgtt-aaagctgtagtgaacaaatgggaattcaaattccagctctgaagtgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165737632 131 - 196418989 GAATGCAAGGTACTCATTTCCATTCTGGTAGCATTCTTATATAAGGATTTTAAAgcaactgtgatgaggtagaaagagtgctaaaagctgtagtgaacaaatgggaattcaaattccagctctgaagtgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=86279.000000
s hg19.chr21     17589108  42 +  48129895 ccggctggctgagtttcttatactttctgagcctccgtttat
s panTro2.chr21  16317099  42 +  46489110 ccggctggctgagtttcttatactttctgagcctccgtttat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165737763  42 - 196418989 ccggctggctgagtttcttacactttctgagactccatttat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=755975.000000
s hg19.chr21     17589150  61 +  48129895 ccagtagtaaaatgcag--ctatgaatttctaccccagtgggctgctgagagaattaaatgag
s panTro2.chr21  16317141  61 +  46489110 ccagtagtaaaatgcag--cgatgaatttctaccccagtgggctgctgagagaattaaatgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165737805  63 - 196418989 ccagtagtaaaatgcagctctatgaatttctaccccagtgggctgctgagagtattaaatgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=1739828.000000
s hg19.chr21     17589211 157 +  48129895 ataatttatgtgaaCAATCTTCTTAGAATATGTTTATTTAATCTGACCTTGAAAAATAATTCACAAAAAATGTGTCAGAGTAAGTTTTCTC----TCGTCTCAAAGGAGAGAATATGAAGTAGATTAAGTGACATTTTTGAAAAAAGTTCCACATTTGAAA
s panTro2.chr21  16317202 161 +  46489110 ataatttacatgaaCAATCTTCTTAGAATATGTTTATTTAATCTGACCTTGAAAAATAATTCACAAAAAATGTGTCAGAGTAAGTTTTCTCTCTTTCATCTCAAAGGAGAGAATATGAAGTAGATTAAGTGACAATTTTGAAAAAAGTTCCACATTTGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165737868 160 - 196418989 ataatttacgtgaaCAATCTTCTTAGAATATGTTTA-TTGATCTGACCTTGAAAAATAATTCGCAAAAAATGTGTCAGAGTAAGTTTTCTCCCTTTCATCTCACAGGAGAGAATATGAAGTAGATTAAGTGACATTTTTGAAAAAAGTTCCACATTTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 4
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=636456.000000
s hg19.chr21     17589368  73 +  48129895 CTTTTATTTATAAAATTGTGAATTTATCTTTAGTTATAGAATAAC--TTTCCTCTTCCTTTGATCTTTTTAAGCG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738032  75 - 196418989 CTTTTATTTACAAAATTGTGAATTTGTCTTTAGTTATAGAATAATTGTTTCCTCTTCCTTTGATCTCCTTAAGCG
i rheMac2.chr3  I 4 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=33679.000000
s hg19.chr21     17589441  47 +  48129895 TAATATTTAGCCCTCTCTTTATTACTCTGAGAGAAGATGAATATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738107  47 - 196418989 TAATATTTAGCCCTCTCTTTATTATTCTGAGGGGAGATGAATATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=215165.000000
s hg19.chr21     17589488  54 +  48129895 AAAACTATTTATATCACATGTCTAAAAGTATTTCTC----ATTTTTTTCTTAAGCTCT
s panTro2.chr21  16317485  58 +  46489110 AAAAGTATTTATATCACATGTCTAAAAGTATTTCTCAGTTATTTTTTTCTTAAGCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738154  58 - 196418989 AAAAATACTTATATCACGTGTGTAAAAGTATTTCTCGGTTATTTTTTTCTTAAGCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15907399 728 +  48394510 M

a score=115344.000000
s hg19.chr21     17589542 31 +  48129895 TTTTTGAATATTTATAATTTCTTTCCCTTTT
s panTro2.chr21  16317543 31 +  46489110 TTTTTGAATATTTATAATTTCTTTCCCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908157 28 +  48394510 TTTTTGAATATTTATAAT---TCTCTCCTGT
i ponAbe2.chr21 M 728 C 0
s rheMac2.chr3  165738212 31 - 196418989 TTTTTGAATATTTATAATTTCTTTCCCTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146345.000000
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s panTro2.chr21  16317574 33 +  46489110 ATTCTCATATTTCACACCTAGTATTTCTGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908185 32 +  48394510 ATTCTCATA-TTCACACGTAGTATTTCTGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738243 19 - 196418989 ATTCTC--------------GTATTTCTGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=313730.000000
s hg19.chr21     17589606 37 +  48129895 CATTTCATTAATC-TTTTTTTAATAACTTGGCACCTGG
s rheMac2.chr3  165738262 38 - 196418989 CATTTCATTAATCATTTCTTTAATAACTTGGCACCCGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908217 37 +  48394510 CATTTCATTAATC-GTTTTTTAATAACTTGGCACCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16317607 37 +  46489110 CATTTCATTAATC-TTTTTTTAATAACTTGGCACCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1278555.000000
s hg19.chr21     17589643 227 +  48129895 GCCTGTTTTGCAGCTATGTGCAGCAATCTTAAGTACTATGTATAGTTTAGTTTTCAATCAGTTCCTTGCTGTTACTTTCTGCAAATAAAAACTAGCTTAGCTATGCATGTGATTAACATGGCCCAGGTATTCCTATTACTAGGTCTTTCTATTACTAGGTCTTTCTTTCCTTCTGTGTTATTTAATATAAGGCAAAATAGGACCCTGCCGCTTACCAAGCTTTCAGG
s panTro2.chr21  16317644 227 +  46489110 GCCTGTTTTGCAGCTATGTGCAGCAATCTTAAGTACTATGTATAGTTTAGTTTTCAGTCAGTTCCTTGCTCTTACTTTCTGCAAATAAAAACTAGCTTAGCTATGCATGTGATTAACATGGCCCAGGTATTCCTATTACTAGGTCTTTCTATTACTAGGTCTTTCTTTCCTTCTGTGTTATTTAATATAAGGCAAAATAGGACCCTGCCGCTTACCAAGCTTTCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908254 210 +  48394510 GCCTG-TTTGCAGCTATGTGCAGCAATCTTAGGTACTATGTATAGTTTAGTTTTCAATCAGTTCCTTGCTCTTACTTTCTGCAAATAAAAACTAGCTTAGCTATGCATGTGATTAACAGGGCCCAGATATTC----------------CTATTACTAGGTCTTTCTTTCCTTCTGTGTTATTTAATATAAGGCAAAATATGACCATGCCGCTTACCAAACTTTCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738300 227 - 196418989 ACCTGTTTTGCAGCTATATACAGCAGTCTTAGGTACTATGCATAGTTTAGTTTTTAATCAGTTCCTTGCTCTTAGTTTCTGCAAATAAAAACTAGCTTAGGTATGCATGTGATTAACAGGGCCCAGATATTCctattactaggtctttctattactaggtctttctTTCCTTCTGTGTTATTTAATATAAGGCAGAATATGACCCTGCCACTTACCAAACTTCCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=355106.000000
s hg19.chr21     17589870 98 +  48129895 ATCCTCCATCTTCCATCTTCCACTAATCCCTTCCTATGTCTCTATGAAAAATATATCTCTAAGATGGTGGTTGACAAGAGTGTGAGAGTCAAATGGTA
s panTro2.chr21  16317871 98 +  46489110 ATCCTCCATCTTCCATCTTGCACTAATCCCTTCCTATGTCTCTATGAAAAATATATCTCTAAGATGGTGGTTGACAAGAGTGTGAGAGTCAAATGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908464 98 +  48394510 ATCCTCCATCTTCCATCTTTCACTAATCCCTTCCTATGTCTCTATGAATAATATATCTCTAAGATGGTGGTTGACAAGAGTGTGAGAGTCAAATGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738527 98 - 196418989 ATCCTCCATCTTCCATCTTCCACTAATCCCTTCCTGTGTCTCTACGAAAAATATATCTCTAAGATGGTGGTTGACGAGAGTGTGAGAGTCAAATGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209616.000000
s hg19.chr21     17589968 35 +  48129895 AGGAATATTGCTTGGAAATAAGGCTGAATTAATAA
s panTro2.chr21  16317969 35 +  46489110 AGGAATATTGCTTGGAAATAAGGCTGAATTAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908562 35 +  48394510 AGGAATATTGCTTGGAAATAAGGCTGAATTAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738625 35 - 196418989 AGGAATATTGCTTGGAAATAAGGCTGAGTTAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=413416.000000
s hg19.chr21     17590003 57 +  48129895 TTCCAGAGAAACATTGTGAAATAACTTATAGGTACATAAATTCACTATATTTAGATC
s panTro2.chr21  16318004 57 +  46489110 TTCCAGAGAAACATTGTGAAATAACTTATAGGTACATAAATTCACTATATTTAGATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908597 57 +  48394510 TTCCAGAGAAACATTGTGAAATAACTTACAGGTACATAAATTCACTATATTTAGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738660 57 - 196418989 TTCCAGAGAAACATTGTGAAATAACTTATAGGTACATCCATTCACGATATTTagatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=109314.000000
s hg19.chr21     17590060 33 +  48129895 TGCCTCATACTTTTAAACCAGCAGCATGATAAT
s panTro2.chr21  16318061 33 +  46489110 TGCCTCATACTTTTAAACCAGCAGCATGATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908654 33 +  48394510 TGCCTCATACTTTTAAACCAGCAGCATGATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738717 33 - 196418989 tgcctcgtacttttaaaccagcagcatgataat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151322.000000
s hg19.chr21     17590093 43 +  48129895 TCATAGCATGGACTTATCATCATACCATATATTGAAACATTCC
s panTro2.chr21  16318094 43 +  46489110 TCATAGCATGGACTTATCATCATACCATATATTAAAACATTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908687 43 +  48394510 TCATAGCATGGACTTATCATCATACCATATATTAAAACATTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738750 43 - 196418989 tcatagcatggacttatcatcataccgtatattaaaacattcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111485.000000
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s panTro2.chr21  16318137 65 +  46489110 TCTATTGTTGGATGGTTATTTCATTTCCTCTGCTTCATTGTTTTGAACATCCCTATAATAATCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738793 65 - 196418989 tctattgttggatggttatttcgtttcctctgattcattgttttgaatatccctataataatcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=255510.000000
s hg19.chr21     17590201 46 +  48129895 CACTGTATATGCCATTTTTTGCAGAAGTGGAATTCCTAGTTAAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908795 46 +  48394510 CACTGTATATGCCACTTTTTGCAGAAGTGGAATTCCTAGTTAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738858 46 - 196418989 cactgtatatgccattttttgcaGAAGTGGAATTCCTAGTTAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738904 65 - 196418989 TTGAATTTCAAAATTGCTCTTGACAGTTTATACCTCTATCAACAAAGTCTCTAAGTCTTACTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=219316.000000
s hg19.chr21     17590312 52 +  48129895 AAGAGAAAATGCAAGACTTAGAACAATACATTTTATAAATGACATGTGTATT
s panTro2.chr21  16318313 52 +  46489110 AAGAGAAAATGCAAGACTTAGAACAATACATTTTATAAATGACATGTATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908906 52 +  48394510 AAGAGAAAATGCAAGACTTAGAACAATACACTTCATAAATGACATGTATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165738969 52 - 196418989 AAGAGAAAATGCAAGACTTAGAACAATACATTTTATAAATCACATGCATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=34511.000000
s hg19.chr21     17590364 17 +  48129895 AAAAAAGATCTATTATG
s panTro2.chr21  16318365 17 +  46489110 AAAAACCATCTATTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165739021 17 - 196418989 AAAAATGATCTATTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=58497.000000
s hg19.chr21     17590381 30 +  48129895 TGAATGTATCATATAACTTGAATGATATAC
s panTro2.chr21  16318382 30 +  46489110 TGAATGTGTCATATAACTTGAATGATATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15908975 30 +  48394510 TGAATGTGTCATACAACTTGAATGATATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165739038 30 - 196418989 TGAATGTGTCATATAACTTAAATGATATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218220.000000
s hg19.chr21     17590411 45 +  48129895 ACTAAACACTTAACCTCTGGGGAGGAAAATAAAATTAAGAAAAGG
s panTro2.chr21  16318412 44 +  46489110 GCTAAACACTT-ACCTCTGGGGAGGAAAATAAAATTAAGAAAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15909005 44 +  48394510 ACTAAACACTT-ACCTCTGAGGAGGAAAATAAAATTAAGAAAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165739068 40 - 196418989 ACTAAAC-----ACCTCTGGGGAGGAAAATAAAATTAAGAAAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153527.000000
s hg19.chr21     17590456 83 +  48129895 TGGGGAAGGAAAATTTACTTCAAATACATTTGTATTGTTCAGATTTTTTACAGGAAAGATGAGTTTATATACTGCtatgtgtg
s panTro2.chr21  16318456 79 +  46489110 TGGGGAGGGAAAATTTACTTCAAATACATTTGTATTGTTCAGATTTTTTACAGGAAAGATGAGTTTATATACTGCta----tg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15909049 83 +  48394510 TGGGGAAGGAAAATTGACTTCAAATACATTTGTATTGTTTAGATTTTTTACAGGAAAGATGAGTTTATATACTGCtatgtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165739108 69 - 196418989 TGGGGAAGGAAACTTTACTTCAAATATATGTGTATTGTTTAGATTTTTTACAGTAAAGATGAGTTTATA--------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-26615.000000
s hg19.chr21     17590539 19 +  48129895 tatatatatatataacata
s panTro2.chr21  16318535 14 +  46489110 tatatatatatata-----
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165739177  0 - 196418989 C

a score=-15814.000000
s hg19.chr21     17590558 39 +  48129895 tatatatctatatatatatatagatatatatagataAAt
s panTro2.chr21  16318549 14 +  46489110 --------tatatatatatata-----------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15909146 11 +  48394510 --------tatatatatat--------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165739177  0 - 196418989 C

a score=3477.000000
s hg19.chr21     17590597 49 +  48129895 ttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttt
s panTro2.chr21  16318563 25 +  46489110 ------------------------ttttttttttttttttttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15909157 25 +  48394510 ------------------------ttttttttttttttttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165739177  0 - 196418989 C

a score=9237.000000
s hg19.chr21     17590646 37 +  48129895 ttggagacggagtctcactctgtcgcccagactggag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15909182 37 +  48394510 tttgagacagagtctcactctgccacccaggctggag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165739177  0 - 196418989 C

a score=62090.000000
s hg19.chr21     17590683 125 +  48129895 tgcagtggcgcaatctcggctcactgcaagctcctcctctcaggttcatgccattctcctgcctcagcctcccgagtagccgggactacaggcgcccgccaccacgcctggctaatttttttttg
s panTro2.chr21  16318625 125 +  46489110 tgcagtggcacgatctcggctcactgcaagctcctcctcccgggttcatgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggtgccctccaccacgcccggctaatttttttttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15909219 124 +  48394510 tgcagtggcgcgatctcagctcactgtaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctccccagtagctgggactacagtcgcccgccacctcgcccggctaa-atttttttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165739177   0 - 196418989 C

a score=77887.000000
s hg19.chr21     17590808 125 +  48129895 tatttttagtagagatggggtttcactgtgttagccagggtggtctcgatctccagacctcatgatccacccgccttggcctcccaaagtgctgggattacagatgtgagccaccgtgcccagcc
s ponAbe2.chr21  15909343 125 +  48394510 tatttttagtagagatggggtttcaccgagttagccaggatgggctcgatcttcggacctcgtgatccacccgccttggcctcccaaaatgctgggattacaggcgtgagccagcacacccggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16318750 125 +  46489110 tatttttagtagagacggggtttcactgtgttagccaggatggtctcgatctccagacctcatgatccacccgccttggcctcccaaagtgctgggattacagatgtgagccaccgtgcccggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-205236.000000
s hg19.chr21     17590933 74 +  48129895 TACTGCTATGtattttt-aaaataaaattaaaataGAGACACAAAGGTATTACTATAGTGGTATCAAAGTAAACA
s panTro2.chr21  16318875 74 +  46489110 TACTGCTATGtattttt-aaaataaaattaaaataaaGACACAAAGGTATTACTATAGTGGTATCAAAGTAAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15909468 75 +  48394510 TACTGCTATGtatttttaaaaataaaattaaaataGAGACAGAAAGGTATTACTATAGTGGTATCAAAGTAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165739177 75 - 196418989 TACTGCTATGTATTTTTAAAAATAAAGTTAAAATAGAGACACAAAGATATTACTATAACGGTATCAAAGTAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1000640.000000
s hg19.chr21     17591007 83 +  48129895 GTGTGAAAGCATCCAACCTGAATTTCATAGCTGCAGTGTGATGGCATTTTTATTCAGCTATTTCTAGGCATATTTTAAGGTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15909543 83 +  48394510 GCGTGAAAGCATCCAACCTGAATTTCATAGCTGCAGTGTGATGGCATTTTTATTCAGCTATTTCTAGGCATATTTTAAGGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165739252 83 - 196418989 GTGTGAAAGCATCCAACCTGAATTTCATAGCTGCAGTGTGATGGCACTTTTATTCAGCTATTTCTAGGCATATTTTAAGGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=596029.000000
s hg19.chr21     17591090 44 +  48129895 GAGACTCACCATATGCACTATCATGTAAATTTATTTTTATAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 244 C 0

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s panTro2.chr21  16320035 112 +  46489110 gagaatgaaggtagggtggtaaagcaggagtaagattttggaaaccattaaaaaccatgccaaagttcatgaacattttcctttaggcagtgaagatcttttaaggggtttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165740581 112 - 196418989 gagaacgaaggtaaggtggtaaagcaggggtaagattttggaaaccattaaagaccacaccaaagttcatgaacattttcctttaggcagtgaaggtcttttaaagggtttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16320172 94 +  46489110 attttggaaagagcactctggcagaaatgcaggggatgaatggggaa--tgcacaataagaggcgttaaatgattccttctggtaatattgggaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15910765 94 +  48394510 attttagaaagagacctctggcagaaatgcagaggatgagtggggaa--tgcacaataagaggcgttaaatgattccttctggtaatattgggaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16320266 93 +  46489110 taaaataaagcctgaatggtggggatagagaggaaaggatt-----tgatgcagtatatgttaaggaagtagtagggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16320471 143 +  46489110 tccacctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctccagagtagctgggattacaggtacatgccaccatgcctggctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggtcaggctggtctcgaactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16320853 163 +  46489110 tcagtgtttagctatgttttgtttggagtgtatatgtggcagccaggtggagattccgagtatgcagttcaatatgtgggcccaaaggttagaacacagggacgaattagagatgtagatttgttggtcattgacgtttcataaatgTAATGTTAATATCGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15911430 163 +  48394510 tcagtgtttagctatgttttgtttggagtgtgtatgtggcagccaggtggagattccaagtatgcagttcaatatgtgggcccaaaggctagaacatgggaacgaattagagatgtagatttgttggtcactgacgtttcataaatgTAATGTTAATATCGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165741496 44 - 196418989 CAAAGGAAAATGTTTAGAGGAGGAAGAATAACATTAGGAAGAGC------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16321068  9 +  46489110 ----------ATATATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165741540  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15911898 93 +  48394510 TCACAGGGTAGAGGGCTGCATTAATTAATTCAGCAAGAGACACAAAGGCATTACTAATAGTCTACGGGAAAATAACTGGTGGACTGAGAGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 63

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i panTro2.chr21 I 63 C 0
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i rheMac2.chr3  I 63 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 351 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16332620  75 +  46489110 TTTTTAGAATTGTTAAGATGTGCATattttgtatacttatatctcatttagctct-----------------------------ttat---------------------taatggcaattattct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=137477.000000
s hg19.chr21     17604716 21 +  48129895 tcagttagttattttgtggtt
s rheMac2.chr3  165753527 21 - 196418989 tcagttagttattttgtggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15923764 21 +  48394510 tcagttagttattttgttgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16332695 21 +  46489110 tcagttagttattttgtggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=367778.000000
s hg19.chr21     17604737 110 +  48129895 ccagatagaatatcatattttctaaaaacaataacaattttagatacttttatttttttcctttttagcatcatacttttttctattttgagttcactacttattgcctt
s rheMac2.chr3  165753548 110 - 196418989 ccagatagaaaatcatattttctaaaaataataacaattttagatacttttatttttttcctttttagcatcatacttttatcaattttgagttcactacttattgcctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15923785 110 +  48394510 ccagatagaatatcatattttctaaaaacaataacaattttagatacttttatttttttcctttttagcatcatacttttttcaattttgagttcactacttattgcctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16332716 110 +  46489110 ccagatagaatatcatattttctaaaaacaataacaattttagatacttttatttttttcctttttagcatcatacttttttcaattttgagttcactacttgttgcctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=122076.000000
s hg19.chr21     17604847 31 +  48129895 ggctatgtctttcggtgcaacatgaaataac
s rheMac2.chr3  165753658 31 - 196418989 ggctatgtctttcagtgtaacatgaaataac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15923895 31 +  48394510 ggctatgtctttcagtgtaacatgaaataac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16332826 31 +  46489110 ggctatgtctttcagcgcaacatgaaataac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=126181.000000
s hg19.chr21     17604878 39 +  48129895 tgaataattctttgttctttctgattttattaggaatta
s rheMac2.chr3  165753689 39 - 196418989 tgaataattctttattctttctgattttattaggaatga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15923926 39 +  48394510 tgaataattatttgttctttctgattttattaggaatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16332857 39 +  46489110 tgaataattctttgttctttctgattttattaggaatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=929290.000000
s hg19.chr21     17604917 148 +  48129895 ctttcatgattataatttgagtactgtgttgactatttgtataagttttattctttttcttaagaagtaattatattcttaattaactatatttgatgatcagaagttcctgttgatattctataaatCTCaattaaatataaattaa
s rheMac2.chr3  165753728 142 - 196418989 ctttcatgattgtaatttgagtactgtgttgactatttgtgt--gttttattctttttcttaagacgtaattctattc----ttaactatatttgattatcagaagtttctgttgatgttctataaatctcgattacatataaattaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15923965 148 +  48394510 ctttcatgattgtaatttgatttctgtgttgactatttgtataagttttattctttttcctaagaagtaattatattcttaattaactaTATTTGATGATCAGAAGTTCCTGTTGATGTTCTATAAATCCCAATTAAATATAAATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16332896 148 +  46489110 ctttcatgattataatttgagtactgtgttgactatttgtataagttttattctttttcttaagaagtaattatattcttaattaactaTATTTGAAGATCAGAAGTTCCTGTTGATGTTCTATAAATCTCaattaaatataaattaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=592708.000000
s hg19.chr21     17605065 95 +  48129895 tgttttaaaatCTGTTGAGAAGATGACTTGGTTCTCCTCTCTAGGTCAGCAGATTTGCTAATATTATGTTACTCTTGCATAGCTGGAAGCTTACT
s panTro2.chr21  16333044 95 +  46489110 tgttttaaaatCTGTTGAGAAGATGACTTGGTTCTCCTCTCTAGGTCAGCAGATTTGCTAATATTATGTTACTCTTGCATAGCTGGAAGCTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15924113 95 +  48394510 TGTTTTAAAATCTGTTGAGAAGATGATTTGGTTCTCCTCTCTAGATCAGCAGATTTGCTAATATTATGTTACTCTTGCATAGCTGGAAGCTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165753870 95 - 196418989 tgttttaatatctcttgagaagatgatttggttctcctcTCTCGGTCAGCAGATTTGCTAATATTATGTTCCTCTTGCATAGCTGGAAGCTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=244577.000000
s hg19.chr21     17605160 39 +  48129895 TTTATTACATACCTTAGCTCAATTCCTTTTTGTTTACTT
s panTro2.chr21  16333139 39 +  46489110 TTTATTACATACCTTAGCTCAATTCCTTTTTGTTTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238365.000000
s hg19.chr21     17605199 39 +  48129895 GAGAATTCTAAAGAATATTCCAAAGTAAGAATGATATAT
s panTro2.chr21  16333178 39 +  46489110 GAGAATTCTAAAGAATATTCCAAAGAAAGAATGATATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165754004 33 - 196418989 GAGAATTTTAAAGAATATTCCAAAGAAAGAATG------
i rheMac2.chr3  C 0 I 464

a score=167803.000000
s hg19.chr21     17605238 93 +  48129895 ACTATTTTTTATTGCTTGATATCTATGTGGTACTATTAAGGACGTTATATCCACATTGAACTTCACAATATTTTCTGTGGAGTTACATATATG
s panTro2.chr21  16333217 93 +  46489110 ACTATTTTTTATTGCTTGATATCTATGTGGTACTATTAAGGATGTTATATCCACATTGAACTTCACAATATTTTCTGTGGAGTTACATATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15924286 93 +  48394510 ACTATTTTTTATTGCTTGATATCTATGTGGTACTATTAAGGATGTTATATCCACATTGAACTTTACAATATTTGCCGTGGAGTTGTATATATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165754501 93 - 196418989 ACTATTTTTTATTGCTTGATATCTATGTGGTACTATTAAGGATGTTATATTCACGTTGAACTTTACAACATTTTCTGTGGAGTTATATATAtg
i rheMac2.chr3  I 464 I 405

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s hg19.chr21     17605331  74 +  48129895 TAAAAATTACAAATAAAATAAAAACCTTACTGGTAGAATATTCAGACCACAGAATCTATTTTGGAGGTGAAATT
s ponAbe2.chr21  15924379  69 +  48394510 TAAAAATTAC-----AGATAGAAACCTTACTGGTAGAATGTTCAGACCACGGAATCTATTTTGGAGGTGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16333310  74 +  46489110 TAAAGATTACAAATAAAATAAAAACCTTGCTGGTAGAATATTCACACCACAGAATCTATTTTGGAGGTGAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17605405  64 +  48129895 TAG-AAAAAATGTTTTATTAATTGTTCTTTGAATTTTGTAGGAATTCTACCTTCATTGAGTTAAT
s panTro2.chr21  16333384  65 +  46489110 TAGAAAAAAATGTTTTATTAATTGTTCTTTGAATTTTGTAGGAATTCTACTTTCATTGAGTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15924448  65 +  48394510 TAGAAAAAAATGTTTTATTAATTGTTCTTTGAATTTTGTAGGAATTCTACTTTTATTGAGTTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

a score=120321.000000
s hg19.chr21     17605469  46 +  48129895 TTCTAGTCTGACATTTAAAAAGTATTGCTCATTTTGTTAAGTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

a score=155252.000000
s hg19.chr21     17605515 254 +  48129895 CATTTTACTGCCACATATTTATAAACTATAGTCTTTTGGTTTGCAAAGTTATTGTTGAATAGGTTTGATAGACTCCTCATCATTTCTAATTTTTATGTGTTTTTCTTCATTTTTCACTGATATT-TGTGTCAGAAGTTTCCCTGTTTTATAGCTTCTCTCAAAAAGCCAAAAGTGGAATTATGTACTTGTTTGATATATTTATCTTCCTGATTTATTAATTCTGCTTAATACCTAGTGTGTGTGtatatatatat
s panTro2.chr21  16333495 255 +  46489110 CATTTTACTGCCACATATTTATACACTATAGTCTTTTGGTTTGCAAAGTTATTGTTGAATAGGTTTGATAGACTCCTCATCATTTCTAATTTTTATGTGTTATTCTTCATTTTTCACTGATATTGTATGTCAGAAGTTTCCCTGTTTTATAGCTTCTCTCAAAAAGCCAAAAGTGGAATTATGTACTTGTTTGATGTATTTATCTTCCTGATTTATTaattctgcttaatacctagtgtgtgtatatatatatat
i panTro2.chr21 C 0 I 218
s ponAbe2.chr21  15924559 255 +  48394510 CATTTTACTGCCACATATTTATACACTACAATCTTTTGGTTTGCAAAATTATTGTTGAATAGGTTTGATAGACCCTTCATCATTTCTAATTTTTATGTGTTTTTCTTCATTTTTCACTGATATTGTATGTCAGAAGTTTCCCTGTTTTACAGCTTCTCTCAAAAAACCAAAAGTGGAATTATGTACTTGTTTGATATATTTATCTTCCTGATTTATTAATTCTGCTTAATACCTAGTGTGTGTGTGtatatatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

a score=4808.000000
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s ponAbe2.chr21  15924814  15 +  48394510 ----------atgtatgtgtataca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 I 218 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

a score=-22028.000000
s hg19.chr21     17605794  53 +  48129895 cacacacacacacacatatatatatatttatttatttattattttttttgaga
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16333993  50 +  46489110 cacatACACACACACACACATATATAT--Atttatttattattttttt-gaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

a score=49842.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

a score=29159.000000
s hg19.chr21     17605957  53 +  48129895 agctgagactgcagatgtgtaccaccatgcctggctaatttttgtatttttag
s ponAbe2.chr21  15924986  53 +  48394510 agctgagactgcagacgtgtaccaccatgcctggctaatttttgtatttttag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16334153  53 +  46489110 agctgagactgcagacgtgtaccatcatgcctggctaatttttgtatttttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

a score=25578.000000
s hg19.chr21     17606010  98 +  48129895 tagagatggggtcttgccatgttggccaggctagtctcaaactcctgacctc---atgtgatctgctcaggttggtggatcaaagtgctgagattacagac
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16334206  98 +  46489110 tagagatggggttttgccatgttggccaggctagtctcaaactcctgacctc---gtgtgatctgcacaggttggtgcatcaaaatgctgagattacagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165754594 405 - 196418989 I

a score=-14261.000000
s hg19.chr21     17606108 25 +  48129895 atgagccatcatggctgtccAAAAC
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i rheMac2.chr3  I 405 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=822445.000000
s hg19.chr21     17606133 132 +  48129895 CTAGTCTATTTCTAATGCCATTTTTTAAATTCTGAGATTTATTTCTATGAAAATATTTCTAAGTGTATCAGGTTGTATACACCAGGGTTTGAATATGATTGATTTTTTAAATGTTTTGGAAATATTTGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165755024 132 - 196418989 CTAGTCTATTTCTCATACCATTTTTAAAATTCTGAGATTTATTTCTATGAAAATATTTCTAAGTGTACCAGGTTGTATACACCAGGGTTTGACTATGATTGATTTTTAAAATACTTTTGAAATATTTGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259220.000000
s hg19.chr21     17606265 36 +  48129895 CAGTATGTAATCCTTGTCATAGACTTATTTGGATAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     17606301 44 +  48129895 AGTTCTATCAGTTCAGCACAATTCATCATAATATTCAAATTTCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=268927.000000
s hg19.chr21     17606345 43 +  48129895 TGTTCTTATATTCTATTTGCTGGACAGAGATGAGGCTAGTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165755279 224 - 196418989 TGCAAATTCTTAAAATGCCCAAGTGATCCATTTGGATTTATACACTAGGCATAAAACTATTGAATATAAGCTGGTGAGTTATGTGAGTAGACCCTACATAGGAAGATGAATCTTTGA-GGGTGTGAAAGATCAACTACAGTGGGGTAAGACTAAGGCCAAATATAAGATTTAAGGATCTGTTTAGTTCAGCATTTCTACTTTTGGAAAGCTGACGTTTAGAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15925420 216 +  48394510 TGCAAATTCTTAAAATGCCCAAGTGATCCATTTGGATTTATACAGTAGCCATAAAACTATTGAATATAAGCTGGTGAGTTATATGAGTAGACCCTATAT---------TATCTTTGATGGGTGTGAAAGGTCAACTACAGTTGGGTACGACTAAGGCCAAATATAAGATTTAAGGATCTGTTTATTTCAGCGTTTCTGCTTTTAGGAATGTGACCTTTAGAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=218372.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15929101 211 +  48394510 TAATTTCCCTACTTGGGGGTGGGAAGGGGAAAAGTGGGAGGGTTCAAatactcagttccaatctgcagatattctaatgtaattggtcttaagtgaggctcaggctctgatatttgttagaaacttcccatgagattctaatgtgaattcagcattgagagcTTCT-----------AGTGAGTACTTTGCATATAATAAGTTCTCAAAAATAATTATTCTC----------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 7
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165759204  68 - 196418989 tta---------tatatacgtgtgtgtgtg--tatatatatatac------------------------------------------------------gtg--------------------------------------------------------tgtgcgcctatatatatatGAGAACATAttt-------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15929312   7 +  48394510 I

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s hg19.chr21     17610425 288 +  48129895 ttttagacacaggttctcactctgtcacccaggctgg----agtgcagtagtcagaccatggctcactccagcctcaaccttctggtcccaagccatcctcctgcctcagcttcccaagtagctgggattatag--gtgtgatatgatatcacatctggctaattttta-ttttttgtatagacagggtcttgctatatttcccaggctggtcttgaactcctgtcctcaagcaatcctcctgccttagcctcccaaagtgctggggttacaggtgtgagccaccatacctggcc
s panTro2.chr21  16338676 288 +  46489110 ttttagacacaggttctcactctgtcacccaggctgg----agtgcagtagtcagatcatggctcactccagcctcaaccttctggtcccaagccatcctcctgcctcagcgtcccaagtagctgggattatag--gtgtgatatgatatcacgtctggctaattttta-ttttttgtatagacagggtcttgctatatttcccaggctggtcttgaactcctgtcctcaagcaatcctcctgccttagcctcctaaagtgctggggttacaggtgtgagccaccatacctggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15929319 290 +  48394510 ttttagagacaggttctcactctgtcacccaggctgg----agtgcagtagtcagatcatggctcgctccagcctcaaccttctgggcccaagccatcctcctgcctcagcttcccaagtagctgggagtataggtgtgtgatgtgatatcacatctggctaattttta-ttttttgtatagacagggtcttgctatattgctcaggctggtcttgaactcctgtcctcaagcaatcctcctgcctcagcctcccgaagtgctggggttacaggtgtgagccaccatacctggcc
i ponAbe2.chr21 I 7 C 0
s rheMac2.chr3  165759272 289 - 196418989 -tttagagacagggccttactctgtcacccaggctggctgaagggcagtagtgagatcatggctcactccagcctcaaccttctgggcccaagccgtcctccagcttcagcttcccgagtagcttggattacag--gt---atgtgatatcacatctggctaatttttatttttttgtatagacagggtcttcctacgttgctcaggctggtcttgaacgcctgtcctcaagcaatcctcctgcctctgtctcctaaagtgctggggttacaggtgtgagccaccatacctggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=41218.000000
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s panTro2.chr21  16338964 42 +  46489110 TGTCCTCATATTTTAATTGAATATGTTTTTTCTTTAATTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15929609 42 +  48394510 TGTCCTCATATTTTAATTGAATACGTTTTTTCTTTAATTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165759561 42 - 196418989 TGTTCTCCTATTTTAATTGAATATGTTTTCTCTTTAATTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=64902.000000
s hg19.chr21     17610755 76 +  48129895 AGTAATGTaacttgggcaacatggcaaaaccccatctctac-aaaaaatacaatataattagccaaccgtggtggtg
s panTro2.chr21  16339006 76 +  46489110 AGTAATATagcttgggcaacatggcaaaaccccatctctac-aaaaaatacaatataattagccaaccgtggtggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15929651 77 +  48394510 AGTAATGTagcttgggcgacatggcaaaaccacatctctacaaaaaaatacaatataactagccaaccgtggtggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165759603 76 - 196418989 AGTAATGTagcttaggcaacatggcaaaaccccatctctac-aaaaaatacaaaataattagccaaccgtggtggtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17610831 147 +  48129895 cgctcctgtagtcccagatacttgagaggctgaggtgggaggatcacttgagcctgggatgtctaggctacagtgagccataatcatgccactgcactccagcctgggcaacagagtgagattctgtctcaag-aaaaaaaaaaTTAC
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i rheMac2.chr3  C 0 I 4
s ponAbe2.chr21  15929728 147 +  48394510 cgctcctgtagtcccagatacttgagaggctgaggtgagaggatcacttgagcctgggatgtctaggctatggtgagccataatcatgccactgcactgcagcctgggcaacagagtgagatcctgtctcaag-aaaaaaaaaaTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
s panTro2.chr21  16339082 147 +  46489110 cgctcctgtagtcctagatacttgagaggctgaggtgggaggatcacttgagcctgggatgtctaggctacagtgagccataatcatgccactgcactccagcctgggcaacagagtgagattctgtctcaag-gaaaaacaaaTTAC
i panTro2.chr21 C 0 I 4

a score=380693.000000
s hg19.chr21     17610978 74 +  48129895 AATAAAGCCTTGAATACATACATTGAAAAGCCTTGAGATGTATAAATTATGCCAGAGGAAGTCCAGTAAAAGAA
s rheMac2.chr3  165759831 74 - 196418989 AATGAAGCCTTGAATACATCCATTGAAAAGCCTTGAGGTGTATAAATTATGTCAGAGGAAGTCCAGTAAAAGAA
i rheMac2.chr3  I 4 C 0
s ponAbe2.chr21  15929879 74 +  48394510 AATAAAGCCTTGAATACACACATTGAAAAGCCTTGAGATGTATAAACTATGCCAGAGGAAGTCCAGTAAAAGAA
i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s panTro2.chr21  16339233 74 +  46489110 AATAAAGCCTTGAATACATACATTGAAAAGCCTTGAGATGTATAAACTATGCCAGAGGAAGTCCAGTAAAAGAA
i panTro2.chr21 I 4 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16339395 65 +  46489110 GTGTGGTACTTTTGATGCATTTTGAATAAGGACTGAAAAAAGTTCACAAAGATTGGTCAGTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15930041 65 +  48394510 GTGTGGTACTTTTGATGCATTTTGGGTAAAGACTGAAAAAAGTTCACAAAGATTGGTCAGTTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165759993 65 - 196418989 GTGTGGTATGTCTGCTGCATTTTGAGTAAAGACTGAAAAATGTTCACAAAGGTTGGTCAATTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241644.000000
s hg19.chr21     17611205 43 +  48129895 AGTATGGAATTTAAATCACAGTTGTCATCTTATTAATGGCTAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15930106 43 +  48394510 AGTATGGAATTTAACTCACAGTTGTCATCTTATTAATGGCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165760058 43 - 196418989 AGTATGGAATTTAAGTCCCAGTTGTCATCTTATTAATGGTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224667.000000
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s panTro2.chr21  16339503 48 +  46489110 TATTTTTCTTGAAATTTCCATTTTATATGATATAGTAGTTTGCAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15930149 46 +  48394510 --TTTTTTTTGAAATTTCCATTTTATATAATACAGTAGTTTGCAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165760101 48 - 196418989 TATTTTTCATGAAATTTCCATTTTATATGATATAGTAGTTTGCAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16339551 50 +  46489110 ACTTTCATTTACATAGTATATGGTCATTTGAGTCATATTTATTTGTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15930305 104 +  48394510 AAACATCAGTTTATAATTGAAAATTTCAGTTTTATTGAAGTTTTGCTTCAAGACAGTTAAGGTTTAGTAGTGTTCCCATTTTTGTCTTTGTAAAAATATTTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165760260 104 - 196418989 AAACATCAGTTTATAATTGAAAGTTTCAGTTTTATTGAAGTTTTGGTTCAAGAAAGTTAAGATTTAGTAGTGCTCCCATTTTTGTCTCTGTAAAAATATTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=340942.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165760618 38 - 196418989 TTGCTAtagactatgctgcagtaataaaccatccctac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16340009 38 +  46489110 atactatagactatgctgcagtaataaaccatccccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24744.000000
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s rheMac2.chr3  165760656 36 - 196418989 atttcactggtttatctcgacaagggtttaCttttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 I 112

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 I 112 C 0

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s rheMac2.chr3  165760720 173 - 196418989 ttgctctgttgcccaggctggagtgcagtgtcatgatctcggctcactgaagcctgtgcctcccaggttcaagtgattcttgtgcctcatcctcctgagtagctgggattacaggcacctgccaccatgcccggccattttttgtatttctagtagaggcggggtttcaccat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931093 53 +  48394510 agcccagactcagggaggcaccatATTGACTCATGTGACAGC---GAAAGGGACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761045 56 - 196418989 AGCCCAGACTCAGGGAGGCACCATATTGACTCATGTTACAGGGAAGAAAGGGACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1184050.000000
s hg19.chr21     17612258 231 +  48129895 TGATGAACAGcagttcactgttaacacatgtcacatgggtacttctcattcaaaaggggtgagaaa-gtacattcctactatgtgcctgggaggagaggagAATTGGAGTGTTTGTAAACGAGTCCTAGAGAGACCCACAAACGTCTTCTGATGGATGAGATACCGGATGACAGCGtatctttttcttctcaacataagcctgtattgtaaggaaggtagaatcttatcatt
s panTro2.chr21  16340625 231 +  46489110 TGATGAACAGTAGttcactgttaacacatgtcacgtgggtacttctcattcaaaaggggtgagaaa-gtacattcctactatgtgcctgggaggagaggagAATTGGAGTGTTTGTAAACGAGTCCTAGAGAGACCCACAAACGTCTTCTGATGGATGAGATACCGGATGACAGCGtatctttttcatctcaacataagcctgtattgtaaggaaggtagaatcttatcatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931146 232 +  48394510 TGATGAACAGTAGttcactgttaatacaagtcacatgggtacttctcattcaaaaggggtgagaaaggcacattcctactatgtgcctgggaggagaggagAATTGGAGTGTTTGTAAGTGAGTCCTAGAGAGACCCACAAACGTCTTCTAATGGATGAGATACTGGATGacagcatatctttttcttcccaacataagcctgtattgtaaggaaggtagaatcttatcatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761101 230 - 196418989 TGATGAACAGTAGttcactgttaacacaggtcacgtgggtacttctctttttaaagggg-gaggaa-gtacattcctactatgtgcccgggaggagaggagAATTGGAGTGTTTGTCAATGAGTCCGAGAGAGACCCACAGACGCCTTCTGATGGATGAGATACTGAATGACAGTGTATCTTTTTCTTCTCAACATAAGCCTGTATTGTAAGGAAGGTAGCATCTTATCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=225949.000000
s hg19.chr21     17612489 40 +  48129895 gcacctt--ctcagataggaagttgagaatcagaatgcctgg
s panTro2.chr21  16340856 42 +  46489110 gcaccttttctcagataggaagctgagaatcagaatgcctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931378 40 +  48394510 gcacctt--ctcagataggaagctgagaatcagaatgcctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761331 40 - 196418989 GCACCTT--CTCAGATAGGAAGCTGAGAATCAGAATGCCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235177.000000
s hg19.chr21     17612529 40 +  48129895 acagcgtcactatacacccacagctagtgagtagagggat
s panTro2.chr21  16340898 40 +  46489110 acagcgtcactatacacccacagctagtgagaagagggat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931418 40 +  48394510 acagcgtcactatacacccacagctagtgagaagagggat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761371 40 - 196418989 ACAGCGTCACTATACACCCACAGCTAGTGAGAAGAGGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1109417.000000
s hg19.chr21     17612569 134 +  48129895 caggTTTATTATGTCTTTACAGCATAATTATGTCTCCATATATTTCATTGATATGAAACCTGTACTGTGTTCTGCTACTTTACATTCTATGATCCTTTTATATAATTGCTACTTTATTTTATAATCAAACAAAG
s panTro2.chr21  16340938 134 +  46489110 caggtttATTATGTCTTTACAGCATAATTATGTCTCCATATATTTCATTGATATGAAACCTGTACTGTGTTCTGCTACTTTACATTCTATGATCCTTTTATATAATTGCTACTTTATTTTATAATCAAACAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931458 134 +  48394510 caggTTTATTATGTCTTTATAGCATAATTATGTCTCCATATATTTCATTGATATGAAACCTGTACTGTGTTCTGCTACTTTACATTCTATGATCCTTTTACATAATTGCTACTTTATTTTATAATCAAACAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761411 134 - 196418989 CAGGTTCATTATGTCTTTATAGCATAATTATGTCTCCATATATTTCATTGATATGAAACCTGTACTGTGTTCTGCTACTTTACATTCTATGATCCTTTTACATAATTGCTACTTTATTTTATAATCAAACAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=234327.000000
s hg19.chr21     17612703 39 +  48129895 AGCCAGTTTATGATAAGCATAGATTCTTAGGTTTAAGTG
s panTro2.chr21  16341072 39 +  46489110 AGCCAGTTTATGATAAGCATAGATTCTTAGGTTTAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931592 39 +  48394510 AGCCAGTTTATGATAAGCACAGATTCTTAGGTTTAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761545 39 - 196418989 AGTCAGTTTATGACAAGCATAGATTCTTAGGTTTAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=126549.000000
s hg19.chr21     17612742 58 +  48129895 TGTAAATTTATAACTATTACCATCGGTTTGTCTTTTATACTTTCCTTTAAATAATATT
s panTro2.chr21  16341111 58 +  46489110 TGTAAATTTGTAACTATTACCATCGGTTTGTCTTTTATACTTTCCTTTAAACAATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931631 58 +  48394510 TGTAAATTTATAACTATTACTATCGGTTTGTCTTTTATACTTTCCTTTAAACAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761584 58 - 196418989 TGTAAATTTATAACTATTACCATCAGTTTTTCTTTTACACTTTGCTTTAAACAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204871.000000
s hg19.chr21     17612800 50 +  48129895 TTTTAGTGTTAAAAATTATTCCTACCTTCAGTCCACCTTTACATTTTCGC
s panTro2.chr21  16341169 50 +  46489110 TTTTAGTGTGAAAAATTATTCCTACCTTCAGTCCACCTTTACATTTTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931689 50 +  48394510 TTTTAGTGTTAAAAATTATTCCTACCTTCAGTCCACCTTTACATTTTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761642 50 - 196418989 TTTTAGTGTTAAAAATTATTCCTACCTTCAGTCCACCTTTACATTTTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=104275.000000
s hg19.chr21     17612850 41 +  48129895 TAAAAAATATTCTGTTAAGTTGAAAAACGAAGCAAATCATT
s panTro2.chr21  16341219 41 +  46489110 TAAAAAATATTCTGTTAAGTTGAAAAACAAAGCAAATCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931739 41 +  48394510 TAAAAAATATTCTGTTAAGTTGAAAAACGAAGCAAATCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761692 41 - 196418989 TAAAAAATATTCTGTTAAGTTGAAAAATGAAGCAAATCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=513594.000000
s hg19.chr21     17612891 173 +  48129895 GCCACTGGACACCATATTTATATCACTGGGAATGATGTTGTTTCTCAATAGGATTTGATTTTATCTGAAATTCC-AATGTTTCCACCGACAATATAAAGAAAAAACAAAAACAAGAACAATCTGCTAATGAACAGTTTCTGAAGGGACAGAAGGGAAGTTTTCCAAATGCAAAG
s panTro2.chr21  16341260 172 +  46489110 GCCACTGGACACGATATTTATATCACTGGGA-TGATGTTGTTTCTCAATAGGATTTGATTTTATCTGAAATTCC-AATGTTTCCACCGACAATATAAAGAAAAAACAAAAACAAGAACAATCTGCTAATGAACAGTTTCTGAAGGGACAGAAGGGAAGTTTTCCAAATGCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931780 174 +  48394510 GCCACTGGACACCATATTTATATCACTGGGAATGATGTTGTTTCTCAATAGGATTTAATTTTATCTGAAATTCCAAATGTTTCCACTGACAATATAAAGAAAAAACAAAAACAAGAACAATCTGCTAATGAACAGTTTCTGAAGGGACAGAAGGGAAGTTTTCCAAATGCAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761733 167 - 196418989 GCCACTGGACACCATATTTATATCACTCAGAATGATGTTGTTTCTCAATAGGA------TTTATCAGAAATTCC-AATGTTTCCACCGACAATATAGAGAAAAAGCAAAAACAAGAACAACCTGCTAATGAACAATTTCTGAAGGGACAGAAGGGAAGTTTTCCAAATGCAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17613064 14 +  48129895 CTCAGCCAAAAGGG
s rheMac2.chr3  165761900 14 - 196418989 CTCAGCCAAAGGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931954 14 +  48394510 CTCAGCCAAAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16341432 14 +  46489110 CTCAGCCAAAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-28236.000000
s hg19.chr21     17613078 5 +  48129895 AGAAT
s rheMac2.chr3  165761914 5 - 196418989 AGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 9
s ponAbe2.chr21  15931968 5 +  48394510 AGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16341446 5 +  46489110 AGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=19370.000000
s hg19.chr21     17613083 45 +  48129895 TTATTGTTGTTGTTGtttatttgtttcctgagacagagtctcact
s panTro2.chr21  16341451 45 +  46489110 TTATTTTGGTTGTTGtttatttgtttcctgagacagagtctcact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15931973 45 +  48394510 TTATTGTTGTTGTTGtttgtttgtttcctgagacagagtctcact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165761928 45 - 196418989 ttgttgttgttgttgttTGTTTGTTTCCTgagacagagtctcact
i rheMac2.chr3  I 9 C 0

a score=83475.000000
s hg19.chr21     17613128 93 +  48129895 atgttgcccaggctggacttgaactgctgggttcaaatgatcctcctgcctcagcctcccaagtagctaggattctaggcaggtgccaccAGA
s rheMac2.chr3  165761973 93 - 196418989 atgttgcccaggctggacttgaactcctgggctcaaatgatcctcctgcctcagcctcccaagtaggtaggattctaggcaggtgccaccaga
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  15932018 93 +  48394510 atgttgcccaggctggacttgaactactgggctcaaatgatcctcctgcctcagcctcccaagtagctaggattctaggcagatgccaccAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16341496 93 +  46489110 atgttgcccaggctggacttgaactgctgggttcaaatgatcctcctgcctcagcctccaaagtagctaggattctaggcaggtgccaccAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-108794.000000
s hg19.chr21     17613221 22 +  48129895 CCAGCTCAATGGGGAGGTTTAC
s panTro2.chr21  16341589 22 +  46489110 CCAGCTCAATGGGGAGGTTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932111 22 +  48394510 CCAGCTCAATGGGGAGGGTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165762067 22 - 196418989 ccagcTCAATGGGGAGGGTTAC
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=161291.000000
s hg19.chr21     17613243 31 +  48129895 TAATGC-------------AATTTTGCTACACCAAAATGGTGGC
s panTro2.chr21  16341611 31 +  46489110 TAATGC-------------AATTTTGCTACATCAAAATGGTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932133 31 +  48394510 TAATGC-------------AATTTTGCTACACCAAAATGGTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165762089 44 - 196418989 TAATGCAAATTGCATTAGTAATTTTCCTACACCAAAATGGTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=82019.000000
s hg19.chr21     17613274 33 +  48129895 ATCTATTTATTTACTTATTTTAAATAGGAAGAA
s panTro2.chr21  16341642 33 +  46489110 ATCTATTTATTTACTTATTTTAAATAGGAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932164 32 +  48394510 ATCTATTTATTTACTTATTTT-AATAGGAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165762133 33 - 196418989 ATCTATTTATTTACTTATTTTAAATAGGAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=343229.000000
s hg19.chr21     17613307 56 +  48129895 GTCAGAAGACTTAATGAATCAAGCATTACttataattatattttttaataCAACGC
s panTro2.chr21  16341675 56 +  46489110 GTCAGAAGACTTAATGAATCAAGCATTACttataattatattttttaataCAACGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932196 56 +  48394510 GTCAGAAGACTTAATGAATCAAGCATTACttataattatattttttaataCAACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165762166 48 - 196418989 GTCAGAAGACTTAATGAATCAAACATTACTTATAATTATATTTTTTC--------C
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1089760.000000
s hg19.chr21     17613363 92 +  48129895 TTTGAGCATGGACTTAAAAATGCAGAGATGAAATATAAGAGCTTCTTGGAAGCAAACATTGTTGGACAGACTTATAATGTGTCAGGATTTTC
s rheMac2.chr3  165762214 92 - 196418989 TATGAGCATGGACTTAAAAACTCAGAGATGAAACAGAAAATCTTCCTGGAAGCAAACATTGTTGGATAGACTCATAATGTGTCAGGTTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932252 92 +  48394510 TATGAGCACGGACTTAAAAATGCAGAGATGAAGTATAAAAGCTTCCTGGAAGCAAACATTGTTGGACAGACTTATAATGTGTCAGGTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16341731 92 +  46489110 TATGAGCATGGACTTAAAAATGCAGAGATGAAATATAAGAGCTTCTTGGAAGCAAACATTGTTGGACAGACTTATAATGTGTCAGGTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=801226.000000
s hg19.chr21     17613455 61 +  48129895 AAACTCATTTTCTATAACTTTCCAAAGATGCTGTCAAATGAAGGATGAGTCAGGTTTTCCA
s rheMac2.chr3  165762306 61 - 196418989 AAACTCATTTTCTATAACTTTCCAAAGATGCTGTCAAATGAAGGATGAGTCAGGTTTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932344 61 +  48394510 AAACTCATTTTCTATAACTTTCCAAAGATGCTGTCAAATGAAGAATGAGTCAGGTTTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16341823 61 +  46489110 AAACTCATTTTCTATAACTTTCCAAAGATGCTGTCAAATGAAGGATGAGTCAGGTTTTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1286480.000000
s hg19.chr21     17613516 135 +  48129895 TAAAAACATCATTCTAATTTTGTAAAACGGTGTGGCTCAAAACTATAAATTGGGCTGCCAAACTATT-------TCTCTCAAATGTTTGATGGTTTGGGAACATGTAGAATCCATTATATTTTCTTCATTAAAGGACTCCAT
s rheMac2.chr3  165762367 131 - 196418989 TAAAAATATCATTCTAATTTCGTAAAACAGTGTGGCTCAAAACTATAAATTGGGCTGCCAAACTATG-------CCTCTC-AATGTTTGATGGTTTGGGAACATGTAGAATCCATTATATTTTCTTCATTAAAGGA---CAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932405 142 +  48394510 TAAAAACATCATTCTAATTTTGTAAAACAGTGTGGCTCAAAACTATAAATTGGGCTGCCAAACTATTTCTCTCATCTCTCAAATGTTTGATGGTTTGGGAACATGTAGAATCCATTATATTTTGTTCATTAAAGGACTCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16341884 135 +  46489110 TAAAAACATCATTCTAATTTTGTAAAACGGTGTGGCTCAAAACTATAAATTGGGCTGCCAAACTATT-------TCTCTCAAATGTTTGATGGTTTGAGAACATGTAGAATCCATTATATTTTCTTCATTAAAGGACTCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-148450.000000
s hg19.chr21     17613651 46 +  48129895 ATAATAAAGTGATTTATTGTGACAATTTAATTTATTGTGATAATTT
s rheMac2.chr3  165762498 46 - 196418989 ATAATAAAGTGATGTGttgtgataatttaatttattgtgataattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932547 46 +  48394510 ATAATAAAGTGATTTATTGTGACAATTTAATTTATTGTGATAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16342019 46 +  46489110 ATAATAAAGTGATTTATTGTGACAATTTAATTTATTGTGATAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=767603.000000
s hg19.chr21     17613697 113 +  48129895 AATGTTTGTGATTCAATGGAAAAACATCATTCTTTTCATAAATGTGATGTAATAACATAATATTCATCACTGGGTGCACAAAAGAAGTTTATGGATATATGACTCTGCTGCTA
s rheMac2.chr3  165762544 113 - 196418989 aatgtttgtgatTCAATGGAAAAACACCATCTTTTTCATAAATGTGATGTAATAACATAATATTCACCATTGGGTGCACAAAAGAAGTTTATAGATATATGACTCTGCTGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15932593 113 +  48394510 AAAGTTTGTGATTCAATGGAAAAACACCATTTTTTTCATAAATGTGATGTAATAACATAATATTCATCATTGGGTGCACAAAAGAAGTTTATGGATATATGACTCTGCTGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16342065 113 +  46489110 AATGTTTGTGATTCAATGGAAAAACACCATTCTTTTCATAAATGTGATGTAATAACATAATATTCATCATTGGGTGCACAAAAGAAGTTTATGGATATATGACTCTGCTGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-476263.000000
s hg19.chr21     17613810 41 +  48129895 AGCTATCAGAAGGATTCGTGCCCCTGTCACTCCACACACGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=231707.000000
s hg19.chr21     17613851 37 +  48129895 TTTAGAAAGATAACAGCCATGATTTTTGATATGTAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1049290.000000
s hg19.chr21     17613888 76 +  48129895 GTCCCAACCATTGTGTGTTCAGGAATCTGTCTGCATCATGACACAACGGTGGAACTAAGCCATAATGAATGATTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1809895.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16342537 75 +  46489110 CCTTTTCATCTGCACAGAGGGAGATACAAAATCGGAAATGATCTTAATTAAATGTTTTCCGTCCAGAAACAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2312200.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15933191 143 +  48394510 GCGTTCCCTCCTCCCTCTGTGGTGAGATTGCAGGTAATAGACCTTATGACAAACAACAAGGATAAATATTTATCAGGGCACCGAAGAATTTTTGAGTATCTACATTTATTTACATTCATTCCTGTGAACACGTTTAACCATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165763129 143 - 196418989 CCCTTCCCACCTCCCTCTGTGGTGAGATTGCAGGTAATAGACCTTATGACAAAAGACAAGGATAAATATTTATCAGGGCACAGAAGAATTTTTGAGTATCTACATTTATTTACATTCATTCCTGTGAACACGTTTAACCATGT
i rheMac2.chr3  C 0 I 25

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i rheMac2.chr3  I 25 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16342832 109 +  46489110 ATAATATTTTCAAATAAAATTGTATCCCCTGAACAAATTACAAAAGTGCTTTTAAATATCCAGAATAAATATTTTGAGAATATTCATTTTAAGGTTCAAGTCTCTAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165763336 109 - 196418989 ataatattttcaaataaaattGTATCCCCTGAACAAATTACAAAAGTGCTTTTAAATATCCAGAATAAATATTTTGAGAATATTCATTTTAGGGTTCAAGCTTCTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165763851 59 - 196418989 TTTTAAGAAAAAA---ATGTGAGGAATTTAACATATTTATTCTGGTAGAAACATGTTTTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15933968 118 +  48394510 AGAGGAATGTTATATTTAGATAAAATATCAGTTTCATATAAACAAACTATAGCTTTTAAATTATAAGTACATCTTATAATTTTTATATTTTCGCATCCATAGATTATTTATTG--------ATAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165763910 122 - 196418989 AGAGGAATGTTATATTTAGATAAAATATCAGTTTCatttaaacaaattataactttaaaattataactatatcttataatgtttatattttCACATCCATCTA----TTATTGATAGATAAATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16343988 92 +  46489110 GAATCTACACTTTATAATATTACAATAAAGGAAAGAAATAGTTATCATTACTACATTTGGAGATTTTTTTAAATGTAGTTTCTCGTTG-AAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15934526 93 +  48394510 GAATCTACACTTTATAATATTACAATAAAGGAAAGAAATAGTTATCATTACTACATTTGGAGATTTTTTTAAACGTAGTTTCTCATTGAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165764474 93 - 196418989 GAATCTACACTTCATAATATTACAATAAAGGAAAGAAATAGTTATCATTATTACATTTGGATGTGTTTTTAAATGTAGTTTCTCGTTGAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=839836.000000
s hg19.chr21     17615716 73 +  48129895 AATTTACTTTCAACCACAAGAAGTTGATTATTCTGTGTGTTTTTATCAGATAGGCTTTATATAATTTCTTGTA
s panTro2.chr21  16344080 73 +  46489110 AATTTACTTTCAACCACAAGAAGTTGATTATTCTGTGTGTTTTTATCAGATAGGCTTTATATAATTTCTTGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15934619 73 +  48394510 AATTTACTTTCAACCACAAGAAGTTGATTATTCTGTGTGTTTTTATCAGATAGGCTTTATATAATTTCTTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165764567 72 - 196418989 AATTTACTTTCAACCACAAGAAGTTGGTGATTCTGTGTGTTTTTATCAGATAGGCTTTATA-AAATTCTTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=988842.000000
s hg19.chr21     17615789 86 +  48129895 TCTCATAAGGAAGTCCATGCATAATAGACAAAGCATCCAAGAACACAAACTTAATGAAAAACCAGCTTTTGTTGAGATGGTTTCAC
s panTro2.chr21  16344153 86 +  46489110 TCTCATAAGGAAGTCCACGTATAATAGACAAAGCATCCAAGAACACAAACTTAATGAAAAATCAGCTTTTGTTGAGATGGTTTCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15934692 86 +  48394510 TCTCATAAGGAAGTCCATATACAATAGACAAAGCATCCAACAACACAAACTTAATGAAAAACCAGCTTTTGCTGAGATGGTTTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165764639 86 - 196418989 TCTCCTAAGGAAGCCTATATGTAATAGACAAAGCATCCAAGAACACAAACTTAGTGAAAAACCAGTTTTTGTTGAGATGGTTTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=613768.000000
s hg19.chr21     17615875 42 +  48129895 TCCAGTAACCTTGGAAGTGTTGGCGAGTAATTTGAGTTTTAG
s panTro2.chr21  16344239 42 +  46489110 TCCAGTAACCTCGGAAGTGTTGGCGAGTAATTTGAGTTTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15934778 42 +  48394510 TCCAGTAACCTCAGAAGTGTTGGCGAGTGATCTGAGTTTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165764725 42 - 196418989 TCCAGTAACCTCAGAAGTGTTGGTGAGTAATTTGAGTTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=561655.000000
s hg19.chr21     17615917 44 +  48129895 TGACAAGATTCTGTTGCTGCTAGGGATGGTTTTGGCCATTTGAT
s panTro2.chr21  16344281 44 +  46489110 TGACAAGATTCTGTTGCTGCTAGGGATGGTTTTGGCCATTTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15934820 44 +  48394510 TGACAAGATTCTGTTGCTGCTAGGGATGGTTCTGGCCATTTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165764767 44 - 196418989 TGACAAGATTCTGTTGCTGCTAGGGATGGTTCTGACCATTTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 I 835

a score=725413.000000
s hg19.chr21     17615961 115 +  48129895 AGGCTGAGTTTTTACAAGAATAATTTACTGTGTTTACAGACAGCTTAGGTCTTATTAGGGAATATTAACCCTTCCCCCAAGTTTAGGTTCTATGTGTGCGTAAATTAAGAGATCT
s panTro2.chr21  16344325 115 +  46489110 AGGCTGAGTTTTTACAAGAATAATTTACTGTGTTTACAGACAACTTAGGTCTTATTAGGGAATATTAACCCTTCCCCCAAGTTTAGGTTCTATGTGTGCGTAAATTAAGAGATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15934864 115 +  48394510 AGGCTGAGTTTTTACAAGAATAATTTACTGTGTTTACAGGCAGCTTAGGTCTTATTAGGGAATATTAACCCTTCCCCCAAGTTTAGATTCTATGTGTGCGTAAATTAAGAGATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165765646 115 - 196418989 aggCTGAGTTTTTACAAGAATAATTTACTGTGTTTATAGACAGCTTAGATCTCATTAGGGAATATTAACCCTTCCCCCAAGTTTAGGTTCTATGTGTGCGTAAATTAAGAGATCT
i rheMac2.chr3  I 835 C 0

a score=282024.000000
s hg19.chr21     17616076 48 +  48129895 ATTTCTGTTTTGGAAAGCACACAGtatattttaaatataatttttaaa
s panTro2.chr21  16344440 48 +  46489110 ATTTCTGTTTTGGAAAGCACACAGtatattttaaatataatttttaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15934979 48 +  48394510 ATTTCTGTTTTGGAAAACACACAGtatattttaaatatgatttttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165765761 48 - 196418989 ATTTCTGTTTTGGAAAACACACaatatattttaaatataatttttaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=566405.000000
s hg19.chr21     17616124 84 +  48129895 tgtaatttttaaaaGAAAGGCTCTATTTTAGCCTTCTAAATTATATCTTCTATATACACTTGGTATTGCTGAATAACCAAAATT
s panTro2.chr21  16344488 84 +  46489110 tgtattttttaaaaGAAAGTCTCTATTTTAGCCTTCTAAATTATATCTTCTATATACACTTGGTATTGCTGAATAACCAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935027 84 +  48394510 tgtaatttttaaaaGAAAGGCTCTATTTTAGCCTTCTAAATTATATCTTTTATATACAGTTGGTATTGCTGAATAACCAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165765809 84 - 196418989 tgtaatttttaaaaGAAAGGCTCTATTTTAGCTTTCTAAATTATATCTTCTATACACACTTGATATTGCTGAATAACTAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305817.000000
s hg19.chr21     17616208 66 +  48129895 AGCTTTCGCTTTTCTTGCTGGAAATTTGTAATTTTCTTAACATATTCTTTCTGTTCTGAGTAAAAG
s panTro2.chr21  16344572 66 +  46489110 AGCTTTCGCTTTTCTTGCTGGAAATTTGTAATTTTCTTAACATATTCTTTCTGTTCTGAGTAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935111 66 +  48394510 AGCTTTCGCTTTTCTTGCTGGAAATTTGTAATTTTCTTAACATGTTCTTTCTGTTCTGAGTAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165765893 66 - 196418989 AGCTTTCACTTTTCCTGCTGGAAATTTGTAATTTTCTTAACATATCCTTTCTGTTCTGAGTAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=66083.000000
s hg19.chr21     17616274 33 +  48129895 TAAATAAAGGTAATTAAAATACAGTATTTTTTT
s rheMac2.chr3  165765959 33 - 196418989 TAAATAAAGGTAATTAAAATACAGTATTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935177 33 +  48394510 TAAATAAAGGTAATTAAAATACAGTATTTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16344638 33 +  46489110 TAAATAAAGGTAATTAAAATACAGTATTTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=527418.000000
s hg19.chr21     17616307 158 +  48129895 AAAAACTTTTGAAAAGGTTCATCTTTTAAATTCTTCAATGATATGTAAAAGTTTCTACCTATGAATTTA-TTTTTTGTTACTGATAAATTTGTATTAAATAATTGATGCCTAAAATATATATTTAGTAGAATAAAGAAATTAGCTATAAAACAAAATTA
s panTro2.chr21  16344671 157 +  46489110 AAAAACTTTTGAAAAGGTTCAGCTTTTAAATTCTTCAATGATATGTAAAA-TTTCTACCTATGAGTTTA-TTTTTTGTTACTGATAAATTTGTATTAAATAATTGATGCCTAAAATATATATTTAGTAGAATAAAGAAATTAGCTATAAAACAAAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935210 158 +  48394510 AAAAATTTTTGAAAAGGTTCAGCTTTTAAATTCTTCAATTATATGTAAAAGTTTCTACCTATGAACTTATTTTTTTGTTACTGAT-AATTTGTATTAAATAATTGATGCCTAAAATATGTATTTAGTAGAATAAAGAAATTAGCTATAAAATGAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165765992 158 - 196418989 AAAAACTTTTGAAAACTTTCAGCTTTTAAATTCTTCAATTATATGTAAAAATTTCTACCTATGAGCTTA-TTTTTTGTTACTGATAAATTTGTATTAAATAATTGATGCCTAAAACATATATTTAGTAGAATAAAGAAATTAGCTATAAAACAAAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17616465 35 +  48129895 GAAGAGCCACAAACTAGACAgggcactgtggctca
s panTro2.chr21  16344828 35 +  46489110 GAAGAGCCACAAACTAGACAgggcactgtggctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935368 35 +  48394510 GAAGAGCCACAAACTAGACAgggcactgtggctca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165766150 35 - 196418989 GAAGAGCCACAAACTAGACAgggcacagtggctca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70213.000000
s hg19.chr21     17616500 78 +  48129895 tgtgtgtaattccagcactttgagaagccgaggcaggtggatcacctgaggtcaggagttcgagg-ccagcctggccaa
s rheMac2.chr3  165766185 79 - 196418989 tgtgtgtaatttcagcagtttgagaagccgaggcaggtgggtcacttgaggtcaggagttcgaggcccagcttggccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935403 78 +  48394510 tgtgtgtaattccagcactttgagaagccgaggcaggtggatcacctgaggtcaggagttcgagg-ccagcctggctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16344863 78 +  46489110 tgtgtgtaattccagcactttgagaagccgaggcaggtggattacctgaggtcaggagttcgagg-ccagcctggccaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=70907.000000
s hg19.chr21     17616578 79 +  48129895 catggcgaaaccctttttctactgaaaatacaaaaattacccaggcatggtggcaggcatctgtaattccagctacttg
s rheMac2.chr3  165766264 79 - 196418989 catggtgaaaccctgtctctactgaaaatacaaaaattagtcaggcatggtggcaaccatctgtaatcccagctactcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935481 79 +  48394510 catggcgaaaccctttctctactgaaaatacaaaaattacccaggcatggtggcaggcatctgtaattccagctactcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16344941 79 +  46489110 catggcgaaacgctttctctactgaaaatacaaaaattacccaggcatggtggcaggcatctgtaattccagctactcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=121770.000000
s hg19.chr21     17616657 106 +  48129895 ggaggctgaggcaggagaatcactagaacccgagaggtggaggttgcagtgagctgagattgtgccactgcactccaacctggtgacagagggagactctgcct--aa
s rheMac2.chr3  165766343 108 - 196418989 ggagactgaggcaggagaatcactagaacccgagaggtggaggttgcagtgagctgagatcgtgccactgcactccaacctggtgacaaagggagactctgtctAAaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935560 106 +  48394510 ggaggctgaggcaggagaatcactagaacccgagaggtagaagttgcagtgagctgagatcgtgccactgcactccaacctggtgacagagggagactctgcct--aa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16345020 106 +  46489110 ggaggctgaggcaggagaatcactagaacccgagaggtggaggttgcagtgagctgagattgtgtcactgcactccaacctggtgacagagggagactctgcct--aa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=16165.000000
s hg19.chr21     17616763 61 +  48129895 aataaaataaaaataattaaa---------aaaaaaaaaaGAGCCACAAACTAAAGTCTGGTTGGGTTGG
s panTro2.chr21  16345126 61 +  46489110 aataaaataaaaataattaaa---------aaaaaaaaaaGAGCCACAAACTAAAGTCTGGTTTGGCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935666 69 +  48394510 aataaaataaaataaaataaaaata-atttaaaaaaaaaaGAGCCACAAACTAAAGTCTGGTTTGGCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165766451 70 - 196418989 aataaaataaaataaaataataaaataaaataaaataaaataTCCTCAAACTAAAGGCTGGTATGGCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89502.000000
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s rheMac2.chr3  165766521 30 - 196418989 GTTTCATTGCC-TTGCTAGGAATGTACGctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935735 30 +  48394510 GTTCCATTGCC-TTGCTAAGAATGTAAGctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16345187 30 +  46489110 GTTCCATTGCC-TTGCTAAGAATGTAAGctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=154207.000000
s hg19.chr21     17616855 38 +  48129895 CTACTATCTAGGTACATCAGCTGTACATATGTCTTGTA
s panTro2.chr21  16345217 38 +  46489110 ctactatctaggtacatcagctatacatatgtcatgta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165766551 38 - 196418989 ctactatctaggtacatcagctgtacatatgtcattta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=105171.000000
s hg19.chr21     17616893 48 +  48129895 GCCCTTTAGGGTCTCAGAATTTGTCTCTGAAAATAAGAGGATTGGAT-A
s panTro2.chr21  16345255 47 +  46489110 gccctttagggtctcagattttgtctctgaaaataagaggattggaT--
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=262190.000000
s hg19.chr21     17616941 70 +  48129895 AAAAAAAAAAAAAG---CTCAGTACTATTTTATAATTCCAGATGACAAGCTGAAGGATCAAGTCTTTAGCTTC
s panTro2.chr21  16345302 70 +  46489110 AAAAAAAAAGAAAG---CTCAGTACTATTTTATAATTCCAGATGACAAGCTGAAGGATCAAGTCTTTAGCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935852 73 +  48394510 aaAAAAAAAAAAAGCAACTCAGTACCATTTTATAATTCCAGATGACAGGCTGCAGGATCAAGTCTTTAGCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165766636 65 - 196418989 ---AAAAAAAAAAC---CTCAGTACAATTTTATAATTC--GATGACAAGCTGCAGGATCAAGTCTTTAGCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=198116.000000
s hg19.chr21     17617011 40 +  48129895 TTAAAATTGTTATAGAGGATATTGAAAATGTTATT----ACTAA
s panTro2.chr21  16345372 40 +  46489110 TTAAAATTGTTATAGAGGATATTGAAAATGTTATT----ACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935925 44 +  48394510 TTAAAATTGTTATAGAGGATATTGAAAATGTTATGACTAACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165766701 41 - 196418989 TTAAAA---TTATAGAGGATATTGAAAATGTTATTACTAACGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=77500.000000
s hg19.chr21     17617051 14 +  48129895 ATTTGGAGTGAACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16345412 14 +  46489110 ATTTGGAGTGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=79142.000000
s hg19.chr21     17617065 69 +  48129895 TACATG-AAAACATTGATTCTTTTTATTTTTGTTTTGAAAATAGTTAAAAATAAAAACAAGGGGAATTTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15935983 70 +  48394510 TACATGTAAAGCATTGATTCTTTTTATTTTTGTTTTGAAAATAGTTAAAAATAAAAACAAGGGAAATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16345426 69 +  46489110 TACATG-AAAACATTGATTCTTTTTATTTTTGTTTTGAAAATAGTTAAAAATAAAAACAAGGGGAATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1248844.000000
s hg19.chr21     17617134 192 +  48129895 TTATGTCAATCTCACAATTTATAAAGCTTGATATTTTGAGTTGCAAGtaaaattaaatataaaaatctttattaattCTGTCACATTAGTAGAGGTCTCAATGCTGTGAAAGTCCATGTCTAAATTATGACAAAATTATTTTCAACCATATCAGCATTGTTTCAGAAGAAAAGATCACAACTAAATTTACTT
s rheMac2.chr3  165766819 192 - 196418989 GTATGTTAATCTCACAATTTATAAAGCTTGATATTTTGAGTTGCAAGTAAAATTAAATATAAAAATCTTTACTAATTCTGTCACATTAGTATACGTTTCAATGCTGTGAAAGTCCATGTCTAAATTAGGACAAAATTGTTGTCAACCATATCAGCATTGTTTCAGAAGAAAAGATCACAACTAAATTTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15936053 192 +  48394510 TTATGTTGATCTCACAATTTATAAAGCTTGATATTTTGAGTTGCAAGtaaaattaaatataaaaatctttattaattCTGTCACATTAGTATAGGTTTCAATGCTGTGAAAGTCCATGTCTAAATTATGACAAAATTATTTTCAACCATATCAGCATGGTTTCAGAAGAAAAGATCACAACTAAATTTACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16345495 192 +  46489110 TTATGTTAATCTCACAATTTATAAAGCTTGATATTTTGAGTTGCAAGtaaaattaaatataaaaatctttattaattCTGTCACATTAGTAGAGGTCTCAATGCTGTGAAAGTCCATGTCTAAATTATGACAAAATTATTTTCAACCATATCAGCATTGTTTCAGAAGAAAAGATCACAACTAAGTTTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=215992.000000
s hg19.chr21     17617326 33 +  48129895 ACAGCAATCTTACAGGTTTAAGTTTTATTGCGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16347173 236 +  46489110 CTgtctagtttgtcctgatgaaaccaagtaccatagacagggtggcttataaacaacataaagttatttctcacagttctggaatcagggaagtgcaagatcagggtaccagcatggttggattctggtgagggtcctcttccaggttgcagactgccatctgctcattgtattctcacatggcagaaagaggactggagggctctctggggtatctttcataagagcactaatcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=318168.000000
s hg19.chr21     17619054 84 +  48129895 cactgacgagagctccactttcatgatctaattaccccccaaaggccccaactcctcatatcagcacattggaggttaggattt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16347409 84 +  46489110 cactgacgagagctccactttcatgacctaattaccccccaaaggccccacctcctcatatcatcacattggaggttaggattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=556647.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15938963 167 +  48394510 AGCAAGCTCTACATTACTAGTGATGTTAAATTTCAGTAAATGGAAAAATTCCTTGAGACTACTATATTCTCTTTCATTATCCAAATACCTCTAATTTTACAATTTGATTAGTGTTCCTGCCCGTGTACAACCCAATTGAATTACATTGGATGTAATTGCCTGTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165769119 38 - 196418989 AAAATATATCTTTGGATTAAAAGATAAATATTATGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17619484 207 +  48129895 GACCCTGTCTCATTGTGCCATCAGTATATCATGGCTGAGACTATCTCAGATAAGATAATGTATTAGTCGTCTGCTTCCTAGGAAAATGAACACTAAAATGAAATATGGAAGAAATGGATTCTGAGTGTTAAATGTGAGAAACAAGGTTTATACTGAACATTCTAAGCCATTGCCAAATGTCAACTTTAAACTTCAGATCAAGAGATT
s panTro2.chr21  16347839 207 +  46489110 GACCCTGTCTCATTGTGCCATCAGTATATCATGGCTGAGACTTTCTCAGATAAGATAATGTATTAGTCGTCTGCTTCCTAGGAAAATGAACACTAAAATGAAATATGGAAGTAATGGATTCTGAGTGTTTAATGTGAGAAACAAGGTTTATACTGAACATTCTAAGCCATTGCCAAATGTCAACTTTAAACTTCAGATCAAGAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15939168 206 +  48394510 GACCTTGTCTCATTGTGCCATCAGTATATCATGGCTGAGACTTTCTCAGATAAGATAAT-TATTAGTCGTCTGCTTCCTAGGAAAATGAACACTAAAATGAAATATGGAAGAAATTGATTCTGAGTGTTTAATGTGAGAAACAAGGTTTATACTGAACATTCTAAGCCATTGCCAAATCTCAACTTTAAACTTCAGATCAAGAGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165769157 207 - 196418989 GACCTTGTCTCATTATGCCATCAGTATATCATGGCTGAGACTATCTCAGATAAGATAATGTGTTAGTCGTCTGCTCCCTAGGAGAACGAACACTAAAATTAAATATGAAAGAAATTGATTCTGAGTGTTTAATGTGAGAAACAAGGTTTATACTGAACATTCTAAGCCATTGCCAAATGTCAACTTTAAACTTTAGATCAAGAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17619691 90 +  48129895 CAGAATTCTACAGTGTCAGGTATGGTAGATgttctcacaccaaggtgaacacaagaatcaaccgagtgatttatttaaaagagagtcctg
s panTro2.chr21  16348046 90 +  46489110 CAGAATTCTACAGTGTCAAGTATGGTAGATgttctcacaccaaggtgaacacaagaatcaaccgagtgatttatttaaaagagagtcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15939374 90 +  48394510 CAAAATTGTATGATGTCAGGTATGGTAGATgttctcacaccaaggtgaacacaagaatcaaccgagtgatttatttaaaagagagtcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165769364 90 - 196418989 AAGAATTTTATGGTGTCAGGTATGGTAGATgttctcacaccaaggtgaacacaagaatcaccagagtgatttatttaaaagagcatcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17619781 14 +  48129895 agtgccacccccag
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165769454 14 - 196418989 agtgccatccccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16348150 29 +  46489110 aaattcagatttttaaatttttaaataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15939507 71 +  48394510 tctgagtgtgtcttttaaatttacattttgtaccagcaactccaagttattctaatataggtaatccacag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165769497 71 - 196418989 TCTGAGTGTGTCTTTTAAATTTATATGTTGTACCAGCAACTCCTAGTTATTCTAATATAGGTAATCCACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 20 C 0

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s panTro2.chr21  16348428 120 +  46489110 tgta--cccagcactttggaaggccaaggcgggtagatcacctgaggtcaagagtttgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaacacaaaaatcagccggccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15939750 120 +  48394510 tgta--cccagcactttgggaggctgaggcaggtggatcacctgaggtcaagagtttgagactggcctggccaacatggtgaaaccccatctgtactaaaaatacaaaaatcagccggCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 7586
s rheMac2.chr3  165769729 122 - 196418989 tgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggtggatcacctgaggtcaagagtttgagaccagcctagccagcatggtgaaaccctatctctactaaaaatacaaaaatcagccggccgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=69638.000000
s hg19.chr21     17620178  175 +  48129895 ggtggtgtccgcgtgtaatcccagctactcaggaagcggaggcagaagaattgcttgaacctgggagacggaggttgtggtgagtcgagatcgcaccactgcactccatcctgggcaacggagagaaactcagtctcaaacaaaacaaagcaaaaaCATAAACTCTAAATTCCAT
s panTro2.chr21  16348548  174 +  46489110 ggtggtgtccgcgtgtaatcccagctactcaggaagcggaggcagaagaattgcttgaacctgggagacggaggttgtggtgagccgagatcgcaccactgcactccatcctgggcaacggagagaaact-agtctcaaacaaaacaaagtaaaaaCATAAACTCTAAATTCCGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165769851  169 - 196418989 ggctgtgtgcgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaattgcttgaacccgggagacggaggttctggtgagtcgagatcgcaccactgcactccatcctgggcaacggagagaaactctgtctcaaacaaaacaaaacaaaaacataaa---gaaaCTC---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  15939870 7586 +  48394510 I

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s hg19.chr21     17620353 137 +  48129895 tatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtattttttgaggcacagtcttgctctgtgttgcccaggctggagtgcagtggtacaatctcagctcactgcagcctccacctcccagattcaagcga
s panTro2.chr21  16348722 131 +  46489110 ----tatgtgtgtatgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgtattttttgagacacagtcttgctc--tgtcgcccaggctggagtgcagtggtacgatctcggctcactgccccctccacctcccaggttcaagcga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15947456 135 +  48394510 tatgtatgtatgtatatatgtatgtatgtatgtatgtatgtattttttgagacagagtcttgctc--tgttgctcaggctggagtgcagtggtacgatctctgctcactgcagcgtccacgtcccaggttcaagcga
i ponAbe2.chr21 I 7586 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17620490 118 +  48129895 ttctcatgagtagaatgcctcagcctcctgagtacctgcgattacaggtgtgcaccaccatgcccagctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcaccatgttgaccaggct
s rheMac2.chr3  165770145 118 - 196418989 ttctcaagagtagaatgcctcagcctcctgagtagctgggattacaggcatgcaccaccatgcccagctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcgccatgttggccaggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-1810.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=169910.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17620792 26 +  48129895 TTTATATTTTAGAATGTGCTACTATA
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a score=774427.000000
s hg19.chr21     17620818 128 +  48129895 GATTTGCTGGGATGATTCTGATTTTAATCAATTTTTTTTCCTTCTTGTACCATAAAAAATTGAAATGTCCCAGAAATTTTGAATACATCTAGAATCTAGACTGTATCTCCCAGATTCCTATTCATATA
s rheMac2.chr3  165770468 127 - 196418989 GATTCGCTGGGATGATTCTGATTTTAATCAA-TTTTTTTCCTGCTTGTACCATAAAAAATTAAAATGTCCCAGAAATTTTGAATACATCCAGAATCTAGACTATATCTCCCAGATTCCCATTCATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15947919 127 +  48394510 GATTTGCTGGGATGATTCTGATTTTAATCAA-TTTTTTTCCTGCTTGTACCATAAAAAATTGAAATGTCCCAGAAATTTTGAATACATCTAGAATCTAGACTGTATCTCCCAGATTCCTATTCATATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=615694.000000
s hg19.chr21     17620946 142 +  48129895 AAAA-TTTTCAGGCAAATTGTCCCTCTTTGGGGTTCACAAATCATGATTGCAAGAGCTAGAAGTAAaccactgtagaatattttagaggctaa-tagtttagaggctaaagaTGTCTCAGAGAATATTGGTCTACCCCTGTCCT
s rheMac2.chr3  165770595 144 - 196418989 AAAAAAATTCAGGCAAATTGTCCCACTTTGGGGTTCATAAATCGTGATTGCAAGAGCTAGAAGTAAACCACAGTAGAAtattttagaggctaattattttagaggctaaAGATGTCTCCAAGAATATTGGTGCACCCCTGTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948046 141 +  48394510 AAAA--TTTCAGGCAAATTGTCCCTCTTTGGGGTTCACAAATCGTGATTGCAAGAGCTAGAAGTAAACCGCTGTAAAATATTTTAGAGGCTAA-TGTTTTAGAGGCTAAAGATGTCTCAGAGAATATTGATCTACCCCTGTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16349308 142 +  46489110 AAAA-TTTTCAGGCAAATTGTCCCTCTTTGGGGTTCACAAATCATGATTGCAAGAGCTAGAAGTAAACCACTGTAGAATATTTTAGAGGCTAA-TATTTTAGAGGCTAAAGATGTCTCAGAGAATATTGGTCTACCCCTGTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=274735.000000
s hg19.chr21     17621088 71 +  48129895 ATGGATGAATTCACTGTTTAGCAAAGCACTGGACGTGTATTATGTCCTAGAGTATCCCAAAAGGGTATACT
s rheMac2.chr3  165770739 71 - 196418989 ATGGATGAATTCACTCTTTAGCAAAGCACTGGGCATGTATCATGTTCCAGAGTATCCCAAAAGGGTATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948187 71 +  48394510 ATGGATGAATTCTCTCTTTAGCAAAGCACTGGGCGTGTATCATGTCCTAGAGTATCCCAAAACGGTATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16349450 71 +  46489110 ATGGATTAATTCACTCTTTAGCAAAGCACTGGGCGTGTATTATGTCCTAGAGTATCCCAAAAGGGGATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=93206.000000
s hg19.chr21     17621159 27 +  48129895 GAATCATTTCTAAAAACAGtcagtgta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948258 27 +  48394510 GAATCATTTCTAAAAACAGTCAGTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165770810 27 - 196418989 GAATCATTTCTAAAAACAGtcagtgta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=494536.000000
s hg19.chr21     17621186 98 +  48129895 ttaggaatccatgtgcaagtaacagaagtccttagtacaggagcataaatagaagcatatttacttgtctcatactacaaggagcctgagattaggcc
s panTro2.chr21  16349548 98 +  46489110 TTAGGAATCCATGTGCAAGCAACAGAAGTCCTTAGTACAGGAGCATAAATAGAAGCATATTTACTTGTCTCATACTACAAGGAGCCTGAGATTAGGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165770837 98 - 196418989 ttaggaatccatgtgcaagcaacagaagtccctagtacaggaacttaaatagaagcatatttacttgtctcatactacacggagcctgagattaggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63534.000000
s hg19.chr21     17621284  80 +  48129895 aca-ggctaatatagacactcaagagtgccttcaagatttcgggctc---tttttttt-------------ttttctgctctgtat-----tgcgctgacta
s panTro2.chr21  16349646  83 +  46489110 ACA-GGCTAATATAGACACTCAAGAGTGCCTTCAAGATTTCGGGCTCTTTTTTTTTTT-------------TTTTCTGCTCAGTAT-----TGCGCTGACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948383 101 +  48394510 ACA-GGCTAATATAGACACTCAAGAGTGCCTTCAAGATTTTGGGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGCTTTTCTGCTCAGTATTGTACTGTACTGGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165770935  89 - 196418989 acagggctaatatagacagtcaagagtgccttcaagatttcaggctctttcttttgttttttt--------ttttccgctcagtgt-----tgcactggcta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153122.000000
s hg19.chr21     17621364 74 +  48129895 ctattaccctcatgctaactccttcttaggtagatgattgctacacttctaggtcccatatcctcaGGATAACT
s panTro2.chr21  16349729 74 +  46489110 CTATTACCCTCATGCTAACTCCTTCTTAGGTAGATGATTGCTACACTTCTAGGTCCCATATCCTCAGGATAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948484 74 +  48394510 CTACTACCCTCATGCTAACTCCTTCTTCAGTAGATGATTGCTACATTTCTAGGTCCCATATCCTCAGGCTAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165771024 74 - 196418989 ttattactctcatgctagctccctcttcggtagatgattgctacacttctaggccccatatcctcaggataact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224200.000000
s hg19.chr21     17621438 78 +  48129895 ACCTGGGAAAGAAGGAAAGAACAAATTAGCGAAAAGCAATGCTCTGTTTTTCAATTTGGAAAGAGATGGCCCTTTCAA
s panTro2.chr21  16349803 78 +  46489110 ACCTGGGAAAGAAGGAAAGAACAAATTAGCGAAAAGCAATGCTTTGTTTTTCAATTTGGAAAGAGATGACCCTTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948558 78 +  48394510 ACCTAGGAAAGAAGAAAAGAACAGATTAGCGAAAAGCAACGCTCTGTTTTTCAATTTGGAAAAAGATGGCGCTTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165771098 78 - 196418989 acctaggaaagaaggaaagaacaaattagtggaaagcaatgctctgtttttcagtttggaaagagatgcccctttcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=219602.000000
s hg19.chr21     17621516 46 +  48129895 CTTCATGTTATTACCCAAAACTGTGTCACTTTATCTGCTCTGGCTT
s panTro2.chr21  16349881 46 +  46489110 CTTCATGTTATTACCCAGAACTGTGTCACTTTATCTGCTCTGGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948636 46 +  48394510 CTTAATGTTATTACCCAGAACTGTGTCACTTTATCTGGTCTGGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165771176 46 - 196418989 cttcatgtcattacccagaactgtgtcacTTTATCTGCTCCGGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=169348.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948682 34 +  48394510 TATGAGAAGCTAAAAAG-TTGAGTAATTTTACCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212430.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15948716 37 +  48394510 GGTACATTGGTGTCCCAAACTAAATCGGGGTTCTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165771257 37 - 196418989 TGTGCATTGACGTCCCAAACTACATCAGGGTTCTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=144836.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182891.000000
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a score=438857.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165771364 114 - 196418989 AAAAATGTGTAAAAAAGACTCAGAACAATTCATGTAGACATAAAGATGTAATTTATTATTTGTCTGTTACGTGTATTAACTGTTTGGTAGACTAATATTTGGGAGATATTGC--TG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=236184.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165771478 74 - 196418989 AGTCTTCATAATCCTCATCTCACTCACCCATGACAGCAAAATGGGGGTTGATCGCTAATTATTAGGTAAAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-5004.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17622081 53 +  48129895 tcttttcttttttttttttttgagatagagtttccctgttttcacccaggagt
s rheMac2.chr3  165771730 42 - 196418989 -----------ctttttttttgagatcgagtgtcgcttttttcacccaggagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16350436 43 +  46489110 ----------tttttttttttgagacacagtttccctgttttcacccaggagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 266 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16350591 98 +  46489110 tttttagtagagatgaggtttcgccatgttggccaggctggtgttgaactcctgacctcaggtgatctgccccctcagcctctcaaagtactgagatt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165772006 81 - 196418989 CTGCACTGTTTTTAATCAGTTTACCTTTATGACTGACTTTGAGGAAGTCCTGAAGTTGCAGCTGCTCCACTTCTGAGTGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42346.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 12 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165774930 194 - 196418989 TTATAGAAGTTTAGTTGTTAATGATCATTTTTAGGGTAGCATCCAGAGAGGTTCAACACTTTGTTATAGCTGATTTAAATTATGATTACACTTATGAAATATTGTGTCTGTGAAATTCCAAAGACTTTTACATGCCACAGTCAGCAGTGAAATCTATTAGAAGTTCTAGTGCATTTGTAGGTCTAATGTGAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17625481 75 +  48129895 GATATACTGGTTCAATTTTAAAACATGTTAATTCAGTCCCCTGTGCCATGCCACTGGGATTAATATTATTATAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=722714.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=560875.000000
s hg19.chr21     17625622 45 +  48129895 AAATTGTTTCTGAGTCTCTAACAAAATTACACATTCCTTCGTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=998839.000000
s hg19.chr21     17625667 104 +  48129895 ACGTAATTTAAAATAATATGAAAAATGTCAATATTTGGAGCTAACCTCACATCATTCAAATTATAGCT-AAAAACATAGAATTGCTACATTATTTCTTAGATTAA
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s rheMac2.chr3  165775310 103 - 196418989 ACATAATTTAAAATAATATGAAAAATGTCAATATTTGGAGCTAACCTCATGTCATTCAAATTACAGCT-AAAAACATAGACCTGCTACATTATTTCTTAGATT-A
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1090596.000000
s hg19.chr21     17625771 107 +  48129895 ACATACTTTTCCTTAATGTGAAATTGATATTGAAATGTCATCTAGACAATGCTATGGATATCTACAGCTTTTTAAGTTTGCATCCGTTCTAATAGATTATTTGAAAT
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a score=829217.000000
s hg19.chr21     17625878 82 +  48129895 GAATAATCATCAGCTTCTTTGAGACAGTAGGGGAAATCAGAAACTTCACAGATGTTTAGTGATCTTCCAAGGACAAAATAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  15956040 147 +  48394510 AAGTTTTGTGATTAAAACTTAGGTTTAGCCCGATATGAGAGGCACAAACATGAGTGTTAATACAATAGATAGGTTGTCATAAATTATTGCTCTTAAAATGTCAAATTTGTTAATTCCATTGAAAGAAATAGCTTGAAAAAAAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16355959 146 +  46489110 AAGTTTTGTGATTAAAACTTAGGTTTAGCCCGATATGAGAGGCACCAACGTGAGTGTTAATACAATAGATAGGTTATCATAAATTATTGCTCTTAAAATGTCAAATTTGTTAATTCCATCGAAAGAAATAGCTTG-AAAAAAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=539591.000000
s hg19.chr21     17627787 72 +  48129895 GCTAGCCAATTGCCTTTCACTG-AAATGTAATGGTTTATCTGTAGAATAAACAGAATTAGTTTCCCTTCGTTT
s rheMac2.chr3  165777290 73 - 196418989 ACTAACCAGTTACCTTTCATTGCAAATGTAATGGTTTATCTGTAGAATAAACAGAATTTGTTTCCTTTTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15956187 72 +  48394510 GCTAGCCAATTGCCTTTCACTG-AAATGTAATGGTTTATCTGTAGAATAAACAGAATTACTTTCCCTTCGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16356105 72 +  46489110 GCTAGCCAATTGCCTTTCACTG-AAATGTAATGGTTTATCTGTAGAATAAACAGAATTAGTTTCCCTTTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=181844.000000
s hg19.chr21     17627859 45 +  48129895 GAAGATTTTGT-GGGAAATACATTTCATTCATTGTGTCCCATCCTG
s rheMac2.chr3  165777363 43 - 196418989 GAAGATTTTGT-CGGAAATACATTTCACTCTTTGTGTCCCATCC--
i rheMac2.chr3  C 0 I 809
s ponAbe2.chr21  15956259 44 +  48394510 GAAGATTTTGTGGGGAAATACATTTCATTCATTGTGTCCCATCC--
i ponAbe2.chr21 C 0 I 800
s panTro2.chr21  16356177 43 +  46489110 GAAGATTTTGT-GGGAAATACATTTCATTCATTGTGTCCCATCC--
i panTro2.chr21 C 0 I 811

a score=305135.000000
s hg19.chr21     17627904 40 +  48129895 AAGTATGCTAGTCTATGATTTTTATTATGCCACCTTACAG
s panTro2.chr21  16357031 39 +  46489110 -AGTATGCTAGTCTATGATTTTTAGTATGCCACCTTGCAG
i panTro2.chr21 I 811 C 0
s ponAbe2.chr21  15957103 39 +  48394510 -AGTACGATAGTTTATGATTTTTATTATTCCACCTTACAG
i ponAbe2.chr21 I 800 C 0
s rheMac2.chr3  165778215 39 - 196418989 -AGTATGCTAGTTTATGATTTTTATTATGCCACCTTATAG
i rheMac2.chr3  I 809 C 0

a score=71843.000000
s hg19.chr21     17627944 33 +  48129895 AAATTATAGAATACAAAACAGATATAATCTCCT
s rheMac2.chr3  165778254 33 - 196418989 AAATTATAGAATACAAAACAGATATTATCTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957142 32 +  48394510 AAATTATAGAATACAAAAC-GATATTATCTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16357070 33 +  46489110 AAATTATAGAATACAAAACAGATATTATCTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=497036.000000
s hg19.chr21     17627977 72 +  48129895 TTTTGTGCAGAGAATAAATAGAAATGCATATAGAAATATAAATATTAAATAATCCAGAACTACATAAAAAGC
s rheMac2.chr3  165778287 72 - 196418989 TTTTGTGCGGAGAATAAATAGAAATGCGCATAGAAATAAAAATATTAAATAATCCAGAACTACATAAAAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957174 72 +  48394510 TTTTGTGAAGAGAATAAATAGAAATGCACATAGAAATAAAAATATTAAATAATCCAGAACTACATAAAAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16357103 72 +  46489110 TTTTGTGCAGAGAATAAATAGAAATGCACATAGAAATAAAAATATTAAATAATCCAGAACTACATAAAAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=267944.000000
s hg19.chr21     17628049 57 +  48129895 AAGTCCAATTCATTCAACATACTTGTGTATTACTCACTGATAATATCCATGAATTGG
s panTro2.chr21  16357175 57 +  46489110 AAGTCCAATTCATTCAACATACTTGTGTATTACTCACTAATAATATCCATGAATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957246 55 +  48394510 AAGTCCAATTCATTCAACATACT--TGTATTACTCACTGATAATATCCATGAATTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778359 55 - 196418989 AAATCCAATTCATTCAACATACT--TGTATTACTCACTGGTAATATCCACAAATTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=603399.000000
s hg19.chr21     17628106 145 +  48129895 ACTATTTTTCTCCAACTCACCTGTCTCATGCTACACAGGAGCCTATTTTGAATGTTTCCCGTGGGAAAGAAACCTCATGCATTCATTTCAATTAAGGCAGTGATTCTCAACTGGGGGATTGGTTGTATAGTTTATAATAGTAATG
s panTro2.chr21  16357232 145 +  46489110 ACTATTTTTCTCCAACTCACCTGTCTCATGCTACACAGGAGCCTATTTTGAATGTTTCCCAAGGGAAAGAAACCTCATGCATTCATGTCAATTAAGGCAGTGATTCTCAACTGGGGGATTGGTTGTATAGTTTATAATAGTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957301 145 +  48394510 ACTGTTTTTCTTCAACTCACCTGTCTCATGCTACACATGAGCCTATTTTGAATGTTTCCCATGGGAAAGAAACCTCGTGCATTCATTTCAATTAAGGCAGTGATTCTCACCTGGGGGATCGGTTGTATAGTTTATAATAGTAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778414 145 - 196418989 GCTATTTTTCTCCAACTCACCTGTTTCATGCTACACAGGAGCCTATTCTGAATGTTTTCCGTGGGAAAGAAACCTCATGCATTCATTTCAGTTAAGGCAGTGATTGTTGTCTGGGGGACAGGTTGTGTAGTTTATAATAGTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154986.000000
s hg19.chr21     17628251 37 +  48129895 GTACAGAGAATTTCTACTATACAGAAATGTTAGTGAT
s panTro2.chr21  16357377 37 +  46489110 GTACAGAGAATTTCTACTATAGAGAAATGTTAGTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957446 37 +  48394510 GTACAGAGAATTTCTACTGTAGACAAATGTTAATGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778559 37 - 196418989 GTACAGAGAATTTCTACTGTAGAGAAATGTTAATGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20896.000000
s hg19.chr21     17628288 20 +  48129895 AGAATCCTTAATGATGTTAA
s panTro2.chr21  16357414 20 +  46489110 AGAATCCTTAATGATGTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957483 20 +  48394510 AGAATACTTAATAATGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778596 20 - 196418989 AGACTCGTTAATGATGTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=271611.000000
s hg19.chr21     17628308 54 +  48129895 ACTGTTGATGGAAGTATGTCATGTCTGTCAGGATTCTGAGATGGAAAAAGATTG
s panTro2.chr21  16357434 54 +  46489110 ACTGTTGATGGAAGTATGTCATGTCTATCAGGATTCTGGGATGGAAAAAGATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957503 54 +  48394510 ACTGTTGATGGAAGTATGTCATGTCTATCAGGATTCTGGGATGGAAAAAGATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778616 54 - 196418989 ACTGTTGATGGAGGTATGGCATGTCTATCAGGATTCTAGGATGGAGAAAGATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17628362 71 +  48129895 GCAAATACTGAACTATAATATTGGTCACTGGTAGTAGCTTGGAAAATTCTCTTCTAGGAATTTTGCATTTG
s panTro2.chr21  16357488 71 +  46489110 GCAAATACTAAACTATAATATTGGTCACTGGTAGTAGCTTGGAAAATTCTCTTCTAGGAATTTTGCATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957557 71 +  48394510 GCAAATACTAAACTATAATATTGGTCACTGGTAGTAGCTGGGAAAATTCTCTTCTAGGAATTTTGCATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778670 71 - 196418989 GCAAATAGTCAACTATAATATTGGTCACTGGTAGTAGCTTGGAAAATTCTCTTCTAGGAATTTTGTATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78506.000000
s hg19.chr21     17628433 30 +  48129895 ATAGGGAATCATTGAATATCCAATTCCCCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227461.000000
s hg19.chr21     17628463 50 +  48129895 CTCTAACATAATAAAATACACTAGTAAGGGAATTTCAGTCCCCCTGGAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957658 50 +  48394510 CTCTAACATAATAAAACACACTAGTAAGGGAATTTCAGTCCCCCTTGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778771 50 - 196418989 CTCTAACATAATAAAATGCACTAGTAAGGGAATTTCAGTCCCCCTTGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206139.000000
s hg19.chr21     17628513 51 +  48129895 AGAGAAGACATTTTGGGGCTGGTATTATACTTAGGATCTTGCCACCCATGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957708 51 +  48394510 ACAGAAGACATTTTGGGGCTGGTATTATACCTAGGACCTTGCCACCAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778821 51 - 196418989 AGAGAAGACGTTTTGGAGCTGGTTTTATACTTACGACCTTGCCATCAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35994.000000
s hg19.chr21     17628564 34 +  48129895 GTTCCTACATCAGGTACATGTTTACTTGACATTC
s panTro2.chr21  16357690 34 +  46489110 GTTCCTACATCAGGTACATGTTTACTTGACATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957759 34 +  48394510 GTTCCTACATCAGGTACGTGTTTACCTGACATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=678160.000000
s hg19.chr21     17628598 99 +  48129895 AGTCATGAGATTCCTGGGCCAATCTCCACACTAACATGCACAGTTGTGTGTATAGACGAGACACATACATAGTAGGCTTAAGAGCAAATGTCTACCTTT
s panTro2.chr21  16357724 99 +  46489110 AGTCATGAGATTCCTGGGCCAATCTCCACACTAACAGGTACAGTTGTGTGTATAGACAAGACACATACGTAGTAGGCTTAAGAGCAAATGCCTACCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957793 99 +  48394510 AGTCATGAGACTCCTGGGCCAATCTCCGCACTAACATGTACAATTGTGTGTATAGACAAGACACATACATAGTAGGCTTAAGAGCAAATGCCTACCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165778906 99 - 196418989 AGTCATGAGACTCCTGGGCCAATCTCCACACTAACATGTACAGTTGTATGTATAGACAAGACACACACATAGTAGACTTAAGAGCAAATGCCTACCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235854.000000
s hg19.chr21     17628697 27 +  48129895 TCCTC--TGTTTTCAACTCAAAGTGTTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957892 27 +  48394510 TCCTC--TGTTTTCAACTCAAAGTGTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165779005 29 - 196418989 TCCTCTATGTTTTCAACTCAAAGTGTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=601454.000000
s hg19.chr21     17628724 53 +  48129895 TCCTGGGTAAACAAAAGTTTTGATTATACAGTTTTTATCAGTAGATACCCCCA
s panTro2.chr21  16357850 53 +  46489110 TCCTGAGTAAACAAAAGTTTTGATTATACAGTTTTTATCAGTAGATACCCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957919 53 +  48394510 TCTTGGGTTAACAAAAGTTTTGATTATACAGTTTTTATCAGTAGATACTCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165779034 53 - 196418989 TCCTGGGCAAACAAAAGTTTTGATTATACAGCTTTTATCATTAGATACCCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=142219.000000
s hg19.chr21     17628777 47 +  48129895 A-TTTTTTTTCCATCTCATCTCAAATGATTCATTGCCTACCAATAAAA
s panTro2.chr21  16357903 48 +  46489110 AGTTTTTTTTCCATCTGATCTCAAATGATTCATTGCCTACCAATAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15957972 47 +  48394510 A-TTTTTTTTCCATCTGATCTCAAATGATGCATTGCCTACCAATAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165779087 48 - 196418989 ATTTTTTTTTCCATCTGATCTCAAATGATGCATTGCCTACCAATAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=61452.000000
s hg19.chr21     17628824 20 +  48129895 ATAGACTGTCCACTGGCAGT
s panTro2.chr21  16357951 20 +  46489110 ATAGACTGTCCACTGGCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958019 20 +  48394510 ATAGACTGTCCACTGGCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155284.000000
s hg19.chr21     17628844 19 +  48129895 AACTTCAGATCTAATATTT
s panTro2.chr21  16357971 19 +  46489110 AACTTCAGATCTAATATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90116.000000
s hg19.chr21     17628863 53 +  48129895 ATCAATTGTTTAACAGTGTTGTGGGATAATTCCGCCGTATTGTTTACTATTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=531630.000000
s hg19.chr21     17628916 83 +  48129895 TCTTTTCCCCAAGATCAGATATGTTTGTCTCTAGTTGCATATATTTAAAACTTTCTAGTTTATATTTTCAATACGAAGACATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88962.000000
s hg19.chr21     17628999 13 +  48129895 TTTAAATACATTA
s panTro2.chr21  16358126 13 +  46489110 TTTAAATACATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1178987.000000
s hg19.chr21     17629012 64 +  48129895 ATTTCCATAGCCTGAATTAGAGTAGCATTTGTAATAGCATTTT-CATCTCAGTTGATATTGATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958207 64 +  48394510 ATTTCCATAGCCTGAATTAGAGTAGCATTTGTAATAGCATTTT-CATCTCAGTTGATATTGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=255237.000000
s hg19.chr21     17629076 36 +  48129895 TCTAAAATACATTTGCCTCAGAAACATTC--TTTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16358239 226 +  46489110 CATTTGGCATTTTCTTTACATTGAAAATTGAAGAAATGCAGTCATTAAATTATCATTTTCATTTAACTGGATCTTGTTCAAATTTCAATCAGGTGTTCTACAAAAAGTTAATAGTTTACCAGACATTTTCACATTTCTACTGTATGCAATGGGCTATTAGTTTTTT-TTAAAAAAAAGAGAAAGCTTACACTTTTTCTCTCTATGATTTGGCTTCATTTATTGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958306 226 +  48394510 CATTTGGCATTTTCTTTACATTGAAAATTGAAGAAATTCAGTCATTAAATTATCATTTTCATTTAACTGGATCTTGTTCAAATTTCAATCAGGTGTCCTACAAAAAGTTAATAGTTTACCAGACATTTTCACATTTCTACTGTATGCAATGGGCTAATAGTAGTTT-TTTTAAAAAAGAGAAAGCTTACACTTTTTCTCTCTGTGATTTGGCTTCATTTATTGCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3220796.000000
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s panTro2.chr21  16358465 87 +  46489110 AGATTGCAAAGTAATTGAAGGAAAATGAAAACTAAATGAAATAATTAAATAAGCAATCTAATTTCTAGGTGTTAATTCAATTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958532 87 +  48394510 AGATTGCAAAGTAATTGAAGGAAAATGAAAACTAAATGAAATAATTAAATAAGCATTCTAATTTCTAGGTGTTAATTCAATTCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165779653 87 - 196418989 AGATTGCAAAGTAATTGAAGGAAAATGAAAACTAAATGAAATAATTAAATAAGCAATCTAATTTCTAGGTGTTAATTCAATTCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2580742.000000
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s panTro2.chr21  16358552 73 +  46489110 TCTAATCAATTTTCTGTACTTTAAACTTCATTTGCTTTCTATCTACTTTTTGCCTGCAGGCTTAGATGTCTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958619 73 +  48394510 TCTAATCAATTTTCTGTATTTTAAACTTCATTTGCTTTCTATCTACTTTTTGCCTGCAGGCTTAGATGTCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165779740 73 - 196418989 TCTAATCAATTTTCTGTATTTTAAACTTCATTTGCTTTCTATCTACTTTTTGCCTGCAGGCTTAGATGGCTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958692 47 +  48394510 AATTA-GGGATGGATACATCCCTTAGTACTTAGCATGATGACACAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958739 77 +  48394510 GAAAATGCCACTCAGAGGACTAGACTAACACATTTAACAGTTATTTCATTA-TTGGTGGCCTCAAACTCCAGATGGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17629623 26 +  48129895 ATATCTAGTTGATTTTATTGTCTTTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2564458.000000
s hg19.chr21     17629649 133 +  48129895 TCGATTAAATACCTGTATTGTAAAATTGTATGACTATAAAAGGATAAATTTTGATTTACTAAAGGTGATCTTCTGAGATATTTTGAGGGAAAGAGGTAGTATACCAAAATGGAAATACTACGCAAGGTAAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958842 133 +  48394510 TCCATTAAATACCTGTATTGTAAAATTGTATGACTAGAAAAGGATAAATTTTGATTTACTAAAGGTGATCTTCTGAGATATTTTGAGGGAAAGAGGTAGTATACCAAAATGAAAATGCTACGCAAGGTAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165779965 133 - 196418989 TCCATTCAATATCTGTATTGTAAAATTGTATGACTAGACAAGGGTACATTTTGATTTACTAAAGGTGATCTTCTGAGATATTTTGAGGGAAAGAGGTAGTACACCAAAATGGAAATGCTACACAAGGTAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17629782 148 +  48129895 AAAACCTTTTTAATGTATCTTGGTCAGTAAATTAAACCAAGTTTATATTGATGCCGTTGCCAAATTTCCATGTCTTTTACCAACACAGGTTCAAATCTGGAAAAAACATTTACTGAAGAATTCACTGATTTGGCTTGTAAAAGCCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15958975 148 +  48394510 AAAACCTTTTTAATGTTTCTTGGTCAGTAAATTAAACCAAGTTTATATTGATGCAGTTGCCAAATTTCCATGTCTCTTACCAACACAGGTACTAATCTGGAAAAAACATTTACTGAAGAATTCACTGATTTGGCTTGTAAAAGCCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165780098 148 - 196418989 AAAACCTTTTTAATGTATCTTGGTCAGTAAATTAAACCAAATTTATATTGATGCAGTTGCCAAATTTCCTTGTCTCTTACCAACACAGGTAAAAATCTGGGGAAAAAATTTACTGAAGAATTCACTGATTTGGCATGTAAAAGCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1159916.000000
s hg19.chr21     17629960 53 +  48129895 TGTCTTGAATGATTACTTATCTCTAAAGCTAACAGAGTTGCTATTTAAGCTGA
s panTro2.chr21  16359088 53 +  46489110 TGTCTTGAATGATTACTTATCTCTAAAGCTAACAGAGTTGCTATTTAAGCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165780327 71 - 196418989 AAACATTCCTTAAAAGCAAGAAAGCTAAGTAAAAGTGCACAGGACACTGTCTGTTAGCATTATAACAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17630210 138 +  48129895 ATATTTGAATAAAAAGGATTTCTTTAAAAAAATTGCTTTTAGGATGCCATTTAAAAGAAATAGGCAAACTTCAGAAGCCTTAATGGATTTCTTAC-AGAAAACAAACCCTCCAT-AAAATTCCACCTTAGCTTCTTGCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165780524 138 - 196418989 GTATTTGAATAAAAATGATTTCTT--AAAAAAATGCTTTTAGGATGCCATTTAAAAGAAATAGGCAAACTTCATAAGCCTTAATGGATTTCTTACTAGAAAGCAAACCCTCCATAAAAATTCCACCTTAGCTTTTTGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17630348 52 +  48129895 CCCTGAATTCATGAGATGTTAACTAAATTAACCTTGACTGTCTTTTATTGGT
s panTro2.chr21  16359476 52 +  46489110 CCCTGAATTCATGAGATGTTAACTAAATTAACCTTGACTGTCTTTTATTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15959541 52 +  48394510 CCCTGAATTCATGAGATGCTAACTAAATTATCCTTGACTGTCTTTTATTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165780662 52 - 196418989 CCCTGAATTCATGGGATGTTAACTAAATTAACCTTAACTGTCTTTCATTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16359528 12 +  46489110 CTGtttaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15959605 22 +  48394510 ttagaaataattaatttaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1209734.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165780748 116 - 196418989 GTCTTTGCTTCATTCTAAATATCTTTGCTGGCCATGTCTGTAGACAGTAGGGGAACATTTTTGAAGATAATCATTAGCAAATTTCCTAGATTCTTCCTTACTACTGATTGCTTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=440424.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17630613 43 +  48129895 TGAAAACATACATGGAATGACAGATCTACCTGTCATTTACAAC
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a score=337853.000000
s hg19.chr21     17630656 44 +  48129895 ATACTTAGGAGATTGACCAATTTCTAAATAGTGGCCTAATTAAG
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a score=169714.000000
s hg19.chr21     17630700 37 +  48129895 AAATAATGGACATTAAATCAAACTGTGTGTATATGTA
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a score=-155646.000000
s hg19.chr21     17630737 10 +  48129895 TCTTCACATG
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a score=147354.000000
s hg19.chr21     17630747 23 +  48129895 TTTGTAAATTATCACTGTGGCAA
s rheMac2.chr3  165781060 23 - 196418989 TTTGTAAATTTTCCCTGTACCAA
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a score=269923.000000
s hg19.chr21     17630770 38 +  48129895 GTTCTTTATAGCACATCAAAGATCTAGTTCTTTATCAC
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a score=143457.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 5

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  15963693 24 +  48394510 TGTTAGTGGTACTATCAAGAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s panTro2.chr21  16364183 55 +  46489110 TTTTTAAtttttttttgtttg--------tttgagacagtgtttcactcttgttgcccagact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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s hg19.chr21     17635104 31 +  48129895 ggagtgcaatgg-gcgacctcggctcactgca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=119828.000000
s hg19.chr21     17635135 100 +  48129895 acttccatctcccaggttcaagcgattctactgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgtgccaccacgcccagctaattttgtatttata
s rheMac2.chr3  165786937 100 - 196418989 acctccacctcccaggttcaagctattctactgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgtgccaccacacccagctaattttgtatttata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964332 100 +  48394510 acctccacctcccaggttcaaatgattctactgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgtgccaccacgcccagttaattttgtatttata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16364269 100 +  46489110 acttccatctcccaggttcaaacgattctactgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgtgccaccacgcccagctaattttgtatttata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=62897.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-34226.000000
s hg19.chr21     17635347 57 +  48129895 ctcagccTGAAGAAGGTCTTTAAGAATATCAATGAACATTAATACCAGTAATATCAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=427229.000000
s hg19.chr21     17635404 64 +  48129895 ATGTTAGCCACACATCATGAATATTACCATATATAAGCACAGATGGTAATATCGGGTAGGGCTT
s rheMac2.chr3  165787206 64 - 196418989 ATGTTAGCCACACATTATGAATATTACCATATATAAGCACAGATGGTaatataggatagggctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964601 64 +  48394510 ATGTTAGCCACATATCATGAATATTACCATATATAAGCACAAATGGTaatatagggtagggctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=345485.000000
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a score=556250.000000
s hg19.chr21     17635534 55 +  48129895 ttcccaaacctcagtttattcatctgtaaaggtgagaataattatattactgcct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=457073.000000
s hg19.chr21     17635589 46 +  48129895 cttgggtttgaggagattagagataatgcaattgctgcagggcctg
s rheMac2.chr3  165787391 46 - 196418989 tttaggtttgagaagattagagataatgccattgctgcagggcttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964786 46 +  48394510 cttgggtttgagaagattagagataatgcaattgctgcagggcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16364723 46 +  46489110 cttgggtttgagaagattagagataatgcaattgctgcagggcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=249686.000000
s hg19.chr21     17635635 22 +  48129895 actcaaagaaaccactctaaaa
s panTro2.chr21  16364769 22 +  46489110 actcaaagaaaccactctaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964832 22 +  48394510 acacaaagaaaccactctaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787437 22 - 196418989 acacaaagaaaccactcTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=46210.000000
s hg19.chr21     17635657 16 +  48129895 tgttaactAGTCTCAT
s panTro2.chr21  16364791 16 +  46489110 tgttaactAGTCTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964854 16 +  48394510 tgttAACTAGTCTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787459 16 - 196418989 TGTTAACTGGTCTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=265339.000000
s hg19.chr21     17635673 20 +  48129895 TAGTTATTCATTCATCAAAT
s panTro2.chr21  16364807 20 +  46489110 TAGTTATTCATTCATCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964870 20 +  48394510 TAGTTATTCATTCATCAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787475 20 - 196418989 TAGTTATTCATTCATCAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-58630.000000
s hg19.chr21     17635693 27 +  48129895 GACAAAATCTGTT---TTGCTCAGTTCTAA
s panTro2.chr21  16364827 27 +  46489110 TACAAAATCTCTT---TTGCTCAGTTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964890 27 +  48394510 TACAAAATCCTTT---TTGCTCAGTTCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787495 30 - 196418989 TACAAAATCTTCTCCATTGCTCAGTTCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30851.000000
s hg19.chr21     17635720 9 +  48129895 ATAGGAGGC
s panTro2.chr21  16364854 9 +  46489110 ATAGGAGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964917 9 +  48394510 ATAGGAGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787525 9 - 196418989 ATAGGAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=223274.000000
s hg19.chr21     17635729 32 +  48129895 CTCAAAACTTTTAGAGGATGGTTTAGGAACTT
s panTro2.chr21  16364863 32 +  46489110 CTCAAAACTTTTAGAGGATGGTTTAGGAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964926 32 +  48394510 CTCAAAACTTTTAGAGGATGGTTTAGGAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787534 32 - 196418989 CTCAAAACTTTTAGAGGATGGTTTAATTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-40173.000000
s hg19.chr21     17635761 49 +  48129895 GAGTATAGTACACTAACCAAAGTTCTTGGCTATGGTCTTATACCAATTG
s panTro2.chr21  16364895 49 +  46489110 GAGTATAGTACACTAACCAAAGTTCTTGGCTATGGTCTTATACCAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15964958 49 +  48394510 GAGTATAGTACACTAACCAAAGTTCTTGGCAATGGTCTTATACCAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787566 49 - 196418989 GAGTATAGCACACTAACCACAGTTCTTGGCTATGGTCTTATACCAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=124320.000000
s hg19.chr21     17635810 106 +  48129895 AGGATTCTTCAGAAGGGCTTCAAAAATAGGCAGGTGTCTATGACAGGTCTGTCCATAGCTCAAATTATTTC--AAAAAAATTCCTTGCGTTTTCCTTTTGTTCTGCCA
s panTro2.chr21  16364944 106 +  46489110 AGGATTCTTCAGAAGGGCTTCGAAAATAGGCAGGTGTCTATGACAGGTCTGTCCATAGCTCAAATTATTTC--AAAAAAATTCCTTGCGTTTTCCTTTTGTTCTGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965007 106 +  48394510 AGGATTCTTCAGAAGAGCTTCAAATATAGGCAGGTGTCTGTGACAGGTCTGTCCATAGCTCAAATTATTTC--AAAAAAATTCCTTGCATTTTCCTTTTGTTCTGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787615 108 - 196418989 AGGATTCTTCAGAAGGGCTTCGAAAATAGGTGGTTGTCTATGACAGGTCTATCCATAGCCCAAATTATTTCAAAAAAAAAATCCTTACATTTTACTTTTATTCTGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=25938.000000
s hg19.chr21     17635916 66 +  48129895 TAGAAGATGATTATTTTTTTTCTCCATGATGTTGTCTTGTTTTTCTGTTAGAGGGCTGTCATGTGG
s panTro2.chr21  16365050 65 +  46489110 TAGAAGATGATT-TTTTTTTTCTCCATGATGTTATCTTGCTTTTCTGTTAGAGGGCTGTCATGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965113 64 +  48394510 TAGAAGATGATTA--TTTTTTCTCTATGATGTTATCTTGCTTTTCTGTTAGAGGGCTGTTATGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787723 66 - 196418989 TAGAAGTTGATTATTTTTTTTCTCTATGATATTATCTTGCTTTTCTGTTAGAGGGCTGTTACGTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=273600.000000
s hg19.chr21     17635982 21 +  48129895 TGTGCTAAACTTTTAGATAGC
s panTro2.chr21  16365115 21 +  46489110 TGTGCTAAACTTTTAGATAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965177 21 +  48394510 TGTGCTGAACTTTCAGATAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787789 21 - 196418989 TGTGCTAAACTTTTAGATAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-119085.000000
s hg19.chr21     17636003 15 +  48129895 CAGAGATTAGCTATC
s rheMac2.chr3  165787810 15 - 196418989 CAGAGATTAGCTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965198 15 +  48394510 CAGAGATTAGCTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16365136 15 +  46489110 CAGAGATTAGCTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-150831.000000
s hg19.chr21     17636018 30 +  48129895 TAAAAGTTTCAGAATGACTGAAATAGTTAT
s rheMac2.chr3  165787825 30 - 196418989 TAAAAATTTCAGAATGACTGAAATAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965213 30 +  48394510 TAAAAGTTTCAGAATGACTGAAATAGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16365151 30 +  46489110 TAAAAGTTTCAGAATGACTGAAATAGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-57033.000000
s hg19.chr21     17636048 33 +  48129895 TTTTTCTTTCTTTCTGTTTTTATTATGTGTCTT
s panTro2.chr21  16365181 33 +  46489110 TTTTTCTTTCTTTCTGTTTTTATTATGTGTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965243 33 +  48394510 TTTTTCTTTCTTTCTGTTTTTATTATGTGTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=819936.000000
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s panTro2.chr21  16365214 69 +  46489110 TGCAAAGGTTTGTTGAGTGAAAATTACCAAATAAAGTTTGAAATAGTATTAGTACCTTTAAATGTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965276 69 +  48394510 TGCAAAGGTTTGTTGAGTGAAAATTACCAAATAAAGTTTGAAATAGTATTAGTACCTTTAAGTGTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787888 69 - 196418989 TGGAAAGATTTGTTGAGTGAAAATTACCAAATAAAATTTGAAATAGTATTAGTACCTTTAAATGTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-185282.000000
s hg19.chr21     17636150 18 +  48129895 TTTAAAATATCTTAACga
s panTro2.chr21  16365283 18 +  46489110 TTTAAAATATCTTAACga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965345 18 +  48394510 TCTAAAATATCTTAACga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787957 18 - 196418989 TTTAAAATATCTTAATga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-205150.000000
s hg19.chr21     17636168 17 +  48129895 tagatagatagat------------gata
s panTro2.chr21  16365301 17 +  46489110 tagatagatagat------------gata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965363 29 +  48394510 tagatagatagatgatagatagatagata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165787975 26 - 196418989 ttgatagatagat---agatagatagata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-30645.000000
s hg19.chr21     17636185 22 +  48129895 gatagatagatagacagataga
s panTro2.chr21  16365318 22 +  46489110 gatagatagatagacagataga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965392 22 +  48394510 gatagatagatagacagataga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165788001 22 - 196418989 gatagatagatagatagacaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-63158.000000
s hg19.chr21     17636207 25 +  48129895 catagagataTATGGAATGCTTCAT
s panTro2.chr21  16365340 25 +  46489110 catagagataTATGGAATGCTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965414 25 +  48394510 catagagataTATGGAATGCTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165788023 25 - 196418989 catagagataTATGGAATGCTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=307961.000000
s hg19.chr21     17636232 42 +  48129895 TACGCATACTAGACACTTGTTGATTTTTTAAAAGGAAATGAA
s panTro2.chr21  16365365 42 +  46489110 TACGAATACTAGACACTTGTTGATTTTTTAAAAGGAAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965439 42 +  48394510 TACCAATAGTAGACACTTGTTGATTTTTTAAAAGGAAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165788048 42 - 196418989 TACCAATAGTAGACACTTGTTGATTTTTAAAAAGGACCTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1837389.000000
s hg19.chr21     17636274 184 +  48129895 TTTAGAAAGCAATTTTCCTCGAAACCAGTTTTTTTCTTCTTTGGTAAAGGATAAGTCATTCTTACAACTCTCAATGATGCAAGGTGAAATTTATCCAATTTTAAGTAGGGATGCTAAATAATGTAGAGAAGACACAAGCACTTGTTTTGGAGACAGAATATTTGCCCTCTGGGCCCAGATGTGC
s panTro2.chr21  16365407 184 +  46489110 TTTAGAAAGCAATTTTCCTGGAAACCAGTTTTTTTCTTTTTTGGTAAAGGATAAGTCATTCTTACAACTCTCAGTGATGCAAGGTGAAATTTATCCAATTTTAAGTAGGGATGCTAAATAATGTAGAGAAGACACAAGCACTTGTTTTGGAGACAGAATATTTGCACTCTGGGCCCAGATGTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965481 184 +  48394510 TTTAGAAAGCAATTCTCCTCGAAACCAGTTTTTTTCTTTTTTGGTAAAGGCTAAGGCATTCTTACAACTCTCAGTGATGCAAGGTGAAATTTATCCAATTTTAAGTAGGGATGCTAAATAATGTGGAGAAGACACAAGCACTTGTTTTGGAGACAGAATATTTGCACTCTGGGCCCAGATGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165788090 184 - 196418989 TTTAGAAAGCAATTTTCCTCAAAACCATTTTTTTTCTTTTTTGATAAAGGATAAGTCATTCTTACAACTCTCAATGATGCAAAGTGAAATGTATCCAATTTTAAGTAGAGATGCTAAATAATGTAGAGAAGACACAAGCACTTATTTTGGAGACAGAATATTTGCACTCTGGGCCCAGATGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=147987.000000
s hg19.chr21     17636458 41 +  48129895 CATTTAAAATTGAGTGTTCTTTCATTCATTTATTCATTCTT
s panTro2.chr21  16365591 41 +  46489110 CATTTAAAATTGAGTGTTCTTTCATTCATTTATTCATTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965665 41 +  48394510 CATTTAAAATTGAGTGTTCTTTCATTCATTTATTCATTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165788274 41 - 196418989 CATTTAAAATTGAGTATTCTTTCCTTCATTTATTCACTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=353385.000000
s hg19.chr21     17636499 146 +  48129895 GCCCTTGTTTGGTAAAGGGTATTGGGAAAGATCTGTAATTAAAGATAAAAGTGTAAaaagaaagaaaaattgccttgaaaacaaaacaaaagtgccagcaacggggctaaaaagataacataatgttatatgcccttgctataaat
s panTro2.chr21  16365632 146 +  46489110 GCCCTTGCTTGGTAAAGGGTATTGGGAAAGATCTGTAATTAAAGATAAAAGTGTAAAAAGAAAGAAAAATTGCCTTGAAAACAAAACAAAAGTGCCAGCAACGGGGCTAAAAAGATAAcataatgttatatgcccttgctataaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965706 146 +  48394510 GCCTTTGTTTGGTAAAGGGTATTGGGAAAGATCTGTAATCAAAGATAAAAGTGTAAAAAGAAAGAAAAATCCCCTTGAAAACAAAACAAAAGTGCCAGCAACGGGGCTAAAAAGATAACATAATGTTATATGCCCttgctataaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165788315 146 - 196418989 GCCCTTGTTTGGTAAAGGATATTGGGAAAGATCTGTAATTAAATATAAAAGTGTAAAAAGAAAGAAAAATGGTCTTGAAAACAAAACAAAAGTGCCAGCAACGGGGCTAAAAAGATAAcataatgttatatgcccttgctataaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=291058.000000
s hg19.chr21     17636645 86 +  48129895 aggtcataatttttgtttcaagatttctagcagccaatgcaaaaaaggaaatcctggtgaaattacacaagtttaggatatcttcc
s panTro2.chr21  16365778 86 +  46489110 aggtcataatttttgtttcaagatttctagcagccaatgcaaaaaaggaaatcctggtgaaattacacaagtttaggatatcttcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965852 86 +  48394510 aggtcataatttttgtttcaggatttctagcagccaatgcaaaaaaggaaatcctggtgaaattacacaagtttaggatatcttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165788461 86 - 196418989 agatcataatttttgtttcaagatttctagcagccaatgcaaaaaaggaaattctggtgaaattacacaagtttaaaatatcttcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1062295.000000
s hg19.chr21     17636731 315 +  48129895 agaccacgaatcaaccagtcacaaagaatatgaatacttattttcttaatattaggaacagaaatctcccatgggtcctagtaaggagaacatggaaagtaagtgattacgtcaattgtagtatcttttaaaagcagtattgagttttataaggaagtcacttcttcttcagcctatacacttccataatttggagatgtttgggcttcctttaaggttcctttcagtttcaacatacgtgactctaAGCTGGAACCCGATGAGATCAGTGAGTTGTTAAATGTGAACATGATCAAACTGAATTAAAAAGCTGTT
s panTro2.chr21  16365864 315 +  46489110 agaccacgaatcaaccagtcacaaagaatatgaatacttattttcttaatattaggaacagaaatctcccatgggtcctagtaaggagaacatggaaagtaagtgattacgtcaattgtagtatcttttaaaagcagtattgagttttataaggAAGTCACTTCTTCTTCAGCCTATACACTTCCATAATTTGGAGATGTTTGGGCTTCCTGTAAGGTTCCTTTCAGTTTCAACATACGTGACTCTAAGCTGGAACCCGATGAGATCGGTGAGTTGTTAAATGTGAACATGATCAAACTGAATTAAAAAGCTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15965938 315 +  48394510 agaccatgaatcaaccagtcacaaagaatatgaatacttattttcttgatattaggaacaggaatctcccatgggtcctagtaaggagaacatggaAAGTAAGTGATTACATCAATTGTAGTATCTTTTAAAAGCGGTATTGAGTTTTATAAGGAAGTCGCTTCTTCTTCAGCCTATGCACTTCCATAATTTGGAGATGTTTGGGCTTCCTGTAAGGTTCCTTTCAGTTTCAACATACGTGACTCTAAGCTGGAACCCGATGAGATCGATGAGTTGTTAAATGTGAATATGATCAAACTGAATTAAAAAGCTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165788547 312 - 196418989 agaccacaaatcaaccagtcacaaagaatatgaatgcttattttctcgatattaggaacaggaatctcccacgggtcctaataaggagaacatggaaagtaagtgattacatcaattataacatcttttaaaagcagtgttgagttttataAAGAAGTCACATCTTCTTCAGCCTATGCACTTCCATAATTTGGAGATGTTTGGGCTTCCTATAAGGCTTCTTACGGTTTCAACATACGTGACGCTAAGCTGAAACTCCATGAGTTCAATGAATTGTTAAATGTGAACATGATCAAATTGAATT---AAGCTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=131747.000000
s hg19.chr21     17637046 46 +  48129895 AAGAAATTAGATATCTCATCTTCAGTTTTTGGACTTTATGATTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=51886.000000
s hg19.chr21     17637092 33 +  48129895 CTTTCCATTCCTAATGTTTTTTCTATCACAG---AA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16367021 106 +  46489110 agcctggtgtggtggcacacacctgtaatccgagctactcgggaggctggggcaggagaatcacttgaacccaggaggcagaggttgcagtgtgccaagatcacac
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16368292 24 +  46489110 CCAAAACACACTGAAATTAGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165790982 24 - 196418989 CCAAAAAACACTGAAATTAGCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=541859.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259489.000000
s hg19.chr21     17639258 42 +  48129895 AACTATTTCCGTCATCAAATTCATAACATAAAGGGGAAGCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165791074 42 - 196418989 AACCATTTCCATCATCAAATTCATAATATAAAGGGGAAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17639300 172 +  48129895 AACATTGCCAGTTAGGAGAGGGTAAATTCAATTTGGAATTTTCCAGTAGTAGGACAAAAAATAATAAACTCATTATTCTCTTCAGATTATTACCATTATTGCTGCTGTTGTTTTGAGTACAATGACTGCTTACTTGTGCTCTCTGACAGTATATAACCAATTAGGGGATTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15968503 172 +  48394510 AACATTGCCAGTTAGGAGAGGGTAAATTCAATTTGGAATTTTCCAGCAGTAGGACAAAAAGTAATAAACTCATTATTCTCTTCAGATTATTACCATTATTGCTGCTGTTGTTTTGAGCGCAATGACTGCTTACTTGTGCTCTCTGACAGTATATAACCAATTAGGGGATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165791116 172 - 196418989 AACATTACCAGTTAGCAGAGGGTAAATTCAATTTGGAATTTTCCAATAGTAGGACAAAAAATAATAAACTCATTATTCTCTTCAAATTATTACCATTATTACTGCTGTTGTTTTGAGTACAATGACTGCTTACTTGTGCTCTCTGACAGTATATAACCAATTAGGGGATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15968675 64 +  48394510 AAATATAGGAAGTCATTTTTGAACAAGGAAAAGGCAGCATAGAA----TCTATTTGCATATCTTCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17639540 52 +  48129895 AGGATTTATTTTTATAGCTAGTTTACCCATTGCCTATTTACATACATGAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16368814 44 +  46489110 ATCTGAAATGCCAGACCTTTTATTTAAAATATCAACATGGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165791504 44 - 196418989 ATCTGAAATGCCAGACCTTTTATTTAAAATATCAACTTGGATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238943.000000
s hg19.chr21     17639731 100 +  48129895 GAAAAATAATAACATGGGAAGATGGTATCTATCATTTGACGGGCTTTCATCAACCCTGTATGATACACTCCAATCCTATCATGAGCTCTTTGAAAAGGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165791548 100 - 196418989 GAAAGATAATAACATGGGAAAACGGTATCTATCATTTGACGGGCTTTCGTAAACCCTCTATGATACACTCCAATCCTATCACGAGCTCTTTGAAAAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  15969030 37 +  48394510 TTAGTCTCTTTTTGTCAGATGAGGATAACCCCAGACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165791648 37 - 196418989 TTAGTCTCTTTTTGTCAGATGAGGATAAACCCAGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=540890.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15969067 54 +  48394510 TTTAAGGAGCTGATGTTTTTTCAATTCCAGGAAAAGAATTGGAACTCAAATCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165791685 54 - 196418989 TTTAAGGAGCTGATGTTTTCTCAATTCCAGAAAAAGAATTGGAACTCAAATCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165791739 84 - 196418989 TGAGGCACAAAAGTCCCGAAGCCCTCATTCTCCACTGTTACAAATTTGCAGAAATCTGAGTGATATGAAAAATATTTATTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165791823 32 - 196418989 TTGATGCTTTATACACATATCCATATTACTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=237902.000000
s hg19.chr21     17640038 49 +  48129895 ACATACAATGAATACTTGTGTAAAATTATTTAAAATAAGGTGCTTCATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=208094.000000
s hg19.chr21     17640087 24 +  48129895 TGTTCAGTGTTTTGTTTTTGACTA
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a score=569027.000000
s hg19.chr21     17640207 90 +  48129895 AATGGTCTTTAGGGATCATTTGGTTTTTGCACCATAGGTGAGCAGAACACCCAAAGCAATGAGTCAAAGTGGATGATATAATTTTTCTTA
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a score=611749.000000
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a score=378869.000000
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s hg19.chr21     17640422 94 +  48129895 TAAAAAAAAGGTTTTACTTCCACTGCCCTCCCCAACCAGCCCATGAACATGTGGCGCACACACCAGCAGAACACATACATACATAGAATCTGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=437980.000000
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s hg19.chr21     17641613 90 +  48129895 AATCTTACACACTAAAATATACATGCTGGGAAATGAAGATAGGGAAAATATAATGATGGCAGAACATAACATTACCAAAATATAAATTGT
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i rheMac2.chr3  I 310 C 0

a score=780286.000000
s hg19.chr21     17641703 153 +  48129895 CTCTAGAGATTATTGTATCTTCCACTGTTCCACAGAAAGAATAATTTTGATATTCTATTGCACATTGATAGTCATGGGATCTCTTCAGGAATTTTTTTTT-CTTATGATAATGCTTGTGTTCTC-GTCTTACAAAATTTTAAGAAAATTTCTTGT
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a score=364626.000000
s hg19.chr21     17641856 41 +  48129895 GAAA--ATGTGCTACTCTCTAAGACAGGCTACTGTCTAATTGT
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 143
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=367377.000000
s hg19.chr21     17641897 106 +  48129895 TGCCAAGCACAAGCTATAACTATGATAATGAGATTGGCTTATTTCCTTTGTGTTTGTCATTCAGACCTGTTTTAAAATCTTGCAGTTTTAGATGTCAAATAGTC----TG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15971684 106 +  48394510 TGCCAAGCACAAGCTATAACTATGATAATGAGA-TGGCT--ATTTCTCTGTG-TTGTCACTCAGACCTGTTTTAAAATCTTGCAGTTTTAGATGTCAAATAGTCTGTTTG
i ponAbe2.chr21 I 143 C 0
s rheMac2.chr3  165794010 110 - 196418989 TGCCAAGCATAAGCTATGACTATGATAATGAGATTGGCTTGTTTCCTTTGTGTTTGTCATTCAGACCTATTTTAAAATCTTGCAGTTTTAGATGTCAAATAGTCTGTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=156281.000000
s hg19.chr21     17642003 28 +  48129895 TGATGTAAAATCACCTAGATGACATGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
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i panTro2.chr21 C 0 I 20

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17645014 78 +  48129895 TGCTCTACCGTCAGAGAGTATTACCCTATTATTGTTCTCTTTAAATACAGGGTAATATTTGGCTGTGTTCTATAATGC
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a score=161733.000000
s hg19.chr21     17645228 37 +  48129895 AAATGTTGCTTCCATCTTGTTAAAGAGTCTTTACCAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165797390 104 - 196418989 TCCTCTTATAAATATCTCGATATTGAGAGTCATGGTCTCTTTAGAACACTGCCTTAAAGTTGTCTGTAACAAGAAGCATTCATATGAACTATTAGGTTCAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 I 99

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e rheMac2.chr3  165797494 99 - 196418989 I

a score=137830.000000
s hg19.chr21     17645402 47 +  48129895 TTTGTTGCCAAATTCCCAAACTTTCTTTCAGTCaaaaaaaaaaaaaa
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e rheMac2.chr3  165797494 99 - 196418989 I

a score=-27061.000000
s hg19.chr21     17645449 29 +  48129895 aaa--------aaaaaCCACAGGGCAACACACACACa
s panTro2.chr21  16374587 37 +  46489110 aaacaaacaaaaaaaaaCACAGGGCAACACACACACA
i panTro2.chr21 C 0 I 12
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 6
e rheMac2.chr3  165797494 99 - 196418989 I

a score=128545.000000
s hg19.chr21     17645478 111 +  48129895 gagacagagagggaga---agagagacagagacag--agagagagagcgagaATTCACAGAGGGACTGAATGAATGTCCAAGATCTTGATATAACGCAAGGGAAATTGAACTGATA
s ponAbe2.chr21  15975287 116 +  48394510 gagacagaaacagagagggagagagacagagacagaaagagagagagagagaATTCACAGAGGGACTGAATGAATGTCCAAGATCTTGATATAACTcaagggaaattgaactgata
i ponAbe2.chr21 I 6 C 0
s panTro2.chr21  16374636 111 +  46489110 gagacagagagggaga---agagagacagagacag--agagagagagcgagaATTCACAGAGGGACTGAATGAATGTCCAAGATCTTGATATAACGCAAGGGAAATTGAACTGATA
i panTro2.chr21 I 12 C 0
s rheMac2.chr3  165797593  91 - 196418989 ---------------------acacacagagagagagagagagagagagagaATTCACA---GGACTGAATAAATGTCCAAGATCTTGATAGAAAATAAGGGAAATTGAA-GGATA
i rheMac2.chr3  I 99 C 0

a score=336486.000000
s hg19.chr21     17645589 100 +  48129895 ATCTTCACCTGTTTGTCCTGTCAGTTTACaaaaatataggctttgagctcaggcaccatggattgggatcccatctctaccttttacttactgtcattta
s panTro2.chr21  16374747 100 +  46489110 ATCTTCACCTGCTTGTCCTGTCAGTTTACaaaaatataggctttgagctcaggcaccatggattgggatcccatctctaccttttacttactgtcattta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165797684 100 - 196418989 ATCTTCACCTCTTTGTCTTGTCAGTTTACaaaaatataggctttgagttcaggcaccatggattgggatcccatctctaccttttacttactgtcattta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=681589.000000
s hg19.chr21     17645689 126 +  48129895 accactataggtctcagttttcacaccttttaaatgcagagaaagtagtaattccatcataaaggcaaagatcttatgcc----ttatttatcttttcctagaggtaagtactctatctagcatataata
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165799531 40 - 196418989 ctcacgcctgtcatccc-----------------------------agcttgagttcaggagttcaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15977205 68 +  48394510 ctcactcctgtaatcccagcactctgggaggccaaggtgggt-gatagcttgagctcaggagttcaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16376591 69 +  46489110 ctcacgcctgtaatcccagcactctgggaggcctaggtgggcagatagcttaagctcaggagttcaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=94274.000000
s hg19.chr21     17647506 76 +  48129895 ctagcttggccaacatggtgaaacaccatctctcttgaaaatataaaaactatccaggcatggtggtgcatgcctg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16376928 108 +  46489110 CTTTATATGTTTTGCTTGACATTTTATGTGCTTTATATATAAC-TTTTTTTACTTAAATGAGAATAGAATACAATATTTAAATCAATAGCAAGGATGGACTATATGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17647882 47 +  48129895 AAATCTTCACTATGAGCTTCAAAGGAATGTGTACTAATTGGAAAAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15978208 151 +  48394510 ATAGT-GTTaatatatattgaatgcttaacatttcccaataatgctctggcatctgtagtaactgacttaattctcaccctaatcctttgagatcacacctattttacagacaagaaaaccaataagaaggattattaatttgcccaaaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165800502 151 - 196418989 atggcagttaatatatattgaatggttaacattttccaataacactctggcatgtgtagtaactgacttaattctcaccctaatcctttgagatcacacctatttgacagataagaaaaccagtaggaaggattattaatttgccc-caaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17649071 30 +  48129895 caaatatatagacttctgctgcctttatta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17651863 78 +  48129895 AAAAAATAGACTGCAAACACTGTTATACATTCACTTGTAGGTTCTTAAGTCATTT------TTTTTGTTCTTTTGTTCTGTAAT
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a score=1546241.000000
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a score=2190477.000000
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a score=2605371.000000
s hg19.chr21     17652186 91 +  48129895 GGACTCTGTTCTTCGCTTTCTATGTGACCTTTTATTATATCTGTGGCTCTCTAGTTCATATGGTGTCATAAAGCTATGGGAAAGTCTTTCT
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a score=1992738.000000
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s panTro2.chr21  16381537 169 +  46489110 GATTTGCTGTGCGTGTAAGAATGTTTCTTTTGTCTTTCGGCTCCTCGCTTCCCCCGATGATGATCAGGTGCGACCTAGAGAGTTGTGGAGAGGAATGGGGTATTGGCTGGGGAGGGGGTGCGGGCTAGTTCAGGAGGAGGGTACATGGCGGAATTCCCACGAATGCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15982154 169 +  48394510 GATTTGCTGTGGGTGTAAGAACGTCTCTTTTGTCTTTCGGCTCCCCGCTTCCCCCGATGATGATCAGGTGCGACCTAGAGAGTTGTGGAGAGGAATGGGGTATTGGTTGGGGAGGGGGTGCGGGTTAGTTCAGGAGGAGGTTACATGGCGGAATTCCCACGAATGCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165804723 80 - 196418989 CTTGATCTGTCCATGAATGCAGTTCTCTGTTTGCCCTGACCCTGCGTGGCTTAAGACACTGCCTGTGAGGCCAGTGTGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17653314 96 +  48129895 GAAGCAAGTGCAGAGAAAAGTTTGAGTGAGAAGAAAGAGTGAGAGAAACTAGGAACTTTT---ATTATAATGTTTTTACAATTATTGGCAGTTCACTAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15983187 127 +  48394510 CTCTAGAAGCATTATAGCAGGATAATGACAAGCTCTCACAAGACATTTCTCTGTAACTTAATATAATAGGTTTTAATGTTTGACAAATGCATTGTCTGAAAGTATGACATCTTTAGGTTCAGGGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165805431 127 - 196418989 CTCTAGAAGCGTTATAACAGGATAATGACAAGCTCTCACAAGACATTTCTCTGTAACTTAATATAATAGGTTTTATTGTTTGACAAAAGCATTGTCTGAAAGTATGACATCTTTAGGTTCAGGGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15983314 45 +  48394510 AAAAACTCGATATACATAATTCTGCTGCTCAAATACATG-TTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165805558 46 - 196418989 AAAAACTCGGTATACATAATTCTGCTGCTCAAATACATGTTTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=440746.000000
s hg19.chr21     17653582 33 +  48129895 CAGATACTTAAAATTCAGAAAATCCAGATACAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165805604 33 - 196418989 CAGATACTTAAAATTCAGAAAATCCAGATACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=324052.000000
s hg19.chr21     17653615 31 +  48129895 AGGCTTTTTAATTTTGCATATGTGTTTAGCT
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i rheMac2.chr3  C 0 I 24
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17653646 171 +  48129895 GTTCAAATTACTTCAAACTTTTATGGTTCATTAATTAAATAACCAGTAGAGGAATGTAGACAAATGCCATTAATTATGATAGGTTTTGTTCCTTTCATTTTATAGTGGTTTTATTTCCATGAAATTAACTGTTGTACTTAGGCTAATTGTCAGTAATTGGTGACAAAATCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165805668  24 - 196418989 I

a score=2237701.000000
s hg19.chr21     17653817 82 +  48129895 CTTCATTGTTTTTCTATAGCATGATACTAATGAGGATATTTGCAATATT-GGCCCAACCATGTGTGTATTTTACCTTCTGTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165805692 83 - 196418989 CTTCATTGTTTTTCTGTAGCATGATACTAATTAGGATATTTGCAATATTGGGCCCAACCATGTGTGTATTTTACCTTCTGTGT
i rheMac2.chr3  I 24 C 0

a score=1002614.000000
s hg19.chr21     17653899 66 +  48129895 TTAGTCAGTGGTAG-ATAATATCAAATGCAACTTTTTAAGAGAACCATGAGATAAAACATTTCTATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2762169.000000
s hg19.chr21     17653965 191 +  48129895 AATAATTAAACAAGTCTTTTAAACAGCCTGTCATAAATTAATTTTAAAACATCGAGATTGAAGGAAGCTTTTATTTTAGGTTTAGTTGGTTTCATGAAATATCAACTAATTTTCCTGATTTGAATTGAATTGTTTTGGAATCATCTATGCAATATCGCAATTACAAATCTCAACTGCTTAGCCACATGTAT
s panTro2.chr21  16383120 191 +  46489110 AATAATTAAACAAGTCTTTTAAACAGCCTGTCATAAATTAATTTTAAAACATCGAGATTGAAGGAAGCTTTTATTTTAGGTTTAGTTGGTTTCATGAAACATCAACTAATTTTCCTGATTTGAATTGAATTGTATTGGAATCATCTATGCAATATCGCAATTACAAATCTCAACTGCTTAGCCACATGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15983742 191 +  48394510 AATAATTAAACAAGTCTTTTAAACAGCTTGTCATAAATTAATTTTAAAACATCGAGATTGAAGGAAGCTTTTATTTTAGGTTTAGTTGGTTTCATGAAATATCAACTAATTTTCCTGATTTGAACTGAATTGTATTGGAATCATCTATGCAATATCGCAGTTACAAATCTCAACTGCTTAGCCACATGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165805842 191 - 196418989 AATAATTAAACAAGTCTTTCAAACAGCCTGTCATAAATTAATTTTAAAACATTGAGATTGAAGGAAGCTTTTATTTTAAGTTTAGTTGGTTTCATGAAATATCAACTAATTTTCCTGATTTGAATTGAATCGTAGTGGAATCGTCTATGCAATATCGTAATTACAAATCTCAAGTGCTTAGCCACATGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1620586.000000
s hg19.chr21     17654156 142 +  48129895 TTTTATTATTCTATTTGTGTAGGCAATGCTAAAATTAGCATTGCTAAACATGCTTTTGTGAGGTATCACAGAGCTGAGTGGGATTGCCTTTCTTTTCACACCTGATGGTTAAATTCTCATAATATATAGCAATATTACTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17656095 130 +  48129895 ACCCCTGGGCTCTGATTTACTTGGCACACTTGGGGTTAATCAAATTCCCCCACTGTGAGGTGCACACACATTTAGAGGACTATAACACACTCTAATGCTACCT--AACTCTGCTGTCATTTTTAATATTTTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15986022 40 +  48394510 GTGATGTACTTGTGCGTAGCAGAAATAGCCTGACTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808118 34 - 196418989 GTGATGTACTCGTGCATAGCAG---TAGTCTGACTTT---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16385429 47 +  46489110 TTACTGCTAAATAGAGTGCCCACCAACTAAAGCAAACAACAATAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15986062 47 +  48394510 TTACTGCTAAAAAGCGTGCCCACCAACTAAAGCAAACAACAATAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808152 43 - 196418989 ----TACTAAATAGACTGCCCACCAACTAAAGCAAACAGCAATAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16385660 40 +  46489110 CTTGGGGTGCTTTTGTTTTTACTTATTTTAGAATGTACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16385749 38 +  46489110 ACTACTCTTATTATATTCACATTTTCTGGGGCCTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15986382 38 +  48394510 AGTACTCTTATTATATTCACATTTTCTGGGGCCTTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808481 35 - 196418989 ACTACTC---TTATATTCACATTTTCTGGGGCCTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17656632 114 +  48129895 TTCATGGTGAACAATATCAATCTGTAACTGGGGCAAATTTACATGACATCACATACAAGGCCCAGCAGGTCAAAGGTGGATGAAACAGGTTCACTGCTGCATGCCATGTGTCTT
s panTro2.chr21  16385787 114 +  46489110 TTCATGGTGAACAATATCAATCTGTAACTGGGGCAAATTTACATGACATCACATACAAGGCCCAGCAAGTCAAAGGTGGATGAAACAGGTTCACTGCTGCATGCCATGTGTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15986420 113 +  48394510 TTCATGGTGAACAATATCAATCTGTAACTGGGGCAAATTT-CATGACATCACATACAAGGCCCAGCAAGTCAAAGGCGGATGAAACAGGTTCACTGCTGCATGCCACGTGTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808516 114 - 196418989 TTCATGGTGAACAATATCAATCTGTAATTGGGGCAAATTTACAAGACAGCACATACAAGGCCTGGCAAGTCAAAGGTGGATGAAACAGGTTCACTGCTGCATACCATGTGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17656746 89 +  48129895 ACCTGGACAGGCAGCCATCAGCTCCTGCTTCAGGTGACCACTGTCTGCAGGTAAAACCAAACTCTGTACATTTTGCTCTTAGTGCCTTA
s panTro2.chr21  16385901 89 +  46489110 ACCTGGACAGGCAGCCATCAGCTCCTGCTTCAGGTGACCACTGTCTGCAGGTAAAACCAAACTCTGTACATTTTGCTCTTAGTGCCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15986533 87 +  48394510 ACCTGGACAGGCAGCCATCAACTCCTGCTTCAGGTCACCGCTGTCTACAGGTGAAACCAAA--CTGTATGTTTTGCTCTTAGTGCCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808630 89 - 196418989 ACCTGGGCAGGCAGCCATCAGCTCCTGCTTCAGGTGACCACTGTCTGCAGGTGAAACCAAACTCTGTATGTTTTGCTCTTAGTGCCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16385990 21 +  46489110 TGACCAGTTGTTTTCACTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808719 21 - 196418989 TGACCAGCTGTTTTCACTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17656856 124 +  48129895 AAATAATGTTTGAATTGTAAGCTCTTTTGCTCTGGAATCCAGAAGCAACCAGTCACTAATGATCATTTTGCAAACTACCTAGTCATCTACCAGCTAAGAAAATAATGGCCTCTCACTCTCTTTt
s panTro2.chr21  16386011 123 +  46489110 AAGTAATGTTTGAATTGTAAGCTCTTTTGCTCTGGAATCCAGAAGCAACCAGTCACTAATGATCATTTTGCAAACTACCTAGTCATCTACCAGCTAAGAAAATAATGGCCTCTCACTCTCTTT-
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15986641 123 +  48394510 AAATAATGTTTGAATTGTAAGCTCTTTTGCTCTGGAATCCAGGAGCATCCAGTCACTAATGATCATTTTGCAAACTACCTAGTCATCTACCAGCTAAGAAAATAACGGCCTCTCACTCTCTTT-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808740 120 - 196418989 AAATAATGTTTGAATTGTAAGCTCTTTTGCTCTGGAATCCAGGAGCAACCAGCCACTAATGATCATTTTGCAAACTACTTAGTCATCTACCAGCTAAAAAAATAATGGTCTCTCACTGTC----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165808860 44 - 196418989 ----------AtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgATAGAGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17657034 60 +  48129895 TTAGCATTCATCAACAACCTTAGTTGTCCCTA-----CCAACATAGGCTTCATCAGAAAC--TTTTC
s panTro2.chr21  16386187 62 +  46489110 TTAGCATTCATCAACAACCTTAGTTGTCCCTA-----CCAACATAGGCTTCATCAGAAACTGTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808904 62 - 196418989 TCAGCATTCATCAACAACCTTAGTTGTCTCTA-----CCAACATAGGCTTCATCAGAAACTGTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165808966 80 - 196418989 ----CTTTTTTTTAGTAGCAAAGATAGGCTACTTAAGATTGTATCTCCAAGTATGAACGTAGAAAATATAAAATATTTAAGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16386334 48 +  46489110 TAAATCATACTTTGGATATACCTTCTAATTCTCACTTTGAACTACCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165809046 48 - 196418989 TAAATCATACTTTGGATATACTTTCTAATTCTCACTTTGAACTACCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16386382 148 +  46489110 TGATTAGACGTGACATTTATGTTTTGTCATATTATTCAACATATCATTTAAAAATAATTTAAAATCACATCTAAAATTTTAAAAGAACTTAGGCACTAATATGTTTTGTAGTCTTACattattatttaaaataataaaagagtaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15987015 148 +  48394510 TGATAAAACGTGACATTTATGTTTTGTCATATTATTCAACATATCATTTAAAAATAATTTAAAATCACATCTAAAATTTTAAAAGAACTTAGGCACTAATATGTTTTGTAGTCTTACattattatttaaaataataaaagagtaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165809094 143 - 196418989 TGAT-----GTGACATTTATATTTTGTCATATTATTCAACATATCGtttaaaaataatttaaaatcatatctaaaattttaaaaGAACGTAGGCACTAATATATTTTGTAGTCTTACattattatttaaaataataaaagagtaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17657374 42 +  48129895 tttataGAGTATATTTGTAGGTACATATTTTTCCTTGAAGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=300074.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17657520 37 +  48129895 TGCCTTTTAGACAACTACATGGAAGGTTTATTTTTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=824486.000000
s hg19.chr21     17657557 60 +  48129895 TTTGTAATACGGACTTTTGTTCCCGGATAACTTGTAACAAGCTCAAGATGTGGAGTATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=169644.000000
s hg19.chr21     17657742 14 +  48129895 CCTTCTGGATTTTT
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a score=4878904.000000
s hg19.chr21     17657756 147 +  48129895 ACATGTTATGTTTTACTCTTTGGTTTACTTCTTCCTGTGATCAATACCCGGGCAAAGCCAGAGCTCTTCAGGAGAAGGTTGAGATTATAACAATGTCAGCTTTTGCTTTTAGCGGAGTGATGAGGTTATCAATAATGCATTGGAGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15987545 147 +  48394510 ACATGTGCTGTTTTACTCTTTGGTTTACTTCTTCCTGTGATCAATACCCGGGCAAAGCTAGAGCTCTTCAGGAGAAGATTGAGATCGTAACAATGTCAGCTTTTGCTTTTAGCGGAGTGATGAGGTTATCAATAATGCATTGGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165809619 147 - 196418989 ACGTGTGCTGTTTCACCCTTTGGTTTATTTCTTCCTGTGATCAATACCCGGGCAAAGCCAGAGCTCTTCAGGAGAAGGTTGAGATTATAACAATGTCAGCTTTTGCTTTTAGCGGAGTGATGAGGTTATCAATAATGCATTGGAGAT
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a score=3598764.000000
s hg19.chr21     17657903 161 +  48129895 CTTGGGAACCTTTGACATACACATATCACAGCTGCCCCACGTTTATCGTAGGACTTGCAGGTCTGAGCTGAGTTGTCACCTCATCTGTGTTTGAGCCAGCCATTGATGCAGTCAGTCTCAAGTAATCTTGGGCACCTAGGGAAAGCTGTTGAGATTATTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165809766 157 - 196418989 CTTGGGAACCTTGGACAGACACGTATCACAGCTGCCCCCCATTTATTGTAGGACTTGCAGGTCTGAGCTGAGTTGTCACCACGTCTGTATTTGAGCCAGCCATTGATG----CAGTCTCAAGTAATCTTGGGCACATAGGGAAAGCTGTTGAGATTATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17658064 273 +  48129895 ACTGAAACATTGCATTTGAGGAAGTTATTTAGGAGTGAGAATACATCTATGAAATGGCTTTTATTAAGAAGCTTGTTCAATATTCCTTTAATAACTTTTTGTCTCCCTAGCTCCCTTCTAATGTTTATAAGTCTTGTTGTTTCTGTGACAAGTTTATTCATATCCTAACAGCTTGTCTGGCAGCAGGGTTCGTGTTTTTTACTTGAGCTTTCTGGTCACGGTGGTGGCTGAGAGTAATGGA--GGGGGAATAAGTGGGTGTGGAAATGCAAAGCT
s rheMac2.chr3  165809923 274 - 196418989 AGCGAAACATTGCATTTGAGGAAGTTATTTAGGAGTGAGAATACATCTATGAAATTGCTTTTATTAAGAAGCCTGTTCAATATTCCTTTAATAACTTTTCGTCTCCCTAGCTCCCTTCTAATGTTTCTAAGTTTTGTTGTTTCTGTGACAAGTTTATTCACATCCTAACAGCTTGTCTGGCAGCAGGGTTCCTGTTTTTTACTTGGGCTTTCTGGTCACGGTGGTGGCTGGGAGTAATGGA-GGGGGGAATAAGTGGGTGTGGAAATGCAAAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15987849 275 +  48394510 ACTGAAACATTGCATTTGAGGAAGTTGTTTAGGAGTGAGAATACGTCTATGAAATTGCTTTTATTAAGAAGCCTGTTCAATATTCCTTTAATAACTTTTTGTCTCCCTAGCTCCCTTCTAATGTTTATAAGTTTTGTTGTTTCTGTGACAAGTTTATTCATATCCTAACAGCTTGTCTGGCAGCAGGGTTCATGTTTTTTACTTGAGCTTTCTGGTCACGGTGGTGGCTGAGCGTAATGGAGGGGGGGAATAAGTGGGTGTGGAAATGCAAAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16387220 273 +  46489110 ACCGAAACATTGCATTTGAGGAAGTTATTTAGGAGTGAGAATACATCTATGAAATGGCTTTTATTAAGAAGCTTGTTCAATATTCCTTTAATAACTTTTTGTCTCCCTAGCTCCCTTCTAATGTTTATAAGTTTTGTTGTTTCTGTGAGAAGTTTATTCATATCCTAACAGCTTGTCTGGCAGCAGGGTTCGTGTTTTTTACTTGAGCTTTCTGGTCACGGTGGTGGCTGAGAGTAATGGA--GGGGGAATAAGTGGGTGTGGAAATGCAAAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15988124 111 +  48394510 GTCTCTTGTTACATTTTATCGATCTCATTCTGGTGTCATTCAATTAAGACAGAAATGCGATGGATAGTCTCTGCACAGATTCATGGGTTGCTCTCCGTCCATTGCAGATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15988235 62 +  48394510 AGCTTTTGTGTTTTATTTTGGGGGAAGGGATGGGGAAAGGGCATGGGCAAGTGGGAGAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1482645.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1272209.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1942051.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165810438 119 - 196418989 CATGTTTATATTTTCACATACACAGAGTACTTCTGTTGATGTATGAGATGGGTTACTAGAATTTAAGTTGGGGTTAATTACTGTTGATTTATTTTCAAAGACCTATGAGCTAATATCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165810557 38 - 196418989 TCTTCTGCCAGCTCAAGATAATTAAAAATGAGCCACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16388144 79 +  46489110 ACCCTTGATGATGTATTTTCCCTTAGCTATATCACTACCTTTGTTTGCTACCAGTGTTATAATGAGGGTTGTAGGAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165810849 79 - 196418989 ACCCTTGATGATGTATTTTCCCTTAACTATATCACTACCTGTATTTGCTACCAGTGTTACAATGAGGGTAGTAGGAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15989066 43 +  48394510 CGGAGTATGGAATAAAAATGTAagcaggagttttaatattaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165811139 43 - 196418989 gggcgtatggaataaaaatataagcaggagttttaatattaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=639873.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15989109 49 +  48394510 tcaatatgttaatgtccaggctcccctatatactcggtatatgaccttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165811182 49 - 196418989 tcaatatgttaatgtccaggctcccctatatacttggtatataaccttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17659783 32 +  48129895 TGTGTTTTGTCTTAATCCAAATTTATCAGTGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15989643 133 +  48394510 GAGAAGCTGCTGGTTAAAGCAGTTATTTACTAATTTTACAAAAATTATAGGGCACTTGGAAATGATTTAGGTGGGAATTTAACTGATAACCCACATTGTAACCCACTCAATAGTGTAGAAAAACACAAAATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16389004 133 +  46489110 GAGAAGCTGCTGGTTAAAGCAGTTGTTTACTAATTTTACAAAAATTATAGGGCACTTGGAAATGATTTAGGTGGGAATTTAACTGATAACCCACATTGTAACCCATTCAATAGCGTAGAAAAACACAAAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17659982 34 +  48129895 TATGCTGCTGGTATATGTCTTGTAGGTATTGTTA
s panTro2.chr21  16389137 34 +  46489110 TATGCTGCTGGTATATGTCTTGTAGGTATTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15989776 34 +  48394510 TATGCTGCTGGTGTATGTCTTGTAGGTATTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165811842 34 - 196418989 TATGCTGCTGGTATATGCCTTGTAGGTATCGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165811876 66 - 196418989 AAAACTATGCATATATATGTGAGGTGGGACGTGGCTATGTTTATTTTTACTTTTTCCTTCTGAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=226797.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15990001 124 +  48394510 AAAAAGTTTTTCTACATGATCCAAACATAAGACATAATTAGAGCATGTCTGGG-GAAAAAAAGGATGTATCCTAAATATTGCACATGAT--TTTTTTTCAATACATACTTGGTGTGTGCTAAGACTG
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  165812068 127 - 196418989 AAAAAGTTTTTCTATGTGATCCAAACATAATACATAATTAGAGCATTTCTGGGAAAAAAAAAGGATGTATCCTAAATATTTCACATGATTTTTTTTTTCAATATATACTTGGTGTGTGCTAAGACTG
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17660589 27 +  48129895 CTTATCCTTTGAGATAGTTCAGGTCTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17660616 38 +  48129895 AATCTGGGTGTGGGGTGCTTCTTCACTCTCTTGGATCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17660727 32 +  48129895 TTCATAAGGTAGACTTAAAAAAATCACAAGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17660759 47 +  48129895 ACTATGATTTACAGAATTTATAGAAACAGAGGCTCTAGTTTGGGGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15990544 47 +  48394510 ACTATGATTGACAGAATTTATAGAAACAGAGGCTCTAGTTTGGGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17660806 87 +  48129895 ATACCTAATACAC--TAAGTTTCAGTGTTCAATTCCAGGAGAATACATAACCAAATCATGGTGACAATATTGCCTCCCCTTAAACTCTT
s panTro2.chr21  16389961 87 +  46489110 ATACCTAATACAC--TAAGTTTCAGTGTTCAATTCCAGGAGAATACATAACCAAATCATGGTGACAATATTGCCTCCCCTTAAACTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165812671 89 - 196418989 ATACCTAATACATTGTAAGTTTCAGTGTTCAGTTCCAGGAGAATACATAACCAAATCATGGTGACAATATTGCCCCCCCTTAAATTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17660893 33 +  48129895 AAAGAACTCTTTTCGTGGCAATTTACAAGATAG
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a score=250760.000000
s hg19.chr21     17660926 50 +  48129895 TTAAGCACCAGTTGTCAATGATATATGTTTTTCTTTTTAAAAATTCTTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=899613.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=244966.000000
s hg19.chr21     17661105 30 +  48129895 ATCATGCTGACCATACTTAGTGCGCTGGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17661135 109 +  48129895 AAACAGAAGGTTCCTATATTCGCCATTTTTATTTTCTGTTCATCAAAGAGGATTTAAAGGAAGATGCCATCCCTTAGACCCTGGCAGTTCCTTCTCTTCAACGTTTAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=734751.000000
s hg19.chr21     17661244 83 +  48129895 CCTCCACTTTACATTATTGAACTAACAAGATGTTCTAGGCATTCTATTGCAGGCAAGGTATGAACAATTTCAAATTTATCAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-99371.000000
s hg19.chr21     17661327 25 +  48129895 AATCAAAATCATCAACAAGATGATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=141559.000000
s hg19.chr21     17661352 20 +  48129895 TTAAGTTTCATAATCACTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16390608 42 +  46489110 CATGGCTTTCTGGCTATAGCAGCATGGTTTGAAATACTCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15991238 42 +  48394510 CATGGCTTTCTGGCTATAGCAGCTTGGTTTAAAATACTCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165813321 42 - 196418989 CATGGCTTTCTGGCTATAGCAGCATGGTTTGAAATACTCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=27042.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=145396.000000
s hg19.chr21     17661550 28 +  48129895 TTTTTTAATACC-TTTTTTGTTACAGTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=775856.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165813447 75 - 196418989 CAACTTAAGACAACTTCAAGTTGATATTATCCAAATGAGACTCTGATTCAGTGAAATCTGTTCTCTCTACTGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16390808 103 +  46489110 CATTTTCTCTCAATCTCTATCTCTCTTGCTTTTCACACTTTACTCATCTCTTCCTCTCTAATTGTATTGGAAACTCTTTAgaatcctaacattggagttttgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15991435 103 +  48394510 CATTTTCTCTCAATCTCTATCTCTCTTACTTTTCACACTTTACTCGTCTCTTCCTATCTAATTGTATTGGAAAGTCTTTAgaatcctaacattggagttttgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165813522 103 - 196418989 CATTTTCTCTCAATCTCTATCCCTCTTACTTTTCACTCTTTACTCATCTCTTCCTCTCTAATTGTATTGGAAACTCTTTAgaatcttaacattggagttttgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=108082.000000
s hg19.chr21     17661756 37 +  48129895 atatggcgggaatcttagtggtcacagacttcatctc
s panTro2.chr21  16390911 37 +  46489110 atatggcaggaatcttagtggtcacagacttcatctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15991538 37 +  48394510 atatggcatgaatcttagtggtcacagacttcatctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165813625 37 - 196418989 atatggcctgaatcttagtggtcacagacttcatctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=342828.000000
s hg19.chr21     17661793 97 +  48129895 tgtgctttcacagatgaaggtcccaaggctcagaaaACCTATGGGAGCTCAAATCTAAGAGGAAGTCTAGGAAAGGTCTTTGCCCTGTGGAGGCCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15991575 97 +  48394510 tgtgcttttacagatgaaggtcccgaggctcagaaaagctatgggagctcaaATCTAAAAGGAAGTTTAGGAAAGGTCTTTGCCCTGTGGAGGCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165813662 97 - 196418989 tgtgctttcacagatgaaggtcctgaggctcagaaaagctatgggagctcaaATCTAAGAGGAAGTTTAGGAAAGGTCTTTGCCCTATGGAGGCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297450.000000
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s panTro2.chr21  16391045 43 +  46489110 TAGGTGTCTTACTGAGGGTCAACCCTATCATCTGGTCTTAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15991672 43 +  48394510 TAGATGTCTTACTGAGGGTCAACCCTATCATCTTGTCTTAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1515043.000000
s hg19.chr21     17661933 186 +  48129895 TTTGCTgggcagagttccttgtcttatttatctttctgcccacagtgcctggcaccctggaggaggctaacgtatgcttgttaaaATAGTCAGAAAACTTTATGCCATATCTGAAGATGTTTTTAACATATGATGAGTTAAATTTCATCTTCCCAAATGCAGA--TGCTAATTATGCGTTCTGAGCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15991715 184 +  48394510 TTTGCTgggcagagttctttgtcttattcatctttctgcccacagtgcctggcaccctggaggaggctaatgtacgcttgttaaaAT----AGAAAACGTTATGCCATATCTGAAGATGTTTTTAACATATGATGAGTTAAATTTCATCTTCCCAAATGCAGATGTGCTAATTATGCATTCTGAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165813802 188 - 196418989 TTTGCTGGGCAGAGTTCCTTGTCTTTTTCATCTTTCTGCCCACAGTGCCTGGCACGTTAGAGGAGGCTAATGTATGCTTGTTAAAATAGTCAGAAAACTTTATGCCATATCTGAAGATGTTTTTAACATATGATGAGTTAAATTTCATCTTCCCAAATGCAGATGTGCTAATTATGCATTCTGAGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=357980.000000
s hg19.chr21     17662119 30 +  48129895 GAGAAGGAATTTGAATGTTTTATAACTATA
s panTro2.chr21  16391276 30 +  46489110 GAGAAGGAATTTGAATGTTTTATAACTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=350768.000000
s hg19.chr21     17662320 31 +  48129895 TTTGAGAATAACTGGGTGTCTGCTACATA----AA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=412955.000000
s hg19.chr21     17662351 41 +  48129895 TTTGACAAGCTATTTTGGTGGTGAAAGTTTAAACAATACTC
s rheMac2.chr3  165814226 41 - 196418989 TTTGACAAGCTATTTTGGTGGTGAAAGTTGAAACAATACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16391508 41 +  46489110 TTTGACAAGCTATTTTGGTGGTGAAAGTTTAAACAATACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=565435.000000
s hg19.chr21     17662392 75 +  48129895 TGCTAAGAATAGAAGATATACCCTCAAATCACACATTGAAAAAGGTAGTCCAGATGAAACCTAGAAATTCTTCAT
s panTro2.chr21  16391549 75 +  46489110 TGCTAAGAATAGAAGATATACCCTCAAATCACACATTGAAAAAGGTAGTCCAGATGAAACCTAGAAATTCTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992176 75 +  48394510 TGCTAAGAATAGAAGATACACCCTCAAATCACACATCGAAAAAGATAGTCCAGTTGAAACCTAGAAATTCTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165814267 75 - 196418989 TGCTAAGAATAGAAGATACACCCTCAAATCACACATTGAAAAAGATAGTCCAGATGAAACCTAGAAATTCTTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=561793.000000
s hg19.chr21     17662467 56 +  48129895 GTTGATCAACCTTCTCACTATATTCCCACCGTAGCATTTTATCTTTCCTCTCATCA
s panTro2.chr21  16391624 56 +  46489110 GTTGATCAACCTTCTCACTATATTCCCACCGTAGCATTTTATCTTTCCTCTCATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165814342 56 - 196418989 GTTGATCAACCTTCTCACTATATTTCCACCAAAGCATTTTACTTTTTCTCTCATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=23898.000000
s hg19.chr21     17662523 28 +  48129895 AAATCTGATTAATCTCTTATGGGCTttt
s panTro2.chr21  16391680 28 +  46489110 AAATCTGATTCATCTCTTATGGGCTttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992307 28 +  48394510 AAATCTGATTCATCTCTTATGGGTTttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165814398 24 - 196418989 AAATCTGATTCATCTCTTATGGGT----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=905932.000000
s hg19.chr21     17662551 83 +  48129895 tgttttgttgtgttttgttttCAGTCATTAATGAGTATAATGTCAGCCTTTTGGCTATCACTTGAATTACTTAGTTGAATAtt
s panTro2.chr21  16391708 83 +  46489110 tgttttgttgtgttttgttttCAGTCATTAATGAGTATAATGTCAGCCTTTTGGCTATCACTTGAATTACTTAGTTGAATATT
i panTro2.chr21 C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  15992335 83 +  48394510 tgttttgttgtgttttgttttCAGTCATTAATGAGTATAATGTCAGCCTTTTGGCTATCACTTGAATTACTTAGTTGAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
s rheMac2.chr3  165814422 73 - 196418989 ----------TGTTTTGTTTTCAGTCATTAATGAGTATAATGTCAGCCTTTTGGCTATCACTTGAATTACTTAGTTGAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 I 3

a score=0.000000
s hg19.chr21     17662634 164 +  48129895 tttttttttttgagacggagtctcgctctgtcgcccaggccggactgcggactgcagtggcgcaatctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccaccgcgcccggc
e rheMac2.chr3  165814495   3 - 196418989 I
e panTro2.chr21  16391791   3 +  46489110 I
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a score=-847.000000
s hg19.chr21     17662798 40 +  48129895 taattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccttg
e rheMac2.chr3  165814495  3 - 196418989 I
e panTro2.chr21  16391791  3 +  46489110 I
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a score=-10215.000000
s hg19.chr21     17662838 89 +  48129895 ttagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatccacccgcctcggcctcccaaagtgcgtgggataacaggcgtagagccaccgc
e rheMac2.chr3  165814495  3 - 196418989 I
e panTro2.chr21  16391791  3 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  15992418  3 +  48394510 I

a score=-3232.000000
s hg19.chr21     17662927 14 +  48129895 gcccgtgccATTAT
e rheMac2.chr3  165814495  3 - 196418989 I
e panTro2.chr21  16391791  3 +  46489110 I
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a score=279173.000000
s hg19.chr21     17662941 42 +  48129895 ATTAAATATGGACCCAAATTTGTCTCTGGCCCCCAAGCACAG
s rheMac2.chr3  165814498 29 - 196418989 -------------CCAAATTTGTCTCTGGCCACCAAGCACAG
i rheMac2.chr3  I 3 C 0
s ponAbe2.chr21  15992421 29 +  48394510 -------------CCAAATTTGTCTCTGGCCACCAAGCACAG
i ponAbe2.chr21 I 3 C 0
s panTro2.chr21  16391794 29 +  46489110 -------------CCAAATTTGTCTCTGGCCACCAAGCACAG
i panTro2.chr21 I 3 C 0

a score=730397.000000
s hg19.chr21     17662983 49 +  48129895 CAAGTTTTCTAAAAGATTGCTTTGTCCCAGATTGAATTACGAGCGTGGG
s rheMac2.chr3  165814527 49 - 196418989 CAAGCTTTCTAAAAGACTGACTTGTAACAGATTGAATTAAGAGCGTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992450 49 +  48394510 CAAGCTTTCTAAAAGACTGACTTGTAACAGATTGAATTAAGAGCGTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16391823 49 +  46489110 CAAGCTTTCTAAAAGACTGACTTGTAACAGATTGAATTAAGAGTGTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=604084.000000
s hg19.chr21     17663032 52 +  48129895 ACAGGGCATTGGAATAATCTGGGCAAGTGGGCCATTGAGAATAGGGGTAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992499 52 +  48394510 AAAGGGAAGTGGAATTATCTGGGCAAGTTGGCCAATGAGAATAGGGGTAAAG
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a score=-169611.000000
s hg19.chr21     17663084 13 +  48129895 CAACACAGCCATG
s panTro2.chr21  16391924 13 +  46489110 CAACAAAGCCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=575456.000000
s hg19.chr21     17663097  82 +  48129895 CTACTTTCACCTGTCACTTGGGAACAATAATTTTGGAGTG--------------------TTTACCCATAACTAAAGATGTCTGGAAAATATAGACATGCAC
s panTro2.chr21  16391937  82 +  46489110 CTACTTTCACCTTTCACTTGGGAAAAATAATTTTGGAGTG--------------------TTTACCCATAACTAAAGATGTCTGGAAAATATAGACATGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992564 101 +  48394510 CTGCTTTCACCTGTCACTTGGGAAAAATACTTTTGGAGTGGGTAAAAAAAAAAATACTTTTTTACCCATAACTTAAGATGTCT-TAAAATATAGACATGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165814641  80 - 196418989 CTGCTTTC-CCTGTCACTTGGGAAAAATAATTTTGGAGTG--------------------TTTACCCGTAATTAAAGATGTCT-TAAAATATAGACATGCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=162920.000000
s hg19.chr21     17663179 32 +  48129895 TTCTTTGCTTGTTTCCTGTCATGTTATATTGT
s panTro2.chr21  16392019 32 +  46489110 TTCTTTGCTTGTTTCCTGTCATGTTATATTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992665 32 +  48394510 TTCTTCGCTTGTTTCCTGTCATGTTATGTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165814721 32 - 196418989 TTCTTGGCTTGTTTCCTGTCATGTTATATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154434.000000
s hg19.chr21     17663211 35 +  48129895 AAAGCTCACTGTTTTGAGCTAAGCCATAAAAATCC
s panTro2.chr21  16392051 35 +  46489110 AAAGCTCACTGTTTTGAGCTAAGCCATAAAAATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992697 35 +  48394510 AAAGCTCACTGTTTTCGGCCAAGTCGTAAAAATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165814753 35 - 196418989 AAAGCTCACTGTTTGGGGCTAAGCCATAAAAATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1014326.000000
s hg19.chr21     17663246 110 +  48129895 TCAGCTGGGTCCAAGTGTTCCACGA--CTGTTGAATTTGGTCAGGAAGCTTATTTGGTCATTGTACTCAAGGGTGATAAAAGTCCTTGAGGATTAACTCTCACATAATCAAG
s panTro2.chr21  16392086 110 +  46489110 TCAGCTGGGTCCAAGTGTTCCACGA--CTGTTGAATTTGGTCAGGAAGCTTATTTGGTCATTGTACTCAAGGGCGATAAAAGTCCTTGAGGATTAACTCTCACATAATCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992732 112 +  48394510 TCAGCTGGGTCCAAGTGTTCCACGACTCTGTTGAATTTGGTCAGAAAGCTTATTTGGTCATTGTACTCAAGGGTGATAAAAGTCCTTGAGGATTAACTCTCACATAATCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165814788 112 - 196418989 TCAGCTGGGTCCGAGTGTTCCAAGACTCTGTTGCATTTGGTCAGAAAGCTTATTTGGTCATTGTACTCAAGGGTGAGAAAAGTCCTTGACGATTAACTCTCACATAATCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=573107.000000
s hg19.chr21     17663356 116 +  48129895 TTTACAGGAAAATCAACAATAGAAAAAAGAAAACAACCATGGATAAATGAAGGATGTATATATTTGTTAGCTGATCAAAACATTTTCTTTCCAGTAGAATAGTGAATTCAGGAAAT
s panTro2.chr21  16392196 116 +  46489110 TTTACAGGAAAATCAACAAAAGAAAAAAGAAAACAACCATGGATAAATGAAGGATGTATATATTTGTTAGCTGATCAAAACATTTTCTTTCCAGTAGAATAGTGAATTCAGGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992844 116 +  48394510 TTCACAGGAAAATCAAAAATAGAAAAAAGAAAACAACCATGGATAAATGAAGGATGTATATATTTGTTAGCTGATCAAAACATTTTCTTTCCAGTAGAATAGTGAATTCAGGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165814900 116 - 196418989 TTTATAGGAAAATCAACAATAGAAAAAATAAAACTACCATGGATAAATGGAGGACGTATATATTTGTTAGCTGATCAAAACAGTTTCTTCCCAGTAGAATAGTTAATTCAGGAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=694792.000000
s hg19.chr21     17663472 56 +  48129895 CATATTAGTGCTTATATGACCATTACAGATTATAAAATCAAAATAAATTGTATACA
s panTro2.chr21  16392312 56 +  46489110 CATATTAGTGCTTATATGACCATTACAGATTATAAAATCAAAATAAATTGTATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15992960 56 +  48394510 CATATTAGTGTTTGTATGACCATGACAGATTATAAAATCAAAATAAATTGTATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815016 56 - 196418989 CATATTAGTGTTTGTATGACCATTACAGATTATAAAATCAAAATAAATGTTATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=669636.000000
s hg19.chr21     17663528 46 +  48129895 TTAATCCTAATGATTATCACCAGATAACTATCACCTGAATTTCCAG
s panTro2.chr21  16392368 46 +  46489110 TTAATCCTAATGATTATCACCAGATAACTATCACCTGAATTTCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993016 46 +  48394510 TTAATCCTAATGATTATCACCAGATAACTATCACCTGAATTTCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815072 46 - 196418989 TTAATCCTAATGATTTTCACCAGATAATTGTCACCTGAATTTCCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=232609.000000
s hg19.chr21     17663574 43 +  48129895 TCAAGTGAGGAGGAATCAGGAGTCTCCAACATGGTTGGCGGGA
s panTro2.chr21  16392414 43 +  46489110 TCAAGTGAGGAGGAATCAGGAGTCTCCAACATGGTTGGCGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993062 43 +  48394510 TCAAGTGAGGAGGAATCAGGAGTCTCCAACATGGTTGGTGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815118 43 - 196418989 TCAAGTGACAAGGAATCAGGAGTCTCCAACATGGTTAGTTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103224.000000
s hg19.chr21     17663617 21 +  48129895 AACTCCTTTCAAATGGACTCT
s panTro2.chr21  16392457 21 +  46489110 AACTCCTTTCAAATGGACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993105 21 +  48394510 AGCTCCTTTCAAATGGACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815161 21 - 196418989 AGCTCCTTTCAAATGGACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90949.000000
s hg19.chr21     17663638 23 +  48129895 GCCGTCTTGTCCCTTTTTTATCC
s rheMac2.chr3  165815182 23 - 196418989 GCTATCTAGTCCCTTTTATACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993126 23 +  48394510 CCTGTCTTGTCCCTTTTTTATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392478 23 +  46489110 GCTGTCTTGTCCCTTTTTTATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=397760.000000
s hg19.chr21     17663661 45 +  48129895 TCATGCGAATTATCATTGCTTATGAGTAAAATAAGTCAACGGAAT
s rheMac2.chr3  165815205 45 - 196418989 TCATGCAAATTATCATTGCTTATGAGTAAAATAAGTCAATGGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993149 45 +  48394510 TCATGCAAATTATCATTGCTTATGAGTAAAATAAGTCAACGGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392501 45 +  46489110 TCATGCAAATTATCATTGCTTATGAGTAAAATAAGTCAATGGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=626138.000000
s hg19.chr21     17663706 104 +  48129895 GCTTGGTATCGTTCAAAACAGATAAAGGTAACTAAGCAAAATATCATCACAAAAGAACAAGCTAGTTAGCAAAAGAAAGCATGCCGCTTATCAGCATAGATGTC
s rheMac2.chr3  165815250 104 - 196418989 GCTTGGTACCATTCAAAACAGATAAAGGTAACTAAGCAAAATGTAATCACAAAAGAACAAACTAGTTAGCGAAAGAAAGCATGCCACTTATAAGCATAGATGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993194 104 +  48394510 GCTTGGCATCATTCAAAACATATAAGGGTAACTAAGCAAAACATAATCACAAAAGAACAAACTAGTTAGCAAAAGAAAGCATGCCACTTATAAGCATAGATGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392546 104 +  46489110 GCTTGGTATCATTCAAAACAGATAAAGGTAACTAAGCAAAATATAATCACAAAAGAACAAACTAGTTAGCAAAAGAAAGCATGCCGCTTATAAGCATAGATGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=518952.000000
s hg19.chr21     17663810 58 +  48129895 TGTTCTTGTCCTCTTTGTTTATCGATCTGTCTGGTTTTATTTTAGCAAGTAACAGTTT
s rheMac2.chr3  165815354 58 - 196418989 TGTTCTGGTCCTCTTTGTTTACCTATCTGTCTGGTTTTATTTTAGCAAGTAGCAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993298 58 +  48394510 TGTTCTGGTCCTCTTTGTATATCTATCTGTCTGGTTTTATTTTAGCAAGTAGCAGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392650 58 +  46489110 TGTTCTGGTCCTCTTTGTTTATCAATCTGTCTGGTTTTATTTTAGCAAGTAGCAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=185468.000000
s hg19.chr21     17663868 38 +  48129895 ATCTAGCAAAGTTTCAAATGCAAGTAAAAAAAAACTGT
s rheMac2.chr3  165815412 36 - 196418989 ATCTAGCAAAGTTTCAACTGCAAGT--AAAAATACTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993356 36 +  48394510 ATCTAGCAAAGTTTCAAATGCAAGT--AAAAAAACCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392708 38 +  46489110 ATCTAGCAAAGTTTCAAATGCAAGTAAAAAAAAACTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=391511.000000
s hg19.chr21     17663906 42 +  48129895 GGGATTAGAGTACCTGTAATTTTGCTTCCAGACTTCACAAAT
s rheMac2.chr3  165815448 42 - 196418989 GGGATTAGAGTACCTGTAATTTTGCTTCCAGATTTCACAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993392 42 +  48394510 GGGATTAAAGTACCTGTAATTTTGCTTCCAGATTTCACAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392746 42 +  46489110 GGGATTAGAGTACCTGTAATTTTGCTTCCAGATTTCACAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=241105.000000
s hg19.chr21     17663948 30 +  48129895 ATAAG-AAAAAGTCCCCAAACAACTCTACGA
s rheMac2.chr3  165815490 31 - 196418989 ATAAGAAAAAAGCCCCCAAACAACTCTACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993434 31 +  48394510 ATAAGAAAAAAGTCCCCAAACAACTCCACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392788 30 +  46489110 ATAAG-AAAAAGTCCCCAAACAACTCTACGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=460468.000000
s hg19.chr21     17663978 37 +  48129895 TTTTGCAAACTTTCTATATTTTGGAAGATAGGTTTTC
s rheMac2.chr3  165815521 37 - 196418989 TTTTGCAAACTTTCTGCATTGTGGAAGATAGGTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993465 37 +  48394510 TTTTGCAAACTTTCTACATCTTGGGAGACAGGTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392818 37 +  46489110 TTTTGCAAACTTTCTATATTTTGGAAGATAGGTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=998066.000000
s hg19.chr21     17664015 146 +  48129895 TGATTTTCTTTTATCAGCAAAAACTAATCAAAGTTGTCTTAGGTGAGCACTATGCTCAGTAGAGAGTGATGTGAGTGTACAAAAGACCACTTTTTACCTTAAGCAGTTTGCAATACAGCTAGGTAGAAAGCATCTTGAAATGGAGG
s rheMac2.chr3  165815558 144 - 196418989 TGATTTTCTTTGATCAGCAGAAACTAATCAAAGTTGCCTTATGTGAGCGATACGCTCAGC--AGAGTGATGTGAGTGTACAAAAGACCACTTTTTACCTTAAGCAGTTTGCAATACAGCTAGGTAGAAAGCATCTTGAAATAGACG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993502 146 +  48394510 TGATTTTCTTTTATCGGCAAAAACTAATCAAAGTTGTCTTATGTGAGCACTATGCTCAGTAGAGAGTGACGTGAATGTACAAAAGACCACTTTTTACCTTCAGCAGTTTGCAATACAGCTAGGTAGAAAGCATCTTGAAATGGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16392855 146 +  46489110 TGATTTTCTTTTATCAGCGAAAACTAATCAAAGTTGTCTTATGTGAGCACTATGCTCAGTAGAGAGTGACGTGAGTGTACAAAAGACCACTTTTTACCTTAAGCAGTTTGCAATACAGCTAGGTAGAAAGCATCTTGAAATGGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=179589.000000
s hg19.chr21     17664161 19 +  48129895 GAAGACTAAGAATTTTAAG
s panTro2.chr21  16393001 19 +  46489110 GAAAACTAAGAATTTTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993648 19 +  48394510 GAAAACTAAGAATTTGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815702 19 - 196418989 GAACACTAAGAATTTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=459369.000000
s hg19.chr21     17664180 80 +  48129895 TCAGTTCTGAATGCTAAAAAAGTGATACAAATCA-ATCCTCTTCAGAACTTCAAAATAGAATTGGGCATTTTTTTTT----CTAC
s panTro2.chr21  16393020 84 +  46489110 TCAGTTCTGAATGCTAAAGAAGTGATACAAATCA-ATCCTCTTCAGAACTTCAAAATAGAATTGGGCTTTTTTTTTTTTTTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993667 80 +  48394510 TCAGTTCTAAGTGCTAAAGAAGTGATACAAATCA-ATCCTCTTCAGAACTTCAAAATAGAATTGGGCTTTTTTTTTT----CTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815721 80 - 196418989 TCAGTTCTAAGTGCTAAAGAAGTGATACAAATCATATCCTCTTCAGAACTTCTAAAGAGAATTGGGACTTTCTTTC-----CTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=886475.000000
s hg19.chr21     17664260 87 +  48129895 GTAGCCCAGAGCAATGAGAGAAAGATATTTGGAGGAAATGTGATTTGAGAATTGTTCTAAAAGAAAGTTAGAGACAGACAAACCAAC
s panTro2.chr21  16393104 87 +  46489110 GTAGCCCAGAGCAATGAGAGAAAGATTTTTGGAGGAAATGTGATTTGAGAATTGTTCTAAAAGAAAGTTAGAGACAGACAAACCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993747 87 +  48394510 GTAGCCCAGAGCAATGAGAGAAAGATTTTTGGAGGAAATGCTATTTGAGAATGGTTCTAAAAGAAAGTTAGAGACAGAGAAACCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815801 87 - 196418989 GTAGCCCAGAGCAATGGGAGAAAGATTTTTGGAGGAAATGTGATTTGAGAATGGTTCTAAAAGAAGGTTAGAGACAGGCAAACTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-28545.000000
s hg19.chr21     17664347 23 +  48129895 AGAGAAAAAAACATCCCAGAGAA
s panTro2.chr21  16393191 23 +  46489110 AGAGAAAAAAACACCCCAGAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993834 23 +  48394510 AGAGAAAAAAACATCCCAGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815888 23 - 196418989 AGATAAAAAAACATACCAGGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259928.000000
s hg19.chr21     17664370 44 +  48129895 CTTTGTATCTCTGCTCCCAATCTCAGGACCGTGGAGACGTACTC
s panTro2.chr21  16393214 44 +  46489110 CTTTGTATCTCTGCTCCCAATCTCAGGACCATGGAGACGTACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993857 44 +  48394510 CTTTGTATCTCTGCTCCCAATCTCAGGACCATGGAGAAGTACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815911 44 - 196418989 CTCTGTATCTCTGCTCCCAACCTCAGGACCATGGAGAAGTACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1538770.000000
s hg19.chr21     17664414 178 +  48129895 ATGGATGGAGAAAATGGACCCACAGAAGATTGCCTCAGGACATCACAGGGGTTATCTAGAGCAAAAAAAAAAGGACTAACATTCATTGCA----TGTTCTCTGGTTGACTTTAATCAGTGGTTTCATGATCCAAATGAAATTACATGTCTCAATGAATAAATATGTAGCTATAATACAAAAC
s panTro2.chr21  16393258 176 +  46489110 ATGGGTGGAGAAAATGGACCCACAGAAGATTGCCTCAGGACATCACAGGGATTATCTAGAGCAAAAAAAA--GGACTAACATTCATTGCA----TGTTCTCTGGTTGACTTTAATCAGTGGTTTCATGATCCAAATGAAATTACGTGTCTCAGTGAATAAATATGTAGCTATAATATAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15993901 176 +  48394510 ATGGATGGAGAAAATGGACCCACAGAAGATTGCCTCAGGATATCACAGTGGTTATCCAGAGCGAAAAAAA--GGACTAACATTCATTGCA----TGTTCTCTGGTTGACCTTAATCAGTGGCTTCATGATCCAAATGAAATTGTGTGTCTCAATGAGTACATATGTAGCTGTAATATAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165815955 181 - 196418989 ACAGATCTAGAAAATGGACCCACAGAAGATTGCCCCAGGACATCACAGGGGTTATCTAGAGCAAAAAAAA-AGGACTAACATTCATTGCATGTTTGTTCTCTGGTTGACCTTAATCAGTGGTTTCATGATCCAAATGAAATTATGTGTCTCAATGAATAAATATGTCGCTATAATATAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=188660.000000
s hg19.chr21     17664592 21 +  48129895 AATAGGGGCACTTTTGTATTT
s panTro2.chr21  16393434 21 +  46489110 AATAGGGGCACTTTTGTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15994077 21 +  48394510 AATAGGGGCACTTTTATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165816136 21 - 196418989 AATAGGGGCACTTTCATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150006.000000
s hg19.chr21     17664613 42 +  48129895 TGGGCAGGTGGGTGAGTGAAAGTATGTAGGGAAACATTATTT
s panTro2.chr21  16393455 42 +  46489110 TGGGCAGGTGGGTGAGTGAACGTATGTAGGGAAACATTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15994098 42 +  48394510 TGGGCAGGTGGGTGAGTGAACGTATGTAGGGAAACATTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=864865.000000
s hg19.chr21     17664655 151 +  48129895 TCACATCTTGTATACATTCTTGGGAGGTACCTATCTGCCAACACCCTTTAGATCTTTTTTGATGTAGACTAAAACATTATACATTCAAAATGGGAGAGAGATGTATAAATTGTCATAAGAAGTAAtgacatgtgtgaaacaggcctcatat
s panTro2.chr21  16393497 151 +  46489110 TCACATCTTGTATACATTCTTGGGAGGTACCTATCTGCCAACACCCTTTAGATCTTTTTTGATGTAGACTAAAACATTATACATTCAAAATGGGAGAGAGATGTATAAATTGTCATAAAAAGAAAtgacatgtgtgaaacaggcctcatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15994140 149 +  48394510 TCACATCTTGTATACATTCTTGGGAGGTACCTATCTGGCAACACCCTTTAGATCTTTTTTGATGTAGACTAAAACATTATACGTTCAAAAT--GAGAGAGATGTATAAATTGTCATAAGAAGTAATGACATGTATGAAACAGGCCTCATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16393648 96 +  46489110 tttcccactcatctactcctgaaatcctgctcctttccaatttcccgtctcagtaaatggtaccaacattcacccacccagtaactccagtgtaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17665514 84 +  48129895 tggtacttgtcaatacctggactcacattatatatttctgtatttgtttgttgtccttttcctaacataagtccaataatagca
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16394357 83 +  46489110 tggtacttgtcaatacctggactcacattatatatttctgtatttgtttgttgtccttttcctaacata-gtcccataatagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165817136 34 - 196418989 aaggcattgtctcttttgcttatccccaggatct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17665700 41 +  48129895 GACATAGTTTGCAAGACTTTATCTGAAGGAGTGAAAAGTTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17665979 27 +  48129895 aggctga-----gacatgagaatctcttgaac
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s hg19.chr21     17666077 40 +  48129895 catcacaCACACACAAAAAGAGTAATAACTCAGTGCCCCG
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s hg19.chr21     17666117 45 +  48129895 AATTGTAGCCAGGATACTTCACCAAAGAAACATAAAATATAAACA
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a score=1273303.000000
s hg19.chr21     17666162 101 +  48129895 CCCACCCCCCAACTCTTCAACTCATTATCAGTGACTTCTATCAGACTCTTGAATATGCACCCTTGGGAAATGGAGTAAGAACCATAGCTTAAATCGTTTAA
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s ponAbe2.chr21  15995650 101 +  48394510 CCCACCCCCCAACTCTTCAACTCATTGTCAGTGACTTCTATCAGACTCTTGAATATGCACCCTTGGGAAATGGAGTAAGAACCATAGCTTAAATTGTTTAA
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a score=313388.000000
s hg19.chr21     17666263 22 +  48129895 ACTCATATGGGACAAAACGATG
s panTro2.chr21  16395106 22 +  46489110 ACTCATATGGGACAAAACAATG
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a score=2195089.000000
s hg19.chr21     17666285 118 +  48129895 AAAATATGCAAGAGGGAACAATCTTACATTGGAAAAGAAATCAAGCCAATGACCCAATATATCTTTTTATTATTTCTTGGGAGAACCTGTATGTTTAATTCATGGAATTCTTCACTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  15995773 118 +  48394510 AAAATATGCAAGAGGGAACCATCTTAAATTGGAAAAGAAATCAAGCCAATGACCCAATGTATCTTTTTATTATTTCTTGGGAGAACCTGTATGTTTAATTCATAGAATTCTTTACTGT
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s rheMac2.chr3  165817830 118 - 196418989 AAAATATGTGAGAGGAAACAATCTTACATTGGAAAAGAAATCAAACCAATGACCCAATGTATCTTTTTATTATTTCTTGGGAGAACCTGTATGTTTAATTCATAGAATTCTTTACTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17666403 55 +  48129895 TTCTATGTTGAAATACACTTATGTGAAAATTGCACTCCT----ATTAATAAAATAGGAC
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s ponAbe2.chr21  15995891 59 +  48394510 TTCTATGTTGAAATACACTTACGTGAAAATTGCACTCCTATCAATCAATAAAATTGGAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17671580 123 +  48129895 gaggtcacgagtttgagacccacctggccaacatgctgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagccgggcgtggtaactcacgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcg
s panTro2.chr21  16400111 123 +  46489110 gaggtcacgagtttgagacccacctggccaacatgctgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagccgggcgtggtgactcacgcctgtaatctcagcactttgggaggctgaggcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165822786   2 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  16000755   0 +  48394510 C

a score=268870.000000
s hg19.chr21     17671703 226 +  48129895 ggtggatcacgaggtcaggagtttgagacctgcctggccaacatgctgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagccgggcggggtggcatgcgcctgtaatcctagctactcaggaggctgaggcaggagaattgcttgaatccaggaggcagaggttgcagtgagctgagattgcaccacggcactccagcctggacgacagagcaagactctgtctc
s rheMac2.chr3  165822788 216 - 196418989 ----------gaggtcaggagtttgagaccagcctgaccaacatggtgaaaccccgtcactactaaaattagaaaaatgagctgggcatgatggcacatgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaattgcttgaatccaggaggtagaggttgcagtgagccgagattatgccacggcacttcagcctgggcgacagagggagactctgtctc
i rheMac2.chr3  I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  16000755 226 +  48394510 ggtggatcacaaggtcaggagtttgagacctgcctggccaacatgctgaaaccctgtctctactaaaaatgcaaaaattagctgggtgtggtggcacatgcctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaattgcttgaatccaggaggcagaggttgtagtgagtcgagattgcaccacggcactccagcctggatgacagtgcaagactctgtctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16400234 226 +  46489110 ggtggatcaagaggtcaggagtttgagacccgcctggccaacatgctgaaaccctatctctactaaaaatacaaaaattagccgggcagggtggcacgtgcctgttatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaattgcttgaatccaggaggcagaggttgcagtgagccgagattgcgccacggcactccagcctggatgacagagcaagactctgttgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=6473.000000
s hg19.chr21     17671929 21 +  48129895 aaaaaaaaaaaaaaaaaa--------------gaa
s panTro2.chr21  16400460 28 +  46489110 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaga-------aaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16000981 13 +  48394510 aaaaaaaaaa----------------------agg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823004 35 - 196418989 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGTAAGAAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=474182.000000
s hg19.chr21     17671950 58 +  48129895 aagaaaaGTGGGCCATCAATATTAAGTACAAAATTCTACCCTTAAGTGTATTAAGCAT
s panTro2.chr21  16400488 58 +  46489110 aaGAAAAGTGGGCCATCAATATTAAGTACAAAATTCTACACTTAAGTGTATTAAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16000994 58 +  48394510 aagaaaaGTGGGCCATCAATATTAAGTACAAAATTCTACACTGAAGTGTATTAAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823039 58 - 196418989 AAAAAAAGTGGGCCATCAATATTAAGTAAAAAATTCTACACTTAAGTATGTTAAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=339358.000000
s hg19.chr21     17672008 24 +  48129895 TCTTTGTAGCTTTATTTTCATCTT
s panTro2.chr21  16400546 24 +  46489110 TCTTTGTAGCTTTATTTTCATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001052 24 +  48394510 TCTTTGTAGCTTTATTTTCATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823097 24 - 196418989 TCTTTGTAGCTTGATTTTCATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=404103.000000
s hg19.chr21     17672032 36 +  48129895 CTACATGATTAAACATAAATTTCCAAGAAGGGGTAC
s rheMac2.chr3  165823121 36 - 196418989 CTACATGATTAAACATAAATTTCCAAGAAGGGGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001076 36 +  48394510 CTACGTGATTAAACATAAATTTCCAAGAAGGGGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16400570 36 +  46489110 CTACATGATTAAACATAAATTTCCAAGAAGGGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=286901.000000
s hg19.chr21     17672068 32 +  48129895 ATCTGTAAATTAGACTTTGTAAAGGAGCAAGA
s rheMac2.chr3  165823157 32 - 196418989 ATCTGTAAATTAGACTTTGAAAAGGAGCAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001112 32 +  48394510 ATCTGTAAATTAGACTTTGAAAAGGAGCAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16400606 32 +  46489110 ATCTGTAAATTAGACTTTGAAAAGGAGCAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=655102.000000
s hg19.chr21     17672100 56 +  48129895 TACTTGTTTCGGGAGAAGTTCAGTAAAGGGAAGCCACCGTT-AAAAATGTCAACTAT
s rheMac2.chr3  165823189 54 - 196418989 TATTTGTTTTG---GAAGTTCAGTAAAGGGAAACCCCAGTTAAAAAAGGTCAACTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001144 56 +  48394510 TACTTGTTTCGGGAGAAGTTCAGTAAAGGGAAGCCACAGTT-AAAAATGTCAACTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16400638 56 +  46489110 TACTTGTTTCGGGAGAAGTTCAGTAAAGGGAAGCCACAGTT-AAAAATGTCAACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1015077.000000
s hg19.chr21     17672156 75 +  48129895 TGTATATCCATGGTAAGTTTGAAACATGTTGCTTTTAATCTTGTGTTCTAATAGCCAGAATTTACAGTGCTGCAA
s panTro2.chr21  16400694 75 +  46489110 TGTATATCCATGGTAAGTTTGAAAGATGTTGCTTTTAATTTTGTGTTCTAATATCCAGAATTTACAGTGCTGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001200 72 +  48394510 TGTATATCCATGGTAAGTTTGAAATGTGTTGCTTTTAA---TGTGTTCTAATATCCAGAATTTACAGTGCTGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823243 75 - 196418989 TGTATGTCCACAGTAAGTTTAAAACATGTTGCTATTAATCTTGTGTTCTGATATCCAGAATTTACAGTGCTGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=516162.000000
s hg19.chr21     17672231 39 +  48129895 CAATTTGTTTTTAAGTGGCTGGAAAAATGTAGTGAAACT
s panTro2.chr21  16400769 39 +  46489110 CAATTTGTTTTTAAGTGGCTGGAAAAATGTAATGAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001272 39 +  48394510 CAATTTGTTTTTAAGTGGCTGGAAAAATGCAATGAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823318 39 - 196418989 TAATTTGTTTTTAAGTGGCTAGGAAAATGCAATGAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=877466.000000
s hg19.chr21     17672270 58 +  48129895 TGTTATTAAGTATCTTATTTAGCAGAAACACCTTGTAATTTGTCTTAATAGTTGTGTT
s panTro2.chr21  16400808 58 +  46489110 TGTTATTAAGTATCTTATTTAGCAGAAACACCTTGTAATTTGTCTTAGTAGTTGTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001311 58 +  48394510 TGTTATTAAGTATCTTATTTAGCAGAAACACCTTGTAATTTGTCTTAATAGTTGTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823357 58 - 196418989 TGTTCTTAAGTATCTCATTTAGCAGAAACACCTTGTAATTTGTCTTAATAGTTGTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=116348.000000
s hg19.chr21     17672328 23 +  48129895 ATTAATTTCTTATCCTGCTTGGG
s panTro2.chr21  16400866 23 +  46489110 ATTAATTTCTTATCCTGCTTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823415 23 - 196418989 ACTAATTTCTTATCCTGCTTGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=629070.000000
s hg19.chr21     17672351 47 +  48129895 CCACAGCCTATTCAGAATGATCTGAACTGCCTATCCAATCTTTAGAG
s panTro2.chr21  16400889 47 +  46489110 CCACAGCCTATTCAGAATGATCGGAACTGCCTATCCAATCTTTAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001392 47 +  48394510 CCACAGCCTATTCAGAATGATCTTAACTGCGTATCCAATCTTTAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823438 47 - 196418989 CCATAGCCGATGCAGAATGATCCCAACTGCCTATCCAATCTTTAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183035.000000
s hg19.chr21     17672398 54 +  48129895 CATTTAATGAATACATTTTATCTTCCCAAAAGAGATCTAAACAGTTAACttaaa
s panTro2.chr21  16400936 54 +  46489110 CATTTAATGAATACATTTTATCTTCCCAAAAGAGATCTAAACACTTAACTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001439 54 +  48394510 CATTTAATGAATACATTTTATCTTCCCAAAAGAGATCTAAACAGTTAACttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823485 54 - 196418989 CATTTAATGAATACATTTTATCTTCCCAAAAGAGATCTAAACAGTTAACttaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90774.000000
s hg19.chr21     17672452 35 +  48129895 aatttttcttaaaaacataaattatattataattG
s panTro2.chr21  16400990 30 +  46489110 AATTTTTCTTAAAAACGTAAATTATC-----ATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001493 35 +  48394510 attttttcttaaaaacataaattatattataattg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823539 35 - 196418989 aatttttcttaaaaacttaaattatattataattG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88819.000000
s hg19.chr21     17672487 17 +  48129895 AATATTCTTGGTTGTTA
s panTro2.chr21  16401020 17 +  46489110 AATATTCCTGGTTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001528 17 +  48394510 aatatttCTGGTTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823574 14 - 196418989 AATATTCCTG---GTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409069.000000
s hg19.chr21     17672504 41 +  48129895 AGTAGAAAATAGTATCATGTCTAATCGTAACATAAAGAAGC
s panTro2.chr21  16401037 41 +  46489110 AGTAGAAAATAGTATCATGTCTAATCGTAACATAAAGAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001545 41 +  48394510 AGTAGAAAATAGTATCATGTCTAATCGTAACATAAAGAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823588 38 - 196418989 AGTAGAAAATAGT---ATGTCTAATCGTAACATAAAGAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=466732.000000
s hg19.chr21     17672545 58 +  48129895 AGCATACATGTATGCTACTCAATTCGTTTAGTTGCTAGTATACTGAAACTACTTGAGT
s panTro2.chr21  16401078 58 +  46489110 AGCATACATGTATGCTACTCAATTCGTTTAGTTGCTAGTATACTGAAACTACTTGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001586 58 +  48394510 AGCATACGTGTATGCTACTCAATTCATTTAGTTGCTAGTATACTGAAACTACTTGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823626 58 - 196418989 AGCATACATGTATGCTACTCAATTCATTTAGTTGCTAATATACTGAAACTACTTGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=571349.000000
s hg19.chr21     17672603 55 +  48129895 CAATCCTTTTCATGTATAATATGATGCCCTTAAATTTTGTGGTTGAATACTTAGA
s panTro2.chr21  16401136 55 +  46489110 CAATGCTCTTCATGTATAATATGATGCCCTTAAATTTTGTGGCTGAGTACTTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001644 55 +  48394510 CAATCCTTTTCATGTATAATATGATGCCCTTAAATTTTGTGGTTGAATACTTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823684 55 - 196418989 CAATCCTTTTCATGTATAATATGATGCCCTTAAATTTTGTGATTGAATACTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=627641.000000
s hg19.chr21     17672658 76 +  48129895 CAAAACATAGAATTAAAGGAAATAATATCATTGGTGAATTATTTTGCCGTATAAGTAGGTAAACTCAGAGGACACA
s panTro2.chr21  16401191 76 +  46489110 CAAAACATAGAATTAAAGGAAATAATATCATTGGTGAATTATTTTGCCGTATAAGTAGGTAAACTCAGAGGACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001699 76 +  48394510 CAAAACACAGAGTTAAAGGAAATAATATTATTGGTGAATTATTTTGCCGTATAAGTAGGTAAACTCAGAGGACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823739 76 - 196418989 CAAAAGATAGAATTAAAGGAAATAAACTCATTGGCGAATTATTTTGCCATATAAGTAGGTAAACTCAGAGGACGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182594.000000
s hg19.chr21     17672734 26 +  48129895 CCTGTTCTTGACTGAGAATGTTAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001775 26 +  48394510 CCTATTCTTGACTGAGAATGTTAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=513253.000000
s hg19.chr21     17672760 59 +  48129895 ATATATTTGCTACCAGAATCACATACCTCAACCAATAGCCAAATTGACCTGTTAGCATT
s panTro2.chr21  16401293 59 +  46489110 ATATATTTGCTACCAGAATCACATACCTCAACCAATAGCCAAATTGACCCGTTAGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001801 59 +  48394510 ATATATTTGCTACCAGACTCACATACCTCAACCAATAGCCAAATTGACCCGTTAGCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165823841 59 - 196418989 ATATATTTGCTACCAGAATCACATGCCTCAGCCAGTAGCCAAATTGACTTATTAGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=988904.000000
s hg19.chr21     17672819 136 +  48129895 AACCTATAGGAAGGAAATGGTTTCATTTGCTCTTGAGAAAAAAA-TCATAAACCAGTGTCCGAAGTATGCAAATT-TTT--CAGTTAAGCAAAATGAGAAGACCAGATTATTCACCAAGTAATGCCACAAGGATTGTTTA
s panTro2.chr21  16401352 138 +  46489110 AACCTATAGGAAGGAAATGGTTTCATTTGCTCTTGAGAAAAAAAATCATAAACCAGTGTCCCAAGTATGCAATTTGTTT--CAGTTAAGCAAAATGAGAAGACCAGATTATTCACCAAGTAACGCCACAAGGATTGTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16001860 137 +  48394510 AACCTATAGGAAGGAAATGGTTTCATCTGCTCTTGAGAAAAAAA-TCATAAACCAGTGTCCCAAGTATGCAATTTTTTT--TAGTTAAGCAAAATGAGAAGACCAGATTATTCACCAAGTAACGCCACAAGGATTGTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 290
s rheMac2.chr3  165823900 139 - 196418989 GACTTATAGGAAGGAACTGGTTTCATTTGCTCTTGAGAACAAAGATCATAAACAAGTGTCCCCAGTATGCAATTTTTTTTCCAGTTAAGCAAAATGAGAAGACCAGATTATTCACCAAATAACATCAGAAGGATTGTTT-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=443044.000000
s hg19.chr21     17672955  70 +  48129895 TGATATTGTTAATAATTATTGCCTAATATATTGGGTTGCAATTGATGGTCCTCAAATCTAAGGAGATTTT
s panTro2.chr21  16401490  70 +  46489110 TGATATTGTTAATAATTATTGCCTAATATATTGGGTTGCAATTGATGGTCCCCAAATCTAAGGAGATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165824039  69 - 196418989 -GATACTGTTAAGAACTATTGGCTAATATATTGGGTTGCAACTGATGGCCCCCGACTCTAGGGAGATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 I 330
e ponAbe2.chr21  16001997 290 +  48394510 I

a score=126591.000000
s hg19.chr21     17673025  43 +  48129895 AAAAAATGTTATATCCCACATCTCATTTCTGAGAGATGGTGGT
s panTro2.chr21  16401560  40 +  46489110 AAAAAATGTTATATCCCACATCTCATTTCTGAGAGATGGT---
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165824438  40 - 196418989 aaaaaaTGTTACATCCTGTGTCTCATTTCTGAGAGATGGT---
i rheMac2.chr3  I 330 C 0
e ponAbe2.chr21  16001997 290 +  48394510 I

a score=133718.000000
s hg19.chr21     17673068  34 +  48129895 ACCTCGGGTGTCTAATGCCTTGGGAATAAGATCC
s panTro2.chr21  16401600  34 +  46489110 ACCTCGGGTGTCTAATGCCTTGGGAATAAGAtcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165824478  34 - 196418989 ACCTCAGGTGTCTGCTGCCTTAGGAGTAAGATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16001997 290 +  48394510 I

a score=-248305.000000
s hg19.chr21     17673102   8 +  48129895 TAGCCTCT
s panTro2.chr21  16401634   8 +  46489110 tagccttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165824512   8 - 196418989 TAGCCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16001997 290 +  48394510 I

a score=557002.000000
s hg19.chr21     17673110  56 +  48129895 CCTAATATGCTGAGTGCCTTTCTGCCTTTGGTCCCTCACACAAGCTGTTCCATCTA
s panTro2.chr21  16401642  56 +  46489110 cctaatatgctgagtgtctttctgcctttggtccctcacacaagctgttccatctA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16403295 80 +  46489110 AAATATAGCTAGTGATTTCTGATCTTCCTTTAGGAAATCCTGACATTCCAGAGAAACTTGGATAGACTCTGAAGGATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16003888 80 +  48394510 AAATACAGCTAGCGATTTCTGATCTTCCTTTAGGAAATCCTGACATTCCAGAGAAACTTGGATAGACTCCGAAGGATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826182 80 - 196418989 AAATACAGCTAGTGATTTCTGATCTTCCTTTAGGAAATCCTGACATTCCAGAGAACTTTGGATAGACTCCGAAGGATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=638294.000000
s hg19.chr21     17674842 76 +  48129895 CCCATTTCTGACTTTTCAGGAAGTTTATCTTTCATTTAAAAGGATATCTGATGGGGTGGGATACAAAACTTAAAAT
s panTro2.chr21  16403375 76 +  46489110 CCCGTTTCTGACTTTTCAGGAAGTTTATCTTTCATTTAAAAGGATATCTGATGGGGTGGGATACAAAACTTAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16003968 76 +  48394510 CCCGTTTCTGACTTTTCAGGAAGTTTATCTTTCATTTAAAAGGATATCTGATGGGGTGGGATACAAAACTTAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826262 76 - 196418989 CCCGTTTCTGACTTTTCAGGAAGTTTATCTTTCATGTGAAAGGATATCTGATGGAATGGGATGCAAAACTCAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=390405.000000
s hg19.chr21     17674918 44 +  48129895 AAAGAATATGTTAAATGCCATCTCAGGGATGCAAGTTTAACAGC
s panTro2.chr21  16403451 44 +  46489110 AAAGAATATGTTAAATGCCATCTCAGGGATGCAAGTTTAACAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004044 44 +  48394510 AAAGAATATGTTAAATGCCATCTCAGGGATGCAAGTTTAACAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826338 44 - 196418989 AAAGAATATGTTAAATGCCACGTCAGGGATGCAAGTTTAACAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-30883.000000
s hg19.chr21     17674962 13 +  48129895 GGTGGTATTGGGC
s panTro2.chr21  16403495 13 +  46489110 AGTGGTATTGGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826382 13 - 196418989 AGTGGTTTTGGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129724.000000
s hg19.chr21     17674975 11 +  48129895 TTTAGAAACAT
s panTro2.chr21  16403508 11 +  46489110 TTTAGAAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004101 11 +  48394510 TTTAGAAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826395 11 - 196418989 TTTAGAAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73134.000000
s hg19.chr21     17674986 24 +  48129895 ATAAAAACA---TGACATTAACataaa
s panTro2.chr21  16403519 27 +  46489110 ATAAAAACAACATGACATTAACataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004112 27 +  48394510 ATAAAAACAACATGACATTGACataaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826406 27 - 196418989 ATAAAAACAACATGACATTAACGTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13664.000000
s hg19.chr21     17675010 56 +  48129895 aaaattacaaaaaa--atattaaaatGAGCATATAAGTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTG
s panTro2.chr21  16403546 56 +  46489110 aaaattacaaaaaa--atattaaaatGAGCATATAAGTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004139 51 +  48394510 aaaattac-aaaaa--atattaaaatGAGCATATAAG----TTTTTTTTGTTTGTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826433 57 - 196418989 AAAATTAGAAAAAAACATATAAAAATGAGCACATAC-TGTTTTTTGTTTGTTTGTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=821948.000000
s hg19.chr21     17675066 158 +  48129895 CTTGCCTGTGTATAAACACGAAAGTGGTACATCTCTCATTTAAGTTATGGCCCATGTACTTGAAACAATTTTTTTGCTTTCTAAGTGATTGTATAATGAATGGCCTAAGCTAACATTTACTTTAGCATTCACTCTGTCCTAGTCTATCCGTGTGTCAG
s panTro2.chr21  16403602 158 +  46489110 CTTGCCTGTGTATAAACACGAAAGTGGTACATCTCTCATTTAAGTTACGGCCCATGTACTTGAAACAATTTTTTTGCTTTCTAAGTGATTGTATAATGAATGGCCTAAGCTAACATTTACTTTAGCATTCACTCTGTCCTAGTCTATCCGTGTGTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004190 157 +  48394510 CTTGCCTGTGTATAAACATGAAAGTGGTACGTCTCTCATTTAAGTTATGGCCCATGTACTTGAAACAA-CTGTTTGCCTTCTAAGTGATTGTATAATGAATGGCCTAAGCTAACATTTACTTTAGCATTCACTCTGTCCTTGTCTATCCGTGTGTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826490 157 - 196418989 CTTGCCTGTGGATAAACATGAAGGTGGTGTATCTGTCATTTAAGTTATGGCCCATGTACTTGAAACAA-CTTTTTGCTTTCTAAGTGATTGTATAATGAATGGCCTAAGCTAACATTTACTTTAACATTCCCTCTGTCCTAGTCTATCGGTGTGTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=870873.000000
s hg19.chr21     17675224 100 +  48129895 CTGAGTTACTGTCAGAGGCTTGCTTGGCTTGTCTATCTCTGACCTCTGCATTCTGAATTTGCTCTGATGAAGTTTTGTGGCCTAGAGCATGATTTCTGCA
s panTro2.chr21  16403760 100 +  46489110 CTGAGTTACTGTCAGAGGCTTGCTTGGCCTGTCTATCTCTGACCTCTGCATTCTGAATTTGCTCTGATGAAGTTTTGTGGCCTAGAGCATGATTTCTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004347 100 +  48394510 CTGAGTTACTGTCAGAGGCTTGCTTGGCCTGTCCATCTCTGACCTCTGCATTCTGAATTTGCTCTGATGAAGTTTTGTGGCCTAGAGCATGATTTCTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826647 100 - 196418989 CTGAGTTACTGTCAGAGGCTTGCTTGGCCTGTCCGTCTCTGACCTCTGCATTCTGAACTTGCTCTGATGAGGTTTTGAGGCCTAGAGCATGATTTCTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=308123.000000
s hg19.chr21     17675324 34 +  48129895 AGTCATCTGTGAGTGTGGCGCCTGCTCAGTCTAA
s panTro2.chr21  16403860 34 +  46489110 AGTCATCTGTGAGTGTGGCGCCTGCTCAGTCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004447 34 +  48394510 AGTCATCTGTGAGTGTGGTGCCTGCTCAGTCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826747 34 - 196418989 AGTCATCTGTGAGTGTGGAGCCTGCTCAGTCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-17258.000000
s hg19.chr21     17675358 14 +  48129895 GGACTAGAGTCTGA
s panTro2.chr21  16403894 14 +  46489110 GGACTAGAGTCTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004481 14 +  48394510 GGACTAGAGTCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826781 14 - 196418989 GGACTATAGCCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155335.000000
s hg19.chr21     17675372 27 +  48129895 TAGATCAGAGAGAGGCAAGAATAGACT
s panTro2.chr21  16403908 27 +  46489110 TAGATCAGAGAGAGGCGAGAATAGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004495 27 +  48394510 TAGATCAGAGAGAAGCAAGAATAGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826795 27 - 196418989 TAGATCAGAGAGAAGCAAGAATAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=410791.000000
s hg19.chr21     17675399 82 +  48129895 CAGATGCCGTCAGTTTTGGAGGCCAATGAAAAGAAGGAAACAAAACTGAACAGCAGCTGTGTTGAAGGCTGTGCAAGGCCAT
s panTro2.chr21  16403935 82 +  46489110 CAGATGCCGTCAGTGTTGGAGGCCAATGTAAAGAAGGAAACAAAACTGAACAGCAGCTGTGTTGAAGGCTGTGCAAGGCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004522 82 +  48394510 CAGATGCCATCAGTGGTGGAGGCCAATGAAAAGAAGGAAACAAAACTGAACAGCAGCTGTGTTGAAGGCTGTGCAAAGCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826822 82 - 196418989 CAGATGCCGTCAGTGGTGGAGGCCAGTGAAAAGAAGGAAACAAAACTGAACAGCAGCCCTGTTCAAGGCTATGCAAAGCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=112611.000000
s hg19.chr21     17675481 73 +  48129895 CAGAAATTGGGTTCTTGAGGTGGATTGGAGGAGAACAGCCTCTGGATGTCTGCTGGGCAGTGACGATGTGTCT
s panTro2.chr21  16404017 73 +  46489110 CAGAAATTGGGTTCTTGAGGTGGATTGGAGGCGAACATCCTCTGGATGTCTGCTGGGCAGTGACGATGTGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004604 73 +  48394510 CAGAAATTGAGTTCTTGAGGTGGATTGGAGGAGAACATCCTCTGGATGTCTCCTGAGCAGTGACGGTGTGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826904 63 - 196418989 CAGAAATTGGGTTCTTGAGGTGGATTGGAGGAGAATGTCCTCTGGATGTCTCCGGGGCAGTGA----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=247368.000000
s hg19.chr21     17675554 25 +  48129895 GGAGGCTTTGACATTGGATTCATTA
s panTro2.chr21  16404090 25 +  46489110 GGAGGCTTTGACATTGGATTCATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004677 25 +  48394510 GGAGGCTTTGACATTGGATTCATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826967 24 - 196418989 -GAGGCTTTGACATTGGATTCATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=257605.000000
s hg19.chr21     17675579 94 +  48129895 GGCATTGCTAATGTACACAAAAAATGTAGCAAAAATGATGCCTGTTTCTGGGTGAGAACATCTGGAGCACCATAGAAGATGTGGGAGTACCTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004702 94 +  48394510 GCCATTGCTAATGTATGCAAAAAATGTAGCAAAAATGATGCCTGTTTCTGGGTGAGAACATCTGGAGCACCATAGAAGATGTGAGAGTACCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165826991 94 - 196418989 GCCATTGCTAATGTATGCAAAAAATGTAGCAAAAATGATGCCTGTTTCTGGGTGAGAACATCTGGAGCCCCATAGAAGATGTGGGAGTACCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=176616.000000
s hg19.chr21     17675673 39 +  48129895 ACGTCTCAGGCATTATCCATAGGCTTCGCTTGAAAAAAG
s panTro2.chr21  16404209 39 +  46489110 ATGTCTCAGGCATTATCCATAGGCTTCGCTTGAAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004796 39 +  48394510 ATGTCTCAGGCATTACCCACAGGCTTTGCTTGAAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165827085 31 - 196418989 ATGTCTCAGGCGTTATCCATAAGCTTTGCTT--------
i rheMac2.chr3  C 0 I 326

a score=274578.000000
s hg19.chr21     17675712 45 +  48129895 TTCAGTTTACTTCTTATCACTAGAAAGAGAGTTTCACTAATAATA
s panTro2.chr21  16404248 45 +  46489110 TTCAGTTTACTTCCTATCACTAGAAAGAGAGTTTCACTAATAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004835 45 +  48394510 TTCAGTTTACTTCTTATCACTAGAAAGAGAATTTCACTAATAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165827442 45 - 196418989 TTCAGTTTACTTCTTGTCACTAGAAAGAAAATTTCACTAATAATA
i rheMac2.chr3  I 326 C 0

a score=882007.000000
s hg19.chr21     17675757 158 +  48129895 GTTATTATAATAAACAGATTATTAAAAGATGACAGAGAAATGTGACATTATAAGGTTTTGCAGAAAGAATAAAATATTAAAGCAAAATTTGAAAT--TGTTTTTCTAAGTGGATAAAACTTTTCCAAACTCCAAAATTTCAGGATCATATGATTTGCATT
s panTro2.chr21  16404293 158 +  46489110 GTTATTATAATAAACAGATTATTAAAAGATGACAGAGAAATGTGACATTATAAGGTTTTGCAGAAAGAATAAAATATTAAAGCAAAATTTGAAAT--TGTTTTTCTAAGTGGATAAAACTTTTCCAAACTCCAAAATTTCAGGATCATATGATTTGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16004880 160 +  48394510 GTTATTACAATAAAGAGATTATTAAAAGATGACAGAGAAATGTGACATTATAAGCTTTTGCAGAAAGAATAAAATATTAAAGCAAAATTTGAAATTGTGTTTTTCTAAGTGGATAAAACTTTTCCAAACTCCAAAATTTCAGAGTCATATGATTTGCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165827487 154 - 196418989 G---TTACAACAAACAGATTATTAAAAGATGACAGAGAAATGTGAC---CTAAGGTTTTGCAGAAAGAATAAAATATTAAAGCAAAAATTGAAATTGTGTTTTTCTAAGTGCATAAAACTTTTCCAAACTCTAAAATTTCAGGGTCATATGATTTGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=181797.000000
s hg19.chr21     17675915 68 +  48129895 AAATGACATAGATT-TTTTTAATAAAACCACCaaattatttaatttaaatttgaattattCCTCATCTA
s rheMac2.chr3  165827641 69 - 196418989 AAATGACATAGATTTTTAAAAATAAAACCACCaaattatttaatttaaatttgaattattCCTCATCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16005040 68 +  48394510 AAATGACATAGATT-TTTTTAATAAAACCACCaaattatttaatttaaatttgaattattCCTCATCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16404451 69 +  46489110 AAATGACATAGATTGTTTTTAATAAAACCACCaaattatttaatttaaatttgaattattCCTCATCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=88807.000000
s hg19.chr21     17675983 19 +  48129895 TGGAAGGAGCATACTGCAT
s panTro2.chr21  16404520 19 +  46489110 TGGAAGGGGCATACTGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16005108 19 +  48394510 TGGAAGGGGCATACTGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165827710 19 - 196418989 TGGAAGGGGCATACTGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=720147.000000
s hg19.chr21     17676002 172 +  48129895 TTTAAATAAGGAATATATTTCAATATTATAACTCAGAGAGCTATAAATTGTGATTTTCTTGAAGACATTC----ATTACATGTTGGAGAAAATCATGAGACTGTAAATTGAAATGTTTAAAACTGATGTGAAAAAGGAAAAAATCCTTATTTCTAAAATAAAGTGAgggaggaatg
s panTro2.chr21  16404539 176 +  46489110 TTTTAATAAGGAATATATTTCAATATTATAACTCAGAGAGCTATAAATTGTGATTTTCTTGAAGACATTCGTTTATTACATGTTTGAGAAAATCATGAGACTGTAAATTGAAATGTTTAAAACTGATGTGAAAAAGGAAAATATCCTTATTTCTAAAATAAAGTGAgggaggaatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16005127 176 +  48394510 TTTTAATAAGGAATATATTTCAATATTATAACTCAGAGAGCTATAAATTGTGATTTTCTTGAAGACATTCATTTATTACGTGTTTGAGAAAATCATGAGACTGTAAACTGAAATGTTTAAAACTGATGTGAAGAAGGAAAATGTCCTTATTTCTAAAGTAAAGTGAgggaggaatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165827729 174 - 196418989 TTTTAAAAAGGAATATATTTCAATATTATAACTC--AGAGCTATAAATTGTGATTTTCTTGAAGACATTCATTTATTACATGTTTGAGAAAATCATGAGACTGTAAATTGAAATGCTTAAAACTGATGTGAAAAAGGAAAATATCCTTATTTATAAAATAAAGTGAgggaggaatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=71161.000000
s hg19.chr21     17676174 58 +  48129895 ggagacggtgaaagtatataaagcgtaagaatgaatatgttccggagatctattttac
s panTro2.chr21  16404715 58 +  46489110 ggagatggtgaaagtatatagagtgtaagaatgaatatgttccagagatctattttac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16005303 58 +  48394510 ggagatggtgaaagtatataaagtgtaggaatgaataagttctggagatctattttac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165827903 58 - 196418989 agagatggtgaaagtgtataaagtgtaagaatgaatacgttctggagatctattttac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20940.000000
s hg19.chr21     17676232 50 +  48129895 agcatggcaactagttaataataacgtattgtattttgtactcaaaaaat
s panTro2.chr21  16404773 50 +  46489110 agcgtggcaactagttaataataacatattgtatcttatactcaaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16005361 50 +  48394510 agcctggcaactaattaataataacgtgttttattttatactcaaaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165827961 45 - 196418989 agcgtggcaactagttaataataacg-----tattttatactcaaaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-112330.000000
s hg19.chr21     17676282 68 +  48129895 tttacaagaatagatcttaaaagttctcaccacaaaa-----ataagtatgtgaggtgatttaatcattgtac
s panTro2.chr21  16404823 68 +  46489110 tttacaagaatagatcttaaaagttctcaccacaaaa-----atacgtatgtgaggtgatttaatcattgtac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16005411 68 +  48394510 tttataagaatagatcttaaatgttctcaccacaaaa-----ataagcatgtgaggtgatttaatctttgtac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165828006 73 - 196418989 tttatgagaatagatcttaaatgttctcaccacaaaaaaatgataagtatgtgaggtgatttaatcattgtac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-9847.000000
s hg19.chr21     17676350 32 +  48129895 aatgc--atttgtatatatcaaaacatgagactg
s rheMac2.chr3  165828079 34 - 196418989 aatgcatatatatatatatcaaaacatgacactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16005479 32 +  48394510 aatgc--atttgtatatatcaaaacatgatactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-78344.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165829297 125 - 196418989 GTAAATTTTTACATTGCAAAATACTAGAAAAAGGTGTAATTGGCCTCCTATAGCAGTATATTGCAGCAGTGTTTCTTGAAGGGTCTATTCCTGCTGAATTCAGAGTTATTG---TATTTATTTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007230 42 +  48394510 CTAACACATTTGACTGCCGATGTTTCTCAGTTGTAGCTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165829829 42 - 196418989 CTAACACATTCAACTGCCGATGTTTCTCAGTTGTAGCTTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3060916.000000
s hg19.chr21     17678123 90 +  48129895 AGAGCTCTCTATTCTTCCCAGCCCACTTGATACCCTGCAGGTTGTGGCAGACAATTCACAGGAAAAGCTTAGACATCGAGCTTGCACGCT
s panTro2.chr21  16406683 90 +  46489110 AGAGCTCTCTATTCTTCCCAGCCCACTTGATACCCTGCAGGTTGTGGCAGACAATTCACAGGAAAAGCTTAGACATCGAGCTTGCACGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007272 90 +  48394510 AGAGCTCTCTATTCTTCCCAGCCCACTTGATACCCTGCAGGTTGTGGCAGACAATTCACAGGAAAAGCTTAGACATCGAGCTTGCACGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165829871 90 - 196418989 AGAGCTCTCTATTCTTCCCAGCCCACTTGATACCCTGCAGGTTGTGGCAGACAATTCACAGGAAAAGCTTAGACATCGAGCTTGCACGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2513408.000000
s hg19.chr21     17678213 54 +  48129895 TCTTGACTCCATTTTAAACCTTTTGTTCACACCAGGGTGGCATTTTTTCACACC
s panTro2.chr21  16406773 54 +  46489110 TCTTGACTCCATTTTAAACCTTTTGTTCACACCAGGGTGGCATTTTTTCACACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007362 54 +  48394510 TCTTGACTCCATTTTAAACCTTTTGTTCACACCAGGGTGGCATTTTTTCACACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165829961 54 - 196418989 TCTTGACTCCATTTTAAACCTTTTGTTCACACCAGGGTGGCATTTTTTCACACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3193012.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2322040.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007522 136 +  48394510 TCCTAGTGATTGGTGCAGAAGTTTATAGCAAAATGTGTTTTAGGGAGAGGGAGGAAGGAGAATGCAATATGAAAAATGTTCTGGGCCTGAAGCACAGGAAATAAATTTTGAATAAGAC--AGGTTGACTCTGCAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165830121 138 - 196418989 TCCTAGTGATTGGTGCAGAAGTTTATAGCAAAATGTGTTTTAGGGAGAGGGAGGAAGAAGAAAGCAATATGAAAAGTGTTCTGGGCCTGAAATACAGGAAATAAATTTTGGATAAAACAGAGGTTGACTCAGCAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-300865.000000
s hg19.chr21     17678511 76 +  48129895 TCATACCCGAAATAAAATACACTGGCCTCTATTTCTATTATTTTTTGCAGCACTATGCTGGGTGTTCAGGTAAATT
s panTro2.chr21  16407065 76 +  46489110 TCATACCCGAAATAAAATACACTGGCCTCTATTTCTATTATTTTTTGCAGCACTATGCTGGGTGTTCAGGTAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007658 76 +  48394510 TCATACCCGAAATAAAATACACTGGCCTCTATTTCTATTATTTTTTGCAGCACTATGCTGAGTGTTCAGGTAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165830259 74 - 196418989 TCATACCCGAAATAAAATACACTGGCCTCTATTTCTATTATTTTTTGCAGCACTATGCTGGGTGTTCAGGTAAA--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-242537.000000
s hg19.chr21     17678587 28 +  48129895 CTTTATGGAAACAATACAATGACATCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007734 28 +  48394510 CTTTATAGAAACAATATAATGACATCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165830333 27 - 196418989 -TTTATAGAAACAATATAATGACATCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=71124.000000
s hg19.chr21     17678615 34 +  48129895 TTTCAGGTTGCATGATGTTATTTTTAAAAAGCTG
s panTro2.chr21  16407169 34 +  46489110 TTTCAGGTTGCATGATGTTATTTTTAAAAAGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007762 34 +  48394510 TTTCACGTTGTATGATGTTATTTTTAAAAAGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165830360 31 - 196418989 CTTCAGGTTGC---ATGTTATTTTTTAAAAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=131623.000000
s hg19.chr21     17678649 73 +  48129895 TCATGTAATTGCAAAACAAAGTCTTATCCTCAGAGCCGTACAGttattttcttatataatattttataatatt
s rheMac2.chr3  165830391 70 - 196418989 TCGTGTAATTGCAAAACAAAATCTTATCCTCAGCTCCCTACAGTTATTTTCCTATATAATATTTTATAA---T
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007796 73 +  48394510 TCATGTAATTGCAAAACAAAGTCTTATCCTCAGAGCCGTACAGTTATTTTCCtatataatattttataatatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16407203 73 +  46489110 TCATGTAATTGCAAAACAAAGTCTCATCCTCAGGGCCGTACAGttattttcttatataatattttataatatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=52884.000000
s hg19.chr21     17678722 61 +  48129895 CAGTGAGTGCAAATGAATTTTACTTTTAGATAAAACCATTTGGTATGCTCCACTT------AACTAT
s panTro2.chr21  16407276 61 +  46489110 CAGTGAGTGCAAATGAATTTTACTTTTAGATATAACCATTTGGTGTGCTCCACTT------AACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16007869 61 +  48394510 CAGTGAGTGCAAATGAATTTTACTTTTAGATACAACCATTTGGCATGCTCCACTT------AACTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165830461 67 - 196418989 CAGTGAGTGCAAATGAATTTGACTTTTGGATATAACCATTTGGCATGCTCCATTTAAGTTCAACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=223579.000000
s hg19.chr21     17678783 80 +  48129895 GAACAAAACAAAACCTATTATTTTAAAAATCTATACTATAAACCACACATTTAAACAATTTCAATAACAACATCATCATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165830528 80 - 196418989 GAATAAAACAAAACCTATTATTTTAAAAAACTATACTATAAACCGCACATTTAAACAATTTCTATAACAACATCCCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16407417 55 +  46489110 CGGAAACTTTTTTTCTTTCCCCTATGTTC-AATTAAAAATATCACTTCAGTCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16407472 27 +  46489110 ATACTTTCTAAATATAAATTGTGCAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17678945 70 +  48129895 TATTTCAAATAAATTACATGAAGAGGATAGTCATAAAATAACAACAGAAGTGAAAAATTTTACCAAATAC
s panTro2.chr21  16407499 70 +  46489110 TATTTCAAATAAATTACATGAAGAGGATAGTCATAAAATAACAGCAGAAGTGAAAAATTTTACCAAATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16008092 70 +  48394510 TATTTCAAATAAATTACATAAAGAGGATAGTCATAAAATAACAGCAGAAGTGAAAAATTTTACCAAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165830690 70 - 196418989 TATTTCAAATAAATTACATAAAGAGGATAATCATAAAATAACAGCAGAAGTGAAAATTTTTGCCAAATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17679015 25 +  48129895 CAAAGTAGGTAAATTGGCTTTCTTC
s panTro2.chr21  16407569 25 +  46489110 CAAAGTAGGTAAATTGGCTTTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16407594 164 +  46489110 TG----TAATTATTAGGAAGACATAAAACTATAGATAGGAAATCTCTGCAGACCATCTGACAGTAATTGCTACATAAATCTTTATATTTTTCCTTTGAAATTCTTATTTTGTTAAAATATCATCTTTTAGTTGTGTTAGCAAAAACATAATAAAAGAATATTCTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16008187 164 +  48394510 TG----TAATTATTAGGAAGACATAAAACTATAGATAGGAAATCTCTGCAGATAATCTGACAGTAATTGCTATGTAAATCTTTATATTTTTCCTTTGAAATTCTTATTTTGTTAAAATATCATCTTTTAGTTGTGTTAGCAAAAACATAATAAAAGAATATTCTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165830785 165 - 196418989 TGTAATTAATTATTAGGAAGACATAAAACTATAGATAGGAAATCTCTGCAGATAATCTGACAGTAATTGCTATATAAATCTTTATATTTTTCCTTTGAAATTCTTATTTTGTTAAAAT---ATCTTTTAGTTGTGTTAGTAAAAACATAATAAAAGAATATTCTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17679204 72 +  48129895 TATTTGCAAGGCATAT-GTTTAATTCAGTTATTTTTTTGTGTAGGGAGGACAGAGGAGGATTTCTGCTTTCAT
s rheMac2.chr3  165830950 72 - 196418989 TATTTGCAAGGCATATGGTTTAATTCAGTTA-TTTTTTGTATAGGGAGGACAGAGGAGGATTTCTGCTTGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16008351 72 +  48394510 TACTTGCAAGACATAT-GTTTAATTCAGTTATTTTTTTGTGTAGGGAGGACAGAGGAGGATTTCTGCTTGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16407830 223 +  46489110 CAACAAATAGAAAATCATAATTATATTGTTTTTTATATTTTCTGAAGGTATAGAATAAGCACTCTTATTTTTAAATTACTACTTTTTAAACATTAACAATTCATTCACCAAGAAATCAGTCAATAGAAGTAAATCTTTATGAAGTGATAAGTATTTGTGAACAGTGGTAAACTTCAAGATAAATATTATGGTGTATTTAATTTAGCTTTTAGCTGCAAAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16008423 223 +  48394510 CAACAAATAGAAAATCataattatattattttttatattttCTGAAGTTATAGAATAAGCACTCTTATTTTTAAATTACTACTTTTTAAACATTAACAATTCATTCACCAAGAAATCAGTTAATAGAAGTAAATCTTTATGAAGTAATAAGTATTTGTGAACAGTGTTAAACTTCAAGATAAGTATTATGGCGTATTTAATTTAGCTTTTAGCTACAAAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165831022 217 - 196418989 CAACAAATAGAAAGTCATAATTATATTATTTTACATATTTTCTGAAGTTATAGAATAAACAGTCTTATTTTCAAATTACTACTTTTTAAACATTAACAAGTCATTCACCAAGAAATCAGTTAATAGAAGTAAACCTTTATGAGGT----AGTATTTGTGA--AGTGTTAAACTTCAAGATAAACATTATTGCATATTTAATTTAGCTTTTAGCTACAAACCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-209556.000000
s hg19.chr21     17679499 29 +  48129895 ACTTAATGAAATCATTTCAGCTAATTCAA
s panTro2.chr21  16408053 29 +  46489110 ACTTAATGAAATCATTTCAGCTAATTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-76071.000000
s hg19.chr21     17679528 39 +  48129895 ATTGTATAATTGGTATATCAAAATAACCAAATTATTGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165831268 35 - 196418989 ATTGTATAATTTGTGTATCAAAATAACCAAATTAT----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=445227.000000
s hg19.chr21     17679567 82 +  48129895 TTTAAGAAAA-AAATAAC--AAATAGTTGTAGATTATAGTCTTATTCCTCCTTCCAGGGAATACCTAATTAAATTAAGTGCATTT
s panTro2.chr21  16408121 82 +  46489110 TTTAAGAAAA-AAATAAC--AAATAGTTGTAGATTATAGTCTTATTCCTCCTTCCAGGGAATACCTAATTAAATTAAGTGCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16008714 84 +  48394510 TTTAAGAAAA-AAATAACAGAAATAGTTGTAGATTATAGTCTTATTCCTCCTTCCAGGGAATACCTAATTAAATTAAGTGCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165831303 85 - 196418989 TTTAAGAAAATATATAAAAGAAATGGTTGTAGATTATAGTCTTATTCCTTCTTCCAGGGAATACCTAATTAAATTAGGTGCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=727867.000000
s hg19.chr21     17679649 68 +  48129895 GAATTATTCATTACAATATTTGAAATATGAAATGGATCCAATAAATTGAGAAAGACTTCAATTTAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16008798 68 +  48394510 GAATTATTCATTACAATATTTGAAATATGAAATGGATTCAATAAATTGAGAAAGACTGCAATTTAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165831388 68 - 196418989 GAATTATTCATTACCATATTTGAAATATGAAATGGATCCAATAAATTGAGAAAGACTTCAATGTAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-114998.000000
s hg19.chr21     17679717 27 +  48129895 TTTAGATTTTTTTTTTAAACTTTCTGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136918.000000
s hg19.chr21     17679744 10 +  48129895 ACAAGAACAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=356941.000000
s hg19.chr21     17679754 72 +  48129895 AGGGAAATAGCATTTTGTTGTAAGTCTTGTAACAGTAGGCATACTAGCAGACAGAACAACTGTACACTTTCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 M 252
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 4
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i rheMac2.chr3  I 4 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165832887 179 - 196418989 ACGAAATCACCATGATTTTATGTGCCTTTCACAGATCATAATGAATTTATGTGCTT-TAAGTCTATTTTAATGCTCCAGAAAAACATTTTTGCAAATTTTTTAATGGGTAAAAACAAAGAAAAATTTTCCCTTGGAACAGAGCTTATCAAACAATTTTGTTTAATTTAAAATCAATGTGA
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a score=2210794.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1834201.000000
s hg19.chr21     17681396 75 +  48129895 TTCTGGAATAAACCTGTTAAATGATAGACACCATCTCATTATCTCCTTGAAAGAACACCTCAACTTTTTGGCTTC
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a score=16869.000000
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a score=-157030.000000
s hg19.chr21     17681531 26 +  48129895 AAAAAGCTTAAAAGGAAAACAAACAT
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a score=577750.000000
s hg19.chr21     17681557 96 +  48129895 AGTTGACAGAAAAGAAAATGCTCCTTCTAATACCAAAAGAAAGTCACTGCTGACGAAGTAACTGAAACGGTCATCGTAACAGTTGGATAAAGACAT
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a score=957575.000000
s hg19.chr21     17681653 42 +  48129895 ATAAATAATTTAAGCTAACACGAAATTCATAAAGTCTGAAGA
s panTro2.chr21  16410201 42 +  46489110 ACAAATAATTTAAGCTAACACGAAATTCATAAAGTCTGAAGA
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a score=453575.000000
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s hg19.chr21     17681714 18 +  48129895 AGGAAAACCTTTTGGCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16013147 118 +  48394510 TAAAGGGAATTGTGTCTATTACCTGAAATCCATTGCAAAATAGATAGTTGGATTCTTCTTATTTTTTCAGTTAGCATTTAGCCTACTCCTGCTTTTTCGTTTTTCAAAAACATATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16013504 62 +  48394510 CTGCATATAGTTTGCAAAACCTCCACTCCTAACATGTGTTAGATTTAAATGTTCCTTTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16013761 81 +  48394510 tctaataaatgaatACAACTATGGTTGCATCAATGAAACAA-TTTCAGAATAATCTAGTCTCATGAAAATCAGGAAATAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 460

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 460 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165836960 75 - 196418989 gatgctatgtgaaacaatggaaattagatttcttgtgtataacagatgtgagggcatttaaaagactaatgtaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165837111 81 - 196418989 TAATAATGTAATATGACCGAATTTCACAgatgtgctcaatctggctgcagccagattgaataaaccaattttgactatctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165837306 134 - 196418989 tttgagactggttgttgaacattgaccagcacaccattgCCTAATTTTGTCTCTGAATCCATTTTTTGTAGGTAAGCTGTGCACTAAGAGGTCAATAAGTTCAGAGGTTTTCTATTCATCAAACTGTCTAAAGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16015396 92 +  48394510 gttatttatcagaaattaaaacatgactaatacatggtttctgtcgttgtggagcccacagtcaaatgtgagaagaaagCAGCTGAAATGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165838280 92 - 196418989 gttatttattagaaattaaagcataactaatacatggtttgtgtcgttgtggtgcctacagtcaaatgtgagaagaaagCAGCTGAAATGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17686256 77 +  48129895 ATATATATATTTGATCTAAAGTGATATATCTATCAAATTTAAAGTGataaatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtg----------tg
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16414805 87 +  46489110 ATATATATATTTGTTCTAAAGTGATATATATATCAAATTTAAAGTGataaatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtatatatatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165838403 58 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  16414892 33 +  46489110 tatatatatatatatatatatatatatatatTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16015581 33 +  48394510 tatgtgtgtatacatatatatatatatatatTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 58 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16415341 73 +  46489110 AAATCTCTTGGACATACTAACATTATACTTCTGAAAACTCTAAAGCCAATATAAAGTTGTAAAAGGCTTTACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17686884 61 +  48129895 TACACAATTTTATCACTGGAAAATTTTCTTCTCTGTGCCATAAAACCTGGAACTC----TTCTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=536852.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17686993 63 +  48129895 AT-----ATGAAAGGTTTTTAAATGAATTATTGAATGTCAGATATTTAATAAAAATACTTTTGCTATT
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a score=120343.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=-212064.000000
s hg19.chr21     17687095 23 +  48129895 agataaaataattttatatattt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16018100 51 +  48394510 CTTTTTACTCCATCATTCCAGGACTCAGGGTGTACTTTTTGAGAACACACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165841314 51 - 196418989 CTTTTTACTCCATCATTCCAGGACTCAGGGTGTACTTTTTGAGAACACACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16417544 88 +  46489110 TAAAAGTTGTTTTGTTTTACCAATTCTTTTTTAAAAACCCCAAATCATCCAGAAAGCTGTTGCTCCTCTTTCATCCTGTAATGaacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16018151 88 +  48394510 TGAAAGTTGTTTTGTTTTACCAGTTCTTTTTTAAAAACTCCAAATCATCCAGAAAGCTGTTGCTCCTCTTTCATCCTGTAATGAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17689050 55 +  48129895 gcagagtaacctggggatattgttaatactcaattaagattcaggcatctggggt
s rheMac2.chr3  165841453 55 - 196418989 GGGgagtaacctggggatattgttaatattcaattaagattcaggcatctggggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=215949.000000
s hg19.chr21     17689105 37 +  48129895 ggagtctgagaatctgcatttccaataagaccccagg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16417687 37 +  46489110 ggagtctgagaatctgcatttccaataagaccccagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=201700.000000
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s panTro2.chr21  16417724 47 +  46489110 aggtgatgatgatgctggcctattggttgaggttagaatgtgagagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=515383.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=904340.000000
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s rheMac2.chr3  165841674 77 - 196418989 cctacaaaatggctggaatcatgtttctt----ctgcctacccatagaattgttctgtgcttcaaattacattaaggagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16417853 81 +  46489110 tctataaaatgggtggaatcatgtttcttctgcctgcctacccatagaattgttctgtacttcaaattaaattaaggagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=693695.000000
s hg19.chr21     17689382 68 +  48129895 AGGTAATGCAGCAGGATATTTCGCCTTATTTCTTGAAGAGTATATTTTATACCAGTAACCTAATTTCC
s rheMac2.chr3  165841781 67 - 196418989 AGGT-GTTCAGCAGGATATCTACCCTTATTTCTTGAAGAGTATATTTTATACCAATAACCTAATTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16417964 68 +  46489110 AGGTAATGCAGCAGGATATTTCGCCTTATTTCTTGACGAGTATGTTTTATACCAGTGACCTAATTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17689450 37 +  48129895 TTTAGAGTTTGCCCAGTTAGCCTAAAATGATGACCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=326259.000000
s hg19.chr21     17689487 40 +  48129895 TGTTTTAAAGTTATCTTCAGTAGTTCTTTATCCTCTTTTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17689527 73 +  48129895 CTCTCCTCTTTTTGTTCatttattcattcatcagacacttattgtgtagctactatgcacaatacattgtgcc
s rheMac2.chr3  165841924 73 - 196418989 CTCTCCTCTTTTTGTTCatttattcattcatcacacgcttattgtgtagccactgtacacaatacattgtgcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16018711 73 +  48394510 CTCTCCTCTTTTTGTTCatttattcattcatcagacacttattgtgtagctactgtgcacaatacattgtgcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17689711 57 +  48129895 ACTTCTGCCTTCAGTGGGATGTTGAAATCACTAATTTGAAGGTTGCATTCGTCTCTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=915195.000000
s hg19.chr21     17689768 67 +  48129895 TGAATCAATTGTATTTAATTTCACAAATATTTACTGATTCCCCATTATATGGCAGAATCTCTACAAA
s rheMac2.chr3  165842163 67 - 196418989 TGAATCAATTGTATTTAATTCCACAAATATTTACTGATTCCCCATTATATGGCAGAATCTCTGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16018951 67 +  48394510 TGAATCAATTGTATTTAATTCCACAAATATTTACTGATTCCCCATTACATGGCAGAATTTCTACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16418349 67 +  46489110 TGAATCAATTGTATttaattccacaaatatttactgattccccattatatggcagaatctctacaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=896554.000000
s hg19.chr21     17689835 155 +  48129895 AAGAATACAGAATTGAAGAACAGTA----CTTTTTTTTAG-GAAAAAAAAGTTTATATCCTATTTGGGAAATAAGATTTTTAATAATTTTTCAATGAACTATAGTACCAGGCAGGAGATTTTTGGTGTCATAAGAAACACTTTAAAGGAGGAAGTCACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165842230 156 - 196418989 AAGAATACAGAACTGAAGAACAGTT----TTTTTTTTAAGAAAAAAAAAAGTTTATATCCTATTTGGGAAATACGATTTTTAATAATTTTTCAATGAACTGTAGTACCAGGCAGGAGATTGTTGGTGTCATAAGAAACACTTTAAAGGAGGAAATCACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=436858.000000
s hg19.chr21     17689990 46 +  48129895 CTGACTTGAAGGGTTTGAAAAAGACTTCTTAAAAGATGGCTAAATT
s panTro2.chr21  16418575 46 +  46489110 CTGACTTGAAGGGTTTGAAAAAGACTTCTTAAAAGATGGCTAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16019173 46 +  48394510 CTGACTTGAAGGGTTTGAAAAAGACTCCTTAAAATATGGCTAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165842386 46 - 196418989 CTGACTTGAAGGGTTTGAAAAAGACTCCTTAAAAGATGGCTAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=459659.000000
s hg19.chr21     17690036 37 +  48129895 GTGACAGAAATAGATGAGAGGAAGAAGAGGATAGATA
s panTro2.chr21  16418621 37 +  46489110 GTGACAGAAATAGATGAGAGGAAGAAGAGGATAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16019219 37 +  48394510 GTGACAGAAATAGATGAGAGGAAGAAGAGGATAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165842432 37 - 196418989 GTGACAGAAATAGACGAGAGGAAGAAGAGGATAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1097101.000000
s hg19.chr21     17690073 94 +  48129895 TTACAGGTGGAACAAATTATACCTTCCCCTCTCTTTGCTTTCATTCATGGTGAGTGACTTGGGAAAATGGTCTGGTGTAGGCAAAAAGGTCTTA
s panTro2.chr21  16418658 94 +  46489110 TTACAGGTGGAACAAATTATACCTTCCCCTCTCTTTGCTTTCGTTCGTGGTGAGTGACTTGGGAAAATGGTCTGGTGTAGGCAAAAAGGTCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16019256 94 +  48394510 TTACAGGTGGAACAAATTATACCTTCCCCTCTCTTTGCTTTCGTTCATGGTGAGTGACTTGGGAGAATGGTCTGGTGTAGGCAAAAAGGTCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165842469 93 - 196418989 TTACAGGTGGAATAAATTACACCTTCCCCTCTCTTTGCTTTCGTTCATGGTTAGTGACTTGGGA-AATGGTCTGGTGTAGGCAAAAAGGTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=786592.000000
s hg19.chr21     17690167 74 +  48129895 AAAGTATATGAGGGAAAGCTGGAAGCTCTTATTGGAGTCACACTGTGATAGCCTTGGATGGAAGCTATGGGAGT
s panTro2.chr21  16418752 74 +  46489110 AAAGTATATGAGGGAAGGCTGGAAGCTCTCATTGGAGTCACACTGTGATAGCCTTGGATGCTAGCTATGGGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16019350 74 +  48394510 AAAGTATATGAGGGAAAGCTGGAAGCTCTCATTGGAGTCACACTGTGATAGCCTTGGATGCTAGCTATGGGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165842562 74 - 196418989 AAACTATATGAGGGAAAGCTGGAAGCTCTCACTGGAGTCACACTGTGATAGCCTTGGATGCTGGCTATGGGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=534867.000000
s hg19.chr21     17690241 44 +  48129895 CTGTACTTAATTTGGGGGGCATTAAGAAGTCTTTGAAAGTTAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=817727.000000
s hg19.chr21     17690285 57 +  48129895 GTTACTGTTGACCTTCCTGCCATGCATTCAAAGTCAACCTTTAATTCAATTCTGTGG
s panTro2.chr21  16418870 57 +  46489110 GTTACTGTTGACCTTCCTGCCATGCATTCAAAGTCAACCTTTAATTCAACTCTGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1321808.000000
s hg19.chr21     17690342 92 +  48129895 AATTTAAATGTAAGTCAACTGTCGGGCTCTGGGTTTGTACAGAGCAGATTGGCAACCTCCAGGTAGTCTTTTGCCAGTTTTCATcaaggcag
s panTro2.chr21  16418927 92 +  46489110 AATTTAAATGTAAGTCAACTGTCGGGCTCTGGGTTTGTACAGAGCAGATTGGCAACCTCCAGGTAGTCTTTTGCCAGTTTTCATCAaggcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165842737 92 - 196418989 AATTTAAATGTAAGTCAACTGTCGGGGTCTGGGTTCATACAGAGCAGATTGGCAACCTCCAGGTAGTCTTTTGCCAATTTTCATCAAggcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=455875.000000
s hg19.chr21     17690434 52 +  48129895 ca-tatcataatggacacaatatagtggactgcatgaggacgcccggctgcta
s panTro2.chr21  16419019 53 +  46489110 cattatcatcatggacacaatatagtggactgcatgaggacgcctggctgcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16019617 52 +  48394510 ca-tatcataatggacaccatatagtggactgcatgaggacgcctggctgcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165842829 52 - 196418989 ca-tatcataatggacacagtataatggactgcatgaggacgcctggctgctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=798922.000000
s hg19.chr21     17690486 72 +  48129895 atcctggttcactaacttgctagccttttgaccttagagaaggcattcatctgtctgagtcttcagttcttt
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16019669 72 +  48394510 atcctggttcactaacttgctagccttttgaccttagagaaggcattcatctctctgagtcttcagttcttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=298863.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 10

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16020350 219 +  48394510 aaatgtgagtgGGTGTGCCCTTAAAgagacagacacataaatattaatactaataataatctatttacctatgtgtatgaatgtcagtaagtaaaaagtgctataaagaaaaataaagcaagctgaaggattagagactgaaggttattatgccttt------------------ttttttttttttggtcagaggttcagggcatggttctctgattaggtgctatttactcaaag------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 400
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165848812 130 - 196418989 GAGTTAGATTATCTCTGCAACTAATACACACTTACATCAGATGTTATATAGTACCATTGCTACCTCAATG-CATGCATCCTAATATGtttattatttataataaaaattttatatCAGTCATACATTTTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165851355 114 - 196418989 caatggctcatgcctgttatcctagcactttgcaaggtggaggagggtggatcatgaggtcaagagattgagatcatcctggccaacatggcaaaaccccatctctcctgaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=111598.000000
s hg19.chr21     17699106 91 +  48129895 tacaaaaattagccaggcgtggtgacccacgcctgttatctcagttactcgggagactgaggcaggagaatcgcttaaacctgggaggcgg
s rheMac2.chr3  165851469 91 - 196418989 tacaaaaattagccacgcttggtggcccacgcctgttatctcagttacttgggagactgaggcaggaaaatcgcttgaacctgggaggtgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16028656 91 +  48394510 tacacaaattagccgggcgtggtggcccacacctgttatctcagttacttgggagactgaggcaggagaatcgcttaaacctgggaggcgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16427710 91 +  46489110 tacaaaaattagccaggcttggtgacccacgcctgttatctcagttactcgggagactgaggcaggagaatcgcttaaacctgggaggcgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17699197 84 +  48129895 actttgcagtgagccgagatcacaccactgcactcccgcctggtgacagagtgagactgtgtcacaaaaaaa------aaaaaaaaGAGA
s rheMac2.chr3  165851560 87 - 196418989 aggttgtagtgagccgagatcacgccactgcactccagcctggtgacagaacgagactgtgtctaaaaaaaaTTAATCAATAAATA---A
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16427801 81 +  46489110 acttcgcagtgagccgagatcacaccactgcactcccgcctggtgacaaagtgagactgtgtcgcaCACACA------CACAAAAA---A
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16427882 45 +  46489110 GAGAGTTCTGTCTGCCACATAAAAACTAGCCTGAGAGGAAACTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165851733 54 - 196418989 CTTGTAGACACTAGGCGCTTCAAAACAGA---ATATTAATAACATAATATTTGATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16427969 57 +  46489110 CTTGTAGACACTAGGTGCTTCAAAACAGAATGATATTAATAACATAATATTTGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16028964 51 +  48394510 ATAATTTATCTAATTCTCACAACAGAATAGAATAATATGTGTAGAG-CTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165851787 52 - 196418989 GTAATTTATCTGATTCTCACAACAGaatagaatagtatgtgtagagccttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248902.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165851872 81 - 196418989 attctaactgttaACTTTGTCCTCTTTGTCATCATAATCACCATCATCATTATCCAAATGCTTAATAGACGTTCTTGGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 172

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16428222  43 +  46489110 ACCCTCTTTTCCTCACTAAAGTCAAGCATAAGTTAAAGGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165851959 172 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165851959 172 - 196418989 I

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i rheMac2.chr3  I 172 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17700066 32 +  48129895 CTTTAAAATAATACAAATATATTTGGTTATCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165852537 105 - 196418989 TTGAAAAA-ATAAACTTTTTGCAAAAAATATCACTGGCTGCACATACACATATTCATATAAAATAATGCATATCAAT-AAAAACTCATATAGGCAATTATACAA----TAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17700251 82 +  48129895 TTCTTGTGTAAGTTATTCTTCTACTAATTGGTTCTTAGTTTCCTGAGGACTGCTTTCTTAAAAACAGATTTACATGGTATGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=276035.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=61920.000000
s hg19.chr21     17700588 39 +  48129895 TGTACTTAGGGAAATTTGGTGTGTTTTCCTATGTGATAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
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i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16432141 103 +  46489110 ttcatttcttgagtttgttgcttaactatgtaggtaaacttggacaagatatttcacatctctatgacttagtttcatcatctgtgaaataaaataaat----cata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16432244 115 +  46489110 actaaat----atatataaatagacatacataaataactatctcatggttcttatgggaaataaatgagctaaAATCtcaggatgagccatatgaaattgccctctttatagatgaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165856647 131 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16035363 115 +  48394510 tgtctggtgagggcctacattctggttcatagatggcatctttttgctgtgttctcacattggtggagaggaagaactctagtttcctcagttccttataagggcaccaatctta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165858432 69 - 196418989 atcaATGCCTTATTTTTCTTTTTGTAAATCTGGCCATTGTGAGAATT-ACAGAAGAATTAAAGGCATCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243134.000000
s hg19.chr21     17706162 56 +  48129895 tcatcatcccagacacatagtaagttcttaatatgggtggttattgttATTTTTTC
s rheMac2.chr3  165858501 56 - 196418989 TCATCATCCCAGACACAGAGTAAGTTCTTAATGTGGGTGGTTATTATTATTTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16035696 56 +  48394510 tcatcatcccagacacatagtaagttcttaatatgggtgtttattattattTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16434755 56 +  46489110 tcatcatcccagacacatagtaagttcttaatatgggtggttattgttattTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17706218 123 +  48129895 TGATGTTGTTATTGCTTGAACTTTCAAGATGTAGGGACAAAAGTTTTATATAAATAACAAGAAGTTCAACTAAACACTGTATTGTACATCCTGTAAATATGTAGAATATGGAGGCACAAAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165858557 123 - 196418989 TGATGTTGTTATTGCTTGAACTTTCAAGATGTAGTGACAAAAGTTGTATATAAATAACAAGAAGTTCAACTAAACACTGTATTGTACATTCTATAAATATTTAGAATATGGAGGCACAAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17706341 46 +  48129895 GAGCTTTAGGACCAAAATACAAATATGTTAAAATAGTTTAGACTCA
s panTro2.chr21  16434934 46 +  46489110 GAGCTTTAGGACCAAAATACAAATATGTTAAAATAGTTTAGACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16035875 46 +  48394510 GAGCTTCAGGACCAAAATACAAATATGTTCAAATAGTTTAGACTCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16434980 74 +  46489110 AGTGTCAATGCTAGATGGTCAGTCCTGCACTCTGCCTCCCTACTATTATCAGAGAAGT-GAAAAATAATAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16035921 74 +  48394510 AGTGTCAATGCTAGATGGTCAGTCCTGCACTCTGCCTCCCTACTATTATCAGAGAAGT-GAAAAATAATAATCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165858726 72 - 196418989 AGTATCAATGCTAGACGGTCAGTTCAGCACTCTGCCTCCCTACTACTATCAGAGAAGTAGAAAAATAATAAt---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201610.000000
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s panTro2.chr21  16435054 318 +  46489110 TTTTTCttttttctttctttttttttttttttttgagacggacttttgctttcgttgcccaggctggagggcaacggtgcaatctcgactcaccacagcctccatctccgaggttcaagtgattctcctgccttagcctcccaagtagctgggattacaggcacccaccaccaggcccggctaattttgtatttttagtatagacggggtttctccatgttggtcaggctggtctcaaactcccgacctcgagtgatccacccacctcagtctcccaaaatgctgggattacagacgtgagccaccgtgcctggccTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16035995 315 +  48394510 Tttttttctttctt---ttcttttctttttttttgagatggacttttgcttttgttgcccaggctggagggcaacggtgtaatctcgactcaccacaacctccatctccgaggttcaagcgattctcctgccttagcctgccaagtagctgggattacaggcacgcaccaccatgcccagctcattttgtatttttagtatagatggggtttctccatgttggtcaggctggtctcaaactcccgacctcaagtgatccacccaccccagtctcccaaagtgctgagattacagacgtaagccaccgcgcccggccTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165858798 285 - 196418989 --------------------ttttttttttttttgagacagagtttttcttttgttgcccaggctggagtgcaatggcacaatcttgactcaccacaacctccgtctcccaggttcaagtgattcttctgcctcagcctcccgagtagctgggattacaggcatgcaccaccatgcccggctaattttgcatttttagtatagatggggtttctccatgttggtcaggctggtctcaaactcctgacctcaagtgatccacccacctcggtctcccaaagtgccaggattacagatgtgagccac-------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 533

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s hg19.chr21     17706776 140 +  48129895 TAAGAATAaataataatcttaccaactattctatataagcatttttggcccactgaacactgtgatatgtaacttcattgcaccttcacatcaaccccaccaaaatatacgtaacaataggctaactttaaaattcccaa
s panTro2.chr21  16435372 139 +  46489110 TAAGAat-aataataatcttaccaactattctatataggcatttttggcccactgaacactgtcatatgtaacttcattacaccttcacatcaaccccaccaaaatatacataacaataggctaattttaaaattcccaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16036310 139 +  48394510 CAAGaat-aataataatcttaccaactattctatataggcatttttggctcactgagcactgtcatatgtaacttcattacaccttcacatcaaccccaccaaaatatacataacaataggctatctttaaaattcccga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165859616 125 - 196418989 ---------------ATCTGACCGACTATTCTATATAGGCATTTTTGGCTCACTGAGCACCGTCGTATGTAACTTCATTACACTTTTACATCATCCCCACCAAAATATACCTAACAATATGCTGTCTTTAAAATTCTCAG
i rheMac2.chr3  I 533 C 0

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s hg19.chr21     17706916 89 +  48129895 ctaaaacaaaaattgtgaccagtaaattacaaagttaataagagacacagtcaaggttgaacaccaggtcttctgactctaagtcaaac
s panTro2.chr21  16435511 89 +  46489110 ctaaaacaaaaattgtgaccagtaaattacaaagttaataagagacacagtcaaggttgaacaccaggtcttctgactctaagtcaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16036449 89 +  48394510 ctgaaacaaaaattgtgaccagtaaattacaaagttaataagagacacagtcaaggttgaacaccagatcttctgactctaagtcaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165859741 76 - 196418989 CTAAAACAAAAATTGTGACcag-------------taataagagacacagtcaaggttgaacaccaggtcttctgactctaagtcaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17707005 100 +  48129895 tctctctttattCCCTGTTGTGTATCATAGGTTGCTGTAGACCAAGTATTGAAAATCTTGTGTTTTCTTCATTTTGCATTCTTAGTTTATGGGATTATTC
s panTro2.chr21  16435600 100 +  46489110 tctctctttattCCCTGTTGTGTATCATAGGTTGCCGTAGACCAAGTATTGAAAATCTTGTGTTTTCTTCATTTTGCATTCTTAGTTTATGGGATTATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16435700  95 +  46489110 AG-AAAAAATTAT--GAGAGAA----TACATTAATTCAAAATCTACAGATTTTTTAAGACACAGATTTTTGGGCATCAGTGTTCAAATCAATAGAAAGTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16036638  97 +  48394510 AG-AAAAAATTATGAGAGAGAA----TACATTAATTCAAAATCTACAGATTTTTTAAGACACAGATTTTTGGGCATCAGTGTTCAAATCAATAGAAAGTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165859917 100 - 196418989 AGAAAAAAATTAT--GAGAGAGAGTTTACATTAATCCAAAATCTACAGATTTTTTAAGACACAGATTTTTGGGCATCAGTGTTCAAATCAATAGAAAGTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 316 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16435906 53 +  46489110 CTGGTAGCAAAAGTTGATTGCAGACTTCTTACAATGACACCATGGGATGACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16036845 53 +  48394510 CTGGTAGCAAAAGTTGATTGCAAACTTCTTACAATGACACCATGGGACAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165860444 53 - 196418989 CTGGTAGCAAAAGTTGATTGCAAACTTCGTACAATGACACCATGGAATGACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16435959 61 +  46489110 CTGTGTTAACACAATTTTGAATATCTCATTAAACATTTTTTCTCTGCATGTGTAtttttcc-----------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16036898 78 +  48394510 CTGTGTTAACACAATTTTGAATATCTCATTAAACATTTTTTCTCTGCATATATAtttttctttttttttccttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165860497 56 - 196418989 CTGTGTCAACACAATTTTGAATATCTCATTAAACATTTTTTCTCTGCATATATATT----------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 11

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s hg19.chr21     17707427 81 +  48129895 tttttttttttttagacg-agtcttgctctgtcgcccaggctgagtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccgcc
s ponAbe2.chr21  16036976 82 +  48394510 ttttttttttttttgagacagtcttgctctgtcacccaggctgagcgcagtggcacaatctgagctcactgaaagctccgcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16436020 82 +  46489110 tttttttttttttagatgaagtcttgctctgtcgcccaggctgagtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165860553 11 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  16436102 112 +  46489110 tcccgcattcacgccattctccagcctcagcctcccgagtagctgggactataggcgcccgtcgccacacccggctaattttttgtattttttagtagaaacggggtttcac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16037058 112 +  48394510 tcccggattcacgccattctccagcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgtcaccacacccggctaattttttgtgttttttagtagagacggggtttcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165860553  11 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165860553 11 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165860553 11 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     17707860  47 +  48129895 ATTGCCTGCCTACCTTCCTATTACAGGTTTCTTAAACTTTGGTAGAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=302140.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165862548 176 - 196418989 attattttcaGGAAGacagtgcctatggtgattacggtcttggaggcagactgtctgggtttgaatctcagccacttactttgtggcttttggcaatttatttaactctctatttttcagttttctcatctatagaaaagaaataatggt---atctatttcatttcattattgtaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16039535 179 +  48394510 ATTATTTTCAGGAAGACAGTGCCTatggtggttacagtcttggagccagactgtctgagtttgaatctcagccactgactttgtggcttttggcaatttatttaactctctatttttcagttttctcatctatagaaaagaaataatggtagcatctgtttcatttagttattgtaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16440131 165 +  46489110 GTTGGTATGTTGAATCCAGTGATGCTTGAATTC----------------------------------------------------------------------------AGGGGCCTAAAGTTCAAGGCAGACTTTAGGTCCCCAAGATTAGAAATGGATTATCTGTTTGTGTAGTCTGGAATTTCATATTTCAAGTTGTATTTGAAAATTAATTCCTCTGTTGCATTATATGACTTTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16041383 165 +  48394510 GTTGGTATGTTGAGTCCAGTGATGCTTGAATTC----------------------------------------------------------------------------AGGGACCTAAAGTTCAAGGCAGACTTTAGGTCCCCAAGATTAGAAATGGATTATCTGTTTGTGTAGTCTGGAATTTTATATTTCAAGTTGTATTTTAAAATGAATTCCTCTGTTGCATTATATGACTTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165865117 19 - 196418989 TTTGGTta------tatatatatt--t
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165865136 49 - 196418989 ataggttttatatatatatatgtataggttatatatatatGTGTGTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17712338 47 +  48129895 tgtatTTTTGGGGACATCTTGAGTTCTgggacagcctgctttggtga
s rheMac2.chr3  165865185 47 - 196418989 TGTATTTTTGGGGACATCTTGAGTTCTgggagagcctgctttggtga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16042052 47 +  48394510 tgtatTTTTGGGGACATCTTGAGTTCTgggacagcctgccttggtga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16440872 93 +  46489110 aaagagccccaattttggtgtcagactgagtgtgagtgtaggctacattcagttctatccctgttattttccaacggtagacactttagttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17712595 56 +  48129895 gaatcgtaataaataccagctGCCTCTCTTCTCTCTGCCTTATTCCAAATTATGTA
s rheMac2.chr3  165865441 56 - 196418989 aaatcgtaataaataccagctGCTTCTCTTCTCTCTGCCTTATTCCAAATTATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17712651 117 +  48129895 CACCAGGATGATTTTTAA-TGCAAATGAATACCAAATTTTAGCTATCATCCAATTCTTCCACGATCATTCAATCCCTGTTTAGTTCatagaatcataacagcttggacttgaaagtga
s rheMac2.chr3  165865498 116 - 196418989 CACCAGAATGATTTTTAA-TGCAAATGAATACTGAATTTTAGCTATCATCCAATTGATCCATGATCATTCAGTACCTGTTTAGTTCATCGAGTCATAACAGCTTGGACTTGAAAGTG-
i rheMac2.chr3  I 1 I 8034
s ponAbe2.chr21  16042363 118 +  48394510 CACCAGAATGATTTTTAATTGCAAATGAATACCAAATTTTAGCTGTCATCCAATTCATCCATGATCATTCAGTCCCTGTTTAGTTCatagaatcataacagcttggacttgaaagtga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16441138 117 +  46489110 CACCACGATGATTTTTAA-TGCAAATGAATACCAAATTTTAGGTATCATCCAATTCATCCACGATCATTCAGTCCCTGTTTAGTTCatagaatcataacagcttggacttgaaagtga
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=763073.000000
s hg19.chr21     17712768 143 +  48129895 cttaaatagcatctagtgtaatctttcacctaaaaggcatggagtcttccagattatggttgaatatttcccatactgagaactctacttcacaaagcaacccactataatttttaaacTTGATCTTCAATAATAGCTTAAAA
s rheMac2.chr3  165873648 143 - 196418989 cttaaatagcatctagtctaatctttcacctaaaaggcatggagtcttccagattatggttgaatatttcccataatgagatctctacttcacaaaacaacccattataatttttaaacTTGATCTTCAATGGTAGCCTAAAA
i rheMac2.chr3  I 8034 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16441255 143 +  46489110 cttaaatagcatctagtgtaatctttcacctaaaaggcatggagtcttccagattatggttgaatatttcccatactgagaattctacttcacaaagcaacccactataatttttaaacTTGATCTTCAATAATAGCTTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=319945.000000
s hg19.chr21     17712911 113 +  48129895 TCAATTCCTGTAATTa-tcaaaaccttttgcatatctaaaaccatctatattaccatgctttaaatattcacatgtgaagacttcccactatcttctgttgtgtctcatgtgat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165873791 114 - 196418989 TCAGTTCCTATAATTAATCAGTATCTTTTGCATATCTAAAACTATCTATATTACTATGCCTTAAGTATTCACATGTGAAGACTTCCAACTATCTTCTGTTGTGTCTCATGTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-16334.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=62546.000000
s hg19.chr21     17713316 30 +  48129895 ACAAGTGGATATTATGTACTAGCATTTTAG
s rheMac2.chr3  165874196 30 - 196418989 ACAAGTATATATTGTGTCCTAGCATTTTAG
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a score=65922.000000
s hg19.chr21     17713346 17 +  48129895 Aaggcacattaaaatag
s rheMac2.chr3  165874226 17 - 196418989 Aaggcacattaagatag
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=178242.000000
s hg19.chr21     17713363 61 +  48129895 tcaagaatttatttcagcattcagcagttcgtgaatccagcagctccagaccacaaactgc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16443002 90 +  46489110 aaaataGATTAatatatttctgattttgactactatttgttttaagatattttacctatggtcataaatgaaattgggctagaaattttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16044221 90 +  48394510 aaaataGATTAatatatttctgattttgactactatttgttttaagatattttacctatcgtcataaatgagattgggctataaattttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165875425 90 - 196418989 aaGATAGAGTAatgtatttctgattttgactactatttgttttaagatattttacctatggtcataaatgagattgggctatgaattttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16443092 68 +  46489110 tattgtgttcttcttattggttttactataaaagctgtattacccttgtgaagaaaattggatggcat
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16046434 232 +  48394510 TTGAAATGTTCATGTGTGTACAGACTTTTTGATTGAAGCAAAAAATATTTAATGAAATCAAACCTTCCAGACTTTAAATTGCAATCCAATTCACATGAATACAAATGAGCTTAAAAATAATATTGCATATGTATAAAAAATAAAATAAGGGAAATATAAATCAACAGCTATGCTTGTATCGGTTTAATTTTAAGCCATGATACAAGAATTACTCTGCTGCGGCTCATTAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165877654 232 - 196418989 TTGAAATGTTCATGTGTGTACAGACTTTTTGATTGAAGCAAAGAAAATTTAATGAAATCAAACCTTCCAGACTTTAAATTGCAATCCAATTCACGTGAATACAAATGAGCTTAAAAATAATATTGCATATGTATAAAAAATCAGATAAGGGAAATATAAATCAACAGCTATGCTTGTATCGGTTTAATTTTAAGCCATGATAAAAGAATTACTCTGCTGTGGCTCATTAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16445458 95 +  46489110 CACTACTAAAAAGCAAATCATATCTTTTCTCCATTTTATGTAACATTTTATTTTGCCTGATTATGTGTTCTCATAAAATAGGCCTTCATGACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16046666 95 +  48394510 CACTACTAAAAAGCAAATCATATCTTTTCTCTATTTTATGTAACATTTTATTTTGCCTGATTACGTGTTCTCATAAAATAGGCCTTCATGACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=688238.000000
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s panTro2.chr21  16445584 49 +  46489110 ATGTTATTGGCAATAAGGAATTGGCTTAGGTAAACTATTTTAGAATTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878012 49 - 196418989 GTGTTATTGGCAATAAGGAAATGGCTTAGGTAAACTATTTTAGAATTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=541996.000000
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s panTro2.chr21  16445633 34 +  46489110 TAAGAGCCTATGTGGAGATCAAATGTATTACCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878061 34 - 196418989 TAAGAGCTTATATGGAGAGCAAATGTATTACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=632992.000000
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s panTro2.chr21  16445667 86 +  46489110 GTAAATTCATATACCATATACATTTCATTTCATAGCTTTGCTGTTATTGTTGTTTCTTATGTATATAGCCCAATACATATTTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16046875 86 +  48394510 GTAAATTCATATACCATATACATTTCATTTCGTAGCTTTGCTGTTATTGTTGTTTCTTATGCATATAGCTCAATACATATTTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878095 83 - 196418989 GTAAATTCATATACCATATACATTTAATTTCATAGCTTTGCTGTCA---TTGTTTCTTATGCATATAGCCCAGTATATGTTTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16445753 194 +  46489110 CACATTCTCCAGTTGTCTGATATCTTCGTCAGATTTTTTTCTCGGGTCTGTCTTTAAGATTTAGATAAATTGAATGTTATTAGCAGTACTCGTTCAATTAGAATGTTTTTATGAAACCCATAAAACATTACACTGCTAGAGTAAATGATTCAGCATATGATTCAAACCAAACTAAATTTCCCTTCAACCCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16046961 194 +  48394510 CACACTCTCCAGTTGTCTGATTTCTTCGTCAGATTTTTTTCTCGGGTCTGTCTTTAAGATTTAGATAAATTGAATGTTATTAGTGGTACTCATTCAATAAGAATGTTTTTATGAAACCCATAAAACATTACACTGCTAGAGTAAATGATTCAGCATATGATTCAAACCAAACTAAATTTCCCTTCAACCCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878178 194 - 196418989 CACATTCTCCAGTTGTCTGATTTCTTCTTCAGATTTTTTTCTTGGGTCTGTCTTTAAGATTTAGATAAATTGAATGTTATTAGTGGTACTTGTTCAATTAGAATGTTTTTATGAAACCCATAAAATATTACACTGCTAGAGTAAATGATTCAGCATATGATTCAAACCAAACTAAATTTCCCTTCAACCCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=995268.000000
s hg19.chr21     17717434 101 +  48129895 TAATCTCTAAGTCATAGTGGTCTATACAGAATTTAGTCatattttgatatttataaatattaatcataaatataatatttaGAGTTAGTACTGAAATCATA
s panTro2.chr21  16445947 101 +  46489110 TAATCTCTAAGTCATAGTGGTCTATACAGAATTTAGTCatattttgatatttataaatattaatcataaatataatatttaGAGTTAGTACTGAAATCGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047155  97 +  48394510 TAATCTCTAAGTCATAGTGGTCTATACAGAATTTAGTCatattttgatatttataaatatt----ataaacataatatttaGAGTTAGTACTGAAATCGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878372 101 - 196418989 TAATCTCTAAGTCATAGTGGTCTATATAGAATATAGTCATGTTTTGatatttataaatattaattataaatataatatttaGAATTAGTACTGAAATCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=434054.000000
s hg19.chr21     17717535 62 +  48129895 TTTAGTAATGATAAGAATCTACTTGCTTATTTTGAGATTAATCACTGTAGCTCCTATTGTCA
s panTro2.chr21  16446048 62 +  46489110 TTTAGTAATGATAAGAATCTAATTGCTTATTTTGACATTAATCACTGTAGCTCCTATTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047252 62 +  48394510 TTTAGCAATGATAAGAATCTACTTGCTTATTTTGAGATTAATCACTATAGCTCCTATTGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878473 62 - 196418989 TTTAGTAATAATAAGAATCGACTTCCTTATTTTAAGATTAATCACTATAGCTCCTATTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16446159 61 +  46489110 TGCACAAAGATCATCTGAAAGTACCAGGTTGAGTAAGAAATGATTAAAGACATGAATGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047363 58 +  48394510 TGCACAAAGATCATCTGAAAGTACCAGGTTGAGTAAGAAATGATTAAAGACATGAATG---
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878584 61 - 196418989 TGCACAAAGATCATCTGAAAGTACCAGGTTGAGTAAGAAATGATTAAAGACATGAATGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251351.000000
s hg19.chr21     17717707 37 +  48129895 ATTTATATTTTATAGAACTTTAATTTCATAATAAGAA
s rheMac2.chr3  165878645 37 - 196418989 ATTTATATTTTATAGGACTTTAATTTCATAATAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047421 36 +  48394510 -TTTATATTTAATAGAACTTTAATTTCATAAGAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16446220 37 +  46489110 ATTTATATTTTATAGAACTTTAATTTCATAATAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=272968.000000
s hg19.chr21     17717744 36 +  48129895 GAAAGAACTAGGTATAGTTGTATTATTTGGCCTTTA
s rheMac2.chr3  165878682 36 - 196418989 GATAGAACTAGGTATAGATGTATTATTTGGCCTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047457 36 +  48394510 GAAAGAACTAGATATAGTTGTATTATTTGGCCTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16446257 36 +  46489110 GAAAGAACTAGGTATAGTTGTATTATTTGGCCTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=334691.000000
s hg19.chr21     17717780 32 +  48129895 TAATGAATAGTTTTTCTTAATATCATTTACAT
s panTro2.chr21  16446293 32 +  46489110 TAATGAATAGTTTTTCTTCATATCATTTACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047493 32 +  48394510 TAATGAATAGTTTTTCTTAATATCATTTACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878718 32 - 196418989 TAATGAATAGTTTTTCTTAATATCATTTACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2390.000000
s hg19.chr21     17717812 13 +  48129895 GTAATATGAAGAT
s panTro2.chr21  16446325 13 +  46489110 GTAATATGAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047525 13 +  48394510 GTAATATGAGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878750 13 - 196418989 GTAATATGAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1245264.000000
s hg19.chr21     17717825 125 +  48129895 ATTCTGGGATGTTGAACAGTCTTCCAGATAGGTAAAAGGAAGGGATTCAAAAGAAAATTTGAATACATATTTCATATTTATCTTTTTGTGAGCTTCGTAATAAACCACACAAAGCTTTCATCTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047538 125 +  48394510 ATTCTGGGATGTTGAACAGTCTTCAAGATAGGTAAAAGGAAGGGATTCAAAAGAAAATTTGAATAAATATTTCATATTTATCTTTTTGTGAGCTTCGTAATAAACCACACAAAGCTTTCATCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878763 125 - 196418989 ATTCTGGGATGTTGAACAGTCTTCAAGATTGGTAAGAGAAAGGGATTCAAAGGAAAATTTGAATAAATATTTCATATTTATCTTTTTGTGAGCTTCATAATAAACCACTCAAACCTTTCACCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1198020.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878888 98 - 196418989 AATACTTATTACTAAAACTTGCACTGTAGCTGTAGATTGACATTAACAGGGAAAAATAAATATAATCCGTTCTCCAAGACACTAAAATATGCTAAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=612874.000000
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s panTro2.chr21  16446561 55 +  46489110 AAGTAAAAAATGTAAAGTAATTTTGAAAACTTAAATTGATATTGAAAT----GTGAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047761 55 +  48394510 AAGTAAAAAATGTAAAGTAATTTTGAAAACTTAAATTGCTATTGAAAT----GTGAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165878986 59 - 196418989 AAGTAAAAAATGTAAAGTAATTTTGAAAACTTAAATTGATATTGAAACGTAAGTGAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2067774.000000
s hg19.chr21     17718103 143 +  48129895 AGTTTTATCTTAG------TCAACATCATTGTTATTGAAGAAAGGCAGATTTTATTCACCGGAATTATTTATTTTAGTTTAGATTAAAAGCTGCTTTCTGACATATGAGTTGACTCCTGTATCTACTTTTCTGAGATACTATTGGCTGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047816 149 +  48394510 AATTTTATCTTAGTCATCATCATCATCATTGTTATTGAAGAAAGGCAGATTTTATTCACCAGGATTATTTATTTTAGTTTAGATTAAAAGCCACTTTCTGACATATGAGTTGACTCCTGTATCTACTTTTCTGAGATATTATTGGCTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165879045 149 - 196418989 AATTTTATCTTAGTCATCATCATCACCACTGTTATTGAAGAAAGGCAGATTTTGTTCACCAGGATTATTTATTTTAGTTTAGATTAAAAGCCGCTTTCTGACATATGAGTTGACTCCTGTATCTGCTTTTCTGAGATGTTATTGGCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2020758.000000
s hg19.chr21     17718246 95 +  48129895 AACATGTTGATTAAATTTTGTAGTAACTTAATTACAAGATTCAGAGATAGTAAAGCTTTTAATGTAGGTTATAATTTTATAATATGAActgacat
s panTro2.chr21  16446759 94 +  46489110 AACATGTTGATTAAATTTTGTAGTAACTTAATTACAAGATTCAGAGATAGTAAAGCTTT-AATGTAGGTTATAATTTTataatatgaactgacat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16047965 94 +  48394510 AACATGTTGATTAAATTTTGTAGTAACTTAATTACAAGATTCAGAGATAGTAAAGCTTT-AATGTAGGTTATAATTTTATAATATGAActgacat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165879194 94 - 196418989 AACATGTTGATTAAATTTTGTAGTAACTTAATTATAAGATTCAGAGATAGTAAAGCTTT-AATGTAGGTTATAATTTTataatatgaactgacat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1386571.000000
s hg19.chr21     17718341 86 +  48129895 ttctctagtgctctgcagttttcaaaatgctttcataagcattatctctttccatttctacaacaattttgcagtaggaaataata
s rheMac2.chr3  165879288 83 - 196418989 ttctctagtgctctgcagttttcaaaatgctttcataagcattatctctttccatttct---acaattttgcagcaggaaataata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16048059 86 +  48394510 ttctctagtgctctgcagttttcaaaatgctttcataagcattatctctttccatttctacaacaattttgcagtaggaaacaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16446853 86 +  46489110 ttctctagtgctctgcagttttcaaaatgctttcataagcattgtctcttcccatttctacaacaattttgcagtaggaaataata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1062905.000000
s hg19.chr21     17718427 145 +  48129895 gtatccctcttttagagatg--------------------gaaaagttaaagtttcagagagaataaatcacttagctactagatggctgaatcagaactcaagcATGTGAAGAGAGGTAGTATATAGCATATCTTAAGAATCTTCGTATCAAGATTAacagcct
s panTro2.chr21  16446939 145 +  46489110 gtatccctcttttagagatg--------------------gaaaagttaaagtttcagagagaataaatcacttagctactagatggctgaatcagaactcaaTCATGTGACGAGAGGTAGTATATAGCATATCTTAAGAATCTTCGTAGCAAGATTAacagcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16048145 145 +  48394510 gtatccctcttttagagatg--------------------gaaaagttaaagtttcagagagaataaatcacttagctactagatggctgaatcagaactcaaTCATGTGATGAGAGGTAGTATATAGCATATGTTAAGAATCTTTGTATCAAGATTAacagcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165879371 164 - 196418989 gtatccctcttttagcgatgaaaagttaagttttagagatgaaaagtt-aagtttcagagagaataaatcacttagctatgagatggctgaatcagaactcaaTCATGCGAAGAGAGGCAGTATATAGCATATGTTAAGAATCTTCATATCAAgattaagagcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=436212.000000
s hg19.chr21     17718572 68 +  48129895 tggagacaaaaggtctttgtttaaattcatacttt--accctttggttgttgcgcgctcttgggcaactg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16048290 68 +  48394510 tgtagacaaaaggtctttgtttaaattcatacttt--accctttggtggttgtgtgcccttgggcaactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=77168.000000
s hg19.chr21     17718640 52 +  48129895 agaaatctgattgggtctcagttttttaatctgtttaatgggatagcaaagt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16447206 102 +  46489110 tcattattgggtattgtgataagtaaatgagttgacacctagaatgtacttagactgtaccttgtatatttttagtggatgcccagtaaaaatccattgatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  165880845 107 - 196418989 AAATTTAAATAAAAT-CTCTGCCCAGCTTCTCAAATACCTCTGTGGTCTCTGGATGACACTTTGCAAACCACCAATCTATAGAAATTTCAGGGGACGTTGAATTAAAG
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s hg19.chr21     17719993 32 +  48129895 AACTATCGAATTAAAGGGTTGATTTGCAGTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16050817 103 +  48394510 TTATTAAACGCTGGATTCAGTTCTATTTTCTTGTAAAGTTTAGGTATAATGATCATTAAGAATCACCATATTCTCCTGAATTTCCCCCAGTCCTTATATAGAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16449732 32 +  46489110 ttttattttattattatatatattta-ttttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165882195 118 - 196418989 ----GTTttttgctctgtcatccaggctggagtgcagttgtgcagtcacaattcacagcagccttgacctctgtgactcaagtgatccccccacttcagcctgccgagtagctgggaatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16050953 122 +  48394510 gacagtgtcttgctctgtcatccagactggagtgcagtggtgcaatcacaattcacagcagccttgacctccatggctcaagtgatccccctactttagcctgctgagtagctgggaataca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165882313 49 - 196418989 ggtgcacaccaccatatccagctaatttttaatttttttgtagagatag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=56164.000000
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s panTro2.chr21  16450075 37 +  46489110 TGAATCTCCTCTGAACTTTCAACTGTTGATTCCCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16051264 37 +  48394510 TGAATCTCCTCTGAACTTTCAACTGTTGATTCCCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=565989.000000
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i panTro2.chr21 C 0 I 15
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 15
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i rheMac2.chr3  C 0 I 15

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s hg19.chr21     17721734 52 +  48129895 ATATCTATTAGTACTTATTTGATATTTTAAAGCTTAAGGGGACTGAGAAATG
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i rheMac2.chr3  I 15 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 15 C 0
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i panTro2.chr21 I 15 C 0

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s panTro2.chr21  16450319 77 +  46489110 TATTGttaaaaataatttaaattaaatgtaacaaaagatattttattatttCTGATCTTATGCAACAGATTTTATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16051508 77 +  48394510 TATTGttaaaaataatttaaattaaatgtaacaaaagatattttattatttCTGATCTTATGCAACAGATTTTATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165882759 70 - 196418989 TATTGTTAACAATAATTTAAATTGAATATAGCAAAAGATATTTTATT-------ATCTTATGCAACAGATTTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=407061.000000
s hg19.chr21     17721863 127 +  48129895 GAGGTGGAATGAAGTTTGTTGGTAACCAATAAGATCTATTTCAAAATGTATAGTATGAAATATTTTaaagaaaaaagaaggaaaaccagaaaagaaaaatt--aaaaaaaaaaaacaaTGTCTTGGATA
s panTro2.chr21  16450396 127 +  46489110 GAGGTGGAATGAAGTCTGTTGGTAACCAATAAGATCTATTTCAAAATGTACAGTATGAAATATTTTaaagaaaaaagaaagaaaaccagaaaagaaaaatt--aaaaaaaaaaaaCAATGTCTTGGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16051585 129 +  48394510 GAGGTGGAATGAAGTCTGTTGGTAACCAATAAGATCTATTTCAAAATGTAGAGTATGGAATATTTTaaagagaaaagaaggaaaaccagaaaagaaaaattaaaaaaaaaaaaaacaaTGTCTTGGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165882829 117 - 196418989 GAGGTGGAATGAAGTCTGTTGGTAACCAGTCAGATCTATTTCAAAATTTATACTATGAAATATTTTAAAGAAAAAGGAAGGAAAACCAGAAAAGAAATTTT--TTAAA--------AATGTCTTGG--A
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44878.000000
s hg19.chr21     17721990 32 +  48129895 TATTAttttttattttttgagatggagtttca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17722022 104 +  48129895 ctcttgtcactgaggctggagtgcaatggcgggatctcagcccagtccaacctccgcctcccaggttcaagccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgg
s panTro2.chr21  16450555 104 +  46489110 ctcttgtcactgaggctggagtgcaatggcgggatctcagcccagtccaacgtccacctcccaggttcaagccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=34061.000000
s hg19.chr21     17722126 46 +  48129895 gattacaggcatgcgccaccatgtccagctagtttttattttcttt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=190759.000000
s hg19.chr21     17722172 126 +  48129895 tgttttcagtagagacaggattttgccaagttggtcaggctggtctctaactcctgacttcaggtgatccacccacctc-acctcccaaagtgctgggattacaagcatgacccaccacgcctggcc
s rheMac2.chr3  165883120 127 - 196418989 tattttcagtagagacaggatttcgccaagttggtcagcctggtattgaactcctgacctcagcagatccacctgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcccctggcc
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 4968
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17727978 14 +  48129895 CCTAAGAAATGTG---A
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s hg19.chr21     17728154 158 +  48129895 TTTTGAGAGCACTCTTAGTTCTGAGATGGAAAGTAATATAGTAGTACCTTCTTCTAAAGAG--TTTTTTTT-ATGAGTGAATTGAATGTCATTGAAGGACAGCAGTG---GACATAGTTGAGAAAAGGAATAAAGACAAAGATTGGTTCACAAATTTAATCTAA
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i rheMac2.chr3  I 20 C 0
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i panTro2.chr21 I 20 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1719584.000000
s hg19.chr21     17728425 135 +  48129895 CCAGAGTCATTTTGTTTACAAGTACATAAACTGTAATGTAACTTTCCACTACAGGCGGCAACATCTTAAAATATTTCACACATATCTGTTTCCTGATGTATTTTAATAATCTTCTTCCCCAAATATTAAATTTGA
s panTro2.chr21  16456950 135 +  46489110 CCAGAGTCATTTTGTTTACAAGTACATAAACTGTAATGTAACTTTCCACTACAGGTGGCAACATCTTAAAATATTTCAAACGTATCTATTTCCTGACGTATTTTAATAATCTTCTTCTCCAAATATTAAATTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063163 135 +  48394510 CCAGAGTCATTTTGTTTACAAGTGCATAAAGTGTAAAGTAACTTTCCACTACAGACGGCAACGTCTTAAAATATTTCACACATGTCTGTTTCCTGATGTATTTTAATAATCTTCTTCCCCAAATATTAAATTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165889365 135 - 196418989 CCAGAGTCATTTTGTTTACAAGTACATAAAGTGTAATATAACTTTCCACTACAGACGGCAATGTCTTAAAGTATTTCACACATGTCCATTTCCTGATGTATTTTAATAATCTTCTTCACCAAATATTAAATTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-508654.000000
s hg19.chr21     17728560  93 +  48129895 ATTCTACTCAACTTTCAGTTGGACTCTACTCTTAAGTAATATTAAAATGTTTCATGCC----C---tttttttttgagatggagtcttgctctgttgccc
s panTro2.chr21  16457085  96 +  46489110 ATTCTACTCAACTTTCAGTTGGACTCTACTCTTAAGTAATATTAAAATGTTTCATACC----Cttttttttttttgagatggagtcttgctctgttgccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063298 100 +  48394510 ATTCTACTCAACTTTCAGCTGGACTCTACTCTTAAGCAATATTAAAATGTTTCATACCAtttcttttttttttttgagatggagtcttgctctgttgccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165889500  98 - 196418989 ATACTACTCAACTTTCAGTTGGGCTCTACTCTTAAGTAATATTAAAATGTTTCATACCAt--tttttttttttttgagatggtgtcttgctctgctgccc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132865.000000
s hg19.chr21     17728653 141 +  48129895 aggctggagtgcagtggtatgatcttggctccttgcaaattctgcttaatgggttcaagtgagtctccggcctcagcctcccgtgtagctaggattacagactcacgctaccacacctggctagtttttgtatttttagta
s rheMac2.chr3  165889598 141 - 196418989 aggctggagtgcagtggtatgatcttggttcattgcagattccacctcgcgggttcaagtgagtctctggtctcagccttccgagtagctgagattacagactcacaccatcacacctggctaatttttgtgtttttagta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063398 141 +  48394510 gggctggagtgcagtggtatgatcttggctccttgcaaattctattttgcgggttcaagtgagtctctggcctcagcctcccgagtagctgggattacagactcacgccaccacacctggctaatttttgtgtttttaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16457181 141 +  46489110 aggctggagtgcagtggtatgatcttggctccttgcaaattctgcttcacgggttcaagtgagtctccggcctcagcctcccgagtagctaggattacagactcacgctaccacacctggctagtttttgtatttttagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=91249.000000
s hg19.chr21     17728794 118 +  48129895 gagacagggtttcgccatgttggccatgctggtctagaactcctgacctcaggcgatccacccatcttggcctcccaaagtgctaagggat----tacaggtgtgagccaccgctcccggcc
s panTro2.chr21  16457322 118 +  46489110 gagacagggtttcgccatgttggccatgctggtctagaactcctgatctcaggtgatccacctgtcttggcctcccaaagtgctgagggat----tacaggtgtgagccaccgctcccggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063539 118 +  48394510 gagacagggtttcactatgttggccatgctggtctagaacccctgacctcaggtgatccacctgtcttggcctcccaaagtgctgaggggt----tacaggtgtgagccaccactgccggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165889739 122 - 196418989 gagacagggtttcgccacgttggccgtgctggtccagaactcctgacctcaggtgatccacccgtcttggcctcccaaagtgctgagggattacatacaggtttgagccaccactcccagcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=116324.000000
s hg19.chr21     17728912 30 +  48129895 TGTTTCATACCATTTTATTTATTATATCTG
s panTro2.chr21  16457440 30 +  46489110 TGTTTCATACCATTTTATTTATTATATCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063657 30 +  48394510 TGTTTCATACCATTTTATTTATTATATCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165889861 26 - 196418989 TGTTTCATACCAT----TTTATTATATCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=452401.000000
s hg19.chr21     17728942 41 +  48129895 TAAATGAACTTATGCTAGTTTCATGCCTGACCCTCCATATG
s rheMac2.chr3  165889887 41 - 196418989 TAAATGAACTTATGCTAGTTTCATGCCTGACCCTCCATATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063687 41 +  48394510 TAAATGAACTTATGTTAGTTTCATGCCTGACCCTCCATATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16457470 41 +  46489110 TAAATGAACTTATGCTAGTTTCATGCCTGACCCTCCATATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=977809.000000
s hg19.chr21     17728983 91 +  48129895 CATTCAACAGAAGCTTGCATACATGATGAGAGAATGAATTCCTATAAACATTGAACATTCTTCTGTAAAAACTTCTTGATCTTGCAGGTTA
s rheMac2.chr3  165889928 89 - 196418989 CATTCAACAGAAGTCTGCATACATGAGGAGAGAATGAATTTCTATAA--ATCCAACATTCTTCTGTAAAAACTTCCTGATCTTGTAGGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063728 91 +  48394510 CATTCAACAGAAGTTTGCATACATGATGAGAGAATGAATTCCTATAAACATTGAACATTCTTCTGTAAAAACTTCTTGATCTTGCAGGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16457511 91 +  46489110 CATTCAACAGAAGCTTGCATACATGATGAGAGAATGAATTCCTATAAACATTGAACATTCTTCTGTAAAAACTTCTTGATCTTGCAGGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=135824.000000
s hg19.chr21     17729074 28 +  48129895 TTATAACACTGGTATTTCAAAAGACACT
s rheMac2.chr3  165890017 28 - 196418989 TTATAACACTGGTATTTCAAAAGACACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063819 28 +  48394510 TTATAACACTGGTATTTCAAAAGACACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16457602 28 +  46489110 TTATAACACTGGTATTTCAAAAGACACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=472223.000000
s hg19.chr21     17729102 76 +  48129895 GGCTCTAGTTAGTTTTGGACGTCAGGTTTTTAGCTCCTAGGGCACCATATTCCTCTCATTCCTAATTTTTTCTGTT
s rheMac2.chr3  165890045 76 - 196418989 GGCTCTAGTTAGTTTTGGACATTAGGTTTTTAGTTCCCAGGGCACCATATTCCTCTCATTCCTATATTTTTCTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063847 76 +  48394510 GGCTCTAGTTAGTTTTGGACATTAGGTTTTTAGCTCCCAGGGCACCATATTCCTTTCATTCCTATTTTTTTCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16457630 76 +  46489110 GGCTCTAGTTAGTTTTGGACGTCAGGTTTTTAGCTCCTAGGGCACCATATTCCTCTCATTCCCATTTTTTTCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=493660.000000
s hg19.chr21     17729178 58 +  48129895 TCATTGATATTTTACTGTACTATGTTTATCCATTTGTGAAATATGAATTAAACATTAA
s rheMac2.chr3  165890121 58 - 196418989 TCAATGATATTTTACTGTGCTATGTTTATCCATTTATGAAATATGAATTAAACATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063923 58 +  48394510 TCATTGATATTTTACTGTACTATGTTTATCCATTTGTGAAATATGAATTAAACATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16457706 58 +  46489110 TCATTGATATTTTACTGTACTATGTTTATCCATTTGTGAAATATGAATTAAACATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=158826.000000
s hg19.chr21     17729236 22 +  48129895 CTTTTGATATGATTTGATCAAC
s panTro2.chr21  16457764 22 +  46489110 CTTTTGATATCATTTGATCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16063981 22 +  48394510 CTTTTGATATCATTTGATCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165890179 22 - 196418989 ATTTTGATTTCATTTGATCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-86456.000000
s hg19.chr21     17729258 17 +  48129895 ATACTTACTAATAGATG
s panTro2.chr21  16457786 17 +  46489110 ATACTTACTAATAGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064003 17 +  48394510 ATACTTACTAATAGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165890201 17 - 196418989 ATACTTACTAATAGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385242.000000
s hg19.chr21     17729275 94 +  48129895 TCAATTGGAAGTGAAGATAACACACTTTTGATTGTAGAGGAATGTGATAGTCATTGGTTGACTGAGTGGAGGATTTGAGTTATAATAA----AAAAAA
s panTro2.chr21  16457803 94 +  46489110 TCAATTGGAGGCGAAGATAACACACTTTTGATTGTAGAGGAATGTGATAGTCATTGGTTGACTGAGTGGAGGATTTGAGTTATAATAA----AAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064020 93 +  48394510 TCAATTGGAGGTGAAGATAACACACTTTTGATTGTAGAGGAATGTGACAGTCATTGGTTGATTGAGTGGAGGATTTGAGTTATAAT-A----AAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165890218 98 - 196418989 TCAGTTGGAGGTGAAGATTACACACTTTTGATTGTAGAGGAATGTGATAGTCATAGGTTGATTGAGTGAAGGATTTGAGTTATAATAATAATAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-232318.000000
s hg19.chr21     17729369 32 +  48129895 GATTACTATCTTTTATTTAGAAGACAGATTcc
s panTro2.chr21  16457897 32 +  46489110 GATTACTATCTTTTATTTAGAAGACAGACTcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165890316 32 - 196418989 GATTACTATCTTTTATTTAGAAGGTGGATTcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=16764.000000
s hg19.chr21     17729401 23 +  48129895 ttgggaagcagaggcaggtggat
s panTro2.chr21  16457929 23 +  46489110 ttgggaagcagaggcaggtggat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064145 23 +  48394510 ttgggaagcagaggcaggcggat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165890348 23 - 196418989 ttgggaggccaaggcgggaggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=47240.000000
s hg19.chr21     17729424 58 +  48129895 cacgagatcaggagatcaagaccatcctggctaacacagcgaaacccct-tctctacta
s rheMac2.chr3  165890371 59 - 196418989 gacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacgatgaaacccctgtctcaactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064168 58 +  48394510 cacgagatcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaacccct-tctccacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16457952 58 +  46489110 cacgagatcaggagatcaagaccatcctggctaacacagcgaaacccct-tctctacta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=18721.000000
s hg19.chr21     17729482 19 +  48129895 aaaatac-aaaaaattagcc
s rheMac2.chr3  165890430 20 - 196418989 aaaatacaaaaaaattagct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064226 19 +  48394510 aaaacac-aaaaaattagcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16458010 19 +  46489110 aaaatac-aaaaaattagcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=136734.000000
s hg19.chr21     17729501 131 +  48129895 gggcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctacgcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaaccctggaggcggagcttgcagtgagccgagatggcgccactgcactccggcctgggcagcagagcg
s rheMac2.chr3  165890450 131 - 196418989 aggcgtggtagcaggcacctgtagtcccagctactggggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccaggaggcggagcctgcagtgagttgagattgtgccactgcgctccagcctgggtgacagagtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064245 131 +  48394510 aggcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatagcgccactgcactccatcctgggcgacagagcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16458029 131 +  46489110 gggcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctgcgcgggaggctgaggcaggagagtggcgtgaacccaggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgtgccactgtactccagcctgggcagcagagcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=21697.000000
s hg19.chr21     17729632 21 +  48129895 agactctgtttcaaaaaaata
s rheMac2.chr3  165890581 20 - 196418989 agactccatctcaaaaaaa-a
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16458160 21 +  46489110 agactctgtttcaaaaaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=340595.000000
s hg19.chr21     17729653 59 +  48129895 aaaaagaaTCAGTGCTTCCACATTTCTCACTGTGTCATGTAAAGGTAATCCCCACTAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064397 59 +  48394510 aaaaaGATTCAGTGCTCCCTCATTTCTCACAGTGTCATGTAAAGGTAATCCTCACTAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16458181 59 +  46489110 aaaaagaaTCAGTGCTTCCACATTTCTCACAGTGTCATGTAAAGGTAATCCCCACTAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=274286.000000
s hg19.chr21     17729712 56 +  48129895 AGTCGTGTAAGTAGCTAACTCACTAAAGTGCATGCAATCTGTTGTTGAACCTCAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064456 56 +  48394510 AGTCGTGTAAGTAGCTAACTCACTAAAGTGCACGCAATCTGTTGTAGAACCTCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16458240 56 +  46489110 AGTCGTGTAAGTAGCTAACTCACTAAAGTGCATGCAATCTGTTGTTGAACCTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=176996.000000
s hg19.chr21     17729768 63 +  48129895 TTTTAAGGAAGCAAGAGATAGTCCTTTGACTCCTCAGCCGTGTG-GGgtgtgtgtgtgtgtgtg
s panTro2.chr21  16458296 48 +  46489110 TTTTAAGGAAGCAAGAGATAGTCCTTTGACTCCTCAGCC----------------gtgtgtgtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064512 52 +  48394510 TTTTAAGGAAGCAAGAGATAGTCCTTTGA---CTCAGCC----G-GGgtat----gtgtgtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165890716 64 - 196418989 TTTTAAGGAAGCAGGAGATAGTCCTTTGACTCCTCAGCCTCgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtg
i rheMac2.chr3  C 0 I 120

a score=-36309.000000
s hg19.chr21     17729831 31 +  48129895 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTAA
s panTro2.chr21  16458344 31 +  46489110 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064564 31 +  48394510 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtCAGTGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165890900 31 - 196418989 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAA
i rheMac2.chr3  I 120 C 0

a score=236290.000000
s hg19.chr21     17729862 33 +  48129895 GCACATATAGGTGATGAGTATTAGAAGGGGGAA
s panTro2.chr21  16458375 33 +  46489110 GCACATATAGGTGATGAGTATTAGAAGGGGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064595 33 +  48394510 GTACATATAGGTGATGAGTATTAGAAGGGGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=77432.000000
s hg19.chr21     17729895 38 +  48129895 ATCTTGCAAAGCCACACCACATCACAATAAAAAATGTG
s panTro2.chr21  16458408 38 +  46489110 ATCTTGCAAAGCCACACCACATCACAATAAAAAATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064628 37 +  48394510 ATCTTGCAAA-CCACACCACATCACAATAAAAAATGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165890964 38 - 196418989 ATCTTGCAAAGCCACACCACATCACAATAAAAAATGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=120923.000000
s hg19.chr21     17729933 21 +  48129895 CTATTCTTCTG---AGTTGACTCT
s panTro2.chr21  16458446 21 +  46489110 CTATTCTTCTG---AGTTGACACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16064665 24 +  48394510 CTATTCGTCTATGCAGTTGACACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=282256.000000
s hg19.chr21     17729954 57 +  48129895 AATGGTAGGGTATAGATCCCGGGGAGTCTTGGAAGAACATCTTTATGATTTAAGATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16075181   56 +  48394510 GAAATGTACTTTTACTCAGCAAAACTTCCATTATaaagaaaaaaaaaaaaaaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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s hg19.chr21     17741574  144 +  48129895 aaaaaaaaGCTggccgggtgcggtggctcacgcctataatcccaacactttgggaggccaaggcaggtggatcacctgaggtcaggagtttgagaccagcctggccaacgtggcgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaa
s panTro2.chr21  16469699  133 +  46489110 -----------ggccgggtgcggtggctcatgcctgtaatcccaacactttgggaggccaaggcagctggatcacctgaggtcaggagtttgagactagcctggccaacgtggcgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16075237  139 +  48394510 aaaG-----CTggcaaggtgcggtggctcacgcctgtaatcccaacactttgggaggccaaggcaggtggatcacctgaggtcaggagtttgagaccagcctggccaatgtggcaaaaccccatctctactaaaaatataaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

a score=167891.000000
s hg19.chr21     17741718  150 +  48129895 ttagccgggggtggtggtgggcacctgtaatcccagctactctggaggctgaggctggagaatcacttgaacctggggggcggaggttgcagtgagccgaggtcacgccacttcactccagcctgggtgcaagagtgaaactctgtcccC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16075376  150 +  48394510 ttagcccggcatggtggtgggcacctgtaatcctagctactctggaggctgaggctggagaatcgcttgaacctggggggcggaggttgcagtgagccaaggtcatgtcacttcactccagcctgggtgaaagagtgaaactctatcccC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

a score=273691.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

a score=1146344.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16470331  123 +  46489110 AACAGCAAGATGGGCTGTCTATAATTCAAATTTAATTGTCTTTAAATCCTAATCTCTAAATAGTCTGTTAAATAGAATGCCATTGATTAAGTGATCTACAGTTAAATCAATGACATAAAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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s hg19.chr21     17742352   37 +  48129895 ATATCAGAATTTAAGGATTTAACCAGGAGTTCTCTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165891658 2609 - 196418989 M

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i rheMac2.chr3  M 2609 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17742977 27 +  48129895 AACTGGAGAATATGTTTTTATACCAGA
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s hg19.chr21     17743004 41 +  48129895 ATAATTCTTTCTAAAACACCATTGTTAAGTTAGCCTACTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=492650.000000
s hg19.chr21     17743140 35 +  48129895 CCTGAACTTGTGTGATGGTGTCTTTTATATTTAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=379314.000000
s hg19.chr21     17743245 38 +  48129895 TATCCTTCGGTCTTGTTTCAGCAAGGAATAAATGATAT
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a score=272370.000000
s hg19.chr21     17743283 47 +  48129895 TCCTATCTGCCGCTTCTACGTCATTTAATGTTCTCTGTTATTTTATA
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a score=159213.000000
s hg19.chr21     17743365 42 +  48129895 TATGACTATATAATGTGAATTACTTCTTCTATTCTTAATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=303970.000000
s hg19.chr21     17743407 49 +  48129895 ATTTCTGGTTATCCTCTTCCTTACTGCTTCAAAACTTTGTTGTTGATAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165895409 36 - 196418989 tgtagattgtctcatttgtaaaatggtaaataacag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16472147 36 +  46489110 tgtagattgtctcatttgtaaaatggcaaataacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165895704 1108 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165895704 1108 - 196418989 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165895704 1108 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165895704 1108 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165895704 1108 - 196418989 M

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e rheMac2.chr3  165895704 1108 - 196418989 M

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17745348 49 +  48129895 attatcatttcaatgtgtttgtttatttgcttctcattatctgtctttt
s ponAbe2.chr21  16078964 49 +  48394510 attatcatttcaatgtgtttgtttatttgcttctcattatctgtctttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16473426 49 +  46489110 attatcatttcaatgtgttcgtttatttgcttctcattatctgtctttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165896819 37 - 196418989 ------------ATGTGtttgtttatttgcttctcattatctgtttttc
i rheMac2.chr3  M 1108 C 0

a score=271268.000000
s hg19.chr21     17745397 22 +  48129895 tcactagaatgcaagttccatg
s panTro2.chr21  16473475 22 +  46489110 tcactagaatgcaagttccatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16079013 22 +  48394510 ccactagaatgcaagttccatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165896856 22 - 196418989 ccactagaatgcaagttccatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=485658.000000
s hg19.chr21     17745419 41 +  48129895 atgaaaggagccttcagtgtctgattcattattttggccca
s panTro2.chr21  16473497 41 +  46489110 atgaaaggagccttcagtgtctgattcattattttggccca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16079035 41 +  48394510 atgaaaggagccttcagcgtctgattcattattttggccca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165896878 41 - 196418989 atgataggggccttcagtgtctgattcattattttggccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=855057.000000
s hg19.chr21     17745460 168 +  48129895 ctgcttagtacattatatgttattattaattatctgttaataaattaatAAATTAGGCTAGAGGCAATGCCCTTATTACAAAGAGCCTTCTTTGTCATGTTGTAGAAGTGGAATTGTATTCCAAAAGTAACAGAAGCCATCATAGATGGAAAGTTGAggctgggcaca
s panTro2.chr21  16473538 168 +  46489110 ctgcctagtacattatatgttattattaattatctgttaagaaattaataaatTAGGCTAGAGGCAATGCCCATATTACAAAGAGCCTTCTTTGTCATGTTGTAGAAGTGGAATTGTATTCCAAAAGTAACAGAAGCCATCATAGATGGAAAGTTGAggctgggcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16079076 168 +  48394510 ctgcctagtacattatatgttattattaattatctgttaagaaattaataaatTAGGCTAGAGGCAATGTCCATATTACAAAGAGCCTTCTTTGTCATGTTGTAGAAGTGGAATTGTATTCCAAAAGTAACAGAAGCCATCATAGATGGAAAGTTGAggctgggcaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165896919 168 - 196418989 ctacctggtacattatatgttattattaattatctgttaataaattaatAAATTAGGCTAGAGGCAATGCCCGTATTACAAAGAATCTTCTTTGTCATGTTGTAGAAATTGAATTGTATTCTAAAAGTAACAGAAGCCATCAGAGATGGAAAGTTGAggccgggcaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17745628 51 +  48129895 gtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggcaaaggtgggtggatc
s panTro2.chr21  16473706 51 +  46489110 gtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggtgaaggtgggtggatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16079295 135 +  48394510 acaaggtcgggagttcgagaccagcctgactgacatggtgaaaccctatctctactaaaaaatacaaaaattagcctggcatggtggcgcatacctgtaatctcagctactcaggaggctgagtcaggagaatcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16473757 135 +  46489110 atgaggtcaggagttcaagaccagcctgaccaacatggtgaaaccccatctctactacaaaatacaaaaattagcccagtgtggtggcgtgtacctgtaatctcagctactcaggaggctgagtcaggagaatcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=26302.000000
s hg19.chr21     17745814 22 +  48129895 cttgaacctgggaggtggaggt
s rheMac2.chr3  165897273 22 - 196418989 cttgaacctgggaggtagagat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16473892 22 +  46489110 cttgaacctgggaggtggaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=49967.000000
s hg19.chr21     17745836 37 +  48129895 tgcagtgaaccaagattgcaccactgcactccagcct
s rheMac2.chr3  165897295 37 - 196418989 tgtagtgagccaagactgcaccactgcactccggcct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17745873 35 +  48129895 aggtgacaaaacaagactccatctc---aaaaaaaaaa
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16473989 20 +  46489110 aaaGTTGAAGATTGGCTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17745928 93 +  48129895 GCATGTATGAAAACTTTACACCAGACAAAGGGTTTGAGTTGAAGAACAGGTCAATTTATGGAGAAGGGAGAGGTACATTCCGGG-GGGGGGGGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=287856.000000
s hg19.chr21     17746021 40 +  48129895 TCTTAGAGTGACAGGATGCTCAAAGATGCCATAAGGGGTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=219905.000000
s hg19.chr21     17746222 26 +  48129895 GTTTTTTGAAAAGTTATTCCACTGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1019314.000000
s hg19.chr21     17746248 127 +  48129895 AGTTGACATAATGAAAATCATAAGAAAAATCATCTATGGGTGTACCAAAGTCCTAGCGGTTCTTTAGAGCCCAGCTTAAGAACTCCATCCTTCATATAACCCTCCCCAATAAGAATGCTGCAAGAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16079861 127 +  48394510 GGTTGACATAATGAAAATCATAAGAAAAATCATCTATGGGTGTACCAAAGTCCTAGCGGTTCTTTAGAGCCCAGCTTAAGAACTCCATCCTTCATATAACCCTCCCCAATAAGAATGCTGCAAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16474325 127 +  46489110 GGTTGACATAATGAAAATCATAAGAAAAATCATCTATGGGTGTACCAAAGTCCTAGCGGTTCTTTAGAGCCCAGCTTAAGAACTCCATCCTTCATATGACCCTCCCCAATAAGAATGCTGCAAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=778153.000000
s hg19.chr21     17746375 81 +  48129895 GTCCAACTCTTTCATTTTATATGAATCCAGATTCGAGAACGTACTGATATCCCCAAGATCACAGATGATTAATCTAGGGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16079988 81 +  48394510 GTCCAACTCTTTCATTTTGTATGAATCCAGATTCAAGGACGTACTGATATCCCCAAGATCACAGATGATTAATCTAGGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165897819 81 - 196418989 GTCCAACTCTTCCATTTTGTATGAACCCAGATTCAAGAACTTACTGATATCCCCAAGATCACAGATGATTAATCTAGGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=269348.000000
s hg19.chr21     17746456 37 +  48129895 AACAGCTGTAACATATATGTTCAGAGTATAATATTCT
s panTro2.chr21  16474533 37 +  46489110 AACAGCTGTAACATATATGTTCAGAGTATAATATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080069 36 +  48394510 AACAGCTGTAACATGTATGTTCAGAGTATAATATT-T
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165897900 37 - 196418989 AAGGGCTGTAACATATATGTTCAGAGTATAATATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-258363.000000
s hg19.chr21     17746493 17 +  48129895 TAAACAGAATCCCCCAA
s panTro2.chr21  16474570 17 +  46489110 TAAACAGAATCCCCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080105 16 +  48394510 TAAACAGAATCCCCC-A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165897937 16 - 196418989 TAAACAGAATCCCCC-A
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-257032.000000
s hg19.chr21     17746510 49 +  48129895 AACTTGTCAGCATTCAAATTAAAACACACATACCACACACATACACACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080121 49 +  48394510 AACTTGTCAGCATTCAAATTAAAACACACATACCACACACATACACACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129440.000000
s hg19.chr21     17746559 43 +  48129895 AACTCTCATGTCCCATTGAAAACTTCTCACTAAAACATACATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080170 43 +  48394510 AACTCTCATGTCCCATTGAAAACTTCTCACTAAAACATATATC
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a score=21427.000000
s hg19.chr21     17746602 23 +  48129895 AAGTTTCCAAACCACTTCACTGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16474679 23 +  46489110 AAGTTTCCAAACCACTTCACTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=554498.000000
s hg19.chr21     17746625 54 +  48129895 TGGTTTTGAGTCATATCAAGAACCAGATGCCCTCTCAGT--AAAAAAACCCAATGA
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s ponAbe2.chr21  16080236 56 +  48394510 TGATTTTGAGTTATATCAACAACTAGATGCCCTCTCAGTAAAAAAAAACCCAACGA
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a score=580299.000000
s hg19.chr21     17746679 44 +  48129895 ACATCTTATTCATAATGGAGATATAGGGGTACTAGCAATGGTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080292 44 +  48394510 ACATCTTATTCATAATGGAGATATGGGGGTACTAGCAATGATCC
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a score=438550.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080390 214 +  48394510 TAATAAATAGTTCTCCTAATAACAAATATTGGCCATGGAAAGTTGTTAGGGACCACCCACACTATGTAAATAAATATTGTAAAACTAGCATCAGTGTTTGTTTTTGTAATTTTAAAAATTTTATTGGAACATCTGTGGAATATAAAGTAACAAAAGGCTCAAAACATTTTCCATTTTAATTAAGGGAGAAAAAAGGATGCACAAAAACTTCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898217 214 - 196418989 TAATAAATAGTTCTCCTAATAACAAATATTGGCCATGGAAAGTTTTTAGGGACCACCCACACTATATAAATAAATATTGTAAAACTAGCATCAGTGTTTGTTTTTGTAATTTTAAAAATTTTATTGGAACATCTGTGGAATATAAAGTAACAAAAGGCTCAAAACATTTTCCATTTTAATTAAGGGAGAAAAAAGGATACACAAAAACTTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16475068 22 +  46489110 CACAAGCAAAGGGATGTGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080604 22 +  48394510 CACAAGCAAAGGGATGTGTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898431 22 - 196418989 CACAAGCAAAGGGATGTGTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=681607.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16475116 29 +  46489110 TGACAATGAATATCTACTTGTCCTTGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080652 29 +  48394510 TGACAATGAATATCTACTTGTCCTTGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898479 29 - 196418989 TGACAATGAATATCTACTTGTCCTTGCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=130793.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080698 25 +  48394510 CTTTAATAGCATGAAGATAATATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898525 25 - 196418989 CTTTAATAGCATGAAGATAATATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122999.000000
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s panTro2.chr21  16475187 73 +  46489110 TTTCTTTCTAGTGTTTAGTGCAGTTCTTCCTTTCTTCAATTCCCATATGTAGGTAAGTACAAAAACAAACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080723 73 +  48394510 TTTCTTTCTAATGTTTAGTGCAGTTCTTCCTTTCTCCAATTCCCATATGTAGGTAAGTACAAAAACAAACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898550 73 - 196418989 TTTCTTTCTAATGTTTAGAACAGTTCTTCCTTTCTTCAATTCCCAAATGTAGGTAAGCACAAAAACAAACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=276554.000000
s hg19.chr21     17747180 37 +  48129895 AGAACCAAGCACATGTTTTAAATTTTCTAAGTGTATT
s panTro2.chr21  16475260 37 +  46489110 AGAACCAAGCACATGTTTTACATTTTCTAAGTGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080796 37 +  48394510 AGAACCAAGTACATGTTTTAAATTTTCTAAGTGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898623 37 - 196418989 AGAACCAAGCACATGTTTTAAATTTTCTAAGTATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154411.000000
s hg19.chr21     17747217 30 +  48129895 AGATCTTTCATCTTATTTGGTCTTTACACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080833 22 +  48394510 AAATCTTTCATCTTATTTGGTC--------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16475297 30 +  46489110 AGATCTTTCATCTTATTTGGTCTTTACACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=311559.000000
s hg19.chr21     17747247 72 +  48129895 AGGAATACTGTAGAACCCTGTCTGCAAGAACCTGAAAATTCCTCCATGTGACATGGTGACCTCCCAGGAAAA
s panTro2.chr21  16475327 72 +  46489110 AGGAATACTGTAGAACCCTGTCTGCAAGAACCTGAAAATTCCTCCATGTGACATGGTGACCTCCCAGGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16080855 61 +  48394510 -----------AGAACCCTGTCTGCAAGAACCTGAAAATTCCTCCATGTGACATGGTGACCTCCCAGGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898690 72 - 196418989 AGGAATACTGCAGAACGCTATCTGCAAGAACCTGAAAATTCCTCCAGGTGACGTGGTGACCTCCCAGGAaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 49

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s hg19.chr21     17747319 62 +  48129895 GCACACCTAGCCGACCCTGGATAACTTTTGCTTTTGTCTATTTTTATTTGTGATTTCTAAGT
s ponAbe2.chr21  16080916 62 +  48394510 GCACACCTAGCTGGCCCTGGATAACTTTTGCTTTTGTCTATTTTTATTTGTGATTTCCAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16475399 62 +  46489110 GCACACCTAGCCGACCCTGGATAACTTTTGCTTTTGTCTATTTTTATTTGTGATTTCTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165898762 49 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17747381 28 +  48129895 AACATGTAATTTAAGCAAAGGGACTATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165898762 49 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17747409 27 +  48129895 CACGTTAAATGGAAAAAAAAAAAA---------CCC
s ponAbe2.chr21  16081006 36 +  48394510 CACTTTAAATGGGGaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16475489 36 +  46489110 CACGTTAAATGGaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165898762 49 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17747436 26 +  48129895 CACTTGAAAAGCCCTAGTGTAGAAGG
s panTro2.chr21  16475525 26 +  46489110 CGCTTGAAAAGCCCTAGTGTAGAAGG
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s ponAbe2.chr21  16081042 26 +  48394510 CACTTGAAAAGCCCTAGTGTAGAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898811 26 - 196418989 caCTTGAAAAGCCCTAGTGTAGAAGG
i rheMac2.chr3  I 49 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16081068 36 +  48394510 AGAAGAACT-GAGCAGTTTCTTTTTGCATTTGGGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898837 37 - 196418989 AGAAGAACTAGAGCAGTTTCTTGTTGCATTTGGGATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16475588 56 +  46489110 TGGTCTGGCCAGCCTTTCCGCTGAAGGTTGCATGATCTTGGGCACGTCTTGGAACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16081104 56 +  48394510 TGGTCTGGCCAGCCTTTCCACTGAAGGTTGCATGATCTTGGGCACGTCTTGGAACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165898874 56 - 196418989 TGGTCTGGCCAGCCTTTCCACTGAAGATTGCATGATCTTGGGCACATCTTGGAACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16475679 157 +  46489110 GCTAGGGGCGGTAAATGGCTATGATATCAAATTGAGCTAAGGCAGTCTACCAGGTGGGTCTTTATAAATCTTGACACTTTTAACCATTTCATCAGACTTCTATTTTTGTAAGGCAGATGACTGTAAAGAAAATGAAGGTAGGGATTGTATCTGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=170071.000000
s hg19.chr21     17747747 31 +  48129895 TTTCTAGTATGTGTCTAACAGAGTAGATACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=293770.000000
s hg19.chr21     17747778 52 +  48129895 TAGACATTTCCTGAGTGAACTCATGAATGAACAAAGGCAATAGCATTTGACA
s panTro2.chr21  16475867 52 +  46489110 TAGACATTTCCTAAGCGAACTCATGAATGAACAAAGGCAATAGCATTTGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165899155 52 - 196418989 TAGACATTTCCTAAGTGAACTCATGAATGAACAAAGGCAATAGCAGTAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=951187.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165899276 168 - 196418989 CTTGAAGACACCTTACTGCCATGTCACATGCCCATATTCCAGCACCAAGAGGCTAA-----------CTTTTGAGTTTTGGCAGTGGCAAGAAGGATCCGCTGGGGAAAATGACCGTGGAGAAAAGCCTCCTTCAGGAGCTGTTGTGGTCGGGCTCTTCATCTGCTTATTCAATATCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=149968.000000
s hg19.chr21     17748076 22 +  48129895 TAGGGAAAGAGCAACTATTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224718.000000
s hg19.chr21     17748098 28 +  48129895 ATCAATCAGGACAATGGTATAAAGTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16081701 28 +  48394510 ATCAATCAGGACAATGGTATAAAGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193571.000000
s hg19.chr21     17748126 41 +  48129895 CCTCTGTCTGAAAAAATATGTTAGGCCTTTCTGTGTTCATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16081729 41 +  48394510 CCTCTGTCTGAAAAAATATGTTAGGCTTTTCTGTGTTCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=627817.000000
s hg19.chr21     17748167 103 +  48129895 AAGAGAGCTTTCCATCTAGCAGATAATATTCACAGTCAAATATAGTTTAAAATATAC------------------------------------------------------------CAATTCACAGAGGAGATTCATCTGTCTTTTGTGGCCCTGGTGAGTG
s panTro2.chr21  16476256 103 +  46489110 AAGAGAGCTTTCCATCTAGCAGATAATATTCACTGTCAAATATAGTTTAAAATATAC------------------------------------------------------------CAATTCACAGAGGAGATTCATCTGTCTTTTGTGGCCCTGGTGAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16081770 103 +  48394510 AAGAGAGCTTTCCATCTAGCAGATAATATTCGCTGTCAAATATAGTTTAAAATATAC------------------------------------------------------------CAATTCACAAAGGAGATTCATCTGTCTTTTGTGGCCCTGGTGAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165899535  87 - 196418989 AAGAGAGCTTTCCATCTAGCGGATAAT------------------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------------------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1183626.000000
s hg19.chr21     17748270 176 +  48129895 CGTCATAATTATATAAGCACACAAAACTTCTTCTTTGATAATGATTTGCTTCCTGGCCTTTCCCTGGAAGTAGAATTTCATGCAGCCTCTTGGAATTTGTTCTCCTGTTCTCCATTTGTTCAGCCTCACTTGTAACTGAGAGAGTAAACATCTTCCATAAACCCCAATGTTTATGA
s panTro2.chr21  16476359 176 +  46489110 CGTCATAATTATATAAGCACACAAAACTTCTTCTTTGATAATGATTTGCTTCCTGGCCTTTCCCTGGAAGTAGAATTTCATGCAGCCTCTTGGAATTTGTTCTCCTGTTCTCCATTTGTTCAGCCTCACTTGTAACTGAGAGAGTAAACATCTTCCATAAACCCCAATGTTTATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16081873 176 +  48394510 CGTCATAATTATATAAGCACACAAAACTTCTTCTTTGATAATGATTTGCTTCCTGGCCTTTCCCTGGAAGTAGAATTTCATGCAGCCTCTTGGAATTTGTTCTCCTGTTCTCCATTTGTTCAGCCTCACGTGTAACTGAGGGAGTAAACATCTTCCATAAACCCCAGTGTTTATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165899622 151 - 196418989 -------------------------NNNNNNTCCTTGATAGTGATTTGCTTCCTGGCCTTTCCCTGGAAGTAGAATTTCATGCAACCTTTTGGAATTTGTTCTCCTGTTCTCCATTTGTTCAGCCTCACTTGTAGCTGAGAGATTAAACATCTTCCATAAACCCCAATGTTTATGA
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s hg19.chr21     17749773 103 +  48129895 GCAGTCCAGCATCAACAGTCAGAGCCCTCTGCAGCCTCTCT--------------------------------------------CACCATCTCCTCTCCACTCTACCCCTCAGTCTGTAGGTCAAGAATACAGAATGAATGGGAAA
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s hg19.chr21     17749876 46 +  48129895 AAAA--AATCTCCCACTAGACCAAACCCCGTCTGTGATTTTGGCTTTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-351589.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16478211 53 +  46489110 tatatgtgcacatatacacacaaatatgtatacaaatgcatgtgtgtgtatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17750358 258 +  48129895 TTTGGGAATCATATTATCCTGACTTCACTCTGGTAATGTGAAAGTTTAACAATAACTCTGCTACATTAATTGTGTTATTTATTTTTTTAACACGTCAGAGCTAGAACTGGAAGGTTTAAATGGCTAAGAGACAATAAAGAGAGGATGTGATAACCATTTCTAGGTGCATCCCTATGTTAATCTCCAATTAGAGAGACTGCGTAACATGAACAGGGACCCAGGACATGTACCTACAAAAAATAAGGTACATTAGTTAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16083962 256 +  48394510 TTTGAGAATCATATTATTCTGACTTCACTCTGGTAATGTGAAAGTTTAACAATAACTCTGCTACATTAATTGTGTTATT--TTTTTTTAACACCTCAGAGCTAGAACTGGAAGGTTTAAATGGCTAAGAGACAATAAAGAGAGGATGTGATAACCATTTCCAGGTGCATGCCTGGGTTAATCTCCAATGAGAGAGACTGTGTAACATGAATAGGGAACCACGACATGTGCCTACAAAAAATAAGGTACATTAGTTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17750616 70 +  48129895 GTTAAAGTCTGGGTTTTCTACCTATTAGGAAGAGGTAAGGAAATAAAAGGCCCTTAATATATTTATTCTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17750686 46 +  48129895 CATAATTCAGATGTAGTCTAAAATAGTTGCAATTAGTGTGAGAACA
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s hg19.chr21     17750732 89 +  48129895 AAGAATATTATCCTTAAAAATTCTGAAGGAGAGACAGAATAAATGCATAGGTCTATTCTAAGCACAAAATTGGAAAAATTTGAATACTG
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s rheMac2.chr3  165902058 89 - 196418989 AAGAATATTGTCCTTAAAAATTCTGAAGGAGAGACAGAATAAATGCATAGGTCTATGCTAAGCAAAAAATTGGAAAAATTTGAATACTG
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a score=561727.000000
s hg19.chr21     17750821 86 +  48129895 TACTGTGATTAGGCTTGATAAatgctaagatgattaaaatacagttctcaccctgagagagtgcacgtgctggtttgggggaaaaa
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165902147 86 - 196418989 TACTATGATTAAGCTTGAGAAATGCTAAGATGATTAAAATACAGTTCTCACCCTGAGAGAGTGCCCGTGCTGGTCTGGGGGAAAAA
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s panTro2.chr21  16478993 105 +  46489110 AGTAATGAGTAAATAATTACAATCCAGCCATAT---GACCCAAATTCTTGAAAATATTGAACAAGAGCCATTAACTCTCTTGGGAAGGTTATAGGATA-TTTTCCAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16084509 105 +  48394510 agtaatgagtaaataattacaatccaGCCATAT---GACCCAAATTCTTGAAAATATTGAACAAGAGCCATTAACTCTCTTGGGAAGGTTATAGGATA-TTTTCCAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165902233 109 - 196418989 AGTAATGAGTAAATAATTACAATCCAGCCATATGACGACCCAAATTCTTGAAAATACTGAACAAGAGCCATTAACTCTCTTGGGAAGGTTATAGGATATTTTTCCAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=230578.000000
s hg19.chr21     17751012 22 +  48129895 AGGAGTTATATTTAACCTTCCT
s panTro2.chr21  16479098 22 +  46489110 AGGAGTTATATTTAACCTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16084614 22 +  48394510 AGGAGTTATATTTAACCTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165902342 22 - 196418989 AGGAGTTATATTTAACCTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297910.000000
s hg19.chr21     17751034 37 +  48129895 GAAAGTATGTGTGTCAACAGAGGAAGAGCAAGGGCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=91553.000000
s hg19.chr21     17751071 44 +  48129895 CTCCCTGCAGAAGACATTCCTTCCTCTATAGACTACAGAATTAG
s panTro2.chr21  16479157 44 +  46489110 CTCCCTGCAGAAGACATTCCTTCCTCTATAGACTACAGAATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=851061.000000
s hg19.chr21     17751115 90 +  48129895 AAGTGTCTCCTGAAAAGACACTTTCCTTATGCGTGCCACTCAGAGGAGCCA-TTTTGCTCCAGCCTTCAACTCCTCATTGCTAGTAATTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165902444 91 - 196418989 AAGCATCTCCTGGAAAGTCACTTTTCTTATGCGTGCCGCTCCAAGGAGCCATTTTTGCTCCAGCCTTCAACTCCTGATTGCTACTAATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=438594.000000
s hg19.chr21     17751205 47 +  48129895 AAATACTTTTCCTGGAATTTTGTGGTTCTCTCAGTGATTACTTTCAT
s panTro2.chr21  16479291 47 +  46489110 AAATACTTTTCCTGGAATTTTGTGGTTCTCTCAGTGATTACTTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16084807 47 +  48394510 AAATACTTTTCCTGAAATTTTGTGGTTCTCTCAGTGATTACTTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165902535 47 - 196418989 AGATATTTTTCCTGGAATTTTGTGGTTCTCTCAGTGATTACTTTCAT
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a score=202985.000000
s hg19.chr21     17751252 40 +  48129895 ATTGTTTTCTCTTTTCTGTCCCATTTCTGCTTTGTTTAGC
s panTro2.chr21  16479338 40 +  46489110 ATTGTTTTCTCTTTCCTGTCCCATTTCTGCTTTGTTTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=50019.000000
s hg19.chr21     17751292 32 +  48129895 AAGTACCAGTACCAGTAATAGCTTACTTTATA
s panTro2.chr21  16479378 32 +  46489110 AAGTACCAGTACCAGTAATAACTTACTTTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=553826.000000
s hg19.chr21     17751324 65 +  48129895 GCAATTTA---TTTTCACAAAAACCC--GTCAGAGACTTTAATAGCTATGTATATGTCCTCTATCTTTGT
s panTro2.chr21  16479410 67 +  46489110 GCAATTTA---TTTTCACAAAAACCCCTGTCAGAGACTTTAATAGCTATGTATATGTCCTCTATCTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=426983.000000
s hg19.chr21     17751389 32 +  48129895 ATTCATGGCTTCTAGTCATTTTCAAGATAATT
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a score=383671.000000
s hg19.chr21     17751421 34 +  48129895 GCATTGATCCAGTTATTGAGCTGTGTGCATTCAG
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a score=149069.000000
s hg19.chr21     17751455 33 +  48129895 GAGAACATGTACTTTAACCCCAACCTAATTAAT
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a score=411128.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16479610 52 +  46489110 CCATAGAGACATGGTTTTGTTGCAGTATTGTTGAATCAGAAGTTCTCGTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085126 52 +  48394510 CCATAGAGACATGGTTTTGCTGCAGTGTTGTTGGATCAGAAGTTCTCGTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165902857 43 - 196418989 ---------CATGGTTTTGTTGTAGAATTATTGAATCAGAAGTTCTGGTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182258.000000
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s panTro2.chr21  16479662 46 +  46489110 CATGTATAATACCTCTCCAGGGATAACATTGGTTCCACCAGCATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085178 46 +  48394510 CATGTATAATACCTCTCCGGGGATAACACTGGTTCCACCAGCATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44878.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085258 77 +  48394510 GCACCCCAGCACAGAAAGTATCATGGAGATGAGG-TTTTGTACAAATAACTG-AAAAAGTTAGTTGAGATGAAAACACG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165902980 78 - 196418989 GCATCCCAGCACAGAAAGTGTCATGGAGATGAGATTTTTGTACAAATAATTG-AAAAACTTAGTTGAGAAGAAAACATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243744.000000
s hg19.chr21     17751732 91 +  48129895 ATAGACTAAGTTATTTATACTTTTCTAAATACTTAATCTAAGCATACATAAAAAATTTTAACTAAGATTTATTTAAAGCTATTTAGTCACT
s rheMac2.chr3  165903058 91 - 196418989 ATAGACTAAGTTATTTATACTTTTCTAAATACTTAATCTAAGCATACGTAAAACATTTTACCTAAGATTTATTTAAAGCTATTTAGTCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085335 78 +  48394510 ATAGACTAAGTTATTTATACTTTTCTAAATACTTAATCTAAGCATACATAAAAAATTTTCACTAAGATTTATTTAAAG-------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16479820 91 +  46489110 ATAGACTAAGTTATTTATACTTTTCTAAATACTTAATCTAAGCATACATAAAAAATTTTAACTAAGATTTATTTAAAGCTATTTAGTCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=562155.000000
s hg19.chr21     17751823 50 +  48129895 TTTTAGTCTTAATGTTTGCTACTAATCCCTTCATTTATGATATTTATAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16479911 50 +  46489110 TTTTAGTCTTAATGTTTGCTACTAATCCCTTCATTTATGATATTTATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16085413  0 +  48394510 C

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s hg19.chr21     17751873 28 +  48129895 ACATTTAGCCAGGAGCTACTAGGAGACA
s rheMac2.chr3  165903199 28 - 196418989 ACATTTAGCCACGAGCTACTAGGAGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16479961 28 +  46489110 ACATTTAGCCAGGAGCTACTAGGAGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085413 10 +  48394510 ------------------CTAGAAGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=-242456.000000
s hg19.chr21     17751901 33 +  48129895 AAGCAAAACAAGCATTATTTCCCTTTTCTATGT
s panTro2.chr21  16479989 33 +  46489110 AAGCAAAACAAGCATTATTTCCCTTTTCTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165903227 33 - 196418989 AAGCAAAACAAGCATTATTTCCCTTTTCTATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17751934  98 +  48129895 TtcaggttggtgcaaaagtaattgcggtttgtttcactgATTTGTTTCTGTGTCCCCAGTGGGTCCTCTTGCTATGCCCAA----------TGTCCTTGGTGATATCC
s panTro2.chr21  16480022  98 +  46489110 TtcaggttggtgcaaaagtaattgcggtttgtttcactgATTTGTTTCTGTGTCCCCAGTGGGTCCTCTTGCTATGCCCAA----------TGTCCTTGGTGATATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085456  98 +  48394510 TtcaggttggtgcaaaagtaattgcggtttgtttcactgATTTGTTTCTGTGTCTCCAGTGGGTCCTCTTGCTATGCCCAA----------TGCCCTTGTTGATATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165903260 108 - 196418989 TtcaggttggtgcaaaagtaactgcggtttgtttcactgACTTGTTTCTGTGTCCCCATTGGGTCCTTTTGCTATGCCCAAGGCCAGTTCTTGCCCCTTATGATATCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=495028.000000
s hg19.chr21     17752032 96 +  48129895 AGCTCAACAAGGGGCAGGCACA--TGTACATGTTTTACATGTAAGAAAATAATACAGAACCCAGATGATACCTAGTGAATTATACTAAGTGTATTGTA
s panTro2.chr21  16480120 97 +  46489110 AGCTCAACAAGGGGCAGGCACAGTTGTACATG-TTTACATGTAAGAAAATAATACAGAACCCAGATGATACCTAGTGAATTATACTAAGTGTATTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085554 98 +  48394510 AGCTCAACAATGGGCAGGCACAGTTGTACATGTTTTACATGTAAGAAAATAATACAGAACCCAGGTGATACCTAGTGAATTATACTAAGTGTATTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165903368 98 - 196418989 AGCTCAACAAGAGGCAGACACAGTTGTACATGTTTTACATGTGAGAAAATAATACAGAATCCAGAAGATACCTAATGGATTACACTAAGTGTATTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17752128 78 +  48129895 CAAAGTAATGAGATGAGAACTTTGATGAATTAAAAATACTGTTTTAAACAAAGATTTCAAGTTAAAACTTATATTTTA
s panTro2.chr21  16480217 78 +  46489110 CAAAGTAATGAGATGAGAACTTTGATTAATTAAAAATACTGTTTTAAACAAAGATTTCAAGTTAAAACTTATATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085652 78 +  48394510 CAAAGTAATGAGATGAGAACTTTGATGAATTAAAAATACTCTTTTAAACAAAGATTTCGATTTAAAACTGATATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17752206 41 +  48129895 TTCTCTCACTATTAAACAGTCCTGCTTTTGGAGAGGTGAC---t
s panTro2.chr21  16480295 44 +  46489110 TTCTCTCATTATTAAACAGTCCTGCTTTTGGAGAGGTGACTAtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165903544 40 - 196418989 TTCTCGCATTATTAAACAATCCTGCTTTTGGAGAGGTAAC----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17752247 118 +  48129895 ttttttttttttttttttttttttttttgagacggagtctcgctctgtcacccaggctggagtgcagtggcacgatctcagctcactgcaagctccacctcccgggttcacagcattc
s rheMac2.chr3  165903584 105 - 196418989 -------------CTCttttttttttttgagacagagtcttgctctgtcacccaggctggagtgcaggggcacgatctcagctcactgcaaactccgcctcccgggttcacaccattc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16085770 115 +  48394510 ---TAtttttttttttttttttttttttgagacggagtctcgctctgttgcccaggctggagtgcagtggcacgatctcagctcactgcaagctccacctcccgggttcacaccattc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16480339 118 +  46489110 ttttttttttttttttttttttttttttgagatggagtctcgctctctcacccaggctggagtgcagtggcacgatctcagctcactgcaagctccacctcctgggttcacaccattc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165903689 29 - 196418989 tTGGAGAGGTGACTATTGATTGATTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16086035 144 +  48394510 TTCTCTTTAAAAAGAACAGTTATGACAAGATGGGGCATTTAAAGTAGAGTGCACTGTGGTGCTTTGTGCCTGATCGCTGTCATGTTTTCAACAAGAGATATTAAAAGAAGTAAATGCCGGGTGGTCTCATGAGGGTATGGCGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165903839 144 - 196418989 TTCTCTTTAAAAAGAACAATTATGACAAGATGGGGCATTTAAAGTAGAGTGCACTGTGGCGCTTTGTGCCTGATCGCTGTCATGTTTTCAACAAGAGATATTAAAAGAAATAAATGCCGGGTGGTCTCATGAGGATATGGCGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165903983 131 - 196418989 TTAAGCCTTTGAACCTGGGGCATCCAGTATAACAAAATGGCTGGTTGCTTTGATGTTGCAACATGAGAAAATCTGTTCTTTTATTGTTTGCAAATGCTAGAATTCTTTCACATTGAAATGACCACTTTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17753102 33 +  48129895 ATATAGATGGTATTTGTACTGATGTTTGTTAAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17754167 60 +  48129895 TTTAAACATGCCAATAAAAATATTGACCATCTTAAAATCTTTAAATGCCTAACTACTCGG
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a score=-74102.000000
s hg19.chr21     17754227 11 +  48129895 CATTTATTGCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=582164.000000
s hg19.chr21     17754238 33 +  48129895 GAATAACTAACATTCAAGATGGTTTACATATTT
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a score=1447899.000000
s hg19.chr21     17754271 133 +  48129895 TAAATAGTCACAACTCTTTTCAAATCGGTCATGACTTAAATGCAGCTTTCATATCAGTTTCTGTTTTATGTTTTGGTAAGCAATTTTTGCTATTGATAAATATCCTTACCATTTTAGTCTGATTTCTCTCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16087784 132 +  48394510 TAAATAGTCACAACTCTTTTCAAATCGGTCATGACTTAAATGCAGCTTTCATATTAGTTTCTGTTTTATGTTTTGGAATGCAATTTTTGCTACTGAT-AATATCCTTCCCATTTTAGTCTGATTTCTCTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165905598 133 - 196418989 TAAATAGTCACAACTCTTCTCAAATCAGTCGTGACTTAAATGCAGCTTTCATATTCGTTTCTGTTTTATGTTTTGGCATGCAATTTTTGCTATTGATAAATGTCCTTACCATTTTAGTCTGATTTCTCTCTTT
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a score=337318.000000
s hg19.chr21     17754404 55 +  48129895 GACTGTCAGACTCCGGTGGCCCTGAACAATGTTTAGATTATTCTCCAAAACTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16482553 42 +  46489110 GGCTAAGGAGATAATTTTGGAAGTAAGCTTAATTCCTTCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16087971 42 +  48394510 GGCTAAGGAGATAATTTTGGAAGTAAGCTTAATTCCTTCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165905786 42 - 196418989 GGCTAAGGAGATAATTTTGAAAGTAACCTTAATTCCTTCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248281.000000
s hg19.chr21     17754501 26 +  48129895 TTTTGAATTTAATTAGCAGAGAACTG
s panTro2.chr21  16482595 23 +  46489110 TTTTGAATTTAATT---AGAGAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088013 26 +  48394510 TTTTGAATGTAATTAGCAGAGAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165905828 26 - 196418989 TTTTGAATTTAATTAGCAGAGCACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=131135.000000
s hg19.chr21     17754527 15 +  48129895 TTTTTGAGTGAAAGG
s panTro2.chr21  16482618 15 +  46489110 TTTTTGAGTGAAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088039 15 +  48394510 TTTTTGAGTGAAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165905854 15 - 196418989 TTTTTGAGTGATAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462459.000000
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s panTro2.chr21  16482633 68 +  46489110 CAGGTGTTTTATGATTTTCATGGTGCTACTCCAAATATAAGTATATTAAATATCATTATTTCAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088054 68 +  48394510 CAGGTGTTTTGTGACTTTCATGGTGCTATTCCAAATATAAGTATATTAAATATCATTATTTCAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165905869 67 - 196418989 CAGGTGTTTTATGACTTTCATGGTGCTATTCCAAATAT-AGTATATTAAATATCATTATTTCAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=539721.000000
s hg19.chr21     17754610 61 +  48129895 TTGTATCTCATTGCTATTTGAGGACTTCACAAATTCTCTTTCAGGAAAAAGTAGCATGTCC
s panTro2.chr21  16482701 61 +  46489110 TTGTATGTCGTTACTATTTGAGGACTTCACAAATTCTCTTTCAGGAAAAAGCAGCATGTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088122 61 +  48394510 TCGTATGTCGTTGCTATTTGAGGACTTCGCAAATTCTCTTTCAGGAAAAAGTAGCGTGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165905936 57 - 196418989 TTGTATGTCATTGCTATTTGAGGACTTCACAAATTCTCTTTCAGGGAAAAGTAGCTT----
i rheMac2.chr3  C 0 I 16

a score=247263.000000
s hg19.chr21     17754671 28 +  48129895 CTGGTAATGGTTTTATATCATCCGTTGG
s panTro2.chr21  16482762 28 +  46489110 CTGGTAATGGTTTTATATCATCTGTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088183 28 +  48394510 CTGGTAAGGGTTTTATATCATCCATTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906009 28 - 196418989 CTGGTAATGGCTTTATATCATCTGTTGG
i rheMac2.chr3  I 16 C 0

a score=480056.000000
s hg19.chr21     17754699 43 +  48129895 AAACTGCATCATATGTTTTGTATTTTAAATCCACTGCAAGAAT
s panTro2.chr21  16482790 43 +  46489110 AAACTGCATCATACGTTTTGTATTTTAAATCCACTGCAAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088211 43 +  48394510 AAACTGCATCATATGTTTTGTATTTTAAATCCACTGCAAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906037 43 - 196418989 AAACTGCATCACGTGTTATGTATTTTAAATCTACTGCAAGGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-86751.000000
s hg19.chr21     17754742 14 +  48129895 CGTCGCTCCTGGTA
s panTro2.chr21  16482833 14 +  46489110 CGTCGCTCCTGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088254 14 +  48394510 CGTTGCTCCTGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906080 13 - 196418989 C-TTACTCCTGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=487712.000000
s hg19.chr21     17754756 47 +  48129895 AAAAATCAGAGTGCTCTCAGGATTCTAATATAATCACATGTTTAAAC
s panTro2.chr21  16482847 47 +  46489110 AAAAATCAGAGTGCTCTCAGGATTCTAATATAATCACATGTTTAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088268 47 +  48394510 AAAAATCAGAGTGCTCTCAGGATTCTAATATAATCACATGTTTAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906093 47 - 196418989 AAAAACCAGAGTGCTCTCAGATTTCTAATATAATCACATGTTTAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224035.000000
s hg19.chr21     17754803 43 +  48129895 TGTGCTGCAGACTTCCCAAGTGTGACTCATTGGCCTTTTGGAA
s panTro2.chr21  16482894 43 +  46489110 TGTGCTGCAGACTTCCCAAGTGTGACTCATTGGCCTTTTGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088315 43 +  48394510 TGTGCTACAGACTTCCCAAGTGTGACTCATTGGCCTTTTGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906140 43 - 196418989 TGTGCTACAGACTTCCCAAGTATGACTCACTGGCCTTTTGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=119791.000000
s hg19.chr21     17754846 64 +  48129895 GTCCAAGCCTAAGCATGGAAGCTACTCAACATACGATGAGGAAAAAAATTATGAACG---AACAAAT
s panTro2.chr21  16482937 64 +  46489110 GTCCAAGCCTAAGCATGGAAGCTACTCAACATACGATGAGGAAAAAAATTATGAATG---AACAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088358 67 +  48394510 GTCCAAGCCTAAACATGGAAGCTACTCGACATACGATGAGGAAAAAAATTATGAATGAACAACAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906183 57 - 196418989 GTCCAAGACTAAGCATGGAAGCTACTCAATATATGATGTGGAAAAAAATTATGAATT----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-23428.000000
s hg19.chr21     17754910 21 +  48129895 TCTATGATCATACAGATATTT
s panTro2.chr21  16483001 21 +  46489110 TCTATGATCATACAGAAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088425 21 +  48394510 TCTATGATCATACAGAAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906240 20 - 196418989 -CTATGATCATACAGAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20308.000000
s hg19.chr21     17754931 66 +  48129895 AGCTAAAGTACATTATAAACTTACATATAACAAAAATTTAAGAATAACCCAAATGTTTGACAATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906260 66 - 196418989 AGCTAAAGTACATTTTAGACTTACATATAACAAAAATTTAAAGATAACCCAAATGTTTGACAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=623242.000000
s hg19.chr21     17754997 245 +  48129895 AGTTTCTTTAAGTAAATTTCATATTGTGCAAGTATTAATGATGTCGAATATCATTTTCCTAATTTTGATATTCGATATATAAAAAAATTAAATGTCTTTGAAAATTGCTTCCAAGATAGTGCTTTTGGTTCCATAGTTGTGTGTCCTTTGTTTGTAAAATGTGACTTCTCCTTCAACTTTTAAATTAGAACTTCTCATGATATCCTAAATGACATATTATTGTAGAGTAAGTGCTGGAAGTGCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088512 245 +  48394510 AGTTTCTTTAAGTAAATTTCATATTGTGCAAGTATTAATGATGTCCAATATCATTTTCCTAATTTTGATATTTGATACATAAAAAAATTAAATGTCTTTGAAAATTGCTTCCAAGATAGTGCCTTTGGTTTCATAGTTGTGTGTCCTTTGTTTGTAAAATGTGACTTCTCCTTCAACTTTTAAATTAGAACTCCTCAGGGTGTACTAAATGACATATTATTGTAGATTAAGTGCTGGAAGTGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906326 245 - 196418989 AGTTTCTTTAAGTAAATTTCATATTGTGCAAGTATTAATGATGTTGAATATCATTTTCCTAATTTTGATATTTGATATATAAAAAAATTAAATGTCTTTGAAAATTGTTTCTAAGATAGTGCCTTTGGTTTCATAGTTGTGTGTCCTTTGTTTGTAAAATGTGACTTCTCCTTCAACCTTTGAATTAGAATGTCTCATGATATCCTAAATGACGTATTATTGTAGAGTAAGTGCTGGAAGTGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17755242 49 +  48129895 ATGTCTTTTGCTTGTTTCCTTAGTGTCATTCTGTAGAGCTCATTGACTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17755291 95 +  48129895 GAAGGTGACAGAGACTTACTTCTATAGATACTATATGTAATACCATATGTCAATATCTATAGATTCTATATTTGATACCATACATGAGTCAATCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088806 95 +  48394510 GAAGGTGACAGGGACTTACTTCTATAGATACTATATGTAATACCATATGTCAATATCTATAGATTCTATATTTGATACCATACATGAGTCAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906620 95 - 196418989 GAAGGTGACAGAGACCTACTTCTATAGATATTATATTTAATACCATATGTCAATATCTATACATTCCATATTTGATACCATACATGAGTCAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=486937.000000
s hg19.chr21     17755386 243 +  48129895 ATCAGTCAACACATATGTAATCAAAGTTGGCAGTGCATTTACTCCTGAGTTAGATGCTGTAGGGCCACTGTTGTGTGTGATCTTGCCTTCCAGAAACTTACAACCAAGTTGAAAAGACAAGAGCCATAAAATAAAATAATAGCAAATTAATATAAAACCTGGATAAAGAATGTAATAACTAGATGACCAATTTGAGAGTGCTTATTGGGACTTATGAAGAAAAAGAAATTGAAAAAAGGTGAG
s panTro2.chr21  16483477 238 +  46489110 A----TCAACACATATGTAATCAAGGCTGGCAGTGCATTTACTCCTGAGTTAGATGCTGTAGGACCACTGTTGTATGTGATCTTGCCTTCCAGAAACTTACAACC-AGTTGAAAAGACAAGAGCCATAAAATAAAATAATAGCAAATTAATATAAAGCCTGGATAAAGAATGTAATAACTAGATGACCAATTTGAGAGTGCTTGTTGGGACTTATAAAGAAAAAGAAATTGAAAAAAGGTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16088901 242 +  48394510 ATCAATCAACACATATGTAATCAAGGTTGGCAGTGCATTTACTCCTGAGTTAGGTGCTGTAGGACCACTGTTGTATGTGATCTTGCCTTCCAGAAACTTACAACCAAGTTGAAAAAAGAAGAGCCATAAAATAAAATAATAGCAAATTAATATAAAACCTGGATAAAGAATGCAATAACTAGGTGACCAATTTGAGAGTGCTTATTGGGACTTA-AAAGAAAAAGAAATTGAAAAAAGGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906715 236 - 196418989 A----TCAACACATGTGTAATCAAGGCTGGCAGTGCATTTACTCCTGAGTTAGATGCTGTAGGACCACCGTTGTACGTGATCTTGCCTTCCAGAAACCTACAACCAAGTTGAAAAGAC--GAGCCATAAAATAAAATAATAGCAAATTAATATAAAACCTGGATAAAGAATGTAATAACTAGATGACCAATTTGAGTGTGCTCATTGGGACTTAGGAAGAAAAA-ACATTGAAAAAAGACGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=104663.000000
s hg19.chr21     17755629 82 +  48129895 CCTGTGTTTAAAATTTAGAGGGGTATAGATATAACACAGACTGTTAATGTTTTCTTTCAATATCCATTTTGTTTTACTATTC
s panTro2.chr21  16483715 80 +  46489110 CCTGTGTTTAAAATTTAGAGAGGTACAGATATAACACAGAC--TTAGTATTTTATTTCAATATCCATTTTGTTTTACTATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16089143 82 +  48394510 CCTGTGTTTAAAATTTAGAGAGGTATAGATATAACACAGACTGTTAATATTTTCTTCCAATATCCATTTTGTTTTACTATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165906951 82 - 196418989 TCTGTGTTTAAAATTTAGAGAGATATAGATATAACAGAGACTGTTAATATTTTCTTCCAATATCCATTTTGTTTTACTATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=14612.000000
s hg19.chr21     17755711 21 +  48129895 TTTTTTAAGGTGTTTTATTTT
s panTro2.chr21  16483795 21 +  46489110 TTTTTTAAGGTGTTTTATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=296759.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5124.000000
s hg19.chr21     17755820 41 +  48129895 TTATCCATTTTATTGATTGTCCAGTGCTGACATCTCCCTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16089334 41 +  48394510 TTATCAATTTTATTGATTGTCCAATGCTGACATCTCCCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165907142 41 - 196418989 ttatccattttattggttgtccaATGCTTACGTCTCCCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31017.000000
s hg19.chr21     17755861 58 +  48129895 GTCAGCATTTAATAATTTAATAATTTCTGTTGAACTTTTAAAGGGCTTTGGGTATGTA
s rheMac2.chr3  165907183 14 - 196418989 GTCAGCATTTAA--------------------------------------------TA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=126526.000000
s hg19.chr21     17755919 67 +  48129895 ATTTCTGTTGAACTTTTTAAAGGGCTTTGGGTATGTAATTATTTAACAAAGTGCACCAACTAGCAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=231364.000000
s hg19.chr21     17755986 67 +  48129895 ATTATCTGTATACATAGAAGCGA-TTTTTTTTATAATGATGATGatttagtcattcaatgattattta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16089500 68 +  48394510 ATTATCTATATACATAGAAGCGATTTTTTTTTACAATAATGATGatttagtcattcaatgattattta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17756053 53 +  48129895 ttgagtacctgttatgagccatggactgtcttaggtgctggtgatatagaact
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16089621 89 +  48394510 aaaagaaaaagacaaaagtccttatctttgtggagcctacattttagttacgtaagtaggtaataaataatgtaagtaggtaaagtata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16484190 89 +  46489110 aaaagaaaaagacaaaactccttatctttgtggagcctacattttagttatttaagtaggtaataaataatataagtaggtaaagcata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24006.000000
s hg19.chr21     17756195 34 +  48129895 cagtgtgttgataatgattaataataaagagaTg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17760482 71 +  48129895 AAAAGGCAGAAATATCTTATTTTCCCCTTTCCTGATGATTTGTCCTATAATAGTCTTTGGAAAGATTTATA
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s hg19.chr21     17760553 27 +  48129895 ATGAGATTGAGTTTCAGAGCTTTGTAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165912045 193 - 196418989 gtcgcatggctcagtgcaagtcttcaagcctcagaaccagcgaagtcgagggtgcaactctcagtctgaggctgatgtcctgaaaacctgaggagcctctggtgcaaataccagggtccaaatgctggagagcctggaatttttggtgtccaagtgttataggaaaggggtcctgatccagaccccaagagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=713831.000000
s hg19.chr21     17760985 607 +  48129895  
s panTro2.chr21  16489036 609 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16094472 607 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165912238 611 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=207710.000000
s hg19.chr21     17761592 120 +  48129895 caccgactcacacagtaatcttctctggaaacatcctactagacacacccagaactaatgctttactagctctccaggtagtctttaatccaataaagttgacacctaaaattaatcatc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16095079 120 +  48394510 caacgactcacacagtaatcttctctggaaacatcctactagacacacccagaactaatgctttactagctctccaggtagtctttaatccaataaagttgacacataaaattaatcatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16096056 155 +  48394510 TAGGTTCTCCCATCCCACTTGTCCTCTGCCTCCTAAACCATGTTATTCTTTTAATCTGGATTATTCTCTCCCTCTCTCACTTTATGTTTGAACATGATAATTTTTCATTTAGGTACAGCCTTGAGTTCTATCTCAGTGATACCTACCCTGTTCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16490773 38 +  46489110 TTCAGAAAGAATGAAAGAACTCTCATGTAATTAACTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16096211 38 +  48394510 TTCAGAAAGAATGAAAGAACTCTCATGTAATTAACTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17762759 53 +  48129895 ATTGCATCGTGTTTCATCATTAGTTGTAGACATGTCTGTATTGTTTTCCTCAT
s panTro2.chr21  16490811 53 +  46489110 ATTGCATCGTGTTTCATCATTAGTTGTAGACATGTCTGTATTGTTTTCCTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16096249 53 +  48394510 ATTGCATCATGTTTCATCATTAGTTGTAGACATGTCTGTATGGTTTTCCTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165914014 53 - 196418989 ATTGCATCATGTTTCATCATTAGTTGTAGACATATCTGTATTGTTTTCCTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16490936 82 +  46489110 cttttttattttgagacggagtctcgccctgttgcccaggctggagtgcagtggtgcaatctccactcactgcaagctctgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165914138 47 - 196418989 -----------------------------------ccaggctggagtgcagccgcgcgatctcggctcactgcaagctccgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16096748 76 +  48394510 ATTGTGTTTTGTGATTCAGCCCTGCAAATGGCATGCTCCTCCCAGGAATGATAATGCTACACTGTAACACAGATCT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165914548 23 - 196418989 CTGGCGTTTCAAAAA-CCCATCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=534884.000000
s hg19.chr21     17763351 143 +  48129895 TCCATGTCTTCATTTATTTGCAAAACAAGGGCAGGAAAAACTAGAATTAAATCGTTAATTCTCTCTCGGTCTCTCAGGGCAATATGTTGGGCAGTTACTTGAGTGAGATATTTTTTATCAAACCAAATATGCTGAGGCAGGAA
s panTro2.chr21  16491401 143 +  46489110 TCCATGTCTTCATTTATTTGCAAAACAAGGGCAGGAAAAACTAAAATTAAATCGTTAATTCTCTCTCGGTCTCTCAGGGCAATATGTTGGGCAGTTACTTGAGTGAGATATTTTTTATCAAACCAAATATGCTGAGGCAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16096848 143 +  48394510 TCCATGTCTTCATTTATTTGCAAAACAAGGGCAGGAAAAACTAGAATTAAATCGTTAATTCTCTCTCGGTCTCTCAGGGCAATATATTGGGCAGTTACTTGAGTGAGATATTTTTTATCAAACCAAATATGCTGAGGCAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165914571 143 - 196418989 TCCATGTATTCATTTATTTGCAAAACATGGGCAGGAAAAACTAGAATGAAATCGTTAATTCCCTCTCGGTCTCTCAGAGCAATATATTGGGCAGTTACTTGAGTGAGATACTTTTTATCAAACCAAGTATGCTGTGGCAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1373232.000000
s hg19.chr21     17763494 107 +  48129895 TAACATCAAAGGTGTTTGTGATGTACTGTTGCTCTCATTAGTTACCTGCAGATCAAACAGGTATCTGTTCTAACACTTCGATTTTGAAACTTAATGCTGTGTTTGTT
s panTro2.chr21  16491544 107 +  46489110 TAACATCAAATGTGTTTGTGATGTACTGTTGCTCTCATTAGTTACCTGCAGATCAAACAGGTATCTGTTCTAACACTTCGATTTTGAAACTTAATGCTGTGTTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16096991 107 +  48394510 TAACATCAAATGTGTCTGTGATGTACTGTTGCTCTCATTAGTTATCTGCAGATCAAACAGGTATCTGTTCTAACACTTCGATTTTGAAACTTAATGCTGTGTTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165914714 105 - 196418989 TAACATCAAATGTGTTTGTGATGTACTGTTGTTCTCATTAGTTATCTGCAGATCAAACAGGTATCTGTTCTAACACTTTGATTTTGAAACTTAATGC--TGTTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2726247.000000
s hg19.chr21     17763601 242 +  48129895 AAATTTACTTAATTAGGACCTCTTAACACCTCAGATAGTCGCTTAAAACAACAACAACAAAAACAACAGTAATACCCAGCTGTTAGCCCTGCGGATGAAACAATAAATGCAAAGTTAACACTTTTTAAAGGTGAATATGTACATTTTGATGCCTCGACAGCATTCAGTAAAAATCAAGTGTGCTTAGAGATAATCTACTAAGTTGCTGATTGTTTCTGGACCTGTAACTCTTAATAAATATT
s panTro2.chr21  16491651 242 +  46489110 AAATTTACTTAATTAGGACCTCTTAACACCTCAGATAGTCGCTTAAAACAACAACAACAAAAACAACAGTAATACCAAGCTGTTAGCCCTGCGGATGAAACAATAAATGCAAAATTAACACTTTTTAAAGGTGAATATGTACATTTTGATGCCTCGACAGCATTCAGTAAAAATCAAGTGTGCTTAGAGATAATCTACTAAGTTGCTGATTGTTTCTGGACCTGTAACTCTTAATAAATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097098 242 +  48394510 AAATTTACTTAATTAGGACCTCTTAACACCTCAGATAGTCGCTTAAAACAACAACAACAAAAACAACAGTAATACCCAGCTGTTAGCCCTGCGGATGAAACAGTAAATGCAAAGTTAACACTTTTTAAAGGTGAATATGTACATTTTGATGCCTTGACAGCATTCAGTAAAAATCAATTGTGCTTAGAGATAATCTACTAAGTTGCTGATTGTTTCTGGTCCTGTAACTCTTAATAAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165914819 242 - 196418989 TAATTTACTTAATTAGGACCTCTTAACACCTCAGATAGTTGCTTAAAGCAGCGACAACAAAAACAACAGTAATACCCAGCTGTTAGCCCTGCGAATGAAAGAATAAATGCAAATTTAACACTTTTTAAAGGTGAATACATACATTTTGGTGCCTTGACAGCATTCAATAAAAATGAAGTGTGCTTAGAGATAATCTACTAAGTTGCTGATTGTTTCTGGACCTGTATCTCTTAATAAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1012021.000000
s hg19.chr21     17763843 104 +  48129895 GCAAATATCTAAAAGATATGGATCATTATTTAGGGGAAATGTATGTGTATGCATAAATGCAATCTTTTATAATCTAAAAATACTTTTCAGGAGCTCTTTCTGAG
s panTro2.chr21  16491893 104 +  46489110 GCAAATATCTAAAAGATATGGATCATTATTTAGGGGAAATGTATGTATATGCATAAATGCAATCTTTTATAATCTAAAAATATTTTTCAGGAGCTCTTTCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097340 104 +  48394510 GAAAATATCTAAAAGATATTGATCATTATTTAGGGGAAATGTATGTATATGCATAAATGCAATCTTTTATAATCTAAAAATACTTTTCAGGAGCTCTTTCTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165915061 103 - 196418989 GAAAATATCTAAAAGATATTGATCATTATTTAGGGGAAATGTATGTATATGCATAAATGCAAT-GTTTATAATCTAAAAATACTTTTCAGGAGCTCTTGCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=890340.000000
s hg19.chr21     17763947 97 +  48129895 ATGAAGAGAATTCTCAATGTCAAGATTTGAACAAGAAGAGAATGGAATACACAATATGGTAAGTGACTTGCAAAAAAGATCAATGTGACCACATTTC
s panTro2.chr21  16491997 97 +  46489110 ATGAAGAGAATTCTCAATGTCAAGATTTGAACAAGAAGAGAATGGAATACACAATATGGTAAGTGACTTGCAAAAAAGACCAATGTGACCACATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097444 97 +  48394510 ATGAAGAGAACTCTCAATGTCAAGATTTCAACAAGAAGAGAATGGAATACACGATACGGTAAGTGACTTGCAAAATAGACCAATGTGACCACATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165915164 97 - 196418989 ATGAAGAGAACTCTCAATGTCAAGATTTGAACAAGAAGAGAATGGAATACACAATATGGTAAGTGACTTGCAAAATAGACCCATGTGACCACATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=495517.000000
s hg19.chr21     17764044 46 +  48129895 TAGTGCTCCATTGGGCAGTTATCACTTGTAAGTTGCATGCATAGAA
s panTro2.chr21  16492094 46 +  46489110 TAGTGCTCCATTGGGCAGTTATCACTTGTAAGTTGCATGCATAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097541 46 +  48394510 TAGTGCTCCATTGGGCAGTTATCACTTGTAAGTTGCATGCATAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165915261 46 - 196418989 TAGTGCTCCATTGGGTAGTTATCACTTGTAAGTTGCATGCATAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200233.000000
s hg19.chr21     17764090 28 +  48129895 AAATGCATACTTATGGTAGTCACTGTTG
s panTro2.chr21  16492140 28 +  46489110 AAATGCATACTTATGGTAGTCACTGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097587 28 +  48394510 AAATGCATACTTATGGTAGTCACTGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165915307 28 - 196418989 AAATGCATACTTATGGTAGCCGCTGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=873824.000000
s hg19.chr21     17764118 114 +  48129895 CAAGCAGTTCTGAAATATTAACACAGTTGATCA-------------AAATTGTTCCACTCCTAAAAGCTTATTTTGATAAACTTGGTGTAAAAGATACTTGGCTATCACTCATGGCAGGTGATTTTA
s panTro2.chr21  16492168 127 +  46489110 CAAGCAGTTCTGAAATATTAACACAGTTGATCAAAATTGTTCCACTAAATTGTTCCACTCCTAAAAGCTTATTTTGATAAACTTGGTGTAAAAGATACTTGGCTATCACTCATGGCAGGTGATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097615 114 +  48394510 CAAGCAGTTCTGAAATATTAACACAGTTGATCA-------------AAATTGTTCCACTCCTAAAAGCTTATTTTGATAAACTTGGTGTAAAAGATACTTGGCTATCACTCATGGCAGGTGATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165915335 111 - 196418989 CAAGCAGTTCTGAAATATTAAAACAGTTGATCA-------------AAATTGTTCCACTCCTAAAAGCTTATTTTGATAAACTTGGTGTAAAAGATACTTGGCTATCACTCATGGC---TGATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204393.000000
s hg19.chr21     17764232 46 +  48129895 CTCTAATTTTTAATTAGGGAAAATTAAGGTTGCTTATGTGATTAAt
s panTro2.chr21  16492295 46 +  46489110 CTCTAATTTTTAATTAGGGAAAATTAAGGTTGCTTATGTGATTAAt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097729 46 +  48394510 CTCTAATTTTTAATTAGGGAAAATTAAGGTTGCTTATGTGATTAAt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165915446 46 - 196418989 CTCTAATTTTTCATTAGGGAAAATTAAGTTTGATTATATGATTAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137013.000000
s hg19.chr21     17764278 167 +  48129895 gtcacgcacgtccatgtgaagagaccaccaaacaggctttgtgtgagcaataaagctttttaatcacctgggtgcaggtgggctgagtctgaaaagagagtgagcaaagtgtggtgggattatcgttagttcttataggtttgggataggcggtggagttaggagca
s panTro2.chr21  16492341 167 +  46489110 gtcacgcacgtccatgtgaagagaccaccaaacaggctttgtgtgagcaatacagctttttaatcacctgggtgcaggtgggctgagtctgaaaagagagtgagcaaagtgtggtgggattatcattagttcttataggtttgggataggcggtggagttaggagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097775 167 +  48394510 gtcacgcacgtccatgtgaagagaccaccaaacaggctttgtgtgagcaataaagctttttaatcacctggctgcaggtggactgagtctgaaaagagagtcagcaaagtgtggtgggattatcattagttcttgtaggtttgggataggcagtggagttaggagca
i ponAbe2.chr21 C 0 I 15
s rheMac2.chr3  165915492 167 - 196418989 gtcatgcacgtccgtgtgaagagaccaccaaacaggctttgtgtgagcaataaagctttttaatcacctgggcgcaggtgggctgagtctgaaaagagagtcagcaaagggtggtgggattgtcattagttcttacaggtttgggataggcggtggagttaggggca
i rheMac2.chr3  C 0 I 14

a score=18123.000000
s hg19.chr21     17764445 62 +  48129895 gggggtagatctcacaaagtacattctcaagggcagggagagtattacaaagtaccttttca
s panTro2.chr21  16492508 62 +  46489110 gggggtagatctcataaagtacattctcaagggcagggagagtattacaaagtaccttttca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165915673 39 - 196418989 gggggtggatcttacaaagtacattctcaagggcaggga-----------------------
i rheMac2.chr3  I 14 C 0
e ponAbe2.chr21  16097942 15 +  48394510 I

a score=285913.000000
s hg19.chr21     17764507 1104 +  48129895  
s panTro2.chr21  16492570 1102 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16097957 1105 +  48394510  
i ponAbe2.chr21 I 15 I 2563
e rheMac2.chr3  165915712    0 - 196418989 C

a score=428735.000000
s hg19.chr21     17765611 4662 +  48129895  
s panTro2.chr21  16493672 4661 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 I 1
e rheMac2.chr3  165915712    0 - 196418989 C
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=0.000000
s hg19.chr21     17770273  319 +  48129895 gaatatcacaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtaccttcttaggggcgggggaatatcacacagtaccttcttaagggcgggg
e rheMac2.chr3  165915712    0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  16498333    1 +  46489110 I
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=128129.000000
s hg19.chr21     17770592  259 +  48129895 gaatatcacaaagtaccttcttaagggcaggggaatatcacaaagtacattatcacaagggcagggagggtgtattgtcat-aggtcaattgatcagttagggtggggcaggaacaggtcacagtggtggaatgtcatcagctaaggcagc----acctggctattttcacttcttttgtggatcttcagctgcttcaggccatctggatgtatacgtgcaggtcacaggggatatgatggcttagcttgggctcagaggcctg
s panTro2.chr21  16498334  259 +  46489110 gaatatcacaaagtaccttcttaagggcgggggaatatcacaaagtacattatcacaagggcagggagggtgtattgtcat-aggtcaattgagcagttagggtggggcaggaacaggtcacaatggtggaatgtcatcagctaaggcagg----acctggctattttcactttttttgtggatcttcagctgcttcaggccatctggatgtatacgtgcaggtcacaggggatatgatggcttagcttgggctcagaggcctg
i panTro2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  165915712  263 - 196418989 gaatattacaaagtaccttcttaagggccggggaatatcacaaagtccattaacgcaagggc-tggagggtatattgtcataaggtcagctgatcagttagggtggggcaggaacaggtcacagtggtggaatgtcatcagttaaggcagggcctgcctggctattttcacttcttttgtggatctttagttgcttcaggccatccggatgtatatgttcaggtcacaggggatatgatggcttagcttgggctctgaggcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=638485.000000
s hg19.chr21     17770851   89 +  48129895 acaATTAGAACATACATATTTGTGATCCTACAACCATGGAGTTTCTTAAGATGACATTTAGGATTATAATACTGGTTTTAATAGCAAGC
s panTro2.chr21  16498593   89 +  46489110 acaATTAGAACATACATATTTGTGATCCTACAACCATGGAGTTTCTTAAGATGACATTTAGGATTATAATACTGGTTTTAATAGCAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165915975   89 - 196418989 acaATTAGAACATACATGTTTGTGATCCTACAACCATGGAGCTTCTTAAGATGGCATTTAGGATTATAATATTGGTTTTAATAGCAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=354379.000000
s hg19.chr21     17770940   60 +  48129895 CAGGAATTTACAGTGTCTTAAAATGTGGCTTATTTC------TTATTCAGACTATTCAACACACAT
s rheMac2.chr3  165916064   65 - 196418989 TGGGAATTTACAGTGTCTTAAAATGTGGCT-ATTACTTTAGGTTATTCAGACTATTCAACACATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16498682   59 +  46489110 CAGGAATTTACAGTGTCTTAAAATGTGGCT-ATTTC------TTATTCAGACTATTCAACACACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=119634.000000
s hg19.chr21     17771000   30 +  48129895 ATGCGACAGTTAAATAAATATATCCTGATA
s rheMac2.chr3  165916129   30 - 196418989 ATGCAACAGTTAAATAAGTATATCCTGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16498741   30 +  46489110 ATGCGACAGTTAAATAAATATATCCTGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=461650.000000
s hg19.chr21     17771030   72 +  48129895 TTTACAGGGCTTTTTATTTGTTTACAAAAGTAAGTTAGTTTTATGTAGTTTGTAAGAATCTTTAACGT-----GTTA
s rheMac2.chr3  165916159   77 - 196418989 TTTACAGGGCTTTTCATTTGTTTACAAAAGTAATTTCGTTTTATGTAGTTTGTAACAATCTTTAACGTGTTAGGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=142506.000000
s hg19.chr21     17771102   42 +  48129895 TTTTCTTTTCTTGCTGTGTTTACTACAGTGAGTATATTAAGA
s rheMac2.chr3  165916236   42 - 196418989 TTTTCTTTTCTTGCTGTGTTTACTACAGTGAGTATATTAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16498843   42 +  46489110 TTTTCTTTTCTTGCTGTGTTTACTACAGTGAGTATATTAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=-245557.000000
s hg19.chr21     17771144   17 +  48129895 ATGTATTTATTAGGTAA
s rheMac2.chr3  165916278   17 - 196418989 ATATATGTATTAGGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=174237.000000
s hg19.chr21     17771161   52 +  48129895 GTCTCTTTTTTACTTCTTGTGCTATTCAGGGTCTCCCAGACAATGAGTAGTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16498902   52 +  46489110 GTCTCTTTTTTACTTCTTGTGCTATTCAGGGTCTCCCAGACAATGAGTAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=302864.000000
s hg19.chr21     17771213   52 +  48129895 AGACAGTTGAGAGAGTAAAGAAAAAATAAGAGCAGAGAGTTCCAGAGTCATT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16099062 2563 +  48394510 I

a score=-159234.000000
s hg19.chr21     17771265   56 +  48129895 TGTGGTGTGTGAATATAGACACGTTGCTAGCTGTGTACTCTACCCCTCCCACTACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-188380.000000
s hg19.chr21     17771321   44 +  48129895 ATCCCACCC-CATCAAGGGCCCAGGAAAATGCTGCATGTTTACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165916715  167 - 196418989 M
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16102442 246 +  48394510 AGAAGAAAACAAACTCAGATTCTCCTGctatactcccacaacacagaacacttctgtgaccaaatgtgtgtggatttttttccccacacacactaagcaattctccagcaatgaattctgcagtggacaccagctgggtgtcctccaattctattcaattctgactg--tcaacctcaagatagtttctgagcccacaggttgagggcccagtcctcttactgacaccacacactacttcagatacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165917604 248 - 196418989 AGAAGAAAACAAACTCGGATTCTCCTGCTATACTCTCAcaacacagaacacttctgtgaccaaatgtgtgtggatttttttccccacacgcactaagcaattttccagcaattaattctgcagtggacaccagctgggtgtcctcgaattctattcaattctgactctatcaacctcaatatagtttctggtcccacaggttgagggcccagtcctcttcctgcccccacacactacttcagctacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17772682 69 +  48129895 gtcacaagtagtagagcccatacttctgaccaactgtctgtaaatcagggttcccacgatcttctctct
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165917956 188 - 196418989 ttgcccaggctggagtgcagtggcatgatctcggctcactgcaacctctgccttccagttttaagcaattctactgcctcagcctcccaagtaactgggattacaagggcccgccaccacgcctggctaa-tttttt---tttttggtagagacaggatttcaccatgttggccaggctggtctccaactcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310207.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16507093 95 +  46489110 aatgaattattgtacccaaagtacttaaagcagcacctagcacagaaaaatatgaaataaagatagACCATTTTGATTATTTCATAGAAAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16109380 95 +  48394510 aatgaattattatacccaaagtacttagagcagcacctggcacagaaaaatatgaaataaagatagactattTTGATTGTTTCATAGAAAGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  165924597 94 - 196418989 -atgaattatttcagtcaaagtacttagagcagcacctggcacagaaaaatatgtaataaagatagactattTTGATTATTTCATAGAAAGACAT
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

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s hg19.chr21     17779457 26 +  48129895 GTCATGGTATTACTTATTATTAATGA
s panTro2.chr21  16507188 26 +  46489110 GTCATGGTATTACTTATTATTAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16109477 26 +  48394510 GTCATGGTATTACTTATTATTAATGA
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
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i rheMac2.chr3  I 2 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165924719 109 - 196418989 ATATGTT---GGACTAATTAGTAAAAATGAATATATGAGATATATTGCTGTGATTTGCATTGATGACCTGATGCAAATAGCAGTAACTACTTACAAAGGATGGCTAACATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16507326 56 +  46489110 CAGGGAAAGACATTCTAATCAATAGTTGCTATTTGTGGCAGGTTAAGTGTTTGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16109615 56 +  48394510 CTGGGAAAGACATTCTAATCAATAGTTGCTATTTGTGGCAGGTTAAGTGTTTGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165925068 62 - 196418989 Ggaaagaaaaaaaggagggaaggaaggaaagaaaaaaagaaggaaagaaggaagaaagaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16507565 60 +  46489110 ggaaagaaaaaa--gagggaaggaaggagagaaaaaaggaaggaaagaaggaagaaaggaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-74910.000000
s hg19.chr21     17779895 26 +  48129895 aaaa-ggaggaagggagggaggagata
s rheMac2.chr3  165925130 25 - 196418989 aaa--gaaggaagggagggaggagata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16109917 26 +  48394510 aaaa-ggaggaagggagggaggagata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16507625 27 +  46489110 aaaaaggaggaagggagggaggagata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17779921 15 +  48129895 aaggaaagaaaagga
s panTro2.chr21  16507652  6 +  46489110 aaggaa---------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16109943 15 +  48394510 aaggaaagaaaagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165925155 15 - 196418989 aaggaaagaaaagga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-209690.000000
s hg19.chr21     17779936 45 +  48129895 aaagaaa----aaaggcagaaag-aaaagagaaagaaagaa----aaagaaata
s rheMac2.chr3  165925170 49 - 196418989 aaaaag-----aaaggcagaaagaaaaagaaaaagaaagaaagagaaagaaagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16109958 52 +  48394510 aaagaaaaaagaaaggcagaaag-aaaagagaaagaaaagaa-agaaagaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e panTro2.chr21  16507658  0 +  46489110 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16110010 111 +  48394510 aacagaaagaa--------------------------------------------agaaagag-aaagaaaagaaaa----gaaagaaaggtagaaaagaaagaaGTAATGGAAGAAATTTGAGTATTAACAGAGGGCACTCAGGTTTCCAATTCAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16507658  83 +  46489110 -------------------------------------------------------agaaAAGGAAAAGAAAA---------------AAGGCA-------AAGAAGTAATGGAAGAAATTTGAGTATTAACAGAGGGCACTCAGGTTTCCAATTCAATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17780107 48 +  48129895 ATCTCCTATGCATATTCTACAAATTAGATTGTCAAATATTCAGCTTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17780300 29 +  48129895 GTTTGGTTTGAAAGCACAGGGCTCTTGCT
s rheMac2.chr3  165925571 29 - 196418989 GTTTGGTTTGAAAGCACAAGGCTCTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 I 83
s ponAbe2.chr21  16110314 29 +  48394510 GTTTGGTTTGAAAGCACAGGGCTCTTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16507934 29 +  46489110 GTTTGGTTTGAAAGCACAGGGCTCTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17780329 27 +  48129895 GGAGGAGGAGGGATTGTGGGTGTTCAG
s ponAbe2.chr21  16110343 27 +  48394510 GGAGGAGGAGGGATTGTGGGTGTTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16507963 27 +  46489110 GGAGGTGGAGGGATCGTGGGTGTTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165925600 83 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16507990 81 +  46489110 TGAGTTAGAAGAGCCTGGGATAGCCAGAGGGAAGCATGAGGGTACTGGATGCCTGGGCAAAGATTAAGAGAATTTACCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165925600 83 - 196418989 I

a score=745037.000000
s hg19.chr21     17780437 47 +  48129895 AGGTGGGACATTTCCAAGACAAACAGCATACTTTACACTTTGGCTAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16508071 47 +  46489110 AGGTGGGACATTTCCAAGACAAACAGCATACTTTACACTTTGGCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165925600 83 - 196418989 I

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s hg19.chr21     17780484 44 +  48129895 AGTCCCTCATGGCAGTACTCATTTTTGATATGTGCTCTCACTAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  165925600 83 - 196418989 I

a score=1372694.000000
s hg19.chr21     17780528 75 +  48129895 ATTTAATCGCAGTGACAGTTGTGAGATTAGAGGTACCGCTTTCTTCAAAAGGATCATTGAAAGTTGTGGGTTTAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=245009.000000
s hg19.chr21     17780603 23 +  48129895 CCTTGTGTTTCTGTTTAG-------TTTTT
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s hg19.chr21     17780626 32 +  48129895 TATCATACTAGTTTTATTTGTAAACCAAAATG
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a score=533765.000000
s hg19.chr21     17780694 50 +  48129895 TAATAATT----TTTTTAATGGACTTAAGATTTTAACTCTAAAACCTCATCAAC
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a score=891197.000000
s hg19.chr21     17780744 72 +  48129895 ATTCCATATATTATGATTCACATGGGACTTGTAAAAGACAGACTCCACACTTCAGAACTGCAATGGGCTTTT
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a score=483852.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 2948 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16117730 42 +  48394510 GTGTTCAAAATACCATGTCATTATTAGCATGTCTTGCTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118049 94 +  48394510 A-AATAGCACCTTTCTCCATAATTTGTTTATTGTAATTATTTGAATATATGATAATTACTAATATTGTCATAATATTCTATCACATTTATGAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165931122 95 - 196418989 ATAATAGCTCCTTTCTCCATAATTTGTTTATTGAAATTATTTGAATATGTGATAATTACTAATATTGTTGTAATATTCTATCACATTTACGAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17788143 54 +  48129895 CACTGGACGTTTCCACCTCAGCATTTTAAT-TGCTCACCACAGTGCCATTTTCTT
s panTro2.chr21  16515759 52 +  46489110 CACTGGACGTTACCACCTCAGCATTTTAAT-TGCTCACCAC--TGCCATTTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118143 55 +  48394510 CACTGGACATTACCACCTCAGCATTTGAATGTGCTCAACACAGTGCCATTTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165931217 55 - 196418989 CGCTGGACACTACCACCTCAGCATTTTAATGTGCTCAACACAGTGCCATTTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17788197 51 +  48129895 TAGGACTGGTTGTTTTGCTTTCAGTTTGCTTCCTAGACTATCATCATGAGA
s panTro2.chr21  16515811 51 +  46489110 TAGGACTGGTTGTTTTGCTTTCAGTTTGCTTCCTAGACTATCATCATGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118198 51 +  48394510 TAGGACTGGTTGTTTTGCTTTCAGTTTGCTTCCTAGATTATCATCATGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165931272 51 - 196418989 TAGAACTGGTTGTTTTGCTTTCAGTTTGCTTCCTAGACTATCATCACGAGA
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s hg19.chr21     17788248 85 +  48129895 TCAAAAGCTGTGTTTTTTATACCACATGACAGCCCGATGCCCCACACAGGGTCAGCATTAAACTGAATTTTTGATAGGATCAGGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118249 85 +  48394510 TCAAAAGCTGTGTTTTTTATACCACATGACAGCCCAATGCCCCACACAGGGTCAGCATTAAGCAGAATTTTTGATAGGACCAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165931323 85 - 196418989 TCAAAGGCTGTGTTTTTTATACCACATGACAGCCCAATGCCCCACACAGGGTCAGCATTAAACAGAATTTTTGATAGGACCGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17788365 43 +  48129895 TCAGGTGGCATCAGGTGGGAATTGTGGCTAGGTAAAATGGCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118409 104 +  48394510 CTTGTTACAATGGCAATTTCAGTCACCTATTCCTTGCCTCTTCTGGGCAGGTGGATTGATCTGCAATTGGCTTCTTTTCCTCTTTCTCACTCTACAAATATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165931483 104 - 196418989 CTTGTCACAATGGCAATTTCAGTCACCTATTCCTTACCTCTTCTGGGCAAGTGGATTCATTTGCAATTGGCTTCTTTTCTTCTTTCTCACTCTACTAATTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16516126 40 +  46489110 ATGGAAATCTCATTGACTCTTAACAACAAAGCAAGTatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118513 40 +  48394510 ATGGAAATCTCATTGACTCTTAACAACAAAGCAGGTGtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146612.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165931701 109 - 196418989 tagaatcctgcccaccacaAGCAGCAAAATACTCCTACTCCAATGTATTTCCCATAGCTACCTTGCATCTTCCAAC--CGTATGAGTGGGGTGTTTGTTGCTTTGCTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=389510.000000
s hg19.chr21     17788770 61 +  48129895 TTAACCTTCTAATTTCTTTTATCTTTGACACCTTCAGTCTTCCTTCATTTACCTTTATACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118771 61 +  48394510 TTAACCTTCTGACTTCTTTTATCTTTGACACCTTCAGTCTTCCTTCATTTACCTTTATACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1317336.000000
s hg19.chr21     17788831 147 +  48129895 GACTTTTTTATAAGGCCACTTTTCTTTTCCTTTTTCCTTTAGGGTCTCTTCCCTTTGCATAGATTATTGGAACTCTCCACTT-ACAAAGACTAGC-TTTTATGCTTCCAACTCTTGATATAAAGTTTTTATCTAGCATCAGAACTTGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118832 142 +  48394510 GACTTTATTATAAGGCCA-----TTTTTCCTTTTTCCTTTAGGGTCTCTTCCCTTTGCATAGGTTATTGGAACTCTCCACTT-ACAAAGACTAGC-TTTTATGCTTCCAACTCTTGATATAAAGTTTATATCTAGCGTCAGATCTTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165931903 149 - 196418989 GACTTTATCATAAGGCCACTTTTCTTTTCCTTTTTCCTTTAGGGTCGCTTCCCTTTGCATAGGTTATTGGCACTCTCCACTTAACAAAGACTAGCTTTTTTTGCTTCCAACTCTTGATATTAAGTTTTTATCTAGCATCAGAACTTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301963.000000
s hg19.chr21     17788978 26 +  48129895 TGTGAGTTGTCCATGTGTCAGAACTG
s panTro2.chr21  16516592 26 +  46489110 TGTGAGTTGTCCATGTGTCAGAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16118974 26 +  48394510 TGTGAGTTGTCCAAGTGTCAGAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165932052 26 - 196418989 TGTGAGTTGTCCATGTGTCAGAACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=203643.000000
s hg19.chr21     17789004 41 +  48129895 TCTTTCAAAATCAAAAGTTTCACATACCATTTTCAATTAAC
s panTro2.chr21  16516618 41 +  46489110 TCTTTCAAAATCAAAAGTTTCACATACCATTTTCGATTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16119000 41 +  48394510 TCTTTCAAAATCAAAAGTTTCACATACTGTTTTCGATTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165932078 41 - 196418989 CCTTTCAAAATCAAAAGTTTCACATACCATTTTCGAGTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=266239.000000
s hg19.chr21     17789045 22 +  48129895 CCAAAGGAAATGCTAGGCACCT
s panTro2.chr21  16516659 22 +  46489110 CCAAAGGAAATGCTAGGCACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16119041 13 +  48394510 CCAAAGGAAAAGC---------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 8
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=741551.000000
s hg19.chr21     17789067 110 +  48129895 ATTTATTCCACAATTATTTTTAAAGTCTGTATGTATTAATTGTGTACATACTATTTTATTATTTACAAAGTGAGTTAAGCACAGTATTCCTGTTCAAAATATGAAAATAA
s panTro2.chr21  16516681 110 +  46489110 ATTTATTCCACAATTATTTTTAAAGTCTGTATGTATTAATTGTGCACATACTATTTTATTATTTACAAAGTGAGTTAAGCACAGTATTCCTGTTCAAAATATGAAAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165932141 108 - 196418989 ATTTATTCCACAATTACTTTTAA--CCTGTATGTATTAATTGTGCACATACTATTTTATTATTTACAAAATGAGTTAAGCACCGTTTTCCTGTTCAAAATATGAAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=418280.000000
s hg19.chr21     17789177 63 +  48129895 GTATCATGGAAAAGTGGCAAATGTGTCTTGTGTTCCTTCATTTTTAGCACCTTGTTATTCCTT
s panTro2.chr21  16516791 63 +  46489110 GTATCATGGAAAAGTGGCAACTGTGTCTTCTGTTCCTTCATTTTTAGCACCTTGTTATTCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165932249 63 - 196418989 GTATCATGGAAAAGTGGCAACTGCATTTTATGTTCCTTCATTTTCAGCACCTTGTTATTCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16119054  8 +  48394510 I

a score=854220.000000
s hg19.chr21     17789240 109 +  48129895 TTATATAAAACTCTGGTGTACACACAGTTTTTCCTCTTTTCTGGAAAATGTGAATAAATTACATTTCCTTTGTACATTCCATGCTGTCTTAGACAAAATC----------------AAACACTTG
s panTro2.chr21  16516854 109 +  46489110 TTATATAAAACTCTGGTGTACACACAGTTTTTCCTCTTTTCTGGAAAATGTGAATAAATTACATTTCCTTTGTACATTCCATGCTGTCTTGGACAAAATC----------------AAACACTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165932312 125 - 196418989 TTATATAAAACTCTGGTCTACACACAGTTTTTCCTCTTTTCTGGAAAATGTGAATGAATTACAATTCCTTTGTACATTCCATGCTGTCTTGGACAAAGTCaaacacttgagtatagaaacacttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=466151.000000
s hg19.chr21     17789349 67 +  48129895 AGTATAGAAATGAATTGTATTCCAGTAGTAGATAGGACAATTTTTCACTCCTTTCAACTTAGGCATt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=281159.000000
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s panTro2.chr21  16517030 77 +  46489110 gtattagttttctacaaataacaactatagactgaacgacttaaacaacaggaatttattttttcacgattctggag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16119062 77 +  48394510 gtattagttttctacaaataacaaccatagactgaacgacttaaacaacaggaatttattttttcatgattctggag
i ponAbe2.chr21 I 8 C 0
s rheMac2.chr3  165932504 77 - 196418989 gtattagttttcgacaaataacaactatagactgaagggattaaacaataggaatttattttttcctgattctggag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=314311.000000
s hg19.chr21     17789493 67 +  48129895 gcaaggagtaccagctcaaggtattggcagggtaggtttttccgagccccatcctttgctttgcaaa
s panTro2.chr21  16517107 67 +  46489110 gcaaggagtcccagctcaaggtgttggcagggtaggtttttctgagcaccatcctttgctatgcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16119139 67 +  48394510 gcaagaagtcccagctcaagttgttggcagggtaggtttttctgagccccatcctttgctttgcaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165932581 67 - 196418989 gcaagaagtctgagctcaaggcgctggcagggttggtttttctgagcctcatcctttgctttgcaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=272151.000000
s hg19.chr21     17789560 77 +  48129895 tggatatcttctccctgtgtcttcacatggtcttctctgtgtttttgtgtcctaacctcctcttcttataaggacac
s panTro2.chr21  16517174 77 +  46489110 tgggtatcttctccctgtgtcttcacatggtcttctctgtgtttttgtgtcctaaactcctcttcttataaggacac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16119206 77 +  48394510 tgggtatcttctccctatgtcttcacatgatcttgtctgtgtttttgtgtcctaacctcctcttcttataaggacac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165932648 77 - 196418989 tgggtatcttttcccaatgtcttcacatggtcttctctgtgtttttgtggcttaacctcctcttcttataaggacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=244599.000000
s hg19.chr21     17789637 60 +  48129895 cagtcactggattcaggcccatcctactgatctcctttaatttaattacctctttaaaga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=390251.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16517311 90 +  46489110 cactaactccacctacagtcggattttgaggtactgggagtaaggacttcagcatctgaattgagggggagacaattcagcctgtaacaG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=279246.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17789911 46 +  48129895 AGatatatatatatatatatatatatatatacataAAACAATGTGA
s rheMac2.chr3  165932999 22 - 196418989 AGATA------------TATATATAG------------CAGTATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16119557 34 +  48394510 AGata------------tatatatatatatataaaaaaCAATGTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16517528 24 +  46489110 -----------------TATATATATATATACA-----CAATGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=619860.000000
s hg19.chr21     17789957 106 +  48129895 TAGTGGGTGATTTGTAGATGGTAATAGACCATTCAGAGAAACAAGCTGAATATTTTCTTACATTGGAAAAAAAG-GGGGACACAAAAGAAATGATTTCCCAGCATTT
s rheMac2.chr3  165933021 107 - 196418989 TGGTGGGTGATTTGTAGATTGTAATAGACCATTCAGAGAAACAAGTTGAATATTTTCTTACATTGGAAAAAAAAAGGGGGCACAAAAGAAATCATTTCCCAGCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16119591 107 +  48394510 TAGTGGGTGATTTGTAGATAGTAATAGACCATTCAGAGAAACAAGTTGAATATTTTCTTACATTGGAGAAAAAAGGGGGGCACAAAAGAAATGATTTCCCAGCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16517552 107 +  46489110 TAGTGGGTGATTTGTAGATGGTAATAGACCATTCAGAGAAACAAGTTGAATATTTTCTTACATTGGAAAAAAAAAGGGGACACAAAAGAAATGATTTCCCAGCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17790063 44 +  48129895 TATTAGATTCCATAAGAATTCTGAGCATCAAACTATACACTGCT
s panTro2.chr21  16517659 44 +  46489110 TACTAGATTCCATAAGAATTCTGAGCATCAAACTATACACTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16119698 44 +  48394510 TATTAGATTCCATAAAAATTCTGAGCATCAAACTATATACTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165933128 44 - 196418989 GATTTGATTCCATAAGAATTCTGAGCATCAAACTATACACTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165933244 103 - 196418989 CCTATTTGCTATGCAATATTATCATGACATGCATTTTTAATTAATTGGGCCTTTCAGTTTTTGTGCACCTATAAACCCTAATAGTTCAGCCTCTCTATAGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=644328.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=113849.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73497.000000
s hg19.chr21     17790478 45 +  48129895 TTAGGAACATTTCACTTTTGCTCATCTTCTGACTGCATTGTGAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120113 45 +  48394510 TCAGGAACATTTCACTTTTGCTCATCTTCTGACTGCATTGTGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165933549 45 - 196418989 TCAGGAACATTTCACTTTTGTTCATCTTCTGACTGCACTGTGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-131794.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120158 74 +  48394510 CATCATACCTAGATCAAAATTAGTTATGTTAATAAACAAAAACAAAAATTCTGTCTATTTGCCCTACATTAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165933594 74 - 196418989 CCTCATAGCTAGATCAAAATTCGTTACATTAATAAACAAAAACAAAAATTCTGTCTATTTGCCTTACGTTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=507704.000000
s hg19.chr21     17790597 61 +  48129895 GATATCCTTTTGCCTGATGCAACAACAGAAACTAAAATCTCTAACGAAAAACATGCTGGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=161355.000000
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a score=397408.000000
s hg19.chr21     17790699 64 +  48129895 AGTAAAAATAACTCAGTTATGATCCATGTTATTACACTCCTCTGAGCTTCTTTCTCTCTTCCAC
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s ponAbe2.chr21  16120334 64 +  48394510 AGTAAAAATAACTCAGTTATGCTCCATGTTATTACACTGCTCTGAGCTTCTTTCTCTCTTCCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=485938.000000
s hg19.chr21     17790763 66 +  48129895 ATGTTGAATGACTTACTGGTTTATTTTTGCCACATACATAATGTTTGGCTCCTATCTCATGTGCAA
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a score=212719.000000
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a score=294757.000000
s hg19.chr21     17790860 76 +  48129895 TACAATCAGATCATTTTGATTATTACTTTAATTGTACATTCCCTAACTAACTTCTCTCTAGTTTGTTTTTAACTTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=219225.000000
s hg19.chr21     17790936 32 +  48129895 AGGCTACCTGTGGGCATAACGTTGTACAATTC
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a score=336423.000000
s hg19.chr21     17790968 56 +  48129895 AGAATGTGAATTTTACACTTAGCCTAATAACTAAATAAGCTTAGAAATTTAGGTAC
s rheMac2.chr3  165934040 56 - 196418989 AGAATGTGAATTTTACACTTAGTCTAACAACTAAATAAGCTTAGAAATTTAGGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120604 56 +  48394510 AGAATGTGAATTTTACACTTAGCCTAATAACTAAATAAGCTTAGAAATTTAGGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16518564 56 +  46489110 AGAATGTGAATTTTACACTTAGCCTAATAACTAAATAAGCTTAGAAATTTAGGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=489069.000000
s hg19.chr21     17791024 25 +  48129895 GGTAAATTAGGTCACTTGGTACCTT
s panTro2.chr21  16518620 25 +  46489110 GGTAAATTAGGTCACTTGGTACCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120660 25 +  48394510 GGTAAATTAGGTCACTTGGTACCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934096 25 - 196418989 GGTAAATTAGGTCACTTGATGCCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1007886.000000
s hg19.chr21     17791049 101 +  48129895 TTCGTACAAGGAAAGCAAACTTCTTGTGTGCCTAGGTGTTGCTTTTGGAGAAACTTTCCTGAGCATTGAGGAGTCAGTGCTAACTCCTGCAAGCATGTGAG
s panTro2.chr21  16518645 101 +  46489110 TTCATACAAGGAAAGCAAACTTCTTGTGTGCCTAGGTGTTGCTTTTGGAGAAACTTTCCTGAGCATTGAGGAGTCAGTGCTAACTCCTGCAACCATGTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120685 100 +  48394510 TTCATACAAGGAAAGCAAACTTCTTGTGTGCCTAGGTGTTGCTTTTGGAGAAACTTCCCT-AGCATTGAGGAGTCAGTGCTAACTCCTGCAGCCATGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934121 101 - 196418989 TTCACACAAGGAAAGCAAACTTCTTGTGTGCCTAGGTGTTGCTTTTGGAGAAACTTTCCTGAGCATTGAGGAGTCAGTGCTAACTCCTGCAACCACGTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=784400.000000
s hg19.chr21     17791150 73 +  48129895 TCTCTCCGACTCTGTGATGCCAACTT-ACCATCTTGCTGTAGTCGAAGAGCTTTAGGTTGGAGTGAATGGGTAC
s panTro2.chr21  16518746 73 +  46489110 TCTCTCCGACTCTGTGATGCCAACTT-ACCATCTTGCTGTAGTCGAAGAGCTTTAGGTTGAAGTGAATGGGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120785 73 +  48394510 TCTCTCCGACTCTGTGATGCCAACTT-ACCATCTCGCTGTAGTCGAAGAGCCTTAGGTTGGAGTGAATGGGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934222 74 - 196418989 TCTCTCCGACTCTGTGATGCCAACTTAACCATCTTGCTATAGTGGAAGAGCTTTAGGTTGGAGTGAATGGGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168487.000000
s hg19.chr21     17791223 9 +  48129895 CATCTTTGT
s panTro2.chr21  16518819 9 +  46489110 CATCTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120858 9 +  48394510 CATCTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934296 9 - 196418989 CATCTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=348742.000000
s hg19.chr21     17791232 72 +  48129895 TCTTAGAGGTGGACTCTAAGGACCTTGTTTTTGTAGGAACACACAAGGGCTATTTTAGTGTTAATTTGAACA
s rheMac2.chr3  165934305 72 - 196418989 TCTTAGGGGTGTACTCTAGGGACCTTGTTTTTGTAGGAACACACAAGGGCTATTTTAGTGTTAATTGGAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120867 72 +  48394510 TCTTAGAGGTGGACTCTAGGGACCTTGTTTTTGTAGGAACACACAAGGGCTATTTTAGTGTTAATTTGAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16518828 72 +  46489110 TCTTAGAGGTGGACTCTAAGGACCTTGTTTTTGTAGGAACACACAAGGGCTATTTTAGTGTTAATTTGAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1139544.000000
s hg19.chr21     17791304 92 +  48129895 CATCAGAAGAGTTTACATCAGAATTTCAAAGAAACGTAGGAATCCTTGTTACCTTTAAATCTCAAATTTTCTCCATGATATAAAATATCAGT
s panTro2.chr21  16518900 92 +  46489110 CATCAGAAGAGTTTACATCAGAATTTCAAAGAAACGTAGGAATCCTTGTTACCTTTAAATCTCAAATTTTCTCCATGATATAAAATATCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16120939 92 +  48394510 CATCAGAAGAGTTTACATTAGAATTTCAAAGAAACGTAGGACTCCTTGTTACCTTCAAATCTCAAATTTTCTCCACGATATAAAATATCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934377 92 - 196418989 CATCAGAAGAGTTTACATTCGAATTTCAAAGAAACGTAGGAATCCTTGTTACCTTCAAATCTCAAACTTTCTCCATGATATAAAATATCAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=418304.000000
s hg19.chr21     17791396 51 +  48129895 CTTCTTTTAAAAGATCAGAAATTACCCCAATGACCAGATCCAAATGCTGAA
s rheMac2.chr3  165934469 51 - 196418989 CTTCATTTAAAAGATCAGAAATTACCCCAATGACCAGATCCAAATGCTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121031 51 +  48394510 CTTCTTTTAAAAGATCAGAAATTACCCCAATGACCAGATCCAAATGCTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16518992 51 +  46489110 CTTCTTTTAAAAGATCAGAAATTACCCCAATGACCAGATCCAAATGCTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=5567810.000000
s hg19.chr21     17791447 175 +  48129895 CAACAAACAGTCCAGATTTACCATGAGGAATAGGGTTAATATTTGCTCCCCAATGACAAATCCCAACCCGGAACAGATTTCAGCCAGGCAGCTAGCAAAGCTCGCGGGTGAACTGCACAGGCCATGGTGGGTGCAGAGCTCAGAGCCGGAAAGCAAACAGCTGCTGTAGCCTGAT
s panTro2.chr21  16519043 175 +  46489110 CAACAAACAGTCCAGATTTACCATGAGGAATAGGGTTAATATTTGCTCCCCAATGACAAATCCCAACCCGGAACAGATTTCAGCCAGGCAGCTAGCAAAGCTCGCGGGTGAACTGCACAGGCCATGGTGGGTGCAGAGCTCAGAGCCGGAAAGCAAACAGCTGCTGTAGCCTGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121082 175 +  48394510 CAACAAACAGTCCAGATTTACCATGAGGAATAGGGTTAATATTTGCTCCCCAATGACAGCTCCCAACCCGGAACAGATTTCAGCCAGGCAGCTAGCAAAGCTCGCGGGTGAACTTCACAGGCCATGGTGGGTGCAGAGCTCAGAGCCGGAAAGCAAACAGCTGCTGTAGCCTGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934520 175 - 196418989 CAACAAACAGTCCAGATTTACCATGAGGAATAGGGTTAATATTTGCTCCCCAATGACAAATCCCAACCCGGAACAGATTTCAGCCAGGCAGCTAGCAAAGCTCGCGGGTGAACTGCACAGGCCATGGTGGGTGCAGAGCTCAGAGCCGGAAAGCAAACAGCTGCTGTAGCCTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1862953.000000
s hg19.chr21     17791622 31 +  48129895 TTGAGTTAAAATAGTGTGAGTGTTTAGTCTG
s panTro2.chr21  16519218 31 +  46489110 TTGAGTTAAAATAGTGTGAGTGTTTAGTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121257 31 +  48394510 TTGAGTTAAAATAGTGTGAGTGTTTAGTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934695 31 - 196418989 TTGAGTTAAAATAGTGTGAGTGTTTAGTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=7939882.000000
s hg19.chr21     17791653 152 +  48129895 GCGCACGGCTTCAGGGGAGATTGGCAGCTGGGTCAAACAAAGTCCTTCCATTGGCTCCCTTCCCAGGCAGCTTCTGCTAGtgtttaggtactagtgcagtgtagaacccttttctcaggcaaaacctaacatctgaccgcaCCCTTTTTGCT
s panTro2.chr21  16519249 152 +  46489110 GCGCACGGCTTCAGGGGAGATTGGCAGCTGGGTCAAACAAAGTCCTTCCATTGGCTCCCTTCCCAGGCAGCTTCTGCTAGTGTTTAGGTACTAGTGCAGTGTAGAACCCTTTTCTCAGGCAAAACCTAACATCTGACCGCACCCTTTTTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121288 152 +  48394510 GCGCACGGCTTCAGGGGAGATTGGCAGCTGGGTCAAACAAAGTCCTTCCATTGGCTCCCTTCCCAGGCAGCTTCTGCTAGtgtttaggtactagtgcagtgtagaacccttttctcaggcaaaacctaacatctgaccgcaCCCTTTTTGCt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934726 152 - 196418989 GCGCACGGCTTCAGGGGAGATTGGCAGCTGGGTCAAACAAAGTCCTTCCATTGGCTCCCTTCCCAGGCAGCTTCTGCTAGTGTTTAGGTACTAGTGTAGTGTAGAACCCTTTTCTCAGGCAAAACCTAACATCTGACCGCACCCTTTTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=140845.000000
s hg19.chr21     17791805 17 +  48129895 ATTAAAAAAAAAAAAAA
s rheMac2.chr3  165934878 17 - 196418989 ATTTaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 17
s ponAbe2.chr21  16121440 17 +  48394510 attaaaaaaaaaaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 I 3
s panTro2.chr21  16519401 17 +  46489110 ATTaaaaaaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 I 8

a score=1984156.000000
s hg19.chr21     17791822 85 +  48129895 GCTTCTA-TTTTTTTCCTGCTGTCGATAAGATAAATTCTCCAGTAGACAACCTCTCCCACTAATTGTGTATTAGCAACGTATTTTA
s panTro2.chr21  16519426 85 +  46489110 GCTTCTA-TTTTTTTCCTCCTGTCGTTAAGATAAATTCTCCAGTAGACAACCTCTCCCACTAATTGTGTATTAGCAACGTATTTTA
i panTro2.chr21 I 8 C 0
s ponAbe2.chr21  16121460 85 +  48394510 GCTTCTA-TTTTTTTCCTCCTTTCGTTAAGATAAATTCTCCAGTAGACAACCTCTCTCACTAATTGTGTATTAGCAACGTATTTTA
i ponAbe2.chr21 I 3 C 0
s rheMac2.chr3  165934912 86 - 196418989 GCTTCTATTTTTTTTCCTCCTTTCGTTAAGATAAATTCTCCAGTAGACAACCTCTCCCACTAATTGTGTATTAGCAACGTATTTTA
i rheMac2.chr3  I 17 C 0

a score=3892966.000000
s hg19.chr21     17791907 97 +  48129895 TCTTGAGAGCTTGTACACTGGGCTCTCAACGTGGTGTGGAAGGTAGCCTGTTACAGTGCTGGATTCATAAAAGGGCCTTTATGGTTTGTGAAAGAAT
s panTro2.chr21  16519511 97 +  46489110 TCTTGAGAGCTTGTACACTGGGCTCTCAACGTGGTGTGGAAGGTAGCCTGTTACAGTGCTGGATTCATAAAAGGGCCTTTATGGTTTGTGAAAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121545 96 +  48394510 TTTTGAGAGC-TGTACACTGGGCTCTCAACGTGGTGTGGAAGGTAGCCTGTTACAGTGCTGGATTCATAAAAGGGCCTTTATGGTTTGTGAAAGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165934998 97 - 196418989 TCTTGAGAGCTTGTACACTGGGCTCTCAACGTGGTGTGGAAGGTAGCCTGTTACAGTGCTGGATTCATAAAAGGGCCTTTATGGTTTGTGAAAGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3372272.000000
s hg19.chr21     17792004 86 +  48129895 ATCTGTGTGCTTAGGGAGGAAAC-TTTTTGATCTGCAGAAAAGCC----AGAAGACATCTAGGT-AAGGCTACGATATCAAATCTACTTTTT
s panTro2.chr21  16519608 86 +  46489110 ATCTGTGTGCTTAGGGAGGAAAC-TTTTTGATCTGCAGAAAAGCC----AGAAGACATCTAGGT-AAGGCTACGATATCAAATCTACTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121641 92 +  48394510 ATCTGTGTGCTTAGGGAGGAAACTTTTTTGATCTGCAGAAAAGCCAGAAAGAAGACATCTAGGTAAAGGCTGCGATATCAAATCTGCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165935095 86 - 196418989 ATCTGTGTGCTTAGGAAGGAAAC-TTTTTGATCTGCAGAAAAGCC----AGAAGACATCTAGGT-AAGACTGCGATATCAAATGTACTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=77172.000000
s hg19.chr21     17792090 25 +  48129895 TGGGGGAAAGTT-GGGCAGTGAGACT
s panTro2.chr21  16519694 25 +  46489110 TGGGGGAAAGTT-GGGCAGTGAGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121733 26 +  48394510 TGGGGGAAAGTTGGGGTGGTGAGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165935181 25 - 196418989 TTGGGGAAAATT-GGGCAGTGAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=189803.000000
s hg19.chr21     17792115 22 +  48129895 GCTT--AATCGCAACCAAT-GTGAG
s panTro2.chr21  16519719 22 +  46489110 GCTT--AATCGCAACCAAT-GTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121759 25 +  48394510 GCTTTAATTCGTAACCCATGGTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165935206 22 - 196418989 GCTT--CATCGCAACCAGT-GTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=460457.000000
s hg19.chr21     17792137 24 +  48129895 TTTAGAGGGTGCATGTTCACTTTT
s panTro2.chr21  16519741 24 +  46489110 TTTAGAGGGTGCATGTTCACTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16121784 24 +  48394510 TTTAGAGGGTGCATGTTCACTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 M 332
s rheMac2.chr3  165935228 24 - 196418989 TTTAGAGGGTGCATGTTCACTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1322048.000000
s hg19.chr21     17792161  75 +  48129895 GTAGAAGTTCAAAATGTACTGACGATTGTTTGCTTATTTTTTGTTTGTTTGTTTAAATCTTAAAGGAATACTGTC
s rheMac2.chr3  165935252  75 - 196418989 GTAGAAGTTCAAAATGTACTGACGATTGTTTGCTTATTTTTTGTTTGTTTGTTTAAATCTTAAAGGAATACTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16519765  75 +  46489110 GTAGAAGTTCAAAGTGTACTGACGATTGTTTGCTTATTTTTTGTTTGTTTGTTTAAATCTTAAAGGAATACTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16121808 332 +  48394510 M

a score=478021.000000
s hg19.chr21     17792236  32 +  48129895 GTCTGCGTTTTTACGATTTTGTTTTCTTCTAT
s rheMac2.chr3  165935327  32 - 196418989 GTCTGCATTTTTACAATTTTGTTTTCTTCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16519840  32 +  46489110 GTCTGCATTTTTACGATTTTGTTTTCTTCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16121808 332 +  48394510 M

a score=1042765.000000
s hg19.chr21     17792268 59 +  48129895 TGAACCCATTACAGTGGATATAGAGTTTTATTATATAGCGAAATCTTTGTAAACTGCCA
s panTro2.chr21  16519872 59 +  46489110 TGAACCCATTACAGTGGATATGGAGTTTTATTATATAGCGAAATCTCTGTAAACTGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165935359 59 - 196418989 TGAACCGATTACAGTGGATATAGAGTTTTATTATATAGCGAAATCTTTGTAAACTGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122148 33 +  48394510 --------------------------TTTATTATATAGCGAAATCTTTGTAAACTGCCA
i ponAbe2.chr21 M 332 C 0

a score=2031312.000000
s hg19.chr21     17792327 65 +  48129895 CAGAAAGAAAG-TGTTATTTAGAAGGGAAATTGACAAGTTTTAAAGAGTAATTGTACAATCATTTG
s panTro2.chr21  16519931 65 +  46489110 CAGAAAGAAAG-TGTTATTTAGAAGGGAAATTGACAAGTTTTAAAGAGTAATTGTACAATCATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122181 66 +  48394510 CAGAAAGAAAGTTGTTATTTAGAAGGGAAATTGACAAGTTTTAAAGAGTAATTGTACAATCATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165935418 65 - 196418989 CAGAAAGAAAG-TGTTATTTAGAAGGGAAATTGACAAGTTTTAAAGAGTAATTGTACAATCATTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1404897.000000
s hg19.chr21     17792392 40 +  48129895 AGGACAGAGGAACACTGCATTATACTAATAAGGGTTTAAT
s panTro2.chr21  16519996 40 +  46489110 AGGACAGAGGAACACTGCATTATACTAATAAGGGTTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122247 40 +  48394510 AGGACAGAGGAACACTGCATTATACTAATAAGGGTTTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165935483 40 - 196418989 AGGACAGAGGAACACTGCATTATACTAATAAGGGTTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385498.000000
s hg19.chr21     17792432 15 +  48129895 TACCAAAAAAAGTTT
s rheMac2.chr3  165935523 15 - 196418989 TACCAAAAAAAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122287 15 +  48394510 TACCAAAAAAAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16520036 15 +  46489110 TACCAAAAAAAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=8876129.000000
s hg19.chr21     17792447 205 +  48129895 AATGTTGCTTTGGAAGGAATATTAAGTAAGTTGTCTTTGTCTCTTACTTTTTAATTTTAGTCGCTGATTTAGCCTGTTGGGTCACATTTTTTGTTAGTGCTGAAGGCTGCCATGAATCCGTAATGAGGCCCCTTTGCACATGATTTTGGCACTTGGCCAAAATCAACTTCCCAGCGGCAAGCTTTCTCTAAAGAACCTGGAGCAA
s panTro2.chr21  16520051 205 +  46489110 AATGTTGCTTTGGAAGGAATATTAAGTAAGTTGTCTTTGTCTCTTACTTTTTAATTTTAGTCGCTGATTTAGCCTGTTGGGTCACATTTTTTGTTAGTGCTGAAGGCTGCCATGAATCCGTAATGAGGCCCCTTTGCACATGATTTTGGCACTTGGCCAAAATCAACTTCCCAGCGGCAAGCTTTCTCTAAAGAACCTGGAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122302 205 +  48394510 AATGTTGCTTTGGAAGGAATATTAAGTAAGTTGTCTTTGTCTCTTACTTTTTAATTTTAGTCGCTGATTTAGCCTGTTGGGTCACATTTTTTGTTAGTGCTGAAGGCTGCCATGAATCCGTAATGAGGCCCCTTTGCACATGATTTTGGCACTTGGCCAAAATCAACTTCCCAGCGGCAAGCTTTCTCTAAAGAACCTGGAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165935538 205 - 196418989 AATGTTGCTTTGGAAGGAATATTAAGTAAGTTGTCTTTGTCTCTTACTTTTTAATTTTAGTCGCTGATTTAGCCTGTTGGGTCACATTTTTTGTTAGTGCTGAAGGCTGCCATGAATCCATAATGAGGCCCCTTTGCACATGATTTTGGCACCTGGCCAAAATCAACTTCCCAGCGGCAAGCTTTCTCTAAAGAACCTGGAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-35722.000000
s hg19.chr21     17792652 26 +  48129895 tttctttctttttttttttttttt---tA
s rheMac2.chr3  165935743 29 - 196418989 tttctttctttctttctttttttttttTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122507 23 +  48394510 TTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTC------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16520256 20 +  46489110 TTTCTTTTTTTTTTTTTTTT---------
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1351514.000000
s hg19.chr21     17792932 53 +  48129895 AAGGTTTTTCAAAACACTACAGGATAAATAACAAATGAATTCTTAAAACTGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122784 53 +  48394510 AAGGTTTTTCAAAACACTACAGGATAAATAACAAATGAATTCTTAAAACTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2204947.000000
s hg19.chr21     17792985 61 +  48129895 AATCTCTGTAAGTAATACTCAGTGAACAGTAAGTAATGGAGTTTTCTAGAAGTTTCATCGT
s panTro2.chr21  16520583 61 +  46489110 AATCTCTGTAAGTAATACTCAGTGAACAGTAAGTAATGGAGTTTTCTAGAAGTTTCATCGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122837 61 +  48394510 AATCTCTGTAAGTAATACTCAGTGAACAGTAAGTAATGGAGTTTTCTAGAAGTTTCATCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936080 61 - 196418989 AGTCTCTGTAAGTAATACTCAGTGAACAGTAAGTAATGGAGTTTTCTAGAAGTTTCGTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=551549.000000
s hg19.chr21     17793046 49 +  48129895 GCGCGCAATTAAGCTTAACATTTTTATAGTGTTTTTGTCTATGTTAAAA
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s ponAbe2.chr21  16122898 49 +  48394510 GTGCGCAATTAAGCTTAACATTTTTATAGTGTTTTTGTCTGTGTTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936141 49 - 196418989 GCGCGCAATTAAGCTTAACGTTTTAATAGTGTTTTTGTCTATGTTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1045559.000000
s hg19.chr21     17793095 192 +  48129895 GGTAGCATTTGGGATTTTTAAAAATGTCAGCATTTGCTATATAATTTTAAAAACGTATTAACACCTTGATATTATTTCTAACAAATGTTTTAATAGAAATGCTTGGTATATAAACATGGCTGAATAACTTTTAAGTAATTGTGTTTAATTGCTGTTTTGCAATAAAAGGATAATTTTTCATGAAATAAATTT
s rheMac2.chr3  165936190 190 - 196418989 TGTAGCATTTGGGATTTTT-AAAATGTCAGCATTTGTTATATAATTTTAAAAACTTATTAACACCTTGATATTATTTCTAACAAATGTTTTAATAGAAATGCTTGGTATATAGACATGGCTGAATAGC-ATTAAGTAATTGTGTTTAATTGCTGTTTTGCAATAAAAAGATAATTTTTCATGAAAGAAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16122947 192 +  48394510 TGTAGCATTTGGGATTTTTAAAAATGTCATCATTTGTTGTATAATTTTAAAAACGTATTAACACCTTGATATTATTTCTAACAAATGTTTTAATAGAAATGCTTGGTATATAAACATGGCTGAATAACTTTTAAGTAATTGTGTTTAACTGCTGTTTTGCAATAAAAAGATAATTTTTCATGAAATAAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16520693 192 +  46489110 GGTAGCATTTGGGATTTTTAAAAATGTCAGCATTTGTTATATAATTTTAAAAACGTATTAACACCTTGATATTATTTCTAACAAATGTTTTAATAGAAATGCTTGGTATATAAACATGGCTGAATAACTTTTAAGTAATTGTGTTTAATTGCTGTTTTGCAATAAAAAGATAATTTTTCATGAAAGAAATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=278076.000000
s hg19.chr21     17793287 78 +  48129895 TGAAGCTCAAAGGTACTTAACATCCAATTTCTGGAACTGTTATTAATTTTGATATTACTATAACTGAATTTTGTTCTG
s panTro2.chr21  16520885 78 +  46489110 TGAAGCTCAAAGGTACTTAACATCCAATTTCTGGAACTATTATTAATTTTGATATTACTATAACTGAATTTTGTTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16123139 77 +  48394510 TGAAGCTCAAAGGTACTT-ACATCCAGTTTCTGGAACTATTATTAATTTTGATGTTACTATAACTGAATTTTGTCCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936380 77 - 196418989 TGAAGCTCAAAGGTACTT-ACATCCCATATCTGGAACTATTATTAATTTTGATATTACTATAACTGAATTTTGTTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=504501.000000
s hg19.chr21     17793365 49 +  48129895 TAAGCCAATTTTATACTCTAGTGTTTTAAGAGTTAAATTCACGAGTGGC
s panTro2.chr21  16520963 49 +  46489110 TAAGCCAATTTTATACTCTAGTGTTTTAAGAGTTAAATTCACGAGTGGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936457 49 - 196418989 TAAGCCAATTTTATACTCTAGTGTTTTAAGAGTTAAATTCACGAATGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17793414 28 +  48129895 AATGAAATACTATAGCAATCAAATATTA
s panTro2.chr21  16521012 28 +  46489110 AATGAAATACTATAGCAATCAAATATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16123265 28 +  48394510 AATGAAATACTATAGTAATCAAATATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936506 28 - 196418989 AATGAAATACTATAGTAATCAAATATTA
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s hg19.chr21     17793442 26 +  48129895 ACACCTCAAA-TTTTCTATAGCCATTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936534 27 - 196418989 ACACCTCAGATTTTTCTATAGCCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=221867.000000
s hg19.chr21     17793468 104 +  48129895 TCAATAATATCTTTAGACATTAAACATAGGTACTCTACAGAATAATTAGAAGTAGAAAAGTGTAATATCAGTTGCTCTATTTTGTTTTTTTAAAAGAAATTTTA
s panTro2.chr21  16521066 104 +  46489110 TCAATAATATCTTTAGACATTAAACATAGGTACTCTACAGAATAATTAGAAGTAGAAAAGTGTAATATCAGTTGCTCTATTTTGTTTTTTTAAAAGAAATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16123319 104 +  48394510 GCAATAGCGTCTTTAGACATTAAACATAGGTACCCTACAGAATAATTAGAAGTAGAAAAGTGTAATATCAGTTGTTCTATTTTGTTTTTTTAAAAGAAATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936561  99 - 196418989 TCAATAGTATCTTTAGACATTAAGCATGGGTACATTACAGAATAATTAAAAGCAGAAAAGTGTAATATTAGTTGCTCTA-----TTTTTTTAAAACAAATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=58099.000000
s hg19.chr21     17793572 77 +  48129895 TTATCACTATCGTAAATACTATTATGCCTTGTGTGTTAATCTGTAGTAATCCAGAGTGCAACTTTATTTTACTAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16123423 77 +  48394510 TTATCACTATCATAAATACTATTATGCCTTGTGTGTTAATCTGTAGTAATCCAGAGTGCAACTTTATTTTACTAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936660 77 - 196418989 TTATCACTATCATAAATGCTATTATGCCTTGTGTGTTAATCTGTAGTAATCCAGAGTGCAACTTTATTTTACTAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=410202.000000
s hg19.chr21     17793649 38 +  48129895 ACAGTCATATTTCTCTTTAAAATATTGATGAGAATCAG
s panTro2.chr21  16521247 38 +  46489110 ACAGTCATATTTCTCTTTAAAATATTGATGAGAATCAG
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s ponAbe2.chr21  16123500 38 +  48394510 ACAGTCATATTTCTCTTTAAAATATTGATGAGAATCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936737 38 - 196418989 ACAGTCATATTTCTCTTTAAAATATTGATGGGAATCAG
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s hg19.chr21     17793687 48 +  48129895 ATACATTATTTTTTAAGAGTGACCTAATTAAGAGATTTCTTAATAGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936775 48 - 196418989 ATATATTATTTTTTAAGAGTGACCTAATTAAGAGATTTCTTACTAGGC
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a score=41468.000000
s hg19.chr21     17793735 52 +  48129895 ATGTTTATTCTGTATTTGTCTTCCCTTTACAGTATAGAATATTGCAAATTTT
s panTro2.chr21  16521333 52 +  46489110 ATGTTTATTCTGTATTTATCTTCCCTTTACAGTATAGAATATTGCAAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16123586 52 +  48394510 ATGTTTATTCTGTATTTATCTTCCCTTTACAGTATAGAATATTGTGAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936823 51 - 196418989 ATGTTTATTCTGTATTTATCTCCCCTTTAC-GTATAGAATATTGCTAATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=842470.000000
s hg19.chr21     17793787 199 +  48129895 GGTGATAGAAAAAATCATATTAATTTTAGGTAAATTTTAGGATTAGAAATTGCCTCCTGATTTCCTTCAGGTCATTTTTTGTAAATATACAATTTATATTTGTTTTGCTGTGGACCAAATTATGATACTGTAAAAACCTTGCTATTAGTTTAACCGAGGAATGGAGTGTTTGGAATTTTCATACTAGTCAACATTAAAA
s panTro2.chr21  16521385 198 +  46489110 GGTGATAGAAAAAATCATATTAATTTTAGGTAAATTTTAGGATTAGCAAATGCCTCCTGATTTCCTTCAGGTCATTTTT-GTAAATATACAATTTATATTTGTTTTGCTGTGGACCGAATTATGATACTGTAAAAACCTTGCTATTAGTTTAACCGAGGAATGGAGTGTTTGGAATTTTCATACTAGTCAACATTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16123638 198 +  48394510 GGTGATAGAAAAAATCATATTAATTTTAGGTAAATTTTAGGATTGGAAAATGCCTCCTGATTTCCTTCAGGTCATTTTT-GTAAATATACAATTTATATTTGTTTTGCTGTGGACTGAATTATGATACTGTAAAAACCTTGCTATTAGTTTAACCGAGGAATGGAGTGTTTGGAATTTTCATACTAGTTAACATTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165936874 198 - 196418989 GGTGATAGAAAAGATCATATTAATTTTAGGTAAATTTTAGGATTAGAAAATGTCTCCTGATTTCCTTCAGGTCATTTTT-GTAAATATACAATTTATATTTGCTTTCCTGTGGACTGAATTATGATACTGTAAATACCTTGCTATTAGTTTAACCAAGACATGGAGTGTTTTGAATTTTCATACCAGTCAACATTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-405895.000000
s hg19.chr21     17793986 27 +  48129895 GCCATAGAAGTTATAAATTGTTATTAA
s panTro2.chr21  16521583 27 +  46489110 TCCACAGAAGTTATAAATTGTTATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16123836 27 +  48394510 TCCATACAAGTTATAAATTGTTATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165937072 27 - 196418989 TCCGTAGAAGTTATAAATTGTTATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=223829.000000
s hg19.chr21     17794013 28 +  48129895 TAGAAATTTACCTAGATAAGGTCTCTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165937099 28 - 196418989 TAGAAATTTACCTAGATAAGTTCTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175973.000000
s hg19.chr21     17794041 19 +  48129895 GTATGTGAGTTTACAGCTG
s rheMac2.chr3  165937127 19 - 196418989 GTATGTGAGTTTACAGCTG
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a score=633208.000000
s hg19.chr21     17794060 185 +  48129895 AATTCTTATTTAATGTAATCTTTGTAATTTATATAAAAGCAGTTAATAAAGGTAAATATTTCAAAACTTGGATTAAAAACCAAACATTTTCACATTTATTATCATGAAACAGGTGCAGGAAAAATAAGATAGCTTCTCTTGTTGAGCATGATTCTCACttaaaaattaattttgaattcaatttt
s panTro2.chr21  16521657 185 +  46489110 AATTCTCATTTAATGTAATCTTTGTAATTTATACAAAAGCAGTTAATAAAGGTAAATATTTCAAAACTTGGATTAAAAACCAAACATTTTCACATTTATTATCATGAAACAGGTGCAGGAAAAATAAGATAGCTTCTCTTGTTCAGCATGATTCTCACTTAAAAATTAATTTTGAATTCAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16123910 185 +  48394510 AATTCTCATTTAATGTAATCTTTGTAATTTATATAAAAGAAGTTAATAAAGGTAAATATTTCAAAACTTGGATTAAAAACCAAGCATTTTCACATTTATCATCACGAAACAGGTGCAGGAAAAATAAGATAGCTTCTCTTGTTCAGCATGATTCTCACttaaaaattatttttgaattcaatttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165937146 185 - 196418989 AATTCTCATTTAATGTAATCTTTGTAATTTATATAAAAGAAGTTAATAAAGGTAAATGTTTCAAAACTTGGATTAAAACCCAAACATTTTCACATTTATTATCACGAAACAGGTGCAGGAAAAATAAGATAGCTTCTCTTGTTCAGCATGATTCTCAGTTAAAAGttattttttaattcaatttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-267297.000000
s hg19.chr21     17794245 143 +  48129895 aattttaattttaGCTCTTACACACATCTTCTGTTTTTATTTTTTGATTATTTTGAATCAGTTGTTGTACTTAGCATTTGAAATTGATAGATTATTTTTCTAATATTTACTAAGAAATGTTTTAACTGAAAATTATAGGGTAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16124095 143 +  48394510 aattttaattttaGCTCTTACACACATCTTCTGTTTTTATTTTTTGATTAGTTTGAATCAATTGTTGTACTCAACATTTGAAATTGATAGATTATTTTTCTAATATTTACTAAGAAATGTTTTAACTGAAAATTATAGGGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165937331 143 - 196418989 aattttaattttaGCTCTTACACACATCTTCTGTTTTTATTTTTTGATTATTTTGAATCAACTGTTGTATTTAGCATTTGAAATTGATAGATTATTTTTCTAATATTTACTAAGAAATGTTTTAACTGAAAATTATAGGGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=298280.000000
s hg19.chr21     17794388 53 +  48129895 TCTTTGTTAATCAGAGCCCATAGCAAAGTAAATGCCATCAAATATAGAACTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16524482 293 +  46489110 TATTTTTACAAGGAGAGAGGAGTTACACACTCATTCTTGTT--------CACTGGAGGATCTGTGATAGCGTTTCCTTGGCAGAAGCAGGGTTCTTCTCTGTATAGTGATTTTTT-TTAAATCCCTGTTTAGGTAGTTCAGCTCGTTCAGCTGGACAAATCAGCATTATAACCAAGCTGACTCAGCCTTAGCAAGGATCACTAGTTTTTCATTTTGCCCTAAACCTGGGCATTTTCCTGAAGAATATGGACAATTGTGCATGAAAGGTCAAGTTGCTAAAAATTATAGAACATGCATGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16127049 153 +  48394510 ACTTACGAGTTACTAAGTTGTGTTTTGTGTTCAAAATAGTATATATAAATACATGTTTTGTGTACAGAATATTTAAACAGTGATAGAAACAGTTGTTCTGAAATTTAAGTTATGGGATTGGCTCTATTCCAATTCTACTTGAGATGTCATCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16127485 51 +  48394510 tgccaggactggagtgtagtggctattcacaggtgtgatcatggcccatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16127665 143 +  48394510 TAAAACATCTTTGGTTGTCAGGAAATGAATCAATGATATAGAAACAAACAATGATTTGTAATCTTGGCAGATAAACAGAGAAATAATCAGTTCAGAATATTTATGGAATGATAACATTTTCCTGTTGATATATTTTTGTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16128473 46 +  48394510 TTAATGCTTATGAGTACCTGGTACAATTTTCATTTAGGTGGCAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16128519 78 +  48394510 GAGCCATTAACGTATTGGAAATTATAATAAGACCAAAACTTACAATGGGTTTGAAAAAATTGACTAGTATGTGTGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165941716 78 - 196418989 GAGCCATTAAGGTATTGCAAATTATAATAAGACCAAAACTTACATTGAGTTTGAAAAAATTGATTAGTATGTGTGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=723125.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165942171 63 - 196418989 TGATCTTGACTAAGTTTTCTTGGGCTTGAAATAGGCTTTTCTTTGCAGCCAGGAATAGCCAAG-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165942262 160 - 196418989 GTAGATAGTTAAATGAATAAGGGGAGGTAAAAAGTGGGGGCATTCCATTGGAATAGAGAATTAAAGAGCTTTTACCCTACATAAGCTCAGAAATTTATCATTAAAGAATCCACAACAGTTTTCAAAGCGCACTACTGAAAGTATTGCCACAACAGTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16129206 235 +  48394510 AAAGCGCACTACTGAAAGAATTTCAAAAATTTGACCTTGGAAGTAATTAGAAAACTGACACGTTAGTTTTGAGTATGATGG-TAGAACAGTTTATCCTATGTAAGAAGTTCTTTCAAGTGATTGACTCCTGCCCTTGAAAGCATTATCCATGGCCCGTGATTGATGGACTTGTTTaggacctatgcagagtgcttcatatatctcatctcagtcctctaaataaccatgaaagttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17799981 33 +  48129895 AAAAA-CAGATAATATCCATGAACAAAGGTTCTA
s rheMac2.chr3  165943063 33 - 196418989 taataata-ataataTCCATAAACAAAGGTTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16527575 34 +  46489110 aaaaaaCAGATAATATCCATGAACGAAGGTTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=20770.000000
s hg19.chr21     17800014 17 +  48129895 T----AATGTGAGTCTCTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=853486.000000
s hg19.chr21     17800031 85 +  48129895 GCACATCAGTGGCTTAAAATAATGAGTAGTGGAATAGCATAATAGGGGGAAATACCTCTCAGACAGGAAATTGCACTAGCTTGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=489352.000000
s hg19.chr21     17800116 48 +  48129895 TTGTCAACATATACATTACTATACCCAGAGACATACAAGAGTTAGAGA
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a score=591116.000000
s hg19.chr21     17800164 76 +  48129895 CTCACGGTGAGTTTTCACTGTGGCCATCTGTGCCATCCCGTGCAGGACTCTACTGTGGCATTCCACAAAAGCAAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=798974.000000
s hg19.chr21     17800240 92 +  48129895 CCTCAGAAGCCTTCTCAAAGTGCTTAACTGCCTTGAAACAGGTGTTTCTCACTAGACAACAATGTCCGTTTACTTTAAAATTCAGAATTTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16130113 92 +  48394510 CCTCAGAAGCCTTCTCAAAGTGCTTAACTGCCTTGAAACAGGCGTTTCTCACTAGACAGCAATGTCCGTTTACTTTAAAATTCAGAATTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165943326 92 - 196418989 CCTCAGAAGTCTTCTCAAAGTGCTTACCTGCCCTGAAACAGGTAGTTCTCACTAGAAAACAATGTCTGTTTACTTTAAAATTCAGAATTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=505060.000000
s hg19.chr21     17800332 59 +  48129895 CCATATCACATGCTTGTGAAGAAAGAAATTTGAACTCTATTATAGTCTAGTTGTTGGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=288253.000000
s hg19.chr21     17800391 23 +  48129895 ATTGTTATAAAAATTAGATTTCT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  16130780 38 +  48394510 TTACCCATAAGTTACTGTTTCTGTAAATGCACACTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16130818 47 +  48394510 AAAATGTCTAGTATGTAATTTCATTCTTGATGTATATTGTAGGGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16130966 33 +  48394510 TTTAAATGAAAGTTTCtaagatgcatgattctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165944177 33 - 196418989 TTTAAGTAAAAGTTTCtgagatgcatgatattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16528723 228 +  46489110 aagcatacatctggatgaatgtcttacatatgcatccatatgtagttatatacattcatacatcttctcccagataccagaatataaaaatttcagcactccataggactctctcatccccatctgacacctgtcaccatatatattaggtttaccagtctttgatttcatataaatagaattgcacagtatgtatatatttttgtctggcttacgttactcaatatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165944210 228 - 196418989 aagcatacatctggatgaaagttttacatattcatacatatgtagttatatgcattcatacgtcttctcccagatatcagaatataaaaatttcagcactccataggactctctcatccccatctgacacctgtcaccatatatgttaggtttaccagtctttgatttcatataaatagaattgcacagtatgtatatatttttgtctggcttatgttactcagtgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=415913.000000
s hg19.chr21     17801353 79 +  48129895 ttgtccatgtgattttcccatcttgcatatattggttggttgttcttttttgctttgcagtatttatttgtgtgattat
s panTro2.chr21  16528951 79 +  46489110 ttgtccatgtgattttcccatgttgcatatattggttggttgttcttttttgctttgcagtatttatttgtgtgattat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16131227 79 +  48394510 ttgtccatgtgattttcccatgtcgcatatattggttggttgttcttttttgctttgtagtatttatttgtgtgattat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=128659.000000
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s panTro2.chr21  16529030 58 +  46489110 ggcacaattttaatctattgtgctgtgttagtacacttgttgggtgttttcagttGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16131306 58 +  48394510 ggcacaattttaatctattctactgtgttagtacactttttggttgttttcagttGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165944517 58 - 196418989 ggcacaattttaatctattctactgggttagtacactttttggttgttttcagttgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=208068.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16131364 52 +  48394510 TGTTCATGTAATTTTTTAAATGCAGATCCGGTACCAAAAATATAGTAGTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165944575 52 - 196418989 tgTTTACATAATTTTTTAAATGCAGAACCGGTACCAAAAATATAGTAGTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17801542 40 +  48129895 TTGTTTTCTTTAATAGATGAAATATAAAACTAGAATCACT
s panTro2.chr21  16529140 40 +  46489110 TTGTTTTCTTTAATAGATGAAATATAAAACTAGAATCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16131416 40 +  48394510 TTGTTTTCTTTAATAGATGAAATATAAAATTAGAATCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165944627 40 - 196418989 TTGTTTTCTTTAATAGATTAAATATAAAAATAGAATCACT
i rheMac2.chr3  C 0 I 295

a score=152440.000000
s hg19.chr21     17801582  37 +  48129895 TTAATTAAAGTACTACAGGCAGTTATTGCTTTACATG
s panTro2.chr21  16529180  37 +  46489110 TTAATTAAAGTACTACAGGCAGTTATTGCTTTACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=142948.000000
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s panTro2.chr21  16529217  39 +  46489110 GTCCCATGCTAACTGAAATTCATTTATATTTGAACTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16131493  39 +  48394510 GTCCCATGCTAATTGAAATTCATTTATATTTCAACTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=194304.000000
s hg19.chr21     17801658  71 +  48129895 AAAAGTGATAACTCAGTATTTCTGAGTTATCTATGAAAAAAAATCCTGGAAAAAAGAATTAGTATGTGTTA
s panTro2.chr21  16529256  70 +  46489110 AAAAGTGATAACTCAGTATTTCTGAGTTATCTATGAAAAAAA-TCCTGGAAAAAAGAATTAGTATGTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16131532  68 +  48394510 AAAAGTGATGA--CAATATTTCTGAGTTATCTATGAAAAAAA-TCCTGGAAAAAAGAATTAGTGTGTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=130252.000000
s hg19.chr21     17801729  37 +  48129895 TCCTAAGTAGATGCTGAAGAACCAGTCCTGCAATATT
s ponAbe2.chr21  16131600  37 +  48394510 TCCTAAGTAGATGCTGAAGAACCAGTCCTGCAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=62599.000000
s hg19.chr21     17801766  53 +  48129895 TAAACTTTATCATCACCCATTTGCTCCTGTTATTTATTACATATATACAACTG
s ponAbe2.chr21  16131637  53 +  48394510 TAAACTTTATCATCACCCATTTGCTCCTGTTATTTATTACATATATACAACTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16529363  53 +  46489110 TAAACTTTATCATCACCCATTTGCTCCTGTTATTTATTACATATATACAACTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=6750.000000
s hg19.chr21     17801819  47 +  48129895 TAATTATAGTTTGGACCAAATATCCATGTAGTTAAACTCAGTTGTCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16529416  47 +  46489110 TAATTATAGTTTGGACCAAATATCCATGTAGTTAAACTCAGTTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=-63466.000000
s hg19.chr21     17801866 103 +  48129895 CTTTATTTTCTAAAACTCCTTCTGGATGGCAAAAATTTTCTGGTTTAAAGCAAAATAATTAAGCCATTGCGTTTTACATAGGATAGTTAGGGATGATTCTTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=-54190.000000
s hg19.chr21     17801969  11 +  48129895 Atttttttttt
s ponAbe2.chr21  16131840  11 +  48394510 Atttgtttgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16529566  11 +  46489110 Atttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=-2959.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

a score=31035.000000
s hg19.chr21     17802035 121 +  48129895 ggctggagtgcagtggcacgatctcggctcactgcaagctccgccccctgggttcacaccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccaccagcacgcccagct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165944667 295 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16133657 57 +  48394510 AGGAAGAAGCTGATTTA--AAAAAAAAGAAAATGTCTATTTACATTGAGCTTATCAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165946453 59 - 196418989 AGGAAGAAGCTGATTTTTTTTAAAAAAGAAAATGTCTATTTACATTGAACTTATCAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=439661.000000
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s panTro2.chr21  16531407 37 +  46489110 ATAGGTAGAGATCAAGAAGAAAACAAGTATGGAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16133714 37 +  48394510 ATAGGTAGAGATCAAGAAGAAAACAAGTATGGAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165946512 37 - 196418989 ATAGGTAGAGATCAAGAAGAAAACAAGTATAGAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=680018.000000
s hg19.chr21     17803869 58 +  48129895 CTTCAGGATATTTTAAAAGCACTTCCATTTAGGTATCCTTGACTAAATCTGTCAACTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=731444.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16133808 144 +  48394510 TGTATCCATTTTCTCATGAAGAAAGTATTGAACTTTTCACTAGAAGTACTTTTTTAAA-TTCCTCAGTTAAAACATGCCTGTTATTCTTTTTGTAATAATACTTAAGCAA-----TTTTAAAGATATACTACTTAGTTCATCCGTCTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165946607 146 - 196418989 TGTATCCATTTTCTCATGAACAAAGTGTTGAACTTTTCACTAGAAGTACTTCTTTTTA-TTCCTCAGTTAAAACATGCCTGTTATTCTTTTTG---TAATACTTAAGCAATTTTATTTTAAAGATATACCACTTAGTTCATCAGTCTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17804073 34 +  48129895 CTTGT----------------------------------------TTTTTTTTTTTTTTTGCAATTATGTGTTT
s panTro2.chr21  16531649 38 +  46489110 CTTCTG------------------------------------TTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAATTCTGTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16133952 26 +  48394510 CTTCG----------------------------------------------GTTTTTTTTGCAATTC--TGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165946753 74 - 196418989 CTTCCGGTTGTTTTTTAAAATTAtttatttattttattttattttattttattttattttGCAATTCTGTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17804107 55 +  48129895 GTTTCCTTTAATACAACTGCTAT-AAAAGCAATCATGTTCATGGAGAAATAAGTAT
s panTro2.chr21  16531687 55 +  46489110 GTTTCCTTTAATACAACTGCTAT-AAAAGCAATCATGTTCATGAAGAAATAAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16133978 55 +  48394510 GTTTCCTTTAATACAGCTGCTAT-AAAAGCAATCATGTTCATGAAGAAATAAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165946827 52 - 196418989 G----CTTTAATACAACTGCTATAAAAAGGAATCATGTTCATGAAGAAATAAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212188.000000
s hg19.chr21     17804162 48 +  48129895 AATTCATAAAACTAGCATGCCTTGCAGAGATACAAGTAAAAATATAGT
s panTro2.chr21  16531742 48 +  46489110 AATTCATAAAACTAGCATGCCTTGCAGAGATACAAGTAAAAATATAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134033 46 +  48394510 AATTCATAAAACTGGCATGCCTTGC--AGATAGAAGTAAAAATATAGg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165946879 47 - 196418989 AATTCATAAAACTAGCATGCCTTGCAGAGATACAAGT-AAAATATAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-442710.000000
s hg19.chr21     17804210 34 +  48129895 TGTGTGTGTGTGT------------------------------------TTATTTACTGAGATGAATTTA
s panTro2.chr21  16531790 54 +  46489110 tgtgtgtgtgtgt----------------gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTATTTACTGAGATGAATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134079 70 +  48394510 tgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTATTTACTGAGATGAATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165946926 52 - 196418989 TTtgtgtgtgtgt------------------gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtATTTACTGAGATGAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=186466.000000
s hg19.chr21     17804244 29 +  48129895 ATTCCTGGAGATTATTTTAAGCTTTGGAA
s panTro2.chr21  16531844 29 +  46489110 ATTCCTGGAGATTATTTTAAGCTTTGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134149 29 +  48394510 ATTCCTGGAGATTATTTTAAGCTTTGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165946978 29 - 196418989 ATTCCTGGAGATTATTTTAAGCTTTGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-68643.000000
s hg19.chr21     17804273 30 +  48129895 ATGATCTCTGGAGTAAAGaataatatattt
s panTro2.chr21  16531873 30 +  46489110 ATGATCTCTGGAGTAAAGaataatatattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134178 30 +  48394510 ATGATCTCTGGAGTAAAGAATAATATATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947007 30 - 196418989 ATGATCTCTGGAGTAAAGAACAATATATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=333081.000000
s hg19.chr21     17804303 65 +  48129895 cacttttttattaataataatttttattttGAAACATTGATATTTATAATCTGAAAAT-CCTATTT
s panTro2.chr21  16531903 65 +  46489110 cacttttttattaatagtaatttttattttGAAACATTGATATTTATAATCTGAAAAT-CCTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134208 65 +  48394510 CACTTTTTTATCAATAGTAATTTTTATTTTGAAACATTGATATTTATAATCTGAAAAT-CTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947037 66 - 196418989 CACTTTTTTATTAATAGTAATTTTTACTTTGAAACACTGATATTTATAATCTGAAAATATTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=126752.000000
s hg19.chr21     17804368 65 +  48129895 ATTT----GTTTGTTTGATATATACCAAGAAACAGTACATTGATAGGTGATCATTTTTTTCACTGTATT
s panTro2.chr21  16531968 69 +  46489110 ATTTATTTGTTTGTTTGATATATACCAAGAAACAGTACATTGATAGGTGATCATTTTTTTCACTGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134273 69 +  48394510 ATTTGTTTGTTTGTTTGATATAGACCAAGAAACAGTACGTTGATAAGTGATCATTTTTTTCACTGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947103 61 - 196418989 ATTTGTTTGTTTGTTTGATATAGACCAAGAAGCAATA---TGATAGGTGATC-TTTTATTCACTG----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464594.000000
s hg19.chr21     17804433  99 +  48129895 TATTTATTTTTGGTAAGAGAAAGTAAATTGATATTTAATTATGAAATAACTAAATATGTTTTTCTTTTGTCTAGACTAATTGTGAAGTGATAAAGTAC---A
s panTro2.chr21  16532037  99 +  46489110 TATTTATTTTTGGTAAGAGAAAGTAAGTTGATATTTAATTATGAAATAACTAAATATGTTTTTCTTTTGTCTAGACTAATTGTGAAGTGATAAAGTAC---A
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134342  99 +  48394510 TATTTATTTTTGGTAAGAGAAAGTAAATTGATATTTAATTATGAAATAACTAAATATGTTTTTCTTTTGTCTAGACTAATTGTGAAGTGATAAAGTAC---A
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947164 101 - 196418989 TATTTATTTTTGGTAAGAGAAAGTAAATTTATATTTAATTATGAAAAAACTAAATATG-TTTTCTTTTGTCTAGACTAATTGTGAAGGGATAAAGTACAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-4790.000000
s hg19.chr21     17804532 24 +  48129895 TTTCTTACCAAATATAACATTTTA
s panTro2.chr21  16532136 24 +  46489110 TTTCTTACCAAATATAACATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134441 24 +  48394510 TTTCTTACCAAATATAACATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947265 24 - 196418989 TTTCTTACCAAATATAACATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=203907.000000
s hg19.chr21     17804556 39 +  48129895 ATGCATAGAACTTACTATCTATAATAGCTATCTTACAGT
s panTro2.chr21  16532160 39 +  46489110 ATGCATAGAACTTACTATCTATAATAGCTATCTTACAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134465 39 +  48394510 ATGCATAGAACTTACTATCTATAATAACTATCTTACAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947289 35 - 196418989 ATGCATAGA----ACTATCTATAATAGCTATCTTACAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=818446.000000
s hg19.chr21     17804595 142 +  48129895 CATGATAGTTATTAAGGTAATTTATCAATAAGCCTTCTTTTGGACAGAAGGGATACATCTAATTTTTAAAAATTTCTCTTTGTCTTTTACTAAGAAAGCCTCATTTATAGAAAACCAAATGAGAATTCTGGTCATCATGGAC
s panTro2.chr21  16532199 142 +  46489110 CATGACAGTTATTAATGTAATTTATCAATAAGCCTTCTTTTGGACAGAAGGGATACATGTAATTTTTAAAAATTTCTCTTTGTCTTTTACTAAGAAAGCCTCATTTATAGAAAACCAAACGAGAATTCTGGTCATCATGGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134504 142 +  48394510 CATGATAGTTGTTAATGTAATTTATCAATAAGCCTTCTTTTGGACAGAAGGGATACATCTAATTTTTAAAAATTTCTCTTTGTATTTTACTAAGAAAGCCTCGTTTATAGAAAACCAAATGAGAATTCTGGTGATCATGGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947324 142 - 196418989 CTTGATAGTCATTAATGTAATTTATCAATAAGCCTTCTTTTGAACAGAAGGGATACATCTAATTTTTAAAAATTTGTCTTTGTCTTTTACTAAGGAAATCTCATTTACAGAAAACCAAATGAGAATTCTGTTCAACATGGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=243043.000000
s hg19.chr21     17804737 110 +  48129895 CCTAAGAGCTCTCAAATCCACTAAGAAAATTGCCATATGTGAAATATTCTCTTGCCCAGTTAGAACTATTCATTCATTGTAGGCTCTGATACCCATTTGATAAGAAATAA
s panTro2.chr21  16532341 110 +  46489110 CCTAAGAGCTCTCAAATCCACTAAGAAAATTGCCATATGTGAAATATTCTCTTGCCCAGTTAGAACTATTCATTCATTGTAGGCTCTGATACCCATTTGATAAGAAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134646 110 +  48394510 CCTAAGAGCTCTCAAATCCACTAAGAAAATCGCCATATGTGAAATATTCTCTTGCCCTGTTAGAACTATTCATTCATTGTAGGCTCTGATACGCATTTGATAAGAAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947466 110 - 196418989 CCTAAGAGCTCTCAAATCCACTAAGAAAATTACCATATGTGAAATATTCTCTTTCTCTGTTAGAACTATTCATTCGTTGTAGGCTCTGAAACCCATTTGATAAGAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107154.000000
s hg19.chr21     17804847 54 +  48129895 CATTCTGATGCATGGCTAATTTGAATCATATTTAAAAATTAAGTAAAATTTGAG
s panTro2.chr21  16532451 54 +  46489110 TATTCTGATGCATGGCTAATTTGAATCATATTTAAAAATTAAGTTAAATTTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134756 54 +  48394510 TATTCTGATGCATGGCTAATTTGAATCATATTTAAAAATTCAGTAAAATTTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947576 54 - 196418989 TATTCTAATTCATGGCAAATTTGAATCATATTTAAAAATTAAGTAAAATTTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=193838.000000
s hg19.chr21     17804901 45 +  48129895 CCATAAAGGATTAAAGAGATGTAGATTATCTCATTTT---GTAGCAGG
s panTro2.chr21  16532505 45 +  46489110 CCATAAAGGATTAAAGAGATGTAGATTATCTCATTTT---GTAGCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134810 45 +  48394510 CCATAAAGGATTAAAGAGATGTAGATTATCTCATTTT---GTAGCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947630 48 - 196418989 CCATAAAGGATTAAAGAGATGTAGATTATCTCATTTTATAATAGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-86970.000000
s hg19.chr21     17804946 30 +  48129895 AGATTTTTAAAATTTGATTACAAAGAAAAC
s panTro2.chr21  16532550 30 +  46489110 AGATTTTTAAAATTTGATTACAAAGAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134855 30 +  48394510 AGATTTTTAAAATTTGCTTACAAAGAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947678 30 - 196418989 AGATTTTAAAAATTTGATTACAAATAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=122547.000000
s hg19.chr21     17804976 58 +  48129895 CAAATACTCCTATAATAGGAAATGTTACAAAATTAACTGAGAATCGTTTTTACCCTAT
s panTro2.chr21  16532580 58 +  46489110 CAAATACTCCTATAATAGGAAATGTTACAAAATTAACTGAGAATCCTTTTTATCCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134885 58 +  48394510 CAAATACTCCTGTAATAGGAAATGTTACAAAATTAAGTGAGAATCCTTTTTACCCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947708 57 - 196418989 CAAATGCTTTTATAATAGGAAATGTTACAAAATTAACTGAGAA-CCCTTCTACCCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=251531.000000
s hg19.chr21     17805034 56 +  48129895 TTTGTTATTCTAGTCTCTGACTGGCGTGAAAAAGCTACTAGTTAAATGATTCAGGA
s rheMac2.chr3  165947765 55 - 196418989 GTTGTTATTCTAGTCTCTGACTGGTGTGAAAAAGCTA-TAGTTAAATGATTCAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134943 56 +  48394510 TTTGTTATTCTAGTCTCTGACTGGCGTGAAAAAGCTGCTAGTTAAATGATTCAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16532638 56 +  46489110 TTTGTTATTCTAGTCTCTGACTGGCATGAAAAAGCTACTAGTTAAATGATTCAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=270295.000000
s hg19.chr21     17805090 66 +  48129895 AAGAATAAGATAAACAAAGGGCATACACTGTCCATACACCGTAGTAGTTCCTAACTTCTCTCTGGA
s panTro2.chr21  16532694 66 +  46489110 AAGAATAAGATAAACAAAGGGCATACACTGTCCATACACCATAGTAGTTCCTAACTTCTCTCTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16134999 66 +  48394510 AAGAATAAGATAAACAAAGGGCGTACACTGTCCATACACCATAGTAGTTCCTAACTTCTCTCTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947820 66 - 196418989 AAGAATAAGATAAACAAAAGGCATACACTATCCATACACGATAGTAGTTCCTAACTTCTCTCTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=441281.000000
s hg19.chr21     17805156 110 +  48129895 ATAATTAAAATCAATTTACAGTCAGAGCAGTTAACCAGCTCTCAGTAGTCTTCCATGTAATGAATACACTTCTGTACCCTTATTAAAACACGATTTGTCAGTGCTTCTGT
s rheMac2.chr3  165947886 110 - 196418989 ATAATTAAAATCAATTTACAGTCCGAGCAGTTAACCAGCTCTCAGTTGTCTTCCATGTAATGAATACACTTCTGTACCCTTATTAAAACATGATTTGTCAATGCTTCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16135065 110 +  48394510 ATAATTAAAATCAATTTACAGTCAGAGCAGTTAACCAGCTCTCAGTAGTCTTCCATGTAATGAATACACTTCTGTACCCTTATTAAAACATGATTTGTCAGTGCTTCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16532760 110 +  46489110 ATAATTAAAATCAATTTACAGTCAGAGCAGTTAACCAGCTCTCAGTAGTCTTCCATGTAGTGAATACACTTCTGTACCCTTATTAAAACACGATTTGTCAGTGCTTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=209948.000000
s hg19.chr21     17805266 58 +  48129895 CCTCATGAAAATTATAGCTTGGTTGAGAATATTAAACAGAAATGAACCAACATGAG-AA
s panTro2.chr21  16532870 58 +  46489110 CCTCATGAAAATTATAGCTTGGTTGAGAATATTAAACAGAAATGAACCAACATGAG-AA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16135175 59 +  48394510 CCTCATGAAAATTATAGCTTGGTTGAGAATATTAAACAGAAATGAACCAACATGAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165947996 54 - 196418989 CTTCATGAAAATTATAACTTGGTTGGGAATATTAAACAGAAATGAACCAACATG-----
i rheMac2.chr3  C 0 I 1007

a score=122504.000000
s hg19.chr21     17805324   31 +  48129895 AAATGGAAAATAGGCTAAATTAGTTTAACTA
s ponAbe2.chr21  16135234   31 +  48394510 AAATGGAAAATAGGCTAAATTAGTTTAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16532928   31 +  46489110 AAATGGAAAATAGGCTAAATTAGTTTAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165948050 1007 - 196418989 I

a score=-112141.000000
s hg19.chr21     17805355   40 +  48129895 AGCAGCTAGATTTTCTTTATCATGTGCCAATCATGGGCAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16532959   40 +  46489110 AGCAGCTAGATTTTCTTTATCATGTGCCAATCATGGCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165948050 1007 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  16135305  158 +  48394510 AAATTGAAGCCAGCACAGATCTCTCTGAATGGCTTTCTAGGGAAAACACATTTTTTATTACCACATGAGCCT--------GTAACTGAATTAAACAAAACCATTAATTGATATTCTGTTTGAAACCTTTCCTGATAATGCTTCTAGCATCTAGCACCCTATTCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165948050 1007 - 196418989 I

a score=468770.000000
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s ponAbe2.chr21  16135463   52 +  48394510 TTTCTCTTGAagaacagaacatagcatataataggtgctcaacaaatatatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16533165   52 +  46489110 tttctcttgaagaacagaacatagcatataataggtgctcaacaaatatatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165948050 1007 - 196418989 I

a score=252704.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165948050 1007 - 196418989 I

a score=2046638.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165948050 1007 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949057 43 - 196418989 ATGTAAAAATGGCACTCAGCCTAGTTTTTGTTTCTTTGTGTTG
i rheMac2.chr3  I 1007 C 0

a score=86089.000000
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s panTro2.chr21  16533629 35 +  46489110 TATTATAGTCTCATATTTTGTTTTCAAAAGGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16135927 35 +  48394510 TATTATAGTCTCATATTTTGTTTTCAAAAGGTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949100 35 - 196418989 TATTATGGTCTCGTATTTTGTTTTGAAAAGGTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=608148.000000
s hg19.chr21     17806060 127 +  48129895 TGTCTGTCAATGTGTTTAGTCATTTCTTTGGGCATTTTTTGAACATGGTACATATAGACCATATCTTCATAAAACCAACAACTTTTATTTTTGCCATTTATAAATTCAAGTGTACTCATAATGTATA
s panTro2.chr21  16533664 127 +  46489110 CGTCTGTCAATGTGTTTAGTCATTTCTTTGGGCATTTTTTGAACATGGTACATATAGATCATATCTTCATAAAACGAACAACTTTTATTTTTGCCATTTATAAATTCAAGTGTACTCATAATGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16135962 127 +  48394510 TGTCTGTCAATGTGTTTAGTCATTTCTTTGGGCATTTTTTGAACATGGTACATATAAACCATATCTTCATAGAGCCAAGAACTTTTATTTTTGCCATTTATAAATTCAAATGTACTTATAATGTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949135 127 - 196418989 TGTGTGTCAATGTGTTTAGTCATTTCATTGGGCATTTTTTGAGCATGGTACATACAGACCATATTTTCATAAAAACAATAACTTTTATTTTTGCCATTTATAAATTCAAATGTACTCATAACATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=426837.000000
s hg19.chr21     17806187 91 +  48129895 TATTTGTATTCAGTTATTCAGAAACCTTAGTATTTAATGAAGATGTACAGAGAAATGGCATAATCAATAATGAATTGGTATAGCACCTATG
s panTro2.chr21  16533791 91 +  46489110 TATTTGTATTCAGTTATTCAGAAACCTTAATATTTAATGAAGATGTACAGAGAAATGGCATAATCAGTAATGAATTGGTATAGCACCTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136089 91 +  48394510 TATTTGTATTCAGTTATTCAGAAACCTTAATATTTAATGAAGATGCACAGAGAAATGGCATAATCAATAATGAATTGGTATAGCACCTATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17806278 54 +  48129895 TTGGAGCATCTTTTATTTAGTG----CAGTAAAATGGAGCAGATGATTTCTATTCCTA
s panTro2.chr21  16533882 54 +  46489110 TTGGAGCATCTTTTATTTAGTG----CAGTAAAATGGAGCAGATGATTTCTATTCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136180 54 +  48394510 TTGGAGCATCTTTTATTTAGTG----CAGTAAAATGCAGCAGATGATTTCTATTCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949350 58 - 196418989 TTGGCGCATCTTTTCTTTAGTGTTTATAGTAAAATGGAGCTGATGGTTTCTATTCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136234 36 +  48394510 AAAGTATTTCCCCACTTGATTTAATGGTAAATCCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371683.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=320091.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136459 76 +  48394510 TTAACATGGATATAAAA-TCCATGACTGCTCTCCCTTCCTCCTCCACTAAATAAAGAAATTGAAGATAGTTGGGAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949639 76 - 196418989 TTAACACAGATGTAAAA-TCCATGACTTCTCTCCCTTCCTCCTCCACTAAAAAAAGAAATTGAAGATAGTTGGGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17806639 31 +  48129895 AAATAGTTGTTAACAGCAAAAATTAAAAAGA
s panTro2.chr21  16534242 31 +  46489110 AAATAGTTGTTAACAGCAAAAATTAAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136535 31 +  48394510 AAATAGTTGTTAACAGCAAAAATTAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949715 31 - 196418989 AAATAGTTGTTAACAGCAAAATTTAAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=23401.000000
s hg19.chr21     17806670 63 +  48129895 ATACTAGCAGCTACCACTGCCTCTAGAGAGTGTACTGGGTTCTAGTAGACAAGTAGAGCTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949746 61 - 196418989 ATACTAGTAGCTACCACTGCCTCTAGAGAGTGTACTGGGTTCTAGCAGAGAAGT--AGCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63287.000000
s hg19.chr21     17806733 32 +  48129895 ttaaaagaactgatgctggagac-ggtaacacc
s panTro2.chr21  16534336 32 +  46489110 ttaaaagaactgatgctggagac-ggtaacacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136629 32 +  48394510 ttaaaagaaataatgctggagac-agtaacacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949807 33 - 196418989 ttaaaagaactgatgctggagataggtaacacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=217328.000000
s hg19.chr21     17806765 53 +  48129895 aattcaaacctcacctctaccactaaccagttatcaaatcttgacgttttttt
s panTro2.chr21  16534368 53 +  46489110 aattcaaacctcgcctctaccactaaccagttatcaaatcttgacgttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136661 53 +  48394510 aattcaaacctcacctctaccactaaccagttatcaaatcttgacgttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949840 52 - 196418989 aagtcaaacctcacctctaccagtaaccagttatcaaatcttgat-ttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1278430.000000
s hg19.chr21     17806818 144 +  48129895 cttacctttgttttttatctgtaaattggtaataataacaaacttgatttcatagtatttgttaaacaatcaaaaattaataatgtCTCTTCCAATTAAATGAAGATGTATACAATTTAATCCAGATTTAGGAGTGAACATGAA
s panTro2.chr21  16534421 144 +  46489110 cttacctttcttttttatctgtaaattggtaataataacaaacttgatttcatagtatttgttaaacaatcaaaaattaataatgtTTCTTCCAATTAAATGAAGATGTATACAATTTAATCCAGATTTAGGAGTGAATATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136714 144 +  48394510 cttacctttcttttttatctgtaaattggtaataataacaaacttgatttcatagtatttgttaaacaatcaaaaattaataatgtCTCTTCCGATTAAATGAAGATGTATACAATTTAATCCAGATTTAGGAGTGAATATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165949892 144 - 196418989 cttacctttcttttttatctgtaaattggtaataataataaacttgacttcatagtatttgttaaataatcaaaaattaataatgtCCCTTCCAATTAAATGAAGATGTATACAATTTAATCCAGATTTAGGAGTGAATATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1484483.000000
s hg19.chr21     17806962 141 +  48129895 TGAAATGGGAAAAGAAGCATGTTCCTTTGAGATGTTACAC-TTTTTTAGTATAACATCATTGAAAAAAGCATCAAAGTATTCAACATGTTGCCATTATGAAGGTAAAAACAGAAAACAGAGTGGCAAGTTTCTGAGAGTATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16136858 141 +  48394510 TGAAATGGGAAAAGAAGCATGTTCCTTTGAGATGTTACAC-TTTTTTAGTATAACATCATTGAAAAAAGCATCAAAGTATTCAACATGTTACCATTATGAAGGTAAAAACAGAAAACAGAGTGGCAAGTTTCTGAGAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950036 142 - 196418989 TGAAATGGGAAAAGAAGCATGTTCCTTTGAGATGTTAGACTTTTTTTAATCTAATGTCATTGAAAAAAGCATCAAAGTATTCAACGTGTTGCCATTATGAAGGTCAAAACAGAAAACAGAGTGGCAAGTTTCTAAGAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138471.000000
s hg19.chr21     17807103 37 +  48129895 AAAAAGTAGTAAATGTTGACTGCTTCATGTTTCTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=487024.000000
s hg19.chr21     17807140 44 +  48129895 AATCATCATTAACTGGAGGGTATGCCAGCCATATCTTCCATGAA
s panTro2.chr21  16534743 44 +  46489110 AATCATCATCAACTGGAGGATATGCCAGCCATATCTTCCATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137036 44 +  48394510 AGTCATCATTAACTGGAGGGTATGCCAGCCATATCTTCCATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401206.000000
s hg19.chr21     17807184 33 +  48129895 TATTTTCTTTTGAAACATTTCTTCAAGGAACCT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1298178.000000
s hg19.chr21     17807217 89 +  48129895 TAAGTACATTAATTAAACTAGGGCAAAACTTCAAAAGACCTACTTCACTTTTCTTTGTGCAAGTTCACATAAGAAAAAGCAATTAATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137113 89 +  48394510 TAAGTATGTTAATTAAACTAGGGCAAAACTTCAACGGACCTACTTCACTTTTCTTTGTGCAAGTTCACATAAGAAAAAGCAATTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950292 89 - 196418989 TAAGTACATTAATTAAACTAGGGCAAAACTTCAAAGGACCTACTTCACTTTTCTTTGTGCAAGTTCACATAAGAAAAAGCAATTAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=785990.000000
s hg19.chr21     17807306 56 +  48129895 AAAATCCAAGTTTCATGTATTCCCAGCTTTCCAGTTGGGAGAAGATGAAATATACA
s panTro2.chr21  16534909 56 +  46489110 AAAATCCAAGTTTCATGTATTCCCAGCTTTCCAGTTGGGAGAAGATGAAATATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137202 56 +  48394510 AAAATCCAAGTTTCATGTATTCCCAGCTTTCCAGTTGGGAGAAGATGAAATATACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950381 56 - 196418989 AAAATCCAAGTTTCATATATTCCCAGCTTTCCAGTTGGGAGAAGATGAAATATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2018391.000000
s hg19.chr21     17807362 139 +  48129895 TCCTCAACTCTCCTATTTCTTTCTGAACTCAATCTTCTCATTCTC--------TTTTTTCTTTTTTTCTGGCATAATGGGTTATTTTGATTACTATTAAAAGGCTGAATGGTGTTGACAATTATCTTCTTTTTACTTCTGATGCTAA
s panTro2.chr21  16534965 139 +  46489110 TCCTCAACTCTGCTATTTCTTTCTGAACTCAATCTTCTCATTCTC--------TTTTTTCTTTTTTTCTGGCATAATGGGTTATTTTGATTACCATTAAAAGGCTGAATGGTGTTGACAATTATCTTCTTTTTACTTCTGACGCTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137258 143 +  48394510 TTCTCAACTCTCCTATTTCTTTCTGAACTCAATCTTCTCATTCTC----TCTTTTTTCTTTTTTTTTCTGGCATAATGGGTTATTTTGATTACCATTAAAAGGCTGAATGGTGTTGACAATTATCTTCGTTTTACTTCTGACGCTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950437 147 - 196418989 TTCTCAACTCTCCTATTTCTTTCTGAACTCAATCTTCTCATTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTCTTTTTCTGGCATAACTGGTTATTTTGATTACCATTAAAAGGCTAAATGGTGTTGAGAATTATCTTCTTTTTACTTCTGGCGCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=545225.000000
s hg19.chr21     17807501 34 +  48129895 TTCCATTGTTCAGTAAATTAAGGGAAAGGAATAC
s panTro2.chr21  16535104 34 +  46489110 TTCCATTGTTCAGTAAATTAAGGGAAAGGAATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137401 34 +  48394510 TTCTATTGTTCAGTAAATTAAGGGAAAGGAATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950584 34 - 196418989 TTCTATTGTTTAGTAAATTAAGGGAAAGGAATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=461913.000000
s hg19.chr21     17807535 34 +  48129895 CAGATGAAACTTGGTATGATTTTTAAAGTCTGGA
s panTro2.chr21  16535138 34 +  46489110 CAGATGAAACTTGGTATGATTTTTAAAGTCTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137435 34 +  48394510 CAGATGAAACTTGGTATGATTTTTAAAGTCTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950618 34 - 196418989 CAGATGAAATTTGGTATGATTTTTAAAGTCTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1223723.000000
s hg19.chr21     17807569 68 +  48129895 AAAGAAATCAATATTTAGCTTAATTATTGTCTTTTATGTACAGGTCTGAGTATTTACATTTGGAACAA
s panTro2.chr21  16535172 68 +  46489110 AAAGAAATCAATATTTAGCTTAATTATTGTCTTTTATGTACAGGTCTGAGTATTTACATTTGGAACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137469 68 +  48394510 AAAGAAATCAGTATTTAGTTTAATTATTGTCTTTTATGTACAGGTCTGAGTATTTACATTTGGAACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950652 68 - 196418989 AAAGAAATCAGTATTTAGCTTAATTATTGTCTTTTATCTACAGGTCTGAGTATTTACATTTGGAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=807563.000000
s hg19.chr21     17807637 56 +  48129895 TCCTTGAGCTTAATTCTGCTGTTTAGACATGAAATAGAGTTCCAAAATCAAGTTAA
s panTro2.chr21  16535240 56 +  46489110 TCCTTGAGCTCAATTCTGCTGTTTAGACGTGAAATAGAGTTCCAAAGTCAAGTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137537 56 +  48394510 TCCTTGAGCTTAATTCTGCTGTTTAGACATGAAATAGAGTTCCAAAGTCAAGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950720 56 - 196418989 CCCTTGAGCTTAATTCTGCTGTTTAGACATGAAATAGAGTTCCAAAGTCAAGTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=87199.000000
s hg19.chr21     17807693 30 +  48129895 CCTATTTCTCATTAAGATGTATTAGTTTCA
s panTro2.chr21  16535296 30 +  46489110 CCTATTTCTCATTAAGATGTATTAGTTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137593 30 +  48394510 CCCATTTCTCATTAAGGTCTATTAGTTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950776 30 - 196418989 CCCATTTTTCTTTAAGACGTATTAGTTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4720.000000
s hg19.chr21     17807723 70 +  48129895 GTGTATCTTGCCCTGCTAAAAACAATCTTTTTTAATGCTCTATGTTTTGATCtatttaatttttttaaaa
s panTro2.chr21  16535326 68 +  46489110 GTGTATCTTGCCCTGCTAAAAACAATCTTTTTTAATGCTCTATGTTTTGATCTATTTAAATTTTT--AAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137623 68 +  48394510 GTGTATCTTGCTCTGCTTAAAACAATCTTTTTTAATGCTCTATGTTTTGATCTATTTAATTTTTT--TAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950806 67 - 196418989 GTGTATCTTGC-CTGCTTAAAACAATCTTTTTTAATGTTCTATGTTTTGATCtatttaatttttt--aaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=27152.000000
s hg19.chr21     17807793 33 +  48129895 aaaaCATAATAGTAGTTTCCAGTATGGAAAATC
s panTro2.chr21  16535394 33 +  46489110 AAAACATAATAGGAGTTTCCAGTATGGAAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137691 33 +  48394510 AAAACATAATAGGAGTTTCCAGTATGGAATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950873 33 - 196418989 aaaaaGTAATAGGGGTTTTCAGTATGGAAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=700565.000000
s hg19.chr21     17807826 84 +  48129895 TGGTTGTCTCTAATTCAGTCTCTTTATACTAAGTCCAGTAGATCCATTTTAAGAGCAGGATAGACCTTTTTAAGGTGAATATCT
s panTro2.chr21  16535427 84 +  46489110 TGGTTGTCTCTAATTCAGTCTCTTTATACTAAGTCCAGTAGATCCATTTTAAGAGCAGGATAGACCTTTTTAAGGTGAGTATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137724 84 +  48394510 TGGTTGTCTCTAATTCAGTCTCTTTACACTAAGTCCAGTAGATCCATTTTAAGAGCAGGATAGACCTTTTTAAGGTGAATATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950906 84 - 196418989 TGGTTGTCTCTAATTCACTCTCTTTATACTAAGTCCAATAGGTCCATTTTAAGAGCGGGACAGACCTTTTTAAGGTGAATGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1253684.000000
s hg19.chr21     17807910 124 +  48129895 TTCAGAGGGGAACACAGTGTCTGATGTATGCTGATCTAAATCTAAGAAGTTTTTTCCAATCTGAGATCTCTTGCCTTACAGATACTGAAAGCATCAGTGTTTCTCTTTTCTAAAATTTTCACAC
s panTro2.chr21  16535511 124 +  46489110 TTCAGAGGGGAACACAGTATCTGATGTATGCTGATCTAAATCTAAGAAGTTTTTTCCAATCTGAGATCTCTTGCCTTACAGATACTGAAAGCATCAGTGTTTCTCTTTTCTAAAATTTTCACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137808 124 +  48394510 TTCAGAGGGGAACACAGTGTCTGATGTATGCTGATCTAAATCTAAGAAGTTTTTTCCAATCTGAGATCTCTTGCCTTACAGATACTGAAAGCATCAGTGTTTCTCTTTTCTAAAATTTTCACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165950990 124 - 196418989 TTCAGAGGGGAACACAGCGTCTCATGTTTGCTGATCTAAATCTAAGAAGTTTTTTCCAATCTGAGATCTCTTGCTGTACAGATACTGAAAGCATCAGTATTTCCCTTTTCTAACATTTTCACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39699.000000
s hg19.chr21     17808034 21 +  48129895 AAATTTCAGTCCTGATGGTGT
s panTro2.chr21  16535635 21 +  46489110 AAATTTCAGTCCTGATGGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137932 21 +  48394510 AAATTTCGGTCCTGATGGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951114 21 - 196418989 AAATTTCAGTCCTGATGGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-154095.000000
s hg19.chr21     17808055 14 +  48129895 GAT----TTTTTTTTCTT
s panTro2.chr21  16535656 15 +  46489110 GAT---ATTTTTTTTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137953 18 +  48394510 GATTTTTTTTTTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951135 15 - 196418989 GAT---TTTTTTTTTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=146558.000000
s hg19.chr21     17808069 77 +  48129895 TTGCCTTCAAGAGCTAACACAAGACATAAATCAGAAACAAATTAACTgaaaggaa--------aactcaaaaaaaaaaaagaaaa
s panTro2.chr21  16535671 76 +  46489110 TTGCCTTCAAGAGCTAACACAAGACATAAATCAGAAACAAATTAACTGAAAGGAA--------AACTCaaaaaaaaaaaa-aaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16137971 76 +  48394510 TTGCCTTCAAGAGCTAACATAAGACATAAATCAGAAACAAATTAACTGAAAGGAACCCCCCCCCCCCCAAAAAAAA---------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951150 72 - 196418989 TTGCCTTCAAGAGCTAACACGAGACATAAATAAGAAACAAGTTAACTAAAAGGAA--------AATTCAAAAAAAAAAAA-----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-82308.000000
s hg19.chr21     17808146 51 +  48129895 gaaaaaagaggaTGCTTTACGAAGGGAGATGATTTGATGGTGGGTGAAACT
s rheMac2.chr3  165951222 41 - 196418989 ----------GATGCTTTATGAAGGGAGATGATTTGATGGTGGGTGAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138047 51 +  48394510 GAAAAAAGAGGATGCTTTATGAAGGGAGATGATTTGATGGTGGGTGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16535747 51 +  46489110 gaaaaaaGAGGATGCTTTACGAAGGGAGATGATTTGATGGTGGGTGAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=695153.000000
s hg19.chr21     17808197 62 +  48129895 GTAGACTAGGTTAATGCAACCAGGTTAAAGAAACTAGAGGGTTGAAGTACAATAAAGGGTGT
s rheMac2.chr3  165951263 62 - 196418989 GTAGACTAGGTTAATACAACCAGGTTAAATAAACTAGAGGGTTGAAGTACAATAAAGGGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 I 318
s ponAbe2.chr21  16138098 62 +  48394510 GTAGACTAGGTTAATGCAACCAGGTTAAAGAAATTAGAGGGTTGAAGTATAATAAAGGGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16535798 62 +  46489110 GTAGACTAGGTTAATGCAACCAGGTTAAAGAAACTAGAGGGTTGAAGTACAATAAAGGGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=184118.000000
s hg19.chr21     17808259 45 +  48129895 CCAGAATTCTTAAATGCAGTAAAACAAACAAACATGTAGCAGAGG
s panTro2.chr21  16535860 45 +  46489110 CCAGAATTCTTAAATGCAGTGAAACAAACAAACATGTAGCAGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138160 45 +  48394510 CCAGAATTCTTAAGTGCAATAAAACAAACAAACATGTAGCAGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951643 45 - 196418989 CCAGAATTCTTAAGTGCAGTCAAACAAGCAAACATGTAGCAGAGG
i rheMac2.chr3  I 318 C 0

a score=17755.000000
s hg19.chr21     17808304 31 +  48129895 GGCCTTGTCTAGGGTATGGATGTTTTTCGAT
s panTro2.chr21  16535905 31 +  46489110 GGCCTTGTCTAGGGTATGGATGTTTTTCGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138205 31 +  48394510 GGCCTTGTCTAGGGTATGGATGTTTTTTGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951688 31 - 196418989 GGCCTTGCCTAGGATATGGATGTTTTTTGat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-254985.000000
s hg19.chr21     17808335 30 +  48129895 TTAAAC----------AAAAAGGAGGAAAAATAACCAAAT
s panTro2.chr21  16535936 30 +  46489110 TCAAAC----------AAAAAGGAGGAAAAATAACCAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138236 30 +  48394510 TTAAAC----------AAAAGGGAGGAAAAATAACCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951719 40 - 196418989 ttttatttttttttaaaaaaaGGAGGAAAAATAACCAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2131459.000000
s hg19.chr21     17808365 137 +  48129895 GATCTAGCAATTCCTTAGAACGTCTGTATACTATCTATCCAATGTAATAATTAATCCAAATCATCTGTCACTATGCACTGCCACTCCATTCTGATAACAACCCTCTAACCATGTCTCACCAGGAAATAACATTTTTA
s panTro2.chr21  16535966 137 +  46489110 GATCTAGCAATTCCTTAGAACGTCTGTATACTATCTATCCAATGTAATAATTAATCCAAATCATCTGTCACTATGCACTGCCACTCCATTCTGATAACAACCCTCTAACCACGTCTCATCAGGAAATAACATTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138266 137 +  48394510 GATCTAGCAATTCCTTAGAACGTCTGTATACTATCTATCCAATGTAATAATTAATCCAAATCATCTGTCACTATGCACTGCCACTCCATTCTGATAACAACCCTCTAACCATGTCTCATCAGGAAATAACATTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951759 137 - 196418989 GATCTAGCAATTCCTTAGAACATCTGCATACTATCTATCTACTGTAATAAGGAATCCAAATCACCCATCACTATGCACTGCCACTCCGTTCTGATAACAACCCTCTCACCATGTCTCATCAGGAAATAAAATTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=583186.000000
s hg19.chr21     17808502 36 +  48129895 TTCATACAAGTTGCAGGTTATTTTCAAGACAGACTT
s panTro2.chr21  16536103 36 +  46489110 TTCATACAAGTTGAAGGTTATTTTCAAGACAGACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138403 36 +  48394510 TTCATACAAGTTGAAGGTTATTTTCAAGACAGACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951896 36 - 196418989 TTCATACAAGTTGAAGGTTATTTTCAAGACAGACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=110974.000000
s hg19.chr21     17808538 40 +  48129895 CCTCTGTGCTGTTCATCATGCATACCTTAGCTAAAGTATT
s panTro2.chr21  16536139 40 +  46489110 CCTCTGTGCTGTTCATCATGCATACCTTAGCTAAAGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138439 40 +  48394510 CCTCTGTGCTGTTCATCATGCATACCTTAGCTAAAGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951932 40 - 196418989 CCTCTGTGCTGTTCATCATGCATACCCTAGCTAAAGTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=654368.000000
s hg19.chr21     17808578 76 +  48129895 GTAGCTAGAATATAGCAGCAATTTTCCAACCGATCTTCGAGTCTTTATTCCTTCAGGTATGTTGTGTGTACTCTTT
s panTro2.chr21  16536179 76 +  46489110 GTAGCTAGAATATAGCAGCAATTTTCCAACCGATCTTCAAGTCTTTATTCCTTCAGGTATGTTGTGTGTACTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138479 76 +  48394510 GTAGCTAGAATATAGCAGCAATTTTTCAACCAATCTTCAAGTCTTTATTCCTTCAGGTATGTTGTGTGTACTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165951972 76 - 196418989 GTAGCTAGAATATTGCAGCAATTTTCCAACTGATCTTCAAGTCTCTATTCCTTCAGGTATGTTGTGCGTACTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=259479.000000
s hg19.chr21     17808654 30 +  48129895 CCATTTGCCTAAATTTTCTCTCAAAAATTA
s panTro2.chr21  16536255 30 +  46489110 CCATTTGCCTAAATTTTCTCTCAAAAATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138555 30 +  48394510 CCATTTGCCTAAATTTTCTTTCAAAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165952048 30 - 196418989 CCATTTGCCTAAATTTTCTTTCAAAAATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=391564.000000
s hg19.chr21     17808684 78 +  48129895 AGATCACATCTCACATTTTCTAGGAATCTTTTATGACTTTGTTGCTTTGATGTCCATGTCCCAACTGCACAGGTAAAG
s panTro2.chr21  16536285 78 +  46489110 AGATCACATCTCAAATTTTCTAGGAATCTTTTATGACTTTGTTGCTTTGATGTCCATGTCCCAGCTGCACAGGTAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16138585 78 +  48394510 AGATCACATCTCAAATTTTCTAGGAATCTTTTATGACTTTGTTGCTTTGATGTCCATGTCCCAACTGCACAGGTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165952078 78 - 196418989 AGATCACCTCTCTCATTTTCTAAGAATCTTTTATGACTCTGTTGCTTTGATGTCCATGTCCCAACTGCACAGTTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241935.000000
s hg19.chr21     17808762 84 +  48129895 GTTCATCATAGCCTTACCTAAACCCTCTTTCTGGTCTTATTTCTCTGATGGTTATTTCCACAGTTAGAGCTGCAGGAAGCCACT
s rheMac2.chr3  165952156 84 - 196418989 GTTCCTCATAGCCTTCCCTACATCCTCTTTCTGGTCTTATTTCTCTGATGGTTATTTCCACAGTTAGAGCTGCAGGAAGCCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17813088 50 +  48129895 catgagccaccgcacccgtccAGGATGTTCGTTTTTAAATAAGTCACCAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=261926.000000
s hg19.chr21     17813186 70 +  48129895 GAATTTAGTATAATATTAAACATAGTTTAGTAATTACATATCATTTATTGTTGATAGTTTTGCATATGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-2158.000000
s hg19.chr21     17813256 46 +  48129895 TCTATGTATAGCTCATTTAAAAAATGGCTTTAGCATGAAGTATAAA
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s hg19.chr21     17813302 33 +  48129895 CAGTTGAACAAATAAATGAGAAAAATGCTTGCT
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s ponAbe2.chr21  16143236 33 +  48394510 CAGTTGAACAAATAAATGAGAAAAATGCTTGCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=519158.000000
s hg19.chr21     17813335 103 +  48129895 TAGAAGGAATGGAAATTGGGTCAGCACAGCCTTGCCTTTGCCCAAGCGGTGGAGTTGAGAAAGTATTTTGTCTACACAAAAGCCAGACAGCTACTCTAATGCC
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s ponAbe2.chr21  16143269 103 +  48394510 TAGAAGGAATGGAAATTGGGTCAGCACAGCCTAGCCTTTGCCCAAGCGATGGAATTGAGAAAGTATTTTGTCTACACAAAATCCAGACAGCTTCTCTAATGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165956874 102 - 196418989 TAGAAGGAATGGAAATTGGGTCAGC-CAGCCTAGCCTTTGCCCAAGCAGTGGCGTTGAGAAGATATTTTGTCTACACAAAATCCAGACAGCTTCCCCAAAGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164322.000000
s hg19.chr21     17813438 26 +  48129895 CAGTGAATTCTGACAGTATGTTACAG
s panTro2.chr21  16541055 26 +  46489110 CAGTGAATTCTGACAGTATGTTACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16143372 26 +  48394510 CAGTGAATTCTGACAGTATGTTACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 M 419
s rheMac2.chr3  165956976 26 - 196418989 CAATGAATTCTGACAATATGTTACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101025.000000
s hg19.chr21     17813464  74 +  48129895 TTTAATGTGATGAATGATGTAAGGACCCGCCTAAAATGCTCACGCAGCTTCCCAATGTCTTACCCTGACCTACA
s panTro2.chr21  16541081  74 +  46489110 TTTAATGTAATGAATGATGTAAGGACCCACCTAAAATGCTCACGCAGCTTCCCAATGTCTTACCCTGACCTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165957002  74 - 196418989 TTTAGTGTGATGAATGACGTAAGGACCCGCCTAAAATGCTCACCCAGCTTCCCAATGTCTGGCCCCGACCTATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=20749.000000
s hg19.chr21     17813538  56 +  48129895 AACCAGCTCATAGGTCTCCATGCATGTGTTGTAGAAAGTGATGTAGATggccaggc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165957076  49 - 196418989 AACCAGCTCATAGGTCTCCATGCATGTGTTGTAGAAAGGGATGTAGATG-------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16143398 419 +  48394510 M

a score=-5692.000000
s hg19.chr21     17813594  93 +  48129895 ggggtggctcatgtctgtaatcccagcactttaggaggctgaggtgggtggatcaggaggtcaggagtttgagaccagcctggccaagatggt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=4344.000000
s hg19.chr21     17813687  35 +  48129895 gaaaccctgtctctactaaaaataaaaaaaaatta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 519
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 51 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 177 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16149821 59 +  48394510 gaa-ttttttatttcattgcttctgaattttgatttgtatttagaaagcctgtttttaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165962979 60 - 196418989 gaatttttttatttcattgcttctgaattttgatttgtatttagaaagcctgtatttaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16547583 132 +  46489110 ccagttcatattcattcatattttctggtacttgtgttgtttcgtttttgcatttagatctctaatttgtttggagtttattttagtgtatactatcagatatgaacctaattttatctttttatc--aatagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16149880 132 +  48394510 ccagttcatattcattcatattttctggtacttgcattgtttcatttttgcatttagatctctaatttgtttggagtttattttagtgtatactatcagatatgaacctaattttatctttttttc--aatggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165963039 134 - 196418989 ccagttcatattcattcatattttctggtacttgcgttatttcatttttacatttagatctctaatttgtttggcgtttattttggtgtatactatcagatacgaacctaattttatctttttcttcaaatggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16150031 252 +  48394510 cgtttatgaaaaagtttatcttcaccctaaggatttaagatgccacctttaacatgtgccaagtttcagtatatacaaggactgtttctgcattctattttttttttgattatttgtctatttatatgccagtacaacaggctagtaacagagacttcatagtatatttgaaagtatagtagtgtttattccttttatagtttttctttttagtgtttttctggatattttttcatgttgccttttaaaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16548180 196 +  46489110 tattaattcctaaatattaattcctaagtacttaatcttctttattgacattacataaaggatttctctatcattacactctttattcatttattagtatattgaagctacttatttttatatgttaatgtgcatcaagctacttactgcttctttaattgagtttgctttaacattgattttataggggtttcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16150478 196 +  48394510 tattaattcctaaatattaattcctaagtacttaatcttctttattgacattataaaaaggatttctctatcattatactctttattcatttattagtaaattgaagctacttatttttatatgttaatgtgcatcaagctacttactgcttctttaattgagtttgctttaacattgattttataggggtttcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165963634 195 - 196418989 tattaattcctaaatattaattcctaagtacttaatcttctttattgacattataaaaagaatttctctatcattacactctttattcatttattagtatattgaagctacttatttttatatgttaatgtgcatccagttacttactgcctctttaattgagtttgctttaacattgattttataggagttt-at
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16548445 117 +  46489110 attaatatcagttatctaattatatcggctagtatttcaagtacattgctgaatatccataaataatggccaagcttacctttgtcccaattttagtggaaaTACTTCTTCTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165963898  90 - 196418989 attaatatcagttatctaattacattggctagtatttcaagtacattgctgaataTCCATAAATAATGGCCAAGCTTACCTTTGTCCCAA---------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1526

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s panTro2.chr21  16548562  234 +  46489110 CTCACTAAAGAAGATACAGGTCTTGGACTAACatatatatgtgtgcgtgtgtgtatatatatatatacacacatatatattgcttctggaatatgtgtgtgtgtgtgtgtatatatgtgtatatatatatgtgtgtgtatatatacgtgtatatatatatacacatacacacacacgcacacacacacacacacacaAATATGTGTTAGTCCAAAAGCTGTATCTTCTTTAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16150860  172 +  48394510 ctcactaaagaagatacaggtcttggactaacatatatatgtgtgcgtgtgtatgtgtatacatat--acacatatatattgcttctggaatatgt------------------atgtgtatacatat----------------------------------a--tatacacacac------acatacacacacacaaatatgtgttagtccaaaacctgtatcttctttagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165963988 1526 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  16151032  139 +  48394510 taggttttaaagtattcctccattcctatgttcttcaatatttttgtatcataaatggttgtttaattttgtcaaagatttttttcagcatctatagagatagtcataattttcacctttagttttataatataatgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165963988 1526 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165963988 1526 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165963988 1526 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  165963988 1526 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16153377 260 +  48394510 ACATTACTATTGCCCTGGAGTAGGACACAGTTGGAGTTTATCACCAAGTCATTTTATGTCCCCTGGTAATGTTCCCATCTCCCAAATCCTCTGCTAATATTCCTGTATCTTTCAGAGAAGAGAGAAGCAACTCTATAGAAGAATTATCAGCAAAATTGTTC-TACGCAATGAAAGTATCTTAATTCACTGAAAGTAAAGCAAATCTTTTCAGTTTCTACTTTGATTTAGAAGATTAAAA------AAACAAAGTTATACATAACAGA
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s rheMac2.chr3  165966789 267 - 196418989 acattgctaTTGCTCTGGAGTAGGACACAGTTGGAGTTTATCACCAAGTCATTTTATGTCCCCTGGTAATGTTCCCATCTCCCAAATCCTTTGCTAATATTCCTGTATCTTTCAGAGAAGATAGAAGCAACTCTATAGAAGAATTATCAGCGAAATTGTTCTTATGCAATGAAAGCATCTTAATTCACTGAAAGTAAAGCAAATCTTGTCAGTTTCTACTTTGATTTAGAAGATTAAAAAATACCAAAGAAAGTTATACACAACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16551773 46 +  46489110 ACTGTAGTTATAAT-ATATTATACACATTTCAGCAGTCTTTTAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=205530.000000
s hg19.chr21     17824182 54 +  48129895 AAGAAACTATTTTGAGCTGTACTTAGTGCAAAGGGCAAGCGATAGTGACTGTTA
s rheMac2.chr3  165967467 54 - 196418989 AAGAAACTATTTTGAGCTGTACTTAATGCAAAGGGCAAGTGATAGTGACTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16154050 53 +  48394510 AAGAAACTATTTTGAGCTGTACTTAGTGCAAAGGGCAAGCAAT-GTGACTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16551819 54 +  46489110 AAGAAACTATTTTGAGCTGTACTTAGTGCAAAGGGCAAGCGATAGTGACTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=437258.000000
s hg19.chr21     17824236 60 +  48129895 CATTGTTTCTTTTAGAAACAAACATTGTAGGCAGGAACACACTAAATACAATTTTAAGCA
s rheMac2.chr3  165967521 60 - 196418989 CATTGTTTCTTTTAGAAACAAACCTTGTAGGCAGGAACGTACTAAATACAATTTTAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16551873 60 +  46489110 CATTGTTTCTTTTAGAAACAAACATTGTAGGCAGGAACACACTAAATACAATTTTAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=402684.000000
s hg19.chr21     17824296 66 +  48129895 ATACTGGAACTAAATTTGGTCATGTATAATTATTTTTGAAACATTAGGTTGGTTAGTTGATGTTCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16551933 66 +  46489110 ATACTGGAACTAAATTTGGTCATGTATAATTATTTTTGAAACATTAGGTTGGTTAGTTGATGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=252505.000000
s hg19.chr21     17824362 32 +  48129895 AGATTTACAATAAGCAGTGTCTATTAGAGAGA
s rheMac2.chr3  165967639 32 - 196418989 AGATTTACAATAAGCAGTGTCTATTAGAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16154229 32 +  48394510 AGATTTACAATAAGTAGTGTCTATTAGAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16551999 32 +  46489110 AGATTTACAATAAGCAGTGTCTATTAGAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-98460.000000
s hg19.chr21     17824394 18 +  48129895 GTTTCAGGGTTTTTTATT
s rheMac2.chr3  165967671 18 - 196418989 GTATCAGGGTTTTTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1926801.000000
s hg19.chr21     17824412 210 +  48129895 TTACTGTGGAGGGAAAAGAAAATTTGGGGGTGCCTAAGTCCTGCTATGATCATAATTAGTTGTGTGATTGTAATCATAATTTTGAGAATAGTAATATATCagttaccacgtattccatatttacttgtggccaggcatgttgctgtatactttagattgatgatgatgggattgaaaaaccaaaactagtattatct--tagacatttttca
s panTro2.chr21  16552049 210 +  46489110 TTACTGTGGAGGGGAAAGAAAATTTGGGGGAGCCTAAGTTCTGCTATGATCATAATTAGTTGTGTGATTGTAATCATAATTTTGAGAATAGTAGTATATCagttaccacgtattccgtatttacttgtggccaggcatgttgctgtatactttagattgatgatgatgggattgaaaaaccaaaactagtattatct--tagacatttttca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16154279 212 +  48394510 TTACTGTGAAGGGAAAAGAAAATCTGGGGGAGCCTAAGTTCTGCTATGATCATAATTAGTTGTGTGGTTGTAATCATAATTTTGAGAGTAGTAATATATCagttaccacgtattccgtatttacttgtggccaggcatgtcgctatatactttagattgatgatgatgccattgaaaaaccaaaactagtattattttatagacatttttca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165967689 210 - 196418989 TTACTGTGGAGGGAAAAGAAAATTTTGGGGAGCCTAAGTTCTGCTATGATCATAATTAGTTGTGTGATTGTAATCATAATTTTGAGAATAGTAATGTATCagttaccacatattcggtatttacttgtggtcaggcatgttgctatatactttagattgatgatgatgggattgaaaaaccaaaactggtattatct--tagacatttttca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=684526.000000
s hg19.chr21     17824622 70 +  48129895 catgcagaaaccagtttcaaaaaattaggtaacatccaaggttaaacTTCTACATAATT-TAAATTTATTT
s panTro2.chr21  16552259 70 +  46489110 catgcagaaaccagtttcaaaaaattaggtaacatccaaggttaaacTTCTACATAATT-TAAATTTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16154491 71 +  48394510 tatgcagaaaccggtttcaaaaaatttgatggcatccaaggttaaacTTCTACATAATTGTAAATTTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 M 246
s rheMac2.chr3  165967899 70 - 196418989 tatgcagaaaccagtttcaaaaaattaggtaacatccaaggttaaacTTCTACATCATT-TAAATTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=701234.000000
s hg19.chr21     17824692  61 +  48129895 CTAATAATGACTTCCTTTCTTTGTTAAGCTAAGTTTTTGAAAATCTGCTTTGATCATGCAA
s panTro2.chr21  16552329  61 +  46489110 CTAATAATGACTTCCTTTCTTTGTTAAGCTAAGTTTTTGAAAATCTGCTTTGATCATGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165967969  61 - 196418989 CTAACAATGATTTCTCTCCTTAGTTAAGCTAAATTTTTGAAAATCTGTTTTGATCATGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16154562 246 +  48394510 M

a score=-38203.000000
s hg19.chr21     17824753  31 +  48129895 TGTAATTGTGCTGTAATATGGCAGGGTAGAG
s panTro2.chr21  16552390  31 +  46489110 TGTAATTGTGCTGTAATATGGCAGGGTAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968030  31 - 196418989 TGTAATCGTGTTATAATATGACAGGGTAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16154562 246 +  48394510 M

a score=-11341.000000
s hg19.chr21     17824784  13 +  48129895 TCAATTCTTTGGT
s panTro2.chr21  16552421  13 +  46489110 TCAATTCTTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968061  13 - 196418989 TCAATTCTTTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16154562 246 +  48394510 M

a score=357348.000000
s hg19.chr21     17824797  41 +  48129895 CTTTCTGGATAATAGTAAGAAAATTACTCTAAACAGGGACA
s panTro2.chr21  16552434  41 +  46489110 ATTTCTGGATAATAGTAAGAAAATTACTCCAAACAGGGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968074  41 - 196418989 TTTTCTGGATAATAGTAAGAAAATTACTCTAAACAGGGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16154562 246 +  48394510 M

a score=-88242.000000
s hg19.chr21     17824838 15 +  48129895 TCTTTGGACTCTATC
s panTro2.chr21  16552475 15 +  46489110 TCTTTGGACTCTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16154808 15 +  48394510 TCTTTGGACTCTATC
i ponAbe2.chr21 M 246 C 0
s rheMac2.chr3  165968115 15 - 196418989 TCTTTGGACTCTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=722171.000000
s hg19.chr21     17824853 56 +  48129895 ACTGAGTCCAGTGTAATTGGGAGCAACTTGGTAATGGGCTTTGATTGTACCTCGTT
s panTro2.chr21  16552490 56 +  46489110 ACTGAGTCCAGTGTAATTGGGAGCAACTTGGTAATGGGCTTTGATTGTACCTCGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16154823 55 +  48394510 ACTGAATCCAGTGTAATTGGGAGCAACTTGGT-ATGGGCTTCGATTGTACCTCGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968130 56 - 196418989 ACTGAGTCCAGTGTAATTGGGAGCAACTTGGTAATGAGCTTTGATTGTACCTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1071075.000000
s hg19.chr21     17824909 128 +  48129895 TTCTACATTGCTATAATGAACAGGACTGTGTATTTGATGAGAGTCACAATGGTATGATGAGATTGGAAAACATGATATTACAGATGCTGTCATATGCAAACCATGGCAGAAGTACTTAGTGAACAATG
s panTro2.chr21  16552546 128 +  46489110 TTCTACATTGCTATAATGAACAGGACTGTGTATTTGATGAGAGTCACAATGGTATGATGAGATTGGAAAACATGATATTACAGATGCTGTCATATGCAAACCATGACAGAAGTACTTAGTGAACAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16154878 128 +  48394510 TTCAACATTGCTGTAATGAACAGGACTGTGTATTTGATGAGAGTCACAATGGTACGATGAGATGGGAAAACATGATATTACAGATGCTGTCATATGCAGACCTTGACAGAAGTACTTAGTGAACAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968186 128 - 196418989 GTCTACATTGCTGCAATGAACAGGACTGTGTATTTGATGAGAGTCACAATGGTATGATGAGATTGGAAAACATGATATTACAGATGCTGTCATATGCAAACCATGACAGAAGTACTTAATGAACAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=239938.000000
s hg19.chr21     17825037 135 +  48129895 ACTGTAAGCATTTTATGTTGCCTTTCATTGAAAATGTTTTATAAG-AAAAAATTTTTGCATTCCATGAAGTGATGATGGAATAATTACATTTTCGATGACAAAATTGCGCAGCAAATACATCGCATAAAAGCTAAA
s panTro2.chr21  16552674 136 +  46489110 ACTGTAAGCATTTTATGTTGCCTTTCATTGAAAATGTTTTATAAGAAAAAAATTTTTGCATTCCATGAAGTGATGATGGAATAATTACATTTTCGATGATAAAATTGTGCAGCAAATACATCGCATAAAAGCTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155006 135 +  48394510 ACTGTAAGCATTTTATGTTGCCTTTCATTGAAAATGTTTTATAAG-AAAAAATTTTTGCATTCCGTGAAGTGATGATGGAATAATTACATTTTCGACGATAAAATTGTGCAACAAATACATCGCATAAAAGCTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968314 136 - 196418989 ACTGTAAGCATTTTATGTTGCCTTTCATTGAAAATGTTTTATAAGAAAAAAATTTTTGCATTCCATGAAGTGATGATAGAATAATTACATTTTTGATGATAAAATTATGCAACAAATACATCACATAAAAGCTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=897140.000000
s hg19.chr21     17825172 134 +  48129895 GAGATGACTATAAAATTGAGTAAAGATGCCACCTTCTCTACATTTGTATATGTATGAGTACCTTCTCCAATGTTCTCTTTTTGTCTAATTGAACTGTGGGAAAGTGTAAATATCCACTGAGTTGAGTCAATATT
s panTro2.chr21  16552810 134 +  46489110 GAGATGACTATAAAATTGAGTAAAGATGCCACCTTCTCTACATTTGTATATGTATGAGTACCTTCTCCAATGTTCTCTTTTTGTCTAATTGAACTGTGGGAAAGTGTAAATATCCACTGAGTTGAGTCAATATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155141 134 +  48394510 GAGATGACTATAAAATTGAGTAAAGATGCCACCTTCTCTACATTTGTGTACATATGAGTACCTTCTCCAATGTTCTCTTTGTGTCTAATTGAACTGTGGGAAAGTGTAAATATCCACTGAGTTGAGTCAATATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968450 134 - 196418989 GAGATGACTATAAAATTGAGTAAAGATGCCACCTTCTCTACATTTTTATACATATGAGTATCTTCTCCAATGTTCTCTTTTTGTCTAATTGCACTGTGTGAAAGTGTAAATATCCACTGAGTTAAGTCAATATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306524.000000
s hg19.chr21     17825306 23 +  48129895 AATGTGGTTCCTAGTTTCTATTT
s panTro2.chr21  16552944 23 +  46489110 AATGTGGTTCCTAGTTTCTATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155275 23 +  48394510 AATGTGGTTCCTAGTTTCTATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968584 23 - 196418989 AATGTGGTTCCTAGTTTCTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=80672.000000
s hg19.chr21     17825329 27 +  48129895 TTCATTTGAACTCAAGTTATTGAGAGG
s panTro2.chr21  16552967 27 +  46489110 TTCATTTGAACTCAGGTTATTGAGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155298 27 +  48394510 TTCATTTGAACTCAAGTTATTGAGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968607 27 - 196418989 TCCATTTGAACTCAAGTTATTGAGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=298838.000000
s hg19.chr21     17825356 51 +  48129895 ATGATGTTAAAGTCTCTAACTCATAGCTTTGACTTTAAAATAACTAAAAAA
s panTro2.chr21  16552994 51 +  46489110 ATGATGTTAAAGTCTCTAACTCATAGCTTTGACTTTAAAATAACTTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155325 51 +  48394510 ATGATGTTAAAGTCTCTAACTCATAGCTTTGACTTTAAAATAACTAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968634 51 - 196418989 ATGATGTTAAAGTCTCTAACTCATAGCTTTGACTTTAAAATAACTAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=325848.000000
s hg19.chr21     17825407 44 +  48129895 A-TTGTATATGCTCTAACTGTATTGAGTACCAACTCTGCTATATA
s panTro2.chr21  16553045 43 +  46489110 A--TGTATATGCTCTAACTGTATTGAGTACCAACTCTGCTATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155376 45 +  48394510 AAATGTATATGCTCTAACTGTATTGAGTACCAACTCTGCTATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968685 44 - 196418989 A-ATTTATATGCTCTAACTGTATTGAGTACCAACTCTGCTATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=572187.000000
s hg19.chr21     17825451 48 +  48129895 CTCTGCTTGAGACTTGAGGACAGAAATAAATGATTTCATATATTGGTT
s panTro2.chr21  16553088 48 +  46489110 CTCTGCTTGAGACTTGAGGACAGAAATAAATGATTTCATATATTGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155421 48 +  48394510 CTCTGCTTGAGACTTGAGGACAGAAATAAATGATTTCATATATTGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968729 46 - 196418989 CTCTGCTTGAGACTTGAGGACAGAAATAAATGATTTC--CTATTGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1043244.000000
s hg19.chr21     17825499 110 +  48129895 GAGATATACAAGTATA----TAATTGATTATCCAAG-TTTTTTTACATGAAGTGTATggtctataaataggtttcaaggcattcacagaaccctaaaattgtatgcaaatcactt
s panTro2.chr21  16553136 115 +  46489110 GAGATATACAAGTATATAATTAATTGATTATCCAAGTTTTTTTTACATGAAGTGTATGGTCTATAAATAGGTTTCAAGGGATTCACAGAACCCTAAAATTATATGCAAATCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155469 110 +  48394510 GAGATATACAAGTATA----TAATTGATTATCCAAG-TTTTTTTACATGAAGTGTATggtctataaataggtttcaagggattcacagaaccctaaaattatatgcaaatcattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968775 109 - 196418989 GAGATATACAAGTATA----TAATTGATTATCCAAG-TTTTTTT-CATGAAATGTATGGTCTATAAATAGGTTTCAAGGGGTTCACAGAACCCTAAAATTATATGCAAATCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1030498.000000
s hg19.chr21     17825609 147 +  48129895 tctgtctatggatgtgaacattttcataggcaaggtgttcatggatttcatcagcttttttagattctcaaaaggttcattatgttaacaaagttaGAAGTTATTAAACCTCTTTCTCCTTGGCAATGGAAATAACCTAGTTTGAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155579 147 +  48394510 tctgtctatggatgtgaacattttcataggcaaggtgttcatggatttcatcagcttttttagattctcaaaaggttcattatgttaacaaagttagaaattattAACCCTCTTTCCCCTTGGCAATGGAAATAAACTAGTTTTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165968884 147 - 196418989 TCTGTCTATGGATGTGAACATTTTCATAGGCAAGGTGTTCATAGATTTCATCAGCTTTTTCAGATTCTCAAAAGGTTCATTATGTTAACAAAGTTAGAAATTATTAACCCTCTTTCTCCTTGGCAATGGAAATAAACTAGTTTTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=632982.000000
s hg19.chr21     17825756 52 +  48129895 GGTATATGTtttcatatgtgatgaaattttggttcagaagtttcgtgacttg
s panTro2.chr21  16553398 52 +  46489110 GGTATATGTtttcatatgtgatgaaattttggttcagaagtttcgtgacttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26923.000000
s hg19.chr21     17825808 16 +  48129895 cctaaggtcaagtaat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1019290.000000
s hg19.chr21     17825824 102 +  48129895 tgtttaatgacagatctagaataagaatag-taagttgtcttgtcacctagtccaggcttgttacccacCATATAGTTTTTATCTCATTGACATTATCTCATT
s panTro2.chr21  16553466 102 +  46489110 tgtttaatgacagatctagaataagaatag-taagttgtcttgtcacctagtccaggctTGTTACCCACCATATAGTTTTTATCTCATTGACATTATCTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155794 102 +  48394510 tgtttaatggcagatccagaataagaatag-taagttgtcttgtcacctagtccaggcttgttacccacCATATAGTTTTTATCTCATTGACATTATCTCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969099 103 - 196418989 tgtttaatggcagatctagaataagaatagttaagttgtcttgtcacctagtccgggctTGTTACCCACCATATAGTTTTTATCTCATTGACATTATCTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=185149.000000
s hg19.chr21     17825926 42 +  48129895 GTTTCTTCAAACGCTAGCCATATAGCCTGAAGCATTTGTTTT
s panTro2.chr21  16553568 42 +  46489110 GTTTCTTCAAACTCTAGCCATATAGCCTGAAGCATTTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155896 42 +  48394510 GTTTCTTCAAACTCCAGCCATATAGCCTGAAGCATTTGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969202 42 - 196418989 GTTTCTTCAAACCCTAGCCATATAGCCTGAAGTATTTGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=427106.000000
s hg19.chr21     17825968 41 +  48129895 CTGCATTTTCCTATACTATTAAATGGAAACATCGCCTTTTA
s panTro2.chr21  16553610 41 +  46489110 CTGCATTTTCCTATACTATTAAATGGAAACATCGCCTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155938 41 +  48394510 CTACATTTTCTCATACTATTAAATGGAAACATCGGCTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969244 41 - 196418989 CTATATTTTCTTATTCTATTAAATGGAAACATCAGCTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=244888.000000
s hg19.chr21     17826009 20 +  48129895 TGTGCTTTCATGTTTAATAG
s panTro2.chr21  16553651 20 +  46489110 TGTGCTTTCATGTTTAATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155979 20 +  48394510 TGTGCTTCCATGTTTAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969285 20 - 196418989 TGTGCTTCCATGTTTAATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305951.000000
s hg19.chr21     17826029 14 +  48129895 GGAAAAATTCCAAA
s panTro2.chr21  16553671 14 +  46489110 GGAAAAATTCCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16155999 14 +  48394510 GGAAAAATTCCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969305 14 - 196418989 GGAAAAATTCCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=485924.000000
s hg19.chr21     17826043 40 +  48129895 TTGCATTAGAAAACCAAATCGTAATTCAGTTTTTATTTTG
s panTro2.chr21  16553685 40 +  46489110 TTGCATTAGACAACCAAATCCTAATTCAGTTTTTATTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156013 40 +  48394510 TTGCATTAGACAACCAAATCCTAATTCAGTTTTTATTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969319 40 - 196418989 TTGCATTAGACAACCAAATCCTAATTCAGTTTTTATTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3508418.000000
s hg19.chr21     17826083 263 +  48129895 GCTCATTCTTTATAAGAAGCAAATGACAACCAGAATTTTCCAATGTAATTTCCCAGGGGAGACCTAGTCTCAGAACATTGTTTACCCAAATCACAGTATCTTCGACATCTAATGATCATTGATTATCACAATGATAAATCACAAAAGAAAAATTCCATTGTATTTACTGTATGCTCTACCATCTAGGGCAAGGGCATAAAGAAATGATTTTGGATACTTCAACAGAATTGGGACAAGATATTCTTGTTAAGCCTCTACATAGG
s panTro2.chr21  16553725 263 +  46489110 GCTCATTCTTTATAAGAAGCAAATGACAACCAGAATTTTCCAATGTAATTTCCCAGGGGAGACCTAGTCTCAGAACAGTGTTTACCCAAATCACAGTATCTTTGACATCTAATGATCATTGATTATCACAATGATAAATCACAAAAGAAAAATTCCATTGTATTTACTGTATGCTCTACCATCTAGGGCAAGGGCATAAAGAAATGATTTGGGATACTTCAACAGAATTGGGACAAGATATTCTTGTTAAGCCTCTACGTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156053 263 +  48394510 GCTCATTCTTTATAAGAAGCAAATGACAACCAGAATTTTACAATGTAATTTCCCAGAGGAGACATAGTCTCGGAACATTGTTTACCCAAATGACAGTGTCTTTGACATCTAATGATCATTGATTATCACAATGATAAATCACAAAAGAAAAATTCCATTGTATTTACTGTATGCTCTACCATCTAGGGCAAGGGCATAAAGAAATGATTTTGGATATTTCAACAGAATTGCGACAAGATATTCTTGTTAAGCCTCTACACAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969359 262 - 196418989 GCTCATTCTTTATAAGAAGCAAATGACAACCAAAATTTTGCAGTGTAATTTGCCAGGGGAGACCTAGTCTCAGAACATTGTTTACCCAAGTCACAGTATCTTTGACATCTAATGATCATTGATTATCACAATAATAAATTACAAAAGAAAAATTCCATTGTATTTACTGTATGCTCTGCCATCTAGGGCAAGGGCATAAAGAAACTATTT-GGATATTTCAACAGGATTGGGCCAAGATATTCTTGTTAAGCCTCTACACAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=170088.000000
s hg19.chr21     17826346 54 +  48129895 TATTATTGTAAACCTGAGGAGTCCATTCTCCATGCATTCAAGTCATAGGTGCTC
s panTro2.chr21  16553988 54 +  46489110 TATTATTGTAAACCTGAGGAGTCCATTCTCCATGCATTCAAGTCATAGGTGCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156316 54 +  48394510 TATTATTGTAAACCTAAGGAGTCCATTCTCCATGCATTCAAGTCATAGGTGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969621 54 - 196418989 TATTACGGTAAACCTAAGGAGCCCATTCTCCATGCATTCAAGTCACAGGTGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=139034.000000
s hg19.chr21     17826400 199 +  48129895 TGGttttc-----------ctttctttctttttggtttt-------------ttttttttttttttttttttttttttAATCACTGGGGTTTGGTATCTCTATGGAAATAATTAAAAACTCTCAGGAAAATGGCACTTCTCTGCTCTCAGTTCAAATGATAGTAAGTCAGTGCATTCTTATATGACTTCAGAAGCTCACTTTTAACAATGCatgtgtgtatat
s panTro2.chr21  16554042 182 +  46489110 TAGttttc-----------ctttctttc------------------------------tttcttttttttttttttttAATCACTGGGGTTTGGTATCTCTATGGAAATAATTAAAAACTCTCAGGAAAATGGCACTTCTCTGCTCTCAGTTCAAATGATAGTAAGTCAGTGCATTCTTATATGACCTCAGAAGCTCACTTTTAACAATGCAtgtgtgtatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156370 190 +  48394510 TGGttttc-----------ctttctttctttttgtt----------------------tttttgttttttgtttttttAATCACTGGGGTTTGGTATCTCTATGGAAATAATTAAAAACTCTCAGGAAAATGGCACTTCTTTGCTCTCAGTTCAAATGATAGTAAGTCAGTACATTCTTATATGACCTCAGAAGCTCACTTTTAACAATGCatgtgtgtctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165969675 221 - 196418989 AGGTtttcttttcttctttctttctttctttcttcttttctttctttctttctttttttttttttttttttttttttttGTCAGTGGGGTTTGGTATCTCTATGGAAACAATTAAAAACTCTCAGGAAAATGGCACGTCTCTGCTCTCAGTTCAAATGATAGTAAGTCAGTGCATTCTTATACGACCTCAGAAGCTCACTTTTAGCAATGCAtgtgtg--tat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=106255.000000
s hg19.chr21     17826599 102 +  48129895 atgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgGGTATACACTTGAAGGTTGATTAACTCATTTATAATTCATATATGAACACAGTACCAAAGCGTTTACTTATTTTTAATT
s rheMac2.chr3  165969896 102 - 196418989 atgtgtgtgtatgtgtgtgGGGGGGTATACACTTGAAGGTTGATTAACTTATTCATAATTCATATATGAACACAGTACTAAAGAGTGTACTTATTTTTATTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 5
s ponAbe2.chr21  16156560 102 +  48394510 atgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgGGTATACACTTGAAGGTTGATTAACTTATTTATAATTCGTATATGAACACAGTACTAAAGAGTTTACTTATTTTTAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16554224 102 +  46489110 atgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgGGTATACACTTGAAGGTTGATTAACTCATTTATAATTCATATATGAACACAGTACTAAAGCGTTCACTTATTTTTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=236954.000000
s hg19.chr21     17826701 35 +  48129895 AAAAA-TTGGAAGGCATGATCTTCTCACAAAAGGGA
s panTro2.chr21  16554326 35 +  46489110 ACAAA-TTGGAAGGCATGATCTTCTCACAAAAGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156662 36 +  48394510 AAAAAGTTGGAAGGCATGATCTTCTCACAAAAGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970003 35 - 196418989 AAAAA-TTGGAAGACATGATCTTTTCACAAAAGGGA
i rheMac2.chr3  I 5 C 0

a score=1753811.000000
s hg19.chr21     17826736 110 +  48129895 ATGTATCACTCCTATTTTTTCATTAGGAGAGGAAAATTCATGCTACACTTTATGTGTTTATCTAACATTTTGTAATTCTGGGGCT-GAAAAATAGAAGGAAATTAGGTCAG
s panTro2.chr21  16554361 110 +  46489110 ATGTATCACTCCTATTTTTTCATTAGGAGAGGAAAATTCATGCTACACTTTATGTATTTATCTAACATTTTGTAATTCTGGGGCT-GAAAAATAGAAGGAAATTAGGTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156698 110 +  48394510 ATGTATTACCCCTATTTTTTCATTAAGAGAGGAAAGTTCATGCTACACTTTATGTATTTATCTAATATTTTGTAATTCTGGGGCT-GAAAAATAGAAGGAAATTAGGTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970038 111 - 196418989 ATGCATCACTCCTATTTTTTCATTAGGAGAGTAAAGTTCAGGCTACACTTTATGTATTTATCTAACATTTTGTAATTCTGGGGTTGGAAAAATAGAAGGAAATTAGGTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2631967.000000
s hg19.chr21     17826846 108 +  48129895 GGTTAGCCTTTATAAAAGACACTTTTACTCTGACATACCACTGGGTGGAGTACATTGCTAGCCCAGAGACTAATATTACTCTATTGAAAGGTAAGAATTTCTGTGCCA
s panTro2.chr21  16554471 108 +  46489110 CGTTAGCCTTTATAAAAGACACTTTTACTCTGACATACCACTGGGTGGAGTACATTGCTAGCCCAGAGACTAATATTACTCTATTGAAAGGTAAGAATTTCTGTGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156808 108 +  48394510 GTTTAGCCTTTATAAAAGACACTTTTACTCTGACATACCACTGGGTGGAGTACATTGCTAGCCCAGAGACTAATATTACTCTATTGAAAGGTAAGAATTTCTGTGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970149 108 - 196418989 GTTTAGCCTTTATAAAAGACATTTTTACTCTGACACACCACTGGGTGGAGTGCATTGCTAGCCCAGAGACTAATATTACTCTATTGAAAGGTAAGAGTTTCTGTGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1062227.000000
s hg19.chr21     17826954 46 +  48129895 GAAGAAACTCCTGATCAGTTTTGAGGTTTTATGTATTGCTTCTAAA
s rheMac2.chr3  165970257 46 - 196418989 GAAGAAACTCCTGATCAATTTTGAGGTTTTATGTATTGCTTCTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156916 46 +  48394510 GAAGAAACTCCTGATCAATTTTGAGGTTTTATGTATTGCTTCTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16554579 46 +  46489110 GAAGAAACTCCTGATCAATTTTGAGGTTTTATGTATTGCTTCTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3473983.000000
s hg19.chr21     17827000 127 +  48129895 ATCTGGACATGTTTAACAATGGCTAAGTGACTAGAATATAATACCAACATTGACTATGCTCTGGCATTATAACTTTCAAGTTTCAGTCCATCATCCCTACACCTTTGGGAGATATGCCTAGAAGACT
s panTro2.chr21  16554625 127 +  46489110 ATCTGGACATGTTTAACAATGGCTAAGTGACTAGAATATAATACCAACATTGACTATGCTCTGGCATTATAACTTTCAAGTTTCAGTCCATCATCCCTACACCTTTGGGAGATATGCCTAGAAGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16156962 127 +  48394510 ATCTGGACATGTTTAACAATGGCTAAGTGACTAGAATATAATACCAACATTGACTATGCTGTGGCATTATAACTTTCAAGTTTCAATCCATCTTCCCTACACCTTTGGGAGATATGCCTAGAAGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970303 127 - 196418989 ATCTGGACATGTTTAACAATGGCTGAGTGACCAGAATATAATGCCAACATTGACTATACTCTGGCATTATAACTTTCAAGTTTCAATCCATCTTTCCTAGATCCTTGGGAGATATGCCTAGAAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3998890.000000
s hg19.chr21     17827127 133 +  48129895 CTGAGAGAATTATGTGGATGAAGGCCATTTTATATTCTAGTCAAAAGAGCAACTGCAGTTTGGTCTGAATTAGTGTTTTAACTCTACATGGAAAGGCATAAAGCTTCTTTTTGATAATGAAATCAAACTGTAC
s panTro2.chr21  16554752 133 +  46489110 CTGAGAGAATTATGTGGATGAAGGCCATTTTATATTCTGGTCAAAAGAGCAACTGCAATTTGGTCTGAATTAGTGTTTTAACTCTACATGGAAAAGCATAAAGCTTCTTTTTGATAATGAAATCAAACTGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157089 133 +  48394510 CTGAGAGAATTATGTGGACGAAGGCCATTTTATATTCTGCTCAAAAGAGCAATTGCAATTTGGTCTGAATTAGTGTTTTAACTCTACATGGAAAAGCATAAAGCTTCTTTTTGATAATGAAATCAAACTGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970430 133 - 196418989 CTGAGAGAATTATGTGGGCGAAGGCCATTTTATATTCTGGTCAAAAGAGCAACTGCAGTTTGGTCTCAATTAGTGTTTTAACTCTACATGGAAAAGCATAAAACTTCTTTTTGATAATGAAATCAAACTGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1312504.000000
s hg19.chr21     17827260 56 +  48129895 CCAGGTATTGAATTTGACTTTTTATTTCATGTTGCTTTGATATAGCTTATTTTGGA
s panTro2.chr21  16554885 56 +  46489110 CCAGGTATTGAATTTGACTTTTTATTTCATGTTGCTTTGATATAGCTTATTTTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157222 56 +  48394510 CCAGGTATTGAATTTGACTTTTTATTTCATGTTGCTTTGACATAGCTTACTTTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970563 56 - 196418989 CCAGGTATTGAATTTGACTTTTTATTTCATGTTTCTTTGATGTAGCTTATTTTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=697304.000000
s hg19.chr21     17827316 37 +  48129895 GCTGAGCCTAATCTTATAATAAAATGAGCTTCTCTAC
s panTro2.chr21  16554941 37 +  46489110 GCTGAGCCTAATCTTATAATAAAATGAGCTTCTCTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157278 37 +  48394510 GCTGAGCCTAATCTTATAATAAAATGAGCTTCTCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970619 37 - 196418989 GCTGAGCCTAATCTTATAATAAAATGAGCTTCTCTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2212268.000000
s hg19.chr21     17827353 100 +  48129895 GATGCCCTGTGGGACTATTATTGTCCATAGCATTTGCCTGAATTTGGCCTTCAGGACTTTATGAATGAGAATAATTTCCTAGTAGGCATTAGCTCTATAT
s panTro2.chr21  16554978 100 +  46489110 AATGCCCTGTGGGACTATTATTGTCCATAGCATTTGCCTGAATTTGGCCTTCAGGACTTTATGAATGAGAATAATTTCCTAGTAGGCATTAGTTCTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157315 100 +  48394510 GATGCCCTGTGGGACTATTATTGTCCATAGCATTTGCCTGAATTTGGCCTTCAGGACTTTATGAATGAGAATAATTTCCTAGTAGGCATTAGTTCTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970656 100 - 196418989 GATACCCTGTGGGATTATTATTGTCCACAGCATTTGCCTGAATTTGGCCTTCAGGACTTTATGAATGAGAATAATATCCTAGTAGGCATTAGTTCTATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1079789.000000
s hg19.chr21     17827453 144 +  48129895 TATTTTCAGTTT-----------CCCCCCATTCCCCTCTCCTCTCTTTAATTTTTTCTCTCTAAGTGCTGGGAAAAGGAACTCTACTAATCAAATCTAAAAATCTCCAACCTTAGAAATTTATTGTGCTTTAAATTTTATAATCTAATAAAATTG
s panTro2.chr21  16555078 143 +  46489110 TATTTTCAGTTT------------CCCCCATTCCCCTCTCCTCTCTTTAATTTTTTCTCTCTAAGTGCTGGGAAAAGGAACTCTACTAATCAAATCTAAAAATCTCCAAACTTAGAAATATATTGTGCTTTAAACTTTATAATCTAATAAAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157415 155 +  48394510 TATTTTCAATTTCCCATACATTTCCCCCCATTCCCCTCTCCTCTCTTTAATTTTTTCTCTCTAAGTGCTGGGAAAGTGAACTCTACTAATCAAGTCTAAAAATCTCCAAACTTAGAAATTTATTGTGCTTTAAACTTTGTAATCTAATAAAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970756 155 - 196418989 TATTTTCAATTTCCCATACATTTCCCCCCATTCCCCTCTCCTCTCTTTAATTTTTTCTCTCTAAGTGCTGGGAAAATGAACTCTACTAATCAAGTCTAAAAATCTCCAACCTTAGAAATTTATTGTGCTTTAAACTTTGTAATCTAATAAAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=283944.000000
s hg19.chr21     17827597 48 +  48129895 AGTCATTTTTACAGAACTATTTAGGATCTATAATTCTAAATATATGTC
s panTro2.chr21  16555221 48 +  46489110 AGTCATTTTTACAGAACTATTTAGGATCTATAATTCTAAATATATGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157570 48 +  48394510 AGTCATTTTTACAGAACTATTTAGGATCTATAATTCTAAATATATGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970911 48 - 196418989 AGTCATTTTTACAGAACTATTTAGGATCTGTAATTCTAAATATATATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=129464.000000
s hg19.chr21     17827645 38 +  48129895 TTTATATTTCAAGTAAAGATTATGTTATATGAAAGAAA
s panTro2.chr21  16555269 38 +  46489110 TTTATATTTCAAGTAAAGATTATGTTATATGAAAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157618 38 +  48394510 TTTATATTTCAAGTAAAGGTTATGTTATACAAAAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165970959 38 - 196418989 TTTATATTTCAAGTAAAGATTATGTTATATGAAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=89893.000000
s hg19.chr21     17827683 35 +  48129895 GAATTCTCACATTGATCATTCTTTTGCCTTGTTTC
s rheMac2.chr3  165970997 35 - 196418989 GAATTTTCACATTGATCATTCTTTTGCCTTGTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157656 35 +  48394510 GAATTCTCACATTGATCATTCTTTTGCCTTGTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1002740.000000
s hg19.chr21     17827718 59 +  48129895 TTTTATTCCTTTAATTTCATTTTCCTGCTCACAGCACCCCTTTATTTTTTCTTAGCTTC
s rheMac2.chr3  165971032 59 - 196418989 TTTTATTCCTTTAATTTCATTTTCCTGCTCACAGGACCCCTTTATTTCTTCTCAGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16157691 59 +  48394510 TTTTATTCCTTTAATTTCATTTTCCTGCTCACAGGACCCCTTTATTTTTTTCTCAGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=202374.000000
s hg19.chr21     17833077 21 +  48129895 TGGTTGAAGAACAAATGCCTT
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s hg19.chr21     17833098 86 +  48129895 AAGAT-AAAAACAATTTTTATATTTAAAACCTACCATTGATTTCACAATAAAGTGCCATATAGCAGGAATATGATTAGCTAAACAAA
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s ponAbe2.chr21  16163019 86 +  48394510 AAGAT-AAAAACAATTTTTATATTTAAAACCTACCACTGATTTCACAATAAAGTGCCATATAGCAGGAATATGATTAGCTAAACAAA
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s rheMac2.chr3  165976406 87 - 196418989 AAGATAAAAAACAATTTTCATATTTAAAACGTACCATTGATTTCACAATAAAGTGCCATATAGCAGGAATATGATTAGCTAAACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=540596.000000
s hg19.chr21     17833184 156 +  48129895 CATATATTGGCTGAAAAAAGTTAATTTTGATCAAATTTTGATCATTCTGTTGTCAGTGTCCATGCTCTGCATACTCAGCCTTCAAATGAAATGTTGATCATCTCCAAAATTTAGGTAACAGGACACCATCtgatgtggtttgagtttgcattccca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16163105 153 +  48394510 CATATATTGGCTGAAAAAAGTTAATTTTGATCAAATT---GTCACTCCATTGTCAGTGTCCATGCTCTGCATACTCAGCCTTCAAATGAAATTTTGATCATCTCCAAAATTTAGGTAACAGGACACCATCtgatgtggtttgagtttgcatcccca
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s rheMac2.chr3  165976493 153 - 196418989 CATATATTGACTGAAAAAAGTTAATTTTAATCAAATT---GTCATTCCATTGTCAGTGTCCATGCTCTGCATACTCAGCCTTCAAATGAAATTTTGATTATCTCCAAAATTTAGGTAACAGGACACCATCtgatgtggtttgagttttcatcccca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=611575.000000
s hg19.chr21     17833340 344 +  48129895 cctaaatcttatatttaattgtgatcctcagtgttggaggagggccctgctgggaggtgactgcatcgtgggggtagtttccaatggttcagcagcatccccctagtggctgctcatttagaagtgtgtggcacttccccatttactctgtctcttcctcctgcttcagtcacgtaggatgtgccagcttcttcttcatcttcctccatgattgtaagtttcctgaggcctccacagacaggcttcctgtacagcctgtggaatgctgagccaattgaacctcttttcttcataacttacccagtcttaggtagttctttatagcaatatgagcacggactaat
s rheMac2.chr3  165976646 344 - 196418989 cctaagtcttatatttaattgtgatcctcagtgctggaggagggctctgctgggaggtgattgcatcatgggagtggtttctaatggttcagcagcatccccatagtggctgctcgtttaaaagtgtgtggcacttccccatttactctgtctcttcctcctgcttcagccacataggatgtgccagcttctcctttgccttcctccacgattgtaagtttcctgaggcctccccagacaggcttcctgtatagcctatggaatgctgagccaattgaacctctattctttataacttacctagtctcaggtagttctttacaccagtatgagcacggactaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16560948 344 +  46489110 cctaaatcttatatttaattgtgatcctcagtgttggagaagggccctgctgggaggtgactgcatcatgggggtagtttccagtggttcagcagcatccccctagtggctgctcatttagaagtgtgtggcacttccccatttactctgtctcttcctcctgcttcagtcacgtaggatgtgccagcttctccttcaccttcctccatgattgtaagtttcctgaggcctccacagacaggcttcatgtacagcctgtggaatgctgagccaattgaacctcttttctttataacttacccagtcttaggtagttctttatagcaatatgagcacgtactaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=346655.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977179 18 - 196418989 TAATTCTTTGGGTCTTAG-------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165977197 83 - 196418989 AATAAATGAGAATAGACTTATAGATATTTACAATCCTATTTGCAAGTCTCCATCATTTTATAGGTAAAACCTAAATTCTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16163822 83 +  48394510 AATCAATGAGAACAGACTTAGAGATATTTACAACCCTATTTGCAAGTCTCTATCATTTTATAGGTAAaacctaaattcttcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16561512 83 +  46489110 AATCAATGAGAATAGACTTATAGATATTTACAATCCTATTTGCAAGTCTCCATCATTTTATAGGTAAaacctaaattcttcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=907571.000000
s hg19.chr21     17833987  95 +  48129895 t------ttaaaatttcatatagttcctttttattctgttcttaatggagaATATATTATATATGTTTAAGTAAATCCGATGCTTTTCTTTTTTCCATCAA
s panTro2.chr21  16561595  95 +  46489110 t------ttcaaatttcatatagttcctttttattctgtccttaatggagaATATATTATATATGTTTAAGTAAATCCGATGCTTTTCTTTTTTCCATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16163905  95 +  48394510 t------ttaaaatttcatatagttcctttttattctgttcttaatggagaATACATTATATATGTTTAAGTAAATCCAATGCTTTTCTTTTTTCTGTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977280 101 - 196418989 TTTAAAATTAAAATTTCATATAGTTCCTTTTTATTCTGTTCTTAATGGAGAATACATTATATATGTTTAAGTAAATCCAGTCCTTTTCTTTTTTCCATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17834082 79 +  48129895 AGAAGTCCAAAATTCATCTTTTTTGTCTTTGTTGATTTCTGTTTCCCAAGTTCTCAGAATGCAGCTTAAATGAAAAGCA
s panTro2.chr21  16561690 79 +  46489110 AGAAGTCCAAAATTCATCTTTTTTGTCTTTGTTGATTTCTGTTTCCCAAGTTCTCAGAATGCAGCTTAAATGAAAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164000 79 +  48394510 AGAAGTCCAAAATTCATCTTTTTTGTCTTTGTTGATTTCTGTTTCCCAAGTTCTCGGAATGCAGCTTAAATGAAAATCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977381 79 - 196418989 AGAAGTCCAAAATTCATACTTTTTGTCTTTGTTGACTTCTGTTTCCCAAGTTCTCAGAATGCAGCTTAAATGAAAAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17834161 147 +  48129895 CCAAGAAAGGATGATTTAACAGCTTAGACAAATTTGTATTTAAGAGCAGATGAATCTGGGAGGGGTTGGATTCCTTAGAACAGGAGTTCTTGTGGGAGTATTTGTAGGGTGGGTGAGGTGCTGCAGCAGAAATAGGATGAATATTTT
s panTro2.chr21  16561769 147 +  46489110 CCAAGAAAGGATGATTTAACAGCTTAGACAAATTTGTATTTAAGAGCAGATGAATCTGGGAGGGGTTGGATTCCTTAGAACAGGAGTTCTTGTGGGAGTATTTGTGGGGTGGGTGAGGTGCTGCAGCAGAAATAGGATGAATATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164079 147 +  48394510 CCAAGACAGGATGATTTAACAGCTTAGACAAATTTGTATTTAAGAGCAGATGAATCTGGGAGGGGTTGGATTCCTTAGAACAGGAGTTCTTGTGGGAGTATTTGTGGGGTGGGTGAGGTGCTACAGCAGAAATAGGATGAATATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977460 147 - 196418989 CCAAGAAAGGATGATTTAACAGCTTAGACAAATTTGTATTTAAGAGCAGATGAATCTGGGAGGGGTTGGATTCCTTAGAACAGGAGCTCTTGTGGGAGTATTTGTGGGGTGGGTGAGGTGCTACAGCAGAAATAGGATGAATATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=276615.000000
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s panTro2.chr21  16561916 26 +  46489110 CAAGAAGCTGTCCAACCCTCTCTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164226 26 +  48394510 CAAGAAGCTGTCCAACCCTCTCTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977607 26 - 196418989 CAAAAAGCTGTCCAACCTTCTCTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=28824.000000
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s panTro2.chr21  16561942 19 +  46489110 TGCCCTTTATAGTCAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977633 19 - 196418989 TGCCCTTTATAGTCAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=451397.000000
s hg19.chr21     17834353 45 +  48129895 AAAAGTGAAAGATTACTTCCTCAGGTAATGTGCTCTGACTCCATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977652 45 - 196418989 AAAAGTGAAAGATTACTTCCTCAGGTAATGTGCTCTGACTCCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=477928.000000
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s panTro2.chr21  16562052 45 +  46489110 GACATTTCTCAATGATGCCTACATTATGTTTCATTCTCCTTTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164361 45 +  48394510 GACATTTCTCAATGATGCCTACATTATGTTTCATTCTCCTTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977743 45 - 196418989 GACATTTCTCAATGATGCCTACATTATGTTTCATTCTCCTTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=709174.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164406 111 +  48394510 GACAGGCAAAGTATTAGGTGGTATGTGGGTTAAGCATGGTAAAAAATAATGATGATAGTGATTACATTTGTGAAAAATCTTAAAGCATATTATGGATCAGTGAAACACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977788 110 - 196418989 GACAGGGAAAGTATTAAATGCTATGTGGGTTAAACATGGT-AAAAATAATGATGATAGTGATTACATTTGTGAAAAATCTTAAAGCATATTATGGATCAGCAAAACACCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-186171.000000
s hg19.chr21     17834599 25 +  48129895 TATATTAGAATCTCTCTCTTTCTCT
s panTro2.chr21  16562208 25 +  46489110 TATATTAGAATCTCTCTCTTTCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164517 19 +  48394510 TATATTAGAATCTC------TCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977898 25 - 196418989 TATATTAGAATCTCTCTCTTTCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-244213.000000
s hg19.chr21     17834624 23 +  48129895 ATTTGTATCTCTAGCTCTTTAAA
s panTro2.chr21  16562233 23 +  46489110 ATTTGTATCTCTAGCTCTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164536 23 +  48394510 ATTTGTATCTCTAGCTCTTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977923 23 - 196418989 ATTTGTATCTCTAGCTCTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=594861.000000
s hg19.chr21     17834647 63 +  48129895 TGATTGTATTATAAGCAGTTCACCCTTTCTGTGATTACTAGAAATACAGCTTCCCCTTCACCA
s panTro2.chr21  16562256 63 +  46489110 TGATTGTATTATAAGCAGTTCACCCTTTCTGTGATTACTAGAAATACAGCTTCCCCTTCACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164559 63 +  48394510 TGATTGTATTATAAGCAGTTCACCCTTTCTATGATTACTGGAAATACAGCTTCCCCTTCACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165977946 63 - 196418989 TAATTGTATTATAAGCAGTGCACCCTTTCTGTGATTACTGGAAATATAACTTCCCCTTCACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=618616.000000
s hg19.chr21     17834710 127 +  48129895 GGAAGGAAAATATGTTCTGCTGcacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgcaTTTTGCCAGTGGATTCTCCCACAAGGACAAGTGTAGCTGACTACATTTCAGGG
s panTro2.chr21  16562319 115 +  46489110 GGAAGGAAAATATGTTCTGCTGcacag------------acacacacacacacacacacacacacacacacgcaTTTTGCCAGTGGATTCTCCCACAAGGACAAGTGTAGCTGACTACATTTCAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164622  84 +  48394510 GGAAGGAAAATATGTTCTACTGcacag------------------acacacacacacacacacacacacacacaTTTTGCCAATGGATTCTCCCACAAGGAC-------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 7
s rheMac2.chr3  165978009 111 - 196418989 GGAAGGAAAATATGTTCTGCTGcacac----------------acacacacacacacacacacacacacacaTATTTTGTCAATGTATTCTCCCACGAGAACAAGTGTACCCGACTACATTTCAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38219.000000
s hg19.chr21     17834837 11 +  48129895 AATTACATGGG
s panTro2.chr21  16562434 11 +  46489110 AATTACATGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165978120 11 - 196418989 AATTACACAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16164706  7 +  48394510 I

a score=715552.000000
s hg19.chr21     17834848 100 +  48129895 GAGAGTAAGTGAGGAAGTGAAAGAAGGGAAGAGGGGACACGTAGCTGTGTGTTCATCTAGACCCACCTAAAGTTCCATTTTATCATTCGAAAAAAAAGGG
s panTro2.chr21  16562445 100 +  46489110 GAGAGTAAGTGAGGAAGTGAAAGAAGGGAAGAGGGGACACGTAGCTGTGTGTTCATCTAGACCCACCTAAAGTTCCATTTTATCATTCAAAAAAAAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165978131 100 - 196418989 GAGAGTAAGTGAGGAAGTGAAAGAAGGGAAGAGGGGACACGTAGCTGTGTGTTCATCTAGACCCACCTTAAGTTCCATTTTATCATTCGAAAAAAAAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16164706   7 +  48394510 I

a score=765267.000000
s hg19.chr21     17834948 53 +  48129895 TGTGGCTAAGAGATGGGCATAATTAATAAACTGTTTTAGTCTTTTGGCCATTT
s panTro2.chr21  16562545 53 +  46489110 TGTGGCTAAGAGATGGGCATAATTAATAAACTGTTTTAGTCTTTTGGCCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164713 53 +  48394510 TGTGGCTAAGAGATGGGCATAATTAATAAACTGTTTTAGTCTTTTGGCCATTT
i ponAbe2.chr21 I 7 C 0
s rheMac2.chr3  165978231 51 - 196418989 TGTGACT--GAGACGGGCATAATTAATAAACTATTTTAGTCTTTTGGCCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=409194.000000
s hg19.chr21     17835001 61 +  48129895 TAAATGAAACAATTCATGTAATATTTAATATTCTTGTTATTGAAATTATATTACTGTATGT
s panTro2.chr21  16562598 61 +  46489110 TAAATGAAGCAATTCATGTAATATTTAATATTCTTGTTATTGAAATTATATTACTGTATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164766 61 +  48394510 TAAATGAAACAATTCATGTAATATTTAATATTCTTGTTATTGAAATTATGTTACTGTATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=407622.000000
s hg19.chr21     17835062 42 +  48129895 TTTTATATAGTTCTTACAATTGTAATATGTTTCTAAATAGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16164827 42 +  48394510 TTTTATATAGTTCTTACAATTGTAATATGTTTCTAAATAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165978343 42 - 196418989 TTTTATATAGGTCATGCAATTGTAATATGTTTCTAAATAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=94150.000000
s hg19.chr21     17835104 83 +  48129895 TGTGTAATATTGACTAAATTCAATTATTTTAAGTCCACCTTTTAAAAACATGCTATTTGTTTTGTTTTATCTTGGTGTACCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165978385 83 - 196418989 TGTGTAATATTGACTAAATTCAATTATTTTAAGTCCACCTTTTAAAAACATGCTATTTGTTTTGTTTTATCTTGGTGTACCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1433800.000000
s hg19.chr21     17835187 1181 +  48129895  
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16566561 108 +  46489110 tgaattccgtcatttcaactcttgctagtatgctgctatttctcccaatttttgtctccaacaaaatgacttcgtacctgagccacatggccatttcctctaggtagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165982278 107 - 196418989 ttaattccataatttcaactcttgcttgtatactgctatttctcccaa-ttttgtctccaacaaaatgacttcgtacctgagccacatggccatttcctctaggtagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16168736  10 +  48394510 I

a score=245650.000000
s hg19.chr21     17839072 30 +  48129895 tctactagtatatcttaaatctcaaagcca
s panTro2.chr21  16566669 30 +  46489110 tctactagtatatcttaaatctcaaagcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16168746 30 +  48394510 TCTACTAGTATATCTTAAATCTCAAAGCCA
i ponAbe2.chr21 I 10 C 0
s rheMac2.chr3  165982385 30 - 196418989 tctactagtatatcttaaatctcaaagcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1332732.000000
s hg19.chr21     17839102 158 +  48129895 tacctcagcattttcttcttcaagtttatggttactcttatgctggctctcctaggtgatgacttcagaatgagccaatttaccaagctgatatttaggagtcatctatgactcctccttaagcctcattacccatatctgactttttccaatatagc
s panTro2.chr21  16566699 158 +  46489110 tacctcagcattttcttcttcaagtttatggttactcttatgctggctctcctaggtgatgacttcagaatgagccaatttaccaagctgatatttaggagtcatctatgactcctccttaagcctcatcacccatatctgactttttccaatatagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16168934 71 +  48394510 ttcctaaatatttcttgaaaatttccctcctctccctgtgtatttccactgccttctttagaactctcatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165982721 90 - 196418989 AAAGAAAAACCTTGACATAGTAATTCAAGCATACACTGAAAGTCCACCATCGCTGTATGGCAAAAATAGCACATGTAGCATTAGTGTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16567095 34 +  46489110 GACTCCCTATTTTTGTATCTATGaaaaatattac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16169172 34 +  48394510 GACTCCCTGTTTTTGTATCTATGaaaaatattac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165982811 34 - 196418989 GACTCCCTAGTTTTGTATCTATGaaaaatattac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17839532 89 +  48129895 taattaattaaaatattctattttgttgttttaatatttatttaGAAAGATTCTAAGGAATTCTCAAAACAGAAGCCACCCAATCACAT
s panTro2.chr21  16567129 89 +  46489110 taattaattaaaatattctattttgttgttttaatatttatttaGAAAGATTCTGAGGAATTCTCAAAACAGAAGCCACCGAATCACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16169206 89 +  48394510 taattaattaaaatattctattttgttgttttaatatttatttagaaaaattCTGAGGAATTCTCAAAACAGAAGCCACCCAATGACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165982845 88 - 196418989 taattaatt-aaatattctattttgttgttttaatatttatttaGAAAGATTCTGAGGAATTCTCAAAACAGAAGTCACCCAATCACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16169295 132 +  48394510 CATATAAGATTTGGCAAATAAGAGTAAAGGCATTTGCCATATTGATTAGGATAAACCCCATAATGCAGCCCTATGTCATCCATGATCTGACCTTGGTCAGATTTTCCTGCTTTGTCTCCAGCCGTTCCCTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17840058 13 +  48129895 CTTATGTGTTTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17840071 51 +  48129895 TTAGCCTACTGATAGACACTGAGAAACACAATTTTATTAGTCTAGCAATTT
s panTro2.chr21  16567668 51 +  46489110 TTAGCCTACTGATAGACACTGAGAAACACAATTTTATTAGTCTAGCAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16169745 51 +  48394510 CTAGCCTACTGATAGACACCGAGAAACACAATTTTACTAGTCTAGCAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17840122 54 +  48129895 TCAGACAACTTATATAGTAACTAGCACATCAGCAAGCACTGTATAAGATGAGTC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16169796 54 +  48394510 TCAGACAACTTGTATAGTAACTGGCACATCAGCAAGCACCGCATAAGATGAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16567719 54 +  46489110 TCAGACAACTTATATAGTAACTAGCACATCAGCAAGCACTGTATAGGATGAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  165983488 81 - 196418989 CATTAACTTTGAAAATATTGCTGCACATGTAAAATATCAGATTTATTTAGGAGAGGTATTTATTTGTCTTTTCCTAAAGCA
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s hg19.chr21     17840257 88 +  48129895 CAGTTCACAAACTTCTATCATGCACTCTTCAGGCAATCCAGTCTTCCCTTAATCCACATAATTAATTTACATTGCTAGGCTGCTGTGG
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a score=454321.000000
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a score=-60610.000000
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s hg19.chr21     17840431 81 +  48129895 AGTTAAAGACTGTAGAGAAAACCAGCTTTTTTT-GGGAAATTGTTCCCAAACACCTAAATTCTGTTTTCTTTTGTCATGAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=499049.000000
s hg19.chr21     17840512 87 +  48129895 TATTACTATATATTATATATTAAAGCCATGTATACTTTATATTTATTTTCCTTCCCAATGTTTAAAAAACACATATTCACTGTATAT
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s rheMac2.chr3  165983824 86 - 196418989 TATTACTATACATTATATACTAAAG-tatatatattttatatttattttCCTTCCCAATGTTTAAAAAATACATATTCACTGTATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=700447.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=495037.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165983976 65 - 196418989 GCAAAATTGTTTATACTGTAGTTCATACTACTTTTCTGGTCTTCTTAGTCATAAACCAAAGACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=143951.000000
s hg19.chr21     17840730 40 +  48129895 GATTCGCAGATTTAAAAGTAGATATAATATCTCTATATGg
s panTro2.chr21  16568327 40 +  46489110 GATTCGCAGATTTAAAAGTAGATATACTATCTCTATATGg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16170403 40 +  48394510 GATTCGCAGATTTAAAAGTAGGTATAATATCTCTATATGg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165984041 40 - 196418989 GATTCGCAGATTTAAAAGTAGGTATAATATCTCTGTATGg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=234231.000000
s hg19.chr21     17840770 117 +  48129895 gtcgagcatggtggctcatgcctttaatctcagcattttgagaggcagagttggtagatcacttgaacccaggagttcaagaccagcctgggcaacatggtaaaaacccatctctac
s rheMac2.chr3  165984081 117 - 196418989 gtcaggcatggtggctcatgccttaaatctcagcattttgggaggccgaggtggtagatcacttgaacccaggagttcaaaaccagcctgggcaacacggtgaaaacccatatctac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16170443 117 +  48394510 gtcgagcatggtggctcatgcctttaatctcagcattttgagaggcagagttggtagatcacttgaacccaggagttcaagaccagcctgggcaacatggtaaaaacccatctctac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16568367 117 +  46489110 gtcgagcatggtggctcatgcctttaatctcagcattttgagaggcagagttggtagatcacttgaacccaggagttcaagaccagcctgggcaacatggtaaaaacccatctctac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=234732.000000
s hg19.chr21     17840887 117 +  48129895 aaaagaatac-aaaaaaagtagccaggcatggtgccatgtgcctatagtcccagctacttgggaggctgaggtgggaggattgcttgaacccgtgaggttgaggttacagttagccgc
s rheMac2.chr3  165984198 117 - 196418989 aaaagaatac-aaaaaaattagccaagcatggtgccatgtgcttgtagtcccagctacttgggaggctgaggtgggaggattgcttgaacccgggaggttgaggttacagttagccac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16170560 118 +  48394510 aaaagaatacaaaaaaaagtagccaggcatggtgccatgtgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggtaggaggattgcttcaacccgggaggttgaggttacagttagccac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16568484 117 +  46489110 aaaagaatac-aaaaaaagtagccaggcatggtgccatgtgcctatagtcccagctacttgggaggctgaggtgggaggattgcttgaacccgtgaggttgaggttacagttagccgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=79625.000000
s hg19.chr21     17841004 44 +  48129895 aattgcaccactgcactccagtctgggtgcttgtgtggcagagc
s panTro2.chr21  16568601 44 +  46489110 aattgcaccactgcactccagtctgggtgcttgtgtgacagagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16170678 44 +  48394510 aattgcaccactgcactccagcctgggtgcttatgtgacagagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165984315 44 - 196418989 agttgcaccactgcactccagcccgggtgcttgtgtgacagagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=35450.000000
s hg19.chr21     17841048 37 +  48129895 aagacaccattccaaaaaagaaaaggcagaaaaaaac
s rheMac2.chr3  165984359 35 - 196418989 atggcaccattcccaaaa--gaaaagaagaaagaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16568645 37 +  46489110 aagacaccattccaaaaaagaaaaggcagaaaaaagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=303674.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165984394 100 - 196418989 aaaaCAACTCTATGTTTCCTGGAGAAATTTGCTGTTAACATTTATTCTTATATATCAATATATTTTAGAGTCCTTAGGATCTACACGTTTTTTCTCAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=371693.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=352930.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172951.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165984675 115 - 196418989 CTTAGTGTCACAATACAAATGCTCTGTAATGTGATCCAATAGTATAAGATTTTGAGCAGGAACTTACATGAACAGGATCCCATATTTTTCATGAAATTTTTTGAGAATCATGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=557390.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=833856.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=587259.000000
s hg19.chr21     17841630 61 +  48129895 CTGTGTGAACTGGTCTACTCATAGAGATGAATGGAAAGCTCCCCAGAAGTATAA-TAAAAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569220 61 +  46489110 CTGTGTGAACTGGTCTACTCATAGAGATGAATGGAAAGCTCCCCAGAAGTATAA-TAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=263966.000000
s hg19.chr21     17841691 46 +  48129895 TTATGCGGAAAAGTAGTCATGTGGTAAACAGAAATAGTACCTTGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1262716.000000
s hg19.chr21     17841737 111 +  48129895 ATCCTTGTTTCAGGTTAGCCAGACACATGAATTTCATCTGTAGGAAAATGGAGAAAAAATATCTGGCCATGGGTTTGACTGATTCCTGTTCTTATTAAGTATGTATCTTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16171411 111 +  48394510 ATCCTTGTTTCAGGTTAGCCAGACACACGAATTTCATCTGTAGGAAAATGGAGAAAAAATATCTGGCTATGGGTTTGACTGATTCCTGTTCTTATTAAGTATGTATCTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985044 111 - 196418989 ATCCTTGTTTCAAGTTAGCCAGACAAAGAAGTTTCATCTGTAGGAAAATGGAGAAAAAATATCTGGCCATGGGTTTGACTGATTCCTGTTCTTATTAAGTATGTATCTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=858956.000000
s hg19.chr21     17841848 103 +  48129895 TGTGAGAGAGAAGAGACAGGAATCATTTCTTATATATTACAGCTTAattcactcatccactagtgtttcctgagcactttacacatgccaggaataataaaca
s panTro2.chr21  16569438 103 +  46489110 TGTGAGAGAGAAGAGACAGGAATCATTTCTTATATATTACAGCTTAattcactcatccgctagtgtgtcctgagcactttacacatgccaggaataataaaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16171522 103 +  48394510 TATGAGAGAGAAGAGACAGGAATCATTTCTTATATATTACAGCTTAattcactcatccactagtgtttcctgagcactttacacatgccaggaataataaaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985155 101 - 196418989 TGTGAGAGGGAAGAGACAGGAATCATTTCTTACATGTTACAGCTTAATTCCCTCATCCACTAGTGTTTCCTGAGCACTTTACACATGCCAGGAATAATAAA--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-245600.000000
s hg19.chr21     17841951 38 +  48129895 cagaattgaccacttttgtagagcttatagtctagtgg
s ponAbe2.chr21  16171625 38 +  48394510 cagaactgaccacttttgtagagcttatagtctggtgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569541 38 +  46489110 cagaattgaccacttttgtagagcttatactctagtgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165985256  0 - 196418989 C

a score=211819.000000
s hg19.chr21     17841989 38 +  48129895 cagaagaggcagattattcagtacccacacaaacaaaa
s panTro2.chr21  16569579 38 +  46489110 cagaagaggcagattattcagtacccacacaaacaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16171663 38 +  48394510 cagaagaggcagattattcagtacccatacaaacaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165985256  0 - 196418989 C

a score=107173.000000
s hg19.chr21     17842027 32 +  48129895 gtaaaatttttactgtcacaattgctgagaag
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s panTro2.chr21  16569617 32 +  46489110 gtaaaatttttactgtcacaattgctgagaag
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e rheMac2.chr3  165985256  0 - 196418989 C

a score=86696.000000
s hg19.chr21     17842059 56 +  48129895 tgcacagtaaacagtgaataatcagggtggtggggaaggcctgtctaaggaggaaa
s ponAbe2.chr21  16171733 56 +  48394510 tgcacagtaaacagtgaataatcagggtggtggggaaggcctgtctaaggaggaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569649 56 +  46489110 tgcacagtaaacagtgaataatcagggtggtggggaaggcctgtctaaggaggaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165985256  0 - 196418989 C

a score=75453.000000
s hg19.chr21     17842115 38 +  48129895 cactttggttgaaatctggaggatgggtggacgttaac
s ponAbe2.chr21  16171789 38 +  48394510 cactttggttgaaatctggaggatgggtggacgttaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569705 38 +  46489110 cacttcggttgaaatctggaggatgggtggacgttaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165985256  0 - 196418989 C

a score=-40881.000000
s hg19.chr21     17842153 14 +  48129895 caggcaacaaaagg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569743 14 +  46489110 caggcaacaaaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=290763.000000
s hg19.chr21     17842167 38 +  48129895 aaagaCAGCTGTGCAGTAACTTTATTACGGATACACAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16171841 38 +  48394510 aaagaCAGCTGTGCAGTAACTTTATTATGGGTACACGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=160375.000000
s hg19.chr21     17842205 29 +  48129895 TTTCTT-AGAAAGTTAAAAGCTACATATAC
s panTro2.chr21  16569795 29 +  46489110 TTTCTT-AGAAAGGTAAAAGCTACATATAC
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s ponAbe2.chr21  16171879 30 +  48394510 TTTCTTAAGAAAGGTAAAAGCTACATATAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=260720.000000
s hg19.chr21     17842234 36 +  48129895 AAAGCACATATGCTGACTTCAGACCGTTGTTGGTAT
s rheMac2.chr3  165985338 36 - 196418989 AAAGCATATATGCTGACTTCAGACTGTCGTTGGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16171909 36 +  48394510 AAAGCACATATGCTGACTTCAGACCGTTGTTGGTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569824 36 +  46489110 AAAGCACATATGCTGACTTCAGACCGTTGTTGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=280514.000000
s hg19.chr21     17842270 50 +  48129895 TTGCGTGGGATAGAGGGGAAAGGGAATGCATTGGGTGAAACTTTGGTTGT
s rheMac2.chr3  165985374 50 - 196418989 TTGGGTGGGATAGAGGGGAAAGGGAATGCATTGGGTGAAACTTTGGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16171945 50 +  48394510 TTGCGTGGGTTAGAGGGGAAAGGGAATGCATCGGGTGAAACTTTGGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569860 50 +  46489110 TTGCGTGGGATAGAGGGGAAAGGGAATGCATTGGGTGAAACTTTGGTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=252480.000000
s hg19.chr21     17842320 58 +  48129895 AGTAAGACATTTATTCAGCTtgcagcttacattctggaaagtcagccagataaacatt
s rheMac2.chr3  165985424 58 - 196418989 ACTAAGACATTTATTCAGCTtgcagcttacattctggaaagtcagacagataaacatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16171995 58 +  48394510 AGTAAGACATTTATTCAGCTtgcagcttacattctggaaagtcagccagataaacatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569910 58 +  46489110 AGTAAGACATTTGTTCAGCTtgcagcttacattctggaaagtcagccagataaacatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1497.000000
s hg19.chr21     17842378 26 +  48129895 ttatcatttagcaaatacgtaacata
s rheMac2.chr3  165985482 26 - 196418989 ttaccatttagcaaatatgtaacaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172053 26 +  48394510 ttatcatttagcagatacgtaacata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569968 26 +  46489110 ttatcatttagcaaatacgtaacata
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=303873.000000
s hg19.chr21     17842404 69 +  48129895 gacagcaataaacgatacaaaaaatagtaaagcagaataagaaaatgaaaggttaggagtgatgtcgtt
s rheMac2.chr3  165985508 68 - 196418989 gacagcaataaactat-taaaaaatagtaaagcagaataagatgatgaaaggttaggagtgatgtcatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172079 69 +  48394510 gacagcaataaacgatacaaaaaacagtaaagcagaataagaaaatgaaaggttaggagtgatgtcgtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16569994 69 +  46489110 gacagcaataaacgatacaaaaaatagtaaagcagaataagaaaatgaaaggttaggagtgatgtcgtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=234036.000000
s hg19.chr21     17842473 62 +  48129895 ttagattgactgttaaaggaagtcctttctgagaagttacctgaatgaagtgagatagtaaa
s panTro2.chr21  16570063 62 +  46489110 ttagattgactgttaaaggaagtcctttctgagacgatacctgaatgaagtgagatagTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172148 62 +  48394510 ttagattgactgttaaaggaagtcctttctgagaagacacctgaatgaagtgagatagtaaA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985576 62 - 196418989 ttagattgactgttaagggaagtcctttctgagaagatacctgaatgaagtgagagagTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-17163.000000
s hg19.chr21     17842535 21 +  48129895 taatgAGCTAGGTTCTTTTAG
s panTro2.chr21  16570125 21 +  46489110 TAGCGAGCTGGGTTCTTTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172210 21 +  48394510 TAGTGAGCTAGGTTCTTTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985638 21 - 196418989 TAGTGAGCTAGGTTCTTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=74230.000000
s hg19.chr21     17842556 28 +  48129895 C--TTTTTTTAAGAGATAGAGAAAAAGATA
s rheMac2.chr3  165985659 30 - 196418989 TAGTTTTTTTAAGAGATAGAGAAAAAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172231 28 +  48394510 C--TTTTTTTAAGAGATAGAGAAAAAGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16570146 28 +  46489110 C--TTTTTTTAAGAGATAGAGAAAAAGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=174368.000000
s hg19.chr21     17842584 59 +  48129895 ATGAAAGCGAGCATGGCAAAATGGTAATACCT----ATTCTAGATTTCATACTTACAGCCTAT
s rheMac2.chr3  165985689 62 - 196418989 ATGAAAGCGAGCATGGCAAAATGGTAATACCTATTAATTCCAGATTTTATACTTAGAGACTG-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172259 58 +  48394510 ATGAAATCGAGCATGGCAAAATGGTAAGACCT----ATTCCAGATTTCATACTTACAGCCTA-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16570174 58 +  46489110 ATGAAAGTGAGCATGGCAAAATGGTAATACCT----ATTCTAGATTTCATACTTACAGCCTA-
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=232129.000000
s hg19.chr21     17842643 79 +  48129895 TTTTTTTTATTATTTTTGACTCTTCTGAGCTTTTGCATTTTGAAGTATTTAAAAAGTAATTTTATAATGCATATGTTTG
s rheMac2.chr3  165985751 77 - 196418989 --ATTTTTATTATTTTTGACTCTTCTGTACCTTTATATTTTGAAGCATTTAAAAAGTAATTTTATAATGTATATATTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172317 78 +  48394510 -TTTTTTTATTATTTTTGACTCTTCTGAACTTTCGTATTTTGAAGTATTTAAAAAGTAATTTTATAATGCATATGTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16570232 79 +  46489110 TTTTTTTTATTATTTTTGACTCTTCTGAGCTTTTGCATTTTGAAGTATTTAAAAAGTAATTTTATAATGCATATGTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-44889.000000
s hg19.chr21     17842722 17 +  48129895 TGACCACTTGGGGCCAC
s panTro2.chr21  16570311 17 +  46489110 TGACCAGTTGGGGCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172395 17 +  48394510 TGACCAGTTGTGGCCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985828 17 - 196418989 TGACCAGTTGGGGCCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=34616.000000
s hg19.chr21     17842739 6 +  48129895 ATTCAG
s panTro2.chr21  16570328 6 +  46489110 ATTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172412 6 +  48394510 ATTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985845 6 - 196418989 ATTCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212036.000000
s hg19.chr21     17842745 62 +  48129895 CCTAGATGAGCGATTGAGGAGTAGGCTAGGACTTTGTGTAGTTGTGTTTGGTTGAGTCCGCC
s panTro2.chr21  16570334 62 +  46489110 CCTATGTGAGCGATTGAGGAGTAGGCTAGGACTTTGTGTAGTTGTGTTTGGTTGAGTCTGCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172418 55 +  48394510 CCTATGTGAGCGATTGAGGAGTAGGCTAGGACTT-------TCGTGTTTGGTTGAGTCCGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985851 62 - 196418989 CCTTTGTGAGCGATTGAGGAGTAGGCTAGGATTTTTTGTAGTTGCATTTGGTTGAGTCCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=87551.000000
s hg19.chr21     17842807 29 +  48129895 TCAGCCGCCTATTAGGATGGATAATATTG
s panTro2.chr21  16570396 29 +  46489110 TCAGCCGCCTATTAGGATGGATAATATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172473 29 +  48394510 GCAGCCGCCTATTAGGATGGATAATATCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985913 29 - 196418989 TCAGCCGCCTATTAGGATGGATAGTATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-197537.000000
s hg19.chr21     17842836 28 +  48129895 CTATAGACAGAGGGAAGCTGGTGTCTGT
s panTro2.chr21  16570425 28 +  46489110 CTATAGACAGAGGGAAGCTGGTGTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172502 28 +  48394510 CTATAGATAGAGGGAAGCTGGTGTCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165985942 28 - 196418989 CGGTAGATAGAGGGAAGTTGGTGTCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=190565.000000
s hg19.chr21     17842864 44 +  48129895 TAGGTCCTGAAAGAATCCAGTTCGGCATTGACAGGTAAGAGTTA
s rheMac2.chr3  165985970 43 - 196418989 TAGGTCCTGAGAGAATCCAGTTTGGCATTGACA-GTAGGAGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172530 44 +  48394510 TAGGTCCTGAAAGAATCCAGTTCGGCATTGACAGGTAAGAGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16570453 44 +  46489110 TAGGTCCTGAAAGAATCCAGTTCGGCATTGACAGGTAAGAGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=389176.000000
s hg19.chr21     17842908 55 +  48129895 CATGTGAGAGGAAACTAAAGAATTGGGTAGGCAGTAAGCCAGCAGGTCCTTGTAG
s panTro2.chr21  16570497 55 +  46489110 CATGTGAGAGGAAACTAAAGAATTGGGTAGGCAGTAAGCCAGCAGGTCCTTGTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172574 55 +  48394510 CATGTGAGAGGAAACTGAAGAAGTGGGTAGGCAGTAAGCCAGCAGGTCCTTGTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165986013 55 - 196418989 CATGTGAGAGGAAACTAAGGAAGTGTGTAGGCAGTAAGCCCGCAGGTCCTTGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=82459.000000
s hg19.chr21     17842963 58 +  48129895 ATTGTTAAGAAGTTCAGTCTCTTTTCTAGGAGCAATGGGAAGATGTTGAATGGTTTTT
s panTro2.chr21  16570552 58 +  46489110 ATTGTTAAGAAGTTCAGTCTCTTTTCTAGGAGCAATGGGAAGATGTTGAATGGTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172629 58 +  48394510 ATTGTTAAGAAGTTCAGTCTCTTTTCTAGGAGCAATGGGAAGATGTTGAATGGGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165986068 57 - 196418989 CTTGTTAAGACGTTGAGTCTTTTTTCTAGGAGCAATGGGAAGATGTTGAATGG-TTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=452451.000000
s hg19.chr21     17843021 69 +  48129895 CTTGCAGGGGTAAAAGTGATATGATTGGTTTTGCATTGAAGAATTTAACATTTtccattcattcaagaa
s panTro2.chr21  16570610 69 +  46489110 TTTGCAGGGGTAAAAGTGATATGATTGGTTTTGCATTGAAGAATTTAACATTTtccattcattcaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172687 69 +  48394510 TTTGCAGGGGTAAAAGTGATATGATTGGTTTTGCATTGAAGAATTTAAAATTTtccattcattcaagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165986125 69 - 196418989 TTTGCAGGGGTAAAAGTGATATGATTGGTTTTGCATTGAATAATTTAAAATTTtccattcattcaagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377373.000000
s hg19.chr21     17843090 70 +  48129895 attttaagcttgcagctaccatttgtcaggttctgttccaaatatgtggacatatatttgtaaaaaacca
s panTro2.chr21  16570679 70 +  46489110 attttaagcttgcagctaccatttgtcaggttctgttccaaatatgtggagatatatttgtaaaaaacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172756 70 +  48394510 attttaggcttgcagctaccatttgtcaggttctgttccaaatatgtggagatatatttgtaaaaaacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165986194 67 - 196418989 attttaagcttgcagctaccatttgtcaggttctgttccaagtatgtggagatatatttgtaaaaaa---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=527924.000000
s hg19.chr21     17843160 53 +  48129895 gataggcctttacactcagaaaactcgaagtgcaaaggtaggtgaAGTTTTTG
s panTro2.chr21  16570749 53 +  46489110 gataggcctttacactcagaaaacttgaagtgcaaaggtaggtgaAGTTTTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172826 53 +  48394510 gataggcctttacactcagaaaacttgaagtgcaaaggtaggtgaAGTTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165986261 52 - 196418989 -acaggcctttacactcagagaacttgaagtgcaaaggtgggtgaAGTTTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=378736.000000
s hg19.chr21     17843213 54 +  48129895 CTGTCATCTATGGATGAACTTACTAGCTAAATATTTTGAGATCTCCTTATAAGC
s panTro2.chr21  16570802 54 +  46489110 CTGTCATCTATGGATGAACTTACTAGCTAAATACTTTGAGATCTCCTTATAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172879 54 +  48394510 CTGTCATCTATGGATGAACTTACTAGCTAAATATTTTGAGATCTCTTTATAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165986313 54 - 196418989 CTGTCATGTATGGATGAACTTACGAGCTAAATATTTTGAGATCTCCTTATAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=920422.000000
s hg19.chr21     17843267 110 +  48129895 TGCTTTGCACCTTCAACAACCCATATAATTATCACCTTTGACAAAGATTGGGCAACCATCTTCATTCTAATGACTGAGAATTTTGATAACTCACTAGTTTGTTCATTGTG
s rheMac2.chr3  165986367 110 - 196418989 TGCTTTGCACCTTCAACAACCCATATAATTATCACCTTTGACAGAGATTGGGCAACTATCTTGATTCTGATGACTGAGAATTTTGATAACTCATTTGTTCATTCATTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16172933 110 +  48394510 TGCTTTGCACCTTCAACAACCCACATAATTATCACCTTTGACAAAGATTGGGCAACCATCTTTATTCTAATGACTGAGAATTTTGATAACTCACTAGTTCGTTCATTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16570856 110 +  46489110 TGCTTTGCCCCTTCAACAACCCATATAATTATCACCTTTGACAAAGATTGGGCAACCATCTTCATTCTAATGACTGAGAATTTTGATAACTCACTAGTTCGTTCATCGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=85612.000000
s hg19.chr21     17843377 14 +  48129895 AGAAAAATCTTTTT
s rheMac2.chr3  165986477 14 - 196418989 AGAAAAATCTTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
s ponAbe2.chr21  16173043 14 +  48394510 AGAAAAATCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16570966 14 +  46489110 AGAAAAATCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=30012.000000
s hg19.chr21     17843391 35 +  48129895 GTGTGTGTGTAAAGTGGTTTCTTATATTGTTTTGT
s rheMac2.chr3  165986492 35 - 196418989 GTGTGTGTGTAAAGTGGTTTCTTATATTGTTTTAT
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  16173057 35 +  48394510 GTGTGTGTGTAAAGTGGTTTCTTACATTGTTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=117196.000000
s hg19.chr21     17843426 31 +  48129895 CTGTTTCCTATTGTATCTGCAATGGTTATGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=518744.000000
s hg19.chr21     17843457 58 +  48129895 GATTCTTTTCCAAGTTTAAGGATTCTAATATTTTAAGGTCAAGAAGGCCTGGGCCAAG
s rheMac2.chr3  165986558 58 - 196418989 GATTCTTTTCCAAGTTTAAGGCTTCTAATATTTTAAGGTCAAGAAGGCCTGGGCCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16173123 58 +  48394510 GATTCTTCTCCAAGTTTAAGGCTTCTAATATTTTAAGGTCAAGAAAGCCTGGGCCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16571046 58 +  46489110 GATTCTTTTCCAAGCTTAAGGATTCTAATATTTTAAGGTCAAGAAGGCCTGGGCCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1412913.000000
s hg19.chr21     17843515 213 +  48129895 GACAGAAGAGCCACATGAGTTGCATGTTCATTACTAAAGCCGAGCCAAAAAACACAGTCCTTCAGAGTGTCATTCGAGAACTGGAATTTTCAGCACTTGCCAAAAAGAGCATTTAAAATTCAAGTATTAGTGATAGGTATCCTTTTAATATTTTGGAGGTAGTCTGTATCTTCTGTACAAGAAACGTGTTCTAAGTGATTAGTTATTATTGGG
s panTro2.chr21  16571104 213 +  46489110 GACAGAAGAGCCACATGAGGTGCATGCTCATTACTAAAGCCGAGCCAAAAAACACAGTCCTTCAGAGTGTCATTCGAGAACTGGAATTTTCAGCACTTGCCAAAAAGAGCATTTAAAATTCAAGTATTAGTGATAGGTATCCTTTTAATATTTTGGAGGTAGTCTGTGTCTTCTGTACAAGAAACGTGTTCTAAGTGATTAGTTATTATTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16173181 213 +  48394510 GACAGAAGAGCCACATGAGGTGCATGTTCATTGCTAAAGCCGAGCCAAAAAACACAGTCCTTCAGACTGTCATTTGAGAACTGGAATTTTCAGCACTTGCCAAAAAGAGCATTTAAAATTCAAGTGTTAGTGATAGGTATACTTTTAATATTTTGGAGGTAGTCTGTGTCTTCTGTACAAGAAACATGTTCTAAGTGATTAGTTATTATTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165986616 213 - 196418989 GACAGAAGAGCCATATGAAGTGCATGTTCACTGCTGAAGCTGAGCCAAAAAACACACTCCTTCAGAGTGTCATTTGAGAACCGGAATTCTCAGCACTTACCAAAAAGAGGATTTAAAATTCCAGTATTAGTGATAGGGATACTTTTAATATTTTGCAGGTAGTCTGTGTCTTCTGTACAAGAAACATGTTCTAAGTGATTAGTTGTCATTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=1214430.000000
s hg19.chr21     17846352 42 +  48129895 TTCTCAGATCAGCTGACGAGACCTCAGCTGGGCCTCTGCAAG
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a score=689207.000000
s hg19.chr21     17846394 25 +  48129895 TTGCTTAAGAACACTTCTAGAACCA
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s ponAbe2.chr21  16176065 25 +  48394510 TTGCTTAAGAACACTTCTAGAACCA
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s rheMac2.chr3  165989491 25 - 196418989 TTGCTTAAGAACACTTCTAGAACCA
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a score=788939.000000
s hg19.chr21     17846419 36 +  48129895 TCCTAATGGGCATGTTCCAACTGTCACTTGG-AAAAA
s panTro2.chr21  16574010 36 +  46489110 TCCTAATGGGCATGTTCCAACTGTCACTTGG-AAAAA
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s ponAbe2.chr21  16176090 36 +  48394510 TCCTAATGGGCACGTTCCAACTGTCACTTGG-AAAAA
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a score=2014650.000000
s hg19.chr21     17846455 102 +  48129895 AATGATCACTTGAGATCAATCTGTACAGCAGGTCTTCTGGCAGAAAACCAGTCATATCATTCTCTCCAAAAGAGGCTTTGTGGGGAAAAGGCCTTATCACAT
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a score=779643.000000
s hg19.chr21     17846557 27 +  48129895 TCCTTGGACATGAAGTTACTGTTGGAA
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a score=803482.000000
s hg19.chr21     17846584 56 +  48129895 CCATGCTCGTCTCAAACCATTCTATCACCATGCCAAAAAGCTGCAGCTTCTGAAAG
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s hg19.chr21     17846640 50 +  48129895 GTCAGAAATGGCCTTATAATGACTTAGACCATCTTATGATTGTTAGGAAG
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s hg19.chr21     17846811 38 +  48129895 ACTAATATTAACTCTAATCCTATCCTGGACTTGGATTC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165989910 38 - 196418989 ACTAATATGAACTCTAATCCTATCCTGGACTTGGACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16574440 49 +  46489110 AAAGTGTAGAAGTGGGTTATTCAAATTGTAGAATATTAAAGAGAAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16176519 49 +  48394510 AAAGTGTAGAATTGGGTTATTCAAATTGTAGAATATTAAAGAGAAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165989948 49 - 196418989 AAAGTGTAGAATTGGGTTATTCAAATTGTAGAATATTAAAGAGAAAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=106059.000000
s hg19.chr21     17846898 41 +  48129895 GAGTGCACAAAAGGCTAAGAGGAAAAAATATA--------TATTTCTTA
s panTro2.chr21  16574489 41 +  46489110 GAGTGCACAAAAGGCTAAGAGGAAAAAATATA--------TATTTCTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165989997 47 - 196418989 GAGGGCACAAAAGGCTAAGAGGaaaaaatata--tatatttttttCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=17995.000000
s hg19.chr21     17846939 24 +  48129895 TGAACAAAAATTCACAATTGTTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16176617 24 +  48394510 TGAACAAAAATTCACAATTGGCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990044 24 - 196418989 TGAACAAAAATTCACAATTGGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3064.000000
s hg19.chr21     17846963 12 +  48129895 ATATGCATTGTT
s panTro2.chr21  16574554 12 +  46489110 ATATGCATTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17846975 19 +  48129895 AA----TAATGTGGGGaaattta
s panTro2.chr21  16574566 23 +  46489110 AATAATTAATGTGGGGAAATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16176653 23 +  48394510 AATAATTAATGTGGGGaaattta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990080 23 - 196418989 AATAATTAATGTGGGaaaattta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=234145.000000
s hg19.chr21     17846994 97 +  48129895 tattttttaattaaGCTTTATTTTTTAACCTGGTGTTTATTCTTCTGCATTAATTAAATAGAAGAATATATGTTTTGAATTTTAAAATATACTGCTA
s panTro2.chr21  16574589 96 +  46489110 TA-TTTTTAATTAAGCTTTATTTTTTAACCTGGTGTTTATTCTTCTGCATTAATTAAATAGAAGAATATATGTTTTGAATTTTAAAATATACTGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16176676 97 +  48394510 tattttttaattaaGCTTTATTTTTTAACCTGGTGTTTATTCTTCTGCATTAATTAAATAGAAGAATATATGTTTTGAATTTTAAAATATATTGCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990103 97 - 196418989 tatttttaaattaaGCTTTATTTTTTAACCTGGTGCTTATTCTTCTGTGTTAATTAAAAAGAAGAATGTATGTTTTGAATTTTAAAATATATTGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204131.000000
s hg19.chr21     17847091 26 +  48129895 GTAGGCATTACTTGATTTGAATCATG
s panTro2.chr21  16574685 26 +  46489110 GTAGGCATTACTTGATTTGAATCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16176773 26 +  48394510 GTAGGCATTACTCGATTTGAATCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990200 26 - 196418989 GTAGGCATTACTTGATTTGAATCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=115839.000000
s hg19.chr21     17847117 24 +  48129895 AAGAGGAGCTGGGAGGTGAATCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=758029.000000
s hg19.chr21     17847141 105 +  48129895 AAAACTGAAAAATTGGAGCATTTCAATAATCCTCATTTTTAAAGTGGCAATGCCAAGCTTTGCAGAAAATCAAAAGAAAGCATGTGCTGTGATAATAAAATTAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990250 105 - 196418989 AAAACTGAAAAATTGGAGCATTTCAGTAATCCTCATTTTTAAAGTGACAATACTAAGCTTTGTGGAAAATCAAAAGGAAGCATGTGATGTGATAATAAAATTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=412368.000000
s hg19.chr21     17847276 76 +  48129895 TAATTCCTTTATGCATCTGTAAAATAAGTGGACTTATCTAGACAATCAAAAAGTTTTTAACTCAGTTAACCTACGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990385 76 - 196418989 TAATTCCTTTATGCATCTGTAGAATAAGAGGACTTATCTAGACAATCAAAAAGTTTTTAACTCAATTAACCTATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17847352 44 +  48129895 ATGATAATATATTTAAAAATACTGTTTTAATAAACATGTTAACT
s panTro2.chr21  16574946 44 +  46489110 ATGATACTATATTTAAAAATACTGTTTTAATAAACATGTTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990461 40 - 196418989 ATAATACTA----TAAAAATTTTGTTTTCATAAACATGTTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16574990 47 +  46489110 ATAATTTCCTATGTATTCATTATAAAGAGTATGTTGGTTTTGTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16575037 138 +  46489110 AAGGTGCATAGTATAGACATTGTAATATTGTTTATTTGCTCCTATGCACTTTTGTAAAAATGCTAAGGTCTATTTTGTCCCTATTCTTCAACTGTGAGCAACTTGCTTTCCTTGTAGAATATCAACTTCTTATGACCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16575175 46 +  46489110 CTTATCCTGATGAAAAAGCTAAAGCTTTTTGTAAT----GATAGAATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990736 25 - 196418989 GTTGCACGATATTTTAAATTCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16177338 41 +  48394510 GATTGTTCAAACCTTGATTTTCTAAACTAGGAGACTGTTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165990761 41 - 196418989 GATTGTTCAAACCTTGATGTTCTAAAATAGGAGATTATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17847697 31 +  48129895 TTTTTTAAATAGGACATTGTTTTGAAGATAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16177379 31 +  48394510 TTTTTTAAATAGGACATTGTTTTGAAGATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=249894.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165991002 90 - 196418989 TAAATTGGTAGTCACTTACACCATGTGTGTCACTTTGAAACTTGCAGGTGTGTTTATTTACCATGATCTTTATTTTGGAGATAGTGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-180058.000000
s hg19.chr21     17847987 30 +  48129895 AGCCAAAAATCTCACCTCCAATTAAGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16177669 30 +  48394510 AGCCAAAAATCTCACCTCTGGTTAAGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-24199.000000
s hg19.chr21     17848017 34 +  48129895 ATATTCTTCTAATGCATTCTAATGCATTATGTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16177699 29 +  48394510 ATATTCTTCTAATGCATTCTAATGCATTA-----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165991122 18 - 196418989 ATATTCTTCTAATCCATT----------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 14

a score=-15854.000000
s hg19.chr21     17848051 54 +  48129895 TTTATGTTCTCAAGTACTC------------ttttttttttttttttttaatttttaagacagagt
s panTro2.chr21  16575641 66 +  46489110 TGTGTGTTCTCAAGTACTCttttttttttttttttttttttttttttttaatttttaagacagagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16177728 48 +  48394510 --TATGTTCTCAAGTAttc------------tttttttttttttttt----tttttgagtcggagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165991140 14 - 196418989 I

a score=22903.000000
s hg19.chr21     17848105 87 +  48129895 ctctctctgttgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcactgcaagctccgcctcctgggttcacgccattctcctgcc
s ponAbe2.chr21  16177776 87 +  48394510 ctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcagtctcggctcactgtaaggtccgcctcccgggttcacgccattctcctgcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16575707 87 +  46489110 ctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatcttggctcactgcaagctccgcctcctgggttcacgccattctcctgcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165991140 14 - 196418989 I

a score=8949.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 10842
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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e ponAbe2.chr21  16183036 10842 +  48394510 I

a score=239429.000000
s hg19.chr21     17854135  2848 +  48129895  
s panTro2.chr21  16581783  2791 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  165992200  6763 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  16183036 10842 +  48394510 I

a score=123979.000000
s hg19.chr21     17856983 105 +  48129895 atatatataggattgtgatattttcctgttacactagtcctcttatcattatataatgtccttctttgtctttttaattgctattgctttaaagtttgttttgtc
s panTro2.chr21  16584574 105 +  46489110 atatatataggattgtgatattttcctgttacactagtcctcttatcattatataatgtccttctttgtctttttaattgctattgctttaaagtttgttttgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165998963 105 - 196418989 atatatttaggattgtgatattttcctgttggactagtccttttgtcattatataatgcccctctttgtctttttaattgctattgctttaaagtttgctttgtc
i rheMac2.chr3  I 6763 C 0
s ponAbe2.chr21  16193878 104 +  48394510 -tatatataggattgtgttattttcctgttacactagtcctcttatcattatataatgttcctctttgtctttttaattgctattgctttaaagtttgttttgtc
i ponAbe2.chr21 I 10842 C 0

a score=2563402.000000
s hg19.chr21     17857088 1518 +  48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  165999068 1517 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1080923.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16586203 81 +  46489110 TCAAGGAAAGGAGTTTTAAATGAGGTGGATACAGTAAATGTTGATGACATAGATTATTCAGGCAGAAATATGATGTTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1551790.000000
s hg19.chr21     17858687 125 +  48129895 CAAGCGGATGGAACTTATCAAGAAGAAAATACATAATTCTACTTCCTTTACTTCTTTCCAATCTTGGAAATTATGAAGGGTTAAAAAACTTAATGTTGTGAAATGGGTATGAGGaagagagatgg
s panTro2.chr21  16586284 125 +  46489110 CAAGCGGATGGAACTTATCAAGAAGAAAATACATAATTCTACTTCCTTTACTTCTTTCCAATCTTGGAAATTATGAAGGGTTAAAAAACTTAGTGTTGTGAAATGGGTATGAGGAAGAGAGATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16195575 125 +  48394510 CAAGCGGATGGAACTTATCAAGAAGAAAATACACAACTCTACTTCCTTTACTTCTTTCCAATCTTGGAAATTATGAAGGGTTAAAAAACTTAATGTTGTGAAATGGGTATGAGGAAGAGAGATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166000666 125 - 196418989 CAAGCAGATGGAACTTATCAAGAAGAAAATGCATAACTCTACTTCCTCTACTTCTTTCCAATCTTGGAAATTATGAAGGATTAAATAACTTAATGTTGTGAAATGAGCATGAGGAAGAGAGATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16586409 72 +  46489110 AAATTTTACCCTTAGTTCTGCCGTGAACTAGTGATGTGATGTTGCtttgcttctctgtaaagtgaggaagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16195700 72 +  48394510 AAATGTGGCCcttagttctgccatgaactagtgatgtgaccttgctttgcttatctgtaaagtgaggaagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166000791 72 - 196418989 AAATTTTACCCTTAGTTCTGCCATGAACTAGTGATGTGAACTTGCTTTGCTTATATGTAAAGTGAGGAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17858884 19 +  48129895 gaaccagttgatttttaaa
s panTro2.chr21  16586481 19 +  46489110 gagccagttgatttttaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16195772 19 +  48394510 gaaccagttgatttttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166000863 19 - 196418989 GAACCAGTTGATTTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=540230.000000
s hg19.chr21     17858903 47 +  48129895 ttaccttctagttataaGACTAATGCTGTTTTAATGAAGGGCATCAT
s panTro2.chr21  16586500 47 +  46489110 ttaccttctagttataaGACTAATGCTGTTTTAATGAAGGGCATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16195791 47 +  48394510 ttaccttctagttataaGACTAATGCTGTTTTAATGAAGGACATCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166000882 46 - 196418989 TTA-CTTCTAGTTATAAGACTAATGCTATTTTAATGAAGGGCATCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=42078.000000
s hg19.chr21     17858950 11 +  48129895 AATTTTTAATA
s panTro2.chr21  16586547 11 +  46489110 AATTTTTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166000928 11 - 196418989 AATTTTTAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17858961 89 +  48129895 ATAATTCTCTACACCAGATAATAGTCTGTTACATTTCTAGAATGTAAAACTTGGGCCACTTAAGCTGAAACCTTATGATCATGTCCACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16195849 89 +  48394510 ATAATTCTCTGCACCAGATAATAGTCTATTACATTTCCAGAATGTAAAACTTGGGCCACTTAAGGTGAAATCTTATGATCATGTCCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166000939 89 - 196418989 ATAATTCTCTATACCAGATAATAGTCTATTACATTTCTAGAATGTAAAACTTGGGCCACTTGAGCTGAAATCTTATGATCATGTCCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16586910 38 +  46489110 ctggagtgcagtggcatgatctcaactcactgccacct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16196201 38 +  48394510 ctggagtgcagtggcatgatctcaactcactgccacct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166001295 38 - 196418989 ctggagtgcagtggcatgatctcaactcaccaccacct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=66090.000000
s hg19.chr21     17859351 70 +  48129895 ctgcctcctgggctcaagtgatcctcccacttcagtctcctgagtagctgaggtgccaccaccatgcctg
s panTro2.chr21  16586948 70 +  46489110 ctgcctcctgggctcaagtgatcctcccacttcagtctcctgagtagctgaggtgccaccaccatgcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16196239 70 +  48394510 ctgcctcctgggctcaagtgatcctcccacctcagtctcctgagtggctgaagtgccaccaccatgcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166001333 70 - 196418989 ctgcctcctgggctcagatgatcctcccacctcagtctcctgagtagctgaggtgccaccaccatgcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17859421 88 +  48129895 gctaatttttgtatttttgatagagatggggtttcaccatgttgcccaggctggccttgagctccggagctcaagcaatcaacctgcc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16196397  99 +  48394510 tcagcctcccaacatgctgggattacaagcatgagccaccacgccccaccAAGAGTTTTAATCATTACATTTATGCTC-------------------------------------------------------TACAGAGCACAAACATGCTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16587106  99 +  46489110 tcagcctctcaacatgctgggattacaagcatgagccaccatgccccaccAAGAGTTTTAATCATTACATTCATGCTC-------------------------------------------------------TACAGAGCACAAACATACTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=445595.000000
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a score=-53419.000000
s hg19.chr21     17859705 15 +  48129895 TCGTTAC----CAAATACA
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a score=586689.000000
s hg19.chr21     17859720 78 +  48129895 CCACTAACACTCACTGTGTATAATAATGTTAAAGCAGTTAGCTA-TTTTTTTAAATTCTCTATTTCATCTATTTTCTGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1042893.000000
s hg19.chr21     17859798 77 +  48129895 TTCTTTTCCAGGACATCCATAAAAATTCATCAGAGAGCATTTTACTACTGAGCTGCAAAGGTAGGAAAAATAA-ATTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=420115.000000
s hg19.chr21     17859875 63 +  48129895 TTTTTGGTTAGAAAATATACTTCTTTCATCTGCGTTTCAATAATTTATTCCCCTTGTTAGATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166003555 103 - 196418989 gacggggtttcaccatgttggccaagctgatcttgaactccttacctcttgattc-----gcctaccgcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200207 108 +  48394510 gacagggtttcaccatgttgtccaagctgatctcgaactccttaccttgtgatttgggaggcctacctcagcctcccgaagtactgggattacaggcttgagccacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16589129 107 +  46489110 gacagggtttcaccatgttggccaagctggtctcgaactccttaccttgtgatttgggaggcctacctcagcctccc-aagtactgggattataggcgtgagccacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=151567.000000
s hg19.chr21     17861611 45 +  48129895 tgcccagccTGTTGTTGCTTATCTTTAGGTGATTATTGCTGATGT
s panTro2.chr21  16589236 45 +  46489110 tgcccagACTGTTGTTGCTTATCTTTAGGTGATTATTGCTGATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200315 45 +  48394510 tgcccggccTGTTGTTGCTTATCTTTAGGTGATTTTTGCTGATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166003658 45 - 196418989 tgccaagccTGTTGTTGCTTATCTTTAGGTGATTATTGCTGATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=352395.000000
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s panTro2.chr21  16589281 23 +  46489110 TTTTGGTATATTGACAGAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200360 23 +  48394510 TTTTGGTATATTGACAGGAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=218922.000000
s hg19.chr21     17861679 24 +  48129895 GTCTTGCTGCTTGTTGATGTATAC
s rheMac2.chr3  166003726 24 - 196418989 GTTTTGGTGCTTGTTGATGAAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=610051.000000
s hg19.chr21     17861703 87 +  48129895 TACTTTTTGGCTTTAATGATAATAAAATTATAATTTTGCCTTAATAT-AAACTTAATTTTTATTGTCACTTATCACGAGAATTTGTTC
s rheMac2.chr3  166003750 84 - 196418989 TACTTTCTGACTTTAATGATAATAAAATTATAATTTTGCCTTAATAT-AAACATAATTTTTATTGTCACTTAT---GGGAATTTGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16589328 87 +  46489110 TACTTTTTGGCTTTAATGATAATAAAATTATAATTTTGCCTTAATAT-AAACTTAATTTTTATTGTCACTTATCACGAGAATTTGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=790591.000000
s hg19.chr21     17861790 172 +  48129895 AAGGATTTGAACTTATATCTGCATATAATTTATGATTTTTGACATTTTCTAAAAATTAATTATCGAAAAAAGTGGCAATTGTTTATTTTAATTCTTAGAG-GGGTAAAATAAATGGTGTATCCTTTGCGCTTCTTTCAATATGAGTATCTTTGTTGTTTTAATTATTTAAGAT
s rheMac2.chr3  166003834 168 - 196418989 AAGGATTTGAACTTATATCTGCATATAATTTTTGATTTTTGACATTTTCTAAAAATTAATTATTGAAAAAAGTGGCAATTG-----TTTAATTCTCAGAGTGGGTAAAATAAATGGTGTATCCTTTGTGCTTCTTTCAATATGAGTATCTTTGTTGTTTTAATTATTTAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200495 172 +  48394510 AAGGATTTGAACTTATATCTGCATATAATTTATGATTTTTGACATTTTCTAAAAATTAATTATTGAAAAAAGTGGCAATTGTTTATTTTAATTCTTAGAG-GGGTAAAATAAATGGTGTATCCTTTGTGCTTCTTTCAATATGAGTATCTTTGTTGTTTTAATTATTTAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16589415 172 +  46489110 AAGGATTTGAACTTATATCTGCATATAATTTATGATTTTTGACATTTTCTAAAAATTAATTATTGAAAAAAGTGGCAATTGTTTATTTTAATTCTTAGAG-GGGTAAAATAAATGGTGTATCCTTTGCGCTTCTTTCAATATGAGTATCTTTGTTGttttaattatttaagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=36704.000000
s hg19.chr21     17861962 17 +  48129895 AAAAAAATAAGAATTAC
s rheMac2.chr3  166004002 17 - 196418989 AAAAAATAAGGAATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200667 16 +  48394510 -AAAAAATAAGAATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16589587 17 +  46489110 aaaaaaataagaattat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=246940.000000
s hg19.chr21     17861979 24 +  48129895 ACTAAACATAAAATGATATATCCC
s rheMac2.chr3  166004019 24 - 196418989 ACTAAACATAGAATGGTATATCCc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200683 24 +  48394510 ACTAAACATAAAATCGTATATCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16589604 24 +  46489110 aCTAAACATAAAATGATATATCCc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=755638.000000
s hg19.chr21     17862003 92 +  48129895 TCAAAGTTAGCTACTACAAAAGTTTTCGTATTTATTCTTTCAGATTCTTTCTTTATATACAGAAACATCAATATCAATATGAGCATATAATG
s panTro2.chr21  16589628 92 +  46489110 tcaaagttagctactacaaaagttttcgtatttattctttcagattctttctttatatacagaaacatcaatatcaatatgagcatataatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200707 89 +  48394510 TCAAAGTTAGCTACTACAAAAGTTTTCGTATTTATTCTTTCAGGTTCTTTCTTTAT---CAGAAACATCAATATCAATATGAGCATATAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004043 91 - 196418989 tcaaagttagctactgcaaaagttttcatg-ttattctttcaagttctttatttatatacagaaacatcaatatcaatatgagcatataatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1012932.000000
s hg19.chr21     17862095 126 +  48129895 TTTCCATATCATATATATGATCCTCTGGA-TTTTTTTTTGGTGTttaccattttaattatgggcattcttctaagtctatgtatgttctctatttcatcgtttgtaatggctgcacattagtcaata
s panTro2.chr21  16589720 126 +  46489110 tttccatatcatatatatgatcctctgga-tttttttttggtttttaccattttaattatgggcattcttctaagtctatgtatgttctctatttcatcatttgtaatggctgcacattagtcaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200796 125 +  48394510 TTTCCGTATCATATATATGATCCTCTGGA--TTTTTTTTGGTTTttaccattttaattgtgggcattcttctaagtctatgtatgttttctatttcatcctttgtaatggctgcacattagtcaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004134 127 - 196418989 ttttcatatcatatgcatgatcctgtggaatttttttttggtttttaccattttaattatgggcattcttctaagactatatatgttctctatttcatcctttgtaatgtttgcacattagtcaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=542544.000000
s hg19.chr21     17862221 32 +  48129895 ttttggatgtatcatgatttatttaataggtc
s panTro2.chr21  16589846 32 +  46489110 ttttggatgtatcatgatttatttaataggtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16200921 32 +  48394510 ttttggatgtatcatgatttatttaataggtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004261 32 - 196418989 ttttggatgtatcatgatttatttaataggtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=210689.000000
s hg19.chr21     17862253 32 +  48129895 ctctaAGCTTTTGTTTAAAAAATAGAACTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2411898.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004325 164 - 196418989 AAGTAGGCTAAAAAGAGGCCTCTCTTAATTACATGTTTGGCAGGAATACAAAAGAATAATTCCCGCTTGTATATTGAATCAAGAAATTAAGGAGTAAAGAAAAAGTGTTACAGTAAAGAGTCATTGAAAATAGTATTGAATAAGTGTGTATTAGTGGGCAGGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1204778.000000
s hg19.chr21     17862449 103 +  48129895 AAAGGAAAGCTAATAATATAGATATTCATGCAAGTGTGTTGTAGGTGTGTAAAATGGAACAGctacccatttcttcagagtttatctcaaatggcacctcctt
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s ponAbe2.chr21  16201149 103 +  48394510 AAAGGAAAGCTAATAATATAGATATTCATGCAAGTGTGTTGTAGGTATGTAAAATGGAACAGctacccatttcttcagagtttatctcaaatggcacctcctt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16590074 103 +  46489110 AAAGGAAAGCTAATAATATAGATATTCATGCAAGTGTGTTGTAGGTGTGTAAAATGGAACAGctacccatttcttcagagtttatctcaaatggcacctcctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=206852.000000
s hg19.chr21     17862552 47 +  48129895 ccataagcactcAGAGACTTTTCCCTTCATTCCCACTCTCACCAGTT
s rheMac2.chr3  166004592 47 - 196418989 CCATAGGCACTCAGGGACTTTTCCCTTCATTCCCACTCTCACCAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16201252 47 +  48394510 ccataagctctcAGAGACTTTTCCCTTCATTCCCACTCTCACCAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16590177 47 +  46489110 ccataagcactcagagacttttcCCTTCATTCCCACTCTCACCAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=706419.000000
s hg19.chr21     17862599 72 +  48129895 GTCTTACATCGCTATAAAAATTCAGGGAAAAATAGACCTTTTCATGTTATGTCCCATGTACAAATTCatttt
s panTro2.chr21  16590224 72 +  46489110 GTCTTACATCGCTATAAAAATTCAGGGAAAAATAGACCTTTTCATGTTATGTCCCATGTACAAATTCATttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16201299 72 +  48394510 GTCTTACATCGCCATAAAAATTCAGGGAAAAATAGACCTTTTCATGTTATGTCCCATGTACAAATTCatttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004639 72 - 196418989 GTCTTACATCTCTATAAAAATTCGGGGAAAAATAGACCTTTTCATATTATGTCCCATGTACAAATTCATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=651139.000000
s hg19.chr21     17862671 81 +  48129895 gtatgcatctttttttttcc-tcactaggctgttaacccctagagggtaatgactgtgtgttattcatctttgAACCTAATA
s panTro2.chr21  16590296 81 +  46489110 gtatgcatctttttttttcc-tcactaggctgttaacccctagagggtaatgactgtgtgttattcatctttgAACCTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16201371 81 +  48394510 gtatgcatctttttttttcc-tcactaggctgttaacccccagagggtaatgactgtgtgttattcatctttgAGCCTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004711 82 - 196418989 GTATGAATCTTTTTTTTTCCTTCACTAGGCTGTTAACCCCCAGAGGATAATGACTGTATGTTATTCATCTTTGAACCTAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=354788.000000
s hg19.chr21     17862752 62 +  48129895 GATGCAGAAAAAAATATTCATTCAATTAAATTGGAACAAAGTGTAAGAAAAGAAAGTAATCg
s panTro2.chr21  16590377 62 +  46489110 GATGCAGAAAAAAATATTCATTCAATTAAATTGGAACAAAGTGTAAGAAAAGAAAGTAATCg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16201452 61 +  48394510 GATGCAG-AAAAAATATTCATTCAATTAAATTGGAACAAAGTATAAGAAAAGAAAATACTTg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004793 61 - 196418989 GATGCAG-AAAAAATATTCATTCAATTAAATTGGAACAAAGTGTAAGAAAAGAAAGGAATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=49236.000000
s hg19.chr21     17862814 83 +  48129895 gcagggcacagtggctcacacctgtaatcctagtactttggaaatccaaagtgggtggatcacctgaggtcaggagtgtgaga
s panTro2.chr21  16590439 83 +  46489110 gcagggcacagtggctcacacctgtaatcctagtactttggaaatccaaagtgggtggatcacctgaggtcaggagtgtgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16201513 83 +  48394510 gcagggcacagtggctcacatctgtaatcctagtactttgagaatccaaggtgggtggatcacctgaggtcaggagtgtgaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004854 79 - 196418989 TCAgggcgcactggcttacacctgtaatcctcgtactttgggaaac----acgggtgcatcacctgaggtcaggagtttgaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=90908.000000
s hg19.chr21     17862897 86 +  48129895 ccagcctggccaacatggtgaaaccctgtctctactgaaaatacaaaaaattagccaggagtggcagctcacacctgtaatcccag
s panTro2.chr21  16590522 86 +  46489110 ccagcctggccaacatggtgaaaccctgtctctactgaaaatacaaaaaattagccaggagtggcagctcacacctgtaatcccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16201596 86 +  48394510 ccagcctggtcaacatggtgaaaccctgtctctactgaaaatacaaaaaattagccaggagtggcaggtcacacctgtaatcccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166004933 86 - 196418989 ccagcctggccaacatgatgaaaccctctctctactgcaaatacaaaaaattagtcaggattggcagctcacatctgtaataccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75107.000000
s hg19.chr21     17862983 61 +  48129895 ctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggtggaggttacagtgagc
s panTro2.chr21  16590608 61 +  46489110 ctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggtggaggttacagtgagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16201682 61 +  48394510 ctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccaggaggtcgaggttgcagtgagc
i ponAbe2.chr21 C 0 M 2154
s rheMac2.chr3  166005019 61 - 196418989 ctacttgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccgggaggtggaggttgcagtaggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=37970.000000
s hg19.chr21     17863044   56 +  48129895 caagatcgcaccactgcactccagcccgggcatcagagcaagactctgtttcaaaa
s panTro2.chr21  16590669   56 +  46489110 caagatcgcaccactgcactccagcccgggcatcagagcaagactctgtttcagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166005080   53 - 196418989 cgagatcacaccactgcactctagcctgggcat-agagcaggactctgtttc--aa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=1049.000000
s hg19.chr21     17863100   18 +  48129895 aaaaagaaaaGTAATCAA
s rheMac2.chr3  166005133   18 - 196418989 aaaaagaaaaGTAATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16590725   18 +  46489110 aaaaagaaaaGTAATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=157364.000000
s hg19.chr21     17863118   30 +  48129895 GTAGAACTGTTAAATCTTACACAGATTTTA
s rheMac2.chr3  166005151   30 - 196418989 GTAGAACTGTTCAATCTTTCACAGATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16590743   30 +  46489110 GTAGAACTGTTAAATCTTACACAGATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=200293.000000
s hg19.chr21     17863148   66 +  48129895 TAAGATGCCACTATATGCCTTGCTATTATGCCTGGAGTAAATTATAATCAATTCTCCTGATGGATG
s panTro2.chr21  16590773   66 +  46489110 TAAGATGCCACTATATGCCTTGCTATTAGGCCTGGAGTAAATTATAATCAATTCTCCTGATGGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166005181   66 - 196418989 TAAGATGCCACTGTATGCCTTGCTATTATGTCTGGATTAAATTATAATCAGCTCTCCTGATGGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=610903.000000
s hg19.chr21     17863214   82 +  48129895 AGACACAAATAATATAAACACATGGGTTTGATATATAATGGAAATTATTTTAAATTGAATTTTAGTGATTTTTTGTGGTATT
s panTro2.chr21  16590839   82 +  46489110 AGACACAAATAATATAAACACATGGGTTTGATATATAATGGAAATTATTTTAAATTGAATTTTAGTGATTTTTTGTGGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16590921   65 +  46489110 TATGTTCAAAAACCATACCGACAAGTCAAGCATTTCAG-AAAAATGTTTATAAATGTATGAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166005329   66 - 196418989 TATGTTCAAAAATCATACCTACAAGTCAAGCATTTCAGAAAAAATGTTTACAAATTTTTGAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=41567.000000
s hg19.chr21     17863361   44 +  48129895 TTGTTTGTGTGGTGCTGAACTTGGATATATATTACTGCATATCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=339965.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=537961.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=753438.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

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s panTro2.chr21  16591278   53 +  46489110 TTTGAATCATGCTTGAAAGAACCTGTTTCCA-CTTAGTCTGATTTCACTGGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166005687   54 - 196418989 TTTGAATCATGCTTGAAAGCACCTGTTTCCACCTTAGTGTGAATTCACTGGTAA
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s rheMac2.chr3  166005760  245 - 196418989 ACAGTGAACAGATGTAACAATTGCAATTTCATTTAAAGAAAAATTAGAAAATAGTGGGAGTAAAATATCCCTTTGAAACAGAATGTAATACCAAGTGAGTTATTTTTTTTACCTCACTTGCAAAAGTCACTAGCTCCAACTCTGACTTCACATGCCTTTTACTGAGCAGGTCAATAAGTCATTGGGAAGAAAGCAAGTGTCTTGGTCAGTCttttttaatttattattattattttttaGCCTGT
i rheMac2.chr3  I 11 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

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s hg19.chr21     17864012   33 +  48129895 ACTTAGTGTTTCAAATGCATATCTTAGCAATGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16591630   33 +  46489110 ACTTAGTGTTTCAAATGCATATCTTAGCAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=-243650.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166006112   21 - 196418989 CTCATTGTTGTCTATTTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-93098.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=413603.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166006254   78 - 196418989 GTGCTATAAGGGCTACTTCTAGAATACTAGAATGAATATTCTAGTCAACTCTTCTGATAAATTGTGTGTTCCAGTGGC
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a score=409884.000000
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s panTro2.chr21  16591942   95 +  46489110 TACCACTTCTGAAGATTTAGGAAGTTGAGTATCGGAATTTTTATGCAAAATTTCATGATTTTGAATGTTGGCTCaaagatagaaaggaaaaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=-88513.000000
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s panTro2.chr21  16592037   43 +  46489110 aagaa----aaggaaggaagaaaggaagaaaggaaggaagGTAGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166006426   35 - 196418989 aaggaaaggaagaaagaaaggaagaaagcaaggaa------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1565
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1565 C 0
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s hg19.chr21     17864501   97 +  48129895 attcatatgttaaagccctaacccccaatgtgatagcatttggaggtggggcctacgtgagataattaggtttagataaaattatgagggatgttca
s panTro2.chr21  16592120   97 +  46489110 attcatatgttaaagccctaacccccaatgtgatagcatttggaggtggggcctacgtgagataattaggtttagataaaattatgagggatgttca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166008064   90 - 196418989 attcatatattaaaaccctaatc-------tgatagcatttggacgtggggcctacgggagataattaggtttagaaaagattatgagggatgttcg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16201743 2154 +  48394510 M

a score=339349.000000
s hg19.chr21     17864598  115 +  48129895 tgattagattatggtccttataaaaagagatacaagagggcttgtttcctttctcttgtttcccacgtgagggtggagcaag-aaagccattgttagcaggccgggagaatgctcg
s panTro2.chr21  16592217  115 +  46489110 tgattagattattgtccttataaaaagagatacaagagggcttgtttcctttctcttgtttcccacgtgagggtggagcaag-aaagccattgttagcaggccaggagaaccctcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166008154  116 - 196418989 tgattagattattgcctttgtaaaaagagatgcaagagggcttgtttcctttctcttgttccccatgtgaaggtggagcaagaaaagtcattgttagcaggccaggagaaccctca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     17864713 89 +  48129895 ctggggtatctcattggccaatatcttgatcttggactttccaacttccaaaactgaaag-aaaaaaaaaatactgttgcttaagccacc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=479628.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17865124 224 +  48129895 ctagtgtctgggacagtgtctggcatagagattgtgtttcataactaattgaggaatggatTATGATTGAAAATATCTATTGTGCAC------CTCTGAATCACCAGGCTAATG------CTAAGTATTTCAAAACTTTCTAAAT-AAAAAAAATGTCAAAAATAGAAAACACACAAGTCTAAAATCAGAAAAGAAACCCTCAAAAACACAGACTCTGGTGTCTTCTCCTAGCAGCA
s panTro2.chr21  16592743 223 +  46489110 ctagtgtctgggacagtgtctggcatagagattgtgtttcataactaattgaggaatggatTATGATTGAAAATATCTATTGTGCAC------CTCTGAATCACCAGGCTAATG------CTAAGTATTTCAAAACTTTGTAAAT--AAAAAAATGTCAAAAATAGAAAACACACAAGTCTAAAATCAGAAAAGAAACCCTCAAAAACACAGACTCTGGTGTCTTCTCCTAGCAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16204320 225 +  48394510 ctagtgtctgggacagtgtctggcacagagattgtgtttcataactaattgaggaatggatTATGATTGAAAATATCTATTGTGCAC------CTCTGAATCATCAGGCTAATG------CTAAGTATTTCAAAACTTTCTAAATAAAAAAAAATGTCAAAAATAGGAAACACACAAGTCTAAAATCAGAAAAGAAACCCTCAAAAACACAGACTCTGGTGTCTTCTCCTAGCAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166008685 232 - 196418989 CTAGCATCTGGGACAGTGTCTGGCATAGAGATTGTGTTTCATCACTAATTGAGGAATGGATTATGATTGAAAATAACTATTGTGCACCTCTGACTCTGAATCACCAGGCTAATGCTAATACTAAGTATTTCAAAACTTTCTAAAT---AAAAAATGTCAAAAATAGGAAACACAC--GTCTAAAGTCGGAAAAGAAACCCTCAAAAACACAGACTCTGGTGTCTTCTCCTAGCAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=115853.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=412937.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=546307.000000
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s panTro2.chr21  16593077 75 +  46489110 tccaggtcacaagttgtttcagattcgtgatgacataagaagagaaattggaaatgagaatttagaaatctttga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16204656 75 +  48394510 tccaggtcacaagttgtttcagattcatgatgacataagaagagaaattggaaatgagaatttagaaatctttga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166009028 75 - 196418989 tccaggtcaccagctgtttccgattcatgatgacataagaagagaaattggaaatgagaatttggaaacctttga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17865534 52 +  48129895 gcattttgacaaaataattttgtttttgctatctaataattccaaaaccatc
s panTro2.chr21  16593152 52 +  46489110 gcattttgacaaaataattttgtttttgctatctaataattccaaaaccatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83173.000000
s hg19.chr21     17865586 37 +  48129895 tcacattttatctgtatttttattacactaagctgat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16204783 37 +  48394510 tcacattttatctacatttttattacactaagctgat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=180763.000000
s hg19.chr21     17865623 28 +  48129895 tattaatttacattgtatttttccattg
s rheMac2.chr3  166009192 28 - 196418989 TATTAATTTACATTATATTTTTCCATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=147695.000000
s hg19.chr21     17865651 45 +  48129895 tattgatccataattgagtggaaattTTAAAATGTAATTATTTAC
s rheMac2.chr3  166009220 45 - 196418989 TATTGATCCATAATTGAGTGGAAATTTTAAAATGTAATCATTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16204848 45 +  48394510 tattgatccataattgagtggaaattTTAAAATGTAATCATTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16593269 44 +  46489110 tattgatccataattgagtggaaattTTAAAATGTAATCATTTA-
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=372806.000000
s hg19.chr21     17865696 73 +  48129895 CACAGTTGGTGGCCATTC-TTCATTGCTTTAGGGGGATTAAAGTAGAGTGGTGTAAATGTGATCTAGACCATGG
s rheMac2.chr3  166009265 74 - 196418989 CACAGTTGGTGGCCATTCTTTTATTGCTTTAGGCGGATTAAAGCAGAGTGGTGTAAATGTGATCTAGCTCATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16593313 73 +  46489110 CACAGTTGGTGGCCATTC-TTCGTTGCTTTAGGGGGATTAAAGTAGAGTGGTGTAAATGTGATCTAGACCATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=384578.000000
s hg19.chr21     17865769 53 +  48129895 TGGGATTTGACATAGACCCCAAAGAATGGATAAAATCCACCTAGAACATAAAG
s rheMac2.chr3  166009339 53 - 196418989 TGGGATTTGATGTAGACCCTAAAGAATGGATGGAATCCACCTAGTATATAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16204966 53 +  48394510 TGGGATTTGATGTAGACCCTAAAGAATGGATAGAATCCACCTAGTACATAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16593386 53 +  46489110 TGGGATTTGACGTAGACCCCAAAGAATGGATAAAATCCACCTAGAACATAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=259109.000000
s hg19.chr21     17865822 96 +  48129895 TATAGAGCTCGACAATTTATGCACAATAAAATGTTAGAAtatatgtgtatgcatatatgtgtgcatgtgtgtacttgtatgcctgtttgtatgtgt
s rheMac2.chr3  166009392 83 - 196418989 TATAGAACTCGATAATTTATGCACAATAAAATGTAAGAgt------------atatatgtgtgcaggtgtgtacttgtatgca-gtttgtatgtgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205019 96 +  48394510 TATAGAGCTCGACAATTTATGCACAATAAAATGTAAGAgtatatgtgtatgcatatatgtgtgcatgtgtgtacttgtatgcctgtttgtatgtCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16593439 96 +  46489110 TATAGAGCTCGACAATTTATGCACAATAAAATGTTAGAgtatatgtgtatgcatatatgtgtgcatgtgtgtacttgtatgcctgtttgtatgtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=39471.000000
s hg19.chr21     17865918 31 +  48129895 gAACTTTCTTTTATGCACTGTTATCTGTGCA
s rheMac2.chr3  166009475 31 - 196418989 gaccattcttttatgcactgctatctgtgca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205115 31 +  48394510 GAACATCCTTTTATGCACTGTTATCTGTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16593535 31 +  46489110 gAACTTTCTTTTATGCACTGTTATCTGTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=128194.000000
s hg19.chr21     17865949 29 +  48129895 CATGTACTCTtgtgtatgtgcacatatat
s panTro2.chr21  16593566 29 +  46489110 CATGTACTCTtgtgtatgtgcacatatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205146 29 +  48394510 CATGTACCCTtgtgtatgtgcacatatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166009506 29 - 196418989 tatgtactcttgtgtatgtgcacatatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=351025.000000
s hg19.chr21     17865978 124 +  48129895 catacatgtgggtgcacatgggtgcgcatatatatgtttgcatgggcatgtgtgtgtatttgggaatgtgcatgatatgtTCATAGAACTGGGTAATCATGATCTTGACTAGTTTTTTAGCTgt
s rheMac2.chr3  166009535 124 - 196418989 catacatgtggctgcacatgggtgtgcatatgtatgtttatatgtgcgtgtgtgtgtgtttgggaatgtgcatgATACGTTCATAGAACTGGGTAATCATGATCTTGACGAGTTTTTTAGCTgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205175 124 +  48394510 catacatgtgggtgcacatgggtgcgcatatgtatgtttgcatgtgcatgtatgtgtatttgggaatgtgcatgACGTGTTCATAGAACTGGGTAATCATGATCTTGACTAGTTTTTTAGCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16593595 124 +  46489110 catacatgtgggtgcacatgggtgcgcatatatatgtttgcatgtgcatgtgtgtgtatttgggaatgtgcatgatatgtTCATAGAACTGGGTAATCATGATCTTGACTAGTTTTTTAGCTgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=103440.000000
s hg19.chr21     17866102 44 +  48129895 ccagttttggacattaaatttgaggtgcctgtAGAAGAAGAGAG
s panTro2.chr21  16593719 44 +  46489110 ccagttttggacattaaatttgaggtgcctgtAGAAGAAGAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205299 44 +  48394510 CcagttttggacattaaatttgaggtgcctgtAGAAGAAGAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166009659 44 - 196418989 acagttttggacattaaatttgaggtgcctgtAGAAGAAGAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=429564.000000
s hg19.chr21     17866146 294 +  48129895 AGGGggccgggcacagtggttcacacctgtaaagccagcactttgggaggccaaggtgggtggatcacgaggtcaggagtttgtgaccagcctgaccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagcctggcgtggtggcacatgcctgtagtcctggctactccggaggctgaggcgggacaatcgcttgaaccctggaggcgaaggttgcagtgaaccaagatcacgccattgcacttgcactccagcctgggcaacagagcaagactccatc---aaaaaa
s rheMac2.chr3  166009703 266 - 196418989 AAGGGTccgggtgcagtggatcacacctgtaaagccagcactttgtaaggccaaggtgggcggatcacgaggtcaggagtttgtgaccagcctgaccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagccgggcgtggtggcagatgcctgtagtcctagctactcaggaggctgaggcagggcaatcaattgaaccctggaggctgaggttgcagtgagccgatatcatgccattgcacttgcactccagcctg-------------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205343 285 +  48394510 AAGGggccgggcacagtggtttacacctgtaaagccagcactttgggaggccgagatgggt---------ggtcaggagtttgtgaccagcctgaccaccatggtgaaaccccgtctgtactaaaaatacaaaaattagcctggcgtggtggcacatacctgtagtcctggctactcaggaggctgaggcaggacaatcgcttgaaccctggaggcagaggttgcagtgagccaagatcacgccattgcacttgcactccagcctgggcaacagagcgagactccatc---aaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s panTro2.chr21  16593763 297 +  46489110 AGGGggccgggcacagtggttcacacctgtaaagccagcactttgggaggccaaggtgggtggatcacgaggtcaggagtttgtgaccagcctgaccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaattagcctggcatggtggcacatgcctgtagtcctggctactccggaggctgaggcaggacaatcgcttgaaccctggaggcgaaggttgcagtgagccaagatcacgccattgcacttgcactccagcctgggcaacagagcaagactccatcaaaaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-21556.000000
s hg19.chr21     17866440 15 +  48129895 aaaaaaaaaaGGAGT
s ponAbe2.chr21  16205629 15 +  48394510 aaaaaaaaGGGGAAT
i ponAbe2.chr21 I 1 I 2
s panTro2.chr21  16594060 15 +  46489110 aaaaaaaaaaGGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166009969  0 - 196418989 C

a score=56586.000000
s hg19.chr21     17866455 39 +  48129895 GAGAGAAGGTCAAACTGGAGAAATGTATGTATGTACTTT
s panTro2.chr21  16594075 39 +  46489110 GAGCGAAGGTCAAACTGGAGAAATGTATGTATGTACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205646 39 +  48394510 GAGAGAAGGTCAAACTGGAGAAATGTATGTATGTACTTT
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  166009969 14 - 196418989 -------------------------TATGTATGTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-188480.000000
s hg19.chr21     17866494 28 +  48129895 TGTATGTATGCATACGTAATATACAGCT
s panTro2.chr21  16594114 28 +  46489110 TGTATGTATGCATACGTAATATACAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205685 28 +  48394510 TGTATGTATGCATACGTAATATACAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166009983 28 - 196418989 TGTATGTGTGCACATGTAATCCAGAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=201339.000000
s hg19.chr21     17866522 43 +  48129895 TATGCATATATCTCAAGAGCTCTGTGTGCCAGTTCTGCCTGTG
s ponAbe2.chr21  16205713 43 +  48394510 TATGCATATATCTCAAGAACTCTGTGTGCCAGTTCTGCCTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16594142 43 +  46489110 TATGCATATATCTCAAGAGCTCTGTGTGCCAGTTCTGCCTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166010011 43 - 196418989 TATGAGTATATCTCAAGAGCTCTGTGTGCCAGTTCTGCCTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=971159.000000
s hg19.chr21     17866565 48 +  48129895 CAGAATCATATGGAGGCTTTACTTTCTCATTTGTTGCTGTCACATTAA
s panTro2.chr21  16594185 48 +  46489110 CAGAATCATATGGAGGCTTTACTTTCTCATTTATTGCTGTCACATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205756 48 +  48394510 CAGGATCATATGGAGGCTTTACTTTCTCATTTATTGCTGTCACATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166010054 48 - 196418989 CAGAATCATATGAAGGCTTTACTTTCTCATTTATTGCTGTGAAATTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3042019.000000
s hg19.chr21     17866613 149 +  48129895 TTTATTGCGTGAACATATCATTTGAAACTCCAGTAATTTGTCCCATATTTCAAAATGTAGTATGGACAGAGAAGAATGACATAGCTTAAAAC--TGGTTCCAGACGTGTAAAAACATCTTGTGTCTCTACTACCAAAGCAAGGAGGAAAAT
s panTro2.chr21  16594233 149 +  46489110 TTTATTGCCTGAACATATCATTTGAAACTCCAGTAATTTGTCCCATATTTCAAAATGTAGTATGGACAGAGAAGAATGACATAGCTTAAAAC--TGGTTCCAGATGTGTAAAAACATCTTGTGTCTCTACTACCAAAGCAAGGAGGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205804 149 +  48394510 TTTATTGCCTGAACGTATCATTTGAAACTCCAGTAATTTGTCCCATATTTCAAAATGTAGTATGGACAGAGAAGAATGACATAGCTTAAAAC--TGGTTTCAGATTTGTAAAAACATCTTGTGTCTCTACTACCAAAGCAAAGAGGAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166010102 151 - 196418989 TTTATTGCCTGAACATATCATGTGAAACTCCAGTAACTTGTCCCATATTTCAAAATGTATTATGGACAGAGAAGAATCACATAGCTTAAAACTATGGTTCCAGATGTGTAAAAACATCTTGAGTCTCTACTACCAAAGCAAAGAGGAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2471747.000000
s hg19.chr21     17866762 119 +  48129895 TGTGCCGATTAAATGCCTGAACCTGTTTTGGTTTCAATTACCTGGATTATTGAGGCAGAAACAATCTTTGTGCCTGATATATGCTTATAATTGCCTTAGTCTTCAGCTTTGACTTGCTT
s panTro2.chr21  16594382 119 +  46489110 TGTGCCAATTAAATGCCTGAACCTGTTTTGGTTTCAATTACCTGGATTATTGAGGCAGAAACGATCTTTGTGCCTGATATATGCTTATAATTGCCTTAGTCTTCAGCTTTGACTTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16205953 119 +  48394510 TGTGCCAATTAAATGCCTGAACCTGTTTCGGTTTCAATTACCTGGATTATCGAGGCAGAAACGATCTTTGTGCCTGATATATGCTTATAATTGCCTTAGTCTTCAGCTTTGACTTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166010253 119 - 196418989 TGTGCCAGTTAGATGCCTGAACCTGTTTCGGTTTCAATTACCTGGATTATCGAGGCAGAAACGATCTTTGTGCCTGATGTATGCTTATAATTGCCTTAGTCTTCAGCTTTGACTTGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 162 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 11

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166016605 53 - 196418989 TAAATATGCCCCAACATTTATGTAAAATTTtgtcttagtctgtcctgtgctac
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s rheMac2.chr3  166016658 44 - 196418989 tataacagaataccataggctgggtaatttataatgaacagaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16600665 44 +  46489110 tataacagaataccataggctgggtaatttataatgaacagaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17873095 27 +  48129895 ttaattttttcacaattctggaaattc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17873203 19 +  48129895 g----agaaggagagagACAGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166016811 23 - 196418989 gagagagaaagagagagacaggc
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s hg19.chr21     17873222 63 +  48129895 ATTTTAAAAGGCCATTGAAAGCATGTTCAACTGTTGTTAAGATTTAATTTACAAACCATTAGA
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a score=336445.000000
s hg19.chr21     17873285 32 +  48129895 TTTCTTTAATATTTTGTGTTTTAAAATAACCT
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a score=32092.000000
s hg19.chr21     17873317 7 +  48129895 CAGGTCT
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s hg19.chr21     17873324 52 +  48129895 ACATGTCCAGAGCTTTTCAGAAATGTTTATAAAATTTGGTTGCTGCGTCACC
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a score=186084.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     17873850 76 +  48129895 ACTTATGTCTTACTTAATATAGTATTTACATTTGTTAATCAGCAAATTGTGGTAGTCCTTCTTTTAATAAACAGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=541421.000000
s hg19.chr21     17873926 77 +  48129895 GTAGAGTTTGAATTTTTGAAGTGTTTATTAATTTATAATAGTGGACTAAAAGAAAGTATAGTTATTTATTTAGATTA
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s rheMac2.chr3  166017542 73 - 196418989 GTAGAGTTTGAATTTTTGAAGTGTTTATTAATGTATAATAGTGGACT----TAAAGTATAGTTACTGATTTACATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17874003 32 +  48129895 TCAGACCATATGATGAGTTATGAGGATCCATA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16601795 217 +  46489110 CCCGAGTCTTCAAACACCTCAATCACGCAAGGTTCAATTCCAATTGAGTGTTCAGACCACACAAATAGTACAATGTTTAATACTTGGTTTAACAAAATAAGGGCATTAGCACTCACAATTTTGATTCTTTACATATTGACTAGGCTCGTTAAGGCAAAAGATCAAAGACTCTTTTTTTAAAAAAGGGAAAAAAGAAAACCTCCATGCTAGAAAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166017801 217 - 196418989 CCCGACTCTTCAAACACCTCAATCACACAAGGTTCAATTCCAATTCAGTGTTCAGACCACACAAATAGTACAATGTTTAATACTTGGTTTAACAAAATAAGGGCATTAGCACTCACAATTTTGATTCTTTACATATTGACTAGGCTCGTTAAGGCAAAAGATCAAAGACTCTTTTTTAAAAAAAGGGAAAAAAGAAAACCTCCATGCTAGAAAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17874404 111 +  48129895 GGAAAAGCTGAGTCTGAAATTAAATCCTAAGCCTCATAGGTTGGCTTTTCAACAGTTCAAACCTCAATTTTTCTTCGCTGTAACTCCCATTTGAAACAAAATGAAATTTTC
s panTro2.chr21  16602012 111 +  46489110 GGAAAAGCTGAGTCTGAAATTAAATCCTAAGCCTCATAGGTTGGCTTTTCAACAGTTCAAACCTCAATTTTTCTTTGCTGTAACTCCCATTTGAAACAAAATGAAATTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17874515 30 +  48129895 CAAACCTAAGTACTGTGTTTTGCAAATCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1062328.000000
s hg19.chr21     17874545 100 +  48129895 TTTGGTTTTCTTCATAACAGCATTTCTCTTTTTAAACAGTCTATCGCCTGCTTTTATTAGTTTTTTATCTCTACTCTC--TTAATTTTACTCCTTTTCTATT
s panTro2.chr21  16602153 100 +  46489110 TTTTGTTTTCTTCATAACAGCATTTCTCTTTTTAAACAATCTATCGCCTGCTTTTATTAGTTTTTTATCTCTACTCTC--TTAATTTTACTCCTTTTCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16213727 100 +  48394510 TTTTGTTTTCTTCATAACAGCATTTCTCTCTTTAAACAGTCTATCGCCTGCTTTTATTAGTTTTTTATCTCTACTCTC--TTAATTTTACTCCTTTTCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166018158 101 - 196418989 TTTTGTTTTCTTCATAACAGCATTTCTCTTTTTAAACAGTCTATCTGTTGC-TTTATTAGTTTTTTATCTGTACTCTCTTTTAATTTTACTCTTTTTCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1309514.000000
s hg19.chr21     17874645 131 +  48129895 TAGTCTCTTTTTTCCATCACCCTTTTTCTTCAGCTTCTCCTATGTCTTCCTGCTTGAATCTAATGATTAGACCTCCTTGCGTTCTAGTACTTTTGTCTGCTTGGAATATGCATACACAAACAAAACTGTTC
s panTro2.chr21  16602253 131 +  46489110 TAGTCTCTTTTTTCCATCACCCTTTTTCTTCAGCTTCTCCTATGTCTTCCTGCTTGAATCTAATGATTAGACCTCCTTGCGTTCTAGTACTTTTGTCTGCTTGGAATATGCATACACAAACAAAACTGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16213827 131 +  48394510 TAGTCTCTTTTTTCCCTCACCCTTTTTCTTCAGCTTCTCCTATGTCTTCCTGCTTGAATCTAATGATTAGACCTCCTTGCATTCTAGTACTTTTGTCTGCTTGGAATATGCACACACAAACAAAACCGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166018259 131 - 196418989 TAGTCTCTTTTTTCCATCAGCCTTTTTCTTCAGCCTCCCCTATGTCTTCCTCCTCGAATCCAATGATTAGACTTCCTAGCATTCTAGTACTTTTGTCTGCTTGGAATAAGCATACACAAACAAAACTGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=568571.000000
s hg19.chr21     17874776 44 +  48129895 AACTTTCTCAGTTCCGTTTCTACTATTTTCGTAATTTATGAAAC
s panTro2.chr21  16602384 44 +  46489110 AACTTTCTCAGTTCCGTTTCTACTATTTTCATAATTTATGAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16213958 44 +  48394510 AACTTTCTCAGTTCCGTTTCTACTATTTTCGTAATTTATGAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166018390 44 - 196418989 AACTTTCTCAGTTCCGTTTCTACTATTTTTGTAATTTATGAAAC
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a score=1258638.000000
s hg19.chr21     17874820 111 +  48129895 CACAGTAGATGTAATTTGCGTAAACATTCTCAACATACAAATTTCGTTTCCTGTAATTCTCGGTATCAATTTGGAGTATTGTTTATCTATATCCTCAAATTTGACAAATGT
s panTro2.chr21  16602428 111 +  46489110 CACAGTAGATGTAATTTGCGTAAACATTCTCAACATACAAATTTCGTTTCCTGTAATTCTCGGTATCAATTTGGAGTATTGTTTATTTATATCCTCAAATTTGACAAATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16214002 111 +  48394510 CACAGTAGATGTAATTTGCGTAAACATTCTCAACATACAAATTTCGTTTCCTGTAATTCTCAATATCAATTTGGAGTATTGTTTATCTATATCCTTAAATTTGACAAATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166018434 111 - 196418989 CACAGTAGATGTAATTTGCGTAAACATTCTCAACATACAAATTTCGTTTCCTGTAATTCTCAGTATCAATTTGGAGTATTGTTTATCTATATCCTCAAATCTGACAAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=368737.000000
s hg19.chr21     17874931 28 +  48129895 TGATTATTAGAATCTTTTCCTACTTCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16214113 28 +  48394510 TGATTATTAGAATCCTTTCCTACTTCTC
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a score=67053.000000
s hg19.chr21     17874959 20 +  48129895 AAAGAAGCAACAGTTTCCAT
s panTro2.chr21  16602567 20 +  46489110 AAAGAAGCGACAGTTTCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16214141 18 +  48394510 AAAGAAGCA--AGTTTCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101767.000000
s hg19.chr21     17874979 32 +  48129895 CTTTAAATTACAGATTTCTGGCGCTTTATCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16214159 32 +  48394510 CTTTAAATTACATATTTCTGGTGCTTTATCTC
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a score=350151.000000
s hg19.chr21     17875011 39 +  48129895 ATATCACTATGAATTACTTTTGCtttatttaaaaaattt
s panTro2.chr21  16602619 39 +  46489110 ATATCACTATGAATTACTTTTGCtttatttaaaaaattt
i panTro2.chr21 C 0 I 2
s ponAbe2.chr21  16214191 39 +  48394510 ATACCACTATGAATTACTTTTGCtttatttaaaaaattt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  166018625 32 - 196418989 ATATCACTATGAATTACTTTTGCTTTATTTAT-------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=764463.000000
s hg19.chr21     17875050 71 +  48129895 aaaaaagatattatGTAGAAAATACATTCTGGACTCAGGGAATATAGAGAGGTCTGAGAGCTTAAGAAGAA
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i panTro2.chr21 I 2 C 0
s ponAbe2.chr21  16214232 71 +  48394510 aaaaGAGATATTATGTAGGAAATACATTCTGGACTCGGGGAATATAGAGAGGTCTGAGGGCTTAAGAAGAA
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  166018657 70 - 196418989 AAAAGAGATATTATGTAGGAAATACATTCTGGACTC-GGGAATACAGAGAGGTCTGAGGGCTTAAGTAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16602731 13 +  46489110 TAGAAACTCATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16602744 117 +  46489110 AGCTAGATGGCACCAAACTGCATCACTTCAGGCCACACAATGTTCATTAACACCTAAAGGAC-------TTTTTTTTTTGTATATAAATTATATAGCCAAAAACAAAATAAAACATAACCCACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17875252 82 +  48129895 AAAAATATTTTGTTTTACCTCTTGGTTGGCAATTTTGGCATCAAGCACACATACTTTAATCATAGTAATACTTTTCTTACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16214434 81 +  48394510 AAAAATATTTTG-TTTACCTCTTGGTTGGTAATTTTGGCATCAAGCACACATACTTTAATCATAGAAATACTTTTCTTACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16214657 141 +  48394510 GCCAAGGCTGCCATCCTGTCTGCTTTGACACTTGGAAATGGCAATGGAGTTCGTAACACAAAACTGAATGTTGCCCTTCCTAATGTGAGGAGAGAACGAAATAGAGCACAAAAAAAAAATGGCATTCAAGAATATAATCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166019061 138 - 196418989 GCCAAGGCTGCCATCCTGTCTGCTTTGACGCTTGGAAATGGCAACTGAGTTCATAACACAAAACTGAATGTTGCCCTTCTTAATGTGAGGAGAGAATGAAATAGAGCTC---AAAAAAATGGCATTCCAGAATATAATCGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17875624 34 +  48129895 CATggtggctcatgcctgtaatcctagtactttg
s rheMac2.chr3  166019199 34 - 196418989 CATggtggctcatgcctgtaatcctagtactttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16214798 34 +  48394510 cacggtggctcatgcctgtaatcctagtactttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16603242 34 +  46489110 CATggtggctcatgcctgtaatcctagtactttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17875658 24 +  48129895 ggaggctgagatgggtggatcacc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17875682 83 +  48129895 tgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatgaggaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagccgggcgtggt
s panTro2.chr21  16603300 83 +  46489110 tgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatgaggaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagccgggcgtggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16214856 83 +  48394510 tgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatgaggaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggcgtggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166019257 83 - 196418989 tgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatgaggaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagccgggcgtggt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16603415 109 +  46489110 actcaggcaggagaatcacttgaacccaggaggggcggagcttgcagtgagccgagatcacaccacttcactccagcctgggagaaagagtgaaactctgtcaaaaaaa---
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17876298 67 +  48129895 TACATAAAGAAATAAATTGGTTACCACAGCTCACCTCTTTATTTTGCACTTTTGTATAACATACATC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16215463 66 +  48394510 TACAT-AAGAAATAAATTGGTTACCACAGCTCTCCTCTTTATTTTGCACTTTTGTATAACATACACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17876365 31 +  48129895 AAAAACCATATTCCATTAGTTTCCCTAGACC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17876396 28 +  48129895 ATCCTATGACTTCTACCTTTTCCTTACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16215560 28 +  48394510 ATCCTGTGACTTCTACCTTTTCCTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166019957 28 - 196418989 ACCCTATGACTTCTACCTTTTCCTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17876498 63 +  48129895 TTTCTTTACAGAGTACTAGGCATCTCACTATTTTATTAATATTAGGCATATTAATAAAATGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16604166 21 +  46489110 tatcatcaatattatcaatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16215769 21 +  48394510 TATCATCAATATTATCAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17877763 67 +  48129895 GTCATTCACCAGGAAGTGATATTAGAGTTACAGGAATTGACAGGAGGTGGAGCCGAATGATAGTGGC
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s rheMac2.chr3  166021456 163 - 196418989 ACTTTGTTAGCGAGGTGAGGGTAAAAGTGGAGGGCACATTGCATGAGGGCAATCTCATGAATGAAAGAATGCAGTTTCCAATGATACGGCAGTGAGGACGTAACCCTGAAGTATTTCTTGGTATGTTCCGttaa---------------------aaataaataaataataacaaataaataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17879284 42 +  48129895 ATTGTGTGTTATTTTTTGCTTTATAGCCTCTAACCTAAGCGT
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a score=-181576.000000
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a score=223849.000000
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a score=354589.000000
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a score=-32002.000000
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a score=1468902.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166023104 191 - 196418989 TTATACCAAGTCTCTGTGCATCCATTAATAGTATATTTTGGCCAGTTAAGTCTCCCTGAAAAGCATGGTTTTTACATAATAGATCTTTATTGGTTATATTGTTGTAATCAAATTATCTCTATGTTGTCGATCAGGGAGGAATTCTAGACATGTAAGTAAAATATTGTGTGAATTTTATTGAATGAAGCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16607324 38 +  46489110 TAGGGCTCTTTGACCTTCTGGTTGCAACTTCTATTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16218963 38 +  48394510 TAGGGCTCTTTGACCTTCTGGTTGCAACTTCTATTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166023295 38 - 196418989 TAGGGCTCTTTGGCCTCGTGGTTGCTACTTCTATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16219001 72 +  48394510 GAAAGACATTAGAAACCCACATTTGAAAATGTTTAGGAATTTTCTCTTGGCAATAGAGTGCTTTCATTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16219073 36 +  48394510 AAGGCAGAGAAGAAAACTTCACTTTCTGAGTTGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166023398 36 - 196418989 AAAGAGGAGAAAAAGACTTCACTTTCTGAGTTGTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16219178 127 +  48394510 AAAATACCTAACAAAGCTTGAGGGGGAAAATAAGACTTAAATTTTATAGAGAGTTCATTGTTTTGGGTACAATTTGTCTATTATTTTCCTGCAGATATGGTGATAATTATAACATAGTCATTAAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166023503 126 - 196418989 AAAGTACCTAACAAAGCTTAAGGGGGAAAAT-AGACTTAAATTTTACAGAGAGTTCATTGTTTTGGGTATAATTTGTCAATTATTTTCCTGCAGATATGGTGATAATTATAACATAATCATTAAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16219305 25 +  48394510 AGAGGTTACTTACCTAAAGAACAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 786
s rheMac2.chr3  166023629 25 - 196418989 GGAAGTTACTTTCCTAAAGAACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16220116 66 +  48394510 AAAAAAAATCTTTGTTAATGATGAAGAGAAAGTTGTAAGTAATTTAGAGGTGAACATAAAGATGGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16220182 54 +  48394510 AGAAGTGAAGCTGTGCTGGGATCCTGGGGAT-CAGGGAGAAGACATCACAGGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166023955 60 - 196418989 AAACAAAAAATTAAGTAGCTATTTGAGAGAAAAAGTCTCAAAATGGATGTATCTTGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166024015 60 - 196418989 AACTATGCTGAATTAATACAAGTTGGTATAGATTCAAACCAGGAACTGGAAATGAttatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16608116 26 +  46489110 AAttta-ttttttgttttatatttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16220541 27 +  48394510 AAtttatttttttgttttatatttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166024075 27 - 196418989 tatttatttatttatttTATACAtttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16608142 179 +  46489110 tgagacagagtcccactctgtcactcaggctggagtacagtggcacaatctctgctcattgtgacctttgcctcctgggttcaagcgattctcatgcctcagcctcctgagtaactgggactacaggcgtacgccaccacgcccagctaatttttgtgtctttagtagagacaggattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16220568 179 +  48394510 tgagacagagtcccactctgtcactcaggctggagtacagtggcacaatctctgctcattgtaacctttgcctcctgggttcaagcgattctcatgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcatacgccaccacgcccagctaatttttgtgtctttagtagagacaggattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166024102 175 - 196418989 tgagac--agtctaact--gtcactcaagctggagtgcagaggcacaatctctgctcattgtaacctttgcctcctggattcaagtaagtctcatgtctcagcctcctgagtagctgggattacaggtgtgcaccaccacgcccagctaatttttgtatctttagtagagacgggattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17880716 101 +  48129895 caccatgttgcccaggctagtctcgaactcctggcctcaagtggtctgcctgcctcagcctcctaaagtgctgggattacaggcatgagccactacacctg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16608321 101 +  46489110 caccatgttgcccaggctagtctcgaactcctggcctcaagtggtctgcctgcctcagccccctaaagtgctgggattacaggcatgagccactacacttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17880817 46 +  48129895 gGGGAAATTCTCACCCTAAACATGAGCACAAAGTTTATCTGATAAT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166024534 47 - 196418989 tatacttatatataatttaattttCATTCACAGAATATCATAAAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16221578 119 +  48394510 GATATAACCATAGAATACCAGATATCCATGGGAGAGCTTAT-AATGCTACTGGACATTTGTACACAACAgtgtgtatatgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166025102 102 - 196418989 GATATAACCATAGAATACCAGATATCCATGGGAGAGCTTACAAATGCTACTGGAGGTTTGTACACAACtgtgtgtata------------------tgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17881732 205 +  48129895 CCACAATGATATTCAAATTTTAGGGG-AAAATGAGAATTTTTTTACTTCTGCAAATATATTTAATACAACCCATCCAAATTTATTCTAAATACATTTTGATACAATTTGTCAACCTATAATTCTTCAAGAAGTGGAATCAGCAGTTGGTAATAATTGCACAtctgtggttaattagctcagttggttgaatcatggagctaatgag
s panTro2.chr21  16609340 206 +  46489110 CCACAATGATATTCAAATTTTAGGGGAAAAATTAGAATTTTTTTACTTCTGCAAATATATTTAATACAACCCATCCAAATTTCTTCTAAATACATTTTGATACAATTTGTCGACTTATAATTCTTCAAGAAGTGGAATCAGCAGTTGGTAATAATTGCACATCTGTggttaattagctcagttggttgaatcatggagctaatgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16221774 202 +  48394510 CCACAATAATATTCAAATTTTAGGGGAAAAATGAGAATTTTTTTACTTCTGCAAGTATATTTAATACAACCCATCCAAATTTATTCTAAATACATTTTGATACAATTTGTCAACCTATAATTCTTCAAGAAGTGGAATCAGCAGTTGGTAATAATTGCGCAtctgtggttaattagctc----ggttgaatcatggagctaatgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166025486 66 - 196418989 gccaaagcctgggtttgatctctgcgtgggcTGGTGAGTTTTGCTCTATTCCTGGGTCATAGACTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16222935 80 +  48394510 CTGTATGTCCATTGTGGTAGATAGAAACTTGTGAACTTACTAAGAATCAATGTATCTCTGTTGCAGTGTGATGGTCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16610504 80 +  46489110 CTGTATGTCCATTGTGGTAGATAGAAACTTGTGAACTTACTAAGAATGAATGTATCTCTGTTGCAGTGTGATGGTCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16223015 85 +  48394510 CTCATGGTCTCCAAAATTTCTAAGGGTAGTTGGTTCCCAGTGTGTCTGCCACATTGTGATCACAAAAATATCATGATCATGAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16223100 58 +  48394510 GATGCTTTGTTTGGAAATGCCTACAAATAATGATGGAAGGGCCAAATTGAAAGTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=153339.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 I 1 I 1
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i rheMac2.chr3  I 21 I 1

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16223336 98 +  48394510 TGACTTTATCACAATGTTTT-TCATACTTTGGTAAGTAATCCCATCTAACTGCTGTTTGATAATTTAAGTTTGGGAAACACTAATCAAAACCATAATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166026832 99 - 196418989 TGACTTTATCGTAGTGTTTTGTCATATTTAGGTAAGTAATCCCATCTAACTGGTGTTTGGTAATTTAAGTTTGGGAAACACTAATCAAAACCATAATGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=72988.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166027189 112 - 196418989 TGTTGTTACtatcatgctttaagttctagggtacatgtgcacaatgtacaggtttgttacataggcatacatgtgccatgttggtttgctgcacccatcaacttgtcattta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17883754 101 +  48129895 cattaggtatttctcctaatgctatccctcccccagca-ccccctgcaacaggccacagtgtgtgatgttgcctgccccgtgtccaagtgttctcattgttc
s rheMac2.chr3  166027301 101 - 196418989 cattaggtatttctcttaatgctaaccctcccccagca-gcccccgcaacaggccccagtgtgtgatgttccccaccctgtgtccaagtgttctcattgttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16223801 102 +  48394510 cattaggtatttctcctaaggctatccctccaccagcacccttccgcaacaggccacagtgtgtgatgttgcccgccctgtgtccaagtgttctcgttgttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16611375 102 +  46489110 cattaggtatttctcctaatgctatccctcccccagcacccccccgcaacaggccacagtgtgtgatgttgcctgccccgtgtccaagtgttctcattgttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16611477 273 +  46489110 acttcccacctatgagtgagaacatgcggtgtttgg-tttctgtccttgtgatagtttgctgagaatgatggtttccagcttcatctatgtccttgcaaaggacgtgaactcatccttttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttctttatccggtctatcattgatgagcatttgggctggttccaagtctttg---ctgtgaatagtaccacagtaaacatatgtgtgcatgtgtctttatagtagaatgatttata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166027402 276 - 196418989 agttcccacctatgactgagcacatgcggtgtttgcttttctgtccttgtgatagtttgctgagaacgatggtttccagcttcacccatgtccctgcaaaggacatgaacttatcc-tttttatggctgcatagtattccatggtatatatgtgccacatttttttaatccagtctatcattgatggacatttgagttggttccaagtctttgctactgtgaatagtaccacaataaacatgcatgtgcatgtgtctttatagtacaatgatttata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16611835 294 +  46489110 ttccacggtggttgaactagtttacactcccacca--agtgtaaaagggttcctttttctccacatcctctccagtatctgttgtttcccgactttttaatgattgccattctaactggcgtgagatggtatcttattttggttttgatttgcatttctctgatgaccagtgatgatgagcattttttcatgtgtattttggctgcataaatgtcttcttttgagaagtgtgtgttcatatcctttggctacttttcgatggggttgtttgtttttatcttgtaaatttctttaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166034940  33 - 196418989 ATAATATGAAAAAAATTATCCTTGCATTACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166035002  31 - 196418989 CAATGTTTTCACCCATATTAGTA-GGTAATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=556519.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166035126 203 - 196418989 M

a score=623036.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166035126 203 - 196418989 M

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i rheMac2.chr3  M 203 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17891686 33 +  48129895 TGAAAACACATACTTGAGGGTAAAGTGAGGTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=157463.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16232539 71 +  48394510 T--TAATTTCAAAGCAATTTATTTCAGGCCATTGTAATCTGGTTTATATGGTCCCAGAGGGATGATTGTGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16620595 35 +  46489110 ACACCAGTTTTACCACACACTTAAACACAGAACTC
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i rheMac2.chr3  C 0 I 2

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s panTro2.chr21  16620632 16 +  46489110 TTCCCCAATGCATGAT
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i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166036953  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166036953   0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16621030 98 +  46489110 ccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgaccccgtgatccgcctgtctcggcctcccaaggtgctgggattacaggtgtgagccaccacgcctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166036953  0 - 196418989 C

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166037047 49 - 196418989 TTTTTTGGTTGGTATTTTAAGAACTTACCaatttatttaaaatttattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17893709 36 +  48129895 aaggaatgagatcatgtcctttgcaggggcatggat
s rheMac2.chr3  166037127 36 - 196418989 aaggaatgagatcatgtcctttgcagggacatggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16233569 36 +  48394510 aaggaatgagatcatgtcctttgcagggacatggat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16621291 36 +  46489110 aaggaatgagatcatgtcctttgcaggggcatggat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=9310.000000
s hg19.chr21     17893745 23 +  48129895 gaagccattatcctcagcaTATA
s panTro2.chr21  16621327 23 +  46489110 gaagccattatcctcagcaTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 673

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s hg19.chr21     17893768 131 +  48129895 TACATTATTACCTCAAAATATACATTATTACCTACTATCATTACCTGCATTTAGGCCTTGCTTTTAAATTTCTCTTTGTGATCGACATGGTTTTCTTTCTTTCTGAC--AAATTAATTTCAATATCCTTATTA
s panTro2.chr21  16621350 131 +  46489110 TACATTATTACCTCAAAATATACATTATTACCTACTATAATTACCTGCATTTAGGCCTTGCTTTTAAATTTCTCTTTGTGATTGACATGGTTTTCTTTCTTTCTGAC--AAATTAATTTCAATATCCTTATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 681 C 0
s rheMac2.chr3  166037855 124 - 196418989 ---------ACCTCGAAATATACGTTATTACCTACCATCGTTACCTGCATTTAGGCCTTGCTTTTAAATTTCTCTTTGTGATTGACATGGTTTTCTTTCTTTCTGACTTAAATTAATTTTAATATCCTTATTA
i rheMac2.chr3  I 673 C 0

a score=137766.000000
s hg19.chr21     17893899 35 +  48129895 TTGTCATCAACTACTTTACCCTCCTGCTTTGCATG
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s hg19.chr21     17893934 74 +  48129895 CCATCTCTGCCCCTCCATCCATCCCTGTCAAGTGCCACCTACAACCACAGCACACCATACCACAGTGTTTCTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166038014 74 - 196418989 CCATCTCTGCCCCTCCATCCATCACTATCAAGTGCCACCTACAACCACAACACACTATACCACATTGATTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     17894008 16 +  48129895 TAGGC---------TTTTTTATTTT
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s hg19.chr21     17894024 109 +  48129895 TTtctgttgcctaggctggagtgcagtggcaccgtctcaggtcacttcaacctccgcctcctgggctcaagcgagtctcccgcctcagcctcctgagtacctggaattg
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s rheMac2.chr3  166038103 109 - 196418989 CCTCtgttgcccaggctggagtgcagtggcaccatcttgggtcacttcaacctccgcctcctggactcaagtgattctcccgcctcaacctcctgagtacctagaatta
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s hg19.chr21     17894133 133 +  48129895 caggtgcccatcaccatgctcagctaatttttgtatttttagtagagacgaggtttcaccatgtaggccaggctggtctcgaactcccaacctcaagtgatctacctgcctcagcctcccaaagtactgggat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16245095 160 +  48394510 aaacctggacatcttaggtattatgtatgaggctctaattcttatttaaatgttcggttttatctggcttcttcttacaccactccagccgggaaaagggagcatgccgccttgttactgccagatatggatagaagtagctcctgctcttcaatgaacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16631462 160 +  46489110 aaacctggacatcttaggtattatgtatgaggttctaattcttatttaaaccttctgttttatctggcttcttcttacaccactccagccgggaaaagggagcatgccgccttgttactgccagatatggatagaagtagctcctgctcttcaatgaacc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=293750.000000
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s rheMac2.chr3  166048066 215 - 196418989 tccattggtttctgctaccaaactgacctccactgatagcttcctggctaggaaaaatggaaaaatggagcggtttgttgctgctcttattgtggtcttcaccagtgctttagaagttgagggatagcagggtagccttgttacagctggacagttttgaatgttctcaatctccaccaaaccttctctcatacaacctcagtggagagggagat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16245255 207 +  48394510 tccattggtttctgctaccaaactgacctccactgatatcgtcctggcta--------gaaaaaatggagtagtttgttgctgctcttattgtgatcttcaccagtactttagaagttgagggatagcagggtagcctcattacagctggacagtttcaaatgttctccatctccaaaaaacctcctttcatactacctcagtggagagggagat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16631622 207 +  46489110 tccgttggtttctgctaccaaactgacctccactgatatcttcctggcga--------gaaaaaatggagtagtttgttgctgctcttattgtggtcttcaccagtgctttagaagttgagggatagcatggtagcctcattacagctggacagtttcaaatgttctcaatctccaccaaacctcctctcatactacctcagtggagagggagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=315796.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16632228 68 +  46489110 ttcttcagctctgaggttttgatgtataaggtaaaaattttaaatccatgtcattccttgagtccttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16632335 128 +  46489110 agtctctttaaatttctttgatatgtaatgtggagagattttagttgtacctagaaggggaattag-aaaaaactatgtctactccatctttctacaagtgaaagtctcccATTACTTTGCTTCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16632463 233 +  46489110 AAAAATTGTTTTTAATTGGGAAGACAGCATACAATTTTCACATCAGATTCTTTCAGGAAGTTCAACAGAATTATACAAAACTAATCATGAATTTAGTATTAAAAAGGAAACCTTCAGACAGAGAAAACATCTC------TAATTTATTTTTTAATATCCATTTTACTTCCACTTTGCAATTTCCATCGGTTTGTTTCTTGACAAGTTTGTCTCTTTTAGGACCTGCAACATCTCTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166049346 89 - 196418989 TTCTTGTTTTGCTGAAGCATGGGGCTTAAGTTCCAACCAAGCACTCTTTAAACATGTGCCTAGGACACTAGCAGATTTCTCCAGAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1017501.000000
s hg19.chr21     17905407 86 +  48129895 TGCAATCTAGAAAAAAAGCAATTTTAATTTTA-GCCCGTGTGTAAATTTTTAGTTTATGGTTTAGAATTGCATTATTTTGAATTACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16246613 86 +  48394510 TGCAACCTAGAAAAAAAGCAATTTTAATTTTA-GCCCATGTGTAAATTTTTAGTTTATGGTTTAGAATTGCATTATTTTGAATTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166049435 87 - 196418989 TGCAATCTAGAGAAAAGGCAATTTTAATTTCAGGCCCGTGTGTAAATTTTTAGTTTATGGTTTAGAATTGCATTATTTTGAATTACA
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a score=281198.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-84904.000000
s hg19.chr21     17905527 13 +  48129895 TGTATGTGTGTGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16246733 13 +  48394510 TGTATGTGTGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166049556 13 - 196418989 TGTACGGGTACGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168198.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16246746 121 +  48394510 GCACATTCACTCCTATCGTTGCTAAAGAAAGTCACCTGAAGGACATGGCACAAAAACAACTGCAAACCATTTTTATTTCTGTTTCCTAGATGCCTGAATCTTTTTTCAGG-TTTTTTCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16633112 122 +  46489110 ACACATTCACTCCTATCGTTGCTAAAGAAAGTCACCTGAAGGACATGGCACAAAAACAACCGCAAACCATTTTTAGTTATGTTTCCTAGATGCCTGAATCTTTTCTCAGATTTTTTTCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=229414.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16246867 198 +  48394510 AGACAAGTCACAGTTTGATTATCTTTGAAAGTCATTGCTATGTATTGTGCAGTGTGTATGTTTATACATGGAAAAGGGGCAACATTAATCCATCATTTGGGGAAGACACTGAATATAATGTTAAATTTTTTGCAAAC--AATCATACTTTAGATAAAGATTCTCCAATTATTGCAACATT--TTTAAAAAATAAAGTTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166049691 196 - 196418989 AGACAAGTCACAGTTTGATTATCTTTGAAAGTCATTGTTATGTATTGTGTGGCGTATGTGTTTATACATGGAAAAGGGGCAACATTAATCCATCATTTTGGGAAGGCACTGAATATAATGTTAAATTTTTTGCAAACGTAATCATACTTTAGAT----ATTCTACAATTATTGCAACGTT--TTTAAAAAACAAGGTTAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1432716.000000
s hg19.chr21     17905860 84 +  48129895 GACATGGTTCTTTTTAGTGCCGCTCAGTATGTTTGGTTTCTGTACTAATAATGCTTGCTTTCCTGTTTGGCTTTAAATTCTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1967202.000000
s hg19.chr21     17905944 71 +  48129895 TAAGGAAATTGTGAAAAATTTAATTCACTCTACTTTTGTTAGAAAGTATAGAAATGTTCGTGCATGGGA---TT
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a score=3419262.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16247493 76 +  48394510 TTTGTTGGAGATTGCAGCAATAGTGCATCCCCACTGTTGCTAGAAGACACAGTGACCATGTAGTACAAAATCAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166050392 38 - 196418989 CCAGATAAAATCAGAAAGTAGCAAAAAGCAAGAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16247674 136 +  48394510 TGTAAGGAAAAGGAGACAGACGAAGGGATGCCTTTAACTCAGAAAACTTGAAGGGCTTTCAGTCTTTTCATTTGAGAACCATTTGGGTGTGTTGAGAAAAAAAGTTG-CAGAGTAGGCATGTTCAGACCTTTATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16634044 136 +  46489110 TGTAAGGAAAAGGAGACAGATGAAGGGATGCCTTTAACTCAGAAAACTTGAAGGGCTTTCAGTCTTTTCATTTGAGAACCATTTGGGTGTGTTGAGAAAAAAAGTTG-CAGAGTAGGCATGTTCAGACCTTTATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16634180 19 +  46489110 CTACATTTGGTAGGAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17906625 4 +  48129895 TTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16634247 334 +  46489110 ACGAAACAGGCGTTGCAAGAATCAGATTCACTTTGGACGACTCTTCACATTCCAAGTCATCATTGCGTTAGGCAGCACAATTCCATCTCTGGTTGATGGGCAGAAAAAGTGGGCAGCTTGCCAGGTAGACGTTTCCATGACTCCCAGCCCCCAAAGGTGATGCGTTTTTCAGCTAATTCAATGAAGAGTGGGCTGAACTTTGGGTCTAAACGAGACAATAGCTGCCTTCGCAGTATCAGCAGAATGGTTGATGGGAGTGCACTCTACATTTGGCAGAGAATCATGTGACCTTACGACTGAGATTTTGTGATGGTGCCAACGGAGACTTGGAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16247876 334 +  48394510 ACGAAACAGGCGTTGCAAGAATCAGATTCACTTTGGACGACTCTTCACATTCCAAGTCATCATTGCGTTAGGCAGCACAATTCCATCTCTGGTTGATGGGCAGAAAAAGTGGGCAGCTTGCCAGGTAGACGTTTCCATGACTCCCAGCCCCCAAAGGTGATGCGTTTTTCAGCTAATTCAATGAAGAGTGGGCTGAACTTTGGGTCTAAACGAGACAATAGCTGCCTTCGCAGTATCAGCAGAATGGTTGATGGGAGTGCACTCTACATTTGGCAGAGAATCATGTGACCTTACGACTGAGATTTTGTGATGGTGCCAACGGAGACTTGGAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166050700 333 - 196418989 ACGAAACAGGCGTTGCAAGAATCAGATTCACTTTGGACGACTCTTCACATTCCAAGTCATCATTGCGTTAGGCAGCACAATTCCATCTCTGGTTGATGGGCAGAAAAAGTGGGCAGCTTGCCAGGTAGACGTTTCCATGACTCCCAGCCCCCAAAGGTGATGCGTTTTTCAGCTAATTCAATGAAGAGTGGGCTGAACTTTGGG-CTAAACGAGACAATAGCTGCCTTCGCAGTATCAGCAGAATGGTTGATGGGAATGCACTCTACATTTGGCAGAGAATCATGTGACCTTACGACTGAGATTTTGTGATGGTGCCAACGGAGACTTGGAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3521021.000000
s hg19.chr21     17907061 75 +  48129895 ATCTTAATACTTGACTTTAGCCAGACTCAGCAAGCGACTGAGCTTTGAAGCACAACTTCGCCTTTATTCTGGGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166051087 75 - 196418989 ATCTTAATACTTGACTTTAGCCAGACTCAGCAAGCGACTGAGCTTTGAAGCACAACTTCGCCTTTATTCTGGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16248339 55 +  48394510 TTTGGCAGGCCACCAGGAGGCTGTCCCTTTCACGCCTGATAAATTCTGCTGCTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166051162 55 - 196418989 TTTGGCAGGCCACCAGGAGGCTGTCCCTTTCACGCCTGATAAATTCTGCTGCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17907211 127 +  48129895 AAAAGGAAAATAATAATAGAATATTGAGGCATAACAAGTGAATTCTAAAATTGTATGTGCtttttgttttttttttttgt-------tttttttgccttttctgactggtgatttgtatttttgttttatttat
s panTro2.chr21  16634784 134 +  46489110 AAAAGGAAAATAATAATAGAATATTGAGGCATAACAAGTGAATTCTAAAATTGTATGTGCtttttgttttttttttttgtttttttgtttttttGCCTTTTCTGACTGGTGATTTGtatttttgttttatttat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166051236 113 - 196418989 GAAAAGAAAATAATAATAGAATATTGAGGCATAACAAGTGAATTCCAAAATTGTATGTGCTTTTTTT--------------------TCTTTTTGCCTTTTCTGACTGCTGatttttattttttattt-tttat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16634918 22 +  46489110 ttatttatt----------------ttataGGTTACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16248529 22 +  48394510 ttatttatt----------------ttttaGGTTACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  166051349 38 - 196418989 ttatttattattattattattattattTTAGGTTACTA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s rheMac2.chr3  166051388 302 - 196418989 CGTTTCTGCTTGTAGAAGAATCCAAGTAGTTGGGTCTTTTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTAAAATGAACAGGCGTTTGAACTGGGCAAACAGGACGACAGCACCAGTGAGCATGAGATCATTGCATTGCAGCAGTGTAGCAAGCTGGCACCCTGCCTTTGCACCCCTTTGGTTCAGGAGACAAACGTGTGCGATCCTCATTTCTAAAGTCAGCACAGCCTGGAAGGATTCCTGGTCTCTCCCACCTTCTACCATTCTGCTGCCAGTGACGGCAAGGATTGGTGTAGCTTCTGCG
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  16248552 292 +  48394510 CCTTTCTGCTTGTAGAAGAATCCAAGTAGTTGGGTC----------TTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTATAATGAACAGGCATTTGAACTGGGCAAACAGGACGACAGCAGCAGTGAGCATGAGATCATTGCATTGCAGCAGTGTAGCAAACTGGCACCTTGCCTTTGCACCCCTTTGGTTCAGGAGACAAACGTGTGCAATCCTCATTTCTAAAGTCAGCACAGCCTGGAAGGATTCCTGTTCTCTCCCACCTTCTACCATTCTGCTGCCAGTGACGGCAAGGATTGGTGTAGCTTCTGCG
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s panTro2.chr21  16634940 300 +  46489110 CCTTTCTGCTTGTAGAAGAATCCAAGTAGTTGGGTCtttttt--tttttttttttttttttttGGGTTATAATGAACAGGCATTTGAACTGGGCAAACAGGACGACAGCAGCAGTGAGCATGAGATCATTGCATTGCAGCACTGTAGCAAACTGGCACCCTGCCTTTACACCCCTTTGGTTCAGGAGACAAACGTGTGCAATCCTCATTTCTAAAGTCAGCACAGCCTGGAAGGATTCCTGGTCTCTCCCACCTTCTACCATTCTGCTGCCAGTGACGGCAAGGATTGGTGTAGCTTCTGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17907709 27 +  48129895 TAAGAAATTACAGGCGCCCTTGAAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17907736 12 +  48129895 AAAATCTGAGTG
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a score=518454.000000
s hg19.chr21     17907748 67 +  48129895 TGTCCTACTACATGCAAGAGTGCTGG----------aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGAGACGCTCCTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16248946 58 +  48394510 TGTCCTACTACATGCAAGAGTGCTGA-------------------AAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGACGCTCCTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179936.000000
s hg19.chr21     17907815 27 +  48129895 caaaaacaaaaacaaaagcaaacaaac
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a score=685638.000000
s hg19.chr21     17907842 35 +  48129895 aaaaatccaaaccaaaacaaaCC-AAAAAAAGCAAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16637463 78 +  46489110 TGTTGAAATTTTATTGATGGTTTTCATTTGAAAATGTGTGCTATGACCTGCCTTTGTGAAAAATTTCTTGTGGTCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16637541 61 +  46489110 TGGGCAGTTTGTGTCCCATTGAATATATGTCTGTGTATCCATACGCTTAAGATAGGTGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16251141 61 +  48394510 TGGGCAGTTTGTGTCCCATTGAATATATGTCTGTGTATCCATACGCTTAAGATAGGTGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16251202 141 +  48394510 TACGGTTTACTAGAAAGCTTTATAGGAAAAGAAAAAAATTATATTTTCCTGTTTGTTGTACCATATAAAAGGAAGTGAAATCAGGAGGAGGGGAATAAGGTCATGCTTTTTCATCTTTTTTACATGACCTGATAAGACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166054069 140 - 196418989 TACGGTTTACTAGAAAGCTATTTAGGAAAAG-AAAAAATTATGTTTTCTTATTTGTTGTACCATATAAAAGGAAGTGAAATCAGGAGGAGGGGAATAAGGTCATGTTTTTTCATCTTTTTTACATGACCTAATAAGACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16637743 38 +  46489110 GAAACCAAAACATGCTTTCTTATAGTTATGGTAAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1256594.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16637867 122 +  46489110 TTATTTACTATAGTTTTTAATAATTATGAGGACAATTTAAGAATAAATAATGGTTTAAAATTATGTAGAACACATGATCTATATAAAGGCTATAAAACGTATTTATTTCAAAATATGCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16637989 90 +  46489110 TCACTAAGCAATTAGTATGTAGTATTATTTTACACAATAAAGATATAATTAGGAAATGCTAAGTGATTATAGATGTGAAATGATTAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166054543 48 - 196418989 TTGTACAACTTATCATTTTGTTGCAGTTGAGTTTAGAATCTTAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16638079 48 +  46489110 TTGTACAACTTATCATTTTGTTGCAGTTGAGTTTACAATCTTAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2582021.000000
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s panTro2.chr21  16638127 236 +  46489110 ACGTGTATGTGGCTGGCTTTATGTTTACTCGTTTGTGTGTTTGCTTGTTGTCTGGTGGTTTAAAACATTTTTTAGTAATATTTTATTTTTGCCCAACCTGTTGACCAGATGAGAGTCGTATGTAGCCATGCATTTTAAGTGTATCTTTTTTGAACAATAAGTTTAAATATATTTTATTTAGGAAAGAAGATATCCTATGTCATGTAATACATCTGGAGTATAAATGTTAGTGTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16251726 236 +  48394510 ACGTGTATGTGGCTGGCTTTATGTTTACTCGTTTGTGTGTTTGCTTGTTGTCTGGTGTTTTAAAACATTTTTTAGTAATATTTTACTTTTGCCCAACCCGTTGACCGGATGAGAGTTGTGTGTAGCCATGCATTTTAAGTGTATCTTTTTTGAACAATAAGTTCAAATATATTTTATTTAGGAAAGAAGATATCCTATGTCATGTAGTACATCTGGAGTATAAACGTTAGTGTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166054591 230 - 196418989 TAGTGTATGTGGCTGGTTTTATGTTTACTCGTTTGTGTGTTTGCTTGTTGTCTAGTGGTTTAAAACATGTTTTAGTAATATTTTATTTTTGCCCAACCTGTTGACCAGATGAGAGTTATATGTAGCCATGTATTTTAAGTGTATCTTTTTTGAACAGTAAGTTTAAATATATTTTATTTAGGAAAGAAGATAGCCTATGTCATGTAATACATCtggagta------ttagtgtgga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16638535 105 +  46489110 AAGTT---ATGTTACCAATTCCTTGAAACCAGTAACTAAACTAGTTTTATAAAAATTAAAATAAGCACGGCCTAACTCATACACAATTAACTTAATAGTTAATTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166054994  20 - 196418989 M

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i rheMac2.chr3  M 20 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16638640 98 +  46489110 TTTAATTATAGGCTCGTAATACTACATTCATGCCTCACAATTATATAATTCATACATGCATGTATGGATTCTTTTTTCTTTTAAAACTCATCATCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=440101.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166055347 115 - 196418989 ATATTAATAGGGAGCCCATGCAAGATGTTGCCCATTGGCATAAACCCGTAGATCCGATCTTGTGGTGAAGTGGACCGCACAAGCTCGCTTCTATGGGTCTGTGTCAGTGTGGTAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17911601 24 +  48129895 ATGTTTATTTTAATCATTGTCTGT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=564994.000000
s hg19.chr21     17911625 41 +  48129895 CTTACAAGGCAGGCTTCAATTCTCAACAACTTGGAAGCGTT
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a score=339365.000000
s hg19.chr21     17911726 28 +  48129895 TTTATAGCAGGGTTTGGACCAGGATCTG
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a score=683569.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166056597 104 - 196418989 ccttatgacacatcactttctaccttatgttatggctatttatgtgcttgcttattttttccacactagactgtaagccccttgagggaaaagtccatgtttta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16256428 93 +  48394510 AAATGCTTTGCGGGATGAGGCAGGAAGGAGTTTTAGAGTGggaagggatggagggagagaagaagggaaggagggaagaagAGTAAAATCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166059201 93 - 196418989 aaatgctttgtgggatgaggcaggAAGGAGTTTTAGAGTGggaagggagagagggagagaagaagggaaggagggaAGAAAAGTAAAATCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17915381 11 +  48129895 ATTATAAGAAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166059349  99 - 196418989 AATTGAGAGTAAGTAACTATGAGAGAATCAGATAAATTACTTGGAAATTGGACT--GTCTTTTTGAAAACAATCCAACAGTCCATGAACTATGTTATTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16256677 132 +  48394510 ATAAATGAATGATTTCTGTAAATAATAATTTAGATTCTCTTCTTCCCTATTATCAAATGCTGACTAATGAGCACAGGTGATTCCTCAAGATTACCCAAATGATCTGATACAGGATTCTGTCTTCCTGAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166059448 132 - 196418989 ATAAATGAATGATTTCTGTAAATAGTAATTTAGATTATCTTATTCCCTATTATCAAACGCTGACTAATGAGCACAGGTGATTCCTCAAGATTACCCAAATGATCTGATACAGGATTCTGTCTTCCTGCACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166059704 75 - 196418989 -AGAATACTTTACTCTTACTTTAATTCCTACTGCCCAAGCAAAACTAGTACCTGTTATTATTATGTCATTTAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=634386.000000
s hg19.chr21     17916132 68 +  48129895 AGTCATGGGTTACCCAAGACATCTCTAGACTCTCCAGAATGTATTGTCATGGTATTAGGAGTATTCTA
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s hg19.chr21     17916286 92 +  48129895 TTGTAGTAAATCTAAGCCCCTTTATGTAAGAAATCCATGTCTGTTTCAAACTGACAGCTCCTACCATAATGTTTAGCTTATAGGATCCATTC
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s hg19.chr21     17916378 24 +  48129895 ACCACTCCATTTTGGTGAATGAGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-73944.000000
s hg19.chr21     17916517 47 +  48129895 T-GGGGGGAATTCTGTTTGATGATAATTCTTTTTTTTTTTTTTATAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16257700 21 +  48394510 TGGGGGGGAATTCTGTTTGAT---------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=997.000000
s hg19.chr21     17916564 39 +  48129895 CCATAATTAATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATT
e rheMac2.chr3  166060487  0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  16644150  0 +  46489110 C
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a score=-785.000000
s hg19.chr21     17916603 170 +  48129895 ACATGATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATATGTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTTTTTTGTTGTTTTtttttttttttttattatactctaagttttagggtacatgtgcacattgtgcaggttagttacatatgt
e rheMac2.chr3  166060487   0 - 196418989 C
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a score=0.000000
s hg19.chr21     17916773 57 +  48129895 atacatgtgccatgctggtgcgctgcacccactaatgtgtcatctagcattaggtat
e rheMac2.chr3  166060487  0 - 196418989 C
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s hg19.chr21     17916830 361 +  48129895 atctcccaatgctatccctcccccctcccccgaccccaccacagtccccagagtgtgatattccccttcctgtgtccatgtgatctcattgttcaattcccacctatgagtgagaatatgcggtgtttggttttttgttcttgcgatagtttactgagaatgatggtttccaatttcatccatgtccctacaaaggatatgaactcatcattttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcattgttggacatttgggttggttccaagtctttgctattgtgaatagtgcctcaataaacatacgtgtgcatgtgtctttatagcagc
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e ponAbe2.chr21  16257721   0 +  48394510 C

a score=-7273.000000
s hg19.chr21     17917191 46 +  48129895 atgatttatagtcctttgggtatatacccagtaatgggatggctgg
e rheMac2.chr3  166060487  0 - 196418989 C
e panTro2.chr21  16644150  0 +  46489110 C
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s rheMac2.chr3  166060487 201 - 196418989 GATAATTCTTGATCTTTTAAAATTGGCATTGTCTTGTGTGTCCCTTAATTTTTAACCTTATTCTGTGCTATGTGAAGGTGTGAATTAAATTATATTTCTCTCCTACATCCAATATCTCTTCAATCTCAATTTTGTTTCTCTTCATCTGAACTCTTAGAGTACTTATTTGACTCCAATCATAGTCAGCCTGTGTTTCTAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17917476 15 +  48129895 TCATATGCTGTATAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16644404 102 +  46489110 TTTGTGTAAATTTGTACACAATAGGCACTT-------------AATA--------------------AATTGTGCTTTATTGAAATTAAAAATAAAATTGACACTTATTAAtgataagaaccttagagatcaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16257975 135 +  48394510 TTTGTGTAAATTTTTACACAATAGGCACTTTTCATTTTTACACAATAGGCACTTTTCACAATTCATTAATTGTGCTTTATTGAAATTAAAAATAAAATTGACACTTACTAAtgataagaaccttagagatcaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166060741 102 - 196418989 TTTGTGGAAATTTTTACACAATAGTCACTT-------------AATG--------------------AATTGTGCTTTATTGAAATTAAAAATAAAATTGAGACTTATTAAtgataagaaccttagagatcaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17917593 281 +  48129895 ggcccattttccagatgaccaaactgaggcccagtttctttaatgattctgccaaggtcaatctactagttacggacataactcagatttcaaaccaTTTCAGTGACCTATCCAAGAAGAAATATTTTAGAATTGCTGTCATTAGATTTTTAGTTAGTACTCCATTTTAATGTGTCATTAAACAAATTTTAATAAAGTTGATTGAAATTAGAGAATAGACTTTTGTTTCCGAAAGGCTATAAATCACATAGTAATTTAGCTTCAAGCTCAAATATGATAGA
s panTro2.chr21  16644506 281 +  46489110 ggcccattttccagatgaccaaactgaggcccagtttctttaatgattctgccaaggtcaatctactagttatggacataactcagatttcaaaccaTTTCAGTGACCTATCCAAGAAGAAATATTTTAGAATTGCTGTCATTAGATTTTTAGTTAGTACTCCATTTTAATGTGTCATTAAACAAATTTTAATAAAGTTGATTGAAATTAGAGAATAGACTTTTGTTTCTGAAAGGCTATAAATCACATAGTAATTTAGCTTCAAGCTCAAATATGATAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16258110 281 +  48394510 ggcccattttccagatgaccaaactgaggcccagtttctttaatgattctgccaaggtcagtctactagttatggacataactcagatttcaaaccaTTTCAGTGACCTATCCAAGAAGAAATATTTTAGAATTGCCATCATTAGATTTTTAGTTAGTACTCCATTTTAATGTGTCATGAAACAAATTTTAATAAAGTTGATTGAAATTAGAGAATAGACTTTTGTTTCCGAAAGGCTATAAATCACATAGTAATTTAGCTTCAAGCTCAAATATGATAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166060843 274 - 196418989 ggcccattttccagatgaccgaacagaggcccagtctctttaatgattctgccaaggtcaatctaccagttatggacataactcagatttcaaaccaTTTCAGTGACCTATCCAAGAAGAAATATTTTAGAATTTCTGTCATTAGATTTTTAGTTAGTACTCCATTTTAA--TGTCATTAAACTAA---TAAACAAGTTGATTGAAATTAGAGAATAGAC--TTGTTTCCAAAAGGCTACAGATCACATAGTAATTTAGCTTCAAGCTCAACTATGATAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224634.000000
s hg19.chr21     17917874 35 +  48129895 CATATAATTAAAATGATTTAAAATAAACTCATCCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16258391 35 +  48394510 CATATAATTAAAATGATTTAAAATAAACTCATCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166061117 35 - 196418989 CatataattaaaatgatttaaaataaattCATGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=603634.000000
s hg19.chr21     17917909 51 +  48129895 TTCAATTA-TTTCTTTCCAAGTACCATTGCACCCTCATTCTTCTAGGCAAAG
s panTro2.chr21  16644822 51 +  46489110 TTCAATTA-TTTCTTTCCAAGTACCATTGCACCCTCATTCTTCTAGGCAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17917960 108 +  48129895 AGAGGAAGTTATCTACCTCAGTTACATTCTGATATTTCTCCTCCTTCTAGAACACTTCTCCAAGAGAGGAGAGTATGGCCTAGCAGTTGGTGGTGTATCTTAAGCAAA
s panTro2.chr21  16644873 108 +  46489110 AGAGGAAGTTATCTACCTCAGTTACATTCTGATATTTCTCCTCCTTCTAGAACACTTCTCCAAGAGAGGAGAGTATGGCCTAGCAGTTGGTGGTGTATCTTAAGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16258477 108 +  48394510 AGAGGAAATTACCTACCTCAGTTACATTCTGATATTTCTCCTCCTTCTAGAACACTTCTCCAAGAGAGGAGAGTATGGCCTAGCAGTTGGTGGTATATCTTAAGCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17918068 225 +  48129895 AAGG-AAAAAAACA----------------------AACTATATATTGTTCAATCTGTTAGCACTGTGTTGCTCAGAAAAATGAAAGTTAATATTAAATGGTAACCGTAACTAAATCCAACTTCAAGTTTCAATTGTTCATGCCCTCCATGAGATAGGCAAGATATTATGTAAGGTGCTTTCACAGGGATCATAAACTTAAGTAACTTCTGGGTCCAGGTAGTATAAGCCAGACTTTTAAGACAAGGG
s panTro2.chr21  16644981 225 +  46489110 AAGG-AAAAAAACA----------------------AACTATATATTGTTCAATCTGTTAGCACTGTGTTGCTCAGAAAAATGAAAGTTAATATTAAATGGTAACCGTAACTAAATCCAACTTCAAGTTTCAATTGTTCATGCCCTCCATGAGATAGGCAAGATATTATGTAAGGTGCTTTCACAGGGATCATAAACTTAAGTAACTTCTGGGTCCAGGTAGTATAAGCCAGACTTTTAAGACAAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16258585 226 +  48394510 AAGGAAAAAAAAAA----------------------AACTATATATTGTTCAATCTGTTAGCACTGTATCGCTCAGAAAAATGAAAATTGATATTAAATGGTAATCATAACTAAATCCAACTTCAAGTTTCAGTTGTTCATGCCCTCAATGAGATAGGCAAGATATTATGTAAAGTGCTTTCACAGGGATCATAAACTTAAGTAACCTCTGGTTCCAGGTAGTATAAGCCAGACTTTTAAGACAAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166061312 246 - 196418989 aaga-aaaaaaaaaacaaaaaaacaaaaaaaaaaaCAACTATATATTGTTCAATCTGTTAGCCCCGTGTTGCTCAGAAAAATGAAAGTTAATATTAAATGGTAACTGTAACTAAATCCAACTTCAAGTTTCAATTGTTCATGCCCTCCATGAGATAGGCAAGATATTATGTAAAGTGCTTTCACAGGAATCATAAACTTACGTAACCTCTGGGCCCAGGTAGTATAAGCCAGAC-TTTAAGACAAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=102626.000000
s hg19.chr21     17918293 68 +  48129895 GAAGTAATGGGGACTGTGGTAGACCAAAGAAGGCATATTTACCTTTAAGATATTTCAAAATAGGCCAA
s panTro2.chr21  16645206 68 +  46489110 GAAGTAATGGGGACTGTGGTAGACCAAAGAAGGCATATTTACCTTTAAGATATTTCAAAATAGGCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16258811 68 +  48394510 GAAGTAATGGGGACTGTGGTAGACCAAAGAAGGCATATTTACCTTTAAGATATTTCAAAATAGGCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166061558 68 - 196418989 GAAGTAATGGGGACTGTGGTAGACCAAAGAAGGCCTATTTACCTTTAAGGTATTTCAAAATAGGCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=76684.000000
s hg19.chr21     17918361 71 +  48129895 cgccgtggctcacgcctgtaattccagcattttggggggccgaggtgggcggatcacctgaggtgaagagt
s rheMac2.chr3  166061626 71 - 196418989 CACCAtggctcacgcttataatcccagcactttgggaggccgaggcaggcagatcacctgaggtcaggagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16258879 71 +  48394510 Tgccgtggcttatgcctgtaatcccagcattttgggaggccgaggtgggcggatcacctgaggtcaagagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16645274 71 +  46489110 cgtcgtggctcacgcctgtaatcccagcattttggggggccgaggtgggcggatcgcctgaggtgaagagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=73395.000000
s hg19.chr21     17918432 80 +  48129895 tcaagatcagcctggcccacatggtaaaaccccctcgctactgaaaacacaaaaattaactgggcgcgatggtgggcact
s panTro2.chr21  16645345 80 +  46489110 tcaagatcagcctggccaacatggtaaaaccccgtcgctactgaaaacacaaaaattaactgggcgtgatggtgggcact
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16258950 80 +  48394510 tcaagatcagcctggccaacatggtaaaaccccgtctctactgaaaacacaaaaattaactgggcgtgatggtgggcact
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166061697 80 - 196418989 tcaagatcagcctggccaaaatggtgaaacaccgtctctactgaaaacacaaaaattaaacgggcgtggtggtgggcacc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=109812.000000
s hg19.chr21     17918512 119 +  48129895 cgtaatcccaactactcaggaggctgaggcaggagagtcgcttgaactgggaggcagaggttgcagtgagttgagatcacgccactgcactccaggctgggccacagagcgagactgtc
s rheMac2.chr3  166061777 119 - 196418989 cgtaatcccgactactcaggaggctgaggcaggagagtcgcttgaactgggaggcagaggttgcagtgagttgagatcatggtactgcactctagcctgggtcacagagtgagactctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16645425 119 +  46489110 cgtaatcccaactactcaggaggctgaggcaggagagtcgcttgaactgggaggcagaggttgcagtgagttgagatcacgccactgcactccaggctgggccacagagcgagactgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4342.000000
s hg19.chr21     17918631 33 +  48129895 tcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGATATTTT
s rheMac2.chr3  166061896 31 - 196418989 tcACACACACACACACAAAA--AAGGATATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16259149 33 +  48394510 tcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGATATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16645544 28 +  46489110 tcaaaaaaaaaaaaaaaaaa-----GATATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=20756.000000
s hg19.chr21     17918664 40 +  48129895 AAAATAACTCTTGTT----AGTATGAATTTGGATCCCAAGGGCA
s panTro2.chr21  16645572 40 +  46489110 AAAATAACTCTTGTT----AGTATGAATTTGGATCCCAAGGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16259182 44 +  48394510 AAAATAACTCTTGTTAGTCAGTATGAATTTGGATCCCAAGGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166061927 43 - 196418989 AAAATAACTCTTGCTAGTCCATATGAA-TTGGATCCCAAGGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=244132.000000
s hg19.chr21     17918704 36 +  48129895 GCCAGTTTTCCATTTCTGATATGAAGGTATC-AGATA
s rheMac2.chr3  166061970 37 - 196418989 GCCAGTTTTCCATTTCTGATATGAAGGTATCAAGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16259226 36 +  48394510 GCCAGTTTTCCATTTCTGATATGAAGGTGTC-AGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16645612 36 +  46489110 GCCAGTTTTCCATTTCTGATATGAAGGTATC-AGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=118768.000000
s hg19.chr21     17918740 25 +  48129895 GTAAAGCAAAATTTCAAAAAACTTA
s panTro2.chr21  16645648 25 +  46489110 GTAAAGCAAAATTTCAAAAAACTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16259262 25 +  48394510 GTAAAGCAAAATTTCAAAAAACTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166062007 25 - 196418989 GTAAAGCAAAATTTCAAAAAACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-21174.000000
s hg19.chr21     17918765 21 +  48129895 TTATTTTGATGAAGCTAACAG
s panTro2.chr21  16645673 21 +  46489110 TTATTTTGATGAAGCTAACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166062032 20 - 196418989 TT-TTTTGATGAAGCTAACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=416009.000000
s hg19.chr21     17918786 136 +  48129895 CATCTTTTCATAAAGTTAAACTAGATAATTTGGGATCGTTTTACTACTCTCAAGTCATTATAAAGTTCATATAAAAGACAACTTCTATGCTGACATTGTTATTTCAAATAGATATGTATGTTGCATGACAGTCGAC
s panTro2.chr21  16645694 136 +  46489110 CATCTTTTCATAAAGTTAAACTAGATAATTTGGGATCGTTTTACTACTCTCAAGTCATTATAAAGTTCATATAAAAGACAACTTCTATGCTGACATTGTTATTTCAAATACATATGTATGTTGCATGACAGTCGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16259308 136 +  48394510 CATCTTTTCATTAAGTTGAACTAGATAATTTGGGATAGCTTTACTACTCTCAAGTCATTATAAAGTTCATAAAAAAGACAACTTCTATGCTGACATTGTTATTTCAAATAGATATGTGTGGTGCATGACAGTCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166062052 136 - 196418989 CAACTTTTCATCAAGTTGAACTAGATAATTTGGGACATCTTTACTACTCTCAAGGCATTATAAAGTTCATAAAAAAGACAACTTCTATGCTGACATTGTTATTTTAAATAGATATGTATGATGCATGACAGTCTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=568968.000000
s hg19.chr21     17918922 70 +  48129895 ATGGTTTCTTGAATTTAACTGACTAATGAAAAATATTCATTCATCAAGCAATAATTAGCAACCACAATAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16259444 70 +  48394510 ACGGTTTCTTGAATTTAACTGACTAATGAAAAATATTCATTCATCAAGCAATAATTAGCAACTGCAGTAT
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s rheMac2.chr3  166062188 66 - 196418989 ATGGTTTCTTGAATTTA----ACTAATGAAAAATATTCATTTGTCAAGCAATAATTAGCAACTGCAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204295.000000
s hg19.chr21     17918992 41 +  48129895 TATTTTGATGTCATTTTAATAAAAGAAGTGTAGTAGTAGTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16259514 41 +  48394510 TATTTTGATGTCATTTTAATAAAAGAAGTGTAGTAGTAGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=158013.000000
s hg19.chr21     17919033 32 +  48129895 GTAATTGTAATATTCTTGGTAGGAATATATAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166063920 37 - 196418989 AGAAAGTAATGACATTCCTTCTCATATTGGCAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 82

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166063957 82 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166063957 82 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166063957 82 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  166063957 82 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16261801 125 +  48394510 AAAGCCTTCATTTACAAATACTGTAAATCTATCAATCCACatatattttaaattttaaaatttatacatgttattaaatatgtaaaaattgtatgtattgcacaatatataatttatatgtaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166064833 234 - 196418989 ccatctctaaaaaaaataaaataaaaCAGATTGAGTCATCTCTCAGTTTTACAATATAAGTACATTGACTTTTTATTAATGAATACCTGGGCTTATTAAAGTGATGCCTTATGAGTGTGGTTTATGAAACATAAAAAAGATAGTCATCACTTTCGTGCTAAATGAGAGAACTTGCCTCACGTGAAAACGTTGGGAAAATTAGAAAATGGTAC--TTTTATGTGTTTTTAAAATGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16648602 233 +  46489110 ccatctctaaaaaaaataaaataaaaTAGATTGAGCCATCTCTCAGTTTTACAATATAAGTACATTTACTTTTTATTAATGAATAACTGGGCTTATTAAAGTGGTGCTTTACAAGTGAGGTTTATGAAACAT-AAAAAGATAGTCATCAGTTTCATGCTAAATGAGAGAACTTGCCTCATGTGAAAACATCGGGAAAATTAGAAAACTGTAC--ttttatatgtttttaaaataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 7

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16651116 78 +  46489110 tttttTCT---------CTTATCTTCAAAACATCATGGCACTGCTGCCTGGATTTGCTGGTTTGAATAGGCCACATTTCAGCTATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2822875.000000
s hg19.chr21     17924313 327 +  48129895 TTCTCATTGTCAGGTCATGGCAAATAATAAGTCTCACCTTTTCTTTCTGAAATTGCATTCCCGCTTCATTCATCTGAAGTTAATTCTTTTCTTTTTTGTATCATGCTTATTTTGCAAACATGAACAATCTTGTCACTACCGTGTATATGCAAATAAAGTGAAATgataaattgcttaagtgtctccgtttttctatctgtagaataggggtcataatcccttcctgttgcacttttccagacagttgagaaaataaaaacacgtaatgtagagaaaagagcATCAGTATTCTCATAAATAGAAAATTAAGCCATTTAGACTATGTAC
s panTro2.chr21  16651194 327 +  46489110 TTTTCATTGTCAGGTCATGGCAAATAATAAGTCTCACCTTTTCTTTCTGAAATTGCATTCCCTCTTCATTCATCTGAAGTTAATTCTTTTCTTTTTTGTATCATGCTTATTTTGCAAACATGAACAATCTTGTCACTACCGTGTATATGCAAATAAAGTGAAATgataaatttcttaagtgtctccgtttttctatctgtagaataggggtcataatcccttcctgttgcacttttccagacagttgagaaaataaaaacacataatgtaGAGAAAAGAGCATCAGTATTCTCATAAATAGAAAATTAAGCCATTTAGACTATGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16264813 317 +  48394510 TTTCCATTGTCAGATCACGGCAAATAATAAGTCTCACCTTTTCCTTCTGAAGTTGCAGTCCCTCTTCATTCATCTGAAGTTAATTCTTTTCTTTTTTGTATCATGCTTATTTTGCAAACATGAACAATCTTGTCACTACTGTGTATATGCAAATAAAGTGAAATgataaattgcttaagtgtctccgtttttctatctgtagaataggggtcataatcccttcctgttgcacttttccagacagttgagaaaataaaaACACGT----------AAAGAGCATCAGTATTCTCATAAATAGAAAATTAAGCCATTTAGACTATCTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166067489 327 - 196418989 TTTCCATTGTCAGGTCATGGCAAATAATAAGTCTCACCTTTTCCTTCTGAAATGACAGTCCCTCTTCATTCATCTGAAGTTAATTCTTTTCTTTTTTGTATCATGCTTATTTTGCAAACATGAACAATCTTGTCACTACTGTGTATATGCAAATAAAGTGAAATgataaattgcttaagtgtctccgtttttctatctgtagaataggggtcgtaatCCCTTCCTGTTGTACTTTTCCAGACAGTTGAGAAAATAAAAACATGTGATGTAGAAAAAAGCGCATCAGTATTCTCGTAAATAGAAAATTAAGCCATTTAGACTATCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138255.000000
s hg19.chr21     17924640 39 +  48129895 AGGAAGTTTGATAAGTAGACTTCCAGAAAAGAAGTGGCA
s panTro2.chr21  16651521 39 +  46489110 AGGAAGTTTGATTAGTAGACTTCCAGAAAAGAAGTGGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265130 39 +  48394510 AGGAAGTTTGATAAGTAGACTTCCAGAAAAGAAGTGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166067816 39 - 196418989 AGGAAGTTTGATAAGTAGACTTCCAGAGAAGAAGTGGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20622.000000
s hg19.chr21     17924679 35 +  48129895 AAGTATTCTTTAATTGTTCATTCCCTAAGAAAAAG
s panTro2.chr21  16651560 35 +  46489110 AAGTATTCTTTAATTGTTCATTCCCTAAGAAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265169 35 +  48394510 AAGTATTCTTTAATTGTTCATTCCCTAAGAAAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166067855 35 - 196418989 AAGAATTCTTTAATTGTTCATTCCCTAAGAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-84493.000000
s hg19.chr21     17924714 42 +  48129895 CTGTCTCTCTCAATCTTTTGATACCTC----TGTCTTTCTTTCCCT
s panTro2.chr21  16651595 42 +  46489110 CTGTCTCTCTCAATCTTTTGATACCTC----TGTCTTTCTTTCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265204 46 +  48394510 CTGTCTCTCTCAATCTTCTAACACCTCTCTTTGTCTTTCTTTCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166067890 46 - 196418989 CTGTCTCTCTCAATCTTTTAATACCTCCCTTTGTCTTTCTTTCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=36410.000000
s hg19.chr21     17924756 23 +  48129895 CTCTGTCTACCCGCCTCTGTTCT
s panTro2.chr21  16651637 23 +  46489110 CTCTGTCTACCCGCCTCTGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265250 23 +  48394510 CTCTGTCTACCTGCCTCTGTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166067936 23 - 196418989 CACTGTCTATCCACCTCTGTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1309.000000
s hg19.chr21     17924779 43 +  48129895 GTGTGCCTAGATCCTGTTAATATTTTCTCTCCTC---------------TACTATTTT
s panTro2.chr21  16651660 43 +  46489110 GTGAGCCTAGATCCTGTTAATATTTTCTCTCCTC---------------TACTATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265273 58 +  48394510 GTGTGCCTAGATCCTGTTTATATTTTCTCTCCTCAACTCTTTACATAATGACTATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166067959 58 - 196418989 GTGTGCCTAGATCCTGTTTATATTTTCTCTCCTCAACTCTTTACATAATGACTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=660539.000000
s hg19.chr21     17924822 127 +  48129895 CATGTCTGCATGTAA-TTTTTTTTCATATCTAGCCAAGTGCCAAAATAACATTATGTTTGATATATCaattaattttttaattaaatcaattaatGAGAACAGCTAGAGAAATGTAGATTTTAGTTCA
s panTro2.chr21  16651703 127 +  46489110 CATGTCTGCATGTAA-TTTTTTTTCATATCTAGCCAAGTGCCAAAATAACATTATGTTTGatatataaattaattttttaattaaatcaattaatGAGAACAGCTAGAGAAATGTAGATTTTAGTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265331 128 +  48394510 CATGTCTGCAGGTAATTTTTTTTTCATATCTAGCCAACTGCCAAAATAACATTATGTTTGATATATAATTTAATTCTTTAATTAAATCGATTAATGAGAACAGCTAGAGAAATGTAGATTTTGGTTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068017 128 - 196418989 CATGTCTGCATGTAAATTTTTTTTCATATCTATCCAAGCGCCAAAATAACATTATGTTTGATATAGaaattaattttttaattaaatcaattaatGAGAACAGCTAGAGAAATGTAGATTTTAGTTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=212024.000000
s hg19.chr21     17924949 26 +  48129895 CATGAAACTGGAGGGTACTGGCTACG
s panTro2.chr21  16651830 26 +  46489110 CATGAAACTGGAGGGTACTGGCTACG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265459 26 +  48394510 CATGAAACTGGAGGGTACTGGCTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068145 26 - 196418989 CATGAAACTGGAGGGTACTGGCTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=241480.000000
s hg19.chr21     17924975 26 +  48129895 TTGTAATTAATATATTAATAGTTTGT
s panTro2.chr21  16651856 26 +  46489110 TTGTAATTAATATATTAATAGTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265485 26 +  48394510 TTGTAATTAATATATTAATAGTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068171 26 - 196418989 CTGTAATTAATATACTAATAGTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=169554.000000
s hg19.chr21     17925001 27 +  48129895 CAGTCTTGGTCATTGTCTTGGTCAGAG
s panTro2.chr21  16651882 27 +  46489110 CAGTCTTGGTCATTGTCTTGGTCAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265511 27 +  48394510 CAGTCTTGGTCATCGTCTTGGTCAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068197 27 - 196418989 CAGGCTCGGTCATCGTCTTGGTCAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=137575.000000
s hg19.chr21     17925028 20 +  48129895 GATGCCATAGGAAGCTAGAT
s panTro2.chr21  16651909 20 +  46489110 GATGCCATAGGAAGCTAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265538 20 +  48394510 GATGCCATAGGAAGCTAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068224  3 - 196418989 -----------------GAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70235.000000
s hg19.chr21     17925048 29 +  48129895 CAGTCCTGTAATTTCTTCCt-atttttttt
s panTro2.chr21  16651929 29 +  46489110 CAGTCCTGTAATTTCTTCCT-ATTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265558 30 +  48394510 CAGTCCTGTAATTTCTTCCTAATTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068227 30 - 196418989 CACTCCTGTAATTTCTTCCTAATTTTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=230389.000000
s hg19.chr21     17925077 51 +  48129895 ttttaaataaaGCCAATTATTTCCATATAAGCTAGGTATGCAC-TCCATACC
s panTro2.chr21  16651958 48 +  46489110 T---AAATAAAGCTAATTATTTCCGTATGAGCTAGGTATGCAC-TCCATACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265588 48 +  48394510 T---AAATAAAGCTAATTATTTCCATATGAGCTAGGTATGCAC-TCCATACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068257 50 - 196418989 T--AAAATAAAGCCAATTATTTCCATATGAGCTAGGTATGCACTTCCATACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=270996.000000
s hg19.chr21     17925128 32 +  48129895 TGTTTGATAAGATTGATTACATTAAACATTTC
s panTro2.chr21  16652006 32 +  46489110 TGTTTGATAAGATTGATTACATTAAACATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265636 32 +  48394510 TGTTTGATAAGATTGATTACATTAAACATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068307 32 - 196418989 TGTTTGATAAGACTGATCACATTAAACATTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=83435.000000
s hg19.chr21     17925160 15 +  48129895 TCACAGGAAAATGAG
s panTro2.chr21  16652038 15 +  46489110 TCACAGGAAAATGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265668 15 +  48394510 TCACAGGAAAATGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068339 15 - 196418989 TCACAGGAAAATGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=8083.000000
s hg19.chr21     17925175 41 +  48129895 TCTATATTTTATGTTTAATTTTAATTTTCACTTTGTAGAAA
s panTro2.chr21  16652053 41 +  46489110 TCTATATTTTATGTTTAATTTTAATTTTCACTTTGTAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265683 41 +  48394510 TCTATATTTTATGTTTAATTTTAATTTTCACTTTGTAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068354 41 - 196418989 TCTATGTTTTATGTTTGATTTTAACTTTCACTTTGTACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=644505.000000
s hg19.chr21     17925216 66 +  48129895 CTAAGTTCAGTGTGCCGTGCTGATCCAGTGAAAGCATGTGCAGTAATTTCATTGTAACCAGTTTTC
s panTro2.chr21  16652094 66 +  46489110 CTAAGTTCAGTGTGCCATGCTGGTCCAGTGAAAGCATATGCAGTAATTTCATTGTAACCAGTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265724 66 +  48394510 CTAAGTTCAGTGTGCCATGCTGGTCCAGTGAAAACATATGCAGTAATTTCATTGTAACCGATCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068395 66 - 196418989 CTAAGTTCAGTGTGCCATGCTGGTCCAGTGAAAGCATATGCAGTAATTTCATTGTAACCAATTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=134984.000000
s hg19.chr21     17925282 18 +  48129895 ACTTTAGATAGTGGCCAG
s panTro2.chr21  16652160 18 +  46489110 ACTTTAGATAGTGGCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265790 18 +  48394510 ACTTTAAATAGTGGCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068461 18 - 196418989 ACTTTAGATAGTGACCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=310587.000000
s hg19.chr21     17925300 50 +  48129895 GAGATGTTTGAACCGGGTTATGAGTTTGTGAGGTTTTGAGCATGG---TTCTT
s panTro2.chr21  16652178 50 +  46489110 GAGATGTTTGAACCGGGTTATGAGTTTGTGAGGTTGTGAGCAGGG---TTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265808 51 +  48394510 GAGATGTTTGAATCAGGTTATGAGTT--TGAGGTTTTGCGCATGGTTCTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068479 50 - 196418989 GAGATGTTCGAACTGGGTTATGAGTTTGAGAGGTTTTGAGCGTGG---GTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=502293.000000
s hg19.chr21     17925350 59 +  48129895 CCTTCTTTCCCTAGGCTGGATAGAGTACTATAGCAGGGTATTGGATGGTTTCCCAAAGC
s panTro2.chr21  16652228 59 +  46489110 CCTTCTTTCCCTAGGCTGGATAGAGTACTATGGCAGGGTATTGGATGGTTTCCCAAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265859 59 +  48394510 CCTTCTTTCCCTAGGCTGGATAGAGTACTATGGCAGGGTATTGGATGGTTTCCCAAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 14
s rheMac2.chr3  166068529 59 - 196418989 CCTTCTTTCCCTAGGCTGGATAGAGTACTATGGCAGGGTGTTGGATGGTTTTCCAAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=430091.000000
s hg19.chr21     17925409 56 +  48129895 AGGATAACTTCCAGGGAGGAAGCATCACAGATGTCTGAAGTTCAGTGGTATAATGC
s panTro2.chr21  16652287 56 +  46489110 AGGATAACTTCCAGGGAGGAAGCAACACAAATGTCTGAAGTTCAGTGGTATAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068588 56 - 196418989 AGGATAACTTCCAGGAAGGAAGCAACACAGATGTCTGAAGTTCACTGGTATAATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16265918 14 +  48394510 I

a score=101769.000000
s hg19.chr21     17925465 51 +  48129895 ACTTTTATTACTCCTCTGTTCCTGGCCTACAAATCTGCAGAAAAGACATAT
s panTro2.chr21  16652343 51 +  46489110 ACTTTTATTACTCCTCTGCTCCTGGCCTACAAATCTGCAGAAGAGACATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068644 51 - 196418989 ACTTTTATTACTCCTCTGTTCCTGGCCTACAAATCTGCAGAAAGGACATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16265918 14 +  48394510 I

a score=95733.000000
s hg19.chr21     17925516 35 +  48129895 GAGGGCATCAATACTCTCCAAGAAATAGCATCTTT
s panTro2.chr21  16652394 35 +  46489110 GAGGGCCTCAATACTCTCCAGGAAATAGCATCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068695 35 - 196418989 GAGGTCCTCAATACTCTCCAGGAAATAGCATCttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265932 15 +  48394510 --------------------GGAAATAGCATCTTT
i ponAbe2.chr21 I 14 C 0

a score=-50995.000000
s hg19.chr21     17925551 24 +  48129895 TTTTTACAC--CCCCttttttttttt
s panTro2.chr21  16652429 26 +  46489110 TTTTTACCCTCCCCCCCttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068730 25 - 196418989 ttttcttttt-tcttttttttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265947 26 +  48394510 TTTTCTCCCCCCGttttttttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=20828.000000
s hg19.chr21     17925575 47 +  48129895 tcttttttgagatggagtctcactctgtcacccaggctggagtgcag
s panTro2.chr21  16652455 47 +  46489110 tcttttttgagatggagtctcactctgtcacccaggctggagtgcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16265973 47 +  48394510 ttttttttgagatggagtctcactctgtcacccaacctggagtgcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166068755 47 - 196418989 ttttttttgagatggagtctcactctgtcgcccaggctggagtgcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75290.000000
s hg19.chr21     17925622 99 +  48129895 tggtatgatctcggctcactgcaacctccgtctcctgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggattacaggtgtgtgccacca
s rheMac2.chr3  166068802 99 - 196418989 tggtctgatctcggctccctgcaacctccgtctcccaggttcaagtgattctcctgcctcggcctcctgtgtagctgggactacaggtgtacaccacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16266020 99 +  48394510 tggtatgatctcgtctcactgcaacctccgtctcccgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggattacaggtgtgtgccgcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16652502 99 +  46489110 tggtgtgatctcggctcactgcaacctccgtctcctgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggattacaggtgtgtgccacca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=76160.000000
s hg19.chr21     17925721 94 +  48129895 cacccggttaatttgttatttttaggagagatggggttttgccatgttgaccaggcttgtctcaaactgctgacctcaggtgatctgcccgcct
s panTro2.chr21  16652601 94 +  46489110 cacccggttaatttgttatttttaggagagatggggttttgccatgttgaccaggcttgtctcaaactgctgacctcaggtgatctgcccgcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16266119 94 +  48394510 cacccagttaatttgttatttttaggagaggtggggttttgccatgttgaccaggcttgtctcaaactgctgacctcaggtgatctgcccgcct
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s panTro2.chr21  16654361 110 +  46489110 act--aaaaataccaaaaattagccgggcttagtggcagacacctataatcccagctacttaggaggctgagacaggagaatcgcttgaacccgggaggcagaggttgcagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16267861 110 +  48394510 act--aaaaataccaaaaattaaccgggcttagtggcggacacctataatcccagctactcaggagactgagacaggagaatcgcttgaagccgggaggcggaggttgcagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16654898 85 +  46489110 TTCTGTGGTTATATGTTTCTATAATCTTTTCAGTTTAAAATTTGACTTAATAATTAGCATATAGCAAGTCAAGAA------------TTTTTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16654983 165 +  46489110 TTTTGCAAGTCAACAATTTTCAAATGAATAAATGCATGGGTAAATGGTGGTATCCCTTGCTTTACTACAAATAATACAAAATATATTATTTTGCAATTGTTTAATGACACATTTGAGAGTGACATAGGTATTTTATTGTTTCTGTGGAtttttgtttgttt------ttcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166071296 148 - 196418989 ttttGCAAGTCAAGAATTTTCAAATGAATAAATGCATGAGTAAATGGTGGTATCC-GTGCtttattataaataatacaaaatatattattttGCAGTTGTTTAATGACACATTTGAGAGTGACATAGGTGTTTTCTTGTTTCTGTGGAT----------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16655148 37 +  46489110 agatggagtctcgctctatcaccgaggctggagtgca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16655185 124 +  46489110 gtggcgccatctcagctcactgcaggctccgccccccgggttcccgccattctcctgcctcagcctcctgagtagctggaactacatgcgcccgccaccacgcctggctaattttttgta---ttgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166071444   1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166071444  1 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=392161.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=179588.000000
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s panTro2.chr21  16655773 65 +  46489110 TCCATAagcgtaggctttggaatgaggcaatcagagctcaaatgtagctgtagctgtatcatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166071855 59 - 196418989 tccgtaagcgcaggctttggaatgagacaatcagagctcagatgtagctg------tgtcatttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=220168.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16269610 115 +  48394510 agaatggagtgaacccaggaagcggagcttgcagtgagccgagatcgtgccactgcactccagcctgggcgacagaacgaaactctgtctcaaaaaacaataaaaaataaaaaag-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16656090 116 +  46489110 agaatggcatgaacctgggaggcggagcttgcagtgaggggagatcgcgccactgcactccagcctgggagacagagcgagactccgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaataataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166071975   1 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  16656206 44 +  46489110 taataataataataataacacagtatagagctcctataggatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166071976 31 - 196418989 -------------aataacacagcatagagctcctaaaggatta
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166072007 78 - 196418989 aacgatataacataatttaaattatgttatgaagtgtttggtccagggaaggcaataagtgtaagctATTGTGATACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166072126 161 - 196418989 TGTCAAAAAAGTTTTGAATTACTTTTATTTCTGGCAAAATTGCATAATATTCTTTAAGATCTGCTAACCTTTATATTCACATTAAAATGTAATTAATAATGAT--TGTTGCATGTCACTCTCTTATTTCTTAACTGACACTGTATCTTTTCCTATTCCAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16656582 153 +  46489110 aatttgtcagtcatttactccaatatcctcatctaataattaacaaaactgaagttcaaaCTCGTTGATAACTAACATATTTTTGTGAGATTG-TTGTATAATGTCTGCCTTCGTAGTAGTCTGTGAATTTCCAAAAAGTAGAAAACCACGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16270085 152 +  48394510 aatttgtcaatcatttactccaatatcctcatctaataattaacaaaactgaagttcaaaCTCATTGATAACT-ACATATTTTTGTGAGattg-ttgtctaatgtctgccttagtagtagtctgtgaatttccaaaaagtagaaaactatgtct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166072336 154 - 196418989 aatttgtcagtcatttactccagtatcctcatctaataattaacaaaactgaagttcaaaCTCATTGATAACTAACATAGTTTTGTGAAATTGTTTGTATAATGTCTGCCTTTGTAGTAGTCTGTGAATTTCCAAAAAGTAGAAAACTATGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166072490 20 - 196418989 TTCTGATTGGCTTAGTATCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166072510 94 - 196418989 ACAATGATTGATATAGGGTGAACTCTCAGTGATGAATACTTCTGGAATAAGAGAAAGTTGTGGAACTACTTCTGGCCAGACTTCTTAATTGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166072668 63 - 196418989 ACTTATTAAAAATCTCTCTTGAAAGTGTTTGTACATCCTGGAGTGGCTCACATAAAACTGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16656976 175 +  46489110 GTTATGAGATCCAGGAACTCTCCTGGTTGTATAATGTGATCACCTGCTTTTGGAGTTCTAATGATGCATACCCCCAGAGACAGACCAAGGAAAAAGTAAAGCTGAAGCAATAACttatttatttatttatttatttatttatttacttacttacttacttTTTCCTGACTATGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16270478 159 +  48394510 TTTATGAGATCCAGGAAATGTCCTGGTTGTATAATGTGATCACCTGTTTTTGGAGTTCTAATGATGCATACCCCCAGAGACAGACCAAGGAAAAAGTAAAGCTGAAGCAATAACttatttatttattta----------------cttatttaCCTACTTTTTCCTGGCTAAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166072731 155 - 196418989 TTTATAAGATCCAGGAACTCTCCTGGTTGCATAATGTAATTACCTGTTTTTGGAGTTCTAATGATGCATACCCCTAGAGACAGACCAAGGAAAAAGTAAAGCTGAAGCAATAACTTATTTATGTATTTA--------------------TTTACTTACTTTTTCCTGGCTAAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166077198 143 - 196418989 cacaccataaatgacagagtgaggaaatcgagcccattctctttcctcgcttattctttcattcaacagatttttgctgagcatcctctaggtgtcagacattatgtcaaagctgagaacccaaagataaataggttaagatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3147793.000000
s hg19.chr21     17934715 114 +  48129895 tcctgaagctccctgcctagtcagagatagactataaacagtaattataattcaatatgataagggctttgacagaaccatgtactctgtgctgtagaatttctaaagaaggaa
s panTro2.chr21  16661620 114 +  46489110 ccctgaagctccctgcctagtcagagatagactataaacagtaattataattcaatatgataaggGCTTTGACAGAACCATGTACTCTGTGCTGTAGAATTTCTAAAGAAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16275114 114 +  48394510 tcctgaagctccctgcctagtcagagatagactataaacagtaattataattcaatatgataagggctttgacagaaccttgtactctgtgctgtagaatttctaaagaaggaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166077341 114 - 196418989 tcctgaagctccctgcctagtcagagatagactgtaaacaataattataattcaatatgataaggGCTTTGACAGAACCATGTACTCTGTGCTGTGGAATTTCTAAAGAAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1149672.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3479812.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16661993 62 +  46489110 GAAAAATTAGTATTATCATTTATATAACTTGGAATCCAAAGAAGATTCTCTGAAGAGAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166077778 164 - 196418989 TCATAAGCACATTACCAGAATAGATGAGCGAAGAACTGGGGTAGGAGTACAATATGGCATGAAGATGGCTTAGGGTGAATCAGGAACTAGCAACACCCTTAGAGAAAGCAGCTGTGTGCCTGAGTTTTGATCAGAAGTTCATCTGCTGTTTTTAAAAATCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16662219 43 +  46489110 AAAGAATAACTGGATGAACAGTTATTTTACTTCTCATAGTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16275715 17 +  48394510 AAAGAATAACTG--------------------------GTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17935339 95 +  48129895 CTGGATTAATAGATTTATTTTACTTCTCATAGTTTTTAAATTATTCTTCAGACAAAAGAAAATAGCCATGGCAGATTATGGCATTTAATAATGGT
s panTro2.chr21  16662262 95 +  46489110 CTGGATGAATAGATTTATTTTACTTCTCATAGTTTTTAAATTATTCTTCAGACAAAAGAAAATAGCCATGGCAGATTATGGCATTTAATAATGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16275732 95 +  48394510 CTGGATGAATAGATTTATTTTACTTCTCATAGTTTTTAAATTATTCTTCAGACAAAAGAAAATAGCCATGGCAGATTATGGCTTTTAATAATGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166077959 95 - 196418989 CTGGATGAATAGATTTATTTTACTTCTCATAGTTTTTAAATTATTCTTCAGACAAAAGAAAAGAGCCATGGCAGATTATGGCATTTAATAATGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17935434 60 +  48129895 AATTCAAAATATTTTATCAAATGAATTTAAAAAAAAGTAAATGTCAATAGGCAACATCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16275827 59 +  48394510 GATTCAAAATATTTTATCAAATGAATT-AAAAAAAAGTAAATGTCAATAAGCAACATCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17935494 121 +  48129895 TTTATTTCCATTTCTTAATAATCACCAAGCTATTCAAACCGAGAGCAATGAGAAGCTCAT-AAAAAACAAGCCATGAACCTACCAGGAAATTCGAGGGAGGGGATCTCCCTTTATCAATCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166078113 121 - 196418989 TTTATTTGCATTTCTTAATAATCCCCAAGCCATTCAAACTGAGAGCAATGACAAACTCATAAAAAAACAAGTCATGAACCTACCAGGAAATTCGA-GGAGGGAATCTCGCTTTATCAATCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276007 67 +  48394510 TGTATCTCCAGTGGTAAGCACGATGGCTTATCTCATACGTGGTTGAAAAGCTTCGACCACAACAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166078234 67 - 196418989 TGTATCTCCAGTGTTAAGCACGATGGCTTATCTCATACATGGTTGAAAGGCTTCAACCACAAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=23086.000000
s hg19.chr21     17935682 18 +  48129895 AGACTCCCAACTGAAGAC
s panTro2.chr21  16662605 18 +  46489110 AGACTCCCAACTGAAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276074 18 +  48394510 AGACTCCCAACCGAAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
s rheMac2.chr3  166078301 18 - 196418989 AGAATCCCAATTGAAGAC
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s hg19.chr21     17935700 116 +  48129895 ttttttttttttttttttttttttttgggatggagtctctgtcgcctgggctggagtgcagtggcatgatctcggctcactgtaacctccagctcccaggttcatgcgattctcct
s panTro2.chr21  16662623 104 +  46489110 tttttttttttttt------------gagatggagtctctgtcgcctgggctggagtgcagtggcatgatctcggctcactgtaacctccagctcccaggttcatgcgattctcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276096 108 +  48394510 ttttttgttttctttgttttttttttgagaagga--------cgcctggactggagtgcagtggcgtgatctagcctcactgtaacctccagctcccaggttcatgcgattctcct
i ponAbe2.chr21 I 4 C 0
s rheMac2.chr3  166078320 116 - 196418989 TCAtttttttttgtttttgtttttttgagatggagtctctgtcacctgggctggagtgcagtggcatgatcttggctcactgtaacctccagctcccaggttcatgggattctcct
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=90369.000000
s hg19.chr21     17935816 131 +  48129895 gcctcagcctcccgagtagctgggatt----------------------------accatgcccagctaatttttgtattttcaatagagaccgggtttggccatgctggccagactggtctctaactcctgacctcaagtgatccacccccctcggcc
s panTro2.chr21  16662727 131 +  46489110 gcctcagcctcccgagtagctgcgatt----------------------------accatgcccagctaatttttgtattttcaatagagaaggggtttggccatgctggccagactggtctctaactcctgacctcaagtgatccgcccgcctcggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276204 131 +  48394510 gcctcagcctccctagtagctgggatt----------------------------accacgcccagctaatttttgtattttcaatagagacggggtttggcggtgctggccagactggtctctaactcctgacctcaagtgatccgccggcctcggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166078436 159 - 196418989 gcctcagacccccgagtagctgggattacaggcgctgggattataggcaagtgccaccacgtccagctaatttttgtgttttcaatagagagggggtttggccatgctggccatcctggtctctaactcctgacctcaagtgatccctccgcctcggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13315.000000
s hg19.chr21     17935947 23 +  48129895 tcccaaagtgctgggattatagg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16662881 43 +  46489110 catgagccaacacgcccggccTAAGACTTCGTTCTTTAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276358 43 +  48394510 catgagccaacacgcccggccTAAGACTTCATTCTTTAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=145478.000000
s hg19.chr21     17936013 21 +  48129895 AAGTAAACAAACCAAAAATTG
s panTro2.chr21  16662924 21 +  46489110 AAGTAAACAAACCAAAAATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276401 21 +  48394510 AAGTAAACAAACCAAAAATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=229004.000000
s hg19.chr21     17936034 38 +  48129895 AATAGACATAAACCAAATAAGGATAAAAGAAAACTCTG
s panTro2.chr21  16662945 38 +  46489110 AATAGACATAAACCAAATGAGGATAAAAGAAAACTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276422 38 +  48394510 AATAGACATAAACCAAATAAGGATAAAAGAAAACTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=259991.000000
s hg19.chr21     17936072 39 +  48129895 CTTTAAAAGCCTAATTCC-AAAAACCTATGAGCTGCAAGT
s panTro2.chr21  16662983 39 +  46489110 CTTTAAAAGCCTAATTCC-AAAAACCTATGAGCTGCAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276460 39 +  48394510 CTTTAAAAGCCTAATTCC-AAAAACCTATGAGCCGCAAGT
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a score=134248.000000
s hg19.chr21     17936111 37 +  48129895 CATCAGTGATTAAAAGCTAGGAGGCACACTGGATGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276499 37 +  48394510 CGTCAGTGATTAAAAGCTAGGAGGCACACTGGGTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=56848.000000
s hg19.chr21     17936148 24 +  48129895 TAAAAGTAGTACCTGTGCCCTTCT
s rheMac2.chr3  166078797 24 - 196418989 TAAAAGTAGTACCTGTCCCCTTCT
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a score=1902010.000000
s hg19.chr21     17936172 133 +  48129895 AAAGCAGCCAAACCAGTGAAAATGGGTAGAAGCCAATAAGGGGGCATTCACCCCTTTCAAGCATCTAAGGAATGCACATTCAACACATTCCAAGCACACCTCCCCCGCTGCAGGCTGCTCAGGCCAGTGGCCT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276560 133 +  48394510 AAAGCAGCCAAACCAGTGAAAATGGGTAGAAGCCAATAAGGGGGCATTCACCCCTTTCAAGCATCTAAGGAATGCACATTCAACACATTCCAAGCGCACCTCCCCCGCTGCAGACTGCTCAGGCCAGTGGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=704342.000000
s hg19.chr21     17936305 93 +  48129895 TCCACCTCTAGCCACATTGCACAAAAATTAATAGGAAAACAAAAGAGATGCCTTTCTGGATTTGTCACATTGCTTCACACTGGTGCCCCTTTC
s panTro2.chr21  16663216 93 +  46489110 TCCACCTCTAGCCACATTGCATAAAAATTAATAGGAAAACAAAAGAGATGCCTTTCTGGATTTGTCACATTGCTTCACACTGGTGCCCCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-49271.000000
s hg19.chr21     17936398 31 +  48129895 TCTTGTAATCAGGATAAAGAAAGTCTCTgcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17936429 48 +  48129895 gggcggggtggctcgcgcctgtaatcccagcacttgggaggccaaggc
s rheMac2.chr3  166079077 47 - 196418989 -ggcgcgatggctcacgcctgtaatcccagcacttgggaggccgaggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276817 48 +  48394510 gggcgcggtggctcccgcctgtaatcccggcacttgggaggccgaggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16663340 48 +  46489110 gggcgcggtggctcgcgcctgtaatcccagcacttgggaggccaaggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=37844.000000
s hg19.chr21     17936477 52 +  48129895 cggtggatcaccggaggccaggagttcaagaccagcctgaccaacatggcga
s panTro2.chr21  16663388 51 +  46489110 tggtggatcaccgaaggccaggagttcaagac-agcctgaccaacatggcga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276865 52 +  48394510 cggtgaatcaccagaggccaggagttcgagaccagcctgaccaacatggcga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166079124 51 - 196418989 -ggtggatcaccagagaccaggagttcgagaccagcttgaccaacatggtga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-9820.000000
s hg19.chr21     17936529 38 +  48129895 aaccctgtctctactgaaaacacaaaattaactgggcg
s rheMac2.chr3  166079175 38 - 196418989 aaccttgtctctcctaaaaatacaaaattaactgggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276917 38 +  48394510 aaccctgtctctactgaaaacacaaaattaactgggcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16663439 38 +  46489110 aaccctgtctctactgaaaacacaaaattaactgggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=42304.000000
s hg19.chr21     17936567 40 +  48129895 tggtggtgcatgcctgtaatcccagctactcaggaggctg
s panTro2.chr21  16663477 40 +  46489110 tggtggtgcatgcctgtaatcccagctactcaggaggctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276955 40 +  48394510 tggtggtgcgtgcctgtaatcccagctactcaggaggctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166079213 40 - 196418989 tggtggtgcacgcctgtaatcccagctactcaggaggctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54283.000000
s hg19.chr21     17936607 56 +  48129895 gggcaggagaatcacatgaacctgggagctggaggttgcagtgagcagagatcaca
s panTro2.chr21  16663517 56 +  46489110 gggcaggagaatcacatgaacctgggagctggaggttgcagtgagcagagatcaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16276995 56 +  48394510 gggcaggagaatcgcatgaacctgggaggtggaggttgcagtgagcagagatcacg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166079253 56 - 196418989 aggcaggagaatcgcatgaacctgggagctggagtttgcagtgagcagagatcaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=32750.000000
s hg19.chr21     17936663 54 +  48129895 ccactgtactccagcttgggcaacaagagcaaaactccgtctcaaaaaacaaac
s rheMac2.chr3  166079309 54 - 196418989 ccactgtactcctgcttgggcaacaagagcaaaactccatctcaaaaaacaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277051 53 +  48394510 -cactgtactccagcttgggcaacaagagcaaaattccgtctcaaaaaacaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16663573 54 +  46489110 ccactgtactccagcttgggcaacaagagcaaaactccgtctcaaaaaacaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-39745.000000
s hg19.chr21     17936717 25 +  48129895 aaacaaa-caaacaaaACATTGCAGC
s rheMac2.chr3  166079363 22 - 196418989 aaacaaaataaa----aTGTTACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277104 17 +  48394510 aaacaaa---------aCATTGCAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16663627 21 +  46489110 aaacaaa-caaa----aCATTGCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=267994.000000
s hg19.chr21     17936742 114 +  48129895 CCCATTGTGAAAAGCAGGAATGTGTGAACCCAAAAGTTCTGACAAAGGAAGTGGACGGGGCAGCAGGCATAGATGAGGTAGCCCGTGTAGAAAAACTCCAGAATTTGCTAGG---TA
s panTro2.chr21  16663648 114 +  46489110 CCCATTGTGAAAAGGGGGAATGTGTGAACCCAAAAGTTCTGACAAAGGAAGTGGACGGGGCAGCAGGAATAGATGAGGTAGCCCGTGTAGAAAAACTCCAGAATTTGCTAGG---TA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277121 117 +  48394510 CCCACTGTGAAAAGGCGGAATATGTGAACCCGAAAGTACTGACAAAGGAAGTGGACAGGGCAGCAGGAATAGATGAGGTAGCCCATGTAGAAAAACTCCAGAATTTGATAGATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166079385 114 - 196418989 CCCATTGTGAAAAGGGGAAATGTGTGAACCCAAAAGTTCTGAAAAAGGAAGTGGATGGGGCAGCAGGAACAGGTGAAGTAGCCCATGTAGAAAAATTCCAGAATTTGCTAGA---TA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=104608.000000
s hg19.chr21     17936856 69 +  48129895 TTTTTT-TTCTTCTGGTCACTATTTAGAATTCTTTGCTTAAACTCCCACTTCCAACTTATTGTATATATA
s rheMac2.chr3  166079499 70 - 196418989 TTTTTTCTTCTTCTGGTCACTATTTAGAACTCTTTGCTTAAATTCTCAGTTCCAATGTATTGTGCATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277238 69 +  48394510 TTTTTT-TTCTTCTGGTCACTATTTAGAATTCTTTGCTTAAATTCCCACTACCAACTTATTGTGCATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16663762 69 +  46489110 TTTTTT-TGCTTCTGGTCACTATTTAGAATTCTTTGCTTAAACTCCCACTTCCAACTTATTGTATATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=311590.000000
s hg19.chr21     17936925 109 +  48129895 TTGTC--AGCTCAAGAATGGAGAAGAAGGTGTTTAACTCTAGATTAGACTACCCAACCTGTGGTTTAGTAGGGTAAATAGAGTTCATAAACAAAAAGCCCTGTCCTTACCA
s rheMac2.chr3  166079569 111 - 196418989 TTGTCTCAGCTCAAGAATGGAGAAGAAGGTGTTTAACTCTAGATTAGACTACCCAACCTGTGGTTTAGTAGGGTGAACAGAGTTCATAAACAGAAAGCCCTGTCCTTACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277307 111 +  48394510 TTGTCTCAGCTCAAGAATGGAGAAGAAGGTGTTTAACTCTAGATTAGACTACCCAACCTGTGGTTTAGTAGGGTGAATAGAGTTCATAAACAAAAAACCCTGTCCTTACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16663831 111 +  46489110 TTGTCTCAGCTCAAGAATGGAGAAGAAGGTGTTTAACTCTAGATTAGACTACCCAACCTGTGGTTTAGTAGGGTAAATAGAGTTCATAAACAAAAAGCCCTGTCCTTACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=149653.000000
s hg19.chr21     17937034 14 +  48129895 GTGTTCATCAACCA
s rheMac2.chr3  166079680 14 - 196418989 GTGTTCATCAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277418 14 +  48394510 GTGTTCATCAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16663942 14 +  46489110 GTGTTCATCAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-432595.000000
s hg19.chr21     17937048 27 +  48129895 CCTGCTTG--------------------------------------------------------------------------------------------------GACTAATTGTACTATGTCA
s rheMac2.chr3  166079694 99 - 196418989 TCTGCTTGCTGCGTCCAAATCAAGCCAGTCAGGAAACTCATCCCACCCTT--------------------------GATAACCAGAAGCAGTAATTCAGCGAAGTGGACTAATGGTACTATGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277432 99 +  48394510 TCTGCTTGCTGTGTCCAAATCAAGCCAGTCAGGAAA-------------CTCATCCCACCCTT-------------GATAACCAGAATCAGTAATTCAACAAAGTGGACTAATTGTGCTGTGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16663956 99 +  46489110 CCTGCTTGCTGTGTCCAAATCAAGCCAGTCAGGAAA--------------------------CTCATCCCACCCTTGATAACCAGAAGCAGTAATTCAGCAAAGTGGACTAATTGTACTATGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=431184.000000
s hg19.chr21     17937075 35 +  48129895 CTCGTTTTTACTATACAGATATCTGTGGATATCTC
s rheMac2.chr3  166079793 35 - 196418989 CTCGTTTTTACTATATAGATATCTGTGAAGATCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277531 35 +  48394510 CTCGTTTTTACTATACAGATATCTGTGGATATCTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16664055 35 +  46489110 CTCATTTTTACTATACAGATATCTGTGGATATCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=234516.000000
s hg19.chr21     17937110 25 +  48129895 TCCAGAACTTCATGTATATGTAAGT
s rheMac2.chr3  166079828 25 - 196418989 TCCAGAACTTCATATATATGTAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277566 25 +  48394510 TCCAGAACTTCATATATATGTAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16664090 25 +  46489110 TCCAGAACTTCATGTATATGTAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=538473.000000
s hg19.chr21     17937135 46 +  48129895 GACTTGCTCCCAATTCTTTCACATTTTATCAATATCAGCTGTGTTT
s rheMac2.chr3  166079853 46 - 196418989 GACTTGCTCCCAATTCTTTTACATTGTATCAGTATCAGCTGTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 122
s ponAbe2.chr21  16277591 45 +  48394510 GACTTGCTCCCAA-TCTTTTACATTTTATCAATATCAGCTGTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16664115 46 +  46489110 GACTTGCTCCCAATTCTTTCACATTTTATCAATATCAGCTGTGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-300689.000000
s hg19.chr21     17937181   5 +  48129895 TGCTT
s ponAbe2.chr21  16277636   5 +  48394510 TGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16664161   5 +  46489110 TGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166079899 122 - 196418989 I

a score=975718.000000
s hg19.chr21     17937186 93 +  48129895 AAAAAATGAGCCTTACCTAACTAAAATTTCTACTGTAATAAAGCAAGTTAATTGTAGTGAAATCTAATTATCTGTTTACTATGATTTCATTAT
s panTro2.chr21  16664166 93 +  46489110 AAAAAATGAGCCTCACATAACTAAAATTTCTACTGTAATAAAGCAAGTTAATTGTAGTGAAATCTAATTATCTGTTTACTATGATTTCATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277641 93 +  48394510 AAAAAATGAGCCTCACGTAACTAAAATTTCTAATGTAATAAAGCAAGTTAATTGTAGTGAAATCTAATTATCTGTTTACTATGATTTCATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166080021 93 - 196418989 aaaaaaTGAGCCTCACATAACTAAAATTTCTACTGTAATAAAGCAAGTTAATTGTAGTGAAGTCTAATTATCTATTTACTGTGATTTCATTAT
i rheMac2.chr3  I 122 C 0

a score=101913.000000
s hg19.chr21     17937279 45 +  48129895 AAATCTTGTGGGTTTTTTTTT-CTTACATTGTCCTTATGTATTAGC
s panTro2.chr21  16664259 46 +  46489110 AAATCTTGTGGTTTTTTTTTTTCTTACATTGTCCTTATGTATTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277734 45 +  48394510 AAATCTTGTGGGTTTTTTTTT-CTTACATTGTCCTTATGTATTAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166080114 45 - 196418989 AAATCTTGTGGGCTTTTTTTT-CTTACATTGTCCTTATGTATTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=240562.000000
s hg19.chr21     17937324 70 +  48129895 ACCTGTGGTAAGATATA-TTGATCACAGTTTCATCAGATAGGCATACTGCTTCAATATTGTTTGAAAAAAA
s panTro2.chr21  16664305 66 +  46489110 ACCTGTGGTAAGATATA-TTGATCACAGTTTCATCAGATAGGCATACTGCTTT----TTGTTTGAAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277779 69 +  48394510 ACCTGTGGTAAGACATA-TTGATC-CAGTTTCATCAGATAGGCATACTGCTTCAATATTGTTTGAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166080159 71 - 196418989 ACCTCTTGCAAGGCATATTTGATCACAGTTTCATCAGATAGGCATACTGCTTCAATGTTGTTTGAGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=119230.000000
s hg19.chr21     17937394 25 +  48129895 TCTTTATCTTTCAGCTTCATATTCT
s panTro2.chr21  16664371 25 +  46489110 TCTTTATCTTTCAGCTTCGTGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277848 25 +  48394510 TCTTTATCTTTCAGCTTCATATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166080230 25 - 196418989 TCTTTATCTTTCAGCTTCATATTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=667395.000000
s hg19.chr21     17937419 67 +  48129895 AGGAGGAACCAAATGTAACATTTACTTTTCATTTTGATTGCATATTAACTTGAGGTCATAATCTTGC
s panTro2.chr21  16664396 67 +  46489110 AGGAGGAACCAAATGTAACATTTACTTTTCATTTTGATTGCATATTAACTTAAGGTCATAATCTTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277873 67 +  48394510 AGGAGGAACCAAATGTAACATGTACTTTTCATTTTGATTGCATATTAACTTGAGGTCATAATCTTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  166080255 67 - 196418989 AGGAGGAATCAAATGTAACATTTACTTTTCATTTTGATCGCATATTAACTTGAGGTCATAATCTTGC
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=205771.000000
s hg19.chr21     17937486 60 +  48129895 TTTAACAATCCATCTCTTCTA-ATTATAGATATAGGAGGTATGGAAGTATGTGTTTGCCAC
s panTro2.chr21  16664463 60 +  46489110 TTTAACAATCCATCTCTTCTA-ATTATAGATATAGGAGGTATGGAAGTATGTGTTTGCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277941 52 +  48394510 TTTAACAATCCATCTCTTATAGATTATAGATATAGGAAGTATGGAAGTA---------CAC
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  166080323 61 - 196418989 TTTAACAATCCATCTCTTCTAAATTATAGACATAGAAGGTATGGAAGTATGTGTTTGCCAC
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=321417.000000
s hg19.chr21     17937546 59 +  48129895 AGAACAAACCCTGGATATATTTCCATCTTGCTTATAAAACTTGTCTTTATGTAAATGTT
s panTro2.chr21  16664523 54 +  46489110 AGAACAAACTCTGGATATATTTCCATCTTGCTTAGAAAACTT-----TATGTAAATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16277993 59 +  48394510 AGAACAAACCCTGGATATATTTCCATCTTGCTTATAAAACTTGTCTTTATGTAAATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166080384 59 - 196418989 AGAACAAACCCTGGATATATTTCCGTCTTGCTTATAAAACTTGTCTTTATGtaaatatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=317309.000000
s hg19.chr21     17937605 51 +  48129895 TAAATAAGATATTTTAGGATAAATGGTTTTTATCATTGCCTATTATGTCAT
s rheMac2.chr3  166080443 51 - 196418989 taaataaaatatttttGGATAAATGGTTTTTGTCATTGCCTATTATGTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16278052 51 +  48394510 TAAATAAAATATTTTAGGATAAATGGTTTTTACCATTGCCTATTATGTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16664577 51 +  46489110 TAAATAAAATATTTTAGGATAAATGGTTTTTATCATTGCCTATTATGTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=760481.000000
s hg19.chr21     17937656 167 +  48129895 TTTCTATTAAAAGTGAATTTTATACTTAATTGACTCTGATTCTTAAGGCATTAAATTCTAGTCCATTCTTCTTATGAGATAGGGTTAGTAAAATAAGTTAGTTTTATGGGATCAAAAGCTACAAACAggctgggcatgctggctcatacctgt----aatgcctgcacttt
s panTro2.chr21  16664628 167 +  46489110 TTTCTATTAAAAGTGAATTTTATACTTAATTGACTCTGATTCTTAAGGTATTAAATTCTAGTCCATTCTTCTTATGAGATAGGTTTAGTAAAATAAGTTAGTTTTATGGGATCAAAAGCTACAAACAggctgggcatgctggctcatacctgt----aatgcctgcacttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16278103 167 +  48394510 TTTCTATTAAAAGTGAATTTTATACTTAATTGACTCTGATTCTTAAGGCATTAAATTCTAGTCCATTCTTCTTATGAGATAGGGTTAGTAAAATAAGTTAGTTTTATGGGATCAAAAGCTACAAATAggctgggcatgctggcttatacctgt----aatccctgcacttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166080494 171 - 196418989 TTTCTATTAAAAGTGAATTTTATACTTAATTGACTCTGATTCTTAAAGCATGAAATTCGAGTCCATTCTTCATATGAGATAGGGTTAGTAAAACAAGTTAGTTTCATGGGATCAAAAGCTACAAACAggctgggcatgctgtctcatgcctgtaatcaatccctgcacttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=46694.000000
s hg19.chr21     17937823 51 +  48129895 gggagactaaggcaggaggatcgcttgaggctagaagtttgagaccagcca
s panTro2.chr21  16664795 51 +  46489110 gggagactaaggcaggaggatcgcttgaggctagaagtttgagaccagcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16278270 51 +  48394510 gggagaccaaggcaggaggatcgcttgagactagaagtttgaaaccagcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166080665 48 - 196418989 gggaggtcaaggcaggaggatcccttgaggccagaaatttgagaccag---
i rheMac2.chr3  C 0 I 230

a score=42167.000000
s hg19.chr21     17937874 53 +  48129895 gtgcaatatagcaagacccctgtctctataaagaaaaaaaa-----TCAAGTAAAAAT
s panTro2.chr21  16664846 53 +  46489110 gtgcaatatagcaagacccctgtctctataaagaaaaaaaa-----TCAAGTAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16278321 53 +  48394510 gtgcaacacagcaagacccctgtctctataaagaaaaaaaa-----TCAAGTAAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166080943 58 - 196418989 gtgcaacatagcaagatccctctctctataaagaaaaaaaaaaaAGTCAAGTGAAAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=199543.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17939588 47 +  48129895 AGAAAAGTAAGTATTACACATAAGAAAATATCCAATTTTACCACTTC
s rheMac2.chr3  166082669 47 - 196418989 AGAAAAGTAAGTATTACACATAAGAAAATATCCCATTTTACCACTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=106660.000000
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s panTro2.chr21  16666640 33 +  46489110 TGCATGCATAGCAATCTTTTGCAATGAACTCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280111 33 +  48394510 TGCATGCATAGCAATCTTTTGCAGTGAACTCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166082747 33 - 196418989 TGCATGCATAGCAATCTTTTGCAGTGAACTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16666673 67 +  46489110 TTTACATATGAGATCTGTTTTTCAGTATTGTAGAAAGATATCTAATGTATTTGAAAATACATTGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280144 67 +  48394510 TTTTTATATGAGATCTGTTTTTCAGTATTGCAGAAAGATATCTAATCTATTTGAAAATACATTGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166082780 67 - 196418989 TTTATATATGAGGTCTGTTTTTCAGTATCGTAGAAAGATATCTAATCTATTTGAAAACACGTTGTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=827990.000000
s hg19.chr21     17939766 69 +  48129895 GCACCTAGTGTTCCAAAACATAGATTGAATTTAGTGTGGGAATACCGCATAGTATTGGAAGAAAAGTAA
s panTro2.chr21  16666740 69 +  46489110 GCACCTAGTGTTCCAAAACATAGATTGAATTTAGTGTGGGAATACCGCATAGTATTGGAAGAAAAGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280211 69 +  48394510 GCACCTAGTGTTCCAAAACATAGATTGAATTGAGTGTGGGAATACCGCCTAGTATTGGAAGAAAAGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166082847 69 - 196418989 GCGCCTAGTGTTCCAAAACATAGATTGAACTGAGTGTAAGAATACCGCATTGTATTGGAAGAAAAGTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=784661.000000
s hg19.chr21     17939835 37 +  48129895 TTAAAATCATTTAGAAATTGTTTTGAAGAATGCATTG
s panTro2.chr21  16666809 37 +  46489110 TTAAAATCATTTAGAAATTGTTTTGAAGAATGCATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280280 37 +  48394510 TTAAAATCATTTAGAAATTATTTTGAAGAATGCATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166082916 37 - 196418989 TTAAAATCATTTGGAAATTGTTTTGAAGAATGCATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1375161.000000
s hg19.chr21     17939872 50 +  48129895 CTGCAAGGTGTCATAGCCATATAAACATGACACCACCATCTTATGGAATG
s panTro2.chr21  16666846 50 +  46489110 CTGCAAGGTGTCATAGCCATATAAACATGACACCACCATCTTATGGAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280317 50 +  48394510 CTTCAAGGTGTCATAGCCATATAAACATGACACCACCATCTTATGGAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166082953 50 - 196418989 CTGCAAGGTGTCATAGCCATATACACATGACACCACCATCTTATGGAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17939922 59 +  48129895 TACAGAAAAGGGGTGTCTCTTGTGCCAAATAAACATTCTTTAATTAACGCTTCACAATA
s panTro2.chr21  16666896 59 +  46489110 TACAGAAAAGGGGTGTCTCTTGTGCCAAATAAACATTCTTTAATTTACGCTTCACAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280367 59 +  48394510 TACAAAAAAGGGGTGTCTCTTGTGCCAAATAAACATTCTTCAATTAACGCTTCACAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083003 59 - 196418989 TACAAAAAAGGGGGGTCTCTTGTGCCAAATACACATTCTTCAATTAACGCTTCACAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2364741.000000
s hg19.chr21     17939981 115 +  48129895 TGTAGTGTGAACTTTCCTAGTCTGTGTTTATCCCTCCTGGGGCTGCTACTTTTAATGCCTCAAAAACTGTTGCCTGTATATATTCTCTTTCTGCTGGATCTTGGGATGAAGAATT
s panTro2.chr21  16666955 115 +  46489110 TGTAGTGTGAACTTTCCTAGTCTGTGTTTATCCCTCCTGGGGCTGCTACTTTTAATGCCTCAAAAACTGTTGCCTGTATATATTCTCTTTCTGCTGGATCTTGGGATGAAGAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280426 115 +  48394510 TGTAGTGTGAACTTTCCTAGTCTGTGTTTATCCCTCCTGGGGCTGCTACTTTTAATGCCTCAAAAACTGTTGCCTGTATATATTCTCCTTCTGCTGGATCTTGGGATGAATAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083062 115 - 196418989 TGTAGTGTGAACTTTCCTAGTCTGTGTTTATCCCTCCTGAGGCTGCTACTTTTAATGCCACAAAAACTGTTGCCTGTAGATGTTCTCCTTCCGCTGGATCTTCGGATGAAGAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17940096 102 +  48129895 GATTACAGGTGCATTTTCTCCTTGAATCTGTCTAATAAGCTGAACTAAAACTACACTAATACAAGAAAGCAACAAGAAAGGTCTTCTTATGATGAATTAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083177 102 - 196418989 GTTTACAGGTGCATTTTCTACTTGAGTCTGTCTAATAAGCTGAACTAAAACTAAACTAATACAAGAAAGCAACAAGAAAGGTCTTCTTATGATGAATTAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-4134.000000
s hg19.chr21     17940198 59 +  48129895 GTGCTTATATACATATAAGAGTTAGTGAGGGCCACAAGAATAAACTGGCACAATAAACT
s panTro2.chr21  16667172 59 +  46489110 GTGCTTATATACATATAAGAGTTAGTGAGGGCCACAAGAATAAACTGGCACAATAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083279 59 - 196418989 GCGCTTATATACATATAAGAGTTAGTGAGGGCCACAAGAATAAACTGGCACAATAAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-59001.000000
s hg19.chr21     17940257 28 +  48129895 ATTTGTATTTGAACACTACTATTTGTAT
s panTro2.chr21  16667231 28 +  46489110 ATTTGTATTTGAACACTACTATTTGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280702 28 +  48394510 ACTTGTATTTGAACACTGCTATTTGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083338 28 - 196418989 ATTTGTATTTGAACACTACTGTTGGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=185908.000000
s hg19.chr21     17940285  81 +  48129895 T--------------TTAATATAATAATTACTTTGAATTCCATAATTAATATACCTATACGTGAAACGTTTTCCGCTCAGCA----AAG--TCATAGACTT
s panTro2.chr21  16667259  97 +  46489110 TGAACTATTTGTATTTTAATATAATAATTACTTTGAATTCCATAATTAATATACCTATACGTGAAACATTTTCCGCTCAGGA----AAGAGTCATAGACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280730 101 +  48394510 TGAACTATTTGTATTTGAATATAATAATTACTTTGAATTCCATAATTAATATACCTATATGGGAAACGTTTTCCACTCAGGATGTTTAGAGTCATAGATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083366  80 - 196418989 TGAACTATTTGTATTTGAATATAATAATTACTTTGAATTCCGTAATTAATATACTTATATGTGAAACATTTTCCACTCGG---------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 36

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s hg19.chr21     17940366 43 +  48129895 TGGGGG-GAAAATGTTATTTTATTTTATTGTGAGGGTTTGAATA
s rheMac2.chr3  166083482 31 - 196418989 -------------GTTATTTTATTTTATTGTGAGGGTTTGAATA
i rheMac2.chr3  I 36 C 0
s panTro2.chr21  16667356 43 +  46489110 TGGGGG-GAAAATGTTATTTTATTTTATTGTGAGGGTTTGAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16280831 44 +  48394510 TGGGGGAAAAAAAGTTAGTTTATCTTATTGTGAGGGTTTGAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=622898.000000
s hg19.chr21     17940409 33 +  48129895 GGCATTTTGCTATTCATTATCTATTTGCAGGGA
s ponAbe2.chr21  16280875 33 +  48394510 GGCATTTTGATATTCATTATCTATTTGCAGGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16667399 33 +  46489110 GGCATTTTGATATTCATTATCTATTTGCAGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083513 33 - 196418989 GGCATTTTGACATTCATTATCTATTTGCAGGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=529140.000000
s hg19.chr21     17940442 46 +  48129895 AATGACAAGTTTTCAAAATGAAACAGTCTTTGTTACCTGTCTCTTT
s ponAbe2.chr21  16280908 46 +  48394510 AATGACAAGTTTTCAAAATGAAACAGTCTTTGTTACCTGTCTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16667432 46 +  46489110 AATGACAAGTTTTCTAAATGAAACAGTCTTTGTTACCTGTCTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083546 46 - 196418989 AATGACAAGTTTTCAAAATGAAACAGTCTTGGCTATCTGTCTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-18538.000000
s hg19.chr21     17940488 33 +  48129895 TGAAAGACTTACTCTCATGTTGTTTATTTAATT
s ponAbe2.chr21  16280954 33 +  48394510 TGAAAGACTTACTCTCATGCTGTTTATTTAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16667478 33 +  46489110 TGAAAGACTTACTCTCATGTTGTTTATTTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083592 33 - 196418989 TGAAAGACTTACTCTCATGTTGTTTATTTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=408629.000000
s hg19.chr21     17940521 71 +  48129895 GTTTTGTTGGCATTAATCTTGCTTTTTTTT--AAATAATGCATATTCCTTTTAATTATGTCTACTTATTTAAA
s ponAbe2.chr21  16280987 73 +  48394510 GTTTTGTCTGCATTAATCTTGCTTTTTTTTTGAAATAATGCATATTCCTTTTAACTACATCTACTTATTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16667511 71 +  46489110 GTTTTGTCGGCATTAATCTTGCTTTTTTTT--AAATAATGCATATTCCTTTTAATTATGTCTACTTATTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083625 70 - 196418989 GTTTTGTCCGCACTAATCTTGCTTTTTTG---AAATAGTGCATATTCCTTTTAATTACATCTACTTATTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-76880.000000
s hg19.chr21     17940592 6 +  48129895 TAAAAC
s ponAbe2.chr21  16281060 6 +  48394510 TAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16667582 6 +  46489110 TAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083695 6 - 196418989 TAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-17478.000000
s hg19.chr21     17940598 85 +  48129895 TTTTAAATTGTGAATAGCTATGAATCACCATATCCATATAACTAGAATATGAAAATCTTAAAAAATTAATGTGCTGATAATTATA
s ponAbe2.chr21  16281066 85 +  48394510 TTTTAAATTGTGAATGGCTATGAATCACCATATCCATATAACTAGAATATGAAAATCTTAAAAAATTAATGTGCTAATAATTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16667588 85 +  46489110 TTTTAAATTGTGAATAGCTATGAATCACCGTATCCATATAACTAGAATATGAAAATCTTAAAAAATTAATGTGCTGATAATTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083701 85 - 196418989 TTTTAAATTGTGAATAGCGATGAATCACCATATCCGTATAACTAGAATATGAAAGTCTTAAAACATTAATGCGCTAATAATTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164410.000000
s hg19.chr21     17940683 26 +  48129895 ATATTCCTGTTTCTTGCATTTGTTTT
s ponAbe2.chr21  16281151 26 +  48394510 ATACTCCTGTTTCTTGCATTTCTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16667673 26 +  46489110 ATATTCCTGTTTCTTGCATTTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166083786 26 - 196418989 ATATTCCTGTTTCTTGCATTTGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=133199.000000
s hg19.chr21     17940709 21 +  48129895 ACATTAATACACATTCTGAAA
s rheMac2.chr3  166083812 21 - 196418989 ACATTAATACACATTCTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16281177 21 +  48394510 ACATTAATACACATTCTGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=135337.000000
s hg19.chr21     17940730 23 +  48129895 AAGAGGAAATGCTTATCTTGGGA
s rheMac2.chr3  166083833 23 - 196418989 AAGAGGAAATGCCTATCTTGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16667720 23 +  46489110 AAGAGGAAATGCTTATCTTGGGA
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s ponAbe2.chr21  16281198 23 +  48394510 AAGAGGAAATGCTTATCTTAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=156862.000000
s hg19.chr21     17940753 19 +  48129895 GTGGCTTAAGTTGTTTTGG
s rheMac2.chr3  166083856 19 - 196418989 GTGGCTTAAGTTGTTTTGG
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s ponAbe2.chr21  16281221 19 +  48394510 GTGGCTTAAGTTGTTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17942328 99 +  48129895 CTGAAGCCCTTAGGAATTTCATCTTTTAAAATTATTATTATGTTCCATTGTTATTTCTCCTCAAGAATAGACTGTGACTTTTCTTTCTTATCTTCATAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16670991 203 +  46489110 TGGCGCTTTTTGTTTTCAATGGTTTTAAAGTTGCAAAATTGATGTTCCATTCCACTGTGGTAGTGTAATGcattttcaaaggaagaaaccgaagccttgaggtgttaagtatcctgtctgtagttgcacaatgaacatggcagagacaaaattagaactcagtttctaagttttgttttctttcatct---------gtctctctTTTACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16672822 66 +  46489110 atagtaattGTTAGCATTGTTGTTGTGTGTCTTATGCTAATCTAAAACTTTTACTCAAAA-AGATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17946793 91 +  48129895 TTACTAGTTCAAGAGAGGGAGAGATAAGTGAATTGATTTACATGGTCGATTTGGAAGACTTATGGATCCTCTGGAAAGAAAATAAACTCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=920700.000000
s hg19.chr21     17946937 95 +  48129895 AGTTCTTTAAAACTGATTAACTATGAGGATGGTAAGACTGGGGGAAAGGATAGGCCAAAACTTGGCCTGAACACGAGTGTCAGCTGATCTTGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=291774.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16287520 39 +  48394510 GAGTTTCTAATTTTAGTGtaattaaaataaaaattttta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=345331.000000
s hg19.chr21     17947071 43 +  48129895 ataGCTTCACCTATTGCCACATAATATTAATTAGGCCTCCAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-125747.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-243971.000000
s hg19.chr21     17947133 66 +  48129895 TGAACCACTTTTACGGGAATCTCTGTGCCCTCTTAGAGTTTCAAGTGTGCGACTTGAAAGATTTAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17947199 29 +  48129895 ACTACAAAATTCTGTGTGTATGTGTGTGt
s panTro2.chr21  16674150 29 +  46489110 ACTACAAAATTCTGTGTGTATGTATGtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17947228 27 +  48129895 ctctctctctgtctctctttctctc----tc
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a score=-117622.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17947285 101 +  48129895 acacacacagacacaaacacacacacacaca----cacGTAATTTTCTCCCAAAAAATTTACACCCAAATTAATGGCGTGTTCCTTTTTGACAAAGACTTTGGC-T
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=485338.000000
s hg19.chr21     17947386 65 +  48129895 AAACCCTCTTGTAAAACATTCTAAAATGGCTAGTGATATCTACCTACTGACAAGGAGTCAGTGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16287872 65 +  48394510 AAACCCTCTTGTAAAACATTCTAAAATGGCTAGTGATATCTACCTACTGACAAGGAGTCAGTGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166090826 63 - 196418989 AAACCCTATTGTAAAACATTCTAAAATGGCTGATGATATCTACCTACTAACAAGGACTC--TGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=393339.000000
s hg19.chr21     17947451 39 +  48129895 ATCAATAACCCAATCAAACACTCAAAATGCTTAACTATA
s panTro2.chr21  16674410 39 +  46489110 ATCAATAACCCAATCATACACTCAAAATGCTTAACTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16287937 39 +  48394510 ATCAATAACCCAATCAAACACTCAAAATGCTTAACTATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166090889 39 - 196418989 ATCAATAACCCAATCAAATACTCAAAATGCTTAAATATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=450151.000000
s hg19.chr21     17947490 124 +  48129895 ATCTTAGGATTTTTAAATATCCTGATCATTTTCACTTGGTACTTCATATTGAATGAATATCACCAAGATCCAACTTGATAggctgggcgcagtggctcacgcctgtaaatcacagcactttggg
s panTro2.chr21  16674449 123 +  46489110 ATCTTAGGATTTTTAAATATCCTGATCATTTTCACTTGGTACTTCATATTGAATGAATATCACCAAGATCCAACTTGATAggctgggcgcagtggctcacgcctgt-aatcacagcactttggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16287976 123 +  48394510 ATCTTAGGATTTTTAAATATCCTGATTATTTTCACTTGGTACTTCATATTGAATGAATATCACCAAGATCCGACTTGATAggctgggcgcagtggctcacgcctgt-aatcacagcactttggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166090928 123 - 196418989 ATCTTAGGATTTTTAAATATCCTGATTATTTTCACTTGGTACTTCATATTGAATGAATATCACCAAGATCCAACTTGACAggctgggcgcagtagctcatgcctgt-aatcacagcactttggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132094.000000
s hg19.chr21     17947614 109 +  48129895 aggccgaggcgggcagatcacgggaggtcaggactttgagacaagcctggccaacatggtgaaaccctgcctctactaaaaatacaaaaattagctggg-cgtggtggca
s panTro2.chr21  16674572 109 +  46489110 aggccgaggcgggcagatcacgggagttcaggactttgagacaagcctggccaacatggtgaaaccctgcctctactaaaaatacaaaaatcagctggg-cgtggtggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288099 109 +  48394510 aggccgaggcgggcagatcacgggaggtcaggactttgagacaagcctggccaacatggtgaaaccccgcctctactaaaaatacaaaaattagctggg-cgtggtggtg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166091051 110 - 196418989 aggccgaggcagccagatgacctgaggtcaggactttgagacaagcctggccaacatggtgaaaccctccctctactgaaaatacaaaaattggctgggccatggtggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=242935.000000
s hg19.chr21     17947723 368 +  48129895 ggcgcatgtaatcccagctactgggaggctgaggcagga-agtcacttgaacccggtaggcggagatcgcagtaagccgagttctagccactgcatttcagtctgggcaacagagagagactccgtctcaaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaaaaacaaaGATCCAACTTGATTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGGGGCTGGGGCTGGACTggccgggcgcagtggctcacgcctgtaatcccggcactttgggagaccgaggtgggtggataaccaggtcaggagatcgagaccatcctggccaacatgatgaaaccccgtctctactgaaaatgcaaaaattagctgggcatggtggct
s panTro2.chr21  16674681 359 +  46489110 ggcgcatgtaatcccagctactgggaggctgaggcagga-agtcactcgaacccggtaggtggagatcgcagtaagccgagttctagccactgcatttcagtctgggcgac--agagagactccgattcaaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaac-aaaaaaacaaagatccaacttgattaaaaaaaaaaaaaaaaaGG------TGGGGCTGGACTggccgggcgcagtggctcacgcctgtaatcccggcactttgggagaccgaggtgggtggataaccaggtcaggagatcgagaccatcctggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatgcaaaaattagctgggcatggtggct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166091161 362 - 196418989 ggcacatgtaatcccagctactcggaggctgaggcaggagagtcacttgaacccgataggcagagatctcagtgagccgagttctagccactgcactcccgtctgggcgacagagagggagtccgtctcaaaaaacaaaacaaaacaaaa-------accaaaacaaaGATCCAACTTGatttaaaaaaaataaaataaaaaaaGGCGGGGGCTGGACTGCccgcgtgcggtggctcacgcctgtaatcctggcactttgggagaccgaggtgggctgataaccaggtcaggagatcgagaccatcctggccaacatggtgaaactccgtctctcctaaaaatataaaaattagctgggcgtggtggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16288208   0 +  48394510 C

a score=108093.000000
s hg19.chr21     17948091 95 +  48129895 ggtgcttgtaatcccagctactcgggaggctgaggcagaacccgggaggcggagcttgcagtgagctgagatagtgccactgcactccatcctgg
s panTro2.chr21  16675040 95 +  46489110 ggtgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcagaacccgggaggcggagcttgcagtgagctgagatagtgccactgcactccagcctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288208 95 +  48394510 ggtgcctgtaattccagctactcgggagactgaggcagaacccgggaggcggagcttgcagtgagctgagatagtgccactgcactccagcctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166091523 84 - 196418989 ggtgcctgtaatcccagctactctggaggctgaggcagaatccgggaggtggagcttgcagtga-----------accactgcactccagcctgg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-18014.000000
s hg19.chr21     17948186 25 +  48129895 agacggagctagactccgtctcaaa
s rheMac2.chr3  166091607 25 - 196418989 agacggagccagactccgtctcaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288303 25 +  48394510 agacggagctagactccgtctcaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16675135 25 +  46489110 agacggagctagactccgtctcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1012794.000000
s hg19.chr21     17948211 121 +  48129895 aaaaaa---------GTGGCTGGACTTGCCAGAGTTGGGTTGGCAAAGAAAACCCATCCAATTTTAAAATGATCAAGGTCATTGTAGACTTTGAAAAATCTTTATTTCTGTTTGTATACAATGGTGAACT
s rheMac2.chr3  166091632 130 - 196418989 aaaaaaaGGGGTGGGGGGGCTGGACTTGCCAGAGTTTGGTTGGCAAAGAAAACCCATCAAATTTTAAAATTATCAAAGTCAGAGTAGACTTTGAAAAATCTTTATTTCTGTTTGTATATAATGGTGAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288328 121 +  48394510 aaaaaa---------GTGGCTGGACTTCCCAGAGTTTGGTTGGCAAAGAAGACCCATCAAATTTTAAAATGATCAAGGTCATTGTAGACTTTGAAAAATCTTTATTTCTGTTTGTATAGAATGGTGAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16675160 121 +  46489110 agaaaa---------GTGGCTGGACTTGCCAGAGTTTGGTTGGCAAAGAAAACCCATCCAATTTTAAAATGATCAAGGTCATTGTAGACTTTGAAAAATCTTTATTTCTGTTTGTATACAATGGTGAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=77164.000000
s hg19.chr21     17948332 42 +  48129895 TAAACAATTCGTGAGAATTTTGCAAGTCAGTATAAGCTCCAA
s rheMac2.chr3  166091762 34 - 196418989 TAAACAATCTATGAGAATTTTGCA--------TAAGGTCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288449 38 +  48394510 T----AATTCGTGAGAATTTTGCAAGTCAGTATAAGGTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16675281 42 +  46489110 TAAACAATTCGTGAGAATTTTGCAAGTCAGTATAAGCTCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=304247.000000
s hg19.chr21     17948374 39 +  48129895 TTCTCCTTCTTCAGAAATGGAGAAGAACtttttt-aatat
s rheMac2.chr3  166091796 40 - 196418989 TTCTCCTTCTTCAGAACTGGAGAAGAACttatttatatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288487 40 +  48394510 TTCTCCTTCTTCAGAAATGGAGAAGAACTTGTTTAAATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16675323 40 +  46489110 TTCTCCTTCTTCAGAAATGGAGAAGAACTTGTTTAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=936455.000000
s hg19.chr21     17948413 136 +  48129895 tacatatttttctttaaataataaaGAGACAAATTAATTCCTATTAAATCTTAATTTGGAAGTATTGTTTGATTGTGGAAGATTCTAGAATGCATGTTAAGAATCTGATTTTGTCTATGAGCTCCTTCCCTGTT----TC
s rheMac2.chr3  166091836 135 - 196418989 tacatatttttctttaaataaaaaaG-GACAAATCAGTTCCTATTGAATCTTAATTTGGAAGTATTGTTTGATTGTGGAAGATTCTAGAATGCATGTTAAGAATCTGATCTTGTCCATGAGCCCCTTCCCTGTTTC----
i rheMac2.chr3  C 0 I 13
s ponAbe2.chr21  16288527 135 +  48394510 TACATATTTTTCTTTAAATAATAAAGAGAC-----AATTCCTATTAAATCTTAATTTGGAAGTATTGTTTGATTGTGGAAGATTCTAGAATGCATGTTAAGAATCTGATTTTGTCTATGAGCCCCTTCCCTGTTTCACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16675363 140 +  46489110 TACATATTTTTCTTTAAATAATAAAGAGACAAATTAATTCCTATTAAGTCTTAATTTGGAAGTATTGTTTGATTGTGGAAGATTCTAGAATGCATGTTAAGAATCTGATTTTGTCTATGAGCTCCTTCCCTGTTTCACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=67433.000000
s hg19.chr21     17948549 23 +  48129895 CATGGTTCTCTCCAGTTCTACCT
s ponAbe2.chr21  16288662 23 +  48394510 CATGGTTTTCTCCAGTCCCACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16675503 23 +  46489110 CATGGTTCTCTCCAATTCTACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971 13 - 196418989 I

a score=229227.000000
s hg19.chr21     17948572 46 +  48129895 TCCAATATTCTCATCATGTTATACTTTATCCAAAAAGACTAAACTT
s ponAbe2.chr21  16288685 46 +  48394510 TCCAATATTCTCATCATATTCTACTTTGTCCAAAAAGACTAAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16675526 46 +  46489110 TCCAATATTCTCATCATGTTATACTTTATCCAAAAAGACTAAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971 13 - 196418989 I

a score=274795.000000
s hg19.chr21     17948618 38 +  48129895 TTCACCCTTCTCTGAATATACATTTTCATTACTTTCCA
s ponAbe2.chr21  16288731 38 +  48394510 TTCACCCTTCTCTGAATATACATTTTCATTACTTTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16675572 38 +  46489110 TTCGCCCTTCTCTGAATATACATTTTCATTACTTTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971 13 - 196418989 I

a score=188063.000000
s hg19.chr21     17948656 29 +  48129895 CCAAACTACTTTTAAATATCTAAAATTCT
s panTro2.chr21  16675610 29 +  46489110 CCAAACTACTTTTAAATATCTAAAATTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288769 29 +  48394510 CCAAACTACTTTTAAATATCTAAAATTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971 13 - 196418989 I

a score=607964.000000
s hg19.chr21     17948685 76 +  48129895 ACCACTTTCCAAGGAGACTTATGTGCTATTACAAACAAAATAGGCCTATAAACAAATAACTAATATAAATGAAAGC
s panTro2.chr21  16675639 76 +  46489110 ACCATTTTCCAAGGAGACTTATGTGCTATTACAAACAAAATAGGCATATAAACAAATAACTAATATAAATGAAAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288798 76 +  48394510 ACCATTTTCCAAGGAGACTTATGTGCTATTACAAACAAAATAGGCATATAAACAAATAACTAATATAAATAAAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971 13 - 196418989 I

a score=576974.000000
s hg19.chr21     17948761 85 +  48129895 TGCCTTAATCATTACAAAACCATTATTAGGATTAAAAAGCCCTTACTAAATAGTAATCAAACATAATTTTAGAGCTAGTTTAATG
s panTro2.chr21  16675715 85 +  46489110 TGCCTTAATCATTACCAAACCATTATTAGGATTAAAAAGCCCTTACTAAATAGTAATCAAACATAATTTTAGAGCTAGTTTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288874 85 +  48394510 TGCCTTAATCATTACAAAACCATTATTAGGATTAAAAAGCCCTTACTAAATAATAATCAAACATAATTTTAGAGCTAGTTTAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971 13 - 196418989 I

a score=485555.000000
s hg19.chr21     17948846 81 +  48129895 GCAATTATATTTCAATACATACTTTAAAAATGTATGTTGTGTCTCTTTAACACCTAGCTCTAAGaaattaaaattattatt
s panTro2.chr21  16675800 81 +  46489110 GCAATTATATTTCAATACATACTTTAAAAATGTATGTTGTGACTCTTTAACACCTAGCTCTAAGAAATTAAAACTATTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16288959 78 +  48394510 GCAATTATATTTCAATACATACTTTAAAAATGTATGTTGTGACTCTTTAACACCTAGCTCTAAGAAATTAAAAC---TATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971 13 - 196418989 I

a score=491748.000000
s hg19.chr21     17948927 71 +  48129895 atcacaatattttatatatatGACTAACAAAAAACTCGCAATATTAATAAAATGCCATGTTTCTCTACTCT
s panTro2.chr21  16675881 71 +  46489110 ATCACAATATTTTATATATATGACTAACAAAAAACTTGCAATATTAATAAAATGCCATGTTTCTCTACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16289037 71 +  48394510 ATCACAATATTTTATATATATGATTAACAAAAAACTTGCAATATTAATAAAATGCCGTGTTTCTCTACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971 13 - 196418989 I

a score=1167829.000000
s hg19.chr21     17948998 174 +  48129895 TTAAAAAGAGTTAAGCTAATATCAATGTACTAAGTAATAAGAGTAAAATATGTTTGCAAATGGACATGGAATATTCACCTATGTTAGAACTTTCTCCTTCAGTCTACCAGCTCAAATCTATATGAGAAACCTATTTTTAGTTCTTGTAAAAGAATAAAGCCTGGCACCCATTTT
s panTro2.chr21  16675952 174 +  46489110 TTAAAAAGAGTTAAGCTAATATCAATGTACTAAGTAATAAGAGTAAAATATGTTCGCAAATAGACATGGAATATTCACCTATGTTAGAACTTTCTCCTTCAGTCTACCAGCTCAAATCTATATGAGAAACCTATTTTTAGTTCTTGTAAAAGAATAAAGCCCGGCACCCACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16289108 174 +  48394510 TTAAAAAGAGTTAAGCTAATATCAATGTACTAAGTAATAAGAGTAAAATATGTTCACAAATAGACATGGAATATTCATCTATGTTAGAACTTTCTCCTTCAGTCTATCAGCTCAAATCTATATGAGAAACCTATTTTTAGTTCTTGTAAAAGAATAAAGCATGGCACCCATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166091971  13 - 196418989 I

a score=50826.000000
s hg19.chr21     17949172 28 +  48129895 TAGTTTAGCAAGCTCATAGTGACACATA
s panTro2.chr21  16676126 28 +  46489110 TAGTTTAGCAAGCTCATAGTGACACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16289282 28 +  48394510 TAGTTTAGCAAGCTCATAGTGACACATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166091984 28 - 196418989 TAGTTTAGCAAGCTCATAGTGACACAGA
i rheMac2.chr3  I 13 C 0

a score=650291.000000
s hg19.chr21     17949200 72 +  48129895 GAGCATTTTTCTATAGCGTTTTCATAGCATATGTTGTATGGATCACATACTAAATATTTATTTTGTAATTTA
s panTro2.chr21  16676154 72 +  46489110 GAGCATTTTTCTATAGCGTTTTCATAGCATATGTTGTATGGATCACATACTAAATATTTATTTTGTAATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16289310 72 +  48394510 GAGCATTTTTCTATAGAGTTTTCATAGCATATGTTGTGTGGATCACATACTAAATATTTATTTTGTAATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166092012 72 - 196418989 GAGCATTTTTCTATAGAGTTTTCATAGCATATGTTGTATGGATCACATACTAAACATTTATTTTGTAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38413.000000
s hg19.chr21     17949272 39 +  48129895 CAGTCTAGAGGAATTATGAAAAAAGAAACTGGGTAAAAA
s panTro2.chr21  16676226 39 +  46489110 CAGTCTAGAGGAATTATGAAAAAAGAAACTGGGTAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16289382 39 +  48394510 CAGTCTAGAGGAATTATGAAAAAAGAAACTGGGTAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166092084 39 - 196418989 CAGTCTAGAGTAATTATGAGAAAAGAAACTGGGTAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=24049.000000
s hg19.chr21     17949311 25 +  48129895 ATATTAGATCAAACTTTGATAATAA
s panTro2.chr21  16676265 25 +  46489110 ATATTAGATCAAACTTTGATAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16289421 25 +  48394510 ATATTAGATCAAACTTTGATAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166092123 25 - 196418989 ATATCAGATCAAACTTTGATAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=73624.000000
s hg19.chr21     17949336 20 +  48129895 TAAGTTTAAGTAAGAAACTA
s panTro2.chr21  16676290 20 +  46489110 TAAGTTTAAGTAAGAAACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16289446 20 +  48394510 TAAGTTTAAGTAAGAAACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166092148 20 - 196418989 TAAGTTTAAGTAAGAAACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13750.000000
s hg19.chr21     17949356 18 +  48129895 ACTTTTGAAATTTACATG
s panTro2.chr21  16676310 18 +  46489110 ACTTTTGAAATTTACATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166092168 18 - 196418989 ACTTGTGAAATTTACATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=102275.000000
s hg19.chr21     17949374 90 +  48129895 TTAGCTGGGCATATTTCAAGATATCATCTGTTGGGAAACACCTAAAACAAGTTGTTTTCTAGTAAGATTTA-CCCCCCACCGCCCCCGTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=298143.000000
s hg19.chr21     17951093 21 +  48129895 ATTTGTGATTCGCTTGTACAT
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a score=-100154.000000
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a score=212730.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16679183 103 +  46489110 TAACCCTTTTCCTCAGTGAGTTATGGCTAGTGTCACATAAGAGAAAATACATTAATTAAATTGCTGTATAAAGAAATATAGTCAAACATTACTGT-AAAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16292276 102 +  48394510 -AACCCTTTTCCTCAGTGAGTTATGGCTAGTGTCACATAAGAGAAAATACATTAATTAAATTGCTGTATAAAGAAATATAGTCAAACATTACTGT-AAAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166095033 104 - 196418989 TAACCCTTTTCCTCAGTGAGTTATGGCTAGTGTCACATAAGAGAAAATACATTAATTAAATTGCTATATAAAGAAATATAGTCAAACATGACTGTAAAAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-39362.000000
s hg19.chr21     17952640 23 +  48129895 AACATGCCTGTGGGCCACTTAGG
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s hg19.chr21     17952663 57 +  48129895 CTATTAGGCTTTTGAATTTGTGAATGTTTTATTTGTTATAAAAGTAAAGTTTTGTAT
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s hg19.chr21     17952720 30 +  48129895 GGAGAGTTTGGAAGAGCGTTAATCAGCATA
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a score=393437.000000
s hg19.chr21     17952750 43 +  48129895 TAACTTTCCAGGCTAGTAAAAGTCAAAATGCTAACTCTTGGAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17953244 55 +  48129895 ATTTTCCAAGAAAATAGACAATTCTTTG-CTATTTCCTTTCTTAAACAGCTATATA
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s hg19.chr21     17953299 31 +  48129895 TTATGGAATTTAAAGATGCAGAATAAATAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17953407 23 +  48129895 TTTCTTGATCAATGAAAGTATAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17953430 34 +  48129895 CTTCTAACCCTTAACAAAATCAATACAATTGATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17953533 91 +  48129895 GATGTTTATAATGCTTAGAAGCATTTTCCACTAACTCCATGTAATGGAAGCTTCTTTAACCAAGATTGAAGACC-TGAGTAATAGAGTTTGA
s panTro2.chr21  16680179 91 +  46489110 GATGTTTATAATGCTTAGAAGCATTTTCCACTAACTCCATGTAATGGAAGCTTCTTTAACCAAGATTGAAGACC-TAAGTAATAGAGTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16293269 92 +  48394510 GATGTTTATAATGCTTAGAAGCATTTTCCACTAACTCCATGTAATGGAAGCTTCTTTAACCAAGATTGAAGACCTTAAGTAACAGAGTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166096030 91 - 196418989 GATGTTTATAATGCTTAGAAGCATTTTCCACTAACTCCATGTAATGGAAGCTCCTTTAACCAAGATTGAAGATC-TAAGTAATAGAGTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16293361 30 +  48394510 GAATATGCTATAGTGGCATCCTTCATGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166096121 30 - 196418989 GAATATGCTGTAGTGGCATCTTTCATGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16680300 25 +  46489110 TAACATG-----------GTTTTTGGTTTTTTTTTT----------------
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16293391 37 +  48394510 TAACATGCTTTTTGTTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTT---------------T
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166096151 41 - 196418989 TAACATG-----------GTTTTGTTTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4099.000000
s hg19.chr21     17953680 40 +  48129895 AAGTTAAACTCATCTCACATTACTTATACTTCTAAAAGTG
s panTro2.chr21  16680325 40 +  46489110 AAGTTAAACTCATCTCACATTACTTATACTTCTAAAAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16293428 38 +  48394510 AAGTTAAA--CATCTCACATTACTTATACTTCTAAAAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166096192 40 - 196418989 AAGTTAAACTCATCTCACACTACTTATACTTCTAAAAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100212.000000
s hg19.chr21     17953720 21 +  48129895 AGAGCAATTTCTATTACTGAG
s panTro2.chr21  16680365 21 +  46489110 AGAGCAATTTCTATTACTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16680430  6 +  46489110 TAAA-----TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16680436 48 +  46489110 AATATGAAAAACTTAGAAAAGAAAAAAGTATTTATAAAAAGAGAGCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16293537 43 +  48394510 AATATGAAAAACTT-----AGAAAAAGGTATCTATAAAGAGAGAGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166096308 47 - 196418989 aatatataaaaCTTAGAAAAGAAAAAC-TATCTATAAAGAGAGAACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17953839 41 +  48129895 tttttaatttaaaataatttaCTCTATATTTTGTGCTCCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17953920 47 +  48129895 ATGAAAAGAACCCTACAAAATTAGCATATTTTTT-ACATGAAAGAAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=73106.000000
s hg19.chr21     17953967 13 +  48129895 CTCTAAAAATCTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=12558.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17959496 91 +  48129895 GTTTGTTGCCACAGATCTGTTGCCAATCTGCTACCTTAGTTGAGCCTGCAGTGCCGCACTGCATGCTGGGATCTGTCTGTGTGAGTAAACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=129129.000000
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a score=279739.000000
s hg19.chr21     17960263 20 +  48129895 ATCTATACAGATTGGTCTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=276213.000000
s hg19.chr21     17960283 54 +  48129895 CTCATGTGTCTTTTGGGCTGCTTGGGAGCTTCATGTAGAA-GTGGAAAGTCCCCT
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s ponAbe2.chr21  16300012 55 +  48394510 CTCATGTGTCTTTTGGGCTGCTTGGGGGCTCCATATAGAAGGTGGAAAGTCCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16686920 54 +  46489110 CTCATGTGTCTTTTGGGCTGCTTGGGAGCTTCATGTAGAA-GTGGAAAGTCCCCT
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a score=2540970.000000
s hg19.chr21     17960337 142 +  48129895 TTGCTCTTCCTTCGACCAAGGTGGGGAAAATGAAGGCATAGAATACAATCTAGGGCTATTAAAGAATTGCTGGCATTACTTCTCTCTATCACGTGTGAGCCTGGCTGCCTGCTTCCTGAGGTAGGGGATCCAGGATGAGACT
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s ponAbe2.chr21  16300067 142 +  48394510 TTGCTCTTCCTTGGACCAAGGTGGGGAAAATGAAGGCGTGGAATACAATCTAGGGCTATTAAAGAATTGCTGGCATTACTTCTCTCTATCACGTGTGAGCCTGGCTGCCTGCTTCCTGAGGTAGGGGATCCAGGATGAGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166102845 142 - 196418989 TTGCTCTTGCTTCGACCAAGGTGGGGAAAATGAAGGCATGGAATACAGTCTAGGGCTGTTAAAGAATTGCTGGCATTACTACTCTCTATCACGTGTGAGCCTGGCTGCCTGCTTCCTGAGGTAGGGGATCCAGGATGAGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1455950.000000
s hg19.chr21     17960479 38 +  48129895 GTGCCGGAGCCTGTTTCCACAACTGCATTTGGAGATCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16300209 38 +  48394510 GTCCAGGAGCCTGTTTCCACAACTGCATTTGGAGATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=928002.000000
s hg19.chr21     17960517 34 +  48129895 GTCTTATTGATTAGCGGGGGAAAGGGGTGGGGAT
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s hg19.chr21     17960551 43 +  48129895 CAGGAGTGTGAGGTGAGGGGAGGACCAACTGACGACTGGCTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=2291018.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16300387 159 +  48394510 GTAGAAAGGTGG-AAAAATGAGGAGACCCTGGAAGAAATGAAGGCATTTCCTATGAGACAGCCTTGGGGC-TTTTTCTTTTCTT--TTTTTTTTTGCTTCCATCATCTGACCTGCAAAGGCTAGAGTGACAGCGTCATGCAAATGCTGCAGTCCAGCAGGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166103165 162 - 196418989 GTAGAAAGGCGGAAAAAATGAGGAGACCCTGGAAGAAATGAAGGCATTTCTTATGAGACAGCCTTGAGGCTTTTTCCTTTTCTTTCTGTTTTTTT-CTTCCATCATCTGACCTGCAAAGGCTAGAGTGACAGCGTCATGCAAATGCTGCAGTCCAGCAGGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4752359.000000
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s panTro2.chr21  16687456 124 +  46489110 GGGAGAGGGTGGATGCTAGACTGTGAGTTAATGTTAATGATGAGCGCAGTGAAAATACCAGCCGCTGCCACCCCCTGCTCACAGAAGCGCTCTGAGTCAGCATCAGATGCTTTGCCTCGCCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16300546 124 +  48394510 GGGAGAGGGTGGATGCTAGACTGTGAGTTAATGTTAATGATGAGCGCAGTGAAAATACCAGCCGCTGCCACCCCCTGCTCACAGAAGCGCTCTGAGTCAGCATCAGATGCTTTGCCTCGCCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166103327 124 - 196418989 GGGAGAGGGTGGATGCTAGACTGTGAGTTAATGTTAATGATGAGCGCAGTGAAAATACCAGCCGCTGCCACCCCCTGCTCACAGAAGCGCTCTGAGTCAGCATCAGATGCTTTGCCTCGCCTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2293325.000000
s hg19.chr21     17960943 85 +  48129895 CGCTGTGTATCTGTATGCCTGTGTGCGCGCGCGTGCTCGCTCGGGCATCCGTGTCTAGCCGAGGGGAGGGGGTGGCGTGTGAGTG
s panTro2.chr21  16687580 85 +  46489110 CGCTGTGTATCTGTGTGCCTGTGTGCGCGCGCGTGCTCGCTCGGGCATCCGTGTCTAGCCGAGGGGAGGGGGTGGCGTGTGAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16300670 85 +  48394510 CGCTGTGTGTCTGTATGCCTGTGTGCGCGCGCGTGCTCGCTCGGGCATCCGTGTCTAGCCGAGGGGAGGGGGTGGCGTGTGAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166103451 85 - 196418989 CGCTGTGTGTCTGTATGCCTGTGTGCGCGCGCGTGCTCGCTCGGGCATCCGTGTCTAGCCGAGGGGAGGGGGTGGCGTGTGAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2975355.000000
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s panTro2.chr21  16687665 64 +  46489110 CGTGGAGGGTAAAAGCCAGTCAGTCAGTGAGAAGCAAAGGTACGTTGGAGAGCAACTAAAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16300755 64 +  48394510 CGTGGAGGGTAAAAGCCAGTCAGTCAGTGAGAAGCAAAGGTACGTTGGAGAGCAACTAAAATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166103536 64 - 196418989 CGTGGAGGGTAAAAGCCAGTCAGTCAGTGAGAAGCAAAGGTACGTTGGAGAGCAACTAAAATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3185596.000000
s hg19.chr21     17961092 62 +  48129895 GACTGATTTCCATCTTTGGAGCATCAGATGTATTCCCTAAGGAGGATGGGTCTCCGTGATGG
s panTro2.chr21  16687729 62 +  46489110 GACTGATTTCCATCTTTGGAGCATCAGATGTATTCCCTAAGGAGGATGGGTCTCCGTGATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16300819 62 +  48394510 GACTGATTTCCATCTTTGGAGCATCAGATGTATTCCCTAAGGAGGATGGGTCTCCGTGATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166103600 62 - 196418989 GACTGATTTCCATCTTTGGAGCATCAGATGTATTCCCTAAGGAGGATGGGTCTCCGTGATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2121576.000000
s hg19.chr21     17961154 44 +  48129895 GGGTGGTATAATTATGTTAATGTCATTTTTATGGAGGGGTGAGA
s panTro2.chr21  16687791 44 +  46489110 GGGTGGTATAATTATGTTAATGTCATTTTTATGGAGGGGTGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16300881 44 +  48394510 GGGTGGTATAATTATGTTAATGTCATATTTATGGAGGGGTGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166103662 44 - 196418989 GGGTGGTATAATTATGTTAATGTCATATTTATGGAGGGGTGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2490295.000000
s hg19.chr21     17961198 75 +  48129895 TTTTTCATTCTGATAATTGGTTGAATGCTATGGTCAAAAATTGTAAAGCCATATTCAGTTTTAGGGAAAAGCATG
s rheMac2.chr3  166103706 75 - 196418989 TTTTTCATTCTGATAATTGGTTGAATGCTATGGTCAAAAACTGTAAAGCCATATTCAGTTTTAGGGAAAAGCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16300925 75 +  48394510 TTTTTCATTCTGATAATTGGTTGAATGCTATGGTCAAAAATTGTAAAGCCATATTCAGTTTTAGGGAAAAGCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16687835 75 +  46489110 TTTTTCATTCTGATAATTGGTTGAATGCTATGGTCAAAAATTGTAAAGCCATATTCAGTTTTAGGGAAAAGCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=444023.000000
s hg19.chr21     17961273 24 +  48129895 GACTTAGATCTAAGGGCTGTTTTA
s rheMac2.chr3  166103781 24 - 196418989 GACTTAGATCTAAGGGCTGTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16301000 24 +  48394510 GACTTCGATCTAAGGGCTGTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16687910 24 +  46489110 GACTTAGATCTAAGGGCGGTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=122343.000000
s hg19.chr21     17961297 40 +  48129895 TTTTTTCGCTTTTTGTGAGTGCTGCTTTTTTGTTTTTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166103805 40 - 196418989 TTTTTTCGCTTTTTGTGAGTGCTGCTTTTTTGTTTTTTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=715124.000000
s hg19.chr21     17961337 55 +  48129895 GTTTTTGTTTTTTAACTATTTATTTTAAGCCATAAGTGATTCAGTATGGGAAATC
s panTro2.chr21  16687974 55 +  46489110 GTTTTTGTTTTTTAACTATTTATTTTAAGCCATAAGTGATTCAGTATGGGAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16301064 55 +  48394510 GTTTTTGTTTTTTAACTATTTATTTTAAGCCATAAGTGATTCAGTATGGGAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166103845 55 - 196418989 GTTTTTGTTTTTTAACTATTTATTTTAAGCCATAAGTGATTCAGTATGGGAAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1320332.000000
s hg19.chr21     17961392 48 +  48129895 AAATGATAAACAGAAAGAGATCTTATATAATGATGCATTACATCATGG
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i rheMac2.chr3  C 0 M 407
s ponAbe2.chr21  16301119 48 +  48394510 AAATGATAAACAGAAAGAGATCTTATATAATGATGCATTACATCATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16688029 48 +  46489110 AAATGATAAACAGAAAGAGATCTTATATAATGATGCATTACATCATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=913382.000000
s hg19.chr21     17961440  46 +  48129895 AGCAGAATATTTAAAGTCTTACAAGGCAGAGTAAAGATCTGGACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16301167  46 +  48394510 AGCAGAATATTTAAAGTCTTACAAGGCAGAGTAAAGATCTGGACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166103948 407 - 196418989 M

a score=2724637.000000
s hg19.chr21     17961486 114 +  48129895 GGGGTGGGGGGTGGTGGTTGGAAAGGGGTGTGGTACTAGGGTGGAGGAGGGGGGCCAATTACCAAATATTTTGTGCAGTATAGCTTTCCTTGCAGCTTACTTGGAAATGGATGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16688123 114 +  46489110 GGGGTGGGGGGTGGTGGTTGGAAAGGGGTGTGGTACTAGGGTGGAGGAGGGGGGCCAGTTAGCAAATATTTTGTGCAGTATAGCTTTCCTTGCAGCTTACTTGGAAATGGATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166103948 407 - 196418989 M

a score=3009364.000000
s hg19.chr21     17961600 132 +  48129895 TTCACCTGTTCTACAGGAAAACATTCTAATTCTTTCCATTTTTTTTTTTTTCCTCCTCTTTTCCCTTTTAAGATCAACCACCTCAGAAGAGCCAGATTCCACTTCTGTGGCCAGGACTTTTACATTATGGCT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16688237 130 +  46489110 TTCACCTGTTCTACAGGAAAACATTCTAATTCTTTCCATTTTTTTTTTT--CCTCCTCTTTTCCCTTTTAAGATCAACCACCTCAGAAGAGCCAGATTCCACTTCTGTGGCCAGGACTTTTATATTATGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166103948 407 - 196418989 M

a score=3699097.000000
s hg19.chr21     17961732 137 +  48129895 GGTCCGATTGTTTTACCCTGCGTTCTATGCTACTAAACCTTGGATCATTCCTAAAGTACAAATTCTGTTCTCGAACCACAAACAAGGCTAAAAGATCGGAGGAAATTCAGTGAATATACAGGATTGGGGTTGTGTAT
s ponAbe2.chr21  16301455 137 +  48394510 GGTCCGATTGTTTTACCCTGCGTTCTATGCTACTAAACCTTGGATCATTCCTAAAGTACAAATTCTGTTCTCGAACCACAAACAAGGCTAAAAGATCGGAGGAAATTCAGTGAATATACAGGATTGGGGTTGTGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16688367 137 +  46489110 GGTCCGATTGTTTTACCCTGCGTTCTATGCTACTAAACCTTGGATCATTCCTAAAGTACAAATTCTGTTCTCGAACCACAAACAAGGCTAAAAGATCGGAGGAAATTCAGTGAATATACAGGATTGGGGTTGTGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166103948 407 - 196418989 M

a score=1477472.000000
s hg19.chr21     17961869 82 +  48129895 TTTTAAAAGTATTGAGCTTTATAAT---GTAATTATTCAAGAAATAGAATCATGGTTTTTTTATGATGTTGCCAGCATTTTAAAT
s panTro2.chr21  16688504 85 +  46489110 TTTTAAAAGTATTGAGCTTTATAATAATGTAATTATTCAAGAAATAGAATCATGGTTTTTTTATGATGTTGCCAGCATTTTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16301592 82 +  48394510 TTTTAAAAGTATTGAGCTTTATAAT---GTAATTATTCAAGAAATAGAATCATGGTTTTTTTATGATGTTGCCAGCATTTTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166104356 82 - 196418989 TTTTTAAAGTATTGAGCTTTATAAT---GTAATTATTCAAGGAATAGAATCATGGTTTTTTTATGATGTTGCCAGCATTTTAAAT
i rheMac2.chr3  M 407 C 0

a score=2832642.000000
s hg19.chr21     17961951 126 +  48129895 TACATGTTTATTAAGTGGCATTGCTCAAATAACTACAGAGTATGCGTGGAAATATTTGCTGTCTGAATAGTTTGGAGATTCAAAGAGAAAAATCAAGCTTCAGAGGTATTAAATTATGACATGCAG
s panTro2.chr21  16688589 126 +  46489110 TACATGTTTATTAAGTGGCATTGCTCAAATAACTACAGAGTATGCGTGGAAATATTTGCTGTCTGAATAGTTTGGAGATTCAAAGAGAAAAATCAAGCTTCAGAGGTATTAAATTATGACATGCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16301674 126 +  48394510 TACATGTTTATTAAGTGACATTGCTCAAATAACTACAGAGTGTGCGTGGAAATATTTGCTGTCTGAATAGTTTGGAGATTCAAAGAGAAAAATCAAGCTTCAGAGGTATTAAATTATGACATGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166104438 126 - 196418989 TACATGTTTATCAAGTGGCATTGCTCAAATAACTACAGAGTATGCGTGGAAATATTTGCTGTCTGAATAGTTTGGAGATTCAAAGAGAAAAATCAAGCTTCAGAGGTATTAAATTATGACATGCAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=815957.000000
s hg19.chr21     17962077 34 +  48129895 AAAAGTTTTTGTTTTGTTCTTAACTGCAACGGTA
s rheMac2.chr3  166104564 34 - 196418989 AAAAGTTTTTGTTTTGTTCTTAACTGCAACGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16301800 34 +  48394510 AAAAGTTTTTGTTTTGTTCTTAACTGCAACGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16688715 34 +  46489110 AAAAGTTTTTGTTTTGTTCTTAACTGCAACGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=293979.000000
s hg19.chr21     17962111 19 +  48129895 TATATTTAAATCCGATTTA
s rheMac2.chr3  166104598 19 - 196418989 TATATTTGAATCCGATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16301834 19 +  48394510 TATATTTAAATCCGATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16688749 19 +  46489110 TATATTTAAATCCGATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4189880.000000
s hg19.chr21     17962130 150 +  48129895 AAGTATTATATGTCCTGGGCCCACCTTACCAGTTGTGCTGTATAGCAGTGTAATGGGAAGCAAAATTTCAATTAGGGTCCCATTAACTGGCATATAATCCTTCTTTAATGTAATAGAGGCTATGGTGTTGCTGTACAAATCTGCTAGAAG
s rheMac2.chr3  166104617 150 - 196418989 AAGTGTTATATGTCCTGGGCCCACCTTACCAGTTGTGCTGTATAGCAGTGTAATGAGAAGCAAAATTTCAATTAGGGTCCCATTAACTGGCATATAATCCTTCTTTAATGTAATAGAGGCTATGGTGTTGCTGTACAAATCTGCTAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16301853 150 +  48394510 AAGTATTATATGTCCTGGGCCCACCTTACCAGTTGTGCTGTATAGCAGTGTAACGAGAAGCAAAATTTCAATTAGGGTCCCATTAACTGGCATATAATCCTTCTTTAATGTAATAGAGGCTATGGTGTTGCTGTACAAATCTGCTAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16688768 150 +  46489110 AAGTATTATATGTCCTGGGCCCACCTTACCAGTTGTGCTGTATAACAGTGTAATGAGAAGCAAAATTTCAATTAGGGTCCCATTAACTGGCATATAATCCTTCTTTAATGTAATAGAGGCTATGGTGTTGCTGTACAAATCTGCTAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1755335.000000
s hg19.chr21     17962280 65 +  48129895 CAGATTTTAACCCATGTTTAGTCTCTTTCTTTGGATCTAATGGAATGACTCTTAACTGTTCATTG
s panTro2.chr21  16688918 65 +  46489110 CAGATTTTAACCCATGTTTAGTCTCTTTCTTTGGATCTAATGGAATGACTCTTAACTGTTCATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302003 65 +  48394510 CAGATTTTAACCCATGTTTAGTCTCTTTCTTTGGATCTAATGGAATGACTCTTAACTGTTCATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166104767 65 - 196418989 CAGATTTTAACCCATGTTTAGTCTCTTTCTATGGATCTAATGGAATGACTCTTACGTGTTCATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1331427.000000
s hg19.chr21     17962345 62 +  48129895 TCTGCATTGTTTCTCATATTCTTCATTATTTTAAGGTCTGGAATTAGTCTATAAATGGTCGT
s rheMac2.chr3  166104832 62 - 196418989 TCTGCCTTGTTTCTCATATTCTTCATTATTTTAAGGTCTGGACTTAGTCTATAAACGGTCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302068 62 +  48394510 TCTGCATTGTTTCTCATATTCTTCATTAGTTTAAAGTCTGGAATTAGTCTATAAATGGTCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16688983 62 +  46489110 TCTGCATTGTTTCTCATATTCTTCATTATTTTAAGGTCTGGAATTAGTCTATAAATGGTCGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=588823.000000
s hg19.chr21     17962407 58 +  48129895 CGTGATTACTCAGCTCATCCTAACTTTTATATATCATATATATTTCTACTGAAGTATT
s rheMac2.chr3  166104894 58 - 196418989 CGTGATTACTCAGCTCATCCTAACTTTTATATATCATATATATTTCTGCTTATGTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302130 58 +  48394510 CGTGGTTACTCAGCTCATCCTAACTTTTATATATCATATATATTTCTACTTACGTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16689045 58 +  46489110 CGTGATTACTCAGCTCATCCTAACTTTTATATATCATATATATTTCTACTGAAGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1584413.000000
s hg19.chr21     17962465 80 +  48129895 TTAAATAGTATTTAGAGGTAAAAGTCTAAGTGAACCCAACTGTAATTTCTAAGCTATCCTTATTTCTGGAAGAAGAATTC
s rheMac2.chr3  166104952 80 - 196418989 TTAAATAGTATGTAGAGGTAAAAGCCTAAGTGAACCCAGCTGTAATTTCTAAGCTATCCTTATTTCTGGAAGAAGAATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302188 80 +  48394510 TTAAATAGTATTTAGAGGTAAAAGCCTAAGTGAACCCAACTGTAATTTCTAAGCTATCCTTATTTCTGGAAGAAGAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16689103 80 +  46489110 TTAAATAGTATTTACAGGTAAAAGTCTAAGTGAACCCAACTGTAATTTCTAAGCTATCCTTATTTCTGGAAGAAGAATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=7722665.000000
s hg19.chr21     17962545 153 +  48129895 TACCGCATCAAACCAGACTTTTCCTAGTCCCTGAGACCCTAACTTGTGAGGTATTTTAGTAACATCACAAGTCAGGCTCTTGGGACCTAGGCGGAGGGGAACCAGCAGCTTTGGACCTTATTGATTGTCTGCAGTTACCACCAGAACAAAAGA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105032 153 - 196418989 TCCTGCATCAAACCAGACTTTTCCTAGTCCCTGAGACCCTAACTTGTGAGGTATTTTAGTAACATCACAAGTCAGGCTCTTGGGACCTAGGCGGAGGGGAACCAGCAGCTTTGGACCTTACTGATTGTCTGCAGTTACCACCAGAACAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1523384.000000
s hg19.chr21     17962698 48 +  48129895 ACATACATAGATTCTGCCTAGGAGAAAAGAACAATGCTTTTCTTTATC
s panTro2.chr21  16689336 48 +  46489110 ACATACATAGATTCTGCCTAGGAGAAAAGAACAATGCTTTTCTTTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302421 48 +  48394510 ACATACATAGATTCTGCCTAGGAGAAAAGAACAATGCTTTTCTTTATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105185 48 - 196418989 ACATACATAGATTCTGCCTAGGAGAAAAGAACAATGCTTTTCCTTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1803884.000000
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s panTro2.chr21  16689384 78 +  46489110 ATCAGCAATGTTTTCACCATGACCCACCCCCAAAAATACTATTGTCAGAAACTGTACTCTAAAGTGATTACACAGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302469 78 +  48394510 ATCAGCAATGTTTTCACCATGACCCACCCCCAAAAATACTATTGTCAGAAACTGTACTCTAAAGTGATTACACAGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105233 78 - 196418989 ATCAGTAATGTTTTCACCACGACCCAACCCCAAAAATACTATTGTCAGAAACTGTACTCTAAAGTGACTACACAGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=343811.000000
s hg19.chr21     17962824 22 +  48129895 CACTGAAATAGCGTTTGTATTA
s panTro2.chr21  16689462 22 +  46489110 CACTGAAATGGCGTTTGTATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302547 22 +  48394510 CACTGAAATAGCGTTTGTATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105311 22 - 196418989 CACTGAAATAGCATTTGTATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1041521.000000
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s panTro2.chr21  16689484 72 +  46489110 TAACGATCATACAAAAGCAATATAAGAAACCTGTGTAAGAAGCAAAATTAAAATATAAGTGTTTTAAAATGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302569 72 +  48394510 TAACGATCATACAAAAGCAATATAAGAAACCTGTGTAAGAAGCAAAATTAAAATATAAGTGTTTTAAAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105333 72 - 196418989 TAACGATCATACAAAAGCAATATAAGAAACCTGTGTAAGAAGCAAAATTAAAATATCAGTGTTCTAATATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=611958.000000
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s panTro2.chr21  16689556 67 +  46489110 TCCTTTTGGTGCATTTTAAGGTGGCTAGTATAAGAGGGTATCTCTTCAGTTAATGAAGAGAGGGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302641 65 +  48394510 TTCTTTTGGTGCATTTTAAGGTGGCTAGTATAAGAGGATATCTCTTCAGTTAATGAAGAGAGGGG--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105405 67 - 196418989 TTCTTTTCGTGCATTTTATGGTGGCTAGTATAAGAGGGTATCTCTTCAGTTAATGAAGAGAGGGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17962985 94 +  48129895 TATATTTATAA--CTTTTCATATGCATTGAAATATATACATTAGCTACTTAAATAAATCCTGTATGCCTCCATATAACTATGGCTCAGACTATGTC
s panTro2.chr21  16689623 94 +  46489110 TATATTTATAA--CTTGTCATATGCATTGAAATATATACATTAGCTACTTAAATAAATCCTGTATGCCTCCATATAACTATGGCTCAGACTATGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302706 95 +  48394510 -ATATTTATAACTCTTTTCATATGCATTGAAATATATACATTAGCTACTTAAATAAATCCTGTATGTCTCCATATAACTATGGCTCAGACTATGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105472 96 - 196418989 TATATTTATAACTTCTTTCATATGCATTGAAATATATACATTAGCTACTTAAATAAATCCTGTATGTCTCCATATAACTATGGCTTAGACTATGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3151590.000000
s hg19.chr21     17963079 210 +  48129895 ATATACAGCTATAAGCATGCTTGAGGCCTAGAAATAACATGATTTACAATCTTCTTTATTGACCCTATTAGATTTTACTACCGATTTAAGAAGAATGCTGTTTTATACTTTGTATTTATTGCCAGGGCTTTTCTGAGTCTTCTATCCAACCAACATACTTTATATGTCTTAACAATTCTAACAATTATTTTGTTACGAGAGTCCAAGAGT
s panTro2.chr21  16689717 210 +  46489110 ATATACAGCTATAATCATGCTTGAGGCCTAGAAATAACATGATTTACAATCTTCTTTATTGACCCTATTAGATTTTACTACCGATTTAAGAAGAATGCTGTTTTATACTTTGTATTTATTGCCAGGGCTTTTCTGAGTCTTCTATCCAACCAACATACTTTATATGTCTTAACAATTCTAACAATTATTTTGTTACGAGAGTCCAAGAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16302801 210 +  48394510 ATATACAGTTATAATCATGCTTGAGGCCTAGAAATAACATGATTTACAATCTTCTTTATTGACCCTATTAGATTTTACTACCGATTTAAGAAGAATGCTGTTTTATACTTTGTATTTATTGCCAGGGCTTTTCTGAGTCTTCTATCCAAACAACATACTTTATATGTCTTAAAAATTCTAACAATTATTTTGTTACGAGAGTCCAAGAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105568 209 - 196418989 ATACACAGCTATAATCATGCTTGAGGCCTAGAAATAACATGATTTACAATCTTCTTTATTGACCCTATTAGATTTTACTACCGATTTAAGAAGAATGCTGTTTTATACTTTGTATTTATTGCCAGTGC-TTTCTGAGTCTTCTATCCAAACAACATACTTTATATGTCTTAACAACTCTAACAATTCTTTTGTTACGAGAGTCCAAGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=59963.000000
s hg19.chr21     17963289 43 +  48129895 GAAAGTTTCACCAATAATCTGGGAAAATATGTCTTTTT-AAAAT
s panTro2.chr21  16689927 43 +  46489110 GAAAGTTTCACCAATAATCTGGGAAAATATGTCTTTTT-AAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303011 43 +  48394510 GAAAGTTTCACCAATAATCTGGGAAAATATGTCTTTTT-AAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105777 44 - 196418989 GAAAGTTTCATTAATAAATTGGGAAAATATGTCTCTTTAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=370069.000000
s hg19.chr21     17963332 25 +  48129895 TTTTTACAGTTTACTGTGTACATAT
s panTro2.chr21  16689970 25 +  46489110 TTTTTACAGTTTACTGTGTACATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303054 25 +  48394510 TTTTTACAGTTTACTGTGTACATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105821 25 - 196418989 TTTCTACAGTTTACTGTGTACATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2238664.000000
s hg19.chr21     17963357 205 +  48129895 CATGGGCCTACGTGAGATAAAACAGTAAACGCCACCTATGAAGTCAAACTGCTTTGACTAGCAACTGCATATGAACTGCATAGTTTTAGTTTTATAAGAATTTTAGCTTTATCGGAGGTAACTATTCCAACCATAAGTAATATGTCATATTTGAAAGTTTAATAGCCATTGCCACATCAGATATGTCTTTCTTGGAGATAGAATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303079 205 +  48394510 CATGGGCCTACGTGAGATAAAACAGTAAACGCCACCTATGAAGTCAAACTGCTTTGACTAGCAACTGCATATGAACTGCATAGTTTTAGTTTTATAAGAATTTTAGTTTTATCAGAGGTAACTATTCCAACCATAAGTAATATGTCATATTTGAAAGTTTAATAGCCATTGCCACATCAGATATGTCTTTCTTGGAGATAGAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166105846 205 - 196418989 CATGGGCCTATGTGAGATAAAACAGTAAATGCCACCTATGAAGTCAAACTGCTTTGACTAGCAACTGCATATGAACTGCATAGTTTTAGTTTTATAAGAATTTTAGTTTTATCAGAGGTAACTCTTCCAACCATAAGTAATATGTCATATTTGAAAGTTTAATAGCCATTGCCACAACAGATATGTCTTCATTGGAGATAGAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17963562 27 +  48129895 AGTATGCTAAATCTATTTAAAAATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17963589 34 +  48129895 ACAATAATGTTACAAATATCAAGATTCAAAATGG
s panTro2.chr21  16690227 34 +  46489110 ACAATAATGTTACAAATATCAAGATTCAAAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303311 34 +  48394510 ACAATAATGTTACAAATATGAAGATTCAAAATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166106078 34 - 196418989 aCAATAACGTTACGAATATCAAGATTCAAAATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2086402.000000
s hg19.chr21     17963623 176 +  48129895 AGATGACAGACTTTCCTTAATAGAAGCAACAAAGTGGCTTCATTCTTTTAACTATTGCCTTAGATGGGTGCCATAAATTATGTGTCTTCTGCATTGTTAAAATAAATTTATGAATGTATTTTAGAATACTGTACGGAGTCTTTGTTCATCTTTTTAAAAATTTCTTATAATACCTA
s panTro2.chr21  16690261 176 +  46489110 AGATGACAGACTTTCCTTAATAGAAGCAACAAAGTGGCTTCATTCTTTTAACTATTGCCTTAGATGGGTGCCATAAATTATGTGTCTTCTGCATTGTTAAAATAAATTTATGAATGTATTTTAGAATACTGTATGGAGTCTTTGTTCATCTTTTTTAAAATTTCTTATAATACCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303345 175 +  48394510 AGATGACAGACTTTCCTTAATAGAAGCAACAAAGTGGCTTCATTCTTTTAACTATTGCCTTAGATGGGTGCCATAAATTATGTGTCTTCTGCATTGTTAAAATAAATTTATGAATGTA-TTTAGAATACTGTATGGAGTCTTTGTTCACCTTTTTAAAAATTTCTTATAATACCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166106112 176 - 196418989 AGATGACAGACTTTCCATAATAGAAGCAACAAAGTGGCTTCATTCTTTCAACTATTGCCTTAGATGGGTGCCATAAATTATGTGTCTTCTGCATTGCTAAAATAAATTTATGAATGTATTTTAGAATACTGTATGGAGTCTTTGTTCATCtttttaaaaattttttataataCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=374423.000000
s hg19.chr21     17963799 77 +  48129895 CTTGAAATATTACAGAATACAAATCATCTATTAGTCATAGTTATTAAAAATTACTATAACAATATCATAAACATACA
s panTro2.chr21  16690437 77 +  46489110 CTTGAAATATTACAGAATACAAATCATCTATTAGTCATAGTTATTAAAAATTACTATAACAATATCATAAACATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303520 77 +  48394510 CTTGAAATATTACAGAATACAAATCATCTATTAGTCATAGTTATTAAAAATTAATATAACAATATCATAAACATATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303597 204 +  48394510 CATCTATATAAAGCATGCAGAATATGTTTAAGCATGTATGCACACTGTACCTATTCAGATTCTTTATTATTTATATCATCTACTTCATTTATCTAGAAGTTCTGAAATTTTAGGTGTGTGTATGTGTGTGTATAAATATAAGTTTTAAAGCTCCAAATGAAAGGAGGTAATATAAACAGTAAAGAGTTTTGGTAGTATTTATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166106363 201 - 196418989 CATCTGTACAAAGCATGCAGAATATGTTTAAGCATGTATGCACACTGTACCTATTCAGATCCT---TTATTTATATCATCTAGTTCATTTATCTAGAAGTTCTGAAATTTTAGGTGTGTGTATGTGTATGTATAAATATAAGGTTTAAAGCTACAAATGAAAGGAGGTAATATAAACAGTAAAGAGTTTTGGTAGTATTTATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=487559.000000
s hg19.chr21     17964077 42 +  48129895 TTTATTTCTTTTGACCTCATTCTCATTGGAATTGAGTATTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166106564 42 - 196418989 CTTATTTCTTTTGACCTGATTCTCATTGGAATTGAGTACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=319128.000000
s hg19.chr21     17964119 33 +  48129895 TTAAAACCATAAGTTTCTTAATACAAAGAAATC
s panTro2.chr21  16690757 33 +  46489110 TTAAAACCATAAGTTTCTTAATACAAAGAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303843 33 +  48394510 TTAAAACCGTAAGTTTCTTAATACAAAGAAATC
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a score=1648703.000000
s hg19.chr21     17964152 135 +  48129895 TATGTATGTGTGTCTACATGTACACAGAAGCTTGATTACATTTAATAGCAATGTTCACACAATGGATCTGAAAGTACTTCTTGTAAAAAAGAATATCACATACAAGTATGTGTTTACTAACATCTGTTTTAACAT
s rheMac2.chr3  166106639 135 - 196418989 TATGTATGTGTGTCTACATGTACACAGAAACTTGATTACATTTAATAGCAATGTTCACACAATGGATCTGAAAGTACTTCTTATATAAAAGAATATCACATACAAGTATGTGTTTACTGACACCTGTTTTAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16303876 132 +  48394510 TATGTATGTGTGTCTACATGTACATGGAAGCTTGATTACATTTAATAGCAATGTTCACACAATGGGTCTGAAAGTA---CTTGTAAAAAAGAATATCACATACAAGTATGTGTTTACTGACACCTGTTTTAACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16690790 135 +  46489110 TATGTATGTGTGTCTACATGTACACGGAAGCTTGATTACATTTAATAGCAATGTTCACACAATGGATCTGAAAGTACTTCTTGTAAAAAAGAATATCACATACAAGTATGTGTTTACTGACATCTGTTTTAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1079839.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304008 100 +  48394510 GATCATAAATAATATCTATAAGAGGTTCCATCAAGTTAGTTCCAAAACAATGTAAGGGGTAGATGTTTATTGGCTATAGTGATATCAGATATAGGTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166106774 100 - 196418989 GATCATAAATAACATCTATAAGAGGTTCCATCAAGTTAGTTCCAAAACAGTGTAAGGGGTAGATGTTTATTGGCTATAGTGATATCAGATATAGGTTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=318289.000000
s hg19.chr21     17964387 72 +  48129895 CAAACGTGAAAATTTTTTAATGTTATCATATTCATGAACCACAC--TATATATTAACTTCTGTCTCATAAAAGA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304108 74 +  48394510 CAAACATGAAAATTTTTTAATGTTATCATATTCATGAACCACACTATATATATTAACTTCTGTCTCATAAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691025 72 +  46489110 CAAACGTGAAAAGTTTTTAATGTTATCATATTCATGAACCACAC--TATATATTAACTTCTGTCTCATAAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-76145.000000
s hg19.chr21     17964459 143 +  48129895 AATATACCAAAACTGAATTGAGAATGCAGTCATGTTTGTTCATTTTCACCATAAACATATAAAATG-TTTTTTACTGATAATCCTGCACAATTGGAACTTCTCTATGTAACCCTCCTATATGAACAGTCTTTCAAGAGCGTCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304182 143 +  48394510 AATATACCAAAACTGAATTGAGAATGCAGTGATGTTTGTTCATTTTCACCATAAACATATAAAATG-TTTTTTACTGATAATCCTGCACAATTGGAACTTCTCTATGTAAGCCTCCTATATGAACAGTCTTTTGAGAGCATCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166106946 143 - 196418989 AATATACCAAAGCTGAATTGAGAATGCAGTGATGTTTGTTCATTTTCACCATAAACATATAAAATGTTTTTTTACTGATCATCCTGCACGAATGGAACTTCTCTATGTAACCCTCCTATGTGAACTGTCTTTTGAGAGCCTCA-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1669284.000000
s hg19.chr21     17964602 101 +  48129895 TGACAAAGCTTTTCTTTTACTTCATAAAGGTGTATATAGATTTAAGTGGGTGACTTTGCTTATGTAGGCTACTTTATGCTGTATGTGCATAGACAGATGCC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166107089 101 - 196418989 TGATAAAGCTTTTCTCTTACTTCATAAAGGTGTGTGTAGATTTAAGTGGGTGACTTTGTATCTATAAGCCACTTTATGCGGTATGTGCATAGACAGATGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=780867.000000
s hg19.chr21     17964703 36 +  48129895 ACTTTTTCTGCATTTCTATCTCAGCTGTCACAGGAT
s rheMac2.chr3  166107190 36 - 196418989 ACTTTTTCTGCATTTCTGTCTCAGCTGTCACAGGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304426 36 +  48394510 ACTTTTTCTGCATTTCTATCTCAGCTGTCACAGGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691341 36 +  46489110 ACTTTTTCTGCATTTCTATCTCAGCTGTCACAGGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=381127.000000
s hg19.chr21     17964739 22 +  48129895 AATATTGTTTTAGGGCTTTATG
s panTro2.chr21  16691377 22 +  46489110 AATATTGTTTTAGGGCTTTATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166107226 22 - 196418989 AATATTGTTTTAGGGCTTTATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1924300.000000
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s rheMac2.chr3  166107248 66 - 196418989 ATATGATTTGGAAAATCAGATCATACTAAGCTTAAAATAAAAAGGAGAGATCTACAACAAAGAGCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304484 66 +  48394510 ATATGATTTGGAAAATCAGATCATACTAAGCTTAAAATAAAAAGGAGAGATCTACAACAAAGAGCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691399 66 +  46489110 ATATGATTTGGAAAATCAGATCATACTAAGCTTAAAATAAAAAGGAGAGATCTACAACAAAGAGCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1106207.000000
s hg19.chr21     17964827 31 +  48129895 AGAAAATGATGTGTGTTGCATGCAAAAAAAA
s rheMac2.chr3  166107314 31 - 196418989 AGAAAATGATGTGTGTTGCATACAAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691465 31 +  46489110 AGAAAATGATGTGTGTTGCATGCAAAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 I 2

a score=4219913.000000
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s rheMac2.chr3  166107346 98 - 196418989 CAGTGATATTAACAATTCGATGGCTTCCTGGTTGGGAGACCAGCCTGAGCCAGACGCATATATTAAGGGCTGTCTGCTGCCGATGTGAGCTTGCTCAA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  16304581 98 +  48394510 CAGTGATATTAACAATTCGATAGCTTCCTGGTTGGGAGACCAGCCTGAGCCAGACGCATATATTAAGGGGTGTCTGCTGCCGATGTGAGCTTGCTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691498 98 +  46489110 CAGTGATATTAACAATTCGATGGCTTCCTGGTTGGGAGACCAGCCTGAGCCAGACGCATATATTAAGGGCTGTCTGCTGCCGATGTGAGCTTGCTCAA
i panTro2.chr21 I 2 C 0

a score=3907027.000000
s hg19.chr21     17964956 104 +  48129895 TGCGGTGGAAATGAGGAATCATCTCCTTTCTGACACCAGCTTATTTGTACATTTTAATTTTGAAATAGCCAATCACTGTTTTACATAAATATACTAACCCCTGC
s rheMac2.chr3  166107444 104 - 196418989 TGCGGTGGAAATGAGGAATCATCTCCTTTCTGACACCAGCTTATTTGTACGTTTTAATTTCTAAATAGCCAATCACTGTTTTACATAAATATACTAACCCCTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304679 104 +  48394510 TGCGGTGGAAATGAGGAATCATCTCCTTTCCGACACCAGCTTATTTGTACATTTTAATTTTGAAATAGCCAATCACCGTTTTACATAAATATACTAACCCCTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691596 104 +  46489110 TGCGGTGGAAATGAGGAATCATCTCCTTTCTGACACCAGCTTATTTGTACATTTTAATTTTGAAATAGCCAATCACTGTTTTACATAAATATACTAACCCCTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=195286.000000
s hg19.chr21     17965060 16 +  48129895 CTGATTCATTTTCTTT
s rheMac2.chr3  166107548 16 - 196418989 CTGATTCATTTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304783 16 +  48394510 CTGATTCATTTTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691700 16 +  46489110 CTGATTCATTTTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=852682.000000
s hg19.chr21     17965076 44 +  48129895 CCCATATTGTTTGTTAATTTACTGTGAACTTCAAGTTCC-TTTTT
s rheMac2.chr3  166107564 44 - 196418989 CCCATGTTGTTCGTTCATTTACTGTGAACTTCAAGTTCC-TTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304799 45 +  48394510 CCCATATTGTTTGTTAATTTACTGTGAACTTCAAGTTCCTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691716 44 +  46489110 CCCATATTGTTTGTTAATTTACTGTGAACTTCAAGTTCC-TTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17965120 35 +  48129895 TTGGC--AAAAAAAATCATCATTCAACTTCAACATCT
s panTro2.chr21  16691760 35 +  46489110 TTGGC--AAAAAAAATCATCATTCAACTTCAACATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304844 37 +  48394510 TTGGCAAAAAAAAAATCATCATTCAACTTCAACATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166107608 33 - 196418989 TTAGC--AAAAAAAA--AAAAATCAACTTCAACATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=418757.000000
s hg19.chr21     17965155 26 +  48129895 ACCAAAGACCAATGAAGTATTAGCTT
s rheMac2.chr3  166107641 26 - 196418989 ACCAAAGACCAATGAAGTATTAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304881 26 +  48394510 ACCAAAGACCAATGAAGTATTAGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691795 26 +  46489110 ACCAAAGACCAATGAAGTATTAGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1109444.000000
s hg19.chr21     17965181 55 +  48129895 TTCTTTTGTCTCTTTTGTATTGCTCTGATAATATTGTGATATTCATGCTTTTAAC
s rheMac2.chr3  166107667 55 - 196418989 TTCTTTTGTCTTTTCTGTATTGCTCTGCTCATATTGTGATACTCATGCTTTGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16304907 55 +  48394510 TTCTTTTGTCTCTTTTGTATTGCTCGGATAATATTGTGATACTCATGCTTTTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166107722 47 - 196418989 TTTTAATCTCTGTAAGGAAAACATCAGTTTTCAAAAATAGCATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1207368.000000
s hg19.chr21     17965283 49 +  48129895 TAAAGCCTTTTAGGATCCATCAAGGAAGCCACTCTGGAATTTTGCCAAA
s rheMac2.chr3  166107769 49 - 196418989 TAAAGGCTTTTAGGATCCATCAAGGAAGCCACTCTGGAATTTTGCCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166107818 36 - 196418989 TCTAAATATGATTATATTTCATTTCAGGGTTCATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16691972 36 +  46489110 TCTAAATATGATTATATTTCATTTCAGGGTTCATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1475478.000000
s hg19.chr21     17965368 55 +  48129895 GATCAATATCTTTTTCAGTATAAAAGTCCCAAACACTTTAGTATTCCAGTGGAGC
s panTro2.chr21  16692008 55 +  46489110 GATCAATATCTTTTTCAGTATAAAAGTCCCAAACAGTTTAGTATTCCAGTGGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305094 55 +  48394510 GATCAATATCTTTTTCAGTATAAAAGCCCCAAACACTTTAGTATTCCAGTGGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166107854 55 - 196418989 GATCAATATCTTTTTCAGTATAAAAGTCCCAAACACTTTAGTATTCCAGTGGAAC
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a score=1127913.000000
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s panTro2.chr21  16692063 71 +  46489110 TACAGAAGAGGTGTAGAGATATTCTTAAATCATTTAAGCATTAGGCTACATTAATAGTGTCTTGAAGAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305149 71 +  48394510 TACAGAAGAGGTGTAGAGATATTCTTAAATCATTTAAGCATTAGGCTACATTACTAGTGTCTTGAAGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166107909 71 - 196418989 TACAGAATAGGTGTAGAGATATTCTGAAATCATTTAAGCATTAGGCTACATTAATAATATCTTGAAGAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1721702.000000
s hg19.chr21     17965494 53 +  48129895 ATAAGTATCTCAGGAGAATTATAGTACAAGTTAATTACTAATGAAATTAGAAA
s rheMac2.chr3  166107980 53 - 196418989 ATAAGTATCTCAGGAGAATTACAGTACCAGTTAATTACTAATGAAATTAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305220 53 +  48394510 ATAAGTATCTCAGGAGAATTATAGTACAAGTTAATTACTAATGAAATTAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16692134 53 +  46489110 ATAAGTATCTCAGGAGAATTATAGCACAAGTTAATTACTAATGAAATTAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=593830.000000
s hg19.chr21     17965547 31 +  48129895 GGGTATGTTCTGCCTTAAACTCCTCTTCAAA
s panTro2.chr21  16692187 31 +  46489110 GGGTATGTTCTGCCTTAAACTCCTCTTCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305273 31 +  48394510 GGGTATGTTCTGCCTTAAACTCCTCTTCAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166108033 30 - 196418989 GGG-ATGTTCTGCCTTAAACTCCTCTTCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1124753.000000
s hg19.chr21     17965578 65 +  48129895 TGGACAGGCTGGTACATGTGCCTAGGCTTGGTCTAATACACCTTAAATATATAAACGGTTTTACA
s panTro2.chr21  16692218 65 +  46489110 TGGACAAGCTGGTACATGTGCCTAGGCTTGGTCTAATACACCTTAAATATATAAATGGTTTTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305304 65 +  48394510 TGGGCAGGCTGGTACATGTGCCTAGGCTTGGTCTAATACACCTTAAATACATAAATGGTTTTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166108063 65 - 196418989 TGGACATGCTGGTACATGTGCCTAGGCTGGGTCTAATACACCTTAAATATGTAAACGGTCTTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17965643 94 +  48129895 AGCTGTCATGTTTGGATGAGTTTGAGAAAAGCAGTATATAAAGGGTTAGCTAACGCCCAAATTTTCTTGCCATTTACACATGCAATGCAGCCTA
s panTro2.chr21  16692283 94 +  46489110 AGCTGTCATGTTTGGATGAGTTTGAGAAAAGCAGTATATAAAGGGTTAGCTAACGCCCAAATTTTCTTGCCATTTACACATGCAATGCAGCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305369 94 +  48394510 AGCTGTCATGTTTGGATGAGTTTGAGAAAAGCAGTATATAAAGGGTTAGCTAACGCCCAAATTTTCTTGCCATTTACACATGCAATGCAGCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166108128 94 - 196418989 AGCTGTCATGTTTGGATGAGTTTGAGAAAAGCAGTATATAAAGGGTTAGCTAATGCTCAAATTTTCTTGCCATTTACACATGCAATGCAGCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3283572.000000
s hg19.chr21     17965737 104 +  48129895 CATTTCTGTAGGCAGCAAATGCAGGCATCATTTTGATTGCTTGAATTCTTTTGTTTAATTTTTTACTAGACATTTAACTTAGCACTCAAATCCCACTGATCCCT
s panTro2.chr21  16692377 104 +  46489110 CATTTCTGTAGGCAGCAAATGCAGGCATCATTTTGATTGCTTGAATTCTTTTGTTTAATTTTTTACTAGACATTTAACTTAGCACTCAAATCCCACTGATCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305463 104 +  48394510 CATTTCTGTAGGCAGCAAATGCAGGCATCATTTTGATTGCTTGAATTCTTTTGTTTAATTTTTTACTAGACATTTAACTTAGCACTCAAATCCCACTGATCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166108222 104 - 196418989 CATTTCTGTAGGCAGCAAATGCAGGCATCATTTTGATTGCCTGGATTCTTTTGTTTAATTTTTTACTAGACATTTAACTTAGCACTCAAATCCCACTGATCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1143904.000000
s hg19.chr21     17965841 53 +  48129895 TAGAGACTGCATTTGGATAAGGAAAACAAAGTTCCTAATATAGAGAAGTTT-AA
s panTro2.chr21  16692481 54 +  46489110 TAGAGACTGCATTTGGATAAGGAAAACAAAGTTCCTAATATAGAGAAGTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305567 51 +  48394510 TAGAGGCTGCATTTAGATAAGGAAAACAAAGTTCCTAATATAGAGAAGTTT---
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166108326 50 - 196418989 TAGAGACTGCATTTGGATAAGGAAAACAAAGTTCCTAATATAGATAAGTT----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=404852.000000
s hg19.chr21     17965894 39 +  48129895 AAAAAAAAAAAATCCTGGGCCCTTGTAAACATTTGAGAA
s panTro2.chr21  16692535 39 +  46489110 AAAAAAAAAAAATCCTGGGCCCTTGTAAACATTTGAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305618 37 +  48394510 --AAAACAAAAATCCTGGGCCCTTGTAAACATTTGAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166108376 38 - 196418989 -AAAAAAAAAAATCCTGGGCCATTGTAAACATTTGAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=441476.000000
s hg19.chr21     17965933 119 +  48129895 ATAGACTTTTAGTGTAGCGCTGCAAATACATATTTAGAGTGCAGAAACTTAGGTACCTTTATTATCTATCATCATCC----TGGTTTTCTTATCTTTCAGTGACCAACTATAGAGTCGGTCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305655 119 +  48394510 ATAGACTTTTAGTGTAGCTCTGCAAATACATATTTAGTGTGCAGAAACTTAGGTACCATTATTATCTATCATCATCC----TAGTTTTCTTATCTTTCAGTGACCAACTATACAGTCGGTCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166108414 123 - 196418989 ATAGACGTTTAGTGTAGCTCTGAAAATACATATTTAGTATGCAGAAACTTAGGTACCGTCATTATATATCATCATCCTATTTAGTTTTCATATCTTTCAGTGACCAACTATACAGTGAATCGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=637532.000000
s hg19.chr21     17966052 103 +  48129895 ATATTTATTTCCTATATGTCTTTATTTCTTG-AAAGGTTTAGTAAAAACAGTGTAAAAATTGACATATCTTCATAAAATGATTCACACCATTTCTTCAATGAGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16305774 103 +  48394510 ATATTTATTTCCTATATGTCTTTATTTCTTG-AAAGGTTTAGTAAAAACAGTGTAAAAATTGAGATATCTTCATAAAATGATTCACACCATTTCTTCAATGAGC
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s panTro2.chr21  16692693 103 +  46489110 ATATTTATTTCCTATATGTCTTTATTTCTTG-AAAGGTTTAGTAAAAACAGTGTAAAAATTGAGATATCTTCATAAAATGATTCACACCATTTCTTCAATGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=133484.000000
s hg19.chr21     17966155 33 +  48129895 TAGCTTCAATTTTCATTAAATGTTGCTTTTCTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-60188.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16693703 133 +  46489110 CGGGGAGGTTTCTACTTTAGACAACAGTTTTTGTTGAGGGATTACACCACAGTCAGTTCCCTCCATTTCTCCCTCTCTTCCTGGCCCCCCTCCCACCCAACATGGAGCCTTTTCAACTTCTTCAAAGAAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16306915 62 +  48394510 GAAAAAAAAGTAGACTCTTTATTAATGGCAGAAAACAAACTGACTGCTGTACTTCCGAGGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16306977 150 +  48394510 GCTCTCTAATAATAAAGCAGAGCAGGCACTGCAACAAAGAATTCTTGAATGTACTAAATATATAGGGAAGCCTATTTAAATTCACCAGAGGGGCTTAGAGGACAAGCAGCAGAAAGTTTAGAATTCAATTCAAGCCATGCCAGAAAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166109741 150 - 196418989 GCTCTCTAATAATAAAGCAGAGAATGCACAGCAACAAAGAATTCTTGAATGTACTAAATATATAGGGAAGCCTATTTAAATTCACCAGAGGGGCTCAGAGGACAGGCAGCAGAAAGTTTAGAATTCAATTCAAGCCATGCCAGAAAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2574646.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307127 80 +  48394510 AAATGTACTTAAAAAAGGATTTCTGAAACAATTG-TCAAAGAAATGTCAACTTTTAAGTTTCTTTCTAGAAGAATGAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166109891 81 - 196418989 AAATGTACTTAAAAAAGGATTTCTGAAACAATTGTTCAAAGAAATGTCAACTTTTAAGGTTCTTTCTAGAAGAATGAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1192274.000000
s hg19.chr21     17967490 59 +  48129895 TGTACTCTAATTTATGTGGTGACTTTTTCAATTAGAGAGGAAAAGTGATTAACAGAATC
s panTro2.chr21  16694129 59 +  46489110 TGTACTCTAATTTATGTGGTGACTTTTTCAATTAGAGAGGAAAAGTGATTAACAGAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307207 59 +  48394510 TGTACTCTAATTTGTGTGGTGACTTTTTCAATTAGAGAGGAAAAGTGATTAACAGAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166109972 59 - 196418989 TGTACTCTAATTTGTGTGGTGACTTTCTCAATTAGAGAGGAAAAGTAATTAACAGAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=622369.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1042589.000000
s hg19.chr21     17967583 54 +  48129895 TGTTTTCTTTCCATAGGATGTTCTCTAGTGAGGGCCACCTAGTGCACTGACTAA
s panTro2.chr21  16694222 54 +  46489110 TGTTTTCTTTCCATGGGATGTTCTCTAGTGAGGGCCACCTAGTGCACTGACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307300 54 +  48394510 TGTTTTCTTTCCATAGGATGTTCTCTAGTGAGGGCCACCTAGTGCACTGACTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=195046.000000
s hg19.chr21     17967637 25 +  48129895 AAACAACCAAATATATTTATGGGAC
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s ponAbe2.chr21  16307354 25 +  48394510 AAACAACCAAATATATTTATGGGAC
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a score=8508.000000
s hg19.chr21     17967662 32 +  48129895 AAACAGATAATGTA----TTTTTTTTTTTTTTTAGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307379 35 +  48394510 AAAGAGATAATGta-ttttttttttttttttttaGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16694301 36 +  46489110 AAAGAGATAATGtatttttttttttttttttttaGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=551017.000000
s hg19.chr21     17967694 109 +  48129895 AATTAGAC--ATAACAAATGCTCATCTTACTTTGACAGAAAAATATTCAACTT-TATATTCTTTCTAGTTCATTTTCTCACATTCAGCTCTACGATTTAAAATATTTTAATT
s panTro2.chr21  16694337 109 +  46489110 AATTAGACATATAACAAATGCTCATCTTACTTTGAAAGAAAAATATTCAACTT---TATTCTTTCTAGTTCATTTTCTCACATTCAGCTCTACGATTTAAAATATTTTAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307414 111 +  48394510 AATTAGACATATAACAAATGCTCATCTTACTTTGAAAGAAAAATATTCAACTT-TATATTCTTTCTAGTTCATTTTCTCGCATTCAGCTCTACGATTTAAAATATTTTAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110169 112 - 196418989 AATTAGACATATAACAAGTGCTCATCTTACTTTGAAAGAAAAATATTCAGCTTGTATATTCTTTCTAGGTCATCTTCTCGCATTCAGCTCTACGATTTAAAATATTTTAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=801596.000000
s hg19.chr21     17967803 87 +  48129895 GTAACTCTGAAAGAGCAATTTGCTGATAAATAATAGGACTATGTGTTTCTAAATTTAAGAGATAAAAAAGTGATCCCTACCTTATCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-202514.000000
s hg19.chr21     17967890 43 +  48129895 CTTAGTGATTGAGTCAAGAAATTATCGTTGCCCATTATTTACC
s panTro2.chr21  16694533 43 +  46489110 CTTAGTGATTGAGTCAAGAAATTATCGTTGCCCATTATTTACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307612 43 +  48394510 CTTAGTGATTGAGTCAAGAAATTATCGTTGCCCATTATTTACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110368 43 - 196418989 CTTAGTGATTGAGTCAAGAAATTATCTCTGCCCATTATTTACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=375736.000000
s hg19.chr21     17967933 48 +  48129895 TATCTATAAGACATGTGTTTCTATAAGGAATACCCACATCTATAAGAA
s panTro2.chr21  16694576 48 +  46489110 TATCTATAAGACATGTGTTTCTATAAGGAATACCCACATCTATAAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307655 48 +  48394510 TATCTATAAGACATGTGCTTCTATAAGGAATACCCACATCTATAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110411 46 - 196418989 TATTTATAAG--ATGTGCTTCTATATGGAATACCCACATCTATAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-136072.000000
s hg19.chr21     17967981 59 +  48129895 TATATATTTTATTAATCACAATGTTCA----CTTTCTTTATAAAAACTGCTTATAAAGatccc
s panTro2.chr21  16694624 59 +  46489110 TATATATTTTATTAATCACAATGTTCA----CTTTCTTTATAAAAACTGCTTATAAAGatccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307703 63 +  48394510 TATATATTTTATTAATCACAATGTTGACTTTCTTTCTTTATAAAAACTGCTTATAAAGGtccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110457 54 - 196418989 TGCATATTTTATTAATCATAATGTTGA----CTTTCTTTATGAAAACTGCTTATAAAG-----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4466.000000
s hg19.chr21     17968040 50 +  48129895 agcactttgggaggccgaggtgggcggatcacgaggtcaggagatggaga
s panTro2.chr21  16694683 50 +  46489110 agcactttgggaggccgaggtgggcggatcacgaggtcaggagatcgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307766 50 +  48394510 agcactctgggaggccgaggcaggtggatcacgaggtcaggagatcgaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166110511  0 - 196418989 C

a score=12337.000000
s hg19.chr21     17968090 53 +  48129895 ccatcctggctaacacggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaaatta
s ponAbe2.chr21  16307816 53 +  48394510 ccatcctggctaacactgtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaaatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16694733 53 +  46489110 ccatcctggctaacactgtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaaatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166110511  0 - 196418989 C

a score=33397.000000
s hg19.chr21     17968143 123 +  48129895 gccaggcgtggtggcgggtgcctgttgtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgg
s panTro2.chr21  16694786 123 +  46489110 gccaggcgtggtggcgggtgcctgtagtcgcagctacttgggaggctgaggcaggagaatggtgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16307869 123 +  48394510 gccgggcatggtggcgggtgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatggtgtgaacccgggaagcggagcttgcagtgagccgagatcacgccactgcactccagcctgg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166110511   0 - 196418989 C

a score=-7176.000000
s hg19.chr21     17968266 35 +  48129895 gcggcagagcgagactccgtctcaaaaaaaaaaaa
s ponAbe2.chr21  16307992 27 +  48394510 gcg--agagagagactctgtctc------acaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16694909 29 +  46489110 gcggcagagcgagactccgtctc------aaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166110511  0 - 196418989 C

a score=312719.000000
s hg19.chr21     17968301 89 +  48129895 aaaaaaaaaaaaaaaaCTGCTTATAAATTTTATTCAAGGCCAGTATGGTCTTGACTGATGAATGAAATTTCATACA-GGCTTTCCTTAAT
s ponAbe2.chr21  16308019 90 +  48394510 aaaaaaaaaaaaaaaCCTGCTCATAAATTTTATTCAAGGCCAGTATGGTCTTGACTGATTAATGAAATTTCATGCAGGGCTTTCCTTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16694938 89 +  46489110 aaaaacaaaaacaaaaCTGCTTATAAATTTTATTCAAGGCCAGTATGGTCTTGACTGATGAATGAAATTTCATACA-GGCTTTCCTTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110511 61 - 196418989 ----------------------------TTTATTCAAGGCCAGTATGGTCTTGACGGATGAATGAAATTTCATGCA-GGCTTTCCTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=578925.000000
s hg19.chr21     17968390 77 +  48129895 ACCTTCTTTTAGAAGTAACATAGAtattgg------aaaaaaaagatcgtttttctttgtcctcaaggattgcaagttttaaa
s ponAbe2.chr21  16308109 80 +  48394510 ATCTTATTTTAGAAGTAACATAGAtattggg---aaaaaaaaaagatcgtttttctttgtcctcaaggattgcaagttttaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16695027 77 +  46489110 ATCTTCTTTTAGAAGTAACATAGAtattgg------aaaaaaaagatcgtttttctttgtcctcaaggattgcaagttttaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110572 83 - 196418989 ATCTTCTTTTAGAAGTAACATAAATATTGGGAAAAAAAGAAAAATATCGTTTTTCTTTGTCCTCAAGGATTGCAAGTTTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=451074.000000
s hg19.chr21     17968467 45 +  48129895 gagaatggaggcttggacttgctagtgaccatctttgttgccatt
s ponAbe2.chr21  16308189 44 +  48394510 gagaat-gaggctttgacttgctagtgactatctttgtcgccatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16695104 45 +  46489110 gagaatggaggcttggacttgctagtgaccatctttgttgccatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110655 45 - 196418989 GAGAATGGAGGCTTGGACTAGCTAGTGACCATCTTTGTTGCCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=495819.000000
s hg19.chr21     17968512 52 +  48129895 gtggagagattctacctgagaatgaaacccacatggaATTCATCAGTTCCAC
s ponAbe2.chr21  16308233 50 +  48394510 gtggagagattctacctgagaatg-aacccaCAT-GAGTTCATCAGTTCAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16695149 52 +  46489110 gtggagagagtctacctgagaatgaaacccacatggaATTCATCAGTTCCGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110700 52 - 196418989 GTGGAGAGATTCTACCTGAGTTTGAAACCCACATGGAATTCGTCAGTTCCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=471243.000000
s hg19.chr21     17968564 51 +  48129895 AGTATAATTTGTCAGCTTAAAATAAGATA-TTTATTTATTAATGCATC-TATT
s ponAbe2.chr21  16308283 50 +  48394510 AGTAT-ATTTGTCAGCT--AAATAAGATATTTTATTTTATAATGCATCTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16695201 51 +  46489110 AGTATAATTTGTCAGCTTAAAATAAGATA-TTTATTTATTAATGCATC-TATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110752 51 - 196418989 AGTATAATTTGGCAGTTTAAAATAAGATA-TTTATTGATCAATTCATC-TATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-78339.000000
s hg19.chr21     17968615 16 +  48129895 CTTCCCACCCTCCCCC
s ponAbe2.chr21  16308333 16 +  48394510 CTTCCCACCCTCCCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 232
s panTro2.chr21  16695252 16 +  46489110 CTTCCCACCCTCCCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110803 16 - 196418989 CTTCCCACCCTCCCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-212059.000000
s hg19.chr21     17968631  54 +  48129895 AAGTTCTCTCTGCTGGCTCTGCCTCTCCCTCTCACCTGATATGTtctccctctt
s panTro2.chr21  16695268  54 +  46489110 AAGTTCTCTCTGCTGGCTCTGCCTCTCCCTCTCACCTGATATGTtctccctctt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110819  52 - 196418989 AAGTTCTCTCTACTGGTTCTGCCTC-CCCTCTCACCTGAtat-ttctccctctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16308349 232 +  48394510 I

a score=328036.000000
s hg19.chr21     17968685  82 +  48129895 tctttctctttctctccagtgttgacttcattctcaggtaagctttctgaatgtggtggcaaagatggccacatacaacttc
s panTro2.chr21  16695322  82 +  46489110 tctttctctttctctccagtgttgacttcattctcaggtaagctttctgaatgtggtggcaaagatggccacatacagcttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110871  82 - 196418989 tctttctatttctctccaatgctgacttcattctcaggtaagctttctgaatgtggtggcaaagatggccacatacaacttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16308349 232 +  48394510 I

a score=-19138.000000
s hg19.chr21     17968767  18 +  48129895 agacttgcatcatg---cgtc
s panTro2.chr21  16695404  18 +  46489110 agacttgcatcatg---catc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110953  21 - 196418989 agacttgcatcatgcgtcatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16308349 232 +  48394510 I

a score=160131.000000
s hg19.chr21     17968785  22 +  48129895 atcctacagcctgtgaatccag
s panTro2.chr21  16695422  22 +  46489110 atcctacagcctgcgaatccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110974  22 - 196418989 atcctacagcctgtgaatccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16308349 232 +  48394510 I

a score=-56197.000000
s hg19.chr21     17968807  22 +  48129895 gaaaaataaacaaacaaaaaga
s panTro2.chr21  16695444  22 +  46489110 gaaaaataaacaaacaaaaaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166110996  22 - 196418989 aaaaaataaacaaacaaaaaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16308349 232 +  48394510 I

a score=152734.000000
s hg19.chr21     17968829  46 +  48129895 ttctctttatgccaacatcaatttcagttgtcagaaaatcttggat
s panTro2.chr21  16695466  46 +  46489110 ttctctttatgccaacatcaatttcagttgtcagaaaatcttggat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166111018  46 - 196418989 ttctctttatgccaacatcagtgtcagttgtcagaaaatcttggat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16308349 232 +  48394510 I

a score=326933.000000
s hg19.chr21     17968875 107 +  48129895 tggctctgttttggtgacatgcccatatgtggatccacttatttgataaacaaggactactctgattggATGGCCAATGTAGGGAGGCAAAAGACGACTAGCCTATC
s panTro2.chr21  16695512 107 +  46489110 tggctctgttttggtgacatgcccatatgtggatccacttatttgataaacaaggactactctgattggATGGCCAATGTAGGGAGGCAAAAGAAGACTAGCCTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16308581 104 +  48394510 TGGCTCTGTTT--GTGACATGCCCATATGTGGATCCATTTATTTGAT-AACAAGGACTACTCTGATTGGATGGCCAATGTAGGGAGGCAAAAGAAGACTAGCCTATC
i ponAbe2.chr21 I 232 C 0
s rheMac2.chr3  166111064 107 - 196418989 tggctctgttttggtgacatgcccatatgtggatccacttatttgatgaacaaggactactctgattggATGGCCAATGTAGGGAGGCAAAAGAAGACTAGCCTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-136572.000000
s hg19.chr21     17968982 27 +  48129895 AAGGTCATGAGGAATGAGTGAGGGTCT
s panTro2.chr21  16695619 27 +  46489110 AAGGTCATGAGGAATGAGTGAGGGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16308685 27 +  48394510 AAGGTCATGAGGAATGAGTGAGGGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166111171 27 - 196418989 AAGGTCATGAGGAATGAGTGAGGGTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=519244.000000
s hg19.chr21     17969009 56 +  48129895 GTCAGTCGTAGAAAGTGAAAGGAATTTAAAGCAGGCGGGAATGTAATGGAACACAC
s panTro2.chr21  16695646 56 +  46489110 GTCAGTGGTAGAAAGTGAAAGGAATTTAAAGCAGGCGGGAATGTAATGGAACACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16308712 56 +  48394510 GTCAGTGGTAGAAAGTGAAAGGAATTTAAAGCAGGCGGGAATGTAATGGAACACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166111198 56 - 196418989 GTCAATGGTAGAAAGTGAAAGGATTTTAAAGCAGGTGGGAATGTAAAGGAACACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=328813.000000
s hg19.chr21     17969065 41 +  48129895 AACCACCACTACACATTTTTTAATTACTGAGTATAATGATG
s panTro2.chr21  16695702 41 +  46489110 AACCACCACTACACATTTTTTAATTACTGAGTATAATGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16308768 41 +  48394510 AACCACCACCACACATTTTTTAATTACTGAGTATAATGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166111254 41 - 196418989 AACCACCAATACACATTTTTTAATTACTGAATATAATGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=483895.000000
s hg19.chr21     17969106 53 +  48129895 ATTGATAGGCTTTTGAAAATGTTTGTCTTGGTAAACTCACTGGTACCTATCAA
s panTro2.chr21  16695743 53 +  46489110 ATTGATAGGCTTTTGAAAATGTTTGTCTTGGTAAACTCACTGGTACCTATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16308809 52 +  48394510 ATTGATAGGC-TTTGAAAATGTTTGTCTTGGTAAACTCACTGGTACCTATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166111295 52 - 196418989 ATTGATAGGCTTTTG-AAATGTTTGTCTTGGTAAACTTACTGGTACCTATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13771.000000
s hg19.chr21     17969159 12 +  48129895 TGTGTAGGCAAC
s rheMac2.chr3  166111347 12 - 196418989 TGTGCAGGCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16695796 12 +  46489110 TGTGTAGGCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=574218.000000
s hg19.chr21     17969171 75 +  48129895 ATTAGTTTATTTTGCCAAATGTCCTCTTACAGCATGGAAACTATAAAACATCTGCTGCAGCAAATCTCAACCTTG
s rheMac2.chr3  166111359 75 - 196418989 ATTAGTTTATTTTGCCAAATGTCCTCTTACAGCATGGAAACTATAAAACATCTGCCGCAGCAAATCTCAACCTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16695808 75 +  46489110 ATTAGTTTATTTTGCCAAATGTCCTCTTACAGCATGGAAATTATAAAACATCTGCTGCAGCAAATCTCAACCTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=578685.000000
s hg19.chr21     17969246 44 +  48129895 AGTGTCATGAGATTAATTACTTTTATTAACACTTTCCATAAGCA
s panTro2.chr21  16695883 44 +  46489110 AGTGTCATGTGATTAATTACTTTTATTAACACTTTCCATAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16308948 44 +  48394510 AGTGTCATGAGATTAATTACTTTTATTAACACTTTCCATAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166111434 43 - 196418989 AGCGTCATGAGATTAATTACCTTTATTAA-ACTTTCCATAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1138503.000000
s hg19.chr21     17969290 88 +  48129895 TGTAATATATGACATATACCAGGAAAGTCAGCATTTGGTCTCATTTAGGAATTTGAAATTTTAAAAATTATTTAAGATTACTAGAAAT
s panTro2.chr21  16695927 88 +  46489110 TGTAATATATGACATATACCAGGAAAGTCAGCATTTGGTCTCATTTAGGAATTTGAAATTTTAAAAATTATTTAAGATTACTAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16308992 88 +  48394510 TTTAACATATGACATATACCAGGAAAGTCAGCATTTGGTCTCATTTAGGAATTTGAAATTTTAAAAATTATTTAAGATTACTAGAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166111477 88 - 196418989 TTTAATATACAACATATACCAGGAAAGTCAGCATTTGGTTTCATTTAGGAATTTGAAATTTTAAAAATTATTTAGGATTACTAGAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=302797.000000
s hg19.chr21     17969378 24 +  48129895 TGTTTGGTAAAGAAGAGATGATTA
s panTro2.chr21  16696015 24 +  46489110 TGTTTGGTAAAGAAGAGATGATTA
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s rheMac2.chr3  166111565 24 - 196418989 CGTTCAGTAAAGAAGAGATGATTA
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a score=-122042.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16696389 103 +  46489110 CTACTATTTAGGAATCTTTCTCAATGAGAAAGAGATTAATTTACTATGAATAATGGTTCTAATGCAAAACATTTTGGGCTTTTGTTGTGATGCAGATGAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166112217 167 - 196418989 TTCACAATGCTTGTTTATTTCCCACGAAGTAAATCTTCCAGATTGTATTTTATCATTCCCTTATCAAGACAGAGGAAGAAAGACTCGGGTCTTACTTAAGCCTTGCTGATTGGTTAAGAAAAGAGGTGGCTGTCATCGGCAGCCTTGCCAGACACTGTACCATGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17970468 17 +  48129895 TATTTGAGTGTTATATT
s panTro2.chr21  16697103 17 +  46489110 TATTTGAGTGTTATATT
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s hg19.chr21     17970485 12 +  48129895 ATGACTTTTTAA
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s hg19.chr21     17970497 16 +  48129895 AGCTATAAAACCATAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16310215 76 +  48394510 TCTTATTTCCTTCTTCATTCCTAACATGAGAAAATTGATTTTTAAAGTTTTATGTAAGAAAAATCACTAATAAGCA
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s rheMac2.chr3  166112638 76 - 196418989 TCTTACTTCCTTCTTCATTCTTAACATGAGAAAATTGGTTTTTAAAGTTTTATGTAAGAAAAATCACTAATAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17970589 18 +  48129895 CTGATAGTTTTTAAAATG
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s hg19.chr21     17970607 28 +  48129895 GCAATAGCAGCCAATGCTGTTTAGTTTT
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a score=445570.000000
s hg19.chr21     17970635 32 +  48129895 GCAAAACTTTTGTAAAATGTTCTCTGATTTAA
s panTro2.chr21  16697270 32 +  46489110 GCAAAACTTTTGTAAAATATTCTCTGATTTAA
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s ponAbe2.chr21  16310337 32 +  48394510 GCAAAACTTTTGTAAAATGTTCTCTGATTGAA
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a score=79680.000000
s hg19.chr21     17970667 13 +  48129895 AAGTACAAGCTGT
s panTro2.chr21  16697302 13 +  46489110 AAGTACAAGCTGT
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s rheMac2.chr3  166112792 13 - 196418989 AAATACAAGCTGT
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a score=543932.000000
s hg19.chr21     17970680 65 +  48129895 GTACACACGTATCCAGATTAACCTTTGATTACCTGATAATAAATATTAGCAATTATCAAGTGATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16310382 65 +  48394510 GTACACACGTATCCAGATTAACCTTTGATTACCTGATAATAAATATTAGCAATTATCAAGTGATT
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a score=606399.000000
s hg19.chr21     17970745 80 +  48129895 TTGCACTTCAATCAAGCAGGTCTCAATGAAACTTAAAATCTTTTGAAAAGTATTTTCACTTTTACGTTCTTAGACATAAC
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a score=433432.000000
s hg19.chr21     17970825 91 +  48129895 AAGAAAGTTTTAAGCCTTAAATTTTAAGTATTCTAGAGCCAATGATGAGTAAAAAGTACTTAATTATGTTAGATGGGACCTTGCATTAAAT
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a score=449372.000000
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s panTro2.chr21  16697551 78 +  46489110 TGCATCAGATCTTTTGACCATTCGACCCAAGTGACACAGAAATAATTTCATACTTTACTAGTATGAAAAGAAATTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16310618 78 +  48394510 TGCATCAGATCTTTTGGCCATTCGACCCAAGTGACGTAGAAATAATTTGATACTTTACTAGTAAGAAAAGAAATTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166113041 78 - 196418989 TGCATCAGAGCTTTTGACCCTTCAACCCACGTGACATAAAAATAATTTCATACTTTACTAGTATGAAAAGAAATTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=113739.000000
s hg19.chr21     17970994 25 +  48129895 TTTGGGGCTTTTAGGAGCTTGGCAT
s panTro2.chr21  16697629 25 +  46489110 TTTAGGGCTTTTAGGAGCTTGGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16310696 25 +  48394510 TTTAGGGCTCTTAGGAGCTTGGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166113119 25 - 196418989 TTTAGGGCTTTTAGGAGCTTGGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=105045.000000
s hg19.chr21     17971019 33 +  48129895 TGAATGTTTAAAATGTTTAATATACTTATTCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=123436.000000
s hg19.chr21     17971052 34 +  48129895 TTACATCTTTCTCCTTTAGAAGAATACTACCATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166113177 34 - 196418989 ttacatctttctccttcagaagaatactacaatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=217350.000000
s hg19.chr21     17971086 19 +  48129895 TCTTTAAAAGCACGGAGGG
s panTro2.chr21  16697721 19 +  46489110 tctttaaaagcatggaggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16310788 19 +  48394510 TCTTTAAAAGCATGGAGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166113211 19 - 196418989 tctttaaaagcatggaggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-36131.000000
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s panTro2.chr21  16697740 17 +  46489110 gaagacatttcttcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17971122 90 +  48129895 CCTGGTATTTTGTCTTGATCCCTCTCCAAGAGTGATCTAAGCTCAGTAAAGCCTT-GGTCTTCTCGACACAATATTAATGGAAAATGTTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166113247 91 - 196418989 cctGGTGTTTTGTCTTGATCCCTCTCCAAGAGTGATCTAAGCTCAGTAAAGCCTTGGGTCTTCTACACACAAATTTAATGGAAAATGTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=210618.000000
s hg19.chr21     17971212 45 +  48129895 CCTTACCTATCTCTCTTTTTTAAGTATGGAGGGATTACCACAATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1202130.000000
s hg19.chr21     17971257 119 +  48129895 CCTTGTGATGATTTCTCTTCATCTTCATTGTTAGTCCTCAACTTTGTCTCAAATCATAATTTTAAACAGATAAACTTTGATTGTTAAATTCATTATTTTGTAAAGCCCTATGAACGAGT
s panTro2.chr21  16697892 119 +  46489110 CCTTGTGATGATTTCTCTTCATCTTCATTGTTAGTCCTCAACTTTGTCTCAAATCATAATTTTAAACAGATAAACTTTGATTGTTAAATTCATTATTTTGTAAAGCCCTAGGAACCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16310959 119 +  48394510 CCTTGTGATGATTTCTCTTCATCTTCATTATTAGTCCTCAACTTTGTCTCAAATCATAATTTTAAACAGATAAACTTTGATTGTTAAATTCATTATTTTGTAAAGCCCTATGAACCAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166113383 119 - 196418989 CCTTGTGATGATTTCTCTTCATCTTCATTATTAGTCCTCAACGTTGTCTCAAGTCATAATTTTAAACAGATAAACTTTGATTGTTAAATTCATTATTTTATAAAGCCCTATGAACCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17971376 40 +  48129895 GAAATTACACACAGTTACAAACAGGATTCCCAACCCTTAA
s panTro2.chr21  16698011 40 +  46489110 GAAACTACACACAGTTACAAACAGGATTCCCAACCCTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166113502 40 - 196418989 GAAATTACATACAGTTGTAAACAGGATTCCCAACCCTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=465708.000000
s hg19.chr21     17971416 78 +  48129895 ATCTTTTTATTCATCCTTCTATCCATCTACTCATTCATTCATAATCTATACAGAACATGATCCTActgaggtcatgag
s panTro2.chr21  16698051 78 +  46489110 ATCTTtttattcattcttctatccatctactcattcattcatAATCTATACAGAACATGATCCTActgaggtcatgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16311118 78 +  48394510 atctttttattcatccttctatccatctattcattcattcatAATCTATACAGAACATGATCCTActgaggtcatgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166113542 78 - 196418989 ATCTTTTTATTCATCCTTCTATCCATCTACTCATTCATTCATAATCTACACAGAACATAATCCTActgaggtcatgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=173840.000000
s hg19.chr21     17971494 245 +  48129895 ttcgagaccagcccgaccaacatggaaaaaccccatctctactaaaaatacaaaattagccaggcatggtggcacatgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccaggaggcagagggtgtggtgagccgagattgcgccattgcactccagcctgggcaacaagagcaaaactccatcaaaaaaaaaaaaaaagaaaaagaaaaagaaaaagaaaaaAGA
s rheMac2.chr3  166113620 240 - 196418989 ttcgagaccaggccgaccaacatggataaaccccatgtctactaaaaataaataattagccaggcatggtggtgcatgcctgtaatcccagctactcgggaggctgagacaggagaatcgcttgaacccaggaggcagaggttgtggtgagccaagattgtgccattgaactccagcctgggcaacaagagcaaaactccatcaaaaaaaaaaaa----aaaaagaaaaaggaaaacacacaca-
i rheMac2.chr3  C 0 I 29
s ponAbe2.chr21  16311196 236 +  48394510 ttcgagaccagcccgaccaacatggaaaaaccctgtctctactaaaaatacaaaattagccaggcatggtggcacatgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcagaggttgtggtgagccaagattgtgccattgcactccagcctgggcaacaagagcaaaactccgtcaaaaaaa---------aaaaaaaaaaagaaaaagaaaaaGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16698129 240 +  46489110 ttcgagaccagcccgaccaacatggaaaaaccccatctctactaaaaatacaaaattagccaggcatggtggcacatgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccaggaggcagagggtgtggtgagccaagattgcgccattgcactccagcctgggcaacaagagcaaaactccatcaaaaaaaaaaa-----aaaaagaaaaagaaaaagaaaAAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=221700.000000
s hg19.chr21     17971739 65 +  48129895 ACACGATCCTATGCTAC-GTAGGTGGGAAATACAAAATAAAATTAGAATTCTTTCTTTACAAAATA
s rheMac2.chr3  166113889 65 - 196418989 acacGATCCTATGTGAC-GTAGGTGGGAAATACAAAATAAAATTAGAATTCCTTCCTTACAAAATA
i rheMac2.chr3  I 29 C 0
s ponAbe2.chr21  16311432 65 +  48394510 ACATGATCCTATGCTAC-ATAGGTGGGAAATATAAAATAAAATTAGAATTCCTTCTTTACAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16698369 66 +  46489110 ACACGATCCTATGCTACGGTAGGTGGGAAATACAAAATAAAATTAGAATTCCTTCTTTACAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=210549.000000
s hg19.chr21     17971804 80 +  48129895 CGTTCTTATGAGAATTTGTTTAAAAAACAAAAAAGTTATCAAGTCAGAAAGTGATCTATCCACAAAGGAGATGTAAACAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16698435 79 +  46489110 CGTTCTTATGAGAATTTGTTTAAAAAAC-AAAATGTTATCAAGTCAGAAAGTGATCTATCCACAAAGGAGATGTAAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=75998.000000
s hg19.chr21     17971884 45 +  48129895 AACGTTCTGATGTTTTGGGATTCTAGAAAAGGCATTTTTTGTTGT
s panTro2.chr21  16698514 45 +  46489110 AACGTTCTGATGTTTTGGGATTCTAGAAAAGGCATTTTTTGTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166114033 40 - 196418989 AATGTTTTGACGTTTTGGGATTCTAGAAAAGGCCtttttt-----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54715.000000
s hg19.chr21     17971929 89 +  48129895 TG-----ttttttttt--ttggttgtttgtttttttgatggagtcgctctgtcacccaggctagagtgcagtggcacgatcttggctcccttcaac
s panTro2.chr21  16698559 94 +  46489110 TGtttttttttttttt--ttggttgtttgtttttttgatggagtcgctctgtcacccaggctagagtgcagtggcacgatcttggctcccttcaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16311622 91 +  48394510 TG-----TTGTTTTTTGGTTGGTTGGTTGtttttttgatggagtcgctctgtcacccaggctagagtgcagtggcacgatcttggctcccttcaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166114073 76 - 196418989 -------ttttttttt--tt---------tttttttga--gtcttgctctgtcacccaggctgtagtgcactggtacaatcttggctccctgcaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=276996.000000
s hg19.chr21     17972018 217 +  48129895 ctctgcctcctgagttcaagcgagtctcctgcttcagcctccagagtagctgggactacaggctcccaccaccacacctggctaa-ttttttgtatttttagtagagatggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatccgcctgcctcggcctcccaaagtgctgggtttacaggcgtgagccaccgcgctgggcc
s rheMac2.chr3  166114149 218 - 196418989 ctccatctcccgagttcaagcaattctcctacctcagcctccagagtaactgggactacaggcgcccgccaccacacctgactaatttttttgtatttttagtagagatggggtttccccgtgttagccaggatggtctcgatctcccgacctcatgatccgcccacctcggcctcccaaagtgttgggtttacaagtgtgagccactacgcccggcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16311713 218 +  48394510 ctccgcctcccgagttcaagcgattctcctgcttcagcctccagagtaactgggactacaggctcccgccaccacacctagctaatttttttgtatttttagtagagatggggtttcaccatgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatcctcctgcctcggcttcccaaagtgctgggtttacaggcatgagccactgtgcttggcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16698653 217 +  46489110 ctctgcctcctgagttcaagcgattctcctgcttcagcctccagagtagctgggactacaggctcccgccaccacacctggctaa-ttttttgtatttttagtagagatggggttttaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctcatgatccgcctgcctcggcctcccaaagtgctgggtttacaggcgtgagccaccgcgcttggcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=575487.000000
s hg19.chr21     17972235 118 +  48129895 TGAAaagtcatttattttagtcattgaaaatcaaggacaattccttggtggaggctgcatttagctggtccctagataggaaggatttctagagaaagtgatggaagggcttgggttt
s rheMac2.chr3  166114367 118 - 196418989 TGAAAAGTCATTTGTTTTACTCATTgaaaatcaagaacaattccccggtggaggctacatttagctggtccctagataggaagaatttctagagaaagagatagaagggcttgggttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16698870 118 +  46489110 TGAAaagtcatttattttagtcattgaaaatcaagaacaattccttggtggaggctgcatttagctggtccctagataggaaggatttctagagaaagtgatggaagggcttgggttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=406735.000000
s hg19.chr21     17972353 62 +  48129895 ctgggagactatacagtatatacaaatgtgcaggaacaggaaagctgggctatgtttggCAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16312049 62 +  48394510 ctgggagaatatacagtgtatacaaatgtgcaggaacaggaaagctgggctatgtttggCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166114485 62 - 196418989 ctgggagaatatacagtatatacaagcgttcaggaacaggaaagatgggctatgtttgGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141665.000000
s hg19.chr21     17972415 45 +  48129895 TGAATGTTGTTGCAAAGTTAGGTGCA-TTGTTGGAAAGTTAGTAAT
s panTro2.chr21  16699050 45 +  46489110 TGAATGTTGTTGCAAAGTTAGGTGCA-TTGTTGGAAAGTTAGTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16312111 45 +  48394510 TGAATGTTGTTGCAAAGTTAGGTGCG-TTGTTGGAAAGTTAGTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166114547 46 - 196418989 TGAATGTTGTTGCAAAGTTAGGTGCATTTGTTGGAAAGTTAGAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1358169.000000
s hg19.chr21     17972460 165 +  48129895 TGAGTGCCTAATAAAAAGTAAGCTGAAATCAGTTGATGGAGTAGCTACAGAGTTCAGGGAGGTTGTCCTGGGGATTGTGCAATTTTACAATGGAGTAGGCACTGAGGACCTTTTAAATATTTGGGGACAGACGCAAGGATGTAAAGTGCAAGATTAATCTGTTTC
s panTro2.chr21  16699095 165 +  46489110 TGAGTGCCTAATAAAAAGTAAGCTGAAATCAGTTGATGGAGTAGCTACAGAGTTCAGGGAGGTTCTCCTGGGGATTGTGCAATTTTACAATGGAGTAGGCACTGAGGACCTTTTAAATATTTGGGGACAGACGCAAGGATGTAAAGTGCAAGATTAATCTGTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16312156 165 +  48394510 TGAGTGCCTAATAAAAAGTAAGCTGAAATCAGTTGATGGAGTAGCTACAGAGGTCAGGGAGGCTCTCCTGGGGATTGTGCAATTTTACAATGAAGTAGGCACTGAGGACCTTTTAAATATTTGGAGACAGACGCAAGGATGTAAAGTGCAAGATTAATCTGTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166114593 163 - 196418989 TGAGTGCCTAATAAAAGGTAAGCTTAAATCAGTTGTTGGAGTAGCTACAGAGTTCAGGGAGGCTCTCCTGGGGACTGTGCAATTTTACAATCAAGTAGGCACTGAGGACCTTTTAAATATTTGGGGACAGACGCAAGGATGTGAAGTGCAAGATTAA--TGTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1078763.000000
s hg19.chr21     17972625 97 +  48129895 CAGTCAATATGGCTTAATACTCCAATCCAGAGGACCTGTCAGAATTACTGAGCAAGCTTTATGTAGACACACCATTTTTcctaccccttaaattctg
s panTro2.chr21  16699260 97 +  46489110 CAGTCAATATGGCTTAATACTCCAATCCAGAGGACCTGtcagaattactgagcaagctttatgtagacacaccatttttcctaccccttaaattctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16312321 97 +  48394510 CAGTCAATATGGCTTAATACTCCAATCCAGAGGACCTGTCAGAACTACTGAGCAAGCTTTATGTAGACACACCATTTTtcctaccccataaattctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166114756 97 - 196418989 CAGTCAGTATGGCTTGATACTCCAATCCAGAGGACCTGTCACAACTGCTGAGCAAGCTTTATGTAGGCACACCATTTTTCCTACCCcgtaaattctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1258460.000000
s hg19.chr21     17972722 228 +  48129895 actcactaggtctggggtagagaatgtgcaggtgtgttttgtaaaagctcctagatgaCTGGCTAACACACAAATTGAGAAAGAGTTGGATAGAGAATGCTGAAATGAGAAAATATAAGGGATTATTAGATAGAAATAAAGACTATTGCAATGTGTAGGAAGAACAAAAATGGAGATATAAACcagggtttcctaacatgaatttcacatgcccctagacttttgggg
s rheMac2.chr3  166114853 228 - 196418989 actcactaggtctggggtagagaatgtgcaggtgtgtttcataaaagctcctagatgaCTGGCTAGCACACAAATTGAGAAAGAGTTGGACAGAGAATGCTGAAATAAGAAGATATAAGGGATTATTAGATAGAAATAAAAACTATTGCAATGTGTAGGAAGAACAAAAATGGAGATATAAACCAGGGTTTCCTAACATGAATTTCACATGCCCCTAGACTTTTAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16312418 228 +  48394510 actcactaggtctggggtagagaatgtgcaggtgtgttttataaaagctcctagatgactggctaacacacaaattgagaaAGAGTTGGATAGAGAATGCTGAAATGAGAAAATATAAGGGATTATTAGATAGAAATAAAGACTATTGCAATGTGTAGGAAGAACAAAAATGGAGATATAAACCAGGGTTTCCTAACATGAACTTCACATGTCCCTAGACTTTTGGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16699357 228 +  46489110 actcactaggtctggggtagagaatgtgcgggtgtgttttgtaaaagctcctagatgactggctaacacacaaattgagaaAGAGTTGGATAGAGAATGCTGAAATGAGAAAATATAAGGGATTATTAGATAGAAATAAAGACTATTGCAATGTGTAGGAAGAACAAAAATGGAGATATAAACCAGGGTTTCCTAACATGAATTTCACATGCCCCTAGACTTTTGGGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 3 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166116733 28 - 196418989 tcgactgtatagttgaatgATATCAGGA-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1665058.000000
s hg19.chr21     17974625 154 +  48129895 AACTTAAACCAAAATAATTACCTCCTAACATTATGCTGTTGCTCTATTGTTCTCCGCTCATTTGATCTATAACATTTCTTTCTTTCATGGGAAGGAAGATGCAATCAAGAATAGAATAAACAGAAGATTTGAAGTGACTGGTAGATTATTTTTT
s panTro2.chr21  16701260 154 +  46489110 AACTTAAACCAAAATAATTACCTCCTAACATTATGCTGTTGCTCTATTGTTCTCCGCTCATTTGATCTATAACATTTCTTTCTTTCATGGGAAGGAAGATGCAATCAAGAACAGAATAAACAGAAGATTTGAAGTGACTGGTAGCTTATTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314402 154 +  48394510 AACGTAAACCAAAATAATTACCTCCTAACATTATGCTGTTGCTCTATTTTTCTCCGCTCATTTGATCTATAACATTTATTTCTTTCATGGGAAGGAAGATGCAATCAAGAATAGAATAAACAGAAGATTTGAAGTGACTGGTAGATTGTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166116761 149 - 196418989 -----AAACCAAAATAATTACCTACTAACATTATGCTGTTGCTCTATTTTTGTCCACTCATTTGATCTATAACGTTTATTTCTTTCATGGGAAGGAAGATGCAATCAAGAATAGAATAAACAGAGGATTTGAAGTGACGGTTAGATTATTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417305.000000
s hg19.chr21     17974779 40 +  48129895 AAACTTATAGCAAGTGTAATGAGCTCTAAACAAATTGGTC
s panTro2.chr21  16701414 40 +  46489110 AAACTTATAGCAAGTGTAATGAGCTCTAAACAAATTGGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314556 40 +  48394510 AAATTTATAGCAAGTGTAATGAGCTCTAAATAAATTGGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166116910 40 - 196418989 AAACTTATAGCAAGTGTAATGAGCTCTAAACAAATTGGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141983.000000
s hg19.chr21     17974819 33 +  48129895 TGGTTTGGAAGAGATAGACTCACAAGAAAAAAA
s panTro2.chr21  16701454 33 +  46489110 TGGTTTGGAAGAGATAGACTCACAAGAAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314596 33 +  48394510 TGGTTTGGAAGAGATAGACTCACAAGAAAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166116950 31 - 196418989 TGGTTTGGAAGAGATAGAATCGTAAG--AAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=581965.000000
s hg19.chr21     17974852 30 +  48129895 AATGGTTTTACTTTTAATTTCTAAAGTTCA
s panTro2.chr21  16701487 30 +  46489110 AATGGTTTTACTTTTAATTTCTAAAGTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314629 29 +  48394510 AATGGTTTTAC-TTTAATTTCTAAAGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  166116981 30 - 196418989 AATGGTTTTACTTTTAATTTCTAAAGTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=772885.000000
s hg19.chr21     17974882 159 +  48129895 TGGCCAGAAATATTAGCCTAATCCTAGAGACCTGGATCATAGAACTTATCATAGTTAACTATCAAATAGAGAAGACTTTAGGATATGATCTGAAGGTAGTCATCCATCATATAGAACACCATGATACTTTCTAGACTGGGGTCAGTGAAGAGACTAGTG
s panTro2.chr21  16701517 159 +  46489110 TGGCCAGAAATATTAGCCTAATCCTAGAGACCTGGATCATAGAACTTATCATAGTTAACTATCAAATAGAGAAGACTTTAGGATATGATCTGAAGGTAGTCATCCATCATATAGAACACCATGATACTTTCTAGACTGGGGTCAGTGAAGAGACTAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314659 159 +  48394510 TGTCCAGAAATATTAGCCTAATCCTAGAGACCTGGATCATAGAACTTATCATAGTTAACTATCAAATAGAGAAGACTTTAGGATATGATCTGAAGGTAGTCATCCATCATATAGAACACCATGATACTTTCTAGACTGGGGTCAGTGAAGAGACTAGTA
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  166117011 159 - 196418989 TGGCCAGAAATATTAACCTAATCCTAGAGATCTGGATCATAGAATTTATCATAGTTAACTATCAAACAGAGAAGACTTTACGATACGATCTGAAGGTAGTCATCCATCATATAGAACACCATGAAACTTTCCAGACTGGGGTCAGTGAAGAGACTAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-2277.000000
s hg19.chr21     17975041 35 +  48129895 TCCTAGAGAGAGAAGAAAAAATTGAATATAGGCAA
s panTro2.chr21  16701676 35 +  46489110 TCCTAGAGAGAGAAGAAAAAATTGAATATAGGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314818 35 +  48394510 TCCTAGAGAGAGAAGAAAAAATTGGATATAGGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117170 35 - 196418989 TCCTAGAGAGAGAAGATAAAATTGAATATAGGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-148850.000000
s hg19.chr21     17975076 54 +  48129895 ATATTCCTTATTTCACTCCTAGTTTTACACTAGTGGTCGTTAGTGTCCTAGAGA
s panTro2.chr21  16701711 54 +  46489110 ATATTCCTTATTTCACTCCTAGTTTTACACTAGTGGTCGTTAGTGTCCTAGAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314853 54 +  48394510 ATATTCCTTACTTCACTCCTAGTTTTACACTAGTGGTCACTAGTGTCCTAGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117205 54 - 196418989 ATATTCCTTATTTGACTCCTAGTTTTACACTAGTGGTCACTAGTGTCCTAGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=48589.000000
s hg19.chr21     17975130 36 +  48129895 GAAAAGAGAAAATTGAATATAGGCAAATATTCCCTA
s rheMac2.chr3  166117259 36 - 196418989 GAGAAGAGAAAATTGAATATAGGCAAACATTCCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314907 36 +  48394510 GAAAAGAGAAAATTGAATATAGGCAAATATTCCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16701765 36 +  46489110 GAAAAGAGAAAATTGAATATAGGCAAATATTCCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=24629.000000
s hg19.chr21     17975166 17 +  48129895 TTTCACTGCTAGTTTTA
s panTro2.chr21  16701801 17 +  46489110 TTTCACTGCTAGTTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314943 17 +  48394510 TTTCACTGCTAGTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117295 17 - 196418989 TTTCACTGCTAGTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-13280.000000
s hg19.chr21     17975183 9 +  48129895 CAACCTCTA
s panTro2.chr21  16701818 9 +  46489110 CAACCTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314960 9 +  48394510 CAACCTCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117312 9 - 196418989 CAACCTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=378013.000000
s hg19.chr21     17975192 43 +  48129895 GGGGAGGGAGTGAAAATCAGAGATGTGTAATTCCACCTTTATT
s rheMac2.chr3  166117321 43 - 196418989 CGGGAGGGAGTGAAAATCAGAGATGTGTAATTCCACCTTCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16314969 43 +  48394510 GGGGAGAGAGTGAAAATCAGAGATGTGTAATTCCACCTTTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16701827 43 +  46489110 GGGGAGGGAGTGAAAATCAGAGATGTGTAATTCCACCTTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=453958.000000
s hg19.chr21     17975235 52 +  48129895 ATACACTAAATTCTCATACATTCTAGAATATTCTAGTCCATTTTAATATTGT
s panTro2.chr21  16701870 52 +  46489110 ATACACTAAGTTCTCATACATTCTAGAATATTCTAGTCCATTTTAATATTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315012 52 +  48394510 ATACACTAAATTCTCATACATTCTAGAATATTCTAGTCCATTTTAATATTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117364 52 - 196418989 ATACACTAAATTTTCATACATTCTAGAATATTCTAGTCCATTTTAACATTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=445476.000000
s hg19.chr21     17975287 46 +  48129895 AGATACAATAGTAAT---AACTATTGTTCTAGATTTTCTTTTCCTTTTC
s panTro2.chr21  16701922 46 +  46489110 AGATACAATAGTAAT---AACTATTGTTCTAGATTTTCTTTTCCTTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315064 49 +  48394510 AGATACAATAGTAATAACAACTATTGTTCTAGATTTTCTTCTCCTTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117416 46 - 196418989 AGATACAATAGTAAT---AACTATTGTTCTAGATTTTCTTTTCCTTTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=47783.000000
s hg19.chr21     17975333 81 +  48129895 A---AG---ATT-----CCTTGAAAACTGGAATCTTTTTTTCATGGAGCTTATCCAGGGGTAGCATAGGACATAGTCTTTTTTGTTTTTCCT
s panTro2.chr21  16701968 92 +  46489110 AGTGAGTGAATTAAGAACCTTGAAAACTGGAATGTTTTTTTCATGGAGCTTATCCAGGGGTAGCATAGGACATAGTCTTTTTTGTTTTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315113 92 +  48394510 AGTGAGTGAATTAAGAACCTTGAAAACTGGAATCTTTTCTTCATGGAGCTTATCCAGGGGTGGCATAGGACATAGTCTTTTTTGTTTTTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117462 90 - 196418989 AGTGAGTGAATTAAGAACCTTGAAAACTGGAATCTTTT-TTCATGGAGC-TATCCAGGGGTAGCATAGGGCATAGTCTTTTTTGTTTTTTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=48925.000000
s hg19.chr21     17975414 62 +  48129895 AAGTTTCATTCAGACTTTACTTTTTCTTC---TGTCTTTATGCAGATAATCAAGTACTTGATCCT
s panTro2.chr21  16702060 62 +  46489110 AAGTTTCATTCAGACTTTACTTTTTCCTC---TGTCTTTATGCAGATAATCAAGTACTTGATCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315205 65 +  48394510 AAGGTTCATTCAGACTTTACTTTTTCTTCTTTTGTCTTTATGCAGATAATCAAGTACTTGATCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117552 64 - 196418989 AAGTTTCATTCAGACTTTAGTTTTTCTTCTTTTGTCTTTATGCAGATAATCAAAT-CTTGATCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1732355.000000
s hg19.chr21     17975476 139 +  48129895 TAGCAGATAGGCTCATTTATTCACTT----AGTCAACAAATACATTAAATACCTTCCATATGGAAAGCAAATTATTTTAAGTTGTAAAATTAATTTCAGCTACAATTTATTGTATTACA-TTTTTTTAATGTTAATTGAACATA
s panTro2.chr21  16702122 144 +  46489110 TAGCAGATAGGCTCATTTATTCACTTACTCAGTCAACAAATACATTAAATACCTTCCATATGGAAAGCAAATTATTTTAAGTTGTAAAATTAATTTCAGCTATAATTTATTGTATTACATTTTTTTTAATGTTAATTGAACATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315270 143 +  48394510 TAGCAGATAGGCTCATTTATTCACTTACTCAGTCAACAAATACATTAAATACCTTCCATATGGAAAGCAAGTTATTTTAAGTTGTAAAATTAGTTTCAGCTACAATTTATTGTATTGTA-TTTTTTTAATGTTAATTGAACATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117616 116 - 196418989 TAGCAGATAGGCTCAATTATTCACTTACTCAGTCAACAAATACATTAAATACCTTCCATATGGAAAGCAAATTATTTTAAGTTGTAAAATTAGTTTCAGCTACATTTTATTGTATT----------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 22

a score=-147244.000000
s hg19.chr21     17975615 119 +  48129895 TCAAGGCCTTTATGCGGGTTGGAGCATATGCTTCACACAGATCGCACTTAGTATTTTAAGATTATAATTAGAAATAAACAAAGCAggccaggcgcagtaacttatgcctgtaatcctcg
s ponAbe2.chr21  16315413 119 +  48394510 TCAAGGCCTTTATGCTCGTTGGAGCATATGCTTCACACAGATCTCACTTAGTATTTTAGGATTATAATTAGAAATAAACAAAGCAggccaggcgcagtagctcacgcctgtaatcctca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16702266 119 +  46489110 TCAAGGACTTTATGCTGGTTGGAGCATATGCTTCACACAGATCGCACTTAGTATTTTAAGATTATAATTAGAAATAAACAAAGCAggccaggtgcagtagcttatgcctgtaatcctcg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166117732  22 - 196418989 I

a score=53810.000000
s hg19.chr21     17975734 39 +  48129895 cactttgggaggctgaggcaggtggatcacctgaggtca
s panTro2.chr21  16702385 39 +  46489110 cactttgggaggctgaggcaggtggatcacctgaggtca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315532 39 +  48394510 cactttgggaggctgaggcaggtggatcacctgaggtca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117754 39 - 196418989 cactttgggaggctgaggcaggtggatcacctgaggtca
i rheMac2.chr3  I 22 C 0

a score=82300.000000
s hg19.chr21     17975773 57 +  48129895 ggagtttgagaccagcctggccaacatggcgaaactccatctctactaaaaatacaa
s panTro2.chr21  16702424 57 +  46489110 ggagtttgagaccagcctggccaacatggcgaaactccatctctactaaaaatacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315571 57 +  48394510 gaagtttgagaccagcctggccaacatggcaaaactccatctctactaaaaatacaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117793 57 - 196418989 ggagtttgagacctgcctggccaacatggcgaaactccatctctactaaaaatacaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=106600.000000
s hg19.chr21     17975830 64 +  48129895 aaattagccaggcgtggtggcgcatgac-----tcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgc
s rheMac2.chr3  166117850 69 - 196418989 aaattagccaggtgtggtggcacatgcctataatctcagctgcttgggaggctgaggcaggagaattgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315628 64 +  48394510 aaattagccaggcgtggtggtgcataac-----tcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16702481 64 +  46489110 aaattagccaggcgtggtggcgcatgac-----tcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=51099.000000
s hg19.chr21     17975894 34 +  48129895 ttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaa
s panTro2.chr21  16702545 34 +  46489110 ttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315692 34 +  48394510 ttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117919 28 - 196418989 ttgaacctgg------gaggttgcagtaagccaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39261.000000
s hg19.chr21     17975928 36 +  48129895 gatcgcaccactgcactccagcttgggtgacagcga
s panTro2.chr21  16702579 36 +  46489110 gatcgcaccactgcactccagcttgggtgacagcga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315726 36 +  48394510 gatcgcaccactgcactccagcttgggtgacagtga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166117947 36 - 196418989 gatcgcaccactgcactccaacctgggtgacagcga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-58549.000000
s hg19.chr21     17975964 37 +  48129895 gactTTTAAAAACAAACACACTACAACAACAGAACAC
s rheMac2.chr3  166117983 31 - 196418989 gactTTT------AAACAAACTACAACAACAAAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315762 37 +  48394510 gactTTTAAAAACAAACAAACTACAACAACAAAACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16702615 37 +  46489110 gactTTTAAAAACAAACACACTACAACAACAGAACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=121563.000000
s hg19.chr21     17976001 27 +  48129895 AAAGCACAAACACACAGAGACACACCT
s panTro2.chr21  16702652 27 +  46489110 AAAGCATAAACACACAGAGACACACCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315799 27 +  48394510 AAAGCACAAACACACAGAGACACACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166118014 27 - 196418989 AAAGCACACACACACACAAACACACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=474682.000000
s hg19.chr21     17976028 62 +  48129895 ACCCACAAGCCTGTAAGAAATATTGATGATGGTGCTAAAGAAAATGTGTGAAGAAACAGTTC
s panTro2.chr21  16702679 62 +  46489110 ACCCACAAGCCTGTAAGAAATATTGATGATGGTGCTAAAGAAAATGTGTGAAGAAACAGTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315826 62 +  48394510 ACCCACAAGCCTGTAAGAAATATTGATGATGGTGCTAAAGAAAATGTGTGAAGAAACAGTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166118041 62 - 196418989 TCCCACAAGGCTGTAAGAAATATTGATGATGGAGCTAAAGAAACTGTGCAAAGAAACAGTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462109.000000
s hg19.chr21     17976090 68 +  48129895 AGAAAGACTGTCGTGGCACATCTTTTCAAAATCATTGACTAAACACACCAAGAGAAAAAAAAGA--ATGA
s panTro2.chr21  16702741 68 +  46489110 AGAAAGACTGTCGTGGCACATCTTTTCAAAATCATTGACTAAACACACCAAGAGAAAAAAAAGA--ATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16315888 68 +  48394510 AGAAAGACTGTCATGGCACATCTTTTCAAAATCATTGACTAAACACACCAAGAGAAAAAAAAGA--ATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166118103 70 - 196418989 AGAAGGACTGTCATGGCACATCTTTTCAAAATCATTGACTAAACACACCAAGAGAAAAAAAAAAGTATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1512594.000000
s hg19.chr21     17976158 59 +  48129895 TTTATTTGTTAGTGCTTCTAGTATCTTTCCCAAGAATTCAAGTGGAACAGAGAATCCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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a score=288356.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=163145.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=959808.000000
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a score=407156.000000
s hg19.chr21     17978552 34 +  48129895 CAGAATTTCAATTTCAAAACCTCTGTTCTCAGAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=2027961.000000
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a score=387333.000000
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s panTro2.chr21  16705368 36 +  46489110 CCCATATGACAGGGAACACCGCTACCACTCTACTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16705404 60 +  46489110 ACGCCAAAATGCTCACT--CAGGGCTTAAATCTTGCTGGCTTGGAAAACCAGCTACTTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16318614 113 +  48394510 TGCATGTTGTATTTGGAAGATTTCAATCAGTTAAATAGCTGCCCTTTGTTTAAGACAA----AGAAGCATAACTTTGGGAACAGATATTGAATTCACAATATCCATGGCAACACAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166120815 117 - 196418989 TGAATGTTTCATTTGGAAGACTTCAATCAGTTAAATAGCTGCCCTTTGTTTAAGACAAAGAAAGAAACATAACTTTGGGAACAGATATTGAATTCACAATATCCATGGCAACACAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  16318889 46 +  48394510 GAGTTAAAGGAATTCCATACCCTAATTGGCTGAAGGATCACCTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166121094 46 - 196418989 GAGTTAAAGGAATTCCATACCTTAATTGGCTGAAGGATCACCTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=281381.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16319177 53 +  48394510 GATGCAGAAAACTTAATGGAGGAGGCTGAGGTCAGAATGGGAAGAGTTTTTAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     17979461 47 +  48129895 CTGATTGCTGTGCATTATTTTCCACTGA-------ACAGACCTTCTTTTAACTT
s panTro2.chr21  16706115 47 +  46489110 CTGATTGCTGCGCATTATTTTCCACTGA-------ACAGACCTtcttttaactt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16319261 54 +  48394510 CTGATTGCTGTGCATTATTTTCCGCTGAACagaccacagaccttcttttaactt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166121463 47 - 196418989 CCGATTGCTGTGCATTATTTTCCACTGA-------ACAGACCTTCTTTTAACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78523.000000
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s panTro2.chr21  16706162 27 +  46489110 ctaatctcaagcacatagcagctgttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16319315 27 +  48394510 ctaatctcaagcacatagcagctgttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166121510 27 - 196418989 CTAATCTCAAGCACATAGCAGCTGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=444359.000000
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s panTro2.chr21  16706189 48 +  46489110 ttttc-atatcaaagatcagtaagtgtttgttgaatgaatgtatAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16319342 48 +  48394510 ttttc-atattaaagatcagtaagtgtttgttgaatgaatgtatAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166121537 45 - 196418989 TTTTCAATATTAAAGATCAG----TGTTTGTTGAATGAATGTGTAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=224463.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245730.000000
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s panTro2.chr21  16706328 36 +  46489110 ATCCTTTTAACTGTCTTCTTATGGTTCCCGGTAAca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16706364 174 +  46489110 cctaagcccaaaaaactcaggtcatttcttgcctgtactgttgcaatagcctcataataactagtcttctcctttatcaaccacagtcgtctccactacacaaagaagagagggtgctaatctaaagtgtaaattattttaaatcagcacccttcttgtaatttcccagtggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16319517 174 +  48394510 cctaagcccaaaaaactcaggtcatttcttgcctgtactgttgcaatagcctcataataactagtcttctcctttatcaaccacagtcgtctccactacacaaagaagagagggtgctaatctaaagtgtaaattattttaaatcagcaccctcctcgtaatttcccagtggtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166121709 169 - 196418989 cctaagcccaaaaaactcaggtcatttcttgcctgtactgttgcaatagcctcataataactggtcttctcctttatcaaccacagtagtctccacgacataaagaagagagggtg-----ctaaagtgtaaattatttcaaatcggcaccctccttgtaatttcccagtggct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16706538 50 +  46489110 tttcctgtcataagaataacatgcaaaattccttgcttgcaaagccaggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=106773.000000
s hg19.chr21     17979934 48 +  48129895 atgaccttgcccc-gtctaccttactggcatcgtctctcatgactcttc
s rheMac2.chr3  166121928 49 - 196418989 atgaccttgcccctgtctaccttactgccatcatctctcatgactcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16319741 48 +  48394510 atgaccttgcccc-gtctaccttactggcatcgtctctcatgactcttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=25556.000000
s hg19.chr21     17979982 55 +  48129895 ccctttttcactctccatcttgccttttcccaaccatgcctgctagtgagcctta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305761.000000
s hg19.chr21     17980097 38 +  48129895 ctgctcaaatgtcatctttttagagatagctttcctaa
s panTro2.chr21  16706751 38 +  46489110 ctgctcaaatgtcatctttttagagatagctttcctaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16319904 38 +  48394510 ctgctcaaatgtcatctttttagagatacctttcctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166122090 38 - 196418989 ctgctcaaatgtcatctttttagagatacctttcctaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1475033.000000
s hg19.chr21     17980135 151 +  48129895 acatctttaaaagta-ccccatgaactgtgaaacacctttcctgct-----ttttcttcatagtacttatcacttcctgatattatgttagacaacaagcaaataag--------tatatgctgttcccactaaaatataagctccatttgaacaggagccttga
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16706789 157 +  46489110 acatctttaaaagtacccccatgaactgtgaaacacctttcctgctttaagttttcttcatagtacttatcacttcctgatattatgttagacaacaagcaaataag--------tatatgctgttcccactaaaatataagctccatttgaacaggagccttga
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s hg19.chr21     17980286 30 +  48129895 ttattcctgagtatacccctagtgcccaga
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s rheMac2.chr3  166122370 165 - 196418989 aatttgttgaatgaaaaaatGAATGAATA-ATTGAATAAAGATATCCAGGTAGAGTGTCTGGGCAGCCCAACTTATGTGAAGCCAGTATAAGAATATTTCTGTGACAAAATGAATGCAATTATTCCTCTAAATGATGAAATTGCACGAGTCCACGAGTATAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16707006 165 +  46489110 catttgttgaatgaaaaaatGAATGAATA-ATTGAATAAAGATATCCAGGTAGAGTATCCGGGCAGCCCAACCTATGTGAAGCCAGTACAAGAATGTTTCTGTGACATAGTGAATGCAATTATTCCTCCAAATGATGAACTTGCATGAGTACACAAGGATAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166122679 89 - 196418989 CTCATGGAATGctttatctttaaagggac----agatagtaaatatttttggctttggggaccgtacagtctgtgtcaccactactcagcact
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16707404 86 +  46489110 tctgttgaggtgtggaatcagccctagacaacacataaacaaatgggtgtggctgtgttccaatcaaatgttatttataaaactag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16320583 86 +  48394510 tctgttgaggtgtggaatcagccctagacaacacataaacaaatgggtgtggctgtgttccaataaaatgttatttataaaactag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166122768 86 - 196418989 tctgttgaggtgtggaatcagccctagacaacacataagcaaataggtgtggctctgttccaataaaatgttatttgtaaaaccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166123395 315 - 196418989 AGTAGTGGGCTTGATAGGAGCAATTGGTTGGATAATCTTTTGCAATGCCAATAAATAATGAAAAAGTATAtaaatataatgctgtatagaaagctctcaagttcagtgtttggttaaaatacatattcagtaaatggtagctattatCGTCTTAGTTTAAGTTACTGAAAGCATTAAAATTAAATGTGTAGCTACAGACTCAATCCAGTTTTAATGTCATTGTGTTAATAAGGCCTCTTAACATTGAAGCAACAAAGATAAAGGAATTTTTTTGTAGCTATTCACGATTCTGCCCAGCTCAAGGTAAAGATAGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17982006 44 +  48129895 CCAGTTGTGCAAAACTGGTGAAATAAAAGGCAAAAATATTGACA
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s hg19.chr21     17982050 51 +  48129895 ACAGTTTGGGTAACTGGATTCCAAAATGGGCATCCATCTAAGAGAAATTAA
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a score=333552.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  16712756 314 +  46489110 tgcaccattttgcatttccacctacagcattcaagagttccaatttctccacatccttaccaatacttgtcttttttttttttttaatagccatcctggcagatgtaaggtgatatttcatcacagttttgatttgcatttccctgataactaatgacattgaacttttttttatatatctgctggccacctgtatgtcttctttggagaaacatctgttcaagtttctagttcatttttaaattggattatttgctttttgctattgagttgtttgagttccttatctattttgaagcttaaccctatatcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16325944 313 +  48394510 tgcaccattttgcatttccacctacagtgttcaagagttccaatttttccacatccttaccaatacttgtc-tttttttttttaaaatagccatcctggcagatgtgaggtgatatttcatcacagttttgatttgcatttccctgataactaatgacattgaactgtttcttatatatctgctggccacctgtatgtcttctttggagaaacatctattcaagtttctagttcatttttaaattggattatttgctttttgctcttgagttgtttgagttccttatctattttgaagcttaaccctatatcaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  16326257 105 +  48394510 atgggattcttatattttTGTTTCATATTTTGTAATATATCAGGTCCATGAAATTAGCTATCT----TAAGTTGCTTTTGTGTTGTTTCTTATGACAATAATTCTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16713070 106 +  46489110 atgggattcttatattttTGTTTCATATTTTGTAATATATCAGGTCCATGAAATTAGCTATCTTAAGTAAGTTGCTTTTGTGTTGTTTCTTATGAC---AATTTTCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

a score=84972.000000
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s panTro2.chr21  16713176 23 +  46489110 AGAATATTAATACAAACGTGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16326362 23 +  48394510 AGAATATTAATAGAAACGTGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=748007.000000
s hg19.chr21     17986521 107 +  48129895 TGCAGCTTTTACCAACAAATGGGCTAGTTTTTATTGAATCAATAAAACCCATATTTTGAGAGTTTTACTCAAAAGAACCTAAAATTCAGTTGAATATAAAGAAatgg
s panTro2.chr21  16713199 105 +  46489110 TGCAGCTTTTACCAACAAATGGGCTAGTTTTTATTGAATCAATAAAACCCATATTTTGAGAGTTTTACTC--AAGAACCTAAAATTCAGTTGAATATAAAGAAatgg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16326385  95 +  48394510 TGCAGCTTTTACCAATGAATGGGCTAGTTTTTATTGAATCAATAAAACTCATATTTTGAGAGTTTTACTC--AAGAACCTAAAATTCAGTTGAATAT----------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

a score=250724.000000
s hg19.chr21     17986628 915 +  48129895  
s panTro2.chr21  16713304 916 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  16326480   0 +  48394510 C

a score=22259.000000
s hg19.chr21     17987543 263 +  48129895 aaccaaacaccgcatgttctcactcgtaagtgggaattgaacaatgagaacacatggacacaggaaggggaacatcacactctggggactgttgtgggggggggagatgggggagggatagcattaggagatatacctaatgctaaatgacgagttaatgggtgcagcacaccagcatggcacaggtatacatatgtcactaacctgcacattctgcacatgtaccctaaaacttaaagtataataataataaaa--TAAATAAT
s panTro2.chr21  16714220 265 +  46489110 aaccaaacaccgcatgttctcactcataagtgggaactgaacaatgagaacacatggacacaggaaggggaacatcacactctggggactgttgtggggtggggggaggggggagggatagcattaggagatatacctaatgctaaatgatgagttaatgggtgcagcacagcagcatggcacaggtatacatatgtaactaacctgcacattgtgcacatgtaccctaaaacttaaagtataataataataaaattttaaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  16326480   0 +  48394510 C

a score=14389.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  16326480  0 +  48394510 C

a score=6314.000000
s hg19.chr21     17987869 50 +  48129895 GAGTAAGAATGAAATAAAGATTTGTTTTTGGATAAACAAAAAAAAAAGAA
s panTro2.chr21  16714555 47 +  46489110 GAGTAAGAAAGAAATAAAGATTTGTTTTTGGATAAACAACAACAA---CA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  16326480  0 +  48394510 C

a score=444836.000000
s hg19.chr21     17987919 54 +  48129895 AGAAAGAAATGGCAATTACTTAGAGAGGCTTGGAAGGTATATTTCAGAAACCGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16326480 52 +  48394510 --AAAGAAATGGCAATTACTTAGGGAGGCTTGGAAGGTATATTTCAGAAACCGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=1188959.000000
s hg19.chr21     17987973 157 +  48129895 TGTGACAGCACTTACTGATAATTACAGTGTTAAAAAAAAAGTTTCTGTTTTGAATGTTCATGTAAATTTGCATTAAATTTAATTGTTGTCAAATGTGTAGTTTATGTTCTAGTGTGACAATTTTTAATTTTGTTTATATTCATTTATGATTCATTTG
s panTro2.chr21  16714656 155 +  46489110 TGTGACAGCACTTACTGATAATTACAGTGT--AAAAAAAAGTTTCTGTTTTGAATGTTCATGTAAATTTGCATTAAATTTAATTGTTGTCAAATGTGTAGTTTATGTTCTAGTGTGACAATTTTTAATTTTGTTTATATTCATTTATGATTCATTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16326532 155 +  48394510 TGTGACAGCATTTACTGATAATTACAGTGT--AAAAAAAAGTTTCTGTTTTGAATGTTCATGTAAATTTGCATTAAATTTAATTTTTGTCAAATTTGTAGTTTATGTTCTAGTGTGACAATTTTTAATTTTGTTTATATTCATTTATGATTCATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

a score=1029495.000000
s hg19.chr21     17988130 112 +  48129895 AAAGGGTTTTTGTGTAAATTGATTGATTTGTAACAAAATGCCAATTCTCATGGTACATTATTAAAATTCTGTGTTAGTGATAGAGCTGCTTTTTATAAAAAGGATACTTTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16326687 112 +  48394510 AAAGGGTTTTTGTGTAAATTGATTGATTTGTAATAAAATGCCAATTCTCATGGTACATTATTAAAATTCTGTGTTAGTGATAGAGCTGCTTTTTATAAAAAGGATACTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

a score=780375.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

a score=84074.000000
s hg19.chr21     17988345 22 +  48129895 TGTCTTACAGTGCTTCAATTTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=-161081.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=41880.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=380176.000000
s hg19.chr21     17988413 45 +  48129895 TGATCTGGTATTTTTAAGCAAAACAAAATAACAGATCTTTGTAAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=267286.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=470909.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16715172 36 +  46489110 TAAGCTAGGCTTTATTTGTTGTCATTTTAAAGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=-167896.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=37932.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16715245 165 +  46489110 TGGGGGGGTGGGGGTGGAGTctaattttttatatttttagtggagacggggtttcaccatgttagccaggatggtctcgatcgcctgacctcatgatctgcccaacttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccactgcacttggccAAAATAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

a score=78836.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254  18 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

a score=231080.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166127254 18 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16716146 104 +  46489110 ATGtctatatgacagcactttgaatattggaggtctgttttcatgcccttcTCCCCAGACAAACCTTTAATTTGTTACAATAAATTTTTAAGGATCTCTGGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328005 104 +  48394510 ATGtctatatgacagcactttgaatattggaggtcagttttcatgcccttctCCCCAGACAAACCTCAAATTTGTTACAATAAATTTTTAAGGATCTCTGGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127272 103 - 196418989 ATGtctgtatgacagcactttgaatattggaggtcagttttcatgtccttctcctcagACAAACCTTTAATTTGTTACAAT-AATTTGTAAGGATCTCTGGAAT
i rheMac2.chr3  I 18 C 0

a score=177471.000000
s hg19.chr21     17989542 21 +  48129895 TACGGCATTATTGTTATACAT
s panTro2.chr21  16716250 21 +  46489110 TACGGCATTATTGTTATGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328109 21 +  48394510 TATGGCATTACTGTTATGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127375 21 - 196418989 TTTGGCATTATTGTTATGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206206.000000
s hg19.chr21     17989563 36 +  48129895 CTACATGG----ACTTATGATAAAGTTTTCCAGACCACGA
s panTro2.chr21  16716271 36 +  46489110 CTACATGG----ACATATGATAAAGTTTTCCAGACCACGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328130 40 +  48394510 CTGCACGGACTTACTTATGATAAAGTTTTCCAGACCACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127396 36 - 196418989 CTACGTGA----ACTTATGATAAAGTTTTCCAGACCACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=877534.000000
s hg19.chr21     17989599 104 +  48129895 AGTCTGCCCAAAATTTTGGAGTTTAACTTAACGaaattagaatccagctacaaagttaaagagaagaccacctttacttctgacacccaaccacaagttccata
s panTro2.chr21  16716307 104 +  46489110 AGTCTGCCCAAAATTTTGGAGTTTAACTTAACGAAATTAGAATCCAGCTACAAAGTTAAAGAGAAGACCacctttacttctgacacccaaccacaagttccata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328170 103 +  48394510 AGTCTGCCCCAAATTTTGGAGTTTAACTTAACGAAATTAGAATCCAGCTACAAAGTTAAAGAGAAGACCacctttacttctgacaccc-accgcaagttccata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127432 103 - 196418989 AGTCTGCCCCAAATTTTGGAGTTTAACTGAACGAAATTAGAATCCAGCTACAAAGTTAAAGAGTAGACCacctttacttctgacaccc-accactagttccata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=935447.000000
s hg19.chr21     17989703 93 +  48129895 ttgccccaaaccaccttcagattccataatttactagaaat----acagaactcactgaa----acttattatactcacagttttatttattacaggggaa
s panTro2.chr21  16716411 93 +  46489110 ttgccccaaaccaccttcagattccataatttactagaaat----acagaactcactgaa----acttattatactcacagttttatttattacaggggaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328273 97 +  48394510 ttgccccaaaccaccttcagattccataatttactagaaat----acagaactcactgaaacttacttattatactcacagttttatttattacagcggaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127535 97 - 196418989 ttgcccctaatcaccttcagattccataatttactagaaatactcacagaactcgttgaa----acttactatactcaccgttttatttattacaggggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=635977.000000
s hg19.chr21     17989796 98 +  48129895 tgattcataaaatcagtcaaagaaagagacacatagtacagagtctggaagggttccaaatgggagatttgtgctgtctttaggatgtattcctcttc
s panTro2.chr21  16716504 98 +  46489110 tgattcataaaatcagtcaaagaaagagacatatagtacagagtctggaagggTTCCAAATGGGAGATTTGTGCTGTCTTTAGGATGTATTCCTCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328370 98 +  48394510 tgattcacaaaatcagtcaaagaaagagacacatagtacagagtctggaagggttccaaatgggagatttgtgctgtctttaggatgtattcctcttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127632 98 - 196418989 tgattcataaaatcagtcaaagaaagagatacctggtacagagtctggaagggttccaaatgggagatttgtgctgtctttaggatgtatacctcttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-69603.000000
s hg19.chr21     17989894 23 +  48129895 tactactgatgtgtgatggtaca
s panTro2.chr21  16716602 23 +  46489110 TACTACTGATGTGTGATGGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328468 23 +  48394510 tactactaatgtgtgatggtatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127730 23 - 196418989 tactactgatgtgtgatggtata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=88583.000000
s hg19.chr21     17989917 29 +  48129895 tttttggcccattttgtgttggtataaca
s panTro2.chr21  16716625 29 +  46489110 TTTCtggcccattttgtgttggtataaca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328491 29 +  48394510 tttttggcccattttgtgttggtataata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127753 29 - 196418989 tttttggcctattttgtgttggtataaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=305927.000000
s hg19.chr21     17989946 105 +  48129895 gaataccacacactagatagtttataatgaacagaaattgatttatcacagttctggaggctggggagtccaagaccaagcaaccagcatctgggccttctcaat
s panTro2.chr21  16716654 105 +  46489110 gaataccacacactagatagtttataatgaacagaaattgatttatcacagttctggaggctggggagtccaagaccaagcaaccagcatctgggccttctcagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328520 100 +  48394510 gaataccacacactagatagtttataatgaacagaaattgatttatcacagttctggaggctggggagtccaagaccaagcaacc-----ttgggccttctcagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127782 105 - 196418989 gaacaccacacactgggtaattaataatgaacagaaattaatttatcacagttctggaggctggggagtccaagaccaagcgaacagcatctaggccttctcagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=100292.000000
s hg19.chr21     17990051 30 +  48129895 gtgtcatcccgtggcagaaggtggaagggc
s panTro2.chr21  16716759 30 +  46489110 gtgtcatcccgtggcagaaggtggaagggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=195981.000000
s hg19.chr21     17990081 73 +  48129895 aagagagggagagagagtaaaagagggacaagagggtcaatctacg--------------ccttttataacaa----actcactcccatga
s panTro2.chr21  16716789 73 +  46489110 aagagagggagagagagtaaaagagggacaagagggtcaatctacg--------------ccttttataacaa----actcaccgccatga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328650 77 +  48394510 aagagagggagagagagtaaaagagggacaagagggtcaatctgcg--------------ccttttataacaaactcactcactcccatga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166127917 83 - 196418989 aagagagg----gagagtaaaagagggacaagagggtcagtaaaagagggacaaggggtaccttttgtaacaa----actcactcccatga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     17990154 43 +  48129895 taacagcattaatccattcactttgccctcatggactaatcgc
s panTro2.chr21  16716862 43 +  46489110 taacagcattaatccattcactttgccctcatggactaatcgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328727 43 +  48394510 taacagcattaatccattcactttgccctcatggactaatcgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166128000 43 - 196418989 taacagcattgatccattcactttgccctcatggactaatcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=101289.000000
s hg19.chr21     17990197 88 +  48129895 ctctcattaggccctaccactcagcactctggaattggatatttaacttttaaatgcatgctttttgggggacgtattcaaaacactg
s rheMac2.chr3  166128043 88 - 196418989 ctctcattaggccctaccactcaacactctggaattggatatttaacttttaaatgcatgcttttggggggaagtattcaaaacattg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328770 88 +  48394510 ctctcattaggccctaccactcgacactctggaattggatatttaacttttaaatgcatgctttttgggggatatattcaaaacactg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16716905 88 +  46489110 ctctcattaggccctaccacttaacactctggaattggatatttaacttttaaatgcatgctttttggggggcgtattcaaaacactg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17990285 101 +  48129895 caatacacatgaagaa------ctatcaaacagggaagctcaactga--------gcttctgtactcaaagattttgttggagtttcaatacataggcatgag----tgattgattaac
s rheMac2.chr3  166128131 119 - 196418989 caatgcacatgaatacttcattctatcaaacagggaagctcaattgagcttctgtgcttctgtgctcaaagattttgttggaatttcaatacataggcatgactgaTTGATTGATTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328858 101 +  48394510 caatacacatgaagaa------ctatcaaacagggaagctcaactga--------gcttctgtactcaaagattttgttggagtttcaatacgtaggcatgac----tgaTTGATTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16716993 101 +  46489110 caatacacatgaagaa------ctatcaaacagggaagctcaattga--------gcttctgtactcaaagattttgttggagtttcaatacataggtatgac----tgaTTGATTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=106258.000000
s hg19.chr21     17990386 22 +  48129895 aatatagCAAGTTGTCCAAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16328959 22 +  48394510 AATATAGCAAGTtgtccaaaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166128250 22 - 196418989 AATATAGCAAGTTGTCCAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172375.000000
s hg19.chr21     17990408 19 +  48129895 GCCCATG--ATGAATaacaaa
s panTro2.chr21  16717116 19 +  46489110 GCCCATG--ATGAATAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=559850.000000
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s panTro2.chr21  16717135 62 +  46489110 GACATTCTTATCACCTGGTGAATTTCAAGGGTTTACAGGTTACCTCCAAAGAACCAGATACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16329002 62 +  48394510 gacattcttatcacctggtgaatttcaagagtttagaggttacctccaaagaaccagataca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166128291 62 - 196418989 GACATTCCTATTACCTGGTGAATTTCCAGTGTTTAACGGTTACCTCCAAAGAACCAGGTACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=227049.000000
s hg19.chr21     17990489 39 +  48129895 aagactgggcctctctttgagtgaggccaaatttctttc
s panTro2.chr21  16717197 39 +  46489110 AAGACTGGGCCTCTCTTTGAGTGAGGCCAAATTTCTTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16329064 39 +  48394510 aagactgggcctctctttgAGTGAGGCCAAATTTCTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=940672.000000
s hg19.chr21     17990528 79 +  48129895 taTGCTGTATCATTTGCTATTTTCTTGGCCCCAAATACTCCAATTTCTTCAACTTACATGAGATACAGTTTATGAAGTT
s panTro2.chr21  16717236 79 +  46489110 TATGCTGTATCATTTGCTATTTTCTTAGCCCCACATACTCCAATTTCTTCAGTTTATATGAGATACAGTTTCTGAAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16329103 79 +  48394510 TATGCTGTATCAtttgctattttcttggccccaaacactccaatttcttcagcttacatgagatacagtttctgaagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166128392 79 - 196418989 TATGCTGTATCAtttgctattttcttggctccaaacactccaatttcttcaacttacatgagatatagtttctgaagtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=557587.000000
s hg19.chr21     17990607 33 +  48129895 CAACATGTCTTGGATGTGTTTCTCTAGATAATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16329182 33 +  48394510 caacaggtcttggatgtgtttctctagataatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20451.000000
s hg19.chr21     17990640 46 +  48129895 TCTAACATTTCAATTTCCTCTTTTGACATACATACTTCCTATTGCT
s panTro2.chr21  16717348 46 +  46489110 TCTAACATTTCAACTTCCTCTTTTGAAATACATACTTCCTATTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214766.000000
s hg19.chr21     17990686 18 +  48129895 TGTCTTCAGAAGCTATCT
s panTro2.chr21  16717394 18 +  46489110 TGTCTTCAGAAGCTATCT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=905442.000000
s hg19.chr21     17990704 109 +  48129895 CTAATTTAAAGTATTGGAACCCCACTAGGAAGTGTAAAATAATactttagggtcagccaacttggagaatcctgacatttaacagctgttaaaac--ttggaaacattaga
s panTro2.chr21  16717412 109 +  46489110 CTAATTTAAAGTATTAGAACCCCACTAGGAagtgtaaaatagtactttagggtcagccaacttggagaatcctgacatttaacagctgttaaaac--ttggaaacattaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166128568 109 - 196418989 CTATATTAAAGTATTAGAACCCCACTAGGAAGTGTAAAATAATactttggggtcaaccaacttggagaatcctgacatttaacagctgttaaaac--ttggaaacattata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2078999.000000
s hg19.chr21     17990813 180 +  48129895 tgttccttctgaacttccagttcttcatagataacagtgttacgaataatacccacttcatattttatggaggctaaatgagatcacgtgtaaaatttttcatgcatcataggagcttgatagatattagttatttttTGGGACAAATACTGGACAGTCTGAATTTGTGTGTGAAAA-GTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16329375 180 +  48394510 tgttctttctgaacttccagttcgtcatagataacagtgttatgaataatacccacttcatattttatggaggctaaatgagatcacgggtaaaattgttaatgcatcataggagcttgatagatattggttattTTCTGGGACAAATACTGGACAGTCTGAATTTGTGTGTGAAAA-GTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166128677 181 - 196418989 tgtactttctgagcttccagttcatcatagataacagtgttaccaataatacccacttcatattttatggaggctaaatgagatcacgtgtaaaatttttaatgcatcataggagcttgatagatattagttattTTCTGGGACAAATACTGGACAGTCTGAATTTGTGTGTGAAAAGGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462324.000000
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a score=2866153.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166129934 126 - 196418989 tgaagagcaaggtgcccaaggccagagcatgtgtgcttggcattttccacgagcagtaaggactctagtgtggctgaaggagaatgagcaagggagaaagcagtaggagaGTGCACATGAGG-CCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16718904 46 +  46489110 TGTGCCGTTACGAAGACTCTGC--------ttttttttttttttttttttgagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166130060 20 - 196418989 TGTGCCCTTACGAAGACTCT----------------------------------
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166130080 12 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16719768 77 +  46489110 tataaccactctgccctccttcctgtgccctgtccctg-cccagccctgacccctagcaactactggtcttttctcca
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=286129.000000
s hg19.chr21     17993128 63 +  48129895 tttctaaatttttgtcctttaaagaattttgtgtaaatgaaatcatacagtatgtaaactttt
s panTro2.chr21  16719845 63 +  46489110 tttctaaatttttatcatttaaagaattttgtgtaaatgaaatcatacagtatgtaaactttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16331711 63 +  48394510 tttctaaaattttgtcatttaaagaattttgtgtaaatgaaatcatacagtgtgtcaactttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238109.000000
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s panTro2.chr21  16719908 53 +  46489110 gggattgcc-ttttttt---ccttagcataattctctgaagattaatccaagtcatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=296140.000000
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s panTro2.chr21  16720243 201 +  46489110 tgtggctattagacaatttaaaattacgtaCATAATTTTTCACATTTGTAATAATTTTTCACATTTCAAAAGAACAGCACCCAGACAGTTCTTGTTCTCAAGAACAGGACTTGAGACAGTCCTGTTCTCCAGTACCAAGCTCTTACCACCTCAGGCTTTCCCAGGTGCCTCGATTTCTAGCTGGAGTGTGTTCTCGTTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16720497 110 +  46489110 taaaactaagcaacctgggtttggatgctgggtctatcccttactggctctgtgatttgttaaggtatttaatgcctttgttcctcagttttcttatctgtgaacagggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166131553 102 - 196418989 agttagcacgtgtgaaATTATGTCCTGTTGAGA-CCTTCTGACTCTTTACCCAAGACTGGGTTTAAATCCTCATATATGAGGATTTCCATTGCAGTCAGTATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16720752 26 +  46489110 CTTGTTAAAATTGTAATTACATGATt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 I 6
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16336443 163 +  48394510 TTATGAAATGACCAC--TTATTATTCTTGAGTGTCTCAGAAAATTTAGTGTAAAGTGTCCTTTGCTATCCAGGATGTAACAGCT-GTTCCAGATAACATGGTATGTCTCATTAGAGAGATACTAGATCTAATTATGCAACATATAAGCGAGATCATTATAGAAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16724592 166 +  46489110 TTATGAAATGACCACTTTTATTATTCTTGAGTGTCTCAGAAAATTTAGTGTAAAGTGTCCTTTGCTATCCAGGATATAACAGCTGGTTCCAGATAACATGGTATGTCTCATTAGAGAGATACTAGATCTAATTATGCAACATATAAGCGAGATCATTATAGAAACA
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a score=2477016.000000
s hg19.chr21     17998023 108 +  48129895 TTATCTCGATGAGGTAAGTAAAGTACATGTGAAATCTAACTCTGCTGTTTGAAAGAATTTTTGAAAGCAAATGTAAGGAATTAATAATTACTTAAGTGTATGAAGAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=297714.000000
s hg19.chr21     17998131 28 +  48129895 GCTGTTGCAAACTACTTATGAATCTTTG
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s hg19.chr21     17998159 127 +  48129895 ACATGTAATGAAAAAATATAATAGAATGATAAGTACCCTGATTATTTGTGCTAGAGATAAAAATGAACTTCTGGGCAAA---TATCTTTTGCTACCGACAAATTTTTTTTCTAAAC--AGTAAAAATGAGTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166135309 132 - 196418989 ACATGTAATGAAAAAATATAATAGAATGATAAGTACCCTGATTATTTGTGCTAGAGATAAAAATCAACTTCTGGGCAAATATTATCTTTTGTTATGGACAATTTTTTTTTCTAAACATAATAAAAATCAGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=28637.000000
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s panTro2.chr21  16725023 47 +  46489110 CCTTTTCATAGCATTTCTACTGTGTcagaaattctcaaactttagag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16336874 47 +  48394510 CCTTTTCATAGCATTTCTACTGTGTcagaaattctcaaacttcagag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166135441 47 - 196418989 CCTTTTCATAGCATTTCTACTGTGTGAGAACttctcaaactttagag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=56272.000000
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s panTro2.chr21  16725070 16 +  46489110 tgtaactgaaacacag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=460531.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151517.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16337183 25 +  48394510 GCttt-----ctttttattttttagagaca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=143670.000000
s hg19.chr21     17998625 85 +  48129895 aggactcactgtgttgcccaggctggtattgaactcctgggctcaagtggtcttctcacttcagcctcccaaagtgctaggatta
s rheMac2.chr3  166135775 85 - 196418989 gggactcattatgttgcccaggctggtattgaactcctgggctcaagtggtcttctcacttcagcctcccaaagtgctgggatta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16337208 85 +  48394510 gggactcactgtgttgcccaggctggtattgaactcctgggctcaagtggtcttctcacttcagcctcccaaagtgctgggattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16725362 85 +  46489110 aggactcactgtgttgcccaggctggtattgaactcctgggctcaagtggtcttctcacttcagcctcccaaagtgctgggatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     17998710 155 +  48129895 caggtatgagccaccatgcccagcTTGCTTGATATTTTTCAATTAAGCTATCTATCTATCTTTGAAAATCTAGATTCCTTTACAAATAAATCTATCTTCAAAATATAGTTAAGACTATATGCCggtcgggcgcgggggctcatacctgtaatcgc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=83951.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166136138 136 - 196418989 tgtaatcccagctactcaggaggctgaggcgggagaatcgcttgaacctgtgaggcagaggttgcagtgagccaagatcacaccactgcactccagcttggatgacagggcaagactccattttacaaaaaaa--aaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=514063.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=-99612.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=4720.000000
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s hg19.chr21     17999626 239 +  48129895 agacggtgtcttgctctgtcacccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcaccacaacctccacctcctgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcccgcgtggctgagactacaggcatgtgccaccatgc--ccggctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcactatgttggccaggctggtctcaaactcctgacctcgtgatccgcccgccttggactccc
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166139937 56 - 196418989 CTTACAGAATGTTTGCAGACTAGACATTAGGCTATAGGCCTTTACCATGGAGCAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=545097.000000
s hg19.chr21     18002907 64 +  48129895 AAAGTGGTATCTCAAACCTCATCCacaaaggttgatctagtccaagcccctctccaggttcatg
s panTro2.chr21  16729646 64 +  46489110 AAAGTGGTATCTCAAACCTCATCCACAAAGGTTGATCTAGTCCAAGCCCCTCTCCAGGTTCATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16341948 64 +  48394510 AAAGTGGTATCTCAAACCCAATCCacaaaggttgatctagtccaagcccctctccaggttcatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166139993 64 - 196418989 AAAGTGGTGTCTCACACCTCATCCACAAAGGTTGATCGAGTCCAAGCCCCTCTCCAGGTTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=46224.000000
s hg19.chr21     18002971 57 +  48129895 tccatgtacag--ctttgttcttattgtaacaacctacattttagaataggcaacgaag
s panTro2.chr21  16729710 57 +  46489110 TTCATGTACAG--CTTTGTTCTTATTGTAACAACCTACATTTTAGAATAGGCAACGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342012 59 +  48394510 ttcatgtacagctctctgttcttattgtaacaacttacattttagaataggcgacgaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140057 59 - 196418989 TTCATGTACAGCTCTTTGTTCTTATTGTAACAACCTACATTTTAGAATAGGCAGTGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=420934.000000
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s panTro2.chr21  16729767 66 +  46489110 ACCATTACCAAGAGCAGTAGGAGGGGCAACCTTCGGCTGTTTGTTTTTCAGGATCTCAACTTGTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342071 66 +  48394510 accattaccaagagtagtaggaggggtaaccttcggctatttgtttttcaggatctcaacttgtga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140116 66 - 196418989 ACCATTACCAAGAGAAGTAGGAGGGGCAACCTTCGGCTGTTTGTTTTACAGGATCTCAACTTGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=399418.000000
s hg19.chr21     18003094 62 +  48129895 acttactcttctcttcacagaatgggataactgcctggcactcaccaagctacacttgaaga
s panTro2.chr21  16729833 62 +  46489110 ACTTACTCTTCTCTTCACAGAATGGGATAACTGCCTGGCACTCACCAAGCTACACTTGAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342137 62 +  48394510 atttactcttctcttcacagaatgggataactgcctggcactcaccaagctacacttgagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140182 62 - 196418989 ATTTACTCTTCTCTTCACAGAATGGGATACCTGCCTGGCACTTACCAAGCTACACTTGAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=379054.000000
s hg19.chr21     18003156 46 +  48129895 ggatcaatccatgtcatcatgtccccaatttcatagcaccaagtat
s panTro2.chr21  16729895 46 +  46489110 GGATCAATCCATGTCATCATGTCCCCAATTTCATAGCACCAAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342199 46 +  48394510 gaatcaatccatatcatcatgtccccaatttcatagcaccaagtat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140244 46 - 196418989 GGATCAGTCCATATCATCATGTCCCCAATTTCACAGCACCAAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=346124.000000
s hg19.chr21     18003202 41 +  48129895 tttgtttattcacaaatgccctattatggacatctagcaaa
s panTro2.chr21  16729941 41 +  46489110 TTTGTTTATTCACAAATGCCCTATTATGGACATCTAGCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342245 41 +  48394510 tttgtttattcacaaatgccctattgtggacatctaacaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140290 41 - 196418989 TTTATTTGTTCATAAATGCCCTATTGTGGACATCTAGCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=274875.000000
s hg19.chr21     18003243 56 +  48129895 caatgatacatcagaaaaggagatgtgcataaattttcatggaataaggtataaag
s panTro2.chr21  16729982 56 +  46489110 CAATGATACCTCAAAAAAGGAGATGTGCATAAATTTTCATGGAATAAGGTATAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342286 56 +  48394510 caatgatacatcaaaaaaggagatgtgcataaattttcatggaataaagtataaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140331 55 - 196418989 AAACAATACATCA-AAAATGAGATATGCATAAATTTTCATGGAATAAGTTATAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=222885.000000
s hg19.chr21     18003299 76 +  48129895 cccaactctcaatacatactaatcataacaggagtctaagaaatattctgaaataaatgggaatgcagaatgtgtc
s panTro2.chr21  16730038 76 +  46489110 CCCAACTCTCAATACATACTAATCATAACAGGAGTCTAGGAAATATTCTGAAATAAATGGGAATGCAGAATGtgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342342 76 +  48394510 cccaactctcaatacatattaatcataacgggagtctaggaaatattctgaactaaatgggaatgcagaatgtgtc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140386 66 - 196418989 CCCAACTCTCAATACATACTGAACATAACAGGAGTCTAGGAAATATTCTAAAACAAATGGGAATGC----------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=44242.000000
s hg19.chr21     18003375 163 +  48129895 aggcctctgagcccaagctaagccatcatatcccctgtgaccagcacgtacacatccagatggccggttcctgccttaactgatgacattccaccacaaaagaaattaaaatggcctgttcttgccttaactgatgacattatcttgtgaaattccttctcct
s ponAbe2.chr21  16342418 163 +  48394510 aggcctctgagcccaagctaagccatcatatcccctgtgacctgcaggtacacatccagatggccagttcctgccttaactgatgacattccaccacaaaagaaatgaaaatggcctgttcctaccttaactgatggcattatcttgtgaaattccttctcct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16730114 163 +  46489110 aggcctctgagcccaagctaagccatcatatcccctgtgacctgcacgtacacatccagatggccggttcctgccttaactgatgacattccaccacaaaagaaatgaaaatggcctgttcttgccttaactgatggcattatcttgtgaaattccttctcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166140452   0 - 196418989 C

a score=31418.000000
s hg19.chr21     18003538 118 +  48129895 ggctcatcctggctcaaaagctccccaactgagcatcttgtgacccccactcttgcctgccagagaacaaccccactttttcctttacctacccaaatcctataaaacagccccaccc
s panTro2.chr21  16730277 118 +  46489110 ggctcatcctggctcaaaagctccgcaactgagcatcttgtgacccccactcttgcctgccagagaacaaccgcactttttcctttacctacccaaatcctataaaacagccccaccc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342581 118 +  48394510 ggctcatcctggctcaaaagctcacctactgagcaccttgtgacccccactcctgcctgccagagaacaacccccctttttcctttacctacccaaatcctataaaacggccccaccc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166140452   0 - 196418989 C

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s hg19.chr21     18003656 60 +  48129895 ctatctcccttcgctgactctctttttggactcagcccgcctgcacccaggtgattaaaa
s panTro2.chr21  16730395 60 +  46489110 ctatctccctttgctgactctctttttggactcagcctgcctgcacccaggtgattaaaa
i panTro2.chr21 C 0 I 5420
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166140452  0 - 196418989 C

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 I 5420 C 0
e rheMac2.chr3  166140452  0 - 196418989 C

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140452 55 - 196418989 --AGAATGTGCCACAGAAAATAAGACACATCAATGAGGGTAGGTTTGAAATACCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=189667.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140548 29 - 196418989 AATTCCATAGttaagaacttactatatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16342936 75 +  48394510 tcaggcattttaagaactctgcatatataattacatttgacccttctaatgcctttatcagataggttctattat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166140577 75 - 196418989 tcaggcgttttaagaactctgcatatataattacatttgacccttctaatgcctttatcagataggttctattat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166141098 99 - 196418989 TTACTCACTTAGTCCACTTAGTGGAAACCATAGTTACTGTGAGCTTTCTATCTTTTAGTCCAAATATTCAATGCCCAAAAAGAGATGCTTGACTGCTTG
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s rheMac2.chr3  166141197 82 - 196418989 ACTTTTTTTT-------TTTCTAATCACAAACAACACTAATTGTGGGGATGGAACACTTTGGCTAGGTTTAGGTCATTGTGCATTCTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=161932.000000
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s rheMac2.chr3  166141279 23 - 196418989 AACTATTATCTattcattttctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16343629 23 +  48394510 AACAATTATATATTCATTATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16736754 23 +  46489110 AACAATTATCTATTCAGTCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=440153.000000
s hg19.chr21     18004596 37 +  48129895 AAAtcaagaatattttgagaatgttttt-atatgtctg
s rheMac2.chr3  166141302 36 - 196418989 aaatcaagaatattttgaaaatgtttt--atatgtctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16343652 36 +  48394510 AAAtcaagaatattttgagaatgtttt--atatgtctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16736777 38 +  46489110 AAAtcaagaatattttgagaatgttttttatatgtctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=733616.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=102327.000000
s hg19.chr21     18004697 33 +  48129895 gagagacagggaataagtaagttaaaatatata
s panTro2.chr21  16736879 33 +  46489110 gagagacagggaataagtaagttaaaatatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166141402 33 - 196418989 gagagacagggaataagtaagttaaaatatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=381419.000000
s hg19.chr21     18004730 84 +  48129895 ataaatatccaagaggcaaatacatatataagataaatacataagctgatttcaaatagtactacattaaaacaaggtaatata
s panTro2.chr21  16736912 84 +  46489110 ataaatatccaagaggcaaatatatatataagataaatacataagctgatttcaaatagtactacattaaaacaaggtaatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16343785 79 +  48394510 ataaatatcc--gaggcaaatacatatac---ataaatacataagctgatttcaaatagtactacattaaaacaaggtaatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166141435 84 - 196418989 ataaatatccaagaggcaaatacatatataagagaaatacataagctaatttcaaatagtactatgttaaaacaaggtaatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=927209.000000
s hg19.chr21     18004814 112 +  48129895 tagcaaaagattgatggggcagaggagtggaggtcaatattagatatataagagaatatttatctgagataacatctgaatagagacccagatgacaag-aaaaaaacagcca
s panTro2.chr21  16736996 112 +  46489110 tagcaaatgattgatggggcagaggagtggaggtcaatattagatatataagagaatatttatctgagataacatctgaatagagacccagatgacaag-aaaaaaacagcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16343864 113 +  48394510 tagcaaatgattgatgggggagaggagtggaggtcaatgttggatatataagagaatatttatctgagataacatctgaatagagacccagatgacaagcaaaaaaacagcca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166141519 112 - 196418989 aagcaaatgattgatggggtggaggagtggaggtcaatattagatatataagagaatagttatctgagataacatctaaatagagacccagatgacagg-aaaaaaacagccg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-173266.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16343977 25 +  48394510 tcaaaaaatcaagaaaggtgatggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166141631 24 - 196418989 tcaaaaaatcaggaaa-atgatggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=979118.000000
s hg19.chr21     18004951 49 +  48129895 aggtagagaggatgaaaggtacaaacacaatgaactgagaatattagac
s panTro2.chr21  16737133 49 +  46489110 aggtagagaggatgaaaggtacaaacgcaatgaactgagaatattagac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16344002 49 +  48394510 aggcagagaggatgaaaggtacaaatgcaatgagctgagaatattagac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166141655 49 - 196418989 aggcagagaggatgaagggtacaaacgcaatgagctgagaatattaggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=521526.000000
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s panTro2.chr21  16737182 30 +  46489110 agccaggatggctagaacctagtaagcaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166141704 30 - 196418989 agccaggatggctagaacctagtaagcaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=284034.000000
s hg19.chr21     18005030 36 +  48129895 tgggaaaaaatgtagggaataagttagaggcaggga
s panTro2.chr21  16737212 36 +  46489110 tgggaaaaaatgtagagaataagttagaggcaggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=99505.000000
s hg19.chr21     18005066 39 +  48129895 ggcagatagggactaaaattacatatgggaggctctgta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=4341704.000000
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s panTro2.chr21  16737287 191 +  46489110 aggcatttgaatgttattcATGTGGAAAAAGTTATAGCCAAAGGGAGGATGCTATGATTTTCTCAAGTTGGGTTAGGTACCCCTTGGGTTATGTTTTAATTTGACTGCTTTTGTTGCAGCCAGAAGGTTGTAGAATGAGGTGGAGTATTTCCCATGGGAGCTGTGGTTCTGGGCAGA-TAAAACAATGCACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1356769.000000
s hg19.chr21     18005296 79 +  48129895 ATTCTATTCTCTTCACAATTCTGTTCAAGTACTTCTGTTATAAATCCCCTTAACAGTAAGTGCCCCCATTGTCAATCAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166141999 79 - 196418989 GTTCTATTCTCTTCACAATTCTGTTCAGGTACTTCTGCTATAAATCCCCTTAACAGTCAGTCCCCCCACTGTCAATCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=919270.000000
s hg19.chr21     18005375 65 +  48129895 AGTGGCCACTGCTCTTCCAAAACCAGCTTTATCTAGGTTTTATTTTCTACCAGTTTTCAATATCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616932.000000
s hg19.chr21     18005440 41 +  48129895 TAAATTTTCTTCTCTTTTATACAATTTTAAGGCTGTTTAAA
s rheMac2.chr3  166142142 41 - 196418989 TAAATTTTCTTATCTTTTATACAATTTTAAGGCTGTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16737622 41 +  46489110 TAAATTTTCTTCCCTTTTATACAATTTTAAGGCTGTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1256388.000000
s hg19.chr21     18005481 93 +  48129895 AGGGCTAGCTCAATTGGAATATGCATAACTTTCCAATGTTGGAAAGTGATCTTTGCTATGCTGA--TCATTGATTGATTACCTGACAGTCAACAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16344533 93 +  48394510 AGGGCTAGCTCAATTGAAATATGCATAACTTTCCAACGTTGGAAAGTGATCTTTGCTATGCTGA--TCATTGATTGATCACCTGATAGTTAACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142183 94 - 196418989 AGGGCTAGCTCAATTGAAATATGAATAACTTTCCAGCGTTGGAAAGTGATCTTTGTTATGCTGAATTCATTGATTGATTACCTGATAGT-AACAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1040723.000000
s hg19.chr21     18005574 55 +  48129895 CTATTTGAATCACTGTCTCTTGCCTCTAAGCATTGGCTTCCAAGTAGATTTCACT
s panTro2.chr21  16737756 55 +  46489110 CTATTTGAATCACTGTCTCTTGCCTCTAAGCATTGGCTTCCAAGTAGATTTCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16344626 55 +  48394510 CTATTTGAATCACTGTCTCTTGCCTCTAACCATTGGCTTCCAGGTAGATTTCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142277 55 - 196418989 TTATTTGAATTACTGTCTCTTGCCTCTAGGCATTGGCTTCCAGGTAGATTTCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=629394.000000
s hg19.chr21     18005629 31 +  48129895 GGGCTTTGTATTTTAAAGTTTCCTATTTTCC
s panTro2.chr21  16737811 31 +  46489110 GGGCTTTGTATTTTAAAGTTTCCTATTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16344681 30 +  48394510 GGGCTTTGTATTTTAAAGTTTCC-ATCTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142332 31 - 196418989 GGGCTTTGTATTTTAAAGTTTCCTATCTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1456252.000000
s hg19.chr21     18005660 68 +  48129895 AAGCTCTGTTATTTGCCATGCTTCTTTTCAGTTTTCTTAGGAAAAAAATGATTGGATCCTGGGGGCAT
s panTro2.chr21  16737842 68 +  46489110 AAGCTCTGTTATTTGCCATGCTTCTTTTCAGTTTTCTTAGGAAAAAAATGATTGGATCCTGGGGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16344711 68 +  48394510 AAGCTCTGTTATTTGCCATGCTTCTTTTCAGCTTTCTTAGGAAAAAAATGATTGGATCCTGGGGGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142363 68 - 196418989 AAGCTCTGTTATTTGCCATGCTTATTTTCAGCTTTCTTAGGAAAAAAATGATTGGATCCTGGGGGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1275810.000000
s hg19.chr21     18005728 68 +  48129895 TTGCTAGATATCTGGCAAGGAGCATCACACAGGTATAAAAGCAAGTCAACCTAACTGAGGAAAATTGA
s panTro2.chr21  16737910 68 +  46489110 TTGCTAGATATCTGGCAAGGAGCATCACACAGGTATAAAAGCAAGTCAACCTAACTGAGGAAAATTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16344779 68 +  48394510 TTGCTAGATATCTGGCAAGGAGCATCACACAGGTATAAAAGCAAGTCAGCCTAACTGAGGTAAATTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142431 64 - 196418989 TTGCTAGATATCTGGCAAGGAGCATCACACAGGTATAAAAGCAAGTCAAC----CTGAGGAAAATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1219139.000000
s hg19.chr21     18005796 103 +  48129895 GTAAAATGGAAAAGGATGCCAGTAGAAAGGAGAGAATCTGGGA--GGAAAAAAAAAA----GGGAAACTATATACAGTCAGGTAGTAGTCATATCAAAAAACAAAGGAA
s panTro2.chr21  16737978 107 +  46489110 GTAAAATGGAAAAGGATGCCAGTAGAAAGGAGAGAATCTGGGA--GGAAAAAAAAAAAAAAGGGAAACTATATACAGTCAGGTAGTAGTCATATCAAAAAACAAAGGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16344847 102 +  48394510 GTAAAATGGAAAAAGATGCCAGTAGAAAGGAGAGAATCTGGGA--GGGAAAAAAAAG-----GGAAACTATATACAGTCAGGTAGTAGTCATATCAAAAAACAAAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142495 109 - 196418989 GTAAAATGGAAAAGGATGCCAGTAGAAAGGAGAGAATCTGGGAAGGGGAAAAAAAAAAAAAGGGAAACTATAGACAGTCAGGTAGTAGTCATATCAAAAAACAAAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2100645.000000
s hg19.chr21     18005899 81 +  48129895 TGCCCCCAAAGAGTTATGAATTGCTGCAGGAGAATTAATGAGATGGAAAATTTCTCAAGGAAAAAGAGCCAAGTATATATA
s panTro2.chr21  16738085 81 +  46489110 TGCCCCCAAAGAGTTATGAATTGCTGCAGGAGAATTAATGAGATGGAAAATTTCTCAAGGAAAAAGAGCCAAGTATATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16344949 81 +  48394510 TGCCCCCAAAGAGTTATGAATTGCTGCAGGAGAATTAATAAGATGGAAAATTTCTCAAGGAAAAAGAGCCAAGTATATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142604 81 - 196418989 TGCCCCCAAAGAGTTATGAATTGCTGCAGGAGAATTAATGAGATGGAAAATTTCTCAAGGAAAAAGAGCCAAGTATATATa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2004363.000000
s hg19.chr21     18005980 139 +  48129895 AAGGGGAGAAAAGCATAAAATGAAGAAAAAAAAAAAACAAATAAGGCAAAAT-AAAAATTTTTAAAAACCCCATAGTGCAGGGTGAAAGAGTAAAACAAAAGAAAGGATAAATTAGGAAATGGTGCATTGCATTAAAGCA
s panTro2.chr21  16738166 135 +  46489110 AAGGGGAGAAAAGCATAAAATGAAGAAAAAAAAA---CAAATAAGGCaaaat-aaaaatttttaaaaattCCA-AGTGCAAGGTGAAAGAGTAAAACAAAAGAAAGGATAAATTAGGAAATGGTGCATTGCATTAAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16345030 135 +  48394510 AAGGGGAGAAAAGCATAAAATGAAGAAAAAAAAA---CAAATAAGGGAAAAT-AAAAATTTTTAAAAACCTCA-AGTGCAAGGTGAAAGAGTAAAACAAAAGAAAGGATAAATTAGGAAATGGTGCATTGCATTAAAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142685 133 - 196418989 aaggggagaaaagcataaaaggaagaaaaaaaaa------ataagggaaaagaaaaaaTTTTTAAAAACCCCA-AGTGCAAAGTGAAAGAGTAAAACAAAAGAAAGGATAAATGAGGAAATGGTGCCTTGCATTAAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=13402426.000000
s hg19.chr21     18006119 345 +  48129895 AATGTATTCTGTTTTCTTTATTCTTATCTTTAACTGGCTTTGCATTTCTCGGGTAGCAAAGCCAAACTGAAAGGATAATTTTGTTTATGTACCCAATTTGCATAATTGTGCAATATAAATTACAATGCTAATTAAGGACAGCCCTTGGGCTTCTGGAATTGGGTCAAAGTGGCTCCCCAAGTGCAGGGAGGTTGGGGCATTGGCTCTGTCCCCTCTCCCACTGCAGGGAAGCTGGGCAAGAA-------CCTCTCTGACAGTGTGTGAAATCTTGTCAGAATTTGTTGAAGACCCAGAACTGTATGTCTCACTCCCAGACTTGGCTTTTAAAATCATTTTTGTGTGATTCCG
s panTro2.chr21  16738301 352 +  46489110 AATGTATTCTGTTTTCTTTATTCTTATCTTTAACTGGCTTTGCATTTCTCGGGTAGCAAAGCCAAACTGAAAGGATAATTTTGTTTATGTATCCAATTTGCATAATTGTGCAATATAAATTACAATGCTAATTAAGGACAGCCCTTGGGCTTCTGGAATTGGGTCAAAGTGGCTCCCCAAGTGCAGGGAGGTTGGGGCATTGGCTCTGTCCCCTCTCCCACTGCAGGGAAGCTGGGCAAGAAAAAAGAACCTCTCTGACAGTGTGTGAAATCTTGTCAGAATTTGTTGAAGACCCAGAACTGTATGTCTCACTCCCAGACTTGGCTTTTAAAATTATTTTTGTGTGATTCCG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16345165 352 +  48394510 AATGTATTCTGTTTTCTTTATTCTTATCTTTAACTGGCTTTGCATTTCTCGGGTAGCAAAGCCAAACTGAAAGGATAATTTTGTTTATGTACCCAATTTGCATAATTGTGCAATATAAATTACAATGCTAATTAAGGACAGCCCTTGGGCTTCTGGAATTGGGTCAAAGTGGCTCCCCAAGTGCAGGGAGGTTGGGGCATTGGCTCTGTCCCCTCTCCCACTGCAGGGAAGCTGGGCAAGAAAAAAGAACCTCTCTGACAGTGTGTGAAATCTTGTCAGAATTTGTTGAAGACCCAGAACTGTATGTCTCACTCCCAGACTTGGCTTTTAAAATCATTTTTGTGTGATTCCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166142818 352 - 196418989 AATGTATTCTGTTTTCTTTATTCTTATCTTTAACTGGCTTTGCATTTCTCGGGTAGCAAAGCCAAACTGAAAGGATAATTTTGTTTATGTACCCAATTTGCATAATTGTGCAATATAAATTACAATGCTAATTAAGGACAGCCCTTGGGCTTCTGGAATTGGGTCAAAGTGGCTCCCCAAGTGCAGGGAGGTTGGGGCATTGGCTCTGTCCCCTCTCCCACTGCAGGGAAGCTGGGCAACAAAAAAGAACCTCTCTGACAGTGTGTGAAATCTTGTCAGAATTTGTTGAAGACCCAGAACTGTATGTCTCATTCCCAGACTTGGCTTTTAAAATCATTTTTGTGTGATTCCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=786419.000000
s hg19.chr21     18006464 93 +  48129895 CAATGAAGCTCTTGAAAGCTAAAATTTCTTCTAAATGCGGTGTTGGTTATCATTTTATGAGTCCCCTCCCattttttttttttttttt--aattC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78875.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166144010 66 - 196418989 TTTCCAAACTCTTTCATGTCCAGACATATGAAAAAACAAAAAGATAACTATGTGATCCTGGGGtgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16739560 43 +  46489110 tatagtctgaatatttttgtatccccttggtggtaaagataac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166144076 43 - 196418989 tatagtccaaatatttttgtacccccttggaggtaaagataac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=862312.000000
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s panTro2.chr21  16739603 238 +  46489110 ccccaaaataatgggatgagaaggtggggcctttggaaggcagtttaatcatattagtggagctctcatcaatgcagtaagtgcccttataaaggaggcctgaaagagactccttgctccttctgccatgtgatatttcagtgagaagacagctatttataaagaagtgggccttcaggaaacttggaatctatagtcccttgatcttggactttccaacctccagaactaggaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16346472 238 +  48394510 ccccaaggtaatgggatgagaaggtggggcctttggaaggcagtttaatcatactggtggagctctcatcaatgcagtaagtgcccttataaaggaggcctaaaagagactccttgctccttctgccatgtgatatttcagtgagaagacagctatttataaagaagtgggccctcacgaaacttggaatctatagtcccttgatattggactttccaacctccagaactaggagaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166144119 238 - 196418989 ccccaaggtaatgggatgagaaggtggggcctttggaaggcagttgaatcatattggtggagtgctcgtcaatggagtaagtgcccttataaaggtggcctaaaagaggctccttgctccttctgccgtatgatatttcagtgagaagacagctatttctaaagaagcgggccctcaggaaacttggaacctatcgtcccttgatcttggactttccaacctccagaactaggaggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=172557.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=644502.000000
s hg19.chr21     18007708 107 +  48129895 CTAGGGTAAACTAGAGGAGAATTGGGACTGTGGGCAGGGCTGCTCATGTTCCAAGGTGACTGGATCTGTGGCTTTGCCCAACTCAACCTTCCAATTTCCTGAAACTA
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s rheMac2.chr3  166144417 107 - 196418989 aTAGGGTAAACTAGAGGAGAATTGGGACTGTGGGCAGGGCCGATCAGGTTCCAAGGTGACTGGATCTGTGGCTCTGACCAACTCAACCTTCCAATTTCCTGAAACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=422540.000000
s hg19.chr21     18007815 154 +  48129895 AGGGTTTAATATCTTGTGGCACATCAGTATATCTCGAGCAAGGTTCCACACTGTAATCCATGCAGCAACAATGTTCAAGTGATCATTCATAAGGAGTCCACGGTCAAATCAGCATGGGGTAAGTTGGGTTAAACACACAGACTTAAACATGTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16346877 145 +  48394510 AGAGGTTAGTATCTCATGGCACATCAGTATATCTCGAGCAAGGTCCCACACTGTAATCCATGCAGTAACAATGT--------TCATTCATAAGGAGTCCACGGTCAAATCAGCATGGGGTAAGTTGA-TTAAACACACAGACTTAAACATGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166144524 154 - 196418989 AGGGGTTGGTATCTCGTGGCATGTCAGTATATCTCGAGCAAGGTCCCACACCGTAATCCATGCAGCAACAATGTTCAAGTGATCATTCGTAAGGAGTCCATGGTCAAACCAGCATGGCGTAAGTTGGGTTAAACACACAGACTTAAACATGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-5472.000000
s hg19.chr21     18007969 60 +  48129895 ATCACAAGAATTGTGACATTAGCAACCCTTATTTCTACca---cttctc-ttttccctatggaa
s rheMac2.chr3  166144678 64 - 196418989 ATCACAAGGATTGTGACATTAGCAACCCTTATTTTTACCACTTATTCTCTttttccctgtggaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=322164.000000
s hg19.chr21     18008029 76 +  48129895 tccacctctctgcactttcacttttctccacatggtttgggtggaactggcctatccttggctataaaggagggca
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16740297 34 +  46489110 cttgacctgttctggtcagtgagagcagcttatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347161 34 +  48394510 cttgacctgttctggtcagtgagagtagcttcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166144818 34 - 196418989 cttgacctgttccagtcagtgagagtagcgtatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165973.000000
s hg19.chr21     18008139 34 +  48129895 ccccaggccatagggattggttcaggctgacagt
s rheMac2.chr3  166144852 34 - 196418989 ccccaggccatagggattggttcaggctgacagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347195 34 +  48394510 ccccaggccatagggattggttcaggctgacagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16740331 34 +  46489110 ccccaggccacagggattggttcaggctgacagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=31634.000000
s hg19.chr21     18008173 34 +  48129895 agactaga-gcatggcaaatcagagtcagactcag
s rheMac2.chr3  166144886 34 - 196418989 agactaga-gcatggcaaatcagagtcagactcag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347229 35 +  48394510 agactaaaggcatggcaaatcagagtcagactcag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16740365 34 +  46489110 agactaga-gcatggcaaatcagagtcagactcag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=200805.000000
s hg19.chr21     18008207 36 +  48129895 gaACAatggaaaaatttggcaaattcttggtagtat
s rheMac2.chr3  166144920 36 - 196418989 gaACACTAGACAAATTTAGGAAATTCTTCGTAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=588055.000000
s hg19.chr21     18008243 61 +  48129895 tttttgagcatgtagataaaactatgaatgaattttctaagttactcctcgtatccgagat
s rheMac2.chr3  166144956 61 - 196418989 TTTTTGAGCAGGTAGATAAAACTACGAATGAATTTTCTAAGTTACTACTGGTATCCAAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347300 57 +  48394510 TTTTTGAGCATGTAGATAAAACTTTGAAT----TTTCTAAGTTACTCCTGGTATCCGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16740435 61 +  46489110 tttttgagcatgtagataaaactatgaatgaattttctaagttactcctcgtatccaagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=624735.000000
s hg19.chr21     18008304 88 +  48129895 aacatacctctcattttgctgaagctagtctgaattgagtactattttcaactggagaagtcttgattgataTTTACTTTTATTTCCT
s rheMac2.chr3  166145017 84 - 196418989 AATATACTTCTCATTTTGCTGAAGCTAGTCTGAATTGGGTATTATTTTCAACTGGAGAAGAC----TTGATATTTATTTTTATTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16740496 88 +  46489110 aatatacctctcattttgctgaagctagtctgaattgagtactattttcaactggagaagtcttgattgataTTTACTTTTATTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=976972.000000
s hg19.chr21     18008392 112 +  48129895 AAGATTCAGCTCTAATagatcatgttcctgcttaaaagtctccaggactcaccattacataggggataaagtctaagtaattataACTTAATATATAGGTTTTACCTATAAT
s rheMac2.chr3  166145101 111 - 196418989 AAGATTCAGGTCTAATAGATCATGTTCCTGCTTAAAAGTCTCCAGGACTCACCATTGCATATGGGATAAAGTCTGAGTAATTGTAAC-TGATCTATATGTTTTACCTATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347445 111 +  48394510 AAGATTCAGCTCTAATagatcatgttcctgcttaaaagtctccaggactcaccattacataggggataaagtctaagtaattataAC-TAATATATAGGTTTTACCTATAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16740584 112 +  46489110 AAGATTCAGCTCTAATagatcatgttcctgcttaaaagtctccaggactcaccattacataggggataaagtctaagtaattataACTTAATATATAGGTTTTACCTATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=566538.000000
s hg19.chr21     18008504 104 +  48129895 TGCAGTAAATAT-GGGGCGGGTTCTCTCTCACTGGTTTATTGATGACAGTGTTAGCTAAGAGTAAACAGGGTGGTCAGAGTCTGTAGTCTAGTTAAGTATCCTTT
s rheMac2.chr3  166145212 105 - 196418989 TGCAGTAAATGTGGGGGCGGGTTCTCTCTCACGAGTTTATTGATGAGAGTGTTAGCTAAGAGTAAACAGGGTGGTGAGAGTCTGTAGTCTAGTTAAGTATCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347556 104 +  48394510 TGCAGTAAATAT-GGCGTGGGTTCTCTCTCACTGGTTTATTGATGACAGTGTTAGCTAAGAGTAAACAAGGAGGTCAGAGTCTGTAGTCTAGTTAAGTATCCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16740696 104 +  46489110 TGCAGTAAATAT-GGGGCGGGTTCTCTCTCACTGGTTTATTGATGACAGTGTTAGCTAAGAGTAAACAGGGTGGTTAGAGTCTGTAGTCTAGTTAAGTATCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=384370.000000
s hg19.chr21     18008608 79 +  48129895 TAATACATTGGTTGAGGGGTCCTCAACAAACAGATTGCTTTTTGCTCCTAGAGTTGATCATGCTTTTGGGTATATTTTT
s panTro2.chr21  16740800 79 +  46489110 TAATACATTGGTTGAGGGGTCCTCAACAAACAGATTGCTTTTTGCTCCTAGAGTTGATCATGCTTTTGGGTAGATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347660 79 +  48394510 TAATATGTCGGTTGAGGGGTCCTCAACAAACAGATTGCTTTTTGCTCCTAGAGTTGATCATGCTTTTGGGTAGAttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145317 79 - 196418989 TAATATGTTGGTTGAGGGGTCCTCAACAAACAGATTGCTTTTTGCTCCTAGAGTTGGTCATGCCTTTGGGTAGATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=226817.000000
s hg19.chr21     18008687 61 +  48129895 TTT--------TTCCTTTCTTCTGCAATTGTTCAGGTGCATTTAGTAACTCCAGCCTTTCTCTCTGGCG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347739 69 +  48394510 tttttttttttttgcttttttCTGCAATTGTTCAGGTGGATTTAGTAACTCCAGCCTTTCTCTCTGGCG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145396 61 - 196418989 TTT--------TTCTTTTTTTCTGCAATTGTTCAGGTGGATTTAGTAACTCCAGCCTTTCTTTCTGGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=673308.000000
s hg19.chr21     18008748 89 +  48129895 TATACTTTGTTACTAATTATAAAGGCATAATCTTGACAATGTAGACATTTTAGAGAATACTCCTTCTGATGGTTGTATATATATTGAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145457 89 - 196418989 TATACTTTGGTACTAATTATAAAGGCATAATCTTGACAATGTAGACATTTTAGAGAATACTCCTTCTGATGGTTGTATATGTATTGAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=150846.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145546 25 - 196418989 ACAATTACTCTAAAGcagtgattct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=728659.000000
s hg19.chr21     18008862 100 +  48129895 taaagtgtggtctccggaccagca-tattgtcacctgggaaattgtt---agtgatgtagagtcttgggccaaacctcagacccattgaatcagaaaatctggg
s panTro2.chr21  16741052 104 +  46489110 taaagtgtggtccccggaccagcagtattgtcacctgggaaattgttgttagtgatgtagagtcttgggccaaacctcagacccattgaatcagaaaatctggg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16347922 101 +  48394510 gaaagtgtggtccctggaccagcagtattgtcacctgggaaattgtt---agtgatgtagagttttgggccaaacctcagacccattgaatcagaaaatctggg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145571 101 - 196418989 taaagtgtcgtccctgtaccagcagtattgccacctgggaaattgtt---agcgatgtaaagtcttgggccaaacctcagatccattgaatcagaaaatctggg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=97163.000000
s hg19.chr21     18008962 27 +  48129895 gatgatggccagcaatttgtattttaa
s panTro2.chr21  16741156 27 +  46489110 gatgatggccagcaatttgtattttaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348023 27 +  48394510 gatggtggccagcaatttgtattttaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145672 24 - 196418989 gatgatggccagcaatttgtattt---
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=617084.000000
s hg19.chr21     18008989 125 +  48129895 taacaaggtgattctcttgcgtgataaagtttTCAAACAGTTGACAAGAAAGGTCAAAGCCTGGAGAATATCTTGGTCGAGGACTTCCTAAAACCTTCTATCTCATTACCCCAATATACTTTCCT
s panTro2.chr21  16741183 125 +  46489110 taacaaggtgattctcttgcgtgataaagtttTCAAACAGTTGACTAGAAAGGTCAAAGCCTGGAGAATATCTTGGTTGAGGACTTCCTAAAACCTTCTATCTCATTACCCCAATATACTTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348050 124 +  48394510 taacaaggtgattctcttgcgtgataaagtttTCAAACAGTTGACAAGAAAGGTCAAAGCCTGGAGAATATCTTGGTTGAGGAC-TCCTAAAACCTTCTATCTCATTACCCCAATATACTTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145696 121 - 196418989 taacaaggtgattctcttgcatgAC--AGTTTTCAAATGGTTGACAAGAAAGGTCAAAGCCTGGAGAATATCTTGGTTGAGGACTTCCTAAAATCTTC--TCTCATTACCCCAGTATACTTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-10724.000000
s hg19.chr21     18009114 14 +  48129895 CATGCCTTTTTAAT
s panTro2.chr21  16741308 14 +  46489110 CATGCCTTTTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348174 14 +  48394510 CATGCCTTTGTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145817 14 - 196418989 CATACCTTTTTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=328538.000000
s hg19.chr21     18009128 41 +  48129895 TGCTATTTCACTAGAGTTTTTACTTCTCTCGGGAGCTCATC
s panTro2.chr21  16741322 41 +  46489110 TGCTATTTCACTAGGGTTTTTACTTCTCTCGGGAGCTCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348188 41 +  48394510 TGCTATTTCACTAGAGTTTTTACTTCTCTCGGGAGCTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145831 41 - 196418989 TGCTATTTCACTAGAGTTTTTACTTCTCTCAGGAACTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=914008.000000
s hg19.chr21     18009169 122 +  48129895 CTATTTAACCGGGTTTTTAGTTTTACAATTTCATGCCCACTCTGCGTGGA--TCTATTGTCAGGTTCTCACTTTTCTTGATAGTTTTCTTGGAAAATTAAAAGATCAAGCCAACTGGATTTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348229 124 +  48394510 CTATTTAACCGGGTTTTTAGTTTTACAGTTTCATGCCCACTCTGCGTGGATGTCTATTGTCAGGTTCTCACTTTTCTTGATAGTTTTCTTGGAAAATTAAAAGATCGAGCCAACTGGATTTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145872 124 - 196418989 CTATTTAACTGGGTTTTTAGTTTTGCAATTTTATGCCCCCTCTGCGTGGATGTCTATTGTCAGGTTCTCACTTTTCTTGATTGTTTTCCTGGAAAATTAAAAGATCAAGTCAACTGGATTTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=336354.000000
s hg19.chr21     18009291 53 +  48129895 TTATTTCAACTGCCATTATATCTTCTTCAGGGT---GTTTTAAAATTATCATATA--C
s panTro2.chr21  16741485 55 +  46489110 TTATTTCAACTGCCATTATATCTTCTTCAGGGT---GTTTTAAGATTATCATATATAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348353 58 +  48394510 TTATTTCAACTGCCATTATATCTTCTTCAGAGTAGAGTTTTAAAATTATCATATATAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166145996 57 - 196418989 TTAGTTCAACTTCCATTATATCTTCTTCAGGGT-GGAGTTTAAAATTATCATATATAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=328832.000000
s hg19.chr21     18009344 60 +  48129895 TTGCTCCCCCCTCCCAACCCC-----TTTACCATCTTGTTGATTTCAGACTAGTATTTAAATCAT
s panTro2.chr21  16741540 60 +  46489110 TTGCTCCCCCCTCCCAACCCC-----TTTACCATCTTGTTGATTTCAGACTAGTATTTAAATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348411 64 +  48394510 TTGCT-CCCCCTCCCAACCCCTTAGATTTACCATCTTGTTGATTTCAGACTAGTATTTAAATCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204650.000000
s hg19.chr21     18009404 29 +  48129895 ATTTCCTAGACAGGCAACTTATGCCATTG
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a score=327180.000000
s hg19.chr21     18009433 46 +  48129895 TGAGATACAAAATAGTTCATATAACATAGCAAGGGGATATCATTCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=465105.000000
s hg19.chr21     18009479 60 +  48129895 AGAATTAAACTCATGTTACAGAAATTTCATCACGAAGGTAAAACACATTTGTATAAATTG
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s ponAbe2.chr21  16348550 60 +  48394510 AGAATTAAACTCATGTTATAGAAATTTCATCATGAAGGTAAAACACATTTGTATAAATTG
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a score=153972.000000
s hg19.chr21     18009539 54 +  48129895 AACTTTGACTATATTTGCATCACAAGCAGTAGACCAAGACAGACACTGTTtaat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348610 43 +  48394510 AACTTTGACTATATTTGCATCACAAgcagtagaccaagacaga-----------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16741735 54 +  46489110 AACTTTGACTATATTTGCATCACAAGCAGTAGACCAAGACAGACACTGTTtaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=265844.000000
s hg19.chr21     18009593 45 +  48129895 catttagagcatcagctataaagtcagacttcctgagttcagata
s rheMac2.chr3  166146306 45 - 196418989 cgtttagagcatcagctatgaagtcagacttcctgagttcagatc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348653 36 +  48394510 ---------catcagctataaagtcagacttcctgagttcagatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=452971.000000
s hg19.chr21     18009705 55 +  48129895 gaataaggaaaatGCTTAGTAAATTTTAGTTAATGCTACAGCTTTTGAGGCAACA
s panTro2.chr21  16741901 55 +  46489110 gaataaggaaaatGCTCAGTAAATTTTAGTTAATGCTACAGCTTTTGAGGCAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348756 55 +  48394510 gaataaggaaaatGCTCAGTAAATTTTAGTTAATGCTACAGCTTTTGAGGCAACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166146418 55 - 196418989 gaataaggaaaatGCTCAGTAAATTTTAGTTAATGTTATAGCTTTTGAGGCAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=359722.000000
s hg19.chr21     18009760 60 +  48129895 TCCTGAGAAAGATGCCCACACGTAATAGCAAGGCAAGGTTTGTCTAAACTAAAATCCTGT
s panTro2.chr21  16741956 60 +  46489110 TCCTGAGAAAGATGCCCACACGTAATAGCAAGGCAAGGTTTGTCTAAACTAAAATCCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348811 60 +  48394510 TCCTGAGAAAGATGCCCACACTTAATAGCAAGGCAACGTTTGTCTAAACTAAAATCCCGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166146473 60 - 196418989 TTCTGAGAAAGGTGCCTTCACGTAATAGCCAGGCAAGGTTTGTCTAAACTAAAATCGTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1095118.000000
s hg19.chr21     18009820 106 +  48129895 CTCTGTGAACACACATAAAGGCTCATATTTTGAAGACAAAGAGAATTGGTTGAGAATGATTAAACCTATACTGGTAAATGAAAATAACAAACAATTCTTATAAAAC
s panTro2.chr21  16742016 106 +  46489110 CTCTGTGAACACACATAAAGGCTCATATTTTGAAGACAAAGAGAATTGGTTGAGAATGATTAAACCTATACTGGTAAATGAAAATAACAAACAGTTCTTATAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348871 106 +  48394510 CTCTATGAACACACATAAAGGCTCATATTTTGAAGACAAAGAGAATTGGTTGAGAATGATTAAACCTATACTGGTAAATAAAAATAACAAACAGTTCTTATAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166146533 106 - 196418989 CTGTATAAACACACATAAAGGCTCGTATTTTGAAGACAAAGATAATTGGTTGAGAATGATTAAACCTATACTGGTAAATGAAAATAACAAACAGTTCTTATAAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=257782.000000
s hg19.chr21     18009926 32 +  48129895 TTGCAGAATGTACTCAAACTTAACATAACTTT
s panTro2.chr21  16742122 32 +  46489110 TTGCAGTATGTACTCAAACTTAACATAACTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16348977 32 +  48394510 TTGCAGTATGTACTCAAACTTAACATAACTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166146639 32 - 196418989 TTGCAGTATGTACTCAAACTTAACATAACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=474484.000000
s hg19.chr21     18009958 87 +  48129895 AATTAATATGCTATCAGATTTAGTTTAGTTCACATTAACCCAAGCCCAGAGACTTACACCAATTTTAGTTAAGATAATAGTCTCTGT
s panTro2.chr21  16742154 87 +  46489110 AATTAATATGCTATCAGATTTAGTTTAGTTCACATTAACCCAAGCCCAAAGACTTACACCAATTTTAGTTAAGATAATAGTCTCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349009 87 +  48394510 AATTGATATGCTATCAGATTTAGTTTAGTTCACATTAACCCAAGCCCAGGGACCTACACCAATTTTAGTTAAGATAATAGTCTCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166146671 87 - 196418989 AATTGATGTGCTATCAGATTTAGTTTAGTTCACATTAACCCAAGCCCAGAAACTTGCACCAATTTTAGCTAAGATAATAGTCTCTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1317949.000000
s hg19.chr21     18010045 247 +  48129895 TTTTTCTAATCTAGTCTCTTTTTATTTGACTAGAAGTTCTTACTTTCCTTTTCTGAGGGCCTAATTCTCTTCTAAGTCCACTAACTCAGATGTTATCATCATGTTTATAAATGGATCAGTCCCAGGTGTTGTTACTTCCATGCCTGTGAGCACATATTATCGTTTGTAAAAAAAAA--TGTTCTAAAGTTTTTAAATAGCTAAAAATTCATGTTAAAATTCTTGCTATACAGCAGCCCAGAAGAG-----GTAT
s panTro2.chr21  16742241 254 +  46489110 TTTTTCTAATCGAGTCTCTTTTTATTTGACTAGAAGTTCTTACTTTCCTTTTCTGAAGGCCTAATTCTCTTCTAAGTCCACTAACTCAGATGTTATCATCATGTTTATAAATGGATCAGTCCCAGGTGTTGTTACTTCCATGCCTGTGAGCACATATTATCGTTTGTAAAAAAAAAAATGTTCTAAAGTTTTTAAATAGCTAAAAATTCATGTTAAAATTCTTGCTATACAGCAGCCCAGAAGAGAAGAGGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349096 242 +  48394510 TATTTCTAATCTAGTCTCTTTTTATTTGACTAGAAGTTCTTACTTTCCTTTTCTGAGGGCCTAATTCTCTTCTAAGTCCACTAACTCAGATGTT---ATCATGTTTATAAATGGATCAGTCTCAGGTGTTGTTACTTTCATGCCTGTGAGCACATATTATTGTTTGTAAAAAAAAG----TTCTAAAGTTTTTAAATAGCTAAAAACTCATGTTAAAATTCTTGCTATACAGCAGCCCAGAAGAG-----GTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166146758 245 - 196418989 TATTTCTAATCTACTCTCTTTTTATTTGACTAGAAGTTCTTATTTTCCTTTTCTGAGGGCCTAATTCTCTTCTAACTCCACTTACTCAGATGTTATCATCATGTTTATAAATGGATCAGTCTCAGGTGTTGTTACTTTCATGCCTGTGAGCACATATTATTGTTTGAAAAAAAGTG----TTCTAAAGTTTTTAAATAGCTAAAAATTTATGTAAAAATTCTTGCTATACCGCAGCCCAGAAGAG-----CTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=231085.000000
s hg19.chr21     18010292 44 +  48129895 GGCTTTTCTCCACTATGGCTATGATGCCTGCCAGGAATTATTAG
s panTro2.chr21  16742495 44 +  46489110 GGCTTTTCTCCACTATGGCTATGATGCCTGCCAGGAATTATTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349338 44 +  48394510 GGCTTTTCTCCACTATGGTTATGATGCCTGCCAGGAATTATTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147003 44 - 196418989 GGCTTTTCTCCACTATGGCTATGATGCCTGCCAGGAATTGTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=67669.000000
s hg19.chr21     18010336 30 +  48129895 TTGTTCCAGTAATGTCCCTAATACCTGTCT
s panTro2.chr21  16742539 30 +  46489110 TTGTTCCAGTAATGTCCCTAATACCTGTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349382 30 +  48394510 TTGTTCCAGTAATGTCCCTAATACCTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147047 30 - 196418989 TTGTCCCAGTAATGTCCCTAATACCTGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=878696.000000
s hg19.chr21     18010366 153 +  48129895 GAATAATCTTTGGGTGACTGGGTATAGAATTTTACACTCTATAGCATACTGGCTAAATTTGCTTCTTCACAGTTATACCCATCATATACTGTCTGGTCTTAAAAATTCACTTACATATTACATGTATACCTGCATTTGCttatttaaaaacta
s panTro2.chr21  16742569 153 +  46489110 GAATAATCTTTGGGTGACTGGGTATAGAATTTTGCACTCTATAGCATACTGGCTAAATTTGCTTCTTCACAGTTATACCCATCATATACTGTCTGGTCTTAAAAATTCACTTACATATTACATGTATACCTGCATTTGCttatttaaaaacta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349412 153 +  48394510 GAATAATCTTTGGGTGACTGGGTATAGAATTTTACACTCTATAGCATACTGTCTAAATTTGCTTCTTCACAGTTATACCCATCATGTAGTGTCTGGTCTTAAAAATTCACTTACATATTACATGTATACCTGCATTTGCttatttaaaaacta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147077 153 - 196418989 GAATAATCTTTGGGTGACTGGGCATAGAATTTTACACTCTACAGCATACTGGCTATATTTGCTTCTTCACAGTTACAGCCATCATATACTGTCTGGTCTTAAAAATTCACTTGCATATTACATATATACCTGCATTTGCttatttaaaaacta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200500.000000
s hg19.chr21     18010519 38 +  48129895 ttaaatatcaggtactgttctaggcatcaaaaacacaa
s panTro2.chr21  16742722 38 +  46489110 ttaaatgtcaggtactgttctaggcatcaaaaacacaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349565 38 +  48394510 ttaaacgtcaggtactgttctaggcatcaaaaacacag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147230 25 - 196418989 ttaaatgtcagatactgttctaggc-------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 37

a score=652899.000000
s hg19.chr21     18010557 130 +  48129895 ggtttacttaagtccctgccattatgatgcttacattAACAGTGAAAtaaactgtaatcattctagaaggcagaaaccgaaagttttcttgtctgcctttttcttagtagagtgctggaaacataagtag
s panTro2.chr21  16742760 130 +  46489110 ggtttacttaagtccctgccattatgatgcttacattaacagtgaaataaactgtaatcattctagaaggcagaaaccgaaagttttcttgtctgcctttttcttagtagagtgctggaaacataagtag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349603 130 +  48394510 ggtttacttaagtccctgccattatgatgcttctattAACAGTGAAATaaactgtaatcattctagaaggcagaaacggaaagttttcttgtctgcctttttcttagtagagtgctggaaacattagtag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147292 129 - 196418989 ggtttacttaagtccctgccattatgatgcttatattaacaatgaaataaactgtaatcaTTCTAGAAGGCAGAAACAGAAAGTTTTCTTGTC-GCCTTTTTcttagcagagcgctggaaacataagtag
i rheMac2.chr3  I 37 C 0

a score=229065.000000
s hg19.chr21     18010687 61 +  48129895 gtgcttaataaaGACTCCTGGATTATTAAAATGCATACTATACTTAAAATGTTAGGAACTT
s panTro2.chr21  16742890 61 +  46489110 gtgcttaataaaGACTCCTGGATTATTAAAATGCATACTATACTTAAAGTATTAGGAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349733 61 +  48394510 gtgcttaataaaGACTCCTGGATTATTAAAATGCATACTATACTTAAAATATTAGGAACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147421 48 - 196418989 gtgcttaataaaGACTCCTGGATTATTGAAATGCATACTATACTTAAA-------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=74015.000000
s hg19.chr21     18010748 300 +  48129895 ATggccgggcacagtggctcacacctgtaatcccagcaccttgggaggccaagacgggcggatcaccaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacaaggaaaaacccggtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcttggtggcgggcccctgtagtcccagctactcgggaggct-aggcaggaggatggcatgaacctgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgcaccactgcactccagcctgggcgacagagtgagactccatctcaaaaaaaaaaaaaagaaa
s panTro2.chr21  16742951 300 +  46489110 ATggctgggcacagtggctcacacctgtaatcccagcaccttgggaggccaagacgggcagatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacaaggagaaacccggtctctactaaaaatacaaaaaattagctgggcttggtggcaggcccctgtagtcccagctactcgggaggct-aggcaggaggatggcatgaacctgggaggcagagcttgcagtgagccgagatcgcaccactgcactccagcctgggcgacagagtgagactccatctcaaaaaaaaaaaaaaagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16349794 301 +  48394510 TTggccaggtgcggtggcgcacagctgtaatcccagcactttgggacgctgaggtgggcggatcacaaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacgcggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaaattagccgggtgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatgatttgaacctgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgcaccactgcactccagcccgggcgacagagtgagactccatctcaaaaaaaaaaaaagaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166147469   1 - 196418989 I

a score=452581.000000
s hg19.chr21     18011048 78 +  48129895 aaaaTATATTAGGAACTTCTGAGGAGCCTAGTTGAAGAAGGAAGCTCAGCAAATGCAGGCTTATGGAGTGGAAGATTA
s ponAbe2.chr21  16350095 78 +  48394510 aaaaTATATTAGGAACTTCTGAGGAGCCTAGTTGAAGAAGGAAGCTCAGCAAATGCAGGCTTATGGAGTGGAAGATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16743251 78 +  46489110 aaaaTATATTAGGAACTTCTGAGGAGCCTAGTTGAAGAAGGAAGCTCAGCAAATGCAGGCTTATGGAGTGGAAGATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147470 71 - 196418989 -------ATTAGGAACTCCTGAGGAGCCTGGCTGAAGAAGGAAGCTCAGCAAATGCAGGCTTATGAAGTGGAAGATTA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=321162.000000
s hg19.chr21     18011126 80 +  48129895 TTTGAGCAGCAAATCACTTTAGAGAATACCTAGTAGAACTGCTTACTTTTTAGGTGAAATAACAGAAAATACCTGTTGTT
s panTro2.chr21  16743329 80 +  46489110 TTTGAGCAGCAAATCACTTTAGAGAATACCTAGTAGAACTGCTTACTTTTTAGGTGAAATAACAGAAAATGCCTGTTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16350173 80 +  48394510 TTTGAGCAGCAAATCACTTTAGAGAATACCTAGTAGAACTGCTTACTTTTTAGGTGAAATAACAGAAAACACCTGTTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147541 74 - 196418989 TTTGAGCAGCAAATCACTTTAGAGAATACCGAGTGGAACT------TTCTTAGGTGAAATAACAGAAAATACCTGTTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=117908.000000
s hg19.chr21     18011206 91 +  48129895 TTAGtaa-gggagagaccacccttcatattgtcttatgcccaatttctgcctccaaagaaagaagaagtaaaaactaaaaggcagaaatgaa
s rheMac2.chr3  166147615 92 - 196418989 TTAGtaagggaggagaccacccctcatattgtcttatgctgaatttctgcctccaaagaaaaaacaagtaaaaactaaaagacagaaatgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16350253 92 +  48394510 TTAGtaaggggggagaccacccttcacatcgtcttatgcccaatttctgcctccaaagaaagaagaagtaaaaactaaaaggcagaaatgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16743409 91 +  46489110 TTAGtaa-gggagagaccacccttcatattgtcttatgcccaatttctgcctccaaagaaagaagaagtaaaaactaaaaggcagaaatgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=467558.000000
s hg19.chr21     18011297 369 +  48129895 atccacaagcatacagccctgcgccacaccctgggcctggtagttaaagatccacccctgacctaatcggttatgttatctatagattgcagacattgtatagaaaagcactgtgaaaatccctgtcctgttctgttccattctaattaccagtgcatgcagcctccagtcacgtaccccctgcttactcaatcgatcatgaccttctcacgtgga-ccccttagagtggtaagcccttaagagggacaggaattgctgactcggggagctcagttgttggagaagtgagtcttgccgaagctcctggccaaataaagcccttccttctttaactcggtgtctgacgggttttgtctgcggcttgtcctg
s panTro2.chr21  16743500 369 +  46489110 atccacaagcagacagccctgcgccacaccctgggcctggtagttaaagatccacccctgacctaatgggttatgttatctatagattgcagacattgtatagaaaagcactgtgaaaatccctgtcctgttctgttccattctaattaccagtgcatgcagcccccagtcacgtaccccctgcttactcaatcgatcatgaccttctcacgtgga-ccccttagagtggtaagcccttaagagggacaggaattgctgactcggggagctcagttgttggagaagtgagtcttgccgaagctcctgaccaaataaagcccttccttctttaactaggtgtctgatgggttttgtctgcggcttgtcctg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16350345 370 +  48394510 atccacaagcacacagcccagtgccacaccctgggcctggtagttaaagatccacccctgacctaatcggttatgttatctacagataacagacattgtatagaaaagcactgtgaaaatccctgtcctgttctgttctgttctaattgccagtgcacgcagcctccagtcacgtaccccctgcttgctcaatcgatcatgactttctcacgtggacccccttagagtggtaagcccttaagagggacaggaattgctcacttggggagctcagttgttggagaagtgagtcttgccgaagctcccggccaaataaagcccttccttctttaactcggtgtctgaggggttttgtctgtggcttgtcctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166147707 370 - 196418989 atccacaggcaggcagcccagcaccacaccctgggcctggtagttaaagatcaacccctgacctaattggttctgttatctataaattacagacgttgtatagaaaagcactgtgaaaatccctgtcctgctctgttccattctaattaccggtgcaagcagcccccagtcacgtaccccctgcttgctcaattgatcatgaccctctcacgtggacccccttagagttgtgagcccttaaaagggacaggaactgctcactcagggaactcagttgttggagacatgagtcttgccgaagctcccggccgaataaagtccttccttctttaactcagtgtctgaggggttttgtctgtggcttgtcctg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103205.000000
s hg19.chr21     18011666 37 +  48129895 ctataTTAGCAATTAAAAATTAACTGTACCATACAGT
s rheMac2.chr3  166148077 37 - 196418989 ctacaCTAGCAATTAAAACTTAGCTGTACCATACAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16350715 37 +  48394510 ctacaTTAGCAATTAAAAATTAACTGTAGCATACAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16743869 37 +  46489110 ctacaTTAGCAATTAAAAATTAACTGTACCATACAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-53768.000000
s hg19.chr21     18011703 39 +  48129895 C---------------AGTTGACTATACCATACAGTGTACCA-ACAGTATACCCC
s panTro2.chr21  16743906 39 +  46489110 C---------------AGTTGACTATACCATACAGTGTACCA-ACAGTATACCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16350752 54 +  48394510 CAATTGACTGTACCAAAATTGACTGTACCATACAGGGTACCG-ACAGTATACCCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166148114 54 - 196418989 CAATTGACTGTACCAAAATTGACCGTACCATACAGTGTACCCTATAGTATA-CCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=159055.000000
s hg19.chr21     18011742 92 +  48129895 CCTGCCCCCTGCTGACATAGTGAAGACTTGTGGGAAGTATCAGAAAGAGAACTGGAATTAAGG-AGGAAAATCAAGATTTGTGACTTTAGCCA
s panTro2.chr21  16743945 92 +  46489110 CCTGCCCGCTGCTGACATAGTGAAGACTTGTGGGAAGTATCAGAAAGAGAACTGGAATTAAGG-GGGAAAATCAAGATTTGTGACTTTAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16350806 92 +  48394510 CCTGCCCCCTGCTGACCTAGTGAAGACTTGTGGGAAGTATCGGAAAGAGAACTGGAATTAAGG-GGGAAAATCAAGATTTGTGACTTTAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166148168 93 - 196418989 CCTGCCCCTTGCTGACCTAGTGAAGACTTGTGGGAGGTATCGGAAAGAGAACTGGAATTAAGGTGGGAAAATCAAGATCTGTGACTTTAGCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=235081.000000
s hg19.chr21     18011834 44 +  48129895 AATGTCTTGGGTTCACGAAACCCACATAAAATGGCTCATTTTGG
s panTro2.chr21  16744037 44 +  46489110 AATGTCTTGGGTTCACGAAACCCACATAAAATGGCTCATTTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16350898 44 +  48394510 AATGTCTTGGGTTCACGAAACCCACATAAAATGGCTCATTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166148261 44 - 196418989 AATGTCTTGGTTTCACGAAACCCACATAAAATGGGACATTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462489.000000
s hg19.chr21     18011878 48 +  48129895 GGGATATTGTGAGAATTAAAGGAATAGAATATTTGAAAACACTTTGGT
s panTro2.chr21  16744081 48 +  46489110 GGGATATTGTGAGAATTAAAGGAATAGAATATTTGAAAACACTTTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16350942 48 +  48394510 GGGATATTGTGAGAATTAAAGGAATAGAATATTTGAAAACACTTTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166149431 120 - 196418989 AAATAACATCTATATTGTTATATTCCTC----AAAAAAGTTTATCTTTTCATGAAATGAATCTACTGAGGATATTTATAGAAGCTGAATGTAAGTGAGCAGAATAAAGTGGCgtgtgtgtgtgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16352182 71 +  48394510 gtgtgtgt--------------------gtgtgtgtatgtAATTTGAAGAGTAGGTGGGAGAAGGTTGTGACAGGATAGCAGATCTTGTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166149551 65 - 196418989 atgtgtgt--------------------------gtatgtAATTTGAAGAGTAGGTGGGAGAAGGTTGTGATAGGATAGCAGATCTTGTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16352321 15 +  48394510 tt-------------------------tttggaacagagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166149684 40 - 196418989 TCtttctttcttttttttttttttttttttggaacagagt
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s hg19.chr21     18013271 76 +  48129895 ctcactctgtcccccaggctggagtgcaacagcacgatctcggcttactgcatcctctgcctcctgggttcaagca
s panTro2.chr21  16745497 76 +  46489110 ctcactctgtcccccaggctggagtgcaacagcacgatctcggcttactgcatcctctgcctcctgggttcaagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16352336 76 +  48394510 ctcactctgtcccccaggctggagtgcaatggcatgatctcggcttactacatcctctgcctcctgggttcgagca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18013347 72 +  48129895 attctcatgcctcagcctccctagtagctgggattacaggctctcgccaccacgcccagctaatttttgtgt
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=117846.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166156853 213 - 196418989 ttggatatggctgcagcagcccttattctaggtataattgaactccactactaaagatgga---ttttttttaacatctgtattaaattttcagagtgatcaatgaggatgctccactctgactggaataaacccaaggatccccagtcctgtgtgagctctaggaactgctcacctcacaactctcagccaatttctgcttattctcatggggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16359500 215 +  48394510 ttggatacggctgcagcagcccgtattctaggtataatcgaactccactactaaagatgga-ttttttttttaacatcactattgaattttgagagtgatcagtgaggatgctccactctggctggagtaaacccaaggatccccagccctgtgtgagctctggaaactgctcacgtcgcaactctcagccaatttctgcttattctcatggggtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16752647 216 +  46489110 ttggatatggctgcagcagcccatattctaggtataatcgaactccactattaaagatggatttttttttttaacatcactattgaattttgagagtgatcaatgaggatgctccactctggctggaataaacccaaggatccccagtcctgtgtgagctctgggaactgctcacctcacaactctgagccaatttctgcttattctcatggggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=96346.000000
s hg19.chr21     18020624 43 +  48129895 ttatcctatgcagatatatctcacagctaagtctcaaaggggc
s panTro2.chr21  16752863 43 +  46489110 ttatcctatgcagatatatctcacagctaagtctcaaaggggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16359715 43 +  48394510 ttatcccatgcagatatatctcacagctaagtctcaaaggggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157066 43 - 196418989 ttatcctatccagatatatctcacagctaagtctcaaggggtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=160221.000000
s hg19.chr21     18020667 55 +  48129895 ctcattaagatttctgatgttctttttctgtatgacttcttcctctttgaaactc
s rheMac2.chr3  166157109 55 - 196418989 ctcattaagatttctgctgttctttctctgtatgactccttcctctttgaaactc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16359758 55 +  48394510 ctcattaagatttctgctgttctttttctgtatgacttcttcctctttgaaactc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16752906 55 +  46489110 ctcattaagatttctgatgttctttttctgtatgacttcttcctctttgaaactc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=533768.000000
s hg19.chr21     18020722 88 +  48129895 AGATTTTTATTCCAAATATGGTTGTATTCTGGGATTCCAGGTAGACATATCTTTTGGGGCCACAATTCAACCTACTATGATACCTAAT
s rheMac2.chr3  166157164 88 - 196418989 AGATTTTTATTCCATATATGGTTGTATTCTGGGATTCCAGGTAGACATATCTTTTGGGGCCACAGTTCAACCTACTATAACACCTAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16359813 88 +  48394510 ACATTTTTATTCCAAATATGGTTGTATTCTGGGATTCCAGGTAGACATATCTTTTGGGGCCACAATTCAACTTACTATGACACCTAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16752961 88 +  46489110 AGATTTTTATTCCAAATATGGTTGTATTCTGGGATTCCAGGTAGACATATCTTTTGGGGCTACAATTCAACCTACTATGATACCTAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=328717.000000
s hg19.chr21     18020810 47 +  48129895 GAAAAGTGTCATTTAGTATGGACCTCTTAAATTTCACGTTACAAACT
s panTro2.chr21  16753049 47 +  46489110 GAAAAGTGTCATTTAGTATGGACCTCTTAAATTTCACGTTACAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16359901 47 +  48394510 GAAAAGTGTCATTTAGTATGGACCTCTTAAATTTCACATTACAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157252 47 - 196418989 GAAAAATGTCATTTAGTATGGACCTCTTAAATTTCACGTTACAAGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=455872.000000
s hg19.chr21     18020857 67 +  48129895 ACAGAG-AACTGTGACTGTGAAATTCAACTTTTCA-GAAGTGACTATAATATCCTGAAATAAAGTATAT
s rheMac2.chr3  166157299 69 - 196418989 ACAGAGAAACTGTGACTGTGAAATTCAACTTTTCAGGAAGTGACTATAATATCCTGAAATCAAACATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16359948 67 +  48394510 ACAGAG-AACTGTGACTGTGAAATTCAACTTTTCA-GAAGTGACTATAATATCCTGAAATAAAGTATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16753096 67 +  46489110 ACAGGG-AACTGTGACTGTGAAATTCAACTTTTCA-GAAGTGACTATAATAGCCTGAAATAAAGTATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=326645.000000
s hg19.chr21     18020924 60 +  48129895 CTCTGTCTTCAAATGCTTTTACTAGATTCCTTGCACACAGATTTATGTGGTGTACTATAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360015 60 +  48394510 CTCTGTCTTCAAATGCTTTTACTGGATTCCTTGTACACAGATTTATGTGGTATACTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16753163 60 +  46489110 CTCTGTCTTCAAATGCTTTTACTAGATTCCTTGCGCACAGATTTATGTGGTGTACTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=206378.000000
s hg19.chr21     18020984 58 +  48129895 TCATCACAAAAGAATGACACAGTACTCTCTTTCAGTATGTTTACTGTTTTTCCAGGAA
s panTro2.chr21  16753223 58 +  46489110 TCATCACAAAAGAATGACACAGTACTCTCTTTCAGTATGTTTACTGTTTTTCCAGGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360075 58 +  48394510 TAGTCACAAAAGAATGACACAGTACTCTCTTTCAGTATGTTTACTGTTTTTCCAGGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157428 58 - 196418989 TCGTCACAAAAGAATGACACAATACTCTCTTTCAGTATGTTTACTGTTTTTCCAGGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1434623.000000
s hg19.chr21     18021042 179 +  48129895 GATAAATCAGGAATATAC----------AAAAAAATCAAACCCAGTTTAAGAGAGCAAATTAATAGACATCCAAAGGCAGTAATTGAGGGGTTATAAAATAGGTGAGTGCATAAGTTTAGAGAAGAAAGCTATCTGAGGTCTGGATTCAATTGAAAAGGTTTCATAAGTAATAGGGAGCTAGAGAAGGA
s panTro2.chr21  16753281 179 +  46489110 GATAAATCATGAATATAC----------AAAAAAATCAAACCCAGTTTAAGAGAGCAAATTAATAGACAACCAAAGGCAGTAATTGAGGGGTTATAAAATAGGTGAGTGCATAAGTTTAGAGAAGAAAGCTATCTGAGGTCTGGATTCAATTGAAAAGGTTTCATAAGTAATAGGGAGCTAGAGAAGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360133 180 +  48394510 GATAAATCATGAATATAC---------AAAAAAAAACAAACCCAGTTTAAGAGAGCAAATTAATAGACATCCAAAGGCAGTAATTGAGGGGTTATAAAATAGGTGAGTGCATACGTTTAGAGAAGAAAGCTCTCTGAGGTCTGGATTCAATTGAAAAGGTTTCATAAGTAATAGGGAGCTGGAGAAGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157486 188 - 196418989 GATAAGTCATGAATATACCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCCCAGTTCAAGAGAGCAAATTAATAGACATCCAAAGGCAGTAATTGAGGGGTT-TAAAATAGGTGAGTGCATAAGTTTAGAGAAGAAAGCTATCTGAGGTCTGGATTCAATTGAAAAGGTTTCATAAATAATAGGGAGCTAGAGAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=99808.000000
s hg19.chr21     18021221 36 +  48129895 GGTTGGAGAATAAAGAATGGAATGGA---CCACATTCCA
s panTro2.chr21  16753460 36 +  46489110 GGTTGGAGAATAAAGAATGGAATGGA---CCACATTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360313 39 +  48394510 GGTTGGAGAATAAAGAATGGAATGGAAAGTTCCATTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157674 36 - 196418989 GGTTGGAGAATAAAGAATGGAATGGA---CCACATTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233421.000000
s hg19.chr21     18021257 44 +  48129895 GGAAGTTGAAAGAGGAGATAAACCACAGTGAACTAAGGGTTGAG
s panTro2.chr21  16753496 44 +  46489110 GGAAGTTGAAAGAGGAGATAAACCACAGTGAACTAAGGGTTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360352 44 +  48394510 GAAAGTTGAAAGAGGAGATAAACCACAGTGAACTAAGGGTTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157710 42 - 196418989 GAAAG--GAAAAAGGAGGAAAACCACAGTGAACTAAGGGTTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-34527.000000
s hg19.chr21     18021301 17 +  48129895 GTAGGCAAGTGACTGGT
s panTro2.chr21  16753540 17 +  46489110 GTAGGCAAGGGACTGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360396 17 +  48394510 GTAGGCAAAGGACTGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157752 17 - 196418989 GTAGGCAAGGGACTGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=484069.000000
s hg19.chr21     18021318 75 +  48129895 GATCAAGAGGAAGAGGTGGAAAATTGAGTAATTCGAGAGCAAACCATGAATTAAATGTAGAATAAGAGCTTGACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360413 75 +  48394510 GCTCAAGAGGAAGAGGTGGAAAATTGAGTAATTCAAGAGCAAACCATGAATTAAATGTAGAATAAGAGCTTGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157769 75 - 196418989 GCTCAAGAGGAAGAGGTGGAAAATTTAGTAATTCGAGAGTAAACCATGAATTAAATGTAGAATGAGAGCTTGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=358430.000000
s hg19.chr21     18021393 57 +  48129895 TTTATTCTACACTAAGTAAAAATCCACTGATTTTTGAAACATGGGTTATGAGTGAGC
s panTro2.chr21  16753632 57 +  46489110 TTTATTCTACACTAAGTAAAAATCCACTGATTTTTGAAACATGGGTTATGAGTGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360488 57 +  48394510 TTTATTCTACAATAAGTAAAAATCCACTGATTTTTGAAACATGGGTTATGAGTAAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=92150.000000
s hg19.chr21     18021450 46 +  48129895 TTATCTTTTCTAGCTTATTTTTTCTACTGTCTCTCTTCTTCCTTCT
s panTro2.chr21  16753689 46 +  46489110 TTATCTTTTCTAGCTTATTTTTTCTACTGTCTCTCTTCTTCCTTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360545 46 +  48394510 TTATCTTTTCTAGCTTATTTTTTCTACTCTCTCTCTTCTTCCTTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166157901 42 - 196418989 TTATCTTTTCTAGCTTATTTTTTCTACTCTCTCTCTTCTCCC----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=329014.000000
s hg19.chr21     18021496 59 +  48129895 ATTTTGTTCCAGGATAGTCTTTCCAAAACTCTACTCTGCACATCAAAAATTCCTTCCAA
s rheMac2.chr3  166157943 59 - 196418989 ATTTTGTTCCAGGATAGTCTTTCCAAAACTCTACTCTGCACATCAAAAATTCCTTCCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360591 59 +  48394510 ATTTTGTTCCAGGATAGTCTTTCCAAAACTCTACCCTGCACATCAAAAATTCCTTCCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16753735 59 +  46489110 ATTTTGTTCCAGGATAGTCTTTCCAAATCTCTACTCTGCACATCAAAAATTCCTTCCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=275711.000000
s hg19.chr21     18021555 52 +  48129895 TTTTTTTTTTTATTTCTTCAGCTCGTCCCTCAAACTCATTATTTTCTCCCAT
s panTro2.chr21  16753794 52 +  46489110 TTTTTTTTTTTTTTTCTTCAGCTCGTCCCTCAAACTCTTTATTTTCTCCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360650 51 +  48394510 -TTTTTTTTTTATTTCTTCAGCTCCTCCCTCAAACTCTTTATTTTCTCCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158002 52 - 196418989 TTTTTTTTTTTATTTCTTCAGCTCCTCCCTCAAACTCATTATTTTCTCCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=512591.000000
s hg19.chr21     18021607 127 +  48129895 TTTTT-CCCTCTAAACTGTTTTTCTGAAAATTATCCTAGAGCTTCTTCTGTCATTTTGATGTGCATATTTACAAACAAGTGGGCCTTACACAAAAGTACAATCACCTGCCAGACACTTTTTTGCACTT
s panTro2.chr21  16753846 128 +  46489110 TTTTTTCCCTCTAAACTGTTTTTCTGAAAATTATCCTAGAGCTTCTTCTGTCATTTTGATGTGCATATTCACAAACAAGTGGGCCTTACACAAAAGTACAATCACCTGCTAGGCACTTTTTTTCACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360701 127 +  48394510 TTTTT-CCCTCTAAACTGTTTTTCTGAAAATTATCCTAGAGCTGCTTCTGTCATTTTGATGTGCATATTTACAAACAAGTGGGCCTTACACAAAAGTACAATCACCTGCTAGGCACTTTTTTTCACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158054 126 - 196418989 TTTTT--CCTCTAAACTATTTTTCTGAAAATTATCCTAGAGCTTCTTTTGTCATTTTGATGTGCATATTTACAAACAAGTGGGCCTTACACAAAAGTACAATCACCTGCTAGGCACTTTTTTACACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=864369.000000
s hg19.chr21     18021734 82 +  48129895 AAACCTACAGCCTATTTAGATGTCAATTATAGTTGAATATTCCTTTGATTAATAGCTAAGGTTTCTATATTTTATACAGATT
s panTro2.chr21  16753974 82 +  46489110 AAACCTACAGCCTATTTAGATGTCAATTATAGTTGAATATTCCTTTGATTAATAGCTAAGGTTTCTATATTTTATACAGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360828 82 +  48394510 AAACCTACAGCCTATTTAGATGTTGATTATAGTTGAATATTCCTTTGATTAATAGCTAAGGTTTCTATATTTTATACAGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158180 82 - 196418989 AAACCTACAGTCTATTTAGATGTTGATTATAGTTGAATATTCCTTAGATTAATAGCTGAGGTTTCTATATTTTATACAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1246396.000000
s hg19.chr21     18021816 124 +  48129895 TAATCCTACTGTAATGACATGCAAAGCAGATTTAAGTTTATATTTAGCAGGGATCTGTTGAAAATGTGAATGAAATTCTGTCTGAGCTGGAACCACGTTGTGCAGAGCCCGTGGTTCTTTGCTG
s panTro2.chr21  16754056 124 +  46489110 TAATCCTACTGTAATGACATGCAAAGCAGATTTAAGTTTATATTTAGCAGGGATCTGTTCAAAATGTGAATGAAATTCTGTCTGAGCTGGAACCACGTTGTGCAGAGCCCGAGGTTCTTTGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16360910 124 +  48394510 TAATCCTACTGTAATGACATGCAAAGCAGATTTAAGTTTATATTTAGCAGGGATCTGTTCAAAATGTGAATGAAATTCTGTCTGAGCTGGAACCACGTTGTGCAGAGCCCGTGGTTCTTTGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158262 124 - 196418989 TAATCCTACTGTAATGACATGCAAAGCAGATTTAAGTTCATATTTAGCAGGGATCTGTTCAAAATGTGAATGAAATTCTGTCTGAGCTGGAACCATGTTGTGCAGAGCCTGTGGTTCTTTGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=567219.000000
s hg19.chr21     18021940 102 +  48129895 GTGAGGCCCTTAACCCCTCTGGCTACAGAGTTATTTTTCTTTGGCACCCAAAGGTGGAGCAGGGACAGATGATGAAGGGGGCAGCAGTTCAAACATGCTGTT
s panTro2.chr21  16754180 102 +  46489110 GTGAGGCCCTTAACCCCTCTGGCTACAGAGTTATTTTTCTTTGGCACCCAAAGGTGGAGCAGGGACAGATGATGAAGGGGGCAGCAGTTCAAACATGCTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361034 102 +  48394510 GTGAAGCCCTTAACCCCTCTGGCTACAGAGTTATTTTTCTTTGGCACCCAAAGGTGGAGCAGGGACAGACAATGAAGGGGGCAGCAGTTCAAACATGCTGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158386 102 - 196418989 GTGAGGCCCTTAACCCCTCTGGCTACAGAGTTATTTTTCTTTGGCACCCAAAGGTGGAGCAGGGACAGATGTTGAAGGGGACAGCAGTTCAAACATGCTGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=268205.000000
s hg19.chr21     18022042 28 +  48129895 CTATCATGTAAATATTCTCTAAGCACTA
s panTro2.chr21  16754282 28 +  46489110 CTATCATGTAAATATTCTCTAAGCACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361136 28 +  48394510 CTATCATGTAAATATTCTCTAAGCACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158488 28 - 196418989 CTATCATGTAAATATTCTCTAAGCACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=641776.000000
s hg19.chr21     18022070 87 +  48129895 GCGCTGGACTATTACTCTCAGCAGTTTATTAGTTCATAGGAAAAATACAAGTAAATGTGGAAATAAACATTGCAGGCAAAGTTGCTT
s panTro2.chr21  16754310 87 +  46489110 GCGCTGGACTATTACTCTCAGCAGTTTATTAGTTCATAGGAAAAATACAAGTAAATGTGGAAATAAACATTGCAGGCAAAGTTGCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361164 87 +  48394510 GCGCTGGACTATTACTCTCAGCAGTTTATTAGTTCATAGGAAAAATACAAGTACATGTGGAAATAAACATTGCAGGCAAAGTTGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158516 87 - 196418989 GTGCTGGAATATTACTCTCAGCAGTTTATTAGTTCATAGAAAAAATACAAGTACATGTGGAAATAAACATTGCAGGCAAAGTTGCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=824449.000000
s hg19.chr21     18022157 76 +  48129895 TTAATAGTGTATCTAGTCTTAATATTCCCAATTTAGTCATTTCTGGAAATCAACACAAGTGAAGATTACAAGCTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166158603 75 - 196418989 TTAATAGTGTATCTAGTCTTAATATTCCCAATTTAGTCATTTCTGGAAATGAACACAAATGAAGATTACAAGCTC-
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=363334.000000
s hg19.chr21     18022233 49 +  48129895 GTTGCTATATCTTTACAATGATTATTTCTAACACAGTGAAAACAGATTG
s panTro2.chr21  16754472 49 +  46489110 GTTGCTATATCTTTACAATGATTATTTCTAACACAGTGAAAACAGATTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361326 49 +  48394510 GTTGCTGTATCTTTACAATGATTATTTCTAACACAGTGAAAACAGATTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158678 49 - 196418989 GTTGCTGTATCTTTACAATGATTATTTCTAATACAATGAAAACAGATTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=333751.000000
s hg19.chr21     18022282 48 +  48129895 ACGGCATCATCTACAGAGTAAGCTGTGGTTAGTTGTACGTTTCCATTT
s panTro2.chr21  16754521 48 +  46489110 ACGGCATCATCTACAGAGTAAGCTGTGGTTAGTTGTACGTTTCCATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361375 48 +  48394510 ATGGCATCATCTACAGAGTAAGCTGTGGTTGGTTGTACATTTCCATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158727 48 - 196418989 ACAGCATAATCTACAGAGTAAGCTGTGGTTGGTTGTACATTTCCATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-4118.000000
s hg19.chr21     18022330 11 +  48129895 CCCTTTCTGTG
s panTro2.chr21  16754569 11 +  46489110 CCCTTTCTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158775 11 - 196418989 CCCTTTCTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=406607.000000
s hg19.chr21     18022341 75 +  48129895 TCTTTTCCACTATAAATCACCTGACTGCAAATAGCCAAGTATCATAGACACGCTTTGTTTTCCAAGCCTTGTACA
s panTro2.chr21  16754580 75 +  46489110 TCTTTTCCACCATAAATCACCTGACTGCAAATAGCCAGGTATCATAGACACGCTTTGTTTTTCAAGCCTTGTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361434 75 +  48394510 TCTTTTCCACCATAAATCACCTGACTGCAAATAGCCAAGTATCATAGAAACGCTTTGTTTTCCAAGCCTTGTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158786 75 - 196418989 TCTTTTCCACCATAAATCACCTGACTACAAATAGCCAACTATCATAGACACGCTTTGTTTTCCAAACCTTGCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-145996.000000
s hg19.chr21     18022416 39 +  48129895 TGTTGAGTAGAACACTTTTAAAATGTCCCACATTGTAGA
s panTro2.chr21  16754655 39 +  46489110 TTTTGAGTAGAGCACTTTTAAAATGTCCCACATTGTAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361509 39 +  48394510 TTTTGAGTAGAGCACTTTTAAAATGTCCCACATTGTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158861 38 - 196418989 TTTTGAGTAGAGCACTTT-AAAATGTCCCACATTGTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=198501.000000
s hg19.chr21     18022455 46 +  48129895 GTATAGCATAGCATAAGCTTCAGGAGAAATACGACAGCATCAGTTG
s panTro2.chr21  16754694 46 +  46489110 GTATAGCATAGCATAAGCTTCAGGAGAAATACGACAGCATCAGTTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361548 46 +  48394510 GTATAGCATAGCATAAGCTTCAGGAGAAATACGACAGCATCAGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158899 46 - 196418989 GCATAGCATAGCATAAGCCTCAGAAGAAATGCGACAGCATCAGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=220965.000000
s hg19.chr21     18022501 73 +  48129895 GTTGCAGTAGGAAAACCATCCCAGAGCCACGATTAATAGAGAAAAGACACAGACAAAATTAAAAATTTTGTGG
s panTro2.chr21  16754740 73 +  46489110 GTTGCAGTAGGAAAACCATCCCAGAGCCACGATTAATAGAGAAAAGACACAGACAAAATTAAAAATTTTGTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361594 73 +  48394510 GTTGCAATACGAAAATCATCCCAGAGCCACGATTAATAGAGAAAAGACACAGACAAAATTAAAAATGTTGTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166158945 73 - 196418989 GTTGCAATCGGAAAACCATCCCAGAGCCACGATGAATAGAGAAAAGACAGAGACAGAATTAAAAATGTTGTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=343441.000000
s hg19.chr21     18022574 58 +  48129895 ACTTGCTAGACAAACTTTTTCTGAAATGTCTTCTCACCTTTCAAACAACACAA--------AGAAA
s panTro2.chr21  16754813 58 +  46489110 ACTTGCTAGACACACTTTTTTTGAAATGTCTTCTCACCTTTCAAACAACACAA--------AGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361667 58 +  48394510 ACTTGCTAGACAAACTTTCTCTGAAATGTCTCCTCACCTTTCAAACAACACAA--------AGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159018 66 - 196418989 ACTTGCTAGACAAACCTTTTCTGAAATGTCTTCTCACCTTTCAAACAACACAAAGCTGTAGAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=70199.000000
s hg19.chr21     18022632 25 +  48129895 AGTATGAGTGGCCTCTGATTCTGGA
s rheMac2.chr3  166159084 25 - 196418989 AGGATGAGTGGCCTCTGATTCTGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361725 25 +  48394510 AGTATGAGTGGCCTCTGATTCTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16754871 25 +  46489110 AGTATGAGTGGCCTCTGATTCTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-132297.000000
s hg19.chr21     18022657 29 +  48129895 TAAAGAAGAAGAATATTGTAGCTAATTTA
s rheMac2.chr3  166159109 29 - 196418989 TAAAGAAGAAGAATATTGTAGCTACTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361750 29 +  48394510 TAAAGAAGAAGAATATCGTAGCTAATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16754896 29 +  46489110 TGAAGAAGAAGAATATTGTAGCTAATTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=929838.000000
s hg19.chr21     18022686 143 +  48129895 CACCAAAGTCATCCACATCTCTCCAACACCCAATCCTTCCTAAAAGGTAACTAAACCTATCCAGTAACAGTAAACTTGCTCCTAGGTGGACTCATCTTCCATTTCACTCCCACAAATGTCAGGAAGGATTCTAAGGTTCTGAG
s panTro2.chr21  16754925 143 +  46489110 CACCAAAGTCATCCACATCTCTCCAACACCCAATCCTTCCTAAAAGGTAACTAAACCTATCCAGTAACAGTAAACTTGCTCCTAGGTGGACTCATCTTCCATTTCACTCCCACAAATGTCAGGAAGGATTCTAAGGTTCTGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361779 143 +  48394510 CACCAAAATCATCCACATCTCTCCAACACCCAATCTTTCCTAAAAGGTAACTAAACATATCCAGTAACAGTAAACTTGCTCCTAGGTGGACTCATCTTCTATTTCACTCCCACAAATGTCAGGAAGGATTCTAAGGTTCTGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159138 143 - 196418989 CACCAAAGTCATCCACATCTCTCCAATACCCAATCCTTCCTAAACGGTAACTAAACATATCCTTTAACAGTAAACTTGCTCCTAGATGGACTCATCTTCCACTTCACTCCCACAAATGTCAGAAAGGATTCTAAGGTTCTGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=927060.000000
s hg19.chr21     18022829 62 +  48129895 GAAGAAAACTTATAACAAAAGGTAAGGGGTATTAGAGTTGCTGAGCCTAGAGAAAGGCAGAA
s panTro2.chr21  16755068 62 +  46489110 GAAGAAAACTTATAACAAAAGGTAAGGGGTATTAGAGTTGCTGAGCCTAGAGAAAGGCAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361922 62 +  48394510 GAAGAAAACTTATAACAAAAGGTAAAGTGTATTAGAGTTGCTGAGCCTAGAGAAAGGCAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159281 62 - 196418989 GAAGAAAACTTATAACAAAAGGTAAAGGGTATTAGAGTTGCTGAGCCTAGAGAAAGGCAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1218010.000000
s hg19.chr21     18022891  67 +  48129895 AAAGCACAGGTAT------------------------------------------------AAGAATAGCCTTAGGATGTGAAGGAGCAAGGCACTTATTCCCATGAGGATGAAA
s rheMac2.chr3  166159343 115 - 196418989 AAAGCACAGGTGTAAGAATAGCCTTAGTatcgcatctcggccttttggctaagatcaagtgaagAATAGCCTTAGTATGTGAAGGAGCAAGCCGCTTATTCCCATGAGGATGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16361984  67 +  48394510 AAAGCACAGATAT------------------------------------------------AAGAATAGCCTTAGGATGTGAAGGAGCAAGACACTTATTCCCATGAGGATGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16755130  67 +  46489110 AAAGCACAGGTAT------------------------------------------------AAGAATAGCCTTAGGATGTGAAGGAGCAAGGCACTTATTCCCATGAGGATGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=3413598.000000
s hg19.chr21     18022958 193 +  48129895 ATTGTGTCTAAATTAATCTTGCCTCTGGCATGAATTTTAAAGACTCTGGTACTTTTACAAATGCGGCTGCTGCTATTATAACTTAGCTGATGCATGTATAGAATAAAGGGTTTAGGTTAGACAGTTTAAATAATTTGCAGATTTTAGACTTTACAACGGGA-ggccaatttgtttctgcgaagggacagatagg
s rheMac2.chr3  166159458 192 - 196418989 ATTGTGTCTAAATTGATCTTGCCTCTGGCATGAATTTTAAAGA--CTGATACTTTTACGAATGTGGCTGCTGCTATTATGACTTAGCTGATGCATGTATAGAATAAAGGGTTTAGGTTCGACAGTTTAAATAATTTGTAGATTTTAGACTTTACAACAggattgtcaatttgtttctgcaaagggacagatagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362051 194 +  48394510 ATTGTGTCTAAATTAATCTTGCCTCTGGCATGAATTTTAAAGACTCTGATACTTTTACAAATGTGGCTGCTGCTATTATAACTTAGCTGATGCATGCATAGAATAAAGGGTTTAGGTTAGACAGTTTAAATAATTTGCAGATTTTAGACTTTACAACAggatggtcaatttgtttctacaaagggacagataag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16755197 193 +  46489110 ATTGTGTCTAAATTAATCTTGCCTCTGGCATGAATTTTAAAGACTCTGGTACTTTTACAAATGCGGCTGCTGCTATTATAACTTAGCTGATGCATGTATAGAATAAAGGGTTTAGGTTAGACAGTTTAAATAATTTGCAGATTTTAGACTTTACAACGGGA-ggccaatttgtttctgcgaagggacagatagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=521629.000000
s hg19.chr21     18023151 49 +  48129895 acatagttgatgctttgagggccatagtctgtcacaagtacagaaatct
s panTro2.chr21  16755390 49 +  46489110 acatagttgatgctttgagggccatagtctgtcacaagtacagaaatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362245 49 +  48394510 acatagtttatgctttgggggccatagtctgtcaccagtacagaaatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159650 47 - 196418989 acatattttatgctttgggggccatagtctgtcaccagcacagaaa--t
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=376436.000000
s hg19.chr21     18023200 30 +  48129895 gacactggagctggaagacagcaatagaTC
s panTro2.chr21  16755439 30 +  46489110 gacattggagctggaagacagcaatagaTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362294 30 +  48394510 gatactggagctggaagacagcaatagacc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159697 30 - 196418989 gatattggagctggaagacagcaatagagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-71074.000000
s hg19.chr21     18023230 15 +  48129895 ATGGGCGTAGCAGGT
s panTro2.chr21  16755469 15 +  46489110 ATGGGCGTAGCAGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362324 15 +  48394510 atGGGCGTAGCAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159727 15 - 196418989 atgggcgtagcAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=658937.000000
s hg19.chr21     18023245 80 +  48129895 TTCTGCAGACCACACATTGCCAACTCCTGCTCTAAATTATTAACATTAGTTGCTAGAACTGAACCAAAACATCGTTTTGG
s panTro2.chr21  16755484 80 +  46489110 TTCTGCAGACCACACATTGCCAACTCCTGCTCTAAATTATTAACATTCGTTGCTAGAACTGAACCAAAACATCGTTTTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362339 80 +  48394510 TTCTGCAGACCACACATTGCCAACTCCTGCTCTAAATTATTAACATTAGTTGCTAGAACTGAACCAAAACATCATTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159742 79 - 196418989 TTCTGCAGACCACACATTG-CAAATCCTGCTCTAAATTATTAACATTAGTTGCTAGAACGGAGCCAAAACATCGTTTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=591783.000000
s hg19.chr21     18023325 48 +  48129895 AGAAGTGGCTGATGTGGAGGTTTATTGACAAAGGGGAAGGCTAAACTC
s panTro2.chr21  16755564 48 +  46489110 AGAAGTGGCTGATGTGGAGGTTTATTGACAAAGGGGAAGGCTAAACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362419 48 +  48394510 AGAAGTGGCTGATGTGGAGGTTTATTGACAAAGGGGAAGGCTAAACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159821 48 - 196418989 AGAAGTGGCTGATGTGGAGGTTTATTGACAAAGGGGAAGGCTAAACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=319377.000000
s hg19.chr21     18023373 32 +  48129895 CGActcccatagctcctgttagtaaacatctt
s panTro2.chr21  16755612 32 +  46489110 CGACTCCCATAGCTCCTGTTAGTAAACATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362467 32 +  48394510 CAGCTCCCATAGCTCCTGTTAGTAAACATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159869 32 - 196418989 CAACTCCCATAGCTCCTATTAGTAAACATCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=996795.000000
s hg19.chr21     18023405 98 +  48129895 tctaagaaaaaagttcacttgcaatgcaaagggagcatcag-tacatattccataggcctccttccaactaaactgctgcccgcatgctccaccCCATA
s panTro2.chr21  16755644 99 +  46489110 TCTAAGAAAAAAGTTCACTTGCAATGCAAAGGGAGCATCAGGTACATATTCCATAGGCCTCCTTCCAACTAAACTGCTGCCCGCATGCTCCACCCCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362499 97 +  48394510 TCTAAGAAAAAAGTTCACTTGCAGTGCAAAGGGAGCATCAG-TACATATTCCATAGGCCTCCGTCCAACTAAACTGCTGCCC-TATGCTCCACCCCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166159901 98 - 196418989 TCTAAGAAAATAGTTCACTTGCAACGCAAAGGGAGCATCAG-TGCATATTCCATAGGCCTCCTTCCAACTACACTGCTGCCCTCATGCTCCACCCCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=408662.000000
s hg19.chr21     18023503 51 +  48129895 GCAGTGTTGCAACTTGCATGGCACACAAAGATACGGAAGGTGTTTACTTAA
s rheMac2.chr3  166159999 51 - 196418989 GCAGTATTGCAACTTGCATGGCACACAAAGATACAGAGGGTGTTTACTTAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16755743 51 +  46489110 GCAGTGTTGCAACTTGCATGGCACACAAAGATACGGAAGGTGTTTACTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1309870.000000
s hg19.chr21     18023554 148 +  48129895 CAAAGGGAATAATTTAAGTGTCCTTTCTGAATGTTGGGGATATTGCTTCTCACAGCCAAATCAAAATATTTTCACAGTTTCAATAAAACTGAATTTTAGTAGTGACATTACATcagtggttctcaagtagggtttgattttgcccagc
s panTro2.chr21  16755794 148 +  46489110 CAAAGGGAATAATTTAAGTGTCCTTTCTGAATGTTGGGGATATTGCTTCTCACAGCCAAATCAAAATATTTTCACAGTTTCAATAAAACTGAATTTTAGTAGTGACATTACATcagtggttctcaagtagggtttgattttgcccagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362647 148 +  48394510 CAAAGGGAATAATTTAAGTGTCCTTTCTGCATGTTGGGGATATTGCTTCTCACAGCCAAATCAAAATATTTTCACAGTTTCAATAAAATTGAATTTTAGTAGTGACATTACATcagtggttctcaagtagggtttgattttgcccagc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166160050 148 - 196418989 CAAAGGGAATCATTTAAGTGTCCTTTCTGCATGTTGGGGATATTGCTTCTCACAGCCAAATCAAAAGATTTTAACAGTTTCAATAAAATTGAATTTTAGTAGTGACATTACCTcagtggttctcaagtagggtttgattttgccccac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=113688.000000
s hg19.chr21     18023702 51 +  48129895 aagggacgtttgaaaacacctggagatataactccaaaattgtcatagctg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362795 51 +  48394510 aagggacgtttgaaaacacctggagatataactccaaaattgtcatagctg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166160198 51 - 196418989 aggtgatgtttgaaaacacctggagatataactccaaaattgtcatagctt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=175562.000000
s hg19.chr21     18023753 41 +  48129895 ggaaggggttgttactggcatccactgggaagaaagcagga
s panTro2.chr21  16755993 41 +  46489110 ggaaggggttgttactggcatccactgggaagaaagcagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16362846 41 +  48394510 ggaaggggttgttactggcatctactgggaagaaagcagga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=142721.000000
s hg19.chr21     18023794 47 +  48129895 gctaagatgtttagcgggaatgggtgctgctaagcatcctacaatgc
s rheMac2.chr3  166160290 47 - 196418989 gctaagatgtctagcgggcataggtgctgctaaacatcctacagtgc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 199

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s rheMac2.chr3  166162092 32 - 196418989 TGTTCAGACCTATATCTTTCTTTAATTTTAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16364499 31 +  48394510 TGTTCAGAGAGACATCTTGCTTTAATTTT-TA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16757629 31 +  46489110 TGTTTAGACAGATATCTTGCTTTAATTTT-TA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 2
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16757660 68 +  46489110 AAAAATCATTCTGTTTTCTTGAAAAGTGTTCACTAAAATATTTAACTGAAACCACAACTGTTTACTGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16364598 38 +  48394510 TGTTAACACCTACTCCTAGACTAACTTAGAGCTAGTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 2 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166162229 84 - 196418989 ----TATAACAATCTTTAATTTACTTCTGTGAAATAATATTGAAGGTCATATTTTTTCCTAAAATGGAAAAAACACTACTACTACTCC--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16757856 19 +  46489110 ATAATATTTTTAGTAAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16364726 19 +  48394510 ATAATATTTTTAGTAAAag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166162313 18 - 196418989 -TAATATTTTTAGTAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16757875 242 +  46489110 CATCTTATAATTTTTAGAGCATTTTCACATATATTATGTTTCTTGAGTCTCATAACAATCCCATTAGATAATCAGTGGATATTATTTCTTTAGTCATAGTAACTGTGTTTTTGTACTTTGCTATCAAATATGACAAGTATTTATATATTGTATGTGTCTTTATTGCATGAGTGCAAAGATATATTAATAGATAAGGAAATTTACCACTCTTCCTTCCCTGAAAAATTTACATTTGTACTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16364745 242 +  48394510 caccttataatttttatagcattttcacatatattatgtttcttgagtctcataacaatcccattagataatcagtggatattattTCTTTAGTCATAGTAACTGTGTTTTTGTACTTTGCTATCAAATATGACAAGTATTTACATATTGTATGTGTCTTTATTGCATGAGTGCAAAGATATGTTAATAGATAAGGAAATTTACCACTCTTCCTTCCCTGAAAAATTTACATTTGTACTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166162331 238 - 196418989 TATCTTAAAATTTTTATAGCATTTTCACATGTATTATGTTTCTTGAGTATCATAACATTCCCATTAGACAATCAATGGATGTTATTTCTTTAGTCATAGTAACTGTGTTTTTGTACTTTGCTATCAAATATGACAA-TATTGACAAA---TATGTGTCTTTATTGCATGAGTTTAAAGGTATATTAATAGATAAGGAAGTTTACCACTCTTCCTTCCCTGAAAAATTTACATTTGTACTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18025877 38 +  48129895 TATGTGTCTATATATATTTGTAAGAGGAATCTATCCAT
s panTro2.chr21  16758117 38 +  46489110 TATGTGTCTATATATATTTGTAAGAGGAATCTATCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16364987 38 +  48394510 TATGTGTCTATATATATTTGTAAGAGGAATCTATCCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166162569 38 - 196418989 TGTGTGTCTATATATATTTGTAAGAGGAATCTATCCGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18025915 36 +  48129895 TCAATAATTTCCATTATAAAGAAAATATTGGGTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166162607 36 - 196418989 TCAATAATTTCCATTATAAAGAAAATATTGGGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18025951 56 +  48129895 gccgggcgcggtggctcacgcctgtaatcccagcacttcgggaggccgaggcgggc
s rheMac2.chr3  166162643 56 - 196418989 gccaggtgtggtgactcacgcctataatcccagcactttgggaggcctaggcgggc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16365061 56 +  48394510 gctgggcgtggtggctcacgccttcaatcccagcactttgggaggccaaggcgggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16758247 217 +  46489110 agatcacgaggtcaagagatcgagaccatcctggccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagatgggagtggtggcacatacctgtagtcccagctacttgggaagctgaggcaggagaatcccttgaaccccgaggaggaggttgcggtgagctaagatcgcgccactgcactccagcctagtgacagagtgagactccg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16365117 217 +  48394510 agatcacgaggtcaagagttcgagaccatcctggccaacatggtgaaaccccatctctactacaaatacaaaaattagatgggagtggtggcacacacctgtagtcccagctacttgggaagctgaggcaggagaatcccttgaaccccgaggcgcaggttgcagtgagccaagatcgcgccactgcactctagcctagtgacagagtgagactccg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166162699 216 - 196418989 agatcatgaggtcaggagattgagaccatcctagccaacatggtgaaacaccatctctactaaaaatacaaaaattagatgggagtggtgaagcacacttgtagtcccagctactctggaagctgagacaggagaatcccttg-accccgaggcagaggttgcagtgagccaagatcgcgccactgcactccagcttagtgacagtgtgagagtcca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16365361 50 +  48394510 gaaaagaaaaGAATGGGTTTTCCTATTTGCTAGCAGTTAG-TAAGATTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16365481 85 +  48394510 AATTATCCTGACACCTGTAAACCAAGTTATCAGCTGAAATAGATGAAATTATTTTAGAGATTATTCTGAACATCTGATTGTTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166163078 85 - 196418989 AATCATCCTGACACTTGTAAACCAAGTTATCAGCTGAAATAGATGAAATTATTCTAGAGATTATTCTGAACATCTGATTGTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18026453 20 +  48129895 TTTCtaaaatatatttaaat
s panTro2.chr21  16758690 20 +  46489110 TTTCtaaaatatatttaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16365566 20 +  48394510 TTTCtaaaatatatttaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166163163 20 - 196418989 TTTCTAAAATATACTTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18026473 25 +  48129895 attataCTGTAGTTAAGTTACTGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166163183 24 - 196418989 ATTATACTGTAGTTAA-TTACTGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18026498 40 +  48129895 TAGGAATAGAAGAAATAAGCTATTATTTTTCTTTTCTTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=719128.000000
s hg19.chr21     18026538 114 +  48129895 CATCTGCTCCCTCTAATTTGGACATTTCATCTGTTGTAATTACTTTTCAAAAGCTAATAAAACTAATATTTGCTTAAAAAA-GGTTTATTAAAACAATTTGTATATGGAAAAAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16365651 114 +  48394510 CATCTGCTCTCTCTAATTTGGACATTTCATCTGTTGTAATTACTTTTCAAAAGCTAATAAAACTAATATTTGCTTAAAAAA-GGTTTATTAAAACAATTTTTATATGGAAAAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166163247 105 - 196418989 CATCTGCTCCCTCTAATTTGGACATTTCATGTGTTGTAATTACTTTTGAAAAGCTAATAAAACTTATATTTGCTTAG----------ATTAAAACAATTTTTATATGGAAAAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18026868 80 +  48129895 TATGATATCATAGGGCCAAGAAATTATTAAAGCCTATTCTAACCCAAAGGGCATCTACTGATCTCTGGTGGCTTAGAGCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18026948 160 +  48129895 TAGGTTTTAAAGGGACACTGAATACAAAGGACAAGAGACAGCTTGTGGGCCTT-GTGTGGGAGGTCAAGTTTGCCTGCCAATATGGGACACAGAAAGATTAGCCAGGCAATAGGGGTACACACACACATAC--------------AGACATACACACATGGAAGCTTATATAGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=316987.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16770524 69 +  46489110 ATTCATATTAAAGAATTAATTTCACTTTAGAAATTAAATACGGCTGAGGTTTGTTTAATGAGGCCATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16378918 69 +  48394510 ATTCATATTAAAGAATTAATTTCACTTTAGAAATTAAATACGGCTGAGGTTTGTTTAATGAGGCCATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166174029 69 - 196418989 ATTCATATTAAAGAATTAATTTCACTTTAGAAATTAAATATGGCTGAGGTTTGTTTAATGAGGTCATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=165247.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 199

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16379248 46 +  48394510 AGCAATGAAGTGGTTTGTATAGGCACAAACTATAAGAAAAATATGT
i ponAbe2.chr21 I 200 C 0
s rheMac2.chr3  166174358 46 - 196418989 AGCAATGAAGTGGTTTGTATAGGCACAAACTATGAGaaaaatacat
i rheMac2.chr3  I 199 C 0

a score=404825.000000
s hg19.chr21     18038481 78 +  48129895 TTTTAAAATATTTTAATGACATTTTAATATATGACATGTTAAAACCCTCTATCACATCTTCACCCAAAACATTCAGGa
s panTro2.chr21  16770702 78 +  46489110 ttttaaaatattttaatgacattttaatatatGACATGTTAAAACCCTCTATCACATCTTCACCCAAAATGTTCAGGa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16379294 78 +  48394510 TTTTAAAATATTTTCATGACATTTTAATATATGACATGTTAAAACCCCCTATCACATCTTCACCCAAAACATTCAGGa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166174404 77 - 196418989 ttttaaaatattttaatgacattttaatatatGACATGTTAAAACCCTCTATCACATCTTCACTCAAAACATT-AGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1441502.000000
s hg19.chr21     18038559 242 +  48129895 aaatatttattttaatatttGCATTTCTTGGGTACATTTTTCATCAACATAATGATCCCTGTTTCAATGTCAGGAGGTTAAAAATAAAATATGCCCACAAGAAGCCGTCAGTATCATGATTACTACTAGAAATAACAGTACAGAAATATTTCTTAGAAAGCATCAAAGCAAGGATAGCTTGATTTTTAAATCCTCAGGCAGTAGTGTGAAAACCGTAGAATCACTCGTTAACCAACAGCAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16379372 242 +  48394510 aaatatttattttaatatttGCATTTCTTGGGTACATTTTTCATCAACATAATGATCCCTGTTTCAATGTCAGGAGGCTGAAAATAAGATATGCCCATGAGAAGCCCTCAATATCATGATTACTACTAGAAATAACAGTACAGAAATATTTCTTAGAAAGCATCAAAGCAAGGATAGCTTGATTTTTAAATCCTCAGGCAGTAGTGTGAAAACCATAGGATCACCGGCTAACCAACAGTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166174481 235 - 196418989 AAATATTTTTTTTACTATTTGCATTTATTGGGTACATTTTTCATCAACATAAAGATCCCTGTTTCAATGTCAGGAGGTTGGAAATAAAATATGCCCATGAGAACCCCTCAGTATCATGATTACTACTAGAAATA-------AGAAATATTTCTTAGAAAGCATCAAAGCAAAGAGAGCTTGATTTTTAAATCCTCAGGCAGTAGTGTGAAAACAGTAGAATCACTGGCTAACAAGCAGCAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18038801 89 +  48129895 TTATCTAGGCTTTAAAAGCAGGAAATAGACTTTTTCTTGCTGACTTTTAGTTTACAGCCCTGTCCCTACGTCCAGAGCTCTTTATTCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16771110 307 +  46489110 CAACTTTATCAAATTCTGCCTTTAAAAAACAATCTTTGTTTTCAAACTCATCATGGCCCGAAATTACTAACACTAGAAATAAAATCCCAGCTGATGTCAATGTTTTAAAAAATATAAAGAGGCTTTTCTTAGAGACCCTGGATGAAAAATGCCTATTCAAAGATTC-GGGACGCTTCAATTGACCCTCTCTGCATCCCTTATATTTCTCAACAATTCTGGGAAAATCTGTTATTAAATCAAGTTATTTTTTCCAATTGAATCTCTAATTAAACGCTTTGATACAAAGTCAAGGGTTGTTGCAAAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16379703 308 +  48394510 CAACTTTATCAAATTCTCCCTTTAAAAAACAATCTTTGTTTTCAAACTCATCATGGCCCGAAATTACTAACACTAGAAATAAAATCCCAGCTGATGTCAATGTTTTAAAAAATGTAAAGAGGCTTTTCTTAGAGACTCTGGATGAAAAATGCCTATTCAAAGATTCGGGGATGCTTCAATTGACCCTCTGTGCATCCTTTATATTTCTCAACAATTCTGGGAAAATCTGTTATTAAATCAAGTTATTTTTTCCAATTGAATCTCTAATTAAACTCTTTGATACAAAGTCAAGGGTTGCTGCAAAAATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166174805 305 - 196418989 CAACTTTATCAAATTCTGCCTTTACAAAACAATCTTTGTTTTCGAACTCATCATGACCCGAAATTACTAACACCAGAAATAAAATCCCAGCTGATGTCAATGTTTTAAAAAATGTAATGAGGTTTTTCTTAGAGACCCTGGATGAAAAATGCCTATTCAAAGATTC-AGGATGCTTCAACTGACCCTCTCTGCATTCCTTCTATTTCTCAACAATTCTGGGAAAATCTGTTATAAAATCAAGTTATTTTTTCCAATTGAATCTCTAATTAAACTC--TGATACAAAGTCAAGGGTCGCTGGAAAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18039228 52 +  48129895 AACTGTAGATTCATGaaattattactattattattattttaaaGTTATGGAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18039280 135 +  48129895 TTTCTTTGTTTATTGTGCTCATGGACTTTCCAGAGAATTAAAGTTTCCTTCGTTTTAATTGAGAGATTTGTATGACAAATCAAATCTCACTGACCTTCTTTGAGCCTTCTT----AGAAATGTGAATGATTTGGTAGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166175380 64 - 196418989 TTCCATGGTCTGAGATG----GACAAATTGATTGCCATTTGGAAGGACTTTAATTTTTTGTTTTCTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166175444 98 - 196418989 TTTTTAAGAGCAAATGTATTCTCTGAAGACAGAAAAATGTGTGAAATAATACTCATTCTTATCTTAATTGAAAATTTAATTAATTGATGAGTGAACCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166175542 32 - 196418989 TGCCATAATATTTACTTGCTAATCTTATTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=289861.000000
s hg19.chr21     18039658 55 +  48129895 ATAACAGGCCGCTAAAAAGCACAAATCTATTCATTTCA-GGTAATAATGAATAGTT
s panTro2.chr21  16771881 56 +  46489110 ATAACAGGCCACTAAAAAGCACAAATCTATTCATTTCAAGGTAATAATAAATAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16380471 46 +  48394510 ATAACAGGCCGCTAAAAAGCACAAATCTATTCATTTCA-GGTAATAA---------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 254
s rheMac2.chr3  166175574 55 - 196418989 ATAACAAGCCTATAAAAAGCACAAATCTATTCATTTCA-GGTAATAATGAATAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=306697.000000
s hg19.chr21     18039713 34 +  48129895 CACTTTAGAATGTGTCAAGGTATGTCCTAGTTCC
s panTro2.chr21  16771937 34 +  46489110 CACTTTAGAATGTGTCAAGGTATGTCCTAGTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16380771 34 +  48394510 CACTTTAGAATGTGTCAAGGTATGTCCTAGTTCC
i ponAbe2.chr21 I 254 C 0
s rheMac2.chr3  166175629 34 - 196418989 CACTTTAGAATGTGTCAAGGTATGTCCTAGTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=447814.000000
s hg19.chr21     18039747 79 +  48129895 TTAAATAAGTTCTTAAAAATACATTAATGAAAAACAAGTCATTGTTTATTCTGAATTCAGTAGCTACTGAAGAAAATAA
s panTro2.chr21  16771971 79 +  46489110 TTAAATAAGTTCTTAAAAATACATTAATGAAAAACAAGTCATTGTTTATTCTGAATTCAGTAGCTACTGAAGAAAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16380805 79 +  48394510 TTAAATAAGTTCTTAAAAATACGTTAATGAAAAACAAGTCATTGTTTATTCTGAATTCAGTAGCTACTGAAGAAAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166175663 71 - 196418989 TTAAATAAG-TCTTAAAAATACACTGATGAAAAACAAGTCATTGTTTATTCT-------GTAGCTAGTGAAGAAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214763.000000
s hg19.chr21     18039826 41 +  48129895 C--TGTATTTGGTTGCGATGTTCCTTTGTTCCACAGTTTCCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=462909.000000
s hg19.chr21     18039933  97 +  48129895 TGGACTCCTCCCTCCATTCCTGGGTAGCTTGCCATACACAGAGCAGT---GCATTCCAGGACTTTGTACTGTTTGGTGTAATAGATTTCCTGAGTTCGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16380993 100 +  48394510 TGGACTCCTCCCTCCATTCCTGGGTAGCTTGCCATACACAGAGCAGTCCATCATTCCAGGACTTTGTACTGTTTGGTGCAATAGATTTCCTGAGTTCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166175843  97 - 196418989 TGGTCTCCTCCCTGCATTCCTGGGTAGCTTGCCATACACAGCGCAGT---GCATTACAGGACTTTGTACTGTTTGGTGTAATGGATTTCCCGAGTTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=624380.000000
s hg19.chr21     18040030 118 +  48129895 TCTTCTCCCTTCAATTGGAAGGCAACAACAATTTATTTTGCTTCTTTTATATTTCCTGCATCACCTACAACATCCTGAACATTTTGTCTCTCAGAGGTTTACATAATAAAATGAATAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=77944.000000
s hg19.chr21     18040148 122 +  48129895 CAgccaggcgcggtggctcatgccagcaatcgcagcactttgggaggccgaggcgggcggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccatctctactaaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166176058 117 - 196418989 cgt----gagcagtggctcacgcctgtaatcacagcac-ttgggaggccaaggcaggcggatcacgagctcaggagattgacaccatcctggctaacacggtgaaatcccgtctctactaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=26132.000000
s hg19.chr21     18040270 42 +  48129895 aatacaaaaaataagccggatgtgttggcgggtgcctgtag----t
s panTro2.chr21  16772494 42 +  46489110 aatacaaaaaagaagcctggcgtggtggcgggtgcctgtag----t
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381333 46 +  48394510 aatacaaaaaattagccgggcgtggtggcgggcgcctgtggtccct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166176175 41 - 196418989 aatacaaaaaattagccgggcgtggtggtggct-cctgcag----t
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=98861.000000
s hg19.chr21     18040312 134 +  48129895 cccagctactcgggaggctgaggccggagaatggcgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacagagtgagactccgtctcaaaaaacaaaacgaac
s panTro2.chr21  16772536 134 +  46489110 cccagctactcgggaggctgaggccggagaatggcgtgaaccccggggggcgagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggtgacagagtaagactccgtctcaaaaaacaaaacgaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381379 134 +  48394510 cccagctactcgggaggctgaggcaggagaatggcgtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccatcctgggcgacagagcgacactctgtctcaaaaaacaaaacaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166176216 134 - 196418989 cccagctactcaggaggctgaggcaggagaatggtgggaacccgggaggcggagcttgcagggagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgacaaagcaagactccgcctccaaaaacaaaacaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=130187.000000
s hg19.chr21     18040446 47 +  48129895 aaagaaaaTGAATACCTGTTGACTGATTGTGTGACAGCAAAACTCCT
s rheMac2.chr3  166176350 47 - 196418989 aaagaaaaGGAATACCTGTTGACTGATAGTGTGAGGCCAGAACTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381513 47 +  48394510 aaagaaaaTGAATACCTGTTGACTGATTGTGTGACACCAAAACTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16772670 47 +  46489110 aaagaaaaTGAATATCTGTTGACTGATTGTGTGACACCAAAACTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=306965.000000
s hg19.chr21     18040493 43 +  48129895 CTATGATGACACCAGGATGATATGATACAGTGATTAAATGAAT
s rheMac2.chr3  166176397 43 - 196418989 CTATGATGACACCAGGATGATATGATACTGTGATTAAATGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381560 43 +  48394510 CTATGATGACACCAGGATGATATGATACTGTGATTAAATGAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16772717 43 +  46489110 CTATGATGACACCAGGATGATATGATACTGTGATTAAATGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=471466.000000
s hg19.chr21     18040536 102 +  48129895 CTCTGTGTGTCAAGAGAAGTACTGAGCTCAATTCTAATATAACGCATATAGTCCAGTGCTTGTATAATATGCTGCTTAATATAGATTTCTTTTCAATTCAAC
s rheMac2.chr3  166176440 102 - 196418989 CTGTGTGTGTCAAGAGAAGTACTGAGCTGAATTCTAATAAAACTCATAGAGTCCAGTACTTGTATAATATGCTGCTTAATATAGATTTCTTTTCAATTCAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381603  94 +  48394510 CTCTGTGTGTCAAGAGAAGTACTGAGCTCGATTCTAATATAACGCATATAGTCTAGTGCTTGTATAATATGCTGCTTAATACAGATTTCTTTTC--------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 168
s panTro2.chr21  16772760 102 +  46489110 CTCTGTGTGTCAAGAGAAGTACTGAGCTCAATTCTAATACAACACATATAGTCCAGTGCTTGTATAATATGCTGCTTAATATAGATTTCTTTTCAATTCAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=174835.000000
s hg19.chr21     18040638 24 +  48129895 TAAatttaacaagtatttactgag
s panTro2.chr21  16772862 24 +  46489110 TAAatttaacaagtatttactgag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381865 24 +  48394510 tAAatttaacaagtatttattgag
i ponAbe2.chr21 I 168 C 0
s rheMac2.chr3  166176542 24 - 196418989 TAAatttaacaactattgattgag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=118660.000000
s hg19.chr21     18040662 21 +  48129895 cacctactatgtgtcagacgc
s panTro2.chr21  16772886 21 +  46489110 cacctactatgtgtcagacgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381889 21 +  48394510 cacctactatgtgtcagacgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166176566 21 - 196418989 cacctactatgtgtcagacac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=435208.000000
s hg19.chr21     18040683 86 +  48129895 tatataggtaggtaattggtagacaatagagtatagaactgacaaaaatctctgctcttataaagcttatattccatggagattag
s rheMac2.chr3  166176587 86 - 196418989 tatataggtcggtaattggtagaaaatagagaatagaactgacaaaaatctctgctcttataaagcttatattccatggagattag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381910 86 +  48394510 tatataggtaggtaattggtagacaatagagaatagaactgacaaaaatctctgctcttataaagcttatattccatggagattag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16772907 86 +  46489110 tatataggtaggtaattggtagacaatagagtatagaactgacaaaaatctctgctcttataaagcttatattccatggagattag
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1068155.000000
s hg19.chr21     18040769 323 +  48129895 ataataTCTGGTTATATCTGACAGAATCATTCTGGACAAGGAAAAGATCAAGTGTAGAGACCCTGCGTGGAGAGTGTTgagactagcaaggacgaggtcaca-----gatagagcgtgagattacataaagccttatgggtgttgaagggcaaatagaagcctttggatgattctgagcagaggaataacataatatgacttTAATAGCACCTGTAAAGATACTGGATTGGATTTAAAGATTACTTGAAATTTCTCCTATAAACGAAATTCTGTGGCCCTGCGACTTTCTCTTCTATGTGGGGTTCACCCTAAAAAATATATTAATTT
s panTro2.chr21  16772993 323 +  46489110 ataataTCTGGTTATATCTGACAGAATCATTCTggacaaggaaaagatcaagtgtggagaccctgcgtggagagtgttgagactagcaaggacgaggtcaca-----gatagagcgtgagattacataaagccttatgggtgttgaagggcaaatagaagccattggatgattctgagcagaggaataacataatatgacttTAATAGCACCTGTAAAGATACTGGATTGGATTTAAGGATTACTTGAAATTTCTCCTATAAACGAAATTCTGTGGCCCTGCGACTTTCTCTTCTATGTGGGGTTCACCCTAAAAAATATATTAATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16381996 328 +  48394510 ataataTCTGGTTATATCTGACAGAATCATTCTGGACAAGGAAAAGATCAAGTGCAGAGACCCTGCGTGGAGAGTGTTgagactagcaaggatgaggtcacggagctgatagagcgtgagattacataaagccttacgggtgttgaagggcaaatagaagccattggatgattctgagcagaggaataacgtaatatgacttTAATAGCACCTGTAAAGATACTGGATTGGATTTAAAGATGACTTGAAATTTCTCCTATAAACGAAATTCTGTGGCCCTGCGACTTTCTCTTCTATGTGGGGTTCACCCTAAAAAATATATTAATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166176673 301 - 196418989 ata----------atatctgacagaatcattctggacaaggaaaagaccaagtgtggagaccctgagtcgagagtgttgagactaggaaggaggaggtcacagagttgacggagagtgagattacataaagccttatggctgctgaagtgcaaagagaagccattggatgcttctgagcagaggaataacataatacgacttTAATAGCACCCGTAAAGGTACTGTATTGGATTTAAAGATTACCTGAAATTTCTCCTATAAATGAAATTCTGTGGCTGTGCGACTTTCTCTTCTATGTGGTGTTCACCCt-----------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 18

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s hg19.chr21     18041092 41 +  48129895 ATGATCCACATAACGTGACAGTCTTTCTACTCATACCACAT
s panTro2.chr21  16773316 41 +  46489110 ATGATCCACATAACATGACAGTCTTTCTACTCATACCACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382324 41 +  48394510 ATGATCCACATAACATGACAGTCTTTCTAGTCATACCACAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166176992 34 - 196418989 atGATCCACATG-------AGTCTTTCTACTCATACCACAT
i rheMac2.chr3  I 18 C 0

a score=285489.000000
s hg19.chr21     18041133 48 +  48129895 ATGTTTTATACATGTTCATCATACATATGCAAAAATAAGATAATTTCC
s panTro2.chr21  16773357 48 +  46489110 ATGTTTTATACATGTTCATCATACATATGCAAAAATAAGATAATTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382365 48 +  48394510 ATGTTTTATACATGTTCATCATACATATGCAAAAATAAGATAATTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166177026 48 - 196418989 ATGTTTTATACATGTTCATCATACATATGCAAGAATAAAATAATTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=367856.000000
s hg19.chr21     18041181 57 +  48129895 TTTTACATGCTTACCCAAAGAAAACTAAAACCTAACTTACAGATATTCAAATGCTTT
s panTro2.chr21  16773405 57 +  46489110 TTTTACATGCTTACCCAAAGAAAACTAAAACCTAACTTACAGATATTCAAATGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382413 57 +  48394510 TTTTACATGCTTACCCGAAGAAAACTAAAACCTAACTTACAGATATTCAAATGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166177074 57 - 196418989 TTTTACATGCTTACCCAAAGAAAACTAAAACCTAACTTATAGATATTCAAATGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=298721.000000
s hg19.chr21     18041238 75 +  48129895 ATATATGCCATTATTCTTAGCTTCACACAGAACTAGTTCTGTCTCTTAAACAGGCTGATATTTAAACATAGGAGT
s panTro2.chr21  16773462 75 +  46489110 ATATATGCCATTATTCTTAGCTTCACACAGAACTAGTTCTCTCTCTTAAACGTGCTGATATTTAAACATAGGTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382470 75 +  48394510 ATATATGCCATTATTCTTAGCTTCACACAGAACTAGTTCTCTCTCTTAAACATGCTGATATTTAAACATAGGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166177131 75 - 196418989 ATATATGCCATTATTCCTAGCTTCACACAGAACTAGTTCTCTCTCTTAAACATGCTGATATTTAAACACAGGAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=361601.000000
s hg19.chr21     18041313 64 +  48129895 GTTTCCAGAGAAGCTCTGAAAGTAAGCCAACATGatttttttaattattattttttatGATTAT
s panTro2.chr21  16773537 64 +  46489110 GTTTCCAGAGAAGCTCTGAAAGTAAGCCAACATGatttttttaattattattttttatGATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382545 64 +  48394510 GTTTCCAGAGAAGCTCTGAAAGTAAGCCAACATGatttttttaattattattttttatGATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166177206 64 - 196418989 GTTTCCAGAAAAGCTCTGAAAGTAAGCCAATATGattttttaaattattattttttatGATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204202.000000
s hg19.chr21     18041377 78 +  48129895 AGACATAGTTATTTTCTATGCATATGTTTCTAACTTAAAATAAAAAAGCAATCCTTCCTGTCACCAATTAACATGTAT
s panTro2.chr21  16773601 78 +  46489110 AGACATAGTTATTTTCTATGCATATGTTTCTAACTTAAAATAAAAAAGCAATCCTTCCTGTCACCAATTAACATGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382609 78 +  48394510 AGACATAGTTATTTTCTATGCATATGTTTCTAACTTAAAATAAAAAAGCAATCCTTCCTGTCACCAATTAACATGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166177270 73 - 196418989 AGACATAGTTATTTTCTATGCATATGCTTTTAACT-----TAAAAAAGCAATCCTTCCTTTCACCAATTAACATGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-26318.000000
s hg19.chr21     18041455 12 +  48129895 GTCCTTGTGTAC
s panTro2.chr21  16773679 12 +  46489110 GTCCTTGTGTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382687 12 +  48394510 GTCCTTGTGTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166177343 12 - 196418989 GTCCTAGtatag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=60926.000000
s hg19.chr21     18041467 37 +  48129895 atggatatatacagagctaattacatgtgtgtgagtt
s rheMac2.chr3  166177355 37 - 196418989 atggatatatacaaagctaattacatgtgtgtgagtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382699 37 +  48394510 atggatatatacaaagctaattacatgtgtgtgagtt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16773691 37 +  46489110 atggatatatacaaagctaattgcatgtgtgtgagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=408899.000000
s hg19.chr21     18041504 102 +  48129895 tattggttattgtacatatacatattatccctttatgctg--agtcttcaatcaataacaatcccagtagtaacaaacatacccagagcccagatcttggtttc
s panTro2.chr21  16773728 101 +  46489110 tattggttattgtacatatacatattatccctttatgctg--agtctttaatcaataaca-tcccagttgtaacaaacatacccagagcccagatcttggtttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16382736 101 +  48394510 tattggttattatacatatacatattatccctttatgctg--agtctttaagcaataaca-tcccagtagtaacaaacatacccagagctcagatcttggtttc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166177392  97 - 196418989 tattggtttt------tatacatattgtccctttatgctgacagtctttaagcaataaca-tcccagtaataacaaacatacccagagcccggatcttggtttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=592469.000000
s hg19.chr21     18041606 140 +  48129895 tacataccattttttattgaaagacagcagatacagctgtttctagggttgggacaagaaaaatacaagatgagccatcagcatcttgtagtaccaaaaagtaagaaagtgcccaaaaacaaaaatatgggggtgtcgtc
s panTro2.chr21  16773829 140 +  46489110 tacataccattttttattgagagacagcagatacagctgtttctagggttgggacaagaaaaatacaagatgagccatcagcatctcgtagtaccaaaaagtaagaaaatgctcaaaaacaaaaatatgggggtgttgtc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=138018.000000
s hg19.chr21     18041870 55 +  48129895 tagtggtataaataaatgattgataagcaaatagagaaggagacaaatcttcttt
s panTro2.chr21  16774093 55 +  46489110 tagtggtataaataaatgattgataagcaaatagagaaggagacaaatcttcttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16383103 34 +  48394510 taaaggtataaataaatgattgataagcaaatag---------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 19
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 19 I 275
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=767703.000000
s hg19.chr21     18041994 215 +  48129895 ggcttagtgacttgctgccaaagagtagagtagggaatgggaaaaaggcaagttttcagtggagtaacctggtaaacgctactttatccaaatagttaaggttaacattgttagtgatttcatgtgactatcatctaacgcctgatacgatatgacaaaaatggtgctttacctcgttagtattttttaagactcataatcccaatcttatctg-a
s panTro2.chr21  16774217 215 +  46489110 ggcttagtgacttgctgccaaagagtagagtagggaatgggaaaaaggcaagttttcagtggagtaacctggtaaacgctactttatccaaatagttaaggttaacattgttagtgatttcatgtgactatcatctaacacctgatatgatatgacaaaaatggtgctttacctcgttagtattttttaagactcataatcccaatcttatctg-a
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 275 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16384106 227 +  48394510 TGTTTGAATCAAAATGCATGGAAAATACATGAATACATTCTGCTTAGTTTTTTCTTTTTCGAGCACTACAAAAATGAGTGCCGAATCTCTCTTTTCATCCTTTAGCGTGGTTCCTTCACTCCCAATATGTATCTGAAATTAGTAGGAAGAGACAAAGGAAGCACTGGCATTTTTACTTTCATAAACATTAACAGATGCAGAGTCGGGAGGTCTTTCCAGTCACAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16384333 150 +  48394510 GGTGGGTGGTTTCAGTATTTTCTTCCCAGCATGGTCTTACGTGAATAATGGTGGCAAATTATATATGACTTTATTAAGCACCTTTCTCTTTTTGGAATAAAACTGCTTTTCATTACATGTAAAATAATAATAGTTATATTCATAAAGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18043004 75 +  48129895 CCAACCATCCATCACAAGGACCATATTCCTTTTTTAAAAA-AATTTACTATAGAAATCACCTCAGATTATGTGTTG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18043183 115 +  48129895 CACAATCTAGAGAAAATTTCAAGTAAAAACATAGATT-AAAATGGTTTTGTTTTTTT--GAAAAATTGATAATTGAAAAGAAAGGATGAGAAGTGCTGCTGAAATTTGTTGGTACTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-186805.000000
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a score=-124197.000000
s hg19.chr21     18052341 26 +  48129895 TTTATACTAGGTTGAAAACAATACTT
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a score=-165867.000000
s hg19.chr21     18052367 17 +  48129895 ATCTTTTTTTTTTTTAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=400992.000000
s hg19.chr21     18052384 59 +  48129895 CTACAAAAATGAGAAGGGTGATAAGTAATTCAGGTCCTCGAGCAAAAAGCAATATAAAA
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a score=432221.000000
s hg19.chr21     18052443 112 +  48129895 GTTTTGACATAGAAATATTTTTGTAGGAGGGAGATTTTGGAAGAAA----GGGGCAGATGCACATGAAATTATGGTTTAAAACTTTGCTAATCCTCAAACTTAAAAGTGATTCAAC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166190073 90 - 196418989 TTGCCTGCTGTTTGCTTTACTCCACTGGATTGTGACCCTGTTAAGGAAGAAAGTTTCTAAAGTTTCTTCCATATCTCATTTGTTGTGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18054334 39 +  48129895 CTGATGTCCAAAATAGTTCCTGTGACCAGAAAAGAAAAT
s panTro2.chr21  16786543 39 +  46489110 CTGATGTCCAAAATAGTTCCTGTGACCAGAAAAGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16395710 38 +  48394510 CTGATGTCCAAAATAGTTCCTGTGACCAGAAAA-AAGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166190163 39 - 196418989 CTGATGTCCAAAATAGTTCCTGTGACCAGAAAAGAAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=403517.000000
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s panTro2.chr21  16786582 64 +  46489110 TGTTAAAATTCATGAAACTCTGACACTTTCTAATTTTGAGACCATTTCTGTAAATGACAAATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16395748 64 +  48394510 TGTTAAAATTTGTGAAACTCTGACACTTTCTAATTTTGAGACCATTTCTGTAAATGACAAATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166190202 64 - 196418989 TGTTAAAATTTGTGAAATTCTGACACTTTCTAATTTTCAAAACATTTCTGTAAATGACAAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16786646 93 +  46489110 TTTGACTTTTCTGTATTCTGGTTATTTCAGTTACCTTATGGGTTAGACAAAATCCACAGtgtattagtccattctcaccctgctataaataaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16395812 93 +  48394510 TTTGACTTTTCCGTATTCTGCTTATTTCAGTTACCTTACGGGTTAGACAAAATCCACAGtatattagtccattctcaccctgctataaataaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166190266 93 - 196418989 TTTGACCTTTCTGTATTCTGGTTATTTCAGTTACCTTATGGGTTAGACAAAATCCACAGtgtattagtccattctcacgctgctctaaataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16786739 265 +  46489110 tacccgagactgggtaatttataaagaaaaaggctttaattgactcccagttccacatggctggggaggcctcaggaaacttacagtcatggcagaaggcaaaagagaagcaaggaccttggttacattgcagcaggagagagaagtgcaagcacaggaaatgccagactcttataaatccatcagatctcatgagaattca----ctatcacaagaagagtgtgggggaaaccaccccatgatccaatcacctccttccctctacacg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16395905 265 +  48394510 tacccgagactgggtaatttataaagaaaaaggctttaattgactcccagttccacatggctggggaggcttcaggaaacttacagtcatggcagaaggcaaaagagaagcaaggaccttggttacattgcagcaggagagagaagtgcaagcacaggaaatgccagactcttataaaaccatcagacctcatgagaattca----ctatcacaagaagagcgtgggggaaaccaccccatgatccaatcacctccctccctctacacg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18054795 85 +  48129895 tggggattacaagttcctcccttgacacgggaggattataatttgagatgagttttgggcggggacatagagacaaacaatatta
s rheMac2.chr3  166190618 85 - 196418989 tggggattacaggttcctcccttgatacgtggggattataatttgggatgagatttggacggggacacagagacaaacaatatca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16396170 85 +  48394510 tggggattacaagttcctcccttgacacgggaggattataatttgagatgagatttgggtggggacacagagacaaacaatatta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787004 85 +  46489110 tggggattacaagttcctcccttgacacaggaggattataatttgagatgagttttgggcggggacatagagacaaacaatatta
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=161526.000000
s hg19.chr21     18054880 36 +  48129895 CACAGTATATTGGCTTTTATAATCAAGTGAAAGTTT
s rheMac2.chr3  166190703 36 - 196418989 CACAGTATATTGGCTTTCATAATCAAGTGAAAGTTT
i rheMac2.chr3  C 0 I 121
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787089 36 +  46489110 CACAGTATATTGGCTTTTATAATCAAGTGAAAGTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=166395.000000
s hg19.chr21     18054916 85 +  48129895 AGGGCTAATTAAATAATGGTCTAGGTAAATGGATATTGTTTAGATAACTGGAAACAGGGTCTTAATTTtatatatatatatatat
s ponAbe2.chr21  16396291 83 +  48394510 AGAGCTAATTAAATAATGGTCTAGGTAAATGGATATTGTTTAGATAACTGGAAACAGGGTCttaattttatatatatatattt--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787125 85 +  46489110 AGGGCTAATTAAATAATGGTCTAGGTAAATGGATATTGTTTAGGTAACTGGAAACAGGGTCTTAATTTtatatatatatatatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166190860 58 - 196418989 ------------------GTCTAGGTAAATGGCTATTGTTTAGATAACTGGAAACAGGGTCTTAATTATATATATA---------
i rheMac2.chr3  I 121 C 0

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s hg19.chr21     18055001 39 +  48129895 atatatatTTTTTTTTTTCTTTCTTTTCAGTTAGTATAA
s ponAbe2.chr21  16396374 25 +  48394510 --------------ttttcttttttttCAGTTAGTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787210 33 +  46489110 atat------TTTTCTTTCTTTCTTTTCAGTTAGTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166190918 13 - 196418989 --------------------------TCAGTTATTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18055040 34 +  48129895 CAGAAAATGCTGGAGCATGGATCAAAAGGCAGAG
s ponAbe2.chr21  16396399 34 +  48394510 CAGAAAATGCTGGAGCATGGATCAAAAGGCAGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787243 34 +  46489110 CAGAAAATGCTGGAGCATGGATCAAAAAGCAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166190931 34 - 196418989 CAGATAATGCTAGAGCATGGATCAAAAGGCAGAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=96759.000000
s hg19.chr21     18055074 48 +  48129895 CAACCATAAGGACCCCGTAATGGGACATAATTAATGAGGCAAAAGTAT
s rheMac2.chr3  166190965 45 - 196418989 CAACCATAAGGACCCTGTAATGGGACATA---AATGAGGCAAAAGTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787277 48 +  46489110 CAACCATAAGGACCCTGTAATGGGACACAATTAATGAGGCAAAAGTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16396433 48 +  48394510 CAACCATAAGGACCTTGTAATGGGACATAATTAATGAGGCAAAAGTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=289082.000000
s hg19.chr21     18055122 51 +  48129895 AAACTTCTAATAAAATTACAAACTCAAATAGATTGGCATTGTTTTTGCATT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787325 51 +  46489110 AAACTTCTAATAAAATTACAAACTCAAATAGATTGGCATTGTTTTTGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166191010 51 - 196418989 AAACTTCTAATAAAATTACAAAGTCAAATAGATTGGCATTGTTTATGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787376 92 +  46489110 GAAGTATTATACTTATCTTGGCTGTGCTTTATATCCTAATTTGTAGTTTTCtattttatttaattcattattttaaaaaaGTTTCCAATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166191061 86 - 196418989 AAAGTATTACACTTATCTTGGCTGTGCTTTATATCCTAATTTGTAGTTTTC-----TCTTTAATTCATTATTTT-AAAAAGTTTCCAATGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787520 34 +  46489110 ATAGTTTCTTTCATCAACATTAATTAAATGGCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166191199 34 - 196418989 ATAGTTTCTTTCATCAACATTAATTAAACGGCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787567 32 +  46489110 AATTTTCTTATGAATTGCACACTTATTATACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16787599 42 +  46489110 ATTTTATAGGCATCTTATCAGTCATGAGTACACATTGAAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16396755 42 +  48394510 ATTTTATAGGCATCTTGTCAGTCATGAGTACACATTGAGAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18055551 23 +  48129895 Actctctctctccctctgtctct
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16396910 10 +  48394510 ACACTCTCTC-------------
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18055574 38 +  48129895 ctctctctctctcCACCCACATTTAAAAAACATATACA
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s panTro2.chr21  16787777 36 +  46489110 ctctctctctc--CACCCACATTTAAAAAACATATACA
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a score=243223.000000
s hg19.chr21     18055612 34 +  48129895 TTAGGGAAAAAATTCCTGTTGATACTGGAGAATG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18055751 20 +  48129895 TAAGAAAAAACTCATCCAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16400701 107 +  48394510 TGTGGCTTGGCAGTCCTAGAAGGATTGAAAAAGTTAAAAAGGATTATCACAGTATCCATTATGAAGCTCTATTTGAGATGTTTTGACACAACTACTATTTTACTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166195224 107 - 196418989 TGTGGCTTGGCAGTCCTAGAAGGACTGAAAAAGTTAAAAAGAATTATCACAGTATCCATTATAAAGCTCTATTCGAGATGTTTTGAGGTAACTACTATTTTACTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=320736.000000
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s panTro2.chr21  16791669 57 +  46489110 TTGATTAACAAAAACTAACACTCATTTTTTTT-----AAATTTTGACTCAAGAATATTATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16400808 58 +  48394510 TTGATTAACAAAAACTAACACTCATTTTTTTTT----TAATTTTGACTCAAGAATATTATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204432.000000
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s panTro2.chr21  16791726 36 +  46489110 GATTAGTCTTGCTTTTACTGTAGGTATTTGCAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16400866 36 +  48394510 GATTAGTCTTGCTTTTACTGTAGGTATTTGCAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166195393 36 - 196418989 GATTAGTCTTGCTTTCACTGTAGGTATTTGCAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=336710.000000
s hg19.chr21     18059570 61 +  48129895 CTCATTCAACTTTCTAGAAACTTTTGCCTAGAATAACTCAAAAATGGCTGCTTTAAAAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16400902 61 +  48394510 CTCATTCAACTTTCTAGAAACTTTTGTCCAGAATAACTCAAAAATGACTGCTTTAAAAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=20263.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16400963 14 +  48394510 AATTTGCTGAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166195490 14 - 196418989 AATTTGCTGAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=78469.000000
s hg19.chr21     18059645 37 +  48129895 TTGTTCAGCATTATCACCTACAAAAATGGTTTTGTAA
s panTro2.chr21  16791837 37 +  46489110 TTGTTCAGCATTATCACCCATAAAAATGGTTTTGTAa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16400977 37 +  48394510 TTGTTCAGCATTATCACCTATAAAAATGATTTTGTAa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166195504 37 - 196418989 TTGTTCAGCATTATCACCTACAAAATTGGTTTTGTAa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=79838.000000
s hg19.chr21     18059682 69 +  48129895 gccgggcgcggtaacacacacctgtaatcccagaagtttgggaggccaagattggcagatctctcaaat
s panTro2.chr21  16791874 69 +  46489110 gccgggcgcggtaactcacacctgtaatcccagaagtttgggaggccaagattggcagatctctcaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16401014 69 +  48394510 gccaggcgcggtggctcacacctgtaatctcagaagtttgggaggccaagattggcagatctctcatgt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166195541 69 - 196418989 gctgggcatgggggctcgctcctgtaatcccagaagtctgggaggccaagattggcagatctctcaagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=233032.000000
s hg19.chr21     18059751 150 +  48129895 tcaggagtttgagaccagcctgggcaacatggcaaaaacctgtctctagtaaaagtacaaaaattagctgggtgtgatggcgcagggctgtaatcccagtacttagatggctgaggcacgagaat-cccttgaatcctggaagcagaggtt
s panTro2.chr21  16791943 150 +  46489110 tcaggagtttgagaccagcctgggcaacatggcaaaaacctgtctctagtaaaagtacaaaaattagctgggtgtgatggtgcagggctgtaatcccagtacttaggtggctgaggcacgagaat-cccttgaatcctggaagcagaggtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16401083 150 +  48394510 tcaggagtttgagacc-gcctgagcaacatggcaaaaacctgtctctagtaaaaatacaaaaattagctgggtgtgatggcacagggctgtaatcccagtacttaggtggctgaggtacgagcatccccttgattcctggaggcagaggtt
i ponAbe2.chr21 C 0 I 186
s rheMac2.chr3  166195610 150 - 196418989 ttaggagtttgagaccagcctgggaaacctggcaaaaacctgtctgtagtaaaaatacaaaaattagctgggtgtgatggcgcagtactgtaatcccagtacttgggtggctgaggcacgagaat-cccttgaatcctggaagcagaggtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=86083.000000
s hg19.chr21     18059901  79 +  48129895 gcagtgagccacaatcatgccactgtactccagcctgggtgacagagtaagactctgtctcaaagaaagaaagaaagaa
s panTro2.chr21  16792093  79 +  46489110 gcagtgagccacgatcatgccactgtactccagcctgggcgacagagtaagactctgtctcaaagaaagaaagaaagga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166195760  79 - 196418989 gcagtgagccaggatcaagccactgtaccccagcccgggcgacagagtaagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 I 19
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=173577.000000
s hg19.chr21     18059980  97 +  48129895 aaaaaAGGTTTTGTGATACCATGTTCTACATACCAGTT-------ATGATGGTGATGTCTCAATT--CAGATATGTTCATTTCGTTAACTTTCATTTAATTTtttt
s panTro2.chr21  16792172  97 +  46489110 aaaaaaGGTTTTGTGATACCATGTTCTACATGCCAGTT-------ATGATGGTGATGTCTCAATT--CAGACATGTTCATTTCGTTAACTTTCATTTTATTTtttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166195858 101 - 196418989 ATAAAAGGTTTTGTGATACCATGTTCTACATACCGGTTATGATTGATGATTGTGATGTCTCAATTCACAGACATGTTCA-----TTAGCTTTCatattatttttat
i rheMac2.chr3  I 19 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=23726.000000
s hg19.chr21     18060077  30 +  48129895 atttttattttttattatta----------ttttttgaga
s panTro2.chr21  16792269  30 +  46489110 atttttatttattattatta----------ttttttgaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166195959  40 - 196418989 atttttatttctttttattaGTAGTGTTAtttttttgaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=108657.000000
s hg19.chr21     18060107 142 +  48129895 ccgagactcgctctgtcacccaggctggagtgcagtggcgccatctccgctcactgcaacctccgcctcccaggttcacgccattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcgcccgccaccacgcccggc
s rheMac2.chr3  166195999 141 - 196418989 cggagtctcgctctgtcacccagaccggagtgcagtggcgcgatctcggctcagtgcaagctctgcctcccgggttcccgccgttctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggcg-ccgccacctcgcccagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16792299 142 +  46489110 ccgagtctcgctctgtcacccaggctggagtgcagtggcgccatctcggctcactgcaacctccgcctcccgggttcacgtcattttcctgcctcagtctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccaccacgactggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=94141.000000
s hg19.chr21     18060249 127 +  48129895 taattttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgtcagccagggtggtctcaatctcctgacctcgtgatccacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccatcgc
s panTro2.chr21  16792441 127 +  46489110 taatattttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatcccttgacctcgtgatccacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccatcgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166196140 126 - 196418989 caattttttgtatttttagcagagacggggtttcaccgtgttagccaggacggtctcaatctcccgaccttgtgatctg-acgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccgc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s hg19.chr21     18060376 131 +  48129895 gcGAAAATTAGCCTGTAAATGGTCATTTCAAAATGCTTCTAtctgatcatggaaaaaaattatacaaatcccagttaaaggacattctataaaatatctgactgatacatctcaaaactatgaaagtcgtc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166196266 131 - 196418989 gcAAAAATTAGCCTGTAAATAGTCGTTTCAAAATGCTTCCAtctgatcatggaaaaaaattatacaaatcccagttgaaggacattctgtaaaatacctgactaatatatctcaaaattataaaagtcgtt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

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s hg19.chr21     18060507 103 +  48129895 aaaaacaagaaaaatttgagaactctcacggttgaagcaacatgactgctcaatataatatgctatactggatgagatcttggaacagaaaaagattaggcaa
s panTro2.chr21  16792699 103 +  46489110 aaaaacaagaaaaatctgagaactctcactgttgaagcaacatgactgctcaatataatatgctatactggatgagatcttggaacagaaaaagattaggcaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166196397 103 - 196418989 aaaaacaagaaaaatacgagaactctcactattgaagcaacatggctgctcaatataatatgatatactggatgagatcttggaacagaaaaagattaagcaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=519530.000000
s hg19.chr21     18060610 119 +  48129895 acaacagaataaaatatggattatagttaataatgtgtcaatattgtttaattgataataatagatgtaccatactaatatcttagtaaaaag-aaatctggatgtggggtatatgagaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166196500 120 - 196418989 acaacagaataaaatatgtattatatttcataatgtgtcaatattttttaattgataataatagatgtaccatactaatatcttagtaaaaagaaaaactggatgtggggtacatgagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

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s rheMac2.chr3  166196620 116 - 196418989 ctctctatatcatcttcagttttaaaatcaatcctaacactattctaaattaaaattttaaattaaaaaaGGCTCCCTTTTTGAAATTCATGATGGGTATTTGGTGTCAATCTGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16792921 116 +  46489110 ctctctatattatcttcagttttaaaattaattctaaaactattctaaattaaaattttaatttaaaaaaTGCTCCCTTTTTGAAATTCATGTTGGGAATTTGGTGTCAATTTGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=704087.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16793037  91 +  46489110 ATCCCATAATAGTGCTCAAATTCAAAGCAACGAGCAACTTTTAATCATTCAGCATTGAAAATTTCCTTGCCCTTAAAATTTGCTGTCTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=197899.000000
s hg19.chr21     18060936  23 +  48129895 GCAGATAACATATATAAGCAAGA
s rheMac2.chr3  166196825  23 - 196418989 GCAGATAACATATATAAGCAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16793128  23 +  46489110 GCAGATAACATATATAAGCAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=807370.000000
s hg19.chr21     18060959 110 +  48129895 AATATTTGACGAAATGACACAAGAACAATATACAATTAAGGGATAAAATGAAGAGATAAGACAAAGAAGAACTCTTGGCATTGAGAAGTAAATGTGCAAAACAGTTAACT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16793151 110 +  46489110 AATATTTGACGAAATGACCCAAGAACAATATACAATTAAGGGATAAAATGAAGAGATAAGACAAAGAAGAACTCTTGGCATTGAGAAGTAAATGTGCAAAAAAGTTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=279204.000000
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s panTro2.chr21  16793261  45 +  46489110 GTCTCAGAAAAA----TCACGGATGTAGAAAagtgttgttcaatagaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166196958  49 - 196418989 GTCTCAGAAAAATCTTTCAGGGAAGTAGAAcagtgttgtttaataaaac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=221592.000000
s hg19.chr21     18061114  19 +  48129895 tttctgtgatgatggaaat
s rheMac2.chr3  166197007  19 - 196418989 tttctgtgatgatagaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=1453766.000000
s hg19.chr21     18061133 234 +  48129895 gattgcatgtgctgtataatatgtagccacagctacctgtagctatagagaacttgaaatatggctagtgtgactggggaaatgaatgttttatcttctccagtttaaattgaattggatttaaatagcgacatatgactagcgcctactgtatt----agTGTGAAATTAGTGTTTGAGCTAAACACAGAAGCCCAAGTAAAACTTCGGTAGATAGCCCATTTCAGTGCAAGGACAC
s rheMac2.chr3  166197026 238 - 196418989 gatttcatgtgctgtataatatgtaaccacagccacctgtggttatagagaacttgaaatatggctagtgtgactgaggaaatgaatgttttatcttctccagtttaaatgaaattggatttaaatagtgacatatgactagtgcctactgtattagtcagtgTGGAATTAGTGTTTGAGCTGAACAAAAAAGCCCAAGTAAAACTTCGGTAGACAGCCCATTTCAGTGCAAGGAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16793325 234 +  46489110 gattgcatgtgctgtataatatgtagccacagctacctgtggctatagagaacttgaaatatggctagtgtgactggggaaatgaatgttttatctcctccagtttaaattgcattggatttaaatagcgacatatgactagcgcctactgtatt----agTGTGGAATTAGTGTTTGAGCTAAACACAGAAGCCCAAGTAAAACTTCAGTAGATAGCCCATTTCAGTGCAAGGACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=248926.000000
s hg19.chr21     18061367  39 +  48129895 ACTATAGTTAATAAAAGACACCATGCTTGTGGAACAGTG
s panTro2.chr21  16793559  39 +  46489110 ACTATAGTTAATAAAAGACACCATGCTTGTGGAACAGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=359107.000000
s hg19.chr21     18061406  76 +  48129895 AGTAGATCCATGAGCTACTACATCAATCAACCTTCAAATCTATCCCACCTCTGTACTTCCTGTTCTTTGATCCAAA
s panTro2.chr21  16793598  76 +  46489110 AGTAGATCCATGAGGTACTACATCAATCAACCTTCAAATCTATCCCACCTCTGTACTTCCTGTTCTTTGATCCAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166197302  74 - 196418989 AGTAGATCCATGAGCTACTACATCAATCAACCTTCAGATCTATCCCACCTCTGTACTTCTTGTTCTTTCATCC--A
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=125867.000000
s hg19.chr21     18061482  28 +  48129895 ACTCATTTTCTATGTAAGCCAATTTTAG
s panTro2.chr21  16793674  28 +  46489110 ACTCATTTTCTATGTAAGCCAATTTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166197376  28 - 196418989 ACTCATTGTCTATGTAAGCCAATTTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16401233 186 +  48394510 I

a score=363540.000000
s hg19.chr21     18061510  50 +  48129895 CTCTTCATATGAGCTATGCATCCAAATTTAATCTTCTCTTTAAGGTTTTT
s panTro2.chr21  16793702  50 +  46489110 CTCTTTATATGAGCTATGCATCCAAATTTAATCTTCTCTTTAAGGGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 1
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166197693   0 - 196418989 C
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 186 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 I 4
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 4

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  16402252 92 +  48394510 cttcagttattagtctctgaaataataaattctaaatagaaaattaatccattaataacatctaggctgcttagtcactttcagtaacatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16795267 119 +  46489110 actgtaacaatatttgcagtttagccatctctctgaacagagattc-ttatta-ttccaggtttctagtatcccatccc-aaaaattttatgagcccatcagagctgccaatccattggtca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166198685 119 - 196418989 actgtaacaatatttgcaatttagccatctctctgaacagagattc-ttatta-ttccaggtttctagcaccctatccc-caaaattttatgagcccattagagctaccagtccattgacca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16796241 104 +  46489110 GGTAAACCTACAACATTGGTGGTTTAGATGGTTGACTCTGTTTTTAAAGTCAGGGATCAAAACTGTTGCATATTGGCACCTCCATTGTCTCATTCAATTCCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16403381 104 +  48394510 GGTAAACTTACAACATTAGTGGTTTAGATGGTTGACTCTGTTTTCAAAGTCAGGGATCACAACTATTGCATATTGGCACCTCCATTGTCTCATTCAATTCCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1426236.000000
s hg19.chr21     18064162 190 +  48129895 ATCACAGTAGATTTTGATTA-TTAAAAAAAGCAAAAGTTCAAATTAATTGACTAGTCTTAGGCTTAAAACCATGGACTTAATATA-ATGTTACATTGCATGATACTATTGTTAGTGTCCTGAGGAAATGGCAGCCCACAAAAGAACACCATGAATGACAGGTAAAGGTCCTCGGTGCTACAGTTAAGATGGA
s rheMac2.chr3  166199761 191 - 196418989 ATCACAGTAGGTTTTGATCATTTAAAAAAAACAAAAGTTCAAATTAATTGACTAGTCTTAGGCTTAAAACCATGGACTTAATGTA-ATGTTACATTTCATGATATTATTGTTAGTGTCCTGAAGAAATGGCAGCCCACAAAAGAACACCATGAATGACAGGTAAAGGTCCTCAGTGCTACAGTTAAGATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16796345 190 +  46489110 ATCACAGTAGATTTTGATTA-TTAAAAAAAGCAAAAGTTCAAATTAATTGACTAGTCTTAGGCTTAAAACCATGGACTTAATATA-ATGTTACATTTCATGATACTATTGTTAGTGTCCTGAGGAAATGGCAGCCCACAAAAGAACACCATGAATGACAGGTAAAGGTCCTCGGTGCTACAGTTAAGATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16403485 191 +  48394510 ATCACAGTAGATTTTGATTA-TTAAAAAAAGCAAAAGTTCAAATTAATTGACTAGTCTTAGGCTTAAAACCATGGACTTAATATACATGTTACATTTCATGATACTATTGTTAGTGTCCTGAGGAAATGGCAGCCCACAAAAGAACACCATGAATGACAGGTAAAGGTCCTTGGTGCTACAGTTAAGATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=431525.000000
s hg19.chr21     18064352 43 +  48129895 AGTTGGTGGAATTTGACAGAAA-GGGAGTGAAGCCCTCTTTTCC
s rheMac2.chr3  166199952 43 - 196418989 AGTTTGTGGAATGTGACAGAAA-GGGAGAGAAGCCCTCTTTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16796535 43 +  46489110 AGTTGGTGGAATTTGACAGAAA-GGGAGTGAAGCCCTCTTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16403676 44 +  48394510 AGTTAGTGGAATTTGACAGAAAGGGGAGTGAAGccctcttttcc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=322651.000000
s hg19.chr21     18064395 50 +  48129895 CCATGTGAGTTTAAGTCAAGTGA-GAGAAAGTAAAGAGATGGGCAAATGAA
s rheMac2.chr3  166199995 50 - 196418989 CCATGTGGATTTAAGTCAAGTGA-GAAAAAGTAAAGAGATGGGCAAATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16796578 50 +  46489110 CCATGTGAGTTTAAGTCAAGTGA-GAGAAAGTAAAGAGATGGGCAAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16403720 51 +  48394510 acctgtgagtttaagtcaagtgatgagaaagtaaagagatgggcaaatgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=985850.000000
s hg19.chr21     18064445 112 +  48129895 GCACAAACATTA-TTTTTATTAAACTAGAt-agtttatatgaatagccacaatgggtttccaa-atacagaagctcagaattatccagac-tttccATTTGTACTCAGAGTGAGTA
s rheMac2.chr3  166200045 112 - 196418989 GCACAAACATTA-TTTTTATTAACCTAGAT-AGTTTATGTGAATAACCACAATGGGTTTCCAA-ATACAGAAgctcagaattatccagac-tttccatttctactcagagtgaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16796628 112 +  46489110 GCACAAACATTA-TTTTTATTAAACTAGAT-AGTTTATGTGAATAGCCACAATGGGTTTCCAA-ATACAGAAGCTCAGAATTATCCAGAC-TTTCCATTTGTACTCAGAGTGAGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16403771 116 +  48394510 gcgcaaacattattttttattaaactagatnagtttatgtgaatagccacaatgggtttccaanatacagaagctcagaattatccagacttttccaTTTGTACTCAGAGTGAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=388892.000000
s hg19.chr21     18064557  93 +  48129895 AACAAAGATT--------------CCG--CCCTGTAAATAAAAGGG----AAAAGAAA-----TGTAAGTTT-CCTACA-GGCAATAACTCCATG-ATCAGTTCTTACTAAAAATTCTCCA
s panTro2.chr21  16796740  93 +  46489110 AACAAAGATT--------------CCG--CCCTGTAAATAAAAGGG----AAAAGAAA-----TGTAAGTTT-CCTACA-GGCAATAACTCCATG-ATCAGTTCTTACTAAAAATTCTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16403887 102 +  48394510 AACAAAGATT--------------TCTGCCCCTGTAAATAAAAAGGGGAAAAAGAAAA-----TGTAAGTTTCCCTACAGGGCAATAACTCCATGAATCAGTTCTTCCAAAAAATTCTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166200157 112 - 196418989 aacaaagATTCTCATCTTGAGGTCCTG--CCCTGTAAATAAAAGGG----AAAAGAAGTGTATTGTAAGTTT-CCTACA-GGCAATAACTCTATG-ATTAGTTCTTACTAAAAATTCTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=654904.000000
s hg19.chr21     18064650 110 +  48129895 ACTGG-AATTCAA--TTCTCCTACTCCT-GGAGGATGCCAGTG-AATTAG-TAAAGA-AAGATCATGAG-TTTTACACTAATGAATATCACTCTACATG-AAAACACAAAGAATGGAGC
s panTro2.chr21  16796833 110 +  46489110 ACTGG-AATTCAA--TTCTCCTACTCCT-GGAAGATGCCAGTG-AATTAG-TAAAGA-AAGATCATGAG-TTTTACACTAATGAATATCACTCTACATG-AAAACACAAAGAATGGAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16403989 119 +  48394510 ACTGGAAATTCAACTTCTCCCTACTCCTGGGAAGATGCCAGTGAAATTAGTTAAAGACAAGACCATGAGTTTTTACACTAATGAATGTCACTCTACATGAAAAACACAAAGAATGGAGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166200269 110 - 196418989 ACTGG-AATTCAA--TTCTCCTACTACT-GGAAGATGCCAGTG-AATTAG-TAAATA-AAGATGATGAG-TTTTATACTAATGAATGTCACTCTACATG-AAAACACAAAGAATGGAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=346423.000000
s hg19.chr21     18064760 64 +  48129895 ATAAGGACTCCTTAAGAAT----AAGACCCAAACCGTGAAAGACAAAATAATA-TTCTTAGTTTGTATA
s panTro2.chr21  16796943 64 +  46489110 ATAAGGACTCCTTAAGAAT----AAGCCCCAAACCGTGAAAGACAAAATAATA-TTCTTAGTTTGTATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404108 69 +  48394510 ATAAGGACTCCTTAAGAATAAGAAAGCCCCAAACCATGAAAGACAAAATAATATTTCTCGGTTTGTAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166200379 64 - 196418989 ATAAGGACTCCATAAGAAT----AAGCCCCAAACCGTGGAAGACAAAATAATA-TTCTTGGTTTGTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=327757.000000
s hg19.chr21     18064824 58 +  48129895 CCTAGAGAACAAACAGAGCCTCAACTAAA--CTTTCTACTGCAAACT-GATTAGTATAT-GA
s panTro2.chr21  16797007 58 +  46489110 CCTAGAGAACAAACAGAGGCTCAACTAAA--CTTTCTACTGCAAACT-GATTAGTGTAT-GA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404177 62 +  48394510 CCTAGAGAACAAACAGAGGCTCAACTAAAACCTTTCTACTGAAAACTGGATTAGTATATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166200443 58 - 196418989 CCTAGAGAAAACACAGAGGCTCAGCTAAA--CTTTCTACTGCAAACT-GATTAGTATAT-GA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=141530.000000
s hg19.chr21     18064882 19 +  48129895 AAATATTTT--AATATCGGTG
s panTro2.chr21  16797065 19 +  46489110 AAATATTTT--AATATCGGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404239 21 +  48394510 AAATATCTTTAATTATCAGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  166200501 19 - 196418989 AAATGTTTT--AATATTGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1089650.000000
s hg19.chr21     18064901 194 +  48129895 AGAAAAAAAGAAGT-GAGAAATTATCAACGGACTTTTTTGATATTAAATAATCTGGATATATTGTCTTTGGAAGAACTTATGTGCCAGTTATTTATTGTCACAACAATACTGCAGTGATAACACCATAGAACAAACAACCACAAAAGTGTATGTATAATTAACAATAATTAGTCATTGTGCATGTGTCTGTAATC
s panTro2.chr21  16797084 193 +  46489110 AGAAAAAAAGA-GT-GAGAAATCATCACCGGACTTTTTTGATATTAAATAATCTGGATATATTGTCTTTGGAAGAACTTATGTGCCAGTTATTTATTGTCACAACAATACTGCAGTGATAACACCATAGAACAAACAACCACAAAAGTGTATGTATAATTAACAATAATTAGTCATTGTGCATGTGTCTATAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404262 195 +  48394510 GAAAAAAAAGAAGTGGAGAAATCATCACTGGACTTTTTTGATATTAAATAATCTGGATATATTGTCTTTGGAAGAACTTATGTGCCAGTTATTTATTGTCACAACAATACTGCAGTGGTAACACCATAGAACAAACAACCAGAAAAGTGTATGTATAATTAACAATAATTAGTCATTGTGCATGTGTCTGTAATC
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  166200520 194 - 196418989 AGAAAAAAGCAAGT-GAGAAATCATCGGTGGAATTTTTTGATATTAAATAATCTGGATATATTGTCTATGGAAGAACTTATGTGCCCCCTATTTATTGTCACAACAATACTGCAGTGATAACACTATAGAACAAACAACCACAAAAGTGTATATATGATTAATAATAATTAGTCATTGTGCATGTGTCTGTGAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=853933.000000
s hg19.chr21     18065095 136 +  48129895 AAGTGGGGGTCAGTTAAGGGGATCCCCTGACATTGTTTATGC-TTGCTTA-GATACCTGGAGCTCAGAGGGCTGT-TGAGGGAGGT-AGGCT-GGCTTCTGCCA--GAGTGACCAGGGCAACTGG-ACA-ACTGTAATGTGACAC
s panTro2.chr21  16797277 136 +  46489110 AAGTGGGGGTCAGTTAAGGGGATCCCCTGACATTGTTTATGC-TTGCTTA-GATACCTGGAGCTCAGAGGGCTGT-TGAGGGAGGA-AGGCT-GGCTTCTGCCA--GAGTGACCAGGGCAACTGG-ACA-ACTGTCATGTGACAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404457 145 +  48394510 AAGTGGGGGTCAGCTAAGGGGACCCCCGACGATTGGTTATGCTTTGCTTATGATACCTGGAGCTCAGAGGGCTGTATGAGTGAGGTAAGGCTGGGCTTCTGCCAAGGAATGACCAGGGCAACTGGTACATGCTGTCATGTGACAC
i ponAbe2.chr21 C 0 I 2
s rheMac2.chr3  166200714 136 - 196418989 AAGTGGGGGTCAGCTAAGGGGCTCCCCTGACATTGGTTATGC-TTGCTTA-GATACCTGGAGCACAGATGGCTGT-TGAGTGAGGT-AGGCT-GGCTTCTGCCA--GAGTGACCAGGGCAATTGA-ACA-TCTGTCATGTGACAC
i rheMac2.chr3  C 0 I 2

a score=215276.000000
s hg19.chr21     18065231 46 +  48129895 AGGCCCAGTGACCCAGGCTAACTGCGGAGACACAAGAAAGAATACA
s panTro2.chr21  16797413 46 +  46489110 AGGCCCAGTGACCCAGGCTAACTGCTGAGACAcaagaaagaataca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404604 46 +  48394510 AGGCCCAGTGACCCAGGCTAACTGCTGAGACAcaagaaagaataca
i ponAbe2.chr21 I 2 C 0
s rheMac2.chr3  166200852 46 - 196418989 AGGCCCAGTGACCCAGGCTAACTGCTGAGACAcaagaaagaataca
i rheMac2.chr3  I 2 C 0

a score=204576.000000
s hg19.chr21     18065277 45 +  48129895 TTGAAATATGTCAGACCCCTTAAGGTCTAGGTTCATACTAGGCAC
s panTro2.chr21  16797459 45 +  46489110 ttgaaatatgtcagacctcttaaggtctaggttcatactaggtac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404650 45 +  48394510 ttgaaatatgtcagacctcttaaggtctaggtccatattaggcac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166200898 45 - 196418989 ttgaagtatgtcagacctcttaaggtctgggttcatactaggcac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=680357.000000
s hg19.chr21     18065322 139 +  48129895 CTTCTCTTAAAAATCACCCTATAGATCAAAGCAATGTGTATGTCC-AAGTTTAGGATGAAGAGGTGAGTGAATATG-CCCCATCTCTTTTTTGGAAA--GGATTGC-AGGATCACATGACAAA-GGGTACAAATATAGTTA-GGGA
s panTro2.chr21  16797504 139 +  46489110 cttctcttaaaaatcaccctatagatcaaagcaaggtgtatgtcc-aagtttaggatgaagaggtgagtgaatatg-ccccatctcttttttggaaa--ggattgc-aggatcacatgacaaa-gggtacaaatatagtta-ggga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404695 145 +  48394510 cttctcttacaaatcaccctatagatcaaa-caaggtgtatatccaaagtttaggatgaagaggtgagtgaatatgcccccatctcttttttggaaaaggaattgcaagggtcacatgacaaaggggtacaaatatagttagggga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166200943 139 - 196418989 cttctcttacaaatcattcaatggatcaaagcaaggtgtatgtcc-aagtttgggatgaagaggtgagtgaatatg-ctccacctcttttatggaaa--ggattgc-aaggtcacatgacaaa-gggaacaaatatagtta-ggga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=710952.000000
s hg19.chr21     18065461 269 +  48129895 GGAAGAATT-AGGACCATTAATGCAGTCTATCACAGTGTAACATT--GAGGCAGTGACTAGA-TTTTAAAATTTAG-TTACTGACAGAA--GAAAGATGGCATACATAG-CCACA-TTACAATTG-AGTTTTCCTC---ATTTCTAATATTTGCAACATATCCAATATATATCAGTATCAATATATTCAATATATTATACCATTATCATCTTCTGCATAATTATTGTTATGTAAACAATTCATCTTGGTGTGAGATACATTGTTT--AGAAACAAACTGCTCTT
s panTro2.chr21  16797643 269 +  46489110 gtaagaatt-aggaccattaatgtagtctatcACAGTGTAACATT--GAGGCAGTGACTAGA-TTTTAAAATTTAA-TTACTGACAGAA--GAAAGATGGCATACATAG-CCACA-TTACAATTG-AGTTTTCCGC---ATTTCTAATATTTGCAACATATCCAATATATATCAGTATCAATATATTCAATATATTATACCATTATCATCTTCTGCATAATTATTGTTATGTAAACAATTCATCTTGGTGTGAGATACATTGTTT--AGAAACAAACTGCTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16404840 284 +  48394510 gtaagaattaaggaccattaatgcagtctatcACAATGTAACATTTGAGGGCAGTGACTAGATTTTTGAAATTTAATTTACTGACAGAAAGAAAGAATGACATACATAGCCCACATTTACAATTTCAGTTTTTCCCTCAATTTCTAATATTTGCAACATATCCAATATATATCAGTATCAATATATTCAATATATTATATCATTATCATCTTCTGCATAATTATTGTTATGTAAACAATTCATCTTGGTGTGAGATACATTGTTTTAGAAAACAAACTTCCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166201082 269 - 196418989 gtaagaatt-aggaccgtcaatgcagtccatcacaATGTAACACT--GAGGCAGTGACTAGA-TTTTAAAATTTAA-TTACTGGCAGAA--GAAAGATGGCATACATAG-CCAAA-TTACAATGG-AATTTTCCTC---ACTTCTAATATTTGCGACATATCCaatatatattaatataaatatattcaatatattatatCATTATCATCTTCTGCATAATTATTGTTATGTAAACAATTTATCTTGGCACGGGATACATTGTTT--AGAGACAAACTTCTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204405.000000
s hg19.chr21     18065730 40 +  48129895 TT--AGGTTGTAAAG-AATTTGTCACCTCATAACTACTCACGA
s panTro2.chr21  16797912 40 +  46489110 TT--AGGTTGTAAAA-AATTTGTCACCTCATAACCACTCATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16405124 25 +  48394510 TTTAAGGTTGCAAAGAAATTTGTCA------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 22
s rheMac2.chr3  166201351 40 - 196418989 TT--AGGTTGTAAAG-AATTTGTCGTCTCATAACCACTCACGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=30787.000000
s hg19.chr21     18065770 12 +  48129895 AAAGATGTAG-AA
s panTro2.chr21  16797952 12 +  46489110 AAAGATGTAG-AA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16405171 13 +  48394510 AAAGATGTAGAAA
i ponAbe2.chr21 I 22 C 0
s rheMac2.chr3  166201391 12 - 196418989 AAAGATGTAG-AA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=406760.000000
s hg19.chr21     18065782 96 +  48129895 CCACTTGTTAGTACAACGAGAACTCAAAAGTCATGATGATTCCTAGTAGGGAGGTAATCCTACTCAGGGGCAGCTTATGCAGAAGAATATAAACCA
s panTro2.chr21  16797964 96 +  46489110 CCACTTGTTAGAACAACGAGAACTCAAAAGTCATGATGATTCCTAATAAGGAGGTAATCCTACTCAGGGGCAGCTTATGCAGAAGAATATAAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16405184 96 +  48394510 CCACTTGTTAGTACAATGAGAACTCAAAAGTCATGATGATTCCTAATGAGGAGGTAATCCTACTCAGGGGCAGCTTATGCAGAAGAATATAAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166201403 95 - 196418989 ACACTTGTTAGTACAATGAGAACTCAAAAGTCATGATGATTCCTAATGAGGAGGTAATCCCACTC-GGGGCAGCTTATGCAGAAGAATATAAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=936003.000000
s hg19.chr21     18065878 271 +  48129895 AACCCAGTATGTCAGGAAAATACCTATAAGTGCAAATGAGAGGCTTACAATTGATTGAGTCACAGGATAAAGTGGAATAACAAACACTGTTTGTTCAGGTTGGCAGTCCCAGGTAATAATTTAGTAGCTCAACTACAAGAGACATGAGTCTGGCTCACAGGACTCAGATTCACATGTGGGAATCCAGAGACCCAGACTGTCTATGGTAAGGAAATACTGAAGATCTTAAACAGCAAGCACTGGTGTCTCTGCTACTCCCAGACCCTAACTT
s rheMac2.chr3  166201498 267 - 196418989 AACCTAGCATGTCAGGAAAATACCTACAAGTGCAAATGAGAGGCTTACTATTGA----GCTACAGGATAAAGTGGAATAACAAACACTGTTTGTTCAGGTTGGCAGTCCCAGGTAACAGTTTAGTAGCTCAGCTGCCAGAGACATGAGTCTGGCCCACAGGACTCAGATTCATATGTGGGAATCCAGGGACCCAGACTGTCTACGCTAAGGAGATACTGAAGATCTTAAACAGCAAGCACTGGTGTCTCTGCTACTCCCAGACCCTAACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16405280 267 +  48394510 AACCCAGTATGTCAGGAAAATACCTACAAGTGCAAATGAGAGGCTTACAATTGA----GTCACAGGATAAAGTGGAATAACAAACACTGTTTGTTCAGGTTGGCAGTCCCAGGTAATAGTTTAGTAGCTCAACTGCAAGAGACATGAGTTTGGCCCACAAGACTCAGATTCACATGTGGGAATCCAGAGACCCAGCCTGTCTATGGTAAGGAGATACTGAAGATCTTAAACAGCAAGCACTGCTGTCTCTGCTACTCCCAGACCCTAACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16798060 267 +  46489110 AACCCAGTATGTCAGGAAAATACCTATAAGTGCAAATGAGAGGCTTACAATTGA----GTCACAGGATACAGTGGAATAACAAACACTGTTTGTTCAGGTTGGCAGTCCCAGGTAATAATTTAGTAGCTCAACTGCGAGAGACATGAGTCTGGCTCACAGGACTCAGATTCACATGTGGGAATCCAGAGACCCAGACTGTCTATGGCAAGGAGATACTGAAGATCTTAAACAGCAAGCACTGGTGTCTCCGCTACTCCCAGACACTAACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=146214.000000
s hg19.chr21     18066149 46 +  48129895 ATAAATTATTAATTCCTTCACCTTCGGCTTTCCTGCTTTTCTAAAT
s panTro2.chr21  16798327 46 +  46489110 ATAAATTATTAATTCCTTCACCTTCAGCTTTCCTGCTTTCCTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16405547 46 +  48394510 ATAAATTATTAATTCCTTCATCTTCGGCTTTCCTGCTTTCCTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166201765 46 - 196418989 ATGAATTATTAATTCCTTCACCTTCGGCTTTCCTGCTTTCCTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=180922.000000
s hg19.chr21     18066195 40 +  48129895 AGTCTTCACATG-AAATCTGTAGTTAGATTTTACTTAGTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 332 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166205046 104 - 196418989 catggtgtcaggcacctgtaatcccagctactcaggacaatgaggcaggagaattgcttgaaccagggaggcagaggttgcagtgagcagagatcatgccactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-22233.000000
s hg19.chr21     18069535 69 +  48129895 cactccagcctgggtgagagaccaagactccatttcaaaGataacaataacaataataataataatTAT
s panTro2.chr21  16801712 66 +  46489110 cactccagcctgggtgagagagcaagactccatctcaaaaaTAACAATAACaataataattat---tat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16409290 69 +  48394510 cactccagcctgggtgacagagcaagactccatctcaaaaataacaataacaataataataataatTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166205150 64 - 196418989 gactctagcctgggtgacagagcaagactccatctcaaaaataacagtaacaataataataata-----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=136234.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16409644 65 +  48394510 GTGATTTAGGCTCTCACTCCTACACATGGATTGCTGATCCAGTAGAAATGTGCTACAACTAAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166205503 65 - 196418989 GAGATTTAGGCTCTCACTCCTACACATGGATTGCTGACTCAGTAGAAATGTGCTACAACTAAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18069959 172 +  48129895 CTCTGGGGTTGTACCTGAATCCTTTCTCCATGGCATTATTTTGGCTTAGTCTGTCTCAGGAAGTTATACTGATATGTTGCTTCCCAAGAGTGTCAATGTGCTTTCTCTTTCATGTGTTTGCTTGGAAATACAGCCTGTTGAGAGAAACAACTGTCAGCTTCTACTTAAACAT
s panTro2.chr21  16802133 172 +  46489110 CTCTGGGGTTGTACCTGAATCCTTTCTCCATGGCATTATTTTGGCTTAGTCTGTCTCAGGAAGTTATACTGATATGTTGCTTCCCAAGAGTGTCAATGTGCTTTCTCTTTCATGTGTTTGCTTGGAAATACAGCCTGTTGAGAGAAACAAGTGTCAGCTTCTACTTAAACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16409709 170 +  48394510 CTCTGGGGTTGTACCTGAATCCTTTCTCCATGGCATTAATTTGGCTTAGTCTCTCTCAGGAAGTTATACTGATATGTTGCTTCCCAAGAGTGTCAAGGTGCTTTCTCTTTCATGTGTTTGCTTGGAAATACAGCCTGTTGAGAGAAACAAGTGTCAACTTCTACTTAAAC--
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166205568 172 - 196418989 CTCTGGGGTTGTACCTGAATTCTTTCTCCATGGCATTATTTTGGCTTAGTCTGCCTCAGGAAGTTATACCAACATGTTGCTTCCCAAGAGTGTCAATGTGTTTTCTCTTTCATGTGTTTGCTTGGAAATACAGCCTGTTGAGAGAAACAAGTGTCAACTTCTACTTAAACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s ponAbe2.chr21  16409902 68 +  48394510 ATCCATCCCTTTGAAGATTGTTACAGGTTTATGTGTCAATTTAATATGCCATATTCTCCTGGAAAGGC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166206205 36 - 196418989 GGAATATGAGACATATATTGTTTTATCTTATA-TTCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=315650.000000
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a score=222556.000000
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a score=498853.000000
s hg19.chr21     18070856 50 +  48129895 AATCTATGCTACATTATAAAGCCAAATAGAAATTTTCTCATGACTTGAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16410655 167 +  48394510 ATATTGTGGAATGTTACTGCCACTGTACTTTTTCATGAGACTAAATTATTGAGAAGCAGTAAATTGCCTCAACAGCCTGAGATTTTTCCTCCTATGATTGCCTGAACATACATTTTAAATTCAGGTCTGTTCGTTTCTGCAGGAGTAAATCTACTCAGGTAGTCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166206510 164 - 196418989 C---TGTGGAATGTTACTGCCACTGTACTTTTTCATGAGACTAAATTATTGAGAAGCAGTAAATTGCCTCAACAGCCTGAGATTTTTCCTCCTATGATTGCCTGAACATACATTTTAAATTTGGGTCTGTTTGTTTCTGCAGGAGTAAATCTACTCAGGTACTCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1026330.000000
s hg19.chr21     18071073 253 +  48129895 GTGAGATTTGTTAAGTATTAGAAAATCTATCCTGCTCCCACATCATCATAGCAATACCACAGCAGTTAAAATGAGTGTCATTAAAATTCCTCTCTTTGAGGTTAAAACTTTCACCTAAAAATGTCAGTTTTGAAATGAGAGTACCCCCAAAAGTAAATTTCTTTTCTTATCCTTAACACAGTTATAATTTGTCAAGTAGATGAAAAAGAAGAGAACATAGATCAAGCAGAAAAAtttaaataatcagttttat
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16413222 364 +  48394510 ttttattttgaatattatatttttctctttctctaaaatttctaaagtttttacttttttatactatccatttctcatttcatggttttcttaacatcctcaagtatatttataaagtttggact-----------gcattttcatcttaccattccaatatttttgttattgtgagcttgtttctattgatatttcattctcctgacgatatgtcatataatcctgctctttggtatccctgttaattcttcattagataaaatactttgtaaaatgtgtggtcttgaatggtga---ttttttttcttttaatagtttttaactttttttctggcatgtagttaagttgcctagaacaagttcaatcctttcaagg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166209085 369 - 196418989 ttttattttgaatattatatttttcactttatc----atttctaaagtttttacttttc--tactatccatttctcatttcatgcttttcttaacatcctcaagtagatttaaaaggtttagactagaagtttaaagcatttttatcttaccattccagtatttttgtcattctgagcttgtttctatgggtatttcattctcctggctctgcgtcatatgatcctgttctttggtatccctgtt-attcttcattagatacaagactttgtaaaatgtgtggtcttgaatggtga--tttttttttcttttaatagttcttaactttttttctggcatgtagttaagctacctagaacaagttcaatcctttcaagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-34191.000000
s hg19.chr21     18073850 33 +  48129895 a-----------------------------------------tttttgtttttgtttt-tgtttttgtttttttg
s panTro2.chr21  16806013 45 +  46489110 atttttgtt-----------------------------tttgtttttgtttttgtttt-tgtttttgtttttttg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16413586 34 +  48394510 a-----------------------------------------ttttattttttattttattttattttttttttg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166209454 74 - 196418989 attttttttcttttttcttttttctttttttttctttctttctttctttttttttttt-tttttttttttttttg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=42216.000000
s hg19.chr21     18073883 63 +  48129895 agaaggagtctcactctgttgcccaggctggagagaagtggtgccatcttggctcactgcaag
s panTro2.chr21  16806058 63 +  46489110 agacagagtctcactctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgccatcttggctcactgcaag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16413620 63 +  48394510 agacagagtctcgctctgccgcccagactggagtgcagtggcgccatcttggctcactgcaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166209528 63 - 196418989 agacggagtctccctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcccgatctcggctcactgcaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=231171.000000
s hg19.chr21     18073946 194 +  48129895 ctccgcctcccgggttcacgccattctcctacctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccaccacgcccgact-aatttttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttggccaggatggattcgatctcctgacctcctgatccgcctgcctcagcctcccaaagtgctgggattac
s panTro2.chr21  16806121 194 +  46489110 ctccgcctcccggattcacgccattctcctacctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccaccacacccggct-aatttttttgtatttttagtagagatggggtttcaccgtgttggccaggatggattcgatctcctgacctcctgatcctcccgcctcagcctcccaaagtgctgggattac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16413683 193 +  48394510 ctccgccttccgggttcacgccattctcctgcctcagcctccccagtagct--gactacaggcgcccgccactacgcccagctaaatttttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgcgttggccaggatggtctggatctcctgacctcgtgatccgcccgcctcggcctcccatagtgctgggattac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166209591 192 - 196418989 ctccgcctcccgggttcccgccattctcctacctcagcctcccgagtagctggaaccgcaggcg-ccgccaccacgcccggct--agttttttgtatttttaatagggacggggtttcaccatgttaaccaggatggtctcgatctcccgacctcgtgatccgcccactcccgcctcccaaagtgctgggattac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=42302.000000
s hg19.chr21     18074140 65 +  48129895 aggcgtgagccaccacaccccgctgaccccaactttttcattgaagtttcaaaacagccttctaa
s rheMac2.chr3  166209783 61 - 196418989 cggcgtgagccactgtgccc----agccccgactttttacttgaagttttaaaccagtcttctaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16413876 65 +  48394510 aggcatgagccaccacgccccgccggccctgactttttaattgaagttttaaaacagccttctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16806315 65 +  46489110 aggcgtgagccaccacgccccgctgaccccaactttttcactgaagtttcaaaaccgccttctaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=736673.000000
s hg19.chr21     18074205 276 +  48129895 agccattgcacaggcatgtatcttctgaggactctacccatcactgcacgtgtgaaaacatttaacaaatctgactgttgggaacacaaattcttctcagccttaggtgatatccagataattttcaaaatattattttctagtttttttt---ccatggctttgtaaaatattactccatgcattcaagatttccagtaaatcaaagacccaagaagactcaactataaacgtctcaaattctctc------tctgagtgtgtaaaacttccgccatttaaata
s panTro2.chr21  16806380 276 +  46489110 agctattgcacaggcatatatcttctgaggactctacccatcaatgcacatgtaaaaacatttaacaaatctgactgttgggaacacaaattcttctcagccttaggtgatatccagataattttcaaaatattattttctagtttttttt---ccatggctttataaaatattactccatgcattcaagatttctagtaaatcaaagacccaagaagactcaactatatacctctcaaattctctc------tctgaatgtgtaaaacttccgccatttaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16413941 277 +  48394510 agctattgcacaggcatatatcttctgaggactctacccattgctgcacgtgtaaaaacatttaaccaatctgactgttgggaacacaaattcttctcagccttaagtgatatccagataattttcaaaatattattttctagtttttttt--cccatggctttataaaatattactccatgcattcaagatttctagtaaatcaaagacccaagaagactcaactatatacctctcaaattctctc------tctgagtgtgtaaaacttccgccatttaaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166209844 272 - 196418989 agctactgcacaggtgtgtatcttctgaggactctacccatcac-------------acatttaacaaatctgactgttgggaacacaaattcttctcagccttaggtgatctccagataattttcaaaatattattttctagtttttttttttccttggcattataaaatattactccatgcattcaagatttctagtaaatcaaagacccaagaagactcaactgtatgctactcaaattctctctctctgtctgagtgtgtaaaacttcctccgtttaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=231464.000000
s hg19.chr21     18074481 81 +  48129895 ttctgccgcacagaatttagacaaatttttcactgagctctaatctttgtctctccaacttagctagattgttaggcccag
s panTro2.chr21  16806656 81 +  46489110 ttctgccgcaaagaatttagacaaatttttcactgagctctaatctttgtctctccaacttagctagattgttgggcccag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16414218 81 +  48394510 ttctgccgcacagaatttagacaaatttttcactgagctctgacctttgtctctccaacttagctagattgttaggcccag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166210116 81 - 196418989 ttctgccgcacagaatttagccacatttttcactgagctctaacctttgtcttttcaacttagctagattgttaggtccag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=236432.000000
s hg19.chr21     18074562 70 +  48129895 tttgaattttcccttggtccactgtgatctgcaaactgccctcggtgtataaac--ggtacattttaagatt
s rheMac2.chr3  166210197 72 - 196418989 tttgaatttttccctggtgcactgtgatctgcgaactgctctccgtgtataaactgagtacattttaagatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16414299 72 +  48394510 tatgaattttcccttggtccactgtgatctgcaaactgccctctgtgtataaactgggtacattttaagatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16806737 70 +  46489110 tttgaattttcccttggtccactgtgatctgcaaactgccctcggtgtataaac--ggtacattttaagatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=689540.000000
s hg19.chr21     18074632 155 +  48129895 cacctaattatttcacctaatttttctaatctcagagatcacagttctgtactgtgctattgtcctatgtatgaagtcagttgttttacatattttgttcaattttataaatttttttggcataaaggcaaTTTTCAGAGCAGTTCCTCTTTCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16414371 155 +  48394510 cacctaattatttcacctaatttttctaatctcagagatcacagttctgtactgtgctattgtcctatgtgtgaagtcagttgttttacatattttgttcaattttataattttttttggcataaaggcaaTTTTCAGAGCAGTTCCTCTTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166210269 140 - 196418989 cgcctaatt----------atttttctaatctcagagatcacagttctgta-----ctattgtcctatgtgtgaagtcagttgttttacatattttgttcaattttataaatttttttggcataaaggcaaTTTTCAGAGCAGTTACTCATTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166210409 32 - 196418989 CAATGGTAGTGGAATTTCAGATACGTTTTGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166210441 11 - 196418989 GAAAGTGAGAG----------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166210463 45 - 196418989 AGAAGAAAAAGCATGGTACTGAAGGGTAGCACTGAGTAGAGAATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=757208.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=715003.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16414846 84 +  48394510 CTTTTTACAACTTCTGAACTGCTGAGGGACAGAGTCTGGGTCTGGCCTGTAAAAAATCTCAGATTGGGTAAATTTTTTTCTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166210698 84 - 196418989 CTTTTTACAGCTTCTGAACTGCTGCAGGACAGAGTCTGGGTTTGGCCTTTAAAAAATCTCAGATTGGGTAAATTTTTTTCTCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=113691.000000
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s panTro2.chr21  16807479 38 +  46489110 ATTTAAACCTATTTCTTCTCTAAGAAGAAATCATTATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16415043 38 +  48394510 ATTTAAACCTATTTCTTCTCTAAGAagaaatcattatc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166210895 26 - 196418989 ATTTAAACCTATTTCTTCTCTAAGAA------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 267

a score=34396.000000
s hg19.chr21     18075342  66 +  48129895 tacccactagaagagaagaaattaaaggcttccaatactacgtgtgggtgaggagatagaacaatt
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166210921 267 - 196418989 I

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s panTro2.chr21  16807583 300 +  46489110 gaaattctcatacattgctagtagaaatgtaatactgtacaatcatgttggaaaacagtttgacagtttcttataaagctaaacatacactttccatatggctcagcaatcccaattctgggtatttgtcaggaaaaattaaaacatatgaacatacaaaggctcatacaagaagttgcatagcagctgtatttgtaata-tcaaaacctggacgcgatactattgtttaatcaaaatataaatggttaaataaactaccagtactcttaacataatggatggatattatgttgagcaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166210921 267 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  166210921 267 - 196418989 I

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s ponAbe2.chr21  16415987 255 +  48394510 aa-tTAGCTTTGACCATCAAGACTAGAAAGCAAGAATAGGAAGGACAAGAGATTCCTGGATTTCAATGCAAGattttaatatttttttttaaaaaaaGTATACATTGATTACTTTTGTAAAGTTTATAAAACATTATAAATAACGTAATTCTCTGTCTTGAGAAAAGGAAAAGGAAAAAAGG--AAAAAAAAATACTCTCTGTCTTGAAAAACAAGTACATCCCAAATGGAATGAGGATCCTGGAGCTATGAGGAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16808422 228 +  46489110 aa-tTAGCTTTGACTATCAAGACTAGAAAGCAAGGATAGGAAGGACAAGAGATTCCTGGATTTCAATGCAAGATTTTAATATCTTTTTTTTTTTAAAGTATACATTGATTACTTTTGTAAAGTTTATAAAACATTATAAATAATGTAATTC-------------------------AAAAGG----AAAAAAATACTCTCTGTCTTGAAAAACAAGTACATCCCAAATGGAATGAGGATCCTGGAACTATGGGGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166211188 229 - 196418989 ---TTAGCTTTGACTATTGAGACTAGAAGGCAAGGATAGGAAGGACAAGAGATTCCTGGATTTCAATGCAAGATTTTAATATCTTTTTTTAAAA-AAGTATACATTGATTACTTTTGTAAAGTTTATAAAACATTATAAATAACATAATTC-------------------------AAAAAGGAAAAAGAAAATACCCTCTGCCTTGAAAAACAAGTACATCCCAAATGGAATTAGGATCCTTGAACTGTGGAGTAGT
i rheMac2.chr3  I 267 C 0

a score=285114.000000
s hg19.chr21     18076476 56 +  48129895 ACAAAGCACTCCAGAGAGTCTTGAACTTCGGCCATGTGATGGCACAGAAGGAATGG
s rheMac2.chr3  166211417 56 - 196418989 ACAAAGCACTCTAGAGAGTCTTGAACTCCAGCCATAGGATGGCATAGAAGGCACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416242 56 +  48394510 ACAAAGCACTCTAGAGAGTCTTGAACTCCGGCCATATGATGGCACAGAAGGAATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16808650 56 +  46489110 ACAAAGCACTCTAGAGAGTCTTGAACTTCGACCATGTGATGGCACAGAAGGAATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=392421.000000
s hg19.chr21     18076532 42 +  48129895 ATATTTTCCCCTTGACTTCAAGTTTATTCTTTCTCCTTCCAC
s rheMac2.chr3  166211473 42 - 196418989 ATATTTTCCCCTTGACTTCAGGTTTATTCTTTCTCCTTCCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416298 42 +  48394510 ATATTTTCCCCTTGACTTCAAGTTTATTCTTTCTCCTTCCGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16808706 42 +  46489110 ATATTTTCCCCTTGACTTCAAGTTTATTCTTCCTCCTTCCAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=228459.000000
s hg19.chr21     18076574 27 +  48129895 AATGGTCTAGCATAAAGTAAATCCTCT
s rheMac2.chr3  166211515 27 - 196418989 AATGGTCTAGCATAAAGTAAATCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416340 27 +  48394510 AATGGTCTAGCATAAAGTAAATCCTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16808748 27 +  46489110 AATGGTCTAGCATAAAGTAAATCCTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=231414.000000
s hg19.chr21     18076601 31 +  48129895 CTGTGTTTTTATTTAAGTGTATATGCTAAAA
s rheMac2.chr3  166211542 31 - 196418989 CTGTGTTTTTATTTAAGTGTGTATGCTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416367 31 +  48394510 CTGTGTTTTTATTTAAGTGTATATGCTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16808775 31 +  46489110 CTGTGTTTTTATTTAAGTGTATATGCTAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=38222.000000
s hg19.chr21     18076632 16 +  48129895 TAAATTTTGTGG-AAAA
s rheMac2.chr3  166211573 17 - 196418989 TAAATTTCGTGGAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416398 16 +  48394510 TAAATTTTGTGG-AAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16808806 16 +  46489110 TAAATTTTGTGG-AAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=160957.000000
s hg19.chr21     18076648 53 +  48129895 AAGACAAATATCTTTTACATAGTCTAGTGATAAACTGACAAAAAGAAAATTTT
s rheMac2.chr3  166211590 49 - 196418989 AAGACAATTATCTTTTACATAGTCTAGTGATAAACTGAC----AGAAAATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416414 49 +  48394510 AAGAC----ATCTTTTACATAGTCTAGTGATAAACTGACAAAAAGAAAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16808822 53 +  46489110 AAGACAAATATCTTTTACATAGTCTAGTGATAAACTGACAAAAAGAAAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1779609.000000
s hg19.chr21     18076701 140 +  48129895 TAAATACTTGGGTGATAAATTATATCAGATGATTCCTAATGAATAATGGGCACTGATACAAACAATTCCTAATGTATAATGAGGCTGATTGTTTTCCTTCCTTTGGTTTCTATAATTAGGTTTAAAATATCCCTGCAAGG
s rheMac2.chr3  166211639 140 - 196418989 TAAATACTTAGTTGATCAATTATATCAGACGATTCCCAATGAATAATGGGTGCCGATACAAACAATTCCTAATGTATAATGAGGCTGATCATTTTCCTTCTTTTGGTTTCTGTAATTAGGTTTAGAATATCCCTGCAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416463 140 +  48394510 TAAATACTTAGGTGATAAATTATATCAGATGATTCCTAATGAATAATGGACACTGATACAAAGAATTCCTAATATATAATGAGGCTGGTTGTTTTCCTTCTTTTGGTTTCTATAATTAGGTTTAAAATATCCCTGCAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16808875 140 +  46489110 TAAATACTTAGGTGATAAATTATATCAGATGATTCCTAATGAATAATGGTCACTGATACAAACAATTCCTAATGTATAATGAGGCTGATTGTTTTCCTTCTTTTGGTTTCTATAATTAGTTTTAAAATATCCCTGCAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1022493.000000
s hg19.chr21     18076841 61 +  48129895 TGAAGGGaattatacttttaattttttaatataatattGAGCATATTCAATTAAGGGTGTC
s rheMac2.chr3  166211779 61 - 196418989 TGAAGGGaattatacttttaattttttaatataatattGAGCATATTCAATTAAGGTTGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416603 61 +  48394510 TGAAGGGaattatacttttaattttttaatataatattGAGCATATTCAATTAAGGCTGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16809015 61 +  46489110 TGAAGGGaattatacttttaattttttaatataatattGAGCATATTCAATTAAGGGTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1323815.000000
s hg19.chr21     18076902 85 +  48129895 AACATAGCAGAGTTGATTCTATGCCTGCTATTTGGAGACTCGCTATCATGGACTT------TGAAGAACATTATGTTTTACTTTAAGAAGA
s rheMac2.chr3  166211840 91 - 196418989 AACATAGCAGAGCTGATTCTATGCCTGCTATTTGGAGGGTTGCTATCACAGACCTGAGCTGTGAAGAACATTATGTTTTACTTTAAGAAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416664 85 +  48394510 AACATAGCAGAGTTGATTCTATGCCTGCTATTTTGAGACTTGCTATCACAGACCT------TGAAGAACAGTATGTTTCACTTTAAGAAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16809076 85 +  46489110 AACATAGCAGAGTTGATTCTATGCCTGCTATTTGGAGACTCGCTATCACGGACCT------TGAAGGACATTATGTTTTACTTTAAGAAGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1154954.000000
s hg19.chr21     18076987 167 +  48129895 AGATTTGTGTTACTAAATACATGGAGACACGAGGGAGAAGTTGAAGATTGGGTTAAAGAATGTAAATGTTCACTCTGAATTTACCTACTGCTAAAGACCCAAGTTAAG----TAAGTGTATTTTCATGTATTAAATACACTTTTTATTTAATGTATTAAAGTACACTTAGT
s panTro2.chr21  16809161 167 +  46489110 AGATTTGTGTTACTAAATACATGGAGACACGAGGGAGAAGTTGAAGACTGGGTTAAAGAATGTAAATGTTCACTCTGAATTTACCTACTGCTAAAGACCCAAGTTAAG----TAAGTGTATTTTCATGTATTAAATACACTTTTTATTTAATGTATTAAAGTACACTTAGC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416749 171 +  48394510 AGATTTGTGTTATTAAATACATGGAGACACAAGGGAGAAGTTGAAGATTGGGTTAAAAAATGTAAATGTTCACTCTGAATTTACTTACTGCTAAAGACCCAAGTTAAGTAACTAAGTGtattttaatgtattaaatatactttttatttaatgtattaaaGTACACTTAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166211931 163 - 196418989 AGATTTGTGTTATTAAATACATGGAGACACAAGGGAGAAGTCGAAGATTGGGTTAAAGAATGTAAATGTTCACTCTGGATTTATCTACTTCTAAAGACCCAAGTTAAGTAACTAAGTGTATTTTAATGTATTAAATACACTTTTTAT--------TTAAAGTACACTTAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=474711.000000
s hg19.chr21     18077154 72 +  48129895 ACATTTAGCTTAAATAAGACAAAATTTGCCTATATGTATTATGACTTCATTTTGAAACAACTTTCTGATGTA
s panTro2.chr21  16809328 72 +  46489110 ACATTTAGCTTAAATAAGACAAAATTTGCCTATATGTATTATGACTTCATTTTGAAACAATTTTCTGATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416920 72 +  48394510 ACCTTTAGTTTAAATAAGACAAAATTTGCCTATATGTATTATGATTTCATTTTGAAACAATTTTCTGATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212094 72 - 196418989 GCATTTAGTTTAAATAAAACAAAATTTGCCTATATGTATTATGACTTCACTTTGAAACAATTTTCTGATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1809533.000000
s hg19.chr21     18077226 236 +  48129895 GTATTGTTCCAAATATTCTAAGGAGAAGGAATGGTTCATCTTGAACCACTTTATCCCTGTAGCTCTAAGTTAGAGCAAGCAACACATCTTAGTGATCAAAATTTATTTCTTGATTTAGTGATACTATGCCTTCTCTTCTATATTTGCTTTATAAAGGCTCACATACTTGTGGTCACTGTATTTCTGCCCTGAGACTTCTATTTCTTATAACAAATACTTCTGAATTCATTATA-TTT
s panTro2.chr21  16809400 236 +  46489110 GTATTGTTCCAAATATTCTAAGGAGAATGAATGGTTCATCTTGAACCACTTTATCCCTGTAGCTCTAAGTTAGAGCAAGCAACACATCTTAGTGATCAGAATTTATTTCTTGATTTAGTGATACTATGTCTTCTCTTCTATATTTGCTTTATGAAGGCTCACATACTTGTGGTCACTGTATTTCTGCCCTGAGACTTCTATTTCTTATAACAAATACTTCTGAATTCATTATA-TTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16416992 237 +  48394510 GTATTGTTCCAAATATTCTAAGGAGAATGAATGGTTCATCTTGAACCACTTTATCCTTGTAGTTCTAAGTTAGAGCAAGCAACACATCTTAGTGATCAGAATTTATTTCTTGATTTAGTGATACTATGCCTTCTCTTCTATATTTGCTTTATAAAGGCTCACATACTTGTGGTCACTGTGTTTCTGCCCTGAGACTTCTATTTCGTATAACAAATACTTCTGAATTCATTATATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212166 237 - 196418989 GTATTGTTCCAAATAGTCTAAGGAGATTGGATGGTTCATCTTGAACCATTTTATCCCTGTAGTTCTAAGTTAGAGCAAGCAACACATCTTAGTGATCAGAATGTATTTCTTGATTTAGTGATACTATGCCTTCTCCTCCATATTTGCTTTATAAAAGCTCACATAGTTGTGGTCACTGTATTTCTGCCTTGAGACTTCTATTTCATATAACAAATACTTCTGAATTCATTATATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=288616.000000
s hg19.chr21     18077462 43 +  48129895 CTTAAAGTTTATCCTTACCAACACATATTGTTTTCTCTTCAGC
s panTro2.chr21  16809636 43 +  46489110 CTTAAAGTTTATTCTTACCAACACATATTCTTTTCTCTTCATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417229 43 +  48394510 CTTAAAGTTTATTCTTACCAACACATATTCTTTTCTCTTCATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212403 43 - 196418989 CTTAAAGTTTATTCCTACCAACACATATTCTTTTATCTTCATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=492735.000000
s hg19.chr21     18077505 60 +  48129895 TTTTTGAAGTCAATTCAAGCAAATCAATGTAAATAGACTGCAAAATTTGCCATCTTCTTT
s panTro2.chr21  16809679 60 +  46489110 TTTTTGAAGTCAATTCAAGCAAATCAGTGTAAATAGACTGCAAAATTTGCCATCTTCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417272 60 +  48394510 TTTTTGAAGTCAATTCAAGCCAATCAATGTAAATAGACTGCAAAATTTGCCATTTTCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212446 60 - 196418989 CTTTTGAAGTCAATTCAAGCAAATCAATGTAAATAGACTGCAAAATTTGCCATCTTCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=501784.000000
s hg19.chr21     18077565 74 +  48129895 GAAAATGGCCTAGCCAATTGTGACAAAAATTTTAAGTTGACATTCTTATTTTCCATTGGAATATTTCTATTTTT
s panTro2.chr21  16809739 74 +  46489110 GAAAATGGCCTAGCCAATTGTGACAAAAATTTTAAGTTGACATTCTTAGTTTCCATTGGAATATTTCTATTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417332 74 +  48394510 GAAAATGGCCTAGCCAATTGTGACAAAAATTTTATGTTGACATTCTTAGTTTCCATTGGAATATTTCTATTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212506 74 - 196418989 GAAAATGGCCTGGCCAATTGTGACAAAGATTTTATGTTGACATTCTTAGTTTCCATTGGAATATTTCTATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=474087.000000
s hg19.chr21     18077639 59 +  48129895 ATTGTAGTATAAGAAAAACCAAACATATGTGTGATATTAATGTATTACATTTGAGACTA
s panTro2.chr21  16809813 59 +  46489110 ATTGTAGTATAAGAAAAACCAAACATATGTTTGATATTAATGTATTACATTTGAGACTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417406 59 +  48394510 ATTGTAGTATAAGAAAAACCATACATGTGTGTGATATTAATGTATTACATTTGAGACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212580 59 - 196418989 ATTGTAGTGTAAGAAAAACCAAACATATGTGTGATATTAATGCATTACATTTGAGACTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=140386.000000
s hg19.chr21     18077698 27 +  48129895 AAAGCCTATTATTTCACTTTGTTTCTG
s panTro2.chr21  16809872 27 +  46489110 AAAGCCTATTATTTTACTTTGTTTCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417465 27 +  48394510 AAAGCCTATTATTTTACTTTGTTTCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212639 27 - 196418989 AAAGTCTATTATTTTACTTTGTTTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377565.000000
s hg19.chr21     18077725 41 +  48129895 CCTACAAAATAGATGACAGTAGAAGTTCATTTTCAGGATTC
s panTro2.chr21  16809899 41 +  46489110 CCTACAAAATAGATGACAGTAGAAGTTCATTTTCAGGATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417492 41 +  48394510 CCTACAAAATAGATGACAGTAGAAGTTCATTTTCAGGATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=65988.000000
s hg19.chr21     18077766 66 +  48129895 TAAATATTAGAAGTATTCaaatattaaattttttgaaattatttttaaaatGATTACCTATGAAAA
s panTro2.chr21  16809940 66 +  46489110 TAAATATTGGAAGTATTCaaatattaaattttttgaaattatttttaaaatGATTACCTATGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417533 66 +  48394510 TAAATATTAGAAGTATTCaaatattaaattttttgaaattatttttaaaatGATTACCTATTAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212707 66 - 196418989 TAAATATTACAACTATTCAAATATTAAATTTTTTGAAATTATTTTCAAAATGATTACCTATTAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=464122.000000
s hg19.chr21     18077832 75 +  48129895 AGTGTTGGCTGTATAATAACTGAGGAATCAATTGTAAAAATGAAGAACCAAAATGTTTGCACTAGAGAGCCAAAA
s panTro2.chr21  16810006 75 +  46489110 AGTGTTGGCTGTGTAATAACTGAGGAATCAATTGTATAAATGAAGAACCAAAATGTTTGCACTAGAGAGCCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417599 75 +  48394510 AGTGTTGGCTGTATAATAACTGAGGAATCAATTGTAAAAATGAAGAACCAAAATGTTTGCACTAGAGAGCCAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212773 75 - 196418989 AGTCATAGCTGTATAATAATTGAGGAATCAATTGTAAAAATGAAGAGCCAAAATGTTTGCACTAGAGAGCCAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=758466.000000
s hg19.chr21     18077907 145 +  48129895 GGATAGATGAAGAACAAGGTGGTAGAAAAAAGATTGCATTTTATGTCATTTCAATTTGTGCACCATATGATGTACTACGTATTTAAAATAAACTGAAAGGCTTATGATGGTGGTATTAGCCACTCTCAAAAAAGCTAAAAATGAA
s panTro2.chr21  16810081 145 +  46489110 GGATAGATGAAGAACAAGGTGGTAGAAAAAAGATTGCGTTTTATGTCATTTCAATTTGTGCACCATATGATGTACTATGTATTTAAAATAAACTGAAAGGCTTATGATGGTGGCATTAGCCACTCTCAAAAAAGCTAAAAATGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417674 127 +  48394510 GGATAGATGAAGAACAAAGTGGTAGAAAAAAGATTGCTTTTCCTGTCATTTCAATTTGTGCACCATATGATGTACTACGTATTTAAAATAAACTGAAAGGC--------------TTAGCCACTCTC----AAGCTAAAAATGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166212848 145 - 196418989 GGATAGATGAAGAACAAGGTGGTAGAAAAAAGATTGCTTTTTATGTCATTTCAATTTGTGAACCATATGATGTACTACCTATTTAAAACAAACTGAAAGGCTTATGATGGTGGCATTAGCCATTCTCACAAAAGCTAAAAATGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=592554.000000
s hg19.chr21     18078052 58 +  48129895 TGGTAGGTGTTCGCTCGGTGGCCCAATCTGTGTGACCCAGACAAGGTGTTGTCTTTTT
s panTro2.chr21  16810226 58 +  46489110 TGGTAGGTGTTCTCTCAGTGGCCCAATCTGTGTGACCCAGACAAGGTGTTATCTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16417801 58 +  48394510 TGGTAGGTGTTCGTTCAGTGGCCCAATCTGTGTGACCCAGACAAGGTGTTGTCTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=144231.000000
s hg19.chr21     18078110 12 +  48129895 AATGATGATTGA
s rheMac2.chr3  166213051 12 - 196418989 AATGATGATTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16811876 133 +  46489110 caacttatatttagtatcaactaaatgttgatgtgaaacacagactgagtaacctggaactaaattgccagatgatctcaacatgtgtattggtatgagtgacatgaaataggaggcaatgaaagcgtgataa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16425192 52 +  48394510 TTTTGGTTTATTTGTCATTGTCACAAAATGTACTGACAAATGGGATTTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 161 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166221723 147 - 196418989 agggtataagcctgaaatgtaagagaggaccagtatttgagtcatacgtctcctgggaactcgttaggatataTGAGT-AAATCAGTTAGGAAAGGACTGTCAAATAGAACATCAATCAATTTTAAAGCACCTAGAAAAGCAGTTCCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 15

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s ponAbe2.chr21  16426400 50 +  48394510 -atatatatatatatttCTCTTTATAGATGATGAATGACAAGTGTGTCATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 333 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 1915
s rheMac2.chr3  166224651 201 - 196418989 ctatgtgtctgtttttgtgccaggcccatgctgttttggttactgtatctttgtagtatagtttgaagtgccagctttgtttattttgcttataattgcattggctatttgggctcttttttggtttcatatgagttttaggatag-ttctttctaactctataaaaaatgacattggcgtaatagtaataacatagaatgt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18089043   57 +  48129895 gtagattactttcaatactatggctattttaatgatattgactctttcaatccatga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18089145  149 +  48129895 cagcaatgtttcattgttttccttgtagagatctttcacctccttggttaaaagtattcctaggtattttatctttttttgtgactattgtaaatgggattgtgttcttcatttggctgtcaacatgaacattattgatatatagaaat
s panTro2.chr21  16821318  149 +  46489110 cagcaatgtttcattgttttccttgtagagatctttcacctccatggttaaaagtattcctaggtattttgtctttttttgtgactattgtaaatgggattgtgttcttcatttggctgtcaacatgaacattattgatatatagaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166224954  148 - 196418989 cagcaatgtttcattgttttccttgtagagatctttcacctccttggttaaaagtattcctaggtattttatc-ttttttgtggctattgtaaatgggattgtgttcttcatttggctgtcaacatgaacgtaattgatatatagaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16429367 1915 +  48394510 I

a score=421054.000000
s hg19.chr21     18089294  341 +  48129895 gctactgatttttgcacattgattttgtatgctgaaactttactgaagtcatttttaagttccaggagccttttggtggagtccttggagttttctaggaatagagtcatatggtcagcaaagagaggcagtgtaa---cttcttttcccatttggatgccttttatttctttttcttgtctgattgctctggctaggacttccaggactatgttgaataggagtggtgagagtgggcattcttgtgttgttccagttcttcgagagaatgcttacagcttttcccatttgttatgatgttggctgtgggtttttcatagatgggtcttattattttgaggtgt
s panTro2.chr21  16821467  344 +  46489110 gctactgatttttgcacatggattttgtatgctgaaactttactgaagtcatttttaagttccaggagccttttggtggagtccttggagttttctaggaatagagtcatatggtcagcaaagagaggcagtgtaacttcttcttttcccatttggatgccttttatttctttttcttgtctgattgctctggctaggacttccaggactatgttgaataggagtggtgagagtgggcattcttgtgttgttccagttcttcgagagaatgcttacagcttttcccatttgttatgatgttggctgtgggtttttcatagatgggtcttattattttgaggtgt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166225102  344 - 196418989 gctactggtttttgcacattgattttctatactgaaactttactgaagtcatttttaagttccaggagccttttgatggggtccttggggttttctaggaatagaatcatatggtcagcaaagataggcagcttaacttcttcttttcccacttggatgagtttcatttcttttacttgtctgattgctctggctatgacttccaggactatgttgaataggagtggtgagagtaggcattcttgtcttgttccagttcttcaagaaaatgcttacagcttttcccatttgttatgatgttggctgtgggtttttcatagatgggccttattattttgaggtat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16429367 1915 +  48394510 I

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16429367 1915 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16429367 1915 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18090712   34 +  48129895 GTGTATTATGTATCAAAATACTTGATTTAAATTT
s rheMac2.chr3  166226438   34 - 196418989 GTGTATtatgtatcaaaatacttgatttaaattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16429367 1915 +  48394510 I

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166226572  97 - 196418989 CTGACTAGATCTTCCCACTGCTCAAGGCAGAGCC---TGAAACAAGGACTTGTAATAGTGCAGTGATACCGGGCTGCTGGAATGAAGGATAGGAGAGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16823197 215 +  46489110 TCAAAAGCCTATAGAATGCCTCTAAGTTTTTCTCTGGAGGATCAGCTGAGAGATTCATTCCTCCTCCATGAAGGCTTATATCTCATTGGCTGAGGGCTACTCTGCAGGGGTTACCTATGTTATCCACCCCTGCTCCACTCCTGCTACAATATGCATTAATTAGTGCCAATTCTTGGGCATTCTTGGCCACAGAGTGAGGGAAAGAAATCTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16823412 75 +  46489110 AGGAGAGATGCTGTCAGCTTACAGTGAGTTGAAACCCACACAAAAATATCTACTGCACTTGTTGCCGAATTCAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166226963 75 - 196418989 AGGAGACATTTTGTCAGCTTACAGTAAGTTGAAACCCAAACAAAACTATCTACCGCACTTGTTGCCGAATTCGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18091312 28 +  48129895 ggggagacttggcaggggagatagcatg
s panTro2.chr21  16823487 28 +  46489110 GGGGAGacttggcaggggagatagcatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166227038 28 - 196418989 GGGGAGacttggcaggggagatagcatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18091340 29 +  48129895 atcacgaaggtggttttcccaaggcaaga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18095293 41 +  48129895 CTGATCCCATCCCTGCCAAAGAAAATGTCAGTACTGAAACT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=540224.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16439375 57 +  48394510 aaaatttttaca----taagcattcagctgtattatataacctaatttaaaattttcctat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166234401 61 - 196418989 aaattttttataaaattaaacattcagctctattatataacctaatttaaaattgttctat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=616597.000000
s hg19.chr21     18098886 116 +  48129895 acatctattataatttgtattctgttcctcaattttagtagataatactgaatctgttagaggaaaaattacttctgaagcacatataagataaaattttattttatttttacatt
s panTro2.chr21  16831026 116 +  46489110 acatctattataatttgtattctgttcctcaattttagtagataatactgaatctgttagaggaaaaatgacttctgaagcacatataagagaaaattttattttatttttacatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16439432 116 +  48394510 tcatctgttataatttttattctgttcctcaattttagtagataatactgaatctgttggaggaaaaattacttctgaagcacatataagagaaaattttattttatttttacatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166234462 116 - 196418989 tcatctattataatttgtattctgttcctcaattttagtagataatattgaatctgttagaggaaaaattacttctgaagcacatataagagaaaactttattttatttttacatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=791768.000000
s hg19.chr21     18099002 96 +  48129895 taacttaatgcatatttcttgataaaaatgaactcttgtgacctctgaatgtaattcaatgctattattttagttctttacatcTTTAGAtggcat
s panTro2.chr21  16831142 96 +  46489110 taacttaatgcatatttcttgataaaaatgaactcttgtgacctctgaatgtaattcaatgctattattttagttctttaCGTCTTTAGAtggcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16439548 96 +  48394510 taacttaatgcgtatttcttgataaaaatcaactcttgtgacctctgaatgtaattcaatgctattattttagttctttacatcTTTAGAtggcat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166234578 96 - 196418989 taacttaatgcatatttcttgataaaaatcaactcttgtgacctctgaatgtaattcaatgctattattttagttctttacatcTATAGAtggcat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=796981.000000
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s panTro2.chr21  16831238 139 +  46489110 tagaacacaaattatgcaaaaagcttgataatagtacaattcatgattttgcagaaacaaaggcacaaataagttcgtggaatccacatataataatttgttaattatatgtgcttatggaatatctctgcagacctca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16439644 139 +  48394510 tagaacacaaattatgtgaaaagcttgataatagtacaattcatgatcttgcagaaacgaaggcacaaataagtttgtggaatccacatataataatttgttaattatatatgcttatggaatatctatgcagacctct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166234674 139 - 196418989 tagaacacaaattatgtgaaaagcttgataatagtacaattcatgattttgcagaaacaaaggcacaaataagtgcgtggaatccagatataataatttattaattatatatgcttatggaatatctatgcagacctct
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=58049.000000
s hg19.chr21     18099237 17 +  48129895 t-agccatcaacaaagta
s panTro2.chr21  16831377 18 +  46489110 tcagccatcaacaaagta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16831395 87 +  46489110 ccagccacgtgcagtaacaatagaatttagtaacctctggcatttggctgactcagtcattcaaaaaaca------taaagatattttctagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16439801 93 +  48394510 ccagccatgtgcaataacaatcgaatttagtaacctctggcatttggctgactcagtcattcaaaaaccataaacttaaagatattttctagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166234831 93 - 196418989 ccagccacgtgcaataacaatccaatttagtagcctctggtatttggctgacttagtcattcaaaaaccataaacttaaagatatttgctagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154072.000000
s hg19.chr21     18099341 60 +  48129895 ttgttattactcgggtgtatataacacattttattttaacagttggttagctagaaatat
s panTro2.chr21  16831482 60 +  46489110 ttgttattactcgggtgtatataacacattttattttaacagttggttagctagaaatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16439894 60 +  48394510 ttgttattactcgggtgtatataacacattttattttaacagttggttagctagaaatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166234924 55 - 196418989 ttgttattactcaggtgtatataacac-----attttaacagttggttagctagaaatat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16831542 8 +  46489110 aacttttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166234979 8 - 196418989 aacttttc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18099434 52 +  48129895 tctctatttgtacacttgccccacaaatattaggagtagCTTTGCCCACGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16439987 52 +  48394510 tctctatttgtacacttgccccacaaatattaggagtagCTTTGCCCATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16831627 160 +  46489110 TACAATAAATGGCTGTGCTCTGCTCCACCGTACTTCACTTTACCCTTTTCCACTCTGCAGAGTACACACTTCTCTCTGTTCTGCTCCACATCTCTACCACCCTGCCTCCTGATCGTCTCATGGATTGATTCCATGGAGCAACTTATTCCAGTTAAGCGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440039 160 +  48394510 TACAATAAATGGCTGTGCTCTGCTCCACCATACTTCACTTTAACCTGTTCCACTCTGCAGAGTACATGCGTCTCTCTGTTCTGCTCCACAACTCTACCACCCCGCTTCCTGATCGTCTTATGGATTGATTCCATGGAGCAACTTATTCCAGTTAAGCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166235064 160 - 196418989 TACAATAAATGCCTGTgctctgctccaccgtgcttcacctcactctgctccactctgcagagtacacgctcctctctgttctgctccacGAGTCTACCACCCCGCCTCCTGACCATCTCATGGATTGGTTCTATGGAGCAACTTATTCCAGCTAAGCCAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440231 40 +  48394510 ATAGCTCACTTAAACTGTACTATGTTTAAGTGTCTATATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440271 66 +  48394510 CAAATATGAAAACAGTTACAGACGACAAAAACTAAATTTTCCAAGCTACAGTACAGTACACCATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18099784 24 +  48129895 TGCTTTGAGTTCTTGAGGAAAGCA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18099808 27 +  48129895 CTATTCAAATATCAGCTCCCTCCTCCA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440361 27 +  48394510 CTATTCAAATATCAGCTCCCTCCTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18099835 48 +  48129895 GCCTTTCGCAGGATTTCATTTAAGTCATCTTATTTCATTGTTCTTCCT
s rheMac2.chr3  166235412 48 - 196418989 GCCTTTCACAGGACTTCATTTAAGTCATCTTATTTCATTGTTCTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440388 48 +  48394510 GCCTTTCACAGGATTTCATTTAAGTCATCTTATTTCATTGTTCTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=21794.000000
s hg19.chr21     18099883 19 +  48129895 TGTTTTGTTCTTCCCTTAC
s rheMac2.chr3  166235460 19 - 196418989 TGTTTTGTTCTTCCCTGAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440436 19 +  48394510 TATTTTGTTATTCCCTTAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=266125.000000
s hg19.chr21     18099902 33 +  48129895 TGACGTAGTAACTCAGGTAAGTTCCTTGATACT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=249944.000000
s hg19.chr21     18099935 21 +  48129895 ATAAATTTCATAACGCATTTG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440488 21 +  48394510 ATAAATTACATAAGGCATTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16832076 21 +  46489110 ATAAATTTCATAACGCATTTG
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a score=958444.000000
s hg19.chr21     18099956 92 +  48129895 CTTATTATTTCATTTTTGTTTATGACCAAATGCATTCTAGACTTTTAAAAATTTTATTGAGTAGTGCTGAAAATATTTCTAAAGGATTGTAG
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s rheMac2.chr3  166235533 92 - 196418989 CTTATTGTCTCATTTTTGTTTATGACCAAATGCTTTCTAGACTTTTAAACATTTTATTGAGTAGTGCTGAAAATATTTCTAAAGGATTGTCG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1193006.000000
s hg19.chr21     18100048 156 +  48129895 TTTTCTCATTTTATATATTCTCTTTAAAACGAATTTCCAATAAGGAGCTTCTGGGGAGGGAAAAGGTAATAAAGTGTTGGATCATTTTTTACCTTAACTGCTATTTCATCTCTACTTTCTCTGTTGACGTCACAGACATTGGGCAGTACTTTTAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107605.000000
s hg19.chr21     18100204 45 +  48129895 AGAGAAACTGTTGGCTTGACACTTAGATATTGTTTTTA--TTTTTTT
s panTro2.chr21  16832345 45 +  46489110 AGAGAAACTGGTGGCTTGACACTTAGATATTGTTTTTA--TTTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440757 47 +  48394510 AGAGAAACTGTTGGCTTGACACTTAGATATTGTTTTTATGTTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=158150.000000
s hg19.chr21     18100249 20 +  48129895 AACCTCATAATCACAATTTT
s panTro2.chr21  16832390 20 +  46489110 AACCTCATAATTACAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440804 20 +  48394510 AACCTCATAATTACAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1070694.000000
s hg19.chr21     18100269 135 +  48129895 GGCATGTTATACTCCATAAAAATCAGATTATTATAAAATGTTCCATTCTTCATCTCCCTGGGTGGGCCACAGAGGAAGATATGGCTGCTATAGAGCTACCTTGAAGGAGTACCCTTACAGTAATATGCTCATTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440824 135 +  48394510 GGCATGTTATACTCAATAAAAATCAGACGATTATAAAATGTTCCATTCTTCATCTCCCTGGGTGGGCCACAGAGAAAGATATGGCTGCTATAGAGCTACCTTGAAGGAGTACCCTTACAGTAATATGCTCATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166235848 134 - 196418989 GGCACGTTATATTCAATAAAAATCAGATGATTATAAAATGTTCCATTCTTGTTCTCCCTGGGTGGGCCACAGAGGAAGCCACGGCTGCTGTAGAGTTATCTTGAAGGAGTG-CCTTCCAGTAATAAGCTCAGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=182663.000000
s hg19.chr21     18100404 35 +  48129895 AAACCACAGAGTAATTTAAACATGGTTTTGTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16440959 35 +  48394510 AAACCACAGAGTAATTTAAACATGGTTTTGTTTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38592.000000
s hg19.chr21     18100439 47 +  48129895 CCTTACAACCATATTCTCCAACTTCTTCATAGAAATCTCCCATGATg
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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e rheMac2.chr3  166236047   0 - 196418989 C
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16441287 112 +  48394510 ATCATATGAGATGGATAGCAAAGCTATCCATCAGATAAGCATTTTTAAAATCATTCAAGTAGTCACTCAAGTGTCCATGCCAATCAAACAAAAAATTGGCataaataattaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16832868 108 +  46489110 ATCATACGA----GATAGCAAAGCTATCCATCAGATAAGCATTTTTAAAATAATTCAAGTAGTCACTCAAGTATCCATGCCAATCAAATGAAAAATTGGCataaataattaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18101157 35 +  48129895 atatttataaataaCCTGCTTTGCTTTTTGTGGCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18101680 71 +  48129895 GTTGTTGCTTCTGATGCTCTATACATCTCATTTATTTAGAGGTGGTAAAGTGCCTTAACCTCTAATGTTAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18101842 33 +  48129895 ATATATTTTAGCAACAGGTTGCTCTTTACAGAA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166237101 33 - 196418989 ATATGTTTTAGCAATAGGTTGCTCTTTAAAGAA
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a score=1357078.000000
s hg19.chr21     18101875 85 +  48129895 ACATGTTTTCGAGAGCTGGCAATCTCCTACTAAGATCAAATAGCTTTTAAAGTCAAGTGGTGAAATTAAATGACTGTGAAATATT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2390845.000000
s hg19.chr21     18101960 219 +  48129895 TGGAATGCAAGTTGCTGCTTAGAAATGTACAAATGAGAATAGTTTAGAAGATACTAGCTAAAATCAAAATGTTTTACTGAACACAGAAGTAAAAGGGTAGGCAACGTAAAGTGCAAAGCACTTGAAGCAATA-TGCCTCTACAGCCAAAGAGTAGATTTATTTATGAGAAATTTGTGGAACGATATGACAATTTACTCAACTGTGGGGAGATTACTTGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16442202 219 +  48394510 TGGAATGCAAGTTGCTGCTTAGAAATGTACAAATGAGAATACTTTAGAAGATACTAGCTAAAATCAAAATGTTTTACTGAACACAGAAGTAAAAGTATAGGCAACATAAAGTGCAAAGCACTTGAAGCAATA-TGCCTCTACGGCCAAAGAGTAGATTTATTTATGAGAAATTTGTGGAACGATATGACAGTTTACTCAACTGTGGGGAGATTATTTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166237219 219 - 196418989 TGGAATGCAAGCTGCTGCTTAG-AATGTACAAATAAGAATACTTTAGAAGATACCAACTAAAATAAAAATGTTTTGCTAAACACAGAAGTCAAAGGGTAGGCAAAGTAAAGTGCAAAGCACTTGAAGCAATATTGCCCCTACGGTGAAAGAGTAGATTTATTTATGAAAAATTTGTAGAATGATATGACAATTTACTCAACTGTAGGTAGATTATTTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=997178.000000
s hg19.chr21     18102179 87 +  48129895 CTGTAGTTTTCAATATATGATAAATTCAAAATATTTTCTAATCCAGAATATATGGAACATCTCAGAATCCGTAGCTATTCCATTAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=333828.000000
s hg19.chr21     18102266 66 +  48129895 TGTCATGAGTTTTGGCTATATTGAAATGTTTTTACTGTCCTCTTCTCTACCTCTATGATTTCCACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16442508 66 +  48394510 TGTCATGAGTTTTGGCTATTTTGAAATGCTTTTACTGTCCTCTTCTCTACCTCTATGATTTGCACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166237525 66 - 196418989 TGTCATGAGTTTTGGCTATATTGAAATGCTTTTACCGTCctcttctctaccgctatgatttgcaca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=31024.000000
s hg19.chr21     18102332 20 +  48129895 CAGAAACTCCTCTGCTTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166237591 20 - 196418989 gagaaactcctctgcttgta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-209879.000000
s hg19.chr21     18102352 44 +  48129895 CGCCTTTCCCCTCCAtttttttttttttttttttttttttttag
s panTro2.chr21  16834171 43 +  46489110 CGCCTTTCCCCTCC-tttttttttttttttttttttttttttag
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16442594 32 +  48394510 TGCCTTTCTCCCTC------------Cttttttttttttttgag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166237611 22 - 196418989 tgcttttccccctcgttttttt----------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 11754

a score=106416.000000
s hg19.chr21     18102396   207 +  48129895 agggagtctcgctctttcgcccaggctggagtgccgtggtgcaatctcagctcactgcaagct-cacctcccggattcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgcgactacaggcgccagccatcacgcccagctaattttttgcattttttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggacggtctcgatct
s panTro2.chr21  16834214   207 +  46489110 atggagtctcgctctttcgcccaggctggaatgccgtggtgcaatctcagctcactgcaagct-cacctcccggattcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcaccagccatcacgcccagctaattttttgcattttttttagtagagacggggtttcaccgtgttagccaggaaggtctcgatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16442626   208 +  48394510 atggagtctctctctgtcgcccaggctggagtgcagtgttgcaatctcagctcacagcaagctccgcctcccggattcatgccattctcttgcctcagcctcccgagtagctaggactacaggcgccagccatcacgcccagctaattttttgtatttttttaagtagaggcggggtttcaccgtgtgagccaggatggtctcgatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166237633 11754 - 196418989 I

a score=198302.000000
s hg19.chr21     18102603   768 +  48129895  
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 6200
e rheMac2.chr3  166237633 11754 - 196418989 I

a score=331448.000000
s hg19.chr21     18103371  3589 +  48129895  
s panTro2.chr21  16835177  3595 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166237633 11754 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  16443591  6200 +  48394510 I

a score=348404.000000
s hg19.chr21     18106960 1398 +  48129895  
s panTro2.chr21  16838772 1396 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166249387 1418 - 196418989  
i rheMac2.chr3  I 11754 C 0
e ponAbe2.chr21  16443591 6200 +  48394510 I

a score=51557.000000
s hg19.chr21     18108358 99 +  48129895 cattcaggacataggcatgagcaaagacttcatgactaaaacaccaaaagcaatggtaagaaaagccataattgactaatggaatctaattgaactaaa
s rheMac2.chr3  166250805 99 - 196418989 cattcaggacataggcatgagcaaagacttcattactaaaacactaaaagcagtggtaacaaaagccataattgacaaatgggatctaattaaactaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16449791 99 +  48394510 cattcaggacataggcatgagcaaagacttcatgactaaaacaccaaaagcaatggtaagaaaagccataattgacatatggaatctaattgaactaaa
i ponAbe2.chr21 I 6200 C 0
s panTro2.chr21  16840168 99 +  46489110 cattcaggacataggcatgagcaaagacttcatgactaaaacaccaaaagcaatggtaagaaaagccataattgactaatggaatctaattgaactaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=606802.000000
s hg19.chr21     18108457 744 +  48129895  
s panTro2.chr21  16840267 744 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166250904 746 - 196418989  
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301492.000000
s hg19.chr21     18109201 234 +  48129895 tcactcataagtgggagttgaacaatgaaaatacatggacacagggaggggaacctcacacactgaggcctgtcgaaggagtgggggtaaaggagagggagagcattaggacaaatacctaatgtagatgacgggttgatgggtgcagcaaaccaccatggtatgtgtatacctatgtaacaaacctgcacattctgtgcacgtatcccagaaattaaa----ctatatatatagaaa
s rheMac2.chr3  166251650 238 - 196418989 tcacttataagtgggagttgaacaatgaaaacacatggacacagggatgggaacctcacacactggggcctgtcgaaggggtggggggaaaggagaggaatagcattaggacaaatacctaatgtagttgatgggttgatgggtgcagcaaaccaccgtggtatgtgtatacctatgtaacaaacctgcacgttctgtgcatgtatcccagaaattaaagtatatatatatatataaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16450637 234 +  48394510 tcactcataagtgggagttgaacaatgaaaacacgtggacacagggaggggaacctcacacactggggcctgtcgaaggggtgaggggaaatgagagggagagcattaggacaaatacctaatgtagatgatgggttgatgggtgcagcaaaccaccatggtatgtgtatacctatgtaacaaacctgcacgttctgtgcacatatcccagaaattaaa----ctatatatataaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16841011 234 +  46489110 tcacacataagtgggagttgaacaatgaaaatacatggacacagggaggggaacctcacacactgaggcctgtcgaaggggtgggggtaaaggagagggagagcattaggacaaatacctaatgtagatgacgggttgatgggtgcagcaaaccaccatggtatgtgtataactatgtaacaaacctgcacattctgtgcacgtatcccagaaattaaa----ctatatatataaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=418727.000000
s hg19.chr21     18109435 35 +  48129895 aagaaTACATCAGAGCTTGTTATCAAGATAATGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16450871 35 +  48394510 aagaaTACGTCGGAGCTTGTTATCAAGATAATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166251888 35 - 196418989 aagaaTACATCAGAGCTTGTTATCAAGATAATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1280996.000000
s hg19.chr21     18109470 95 +  48129895 AAAGAAAGTATGGGCAAATGAAGAGT--CTGCTACATACCTCAGTGTTACCTTATTCAATGGCATCCTGACACTTTTCAACAAAGCCTTCGATGATA
s panTro2.chr21  16841280 95 +  46489110 AAAGAAAGTATGGGCAAATGAAGAGT--CTGCTACATACCTCAGTGTTACCTTATTCAATGGCATCCTGACACTTTTCAACAAAGCCTTTGATGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16450906 97 +  48394510 AAAGAAAGTATGGGCAAATGAAGAGTAACCGCTACATACTTCAGTGTTACCTTATTCAATGGCATCCTGACACTTTTCAACAAAGGCTTCGATGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166251923 95 - 196418989 AAAGAAATTGTGGGCAAATGAAGAGT--CCCCTACATGCCTCAGAGTTGCCTTGTTCAACGGCATCCTGACACTTTTCAACAAAGCCTTCAACAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451003 47 +  48394510 GGTTTTAATTTAGCATTCCAACTCCAGGAATAATGTTAGGGAATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16841375 47 +  46489110 GGTTTTAATTGAGCATTCCAACTCCAGGAATAATGTTAGGGAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=267170.000000
s hg19.chr21     18109612 33 +  48129895 AATACAAGTCATCTACCCATAAGTGTTCAGCAT
s rheMac2.chr3  166252065 33 - 196418989 AACACAAGTCATCTACCCATAAGTATTCAGCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451050 33 +  48394510 AATACAAGTCATCTACCCGTAAATGTTCAGCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16841422 33 +  46489110 AATACAAGTCATCTACCCATAAGTGTTCAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=420274.000000
s hg19.chr21     18109645 57 +  48129895 GTTCACAGGATTTTTCTTGAATATTCCAATGTCTACAAGCACAGTAAGTAGCAAACT
s rheMac2.chr3  166252098 57 - 196418989 GTTAATGGGATTTATCTTGAATACTCCAGTGTCTACAAGCACAGCAAGTAGCAAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451083 57 +  48394510 GTTCATAGGATTTTTCTGGAATATTCCAATGTCTACAAGCACAGTAAGTAGCAAACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16841455 57 +  46489110 GTTCACAGGATTTTTCTTGAATATTCCAATGTCTACAAGCACAGTAAGTAGCAAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=161918.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16841512 64 +  46489110 GGAAATGTGTGCTGATTTACTTTGAGCAAAAAGAAAAGACAAAGTTTTCTCCATATAGCAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=178291.000000
s hg19.chr21     18109766 22 +  48129895 CATGCTTCAAAAGAAAACACAT
s rheMac2.chr3  166252219 22 - 196418989 CATGCTTCAAAAGAAAACACAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16841576 22 +  46489110 CATGCTTCAAAAGAAAACACAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=571284.000000
s hg19.chr21     18109788 73 +  48129895 TATTCTGATTCTTAAATCACTGCTATTTCTACCAGCACATCATGCTTTCCAGTATTACAACAATGATTTTCCT
s panTro2.chr21  16841598 73 +  46489110 TATTCTAATTCTTAAATCACTGCTATTTCTACCAGCACATCATGCTTTCCAGTATTACAACAATGATTTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451226 73 +  48394510 TATTCTGATTCTTAAATCACTGCTATTTCTACCAGCACATCATGCTTTCCAGTATTACAATAATGATTTTCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166252241 73 - 196418989 TATTCTGATGCTTAAATCACTGCTATTTCTACCAGCACATCGTGCTTCCCACTACTACAATAATGATTTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=319452.000000
s hg19.chr21     18109861 28 +  48129895 TACACGGTTATAAATATTAGAAATTTAT
s panTro2.chr21  16841671 28 +  46489110 TACACTATTATAAATATTAGAAATTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166252314 28 - 196418989 TACACGATTATAGATATTAGAAATTTAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=50952.000000
s hg19.chr21     18109889 15 +  48129895 CATATACTTTGCATT
s panTro2.chr21  16841699 15 +  46489110 CATATACTTTGCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166252342 15 - 196418989 CATATACTTTGCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=475150.000000
s hg19.chr21     18109904 63 +  48129895 GTTGAATAAACAATGATAAAAACTCTTCACATTATTTCAGCTCTTCTCTTACAGTTTACAGAT
s panTro2.chr21  16841714 63 +  46489110 GTTGAATAAACAATGATAAAAACTCTTCACATTATTTCAGCTCTTCTCTTACAATTTACAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451342 63 +  48394510 GTTGAACAAACAATGATAAAAACTCTTCACATTATTTCAGCTTTTCTCTTACAGTTTACAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166252357 63 - 196418989 GTTGAATAAACAATGATAAACACTCTTCACATTATTTCAGCTCTTCTCTTACAGTTTACAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1471.000000
s hg19.chr21     18109967 34 +  48129895 GTTTTTAAACAAATACAGAGTTGTAGAAatagat
s panTro2.chr21  16841777 34 +  46489110 GTTTTTAAACAAATACAGAGTTGTAGAAatagat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451405 34 +  48394510 GTTTTCAAACAAATACAGAGTTGCAGAAatagat
i ponAbe2.chr21 C 0 I 21
s rheMac2.chr3  166252420 34 - 196418989 GTTTACAAACAAATACAGAGTTGCAGAAatagat
i rheMac2.chr3  C 0 I 19

a score=-70312.000000
s hg19.chr21     18110001 23 +  48129895 gatagatagatagataga----cagaa
s panTro2.chr21  16841811 27 +  46489110 gatagatagatagatagatagacagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451460 27 +  48394510 gatagatagacagacagacaggcagaa
i ponAbe2.chr21 I 21 C 0
s rheMac2.chr3  166252473 27 - 196418989 gatagctagatagatagatagacagaa
i rheMac2.chr3  I 19 C 0

a score=-11663.000000
s hg19.chr21     18110024 13 +  48129895 agatagatatata
s panTro2.chr21  16841838 13 +  46489110 agatggatatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451487 13 +  48394510 agatagataTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166252500 13 - 196418989 agatagatatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=41408.000000
s hg19.chr21     18110037 29 +  48129895 ATTCTATATATAACTACTCCTACCCTTAT
s panTro2.chr21  16841851 29 +  46489110 ATTCTGTATATAACTACTCCTACCCTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451500 29 +  48394510 ATTCTATATATAACTACTCCTACCCTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166252513 29 - 196418989 ATTCTATATATAACTACTCCTACCCTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=258464.000000
s hg19.chr21     18110066 49 +  48129895 TTATTTCTACTTTCATTCAGGAAAGAAAACTGAGAAAACTCAATAATCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451529 49 +  48394510 TTATTTCTACTTTCATTCAGGAAAGAAAACTGAGAAAACTCAATAATCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16841880 49 +  46489110 TTATTTCTACTTTCATTCAGGAAAGAAAACTGAGAAAACTCAATAATCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=40456.000000
s hg19.chr21     18110115 25 +  48129895 ATTTTGTA--ATGAGATGGTATTTTAT
s rheMac2.chr3  166252591 27 - 196418989 ATTTTGTAATATGAGATAGTATATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451578 25 +  48394510 ATTTTGTA--ATGAGATGGTATTTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=349370.000000
s hg19.chr21     18110140 80 +  48129895 ACCAGGACAACTATATC-AGTCACTCACTGGCTCTATGCTCTTTTGCATTCTGGTCTAGCCAGCATACCATTCCCAGACAA
s rheMac2.chr3  166252618 81 - 196418989 ACCAGGACAACTATATCAAGTCACTCACTGGCTCTATTCTCTTTTGCACTCTGGTCTAGCCAGCATACCATTCCCAGACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451603 80 +  48394510 ACCAGGACAACTGTATC-AGTCACTCACTGGCTCTATTCTCTTTTGCACTCTGGTCTAGCCAGCATACCATTCCCAAACAA
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s panTro2.chr21  16841954 80 +  46489110 ACCAGGACAACTATATC-AGTCACTCACTGGCTCTATTCTCTTTCGCATTCTGGTCTAGCCAGCATACCATTCCCAGACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=697176.000000
s hg19.chr21     18110220 92 +  48129895 ATATTTCCAAAACTCGGCTTTCATTGCTTAACCACCTGATGAAGAACCTGTAATGAACTCTTAATTCCTATCACAT--------CCTGTGCACATACAAT
s rheMac2.chr3  166252699 92 - 196418989 CTATTTCCAAAACTCAGCTTTCATTGTTTAATCACCTGATGAAGAACCTGTAATGAACTCTTAATTCCTGTCACAT--------CCTGTGCACATACAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16842034 92 +  46489110 ATATTTCCAAAACTCGGCTTTCATTGCTTAACCACCTGATGAAGAACCTGTAATGAACTCTTAATTCCTATCACAT--------CCTGTGCACATACAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=611944.000000
s hg19.chr21     18110312 77 +  48129895 CAGCCTGAGTTCAGGTCTCTGTATACATATTACAGCCACAAGCATCTCACTATTCTAGAACGAACAGCACTCTTCCT
s panTro2.chr21  16842126 77 +  46489110 CAGCCTGAGTTCAGGTCTCTGTATACATATTACAGCCACAAGCATCTCACTATTCTAGAACGAACAGCACTCTTCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166252791 77 - 196418989 CAACCTGAGTTCAGGTCTCTGTATAAATATTATAGCCACACGGGTCTCACTATTCTAGAATGAACAGCACTCTTCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=709954.000000
s hg19.chr21     18110389 95 +  48129895 AAAAGGATGACTCCTTCTTGGCCTTCTCCCTTTACTTGTTATATTTATTTCCAGTTCTGTTATTTTGCTTTTACTGCCACCCCAAACCGGGGTGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16451851 95 +  48394510 AAAAGGATGACTCCTTCTTGGCCTTCTCTCTTTACTCATTATATTTGTTTCCAGTTCTGTTATTTTGCTTTTACCACCACCCCAAACCTGGGTGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166252868 95 - 196418989 AAACGGATGACTCCTTCTTGGCCTTCTCCCTTTACTGGTTATATTTATTTCCAGTTCTGTTATTTTGCTTTTACAGCCACCCCAAACCTGGGTGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=395923.000000
s hg19.chr21     18110484 46 +  48129895 TCTGTTTTTGATTTTGAGCTATTTAAATAAAACTATTATTAATGAC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166253910 18 - 196418989 TA-----TAAAGGAAACCTAACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16843256 23 +  46489110 TAAAAAGGAAAGGAAACCTAACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166253928 15 - 196418989 ATTATTTTACATTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16843294 37 +  46489110 AAACACACACTTGATTCAGTCATCAGAATGTTCAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18111734 94 +  48129895 CACATAGCTAAAGCTGGCAGTTCTTGGTGGAAGAGCCTTGCAGATGATTACAGATGATCTCAGGATTGCtgctacagac----tgtttgtacattacc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=434330.000000
s hg19.chr21     18111828 117 +  48129895 aaaattctatgcagaatcctaatcccccatgtgtttgtatttgagatggggcctttgggaggtaattaggttaagatgaggtcatgagggtagaggtcccatgatgggattaggatc
s rheMac2.chr3  166254297 117 - 196418989 aaaattctatgcggaatcctaatcccccatgtgttggtatttgaaatggggcgtttgggaggtaattaggtttagatgaggtcatgaaggtagagctcccatgatgggattaggttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16843643 117 +  46489110 aaaattctatgcagaatcctaatcccccacgtgtttgtatttgagatggggcctttgggaggtaattaggttaagatgaggtcatgagggtagagctcccatgatgggattaggatc
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=134935.000000
s hg19.chr21     18111945 42 +  48129895 cttataaagggacgaagagctcagagctttctctccaccctg
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166255147 124 - 196418989 CATATCGATCCTGTCCTACCTCAGTCAAAATTGAGGAGGAAGTTATCCCTCTAGAATCTTATTAGTATTTACAACACACAGAGAAAGGCTCAACATGaagattggctacataattttctgggcc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18113271 28 +  48129895 GAAAAATGTGTAAAGACTACTACGTGTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18113299 79 +  48129895 CCAGTAGCCTCTTTATTTTAGCTTTGAAAAAAAAAATACTCAAGTAATAAGACAAAAACA--GAGTCTTATAGTCAGGAAG
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s panTro2.chr21  16845113 80 +  46489110 CCAGTAGCCTCTTTATTTTAGCTTTGAAAAAAAAA-TACTCAAGTAATAAGACAAAAACAAAGAGTCTTATAGTCAGGAAG
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a score=3615648.000000
s hg19.chr21     18113378 137 +  48129895 TTTGAGGATGAAAGTACAATGTGCAATTCATCAAATATCTAATGCGTGTCATTATTTCCATTAAGGTATTTTGTGTTGGGAGAAAATAAGACAGTTCTCGGAAAAGGGAGGTTTGTTTTTCTAATTCAATGGCACAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16845193 137 +  46489110 TTTGAGGATGAAAGTACAATGTGCAATCCATCAAATATCTAATGCGTGTCATTATTTCCATTAAGGTATTTTGTGTTGGGAGAAAATAAGACAGTTCTCGGAAAAGGGAGGTTTGTTTTTCTAATTCAATGGCACAG
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a score=2337271.000000
s hg19.chr21     18113515 72 +  48129895 AATCTAACATCCCTGAGCTAAGGTTCAGCAGGAGCTCATAGAGTCAGCGTTGAGATGCAGACACTGCAGATA
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a score=3850874.000000
s hg19.chr21     18113587 96 +  48129895 TCATCCATCTCTCTGACACACGCAGGGCCTCATTGTGTGGCTGCCAGACACAGTCCGCTGAGATGAGAACGTCACAGAATACAGAAAAGGAAGCAA
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a score=930319.000000
s hg19.chr21     18113683 48 +  48129895 CGCTATTGGGCTCATTATTGCTCTTATCTATGAATAGCTCCATAAAAA
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a score=581046.000000
s hg19.chr21     18113731 30 +  48129895 GCAGCTCTGGAGAACATTGTTCTGAGATGA
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a score=993041.000000
s hg19.chr21     18113761 54 +  48129895 AGAAATGGAGGTTTGGTCCATGGCCATCACGATTAACATAGACAGTCAAGGAGT
s panTro2.chr21  16845576 54 +  46489110 AGAAACGGAGGTTTGGTCCATGGCCATCACAATTAACATAGACAGTCAAGGAGT
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a score=255497.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16846845 98 +  46489110 CTAAAATGGGCCAAACCATCACCACATATGGGACAAGTCAATTACACACACAGATGGGTCCTAGGTCAAGTCCTGCTGTTAAAGCATTATCAACATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16457878 247 +  48394510 gatgagatgttagtagttatctctctagcacactcctttatcagaagaggaaaagggtccaaagGCTGGCAACGTCAAGACTGGGCCCCAGACTCTCAGACTTCTGACACAGGATAGAGCATTTTCCTCAAAACGGGCTGGATATATTAAAACAGTGACTTGATAAATAACTATTTGGAAGGGTGCAGTTATGATTCAATGTTTAGATGGGAGAAAGGGGGTCAAGAGTTATTTTTAATTCTAATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18118697 58 +  48129895 TTGTGCTTGTTTCTTCTGTTATTGCTTTCTTCCTTTTGTTATGTATTAGCTTGAGGAG
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s ponAbe2.chr21  16460180 58 +  48394510 TTGTGCCTGTTTCTTCTGTTATTGCTTTCTTCCTTTTGTTATCTGTTAGCTTGAGGAG
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s rheMac2.chr3  166261143 56 - 196418989 CTGTGACTGGTTCTTCTGTTATTGCTTTCTTCCCTTTGTTATATGTTAGTTCGAG--G
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292269.000000
s hg19.chr21     18118755 23 +  48129895 AGTAAGGATTAAATGATTTAGAG
s panTro2.chr21  16850571 23 +  46489110 AGTAAGGATTAAATGATTTAGAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166261199 23 - 196418989 AATAAGGATTAAATGATTTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=686335.000000
s hg19.chr21     18118778 116 +  48129895 AGTTTCTTGTCATATGTTTAATATCAGATGGCATTATACCTGACTAGAGCTATACCCTGGTTGTTAGTTAACTAGTGATCCAAAGGATGTTGACAACAGACTTTTTCCCAATTGG-C
s panTro2.chr21  16850594 117 +  46489110 AGTTTCTTGTCATATGTTTAATATCAGTTGGCATTATACCTGACTAGAGCTATACCCTGGTTGTTAGTTAACTAGTGATCCAAAGGATGTTGACAACAGACTTTTTCCCAATTGGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16460261 117 +  48394510 AGTTTTTTGTCATATGTTTAATATGAGATGGCATTATACCTGACTAGAGCTATACCCTGGTTGTTAGTTAACTAGTGATCCAAAGGATGTTGATAACAGATGTTTTCACAATTGGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166261222 117 - 196418989 AATTTCTTTTCATATGTTTAATATTAGATGGCATTATACCTGACTAGAGCTGTACCCTGGTTGTTAGTTAACTAGTAATCCTAAGGATGTTGATAACGGACTTTTTCCCAATTGGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=214901.000000
s hg19.chr21     18118894 43 +  48129895 TTTTTGCTTTTAAAGTAAAAGAACAATTTAAAATAAAACAAAT
s panTro2.chr21  16850711 43 +  46489110 TTTTTGCTTTTAAAGTAAAAGAACAATTTAAAATAAAACAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16460378 43 +  48394510 TTTTTGCTTTTAAAGTAAAAGAACAATTTAAAATAAAACAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166261339 43 - 196418989 TCTTTGCTTTTAAAGTAAAAGAACAATTTAAAATAAAACAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=686253.000000
s hg19.chr21     18118937 53 +  48129895 TAACTTTGTTCCAGTTTTTGATATTTCAAATAATAATTATATAGACGAGGACT
s panTro2.chr21  16850754 53 +  46489110 TAACTTTGTTCCAGTTTTTGATATTTCAAATAATAATTATATAGACGAGGACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16460421 53 +  48394510 TAACTTTGTTCCAGTTTTTGATATTTCAAATAATAATTATATAGACGAGGACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=1586703.000000
s hg19.chr21     18118990 90 +  48129895 CAGAATGGTTAATTTAATTGAAATGTCTAAGCCCAAGGCTACTAGACCTTAAAAAAGTGGATAGCTTATGCAGATACACAGATAATGGTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2004417.000000
s hg19.chr21     18119080 91 +  48129895 TAATAATATGCATTATCTCCTTCGAAGTTGGTACACTTGCATAAACAATGGCTCAAAAGCTATCAGCCAAACCGAAAGTGTACTGGTGTAG
s panTro2.chr21  16850897 91 +  46489110 TAATAATATGCATTATCTCCTTCGAAGTTGGTACACTTGTATAAACAATGGCTCAAAAGCTATCAGCCAAACTGAAAGTGTACTGGTGTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16460564 91 +  48394510 TAATAATATGCATTATCTCCTTCGAAGTTGGTATACTTGCATAAACAATGGCTCAAAAGCTATCAGCCAAACCGAAAGTGTACTGGTGTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=701151.000000
s hg19.chr21     18119171 24 +  48129895 AAAGTGCTGAATGCTTCCATTATG
s panTro2.chr21  16850988 24 +  46489110 AAAGTGCTGAATGCTTCCATTATG
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a score=3038611.000000
s hg19.chr21     18119195 132 +  48129895 CATTATTTTAGCCGAGGTAATGAATATTGTATGATCCTTTAATGTTGAGGTAGTTTGTACTATTTTGGTGTCTGTTATTCTTAGAGGAACCTTAAGTAATGTAATGGAGCTAAGCTTAAATGCTATTTTGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16460679 132 +  48394510 CATTATTTTAGCCGAGGTAATGAATATTGTATGATCCTTTAATGTTGAGGTAGTTTGTACTATTTTGGTGTCTGTTATTCTTAGAGGAACCTTAAGTAATGTAATGGAGCTAAGCTTAAATGCTATTTTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166261640 132 - 196418989 CATTATTTTAGCCGAGGTCATGAATATTGTATGATCCTTTAATGTTGAGGTAGTTTGTACTATTTTGGTGTCTATTATTCTTAGAGGAACCTTAAGTAATGTAATGGAGCTAAGCTTAAATGCCATTTTGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1646863.000000
s hg19.chr21     18119327 121 +  48129895 GTTTAGGTCATTATTGTTCCTTTTTTGTCTGCACTTTGGATTATATAAAATCCTGAAAAGGCAAGAAGACACTTTAAAGATGCGACAGAATCAATGCTAATTTTAAAGTAAATCTTTCCCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 22

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e rheMac2.chr3  166262075 22 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  166262075 22 - 196418989 I
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e rheMac2.chr3  166262075 22 - 196418989 I
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166262075 22 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18120887 31 +  48129895 ATCTATCAATAGCTGTGCACACAATATTCAC
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a score=125703.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199883.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16462191 61 +  48394510 CCACATGATTGTTGTNN----------NNNNNNNNCA--------------------------TTTCTAG-ACTGG-TTGCTTATTCACTTTTACCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166263151 97 - 196418989 CCACCTGATTGTTGTATGTGACCACCAGTAGTGATCATTCTTT-CTAATTCAATTTTCTATATTTTCTAGAACTGGTTTGCTTATTCACTTTTACCAA-
i rheMac2.chr3  C 0 I 6

a score=-245802.000000
s hg19.chr21     18121172 43 +  48129895 TGAATAAAGAAGAAGCAGATGAATTGATATCTACATTTTAAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16852696 43 +  46489110 TGAATAAAGAAGAAGCAGATGAATTGATATCTACATTTTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166263248  6 - 196418989 I

a score=86215.000000
s hg19.chr21     18121215 75 +  48129895 TCCTTATTTACACAGAAGCAGATGAATTTATATCTACATTTTATAGACAGCTATAAATATTTGGGGTTTtttttg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 6 I 3

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166263298  3 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166263298  3 - 196418989 I

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166263298  3 - 196418989 I

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e rheMac2.chr3  166263298  3 - 196418989 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  I 1 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18122409 52 +  48129895 TACTAGTT--AGTTATTTTAGTAGTGACTAGCTCCCTGAAAAAAATACTTCCAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=537959.000000
s hg19.chr21     18122577 57 +  48129895 GGCATCTCCAGTGTTGAATTTTACTTCTTCAGAGGAGCTTCTATGTATGCACACAGA
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a score=930955.000000
s hg19.chr21     18122634 74 +  48129895 TATTTAATACCTGTTTTGAATAATCTTATCAAGCTAAAGTGCAATAAATTTAGTCCTAAGAATAATCAGAAAGA
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s ponAbe2.chr21  16463710 74 +  48394510 TATTTAATACCTGTTTTGAATAATCTTATCAAGCTAAAGTGCAATAAATTTAGTCCTAAGAATAATTAGAAAGA
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s rheMac2.chr3  166264371 74 - 196418989 TATTTAATACATGTTTTGAATAATCTTATCAAGCTAAAGTGCAATAAATTTAGTCCTAAGAATAATCAGAAAGA
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a score=523519.000000
s hg19.chr21     18122708 58 +  48129895 AACATGTCAGACAATTGGATAGCATCCACCTTGAGATCATATAGCAGAATGTTTTATA
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a score=527146.000000
s hg19.chr21     18122766 37 +  48129895 CACTCTGTAAAAAGTTTACAACATTGCTTGCAATTTT
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a score=355051.000000
s hg19.chr21     18122803 24 +  48129895 AAATACCAATATACAAAAGATCCA
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s ponAbe2.chr21  16463879 24 +  48394510 AAATACCAATACACAAAAGATCCA
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s rheMac2.chr3  166264540 24 - 196418989 AAATACCAATATACAAAAGATCCA
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a score=705736.000000
s hg19.chr21     18122827 62 +  48129895 AGCACATGAGCTATAACTTATTCAAATTTTAACACCATGGTTACATTGCACTTTGCTATTCC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16463903 62 +  48394510 AGCACATGAGCTATAACTTATTCAAATTTTAACACCATGGTTACATTGCACTTTGCTATTCC
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s rheMac2.chr3  166264564 62 - 196418989 AGCACATGAGCTGTAACTCATTCAAATTTTAACACCATGGTTACATTGCACTTTGCTATTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=337275.000000
s hg19.chr21     18122889 23 +  48129895 TTCATATCATTCCAAACAATCTT
s panTro2.chr21  16854399 23 +  46489110 TTCATATCATTCCAAACAATCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16463965 23 +  48394510 TTCATATCATTCCAAACAATCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166264626 23 - 196418989 TTCATATCATTCCAAACAGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1417560.000000
s hg19.chr21     18122912 160 +  48129895 CACACATTTAACAAGGTCTTGAATTTTTTTGATTCAACTAAAGCAAATCCAGGAAATTTAGAAAGTTACAGTTAGTTTGGTTTGATTACAAACATCTGCCATGGCATGAATTAGATACAGCTTACCTATGCCTTCACGTTAGCACCCCATGGTAGCTGCA
s panTro2.chr21  16854422 160 +  46489110 CACACATTTAACAAGGTCTTGAATTTTTTTGATTCAACTAAAGCAAATCCAGGAAATTTAGAAGGTTACAGTTAGTTTGGTTTGATTACAAACATCTGTCATGGCATGAATTAGATACAGCTTACCTATGCCTTCACGTTAGCACCCCATGGTAGCTGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16463988 160 +  48394510 CACACATTTAACAAGGTCTTGAATTTTTTTGATTCAACTAAAGCAAATCCAGGAAATTTAGAAGGTTACAGTTAGTTTGGTTTGATTACAAACATCTGTCATGACATGCACTAGATACAGCTTACCTATGCCTTCACATTAGCACCCCATGGTAGCTGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166264649 159 - 196418989 CACACATTTAACAAGGTCTTGAATTTTTTTGATTCAACTAAAGCAAGTCCAGGAAATTTAGAAGGCTACAGTGAG-TTGGTTTGATTGCAAACATCTGTCATGGCATGACCTAGATACAGCTTACCTATGCCTTCACATTAGCACTCCATGGTAGCTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1069073.000000
s hg19.chr21     18123072 116 +  48129895 TTGCCCCATTAACAATCAGATGAAACTCAATCATCTTGAAATATTTTTAAAGTTTTGGTTTTATATTTTAGTATGAGTAAGCCAACTGCATATTTTTTATATAACTTGACACTTTA
s panTro2.chr21  16854582 116 +  46489110 TTGCCCCATTAACAATCAGATGAAACTCAATCATCTTGAAATATTTTTAAAGTTTTGGTTTTATATTTTAGTATGAGTAAGCCAACTGCATATTTTTTATATAACTTGACACTTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464148 116 +  48394510 TTGCCCCATTAACAATCAGATGAAACTCAATCATCTTGAAATATTTTTAAAGTTTTGGTTTTCTATTTTAGTATAAGTAAGCCAACTGCATATTTTTTATATAACTTGACACTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166264808 116 - 196418989 TTGCTCCATTAACAGTCAGATGAAACCCAATCATCTTGAAATAGTTTTAAAGTTTTGGTTTTATATTTTAGTATAAGCAAGCCAACTGCATATTTTTTATATCACTTGACAATTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=632797.000000
s hg19.chr21     18123188 49 +  48129895 AGCTTAGCAAAAGTTCTGTTTGGGGAAATGTTGCCATGTAAGGAAACTC
s panTro2.chr21  16854698 49 +  46489110 AGCTTAGCAAAAGTTCTGTTTGGGGAAATGTTGCCACGTAAGGAAACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464264 49 +  48394510 AGCTTAGCAAAAGTTCTGTTTGGGGAAATCTTGCCATGTAAGGAAACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166264924 49 - 196418989 AGCTTAACAAAAGTTCTGTTTGGGGATATGTTGCCATGTAAGGAAACTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=951507.000000
s hg19.chr21     18123237 85 +  48129895 CCGTTTTTACTTTACCTATTAAATTTTTATTAAGGTGTTGTCAGTTCCAGTTCAGTTAAATAACTTTATTTTTAATAAAAGCTTA
s panTro2.chr21  16854747 85 +  46489110 CCGTTTTTACTTTACCTATTAAATTTTTATTAAGGTGTTGTCAGTTCCAGTTCAGTTGAATAACTTTATTTTTAATAAAAGTTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464313 85 +  48394510 CCGTTTTTACTTTACCTATTAAATTTTTATTAAGGTGTTGTCAGTTCCAGTTCAGTTAAATAACTTTATTTTTAATACAAGTTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166264973 85 - 196418989 CCATTTTTACTTTACCTATTAAATTTTTATTAAGGTGTTGTCAGTTCCAGTTCAGTGAAATAACTTTGTTTTTAATAAAAGTTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=965094.000000
s hg19.chr21     18123322 75 +  48129895 CATTATTGAAATTCAGAGTTAGTCATGTAAAATATATTGCTCTGTATTAGTTTTACTCCAGtcataaaatattca
s panTro2.chr21  16854832 75 +  46489110 CATTATTGAAATTCAGAGTTAGTCATGTAAAATATACTGCTCTGTATTAGTTTTACTCCAGTAATAAaatattca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464398 75 +  48394510 CATTATTGAAATTCAGAGTTAGTCATGTAAAATATATTGCTCTGTATTAGTTTTACTCCAGTAATAAaatattca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265058 75 - 196418989 CATTATTGAAATTCAGAGTTAGTCATGTAAAATATATTGCTCTGTATTAGTTTTACGCCAGTAATAAaatattca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=715599.000000
s hg19.chr21     18123397 68 +  48129895 cagtcaccctgagaaatgtgttctttgatcccctagagagagataaagaaagtgaggcttagagaagt
s panTro2.chr21  16854907 68 +  46489110 cagtcaccctgagaaatgtgttctttgatcccctagagagagataaagaaagtgaggcttagagaagt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464473 68 +  48394510 cagtcaccctgagaaatgtgttctttgatcccctagagagagataaagaaagtgaggcttagagaagt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265133 68 - 196418989 cagtcaccctgagaaacgtgttctttgatcccctagagagagataaagaaagtgaggcttagagaagt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1498139.000000
s hg19.chr21     18123465 126 +  48129895 tcagtaacgagccaggcaacaacaactgccatggggcatactaggatttgattctaggccattctgactccaaagACATACGTCCAGGTTAAATGCAATTAATATCTCTGTTCTCGTCTACTTTTT
s panTro2.chr21  16854975 126 +  46489110 tcagtaacgagccaggcaacaacaactgccatggggcatactaggatttgattctaggccattctgactccaaagACATACATCCAGGTTAAATGCAATTAATATCTCTGTTCTCGTCTACTTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464541 126 +  48394510 tcagtaacgagccaggcaacaacaactgccatggggcgtactaggatttgattctaggccattctgactccaaagACATACGTCCAGGTTAAATGCAATTAATATCTCTGTTCTCGTCTACTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265201 126 - 196418989 tcggtaacaagccaggcaacaccaactgccatggggcatactaggatttgattctaggtcattctgactccaaagACATACGTCCAGGTTAAATGCAATTAATATGTCTGTTCTCGTCTACCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=85583.000000
s hg19.chr21     18123591 29 +  48129895 CACCTCTGAGTGAATTAGTCACCATATGA
s panTro2.chr21  16855101 29 +  46489110 CACCTCTGAGTGAATTAGTCACCATACGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464667 29 +  48394510 CACCTCTGAGTGAATTAGTCACCATATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265327 29 - 196418989 CACCTCTGAGTGAGTTAGTCACCATGTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=417393.000000
s hg19.chr21     18123620 64 +  48129895 AAACTTCTCCAATGTACTGTCATCTGTAGAGATTTCTCTGTTGTAAAATGTATTGAGGGGATGG
s panTro2.chr21  16855130 64 +  46489110 AAACTTCTCCAATGTACTGTCATCTGTAGAGATTTCTCTGTTGTAAAATGTATTGAGGGGATGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464696 61 +  48394510 AAACTT---CGATGTACTGTCATCTGTAGAGATTTCTCTGTTGTAAAATGTATTGAGGGGATGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265356 64 - 196418989 AAACTTCTCCGATGTACTGTCATCTGTAGAGATTTCTCTGTTGTAAAATGTATTGAGGGGATGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=54514.000000
s hg19.chr21     18123684 18 +  48129895 ATTCTTCTAGTTTCTTTT
s panTro2.chr21  16855194 18 +  46489110 ATTCTTCTAGTTTCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464757 18 +  48394510 ATTCTTCTAGTTTCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265420 18 - 196418989 ATTCTTCTAGTTTATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=478816.000000
s hg19.chr21     18123702 51 +  48129895 GCTGCTCCCATAACTTCAAAGCCTAGGTATGCTTTGCTACTTAATCAAAAT
s panTro2.chr21  16855212 51 +  46489110 GCTGCTCTCATAACTTCAAAGCCTAGGTATGCTTTGCTACTTAATCAAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464775 51 +  48394510 GCTGCTCCCATAACTTCAAAGCTTAGGTATGCTTTGCTACTTAATCAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265438 51 - 196418989 GCTGCTCCCATAACTTCAAAGCCTAGGTATGCTTTGCTACTGAAACAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=85689.000000
s hg19.chr21     18123753 20 +  48129895 GCCTAGTGATGCCACTAATA
s panTro2.chr21  16855263 20 +  46489110 GCCTAGTGATGCCACTAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464826 20 +  48394510 GCCTAGTGATGCCACTAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265489 20 - 196418989 GCCTAGTGACGCCACTAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=416608.000000
s hg19.chr21     18123773 45 +  48129895 CTAAATTTCCCTAGTATATATAGAATAAGTTAAATGCTATCTAAC
s panTro2.chr21  16855283 45 +  46489110 CTAAATTTCCCTAGTATATATAGAATAAGTTAAATGCTATCTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464846 45 +  48394510 CTAAATTTCCTTAGTATATATAGAATAAGTTAAATGCTATCTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265509 45 - 196418989 CTAAATATCCTTAGTATATATAGAATACATTAAATGCTCTCTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=51015.000000
s hg19.chr21     18123818  94 +  48129895 CACTAT--GTCAATTTCAATAGGA---CAATTCCAGGCCTATCTACTGTTACTCTCTACTC--ttttttttttttttttttttAAGCGAAGACAGCTAAAG
s panTro2.chr21  16855328  94 +  46489110 CACTAT--GTCAATTTCAATAGGA---CAATTCCAGGCCTATCTACTGTTACTCTCTACTC--ttttttttttttttttttttAAGCGAAGACAGCTAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464891  88 +  48394510 CACTAT--GTCAATTTCAATAGGA---CAATTCCAGGCCTATCTACTGTTACTCTCTGCTC--------TTTTTTTGTTTTTAAAGCAAAGACAGCTAAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265554 101 - 196418989 TACTATAAATCAATTTCAATAGGACAGCAGTTCCAGGCCTACCTACTGTTACTCTCTGCCCttttttttttttttttttttttAAGCAAAGACAGCTAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=341483.000000
s hg19.chr21     18123912 44 +  48129895 TTGAATTAAATAAAGG-------GCACTGTTTTCTTTTCTCCTAGTTCATG
s panTro2.chr21  16855422 44 +  46489110 TTGAATTAAATAAAGG-------GCACTGTTTTCTTTTCTCCTAGTTCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16464979 44 +  48394510 TTGAATTAAATAAAGG-------GCACTGTTTTCTTTTCTCCTAGTTCATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265655 48 - 196418989 TTGAATTA---AAGGGCACTGTTGCACTGTTTTCTTTTCTCCTAGTTCATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=659058.000000
s hg19.chr21     18123956 66 +  48129895 AATGTGTCCTTGATTTGTAAAAGGAGGTAAAATATCACCAGAAACCTAAAAGAAGAAAGTCAGCTG
s panTro2.chr21  16855466 66 +  46489110 AATGTGTCCTTGATTTGTAAAAGGAGGTAAAATATCACCAGAAACCTAAAAGAAGAAAGTCGGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465023 66 +  48394510 AATGTGTCCTTGATTTGTAAAAGGAGGTAAAATATTACCAGAAACCTAAAAGAAGAAAGTCAGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265703 66 - 196418989 ACTGTGTCCTTGATTTGTAAAAGGAGGTAAAATATTACCAGAAACCTAAAAGAAGAAAGTCAGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=68444.000000
s hg19.chr21     18124022 21 +  48129895 CCTGCCTATTGAAGATGGATA
s panTro2.chr21  16855532 21 +  46489110 CCTGCCTATTGAAGATGGATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465089 21 +  48394510 CCTGCCTATTGAAGATGGATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265769 21 - 196418989 CCTGCCTATTGAAGATGGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-74214.000000
s hg19.chr21     18124043 46 +  48129895 TAGCTGACTCATTTGGAAGCTTACTAGGAGGATTTTTTTAAAAAAC
s panTro2.chr21  16855553 46 +  46489110 TAGCTGACTCATTTGGAAGCTTACTAGGAGGTTTTTTTAAAAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465110 46 +  48394510 TAGCTGACTCATTTGGAAGCTTACTAGGAGGTTTTTTTAAAAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265790 42 - 196418989 TAGCTGACTCATTGGGAAGCTTACTGGGAGG----TTTAAAAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1202939.000000
s hg19.chr21     18124089 68 +  48129895 AATTCTATAAATTAGATTGGTGACAATCTTGGCTGCAGGTGTTATCTTGGTACTTTCCAGATGCTTTT
s panTro2.chr21  16855599 68 +  46489110 AATTCTATAAATTAGATTGGTGACAGTCTTGGCTGCAGGTGCTATCTTGGTACTTTCCAGATGCTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465156 68 +  48394510 AATTCTATAAATTAGATTGGTGACAATCTTGGCTGCAGGTGCTATCTTGGTACTTTCCAGATGCTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265832 68 - 196418989 AAATCTATAAATTAGATTGGTGACAATCTTGGCTGCAGGTGCTATCTTGGTACTTTCCAGACGCTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=595142.000000
s hg19.chr21     18124157 41 +  48129895 GTTAGAAGGCAAGCAGGGATTTACAGTGACGGAGTGCCCTA
s panTro2.chr21  16855667 41 +  46489110 GTTAGAAGGCAAGCAGGGATTTACAGTGACGGAGTGCCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465224 41 +  48394510 GTTAGAAGGCAAGCAGGGATTTACAGTGACGGAATGCCCTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265900 41 - 196418989 GTTAGAAGGCAAGCAGGGATTGACAGTGACGGAGTGCCCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1810607.000000
s hg19.chr21     18124198 75 +  48129895 TATCTGTCTTTCATGGGGGACATTTGGAGAAAAAACCTGTTAGCACTTGTTGGTTAGGAGTCACCACAGAGCTTT
s panTro2.chr21  16855708 75 +  46489110 TATCTGTCTTTCATGGGGGACATTTGGAGAAAAAACCTGTTAGCACTTGTTGGTTAGGAATCACCACAGAGCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465265 75 +  48394510 TATCTGTCTTTCATGGGGGACATTTGGAGAAAAAACCTGTTAGCACTTGTTGGTTAGGAATCACCACAGAGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166265941 75 - 196418989 TATCTGTCTTTCATGGGGGACATTTGGAGAAAAAACCTGTTAGCACTTGTTGGTTAGGAATCACCACAGGGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2280337.000000
s hg19.chr21     18124273 94 +  48129895 CAGCTGTGGTTTCTAACTAAGGATACATCAGCAAGATGCCAGCTATTTGGTTCCTGGAAAATGTTTCAATGTTTTCATTCTGCCATTGACATAT
s panTro2.chr21  16855783 94 +  46489110 CAGCTGTGGTTTCTAACTAAGGATACATCAGCAAGACGCCAGCTATTTGGTTCCTGGAAAATGTTTCAATGTTTTCATTCTGCCATTGACATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465340 59 +  48394510 CAGCTGTGGTTTCTAACTAAGGATACATCAGCAAGA-----------------------------------TTTTCATTCTGCCATGGACATAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166266016 85 - 196418989 CAGCTGTGGTTTCTAACTAAGGATACACCAGCGAGATGCCAGCTATTTGGTTCCTGGAAAATGTTTCAATGTTTTCCTCTTGCCA---------
i rheMac2.chr3  C 0 I 321

a score=1986719.000000
s hg19.chr21     18124367 69 +  48129895 AGATTTGAAATTTATTATTTGTGAGCCATAGGAAAGAATTGCATTTTCTAACTGCCCAGATATAATTAA
s panTro2.chr21  16855877 69 +  46489110 AGATTTGAAATTTATTATTTGTGAGCCATAGGAAAGAATTGCATTTTCTAACTGTCCAGATATAATTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465399 69 +  48394510 AGATTTGAAATTTATTATTTGTGAGCCATAGGAAAGAACTGCATTTTCTAACTGTCCAGATAAAATTAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166266422 69 - 196418989 AGATTTGAAATTCATTATTTGTGAGCCATAGGAAAGAACTGCATTTTCTAACTGTCCAGATAAAATTAA
i rheMac2.chr3  I 321 C 0

a score=2698134.000000
s hg19.chr21     18124436 134 +  48129895 AACCCAAACCTTATCCAGAAAAAGTAACTGAGACTTTCTTAGCCAATGAATTATTTCAACAGTTGGCCATTGAGGGAACAGGACAATGTTTAACCCATAATCATGCTTTGAAATTTGCCAACTGCCCTGTCCCT
s panTro2.chr21  16855946 134 +  46489110 AACACAAACCTTATCCAGAAAAAGTAACTGAGACTTTCTTAGCCAATGAATTATTTCAACAGTTGGCCATTGAGGGAACAGGACAATGTTTAACCCATAATCATGCTTTGAAATTTGCCAACTGCCCTGTCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16465468 134 +  48394510 AACACAAACCTTATCCAGAAAAAGTAACTGAGACTTTCTTAGCCAATGAATTATTCCAACAGTTGGCCATTGAGGGAACAGGACAATGTTTAACCCATAATCATGCTTTGAAATTTGCCAACTGCCCTGTCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166266491 134 - 196418989 AACACAAACCTTATCCAGAAAAAGTAACTGAGACTTTCTTAGTCAATGAATTATTTCAACAGTTGGCCACTGAGGGAACAGGACAATGTTTAACCCATAATTATGCTCTGAAATTTGCCAACTGCCCTGTCCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1956448.000000
s hg19.chr21     18124570 93 +  48129895 TTGATCACTCTAAAAAGAAATATGTTCTTGTCTTTTTGAAAGAGAACCAGATACAATGTGCTTTGGCTGCAGTCCCTGTGCTTGGTCACCAGA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16466713  92 +  48394510 GAAGTTTCAAGGCAGTTCTAAGAAAAGCATATTTTCTGTTAG--------TTCTTGGtagctattgctacttaac-aatgaccc--aaactttgcatcttaaa----------------------------------------------------
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166267890 114 - 196418989 ccagtt-gccaattcttctgatgcctatggtgttgactaaggccatcaggtgctattcagctggcatatgggcttgtttggagggcccaagacagcttcactcgcatatctgatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16857468 181 +  46489110 tcttgattgggatgactgcagcactgggtattgctgggactcttaactagagcacctatctgtggcctctccataattgtgctttcagcatactcagatttcttgcatggtaacttagagtttgcaaagagaagcttctaagaaacaaagctggaagcttctggtttcttaagtcctgagc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166268004 181 - 196418989 tcttgactgggatgactggagcactgggtgttgctaggactcttaactagagtccctatttgtggcctctccataattgtgctttcagcatagtaagaggtcttgcatggtaacttagagtttgcaaagagactcttctaagaaacaaagctgggagattctggtttcttaagtcctgagc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16466805 550 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166268597  70 - 196418989 tgcaagaaaatattcctattgatatttcaaagaaatgcactgaaatatttagaaattaaatgactatttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s panTro2.chr21  16858059  70 +  46489110 tgtaagaaaatattcctattgatatttcaaagaaatatactgaaatatttagaaattaaatgactatttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16466805 550 +  48394510 I

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16466805 550 +  48394510 I

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16858591 125 +  46489110 tcagacacgtgctatgaggtagagatagagttttgaacaatatcaatgaaacagacctacttattacctttaatgagttcacaatatagaaaaatagacaaaattaaaaaaaaacctcaacaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16467646 124 +  48394510 ccagacacgtgctataaggtagagctagagttttgaacaatatcaatgaaacagacctacttattacctttaatgagttcacaatatagaaaaatagacaaaattttaaaaaa-actcaacaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166269133 124 - 196418989 ccagacatgtgctatgaggtagagatagagttttgaacaatagcaatgaaacagacctacctattacctttaacgagttcacaatatagtaaaatagacaaaatttttgaaaa-actcaggacta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16858716 66 +  46489110 aattagcattatcacaaactttgatatgtgctttctaggaaaaatcacattcttttgagagtaagg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16467770 66 +  48394510 aattagcattatcacaaactttgatatgtgctttctaggaaagatcacattattttgagagtaacg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166269257 66 - 196418989 aattagcattatcacaaactttgatatgtgctttctaggaaagaccacattattttgagagtaagg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 220

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s hg19.chr21     18127622 173 +  48129895 ccttcctCCAGGGTGGATTCAGGGTGAGACAtggagacag-tttaagaggtaaactcaacaaaatttggtgatgggttaaatatgaaaaatgaaagGGCCTGAAAATTAAGTGCTTCCTGTTCACAAATAACCATTATCTCTTGCTTTAATAACATTCACTTTAACCTAAAAAC
s panTro2.chr21  16859104 173 +  46489110 ccttcctCCAGGGTGGATTCAGGGTGAGACAtggagacag-tttaagaggtaaactcaacaaaatttggtgatgggttaaatatgaaaaatgaacgagaCTGAAAATTAAGTGCTTCCTGTTCACCAATAACCATTATCTCTTCCTTTAATAACATTCACTTTAACCTAAAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16468154 174 +  48394510 ccttcctccagggtggattcagggtgagacatggagacagttttgagaggtaaattcaacaaaacttggtgatgggttaaatatgaaaaatgaaagGGACTGAAAATTAAGTGCTTCCTGTTCACCAATAACCATTATCTCCTGCTTTAATAACATTCATTTTAACCTAAAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166269866 173 - 196418989 CCTCCCTCCAGGGTGGATTCAGGGTGAGACAAGGAGACAG-TTTAAGAGGTAAACTCAACAAAATTTGGTGATGAGTTAAATATGAAAAATGAAACAGATTGAAAATTAAGTGCTTCCTGTTTACCAATAACTATTATCTCCTGCTTTACTAACATTCCTTTTAACCTAAAAAC
i rheMac2.chr3  I 220 C 0

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s panTro2.chr21  16859277 77 +  46489110 ATTTAAGtataccaagcacagttctaaatgctttataaatactttcctggccaggcacaatggctcatgtctgtaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16468328 77 +  48394510 ATTTAAGTACAccaagcacggttctaaatgctttacaaatactttcctggccaggcgcgatggctcatgtctataat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166270039 77 - 196418989 ATTTAAGGAtaccaagcatggttctaaatgctttataaacactttcctggctggatgtggtggctcacgtctataat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18127872 100 +  48129895 ctcagcactttgggaggccgaggcaggtggatcacctgaggtcaggagttcgacaccagcctgggcaacatggtgaaaccctt-ctctactaaaaatacaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166270116 101 - 196418989 gtcagcactttgggaggccgaagtgggtggatcacctgaggtcaggagtttgacactagcctgggcaacatgatgaaactctgtctctactaaaaatacaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=38595.000000
s hg19.chr21     18127972 25 +  48129895 aattaggcaggcatgatggcgcata
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18127997 60 +  48129895 cctgtaatcccagctactcgagaggctgaggcaggagaatcgcttgaacctgagaggcgg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18128662 31 +  48129895 AGGGACTATTTGTTACAGCATATTAAACTCT
s panTro2.chr21  16860154 31 +  46489110 AGGGACTATTTGTTACAGCATATTAAACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469208 31 +  48394510 AGGGACTATTTGTTACAGCATATTAAACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166270891 31 - 196418989 AGGGACTATTTGTTACAGCATGTTAAACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155275.000000
s hg19.chr21     18128693 29 +  48129895 TCCCTACTTAAAGTATGAAACTGTCATAG
s panTro2.chr21  16860185 29 +  46489110 TCCCTACTTAATGTATGAAACTGTCATAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469239 29 +  48394510 TCCCTACTTGATGTATGAATCTGTCATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166270922 29 - 196418989 CCCCTACTTGATGTATGAATCTGTCATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=805626.000000
s hg19.chr21     18128722 183 +  48129895 AATACTTCTCTTtttttggagtacagaaatggaggcatgagggggccattcactaggaagaggaaatgcagaagagggagagtttgggaaacaatcgtggagttagttataaacgagataagttgagatgactttaaagcactcaggtagcgatgtatatatgggtatgcagctgaataAAAA
s panTro2.chr21  16860214 183 +  46489110 AATACTTCTCTTtttttggagtacagaaatgaaggcatgagagggccattcactaggaagaggaaatgcagaagagggagagtttgggaaacaatcgtggagttagttacaaacgaggtaagttgagatgactttaaagcactcaggtagcgatgtatatatgggtatgcagctgaataAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469268 183 +  48394510 AATACTTCTCTTTTTTTGGAGTACAGAAATGGAGGCACGAGGGGGCCGTTCGCTAGGAAGAGGAAATGCAGAAGAGGGAGAGTTTGGGAAACAGTCGTGGAGTTAGCTATAAACGAGGTAAGTTGAGATGACTTTAAAGCACTCACATAGCAATGTATATATGGGTGTGCAGCTGAATAAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166270951 183 - 196418989 AATACTTCTCTTTTTCTGGAGTACAGAAATGGAGGCATGAGGGGGCCATTCACTAGGAAGAGGAAATGCAGACGAGGAAGAGTGTGGGAAACAATCGTGGAGTTAGATATAAACGAGGTAAGTTGAGATGACTTTAAAGCACTCACGGAGCGATGTACATATGGGTATGCAGCTGAATAAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=51307.000000
s hg19.chr21     18128905 59 +  48129895 GAGATACAGCTGAAGCCATAAGTAAACTCTTTCATTATTACAGTTTTAATACCAGCTTC
s panTro2.chr21  16860397 59 +  46489110 GAGATACAGCTGAAGCCATAAGTAAACTCTTTCATTATTACAGTTTTAATACAAGCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469451 59 +  48394510 GAGATACAGCTGAAGCCATAAGTAAACTCTTTCATTATTATGGTTTTAATACCAGCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271134 59 - 196418989 GAGATACAGCTGAAGCCATACTTAAACTCTTTCATTATTACAGTTTTAATACCAGCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=322250.000000
s hg19.chr21     18128964 100 +  48129895 ACAGCAAATGAAAAAATATACGTTGTTCTGAAATAGCTTGTAATAATATCAAGTGCTAAAGGATAGGTTCTCCCCTGAATTTTATTAACTTCCAACATTT
s panTro2.chr21  16860456 100 +  46489110 ACAGCAAATGAAAAAATATACGTTGTTCTGAAATAGCTTGTAACAATGTCAAGTGCTAAAGGGTAGGTTCTCCCCTGAATTTTATTAACTTCCAACATTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469510 100 +  48394510 ACAGCAAATGAAAAAATATACGTTGTTCTGAAATAGCTTGTAATAACATCAAGTGCTAAAGGGTAGTTTCTCCCCTGAATTTTATTAACTTCCAACATTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271193 100 - 196418989 ACATCAAATGAAAAAATATACATTGTTCTGAAATTGTTTGTAATAATATCAAGTGCTAAAGGGTAGGTTCTCCCCTGCATTTTATTAACTTCCAACATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=206270.000000
s hg19.chr21     18129064 35 +  48129895 ATCTAAAAATACATTTTAAGATTATGAATGTTTGA
s panTro2.chr21  16860556 35 +  46489110 ATCTAAAAATACATTTTAAGATTATGATTGTTTGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469610 35 +  48394510 ATCTAAAAATACATTTTAAGATTATGAATGTTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271293 35 - 196418989 ATCTAAAAATACATTTTAAGATTATGAATGTTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=292608.000000
s hg19.chr21     18129099 43 +  48129895 AATAGATTATCCCATTTTATTTTATATTTGTGAATAAACAC-TT
s panTro2.chr21  16860591 43 +  46489110 AATAGATTATCCCATTTTATTTTATATTTGTGAATAAACAC-TT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469645 43 +  48394510 AATAGATTATCCCATTTTATTTTATATTTGTGATTAAACAT-TT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271328 44 - 196418989 AATAGATTACCCCATTTTATTTTATATTTGTGAATAAACACTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-61140.000000
s hg19.chr21     18129142 57 +  48129895 GTTTCTAAAAAGCTAGCCTTTGAAAAGCTAGTTTAGAAATTTATGTCAGAagaaatt
s panTro2.chr21  16860634 57 +  46489110 GTTCCTAAAAAGCTAGCCTTTGAAAAGCTAGTTTAGAAATTTATGTCAGAagaaatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469688 53 +  48394510 GTTTCTAAAAAGCTAGCCTTTGAAAAGCTGGTTTAGAAATTTATGTCAGAAGA----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271372 54 - 196418989 TTTTCTAAAAAGCTGGCGTCTGAAAAGCTAGTTTAGAAATTTATGTCAGAAGAA---
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=302333.000000
s hg19.chr21     18129199 3397 +  48129895  
s panTro2.chr21  16860691 3403 +  46489110  
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166271426    1 - 196418989 I
e ponAbe2.chr21  16469741    0 +  48394510 C

a score=243346.000000
s hg19.chr21     18132596 69 +  48129895 A-GAAATTTATGTCAGAAGAATTCCCTGATTTAGTGAGATTAGGTTATTGGTAATtatattagttatcta
s panTro2.chr21  16864094 70 +  46489110 AAGAAATTTATGTCAGAAGAATTCCCTGATTTACTGAGATTAGGTTATTGGTAATtatattagttatcta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271427 48 - 196418989 ----------------------TCCCTGATTTAGTGAGATTAGGTTATCGGTAATtatattagttatgta
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  16469741 50 +  48394510 --------------------ATTCCCTGATTTAGTGAGATTAAGTTATTGGTAATtatattagttatcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=1271086.000000
s hg19.chr21     18132665 336 +  48129895 ctgatgcataacaaattactcccaaaatgtagtgagtttaaacaaggaacatttgttatctcatagtttgcatggcccaggaatctgggcacaacttaaatgggagcctgaggctcaaagtctatcaggaggttgtcagcaagctgcaggtcacatctcaaaactcaactggggctcaaagatctgtttccaagctctttgagtggtaatcagacagctttagttccttgaagcctgttgaattgaggcacttattattcactatgctacagggggctttccacagggctgctaacgacatggcagcttgcttcccccagcatgagtaatgagaga
s panTro2.chr21  16864164 336 +  46489110 ctgatgtataacaaattactcccaaaatgtagtgagtttaaacaaggaacatttgttatctcatagtttgcgtggcccagaaatctgggcacaacttaaatgggagcctgtggctcaaagtctatcaggatgttgtcagcaagctacaggtcacatctcaaaactcaactggggctcaaagatctgtttccaagctctttgagtggtaatcagacagctttagttccttgaagcctgttgaattgaggcacttattattcaccacgctacagggggctctccacagggctgctaacgacatggcagcttgcttcccccagcatgagtaatgagaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271475 336 - 196418989 ctgatgcataacaaattacgcccaaaatgtagtgagtttaaacaaggaacatttattatctcatagtttgtgtggctcaggaatctgggcacaacttaaatgggagcctgaggctcaaagtctatcaggaggttgtcatcaagctacaggtcacatctcaaaactcaactggggttcaaagatctgtttccaagctctttgagtcgttatcagaaagctttagttccttgaagcctgttgaattgaggcacttattattcaccacgctacacagggctctccacagggctgctaacgacatggcagcttgcttcccccagcatgagtaatgacaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16469791 332 +  48394510 ctgatgcataacaaattactcccgaaatgtaatgagtttaaacaaggaacatttgttatctcatagtttgtgtggcccaggaatctgggcacaacttaaatgggagcctgaggctcaaagtctatcaggaggttgtcatcaagctacaggtcacatctcaaaactcaactggggctcaaagatctgtttccaagctctt----tggtaatcagacagctttagttccttgaagcctgttgaattgaggcacttattattcaccatgcttcagggggctctccacagggctgctaacgacatggcagcttgcttcccccagcatgagtaatgagaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=58214.000000
s hg19.chr21     18133001 24 +  48129895 aagagacactgcagaaggaaggta
s panTro2.chr21  16864500 24 +  46489110 aagagacactgcagaaggaaggta
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271811 24 - 196418989 aagagacactgcagaaggaaggta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16470123 24 +  48394510 aagagacacggcggaaggaagata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=130123.000000
s hg19.chr21     18133025 68 +  48129895 cagcctccttaaaatcgtatcatggacgtgccatcccatcacctctgcagtattctagtcattaaaaa
s panTro2.chr21  16864524 68 +  46489110 cagcctctttaaaatcgtatcatggacgtgccatcccatcacctctgcagtattctagtcattaaaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271835 68 - 196418989 cagcctctttaaaaccatatcatggatgtgtcatcccatcacctctacagtattctagtcattaaaaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16470147 68 +  48394510 cagcctctttaaaatcgtatcatggacatgccatcccatcacctctgcagtattctagtcattaaaaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=89000.000000
s hg19.chr21     18133093 41 +  48129895 tgaatctgtaagctcagcccactcaagggga---gattatataa
s panTro2.chr21  16864592 41 +  46489110 tgaatctgtaagctcagcccactcaagggga---gattatgtaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271903 44 - 196418989 tgagtctgtaagcccagcccactcaaggggaggggattatgtaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16470215 44 +  48394510 tgagtctgtaagctcagcgcactcaaggggaggggattatgtaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=156347.000000
s hg19.chr21     18133134 80 +  48129895 ggatcagaatatctgcggcagaaattattggaggccattttagaggctgactaccacaGTAATCAATAATGATCCTAAtg
s panTro2.chr21  16864633 80 +  46489110 ggatcagaatatctgcggcagaaattattggaggccgttttagaggctgactaccacaGTAATCAATAATGATCCTAAtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16470259 80 +  48394510 ggatcagaatatctgaggcagaaattattggaggccattttagaggctgactaccacaGTAATCAATAATGATCCTAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166271947 80 - 196418989 agatcaggatatccgaggcagaaattattggaggccattttagagactgactaccacaGTAATCAATAATGATCTTAAtg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=63907.000000
s hg19.chr21     18133214 51 +  48129895 aaccaagaagaaattcagacctggcatggtggcttattcctataatcctaa
s panTro2.chr21  16864713 51 +  46489110 aaccaagaagaaattcagacctggcatggtggcttattcctataatcctaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166272027 51 - 196418989 aaccaagaagaaattcagaccaggcgtggtggctcattcctgtaatcctaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16470339 51 +  48394510 AACCAAGAAGAAATTCAgacctgtcatggtggcttattcctataatcctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=242942.000000
s hg19.chr21     18133265 212 +  48129895 cacctcagaaggtcaaggcaggagaaattgcttgagcacaagagcatgagatcagtctgggccacatggaaagaccctgtctctataaaaaataaaaata--aaaaaattagctgggcctggtggcatgcacctatggtggtctcagctactcaaaaggttgaggtgggaggatcactttagcatgagaggttgaggctgcagtgagccatgat
s panTro2.chr21  16864764 212 +  46489110 cacctcagaaggtcaaggcaggagaaattgcttgagtacaagagcatgagatcagcctgggcaacatggaaagaccctgtctctataaaaaataaaaata--aaaaaattagctgggcctggtggcatgcacctatggtggtctcagctactcaaaaggttgaggtgggaggatcaatttagcatgagaggttgaggctgcagtgagccatgat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166272078 211 - 196418989 cacctcagaaggtcaagacaggaggaattgcttgagcacaagtgtataagatcagtctgggcaacatggaaagaccctgtctctataaaaaataataataataaaaaattagttgggcctggtggcatgcatctgtg---gtctcagctactcaggaggctgaagtgggaggatcactttagcatgagaggttcagaccaaggtgagccatgat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16470390 210 +  48394510 cacctcagaaggtcaaggcaggagaaattgcttgagcacaagagcatgagatcagcctgggcaacatggaaagaccctgtctctataaaaaataaaaata--aaaaaattagctgggcct--tggcatgcacctatgggcgtctcagctactcagaaggctgaggtgggaggatcactttagcatgagaggttgaggctgcagtgagccgtgat
i ponAbe2.chr21 C 0 M 306

a score=70210.000000
s hg19.chr21     18133477 102 +  48129895 cataccactgcactccagcctgggtgatggagtaagatcctgtctc--aaaaaaaaaaataaagaaaaaaaattcaaaacctcaatgtatgaataacaagtaac
s panTro2.chr21  16864976 104 +  46489110 cataccactgcactccagcctgggtgatggagtaagatcctgtctccaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaaaaattcaaaacctcaatgtatgaataacaagtaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166272289  85 - 196418989 cataccactgcactccagcctgggtgatggagtaagatcctgtc-------------------aaaaaaaaattcaaaacctcaatgtatgaataacaaataac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16470600 306 +  48394510 M

a score=32804.000000
s hg19.chr21     18133579 28 +  48129895 gagatcaaagccgtaataaaaagtctcc
s panTro2.chr21  16865080 28 +  46489110 gagatcaaagccgtaataaaaagtctcc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16470906 27 +  48394510 gagatcaaagcggtaat-aaaagtctct
i ponAbe2.chr21 M 306 C 0
s rheMac2.chr3  166272374 28 - 196418989 gagatcaaagccataataaaaagtctcc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=161628.000000
s hg19.chr21     18133607 187 +  48129895 cagcaaagaaaagccaaagaccttatggcttcactgttgaattttgccaaacatttaaagaagaactaatacccatcctactcaaaagtattccaaacaagagaggaggagggcatacttccaaactcattctgtaagaccagtgttaacctgataccaaaaccagacaaagatacatcgaaaaaat
s rheMac2.chr3  166272402 186 - 196418989 cagcaaagaaaagccaaagaccttacagcttcactgttgaattttgccaaacatttaaagaacaactaatacccatcctactc-aaagtattccaaacaagagaggaggaaggcatacttccaaactcattctataagaccagtgttaccctgacaccaaaaccagacaaagacacatcgaaaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16470933 186 +  48394510 cagcaaagaaaagccaaagaccttatggcttcactgttgacttttgccaaacatttaaagaagcactaatacccatcgtactc-caagtattccaaacaagaggggaggagggcatacttccaaactcattttgtaagaccagtgttaccctgataccaaaaccagacaaagacacatcgaaaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16865108 187 +  46489110 cagcaaagaaaagccaaagaccttatgacttcactgttgaattttgccaaacatttaaagaagaactaatacccatcctactcaaaagtattccaaacaagagaggaggagggcatacttccaaactcattctgtaagaccagtgttaacctgataccaaaaccagacaaagacacatcgaaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1220353.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=61884.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 I 325

a score=1219793.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  I 325 C 0

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s hg19.chr21     18135923 112 +  48129895 cctatcatttgcagcaacatgggtagaactgaaggttattatatgatgtgaaataagacaggcacagaaagaaaaacttagcatgttctaacttattgtgggagctaaaaat
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16473249 112 +  48394510 cctatcatttccagcaacatgggtagaactgaaggttattatattacgtgaaataagacaggcacagaaagaaaaacttagcatgttctaacttattgtgggagctaaaaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16867435 112 +  46489110 cctatcatttgcagcaacatgggtagaactgaaggttattatatgacgtgaaataagacaggcacagaaagaaaaacttagcatgctgtaacttattgtgggagctaaaaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166275147 360 - 196418989 taaaacaattgaactcacagagataagagagtgaaaggatggttaccagaggctggaaagggtagcagaagggaggggcaagggggaatggttaatgggtacaaaacatagttcgatggagtgaataagatctagtatttgataacactagagggtgactacagtcagcaataatttaacacacatttaaaaaataacggaaaatataattggattgtttgtaacacaaagaaaggataaatgcttgagggaatgaacactgcatttaccctgatgtgacggtcatgcattgtatgcctctgtatcaaaatatctcacgtaccccataaatacatatacctactacatatccacaaaaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16868251 115 +  46489110 ----tatatgcacatatatatatTTTCCACATGACAAAATGTGGTATGAGAGAGAAAATACTACATTTTTTTCTTACATGAAGATAAATCAAATAATGTCttttgttttgttttgtttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280253 190 - 196418989 tctgtaaaaatgatggggttggattaggcaatattcaagtttcttcctcctttaatattcagtgcgtctatgattTAGTACAGTGTTCACCAAACTGTGGCCCAGGAAAATAGCTTTGGAGTCCAGCCATTATTCTGCCTTTTTATCAGCACTTCTGTCCTCTGCTTTCCTGAAACACAC-------GAATAACTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=330558.000000
s hg19.chr21     18141316 25 +  48129895 TTTCCCAATCCTAAAATTATATAAT
s panTro2.chr21  16872841 25 +  46489110 TTTCCCAATCCTAAAATTATATAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16478624 25 +  48394510 TTTCCCAATCCTAAAATTATACAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280443 25 - 196418989 TTTCTCAATCCTAAAATTATATAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=664893.000000
s hg19.chr21     18141341 28 +  48129895 TCAAGTCATGTAAAGGATAAATATTAGG
s panTro2.chr21  16872866 28 +  46489110 TCAAGTCATGTAAAGGATAAATATTAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16478649 28 +  48394510 TCAAATCATGTAAAGGATAAATATTAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280468 28 - 196418989 TCAAGTCATGTAAAGGATAAATATTAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=471634.000000
s hg19.chr21     18141369 93 +  48129895 AAACTCAAGAAACAGCATGCTTTCAAAGGCATTCAAAACAAATGATGACAGGAAAATTCCCTAAAAGACTTACATTGAACCATTGTTTTATCT
s panTro2.chr21  16872894 93 +  46489110 AAACTCAAGAAACAGCATGCTTTCAAAGGCATTCAAAACAAATGATGACAGGAAAATTCCCTAAAAGACTTACATTGAACCATTGTTTTATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16478677 93 +  48394510 AAACTCAAGAAACAGCATGCTTTCAAAGGCATTCAAAACAAATGATGACAGGAAAATTCCCTAAAAGACTTACATTGAACCATTGTTTTATCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280496 90 - 196418989 AAACTCAAGAAACGGCATGCTTTCAAAGGCATTCAAAACAA---ATGACAGGAAAATTCCCTAAAAGACTTACACTGAACCATTGTTTTATCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=24624.000000
s hg19.chr21     18141462 36 +  48129895 Gttttttgttttg-----ttttgttttgtttgagacagaat
s rheMac2.chr3  166280586 41 - 196418989 Gttttttattttgctttgttttgttttgtttgagacggaat
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16478770 30 +  48394510 Gttttttgttttg-----------tttgtttgagacggaat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16872987 36 +  46489110 Gttttttgttttg-----ttttgttttgtttgagacagaat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=21750.000000
s hg19.chr21     18141498 27 +  48129895 ctcgctctgccgcccagactgaagtgc
s panTro2.chr21  16873023 27 +  46489110 ctcgctctgccgcccagactgaagtgc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16478800 27 +  48394510 ctcactctgctgcccagactgaagtgc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280627  9 - 196418989 ctcgctctg------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 10

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s hg19.chr21     18141525 41 +  48129895 cgtggtgtgaacttggctcactgcaacctccacttctgggt
s rheMac2.chr3  166280646 41 - 196418989 catggtgcaatcttggctcactgcaacctccacttctgggt
i rheMac2.chr3  I 10 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16873050 41 +  46489110 cgtgatgtgatcttggctcactgcaacctccacttctgggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=79584.000000
s hg19.chr21     18141566 82 +  48129895 tcaagagattctcctgcctcagcctcccaaatagctaggattacatgcatgtgccaccactactggcatacatatatatata
s panTro2.chr21  16873091 82 +  46489110 tcaagagattctcctgcctcagcctcccaaatagctaggattacatgcatgtgccaccactactggcatatatatatatata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16478868 82 +  48394510 tcaagagattctcctgcctcggcctcctgaatagctaggattacatgcatgtgccaccactactggcatatacatatatatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280687 74 - 196418989 tcaagagattctcctgcctcagcctcccgaatagctggaat----agtgtgtgccaccactactggcATATATATATA----
i rheMac2.chr3  C 0 I 43

a score=-6955.000000
s hg19.chr21     18141648 24 +  48129895 ta-------------------------------------------------------------------------gtagttttagtagagacggggt
s panTro2.chr21  16873173 32 +  46489110 ta-----------------------------------------------------------------tatatatagtagttttagtagagacggggt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16478950 97 +  48394510 tgtgtgtgtgtatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacatacatatatacatagtacatatatacatagtagttttagcagagacggggt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=47948.000000
s hg19.chr21     18141672 49 +  48129895 ttcaccattttggccaggctggtcttgaactcctgacctccagtgatct
s panTro2.chr21  16873205 49 +  46489110 ttcaccattttggccaggctggtcttgaactcctgacctccagtgatct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16479047 49 +  48394510 ttcaccattttggccaggctggtcttgaactcctgacctccagtgatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=47020.000000
s hg19.chr21     18141721 55 +  48129895 gcctgcctcagcctcccaaagtgctggattacaggggtgagtcactgcacctggc
s panTro2.chr21  16873254 55 +  46489110 gcctgcctcagcctcccaaagtgctggattacaggggtgagtcactgcacctggc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16479096 55 +  48394510 gcctgcctcggcctcccaaagtgctggattacaggggtgagtcaccgcacctggc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=-17806.000000
s hg19.chr21     18141776 32 +  48129895 cTGAACTGTGATTTTAGACATCATAGAAATAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=679245.000000
s hg19.chr21     18141808 100 +  48129895 TAATAAAATCATGAACATATTTTAACATATGCATTTAATATAAATCTACAAAAATTACCTTTTCTTCATGTATAGATTACAATATGGAATTTGGGTAAAC
s panTro2.chr21  16873341 100 +  46489110 TAATAAAATCATGAACATATTTTAACATATGCATTTAATATAAATCTACAAAAATTACCTTTTCTTCATGTATAGATTACAATATGGGATTTGGGTAAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16479183 100 +  48394510 TAATAAAATCATGAGCATATTTTAACATATGTATTTAATATAAATCTACAAAAAATACCTCTTCTTCATGTATAGATTGCAATAGAGAATCTGGGTAAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761  43 - 196418989 I

a score=785799.000000
s hg19.chr21     18141908 90 +  48129895 CCCAGGAAATTTTCTGTTCATTGTAAGATTAAGCTCAATTAAAGCTGAGAGTGAAATATTTCTTCC--CCCTGTTGTCTAGCAATTCATGAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16479283 92 +  48394510 CCCAGGAAATTTTCTGTTCATTGTAAGATTAAGCTCAGTTAAAGCTGAGAGTGAAATATTTCTTCCCTCTCTGTTGTCTAGCAATTCATGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=712046.000000
s hg19.chr21     18141998 69 +  48129895 TAACATGACTTATGTTAATCTTACAGTTATGTGCCTACATTCTGTGTCCTATCTCTGCATCTTATAGAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16479375 69 +  48394510 TAACATGACTTATGTTAATCTTACAGTTATGTGTCTACATTCTGTGTCCTATCTCTGCATCTTATAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=167693.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=286460.000000
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s panTro2.chr21  16873622 43 +  46489110 CAGTAACTTCCACACACACTACAGCACTGTGTACATGTATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=167781.000000
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s panTro2.chr21  16873665 12 +  46489110 CTCTAATATGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=331710.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16479521 59 +  48394510 TCTATTTTGACTGGCCCATGATACGAGGAAACAGATGAGGCGGCAGGGGAGATTTAGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=25535.000000
s hg19.chr21     18142203 14 +  48129895 CTCTTAGATGACGA
s panTro2.chr21  16873736 14 +  46489110 CTCTTAGATGACGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=172886.000000
s hg19.chr21     18142217 28 +  48129895 AGAATTCTAAATTCCCCCTCATTAATAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=195353.000000
s hg19.chr21     18142245 20 +  48129895 AAATGAACAAATGAAGAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=90878.000000
s hg19.chr21     18142265 24 +  48129895 TAGGCAAAGTAGGCAAAGTTTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=44307.000000
s hg19.chr21     18142289 61 +  48129895 TGTCCATTATGTTAGCAGCCTTTTCCAAAGTGAATCAATGTCCCAGGTCTGAGAACCTACA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=153864.000000
s hg19.chr21     18142350 16 +  48129895 TTTATACAGTGAAAAT
s panTro2.chr21  16873883 16 +  46489110 TTTATACAGTGAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16479727 16 +  48394510 TTTATACAGTGAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=63504.000000
s hg19.chr21     18142366 16 +  48129895 ATTTGCACAATCAAAA
s panTro2.chr21  16873899 16 +  46489110 ATTTGCACAATCAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166280761 43 - 196418989 I

a score=104953.000000
s hg19.chr21     18142382 29 +  48129895 ATATAACAGTGGTATTTTTTGCTCTCCTA
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16873915 29 +  46489110 ATATAACAGTGGTATTTTTTGCTCTCCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280804 26 - 196418989 ---TAACAGTGGTATTTTTTGCTCTCCTA
i rheMac2.chr3  I 43 C 0

a score=167283.000000
s hg19.chr21     18142411 22 +  48129895 TCCAAGGAGGATTTGATACCCA
s ponAbe2.chr21  16479788 22 +  48394510 TCCAAGGAGGATTTGATACCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16873944 22 +  46489110 TCCAAGGAGGATTTGATACCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280830 22 - 196418989 TCCAAGGAGGATTTGACACCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=553550.000000
s hg19.chr21     18142433 36 +  48129895 GATATTTCCCTTAACAAGAAGGGAAGGATGACTGTG
s ponAbe2.chr21  16479810 36 +  48394510 GATATTTCCCTTAACAAGAAGGGAAGGATGACTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16873966 36 +  46489110 GATATTTCCCTTAACAAGAAGGGAAGGATGACTGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=261407.000000
s hg19.chr21     18142469 22 +  48129895 CCTCTTTGTCTCAAAACGCAGG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166280888 22 - 196418989 CCTCTTTGTCTTAAAATGCAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1065204.000000
s hg19.chr21     18142491 106 +  48129895 TTGAATGAAGCTGTGGAGAGTAAGATTGCAACATTCAGTGCAATCTCCATACATCCTCTGGACACATGGAATATGCCTAGCTGGTGTGCCATTTTAGTAGTGTCTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16874024 106 +  46489110 TTGAATGAAGCTGTGGAGAGTAAGATTGCAACATTCAGTGCAATCTCCATACATCCTCTGGACACATGGAATATGCCTGGCTGGTGTGCCATTTTAGCAGTGTCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204367.000000
s hg19.chr21     18142597 15 +  48129895 ACTACATTTCTTCTT
s ponAbe2.chr21  16479974 15 +  48394510 ACTACATTTCTTCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  16479989 56 +  48394510 TCATTAATCTAAGTGTATTTTTTGTTTTCCACCGGAAATTTCTGGAAACCACGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18142878 61 +  48129895 AACTTTTTTTTTTTT----CAGTCAGAGAAGGATCATGTAAATACAAACAAGATTCAGTTAGGGC
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166281362 80 - 196418989 AATAAAACTCCATCTCACTTTTTTGTAGGTCTGAAACAGTTGCTTTATTATGTGAGTCAAGAGAAGTTTGGACGGCTCTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18143019 76 +  48129895 CTCAGAGGAATTCTGTCCTAATTATCCTCAATCATCATGGATATCACCTGTTTTGACATCCTTGATTCAAAACTGG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16480398 76 +  48394510 CTCACAGGAATTCTGTCCTAATTATCCTCAATCATCATGGATATCACCTGTTTTGACATCCTTGATTCAAAACTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=580738.000000
s hg19.chr21     18143095 53 +  48129895 TCTTACTTCTTGATTAATTTTCTATTACAGAATTTGTGTTTGCATGAAGCACA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18143243 53 +  48129895 CTATTACAATTATATCCAACTATAATAATGTAGTATAATATTATTAAAAGCAA
s ponAbe2.chr21  16480622 53 +  48394510 CTATTACAACTACATCCAACTATAATAATGTAGTATAATATTATTAAAACCAA
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s rheMac2.chr3  166281661 53 - 196418989 TTATTACAATTATATCCAACtataataatatagtataatattattaaaaGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18143370 95 +  48129895 TGACT-AAAAAAAAGTGCCTCCATTTCCTTAATTACATATATATTTTCTCTTGCTTTCGTCTTTCAAAAGTCATAAAATTGAACT-GAAAATATCAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16874904 96 +  46489110 TGACT-AAAAAAAAGTGCCTCCATTTCCTTAATTACATATATATTTTCTCTTGCTTTCGTCTTTCAAACGTCATAAAATTGAACTAGAAAATATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166281788 96 - 196418989 TGACT-AAAAAGAAGTGCCTCCATTTGCTTAATTATTTATATATTTTCTCTTGCTTTCATCTTTCAAACGTCATAAAACTGAACTAGAAAATACCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=358442.000000
s hg19.chr21     18143465 40 +  48129895 TATTTGGATTAGTAGCCTTGTAGAAAAATGCTTTACAATA
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i ponAbe2.chr21 C 0 I 461
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=560344.000000
s hg19.chr21     18143505 49 +  48129895 TTACAATTTGGATTAGTTGTTTTTGGGAAACTGAAATCCCACCAGTTCC
s panTro2.chr21  16875040 49 +  46489110 TTACAATTTGGATTAGTTGTTTTTGGGAAACTGAAATCCCACCAGTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 461 C 0
s rheMac2.chr3  166281924 48 - 196418989 TTATAATTTGGATTAGTTG-TTTTGGGAAAGTGAAATCCCACCAGTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=782454.000000
s hg19.chr21     18143554 62 +  48129895 AAA-ACTATTGCTTTCACTCCTGAGAAATAACTGAAAAT-AAAATGCTATTTTACAGTGCTATT
s panTro2.chr21  16875089 62 +  46489110 AAA-ACTATTGCTTTCACTCCTGAGAAATAACTGAAAAT-AAAATGCTATTTTACAGTGTTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481396 64 +  48394510 CAATACTATTGTTTTCACTCCTGAGAAATAATTGAAAATAAAAATGCTATTTTACAGTGCTATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166281972 62 - 196418989 AAA-ACTATTGTTTTCACTCATGAGAAATAACTGAAAAT-AAAATGTTATTTTACAGTGCTATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=789627.000000
s hg19.chr21     18143616 61 +  48129895 AAAATTGGGTAGGAGTTGATATGAGAAGTGAAATCAGTCGTTTTTCAAAGAAGACCAGAAA
s panTro2.chr21  16875151 61 +  46489110 AAAATTGGGTAGGAGTTGATATGAGAAGTGAAATCAGTCGTTTTTCAAAGAAGACCAGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481460 61 +  48394510 AAAATTGGGTAGGAGTTGATATGAGAAGTGAAATCAGTCGTTTTTCAAAGAAGACCAGAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166282034 61 - 196418989 AAAATTGGGTAGGAGTTGATATGAGAAGTGAAATCAGTCGTTTTTCAAAGAAGACAAGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-45620.000000
s hg19.chr21     18143677 25 +  48129895 CAAACACAAGAAAATCTAAGAGttt
s panTro2.chr21  16875212 25 +  46489110 CAAACACAAGAAAATCTAAGAGttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481521 25 +  48394510 CAAACACAAGAAAATCTAAGAGttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166282095 25 - 196418989 CAAACACAAGAAAATCTAAGAATTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=650895.000000
s hg19.chr21     18143702 152 +  48129895 aaaaatattaaatatattagattcataaattaatCATGACATTGGTCCAAGAGGACCTCAAACTAAAAATACATATTGTGCTTGTTCTACTCCTACTGACTCCCTGTTTTCCATTTCTAAGATGCTGTAGTATTATCTCAATAAAAAATTTT
s panTro2.chr21  16875237 152 +  46489110 aaaaatattaaatatattagattcataaattaatCATGACATTGGTCCAAGAGGACCTCAAACTAAAAATACATATTGTGCTTGTTCTACTCCTACTGACTCCCTGTTTTCCATTTCTAAGATGCAGTAGTATTATCTCAATAAAAAATTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481546 152 +  48394510 aaaaatattaaatatattagattcataaattaatCATGACATTGGTCCAAAAGGAGCTCAAACTAAAAATGCATATTGTGCTTGTTCTACTCCTACTGACTCCCAATTTTCCATTTCTATGATGCAGTAGTATTATCTCAATAAAAAATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166282120 151 - 196418989 AAAAAGATTCAATATATTAGATTCATAAATTAATCATGGCATTGGTCCAAGAGGGCCTCCAACTAAAAATACATATTGTGCTTGTTCTACTCCTACTG-CTTCCTTATTTCCACTTCTATGACACAGTAGTATTATCTCAACAAACAATTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=311517.000000
s hg19.chr21     18143854 44 +  48129895 CTGGTTTTGTCA----ATTTTCTTTAATGTGGGAAATCATTATGATGT
s panTro2.chr21  16875389 48 +  46489110 CTGGTTTTGTCACTAAATTTTTTTTAATGTGGGAAATCATTATGATGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481698 48 +  48394510 CTGGTTTTGTCACTTAATTTTTTTTAATGTGGGAAATCATTATGATGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166282271  0 - 196418989 C

a score=288661.000000
s hg19.chr21     18143898 64 +  48129895 ATATTTTCAAAGCATTTTGAATTTAAACTTAGGTACCCTGGTGTTTTCAGAGGTGATATAACCT
s panTro2.chr21  16875437 64 +  46489110 ATATTTTCAAAGCATTTTGAATTTAAACTTAGGTACCCTGGTGTTTTCAGAGGTGATATAATCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481746 64 +  48394510 ATATTTTCAAAGCATTTTGAATTTAAACTTAGGTACCCTGGCGTTTTCAGAGGTGATATAACCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166282271  0 - 196418989 C

a score=473413.000000
s hg19.chr21     18143962 58 +  48129895 TTGAGATATTGCTACATTACTATTTGTTATCACTTAAAACCACTCGATATTTCCTGGG
s panTro2.chr21  16875501 58 +  46489110 TTGAGATATTGCTACATTACTATTTGTTATCACTTAAAACCACTCGATATTTCCTGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481810 58 +  48394510 TTGAGATATTGCTACATTACTATTTGTTATCACTTAAAACCACTCGATATTTCCTGGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166282271  0 - 196418989 C

a score=255495.000000
s hg19.chr21     18144020 30 +  48129895 ATCTTGGATTCCAAAATTAATGAACCAGCT
s panTro2.chr21  16875559 30 +  46489110 ATCTTGGATTCCAAAATTAATGAACCAGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481868 30 +  48394510 ATCTTGGATTCCAAAATTAATGAACCAGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166282271  0 - 196418989 C

a score=1129474.000000
s hg19.chr21     18144050 152 +  48129895 TAGCAAAATCATTGCAGATCACCAACAGCTGTTTTTATTTCACAGGACACCTAAGTTAGCAAAAGCCTTCTGGGGATTTCATATTGTCAGAAAGAGAACACAGCTTGTCTGGAATATCATCATGCCAGCCACCAAGTTCAT-AAAAAAACTCT
s panTro2.chr21  16875589 152 +  46489110 TAGCAAAATCATTGCAGATCACCAACAGCTGTTTTTATTTCACAGGACACCTAAGTTAGCAAAAGCCTTCTGGGGATTTCATATTGTCAGAAAGAGAACACAGCTTGTCTGGAATATCATCATGCCAGCCACCAAGTTCAT-AAAAAAACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16481898 153 +  48394510 TAGCAAAATCATTGCAGATCATCAACAGCTGTTTTTATTTCATAGGACACCTAAGTTAGCAAAAGCCTTCTGGGGATTTCATATTGTCAGAAAGAGAACACAGCTTGTCCGGAATATCATCATGCCAGCCACCAAGTTCATAAAAAAAACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166282271   0 - 196418989 C

a score=98894.000000
s hg19.chr21     18144202 24 +  48129895 AAGGCAGAAGAGAATACATCCTTT
s panTro2.chr21  16875741 24 +  46489110 AAGGCAGAAGAGAATACATCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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e rheMac2.chr3  166282271  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  166282271  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  166282271  0 - 196418989 C

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e rheMac2.chr3  166282271  0 - 196418989 C

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a score=399016.000000
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i rheMac2.chr3  I 2 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16484696 42 +  48394510 ATTAATTTGCTTCCCTTGTATAAGCCAGACAAGTTTACTGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16484738 114 +  48394510 AATGGGGCCCTTCGTTATCTATTTTGAAACTCTACCACTCAATTGATGGTGTGGTTTATTTGAGTTAATCAACAAATTTTGAATGGATCTAACTACAGGTGAATAGTTAATAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166283651 114 - 196418989 AATGAGGCCCTTCATTATCTATTTTGAAACTCTGCCACTCAGTTGAGGGTGTGGTTTATTTAAGTTAATCAACAAATTTTGAATGGATCTAACTACAGGTGAATAGTTAATAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16484852 3 +  48394510 ACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166283765 3 - 196418989 ACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18146582 58 +  48129895 TCTTTGGTTTATCTTATGAAGGGTAGTCAACAATCAAATCTGTACACTGTGCCTTTTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16484878 58 +  48394510 TCTATGGTTTATCTTATGAAGGGTAGTCAACAATCAAATCTGTACACTGTGCCTTTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18146640 87 +  48129895 AAGACCTGGGACTACATAACATATAGCTCAATGGGTTCTTATAGTTCAGTGGCCCCTGCTGTTTAATCTTAATGCACATGGAAAAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18147237 87 +  48129895 AACAATTATGGTTTCCTCCCCGTTTTCTCTGTAAATTCTAAAGTAATTGGATAGCATTAGGCCAATAATTATCTAATTTGAATTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=6820727.000000
s hg19.chr21     18147501 243 +  48129895 CTGAATTCACAGCCACCGTGGCTGCTCTGCCCATGCGAGTCCACAAGGGCTTTGTTTGCTTGCTGGCAGTCTCTGCACAGAGAACACACAGCATATGCCAGGTGGCCATGTGTCTGAGGCAGAGGGAAGGGAGAACAAAGCAAAAAAAGATTCCATTTGGACAGAGATGCTTTAAGCCATCCGACTGCCAGTAACATATTAAAGAGAGAAGAAAATGCAATGATGCTTGAATATACTCAACAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16485797 243 +  48394510 CTGAATTCACAGCCACCGTGGCTGCTTTGCCCATGCGAGTCCACAAGGGCTTTGTTTGCTTGCTGGCAGTCTCTGCACAGAGAACACACAGCATATGCCAGGTGGCCATGTGTCTGAGGCGGAGGGAAGGGAGAACAAAGCAAAAAAAGATTCCATTTGGACAGAGATGCTTTAAGCCATCCGACTGCCAGTAACATATTAAAGAGAGAAGAAAATGCAATGATGCTTGAATATACTCAACAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2063874.000000
s hg19.chr21     18147744 67 +  48129895 TAAACAACTTTAAGCCTGAGCTTCAGATCACAAATCTCCCTCTGCCGCTGCTGACATGCTCAGCTTG
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a score=1346071.000000
s hg19.chr21     18147811 62 +  48129895 AACGTGGTTGCAGGAGACAAAGGAACCTGCTCCAGGAAGAAAACAGAAGAGAGAATTCTCAC
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a score=263434.000000
s hg19.chr21     18147873 50 +  48129895 CCTGATTTTAATCTATCTCAGATGAATGTTGAAGAACCAGTGATACCATA
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a score=269351.000000
s hg19.chr21     18147923 28 +  48129895 ACAATTGTATTCTTATGTCAAAAACCTG
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a score=1003460.000000
s hg19.chr21     18147951 101 +  48129895 TTCTGTTGAAGGTGAGAATAGAGGAAGAAGGTTCTAGAATGGCAAAAACGAGAACTCACTTTCCTGTCCACCTCTTTTTTCTTTATGTCAACCCTCCATTT
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s panTro2.chr21  16879546 125 +  46489110 GGCACTTATCACACTGCTCACCAC-TGGCTTCCCAACAAACCGTGAAATGAAAAAGACAGATGTTAATGCCATCTCAGAAGAGTTGGGAGCTTCAAACTATTATTTTAGAAAGTGAGCAGGGCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16486348 126 +  48394510 GGCACTTATCACACTGCTCACAACATGGCTTCCCAACAAACCGTGAAATGCAAAAGACAGATGTTAATGCCATCTCAGAAGAGTTGGGACCTGCAAACTATTATTTTAGAAAGTCAGCAGGGCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16879783 214 +  46489110 TACTcattaattgagtagctgatatgggctagatagtgtgctagcagcctgatcttcattcagtattttcagtcttcccaacagtgctactgagccccactgtgttcatcttacagatggaaatactgacattcagaggagttagttaacttgcctaggtgattcagctaataagtgcaagaaagatttaaatccaaggtgatttgattctgaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16486586 214 +  48394510 TACTcattaattgagtagctgatatgggctagatagtgtgctagcagcctgatcttcattcagtattttcagtcttcccaacaatgctactgagccccactgtgttcatctcacagatggaaatactgatattcagaggagttagttaacttgcctaggtgattcagctaataagtgcaagaaagatttaaatccaaggtgatttgattctgaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18148503 19 +  48129895 gcctgtgctaatcacatta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18148522 53 +  48129895 caccaagctacAACTTCATTTATAAATAATAAGTCAGCTTTCAAGGGCCTTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16486872 135 +  48394510 AGGTGTCCTGCACTTCTACAAGCTGTGCCATTTAGTGAACAC-AAAATGAGCCTTCTGATGAAGTAGTCTTTGCATTATTTCAGATATTAGAACACTAAAATTCTTAGCTGCCAGCTCATTCAAGGCTGGGACGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166285782 136 - 196418989 AGGTGTCCTGCACTTCTACAAGCTGTGCCATTTAGTGAACGCAAAAATGAGCCTTCTGACGAAGTAGTCTTTTCACTATTTCAGATATTAGAACACTAAAATTCTTAGCTGCCGGCTGATTCAAGACTGGGACAAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1016285.000000
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s panTro2.chr21  16880407 267 +  46489110 TTCTTTCTCTAATTCCTTCCATTTGATCTTTCATACACAATATGGTTCTGATGTATGTTTTTTGGATGCACTTTTCAACTCCAAAAGACAGAGCTAGTTACTTTCTTCCTGGTGCTCCAAGCACTGTATTTGTATCTGTATTCAAGCACTTTGCAATATTGCACTGGATCATTATTTCACCTCTAGGATGGCTTCCCCAGGCAACTTGTGTTCACCCAGAGACTACATTTTGTATCTTGTTGACCTTTGAACTTCCACCAGTGTCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16487210 267 +  48394510 ttctttctctaattccttccatttgatctttcatacataatctggttctgatgtatgttttttggatgcagtcttcaattccaaaagacagagctagttactttcttcctggtgctccaagcactgtatttgtatctgtattcaagcactttgcaatattgtactggatcattatttcacccctaggatggcttccccaggcaacttgtgttcactcagagactacattttgtatcttgttgacctttgaacttccaccagtgtcta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166286121 267 - 196418989 TTCTTTCTCTAATTCCTTCCATTTGATCTTTCATATTTAATCTGGTTCTGATGTATGTCTTTTGGACACACTCTTCAATTCCAAAAGACAGAGCTAGTTACTTTCTTCCTGGTGCTCCAAGCACTGTATTTGTATCTGTATTCAAGCATTTTGCTATATTGTACTGGATCATTGTTTCACCTCTAGGATGGCTTCCCCAGGCAACTTGTGTTCACCCAGAGACTACATTTTGTATCTTGTTGACCTTTGAACTTCCACTAGTGTCTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=767173.000000
s hg19.chr21     18149180 68 +  48129895 aaaataatatgtatgcaaaattacttgctatgagaatgtatAATTAAACAATATAAAAAGGAGAAGCA
s panTro2.chr21  16880674 68 +  46489110 AAAATAATATGTATGCAAAATTACTTGCTATGAGAATGTATAATTAAACAATATAAAAAGGAGAAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16487477 68 +  48394510 aaaatagtaggtatgcaaaattacttgctatgagaatgtatAATTAAACAATATAAAAAGGAGAAGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166286388 68 - 196418989 AAAATAGTAGGTAGGCAAAATTACTTGCTATGAGAATGTATAATTAAATGATACAAAAAGGAGAAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=5459088.000000
s hg19.chr21     18149248 225 +  48129895 AGGAGAGAAACACAGGTGTGTATTTGTGTTTGTGTGCTTAAAAGGCAGTGTGGAAAAGGAAGAAATGCCATTTATAGTGAGGAGACAAAGTTATATTACCTCTTATCTGGCTTTTAAGGAGATTTTGCTGAGCTAAAAATCCTATATTCATAGAAAAGCCTTACCTGAGTTGCCAATACCATCTAAGATTATTCTTTAAAAAGGATTTTAAAGATCTAATTTACT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16487545 225 +  48394510 AGCAGAGAAACACAGGTGTGTATATGTGTTTGTGTGCTTAAAAGGCAGTGTGGAAAAGGAAGAAATGCCATTTATAGTGAAGAGACAAAGTTATATTACCTCTTATCTGGCTTTTAAGGGGATTTTGCTGAGCTAAAAATCCTATATTCATAGAAAAGCCTTACCTGAGCTGCCAATACCATCTAAGATTATTCTTTAAAAAGGATTTTAAAGATCTAATTTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166286456 225 - 196418989 AGCAGAGAAACACAGGTGTGTATATGTGTTTGTGTGTTTAAAAGGCAGTGTGGAAAAGGAAGAAATGTAATTTACAGTGAAGAGACAAAGTTATATTACCTCTTATCTGGCTTTTAAGGGGATTTTGCTGAGCTAAAAATCCTATATTCATAGAAAAGCCTTACCTGAGCTGCCAATACCATCTAAGATTATTCTTTCAAAAGGATTTTAAAGATCTCATTTACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1608091.000000
s hg19.chr21     18149473 42 +  48129895 TTTTGTCATGCACTGCTTGCTATTTGCATTCCACTCTGGCTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16487770 42 +  48394510 TTTTGTCATGCACTGCTTGCTATTTGCATTCCACTCTGGTTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=4025850.000000
s hg19.chr21     18149515 118 +  48129895 AACATTGAAATGAGACGAGCCTTTATCACCTTTGTGTCTGGTCACGTCTGCTTCCTCATCTCCCTGTGCTAGCACAGTGCTGCAGTACCAGGCTATAAACACAGCAGCAAAATCGTTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16487812 118 +  48394510 AACATTGAAATGAGACGAGCCTTTATCACCTTTGTGTCTGGTCACGTCTGCTTCCTCGTCTCCCTGTGCTAGCACAGTGCTGCAGTACCGGGCTATAAACACAGCAGCAAAATCATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166286723 118 - 196418989 AACAGTGAAATGAGACGAGCCTTTATCACCTTTGTGTCTGGTCACGTCTGCTTCCTCGTCTCCCTGTGCTAGCACAGTGCTGCAGTACCAGTCTATAAACACAGCAGCAGAATCGCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=154831.000000
s hg19.chr21     18149633 44 +  48129895 AGGAAAAGAAAAAGAAAAAGAATCAGAAAACAGAAAGCTGCTTT
s panTro2.chr21  16881127 44 +  46489110 AGGAAAAGAAAAAGAAAAAGAATCAGAAAACAGAAAGCTGCCTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16487930 44 +  48394510 AGGAAAAGAAAAAGAAAAAGAATCAGAAAACAGAAAGCTGCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166286841 38 - 196418989 AGG------AAAAGAAAAAGAATCAGAAAAGAGAAAGCTGCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=2499478.000000
s hg19.chr21     18149677 110 +  48129895 TGGTCATAATTGGATGAAAATATATGTAATAAAAACATTTCTATCGGTAGCAGGTTTTTTT--AATAAGTTCTTCTTTTCTTTATAACTAAATTTTTGAAAATGCAGACATT
s panTro2.chr21  16881171 111 +  46489110 GGGTCATAATTGGATGAAAATATATGTAATAAAAACATTTCTATCGGTAGCAGGTTTTTTT-TAATACGTTCTTCTTTTCTTTATAACTAAATTTTTGAAAATGCAGACATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16487974 110 +  48394510 GGCTCGTAATTGCATGAAAATATATGTAATAAAAACATTTCTATCGGTAGCAGGTTTTTTT--AATAAGTTCTTCTTTTCTTTATAACTAAATTTTTGAAAATGCAGACATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166286879 112 - 196418989 GGCTCATAATTGGATGAAAATATATATAATAAAAACATTTCTATCGGTAGCAGGTTTTTTTTTTATAAGTTCTTCTTTTCTTTATAACTAAATTTTTGAAAATGCAGACATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3444075.000000
s hg19.chr21     18149787 126 +  48129895 TGGCCTTAGATATCTCATGGATGTAAAATTGGCATCAGATCAGTACAGTTTGCTAGCCAAGCTTAAAAAGGAAAATATAATGGGAAAACACTGTGATTTTATAGTTCTTATAAAAATGAGAAAATC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1600888.000000
s hg19.chr21     18149913 75 +  48129895 ACAACCTGCACAAAAACCCCAAGTTGAACATCCCTTAAATCTG-CCACGAAAAGACCAAGATCCATGTTTTCAGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=2877629.000000
s hg19.chr21     18149988 97 +  48129895 TTGAGGATGACCTTAGAAACCTACGTGGGGTTTACTTTAGTTTACCCTAACGTAACTGTAGATCCATCTCAGCAAACAGATGTGCAGAACATGAGCT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16890865 124 +  46489110 atgcaagtagtttgatgtatggtctgaggctcagtagttagatcacagcaagactgggaatcacaaaaagatagaAATTGAAAATTTTGCTTAGGGGCAATTCCACTATGTAAATTAGTTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=20619.000000
s hg19.chr21     18159489 11 +  48129895 AA-CTAATCATA
s rheMac2.chr3  166297971 12 - 196418989 ACGCTAATCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16498910 12 +  48394510 AAGCTAATCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16890989 11 +  46489110 AA-CTAATCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=222108.000000
s hg19.chr21     18159500 38 +  48129895 AACTTAGCCCAAGGAATTTTACATCATGGAATACCCTA
s rheMac2.chr3  166297983 38 - 196418989 AACATAGCCCAAGGAATTTTAAGTCATGGAATATCCCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16498922 38 +  48394510 AACATAGCCCAAGGAATTTTACATCATGGAATACCCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16891000 38 +  46489110 AACATAGCCCAAGGAATTTAACATCATGGAATACCCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=574104.000000
s hg19.chr21     18159538 117 +  48129895 CAAATAGACGTAATATTTCAAGCCTAGTATCAATGTTCTACTGAATCCTCTTGCAATGGACACAGTAAATCGTCCATTACAAAGAACTTGGAATTATTCATATCTGAGTAGGCCTAT
s rheMac2.chr3  166298021 117 - 196418989 CAAATAGATGTAATATTTCAAACCTAGTATCAATGTTCTAGTGAATTCTCTTGCAATGGACACAGTAAATCATCCATTACAAAGAATTTGGAATTATTCACATGTGAGTAGGCCTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16498960 117 +  48394510 CAAATAGATGTAATATTTCAAGCCTAGTATCAATGTTCTACTGAATCCTCTTGCAATGGACACAGTAAATCGTCCATTACAAAGAACTTCGAATTATGCGTGCATGAGTAGGCCTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16891038 117 +  46489110 CAAATAGACGTAATATTTCAAGCCTAGTATCAATGTTCTACTGAATCCTCTTGTAATGGACACAGTAAATCGTCCATTACAAAGAACTGGGAATTATTCATATCTGAGTAGGCCTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=554227.000000
s hg19.chr21     18159655 106 +  48129895 AACACGCTCAATCATCATAATTAACTTTCCTTCTTCATGTTATAAAAATTCTCTTAATTGGTATAAAAATTCTCTCATTTCCTCAATTGAGTTATGATGTTTCACT
s panTro2.chr21  16891155 106 +  46489110 AACACGCTCAATCATCATAATTAACTTTCCTTCTTCATGTTATAAAAATTATCTTAATTGGTATAAAAATTCTCTCATTTCCTCAATTGAGTTATGATGTTTCACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499077 105 +  48394510 AACATGCTCAATCATCAT-ATTAACTTTCCTTCTTTATGTTGTAAAAATTCTCTTAATTGGTATAAAAATTCTCTCATTTCCTCAATTGAGTTATGATGTTTCACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298138  94 - 196418989 AATATGCTTAATCATCATAATTCACTTTCCTTCTTTATGTTATAAAAATTCTCTTAATTGGTA------------CATTTCCTCAATGGAGTTATGATGTTTCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=584117.000000
s hg19.chr21     18159761 86 +  48129895 TTAGGGTTTGTGAAGTGATCACAGCTATACCTTTTCTAAGTTATGAACCTAAAACTAATAAAACCATATGGGATTCTGTCAGTTAT
s panTro2.chr21  16891261 86 +  46489110 TTAGGGTTTGCGAAGTGATCACAGCTATACCTTTTCTAAGTTATGAACCTAAAACTAATAAAACCATACGGGATTCTGTCAGTTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499182 86 +  48394510 TTAGGATTTGTGAAGTGATCACAGCTATACCTTTTCTGAGTTATGAACCTAAAACTAATAAAACCGTATGGGATTCTGTCAGTTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298232 86 - 196418989 TTAGGATCTGTAAAGTGATCACAGCTATACCTTTTCTAAGTTAGGAACCTAAAATTACCAAAACCATATGGGATTCTGTCAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=320918.000000
s hg19.chr21     18159847 27 +  48129895 TTTTCATTTTCTGTTCCAACATCTTAG
s panTro2.chr21  16891347 27 +  46489110 TTTTCATTTTCTGTTCCAACATCTTAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499268 27 +  48394510 TTTTCATTTTCTGTTCCAACATCTTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298318 27 - 196418989 TTTTCATTTTCTGTTCCAACATCTTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=745136.000000
s hg19.chr21     18159874 82 +  48129895 CCTACTTGAAGGACTTTGCTAAATATTAGATTTCTTAATCTTATCTTAAAATACTATGCTTTTATTTTGGAGAAGCTTCAAT
s rheMac2.chr3  166298345 82 - 196418989 CCTACTTGAAGGACTTTGCTAAATATTAGATTTCTTAATCTTCTCTTAAAATACTATGCTTTCATTTTGGAGAAGCGTCAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499295 82 +  48394510 CCTGCTTGAAGGATTTTGCTAAATATTAGAATTCTTAATCTTATCTTAAAATACTATGCTTTTATTTTGGAGAAGCTTCAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16891374 82 +  46489110 CCTACTTGAAGGACTTTGCTAAATATTAGATTTCTTAATCTTATCTTAAAATACTATGCTTTTATTTTGGAGAAGCTTCAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=895853.000000
s hg19.chr21     18159956 111 +  48129895 CTCTAACAAATAATCTGATAAACTCTTTAATATATTTCATAATTTTACCAATTACTAAGCCAGAATTTAGATGGCCCATTTGAAAGAGAATGTTTCCTTACTAAGCAAATC
s panTro2.chr21  16891456 111 +  46489110 CTCTAACAAATAATCGAATAAACTCTTTAATATATTTCATAATTTTACCAATTACTAAGCCAGAATTTAGATGGCCCATTTGAAAGAGAATGTTTCCTTACTAAGCAAATC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499377 111 +  48394510 CTCTAACAAATAATCTAATAAACTCTTTAATATATTTCATACTTTTACCAAATACTAAGCCAGAATTTAGATGGCCCATTTGAAAGAGAATGTTTCCTTACTAAGCAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298427 111 - 196418989 CTCTAACAAATACTCTAATAAACCAATTAATATATTTCATAATTTTAGCAATTACTAAGCCAGAATTTAGATGGCCCATTTGAAAGAGAATGTTTCCTTACTAAGGGAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=164722.000000
s hg19.chr21     18160067 24 +  48129895 TTTACACTTACACCTCTATCTACT
s panTro2.chr21  16891567 24 +  46489110 TTTACACTTACACCTCTATCTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499488 24 +  48394510 TTTACACTTACACCTCTATCTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298538 24 - 196418989 TTTACACTTACACCTCTATCCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=255015.000000
s hg19.chr21     18160091 63 +  48129895 CACCATATCCTTCATTTAA-CCCCCCAATTGCTTCCTGTTTGTTCCCTTTGTTTTATTTCCGTT
s panTro2.chr21  16891591 63 +  46489110 CACCATATCCTTCATTTAA-CCCCCCAATTGCTTCCTGTTTGTTCCCTTTGTTTTATTTCCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499512 64 +  48394510 CACCATATCCTTCATTTAACCCCCCCAATTGCTTCCTGTTGGTTCCCTTTGTTTTATTTCCATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298562 63 - 196418989 CACCATATCCTTTATTTAA-CCCCCCAATTGCTTCCTGTTGGGTTCCTTTGTTTCATTTCCATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=847642.000000
s hg19.chr21     18160154 152 +  48129895 TTTCACCAAATATAGTTTGAGGAAAATTTTCTCAGACTCTATGGTGAATTTTTACCTCTACAGAAAGCTGAACTAAAAAGACTGCAAATACTTCCTCATAAAGAACCAGTCACACTACTTGCAGGGTGTGCCTCAACCAGCAATGAATGACC
s panTro2.chr21  16891654 152 +  46489110 TTTCACCAAATATAGTTTGAGGAAAATTTTCTCAGACTCTATGGTGAATTTTTACCTCTACAGAAAGCTGAACTAAAAAGACTGCAAATACTTCCTCATAAAGAACCAGTCACACTACTTGCAGAGTGTGCCTCAACCAGCAATGAATGACC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499576 152 +  48394510 TTTCACCAAATACAGTTTGAGGAAAATTTTCTCAGACTCTATGGTGAATTTTTACCTCTACAGAAAGCTAAACTAAAAAGACTGCAAATAATTCCTCATAAAGAACCAGTCATACTACTTGCAGAGTGTGCCTCAACCAGCAATGAATGACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298625 152 - 196418989 TTTCAGCAAATATAGTTTGAGGAAAATTTTCTCAGACTCTATGGTGAATTTTTCCCTCTACAAAAAGCTAAACTAAAAAGACTGCAAATACTTCTTCATAAAGAACCAGTCATACTACTTGTGGAGTGTGCCTCAACCCGCAATGAATGACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=199458.000000
s hg19.chr21     18160306 73 +  48129895 CCACCT-TCTGAGACAGCCTGACAGCCCTAAGGTTGTAGGCTAAATCCTAATGGGGTACAGTGTTTATATAGCA
s panTro2.chr21  16891806 73 +  46489110 TCATCT-TCTGAGACAGCCTGACAGCCCTAAGGTTGTAGGCTAAATCCTAATGGGGTACAGTGTTTATATAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499728 74 +  48394510 CCATCTCTCTGAGACAGCCTGACAGCCCTAAGGTTGTAGGCTAAATAGTAATGTGGTACAGTGTCTATATAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298777 74 - 196418989 TCATCTCTCTGAGACAGCCTGGCAGCCGTAAGGTTGTAGGCTAAATCCTGATAGGGTACAGTATCTGTATAGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=658175.000000
s hg19.chr21     18160379 84 +  48129895 GACCTATCAAAGACTAAGATTCCTCTTCCAGAATGCCACAAAATGGGTTTTCTATGAGAACTTCACTTTCAGGTTATTACATTA
s panTro2.chr21  16891879 84 +  46489110 GACCTATCAAAGACTAAGATTCCTCTTCCAGAATGCCACAAAATGGGTTTTCTATGAGAACTTCACTTTCAGGTTATTACATTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499802 84 +  48394510 GACCTATCAAAGGCTAAGATTCCTCTTCCAGAATGCCACAAAATGGGTTTTCTATGAGAACTTCACTTTCAGGTTATTACACTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298851 84 - 196418989 GACCTATCAAAAGCTAAGATTCCTCCTCCAGAATGCCACAAAATGGGTTTTCTATGAGAACTTCACTTTCAGGTTATTACATTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-271368.000000
s hg19.chr21     18160463 16 +  48129895 TCTAATTAATTGTTTT
s panTro2.chr21  16891963 16 +  46489110 TCTAATTAATTGTTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499886 16 +  48394510 TCTAATTAATTGTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298935 16 - 196418989 TCTAATTAATTGTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=207945.000000
s hg19.chr21     18160479 35 +  48129895 AAAAAAT-TGTAGTCACTTGCAATATTTTAAAGTTA
s panTro2.chr21  16891979 36 +  46489110 AAAAAAAATTTAGTCACTTGCAATATTTTAAAGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499902 35 +  48394510 AAAAAAA-TTTACTCATTTGCAATATTTTATAGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298951 35 - 196418989 CAAAACA-TTTACTCACTTGCAATATTTTAAAGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=248939.000000
s hg19.chr21     18160514 34 +  48129895 TTTCTTTTCAGATTATAAAGGCAAAATAAATTTA
s panTro2.chr21  16892015 34 +  46489110 TTTCTTTTCAGATTATAAAGGCAAAAGAAATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499937 34 +  48394510 TTTCTTTTCAGATTATAAAGGCAAAAGAAATTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166298986 34 - 196418989 TTTCTTTTCAGATTATAAAGGCAAAAGAAATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=91730.000000
s hg19.chr21     18160548 24 +  48129895 ACAGAATTACATA-TTTTTTCTACA
s panTro2.chr21  16892049 24 +  46489110 ACAGAATTATATA-TTTTTTCTACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499971 24 +  48394510 ACAGAATTATATA-TTTTTTCTACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166299020 25 - 196418989 ACAAAATTATATATTTTTTTCTGCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=93941.000000
s hg19.chr21     18160572 15 +  48129895 GAATCTTTTTATGTT
s panTro2.chr21  16892073 15 +  46489110 GAATCTTTTTATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16499995 15 +  48394510 GAATCTTTTTATGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166299045 15 - 196418989 GAATCTTTTTACGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1126154.000000
s hg19.chr21     18160587 98 +  48129895 TTCATTTCACTTTACTAAGTCTCATGAAGCCTGTGTGCTAATTTTGACAACAGTTTCTATCCAGATCTTATCAGACAAGATAACTCAGACAGTGGTCA
s rheMac2.chr3  166299060 98 - 196418989 TTCATTTCACTTTACTAAGTCTCATGAAGTCTATGTGCTAATTTTGACAACAGCTTCTATCCAGGTGTTATCAGACAAGATAACTCAGATAGTGGTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16500010 98 +  48394510 TTCATTTCACTTTACTAAGTCTCATGAAGCCTATGTGCTAATTTTGACAACAGTTTCTATCCAGATCTTATCAGACAAGATAACTCAGATAGTGGTCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16892088 98 +  46489110 TTCATTTCACTTTACTAAGTCTCATGAAGCCTACGTGCTAATTTTGACAACAGTTTCTATCCAGATCTTATCAGACAAGATAACTCAGGCAGTGGTCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=861678.000000
s hg19.chr21     18160685 82 +  48129895 AGGGATTCCCTAACTCTTATTACAGTGGAGTTTCTAGTGCTTCTCTAATATGTGTATGTACTTCCTCCAAAATTCTGCTTCC
s panTro2.chr21  16892186 82 +  46489110 AGGGATTCCCTAACTCTTATTACAGTGGAGTTTCTAGTGCTTCTCTAATATGTGTATGTACTTCCTCCAAAATTCTGCTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16500108 82 +  48394510 AGGGATTCCCTAACTCTTATTACAGTGGAGTTTCTAGTGCTTCTCTAATATGTGTATGTACTTCCTCCAAAATTCTGCTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166299158 82 - 196418989 AGGGATTCCCTAACTGTTATTACAGTAGAGTTTCTAGTGTTTCTCTAATATGTGTATGTACTTCCTCCAAAATTCTGCTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=3412175.000000
s hg19.chr21     18160767 114 +  48129895 CTAACAGGTTCGTTTTTATTCTGTATGGCCAACCTAAGGATGTAGAAAAGCCAGAATTATATTTAAGACTTTCCCAACTGTCAGTTTTGTACCCCAACAAACTAGTCATTGCTG
s rheMac2.chr3  166299240 114 - 196418989 TTAACAGGTTCGTTTTTATTCTGTATGGCCAACCTAAGGAAGTAGAAAAGCCAGAATTATATTTAAGACTTTCCCAACTGTCAGTTTTGTACCCAAACAAACTAGTCATTGCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16500190 114 +  48394510 TTAACAGGTTCGTTTTTATTCTGTATGGCCAACCTAAGGATGTAGAAAAGCCAGAATTATATTTAAGACTTTCCCAACTGTCAGTTTTGTACCCAAACAAACTAGTCATTGCTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16892268 114 +  46489110 TTAACAGGTTCGTTTTTATTCTGTATGGCCAACCTAAGGATGTAGAAAAGCCAGAATTATATTTAAGGCTTTCCCAACTGTCAGTTTTGTACCCAAACAAACTAGTCATTGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=10707103.000000
s hg19.chr21     18160881 324 +  48129895 TCCCTCAGAAGGAAAGCTGCCTCTCACATATAAAGAACCTTCCTCTTGGAAGATTCTGTATCTTAAAAGGTTGTTTTGAAATGTTGATGTACCATATAAGTAAAAAAATTCTCCAGGCAGATTAAATGCATATATAAATTTATAATAGCCCACTGACTCCAGTTGGCAGAATTATAGCTTTAGGATAAGTGGCAAAACACTTTCCAAAGAAGTTCGGAGACTCTTTTTTGTCTGTCTGCCAAGTCCTCCCCACCGAATCTCACACACTGACTAATGCATATGCTTGGTGGTGTAAGATTCCAGGGAATGGTCTTTACTGAGGCT
s panTro2.chr21  16892382 324 +  46489110 TCCCTCAGAAGGAAAGCTGCCTCTCACATATAAAGAACCTTCCTCTTGGAAGATTCTGTATCTTAAAAGGTTGTTTTGAAATGTTGATGTACCATATAAGTAAAAAAATTCTCCAGGCAGATTAAATGCATATATAAATTTATAATAGCCCACTGACTCCAGTTGGCAGAATTATAGCTTTAGGATAAGTGGCAAAACACTTTCCAAAGAAGTTTGGAGACTCTTTTTTGTCTTTCTGCCAAGTCCTCCCCACCGAATCTCACACACTGACTAATGCATATGCTTGTTGGTGTAAGATTCCAGGGAATGGTCTATACTGAGGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16500304 324 +  48394510 TCCCTCAGAAGGAAAGCTGCCTCTCACATATAAAGAACCTTCCTCTTGGAAGATTCTGTATCTTAAAAGGTTGTTTTGAAATGTTGATGTACCATATAAGTAAAAAAATTCTCCAGGCAGATTAAATGCATATATAAATTTATAATAGCCCACTGACTCCAGTTGGCAGAATTATAGCTTTAGGATAAGTGGCAAAACACTTTCCAAAGAAGTTTGGAGACTCTTTTTTGTCTTTCTGCCAAGTCCTCCCCACCGAATCTCACACACTGACTAATGCATATGCTTGTTGGTGTAAGATTCCAGGGAATGGTCTTTACTGAGGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166299354 324 - 196418989 TCCCTCAGAAGGAAAGCTGCCTCTCACATATAAAGAACCTTCCTCTTGGAAGACTCTGTATCTTAAAAGGTTGTTTTGAAATGTTGATGTACCATATAAGTAAAAAAATTCTCCAGGCAGATTAAATGCATATATAAATTTATAATAGCCCACTGACTCCAGTTGGCAGAATTATAGCTTTAGGATAAGTGGCAAAACACTTTCCAAAGAAGTTTGGAGACTCTTTTTTGTCTTTCTGCCAAGTCCTCCCCACCGAATCTCACACACTGACTAATGCATATGCTTGTTGGTGTAAGATTCCAGGGAATGGTCTTTACTGAGGCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=322601.000000
s hg19.chr21     18161205 31 +  48129895 GGTAGGTGAGAATACTTTCAGTCAAGACCTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16500628 31 +  48394510 GGTAGGTGAGAATACTTTCAGTCAAGACCTA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1788086.000000
s hg19.chr21     18161236 137 +  48129895 TGTGAATTCTTGACTTGGGCAGGTTTTGGCTTCCACTATATTTGTAAAGGCTTTCCTGTTGTATACATACCAACATCAGCAAAATGGGTGTTCTTCCGCTTCTAATTCCCATTCAGTCATCTCAAATATGAAGTATG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16504663 35 +  48394510 ATATGTATTATTTGTTCACTGCTGTTCCTGATGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304041 27 - 196418989 ACATGTA--------TCACTGCTGCTCCTGATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16896668 52 +  46489110 TGTTAATCTGCAGGCCTATCCAGTACTAAGAAACAAGTTAAATTTATATATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16504698 52 +  48394510 CGTTAATCTGCAGGCCTATCCAGTACTAAGAAACaaattaaatttatatata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304068 52 - 196418989 CGTTAATCTGCAGGCCTATCCAGTACTAAGAAACaaattaaatttatatata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16896720 36 +  46489110 AAAGTTTTGAGAGCAAGATCCTTTGGAAGAAAATAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304120 36 - 196418989 aaaGTTTTGAGAGCAAGATCTTTTGGAAGAAAATAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=197885.000000
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s panTro2.chr21  16896868 16 +  46489110 AGCATTCATGAATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18165439 31 +  48129895 TGTAGCCCACAATAAGAAGTTATTTCAGAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18165470 85 +  48129895 TATCTTGGTGATCTTTAAAAGGAACTCTGAAAATCAGGTGCTATTGACACTCAAAGTAAAGATAGCAGTGAAAGAAAAGAAAATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16504994 85 +  48394510 TATCTTGGTGATATTTAAAAGGAACTCTGAAAATCAGGTGCTATTGACATTCGAAGTAAAGATAGCAGTGAAAGAAAAGAAAATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304366 85 - 196418989 TATCTTGGTGATCTTTAAAAGGAACTCTGAAAATCAGGTGCTATTGACAGTCAAAGTAAAGATAGCAGTGAAAGAAAAAAGAATC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18165555 20 +  48129895 AGAATGAAGTTAAGTGAAAG
s panTro2.chr21  16897049 19 +  46489110 AGAATGAAGT-AAGTGAAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304451 19 - 196418989 AAAATGAAGT-AAGTGAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18165575 52 +  48129895 TCCACATTCCAAAAAGAAAAAAACTATAGACACATTTAAAATCCCATATCAT
s panTro2.chr21  16897068 52 +  46489110 TCCACATTCCAAAAAGAAAAAAACTATAGACACATTTAAAATCCCATATCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505098 52 +  48394510 TCCGCATTCCAAAAAGAAAAAAATTATAGACACATTTAAAATCCCATATCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304470 51 - 196418989 TCCACATTCCAAAAAGAAAAAAG-TATAGACACATTTAAAATCCCATATCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18165627 19 +  48129895 GTGATTACAATCTTTTGAG
s panTro2.chr21  16897120 19 +  46489110 GTGATTACAATCTTTTGAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18165668 38 +  48129895 AATAAATGTCCAATAAAGTatccattttataaatatat
s panTro2.chr21  16897161 38 +  46489110 AATAAATGTCCAATAAAGTatccattttataaatatat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505191 38 +  48394510 AATAAATGTCCAATAAAGTatccattttataaatatat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304562 38 - 196418989 AATAAATGTCCAATAAAGTatccattttataaatatat
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=496577.000000
s hg19.chr21     18165706 35 +  48129895 gctgagcaccataatattggctcagcactatgtta
s rheMac2.chr3  166304601 35 - 196418989 gctgagcaccataatattgactcagcaccaagtta
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  16505229 35 +  48394510 gctgagcaccataatattggctcagcaccatgtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=588823.000000
s hg19.chr21     18165782 51 +  48129895 tttcaaggagtttgtgatctggttagggagaagatattaatgcacatgaac
s rheMac2.chr3  166304677 51 - 196418989 tttcaaggagtttgtgatctggttagggagaagatatTAATGCACATGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16897275 51 +  46489110 tttcaaggagtttgtgatctggttagggagaagatattaatgcacatgaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=248037.000000
s hg19.chr21     18165833 32 +  48129895 aagtaTCAGTAGCTTTTGGAAAGTTCATAATG
s rheMac2.chr3  166304728 30 - 196418989 ATGCATCAGTAACTTT--GAAAGCTCATAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=551600.000000
s hg19.chr21     18165865 78 +  48129895 TAAGCACTGAAATATGAGACAAGAAACACTCTTGAACTATACTGAGGACTTGTAACAAATGTCTATAAGTATATCGTT
s rheMac2.chr3  166304758 78 - 196418989 TAAGCACTGAAATATGAGACAAGAACCACTCTTGAACAATACTGAGGACTTGTAACAAATGTCTATAAGTATATCGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16897358 78 +  46489110 TAAGCACTGAAATATGAGACAAGAAACACTCTTGAACTATACTGAGGACTTGTAACAAATGTCTATAAGTATATTGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=335948.000000
s hg19.chr21     18165943 86 +  48129895 AAGCCACATTTGATTATCCTCTAACTTTTCCTGTCTTCTGAGCTTACTTATCCTGTACCATTTCACAAATACCTAAGTCTCACCCC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16897436 86 +  46489110 AAGCCACATTTGATTATCCTCTAACTTTTCCTGTCTTCTGAGCTTACTTATCCTGTACCATTTCACAAATACCTAAGTCTCACCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=316107.000000
s hg19.chr21     18166029 51 +  48129895 CATAAGAACAGAAATCCAGACCCCATTTCTGCTGTTTCTGAGGTCCCACAG
s panTro2.chr21  16897522 51 +  46489110 CATAAGAACAGAAACCCAGACCCCATTTCTGCTGTTTCTGAGGTCCCACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505552 51 +  48394510 CATAAGAACAGAAATGCAGACCCCATTTCTGCTGTTTCTGAGGTCCCACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304922 50 - 196418989 CATAAGAACAGAAACCCAGACCCCATTT-TGCTGTTTCTGAGCTCCCACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-355291.000000
s hg19.chr21     18166080 20 +  48129895 TGAGTGTGTATTGTAGGGGT
s panTro2.chr21  16897573 20 +  46489110 TGAGTGTGTGTTGTAGGGGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505603 20 +  48394510 TGAGTGTGTGTTGGAGGGGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166304972 18 - 196418989 GGAGTGTG--TTGGAGAGGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=738899.000000
s hg19.chr21     18166100 90 +  48129895 GGCAGTCATTTGTCATTTCTCAATTTTGTCTCTAGAGCTAGGATTCTTCAGCATTGTCTCAGTCCATTCCATCATTGGTTCTCTTTGCTG
s panTro2.chr21  16897593 90 +  46489110 GGCACTCATTTGTCATTTCTCAGTTTTGTCTCTAGAGCTAGGATTCTTCAGCATTGTCTCGGTCCATTCCATCATTGGTTCTCTTTGCTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505623 90 +  48394510 GGCAGTCATTTGTCATTTCTCAGTTTTGACTCTAGAGCTGGGATTCTTCAGCATTGTCTCAGTCCATTCCATCATTGGTTCTCTTTGCTG
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s rheMac2.chr3  166304990 90 - 196418989 GGCAGTCATTTGTCATTTCTCAGTTTTGACTCTAGAGCTGGGATTCTTCAGCATTGTTTCAGTCCGTTCCATCATTGGTTCTCTTGGTTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=183232.000000
s hg19.chr21     18166190 40 +  48129895 AGCCTGTTCTGTCTAGTCAATTGCCCCTCCAAGACATGGA
s panTro2.chr21  16897683 40 +  46489110 AGCCCGTTCTGTCTAGTCAATTGCCCCTCCAAGACATGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505713 40 +  48394510 AGCCCGTTCTGTCTAGTCAATTGCCCCTCCAAGACATGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166305080 40 - 196418989 AGCCTGTTCTGTCTAGTCAATTGCCCCTCCAAGACATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=607453.000000
s hg19.chr21     18166230 73 +  48129895 TATGTATCCACACATTGGCTTCCTTACAGCAGCTTACTTGATACCACATTGGTTTAACAAACTAACTTGAAGT
s panTro2.chr21  16897723 73 +  46489110 TATGTATCCACACATTGGCTTCCTTACAGCAGCTTACTTGATACCACATTGGTTTAACAAACTAACTTGAAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505753 73 +  48394510 TATGTATCCACACATTGGCTTCCTTACAGCAGCTTACTTGATATCACATTGGTTTAACAAACTAACTTGAAGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166305120 73 - 196418989 TATGTATCTACACATTGTCTTCCTTACAGTAGCTTACTTGATATCACATTGGTTTAACAAATTAACTTGAAGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=604049.000000
s hg19.chr21     18166303 56 +  48129895 TCTAAGGATTGCATTAAAAAATTACAATGCAGGGGGAAAGAACCTTAAAATTGATT
s panTro2.chr21  16897796 56 +  46489110 TTTAAGGATTGCATTAAAAAATTACAATGCAGGGGGAAAGAACCTTAAAATTGATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505826 56 +  48394510 TTTAAGGATTGCATTAAAAAATTACAATGCAGAGGGAAAGAACCTTAAAACTGATT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166305193 56 - 196418989 TTTAAGGATTGCATTACAAAATTACAACACAGGGGGAAAGACTTTTAAAACTGATT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=245284.000000
s hg19.chr21     18166359 17 +  48129895 ATAAAGTAGCATGTCTC
s rheMac2.chr3  166305249 17 - 196418989 ATAAAGTAGCATGTCTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505882 17 +  48394510 ATAAAGTAGCATGTTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16897852 17 +  46489110 ATAAAGTAGCATGTCTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=158875.000000
s hg19.chr21     18166376 42 +  48129895 CTGGAGTGTATCAGCTATGCCTGTCCTTTTTTTATTCTAAGG
s rheMac2.chr3  166305266 42 - 196418989 CTGGAGTGTATCAGCTATGCCTGTCCTTTTTTTATTCCAAGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16505899 42 +  48394510 CTGGAGTGTAACAGCTATACCTGTCCTTTTTTTATTCCAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16897869 42 +  46489110 CTGGAGTGTATCAGCTATGCCTGTCCTTTTTTTATTCTAAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1213187.000000
s hg19.chr21     18166418 104 +  48129895 CCCTTTTCTCTTCCCCTGAAATCTGAGACCCTTCTGTCCCAAACTACCTAACTTTCCAGCCTCTTTTCTCTGGTTTCCTTAGTGCAAATCCCGAAATCAGTTAC
s rheMac2.chr3  166305308 104 - 196418989 CCCTTTTCTCTTCCCCTGAAATCTGAGACCCTTCTGTCCCAACCTACCTAATTCTCCAACCTCTTTCCTCTGGTTTCCTTAGTGCAAATCTTGAAATCAGTTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16897911 104 +  46489110 CCCTTTTCTCTTCCCCTGAAATCTGAGACCCTTCTGTCCCAAACTACCTAACTTTCCAGCCTCTTTTCTCTAGTTTCCTTAGTGCAAATCCCGAAATCAGTTAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=714274.000000
s hg19.chr21     18166522 49 +  48129895 AACGTGACAACGTTTCAAGTTTGTGGTTCTGCTCAGAATAAAACCAGAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506045 49 +  48394510 AACGTGACAACATTTCAAGTGTGTGGTTCTGTTCAGAATAAAACCAGAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16898015 49 +  46489110 AACGTGACAACGTTTCAAGTTTGTGGTTCTGCTCAGAATAAAACCAGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=331811.000000
s hg19.chr21     18166571 53 +  48129895 TTTTACATAATTGGCAGAGCTCTCTATACTCTCAACTCAAATACATGCTATAG
s rheMac2.chr3  166305461 53 - 196418989 TTTTATATCATTGGCAGAGCTCTCTACACTCTCAACTCAAATACATGCTATAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506094 53 +  48394510 TTTTACATAATTGGCAGAGCTCTCTACACTCTCAACTCAAATACATGCTATAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=107.000000
s hg19.chr21     18166624 26 +  48129895 GGTAAGCTCTGGGCCTTATTTAAATT
s rheMac2.chr3  166305514 26 - 196418989 GGTAAGCTTTGGGCCTTATTTAGATT
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s ponAbe2.chr21  16506147 26 +  48394510 GGTAAGCTCTGGGCCttatttaaatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16898117 26 +  46489110 GGTAAGCTCTGGGCCTTATTTAAATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-571163.000000
s hg19.chr21     18166650 25 +  48129895 AAATATGTTAAAATGAGGGGGAAAA
s panTro2.chr21  16898143 25 +  46489110 AAATATGTTAAAATGAGGGGGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506173 25 +  48394510 aaatatattaaaatGATGGGGAAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166305655 20 - 196418989 -----TGTTAAAATGAGGGGGGAAA
i rheMac2.chr3  I 115 C 0

a score=269204.000000
s hg19.chr21     18166675 31 +  48129895 AAACCCTAAACAAGATTTGTTGAATTCTGCT
s panTro2.chr21  16898168 31 +  46489110 AAACCCTAAACAAGATTTGTTGAATTCTGCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506198 31 +  48394510 AACCCCTAAACACTATTTGTTGAATTCTGCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166305675 30 - 196418989 AA-CCCTAAACACTATTTGTTGAATTCTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=875551.000000
s hg19.chr21     18166706 130 +  48129895 TAAAAATGTAGTAATATTTATGCATTTTGTGAAATTAGTCACTCAAATACACCACAAATCTACTTAGCAATTTTAACAATTACTATGTATCTTTAATTGCTGAAAGAATTTACACAGGGGATGATACTCT
s panTro2.chr21  16898199 130 +  46489110 TAAAAATGTAGTAATATTTATGCATTTTGTGAAATTAGTCACTCAAATACACCACAAATCTACTTAGCAATTTTAACAATTACTATGTATCTGTAATTGCTGAAAGAATTTACACAGGGGATGATACTCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506229 130 +  48394510 TAAAAATGTAGTAATATTTATGCATTTTGTGACATTAGTCACTCAAATACACTATAAATCTACTTAGCAATTTTAACAATTGCTATATATCTGTAATTGCTGAAAGAGTTTACACAGGGGATGATACTCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166305705 130 - 196418989 TAAAAATGTAGCAATATTTATGCATTTTGTGACATCAGTCACTCAAATATACTACCAATCTAATTAGCAACTTTAACAATTGCTATGTATCTGTAATTGCTGAAAGAATTTACACAGGGGATGATACTCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1505.000000
s hg19.chr21     18166836  84 +  48129895 CTGTAGAAAGAAGAAGTTTTAAATTACTAT------------------------TCATTTTATGATTGAAGCCCAATGTCTTAATTGATAGATAACAAG--TTTTTTCAA
s panTro2.chr21  16898329  81 +  46489110 GTGTAGAAAGAAGAAGTTTTAAATTACTAT------------------------TCATTTTATGATTGAAGCCCAATGTCTTAATTGATAGATAA---G--TTTTTTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506359 107 +  48394510 CTGTAGA---AAGAAGTTTTAAATTACTATTCATTTTATGATTTTAAATTACAATCATTTTATGATTGAAGCCCAATGTATTAATTGATAGATAATAAGTTTTTTTTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166305835  77 - 196418989 CTGCGGAAAGAAGAAGTTTTAAATTACTAT------------------------TCATTTTATGATTGAAGGTGAATGTCTTCATAG-----TAATT----TTTTTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1029977.000000
s hg19.chr21     18166920 105 +  48129895 TAATTTACCTTCCTGAAAACCATACATTCTCATTCAGTGACAAAGCTCAGTGTAGCAAATTTGTGTACCATTTAACAGAAAAGTTTTGTAGTGCTCTAGGTATAA
s panTro2.chr21  16898410 105 +  46489110 TAATTTACCCTCCTGAAAACCGTACATTCTCATTCAGTGACAAAGCTCAGTGTAGCAAATTTGTGTACCATTTAACAGAAAAGTTTTGTAGTGCTCTAGGTATAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506466 105 +  48394510 TAATTTACCTTCCTGAAAACCGTACATTCCCGTTCAATGACAAAGCTCAGCATAGCAAATTTGTGTACCATTTAACAGAAAAGTTTTGTAGTGCTCTAGGTATAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166305912 105 - 196418989 TAATTTACCTTCCTGAAAACTGTGCATTCTCATTCAATGACAAAGCTCAGTGTAGCAAATTTGTGTACCATTTAACAGAAAAGTTTTGTAGTGCTCTATGTATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=103624.000000
s hg19.chr21     18167025 24 +  48129895 TATGGAAGCCCATAAATAAATGTA
s panTro2.chr21  16898515 24 +  46489110 TATGGAAGCCCATAAATAAATGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506571 20 +  48394510 TATGGAAGTCCATAAATAAG----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166306017 24 - 196418989 TATGGAAGTCCATAAATAAATGTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=523983.000000
s hg19.chr21     18167049 51 +  48129895 TTTATTCTTTCCCTGCTTCCTAGACACATTTTTGCTTCTCTTTCCATGACA
s panTro2.chr21  16898539 51 +  46489110 TTTATTCTTTCCCTGCTTCCTAGACACATTTTTGCTTCTCTTTCCATGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506591 46 +  48394510 -----TCTTTCCCTGCTTCCTAGACACATTTTTGCTTCTCTTTCCATGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166306041 51 - 196418989 TTTATTCTTTCCCTGCTTCCTAGACACATTTTTGCTTCTCTTTCCATGATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18167100 33 +  48129895 GTACTGAAAAACTTTCAGTTAACCAATAATTTC
s panTro2.chr21  16898590 33 +  46489110 GTACTGAAAAACTTTCAGTTAACCAATAATTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506637 33 +  48394510 GTACTGAAAAACTTTCAGTTAACCAATAATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=374089.000000
s hg19.chr21     18167133 36 +  48129895 CATTAGAAAATCATCTTCCTCATGGAAAACTAAAAT
s panTro2.chr21  16898623 36 +  46489110 CATTAGAAAATCATCTTCCTCATGGAAAACTAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=573727.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=599645.000000
s hg19.chr21     18167275 95 +  48129895 TTACCAAGCTTTCAAAAAAATCTTGAAGAATAGCCAAATGTTTTAGGAGACTCAGAAGTAATTGAGCTcagaatcaaggacagagttctgtggca
s panTro2.chr21  16898739 94 +  46489110 TTACCAAGCTTTCAAAAAA-TCTTGAAGAATAGCCAAATGTTTTAGGAGACTCAGAAGTAATTGAGCTcagaatcaaggaccgagttctgtggca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506812 95 +  48394510 TTACCAAGCTTTCAAAAAAATCTTGAAGAATAGCCAAATGTTTTAGGAGACTCAGAAGTAATTGAGCTcagaatcaaggacagagttctgtggcg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166306267 95 - 196418989 TTACCAAGCTTTCAAAAAAATCTTGAAGAATAGCCAACTGTTTTAGGAGACTCAGAAGTAATTGAGCCcagaatcaaggacagagttctgtggca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=270814.000000
s hg19.chr21     18167370 54 +  48129895 tacactggagatctccTGGTGGACTCACTGCCTAAGtcatttgttcaaaaaata
s panTro2.chr21  16898833 54 +  46489110 tacactggagatctccTGGTGGACTCACTGCCTAAGtcatttgttcaaaaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506907 54 +  48394510 tacactagagatctccTGGTGGACTCACTGCCTAAGtcatttgttcaaaaaata
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166306362 54 - 196418989 tatactagagatatcctggtggactcactccctgagtcatttgttcaacaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=309596.000000
s hg19.chr21     18167424 61 +  48129895 tttgctgaatgcctactacggacactgctgtgctgggagctggtgaatcagcgatgaacTA
s panTro2.chr21  16898887 61 +  46489110 tttgctgaatgcctactacggacactgctgtgctgggagctggtgaatcagcgatgaacTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16506961 61 +  48394510 tttgctgaatgcctactatggacactgctgtgctgggagctggtgagtcagcgatgaacTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166306416 61 - 196418989 tttgctgaatgcctactatggacactgctgtgctgggagctggtgaatcagtgatgaacta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=66863.000000
s hg19.chr21     18167485 36 +  48129895 TGGGAGCTGGTGAGTCAGTGATGAACCGGACAGCCA
s panTro2.chr21  16898948 36 +  46489110 TGGGAGCTGGTGAGTCAGTGATGAACCGGACAGCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16507022 36 +  48394510 TGGGAGCTGGTGAGTCAGTGATGAACTGGACAGCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166306477 36 - 196418989 tggcagctggtgagtcagtgatgaactaggcagcCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=392232.000000
s hg19.chr21     18167521 71 +  48129895 AGTACTGACCTTTAAGAATCCTATGCAGTAACAGAAGAGAAAAATGATGACCAAGGACACAAGAAAAAAAT
s panTro2.chr21  16898984 71 +  46489110 AGTACTGACCTTTAAGAATCCTATGCAGTAACAGAAGAGAAAAATGATGACCAAGGACACAAGAAAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16507058 70 +  48394510 AGTACTGACCTTTAAGAATCCTACGCAGTAACAGAAGAGAAAAATGACGACCAAGGACACAAGAAAAAAA-
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166306513 69 - 196418989 AGTACTGACCTTTAAGAATCCTACACAGTAACAGAAGAGAAAAATGATGACCAAGGACACAAGAAAAAA--
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=238143.000000
s hg19.chr21     18167592 59 +  48129895 AATAATTGAACATTGTATTGAATGCAAGGAAGGAGATATCCACAAAGTTATGCTGCAGc
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16507128 59 +  48394510 AATAATTGAACATTGTATTGAATGCAAGGAAGGAGATATCAACAAAGTTATGCTGCAGc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=155861.000000
s hg19.chr21     18167651 35 +  48129895 agaaataaatgtaaatgtccttaaacata--tttttt
s panTro2.chr21  16899114 35 +  46489110 agaaataaatgtaaatgtccttaaacata--tttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16507187 37 +  48394510 aaaaataaatctaaatgtccttaaacatatttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-18526.000000
s hg19.chr21     18167686 37 +  48129895 aaagtttcaacttcaaaaatag--aaaaaaattaattga
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=27851.000000
s hg19.chr21     18167723 22 +  48129895 aactacagtgacaaaatttttc
s panTro2.chr21  16899186 22 +  46489110 aactacagtgacaaaatttttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18167745 78 +  48129895 gcctatctgataaaaattgaaaagtttgatagcacattctgtaagtaagaatgaaggaaaagggcattctgattgtaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=538891.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16507361 56 +  48394510 atataaatgaatttatcctgtgtggaacgcaatttagtagtatctatcaacataca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16507417 139 +  48394510 aaaatatacaacttttgtccctt-aattagaaataggaatatgacctattaaatttgttcttatttgtacaaaagagtgtcatgtacaggattattcaatgaaattgtgtttttagtgagagaagattggaaaaatatct
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166306867 138 - 196418989 aaaatatacaacttctgtcccttaaatcagaaatgggaatatgacctattaaatttgttcttatttgtac--aagagtgtcatacacaggattattcactgcaattgtgtttttagtgagagaagattagaaaaatatct
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a score=70708.000000
s hg19.chr21     18168018 23 +  48129895 aaacatgcatcaat----aaatggtca
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18170540 24 +  48129895 GAGAAGACAAAGTATTTATTACTC
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s hg19.chr21     18170564 14 +  48129895 CACTATTCATTGAG
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s hg19.chr21     18170578 34 +  48129895 AAAAACAGCCTTGAGCCTTGAAATGCCCTTGGCT
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a score=375544.000000
s hg19.chr21     18170612 30 +  48129895 AAATCTAAATTGTACAATTCATTTTTCTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=1076415.000000
s hg19.chr21     18170642 73 +  48129895 TGTTTGCATTTCTTAGAGCCAAGGTGTCTGCTTAATCTTTCTAATCACCAACTGGCTTTCTTGACATTATAGA
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a score=176507.000000
s hg19.chr21     18170715 91 +  48129895 AAATGTATTTTCTACATTTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaGAGGTACCACTCCTCAAATCATATAACAGAAAGGAAGCCTTAAAA
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a score=1462629.000000
s hg19.chr21     18170806 69 +  48129895 ATACCTGTCATCAAAGTCACATAAAACCCTGACAGCTTCAACCTCCTTTTAGTATTTGCCAGTGTCAGC
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a score=2050323.000000
s hg19.chr21     18170875 130 +  48129895 CTCATAAAAATGTGAAGGAAACCCATATTAATGTATCACGTTTACAAAATGGGCTTAATGGCCAATGCATTTTTGGAAGTAAATGGAAGAAGGAGAAAGAATATTAACCAAATTGCACTGGATGAGCAC-G
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s ponAbe2.chr21  16510402 131 +  48394510 CTCATAAAAATGTGAAGGAAACCCATATTAATGTTTCACGTTTACAAAATGGGTTTAATGGCCAATGCATTTTTGGAAGTAAATGGAAGAAGGAGAAAGAATATTAACCAAATTGCACTGGATGAGCACAA
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s rheMac2.chr3  166309847 129 - 196418989 ATCATAAAAATGTGAAGGAAACCCATATTAATGTATCACATTTACAAAATGGGTTTAATGGCCAATGCATTTTTGGAAGTAAACGGAAGAAGGAGAAAGAATATTAA-CAAATCGCACTGGATGAGCGC-A
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a score=565360.000000
s hg19.chr21     18171005 67 +  48129895 AAAAAATCATAATGGATTAAAGAAGGAATAAAAATCAGAAATGTAACTTCTGGCAATGACTTTACTA
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a score=225737.000000
s hg19.chr21     18171072 37 +  48129895 AAAGGTTTCCTTTCCTCTTAGTATTGCTAAAGTCCTC
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s panTro2.chr21  16902568 119 +  46489110 TCATGAAAGCCAAATATATACTTTCATATAACCAAGATAATGAAACTAGGCACCAAAGCAAATAAAAAATACTTCCTTAATTACTGGGCTTAACATTTCACATTGGCTCAGCCAAATCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16903799 43 +  46489110 acaagcacacccaaatctcagcagcttttcaaaacacaagttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16511906 82 +  48394510 atttttcattctccttgtccgtgccttgaaggttagcatgcagactctgctcatcacagtcattcatgctccaggtgattaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166311350 80 - 196418989 atttttcat--tccgtgtctgtggcttgaaggttagcctgcagactctgttcatcgtaggcattcatgctccaggtgatgaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18172466 102 +  48129895 atctccatctcaacacatgttctcatgtggctgagaccaaaacaaaacaaa--aaaaag-aaata-----aaacaaatatcttgtttaactttctgtccagaaatgaccg
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16511988 109 +  48394510 atttccatctcaacacatgttctcatgtggctgagaccaaaacaaaacaaaacaaaaag-aaatataacaaaacaaatatcttgtttaactttctgtccagaaatgacca
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166311430 104 - 196418989 atctccatctcaatacatgttctcatgtggttgagaccaa---aaaaaaaa--agaaag-aaatataacaaaacaaataccttgtttaactttctgtccagaaatgacta
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16904456 20 +  46489110 GGATATTGGTCACACTTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16512521 20 +  48394510 GGATATTGGTCACACTTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166311957 20 - 196418989 AGATATTGGTCATACTTCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=204208.000000
s hg19.chr21     18173012 52 +  48129895 TGCATAAAATGTGGAAAGATGTTATCAGTGTATCCAGGAAGTAATGTGCCCT
s panTro2.chr21  16904476 52 +  46489110 TGCATAAAATGTGGAAAGATGTTATCAGTGTATCCAGGAAGTAATGTGCCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16512541 52 +  48394510 TGCATAAAATGTGGAAAGATATTATCAGTGTATCCAGGAAGTAATGTGCCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=35803.000000
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s panTro2.chr21  16904528 16 +  46489110 ACCCAATACATCCCAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16512593 16 +  48394510 ACCCAATACATCCCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16904544 44 +  46489110 AGAGAAACAAGAATACATTGTCTAATTTCCATTTCCTTTTTGAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=200447.000000
s hg19.chr21     18173124 45 +  48129895 ACATCTGTGAACTTTATGAGGTCAAGTGCCCTGTTTGTGTCTAAC
s panTro2.chr21  16904588 45 +  46489110 ACATCTGTGAACTTTATGAGGTCAAGTGCCCTGTTTGTGTCTAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16512653 45 +  48394510 ACATCTGTGAACTTTATGAGGTCAAGTGCCCTGTTTGTGTCTAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 M 294
s rheMac2.chr3  166312089 45 - 196418989 ACATCTGTGAACTTTAGGAGGTTGAGTGCCCTGTTTGTGCCTAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=365663.000000
s hg19.chr21     18173169  75 +  48129895 CTAAAACCTCTTGATGTGTGTATGTCAAAAAAGGCCAACAGTGTACCTGCAAAAATAATAATCTTGTGTATGAAT
s panTro2.chr21  16904633  75 +  46489110 CTAAAACCTCTTGATGTGTGTATGTCAAAAAAGGCCAACAGTGTACCTGCAAAAATAATAATCTTGTGTATGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312134  75 - 196418989 CTAAGACCTCTTGATGTGTGTAGGTCAAAAAAGGCCAACAGTGTATCTGTAAAAATAGTAATCTTGTGTATGAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=-9442.000000
s hg19.chr21     18173244   8 +  48129895 T-ATATGTT
s panTro2.chr21  16904708   8 +  46489110 T-ATATGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312209   9 - 196418989 TAATATGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16512698 294 +  48394510 M

a score=28971.000000
s hg19.chr21     18173252  23 +  48129895 CTGGATGAATCCAAACAAAAAAT
s panTro2.chr21  16904716  23 +  46489110 CTGGATGAATCCAAACAAAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312218  22 - 196418989 CTGGATGAATCCAAAC-AAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16512698 294 +  48394510 M

a score=441884.000000
s hg19.chr21     18173275  53 +  48129895 TTCACTCATAAAACCTCCCAGTAATGAATACAAGCTGTACTGACTTAAACAAA
s panTro2.chr21  16904739  53 +  46489110 TTCACTCATAAAACCTCCCAGTAATGAATACAAGCTGTACTGACTTAAACAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312240  53 - 196418989 TTCACTCATAAAATCTCCCAGTAATGAATACAAGCTGTACTGACTTAAACAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16512698 294 +  48394510 M

a score=1181067.000000
s hg19.chr21     18173328 131 +  48129895 GTGTGGATAGGATGCAGTATGTTCAAATTTAACAGTAGGAAAATCACTTAACTGAAGATCACATTCCTACCTAGTGCCATGATTCATTCACACATGGTGTGGAGAGTCACTGGTTCCAAGATGATCTTCCC
s panTro2.chr21  16904792 131 +  46489110 GTGTGGATAAGATGCAGTATGTTCAAATTTAACAGTAGGAAAATCACTTAACTGAAGATCACATTCCTACCTAGTGCCATGATTCATTCACACATGGTGTGGAGAGTCACTGGTTCCAAGATGATCTTCCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312293 131 - 196418989 GTGTGGGTAGGATGCAGTATGTTCAAATTTAACAGTAGGAAAATCACTTAACTTAAGATCACATTCCTACCTAGTGCCATGATTCACTCACACAGGTTGTGGAGAGTCACTGGTTCCAAGATGGTCTTCCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16512992 105 +  48394510 --------------------------ATTTAACAGTAGGAAAATCACTTAACTGAAGATCACATTCCTACCTAGTGCCATGATTCATTCACACTTGGTGTGGAGAGTCACTGGTTCCAAGATGATCTTCCC
i ponAbe2.chr21 M 294 C 0

a score=335197.000000
s hg19.chr21     18173459 69 +  48129895 GAACAGTGAGCGTATTACAAGAATTACAAAGGGTAGGAGATA----------GGTCCTTCTTTCCTCTATTAGTACTAT
s panTro2.chr21  16904923 69 +  46489110 GAACAGTGAGCGTATTACAAGAATTACAAAGGGTAGGAGACA----------GGTCCTTCTTTCCTCTATTAGTACTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312424 79 - 196418989 AAATAGTGAGGGTATTACAAGAATTACAAAAGGTAAGAGACATATATACTGGATTCTTTCTTTCCTCGATTAGCACTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16513097 69 +  48394510 GAACAGTGAGCGTATTACAAGAATTACAAAGGGTAGGAGACA----------GGTCCTTCTTTCCTCTATTAGTACTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=305842.000000
s hg19.chr21     18173528 51 +  48129895 CTTTAAAAAGTAATTACAAAGCATTGCAGATATTCTAGAATGGGGAAAAAA
s panTro2.chr21  16904992 51 +  46489110 CTTTAAAAAGTAATTACAAAGCATTGCAGATATTCTAGAATGGGGAAAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312503 51 - 196418989 CTTTATAAGGTAATTACAAAGCACTGCAGATATTCTAGAATGGGGAAAAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=357367.000000
s hg19.chr21     18173579 53 +  48129895 GTAAGTCTATGCTTACTTTTATACAGTCATTCTTAGTTACTTGATTTTTCTAT
s panTro2.chr21  16905043 53 +  46489110 GTAAGTCTATGCTTACTTTTATACAGTCATTCTTAGTTACTTGATTTTTCCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312554 53 - 196418989 GTAAGCCTATGCTTACTTTTATACAGTCAACCTTAGTTACTTGATTTTTCCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16905096 66 +  46489110 AGAATGAAATCTTTTCTGTTTTCCTTGTAGCTTCATATATAATTTCTGAGATATATAATGGGAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312673 150 - 196418989 GTAAATACTCCAGTAATCATCTCCAAACATCACAGCTTCTGCCAAAAGGATTAGCATATCCGTTATCCTGCCTTACAGGGTGTACCTCTACTGTGATTCCACCTGGACATTCAGACATAACTGAGCAATTTGGGGATTATTAATGAGACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=535382.000000
s hg19.chr21     18173848 85 +  48129895 aaactgaaaaacatctatttgcatggagagtgagaatcctctgaggagagacctactcttgaggtaacaggaactttggaatcct
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312823 85 - 196418989 AAACTGAAAAACATCTATTTACATGGAGAGTGAGAATCCTCTGAGGAGAGACCTATTCTTGAGGTAACATGAATTTTGGAATCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=599843.000000
s hg19.chr21     18173933 90 +  48129895 gagtctgagctagttataagaacttagttgtcagaagggaatagagattcttagtaccatacaatggctCGTGTATAAGTCTGATGCTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16513571 90 +  48394510 gagtttgagctagttataagaacttagttgtcagaagggaatagagattctcaatacCATACAACGGCTCGTGTATAAGTCTATTGCCGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166312908 88 - 196418989 GAGTTTGAGCTAGTTATAAGAACTTAGTTGTCAGAAGGAAATAGAGATTCTGAGCACCATACAATGGCTCTTGTGTAAG--TGATGCTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209077.000000
s hg19.chr21     18174023 57 +  48129895 GATACACACTTGCATGCATATCTATATACCAGAGAGAGAAGCCTTGAAGTATAGCTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16513661 57 +  48394510 GACGTGCACTTGCATGCATATCTATATACCACAGAGAGAAGCCTTGAAGCATAGCTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=32574.000000
s hg19.chr21     18174080 22 +  48129895 AAGGCTTCCTCACAGTGTAATG
s rheMac2.chr3  166313053 22 - 196418989 AAGGCTTCCTCACCGTGTAATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16905544 22 +  46489110 AAGGCTTCCTCACAGTGTAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-9165.000000
s hg19.chr21     18174102 40 +  48129895 TTAAAGTATATTTTTAGGCTTCTCTCTTCCTAGCATAAGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16513740 40 +  48394510 TTAAAGTATATTTTTAGGCTTCTCTCTTCCTAGCATAAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166313075 40 - 196418989 TTAAAACATATTTTTAGGCTTCTCTCTTCCTAGCATAAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=536668.000000
s hg19.chr21     18174142 126 +  48129895 GGCAGGTTTACGGAACTCTGTCACACACCAGTGCCCAAGAAACTATGCTCAGATCTCACAAAGAAGAGAGGAATTTTCTCTAACTCCTTCATGATCTCCACAGGCTTTGAGATCCCATGGGCTCAA
s rheMac2.chr3  166313115 126 - 196418989 GGAAGGTTTACTGAACTGTGTCACACACCGGTGCCCAAGAAACTATGCTCAGATCTCACGAAGAAGAGAGGACTTTTCTCTATCTCCTTCATGATCTCCACAGGCTTTGAGATCCCATGGGCTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16513780 126 +  48394510 GGCAGATTTACAGAACTCTGTCACACACCAGTGCCCAAGAAACTATGCTCAGATCTCACAAAGAAGAGAGGACTTTTCTCTAACTCCTTCATGATCTCCACAGGCTTTGAGATTCCATGGGCTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16905606 126 +  46489110 GGCAGGTTTACGGAACTCTGTCACACACCAGTGCCCAAGAAACTATGCTCAGATCTCAAGAAGAAGAGAGGAATTTTCTCTAACTCCTTCATGATCTCCACAGGTTTTGAGATCCCATGGGCTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=214582.000000
s hg19.chr21     18174268 31 +  48129895 GAAACAAATGAAAGAGAACATCTCTGCCCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166313241 31 - 196418989 GAAACAACTGAAAGAGAACATCTCCGCCCAG
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a score=95919.000000
s hg19.chr21     18174299 31 +  48129895 CCATAGAAGAAACTACCAGACTCTGAAGTGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16513937 31 +  48394510 CCATAGAAGAAACTACCAGACTCTGAAGTGG
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s rheMac2.chr3  166313272 31 - 196418989 CAATAGAAGAAACTACCAAACTCTGAAGTGG
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a score=472415.000000
s hg19.chr21     18174330 143 +  48129895 AACCAC-TTATACCAGTGCAT-CTACACCAAAAGGTGGAATGAGAGTGGCTGCTTTTCTGGCAGCGTGGAGACGAACATTAGAAAGAAGATGCTGGATTTGGGTAGCATGAAGCAGTGACCGTGTGCCCCACACCCAGTGAGCAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16513968 145 +  48394510 AACCACATTATACCAGTTCATGCTACACCAAAAGGTGGAATGAGAGTGGCTGCTTTTCTGGCAACACGGAGACAAACATTAGAAAGAAGATGCTGGCTTTGGGTAGCATGAAGCAGTGACGGTGTGCCCCACACCCAGTGAGCAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166313303 145 - 196418989 AACCACGTTATACCAGTGCATGCTACATCAAAAGGTGGAATGAGAATGACCACTTTTCTGGCAGTGTGGAGACAAACGTTAGAAAGAAAATGCTGGATCTGGGTAGCATGAAGCAGTGACGGTGTGCCCCACACCCAGTGAGCAG
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a score=810781.000000
s hg19.chr21     18174473 235 +  48129895 CAAGAACCCCCTCTAGGACTGGTGGAGCTGGAACCATCATTAAAGGATAAACTGCTCATCTCAAACCAGAGGCAATTAAGTGACAGAGGGTTCTCGATCCGACGACTCTCAGCTTTTGACAGTGGCCATAGCAATAAAAACAGCTATGCCATGCAGAATTGTCTTTGGCATTGTCAGTCATGTGTCTACACTTGTACCTACTGCTGAACATTTGACAGACCCTCGGAGACTAACA
s panTro2.chr21  16905938 235 +  46489110 CAAGAACCCCCTCTAGGACTGGTGGAGCTGGAACCATCATTAAAGGATAAACTGCTCATCTCAAACCAGAGGCAATTAAGTGACAGAGGGTTCTAGATCCGATGACTCTCAGCCTTTGACAGTGGCCATAGCAATAAAAACAGCTATGCCATGCGGAATTGTCTTTGGCATTGTCAGTCATGTGTCTACACCTGTACCTACTGCTGAACGTTTGACAGACCCTCGGAGACTAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16514113 223 +  48394510 CAAGAACCCCCTCTAGGACTGGCGGAGTTGGAACCGTCATTAAAGGATAAACTGCTCATCTCAAATCAGAGGCAATTAAGTGACAGAGGATTCTAGATCTGACGACTCTCAGCCTTTGACAGTGGCCATAGCAATAAAAACAGCTATGCCATGCAGAATTGTCCTTGGCATTGTCAGTCA------------TGTACCTACTGCTGAACGTTTGACAGACCCTCAGAGACTAACA
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s rheMac2.chr3  166313448 229 - 196418989 CGGGAACCCCCTCTATGACTTGAGGAGTTG------TCATTAAAGGATAAACCGCTCATCTCAAACCAGAGGCAATTAAGTGACAGAGGGTTCTAGATCTGATGACTCCCAGCCTTTGGCAGTGGCCACAGCAATAAAAACAGCTATGCCATGCAGAATTGTCTTTGGCATTGTCAGTTATGTGTTTACATTTGTAAATACTGCTGAACGTTTGACAGACCTTTGGAGACTAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=544514.000000
s hg19.chr21     18174708 52 +  48129895 TATATGAGTCTAGAGTCTTTGCAGGAAACTAAAGTACATGTGTTATCAGTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16515031 35 +  48394510 caataaacatttgttgaatgGTGGAATCACATTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166314412 137 - 196418989 TTATGAATGTAGTTTGGGATTAAACTTATATATCACCTGATATGCATCTCTAAATGATACATAAATTGCCTTCATGTTCCTC-AATTGATAAATTCAGTCCCTAAAACCAAGAAAAGGTATGAATGCAACTGCATCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16515204 123 +  48394510 TAAGGCTTTTAATTCTAATGTGTATTCTTTTATCTGAAaaagaattcctgcttatacagagctggaaatttgcctctctgaaacattaca-tattaggtttagtgagtttctataaagcattac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166314549 123 - 196418989 TAAGGCTTTTAATTCTAATGTGTATTCATTTATCTGAAaaagaattcctgcttatacagagctggaaatgtgcctctctgaaacattaca-tattagacttagtgagtttctataaagcattac
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16907158 58 +  46489110 agagaaagcctgccacacaacctatataagataacttcaaatatttcaacacagccat
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16515327 57 +  48394510 agagaaagcctg-gacacaacctatataagataacttcgaatatttcaacacagccat
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16907216 145 +  46489110 tgtgtgccctcttaggagtctcttttcagtgtaacattggtttctttttcaatcattctttccacacatttgaccatttatttaagccattctttcctccattgtatctaatttgtcatgaccttcttgaattatgattctcaga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16515384 145 +  48394510 tgtgtgccctcttaggggtctcttttcagtgtaacattagtttctttttcaatcattctttccacacatttgaccatttatttaagccattctttcctccattgtatctaatttgtcatgaccttctcgaattatgattctcaga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166314730 145 - 196418989 tgtgtgccctcttaggggtctcttttcaatgtaacgttggtttctttatcaatcatcctttccacacatttgaccatttacttaagccattctttcctccattgtatctaatttgttgtgaccttcttgaattatgattctcaga
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=543101.000000
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s panTro2.chr21  16907361  99 +  46489110 attgaatacagagttataaatataaactcatcagcATTCATTGttcaaaccttcaataa-tatttaatgtacg-cccactataatccagctagtgtagtga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16515529 100 +  48394510 attgaatacacagttatatatataaactcatcagcATTCATTGttcaaaccttcaataa-tatttaatgtacaccccactataagccagctattgtagtaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166314875 100 - 196418989 attgaatacaGAGTTATACACATAAACTCATCAGCATTCGTTGttcaaaccttcaataagtatttaatgtatg-cccactataaggcagctattgtagtaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=951299.000000
s hg19.chr21     18175994 118 +  48129895 gcactagtggttaaacaagaaagacatagtctttacttgccttaggaagcttggagtcAAAGATGATGCCAAGATTGTAGTGGAGATAACCATATTAATACTAAATTATAAGTTTAGT
s panTro2.chr21  16907460 118 +  46489110 gcactagtggttaaacaagaaagacatagtctttacttgccttaggaagcttggagtcAAAGATGATGCCAAGATTGTAGTGGAGATAACCATATTAACACTAAATTATAAGTGTAGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16515629  94 +  48394510 gcactagtggttaaacaagaaagacatagtctttacttgccttaggaagcttagagtccaAGATGACGCCAAGATTGTAGTGGAGATAACCATA------------------------
i ponAbe2.chr21 C 0 I 480
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=401004.000000
s hg19.chr21     18176112  92 +  48129895 AAGATTACAATTACAATAGATGGATCAAATGTTTATCTATGGGCATCACAATTATATTATGAAAATCAAATATCATGTTTGCATTTTTAACA
s panTro2.chr21  16907578  88 +  46489110 AAGATTACAATTACAATAGATGGATCAAATGTTTAT----GGGCATCACAATTATATTATGAAAATCAAATATCATGTTTGCATTTTTAACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166315093  90 - 196418989 GAGATTATAATTAGAACAGATGGATCAAATGTTTATCTATGGGCATCACAATTATATTGTAAAAATC--ATATCATGTTTGCATTTTTAACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16515723 480 +  48394510 I

a score=140111.000000
s hg19.chr21     18176204  25 +  48129895 TCACattaaaatttttattaaaata
s panTro2.chr21  16907666  25 +  46489110 TCACattaaaatttttattaaaata
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166315183  25 - 196418989 TCACattaaaatttttattaaaata
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16515723 480 +  48394510 I

a score=442001.000000
s hg19.chr21     18176229  61 +  48129895 aatGTAGCGATCATCTCTGTTTTCATATATTTGGCTAATAAAGCCATTCAGAAAATTAGGC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166315208  61 - 196418989 aGTATAGTGATCATCCCTGTTTTCATATATTGGGCTAATAAAGCCAGTCAGAAAATTAGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16515723 480 +  48394510 I

a score=315961.000000
s hg19.chr21     18176290 42 +  48129895 ACACTTGACATTGATTTTCTCAGAATGAAGAAAAGAAGAAAA
s panTro2.chr21  16907752 42 +  46489110 ACACTTGACGTTGAATTTCTCAGAATGAAGAAAAGAAGAAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166315269 42 - 196418989 ACACTTGATGTTGAATTTCTCAGAATGAAGGAAAGAAGAAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16516203 24 +  48394510 ------------------CTCAGAATGAAGGAAAGAAGAAAA
i ponAbe2.chr21 I 480 C 0

a score=550785.000000
s hg19.chr21     18176332 125 +  48129895 TACAGAAAAGCAAAAGTCTGAGTTAAAAAATGATATAAAAGCTCTGGAGTGCTGATAAATTGTAGCTTGCAAAAAGAAAGGATATGCTTAAACAAAGATCCAAAAGTCCAGAAAACATATACtta
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166315311 124 - 196418989 TACAGAAAAG-AAAAGCCTAAGTTAAAAAATGATATAAAAGTTCTGGAGTGCTGATAAATTGTAACTTGCAAAAAGAAAGCATGTGCTTAAACAGAGATCCAAAAGTCCAGAAAACATATACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16516227 125 +  48394510 TACAGAAAAGCAAATGTCTGAGTTAAAAAATGTTATAAAAGCTCTGGAGCACTGATAAATTGTAACTTGCAAAAAGAAAGCATATGCTTAAACATAGATCCAAAAGTCCAGAAAACATATACtta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

a score=204175.000000
s hg19.chr21     18176457 54 +  48129895 aaaaacaaaaa-aaattatttttctttaaaacaatatttttaCAGTAGACAGAAT
s panTro2.chr21  16907919 53 +  46489110 aaaa-caaaaa-aaattatttttctttaaaacaatatttttaCAGTAGACAGAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18182933 55 +  48129895 TTTCCAACTCTCAAAGAGTTTCATGGAAATACACACACACTAAAAGGACAAATTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16522823 55 +  48394510 TTTCCAGCTCTCAAAGAGCTTCATGGAAACACACACACACTAAAAGGACAAATTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18183026 71 +  48129895 CCTTGCTGGCTGTTTAagcatcatctgaagagtttgataaatatgcagatttttgagtcctaattttggaa
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18183097  58 +  48129895 attctattttagcaaagctATACAGCCAGGTTCTTAAAATATCATTATAGACAACCGG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166322005  58 - 196418989 attctattttagcaaagctATACAGCCAGGTTCTTAAAATATTATGATAGGCAGTTGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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a score=-99305.000000
s hg19.chr21     18183155  24 +  48129895 GTTCTAGAAATACATACACAAAAA
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a score=-59985.000000
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a score=-64908.000000
s hg19.chr21     18183206  22 +  48129895 AGGGATCATCATAGGCAAAATG
s panTro2.chr21  16914675  22 +  46489110 AGGGATCATCATAGGCAAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=-33201.000000
s hg19.chr21     18183228 56 +  48129895 AAAAAAAAAAAA-GATGGCTGTATGAGTGATTCCCCTTACACCTCCCTCTTGGTTCT
s panTro2.chr21  16914697 57 +  46489110 AAAAAAAAAAAAAGATGGCTGTATGAGTGATTCCCCTTACACCTCCCTCTTGGTTCT
i panTro2.chr21 C 0 I 3
s ponAbe2.chr21  16523077 56 +  48394510 AAAAAAAAAAAA-GATGGCTGTACAAGTGATTCCCCTTACACCTCTCTCTTGGTTCT
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i rheMac2.chr3  I 5 I 3

a score=232350.000000
s hg19.chr21     18183284 33 +  48129895 AATTTTGTCTTCACCACAGCCTCCAGGGGCACA
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s ponAbe2.chr21  16523136 33 +  48394510 AATTTTGTCTTCACCACAGCCTCCAGGGGCACA
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a score=-59231.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16524090 37 +  48394510 ATTATTTATCTGTTTACACATTTTCACACAATTTTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s hg19.chr21     18184277 88 +  48129895 CCCTATGCTATGGACTTCTCACTCTACAGTCTAGGTTCAGCACTATCTCTTTCATTCTCTTATTTTTTCTTGAAAATGAATATCATGA
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s hg19.chr21     18184365 116 +  48129895 CCTATGACTCCCAATAGCTATCTTCCTATTGCTGATAGAATTATTTGCTGACAAATTATTTGGATGACTTTACATCCAAAGCATATGTTTTCTTTTTCCAGCCTCTTACACATTGC
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a score=1065786.000000
s hg19.chr21     18184481 76 +  48129895 CATCTGGTGTCTGTTCCTGCCTTATCTCCATCTACATGATCTCTTAGACCTCTTTGATGCATTAAAAAATATAAAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=373151.000000
s hg19.chr21     18184557 31 +  48129895 CCTGCTTTATTAAAGACCATGAAACCCTTTC
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a score=499020.000000
s hg19.chr21     18184588 57 +  48129895 AGTAAACTTACCTCCTTCCTAGTTTGCTTAAACCAAGTGGAGCAGGATTATATTATG
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a score=620708.000000
s hg19.chr21     18184645 126 +  48129895 AAGAAAAGTAGTACCAGTAAGACTAGGTACAAATTGGAAAGCAGCTGCCCTCCCAATTCAAGGTAACATACTTTTATTGTGGCCTTTCTGTGTCCCAGAGATTTTGTTTAAATGCTAGATAAACAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s rheMac2.chr3  166323549 126 - 196418989 AAGAAAGGTAGTACCAGTAAGACTAGGTACGAATTGGAAAGCAGCTGCCCTCCCAATTCAAGGTAACATACCTTTATTGTGACCTTTTTATGTCCCAGAGATTTTGTTTAAATGCTAGATAAACAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-49270.000000
s hg19.chr21     18184771 78 +  48129895 GTTAGGGGAAAAAGATAAATTGTTGAATTCTTGAATGATTGAGAAATTCTTGAATGATTGAGAATTTCTTGAAAAGAA
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s rheMac2.chr3  166323675 59 - 196418989 GTCAGGGAAAAAAGATAAATTGTTGAATTCTTGAATGATTGAGAAA-------------------CTCTTGAAAAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=184051.000000
s hg19.chr21     18184849 27 +  48129895 CATGAAATTCTAAGGAAAGCTTTATCT
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a score=469538.000000
s hg19.chr21     18184876 62 +  48129895 GGGTGAACCTGAGTTCTAAAACTCCATTTGCAAAGACCTAACAGAAATATCTTGCCATAATC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 I 868 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0

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s ponAbe2.chr21  16532391 43 +  48394510 ATTGAGAAAGATTGCTGGAAGGAAATACTGTTCAACCATGATC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16541198 32 +  48394510 AATCCATACTCAAAGTTTTCATTAGCACCTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16931979 32 +  46489110 AATCCATACTCAAAGTTTTCATTACCACCTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=390041.000000
s hg19.chr21     18200555 71 +  48129895 ACATAGAAGACTCTCAACTTTTATTCCTAGCTCAAGATCCACATATACGATGGTGTCTTCAACATCTCCAC
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=397560.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16541327 75 +  48394510 TATATCCATGCTTTTCCTTCTTGCTGGCCCTCAGTCTGCTCTTCTGTGTTTCTTTTACCCCCAAACAACATCACC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166339892 75 - 196418989 TATATCCGTGCTTTTCCTTATTGCTGGCCCTCAGTCTGGTCTTGTGTGTTTCTTTTACCTCCAAACAACATCACC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18200727 43 +  48129895 ACGTAT------ATGCCGATGAAAAACCCA-TATATGCTTGAAATTTGCC
s rheMac2.chr3  166339967 50 - 196418989 ACATATCCATACATGCCGATGAGAAACCCAATATATGCTTGAAATTTGCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16541402 44 +  48394510 ACATAT------ATGCCAATGGGAAACCCAATATATGCTTGAAATTTGCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=304673.000000
s hg19.chr21     18200770 56 +  48129895 TTTTTATCACCTATCATATCTAATCTATTACAATTCTTTTAAAATTATACATTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166340017 56 - 196418989 TTGTTATCACCTATCATATCTAATCTATTATAATTCTTTTAAAATTATACATTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16541582 132 +  48394510 AGTGTGCTGGTACTCAGTGCAGTATTAATGAGTTGTTACCTCACAAAATTAAAGATGAGCACGTTTCACTCTTCTTAGGAAATGTCTCGCAGAATAATTTGGGGGTAAACACTCATTTGGGGTGGAAAGGAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166340136 132 - 196418989 AGTGTGCTGGTACTCAGTGCAGTATTAATGAGTTGTTACCTCATAAAATTAAAGATGAGCACTTTTCAATCTTCTTAGAAAATGTCTTGCAGAATAATTTGGGGGTAAACACTCATTTTGGATGGAAAGAAG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166340345 37 - 196418989 AAAGAAAGGTGGAACTTTGATCACTTTATCTTTTAGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18201459 51 +  48129895 AACTCGTTTAAAGTTGTTGATTTATATGATGCCtttttttttttttttttt
s panTro2.chr21  16932916 45 +  46489110 AACTCGTTTAAAGTTGTTGATTTATATGATGC------ttttttttttttt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16542153 38 +  48394510 AACTCGTTTAAAGTTGTTGAATTATATGACGC-------------tttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166340707 22 - 196418989 AACTCCTTTAAAGTTGTTGATT-----------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18201510 234 +  48129895 ttttgagacagagactcgctcgtcgcccaggctggagtgcagtggcacgatctaggctcactgcaagctctgcctcctgggttcacactattctcttgcctcagcctcccaagtagctaggactacaggtgcccgccaccacaccctgctaaatttttttttttttttttttttttgtatttttagtaaagacggggtttcaccctgttagccaggatggtctcgatctcctga
s ponAbe2.chr21  16542191 225 +  48394510 ttttgagacagagtctcgctcgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttcacgccattttcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcgcccgccaccactcccggctaa---------ttttttttattttttgtatttttagtaaagacggggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctga
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16932961 223 +  46489110 ttttgagacagagtctcgctcgtcgcccaggctggagtgcagtggcacgatctaggctcactgcaagctccgcctcctgggttcacgccattctcttgcctcagcctcccaagtagctaggactacaggtgcccgccaccacaccctgctaa-----------ttttttcttttttgtatttttagtaaagacggggtttcaccctgttagccaggatggtctcgatctcctga
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s panTro2.chr21  16933184 51 +  46489110 cctcgtgatccgcccgtctcagcctcccaaagtgctgggattacaggggtg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166340729  0 - 196418989 C

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s hg19.chr21     18201795 51 +  48129895 aaccaTATATGATGCTTTTATAAACATATTATTTATTTTAGACTTTCAGCA
s rheMac2.chr3  166340729 46 - 196418989 -----TATATGATGCttttaaaaatatattatttattttaGACTTTCCACA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16542467 51 +  48394510 agccaTATATGATGCttttataaatatattatttattttaGACTTTCAGCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16933235 51 +  46489110 agccaTATATGATGCTTTTATGAATATATTATTTATTTTAGACTTTCAGCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=140080.000000
s hg19.chr21     18201846 43 +  48129895 GCCTTGGTGACATACATGCTTTCCACTTTAACGTGTTGCCTAG
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a score=-48382.000000
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=177583.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166341876 73 - 196418989 CATGGTCTAATGAAGAGAAAACCTATAAATGGATCAATGCAATTCAACAAAAAAGGTGCAGAGTTATGGGTAG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16548453 179 +  48394510 gggtacagtgttacttctatggtttcctttataaaaatgaataactgaatttaacatggggaaacatcagacaaaccaaagttgagaaatattctacgtaacaactggccagtacttttcaaacgtgtcaagggcatgaataataaagactgaagacctcttccagaatgagagat-----------------taa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166346719 192 - 196418989 gggtacagcatcacttctatggtttcctttataaaaaagaataactgaatttaacatggggaaatttcagacaaaccaaaattgagaagtattctacataataactgaccagtactt----aacatgtcaagggtatgaataataaagactgaagacctcttccagaatgagagattaaggagacatgacaactaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=308716.000000
s hg19.chr21     18207954 63 +  48129895 ctgcagtgtatggccctgtattgaatggtgagtcagaaagagaacactatagggcaaaagatg
s panTro2.chr21  16939395 63 +  46489110 ctgcagtgtatggccctgtattgaatggtgagtcagaaagagaacactatagggcaaaagatg
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16548632 63 +  48394510 ctgcagtgtatggccctgtattgaatggtgagtcagaaagagaacactatagggcaaaagatg
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166346911 63 - 196418989 ctgcaatgtatgaccatgtaatgaatggtgagtcagaaagagaacattatagggcaaaagatg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=107534.000000
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s panTro2.chr21  16939458 28 +  46489110 aaacttgaataaagcctacacattagtt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16939486 134 +  46489110 ggtagtatgttatcaatgttactagtgagattttgcaaattgtatgtgcttatgAATGtattgttaagaaattcattttctttatataaatttgtaattctaatgcaatctaactcaaaaccccagcatg----tttc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16548723 137 +  48394510 ggtagtatgttatcaatgttactagtgagattttgcaaactgtgtgtgcttatgaatgtattgttaagaaattcattttctttaaataaatttgtaattctaatgcaatctaactcaaaaccccagcatg-ttttttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166347002 138 - 196418989 gttagcatgttatcaatgttaacagtgagattttgctaattgtatgtgcttatgtCTGtattgtcaagaaattcattttctttaaataaatttgtaattctaatgcaatctaactcaaaaccccagcatgtttttttt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18208179 204 +  48129895 tttttgcagaaattgacaagttgattcaaaaatttatgtaaaaaccaaatgaacaagaatagactctttt-----aaaaaagag-aaaaaatggcggaacttaaatgatctcattttatgacttactacaaataaatagtaataaaagagggtggtattggag-aaaaaaatagacagataaataaatggaagacaatagatagcccagaa
s panTro2.chr21  16939620 204 +  46489110 tttttgcagaaattgacaagttgattcaaaaatttatgtaaaaaccaaatgaacaagaatagacgctttt-----aaaaaagag-aaaaaatggcagaacttaaatgatctcattttatgacttactacaaataaatagtaataaaagagggtggtattggag-aaaaaaatagacagataaataaatggaagacaatagatagcccagaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16548860 204 +  48394510 tttttgcagaaattgacaagttgattcaaaaatttatataaaaaccaaatgaacaagaatagactctttt----taaaaaagag-aaaaaatggcagaacttaaatgatctcattttatgac--actacaaataaatagtaataaaagagggtggtattggagaaaaaaaatagacagataaataaatggaagacaatagctagcccagaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166347140 207 - 196418989 tttttgcagaaattgacaagttgattctaaaatttatataaacagcaaatgaacaagaatagactcttttttttaaaaaaagagaaaaaaatggtagaacttaaatgatctcatttcatgacttactaccaataaatagtaataaaagagtgtggtattggag---aaaaatag-caaatagataaatggaagacaatagatagcccagaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16549064 32 +  48394510 atagtcccaaatataattggctgattgatttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166347347 32 - 196418989 atagtcccacatataactggctgattgatttt
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

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s rheMac2.chr3  166347380 118 - 196418989 ggaaaaaaaaattacagaatttcaatggggtaaagaaatgccatttccaaaatgatgttgcaacaccttgctatttatacagaaagaaatggacattgacttttacctaacactgtat
i rheMac2.chr3  I 1 C 0
s ponAbe2.chr21  16549096 117 +  48394510 tgaaaaaaa-attaaagaatttcaatgggggaaagaaatgctgtttccaaaatgatgttgcaacaacttgatatttatatggaaaaaaatggacattgacttttacctaacactgttt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16939856 118 +  46489110 tgaaaaaaatattaaagaatttcaaagggggaaagaaatgctgtttccaaaatgatgttgcaacaacttgatatgtatatggaaaaaaatggacattgacttttacctaacactgcat
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=116390.000000
s hg19.chr21     18208533 55 +  48129895 acaacttttagctaaaagaatttcataattactatcaaaactaggaaactcctaa
s rheMac2.chr3  166347498 55 - 196418989 acaacatttagctaaaagaatttcatacttaatatcaaaactagaaaactcctaa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16549213 55 +  48394510 acaacatttagctaaaagaatttcatacttactatcaaaactaggaaactcctaa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16939974 55 +  46489110 acgacatttagctaaaagaatttcatacttactatcaaaactaggaaactcctaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=18664.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=684936.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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a score=466263.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166347877 14 - 196418989 TGCTTTAAATTCAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166347891 29 - 196418989 TTCTGTCTAAGCTGAATGTTTAGGAAGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=577911.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16549634 60 +  48394510 TACTTTCTACTCAATACACATAACATTCTCACTAAAGTTAAACCATATGGGAGTCATTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=621839.000000
s hg19.chr21     18209014 75 +  48129895 CACTGAACATATAAAGACTGGAAGGAGACAAAAAGCAATAAATTTCCTATTTTCTTTCATTTGAGGGCTTAGCAT
s panTro2.chr21  16940455 75 +  46489110 CACTGAACATATAAAGACTGGAAGGAGACAAAAAGCAATAAATTTCCTATTTTCTTTCATTTAAGGGCTTAGCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=656193.000000
s hg19.chr21     18209089 63 +  48129895 GACCAAGGCACCTGTTTTGTGGTAAGACAAAGGCTCAAAAGTGAAGTGTGGAAAAAGTTTTCA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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a score=584838.000000
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a score=147056.000000
s hg19.chr21     18209234 17 +  48129895 AGTAGCATGTAAACCTA
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s ponAbe2.chr21  16549931 135 +  48394510 AATTAGGCCTTTCTATAGCTGACTTATGCTCCTGAGAAAACATTTCTAGCAAATGGCAACATGTTGAACAAAAAAATCCCCCATTACATCTCTGACACTCTCACAGTATTTGTCAATTATTCCGCTCGACAGCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166348217 133 - 196418989 CATTAGGCCTTTCTACAGCTGACTTTTGCTCCTGAG-AAACATTTCTAGCAAATGGTAACGTGTCGAAC-AAAAAATCCCCCATTACATCTCTGACACTCTCACAGCGTTTGTCAATTATTTGGCTCAACAGCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=587799.000000
s hg19.chr21     18209386 34 +  48129895 ctcacaaagcttttgcacaagcagtttttcaaag
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a score=626539.000000
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s panTro2.chr21  16940902 217 +  46489110 A--CTCTTTATGTTAAAACATCAGAACACAGGAACTTCTATTTTTAAATAAACACAATTTAGATGTCACAG-ATCCTGCTGTGTATTTCTTAAAGTTTTCTTTTCCTTTTTGGTTAAAAGCTTTACGCTGTTTTCCGAAGAGCAAACCTATTCCAATATTAAAAGGTTCCAATTAGAAATGAAACTCCAAACCCATGGATTTTGAGAGGGCTCTGAACTT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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a score=356023.000000
s hg19.chr21     18211391 21 +  48129895 TCATCCTCCAAATATCTTCAT
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a score=253912.000000
s hg19.chr21     18211412 21 +  48129895 AGCTCAAAAAGACTTTACTCA
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a score=546238.000000
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a score=255054.000000
s hg19.chr21     18211566 37 +  48129895 tagtggtcacagaaaaaatgtttAACAGAACTAGAAA
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a score=200034.000000
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16943103 65 +  46489110 TTATTCCACAAATAAAATATGATGAGTTTAACAACTGTTTTTACTAGTAGAACATGTTTAAACCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16552355 65 +  48394510 TTATTCCACAAATAAAATATGATGAGTTTAACAACTGTTTTTACTAGTAGAACATGTTTAAACCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166350631 65 - 196418989 TTATTCCACAAATAAAATATGATGAGTTTAACAACTGCTTTTACTAGTAGAACATGTTTAAACCA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=159340.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16552496 141 +  48394510 TGAAAT--------------------GAGTAACTCTATCATATGTGTTTTTCCCCCTAAAAACCCAGA-CCAGGGCTACATATTAATTCTGTTGAACTAAGCTGAAATCAAATTAAGGAATTTAGAGTTTTCTTCATGAAAGATGGTCTTTGCCATTTAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16943244 141 +  46489110 TGAAAT--------------------GAGTAACTCTATCATATGTGTTTTTCCCCCTAAAAACCCAGA-CCAGGGCTCCATATTAATTCTGTTGAACTAAGCTGAAATCAAATTAAGGAATTTAGAGTTTTCTTCATGAAAGATGATCTTTGCCATTTAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16552651 41 +  48394510 TATGTCGATCACTTGACTTGATAATCCCTTTTTTAAAATTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166350932 41 - 196418989 TATGTTGATCACTTGACTTGATAATCCATTTTTTAAAATTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16552692 70 +  48394510 CCTATTAGCCAGCCGTTATTTGTGAGTTAAGAATTTTTT-ATCTTTATCTACGTAACTAGTACTTACATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166350973 70 - 196418989 CCTATTACATAGCCACTATTTGTGAGTTAAGAATTTTGT-ATCTTTATCTACCTAAGTAGTACTTATATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18212091 29 +  48129895 AAAAATGTCTTCGGTATTGAGGAGAAAAT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18212120 83 +  48129895 ACAACAGAAAAAGATAAAAAGCTCTCTGTGAATTAATTACACACAACATTAATTTTAAAAAGGAATATTGGTGAATTCAAAAT
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166351088 83 - 196418989 ACAACAGAAAAAGATAAAAAGCTCTCTGCGAATTAATTACACACAACATGAATTTTAAAAAGGAATATTGGTAAATTCAAAAT
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s hg19.chr21     18212203 115 +  48129895 TAAAAGAATATTATCAGCAACGTATTAGATTTCTTTATGTTTAAGAATAAAATGAGGATATTTTAGGAAGTAAGAACTTAGATTTGTGAAATTTGACCTTTCAGCAAAAAACAAA
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166351330 154 - 196418989 TCTAGATGTCAGATTGTATCAGACTGATAACATTTCAACCAGGGATATTGAAATTAGAAATGATGCCATCcagaataagcatccatcttgaagttcaaagatctgttttataatctagctcctgtcactcactagttgttgagtttgcatagtc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18212516 84 +  48129895 ttaatcactggctcttagtttctttcgatgtgattgagttatcaaatcagatgacctatcagttcctttctagctgtaaaattt
s rheMac2.chr3  166351484 84 - 196418989 ttaatcactggctcttagtttcttttgatgcgattgagttatcaaatcagatgatctatcagttcctttctagccttaaaattt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16553203 84 +  48394510 ttaatcactggctcttagtttctttcgatgtgattaagttatcaaatcagatgacctagcagttcctttctagccttaaaattt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16943952 84 +  46489110 ttaatcactggctcttagtttctttcgatgtgattgagttatcaaatcagatgacctatcagttcctttctagccgtaaaattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0

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s rheMac2.chr3  166351568 233 - 196418989 tCCAGTCTTTTAGAAGACCTCAATTCTACTTGGTAATGAAGAACTGATTAGGTATGGT--AAAGTTGTGTTTAGCATTAGAGTTTTCTTCTGTCATTACTATTATATTAGATGATTTATCAAGGGTGGTTTTGGAAAATTATGTCTGAAAGTAGACAGTGGAAAAAAGGTTATGAGAAATCCATTTGGTTTGGGGTTACCTGTTTATGTATATGAGTGTGTGTGTTATATGTGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16553287 235 +  48394510 tCCAATCTTTTAGAAGACCTCAATTCTACTTGGTAATGAAGAACTGATTAAGTATGGTAAAAAGTTACGTTTAGCATTAGAGTTTTCTTCTATTATTACTATTATATTAGATGATTTATCAAAAGTGGTTTTGGAAAATTATGTCTGAAAGTAGACAGTGGAAAAAAGGTTATGAGAAATCCCTTTGGTTTTGGGTTACCTGTTTTTGTATATAAGTGTGTGTGTTATATGTGTG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16944036 235 +  46489110 tCCAATCTTGTAGAAGACCTCAATTCTACTTGGTAATGAAGAACTGATTAAGTATGGTAAAAAGTTATGTCTAGCATTAGAGTTTTCCTCTATTATTACTATTATATTAGATGATTTATCAAAAGTGGTTTTGGAAAGTTATGTCTGAAAGTAGACAGTGGAAAAAAGGTTATGAGAAATCCATTTGGTTTTGCGTTACCTGTTTACGTATATGAGTGTGTGTGTTATATATGTG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=85780.000000
s hg19.chr21     18212835 17 +  48129895 CATTTTGTACGTTCTTC
s panTro2.chr21  16944271 17 +  46489110 CATTTTGTATGTTCTTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16553522 17 +  48394510 CACTTTGTATGTTCTTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166351801 17 - 196418989 CATTTTGTATGTTCTTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-21788.000000
s hg19.chr21     18212852 26 +  48129895 TGTTTGTTTATTTTTTTGACTTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s hg19.chr21     18212878 29 +  48129895 ATGCTCTTTAGCATTTCTTACATTCAGAG
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a score=4433591.000000
s hg19.chr21     18212907 159 +  48129895 TCTTTCAAGTGCCAAAAGAACCACATTTATGTGAAAAGATTTTTTTGGAGCATTTTTGCCAACCTTCATTTGAAGCTGGAGTTTACAAAATCTTCACAGAGCCTATTTTAATGAGGTTTCCAGCATTAATAAGAAGAGTGTGGTTGCTTAACTGAAATG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16553594 158 +  48394510 TCTTTCAAGTGCCAAAAGAACCACATTTATGTGAAAAGA-TTTTTTGGAGCATTTTTGCCAACCTTCATTTGAAGCTGGAGTTTACAAAATCTTCACAGAGCCTATTTTAATGAGGTTTCCAGCATTAATAAGAAGAGTGTGCTTGCTTAACTGAAATG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16944343 159 +  46489110 TCTTTCAAGTGCCAAAAGAACCACATTTATGTGAAAAGATTTTTTTGGAGCATTTTTGCCAACCTTCATTTGAAGCTGGAGTTTACAAAATCTTCACAGAGCCTATTTTAATGAGGTTTCCAGCATTAATAAGAAGAGTGTGGTTGCTTAACTGAAATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=2680060.000000
s hg19.chr21     18213066 99 +  48129895 ACCTGCCAAAACTTTCTTAGGTTCATCCATGGTTACACTGAATATTAAAACTACTGAATAATAGATTGAAACAAGAGCATAAACATTCATCTAGAAAAC
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s ponAbe2.chr21  16553752 99 +  48394510 ACCTGCCAAAACTTTCTTAGGTTCATCCATGGTTACACTGAATATTAAAACTACTGAATAATAGATTGAAACAAGAGCATAAACATTCATCTAGAAAAC
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a score=2020760.000000
s hg19.chr21     18213165 122 +  48129895 AGTGCATTTTCTTCAACCTTTTACATTAAGAACAAGTCTTCTCAGAGCATATGTAGCAACAACTAATAATTCTTATTAAGCAACATTTACCACAGGTATAATATGTGGTAGTTAATATTGTG
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166352129 122 - 196418989 AGAGCATTTTCGTCAACCTTTTACATTAAGAACAAGTCTTCTCAGAGCATATGTAGCAACAACTAATAATTCTTATTAAGCAACATTTACCACAGGTATAATTTGTGGTAGCTAATATTCTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1271455.000000
s hg19.chr21     18213287 78 +  48129895 TAAAATTGAATTTGCTTCAGAGTTTTGATTAAAAGTATTCATTTCAGGCTCTGTGAATAAAAGAATGCTAGTAAAAGT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=5210244.000000
s hg19.chr21     18213365 204 +  48129895 GAAGATTTCGCAAGTTGCTAAAACAAACTAGCTTTTGTTCTTGAAGTCTGAAAAAATACGACAGCATATTTGTTTCCAGATGGAAGATAATTAACAC-AAAAAAATCTGCTTTATCCATAAATATGGTTCCTTTTTAAATTTCAGTAAGTTCACCAAAATATATAAATTCCCTTGGAACAAGTTAAAGTAAAGCTGGTATTGGAG
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s ponAbe2.chr21  16554051 205 +  48394510 GAAGATTTCGCAAGTTGCTAAAACAAACTAGCTTTTGTTCTTGAAGTCTGAAAAAATACGAAAGCATATTTGTTTCCAGATGGAAGATAATTAACACAAAAAAAATCTGCTTTATCCATAAATATGGTTCCTTTTTAAATTTCAGTAAGTTCACCAAAATATATAAATTCCCTTGGAACAAGTTAAAGTAAAGCTGGTATTGGAG
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i rheMac2.chr3  C 0 I 2

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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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s hg19.chr21     18215227 140 +  48129895 CACATGTTGTAAGCACGATATCGTTCCTTGATGATCTCATT--TCTTACTTCTGCCTACAGATGTCTACCAGCTATTTAACCTCAGGGGTTATTCAAATGGTGAAAGGTTTGAAGACAGGCACAAATCTGTCTACAGAATTT
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a score=1348547.000000
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a score=1030416.000000
s hg19.chr21     18215423 55 +  48129895 TGCTGTCTTCTGTCTGAAGCACTAAATAATAAACTTCATTTCTCATGACACTTGT
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s hg19.chr21     18215537 84 +  48129895 GAGGTCTTTTCCCTTTAACCTTTTGTTCTGAACAGAAAGTGTATTAATAATTTTGGTTATTAAGTGAATAGCCTTCTTTTATAG
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a score=1791691.000000
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a score=3928861.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556391 157 +  48394510 TTAAGCCTCAAATGTGTAGTAATAGATACGTTGCATAGATTTAACTGCCACTTGCCTCCCTAATTTACACTTAGATAACACTTCTCCTCCCAAAAGCACAAATTACATTCCTTTTAATTAGCTCCCAATGTACTTTGTTAAAGTACATTGAGAATGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166354665 157 - 196418989 TTAAGCCTCAAATGTGTGGTAATAGATACGTTGTATAGATTTAACTGCCACTTCCCTCCCTAATTTACACTTAGATAACACTTCTCCTCCCAAAAGCACAAATTACATTCCTTTTAATTAGCTCCCAATGTACTTTGTTAAAGTACATTGAGAATGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=721363.000000
s hg19.chr21     18215854 36 +  48129895 GAATTACTAACCTATTAATTTATAAGCATACATTAT
s panTro2.chr21  16947293 36 +  46489110 GAATTACTAACCTATTAATTTATAAGCATACATTAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556548 36 +  48394510 GAATTACTAACCTATTAATTTATAAGTATACATTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166354822 36 - 196418989 GAATTACTAACCTATTAATTTATAAGCATACATTAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1069244.000000
s hg19.chr21     18215890 65 +  48129895 TCAAAAGCACATAATCATTAAttaaatatcacaacacataaggaggcagcattatcatacccatt
s panTro2.chr21  16947329 65 +  46489110 TCAAAAGCACATAATCATTAAttaaatatcacaacacataaggaggcagcattatcatacccatt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556584 65 +  48394510 TCAAAAGCACATAATCATTAAttaaatatcacaacacataaggaggcagcattatcatacccatt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166354858 65 - 196418989 TCAAAAGCACATAATCATTAAttaaatatcacaacacataaggaggcagaattatcatacccatt
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1272257.000000
s hg19.chr21     18215955 90 +  48129895 ttacagaAATGAATGCCTGTTAAATTATTTGGACTATGACTGATCCAGAATAAGAATCTGTGTTGATCTGTCTAGGATTCATTATTTTGT
s rheMac2.chr3  166354923 90 - 196418989 ttacagaAATGAATGCCTATTAGATTATTTGGACTATGACTGATCCAGAATAAGAATCTGTGTTGATCTGTCTAGGATTCATTATTTTGT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556649 90 +  48394510 ttacagaAATGAATGCCTATTAAATTATTTGGACTATGACTGATCCAGAATAAGAATCTGTGTTGATCTGTCTAGGATTCATTATTTTGT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16947394 90 +  46489110 ttacagaAATGAATGCCTGTTAAATTATTTGGACTATGACTGATCCAGAATAAGAATCTGTGTTGATCTGTCTAGGATTCATTATTTTGT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=326161.000000
s hg19.chr21     18216045 76 +  48129895 CCAAGAGGACGTATCTTTGACTCAATTCTATTTCTTCTTATATAAAATGAATCATAATTTTCAAGCAAAAATCATT
s panTro2.chr21  16947484 76 +  46489110 CCAAGAGGACGTATCTTTGACTCAATTCTATTTCTTCTTATATAAAACGAATCATAATTTTTAAGCAAAAATCATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556739 76 +  48394510 CCAAGAGGACATATCTTTGACTCAATTCTATTTCTTCTTATATAAAATGAATCATAATTTTTAGGCAAAAATCGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  166355013 76 - 196418989 CCAAGAGGACATATCTTTGACTCAATTCTATTTCTTCTTATATAAAATGAATCATAATTTTTAAGCAAAAATCATT
i rheMac2.chr3  C 0 I 1

a score=-12347.000000
s hg19.chr21     18216121 37 +  48129895 AAAAAAAAGTGATGAATTTAAATCAGTTAGCACTT-----TA
s panTro2.chr21  16947560 41 +  46489110 -AAAAAAAGTGACGAATTTAAATCAGTTAGCACTTTAATCTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556816 41 +  48394510 TAAAAAAAGTGATG-ATTTAAATCAGTTAGCACTTTAATCTA
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  166355090 37 - 196418989 AAACACAAGTGATGAATTTAGATCAGTTAGCACTT-----TA
i rheMac2.chr3  I 1 C 0

a score=165997.000000
s hg19.chr21     18216158 22 +  48129895 GGGAAATCTCATGTTTTAGCAA
s panTro2.chr21  16947601 22 +  46489110 GGGAAATCTCATGTTTTAGCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556857 22 +  48394510 GGGAAATCTCGTGTTTTAGCAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355127 22 - 196418989 GGGAAATCTCATGTTTTAATAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=301125.000000
s hg19.chr21     18216180 81 +  48129895 GTACATGTATCTTACATTTTACGTAGGAGAGTGTGTAAGAAGGACTTAATATCAACACTAGAATAAGACAATAAATGTGGC
s panTro2.chr21  16947623 81 +  46489110 GTACATGTATCTTACATTTTACGTAGGAGAGTGTGTAAGAAGGACTTAATATCAACACTAGAATAAGACAATAAATGTGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556879 81 +  48394510 GTACATGTATCTTGCATTTTACATAGGAGAATGTGTAAGAAGCACTTAATATCAACACTAGAATAAGACAATAAATGTGGC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355149 81 - 196418989 GTACATGTATCTTACATTTTATGTAGGAGAGTGTGTAAGAAGGACTTAATATCAACACTAGAAAAAGGCAATTAATGTGGC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=209649.000000
s hg19.chr21     18216261 50 +  48129895 TATTAAAAACAATCTACCAAACAAGAACTATCTCAAGAAAAGAACAATGA
s panTro2.chr21  16947704 50 +  46489110 TATTAAAAACAATCTACCAAACAAGAACTAGCTCAAGAAAAGAACAATGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16556960 50 +  48394510 TATTAAAAATAATCTACCAAACAAGAACTATCTCAAGAAAAGAACAATGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355230 50 - 196418989 TATTGAAAATAATCTGCCAAACAAGAACTATCTCAAGAAAAGAACAATGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=601760.000000
s hg19.chr21     18216311 74 +  48129895 ACTTCACTCAAAATGGCTGAAAACAAGCAAACAATCTTATCTTTCAGAGAATATCTAGACAGTAATATTCAGAA
s panTro2.chr21  16947754 74 +  46489110 ACTTCACTCAAAACGGCTGAAAACAAGCAAACAATCTTATCTTTCAGAGAATATCTAGACAATAATATTCAGAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557010 74 +  48394510 ACTTCACTCAAAATGGCTGAAAACAAGCAAATAATCTTATCTTTCAGAGAATATCTAGACAATAATATTCAGAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355280 74 - 196418989 ACTTCACTCAGAATGGTTGAAAACAAGCAAATAATCTTATCTTTCAGAGAATATCTAGACAATAATATTCAGAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=185179.000000
s hg19.chr21     18216385 22 +  48129895 ATAGGGTTAGTGACTGGCTGGA
s panTro2.chr21  16947828 22 +  46489110 ATAGGGTTAGTGACTGGCTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557084 22 +  48394510 ATAGGGTTAGTGACTGGCTGGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355354 22 - 196418989 ATAGGTTTGGTGACTGAATGGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=120310.000000
s hg19.chr21     18216407 26 +  48129895 ATGTAAATGAAAAGATTTTAAGAGAT
s panTro2.chr21  16947850 26 +  46489110 ATGTAAATGAAAAGATTTTAAGAGAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557106 26 +  48394510 ATGTAAATGAAAAGATTTTAAGAGAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355376 25 - 196418989 ATGTAAATG-AAAGATTTTAAGAGAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=213585.000000
s hg19.chr21     18216433 29 +  48129895 CAGAATGATTTTTGGAAAAGGAAAATAAA
s panTro2.chr21  16947876 29 +  46489110 CAGAATGATTTTTGGAAAAGGAAAATAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557132 29 +  48394510 CAGAATGATTTTTGGAAAAGGAAAATAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355401 24 - 196418989 CAGAATGA-TTTTGGAAAAGGA----AAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=377761.000000
s hg19.chr21     18216462 66 +  48129895 TAAACAAAAAAGAGAGTTCATTTAGCTGTATACCTGAAGGCTAATTAAGGCACACTAAGTGATCAA
s rheMac2.chr3  166355425 66 - 196418989 TAAACGAAAAAGAGAGTTCATTTAGCTGTATACCTGAAGGCTAATTAAGACATACTTAGTGATCAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557161 66 +  48394510 TAAACAAAAAAGAGAGTTCATTTAGCTGTATACCTGAAGGCTAATTAAGGCACACTAAGTGATCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16947905 66 +  46489110 TAAACAAAAAAGAGAGTTCATTTAGCTGTATACCTGAAGGCTAATTAAGACACACTAAGTGATCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=484452.000000
s hg19.chr21     18216528 55 +  48129895 CTGAACATAAACATATTCCAGAATTATCAGATCATTCATCCACAAGCAGAAGAAG
s rheMac2.chr3  166355491 54 - 196418989 CTGAACATAAACATATTCCAG-ATTATCAGATTATTCATCCACAAGCAGAAGAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557227 55 +  48394510 CTGAACATAAACATATTCCAGAATTATCAGATTATTCATCCACAAGCAGAAGAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16947971 55 +  46489110 CTGAACATAAACATATTCCAGAATTATCAGATTATTCATCCACAAGCAGAAGAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=504963.000000
s hg19.chr21     18216583 96 +  48129895 AAACAGTGGCCACCATAAGGAAGAAAGGGCTAGAGGATAGACGGGCAGGAAAGAGCAGATAGTAAGGTGGTTGGACTAGGTGGCAAAAGAGCCTTT
s rheMac2.chr3  166355545 96 - 196418989 AAATAGTGGCCACCATAAGGAAGAAAGGGTTAGAGTAAAGATGGACAGGAAAGAGCAGATAGTAAGGTGGTTGGACTAGGTGGCAAAAGAGCCTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557282 96 +  48394510 AAATAGTAGCCACCATAAGGAAGAAAGGGCTAGAGTATAGACGGGCAGGAAGGAGCAGATAGTAAGGTGGTTGGACTAGGTGGCAAAAGAGCCTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16948026 96 +  46489110 AAATAGTGGCCACCATAAGGAAGAAAGGGCTAGAGGATAGACGGGCAGGAAAGAGCAGATAGTAAGGTGGTTGGACTAGGTGGCAGAAGAGCCTTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=774218.000000
s hg19.chr21     18216679 101 +  48129895 GGCACAAAAAACTGTAGGACAAAGGAAGAAAAATGTAAGAGAGGTCAATTAAACGCTTGTAAAAACAGAAAAGG-AAAAAAATGTTGATAATCTGACAAAAT
s panTro2.chr21  16948122 101 +  46489110 GGCACAAAAAACTGTAGGACAAAGGAAGAAAAATGTAAGAGAGGTCAATTAAATGCTTGTAAAAACAGAAAAGG-AAAAAAATGTTGATGATCTGACAAAAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557378 102 +  48394510 GGCACAAAAAACTTCAGGACAAAGGAAGAAAAATGTAAGAGAGGTCAATTAAATGCTTGTAAAAACAGAAAAGGAAAAAAAATGTTGATAATCTGACAAAAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355641 101 - 196418989 GGCACAAAAAACTTTAGGACAAAGGAAGAGAAATGTAAGAGAGGTCAATTAAATGCTTGTAAAAACAGAAAAGG-AAAAAAATGTTAATAATCTGACAAAAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=416173.000000
s hg19.chr21     18216780 51 +  48129895 TTACCGGCAAGCACCAGATTTGAGAGCATTGCAATCTCCAAGAATATGATG
s panTro2.chr21  16948223 51 +  46489110 TTACCGGCAAGCACCAGATTTGAGAGCATTACAATTTCCAAGAATATGATG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557480 51 +  48394510 TTACCGGCAAGCACCAGATTTGAGAGCATTACAACTTCCAAGAATATGATG
i ponAbe2.chr21 C 0 I 241
s rheMac2.chr3  166355742 51 - 196418989 TTACCAGCAAGTACCAAATTTGAGAGCATTACAATTTCCAAGAATAGGATG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-139535.000000
s hg19.chr21     18216831  48 +  48129895 TGCACTTATAAAATTATGACCTTACAGaaaaaaataataataaaaaac
s panTro2.chr21  16948274  48 +  46489110 TGCACTTATACAACTATGACCTTACAGaaaaaaataataataaaaaac
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355793  48 - 196418989 TGCACTTACAAAATTATGACCTTACAGAAAAAAATAATAAAAACAAAC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
e ponAbe2.chr21  16557531 241 +  48394510 I

a score=58356.000000
s hg19.chr21     18216879 29 +  48129895 aatatatttCTGAGGACAGGTGCGTATTC
s panTro2.chr21  16948322 29 +  46489110 aatatatttCTGAGGACAGGTGCGTATTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557772 29 +  48394510 AATATATTTCTGAGGACAGGTGCGTATTC
i ponAbe2.chr21 I 241 C 0
s rheMac2.chr3  166355841 29 - 196418989 AATATATTTCTGAGGACAGGTGCTTATTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=469432.000000
s hg19.chr21     18216908 101 +  48129895 AAGTGACCTCACTTGCTTATTTTAATCACATTTTAATCACATCATGGT-GTTTTTCCAGTTGGTAAGTAGCAGAAGACCCTTGCCCTAACTAAGGTTTTTCC
s panTro2.chr21  16948351  89 +  46489110 AAGTGACCTCACTTGCTTATTTTAATCACAT--------CAT----GT-GTTTTTCCAGTTGGTAAGTAGCAGAAGACCCTTGCCCTAACTAAGGTTTTTCC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557801  91 +  48394510 AAATGACCTCACTTGCTTATTTTAGTCACAT--------CAT---GGTGGTTTTTCCAATTGGTAAGTAGCAGAAGACCCTTGCCCAAACTAAGGTTTTTCC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355870  91 - 196418989 AAATGACCTCACTTGCTTATTTTAGTCACAT--------CAT---GGTGGTTTTTCCAGTTGGTAAGTAGCAGAAGACCCTTGCCCTAACTAAGGCTTTTCC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=826013.000000
s hg19.chr21     18217009 116 +  48129895 TATCCTCCATACTCTCCTTGCTCTATCAAGTTCCACATGTATAGATCACCCATGTCTCTATGTTCTCATCATTCTTGCTCTTTACTGGTACAGCCAACAATTGGGATAAAACAGTC
s panTro2.chr21  16948440 116 +  46489110 TATCCTCCACACTCTCCTTGCTCTATCAAGTTCCACATGTATAGATCACCCATGTCTCTATGTTCTCATCATTCTTGCTCTTTACTGGTACAGCCAACAATTGGGATAAAACAGTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16557892 116 +  48394510 TATCCTCCACACTCTCCTTGCTCTATCGAGTTCCACATGTATAGATCACCCATGTCTCTATGTTCTCATCATTCTTGCTCTTCACTGGTACAGCCAACAATTGGGATAAAACAGTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166355961 116 - 196418989 TATCCTCCACACTCTCCTTGCTCTCTCAGGTTCCACATGTGTAGATCACCCAGGCCTCTATGTTCTTATCGTTCTTGCTCTTCACTGGTGCAGCCAACAATTGGGATAAAACAGTC
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=393619.000000
s hg19.chr21     18217125 37 +  48129895 ATAGTAGACTGTTCCATTTGGCATACACCTAAGTCAA
s panTro2.chr21  16948556 37 +  46489110 ATAGTAGACTGTTCCATTTGGCATACACCTAAGTCAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558008 37 +  48394510 ATAGTAGACTGTTCCATTTGGCATACACCCAAGTCAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356077 37 - 196418989 ATGGTAGACTGTTTCATTTGTCAAACACCTAAGTTGA
i rheMac2.chr3  C 0 I 31

a score=1529.000000
s hg19.chr21     18217162 40 +  48129895 ACCACCACCAGCCGCTATATTCTGTCACTATATTCTGTCA
s ponAbe2.chr21  16558045 20 +  48394510 ACCACCACCAGCCA--------------------CTGACA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16948593 20 +  46489110 ACCACCACCAGCCG--------------------CTGACA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166356114 31 - 196418989 I

a score=115192.000000
s hg19.chr21     18217202 19 +  48129895 TAATAGATGACAGAAACTC
s panTro2.chr21  16948613 19 +  46489110 TAATAGATGACAGAAACTC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558065 19 +  48394510 TAATAGATGACAGAAACTC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356145 19 - 196418989 TACTAGATGACAGAAACCC
i rheMac2.chr3  I 31 C 0

a score=945035.000000
s hg19.chr21     18217221 112 +  48129895 TGAGCTGTGACACTGATATACCAAATACTAGATAAAATTATAGTTCTCAGCCTCTGGACTCATTTATGGCACC------GGAAATGAGCAAGGAAAGCTGGACTGGTAAGTGACGCCT
s panTro2.chr21  16948632 118 +  46489110 TGAGCTGTGACACTGATATACCAAATACTAGATAAAATTATAGTTCTCAGCCTCTGGGCTCATTTATGGCAACTTTCTAGGAAATAAGCAAGGAAAGCTGGACTGGTAAGGGATGCCT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558084 113 +  48394510 TGAACTGTGATACCGATATACAAAATACTAG-TA----TATAGTTCTCAGCCTCTGGACTCATTTATGGCACCTTTCTAGGAAATAAGCAAGGAAAGCTGGACTGGTAAGGGATGCCT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356164 118 - 196418989 TGAGCTGTGATACTGATATACCAAATATTAGATAAAATTGCAGTTCTCAGCCTCTGGACTCATGTATGGCACCTTTCTAGGAAATAAGCAAGGAAAGCTGGACTGGGAAGGGCGGCCT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1144325.000000
s hg19.chr21     18217333 136 +  48129895 ATGGAAGGAGCCTAGCAGGAGCTAGGTAAATTCCCAACCATAGGCTGGTCCTCCAGTGACTTGGGGCCTTAACAAGTTGAAAATAAAGCAAGTAACAATTTTTCTCTCTGTGGAGTTTACAGGGAATCCTAGCAGG
s panTro2.chr21  16948750 136 +  46489110 ATGGAAGGAGCCTAGCAGGAGCTAGGTAAATTCCCAACCATAGGCTGGTCCTCCAGTGACTTGGGGCCTTGACAAGTTGAAAATAAAGCAAGTAACAATTTTTCTCTCCATGGAGTTTACAGGGAATCCTAGCAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558197 136 +  48394510 ATGGAAGGAGCCTAGCAGGAGCTAGGTAAATTCCCAACCATAGGCTGGTCCCCCAGTGACTTGGGGCCTTAACAAGTTGAAAATAAAGCAAGTAACAATTTTTCTCTCCATGGAGTTTACAGGGAATCCTAGCAGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356282 136 - 196418989 AGGGGAGGAGCCTAGCAGGAGCTAGGTAAAGTCCCAACGATAGGCTGGTCCTccagggacttggggccttaaaaagatgaaaataaagcaagtaacaatttttctctccatggagtttacagGGAATCCTAGCAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=75276.000000
s hg19.chr21     18217469 21 +  48129895 GC--------------AAAAAATTGCCCATTGGTA
s rheMac2.chr3  166356418 35 - 196418989 GCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTGCCCATTGGTG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558333 21 +  48394510 GC--------------AAAAAATTGCCCATTGGTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16948886 21 +  46489110 GC--------------AAAAAATTGCCCATTGGTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=276263.000000
s hg19.chr21     18217490 39 +  48129895 TCTTCACAAAAATTTTACTGCCAGTATACTTTTCCTTAA
s panTro2.chr21  16948907 39 +  46489110 TCTTCACAAAAATTTTACTGCCAGTATACTTTTCCTTAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558354 39 +  48394510 TCTTCACAAAAATTGTACTGCCAGTATACTTTTCCCTAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356453 39 - 196418989 TCTTCACAAAAATTTTACTGCCAGTATACTTTTCCCTAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=260344.000000
s hg19.chr21     18217529 89 +  48129895 CCTGGAACGTCTTTTTTACCACTCTTTTAACCTTTTTCTCCCCCGTCCTGATCTCAGTCTCAAAGAAAGAAAGTTCCATAACAAAAATA
s panTro2.chr21  16948946 89 +  46489110 CCTGGAACGTCTTTTTTACCACTCTTTTAACCTTTTTCTCCCCCCTCCTGATCTCAGTCTCAAAGAAAGAAAGTTCCATAACAAAAATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558393 89 +  48394510 CCTGGAACATCTTTTTTACCACTCTATTAACCTTTTTCTCCCCTCTCCTGATCTCAGTCTCAAAGAAAGAAAGTTCCTTAACAAAAATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356492 86 - 196418989 CCTGGAATGTCTCTTTTATCACTCTA--AACTCTTTTTTCCCACATCCTGATCTCAGTCTCAAAGACAGAAAGTTGCATAAC-AAAATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=943554.000000
s hg19.chr21     18217618 120 +  48129895 TTTGTGGGttgaatatctacctagatgctaaatgctaggctaattgtttacatgtgtgttaatttatttactcctctcaacaatgtcctagaagAGGCTTCCTTAGAGTCAATAATGAGG
s panTro2.chr21  16949035 120 +  46489110 TTTGTGGGTTGCATATCTACctagacgctaaatgctaggctaattgtttacatgtgtgttaatttattcactcctctcaacaatgtcctagaagAGGCTTCCTTATAGTCAATAATGAGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558482 120 +  48394510 TATGTGGGttgaatacctacctagatgctaaatgctaggctaattgtttacatgtgtgttaatttatttactcctctcaacaatgtcctagaagAGGCTTCCTTATAGTCAATAATGAGA
i ponAbe2.chr21 C 0 I 1
s rheMac2.chr3  166356578 120 - 196418989 CTTGTGGGttgaatatctacctagatgctaaatgctaggcgaattgtttacatgtgtgttaatttattcactcctctcaacaacgtcctaaaagAGACTTCCTTATAGTCAATAATGAGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=385287.000000
s hg19.chr21     18217738 40 +  48129895 AAAGTGTATTAATCTGCAAAAACCTGAGTTCAAGGCAGGG
s panTro2.chr21  16949155 40 +  46489110 AAAGTGTATTAATCTGCAAAAACCTGAGTTCAAGGCAGGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558603 40 +  48394510 AAAGTGTATTAATCTGCAAAAACTTGAGTTCAAGGCAGGG
i ponAbe2.chr21 I 1 C 0
s rheMac2.chr3  166356698 40 - 196418989 GAAGTGTACTAATCTGCAAAAACCTGAGTTCAAGACAGGG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=39154.000000
s hg19.chr21     18217778 55 +  48129895 CC-TGGATCAAATCTATAACTCTCTTCCTAATGCAGCTACTCTTACTAAAGTGTTA
s panTro2.chr21  16949195 56 +  46489110 CCTTGGATCAAATCTATAAGTCTCTTCCTAATGCAGCTACTCTTACTAAAGTGTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558643 56 +  48394510 CCTTGGATCAAATCTATAACTCTCTTCCTAATGCAGCTACTCTTACTAAAGTGTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356738 56 - 196418989 CCTAGGATCAAATCTGTAACTCTCTTCCTCATGCAGCTACCCTTACTAAAGTGTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=1109184.000000
s hg19.chr21     18217833 149 +  48129895 ACAGTCTTCTTCTGTTTGAAAATCCTCAGTCACTCTTTAGTTTCCTTAAGATTGATATGTTTGGAGCATCATTTTGGAATGCATTGAACTCCCAGACACCCACCCCCAGCACACTCCAAACTCTAACACAACTTAACCTGTAGGTCATA
s panTro2.chr21  16949251 149 +  46489110 ACAGTCTTCTTCTGTTTGAAAATCCTCAGTCACTCTTTAGTTTCCTTAAGATTGATATGTTTGGAGCATCATTTTGGAATGCATTGAACTCCCAGACACCCACCCCCAGCATACTCCAAACTCTAACACAACTTAACATGTAGGTCATA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558699 149 +  48394510 ACAGTCTTCTTCTGTTTGAAAACCCTCAGTCACTCTTTAGTTTCCTTAAGATTGATATGTTTAGAGCATCATTTTGGAATGCACTGAACTCCCAGACACCCACCCCCGGCACACTCCAAACTCTAACACAACTTAACATGTAGGTCATA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356794 149 - 196418989 ACAGTCTTACTGTGTTTGAAAATCCTCAATCACTCTTTAGTTTCCTTAAGATCGATATGTTTGGAGCATCATTTTGTAATGCATTGAACTCCCAGACACCCACCCCCAGCATACTCCAAACTCTCACACAATTTAACATGTAGGTCATA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=468212.000000
s hg19.chr21     18217982 95 +  48129895 ATTTGCCACCTCACAAAGCTCCTTCCTTAGGCTCTTTTCTTCCCCTTATCCTTCCTGCTGTTCTGAATTCCAAAAGTATTTCTTACATTTTCTGG
s panTro2.chr21  16949400 95 +  46489110 ATCTGCTGTCTCAGAAATCTCCTTCCTTAGGCTCTCTTCATCCCCTTATCCTTCCTGCTGTTCTGAATTCCAAAAGTATTTCTTACATTTTCTGG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558848 95 +  48394510 ATCTGCTATCTCACAAAGCTCCTTCCTTAGGCTCTCTTCTTCCCCTTATCCTTCCTGCTGTTCTGAATTCCAAAAGTATTTCTTACATTTTCTGG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166356943 95 - 196418989 ATCTGCTGTCTCACAAAGCTCCTTCCTTAGGCTCTCTTCTTCCTCTTAACCTTCCTGCTGCTCTGAATTCCAAAAGTATTTATTACATTTTCTGA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=300971.000000
s hg19.chr21     18218077 48 +  48129895 ACCATCCACTTTAAGTCTTTTTTTCATAA-TTGCCTCCACAGCTTCAAG
s panTro2.chr21  16949495 49 +  46489110 ACCATCCACTTTAATTCTTCTTTTCATAATTTGCCTCCACAGCTTCAAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558943 48 +  48394510 ACCATCCACTTTAATTCTTCTTTTCATAA-TTGCCTCCACAGATTCAAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166357038 48 - 196418989 ACCATCCATTTTAATTCTTCTTTTCATAA-TTGCCTCCACAGCTTCAAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-68932.000000
s hg19.chr21     18218125 21 +  48129895 ACAGAGATGGGCCTTTTTTTa
s panTro2.chr21  16949544 16 +  46489110 ACAGAGAAGGGCCTTT-----
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16558991 16 +  48394510 ACAGAGATGGGCCTTT-----
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166357086 16 - 196418989 ATAGAGATGGGCCTTa-----
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-313607.000000
s hg19.chr21     18218146 53 +  48129895 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGCTTTCCCTGCCCTTAAA
s panTro2.chr21  16949560 35 +  46489110 ------------------AAAAAAAAAAACAAAAAGCTTTCCCAGCCCTTAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559007 32 +  48394510 ---------------------AAAAAAAACAAAAAGCTTTCCCAGCCCTTAAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166357102 27 - 196418989 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa--------------------------
i rheMac2.chr3  C 0 I 310

a score=-95846.000000
s hg19.chr21     18218199  29 +  48129895 ACTGAAAAGAAAAACAAA-------AACCAAA-AAAC
s ponAbe2.chr21  16559039  37 +  48394510 ACTGaaaaaaaaaaaaaaaaaaaccaaccaaacaaac
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16949595  29 +  46489110 ACTGAAAAGAAAACCAAA-------AACCAAA-AAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0
e rheMac2.chr3  166357129 310 - 196418989 I

a score=674.000000
s hg19.chr21     18218228 29 +  48129895 AAAAAACATCGGTTTATCACAGCCGTTAt
s panTro2.chr21  16949624 29 +  46489110 AAAAAACATCGGTTTATCACAACTGTTAt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559076 29 +  48394510 aaaaaaCATCGGTTTATCACAGCTGTTAt
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166357439 29 - 196418989 AAAAATCATTGGTTTATTACAGCTGTTAt
i rheMac2.chr3  I 310 C 0

a score=91642.000000
s hg19.chr21     18218257 110 +  48129895 ttttcttcttcctttttttaagacatggggtcttgctatgctgaccaggctagactcaaattcctggtctcaagtgatcctcctgcttcagcctccTGAGTAGCACAGTT
s rheMac2.chr3  166357468 108 - 196418989 ttttcttcttcctttttataagacatggggtcttgctatgttgcccaggctagtttcaaattcctggcctcaagtgatcctcctgcttcagcctcctgagtag--cAGTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559105 110 +  48394510 ttttcttcttcctttttttaagacatggggtcttgctatgttgcccagactagactcaaattcctagtctcaagtgatcctcctgcttcatcctcctgagtagcACAGTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16949653 110 +  46489110 ttttcttcttcctttttttaagacatggggtcttgctatgttgcccagactagattcaaattcctggtctcaagtgatgtttctgcttcagcctcctgagtagcACAGTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=439943.000000
s hg19.chr21     18218367 62 +  48129895 TTATTTCTTATCAATAAGATATATAATATCTGAATGGCAAATTGAGGATGTAGAATATTCAT
s panTro2.chr21  16949763 62 +  46489110 TTATTTCTTATCAATAAGATATATAACATCTGAATGGCAAATTGAGGATGTAGAATATTCAT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559215 62 +  48394510 TTATTTCTTATTAATAAGATATATAATATCTGAATGGCGAATTGAGGATGTAAAATATTCAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166357576 62 - 196418989 TTATTTCTCATTAATAAGATATATAATATCTGAATGACAAATTGAGGATGTAGAATATTCAT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=469250.000000
s hg19.chr21     18218429 67 +  48129895 CGTTGTTGAATTGTATTAAATAGTTTCATATTGCATTTGTTTGTATGAAAAAGAAAAGTTTTACTTA
s panTro2.chr21  16949825 67 +  46489110 CGTTGTTGAATTGTATTAAATAGTTTCATATTGCATTTGTTTGTATGAAAAAGAAAAGTTTTACTTA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559277 67 +  48394510 CATTGTTGAATTGTATTAAATAGTTTCATATTGCATTTGTTTGTATGAAAAAGAAAAGTTTTACTTA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166357638 67 - 196418989 CATTGTTGAATTGTATTAAATAGTTTCATATTGCATTTGTTTGTATGAAAAAGAAAAGTTTTACTTA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=148202.000000
s hg19.chr21     18218496 42 +  48129895 ACAAAAGACACAAACTAATGACTAGTTATTGCCAGTTGACAG
s panTro2.chr21  16949892 42 +  46489110 ACAAAAGACACAAACTAATGACTAGTTATTGCCAGTTGACAG
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559344 42 +  48394510 ACAAAAGACACAAACTAATGAGTAGTTATTGCCAGTTGACAG
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166357705 42 - 196418989 ACAAAAAACACAAACTAATGACTAGTTATTGTCAGATTACAG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=559830.000000
s hg19.chr21     18218538 309 +  48129895 Agtcttagtctacttgttgctgctatagtagaatatcacagactgggtaatttataaataatagatgcttatttggcatatggttctgaaggttgagaagtccaagattgagggactgaatctagtcagggtcgtcttactgtgtcataacatggcagaaggcatcacatgataaacatgtgagacaggaaacaagaaaccaaattcatccttaatagaaactcattatatagaaactcacaataactaaaccactcctgtgataacagtgtcaatctattcatgagggctat-----------------acctcttaaaggtctc
s panTro2.chr21  16949934 325 +  46489110 Agtcttagtctatttgttgctgctatagtagaatatcacagactgggtaatttataaataatagatgcttatttggcatatggttctgaaggttgagaagtccaagattgagggactgaatctagtcagggtcgtcttactgtgtcataacatggcagaaggcatcacatgataaacatgtgagacaggaaacaacaaaccaaattcatccttaatagaaactcattatatagaaattcacaataactaaaccactcctgtgataacagtgtcaatctattcatgagggctatac-ctcatgacctaatcacctcttaaaggtctc
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559386 324 +  48394510 Agtcttagtctatttgttgctgctatagtagaatatcacagactgggtagtttataaataatagatgcttatttggcgtatggttctgaaggttgagaagtccaagattgagggactgaatctagtc-gggtcgtcttactgtgtcataacatggcagaaggcatcacatgataaccatgtgagacaggaaacaagaaaccaaattcatcctttatagaaactcattatatagaaactcacaataacttaaccactcctgtgataacagtgtcaatctactcatgagggctatac-ctcatgacctaatcacctcttaaaggtctc
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166357747 317 - 196418989 tgtcttagtctatttgttgctgccatagtagaatattacagactaggtaatttatacataatagaagcttatttggcatatggttctgaaggctgagaagtccaagattgagggactgaatctagtcagggtcatcttactgtgtcataacatggcagaaggcatcacatgataaccatgtaagacaggaaacaagaaaccaaattcatcctttatagaaactcgtta---------acacaataactaaaccactcctatgataacagcgtcaatctatttatgagggctatactctcatgacctaatcatctcttaaaggcctc
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=151953.000000
s hg19.chr21     18218847 72 +  48129895 acctcttaatagtatcaac-aatggtaattaaattttaacctgagttttgcaggggatattcaaactatagca
s panTro2.chr21  16950259 73 +  46489110 acctcttaatagtatcaacaaatggtaattaaattttaacctgagttttgcaggggatattcaaactatagca
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559710 72 +  48394510 acctcttaatagtatcaac-aatggtaattaaattttaacttgagttttgcaggggatattcaaaccatagta
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166358064 72 - 196418989 acctcttaatagtatcaac-aatgataattaaattttaacctgagttttgcaggggatattcaaaccatagca
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=272825.000000
s hg19.chr21     18218919 58 +  48129895 GACAGGTGCTATACTATGTTCTCGATAATAGTtacatacatatatgtgtgcagacaac
s rheMac2.chr3  166358136 58 - 196418989 GACAGGTGCTATCCTATGTTCTAGATAATAGTTACATACATGTATGTGTGCAGACAAC
i rheMac2.chr3  C 0 I 12
s ponAbe2.chr21  16559782 58 +  48394510 GACAGGTGCTATCCTATGTTCTCGATAATAGTTACATACATGTATGTGTGCAGACAAC
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16950332 58 +  46489110 GACAGGTGCTATACTATGTTCTCGATAATAGTTACATACATGTATGTGTGCAGACAAC
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=215171.000000
s hg19.chr21     18218977 39 +  48129895 tatacacacacacacacacacagacataTGGCTTGACAA
s panTro2.chr21  16950390 37 +  46489110 --TACACACACACACACACACAGACATATGCCTTGACAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559840 39 +  48394510 TacacacacacacacacacacagacaTATGGCTTGACAA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166358206 39 - 196418989 cacacacacacacacacacacagacaTAAGGCTTGACAA
i rheMac2.chr3  I 12 C 0

a score=915093.000000
s hg19.chr21     18219016 138 +  48129895 ATCAAGGATTTCTTGAACAAACATACAACTAATGAAAATCAGAAATGAGTTGATGCTTTATACTGACACTTAATTTGTACTTGATTCTCATTAAGGATTACCCTTTCTTTGTTTTCAGTCTCTGCTTAGATTTTACTT
s panTro2.chr21  16950427 138 +  46489110 ATCAAGGATTTCTTGAACAAATATACAACTAATGAAAATCAGAAATGAGTTGATGCTTTATACTGACACTTAATTTGTACTTGATTCTCATTAAGGATTACCCTTTCTTTGTTTTCAGTCTCTGCTTAGATTTTACTT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16559879 138 +  48394510 ATCAAGGATTTCTTGAACAGATACACAACTAATGAAAATCAGAAATGAGTTGATGCTTTATACTGACACTTAATTTGTACTTGATTCTTATTAAGGATTACCCTTTCTTTGTTTTCAGTCTCTGCTTAGATTTTACTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166358245 135 - 196418989 ATCAAGGATTTCTTGAACAGATATACAACTAATGAAAATCAGAAATGAGTTGATGCTTTATACTGACACTTTATTTGTACTTGATTTTCATTAAG---TATCCTTTCTTTGTTTTCAGTCTCTGCTTAGTTTTTACTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=152417.000000
s hg19.chr21     18219154 56 +  48129895 AAAAATATTTTCCTAATTTATTTCCCAACATCTTTTCCTGCTGGTATTTCTTTTTT
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16560017 56 +  48394510 AAAAATATTTTCCTAATTTATTTCCCAACATCTTTTCCTGCTGGTATTTCTTTTTT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166358380 55 - 196418989 AAAAATATTTTCCTAATTTATTTCTCAACATCTTTTCCTGCTGGTATTT-TTTTTT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=447132.000000
s hg19.chr21     18219210 46 +  48129895 TCCATCATTTATTTATAATGAAGGCTCCTCCAAATACTAC-TTGGTC
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=553937.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=839112.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16560363 109 +  48394510 TTTAGCACTTACTTCTTTGCCTTGCAATAAATATTGATAGCGACCTCCACTTTGAGAGAGATTCTCAGGCAGAAACTTTAACTCTAGAGATACTATTAGGAAATACTAT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166358833 115 - 196418989 AAGTTCTTTTGCTTCCAAGCTTCCATCTtatgctttacattttacatttgtccctagagatcatttccctacatttttccagtttttcctaccctgttctgtggccgagagactg
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16560587 86 +  48394510 gcctctatccatcacaccatgctgactctcttactctgcatttcttgttggttcagctatgggagaaaagagaggttaaaggaaag
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166358948 86 - 196418989 gcctctatccatcacaccatgctgactctcttactccacatttcttgttggttcaactatgggagaaaagagaggttaaaggaaag
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=465790.000000
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s panTro2.chr21  16951251 56 +  46489110 ttgtttgactgagggttagctgaggttgttttccactcaccaaaagacacttattt
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16951307 58 +  46489110 gcagatgtccctgtcttatagttacaagtctcactgacattcaataactgctccctct
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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s panTro2.chr21  16951365 161 +  46489110 cctcatccctttggtctcaggagtaataaaaacttcctaaaatattggtagccattaagatctacactgtaagtcatcacttacccagtatcgtttcctaataattgtaaatagtc----tattaaactcatttctagtaccctaatttgagtgtgctacctcct
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=477871.000000
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16561042 88 +  48394510 CACAGACCTAATTCAGTATTAAACATTTATGAAACTAACTAGTCATCACaatttttaaaatataaaaataaaaCAATCACAA-TTTAAa
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166359407 89 - 196418989 CACAGACCTAATTCAGTATTAACCATTTATGAAACTAACTAGTAATCACAATTTTAAACATATAAAAATAAAACAATCACAATTTTAAa
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=392532.000000
s hg19.chr21     18220264 62 +  48129895 aaatcattctgtttaagccacaaaacccacaactatcatttccttacttcctcctcttgaaa
s panTro2.chr21  16951675 62 +  46489110 aagtcattctgtttaagccacaaaacccacaactatcattttcttacttcctccccttgaaa
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=351485.000000
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s rheMac2.chr3  166359558 69 - 196418989 ctctaataggcatcttgctgtgttgtgttcttattttagttagtctaacaaacttagctttgcttCACT
i rheMac2.chr3  C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16561192 69 +  48394510 ctctaataggcatctttctatgttgtgttcttattttagttaatctaataaacttagctttgcttTACT
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s panTro2.chr21  16951737 69 +  46489110 ctctaataggcatctttctatgttgtgttcttattttagttagtctaatatacttagctttgcttTACT
i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=-56303.000000
s hg19.chr21     18220395 24 +  48129895 AAGAAAAAGTGAGCATAGTCTTGA
s panTro2.chr21  16951806 24 +  46489110 AAGAAAAAGTGAGCATAGTCTGGA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16561261 24 +  48394510 AAGAAAAAGTGAGCATAGTCTTGA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=229595.000000
s hg19.chr21     18220419 23 +  48129895 ATGCTTGAAAATGTAAGTTGAAA
s panTro2.chr21  16951830 23 +  46489110 ATGCTTGAAAATGTAAGTTGAAA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166359651 23 - 196418989 ATGCTTGAAAATGTAAGTTGAAA
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=132167.000000
s hg19.chr21     18220442 38 +  48129895 TTTTAAAGACTATAGttttatatttatttaaataattG
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166359674 38 - 196418989 TTTTAAATGCTACAGttttatatttatttaaataattG
i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=168403.000000
s hg19.chr21     18220480 29 +  48129895 TTACAATTTTTCCCACTATAACTTGTATT
s panTro2.chr21  16951891 29 +  46489110 TTACACTTTTTCCCACTATAACTTGTATT
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16561346 29 +  48394510 TTATACTTTTTCCCACTATAACTTGTGTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

a score=-1764.000000
s hg19.chr21     18220509 17 +  48129895 AAGAATGACCCCCTCCA
s panTro2.chr21  16951920 17 +  46489110 AAGAATGCCCCCCTCCA
i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16561375 17 +  48394510 AAGAATGCCCCCCTCCA
i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
s rheMac2.chr3  166359741 17 - 196418989 AAGAATGCCTCCCTCAA
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a score=355040.000000
s hg19.chr21     18220526 30 +  48129895 CATAGCTAAAAGTATGTGAAAGCAATATAA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0
s ponAbe2.chr21  16561392 30 +  48394510 CATAGCTAAAAGTATGTGAAAGCAATATAA
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s rheMac2.chr3  166359758 30 - 196418989 CATAGCTAAAAGAATATGAAAGCAAAATAA
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a score=534941.000000
s hg19.chr21     18220556 36 +  48129895 CATTTCATAGTTGCTATAAAGTGGCCAAAGTACTTT
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=356804.000000
s hg19.chr21     18220592 36 +  48129895 TTAAATTAATGGCTTGAAAACTAAGAGTGACATGAC
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s ponAbe2.chr21  16561458 36 +  48394510 TTAAATTAATGGCTTTAAAACTAAGAGTGACATAAC
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s panTro2.chr21  16952003 36 +  46489110 TTAAATTAATGGCTTGAAAACTAAGAGTGACATGAC
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a score=814866.000000
s hg19.chr21     18220628 72 +  48129895 ATTTGATATCTAAAATTTATTTTTTTCAAAAATAGCTCATCTGTATACCCACCTGCTTGTTTGGAAAACTAA
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a score=992454.000000
s hg19.chr21     18220700 93 +  48129895 AACTCAAAACATTCATCCTCAAGAGAGATGGGTGACTCCCTCCCTTTATCATTAATATTATATTAGTGACTATGCAATTGCTTTTGAACTTTA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

a score=1252180.000000
s hg19.chr21     18220793 111 +  48129895 AAGGCAGATTATCCAAAGAGAATCAAGTTTCCAAGAAAATCTCTGCATGCTTCAGTCGTAAAGCAGGTAGAATCTTTAAATATTTTGTGTGGCTATTTTGTTGAGGACATA
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i panTro2.chr21 C 0 C 0

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i panTro2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i ponAbe2.chr21 C 0 C 0
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i rheMac2.chr3  C 0 C 0

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